PeakID (cmd=annotatePeaks.pl merged_SE_SSE2_noSQ9.bed hg19 -size given -wig ./20171108_112-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./20171108_190-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./20171108_283-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Calu3_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./CORL88_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./dms79_ab4729_chip_0825_0828_15c_S13_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1373_ab4729_chip_1124_S9_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1436_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1436_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1650_ab4729_chip_0525_0714_15c_S23_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1755_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1792_ab4729_chip_0113_S13_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1819_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h1833_ab4729_chip_0610_0714_15c_S25_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h187_ab4729_chip_0825_0828_15c_S15_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H1963_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H196_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H196_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2009_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2009_K27Ac_S2_MACS14_bam_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2030_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2077_2_ab4729_chip_0525_0714_15c_S21_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2081_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2081_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H209_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2228_ab4729_chip_0113_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2228_ab4729_chip_0221_S31_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h2286_ab4729_chip_1124_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2291_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H2347_S3_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H3122_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H3122_K27Ac_bt2_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H3255_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H345_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H358_S4_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h460_ab4729_chip_0221_S15_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./h69_ab4729_chip_0610_0714_15c_S27_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H841_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./H841_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC1171_S1_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc33_ab4729_chip_0825_0828_17c_S17_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc366_ab4729_chip_0221_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc44_ab4729_chip_0221_S29_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc44_ab4729_chip_1202_S5_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./HCC78_S5_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./hcc827_ab4729_chip_0221_S27_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./PC9_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./sklu1_ab4729_chip_0221_S17_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_a549__1_k27ac_hg_S31-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1299__1_k27ac_hg_S29-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1395_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1437_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h1963_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2009_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2087_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h209_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2122_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2126_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h2171_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_h23__1_k27ac_hg_S30-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./st_hw_shp77_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h1975_ab4729_chip_0331_12c_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h526_ab4729_chip_0505_12c_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_h82_ab4729_chip_0331_12c_S3_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_hcc461_ab4729_chip_0331_12c_S2_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0331_12c_S4_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0414_13c_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_COR-L311_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_COR-L311_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H1048-cas9_sgNeg_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H1048-cas9_sgPOU2F3_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H128_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H128_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H146_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H146_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H211_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H211_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H446_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H446_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H510A_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H510A_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H524_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H524_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H526_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H526_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H69_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H69_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H82_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H82_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H889_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig ./Vakoc_H889_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig) Chr Start End Strand Peak Score Focus Ratio/Region Size Annotation Detailed Annotation Distance to TSS Nearest PromoterID Entrez ID Nearest Unigene Nearest Refseq Nearest Ensembl Gene Name Gene Alias Gene Description Gene Type ./20171108_112-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./20171108_190-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./20171108_283-H3_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Calu3_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./CORL88_7_21_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./dms79_ab4729_chip_0825_0828_15c_S13_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1373_ab4729_chip_1124_S9_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1436_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1436_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1650_ab4729_chip_0525_0714_15c_S23_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1755_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1792_ab4729_chip_0113_S13_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1819_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h1833_ab4729_chip_0610_0714_15c_S25_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h187_ab4729_chip_0825_0828_15c_S15_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H1963_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H196_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H196_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2009_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2009_K27Ac_S2_MACS14_bam_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2030_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2077_2_ab4729_chip_0525_0714_15c_S21_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2081_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2081_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H209_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2228_ab4729_chip_0113_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2228_ab4729_chip_0221_S31_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h2286_ab4729_chip_1124_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2291_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H2347_S3_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H3122_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H3122_K27Ac_bt2_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H3255_ab4729_1121_1130_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H345_H3K27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H358_S4_model_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h460_ab4729_chip_0221_S15_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./h69_ab4729_chip_0610_0714_15c_S27_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H841_ab4729_ChIP_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./H841_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC1171_S1_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc33_ab4729_chip_0825_0828_17c_S17_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc366_ab4729_chip_0221_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc44_ab4729_chip_0221_S29_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc44_ab4729_chip_1202_S5_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./HCC78_S5_model_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./hcc827_ab4729_chip_0221_S27_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./PC9_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./sklu1_ab4729_chip_0221_S17_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_a549__1_k27ac_hg_S31-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1299__1_k27ac_hg_S29-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1395_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1437_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h1963_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2009_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2087_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h209_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2122_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2126_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h2171_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_h23__1_k27ac_hg_S30-p5-swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./st_hw_shp77_k27ac_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h1975_ab4729_chip_0331_12c_S1_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h526_ab4729_chip_0505_12c_S19_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_h82_ab4729_chip_0331_12c_S3_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_hcc461_ab4729_chip_0331_12c_S2_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0331_12c_S4_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./ts_hw_sw1573_ab4729_chip_0414_13c_S11_hg19_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_COR-L311_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_COR-L311_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H1048-cas9_sgNeg_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H1048-cas9_sgPOU2F3_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H128_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H128_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H146_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H146_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H211_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H211_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H446_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H446_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H510A_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H510A_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H524_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H524_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H526_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H526_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H69_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H69_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H82_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H82_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H889_1_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp ./Vakoc_H889_2_ab4729_p5_swig_treat_afterfiting_all.scaled.wig wig avg over given bp 6712 chr2 233350649 233358146 + 0 NA Intergenic Intergenic -1828 NM_004826 9427 Hs.26880 NM_004826 ENSG00000171551 ECEL1 DA5D|DINE|ECEX|XCE endothelin converting enzyme like 1 protein-coding 1.265 nan 1.130 0.038 0.199 0.496 0.047 0.273 0.524 0.026 0.115 0.050 0.033 0.027 0.036 0.664 0.066 0.065 0.053 0.018 0.034 0.018 0.130 0.054 0.047 0.092 0.039 0.246 0.083 0.301 0.514 0.085 0.703 0.130 0.013 0.280 0.064 0.009 0.021 0.097 0.048 0.031 0.015 0.071 0.013 0.026 0.217 0.028 0.136 0.116 0.664 0.086 0.037 0.047 0.017 0.167 0.089 0.941 6.033 0.025 0.027 0.428 0.030 0.015 0.014 0.364 0.286 0.684 0.894 0.749 0.514 0.427 0.153 0.496 0.634 0.067 0.183 0.843 nan 0.339 0.257 0.212 0.194 0.165 0.181 0.866 2.510 0.232 0.279 8563 chr4 140832346 140847640 + 0 NA intron (NM_018717, intron 1 of 5) intron (NM_018717, intron 1 of 5) -209176 NR_147610 101927516 Hs.662570 NR_147610 LOC101927516 - uncharacterized LOC101927516 ncRNA 1.519 1.222 1.211 0.067 0.865 1.282 0.178 2.023 3.743 0.012 0.240 0.471 0.016 0.538 0.660 0.473 0.789 0.064 0.083 0.025 0.107 0.027 1.064 0.548 2.553 0.294 0.113 0.034 0.067 0.027 0.084 0.423 0.096 2.291 0.086 0.173 0.430 0.028 0.098 0.170 0.402 0.096 0.020 0.026 0.064 0.035 0.107 0.144 0.224 0.047 1.047 0.168 0.473 0.092 0.103 2.553 0.048 0.165 0.419 0.042 0.586 0.097 2.564 1.661 0.110 0.004 0.013 0.313 0.566 0.816 0.439 1.002 1.241 3.527 1.264 0.123 0.122 4.047 4.841 1.041 1.325 0.947 0.647 0.682 2.209 1.328 1.056 1.404 3.916 1.674 0.807 8434 chr4 77350498 77392158 + 0 NA intron (NM_020859, intron 1 of 10) intron (NM_020859, intron 1 of 10) 15075 NM_020859 57619 Hs.683808 NM_020859 ENSG00000138771 SHROOM3 APXL3|MSTP013|SHRM|ShrmL shroom family member 3 protein-coding 0.655 0.609 0.488 0.161 0.159 0.036 0.087 0.273 0.587 0.162 0.089 0.053 0.548 0.039 0.144 0.485 0.730 0.139 0.103 0.045 0.026 0.005 0.056 0.098 0.508 0.067 0.031 0.414 0.082 0.041 0.074 0.221 0.182 0.281 0.049 0.118 0.020 4.488 0.176 0.017 0.069 0.133 0.474 0.210 0.052 0.090 0.102 0.253 0.074 0.065 0.147 0.056 0.485 0.146 0.054 0.508 0.053 0.060 0.019 0.070 0.034 0.055 0.035 0.039 0.024 0.076 0.057 0.273 0.167 0.292 0.561 0.474 0.480 0.617 0.195 0.409 0.387 0.217 0.392 0.449 0.411 0.312 0.154 0.118 0.164 0.109 0.123 0.158 0.319 0.310 0.309 5006 chr17 74438043 74449501 + 0 NA intron (NM_022066, intron 1 of 17) intron (NM_022066, intron 1 of 17) 5516 NM_022066 63893 Hs.16130 NM_022066 ENSG00000175931 UBE2O E2-230K ubiquitin conjugating enzyme E2 O protein-coding 1.958 1.346 1.215 0.635 0.594 0.151 5.550 0.531 1.037 0.577 2.984 2.275 0.038 0.184 0.592 0.911 0.738 0.310 2.514 1.003 1.677 0.327 0.370 0.394 0.647 1.851 1.415 0.782 1.290 0.819 2.528 6.771 1.423 1.774 2.450 4.478 0.133 0.521 0.144 1.601 0.742 4.161 0.780 0.427 1.991 1.119 1.042 1.262 2.007 1.308 2.869 2.264 0.911 2.031 3.879 0.647 0.761 0.876 0.413 1.419 0.815 1.201 0.346 0.608 1.353 1.784 1.646 3.368 4.057 1.907 2.819 1.308 1.316 2.213 0.572 1.575 1.487 nan 1.881 1.550 1.868 3.027 2.666 0.861 2.059 0.776 1.848 1.456 2.231 nan 0.679 10309 chr7 36976869 37012142 + 0 NA intron (NM_001206482, intron 16 of 21) MER5A|DNA|hAT-Charlie 30212 NM_001039459 9844 Hs.434989 NM_014800 ENSG00000155849 ELMO1 CED-12|CED12|ELMO-1 engulfment and cell motility 1 protein-coding 1.640 0.986 2.159 0.116 0.534 0.026 0.072 0.306 0.529 0.016 0.094 0.105 0.010 0.741 0.408 0.269 0.109 0.096 0.062 0.022 0.038 0.012 0.696 0.418 1.986 0.069 0.033 0.010 0.158 0.048 0.121 0.112 0.195 0.863 0.268 0.105 0.862 0.068 0.141 0.070 0.419 0.126 0.040 0.015 0.062 0.061 0.093 0.193 0.141 0.041 0.906 0.060 0.269 0.041 0.089 1.986 0.209 0.055 0.234 0.086 0.784 0.081 0.547 0.414 0.146 0.031 0.011 1.136 1.438 0.285 0.305 1.243 nan 1.728 0.429 0.840 0.982 0.470 nan nan nan 1.028 0.840 0.586 0.754 2.468 4.446 0.376 nan 1.653 0.862 3509 chr14 37404349 37425839 + 0 NA intron (NM_030631, intron 1 of 9) L1MB3|LINE|L1 6502 NR_039725 100616280 NR_039725 ENSG00000266327 MIR4503 - microRNA 4503 ncRNA 1.143 0.775 0.900 0.164 0.218 0.468 0.444 0.124 0.327 0.100 0.073 0.297 1.696 0.117 0.182 0.154 0.464 0.121 0.570 0.324 0.050 0.033 0.116 0.118 0.142 1.153 0.475 0.024 0.863 0.585 1.883 7.795 0.448 0.679 1.291 0.753 0.293 0.061 0.118 0.122 0.047 0.074 0.036 0.040 0.823 0.622 0.122 0.121 0.224 0.030 0.059 0.826 0.154 0.440 0.202 0.142 0.601 0.491 0.014 0.070 0.194 0.435 1.236 0.123 0.068 0.019 0.012 0.831 0.794 2.391 0.671 0.457 0.690 0.362 0.139 0.324 0.363 0.287 0.430 0.840 0.689 0.506 0.267 1.364 1.343 0.864 1.019 0.098 0.169 0.563 0.453 10122 chr7 2135028 2242264 + 0 NA intron (NM_001013836, intron 11 of 18) intron (NM_001013836, intron 11 of 18) -59959 NR_145797 109623488 NR_145797 SNORA114 - small nucleolar RNA, H/ACA box 114 snoRNA 1.260 1.010 1.915 0.163 0.837 1.838 0.326 0.208 0.414 0.067 0.271 0.730 0.020 0.082 0.449 0.746 0.686 0.126 0.096 0.042 0.059 0.067 0.280 0.212 1.576 0.076 0.050 0.101 0.132 0.057 0.127 nan 0.190 nan 0.057 0.139 0.167 0.186 0.140 0.077 0.411 0.301 0.128 0.086 0.031 0.136 0.144 0.331 0.297 0.489 0.032 0.086 0.746 0.169 0.248 1.576 0.071 0.076 0.143 0.375 0.634 0.251 0.437 0.328 0.087 0.143 0.125 0.982 1.487 0.359 nan 3.133 3.198 nan 0.305 0.882 0.890 0.451 0.788 nan 5.915 0.385 0.348 0.597 0.819 0.818 1.058 0.509 1.055 0.427 0.352 7652 chr3 69274574 69302266 + 0 NA intron (NM_015123, intron 7 of 22) intron (NM_015123, intron 7 of 22) -116674 NM_198271 56203 Hs.350621 NM_198271 ENSG00000163380 LMOD3 NEM10 leiomodin 3 protein-coding 0.690 nan 0.670 0.310 0.106 0.008 0.436 0.144 0.202 0.140 0.117 0.262 2.006 0.053 0.135 0.139 0.163 0.081 0.495 0.214 0.023 0.066 0.215 0.123 0.311 0.272 0.097 0.032 0.222 0.217 0.303 1.333 0.750 0.284 0.423 0.084 0.020 0.043 0.078 0.055 0.092 0.103 0.059 0.059 0.474 0.133 0.943 0.183 0.259 0.039 0.065 0.585 0.139 0.608 0.063 0.311 0.470 0.198 0.031 0.101 0.033 0.432 0.061 0.156 0.046 0.021 0.015 0.178 0.097 0.281 0.538 0.342 0.442 1.236 0.378 0.153 0.187 0.079 0.157 0.470 0.609 0.325 0.221 0.138 0.177 0.130 0.109 0.285 nan 0.516 0.463 4863 chr17 53489040 53536888 + 0 NA Intergenic Intergenic -13623 NM_012329 23531 Hs.463483 NM_012329 ENSG00000108960 MMD MMA|MMD1|PAQR11 monocyte to macrophage differentiation associated protein-coding 1.553 1.027 1.423 0.695 0.245 0.092 1.862 0.340 0.713 0.294 1.185 1.024 0.026 0.090 0.252 0.307 0.412 0.148 1.377 0.874 0.335 0.035 0.285 0.204 0.230 0.800 0.408 0.077 0.857 1.300 1.148 3.360 1.609 0.956 0.862 0.315 0.086 0.153 0.120 0.498 0.412 0.565 0.226 0.131 2.161 1.085 0.391 1.363 2.258 0.190 0.392 1.292 0.307 0.487 0.110 0.230 0.708 0.841 0.118 0.403 0.208 0.782 0.117 1.429 0.402 0.135 0.114 0.592 0.540 0.528 0.781 0.771 0.688 0.404 0.168 nan 0.772 0.748 1.148 nan nan 1.204 1.018 0.232 0.420 0.304 0.306 1.883 5.782 0.670 0.547 11953 chrX 69671565 69676966 + 0 NA promoter-TSS (NM_001166278) promoter-TSS (NM_001166278) -681 NM_001166278 1741 Hs.721586 NM_020730 ENSG00000082458 DLG3 MRX|MRX90|NEDLG|PPP1R82|SAP102|XLMR discs large MAGUK scaffold protein 3 protein-coding nan 3.697 1.561 2.696 2.939 3.698 2.296 4.424 7.156 0.653 0.375 0.962 0.238 0.517 2.341 0.877 0.167 0.030 1.434 0.560 0.258 0.102 2.050 0.852 2.627 0.975 0.883 0.208 2.550 0.759 1.815 3.299 2.067 14.057 1.163 0.695 0.971 1.584 0.121 0.350 1.350 0.390 0.258 0.216 1.061 2.146 2.876 0.422 0.889 0.751 1.063 2.398 0.877 1.233 0.102 2.627 0.655 2.912 0.883 1.274 1.070 0.520 2.091 1.419 0.426 0.714 0.640 3.763 4.359 4.166 5.134 5.640 6.183 4.856 1.645 4.244 4.937 1.490 2.098 6.240 6.196 0.297 0.219 2.403 4.636 3.321 2.511 1.761 2.997 1.297 0.733 4628 chr17 17578242 17696852 + 0 NA intron (NM_030665, intron 2 of 5) intron (NM_030665, intron 2 of 5) 32069 NR_130894 100861516 Hs.624874 NR_130894 ENSG00000237328 RAI1-AS1 - RAI1 antisense RNA 1 ncRNA 2.189 1.230 1.660 0.844 0.971 1.041 1.170 1.606 2.850 0.989 0.819 0.609 0.373 0.930 1.453 1.748 0.462 0.107 1.716 0.598 0.796 0.431 0.771 0.358 2.549 0.489 0.513 0.461 0.631 0.179 2.117 4.957 2.393 2.292 1.029 0.900 0.291 0.505 0.041 0.358 1.049 1.391 0.772 0.377 0.728 1.569 1.275 0.344 2.631 1.760 0.435 0.735 1.748 1.723 1.594 2.549 0.685 0.768 0.694 1.326 2.568 1.173 0.521 1.772 0.671 0.342 0.218 2.570 3.894 1.080 nan 3.502 3.394 1.983 0.710 0.921 0.897 1.191 1.713 3.988 5.062 nan 3.827 0.742 1.226 0.904 0.953 1.937 2.997 1.198 0.648 1387 chr10 24660720 24680333 + 0 NA intron (NM_001098500, intron 4 of 18) MER1B|DNA|hAT-Charlie -67836 NM_001282769 56243 Hs.445885 NM_019590 ENSG00000120549 KIAA1217 ETL4|SKT KIAA1217 protein-coding 0.677 0.794 1.196 0.301 0.082 1.333 0.159 0.115 0.276 0.268 0.127 0.170 0.076 0.020 0.490 0.274 0.571 0.230 0.185 0.068 0.055 0.014 0.065 0.077 0.055 0.169 0.067 0.015 0.110 0.171 0.081 0.283 0.116 0.145 0.052 0.044 0.010 0.022 0.093 0.162 0.089 0.061 0.123 0.072 0.278 0.142 0.084 0.223 0.137 0.050 0.044 0.168 0.274 0.109 0.052 0.055 0.256 0.086 0.064 0.055 0.031 0.129 2.106 0.070 0.229 0.023 0.013 3.498 3.095 4.203 8.901 0.248 0.198 0.226 0.111 0.435 0.531 0.176 0.243 0.097 0.113 0.693 0.601 2.628 2.726 0.037 0.044 0.196 0.302 0.116 0.166 1932 chr11 47125073 47160584 + 0 NA intron (NM_001003676, intron 3 of 7) Tigger15a|DNA|TcMar-Tigger 55848 NM_001242832 84364 Hs.436204 NM_032389 ENSG00000149182 ARFGAP2 IRZ|NBLA10535|ZFP289|ZNF289 ADP ribosylation factor GTPase activating protein 2 protein-coding nan 1.925 1.054 0.095 1.281 1.122 0.136 0.963 1.744 0.019 0.130 0.088 0.404 0.228 2.715 0.524 0.139 0.104 0.107 0.046 0.021 0.039 0.195 0.224 1.254 0.068 0.041 0.045 0.069 0.015 0.078 0.630 0.132 0.947 0.029 0.060 0.507 0.073 0.125 0.020 0.101 0.129 0.051 0.037 0.043 0.073 0.168 0.166 0.099 0.082 0.040 0.062 0.524 0.078 0.052 1.254 0.028 0.042 0.036 0.062 0.371 0.082 2.000 0.269 0.045 0.016 0.013 0.666 0.744 0.690 0.687 1.036 1.057 4.060 1.179 0.373 0.416 0.614 0.901 1.272 1.560 0.298 0.190 1.044 1.595 1.069 1.119 0.371 nan 1.682 0.960 2634 chr12 46938154 46958977 + 0 NA intron (NR_125380, intron 3 of 3) intron (NR_125380, intron 3 of 3) 170675 NR_125381 100288798 Hs.525922 NR_125377 LOC100288798 - uncharacterized LOC100288798 ncRNA 0.855 nan 0.797 0.393 0.360 0.115 2.621 0.266 0.532 0.004 0.970 1.941 0.441 0.563 0.077 0.337 3.466 0.161 2.490 1.537 3.106 0.026 0.172 0.157 0.362 1.374 0.510 0.268 1.814 1.994 7.848 9.119 3.137 0.473 2.087 2.052 0.028 1.400 0.099 1.667 0.106 2.774 0.669 0.648 0.698 1.115 1.442 2.594 0.560 1.111 0.079 2.121 0.337 1.060 1.872 0.362 1.025 0.266 0.001 0.513 0.200 1.893 0.057 0.333 1.016 0.025 0.022 0.365 0.160 0.406 1.700 0.232 0.357 0.277 0.090 0.286 0.265 0.157 0.213 1.029 0.493 0.411 0.149 0.154 0.213 0.160 0.519 0.339 0.891 0.488 0.549 1785 chr11 9804562 9850031 + 0 NA intron (NM_030962, intron 32 of 39) AluSc8|SINE|Alu -33393 NR_120539 101928008 Hs.585524 NR_120539 ENSG00000255476 LOC101928008 - uncharacterized LOC101928008 ncRNA 0.722 0.953 0.699 0.212 0.167 0.043 0.198 0.172 0.323 0.146 0.257 0.328 0.081 0.039 0.148 0.093 1.281 0.205 0.125 0.038 0.107 0.095 0.089 0.119 0.177 0.210 0.106 0.374 0.096 0.038 0.099 0.366 0.157 0.378 0.096 0.078 0.042 2.639 0.148 0.070 0.693 0.180 0.057 0.060 0.036 0.055 0.263 0.712 0.201 0.100 0.089 0.094 0.093 0.092 0.152 0.177 0.076 0.066 0.045 0.198 0.013 0.146 0.070 0.174 0.134 0.189 0.153 0.495 0.418 0.420 0.529 0.367 0.463 0.466 0.221 0.420 0.403 0.757 1.199 0.231 0.260 0.386 0.212 0.290 0.429 0.263 0.387 0.266 0.670 0.523 0.468 8419 chr4 71567644 71576298 + 0 NA intron (NM_001130709, intron 1 of 11) intron (NM_001130709, intron 1 of 11) 1317 NM_001130709 22902 Hs.740904 NM_014961 ENSG00000018189 RUFY3 RIPX|SINGAR1|ZFYVE30 RUN and FYVE domain containing 3 protein-coding 3.017 2.144 2.007 2.203 4.293 2.323 1.952 1.832 3.485 0.690 2.571 0.828 1.484 0.608 5.322 2.704 0.972 0.262 2.295 0.720 1.639 0.803 0.904 0.375 2.477 1.780 1.976 1.711 3.667 1.259 2.096 2.240 3.327 6.072 0.757 1.308 0.033 2.073 0.131 1.021 2.135 3.846 1.543 0.693 1.782 0.981 1.674 1.375 2.126 1.742 1.652 1.413 2.704 2.336 3.287 2.477 1.172 0.974 0.370 2.564 2.725 1.636 1.737 1.216 1.176 0.632 0.348 4.143 4.893 2.809 4.705 4.308 3.494 7.352 2.737 5.507 6.108 1.246 1.875 7.264 11.018 3.513 3.242 1.806 4.982 0.279 0.512 3.375 3.681 1.280 0.724 1250 chr1 243907082 243917899 + 0 NA intron (NM_001206729, intron 2 of 13) intron (NM_001206729, intron 2 of 13) 94094 NM_181690 10000 Hs.498292 NM_005465 ENSG00000117020 AKT3 MPPH|MPPH2|PKB-GAMMA|PKBG|PRKBG|RAC-PK-gamma|RAC-gamma|STK-2 AKT serine/threonine kinase 3 protein-coding nan 1.200 nan 0.127 0.734 0.041 0.045 0.829 1.762 0.044 0.158 0.134 0.034 0.065 0.529 0.289 0.219 0.130 0.017 0.033 0.013 0.173 0.252 1.006 0.019 0.027 0.140 0.106 0.058 0.067 0.059 0.148 0.389 0.013 0.188 0.185 0.080 0.134 0.054 0.254 0.474 0.187 0.238 0.030 0.049 0.199 0.186 0.105 0.077 0.029 0.099 0.529 0.046 0.026 1.006 0.050 0.068 0.152 0.028 0.075 0.153 0.192 0.172 0.084 0.021 0.554 0.360 0.337 0.506 0.936 1.555 0.717 0.260 0.353 0.370 3.972 4.072 0.414 0.463 1.573 0.889 0.190 0.335 0.641 0.864 0.738 1.177 0.804 0.600 9363 chr5 176725904 176732130 + 0 NA intron (NM_001031677, intron 6 of 7) intron (NM_001031677, intron 6 of 7) 1728 NM_001031677 53917 Hs.16258 NM_130781 ENSG00000169228 RAB24 - RAB24, member RAS oncogene family protein-coding 2.124 2.830 2.803 2.457 1.102 0.496 1.940 0.361 0.941 1.574 2.634 1.418 6.309 0.744 1.626 0.905 0.961 0.105 1.771 0.579 1.893 0.428 1.205 0.405 3.302 1.510 1.353 1.657 2.380 1.570 3.065 4.312 1.792 5.431 1.107 2.071 0.351 1.848 0.118 1.201 1.084 2.901 4.408 2.241 2.963 1.081 1.602 3.317 2.418 3.723 1.549 1.321 0.905 4.146 2.401 3.302 1.101 1.554 0.264 3.182 1.191 1.026 0.302 0.663 1.811 1.403 0.865 1.261 1.315 2.731 nan 2.724 2.361 2.384 0.640 2.462 2.261 1.733 nan 2.659 3.703 2.410 2.641 0.778 1.795 1.996 2.873 1.499 1.883 1.759 0.982 9333 chr5 170171452 170186366 + 0 NA Intergenic Intergenic -31814 NM_001291985 2568 Hs.26225 NM_014211 ENSG00000094755 GABRP - gamma-aminobutyric acid type A receptor pi subunit protein-coding 1.129 1.401 2.347 6.477 0.015 0.483 0.062 0.086 0.257 0.932 0.095 0.037 1.455 0.197 0.080 0.197 0.071 0.083 0.035 0.026 0.021 0.053 0.094 0.080 0.443 0.160 0.054 0.221 0.155 0.217 0.663 2.285 1.159 0.030 0.073 0.388 0.057 0.115 0.159 0.066 0.143 0.061 0.033 0.629 0.498 3.242 0.198 0.302 0.102 0.702 0.648 0.197 0.062 0.100 0.080 0.435 4.291 0.140 0.202 0.021 0.504 0.040 0.033 0.550 0.031 0.024 0.303 0.270 0.341 nan 0.356 0.453 0.475 0.116 0.150 0.162 0.402 nan 0.274 0.344 0.840 0.925 0.172 0.195 0.923 0.819 0.086 0.141 0.313 0.298 6642 chr2 217232551 217240155 + 0 NA 5' UTR (NM_020814, exon 1 of 4) 5' UTR (NM_020814, exon 1 of 4) 397 NM_020814 57574 Hs.170388 NM_020814 ENSG00000144583 MARCH4 MARCH-IV|RNF174 membrane associated ring-CH-type finger 4 protein-coding nan 1.494 nan 3.076 0.689 0.876 2.590 0.618 0.810 0.038 1.329 0.636 0.144 0.691 1.458 0.059 0.055 1.284 1.253 1.100 0.018 0.928 0.747 2.767 2.768 2.872 0.748 2.451 2.249 0.053 0.124 0.110 4.788 1.232 0.206 0.424 0.143 0.124 0.994 0.230 7.199 11.255 3.816 1.938 0.899 0.228 1.477 0.610 3.550 0.018 1.458 0.481 1.890 2.767 0.113 0.110 0.142 5.002 1.389 1.496 0.492 0.080 1.387 6.022 5.331 0.509 0.586 0.056 0.075 2.995 2.838 2.610 0.899 0.175 0.130 1.888 2.589 1.797 nan 1.084 0.716 0.462 1.025 0.675 0.570 0.221 0.546 1.235 0.960 5810 chr19 55020682 55033004 + 0 NA Intergenic MER31A|LTR|ERV1 12830 NM_021270 3904 Hs.43803 NM_002288 ENSG00000167618 LAIR2 CD306 leukocyte associated immunoglobulin like receptor 2 protein-coding 0.442 0.455 0.477 0.111 0.066 0.184 0.143 0.198 0.394 0.016 0.063 0.103 0.005 1.810 0.074 0.157 0.061 0.116 0.081 0.015 0.005 0.034 0.013 0.066 0.164 0.011 0.030 0.018 0.082 0.031 0.026 0.160 0.063 0.218 0.036 0.058 0.023 0.017 0.110 0.199 0.039 0.120 0.074 0.056 0.097 0.034 0.054 0.121 0.050 0.046 0.879 0.006 0.157 0.046 0.030 0.164 0.040 0.137 0.008 0.085 5.078 0.102 0.452 0.020 0.102 0.093 0.117 0.301 0.248 0.072 0.062 0.257 0.239 0.218 0.137 0.131 0.199 0.187 0.317 0.136 0.188 0.255 0.116 0.671 0.709 0.102 0.077 0.099 0.172 4.206 1.941 4893 chr17 58155301 58170294 + 0 NA intron (NR_030732, intron 1 of 2) intron (NR_030732, intron 1 of 2) 3031 NR_030732 645638 Hs.463652 NR_030732 ENSG00000261040 WFDC21P LNCDC|linc-DC|lnc-DC WAP four-disulfide core domain 21, pseudogene pseudo 1.869 1.289 1.244 0.179 0.916 0.226 1.801 0.552 1.110 0.767 2.415 1.670 0.332 0.126 0.629 0.579 2.268 0.118 1.049 0.526 1.228 0.268 0.511 0.408 0.856 2.955 2.390 1.711 1.334 0.812 1.482 2.987 0.751 2.236 0.448 0.705 0.189 0.895 0.132 1.464 0.349 1.379 1.508 0.706 1.698 0.393 0.612 2.720 1.418 2.016 0.495 0.495 0.579 0.700 2.100 0.856 0.626 0.637 0.199 0.962 0.542 2.578 0.455 0.560 0.426 1.676 0.956 1.389 1.730 1.772 1.389 1.478 1.285 1.431 0.551 nan 2.425 0.937 1.485 nan nan 2.304 2.380 0.928 1.124 0.718 0.597 1.287 2.151 1.172 0.839 3957 chr15 52384224 52397198 + 0 NA Intergenic Intergenic 14261 NM_001306168 10017 Hs.283672 NM_020396 ENSG00000137875 BCL2L10 BCL-B|Boo|Diva|bcl2-L-10 BCL2 like 10 protein-coding 0.835 0.940 1.510 0.184 0.068 0.160 2.049 0.112 0.240 0.479 2.303 4.368 0.010 0.039 0.117 0.632 3.197 0.557 0.465 0.573 0.248 0.011 0.069 0.144 0.070 2.562 2.250 0.761 0.168 0.262 0.216 0.820 0.114 0.384 0.392 14.821 0.022 0.042 0.055 0.744 0.135 1.051 0.798 0.340 0.621 0.101 1.072 4.179 0.676 2.129 1.360 1.059 0.632 0.357 4.000 0.070 0.854 0.204 0.240 0.137 0.178 1.507 0.023 0.048 2.047 0.231 0.168 0.374 0.277 0.346 0.560 0.333 0.261 0.358 0.099 0.175 0.105 0.761 1.122 0.267 0.316 0.578 0.566 0.193 0.177 0.136 0.250 0.305 0.349 0.536 0.494 8409 chr4 68264106 68266873 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 22229 NR_110747 101927237 Hs.435644 NR_110747 ENSG00000250075 LOC101927237 - uncharacterized LOC101927237 ncRNA nan nan 30.268 4.319 12.314 2.315 7.534 9.479 17.695 1.890 5.896 7.574 3.611 7.177 4.942 10.433 8.828 29.759 6.995 6.040 10.711 5.475 8.728 16.310 6.928 6.389 4.561 1.995 7.775 7.074 13.042 10.401 8.540 16.888 7.391 9.358 2.478 5.809 12.791 12.573 3.969 8.239 3.751 2.456 6.147 6.279 18.072 17.903 5.530 5.914 4.336 8.614 10.433 5.578 7.759 6.928 6.466 8.361 1.682 7.878 3.805 5.381 3.672 3.354 3.420 2.976 2.093 25.352 15.486 21.996 29.736 21.977 24.556 13.686 11.316 19.017 20.190 15.383 18.288 18.079 15.220 26.777 12.395 15.112 21.197 5.963 9.240 14.705 16.316 10.556 13.232 3497 chr14 36705194 36712478 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -62979 NR_049735 100886964 Hs.742592 NR_049735 PTCSC3 - papillary thyroid carcinoma susceptibility candidate 3 (non-protein coding) ncRNA 1.054 1.034 0.652 0.197 0.704 0.142 3.143 0.208 0.403 0.041 0.109 0.077 1.471 0.301 0.431 0.445 0.132 0.420 0.339 0.025 0.514 0.172 0.280 1.720 0.948 2.049 1.749 19.462 41.327 5.829 0.641 1.244 0.067 0.053 0.059 0.061 0.810 0.131 0.126 0.041 0.032 1.864 1.224 0.053 0.206 0.022 0.035 0.021 0.511 0.431 0.266 3.953 0.280 0.186 0.114 0.026 0.032 0.604 0.357 0.040 0.085 0.105 0.016 0.014 0.161 0.096 0.236 0.229 0.367 0.613 0.282 0.091 0.310 0.220 0.295 0.661 1.535 1.368 0.834 0.351 0.121 0.153 0.323 0.274 0.332 0.486 1.257 0.547 6531 chr2 183397711 183415889 + 0 NA Intergenic Intergenic -19228 NM_001258312 5136 Hs.191046 NM_005019 ENSG00000115252 PDE1A CAM-PDE-1A|HCAM-1|HCAM1|HSPDE1A phosphodiesterase 1A protein-coding 0.892 0.858 0.726 0.031 0.314 0.031 0.078 0.211 0.457 0.005 0.099 0.036 0.003 0.028 0.054 0.204 0.194 0.107 0.076 0.003 0.061 0.008 0.113 0.154 0.185 0.008 0.008 0.070 0.012 0.036 0.067 0.054 0.318 0.016 0.071 0.011 0.036 0.080 0.020 0.091 0.096 0.023 0.004 0.018 0.017 0.149 0.077 0.189 0.055 0.018 0.037 0.204 0.047 0.031 0.185 0.034 0.046 0.086 0.037 0.083 0.030 0.049 0.129 0.025 0.019 0.003 0.314 0.204 0.182 0.214 0.240 0.352 0.413 0.183 0.365 0.348 nan 5.137 0.862 0.901 0.377 0.186 0.083 0.217 0.113 0.166 0.330 nan 0.288 0.287 10441 chr7 76227366 76259104 + 0 NA intron (NM_012230, intron 4 of 6) intron (NM_012230, intron 4 of 6) 13385 NM_152992 22932 Hs.488877 NM_012230 ENSG00000146707 POMZP3 POM-ZP3|POM121 POM121 and ZP3 fusion protein-coding nan 0.987 1.525 1.102 0.693 0.404 3.068 0.355 0.654 1.470 1.497 1.564 0.184 0.229 0.722 0.758 1.417 0.423 1.276 0.651 0.619 0.271 0.520 0.311 0.645 0.884 0.998 0.321 2.289 0.892 0.761 2.085 2.513 0.917 0.774 0.945 0.586 0.656 0.188 0.689 0.799 3.560 0.833 0.489 1.075 0.820 0.955 2.048 1.306 2.147 0.509 0.725 0.758 2.059 1.695 0.645 1.611 0.418 0.483 0.553 0.275 0.833 0.288 0.234 2.091 1.657 1.253 1.045 1.163 1.164 nan 1.619 1.755 4.164 1.176 1.163 1.036 0.449 nan 0.912 nan 1.031 0.899 0.844 1.415 1.534 2.018 1.329 1.874 2.450 1.299 11169 chr8 102446244 102487780 + 0 NA Intergenic Intergenic -37655 NM_001330593 79977 Hs.661088 NM_024915 ENSG00000083307 GRHL2 BOM|DFNA28|ECTDS|TFCP2L3 grainyhead like transcription factor 2 protein-coding 1.458 nan nan 1.411 0.458 0.474 2.843 0.378 0.627 1.199 0.309 1.436 3.165 0.063 0.248 0.419 0.381 0.188 0.559 0.315 1.385 0.017 0.163 0.165 0.868 0.727 0.290 0.238 0.233 0.871 0.808 2.982 2.332 1.958 1.452 1.627 0.430 0.028 0.092 0.541 0.118 1.337 0.119 0.068 0.155 0.621 2.350 0.481 0.835 0.164 0.302 1.451 0.419 1.241 1.161 0.868 0.514 1.869 0.032 1.009 0.313 1.309 0.278 0.069 1.373 0.058 0.032 0.513 0.487 0.806 2.320 0.939 1.057 nan 0.432 0.504 0.560 1.404 nan 2.650 nan nan 0.156 0.413 0.738 1.265 1.385 0.196 nan 1.517 0.844 9638 chr6 41239797 41265835 + 0 NA intron (NM_001242590, intron 1 of 2) intron (NM_001242590, intron 1 of 2) 1667 NM_001242590 54210 Hs.283022 NM_018643 ENSG00000124731 TREM1 CD354|TREM-1 triggering receptor expressed on myeloid cells 1 protein-coding 0.775 1.427 0.729 0.148 1.329 3.577 0.253 1.811 3.277 0.037 0.130 0.042 0.238 0.192 1.356 0.335 0.115 0.123 0.636 0.308 0.027 0.021 0.319 0.192 0.925 0.248 0.124 0.023 0.106 0.040 0.396 1.845 0.752 2.346 0.900 0.068 0.033 0.050 0.111 0.049 0.045 0.050 0.046 0.027 0.423 0.186 0.119 0.323 0.066 0.042 0.043 0.409 0.335 0.438 0.036 0.925 0.247 0.057 0.026 0.054 0.982 0.057 0.357 0.086 0.015 0.015 0.012 1.238 1.798 0.226 0.586 1.451 1.504 3.629 3.187 0.306 0.361 0.162 0.270 4.733 nan 0.397 0.248 0.516 0.942 0.127 0.153 0.171 0.319 1.574 1.109 7022 chr20 47402999 47425523 + 0 NA intron (NM_020820, intron 1 of 39) intron (NM_020820, intron 1 of 39) 30159 NM_020820 57580 Hs.153310 NM_020820 ENSG00000124126 PREX1 P-REX1 phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate dependent Rac exchange factor 1 protein-coding nan nan 0.665 0.082 0.078 0.063 0.035 0.165 0.194 0.025 0.357 0.118 0.017 0.062 0.232 0.444 0.710 0.222 0.038 0.017 0.040 0.047 0.151 0.120 0.117 0.084 0.039 0.070 0.085 0.024 0.058 0.094 0.129 0.522 0.032 0.057 0.050 0.072 0.081 0.104 0.302 0.171 0.051 0.028 0.024 0.034 0.140 0.160 0.118 0.051 0.049 0.094 0.444 0.063 0.033 0.117 0.054 0.077 0.494 0.167 0.135 0.099 0.436 0.360 0.187 0.023 0.016 2.701 4.471 0.256 0.317 0.605 0.600 nan 0.505 0.488 0.473 0.476 0.897 0.380 0.467 nan 4.004 0.717 0.984 0.203 0.211 0.490 0.828 0.587 0.560 3919 chr15 41074371 41094472 + 0 NA intron (NM_018163, intron 1 of 10) intron (NM_018163, intron 1 of 10) -14853 NM_001258420 84936 Hs.121676 NM_032850 ENSG00000166140 ZFYVE19 ANCHR|MPFYVE zinc finger FYVE-type containing 19 protein-coding 0.890 1.705 nan 0.255 1.606 0.584 2.431 1.243 2.364 0.768 0.418 0.862 0.783 0.140 0.178 0.663 0.292 0.217 2.675 1.403 3.195 0.055 0.818 0.452 3.673 1.247 0.866 0.157 1.139 0.780 4.469 8.471 2.176 1.772 1.261 0.846 0.091 0.123 0.088 0.228 0.599 0.115 0.106 0.086 1.010 1.014 1.548 0.399 0.702 0.642 0.287 6.889 0.663 2.770 0.392 3.673 2.368 1.303 0.121 0.172 0.292 0.625 0.557 0.268 0.801 0.149 0.144 1.393 2.102 1.021 2.548 2.339 2.358 1.868 0.368 1.334 1.317 0.600 nan 3.969 4.412 0.703 0.450 0.770 1.289 0.515 1.398 0.462 0.875 1.210 0.802 728 chr1 153328521 153339562 + 0 NA TTS (NM_002965) TTS (NM_002965) 3711 NM_002965 6280 Hs.112405 NM_002965 ENSG00000163220 S100A9 60B8AG|CAGB|CFAG|CGLB|L1AG|LIAG|MAC387|MIF|MRP14|NIF|P14 S100 calcium binding protein A9 protein-coding nan nan 0.784 0.112 0.064 0.026 0.097 0.302 0.413 2.298 0.080 0.058 1.553 0.090 0.287 0.415 0.115 0.030 0.125 0.085 0.023 0.012 0.216 0.186 0.119 1.145 0.580 0.040 0.062 0.019 1.765 7.153 5.056 1.716 0.052 0.136 0.078 0.030 0.083 0.036 0.258 0.067 0.056 2.754 0.028 2.483 0.131 0.162 0.032 0.079 8.349 0.415 0.122 0.009 0.119 1.860 8.094 0.167 0.226 0.087 0.158 0.054 0.011 0.042 0.042 0.032 0.325 0.248 0.333 0.917 0.646 nan 0.696 0.273 0.185 0.113 0.191 0.481 0.174 0.240 0.612 0.541 0.347 0.298 0.235 0.261 0.382 0.371 0.691 0.631 1244 chr1 243631718 243646323 + 0 NA intron (NM_001350248, intron 17 of 18) intron (NM_001350248, intron 17 of 18) 129542 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 0.989 nan 0.114 0.199 0.053 0.136 0.208 0.438 0.013 0.117 0.107 0.008 0.007 0.110 1.347 0.519 0.068 0.152 0.013 0.017 0.006 0.312 0.176 0.496 0.204 0.123 0.127 0.058 0.014 0.072 0.062 0.106 0.467 0.060 0.350 0.096 0.383 0.105 0.057 0.192 0.132 0.045 0.032 0.045 0.042 0.093 0.343 0.198 0.093 0.027 0.078 1.347 0.042 0.057 0.496 0.055 0.067 1.035 0.043 0.154 0.091 0.081 1.408 0.016 0.032 0.007 0.477 0.467 0.481 0.596 0.655 0.756 3.811 1.326 0.365 0.366 8.378 8.717 0.311 0.470 6.182 6.803 0.197 0.238 0.342 0.418 1.570 2.603 0.519 0.540 11083 chr8 81827388 81841302 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -47329 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.417 nan nan 0.150 0.182 0.045 0.195 0.466 0.945 0.409 0.499 0.641 0.112 0.072 0.153 0.336 1.148 0.186 0.109 0.027 0.073 0.281 0.128 0.318 1.594 0.947 0.026 0.312 0.068 0.256 1.408 0.567 0.490 0.391 0.093 0.037 0.016 0.107 0.050 0.165 0.106 0.165 0.028 0.369 1.534 0.922 0.185 0.502 0.070 4.800 1.371 0.336 0.118 0.047 0.318 0.219 0.137 0.028 0.025 0.175 0.102 0.057 0.393 0.186 0.037 0.018 0.338 0.235 0.242 0.412 0.591 0.617 0.374 0.138 0.224 0.180 1.099 1.599 nan 0.553 0.629 0.298 0.247 0.313 0.114 0.214 0.788 1.882 1.614 1.285 1638 chr10 106081315 106100912 + 0 NA intron (NM_001272013, intron 1 of 1) intron (NM_001272013, intron 1 of 1) -2363 NM_001272012 85450 Hs.523252 NM_033397 ENSG00000148841 ITPRIP DANGER|KIAA1754|bA127L20|bA127L20.2 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor interacting protein protein-coding nan nan 3.267 0.400 0.646 0.045 3.538 1.495 2.795 0.873 2.763 3.048 0.003 0.051 0.082 2.124 0.926 0.163 2.536 1.189 1.096 0.706 1.726 0.467 0.861 0.622 0.465 1.629 0.837 0.673 2.650 3.397 0.644 4.948 0.487 4.188 0.511 0.675 0.097 0.849 0.738 6.610 2.766 1.155 1.719 0.495 1.914 3.411 1.734 2.751 0.447 2.327 2.124 1.792 4.480 0.861 1.169 1.622 0.336 2.448 0.584 2.221 0.213 0.157 2.016 2.557 2.185 0.713 1.396 1.533 1.923 2.909 2.259 2.424 0.744 0.075 0.102 0.797 nan 1.090 1.573 0.955 1.055 0.428 0.533 2.316 3.004 0.173 nan 1.184 0.760 29 chr1 2274371 2276988 + 0 NA intron (NM_024848, intron 10 of 13) intron (NM_024848, intron 10 of 13) 8421 NR_024489 100129534 Hs.655313 NM_001127577 ENSG00000269896 LOC100129534 - small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N pseudogene pseudo 1.817 nan 0.946 0.082 0.236 4.898 0.075 0.270 0.533 0.146 0.072 0.114 0.947 0.132 0.203 0.041 0.072 0.071 0.053 0.059 0.030 0.054 0.061 0.043 0.169 nan 0.218 0.176 0.062 0.043 0.108 0.061 0.014 0.074 0.030 0.092 0.090 0.294 0.062 0.053 0.030 0.104 0.132 0.192 4.530 0.340 0.246 0.153 0.632 0.030 0.554 0.490 0.287 0.291 0.592 0.379 0.259 0.246 0.301 0.255 0.356 nan nan 2.475 nan 1.235 0.791 1.290 0.097 0.058 0.305 0.320 0.460 0.435 7816 chr3 127406623 127483469 + 0 NA intron (NM_001003794, intron 3 of 7) (GAAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 53265 NR_033429 80325 Hs.107812 NM_032548 ENSG00000114626 ABTB1 BPOZ|BTB3|BTBD21|EF1ABP|PP2259 ankyrin repeat and BTB domain containing 1 protein-coding 2.226 nan 1.263 0.322 0.173 3.670 1.665 0.288 0.591 0.056 0.256 0.167 0.028 0.150 1.659 0.339 1.082 0.195 0.559 0.324 0.251 0.031 0.779 0.508 0.226 1.094 0.789 0.170 0.853 0.678 0.443 1.422 0.205 0.720 0.484 0.224 0.143 0.054 0.072 0.490 0.160 0.498 0.243 0.161 0.579 0.516 0.363 1.045 1.473 0.203 0.583 0.974 0.339 0.576 0.162 0.226 0.336 0.402 0.843 0.196 0.333 0.441 0.103 0.761 0.477 0.028 0.013 0.615 0.790 0.344 0.364 0.767 0.735 1.694 0.579 0.358 0.362 2.224 nan 0.357 0.441 5.996 5.812 0.460 0.534 0.406 0.435 0.874 2.026 1.641 0.994 5831 chr19 58890765 58899995 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu 2845 NR_039910 100616168 NR_039910 ENSG00000266640 MIR4754 mir-4754 microRNA 4754 ncRNA 4.929 3.036 5.343 4.602 4.137 3.975 2.060 3.766 6.613 1.447 4.986 3.457 1.150 1.826 4.586 4.415 1.593 0.385 2.897 1.191 3.410 1.306 2.001 0.942 4.151 1.364 1.709 2.431 4.394 1.282 3.807 5.494 4.480 5.141 1.835 2.917 1.210 3.439 0.192 1.505 2.496 5.149 2.282 1.024 1.362 2.490 2.530 1.872 4.525 2.809 3.830 2.148 4.415 2.989 2.819 4.151 2.621 2.981 1.989 4.230 2.123 4.257 1.298 1.961 1.538 1.877 1.292 8.930 7.767 3.993 5.603 8.162 7.510 9.967 4.647 4.108 4.407 4.195 6.066 6.328 8.609 8.841 9.372 3.741 4.970 6.200 6.532 5.464 5.900 4.608 2.512 10805 chr8 10114999 10126336 + 0 NA intron (NM_001199729, intron 4 of 6) intron (NM_001199729, intron 4 of 6) 167605 NM_001135671 4482 Hs.490981 NM_012331 ENSG00000175806 MSRA PMSR methionine sulfoxide reductase A protein-coding 0.845 0.778 nan 0.070 0.076 0.010 0.051 0.141 0.276 0.055 0.106 0.006 6.027 0.118 0.368 0.066 0.128 0.017 0.017 0.012 0.181 0.158 0.385 0.089 0.019 0.014 0.104 0.019 0.021 0.049 0.031 0.153 0.038 0.108 0.067 0.092 0.084 0.081 0.021 0.009 0.048 0.085 0.116 0.072 0.123 0.028 0.040 0.368 0.019 0.016 0.385 0.045 0.035 0.052 0.018 0.021 0.070 0.206 0.010 0.009 0.390 0.350 0.227 0.315 0.624 nan 0.101 0.075 0.289 0.377 0.091 0.172 1.485 0.941 0.496 0.363 0.127 0.175 0.598 0.950 0.300 0.695 1.617 0.909 4087 chr15 77435393 77438708 + 0 NA intron (NM_024776, intron 6 of 7) intron (NM_024776, intron 6 of 7) -73480 NM_198902 10099 Hs.744863 NM_005724 ENSG00000140391 TSPAN3 TM4-A|TM4SF8|TSPAN-3 tetraspanin 3 protein-coding 0.599 0.568 0.624 1.264 0.035 0.034 0.579 0.184 0.299 1.527 2.988 3.529 10.831 0.029 0.107 0.078 6.304 0.628 0.271 0.057 0.117 0.028 0.078 0.073 0.228 0.137 0.066 1.390 0.144 0.762 0.230 0.513 0.472 0.522 0.615 0.099 0.027 0.032 0.074 0.537 0.445 0.382 0.142 0.067 0.231 0.262 6.869 0.131 0.106 0.071 0.183 0.078 0.721 0.028 0.228 0.109 0.051 0.070 0.093 0.411 0.089 0.065 2.757 0.434 0.143 0.298 0.340 1.240 5.234 0.228 0.164 0.274 0.108 0.163 0.169 0.345 0.571 0.306 0.245 0.487 0.255 0.146 0.297 0.101 0.108 0.333 0.897 0.398 0.416 1969 chr11 61558464 61563764 + 0 NA intron (NM_004111, intron 1 of 1) (TTAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 1005 NM_004111 2237 Hs.409065 NM_004111 ENSG00000168496 FEN1 FEN-1|MF1|RAD2 flap structure-specific endonuclease 1 protein-coding nan 5.377 3.535 3.456 8.158 5.663 4.061 3.968 6.720 1.564 4.197 2.409 2.386 3.260 4.098 5.699 3.129 0.334 3.096 1.251 3.689 3.213 2.913 1.582 5.918 1.836 2.674 2.213 2.361 2.009 4.713 8.433 3.391 12.828 3.231 4.047 2.301 4.374 0.169 1.474 2.053 6.897 5.884 2.671 2.189 2.252 4.470 5.217 3.625 3.243 1.651 2.141 5.699 5.533 3.227 5.918 1.634 1.872 1.839 3.948 3.050 3.460 2.523 2.052 3.396 2.271 1.640 13.234 9.110 10.675 14.745 17.051 17.370 10.845 8.519 17.507 19.792 8.650 10.137 10.069 16.054 10.204 10.040 9.321 13.059 8.780 13.955 8.010 7.198 4.110 2.134 11879 chr9 140957389 140970226 + 0 NA intron (NM_000718, intron 31 of 45) intron (NM_000718, intron 31 of 45) -24284 NR_121582 101928786 Hs.678847 NR_121582 LOC101928786 - uncharacterized LOC101928786 ncRNA 0.627 0.593 0.582 0.028 0.130 0.074 0.027 0.137 0.328 0.079 0.051 0.019 0.023 0.140 0.259 0.068 0.088 0.059 0.044 0.017 0.011 0.048 0.115 0.139 0.016 0.017 0.041 0.131 0.016 0.066 0.153 0.078 0.418 0.011 0.067 0.015 0.017 0.069 0.009 0.049 0.167 0.042 0.018 0.065 0.045 0.132 0.080 0.067 0.008 0.063 0.259 0.089 0.014 0.139 0.019 0.058 0.127 0.048 0.048 0.061 4.780 0.136 0.024 0.018 0.004 3.778 4.342 3.475 nan 0.663 nan 0.272 0.145 8.222 8.347 0.155 0.300 0.320 0.454 0.505 0.466 7.733 9.170 0.131 0.098 0.203 0.457 0.429 0.328 2203 chr11 101587153 101621298 + 0 NA Intergenic Intergenic -149566 NM_004621 7225 Hs.159003 NM_004621 ENSG00000137672 TRPC6 FSGS2|TRP6 transient receptor potential cation channel subfamily C member 6 protein-coding 0.576 0.807 0.578 0.038 0.083 0.019 0.067 0.080 0.232 0.017 0.043 0.030 0.014 0.044 0.066 0.120 0.092 0.038 0.106 0.017 0.024 0.004 0.078 0.115 0.060 0.191 0.053 0.017 0.071 0.133 0.220 0.630 4.416 0.323 0.274 0.038 0.022 0.041 0.131 0.020 0.060 0.145 0.016 0.011 0.120 0.188 0.146 0.222 0.093 0.038 0.016 0.093 0.120 0.080 0.060 0.060 0.186 0.048 0.028 0.027 0.025 0.049 0.046 0.049 0.025 0.019 0.007 0.295 0.195 0.559 0.577 0.243 0.280 0.123 0.069 0.557 0.527 2.638 2.910 0.172 0.181 0.244 0.078 0.216 0.295 0.067 0.088 0.108 0.154 0.215 0.321 6358 chr2 131477412 131490074 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -2900 NM_207364 344561 Hs.452574 NM_207364 ENSG00000173302 GPR148 BTR|PGR6 G protein-coupled receptor 148 protein-coding nan 0.950 nan 0.126 0.061 4.602 0.105 0.471 1.175 0.068 0.245 0.102 0.010 0.246 0.879 0.282 0.098 0.038 0.100 0.030 0.120 0.066 0.111 0.110 0.700 0.129 0.075 0.211 0.096 0.008 0.089 0.139 0.065 4.925 0.034 0.175 0.068 0.241 0.061 0.028 0.044 0.178 0.019 0.025 0.026 0.049 0.054 0.111 0.476 0.371 0.050 0.106 0.282 0.075 0.204 0.700 0.078 0.072 0.307 0.804 0.016 0.025 0.223 0.198 0.030 0.064 0.037 0.474 0.664 0.440 0.671 1.733 1.159 5.988 0.992 0.357 0.350 0.481 0.783 1.539 nan 0.907 0.870 0.432 0.647 0.573 0.325 0.428 0.570 0.155 0.251 4358 chr16 51177752 51187888 + 0 NA intron (NM_002968, intron 1 of 2) intron (NM_002968, intron 1 of 2) 1688 NM_001127892 6299 Hs.135787 NM_002968 ENSG00000103449 SALL1 HEL-S-89|HSAL1|Sal-1|TBS|ZNF794 spalt like transcription factor 1 protein-coding nan nan nan 0.064 5.519 0.489 0.021 0.820 1.505 0.076 2.193 0.135 0.010 0.114 4.292 0.074 0.063 0.062 0.021 1.234 0.055 2.776 1.196 1.721 0.288 0.223 0.029 0.087 0.381 0.283 0.034 4.409 0.072 1.771 0.010 0.097 0.073 0.874 3.268 0.073 0.030 0.031 0.022 0.048 0.130 0.651 0.014 3.285 0.013 4.292 0.049 1.721 0.061 0.032 0.037 2.358 0.010 0.118 2.154 0.060 0.017 0.010 0.317 0.210 0.211 0.277 3.282 2.983 1.398 0.468 2.186 2.165 0.207 nan nan nan nan 0.112 0.226 0.320 0.112 0.056 5.811 8.945 nan 1.362 10701 chr7 139437587 139455760 + 0 NA intron (NM_001113239, intron 1 of 14) intron (NM_001113239, intron 1 of 14) 31020 NM_022740 28996 Hs.731417 NM_022740 ENSG00000064393 HIPK2 PRO0593 homeodomain interacting protein kinase 2 protein-coding nan nan nan 0.155 0.598 0.991 0.666 0.211 0.490 0.042 0.531 0.458 0.038 0.545 0.727 0.147 0.262 0.099 0.610 0.296 0.032 0.023 1.146 0.486 0.646 0.879 0.429 0.085 0.200 0.052 0.250 1.119 0.235 0.586 0.129 0.204 0.073 0.060 0.125 0.202 0.091 0.226 0.077 0.038 0.176 0.443 0.224 0.317 0.814 0.379 0.138 0.355 0.147 0.273 0.623 0.646 0.068 0.105 0.182 0.096 1.112 0.251 0.201 0.198 0.089 0.041 0.022 0.757 1.181 0.426 0.624 1.334 1.460 nan 0.575 0.554 0.617 1.054 nan 1.174 1.278 nan 0.704 0.582 0.781 0.542 0.754 0.497 0.872 3.803 nan 2994 chr12 119440359 119468638 + 0 NA intron (NM_194286, intron 1 of 12) intron (NM_194286, intron 1 of 12) 35198 NM_194286 84530 Hs.744964 NM_194286 ENSG00000139767 SRRM4 KIAA1853|MU-MB-2.76|nSR100 serine/arginine repetitive matrix 4 protein-coding nan nan 0.805 0.051 0.152 0.049 0.080 0.215 0.518 0.003 0.044 0.030 0.009 0.039 0.186 0.439 0.049 0.142 0.047 0.007 0.018 0.015 0.142 0.194 0.358 0.013 0.008 0.074 0.008 0.059 0.060 0.060 0.363 0.031 0.063 0.067 0.046 0.135 0.008 0.166 0.079 0.032 0.011 0.025 0.044 0.058 0.166 0.058 0.025 0.017 0.042 0.439 0.038 0.023 0.358 0.009 0.029 0.402 0.031 0.342 0.028 0.038 0.857 0.013 0.031 0.032 0.326 0.311 0.085 0.092 nan nan nan 0.446 0.110 0.126 1.076 1.593 nan nan 1.990 1.646 0.110 0.156 0.116 0.127 1.558 4.796 nan 0.759 6587 chr2 202207096 202229386 + 0 NA intron (NM_001289993, intron 1 of 14) HAL1|LINE|L1 3880 NM_001127391 130540 Hs.107944 NM_139163 ENSG00000155749 ALS2CR12 - amyotrophic lateral sclerosis 2 chromosome region 12 protein-coding 0.989 nan 0.868 0.113 0.103 0.024 0.330 0.140 0.339 0.064 0.143 0.152 0.011 0.027 0.092 0.326 0.172 0.115 0.172 0.077 0.122 0.019 0.063 0.112 0.097 0.102 0.029 0.030 0.103 0.047 0.067 0.377 0.143 0.392 0.276 0.176 0.004 0.034 0.094 0.043 0.068 0.256 0.041 0.028 0.039 0.076 0.129 0.104 0.168 0.192 0.021 0.063 0.326 0.157 0.319 0.097 0.061 0.063 0.043 0.101 0.066 0.124 0.071 1.055 0.072 0.021 0.022 0.308 0.269 0.625 0.612 0.235 0.242 0.158 0.075 0.479 0.499 0.362 0.613 0.267 0.337 0.441 0.212 0.180 0.314 0.077 0.074 1.240 4.339 0.361 0.389 4003 chr15 64537926 64542449 + 0 NA intron (NM_001329607, intron 4 of 11) intron (NM_001329607, intron 4 of 11) -84833 NM_000942 5479 Hs.434937 NM_000942 ENSG00000166794 PPIB B|CYP-S1|CYPB|HEL-S-39|OI9|SCYLP peptidylprolyl isomerase B protein-coding 1.675 2.244 nan 0.597 2.839 0.148 1.845 1.590 3.027 0.462 1.112 1.810 2.067 0.534 0.060 0.788 1.093 0.035 1.736 0.926 0.436 0.030 2.466 1.040 4.012 1.171 0.778 0.539 0.512 0.464 1.461 2.920 0.720 1.723 1.993 2.233 1.006 0.194 0.072 0.673 0.242 0.133 0.199 0.035 0.845 1.421 0.191 1.829 1.677 0.827 2.240 2.051 0.788 3.351 3.016 4.012 1.329 2.280 0.474 0.179 1.094 2.300 0.043 0.983 0.422 1.042 0.709 0.402 0.249 1.089 3.463 0.765 0.940 4.716 5.398 0.458 0.467 4.325 5.330 2.566 8.561 1.154 0.609 0.281 0.395 8.295 13.542 2.050 4.386 1.886 1.423 11648 chr9 94181163 94196724 + 0 NA Intergenic Intergenic -2035 NM_001290000 4783 Hs.79334 NM_005384 ENSG00000165030 NFIL3 E4BP4|IL3BP1|NF-IL3A|NFIL3A nuclear factor, interleukin 3 regulated protein-coding 1.556 nan 2.125 0.939 1.017 0.697 2.210 0.373 0.563 0.812 1.875 1.196 0.210 0.071 0.822 0.896 0.964 0.125 1.917 0.974 0.781 0.071 0.241 0.199 0.723 1.674 0.865 0.948 2.651 0.622 2.547 4.274 0.931 1.990 1.232 0.393 0.140 0.280 0.098 0.614 0.328 2.818 0.533 0.449 1.255 0.478 1.014 1.471 1.397 1.543 1.169 1.363 0.896 2.180 1.395 0.723 0.512 0.587 0.162 1.097 0.577 1.149 0.140 0.229 0.499 0.177 0.111 0.312 0.391 1.005 nan 1.621 1.250 1.547 0.461 0.673 0.694 0.301 0.392 1.302 2.081 1.536 1.767 0.414 0.596 0.535 0.576 0.412 0.519 0.688 0.703 10233 chr7 23796519 23804065 + 0 NA intron (NR_048542, intron 10 of 23) AluJb|SINE|Alu 50347 NM_001260504 56164 Hs.309767 NM_031414 ENSG00000196335 STK31 SGK396|TDRD8 serine/threonine kinase 31 protein-coding 1.313 1.236 1.090 0.381 0.358 0.195 0.533 0.275 0.639 0.101 0.135 0.499 0.380 0.120 0.071 0.120 0.269 0.069 0.366 0.126 1.759 0.018 0.519 0.308 0.317 0.230 0.047 0.010 1.424 0.279 0.725 2.395 2.303 0.590 0.367 0.059 0.050 0.058 0.184 0.109 0.085 0.159 0.089 0.073 0.739 0.266 0.293 0.087 0.043 0.077 0.449 0.106 0.120 0.533 5.740 0.317 0.244 0.141 0.027 0.317 0.134 1.705 0.053 0.211 0.121 0.038 0.020 0.515 0.328 0.929 nan 0.515 0.502 1.464 0.316 0.193 0.329 0.211 0.386 1.577 1.130 0.374 0.169 0.157 0.187 0.321 0.215 0.265 nan 1.284 0.901 4836 chr17 46984127 46987361 + 0 NA promoter-TSS (NM_023079) promoter-TSS (NM_023079) 13 NM_023079 65264 Hs.514297 NM_023079 ENSG00000159202 UBE2Z HOYS7|USE1 ubiquitin conjugating enzyme E2 Z protein-coding 5.547 3.072 nan 6.444 4.622 2.560 3.785 2.513 5.760 1.569 7.086 3.049 2.958 1.517 3.436 3.709 3.345 0.446 4.962 0.925 4.363 2.194 2.206 0.913 3.797 2.655 3.211 3.391 3.996 1.019 5.266 nan 2.993 8.707 0.766 3.964 0.773 6.770 0.293 1.353 1.702 7.061 3.668 1.336 1.544 2.155 3.420 5.287 7.023 9.372 2.221 2.754 3.709 5.535 3.357 3.797 1.405 2.249 1.085 8.708 3.044 2.045 1.082 2.125 2.176 2.348 1.149 3.804 5.169 5.648 6.845 5.724 nan 5.764 3.896 15.560 15.748 2.952 3.442 12.384 nan 7.085 8.336 2.414 4.581 3.908 2.528 7.726 6.660 2.929 1.729 3844 chr14 105249183 105272860 + 0 NA intron (NM_001014432, intron 1 of 14) intron (NM_001014432, intron 1 of 14) 1059 NM_001014432 207 Hs.525622 NM_005163 ENSG00000142208 AKT1 AKT|CWS6|PKB|PKB-ALPHA|PRKBA|RAC|RAC-ALPHA AKT serine/threonine kinase 1 protein-coding 1.904 1.309 4.690 0.771 1.220 3.656 0.563 0.484 0.855 0.254 0.844 0.335 0.257 0.462 0.315 1.608 0.825 0.150 0.421 0.130 1.289 0.631 0.496 0.223 0.729 0.711 0.452 0.435 0.410 0.325 1.201 3.412 2.143 2.079 0.456 0.834 0.132 1.182 0.105 0.204 0.214 0.660 0.758 0.576 0.342 0.412 0.566 0.284 1.520 3.579 0.530 2.446 1.608 0.642 0.641 0.729 0.341 1.335 0.274 2.119 0.475 0.387 0.391 0.177 0.879 0.221 0.138 1.062 2.008 1.115 1.610 3.180 2.887 2.601 0.764 0.607 0.487 0.782 1.353 2.104 3.285 1.491 1.503 1.174 1.543 0.730 0.718 0.545 0.697 1.589 0.828 11427 chr9 5683131 5684609 + 0 NA intron (NM_001135920, intron 2 of 21) L1PA4|LINE|L1 54751 NM_001206557 57589 Hs.211520 NM_020829 ENSG00000107036 RIC1 CIP150|KIAA1432|bA207C16.1 RIC1 homolog, RAB6A GEF complex partner 1 protein-coding 0.670 1.146 0.341 0.243 0.423 0.114 2.579 0.224 0.365 0.054 0.436 0.167 0.202 0.237 0.548 0.062 3.123 0.717 0.041 0.093 0.298 0.272 0.152 0.332 1.222 0.302 0.148 1.647 2.631 0.947 0.678 2.546 0.405 0.766 0.072 0.289 0.109 1.054 0.825 0.315 2.468 0.033 0.609 0.385 0.285 0.432 0.548 2.763 0.435 0.152 0.645 0.166 0.128 0.432 1.240 0.610 1.471 0.250 0.206 0.195 0.069 0.341 0.073 0.208 0.428 0.341 0.110 0.225 0.319 0.147 0.184 0.435 0.692 0.106 0.218 0.246 0.067 0.164 0.092 0.166 0.100 0.170 nan 0.385 0.370 9600 chr6 35498425 35516276 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -26635 NM_003322 7287 Hs.485208 NM_003322 ENSG00000112041 TULP1 LCA15|RP14|TUBL1 tubby like protein 1 protein-coding nan 0.955 nan 0.073 0.183 0.301 0.151 0.143 0.203 0.021 0.078 0.072 0.007 0.063 0.133 0.231 0.139 0.186 0.190 0.064 0.032 0.023 0.061 0.112 0.160 0.078 0.049 0.021 0.068 0.160 0.090 0.268 0.136 0.312 0.082 0.051 0.027 0.091 0.144 0.007 0.223 0.095 0.024 0.022 0.043 0.047 0.114 0.241 0.043 0.082 0.017 0.104 0.231 0.284 0.042 0.160 0.056 0.093 0.218 0.118 0.034 0.088 0.055 3.215 0.025 0.026 0.014 0.452 0.469 0.245 nan nan 0.376 1.036 0.380 0.385 0.396 0.639 1.062 0.640 0.972 1.044 0.711 0.257 0.310 0.089 0.105 2.106 7.112 0.336 0.406 3889 chr15 31616662 31622507 + 0 NA exon (NM_001302461, exon 1 of 2) exon (NM_001302461, exon 1 of 2) 526 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 4.373 nan nan 1.556 4.592 3.511 1.154 3.273 6.085 0.570 2.569 1.572 1.188 1.421 6.340 3.931 3.074 0.327 1.699 0.292 4.423 1.994 3.644 1.490 9.857 2.025 3.188 1.320 2.242 1.006 5.592 5.763 2.725 11.395 0.349 1.870 2.992 2.963 0.093 0.770 4.787 1.575 1.445 0.643 0.691 0.974 0.016 0.994 10.467 3.633 1.974 3.469 3.931 2.831 2.673 9.857 1.664 2.276 2.285 5.533 4.486 1.105 2.511 0.785 1.795 0.906 0.402 5.424 7.739 3.739 6.008 8.451 6.073 5.498 1.352 8.284 7.477 1.753 2.412 5.228 9.041 5.678 7.974 2.304 5.036 7.181 5.531 1.818 2.266 0.936 0.532 11820 chr9 133604330 133609592 + 0 NA intron (NM_007313, intron 1 of 10) L1ME3A|LINE|L1 17693 NM_007313 25 Hs.431048 NM_005157 ENSG00000097007 ABL1 ABL|CHDSKM|JTK7|bcr/abl|c-ABL|c-ABL1|p150|v-abl ABL proto-oncogene 1, non-receptor tyrosine kinase protein-coding nan 0.978 4.913 0.437 7.048 0.074 1.310 3.688 7.377 0.036 0.435 0.214 0.024 2.084 0.288 0.258 0.250 0.183 0.603 0.477 0.097 0.026 3.577 1.779 4.153 1.094 0.713 0.028 0.959 0.303 1.793 4.194 0.983 0.690 0.583 0.266 2.706 0.041 0.109 0.089 0.660 0.178 0.116 0.045 0.207 0.364 0.248 0.133 1.290 0.332 0.582 3.298 0.258 1.081 0.363 4.153 0.135 1.111 0.239 0.077 2.965 0.800 0.089 0.258 0.279 0.011 0.039 0.307 0.555 0.512 0.793 1.580 1.843 8.391 3.329 0.173 0.274 0.535 0.724 4.757 6.003 1.181 0.958 0.182 0.304 7.131 10.251 0.437 0.907 4.175 1.484 2086 chr11 72627249 72635050 + 0 NA intron (NM_014824, intron 9 of 19) L1M5|LINE|L1 40184 NR_039664 nan 0.929 0.661 0.111 0.115 0.072 0.046 0.242 0.377 0.025 0.100 0.095 0.013 0.158 0.193 0.237 0.082 0.167 0.024 0.018 0.083 0.157 0.200 0.018 0.021 0.038 0.017 0.040 0.042 nan 0.109 0.265 0.039 0.055 0.049 0.089 0.176 0.015 4.340 0.141 0.023 0.030 0.042 0.029 0.172 0.166 0.063 0.037 0.071 0.044 0.193 0.060 0.064 0.200 0.032 0.029 0.044 0.026 0.051 0.153 0.127 0.010 0.007 5.255 3.165 0.408 0.441 0.591 0.805 0.267 0.172 1.423 1.425 1.031 1.315 0.368 0.472 0.510 0.318 0.393 0.503 0.491 0.252 0.238 0.603 0.771 0.468 1322 chr10 11915289 11936531 + 0 NA intron (NR_038222, intron 2 of 5) MER63C|DNA|hAT-Blackjack 10799 NR_038222 219731 Hs.576787 NR_038222 ENSG00000225778 PROSER2-AS1 - PROSER2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.996 0.824 1.230 0.143 0.408 3.610 0.135 0.291 1.256 2.151 0.492 0.408 0.042 0.088 0.312 0.171 0.106 2.321 1.527 0.308 0.059 0.044 0.093 0.358 2.059 1.833 1.022 2.154 1.989 1.175 2.116 0.870 1.052 1.496 0.704 0.027 0.117 0.078 0.123 0.119 1.053 3.948 2.021 3.097 0.695 1.994 0.270 1.601 0.735 0.188 4.155 0.312 2.993 0.174 0.358 2.066 1.773 0.208 0.348 0.043 1.375 0.108 0.041 0.743 3.570 3.339 0.480 0.334 0.743 2.207 0.417 0.354 1.449 0.613 0.244 0.267 0.214 0.395 1.144 1.741 0.351 0.305 0.238 0.305 0.116 0.170 0.117 0.134 0.258 0.239 7337 chr22 24539303 24571225 + 0 NA intron (NM_001199281, intron 29 of 36) intron (NM_001199281, intron 29 of 36) -22180 NM_019601 56241 Hs.131819 NM_019601 ENSG00000099994 SUSD2 BK65A6.2 sushi domain containing 2 protein-coding 1.023 nan 1.338 0.377 0.319 0.154 0.416 0.253 0.460 0.088 0.574 0.325 0.105 0.554 0.321 0.465 0.465 0.146 0.495 0.118 0.323 0.048 0.186 0.087 0.338 0.444 0.365 0.976 0.640 0.278 0.810 nan 3.954 0.701 0.146 0.136 0.108 0.200 0.070 0.323 0.062 0.393 0.123 0.103 0.290 0.180 0.534 0.174 0.606 0.382 0.482 0.421 0.465 0.574 0.479 0.338 0.131 0.096 0.146 0.163 0.429 0.411 0.134 0.193 0.504 0.020 0.010 1.024 1.844 0.419 0.534 0.599 0.593 0.702 0.266 1.426 1.391 0.680 1.221 1.087 1.068 0.753 0.702 0.385 0.510 0.342 0.577 0.374 0.559 2.825 1.615 10129 chr7 2838825 2864359 + 0 NA intron (NM_007353, intron 1 of 3) intron (NM_007353, intron 1 of 3) 3301 NM_001282441 2768 Hs.487341 NM_007353 ENSG00000146535 GNA12 NNX3|RMP|gep G protein subunit alpha 12 protein-coding 1.233 1.244 1.189 1.111 0.146 0.246 1.579 0.176 0.305 1.750 1.476 1.660 0.034 0.158 0.359 0.430 1.425 0.215 1.840 0.749 0.128 0.043 0.270 0.149 0.441 3.524 3.089 0.129 2.226 1.086 2.766 nan 3.002 nan 0.611 1.718 0.045 0.114 0.168 1.756 0.181 3.328 1.277 0.563 1.218 0.734 2.446 7.671 0.909 0.353 0.102 1.331 0.430 0.857 0.842 0.441 0.206 0.425 0.115 0.503 0.422 2.644 0.113 0.136 2.082 0.300 0.189 0.454 0.442 0.369 nan 0.530 0.651 nan 0.473 0.503 0.573 0.443 0.833 nan 0.883 0.221 0.194 0.260 0.475 0.306 0.435 0.309 0.487 0.577 0.465 5804 chr19 54361201 54374947 + 0 NA promoter-TSS (NM_001290193) promoter-TSS (NM_001290193) -764 NM_001290193 91663 Hs.380906 NM_138373 ENSG00000179820 MYADM SB135 myeloid associated differentiation marker protein-coding 2.655 1.529 0.702 6.315 0.051 1.041 1.880 0.202 0.237 0.748 3.461 3.037 0.692 1.133 0.033 0.169 1.007 0.287 1.791 0.454 2.430 2.026 0.309 0.127 1.788 1.179 1.320 1.009 3.110 0.532 1.592 3.637 1.353 0.197 1.276 2.978 0.782 3.695 0.148 0.214 0.006 5.792 1.849 0.761 0.063 0.692 3.147 1.062 8.528 2.209 0.759 1.683 0.169 3.632 2.876 1.788 0.053 1.478 0.303 4.775 1.440 1.904 1.612 0.108 1.192 2.667 1.425 0.178 0.086 0.841 1.484 0.209 0.203 0.321 0.231 0.166 0.165 0.945 1.481 0.109 0.178 0.258 0.126 1.024 1.984 1.811 1.141 0.403 0.621 1.661 1.105 9968 chr6 139337172 139354743 + 0 NA Intergenic Intergenic -3862 NM_021243 58527 Hs.600861 NM_021243 ENSG00000146386 ABRACL C6orf115|Costars|HSPC280|PRO2013 ABRA C-terminal like protein-coding 3.448 1.995 2.328 0.514 3.199 2.120 0.355 1.316 2.620 0.109 0.403 0.323 0.102 0.388 1.055 1.847 0.922 0.127 0.631 0.205 0.094 0.679 1.515 0.699 1.261 0.259 0.234 0.397 0.326 0.247 0.944 1.628 0.659 4.206 0.158 0.233 1.387 4.700 0.206 0.162 0.832 0.415 0.515 0.283 0.516 0.480 0.761 0.325 0.468 1.634 0.347 0.519 1.847 0.844 0.312 1.261 0.238 0.192 0.375 0.426 0.994 0.197 0.206 0.162 0.191 0.098 0.052 0.583 0.577 1.936 2.735 3.975 2.749 nan 2.234 1.858 1.877 1.375 1.842 2.025 3.140 1.707 1.826 0.401 1.080 6.649 6.220 0.503 nan 1.940 1.106 2699 chr12 54729820 54789377 + 0 NA intron (NR_120486, intron 1 of 3) AluJr|SINE|Alu -1328 NM_020370 53831 Hs.306199 NM_020370 ENSG00000139572 GPR84 EX33|GPCR4 G protein-coupled receptor 84 protein-coding nan 1.398 1.172 0.735 0.817 0.978 0.669 0.414 0.799 0.240 0.815 0.529 0.143 0.637 2.273 2.633 0.485 0.143 0.388 0.119 0.281 0.109 0.963 0.530 1.123 0.401 0.302 0.523 0.392 0.233 1.107 2.962 0.864 3.449 0.359 0.702 0.870 0.410 0.079 0.167 1.224 0.546 0.264 0.195 0.190 0.462 0.303 0.730 0.874 0.980 0.523 0.758 2.633 0.385 0.426 1.123 0.164 0.837 0.587 0.914 0.906 0.682 0.496 1.561 0.517 0.235 0.157 nan 2.202 0.772 1.269 3.781 nan 2.386 1.096 1.006 1.160 0.794 nan 2.388 nan 2.297 1.757 0.607 0.948 2.120 1.907 1.466 4.033 2.599 1.373 7398 chr22 36017442 36028587 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3613 NM_203377 4151 Hs.517586 NM_005368 ENSG00000198125 MB PVALB|myoglobgin myoglobin protein-coding nan 1.318 1.838 2.293 0.466 1.063 3.606 0.443 0.930 2.720 4.201 1.713 1.781 0.163 0.559 0.867 0.997 0.417 3.754 1.937 2.914 0.025 0.383 0.179 0.532 1.805 2.299 0.703 5.116 1.484 2.358 nan 2.349 2.563 2.357 1.033 0.360 0.644 0.083 1.123 0.108 7.215 1.395 0.754 2.270 2.454 4.349 3.322 2.471 1.905 1.416 2.897 0.867 5.785 2.928 0.532 0.747 2.040 0.143 4.049 0.786 4.452 0.195 0.055 3.036 0.770 0.612 0.348 0.478 0.989 nan 0.793 0.821 1.260 0.296 0.618 0.718 0.607 nan 1.543 2.678 0.865 0.726 0.344 0.397 1.747 1.338 0.160 nan 0.962 0.640 1259 chr1 244995724 245007596 + 0 NA intron (NM_001312872, intron 2 of 4) L2a|LINE|L2 2882 NM_001312873 116228 Hs.411490 NM_198076 ENSG00000203667 COX20 FAM36A COX20, cytochrome c oxidase assembly factor protein-coding nan 5.234 nan 2.617 6.796 4.319 2.514 4.585 8.016 1.165 3.071 2.252 1.675 1.081 2.729 4.732 3.153 0.710 2.082 0.687 3.463 3.024 3.555 1.780 5.295 2.951 3.839 1.651 3.442 1.572 3.200 4.515 3.181 8.152 0.998 6.463 1.267 3.847 0.202 0.979 2.362 4.930 4.205 1.541 2.361 1.780 2.570 4.737 3.365 2.601 3.629 4.040 4.732 3.243 2.081 5.295 1.893 2.716 1.020 2.708 2.087 3.344 1.911 1.960 1.740 4.243 3.991 6.478 6.489 8.670 10.865 8.935 7.546 8.438 5.619 17.080 18.613 3.140 3.682 5.600 8.577 5.211 6.349 3.775 4.275 7.026 7.125 6.046 5.116 2.636 1.457 9961 chr6 138422493 138437889 + 0 NA Intergenic Intergenic -1531 NM_022121 64065 Hs.201446 NM_022121 ENSG00000112378 PERP KCP1|KRTCAP1|PIGPC1|THW|dJ496H19.1 PERP, TP53 apoptosis effector protein-coding 1.719 3.339 2.242 0.887 2.769 3.742 0.537 1.426 2.832 0.724 0.348 0.463 0.326 0.518 2.566 2.614 0.097 0.073 0.690 0.235 0.609 0.294 1.112 0.598 1.942 0.565 0.379 0.114 1.119 0.342 2.479 3.213 1.228 13.432 0.436 0.751 1.663 1.697 0.129 0.214 0.407 0.358 0.492 0.287 0.573 0.511 2.573 0.162 1.103 1.162 0.238 1.103 2.614 0.916 0.295 1.942 0.891 0.678 0.801 0.461 1.364 0.206 1.286 0.184 0.157 0.254 0.163 0.433 0.356 3.917 5.564 3.639 3.079 nan 2.879 2.980 2.991 0.177 0.299 2.722 3.856 1.305 1.444 1.554 3.218 7.492 7.886 0.541 nan 2.786 1.578 8694 chr5 366608 432194 + 0 NA intron (NM_020731, intron 4 of 11) intron (NM_020731, intron 4 of 11) 43874 NR_126522 116349 Hs.446702 NM_138464 ENSG00000221990 EXOC3-AS1 C5orf55 EXOC3 antisense RNA 1 ncRNA 0.809 2.021 2.817 0.177 0.928 2.716 1.651 0.801 1.499 0.042 1.041 0.881 0.019 2.175 3.876 4.227 0.573 0.180 0.913 0.422 0.117 0.095 2.965 1.557 2.367 0.466 0.240 0.110 0.125 0.035 0.525 3.418 0.448 1.617 0.230 0.506 0.103 0.114 0.109 0.245 0.078 0.365 0.608 0.332 0.055 0.213 0.142 0.265 0.453 0.236 0.204 1.139 4.227 1.143 0.037 2.367 0.121 0.269 1.349 0.082 3.342 0.371 0.361 0.021 0.253 1.274 1.299 2.117 2.901 1.827 nan 6.681 6.824 4.589 2.139 0.691 0.692 0.377 0.685 nan 4.652 nan 1.432 0.866 1.091 0.856 0.641 0.088 0.121 3.859 nan 5464 chr19 952135 958209 + 0 NA intron (NM_005224, intron 3 of 8) intron (NM_005224, intron 3 of 8) 29135 NM_005224 1820 Hs.501296 NM_005224 ENSG00000116017 ARID3A BRIGHT|DRIL1|DRIL3|E2FBP1 AT-rich interaction domain 3A protein-coding 0.666 0.639 0.787 0.607 0.130 0.068 2.092 0.133 0.468 3.306 0.292 0.224 6.439 0.098 0.216 0.568 0.136 0.042 1.479 0.565 0.160 0.182 0.053 0.065 0.787 0.046 0.036 0.853 0.067 0.573 1.003 3.368 1.183 0.835 0.266 0.193 0.094 0.630 0.070 0.194 0.117 0.227 0.596 0.377 0.101 0.581 3.051 0.196 0.512 0.440 0.064 0.493 0.568 3.847 0.174 0.787 0.499 1.599 0.255 0.880 0.067 0.210 3.003 0.143 0.226 0.351 0.100 0.670 0.800 0.792 2.482 0.442 0.415 0.285 0.110 1.024 1.306 0.189 0.602 0.649 nan 0.412 0.361 2.623 3.685 0.288 0.297 0.186 0.268 0.490 0.378 11280 chr8 127831047 127896245 + 0 NA Intergenic Intergenic -161753 NR_045262 100750225 Hs.571530 NR_045262 ENSG00000253438 PCAT1 PCA1|PCAT-1 prostate cancer associated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 0.374 0.239 0.052 0.096 0.258 0.484 0.107 0.190 0.090 0.034 0.060 0.138 0.082 0.552 0.125 0.207 0.125 0.093 0.036 0.067 0.081 0.411 0.125 0.081 0.016 0.151 0.107 0.222 0.591 0.174 nan 0.262 0.086 0.022 0.429 0.082 0.207 0.074 0.777 0.212 0.126 0.159 0.330 0.307 1.012 0.260 0.069 0.085 0.517 0.082 0.237 0.308 0.411 0.390 0.124 1.073 0.159 0.101 0.101 0.039 0.095 0.166 0.035 0.025 0.330 0.208 8.781 8.833 0.680 0.704 0.816 0.253 nan nan 7.755 11.269 0.302 0.334 0.416 0.211 0.122 0.202 0.089 0.126 0.268 0.554 0.523 0.498 9985 chr6 144584177 144588503 + 0 NA Intergenic Intergenic -26533 NM_007124 7402 Hs.133135 NM_007124 ENSG00000152818 UTRN DMDL|DRP|DRP1 utrophin protein-coding nan 0.871 nan 1.416 0.120 0.023 2.663 0.227 0.237 2.391 2.007 2.689 7.406 0.048 0.062 1.176 2.998 0.147 1.632 1.055 8.798 0.064 0.026 0.075 0.166 3.137 2.323 2.255 2.128 1.486 0.372 0.743 0.839 0.279 1.486 3.814 0.022 1.676 0.208 1.717 6.259 4.239 1.983 2.814 2.314 0.937 2.062 1.637 4.329 1.109 0.791 1.176 2.494 5.749 0.166 0.566 0.267 0.044 2.604 3.850 0.085 0.029 3.012 4.160 3.801 0.316 0.198 1.010 2.497 0.237 0.419 0.209 0.138 0.299 0.235 0.105 0.141 0.117 0.100 1.124 0.671 0.150 0.330 0.048 0.070 0.154 0.274 0.076 0.168 5401 chr18 61084988 61091118 + 0 NA intron (NM_004869, intron 1 of 10) AluSx1|SINE|Alu 1699 NM_004869 9525 Hs.126550 NM_004869 ENSG00000119541 VPS4B MIG1|SKD1|SKD1B|VPS4-2 vacuolar protein sorting 4 homolog B protein-coding 2.319 2.230 2.475 2.161 3.811 2.138 1.604 1.172 2.700 0.705 1.824 1.412 0.508 1.160 1.565 4.294 1.085 0.183 0.862 0.201 1.244 0.791 1.154 0.675 4.423 0.835 0.824 1.090 0.964 1.067 1.100 1.468 1.041 6.495 0.563 1.403 0.594 1.701 0.104 0.559 1.872 1.493 0.767 0.356 1.242 1.022 2.920 1.635 1.500 1.911 0.877 0.909 4.294 1.231 0.767 4.423 0.400 0.294 0.773 2.155 1.271 0.834 1.242 0.811 0.974 0.479 0.340 4.076 4.040 4.507 6.565 7.361 6.501 8.062 4.334 13.913 nan 1.792 nan 5.907 8.677 4.419 3.797 2.372 4.020 3.965 4.947 2.463 2.391 5.640 3.311 3475 chr14 34821261 34849977 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 95849 NM_138288 171546 Hs.740577 NM_138288 ENSG00000165389 SPTSSA C14orf147|SSSPTA serine palmitoyltransferase small subunit A protein-coding 2.010 1.347 2.573 0.382 0.227 0.074 1.201 0.219 0.445 1.030 0.174 0.123 0.324 0.077 0.163 0.187 0.240 0.207 1.422 0.793 0.079 0.029 0.098 0.099 0.208 0.333 0.209 0.036 0.621 0.560 1.853 10.058 1.668 0.800 0.291 1.566 0.157 0.060 0.143 0.029 0.155 0.102 0.055 0.041 1.476 1.638 0.392 0.141 1.582 0.087 0.443 1.367 0.187 0.724 0.091 0.208 0.718 0.288 0.149 0.117 0.155 0.128 0.044 0.168 0.137 0.044 0.018 0.291 0.283 0.363 0.707 0.509 0.580 0.443 0.155 0.374 0.386 1.911 2.437 0.377 0.399 0.994 0.601 0.192 0.240 1.058 1.243 0.387 0.832 0.873 0.664 4319 chr16 30339973 30368823 + 0 NA Intergenic Intergenic -7703 NR_002453 595101 Hs.654650 NR_002453 ENSG00000183604 SMG1P5 - SMG1 pseudogene 5 pseudo 1.685 0.955 1.249 1.741 1.771 1.031 0.609 0.650 1.170 0.576 1.599 0.695 0.384 1.173 0.531 0.971 0.640 0.117 0.960 0.263 1.110 0.413 0.505 0.247 0.885 0.496 0.571 0.917 1.175 0.205 1.071 1.720 1.050 3.951 0.416 1.015 0.448 0.834 0.095 0.262 0.468 1.206 0.821 0.437 0.643 0.650 1.435 0.700 1.273 1.744 0.879 0.992 0.971 1.319 1.038 0.885 0.429 0.531 0.321 1.387 0.891 0.809 0.302 0.343 0.602 0.693 0.498 1.107 1.092 1.218 1.837 1.341 1.277 5.689 1.750 2.419 2.452 1.100 1.708 2.428 3.410 1.768 1.668 0.796 1.156 2.008 2.396 1.067 1.417 1.240 0.646 8193 chr3 196286885 196296949 + 0 NA intron (NM_001345907, intron 1 of 2) intron (NM_001345907, intron 1 of 2) 3628 NM_001345909 348793 Hs.385865 NM_182627 ENSG00000185798 WDR53 - WD repeat domain 53 protein-coding nan 2.195 1.249 1.171 1.747 0.939 3.661 0.849 1.921 2.201 1.832 1.504 0.167 0.326 0.700 1.199 1.088 0.303 1.573 0.758 0.413 0.096 1.162 0.545 1.539 4.657 4.694 0.702 1.606 0.754 1.351 nan 0.690 nan 1.002 2.351 0.313 0.376 0.114 0.622 0.770 6.031 3.953 1.748 2.226 0.391 2.089 1.213 0.801 2.034 0.439 2.235 1.199 2.432 6.620 1.539 1.252 0.460 0.442 1.411 0.381 1.932 0.343 0.530 1.551 0.332 0.140 1.840 1.503 2.254 2.927 2.577 2.146 2.476 1.276 4.033 4.218 1.586 2.403 2.141 3.108 3.074 3.048 1.594 2.608 1.927 1.975 2.322 2.207 1.079 0.651 6327 chr2 114644358 114653143 + 0 NA promoter-TSS (NR_110174) promoter-TSS (NR_110174) -181 NR_110174 101060091 Hs.741753 NR_110174 LOC101060091 - uncharacterized LOC101060091 ncRNA 3.302 nan 2.695 3.136 2.177 2.263 3.718 1.461 2.634 1.004 3.563 3.511 1.596 0.763 1.219 2.268 2.462 0.257 3.552 1.320 3.555 1.386 0.995 0.592 2.561 3.123 3.052 1.187 4.577 1.410 3.179 5.163 4.068 nan 2.063 6.456 0.477 1.776 0.128 2.161 1.158 4.551 2.337 1.039 2.711 2.074 2.967 3.967 3.016 3.120 1.061 3.051 2.268 2.829 3.721 2.561 1.486 0.971 1.047 2.812 1.121 2.445 0.963 1.412 2.870 1.757 1.273 2.733 3.062 3.753 5.241 6.246 nan 5.637 1.997 6.648 7.021 2.412 3.176 3.888 5.288 3.299 3.702 1.665 2.788 1.893 1.963 3.691 5.492 1.398 0.770 11869 chr9 139977584 139982469 + 0 NA non-coding (NR_027447, exon 1 of 1) non-coding (NR_027447, exon 1 of 1) 1243 NR_027447 100289341 Hs.593896 NR_027447 ENSG00000268996 MAN1B1-DT MAN1B1-AS1 MAN1B1 divergent transcript ncRNA nan 2.164 4.140 3.597 3.918 1.858 3.639 0.818 1.543 1.587 4.617 2.845 1.004 0.898 2.206 4.203 2.077 0.556 4.608 1.930 1.736 1.156 1.489 0.659 3.258 3.265 4.052 3.264 7.637 1.872 5.204 7.096 1.820 3.454 3.762 5.734 0.563 1.837 0.147 1.870 0.682 8.891 4.078 2.154 1.476 2.324 3.250 6.217 3.349 7.466 2.818 3.408 4.203 5.951 4.045 3.258 1.802 4.020 2.056 8.023 3.545 5.504 0.620 2.452 4.358 7.046 5.608 3.209 3.102 2.952 5.006 4.191 4.210 nan 0.929 2.905 2.758 1.595 2.868 4.311 5.264 5.594 5.835 1.645 2.195 3.385 2.642 4.628 6.122 2.851 1.511 11798 chr9 131143069 131154268 + 0 NA intron (NR_049743, intron 2 of 4) intron (NR_049743, intron 2 of 4) -6232 NR_039815 100616335 NR_039815 ENSG00000283335 MIR219B MIR2964A|hsa-mir-219b|mir-219b microRNA 219b ncRNA nan 0.482 1.426 0.096 0.188 6.507 0.082 0.100 0.334 0.051 0.174 0.053 0.006 0.053 0.420 0.720 0.144 0.172 0.247 0.034 0.063 0.050 0.166 0.090 0.256 0.056 0.035 0.105 0.128 0.195 0.162 0.069 0.425 0.065 0.110 0.017 0.049 0.096 0.015 0.078 0.172 0.054 0.028 0.019 0.076 0.121 0.134 0.113 0.216 0.022 0.148 0.720 0.198 0.033 0.256 0.033 0.045 1.603 0.099 0.435 0.084 0.029 0.375 0.061 0.076 0.005 0.960 0.858 0.281 0.391 0.724 0.710 nan 0.134 0.427 0.511 0.316 0.542 1.314 1.460 4.587 4.057 0.200 0.278 0.139 0.153 1.299 2.399 2.731 1.645 6894 chr20 23050154 23151583 + 0 NA Intergenic Intergenic 12405 NR_034149 200261 Hs.352228 NM_182535 ENSG00000233746 LINC00656 - long intergenic non-protein coding RNA 656 ncRNA 0.503 0.822 nan 0.164 0.410 0.316 1.191 0.200 0.421 0.029 0.957 1.392 0.008 0.750 0.141 0.301 0.167 0.095 0.803 0.587 0.025 0.023 0.212 0.164 0.664 1.393 0.991 0.021 0.151 0.593 2.429 7.656 1.452 0.515 1.282 0.369 0.066 0.026 0.070 0.537 0.025 0.400 0.222 0.129 0.770 0.366 0.450 2.962 0.291 0.373 0.143 0.646 0.301 0.345 0.533 0.664 0.758 0.078 0.114 0.070 2.140 0.427 0.058 0.038 0.591 0.069 0.082 0.426 0.273 0.151 0.272 0.646 0.567 1.330 0.395 0.129 0.160 0.313 0.556 3.741 2.680 0.391 0.244 0.197 0.246 0.417 0.423 0.104 0.153 1.950 1.169 4902 chr17 60931863 60981091 + 0 NA Intergenic Intergenic -65099 NR_030363 693218 NR_030363 ENSG00000207552 MIR633 MIRN633|hsa-mir-633 microRNA 633 ncRNA 1.259 nan 0.951 0.245 0.210 0.033 1.086 0.297 0.587 0.170 0.364 0.437 0.030 0.035 0.182 0.533 0.145 0.108 0.418 0.220 0.061 0.020 0.143 0.139 0.358 0.496 0.266 0.062 0.288 0.267 1.908 5.643 1.392 0.573 0.480 0.086 0.029 0.071 0.114 0.199 0.238 0.201 0.067 0.057 0.434 0.137 0.874 0.237 0.192 0.153 0.303 0.841 0.533 0.354 0.414 0.358 0.489 0.555 0.207 0.138 0.068 0.264 0.213 0.086 0.241 0.027 0.015 0.732 0.689 0.291 0.525 0.690 0.632 0.280 0.127 0.694 0.764 0.299 nan 1.010 1.093 0.839 0.568 0.297 0.501 0.092 0.112 0.345 0.526 0.518 0.551 1203 chr1 233157574 233163137 + 0 NA intron (NM_014801, intron 26 of 33) intron (NM_014801, intron 26 of 33) 73767 NR_138027 84284 Hs.642715 NM_032324 ENSG00000135778 NTPCR C1orf57|HCR-NTPase nucleoside-triphosphatase, cancer-related protein-coding 1.008 1.794 1.148 0.142 0.937 0.171 0.179 0.114 0.324 0.052 0.213 0.197 0.034 0.018 0.047 0.322 0.189 0.029 0.153 0.068 0.050 0.014 0.127 0.133 0.301 0.273 0.104 0.052 0.084 0.019 0.099 0.279 0.204 0.616 0.079 0.286 0.097 0.105 0.042 0.086 0.082 0.065 0.014 0.078 0.138 0.157 0.125 0.337 0.090 0.157 0.213 0.322 0.090 0.050 0.301 0.090 0.149 0.088 0.108 0.073 0.156 0.887 0.200 0.028 0.021 0.009 2.347 2.630 8.772 5.287 0.595 0.772 nan 0.162 0.670 0.518 0.345 0.485 nan 2.660 0.511 0.204 1.099 1.673 0.059 0.164 0.109 0.375 nan 0.532 4261 chr16 16038932 16073926 + 0 NA intron (NM_004996, intron 1 of 30) THE1C|LTR|ERVL-MaLR 12995 NM_004996 4363 Hs.391464 NM_004996 ENSG00000103222 ABCC1 ABC29|ABCC|GS-X|MRP|MRP1 ATP binding cassette subfamily C member 1 protein-coding 1.083 0.812 nan 0.993 0.439 0.108 1.867 0.243 0.507 1.238 3.578 0.909 0.113 0.077 0.165 0.366 0.433 0.124 0.919 0.331 0.979 0.123 0.307 0.201 0.452 3.044 3.093 0.484 0.591 0.398 0.601 1.351 0.449 0.971 0.425 1.666 0.114 0.316 0.098 0.226 0.167 0.487 0.302 0.124 0.761 0.487 1.200 1.448 3.302 0.406 0.493 1.534 0.366 0.968 2.337 0.452 1.535 0.556 0.106 0.404 0.113 0.705 0.134 0.682 0.412 0.637 0.606 0.233 0.115 0.783 0.685 0.617 0.651 1.288 0.329 1.497 1.584 0.663 0.933 1.526 2.252 nan 1.025 0.328 0.580 0.664 0.772 1.170 1.888 0.785 0.631 10919 chr8 39794825 39812328 + 0 NA intron (NM_194294, intron 1 of 10) LTR8|LTR|ERV1 11102 NM_194294 169355 Hs.676257 NM_194294 ENSG00000188676 IDO2 INDOL1 indoleamine 2,3-dioxygenase 2 protein-coding 0.478 1.086 nan 0.616 0.140 0.031 0.451 0.101 0.140 0.049 0.178 0.931 0.043 0.075 0.041 0.180 0.855 0.260 1.329 0.834 0.043 0.016 0.054 0.096 0.102 7.160 8.217 0.042 0.854 0.904 0.179 1.044 0.362 0.359 0.969 0.172 0.027 0.053 0.107 0.083 0.050 0.810 0.210 0.112 3.293 1.153 0.128 2.885 0.693 0.031 0.058 0.499 0.180 0.879 0.021 0.102 0.153 0.132 0.253 0.076 1.134 0.006 0.077 0.035 0.010 0.009 0.329 0.212 0.452 1.546 0.391 0.496 0.110 0.038 0.210 0.229 0.162 0.268 0.230 0.236 0.349 0.168 0.087 0.115 0.069 0.089 0.174 0.260 0.205 0.407 4429 chr16 69754681 69764474 + 0 NA intron (NM_000903, intron 1 of 5) AluSq2|SINE|Alu 956 NM_001025434 1728 Hs.406515 NM_000903 ENSG00000181019 NQO1 DHQU|DIA4|DTD|NMOR1|NMORI|QR1 NAD(P)H quinone dehydrogenase 1 protein-coding nan nan 1.319 3.495 4.337 1.838 3.586 0.817 1.925 2.468 7.428 6.161 0.272 1.485 0.850 1.897 1.860 0.561 5.198 2.448 10.200 2.124 0.521 0.338 0.677 6.203 8.760 1.260 3.798 1.244 1.601 3.347 3.289 1.953 2.946 7.819 0.262 3.658 0.134 2.279 0.739 9.008 7.456 2.917 1.360 2.218 5.887 8.394 7.769 3.714 3.482 7.645 1.897 5.073 6.276 0.677 2.594 2.979 0.737 4.091 3.949 3.208 0.465 1.076 2.573 2.770 2.259 1.164 1.358 1.164 2.214 1.232 1.044 3.256 1.112 11.035 11.608 0.450 nan 4.001 6.935 3.073 2.151 0.810 0.922 1.990 3.164 2.425 3.001 1.381 0.937 1354 chr10 15237639 15253917 + 0 NA Intergenic MLT2B1|LTR|ERVL -35069 NM_001308295 9397 Hs.60339 NM_004808 ENSG00000152465 NMT2 - N-myristoyltransferase 2 protein-coding nan 0.563 0.516 0.195 0.108 0.026 2.569 0.130 0.307 0.718 2.743 3.755 0.058 0.012 0.186 0.111 0.395 0.132 0.579 0.351 2.367 0.042 0.029 0.076 0.117 2.007 1.469 1.212 1.353 1.590 0.069 0.153 0.070 0.249 0.427 0.394 0.020 0.070 0.065 1.494 0.029 3.126 2.526 1.159 1.139 0.368 0.186 2.442 0.263 0.893 0.206 0.151 0.111 0.381 0.967 0.117 0.218 0.451 0.030 2.928 0.088 3.853 0.048 0.107 2.684 5.881 5.713 0.405 0.392 0.637 2.256 0.261 0.319 0.763 0.358 0.200 0.186 0.364 0.490 0.164 0.285 0.194 0.150 0.121 0.199 0.068 0.102 0.179 0.364 0.281 0.318 10390 chr7 64014507 64024269 + 0 NA intron (NM_178558, intron 1 of 3) MER4C|LTR|ERV1 4117 NM_001130022 340252 Hs.520886 NM_178558 ENSG00000173041 ZNF680 - zinc finger protein 680 protein-coding nan nan nan 0.354 2.566 0.974 2.594 0.328 0.929 0.237 0.736 0.806 4.058 0.196 2.606 0.801 1.015 0.427 1.504 0.725 2.256 0.402 1.048 0.945 4.157 1.090 0.939 0.042 0.866 0.256 2.479 3.583 3.002 2.111 0.926 0.371 0.208 2.140 0.213 0.271 1.025 0.772 0.567 0.318 0.391 1.170 0.475 2.419 0.508 2.184 0.476 0.113 0.801 1.880 0.598 4.157 0.490 0.677 0.470 0.350 0.772 2.114 0.452 0.240 0.500 2.291 1.777 1.964 1.846 2.053 2.567 2.224 1.811 2.735 1.018 5.606 5.568 0.523 0.700 0.898 1.501 1.366 1.361 0.702 1.217 1.431 1.608 1.072 1.179 1.250 0.568 4066 chr15 74419306 74430658 + 0 NA intron (NM_001130138, intron 3 of 3) intron (NM_001130138, intron 3 of 3) 2239 NM_020851 57611 Hs.254775 NM_020851 ENSG00000167178 ISLR2 LINX immunoglobulin superfamily containing leucine rich repeat 2 protein-coding 2.077 3.343 0.715 0.076 0.718 3.667 0.124 0.919 2.257 0.084 0.185 1.257 0.108 0.098 3.141 2.218 0.841 0.227 0.261 0.217 0.305 0.768 0.777 0.648 3.805 0.785 0.742 0.098 0.071 0.019 0.725 2.010 0.337 6.575 0.090 0.486 0.572 0.411 0.043 0.581 1.517 0.475 0.058 0.062 0.029 0.073 0.504 2.002 0.808 0.485 0.403 0.470 2.218 0.380 0.043 3.805 0.140 0.242 0.490 1.273 0.692 0.194 0.131 0.316 0.033 0.081 0.059 0.478 0.530 0.555 0.839 4.831 4.157 1.777 0.554 0.116 0.119 2.105 2.586 1.534 2.413 2.109 1.912 0.412 0.524 1.458 1.115 1.184 1.669 0.876 0.483 8 chr1 1049849 1089999 + 0 NA Intergenic Intergenic -2473 NR_038869 254099 Hs.680488 NR_038869 ENSG00000223823 LINC01342 - long intergenic non-protein coding RNA 1342 ncRNA 0.920 nan 1.784 0.997 2.263 3.472 0.185 1.507 2.701 0.057 0.186 0.134 0.022 1.070 3.328 0.271 0.142 0.112 0.270 0.066 0.049 0.143 0.730 0.291 1.232 0.119 0.071 0.228 0.541 0.163 1.068 nan 0.261 1.402 0.200 0.128 0.086 0.306 0.081 0.029 3.634 0.223 0.127 0.096 0.081 0.100 0.432 0.135 0.289 0.360 0.057 0.375 0.271 0.266 0.124 1.232 0.301 0.350 0.605 0.649 0.596 0.092 0.823 0.053 0.049 0.034 0.021 1.893 2.492 0.350 0.608 4.634 4.171 1.435 0.599 7.580 7.929 0.234 nan nan 7.055 nan 0.237 1.915 1.976 0.505 0.458 0.256 0.358 0.929 0.622 7479 chr22 47422923 47449107 + 0 NA intron (NM_014346, intron 11 of 12) AluY|SINE|Alu -124077 NR_122047 642757 Hs.632786 NR_122047 ENSG00000280080 TBC1D22A-AS1 - TBC1D22A antisense RNA 1 ncRNA 0.819 0.637 nan 0.085 0.188 1.788 0.307 0.755 1.420 0.004 0.233 0.141 0.012 0.054 0.932 0.917 0.083 0.067 0.208 0.087 0.046 0.042 0.360 0.230 4.439 0.269 0.144 0.040 0.094 0.036 0.192 1.316 0.157 0.725 0.056 0.110 0.071 0.045 0.086 0.005 0.092 0.109 0.064 0.020 0.072 0.081 0.157 0.100 0.103 0.079 0.028 0.153 0.917 0.284 0.049 4.439 0.091 0.107 0.317 0.093 0.241 0.095 0.285 0.082 0.037 0.007 0.006 0.440 0.790 0.273 0.455 4.280 4.270 0.759 0.188 0.831 0.714 0.549 0.964 1.133 1.669 1.105 1.209 0.454 0.650 0.272 0.294 0.187 0.298 0.955 0.779 2359 chr11 128316682 128404065 + 0 NA exon (NM_001143820, exon 4 of 10) exon (NM_001143820, exon 4 of 10) 31832 NM_005238 2113 Hs.369438 NM_005238 ENSG00000134954 ETS1 ETS-1|EWSR2|c-ets-1|p54 ETS proto-oncogene 1, transcription factor protein-coding 0.763 0.984 0.806 0.981 0.517 0.257 1.977 0.310 0.661 0.955 1.423 1.861 0.035 0.105 0.043 0.317 0.942 0.088 1.183 0.558 1.012 0.009 0.618 0.401 0.554 1.773 1.162 0.188 1.831 0.991 0.629 1.353 0.307 0.751 1.014 0.936 0.247 0.232 0.122 0.850 0.090 4.676 1.346 0.593 1.910 1.390 0.897 2.641 0.643 1.211 0.126 0.709 0.317 0.872 2.494 0.554 0.395 0.356 0.007 0.387 0.405 1.268 0.144 0.401 1.317 0.454 0.362 0.576 0.721 0.528 0.902 0.776 0.844 1.146 0.411 0.213 0.234 0.200 0.294 1.888 2.028 0.462 0.321 0.611 0.743 1.125 1.360 0.442 nan 1.308 0.855 10220 chr7 21063750 21070273 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 191961 NR_126381 104355138 Hs.650722 NR_126381 ENSG00000232790 LINC01162 - long intergenic non-protein coding RNA 1162 ncRNA 1.121 1.436 0.876 0.123 0.162 0.060 0.336 4.692 8.814 0.015 0.121 0.028 0.138 0.642 0.645 0.117 0.122 0.197 0.076 1.366 0.803 0.818 0.043 0.033 1.382 0.260 1.851 4.519 2.656 3.920 0.405 0.068 0.438 0.166 0.112 0.342 2.687 0.154 0.003 0.360 0.084 0.124 0.192 0.062 0.005 0.049 0.234 0.645 0.065 0.042 0.818 0.190 0.064 0.030 0.072 0.466 0.129 0.108 0.020 0.035 0.030 1.476 1.142 0.201 nan 0.956 1.077 1.581 0.772 0.440 0.494 0.291 0.501 1.010 0.785 0.336 0.180 0.256 0.631 2.514 1.877 0.200 nan 2.297 1.157 11763 chr9 126437841 126444356 + 0 NA intron (NR_148208, intron 5 of 20) intron (NR_148208, intron 5 of 20) -193197 NR_106972 102465688 NR_106972 ENSG00000274932 MIR7150 hsa-mir-7150 microRNA 7150 ncRNA nan nan 1.616 0.022 2.636 0.266 0.467 0.717 1.848 0.030 0.112 0.124 0.183 0.153 0.935 0.115 0.099 0.201 0.058 0.038 0.042 0.818 0.506 0.997 0.329 0.111 0.027 0.083 0.032 1.908 5.473 1.021 nan 0.292 1.046 0.631 0.051 0.074 0.073 0.025 0.175 0.102 0.048 0.202 0.129 0.135 0.046 0.190 0.098 2.535 0.917 0.935 0.843 1.597 0.997 0.243 0.114 0.091 0.033 4.502 0.302 0.045 0.517 0.327 0.018 0.016 0.257 0.214 0.205 0.293 1.622 1.130 3.975 0.639 0.307 0.313 0.758 nan 1.978 2.546 0.719 0.538 0.266 0.395 2.082 2.224 0.904 1.348 nan 1.343 11220 chr8 115597447 115602609 + 0 NA Intergenic Intergenic 1080211 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 0.914 0.075 2.396 0.115 0.082 1.304 2.680 0.335 0.302 0.036 0.098 0.308 0.201 0.167 0.093 0.617 0.370 0.012 0.107 0.182 0.095 6.494 0.026 0.042 0.012 0.123 0.017 0.049 0.244 0.191 0.644 0.053 0.075 0.056 0.063 0.076 0.278 0.271 0.023 0.030 0.135 0.785 0.356 0.142 0.086 0.812 0.407 0.201 0.806 0.034 6.494 0.118 1.839 0.031 0.403 2.901 0.061 1.642 0.023 0.028 0.022 0.020 2.942 3.868 0.108 0.076 0.363 0.439 nan 0.207 20.052 nan 0.407 nan 5.145 7.485 0.280 0.133 3.578 5.472 0.151 0.177 0.228 0.366 0.416 0.591 11651 chr9 95704066 95720950 + 0 NA intron (NM_001083536, intron 1 of 17) AluY|SINE|Alu 2907 NM_001083536 89846 Hs.411081 NM_033086 ENSG00000127084 FGD3 ZFYVE5 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3 protein-coding 0.905 nan 1.325 0.344 5.294 1.077 1.940 4.417 7.755 0.187 0.424 0.082 0.055 0.036 0.723 0.980 0.067 0.134 1.154 0.538 0.029 0.027 0.602 0.353 8.415 0.621 0.395 0.105 0.832 0.405 0.591 2.111 0.663 4.477 0.669 0.117 0.220 0.052 0.091 0.294 0.708 0.180 0.142 0.129 0.206 0.250 1.271 0.142 0.203 0.084 0.172 0.496 0.980 2.303 1.342 8.415 0.362 0.193 0.161 0.128 0.336 0.542 0.053 0.045 0.197 0.036 0.024 0.425 0.579 0.651 nan 7.831 8.209 2.726 0.731 0.237 0.236 0.144 0.259 1.557 2.151 1.160 1.050 0.269 0.368 1.574 1.918 0.282 0.516 2.700 1.389 6375 chr2 136962441 136968885 + 0 NA Intergenic Intergenic -89938 NM_001348059 7852 Hs.593413 NM_003467 ENSG00000121966 CXCR4 CD184|D2S201E|FB22|HM89|HSY3RR|LAP-3|LAP3|LCR1|LESTR|NPY3R|NPYR|NPYRL|NPYY3R|WHIM|WHIMS C-X-C motif chemokine receptor 4 protein-coding nan 0.490 nan 0.034 0.177 8.904 0.067 0.173 0.278 0.145 0.101 0.009 0.330 0.262 0.057 0.095 0.020 0.219 0.172 0.279 0.054 0.018 0.011 0.041 0.076 0.306 0.239 1.800 0.057 0.074 0.051 0.121 0.036 0.023 0.121 0.065 0.033 0.037 0.174 0.170 0.064 0.089 0.012 0.011 0.262 0.022 0.043 0.279 0.038 0.025 0.135 0.072 0.267 0.087 0.599 0.133 0.027 0.008 0.544 0.705 0.340 0.270 0.479 0.611 4.161 0.807 0.122 0.149 0.622 0.837 3.020 nan 0.455 0.222 0.249 0.789 0.084 0.157 0.197 0.586 1.230 0.598 7790 chr3 121901217 121909881 + 0 NA intron (NM_001178065, intron 1 of 6) L2c|LINE|L2 2368 NM_001178065 846 Hs.435615 NM_000388 ENSG00000036828 CASR CAR|EIG8|FHH|FIH|GPRC2A|HHC|HHC1|HYPOC1|NSHPT|PCAR1|hCasR calcium sensing receptor protein-coding 0.765 nan 0.570 0.075 0.302 7.187 0.070 0.184 0.189 0.082 0.007 0.035 5.454 0.118 0.127 0.093 0.096 0.022 0.007 0.261 0.203 0.304 0.024 0.012 0.025 0.055 0.434 2.208 0.087 4.615 0.057 0.066 0.025 0.045 0.127 0.062 0.021 0.054 0.036 0.100 0.160 0.085 0.033 0.118 0.025 0.118 0.033 0.043 0.304 0.030 0.142 0.177 0.037 0.027 0.044 0.026 0.007 0.006 0.360 0.223 0.152 0.309 0.403 0.505 0.178 0.138 0.286 0.291 0.142 nan 0.583 0.444 0.610 0.340 0.192 0.359 0.479 0.244 0.172 0.254 2.006 1.195 9683 chr6 46344644 46353743 + 0 NA intron (NM_001251973, intron 2 of 4) intron (NM_001251973, intron 2 of 4) -55564 NM_005822 10231 Hs.440168 NM_005822 ENSG00000172348 RCAN2 CSP2|DSCR1L1|MCIP2|RCN2|ZAKI-4|ZAKI4 regulator of calcineurin 2 protein-coding 0.907 3.118 0.611 0.285 0.910 0.189 0.086 0.740 1.321 0.039 0.010 0.054 0.054 0.155 0.726 0.217 0.049 0.093 0.041 0.014 0.015 0.277 0.198 0.183 0.023 0.040 0.024 0.074 0.116 0.294 0.164 1.664 0.049 0.037 1.039 0.024 0.114 0.065 0.123 0.035 0.033 0.042 0.047 0.177 0.027 0.031 0.052 0.052 0.726 0.164 0.051 0.183 0.030 0.010 0.026 0.100 0.035 0.140 0.069 0.025 0.006 1.400 1.289 6.098 8.949 0.719 0.535 0.113 0.085 0.477 0.528 0.167 0.259 4.086 nan 0.291 0.140 0.324 0.621 3.047 3.897 0.186 0.225 1.419 1.080 4993 chr17 73670864 73705252 + 0 NA intron (NM_001301855, intron 4 of 11) intron (NM_001301855, intron 4 of 11) -24789 NM_001003716 9400 Hs.632229 NM_004259 ENSG00000108469 RECQL5 RECQ5 RecQ like helicase 5 protein-coding 0.965 1.554 1.086 2.178 0.263 0.099 4.588 0.201 0.372 1.208 2.102 2.640 0.250 0.134 0.114 0.228 0.598 0.164 3.333 2.010 0.779 0.036 0.235 0.172 0.223 3.155 2.665 0.170 2.230 1.778 1.054 2.405 2.745 0.544 2.587 0.362 0.028 0.152 0.114 3.621 0.113 3.976 1.357 0.546 1.602 0.657 1.136 5.523 4.115 0.809 0.265 0.991 0.228 3.340 0.928 0.223 1.378 0.860 0.082 0.294 0.089 2.887 0.046 0.102 2.999 2.039 1.664 0.566 0.750 0.601 1.322 0.511 0.557 0.703 0.295 0.479 0.474 nan 0.690 0.541 0.553 0.662 0.357 0.268 0.333 0.171 0.257 0.260 0.452 nan 0.384 8611 chr4 159850811 159893351 + 0 NA intron (NM_152543, intron 3 of 4) intron (NM_152543, intron 3 of 4) 84252 NM_152543 152940 Hs.415576 NM_152543 ENSG00000164123 C4orf45 - chromosome 4 open reading frame 45 protein-coding nan 1.373 0.514 0.093 0.140 0.015 0.223 0.212 0.419 0.018 0.143 0.150 0.021 0.040 0.046 0.235 0.172 0.104 0.117 0.049 0.020 0.033 0.092 0.067 0.181 0.068 0.018 0.033 0.079 0.040 0.063 0.120 0.074 0.246 0.183 0.079 0.013 4.567 0.181 0.031 0.121 0.103 0.017 0.018 0.113 0.070 0.064 0.148 0.069 0.061 0.015 0.073 0.235 0.069 0.028 0.181 0.032 0.031 0.011 0.018 0.043 0.043 0.051 0.079 0.034 0.008 0.010 0.235 0.138 0.237 0.330 0.217 0.251 0.283 0.159 0.127 0.144 0.383 0.542 0.305 0.317 0.393 0.201 0.114 0.195 0.080 0.107 0.212 0.415 0.402 0.367 6631 chr2 213244608 213261706 + 0 NA intron (NM_001042599, intron 1 of 26) intron (NM_001042599, intron 1 of 26) 37927 NR_031643 100313771 NR_031643 ENSG00000221782 MIR548F2 MIR548F-2|MIRN548F2|hsa-mir-548f-2 microRNA 548f-2 ncRNA nan 0.926 nan 0.101 0.133 0.046 0.056 0.160 0.263 0.005 0.096 0.054 0.015 0.052 0.067 0.097 0.106 0.066 0.050 0.011 0.040 0.008 0.165 0.166 0.056 0.035 0.060 0.006 0.073 0.085 0.067 0.391 0.043 0.050 0.157 0.038 0.021 0.070 0.027 0.011 0.009 0.032 0.004 0.067 0.052 0.014 0.034 0.012 0.097 0.029 0.016 0.056 0.029 0.024 0.028 0.017 0.024 0.019 0.064 0.130 0.018 0.017 0.006 0.505 0.397 0.840 1.001 0.214 0.266 0.603 0.295 0.258 0.317 3.011 3.608 0.290 nan 0.346 0.126 0.138 0.235 0.760 1.057 0.316 0.509 0.279 0.260 11549 chr9 38305177 38320983 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -79581 NM_000692 219 Hs.436219 NM_000692 ENSG00000137124 ALDH1B1 ALDH5|ALDHX aldehyde dehydrogenase 1 family member B1 protein-coding 0.789 nan 2.915 0.027 0.452 5.869 0.089 0.167 0.389 0.024 0.112 0.105 0.024 0.070 1.715 0.402 0.239 0.071 0.094 0.095 0.017 0.276 0.131 0.189 0.145 0.036 0.046 0.063 0.247 0.086 0.526 0.054 1.604 0.065 0.062 0.018 0.042 0.077 0.134 0.105 0.103 0.042 0.044 0.201 0.058 0.055 0.145 0.149 0.122 0.089 0.068 0.402 0.098 0.189 0.062 0.052 0.049 0.268 0.129 0.045 0.232 0.118 0.029 0.423 0.149 0.512 0.394 5.462 3.521 0.746 0.667 1.189 0.407 1.563 1.628 0.332 0.554 2.612 2.428 0.440 0.252 0.372 0.853 0.200 0.195 0.240 0.597 2.253 1.295 8577 chr4 146738246 146747014 + 0 NA intron (NM_178835, intron 8 of 14) intron (NM_178835, intron 8 of 14) 117482 NM_001306215 152485 Hs.133916 NM_178835 ENSG00000151612 ZNF827 - zinc finger protein 827 protein-coding 1.653 0.787 2.423 0.155 0.258 0.019 0.317 0.290 0.290 0.107 0.175 0.045 0.152 0.162 0.321 0.074 0.122 0.021 0.057 0.016 0.411 0.246 0.437 0.102 0.033 0.034 0.060 0.047 0.117 0.061 0.057 0.225 0.050 0.054 0.021 0.098 0.050 3.913 0.222 0.062 0.053 0.025 0.044 0.087 0.216 0.139 0.080 0.009 0.053 0.162 0.016 0.042 0.437 0.042 0.103 0.444 0.080 0.150 0.063 0.034 0.480 0.051 0.033 0.012 0.319 0.831 0.309 0.538 0.955 0.841 0.344 0.159 0.131 0.211 0.720 1.167 0.601 0.590 2.519 2.421 0.172 0.335 0.179 0.189 0.465 0.957 0.782 0.647 8948 chr5 59775458 59794620 + 0 NA intron (NR_024617, intron 1 of 3) intron (NR_024617, intron 1 of 3) -1114 NM_001165899 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 0.857 0.248 0.070 0.655 0.396 0.147 0.163 0.010 0.144 1.960 0.003 0.047 0.092 0.148 0.106 0.092 0.194 0.218 0.063 0.007 0.098 0.089 0.169 0.202 0.083 0.023 0.071 0.033 0.088 0.076 0.067 0.311 0.145 9.628 0.030 0.051 0.099 0.096 0.141 0.091 0.044 0.037 0.023 0.028 0.407 0.032 1.022 0.048 0.111 0.387 0.148 0.204 0.072 0.169 0.732 0.085 0.005 0.008 0.312 0.037 0.077 0.078 0.012 0.028 0.005 0.218 0.151 0.397 0.599 0.295 0.356 nan 0.107 0.162 0.147 3.537 4.117 0.529 0.665 nan 0.117 0.074 0.240 0.088 0.127 0.189 0.338 0.199 0.286 5215 chr18 24717157 24727635 + 0 NA intron (NM_001256316, intron 2 of 4) intron (NM_001256316, intron 2 of 4) 42906 NM_001256316 83539 Hs.44584 NM_031422 ENSG00000154080 CHST9 GALNAC4ST-2|GalNAc4ST2 carbohydrate sulfotransferase 9 protein-coding 0.734 0.817 0.940 0.390 0.158 0.027 0.027 0.092 0.173 0.009 0.179 0.105 0.006 0.066 0.101 0.244 0.036 0.118 0.061 0.130 0.014 0.342 0.226 0.057 0.052 0.007 0.007 0.064 0.020 0.069 0.080 0.027 0.327 0.014 0.026 1.320 0.031 0.064 0.027 0.152 0.097 0.074 0.081 0.277 0.044 0.137 0.189 0.070 0.034 0.226 0.031 0.244 0.027 0.018 0.057 0.023 0.177 0.034 0.022 0.023 0.047 0.047 0.036 0.005 0.310 0.256 0.465 nan 0.502 0.509 4.364 1.179 0.233 0.236 0.134 0.152 0.240 0.193 0.379 0.149 0.099 0.118 5.215 5.823 0.242 0.397 1.446 1.042 5970 chr2 25695742 25706457 + 0 NA intron (NM_033147, intron 10 of 19) MLT1J-int|LTR|ERVL-MaLR -135640 NM_175630 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 0.892 0.709 0.959 0.078 0.116 0.552 0.051 0.105 0.404 0.712 0.255 0.430 3.541 0.019 0.209 0.372 0.147 0.083 0.130 0.038 0.029 0.013 0.233 0.131 0.116 0.163 0.111 0.034 0.102 0.010 0.180 0.815 0.398 0.739 0.156 0.120 0.017 0.084 0.116 0.044 0.138 0.199 0.017 0.106 0.133 0.158 0.137 0.052 0.051 0.119 0.372 0.194 0.069 0.116 0.069 0.284 0.219 0.060 0.019 0.051 0.066 0.109 0.057 0.086 0.009 0.375 0.299 0.531 2.049 0.644 0.669 0.472 0.251 0.489 0.446 0.837 1.019 0.461 nan 0.617 0.308 0.164 0.322 0.080 0.078 0.474 1.154 0.841 0.396 4094 chr15 79164379 79172985 + 0 NA intron (NM_001265604, intron 1 of 11) intron (NM_001265604, intron 1 of 11) 3351 NM_001265604 10933 Hs.374503 NM_006791 ENSG00000185787 MORF4L1 Eaf3|FWP006|HsT17725|MEAF3|MORFRG15|MRG15|S863-6 mortality factor 4 like 1 protein-coding 2.645 2.467 3.083 2.215 2.213 1.508 1.034 1.968 3.644 0.901 2.593 0.684 3.615 1.091 1.742 1.899 1.927 0.114 2.004 0.481 3.138 1.712 1.531 0.888 3.222 1.203 1.634 1.583 2.204 0.633 2.701 3.780 1.582 6.837 1.068 1.881 0.324 2.711 0.145 0.550 1.514 2.243 1.688 0.759 1.175 0.668 1.863 3.056 3.023 2.109 0.797 2.144 1.899 2.583 1.477 3.222 1.749 1.309 1.134 2.213 1.590 1.174 1.171 0.966 1.019 0.950 0.715 3.467 3.349 4.372 5.667 4.378 3.959 3.080 2.198 5.074 5.210 2.088 3.013 3.587 5.535 6.941 6.745 2.727 4.372 2.510 2.748 4.576 4.421 1.235 0.866 3540 chr14 51133234 51146911 + 0 NA Intergenic Intergenic -5001 NM_021818 60485 Hs.642842 NM_021818 ENSG00000151748 SAV1 SAV|WW45|WWP4 salvador family WW domain containing protein 1 protein-coding nan nan 1.549 2.117 1.646 0.574 1.073 0.469 0.876 0.396 0.920 2.108 0.729 0.304 0.802 1.273 1.768 0.249 2.256 0.581 0.783 0.370 0.459 0.290 1.141 1.829 1.425 0.610 2.498 1.324 2.430 3.915 3.331 2.666 1.389 1.374 0.285 1.165 0.130 0.773 1.242 1.508 1.174 0.661 2.829 1.834 1.270 1.389 1.417 1.214 0.795 1.025 1.273 1.564 1.155 1.141 0.771 0.727 0.320 1.530 0.838 1.607 0.225 0.361 0.833 0.337 0.239 1.546 1.713 1.151 2.357 1.899 1.900 1.695 0.617 3.443 3.543 1.151 1.465 1.794 2.412 2.160 1.981 0.830 1.367 1.151 1.060 1.264 1.339 nan 0.822 6421 chr2 153572492 153576817 + 0 NA promoter-TSS (NM_017892) promoter-TSS (NM_017892) 54 NR_146424 151188 Hs.643580 NM_152522 ENSG00000177917 ARL6IP6 AIP-6|AIP6|PFAAP1 ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 protein-coding 8.676 3.621 6.614 4.710 7.899 6.370 3.974 3.370 7.214 2.007 5.661 2.681 2.534 2.286 4.758 5.020 3.414 0.260 5.640 1.880 5.905 2.950 3.170 1.412 6.872 3.059 4.343 3.653 5.099 1.674 6.864 8.704 5.857 18.949 2.405 5.815 1.414 4.735 0.147 2.963 3.315 6.816 5.101 2.181 3.172 2.904 4.546 4.614 5.910 7.812 2.165 3.394 5.020 6.770 6.664 6.872 2.091 2.467 2.178 6.869 1.619 4.508 2.781 3.256 4.796 3.435 2.101 9.331 9.627 10.528 13.418 10.278 8.461 9.950 4.505 21.592 22.815 6.369 7.902 9.077 11.296 12.935 16.447 5.801 10.351 6.601 5.867 11.840 11.454 3.461 1.785 4704 chr17 32893717 32909593 + 0 NA 3' UTR (NM_207454, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_207454, exon 2 of 2) 4733 NM_207454 400591 Hs.514090 NM_207454 C17orf102 - chromosome 17 open reading frame 102 protein-coding nan 0.639 0.614 0.041 0.033 2.300 0.049 0.243 0.411 0.012 0.157 0.053 0.008 0.032 0.263 1.158 0.095 0.081 0.047 0.012 0.044 0.017 0.070 0.026 0.164 0.057 0.009 0.042 0.082 0.006 0.082 0.092 0.027 2.253 0.009 0.065 0.132 0.103 0.075 0.045 0.039 0.087 0.018 0.010 0.021 0.063 0.024 0.145 0.113 0.053 0.040 0.021 1.158 0.045 0.006 0.164 0.016 0.042 0.567 0.509 0.040 0.040 0.075 1.556 0.005 0.033 0.013 0.562 0.480 0.103 0.128 nan 0.717 0.222 0.090 0.120 0.135 0.126 0.221 0.177 0.126 nan 1.362 0.338 0.407 0.894 0.829 1.775 5.673 0.375 0.455 2394 chr12 248113 263055 + 0 NA intron (NR_033859, intron 1 of 9) AluJo|SINE|Alu 2751 NR_033859 574538 Hs.589138 NR_033859 ENSG00000249695 LOC574538 - uncharacterized LOC574538 ncRNA 0.963 nan nan 0.058 0.519 0.326 0.115 0.613 1.070 0.013 0.073 0.075 0.017 0.039 3.213 0.736 0.135 0.140 0.148 0.127 0.013 0.009 0.404 0.138 0.432 0.162 0.077 0.044 0.078 0.028 0.102 0.267 0.104 0.494 0.008 0.101 0.032 0.088 0.089 0.016 0.105 0.135 0.040 0.026 0.032 0.429 0.196 0.208 0.212 0.062 0.015 0.090 0.736 0.138 0.013 0.432 0.057 0.061 0.373 0.185 0.115 0.095 0.929 0.091 0.015 0.035 0.009 0.250 0.278 0.190 0.286 nan 1.345 3.587 1.142 0.348 0.306 0.387 0.716 1.235 1.737 0.479 0.298 0.925 0.987 0.193 0.168 0.223 nan 0.422 0.372 1266 chr1 246148835 246173322 + 0 NA intron (NM_022743, intron 5 of 11) intron (NM_022743, intron 5 of 11) 419636 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.248 nan 0.139 0.475 0.102 0.152 0.268 0.484 0.015 0.254 1.120 0.040 0.033 0.203 0.551 0.553 0.210 0.148 0.080 0.028 0.034 0.224 0.242 1.036 0.204 0.065 0.066 0.086 0.047 0.069 0.150 0.154 0.773 0.030 0.472 0.047 0.053 0.085 0.029 0.065 0.146 0.226 0.179 0.161 0.056 0.059 0.253 0.070 0.104 0.380 0.188 0.551 0.088 0.027 1.036 0.185 0.177 0.028 0.578 0.523 0.350 0.675 0.174 0.276 0.578 0.435 0.853 0.899 2.624 4.301 1.004 1.143 1.071 0.426 1.764 1.807 0.641 0.923 0.527 0.881 0.345 0.210 0.619 0.778 0.157 0.269 0.325 0.708 0.582 0.507 6578 chr2 201599731 201634309 + 0 NA intron (NR_135012, intron 14 of 30) intron (NR_135012, intron 14 of 30) -17120 NR_037886 100507140 Hs.382116 NR_037886 ENSG00000237166 LINC01792 - long intergenic non-protein coding RNA 1792 ncRNA 0.655 nan 0.715 0.551 0.122 0.041 3.810 0.190 0.380 0.425 1.152 0.701 0.032 0.473 0.128 0.446 0.115 0.050 1.928 1.254 0.820 0.028 0.109 0.087 0.110 2.405 1.670 0.107 1.296 0.848 1.985 5.133 1.195 0.361 2.018 1.054 0.014 0.031 0.081 0.746 0.037 2.824 0.441 0.306 1.567 1.036 1.015 1.718 1.289 0.509 1.079 2.712 0.446 0.680 2.706 0.110 0.398 2.894 0.040 0.395 0.170 0.781 0.117 0.104 1.373 0.653 0.493 0.272 0.227 0.206 0.327 0.270 0.241 0.190 0.073 0.404 0.501 0.117 0.279 0.528 0.495 0.316 0.148 0.295 0.334 0.141 0.350 0.333 0.632 0.390 0.434 8789 chr5 16464236 16467873 + 0 NA promoter-TSS (NM_033414) promoter-TSS (NM_033414) -160 NM_033414 90441 Hs.60300 NM_033414 ENSG00000173545 ZNF622 ZPR9 zinc finger protein 622 protein-coding nan nan 6.063 3.284 6.460 1.115 5.298 1.550 2.282 1.723 3.664 2.740 0.376 1.957 1.909 2.079 4.266 0.754 8.859 3.981 2.034 0.721 2.595 1.633 3.823 3.080 3.429 1.794 5.845 1.944 7.148 7.761 6.012 nan 1.530 2.493 0.527 2.002 0.118 2.128 1.070 3.676 8.548 4.221 2.443 2.517 3.215 1.799 3.119 4.099 3.054 1.350 2.079 8.710 3.813 3.823 2.488 3.254 1.019 3.693 4.423 3.487 0.628 0.791 1.233 1.662 1.105 4.475 4.664 4.045 6.354 6.259 6.131 5.630 1.786 3.157 3.287 nan 6.596 4.551 5.902 7.838 9.575 2.170 4.479 3.172 3.367 3.370 6.383 4.533 2.685 3419 chr14 26741625 26757441 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 317427 NM_006491 4857 Hs.31588 NM_002515 ENSG00000139910 NOVA1 Nova-1 NOVA alternative splicing regulator 1 protein-coding nan 0.876 0.861 0.096 6.560 0.160 1.187 0.162 0.295 0.250 1.197 0.016 0.044 0.186 0.241 0.224 0.163 0.088 0.048 1.055 0.035 0.584 0.353 0.826 0.887 0.616 0.041 0.064 0.093 0.208 0.447 0.309 8.532 0.110 4.321 0.018 0.062 0.108 0.224 0.276 0.180 0.165 0.148 0.276 0.063 0.353 0.757 0.638 0.018 0.425 0.634 0.241 0.081 0.258 0.826 1.085 0.087 0.031 0.100 0.885 0.070 0.066 0.055 0.226 0.021 0.016 0.217 0.163 0.321 0.479 0.689 0.807 7.574 2.813 0.756 0.813 1.560 1.980 2.027 nan 0.675 0.298 0.166 0.261 0.966 1.949 0.190 0.372 0.889 0.713 3326 chr13 107857497 107912682 + 0 NA intron (NM_001080396, intron 1 of 2) intron (NM_001080396, intron 1 of 2) 88222 NR_145739 109616978 NR_145739 ENSG00000201847 SNORD31B - small nucleolar RNA, C/D box 31B snoRNA 0.711 1.798 0.666 0.039 0.938 0.272 0.032 2.337 4.355 0.004 0.062 0.028 0.015 0.237 3.121 0.705 0.076 0.067 0.152 0.062 0.010 0.015 0.811 0.443 2.304 0.044 0.018 0.042 0.033 0.082 0.168 0.505 0.043 2.050 0.019 5.110 0.155 0.024 0.077 0.013 0.123 0.155 0.027 0.020 0.024 0.031 0.105 0.102 0.074 0.030 1.636 0.034 0.705 0.152 0.015 2.304 0.197 0.052 0.009 0.023 1.615 0.010 0.027 0.233 0.035 0.017 0.009 0.679 0.512 0.784 0.469 1.310 1.458 0.232 0.112 0.076 0.083 0.195 nan 1.840 2.215 0.355 0.164 0.119 0.192 1.562 1.445 0.166 nan 0.648 0.376 5433 chr18 74228387 74246700 + 0 NA Intergenic Intergenic -3069 NR_015417 284276 Hs.390287 NR_015417 ENSG00000263812 LINC00908 - long intergenic non-protein coding RNA 908 ncRNA nan nan 0.657 0.075 1.017 0.043 0.108 1.807 3.343 0.010 0.427 0.115 0.010 0.280 0.252 2.325 0.054 0.087 0.069 0.021 0.007 1.452 1.097 0.600 7.766 0.122 0.083 0.044 0.037 0.029 0.048 0.173 0.089 1.160 0.063 0.711 0.049 0.036 0.081 0.032 0.796 0.064 0.010 0.025 0.024 0.016 0.321 0.148 0.129 0.035 0.039 0.072 2.325 0.074 0.020 7.766 0.046 0.041 0.063 0.128 0.556 0.047 0.367 0.282 0.046 0.016 0.003 0.614 0.774 0.279 0.389 6.947 nan 5.913 3.366 0.538 0.582 0.078 0.135 4.369 nan 1.664 1.644 0.521 0.660 1.428 0.813 0.759 1.135 4.203 2.456 10430 chr7 74985660 74992062 + 0 NA promoter-TSS (NR_027776).3 promoter-TSS (NR_027776).3 414 NR_040583 54441 Hs.632310 NM_018991 STAG3L1 STAG3L1P|STAG3L2|STAG3L3 stromal antigen 3-like 1 (pseudogene) pseudo nan 1.831 2.829 1.724 2.177 2.435 3.343 1.250 2.724 1.907 2.246 3.259 0.773 1.430 3.928 3.086 2.665 1.178 2.478 0.947 2.527 2.375 1.643 0.806 2.637 2.073 2.973 2.428 3.838 0.939 1.961 2.900 4.753 5.191 1.327 2.781 1.689 4.132 0.290 1.200 2.396 5.434 3.336 2.094 1.399 1.864 2.746 2.758 3.433 7.060 1.864 2.701 3.086 3.328 4.222 2.637 3.038 1.950 1.440 4.111 1.462 2.348 2.508 0.904 2.064 2.519 1.734 3.067 3.992 3.919 nan 4.612 3.587 4.713 1.819 4.129 4.099 1.368 nan 3.408 nan 3.868 4.309 3.811 5.554 4.398 4.399 3.228 3.871 2.813 1.511 4209 chr16 4662299 4676705 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -4575 NM_145253 124402 Hs.513313 NM_145253 ENSG00000153443 UBALD1 FAM100A|PP11303 UBA like domain containing 1 protein-coding 3.838 nan 3.409 2.739 5.230 2.719 2.043 1.591 2.893 0.873 3.892 1.411 0.466 1.452 1.737 2.185 1.245 0.223 2.548 0.722 1.559 0.693 1.983 0.906 3.374 1.510 1.617 1.832 2.071 0.575 4.015 8.595 1.924 5.490 1.032 2.028 0.887 1.312 0.117 0.475 1.233 1.907 1.762 0.910 0.979 1.242 2.234 1.142 3.670 2.286 3.341 7.229 2.185 5.076 3.169 3.374 0.953 1.537 1.156 3.796 2.669 1.900 0.688 1.617 0.785 0.632 0.454 2.245 2.976 1.639 2.407 2.999 3.282 nan 4.406 7.711 8.264 2.245 nan 5.533 6.765 4.082 4.184 1.641 2.654 3.751 3.982 3.148 4.891 3.329 1.635 10774 chr7 157834760 157846716 + 0 NA intron (NM_130842, intron 10 of 21) intron (NM_130842, intron 10 of 21) 193461 NR_038966 100506585 Hs.661265 NR_038966 ENSG00000233038 LOC100506585 - uncharacterized LOC100506585 ncRNA 0.732 0.447 nan 0.061 0.228 1.068 0.036 0.268 0.739 0.016 0.039 0.061 0.058 0.669 0.196 0.088 0.147 0.036 0.016 0.010 0.046 0.287 0.228 0.511 0.024 0.006 0.093 0.103 0.160 0.123 0.530 0.037 0.054 0.096 0.046 0.125 0.010 0.073 0.108 0.020 0.013 0.009 0.143 0.077 0.142 0.027 0.029 0.007 0.022 0.196 0.024 0.023 0.511 0.010 0.083 0.204 0.107 0.424 0.030 1.213 0.010 0.019 0.019 0.004 3.508 6.741 0.107 0.107 0.606 0.684 0.614 0.225 0.062 0.028 0.095 0.174 0.544 0.841 0.302 0.219 1.395 1.969 0.361 0.832 0.072 0.142 1.234 1.020 11458 chr9 13987860 13996085 + 0 NA Intergenic Intergenic 64002 NR_038194 100113404 Hs.149786 NR_038194 ENSG00000205636 LINC00583 C9orf146 long intergenic non-protein coding RNA 583 ncRNA nan nan 1.831 0.070 0.715 6.377 0.043 0.877 1.609 0.023 0.247 1.249 0.030 0.049 0.350 1.904 0.155 0.039 0.078 0.023 0.015 0.046 0.325 0.240 1.242 0.067 0.053 0.009 0.038 0.097 1.118 0.128 5.720 0.090 0.084 0.835 0.053 0.080 0.120 0.034 0.037 0.019 0.027 0.037 0.049 0.177 0.030 0.043 0.044 0.040 1.904 0.061 0.045 1.242 0.030 0.030 0.140 0.028 0.061 0.029 0.048 0.030 0.220 0.056 0.031 0.151 0.170 0.260 0.325 4.960 4.547 2.719 0.662 0.119 0.102 8.882 11.243 1.296 1.437 0.389 0.160 0.217 0.258 2.750 2.175 0.180 0.291 1.214 1.117 10052 chr6 158878322 158901743 + 0 NA intron (NM_001007466, intron 6 of 12) MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR -67436 NM_020823 57583 Hs.99145 NM_020823 ENSG00000146433 TMEM181 GPR178|KIAA1423 transmembrane protein 181 protein-coding nan 0.771 1.546 0.175 1.320 3.106 0.394 0.350 0.682 0.020 0.202 0.844 0.021 0.589 2.380 0.580 0.254 0.110 0.288 0.164 0.043 0.024 0.755 0.460 2.150 0.152 0.075 0.027 0.069 0.054 0.233 nan 0.223 3.063 0.172 0.184 1.211 0.069 0.096 0.094 0.083 0.102 0.085 0.057 0.070 0.111 0.330 0.090 0.154 0.166 0.034 0.166 0.580 0.131 0.219 2.150 0.042 0.152 0.135 0.074 3.108 0.195 0.218 0.438 0.169 0.036 0.013 0.447 0.497 1.032 1.480 1.496 nan 4.140 1.539 0.379 0.390 0.461 0.568 2.876 3.188 0.851 0.579 0.298 0.502 2.707 3.469 0.799 nan 1.416 0.701 4784 chr17 40713093 40721023 + 0 NA exon (NM_025233, exon 5 of 9) exon (NM_025233, exon 5 of 9) -2020 NM_198205 6945 Hs.383019 NM_170607 ENSG00000108788 MLX MAD7|MXD7|TCFL4|TF4|bHLHd13 MLX, MAX dimerization protein protein-coding 3.280 3.154 nan 3.676 3.400 3.180 3.711 2.019 4.289 1.315 3.930 1.342 0.585 1.200 2.265 3.248 1.694 0.199 4.774 1.851 8.859 1.656 2.091 0.911 2.423 2.452 2.561 2.138 3.980 1.556 1.953 nan 2.995 5.010 1.457 3.259 0.638 1.640 0.083 2.236 1.327 4.848 2.467 0.940 3.125 2.024 3.717 3.067 3.942 2.543 4.652 2.631 3.248 4.012 3.194 2.423 2.070 2.013 1.400 5.132 1.778 3.586 0.736 1.080 1.908 2.150 1.271 3.203 3.570 3.614 5.992 4.720 nan 5.231 1.822 6.450 6.755 2.272 2.892 4.469 nan 5.561 3.982 1.991 3.381 2.583 3.838 2.623 3.415 2.788 1.286 7514 chr3 11649634 11685827 + 0 NA intron (NM_014667, intron 2 of 5) intron (NM_014667, intron 2 of 5) 17721 NM_001128219 9686 Hs.740389 NM_014667 ENSG00000144560 VGLL4 VGL-4 vestigial like family member 4 protein-coding nan 1.304 1.221 0.359 0.283 0.804 0.410 0.167 0.375 0.314 0.726 0.579 0.227 0.066 0.253 0.409 0.974 0.120 0.651 0.236 0.609 0.451 0.317 0.206 0.294 0.264 0.230 0.120 0.467 0.269 0.326 0.697 0.288 0.413 0.297 0.500 0.203 0.415 0.102 0.337 0.282 0.836 0.801 0.314 0.326 0.119 0.410 0.795 0.482 0.816 0.312 0.343 0.409 0.310 0.676 0.294 0.125 0.208 0.155 0.268 0.376 0.658 4.638 1.462 0.853 0.564 0.589 0.515 0.664 0.941 1.502 1.136 1.087 0.707 0.291 1.065 1.114 0.991 1.255 1.201 1.506 3.495 3.317 3.456 4.557 0.964 1.128 2.063 3.778 1.054 0.708 39 chr1 3730576 3740682 + 0 NA intron (NM_014704, intron 20 of 21) intron (NM_014704, intron 20 of 21) -22561 NM_020710 57470 Hs.268488 NM_020710 ENSG00000130764 LRRC47 - leucine rich repeat containing 47 protein-coding 2.062 nan 1.324 0.107 0.323 6.259 0.096 0.126 0.177 0.019 0.116 0.062 0.006 0.039 2.786 0.254 0.141 0.127 0.218 0.037 0.014 0.139 0.228 0.083 0.062 0.043 0.037 0.054 0.010 0.076 nan 0.084 2.250 0.043 0.164 0.053 0.130 0.011 1.524 0.091 0.030 0.016 0.087 0.007 0.057 0.164 0.113 0.064 0.023 0.053 0.254 0.148 0.030 0.083 0.012 0.040 0.689 0.063 0.010 0.023 3.121 0.245 0.014 0.017 3.012 5.994 0.360 0.459 1.034 1.249 0.253 0.072 0.395 0.540 0.792 nan nan 0.710 nan 2.209 2.027 3.612 0.054 0.071 0.833 1.102 0.948 0.717 11383 chr8 144588619 144613016 + 0 NA intron (NM_015117, intron 3 of 11) intron (NM_015117, intron 3 of 11) -12399 NR_145785 109623485 NR_145785 SNORD149 - small nucleolar RNA, C/D box 149 snoRNA 1.428 0.506 nan 0.159 1.410 4.364 0.306 0.638 1.044 0.059 1.076 0.148 0.026 0.093 0.485 0.592 0.167 0.059 0.320 0.016 0.078 0.124 0.828 0.363 1.815 0.181 0.085 0.200 0.203 0.017 0.256 0.517 0.099 1.688 0.120 0.116 0.070 0.120 0.075 0.043 0.076 0.166 0.108 0.095 0.052 0.076 0.122 0.164 0.374 0.186 0.020 0.323 0.592 0.272 0.072 1.815 0.045 0.125 0.321 0.316 0.971 0.124 0.158 0.071 0.044 0.026 0.010 0.651 0.975 0.280 0.419 nan 3.562 nan 0.303 0.728 0.788 0.423 0.637 1.641 1.699 0.917 1.223 0.602 0.786 0.492 0.534 0.251 0.396 1.716 1.041 11375 chr8 143807286 143813474 + 0 NA intron (NM_016647, intron 1 of 1) AluY|SINE|Alu 1759 NM_016647 51337 Hs.368402 NM_016647 ENSG00000130193 THEM6 C8orf55|DSCD75 thioesterase superfamily member 6 protein-coding 3.865 2.632 nan 5.791 2.586 6.773 2.189 2.355 5.092 1.241 3.130 1.193 0.811 1.763 3.075 3.185 1.212 0.183 3.014 0.857 2.204 0.701 0.787 0.643 4.977 1.449 2.005 1.844 3.491 1.740 3.858 7.295 2.582 9.777 2.341 2.287 0.676 1.285 0.094 1.300 0.836 3.413 3.853 1.705 1.965 0.552 3.758 2.855 3.620 2.390 2.949 2.550 3.185 3.980 2.879 4.977 1.958 2.328 0.935 4.662 2.838 1.222 3.160 0.513 0.922 1.500 1.131 2.845 3.781 1.854 3.095 nan 9.794 nan 1.468 2.531 2.797 2.187 3.174 0.419 0.423 2.186 3.740 5.151 8.390 4.058 2.844 2.588 2.151 1.550 0.814 10300 chr7 34012874 34028342 + 0 NA intron (NM_133468, intron 7 of 15) L2c|LINE|L2 76085 NM_133468 168667 Hs.660998 NM_133468 ENSG00000164619 BMPER CRIM3|CV-2|CV2 BMP binding endothelial regulator protein-coding 1.139 0.911 0.946 0.233 0.097 0.022 0.430 0.124 0.228 0.132 5.457 0.518 0.048 0.065 0.079 0.298 0.575 0.084 0.122 0.049 0.371 0.041 0.133 0.101 0.452 0.187 0.157 1.188 0.872 0.318 0.714 0.346 0.316 0.591 2.664 0.031 0.069 0.147 1.271 0.051 5.711 1.244 0.619 0.265 0.213 0.118 0.999 0.563 0.213 0.046 0.475 0.298 0.069 2.003 0.101 0.142 0.048 0.031 1.706 0.069 1.722 0.019 0.064 1.487 0.590 0.640 0.452 0.260 0.166 0.297 0.332 nan 0.147 0.058 0.285 0.368 0.908 nan nan nan 0.389 0.172 0.142 0.207 0.071 0.081 0.181 nan 0.537 0.416 558 chr1 102357678 102397357 + 0 NA intron (NM_058170, intron 1 of 5) intron (NM_058170, intron 1 of 5) 39949 NR_033424 94236 Hs.606193 NR_033424 DNAJA1P5 HEJ1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member A1 pseudogene 5 pseudo 1.004 nan nan 0.060 0.259 0.020 0.027 0.089 0.228 0.007 0.051 0.029 0.073 0.068 0.072 0.135 0.106 0.073 0.114 0.009 0.024 0.011 0.129 0.093 0.435 0.005 0.013 0.009 0.058 0.019 0.114 0.308 0.155 0.610 0.033 0.191 0.086 0.052 0.138 0.006 0.024 0.051 0.014 0.014 0.025 0.020 0.093 0.080 0.027 0.007 0.018 0.060 0.135 0.043 0.035 0.435 0.015 0.023 0.017 0.015 0.070 0.025 0.062 0.464 0.014 0.020 0.010 0.394 0.307 0.368 0.587 0.428 nan 0.057 0.041 0.273 0.252 6.120 6.597 nan nan 0.584 0.370 0.128 0.272 0.466 0.843 0.648 nan 0.578 0.422 7854 chr3 134817912 134830052 + 0 NA intron (NM_004441, intron 3 of 15) intron (NM_004441, intron 3 of 15) 309883 NM_004441 2047 Hs.116092 NM_004441 ENSG00000154928 EPHB1 ELK|EPHT2|Hek6|NET EPH receptor B1 protein-coding 1.128 nan nan 0.106 0.630 0.298 0.094 0.896 1.946 0.024 0.046 0.023 0.005 0.454 0.366 0.924 0.085 0.155 0.035 0.005 0.034 0.284 0.179 0.108 0.029 0.048 0.018 0.088 0.000 0.132 0.584 0.077 0.477 0.012 0.049 0.165 0.018 0.071 0.010 0.125 0.155 0.013 0.013 0.027 0.069 0.055 0.115 0.027 0.037 0.038 0.924 0.012 0.046 0.108 0.040 0.041 0.423 0.019 0.050 0.013 0.446 0.072 0.019 0.009 0.009 0.389 0.186 0.141 0.297 0.644 0.734 8.001 1.842 0.179 0.166 0.267 0.462 1.782 1.636 nan 0.615 0.821 0.984 0.835 0.975 0.287 0.415 0.197 0.367 9859 chr6 114336626 114340607 + 0 NA intron (NR_125845, intron 4 of 9) HERVH-int|LTR|ERV1 45425 NM_153612 222537 Hs.645477 NM_153612 ENSG00000249853 HS3ST5 3-OST-5|3OST5|HS3OST5|NBLA04021 heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 5 protein-coding nan 0.599 nan 0.395 0.133 0.028 0.249 0.040 0.125 0.387 1.040 0.094 0.025 0.045 0.204 0.189 1.581 0.552 0.894 0.039 0.043 0.150 1.826 1.361 0.146 0.204 2.322 0.240 0.428 0.210 0.276 0.615 0.120 0.055 0.146 0.078 1.341 9.186 3.299 2.496 0.771 0.146 0.140 0.061 0.231 0.079 0.339 0.204 1.679 0.211 0.150 0.152 0.418 0.050 0.161 0.893 0.026 0.061 0.019 0.853 0.368 0.359 0.169 0.161 0.712 0.223 nan nan 0.063 0.233 0.165 0.269 nan 0.130 0.223 0.309 0.213 0.020 0.217 0.021 0.026 0.276 nan 0.126 0.250 8806 chr5 20274729 20278367 + 0 NA intron (NM_001349562, intron 1 of 13) L1MA3|LINE|L1 -29112 NR_146519 102725105 NR_146519 CDH18-AS1 - CDH18 antisense RNA 1 ncRNA 0.452 0.945 1.378 0.970 0.264 0.015 6.296 0.088 0.159 0.313 1.388 7.882 0.034 0.138 0.121 0.422 0.110 0.088 7.043 5.712 1.600 0.077 0.205 0.100 2.977 3.453 0.772 1.889 2.292 1.566 3.544 1.218 0.383 3.829 8.211 0.051 0.007 0.033 2.159 0.021 2.210 2.004 0.925 2.517 0.354 0.503 0.790 1.544 0.058 1.297 4.402 0.422 4.519 3.484 0.100 4.441 0.182 0.562 0.225 6.418 0.067 0.757 0.301 0.279 0.460 0.171 0.411 0.632 0.336 0.445 0.195 0.045 0.211 0.195 nan 1.890 0.420 0.372 0.637 0.386 0.223 0.127 0.186 0.334 0.209 0.336 nan 0.686 10509 chr7 94137384 94146570 + 0 NA intron (NM_022900, intron 1 of 17) MIR|SINE|MIR 2807 NM_022900 64921 Hs.260041 NM_022900 ENSG00000127995 CASD1 C7orf12|NBLA04196|SOAT CAS1 domain containing 1 protein-coding nan 2.734 nan 1.788 2.935 3.169 1.091 2.897 5.531 0.825 2.005 1.058 1.533 1.834 4.372 2.987 1.049 0.104 1.223 0.279 2.016 1.284 3.714 2.669 5.289 0.626 1.025 1.431 4.614 0.982 4.175 4.275 6.857 4.864 0.572 0.961 1.232 3.576 0.206 0.627 2.564 1.796 1.018 0.489 1.487 2.244 1.612 1.448 3.659 4.314 2.018 1.884 2.987 1.898 2.662 5.289 1.200 2.377 0.931 3.452 2.055 1.750 1.263 1.129 0.854 0.777 0.500 4.233 4.293 3.424 4.827 8.432 9.587 4.611 2.275 7.112 7.084 6.101 7.100 3.764 5.266 6.744 7.095 4.990 7.362 4.666 4.201 4.617 nan 7.441 3.688 8091 chr3 182278488 182288395 + 0 NA Intergenic Intergenic -58529 NR_134941 105374244 Hs.130176 NR_134941 ENSG00000244247 LINC01995 - long intergenic non-protein coding RNA 1995 ncRNA 1.214 1.202 0.823 0.110 0.337 0.145 0.258 0.227 0.417 0.025 0.040 0.027 0.050 0.040 0.134 0.303 0.137 0.032 0.107 0.039 0.025 0.010 0.165 0.226 0.132 0.014 0.022 0.015 0.069 0.123 0.433 0.129 0.759 0.073 0.055 0.234 0.087 0.100 0.012 5.876 0.094 0.018 0.066 0.016 0.145 0.150 0.041 0.064 0.008 0.123 0.303 0.081 0.019 0.132 0.062 0.025 0.108 0.012 0.081 0.032 0.040 0.176 0.023 0.029 0.010 0.269 0.142 0.166 0.244 0.367 0.561 1.204 0.378 0.110 0.133 0.561 0.953 0.498 0.451 0.769 0.313 0.174 0.194 1.008 0.661 0.281 0.625 0.886 0.678 7184 chr21 35295689 35323124 + 0 NA intron (NR_038883, intron 1 of 2) intron (NR_038883, intron 1 of 2) 5888 NR_134558 100506334 Hs.532855 NM_207472 ENSG00000237945 LINC00649 - long intergenic non-protein coding RNA 649 ncRNA 1.222 1.229 2.991 0.393 0.777 0.873 0.572 0.590 1.111 0.285 0.433 0.939 0.835 0.164 1.520 1.382 0.786 0.103 0.810 0.228 0.563 0.061 0.288 0.308 1.301 0.833 0.550 0.470 0.223 0.446 0.221 1.021 0.450 5.552 0.517 0.277 0.090 0.811 0.090 0.297 0.194 0.812 0.668 0.290 0.369 0.601 0.229 1.780 0.311 1.251 0.674 0.188 1.382 1.005 1.249 1.301 0.161 0.364 0.194 0.228 0.654 0.452 0.742 0.228 0.242 0.868 0.726 1.697 2.411 1.691 1.666 3.064 3.177 1.147 0.427 3.663 3.892 0.873 1.151 1.629 2.548 0.954 0.664 0.832 1.388 0.602 0.752 0.550 0.795 nan 0.905 6101 chr2 50755880 50767944 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 11 of 23) intron (NM_001135659, intron 11 of 23) 161488 NR_130470 103504737 NR_130470 ENSG00000216191 MIR8485 hsa-mir-8485 microRNA 8485 ncRNA 1.349 nan 2.349 0.066 0.168 0.119 0.029 0.186 0.352 0.077 0.008 0.025 0.017 0.194 0.395 0.143 0.068 0.149 0.065 0.016 0.011 0.362 0.346 0.405 0.012 0.012 0.097 0.122 0.207 0.103 0.572 0.048 0.081 0.436 0.036 0.122 0.010 0.090 0.161 0.005 0.026 0.055 0.031 0.087 0.091 0.067 0.018 0.032 0.027 0.395 0.036 0.003 0.405 0.034 1.353 0.058 0.227 0.026 0.041 0.790 0.032 0.010 0.008 0.463 0.276 0.258 0.280 0.778 1.016 0.596 0.245 0.357 0.347 4.235 5.207 0.722 0.728 4.517 3.018 0.142 0.176 1.438 1.586 0.971 1.949 0.694 0.550 4570 chr17 7208890 7220154 + 0 NA intron (NM_001970, intron 3 of 5) intron (NM_001970, intron 3 of 5) 2828 NM_001143762 1984 Hs.534314 NM_001970 ENSG00000132507 EIF5A EIF-5A|EIF5A1|eIF5AI eukaryotic translation initiation factor 5A protein-coding 4.192 1.968 2.677 2.144 1.927 2.250 1.654 1.891 3.288 1.295 2.400 1.214 1.795 1.794 2.028 3.137 1.233 0.132 3.724 0.892 3.800 1.638 0.987 0.477 2.889 0.962 1.400 1.188 2.271 0.494 3.565 4.395 4.331 4.791 0.835 3.536 0.551 9.806 0.483 0.910 1.410 5.459 2.628 1.025 1.676 2.327 2.931 2.546 4.902 3.949 1.652 1.537 3.137 5.650 5.081 2.889 2.213 1.813 1.157 6.082 3.038 3.063 0.932 2.493 1.517 2.136 1.088 3.972 4.119 3.501 5.254 4.556 4.265 5.233 2.210 4.552 4.345 2.054 3.208 4.532 5.809 2.636 3.583 1.512 2.594 2.707 2.780 4.565 5.639 1.498 0.774 10238 chr7 24944423 24962648 + 0 NA intron (NM_015550, intron 1 of 22) intron (NM_015550, intron 1 of 22) -21295 NR_104112 26031 Hs.520259 NM_015550 ENSG00000070882 OSBPL3 ORP-3|ORP3|OSBP3 oxysterol binding protein like 3 protein-coding 1.213 1.614 1.012 2.214 0.274 0.134 1.210 0.169 0.253 0.349 0.538 2.820 0.044 0.060 0.479 0.162 0.770 0.071 0.914 0.416 0.102 0.015 0.146 0.117 0.230 2.243 1.161 0.070 2.062 0.796 1.149 5.330 0.796 2.402 0.709 0.130 0.042 0.105 0.146 0.645 0.256 0.516 0.543 0.336 1.878 1.013 0.682 0.895 0.221 0.368 0.095 0.700 0.162 0.487 1.639 0.230 0.482 0.125 0.070 0.092 0.084 1.163 0.022 0.040 0.558 0.288 0.284 0.378 0.203 0.293 nan 0.679 0.768 0.787 0.383 0.290 0.267 0.497 0.794 1.599 1.639 0.474 0.207 0.127 0.170 0.197 0.168 0.207 nan 0.973 0.797 2350 chr11 126867903 126875456 + 0 NA promoter-TSS (NM_001161707) promoter-TSS (NM_001161707) -913 NM_001301097 84623 Hs.376015 NM_032531 ENSG00000149571 KIRREL3 KIRRE|MRD4|NEPH2|PRO4502 kirre like nephrin family adhesion molecule 3 protein-coding 0.674 2.931 0.863 0.046 1.156 0.437 0.037 1.101 2.293 0.013 0.083 0.024 0.030 0.027 1.101 3.664 0.019 0.021 0.055 0.186 0.578 0.284 1.569 0.018 0.029 0.898 0.118 0.055 0.064 0.057 0.038 12.128 0.006 0.043 1.392 0.086 0.100 0.251 0.264 0.231 0.024 0.031 0.070 0.038 0.118 0.124 0.074 0.126 0.027 3.664 0.038 0.036 1.569 0.032 0.032 0.139 0.163 0.041 0.037 0.118 0.387 0.581 0.008 0.744 0.585 0.416 0.472 3.655 3.656 4.904 1.054 0.116 0.110 0.157 0.291 1.645 2.106 1.213 1.355 0.918 1.426 4.218 2.614 0.322 nan 2.373 1.213 2479 chr12 11307763 11345433 + 0 NA 3' UTR (NM_001271592, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_001271592, exon 1 of 1) -2374 NR_037918 100533464 Hs.732031 NR_037918 ENSG00000275778 PRH1-PRR4 PRH1 PRH1-PRR4 readthrough ncRNA 1.321 0.776 1.384 0.498 1.474 0.951 0.177 0.397 0.666 0.116 0.425 0.514 0.119 0.284 0.542 0.545 0.198 0.051 0.379 0.106 0.310 0.177 0.590 0.428 0.676 0.235 0.231 0.132 0.424 0.146 0.734 0.808 0.556 1.651 0.101 0.284 0.092 0.524 0.126 0.122 0.360 0.391 0.264 0.106 0.203 0.181 0.299 0.717 0.374 0.837 0.158 0.189 0.545 0.304 0.388 0.676 0.185 0.189 0.080 0.670 0.153 0.218 0.236 0.713 0.145 0.254 0.182 0.536 0.523 1.504 1.436 nan 1.734 2.085 1.135 20.867 21.432 1.152 1.330 1.452 2.010 1.270 1.074 0.443 0.842 0.426 0.540 1.795 3.349 0.526 0.316 1 chr1 11311 16678 + 0 NA TTS (NR_024540) TTS (NR_024540) 2120 NR_046018 100287102 Hs.618434 NR_046018 ENSG00000223972 DDX11L1 - DEAD/H-box helicase 11 like 1 pseudo 2.718 nan 2.882 0.215 0.637 11.756 0.913 0.326 0.765 0.240 0.370 0.163 0.372 0.376 5.570 6.378 0.226 0.211 0.910 0.387 0.067 0.155 1.989 1.065 1.094 0.233 0.268 0.221 0.482 0.176 1.407 nan 1.526 4.839 0.245 0.368 1.652 0.269 0.125 0.066 0.340 0.259 0.110 0.130 0.326 0.213 0.215 0.386 0.357 0.502 0.179 0.739 6.378 1.078 1.094 0.755 0.171 1.306 0.180 1.799 0.296 0.082 0.384 0.098 0.021 0.047 0.990 1.269 0.868 1.456 6.664 6.517 1.878 0.593 1.533 1.190 2.258 nan nan 1.745 nan 1.411 0.527 0.675 2.982 2.275 0.811 1.321 6.419 3.203 506 chr1 89718575 89730748 + 0 NA TTS (NM_001134486) TTS (NM_001134486) 13883 NM_052942 115362 Hs.513726 NM_052942 ENSG00000154451 GBP5 GBP-5 guanylate binding protein 5 protein-coding 0.873 nan nan 0.089 0.990 1.028 0.352 0.184 0.273 0.149 0.107 0.113 0.041 0.048 0.458 1.319 1.050 0.118 0.190 0.093 0.036 0.034 0.115 0.141 0.148 0.252 0.070 0.175 0.084 0.052 0.059 0.284 0.134 11.323 0.049 0.170 0.299 0.018 0.102 0.048 0.632 0.099 0.055 0.057 0.276 0.050 0.178 0.106 0.013 0.047 0.026 0.077 1.319 0.132 0.060 0.148 0.031 0.013 0.072 0.019 0.011 0.051 0.040 0.061 0.082 0.009 0.012 0.352 0.228 1.068 0.824 0.687 0.657 0.594 0.180 0.371 0.425 3.053 3.972 0.672 0.619 0.522 0.285 0.140 0.260 1.461 1.915 0.208 0.364 1.786 0.898 5929 chr2 16251359 16263381 + 0 NA Intergenic Intergenic 66821 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.689 0.504 0.747 0.119 0.483 0.092 0.036 0.120 0.167 0.016 0.039 0.038 0.029 0.214 0.075 0.094 0.040 0.043 0.044 0.003 0.052 0.104 0.047 0.006 0.006 0.004 0.043 0.113 0.206 0.088 0.333 0.024 0.050 0.008 0.036 0.075 0.020 0.145 0.025 0.007 0.051 0.105 0.124 0.372 0.045 0.085 0.083 0.075 0.039 0.023 0.047 0.062 0.068 0.016 0.034 0.059 0.033 19.649 0.113 0.052 0.010 0.008 0.367 0.405 0.268 0.265 0.336 0.374 0.245 0.081 0.215 0.179 0.105 0.250 0.285 nan 0.550 0.224 12.533 17.690 0.032 0.052 0.399 nan 0.188 0.331 5554 chr19 14132303 14144148 + 0 NA promoter-TSS (NM_001311197) promoter-TSS (NM_001311197) -735 NM_001311197 117579 Hs.352155 NM_080864 ENSG00000171136 RLN3 H3|RXN3|ZINS4|insl7 relaxin 3 protein-coding 1.337 1.216 1.180 0.427 0.458 0.280 2.368 0.207 0.473 0.485 0.440 0.652 0.016 0.175 0.105 0.326 0.196 0.163 1.496 1.073 0.470 0.339 0.239 0.150 0.435 3.981 4.130 0.509 3.328 1.342 0.822 nan 0.976 0.645 0.468 0.605 0.096 0.980 0.094 0.446 0.087 0.670 0.815 0.349 1.667 0.750 1.332 1.164 1.105 1.158 0.414 0.915 0.326 2.092 0.515 0.435 0.260 0.846 0.197 1.575 0.241 1.448 0.176 0.340 0.567 0.170 0.038 0.440 0.759 0.698 1.242 0.752 0.840 1.968 0.645 0.663 0.817 0.516 0.863 0.858 1.479 0.995 0.644 0.534 0.520 0.831 0.583 0.777 1.338 0.825 0.727 4184 chr16 2261267 2267008 + 0 NA intron (NM_001042371, intron 1 of 1) CpG 685 NM_001042371 283871 Hs.442634 NM_001042371 ENSG00000184207 PGP AUM|G3PP|PGPase phosphoglycolate phosphatase protein-coding 2.640 nan 2.259 3.435 4.274 1.887 2.851 0.814 1.776 1.234 4.121 1.784 1.029 0.700 3.324 2.798 1.142 0.335 3.222 0.965 3.501 0.554 1.035 0.698 1.394 2.120 2.408 1.968 2.822 0.902 2.895 5.302 1.910 3.747 1.502 4.777 1.093 3.265 0.179 0.772 0.983 2.440 2.353 1.155 1.198 1.257 3.716 2.140 3.224 2.491 4.874 3.305 2.798 4.369 2.432 1.394 1.197 2.341 0.810 4.810 2.902 3.324 0.667 1.157 0.905 1.846 0.949 3.449 3.366 1.085 1.992 2.773 1.908 7.081 3.421 5.764 6.086 1.772 nan 4.502 6.355 3.704 4.425 1.388 2.000 4.415 4.565 3.881 5.717 2.277 1.055 7950 chr3 159499970 159523761 + 0 NA intron (NM_001197114, intron 4 of 9) MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -25464 NR_121669 100874433 Hs.601476 NR_121669 IQCJ-SCHIP1-AS1 uaz98 IQCJ-SCHIP1 readthrough antisense RNA 1 ncRNA nan 1.340 0.808 1.585 0.351 0.192 1.468 0.228 0.409 0.787 0.342 0.546 3.106 0.067 0.327 0.276 0.725 0.109 0.558 0.193 0.549 0.023 0.199 0.201 0.152 0.632 0.300 0.317 0.599 0.579 0.463 1.090 2.987 0.633 0.482 0.699 0.056 0.178 0.076 0.167 0.530 0.226 0.106 0.081 0.183 0.525 0.497 0.311 0.565 0.266 0.369 0.808 0.276 0.854 0.629 0.152 0.312 0.354 0.054 0.103 0.111 0.715 0.060 0.139 0.259 0.109 0.047 0.308 0.300 1.610 4.218 0.385 0.456 1.224 0.365 0.175 0.175 0.467 nan 0.520 0.625 0.616 0.340 0.176 0.295 0.268 0.718 0.372 0.617 0.727 0.622 10770 chr7 156911321 156919142 + 0 NA Intergenic Intergenic -16424 NM_014671 9690 Hs.118351 NM_014671 ENSG00000009335 UBE3C HECTH2 ubiquitin protein ligase E3C protein-coding 0.646 0.459 nan 0.082 0.056 0.434 0.101 0.122 0.476 0.012 0.110 0.130 0.008 0.039 0.464 0.114 0.137 0.041 0.027 0.024 0.049 0.070 0.080 0.126 0.245 0.027 0.046 0.017 0.138 0.026 0.072 0.191 0.240 0.282 0.129 0.012 0.106 0.183 0.091 0.201 0.061 0.020 0.027 0.122 0.184 0.189 0.083 0.044 0.100 0.127 0.114 0.020 0.035 0.245 0.015 0.093 0.062 0.137 0.143 0.050 3.047 0.015 0.039 0.029 0.019 0.517 0.666 0.319 0.286 0.398 0.464 0.329 0.122 0.149 0.098 0.180 0.327 0.409 0.554 0.363 0.178 5.848 4.500 0.114 0.183 0.184 0.292 0.671 0.653 8100 chr3 183185381 183198662 + 0 NA Intergenic Intergenic 20419 NR_145763 109617007 NR_145763 ENSG00000199363 SNORA63E - small nucleolar RNA, H/ACA box 63E snoRNA 1.140 1.426 0.987 0.108 0.669 0.863 0.160 0.382 1.100 0.022 0.099 0.083 0.028 0.150 0.592 0.270 0.164 0.133 0.145 0.086 0.028 0.010 1.816 0.906 0.264 0.150 0.079 0.113 0.139 0.024 0.164 0.315 0.165 3.429 0.040 0.075 0.223 0.065 0.082 0.027 0.197 0.237 0.064 0.064 0.033 0.069 0.196 0.136 0.086 0.181 0.018 0.157 0.270 0.129 0.131 0.264 0.046 0.068 0.313 0.078 0.084 0.072 0.111 0.381 0.028 0.026 0.008 0.289 0.497 0.310 0.545 2.135 1.999 7.486 2.127 0.509 0.589 0.481 0.713 0.619 1.042 1.016 0.650 0.283 0.344 1.306 1.434 0.439 0.881 2.673 1.516 7583 chr3 46557220 46560344 + 0 NA 3' UTR (NM_024512, exon 9 of 9) 3' UTR (NM_024512, exon 9 of 9) 19297 NM_031440 83597 Hs.196584 NM_031440 ENSG00000163825 RTP3 LTM1|TMEM7|Z3CXXC3 receptor transporter protein 3 protein-coding 0.545 nan nan 2.192 0.112 0.017 2.094 0.078 0.063 0.306 0.074 0.811 0.031 0.012 0.041 0.049 0.168 1.831 1.028 4.035 0.044 0.152 0.107 1.855 1.478 0.095 3.672 5.040 1.554 1.153 0.379 0.124 1.840 0.087 0.096 0.096 1.683 0.026 1.206 15.548 5.072 1.770 2.973 1.147 2.210 0.104 0.977 0.171 0.041 3.614 3.783 0.155 0.132 0.030 0.150 0.033 4.520 0.033 0.115 2.418 7.257 6.621 0.158 0.086 0.374 1.040 0.350 0.200 0.269 0.114 0.154 0.088 0.072 0.185 0.176 0.270 0.397 0.142 0.126 0.119 0.026 0.015 0.178 0.757 0.282 0.311 9873 chr6 119667889 119672633 + 0 NA 5' UTR (NM_005907, exon 2 of 13) 5' UTR (NM_005907, exon 2 of 13) 670 NM_005907 4121 Hs.102788 NM_005907 ENSG00000111885 MAN1A1 HUMM3|HUMM9|MAN9 mannosidase alpha class 1A member 1 protein-coding 3.260 0.952 nan 0.876 3.197 0.131 0.905 0.171 0.429 0.339 0.832 2.304 0.078 0.935 1.237 0.327 0.393 1.248 0.432 0.052 0.146 1.251 0.449 0.354 0.218 0.090 0.046 1.110 0.155 2.400 3.586 2.358 5.231 0.491 0.091 1.759 0.508 0.077 0.450 1.122 1.279 0.621 0.624 1.159 0.275 2.656 0.905 0.446 6.058 0.284 0.405 0.327 0.892 1.987 0.354 0.438 0.452 0.245 0.773 2.215 0.584 1.833 0.012 0.130 0.061 0.021 7.994 9.660 11.431 10.310 0.623 nan nan 0.354 5.578 5.287 1.370 nan 6.537 11.984 0.867 0.817 2.629 6.871 6.499 7.941 0.185 nan 1.821 1.153 8600 chr4 154212005 154224841 + 0 NA intron (NM_001351057, intron 7 of 12) intron (NM_001351057, intron 7 of 12) 11540 NR_001562 303 Hs.546235 NR_001562 ANXA2P1 ANX2L1|ANX2P1|LPC2A annexin A2 pseudogene 1 pseudo nan 0.789 0.454 1.076 0.217 0.017 0.088 0.098 0.282 0.736 0.097 0.055 0.334 0.039 0.077 0.099 0.216 0.146 0.168 0.058 0.021 0.049 0.065 0.102 0.027 0.017 0.011 0.085 0.017 0.150 0.410 0.199 0.275 0.075 0.058 0.022 0.033 0.086 0.009 0.055 0.087 0.023 0.018 0.026 0.072 0.483 0.100 0.044 0.033 0.012 0.079 0.099 0.243 0.057 0.102 0.038 0.462 0.018 0.023 0.087 0.077 0.073 0.042 0.018 0.012 0.215 0.247 3.807 7.377 0.195 0.245 0.184 0.112 0.178 0.166 0.203 0.330 0.454 0.456 0.299 0.202 0.143 0.321 0.079 0.099 0.180 0.398 0.315 0.190 2845 chr12 88959408 88975395 + 0 NA intron (NM_000899, intron 1 of 9) intron (NM_000899, intron 1 of 9) 6849 NM_003994 4254 Hs.1048 NM_000899 ENSG00000049130 KITLG DCUA|DFNA69|FPH2|FPHH|KL-1|Kitl|MGF|SCF|SF|SHEP7|SLF KIT ligand protein-coding 1.059 1.972 0.883 1.089 2.196 0.877 0.560 0.834 1.836 0.393 0.810 1.181 1.068 0.106 0.712 0.835 1.533 0.151 1.118 0.220 0.297 0.147 1.139 0.876 1.148 0.799 0.453 0.157 1.211 0.214 0.855 1.766 1.497 6.759 0.613 1.515 0.837 0.270 0.114 0.222 0.184 0.151 0.264 0.230 0.832 0.449 0.265 0.409 0.910 0.477 0.966 1.761 0.835 0.418 0.167 1.148 0.563 0.839 0.024 0.379 1.150 0.737 0.347 0.100 0.345 0.220 0.122 0.385 0.266 0.948 1.434 1.894 1.615 4.031 1.426 2.696 2.460 1.379 1.882 1.745 1.787 0.636 0.389 0.606 1.430 4.023 3.995 0.259 0.590 2.345 1.257 10075 chr6 166073040 166085900 + 0 NA Intergenic Intergenic -3882 NM_001130690 10846 Hs.348762 NM_006661 ENSG00000112541 PDE10A ADSD2|HSPDE10A|IOLOD|LINC00473|PDE10A19 phosphodiesterase 10A protein-coding 0.450 nan 0.525 0.806 0.937 0.026 0.006 0.080 0.155 0.008 1.239 0.022 0.489 0.069 0.129 0.059 0.038 0.013 0.103 0.011 0.048 0.059 2.126 0.082 0.063 0.900 0.101 0.105 0.148 0.087 0.286 0.023 1.713 0.015 0.058 0.084 0.873 0.030 0.594 0.278 0.109 0.025 0.018 0.065 0.100 0.546 0.731 1.465 0.978 0.129 0.022 0.022 2.126 0.637 0.078 0.015 1.167 4.894 0.012 0.038 0.019 0.647 0.022 2.123 2.069 0.805 1.008 3.655 2.802 0.212 0.089 0.101 0.114 0.069 0.093 0.744 2.182 nan 0.358 0.188 0.394 0.047 0.094 0.086 0.137 0.609 0.363 8537 chr4 126647894 126663238 + 0 NA Intergenic Charlie4a|DNA|hAT-Charlie 227152 NR_031746 100302267 NR_031746 ENSG00000283550 MIR2054 hsa-mir-2054 microRNA 2054 ncRNA 0.608 0.664 nan 1.304 0.154 0.014 2.019 0.104 0.182 0.254 0.644 0.769 0.032 0.025 0.017 0.042 0.277 0.042 1.256 0.568 3.354 1.303 0.096 0.086 0.046 0.901 0.542 0.629 1.563 2.043 0.414 0.625 0.538 0.214 2.169 2.536 0.012 0.113 0.094 0.677 0.047 1.207 1.500 0.713 1.147 0.659 0.082 5.629 0.511 0.246 0.020 0.358 0.042 0.860 4.532 0.046 0.240 0.027 0.037 0.265 0.033 0.593 0.032 0.073 1.257 0.507 0.385 0.323 0.343 0.324 0.405 0.223 0.194 0.196 0.152 0.292 0.293 0.485 0.636 0.203 0.217 0.365 0.159 0.077 0.187 0.098 0.098 0.170 0.203 0.312 0.250 581 chr1 110510940 110529969 + 0 NA Intergenic Intergenic -6933 NM_006621 10768 Hs.743973 NM_006621 ENSG00000168710 AHCYL1 DCAL|IRBIT|PPP1R78|PRO0233|XPVKONA adenosylhomocysteinase like 1 protein-coding nan 1.406 1.301 1.042 0.471 0.297 1.543 0.481 0.737 0.412 1.609 1.608 0.124 0.189 0.505 0.803 1.617 0.160 0.791 0.380 0.458 0.190 0.305 0.161 0.599 1.252 1.036 0.767 1.095 1.318 0.690 1.251 1.185 1.664 0.531 1.773 0.070 0.488 0.147 0.551 0.295 1.962 1.140 0.697 2.060 0.537 4.540 4.462 1.181 0.477 1.014 1.931 0.803 0.828 1.639 0.599 0.263 0.384 0.210 1.330 0.363 0.976 0.341 0.266 0.686 0.448 0.244 2.163 2.105 1.373 1.798 1.674 nan 1.867 0.819 2.522 2.747 0.987 1.492 1.065 1.821 1.163 1.079 1.011 1.709 0.583 0.759 0.963 1.029 1.136 0.732 4676 chr17 27716039 27719399 + 0 NA promoter-TSS (NM_020791) promoter-TSS (NM_020791) 39 NR_039749 100616122 NR_039749 ENSG00000284162 MIR4523 - microRNA 4523 ncRNA nan nan nan 4.610 2.765 3.139 3.935 4.689 7.606 1.673 6.875 1.568 1.380 1.554 4.652 4.149 3.336 0.386 7.547 2.653 1.994 3.630 1.348 0.920 5.484 2.622 3.250 3.041 3.403 1.861 7.271 9.701 7.809 11.146 1.633 4.417 1.442 7.622 0.260 2.585 3.658 5.870 11.362 5.644 1.754 1.155 3.152 4.743 8.112 4.862 2.995 3.615 4.149 7.315 3.382 5.484 2.838 3.154 1.780 7.404 3.012 3.582 3.896 4.529 2.194 1.693 1.071 5.636 6.435 6.388 8.448 8.182 7.241 6.817 2.544 12.527 11.922 4.070 5.768 6.013 8.775 11.614 11.544 6.186 10.340 4.192 4.806 6.021 8.164 2.479 1.529 4200 chr16 3686461 3702203 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -8608 NM_005223 1773 Hs.629638 NM_005223 ENSG00000213918 DNASE1 DNL1|DRNI deoxyribonuclease 1 protein-coding 0.879 nan 1.299 0.242 1.033 0.562 1.169 0.234 0.344 0.188 0.205 0.140 0.012 0.711 0.249 0.213 0.172 0.092 1.164 0.264 0.036 0.053 0.329 0.178 0.304 0.137 0.117 0.258 0.147 2.562 8.794 0.846 1.031 0.677 0.138 0.150 0.056 0.076 0.067 0.122 0.085 0.088 0.030 0.153 0.606 0.634 0.121 0.491 0.199 0.587 2.385 0.213 1.070 0.129 0.327 1.971 0.115 0.165 0.606 0.129 0.145 0.101 0.024 0.018 0.016 0.819 0.890 0.261 0.369 0.759 0.768 nan 0.351 0.691 0.608 0.378 nan 2.020 2.679 0.500 0.346 0.301 0.396 0.402 0.354 0.273 0.454 1.216 0.813 11633 chr9 92044057 92053440 + 0 NA intron (NM_006378, intron 2 of 17) intron (NM_006378, intron 2 of 17) 45863 NM_006378 10507 Hs.494406 NM_006378 ENSG00000187764 SEMA4D C9orf164|CD100|COLL4|M-sema-G|SEMAJ|coll-4 semaphorin 4D protein-coding 0.709 nan 0.966 0.076 1.095 0.207 1.482 0.340 0.363 0.010 0.215 0.088 0.033 0.021 0.414 0.274 0.064 0.068 1.243 0.693 0.027 0.029 0.216 0.110 0.501 0.405 0.115 0.127 0.130 0.146 0.257 1.436 0.181 0.549 0.510 0.069 0.072 0.081 0.075 0.132 0.182 0.045 0.017 0.747 0.162 0.154 0.097 0.259 0.115 0.069 1.703 0.274 0.543 0.043 0.501 0.618 0.341 0.049 0.076 0.184 0.102 0.424 0.026 0.039 0.012 0.016 0.737 0.938 9.434 nan 0.875 0.697 0.945 0.259 0.447 0.509 0.329 0.598 3.381 3.093 0.147 0.166 0.296 0.811 0.279 0.279 0.229 0.342 1.050 0.713 678 chr1 149215230 149232095 + 0 NA Intergenic Intergenic -64573 NR_145442 644634 NM_001348147 FAM231D - family with sequence similarity 231 member D protein-coding 2.053 nan 2.282 1.018 2.214 1.950 1.104 0.780 1.654 0.464 1.652 1.191 1.431 1.712 2.525 0.918 1.091 0.259 1.614 0.854 2.317 1.561 1.776 1.062 1.267 0.861 1.078 0.918 0.841 0.475 9.875 11.314 1.920 6.823 0.891 4.524 0.091 3.162 0.234 1.338 0.660 1.251 1.118 0.522 0.536 1.000 1.062 1.194 4.092 1.645 2.203 2.286 0.918 2.704 1.328 1.267 2.884 2.488 0.476 3.687 3.369 0.764 3.075 1.017 0.378 0.540 0.413 3.258 3.867 2.827 4.021 3.673 3.151 2.690 1.402 3.009 3.420 2.573 2.734 3.052 3.780 1.988 1.988 4.425 6.029 0.276 0.479 2.412 3.787 0.683 0.656 3862 chr14 106932550 106944784 + 0 NA intron (NR_027457, intron 1 of 2) CpG 222 NR_027457 338005 Hs.322826 NR_027457 ENSG00000270816 LINC00221 C14orf98|NCRNA00221 long intergenic non-protein coding RNA 221 ncRNA 0.819 0.528 0.468 0.030 0.054 0.019 0.046 0.200 0.271 0.434 0.045 0.036 1.243 0.405 0.477 0.502 0.130 0.026 0.015 0.026 0.103 0.055 0.061 0.506 0.018 0.012 0.067 0.017 0.094 0.200 0.071 0.364 0.706 0.088 0.297 0.070 0.131 0.019 0.032 0.449 0.029 0.006 0.018 0.049 0.472 0.206 0.100 0.064 0.073 0.477 0.029 0.075 0.506 0.030 0.255 0.024 0.018 1.179 0.006 0.049 0.010 0.057 0.019 0.013 0.344 0.353 0.100 0.156 0.451 0.512 10.533 4.314 0.398 0.334 0.646 1.072 2.994 4.065 0.283 0.124 0.104 0.327 1.239 1.372 0.056 0.102 0.083 0.093 1517 chr10 73518362 73533940 + 0 NA intron (NM_022153, intron 1 of 6) intron (NM_022153, intron 1 of 6) 7186 NM_022153 64115 Hs.47382 NM_022153 ENSG00000107738 VSIR B7-H5|B7H5|C10orf54|DD1alpha|GI24|PD-1H|PP2135|SISP1|VISTA V-set immunoregulatory receptor protein-coding 0.733 nan 0.810 2.413 0.034 0.025 3.356 0.118 0.253 1.374 3.263 1.292 0.504 0.065 0.145 0.109 0.375 0.124 2.012 1.251 1.915 0.027 0.111 0.094 0.062 2.245 1.750 1.275 2.082 1.579 0.785 1.166 0.399 0.477 0.657 0.799 0.019 0.126 0.087 0.448 0.035 5.157 3.213 1.550 1.844 0.979 2.763 0.739 2.682 0.306 0.086 0.774 0.109 2.356 2.987 0.062 0.974 2.226 0.069 0.360 0.013 1.964 0.051 0.047 0.151 1.580 0.952 0.388 0.655 0.562 0.785 0.349 0.315 1.042 0.373 0.232 0.317 0.238 0.514 0.384 nan 0.347 0.266 0.250 0.280 0.128 0.148 0.250 nan 0.406 0.321 8941 chr5 59037829 59072218 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 4 of 17) intron (NM_001349241, intron 4 of 17) 9415 NM_001197218 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 2.137 0.994 0.103 0.039 0.677 0.932 1.499 0.405 0.105 1.017 0.025 0.439 0.091 0.518 0.177 0.103 0.576 0.176 3.180 0.803 0.900 0.353 0.299 0.177 0.098 0.032 0.395 0.043 0.758 1.935 0.648 0.560 0.871 1.043 0.612 0.477 0.140 0.120 0.058 1.342 0.191 0.098 0.216 0.464 0.775 0.466 1.168 0.216 2.669 1.773 0.518 0.364 0.248 0.299 1.067 0.598 0.008 0.297 0.256 0.566 0.017 0.688 0.119 0.023 0.013 0.265 0.175 0.304 0.921 0.303 0.360 nan 2.275 0.015 0.003 1.943 2.643 0.600 0.708 nan 0.286 0.079 0.102 2.941 3.758 1.269 3.180 0.892 0.646 2808 chr12 79255589 79267447 + 0 NA intron (NM_005639, intron 1 of 10) intron (NM_005639, intron 1 of 10) 3069 NM_001291901 6857 Hs.310545 NM_005639 ENSG00000067715 SYT1 P65|SVP65|SYT synaptotagmin 1 protein-coding nan 1.451 1.474 0.551 2.965 1.120 0.048 2.008 4.207 0.678 0.387 1.755 0.042 0.726 1.483 0.710 1.393 0.175 0.563 0.264 0.066 0.047 2.800 1.699 2.911 0.750 0.725 0.305 1.809 0.507 1.024 1.343 2.237 8.130 0.811 0.392 0.786 0.073 0.072 0.500 0.694 0.304 0.005 0.033 0.211 0.097 0.122 0.490 1.263 0.833 0.140 0.057 0.710 0.675 0.121 2.911 0.051 0.071 0.402 0.803 1.445 0.287 0.041 1.788 0.051 0.024 0.009 0.288 0.330 0.108 0.219 7.603 7.125 6.835 2.473 0.524 0.516 4.883 5.933 nan 7.604 5.689 5.833 0.157 0.344 2.964 3.614 2.341 4.166 nan 1.587 1975 chr11 62224114 62233630 + 0 NA intron (NM_024060, intron 5 of 5) AluSc|SINE|Alu 42365 NM_003357 7356 Hs.523732 NM_003357 ENSG00000149021 SCGB1A1 CC10|CC16|CCPBP|CCSP|UGB|UP-1|UP1 secretoglobin family 1A member 1 protein-coding nan 0.694 0.472 0.090 0.202 0.180 0.282 0.188 0.380 0.130 0.400 3.329 0.092 0.053 0.279 0.363 0.149 0.186 0.122 0.119 0.113 0.048 0.040 0.078 0.178 0.857 0.435 0.108 0.144 0.023 0.066 0.411 0.079 0.444 0.061 0.443 0.060 0.124 0.151 0.075 0.246 0.399 0.134 0.091 0.034 0.098 0.990 0.347 0.505 0.112 0.008 0.236 0.363 0.168 0.086 0.178 0.089 0.148 0.089 0.153 0.033 0.241 8.168 0.050 0.103 0.181 0.054 0.699 0.655 0.410 0.535 0.423 0.610 1.746 0.465 5.249 5.490 0.402 0.623 0.635 0.762 0.400 0.113 5.052 5.575 0.203 0.393 0.233 0.416 0.539 0.442 11786 chr9 130473352 130490187 + 0 NA intron (NM_144965, intron 4 of 13) intron (NM_144965, intron 4 of 13) 3426 NM_144965 158248 Hs.642748 NM_144965 ENSG00000167094 TTC16 - tetratricopeptide repeat domain 16 protein-coding nan 1.114 2.551 0.267 1.185 0.245 0.760 0.229 0.545 0.267 0.730 0.320 0.031 0.101 0.270 0.576 0.266 0.057 0.617 0.315 0.142 0.156 0.698 0.382 0.523 0.851 0.693 1.019 0.342 0.169 0.520 0.897 0.228 1.444 0.286 0.512 0.820 0.361 0.089 0.155 0.179 0.934 0.448 0.265 0.422 0.168 0.347 0.254 1.539 0.918 0.159 1.293 0.576 1.383 0.374 0.523 0.080 0.774 1.108 1.775 1.081 0.780 0.030 0.155 0.286 0.140 0.082 0.418 0.580 0.523 0.960 1.122 1.126 nan 0.652 1.226 1.348 0.497 0.738 1.850 3.342 2.048 2.203 0.250 0.293 2.513 1.867 0.386 0.558 2.473 1.236 1973 chr11 61808476 61822450 + 0 NA Intergenic Intergenic -75982 NM_001040694 3619 Hs.142179 NM_020238 ENSG00000149503 INCENP - inner centromere protein protein-coding nan 1.101 0.520 0.489 0.195 0.083 0.738 0.217 0.325 0.863 0.315 0.402 0.280 0.036 0.220 0.340 0.187 0.140 1.845 1.056 0.196 0.010 0.045 0.109 0.095 0.292 0.088 0.052 0.141 0.165 1.015 2.708 0.527 1.025 0.335 0.245 0.013 0.046 0.112 0.042 0.079 0.626 0.138 0.064 0.227 0.279 6.131 2.934 0.518 0.050 0.360 1.598 0.340 1.300 0.060 0.095 1.068 2.270 0.020 0.177 0.029 1.025 0.220 0.047 0.109 0.029 0.022 0.566 0.437 0.483 0.984 0.455 0.565 0.373 0.082 0.311 0.321 0.301 0.555 0.234 0.375 0.295 0.084 0.480 0.612 0.208 0.512 0.106 0.158 0.576 0.555 11443 chr9 10163607 10174813 + 0 NA intron (NM_002839, intron 3 of 45) AluY|SINE|Alu 369818 NR_135135 105375972 Hs.738242 NR_135135 ENSG00000230920 LOC105375972 - uncharacterized LOC105375972 ncRNA nan nan 0.735 0.038 1.079 0.020 0.084 0.714 1.225 0.013 0.025 0.011 0.017 0.064 0.342 0.097 0.072 0.106 0.067 0.011 0.012 1.123 0.772 1.267 0.006 0.006 0.007 0.043 0.058 0.063 0.063 0.493 0.026 0.043 0.383 0.029 0.072 0.021 0.070 0.016 0.011 0.021 0.029 0.061 0.088 0.022 0.006 0.042 0.006 0.342 0.031 0.025 1.267 0.011 0.015 0.026 0.015 0.753 0.007 0.038 0.045 0.041 0.019 0.022 0.203 0.148 0.221 0.324 0.496 0.604 7.788 4.302 0.097 0.124 1.406 1.544 0.785 1.002 0.434 0.272 0.163 0.201 3.146 2.433 0.476 1.054 2.951 1.426 8214 chr4 859085 862750 + 0 NA exon (NM_001318134, exon 18 of 25) exon (NM_001318134, exon 18 of 25) -40972 NM_006651 10815 Hs.478930 NM_006651 ENSG00000168993 CPLX1 CPX-I|CPX1 complexin 1 protein-coding 0.477 0.356 nan 0.060 0.148 0.046 2.461 0.044 0.397 0.025 0.571 0.026 0.017 0.036 0.244 0.175 0.062 0.044 9.060 4.322 0.038 0.256 0.136 0.033 0.094 0.058 0.127 0.109 0.131 0.342 0.029 0.153 0.397 0.909 0.025 0.029 0.037 0.063 0.088 0.207 0.264 0.256 0.124 0.136 0.222 0.122 0.274 0.003 0.036 0.175 7.947 0.025 0.033 0.409 0.107 0.173 0.324 0.037 0.112 1.549 0.376 0.435 0.276 0.427 0.365 0.244 nan 0.130 0.218 0.169 0.169 0.158 0.089 0.140 0.284 0.249 0.172 0.292 0.046 0.004 0.152 0.324 nan 0.299 6797 chr20 2274361 2298404 + 0 NA intron (NM_003245, intron 1 of 12) MIR|SINE|MIR 9769 NM_003245 7053 Hs.2022 NM_003245 ENSG00000125780 TGM3 TGE|UHS2 transglutaminase 3 protein-coding 0.895 1.334 0.514 0.062 1.397 0.639 0.123 0.562 0.970 0.032 0.104 0.216 0.013 0.125 2.521 0.329 0.077 0.048 0.028 0.047 0.013 0.012 0.673 0.210 0.792 2.371 1.834 0.030 0.076 0.004 0.154 0.474 0.079 1.561 0.006 5.970 0.155 0.027 0.073 0.039 0.043 0.144 0.113 0.032 0.114 0.089 0.435 1.081 2.282 0.050 0.115 0.991 0.329 0.053 0.023 0.792 0.465 0.086 0.085 0.077 0.470 0.630 0.148 0.041 0.009 0.151 0.194 0.631 0.593 0.173 0.263 0.304 0.387 5.577 1.426 0.355 0.359 0.146 0.341 4.009 3.332 0.316 0.094 0.331 0.443 0.812 0.757 0.134 0.214 0.912 0.590 2302 chr11 117731801 117760860 + 0 NA intron (NM_001164837, intron 1 of 8) intron (NM_001164837, intron 1 of 8) 1416 NM_001204268 100533181 Hs.744850 NM_001204268 ENSG00000255245 FXYD6-FXYD2 - FXYD6-FXYD2 readthrough protein-coding 1.094 1.242 0.530 0.059 0.641 4.565 0.073 0.410 0.827 0.013 0.096 0.044 0.032 0.031 0.632 1.180 0.057 0.056 0.061 0.013 0.017 0.019 1.458 0.736 1.155 0.045 0.030 0.056 0.061 0.014 0.086 0.338 0.056 3.639 0.020 0.050 0.314 0.232 0.110 0.045 0.463 0.207 0.050 0.016 0.039 0.052 0.066 0.183 0.101 0.045 0.036 0.091 1.180 0.061 0.026 1.155 0.025 0.113 0.550 0.124 0.128 0.016 2.256 0.102 0.018 0.013 0.009 2.066 nan 1.108 1.456 2.153 2.031 2.861 0.803 2.147 2.305 1.842 nan 0.917 1.130 0.681 0.698 1.921 3.523 1.227 0.962 0.328 0.595 1.529 0.927 4827 chr17 46120685 46140649 + 0 NA intron (NM_001330261, intron 2 of 5) intron (NM_001330261, intron 2 of 5) 4981 NM_003204 4779 Hs.514284 NM_003204 ENSG00000082641 NFE2L1 LCR-F1|NRF1|TCF11 nuclear factor, erythroid 2 like 1 protein-coding 1.712 1.701 nan 1.717 2.018 1.544 1.467 1.513 3.032 0.543 2.830 1.493 1.130 0.346 3.406 1.959 2.452 0.299 1.646 0.618 1.072 0.879 1.604 0.726 1.878 1.410 1.290 1.000 1.405 0.525 2.654 nan 1.076 4.355 0.673 1.617 0.506 1.567 0.140 1.053 1.163 1.905 2.235 1.198 1.134 0.586 1.295 1.759 2.095 2.151 0.971 0.911 1.959 1.546 1.107 1.878 0.571 0.970 0.588 1.880 1.267 0.869 1.523 0.922 0.832 0.998 0.466 3.165 3.503 2.600 3.903 2.478 nan 2.915 1.334 10.350 10.605 1.689 2.133 6.036 nan 3.350 2.780 4.263 4.484 1.976 2.419 2.286 4.888 1.434 0.796 9842 chr6 109773934 109793705 + 0 NA TTS (NM_014797) TTS (NM_014797) 3352 NM_001286613 64780 Hs.33476 NM_022765 ENSG00000135596 MICAL1 MICAL|MICAL-1|NICAL microtubule associated monooxygenase, calponin and LIM domain containing 1 protein-coding 2.149 nan nan 0.258 3.211 3.349 0.215 0.405 0.745 0.048 0.290 0.342 0.016 0.723 4.329 0.662 0.406 0.114 0.203 0.085 0.159 0.108 0.225 0.216 1.042 0.225 0.169 0.169 0.155 0.080 0.603 1.123 0.251 3.066 0.126 0.228 0.058 0.730 0.137 0.161 0.587 0.328 0.320 0.236 0.238 0.105 0.306 0.202 0.457 1.202 0.060 0.173 0.662 0.180 0.247 1.042 0.044 0.118 0.621 0.314 1.043 0.179 0.210 0.257 0.231 0.131 0.049 0.710 1.151 0.781 1.169 2.959 nan 1.739 0.523 0.667 0.718 0.784 1.074 1.402 1.569 nan 1.981 0.265 0.663 0.249 0.194 0.547 0.981 1.209 0.563 3849 chr14 105788941 105818818 + 0 NA intron (NM_001100913, intron 1 of 24) intron (NM_001100913, intron 1 of 24) -21965 NM_001242786 2972 Hs.424484 NM_001519 ENSG00000185024 BRF1 BRF|BRF-1|CFDS|GTF3B|HEL-S-76p|TAF3B2|TAF3C|TAFIII90|TF3B90|TFIIIB90|hBRF BRF1, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit protein-coding 1.442 0.616 2.212 0.125 0.493 0.524 0.119 0.222 0.322 0.016 0.073 0.078 0.025 0.057 0.199 0.875 0.293 0.097 0.096 0.019 0.098 0.087 0.163 0.225 0.257 0.263 0.130 0.072 0.073 0.035 0.156 0.719 0.215 1.013 0.068 0.113 0.076 0.134 0.078 0.065 0.154 0.118 0.058 0.040 0.040 0.100 0.087 0.163 0.153 0.346 0.024 0.246 0.875 0.121 0.057 0.257 0.037 0.150 0.235 0.138 0.214 0.148 0.689 0.050 0.125 0.019 0.014 2.436 3.500 0.304 0.517 1.466 1.183 1.429 0.467 0.600 0.585 0.743 1.168 0.560 0.794 0.787 0.793 1.613 1.357 0.334 0.399 0.234 0.351 0.145 0.130 2745 chr12 64424368 64438441 + 0 NA intron (NM_001346201, intron 4 of 21) intron (NM_001346201, intron 4 of 21) 184672 NM_001300940 144577 Hs.444671 NM_152440 ENSG00000174206 C12orf66 - chromosome 12 open reading frame 66 protein-coding 0.851 1.022 1.214 0.133 2.689 0.089 0.127 1.751 3.418 0.068 0.278 0.253 0.063 0.848 0.658 0.302 0.345 0.150 0.135 0.013 0.189 0.020 1.574 0.960 2.042 0.226 0.092 0.058 0.063 0.015 0.104 0.259 0.091 1.244 0.062 0.145 0.574 0.130 0.068 0.009 0.303 0.078 0.064 0.028 0.078 0.022 0.151 0.219 0.255 0.192 0.269 0.357 0.302 0.046 0.199 2.042 0.095 0.360 0.014 0.099 1.577 0.147 1.685 0.096 0.038 0.045 0.021 4.043 3.022 2.836 3.476 1.736 nan 7.995 3.210 4.625 4.780 0.583 0.864 5.632 5.010 0.410 0.210 1.125 1.991 2.993 4.067 0.222 0.330 4.002 1.940 8776 chr5 14098396 14113777 + 0 NA Intergenic Intergenic -37725 NR_134469 7204 Hs.130031 NM_007118 ENSG00000038382 TRIO ARHGEF23|MEBAS|MRD44|tgat trio Rho guanine nucleotide exchange factor protein-coding nan nan nan 0.450 0.365 0.026 7.039 0.092 0.309 0.448 1.016 3.079 0.036 0.065 0.127 0.712 0.992 0.408 3.241 3.217 0.812 0.009 0.230 0.237 0.171 3.421 2.788 0.216 1.668 2.113 0.178 0.611 0.231 nan 1.503 8.631 0.044 0.213 0.164 1.465 0.056 5.727 1.491 0.862 1.929 0.897 0.256 2.560 0.228 1.584 0.169 0.166 0.712 1.038 3.157 0.171 0.088 0.368 0.089 1.117 0.172 3.023 0.147 0.078 1.129 1.093 0.726 0.449 0.274 1.272 2.304 0.429 0.513 0.357 0.153 0.175 0.150 nan 1.205 0.707 0.720 0.798 0.360 0.260 0.275 0.177 0.253 0.147 nan 1.227 0.923 11332 chr8 139269205 139295446 + 0 NA intron (NM_015912, intron 3 of 19) intron (NM_015912, intron 3 of 19) -186537 NM_001354876 401478 Hs.654931 NM_001354876 LOC401478 - uncharacterized LOC401478 protein-coding nan 0.906 2.681 0.049 0.127 0.026 0.046 0.116 0.218 0.011 0.071 0.035 0.019 0.587 0.102 0.151 0.082 0.061 0.068 0.015 0.022 0.021 0.658 0.225 0.077 0.005 0.005 0.011 0.064 0.004 0.058 0.029 0.053 0.569 0.011 0.051 0.248 0.037 0.075 0.009 0.154 0.121 0.028 0.018 0.025 0.035 0.066 0.154 0.133 0.036 0.036 0.033 0.151 0.055 0.025 0.077 0.009 0.041 0.226 0.022 1.671 0.015 0.732 4.807 0.011 0.018 0.010 1.619 1.981 0.177 0.124 0.418 0.534 2.306 1.321 nan 0.147 1.009 1.298 0.634 0.905 1.257 1.312 0.870 1.210 0.856 1.067 1.592 6.231 2.155 1.076 11707 chr9 112026833 112043845 + 0 NA intron (NM_019114, intron 2 of 25) intron (NM_019114, intron 2 of 25) 47905 NM_018424 54566 Hs.591901 NM_018424 ENSG00000095203 EPB41L4B CG1|EHM2 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4B protein-coding 0.982 0.892 nan 0.055 0.862 0.307 0.408 0.261 0.412 0.006 0.078 0.097 0.007 0.112 1.341 0.104 0.124 0.095 0.146 0.078 0.022 0.025 0.464 0.292 0.569 0.090 0.038 0.052 0.085 0.012 0.118 nan 0.109 1.028 0.203 0.082 0.214 0.057 0.074 0.028 0.065 0.155 0.044 0.027 0.045 0.067 0.124 0.159 0.141 0.098 0.019 0.228 0.104 0.130 0.236 0.569 0.007 0.075 0.597 0.082 0.574 0.164 1.844 0.109 0.054 0.017 0.009 0.221 0.200 0.254 0.381 0.617 0.655 1.002 0.308 0.593 0.561 0.806 1.169 1.635 nan 5.352 5.195 0.583 0.974 0.922 1.208 0.265 0.569 nan 0.694 8711 chr5 1535417 1577712 + 0 NA Intergenic Intergenic -32472 NM_024830 79888 Hs.368853 NM_024830 ENSG00000153395 LPCAT1 AGPAT10|AGPAT9|AYTL2|LPCAT-1|PFAAP3|lpcat|lysoPAFAT lysophosphatidylcholine acyltransferase 1 protein-coding 0.570 2.562 1.495 0.106 0.398 3.313 5.890 0.519 1.079 0.317 0.147 0.491 0.034 0.900 2.096 0.187 0.273 0.167 5.344 2.963 0.663 0.062 0.193 0.213 4.516 2.088 1.460 0.099 3.320 1.051 1.891 8.436 5.673 1.254 1.531 0.417 0.032 0.115 0.115 0.614 0.038 0.209 0.539 0.352 1.545 1.912 0.875 0.331 0.327 0.245 0.935 7.224 0.187 9.689 7.088 4.516 0.504 0.306 0.096 0.054 0.568 1.476 0.103 0.052 0.361 0.034 0.021 0.372 0.339 0.278 nan 1.961 2.003 0.580 0.202 0.208 0.183 0.597 0.887 nan 4.664 nan 0.355 0.273 0.384 0.123 0.178 0.210 0.304 2.362 nan 2400 chr12 1097387 1103690 + 0 NA non-coding (NR_027946, exon 1 of 19) non-coding (NR_027946, exon 1 of 19) 164 NR_027946 23085 Hs.601216 NM_178039 ENSG00000082805 ERC1 Cast2|ELKS|ERC-1|RAB6IP2 ELKS/RAB6-interacting/CAST family member 1 protein-coding 5.551 nan nan 1.758 7.742 2.557 1.367 1.802 2.807 1.028 5.004 1.634 0.659 1.746 3.480 2.996 5.278 0.373 1.393 0.360 1.783 2.092 2.874 1.450 2.377 1.851 1.874 1.322 3.356 0.736 1.991 3.128 2.493 7.690 0.487 4.239 1.422 4.478 0.185 1.045 4.542 3.594 2.096 1.039 1.217 0.823 2.091 6.252 3.746 5.630 2.344 2.110 2.996 2.579 4.506 2.377 0.778 0.995 3.031 8.031 1.149 2.039 2.130 1.454 0.687 1.973 1.197 2.642 3.180 4.538 6.406 nan 9.378 8.044 3.683 9.028 9.890 6.379 7.872 5.444 9.201 5.772 6.237 3.113 5.882 7.311 6.645 4.869 nan 4.623 2.312 2034 chr11 67033895 67046800 + 0 NA intron (NM_001619, intron 1 of 20) intron (NM_001619, intron 1 of 20) 6476 NM_001619 156 Hs.83636 NM_001619 ENSG00000173020 GRK2 ADRBK1|BARK1|BETA-ARK1 G protein-coupled receptor kinase 2 protein-coding nan 0.963 2.242 1.049 1.784 0.606 1.743 1.113 2.438 0.334 1.886 2.450 0.152 1.904 1.738 1.478 0.941 0.124 1.767 0.384 1.930 0.342 0.870 0.345 2.531 0.816 0.689 0.807 0.612 0.333 2.166 6.024 2.509 1.388 0.807 1.718 0.227 0.726 0.094 0.284 0.786 1.078 0.913 0.598 1.301 0.420 1.456 0.430 1.584 1.036 0.991 1.565 1.478 1.042 2.824 2.531 0.890 1.128 1.012 3.103 2.205 0.733 1.599 0.238 1.173 0.220 0.106 3.579 5.335 1.277 1.964 3.705 3.558 2.788 1.056 2.847 2.724 1.188 1.549 4.797 5.263 0.922 0.866 2.274 3.736 1.053 1.195 0.793 0.881 1.511 0.887 4405 chr16 66637056 66644846 + 0 NA intron (NM_181553, intron 1 of 4) MIRb|SINE|MIR 2317 NR_037619 123920 Hs.298198 NM_144601 ENSG00000140931 CMTM3 BNAS2|CKLFSF3 CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 3 protein-coding nan nan 2.467 1.082 0.698 0.252 0.701 1.013 1.414 1.699 2.563 2.392 0.268 0.165 0.080 1.084 1.297 0.227 2.621 0.659 8.796 1.654 0.302 0.083 1.575 1.448 1.407 3.176 0.938 0.462 1.322 1.517 1.288 1.870 0.956 1.373 0.123 2.818 0.109 1.120 0.144 1.186 5.081 2.630 0.434 0.501 0.346 0.989 3.359 2.851 0.438 0.611 1.084 3.102 3.372 1.575 0.190 0.170 0.371 3.833 0.496 0.701 0.166 0.255 0.933 3.652 2.732 0.332 0.531 1.212 2.145 1.099 0.965 1.973 0.551 2.295 2.424 0.816 nan 0.998 1.857 1.633 1.885 0.255 0.559 0.548 0.481 0.662 1.126 1.298 0.572 2029 chr11 66788063 66802883 + 0 NA intron (NM_177963, intron 1 of 7) intron (NM_177963, intron 1 of 7) 4657 NM_001318775 91683 Hs.287636 NM_177963 ENSG00000173227 SYT12 SYT11|sytXII synaptotagmin 12 protein-coding nan 0.819 0.752 0.393 0.261 0.053 3.241 0.086 0.286 2.182 2.715 7.582 0.030 0.066 0.114 0.978 0.535 0.217 0.742 0.756 0.234 0.019 0.138 0.116 0.153 1.578 1.181 0.125 0.694 0.696 2.612 4.691 1.736 1.238 1.726 0.206 0.051 0.212 0.103 0.559 0.057 1.989 0.301 0.232 0.942 1.104 2.389 0.364 0.926 0.438 0.372 3.314 0.978 1.376 0.369 0.153 0.257 0.928 0.093 0.705 0.137 2.191 2.010 0.042 1.386 0.027 0.007 2.284 3.914 1.284 3.924 0.726 0.701 1.160 0.323 0.435 0.571 0.320 0.687 0.374 0.530 0.343 0.367 1.665 2.388 0.273 0.289 0.197 0.254 0.514 0.455 3552 chr14 54413177 54424740 + 0 NA intron (NM_130850, intron 2 of 3) intron (NM_130850, intron 2 of 3) 1235 NM_001347915 652 Hs.68879 NM_001202 ENSG00000125378 BMP4 BMP2B|BMP2B1|MCOPS6|OFC11|ZYME bone morphogenetic protein 4 protein-coding nan nan 2.149 1.190 0.380 0.793 1.997 0.169 0.389 0.124 0.518 1.463 1.263 0.191 0.132 0.556 3.494 0.250 0.477 0.164 0.339 0.577 0.027 0.065 0.318 3.617 3.759 0.032 0.926 0.761 0.702 1.211 2.244 3.187 1.654 0.046 0.404 0.225 0.074 0.660 0.137 0.190 0.387 0.299 1.783 0.248 1.779 2.120 2.753 0.345 0.585 0.963 0.556 1.209 1.081 0.318 0.476 0.514 0.036 1.307 0.034 1.938 0.111 0.010 3.391 2.458 2.108 0.209 0.107 1.173 1.797 0.858 0.665 0.138 0.041 0.703 0.636 0.654 1.032 0.169 0.173 1.061 0.678 0.214 0.420 0.547 0.489 0.069 0.135 nan 0.263 11975 chrX 117813831 117820055 + 0 NA intron (NM_144658, intron 51 of 52) intron (NM_144658, intron 51 of 52) -44616 NM_001560 3597 Hs.496646 NM_001560 ENSG00000131724 IL13RA1 CD213A1|CT19|IL-13Ra|NR4 interleukin 13 receptor subunit alpha 1 protein-coding 0.709 0.692 1.679 0.058 0.508 0.023 0.024 2.328 5.037 0.015 0.063 0.060 0.467 0.029 0.121 0.048 0.027 0.034 0.010 0.022 2.430 1.022 0.115 0.034 0.070 0.077 0.017 0.075 0.118 0.079 0.229 0.047 0.043 0.595 0.017 0.041 0.019 0.039 0.045 0.019 0.025 0.018 0.012 0.108 0.065 0.069 0.012 0.108 0.121 0.045 0.115 0.026 0.029 0.020 0.843 0.039 8.930 0.172 0.049 0.009 1.232 0.667 2.437 0.696 0.122 0.102 2.984 1.098 11.235 10.984 0.356 0.453 2.267 4.091 0.428 0.126 7.493 7.811 2.543 3.054 0.100 0.148 1.434 0.456 5671 chr19 40402280 40421410 + 0 NA exon (NM_003890, exon 7 of 36) exon (NM_003890, exon 7 of 36) 28688 NM_003890 8857 Hs.111732 NM_003890 FCGBP FC(GAMMA)BP Fc fragment of IgG binding protein protein-coding 0.603 0.582 0.673 0.158 0.202 0.894 0.126 0.091 0.267 0.035 0.153 0.130 0.010 0.026 0.158 0.134 0.078 0.101 0.166 0.109 0.059 0.065 0.106 0.145 0.093 0.435 0.163 0.101 0.661 0.193 0.085 nan 0.112 0.908 0.051 0.058 0.029 0.068 0.127 0.019 0.026 0.164 0.041 0.032 0.166 0.072 0.196 0.115 4.490 0.259 0.146 0.453 0.134 0.153 0.043 0.093 0.097 0.061 0.081 0.107 0.228 0.041 0.057 0.058 0.038 0.022 0.011 0.331 0.202 0.235 0.293 0.458 0.398 0.636 0.164 0.880 0.893 0.203 0.386 0.510 0.546 0.511 0.218 0.421 0.388 0.086 0.090 0.170 0.300 1.215 0.821 8153 chr3 191284609 191291619 + 0 NA intron (NR_120606, intron 5 of 6) L1M5|LINE|L1 109162 NM_001083308 152138 Hs.690618 NM_001083308 ENSG00000253548 PYDC2 POP2|cPOP2 pyrin domain containing 2 protein-coding nan 0.996 0.723 0.155 0.149 0.039 0.081 0.111 0.281 0.126 0.111 0.013 0.053 0.043 0.037 0.067 0.203 0.160 0.117 0.025 0.146 0.176 0.035 0.030 0.010 0.010 0.043 0.023 nan 0.050 nan 0.091 0.031 0.041 0.031 0.060 0.112 0.039 0.018 0.022 0.015 0.011 0.264 0.058 0.071 0.033 0.057 0.067 0.020 0.013 0.035 0.023 0.102 0.027 0.152 0.033 0.015 0.294 0.161 6.648 2.133 0.267 0.367 0.344 0.164 0.412 0.668 0.736 0.881 0.300 0.266 0.750 0.244 0.136 0.248 0.162 0.105 0.380 0.805 0.399 0.518 2723 chr12 58221153 58247586 + 0 NA intron (NM_005730, intron 1 of 7) intron (NM_005730, intron 1 of 7) 6378 NM_005730 10106 Hs.524530 NM_005730 ENSG00000175215 CTDSP2 OS4|PSR2|SCP2 CTD small phosphatase 2 protein-coding nan 1.572 1.691 1.167 1.810 0.904 0.658 0.627 1.194 0.448 1.005 1.874 0.722 0.782 2.641 1.010 1.186 0.214 0.836 0.193 1.237 1.595 1.287 0.595 2.543 1.012 0.899 1.083 1.074 0.364 2.540 3.414 2.352 2.479 0.487 0.811 0.155 1.399 0.077 0.712 0.818 1.421 1.496 0.713 0.642 0.549 0.840 1.371 1.617 3.198 0.652 0.878 1.010 1.145 7.829 2.543 0.375 0.625 0.416 2.659 0.611 0.771 0.857 0.820 0.559 0.621 0.341 nan 2.623 1.417 2.005 2.827 nan 2.429 0.773 2.999 2.969 1.211 nan 3.276 nan 1.848 1.676 1.160 1.769 0.627 0.707 1.438 2.058 2.495 1.225 10344 chr7 46688309 46695563 + 0 NA Intergenic Intergenic 44784 NR_134575 730338 Hs.640207 NR_134575 ENSG00000233539 LOC730338 - uncharacterized LOC730338 ncRNA 0.783 0.801 nan 4.586 0.048 3.418 0.049 0.126 0.984 0.096 0.064 0.017 0.068 0.025 0.123 0.144 0.069 4.134 2.775 0.070 0.042 0.134 0.033 2.341 1.535 0.040 6.177 3.864 1.624 4.010 2.488 0.212 1.468 0.089 0.027 0.104 0.186 0.049 0.011 0.107 0.185 0.172 5.454 4.270 2.109 0.194 0.393 0.097 0.054 2.276 0.123 1.838 0.230 0.033 2.637 2.554 0.034 0.056 0.227 0.031 0.017 0.052 0.008 0.373 0.185 0.526 1.356 0.278 0.325 0.105 0.124 0.076 0.191 0.235 0.247 0.139 0.139 0.334 0.087 0.079 0.137 0.086 0.077 0.198 0.253 0.439 0.469 4218 chr16 8520823 8557127 + 0 NA Intergenic G-rich|Low_complexity|Low_complexity 48853 NM_001290098 283953 Hs.150849 NM_001146336 ENSG00000232258 TMEM114 - transmembrane protein 114 protein-coding 0.467 nan 0.451 0.081 0.110 0.012 0.041 0.146 0.302 0.073 0.068 0.015 0.014 0.055 0.109 0.069 0.058 0.052 0.005 0.010 0.004 0.048 0.084 2.404 0.010 0.022 0.026 0.054 0.011 0.080 0.252 0.055 0.299 0.008 0.048 0.013 0.027 0.072 0.407 0.043 0.030 0.004 0.021 0.038 0.051 0.107 0.035 0.031 0.022 0.058 0.109 0.043 0.048 2.404 0.016 0.020 0.089 0.026 0.008 0.033 0.008 0.030 0.009 0.014 0.017 0.237 0.117 0.052 0.044 0.199 0.238 nan 0.098 0.106 0.127 0.145 nan 0.098 0.125 0.282 0.089 0.094 0.136 0.064 0.097 0.075 0.184 0.290 0.351 775 chr1 155821956 155832354 + 0 NA promoter-TSS (NM_001282858) promoter-TSS (NM_001282858) -69 NM_001282858 54856 Hs.656361 NM_032292 ENSG00000116580 GON4L GON-4|GON4|YARP gon-4 like protein-coding nan nan 1.967 1.231 2.068 1.749 1.120 1.421 2.139 0.359 2.320 1.534 0.292 1.478 1.284 4.293 1.738 0.401 1.196 0.600 1.069 0.934 3.324 1.304 3.160 1.024 0.819 0.587 0.710 0.599 1.006 1.478 0.912 15.301 0.536 1.201 0.723 3.163 0.170 1.088 0.960 1.351 0.938 0.494 1.059 0.283 0.947 0.435 1.151 1.451 0.340 0.849 4.293 1.223 1.279 3.160 0.695 0.369 1.110 2.595 3.365 1.170 1.384 1.517 0.278 0.299 0.199 2.701 2.782 2.186 2.767 7.967 nan 7.128 4.929 1.330 1.816 4.979 5.767 3.885 7.689 4.629 4.292 2.585 3.098 3.716 4.768 3.947 5.365 2.475 1.158 5668 chr19 39985047 39998849 + 0 NA intron (NM_203486, intron 3 of 8) intron (NM_203486, intron 3 of 8) 2391 NM_016941 10683 Hs.127792 NM_016941 ENSG00000090932 DLL3 SCDO1 delta like canonical Notch ligand 3 protein-coding 1.552 1.299 4.563 0.271 3.336 2.216 0.189 1.332 2.602 0.022 0.352 0.263 0.009 1.120 2.998 1.339 0.065 0.139 0.318 0.123 0.073 0.110 0.899 0.577 2.720 0.118 0.068 0.442 0.388 0.214 0.192 0.428 0.115 3.844 0.106 0.149 0.172 0.488 0.100 0.189 0.617 0.383 0.078 0.045 0.031 0.065 0.187 0.173 1.037 1.481 0.290 0.058 1.339 0.281 0.294 2.720 0.106 0.197 0.365 0.921 2.558 0.080 0.892 1.377 0.032 0.021 0.011 2.016 2.283 0.338 0.489 5.671 5.138 4.708 1.446 2.078 2.086 0.599 1.134 5.014 5.222 nan 3.288 1.315 2.194 1.489 1.075 1.852 3.400 2.602 1.508 20 chr1 1507969 1517024 + 0 NA Intergenic Intergenic -2234 NM_014188 29101 Hs.30026 NM_014188 ENSG00000160075 SSU72 HSPC182|PNAS-120 SSU72 homolog, RNA polymerase II CTD phosphatase protein-coding 3.844 nan 4.697 2.029 3.456 1.732 1.199 0.933 2.747 0.351 2.208 1.088 1.351 1.380 2.563 1.037 1.775 0.202 1.766 0.377 1.654 1.056 0.986 0.580 1.257 1.124 1.300 1.331 2.190 0.584 2.782 nan 1.941 3.408 1.018 1.329 0.221 2.049 0.181 0.637 0.362 1.723 1.781 0.751 0.976 0.980 1.788 1.754 1.609 2.998 0.940 1.064 1.037 4.117 2.331 1.257 0.541 1.235 0.754 3.275 1.215 1.251 0.481 1.797 0.645 0.541 0.430 2.717 2.531 2.898 5.248 4.999 4.262 2.907 1.746 8.497 8.975 2.404 nan nan 10.244 nan 3.786 2.142 3.898 1.930 2.203 5.444 4.891 2.504 1.440 9808 chr6 94481363 94509743 + 0 NA Intergenic (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 67532 NR_152795 643432 Hs.509936 NR_015362 TSG1 - tumor suppressor TSG1 ncRNA nan 0.820 nan 0.137 0.126 0.020 0.150 0.170 0.265 0.013 0.058 0.866 0.011 0.014 0.047 0.154 0.112 0.119 0.060 0.020 0.251 3.919 0.188 0.149 0.142 0.015 0.017 0.003 0.050 0.008 0.084 0.251 0.069 0.295 0.036 0.290 0.037 0.027 0.110 0.083 0.110 0.143 0.053 0.027 0.027 0.032 0.054 0.378 0.192 0.243 0.075 0.025 0.154 0.048 0.016 0.142 0.039 0.017 0.014 0.109 0.065 0.015 0.047 0.100 0.026 0.024 0.007 0.422 0.315 0.204 0.207 0.316 0.450 nan 0.187 0.299 0.300 0.327 nan 0.204 0.249 nan 0.205 0.120 0.206 0.235 0.216 0.288 0.494 0.245 0.301 1983 chr11 62618582 62631664 + 0 NA intron (NM_001012664, intron 1 of 9) AluJb|SINE|Alu 1639 NM_002394 6520 Hs.502769 NM_002394 ENSG00000168003 SLC3A2 4F2|4F2HC|4T2HC|CD98|CD98HC|MDU1|NACAE solute carrier family 3 member 2 protein-coding nan 2.327 2.075 2.151 3.013 1.690 3.243 1.329 3.014 0.971 2.283 1.584 3.571 1.274 2.847 2.108 0.825 0.124 2.086 0.844 0.927 1.218 1.992 1.155 2.726 1.637 1.165 1.170 1.432 1.382 2.973 5.085 1.565 4.931 1.486 3.038 0.830 3.493 0.189 0.595 1.375 2.834 3.357 1.906 1.521 2.022 4.473 1.510 2.023 2.376 1.161 1.678 2.108 2.554 2.006 2.726 1.170 1.001 0.989 1.724 1.116 2.245 2.341 3.162 1.069 1.111 0.893 6.754 7.263 2.754 4.232 6.125 5.695 4.804 2.225 5.807 6.281 3.874 5.378 4.660 6.272 6.486 7.443 4.169 7.467 4.557 4.512 6.729 7.658 2.391 1.305 11152 chr8 99994045 100013142 + 0 NA Intergenic Intergenic -21901 NM_017890 157680 Hs.191540 NM_015243 ENSG00000132549 VPS13B CHS1|COH1 vacuolar protein sorting 13 homolog B protein-coding nan nan nan 0.414 0.196 0.026 0.052 0.156 0.339 0.301 0.119 0.078 3.144 0.072 0.151 0.120 0.535 0.166 0.134 0.030 0.046 0.022 0.074 0.081 0.213 0.015 0.011 0.073 0.178 0.100 0.206 0.311 0.410 0.556 0.062 0.050 0.015 0.222 0.096 0.024 0.055 0.048 0.022 0.028 0.034 0.016 0.666 0.140 0.090 0.093 0.066 0.254 0.120 0.079 0.077 0.213 0.083 0.508 0.045 0.033 0.032 0.073 0.085 0.219 0.012 0.081 0.021 0.284 0.225 0.219 nan 0.452 0.639 nan 0.147 0.397 0.370 0.347 nan 0.719 nan nan 0.249 0.255 0.417 0.080 0.113 0.346 nan 0.507 0.403 4304 chr16 27715523 27737965 + 0 NA intron (NM_015202, intron 13 of 27) L1MB7|LINE|L1 3606 NR_147898 100128079 Hs.610277 NR_147898 LOC100128079 - uncharacterized LOC100128079 ncRNA 1.010 0.613 nan 0.147 0.136 0.207 0.078 0.145 0.345 0.008 0.139 0.268 0.014 0.464 0.192 0.147 0.107 0.058 0.105 0.008 0.033 0.012 0.094 0.128 0.199 0.053 0.036 0.053 0.065 0.023 0.065 0.103 0.110 0.454 0.032 0.106 0.055 0.048 0.090 0.016 0.126 0.138 0.051 0.024 0.015 0.056 0.116 0.161 0.147 0.113 0.042 0.101 0.147 0.089 0.062 0.199 0.038 0.037 0.376 0.095 0.317 0.131 0.062 2.122 0.054 0.070 0.088 1.343 1.733 0.651 0.857 0.266 0.310 nan 0.287 0.314 0.428 0.361 0.590 0.814 0.871 3.990 3.849 0.260 0.352 0.118 0.165 1.423 4.330 0.528 0.517 4180 chr16 1926168 1969502 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 8720 NR_146568 105371048 NR_146568 ENSG00000259947 LINC02124 - long intergenic non-protein coding RNA 2124 ncRNA 0.698 nan 1.279 0.131 1.095 1.787 0.322 0.566 1.205 0.064 0.124 0.053 0.009 0.319 2.813 0.251 0.084 0.219 0.139 0.044 0.038 0.032 0.533 0.326 1.988 0.131 0.064 0.074 0.162 0.034 0.497 2.339 0.241 4.035 0.126 0.459 0.226 0.092 0.084 0.016 0.079 0.117 0.030 0.034 0.045 0.160 0.320 0.149 0.531 0.081 0.036 0.283 0.251 0.233 0.103 1.988 0.076 0.401 0.158 0.226 0.445 0.118 0.036 0.196 0.012 0.025 0.021 0.209 0.197 0.122 0.165 1.290 1.115 nan 1.138 0.252 0.257 0.134 nan 2.181 2.205 0.509 0.239 0.161 0.212 1.177 1.069 0.304 0.829 1.569 0.857 4139 chr15 91723681 91743681 + 0 NA intron (NM_001323040, intron 2 of 12) L1M2|LINE|L1 88795 NM_001323040 9899 Hs.21754 NM_014848 ENSG00000185518 SV2B HsT19680 synaptic vesicle glycoprotein 2B protein-coding nan nan nan 0.076 1.327 0.003 0.060 0.288 0.618 0.015 0.074 0.060 0.006 0.040 4.637 0.291 0.083 0.105 0.069 0.012 0.947 0.615 0.233 0.021 0.014 0.022 0.081 0.052 0.114 0.052 2.916 0.029 0.079 0.357 0.038 0.099 0.012 0.107 0.101 0.018 0.011 0.022 0.034 0.067 0.175 0.037 0.064 0.028 0.079 0.291 0.032 0.023 0.233 0.025 0.075 0.267 0.050 0.422 0.021 1.135 0.111 0.015 0.006 0.002 0.586 1.381 0.192 0.187 0.459 0.512 nan 1.073 0.242 0.234 0.364 0.550 1.686 1.317 nan 0.410 0.713 1.033 1.480 1.637 0.319 nan 1.598 0.782 468 chr1 77854328 77888259 + 0 NA intron (NM_012093, intron 6 of 13) LTR16D|LTR|ERVL 123006 NM_012093 26289 Hs.559718 NM_012093 ENSG00000154027 AK5 AK6 adenylate kinase 5 protein-coding nan 0.773 1.091 0.082 0.081 0.032 0.199 0.166 0.341 0.027 0.192 0.231 0.006 0.042 0.045 0.751 0.304 0.126 0.094 0.073 0.024 0.016 0.197 0.161 0.104 0.102 0.030 0.067 0.066 0.025 0.040 0.132 0.088 0.303 0.035 0.071 0.210 0.061 0.122 0.038 0.170 0.101 0.028 0.025 0.055 0.029 0.173 0.189 0.091 0.040 0.043 0.118 0.751 0.084 0.029 0.104 0.033 0.054 0.047 0.038 0.060 0.014 0.110 0.208 0.130 0.042 0.030 0.450 0.345 4.264 5.983 0.332 nan 1.413 0.408 0.324 0.361 1.037 nan 0.497 0.546 0.458 0.319 0.250 0.521 0.515 0.514 0.418 0.846 0.715 0.605 9012 chr5 73518329 73595299 + 0 NA Intergenic LTR16C|LTR|ERVL 47336 NR_105009 102503429 Hs.519391 NR_105009 ENSG00000248942 LINC01335 - long intergenic non-protein coding RNA 1335 ncRNA 0.958 nan 1.041 0.314 0.082 0.104 0.649 0.182 0.299 0.157 0.149 0.175 0.303 0.018 0.140 0.272 0.340 0.084 0.334 0.222 0.056 0.016 0.115 0.087 0.207 0.291 0.118 0.074 0.281 0.852 0.153 0.705 0.676 0.361 0.306 0.096 0.217 6.455 0.191 0.069 0.110 0.263 0.072 0.055 0.356 0.284 0.845 0.248 0.103 0.163 0.040 0.450 0.272 0.319 0.068 0.207 0.251 0.206 0.138 0.128 0.246 0.198 0.153 0.535 0.372 0.442 0.279 0.319 0.303 2.524 2.946 0.354 0.384 nan 0.244 0.137 0.145 2.852 nan 0.324 0.266 0.711 0.526 0.139 0.262 0.829 1.069 0.439 1.596 0.601 0.463 3030 chr12 123997501 124005823 + 0 NA intron (NM_178314, intron 2 of 6) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 3111 NM_001319244 353116 Hs.530315 NM_178314 ENSG00000188026 RILPL1 GOSPEL|RLP1 Rab interacting lysosomal protein like 1 protein-coding 0.966 0.606 1.100 0.233 0.254 1.740 1.079 0.078 0.302 0.539 0.169 0.153 3.845 0.024 0.256 0.226 0.188 0.193 0.305 0.069 0.829 0.067 0.262 0.120 0.187 0.463 0.207 1.000 0.471 0.357 0.146 0.303 1.195 0.603 0.421 0.236 0.023 0.432 0.126 0.098 0.071 0.172 0.195 0.253 0.170 0.351 0.348 0.145 0.550 0.221 1.742 0.253 0.226 0.979 0.022 0.187 0.527 0.758 0.181 0.367 0.049 0.284 0.036 0.118 0.146 1.014 0.638 0.433 0.553 0.590 1.110 0.486 0.775 nan 0.221 0.427 0.480 0.370 0.770 1.092 1.554 0.386 0.177 0.339 0.439 0.162 0.163 0.423 0.627 0.623 0.510 7247 chr21 44592525 44607351 + 0 NA Intergenic Intergenic 9592 NM_001320719 102724652 Hs.184085 NM_001314050 ENSG00000276076 CRYAA2 CRYAA crystallin alpha A2 protein-coding nan 1.941 2.404 0.509 1.007 2.710 0.512 1.261 2.361 0.013 0.437 0.256 0.025 0.677 1.034 1.459 0.154 0.022 0.284 0.234 0.481 0.047 0.243 0.212 0.873 0.393 0.245 0.581 0.202 0.128 0.363 1.250 0.462 6.519 0.305 0.911 0.388 0.073 0.075 0.265 0.415 1.279 0.102 0.115 0.060 0.098 0.080 0.428 1.483 0.238 1.245 0.769 1.459 0.700 0.536 0.873 0.446 1.165 0.439 1.297 1.947 0.183 1.106 0.141 0.169 0.027 0.021 2.719 4.075 4.443 4.308 2.192 1.999 nan 1.066 11.426 12.652 0.824 nan 2.214 3.161 1.239 1.045 1.521 3.185 2.338 1.858 0.245 0.300 2.200 1.254 78 chr1 10268660 10272978 + 0 NA promoter-TSS (NM_183416) promoter-TSS (NM_183416) 55 NM_015074 23095 Hs.97858 NM_015074 ENSG00000054523 KIF1B CMT2|CMT2A|CMT2A1|HMSNII|KLP|NBLST1 kinesin family member 1B protein-coding 7.716 3.736 nan 3.632 10.406 3.554 1.443 2.152 2.956 1.126 3.963 2.082 1.661 1.255 3.857 4.387 3.973 0.707 2.544 1.009 2.738 2.959 1.784 1.030 2.744 1.581 2.042 2.599 2.712 0.636 3.793 5.470 2.911 8.327 1.049 2.095 0.264 4.643 0.240 0.633 1.013 3.430 2.246 1.679 1.385 0.729 1.327 2.711 2.939 4.780 2.549 2.008 4.387 4.498 3.250 2.744 0.674 1.492 1.497 4.916 2.986 2.048 1.171 3.847 1.071 1.520 0.580 5.167 6.152 6.568 9.424 11.794 9.810 2.925 1.008 12.779 nan 5.783 nan 11.871 22.276 nan 8.171 2.206 5.164 2.047 1.659 9.299 8.242 2.991 1.879 6612 chr2 208368691 208380831 + 0 NA Intergenic Intergenic -19855 NM_134442 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 1.032 nan 0.972 0.344 0.123 0.009 3.348 0.316 0.246 0.331 2.273 1.432 0.015 0.017 0.110 0.120 1.780 0.212 3.186 1.606 1.025 0.011 0.065 0.092 0.256 0.971 0.453 0.067 0.783 1.793 0.180 0.320 0.325 0.305 0.659 4.102 0.023 0.097 0.123 1.096 0.026 2.477 1.118 0.766 2.901 0.512 0.546 1.110 0.060 1.091 0.090 0.204 0.120 0.563 1.025 0.256 0.431 0.069 0.024 0.340 0.285 1.949 0.061 0.375 3.325 0.209 0.117 0.267 0.224 0.215 0.409 0.221 0.254 0.141 0.064 0.403 0.452 0.782 1.250 0.347 0.370 0.439 0.218 0.184 0.229 0.065 0.093 0.701 2.562 0.183 0.182 5571 chr19 17501273 17536415 + 0 NA intron (NR_130765, intron 3 of 4) LTR13|LTR|ERVK 2349 NR_130765 105221694 Hs.729686 NR_130765 ENSG00000282851 BISPR lncBST2 BST2 interferon stimulated positive regulator (non-protein coding) ncRNA 1.434 1.014 1.071 0.215 0.321 0.152 0.804 0.208 0.441 0.630 0.658 0.370 0.032 0.108 0.195 0.341 0.781 0.243 0.835 0.430 0.257 0.130 0.195 0.193 0.320 0.911 0.848 0.724 0.836 0.315 0.282 nan 0.169 0.705 0.417 0.220 0.043 0.395 0.124 0.322 0.107 1.093 0.317 0.155 0.594 0.454 0.436 0.674 0.554 0.944 0.680 0.604 0.341 0.735 0.985 0.320 0.160 0.180 0.192 0.597 0.602 1.316 0.121 1.346 0.608 0.334 0.224 0.502 0.452 0.546 0.684 0.609 0.606 1.584 0.370 0.194 0.245 0.591 0.991 0.646 0.724 1.257 0.921 0.267 0.351 0.325 0.322 1.529 3.692 1.060 0.664 413 chr1 59962966 59978184 + 0 NA intron (NM_001350799, intron 5 of 13) intron (NM_001350799, intron 5 of 13) -10726 NM_001278224 55277 Hs.444301 NM_018291 ENSG00000172456 FGGY - FGGY carbohydrate kinase domain containing protein-coding 1.430 1.289 1.437 0.170 0.151 0.026 0.316 0.210 0.386 0.738 0.261 0.382 0.065 0.193 0.968 0.311 0.225 1.334 0.808 0.042 0.009 0.103 0.168 0.488 0.493 0.224 0.005 0.413 0.111 0.175 nan 0.112 0.515 0.616 0.050 0.063 0.092 0.091 0.054 0.355 0.151 0.028 0.020 0.051 0.383 0.627 0.177 0.159 0.131 0.042 0.160 0.968 0.611 0.139 0.488 0.049 0.081 0.050 0.092 0.417 0.358 0.238 2.478 0.045 0.015 0.018 2.524 2.828 5.296 2.602 0.638 0.594 1.261 0.423 0.365 0.433 1.022 1.311 1.244 0.974 0.514 0.170 0.547 0.929 0.175 0.467 1.692 nan 0.847 0.561 294 chr1 40156302 40170100 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -5819 NM_016257 51440 Hs.743975 NM_016257 ENSG00000116983 HPCAL4 HLP4 hippocalcin like 4 protein-coding 9.989 1.065 nan 0.099 1.511 2.960 0.169 0.313 0.678 0.007 0.084 0.079 0.009 0.112 0.420 12.375 0.116 0.105 0.100 0.069 0.032 0.010 0.126 0.196 0.685 0.055 0.047 0.069 0.147 0.061 0.182 0.721 0.138 1.410 0.085 0.062 0.041 0.095 0.119 0.008 0.087 0.187 0.026 0.028 0.079 0.061 0.056 0.123 0.096 0.123 0.142 0.073 12.375 0.082 0.060 0.685 0.009 0.107 0.248 0.382 0.133 0.029 0.129 0.108 0.017 0.033 0.018 0.224 0.206 0.288 0.323 1.666 1.386 1.688 0.740 0.335 0.323 0.325 nan 26.413 24.781 0.743 0.566 0.322 nan 0.311 0.231 0.582 0.820 34.882 26.019 764 chr1 155176097 155180635 + 0 NA promoter-TSS (NM_001252607) promoter-TSS (NM_001252607) -124 NM_198883 4580 Hs.490874 NM_002455 ENSG00000173171 MTX1 MTX|MTXN metaxin 1 protein-coding nan nan 5.258 2.120 4.526 4.319 1.939 2.863 5.022 1.819 4.916 3.241 0.794 2.813 5.742 6.495 2.079 0.641 3.642 1.421 7.280 4.417 3.361 1.438 6.693 2.795 2.883 3.232 2.239 0.793 2.924 5.609 3.069 22.040 2.744 5.853 1.412 7.750 0.243 2.579 2.572 4.157 2.246 1.385 2.774 0.734 2.886 1.211 3.587 5.969 10.462 2.872 6.495 5.797 4.550 6.693 2.112 2.568 3.128 14.195 6.385 4.602 2.991 2.452 1.023 1.358 0.782 6.863 9.707 5.131 7.564 10.829 nan 8.368 5.401 6.410 7.018 6.736 8.205 6.335 12.966 8.190 9.448 6.372 10.347 7.054 4.296 11.216 10.623 3.593 1.705 11289 chr8 129262245 129282927 + 0 NA Intergenic MLT1G1|LTR|ERVL-MaLR 110224 NR_031613 100302281 NR_031613 ENSG00000221261 MIR1208 MIRN1208|hsa-mir-1208 microRNA 1208 ncRNA nan nan nan 0.489 0.198 0.030 2.127 0.171 0.312 0.222 0.342 15.344 0.022 0.082 0.068 0.056 0.119 0.086 1.387 0.861 0.142 0.040 0.046 0.041 0.074 0.830 0.212 0.054 0.657 1.687 0.209 0.712 0.179 nan 0.555 0.715 0.028 0.028 0.084 0.428 0.038 0.674 0.586 0.471 2.775 0.362 0.647 0.223 0.322 0.347 0.107 0.296 0.056 0.705 0.264 0.074 0.096 0.147 0.019 0.297 0.165 10.698 0.024 0.132 0.169 0.081 0.047 4.455 3.565 0.245 0.427 0.406 0.483 0.645 0.199 nan nan 0.305 0.524 1.116 0.888 0.340 0.145 0.196 0.262 0.067 0.139 0.188 0.268 0.238 0.335 7575 chr3 43893690 43926458 + 0 NA Intergenic LTR33A|LTR|ERVL -176988 NM_001346469 55129 Hs.656657 NM_018075 ENSG00000160746 ANO10 SCAR10|TMEM16K anoctamin 10 protein-coding 0.448 nan nan 0.617 0.091 0.222 4.447 0.044 0.083 0.131 1.032 0.197 0.021 0.039 0.095 0.121 0.212 0.083 0.533 0.461 0.199 0.016 0.100 0.088 0.066 2.711 2.671 0.025 1.115 2.823 0.198 0.652 0.177 0.312 1.826 0.082 0.015 0.023 0.070 0.822 0.039 1.159 0.924 0.557 1.425 0.621 1.713 1.569 0.432 0.070 0.261 0.343 0.121 0.272 1.850 0.066 0.458 0.114 0.039 0.072 0.098 1.139 0.034 0.081 1.474 0.049 0.025 0.250 0.188 0.199 0.327 0.379 0.427 0.119 0.048 0.150 0.157 0.094 0.174 0.351 0.416 0.377 0.193 0.202 0.190 0.043 0.059 0.145 0.323 0.347 0.318 2075 chr11 70839591 70864573 + 0 NA intron (NM_012309, intron 2 of 22) intron (NM_012309, intron 2 of 22) 83760 NM_012309 22941 Hs.268726 NM_012309 ENSG00000162105 SHANK2 AUTS17|CORTBP1|CTTNBP1|ProSAP1|SHANK|SPANK-3 SH3 and multiple ankyrin repeat domains 2 protein-coding nan 0.625 0.467 0.143 0.070 4.411 0.461 0.816 1.473 0.014 0.091 0.037 0.015 0.028 0.125 0.174 0.042 0.051 0.076 0.038 0.182 0.006 0.047 0.056 0.316 0.111 0.112 0.018 0.062 0.021 0.132 nan 0.096 2.086 0.195 0.091 0.019 0.057 0.092 0.071 0.032 0.189 0.039 0.040 0.135 0.153 0.218 0.205 0.334 0.037 0.675 0.445 0.174 0.056 0.026 0.316 0.095 0.081 0.109 0.454 0.146 0.077 0.133 0.094 0.051 0.009 0.003 0.531 0.582 0.227 0.327 1.062 1.104 0.210 0.072 0.309 0.422 0.187 0.289 0.419 0.570 0.334 0.295 0.398 0.478 0.073 0.093 0.284 0.507 0.560 0.443 10327 chr7 43621972 43636822 + 0 NA intron (NM_004760, intron 1 of 6) intron (NM_004760, intron 1 of 6) 6705 NM_004760 9263 Hs.709489 NM_004760 ENSG00000164543 STK17A DRAK1 serine/threonine kinase 17a protein-coding 1.901 1.183 nan 3.886 0.402 0.383 1.408 0.430 0.632 0.567 1.703 0.696 0.162 0.174 0.342 0.241 1.133 0.153 1.108 0.090 1.188 0.061 0.146 0.157 0.331 1.462 1.372 0.293 1.706 0.306 0.862 1.105 1.964 1.516 0.547 0.903 0.078 0.591 0.199 0.574 0.133 1.272 0.264 0.184 0.771 0.340 1.634 1.510 0.570 1.059 0.485 0.575 0.241 1.233 1.681 0.331 0.737 0.267 0.230 0.572 0.356 1.030 0.315 0.166 1.031 0.465 0.461 0.877 0.803 0.881 1.324 0.688 0.702 0.643 0.215 1.394 1.407 2.407 3.328 0.729 0.851 0.428 0.338 0.610 1.257 0.511 0.597 0.648 1.010 0.437 0.449 9109 chr5 106876930 106916090 + 0 NA intron (NM_001962, intron 1 of 4) intron (NM_001962, intron 1 of 4) 110086 NM_001962 1946 Hs.288741 NM_001962 ENSG00000184349 EFNA5 AF1|EFL5|EPLG7|GLC1M|LERK7|RAGS ephrin A5 protein-coding 1.186 1.666 0.946 2.207 0.162 0.056 1.001 0.589 0.906 1.118 1.065 1.582 1.673 0.102 0.225 0.275 0.169 0.042 1.030 0.305 2.173 0.039 0.216 0.199 0.040 1.402 0.713 0.209 0.869 1.114 1.583 3.196 1.690 0.808 0.665 1.596 0.345 0.163 0.109 0.347 0.192 0.608 0.111 0.098 1.117 0.977 2.031 0.338 0.963 0.273 0.339 1.123 0.275 1.109 0.034 0.040 0.676 0.754 0.156 0.312 0.607 0.526 0.305 0.127 0.455 0.053 0.043 0.299 0.261 1.618 6.367 0.485 0.522 0.871 0.262 0.199 0.196 2.012 2.545 0.535 0.594 0.569 0.309 0.287 0.480 1.741 2.516 0.269 0.531 0.504 0.401 9697 chr6 49503542 49526588 + 0 NA Intergenic Intergenic -3048 NR_146857 135398 Hs.722010 NM_153344 ENSG00000197261 C6orf141 - chromosome 6 open reading frame 141 protein-coding 1.154 1.640 2.481 1.107 0.533 0.099 3.076 0.473 1.132 0.485 0.434 1.279 0.029 0.322 0.078 1.288 0.508 0.140 2.025 0.883 0.274 0.066 0.347 0.288 1.072 1.695 1.210 0.075 1.607 0.906 0.807 1.733 1.231 1.271 1.294 2.813 0.619 0.065 0.113 1.129 0.045 0.662 0.094 0.105 1.130 0.727 0.978 0.644 1.188 0.446 3.059 0.966 1.288 1.367 2.707 1.072 0.585 0.104 0.038 0.550 0.356 0.980 0.056 0.786 0.620 0.155 0.154 0.531 0.483 1.913 3.169 0.365 0.329 2.085 0.543 0.929 1.015 0.163 0.296 2.035 nan 0.251 0.091 0.241 0.347 2.838 3.471 1.491 4.551 2.109 1.150 4582 chr17 8088365 8105120 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -3178 NM_017622 54785 Hs.129563 NM_017622 ENSG00000196544 BORCS6 C17orf59|PRO2472 BLOC-1 related complex subunit 6 protein-coding 2.401 1.329 1.911 0.944 1.049 1.067 0.906 1.012 1.838 0.444 1.485 0.981 3.859 0.728 1.618 1.537 0.721 0.212 1.890 0.649 1.714 0.406 0.588 0.401 0.831 0.461 0.472 0.463 0.934 0.235 1.376 2.218 1.308 3.387 0.918 1.301 0.176 0.867 0.078 0.472 0.642 2.604 0.627 0.422 0.645 0.543 0.737 1.060 3.561 3.349 0.811 0.907 1.537 2.305 2.926 0.831 0.367 0.670 0.595 3.360 1.561 1.771 0.496 1.330 0.682 0.596 0.425 1.762 2.431 1.699 2.668 2.034 1.866 5.154 1.732 1.221 1.415 1.587 2.167 2.697 3.886 1.850 1.513 0.738 1.139 1.220 1.252 2.844 5.663 0.521 0.270 1981 chr11 62491334 62500482 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318816) promoter-TSS (NM_001318816) -44 NM_001318816 283237 Hs.31704 NM_173810 ENSG00000162222 TTC9C - tetratricopeptide repeat domain 9C protein-coding nan 2.861 2.344 3.347 5.096 4.151 3.958 2.276 4.970 1.826 4.329 2.428 1.763 2.213 6.027 3.224 1.615 0.370 3.424 1.094 3.079 1.923 2.046 1.328 4.777 2.272 2.489 2.330 2.868 1.278 4.003 5.755 3.257 8.823 2.295 2.885 1.612 4.518 0.228 1.370 2.948 5.979 5.041 2.769 1.406 1.880 6.244 5.076 3.835 4.267 1.949 2.197 3.224 2.738 2.746 4.777 1.267 1.954 0.946 3.377 1.919 3.032 3.311 1.551 3.726 2.338 1.397 6.881 7.157 5.178 7.390 9.964 9.413 5.571 3.183 8.464 8.555 3.983 5.387 5.587 8.556 5.994 5.129 5.116 9.798 4.536 5.501 3.775 4.640 2.906 1.116 7634 chr3 61545254 61551163 + 0 NA intron (NM_002841, intron 1 of 29) CpG 965 NM_002841 5793 Hs.595541 NM_002841 ENSG00000144724 PTPRG HPTPG|PTPG|R-PTP-GAMMA|RPTPG protein tyrosine phosphatase, receptor type G protein-coding 3.942 nan 3.830 0.201 1.393 0.810 2.508 1.489 3.350 1.697 5.190 1.827 0.263 1.088 0.362 1.343 2.812 0.352 2.971 0.934 4.608 0.331 1.086 0.533 1.113 2.133 2.044 2.386 8.052 1.662 3.037 4.256 1.812 7.006 1.539 2.293 1.074 0.906 0.054 1.926 4.467 0.078 7.565 3.073 2.617 1.187 1.308 4.490 1.727 0.989 0.643 0.035 1.343 5.523 2.054 1.113 1.240 0.069 0.491 2.097 2.644 0.502 1.266 3.536 2.163 1.152 1.588 2.642 3.094 5.626 2.954 1.533 6.075 1.756 2.426 2.481 2.390 3.255 2.498 3.693 3.513 4.943 0.602 1.476 4.047 3.070 1.711 nan 1.312 1.078 8754 chr5 10518206 10538856 + 0 NA Intergenic Intergenic -6335 NR_134289 389273 Hs.519206 NR_134289 ENSG00000249160 LINC02213 - long intergenic non-protein coding RNA 2213 ncRNA nan nan nan 0.096 0.250 0.071 1.474 0.156 0.361 0.065 0.158 0.757 0.018 0.029 0.167 0.223 1.004 0.458 0.489 0.408 0.114 0.034 0.168 0.178 0.113 0.570 0.217 0.224 0.145 0.464 0.156 0.524 0.259 nan 0.099 0.724 0.120 0.073 0.088 0.126 0.053 0.214 0.196 0.186 0.048 0.172 0.349 1.219 0.767 0.212 0.123 0.274 0.223 0.461 0.192 0.113 0.355 0.168 0.497 0.215 0.707 0.215 2.005 1.098 0.059 0.053 0.062 1.246 0.754 2.553 1.809 0.565 0.638 0.285 0.094 1.398 1.327 nan 4.362 0.370 0.479 2.467 2.281 1.965 2.372 0.531 0.700 0.816 nan 0.975 0.751 3559 chr14 55492305 55496158 + 0 NA promoter-TSS (NM_007086) promoter-TSS (NM_007086) 387 NM_199421 122809 Hs.744302 NM_080867 ENSG00000180008 SOCS4 SOCS7 suppressor of cytokine signaling 4 protein-coding nan nan 4.163 3.913 7.026 6.098 1.848 2.363 3.945 0.719 2.080 2.139 1.706 0.958 3.577 4.987 3.562 0.252 2.630 0.587 1.619 1.115 2.035 0.855 4.531 3.145 2.443 0.810 4.654 1.935 3.527 6.800 4.789 9.599 2.246 3.826 1.408 3.546 0.217 1.433 2.039 2.112 2.446 1.247 2.133 2.362 3.302 2.268 2.394 1.759 2.170 2.787 4.987 4.884 3.131 4.531 1.350 1.442 1.101 4.248 2.778 2.214 1.950 1.232 2.795 1.046 1.058 6.102 4.227 6.613 9.839 12.042 10.811 9.126 4.865 17.207 17.839 6.125 7.508 9.151 15.240 12.401 11.444 5.595 8.699 9.484 12.805 4.926 5.332 5.165 2.548 2522 chr12 17212792 17234200 + 0 NA Intergenic L1M2|LINE|L1 81815 NR_036619 728622 Hs.741380 NR_036619 SKP1P2 SKP1B|p19B S-phase kinase associated protein 1 pseudogene 2 pseudo 0.649 0.982 1.187 0.158 0.342 0.526 0.070 0.098 0.228 0.178 0.058 0.051 0.145 0.028 0.772 0.190 0.042 0.023 0.619 0.332 0.020 0.013 0.177 0.281 0.099 0.003 0.010 0.954 0.236 0.928 2.274 5.560 1.680 0.249 0.482 0.187 0.015 0.113 0.039 0.256 0.061 0.003 0.242 0.376 0.090 0.280 0.209 0.026 0.096 0.253 0.190 0.148 0.030 0.099 0.286 0.310 0.009 0.030 0.099 0.011 0.032 0.033 0.012 0.192 0.130 0.186 0.307 nan 0.850 1.242 0.432 0.244 0.201 1.691 1.970 0.629 0.730 0.402 0.129 0.097 0.164 0.714 0.705 0.308 0.456 0.499 0.373 11754 chr9 123155405 123167982 + 0 NA intron (NM_001011649, intron 34 of 36) L2b|LINE|L2 -154365 NR_029604 406939 NR_029604 ENSG00000207814 MIR147A MIR147|MIRN147|hsa-mir-147a microRNA 147a ncRNA nan nan 0.904 0.086 0.650 0.099 1.983 0.192 0.449 0.221 2.544 3.409 0.010 0.039 0.028 0.318 0.540 0.051 0.888 0.574 0.419 0.026 0.288 0.161 0.228 2.856 2.795 0.099 0.187 0.602 0.162 0.370 0.230 nan 0.383 8.079 0.068 0.094 0.088 1.514 0.147 0.637 0.402 0.192 0.548 0.229 1.275 1.540 2.334 0.192 0.127 1.166 0.318 0.403 0.863 0.228 0.666 0.093 0.039 0.187 0.355 0.747 0.019 1.752 0.073 0.036 0.209 0.182 0.684 0.537 0.628 0.760 1.240 0.321 0.423 0.453 0.307 nan 0.957 0.690 0.420 0.311 0.089 0.103 0.293 0.332 0.193 0.390 nan 0.631 10083 chr6 168483393 168511634 + 0 NA Intergenic Intergenic -15276 NR_110312 79981 Hs.266746 NM_024919 ENSG00000153303 FRMD1 bA164L23.1 FERM domain containing 1 protein-coding 0.905 nan 0.917 0.042 2.006 1.462 0.070 0.204 0.413 0.007 0.106 0.042 0.013 0.032 1.446 1.507 0.062 0.057 0.053 0.020 0.035 0.030 0.380 0.236 1.953 0.130 0.062 0.070 0.007 0.084 0.494 0.082 3.995 0.010 0.044 0.044 0.058 0.081 0.013 1.267 0.137 0.066 0.019 0.031 0.068 0.041 0.063 0.095 0.121 0.008 0.041 1.507 0.068 0.082 1.953 0.030 0.065 0.185 0.170 0.244 0.081 0.282 0.017 0.011 0.029 0.018 0.574 0.842 0.629 0.860 5.179 4.928 0.680 0.195 0.108 0.126 0.092 0.138 2.056 2.498 nan 0.303 0.553 0.756 0.409 0.279 0.085 0.114 1.029 0.715 5922 chr2 15727636 15751220 + 0 NA intron (NM_004939, intron 5 of 25) AluSx|SINE|Alu 7683 NM_004939 1653 Hs.440599 NM_004939 ENSG00000079785 DDX1 DBP-RB|UKVH5d DEAD-box helicase 1 protein-coding 1.334 1.034 1.415 0.480 0.772 0.431 0.365 0.333 0.489 0.154 0.559 0.561 0.086 0.193 0.839 0.600 0.357 0.163 0.354 0.161 0.265 0.258 0.509 0.338 0.549 0.143 0.146 0.271 0.380 0.150 0.889 1.118 0.438 1.654 0.279 0.773 0.040 0.649 0.130 0.295 0.317 0.825 0.521 0.284 0.364 0.181 0.523 0.556 0.749 0.612 0.679 0.497 0.600 0.369 0.722 0.549 0.353 0.410 0.348 0.636 0.715 0.455 8.570 0.515 0.356 0.239 0.224 1.227 1.243 0.917 1.282 1.483 1.459 1.248 0.579 1.046 1.065 0.974 1.235 1.489 nan 1.895 1.822 16.681 20.236 0.423 0.379 1.489 nan 0.902 0.472 8649 chr4 182335587 182343443 + 0 NA Intergenic Intergenic -153333 NR_149139 101928679 Hs.149643 NR_149139 LINC02500 - long intergenic non-protein coding RNA 2500 ncRNA nan 0.778 nan 0.037 0.085 0.599 0.081 0.593 0.987 0.024 0.121 0.035 0.047 0.075 1.508 0.137 0.086 0.205 0.076 0.024 0.008 0.293 0.358 0.211 0.320 0.057 0.019 0.080 0.013 0.040 0.146 0.036 0.329 0.092 0.059 0.314 0.028 0.090 0.015 0.050 0.023 0.046 0.020 0.113 0.058 0.059 0.127 0.043 0.027 0.010 0.025 0.137 0.177 0.032 0.320 0.007 0.010 0.004 0.050 0.270 0.020 0.046 0.031 0.036 0.006 0.187 0.171 0.538 1.639 0.536 0.598 9.315 3.735 1.456 1.645 0.100 0.144 0.689 0.956 0.284 0.176 0.184 0.423 1.229 1.733 0.122 0.091 0.452 0.357 10949 chr8 50819484 50828401 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321773) promoter-TSS (NM_001321773) -291 NM_001321776 54212 Hs.584914 NM_018967 ENSG00000147481 SNTG1 G1SYN|SYN4 syntrophin gamma 1 protein-coding 0.712 nan 0.809 0.033 0.089 0.019 0.048 0.109 0.089 0.042 0.256 0.124 0.034 0.079 0.187 0.058 0.094 0.132 0.022 0.012 0.047 1.105 0.399 0.031 0.032 0.024 0.068 0.075 0.216 0.039 0.969 0.033 0.042 0.458 0.049 0.045 0.013 0.009 0.072 0.027 0.024 0.052 0.043 0.134 0.011 0.024 0.133 0.008 0.187 0.058 0.018 0.033 0.032 4.970 0.014 0.033 0.014 0.019 0.006 0.443 0.403 0.155 0.147 0.248 0.349 3.475 1.871 0.046 0.086 3.850 nan 0.146 0.148 1.115 1.073 0.062 0.160 3.212 1.965 0.134 0.255 6.000 3.264 10787 chr8 2214579 2217636 + 0 NA Intergenic Intergenic 191438 NR_106983 102465695 NR_106983 ENSG00000273593 MIR7160 hsa-mir-7160 microRNA 7160 ncRNA 0.623 0.798 0.681 0.036 0.083 0.163 0.046 0.391 0.594 0.012 0.130 0.060 0.040 0.200 0.212 0.098 0.313 0.757 0.103 0.242 0.195 0.021 0.049 0.155 0.079 0.068 0.047 0.210 0.106 2.168 0.158 0.182 11.081 4.304 0.035 0.051 0.063 0.163 0.160 0.070 0.065 0.212 0.024 0.195 0.080 0.608 0.098 0.025 0.057 0.121 0.025 0.042 0.896 0.700 0.436 1.303 0.566 0.720 0.290 0.174 0.121 0.200 0.129 0.275 0.318 0.297 nan 0.382 0.208 0.195 0.121 0.235 0.162 0.239 0.601 0.656 7777 chr3 117114674 117128552 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 288159 NR_146652 105374057 Hs.518179 NR_146652 ENSG00000241213 LINC02024 - long intergenic non-protein coding RNA 2024 ncRNA 0.829 nan 1.039 0.031 1.489 2.257 0.062 0.451 0.972 0.011 0.050 0.014 0.027 1.218 0.917 0.314 0.075 0.057 0.068 0.028 0.009 0.020 1.328 0.721 0.664 0.010 0.016 0.006 0.056 0.008 0.099 0.223 0.136 1.371 0.010 0.093 0.048 1.977 0.056 0.009 0.142 0.086 0.035 0.017 0.010 0.022 0.041 0.072 0.070 0.041 0.034 0.062 0.314 0.026 0.007 0.664 0.026 0.036 0.009 0.038 3.918 0.039 0.281 0.304 0.022 0.021 0.004 1.285 1.412 0.271 0.408 1.366 nan 7.775 2.759 0.216 0.293 nan 1.212 1.889 1.738 1.287 1.157 0.235 0.518 0.279 0.305 0.569 1.087 4.221 1.834 6220 chr2 86115082 86123721 + 0 NA TTS (NR_110569) TTS (NR_110569) 2998 NR_110569 101928113 Hs.625888 NR_110569 ST3GAL5-AS1 - ST3GAL5 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan 0.847 nan 0.407 1.312 1.950 2.056 0.315 0.640 0.222 1.019 1.301 0.078 0.093 0.824 0.550 0.519 0.186 1.662 1.223 5.345 0.546 0.354 0.249 0.783 1.090 0.807 0.426 1.306 0.913 4.772 7.701 3.307 5.314 1.001 1.065 0.111 0.879 0.140 2.380 0.971 1.892 0.376 0.251 0.436 0.541 1.495 0.721 6.397 1.947 5.463 3.386 0.550 2.230 2.286 0.783 1.090 1.072 0.567 1.384 0.848 0.485 0.239 0.289 1.610 0.192 0.135 0.475 0.627 1.042 1.699 1.928 1.484 0.842 0.221 0.836 0.761 1.055 1.392 1.510 1.723 2.018 2.405 0.381 0.778 0.704 1.110 0.723 1.160 1.351 1.109 9973 chr6 139907939 139914509 + 0 NA Intergenic Intergenic -115491 NR_033919 645434 Hs.666240 NR_033919 ENSG00000238099 LINC01625 - long intergenic non-protein coding RNA 1625 ncRNA 1.095 1.976 1.947 0.400 1.355 0.921 0.392 0.443 1.509 0.692 0.857 1.542 2.868 0.108 0.934 0.993 2.311 0.195 0.350 0.058 0.535 0.021 0.837 0.387 0.844 0.754 0.406 0.662 0.217 0.297 1.301 3.171 1.499 2.625 0.491 0.779 0.535 0.525 0.100 0.218 0.256 0.210 1.136 0.686 0.118 0.182 1.882 0.885 0.273 0.302 0.048 0.115 0.993 0.542 0.073 0.844 0.246 0.259 0.101 0.240 0.295 0.653 0.422 0.074 1.161 2.357 1.287 0.456 0.377 3.397 8.928 0.675 0.862 13.520 5.026 0.574 0.625 0.486 0.755 1.998 1.740 0.627 0.311 0.290 0.664 3.485 2.023 0.683 nan 1.295 0.856 9930 chr6 134286859 134318554 + 0 NA intron (NM_001253676, intron 2 of 6) intron (NM_001253676, intron 2 of 6) 28405 NM_004865 9519 Hs.486507 NM_004865 ENSG00000028839 TBPL1 MGC:8389|MGC:9620|STUD|TLF|TLP|TRF2 TATA-box binding protein like 1 protein-coding 1.047 0.903 1.401 0.588 0.345 0.035 0.386 0.126 0.316 0.072 0.283 2.011 0.012 0.057 0.232 0.420 0.611 0.087 0.277 0.161 0.476 0.030 0.094 0.093 0.281 0.418 0.144 0.024 0.163 0.265 0.430 0.961 0.742 0.528 0.454 0.649 0.081 0.185 0.123 0.595 0.108 0.093 0.061 0.052 0.199 0.145 0.543 0.067 0.323 0.208 0.045 0.239 0.420 0.363 0.245 0.281 0.108 0.790 0.086 0.018 0.115 0.451 0.181 0.315 0.272 0.066 0.049 1.275 1.028 3.829 2.956 0.841 0.899 nan 0.499 0.306 0.334 2.470 2.649 0.335 0.334 1.601 1.357 0.257 0.560 0.637 1.002 0.541 nan 0.513 0.413 8519 chr4 117364516 117408451 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 165602 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.507 0.640 0.480 0.057 0.170 0.012 0.072 0.110 0.174 0.004 0.069 0.046 0.023 0.012 0.038 0.073 0.076 0.066 0.076 0.013 0.021 0.016 0.057 0.096 0.040 0.011 0.002 0.005 0.039 0.013 0.046 0.040 0.054 0.173 0.042 0.093 0.015 0.037 0.086 0.008 0.049 0.044 0.007 0.007 0.017 0.012 0.048 0.071 0.022 0.021 0.009 0.019 0.073 0.042 0.019 0.040 0.044 0.042 0.007 0.013 0.041 0.009 0.027 0.126 0.019 0.009 0.007 0.189 0.148 0.169 0.229 0.139 0.138 0.114 0.066 0.117 0.117 7.184 8.638 0.206 0.219 0.375 0.181 0.130 0.209 0.067 0.055 0.331 0.737 0.194 0.212 2583 chr12 29385919 29400433 + 0 NA intron (NM_001271784, intron 1 of 10) LTR85c|LTR|Gypsy? 16620 NM_018099 55711 Hs.684482 NM_018099 ENSG00000064763 FAR2 HEL-S-81|MLSTD1|SDR10E2 fatty acyl-CoA reductase 2 protein-coding nan nan nan 0.520 0.270 0.066 0.425 0.121 0.200 0.040 0.338 0.301 0.020 0.035 0.098 0.985 0.227 0.056 1.034 0.483 0.035 0.009 0.086 0.123 0.058 0.063 0.030 0.031 0.743 0.257 0.215 0.579 0.132 0.296 0.220 0.059 0.097 0.130 1.988 0.082 0.164 0.033 0.022 0.301 0.317 0.578 0.307 0.045 0.142 0.033 0.032 0.985 0.648 0.165 0.058 0.102 0.040 0.209 0.112 0.048 0.092 0.051 0.433 0.147 0.028 0.004 0.227 0.166 0.189 0.252 0.428 0.471 0.170 0.093 0.477 0.454 3.617 3.689 0.169 0.192 0.777 0.645 0.194 0.206 0.038 0.035 0.657 2.727 0.247 0.342 10923 chr8 40218377 40231069 + 0 NA Intergenic Intergenic 213736 NM_020130 56892 Hs.591849 NM_020130 ENSG00000176907 TCIM C8orf4|TC-1|TC1 transcriptional and immune response regulator protein-coding 0.744 nan 0.686 0.078 0.195 0.022 0.206 0.214 0.314 0.059 0.100 0.330 0.047 0.061 0.091 0.171 0.127 0.008 0.001 0.651 0.022 0.148 0.071 0.426 0.440 0.225 0.023 0.108 0.008 0.265 0.796 0.395 0.343 0.177 0.200 0.045 0.042 0.110 0.028 0.093 0.077 0.073 0.037 0.018 0.043 1.370 0.142 1.038 0.011 0.163 5.227 0.091 0.023 0.007 0.426 0.975 0.782 0.223 0.027 0.728 0.172 1.009 0.179 0.018 0.012 0.310 0.221 0.263 0.309 1.127 1.143 0.165 0.057 0.098 0.102 0.297 0.484 0.363 0.348 1.129 1.241 0.081 0.105 0.290 0.488 1.113 2.364 1.407 0.949 2589 chr12 31025708 31034088 + 0 NA Intergenic Intergenic -49940 NM_001080509 441631 Hs.505141 NM_001080509 ENSG00000110900 TSPAN11 VSSW1971 tetraspanin 11 protein-coding 2.175 4.297 1.761 0.086 2.356 6.635 0.111 0.306 0.740 0.023 0.127 0.089 0.060 2.565 0.314 0.134 0.096 0.277 0.067 0.016 0.413 0.256 1.271 0.092 0.060 0.009 0.316 0.039 0.579 1.794 0.202 3.720 0.122 0.059 3.223 0.042 0.104 0.014 0.141 0.110 0.064 0.037 0.051 0.137 0.093 0.249 0.185 0.049 0.075 0.077 0.314 1.833 0.041 1.271 0.015 0.059 0.104 0.054 0.793 0.056 0.036 0.059 0.109 0.021 0.006 0.273 0.289 0.184 0.384 3.940 2.947 6.149 1.632 0.523 0.666 0.188 0.242 3.904 4.316 0.508 0.398 0.264 0.385 13.703 13.340 0.174 0.353 2.049 1.364 9401 chr6 3866985 3872706 + 0 NA Intergenic Intergenic 20245 NM_012135 26240 Hs.140944 NM_012135 ENSG00000145945 FAM50B D6S2654E|X5L family with sequence similarity 50 member B protein-coding 1.030 0.655 0.707 0.332 0.203 0.068 0.114 0.084 0.291 0.032 0.107 0.210 0.022 0.155 0.349 1.371 0.195 0.068 0.449 0.190 0.099 0.214 0.313 0.051 0.020 0.059 0.037 0.069 0.285 0.074 0.131 0.038 0.017 0.059 0.095 0.008 0.014 0.118 0.031 0.041 0.088 0.094 0.033 0.175 1.956 0.110 4.815 0.140 0.349 0.123 0.121 0.214 0.022 0.101 0.080 0.072 0.041 0.069 0.209 0.040 0.020 0.017 0.618 0.690 0.504 0.718 0.313 0.459 0.236 0.163 0.281 0.283 0.580 0.547 0.195 0.237 0.270 0.147 0.159 0.267 0.223 0.161 0.183 0.245 0.576 0.507 2814 chr12 80075119 80088145 + 0 NA intron (NM_001354733, intron 2 of 4) intron (NM_001354733, intron 2 of 4) 2728 NM_001354732 5074 Hs.643130 NM_002583 ENSG00000177425 PAWR PAR4|Par-4 pro-apoptotic WT1 regulator protein-coding 2.098 2.293 2.022 7.400 2.379 1.683 1.745 0.974 1.830 1.527 2.941 2.679 2.771 0.782 1.636 1.362 2.664 0.360 2.850 0.714 2.336 0.770 1.302 0.993 1.488 2.718 3.028 1.428 3.925 1.931 3.368 3.970 2.084 4.065 1.330 3.898 1.249 1.714 0.110 0.916 0.878 3.654 2.600 1.335 2.164 1.614 4.099 3.644 2.834 2.356 2.109 3.550 1.362 2.806 3.756 1.488 1.348 2.420 0.628 2.403 1.309 2.027 0.986 0.796 1.285 1.276 1.131 1.863 2.493 2.730 4.802 3.627 3.389 3.970 1.327 6.648 6.559 1.941 2.792 5.832 8.395 2.773 3.228 1.045 3.040 4.319 5.787 2.350 2.893 1.705 1.281 710 chr1 151368377 151374517 + 0 NA promoter-TSS (NM_002796) promoter-TSS (NM_002796) -594 NM_002796 5692 Hs.89545 NM_002796 ENSG00000159377 PSMB4 HN3|HsN3|PROS-26|PROS26 proteasome subunit beta 4 protein-coding nan nan 2.165 1.780 0.915 1.018 2.585 1.155 2.045 0.544 1.639 1.952 0.715 1.136 1.810 1.391 1.985 0.391 2.311 1.172 2.076 0.731 1.194 0.840 1.646 1.803 1.362 1.397 1.498 0.821 11.151 15.815 1.088 6.858 1.393 2.835 0.359 2.241 0.198 1.478 0.431 3.080 2.880 1.341 1.987 0.672 1.858 1.369 1.973 2.345 4.147 3.136 1.391 2.945 1.748 1.646 1.193 1.972 0.792 4.416 2.133 2.319 0.855 0.802 0.686 1.641 0.956 2.167 2.152 5.387 7.884 3.176 nan 4.128 1.423 4.832 5.131 1.904 2.371 2.888 4.645 2.463 2.071 2.952 4.733 1.780 2.797 3.569 3.786 1.283 0.951 7603 chr3 51994210 52004173 + 0 NA intron (NM_020418, intron 1 of 12) L2|LINE|L2 2259 NM_020418 57060 Hs.20930 NM_020418 ENSG00000090097 PCBP4 CBP|LIP4|MCG10 poly(rC) binding protein 4 protein-coding 2.772 1.633 nan 0.704 0.641 0.410 0.472 0.284 0.547 0.567 1.277 0.451 0.274 0.492 0.427 1.221 0.881 0.129 0.372 0.190 0.866 0.488 0.689 0.279 1.202 0.306 0.224 1.191 0.839 0.340 0.922 1.687 0.386 1.042 0.191 0.680 0.681 1.639 0.073 0.191 2.281 0.952 1.050 0.533 0.141 0.171 0.329 0.463 1.081 1.288 0.444 0.728 1.221 0.559 0.732 1.202 0.257 0.351 0.370 2.379 1.183 0.310 0.606 5.972 0.416 0.277 0.238 1.330 2.104 2.064 2.372 2.590 2.381 1.105 0.479 1.422 1.678 1.275 1.737 1.400 2.046 8.993 12.315 1.253 1.828 1.892 1.315 3.834 11.866 1.361 0.723 7087 chr20 58882258 58903779 + 0 NA intron (NR_046099, intron 3 of 4) intron (NR_046099, intron 3 of 4) 9486 NR_030376 693231 NR_030376 ENSG00000207802 MIR646 MIRN646|hsa-mir-646 microRNA 646 ncRNA 0.708 0.764 0.384 0.080 0.061 0.181 0.054 0.113 0.302 0.054 0.094 0.030 0.006 0.053 0.157 0.129 0.076 0.030 0.039 0.017 0.019 0.032 0.073 0.050 0.068 0.014 0.017 0.027 0.063 0.005 0.078 0.066 0.138 0.286 0.007 0.075 0.035 0.086 0.088 0.006 0.036 0.138 0.042 0.018 0.022 0.030 0.045 0.125 0.026 0.046 0.048 0.040 0.129 0.036 0.039 0.068 0.011 0.062 0.063 0.067 0.139 0.029 0.914 0.052 0.029 0.019 0.014 3.301 nan 0.064 0.104 0.319 0.332 0.363 0.139 2.822 2.838 0.281 0.454 0.147 0.247 0.589 0.580 0.972 1.575 0.090 0.127 0.097 0.170 0.899 0.836 5105 chr18 809628 813496 + 0 NA intron (NM_005433, intron 1 of 11) intron (NM_005433, intron 1 of 11) 765 NM_005433 7525 Hs.194148 NM_005433 ENSG00000176105 YES1 HsT441|P61-YES|Yes|c-yes YES proto-oncogene 1, Src family tyrosine kinase protein-coding 4.486 2.562 4.029 2.950 5.886 1.311 1.993 1.711 2.261 1.751 3.702 3.082 1.574 2.918 1.604 1.391 2.146 0.165 5.301 1.637 1.892 2.459 1.587 0.965 12.721 1.243 1.642 2.484 4.091 1.080 2.976 4.341 3.661 nan 1.290 1.190 0.073 4.396 0.188 1.336 1.692 5.266 3.838 2.329 1.725 0.880 3.723 2.584 2.914 4.888 3.434 3.241 1.391 7.661 2.697 12.721 1.657 3.118 0.673 7.120 2.705 2.801 0.810 1.181 2.321 1.131 0.487 2.765 3.120 6.271 7.793 8.853 6.976 10.105 3.672 11.729 12.453 2.221 nan 7.957 11.900 nan 3.248 1.602 3.500 0.967 1.138 4.499 nan 4.608 2.629 112 chr1 16463438 16518725 + 0 NA Intergenic Intergenic -8477 NM_004431 1969 Hs.171596 NM_004431 ENSG00000142627 EPHA2 ARCC2|CTPA|CTPP1|CTRCT6|ECK EPH receptor A2 protein-coding 1.529 0.824 nan 4.920 0.241 0.073 3.866 0.183 0.273 1.993 3.280 1.834 1.691 0.174 0.050 0.671 0.944 0.259 3.257 1.535 3.962 0.347 0.298 0.190 0.125 2.351 2.372 2.337 4.319 2.161 4.572 7.752 3.809 0.789 2.881 1.587 0.022 1.783 0.119 1.696 0.134 5.966 4.545 1.786 2.623 1.393 3.032 3.932 3.251 5.295 0.828 1.986 0.671 6.121 4.739 0.125 1.968 2.316 0.207 5.358 0.306 2.034 0.173 0.173 3.278 2.621 1.928 0.762 1.143 0.915 3.187 0.964 1.081 1.029 0.280 0.776 nan 0.591 nan 0.792 1.186 nan 0.505 0.478 0.600 0.213 0.303 0.429 0.832 0.846 0.551 5935 chr2 17718823 17743551 + 0 NA intron (NM_003385, intron 1 of 3) MIRb|SINE|MIR 9380 NM_003385 7447 Hs.444212 NM_003385 ENSG00000163032 VSNL1 HLP3|HPCAL3|HUVISL1|VILIP|VILIP-1 visinin like 1 protein-coding 0.635 0.569 0.789 0.047 0.252 0.956 0.055 0.149 0.198 0.075 0.045 0.078 0.032 0.406 0.264 0.081 0.071 0.034 0.015 0.038 0.006 0.075 0.094 0.044 0.020 0.017 0.012 0.073 0.013 1.243 2.416 1.102 2.270 0.048 0.043 0.019 0.061 0.105 0.120 0.009 0.093 0.039 0.022 0.216 0.307 0.171 0.494 0.059 0.037 1.098 0.156 0.264 0.026 0.026 0.044 0.485 0.063 0.004 0.152 0.024 0.054 1.182 0.139 0.382 0.019 0.018 1.514 1.606 5.232 8.074 0.267 0.366 0.223 0.107 0.570 0.673 1.902 2.445 0.592 nan 1.144 1.103 2.240 2.445 0.047 0.073 0.212 nan 0.287 0.321 9423 chr6 10132106 10155344 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 -261010 NR_145448 109729173 NR_145448 ENSG00000285278 TFAP2A-AS2 HIPSTR TFAP2A antisense RNA 2 ncRNA 0.880 nan 0.968 0.096 0.351 0.031 0.177 0.138 0.328 0.037 0.218 1.097 0.043 0.034 0.123 0.303 0.087 0.118 0.168 0.098 0.314 0.030 0.067 0.170 0.422 0.151 0.034 0.032 0.064 0.027 1.322 2.691 2.259 0.225 0.405 1.052 0.498 0.037 0.134 0.067 0.186 0.135 0.055 0.030 0.033 0.063 0.227 0.107 0.098 0.052 0.174 0.443 0.303 0.230 0.153 0.422 0.299 0.223 0.034 0.135 0.494 0.167 0.060 0.053 0.069 0.012 0.011 0.457 0.323 0.322 0.574 0.415 0.486 0.871 0.295 0.294 0.300 0.212 0.304 0.098 0.124 0.377 0.159 0.137 0.265 2.611 2.476 0.202 0.278 0.780 0.537 588 chr1 112385032 112408748 + 0 NA intron (NR_046783, intron 1 of 1) MER53|DNA|hAT 2637 NR_046783 100874295 Hs.738190 NR_046783 ENSG00000232558 KCND3-IT1 - KCND3 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.344 1.241 0.052 0.411 0.450 0.051 0.608 1.241 0.012 0.079 0.059 0.003 0.055 0.788 0.530 0.120 0.115 0.036 0.024 0.013 0.006 0.244 0.119 0.065 0.026 0.018 0.077 0.071 0.027 0.089 0.045 0.785 0.012 0.043 0.024 0.018 0.107 0.010 0.863 0.156 0.038 0.010 0.014 0.045 0.069 0.127 0.048 0.027 0.007 0.081 0.530 0.054 0.024 0.065 0.015 0.035 0.489 0.103 0.218 0.044 0.200 0.162 0.020 0.022 0.011 0.428 0.552 0.083 0.126 0.735 nan 3.649 1.024 0.133 0.150 2.018 2.507 0.795 1.278 0.570 0.450 0.527 0.633 0.098 0.089 0.376 0.721 3.455 1.729 1684 chr10 123327468 123369181 + 0 NA intron (NM_000141, intron 2 of 17) AluJr4|SINE|Alu 5157 NM_001144913 2263 Hs.533683 NM_000141 ENSG00000066468 FGFR2 BBDS|BEK|BFR-1|CD332|CEK3|CFD1|ECT1|JWS|K-SAM|KGFR|TK14|TK25 fibroblast growth factor receptor 2 protein-coding nan 0.653 1.374 0.511 0.057 0.075 0.320 0.151 0.308 0.186 0.063 0.055 0.341 0.036 0.170 0.181 0.282 0.142 0.046 0.014 0.024 0.060 0.053 0.038 0.040 0.025 0.024 0.028 0.131 0.020 0.101 0.186 0.299 0.534 0.130 0.081 0.020 0.062 0.074 0.017 0.131 0.138 0.054 0.037 0.029 0.057 0.044 0.072 0.106 0.071 0.045 0.043 0.181 0.051 0.036 0.040 0.053 0.057 0.138 0.210 0.029 0.029 0.230 0.366 0.052 0.043 0.027 0.662 0.830 3.621 4.874 0.207 0.215 0.779 0.322 0.309 0.286 0.797 1.078 0.927 1.108 0.474 0.511 0.251 0.478 0.101 0.072 0.409 1.042 0.115 0.208 5097 chr17 81004952 81050327 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -9928 NM_001004431 284207 Hs.378821 NM_001004431 ENSG00000176845 METRNL - meteorin like, glial cell differentiation regulator protein-coding 0.772 0.832 1.184 1.349 0.456 0.574 1.749 0.437 0.795 0.413 0.985 0.714 0.186 0.386 1.324 0.465 0.860 0.163 1.572 0.677 0.200 0.241 0.408 0.264 1.240 1.005 0.794 0.356 1.505 0.599 1.246 nan 1.017 2.141 0.867 0.797 0.017 0.385 0.110 0.543 0.100 0.824 0.492 0.287 0.566 0.357 0.835 1.680 0.850 0.906 0.843 1.545 0.465 2.694 0.681 1.240 0.920 1.680 0.107 1.083 0.347 0.389 0.109 0.171 0.974 0.580 0.471 0.496 nan 0.514 1.081 nan 1.240 0.459 0.143 0.537 0.522 0.295 0.535 1.103 1.702 0.176 0.145 0.358 0.459 0.093 0.130 0.312 0.514 0.699 0.492 756 chr1 154904197 154936884 + 0 NA intron (NM_001317734, intron 5 of 9) intron (NM_001317734, intron 5 of 9) -5375 NM_001323012 10654 Hs.30954 NM_006556 ENSG00000163344 PMVK HUMPMKI|PMK|PMKA|PMKASE|POROK1 phosphomevalonate kinase protein-coding nan nan 2.997 1.592 1.206 1.347 1.339 0.952 1.793 0.622 1.558 1.090 0.881 1.636 2.275 2.429 1.143 0.212 1.921 0.919 2.449 1.044 1.035 0.556 1.726 1.495 1.502 0.788 1.453 0.703 1.635 3.158 1.619 5.880 1.157 1.871 0.304 1.709 0.098 1.375 1.008 1.971 1.203 0.631 1.332 0.840 0.986 0.980 1.647 1.243 3.290 3.119 2.429 2.155 1.551 1.726 0.967 1.441 0.417 3.395 1.721 1.593 4.956 0.867 0.819 0.708 0.545 4.070 5.722 4.216 5.156 4.410 nan 2.733 1.864 2.641 2.923 2.134 2.766 3.171 4.640 3.044 2.787 6.500 9.073 1.796 1.894 2.483 3.276 1.560 0.950 9935 chr6 134662315 134681010 + 0 NA Intergenic MER53|DNA|hAT -32466 NM_001143676 6446 Hs.510078 NM_005627 ENSG00000118515 SGK1 SGK serum/glucocorticoid regulated kinase 1 protein-coding 0.705 0.783 0.863 0.046 0.343 0.057 0.110 0.137 0.296 0.025 0.105 0.330 0.027 0.043 0.233 1.958 0.144 0.103 0.163 0.143 0.204 0.030 0.042 0.085 0.272 0.060 0.039 0.751 0.048 0.034 0.099 0.664 0.217 0.708 0.086 0.086 0.021 4.535 0.202 0.031 0.226 0.155 0.065 0.029 0.064 0.132 0.216 0.088 0.211 0.260 0.012 0.064 1.958 0.214 0.015 0.272 0.072 0.049 0.054 0.847 0.041 0.154 0.074 0.073 0.057 0.018 0.019 0.390 0.250 0.211 0.382 0.661 0.726 nan 0.387 0.322 0.298 0.375 0.586 0.714 0.498 0.452 0.239 0.149 0.198 0.089 0.093 0.261 nan 0.329 0.338 4422 chr16 69121877 69143044 + 0 NA Intergenic Intergenic -7007 NM_001199280 3038 Hs.592069 NM_005329 ENSG00000103044 HAS3 - hyaluronan synthase 3 protein-coding nan nan 0.741 0.560 1.473 3.023 0.666 0.628 1.083 0.437 0.481 0.275 0.018 0.739 1.488 0.656 0.191 0.129 0.499 0.320 0.220 0.052 0.105 0.109 0.914 1.389 0.903 0.195 0.779 0.248 0.167 0.401 1.196 5.969 0.291 0.121 0.063 0.158 0.090 0.178 0.256 0.583 0.259 0.235 0.324 0.299 0.326 0.394 0.771 0.486 0.869 0.865 0.656 0.365 0.445 0.914 0.075 0.106 0.211 0.635 0.216 0.647 0.469 0.109 0.240 0.109 0.106 1.048 2.223 0.161 0.245 1.298 1.450 1.169 0.373 0.422 0.522 0.351 nan 2.454 3.246 0.937 0.822 0.326 0.758 0.273 0.210 0.313 0.538 2.352 1.120 11500 chr9 26797927 26804462 + 0 NA Intergenic Intergenic 91632 NM_001167575 79886 Hs.178357 NM_024828 ENSG00000120159 CAAP1 C9orf82|CAAP caspase activity and apoptosis inhibitor 1 protein-coding 0.628 3.283 nan 0.087 0.483 0.093 0.174 2.305 4.159 0.015 0.048 0.014 0.027 0.046 0.122 0.155 0.124 0.024 0.113 0.058 0.029 1.061 0.993 3.952 0.010 0.011 0.011 0.083 0.033 0.282 1.471 0.312 0.402 0.135 0.025 0.029 0.016 0.106 0.390 0.029 0.019 0.024 0.084 0.484 0.134 0.120 0.087 0.033 0.033 0.041 0.155 0.065 3.952 0.037 0.044 0.046 0.046 0.074 0.011 0.026 0.031 0.089 0.066 0.283 0.527 2.034 1.788 9.741 2.726 0.167 0.150 0.232 0.400 1.452 0.646 0.284 0.150 0.099 0.204 0.473 0.364 0.230 0.315 5.367 2.583 9543 chr6 29930786 29937554 + 0 NA Intergenic Intergenic -8722 NR_028032 10255 Hs.656251 NM_005844 ENSG00000204625 HCG9 HCGIX|HCGIX4 HLA complex group 9 (non-protein coding) ncRNA 2.772 2.824 nan 1.334 7.551 2.157 2.936 1.348 3.368 0.438 3.073 3.347 0.074 3.576 0.968 3.398 3.201 0.213 3.908 1.456 5.382 1.003 2.226 1.652 4.384 2.686 3.104 0.622 2.954 1.880 4.611 5.362 3.473 nan 2.027 4.337 1.568 1.074 0.135 1.461 0.162 3.974 2.916 1.357 1.453 0.806 2.679 3.017 1.976 4.178 4.862 2.417 3.398 2.152 8.356 4.384 1.808 2.301 0.735 3.882 4.806 2.674 0.729 3.081 3.432 0.604 0.286 3.182 3.299 0.260 nan 4.322 2.756 11.100 3.078 5.260 5.727 1.049 1.635 11.071 11.523 3.593 2.425 1.207 1.246 6.216 8.919 3.013 5.577 5.057 2.569 8851 chr5 34463521 34537652 + 0 NA Intergenic MLT1M|LTR|ERVL-MaLR -155847 NM_015577 26064 Hs.431400 NM_015577 ENSG00000039560 RAI14 NORPEG|RAI13 retinoic acid induced 14 protein-coding 0.947 1.479 nan 0.175 0.464 0.028 0.412 0.177 0.365 0.147 0.165 0.330 0.066 0.526 0.149 0.766 1.460 0.422 0.465 0.251 0.146 0.013 0.281 0.246 0.590 0.927 0.528 0.041 0.479 0.543 1.236 5.449 5.132 0.580 0.286 0.216 0.082 0.076 0.107 0.374 0.084 0.104 0.079 0.059 0.463 1.007 1.237 0.131 0.257 0.096 0.432 1.238 0.766 0.299 0.298 0.590 0.230 0.582 0.027 0.233 0.186 0.215 0.090 0.089 0.043 0.039 0.031 0.551 0.280 0.468 0.621 0.997 1.062 1.434 0.342 0.407 0.428 1.041 1.454 1.367 1.382 0.743 0.336 0.288 0.399 0.422 0.586 0.188 0.473 1.056 0.788 6257 chr2 97425816 97440334 + 0 NA intron (NM_020184, intron 1 of 6) intron (NM_020184, intron 1 of 6) 6436 NM_020184 26504 Hs.175043 NM_020184 ENSG00000158158 CNNM4 ACDP4 cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 4 protein-coding 1.324 0.840 1.364 0.548 0.534 1.566 1.383 0.385 0.828 1.535 0.525 0.392 0.837 0.165 2.387 0.812 0.301 0.098 1.232 0.561 0.363 0.297 0.304 0.259 0.908 0.788 0.397 0.567 1.200 0.232 0.919 3.526 1.172 2.144 0.443 0.344 0.052 0.602 0.096 0.399 0.454 0.491 0.284 0.249 1.266 0.786 3.426 0.406 1.009 1.118 0.259 0.909 0.812 1.454 1.335 0.908 0.461 3.501 0.322 2.078 0.279 0.441 0.715 0.543 0.235 0.123 0.126 2.008 3.029 0.754 1.357 1.571 1.508 1.468 0.559 1.679 1.630 0.955 1.360 1.677 1.888 0.656 0.571 1.107 1.691 0.270 0.256 0.945 2.021 0.836 0.477 2590 chr12 31078484 31094434 + 0 NA intron (NM_001080509, intron 1 of 7) intron (NM_001080509, intron 1 of 7) 6621 NM_001080509 441631 Hs.505141 NM_001080509 ENSG00000110900 TSPAN11 VSSW1971 tetraspanin 11 protein-coding 2.062 nan 1.761 0.049 2.159 2.778 0.091 0.231 0.411 0.012 0.267 0.069 0.019 0.062 0.980 0.234 0.071 0.082 0.152 0.024 0.015 0.305 0.177 0.443 0.112 0.054 0.065 0.166 0.013 0.247 1.078 0.114 2.428 0.055 0.071 0.677 0.102 0.134 0.078 0.165 0.104 0.049 0.010 0.013 0.034 0.078 0.311 0.153 0.059 0.025 0.079 0.234 0.140 0.017 0.443 0.054 0.093 0.164 0.171 4.026 0.044 0.062 0.412 0.091 0.029 0.010 0.632 0.453 0.535 0.875 2.316 1.915 3.839 0.955 0.917 1.068 0.144 0.334 1.231 1.580 1.670 2.057 0.308 0.429 5.389 4.957 1.209 1.069 2.332 1.318 542 chr1 95742997 95749067 + 0 NA Intergenic MamRep1161|DNA|TcMar 37787 NR_135588 100996630 Hs.662270 NR_135588 ENSG00000228504 LINC01760 - long intergenic non-protein coding RNA 1760 ncRNA nan nan 0.950 0.153 0.096 0.073 0.048 0.158 0.256 0.016 0.026 0.044 0.082 0.089 0.085 0.057 0.159 0.063 0.032 0.045 0.129 0.055 0.059 0.011 0.020 0.012 0.079 0.017 0.065 0.171 0.041 0.225 0.144 0.043 0.031 0.054 0.176 0.025 0.075 0.010 0.037 0.012 0.208 0.062 0.013 0.039 0.066 0.085 0.070 0.030 0.059 0.027 0.017 0.019 0.017 0.015 0.830 0.122 0.025 0.019 0.017 2.940 4.057 7.054 2.824 0.260 nan 0.150 0.120 1.086 1.111 0.574 nan 0.396 0.348 nan 0.179 0.794 1.984 0.069 0.067 0.277 0.745 0.610 0.451 3750 chr14 89644213 89660103 + 0 NA intron (NM_005197, intron 4 of 5) intron (NM_005197, intron 4 of 5) 231296 NM_005197 1112 Hs.434286 NM_005197 ENSG00000053254 FOXN3 C14orf116|CHES1|PRO1635 forkhead box N3 protein-coding 2.552 1.132 nan 0.082 1.437 0.325 0.302 0.465 0.795 0.042 0.089 0.070 0.020 0.025 0.209 1.077 0.345 0.152 0.154 0.036 0.044 0.017 1.090 0.480 2.752 0.163 0.059 0.009 0.094 0.060 0.127 0.526 0.638 1.137 0.154 0.058 1.179 0.094 0.101 0.015 2.326 0.105 0.026 0.020 0.020 0.101 0.109 0.113 0.078 0.089 0.020 0.101 1.077 0.081 0.119 2.752 0.093 0.176 0.082 0.047 0.095 0.111 0.087 0.171 0.134 0.020 0.013 0.874 1.419 0.246 0.495 1.711 1.903 2.251 2.716 0.471 0.526 2.863 3.766 1.513 2.531 1.858 1.970 0.194 0.394 3.454 3.192 0.462 0.662 nan 1.513 3114 chr13 34565319 34576239 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu 178573 NM_181558 5983 Hs.115474 NM_002915 ENSG00000133119 RFC3 RFC38 replication factor C subunit 3 protein-coding 0.731 1.037 0.704 0.064 0.169 0.408 0.377 0.161 0.122 0.008 0.099 0.068 1.040 0.204 0.104 0.157 0.074 0.183 0.017 0.011 1.522 0.536 0.856 0.038 0.013 0.056 0.106 0.316 1.264 0.208 0.820 0.334 0.068 0.070 0.020 0.042 0.044 0.076 0.027 0.021 0.114 0.056 0.159 0.090 0.164 0.019 0.029 0.049 0.104 0.117 0.280 0.856 0.078 0.243 0.045 0.032 0.559 0.036 0.340 0.091 0.028 0.011 0.014 2.922 1.855 2.613 1.168 0.818 1.078 6.574 4.663 0.169 0.218 0.549 0.556 1.392 1.458 0.409 0.229 0.691 1.219 0.471 0.319 0.379 0.454 1.060 0.695 7845 chr3 133660140 133666408 + 0 NA intron (NM_005630, intron 10 of 13) intron (NM_005630, intron 10 of 13) -14618 NM_025041 80111 Hs.287691 NM_025041 ENSG00000221972 C3orf36 - chromosome 3 open reading frame 36 protein-coding 2.982 nan nan 0.113 0.154 0.259 4.924 0.084 0.629 0.077 0.037 4.829 0.049 0.109 0.085 0.366 0.951 0.545 0.772 0.517 0.222 0.221 0.209 0.135 0.288 0.093 0.130 0.390 0.205 0.456 1.910 1.070 0.631 0.572 0.053 0.015 0.035 0.104 1.132 0.141 1.277 0.213 0.109 0.365 1.215 0.106 0.096 0.311 0.432 0.263 0.097 0.366 0.624 8.132 0.135 0.039 0.066 0.062 0.427 0.097 1.706 0.048 0.078 1.486 0.055 0.032 0.272 0.300 1.655 4.422 0.504 0.663 0.398 0.192 0.502 0.494 0.402 0.852 0.229 0.314 nan 1.411 0.159 0.168 0.121 0.073 0.108 0.227 0.603 0.462 10161 chr7 10276076 10288086 + 0 NA Intergenic L1PA5|LINE|L1 -460222 NR_149037 100131472 Hs.170681 NR_149037 LOC100131472 - uncharacterized LOC100131472 ncRNA nan 1.010 nan 0.126 0.125 0.023 0.042 0.320 0.708 0.016 0.136 0.085 0.016 0.040 0.052 0.395 0.148 0.126 0.105 0.032 0.040 0.430 0.090 0.129 0.070 0.017 0.020 0.006 0.084 0.018 0.080 0.074 0.097 0.376 0.024 0.122 0.245 0.072 0.153 0.020 0.219 0.069 0.015 0.013 0.018 0.052 0.122 0.141 0.026 0.055 0.007 0.039 0.395 0.042 0.070 0.010 0.027 0.056 0.005 0.126 0.032 0.140 0.049 0.125 0.007 0.004 nan 0.306 0.224 0.418 0.302 0.404 0.955 0.351 0.446 0.371 7.021 6.387 0.237 0.315 0.420 0.175 0.178 0.166 1.075 1.632 0.443 0.797 0.705 0.383 10158 chr7 8380336 8385692 + 0 NA TTS (NR_125740) TTS (NR_125740) -80772 NM_001350831 3382 Hs.487561 NM_004968 ENSG00000003147 ICA1 ICA69|ICAp69 islet cell autoantigen 1 protein-coding 0.988 1.964 1.081 0.121 2.731 0.114 0.027 5.536 10.338 0.103 0.109 0.018 2.011 0.929 0.167 0.030 0.118 0.024 0.799 0.539 5.268 0.094 0.026 0.014 0.159 0.020 0.121 nan 0.119 nan 0.027 0.110 0.266 0.088 0.158 0.022 0.579 0.121 0.022 0.028 0.028 0.143 0.205 0.053 0.080 0.029 0.025 0.929 0.055 0.073 5.268 0.023 0.072 0.050 0.019 0.045 0.055 0.037 0.029 0.451 0.378 0.259 nan 8.072 8.515 nan 0.692 0.496 0.521 0.858 1.033 nan 0.335 0.203 0.083 0.161 0.224 1.765 1.651 0.309 0.635 4.765 2.438 9255 chr5 148287289 148302098 + 0 NA Intergenic Intergenic 88537 NM_000024 154 Hs.2551 NM_000024 ENSG00000169252 ADRB2 ADRB2R|ADRBR|B2AR|BAR|BETA2AR adrenoceptor beta 2 protein-coding nan 1.039 0.669 1.745 0.065 0.008 6.393 0.151 0.286 0.815 1.216 1.134 0.370 0.041 0.288 0.087 0.435 0.119 2.083 1.469 0.094 0.061 0.110 0.064 5.178 5.002 0.158 2.820 3.411 1.756 4.031 1.095 2.044 1.462 0.058 0.284 0.051 0.136 2.339 0.022 4.496 3.347 1.348 6.094 1.779 1.793 4.570 0.148 0.712 0.126 0.267 0.087 3.328 2.659 0.064 0.949 0.396 0.006 0.353 0.170 1.492 0.046 0.088 2.365 5.188 4.246 0.190 0.155 0.797 2.701 0.247 0.270 0.127 0.053 0.086 0.074 0.294 0.431 0.389 0.445 0.319 0.158 0.225 0.210 1.330 1.849 0.125 0.319 0.480 0.410 5337 chr18 48266736 48288114 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR 69009 NM_001127175 83876 Hs.30495 NM_031939 ENSG00000134042 MRO B29|C18orf3 maestro protein-coding nan 0.980 1.172 0.050 0.127 0.248 0.056 0.158 0.337 0.009 0.091 0.073 0.012 0.047 0.262 1.261 0.091 0.045 0.054 0.009 0.024 0.013 0.059 0.085 0.219 0.016 0.007 0.031 0.038 0.005 0.040 0.055 0.053 0.406 0.014 0.041 0.903 0.033 0.079 0.297 0.091 0.040 0.036 0.015 0.043 0.085 0.070 0.038 0.059 0.026 0.069 1.261 0.057 0.013 0.219 0.029 0.047 0.085 0.057 0.052 0.015 0.152 2.288 0.035 0.016 0.002 0.450 0.316 0.264 0.404 0.505 0.555 5.284 1.388 0.132 0.133 0.141 0.266 0.452 0.572 0.823 0.627 0.196 0.272 3.107 2.829 1.411 6.145 2.165 1.722 8073 chr3 180890377 180895495 + 0 NA promoter-TSS (NR_075093) promoter-TSS (NR_075093) 4 NR_075093 347689 Hs.654932 NR_004053 SOX2-OT NCRNA00043|SOX2OT SOX2 overlapping transcript ncRNA 1.070 1.084 0.841 0.085 0.220 0.021 0.083 0.360 0.419 0.122 0.018 0.038 0.058 0.156 0.099 0.132 0.096 0.062 0.037 0.242 0.260 0.352 0.013 0.014 0.014 0.124 0.046 0.076 0.068 0.621 0.026 0.052 0.254 0.114 0.047 0.753 0.055 0.035 0.060 0.044 0.131 0.116 0.032 0.055 0.053 0.099 0.014 0.018 0.352 0.016 0.023 0.039 0.031 0.038 0.072 0.023 0.271 0.189 0.209 0.273 1.333 1.230 14.867 7.089 0.170 0.183 0.250 0.291 0.261 0.374 0.587 0.355 0.081 0.205 0.124 0.122 0.292 0.547 0.974 0.703 4649 chr17 20943530 20948458 + 0 NA exon (NM_015276, exon 1 of 13) exon (NM_015276, exon 1 of 13) 358 NM_015276 23326 Hs.462492 NM_015276 ENSG00000124422 USP22 USP3L ubiquitin specific peptidase 22 protein-coding nan nan nan 2.642 5.755 4.146 1.904 5.597 10.011 1.694 4.174 2.129 5.003 2.826 3.988 6.116 1.594 0.391 4.347 0.743 6.024 2.143 1.871 1.017 7.127 1.393 1.730 1.826 3.867 0.727 4.110 5.827 5.398 8.220 2.223 6.222 1.218 7.077 0.229 1.616 2.527 7.149 6.314 2.515 2.308 3.141 3.269 3.733 7.393 7.550 2.615 2.106 6.116 5.864 6.911 7.127 2.213 2.145 1.751 10.554 6.248 4.164 1.392 3.949 4.425 2.966 1.785 7.215 7.049 7.218 9.124 9.619 8.949 9.069 4.501 6.836 6.753 4.484 5.621 9.854 14.273 12.631 14.136 2.707 4.694 5.876 6.352 10.376 nan 2.278 1.055 9133 chr5 120710504 120718173 + 0 NA Intergenic L1M2b|LINE|L1 56093 NR_104999 102467226 NR_104999 LOC102467226 - uncharacterized LOC102467226 ncRNA nan 0.676 0.515 0.086 0.058 0.022 0.085 0.083 0.186 0.101 0.518 0.040 0.043 0.034 0.118 0.132 0.084 0.083 0.025 0.024 0.010 0.144 0.099 0.031 0.063 0.037 0.019 0.027 0.013 0.083 0.124 0.074 0.151 0.039 0.089 0.163 0.042 0.122 0.031 0.042 0.036 0.022 0.020 0.109 0.045 0.243 0.074 0.020 0.071 0.118 0.018 0.031 0.064 0.022 0.031 0.211 0.010 0.026 0.048 0.029 0.015 0.223 0.182 11.836 6.803 0.213 0.130 0.134 0.102 0.098 0.100 0.275 0.372 0.171 0.195 0.347 0.128 0.095 0.135 1.331 1.407 0.139 0.488 0.178 0.151 7123 chr21 10551347 10556361 + 0 NA Intergenic Intergenic 437089 NM_001290224 7179 Hs.122986 NM_199259 ENSG00000274391 TPTE CT44|PTEN2 transmembrane phosphatase with tensin homology protein-coding 1.713 1.562 nan 0.148 0.175 0.011 0.191 0.514 0.469 0.086 0.079 0.180 0.089 0.098 0.097 0.114 0.055 0.080 0.149 0.024 0.014 0.029 0.014 0.314 0.395 0.050 0.192 0.436 0.037 0.021 0.007 0.032 0.307 0.024 0.079 0.037 0.012 0.046 0.066 0.172 0.009 0.016 0.043 0.031 0.066 0.180 0.072 0.024 0.049 0.016 0.077 0.023 0.061 0.048 0.138 2.714 0.031 0.011 0.010 0.546 0.473 0.354 0.508 0.433 0.745 0.284 0.144 0.277 0.197 0.669 0.752 0.093 0.083 12.049 9.596 0.205 0.473 0.094 0.187 5.588 9.669 0.488 0.603 10414 chr7 72933538 72948769 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -4538 NM_032408 9031 Hs.743372 NM_023005 ENSG00000009954 BAZ1B WBSCR10|WBSCR9|WSTF bromodomain adjacent to zinc finger domain 1B protein-coding nan 1.272 2.157 1.012 1.893 1.770 1.354 1.463 3.075 0.648 1.799 1.388 0.407 0.837 2.083 2.025 1.867 0.546 1.187 0.325 1.594 0.847 1.483 1.116 2.052 0.577 0.721 1.121 2.433 0.512 1.489 2.684 2.647 2.880 0.489 2.139 1.131 2.408 0.211 0.658 1.545 3.488 1.106 0.583 0.679 0.859 1.183 1.466 1.997 3.108 1.277 1.173 2.025 1.564 1.705 2.052 0.731 0.728 0.595 1.986 0.883 1.426 1.163 0.950 1.054 1.325 0.921 4.001 4.135 3.437 nan 3.996 3.817 4.042 1.895 2.964 2.940 1.229 nan 4.175 nan 3.766 4.154 2.006 3.190 3.895 5.027 3.477 2.766 2.732 1.473 11112 chr8 94748663 94754777 + 0 NA promoter-TSS (NR_027259) promoter-TSS (NR_027259) -619 NR_027259 55472 Hs.192788 NM_018608 ENSG00000279331 RBM12B-AS1 C8orf39|PRO1905 RBM12B antisense RNA 1 ncRNA nan 2.691 4.119 1.572 5.462 3.590 2.787 3.019 5.324 0.906 3.229 2.425 1.077 1.270 3.620 2.676 2.578 0.370 3.945 1.208 3.873 0.770 1.338 0.608 4.191 1.823 2.291 1.461 3.918 1.638 1.591 2.724 1.519 11.715 2.217 2.543 0.960 3.264 0.145 1.694 1.920 2.905 3.590 1.480 2.015 0.868 3.609 3.852 2.210 4.689 2.502 2.476 2.676 2.866 3.766 4.191 1.327 1.953 0.331 2.104 3.118 2.534 2.396 1.493 1.533 2.251 1.908 4.287 4.091 4.696 nan 6.309 5.508 6.578 3.484 9.470 10.098 3.432 4.418 14.875 17.473 3.561 4.107 4.254 5.991 5.283 6.024 5.502 5.011 1.536 1.179 170 chr1 24735387 24755066 + 0 NA intron (NM_001322855, intron 2 of 12) MIRc|SINE|MIR 2711 NM_001322857 57185 Hs.523442 NM_020448 ENSG00000001461 NIPAL3 DJ462O23.2|NPAL3 NIPA like domain containing 3 protein-coding 1.135 1.971 nan 1.927 1.489 1.593 1.645 0.628 1.226 0.339 1.118 0.874 1.572 0.414 1.583 0.797 0.212 0.107 1.375 0.769 0.344 0.128 0.874 0.608 0.614 1.072 0.901 0.318 2.278 1.174 1.478 3.732 0.780 4.935 0.824 0.482 0.140 0.539 0.112 0.569 0.399 0.717 0.690 0.449 1.107 0.932 0.537 0.777 0.683 0.883 0.208 0.670 0.797 1.655 3.040 0.614 0.422 0.500 0.288 0.842 0.541 0.517 0.503 0.439 0.745 0.129 0.036 1.148 1.767 0.977 1.623 2.970 2.869 1.224 0.339 2.209 2.386 0.462 0.781 2.778 3.878 1.263 0.919 0.671 1.137 0.940 0.947 1.129 1.819 2.423 1.317 4873 chr17 55358194 55394525 + 0 NA intron (NM_170721, intron 4 of 9) Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 41985 NM_170721 124540 Hs.658922 NM_138962 ENSG00000153944 MSI2 MSI2H musashi RNA binding protein 2 protein-coding 1.678 1.420 1.000 0.089 1.615 1.825 0.178 3.471 6.708 0.018 0.146 0.116 0.038 0.447 1.675 0.872 0.154 0.088 0.183 0.082 0.050 0.042 2.075 0.983 3.939 0.080 0.049 0.099 0.088 0.020 0.153 0.473 0.105 2.998 0.036 0.121 0.783 0.075 0.106 0.013 0.973 0.155 0.093 0.056 0.057 0.049 0.101 0.225 0.282 0.154 0.077 0.178 0.872 0.127 0.028 3.939 0.064 0.403 0.364 0.088 0.765 0.126 0.349 1.033 0.021 1.879 1.865 1.571 2.219 0.656 1.112 2.660 2.969 4.072 1.372 nan 0.663 0.796 1.165 nan nan 1.378 1.332 0.494 0.906 2.511 3.525 0.646 1.515 2.736 1.230 5745 chr19 46874404 46890283 + 0 NA intron (NM_001204284, intron 4 of 11) AluSc|SINE|Alu 32092 NM_001204284 5536 Hs.654604 NM_006247 ENSG00000011485 PPP5C PP5|PPP5|PPT protein phosphatase 5 catalytic subunit protein-coding 1.299 1.537 1.913 0.813 0.888 0.904 0.505 0.227 0.429 1.111 0.791 0.736 0.043 0.177 0.379 0.447 0.751 0.111 1.368 0.550 0.111 0.017 0.300 0.256 0.580 0.288 0.246 0.159 0.914 0.294 1.021 nan 1.377 2.044 0.505 0.397 0.247 0.191 0.130 0.351 0.065 0.557 0.242 0.157 0.549 0.444 1.104 0.101 1.799 0.085 0.191 0.613 0.447 1.600 0.216 0.580 0.809 1.339 0.500 0.220 1.161 0.316 0.125 0.225 0.384 0.054 0.025 0.368 0.542 0.502 0.775 1.708 1.905 1.007 0.280 1.792 1.768 4.036 4.384 1.710 2.229 0.696 0.712 0.311 0.497 0.797 1.123 0.488 1.253 1.942 0.821 26 chr1 1706008 1717040 + 0 NA promoter-TSS (NM_001353641) promoter-TSS (NM_001353641) -16 NM_001198994 65220 Hs.654792 NM_023018 ENSG00000008130 NADK dJ283E3.1 NAD kinase protein-coding 2.387 nan 3.308 3.142 5.610 1.544 1.535 0.788 1.839 1.030 2.731 0.737 0.925 1.989 2.762 0.915 1.054 0.219 2.216 0.568 1.478 0.773 1.203 0.655 0.825 1.086 0.991 1.219 2.562 0.831 3.842 nan 3.226 3.334 0.530 1.725 0.225 1.291 0.145 0.536 0.303 1.519 1.301 0.698 1.661 0.942 2.845 0.448 2.329 2.410 1.652 2.331 0.915 2.863 1.779 0.825 2.025 2.218 0.781 2.870 1.391 0.803 0.681 0.859 0.414 0.311 0.152 2.285 2.715 2.624 3.697 2.355 2.394 2.397 0.802 6.222 6.026 1.634 nan 13.482 14.403 nan 1.736 1.650 3.324 0.906 0.852 1.939 2.462 1.868 0.878 6513 chr2 178927966 178938789 + 0 NA intron (NM_001077197, intron 2 of 20) intron (NM_001077197, intron 2 of 20) 4105 NM_016953 50940 Hs.570273 NM_016953 ENSG00000128655 PDE11A PPNAD2 phosphodiesterase 11A protein-coding 0.965 0.931 0.945 0.397 2.493 0.083 0.445 0.837 1.782 0.009 0.246 0.127 1.095 0.099 0.345 0.178 0.015 0.460 0.249 0.023 0.289 0.132 1.894 0.321 0.181 0.123 0.397 0.048 0.206 0.402 0.125 1.382 0.243 0.110 0.009 0.090 0.063 0.309 0.507 0.554 0.351 0.230 0.293 0.091 0.262 0.120 0.617 0.039 0.313 0.062 0.345 0.177 0.051 1.894 0.193 0.038 0.100 0.306 0.160 0.169 0.064 0.355 0.309 0.064 0.005 0.342 0.362 0.468 0.695 1.216 1.120 0.882 0.240 0.661 0.719 2.262 2.542 11.631 9.331 0.731 0.627 0.276 0.434 0.103 0.098 0.672 1.760 0.833 0.617 2116 chr11 76153162 76157620 + 0 NA promoter-TSS (NM_001300943) promoter-TSS (NM_001300943) -678 NM_001300943 56946 Hs.352588 NM_020193 ENSG00000158636 EMSY C11orf30|GL002 EMSY, BRCA2 interacting transcriptional repressor protein-coding nan 2.907 2.591 2.581 5.648 4.515 3.075 2.704 4.889 1.259 2.352 2.463 1.742 2.069 3.378 3.848 2.979 0.250 2.279 1.048 1.603 1.086 3.145 1.346 4.771 2.379 2.021 1.770 1.674 1.372 4.233 nan 2.310 13.150 2.007 3.215 1.150 2.956 0.208 1.116 2.266 6.370 4.047 2.164 2.828 1.530 4.202 3.999 2.833 2.105 7.889 3.413 3.848 3.497 5.092 4.771 2.091 2.147 0.568 5.323 4.877 2.194 2.133 1.208 2.643 1.653 1.018 8.638 7.020 7.120 9.858 10.480 9.796 8.628 5.031 25.539 28.311 6.295 7.637 7.061 12.166 9.017 10.123 4.857 8.063 7.676 9.108 7.305 4.907 4.429 2.219 7299 chr22 19205414 19223449 + 0 NA intron (NM_001835, intron 11 of 31) AluSz6|SINE|Alu -48055 NR_046298 6576 Hs.111024 NM_005984 ENSG00000100075 SLC25A1 CTP|D2L2AD|SEA|SLC20A3 solute carrier family 25 member 1 protein-coding 0.841 nan 0.822 0.112 0.339 0.160 0.035 0.222 0.577 0.016 0.115 0.062 0.069 0.017 0.295 0.476 0.101 0.070 0.159 0.010 0.053 0.031 0.463 0.346 0.496 0.038 0.012 0.085 0.083 0.023 0.135 nan 0.216 0.591 0.008 0.062 0.614 0.048 0.083 0.019 0.157 0.061 0.020 0.009 0.060 0.047 0.147 0.095 0.090 0.099 0.031 0.074 0.476 0.091 0.031 0.496 0.062 0.125 0.093 0.071 0.369 0.079 0.033 0.089 0.047 0.016 0.333 0.412 0.474 0.558 0.511 0.562 0.711 0.310 0.404 0.414 0.359 0.759 0.982 0.930 0.433 0.252 0.180 0.309 1.301 1.615 0.211 0.526 3.496 1.664 2250 chr11 111706792 111722686 + 0 NA intron (NM_001352423, intron 8 of 13) AluSq2|SINE|Alu 27265 NM_001077691 79796 Hs.745155 NM_024740 ENSG00000086848 ALG9 CDG1L|DIBD1|GIKANIS|LOH11CR1J ALG9, alpha-1,2-mannosyltransferase protein-coding 0.671 0.791 0.589 0.114 0.160 0.050 0.627 0.183 0.313 0.156 3.003 2.880 0.151 0.050 0.098 0.202 0.215 0.051 0.618 0.370 0.067 0.044 0.236 0.189 0.136 2.235 1.843 0.160 0.153 0.072 0.101 0.086 0.120 0.390 0.128 2.536 0.048 0.109 0.110 0.104 0.115 0.741 0.102 0.088 0.088 0.107 6.571 0.206 0.099 0.117 0.605 0.130 0.202 0.146 0.146 0.136 0.111 0.052 0.055 0.027 0.096 0.765 0.168 0.109 0.477 0.065 0.025 1.867 nan 0.454 0.758 0.605 0.729 0.456 0.207 0.410 0.366 0.766 nan 0.462 0.469 0.437 0.244 0.549 0.958 0.122 0.178 0.271 0.607 0.485 0.463 526 chr1 94439529 94447932 + 0 NA Intergenic Intergenic -68576 NM_001308253 2730 Hs.315562 NM_002061 ENSG00000023909 GCLM GLCLR glutamate-cysteine ligase modifier subunit protein-coding nan nan 3.428 0.077 0.119 0.013 0.412 0.210 0.326 0.022 0.139 0.130 0.030 0.892 0.065 0.149 0.118 0.168 0.135 0.030 0.033 0.223 0.139 0.157 0.846 0.342 0.132 0.073 0.352 0.076 0.368 0.101 0.481 0.104 0.118 0.045 0.038 0.082 0.351 0.067 0.153 0.029 0.038 0.138 0.085 0.495 0.322 0.281 0.059 0.028 0.509 0.149 0.117 1.225 0.157 0.089 0.030 0.231 0.014 0.605 0.037 0.411 5.518 0.100 0.041 0.012 0.576 1.162 0.248 0.273 0.560 nan 1.462 0.244 0.256 0.294 0.957 nan 2.020 1.666 nan 5.482 0.519 0.701 0.305 0.263 4.377 12.806 1.735 1.149 9117 chr5 111015244 111023287 + 0 NA intron (NR_040093, intron 2 of 6) intron (NR_040093, intron 2 of 6) 72683 NM_001142483 9315 Hs.36053 NM_004772 ENSG00000134986 NREP C5orf13|D4S114|P311|PRO1873|PTZ17|SEZ17 neuronal regeneration related protein protein-coding 0.838 0.890 0.891 0.108 0.220 0.163 0.114 0.179 0.214 0.910 0.653 0.977 1.787 0.012 0.144 0.128 3.292 0.145 0.248 0.142 4.786 0.980 0.097 0.153 0.119 0.530 0.232 0.068 0.013 0.763 1.894 1.399 0.577 0.400 2.756 0.188 0.068 0.117 0.089 0.174 1.200 0.075 0.116 0.635 0.057 0.158 0.432 1.039 0.134 1.489 0.745 0.128 0.329 0.067 0.119 0.411 0.175 1.123 0.089 1.465 0.679 0.105 0.311 0.014 0.006 0.313 0.452 6.036 4.450 0.478 0.471 0.470 0.106 0.340 0.383 0.776 nan 0.563 0.401 0.506 0.294 0.827 1.290 0.416 0.525 0.239 0.436 0.517 0.392 8298 chr4 25547849 25555152 + 0 NA intron (NR_134641, intron 2 of 3) L1ME3B|LINE|L1 19468 NR_134641 101929161 Hs.125638 NR_134641 LOC101929161 - uncharacterized LOC101929161 ncRNA 0.545 0.774 nan 0.111 0.191 0.124 0.127 0.132 0.246 0.025 0.085 0.025 4.082 0.013 0.200 0.141 0.062 0.154 0.146 0.078 0.048 0.085 0.170 0.098 0.788 0.382 0.060 0.093 0.235 0.864 3.483 2.276 0.458 0.438 0.022 0.060 0.098 0.016 0.152 0.188 0.041 0.031 2.367 0.093 0.134 0.272 1.454 0.088 0.075 1.221 0.141 0.175 0.050 0.098 0.481 1.165 0.014 0.032 0.014 0.032 0.017 0.052 0.031 0.008 0.014 0.338 0.160 0.214 0.215 0.195 0.211 0.443 0.196 0.208 0.280 0.363 0.460 0.318 0.230 0.320 0.153 0.145 0.121 0.046 0.049 0.109 0.215 nan 0.573 3500 chr14 36812183 36820079 + 0 NA Intergenic Intergenic -26249 NM_001144891 51562 Hs.368647 NM_016586 ENSG00000151332 MBIP - MAP3K12 binding inhibitory protein 1 protein-coding 1.231 2.464 1.113 0.137 3.879 10.880 0.161 1.899 3.755 0.012 0.030 0.047 0.032 0.330 2.994 0.978 0.143 0.102 0.129 0.032 0.737 0.303 1.439 0.045 0.009 0.009 0.037 0.053 0.506 1.853 0.188 7.232 0.111 0.067 0.872 0.062 0.130 0.015 1.249 0.059 0.008 0.020 0.070 0.061 0.101 0.031 0.009 0.013 0.068 0.978 0.074 0.222 1.439 0.047 0.032 0.086 0.022 0.950 0.050 0.038 0.110 0.028 0.022 0.013 0.158 0.149 0.234 0.182 2.845 3.359 0.803 0.277 0.273 0.273 0.554 0.712 4.720 4.744 1.180 0.779 0.130 0.177 3.011 2.948 0.181 0.230 3.939 1.656 6218 chr2 85828683 85848011 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256728) promoter-TSS (NM_001256728) 832 NM_001013649 388969 Hs.516159 NM_001013649 ENSG00000168887 C2orf68 HCRCN81 chromosome 2 open reading frame 68 protein-coding nan 1.135 nan 1.106 1.318 0.832 1.225 0.905 1.524 0.721 1.685 1.731 1.565 0.477 0.713 1.128 0.724 0.291 1.738 0.582 1.280 0.602 0.638 0.466 1.499 0.917 0.767 0.879 0.956 0.288 1.906 2.561 3.965 2.957 0.564 0.978 0.159 1.597 0.124 0.620 0.442 1.194 1.311 0.783 0.694 0.476 2.823 0.898 1.749 1.936 1.162 1.080 1.128 2.106 1.626 1.499 0.704 1.094 0.413 2.312 0.982 0.940 0.445 0.530 0.778 0.492 0.290 1.740 1.814 2.713 4.060 2.675 2.369 2.649 1.107 3.371 3.453 1.382 1.897 2.663 4.456 2.087 2.170 1.199 1.856 0.833 0.901 2.462 3.177 1.931 1.123 8251 chr4 7841423 7849199 + 0 NA intron (NM_198595, intron 4 of 16) intron (NM_198595, intron 4 of 16) 89494 NR_026892 84740 Hs.663029 NM_032654 ENSG00000272620 AFAP1-AS1 AFAP1-AS|AFAP1AS AFAP1 antisense RNA 1 ncRNA 0.803 0.514 nan 0.258 0.181 0.064 4.728 0.062 0.051 0.700 3.146 1.895 0.113 0.104 0.139 0.312 1.781 0.235 1.432 0.772 2.068 0.053 0.202 0.128 0.067 1.255 0.737 0.613 0.872 1.680 0.027 0.257 0.155 0.334 0.435 0.573 0.012 0.041 0.075 1.488 0.120 9.495 13.049 4.158 1.264 0.760 0.975 4.395 1.158 3.748 0.132 0.725 0.312 0.637 1.389 0.067 0.299 0.159 0.051 1.398 3.141 0.102 0.111 3.006 5.232 4.286 0.485 0.443 0.604 1.322 0.441 0.391 nan 0.204 0.345 0.317 0.475 0.815 0.343 0.354 1.062 0.500 0.276 0.498 0.111 0.155 0.278 0.536 nan 0.414 6568 chr2 198169651 198177366 + 0 NA intron (NM_153697, intron 1 of 9) intron (NM_153697, intron 1 of 9) 2013 NM_001195144 91526 Hs.432706 NM_153697 ENSG00000065413 ANKRD44 PP6-ARS-B ankyrin repeat domain 44 protein-coding 1.835 nan 4.261 0.379 1.441 0.308 0.802 0.650 1.358 0.074 0.477 1.350 0.024 0.235 0.301 1.815 0.517 0.104 0.652 0.147 0.736 0.786 0.345 1.647 0.572 0.477 0.514 0.564 0.164 0.571 1.294 0.693 4.438 0.170 1.766 0.134 0.194 0.097 0.182 0.266 0.561 0.461 0.315 0.204 0.111 0.230 0.235 0.876 1.344 0.901 0.612 1.815 0.963 6.568 1.647 0.143 0.332 0.126 0.849 1.205 0.124 0.130 0.097 0.434 0.134 0.086 0.654 1.111 1.246 1.983 1.949 1.652 1.534 0.577 2.450 2.516 1.216 1.814 2.600 3.273 1.335 1.165 0.404 0.567 0.600 0.397 0.217 0.477 1.017 0.792 10334 chr7 44428873 44439076 + 0 NA intron (NM_015332, intron 4 of 5) intron (NM_015332, intron 4 of 5) -68744 NM_172078 816 Hs.351887 NM_001220 ENSG00000058404 CAMK2B CAM2|CAMK2|CAMKB|MRD54 calcium/calmodulin dependent protein kinase II beta protein-coding 1.198 2.470 nan 0.280 3.904 1.905 0.083 0.188 0.422 0.028 0.538 0.081 0.018 3.314 1.597 0.375 0.390 0.154 0.093 0.056 0.037 0.027 0.774 0.469 1.670 0.102 0.065 0.086 0.089 0.041 0.093 0.201 0.178 1.421 0.014 0.083 0.038 0.117 0.158 0.034 0.085 0.176 0.024 0.031 0.021 0.085 0.141 0.278 0.098 0.120 0.047 0.105 0.375 0.063 0.009 1.670 0.072 0.125 0.057 2.277 0.101 0.029 0.099 0.052 0.051 0.047 0.517 0.495 0.218 0.459 1.151 1.216 4.861 1.320 0.185 0.247 0.596 0.903 9.634 7.546 0.711 0.569 0.265 0.274 0.531 0.578 0.365 0.606 5.020 1.928 232 chr1 32680546 32689134 + 0 NA intron (NR_133634, intron 3 of 5) intron (NR_133634, intron 3 of 5) -2345 NM_003757 8668 Hs.530096 NM_003757 ENSG00000084623 EIF3I EIF3S2|PRO2242|TRIP-1|TRIP1|eIF3-beta|eIF3-p36 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I protein-coding 2.575 nan 1.797 1.823 5.531 2.421 1.399 1.293 2.198 0.801 1.428 1.364 0.239 2.257 2.631 1.271 0.874 0.205 1.493 0.817 0.764 0.802 2.372 0.918 5.114 0.842 1.016 0.980 0.970 0.613 1.581 2.176 0.894 4.071 1.212 1.039 0.056 1.439 0.132 0.365 0.304 2.542 1.252 0.800 1.152 0.847 1.638 0.604 0.751 1.497 0.356 0.615 1.271 1.870 1.157 5.114 0.342 0.765 0.307 1.861 1.266 0.902 0.381 0.576 0.504 0.785 0.544 1.479 1.695 2.031 2.831 3.798 3.907 nan 1.365 4.118 4.444 2.332 3.336 5.428 7.840 nan 1.329 1.111 1.619 0.910 1.210 1.746 2.402 1.957 nan 10106 chr7 801164 819970 + 0 NA intron (NM_017802, intron 9 of 12) intron (NM_017802, intron 9 of 12) -43254 NM_001164759 5575 Hs.520851 NM_002735 ENSG00000188191 PRKAR1B PRKAR1 protein kinase cAMP-dependent type I regulatory subunit beta protein-coding 1.153 0.711 1.466 0.109 0.771 3.956 0.090 0.214 0.452 0.020 1.303 0.298 0.030 0.038 1.699 0.869 0.152 0.180 0.533 0.121 0.043 0.022 0.777 0.540 0.157 0.098 0.054 0.082 0.134 0.011 0.095 nan 0.217 nan 0.044 0.100 0.360 0.145 0.145 0.031 1.240 0.302 0.064 0.021 0.029 0.082 0.123 0.181 0.182 0.154 0.042 0.082 0.869 0.602 0.068 0.157 0.059 0.022 0.664 0.277 0.179 0.089 0.032 0.218 0.089 0.031 0.019 2.054 1.929 1.045 nan 4.241 3.771 nan 0.076 2.286 2.400 0.496 0.712 nan 0.778 0.194 0.202 0.198 0.234 1.585 1.564 0.280 0.498 1.658 0.907 6997 chr20 44757160 44771708 + 0 NA Intergenic Intergenic 17541 NM_001322422 958 Hs.472860 NM_001250 ENSG00000101017 CD40 Bp50|CDW40|TNFRSF5|p50 CD40 molecule protein-coding nan nan 0.818 0.118 0.615 5.058 0.039 0.363 0.633 0.020 0.113 0.126 0.025 0.041 1.311 0.633 0.122 0.044 0.138 0.026 0.052 0.019 0.311 0.206 0.238 0.047 0.030 0.030 0.074 0.015 0.090 0.158 0.156 7.474 0.040 0.051 0.116 0.127 0.088 0.001 0.076 0.164 0.083 0.043 0.038 0.090 0.053 0.089 0.106 0.054 0.022 0.055 0.633 0.103 0.038 0.238 0.068 0.257 0.228 0.258 0.076 0.414 1.093 0.089 0.032 0.014 1.030 1.670 0.301 0.273 2.743 3.035 nan 0.284 0.319 0.321 0.611 0.943 2.258 2.664 nan 1.036 0.695 0.941 0.320 0.373 0.963 2.840 0.775 0.491 6207 chr2 80278047 80283878 + 0 NA intron (NM_001282598, intron 7 of 17) intron (NM_001282598, intron 7 of 17) -187253 NR_107047 102465877 NR_107047 ENSG00000276917 MIR8080 hsa-mir-8080 microRNA 8080 ncRNA nan 0.609 nan 0.061 0.091 0.463 1.104 0.110 0.138 1.241 0.053 0.043 0.064 0.034 0.245 0.064 0.083 1.560 0.781 0.075 0.214 0.111 0.082 0.013 0.038 1.068 0.018 0.165 0.526 1.265 0.338 0.025 0.111 0.065 0.125 0.222 0.014 1.344 0.021 0.013 0.132 0.014 0.064 0.119 0.042 0.036 5.904 0.046 0.245 0.684 0.032 0.082 0.573 0.151 0.808 0.018 0.040 0.050 0.398 0.196 0.039 0.018 0.298 0.138 0.476 1.584 0.385 0.400 0.050 0.052 0.112 0.085 0.303 0.655 0.142 0.214 0.587 0.431 0.190 0.237 0.389 0.873 0.704 0.911 0.500 0.242 11615 chr9 86736181 86782219 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu 80842 NR_110995 101927575 Hs.459826 NR_110995 ENSG00000227463 LOC101927575 - uncharacterized LOC101927575 ncRNA 1.002 1.119 1.134 0.069 0.789 0.024 0.156 3.634 6.755 0.020 0.066 0.070 0.012 0.300 0.246 0.468 0.255 0.082 0.163 0.053 0.026 0.006 0.738 0.362 3.787 0.119 0.038 0.040 0.104 0.025 0.161 1.114 0.166 0.915 0.248 0.077 0.114 0.031 0.086 0.016 0.125 0.070 0.021 0.027 0.051 0.042 0.088 0.130 0.099 0.094 0.027 0.062 0.468 0.248 0.028 3.787 0.045 0.068 0.055 0.041 0.136 0.082 0.052 0.191 0.059 0.029 0.009 0.267 0.173 0.278 0.466 1.551 1.860 1.063 0.478 0.198 0.200 0.125 0.186 2.809 4.001 0.265 0.126 0.136 0.214 0.695 0.898 0.279 0.555 2.123 1.128 3458 chr14 32459617 32491284 + 0 NA Intergenic Intergenic 61391 NR_146544 105370439 NR_146544 ENSG00000258474 LINC02313 - long intergenic non-protein coding RNA 2313 ncRNA 1.440 0.758 0.797 0.399 0.195 0.049 1.503 0.146 0.327 0.006 0.213 1.315 0.047 0.217 0.116 0.182 0.908 0.239 1.069 0.870 0.052 0.022 0.088 0.081 0.109 1.091 0.631 0.021 1.487 1.158 3.301 8.209 0.796 0.379 0.604 0.419 0.065 0.041 0.117 0.577 0.188 0.797 0.195 0.103 0.822 1.216 0.623 0.231 1.375 0.117 0.598 1.160 0.182 0.416 2.277 0.109 0.436 0.284 0.052 0.309 0.757 1.724 0.028 0.113 0.536 0.038 0.030 0.241 0.156 0.388 0.890 0.388 0.438 0.458 0.156 0.252 0.287 0.700 1.087 0.302 0.431 0.704 0.389 0.141 0.201 0.158 0.402 0.217 0.575 0.626 0.616 3054 chr12 131910816 131927279 + 0 NA Intergenic L1MC|LINE|L1 87032 NR_103736 338797 Hs.592007 NM_001025466 LINC02370 - long intergenic non-protein coding RNA 2370 ncRNA 0.527 0.756 0.460 0.287 0.058 0.078 0.043 0.097 0.328 0.058 0.100 0.050 0.023 0.061 0.076 0.287 0.036 0.030 0.038 0.011 0.027 0.005 0.067 0.081 0.036 0.135 0.101 0.009 0.094 0.038 0.215 0.875 0.069 0.304 0.036 1.781 0.290 0.110 0.034 0.067 0.036 0.024 0.083 0.041 0.087 0.795 0.092 2.968 2.738 0.287 0.069 0.033 0.036 0.959 0.804 0.437 0.107 0.099 0.077 1.881 0.015 0.036 0.017 1.022 1.986 0.277 0.579 0.327 0.341 0.156 0.055 0.117 0.090 0.110 0.259 nan 0.186 1.206 1.123 1.011 1.624 0.138 0.211 0.104 0.108 0.347 0.380 6008 chr2 31605028 31609799 + 0 NA intron (NM_000379, intron 9 of 35) intron (NM_000379, intron 9 of 35) 30198 NM_000379 7498 Hs.250 NM_000379 ENSG00000158125 XDH XAN1|XO|XOR xanthine dehydrogenase protein-coding 0.571 nan nan 4.948 0.036 4.777 0.135 0.350 1.780 2.736 2.681 0.026 0.041 0.111 0.155 0.062 2.619 2.703 1.879 0.030 0.032 0.070 0.050 4.705 4.270 0.140 4.989 3.165 1.333 nan 1.892 0.380 3.283 0.092 0.067 0.080 4.180 0.017 11.628 1.103 0.652 4.979 1.285 2.479 13.945 1.706 2.383 0.150 1.994 0.155 0.942 0.050 2.558 0.034 0.400 2.888 0.021 0.025 5.036 0.881 0.745 0.258 0.214 0.408 0.796 0.195 0.341 0.109 0.090 0.524 nan 0.143 0.266 0.313 0.290 nan 0.283 0.166 0.284 0.054 0.042 0.153 0.317 0.442 0.569 1182 chr1 230218794 230228997 + 0 NA intron (NM_004481, intron 1 of 15) L1MB2|LINE|L1 20953 NM_004481 2590 Hs.743964 NM_004481 ENSG00000143641 GALNT2 GalNAc-T2 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 protein-coding 1.924 1.579 1.409 3.994 0.414 1.345 3.319 0.545 1.096 1.633 2.096 3.636 0.060 0.010 0.166 0.475 2.544 0.431 1.964 1.188 3.491 0.054 0.399 0.296 0.475 3.268 2.602 0.553 1.662 2.958 0.704 2.348 0.988 1.356 2.107 0.654 0.065 0.118 0.099 1.114 0.345 5.629 1.510 0.735 2.938 2.245 1.637 5.805 0.659 0.739 0.348 0.831 0.475 1.811 3.250 0.475 0.984 1.146 0.362 0.881 0.199 2.781 0.135 1.318 2.887 2.365 1.796 0.380 0.366 1.460 4.439 0.927 0.880 nan 0.275 0.495 0.511 0.772 1.334 nan 1.166 0.891 0.767 0.303 0.234 0.251 0.216 1.560 2.907 nan 0.675 7963 chr3 164246359 164258807 + 0 NA Intergenic Intergenic 296685 NR_126405 104355289 Hs.574909 NR_126405 ENSG00000241767 LINC01324 - long intergenic non-protein coding RNA 1324 ncRNA 1.081 1.078 1.179 0.093 0.546 0.022 0.057 0.298 0.587 0.106 0.059 0.020 0.531 0.041 0.082 0.228 0.209 0.033 0.031 0.029 0.011 0.666 0.461 0.857 0.028 0.018 0.062 0.080 0.075 0.112 0.155 0.012 0.034 0.008 0.026 0.080 0.013 0.044 0.024 0.009 0.025 0.070 0.056 0.033 0.011 0.021 0.082 0.034 0.030 0.857 0.060 0.305 0.005 0.154 0.058 0.031 0.090 0.006 0.023 0.008 0.689 0.500 0.477 0.318 0.494 0.653 0.707 0.367 0.245 0.288 4.135 4.477 nan 0.845 nan 0.916 0.070 0.261 0.106 0.100 0.472 1.068 1.155 0.430 6744 chr2 236507871 236524872 + 0 NA intron (NM_001244888, intron 1 of 9) intron (NM_001244888, intron 1 of 9) -89806 NR_146582 27321 NR_146582 TNRC17 CAGL234 trinucleotide repeat containing 17 ncRNA 1.800 nan 1.048 0.081 0.542 0.249 0.134 0.274 0.575 0.011 0.372 0.201 0.055 0.029 0.377 0.982 0.321 0.019 0.177 0.022 0.011 0.025 0.858 0.699 0.709 0.140 0.064 0.060 0.060 0.018 0.052 0.344 0.089 0.656 0.034 0.091 1.009 0.076 0.139 1.646 0.114 0.032 0.022 0.038 0.091 0.311 0.125 0.142 0.078 0.074 0.075 0.982 0.057 0.053 0.709 0.030 0.117 0.787 0.127 0.072 0.107 0.110 0.061 0.130 0.014 0.012 0.771 0.861 0.249 0.320 0.751 0.835 3.545 0.678 0.366 0.423 0.571 0.706 0.700 nan 4.348 4.726 0.278 0.367 2.990 3.503 0.122 0.235 1.577 0.849 1447 chr10 42382754 42388690 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 477771 NR_024380 441666 Hs.255729 NR_024380 ENSG00000215146 LOC441666 - zinc finger protein 91 pseudogene pseudo 44.528 45.133 42.658 19.793 30.692 15.692 13.086 48.947 66.405 8.743 22.958 31.246 4.274 43.559 33.887 51.226 42.902 136.592 35.655 7.527 6.772 25.760 51.334 64.575 22.690 4.423 22.318 3.550 29.586 3.462 36.722 10.510 33.663 75.773 11.215 41.344 23.627 28.293 49.555 3.826 15.689 34.903 17.853 9.887 9.093 41.806 36.094 55.236 12.580 6.653 4.725 21.152 51.226 23.464 10.326 22.690 15.350 22.791 9.936 7.540 15.769 25.485 33.395 41.346 11.259 11.200 6.084 41.047 22.453 19.165 21.324 35.285 42.334 19.993 22.088 22.651 20.898 35.814 36.805 33.058 30.006 41.854 18.119 29.701 40.469 17.697 26.352 35.805 37.594 11.210 15.229 207 chr1 28989356 28996831 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu -2147 NM_024482 10691 Hs.632373 NM_006582 ENSG00000162419 GMEB1 P96PIF|PIF96 glucocorticoid modulatory element binding protein 1 protein-coding 4.171 2.545 nan 2.693 4.444 3.803 1.511 2.141 4.017 0.947 2.745 1.729 1.637 1.523 2.564 3.319 1.542 0.581 2.042 0.639 3.387 2.455 1.445 0.814 2.240 1.656 1.982 2.081 1.792 0.747 2.381 5.224 2.151 5.701 0.899 2.300 0.448 3.329 0.180 0.519 1.403 3.257 2.283 0.921 1.550 0.699 1.589 2.015 1.993 3.312 1.186 1.541 3.319 2.400 2.327 2.240 0.785 1.437 0.919 4.066 1.545 1.226 1.313 2.433 1.251 0.670 0.474 3.258 3.887 3.389 5.207 7.783 7.849 3.762 1.801 7.425 7.667 6.756 7.784 3.820 5.497 5.643 5.211 2.407 4.040 1.861 2.111 3.842 7.114 2.539 1.331 7595 chr3 49492088 49509945 + 0 NA Intergenic Intergenic -5120 NM_001177643 1605 Hs.76111 NM_004393 ENSG00000173402 DAG1 156DAG|A3a|AGRNR|DAG|MDDGA9|MDDGC7|MDDGC9 dystroglycan 1 protein-coding 1.442 nan nan 1.286 0.566 0.445 1.112 0.234 0.614 2.229 1.820 1.238 1.900 0.456 0.700 0.490 0.608 0.244 1.622 0.771 1.390 0.257 0.403 0.220 0.520 1.300 1.204 1.330 1.461 0.973 0.730 1.641 1.222 1.705 0.377 1.996 0.143 1.106 0.066 0.279 0.696 1.855 1.239 0.664 0.374 0.758 3.911 0.734 2.172 1.511 0.549 2.883 0.490 2.057 0.871 0.520 0.666 2.337 0.126 1.549 0.564 3.130 0.406 0.330 0.498 0.419 0.287 1.051 1.499 1.577 2.427 1.533 1.462 1.728 0.687 1.439 1.469 0.528 0.843 1.296 1.711 1.014 1.018 0.829 1.146 0.511 0.554 1.033 1.844 0.643 0.482 1510 chr10 72134319 72148262 + 0 NA 5' UTR (NM_207119, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_207119, exon 1 of 5) 380 NM_207119 55222 Hs.7778 NM_018205 ENSG00000172731 LRRC20 - leucine rich repeat containing 20 protein-coding 2.582 nan 2.301 1.092 0.561 0.459 3.546 0.678 1.281 0.775 0.768 0.497 0.361 0.222 0.624 0.668 0.434 0.172 2.081 0.871 0.518 0.259 0.495 0.243 1.109 2.191 2.122 0.328 3.052 1.880 0.782 1.811 0.861 2.078 0.537 0.582 0.390 0.668 0.095 0.474 0.684 2.488 3.628 1.376 1.580 1.337 1.194 0.208 0.677 1.514 0.548 0.923 0.668 3.175 9.281 1.109 0.622 0.792 0.560 0.682 0.270 0.805 0.561 0.639 0.619 0.785 0.379 1.726 1.852 0.722 1.518 2.512 1.933 2.578 0.603 0.838 0.926 1.185 1.766 1.760 nan 2.282 3.139 0.551 1.024 1.596 1.599 1.429 nan 0.831 0.488 48 chr1 6319302 6349902 + 0 NA intron (NM_007274, intron 8 of 8) intron (NM_007274, intron 8 of 8) -13567 NM_207370 387509 Hs.531581 NM_207370 ENSG00000158292 GPR153 PGR1 G protein-coupled receptor 153 protein-coding 2.365 nan 2.385 0.182 1.652 0.500 0.340 0.403 0.809 0.022 0.301 0.088 0.025 0.104 1.479 0.807 0.195 0.063 0.166 0.049 0.041 0.163 0.154 0.167 0.638 0.090 0.047 0.196 0.102 0.017 0.205 nan 0.207 1.111 0.062 0.114 0.031 0.301 0.109 0.039 0.495 0.171 0.118 0.084 0.053 0.063 0.069 0.140 0.238 0.236 0.035 0.382 0.807 0.149 0.088 0.638 0.120 0.965 1.207 0.482 1.299 0.036 1.423 0.897 0.109 0.017 0.020 1.716 2.590 0.461 0.678 1.712 1.532 0.707 0.391 0.909 1.001 0.781 nan nan 9.310 nan 0.575 1.191 1.929 0.317 0.357 1.084 2.008 0.427 0.415 10968 chr8 56880777 56905709 + 0 NA intron (NM_001111097, intron 10 of 12) intron (NM_001111097, intron 10 of 12) -77829 NR_145767 109617001 NR_145767 ENSG00000199405 SNORA1B - small nucleolar RNA, H/ACA box 1B snoRNA 1.009 nan 0.890 0.296 0.155 0.055 1.370 0.118 0.250 0.348 0.137 0.104 0.099 0.244 0.114 0.103 0.081 0.058 3.909 1.939 0.045 0.022 0.120 0.101 0.264 1.339 0.864 0.052 2.207 1.096 1.495 3.409 1.864 1.650 1.314 0.059 0.012 0.103 0.115 0.170 0.064 0.089 0.099 0.116 2.323 1.723 1.113 0.193 0.219 0.135 0.133 0.517 0.103 2.199 0.906 0.264 0.573 0.599 0.015 0.063 0.126 0.282 0.143 0.134 0.080 0.028 0.020 0.970 0.512 1.098 2.135 0.460 0.512 0.429 0.164 0.160 0.165 0.378 nan 0.711 0.474 0.445 0.290 0.372 0.696 0.114 0.166 0.361 0.580 0.692 0.588 3641 chr14 65719569 65829448 + 0 NA Intergenic Intergenic 27393 NR_039857 100616176 NR_039857 ENSG00000266740 MIR4708 mir-4708 microRNA 4708 ncRNA nan nan 0.851 0.570 0.256 0.152 1.737 0.187 0.362 0.042 0.138 0.832 0.180 0.034 0.156 0.400 0.587 0.257 0.999 0.858 0.109 0.023 0.076 0.098 0.281 3.694 2.680 0.031 0.669 1.451 1.409 5.546 2.161 0.677 1.320 0.148 0.029 0.056 0.108 0.444 0.186 0.509 0.323 0.186 1.505 1.136 1.881 1.499 0.251 0.338 0.125 1.394 0.400 0.607 0.220 0.281 0.327 0.399 0.077 0.313 0.083 1.268 0.162 0.089 1.265 0.049 0.055 0.390 0.371 0.285 0.675 0.392 0.464 0.092 0.050 nan 0.496 0.183 0.308 0.914 nan 0.589 0.293 0.252 0.426 0.112 0.149 0.244 0.593 0.678 0.647 3585 chr14 58383003 58389649 + 0 NA Intergenic Intergenic -53734 NM_001352011 341880 Hs.28280 NM_001080455 ENSG00000151812 SLC35F4 C14orf36|c14_5373 solute carrier family 35 member F4 protein-coding nan nan 1.517 0.193 0.208 0.076 0.021 0.196 0.371 0.015 0.057 0.014 0.018 0.031 0.132 0.287 0.113 0.137 0.127 0.058 0.041 0.071 0.088 0.072 0.021 0.022 0.062 0.046 0.120 0.066 0.175 0.289 0.044 0.057 0.026 0.034 0.105 0.036 0.124 0.055 0.035 4.753 0.112 0.043 0.143 0.061 0.042 0.048 0.050 0.287 0.053 0.025 0.072 0.018 0.025 0.015 0.149 0.046 0.059 0.045 0.485 0.153 0.043 0.020 0.239 0.186 0.217 0.307 0.321 0.336 0.089 0.131 0.425 0.419 0.152 0.311 0.264 0.263 0.568 0.258 0.156 0.221 0.075 0.076 1.401 2.440 nan 0.559 8607 chr4 157842650 157904620 + 0 NA intron (NR_036641, intron 1 of 6) intron (NR_036641, intron 1 of 6) 18911 NM_016205 56034 Hs.570855 NM_016205 ENSG00000145431 PDGFC FALLOTEIN|SCDGF platelet derived growth factor C protein-coding nan 1.892 0.957 2.025 0.298 0.054 0.913 0.093 0.209 0.685 0.886 0.869 0.897 0.065 0.035 0.173 1.264 0.086 0.513 0.361 3.061 0.299 0.114 0.098 0.180 0.203 0.095 0.696 0.547 0.714 1.512 2.514 1.146 0.742 1.031 1.311 0.052 2.235 0.104 0.474 0.166 1.220 0.172 0.097 0.453 0.204 0.306 1.196 0.279 0.506 0.327 0.450 0.173 0.629 0.464 0.180 0.260 0.040 0.031 0.381 0.103 0.548 0.025 0.414 0.915 0.316 0.238 0.213 0.188 0.568 1.138 0.230 0.234 0.552 0.227 0.523 0.500 1.598 2.292 0.354 0.294 0.390 0.192 0.104 0.211 0.128 0.119 0.714 1.742 0.384 0.321 1988 chr11 63529058 63537676 + 0 NA exon (NM_001144936, exon 2 of 5) exon (NM_001144936, exon 2 of 5) 2746 NM_001144936 65998 Hs.191073 NM_001144936 ENSG00000188070 C11orf95 - chromosome 11 open reading frame 95 protein-coding nan 1.172 2.225 0.658 1.498 1.161 1.374 0.782 1.412 0.466 2.865 1.743 0.790 0.241 1.522 1.747 0.453 0.135 0.955 0.374 1.723 1.652 0.597 0.340 1.890 1.029 0.810 1.075 0.841 0.135 2.653 3.892 1.066 4.025 0.743 0.305 0.310 2.630 0.137 0.366 1.125 3.528 1.489 0.922 0.177 0.486 1.231 1.159 2.827 7.160 0.431 0.373 1.747 1.101 0.838 1.890 0.212 0.494 0.338 1.983 0.555 0.462 1.868 0.444 0.511 0.414 0.242 4.230 6.448 2.010 2.724 3.523 3.174 3.493 1.119 3.269 2.931 1.364 1.806 1.621 2.576 1.130 1.464 2.257 5.341 1.874 1.402 1.573 2.185 1.598 0.720 4128 chr15 90378771 90395813 + 0 NA intron (NM_005829, intron 4 of 5) L1M7|LINE|L1 6661 NR_049817 100847059 NR_049817 ENSG00000264966 MIR5094 - microRNA 5094 ncRNA nan nan nan 0.524 0.092 0.013 3.208 0.134 0.284 1.105 2.502 3.109 0.080 0.049 0.144 0.261 1.058 0.291 1.458 0.847 0.667 0.065 0.083 0.191 0.105 2.218 1.695 0.164 0.845 0.983 0.143 0.295 0.347 0.359 0.840 0.159 0.011 0.058 0.097 0.795 0.098 3.348 0.676 0.335 2.121 0.443 1.822 6.852 0.624 1.131 0.203 1.121 0.261 0.575 0.424 0.105 0.474 0.306 0.045 0.164 0.064 2.879 0.050 0.072 3.562 0.358 0.355 0.372 0.398 0.510 0.701 0.277 0.355 nan 0.149 0.364 0.486 0.384 0.686 0.295 0.224 nan 0.319 0.226 0.307 0.049 0.089 0.327 nan 0.323 0.242 5981 chr2 27069097 27102189 + 0 NA intron (NM_001253724, intron 1 of 12) intron (NM_001253724, intron 1 of 12) 14351 NM_001253724 56896 Hs.299315 NM_020134 ENSG00000157851 DPYSL5 CRAM|CRMP-5|CRMP5|Ulip6 dihydropyrimidinase like 5 protein-coding 1.796 0.930 0.784 0.063 1.131 0.874 0.079 0.501 0.820 0.020 0.150 0.094 0.019 0.027 1.098 1.170 0.075 0.135 0.140 0.052 0.038 0.084 0.503 0.319 1.187 0.021 0.015 0.065 0.080 0.009 0.115 0.201 0.092 2.817 0.026 0.094 0.093 0.263 0.139 0.025 0.698 0.204 0.024 0.028 0.016 0.053 0.105 0.103 0.220 0.172 0.036 0.032 1.170 0.096 0.022 1.187 0.030 0.053 0.318 0.421 0.340 0.048 0.248 0.385 0.032 0.026 0.011 3.611 3.289 0.560 0.772 2.118 1.807 2.094 0.869 0.316 0.317 0.968 1.434 1.546 nan 0.837 0.700 0.625 1.017 0.462 0.447 0.950 1.446 1.259 0.869 9955 chr6 137534516 137563975 + 0 NA Intergenic Intergenic -8678 NM_000416 3459 Hs.520414 NM_000416 ENSG00000027697 IFNGR1 CD119|IFNGR|IMD27A|IMD27B interferon gamma receptor 1 protein-coding 1.091 0.921 1.080 0.264 0.398 0.223 0.256 0.250 0.447 0.260 0.736 0.229 0.246 0.081 0.263 0.462 1.824 0.180 0.838 0.628 1.454 0.179 0.170 0.121 0.288 0.969 0.620 0.110 0.315 0.204 1.072 4.683 1.374 1.124 0.238 1.008 0.055 0.299 0.126 0.162 0.110 1.248 0.577 0.339 1.688 0.292 1.188 0.191 1.213 0.538 0.225 1.543 0.462 0.568 0.387 0.288 0.976 0.796 0.102 0.886 0.379 0.715 0.086 0.109 0.586 0.133 0.060 0.540 0.608 0.740 2.203 0.746 0.694 nan 0.640 0.969 0.943 0.574 0.815 0.452 0.626 1.157 1.075 0.213 0.469 0.502 0.532 0.527 nan 0.476 0.431 4376 chr16 56839653 56850322 + 0 NA intron (NM_001242796, intron 3 of 19) L1ME3A|LINE|L1 27619 NM_001242796 9688 Hs.276878 NM_014669 ENSG00000102900 NUP93 NIC96 nucleoporin 93 protein-coding nan nan nan 0.140 0.192 0.031 0.546 0.108 0.263 1.768 1.891 1.385 0.064 0.064 0.076 0.375 0.219 0.090 0.198 0.053 2.497 0.026 0.176 0.100 0.191 0.359 0.149 2.882 0.217 0.050 0.115 0.160 0.207 0.285 0.247 2.773 0.017 0.062 0.072 0.111 0.111 2.003 7.364 2.868 0.235 0.080 0.524 0.169 1.584 0.158 2.711 1.378 0.375 0.133 0.225 0.191 0.482 0.644 0.027 1.267 0.066 0.313 0.046 0.093 0.330 0.049 0.033 0.398 0.338 0.541 1.988 0.238 0.332 0.545 0.165 0.618 0.644 0.350 nan nan nan nan 0.293 0.149 0.261 0.105 0.134 0.347 nan nan 0.453 10659 chr7 129900575 129921946 + 0 NA intron (NM_001869, intron 4 of 10) MER51A|LTR|ERV1 4557 NM_001869 1358 Hs.490038 NM_001869 ENSG00000158516 CPA2 - carboxypeptidase A2 protein-coding 3.029 0.707 2.313 0.071 0.687 2.681 0.096 2.694 4.584 0.336 0.389 0.479 0.021 0.061 2.929 3.528 1.178 0.202 0.134 0.026 0.050 0.019 2.755 1.436 4.655 0.159 0.060 0.044 0.149 0.035 0.057 0.133 0.175 0.706 0.056 0.148 1.495 0.112 0.159 0.017 1.148 2.689 0.031 0.022 0.066 0.057 0.396 0.236 0.114 0.069 0.048 0.066 3.528 0.110 0.048 4.655 0.045 0.058 1.194 0.120 1.817 0.305 0.689 0.150 0.036 0.027 0.014 0.404 0.299 0.251 0.822 5.196 5.003 4.624 1.734 0.202 0.257 2.507 3.248 1.148 2.061 3.953 4.030 0.514 1.243 4.277 4.398 0.694 1.606 2.244 1.090 4243 chr16 12703266 12712241 + 0 NA Intergenic LTR10A|LTR|ERV1 -106425 NR_039869 100616195 NR_039869 ENSG00000264733 MIR4718 - microRNA 4718 ncRNA 0.769 0.633 nan 2.694 0.107 0.245 4.792 0.107 0.232 0.330 0.095 0.256 0.014 0.902 0.070 0.491 0.115 0.054 2.304 1.566 0.267 0.015 0.069 0.084 0.044 2.188 1.681 3.631 1.107 0.398 0.860 0.316 0.337 2.005 0.056 0.032 0.024 0.067 0.263 0.018 0.435 0.128 0.026 2.660 3.732 1.832 0.065 1.214 0.464 6.150 0.632 0.491 1.460 0.288 0.044 0.231 0.358 0.335 0.065 0.171 3.389 0.211 0.095 0.229 2.843 2.611 0.263 0.221 0.070 0.121 0.280 0.331 2.808 0.688 0.292 0.299 0.362 0.456 0.407 0.459 nan 0.254 0.198 0.260 0.327 1.370 0.298 0.552 0.844 0.621 10665 chr7 130663485 130699632 + 0 NA intron (NR_109855, intron 2 of 4) intron (NR_109855, intron 2 of 4) 83335 NR_109780 100506860 Hs.635013 NR_109780 LINC00513 - long intergenic non-protein coding RNA 513 ncRNA nan nan nan 0.500 0.217 0.065 1.021 0.164 0.314 0.653 0.889 0.609 0.067 0.063 0.123 0.209 1.391 0.235 1.037 0.577 0.603 0.073 0.152 0.138 0.177 1.560 1.158 0.178 2.418 0.980 2.671 5.174 5.644 0.353 0.481 2.649 0.024 0.290 0.195 0.691 0.068 0.234 0.142 0.108 1.083 0.880 0.525 0.373 0.926 0.825 1.273 1.091 0.209 1.760 2.862 0.177 0.454 1.089 0.043 0.651 0.166 1.361 0.071 0.089 0.278 0.088 0.044 0.416 0.415 0.386 0.988 0.378 0.381 nan 0.295 0.314 0.338 0.203 nan 0.286 0.342 nan 0.324 0.246 0.356 0.153 0.197 0.341 0.669 0.872 nan 2763 chr12 67133457 67148866 + 0 NA Intergenic Intergenic -68236 NM_021150 23426 Hs.505946 NM_021150 ENSG00000155974 GRIP1 FRASRS3|GRIP glutamate receptor interacting protein 1 protein-coding 0.684 1.157 0.630 0.185 0.280 0.199 0.014 0.313 0.623 0.071 0.081 0.078 0.049 0.039 0.160 0.468 0.092 0.063 0.096 0.074 0.027 0.656 0.426 0.333 0.009 0.014 0.009 0.077 0.007 0.083 0.054 0.104 0.891 0.070 0.049 0.120 0.050 0.092 0.023 0.062 0.084 0.012 0.025 0.007 0.025 0.137 0.124 0.026 0.028 0.030 0.070 0.468 0.032 0.042 0.333 0.048 0.181 0.025 0.057 0.080 0.020 0.045 0.052 0.020 0.030 0.008 0.303 0.171 0.215 0.364 0.833 nan 2.036 0.770 0.239 0.237 1.023 1.405 0.394 0.367 0.331 0.158 0.093 0.252 0.554 0.591 0.285 0.475 3.230 1.592 1141 chr1 222129946 222153776 + 0 NA intron (NR_149071, intron 1 of 2) HERVH-int|LTR|ERV1 2109 NR_149071 110806276 NR_149071 LINC02474 - long intergenic non-protein coding RNA 2474 ncRNA 1.017 nan 0.901 5.524 0.173 0.042 2.175 0.162 0.296 0.808 0.341 1.557 0.310 0.046 0.072 0.262 0.131 0.088 3.095 1.466 0.048 0.061 0.073 0.169 0.111 4.259 4.574 0.025 1.133 3.944 0.713 3.474 2.708 0.351 2.592 0.831 0.016 0.068 0.102 0.520 0.056 0.213 0.114 0.059 8.923 3.503 2.651 0.364 0.396 0.185 0.304 1.715 0.262 2.840 0.380 0.111 4.123 0.288 0.053 0.066 0.051 3.312 0.050 0.288 0.108 0.135 0.075 0.347 0.198 0.592 1.218 0.398 nan 0.131 0.075 0.390 0.415 0.398 0.662 0.315 0.314 0.465 0.270 0.124 0.146 0.104 0.210 0.432 1.389 0.514 0.477 11654 chr9 95945592 95971805 + 0 NA intron (NM_006648, intron 1 of 28) MLT1L|LTR|ERVL-MaLR 11486 NM_001282394 65268 Hs.654856 NM_006648 ENSG00000165238 WNK2 NY-CO-43|P/OKcl.13|PRKWNK2|SDCCAG43 WNK lysine deficient protein kinase 2 protein-coding 1.178 nan 1.353 0.492 1.701 0.886 0.138 0.434 0.856 0.033 0.169 0.074 0.029 0.034 1.682 0.660 0.091 0.075 0.101 0.022 0.061 0.069 0.407 0.279 2.117 0.150 0.088 0.221 0.212 0.024 0.307 1.048 0.472 1.631 0.072 0.414 0.102 0.160 0.063 0.036 0.591 0.226 0.086 0.048 0.026 0.070 0.302 0.098 0.385 0.231 0.138 0.484 0.660 0.196 0.120 2.117 0.097 0.107 0.343 0.392 0.119 0.054 0.526 0.404 0.038 0.046 0.021 2.065 3.143 0.592 nan 2.125 2.426 1.437 0.415 0.383 0.452 0.833 1.121 1.393 2.071 1.749 2.905 0.846 1.354 0.702 0.595 0.647 0.699 1.175 0.835 9904 chr6 126218607 126279342 + 0 NA intron (NM_001199621, intron 13 of 14) intron (NM_001199621, intron 13 of 14) 8604 NM_001199622 135112 Hs.171426 NM_181782 ENSG00000111912 NCOA7 ERAP140|ESNA1|NCOA7-AS|Nbla00052|Nbla10993|TLDC4|dJ187J11.3 nuclear receptor coactivator 7 protein-coding 1.360 1.177 1.139 0.321 0.415 0.167 0.400 0.292 0.584 0.289 0.674 1.589 0.222 0.117 0.299 0.442 1.185 0.151 0.513 0.442 2.621 0.151 0.212 0.152 0.572 1.293 0.963 0.081 0.605 0.326 0.722 2.256 1.164 0.587 0.197 4.727 0.134 0.213 0.142 0.335 0.123 3.402 0.329 0.153 1.551 0.383 1.467 0.115 1.925 0.296 0.245 1.119 0.442 0.480 2.671 0.572 0.425 0.472 0.099 2.846 0.324 1.080 0.148 0.402 0.392 0.059 0.049 0.648 0.703 1.165 3.888 0.697 0.788 3.266 1.914 0.859 0.862 0.388 0.585 0.524 0.672 0.919 0.652 0.305 0.515 0.754 1.029 0.844 1.628 0.914 0.558 984 chr1 192774957 192779825 + 0 NA promoter-TSS (NM_002923) promoter-TSS (NM_002923) -778 NM_002923 5997 Hs.78944 NM_002923 ENSG00000116741 RGS2 G0S8 regulator of G protein signaling 2 protein-coding 1.579 nan 4.716 3.356 1.858 0.251 1.754 0.630 0.835 0.335 1.687 3.853 0.228 1.044 0.168 1.625 0.513 0.197 4.558 1.759 4.356 7.651 1.739 0.736 1.180 3.728 4.120 0.956 2.961 1.107 1.599 3.062 5.062 5.441 1.502 11.316 0.157 0.947 0.125 0.436 0.114 1.026 1.736 1.183 4.147 1.823 0.434 0.739 3.001 0.963 4.649 2.510 1.625 3.881 0.359 1.180 3.465 0.221 0.459 1.576 3.385 0.665 0.604 1.507 0.573 0.248 0.094 2.220 2.307 11.167 12.307 4.812 3.556 5.324 2.210 18.644 17.830 2.804 nan 3.299 5.813 2.580 3.126 0.797 1.876 2.156 1.532 4.361 4.476 1.838 1.582 11964 chrX 106916339 106931176 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 35954 NM_001015881 1831 Hs.522074 NM_004089 ENSG00000157514 TSC22D3 DIP|DSIPI|GILZ|TSC-22R TSC22 domain family member 3 protein-coding nan nan nan 1.273 0.149 0.157 0.677 0.315 0.503 0.117 0.368 1.154 0.058 0.040 0.281 0.446 0.931 0.206 2.609 1.537 0.314 0.009 0.216 0.179 0.113 0.793 0.640 0.109 0.916 0.758 1.203 4.473 3.734 0.385 0.945 0.661 0.006 1.419 0.136 0.462 0.054 1.249 0.199 0.094 0.539 0.672 0.865 0.684 0.790 0.725 0.544 0.892 0.446 1.941 0.489 0.113 0.239 0.531 0.281 0.931 0.062 0.522 0.388 0.694 0.529 0.078 0.062 0.529 0.696 0.229 0.497 0.355 0.402 0.376 0.120 0.407 0.400 0.435 0.671 0.682 0.556 1.512 1.865 0.290 0.488 0.071 0.089 1.172 2.336 0.112 0.136 8011 chr3 172029148 172036433 + 0 NA intron (NM_022763, intron 11 of 25) intron (NM_022763, intron 11 of 25) 133456 NM_198407 2693 Hs.130212 NM_004122 ENSG00000121853 GHSR GHDP growth hormone secretagogue receptor protein-coding 1.763 2.103 0.985 3.220 0.387 0.059 1.726 0.264 0.581 0.510 0.525 1.060 6.020 0.042 0.097 0.729 3.767 0.813 1.255 0.768 0.666 0.390 0.286 0.509 1.481 0.882 0.160 1.728 0.839 0.365 1.148 1.786 0.345 1.031 0.183 0.153 0.059 0.055 0.711 0.240 0.434 0.437 0.269 1.392 0.857 1.309 0.827 0.425 0.327 0.244 0.514 0.729 1.653 0.356 0.509 0.236 0.264 0.347 0.275 0.058 0.818 0.081 0.205 0.286 0.080 0.077 0.243 0.302 0.409 1.334 0.669 0.685 0.856 0.326 0.382 0.367 1.401 2.293 0.873 0.829 1.294 0.858 0.230 0.558 0.868 1.415 0.462 0.788 1.073 0.781 1155 chr1 224685000 224693679 + 0 NA intron (NM_001322302, intron 2 of 6) AluSx|SINE|Alu 66742 NM_001322303 149111 Hs.731723 NM_152495 ENSG00000143786 CNIH3 CNIH-3 cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3 protein-coding 3.176 nan 4.682 2.125 0.932 0.102 4.234 1.219 2.389 1.639 1.954 2.529 0.586 0.151 0.416 3.330 1.829 0.315 1.769 1.133 0.073 0.144 1.702 1.162 3.569 3.433 2.516 0.440 2.202 2.896 0.308 1.124 1.028 3.573 1.310 0.572 1.343 0.178 0.126 1.335 1.212 5.867 1.784 0.789 3.855 1.494 1.650 5.571 0.563 2.827 0.081 1.120 3.330 1.362 0.362 3.569 1.230 0.520 1.428 4.077 0.917 2.795 0.182 0.911 2.773 0.415 0.223 1.460 2.783 4.916 10.304 4.394 nan 3.801 1.000 1.237 1.032 3.192 3.301 2.994 2.447 3.645 4.263 0.383 0.563 3.898 3.024 1.305 3.184 2.297 1.153 10844 chr8 22406367 22424773 + 0 NA intron (NM_005775, intron 4 of 20) intron (NM_005775, intron 4 of 20) 6319 NM_005775 10174 Hs.528572 NM_005775 ENSG00000120896 SORBS3 SCAM-1|SCAM1|SH3D4 sorbin and SH3 domain containing 3 protein-coding nan 1.578 nan 1.039 0.247 0.985 0.962 0.942 1.788 0.224 1.458 1.141 0.691 1.185 0.967 1.293 1.027 0.184 0.265 0.134 0.972 0.301 0.432 0.177 2.412 2.129 1.930 0.587 0.936 0.877 0.819 1.490 0.491 1.177 0.921 0.841 0.216 1.280 0.092 0.295 0.142 1.165 1.451 0.546 1.874 1.374 0.575 1.156 4.489 1.713 0.582 0.892 1.293 0.591 0.437 2.412 0.516 0.315 0.299 2.025 1.025 0.636 0.218 0.060 1.744 0.412 0.228 0.547 0.530 1.650 2.727 nan 2.725 nan 0.623 0.922 0.880 0.869 1.283 2.249 3.510 0.799 0.760 0.570 0.759 0.886 0.860 0.659 1.365 nan nan 788 chr1 156425113 156443311 + 0 NA 3' UTR (NM_005920, exon 12 of 12) 3' UTR (NM_005920, exon 12 of 12) 26179 NM_001271629 4209 Hs.314327 NM_005920 ENSG00000116604 MEF2D - myocyte enhancer factor 2D protein-coding nan nan 3.469 0.609 1.788 0.865 0.943 0.830 1.543 0.199 0.765 0.556 1.029 2.706 1.855 1.108 0.821 0.290 1.127 0.270 1.787 0.426 1.556 0.915 1.661 0.721 0.747 0.713 0.928 0.562 1.388 3.740 1.986 8.775 0.679 1.118 0.548 0.916 0.155 0.738 0.375 1.423 0.451 0.283 0.689 0.714 0.946 0.676 1.387 1.112 0.668 2.847 1.108 1.824 0.887 1.661 0.867 2.247 0.570 2.736 1.390 1.212 1.169 0.499 0.352 0.671 0.558 1.576 1.652 1.610 2.256 2.665 nan 2.875 1.255 1.926 1.996 1.252 1.763 5.257 6.224 1.156 1.235 1.418 2.204 1.999 1.827 1.000 1.947 1.348 0.764 4797 chr17 41853980 41857092 + 0 NA intron (NM_004090, intron 1 of 2) intron (NM_004090, intron 1 of 2) 832 NM_004090 1845 Hs.181046 NM_004090 ENSG00000108861 DUSP3 VHR dual specificity phosphatase 3 protein-coding 4.193 4.836 nan 4.198 4.299 2.333 2.161 1.735 3.091 2.258 4.596 1.629 2.464 1.000 4.479 2.462 3.807 0.671 5.409 1.154 6.112 2.838 1.667 0.709 1.699 1.536 2.233 4.438 3.015 0.814 5.828 5.753 3.436 8.970 0.705 2.610 0.151 3.265 0.170 1.521 0.797 5.332 3.238 1.178 2.376 1.586 1.914 3.088 6.604 3.479 2.901 2.970 2.462 11.113 2.596 1.699 1.586 3.627 1.443 6.717 3.108 2.165 0.543 0.796 1.912 2.826 2.096 2.750 3.864 5.415 9.260 4.397 nan 5.505 3.048 10.535 10.541 3.086 3.686 3.902 nan 3.462 4.525 1.188 1.610 2.518 1.961 3.530 4.062 2.461 1.739 10751 chr7 151560051 151575918 + 0 NA intron (NM_016203, intron 1 of 15) intron (NM_016203, intron 1 of 15) -6143 NR_038926 100505483 Hs.649054 NR_038926 PRKAG2-AS1 - PRKAG2 antisense RNA 1 ncRNA 1.166 0.695 nan 0.187 1.449 0.796 0.157 0.202 0.368 0.054 0.378 0.179 0.020 0.101 2.521 0.703 0.170 0.080 0.144 0.048 0.051 0.280 1.264 0.663 0.309 0.150 0.100 0.386 0.313 0.099 0.377 0.806 0.966 2.670 0.092 0.268 0.197 0.720 0.153 0.244 0.214 0.591 0.247 0.138 0.131 0.058 0.227 0.296 0.739 0.350 0.858 0.534 0.703 0.288 0.153 0.309 0.154 0.547 0.267 1.460 0.061 0.200 0.810 0.024 0.062 0.116 0.067 3.956 6.039 0.714 1.112 0.903 0.721 0.346 0.102 0.633 0.532 1.110 1.769 0.684 1.273 0.790 0.904 1.454 1.840 1.041 1.273 0.188 0.223 1.976 1.229 7530 chr3 16878405 16885511 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -44494 NM_001144382 23228 Hs.202010 NM_015184 ENSG00000154822 PLCL2 PLCE2 phospholipase C like 2 protein-coding nan 3.608 3.840 0.032 0.952 0.674 0.050 0.611 1.010 0.014 0.099 0.044 0.017 0.056 2.520 0.090 0.317 0.023 0.088 0.054 0.035 0.393 0.100 0.286 0.095 0.031 0.010 0.040 0.006 0.121 0.261 0.020 1.617 0.046 0.779 0.030 0.074 0.067 1.295 0.103 0.034 0.033 0.030 0.109 0.171 0.137 0.060 0.023 0.063 0.090 0.060 0.066 0.286 0.018 0.129 1.200 0.026 0.771 0.044 0.166 0.156 0.042 0.010 0.007 0.338 0.490 0.304 0.335 1.121 0.915 0.196 0.110 0.184 0.162 2.294 2.389 2.580 3.446 11.634 11.765 0.223 0.326 2.233 1.825 0.270 0.392 2.769 1.681 5238 chr18 30457624 30462871 + 0 NA Intergenic Intergenic -107273 NM_020805 57565 Hs.446164 NM_020805 ENSG00000197705 KLHL14 - kelch like family member 14 protein-coding nan 1.124 1.054 0.109 1.034 0.042 0.027 0.152 0.402 0.029 0.052 0.024 0.076 0.025 0.354 0.071 0.061 0.020 0.012 0.148 0.124 0.912 0.013 0.020 0.046 0.341 0.020 0.774 0.028 0.021 3.653 0.055 0.091 0.018 0.007 0.045 0.015 0.037 0.248 0.047 0.016 0.015 0.013 0.354 0.056 0.018 0.912 0.023 0.001 0.255 0.011 0.078 0.030 0.019 0.104 0.028 0.010 0.381 0.234 2.505 1.620 0.823 0.687 0.813 0.313 0.152 0.072 0.052 0.143 nan 2.304 0.381 0.218 0.167 0.151 7.578 10.938 0.189 0.416 1.714 1.377 6630 chr2 213212657 213233920 + 0 NA intron (NM_001042599, intron 1 of 26) intron (NM_001042599, intron 1 of 26) 67796 NR_031643 100313771 NR_031643 ENSG00000221782 MIR548F2 MIR548F-2|MIRN548F2|hsa-mir-548f-2 microRNA 548f-2 ncRNA nan 0.965 nan 0.079 0.140 0.038 0.050 0.204 0.244 0.009 0.091 0.069 0.011 0.069 0.059 0.127 0.094 0.068 0.128 0.009 0.072 0.067 0.097 0.085 0.010 0.024 0.045 0.061 0.053 0.080 0.295 0.048 0.049 0.352 0.113 0.030 0.006 0.235 0.035 0.006 0.004 0.041 0.018 0.086 0.043 0.016 0.046 0.011 0.040 0.127 0.037 0.018 0.085 0.011 0.012 0.036 0.019 0.038 0.019 0.453 0.117 0.021 0.014 0.012 0.880 0.801 4.149 5.203 0.192 0.238 1.906 0.812 0.521 0.612 5.170 6.058 0.485 nan 0.380 0.168 0.519 0.804 1.148 2.390 0.363 0.556 0.221 0.278 6335 chr2 120988449 121004212 + 0 NA Intergenic Intergenic -14084 NM_002881 5899 Hs.469820 NM_002881 ENSG00000144118 RALB - RAS like proto-oncogene B protein-coding 0.850 nan nan 1.073 0.100 0.290 4.699 0.162 0.321 0.628 0.417 0.303 0.399 0.070 1.124 0.171 0.186 0.122 3.064 1.789 0.067 0.034 0.129 0.126 0.557 2.813 2.198 0.110 2.248 1.297 0.481 2.186 1.387 0.757 2.302 0.166 0.012 0.075 0.049 1.014 0.106 0.466 0.257 0.144 2.671 3.686 3.125 1.015 0.836 1.333 0.045 2.046 0.171 2.021 2.855 0.557 0.471 2.323 0.180 0.142 0.187 1.145 0.287 0.185 0.238 0.047 0.018 0.590 0.778 0.315 0.399 0.564 0.532 1.024 0.215 0.508 0.442 0.231 0.453 0.601 0.867 0.627 0.430 0.518 0.582 0.179 0.142 0.399 0.666 0.665 0.397 11326 chr8 136194070 136204167 + 0 NA Intergenic Intergenic -47256 NR_120396 286094 Hs.440978 NR_026706 ENSG00000254083 LINC01591 - long intergenic non-protein coding RNA 1591 ncRNA nan 1.582 1.261 1.318 0.141 0.055 0.154 0.527 0.962 0.010 0.070 0.018 0.069 0.186 0.533 0.052 0.096 0.063 0.006 0.041 0.297 0.169 0.426 0.014 0.014 0.007 0.708 0.010 1.090 2.918 0.500 1.124 0.623 0.079 0.245 0.043 0.077 0.094 0.087 0.125 0.036 0.009 0.075 2.173 0.047 0.149 0.048 0.056 1.459 0.383 0.533 0.049 0.028 0.426 0.084 0.042 0.108 0.041 0.041 0.330 0.049 0.109 0.188 0.057 0.012 0.164 0.133 0.132 0.246 0.459 0.668 11.965 3.625 nan 0.397 0.100 0.224 1.161 0.858 0.323 0.205 0.209 0.224 1.212 1.891 0.324 0.659 0.906 0.603 11251 chr8 124168932 124198321 + 0 NA Intergenic MER21C|LTR|ERVL -7661 NM_207006 84985 Hs.379821 NM_032899 ENSG00000147689 FAM83A BJ-TSA-9 family with sequence similarity 83 member A protein-coding nan nan nan 0.368 0.286 0.479 5.382 0.240 0.459 1.174 0.567 0.189 0.017 0.086 0.192 0.166 0.259 0.119 4.323 2.317 0.091 0.057 0.101 0.076 0.246 1.724 1.393 0.119 5.025 3.179 3.558 7.392 2.431 nan 2.564 0.793 0.146 0.133 0.070 0.470 0.151 0.274 0.495 0.376 4.358 1.205 1.396 0.364 1.090 0.680 0.258 5.031 0.166 2.722 3.786 0.246 1.176 0.763 0.097 0.184 0.873 1.423 0.092 0.282 0.114 0.041 0.022 0.310 0.386 0.307 0.420 0.799 0.762 0.890 0.265 nan nan 0.412 0.663 0.295 0.336 0.632 0.517 0.360 0.531 0.610 0.701 0.471 1.014 0.630 0.500 4115 chr15 85871734 85891743 + 0 NA Intergenic Intergenic -42089 NR_106993 102465803 NR_106993 ENSG00000284160 MIR7706 hsa-mir-7706 microRNA 7706 ncRNA 0.850 nan 0.703 0.672 0.091 0.033 1.287 0.251 0.541 0.881 0.338 2.821 1.140 0.055 0.469 0.355 0.584 0.138 0.630 0.492 1.719 0.125 0.131 0.122 0.243 1.413 1.097 0.361 1.346 0.894 0.482 1.296 0.302 0.540 0.956 4.112 0.255 0.160 0.088 0.318 0.063 2.031 0.746 0.397 0.798 0.449 1.481 3.548 1.327 0.647 0.774 0.688 0.355 1.075 1.630 0.243 0.397 0.824 0.064 0.713 0.223 1.135 0.105 0.078 1.068 2.284 1.754 0.473 0.402 0.688 1.687 0.230 0.302 0.505 0.250 0.209 0.190 0.236 0.367 0.376 0.565 0.728 0.358 0.338 0.453 0.813 1.134 0.482 0.985 0.445 0.378 1313 chr10 8066608 8104277 + 0 NA Intergenic Intergenic 9012 NR_104329 399717 Hs.158992 NM_207423 ENSG00000197308 GATA3-AS1 - GATA3 antisense RNA 1 ncRNA 0.338 0.437 0.429 0.435 0.098 0.021 0.074 0.115 0.179 0.498 0.245 0.390 0.005 0.024 0.019 0.102 0.137 0.072 0.202 0.086 0.140 0.022 0.129 0.099 0.061 0.140 0.054 0.118 0.035 0.036 0.100 0.194 0.043 0.221 0.012 0.053 0.010 0.084 0.071 0.069 0.017 0.192 0.075 0.050 0.078 0.037 0.934 0.133 0.625 0.254 0.227 0.155 0.102 0.127 0.032 0.061 0.029 0.963 0.003 3.783 0.046 0.065 0.036 0.043 0.153 0.102 0.071 0.257 0.186 0.459 0.738 0.152 0.221 2.303 0.800 0.076 0.071 0.112 0.230 0.094 0.114 0.203 0.100 0.142 0.129 0.060 0.064 0.064 0.164 0.197 0.248 7891 chr3 143813903 143839411 + 0 NA Intergenic Intergenic 134490 NM_001134470 205428 Hs.288954 NM_173552 ENSG00000181744 C3orf58 DIA1|GoPro49|HASF chromosome 3 open reading frame 58 protein-coding 1.477 nan nan 0.098 0.393 0.041 0.067 0.342 0.660 0.011 0.100 0.249 0.039 0.039 0.070 0.500 0.164 0.124 0.087 0.030 0.062 0.005 0.258 0.243 0.066 0.029 0.031 0.032 0.058 0.008 0.085 0.082 0.082 0.564 0.087 0.203 0.142 0.012 0.073 0.014 0.728 0.125 0.033 0.028 0.030 0.042 0.072 0.155 0.077 0.078 0.022 0.073 0.500 0.047 0.044 0.066 0.062 0.021 0.054 0.030 0.083 0.046 0.074 1.165 0.015 0.012 0.012 0.312 0.245 0.318 0.548 0.271 0.403 nan 1.658 0.309 0.309 1.336 nan 0.439 nan nan 0.919 0.158 0.218 0.402 0.564 1.496 3.607 0.604 0.564 1617 chr10 102755401 102773200 + 0 NA intron (NM_032429, intron 3 of 4) AluSz|SINE|Alu 2046 NM_001318101 84445 Hs.523221 NM_032429 ENSG00000107816 LZTS2 LAPSER1 leucine zipper tumor suppressor 2 protein-coding nan nan 3.960 0.690 1.286 1.833 1.575 1.144 2.110 1.116 3.281 1.604 0.523 1.424 1.648 1.050 2.049 0.200 2.063 0.453 2.249 2.459 0.866 0.415 2.501 1.124 1.358 1.803 2.226 0.971 2.400 3.748 1.834 3.494 0.689 2.043 0.391 2.292 0.088 0.849 0.666 2.210 1.579 0.846 1.311 0.621 0.618 0.840 3.652 2.760 0.847 1.656 1.050 1.536 1.908 2.501 1.249 0.866 0.328 2.991 1.831 1.050 0.982 1.223 1.095 0.705 0.480 4.359 4.965 4.491 5.523 3.240 2.921 4.001 1.372 3.299 3.263 1.470 nan 4.288 6.040 1.177 1.295 1.303 2.530 1.428 1.006 1.873 nan 1.144 0.679 8634 chr4 170186636 170194772 + 0 NA intron (NM_020870, intron 1 of 11) intron (NM_020870, intron 1 of 11) 1545 NM_020870 57630 Hs.301804 NM_020870 ENSG00000154447 SH3RF1 POSH|RNF142|SH3MD2 SH3 domain containing ring finger 1 protein-coding nan nan 1.745 4.839 1.534 0.363 2.661 1.142 1.660 1.033 3.332 1.140 4.831 0.753 0.500 0.519 2.134 0.201 2.678 0.617 1.502 0.102 0.385 0.395 2.322 1.337 1.314 0.311 4.857 2.807 4.033 4.863 3.093 2.491 1.909 0.481 0.473 0.900 0.072 1.231 1.678 1.979 2.278 1.089 2.187 1.589 2.590 1.509 2.125 1.751 1.359 1.392 0.519 2.855 3.265 2.322 1.262 1.998 0.333 0.903 1.171 1.421 0.631 0.550 1.655 0.828 0.637 0.979 1.137 5.598 nan 2.083 1.831 0.684 0.257 2.389 2.297 0.882 1.523 1.715 2.937 1.575 2.235 0.856 2.161 1.405 1.195 1.952 2.592 1.231 0.611 6048 chr2 42406643 42469017 + 0 NA intron (NM_001145076, intron 1 of 21) L1MC3|LINE|L1 -40459 NR_110584 102723824 Hs.639826 NR_110584 LOC102723824 - uncharacterized LOC102723824 ncRNA 1.125 nan 0.983 0.214 0.371 0.059 0.164 0.195 0.325 0.040 0.158 0.155 0.065 0.245 0.148 0.141 0.352 0.116 0.239 0.082 0.091 0.034 0.273 0.244 0.146 0.319 0.151 0.077 0.260 0.051 1.321 nan 0.599 0.407 0.063 0.166 0.045 0.110 0.117 0.081 0.082 0.099 0.028 0.028 0.186 0.157 0.417 0.117 0.891 0.120 0.249 0.444 0.141 0.121 0.191 0.146 0.078 0.098 0.055 0.181 0.170 0.116 0.066 0.763 0.066 0.166 0.068 0.353 0.335 0.393 0.391 nan 0.447 1.007 0.398 0.566 0.539 0.581 0.892 0.969 1.004 1.068 0.714 0.211 0.309 0.220 0.360 1.191 nan nan 0.581 3521 chr14 45043479 45059302 + 0 NA Intergenic L1PA7|LINE|L1 74778 NR_135257 105370473 Hs.180134 NR_135257 ENSG00000258747 LOC105370473 - uncharacterized LOC105370473 ncRNA nan 1.104 nan 0.032 4.378 1.865 0.049 0.848 1.501 0.059 0.074 0.020 0.076 0.153 0.162 0.086 0.148 0.089 0.012 0.024 0.035 1.021 0.497 1.300 0.013 0.014 0.010 0.058 0.027 0.091 0.262 0.095 1.813 0.047 0.064 0.428 0.021 0.155 0.030 0.076 0.105 0.019 0.020 0.014 0.034 0.061 0.050 0.026 0.023 0.020 0.042 0.162 0.038 0.058 1.300 0.069 0.016 0.022 0.051 0.065 0.025 0.024 0.014 0.018 0.010 0.303 0.133 0.264 0.275 0.449 0.644 4.179 3.099 0.278 0.219 0.231 0.494 2.637 2.644 0.482 0.193 0.056 0.134 1.627 1.497 0.153 0.250 2.508 1.127 490 chr1 85910280 85932258 + 0 NA intron (NM_001134445, intron 2 of 6) intron (NM_001134445, intron 2 of 6) 9620 NM_012137 23576 Hs.713411 NM_012137 ENSG00000153904 DDAH1 DDAH|DDAH-1|DDAHI|HEL-S-16 dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 protein-coding 2.074 nan nan 3.620 0.916 0.468 0.686 0.534 0.851 0.161 0.830 0.664 0.177 0.299 0.551 0.570 0.817 0.117 0.598 0.155 0.593 0.170 0.263 0.177 0.656 0.532 0.456 0.592 1.228 0.570 0.422 1.015 0.976 1.896 0.172 0.068 0.086 1.475 0.141 0.142 0.643 1.024 0.360 0.226 1.158 1.609 1.277 0.364 0.349 0.986 0.217 0.850 0.570 0.876 1.252 0.656 0.251 0.223 0.101 0.581 0.014 0.299 0.224 0.669 0.242 0.407 0.329 0.787 1.086 1.008 1.416 1.735 1.739 1.114 0.325 1.318 1.347 1.840 2.535 3.266 3.574 1.488 1.758 0.386 0.751 0.386 0.229 1.549 4.523 1.408 0.959 1843 chr11 20567113 20595363 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 -39708 NM_001318369 9152 Hs.136557 NM_004211 ENSG00000165970 SLC6A5 GLYT-2|GLYT2|HKPX3|NET1 solute carrier family 6 member 5 protein-coding 0.695 1.077 0.779 0.057 0.153 0.059 0.116 0.153 0.260 0.034 0.082 0.088 0.009 0.043 0.185 0.109 0.059 0.119 0.069 0.014 0.009 0.010 0.066 0.101 0.202 0.049 0.055 0.026 0.091 0.007 0.104 0.346 0.108 0.349 0.026 0.073 0.055 0.050 0.075 0.013 0.056 0.153 0.035 0.017 0.019 0.103 0.055 0.168 0.118 0.045 0.014 0.047 0.109 0.154 0.020 0.202 0.078 0.050 0.010 0.052 0.051 0.053 0.049 0.690 0.022 0.033 0.016 0.431 0.314 0.207 0.237 0.401 0.429 0.362 0.159 0.188 0.183 0.737 0.933 0.244 0.270 0.505 0.279 0.202 0.262 0.119 0.185 0.839 3.240 0.596 0.601 1112 chr1 214150343 214196901 + 0 NA intron (NM_002763, intron 2 of 4) intron (NM_002763, intron 2 of 4) 11778 NM_002763 5629 Hs.741808 NM_002763 ENSG00000117707 PROX1 - prospero homeobox 1 protein-coding 1.841 2.253 3.283 0.093 4.769 0.048 0.073 0.992 1.920 0.004 0.089 0.054 0.020 0.821 1.239 0.619 0.124 0.072 0.045 0.020 0.015 0.009 3.027 1.627 4.896 0.138 0.085 0.025 0.135 0.014 0.335 0.738 0.094 nan 0.016 0.088 0.672 0.074 0.114 0.071 1.812 0.132 0.040 0.033 0.061 0.038 0.083 0.311 0.105 0.055 0.370 0.039 0.619 0.043 0.022 4.896 0.097 0.047 0.284 0.097 1.566 0.042 1.215 0.407 0.114 0.022 0.012 2.152 2.582 2.735 2.088 8.472 8.395 nan 1.885 4.645 4.919 2.891 nan 4.852 4.667 0.992 0.908 1.115 2.091 2.911 2.729 1.043 2.412 3.725 1.891 6502 chr2 177035486 177044060 + 0 NA non-coding (NR_110459, exon 5 of 5) non-coding (NR_110459, exon 5 of 5) 3084 NR_110458 401022 Hs.98661 NR_033979 ENSG00000224189 HAGLR HOXD-AS1|Mdgt HOXD antisense growth-associated long non-coding RNA ncRNA 1.967 1.452 0.874 0.125 1.348 3.572 0.139 1.016 2.145 0.011 0.082 0.114 0.108 0.012 1.120 3.770 0.053 0.131 0.242 0.088 0.052 0.049 1.517 0.742 5.465 0.501 0.571 0.180 0.353 0.460 1.789 3.121 1.055 3.929 0.086 0.038 0.356 0.199 0.076 0.029 1.943 0.043 0.042 0.009 0.096 0.202 0.089 0.081 0.099 0.187 0.488 0.024 3.770 0.074 0.022 5.465 0.029 0.029 0.445 0.355 0.014 0.032 3.372 0.044 0.234 0.007 0.024 4.755 5.969 0.588 1.101 1.244 1.218 2.637 1.098 3.509 3.619 0.806 1.317 2.426 3.139 7.159 10.427 3.331 6.497 2.160 1.453 0.315 0.575 1.376 0.571 1294 chr10 3891564 4015841 + 0 NA Intergenic Intergenic 77560 NR_134490 105376365 Hs.460114 NR_134490 ENSG00000230573 LOC105376365 - uncharacterized LOC105376365 ncRNA 0.475 0.980 0.631 0.529 0.250 0.014 0.600 0.361 0.591 0.195 0.141 0.701 0.046 0.069 0.124 0.512 0.952 0.217 0.479 0.382 0.610 0.065 0.222 0.104 0.374 0.531 0.292 0.082 0.360 0.502 0.086 0.283 0.338 0.489 0.245 0.156 0.025 5.211 0.182 0.202 0.023 0.213 0.176 0.136 0.458 0.121 0.229 0.250 0.399 0.278 1.003 0.412 0.512 0.488 0.347 0.374 0.218 0.561 0.027 1.472 0.063 0.714 0.082 0.084 0.209 1.097 1.156 0.382 0.302 0.435 0.829 0.307 0.298 1.897 1.168 0.137 0.138 0.138 0.244 0.532 0.711 0.178 0.092 0.190 0.240 0.199 0.360 0.183 0.370 0.593 0.442 461 chr1 71889470 71896241 + 0 NA intron (NM_173808, intron 6 of 6) intron (NM_173808, intron 6 of 6) 345848 NR_046217 100852410 Hs.535534 NR_046217 ENSG00000229956 ZRANB2-AS2 - ZRANB2 antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan 0.729 0.978 0.053 0.455 0.196 0.069 0.283 0.544 0.091 0.027 0.183 0.091 0.272 0.065 0.047 0.109 0.028 0.009 0.062 1.203 0.571 0.713 0.050 0.015 0.072 0.044 0.109 0.326 0.043 0.022 0.111 0.064 0.169 0.035 0.036 0.081 0.009 0.022 0.100 0.134 0.021 0.024 0.272 0.053 0.713 0.049 0.014 0.017 0.030 0.012 0.130 0.109 0.011 0.026 0.555 0.515 0.291 0.273 0.852 nan 10.706 4.673 1.008 0.989 1.009 nan 0.389 0.362 0.529 0.188 0.246 0.414 1.116 0.846 0.615 1.052 1.059 0.606 3451 chr14 31472698 31477384 + 0 NA intron (NM_001083893, intron 1 of 17) intron (NM_001083893, intron 1 of 17) 8907 NR_030354 693209 NR_030354 ENSG00000207952 MIR624 MIRN624|hsa-mir-624|mir-624 microRNA 624 ncRNA 1.194 0.694 0.625 0.243 0.340 0.095 0.217 0.184 0.367 0.020 0.079 0.118 6.136 0.080 0.216 0.511 0.322 0.596 0.102 0.094 0.155 0.141 0.180 0.405 0.167 0.094 0.103 0.908 2.079 0.152 0.337 0.032 0.232 0.062 0.230 0.165 0.051 0.791 0.047 0.040 0.017 0.086 0.062 0.061 0.205 0.348 0.330 0.051 0.245 0.216 0.241 0.170 0.180 0.000 0.041 0.162 0.086 0.151 0.021 0.052 0.066 0.025 0.032 0.196 0.196 0.397 0.578 0.320 0.431 0.290 0.134 0.494 0.594 0.642 0.943 0.579 0.627 0.952 0.557 0.136 0.372 0.121 0.152 0.253 0.547 0.465 0.538 9438 chr6 12467999 12494496 + 0 NA Intergenic Intergenic 104389 NR_149140 101928309 Hs.639414 NR_149140 ENSG00000234015 LINC02530 - long intergenic non-protein coding RNA 2530 ncRNA 0.750 nan 0.635 0.923 0.124 0.014 0.972 0.096 0.232 0.051 0.238 2.460 0.014 0.053 0.107 0.153 0.752 0.181 0.668 0.393 0.547 0.026 0.106 0.092 0.050 1.267 0.457 0.003 0.555 1.231 0.380 1.302 1.193 0.201 0.722 0.986 0.011 0.090 0.078 0.152 0.042 0.757 0.424 0.275 0.741 0.486 0.772 0.520 2.718 0.196 0.208 1.681 0.153 0.756 0.961 0.050 0.664 1.368 0.015 0.183 0.023 0.476 0.063 0.107 0.382 0.030 0.025 0.586 0.571 0.739 1.066 0.310 0.415 0.125 0.079 0.286 0.280 0.332 0.438 0.098 0.097 0.495 0.300 0.169 0.317 0.042 0.063 0.224 0.506 0.296 0.455 7894 chr3 144932634 144939684 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 850813 NR_146297 109729161 NR_146297 ENSG00000240032 LNCSRLR lncRNA-SRLR lncRNA sorafenib resistance in renal cell carcinoma associated ncRNA 1.810 nan nan 0.102 0.251 0.032 0.040 0.408 0.668 0.078 0.026 0.009 0.283 0.063 0.236 0.084 0.255 0.075 0.027 0.054 0.040 0.199 0.203 0.051 0.010 0.021 0.116 0.005 0.080 0.062 0.080 0.201 0.063 0.007 0.015 0.054 0.055 0.039 0.017 0.011 0.031 0.011 0.014 0.071 0.150 0.071 0.045 0.009 0.236 0.020 0.027 0.051 0.052 0.023 0.014 0.115 0.158 0.022 0.056 0.157 0.016 0.007 0.306 0.198 0.196 0.340 0.420 0.336 nan 3.763 0.265 0.160 1.148 nan 0.610 nan nan 0.546 0.153 0.256 0.094 0.100 0.970 2.951 0.460 0.328 7111 chr20 62273171 62291190 + 0 NA intron (NR_075070, intron 1 of 4) intron (NR_075070, intron 1 of 4) 1939 NM_001276310 50861 Hs.639609 NM_015894 ENSG00000197457 STMN3 SCLIP stathmin 3 protein-coding 2.942 2.699 2.115 1.102 2.502 2.686 0.850 1.105 2.256 0.377 2.598 0.363 0.145 0.862 2.889 2.169 0.447 0.251 0.891 0.295 1.778 0.522 1.340 0.661 2.971 0.601 0.481 0.602 1.263 0.358 2.288 3.870 1.494 5.550 0.423 0.421 0.381 1.730 0.127 1.088 1.443 1.618 0.841 0.441 0.733 0.343 1.086 0.922 0.909 2.563 0.593 0.436 2.169 0.516 1.260 2.971 0.374 0.610 0.971 3.391 2.978 0.750 1.093 0.897 1.146 0.810 0.718 3.812 nan 0.994 1.256 4.668 4.443 5.367 1.951 2.457 2.598 2.012 3.167 2.771 3.750 2.880 3.031 1.958 3.195 1.125 0.925 2.080 2.340 2.457 1.413 6345 chr2 127754048 127772537 + 0 NA Intergenic LTR39|LTR|ERV1 76349 NM_001320634 274 Hs.193163 NM_004305 ENSG00000136717 BIN1 AMPH2|AMPHL|CNM2|SH3P9 bridging integrator 1 protein-coding 1.005 nan nan 0.051 0.057 0.009 0.121 0.052 0.153 0.005 0.121 0.025 0.015 0.210 0.039 0.122 0.121 0.035 0.042 0.010 0.044 0.009 0.076 0.124 0.059 0.030 0.021 0.016 0.096 0.006 0.074 0.099 0.058 0.292 0.038 0.069 0.065 0.070 0.035 0.026 0.110 0.014 0.021 0.027 0.041 0.197 0.195 0.064 0.027 0.026 0.050 0.122 0.039 0.033 0.059 0.012 0.035 0.053 0.063 0.016 0.026 0.020 1.929 0.078 0.019 0.019 0.252 0.165 0.159 0.266 0.236 0.265 0.137 0.096 0.172 0.162 0.154 0.305 0.312 0.322 2.220 2.321 0.124 0.179 0.029 0.033 1.797 4.873 0.314 0.365 4640 chr17 19034230 19049463 + 0 NA exon (NM_001353418, exon 3 of 4) exon (NM_001353418, exon 3 of 4) 11064 NM_001353418 400581 Hs.647426 NM_001129778 ENSG00000189152 GRAPL - GRB2 related adaptor protein like protein-coding 1.423 0.534 1.519 0.270 0.092 0.029 2.685 0.347 0.562 0.928 0.514 0.273 0.469 0.084 0.231 0.486 0.364 0.137 0.655 0.256 0.608 0.291 0.082 0.124 0.249 0.478 0.370 0.923 0.250 0.172 0.483 1.440 0.571 0.628 0.482 1.514 0.038 1.290 0.154 0.495 0.089 0.575 1.040 0.789 0.337 0.431 0.666 0.389 4.671 2.165 4.063 1.400 0.486 0.705 2.654 0.249 0.609 0.516 1.150 0.961 0.794 0.874 0.092 0.437 1.055 0.190 0.134 0.640 0.775 0.342 nan 1.552 1.566 0.813 0.239 0.415 0.478 1.745 2.476 0.519 0.783 nan 2.904 0.315 0.234 0.294 0.481 0.922 2.030 0.570 0.363 1358 chr10 16559346 16565336 + 0 NA intron (NM_001010908, intron 1 of 1) CpG 1663 NM_001010908 389941 Hs.676792 NM_001010908 ENSG00000165985 C1QL3 C1QTNF13|C1ql|CTRP13|K100 complement C1q like 3 protein-coding nan 1.026 0.677 0.036 5.991 0.028 0.047 1.736 3.251 0.016 0.184 0.016 0.035 0.445 0.128 0.145 0.035 0.052 0.126 0.010 0.092 0.701 0.608 5.174 0.071 0.037 0.085 0.046 0.026 0.081 0.048 2.078 0.024 0.045 1.970 0.192 0.055 0.831 0.031 0.050 0.026 0.081 0.050 0.068 0.071 0.065 0.067 0.128 0.107 0.023 5.174 0.014 0.087 0.080 0.115 0.141 0.077 0.305 0.342 0.259 0.279 3.624 3.039 12.075 5.004 0.231 0.174 0.217 0.382 0.472 0.976 0.401 0.553 0.368 0.462 4.375 3.725 2.792 4.259 1.659 0.840 782 chr1 156162023 156165079 + 0 NA promoter-TSS (NR_104408) promoter-TSS (NR_104408) -172 NR_104411 9673 Hs.532375 NM_014655 ENSG00000160785 SLC25A44 - solute carrier family 25 member 44 protein-coding nan nan 4.092 2.621 2.589 1.500 2.787 1.775 2.918 0.628 2.771 2.746 1.294 1.838 5.409 3.027 3.446 0.668 3.084 1.179 3.961 1.604 3.037 1.319 4.245 2.813 2.456 0.934 1.826 1.045 2.923 5.448 2.780 21.079 2.290 3.657 0.650 2.949 0.232 2.763 1.392 2.313 3.051 1.818 2.389 2.012 2.941 1.591 3.349 3.500 1.856 2.656 3.027 3.785 3.448 4.245 2.009 1.491 0.855 7.923 3.136 3.108 1.680 2.268 0.992 1.442 0.879 2.344 2.519 4.078 6.857 6.462 nan 5.858 2.875 2.906 2.999 3.252 4.384 8.099 12.756 5.502 5.324 3.294 4.832 4.740 5.109 4.518 5.579 2.240 1.232 5225 chr18 26722509 26747454 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -977571 NM_001792 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.663 0.868 0.937 0.706 0.483 0.090 0.915 0.090 0.184 0.080 0.351 2.386 0.057 0.056 0.563 0.971 0.185 0.091 0.280 0.114 0.597 0.028 0.180 0.139 0.583 0.166 0.090 0.228 0.395 0.643 0.051 0.053 0.020 1.414 0.585 0.157 0.161 0.053 0.087 0.332 0.113 1.570 1.047 0.572 0.675 0.311 0.092 0.866 0.039 0.254 0.012 0.024 0.971 0.140 0.081 0.583 0.054 0.010 0.041 0.196 0.073 1.036 0.016 0.105 0.217 0.519 0.451 0.425 0.340 0.466 nan 0.949 1.084 7.661 3.780 0.139 0.107 0.147 0.255 1.008 1.420 0.462 0.194 0.066 0.133 0.872 1.162 0.325 0.564 1.747 0.993 8701 chr5 909139 914526 + 0 NA intron (NM_004237, intron 9 of 12) intron (NM_004237, intron 9 of 12) 18863 NM_004237 9319 Hs.436187 NM_004237 ENSG00000071539 TRIP13 16E1BP|MVA3 thyroid hormone receptor interactor 13 protein-coding 0.924 0.710 1.271 0.052 0.206 0.151 1.281 0.799 1.063 1.114 0.740 0.035 0.110 0.230 0.784 0.307 0.059 2.148 1.176 1.486 0.064 0.264 0.256 0.111 0.052 0.052 0.229 0.128 0.078 1.237 2.666 0.261 0.414 0.569 2.115 0.036 0.165 0.130 0.176 0.074 1.990 1.272 0.681 0.020 0.544 0.375 0.390 0.487 1.524 0.015 6.561 0.784 10.982 0.449 0.111 1.464 4.890 0.125 0.498 0.377 0.414 0.055 0.069 0.128 0.203 0.075 0.483 0.640 0.530 nan 0.778 0.823 0.359 0.169 0.181 0.113 0.637 0.889 nan 1.273 nan 0.654 0.162 0.336 0.181 0.205 0.241 0.204 0.567 nan 10111 chr7 1053000 1096206 + 0 NA intron (NM_001134396, intron 2 of 4) L1PREC2|LINE|L1 -6535 NR_134537 84310 Hs.653258 NM_032350 ENSG00000146540 C7orf50 YCR016W chromosome 7 open reading frame 50 protein-coding 1.799 1.212 2.145 0.637 0.538 3.708 0.342 0.387 0.687 0.272 0.847 0.774 0.259 0.279 1.905 0.968 0.347 0.129 0.531 0.123 0.272 0.133 0.345 0.256 2.951 0.477 0.413 0.456 0.689 0.144 0.461 nan 1.143 nan 0.128 0.723 0.071 0.619 0.137 0.210 0.790 0.822 0.248 0.141 0.224 0.349 0.596 0.489 0.756 0.777 0.336 0.443 0.968 0.693 0.734 2.951 0.247 0.415 0.274 0.980 0.946 0.404 0.200 0.552 0.263 0.189 0.108 0.815 1.275 0.803 nan 4.279 3.339 nan 0.311 1.490 1.457 0.756 1.205 nan 1.186 0.471 0.472 0.532 0.829 0.422 0.491 0.975 1.654 0.616 0.464 11531 chr9 35687328 35692363 + 0 NA 5' UTR (NM_001301227, exon 1 of 9) 5' UTR (NM_001301227, exon 1 of 9) 208 NM_001301227 7169 Hs.300772 NM_003289 ENSG00000198467 TPM2 AMCD1|DA1|DA2B|HEL-S-273|NEM4|TMSB tropomyosin 2 protein-coding 1.644 nan 1.513 2.590 0.941 0.429 4.659 0.709 1.214 2.576 4.514 2.810 0.445 2.561 0.297 1.798 3.267 0.511 2.057 1.209 1.631 0.688 0.397 0.380 1.503 4.530 4.684 4.348 1.522 0.686 1.618 4.012 2.614 2.761 1.948 1.367 0.189 3.954 0.070 1.520 0.221 6.536 5.216 2.879 2.444 1.359 1.359 6.226 6.354 8.082 0.502 2.546 1.798 1.792 2.884 1.503 0.467 0.742 0.167 15.458 0.561 3.695 0.628 0.967 4.093 2.608 1.361 1.786 2.964 2.158 2.321 1.776 1.730 2.983 1.020 0.875 0.834 1.070 1.873 1.216 1.547 1.179 1.393 1.262 1.860 0.785 0.597 0.987 2.318 1.412 0.943 10544 chr7 99095768 99105017 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu -1875 NM_001318082 23660 Hs.110839 NM_014569 ENSG00000196652 ZKSCAN5 ZFP-95|ZFP95|ZNF914|ZSCAN37 zinc finger with KRAB and SCAN domains 5 protein-coding nan 1.480 nan 1.950 2.024 1.255 2.105 1.334 2.757 0.696 2.745 1.925 0.436 1.157 2.619 1.455 1.640 0.487 2.311 0.808 1.696 1.249 1.862 1.089 2.626 0.785 0.616 1.556 2.574 0.720 2.173 2.806 3.000 4.818 0.983 1.854 0.531 3.670 0.200 0.855 1.387 3.874 1.878 0.903 1.412 0.872 1.982 2.661 2.421 6.312 1.368 1.603 1.455 3.049 3.720 2.626 1.035 1.715 0.723 3.973 1.684 2.146 1.840 0.734 1.156 2.810 1.612 2.988 3.196 2.579 3.806 3.221 3.097 3.837 1.635 6.389 7.046 2.428 2.976 2.773 3.583 3.411 3.533 2.465 4.577 3.337 3.762 2.596 nan 2.857 1.282 6510 chr2 178351452 178421646 + 0 NA intron (NM_003659, intron 18 of 19) intron (NM_003659, intron 18 of 19) 30975 NM_152517 150737 Hs.447659 NM_152517 ENSG00000196659 TTC30B IFT70|IFT70B|fleer tetratricopeptide repeat domain 30B protein-coding 1.408 1.070 1.680 0.245 0.512 0.375 0.195 0.328 0.600 0.049 0.275 0.198 0.050 0.115 0.199 0.353 0.259 0.067 0.272 0.054 0.132 0.081 0.358 0.303 0.446 0.172 0.164 0.099 0.202 0.048 0.279 0.445 0.225 1.031 0.140 0.275 0.245 0.179 0.087 0.096 0.125 0.225 0.127 0.069 0.152 0.094 0.420 0.194 0.238 0.172 0.081 0.175 0.353 0.193 0.191 0.446 0.117 0.140 0.283 0.202 0.220 0.134 0.124 0.292 0.139 0.063 0.039 0.596 0.742 0.824 1.537 0.638 0.642 1.357 0.589 0.721 0.749 5.235 5.909 1.287 1.558 1.106 0.831 0.277 0.562 0.825 1.015 0.912 1.497 0.539 0.394 3607 chr14 61185452 61192600 + 0 NA intron (NM_017420, intron 1 of 2) CpG 1826 NM_017420 51804 Hs.97849 NM_017420 ENSG00000100625 SIX4 AREC3 SIX homeobox 4 protein-coding nan nan 5.252 3.669 6.026 5.359 1.341 3.314 5.490 1.256 1.479 1.307 3.615 0.687 10.062 4.139 2.794 0.295 3.306 0.718 0.230 1.183 1.158 0.487 7.977 2.943 3.652 0.507 4.139 1.844 2.729 4.850 5.997 8.599 1.845 0.717 0.680 3.406 0.102 1.209 7.517 3.282 3.621 1.879 2.856 1.504 4.245 3.824 1.777 3.758 1.482 1.150 4.139 3.158 2.519 7.977 1.149 1.722 0.938 4.233 1.102 2.562 2.363 0.451 3.381 1.547 0.761 2.328 3.116 3.186 4.502 12.328 10.031 3.100 0.906 nan 8.643 1.827 2.395 5.034 nan 5.497 7.112 2.592 6.908 3.372 2.336 1.099 1.764 1.795 1.038 3648 chr14 67824056 67829573 + 0 NA promoter-TSS (NM_004094) promoter-TSS (NM_004094) -94 NM_015994 51382 Hs.272630 NM_015994 ENSG00000100554 ATP6V1D ATP6M|VATD|VMA8 ATPase H+ transporting V1 subunit D protein-coding nan nan 3.217 3.378 6.541 3.247 2.710 1.811 3.042 1.155 1.764 1.710 1.952 0.803 2.959 4.960 4.008 0.206 1.610 1.033 2.858 1.131 2.047 0.955 2.840 4.698 4.614 1.377 4.763 2.056 4.610 5.947 5.721 7.546 1.587 2.831 0.811 2.777 0.160 1.778 1.786 2.463 3.554 1.824 2.068 3.229 4.025 2.863 1.874 3.324 1.912 2.779 4.960 1.869 3.416 2.840 1.555 1.768 0.809 2.547 1.655 5.238 1.179 0.829 3.670 1.670 1.241 4.334 3.854 6.924 9.731 6.301 7.052 5.372 2.915 nan 15.524 3.420 4.840 6.665 12.721 10.387 10.371 4.641 6.652 6.440 9.143 4.850 3.649 5.124 3.018 781 chr1 156115544 156153602 + 0 NA intron (NM_001193302, intron 8 of 12) HAL1|LINE|L1 11204 NM_001193302 64218 Hs.408846 NM_022367 ENSG00000196189 SEMA4A CORD10|RP35|SEMAB|SEMB semaphorin 4A protein-coding nan nan 1.578 0.121 0.132 0.124 0.681 0.173 0.323 0.030 0.300 0.190 0.376 0.092 0.383 0.602 0.288 0.185 0.398 0.378 0.079 0.099 0.170 0.171 0.258 0.904 0.470 0.085 0.203 0.389 0.462 2.017 0.745 1.803 0.223 0.146 0.030 0.142 0.116 0.319 0.090 0.289 0.097 0.074 0.448 0.658 0.178 0.156 0.915 0.335 0.087 0.244 0.602 1.222 0.148 0.258 0.150 0.089 0.067 0.479 0.150 0.207 0.192 1.641 0.050 0.030 0.023 1.012 1.543 0.641 0.885 0.783 nan 0.854 0.283 0.240 0.291 0.376 0.708 0.828 1.166 0.694 0.418 0.922 0.990 0.180 0.234 2.153 4.254 0.632 0.515 8029 chr3 173842532 173850745 + 0 NA intron (NM_014932, intron 4 of 6) intron (NM_014932, intron 4 of 6) -208052 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 0.988 1.281 0.751 0.323 0.237 0.511 0.173 0.156 0.777 0.024 0.112 0.033 0.309 0.025 0.099 0.297 0.501 0.100 0.077 0.069 0.132 0.764 0.646 0.264 0.017 0.009 0.045 0.157 0.025 0.185 0.603 0.146 0.678 0.089 0.094 0.244 0.079 0.086 0.057 0.023 0.090 0.019 0.026 0.028 0.187 0.084 0.005 0.139 0.057 0.049 0.297 0.086 0.264 0.089 0.056 0.024 0.109 0.019 0.064 0.150 0.027 0.028 0.012 0.303 0.226 0.651 1.099 0.563 0.679 11.319 3.818 0.337 0.372 2.422 2.780 1.013 1.582 0.612 0.328 0.117 0.227 2.163 2.727 0.468 0.952 1.337 1.064 3015 chr12 122427683 122433520 + 0 NA intron (NM_144668, intron 19 of 21) AluJb|SINE|Alu -29191 NM_020993 605 Hs.530970 NM_020993 ENSG00000110987 BCL7A BCL7 BCL tumor suppressor 7A protein-coding 1.101 1.077 0.954 0.604 0.119 0.058 5.357 0.164 0.183 0.098 0.317 0.119 0.032 0.033 0.216 0.264 0.128 0.056 1.678 1.460 0.064 0.118 0.058 0.125 0.144 2.575 2.805 0.241 2.302 3.696 2.235 3.431 3.093 0.509 1.428 0.121 0.214 0.176 0.062 2.697 0.109 0.536 1.695 0.895 1.572 4.296 0.132 2.876 0.493 3.015 0.191 0.337 0.264 2.775 8.090 0.144 0.127 0.240 0.084 0.826 0.275 1.758 3.188 0.445 0.661 0.621 0.225 0.138 0.097 0.244 0.374 0.397 nan 0.468 0.279 0.219 0.204 0.286 0.548 0.696 0.736 0.478 0.112 0.148 0.827 1.191 1.494 4.476 1.069 0.775 9323 chr5 169073221 169081325 + 0 NA intron (NM_004946, intron 1 of 51) intron (NM_004946, intron 1 of 51) 13022 NM_004946 1794 Hs.586174 NM_004946 ENSG00000134516 DOCK2 IMD40 dedicator of cytokinesis 2 protein-coding nan 0.710 1.319 0.026 0.048 0.031 0.796 0.119 0.124 0.434 0.939 0.024 0.066 0.085 0.128 0.098 0.106 0.140 0.047 0.031 0.029 1.942 1.045 0.054 0.100 0.052 0.050 0.089 0.043 0.863 0.180 0.054 0.035 0.027 0.057 1.659 0.029 1.818 0.164 0.144 0.499 0.085 0.023 16.155 0.090 0.643 0.039 0.074 0.085 0.059 0.022 0.029 0.087 0.030 0.096 0.229 0.036 0.081 0.037 0.045 0.255 0.043 0.038 0.219 0.238 0.233 0.459 0.190 0.262 0.092 0.045 0.149 0.174 0.265 0.418 0.171 0.213 0.356 0.266 0.144 0.226 0.285 0.690 0.202 0.407 0.809 0.526 1950 chr11 57433628 57441990 + 0 NA intron (NM_015457, intron 1 of 11) AluSx|SINE|Alu 2335 NM_015457 25921 Hs.27239 NM_015457 ENSG00000156599 ZDHHC5 DHHC5|ZNF375 zinc finger DHHC-type containing 5 protein-coding 2.546 2.576 1.815 2.630 3.516 2.247 2.119 1.570 3.422 2.018 2.843 3.419 2.452 1.479 2.231 1.822 1.654 0.165 2.342 0.795 2.571 1.530 1.360 0.707 2.646 1.492 1.782 1.664 2.443 1.312 2.995 3.756 4.899 6.696 1.325 1.843 0.683 2.994 0.190 1.000 1.053 3.337 2.998 1.258 1.687 1.748 4.863 2.526 3.057 2.545 1.484 1.491 1.822 2.971 1.837 2.646 0.758 1.535 1.070 2.161 1.093 2.319 1.430 0.931 1.897 1.247 0.764 5.374 5.950 5.483 7.196 5.411 5.859 4.777 3.181 8.927 9.556 3.366 3.784 5.214 7.200 4.395 4.383 4.727 6.717 3.663 4.506 2.939 3.604 2.286 1.331 6987 chr20 42831065 42850663 + 0 NA intron (NR_038337, intron 1 of 2) intron (NR_038337, intron 1 of 2) 1138 NR_038337 100505783 Hs.159049 NR_038337 ENSG00000223891 OSER1-DT OSER1-AS1 OSER1 divergent transcript ncRNA nan nan 1.523 2.967 1.686 0.173 1.108 0.452 0.977 1.441 1.570 1.077 0.494 0.322 0.662 0.933 1.687 0.194 2.131 0.700 1.626 0.453 0.553 0.219 0.781 0.877 0.738 0.529 1.399 0.645 1.319 1.897 1.636 1.971 0.876 2.465 0.029 0.737 0.139 0.681 0.898 3.223 1.179 0.631 0.836 1.011 2.835 1.362 1.043 0.900 0.624 1.845 0.933 2.570 3.959 0.781 1.060 1.609 0.344 1.506 0.311 1.407 0.449 0.419 1.373 1.402 1.037 1.987 1.988 2.008 3.715 1.637 1.559 nan 1.835 2.335 2.537 1.396 1.777 2.035 3.562 nan 1.821 0.959 1.872 0.305 0.673 1.541 1.833 0.642 0.465 10713 chr7 141107409 141139601 + 0 NA intron (NM_001195278, intron 2 of 3) intron (NM_001195278, intron 2 of 3) -127573 NM_018238 55750 Hs.743318 NM_018238 ENSG00000006530 AGK CATC5|CTRCT38|MTDPS10|MULK acylglycerol kinase protein-coding 0.880 0.579 0.759 0.058 1.399 3.202 0.026 0.239 0.404 0.018 0.051 0.060 0.016 0.099 2.901 0.353 0.129 0.065 0.033 0.029 0.015 0.022 1.142 0.286 1.041 0.028 0.018 0.034 0.106 0.003 0.055 0.096 0.139 8.297 0.023 0.059 0.130 0.097 0.148 0.007 0.091 0.160 0.024 0.017 0.024 0.038 0.060 0.145 0.050 0.031 0.022 0.035 0.353 0.073 0.025 1.041 0.011 0.075 0.142 0.068 0.254 0.025 0.052 0.044 0.014 0.032 0.019 0.451 0.421 0.127 0.190 1.127 1.139 2.542 0.615 0.446 0.435 0.531 0.834 0.665 0.894 0.351 0.214 0.291 0.351 0.494 0.492 0.145 0.255 1.751 nan 5748 chr19 47273220 47306109 + 0 NA intron (NM_005628, intron 1 of 7) intron (NM_005628, intron 1 of 7) 881 NM_001145144 6510 Hs.631582 NM_005628 ENSG00000105281 SLC1A5 AAAT|ASCT2|ATBO|M7V1|M7VS1|R16|RDRC solute carrier family 1 member 5 protein-coding 2.172 1.833 1.426 1.736 2.996 2.333 1.081 0.472 0.814 1.140 2.055 1.797 0.300 0.583 2.393 1.200 1.172 0.304 1.116 0.311 0.504 0.470 0.616 0.202 1.452 0.452 0.449 0.754 1.144 0.440 1.932 nan 2.995 2.766 0.448 0.911 0.062 2.014 0.160 0.872 0.511 2.085 1.059 0.502 0.773 0.364 1.906 0.975 2.074 0.824 1.045 0.805 1.200 1.043 1.010 1.452 1.026 1.086 0.414 1.028 0.691 0.521 0.623 0.777 0.666 1.488 1.291 1.110 1.349 0.559 0.883 1.288 1.348 1.400 0.512 3.450 3.681 1.499 1.998 3.446 3.748 1.320 1.518 1.064 1.803 0.274 0.442 1.475 3.439 1.276 0.757 11272 chr8 126227946 126235505 + 0 NA intron (NM_173685, intron 5 of 7) intron (NM_173685, intron 5 of 7) 127660 NM_001349485 286053 Hs.388297 NM_173685 ENSG00000156831 NSMCE2 C8orf36|MMS21|NSE2|ZMIZ7 NSE2 (MMS21) homolog, SMC5-SMC6 complex SUMO ligase protein-coding nan nan nan 3.534 0.267 0.088 2.240 0.277 0.610 2.505 1.657 2.558 1.084 0.281 0.176 0.277 3.677 0.181 1.662 0.993 2.016 0.823 0.020 0.085 0.254 2.159 1.225 0.287 1.862 1.594 0.969 1.944 2.258 nan 1.995 0.551 0.051 0.101 0.072 0.893 0.167 0.708 0.233 0.245 2.015 1.564 3.997 2.005 1.718 0.662 0.658 2.776 0.277 1.827 8.118 0.254 0.583 1.765 0.025 0.062 0.216 1.150 0.716 0.368 0.514 0.960 0.803 0.377 0.240 0.940 1.580 0.532 0.510 0.545 0.213 nan nan 1.772 2.374 0.241 0.317 0.483 0.351 0.568 0.515 0.136 0.192 0.464 1.795 0.395 0.351 9867 chr6 118717239 118724789 + 0 NA Intergenic Intergenic -101522 NR_002730 23629 Hs.648050 NR_002730 BRD7P3 BP75 bromodomain containing 7 pseudogene 3 pseudo nan 2.646 nan 0.048 0.706 8.033 0.188 0.128 0.256 0.223 0.242 0.078 0.306 1.187 0.160 0.129 0.084 0.025 0.042 0.036 0.378 0.185 0.111 0.064 0.010 0.035 0.055 0.155 0.094 5.103 0.040 0.580 0.013 0.058 0.158 0.085 0.073 0.008 0.020 0.044 0.030 0.141 0.131 0.086 0.056 0.017 0.052 1.187 0.056 0.025 0.111 0.097 0.022 0.117 0.062 0.305 0.125 0.027 0.051 0.030 0.031 0.014 0.467 0.342 0.418 0.429 0.641 nan nan 0.110 0.326 0.246 0.366 nan 1.076 1.404 0.517 0.331 0.086 0.172 0.132 0.318 0.153 nan 1.033 0.839 5578 chr19 18260382 18272849 + 0 NA non-coding (NR_073517, exon 2 of 16) non-coding (NR_073517, exon 2 of 16) 2627 NM_005027 5296 Hs.371344 NM_005027 ENSG00000105647 PIK3R2 MPPH|MPPH1|P85B|p85|p85-BETA phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 2 protein-coding 4.800 2.322 4.814 0.897 3.067 3.255 0.880 1.570 2.813 0.678 1.217 1.042 0.373 1.162 1.415 2.217 0.810 0.219 1.410 0.395 2.290 0.388 2.253 0.986 2.041 1.237 1.311 1.287 1.258 0.306 1.311 nan 0.974 4.735 0.351 1.467 1.427 1.967 0.111 0.428 0.431 1.803 1.549 0.858 0.665 0.549 1.666 0.940 2.106 3.682 1.192 0.873 2.217 1.433 1.553 2.041 0.551 0.852 1.540 2.640 2.626 2.502 0.398 1.455 0.995 0.467 0.280 1.411 1.884 2.127 2.999 4.527 3.855 5.962 2.625 3.270 3.586 4.770 5.927 4.295 7.847 5.319 5.796 0.840 1.174 4.369 3.733 4.780 4.400 4.608 1.878 5327 chr18 47606809 47627378 + 0 NA intron (NM_001080467, intron 1 of 39) intron (NM_001080467, intron 1 of 39) 35840 NR_036204 100422865 NR_036204 ENSG00000283343 MIR4320 - microRNA 4320 ncRNA nan 1.052 1.113 1.157 0.345 0.325 0.552 0.201 0.351 0.014 0.064 0.067 0.009 0.082 0.986 0.408 0.072 0.055 0.191 0.093 0.021 0.104 0.061 0.211 0.320 0.141 0.011 0.285 1.001 0.220 0.777 0.164 2.030 0.271 0.070 0.781 0.059 0.080 0.133 0.750 0.068 0.056 0.015 1.305 0.412 0.556 0.127 0.036 0.014 0.050 0.207 0.408 0.278 0.105 0.211 0.106 0.160 0.075 0.020 0.049 0.135 0.058 0.163 0.092 0.028 0.012 0.447 0.351 0.323 0.490 0.590 0.651 0.250 0.165 0.236 0.211 0.304 0.444 1.137 1.736 0.373 0.160 0.227 0.367 2.814 5.283 0.190 nan 1.400 1.301 11315 chr8 134216379 134266066 + 0 NA non-coding (NR_037944, exon 3 of 3) non-coding (NR_037944, exon 3 of 3) 37940 NM_001204870 8840 Hs.492974 NM_003882 ENSG00000104415 WISP1 CCN4|WISP1-OT1|WISP1-UT1|WISP1c|WISP1i|WISP1tc WNT1 inducible signaling pathway protein 1 protein-coding nan 1.174 1.998 0.072 1.252 0.560 0.867 0.254 0.399 0.514 0.339 0.113 0.269 0.812 0.508 0.176 0.113 0.091 0.472 0.297 0.145 0.034 0.170 0.120 0.455 0.195 0.112 0.090 0.319 0.399 0.673 5.736 1.231 3.706 0.544 0.068 0.034 0.024 0.081 0.399 0.074 0.367 0.151 0.136 0.947 0.155 0.580 0.664 0.299 0.053 0.269 1.433 0.176 1.055 0.572 0.455 0.116 1.915 0.342 0.290 0.815 0.092 0.223 0.711 0.185 1.307 1.358 0.296 0.232 0.223 0.399 0.749 0.773 1.846 0.612 nan 1.054 0.225 0.398 1.804 1.445 1.103 1.331 0.265 0.446 0.293 0.220 0.534 1.488 0.699 0.571 8268 chr4 11691899 11705042 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 72622 NR_146995 105374484 Hs.581972 NR_146995 ENSG00000248300 LINC02360 - long intergenic non-protein coding RNA 2360 ncRNA nan nan nan 0.209 0.201 0.017 3.030 0.098 0.114 0.390 0.547 0.736 0.208 0.031 0.178 0.360 0.058 0.123 2.915 2.182 0.024 0.010 0.131 0.113 0.137 2.875 2.205 0.028 2.037 2.422 1.350 2.981 0.661 0.303 1.748 0.033 0.022 0.033 0.055 1.060 0.042 1.181 0.082 0.060 2.955 0.960 1.460 1.064 0.074 0.033 0.042 0.485 0.360 1.218 0.035 0.137 0.968 0.120 0.022 0.027 0.023 1.055 0.008 0.047 0.534 0.018 0.020 0.389 0.213 0.309 0.754 0.256 0.239 0.414 0.143 0.272 0.255 0.248 0.417 0.266 0.266 0.417 0.134 0.151 0.183 0.127 0.242 0.090 0.119 nan 0.485 8486 chr4 99573599 99583013 + 0 NA intron (NM_005723, intron 1 of 7) intron (NM_005723, intron 1 of 7) 1506 NM_005723 10098 Hs.118118 NM_005723 ENSG00000168785 TSPAN5 NET-4|NET4|TM4SF9|TSPAN-5 tetraspanin 5 protein-coding 1.954 0.936 3.552 1.243 0.948 0.065 5.099 0.137 0.287 0.152 0.635 1.652 1.419 0.096 0.322 2.477 1.023 0.136 2.168 0.924 1.217 0.116 0.154 0.064 2.220 1.949 0.366 4.070 1.910 2.533 3.797 1.944 2.755 2.085 0.080 0.271 0.126 0.072 1.693 0.262 3.285 0.454 0.355 2.457 1.474 1.265 0.962 0.623 1.632 1.525 0.388 2.477 1.434 4.563 0.064 0.078 0.856 0.487 0.895 0.378 1.988 0.283 0.937 2.255 1.931 2.455 1.769 2.392 0.685 1.239 2.000 1.280 0.101 0.045 0.652 0.683 1.249 1.822 0.994 1.348 1.783 2.370 0.620 1.599 0.695 0.938 1.485 2.596 0.093 0.218 1890 chr11 34605938 34613383 + 0 NA Intergenic Intergenic -32928 NM_012153 26298 Hs.653859 NM_012153 ENSG00000135373 EHF ESE3|ESE3B|ESEJ ETS homologous factor protein-coding 0.651 1.311 nan 0.976 0.189 0.105 0.688 0.324 0.596 0.219 1.245 1.451 0.025 0.013 0.116 0.379 0.201 0.108 0.299 0.177 0.085 0.037 0.183 0.184 1.084 0.676 0.108 0.050 0.570 0.580 0.520 1.595 0.446 1.523 0.098 4.527 0.014 0.126 0.236 0.032 0.558 0.305 0.271 0.556 0.052 1.257 0.606 3.132 0.019 0.954 0.653 0.379 0.134 0.063 1.084 0.462 0.511 0.017 0.847 0.031 0.438 0.096 0.016 0.345 0.124 0.068 1.235 1.279 6.985 6.163 0.401 0.724 2.934 0.797 0.662 0.732 0.344 0.550 0.348 0.322 0.469 0.173 0.573 0.721 0.185 0.237 0.135 nan 0.717 0.622 8723 chr5 3738427 3743693 + 0 NA Intergenic Intergenic 144892 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.442 0.734 0.719 0.042 0.167 0.011 0.217 0.062 0.171 0.044 0.017 0.037 0.114 0.442 0.125 0.123 0.098 0.077 0.037 0.053 0.097 0.172 0.159 0.013 0.027 0.374 2.010 4.669 0.185 0.390 0.083 0.101 0.020 0.043 0.044 0.099 0.045 0.044 0.003 0.058 0.182 0.114 0.046 0.026 1.292 0.442 0.123 0.053 0.159 0.023 0.181 0.011 0.013 0.015 0.094 0.093 0.160 0.022 0.019 0.648 0.523 8.818 7.265 0.538 0.541 0.062 0.067 0.074 0.091 0.204 0.281 nan 0.146 nan 0.392 0.295 0.305 0.008 0.066 0.093 0.070 0.326 nan 6281 chr2 102076678 102093823 + 0 NA intron (NM_001145664, intron 1 of 11) intron (NM_001145664, intron 1 of 11) 5915 NM_001145664 731220 Hs.662488 NM_207403 ENSG00000196460 RFX8 - RFX family member 8, lacking RFX DNA binding domain protein-coding 0.829 nan 0.567 0.214 0.034 0.048 1.776 0.112 0.225 0.022 1.387 2.518 0.003 0.035 0.052 0.187 1.684 0.256 0.238 0.233 0.047 0.016 0.037 0.092 0.079 0.314 0.113 0.185 0.099 0.068 0.140 0.431 0.111 1.166 0.068 0.323 0.017 0.107 0.085 2.058 0.230 0.333 0.169 0.096 0.240 0.059 0.129 9.705 0.182 0.245 0.088 0.240 0.187 0.075 0.054 0.079 0.021 0.158 0.090 0.588 0.030 0.086 0.058 0.075 2.507 0.947 0.822 0.257 0.234 0.210 0.351 0.942 1.104 0.137 0.085 0.464 0.509 0.164 0.306 0.492 0.664 0.544 0.387 0.331 0.346 0.047 0.041 0.245 0.330 0.165 0.255 10193 chr7 16455609 16462380 + 0 NA intron (NM_001101426, intron 1 of 9) LTR8|LTR|ERV1 1953 NM_001101426 729920 Hs.636502 NM_001101417 ENSG00000214960 ISPD MDDGA7|MDDGC7|Nip|hCG_1745121|hISPD isoprenoid synthase domain containing protein-coding nan 2.972 nan 6.088 1.125 0.091 1.821 1.208 1.764 2.616 2.939 2.425 3.911 1.093 0.393 1.833 1.975 0.311 1.733 0.512 1.223 0.592 1.227 0.563 2.636 2.547 3.331 0.054 6.601 1.743 2.446 3.858 4.822 3.239 1.424 2.074 0.043 3.225 0.130 2.118 1.359 3.252 1.209 0.610 1.017 2.667 5.172 4.062 2.080 1.847 1.369 0.570 1.833 2.246 4.157 2.636 1.047 1.521 0.645 2.750 2.404 2.615 0.965 0.252 4.182 1.514 0.988 nan 3.500 0.773 2.227 3.890 3.559 0.105 0.067 4.184 4.567 1.842 2.705 2.745 4.066 2.288 2.759 1.559 2.868 0.731 0.456 1.585 2.067 2.059 1.346 872 chr1 171105852 171122174 + 0 NA intron (NR_002601, intron 1 of 6) MLT1J|LTR|ERVL-MaLR 7134 NR_002601 388714 Hs.448988 NR_002601 ENSG00000117507 FMO6P FMO6 flavin containing monooxygenase 6 pseudogene pseudo nan nan nan 0.088 0.509 4.365 0.039 1.161 2.316 0.012 0.062 0.067 0.012 0.055 2.012 0.642 3.392 0.406 0.052 0.020 0.025 0.220 0.211 1.016 0.047 0.017 0.009 0.083 0.006 0.070 0.110 0.364 1.128 0.036 0.110 0.172 0.064 0.123 0.036 0.054 0.034 0.014 0.047 0.028 0.071 0.098 0.070 0.017 0.034 0.048 0.642 0.101 0.062 1.016 0.022 0.051 0.030 0.039 0.038 0.029 0.267 1.220 0.083 0.032 0.009 0.487 0.324 0.801 0.950 nan 3.846 0.658 0.301 0.269 0.289 0.236 0.306 1.667 1.983 0.616 0.433 0.492 1.100 1.089 0.629 1.214 nan 1.477 0.856 8801 chr5 17985160 17999498 + 0 NA Intergenic Intergenic 184946 NR_134287 646241 Hs.407197 NR_134286 LINC02223 - long intergenic non-protein coding RNA 2223 ncRNA nan nan nan 0.071 0.134 0.023 0.248 0.827 1.556 0.108 0.162 0.021 0.063 0.087 0.622 0.213 0.167 0.136 0.027 0.084 0.068 5.519 3.488 0.083 0.029 0.015 0.010 0.099 0.007 0.120 0.238 0.206 nan 0.112 0.478 0.824 0.045 0.083 0.031 0.011 0.058 0.046 0.016 0.061 0.017 0.107 0.028 0.131 0.015 0.077 0.046 0.622 0.055 0.032 0.083 0.222 0.076 0.202 0.041 0.284 0.072 0.035 0.200 0.047 0.019 0.025 0.392 0.318 0.335 0.269 0.798 1.152 8.353 5.027 0.122 0.115 nan 3.891 0.204 0.246 0.732 0.427 0.100 0.245 5.049 5.156 0.503 nan 5.854 2.917 1146 chr1 223814790 223860263 + 0 NA intron (NM_001143962, intron 2 of 16) L2c|LINE|L2 15910 NM_001143962 388743 Hs.291487 NM_001143962 ENSG00000203697 CAPN8 nCL-2 calpain 8 protein-coding 0.885 nan 0.993 0.478 0.139 0.110 2.488 0.211 0.438 0.029 0.082 0.069 0.023 0.154 0.155 1.405 0.103 0.134 0.768 0.388 0.036 0.021 0.176 0.172 0.110 0.560 0.246 0.035 0.801 0.642 2.649 8.392 1.104 0.871 0.858 0.101 0.040 0.063 0.088 0.049 0.048 0.144 0.050 0.036 1.767 0.651 1.004 0.205 0.140 0.039 0.313 1.212 1.405 0.600 0.621 0.110 0.535 0.601 0.060 0.073 1.151 0.462 0.026 0.149 0.081 0.037 0.025 0.495 0.448 0.606 0.945 0.800 nan 0.541 0.190 0.447 0.426 0.287 0.538 1.613 1.685 0.447 0.307 0.119 0.180 0.213 0.258 0.330 0.778 2.390 1.350 89 chr1 11739684 11753873 + 0 NA intron (NM_001127325, intron 1 of 8) intron (NM_001127325, intron 1 of 8) 4900 NM_001127325 10459 Hs.19400 NM_006341 ENSG00000116670 MAD2L2 FANCV|MAD2B|POLZ2|REV7 mitotic arrest deficient 2 like 2 protein-coding 3.243 2.347 nan 0.373 2.817 2.454 0.211 1.142 2.174 0.142 0.437 0.316 0.079 0.197 1.368 2.705 0.841 0.287 0.364 0.146 0.382 0.263 0.567 0.346 1.069 0.445 0.204 0.569 0.283 0.066 0.749 1.252 0.267 4.999 0.113 0.238 0.351 0.979 0.152 0.266 0.263 0.611 0.361 0.170 0.146 0.048 0.216 0.654 0.521 1.256 0.452 0.243 2.705 0.365 0.677 1.069 0.069 0.210 1.261 1.792 0.493 0.290 0.376 0.374 0.588 0.290 0.183 2.369 2.550 1.794 2.462 7.839 6.598 3.193 1.145 1.257 nan 0.949 nan 5.786 9.004 nan 0.935 0.980 1.329 1.278 1.485 1.738 2.882 0.741 0.627 8058 chr3 178249566 178268085 + 0 NA intron (NR_126560, intron 5 of 7) intron (NR_126560, intron 5 of 7) 4739 NM_181361 10242 Hs.478368 NM_005832 ENSG00000197584 KCNMB2 - potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 2 protein-coding 2.283 2.347 1.182 0.115 1.160 0.060 0.040 3.881 6.879 0.005 0.168 0.099 0.040 0.059 0.759 0.546 0.379 0.138 0.106 0.010 0.033 0.030 3.963 2.535 1.464 0.030 0.027 0.031 0.099 0.012 0.078 0.148 0.146 2.173 0.031 0.087 1.132 0.147 0.074 1.111 0.146 0.024 0.017 0.042 0.046 0.137 0.081 0.022 0.028 0.038 0.050 0.546 0.038 0.050 1.464 0.033 0.053 0.168 0.040 0.495 0.021 0.132 0.148 0.016 0.025 0.005 0.390 0.368 0.754 0.706 3.610 3.385 9.095 5.010 0.236 0.306 0.692 0.918 1.761 2.212 0.865 0.533 0.273 0.443 5.267 4.832 0.373 0.636 2.573 1.636 988 chr1 194441584 194450361 + 0 NA Intergenic Intergenic 1172097 NR_125789 101929184 Hs.146728 NR_125789 ENSG00000232077 LINC01031 TCONS_00000361 long intergenic non-protein coding RNA 1031 ncRNA 0.838 nan 0.953 0.042 0.152 0.007 0.061 0.127 0.182 0.011 0.098 0.094 0.007 0.081 0.070 0.402 0.130 0.117 0.108 0.028 0.107 0.167 0.082 0.008 0.008 0.134 0.146 0.060 0.084 0.181 0.096 0.258 0.067 0.098 0.087 0.157 0.026 0.018 0.021 0.007 0.009 0.049 0.026 0.073 0.041 0.037 0.065 0.018 0.045 0.402 0.130 0.082 0.056 0.047 0.044 0.013 0.023 0.017 0.034 0.028 0.035 0.007 0.006 0.485 0.246 0.416 0.754 0.280 0.430 0.152 0.096 0.324 0.446 5.397 nan 0.285 0.398 0.392 0.168 0.072 0.090 0.575 0.473 0.175 0.353 0.287 0.254 4342 chr16 46432224 46435960 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 168917 NR_026556 124149 Hs.97414 NM_001004299 ANKRD26P1 - ankyrin repeat domain 26 pseudogene 1 pseudo 44.561 43.635 45.871 5.129 14.622 1.850 1.992 17.885 29.885 4.080 11.806 3.906 2.453 8.405 4.294 14.030 17.223 68.396 4.928 2.638 3.009 6.793 9.576 16.960 5.900 0.617 5.727 0.769 11.364 0.883 8.477 1.630 9.381 38.218 6.837 10.259 4.675 4.906 19.162 2.152 5.972 4.163 6.691 3.992 3.928 11.682 10.310 16.984 4.933 3.451 2.093 4.145 14.030 4.360 3.528 5.900 2.792 2.783 2.352 1.173 5.604 3.540 3.756 7.092 2.439 3.275 2.597 23.770 10.152 4.956 5.781 13.263 18.913 5.910 5.360 19.997 16.237 12.000 17.036 23.346 24.175 43.093 13.648 5.836 13.520 8.600 15.124 17.171 26.238 9.122 14.755 11730 chr9 116101348 116113121 + 0 NA Intergenic Intergenic -4578 NM_001317944 54836 Hs.614517 NM_017688 ENSG00000119411 BSPRY - B-box and SPRY domain containing protein-coding 1.169 1.929 nan 1.022 3.610 1.766 3.098 0.615 1.133 0.373 0.539 0.459 0.345 0.324 1.224 1.153 0.325 0.192 2.867 1.474 0.138 0.153 0.689 0.444 2.140 0.846 0.474 0.317 2.705 0.369 1.469 nan 1.982 9.267 1.452 0.415 0.250 0.442 0.074 0.160 0.377 0.431 0.267 0.326 1.019 0.397 1.897 0.273 0.671 1.109 0.501 1.661 1.153 3.865 0.547 2.140 0.280 0.786 0.216 0.753 1.850 0.307 0.410 0.497 0.188 0.184 0.113 0.647 1.027 1.238 1.830 2.429 2.397 2.088 0.674 1.576 1.663 0.494 0.737 3.625 nan 1.623 1.282 0.594 1.099 1.746 1.728 0.854 2.379 nan 1.103 10229 chr7 22892956 22905101 + 0 NA intron (NR_146320, intron 3 of 4) intron (NR_146320, intron 3 of 4) 2796 NR_003075 692210 NR_003075 ENSG00000221740 SNORD93 HBII-336 small nucleolar RNA, C/D box 93 snoRNA 2.563 1.247 2.044 1.473 0.414 0.037 2.333 0.299 0.714 2.045 6.303 2.759 0.144 0.180 0.154 0.643 2.521 0.383 1.769 0.812 3.626 1.575 0.428 0.328 0.299 3.957 4.078 0.970 3.565 1.532 2.771 5.758 3.836 1.101 1.613 4.946 0.298 1.116 0.193 3.127 0.479 6.315 2.566 1.284 1.675 1.190 1.285 3.739 1.585 1.840 1.234 2.254 0.643 2.340 8.775 0.299 2.259 0.392 0.320 3.269 0.551 3.737 0.105 1.371 2.952 2.627 3.051 0.937 0.634 1.000 nan 0.718 0.748 1.197 0.510 3.268 3.215 2.009 2.952 1.448 1.850 1.907 2.056 0.397 0.662 1.557 1.141 2.616 nan 1.361 0.925 10026 chr6 153425620 153494514 + 0 NA Intergenic (CATA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -7678 NM_012419 26575 Hs.166313 NM_012419 ENSG00000091844 RGS17 RGS-17|RGSZ2|hRGS17 regulator of G protein signaling 17 protein-coding nan 1.960 1.214 0.090 1.101 0.633 0.473 0.293 0.581 0.036 0.258 0.382 0.013 0.517 0.277 0.453 0.125 0.064 0.345 0.228 0.206 0.077 0.322 0.267 0.930 0.915 0.622 0.023 0.328 0.135 2.125 nan 0.776 1.353 0.241 0.217 0.074 0.079 0.112 0.304 0.023 0.223 0.079 0.068 0.612 0.362 0.139 0.646 0.418 0.683 0.113 0.283 0.453 0.122 0.354 0.930 0.158 0.052 0.078 0.344 0.699 0.353 0.029 0.212 0.137 0.068 0.061 0.380 0.290 0.232 0.359 1.129 nan 4.400 1.307 0.146 0.134 0.135 0.239 1.890 1.745 0.935 0.676 0.098 0.154 0.613 0.766 0.406 nan 1.088 0.691 1454 chr10 43817418 43845140 + 0 NA Intergenic HERV16-int|LTR|ERVL -35813 NM_001184963 53828 Hs.130497 NM_173160 ENSG00000150201 FXYD4 CHIF FXYD domain containing ion transport regulator 4 protein-coding 0.678 nan 0.681 0.246 0.181 0.019 1.521 0.164 0.214 0.037 0.140 0.069 0.067 0.040 0.196 0.156 0.084 0.098 0.497 0.413 0.069 0.017 0.067 0.063 0.060 1.825 1.330 0.028 0.921 0.734 0.415 1.811 1.178 0.254 0.158 0.087 0.020 0.078 0.082 0.345 0.059 0.321 0.120 0.159 1.131 1.363 0.152 0.141 3.849 0.097 3.404 0.647 0.156 1.536 0.170 0.060 0.153 0.332 0.022 0.136 0.033 0.975 0.035 0.679 0.058 0.026 0.015 0.352 0.269 0.212 0.310 0.213 0.231 0.636 0.215 0.172 0.174 0.104 0.170 0.129 0.136 0.263 0.163 0.133 0.130 0.059 0.073 0.733 1.273 0.247 0.253 8528 chr4 120271871 120278979 + 0 NA Intergenic Intergenic -32109 NM_000134 2169 Hs.282265 NM_000134 ENSG00000145384 FABP2 FABPI|I-FABP fatty acid binding protein 2 protein-coding 1.160 2.274 nan 0.092 2.630 0.332 0.150 0.538 0.853 0.014 0.086 0.052 0.009 0.098 0.124 0.142 0.245 0.043 0.075 0.044 0.039 0.929 0.645 4.253 0.020 0.010 0.010 0.092 0.029 0.097 0.208 0.119 1.725 0.121 0.083 2.089 0.030 0.092 0.017 0.759 0.090 0.014 0.011 0.030 0.078 0.034 0.128 0.077 0.020 0.033 0.104 0.142 0.039 0.039 4.253 0.172 0.128 0.920 0.016 0.957 10.096 0.087 0.008 1.969 2.084 4.935 2.802 3.653 4.433 8.027 2.504 0.152 0.130 0.472 0.916 0.794 1.012 1.602 1.194 4.773 7.342 7.202 8.877 0.254 0.593 3.398 1.616 6969 chr20 36496904 36515649 + 0 NA Intergenic Intergenic -25223 NM_080607 128434 Hs.517029 NM_080607 ENSG00000132821 VSTM2L C20orf102|dJ1118M15.2 V-set and transmembrane domain containing 2 like protein-coding 1.074 1.131 0.727 0.084 0.458 0.100 0.091 0.290 0.577 0.041 0.120 0.198 0.020 0.037 3.243 0.495 0.117 0.121 0.153 0.020 0.032 0.059 0.417 0.172 1.007 0.067 0.046 0.066 0.076 0.022 0.114 nan 0.146 1.846 0.023 0.103 0.030 0.110 0.095 0.006 0.164 0.196 0.050 0.036 0.081 0.052 0.077 0.466 0.122 0.090 0.072 0.116 0.495 0.144 0.069 1.007 0.078 0.057 0.217 0.189 0.135 0.089 0.100 0.475 0.056 0.020 0.016 0.685 0.683 0.207 0.238 0.564 nan 2.182 0.551 0.321 0.369 0.306 0.595 0.355 0.587 0.839 0.660 0.413 0.518 0.317 0.257 0.871 nan 0.790 0.507 8661 chr4 184013969 184024260 + 0 NA non-coding (NR_024008, exon 1 of 1) non-coding (NR_024008, exon 1 of 1) 1238 NR_024008 152641 Hs.745108 NM_153008 ENSG00000251359 WWC2-AS2 C4orf38 WWC2 antisense RNA 2 ncRNA nan 0.831 nan 2.912 0.078 0.166 1.183 0.186 0.407 2.308 2.661 0.525 7.249 0.075 0.173 0.709 0.073 0.078 2.229 0.670 2.050 0.781 0.259 0.106 0.546 0.966 1.197 1.584 2.450 0.707 1.911 1.600 1.292 0.847 0.556 0.610 0.037 3.256 0.133 0.812 0.222 1.647 3.924 1.880 0.995 0.288 0.862 2.623 1.764 1.884 1.315 1.504 0.709 3.069 1.005 0.546 0.802 1.157 0.009 1.678 0.296 1.115 0.536 0.107 1.121 0.985 0.604 0.810 0.879 2.887 4.776 0.878 0.709 0.375 0.165 0.514 0.523 0.072 0.134 0.642 1.290 0.630 0.642 0.880 1.759 0.215 0.191 0.337 0.460 0.393 0.330 3960 chr15 54123272 54131435 + 0 NA Intergenic Intergenic -72278 NR_102334 256764 Hs.122125 NM_182758 ENSG00000166415 WDR72 AI2A3 WD repeat domain 72 protein-coding 0.773 0.797 0.866 0.150 1.005 3.089 0.017 0.490 1.222 0.012 0.059 0.011 0.030 0.198 0.711 0.538 0.091 0.039 0.071 0.556 0.810 0.459 2.975 0.033 0.068 0.227 0.053 4.277 0.067 2.030 0.013 0.069 0.044 0.054 0.019 0.053 0.019 0.035 0.090 1.463 0.026 0.087 0.611 0.538 0.060 0.046 2.975 0.240 0.260 0.061 0.058 0.912 0.020 0.036 0.044 0.009 0.014 0.240 0.118 0.262 0.242 0.893 1.148 0.284 0.089 0.240 0.292 0.595 1.082 3.379 5.626 0.482 0.272 0.077 0.180 7.179 6.589 0.214 0.306 2.787 1.248 7717 chr3 106438448 106469448 + 0 NA Intergenic Intergenic 505537 NR_028303 100302640 Hs.648607 NR_028303 ENSG00000242759 LINC00882 - long intergenic non-protein coding RNA 882 ncRNA nan nan 0.741 4.271 0.084 0.022 0.568 0.192 0.379 0.083 0.186 0.957 0.018 0.013 0.069 0.249 0.363 0.140 0.249 0.128 0.451 0.022 0.066 0.130 0.249 0.326 0.096 0.030 0.840 0.326 0.089 0.114 0.095 0.198 0.379 0.083 0.016 0.060 0.090 0.301 0.095 0.452 0.183 0.153 0.306 0.051 0.187 0.849 0.053 0.021 0.008 0.075 0.249 0.076 0.090 0.249 0.051 0.045 0.032 0.096 0.023 0.416 0.020 0.177 0.307 0.860 0.955 0.324 0.163 0.246 0.362 0.306 0.318 0.352 0.152 0.224 0.218 0.435 0.628 0.194 0.216 0.699 0.336 0.080 0.146 0.049 0.069 0.342 0.572 0.416 0.527 5117 chr18 3243211 3270405 + 0 NA TTS (NM_006471) TTS (NM_006471) 4597 NM_001303049 10627 Hs.190086 NM_006471 ENSG00000101608 MYL12A HEL-S-24|MLC-2B|MLCB|MRCL3|MRLC3|MYL2B myosin light chain 12A protein-coding 1.753 1.624 1.878 2.909 1.046 0.876 1.430 0.454 0.853 0.985 2.790 1.337 1.838 1.019 0.438 0.390 2.291 0.236 2.636 0.922 2.660 1.173 0.356 0.254 1.779 0.994 1.332 1.505 2.371 1.063 2.277 2.605 2.500 nan 1.457 1.251 0.288 5.697 0.213 0.899 0.578 3.886 2.944 1.157 1.076 0.995 2.160 2.575 1.718 3.538 1.279 1.882 0.390 4.055 1.886 1.779 0.933 2.225 0.297 4.693 0.596 1.392 0.244 0.507 1.378 0.938 0.906 1.607 1.757 2.952 5.707 2.025 2.169 nan 1.043 4.006 4.055 0.972 nan 1.813 2.035 nan 1.219 0.735 1.332 1.529 1.756 1.141 nan nan 0.857 11916 chrX 12988069 13028491 + 0 NA Intergenic MSTC|LTR|ERVL-MaLR 15054 NM_021109 7114 Hs.437277 NM_021109 ENSG00000205542 TMSB4X FX|PTMB4|TB4X|TMSB4 thymosin beta 4, X-linked protein-coding 1.174 nan 1.293 1.655 1.259 0.257 1.198 0.563 1.193 0.406 1.031 2.598 0.306 0.237 0.165 0.357 1.231 0.155 1.344 0.789 0.508 0.014 0.206 0.148 0.907 1.907 1.605 0.176 1.144 0.811 0.565 1.154 2.069 3.074 1.622 1.344 0.212 1.720 0.068 0.389 0.269 0.592 0.470 0.245 0.740 1.077 1.344 1.052 1.267 0.444 0.608 1.611 0.357 1.826 0.632 0.907 0.296 0.530 0.241 0.799 0.733 1.155 0.213 0.198 0.857 0.207 0.170 0.286 0.285 0.814 1.751 1.434 1.132 3.648 1.384 0.663 0.656 0.953 1.264 1.584 1.543 1.278 1.210 0.391 0.626 1.243 1.238 0.671 1.192 1.020 0.680 1584 chr10 92063435 92087796 + 0 NA Intergenic Intergenic 224947 NR_110657 101926942 Hs.382666 NR_110657 ENSG00000236373 LOC101926942 - uncharacterized LOC101926942 ncRNA 0.528 0.834 0.620 0.113 0.047 0.094 0.271 0.059 0.169 0.157 0.194 2.683 0.005 0.053 0.044 0.505 0.345 0.072 0.478 0.525 0.041 0.034 0.148 0.088 0.069 0.043 0.012 0.003 0.257 0.030 0.240 0.538 0.079 0.300 0.271 0.060 0.012 0.049 0.095 0.187 0.007 0.400 0.025 0.062 0.134 0.044 0.102 0.251 0.107 0.038 0.026 0.060 0.505 0.246 0.459 0.069 0.106 0.071 0.039 0.111 0.062 0.325 0.025 0.112 0.209 0.043 0.017 0.321 0.175 0.324 0.439 0.152 0.189 0.581 0.103 0.155 0.151 0.352 0.526 nan 0.329 0.244 0.111 0.118 0.164 0.044 0.086 0.273 0.495 0.365 0.332 10550 chr7 100023761 100036114 + 0 NA intron (NM_001194991, intron 2 of 4) intron (NM_001194991, intron 2 of 4) 2683 NM_019606 56257 Hs.178011 NM_019606 ENSG00000146834 MEPCE BCDIN3 methylphosphate capping enzyme protein-coding nan 2.382 4.049 2.677 4.025 3.976 3.064 2.968 5.294 1.268 4.394 2.089 1.857 2.350 5.490 3.423 2.946 0.509 3.271 1.045 4.185 2.860 3.359 1.292 4.703 1.180 1.498 2.619 6.507 1.195 3.587 5.991 6.366 7.105 1.274 3.370 1.300 5.706 0.227 1.896 3.393 6.656 2.822 1.236 1.926 3.061 3.049 3.515 4.472 8.480 2.633 3.319 3.423 4.508 4.234 4.703 2.169 3.710 1.308 7.527 2.565 3.841 3.004 1.877 2.176 3.175 1.848 5.401 5.953 4.846 6.966 7.695 7.816 6.025 4.292 10.429 10.762 2.795 3.934 4.699 6.799 4.737 4.466 4.091 6.431 4.781 5.208 4.119 nan 3.451 1.686 7174 chr21 33782580 33791151 + 0 NA intron (NM_001320744, intron 1 of 5) intron (NM_001320744, intron 1 of 5) 2120 NR_104472 59271 Hs.208358 NM_058187 ENSG00000166979 EVA1C B18|B19|C21orf63|C21orf64|FAM176C|PRED34|SUE21 eva-1 homolog C protein-coding 2.276 1.746 3.183 0.218 1.164 0.740 0.850 1.053 2.243 0.044 2.432 1.983 0.036 0.082 0.041 2.076 0.523 0.263 0.013 0.023 6.400 0.016 0.844 0.396 0.598 0.436 0.184 0.217 0.184 0.086 0.581 1.794 0.928 4.651 0.445 4.594 0.212 0.240 0.068 0.838 0.462 4.950 0.219 0.154 2.147 0.047 0.167 0.333 4.896 0.235 4.644 2.597 2.076 0.034 0.033 0.598 1.396 4.648 0.725 0.956 0.012 0.082 0.380 0.072 1.143 3.274 3.875 1.186 2.407 3.261 3.697 3.145 2.857 2.722 1.433 1.591 1.627 1.252 1.679 0.624 0.924 3.603 4.199 1.036 1.252 2.027 1.588 0.106 0.236 nan 1.621 1675 chr10 121088707 121104644 + 0 NA intron (NM_005308, intron 2 of 15) intron (NM_005308, intron 2 of 15) -40809 NR_039829 100616398 NR_039829 ENSG00000265719 MIR4681 - microRNA 4681 ncRNA nan 0.719 2.598 0.059 0.320 0.400 0.701 0.154 0.371 0.042 0.278 0.508 0.023 0.069 0.188 0.217 0.179 0.152 0.188 0.130 0.036 0.035 0.117 0.125 0.081 0.194 0.050 0.074 0.109 0.092 0.076 0.364 0.045 0.372 0.128 0.078 0.012 0.060 0.073 0.111 0.123 0.144 0.049 0.034 0.027 0.073 0.066 0.145 0.205 0.141 0.015 0.199 0.217 0.193 0.209 0.081 0.092 0.052 0.104 0.084 1.117 0.223 0.112 1.862 0.091 0.014 0.013 0.345 0.482 0.273 0.412 1.025 1.114 0.787 0.284 0.295 0.339 0.285 0.551 2.253 2.178 1.349 1.289 0.268 0.349 0.145 0.222 1.395 5.617 0.260 0.341 649 chr1 145152526 145197729 + 0 NA intron (NM_001277444, intron 21 of 25) intron (NM_001277444, intron 21 of 25) -33986 NM_203458 388677 Hs.655156 NM_203458 ENSG00000264343 NOTCH2NL N2N notch 2 N-terminal like protein-coding 2.054 nan 2.544 0.322 0.428 0.059 1.210 0.192 0.447 0.033 0.595 0.824 0.058 0.358 0.296 0.244 0.355 0.244 0.662 0.633 0.074 0.053 0.436 0.441 0.316 0.567 0.244 0.113 0.518 1.448 1.365 5.646 0.539 1.850 0.886 0.205 0.189 0.129 0.217 0.901 0.141 0.489 0.303 0.313 1.150 0.637 0.468 0.796 0.274 0.233 0.147 1.737 0.244 0.330 0.193 0.316 0.427 0.187 0.041 0.237 0.525 0.718 0.239 0.411 0.273 0.099 0.066 0.705 0.569 0.560 0.859 0.741 0.835 0.240 0.141 0.736 0.743 0.412 0.719 1.914 2.210 0.556 0.258 0.725 0.966 0.573 0.605 0.943 2.204 1.141 1.070 7219 chr21 40718858 40722827 + 0 NA exon (NM_004965, exon 1 of 6) exon (NM_004965, exon 1 of 6) 205 NM_004965 3150 Hs.356285 NM_004965 ENSG00000205581 HMGN1 HMG14 high mobility group nucleosome binding domain 1 protein-coding 7.092 3.523 6.179 4.363 7.302 7.563 2.619 4.830 8.477 1.673 4.596 1.947 4.756 1.507 7.700 4.548 1.325 0.245 3.756 0.813 4.469 4.539 2.143 0.766 7.448 2.448 3.127 3.175 4.402 1.576 6.556 9.721 7.560 19.744 1.910 2.642 2.041 4.714 0.136 1.609 4.292 5.524 3.996 1.826 2.262 2.223 5.536 3.555 3.582 5.613 2.358 3.746 4.548 5.747 5.271 7.448 2.489 3.446 1.977 5.489 3.298 2.393 2.928 4.017 2.283 2.510 1.550 6.898 9.084 7.884 11.296 10.838 9.421 nan 2.886 15.988 16.586 5.029 nan 10.679 16.761 10.544 11.568 4.297 8.509 8.177 6.645 8.708 8.876 4.605 2.327 5527 chr19 10675227 10689041 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2479 NM_079421 1032 Hs.435051 NM_001800 ENSG00000129355 CDKN2D INK4D|p19|p19-INK4D cyclin dependent kinase inhibitor 2D protein-coding 2.225 1.621 1.953 0.995 1.920 2.272 1.363 1.046 2.209 0.493 1.589 1.195 0.399 0.553 1.163 1.764 0.728 0.316 1.351 0.355 2.217 0.874 1.204 0.508 2.236 0.687 0.910 1.377 1.503 0.276 0.929 nan 0.879 4.825 0.467 1.915 0.785 1.756 0.138 0.598 0.935 1.873 2.448 1.213 0.751 0.419 0.970 2.084 1.777 3.454 1.299 0.715 1.764 1.761 0.958 2.236 0.542 0.483 0.688 2.629 1.205 2.278 0.465 0.765 1.685 0.742 0.452 2.249 1.951 1.941 2.736 5.110 4.388 4.247 1.928 4.089 4.166 2.018 2.768 3.275 4.839 3.886 3.930 0.623 1.239 2.750 2.809 2.280 2.410 2.094 1.123 11595 chr9 79290670 79320951 + 0 NA intron (NM_001308049, intron 1 of 11) intron (NM_001308049, intron 1 of 11) 1521 NM_001330680 158471 Hs.262857 NM_015225 ENSG00000106772 PRUNE2 BMCC1|BNIPXL|C9orf65|KIAA0367 prune homolog 2 protein-coding nan nan nan 0.092 4.909 0.266 0.153 0.212 0.425 0.013 0.585 0.206 0.020 0.387 0.672 0.205 0.145 0.058 0.150 0.050 0.015 0.009 0.554 0.248 0.641 0.821 0.385 0.036 0.088 0.007 0.626 3.602 0.094 4.051 0.641 0.079 0.126 0.027 0.077 0.105 0.071 0.140 0.054 0.041 0.083 0.084 0.102 0.122 0.145 0.242 0.091 0.085 0.205 0.118 0.070 0.641 0.081 0.052 0.009 0.072 1.336 0.971 0.203 0.147 0.028 0.049 0.039 0.296 0.200 0.295 nan 1.460 nan 2.435 0.937 0.305 0.319 0.157 0.235 5.527 6.700 0.330 0.288 0.263 0.334 0.564 0.953 0.249 0.335 2.112 0.886 8793 chr5 16845039 16869000 + 0 NA intron (NM_012334, intron 2 of 40) intron (NM_012334, intron 2 of 40) 79366 NM_012334 4651 Hs.481720 NM_012334 ENSG00000145555 MYO10 - myosin X protein-coding nan nan nan 0.152 0.422 0.458 0.894 0.134 0.199 0.040 0.211 0.709 0.034 0.080 0.507 0.205 1.005 0.308 1.717 0.646 0.092 0.023 0.334 0.281 0.167 0.447 0.143 0.015 0.515 0.274 1.183 3.181 0.992 nan 0.246 0.365 0.028 0.087 0.103 0.092 0.647 0.208 0.103 0.122 0.329 0.411 0.242 0.179 0.846 0.107 0.159 0.239 0.205 0.986 0.201 0.167 0.174 0.591 0.036 0.101 0.118 0.587 0.923 0.342 0.118 0.012 0.025 0.502 0.374 0.689 0.785 0.560 0.573 2.361 0.572 0.164 0.173 nan 2.893 2.601 2.202 1.368 0.812 0.999 1.877 0.216 0.166 0.824 nan 0.497 0.654 3903 chr15 36866380 36917330 + 0 NA intron (NM_001290232, intron 1 of 10) intron (NM_001290232, intron 1 of 10) 4785 NM_032499 84529 Hs.48348 NM_032499 ENSG00000186073 C15orf41 HH114 chromosome 15 open reading frame 41 protein-coding 0.942 nan nan 0.166 0.209 0.159 0.360 0.454 0.807 0.254 0.185 0.785 0.132 0.085 0.151 0.254 0.385 0.105 0.393 0.216 0.066 0.082 0.852 0.815 0.301 0.163 0.139 0.050 0.285 0.161 0.260 0.450 0.166 0.536 0.141 0.272 0.640 3.483 0.161 0.072 0.319 0.092 0.135 0.071 0.156 0.086 0.340 0.304 0.227 0.363 0.116 0.232 0.254 0.332 0.158 0.301 0.194 0.209 0.074 0.205 0.149 0.224 1.504 0.184 0.261 0.085 0.040 1.419 1.063 0.871 1.175 0.439 0.482 1.324 0.569 0.511 0.550 1.298 1.532 0.482 0.661 0.851 0.397 1.392 1.693 1.730 1.996 0.370 0.690 0.766 0.596 2150 chr11 85775271 85782024 + 0 NA intron (NM_001206947, intron 1 of 18) intron (NM_001206947, intron 1 of 18) 1492 NM_001008660 8301 Hs.163893 NM_007166 ENSG00000073921 PICALM CALM|CLTH|LAP phosphatidylinositol binding clathrin assembly protein protein-coding 2.618 2.774 2.487 3.513 2.959 1.618 3.165 1.137 2.153 1.431 4.060 2.692 2.708 1.080 2.551 1.859 1.574 0.214 3.634 1.579 2.056 0.944 1.377 0.471 2.409 3.694 3.701 2.186 2.972 2.815 2.832 3.707 3.697 4.730 2.105 1.293 0.590 4.518 0.152 1.796 1.929 12.121 5.853 2.638 4.634 1.928 6.382 7.207 2.649 2.599 1.295 3.386 1.859 4.961 4.828 2.409 2.110 2.072 4.124 2.296 1.415 3.513 1.168 1.754 1.533 0.975 0.849 3.372 4.454 3.883 5.842 5.004 4.177 6.280 2.189 13.926 14.312 2.518 3.088 4.002 5.710 3.554 3.323 2.107 4.811 3.100 3.286 3.227 4.297 2.037 1.070 1318 chr10 10943894 10968009 + 0 NA intron (NM_001326325, intron 2 of 15) intron (NM_001326325, intron 2 of 15) 38175 NR_024410 254312 Hs.498620 NR_015413 ENSG00000229240 LINC00710 - long intergenic non-protein coding RNA 710 ncRNA nan 0.559 0.546 0.050 0.054 0.022 0.413 0.133 0.182 0.020 0.084 0.060 0.010 0.017 0.063 0.165 0.199 0.120 0.266 0.094 1.234 0.012 0.059 0.092 0.065 0.017 0.030 0.009 0.415 0.241 0.127 0.253 0.227 0.224 0.134 0.049 0.023 3.862 0.216 0.172 0.062 0.057 0.027 0.061 0.261 0.066 0.084 0.112 0.047 0.062 0.111 0.052 0.165 0.291 0.568 0.065 0.141 0.055 0.020 0.070 0.021 0.177 0.025 0.056 0.057 0.069 0.079 0.440 0.381 0.274 0.369 0.257 0.267 0.282 0.144 0.103 0.123 0.252 0.418 0.098 0.131 0.179 0.067 0.141 0.143 0.037 0.050 0.114 0.181 0.099 0.186 642 chr1 144502892 144540640 + 0 NA intron (NM_001278267, intron 52 of 130) intron (NM_001278267, intron 52 of 130) -71922 NR_102404 728841 Hs.445080 NM_001037501 NBPF8 NBPF8P NBPF member 8 protein-coding 1.714 nan 1.403 1.557 0.820 0.533 1.373 0.272 0.566 0.347 0.788 1.296 0.932 1.564 1.525 0.626 0.471 0.244 1.396 0.617 2.065 2.548 0.649 0.515 0.594 0.439 0.344 0.571 0.548 0.684 6.311 9.866 1.045 4.149 1.050 0.884 0.442 1.424 0.203 1.008 0.208 1.711 1.361 0.699 0.605 0.652 1.098 1.228 0.466 0.902 1.406 2.173 0.626 1.743 0.870 0.594 1.207 1.108 0.046 1.199 2.274 0.532 2.617 0.327 0.822 0.143 0.065 1.744 1.621 1.262 2.194 1.434 1.554 0.757 0.274 6.303 6.156 0.808 1.158 1.147 1.442 0.705 0.480 3.313 3.839 0.652 0.871 0.618 1.476 1.124 0.839 8704 chr5 1149850 1162291 + 0 NA Intergenic CpG 22650 NR_109911 101928857 Hs.593732 NR_109911 ENSG00000249201 CTD-3080P12.3 - uncharacterized LOC101928857 ncRNA 0.652 1.270 3.205 1.159 0.646 0.954 1.369 0.189 0.515 0.023 0.110 0.141 0.016 0.178 0.347 0.533 0.434 0.151 1.039 0.459 0.035 0.055 0.841 0.803 1.045 0.089 0.083 0.089 0.153 0.084 0.310 1.044 0.198 1.391 1.104 0.177 0.159 0.052 0.087 0.047 0.087 0.111 0.349 0.289 0.044 0.130 0.062 0.261 0.289 0.069 0.044 1.573 0.533 1.544 0.060 1.045 0.167 0.431 0.167 0.080 0.289 0.685 0.167 0.043 0.030 0.137 0.065 0.521 0.907 0.658 nan 2.192 1.632 4.131 1.107 0.089 0.118 0.186 0.373 nan 3.788 nan 0.520 0.568 0.444 0.589 0.686 0.134 0.134 3.241 nan 8191 chr3 196057995 196070666 + 0 NA intron (NM_001204897, intron 1 of 4) MER50|LTR|ERV1 961 NR_037950 100534611 Hs.733180 NR_037950 TM4SF19-TCTEX1D2 - TM4SF19-TCTEX1D2 readthrough (NMD candidate) ncRNA nan 0.871 0.558 0.176 0.270 0.067 3.945 0.202 0.357 0.730 1.375 2.860 0.900 0.032 0.111 0.131 0.258 0.242 3.352 1.636 0.706 0.055 0.173 0.145 0.125 6.255 8.011 0.186 2.646 1.384 1.048 nan 0.106 nan 1.570 2.543 0.029 0.068 0.088 0.484 0.099 2.614 7.063 2.798 1.204 0.555 5.009 2.133 1.039 0.609 0.461 3.630 0.131 3.926 0.205 0.125 1.450 0.915 0.122 0.179 0.906 2.033 0.043 0.128 1.027 0.021 0.012 0.288 0.277 0.296 0.495 0.400 0.467 0.970 0.206 0.493 0.607 0.392 0.636 0.252 0.413 0.597 0.233 0.231 0.242 0.197 0.634 0.341 0.384 0.415 0.479 11279 chr8 127816815 127824026 + 0 NA Intergenic L1MA4A|LINE|L1 -204979 NR_045262 100750225 Hs.571530 NR_045262 ENSG00000253438 PCAT1 PCA1|PCAT-1 prostate cancer associated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 0.266 0.642 0.035 0.094 0.134 0.464 0.104 0.173 0.063 0.060 0.315 0.283 0.072 0.101 0.114 0.733 0.421 0.218 0.019 0.085 0.079 0.614 0.105 0.035 0.007 0.120 0.045 0.099 0.689 0.216 nan 0.142 0.062 0.038 0.150 0.040 0.116 0.083 0.321 0.068 0.054 0.301 0.181 0.120 0.098 0.155 0.188 0.066 0.496 0.072 0.829 0.423 0.614 0.136 0.436 1.003 0.162 1.014 0.055 0.106 0.034 0.032 0.374 0.253 0.550 0.745 0.871 0.907 1.060 0.457 nan nan 6.712 9.625 1.819 2.563 0.341 0.183 0.596 0.606 0.080 0.113 0.155 0.359 1.110 0.612 1764 chr11 3114643 3118707 + 0 NA intron (NM_001144063, intron 13 of 20) L1MC5|LINE|L1 -37994 NM_139273 833 Hs.274873 NM_001751 ENSG00000110619 CARS CARS1|CYSRS|MGC:11246 cysteinyl-tRNA synthetase protein-coding 0.635 0.876 1.032 0.106 0.086 0.041 1.824 0.039 0.274 1.615 0.745 0.015 0.087 0.283 0.240 0.119 0.886 0.769 0.077 0.103 0.153 0.227 0.327 0.379 0.215 0.074 0.085 0.918 0.079 0.229 0.120 0.562 0.071 0.057 0.024 0.054 0.081 0.958 0.020 4.185 9.701 3.397 0.456 0.093 0.190 2.620 0.100 0.245 0.096 0.099 0.283 0.159 0.160 0.327 0.031 0.062 0.156 5.634 0.047 0.272 0.088 0.049 0.958 0.099 0.076 0.464 0.740 0.247 0.472 0.494 0.631 0.543 0.085 0.176 0.196 0.297 0.778 0.091 0.151 0.570 0.350 0.291 0.343 0.239 0.300 0.285 0.219 0.597 0.575 6290 chr2 105458347 105490167 + 0 NA 3' UTR (NM_006236, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_006236, exon 1 of 1) 3731 NM_006236 5455 Hs.248158 NM_006236 ENSG00000198914 POU3F3 BRN1|OTF8|brain-1|oct-8 POU class 3 homeobox 3 protein-coding 0.407 nan 0.397 0.046 0.059 0.021 0.064 0.112 0.212 0.006 0.069 0.144 0.029 0.039 0.011 1.870 0.066 0.025 0.050 0.960 0.144 0.225 0.112 0.064 0.070 0.024 0.042 0.072 0.007 0.101 0.069 0.083 10.667 0.018 0.095 0.003 0.035 0.062 0.041 2.163 0.153 0.092 0.083 0.014 0.036 0.042 0.116 0.204 0.073 0.074 0.040 1.870 0.078 0.029 0.064 0.015 0.041 0.023 0.939 0.038 0.020 0.216 0.031 0.014 0.018 0.008 0.256 0.240 0.356 0.451 3.417 2.814 0.130 0.071 0.121 0.126 0.148 0.255 0.505 0.745 4.585 6.448 0.210 0.559 0.035 0.067 0.076 0.158 1.201 0.740 10190 chr7 15714413 15732830 + 0 NA intron (NM_005924, intron 1 of 2) intron (NM_005924, intron 1 of 2) 2687 NM_005924 4223 Hs.170355 NM_005924 ENSG00000106511 MEOX2 GAX|MOX2 mesenchyme homeobox 2 protein-coding nan 0.996 nan 2.120 0.235 0.033 0.019 0.122 0.255 0.021 0.064 0.020 0.007 0.048 0.039 3.766 0.214 0.088 0.046 0.010 0.017 4.573 1.229 0.734 0.176 0.004 0.019 0.008 0.107 0.011 0.123 0.099 0.128 0.393 0.016 0.067 0.021 0.082 0.182 0.020 0.061 0.065 0.013 0.013 0.036 0.029 0.117 0.082 0.057 0.054 0.021 0.032 3.766 0.027 0.015 0.176 0.020 0.045 0.027 0.072 0.076 0.022 0.043 0.047 0.033 0.009 0.022 nan 0.229 0.140 0.203 0.468 0.519 0.229 0.147 0.626 0.659 0.535 0.732 0.444 0.491 8.172 9.317 0.085 0.131 0.104 0.101 0.141 0.413 3.843 2.159 8847 chr5 33996450 34014271 + 0 NA intron (NM_001167595, intron 2 of 5) intron (NM_001167595, intron 2 of 5) 2860 NM_203382 23600 Hs.508343 NM_014324 ENSG00000242110 AMACR AMACRD|CBAS4|P504S|RACE|RM alpha-methylacyl-CoA racemase protein-coding 1.744 2.794 nan 0.524 9.070 0.612 0.803 0.688 1.574 0.466 0.974 0.786 0.230 1.488 2.070 0.669 2.417 0.482 1.993 0.787 0.697 0.396 2.668 1.814 4.819 0.843 0.763 0.385 1.471 0.497 1.244 1.707 1.858 3.562 0.903 0.889 0.572 0.907 0.169 0.628 0.423 0.604 1.055 0.499 0.467 0.719 1.350 0.449 0.704 0.740 1.161 0.558 0.669 0.948 0.879 4.819 0.639 0.828 0.493 1.094 3.856 1.196 0.877 0.826 0.503 0.362 0.200 1.186 1.517 1.237 1.632 3.910 3.699 6.608 3.722 1.525 1.438 2.406 3.117 4.321 5.193 3.803 3.531 1.166 2.166 2.292 2.054 1.012 1.994 4.243 2.024 10593 chr7 107922519 107937860 + 0 NA intron (NM_001193584, intron 3 of 28) intron (NM_001193584, intron 3 of 28) -49575 NM_001037132 4897 Hs.21422 NM_005010 ENSG00000091129 NRCAM - neuronal cell adhesion molecule protein-coding nan 0.873 1.109 0.042 0.216 2.111 0.127 0.574 0.917 0.018 0.289 2.062 0.020 0.079 0.828 0.485 0.222 0.157 0.029 0.012 0.033 0.009 0.369 0.241 1.101 0.009 0.005 0.005 0.096 0.034 0.042 0.120 0.219 0.733 0.019 1.980 0.537 0.098 0.155 0.015 0.238 0.090 0.030 0.036 0.044 0.075 0.137 0.950 0.056 0.163 0.048 0.485 0.051 0.043 1.101 0.229 0.059 0.191 0.058 0.080 0.157 0.124 0.314 0.015 0.023 0.016 0.477 0.293 1.710 1.086 0.709 0.679 2.604 0.952 0.237 0.262 0.784 1.164 0.746 0.881 0.593 0.274 0.302 0.472 2.204 4.886 0.741 nan 1.755 1.057 4849 chr17 48607372 48626245 + 0 NA promoter-TSS (NR_135675) promoter-TSS (NR_135675) -693 NR_135675 105371824 Hs.683630 NR_135675 ENSG00000250286 LOC105371824 - uncharacterized LOC105371824 ncRNA 1.387 1.568 nan 1.880 0.938 0.456 2.147 0.409 0.710 0.718 1.601 0.993 0.779 0.492 0.355 0.551 0.457 0.162 2.224 1.041 0.660 0.132 0.323 0.194 0.947 1.618 1.411 0.573 0.852 0.916 2.488 nan 2.193 2.445 0.759 1.728 0.271 0.720 0.093 0.612 0.168 0.996 0.738 0.421 1.080 0.801 1.453 0.797 2.958 1.395 2.195 2.366 0.551 1.653 0.635 0.947 1.786 2.190 0.323 1.758 1.400 0.665 1.133 0.131 0.227 0.247 0.164 1.631 2.408 2.160 2.502 1.236 nan 1.967 0.448 2.525 2.514 0.801 1.255 3.083 nan 0.975 0.660 1.598 2.628 0.992 1.485 0.466 0.841 0.595 0.434 8668 chr4 185481825 185486293 + 0 NA Intergenic Intergenic -25322 NR_147158 105377585 Hs.519127 NR_147158 ENSG00000271538 LINC02427 - long intergenic non-protein coding RNA 2427 ncRNA nan 0.613 nan 0.049 0.059 0.127 0.143 0.238 0.042 0.052 0.020 0.071 0.087 0.099 0.071 0.143 0.067 0.029 0.093 0.090 0.139 0.032 0.033 0.031 0.073 0.182 0.078 0.309 0.032 0.047 0.024 0.063 0.061 0.081 0.018 0.105 0.014 0.200 0.055 0.096 0.036 0.029 0.087 0.045 0.021 0.139 0.082 0.037 0.046 0.018 0.221 0.016 0.039 0.023 2.504 2.426 10.199 11.771 0.231 0.340 0.124 0.041 1.206 1.227 0.030 0.136 0.114 0.289 0.360 0.077 0.499 0.756 0.037 0.069 0.082 0.211 0.228 0.191 5592 chr19 28926342 28937574 + 0 NA intron (NR_110759, intron 7 of 9) L1MA3|LINE|L1 -165637 NR_135636 102724908 NR_135636 ENSG00000266976 LOC102724908 - uncharacterized LOC102724908 ncRNA nan 1.151 0.475 0.045 0.102 0.321 0.070 0.117 0.558 0.022 0.076 0.050 0.022 0.035 0.095 0.104 0.079 0.028 0.066 0.034 0.028 0.012 0.042 0.079 0.036 0.011 0.020 0.054 0.086 0.611 0.048 7.453 0.017 0.053 0.034 0.087 0.111 0.007 0.090 0.032 0.007 0.019 0.027 0.102 0.179 0.117 0.083 0.021 0.024 0.104 0.051 0.008 0.036 0.033 0.036 0.053 0.041 0.091 0.019 0.035 0.134 0.048 0.002 0.005 0.179 0.144 0.120 0.220 0.158 0.241 0.121 0.065 0.108 0.069 0.169 0.260 0.113 0.135 0.262 0.096 0.155 0.201 0.075 0.068 0.062 0.213 1.862 1.127 184 chr1 26448485 26455281 + 0 NA 3' UTR (NM_152835, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_152835, exon 3 of 3) 13615 NM_152835 149420 Hs.468801 NM_152835 ENSG00000175087 PDIK1L CLIK1L|STK35L2 PDLIM1 interacting kinase 1 like protein-coding 1.525 2.605 nan 2.884 0.544 4.643 3.289 1.127 2.352 1.819 1.288 2.651 1.291 0.059 5.702 0.435 0.194 0.142 2.855 1.764 0.064 0.041 0.162 0.232 0.456 2.485 2.416 0.366 5.618 1.936 1.827 8.583 4.419 2.374 2.697 2.989 0.112 0.078 1.127 0.140 0.145 0.188 0.127 2.375 2.372 2.402 4.645 0.357 0.180 1.197 3.128 0.435 2.584 4.383 0.456 1.007 2.308 0.228 0.077 0.310 2.322 0.761 0.462 1.854 0.087 0.023 0.452 0.561 1.450 3.670 3.304 3.133 0.322 0.169 0.595 0.508 0.612 1.179 4.227 5.063 1.410 1.189 0.591 0.920 0.098 0.155 0.934 2.630 0.976 0.543 10597 chr7 111029211 111035882 + 0 NA intron (NM_001350959, intron 5 of 7) intron (NM_001350959, intron 5 of 7) 169801 NM_032549 83943 Hs.655722 NM_032549 ENSG00000184903 IMMP2L IMMP2L-IT1|IMP2|IMP2-LIKE inner mitochondrial membrane peptidase subunit 2 protein-coding nan 0.558 0.664 0.065 0.703 0.201 0.017 0.216 0.181 0.015 0.093 0.028 0.018 0.046 0.106 0.181 1.793 0.098 0.095 0.028 0.018 0.021 1.546 0.656 0.369 0.010 0.110 0.140 0.031 0.037 0.058 0.202 0.299 0.044 0.056 0.014 0.729 0.169 0.059 0.111 0.009 0.035 0.032 0.058 0.115 0.030 0.146 0.034 0.036 0.100 0.181 0.022 0.056 0.369 0.068 0.086 0.052 0.057 0.058 0.030 0.146 0.046 0.607 0.248 0.224 0.611 0.319 0.436 5.879 6.872 0.229 0.274 0.346 0.601 0.498 0.505 0.298 0.246 0.120 0.230 0.416 0.219 0.402 1.017 1.402 1.090 776 chr1 155879273 155882597 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256821) promoter-TSS (NM_001256821) -229 NM_001256821 6016 Hs.491234 NM_006912 ENSG00000143622 RIT1 NS8|RIBB|RIT|ROC1 Ras like without CAAX 1 protein-coding nan nan 2.356 2.481 1.399 1.218 4.295 1.148 2.469 1.341 3.506 3.604 2.148 1.839 2.567 1.331 2.282 0.388 5.881 2.268 6.686 1.255 2.146 0.848 1.994 5.448 7.157 1.155 2.975 1.843 3.000 4.503 3.762 19.348 1.963 10.116 0.315 2.055 0.156 2.847 1.214 2.532 2.560 1.245 3.301 1.247 4.508 3.618 2.913 2.829 1.184 3.135 1.331 6.065 3.542 1.994 4.018 1.827 0.437 4.418 3.330 2.961 1.183 0.853 0.916 1.143 0.806 1.721 3.493 4.079 5.681 4.805 nan 4.860 1.785 0.256 0.378 2.178 3.128 3.363 3.812 2.135 2.193 1.833 4.080 1.916 2.165 2.421 3.486 1.674 0.871 3738 chr14 81847585 81870294 + 0 NA intron (NM_001256430, intron 4 of 7) MER96B|DNA|hAT 34617 NM_033104 85439 Hs.14248 NM_033104 ENSG00000140022 STON2 STN2|STNB|STNB2 stonin 2 protein-coding nan 1.185 0.958 0.253 0.347 0.482 0.742 0.156 0.418 1.139 0.313 0.734 0.859 0.044 0.311 0.795 3.353 0.467 0.173 0.083 0.086 0.006 0.106 0.128 0.221 1.062 0.746 0.017 0.425 0.515 0.259 0.505 0.627 0.942 0.649 0.537 0.067 0.052 0.097 0.297 0.163 0.921 0.072 0.021 0.390 0.335 0.263 0.778 0.140 0.053 0.146 0.298 0.795 0.296 0.012 0.221 0.314 0.117 0.694 0.097 0.071 1.877 0.056 0.169 0.496 0.025 0.031 0.369 0.227 1.364 6.489 0.627 0.740 0.534 0.159 0.377 0.416 1.243 1.606 0.527 0.561 0.919 0.657 0.133 0.297 0.335 0.626 0.238 0.723 0.996 0.933 1570 chr10 84439159 84452507 + 0 NA intron (NM_001010848, intron 2 of 8) Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger -453157 NR_120666 101929590 Hs.733268 NR_120666 ENSG00000225738 NRG3-AS1 C10orf100|Em:AC010157.1 NRG3 antisense RNA 1 ncRNA 0.461 0.600 0.600 0.081 0.013 0.008 0.032 0.036 0.177 0.015 0.070 0.042 0.014 0.066 0.020 0.009 0.050 0.085 0.055 0.028 0.042 0.010 0.035 0.079 0.051 0.005 0.006 0.005 0.046 0.008 0.054 0.033 0.048 0.209 0.022 0.073 0.014 0.057 0.076 0.018 0.030 0.080 0.018 0.011 0.033 0.017 0.087 0.060 0.059 0.011 0.095 0.020 0.009 0.011 0.027 0.051 0.018 0.062 0.114 0.023 0.000 0.030 0.019 0.006 0.035 0.011 0.280 0.182 0.266 0.359 0.111 0.117 0.098 0.031 0.085 0.069 4.726 4.807 0.303 0.306 0.189 0.089 0.065 0.122 0.056 0.074 0.198 0.368 0.238 0.311 9286 chr5 154235820 154241446 + 0 NA intron (NM_004779, intron 1 of 6) MIR|SINE|MIR 554 NM_001301073 9337 Hs.26703 NM_004779 ENSG00000155508 CNOT8 CAF1|CALIF|Caf1b|POP2|hCAF1 CCR4-NOT transcription complex subunit 8 protein-coding 5.255 nan 3.229 3.204 4.044 2.748 3.398 3.883 6.805 2.577 4.818 2.750 2.240 1.458 4.794 2.435 2.379 0.243 3.939 1.434 3.909 2.531 1.770 1.188 5.654 3.870 4.571 2.376 3.674 1.727 6.619 9.540 3.063 12.726 3.028 4.647 1.494 5.894 0.270 2.621 2.313 4.870 4.116 1.536 5.610 2.753 3.356 3.587 4.861 6.600 2.564 3.433 2.435 3.942 5.857 5.654 2.005 1.821 1.022 4.362 3.002 3.185 3.061 2.614 3.857 4.237 2.656 4.793 4.775 5.489 7.774 8.396 6.995 6.528 3.375 7.778 8.199 4.788 6.071 6.592 10.109 7.346 8.317 4.348 6.031 8.101 7.415 5.600 5.364 2.467 1.654 6381 chr2 138681628 138698914 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -4769 NR_120402 101928273 Hs.560928 NR_120402 LOC101928273 - uncharacterized LOC101928273 ncRNA nan 0.860 nan 0.143 0.209 0.250 0.123 0.117 0.279 0.011 0.360 0.688 0.108 0.047 0.052 0.192 0.938 0.148 0.139 0.111 0.079 0.016 0.108 0.130 0.202 0.057 0.037 0.039 0.075 0.085 0.097 0.633 0.451 0.533 0.186 0.269 0.071 0.032 0.087 0.075 0.069 0.107 0.059 0.059 0.075 0.084 0.078 0.121 0.308 0.083 0.034 0.169 0.192 0.303 0.032 0.202 0.150 0.086 0.134 0.084 0.012 0.187 0.046 3.168 0.164 0.030 0.011 0.274 0.165 0.449 1.766 0.199 0.347 1.550 0.454 0.269 0.271 0.700 1.460 0.421 nan 1.337 1.123 0.142 0.135 0.307 0.695 1.359 5.160 0.307 0.355 2673 chr12 51812444 51832085 + 0 NA intron (NM_001258403, intron 1 of 16) intron (NM_001258403, intron 1 of 16) 3363 NM_001258403 9498 Hs.4749 NM_004858 ENSG00000050438 SLC4A8 NBC3|NDCBE solute carrier family 4 member 8 protein-coding nan 1.830 0.853 0.043 0.372 0.212 0.137 0.652 1.361 0.044 0.063 0.043 0.022 0.051 0.725 0.960 0.206 0.066 0.145 0.039 0.075 0.031 0.233 0.315 0.655 0.078 0.022 0.109 0.066 0.029 0.136 0.529 0.137 1.524 0.067 0.073 1.455 0.143 0.079 0.132 0.108 0.154 0.068 0.024 0.056 0.134 0.108 0.269 0.187 0.428 0.131 0.378 0.960 0.152 0.127 0.655 0.018 1.037 0.583 0.400 0.310 0.100 1.072 0.642 0.054 0.108 0.059 nan 1.181 0.244 0.356 2.528 nan 1.806 0.621 0.218 0.309 1.281 nan 0.911 nan 1.232 1.154 0.582 1.133 3.685 3.799 0.837 2.257 1.442 0.940 5625 chr19 36133199 36141099 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1976 NM_001863 1340 Hs.431668 NM_001863 ENSG00000126267 COX6B1 COX6B|COXG|COXVIb1 cytochrome c oxidase subunit 6B1 protein-coding 3.258 2.492 2.862 2.241 4.892 1.832 1.212 1.235 2.143 1.308 2.257 1.891 0.775 0.887 3.822 1.466 1.017 0.199 2.686 0.814 1.541 0.909 0.935 0.500 1.447 0.987 0.807 1.927 1.446 0.456 1.943 3.098 1.420 16.926 0.681 2.209 0.398 2.567 0.116 0.894 0.956 3.116 2.342 1.254 1.033 0.507 1.615 1.212 5.691 8.462 2.668 1.111 1.466 2.149 1.586 1.447 1.238 1.322 0.619 3.271 1.866 0.748 1.948 1.150 1.075 0.364 0.186 1.975 2.484 2.657 3.561 3.368 2.759 3.822 1.635 2.935 3.382 2.215 2.746 3.997 5.073 nan 3.106 2.660 4.000 2.350 2.296 2.109 3.480 2.114 0.988 181 chr1 26215360 26242522 + 0 NA intron (NM_203399, intron 3 of 4) intron (NM_203399, intron 3 of 4) 3703 NM_203401 3925 Hs.209983 NM_005563 ENSG00000117632 STMN1 C1orf215|LAP18|Lag|OP18|PP17|PP19|PR22|SMN stathmin 1 protein-coding 3.262 1.896 nan 1.919 3.440 1.794 1.296 0.841 1.970 1.200 1.111 0.300 1.921 0.338 1.153 1.313 0.469 0.119 1.198 0.673 1.755 0.571 0.968 0.510 1.066 0.590 0.479 1.294 1.635 0.956 0.413 1.175 0.849 4.175 0.708 0.442 0.260 1.571 0.145 0.343 0.832 3.573 1.801 0.718 1.016 0.849 1.298 1.747 0.797 1.781 0.267 0.748 1.313 1.215 0.804 1.066 0.470 1.541 0.612 2.153 0.535 0.738 0.325 1.376 0.767 1.160 0.840 1.620 1.922 1.561 1.937 5.344 4.863 2.891 1.217 3.168 3.276 2.183 3.095 2.180 3.227 3.054 2.958 0.950 1.181 1.315 1.587 2.731 4.557 2.244 1.155 412 chr1 59856589 59900980 + 0 NA intron (NM_001350799, intron 4 of 13) L2c|LINE|L2 -102517 NM_001278224 55277 Hs.444301 NM_018291 ENSG00000172456 FGGY - FGGY carbohydrate kinase domain containing protein-coding 1.671 1.255 1.832 0.362 0.129 0.176 0.658 0.216 0.338 0.325 0.251 0.469 0.010 0.043 0.363 0.575 1.272 0.130 0.555 0.444 0.064 0.009 0.350 0.190 0.888 0.646 0.374 0.017 0.355 0.467 0.130 nan 0.365 0.352 0.426 0.065 0.045 0.054 0.131 0.215 0.798 0.603 0.097 0.066 0.391 0.882 0.300 0.133 0.103 0.125 0.172 0.153 0.575 0.340 0.129 0.888 0.107 0.239 0.528 0.088 0.254 0.183 0.067 1.276 0.279 0.029 0.013 0.520 0.566 0.609 0.375 0.893 1.013 0.408 0.294 0.447 0.420 3.228 3.482 1.171 0.917 1.481 1.369 0.192 0.292 0.145 0.112 1.418 nan 1.050 0.743 11073 chr8 80988260 81006615 + 0 NA intron (NM_001025253, intron 1 of 7) intron (NM_001025253, intron 1 of 7) -4371 NM_001287140 7163 Hs.368433 NM_005079 ENSG00000076554 TPD52 D52|N8L|PC-1|PrLZ|hD52 tumor protein D52 protein-coding 1.511 nan nan 0.438 1.519 0.452 0.889 0.743 1.420 0.671 0.268 0.997 5.495 0.360 0.421 0.561 0.507 0.127 0.819 0.466 4.089 0.023 0.341 0.241 1.591 0.977 0.763 1.073 0.948 0.734 1.821 3.806 1.172 1.940 1.123 0.895 1.018 0.117 0.090 0.167 1.641 1.412 0.107 0.072 0.422 5.130 1.664 0.218 1.313 0.308 0.729 2.466 0.561 1.189 1.082 1.591 0.566 3.841 0.058 0.461 0.302 1.089 0.415 0.412 0.025 1.368 0.759 0.506 0.674 0.658 1.490 0.734 0.914 3.511 1.242 0.313 0.378 0.777 1.065 nan 2.624 1.107 0.855 0.542 0.837 2.714 3.495 0.992 2.935 1.590 1.168 6239 chr2 91595126 91615348 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 242738 NR_027238 654342 Hs.469287 NR_027238 LOC654342 - lymphocyte-specific protein 1 pseudogene pseudo 6.268 8.261 7.076 0.561 1.019 0.398 0.302 1.673 3.041 0.179 1.117 0.831 0.138 1.250 0.569 0.570 1.182 5.904 0.842 0.149 0.202 0.762 0.994 2.418 0.840 0.085 0.505 0.113 1.001 0.026 0.982 0.302 1.120 3.493 0.288 1.408 0.510 0.697 3.553 0.075 0.482 2.081 0.466 0.170 0.119 1.060 0.525 3.527 0.258 0.409 0.297 0.322 0.570 0.657 0.275 0.840 0.357 0.595 0.284 0.190 0.361 0.531 0.786 0.830 0.298 0.370 0.181 2.916 1.099 0.707 0.731 1.749 2.893 0.961 0.864 1.218 1.101 2.378 3.386 2.324 2.456 3.117 0.728 1.228 2.407 0.500 1.086 1.523 2.760 1.174 1.765 9293 chr5 156333193 156352984 + 0 NA Intergenic Intergenic 47178 NM_138379 91937 Hs.334907 NM_138379 ENSG00000145850 TIMD4 SMUCKLER|TIM4 T cell immunoglobulin and mucin domain containing 4 protein-coding 0.794 nan 0.650 0.064 0.596 0.174 0.075 1.500 2.975 0.005 0.052 0.056 0.009 0.036 0.072 0.173 0.069 0.114 0.021 0.010 0.029 0.021 0.135 0.163 3.366 0.295 0.128 0.019 0.024 0.053 0.081 0.088 0.061 0.639 0.022 0.076 0.104 0.066 0.115 0.072 0.116 0.102 0.018 0.016 0.077 0.101 0.118 0.107 0.130 0.043 0.046 0.067 0.173 0.025 0.028 3.366 0.012 0.017 0.053 0.038 0.056 0.040 0.025 0.162 0.015 0.047 0.021 1.060 0.979 0.573 0.341 0.628 0.711 0.146 0.061 0.070 0.053 0.138 0.166 0.808 0.941 0.529 0.378 0.184 0.283 0.533 0.696 0.322 0.542 1.290 0.771 8642 chr4 177355274 177367637 + 0 NA Intergenic Intergenic 120365 NM_021928 60559 Hs.42194 NM_021928 ENSG00000129128 SPCS3 PRO3567|SPC22/23|SPC3|YLR066W signal peptidase complex subunit 3 protein-coding nan nan 0.327 0.565 0.100 2.158 0.088 0.178 0.695 0.370 1.709 0.041 0.040 0.014 0.052 0.679 0.092 2.093 1.191 0.086 0.011 0.050 0.047 0.043 1.797 1.136 0.006 2.054 1.661 0.417 0.828 0.085 0.146 2.436 0.061 0.031 0.027 0.057 1.119 0.032 0.067 0.451 0.282 1.763 0.971 0.172 5.589 0.244 0.260 0.065 0.403 0.052 0.479 0.067 0.043 0.728 0.206 0.032 0.016 1.352 0.016 0.049 2.173 0.005 0.225 0.182 0.269 nan 0.110 0.117 0.127 0.073 0.086 0.161 0.143 0.166 0.191 0.176 0.334 0.128 0.084 0.098 0.053 0.069 0.145 0.247 0.141 0.271 4933 chr17 64942280 64951460 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -14110 NM_014405 27092 Hs.514423 NM_014405 ENSG00000075461 CACNG4 - calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 4 protein-coding 1.919 nan 1.488 2.449 0.253 0.176 4.879 0.227 0.589 2.171 1.021 0.827 2.078 0.011 0.029 1.267 0.238 0.176 5.167 2.686 0.076 0.046 0.153 0.228 0.394 3.410 3.818 1.556 2.283 2.829 2.846 6.695 3.444 1.422 4.413 2.558 0.041 0.024 0.109 2.862 0.078 1.523 0.131 0.106 2.209 1.704 4.729 0.418 1.374 0.566 0.892 3.472 1.267 10.764 0.013 0.394 2.162 6.049 0.540 3.944 0.110 1.986 0.021 0.054 0.497 1.458 0.907 0.366 0.311 0.729 3.198 0.528 0.446 1.502 0.321 0.191 0.301 0.339 nan 0.350 0.909 2.669 2.764 0.195 0.297 0.242 0.292 0.210 0.264 0.821 0.591 3721 chr14 78730720 78746326 + 0 NA intron (NR_073547, intron 2 of 20) MER115|DNA|hAT-Tip100 101807 NR_073547 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.112 0.808 0.860 0.046 0.095 1.149 0.036 0.423 0.775 0.006 0.045 0.029 0.020 0.336 2.079 0.411 0.130 0.193 0.020 0.036 0.009 0.181 0.192 0.702 0.009 0.005 0.005 0.074 0.013 0.055 0.211 0.179 1.540 0.019 0.044 0.344 0.042 0.158 0.008 0.295 0.060 0.027 0.010 0.007 0.055 0.118 0.106 0.057 0.065 0.010 0.081 0.411 0.014 0.012 0.702 0.047 0.048 0.078 0.045 0.045 0.047 0.031 0.148 0.053 0.015 0.007 0.272 0.217 0.137 0.156 1.318 1.492 1.406 0.533 0.177 0.178 0.394 0.639 2.282 nan 0.658 0.334 0.137 0.183 1.346 1.389 0.272 0.435 2.896 nan 2893 chr12 98907034 98916217 + 0 NA intron (NM_001032283, intron 1 of 8) intron (NM_001032283, intron 1 of 8) -1621 NR_027157 100128191 Hs.594042 NR_027157 ENSG00000257167 TMPO-AS1 - TMPO antisense RNA 1 ncRNA 5.881 4.863 4.200 6.421 4.660 6.237 3.269 3.423 6.548 1.814 4.078 2.023 3.708 1.205 5.808 4.102 4.581 1.515 3.217 0.911 4.586 3.270 3.232 2.371 5.925 3.296 3.374 3.026 3.763 1.412 2.070 5.132 2.645 13.412 1.674 4.959 2.356 5.489 0.213 1.995 3.214 4.485 4.276 1.806 1.958 1.768 3.176 6.115 4.831 3.643 1.857 3.916 4.102 3.975 5.261 5.925 2.117 1.802 1.251 5.045 1.785 1.969 1.898 2.992 2.316 3.079 2.448 4.626 5.017 5.748 8.134 12.244 10.955 7.419 3.857 11.774 11.992 5.660 nan 6.341 nan 8.295 9.145 3.372 7.060 7.817 8.070 7.479 5.198 3.626 2.058 2062 chr11 69789060 69803343 + 0 NA Intergenic MamGypLTR3|LTR|Gypsy 113829 NR_120530 101928443 Hs.313468 NR_120529 ENSG00000248844 LOC101928443 - uncharacterized LOC101928443 ncRNA nan 0.495 0.676 1.419 0.078 0.027 3.937 0.124 0.316 0.241 0.130 0.298 0.026 0.063 0.043 0.821 0.100 0.078 1.115 1.187 0.031 0.010 0.099 0.114 0.092 1.336 0.930 0.027 1.032 1.711 5.286 10.832 0.228 0.368 2.272 0.035 0.019 0.068 0.087 1.139 0.006 4.360 1.581 0.713 1.017 1.099 2.321 0.938 0.445 0.069 0.027 0.596 0.821 2.082 0.277 0.092 1.193 0.686 0.100 0.220 0.029 1.315 0.034 0.017 1.984 2.464 2.566 0.490 0.290 0.181 0.268 0.480 0.405 0.163 0.034 0.327 0.364 0.121 0.269 0.124 0.123 0.289 0.170 0.261 0.220 0.082 0.222 0.083 0.153 0.295 0.358 5204 chr18 22209033 22241787 + 0 NA intron (NR_040033, intron 1 of 2) intron (NR_040033, intron 1 of 2) 17264 NR_040033 729950 Hs.585850 NR_040033 ENSG00000265485 LINC01915 - long intergenic non-protein coding RNA 1915 ncRNA 1.919 1.021 1.828 0.048 0.107 1.402 0.045 0.416 0.657 0.009 0.063 0.081 0.019 0.061 0.179 0.832 0.073 0.058 0.039 0.012 0.013 0.017 0.076 0.119 0.339 0.011 0.013 0.023 0.031 0.003 0.037 0.056 0.052 0.853 0.009 0.062 0.160 0.069 0.082 0.007 0.288 0.069 0.022 0.019 0.020 0.016 0.055 0.101 0.032 0.046 0.012 0.043 0.832 0.022 0.017 0.339 0.045 0.035 0.404 0.032 0.204 0.022 0.051 4.598 0.012 0.009 0.008 1.235 1.555 0.224 nan 3.506 3.875 0.254 0.169 0.113 0.131 0.841 1.084 0.430 0.398 2.877 3.115 0.193 0.227 0.617 0.674 2.006 7.247 1.268 1.165 3935 chr15 45457576 45468055 + 0 NA intron (NM_001301170, intron 3 of 3) MIR3|SINE|MIR 10590 NM_001301171 90525 Hs.310399 NM_138356 ENSG00000138606 SHF - Src homology 2 domain containing F protein-coding 1.926 1.460 5.252 0.958 1.190 0.953 1.138 1.469 2.364 0.517 1.071 0.817 0.237 0.601 0.939 4.693 1.224 0.125 0.768 0.327 1.730 0.608 1.015 0.679 3.064 1.003 1.148 1.099 0.880 0.201 1.361 2.567 0.789 1.722 0.237 1.093 1.066 1.253 0.085 0.293 2.288 0.615 1.024 0.365 0.355 0.313 0.424 0.875 1.119 1.555 0.540 1.118 4.693 1.258 1.072 3.064 0.492 0.409 1.135 1.785 1.008 0.624 0.604 0.861 1.053 0.522 0.331 1.611 2.441 1.169 1.812 3.183 3.877 2.576 1.096 2.652 2.558 1.387 nan 2.044 4.065 3.663 2.865 1.900 2.591 3.150 3.710 1.793 1.718 2.733 1.306 326 chr1 43387187 43435492 + 0 NA intron (NM_006516, intron 1 of 9) AluSz6|SINE|Alu -13381 NR_033967 440584 Hs.260928 NR_033967 ENSG00000227533 SLC2A1-AS1 - SLC2A1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.486 nan 4.072 0.782 1.671 5.009 0.449 0.818 1.695 2.889 2.479 0.424 0.716 0.872 1.118 1.298 0.291 3.060 1.679 1.906 0.255 0.767 0.391 1.837 2.070 1.895 0.990 3.597 1.836 3.830 8.174 2.678 1.987 3.093 2.972 0.057 0.513 0.105 1.569 0.443 5.854 2.010 0.840 2.176 2.974 2.772 3.142 2.178 1.454 1.238 1.732 1.118 4.042 3.737 1.837 1.388 3.970 0.267 1.334 0.717 1.218 0.624 0.496 3.391 1.690 1.238 0.812 1.295 0.903 1.481 3.403 3.173 1.977 0.484 2.596 2.611 0.795 nan nan 8.898 1.295 1.382 1.109 nan 0.477 0.617 0.826 1.540 1.218 0.714 7740 chr3 111734555 111763697 + 0 NA Intergenic Intergenic -9339 NM_001042575 344805 Hs.435490 NM_001042575 ENSG00000176040 TMPRSS7 - transmembrane serine protease 7 protein-coding 1.150 nan 0.863 0.185 0.508 0.119 0.175 0.913 1.688 0.023 0.060 0.077 0.015 0.082 0.326 0.329 0.226 0.104 0.083 0.033 0.035 0.010 0.461 0.222 2.062 0.076 0.047 0.056 0.188 0.135 0.125 0.287 0.102 1.057 0.118 0.099 0.120 0.037 0.072 0.016 0.504 0.126 0.062 0.075 0.087 0.053 0.198 0.096 0.098 0.088 0.016 0.067 0.329 0.084 0.069 2.062 0.034 0.034 0.342 0.066 0.311 0.063 0.044 0.613 0.036 0.030 0.017 0.345 0.177 0.683 1.791 0.990 nan 3.220 2.072 0.250 0.291 nan 0.359 0.774 0.989 1.263 0.874 0.114 0.154 0.499 0.748 0.568 1.184 1.294 0.801 6989 chr20 43342254 43377341 + 0 NA intron (NR_132377, intron 3 of 4) MIR|SINE|MIR -14691 NM_022358 60598 Hs.528664 NM_022358 ENSG00000124249 KCNK15 K2p15.1|KCNK11|KCNK14|KT3.3|TASK-5|TASK5|dJ781B1.1 potassium two pore domain channel subfamily K member 15 protein-coding nan nan 1.150 1.724 0.351 0.111 0.489 0.311 0.595 2.550 0.929 0.905 0.074 0.054 0.142 0.784 0.745 0.158 0.648 0.273 3.736 0.110 0.151 0.100 0.321 1.112 0.700 3.001 1.250 0.613 0.393 1.242 0.392 0.995 0.267 2.768 0.076 0.291 0.100 0.491 0.858 6.069 0.530 0.261 0.545 0.493 0.532 0.208 2.083 0.453 0.874 1.527 0.784 0.418 2.509 0.321 0.346 3.147 0.182 9.747 0.130 1.576 0.144 0.563 0.434 0.197 0.095 0.578 0.615 0.348 0.610 0.530 0.491 nan 0.232 0.395 0.410 0.972 1.368 0.657 0.703 nan 0.898 0.583 0.553 0.312 0.340 0.631 1.503 0.333 0.287 2886 chr12 97981731 97994114 + 0 NA Intergenic Intergenic 30332 NR_029678 406926 NR_029678 ENSG00000207586 MIR135A2 MIRN135-2|MIRN135A2|mir-135a-2 microRNA 135a-2 ncRNA 0.744 0.763 0.668 0.133 0.199 0.350 0.328 0.759 1.587 0.070 0.037 0.010 0.176 0.220 0.762 0.156 0.208 0.323 0.265 0.026 2.337 1.791 0.599 0.023 0.012 0.055 0.077 0.082 0.558 0.081 nan 0.673 0.043 0.453 0.062 0.110 0.019 0.076 0.006 0.024 0.006 0.082 0.056 0.062 0.105 0.089 0.067 0.032 0.246 0.762 0.028 0.030 0.599 0.572 0.108 0.016 0.016 1.026 0.039 0.040 0.058 0.019 0.009 0.021 0.316 0.182 0.175 0.238 0.830 1.070 3.555 0.828 0.209 0.329 0.567 nan 0.676 nan 0.393 0.279 0.127 0.212 2.639 2.204 0.137 0.185 5.378 2.129 9688 chr6 47114117 47157745 + 0 NA Intergenic Intergenic -125832 NM_153840 266977 Hs.733762 NM_025048 ENSG00000153292 ADGRF1 GPR110|KPG_012|PGR19|hGPCR36 adhesion G protein-coupled receptor F1 protein-coding 0.926 0.946 0.762 0.834 0.145 0.023 1.631 0.239 0.469 0.249 0.395 0.965 0.186 0.048 0.073 0.682 0.235 0.133 0.631 0.489 0.188 0.019 0.162 0.103 0.151 0.832 0.330 0.037 0.415 1.132 0.322 1.463 0.809 0.338 0.719 0.115 0.101 0.042 0.094 0.411 0.071 1.423 0.120 0.104 0.553 0.444 3.147 2.432 0.563 0.201 0.370 0.698 0.682 0.827 0.591 0.151 0.396 0.508 0.038 0.390 0.090 0.458 0.034 0.091 0.188 0.092 0.064 0.343 0.301 0.359 0.671 0.266 0.271 0.916 0.341 0.248 0.252 0.142 0.240 0.414 nan 0.279 0.093 0.137 0.197 0.545 0.811 0.246 0.414 0.681 0.527 2543 chr12 24889946 24915305 + 0 NA Intergenic Intergenic 152697 NM_001178094 586 Hs.438993 NM_005504 ENSG00000060982 BCAT1 BCATC|BCT1|ECA39|MECA39|PNAS121|PP18 branched chain amino acid transaminase 1 protein-coding nan nan nan 0.171 0.237 0.033 0.594 0.202 0.352 0.011 0.191 0.084 0.081 0.044 0.074 0.153 0.077 0.013 0.188 0.097 0.028 0.050 0.136 0.157 0.434 0.011 0.020 0.014 0.383 0.493 0.237 0.746 0.745 0.311 4.335 0.052 0.011 3.350 0.165 4.744 0.099 0.084 0.033 0.045 0.030 0.160 0.062 0.268 0.071 0.124 0.013 0.031 0.153 0.169 0.040 0.434 0.174 0.026 0.027 0.059 0.056 0.034 0.098 0.068 0.325 0.350 0.394 0.207 0.168 1.455 2.287 0.489 0.503 0.125 0.099 0.368 0.347 0.256 0.352 0.385 0.413 0.410 0.122 0.153 0.307 0.090 0.130 0.346 0.518 0.299 0.366 8892 chr5 45505080 45511430 + 0 NA intron (NM_021072, intron 2 of 7) intron (NM_021072, intron 2 of 7) 187965 NM_021072 348980 Hs.353176 NM_021072 ENSG00000164588 HCN1 BCNG-1|BCNG1|EIEE24|HAC-2 hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 1 protein-coding 0.704 1.013 1.552 0.023 0.098 0.045 0.126 0.174 0.017 0.125 0.405 0.112 0.043 0.492 0.131 0.102 0.184 0.039 0.087 1.144 0.595 6.381 0.088 0.074 0.164 0.321 0.122 0.323 0.026 0.058 0.030 0.156 0.297 0.087 0.020 0.012 0.012 0.227 0.142 0.044 0.025 0.040 0.492 0.063 6.381 0.026 0.393 0.018 0.048 0.087 0.077 0.078 0.012 0.018 0.016 0.517 0.590 0.210 0.211 1.093 1.334 2.717 1.014 0.131 0.149 2.791 4.401 0.327 0.255 2.620 1.789 0.176 0.198 0.032 0.081 0.282 0.357 0.172 0.200 5650 chr19 38787222 38798498 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1941 NM_001317801 64073 Hs.631544 NM_022125 ENSG00000167644 C19orf33 H2RSP|IMUP|IMUP-1|IMUP-2 chromosome 19 open reading frame 33 protein-coding 0.988 0.948 1.410 4.889 0.626 0.039 4.356 0.129 0.239 2.764 2.317 0.906 2.410 0.062 0.275 0.445 0.132 0.142 4.757 2.343 3.427 0.071 0.111 0.114 0.213 3.982 4.865 2.171 5.484 2.346 2.420 3.854 2.230 0.819 2.570 0.660 0.109 0.193 0.203 2.428 0.041 8.467 12.961 5.702 2.564 2.685 2.666 2.316 7.448 3.195 1.313 1.516 0.445 8.498 5.338 0.213 1.989 5.527 0.154 1.848 0.073 2.440 0.079 0.165 1.403 2.288 2.147 0.302 0.352 0.218 0.686 0.438 0.431 1.094 0.408 0.620 0.735 0.437 0.647 0.315 0.552 nan 0.345 0.407 0.323 0.265 0.523 0.432 0.775 0.900 0.772 5224 chr18 26660230 26688369 + 0 NA Intergenic L1M4|LINE|L1 -916889 NM_001792 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.656 0.954 0.865 0.082 0.792 0.030 0.060 0.114 0.299 0.017 0.087 0.219 0.035 0.096 0.091 0.559 0.088 0.046 0.045 0.009 0.205 0.330 0.197 0.310 0.002 0.003 0.013 0.035 0.019 0.075 0.029 0.013 0.583 0.016 0.031 0.031 0.028 0.091 0.012 0.189 0.049 0.004 0.022 0.027 0.017 0.048 0.093 0.014 0.018 0.017 0.021 0.559 0.013 0.013 0.310 0.009 0.015 0.004 0.025 0.190 0.039 0.014 0.153 0.016 0.012 0.004 0.375 0.258 0.184 nan 0.690 0.720 7.515 3.334 0.127 0.115 0.134 0.157 2.483 2.289 0.335 0.134 0.075 0.111 0.363 0.270 0.279 0.609 2.204 1.304 5129 chr18 5508880 5530919 + 0 NA intron (NM_001330557, intron 1 of 21) intron (NM_001330557, intron 1 of 21) 20656 NM_001281533 23136 Hs.213394 NM_012307 ENSG00000082397 EPB41L3 4.1B|DAL-1|DAL1 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 3 protein-coding 1.340 0.959 1.332 0.036 0.071 0.192 0.020 0.335 0.653 0.060 0.050 0.045 0.104 0.474 0.153 0.092 0.073 0.053 0.017 0.013 0.316 0.150 0.038 0.069 0.026 0.003 0.062 0.009 0.059 0.038 0.078 nan 0.027 3.332 0.730 0.044 0.107 0.011 0.274 0.095 0.016 0.025 0.010 0.025 0.087 0.127 0.037 0.044 0.039 0.018 0.153 0.045 0.021 0.038 0.023 0.064 1.058 0.060 0.033 0.025 0.089 0.881 0.045 0.016 0.005 0.454 0.327 0.337 0.611 2.928 2.521 nan 0.158 0.098 0.130 0.157 nan 0.651 0.713 nan 5.370 0.219 0.291 2.979 3.667 1.018 nan nan 0.561 6660 chr2 219856700 219869457 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 3352 NR_029867 494324 NR_029867 ENSG00000198973 MIR375 MIRN375|hsa-mir-375|miRNA375|mir-375 microRNA 375 ncRNA nan 2.648 nan 0.153 6.060 5.708 0.484 3.644 7.467 0.067 0.170 0.167 0.038 4.848 4.406 1.346 0.065 0.064 0.538 0.327 0.312 0.044 3.870 1.903 12.303 0.348 0.176 0.253 0.815 0.207 1.682 2.422 0.433 7.874 0.182 1.495 0.575 0.545 0.061 0.166 0.675 0.175 0.114 0.116 0.191 0.194 0.166 0.141 0.542 0.405 0.198 0.255 1.346 0.521 0.317 12.303 0.154 0.169 1.795 1.549 4.995 0.193 4.506 1.286 0.185 0.018 0.036 4.812 9.428 0.301 0.514 11.665 11.008 4.360 1.559 0.349 0.302 0.886 1.205 14.757 nan 3.961 4.135 2.304 4.864 1.937 1.270 1.461 6.595 2.463 1.161 7212 chr21 39506158 39516601 + 0 NA intron (NR_026839, intron 2 of 2) LTR37A|LTR|ERV1 17834 NR_026839 84677 Hs.733345 NM_032589 ENSG00000198054 DSCR8 C21orf65|CT25.1a|CT25.1b|MMA-1|MMA-1a|MMA-1b|MMA1|MTAG2 Down syndrome critical region 8 (non-protein coding) ncRNA nan 0.866 2.010 0.076 0.598 0.021 0.062 0.464 0.628 0.082 0.946 0.106 0.048 0.058 0.051 0.269 0.182 0.171 0.081 0.054 6.135 0.013 0.060 0.112 0.886 0.053 0.028 0.007 0.052 0.285 0.879 0.290 0.368 0.014 0.912 0.118 0.021 0.086 0.022 0.129 0.247 0.167 0.082 0.010 0.022 0.092 0.058 1.319 0.034 2.465 2.736 0.269 0.103 0.017 0.886 0.963 0.713 0.167 0.393 0.996 0.129 0.047 0.095 0.902 0.044 0.014 0.455 0.293 0.365 0.775 0.945 0.974 nan 0.126 0.105 0.139 0.783 nan 1.208 1.234 0.747 0.417 0.160 0.252 0.583 1.088 0.189 0.439 1.313 0.655 7189 chr21 35857233 35864027 + 0 NA intron (NM_000219, intron 2 of 3) LTR27B|LTR|ERV1 22983 NM_001270403 3753 Hs.121495 NM_000219 ENSG00000180509 KCNE1 ISK|JLNS|JLNS2|LQT2/5|LQT5|MinK potassium voltage-gated channel subfamily E regulatory subunit 1 protein-coding 0.740 0.572 0.792 0.036 0.182 0.675 0.010 0.191 0.301 0.113 0.070 0.287 5.319 0.024 0.118 0.819 0.066 0.141 0.055 0.009 0.052 0.024 0.134 0.362 0.010 0.032 0.040 0.035 0.388 0.210 0.735 0.021 0.047 0.145 0.016 0.070 0.087 0.139 0.070 0.030 0.023 0.032 0.078 0.227 0.128 0.096 0.064 0.036 0.082 0.819 0.629 0.048 0.362 0.036 0.024 0.077 0.045 0.082 0.043 0.055 0.046 0.034 0.389 0.213 0.216 0.390 0.308 0.414 1.778 0.436 0.231 0.178 0.130 0.339 0.457 0.471 0.407 0.157 0.152 0.139 0.435 0.748 0.198 0.213 nan 0.742 4681 chr17 28663764 28710975 + 0 NA Intergenic Intergenic -18573 NM_001304 1362 Hs.446079 NM_001304 ENSG00000108582 CPD GP180 carboxypeptidase D protein-coding nan nan nan 0.273 1.097 0.061 2.050 0.488 0.823 0.122 0.755 0.162 0.112 0.170 0.093 0.375 0.304 0.129 2.093 1.495 0.044 0.167 0.694 0.248 1.129 2.086 1.313 0.147 1.542 1.188 1.889 6.780 2.094 1.142 0.666 0.186 0.277 0.227 0.183 0.238 0.134 0.241 0.280 0.142 2.479 0.366 1.222 0.262 1.254 0.196 1.679 2.792 0.375 0.644 0.375 1.129 0.587 0.343 0.096 0.313 0.627 0.841 0.494 0.668 0.376 0.050 0.035 0.655 0.859 0.472 0.869 0.541 0.661 3.443 0.910 0.389 0.466 0.569 0.792 2.464 2.579 1.170 0.711 0.663 1.063 1.185 1.206 0.761 nan 1.706 0.943 4287 chr16 21635270 21646886 + 0 NA intron (NM_001077180, intron 4 of 4) LTR12D|LTR|ERV1 22909 NM_005849 10261 Hs.530902 NM_005849 ENSG00000140749 IGSF6 DORA immunoglobulin superfamily member 6 protein-coding 0.694 0.629 nan 0.284 0.211 0.091 1.139 0.097 0.303 0.531 0.368 0.541 0.027 0.103 0.108 0.198 0.541 0.139 0.989 0.737 0.152 0.727 0.067 0.061 0.113 1.169 0.826 0.038 0.141 0.500 1.707 4.901 1.942 0.449 0.138 0.891 0.011 0.150 0.076 0.020 0.093 0.705 0.202 0.128 0.846 0.264 2.724 2.166 0.729 0.128 3.166 3.224 0.198 0.178 0.104 0.113 0.811 0.284 0.115 0.032 0.285 0.936 0.187 0.394 2.930 3.356 0.789 0.512 0.344 0.814 0.338 0.275 nan 0.172 0.648 0.716 0.338 0.623 2.750 2.685 0.360 0.198 0.933 1.564 0.098 0.184 0.266 0.768 0.540 0.348 2791 chr12 74974641 74999301 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 55420 NM_001136262 552889 Hs.744849 NM_001136262 ENSG00000253719 ATXN7L3B lnc-SCA7 ataxin 7 like 3B protein-coding nan 0.860 0.537 3.995 0.164 0.018 0.117 0.065 0.227 0.004 0.167 0.219 0.030 0.032 0.112 0.099 0.058 0.079 0.175 0.162 0.016 0.202 0.082 0.112 0.203 0.011 0.015 0.027 0.221 0.047 0.560 0.517 0.081 0.286 0.148 0.073 0.010 0.031 0.086 0.072 0.058 0.026 0.024 0.022 0.093 0.065 0.096 0.191 0.046 0.205 0.016 0.040 0.099 0.272 0.028 0.203 0.055 0.037 0.035 0.031 0.025 0.122 0.040 0.055 0.031 0.040 0.010 0.300 0.205 0.189 0.297 0.343 0.464 0.213 0.105 0.240 0.206 0.314 0.373 nan 0.493 0.530 0.338 0.151 0.200 0.048 0.068 0.250 0.343 nan 0.624 8076 chr3 181055625 181063493 + 0 NA intron (NR_075093, intron 2 of 4) AluY|SINE|Alu 100715 NR_125407 102724604 Hs.570524 NR_125407 ENSG00000241231 LOC102724604 - uncharacterized LOC102724604 ncRNA 0.814 0.905 0.630 0.145 0.156 0.021 0.080 0.102 0.219 0.070 0.036 0.024 0.013 0.201 0.491 0.106 0.206 0.108 0.025 0.023 0.261 0.186 0.030 0.028 0.009 0.127 0.042 0.111 0.042 0.422 0.069 0.025 0.054 0.069 0.646 0.073 0.009 0.010 0.029 0.134 0.086 0.029 0.045 0.010 0.051 0.491 0.031 0.024 0.030 0.015 0.010 0.028 0.022 0.038 0.041 0.037 0.063 0.019 0.022 0.007 0.233 0.123 0.088 0.149 0.522 0.595 10.812 3.173 0.145 0.100 0.164 0.362 0.333 0.240 0.794 0.354 0.101 0.158 0.149 0.168 0.196 0.306 0.465 0.469 5362 chr18 55095670 55115786 + 0 NA intron (NM_004852, intron 1 of 1) CpG 2811 NM_004852 9480 Hs.194725 NM_004852 ENSG00000119547 ONECUT2 OC-2|OC2 one cut homeobox 2 protein-coding nan 1.010 1.700 6.789 1.044 0.484 0.092 0.535 1.054 0.048 0.119 0.152 0.023 4.611 0.769 2.561 0.052 0.057 0.037 0.019 0.043 0.021 0.537 0.358 1.296 0.014 0.010 0.074 0.041 0.021 0.148 0.289 0.053 3.734 0.037 0.466 1.102 0.259 0.058 0.023 1.965 0.174 0.039 0.081 0.027 0.011 1.151 0.110 0.808 0.109 2.380 0.899 2.561 0.022 0.055 1.296 0.457 0.095 0.265 0.319 1.199 0.114 1.336 0.080 0.068 0.037 0.025 1.951 2.494 1.034 0.843 2.485 2.259 2.299 0.650 0.459 0.544 1.014 1.366 1.274 1.635 1.026 1.269 1.253 2.435 3.837 4.551 0.502 0.875 nan 1.872 4481 chr16 85004243 85012185 + 0 NA 3' UTR (NM_017740, exon 8 of 8) 3' UTR (NM_017740, exon 8 of 8) 36927 NM_017740 55625 Hs.461610 NM_017740 ENSG00000153786 ZDHHC7 DHHC7|SERZ-B|SERZ1|ZNF370 zinc finger DHHC-type containing 7 protein-coding nan 0.648 4.278 0.156 0.216 0.084 2.112 0.121 0.165 0.030 0.978 3.156 0.015 0.075 0.090 0.229 0.256 0.020 0.214 0.119 0.769 0.021 0.040 0.071 0.163 5.182 4.241 0.121 0.333 0.033 0.081 0.187 0.122 0.290 0.110 0.711 0.117 0.101 0.133 0.071 0.243 0.130 0.136 0.277 0.097 0.316 0.250 0.865 0.300 0.230 0.701 0.229 0.245 2.096 0.163 0.109 0.229 0.110 0.088 0.128 0.785 0.108 0.125 0.056 0.043 0.006 0.315 0.299 0.278 0.362 0.378 0.420 0.258 0.105 0.313 0.355 0.215 0.460 0.241 0.347 0.590 0.423 0.129 0.169 0.087 0.132 0.217 0.372 0.674 0.346 10885 chr8 32067763 32199727 + 0 NA intron (NM_013962, intron 1 of 4) L1MA5|LINE|L1 -164517 NR_047475 100874286 Hs.147060 NR_047475 ENSG00000254049 NRG1-IT3 - NRG1 intronic transcript 3 ncRNA 0.496 0.804 nan 0.993 0.070 0.050 0.779 0.096 0.182 0.037 0.278 0.435 0.206 0.046 0.071 0.176 0.138 0.104 0.198 0.119 0.477 0.012 0.098 0.102 0.047 0.438 0.151 0.034 0.306 0.178 0.152 0.238 0.087 0.736 0.726 0.990 0.032 5.897 0.229 0.405 0.020 1.435 0.156 0.113 0.391 0.215 0.124 0.654 0.786 0.155 0.092 0.046 0.176 0.103 0.348 0.047 0.154 0.030 0.038 0.286 0.068 0.576 0.027 0.080 0.558 0.141 0.101 0.301 0.150 0.272 0.365 0.428 0.496 0.148 0.078 0.215 0.209 0.140 0.235 0.205 0.216 0.401 0.234 0.087 0.127 0.103 0.142 0.206 0.324 0.730 0.731 1867 chr11 30874385 30902426 + 0 NA intron (NM_001350255, intron 39 of 39) MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR 125828 NM_020869 341019 Hs.127405 NM_020869 ENSG00000170959 DCDC1 - doublecortin domain containing 1 protein-coding 0.614 0.848 nan 0.049 0.119 0.057 0.053 0.114 0.190 0.010 0.048 0.033 0.009 0.040 0.117 0.451 0.085 0.057 0.053 0.007 0.013 0.005 0.184 0.141 0.055 0.002 0.013 0.016 0.065 0.004 0.060 0.043 0.068 0.547 0.021 0.033 0.846 0.058 0.112 0.013 0.423 0.122 0.019 0.022 0.016 0.022 0.089 0.150 0.049 0.033 0.014 0.021 0.451 0.023 0.041 0.055 0.035 0.024 0.055 0.015 0.013 0.034 0.159 0.162 0.011 0.006 0.004 0.509 0.452 0.328 0.520 0.221 0.325 0.168 0.102 0.130 0.144 1.479 1.673 0.091 0.111 0.417 0.318 0.292 0.337 2.455 2.459 0.257 nan 0.750 0.622 11552 chr9 38465963 38477006 + 0 NA Intergenic Intergenic -47040 NM_001007563 347252 Hs.349705 NM_001007563 ENSG00000137142 IGFBPL1 IGFBP-RP4|IGFBPRP4|bA113O24.1 insulin like growth factor binding protein like 1 protein-coding 0.666 nan 0.845 0.026 1.311 0.520 0.180 0.246 0.492 0.008 0.106 0.083 0.006 0.154 0.130 0.219 0.097 0.058 0.143 0.034 0.034 0.037 0.269 0.174 1.030 0.301 0.124 0.033 0.099 0.019 0.247 0.876 0.045 1.876 0.252 0.304 0.052 0.030 0.118 0.053 0.143 0.125 0.044 0.042 0.049 0.098 0.105 0.153 0.295 0.083 0.429 0.458 0.219 0.090 0.025 1.030 0.155 0.068 0.062 0.084 0.096 0.043 0.044 0.044 0.069 0.005 0.014 0.250 0.117 0.252 0.549 1.209 1.328 2.068 0.367 0.202 0.160 0.528 0.726 2.517 2.389 0.346 0.217 0.243 0.318 0.418 0.756 0.102 0.200 4.718 2.159 4742 chr17 37754916 37794597 + 0 NA Intergenic Intergenic -8421 NM_032192 84152 Hs.286192 NM_032192 ENSG00000131771 PPP1R1B DARPP-32|DARPP32 protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 1B protein-coding nan 1.047 1.755 10.128 0.520 0.572 0.477 1.114 2.145 0.146 0.695 0.192 0.486 0.347 0.933 0.752 0.415 0.126 0.728 0.229 0.608 0.206 0.647 0.423 1.016 0.290 0.222 0.321 0.445 0.232 0.611 1.706 2.425 1.765 0.244 0.414 0.270 0.377 0.073 0.261 0.378 0.594 0.364 0.196 0.335 0.194 0.433 0.546 0.957 0.415 0.529 0.426 0.752 0.733 0.340 1.016 0.290 0.361 1.185 1.402 0.580 0.290 0.934 0.251 0.200 0.155 0.069 3.722 5.985 0.698 0.975 nan 2.400 1.633 0.610 2.507 2.650 1.032 1.559 2.594 3.392 nan 3.258 1.034 1.528 0.920 0.789 0.676 0.972 1.370 0.755 3969 chr15 57826168 57849302 + 0 NA intron (NM_032866, intron 16 of 18) intron (NM_032866, intron 16 of 18) -46367 NR_104368 145781 Hs.437256 NM_001018090 ENSG00000137878 GCOM1 GRINL1A|Gcom2|MYZAP|MYZAP-POLR2M|gcom GRINL1A complex locus 1 protein-coding 1.702 0.692 2.432 0.355 0.571 0.440 0.276 0.760 1.405 0.317 0.352 0.766 1.060 0.355 0.212 0.348 0.535 0.098 0.178 0.024 0.116 0.006 0.176 0.104 0.744 0.222 0.134 0.854 0.081 0.215 0.121 0.351 0.152 0.944 0.076 0.164 0.050 0.052 0.072 0.102 0.669 0.840 1.479 0.647 0.278 0.057 0.234 0.299 0.531 0.205 0.079 0.258 0.348 0.440 0.052 0.744 0.482 0.169 0.659 0.174 1.144 0.520 0.087 1.435 0.170 0.244 0.160 0.359 0.380 0.334 0.929 1.046 1.110 1.763 0.439 0.194 0.170 2.457 3.412 3.103 4.193 5.072 5.014 0.278 0.462 0.485 0.589 0.822 2.800 0.656 0.523 4664 chr17 26970601 26975190 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321560) promoter-TSS (NM_001321560) -718 NM_001321561 9703 Hs.151761 NM_014680 ENSG00000007202 KIAA0100 BCOX|BCOX1|CT101|FMP27 KIAA0100 protein-coding nan 3.603 nan 2.829 1.797 2.356 1.869 2.353 5.112 1.168 3.988 0.929 0.675 2.214 3.288 2.069 2.018 0.280 3.403 0.915 4.335 1.206 1.023 0.627 2.715 1.884 1.638 1.603 2.197 0.827 6.031 9.246 3.430 7.425 0.956 5.157 0.724 2.600 0.135 1.345 1.301 3.450 4.060 2.382 1.761 1.086 2.558 2.669 5.734 2.051 5.872 3.125 2.069 3.231 2.018 2.715 1.682 2.662 0.735 5.981 2.701 2.090 1.497 2.016 0.862 1.074 0.602 3.051 3.585 3.269 5.041 2.687 2.552 4.856 1.356 3.904 4.111 2.442 3.007 5.233 5.655 4.622 3.444 1.993 3.566 3.124 2.550 2.237 nan 2.271 1.051 7957 chr3 160164780 160170004 + 0 NA intron (NR_148401, intron 1 of 18) CpG 234 NR_148402 100174949 NR_148401 ENSG00000248710 TRIM59-IFT80 IFT80-L TRIM59-IFT80 protein ncRNA 1.363 1.038 0.862 2.589 0.266 0.010 2.321 0.153 0.393 0.683 2.237 1.496 2.538 0.266 0.410 0.123 0.633 0.230 2.125 1.123 0.359 0.216 0.267 0.709 1.255 1.342 0.632 8.078 2.867 0.946 2.195 1.241 1.515 1.632 2.132 0.073 1.967 0.042 0.991 0.179 3.558 1.951 0.994 1.126 0.621 1.288 0.935 2.369 3.978 1.074 2.332 0.123 2.056 3.736 0.709 0.615 0.458 0.039 2.272 0.020 2.870 0.568 0.309 0.206 1.091 0.774 1.509 1.705 1.597 2.463 0.359 0.278 0.464 0.258 1.882 1.888 0.195 0.451 nan 5.051 nan 2.323 0.712 1.756 0.731 0.805 0.362 0.852 0.636 0.467 2505 chr12 14535745 14572410 + 0 NA intron (NM_181352, intron 1 of 14) intron (NM_181352, intron 1 of 14) 16079 NM_181352 55729 Hs.504856 NM_018179 ENSG00000171681 ATF7IP AM|ATF-IP|MCAF|MCAF1|p621 activating transcription factor 7 interacting protein protein-coding 1.125 0.815 1.008 0.367 1.038 1.745 0.274 0.332 0.605 0.253 0.060 0.340 0.274 0.152 1.032 0.754 0.211 0.062 0.829 0.264 0.735 0.279 0.581 0.589 3.172 0.213 0.081 0.104 0.179 0.086 1.150 1.836 0.508 1.495 0.151 0.214 0.140 0.442 0.145 0.291 0.568 0.053 0.061 0.054 0.160 0.153 0.308 0.307 0.342 0.437 0.252 0.060 0.754 0.421 0.789 3.172 0.237 0.101 0.164 0.115 0.291 0.525 3.075 0.125 0.314 0.085 0.069 0.615 0.796 4.807 5.611 nan 1.542 1.577 0.610 5.397 5.474 1.299 1.576 1.184 1.500 1.822 1.744 1.238 2.093 0.742 0.875 1.146 1.752 0.116 0.079 9264 chr5 149155924 149191313 + 0 NA intron (NM_001172699, intron 1 of 10) MER58A|DNA|hAT-Charlie 22115 NM_001172699 133522 Hs.483816 NM_133263 ENSG00000155846 PPARGC1B ERRL1|PERC|PGC-1(beta)|PGC1B PPARG coactivator 1 beta protein-coding nan 1.546 0.680 0.139 0.990 0.130 0.402 0.127 0.290 0.401 0.356 0.478 0.073 0.148 0.405 0.249 0.128 0.086 0.219 0.102 0.157 0.047 0.322 0.165 0.183 0.459 0.249 0.440 0.105 0.110 0.245 1.183 0.107 0.793 0.099 0.722 0.136 0.089 0.122 0.177 0.548 0.224 0.119 0.087 0.253 0.167 0.501 0.354 0.723 0.439 0.211 0.675 0.249 0.114 0.243 0.183 0.294 0.682 0.130 0.264 0.682 0.255 0.372 0.239 0.063 0.119 0.075 0.474 0.828 0.323 0.536 0.332 0.308 1.153 0.251 0.739 0.837 0.577 0.973 4.114 4.198 0.774 0.746 0.678 0.793 0.887 1.461 0.438 1.149 0.666 0.447 8441 chr4 79452779 79492496 + 0 NA promoter-TSS (NM_005139) promoter-TSS (NM_005139) -105 NM_005139 306 Hs.480042 NM_005139 ENSG00000138772 ANXA3 ANX3 annexin A3 protein-coding 0.734 0.586 0.729 4.441 0.166 0.060 2.357 0.186 0.403 0.605 1.637 0.376 2.266 0.028 0.167 0.255 0.423 0.065 1.179 0.587 0.284 0.007 0.075 0.082 0.269 0.666 0.548 0.024 1.497 1.470 0.435 0.657 1.042 0.343 0.840 0.561 0.021 0.036 0.077 0.115 0.066 2.650 0.858 0.404 1.590 0.656 0.765 0.325 0.520 0.105 0.147 0.317 0.255 1.541 0.019 0.269 0.699 0.416 0.029 0.075 0.049 0.878 0.109 0.142 0.838 0.058 0.041 0.592 0.533 3.308 6.395 0.299 0.277 0.376 0.147 1.227 1.261 0.183 0.349 0.477 0.478 0.329 0.195 0.190 0.311 0.095 0.105 0.273 0.661 0.338 0.305 2936 chr12 109215578 109237864 + 0 NA intron (NM_001161330, intron 2 of 13) intron (NM_001161330, intron 2 of 13) 4061 NR_030350 693204 NR_030350 ENSG00000207622 MIR619 MIRN619|hsa-mir-619 microRNA 619 ncRNA 1.122 1.184 nan 3.212 0.700 0.231 3.225 0.093 0.369 0.696 1.364 4.853 1.716 0.798 0.322 0.218 3.739 0.324 1.378 0.637 3.294 0.056 0.345 0.212 0.124 2.079 1.671 1.781 1.023 1.081 1.769 3.358 1.421 0.726 0.878 1.595 0.440 0.126 0.137 1.265 0.105 1.348 3.067 1.210 1.188 1.294 0.889 4.338 1.377 3.093 0.869 0.908 0.218 2.727 4.765 0.124 0.992 0.163 0.527 1.105 1.954 0.660 0.080 0.382 0.707 1.662 1.205 0.438 0.470 0.433 0.773 0.545 0.577 3.018 1.787 0.416 0.441 0.764 1.205 1.364 1.680 2.710 2.591 0.209 0.382 1.565 3.103 0.784 1.669 1.711 0.994 9110 chr5 106991250 107010703 + 0 NA intron (NM_001962, intron 1 of 4) intron (NM_001962, intron 1 of 4) 5620 NM_001962 1946 Hs.288741 NM_001962 ENSG00000184349 EFNA5 AF1|EFL5|EPLG7|GLC1M|LERK7|RAGS ephrin A5 protein-coding 2.603 2.275 1.512 4.812 0.637 0.408 2.686 1.220 2.410 1.607 3.115 2.136 1.328 0.527 1.165 1.382 0.146 0.059 1.788 0.466 2.563 1.041 0.947 0.488 0.025 1.951 2.378 1.031 2.381 1.749 2.372 3.631 2.527 5.243 0.731 3.219 1.284 0.422 0.097 0.681 2.243 2.915 1.249 0.558 2.102 0.927 2.832 3.030 2.909 1.867 1.430 2.495 1.382 1.944 0.066 0.025 2.277 1.369 0.443 2.150 1.991 1.349 0.730 0.297 1.527 0.183 0.107 1.332 1.156 1.886 3.854 3.372 2.424 2.765 0.960 0.639 0.620 3.492 4.341 0.982 1.388 1.177 1.297 0.879 1.863 4.733 3.976 0.553 0.990 0.881 0.557 8364 chr4 49111498 49113149 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 123664 NM_001286791 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 18.688 21.004 nan 2.462 7.890 1.207 2.649 7.304 14.000 1.085 4.836 4.772 0.730 6.398 8.993 10.126 5.222 27.854 2.974 0.114 0.401 5.435 5.655 12.635 4.765 0.253 2.286 1.096 7.590 0.065 4.035 1.604 4.796 16.274 0.212 5.697 3.225 3.112 11.613 0.142 3.140 7.005 3.166 1.441 0.065 8.413 2.517 10.527 3.285 2.271 1.135 3.215 10.126 3.763 1.880 4.765 3.245 2.194 2.060 0.998 3.201 2.124 2.598 3.602 1.559 2.399 1.703 7.590 3.118 2.951 3.883 7.463 13.276 2.725 2.157 4.294 4.316 6.837 10.596 4.748 5.360 12.861 3.270 2.479 4.380 2.789 5.910 3.851 6.624 3.595 4.353 1289 chr10 3310328 3342227 + 0 NA Intergenic Intergenic -34610 NR_131187 105376360 Hs.212226 NR_131187 LOC105376360 - uncharacterized LOC105376360 ncRNA 0.323 1.119 0.699 0.070 0.738 0.012 0.074 0.156 0.436 0.018 0.097 0.255 0.014 0.063 0.150 0.395 0.185 0.172 0.077 0.071 0.055 0.030 1.110 0.438 0.716 0.041 0.016 0.044 0.064 0.013 0.048 0.211 0.057 0.895 0.005 0.057 0.205 0.085 0.083 0.015 0.015 0.052 0.041 0.024 0.028 0.022 0.046 0.119 0.126 0.049 0.057 0.186 0.395 0.090 0.030 0.716 0.069 0.210 0.052 0.260 0.089 0.071 0.093 0.074 0.079 0.022 0.018 0.567 0.529 0.292 0.587 0.528 0.480 7.434 4.132 0.199 0.179 0.127 0.198 0.828 0.996 0.144 0.092 0.174 0.257 1.141 1.303 0.177 0.207 1.049 0.609 8280 chr4 16044710 16087191 + 0 NA intron (NM_001145850, intron 1 of 24) L1ME3A|LINE|L1 11791 NM_001145852 8842 Hs.614734 NM_006017 ENSG00000007062 PROM1 AC133|CD133|CORD12|MCDR2|MSTP061|PROML1|RP41|STGD4 prominin 1 protein-coding nan nan nan 0.261 1.442 0.068 0.110 0.222 0.495 0.014 0.070 0.099 0.022 0.317 0.200 0.564 0.319 0.099 0.131 0.040 0.018 0.020 0.464 0.289 1.030 0.042 0.039 0.026 0.082 0.022 0.051 0.162 0.101 0.824 0.038 0.055 0.061 0.028 0.072 0.005 0.181 0.117 0.037 0.026 0.049 0.076 0.041 0.149 0.086 0.089 0.498 0.117 0.564 0.124 0.048 1.030 0.084 0.086 0.021 0.077 0.359 0.038 0.020 2.428 0.018 0.018 0.014 0.361 0.256 4.863 6.144 0.868 0.821 1.609 0.635 1.185 1.167 0.201 0.271 1.311 1.462 0.375 0.157 0.111 0.236 0.343 0.284 1.480 3.646 nan 0.884 10337 chr7 44832501 44839072 + 0 NA promoter-TSS (NM_001300981) promoter-TSS (NM_001300981) -449 NM_021130 5478 Hs.356331 NM_021130 ENSG00000196262 PPIA CYPA|CYPH|HEL-S-69p peptidylprolyl isomerase A protein-coding 7.708 4.247 nan 7.556 5.059 5.648 3.088 2.591 5.163 6.254 6.282 1.848 5.132 2.282 4.139 5.635 4.127 0.409 3.317 0.675 4.473 3.477 3.702 1.904 5.114 3.145 4.567 2.557 7.064 1.604 6.577 8.920 7.105 8.103 2.007 4.958 1.171 7.087 0.263 2.157 3.112 6.792 3.162 1.388 2.339 3.760 5.144 6.467 4.101 4.734 2.702 3.043 5.635 5.087 6.048 5.114 3.053 3.007 1.342 6.371 4.078 3.464 1.791 1.515 3.365 2.787 1.901 8.447 6.487 5.434 7.545 7.910 7.170 7.068 5.181 8.841 8.974 4.461 5.561 6.542 9.846 7.842 8.631 4.435 6.249 6.888 7.174 6.224 4.511 2.784 1.720 7159 chr21 28269896 28278187 + 0 NA Intergenic Intergenic -52239 NR_039916 100616243 NR_039916 ENSG00000266133 MIR4759 - microRNA 4759 ncRNA 0.736 0.735 0.955 0.096 0.064 0.011 0.051 0.096 0.242 0.011 0.056 0.072 0.025 0.043 0.077 0.117 0.193 0.132 0.045 0.031 0.040 0.059 0.044 0.017 0.027 0.049 0.013 0.030 0.076 0.017 0.280 0.035 0.013 0.012 0.013 0.063 0.136 0.060 0.014 0.009 0.013 0.046 0.104 0.120 0.029 0.025 0.077 0.043 0.034 0.044 0.039 0.007 0.613 0.014 0.036 0.031 0.019 0.007 0.512 0.397 0.189 0.284 0.228 0.222 0.072 0.065 0.183 0.205 0.510 0.730 0.181 0.204 0.538 0.200 0.057 0.168 0.048 0.083 0.141 nan 7.248 3.229 6113 chr2 53159519 53191516 + 0 NA Intergenic Intergenic -245764 NR_039630 100616431 NR_039630 ENSG00000264975 MIR4431 - microRNA 4431 ncRNA 6.023 nan 5.980 0.641 0.175 0.038 0.205 0.145 0.255 0.036 0.121 0.358 0.012 0.156 0.086 0.219 0.275 0.081 0.142 0.137 0.049 0.017 0.112 0.138 0.088 0.104 0.047 0.007 0.230 0.287 0.142 0.390 0.080 0.234 0.290 0.249 2.049 0.055 0.119 0.133 0.062 0.132 0.019 0.010 0.261 0.108 0.265 0.197 0.092 0.018 0.064 0.105 0.219 0.126 0.014 0.088 0.054 0.046 0.039 0.037 0.076 0.146 0.040 0.062 0.057 0.009 0.024 0.352 0.209 0.193 0.402 0.310 0.360 0.100 0.066 0.374 0.347 0.341 0.501 0.426 0.341 0.440 0.249 0.094 0.209 12.113 15.539 0.257 0.407 0.353 0.365 8111 chr3 184454673 184483792 + 0 NA Intergenic Intergenic 21711 NR_110043 101928992 Hs.507129 NR_110043 ENSG00000229433 LINC02069 - long intergenic non-protein coding RNA 2069 ncRNA 1.147 0.901 0.734 0.195 0.318 0.029 0.423 0.270 0.566 0.174 0.094 0.072 0.011 0.182 0.091 0.492 0.175 0.132 0.290 0.197 0.030 0.038 0.194 0.183 0.162 0.338 0.141 0.065 0.234 0.487 0.307 0.905 0.167 0.578 0.236 0.095 0.010 0.067 0.071 0.105 0.143 0.151 0.059 0.043 0.342 0.194 0.361 0.110 0.124 0.049 0.025 0.356 0.492 0.262 0.031 0.162 0.163 0.083 0.190 0.048 0.313 0.103 4.622 0.247 0.102 0.008 0.014 2.444 3.641 2.207 0.818 0.485 0.558 0.663 0.198 3.589 3.887 0.278 0.557 1.415 1.484 0.717 0.395 2.869 5.046 0.176 0.207 0.446 0.716 0.731 0.574 841 chr1 163490851 163500125 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 -102507 NR_104294 100422212 Hs.556898 NR_104294 LOC100422212 - eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J pseudogene pseudo 0.948 nan 1.005 0.078 0.400 0.060 0.016 0.172 0.477 0.031 0.091 0.041 0.006 0.099 0.496 0.273 0.098 0.105 0.137 0.089 0.134 0.221 0.297 0.008 0.008 0.008 0.073 0.044 0.032 0.086 1.040 0.048 0.094 0.022 0.012 0.155 0.038 0.102 0.145 0.036 0.008 0.072 0.086 0.053 0.038 0.030 0.042 0.273 0.030 0.030 0.297 0.020 0.072 0.041 0.019 0.041 0.034 1.811 0.185 0.008 0.029 0.011 3.774 3.681 10.940 2.885 0.710 nan 0.604 0.218 0.984 1.016 0.896 1.069 0.626 nan 0.384 0.165 1.516 2.730 0.224 0.490 0.466 1.326 0.800 0.630 7869 chr3 139390570 139415164 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR -5975 NM_178177 349565 Hs.208673 NM_178177 ENSG00000163864 NMNAT3 FKSG76|PNAT-3|PNAT3 nicotinamide nucleotide adenylyltransferase 3 protein-coding 1.371 nan nan 0.162 0.625 0.974 0.072 3.086 5.378 0.004 0.060 0.153 0.012 0.069 0.982 0.589 0.097 0.132 0.052 0.008 0.028 0.045 0.694 0.410 0.982 0.067 0.038 0.060 0.251 0.013 0.115 0.065 0.107 0.786 0.012 0.059 0.100 0.084 0.079 0.024 0.279 0.145 0.120 0.073 0.053 0.053 0.102 0.171 0.150 0.278 0.106 0.108 0.589 0.046 0.045 0.982 0.075 0.040 0.256 0.097 0.149 0.051 0.439 0.208 0.012 0.023 0.026 0.473 0.277 0.401 0.269 2.030 1.720 3.581 1.261 0.795 0.918 0.943 1.391 0.267 0.333 nan 1.113 0.696 1.159 0.549 0.658 0.400 0.698 1.547 0.919 9160 chr5 124736427 124761383 + 0 NA Intergenic Intergenic -80049 NR_109887 101927460 Hs.407582 NR_109887 ENSG00000260192 LINC02240 - long intergenic non-protein coding RNA 2240 ncRNA nan 1.581 1.176 0.937 0.145 1.035 1.704 0.666 1.499 0.215 0.574 3.293 0.081 0.490 0.197 0.597 1.301 0.129 1.355 0.735 0.101 0.471 0.240 0.223 0.427 1.740 1.544 0.015 0.654 0.343 1.419 3.109 1.948 1.536 0.594 0.325 1.186 8.191 0.250 0.549 0.588 0.113 0.043 0.044 1.995 0.674 0.231 0.761 0.085 0.668 0.835 0.377 0.597 0.548 0.545 0.427 0.702 0.323 0.326 0.657 0.419 0.847 0.111 0.803 0.833 0.028 0.012 0.563 0.615 2.169 nan 0.428 0.487 1.060 0.371 0.739 0.747 1.533 1.884 0.390 0.541 0.643 0.468 0.185 0.322 3.855 4.325 1.217 2.977 0.339 0.288 11559 chr9 66454581 66467492 + 0 NA intron (NR_121647, intron 2 of 4) L1PREC2|LINE|L1 3747 NR_121647 103352539 Hs.351215 NR_121647 ENSG00000238113 LINC01410 - long intergenic non-protein coding RNA 1410 ncRNA 3.622 5.878 3.370 1.527 2.232 1.484 0.392 1.169 2.729 0.392 1.584 0.963 0.139 0.223 0.435 1.267 0.499 0.388 1.844 0.809 0.265 0.150 1.214 1.003 3.471 0.633 0.602 1.425 0.762 0.254 0.846 0.501 0.451 2.691 0.136 0.769 0.684 5.145 0.476 0.411 0.856 1.234 0.350 0.169 0.237 0.544 0.776 0.930 0.599 6.471 0.129 0.246 1.267 1.238 0.287 3.471 0.265 0.461 0.585 0.559 1.744 0.226 0.838 0.459 0.259 0.115 0.030 3.956 4.379 1.283 1.955 4.189 4.723 8.987 2.539 5.656 5.983 3.040 3.961 3.096 3.959 4.117 2.965 3.230 3.978 3.570 3.965 1.682 1.984 4.321 3.659 8708 chr5 1311038 1359945 + 0 NA intron (NM_030782, intron 5 of 16) intron (NM_030782, intron 5 of 16) 9694 NM_030782 81037 Hs.444673 NM_030782 ENSG00000049656 CLPTM1L CRR9 CLPTM1 like protein-coding 0.846 1.913 6.084 0.283 1.849 1.369 0.913 0.652 1.353 0.325 0.689 0.643 1.144 0.866 1.514 0.476 0.332 0.125 1.198 0.380 0.733 0.635 0.618 0.493 2.330 0.568 0.579 1.229 1.100 0.281 1.396 3.389 2.264 1.672 0.278 0.292 0.134 3.278 0.196 0.275 0.395 2.176 3.416 1.412 0.261 0.606 0.707 0.464 0.782 0.356 0.601 2.015 0.476 1.776 0.388 2.330 0.401 0.736 0.368 0.333 0.944 0.749 0.461 0.195 0.311 1.244 1.002 1.338 1.520 0.615 nan 3.264 2.943 2.129 0.842 0.322 0.317 1.207 1.813 nan 2.381 nan 1.241 0.592 0.833 0.612 0.635 0.285 0.396 1.722 nan 5548 chr19 13793633 13812080 + 0 NA Intergenic Charlie24|DNA|hAT-Charlie -39718 NM_001320565 81576 Hs.24998 NM_030818 ENSG00000104957 CCDC130 - coiled-coil domain containing 130 protein-coding 1.256 1.910 2.165 0.074 0.295 4.446 0.246 1.624 2.890 0.005 0.080 0.095 0.007 0.059 0.951 1.536 0.381 0.223 0.095 0.082 0.051 0.060 0.292 0.250 1.249 0.135 0.064 0.028 0.133 0.012 0.061 nan 0.103 1.410 0.055 0.064 0.352 0.060 0.094 0.032 0.214 0.078 0.049 0.025 0.027 0.045 0.110 0.232 0.057 0.127 0.048 0.082 1.536 0.073 0.045 1.249 0.033 0.035 0.743 0.113 0.395 0.429 0.045 0.329 0.161 0.047 0.031 0.254 0.099 0.126 0.209 2.486 2.286 2.724 0.882 0.166 0.168 0.402 0.713 1.193 1.213 1.802 1.275 0.092 0.162 1.776 1.748 0.512 1.291 3.347 1.517 1751 chr11 1566737 1596937 + 0 NA intron (NM_004420, intron 3 of 6) intron (NM_004420, intron 3 of 6) 11313 NM_004420 1850 Hs.41688 NM_004420 ENSG00000184545 DUSP8 C11orf81|HB5|HVH-5|HVH8 dual specificity phosphatase 8 protein-coding 1.250 3.029 1.273 0.712 0.938 1.638 0.489 1.327 2.429 0.022 0.710 0.109 0.107 1.404 4.436 0.996 0.475 0.075 0.641 0.135 0.198 0.037 1.486 0.515 3.230 0.256 0.102 0.333 1.076 0.137 3.337 5.260 2.072 4.459 0.194 0.150 0.618 0.190 0.041 0.012 0.604 0.360 0.295 0.130 0.175 0.112 0.169 0.121 1.057 0.272 0.661 0.700 0.996 2.078 0.092 3.230 0.243 2.370 0.186 1.096 0.071 0.202 1.256 0.090 0.043 0.099 0.034 2.155 4.263 0.470 0.890 3.469 2.841 3.393 1.855 0.743 0.676 0.599 0.982 2.273 3.562 0.681 0.653 1.437 1.836 2.524 2.114 0.215 0.285 1.076 0.613 11301 chr8 131136595 131148815 + 0 NA intron (NM_001247996, intron 16 of 30) intron (NM_001247996, intron 16 of 30) -45691 NR_045385 100507117 Hs.106015 NR_045385 ENSG00000280543 ASAP1-IT2 - ASAP1 intronic transcript 2 ncRNA nan 0.756 0.929 1.723 0.220 0.115 4.453 0.183 0.420 0.092 1.018 0.915 0.076 0.106 0.240 0.233 0.434 0.238 1.519 0.783 0.154 0.101 0.038 0.081 0.110 0.552 0.329 0.072 2.366 2.343 0.742 1.883 0.462 0.581 2.727 0.103 0.024 0.026 0.098 0.281 0.100 0.195 0.108 0.090 2.053 4.426 1.465 0.326 0.147 0.243 0.096 1.641 0.233 1.195 0.137 0.110 0.793 1.319 0.067 0.125 0.279 0.267 0.162 0.601 0.071 0.054 0.363 0.387 0.395 0.505 0.609 0.775 0.580 0.198 nan 1.241 0.536 0.634 0.728 0.725 0.707 0.523 0.441 0.785 0.155 0.223 0.416 0.850 1.086 0.719 8510 chr4 114676143 114685852 + 0 NA intron (NM_172114, intron 1 of 17) intron (NM_172114, intron 1 of 17) 2086 NM_172127 817 Hs.144114 NM_001221 ENSG00000145349 CAMK2D CAMKD calcium/calmodulin dependent protein kinase II delta protein-coding 2.385 2.733 1.861 2.956 3.523 0.509 2.659 2.642 4.731 1.268 3.231 1.861 1.643 1.009 1.166 1.949 2.678 0.248 2.606 0.975 1.952 1.241 1.291 0.661 4.168 1.805 2.290 1.548 4.052 1.193 2.882 3.042 2.485 4.926 2.465 3.313 0.795 0.335 0.050 2.090 1.758 2.771 1.653 0.746 1.865 1.722 0.980 3.698 2.193 2.574 1.204 1.173 1.949 2.422 2.718 4.168 0.870 1.586 0.340 1.659 1.105 2.176 1.547 0.981 1.876 1.097 0.714 1.104 1.390 7.478 12.648 0.156 0.191 4.391 2.560 2.910 3.040 2.543 3.374 3.472 5.264 2.529 2.870 2.282 4.482 2.779 3.301 2.474 2.946 1.576 0.864 7402 chr22 36644334 36651948 + 0 NA promoter-TSS (NM_145343) promoter-TSS (NM_145343) -976 NM_001136540 8542 Hs.114309 NM_003661 ENSG00000100342 APOL1 APO-L|APOL|APOL-I|FSGS4 apolipoprotein L1 protein-coding 1.630 nan 0.667 8.787 0.167 0.365 1.019 0.211 0.355 0.438 0.413 0.909 0.024 0.198 0.688 0.367 0.106 0.403 0.150 0.199 0.037 0.329 0.175 0.389 0.729 0.513 0.513 0.531 0.222 0.149 0.703 0.176 1.015 0.385 0.417 0.361 0.070 0.048 0.494 0.032 0.338 0.270 0.175 1.058 2.025 0.356 0.528 0.866 0.160 1.538 4.428 0.688 0.262 0.182 0.389 0.835 0.143 0.355 0.077 1.487 0.573 0.039 0.064 0.496 0.023 0.006 0.335 0.324 0.799 0.950 0.693 0.572 0.688 0.185 0.220 0.211 1.197 nan 1.104 0.917 nan 0.344 0.211 0.345 1.554 1.205 0.186 0.299 0.704 0.481 9316 chr5 167124186 167128463 + 0 NA intron (NM_001122679, intron 2 of 28) intron (NM_001122679, intron 2 of 28) -55617 NM_001080428 57451 Hs.631957 NM_001080428 ENSG00000145934 TENM2 ODZ2|TEN-M2|TNM2|ten-2 teneurin transmembrane protein 2 protein-coding nan 0.740 1.122 4.175 0.021 5.145 0.077 0.071 3.073 0.313 3.411 12.509 0.024 0.042 0.500 0.086 0.154 3.487 2.055 1.156 0.261 0.074 0.076 5.960 4.938 2.070 4.364 4.497 0.037 0.034 0.038 0.258 0.865 1.385 7.471 0.180 3.095 5.792 3.945 1.842 4.326 2.139 2.288 4.591 0.571 1.388 0.073 0.032 0.500 2.564 0.342 0.345 0.019 0.091 1.358 4.849 0.460 0.088 3.017 6.524 6.422 0.470 0.357 7.050 8.309 0.140 0.255 0.110 0.085 0.042 0.059 0.132 0.259 0.162 0.092 0.527 0.174 0.149 0.573 0.077 0.071 0.368 0.666 0.044 0.242 10833 chr8 19454480 19487010 + 0 NA intron (NR_148897, intron 1 of 9) intron (NR_148897, intron 1 of 9) -10689 NM_001354497 55790 Hs.613729 NM_018371 ENSG00000147408 CSGALNACT1 CSGalNAcT-1|ChGn|ChGn-1|beta4GalNAcT chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 protein-coding 0.664 0.677 nan 0.057 0.062 0.013 0.091 0.104 0.163 0.055 0.389 0.813 0.015 0.112 0.049 0.156 0.151 0.114 0.068 0.012 1.272 0.008 0.106 0.117 0.018 0.089 0.022 0.553 0.052 0.036 0.044 0.215 0.050 0.104 0.045 1.745 0.018 0.040 0.084 0.022 0.063 0.147 0.050 0.052 0.037 0.031 0.161 0.105 2.789 0.083 0.655 0.779 0.156 0.029 0.115 0.018 0.199 0.273 0.027 0.485 0.049 0.146 0.049 0.068 0.067 0.007 0.006 0.315 0.168 0.141 0.266 0.386 nan 0.103 0.075 0.127 0.106 0.106 0.156 0.228 0.233 0.381 0.166 0.095 0.124 0.079 0.110 0.152 0.259 0.521 0.622 2121 chr11 77007847 77013697 + 0 NA intron (NM_182833, intron 1 of 16) intron (NM_182833, intron 1 of 16) 1939 NM_182833 220032 Hs.249795 NM_182833 ENSG00000178795 GDPD4 GDE6 glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 4 protein-coding nan 0.793 1.334 1.016 0.165 0.075 2.861 0.089 0.277 0.017 0.157 0.298 0.021 0.802 0.181 0.151 0.116 0.167 1.315 0.877 0.011 0.122 0.100 0.204 1.971 1.309 0.051 1.081 1.167 1.391 3.837 0.460 0.482 2.637 0.107 0.049 0.038 0.089 0.504 0.041 0.232 0.074 0.120 1.921 0.891 0.920 0.218 0.181 0.061 9.510 2.453 0.151 1.570 3.644 0.204 1.675 0.297 0.081 0.050 0.798 0.969 0.050 0.106 0.452 0.030 0.009 0.493 0.243 0.196 0.196 0.285 0.417 3.297 0.787 0.476 0.320 0.947 1.168 1.051 0.611 0.316 0.124 0.082 0.169 0.494 1.887 0.245 0.454 0.547 0.506 474 chr1 78440890 78451244 + 0 NA intron (NM_001317099, intron 1 of 3) intron (NM_001317099, intron 1 of 3) 199 NM_001317099 11080 Hs.13852 NM_007034 ENSG00000162616 DNAJB4 DNAJW|DjB4|HLJ1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B4 protein-coding nan 2.744 4.559 2.668 2.944 2.049 2.518 2.036 3.296 0.821 3.464 2.018 2.813 1.215 1.974 3.002 1.800 0.389 2.941 0.913 1.968 1.326 1.259 0.596 2.505 1.959 2.073 1.039 2.563 0.913 2.628 3.787 1.814 5.847 1.410 2.219 0.348 2.886 0.121 1.039 1.723 3.244 1.953 0.880 1.720 2.828 3.007 3.954 2.304 2.268 0.868 1.326 3.002 4.428 2.922 2.505 1.012 1.375 0.789 2.070 0.893 1.269 1.757 2.950 1.018 2.537 2.074 5.105 4.447 5.979 7.521 6.857 nan 5.545 3.714 12.098 12.835 4.710 nan 8.147 11.249 5.201 5.546 3.521 5.998 3.162 3.693 9.148 9.736 2.810 1.686 3563 chr14 55912823 55928712 + 0 NA Intergenic Intergenic -13504 NM_199047 387332 Hs.528278 NM_199047 ENSG00000182521 TBPL2 TBP2|TRF3 TATA-box binding protein like 2 protein-coding nan nan 1.004 0.231 0.696 1.818 1.718 0.380 0.647 0.224 0.309 1.736 0.036 0.064 1.900 2.487 0.415 0.172 1.096 0.716 0.805 0.070 0.159 0.160 0.347 3.777 2.802 0.105 0.783 0.332 0.689 3.418 0.752 2.815 0.919 2.235 0.101 0.096 0.107 0.804 0.160 1.487 0.469 0.225 0.465 1.763 1.292 2.625 0.744 0.931 0.432 2.070 2.487 0.875 1.730 0.347 0.523 0.417 0.215 4.052 0.445 2.737 0.125 2.584 0.495 0.758 0.863 0.428 0.332 0.623 2.575 0.784 0.773 1.391 0.350 0.810 0.826 0.468 0.866 1.191 1.231 1.301 0.836 0.269 0.491 0.576 0.953 1.715 3.999 nan 0.764 8324 chr4 39306835 39315720 + 0 NA intron (NM_002913, intron 12 of 24) L1MB7|LINE|L1 56724 NM_001204747 5981 Hs.507475 NM_002913 ENSG00000035928 RFC1 A1|MHCBFB|PO-GA|RECC1|RFC|RFC140 replication factor C subunit 1 protein-coding 0.866 0.540 1.065 0.138 0.105 0.019 0.334 0.268 0.416 0.499 0.879 0.034 0.296 0.186 0.691 0.055 0.252 0.044 0.014 0.458 0.245 0.268 0.197 0.070 0.050 0.091 0.012 0.046 0.116 0.064 0.176 0.181 1.220 0.074 0.105 0.067 0.207 0.096 0.095 0.044 0.047 0.060 0.184 0.252 0.153 0.238 0.008 0.045 0.186 0.129 0.186 0.268 0.241 0.041 0.177 0.046 0.242 0.125 0.090 0.208 0.068 0.100 0.033 0.536 0.510 1.086 0.926 0.714 0.930 0.360 0.201 0.165 0.180 0.816 1.353 1.098 0.760 2.785 1.899 0.421 0.491 0.068 0.085 0.351 0.892 4.908 2.145 7552 chr3 29439901 29626269 + 0 NA intron (NM_001003792, intron 3 of 13) GA-rich|Low_complexity|Low_complexity 210282 NM_001177711 27303 Hs.221436 NM_014483 ENSG00000144642 RBMS3 - RNA binding motif single stranded interacting protein 3 protein-coding 0.537 0.783 0.538 0.092 0.121 0.148 0.181 0.099 0.159 0.034 0.210 0.412 0.315 0.037 0.054 0.089 0.513 0.092 0.215 0.054 0.068 0.042 0.050 0.052 0.124 0.254 0.125 0.045 0.218 0.121 0.373 0.771 0.382 0.486 0.151 0.292 0.027 2.784 0.127 0.061 0.074 0.058 0.028 0.028 0.159 0.137 0.045 0.113 0.057 0.087 0.009 0.068 0.089 0.188 0.185 0.124 0.056 0.027 0.041 0.040 0.089 0.081 0.045 0.090 0.093 0.012 0.010 0.195 0.142 0.575 1.086 0.254 0.326 0.112 0.060 0.116 0.118 0.300 0.447 0.280 0.291 nan 0.334 0.101 0.177 0.125 0.156 0.205 0.373 0.329 0.313 6024 chr2 38440130 38453871 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 88753 NR_027252 285154 Hs.353894 NM_173652 ENSG00000232973 CYP1B1-AS1 C2orf58 CYP1B1 antisense RNA 1 ncRNA 1.471 nan nan 0.052 0.159 0.055 0.217 0.132 0.211 0.077 0.150 0.159 0.023 0.015 0.071 0.185 0.221 0.117 0.183 0.097 0.096 0.068 0.128 0.131 0.374 0.089 0.074 0.074 0.038 0.270 nan 0.282 0.400 0.063 0.656 0.007 0.032 0.132 0.017 0.092 0.154 0.022 0.034 0.072 0.039 0.659 0.190 0.379 0.068 0.143 0.432 0.185 0.078 0.034 0.131 0.125 0.139 0.380 0.122 0.066 0.075 0.058 1.912 0.083 0.021 0.011 0.388 0.315 0.339 0.703 0.359 0.424 0.124 0.074 0.427 nan 0.788 1.303 0.315 0.313 nan 0.388 0.172 0.174 0.040 0.065 2.071 6.113 0.195 0.412 11685 chr9 105941914 105947436 + 0 NA intron (NR_121578, intron 8 of 9) L1ME4a|LINE|L1 142640 NR_121578 101928496 Hs.410860 NR_121578 ENSG00000225564 LINC01492 - long intergenic non-protein coding RNA 1492 ncRNA 0.603 0.798 0.952 0.052 5.503 0.051 0.153 0.145 0.327 0.070 0.067 0.045 0.054 0.033 0.485 0.122 0.056 0.065 0.005 0.057 0.314 0.206 0.432 0.050 0.067 0.050 0.003 0.056 0.063 0.076 0.859 0.027 0.155 0.104 0.020 0.068 0.100 0.019 0.043 0.053 0.055 0.133 0.090 0.029 0.060 0.485 0.079 0.051 0.432 0.045 0.089 0.035 0.021 2.434 0.055 0.035 0.046 0.012 0.009 0.165 0.114 0.139 0.208 0.504 0.414 5.472 0.786 0.318 0.304 0.159 0.266 11.191 17.511 0.545 0.354 0.043 0.074 2.424 4.352 0.360 0.761 nan 1.097 10646 chr7 126164359 126178034 + 0 NA intron (NM_000845, intron 8 of 9) intron (NM_000845, intron 8 of 9) 527042 NR_030323 693177 NR_030323 ENSG00000207692 MIR592 MIRN592|hsa-mir-592|mir-592 microRNA 592 ncRNA 1.235 0.658 0.773 0.052 0.340 5.832 0.031 0.362 0.820 0.014 0.164 0.228 0.023 0.118 4.327 0.159 0.082 0.106 0.256 0.069 0.028 0.481 0.473 0.368 0.026 0.011 0.135 0.023 0.035 0.057 0.139 0.877 0.064 0.094 0.132 0.047 0.157 0.035 0.438 0.108 0.013 0.027 0.063 0.045 0.077 0.147 0.036 0.135 0.029 0.039 0.159 0.120 0.007 0.368 0.018 0.048 0.056 0.102 1.068 0.029 0.050 0.082 0.022 0.013 0.008 0.301 0.230 0.324 0.331 0.594 0.731 0.190 0.087 0.251 0.165 0.180 0.249 4.734 4.343 0.339 0.241 0.151 0.308 0.458 0.400 0.250 0.574 2.204 1.085 9497 chr6 21662570 21673813 + 0 NA intron (NR_015410, intron 1 of 11) AluSz|SINE|Alu 1547 NR_015410 401237 Hs.712707 NR_015410 CASC15 CANT|LINC00340|lnc-SOX4-1 cancer susceptibility 15 (non-protein coding) ncRNA 1.855 1.023 nan 0.352 2.633 1.696 0.227 0.302 0.481 0.017 0.066 0.104 0.017 0.053 0.032 0.601 0.553 0.113 0.188 0.118 0.079 0.012 0.042 0.126 1.247 0.240 0.032 0.032 0.185 0.180 1.076 1.742 0.327 nan 0.040 0.052 0.093 8.250 0.244 0.052 0.288 0.115 0.011 0.048 0.020 0.129 0.085 0.122 0.262 0.273 0.016 0.189 0.601 0.229 0.050 1.247 0.032 0.082 0.069 0.398 0.018 0.055 0.097 0.045 0.060 0.026 0.013 0.507 0.368 2.607 nan 3.190 2.359 nan 0.565 11.920 11.659 0.326 0.556 1.268 1.549 0.607 0.280 0.375 0.438 0.513 0.494 0.220 0.362 0.690 0.584 4058 chr15 72765182 72768598 + 0 NA promoter-TSS (NR_135678) promoter-TSS (NR_135678) 223 NM_005744 25820 Hs.268787 NM_005744 ENSG00000166233 ARIH1 ARI|HARI|HHARI|UBCH7BP ariadne RBR E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding 6.948 6.905 6.640 6.379 5.191 3.557 2.807 4.412 10.280 2.419 6.047 4.694 5.408 3.025 6.235 7.276 5.640 0.565 5.770 1.724 6.944 4.771 4.436 1.771 8.955 3.127 4.038 4.117 5.693 2.027 8.162 8.961 4.404 16.454 2.036 6.587 0.582 5.136 0.123 1.806 2.899 5.697 5.130 1.806 3.292 1.990 5.953 6.907 8.899 5.623 5.188 5.975 7.276 8.358 4.185 8.955 3.406 3.602 1.653 5.921 5.426 3.798 2.573 1.839 2.475 3.357 2.053 8.653 10.263 12.618 16.404 12.534 11.927 10.138 7.963 19.415 20.900 7.011 8.581 9.564 17.077 15.914 18.341 6.231 10.642 6.600 5.630 11.854 8.656 4.412 2.466 2953 chr12 111833710 111854022 + 0 NA 5' UTR (NM_005475, exon 1 of 8) 5' UTR (NM_005475, exon 1 of 8) 114 NM_005475 10019 Hs.506784 NM_005475 ENSG00000111252 SH2B3 IDDM20|LNK SH2B adaptor protein 3 protein-coding nan nan 0.817 1.346 0.660 0.172 2.180 0.419 0.763 0.136 1.457 2.275 0.128 0.196 0.324 0.811 0.679 0.087 0.895 0.438 0.905 0.266 0.401 0.230 0.632 0.917 0.612 0.468 0.632 0.538 0.528 1.487 0.272 2.469 0.332 2.801 0.080 0.975 0.120 1.415 0.082 4.162 3.347 1.413 0.586 0.193 0.573 13.022 1.016 5.526 0.273 0.406 0.811 0.742 0.930 0.632 0.115 0.135 0.262 3.328 0.445 0.992 0.214 0.128 1.418 1.642 1.039 0.560 0.761 0.613 0.926 nan nan nan 0.692 1.249 1.135 0.544 0.881 nan nan 0.736 0.489 0.663 0.696 0.493 0.749 0.490 1.050 nan 0.683 6947 chr20 33885157 33919719 + 0 NA intron (NM_199487, intron 7 of 8) intron (NM_199487, intron 7 of 8) -22213 NM_178468 128876 Hs.592149 NM_178468 ENSG00000125998 FAM83C C20orf128|dJ614O4.7 family with sequence similarity 83 member C protein-coding 1.405 2.301 0.961 2.748 0.184 0.314 4.758 0.209 0.379 1.646 2.581 3.557 0.016 0.110 0.174 0.409 0.900 0.165 5.792 3.948 3.160 0.048 0.476 0.262 0.364 3.758 3.501 0.433 3.969 3.399 1.743 nan 2.368 0.720 4.068 2.206 0.060 0.093 0.108 5.413 0.184 8.262 6.091 2.419 3.249 3.644 0.838 10.718 0.792 6.119 1.544 0.755 0.409 5.040 9.063 0.364 1.056 0.784 0.225 4.188 0.238 7.131 0.071 0.160 9.369 2.945 2.494 0.786 0.975 0.509 1.067 0.421 nan 1.463 0.435 0.420 0.496 1.234 1.980 0.769 1.023 0.631 0.386 0.364 0.559 0.452 0.965 0.458 nan 1.043 0.546 6085 chr2 47135985 47144491 + 0 NA intron (NM_001171506, intron 1 of 4) intron (NM_001171506, intron 1 of 4) 2769 NM_139279 90411 Hs.662152 NM_139279 ENSG00000180398 MCFD2 F5F8D|F5F8D2|LMAN1IP|SDNSF multiple coagulation factor deficiency 2 protein-coding 2.534 nan 2.162 3.314 2.280 1.293 4.410 1.436 2.468 0.779 3.140 1.354 0.183 0.626 2.228 2.522 1.354 0.324 3.350 1.579 4.219 1.256 1.029 0.630 1.619 1.926 1.541 1.175 1.737 1.695 2.546 nan 1.612 4.754 1.971 1.908 0.155 1.889 0.109 2.035 1.044 4.605 2.952 1.397 1.561 1.277 4.813 7.698 4.036 3.001 2.791 2.178 2.522 4.866 3.036 1.619 1.378 1.535 0.524 4.323 1.170 1.840 0.663 1.094 2.647 1.781 1.350 1.828 2.137 2.349 3.452 nan 3.179 3.291 1.934 6.777 6.861 2.176 2.933 3.260 5.351 3.176 3.121 1.364 2.830 1.074 1.192 3.338 nan nan 1.002 7549 chr3 27573700 27578344 + 0 NA Intergenic Intergenic -50111 NM_001321103 9497 Hs.250072 NM_003615 ENSG00000033867 SLC4A7 NBC2|NBC3|NBCN1|SBC2|SLC4A6 solute carrier family 4 member 7 protein-coding 0.670 0.986 1.139 0.623 0.095 0.156 4.964 0.206 0.162 3.909 1.574 3.310 0.058 0.517 2.179 0.419 2.320 1.848 8.872 0.030 0.340 0.196 0.051 2.747 2.665 0.097 4.075 2.944 0.735 2.202 0.447 0.322 2.960 3.564 0.115 0.039 3.851 0.155 9.246 7.861 3.477 2.645 1.446 2.639 9.779 2.685 4.668 1.910 0.891 0.517 1.443 6.983 0.051 0.263 1.074 0.041 6.688 0.415 5.470 0.128 0.158 8.006 4.676 5.922 0.170 0.146 1.092 2.173 0.280 0.298 0.956 0.213 0.111 0.170 1.195 2.080 0.204 0.280 nan 0.200 0.104 0.221 0.269 0.455 0.147 0.236 0.594 0.763 6715 chr2 233764004 233774040 + 0 NA intron (NM_001114090, intron 3 of 12) AluSx|SINE|Alu 23839 NM_001114090 25791 Hs.97316 NM_019850 ENSG00000066248 NGEF ARHGEF27|EPHEXIN neuronal guanine nucleotide exchange factor protein-coding 0.775 nan 0.686 0.472 0.613 0.129 5.810 0.335 0.358 0.246 1.442 0.989 0.019 0.010 0.517 0.697 0.073 0.032 1.505 1.025 0.147 0.084 0.127 0.164 0.089 2.347 2.081 0.206 1.422 0.759 0.783 2.344 0.418 0.765 1.851 0.651 0.076 0.054 0.093 1.960 0.040 1.147 1.009 0.551 0.545 1.013 0.783 1.703 0.866 2.015 0.679 0.862 0.697 1.481 3.285 0.089 0.134 0.140 0.125 1.502 0.101 1.434 0.029 0.195 1.540 1.509 1.167 0.271 0.305 0.156 0.279 0.270 0.359 0.165 0.047 0.303 0.245 0.160 0.300 0.555 nan 1.025 0.894 0.212 0.197 0.418 0.551 0.523 1.266 0.427 0.357 8899 chr5 51278649 51314898 + 0 NA Intergenic Intergenic -7092 NR_147166 105378960 Hs.639310 NR_147166 ENSG00000248789 LINC02118 - long intergenic non-protein coding RNA 2118 ncRNA nan nan 0.635 0.073 1.079 2.699 0.043 2.255 4.227 0.011 0.075 0.030 0.012 0.037 1.136 1.897 0.072 0.084 0.064 0.027 0.011 0.004 1.929 1.142 1.761 0.008 0.018 0.014 0.072 0.018 0.048 0.129 0.108 1.885 0.012 0.049 0.704 0.042 0.113 0.016 0.300 0.026 0.015 0.009 0.036 0.013 0.099 0.088 0.034 0.019 0.022 0.027 1.897 0.037 0.033 1.761 0.017 0.032 0.029 0.023 0.039 0.020 0.024 0.088 0.011 0.022 0.008 0.239 0.160 4.639 2.545 4.458 5.299 nan 1.337 0.076 0.060 0.692 0.900 0.492 0.518 nan 0.486 0.072 0.104 2.207 3.090 0.376 0.965 1.950 0.805 8745 chr5 8836048 8850171 + 0 NA intron (NR_109932, intron 1 of 2) intron (NR_109932, intron 1 of 2) 3265 NR_109932 101929284 Hs.403715 NR_109932 LINC02199 - long intergenic non-protein coding RNA 2199 ncRNA 0.570 0.904 1.420 0.091 0.587 1.091 0.265 0.068 0.205 0.020 0.067 0.218 0.027 0.036 0.802 0.218 0.122 0.217 0.417 0.472 0.017 0.010 3.409 0.704 0.071 0.123 0.046 0.021 0.551 0.104 0.085 0.069 0.111 1.093 0.228 0.082 0.250 0.031 0.108 0.134 0.056 0.118 0.049 0.055 0.130 0.082 0.136 0.199 0.040 0.096 0.017 0.037 0.218 0.270 0.241 0.071 0.017 0.059 0.041 0.123 1.906 0.383 0.099 0.026 0.043 0.029 0.018 1.099 1.129 0.400 nan 0.612 0.696 0.117 0.091 0.095 0.063 0.237 0.407 nan 3.144 nan 0.295 0.315 0.514 1.826 3.155 0.188 0.265 1.768 nan 3489 chr14 36131438 36156426 + 0 NA intron (NM_014990, intron 21 of 40) intron (NM_014990, intron 21 of 40) 88205 NR_135620 107399303 Hs.742611 NR_135620 SNORA101B ZL4 small nucleolar RNA, H/ACA box 101B snoRNA 1.206 0.866 0.814 0.158 0.211 0.116 0.766 0.217 0.388 0.050 0.111 0.125 1.061 0.089 0.158 0.145 0.269 0.096 0.537 0.198 0.043 0.039 0.057 0.107 0.230 0.072 0.023 0.003 0.362 0.342 7.060 12.780 0.623 0.526 0.410 0.074 0.011 0.096 0.145 0.061 0.171 0.061 0.046 0.019 0.301 0.268 0.227 0.260 0.075 0.048 0.019 0.271 0.145 0.274 0.114 0.230 0.171 0.344 0.059 0.061 0.065 0.070 0.099 0.128 0.042 0.018 0.004 0.199 0.174 0.301 0.444 0.329 0.449 0.389 0.179 0.481 0.422 0.667 0.845 0.998 0.903 0.699 0.340 0.187 0.378 0.124 0.160 0.435 1.368 0.532 0.451 7910 chr3 149769669 149812627 + 0 NA Intergenic Intergenic -23082 NR_136187 105374313 Hs.151216 NR_136187 LOC105374313 - uncharacterized LOC105374313 ncRNA 1.514 nan nan 0.132 0.218 2.694 0.164 0.329 0.591 0.047 0.089 0.206 0.029 0.026 0.792 0.314 0.763 0.168 0.118 0.060 0.036 0.023 0.234 0.224 0.212 0.077 0.032 0.031 0.149 0.046 0.095 0.157 0.084 2.999 0.075 0.232 0.067 0.055 0.089 0.029 0.146 0.148 0.047 0.030 0.019 0.054 0.088 0.130 0.110 0.100 0.019 0.073 0.314 0.063 0.022 0.212 0.051 0.033 0.083 0.088 0.122 0.091 0.134 0.278 0.053 0.009 0.006 0.425 0.296 0.448 0.439 0.497 0.535 nan 0.557 0.311 0.303 1.447 nan 0.823 nan nan 0.452 0.430 0.576 0.353 0.399 0.548 0.930 1.000 0.733 5488 chr19 3022487 3077232 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2226 NM_001144761 7089 Hs.332173 NM_003260 ENSG00000065717 TLE2 ESG|ESG2|GRG2 transducin like enhancer of split 2 protein-coding 1.424 1.698 2.179 0.458 1.318 1.882 0.541 1.181 2.249 0.365 0.497 0.334 0.404 0.818 1.712 1.731 0.431 0.184 0.656 0.170 0.721 0.488 0.827 0.621 3.099 0.566 0.519 0.431 0.639 0.233 1.089 2.581 1.175 3.273 0.206 0.466 0.634 0.776 0.073 0.136 0.317 1.000 0.421 0.192 0.870 0.399 0.476 0.623 1.503 1.274 0.559 0.738 1.731 0.719 0.384 3.099 0.291 1.092 0.606 1.774 1.445 0.758 0.531 0.489 0.494 0.294 0.160 0.570 1.105 0.946 1.437 3.300 3.381 1.590 0.560 0.643 0.657 1.884 2.484 2.511 nan 2.363 2.024 0.528 0.677 1.854 1.385 0.783 1.767 2.100 1.019 4106 chr15 82335377 82340787 + 0 NA 5' UTR (NM_032246, exon 1 of 2) 5' UTR (NM_032246, exon 1 of 2) 402 NM_032246 84206 Hs.104744 NM_032246 ENSG00000183496 MEX3B MEX-3B|RKHD3|RNF195 mex-3 RNA binding family member B protein-coding 5.104 nan 8.854 0.467 4.884 3.365 0.457 4.023 6.846 0.160 1.971 0.408 0.483 1.164 4.725 4.525 3.088 0.298 0.314 0.104 0.981 3.945 2.901 1.498 9.021 0.793 0.869 1.464 0.931 0.196 2.676 2.836 0.388 15.085 0.188 1.250 0.548 3.584 0.103 0.548 3.225 1.993 0.812 0.534 0.280 0.276 0.071 2.640 3.897 2.064 1.033 0.419 4.525 0.610 1.041 9.021 0.181 0.961 1.258 3.920 2.194 0.625 2.368 1.330 1.556 1.501 0.990 5.741 6.250 4.215 5.545 10.115 7.812 5.651 1.878 5.501 5.684 3.352 4.387 7.813 13.324 8.375 11.084 2.498 5.923 2.735 1.551 4.832 3.765 1.793 1.167 8884 chr5 43395181 43403898 + 0 NA intron (NM_148672, intron 1 of 2) L2c|LINE|L2 -2173 NM_001301875 56477 Hs.656904 NM_019846 ENSG00000151882 CCL28 CCK1|MEC|SCYA28 C-C motif chemokine ligand 28 protein-coding 0.945 2.886 3.911 0.297 0.790 2.626 3.423 0.097 0.259 1.387 0.611 0.748 0.554 0.193 0.181 0.188 1.687 0.549 4.320 2.586 0.145 0.084 0.077 0.219 0.109 1.616 1.160 0.483 1.721 0.607 0.752 2.188 0.770 0.575 0.922 0.738 0.055 1.841 0.154 0.365 0.137 1.013 0.695 0.373 1.280 0.291 0.366 0.217 0.803 1.371 1.728 1.025 0.188 4.331 0.063 0.109 0.791 0.389 0.067 0.273 0.639 0.616 0.242 0.014 0.540 0.026 0.263 0.309 0.170 0.285 0.359 0.453 0.803 0.243 0.588 0.720 0.425 0.800 0.541 0.609 0.920 0.693 0.731 0.658 0.323 0.406 0.106 0.321 1.118 0.723 6069 chr2 45150857 45174316 + 0 NA intron (NR_147194, intron 1 of 2) CpG-14931 3441 NR_147194 107985879 Hs.436392 NR_147194 ENSG00000259439 LINC01833 K21.1|RP11-89 long intergenic non-protein coding RNA 1833 ncRNA 2.355 nan 2.428 0.124 0.675 0.470 0.189 0.767 1.307 0.024 0.094 0.303 0.060 0.043 0.747 1.658 0.095 0.069 0.130 0.065 0.029 0.100 0.403 0.194 1.653 0.381 0.186 0.507 0.206 0.099 0.716 nan 0.111 2.895 0.137 0.138 1.216 3.017 0.122 0.146 0.206 0.424 0.442 0.302 0.019 0.045 1.754 0.184 1.751 0.464 0.108 0.065 1.658 0.133 0.016 1.653 0.047 0.592 0.224 1.542 0.475 0.242 0.034 3.804 0.023 0.032 0.015 0.298 0.222 1.574 2.005 nan 3.161 1.376 0.559 1.445 1.624 0.506 0.833 1.736 2.252 1.187 1.332 0.193 0.319 2.346 1.920 4.165 nan nan 0.682 4176 chr16 1478899 1492402 + 0 NA intron (NM_001143980, intron 14 of 16) AluSp|SINE|Alu 8840 NM_001143980 645811 Hs.355232 NM_001143980 ENSG00000197599 CCDC154 C16orf29 coiled-coil domain containing 154 protein-coding 0.814 nan 1.132 0.085 2.180 0.839 0.229 0.573 1.055 0.022 0.165 0.138 1.774 0.373 0.417 0.067 0.071 0.133 0.056 0.042 0.010 1.447 0.680 1.981 0.093 0.032 0.096 0.116 0.016 0.321 1.659 0.178 0.874 0.013 0.091 0.239 0.062 0.105 0.017 0.077 0.099 0.080 0.012 0.096 0.143 0.118 0.444 0.107 0.068 0.168 0.417 0.134 0.165 1.981 0.018 0.154 0.057 0.352 1.139 0.122 0.037 0.056 0.022 0.038 0.019 0.678 0.835 0.156 0.150 0.893 0.962 nan 1.817 0.619 0.607 0.173 nan 2.288 2.605 0.396 0.323 0.488 0.264 1.195 0.890 0.266 0.198 1.172 0.741 3628 chr14 64138728 64157528 + 0 NA Intergenic THE1C|LTR|ERVL-MaLR -39487 NM_080666 112840 Hs.655666 NM_080666 ENSG00000140006 WDR89 C14orf150|MSTP050 WD repeat domain 89 protein-coding nan nan 0.716 0.146 0.184 0.048 0.087 0.102 0.252 0.021 0.102 0.066 4.019 0.016 0.122 0.187 0.227 0.224 0.079 0.020 0.130 0.022 0.095 0.114 0.098 0.084 0.027 0.023 0.076 0.040 0.124 0.335 0.364 0.342 0.055 0.100 0.018 0.092 0.159 0.012 0.114 0.064 0.038 0.046 0.019 0.049 0.770 0.133 0.111 0.087 1.098 0.267 0.187 0.042 0.093 0.098 0.059 3.687 0.047 0.265 0.022 0.220 0.037 0.251 0.032 0.009 0.013 0.299 0.211 0.362 0.437 0.329 0.503 0.279 0.117 nan 0.462 0.439 0.563 0.397 nan 0.908 0.425 0.147 0.264 0.115 0.174 0.350 1.057 0.601 0.454 7262 chr21 45757814 45774079 + 0 NA Intergenic Intergenic -6661 NM_001271441 755 Hs.517331 NM_004928 ENSG00000160226 C21orf2 LRRC76|RDMS|SMDAX|YF5/A2 chromosome 21 open reading frame 2 protein-coding nan 1.301 1.862 0.392 0.832 5.177 0.654 0.727 1.167 0.183 0.382 0.316 0.277 0.190 2.082 0.582 0.386 0.100 0.368 0.058 0.421 0.472 0.183 0.197 0.648 0.312 0.432 0.426 0.464 0.123 0.820 1.174 0.688 3.757 0.090 0.325 0.250 0.485 0.084 0.238 0.395 0.929 0.242 0.144 0.215 0.171 0.620 0.443 0.405 0.692 0.286 0.398 0.582 0.979 0.662 0.648 0.270 0.433 0.730 0.796 0.739 0.451 0.315 0.289 0.234 0.244 0.140 1.564 1.267 0.954 1.378 2.873 2.786 nan 0.807 2.109 2.214 0.672 nan 1.863 2.595 2.171 2.420 0.853 0.910 1.330 1.408 0.978 0.867 1.624 1.045 7557 chr3 30322370 30336127 + 0 NA Intergenic MLT1A1|LTR|ERVL-MaLR -231112 NR_147054 101928015 Hs.581534 NR_147054 LINC01985 - long intergenic non-protein coding RNA 1985 ncRNA 0.618 0.775 0.737 0.216 0.121 0.003 0.928 0.392 0.634 0.353 0.545 2.100 0.032 0.102 0.090 0.250 0.979 0.117 0.525 0.413 0.880 3.873 0.103 0.096 0.200 0.938 0.558 0.006 0.273 0.530 0.921 2.571 0.360 0.358 1.093 0.157 0.048 0.103 0.093 2.259 0.064 0.722 0.431 0.310 0.514 0.118 0.097 4.886 1.241 0.402 0.169 0.478 0.250 0.091 0.435 0.200 0.737 0.041 0.014 0.352 0.163 0.510 0.029 0.044 4.076 0.366 0.267 0.214 0.140 0.229 0.315 0.211 0.215 0.779 0.175 0.148 0.104 0.925 nan 0.602 0.275 0.480 0.219 0.149 0.157 0.282 0.459 0.189 0.300 0.493 0.361 5632 chr19 36617271 36633519 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -5433 NM_001003962 826 Hs.515371 NM_001749 ENSG00000126247 CAPNS1 CALPAIN4|CANP|CANPS|CAPN4|CDPS|CSS1 calpain small subunit 1 protein-coding 2.939 2.515 2.308 5.286 5.021 1.633 3.665 1.486 2.993 3.313 3.306 2.460 2.461 1.022 2.093 1.498 1.094 0.408 4.140 2.276 4.826 0.830 1.022 0.439 5.925 2.040 2.260 1.888 3.300 1.685 3.706 5.966 2.311 14.569 2.103 3.156 0.418 3.778 0.213 1.338 1.270 7.027 5.957 2.194 2.784 2.072 3.435 2.392 5.526 7.982 1.794 1.971 1.498 5.898 2.528 5.925 2.021 5.377 0.408 2.775 1.338 1.614 1.011 1.174 2.079 1.475 1.122 1.051 1.589 1.978 3.331 3.454 3.047 5.285 1.472 4.042 4.206 1.404 2.025 2.605 3.668 nan 2.701 1.373 2.187 2.304 1.799 2.078 3.346 3.398 1.729 2418 chr12 3641720 3650854 + 0 NA intron (NM_019854, intron 1 of 9) L1ME4a|LINE|L1 -44302 NR_126055 100129223 Hs.586788 NR_126055 THCAT155 - thyroid cancer-associated transcript 155 ncRNA 1.017 nan nan 0.038 1.683 5.898 0.222 0.187 0.493 0.015 0.112 0.040 0.016 0.386 4.274 0.407 0.125 0.053 0.095 0.021 0.376 0.277 1.727 0.143 0.023 0.015 0.095 0.082 0.504 2.754 0.557 11.540 0.065 0.030 0.315 0.095 0.105 0.011 0.161 0.070 0.046 0.026 0.084 0.067 0.063 0.206 0.098 0.063 0.017 0.068 0.407 0.032 0.002 1.727 0.083 0.054 0.233 0.140 0.768 0.069 0.575 0.232 0.008 0.032 0.025 0.253 0.236 0.089 0.116 nan 2.197 1.983 0.711 0.308 0.352 0.503 0.922 6.015 7.046 0.588 0.500 0.729 1.332 1.452 1.986 0.489 nan 2.331 1.429 10681 chr7 134272042 134280645 + 0 NA Intergenic HERV17-int|LTR|ERV1 42494 NM_001080538 441282 Hs.729418 NM_001080538 ENSG00000227471 AKR1B15 AKR1B10L|AKR1B10L, AK1R1B7|AKR1R1B7 aldo-keto reductase family 1 member B15 protein-coding nan nan nan 0.130 0.237 0.039 1.284 0.149 0.255 0.992 2.315 5.037 0.390 0.023 0.062 0.132 0.593 0.224 1.181 0.926 0.462 0.049 0.109 0.078 0.153 1.238 0.992 0.069 0.202 0.306 0.689 1.591 4.270 0.300 0.373 4.618 0.100 0.153 0.439 0.093 0.727 0.386 0.135 0.291 0.106 6.912 0.858 4.115 0.074 1.258 6.078 0.132 1.395 0.203 0.153 2.618 8.681 0.080 0.104 0.353 1.240 0.034 0.116 0.212 0.013 0.006 0.425 0.275 0.276 0.827 0.298 0.390 nan 0.069 0.560 0.538 0.266 nan 0.164 0.159 nan 0.240 0.181 0.193 0.105 0.393 0.300 0.783 1.114 nan 305 chr1 40704777 40712181 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu -5094 NM_001008740 127391 Hs.406265 NM_001008740 ENSG00000188800 TMCO2 dJ39G22.2 transmembrane and coiled-coil domains 2 protein-coding 7.973 0.769 nan 0.165 0.854 0.045 6.307 0.189 0.260 0.039 0.612 0.789 0.092 0.202 0.095 11.935 0.231 0.128 0.958 0.587 0.084 0.093 0.114 0.279 0.209 1.441 0.927 0.079 1.422 1.269 0.325 0.715 0.413 0.376 1.380 0.106 0.058 0.089 0.108 0.618 1.013 0.275 0.160 0.190 0.710 2.619 0.495 1.162 0.066 0.549 0.032 0.294 11.935 0.629 0.311 0.209 0.082 0.225 0.040 0.118 0.151 0.726 0.059 0.194 1.142 0.140 0.047 0.242 0.159 0.252 0.420 0.512 0.638 0.365 0.099 0.402 0.336 0.369 nan nan 0.977 0.450 0.253 0.298 nan 0.163 0.205 0.426 0.984 1.147 1.109 11475 chr9 16568364 16587617 + 0 NA intron (NM_017637, intron 4 of 6) intron (NM_017637, intron 4 of 6) -148822 NR_151723 111216284 Hs.609218 NR_151723 ENSG00000234779 BNC2-AS1 - BNC2 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.794 0.138 0.150 0.026 0.094 0.183 0.245 0.005 0.045 0.172 0.016 0.016 0.148 0.526 0.320 0.118 0.116 0.050 0.091 0.029 0.081 0.146 0.062 0.061 0.011 0.068 0.032 0.055 0.058 0.111 0.514 0.053 0.098 0.282 0.566 0.087 0.012 0.164 0.038 0.019 0.028 0.040 0.044 0.166 0.078 0.152 0.066 0.040 0.076 0.526 0.082 0.024 0.062 0.019 0.030 0.108 0.076 0.063 0.050 0.371 0.071 0.031 0.033 0.008 0.265 0.131 0.582 0.372 0.824 0.986 0.152 0.126 0.169 0.142 3.156 3.594 0.100 0.099 0.497 0.306 0.555 0.629 0.811 0.713 0.270 0.566 1.423 1.049 8584 chr4 150700472 150708615 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -294883 NM_001040260 166614 Hs.591683 NM_152619 ENSG00000170390 DCLK2 CL2|CLICK-II|CLICK2|CLIK2|DCAMKL2|DCDC3|DCDC3B|DCK2 doublecortin like kinase 2 protein-coding nan 0.945 0.477 0.511 0.033 0.464 0.132 0.110 0.259 6.598 0.012 0.022 0.064 0.202 0.079 1.102 0.920 0.016 0.058 0.061 0.015 0.008 0.018 0.018 0.184 0.153 0.495 0.723 0.034 0.245 0.843 0.125 0.026 0.057 0.306 0.030 0.169 0.074 0.039 0.082 0.028 0.155 0.551 0.010 0.130 0.025 0.064 0.116 0.091 0.015 0.322 0.051 0.007 0.062 0.048 0.049 0.016 0.217 0.014 0.006 0.193 0.171 0.218 0.125 0.131 0.141 0.130 0.037 0.112 0.108 0.189 0.229 0.218 0.193 0.277 0.102 0.187 0.178 0.047 0.082 0.143 0.341 0.106 0.147 928 chr1 182565104 182589423 + 0 NA Intergenic L1ME2|LINE|L1 -3715 NM_002928 6004 Hs.413297 NM_002928 ENSG00000143333 RGS16 A28-RGS14|A28-RGS14P|RGS-R regulator of G protein signaling 16 protein-coding nan nan 8.963 0.178 3.653 2.039 0.155 1.926 3.304 0.047 0.227 0.593 0.072 0.829 1.935 2.830 3.547 0.384 0.170 0.117 0.046 0.068 4.273 1.529 1.474 0.477 0.261 0.103 0.253 0.079 2.090 4.226 1.104 5.341 0.048 2.192 1.666 0.173 0.092 0.111 1.721 0.216 0.153 0.087 0.175 0.082 0.183 0.168 0.221 0.187 1.090 0.491 2.830 0.109 0.289 1.474 0.356 0.201 0.943 0.691 2.892 0.124 0.965 0.852 0.085 0.040 0.025 1.430 2.335 1.293 2.097 10.455 nan 5.347 2.065 nan 2.676 2.296 2.856 6.499 6.862 5.078 6.727 1.938 2.320 5.715 6.054 1.422 nan 3.493 1.775 7274 chr21 46414712 46440664 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -3046 NR_024089 378825 Hs.534828 NR_024089 ENSG00000275874 PICSAR C21orf113|LINC00162|NCRNA00162|NLC1-C|NLC1C|PRED74 P38 inhibited cutaneous squamous cell carcinoma associated lincRNA ncRNA nan 0.651 1.324 0.247 0.115 0.072 2.259 0.129 0.194 0.179 3.170 0.754 0.029 0.012 0.232 0.253 0.116 0.075 0.724 0.469 0.201 0.027 0.066 0.048 0.098 0.386 0.279 0.229 0.097 0.593 0.206 0.451 0.161 0.549 0.518 0.632 0.022 0.113 0.047 0.933 0.021 2.854 1.784 0.706 0.476 0.386 0.385 0.617 0.119 0.887 0.039 0.197 0.253 1.051 0.424 0.098 0.178 0.065 0.354 0.510 0.108 0.539 0.096 0.177 0.721 0.963 0.731 0.435 0.503 0.855 1.849 0.435 0.446 nan 0.073 0.296 0.316 0.161 nan 0.125 0.185 0.793 0.578 0.426 0.479 0.164 0.189 0.554 0.948 0.470 0.479 8889 chr5 44859479 44882055 + 0 NA Intergenic Intergenic 61740 NM_016640 10884 Hs.124165 NM_016640 ENSG00000112996 MRPS30 MRP-S30|PAP|PDCD9|S30mt mitochondrial ribosomal protein S30 protein-coding 0.579 1.047 1.862 1.271 0.201 0.026 1.078 0.215 0.272 0.131 0.193 0.564 0.027 0.125 0.051 0.430 0.233 0.148 2.375 1.229 0.157 7.063 0.137 0.168 0.122 0.830 0.493 0.032 1.130 0.707 0.815 1.462 0.662 0.340 1.140 0.070 0.034 0.081 0.124 2.313 0.035 0.303 0.433 0.242 0.707 0.575 0.302 2.050 0.123 0.476 0.621 0.356 0.430 1.038 0.459 0.122 0.189 0.066 0.069 0.476 0.059 0.759 0.061 0.054 0.524 1.278 1.576 0.148 0.100 0.215 0.330 0.253 0.363 0.263 0.103 0.178 0.186 0.671 1.045 0.272 0.316 0.767 0.318 0.171 0.273 0.089 0.158 0.140 0.261 0.474 0.472 1644 chr10 112151828 112194524 + 0 NA Intergenic MLT1H|LTR|ERVL-MaLR -84449 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 0.871 nan 1.159 0.829 0.076 0.026 4.018 0.245 0.487 0.467 1.977 2.796 0.051 0.457 0.066 0.423 0.721 0.113 1.278 0.920 0.902 0.039 0.070 0.068 0.070 2.366 1.523 0.490 2.341 1.549 2.558 4.376 0.832 0.388 0.538 2.947 0.016 0.040 0.080 0.819 0.108 2.773 2.651 1.258 2.106 0.581 1.787 0.945 3.585 1.618 1.878 3.618 0.423 2.447 3.111 0.070 1.849 1.171 0.109 0.484 0.401 0.718 0.209 0.189 0.569 0.502 0.482 0.387 0.418 0.382 0.704 0.106 0.119 0.172 0.071 0.196 0.232 0.265 0.509 0.231 0.227 0.398 0.258 0.300 0.443 0.083 0.207 0.430 0.797 0.340 0.326 10451 chr7 79900914 79910230 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 98183 NR_110075 101927269 Hs.583232 NR_110075 LOC101927269 - uncharacterized LOC101927269 ncRNA nan 0.745 0.857 0.348 0.112 0.078 0.367 0.224 0.276 0.082 0.201 0.977 0.080 0.140 0.077 1.127 4.740 0.370 0.178 0.061 6.734 0.164 0.200 0.243 0.100 0.309 0.070 1.051 0.359 0.390 0.182 0.407 1.317 0.237 0.094 0.810 0.072 0.525 0.202 0.076 0.051 0.082 0.042 0.059 0.165 0.148 0.280 0.225 1.656 0.100 2.358 0.566 1.127 0.031 0.023 0.100 2.393 0.602 0.021 0.231 0.087 0.122 0.021 0.145 0.072 0.066 0.038 1.034 1.006 5.476 nan 0.329 0.387 0.179 0.110 0.187 0.166 0.821 nan 0.433 nan 0.432 0.197 0.228 0.304 0.523 0.582 0.358 0.589 0.584 0.573 4560 chr17 5671173 5675896 + 0 NA Intergenic Intergenic -2020 NR_040000 339166 Hs.736088 NR_040000 ENSG00000284837 LOC339166 - uncharacterized LOC339166 ncRNA 1.305 2.232 0.799 0.018 1.809 0.104 0.610 1.186 0.020 0.033 0.079 0.065 0.243 3.206 0.063 0.068 0.045 0.041 0.027 0.058 0.531 0.295 6.342 0.030 0.015 0.031 0.028 0.065 0.247 0.089 1.652 0.069 0.425 0.068 0.096 0.837 0.039 0.046 0.081 0.172 0.084 0.052 0.443 0.017 0.049 3.206 0.085 0.049 6.342 0.026 0.017 0.349 0.097 0.043 0.101 0.105 0.080 0.213 0.020 2.146 4.287 0.177 0.162 2.197 1.764 14.061 7.484 0.049 0.069 1.364 2.653 0.088 0.164 0.499 0.394 0.120 0.380 2.707 1.383 0.138 0.422 0.125 0.251 4276 chr16 19531478 19545225 + 0 NA intron (NM_001323576, intron 2 of 13) intron (NM_001323576, intron 2 of 13) 3172 NM_001199022 9738 Hs.279912 NM_014711 ENSG00000103540 CCP110 CP110|Cep110 centriolar coiled-coil protein 110 protein-coding 2.478 2.073 nan 1.421 2.406 2.195 0.816 1.168 2.488 0.560 1.368 0.727 0.239 0.438 1.421 1.533 0.820 0.189 0.976 0.317 0.433 0.253 1.435 0.682 1.563 0.755 0.630 0.673 0.981 0.229 1.588 2.482 0.898 4.617 0.515 1.008 0.705 0.595 0.111 0.283 1.143 0.818 0.612 0.398 0.935 0.390 1.324 0.451 1.108 1.317 1.011 1.186 1.533 1.162 1.260 1.563 0.353 0.455 0.498 0.912 0.605 0.740 0.943 0.577 0.359 0.434 0.179 1.178 1.132 1.536 2.152 2.257 2.024 5.743 2.222 1.489 1.580 2.110 2.420 4.448 7.152 nan 1.821 0.742 1.730 2.227 2.739 1.274 1.949 2.271 1.034 8509 chr4 113968756 114016862 + 0 NA intron (NM_001354235, intron 1 of 46) intron (NM_001354235, intron 1 of 46) 22239 NM_001354235 287 Hs.620557 NM_001148 ENSG00000145362 ANK2 ANK-2|LQT4|brank-2 ankyrin 2 protein-coding 1.288 1.219 0.747 0.121 2.701 0.102 0.117 0.400 0.819 0.010 0.092 0.127 0.018 0.048 0.612 0.316 0.111 0.073 0.147 0.110 0.018 0.020 0.153 0.145 4.620 0.121 0.033 0.033 0.128 0.055 0.119 0.596 0.121 0.256 0.134 0.038 0.405 0.032 0.075 0.152 0.163 0.065 0.011 0.005 0.050 0.065 0.098 0.109 0.056 0.051 0.038 0.032 0.316 0.099 0.083 4.620 0.043 0.031 0.149 0.018 0.112 0.118 0.055 0.443 0.023 0.012 0.003 0.242 0.215 0.328 0.491 0.765 0.649 1.832 0.896 0.130 0.141 0.816 1.117 1.654 1.623 0.854 0.742 0.154 0.254 1.910 2.454 0.660 1.954 0.775 0.444 4815 chr17 43652771 43664869 + 0 NA Intergenic Intergenic 20408 NR_026901 644172 Hs.448859 NR_026901 MAPK8IP1P2 - mitogen-activated protein kinase 8 interacting protein 1 pseudogene 2 pseudo 4.570 3.542 nan 2.682 7.322 6.031 1.804 2.281 4.461 0.554 2.378 1.034 0.412 1.394 4.227 3.217 2.794 0.760 2.890 1.101 2.194 2.349 2.745 1.273 3.837 1.898 2.603 1.846 1.850 0.648 2.555 nan 3.545 11.542 0.708 1.462 0.874 3.193 0.204 1.802 3.669 2.303 1.830 0.837 2.773 1.483 1.146 3.440 5.352 3.841 2.018 1.502 3.217 3.489 2.845 3.837 0.861 1.407 2.543 3.087 1.855 1.732 3.325 0.846 1.030 0.990 0.500 7.296 6.828 3.699 5.067 9.171 nan 7.109 3.590 12.242 12.541 3.536 4.657 9.483 12.471 6.878 6.685 6.709 9.322 3.730 3.548 2.725 2.524 3.193 2.099 4076 chr15 75109239 75127370 + 0 NA promoter-TSS (NM_001030005) promoter-TSS (NM_001030005) -647 NM_001030005 594855 Hs.187694 NM_001030005 ENSG00000213578 CPLX3 CPX-III|CPXIII|Nbla11589 complexin 3 protein-coding 1.532 1.710 2.673 0.130 0.106 0.026 0.515 0.195 0.284 0.348 0.181 0.168 0.041 0.081 0.215 0.293 0.083 0.106 0.341 0.239 0.055 0.099 0.195 0.196 0.231 0.273 0.122 0.086 0.201 0.099 0.261 1.443 0.086 0.557 0.530 0.139 0.079 0.099 0.060 0.052 0.057 0.170 0.115 0.079 0.200 0.068 0.255 0.215 0.225 0.164 0.360 0.504 0.293 0.469 0.208 0.231 0.222 0.155 1.827 0.129 0.576 0.375 0.858 0.335 0.117 0.019 0.011 3.708 5.874 0.865 0.746 0.540 0.500 1.235 0.357 0.345 0.348 1.389 1.772 0.334 0.497 2.870 3.546 1.507 1.960 0.358 0.438 0.953 2.031 0.616 0.421 9545 chr6 30289328 30295895 + 0 NA intron (NR_024052, intron 1 of 4) AluSx|SINE|Alu 1300 NR_052012 414778 Hs.485041 NR_052012 ENSG00000270604 HCG17 HCG18|LINC00046|NCRNA00046 HLA complex group 17 (non-protein coding) ncRNA nan 2.576 nan 2.685 3.634 1.836 1.818 1.672 3.210 0.582 3.133 1.447 1.140 1.980 2.186 3.093 2.001 0.203 3.430 0.898 3.321 2.037 1.626 0.813 4.630 1.507 1.958 0.819 1.920 0.884 3.364 3.734 3.250 6.031 1.292 1.476 0.538 3.004 0.129 0.699 1.881 7.291 5.975 2.705 1.178 0.750 1.761 2.828 1.941 4.182 2.439 1.726 3.093 7.218 5.974 4.630 0.932 1.966 1.146 4.564 2.387 1.551 1.163 1.535 1.796 0.947 0.439 3.647 4.256 3.493 nan nan 4.264 6.108 2.861 8.961 9.372 3.066 3.723 4.835 6.688 3.966 4.681 2.514 3.612 5.821 6.024 3.705 4.792 2.835 1.684 281 chr1 38389464 38421798 + 0 NA intron (NM_001350228, intron 2 of 20) intron (NM_001350228, intron 2 of 20) 2305 NM_001350228 3633 Hs.449942 NM_005540 ENSG00000204084 INPP5B 5PTase inositol polyphosphate-5-phosphatase B protein-coding 1.152 nan 2.137 0.435 2.561 0.192 0.695 0.312 0.550 0.077 0.439 0.447 0.192 0.804 0.296 0.448 0.522 0.205 0.407 0.153 0.293 0.494 0.839 0.527 1.292 0.782 0.550 0.392 0.299 0.447 0.572 1.795 0.525 1.202 0.222 0.183 0.128 1.044 0.135 0.077 0.214 0.342 0.226 0.156 0.378 0.264 0.496 0.244 0.422 0.690 0.112 0.354 0.448 0.546 0.702 1.292 0.110 0.378 0.118 0.509 0.446 0.202 1.769 0.335 0.101 0.431 0.256 1.147 1.270 1.648 1.459 1.162 1.195 nan 0.371 1.340 1.503 0.683 1.180 6.396 7.300 nan 0.514 2.467 3.063 0.585 0.549 0.562 1.251 1.589 nan 9790 chr6 85466854 85487380 + 0 NA Intergenic Intergenic -3163 NM_001080508 9096 Hs.251830 NM_001080508 ENSG00000112837 TBX18 CAKUT2 T-box 18 protein-coding 0.569 0.589 nan 1.320 0.453 0.019 0.031 0.149 0.217 0.432 1.427 2.085 0.620 0.036 0.830 0.903 0.219 1.331 0.579 1.032 0.021 0.830 0.539 0.047 0.020 0.014 0.396 0.172 0.036 0.411 0.657 0.079 0.230 0.121 0.477 0.019 0.404 0.100 0.069 0.015 1.952 0.029 0.023 0.005 0.030 0.052 0.063 3.058 2.796 0.165 0.006 0.830 1.187 0.014 0.047 0.423 0.206 0.019 1.468 3.340 0.008 0.024 0.048 0.035 0.017 0.007 0.219 0.081 0.862 1.454 0.138 0.208 1.580 0.655 0.963 1.035 0.146 0.263 0.512 0.559 0.311 0.113 0.127 0.122 0.059 0.111 0.089 0.189 0.140 0.183 11947 chrX 53109558 53124709 + 0 NA 3' UTR (NM_022117, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_022117, exon 7 of 7) 5591 NM_022117 64061 Hs.136164 NM_022117 ENSG00000184205 TSPYL2 CDA1|CINAP|CTCL|DENTT|HRIHFB2216|NP79|SE204|TSPX TSPY like 2 protein-coding 1.733 1.732 0.823 0.362 1.361 0.831 0.370 1.398 2.685 0.227 0.546 0.564 0.171 0.396 0.617 0.825 0.677 0.109 0.434 0.187 0.359 0.339 0.808 0.498 0.999 0.432 0.287 0.455 0.656 0.312 0.303 0.642 0.471 2.837 0.358 0.756 0.339 1.774 0.067 0.163 0.707 0.687 0.625 0.391 0.324 0.289 0.217 0.475 0.918 0.985 0.360 0.539 0.825 0.865 0.501 0.999 0.209 0.433 0.337 0.709 2.645 0.480 0.653 0.459 0.351 0.249 0.130 0.750 0.974 1.505 2.161 3.233 2.474 2.597 0.798 1.937 1.955 0.810 1.210 2.345 3.256 2.134 2.042 0.828 1.551 1.598 1.655 1.457 2.707 1.065 0.528 3832 chr14 104312146 104327612 + 0 NA intron (NR_038436, intron 1 of 2) AluJb|SINE|Alu 5821 NR_038436 145216 Hs.578091 NR_038436 ENSG00000258735 LINC00637 - long intergenic non-protein coding RNA 637 ncRNA 3.938 1.712 3.468 0.652 1.354 3.083 0.442 0.619 0.962 0.266 0.203 0.159 0.643 0.180 1.621 1.622 0.467 0.117 0.582 0.135 0.220 0.368 0.560 0.306 2.347 0.839 0.675 0.239 0.713 0.211 1.968 4.117 3.270 2.844 0.237 0.174 0.400 0.621 0.085 0.137 0.642 0.542 0.642 0.294 0.289 0.732 1.197 0.408 0.972 1.533 0.611 4.133 1.622 0.690 0.477 2.347 0.363 0.571 0.680 0.811 1.052 0.537 0.327 0.174 0.513 0.123 0.053 0.870 1.371 0.812 1.393 4.446 4.430 2.173 0.672 1.049 1.172 1.232 1.655 2.827 3.714 3.196 3.404 0.785 1.454 1.370 1.193 0.648 0.853 1.187 0.885 3412 chr14 24860148 24869660 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -3088 NM_025081 57523 Hs.288348 NM_025081 ENSG00000205978 NYNRIN CGIN1|KIAA1305 NYN domain and retroviral integrase containing protein-coding nan 2.063 1.732 2.527 0.563 0.634 1.749 0.720 1.014 0.503 0.220 0.724 1.972 0.105 0.637 0.864 0.364 0.185 1.499 0.378 0.087 0.023 0.182 0.147 0.770 0.095 0.030 0.171 1.941 1.417 3.646 9.978 5.750 2.252 0.969 0.520 0.231 0.458 0.123 0.025 0.209 0.126 0.120 0.066 1.066 1.686 2.189 0.357 1.194 0.315 0.332 2.026 0.864 1.409 0.088 0.770 1.105 1.132 0.346 0.765 0.240 0.133 0.798 0.547 0.051 0.030 0.027 0.266 0.406 0.508 0.917 3.220 2.319 0.860 0.249 0.565 0.555 0.948 1.401 1.703 nan 1.354 1.091 0.852 1.554 0.821 0.664 0.698 1.118 0.677 0.535 4928 chr17 64264540 64276730 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -28291 NM_002737 5578 Hs.531704 NM_002737 ENSG00000154229 PRKCA AAG6|PKC-alpha|PKCA|PRKACA protein kinase C alpha protein-coding 0.842 nan 0.720 0.336 0.158 0.023 6.449 0.119 0.356 1.356 2.094 3.534 0.005 0.033 0.118 0.726 0.331 0.250 3.535 2.584 0.873 0.069 0.173 0.168 0.196 2.870 2.252 0.208 1.939 2.573 1.041 5.906 1.091 0.372 3.655 1.994 0.093 0.053 0.125 4.950 0.059 1.684 0.307 0.173 2.857 2.962 1.401 1.384 3.138 0.477 0.774 2.099 0.726 3.567 5.513 0.196 0.501 0.971 0.087 1.304 0.058 4.760 0.032 0.334 2.453 0.203 0.092 0.496 0.324 0.293 0.596 0.333 0.293 0.298 0.128 0.296 0.276 0.297 nan 0.340 0.406 0.662 0.375 0.157 0.277 0.119 0.211 0.414 0.628 0.457 0.489 7382 chr22 30811728 30823302 + 0 NA intron (NM_001291932, intron 10 of 10) L1MC4a|LINE|L1 -4096 NM_016498 51537 Hs.713636 NM_016498 ENSG00000242114 MTFP1 HSPC242|MTP18 mitochondrial fission process 1 protein-coding nan 1.440 1.396 7.351 1.281 0.941 3.192 1.281 2.328 1.350 1.987 2.535 0.441 0.434 1.044 2.132 0.937 0.196 4.764 1.861 1.895 0.683 0.642 0.521 1.954 1.386 1.492 0.655 3.955 1.991 2.143 nan 1.570 2.925 2.577 3.195 0.512 1.477 0.096 1.136 0.769 6.120 3.901 1.387 2.638 1.704 5.385 4.036 2.096 2.704 2.779 2.053 2.132 3.198 3.501 1.954 1.193 1.016 1.025 3.378 1.641 5.809 0.873 0.864 2.627 1.324 1.308 1.618 2.711 2.232 nan 2.885 2.548 2.931 1.092 3.199 3.287 2.518 nan 2.065 3.038 2.328 3.389 1.296 2.088 2.406 2.726 1.290 nan 2.385 1.475 9563 chr6 31618518 31621900 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256169).2 promoter-TSS (NM_001256169).2 22 NR_045828 55937 Hs.534468 NM_019101 ENSG00000204444 APOM G3a|HSPC336|NG20|apo-M apolipoprotein M protein-coding 6.629 3.778 nan 5.796 8.431 5.208 6.567 3.378 7.286 1.212 5.165 2.346 4.110 3.321 4.901 5.960 6.146 0.341 4.783 1.793 6.234 5.775 2.769 1.232 8.150 3.938 4.225 1.362 2.898 2.225 7.107 9.100 8.302 15.079 2.891 3.318 1.543 7.252 0.161 1.811 3.003 8.450 5.835 2.116 2.319 2.267 3.974 6.822 3.551 7.819 4.697 2.887 5.960 8.052 4.948 8.150 1.804 3.291 1.467 8.725 3.259 4.578 2.309 2.755 2.425 3.950 2.682 8.702 8.628 9.962 14.091 nan 9.591 8.502 6.854 20.407 23.183 4.475 5.532 12.722 16.709 9.260 8.319 5.158 7.887 7.298 9.152 8.078 9.088 4.090 1.966 10671 chr7 132230757 132243035 + 0 NA intron (NM_181775, intron 2 of 4) intron (NM_181775, intron 2 of 4) 24427 NM_020911 91584 Hs.511454 NM_020911 ENSG00000221866 PLXNA4 FAYV2820|PLEXA4|PLXNA4A|PLXNA4B|PRO34003 plexin A4 protein-coding nan nan nan 0.123 0.128 0.095 0.092 0.079 0.148 0.008 0.097 0.203 0.020 0.056 0.117 0.136 0.098 0.131 0.043 0.020 0.011 0.141 0.090 0.059 0.011 0.029 0.030 0.088 0.040 0.035 0.176 0.214 0.012 0.061 0.071 0.130 0.264 0.033 0.083 0.010 0.019 0.027 0.044 0.055 0.317 0.040 0.035 0.032 0.032 0.136 0.035 0.084 0.059 0.010 0.027 0.072 0.081 0.083 0.796 0.024 0.105 0.171 0.028 0.021 0.309 0.192 0.091 0.212 0.281 0.457 nan 0.030 0.123 0.158 0.352 nan 0.258 0.337 nan 0.227 0.182 0.194 0.065 0.080 0.325 0.957 3.359 nan 10427 chr7 74303880 74308662 + 0 NA promoter-TSS (NR_027775) promoter-TSS (NR_027775) 460 NR_040584 442582 Hs.632310 NM_001025202 STAG3L2 STAG3L1|STAG3L2P|STAG3L3 stromal antigen 3-like 2 (pseudogene) pseudo nan 1.792 3.136 2.123 2.608 2.811 3.516 1.874 3.919 1.989 5.398 3.728 1.338 1.419 4.109 3.997 3.152 1.578 3.089 1.031 3.087 2.967 2.945 1.436 2.858 2.809 4.050 3.339 4.708 0.993 3.086 4.380 4.664 5.285 1.106 3.621 1.921 5.400 0.230 1.125 2.943 6.399 4.293 2.530 1.783 2.682 3.207 3.970 5.294 9.745 2.688 2.913 3.997 4.573 5.340 2.858 3.210 2.297 1.812 5.180 2.058 3.158 3.367 0.967 2.654 3.702 2.490 4.138 4.871 5.126 7.584 5.370 4.726 5.355 1.795 4.902 4.787 1.545 nan 4.065 nan 5.425 6.026 5.266 7.286 4.712 4.699 4.096 4.943 3.344 1.936 8376 chr4 54454876 54461272 + 0 NA promoter-TSS (NM_001126328) promoter-TSS (NM_001126328) -321 NM_001126328 84708 Hs.518760 NM_032622 ENSG00000072201 LNX1 LNX|MPDZ|PDZRN2 ligand of numb-protein X 1 protein-coding nan 2.118 1.324 1.313 3.672 0.035 0.506 1.724 4.009 0.240 0.132 2.006 2.931 0.417 0.208 0.299 0.139 0.126 0.978 0.356 0.029 0.044 1.758 0.542 2.486 0.411 0.224 0.035 0.477 0.247 1.518 2.732 2.755 1.053 0.776 0.124 0.788 0.034 0.077 0.611 1.104 0.144 0.207 0.061 0.595 1.171 0.730 2.128 0.411 0.012 2.675 0.640 0.299 1.216 0.068 2.486 0.572 1.089 0.030 0.172 0.265 0.223 0.994 0.171 0.035 0.008 0.897 1.170 4.185 5.610 0.247 0.371 11.739 5.247 0.281 0.363 0.361 0.771 6.355 7.842 0.367 0.145 0.893 1.802 2.827 4.246 0.405 1.329 2.080 1.458 9665 chr6 44082092 44096820 + 0 NA intron (NM_001318767, intron 1 of 2) AluSx|SINE|Alu 4548 NM_001318770 64928 Hs.311190 NM_032111 ENSG00000180992 MRPL14 L14mt|L32mt|MRP-L14|MRP-L32|MRPL32|RMPL32|RPML32 mitochondrial ribosomal protein L14 protein-coding 1.930 1.114 1.484 2.654 1.143 0.454 3.339 0.621 1.224 0.472 1.957 1.178 0.906 0.462 1.112 1.176 1.316 0.252 2.054 0.593 0.630 0.861 0.508 0.271 1.599 4.761 4.756 0.506 2.263 2.436 1.304 2.368 2.004 2.309 0.543 0.726 0.306 1.114 0.105 0.882 0.726 1.250 1.522 0.870 2.261 0.714 1.298 2.265 1.124 2.131 0.974 1.257 1.176 2.091 1.621 1.599 1.552 0.881 0.423 1.794 0.710 0.515 0.445 0.914 1.233 3.841 3.659 1.286 1.858 1.425 2.073 1.912 2.059 2.225 0.855 2.591 2.935 1.271 1.702 2.034 nan 1.615 1.368 1.089 1.836 0.849 0.848 1.198 2.462 0.972 0.692 11184 chr8 103908254 103924198 + 0 NA intron (NR_126339, intron 2 of 2) intron (NR_126339, intron 2 of 2) 39727 NR_126338 100506753 Hs.602901 NR_126338 AZIN1-AS1 - AZIN1 antisense RNA 1 ncRNA 1.229 nan nan 0.342 0.188 0.314 2.658 0.181 0.416 0.478 0.496 0.280 0.087 0.044 0.181 0.137 0.451 0.134 0.908 0.344 1.096 0.012 0.073 0.098 0.340 0.873 0.277 0.203 1.723 2.574 0.136 0.379 0.259 0.628 0.496 0.492 0.018 0.014 0.078 0.422 0.064 0.438 1.167 0.655 3.021 3.151 3.583 0.871 0.199 0.499 0.039 0.882 0.137 1.204 0.070 0.340 0.329 0.833 0.041 0.307 0.089 0.528 0.308 0.125 0.288 2.701 2.266 0.727 0.949 0.341 0.901 0.725 0.803 nan 0.170 0.690 0.683 0.186 nan 0.164 nan nan 0.197 0.726 0.922 0.137 0.142 0.355 nan 0.841 0.631 9993 chr6 147178701 147196187 + 0 NA intron (NR_034115, intron 7 of 10) intron (NR_034115, intron 7 of 10) -62484 NR_003954 729176 Hs.486708 NR_003954 KATNBL1P6 - katanin regulatory subunit B1 like 1 pseudogene 6 pseudo nan 0.934 nan 0.049 0.238 0.016 0.098 0.345 0.562 0.049 0.204 0.671 0.004 0.087 0.178 3.431 0.209 0.073 0.079 0.051 0.032 0.016 0.277 0.166 0.330 0.102 0.050 0.093 0.097 0.061 0.101 0.176 0.073 0.680 0.052 0.741 0.066 0.074 0.135 0.020 0.055 0.095 0.050 0.027 0.131 0.039 0.097 0.172 0.220 0.353 0.018 0.126 3.431 0.093 0.122 0.330 0.069 0.023 0.170 0.594 0.057 0.091 0.194 0.028 0.047 0.032 0.400 0.233 0.905 0.508 0.831 0.722 3.129 0.915 0.309 0.271 0.432 0.673 0.334 0.331 0.989 0.678 0.147 0.290 0.430 0.686 0.446 0.866 1.418 0.761 6485 chr2 173291805 173322050 + 0 NA intron (NM_000210, intron 1 of 25) intron (NM_000210, intron 1 of 25) 14644 NM_001079818 3655 Hs.133397 NM_000210 ENSG00000091409 ITGA6 CD49f|ITGA6B|VLA-6 integrin subunit alpha 6 protein-coding 1.343 1.077 2.351 1.405 0.500 0.695 3.606 0.313 0.646 1.068 0.471 1.250 0.066 0.128 0.116 0.809 0.139 0.125 2.297 1.205 0.398 0.096 0.271 0.225 0.776 1.758 1.315 0.174 1.133 1.113 0.893 2.289 0.222 1.135 1.467 1.202 0.100 0.213 0.087 0.847 0.454 1.634 2.180 1.077 0.823 0.876 2.485 1.172 1.083 1.313 0.691 0.807 0.809 1.915 2.540 0.776 0.678 0.371 0.120 0.791 0.007 0.839 0.294 1.121 1.689 1.637 1.564 0.577 0.727 0.753 1.323 0.812 0.763 2.206 0.727 0.779 0.758 0.153 0.341 0.824 1.099 0.668 0.511 0.503 0.809 0.564 0.800 1.123 3.432 0.499 0.348 5150 chr18 9729975 9745380 + 0 NA intron (NM_006868, intron 1 of 6) intron (NM_006868, intron 1 of 6) 29449 NM_006868 11031 Hs.99528 NM_006868 ENSG00000168461 RAB31 Rab22B RAB31, member RAS oncogene family protein-coding 1.071 0.868 0.772 0.412 0.333 0.022 3.170 0.146 0.211 1.252 0.945 1.630 0.024 0.115 0.271 0.911 0.649 0.135 4.996 2.724 2.395 0.090 0.195 0.101 0.171 1.165 1.066 0.200 2.360 1.076 0.836 2.673 0.960 nan 1.882 1.791 0.933 0.082 0.105 1.345 0.046 6.542 0.911 0.558 1.808 1.417 2.322 4.776 1.226 1.548 2.341 3.169 0.911 2.216 4.070 0.171 0.833 1.435 0.050 1.028 0.078 1.981 0.045 0.104 1.228 1.695 1.556 0.466 0.533 0.673 1.632 0.660 0.738 nan 0.225 0.262 0.253 0.298 nan 0.350 0.451 nan 0.196 0.113 0.188 2.527 4.235 0.244 nan nan 1.093 748 chr1 154296245 154308479 + 0 NA intron (NM_001005855, intron 2 of 11) intron (NM_001005855, intron 2 of 11) 2086 NM_020452 57198 Hs.435700 NM_020452 ENSG00000143515 ATP8B2 ATPID ATPase phospholipid transporting 8B2 protein-coding nan nan 1.252 0.287 0.723 0.359 0.707 0.355 0.941 0.102 0.713 1.590 0.061 0.869 1.386 2.207 1.339 0.157 0.398 0.124 0.681 0.700 0.488 0.439 2.162 0.526 0.292 1.608 0.316 0.310 0.764 1.193 0.592 5.598 0.156 0.654 0.141 1.346 0.112 1.290 6.790 0.272 0.360 0.281 0.232 0.113 0.071 0.619 1.218 1.726 7.026 0.595 2.207 0.248 1.269 2.162 0.147 0.243 0.540 4.108 1.337 1.425 0.607 0.262 0.378 0.028 0.004 1.183 2.071 1.525 2.424 3.863 nan 1.472 0.576 1.556 1.750 1.231 1.938 2.415 3.773 1.103 1.207 1.380 2.238 0.889 0.610 0.568 1.245 1.115 0.732 1655 chr10 114830654 114841202 + 0 NA intron (NM_001198528, intron 4 of 14) AluJr|SINE|Alu 30814 NR_132769 106635520 NR_132769 SNORA87 - small nucleolar RNA, H/ACA box 87 snoRNA 0.577 nan 0.789 0.532 0.147 0.032 2.750 0.319 0.465 0.813 1.856 2.329 0.053 0.056 0.085 0.049 0.900 0.262 1.495 0.772 4.734 0.066 0.030 0.047 0.124 1.443 1.101 0.986 0.522 0.960 0.863 2.165 0.598 0.240 0.468 1.774 0.009 0.082 0.049 0.427 0.069 2.836 0.881 0.552 1.099 0.989 0.729 1.761 2.905 1.358 1.309 1.686 0.049 2.106 2.595 0.124 1.484 1.393 0.673 0.078 1.237 0.199 0.176 0.627 0.409 0.386 0.346 0.369 0.317 0.511 0.150 0.204 0.394 0.156 0.099 0.126 0.404 0.468 0.535 0.566 0.213 0.159 0.387 0.716 0.028 0.034 0.256 0.636 0.286 0.323 5077 chr17 79446952 79462791 + 0 NA Intergenic CpG 24954 NR_037688 71 Hs.514581 NM_001614 ENSG00000184009 ACTG1 ACT|ACTG|DFNA20|DFNA26|HEL-176 actin gamma 1 protein-coding 1.785 2.404 2.928 0.651 1.865 2.633 0.476 1.171 2.128 0.072 1.702 0.727 0.290 1.924 2.378 1.938 0.844 0.297 1.728 0.496 0.482 0.665 0.650 0.430 2.347 0.846 0.732 0.787 0.977 0.440 1.914 4.383 1.060 3.605 0.688 0.956 0.609 1.146 0.101 0.629 0.822 0.453 0.297 0.228 0.525 0.341 0.253 0.638 1.981 2.080 0.622 0.598 1.938 1.688 0.820 2.347 0.619 0.498 0.783 1.482 4.179 0.505 0.613 0.629 0.790 0.327 0.209 4.202 5.301 1.104 1.438 4.490 3.498 3.087 0.946 1.753 2.083 nan 3.013 2.818 3.457 3.494 3.072 1.696 2.138 2.305 2.170 1.256 1.957 nan 0.976 1943 chr11 48109139 48132435 + 0 NA intron (NM_001098503, intron 1 of 8) MER58B|DNA|hAT-Charlie 2453 NR_036119 100423000 NR_036119 ENSG00000263693 MIR3161 - microRNA 3161 ncRNA nan 3.068 1.038 1.018 0.080 2.197 0.790 0.372 0.733 0.311 0.403 0.673 0.801 0.220 1.159 3.693 0.426 0.112 0.359 0.179 0.752 0.036 0.480 0.318 0.678 0.566 0.304 0.184 0.133 0.285 0.610 2.148 0.707 2.164 0.259 0.376 0.139 0.131 0.134 0.278 0.460 0.412 0.295 0.160 0.235 0.200 0.784 0.680 1.220 0.347 1.137 0.206 3.693 0.325 1.403 0.678 0.137 1.081 0.259 0.185 0.122 0.299 2.050 0.333 0.561 0.509 0.580 1.249 1.359 1.942 4.604 1.524 1.398 1.040 0.376 1.817 1.872 0.698 1.223 1.833 2.085 0.761 0.410 1.842 2.951 0.905 0.922 0.422 nan 1.568 0.923 10101 chr7 82070 103350 + 0 NA Intergenic Intergenic 56728 NR_134325 102723672 Hs.605204 NR_134325 LOC102723672 - uncharacterized LOC102723672 ncRNA 1.341 0.848 1.090 5.860 0.057 0.138 3.258 0.098 0.221 0.040 0.435 7.925 0.009 0.038 0.083 0.209 0.067 0.151 2.268 1.344 0.183 0.046 0.066 0.050 0.130 0.799 0.381 0.035 0.153 0.634 0.147 nan 0.173 nan 1.454 0.114 0.032 0.097 0.146 2.093 0.052 6.429 0.448 0.235 1.948 0.064 2.018 1.376 0.214 0.060 0.055 0.287 0.209 0.180 0.165 0.130 0.173 0.074 0.129 0.280 0.038 1.988 0.018 0.424 2.489 0.753 0.622 0.558 0.521 0.233 nan 0.399 0.426 nan 0.108 0.466 0.454 0.440 0.725 nan 0.053 0.404 0.287 0.177 0.277 0.057 0.085 0.900 1.465 0.206 0.291 11269 chr8 125778905 125793937 + 0 NA Intergenic Intergenic -45673 NM_001282974 9788 Hs.336994 NM_014751 ENSG00000170873 MTSS1 MIM|MIMA|MIMB MTSS1, I-BAR domain containing protein-coding nan nan nan 0.128 2.576 0.180 0.200 0.281 0.500 0.257 0.356 0.135 0.008 2.956 0.763 0.162 0.110 0.118 0.191 0.240 0.033 0.032 0.584 0.447 1.605 0.084 0.063 0.010 0.101 0.007 0.214 0.525 0.565 nan 0.042 0.050 0.525 0.036 0.093 0.103 0.082 0.600 0.036 0.040 0.102 0.011 0.128 0.327 0.070 0.085 0.056 1.608 0.162 0.131 0.261 1.605 0.057 0.192 0.633 0.068 1.003 0.109 0.243 0.605 0.030 0.027 0.017 0.571 0.447 0.706 0.318 0.620 0.724 4.261 2.385 nan nan 0.549 0.836 2.686 2.498 1.485 1.155 0.280 0.450 1.416 1.655 0.551 1.360 2.358 1.152 6905 chr20 25602404 25606110 + 0 NA promoter-TSS (NR_126466) promoter-TSS (NR_126466) 391 NM_152667 140838 Hs.143137 NM_152667 ENSG00000170191 NANP C20orf147|HDHD4|dJ694B14.3 N-acetylneuraminic acid phosphatase protein-coding 7.102 7.476 nan 1.708 6.541 4.002 3.297 2.998 4.472 4.224 7.084 3.517 2.981 2.163 2.302 4.927 4.240 0.387 6.639 1.847 6.560 6.388 2.798 1.246 4.776 3.492 4.743 4.150 2.754 2.888 5.067 8.839 9.804 9.484 6.552 6.935 1.791 3.827 0.172 2.578 1.833 8.490 6.978 2.353 3.887 2.800 4.643 5.009 7.618 4.849 3.178 3.057 4.927 7.345 5.152 4.776 3.732 4.072 2.070 5.651 5.732 4.819 1.895 3.301 3.306 5.365 3.613 9.473 10.617 8.199 12.013 7.844 8.240 12.041 7.222 13.067 13.392 5.976 8.749 12.201 17.887 9.617 10.018 6.061 10.522 7.298 6.562 10.033 8.826 4.039 2.106 3779 chr14 94491950 94496916 + 0 NA intron (NM_023112, intron 1 of 5) intron (NM_023112, intron 1 of 5) 1709 NM_023112 78990 Hs.278815 NM_023112 ENSG00000089723 OTUB2 C14orf137|OTB2|OTU2 OTU deubiquitinase, ubiquitin aldehyde binding 2 protein-coding 1.708 1.375 nan 3.488 0.356 0.416 3.409 0.131 0.587 0.096 0.251 0.318 0.125 0.101 0.551 0.851 0.381 1.557 0.878 0.354 0.055 0.124 0.100 0.262 1.090 0.605 0.312 2.792 2.057 2.216 7.354 1.221 1.746 4.206 0.065 0.153 0.570 0.101 3.481 0.335 0.296 0.329 0.267 1.079 3.981 0.387 0.201 1.128 3.541 0.996 2.875 0.851 1.493 4.666 0.262 1.566 0.491 0.347 1.214 0.303 1.074 0.100 0.221 4.208 1.716 1.553 0.449 0.551 0.763 1.207 1.751 1.251 0.863 0.218 1.732 1.653 0.734 1.272 0.836 1.209 1.074 0.835 0.604 0.668 0.812 0.883 0.771 1.274 nan 0.829 5724 chr19 45138741 45149486 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 -2985 NM_001135770 5817 Hs.171844 NM_006505 ENSG00000073008 PVR CD155|HVED|NECL5|Necl-5|PVS|TAGE4 poliovirus receptor protein-coding 1.771 0.988 1.651 4.914 0.966 0.206 1.342 0.323 0.570 0.685 1.728 2.379 0.075 0.713 0.109 0.822 0.700 0.269 1.846 0.870 1.160 0.263 0.524 0.217 0.838 1.744 1.701 0.867 2.024 0.962 1.182 nan 1.308 0.876 0.768 0.484 0.231 1.134 0.140 0.659 0.142 1.954 1.088 0.436 1.395 0.672 2.507 0.444 2.461 3.322 2.608 0.767 0.822 2.110 1.038 0.838 0.569 0.517 0.272 1.276 0.614 2.040 0.324 0.955 0.298 0.488 0.283 2.123 2.452 0.900 1.426 1.356 1.120 2.901 0.983 6.595 6.935 1.201 1.601 1.352 2.107 1.952 2.568 0.866 1.587 1.600 1.540 2.206 3.225 1.769 1.027 3747 chr14 89001684 89030873 + 0 NA intron (NM_007039, intron 2 of 18) AluSg|SINE|Alu 4845 NM_007039 11099 Hs.437040 NM_007039 ENSG00000070778 PTPN21 PTPD1|PTPRL10 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 21 protein-coding 2.246 0.966 nan 0.929 0.702 0.362 0.486 0.299 0.600 0.186 0.615 0.414 0.694 0.195 0.445 0.829 0.778 0.209 0.249 0.117 0.432 0.251 0.215 0.188 0.221 0.618 0.411 0.270 0.530 0.328 0.654 0.929 0.967 1.064 0.298 0.433 0.084 0.935 0.129 0.185 0.674 0.489 0.912 0.570 0.346 0.380 0.590 0.569 1.075 1.323 0.287 0.875 0.829 0.224 0.713 0.221 0.439 0.678 0.190 0.534 0.675 0.862 0.197 2.208 1.129 0.237 0.177 0.807 0.958 0.527 0.954 0.783 0.751 1.282 0.584 1.051 1.103 1.259 1.850 0.480 0.685 2.256 1.664 0.571 0.845 0.657 0.646 1.896 4.355 nan 1.037 6060 chr2 43661545 43670404 + 0 NA intron (NM_001345924, intron 26 of 37) MER44D|DNA|TcMar-Tigger 157139 NM_001083953 63892 Hs.369592 NM_022065 ENSG00000115970 THADA ARMC13|GITA THADA, armadillo repeat containing protein-coding 1.105 nan 1.514 0.390 0.160 0.207 0.713 0.166 0.281 0.140 0.138 0.643 0.042 0.011 0.160 0.216 0.220 0.019 0.329 0.427 0.029 0.047 0.124 0.159 0.201 0.638 0.213 0.135 0.261 0.262 0.471 nan 0.328 0.434 0.247 0.153 0.195 0.062 0.143 0.319 0.098 0.073 0.156 0.142 0.197 0.561 0.403 1.081 0.840 0.075 2.741 0.325 0.216 0.193 0.198 0.201 0.110 0.221 0.021 0.132 0.069 0.594 0.112 0.902 0.059 0.026 0.034 0.240 0.188 0.286 0.541 nan 0.435 0.395 0.130 0.437 0.402 0.584 0.690 0.529 0.569 0.525 0.242 0.142 0.195 0.203 0.268 0.918 nan 3.981 1.303 8684 chr4 190602621 190631292 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 17987 NR_135513 105379514 Hs.543309 NR_135513 LOC105379514 - uncharacterized LOC105379514 ncRNA 1.420 1.780 nan 0.145 0.287 0.023 0.152 0.438 1.182 0.026 0.380 0.048 0.052 0.088 0.120 0.423 0.164 0.166 0.114 0.007 0.116 0.015 0.175 0.195 1.047 0.014 0.033 0.049 0.430 0.015 0.460 0.264 0.303 0.548 0.066 0.147 0.027 0.130 0.351 0.008 0.349 0.141 0.090 0.055 0.038 0.131 0.316 0.328 0.085 0.087 0.058 0.086 0.423 0.077 0.035 1.047 0.043 0.043 0.027 0.028 0.110 0.101 3.419 0.104 0.082 0.036 0.023 3.809 3.407 18.316 14.893 0.933 0.966 0.247 0.121 0.609 0.533 0.306 0.492 0.201 0.266 0.780 0.326 3.266 4.468 0.123 0.238 0.331 0.502 0.494 0.702 7669 chr3 78916459 78939763 + 0 NA intron (NM_133631, intron 2 of 28) intron (NM_133631, intron 2 of 28) 140498 NM_001145845 6091 Hs.744218 NM_002941 ENSG00000169855 ROBO1 DUTT1|SAX3 roundabout guidance receptor 1 protein-coding 0.775 0.708 0.799 0.055 0.151 0.010 0.064 1.182 2.149 0.012 0.142 0.091 0.059 0.078 0.076 0.205 0.390 0.054 0.090 0.016 0.022 0.024 0.969 0.808 0.292 0.003 0.019 0.087 0.027 0.107 0.189 0.024 0.273 0.037 0.433 0.313 0.097 0.078 0.010 0.202 0.047 0.024 0.023 0.061 0.016 0.124 0.085 0.364 0.062 0.100 0.020 0.205 0.028 0.040 0.292 0.058 0.025 0.089 0.025 0.356 0.061 0.034 0.382 0.023 0.049 0.052 0.205 0.143 4.168 nan 0.537 0.588 1.569 0.589 0.131 0.114 0.671 0.779 0.372 0.345 7.265 5.292 0.089 0.110 1.481 2.041 0.708 nan 0.348 0.242 9924 chr6 133132774 133138527 + 0 NA promoter-TSS (NR_002434) promoter-TSS (NR_002434) -58 NM_001016 6206 Hs.546289 NM_001016 ENSG00000112306 RPS12 S12 ribosomal protein S12 protein-coding 2.928 2.198 4.154 2.734 3.932 2.055 3.381 1.860 4.102 0.798 2.499 3.834 1.650 1.389 4.112 4.871 1.270 0.388 3.104 1.386 4.221 1.708 2.267 1.162 3.058 2.728 3.256 0.821 2.989 1.394 6.743 8.036 2.788 5.012 1.395 5.460 0.527 7.871 0.294 2.212 0.608 3.564 6.483 2.821 4.380 2.274 8.643 2.574 2.589 5.558 1.542 2.745 4.871 2.040 3.824 3.058 2.276 1.804 1.068 2.833 2.677 3.308 1.703 1.546 2.364 3.133 2.451 3.924 5.108 6.483 7.489 4.950 4.394 15.328 5.377 8.624 9.237 1.964 2.985 5.085 6.261 10.637 11.668 3.283 5.171 4.748 4.456 5.965 nan 2.689 1.451 5369 chr18 55607703 55615684 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -99917 NM_015277 23327 Hs.185677 NM_015277 ENSG00000049759 NEDD4L NEDD4-2|NEDD4.2|PVNH7|RSP5|hNEDD4-2 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 0.943 1.532 0.063 0.193 0.084 0.221 0.080 0.405 0.086 0.438 0.015 0.131 0.100 0.428 0.129 0.101 0.079 0.047 0.039 0.117 0.075 0.305 0.086 0.027 0.018 0.050 0.094 0.071 0.316 0.098 0.414 0.092 0.197 0.085 0.042 0.071 0.059 0.088 0.138 0.038 0.038 0.068 0.028 0.152 0.112 0.112 0.045 0.032 0.115 0.428 0.062 0.081 0.305 0.133 0.031 0.135 0.022 0.057 0.088 0.087 0.297 0.047 0.007 2.538 1.159 6.666 0.738 0.721 0.749 1.796 0.667 17.215 18.199 0.469 0.778 0.637 0.519 0.557 0.253 0.329 0.450 0.311 0.475 0.392 1.500 nan 1.219 1018 chr1 202125203 202140627 + 0 NA Intergenic Intergenic -2199 NM_002832 5778 Hs.402773 NM_002832 ENSG00000143851 PTPN7 BPTP-4|HEPTP|LC-PTP|LPTP|PTPNI protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 7 protein-coding 1.418 0.993 2.716 0.075 0.148 0.380 0.156 0.259 0.392 0.019 0.180 0.169 0.008 0.019 0.342 0.305 0.174 0.104 0.086 0.025 0.058 0.037 0.174 0.174 0.202 0.161 0.071 0.161 0.071 0.028 0.114 0.915 0.128 0.444 0.009 0.186 0.048 0.105 0.077 0.007 0.140 0.114 0.062 0.040 0.028 0.064 0.106 0.175 0.351 0.060 0.051 0.139 0.305 0.125 0.078 0.202 0.040 0.060 0.282 0.200 0.235 0.072 2.007 0.535 0.030 0.045 0.007 3.291 5.375 1.441 1.284 0.972 0.978 0.764 0.197 nan nan 0.768 1.455 0.589 0.916 1.309 1.497 1.648 2.417 0.218 0.302 0.630 1.056 0.657 0.457 10575 chr7 104596492 104626802 + 0 NA Intergenic Intergenic 19965 NR_039981 100216546 Hs.369356 NR_039981 LINC01004 - long intergenic non-protein coding RNA 1004 ncRNA nan 1.042 2.019 0.420 0.783 0.843 0.515 0.501 0.892 0.415 0.651 0.946 0.217 0.281 0.548 0.700 1.911 0.224 0.472 0.137 0.742 1.444 0.410 0.368 0.537 0.239 0.286 0.295 0.943 0.282 0.639 0.901 1.094 1.474 0.284 1.091 0.201 1.180 0.149 0.463 0.443 0.811 0.299 0.150 0.450 0.257 0.423 4.945 0.672 1.046 0.344 0.472 0.700 0.569 0.952 0.537 0.408 0.651 0.242 0.663 0.398 0.509 0.361 0.769 0.404 0.606 0.493 1.406 1.154 1.751 2.552 1.346 1.380 2.010 0.740 1.585 1.663 1.540 2.062 0.980 1.419 1.336 0.970 1.227 1.655 0.980 1.375 1.568 nan 1.057 0.808 1125 chr1 217802599 217805957 + 0 NA promoter-TSS (NM_138796) promoter-TSS (NM_138796) 176 NM_018040 55105 Hs.362343 NM_018040 ENSG00000092978 GPATCH2 CT110|GPATC2|PPP1R30|Pfa1 G-patch domain containing 2 protein-coding 4.515 4.460 4.438 2.636 5.397 1.559 2.169 3.199 5.699 1.146 2.472 2.176 1.861 1.098 1.476 2.606 2.770 0.380 1.472 0.791 1.224 2.222 2.843 1.563 3.958 3.018 3.003 1.178 2.243 1.041 2.567 4.025 1.929 nan 1.570 3.820 0.937 2.712 0.227 0.952 0.951 3.413 2.600 0.886 3.059 1.687 2.986 3.548 1.745 1.589 2.020 1.720 2.606 2.208 1.909 3.958 2.082 2.179 0.756 1.641 2.111 2.920 0.975 1.139 1.538 1.595 1.289 6.991 8.657 9.014 13.954 8.567 9.962 9.626 9.657 16.166 18.504 5.095 5.783 6.951 11.755 7.492 6.842 3.974 5.594 7.473 6.106 10.881 7.348 4.000 2.883 9765 chr6 73735174 73745387 + 0 NA intron (NM_001160134, intron 2 of 11) intron (NM_001160134, intron 2 of 11) -62804 NR_036244 100423005 NR_036244 ENSG00000266180 MIR4282 - microRNA 4282 ncRNA nan nan 0.679 0.448 0.335 0.049 4.358 0.164 0.283 0.013 0.145 1.470 0.031 0.010 0.157 0.774 1.215 0.205 0.572 0.325 0.025 0.202 0.144 0.458 2.383 1.926 1.427 1.917 6.058 8.784 1.802 0.407 1.280 0.042 0.328 0.053 0.114 1.315 0.039 0.129 0.100 0.015 1.230 2.190 0.094 0.264 0.136 0.386 0.016 0.181 0.774 0.694 1.096 0.458 0.240 0.064 0.010 0.119 0.060 0.405 0.078 0.133 0.780 0.048 0.019 0.508 0.383 0.364 0.723 0.512 0.666 0.085 0.076 0.205 0.328 0.524 0.631 0.557 0.588 0.439 0.173 0.190 0.248 0.546 0.500 0.291 0.660 0.410 0.345 9102 chr5 104239600 104248833 + 0 NA Intergenic Intergenic -190959 NR_000039 9366 Hs.158296 NR_000039 ENSG00000232159 RAB9BP1 RAB9P1 RAB9B, member RAS oncogene family pseudogene 1 pseudo 1.058 1.055 0.811 0.047 0.257 0.030 0.097 0.173 0.490 0.051 0.059 0.168 0.121 0.065 0.076 0.512 0.073 0.129 0.092 5.183 0.983 0.067 0.062 0.129 0.044 0.055 0.041 0.088 0.004 0.078 0.048 0.083 0.154 0.048 0.174 0.392 0.035 0.139 0.111 0.140 0.026 0.017 0.025 0.333 0.076 0.977 0.085 0.144 0.064 0.512 0.068 0.020 0.129 0.067 0.288 0.021 0.421 0.099 0.025 0.117 0.040 0.006 0.016 0.204 0.227 0.437 1.575 0.217 0.391 3.759 2.617 0.115 0.133 0.340 0.636 0.223 0.200 0.269 0.132 0.051 0.294 1.883 1.591 0.114 0.207 0.231 0.300 741 chr1 153889304 153904671 + 0 NA Intergenic Intergenic -1536 NM_020699 57459 Hs.4779 NM_020699 ENSG00000143614 GATAD2B MRD18|P66beta|p68 GATA zinc finger domain containing 2B protein-coding nan nan 1.894 1.032 1.183 0.895 1.095 0.617 1.429 0.499 1.310 1.302 0.423 0.880 1.569 1.957 1.152 0.268 1.310 0.395 0.973 0.822 1.307 0.636 1.443 0.847 0.760 0.673 0.970 0.561 7.012 10.396 0.926 4.054 0.722 1.207 0.414 1.427 0.114 0.791 0.628 1.638 1.076 0.609 0.926 0.501 1.078 0.991 1.017 1.330 2.777 2.864 1.957 1.168 1.014 1.443 0.552 0.841 0.385 3.220 1.173 1.319 1.264 0.961 0.912 0.558 0.311 1.875 2.134 2.350 2.931 3.254 nan 1.986 0.885 3.129 3.330 1.678 2.264 2.007 3.317 2.489 1.978 1.977 3.734 1.564 1.672 2.121 3.097 1.353 0.705 2806 chr12 79065765 79077039 + 0 NA Intergenic Intergenic -186371 NM_001135805 6857 Hs.310545 NM_005639 ENSG00000067715 SYT1 P65|SVP65|SYT synaptotagmin 1 protein-coding nan 0.855 0.837 0.118 0.101 0.081 0.057 2.663 4.705 0.017 0.073 0.193 0.011 0.009 0.085 0.216 0.247 0.048 0.103 0.017 0.017 0.012 0.235 0.232 0.494 0.117 0.007 0.013 0.050 0.046 0.064 0.121 0.082 0.380 0.091 0.124 0.135 0.038 0.088 0.460 0.024 0.005 0.007 0.054 0.020 0.077 0.107 0.051 0.051 0.014 0.071 0.216 0.038 0.049 0.494 0.109 0.044 0.156 0.026 0.054 0.070 0.061 0.187 0.013 0.015 0.002 0.306 0.171 0.186 0.254 0.687 0.970 2.711 1.327 0.210 0.249 2.310 2.407 nan 0.584 1.473 1.187 0.118 0.181 0.748 0.642 0.427 0.856 nan 0.825 9241 chr5 145786308 145794528 + 0 NA Intergenic Intergenic -36455 NM_001040006 10915 Hs.443465 NM_006706 ENSG00000113649 TCERG1 CA150|TAF2S|Urn1 transcription elongation regulator 1 protein-coding nan 0.720 0.634 0.035 0.086 0.021 0.086 0.194 0.207 0.023 0.097 0.034 0.038 0.033 0.047 0.073 0.019 0.078 0.069 0.047 0.037 0.113 0.029 0.058 0.018 0.028 0.041 0.013 0.059 0.089 0.060 0.273 0.005 0.069 0.023 0.066 0.089 0.029 4.339 0.089 0.037 0.032 0.026 0.105 0.084 0.040 0.042 0.067 0.065 0.047 0.045 0.045 0.029 0.030 0.041 0.024 0.035 0.024 0.057 0.072 0.046 0.044 0.042 0.049 0.397 0.657 0.194 0.256 0.153 0.274 0.125 0.074 0.047 0.107 0.306 0.508 0.185 0.220 0.395 0.172 0.205 0.276 0.655 0.159 0.158 0.194 0.401 0.365 7922 chr3 152098350 152125562 + 0 NA intron (NM_001314057, intron 2 of 11) intron (NM_001314057, intron 2 of 11) -53177 NR_132656 645843 Hs.632562 NM_001123228 ENSG00000221962 TMEM14EP TMEM14E transmembrane protein 14E, pseudogene pseudo nan 1.186 0.743 1.973 0.252 0.155 1.465 0.348 0.559 0.067 0.314 0.415 2.044 0.040 0.363 0.239 2.536 0.248 0.825 0.342 0.318 0.020 0.294 0.334 0.163 1.490 0.802 0.114 1.392 0.761 0.375 0.709 1.290 0.257 0.521 0.724 0.017 0.104 0.092 0.294 0.178 0.091 0.015 0.032 0.911 0.509 0.263 0.172 0.377 0.191 0.055 0.746 0.239 0.926 2.192 0.163 0.274 0.502 0.046 0.050 0.089 0.303 0.284 0.229 0.067 0.015 0.007 0.388 0.363 0.639 1.127 0.542 0.577 0.486 0.202 0.346 0.399 0.722 nan 0.725 0.948 1.003 0.461 0.449 0.821 0.072 0.096 0.492 0.993 0.383 0.418 7439 chr22 41089837 41143908 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 41690 NM_005297 2847 Hs.248122 NM_005297 ENSG00000128285 MCHR1 GPR24|MCH-1R|MCH1R|SLC-1|SLC1 melanin concentrating hormone receptor 1 protein-coding 1.084 nan 1.020 0.122 0.720 0.842 1.051 1.250 2.544 0.270 0.155 0.398 0.581 0.065 0.749 0.466 0.184 0.139 0.443 0.235 0.084 0.046 0.360 0.285 0.870 0.289 0.120 0.088 0.267 0.191 0.358 1.691 0.522 1.838 0.321 0.726 1.127 0.124 0.121 0.037 0.034 0.384 0.057 0.044 0.103 0.269 0.757 0.185 0.811 0.512 0.106 0.758 0.466 0.808 0.355 0.870 0.061 1.620 0.433 0.340 0.111 0.401 0.057 0.328 0.069 0.059 0.023 0.286 0.244 0.266 0.776 0.740 0.689 1.895 0.539 0.172 0.205 0.892 nan 1.070 1.441 nan 0.727 0.201 0.236 2.278 3.207 0.492 1.154 0.872 0.461 3032 chr12 124607486 124620548 + 0 NA intron (NM_001347902, intron 2 of 4) AluJb|SINE|Alu 156255 NM_152437 144348 Hs.524828 NM_152437 ENSG00000179195 ZNF664 ZFOC1|ZNF176 zinc finger protein 664 protein-coding 0.992 1.366 0.770 0.094 1.073 0.033 0.044 0.283 0.787 0.022 0.053 0.099 0.029 0.163 0.790 1.096 0.069 0.197 0.073 0.024 0.032 0.804 0.680 1.615 0.053 0.029 0.023 0.094 0.016 0.203 1.081 0.108 2.038 0.022 0.091 0.289 0.092 0.173 0.009 0.054 0.092 0.075 0.054 0.061 0.082 0.050 0.177 0.703 0.147 0.653 0.140 1.096 0.066 0.050 1.615 0.131 0.070 0.066 0.075 1.266 0.064 0.464 0.058 0.036 0.022 0.020 0.350 0.419 0.246 0.333 1.469 1.527 nan 2.143 0.220 0.238 0.385 0.614 3.095 3.728 0.555 0.330 0.413 0.579 1.054 1.214 0.281 0.711 2.145 1.133 11791 chr9 130762041 130770861 + 0 NA Intergenic Intergenic -23639 NM_001035254 399665 Hs.535972 NM_203305 ENSG00000167106 FAM102A C9orf132|EEIG1|SYM-3A|bA203J24.7 family with sequence similarity 102 member A protein-coding nan 1.611 0.780 0.557 1.067 1.093 3.608 0.163 0.441 2.100 2.778 1.752 0.043 0.407 0.273 0.291 0.127 0.127 2.604 1.606 0.152 0.063 0.299 0.168 0.327 5.454 5.589 0.395 2.435 0.807 1.861 5.878 0.754 1.080 0.975 4.438 0.054 0.134 0.117 0.093 0.035 5.557 1.554 0.860 1.764 1.361 5.092 1.405 4.479 0.591 0.107 5.286 0.291 1.465 1.352 0.327 1.336 5.738 0.123 0.942 1.680 2.597 0.034 0.364 0.073 2.821 2.372 0.319 0.323 0.230 0.398 1.130 1.029 nan 0.440 0.472 0.539 0.183 0.332 2.109 2.761 0.926 0.769 0.269 0.294 0.225 0.377 0.555 1.623 0.704 0.701 8733 chr5 5581869 5590407 + 0 NA Intergenic MER66C|LTR|ERV1 163352 NM_015325 23379 Hs.449296 NM_015325 ENSG00000164151 ICE1 KIAA0947 interactor of little elongation complex ELL subunit 1 protein-coding 0.774 0.828 3.231 0.051 0.115 0.141 0.091 0.394 0.824 0.065 0.131 0.014 0.094 0.552 0.105 0.168 0.243 0.098 0.093 0.008 0.056 0.460 0.239 0.210 0.016 0.017 0.043 0.152 0.013 0.199 0.194 0.133 0.768 0.051 0.106 0.212 0.139 0.098 0.273 0.076 0.042 0.028 0.068 0.107 0.105 0.029 0.056 0.055 0.015 0.105 0.121 0.032 0.210 0.057 0.048 0.216 0.014 0.879 0.037 0.069 0.174 0.027 0.006 0.540 0.338 0.316 nan 0.421 0.529 0.152 0.140 0.218 0.232 0.159 0.366 nan 0.763 nan 3.308 0.247 0.257 1.229 2.299 0.696 3.277 5.409 nan 3880 chr15 29276579 29289052 + 0 NA intron (NM_001353791, intron 1 of 13) intron (NM_001353791, intron 1 of 13) -4901 NM_001353794 321 Hs.618112 NM_005503 ENSG00000034053 APBA2 D15S1518E|HsT16821|LIN-10|MGC:14091|MINT2|X11-BETA|X11L amyloid beta precursor protein binding family A member 2 protein-coding nan 0.553 nan 0.034 0.077 0.044 0.068 0.051 0.206 0.023 0.062 0.147 0.005 0.063 0.107 0.523 0.060 0.091 0.184 0.106 0.045 0.201 0.130 0.182 0.110 0.069 0.035 0.067 0.174 0.247 0.060 0.382 0.060 0.015 0.052 0.054 0.019 0.058 0.051 0.044 0.063 0.017 0.012 0.008 0.168 0.137 0.222 0.013 0.053 0.523 0.233 0.015 0.182 0.068 0.106 0.281 0.085 0.296 0.019 2.227 0.118 0.018 0.014 0.008 3.073 5.338 0.707 0.635 0.336 0.386 0.057 0.034 0.843 0.820 0.697 1.021 0.785 0.866 nan 0.809 1.486 2.926 0.141 0.226 0.285 0.370 0.619 0.550 3192 chr13 67891646 67911776 + 0 NA Intergenic Intergenic -44808 NR_130792 100874145 Hs.508194 NR_130792 ENSG00000230040 LINC00364 LncRNA00364 long intergenic non-protein coding RNA 364 ncRNA nan 1.086 nan 0.014 0.061 0.014 0.007 0.107 0.160 0.005 0.058 0.032 0.015 0.040 0.165 0.071 0.080 0.031 0.009 0.006 0.094 0.068 0.083 0.019 0.014 0.026 0.005 0.068 0.076 0.046 0.294 0.014 0.030 0.905 0.035 0.074 1.089 0.068 0.006 0.008 0.016 0.012 0.072 0.107 0.028 0.023 0.013 0.165 0.021 0.028 0.083 0.012 0.036 0.019 0.009 0.020 0.020 0.049 0.251 0.026 0.006 0.003 0.506 0.318 0.123 0.097 0.314 0.344 1.756 0.515 0.112 0.111 0.200 0.234 0.205 0.180 0.374 0.171 0.094 0.220 4.096 4.474 0.526 1.612 0.111 0.122 4294 chr16 23950057 23964724 + 0 NA intron (NM_212535, intron 2 of 16) MIRb|SINE|MIR 110090 NM_212535 5579 Hs.460355 NM_002738 ENSG00000166501 PRKCB PKC-beta|PKCB|PRKCB1|PRKCB2 protein kinase C beta protein-coding 0.748 1.370 nan 0.044 0.083 0.223 0.053 0.251 0.401 0.007 0.064 0.025 0.030 0.034 0.182 0.604 0.056 0.045 0.037 0.051 0.009 0.082 0.073 0.068 0.042 0.039 0.060 0.070 0.055 0.093 0.053 1.795 0.020 0.125 0.372 0.044 0.072 0.016 0.016 0.050 0.008 0.027 0.045 0.063 0.072 0.102 0.044 0.020 0.022 0.032 0.604 0.054 0.025 0.068 0.033 0.039 0.020 0.080 0.014 0.032 0.020 0.574 0.026 0.016 0.013 0.226 0.121 0.080 0.113 0.146 0.167 nan 0.122 0.097 0.103 0.130 0.338 0.240 0.261 0.237 0.074 0.092 0.132 2.249 3.947 0.199 0.362 0.353 0.364 10498 chr7 92250323 92279065 + 0 NA intron (NM_001259, intron 5 of 7) MIRc|SINE|MIR -44986 NR_109929 257415 Hs.18564 NM_152789 ENSG00000234545 FAM133B - family with sequence similarity 133 member B protein-coding nan 0.860 nan 1.796 0.245 0.022 1.661 0.252 0.481 0.425 0.926 2.160 0.062 0.105 0.078 0.277 1.410 0.090 3.565 2.014 0.396 0.034 0.164 0.164 0.075 0.267 0.103 0.061 0.613 0.825 0.234 0.536 0.692 0.319 1.212 0.308 0.232 0.687 0.209 3.285 0.046 1.573 0.685 0.415 1.880 0.389 0.431 2.557 0.568 2.844 0.153 0.459 0.277 0.969 0.402 0.075 0.532 0.355 0.041 0.251 0.039 1.014 0.341 1.140 1.822 2.703 2.936 0.375 0.252 0.557 0.805 0.196 0.240 0.847 0.281 1.250 1.255 0.546 0.843 0.900 0.638 1.482 1.040 0.319 0.542 0.797 1.255 1.871 nan 0.848 0.785 5159 chr18 11845399 11862469 + 0 NA 3' UTR (NM_020412, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_020412, exon 1 of 1) 2545 NM_020412 57132 Hs.656244 NM_020412 ENSG00000255112 CHMP1B C10orf2|C18-ORF2|C18orf2|CHMP1.5|Vps46-2|Vps46B|hVps46-2 charged multivesicular body protein 1B protein-coding 2.522 1.956 1.317 1.612 1.171 0.399 1.894 0.329 0.712 1.174 2.471 3.037 0.322 0.712 0.515 0.524 1.390 0.223 2.289 1.137 7.642 0.494 0.327 0.286 1.101 1.465 1.122 1.672 1.387 1.138 1.756 2.932 1.388 1.726 1.495 5.671 0.106 0.532 0.083 0.650 0.195 3.674 2.558 1.293 1.246 0.576 1.875 2.961 2.493 2.528 3.400 3.716 0.524 4.837 1.198 1.101 2.216 4.179 0.748 2.334 1.457 1.497 0.156 0.522 1.200 0.985 0.967 1.343 1.248 1.753 2.936 2.654 2.973 4.058 1.809 2.223 2.327 0.504 0.689 2.179 2.993 1.845 1.505 0.462 0.907 1.580 2.880 1.137 1.528 2.580 1.813 1545 chr10 79200756 79243564 + 0 NA intron (NM_001014797, intron 1 of 28) (CATA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 111530 NR_126365 101929286 Hs.568867 NR_126365 KCNMA1-AS3 - KCNMA1 antisense RNA 3 ncRNA 0.918 nan 1.099 0.101 1.130 0.146 0.908 0.203 0.580 0.024 0.162 0.280 0.009 0.131 1.379 0.119 0.074 0.057 0.167 0.151 0.037 0.023 0.274 0.175 1.086 0.278 0.103 0.067 0.194 0.130 0.136 0.562 0.190 2.625 0.105 0.068 0.186 0.028 0.060 0.202 0.225 0.223 0.037 0.038 0.130 0.073 0.151 0.173 0.112 0.207 0.074 0.067 0.119 0.083 0.948 1.086 0.049 0.051 0.059 0.154 0.109 0.136 0.069 0.776 0.046 0.036 0.041 0.285 0.318 0.177 0.232 0.837 1.159 1.783 0.678 0.143 0.132 0.402 0.599 5.093 nan 0.353 0.280 0.212 0.257 0.503 0.427 0.605 nan 1.240 0.761 8352 chr4 42399157 42419110 + 0 NA Intergenic Intergenic 9792 NM_001080505 152573 Hs.370904 NM_001080505 ENSG00000178343 SHISA3 hShisa3 shisa family member 3 protein-coding 0.561 nan nan 0.083 0.208 0.025 0.292 0.168 0.300 0.005 0.086 0.274 0.003 0.030 0.114 0.108 0.416 0.048 0.592 0.133 0.061 0.014 0.196 0.109 0.077 0.856 0.509 0.015 0.658 0.100 1.520 1.204 5.568 0.446 0.854 0.090 0.009 0.033 0.076 0.719 0.175 0.162 0.368 0.257 0.221 0.088 0.043 0.346 0.045 0.071 0.438 0.073 0.108 0.292 1.945 0.077 0.081 0.049 0.040 0.202 0.025 0.237 0.045 0.062 0.061 0.009 0.005 0.306 0.229 0.228 0.300 0.244 0.312 0.097 0.058 0.157 0.139 0.285 0.470 0.251 0.304 0.423 0.312 0.148 0.222 0.010 0.028 0.189 0.441 0.650 0.787 6468 chr2 168881028 168912647 + 0 NA intron (NM_013233, intron 14 of 17) intron (NM_013233, intron 14 of 17) -99183 NR_131227 105616981 Hs.512811 NR_131227 LOC105616981 - uncharacterized LOC105616981 ncRNA 1.103 0.973 nan 0.098 0.256 0.077 0.095 0.193 0.413 0.009 0.112 0.110 0.017 0.053 0.059 0.334 0.159 0.081 0.147 0.042 0.028 0.263 0.171 0.398 0.067 0.041 0.044 0.069 0.016 0.092 0.153 0.076 0.418 0.056 0.076 0.106 0.028 0.092 0.011 0.216 0.100 0.030 0.015 0.042 0.046 0.089 0.114 0.070 0.047 0.017 0.090 0.334 0.063 0.061 0.398 0.023 0.042 0.043 0.031 0.019 0.037 0.110 0.402 0.043 0.022 0.011 0.329 0.292 0.264 0.325 0.423 0.410 1.269 0.485 0.382 0.440 0.531 0.632 0.471 0.634 0.503 0.317 0.233 0.374 0.529 0.391 1.381 5.472 0.664 0.502 1058 chr1 205400998 205427574 + 0 NA intron (NR_103783, intron 1 of 1) intron (NR_103783, intron 1 of 1) 3240 NR_029893 442891 NR_029893 ENSG00000199059 MIR135B MIRN135B|mir-135b microRNA 135b ncRNA 1.671 2.257 1.219 2.169 0.417 2.833 0.917 1.631 3.110 0.087 0.155 0.215 0.035 0.113 3.125 2.709 0.112 0.145 1.461 0.628 0.033 0.598 0.326 1.339 0.598 0.302 0.069 1.689 0.849 1.521 5.466 0.884 2.049 0.979 0.120 1.003 0.106 0.063 0.186 0.215 0.222 0.073 0.068 1.456 0.638 0.960 0.244 0.258 0.062 0.074 0.647 2.709 1.796 0.056 1.339 0.648 0.248 0.113 0.315 0.359 0.601 0.506 0.343 0.083 1.825 1.322 4.377 6.594 0.469 0.979 2.227 1.845 2.681 0.806 nan nan 0.635 1.058 3.506 4.800 1.000 0.715 0.842 1.149 2.556 2.560 1.259 2.951 2.009 1.057 7561 chr3 31944254 31962976 + 0 NA intron (NM_001174060, intron 1 of 10) AluSx1|SINE|Alu -69651 NM_001137674 344787 Hs.585139 NM_001137674 ENSG00000197385 ZNF860 - zinc finger protein 860 protein-coding 0.511 0.745 0.524 0.288 0.193 0.080 0.152 0.085 0.141 0.040 0.120 0.292 0.023 3.145 0.062 0.048 0.296 0.197 0.121 0.010 0.111 0.015 0.177 0.137 0.110 0.211 0.073 0.142 0.091 0.039 0.055 0.440 0.068 0.218 0.063 0.040 0.030 0.040 0.082 0.050 0.084 0.093 0.065 0.084 0.076 0.098 0.149 0.213 0.211 0.143 0.765 0.147 0.048 0.087 0.089 0.110 0.039 0.048 0.036 0.065 0.087 0.139 0.037 0.020 0.110 0.015 0.011 0.220 0.195 0.321 0.423 0.332 0.386 0.728 0.190 0.101 0.139 0.148 nan 1.408 0.660 0.387 0.204 0.161 0.202 0.093 0.106 0.092 0.115 0.507 0.333 4989 chr17 73256373 73259368 + 0 NA promoter-TSS (NM_014001) promoter-TSS (NM_014001) 121 NM_015971 51081 Hs.71787 NM_015971 ENSG00000125445 MRPS7 COXPD34|MRP-S|MRP-S7|RP-S7|RPMS7|S7mt|bMRP27a mitochondrial ribosomal protein S7 protein-coding 8.460 5.601 8.486 5.654 8.594 2.640 6.789 5.444 9.727 2.400 8.597 4.201 1.879 2.770 5.733 5.371 6.178 0.595 7.277 2.913 3.333 3.006 4.477 1.648 6.798 3.900 4.611 4.256 5.587 3.305 13.504 17.864 5.838 15.347 5.080 9.257 1.630 6.163 0.204 3.827 3.062 7.406 4.447 2.138 6.917 3.023 4.970 5.634 7.245 6.023 3.909 4.707 5.371 10.431 4.890 6.798 4.411 4.917 1.232 8.923 5.599 4.846 2.449 2.438 2.999 2.872 2.371 16.135 12.434 11.217 16.410 10.846 12.556 11.741 9.030 21.354 23.258 nan 9.516 11.923 18.451 18.570 17.028 10.166 15.793 7.929 12.421 13.157 9.269 nan 3.352 6192 chr2 73051696 73070190 + 0 NA Intergenic Intergenic -7772 NM_001321731 23233 Hs.303454 NM_015189 ENSG00000144036 EXOC6B SEC15B|SEC15L2 exocyst complex component 6B protein-coding nan nan 1.129 0.391 0.285 0.145 0.563 0.535 0.963 0.344 0.288 0.444 0.218 0.044 0.120 0.691 0.264 0.060 0.840 0.237 0.079 0.097 0.143 0.129 0.778 0.175 0.138 0.171 0.915 0.347 0.825 1.340 1.083 1.248 0.262 0.146 0.057 0.376 0.098 0.149 0.291 0.274 0.202 0.143 0.340 0.478 0.962 0.256 0.434 0.393 0.239 0.358 0.691 1.266 0.124 0.778 0.306 0.393 0.225 0.489 0.179 0.128 0.085 0.067 0.176 0.072 0.058 0.461 0.478 0.563 1.237 0.856 0.862 4.136 2.458 0.586 0.606 0.463 0.660 0.562 0.821 0.649 0.540 0.292 0.416 0.400 0.577 0.238 0.454 nan 0.608 10287 chr7 31973117 31991614 + 0 NA intron (NM_001191058, intron 3 of 18) intron (NM_001191058, intron 3 of 18) 128109 NM_001191057 5137 Hs.143821 NM_005020 ENSG00000154678 PDE1C Hcam3|cam-PDE 1C|hCam-3 phosphodiesterase 1C protein-coding 1.343 0.971 1.334 6.446 0.100 0.015 0.948 0.121 0.172 0.100 0.035 0.014 0.059 0.048 0.180 0.349 0.200 0.386 0.492 0.133 0.017 0.155 0.071 2.596 1.396 0.008 1.202 0.091 0.101 0.687 0.599 0.297 0.657 4.614 0.020 0.057 0.140 0.569 0.104 0.805 0.042 0.034 0.685 0.625 0.130 0.314 0.779 0.047 0.230 0.499 0.180 0.120 0.033 0.071 0.258 0.067 0.062 0.029 0.071 0.687 0.016 0.253 0.320 0.037 0.019 0.413 0.227 0.255 0.408 0.253 nan 0.109 0.042 0.418 0.422 0.750 nan nan nan 0.434 0.278 0.116 0.205 0.106 0.075 0.451 nan 0.320 0.362 5417 chr18 68219205 68224981 + 0 NA Intergenic Intergenic 96000 NM_001278515 220158 Hs.448217 NM_178506 GTSCR1 - Gilles de la Tourette syndrome chromosome region, candidate 1 protein-coding 0.858 0.736 0.633 0.074 0.165 0.058 0.025 0.308 0.769 0.080 0.049 0.104 0.108 9.199 0.079 0.028 0.056 0.010 0.024 0.650 0.563 0.684 0.013 0.075 0.015 0.017 0.061 0.592 0.047 0.744 0.037 0.071 0.027 0.032 0.094 0.040 0.084 0.105 0.042 0.074 0.042 0.045 9.199 0.037 0.016 0.684 0.043 0.029 0.101 0.030 0.087 0.028 0.034 0.107 0.013 0.010 1.044 0.740 0.223 0.474 1.826 1.752 8.734 5.266 0.596 nan 0.157 nan 0.571 0.593 1.240 1.552 0.075 0.149 5.032 3.524 0.171 0.310 1.998 1.518 11054 chr8 74080255 74099417 + 0 NA Intergenic Intergenic 81901 NM_001243237 100130301 Hs.202296 NM_001243237 ENSG00000274443 C8orf89 - chromosome 8 open reading frame 89 protein-coding 1.665 1.087 2.509 0.038 0.372 0.636 0.200 0.668 1.337 0.005 0.077 0.126 0.023 0.265 0.221 0.283 0.152 0.134 0.122 0.040 0.026 0.566 0.298 2.005 0.113 0.011 0.050 0.117 0.016 0.293 1.494 0.129 1.935 0.047 0.080 0.947 0.130 0.083 0.006 0.102 0.086 0.041 0.041 0.045 0.130 0.071 0.220 0.200 0.144 0.102 0.321 0.283 0.095 0.058 2.005 0.109 0.298 0.045 0.125 1.164 0.087 0.118 0.328 0.020 0.066 0.042 0.327 0.445 1.246 1.414 1.977 1.993 2.738 0.977 0.412 0.390 2.440 3.172 0.317 0.395 0.562 0.365 0.399 0.500 3.238 3.629 0.477 1.310 3.634 2.116 8306 chr4 26319726 26333574 + 0 NA intron (NM_015874, intron 1 of 10) intron (NM_015874, intron 1 of 10) 4221 NM_203284 3516 Hs.479396 NM_005349 ENSG00000168214 RBPJ AOS3|CBF1|IGKJRB|IGKJRB1|KBF2|RBP-J|RBPJK|RBPSUH|SUH|csl recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region protein-coding 2.583 1.318 nan 2.258 2.931 1.116 2.875 1.509 2.356 0.551 1.456 0.703 0.636 0.486 3.120 1.565 0.870 0.151 4.682 1.589 1.267 0.711 1.947 0.958 2.748 0.785 0.792 0.670 1.962 0.991 1.379 2.301 1.109 4.689 1.139 0.666 0.554 1.082 0.091 0.980 1.227 3.126 1.954 0.956 1.147 1.466 1.056 2.117 0.935 2.405 0.841 0.674 1.565 4.246 3.208 2.748 0.667 0.681 0.239 1.908 1.165 1.312 0.623 0.726 1.042 1.119 0.689 2.238 2.773 2.932 3.509 3.756 3.086 3.668 1.136 4.526 4.588 1.397 2.055 3.523 6.016 4.089 5.408 0.886 2.322 1.810 1.988 2.373 2.248 nan 1.612 6211 chr2 85145144 85155861 + 0 NA Intergenic MER101-int|LTR|ERV1 17739 NM_021103 9168 Hs.446574 NM_021103 ENSG00000034510 TMSB10 MIG12|TB10 thymosin beta 10 protein-coding nan 0.827 nan 1.848 0.360 0.212 3.178 0.119 0.466 0.896 2.831 4.693 0.064 0.101 0.067 1.168 0.982 0.374 3.891 1.948 4.616 0.060 0.160 0.113 0.246 2.539 2.514 1.426 2.050 1.463 3.539 5.741 0.776 1.387 2.754 5.244 0.018 3.800 0.221 1.995 0.096 7.172 2.110 1.210 2.067 1.319 0.447 5.230 5.866 3.916 2.408 2.001 1.168 5.307 5.009 0.246 1.171 0.546 0.073 5.268 0.331 2.729 0.096 0.048 2.074 3.541 3.155 0.325 0.303 1.351 2.440 0.684 0.609 2.993 0.662 0.627 0.660 0.365 0.679 0.757 0.671 0.614 0.479 0.365 0.341 0.175 0.386 0.327 0.602 1.095 0.946 8181 chr3 195161814 195179526 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -6853 NM_012287 23527 Hs.593373 NM_012287 ENSG00000114331 ACAP2 CENTB2|CNT-B2 ArfGAP with coiled-coil, ankyrin repeat and PH domains 2 protein-coding nan 1.968 1.394 1.273 2.110 6.330 0.653 1.691 3.486 0.254 0.544 0.447 0.123 0.228 2.268 1.005 1.121 0.292 0.709 0.266 0.392 0.360 0.950 0.647 1.937 0.714 0.641 0.415 0.846 0.285 1.063 nan 0.416 nan 0.359 0.443 0.569 0.430 0.083 0.185 2.037 1.150 0.896 0.419 0.486 0.239 0.855 0.784 0.546 1.243 0.387 0.715 1.005 0.805 0.515 1.937 0.262 0.284 0.488 0.658 0.298 0.513 0.569 1.391 0.305 0.213 0.121 0.821 1.084 1.083 1.361 3.857 4.274 5.928 2.163 2.042 2.040 1.132 1.492 2.925 3.447 3.532 3.354 0.941 1.862 1.852 1.801 1.418 5.076 2.290 1.395 3141 chr13 43613400 43635437 + 0 NA intron (NM_013238, intron 1 of 5) intron (NM_013238, intron 1 of 5) 27056 NM_013238 29103 Hs.438830 NM_013238 ENSG00000120675 DNAJC15 DNAJD1|HSD18|MCJ DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C15 protein-coding 1.143 1.449 0.957 1.081 0.194 0.149 0.426 0.058 0.128 0.421 0.248 0.593 3.049 0.050 0.260 0.174 0.634 0.138 0.800 0.381 0.867 0.024 0.083 0.087 0.125 0.544 0.303 0.037 0.247 0.633 0.343 1.127 0.469 0.718 0.511 1.373 0.174 0.079 0.098 0.059 0.122 0.446 0.173 0.114 0.812 0.509 0.461 1.013 0.853 0.048 0.796 1.939 0.174 1.856 0.116 0.125 1.223 1.028 0.062 0.064 0.019 0.315 0.095 0.768 0.752 0.570 0.582 0.609 0.496 0.515 1.873 0.404 0.417 1.206 0.258 0.157 0.143 0.692 0.983 0.285 0.332 0.427 0.224 0.269 0.429 0.857 0.979 1.289 2.674 0.330 0.375 1535 chr10 77002086 77039241 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -24839 NM_144589 118881 Hs.355333 NM_144589 ENSG00000165644 COMTD1 - catechol-O-methyltransferase domain containing 1 protein-coding 0.622 nan 0.735 0.307 0.158 0.014 0.381 0.164 0.311 0.317 0.111 0.141 0.095 0.253 0.042 0.131 0.131 0.125 0.593 0.347 0.034 0.019 0.138 0.077 0.370 0.039 0.047 0.028 0.437 0.247 0.284 1.293 0.789 0.298 0.165 0.116 0.028 0.056 0.070 0.013 0.121 0.144 0.058 0.029 0.432 0.275 3.762 0.121 0.188 0.044 0.081 1.674 0.131 0.391 0.050 0.370 1.520 1.207 0.021 0.070 0.096 0.071 0.024 0.179 0.023 0.024 0.014 0.345 0.313 0.215 0.292 0.293 0.286 0.640 0.230 0.163 0.196 0.261 0.418 0.346 nan 0.198 0.135 0.130 0.148 0.113 0.087 0.309 nan 0.477 0.348 5299 chr18 43403684 43418727 + 0 NA intron (NM_213602, intron 1 of 5) intron (NM_213602, intron 1 of 5) 5660 NM_213602 284266 Hs.287692 NM_213602 ENSG00000197046 SIGLEC15 CD33L3|HsT1361|SIGLEC-15 sialic acid binding Ig like lectin 15 protein-coding nan 1.344 1.048 0.621 1.300 0.443 0.990 0.341 0.621 0.013 0.185 0.856 0.025 0.047 0.612 1.659 0.144 0.118 0.212 0.189 0.104 0.055 0.348 0.287 0.365 0.556 0.279 0.049 0.618 0.405 0.724 1.918 0.546 1.490 0.165 0.076 3.564 0.058 0.054 0.734 0.058 0.478 0.475 0.249 1.495 0.448 1.887 2.766 0.092 0.586 0.274 0.742 1.659 0.128 0.099 0.365 0.450 0.071 0.252 0.128 0.250 0.739 0.039 0.082 0.250 0.157 0.193 0.508 0.707 0.229 0.601 1.061 0.861 1.777 0.473 0.149 0.121 0.497 0.622 0.327 0.369 0.440 0.297 0.153 0.220 9.753 9.950 0.070 nan 6.548 3.299 4978 chr17 72798185 72839414 + 0 NA intron (NM_001321264, intron 9 of 9) intron (NM_001321264, intron 9 of 9) 37208 NR_103735 2905 Hs.436980 NM_000835 ENSG00000161509 GRIN2C GluN2C|NMDAR2C|NR2C glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2C protein-coding 0.996 0.742 1.155 0.077 0.483 1.567 0.188 0.252 0.388 0.016 0.192 0.083 0.018 0.310 0.699 0.263 0.197 0.058 0.220 0.061 0.028 0.054 0.231 0.188 0.181 0.080 0.082 0.113 0.134 0.069 0.292 0.629 0.155 1.116 0.046 0.132 0.145 0.076 0.106 0.043 0.148 0.235 0.048 0.045 0.053 0.061 0.113 0.195 0.211 0.180 0.029 0.075 0.263 0.172 0.076 0.181 0.044 0.069 0.306 0.297 0.675 0.113 0.237 0.227 0.035 0.042 0.016 0.721 1.267 0.289 0.332 0.917 0.853 0.596 0.250 0.212 0.216 nan 4.943 1.093 1.221 1.267 1.224 0.485 0.696 0.415 0.360 0.507 0.738 nan 0.498 3775 chr14 93496624 93516448 + 0 NA intron (NM_014216, intron 3 of 10) MIRc|SINE|MIR -27261 NR_002808 319085 Hs.612888 NR_002808 ENSG00000258730 ITPK1-AS1 C14orf85|ITPK1-AS|ITPK1AS|NCRNA00203 ITPK1 antisense RNA 1 ncRNA 1.313 0.637 nan 4.200 0.290 0.264 1.152 0.161 0.336 0.749 1.143 2.054 1.037 0.065 0.237 0.588 1.071 0.261 0.053 0.039 0.312 0.049 0.293 0.234 0.175 4.110 3.033 0.145 0.463 1.457 0.267 1.303 0.247 0.570 0.540 1.498 0.130 0.104 0.110 0.119 0.082 2.414 2.914 1.385 1.045 0.806 2.593 0.287 3.257 0.248 0.052 1.701 0.588 0.173 0.152 0.175 1.241 0.365 0.103 0.143 0.122 0.465 0.060 0.205 2.370 0.163 0.090 0.362 0.499 0.681 2.454 1.136 1.098 0.689 0.216 0.694 0.712 0.644 1.034 0.978 1.365 1.997 1.919 0.371 0.412 0.365 0.470 0.337 0.861 nan 0.912 5258 chr18 34754234 34765108 + 0 NA intron (NM_001353920, intron 10 of 10) intron (NM_001353920, intron 10 of 10) -94752 NR_134588 105372068 Hs.569903 NR_134588 ENSG00000267202 LOC105372068 - uncharacterized LOC105372068 ncRNA nan 0.961 1.793 0.466 0.340 0.052 0.098 0.264 0.548 0.045 0.071 0.134 2.795 0.209 0.083 0.399 0.061 0.029 0.059 0.029 0.013 0.391 0.129 0.275 0.010 0.014 0.067 0.058 0.089 0.138 0.007 0.386 0.135 0.044 0.648 0.069 0.119 0.131 0.042 0.028 0.014 0.020 0.063 0.097 0.101 0.022 0.019 0.014 0.067 0.399 0.093 0.017 0.275 0.011 0.045 0.009 0.010 0.839 0.029 0.055 0.206 0.021 0.016 0.014 0.971 0.521 0.302 0.281 0.915 0.974 8.693 2.371 0.107 0.127 0.470 0.826 nan 2.579 0.732 0.451 0.198 0.274 3.480 3.157 0.418 0.908 3.194 2.396 9622 chr6 37632740 37683747 + 0 NA intron (NM_153487, intron 1 of 16) intron (NM_153487, intron 1 of 16) 7523 NM_153487 266727 Hs.437993 NM_153487 ENSG00000112139 MDGA1 GPIM|MAMDC3 MAM domain containing glycosylphosphatidylinositol anchor 1 protein-coding nan 0.929 nan 0.324 0.286 1.666 0.251 0.657 1.093 0.021 0.211 0.206 0.032 0.043 1.413 1.230 0.243 0.092 0.264 0.100 0.025 0.140 0.181 0.119 2.282 0.385 0.197 0.122 0.120 0.056 0.106 0.244 0.169 2.344 0.069 0.145 0.160 0.440 0.110 0.060 0.674 0.354 0.098 0.092 0.040 0.059 0.172 0.968 0.252 0.447 0.097 0.091 1.230 0.224 0.054 2.282 0.043 0.078 0.583 0.438 0.060 0.173 0.156 0.697 0.058 0.122 0.060 0.453 0.621 0.265 nan nan 2.171 0.881 0.235 0.410 0.448 2.071 2.419 0.909 1.344 1.420 1.236 0.394 0.525 0.536 0.628 0.930 2.505 1.303 0.790 7718 chr3 106475948 106486788 + 0 NA Intergenic Intergenic 478117 NR_028303 100302640 Hs.648607 NR_028303 ENSG00000242759 LINC00882 - long intergenic non-protein coding RNA 882 ncRNA nan nan 0.784 4.832 0.050 0.005 0.670 0.321 0.411 0.371 0.196 0.661 0.006 0.018 0.091 0.200 0.178 0.134 0.174 0.210 0.074 0.051 0.058 0.153 0.337 0.019 0.007 0.082 1.046 0.651 0.088 0.109 0.051 0.160 0.147 0.055 0.034 0.068 0.069 0.011 0.058 1.493 0.216 0.260 0.230 0.028 0.223 0.516 0.045 0.079 0.008 0.167 0.200 0.093 0.067 0.337 0.214 0.008 0.053 0.728 0.009 0.381 0.037 0.148 0.021 0.016 0.024 0.242 0.219 0.197 0.354 0.295 0.292 0.436 0.197 0.234 0.221 0.385 0.602 0.203 0.202 0.709 0.378 0.044 0.133 0.077 0.098 0.433 1.002 0.379 0.447 5690 chr19 41912377 41935315 + 0 NA intron (NM_000709, intron 4 of 8) AluSp|SINE|Alu 10789 NM_198540 374907 Hs.441681 NM_198540 ENSG00000177191 B3GNT8 B3GALT7|BGALT15|beta3Gn-T8 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 8 protein-coding 0.895 0.689 0.847 0.228 1.218 6.288 0.731 0.216 0.459 0.025 0.646 0.237 0.014 1.530 3.020 0.190 0.141 0.077 0.950 0.600 0.052 0.060 0.245 0.122 0.807 1.170 0.999 0.183 1.453 0.482 1.361 nan 1.901 0.291 0.229 0.106 0.136 0.105 0.081 0.310 0.070 0.161 0.115 0.034 0.455 0.227 0.110 0.153 0.377 0.338 0.358 0.330 0.190 1.453 0.237 0.807 0.102 0.043 0.251 0.165 0.768 0.225 0.138 0.060 0.059 0.024 0.010 0.392 0.688 0.338 0.539 1.842 2.183 1.465 0.356 0.751 0.815 0.280 0.564 6.102 4.958 0.413 0.249 0.391 0.589 0.393 0.363 0.309 0.437 1.044 0.521 1335 chr10 13194716 13212333 + 0 NA promoter-TSS (NM_182751) promoter-TSS (NM_182751) -30 NM_018518 55388 Hs.198363 NM_018518 ENSG00000065328 MCM10 CNA43|DNA43|PRO2249 minichromosome maintenance 10 replication initiation factor protein-coding nan 0.776 0.795 0.449 0.427 0.111 0.335 0.237 0.579 0.103 0.309 0.414 0.004 0.068 0.550 0.348 0.385 0.137 0.256 0.129 0.225 0.095 0.233 0.202 0.367 0.220 0.127 0.163 0.209 0.078 0.120 0.411 0.195 0.794 0.083 0.285 0.131 0.259 0.097 0.094 0.202 0.167 0.318 0.243 0.162 0.178 0.353 0.289 0.291 0.291 0.308 0.297 0.348 0.338 0.283 0.367 0.195 0.287 0.132 0.553 0.178 0.194 0.079 0.105 0.165 0.108 0.064 1.197 0.768 0.873 1.276 0.751 0.679 5.089 1.897 0.816 0.770 0.830 1.274 0.850 1.400 0.545 0.549 0.380 0.510 0.791 1.056 0.820 0.802 1.366 0.695 4652 chr17 21178330 21206412 + 0 NA intron (NM_002756, intron 1 of 11) intron (NM_002756, intron 1 of 11) 1023 NM_002756 5606 Hs.514012 NM_002756 ENSG00000034152 MAP2K3 MAPKK3|MEK3|MKK3|PRKMK3|SAPKK-2|SAPKK2 mitogen-activated protein kinase kinase 3 protein-coding nan nan nan 0.989 0.846 0.204 0.840 0.828 1.685 0.490 0.835 0.843 0.190 0.733 0.515 0.549 0.721 0.115 0.749 0.236 1.980 0.124 0.558 0.226 0.787 0.454 0.368 0.524 0.882 0.368 1.083 1.638 1.356 1.671 0.521 1.845 0.057 0.896 0.124 0.563 0.469 2.138 3.203 1.563 0.842 1.103 0.955 1.141 2.372 3.248 0.927 0.714 0.549 1.949 2.378 0.787 0.789 1.056 0.741 3.031 3.191 0.857 0.180 0.215 1.214 1.259 1.006 1.306 2.150 0.937 1.719 1.201 1.026 1.870 0.423 0.557 0.523 0.894 1.355 2.532 3.661 2.084 2.163 0.392 0.699 0.390 0.471 0.780 nan 1.156 0.729 3780 chr14 95064440 95070245 + 0 NA Intergenic MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR -11372 NM_001085 12 Hs.534293 NM_001085 ENSG00000196136 SERPINA3 AACT|ACT|GIG24|GIG25 serpin family A member 3 protein-coding 0.835 1.800 nan 6.447 0.107 0.183 4.137 0.220 0.761 1.524 0.136 0.596 0.011 0.051 0.154 0.198 0.532 0.111 0.461 0.270 0.657 0.047 0.054 0.153 0.124 5.465 6.846 4.264 1.123 3.099 5.519 1.024 3.504 0.417 0.998 0.074 0.037 0.086 3.505 0.061 1.880 0.801 0.550 3.240 1.668 0.117 5.689 3.002 3.707 1.302 5.049 0.198 0.074 2.694 0.124 2.459 0.442 0.135 0.190 0.185 5.943 0.119 8.362 2.847 2.373 0.848 1.707 1.844 5.848 0.877 0.882 0.117 0.033 0.577 0.655 0.390 0.723 0.305 0.393 0.818 0.654 1.288 1.409 0.244 0.443 0.107 0.095 nan 0.367 10891 chr8 33086219 33103465 + 0 NA Intergenic Intergenic 235822 NM_032664 84750 Hs.458713 NM_032664 ENSG00000172728 FUT10 FUCTX fucosyltransferase 10 protein-coding 0.629 1.132 nan 0.500 0.157 0.252 0.263 0.093 0.145 0.006 0.104 0.095 0.021 0.047 0.072 0.204 0.126 0.094 0.097 0.110 0.029 0.110 0.096 0.118 0.497 0.151 0.008 0.174 0.228 0.089 0.090 0.180 0.771 0.369 0.063 0.033 0.108 0.136 0.064 0.091 0.046 0.028 0.032 0.114 0.099 0.089 0.139 0.121 0.062 0.014 0.038 0.204 0.050 0.027 0.118 0.141 0.033 0.104 0.051 0.081 0.046 0.017 0.166 0.026 0.030 0.008 0.326 0.193 0.289 0.445 0.586 0.737 5.598 1.495 0.160 0.115 0.486 0.584 0.432 0.538 0.705 0.911 0.065 0.134 0.247 0.091 0.242 0.391 1.374 0.840 4847 chr17 48500832 48504883 + 0 NA promoter-TSS (NM_001288968) promoter-TSS (NM_001288968) -662 NM_001288968 80221 Hs.288959 NM_025149 ENSG00000167107 ACSF2 ACSMW|AVYV493 acyl-CoA synthetase family member 2 protein-coding 3.114 1.309 nan 7.965 0.954 1.440 5.465 0.420 1.290 3.500 2.986 3.186 2.395 0.149 0.273 0.658 2.323 0.362 5.592 2.968 1.151 0.513 0.192 0.158 0.297 1.284 0.857 1.088 4.965 4.838 2.147 3.770 6.800 1.092 1.152 1.032 0.071 2.188 0.085 1.560 0.787 1.899 1.672 1.456 5.106 2.177 8.634 5.435 3.990 3.912 1.623 2.764 0.658 4.395 1.043 0.297 1.023 1.472 3.914 3.301 0.148 0.801 0.385 0.582 1.384 0.459 0.263 0.389 0.713 2.032 2.781 0.970 nan 2.733 0.735 2.036 2.459 1.678 1.949 4.448 5.577 5.413 5.660 0.711 0.813 0.331 0.372 0.508 0.925 0.481 0.443 8992 chr5 71534246 71549996 + 0 NA intron (NM_001286748, intron 4 of 11) intron (NM_001286748, intron 4 of 11) 66666 NM_001324255 4131 Hs.335079 NM_005909 ENSG00000131711 MAP1B FUTSCH|MAP5|PPP1R102 microtubule associated protein 1B protein-coding 1.270 nan 1.569 0.251 0.164 0.563 0.496 0.224 0.408 0.084 0.825 1.374 0.039 0.039 0.209 0.724 2.989 0.276 0.346 0.181 0.320 0.027 0.409 0.277 0.152 1.205 0.710 0.108 0.396 0.147 0.286 0.449 0.824 0.419 0.456 0.388 0.108 0.152 0.100 0.283 0.050 0.094 0.095 0.073 0.170 0.106 0.552 0.165 0.262 0.353 0.065 0.161 0.724 0.176 3.753 0.152 0.140 0.199 0.284 0.052 0.341 0.899 0.100 0.478 0.188 0.578 0.647 0.402 0.655 0.633 0.702 0.504 0.548 nan 0.458 0.232 0.206 3.227 nan 0.364 0.336 0.892 0.536 0.237 0.331 0.520 0.644 0.695 2.420 0.755 0.507 5240 chr18 31151802 31166634 + 0 NA intron (NM_030632, intron 1 of 11) intron (NM_030632, intron 1 of 11) 677 NM_030632 80816 Hs.464876 NM_030632 ENSG00000141431 ASXL3 BRPS|KIAA1713 additional sex combs like 3, transcriptional regulator protein-coding nan 1.175 0.854 0.078 1.538 1.721 0.023 0.469 1.060 0.013 0.037 0.100 0.025 1.257 1.703 1.452 0.071 0.109 0.051 0.026 0.017 0.019 0.890 0.597 3.215 0.005 0.005 0.005 0.042 0.130 0.353 0.053 5.202 0.030 0.448 1.866 1.478 0.076 0.048 0.497 0.038 0.012 0.005 0.037 0.005 0.058 0.148 0.055 0.261 0.101 0.044 1.452 0.081 0.018 3.215 0.008 0.011 0.354 0.055 1.253 0.021 0.087 0.117 0.021 0.012 0.004 0.564 0.500 1.109 1.160 4.924 4.588 3.523 1.090 0.823 0.888 1.405 1.860 nan 6.257 0.959 0.720 0.199 0.384 6.749 6.590 0.623 1.104 4.411 2.574 11258 chr8 124668655 124706679 + 0 NA Intergenic Intergenic -22477 NM_001081675 340359 Hs.450252 NM_001081675 ENSG00000175946 KLHL38 C8ORFK36 kelch like family member 38 protein-coding nan nan nan 1.050 0.401 0.657 3.460 0.224 0.406 0.839 0.812 1.137 0.035 0.115 0.410 0.608 0.446 0.169 2.185 1.553 0.067 0.018 0.099 0.086 0.246 2.755 1.951 0.040 1.854 2.088 0.289 0.734 1.785 nan 1.233 0.059 0.166 0.031 0.073 0.757 0.366 0.994 0.179 0.121 3.415 1.040 1.071 3.840 0.203 0.595 0.304 1.011 0.608 2.214 1.226 0.246 0.109 0.389 0.146 0.061 0.126 1.672 0.086 0.164 0.869 0.114 0.119 0.357 0.347 0.299 0.551 1.501 1.477 3.250 1.174 nan nan 0.194 0.356 0.872 0.720 0.451 0.350 0.273 0.340 1.006 0.675 0.318 0.596 1.024 0.651 165 chr1 23865641 23928303 + 0 NA Intergenic MER33|DNA|hAT-Charlie -10687 NM_002167 3399 Hs.76884 NM_002167 ENSG00000117318 ID3 HEIR-1|bHLHb25 inhibitor of DNA binding 3, HLH protein protein-coding 2.401 2.385 nan 0.634 2.046 3.704 0.752 0.773 1.420 1.110 2.258 1.687 1.382 1.379 1.467 1.520 1.635 0.290 0.501 0.314 3.396 0.303 1.149 0.519 1.466 1.532 1.203 2.123 0.686 0.453 0.463 2.445 0.732 6.580 0.513 3.707 0.576 2.465 0.160 0.591 1.609 4.779 0.334 0.226 0.816 0.401 0.933 0.795 4.119 1.648 2.031 2.446 1.520 1.214 1.236 1.466 0.758 3.710 0.966 5.077 1.611 0.794 0.672 1.097 0.678 0.053 0.032 1.148 1.052 4.223 7.253 3.315 2.686 2.831 0.805 2.701 2.636 3.117 4.152 1.617 2.016 3.073 2.739 0.941 1.462 1.898 2.201 2.174 3.521 2.291 1.355 11149 chr8 99372499 99382316 + 0 NA Intergenic Intergenic -61843 NM_020697 3788 Hs.388045 NM_020697 ENSG00000156486 KCNS2 KV9.2 potassium voltage-gated channel modifier subfamily S member 2 protein-coding nan 0.729 7.976 0.051 0.380 0.119 0.151 0.093 0.362 0.030 0.142 0.094 0.006 0.052 0.064 0.269 0.293 0.117 0.085 0.064 0.095 0.064 0.219 0.056 0.036 0.210 0.035 0.064 0.073 0.293 0.057 0.612 0.074 0.076 0.039 0.022 0.094 0.036 0.025 0.215 0.130 0.127 0.089 0.023 0.226 0.322 0.116 0.062 0.625 0.211 0.269 0.123 0.049 0.219 0.025 0.049 0.149 0.053 0.487 0.340 0.130 0.188 0.161 0.023 0.026 0.367 0.294 0.232 nan 0.713 0.736 1.002 0.235 0.266 0.313 0.497 0.670 0.812 0.962 1.053 0.947 0.381 0.547 0.279 0.312 0.366 0.558 0.967 0.757 6588 chr2 202828845 202855193 + 0 NA Intergenic Intergenic -57291 NM_003507 8324 Hs.173859 NM_003507 ENSG00000155760 FZD7 FzE3 frizzled class receptor 7 protein-coding 1.783 nan 3.055 0.112 0.180 0.840 0.135 0.152 0.240 0.036 0.177 0.189 0.023 0.034 0.058 0.587 0.257 0.104 0.137 0.065 0.051 0.037 0.166 0.165 0.201 0.067 0.041 0.039 0.072 0.024 0.070 0.227 0.079 0.960 0.017 0.106 0.105 0.049 0.050 0.054 0.507 0.163 0.039 0.022 0.091 0.058 0.069 0.179 0.145 0.122 0.030 0.047 0.587 0.083 0.014 0.201 0.032 0.056 0.655 0.117 0.051 0.065 0.209 0.363 0.471 0.015 0.009 0.421 0.526 0.320 0.607 0.377 0.418 0.106 0.043 0.608 0.607 2.566 3.838 0.666 0.748 0.795 0.737 0.371 0.744 0.261 0.390 0.691 1.536 0.867 0.569 4579 chr17 8020583 8031230 + 0 NA intron (NM_001165967, intron 2 of 3) CpG-10133 1504 NM_032580 84667 Hs.434828 NM_032580 ENSG00000179111 HES7 SCDO4|bHLHb37 hes family bHLH transcription factor 7 protein-coding 2.065 1.118 1.912 0.730 0.864 0.624 0.831 0.834 1.594 0.287 0.937 0.500 0.162 1.269 1.233 0.598 0.456 0.078 1.283 0.477 1.072 1.496 0.442 0.277 0.687 0.237 0.240 0.444 0.918 0.377 2.011 1.899 1.373 4.520 0.933 1.257 0.081 1.814 0.076 0.232 0.404 3.482 0.768 0.410 0.594 0.803 0.596 0.484 4.598 4.693 1.332 0.653 0.598 2.199 5.862 0.687 0.448 0.546 0.373 7.595 1.053 0.768 0.519 1.706 0.536 1.592 1.050 1.533 2.963 0.985 1.095 2.123 1.755 3.521 0.752 1.513 1.515 1.018 1.347 1.198 1.722 1.482 1.577 0.634 0.890 0.460 0.580 2.175 5.944 0.424 0.137 4509 chr16 88263440 88280805 + 0 NA Intergenic Intergenic 44235 NR_110944 101928880 Hs.634835 NR_110944 ENSG00000260420 LINC02182 LA16c-444G7.2 long intergenic non-protein coding RNA 2182 ncRNA nan 0.393 0.734 1.096 0.202 0.061 2.204 0.158 0.209 0.639 0.864 4.934 0.200 0.046 0.305 0.184 0.764 0.102 2.049 1.365 1.928 0.016 0.064 0.047 0.129 1.185 0.696 0.179 0.203 0.225 1.083 2.334 0.490 0.739 2.757 2.645 0.011 0.075 0.059 0.781 0.027 4.136 1.973 1.231 0.453 0.926 1.708 0.661 1.088 6.581 0.688 1.661 0.184 2.348 1.515 0.129 0.246 1.447 0.078 4.318 0.129 0.902 0.034 0.021 2.533 0.554 0.723 0.279 0.167 0.216 0.473 0.305 0.319 0.190 0.081 0.155 0.168 0.068 0.199 0.305 0.392 0.463 0.300 0.206 0.194 0.107 0.199 0.071 0.101 0.347 0.370 9887 chr6 123314391 123329850 + 0 NA intron (NM_001010852, intron 2 of 5) intron (NM_001010852, intron 2 of 5) 5004 NM_001010852 134829 Hs.486361 NM_001010852 ENSG00000146352 CLVS2 C6orf212|C6orf213|RLBP1L2|bA160A10.4 clavesin 2 protein-coding 0.748 1.062 0.770 0.042 0.084 0.968 0.046 0.218 0.501 0.013 0.035 0.024 0.019 0.092 0.755 0.063 0.063 0.082 0.024 0.004 0.009 0.442 0.311 0.951 0.009 0.009 0.048 0.007 0.059 0.078 0.055 1.946 0.009 0.039 0.135 0.056 0.089 0.038 0.380 0.055 0.012 0.028 0.015 0.143 0.042 0.042 0.542 0.026 0.047 0.755 0.041 0.024 0.951 0.043 0.207 0.097 0.033 0.016 0.128 0.131 0.005 0.015 0.007 0.370 0.205 0.166 0.209 3.036 2.848 7.469 2.966 0.215 0.229 2.476 2.692 0.313 0.440 0.925 1.051 0.274 0.477 0.585 0.339 0.228 0.299 1.631 0.994 6074 chr2 45900380 45913648 + 0 NA intron (NM_005400, intron 1 of 14) intron (NM_005400, intron 1 of 14) 27971 NM_005400 5581 Hs.580351 NM_005400 ENSG00000171132 PRKCE PKCE|nPKC-epsilon protein kinase C epsilon protein-coding 1.017 nan 0.873 1.068 0.122 1.273 4.016 0.315 0.643 1.331 0.258 0.279 0.074 0.030 1.242 0.166 0.290 0.145 3.310 1.975 0.043 0.010 0.166 0.152 0.244 0.537 0.174 0.072 2.478 1.128 2.523 nan 1.707 1.071 1.433 0.109 0.021 0.074 0.117 0.124 0.222 0.132 0.077 0.024 3.177 1.707 4.190 0.211 0.257 0.208 0.416 2.368 0.166 1.606 0.207 0.244 2.359 1.045 0.184 0.157 0.064 0.454 0.743 0.047 0.091 0.022 0.050 0.928 1.104 0.465 1.858 nan 0.502 0.513 0.235 0.543 0.640 0.691 0.856 1.292 1.285 0.650 0.351 0.613 1.061 0.034 0.061 0.210 nan nan 0.615 2553 chr12 25670467 25674679 + 0 NA intron (NM_001145729, intron 6 of 8) intron (NM_001145729, intron 6 of 8) 33644 NM_001145728 160492 Hs.44647 NM_152590 ENSG00000152936 LMNTD1 IFLTD1|LMNARS1|PAS1C1 lamin tail domain containing 1 protein-coding nan nan nan 0.068 0.292 0.067 0.115 0.105 0.092 0.114 0.172 0.014 0.042 0.054 0.076 0.251 0.246 0.134 0.075 0.133 0.028 0.011 0.195 0.051 0.115 0.461 0.099 0.152 1.605 0.227 0.197 10.922 0.019 0.022 0.043 0.026 0.018 0.091 0.417 0.077 0.083 0.111 0.044 0.220 0.036 0.028 0.030 0.059 0.124 0.023 0.076 0.054 0.073 0.068 0.036 0.294 0.104 0.182 0.181 0.335 0.373 0.138 0.071 0.317 0.266 0.050 0.272 0.275 0.232 0.325 0.110 0.134 0.173 0.060 0.060 0.213 0.569 0.174 0.254 10135 chr7 4721050 4725422 + 0 NA intron (NM_001037165, intron 1 of 8) intron (NM_001037165, intron 1 of 8) 1306 NM_001037165 221937 Hs.487393 NM_001037165 ENSG00000164916 FOXK1 FOXK1L forkhead box K1 protein-coding 4.308 3.755 5.201 5.949 2.383 1.018 2.818 1.062 1.997 2.160 4.746 3.317 0.414 1.415 1.777 3.132 3.249 0.351 3.808 0.863 2.885 1.588 1.770 0.738 4.955 2.956 4.141 2.553 8.886 1.415 6.676 10.896 8.234 nan 1.377 3.238 0.414 2.656 0.202 1.503 1.287 5.500 4.658 2.051 1.569 3.100 4.138 2.770 6.987 6.351 3.575 3.474 3.132 4.382 5.364 4.955 2.917 2.439 0.832 5.770 4.391 2.898 1.925 1.619 2.784 1.541 0.963 3.482 5.141 3.098 nan 4.230 5.004 nan 1.706 7.082 6.233 2.399 3.215 nan 6.488 1.860 2.475 2.432 6.484 2.058 1.717 3.060 3.615 1.739 0.789 2979 chr12 116955109 116973819 + 0 NA Intergenic Intergenic -6763 NR_027345 100287569 Hs.441601 NM_207436 ENSG00000196668 LINC00173 NCRNA00173 long intergenic non-protein coding RNA 173 ncRNA nan nan 0.743 0.147 0.236 0.128 1.719 0.210 0.355 0.230 0.360 1.351 0.090 0.071 0.576 0.536 1.318 0.356 0.090 0.010 0.487 0.174 0.076 0.126 0.415 0.616 0.266 0.346 0.069 0.316 0.131 0.553 0.187 1.670 0.463 0.977 0.025 0.585 0.120 0.283 0.184 1.382 0.889 0.520 0.617 0.176 0.128 5.935 2.993 0.896 4.031 1.061 0.536 0.088 0.352 0.415 0.648 0.342 0.094 2.713 0.081 1.034 0.302 0.172 0.085 8.384 7.371 0.279 0.364 0.438 0.921 nan nan nan 0.065 0.809 0.861 0.958 1.491 nan nan 0.460 0.284 0.279 0.452 0.096 0.126 0.523 1.120 nan 0.402 3270 chr13 97946396 97964499 + 0 NA intron (NM_001306070, intron 2 of 7) intron (NM_001306070, intron 2 of 7) 80897 NM_144778 10150 Hs.657347 NM_144778 ENSG00000139793 MBNL2 MBLL|MBLL39|PRO2032 muscleblind like splicing regulator 2 protein-coding 1.086 1.297 1.095 0.180 0.246 0.047 0.239 0.630 1.219 0.242 0.675 0.300 0.150 0.021 0.341 0.455 0.531 0.169 0.488 0.146 0.223 0.008 0.218 0.117 0.506 0.255 0.116 0.179 0.052 0.023 0.207 0.782 0.067 0.353 0.363 1.112 0.032 0.173 0.091 0.221 0.870 4.058 0.047 0.047 0.042 0.021 0.271 0.167 0.315 0.188 0.373 0.078 0.455 0.303 0.066 0.506 0.020 0.254 0.156 0.889 0.443 0.777 0.479 0.267 0.506 0.834 0.393 1.062 1.273 2.890 6.052 0.853 0.792 0.297 0.200 0.169 0.191 0.204 0.341 0.984 1.263 0.600 0.411 0.553 0.834 0.219 0.377 1.247 2.697 0.328 0.266 7880 chr3 141045079 141066976 + 0 NA intron (NM_001080412, intron 1 of 7) intron (NM_001080412, intron 1 of 7) 12972 NM_001080412 253461 Hs.518301 NM_152535 ENSG00000177311 ZBTB38 CIBZ|PPP1R171|ZNF921 zinc finger and BTB domain containing 38 protein-coding 1.181 nan nan 0.178 0.300 0.031 2.316 0.146 0.412 0.013 0.356 0.761 0.014 0.105 0.096 0.187 0.225 0.103 1.622 1.262 0.215 0.019 0.196 0.195 0.071 1.423 0.617 0.034 2.087 0.901 0.552 3.438 0.457 0.237 0.695 0.579 0.022 0.050 0.096 0.497 0.091 0.295 0.085 0.075 0.939 0.940 0.114 1.378 1.350 0.860 2.128 0.853 0.187 0.792 3.461 0.071 0.229 0.034 0.049 0.061 0.070 1.355 0.032 0.185 0.254 0.615 0.719 0.300 0.226 0.207 0.244 0.277 0.380 nan 1.887 0.283 0.298 0.318 nan 0.301 nan nan 0.309 0.177 0.221 0.057 0.097 0.363 0.780 0.736 0.692 2961 chr12 113337692 113347775 + 0 NA Intergenic L1MC|LINE|L1 -1849 NM_016816 4938 Hs.524760 NM_002534 ENSG00000089127 OAS1 E18/E16|IFI-4|OIAS|OIASI 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1 protein-coding nan nan 0.726 0.328 0.102 0.083 1.170 0.161 0.346 0.692 0.139 0.175 0.073 0.030 0.300 0.268 1.643 0.207 0.506 0.225 6.422 0.041 0.156 0.190 0.072 1.842 1.304 0.239 0.446 0.367 1.056 4.193 2.316 1.227 0.826 8.618 0.070 0.120 0.143 0.188 0.049 0.083 0.063 0.039 2.023 1.239 0.345 0.635 4.869 0.036 0.690 6.091 0.268 0.262 0.695 0.072 2.827 3.224 0.009 0.218 0.162 0.494 0.098 0.240 0.432 0.208 0.347 0.197 0.117 0.171 nan nan nan 0.530 0.213 0.241 1.058 1.787 nan nan 0.445 0.213 0.323 0.388 0.615 0.544 0.098 0.156 nan 0.824 2569 chr12 27424599 27446342 + 0 NA intron (NM_015000, intron 1 of 13) L1M5|LINE|L1 38392 NM_015000 23012 Hs.184523 NM_015000 ENSG00000211455 STK38L NDR2 serine/threonine kinase 38 like protein-coding nan nan nan 0.169 0.528 0.226 0.119 0.259 0.342 0.018 0.251 2.518 0.049 0.133 0.159 0.218 1.036 0.141 0.312 0.087 0.055 0.045 0.209 0.207 0.276 0.058 0.016 0.041 0.138 0.063 0.118 0.275 0.142 0.458 0.107 0.324 0.070 0.076 0.131 0.452 0.120 0.038 0.019 0.025 0.025 0.074 0.270 0.198 0.311 0.229 0.039 0.088 0.218 0.218 0.148 0.276 0.068 0.091 0.080 0.093 0.338 0.123 0.072 0.091 0.190 0.024 0.016 0.194 0.131 0.385 0.800 0.645 0.880 1.365 0.443 0.629 0.751 0.577 0.707 1.018 1.117 0.581 0.275 0.175 0.342 0.283 0.256 0.398 0.911 0.405 0.437 8824 chr5 28578811 28585962 + 0 NA Intergenic L1MB4|LINE|L1 -294614 NR_134265 105374698 Hs.124461 NR_134265 ENSG00000249785 LINC02103 - long intergenic non-protein coding RNA 2103 ncRNA 0.657 1.178 0.978 0.171 0.357 0.031 0.180 0.134 0.156 0.041 0.140 0.395 0.051 0.085 0.087 0.053 0.560 0.227 0.447 0.166 0.043 0.019 0.199 0.299 0.117 0.059 0.030 0.021 0.232 0.191 0.190 0.271 0.238 0.388 0.367 0.053 0.015 0.130 0.034 0.011 0.051 0.008 0.022 0.092 0.053 0.134 0.080 0.059 0.022 0.037 0.053 0.149 0.013 0.117 0.196 0.036 0.024 0.156 0.176 0.427 0.021 0.009 0.030 1.479 1.072 8.437 2.366 0.509 0.410 0.250 0.084 0.556 0.436 nan 0.551 0.512 0.496 0.645 0.487 0.444 1.068 0.112 0.078 0.174 0.229 nan 0.508 319 chr1 41957434 41985496 + 0 NA TTS (NM_024503) TTS (NM_024503) -21111 NM_001956 1907 Hs.1407 NM_001956 ENSG00000127129 EDN2 ET-2|ET2|PPET2 endothelin 2 protein-coding 17.349 1.187 nan 1.287 0.382 0.633 3.189 0.285 0.343 0.385 0.914 0.444 0.306 0.165 0.175 0.819 0.778 0.138 2.956 1.315 0.429 0.044 0.284 0.187 0.696 0.686 0.460 0.605 0.941 1.173 0.719 3.357 0.822 1.735 1.585 0.220 0.051 0.406 0.095 0.221 0.091 0.559 0.542 0.356 1.292 2.025 0.885 0.250 0.406 0.658 0.298 0.517 0.819 5.158 2.881 0.696 0.270 2.235 0.650 1.304 0.126 0.969 0.391 0.283 0.216 2.658 2.116 0.576 0.820 0.434 0.784 1.206 1.193 1.044 0.351 1.350 1.438 0.793 nan nan 6.290 1.454 1.662 1.047 nan 0.284 0.346 0.481 0.860 0.896 0.574 10942 chr8 49318275 49324469 + 0 NA Intergenic Intergenic -142755 NR_105002 101929268 Hs.683934 NR_105002 ENSG00000253608 LOC101929268 - uncharacterized LOC101929268 ncRNA 1.252 nan 0.662 2.839 0.057 0.018 6.012 0.069 0.104 0.156 3.969 4.381 0.030 0.066 0.072 0.434 2.640 0.103 4.012 2.505 0.122 0.228 0.124 0.039 6.043 6.646 0.179 4.401 5.790 2.068 2.065 0.533 0.349 6.563 0.060 0.091 0.018 0.123 5.301 0.050 4.223 2.406 0.953 8.029 3.518 2.564 17.316 0.171 0.185 0.114 0.342 0.434 3.112 0.135 0.039 0.454 0.081 0.078 0.093 0.575 2.767 0.064 0.158 9.145 4.676 4.255 0.350 0.244 2.808 8.493 0.462 0.430 2.425 0.334 0.104 0.140 0.321 0.523 0.138 0.075 0.265 0.196 0.169 0.224 1.207 1.701 0.270 0.482 0.952 0.857 2571 chr12 27675195 27705833 + 0 NA intron (NM_177444, intron 1 of 28) intron (NM_177444, intron 1 of 28) 13469 NM_001198916 8496 Hs.172445 NM_003622 ENSG00000110841 PPFIBP1 L2|SGT2|hSGT2|hSgt2p PPFIA binding protein 1 protein-coding nan nan nan 0.811 1.115 0.035 1.044 0.141 0.226 0.525 1.638 2.644 0.535 0.188 0.299 0.417 0.602 0.083 1.084 0.497 0.922 0.054 0.482 0.243 0.309 0.637 0.435 0.313 0.581 0.395 0.533 0.695 0.383 0.920 0.401 1.249 0.086 1.658 0.171 5.871 0.331 0.674 0.433 0.280 0.534 0.307 0.728 4.664 1.089 1.790 0.284 0.590 0.417 0.854 0.363 0.309 0.462 0.205 0.741 0.981 0.581 0.604 0.495 0.213 3.087 1.787 2.056 0.706 0.612 2.177 2.353 1.179 1.147 1.404 0.532 2.470 2.759 0.924 1.330 0.692 1.007 1.068 0.891 0.760 1.215 0.396 0.354 0.638 1.017 0.598 0.497 11215 chr8 113267857 113284575 + 0 NA intron (NM_198123, intron 60 of 70) intron (NM_198123, intron 60 of 70) -379506 NR_031745 100302225 NR_031745 ENSG00000238399 MIR2053 hsa-mir-2053 microRNA 2053 ncRNA nan nan 1.142 0.038 0.564 0.020 0.064 0.272 0.434 0.093 0.049 0.007 0.096 0.075 0.084 0.118 0.173 0.133 0.045 0.060 0.025 0.868 0.498 0.858 0.004 0.013 0.013 0.065 0.025 0.142 1.031 0.081 0.990 0.131 0.062 0.393 0.039 0.078 0.007 0.157 0.027 0.031 0.009 0.025 0.009 0.075 0.107 0.015 0.080 0.009 0.036 0.084 0.094 0.016 0.858 0.045 0.064 0.003 0.480 0.028 0.030 0.998 0.013 0.028 0.021 0.298 0.205 0.057 0.072 0.354 0.356 9.691 8.127 0.601 nan 2.087 nan 0.506 0.985 0.930 0.593 0.139 0.206 1.723 1.708 0.410 1.104 1.499 0.828 1179 chr1 228718087 228785540 + 0 NA TTS (NR_106988).4 TTS (NR_106988).4 1004 NR_106988 2.773 nan 7.295 1.267 3.712 0.686 2.669 3.530 6.460 1.946 0.680 1.478 2.976 0.779 0.689 3.793 0.414 0.351 2.118 0.960 0.737 4.719 0.861 0.660 0.630 1.468 2.713 1.123 1.296 0.680 1.628 3.546 0.545 5.185 0.987 3.031 0.343 6.700 0.406 0.384 0.378 3.340 3.983 2.593 0.567 0.296 0.363 1.081 3.811 4.318 0.891 1.278 3.793 1.720 1.829 0.630 1.054 1.155 0.760 4.387 1.234 6.085 0.488 1.615 1.278 0.524 0.413 1.455 1.511 1.472 3.426 2.242 nan 2.528 0.645 3.203 3.075 3.282 4.717 1.036 1.146 3.359 3.048 1.363 1.900 0.814 0.886 1.159 2.773 1.238 0.769 1922 chr11 45774095 45783803 + 0 NA Intergenic LTR79|LTR|ERVL -14034 NR_027134 374387 Hs.632142 NM_199137 ENSG00000205106 DKFZp779M0652 - uncharacterized DKFZp779M0652 ncRNA nan 0.940 0.424 0.045 0.147 0.035 0.096 0.099 0.216 0.010 0.055 0.056 0.016 0.031 0.101 0.260 0.077 0.149 0.044 0.026 0.014 0.081 0.076 0.086 0.007 0.015 0.067 0.092 0.011 0.109 0.336 0.081 0.330 0.015 0.067 0.029 0.033 0.098 0.119 0.049 0.049 0.031 0.050 0.197 0.092 0.059 0.024 0.035 0.260 0.052 0.057 0.086 0.063 0.026 0.092 0.139 0.041 0.051 0.095 0.062 0.016 0.024 0.032 1.427 1.341 10.480 9.195 0.395 0.536 0.604 0.178 0.215 0.194 0.280 0.540 0.204 0.208 0.511 0.301 0.328 0.477 0.157 0.136 0.249 nan 0.798 0.579 735 chr1 153618892 153634437 + 0 NA Intergenic LTR41|LTR|ERVL -4466 NM_012437 23557 Hs.32018 NM_012437 ENSG00000143553 SNAPIN BLOC1S7|BLOS7|BORCS3|SNAPAP SNAP associated protein protein-coding nan nan 2.687 0.486 2.092 0.364 0.633 0.437 0.972 0.162 0.570 0.325 0.215 1.268 1.116 0.664 0.557 0.333 0.743 0.317 0.508 0.428 1.422 0.733 0.835 0.715 0.539 0.374 0.610 0.461 4.877 8.961 0.887 3.971 0.339 0.669 0.214 0.607 0.128 0.349 0.348 0.785 0.454 0.271 0.938 0.260 0.711 0.452 0.827 0.856 0.943 2.379 0.664 0.703 0.507 0.835 0.346 0.813 0.271 1.723 1.784 0.639 0.452 0.477 0.256 0.319 0.170 0.832 0.921 1.549 2.134 1.649 nan 1.915 0.653 1.315 1.362 1.117 1.591 2.921 2.757 0.986 0.746 1.078 1.601 0.820 0.875 0.846 1.896 2.267 1.037 10201 chr7 17157370 17175053 + 0 NA Intergenic Intergenic -172065 NM_001621 196 Hs.171189 NM_001621 ENSG00000106546 AHR bHLHe76 aryl hydrocarbon receptor protein-coding nan 1.147 nan 0.620 0.124 0.050 0.089 0.095 0.271 0.097 0.237 0.312 0.084 0.098 0.040 0.144 0.315 0.109 0.120 0.054 3.831 0.024 0.099 0.135 0.074 0.248 0.062 0.017 0.136 0.084 0.479 1.907 0.668 0.353 0.083 0.679 0.043 0.074 0.201 0.021 0.032 0.094 0.020 0.036 0.167 0.065 0.372 0.231 0.617 0.048 0.424 0.424 0.144 0.156 0.093 0.074 0.180 0.173 0.102 0.040 0.130 0.039 0.064 0.189 0.020 0.023 nan 0.304 0.224 0.403 0.333 0.370 0.374 0.165 0.337 0.408 0.167 0.308 0.269 0.274 0.247 0.100 0.118 0.195 0.094 0.162 0.171 0.361 0.293 0.465 2948 chr12 110543107 110550011 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -15581 NM_014055 28981 Hs.528382 NM_014055 ENSG00000122970 IFT81 CDV-1|CDV-1R|CDV1|CDV1R|DV1|SRTD19 intraflagellar transport 81 protein-coding nan nan 0.749 0.596 0.050 0.056 2.321 0.154 0.287 0.042 0.924 1.435 0.027 0.119 0.126 0.110 1.639 0.307 0.691 0.492 0.312 0.060 0.091 0.164 0.070 1.410 1.118 0.053 1.385 0.717 0.827 2.985 1.873 0.341 1.274 0.348 0.013 0.156 0.120 0.735 0.046 0.125 0.183 0.169 1.212 3.322 0.094 1.450 5.754 0.104 4.855 5.495 0.110 0.803 0.669 0.070 0.422 0.072 0.180 0.202 0.054 1.957 0.028 0.215 0.451 0.008 0.134 0.382 0.218 0.394 nan nan nan 0.158 0.309 0.292 0.511 0.805 nan nan 0.866 0.641 0.107 0.251 0.102 0.177 0.500 1.344 nan 0.809 9889 chr6 124122230 124164893 + 0 NA intron (NM_001040214, intron 1 of 6) intron (NM_001040214, intron 1 of 6) 18570 NM_001040214 154215 Hs.656604 NM_153355 ENSG00000188580 NKAIN2 FAM77B|NKAIP2|TCBA|TCBA1 sodium/potassium transporting ATPase interacting 2 protein-coding 0.713 0.864 0.993 0.041 1.630 4.989 0.032 2.298 4.303 0.016 0.088 0.259 0.014 0.480 3.129 0.222 0.100 0.045 0.080 0.016 0.031 0.839 0.625 1.307 0.008 0.025 0.010 0.067 0.010 0.258 0.466 0.041 2.156 0.024 0.653 0.426 0.054 0.123 0.018 0.079 0.088 0.021 0.002 0.028 0.022 0.090 0.052 0.034 0.143 0.013 0.019 0.222 0.053 0.024 1.307 0.060 0.039 0.046 0.200 0.977 0.020 0.030 0.050 0.014 0.015 0.006 0.452 0.281 0.447 0.300 2.172 2.155 3.405 1.068 4.504 4.534 0.879 1.025 2.325 2.373 0.457 0.189 0.080 0.195 2.231 2.361 0.163 0.289 0.734 0.503 8654 chr4 182570791 182630982 + 0 NA Intergenic Intergenic 150240 NR_147188 105377573 Hs.333288 NR_147188 ENSG00000251336 TEMN3-AS1 - TENM3 antisense transcript 1 ncRNA nan 0.729 nan 0.270 0.047 0.255 0.208 0.296 0.608 0.006 0.130 0.417 0.013 0.058 0.104 0.120 0.063 0.061 0.088 0.107 0.009 0.011 0.201 0.104 0.241 0.009 0.008 0.006 0.064 0.009 0.059 0.041 0.050 0.137 0.153 1.573 0.350 0.265 0.087 0.134 0.099 0.044 0.017 0.021 0.105 0.027 0.043 3.338 0.037 0.052 0.008 0.023 0.120 0.039 0.015 0.241 0.022 0.040 0.011 0.032 0.071 0.101 0.026 0.027 0.112 0.062 0.035 0.231 0.208 0.259 0.317 0.309 0.327 6.876 2.789 0.110 0.116 0.084 0.137 0.726 0.599 0.301 0.134 0.088 0.148 1.461 1.412 0.081 0.145 0.612 0.387 1271 chr1 246941784 246960894 + 0 NA Intergenic MamRep1879|DNA|hAT? -1580 NR_015422 149134 Hs.720494 NM_207326 LINC01341 - long intergenic non-protein coding RNA 1341 ncRNA nan 0.992 nan 0.108 0.775 6.209 0.274 0.218 0.670 0.015 0.242 0.197 0.039 0.021 1.601 0.548 0.191 0.126 0.174 0.079 0.066 0.048 0.171 0.175 1.059 0.365 0.196 0.116 0.075 0.022 0.089 0.451 0.148 0.704 0.046 0.304 0.069 0.080 0.121 0.012 0.162 0.183 0.095 0.061 0.114 0.085 0.040 0.194 0.134 0.151 0.037 0.314 0.548 0.192 0.072 1.059 0.091 0.134 0.694 0.088 0.266 0.231 0.079 0.097 0.032 0.063 0.032 0.452 0.591 0.595 0.915 1.678 1.432 0.773 0.288 1.453 1.499 0.352 0.583 2.964 3.358 0.406 0.381 0.237 0.274 0.486 0.396 0.405 0.767 1.514 1.005 6921 chr20 30908684 30922939 + 0 NA intron (NM_004798, intron 7 of 8) AluJb|SINE|Alu -30336 NM_001164603 171023 Hs.374043 NM_015338 ENSG00000171456 ASXL1 BOPS|MDS additional sex combs like 1, transcriptional regulator protein-coding 0.899 2.308 1.156 0.688 2.793 0.070 0.302 0.694 1.316 0.067 0.333 1.149 0.027 3.448 0.196 0.206 0.176 0.147 0.437 0.093 0.602 0.087 1.302 0.489 1.500 0.489 0.314 0.094 0.360 0.112 0.734 nan 0.722 1.208 0.082 0.498 0.608 0.094 0.134 0.150 0.062 0.278 0.125 0.077 0.361 0.441 0.249 0.302 0.739 0.412 0.282 0.640 0.206 0.225 3.014 1.500 0.214 0.523 0.027 0.227 0.435 0.446 0.076 0.147 0.201 0.040 0.057 0.662 0.797 0.336 0.539 1.006 nan 9.444 4.622 0.418 0.474 0.509 0.844 5.665 8.212 0.550 0.373 0.267 0.526 1.776 3.464 0.373 nan 0.954 0.519 4566 chr17 7106915 7125779 + 0 NA intron (NM_001321074, intron 3 of 21) AluSg4|SINE|Alu -4097 NM_001270447 37 Hs.437178 NM_000018 ENSG00000072778 ACADVL ACAD6|LCACD|VLCAD acyl-CoA dehydrogenase very long chain protein-coding 2.369 1.560 1.494 0.492 0.731 1.619 0.615 1.327 2.246 0.466 1.275 0.916 0.365 0.439 0.929 2.543 0.431 0.060 1.334 0.382 1.920 0.760 0.403 0.218 1.669 0.232 0.179 0.801 0.492 0.135 0.805 1.798 1.026 2.779 0.325 1.173 0.188 7.248 0.327 0.451 0.446 1.250 0.629 0.410 0.474 0.483 0.658 0.644 2.590 2.392 0.668 0.493 2.543 1.707 1.385 1.669 0.545 0.819 1.130 3.728 1.581 1.032 0.445 4.862 0.852 0.525 0.312 2.208 3.025 0.763 1.348 4.765 4.458 2.542 1.594 0.852 0.855 1.252 1.878 2.336 3.946 2.043 1.765 0.695 1.033 0.791 0.675 4.274 10.533 0.981 0.617 9713 chr6 52492587 52515556 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -25128 NR_024403 730101 Hs.7921 NR_024403 ENSG00000216775 LOC730101 - uncharacterized LOC730101 ncRNA 1.301 0.843 nan 0.091 0.281 0.369 0.198 2.276 4.086 0.033 0.070 0.089 0.011 0.043 0.093 0.327 0.189 0.063 0.098 0.008 0.025 0.006 0.251 0.169 0.543 0.057 0.022 0.026 0.062 0.018 0.063 0.154 0.179 0.299 0.032 0.045 0.648 0.077 0.128 0.067 0.065 0.123 0.036 0.017 0.019 0.043 0.133 0.260 0.082 0.118 0.048 0.081 0.327 0.096 0.061 0.543 0.021 0.054 0.043 0.063 0.120 0.041 0.064 0.120 0.060 0.020 0.018 0.700 0.902 0.346 0.372 1.328 1.309 2.538 0.848 0.268 0.238 0.474 0.674 0.859 0.818 0.821 0.628 0.167 0.301 2.047 2.431 0.418 0.923 2.132 1.236 10048 chr6 158226542 158267742 + 0 NA intron (NM_016224, intron 1 of 17) intron (NM_016224, intron 1 of 17) 2939 NM_016224 51429 Hs.191213 NM_016224 ENSG00000130340 SNX9 SDP1|SH3PX1|SH3PXD3A|WISP sorting nexin 9 protein-coding nan 0.813 2.102 0.571 0.392 1.425 1.061 0.358 0.718 0.409 0.365 0.721 0.119 0.098 0.658 1.733 0.673 0.117 0.923 0.304 0.269 0.118 0.153 0.092 1.019 0.540 0.440 0.162 0.614 0.202 1.213 nan 0.492 1.127 0.262 0.283 0.349 0.418 0.141 0.219 1.672 0.809 0.678 0.412 0.410 0.344 0.468 0.536 0.589 1.561 0.113 0.443 1.733 1.284 1.058 1.019 0.250 0.303 0.397 0.555 0.317 0.513 1.038 1.227 0.215 0.422 0.353 4.852 6.328 2.900 3.551 1.126 nan 2.773 0.862 1.282 1.278 1.457 1.775 0.855 1.341 3.333 3.317 1.446 2.621 1.431 1.469 2.031 nan 0.383 0.357 8781 chr5 14554331 14565993 + 0 NA Intergenic Intergenic -21729 NM_019018 54491 Hs.155085 NM_019018 ENSG00000145569 OTULINL FAM105A|NET20 OTU deubiquitinase with linear linkage specificity like protein-coding nan nan nan 0.056 5.972 0.124 0.283 0.659 1.803 0.025 0.060 0.063 0.005 0.076 0.379 0.968 0.245 0.207 0.299 0.130 0.033 0.035 1.570 0.947 5.666 0.060 0.056 0.031 0.133 0.018 0.214 0.817 0.156 nan 0.213 0.071 0.465 0.000 0.136 0.020 1.144 0.118 0.098 0.100 0.056 0.045 0.082 0.094 0.126 0.049 0.075 0.120 0.968 0.244 0.079 5.666 0.042 0.222 0.658 0.067 1.905 0.082 0.025 0.591 0.013 0.035 0.017 0.732 1.436 0.171 0.184 6.097 7.697 3.322 1.344 0.101 0.130 nan 1.297 5.084 6.037 3.624 3.928 0.156 0.268 2.117 2.192 1.221 nan 4.931 2.632 7324 chr22 23411064 23424209 + 0 NA intron (NM_002073, intron 1 of 2) intron (NM_002073, intron 1 of 2) 5096 NM_002073 2781 Hs.584760 NM_002073 ENSG00000128266 GNAZ gz-alpha G protein subunit alpha z protein-coding 1.274 nan 1.364 0.489 0.697 0.505 0.086 0.452 0.755 0.094 0.277 0.154 0.029 0.109 0.740 1.120 0.086 0.061 0.159 0.029 0.101 0.076 0.455 0.088 0.901 0.043 0.049 0.728 0.217 0.123 nan 0.190 2.182 0.045 0.171 0.469 0.239 0.066 0.045 0.158 0.245 0.142 0.101 0.033 0.050 0.080 0.155 0.245 0.338 0.313 0.177 1.120 0.103 0.096 0.901 0.102 0.163 0.493 0.835 0.935 0.108 0.271 0.226 0.075 0.053 0.050 1.022 1.209 0.690 0.901 1.583 1.552 1.481 0.542 0.777 0.893 1.139 1.806 0.873 1.554 1.069 1.056 0.454 0.880 1.352 1.342 0.640 0.832 3.489 1.826 10709 chr7 139952536 139963047 + 0 NA Intergenic MLT2D|LTR|ERVL 80730 NR_024451 100134229 Hs.634333 NR_024451 ENSG00000260231 KDM7A-DT JHDM1D-AS1 KDM7A divergent transcript ncRNA nan nan nan 0.081 1.797 0.232 0.027 0.092 0.315 0.082 0.079 0.025 0.257 0.601 0.135 0.098 0.104 0.169 0.090 0.024 0.066 0.874 0.376 3.992 0.078 0.034 0.044 0.120 0.137 1.090 0.242 0.799 0.056 0.076 0.009 0.175 0.115 0.034 0.413 0.132 0.046 0.022 0.023 0.080 0.150 0.233 0.126 0.082 0.037 0.295 0.135 0.272 0.026 3.992 0.070 0.142 0.037 0.061 0.029 0.082 0.085 0.159 0.045 0.082 0.114 0.361 0.693 0.162 0.312 2.511 2.102 nan 0.914 0.742 0.689 0.232 nan 2.208 1.497 nan 0.312 0.346 0.321 0.216 0.215 0.565 1.658 1.762 nan 1710 chr10 127840771 127849659 + 0 NA intron (NM_001288973, intron 3 of 22) MER51B|LTR|ERV1 -183373 NR_102707 101410540 Hs.557889 NR_102707 ENSG00000233409 FANK1-AS1 - FANK1 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.530 0.590 0.057 0.218 0.063 0.294 0.360 0.763 0.122 0.353 0.028 6.555 0.040 0.103 0.270 0.036 0.071 0.021 0.007 0.179 0.092 0.040 0.123 0.077 0.033 0.061 0.012 0.103 0.203 0.056 0.252 0.050 0.036 0.021 0.049 0.081 0.027 0.046 0.145 0.028 0.026 0.038 0.043 0.131 0.160 0.140 0.080 0.051 0.227 0.103 0.067 0.074 0.040 0.082 0.055 0.067 0.052 0.321 0.154 0.022 0.139 0.077 0.017 0.014 0.213 0.115 0.160 0.179 0.388 0.257 3.437 1.393 0.114 0.106 0.057 0.154 2.814 2.038 0.214 0.105 0.107 0.091 0.146 0.204 0.236 0.607 0.677 0.491 9710 chr6 52283471 52287438 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172420) promoter-TSS (NM_001172420) -351 NM_001172420 114327 Hs.403171 NM_018100 ENSG00000096093 EFHC1 EJM1|dJ304B14.2 EF-hand domain containing 1 protein-coding 5.916 3.224 nan 1.782 4.988 3.855 2.516 1.982 3.237 0.483 2.489 2.742 0.140 1.102 2.284 5.394 2.922 0.283 1.451 0.491 3.276 0.840 1.888 0.945 4.376 2.428 1.780 0.620 0.618 0.675 1.293 2.238 1.293 9.123 1.381 2.451 0.980 2.857 0.071 1.746 1.015 4.540 2.445 1.174 1.017 0.540 0.943 4.345 1.359 3.189 0.946 1.086 5.394 3.300 2.307 4.376 0.337 1.215 1.634 2.471 3.556 0.891 0.722 1.639 2.397 1.941 1.165 4.185 6.929 2.216 2.441 7.661 6.997 11.602 6.858 6.810 6.663 4.665 6.301 15.182 21.305 5.639 4.915 1.702 2.728 6.980 5.927 8.356 10.111 4.073 2.750 4783 chr17 40667138 40700858 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3953 NM_000263 4669 Hs.50727 NM_000263 ENSG00000108784 NAGLU CMT2V|MPS-IIIB|MPS3B|NAG|UFHSD N-acetyl-alpha-glucosaminidase protein-coding 2.101 1.483 nan 1.401 1.201 0.619 2.555 0.558 1.144 1.267 2.603 0.939 0.265 0.413 0.771 0.770 1.721 0.325 2.880 1.644 3.744 0.370 0.560 0.354 0.929 2.949 3.232 1.487 2.104 1.415 0.751 nan 1.411 1.554 0.807 0.778 0.354 0.411 0.111 2.023 0.445 4.646 1.228 0.476 2.480 1.343 1.374 3.950 1.861 2.114 3.191 1.504 0.770 2.901 2.642 0.929 0.736 0.965 0.246 3.643 0.891 2.458 0.310 0.727 1.115 1.790 1.119 1.118 1.275 0.774 1.309 1.280 nan 1.621 0.576 1.745 1.764 0.964 1.534 1.767 nan 2.685 2.618 0.594 0.850 1.382 1.273 1.337 2.098 1.079 0.618 1133 chr1 219489939 219624933 + 0 NA Intergenic Intergenic 173230 NR_135822 102723886 Hs.525963 NR_135822 LOC102723886 - uncharacterized LOC102723886 ncRNA 1.097 1.080 1.496 0.151 0.273 0.025 0.113 0.275 0.507 0.013 0.117 0.416 0.012 0.072 0.051 0.310 0.644 0.114 0.081 0.049 0.027 5.747 0.211 0.216 0.075 0.062 0.019 0.033 0.075 0.104 0.066 0.174 0.097 nan 0.082 0.330 0.108 0.048 0.124 0.021 0.067 0.082 0.027 0.026 0.037 0.044 0.102 0.144 0.100 0.049 0.054 0.061 0.310 0.047 0.122 0.075 0.115 0.045 0.020 0.069 0.114 0.057 0.029 0.104 0.036 0.396 0.745 0.443 0.271 0.542 0.653 0.516 0.584 nan 0.394 0.357 0.347 0.155 nan 0.484 0.444 0.346 0.185 0.082 0.114 0.510 0.583 0.313 0.649 0.691 0.579 11862 chr9 139580241 139593637 + 0 NA Intergenic CpG -5028 NM_006412 10555 Hs.320151 NM_006412 ENSG00000169692 AGPAT2 1-AGPAT2|BSCL|BSCL1|LPAAB|LPAAT-beta 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 2 protein-coding nan 3.653 4.755 0.970 2.950 4.506 1.077 0.277 0.414 1.122 1.150 0.701 0.089 2.249 0.646 0.811 0.252 0.084 1.498 0.792 0.427 0.124 0.853 0.467 0.436 1.603 1.202 0.928 1.886 0.693 1.454 5.666 1.350 3.441 1.062 0.848 0.368 0.321 0.059 0.256 0.377 1.223 0.611 0.427 0.852 1.205 1.344 0.377 4.044 1.330 0.776 1.837 0.811 2.293 0.955 0.436 0.607 2.633 0.623 1.572 0.788 0.827 0.185 0.101 0.420 0.189 0.117 0.608 1.768 1.022 1.506 2.476 2.392 nan 0.670 0.569 0.632 0.328 0.613 5.644 5.936 3.377 3.902 0.439 0.620 1.722 1.232 0.394 0.597 2.147 1.021 6271 chr2 100261227 100289379 + 0 NA intron (NM_001025108, intron 11 of 23) intron (NM_001025108, intron 11 of 23) -168785 NR_135650 51455 Hs.443077 NM_016316 ENSG00000135945 REV1 AIBP80|REV1L REV1, DNA directed polymerase protein-coding 0.976 nan 0.795 0.048 0.099 0.039 0.025 0.126 0.250 0.031 0.067 2.824 0.002 0.025 0.108 0.254 0.678 0.135 0.052 0.054 0.087 0.015 0.105 0.150 0.144 0.007 0.015 0.058 0.102 0.011 0.066 0.054 0.083 0.389 0.036 0.164 0.160 0.033 0.099 0.315 0.022 0.196 0.041 0.025 0.023 0.036 0.089 0.903 0.049 0.046 0.011 0.030 0.254 0.068 0.029 0.144 0.070 0.029 0.146 0.099 0.025 0.022 2.088 0.061 0.491 0.038 0.041 0.460 0.594 0.209 0.439 0.594 0.620 0.397 0.173 0.298 0.286 0.306 0.563 0.243 0.270 0.389 0.204 0.935 1.883 0.317 0.262 0.269 0.586 0.280 0.290 5476 chr19 1565670 1580397 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -4976 NM_001174118 399664 Hs.436495 NM_203304 ENSG00000181588 MEX3D MEX-3D|MEX3|OK/SW-cl.4|RKHD1|RNF193|TINO mex-3 RNA binding family member D protein-coding 1.783 1.189 3.038 0.497 1.360 5.063 0.304 0.582 0.958 0.131 0.610 0.155 0.093 0.101 1.899 1.559 0.391 0.144 0.863 0.112 0.149 0.479 0.524 0.357 1.791 0.527 0.638 0.434 0.789 0.072 0.362 1.197 0.858 2.699 0.109 0.335 0.218 0.727 0.064 0.088 0.156 0.358 0.164 0.149 0.200 0.145 0.251 0.306 0.542 0.865 0.109 0.334 1.559 1.737 0.252 1.791 0.150 0.594 0.602 1.560 1.296 0.455 0.060 0.291 0.206 0.497 0.332 0.679 0.784 1.615 2.188 2.400 1.971 1.122 0.382 1.561 1.473 0.760 1.380 0.593 nan 1.205 0.959 0.312 0.453 1.513 1.232 1.530 1.102 1.453 0.855 2421 chr12 3830850 3836344 + 0 NA intron (NM_032680, intron 2 of 10) intron (NM_032680, intron 2 of 10) 28769 NM_001144958 84766 Hs.504534 NM_032680 ENSG00000130038 CRACR2A EFCAB4B calcium release activated channel regulator 2A protein-coding 1.038 nan nan 0.053 0.477 0.031 0.113 0.218 0.464 0.215 0.065 0.018 0.130 0.775 0.110 0.147 0.038 0.034 0.069 0.226 0.059 0.537 0.107 0.053 0.040 0.023 0.205 1.835 0.114 0.621 0.077 0.016 0.086 0.086 1.062 0.067 0.022 0.043 0.099 0.043 0.035 0.118 0.100 0.090 0.014 0.025 0.775 0.013 0.537 0.031 4.840 0.021 0.029 0.062 0.152 0.027 0.031 0.010 0.250 0.247 0.097 0.081 nan 0.722 0.528 0.269 0.259 0.391 1.099 1.440 0.339 0.417 0.192 0.147 0.303 0.170 0.304 0.375 0.388 nan 0.406 0.418 2837 chr12 86126554 86147088 + 0 NA Intergenic L1MA1|LINE|L1 93497 NM_005447 9182 Hs.527881 NM_005447 ENSG00000198774 RASSF9 P-CIP1|PAMCI|PCIP1 Ras association domain family member 9 protein-coding 0.738 0.728 0.645 0.077 0.180 0.013 0.031 0.320 0.516 0.005 0.069 0.130 0.045 0.625 0.086 0.056 0.374 0.134 0.067 0.009 0.036 2.209 0.360 0.227 0.373 0.003 0.007 0.044 0.016 0.076 0.169 0.093 0.448 0.043 0.084 0.046 0.053 0.113 0.011 0.069 0.045 0.012 0.019 0.043 0.022 0.094 0.098 0.111 0.059 0.027 0.082 0.056 0.035 0.027 0.373 0.018 0.012 0.026 0.114 0.039 0.071 0.060 0.004 0.014 0.010 0.372 0.274 0.284 0.226 0.323 0.435 2.023 0.744 0.229 0.231 5.683 5.580 0.767 0.546 0.475 0.240 0.130 0.293 0.308 0.374 0.266 0.403 0.813 0.566 4456 chr16 77463993 77487996 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -6983 NM_199355 170692 Hs.188746 NM_139054 ENSG00000140873 ADAMTS18 ADAMTS21|KNO2|MMCAT ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 18 protein-coding 0.767 1.449 nan 0.060 3.257 4.081 0.035 0.795 1.693 0.016 0.094 0.085 0.010 0.538 0.278 0.763 0.092 0.068 0.099 0.008 0.166 0.360 0.139 3.091 0.003 0.024 0.009 0.082 0.013 0.061 0.114 0.039 4.610 0.048 0.042 0.103 0.018 0.087 0.024 0.215 0.131 0.045 0.039 0.014 0.035 0.072 0.062 0.064 0.094 0.010 0.033 0.763 0.062 0.019 3.091 0.021 0.081 0.698 0.059 0.028 0.849 0.117 0.016 0.017 0.007 0.492 0.773 0.445 0.628 1.321 1.483 2.198 0.716 0.308 0.335 0.092 0.177 2.499 2.262 0.397 0.285 0.673 1.112 0.557 0.311 0.144 0.373 1.687 0.924 4132 chr15 90684530 90765719 + 0 NA Intergenic GA-rich|Low_complexity|Low_complexity -3028 NM_001324030 10509 Hs.474935 NM_020210 ENSG00000185033 SEMA4B SEMAC|SemC semaphorin 4B protein-coding nan nan nan 0.555 0.511 1.035 2.836 0.543 1.123 1.015 1.235 1.339 0.208 0.635 1.231 0.437 0.299 0.251 3.306 1.546 2.183 0.319 0.373 0.260 1.025 2.003 1.854 0.333 1.382 0.824 3.332 8.335 1.047 2.290 2.172 1.046 0.129 0.257 0.084 0.893 0.278 2.111 0.785 0.389 2.092 0.963 1.454 2.104 3.695 1.540 1.156 3.143 0.437 1.822 4.330 1.025 1.622 2.386 0.234 3.842 1.698 1.415 0.882 0.336 1.833 0.298 0.236 0.837 1.191 0.417 0.764 1.023 0.973 nan 0.281 0.895 0.938 0.538 0.842 2.283 2.964 nan 0.807 0.675 1.047 0.478 0.458 0.753 nan 0.778 0.468 1118 chr1 215738977 215744423 + 0 NA intron (NM_001319294, intron 1 of 17) intron (NM_001319294, intron 1 of 17) 978 NM_016121 51133 Hs.335139 NM_016121 ENSG00000136636 KCTD3 NY-REN-45 potassium channel tetramerization domain containing 3 protein-coding 7.151 4.866 6.428 5.307 7.655 1.049 2.238 2.301 4.681 1.193 3.817 3.033 4.165 1.067 1.964 3.511 3.016 0.414 3.720 1.496 2.152 1.729 4.262 2.715 4.822 2.279 2.321 1.150 1.774 1.397 1.746 3.177 1.572 nan 0.489 5.889 1.468 2.713 0.139 1.001 5.495 3.095 3.145 1.337 3.174 1.221 5.050 3.941 3.653 2.064 2.407 2.494 3.511 3.066 1.549 4.822 2.079 2.281 1.409 2.135 3.041 3.910 1.546 3.768 1.490 1.279 0.700 4.612 6.185 6.397 9.580 9.989 9.153 nan 2.799 12.814 12.792 4.250 nan 5.119 8.128 11.575 14.217 1.512 3.999 6.366 4.847 12.022 11.395 3.702 1.967 1575 chr10 88425285 88437676 + 0 NA intron (NM_001080114, intron 1 of 12) intron (NM_001080114, intron 1 of 12) 3054 NM_007078 11155 Hs.657271 NM_007078 ENSG00000122367 LDB3 CMD1C|CMH24|CMPD3|CYPHER|LDB3Z1|LDB3Z4|LVNC3|MFM4|ORACLE|PDLIM6|ZASP LIM domain binding 3 protein-coding 1.899 0.815 1.363 0.029 0.887 3.446 0.204 0.698 1.143 0.038 0.125 0.304 0.120 0.057 3.768 0.454 0.248 0.039 0.496 0.305 0.036 0.033 0.240 0.065 1.620 0.218 0.162 0.107 0.066 0.196 0.917 3.794 0.150 0.480 0.295 0.077 0.576 0.080 0.076 0.085 8.310 0.307 0.053 0.031 0.071 0.056 0.872 0.113 0.190 0.069 0.070 0.321 0.454 1.249 0.067 1.620 0.306 0.327 1.096 0.178 0.578 0.402 0.496 0.485 0.020 0.014 0.020 1.842 2.369 0.290 0.355 4.359 3.080 2.703 0.910 0.441 0.538 0.984 1.262 3.508 3.352 2.960 3.355 0.501 0.856 1.552 1.212 1.173 2.660 2.399 1.263 5152 chr18 9904682 9917064 + 0 NA Intergenic Intergenic -3082 NM_003574 9218 Hs.165195 NM_003574 ENSG00000101558 VAPA VAP-33|VAP-A|VAP33|hVAP-33 VAMP associated protein A protein-coding 2.420 2.082 2.126 1.838 1.965 0.978 0.887 0.519 1.391 0.939 2.375 1.041 0.912 0.903 1.749 0.769 1.352 0.171 2.440 0.519 1.647 0.593 0.710 0.489 2.061 0.538 0.620 1.133 1.790 0.382 2.148 2.528 2.276 nan 0.619 1.333 1.300 1.683 0.161 0.561 1.301 3.492 1.500 0.636 0.615 0.676 2.319 1.932 1.902 2.875 1.584 2.284 0.769 3.253 1.282 2.061 0.841 1.737 0.559 3.251 0.787 0.834 0.409 0.766 1.078 0.572 0.335 1.778 2.447 2.037 3.389 3.526 2.792 nan 1.635 4.216 3.914 0.944 nan 1.445 2.291 nan 2.164 0.696 1.621 4.258 5.701 1.495 nan nan 1.098 7732 chr3 111212044 111217686 + 0 NA Intergenic Intergenic -46061 NR_134917 10225 Hs.142023 NM_005816 ENSG00000153283 CD96 TACTILE CD96 molecule protein-coding 0.963 nan 0.659 0.026 0.079 0.019 0.050 0.057 0.417 0.057 0.033 0.011 0.159 0.051 0.148 0.028 0.057 0.029 0.033 0.082 0.088 0.170 0.037 0.012 0.109 0.099 0.355 0.075 0.216 0.130 0.048 0.212 0.116 0.049 0.011 0.028 0.097 0.041 0.152 0.053 0.029 0.051 0.035 0.051 0.050 0.023 0.170 0.086 0.029 0.051 0.104 0.018 0.040 0.017 0.220 0.039 0.018 0.339 0.209 0.209 0.260 0.260 nan 19.617 11.215 0.159 0.225 nan 0.339 0.220 0.191 0.841 0.253 0.084 0.166 0.030 0.018 0.408 0.723 0.419 0.392 11673 chr9 100740387 100752511 + 0 NA intron (NM_006401, intron 1 of 6) CpG 960 NM_006401 10541 Hs.730654 NM_006401 ENSG00000136938 ANP32B APRIL|PHAPI2|SSP29 acidic nuclear phosphoprotein 32 family member B protein-coding 4.914 2.931 7.532 3.217 6.872 2.311 3.905 2.674 4.891 1.446 2.724 1.945 2.258 1.192 2.961 6.128 1.939 0.305 4.331 0.683 2.871 2.906 2.530 0.997 5.707 3.029 4.819 2.853 6.822 0.879 5.790 8.437 2.864 6.788 1.419 4.003 2.085 2.929 0.110 0.786 3.265 5.221 4.430 1.899 1.323 2.304 3.675 3.372 4.434 4.487 1.606 3.709 6.128 6.318 3.512 5.707 1.558 2.772 2.023 4.673 2.389 2.884 1.376 1.052 1.938 2.541 1.844 4.899 5.257 7.226 10.119 6.924 6.883 3.523 1.756 7.580 7.493 3.117 3.801 7.416 nan 5.245 6.088 3.696 6.222 6.816 6.457 3.790 3.585 nan 1.417 6938 chr20 32306099 32323703 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4665 NM_032819 84905 Hs.516989 NM_032819 ENSG00000131061 ZNF341 - zinc finger protein 341 protein-coding 1.386 2.554 1.867 2.316 1.562 0.426 0.660 0.592 1.096 3.480 1.423 0.753 1.415 0.373 0.962 1.224 0.625 0.348 1.584 0.515 1.729 0.693 0.552 0.467 1.741 1.160 1.528 0.984 1.724 0.795 1.036 nan 1.945 3.233 0.348 2.467 0.452 1.197 0.174 0.376 0.888 1.234 0.846 0.447 0.810 1.359 3.314 0.968 3.266 1.735 1.131 2.520 1.224 1.757 0.919 1.741 0.924 4.917 0.452 1.504 0.570 0.722 0.662 0.450 0.518 0.262 0.138 2.316 3.041 0.997 1.759 1.529 nan 4.178 1.422 1.629 1.661 1.264 1.746 2.287 2.759 2.365 2.317 1.151 1.900 2.360 2.287 1.155 nan 0.951 0.621 2428 chr12 5069923 5112435 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -61906 NM_002234 3741 Hs.150208 NM_002234 ENSG00000130037 KCNA5 ATFB7|HCK1|HK2|HPCN1|KV1.5|PCN1 potassium voltage-gated channel subfamily A member 5 protein-coding 0.696 nan nan 0.056 1.363 0.052 0.046 1.303 2.409 0.007 0.026 0.104 0.012 0.033 1.231 1.639 0.045 0.064 0.042 0.009 0.012 0.006 1.244 0.533 2.873 0.008 0.020 0.021 0.089 0.012 0.072 0.068 0.063 2.739 0.014 0.038 1.101 0.054 0.096 0.011 0.095 0.093 0.027 0.015 0.021 0.077 0.066 0.259 0.069 0.058 0.038 0.036 1.639 0.042 0.011 2.873 0.014 0.033 0.009 0.222 0.021 0.020 0.023 0.073 0.033 0.051 0.034 0.175 0.087 0.117 0.180 nan 1.839 5.485 2.921 0.165 0.173 1.597 2.018 0.150 0.185 0.270 0.121 0.120 0.131 2.895 2.475 0.132 nan 1.091 0.594 11094 chr8 86838631 86855544 + 0 NA Intergenic Intergenic -6916 NR_003594 100288527 Hs.535056 NR_003594 REXO1L2P - REXO1 like 2, pseudogene pseudo 0.941 nan nan 0.093 0.105 0.102 0.151 0.223 0.439 0.535 0.264 0.586 0.047 0.114 0.092 4.238 0.156 0.171 0.619 0.337 2.499 0.023 0.027 0.091 0.097 1.139 0.870 0.048 0.158 0.044 0.211 0.397 1.368 0.352 0.060 1.793 0.107 0.386 0.096 0.021 0.071 1.339 0.064 0.035 0.142 0.111 0.342 0.475 0.504 0.180 0.093 0.863 4.238 0.268 0.022 0.097 0.708 0.153 0.029 0.446 0.061 0.821 0.025 0.029 0.372 0.024 0.015 0.355 0.126 0.289 0.322 0.331 0.417 0.104 0.105 0.137 0.162 0.296 0.458 nan 0.423 0.286 0.061 0.137 0.262 0.092 0.201 0.217 0.288 0.205 0.346 5564 chr19 16434580 16454134 + 0 NA Intergenic Intergenic 8720 NM_016270 10365 Hs.685136 NM_016270 ENSG00000127528 KLF2 LKLF Kruppel like factor 2 protein-coding 0.935 1.006 1.006 0.659 0.149 0.102 4.027 0.270 0.515 0.059 0.746 1.105 0.041 0.097 0.114 0.569 0.463 0.206 1.609 0.786 0.133 0.113 0.137 0.118 0.312 1.726 1.661 1.269 0.219 1.289 0.336 nan 0.529 0.690 0.554 0.168 0.029 0.271 0.070 1.214 0.118 3.091 1.707 0.841 1.317 0.108 0.560 3.242 0.749 3.076 0.113 0.171 0.569 1.826 3.388 0.312 0.236 0.262 0.036 0.751 0.456 1.032 0.096 0.057 2.267 2.218 1.928 0.193 0.184 0.833 1.297 0.679 0.632 0.809 0.599 0.324 0.310 0.227 0.455 0.618 1.345 0.407 0.163 0.203 0.225 0.183 0.130 0.260 0.288 0.581 0.615 4718 chr17 35712660 35718088 + 0 NA intron (NM_198839, intron 4 of 59) intron (NM_198839, intron 4 of 59) 685 NM_198836 31 Hs.160556 NM_000664 ENSG00000278540 ACACA ACAC|ACACAD|ACC|ACC1|ACCA acetyl-CoA carboxylase alpha protein-coding nan 2.986 1.530 9.512 1.650 2.897 2.938 1.254 3.092 1.635 2.983 1.418 0.354 0.731 1.543 2.101 2.527 0.340 4.888 0.601 2.657 2.197 1.828 0.932 2.555 2.601 2.649 2.618 3.748 2.224 3.358 6.633 3.235 3.008 1.220 4.287 0.512 2.084 0.186 1.747 0.540 2.331 2.708 1.377 3.636 1.380 5.221 2.339 3.956 2.432 2.287 3.594 2.101 4.085 2.256 2.555 2.368 2.293 0.593 3.295 1.944 2.299 2.628 2.024 0.353 1.931 0.917 3.363 4.174 1.801 3.343 nan 2.812 3.873 1.926 7.353 7.735 1.678 2.273 4.736 7.720 nan 5.700 2.357 5.064 2.246 1.376 4.725 6.456 1.890 0.884 8628 chr4 169550396 169577234 + 0 NA intron (NM_001166109, intron 1 of 18) AluSq|SINE|Alu 11047 NM_001166109 23022 Hs.151220 NM_016081 ENSG00000129116 PALLD CGI-151|CGI151|MYN|PNCA1|SIH002 palladin, cytoskeletal associated protein protein-coding nan nan nan 0.160 0.213 0.010 3.466 0.333 0.494 0.776 0.862 0.944 0.642 0.067 0.090 0.462 3.264 0.282 2.121 1.567 0.423 0.041 0.135 0.142 0.837 3.070 2.703 1.122 2.469 1.454 0.285 0.592 0.727 0.440 0.789 5.851 0.332 0.052 0.052 0.461 0.736 1.107 0.151 0.093 3.015 1.086 0.668 0.518 0.510 0.231 0.118 0.608 0.462 2.862 3.423 0.837 0.308 0.472 0.450 0.225 0.038 2.008 0.180 0.120 0.324 0.077 0.015 0.244 0.232 1.157 2.203 0.323 0.418 0.077 0.045 0.182 0.175 0.924 1.285 0.303 0.332 0.444 0.285 0.243 0.437 1.198 1.350 0.201 0.331 0.653 0.428 5561 chr19 15937049 15950597 + 0 NA intron (NR_015379, intron 2 of 2) HERVH-int|LTR|ERV1 4066 NR_015379 652995 Hs.644234 NR_015379 ENSG00000214049 UCA1 CUDR|LINC00178|NCRNA00178|UCAT1|onco-lncRNA-36 urothelial cancer associated 1 (non-protein coding) ncRNA 1.081 1.535 1.585 7.914 1.021 1.268 4.762 0.207 0.378 3.178 0.534 0.205 0.672 0.125 0.059 0.132 0.217 0.081 5.509 2.432 1.086 0.154 0.222 0.114 0.212 0.975 1.177 0.272 5.106 1.668 2.632 nan 2.769 0.138 0.366 0.532 0.014 0.743 0.075 0.113 0.011 0.275 0.725 0.306 5.103 3.873 9.272 0.353 0.877 0.298 0.925 1.737 0.132 6.157 0.314 0.212 3.287 1.644 0.144 0.997 0.593 2.271 0.694 0.101 0.594 1.475 1.468 0.570 0.436 1.512 2.991 0.192 0.240 0.734 0.280 0.245 0.231 0.460 0.697 0.199 0.202 0.510 0.317 1.249 1.435 0.096 0.170 0.205 0.417 0.532 0.423 7131 chr21 16372109 16379674 + 0 NA intron (NM_003489, intron 3 of 3) intron (NM_003489, intron 3 of 3) 61235 NM_003489 8204 Hs.155017 NM_003489 ENSG00000180530 NRIP1 RIP140 nuclear receptor interacting protein 1 protein-coding 1.487 1.077 nan 1.173 0.476 0.014 0.232 2.048 3.585 0.025 0.170 0.124 0.027 0.023 0.646 0.019 0.021 0.434 0.051 0.282 0.073 1.941 1.051 0.016 0.152 0.057 0.185 0.091 0.358 0.169 0.582 0.385 0.346 0.077 0.137 1.332 0.073 0.076 0.216 0.649 0.098 0.157 0.144 0.158 0.562 0.368 0.132 0.278 0.409 0.135 0.262 0.646 0.142 0.049 0.016 0.048 0.199 0.023 0.104 0.955 0.776 0.109 0.013 0.936 1.048 0.780 0.906 0.747 0.929 5.607 2.052 0.111 0.137 0.147 0.204 0.346 0.386 3.224 2.882 0.744 1.240 6.187 7.553 0.964 2.626 4.076 1.686 4191 chr16 2798122 2805496 + 0 NA promoter-TSS (NM_016333) promoter-TSS (NM_016333) -521 NM_016333 23524 Hs.433343 NM_016333 ENSG00000167978 SRRM2 300-KD|CWF21|Cwc21|HSPC075|SRL300|SRm300 serine/arginine repetitive matrix 2 protein-coding 4.567 nan 4.624 4.604 7.851 4.199 2.851 3.891 6.643 1.258 6.282 2.167 0.843 1.552 6.753 4.431 1.588 0.371 3.105 0.874 3.950 2.069 2.847 1.166 2.567 2.184 3.135 2.947 4.283 0.972 6.048 8.280 2.353 9.836 1.598 4.830 1.837 2.384 0.123 1.232 3.177 3.684 2.681 0.906 1.874 1.849 3.681 3.069 4.431 3.261 3.308 3.551 4.431 4.338 2.814 2.567 1.514 1.879 1.518 4.780 2.831 2.864 1.406 2.013 1.925 1.843 1.343 6.593 5.945 3.589 5.044 5.812 6.166 10.451 6.552 14.506 15.210 4.385 nan 5.612 8.679 9.603 9.590 3.162 5.288 6.952 8.482 7.895 6.531 4.788 2.102 600 chr1 114297184 114314843 + 0 NA non-coding (NR_130896, exon 8 of 8) non-coding (NR_130896, exon 8 of 8) -3503 NM_001323042 10745 Hs.655824 NM_006608 ENSG00000116793 PHTF1 PHTF putative homeodomain transcription factor 1 protein-coding nan 1.437 1.306 1.095 1.636 1.347 0.562 0.734 1.617 0.087 0.809 0.753 0.066 1.190 1.818 0.882 1.087 0.256 0.821 0.321 0.292 0.769 0.599 0.330 1.232 0.559 0.552 0.448 0.804 0.240 0.608 0.875 0.265 3.436 0.372 0.441 0.160 1.424 0.150 0.340 0.889 1.639 0.861 0.413 0.513 0.290 1.231 1.246 0.650 0.994 0.713 0.818 0.882 0.649 1.450 1.232 0.248 0.174 0.857 1.774 0.707 0.547 0.224 1.082 0.454 0.731 0.449 0.708 0.836 1.042 1.384 2.759 nan 2.683 1.182 1.465 1.500 5.439 6.199 2.739 3.479 7.360 5.627 0.578 0.858 0.732 0.670 2.704 4.931 2.232 1.094 80 chr1 10566527 10602841 + 0 NA intron (NM_004565, intron 2 of 8) intron (NM_004565, intron 2 of 8) 49681 NM_004565 5195 Hs.149983 NM_004565 ENSG00000142655 PEX14 NAPP2|PBD13A|Pex14p|dJ734G22.2 peroxisomal biogenesis factor 14 protein-coding 1.096 0.958 nan 0.721 1.848 1.174 2.129 0.658 1.163 0.426 1.418 0.873 0.417 0.083 1.636 2.106 0.435 0.111 0.916 0.421 0.667 0.050 0.377 0.267 1.195 1.349 1.059 0.310 0.820 0.431 0.162 0.971 0.204 1.778 0.698 1.841 0.068 0.095 0.124 0.819 0.305 1.457 0.588 0.277 0.906 0.354 0.183 2.223 0.161 0.752 0.059 0.378 2.106 1.719 5.765 1.195 0.398 0.334 0.306 1.553 0.262 0.911 0.425 0.340 1.569 1.516 1.164 0.514 0.563 0.461 0.849 1.819 2.179 0.699 0.224 0.558 nan 0.896 nan 7.338 7.553 nan 0.447 0.767 0.812 0.428 0.552 0.572 1.240 1.504 0.816 10954 chr8 53294095 53321035 + 0 NA intron (NR_148195, intron 2 of 3) intron (NR_148195, intron 2 of 3) 14874 NM_001352834 9705 Hs.655499 NM_014682 ENSG00000147488 ST18 NZF3|ZC2H2C3|ZC2HC10|ZNF387 ST18, C2H2C-type zinc finger protein-coding 1.237 nan 0.900 0.032 2.575 0.023 0.077 0.578 1.096 0.007 0.101 0.041 0.021 2.682 0.353 0.209 0.084 0.059 0.165 0.055 0.035 0.243 0.835 0.305 2.600 0.013 0.021 0.011 0.083 0.035 0.078 0.380 0.070 0.873 0.247 0.058 0.035 0.048 0.099 0.048 0.035 0.037 0.024 0.023 0.053 0.035 0.050 0.151 0.172 0.050 0.038 0.066 0.209 0.079 0.344 2.600 0.068 0.041 0.094 0.028 1.524 0.033 0.091 0.078 0.034 0.013 0.011 0.347 0.292 0.432 0.471 1.920 2.338 2.849 1.051 0.470 0.455 0.578 nan 1.624 1.123 0.457 0.282 0.224 0.329 0.343 0.410 0.222 0.343 3.115 1.671 336 chr1 43967562 44056349 + 0 NA intron (NM_001329137, intron 4 of 34) intron (NM_001329137, intron 4 of 34) 15424 NM_130440 5792 Hs.272062 NM_002840 ENSG00000142949 PTPRF BNAH2|LAR protein tyrosine phosphatase, receptor type F protein-coding nan 1.335 nan 0.631 0.428 1.286 0.703 0.389 0.741 0.288 0.663 0.402 0.385 0.173 1.473 0.759 0.200 0.096 0.543 0.218 0.181 0.048 0.381 0.234 1.620 0.300 0.180 0.633 0.518 0.374 0.485 2.209 0.585 1.859 0.293 0.122 0.180 0.170 0.108 0.104 0.398 1.204 0.409 0.230 0.255 0.561 0.880 0.204 0.486 0.423 0.067 0.579 0.759 0.494 0.203 1.620 0.247 1.088 0.688 0.793 0.233 0.256 1.066 1.147 0.246 0.163 0.110 1.295 1.660 0.672 1.258 2.009 2.199 0.592 0.214 0.568 0.568 0.497 nan nan 7.605 1.933 1.812 1.285 nan 0.394 0.394 0.728 2.029 0.999 0.676 6806 chr20 3993256 4066737 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -33758 NM_001321749 11237 Hs.547576 NM_007219 ENSG00000101236 RNF24 G1L ring finger protein 24 protein-coding 1.124 2.048 1.304 0.135 0.329 0.245 0.911 0.199 0.376 0.190 1.195 0.960 0.273 0.059 0.467 0.301 0.384 0.120 0.497 0.455 0.081 0.102 0.136 0.144 0.207 0.688 0.412 0.172 0.157 0.420 0.795 2.345 0.611 1.200 0.480 0.299 0.089 0.140 0.095 0.378 0.064 0.303 0.832 0.473 0.532 0.288 0.711 0.525 0.676 0.559 0.083 1.534 0.301 0.674 0.193 0.207 0.460 1.028 0.318 0.252 0.255 0.999 0.437 0.463 0.740 0.112 0.060 3.214 4.269 0.707 1.327 0.707 0.722 0.467 0.166 0.864 0.939 0.797 1.219 0.947 1.339 0.749 0.445 0.812 1.117 0.346 0.427 0.686 1.598 0.694 0.550 457 chr1 70776279 70799364 + 0 NA intron (NM_030816, intron 3 of 12) AluSx1|SINE|Alu 32596 NM_030816 81573 Hs.744989 NM_030816 ENSG00000118454 ANKRD13C dJ677H15.3 ankyrin repeat domain 13C protein-coding nan 0.881 0.897 0.894 0.181 0.070 1.301 0.144 0.319 0.294 0.204 0.222 0.102 0.039 0.092 0.110 0.263 0.090 1.495 0.444 0.777 0.036 0.142 0.200 0.106 0.753 0.501 0.098 1.923 0.762 0.990 2.617 2.423 0.307 0.782 0.090 0.017 0.132 0.130 0.215 0.154 0.243 0.227 0.128 1.155 2.459 0.581 0.147 0.159 0.264 0.072 0.223 0.110 0.918 1.694 0.106 0.121 1.078 0.025 0.099 0.035 0.356 0.090 0.140 0.061 0.102 0.085 0.344 0.295 0.301 0.518 0.327 nan 0.379 0.194 0.366 0.349 0.821 nan 0.550 0.527 0.425 0.202 0.169 0.261 0.089 0.149 0.367 0.901 0.337 0.252 1301 chr10 5036449 5069421 + 0 NA intron (NM_001354, intron 1 of 10) intron (NM_001354, intron 1 of 10) -6729 NM_001135241 1646 Hs.460260 NM_001354 ENSG00000151632 AKR1C2 AKR1C-pseudo|BABP|DD|DD-2|DD/BABP|DD2|DDH2|HAKRD|HBAB|MCDR2|SRXY8|TDD aldo-keto reductase family 1 member C2 protein-coding 0.362 1.341 0.562 0.257 2.561 0.024 0.449 0.316 0.517 0.038 0.391 2.914 0.032 0.022 0.372 0.398 0.558 0.129 0.150 0.150 1.583 0.025 0.100 0.087 0.638 2.879 2.757 0.022 0.175 0.206 0.329 0.734 1.002 0.390 0.094 6.372 0.024 0.049 0.100 0.129 1.130 0.048 0.154 0.085 0.311 0.032 3.771 0.988 4.040 0.030 1.076 8.458 0.398 0.075 0.070 0.638 4.129 0.704 0.095 0.044 1.369 0.175 0.093 0.023 0.157 0.014 0.011 0.379 0.206 0.461 0.933 0.718 0.758 6.922 1.147 1.447 1.457 0.131 0.237 1.147 0.860 0.156 0.078 0.194 0.201 0.371 1.317 0.130 0.198 0.287 0.378 5247 chr18 31777340 31808141 + 0 NA intron (NM_001353233, intron 1 of 11) MLT1E1A|LTR|ERVL-MaLR 9694 NM_001353235 8715 Hs.514795 NM_003787 ENSG00000101746 NOL4 CT125|HRIHFB2255|NOLP nucleolar protein 4 protein-coding nan 1.018 0.860 0.035 1.700 0.737 0.021 0.624 1.016 0.003 0.066 0.040 0.024 0.739 0.664 1.812 0.054 0.078 0.051 0.012 0.008 1.028 0.755 2.356 0.007 0.009 0.003 0.062 0.007 0.115 0.094 0.050 2.932 0.028 0.033 1.132 0.144 0.081 0.034 0.488 0.096 0.006 0.008 0.018 0.015 0.075 0.121 0.032 0.381 0.033 0.026 1.812 0.072 0.018 2.356 0.024 0.008 0.306 0.053 0.779 0.016 0.337 2.346 0.025 0.009 0.002 0.862 0.725 0.548 0.570 5.522 5.004 3.484 1.805 0.372 0.374 0.701 0.925 nan 3.760 3.597 3.781 0.326 0.986 3.792 3.672 2.832 4.895 3.121 2.045 383 chr1 53743908 53795229 + 0 NA intron (NM_001018054, intron 2 of 17) intron (NM_001018054, intron 2 of 17) 24253 NM_004631 7804 Hs.280387 NM_004631 ENSG00000157193 LRP8 APOER2|HSZ75190|LRP-8|MCI1 LDL receptor related protein 8 protein-coding 2.079 1.108 2.232 0.584 0.427 0.370 0.491 0.237 0.469 0.123 0.873 0.726 0.045 0.180 0.426 1.246 0.590 0.091 0.719 0.258 0.658 0.149 0.284 0.219 0.296 0.620 0.693 0.498 0.569 0.117 0.241 nan 0.276 0.925 0.216 0.878 0.230 0.311 0.088 0.106 0.423 1.054 0.383 0.216 0.398 0.278 0.628 0.647 0.950 0.577 0.257 0.495 1.246 0.804 0.792 0.296 0.353 0.597 0.564 0.788 0.422 0.433 0.419 1.899 0.156 0.355 0.176 1.543 2.631 0.801 1.356 1.396 1.259 1.335 0.440 1.985 2.093 2.328 3.395 1.079 2.179 1.891 1.959 0.717 1.013 0.691 0.744 2.287 nan 1.025 0.656 4945 chr17 69182587 69189819 + 0 NA intron (NR_104152, intron 1 of 3) intron (NR_104152, intron 1 of 3) 12117 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility 17 (non-protein coding) ncRNA 0.772 nan 0.539 0.801 0.133 0.155 4.498 0.235 0.650 0.278 2.604 2.738 0.068 0.027 0.147 0.082 0.943 0.111 2.956 2.327 0.113 0.195 0.192 0.546 0.690 0.542 0.050 3.335 3.221 0.380 0.601 0.933 0.511 4.770 0.038 0.072 0.021 0.123 1.974 0.294 0.100 0.021 3.917 1.174 0.839 3.127 0.056 0.040 0.054 0.037 0.082 2.059 0.097 0.546 0.185 0.081 0.080 0.072 0.028 3.612 0.082 0.053 4.675 1.250 0.987 0.552 0.311 0.307 1.066 0.249 0.433 0.414 0.152 0.197 0.158 0.916 nan 0.423 0.453 0.451 0.293 0.143 0.274 0.243 0.278 0.079 0.209 0.686 0.606 2532 chr12 20739259 20756775 + 0 NA intron (NM_001244683, intron 1 of 14) MLT1L|LTR|ERVL-MaLR 23219 NM_001244683 5139 Hs.386791 NM_000921 ENSG00000172572 PDE3A CGI-PDE|CGI-PDE A|CGI-PDE-A|HTNB phosphodiesterase 3A protein-coding nan nan nan 0.101 0.366 0.019 0.137 0.293 0.502 0.011 0.151 0.063 0.007 0.046 0.230 0.103 0.244 0.091 0.135 0.032 0.045 0.023 0.200 0.159 0.091 0.036 0.012 0.012 0.089 0.018 0.067 0.115 0.076 0.412 0.045 0.343 0.671 0.047 0.119 0.015 0.028 0.079 0.021 0.027 0.031 0.053 0.099 0.210 0.829 0.073 0.136 0.175 0.103 0.078 0.016 0.091 0.188 0.033 0.059 0.793 0.009 0.023 0.171 0.009 0.020 0.017 0.517 0.554 1.564 1.396 1.487 1.533 0.265 0.154 1.290 1.359 1.100 1.460 0.626 0.524 0.438 0.308 0.140 0.228 1.347 2.905 0.408 0.763 0.393 0.390 3817 chr14 102974761 103004703 + 0 NA Intergenic Intergenic -13589 NM_001348652 122416 Hs.432945 NM_152326 ENSG00000156381 ANKRD9 - ankyrin repeat domain 9 protein-coding 1.861 1.052 1.179 1.030 0.691 1.256 2.616 0.402 0.821 0.438 0.923 0.690 0.379 0.227 0.940 0.703 0.796 0.365 1.250 0.603 0.937 0.215 0.419 0.343 0.908 2.560 2.405 0.311 2.125 1.812 1.841 3.891 2.040 1.961 1.068 1.403 0.169 0.829 0.134 0.433 0.297 0.756 0.602 0.378 1.358 1.598 1.889 0.760 2.342 2.470 0.640 4.280 0.703 1.229 1.400 0.908 1.349 1.109 0.335 1.171 0.451 1.582 0.224 0.207 1.360 0.144 0.055 0.377 0.597 0.871 1.234 1.860 1.687 1.041 0.307 0.815 0.814 0.989 1.413 1.534 2.064 1.399 1.138 0.625 0.877 0.896 0.674 0.508 1.086 1.043 0.674 2497 chr12 13143447 13155019 + 0 NA intron (NM_015987, intron 1 of 3) intron (NM_015987, intron 1 of 3) 4010 NM_015987 50865 Hs.642618 NM_015987 ENSG00000013583 HEBP1 HBP|HEBP heme binding protein 1 protein-coding 1.709 0.967 2.201 0.597 1.356 0.639 0.677 0.249 0.640 0.445 0.938 2.955 0.398 0.155 0.544 0.756 0.811 0.079 0.789 0.476 0.214 0.048 0.295 0.306 0.592 2.763 2.573 0.432 1.821 0.318 1.097 1.615 1.696 4.517 0.240 2.098 0.032 0.806 0.144 0.406 0.474 0.902 0.924 0.525 0.951 0.485 1.250 5.885 1.604 1.865 0.610 0.409 0.756 0.940 0.543 0.592 0.403 0.455 0.059 2.369 0.282 0.424 0.164 0.461 0.335 0.309 0.163 0.442 0.483 1.579 3.451 nan 1.855 0.375 0.089 3.022 3.105 0.924 1.506 1.288 2.159 0.995 0.953 0.533 0.825 0.149 0.152 1.122 1.679 0.629 0.467 8496 chr4 105884113 105889239 + 0 NA Intergenic L1M2|LINE|L1 -180356 NM_017628 54790 Hs.367639 NM_017628 ENSG00000168769 TET2 KIAA1546|MDS tet methylcytosine dioxygenase 2 protein-coding 0.472 nan nan 0.883 0.415 0.032 0.857 0.104 0.570 0.240 0.106 0.162 2.517 0.057 0.062 0.249 0.044 0.031 0.742 0.370 0.122 0.027 0.489 0.176 0.128 0.399 0.541 1.258 3.051 4.185 3.935 0.869 0.062 0.038 0.064 0.075 0.093 0.062 0.090 0.023 0.912 1.257 0.599 0.137 0.048 0.069 0.015 1.811 0.249 0.813 0.072 0.489 1.002 2.233 0.020 0.034 0.047 0.038 0.060 0.034 0.010 0.407 0.305 9.275 nan 0.211 0.309 0.115 0.057 0.199 0.098 0.261 nan 1.153 1.252 0.272 0.099 0.061 0.260 0.370 0.297 0.208 nan 0.387 0.353 11122 chr8 96076711 96089808 + 0 NA intron (NR_132986, intron 1 of 1) intron (NR_132986, intron 1 of 1) -1883 NR_036105 100422964 NR_036105 ENSG00000283522 MIR3150A MIR3150|mir-3150a microRNA 3150a ncRNA nan 1.138 1.223 1.127 0.847 0.284 2.236 0.183 0.472 1.251 0.302 0.527 5.989 0.808 0.101 0.185 0.388 0.074 1.739 0.994 0.039 0.038 0.145 0.083 0.247 1.018 0.606 0.068 1.444 1.119 1.249 2.079 2.670 1.077 1.632 0.070 0.148 0.058 0.087 0.232 0.115 0.099 0.078 0.054 1.024 6.635 2.602 0.192 0.399 0.131 0.180 3.204 0.185 3.207 0.075 0.247 1.275 6.186 0.126 0.036 0.155 0.289 0.257 0.167 0.040 0.048 0.012 0.329 0.287 0.516 nan 0.419 0.537 2.238 0.333 0.415 0.420 0.799 1.042 2.296 2.156 0.333 0.265 0.417 0.677 0.823 1.232 0.307 0.691 0.477 0.409 11011 chr8 65285210 65291647 + 0 NA intron (NR_109792, intron 1 of 2) intron (NR_109792, intron 1 of 2) -1456 NR_034103 100130155 Hs.7023 NR_034102 ENSG00000254377 MIR124-2HG LINC00966 MIR124-2 host gene ncRNA 1.029 0.563 0.790 0.011 0.063 0.017 0.022 0.012 0.126 0.049 0.044 0.016 0.042 0.060 0.059 0.125 0.049 0.029 0.019 0.021 0.217 0.191 0.075 0.022 0.064 0.062 0.061 0.066 0.350 0.046 0.042 0.014 0.034 0.120 0.019 0.023 0.071 0.009 0.047 0.031 0.142 0.121 0.032 0.060 0.098 0.075 0.025 0.018 0.015 0.048 0.123 7.935 0.018 0.024 0.282 0.642 0.102 0.119 0.313 0.292 0.209 0.104 0.042 0.038 0.086 nan 0.100 0.080 nan 3.268 0.392 0.669 0.299 0.258 4.548 3.121 0.348 0.423 9799 chr6 89151199 89176120 + 0 NA Intergenic L1PB3|LINE|L1 85429 NR_110867 101928936 Hs.533080 NR_110867 LOC101928936 - uncharacterized LOC101928936 ncRNA 0.834 0.764 nan 0.035 0.099 0.029 0.020 0.090 0.334 0.011 0.047 0.067 0.010 0.016 0.132 0.231 0.085 0.079 0.066 0.020 0.011 0.069 0.119 0.163 0.005 0.012 0.006 0.046 0.004 0.065 0.087 0.060 0.254 0.024 0.032 0.023 0.039 0.124 0.005 0.151 0.093 0.024 0.003 0.018 0.031 0.074 0.032 0.023 0.042 0.006 0.011 0.231 0.029 0.022 0.163 0.039 0.007 0.098 0.020 0.040 0.016 0.020 0.055 0.018 0.016 0.010 0.358 0.289 0.202 0.204 0.344 0.410 0.138 0.080 0.156 0.228 3.657 4.044 0.194 0.213 0.527 0.214 0.156 0.199 0.118 0.121 0.192 0.368 0.393 0.349 92 chr1 12395895 12405581 + 0 NA intron (NM_015378, intron 40 of 69) intron (NM_015378, intron 40 of 69) 110642 NM_018156 55187 Hs.439381 NM_015378 ENSG00000048707 VPS13D - vacuolar protein sorting 13 homolog D protein-coding 1.248 0.876 nan 0.149 1.462 0.193 0.103 0.197 0.443 0.029 0.102 0.374 0.032 0.040 0.588 2.550 0.231 0.100 0.120 0.039 0.039 0.028 0.114 0.214 0.894 0.078 0.030 0.031 0.070 0.022 0.051 0.155 0.152 1.186 0.046 0.077 0.602 0.108 0.095 0.012 0.550 0.115 0.031 0.031 0.035 0.056 0.134 0.124 0.134 0.133 0.059 0.124 2.550 0.052 0.152 0.894 0.100 0.095 0.320 0.018 0.074 0.040 0.031 0.868 0.063 0.024 0.010 1.160 1.673 0.344 0.831 11.571 12.975 0.292 0.106 0.433 nan 0.978 nan 0.686 0.973 nan 0.725 0.148 0.240 1.264 0.854 0.507 0.928 1.735 1.142 5354 chr18 53441770 53453191 + 0 NA non-coding (NR_145453, exon 1 of 2) non-coding (NR_145453, exon 1 of 2) 172 NR_145453 100132501 Hs.634003 NR_145452 LINC01415 TCONS_00026208 long intergenic non-protein coding RNA 1415 ncRNA nan 0.755 0.803 0.077 0.306 0.117 0.081 0.295 0.299 0.008 0.116 0.268 0.016 0.036 0.343 0.887 1.160 0.070 0.037 0.017 0.039 0.028 0.669 0.545 0.900 0.152 0.045 0.018 0.028 0.074 0.028 0.021 0.037 0.674 0.025 0.090 0.641 3.195 0.116 0.010 0.237 0.048 0.011 0.007 0.058 0.187 0.156 0.057 0.435 0.041 0.035 0.887 0.069 0.008 0.900 0.029 0.143 0.270 0.500 0.027 0.219 0.171 0.042 0.020 0.009 0.689 0.461 0.877 0.604 1.069 0.913 3.757 2.010 1.262 1.446 2.310 2.584 0.618 0.766 0.972 0.861 0.531 0.777 3.133 2.939 0.298 0.474 6.467 3.764 8413 chr4 70057068 70071674 + 0 NA intron (NR_136191, intron 2 of 5) MER11A|LTR|ERVK 16078 NM_001073 10720 Hs.339811 NM_001073 ENSG00000213759 UGT2B11 - UDP glucuronosyltransferase family 2 member B11 protein-coding 0.406 0.453 0.443 0.080 0.145 0.004 0.049 0.132 0.171 0.064 0.051 0.030 0.027 0.052 0.254 0.081 0.066 0.080 0.013 0.009 0.054 0.082 0.108 0.005 0.010 0.056 0.028 0.072 0.200 0.073 0.201 0.090 0.029 0.019 0.007 0.072 0.016 0.837 0.057 0.013 0.005 0.015 0.031 0.073 0.158 0.056 0.025 0.030 0.041 0.254 0.039 0.031 0.108 0.050 0.051 0.026 0.008 0.008 0.011 0.041 0.017 0.020 0.003 0.474 0.229 0.409 0.705 0.161 0.241 6.614 1.950 0.296 0.320 0.055 0.191 0.436 0.417 0.356 0.154 0.082 0.155 0.069 0.052 0.136 0.140 0.797 0.694 3687 chr14 74187335 74196455 + 0 NA intron (NM_001043318, intron 9 of 11) intron (NM_001043318, intron 9 of 11) -10767 NM_006029 9240 Hs.194709 NM_006029 ENSG00000176903 PNMA1 MA1 PNMA family member 1 protein-coding 1.065 1.214 0.791 2.105 0.198 0.140 0.472 0.248 0.472 1.515 2.232 2.930 0.177 0.055 0.343 0.365 3.005 0.433 0.419 0.188 6.082 0.076 0.051 0.116 0.122 2.479 1.804 0.168 0.603 0.163 0.291 0.685 1.749 0.495 0.160 7.738 0.042 0.165 0.112 0.298 0.156 4.269 1.013 0.341 0.889 0.210 1.643 3.179 2.649 0.368 1.867 2.655 0.365 0.225 0.253 0.122 0.565 0.880 0.050 0.804 0.022 4.321 0.011 0.205 8.486 0.158 0.073 0.293 0.487 0.426 0.878 0.696 0.679 0.324 0.135 0.852 0.883 0.338 0.556 0.425 nan 0.753 0.432 0.436 0.440 0.180 0.219 0.376 1.060 0.836 nan 11261 chr8 125148896 125161247 + 0 NA intron (NR_103547, intron 1 of 4) intron (NR_103547, intron 1 of 4) 28692 NR_103547 157376 Hs.662360 NM_182525 ENSG00000253868 FER1L6-AS2 C8orf78 FER1L6 antisense RNA 2 ncRNA nan nan nan 0.479 0.197 0.625 0.502 0.121 0.447 0.893 0.118 0.135 1.611 0.081 0.165 0.361 0.171 0.050 1.063 0.629 0.051 0.011 0.101 0.061 0.249 0.079 0.012 0.030 0.187 0.197 1.612 6.204 1.789 nan 2.569 0.086 0.046 0.026 0.102 0.190 0.115 0.133 0.044 0.050 0.123 0.143 0.823 0.226 0.302 0.063 0.310 1.462 0.361 1.798 0.800 0.249 0.386 1.479 0.039 0.158 0.082 0.403 0.079 0.214 0.086 0.033 0.045 0.366 0.322 0.479 1.263 0.553 0.762 0.491 0.186 nan nan 0.179 0.230 0.297 0.338 0.333 0.139 0.207 0.371 0.153 0.223 0.488 0.754 0.634 0.611 1164 chr1 226050694 226100190 + 0 NA intron (NM_020997, intron 2 of 3) CpG 1404 NM_020997 10637 Hs.656214 NM_020997 ENSG00000243709 LEFTY1 LEFTB|LEFTYB left-right determination factor 1 protein-coding 1.379 nan 1.493 1.282 1.682 0.293 2.176 0.748 1.487 0.286 0.452 0.539 0.251 0.349 0.127 0.433 0.415 0.193 0.843 0.264 0.477 0.146 0.488 0.324 2.364 0.589 0.407 0.313 1.243 0.731 2.932 9.168 2.059 0.754 0.776 0.515 0.073 0.403 0.101 0.318 0.285 0.749 0.371 0.208 1.350 1.083 0.685 0.289 0.702 0.441 0.855 1.515 0.433 1.113 0.604 2.364 0.779 1.282 0.079 0.486 0.213 0.445 0.390 0.217 0.372 0.290 0.176 1.150 1.872 1.665 4.367 1.139 nan 2.497 0.920 1.233 1.235 0.287 0.539 3.488 2.934 0.599 0.462 0.507 0.780 0.370 0.545 0.552 1.278 1.343 0.853 5450 chr18 76945266 76971429 + 0 NA intron (NM_198531, intron 9 of 29) L1MEf|LINE|L1 129072 NM_001306085 374868 Hs.465475 NM_198531 ENSG00000166377 ATP9B ATPASEP|ATPIIB|HUSSY-20|NEO1L|hMMR1 ATPase phospholipid transporting 9B (putative) protein-coding nan nan 0.724 0.080 1.040 0.069 0.206 0.410 0.812 0.014 0.117 0.093 0.031 0.104 0.300 0.546 0.118 0.088 0.073 0.022 0.012 0.037 0.443 0.294 1.692 0.053 0.020 0.116 0.079 0.024 0.098 0.142 0.140 0.380 0.022 0.047 0.146 0.074 0.095 0.009 0.152 0.074 0.012 0.015 0.070 0.059 0.125 0.060 0.051 0.073 0.018 0.049 0.546 0.055 0.039 1.692 0.014 0.019 0.033 0.049 0.093 0.079 0.159 0.071 0.035 0.033 0.025 0.576 0.511 0.262 0.349 1.274 nan 5.507 2.580 0.522 0.495 0.231 0.302 1.828 nan 0.299 0.129 0.299 0.397 0.698 0.774 0.181 0.294 1.763 0.902 2824 chr12 81857010 81870266 + 0 NA intron (NM_001220474, intron 2 of 30) MLT1A|LTR|ERVL-MaLR 42532 NM_001282536 8499 Hs.506216 NM_003625 ENSG00000139220 PPFIA2 - PTPRF interacting protein alpha 2 protein-coding 0.827 0.796 0.767 0.071 0.131 0.072 0.043 0.169 0.284 0.007 0.083 0.277 0.028 0.085 0.099 0.211 0.159 0.170 0.081 0.028 0.034 0.021 0.296 0.316 0.136 0.010 0.011 0.017 0.082 0.016 0.087 0.165 0.105 0.399 0.022 0.154 0.193 0.041 0.071 0.042 0.063 0.009 0.018 0.025 0.030 0.088 0.129 0.104 0.117 0.054 0.077 0.211 0.038 0.014 0.136 0.019 0.081 0.123 0.066 0.054 0.018 0.052 0.215 0.034 0.017 0.008 0.369 0.381 0.386 0.430 0.479 0.640 0.404 0.258 0.274 0.342 3.898 4.610 0.589 0.601 1.865 1.482 0.132 0.298 1.237 1.491 0.514 0.908 0.838 0.710 4597 chr17 10598254 10610906 + 0 NA intron (NM_020233, intron 1 of 3) intron (NM_020233, intron 1 of 3) 3653 NM_020233 56985 Hs.47668 NM_020233 ENSG00000170222 ADPRM C17orf48|MDS006|NBLA03831 ADP-ribose/CDP-alcohol diphosphatase, manganese dependent protein-coding 1.959 1.010 1.384 0.640 0.449 0.168 0.869 0.506 0.838 0.317 0.589 0.699 0.435 0.301 0.315 0.636 0.579 0.089 0.630 0.375 0.321 0.251 0.229 0.104 0.710 0.313 0.276 0.401 0.416 0.142 0.867 0.594 0.786 1.307 0.382 0.886 0.052 1.235 0.104 0.383 0.258 1.188 0.809 0.443 0.717 0.393 0.548 1.391 1.293 1.232 0.349 0.440 0.636 0.541 1.391 0.710 0.627 0.475 0.306 1.547 1.073 0.950 0.109 3.378 0.321 0.583 0.526 1.543 1.429 1.555 nan 1.149 1.145 1.296 0.373 1.227 1.204 0.934 1.333 1.359 1.722 nan 1.548 0.547 0.999 0.417 0.391 3.393 7.423 0.390 0.272 10735 chr7 149995952 150024143 + 0 NA intron (NR_147013, intron 1 of 5) LTR7C|LTR|ERV1 -9978 NM_001164459 653857 Hs.664579 NM_001164458 ENSG00000106526 ACTR3C ARP11 ARP3 actin related protein 3 homolog C protein-coding 1.610 0.885 nan 1.494 0.864 0.443 0.969 0.392 0.958 0.352 0.645 4.307 0.191 0.656 0.714 0.809 0.263 0.125 1.434 0.816 0.235 0.035 0.769 0.478 1.227 2.522 2.379 0.457 1.204 0.553 0.467 0.876 0.840 1.359 0.681 0.166 0.227 0.100 0.182 0.217 0.332 0.326 0.456 0.216 1.616 0.382 4.830 0.623 0.202 0.073 0.514 0.786 0.809 0.792 0.069 1.227 0.746 0.601 0.217 0.753 0.812 1.144 0.484 0.645 0.087 0.110 0.056 1.486 1.579 1.016 1.030 1.631 1.600 1.910 0.784 1.649 1.672 0.906 1.394 1.512 2.249 1.463 1.204 1.115 1.835 1.101 1.450 0.960 1.593 1.658 nan 11144 chr8 98624408 98668512 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -9947 NM_178812 92140 Hs.377155 NM_178812 ENSG00000147649 MTDH 3D3|AEG-1|AEG1|LYRIC|LYRIC/3D3 metadherin protein-coding nan 1.099 2.128 0.239 0.908 0.405 0.646 0.588 1.067 0.193 0.928 0.467 0.087 0.348 0.594 0.595 0.969 0.238 0.598 0.201 0.420 0.119 0.356 0.219 1.066 0.487 0.472 0.311 0.427 0.213 0.357 0.572 0.274 2.066 0.360 0.466 0.188 0.310 0.103 0.190 0.351 0.478 0.722 0.461 0.324 0.101 0.646 0.730 0.565 0.555 0.477 0.736 0.595 0.559 0.443 1.066 0.186 0.369 0.101 0.424 0.592 0.447 0.353 0.294 0.167 0.236 0.123 0.629 0.672 0.946 nan 1.810 1.640 2.245 0.973 2.168 2.134 9.916 11.580 2.482 3.054 1.534 1.310 0.718 1.397 0.977 1.072 1.155 1.329 1.022 0.774 11823 chr9 135142234 135148411 + 0 NA intron (NM_015046, intron 24 of 25) intron (NM_015046, intron 24 of 25) 84921 NM_001351527 23064 Hs.460317 NM_015046 ENSG00000107290 SETX ALS4|AOA2|SCAR1|Sen1|bA479K20.2 senataxin protein-coding nan 1.145 1.193 0.221 0.617 0.449 0.910 0.363 0.454 0.198 0.260 1.423 0.151 0.196 0.088 0.645 0.283 0.103 0.503 0.153 1.996 0.179 0.231 0.325 0.345 0.615 0.585 0.546 0.363 0.068 0.900 0.745 0.221 0.776 0.308 5.960 0.062 0.246 0.103 0.076 0.063 1.668 0.372 0.329 0.105 0.358 0.703 0.344 1.634 0.343 0.740 0.756 0.645 1.583 0.749 0.345 0.632 1.111 0.330 0.462 0.870 0.588 0.032 0.179 0.111 0.214 0.133 0.413 0.239 0.934 1.804 0.967 0.919 nan 0.248 1.600 1.591 0.594 0.820 2.271 2.737 1.155 0.720 0.223 0.204 1.317 9.326 0.523 0.947 0.942 0.411 419 chr1 60591308 60606222 + 0 NA Intergenic Intergenic -59323 NM_152377 127795 Hs.47385 NM_152377 ENSG00000162598 C1orf87 CREF chromosome 1 open reading frame 87 protein-coding 1.228 0.848 nan 0.370 0.115 0.059 0.053 0.113 0.240 0.006 0.072 0.068 0.034 0.090 0.163 0.714 0.114 0.107 0.038 0.099 0.009 0.263 0.104 0.180 0.005 0.014 0.005 0.046 0.022 0.091 0.128 0.078 0.303 0.010 0.029 0.006 0.080 0.092 0.158 0.053 0.068 0.028 0.011 0.015 0.071 0.084 0.771 0.044 0.039 0.005 0.031 0.163 0.048 0.031 0.180 0.032 0.034 0.071 0.031 0.034 0.016 0.080 0.423 0.040 2.298 2.308 0.372 0.241 0.146 0.308 0.428 0.655 0.994 0.323 0.320 0.279 nan nan 0.426 nan 0.605 0.368 0.181 0.246 0.177 0.178 0.441 1.207 2.121 0.933 10997 chr8 62361313 62371650 + 0 NA intron (NM_173519, intron 3 of 5) intron (NM_173519, intron 3 of 5) 165956 NM_173519 157807 Hs.591874 NM_173519 ENSG00000177182 CLVS1 C6orf212L|CRALBPL|RLBP1L1 clavesin 1 protein-coding 1.321 0.687 0.636 0.083 0.111 0.006 0.041 0.079 0.183 0.076 0.047 0.031 0.081 0.148 0.050 0.109 0.101 0.019 0.031 0.076 0.064 0.081 0.014 0.019 0.052 0.021 0.046 0.140 0.082 0.307 0.028 0.031 0.084 0.055 0.011 0.077 0.081 0.041 0.015 0.021 0.070 0.056 0.156 0.102 0.073 0.038 0.025 0.148 0.138 0.027 0.081 0.071 0.112 1.909 0.017 0.049 0.023 0.066 0.111 0.017 0.015 0.493 0.514 0.152 0.241 0.466 0.520 0.279 0.091 0.063 0.038 1.122 nan 0.166 0.155 nan 0.374 0.123 0.288 0.199 0.269 0.346 0.640 0.597 0.796 2015 chr11 65623565 65630364 + 0 NA promoter-TSS (NM_001350283) promoter-TSS (NM_001350283) -908 NM_001350283 80198 Hs.288798 NM_025128 ENSG00000172732 MUS81 SLX3 MUS81 structure-specific endonuclease subunit protein-coding nan 3.930 3.805 5.563 8.212 6.782 4.436 3.017 5.931 2.007 7.787 2.956 3.442 3.630 7.440 5.593 3.312 0.394 5.230 1.784 7.888 3.529 3.048 2.016 7.176 2.802 3.575 4.016 4.201 2.090 6.847 8.210 4.727 18.152 3.628 3.412 2.696 9.083 0.158 2.794 3.837 19.082 7.344 3.497 5.765 3.802 7.878 8.958 6.487 6.572 2.940 5.153 5.593 5.762 9.030 7.176 2.090 3.533 3.048 9.935 3.961 4.486 2.816 2.780 4.955 3.430 2.000 5.644 8.313 5.880 8.006 11.751 9.618 9.463 2.867 14.612 15.680 5.733 8.519 8.491 8.810 6.575 6.749 3.625 8.371 6.511 6.071 2.909 7.508 3.703 1.598 7073 chr20 56656211 56663662 + 0 NA Intergenic Intergenic -66047 NM_178456 128602 Hs.43977 NM_178456 ENSG00000124237 C20orf85 LLC1|bA196N14.1 chromosome 20 open reading frame 85 protein-coding 0.904 1.376 0.757 7.731 0.092 0.029 0.591 0.129 0.301 0.088 0.073 0.184 0.017 0.053 0.048 0.052 0.152 0.043 0.064 0.103 0.067 0.169 0.143 0.021 0.092 0.019 0.237 0.227 0.176 0.328 0.152 0.341 0.779 0.052 0.012 0.029 0.136 1.081 0.063 0.319 0.126 0.032 0.088 0.010 0.359 1.694 0.078 0.334 0.073 0.154 0.052 0.047 0.063 0.021 0.212 0.223 0.142 1.396 0.082 0.095 0.041 0.277 1.478 0.124 0.191 0.785 nan 0.271 0.616 0.231 0.272 1.062 0.286 0.130 0.149 0.344 0.472 0.136 0.132 0.455 0.311 0.237 0.263 0.076 0.175 0.591 1.690 1.078 0.649 4521 chr16 89623938 89633033 + 0 NA TTS (NR_002450) TTS (NR_002450) 647 NR_002450 606500 NR_002450 SNORD68 HBII-202 small nucleolar RNA, C/D box 68 snoRNA nan 1.493 2.466 2.426 2.235 0.515 3.015 0.847 2.581 0.830 3.731 2.686 1.561 1.880 0.638 3.425 0.913 0.463 4.355 1.844 4.144 1.402 0.741 0.380 3.359 3.413 3.897 1.970 3.567 1.185 1.919 2.532 1.699 2.026 2.705 5.194 0.085 1.760 0.095 1.688 0.470 4.395 6.557 3.090 1.919 1.423 4.166 2.519 3.192 6.294 1.800 3.064 3.425 6.127 5.361 3.359 1.440 1.727 1.086 4.128 1.640 3.075 0.491 0.846 1.289 1.488 1.146 2.642 2.725 2.822 4.083 2.833 2.986 2.828 1.277 5.475 5.305 1.301 2.246 2.318 4.140 4.342 4.510 1.554 2.986 1.202 1.207 3.348 3.311 2.096 1.239 3208 chr13 73958248 74011991 + 0 NA Intergenic Intergenic -153262 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.430 0.686 0.928 0.168 0.138 0.414 0.214 0.393 0.091 0.109 0.290 0.247 0.037 0.202 1.123 0.100 0.066 0.330 0.254 0.074 0.016 0.044 0.032 0.101 0.668 0.355 0.034 0.267 0.492 2.690 8.567 0.779 1.511 0.646 0.081 0.010 0.042 0.086 0.085 0.487 0.168 0.048 0.039 0.769 0.545 0.611 0.141 0.264 0.072 0.101 0.682 1.123 0.150 0.040 0.101 0.755 0.523 0.029 0.024 0.058 0.160 0.132 0.075 0.116 0.004 0.006 0.456 0.230 0.589 1.833 0.311 0.376 nan 0.175 0.121 0.140 0.051 0.099 0.657 0.467 nan 0.246 0.223 0.458 0.140 0.378 0.347 nan 0.219 0.166 6836 chr20 10470879 10496775 + 0 NA intron (NM_001009608, intron 2 of 7) intron (NM_001009608, intron 2 of 7) 67876 NM_001009608 128710 Hs.668782 NM_001009608 ENSG00000149346 SLX4IP C20orf94|bA204H22.1|bA254M13.1|dJ1099D15.3 SLX4 interacting protein protein-coding 1.043 nan 0.951 0.239 0.891 0.808 0.884 0.190 0.415 0.118 0.774 0.021 0.014 0.080 0.248 0.585 1.959 0.318 0.418 0.188 0.326 0.065 0.225 0.189 0.250 0.679 0.396 0.267 0.089 0.164 0.196 0.466 0.215 0.680 0.598 2.448 0.040 0.066 0.097 0.310 0.080 0.335 0.296 0.228 0.203 0.158 0.287 1.164 1.174 0.622 0.343 0.337 0.585 0.339 0.880 0.250 0.376 0.166 0.176 0.110 0.808 0.841 0.067 0.383 0.681 0.500 0.634 1.435 1.725 0.948 1.153 0.439 0.482 2.278 0.463 0.489 0.489 2.957 3.843 1.724 2.097 1.546 0.880 0.245 0.385 0.498 1.509 0.795 1.777 0.938 0.778 3839 chr14 104883888 104910635 + 0 NA Intergenic CpG -148760 NM_001286399 400258 Hs.153827 NM_001008404 ENSG00000184601 C14orf180 C14orf77|NRAC chromosome 14 open reading frame 180 protein-coding 1.341 1.181 0.535 0.123 0.144 6.620 0.029 0.106 0.147 0.011 0.070 0.058 0.016 0.037 0.198 0.144 0.141 0.079 0.022 0.014 0.045 0.047 0.264 0.151 0.067 0.059 0.030 0.016 0.048 0.019 0.084 0.311 0.132 2.716 0.033 0.059 0.114 0.053 0.101 0.013 0.080 0.095 0.025 0.029 0.008 0.037 0.054 0.125 0.052 0.059 0.105 0.118 0.144 0.024 0.014 0.067 0.076 0.062 0.312 0.096 0.178 0.029 0.823 0.129 0.029 0.015 0.013 1.000 1.519 0.213 0.267 1.632 1.711 0.237 0.124 0.074 0.072 3.397 3.628 1.530 2.326 1.298 1.331 1.265 1.433 0.601 0.764 0.309 0.415 2.528 1.329 9459 chr6 16667072 16777879 + 0 NA intron (NM_000332, intron 3 of 8) intron (NM_000332, intron 3 of 8) 37887 NR_152113 6310 Hs.434961 NM_000332 ENSG00000124788 ATXN1 ATX1|D6S504E|SCA1 ataxin 1 protein-coding 1.133 nan 0.675 0.513 0.079 0.020 1.010 0.254 0.487 0.296 1.337 2.131 0.339 0.157 0.154 1.065 1.850 0.247 1.428 0.505 0.784 0.208 0.170 0.141 0.425 1.011 0.638 0.013 0.785 0.661 3.687 4.533 2.140 0.367 0.863 3.431 0.357 0.048 0.091 0.596 0.166 1.094 0.294 0.157 0.451 0.320 0.516 0.943 0.650 1.017 0.503 0.494 1.065 1.804 1.750 0.425 0.365 0.332 0.015 0.774 0.024 0.902 0.399 0.190 0.641 0.968 1.007 0.441 0.459 1.269 2.462 0.543 0.516 0.701 0.247 0.744 0.740 1.958 2.637 0.170 0.172 0.466 0.306 0.468 0.747 1.556 2.360 0.456 0.808 0.638 0.522 6706 chr2 232326703 232335772 + 0 NA Intergenic Intergenic -2032 NM_005381 4691 Hs.79110 NM_005381 ENSG00000115053 NCL C23|Nsr1 nucleolin protein-coding 4.325 nan 3.849 2.391 3.722 2.343 2.195 1.610 3.173 0.980 2.408 1.253 0.741 1.218 1.674 2.576 0.777 0.143 2.500 0.691 1.787 1.507 1.478 0.519 3.157 1.395 1.909 1.456 2.355 0.803 2.840 4.574 2.596 5.526 1.369 3.246 0.440 3.104 0.134 1.314 1.194 2.385 2.380 1.242 1.559 1.226 2.221 1.711 2.217 2.337 1.209 1.987 2.576 3.534 3.371 3.157 1.197 1.253 0.652 4.426 1.645 1.752 1.646 1.965 1.379 1.439 0.810 5.406 5.348 3.964 5.314 4.710 4.291 4.241 2.249 8.386 8.131 2.685 3.649 8.474 nan 6.828 9.236 3.488 6.070 2.983 2.733 7.250 6.347 1.840 1.123 8976 chr5 69869920 69909659 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -8160 NR_027386 653188 Hs.631974 NR_027386 ENSG00000253203 GUSBP3 GUSBP1|SMA3 glucuronidase, beta pseudogene 3 pseudo 0.713 1.760 0.678 0.312 0.924 0.336 0.322 0.366 0.719 0.182 0.266 0.128 0.244 0.840 0.854 0.818 0.207 0.060 0.344 0.053 0.122 0.356 2.251 1.473 0.512 0.154 0.306 0.162 0.344 0.122 0.357 0.879 0.454 2.066 0.272 0.289 3.094 0.306 0.141 0.089 0.655 0.280 0.267 0.188 0.105 0.291 0.281 0.115 0.145 0.280 0.288 0.208 0.818 0.278 0.291 0.512 0.210 0.628 0.513 0.256 0.427 0.201 0.329 0.113 0.114 0.088 0.056 0.887 0.829 0.921 1.282 1.310 1.270 3.922 2.052 0.908 0.772 2.218 2.391 1.423 1.820 1.032 0.849 0.222 0.497 3.681 5.621 0.351 0.471 3.463 1.835 6398 chr2 143611474 143639899 + 0 NA Intergenic Intergenic -9509 NM_003937 8942 Hs.470126 NM_003937 ENSG00000115919 KYNU KYNUU|VCRL2 kynureninase protein-coding 0.614 nan 0.642 0.835 0.087 0.008 1.763 0.118 0.202 0.416 1.068 2.917 0.031 0.018 0.022 0.090 1.691 0.143 1.650 1.202 6.791 0.005 0.081 0.112 0.046 3.939 3.362 0.057 0.584 0.914 0.897 2.236 1.623 0.500 0.674 9.042 0.007 0.027 0.079 0.482 0.087 2.336 0.369 0.173 1.323 0.270 1.967 2.334 4.409 0.153 1.817 7.156 0.090 0.130 0.032 0.046 2.415 1.407 0.017 0.541 0.054 0.751 0.052 0.048 1.199 0.016 0.008 0.321 0.270 1.341 2.557 0.196 0.218 0.085 0.047 0.282 0.291 0.264 0.426 0.376 0.419 0.317 0.152 0.103 0.230 0.031 0.024 0.238 0.417 0.133 0.147 2289 chr11 116322398 116355655 + 0 NA Intergenic Intergenic -171113 NR_135069 101929011 Hs.733911 NR_135069 ENSG00000237937 LOC101929011 - uncharacterized LOC101929011 ncRNA 0.977 1.013 0.847 0.095 0.186 0.154 0.054 0.188 0.454 0.011 0.081 0.064 0.034 0.033 0.142 0.887 0.034 0.025 0.029 0.027 0.298 0.240 0.345 0.006 0.022 0.028 0.058 0.009 0.135 0.230 0.045 1.627 0.035 0.057 0.246 0.066 0.105 0.028 0.174 0.194 0.031 0.031 0.023 0.042 0.075 0.240 0.029 0.030 0.007 0.051 0.887 0.028 0.048 0.345 0.057 0.127 0.175 0.042 0.070 0.038 0.152 3.643 0.030 0.023 0.006 0.356 nan 0.159 0.334 0.375 0.518 2.095 0.587 0.117 0.124 1.588 nan 0.482 0.603 1.737 1.285 0.394 0.593 1.116 1.403 1.414 5.191 2.031 1.039 3283 chr13 99681072 99742009 + 0 NA intron (NM_001130049, intron 1 of 32) intron (NM_001130049, intron 1 of 32) 27120 NM_001130049 23348 Hs.596105 NM_015296 ENSG00000088387 DOCK9 ZIZ1|ZIZIMIN1 dedicator of cytokinesis 9 protein-coding 1.187 1.793 1.735 0.195 0.424 1.100 1.287 0.387 0.742 0.164 0.396 0.109 0.248 0.095 1.050 0.676 0.255 0.123 1.993 0.649 0.170 0.030 0.152 0.128 0.667 0.359 0.218 0.094 0.279 0.386 2.905 5.915 0.843 1.266 0.561 0.079 0.063 0.148 0.076 0.174 1.133 0.802 0.243 0.177 0.587 0.308 1.219 0.194 0.334 0.257 0.140 0.617 0.676 1.799 1.169 0.667 0.235 0.346 0.138 0.315 0.276 0.449 0.237 1.051 0.382 0.154 0.099 0.967 0.996 0.611 0.851 0.992 0.974 1.117 0.450 0.393 0.411 0.433 nan 0.833 1.006 0.829 0.690 0.481 0.825 0.282 0.264 1.634 nan 0.262 0.242 2312 chr11 119223028 119253237 + 0 NA intron (NM_001243759, intron 1 of 11) intron (NM_001243759, intron 1 of 11) -3240 NM_171997 9099 Hs.524085 NM_004205 ENSG00000036672 USP2 UBP41|USP9 ubiquitin specific peptidase 2 protein-coding 1.379 1.359 1.350 0.134 0.484 1.378 0.257 0.341 0.627 0.059 0.295 0.865 0.407 0.175 0.639 0.723 0.175 0.079 0.280 0.239 0.569 0.065 0.488 0.351 0.621 0.362 0.132 0.477 0.384 0.217 0.332 1.217 0.208 1.536 0.092 0.197 0.139 0.361 0.090 0.113 0.245 0.938 0.296 0.230 0.422 0.211 0.543 0.267 0.412 0.636 0.466 0.406 0.723 0.432 1.346 0.621 0.260 0.268 0.341 0.678 0.396 0.344 1.171 1.102 0.229 0.061 0.028 0.832 nan 0.862 1.234 1.100 1.147 2.488 1.011 0.619 0.736 1.474 nan 2.114 2.725 2.180 1.982 1.824 2.458 1.273 1.094 1.774 4.212 1.546 0.971 3096 chr13 27358323 27371122 + 0 NA Intergenic Intergenic -29800 NM_005288 2835 Hs.123034 NM_005288 ENSG00000132975 GPR12 GPCR12|GPCR21|PPP1R84 G protein-coupled receptor 12 protein-coding 0.662 0.935 1.159 0.067 1.060 0.039 0.039 0.287 0.368 0.066 0.022 0.010 0.031 0.049 0.100 0.111 0.039 0.067 0.005 0.022 0.148 0.103 0.423 0.027 0.017 0.018 0.037 0.008 0.080 0.145 0.033 1.031 0.023 0.034 0.023 0.017 0.059 0.036 0.666 0.055 0.052 0.018 0.017 0.006 0.039 0.124 0.043 0.028 0.025 0.025 0.100 0.034 0.014 0.423 0.077 0.458 0.137 0.037 0.032 0.012 2.942 0.059 0.030 0.018 0.016 6.561 6.939 1.105 nan 0.583 0.542 4.604 1.302 0.092 0.082 0.960 1.428 0.285 0.276 0.636 0.363 4.967 5.267 0.047 0.075 0.201 0.360 0.591 0.497 3637 chr14 65268695 65310299 + 0 NA intron (NM_001024858, intron 1 of 34) intron (NM_001024858, intron 1 of 34) 601 NM_001024858 6710 Hs.417303 NM_000347 ENSG00000070182 SPTB EL3|HS2|HSPTB1|SPH2 spectrin beta, erythrocytic protein-coding nan nan 0.966 0.162 1.103 0.695 1.215 0.258 0.523 0.007 0.163 0.173 0.039 0.871 0.734 0.283 0.254 0.154 0.627 0.418 0.319 0.003 0.109 0.099 0.334 1.519 0.913 0.034 1.915 0.859 3.851 6.868 2.304 1.113 0.996 0.088 0.135 0.078 0.114 0.704 0.151 1.196 0.396 0.191 0.998 2.473 0.269 0.119 0.309 0.082 0.522 0.668 0.283 0.699 2.169 0.334 0.203 0.230 0.070 0.277 1.231 1.635 0.055 0.053 0.578 1.298 1.318 0.654 0.811 0.292 0.519 0.535 0.554 2.243 0.750 nan 0.553 0.220 0.443 2.867 nan 0.654 0.435 0.232 0.324 0.737 1.130 0.178 0.276 1.400 0.995 1030 chr1 203416047 203436749 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -18485 NM_002725 5549 Hs.632481 NM_002725 ENSG00000188783 PRELP MST161|MSTP161|SLRR2A proline and arginine rich end leucine rich repeat protein protein-coding 1.483 1.074 1.438 0.087 0.195 0.021 0.108 0.326 0.566 0.019 0.324 0.071 0.027 0.042 0.415 0.892 0.148 0.155 0.057 0.055 0.036 0.020 0.697 0.324 0.541 0.160 0.049 0.050 0.125 0.031 0.132 0.233 0.084 1.084 0.028 0.093 1.111 0.042 0.109 0.046 0.093 0.130 0.081 0.072 0.351 0.041 0.103 0.140 0.059 0.031 0.015 0.106 0.892 0.059 0.026 0.541 0.035 0.067 0.475 0.130 0.034 0.116 0.072 0.214 0.616 0.022 0.566 0.740 0.407 0.711 0.695 0.799 3.702 1.255 nan nan 1.873 2.423 0.501 0.589 0.767 0.422 0.198 0.266 1.837 1.841 0.520 1.499 2.174 1.150 365 chr1 47644441 47659502 + 0 NA intron (NM_005764, intron 2 of 3) AluSq2|SINE|Alu 3800 NM_005764 10158 Hs.431099 NM_005764 ENSG00000162366 PDZK1IP1 DD96|MAP17|SPAP PDZK1 interacting protein 1 protein-coding nan 0.798 nan 1.057 0.082 0.301 1.177 0.120 0.325 0.143 0.171 0.264 0.074 2.059 0.098 0.222 0.765 0.074 1.275 1.317 0.354 0.230 0.209 0.132 0.088 1.030 0.688 0.210 0.658 1.041 0.764 3.601 0.182 0.758 0.086 0.127 0.019 0.223 0.103 0.166 0.099 0.208 0.236 0.161 4.459 1.619 0.147 0.295 0.766 0.124 1.127 2.477 0.222 0.288 0.260 0.088 0.527 0.219 0.219 0.410 0.195 0.338 0.113 0.082 0.104 0.164 0.037 0.294 0.260 0.411 0.789 0.894 0.985 0.307 0.104 0.559 0.605 0.402 nan nan 0.791 0.721 0.802 0.544 nan 0.050 0.060 0.307 0.411 1.228 0.865 2730 chr12 58916714 58936372 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -58941 NR_126341 100506869 Hs.290456 NR_126341 ENSG00000258231 LOC100506869 - uncharacterized LOC100506869 ncRNA nan 0.952 0.669 0.154 0.887 0.023 0.184 0.261 0.439 0.020 0.174 0.420 0.006 0.057 0.150 0.320 0.775 0.066 0.262 0.154 0.170 0.014 0.897 0.609 0.432 0.166 0.048 0.019 0.239 0.245 0.427 1.963 0.336 0.596 1.169 0.080 0.117 0.064 0.089 0.291 0.085 0.103 0.058 0.044 0.137 0.164 0.143 0.534 0.202 0.036 0.202 0.559 0.320 0.193 0.860 0.432 0.131 0.366 0.064 0.068 0.175 0.679 0.060 0.208 0.144 0.047 0.026 nan 0.322 0.203 0.358 0.502 nan 5.430 1.953 0.335 0.266 0.363 nan 1.000 nan 0.354 0.119 0.166 0.289 0.679 0.627 0.220 0.342 2.913 1.670 3255 chr13 95063047 95071656 + 0 NA Intergenic Intergenic 64585 NM_001129889 1638 Hs.301865 NM_001922 ENSG00000080166 DCT TRP-2|TYRP2 dopachrome tautomerase protein-coding 2.303 3.999 2.085 0.042 0.163 3.535 0.074 1.387 2.975 0.011 0.058 0.182 0.023 0.880 3.735 0.166 0.075 0.189 0.219 0.033 0.297 0.200 0.944 0.126 0.046 0.017 0.073 0.025 0.168 0.364 0.050 2.063 0.117 0.031 2.950 0.025 0.095 1.699 0.205 0.042 0.009 0.114 0.018 0.112 0.082 0.038 0.031 0.057 0.016 3.735 0.130 0.011 0.944 0.029 0.020 0.395 0.023 0.201 0.028 0.196 2.470 0.035 0.007 0.012 0.560 0.530 0.305 0.607 2.427 2.154 7.379 2.055 0.107 0.159 0.720 0.975 1.242 1.473 2.018 1.907 0.349 0.610 7.924 8.459 5.824 11.591 1.239 0.687 4632 chr17 17927383 17944112 + 0 NA intron (NM_145691, intron 1 of 7) intron (NM_145691, intron 1 of 7) 6733 NM_145691 91647 Hs.528889 NM_145691 ENSG00000171953 ATPAF2 ATP12|ATP12p|LP3663|MC5DN1 ATP synthase mitochondrial F1 complex assembly factor 2 protein-coding 1.656 0.987 2.482 0.493 2.018 0.196 0.723 0.568 1.162 0.174 0.799 0.462 0.122 0.210 0.620 0.673 0.304 0.203 0.752 0.248 0.266 0.158 0.759 0.389 0.996 0.366 0.238 0.293 0.446 0.176 0.549 0.868 0.708 1.537 0.226 0.499 0.694 0.260 0.048 0.240 1.275 1.260 0.894 0.540 0.440 0.322 0.644 0.412 1.130 1.338 0.227 0.452 0.673 0.609 1.522 0.996 0.312 0.425 0.470 1.147 3.705 0.690 0.193 0.781 0.272 0.210 0.090 1.482 2.125 1.023 nan 1.593 1.621 5.777 1.877 0.826 0.869 1.236 1.854 2.828 3.395 nan 3.347 0.548 0.952 2.133 2.765 1.420 2.431 2.163 0.955 2021 chr11 66023979 66037444 + 0 NA intron (NM_001134774, intron 4 of 14) intron (NM_001134774, intron 4 of 14) -5345 NM_030981 81876 Hs.300816 NM_030981 ENSG00000174903 RAB1B - RAB1B, member RAS oncogene family protein-coding nan 1.463 1.228 1.310 1.922 1.400 1.260 1.565 2.495 0.638 2.029 1.050 0.852 1.017 1.523 2.074 1.180 0.213 1.543 0.422 2.242 1.303 0.885 0.478 1.947 0.902 0.867 1.473 0.974 0.634 2.661 3.313 1.423 5.216 0.969 1.035 0.385 2.719 0.127 0.647 1.164 4.092 2.587 1.327 1.558 0.496 1.719 1.500 2.385 2.305 1.959 1.872 2.074 1.398 2.624 1.947 1.019 2.197 1.069 2.963 2.260 1.182 0.722 0.624 1.717 0.701 0.278 2.506 3.424 2.445 3.542 4.712 5.002 2.887 1.401 4.061 4.252 1.984 2.700 3.199 4.439 2.958 2.539 1.476 2.741 2.048 2.179 1.514 2.226 1.680 0.800 3430 chr14 29609358 29618324 + 0 NA Intergenic Eulor10|DNA?|DNA? -358848 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.250 0.938 0.674 0.024 0.205 0.046 0.270 0.160 0.265 0.011 0.095 0.230 0.014 0.022 0.089 0.222 0.649 0.107 0.130 0.211 0.021 0.070 0.075 0.213 0.184 0.024 0.008 0.082 0.046 0.053 0.502 0.086 0.378 0.523 0.066 0.065 0.048 0.158 0.158 0.081 0.061 0.021 0.026 0.061 0.017 0.044 0.126 0.008 0.016 0.044 0.037 0.222 0.073 0.052 0.213 0.019 0.087 0.010 0.079 0.095 0.044 0.192 0.197 0.011 0.182 0.130 0.189 0.185 0.388 0.504 0.557 0.176 0.146 0.147 5.071 5.476 0.323 0.367 0.639 0.358 0.134 0.079 0.355 0.438 0.386 0.541 0.544 0.516 4590 chr17 9098252 9124103 + 0 NA intron (NM_004822, intron 5 of 6) intron (NM_004822, intron 5 of 6) -28742 NR_110828 101928266 Hs.639880 NR_110828 ENSG00000262966 LOC101928266 - uncharacterized LOC101928266 ncRNA 1.042 0.898 3.013 0.039 0.048 0.015 0.225 0.149 0.294 0.202 0.072 0.032 0.046 0.043 0.031 0.265 0.052 0.081 0.255 0.161 0.039 0.035 0.134 0.096 0.099 0.042 0.037 0.023 0.083 0.053 0.762 3.433 0.975 0.745 0.325 0.089 0.011 0.100 0.151 0.005 0.012 0.167 0.018 0.009 0.021 0.424 0.068 0.124 0.126 0.074 0.308 0.178 0.265 0.490 0.111 0.099 0.099 0.316 0.045 0.143 0.083 0.251 0.092 0.130 0.024 0.029 0.006 0.515 0.547 0.268 0.446 0.241 0.262 1.867 0.424 0.165 0.194 0.161 0.288 0.141 0.158 0.696 0.577 0.185 0.289 0.082 0.064 0.236 0.475 0.410 0.315 3318 chr13 105993664 105999312 + 0 NA Intergenic Intergenic -121728 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.733 0.885 0.542 0.343 0.124 0.020 0.541 0.028 0.343 0.016 0.122 0.161 0.011 0.018 0.347 0.339 0.066 0.086 1.082 0.669 0.011 0.061 0.030 0.211 0.387 0.155 0.144 0.387 0.464 0.725 0.075 0.327 0.284 0.038 0.016 0.097 0.082 0.276 0.054 0.322 0.203 0.226 0.461 0.051 0.095 0.793 0.072 0.038 0.012 0.339 1.198 0.544 0.211 0.347 0.029 0.020 0.036 0.028 0.017 0.087 0.161 0.020 0.009 2.610 1.686 9.170 5.398 0.489 0.421 0.111 0.074 0.275 0.276 0.477 nan 0.516 0.430 0.414 0.451 0.210 0.141 0.051 0.070 0.265 nan 0.038 0.118 5193 chr18 20702098 20724355 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -1302 NM_001256438 91768 Hs.11108 NM_138375 ENSG00000134508 CABLES1 CABL1|CABLES|HsT2563|IK3-1 Cdk5 and Abl enzyme substrate 1 protein-coding 1.401 1.147 1.545 0.902 1.264 2.358 0.888 0.468 1.172 0.950 1.276 1.239 0.208 0.788 2.538 2.686 0.855 0.217 1.165 0.467 0.677 0.343 1.007 0.519 3.311 0.445 0.289 0.378 0.356 0.366 0.602 1.313 1.146 1.611 0.204 0.323 1.005 0.400 0.094 0.290 2.839 0.735 0.377 0.375 0.818 0.442 0.732 0.252 2.142 1.379 1.493 1.462 2.686 1.314 1.902 3.311 0.418 2.116 0.239 1.848 0.455 0.462 1.352 0.189 0.525 0.147 0.103 2.750 3.613 1.238 nan 3.406 3.062 3.625 1.152 0.808 0.849 0.867 1.447 1.694 2.761 0.881 1.038 1.264 2.634 3.203 3.285 0.651 1.025 2.538 1.672 570 chr1 108165134 108173330 + 0 NA intron (NM_001079874, intron 3 of 9) intron (NM_001079874, intron 3 of 9) 61894 NM_001079874 10451 Hs.267659 NM_006113 ENSG00000134215 VAV3 - vav guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.130 nan nan 0.149 0.121 0.193 0.017 0.123 0.246 0.313 0.086 0.022 0.008 0.037 0.076 0.187 5.072 0.532 0.103 0.018 0.101 0.034 0.019 0.102 0.106 0.093 0.080 0.018 0.074 0.013 0.109 0.143 0.067 0.432 0.059 0.107 0.035 0.054 0.104 0.020 0.011 0.007 0.014 0.009 0.176 0.098 0.129 0.034 0.029 0.201 0.187 0.044 0.034 0.106 0.015 0.061 0.012 0.064 0.037 0.058 0.048 0.121 0.018 0.028 0.037 0.183 0.203 0.248 0.490 0.258 nan 1.211 0.507 0.276 0.294 5.453 6.237 nan nan 0.415 0.178 0.114 0.277 0.290 0.219 0.275 nan 0.432 0.435 11493 chr9 22199625 22220453 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -200727 NM_078487 1030 Hs.72901 NM_004936 ENSG00000147883 CDKN2B CDK4I|INK4B|MTS2|P15|TP15|p15INK4b cyclin dependent kinase inhibitor 2B protein-coding 0.707 3.561 5.750 0.398 0.227 0.029 1.810 0.248 0.462 0.681 0.004 1.245 0.069 0.038 4.325 0.215 1.368 0.147 1.162 0.793 0.275 0.040 0.249 0.146 0.063 0.004 0.114 0.731 0.607 4.217 4.440 1.159 1.452 0.581 0.105 0.073 0.069 0.068 0.283 0.215 0.165 0.890 1.520 0.714 0.010 0.715 1.133 0.128 0.239 0.215 0.640 0.169 0.063 0.999 0.009 0.343 0.389 0.514 0.054 0.202 1.752 0.183 0.136 1.067 1.967 0.548 0.535 0.298 0.155 0.118 0.122 0.789 1.240 0.597 0.609 0.458 0.231 0.143 0.319 0.623 0.897 0.364 0.664 1.261 1.061 11400 chr8 145978895 145989006 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -2980 NM_138367 90987 Hs.534516 NM_138367 ENSG00000198169 ZNF251 - zinc finger protein 251 protein-coding 4.623 1.575 nan 1.500 2.722 1.794 1.251 1.013 2.185 0.701 1.750 0.647 0.227 1.208 2.072 1.477 0.849 0.160 1.571 0.899 1.330 0.741 0.496 0.309 3.951 0.736 0.645 0.734 1.127 0.638 1.883 2.669 0.905 5.646 0.899 0.929 0.311 0.857 0.080 0.384 0.598 1.565 1.473 1.023 0.834 0.287 2.044 1.129 2.095 2.486 0.609 0.922 1.477 1.496 0.908 3.951 0.352 0.911 0.595 2.223 2.448 0.661 1.108 1.003 0.474 0.621 0.253 1.953 1.798 1.510 2.312 nan 6.142 nan 1.352 2.537 2.872 1.448 1.866 3.172 4.571 1.775 1.476 1.516 2.520 1.452 1.596 1.971 4.244 2.635 1.285 8923 chr5 56746262 56755503 + 0 NA Intergenic Intergenic 27754 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.753 0.226 0.044 0.137 0.513 1.185 2.203 0.020 0.109 1.234 0.007 0.022 0.097 0.207 1.596 0.070 0.161 0.041 0.034 0.035 0.097 0.013 0.405 0.032 0.056 0.089 0.137 0.123 0.227 0.124 1.294 0.111 0.058 0.144 0.092 0.103 0.039 0.095 0.149 0.033 0.025 0.259 0.058 0.242 0.159 0.141 0.101 0.060 0.117 0.207 0.054 0.322 0.013 0.013 0.117 0.062 0.182 0.112 0.011 0.146 0.057 0.062 0.005 0.121 0.076 3.024 10.622 0.152 0.174 nan 0.076 0.129 0.177 1.217 1.496 0.129 0.149 nan 0.301 0.043 0.104 0.450 1.040 0.194 0.563 0.608 0.615 3123 chr13 37454263 37497251 + 0 NA intron (NM_005905, intron 1 of 5) AluSz6|SINE|Alu 18652 NM_001127217 4093 Hs.123119 NM_005905 ENSG00000120693 SMAD9 MADH6|MADH9|PPH2|SMAD8|SMAD8/9|SMAD8A|SMAD8B SMAD family member 9 protein-coding 1.830 2.594 2.632 0.140 1.957 0.315 0.111 1.842 3.310 0.011 0.187 0.236 0.019 0.993 0.755 1.337 0.238 0.135 0.114 0.018 0.029 0.013 1.216 0.606 4.482 0.095 0.066 0.111 0.052 0.032 0.144 0.437 0.072 4.285 0.020 0.196 0.567 0.163 0.072 0.033 1.319 0.098 0.084 0.053 0.036 0.036 0.119 0.131 0.136 0.266 0.088 0.084 1.337 0.123 0.125 4.482 0.107 0.090 0.186 0.219 1.227 0.015 0.824 2.880 0.037 0.017 0.008 1.437 1.166 1.136 1.053 3.830 3.831 3.288 1.050 0.518 0.483 1.781 2.210 0.310 0.424 1.326 1.140 0.695 1.646 2.125 3.200 3.512 6.366 1.302 0.618 5191 chr18 20511846 20516243 + 0 NA TTS (NR_039895) TTS (NR_039895) 205 NM_203291 5932 Hs.546282 NM_002894 ENSG00000101773 RBBP8 COM1|CTIP|JWDS|RIM|SAE2|SCKL2 RB binding protein 8, endonuclease protein-coding 4.664 3.308 4.135 2.345 7.399 4.261 1.084 1.965 4.044 0.916 2.384 3.507 0.452 2.218 2.243 8.041 2.313 0.132 2.279 0.995 2.836 1.861 1.770 1.461 5.190 0.860 0.835 1.415 0.863 0.792 1.958 3.564 1.809 9.826 0.737 1.719 2.159 2.612 0.114 0.807 2.337 2.807 10.756 6.084 1.960 0.329 1.528 1.430 1.893 2.364 2.666 1.583 8.041 2.666 2.569 5.190 0.682 1.502 0.993 2.180 2.723 1.347 0.676 1.871 0.989 0.681 0.345 5.106 5.550 3.692 nan 11.825 10.466 12.656 6.854 8.405 8.549 3.126 4.084 5.948 7.420 5.995 6.665 1.194 2.537 10.275 11.602 4.630 5.824 4.664 2.638 3761 chr14 91683844 91725128 + 0 NA intron (NM_001348437, intron 1 of 2) L1MB3|LINE|L1 6366 NM_001177676 8111 Hs.8882 NM_003485 ENSG00000119714 GPR68 AI2A6|GPR12A|OGR1 G protein-coupled receptor 68 protein-coding 2.842 0.925 nan 0.462 0.333 6.804 0.387 0.225 0.424 0.021 0.171 0.209 0.037 0.044 0.497 0.494 0.152 0.156 0.227 0.406 0.035 0.010 0.190 0.201 0.512 1.591 1.056 0.045 0.227 1.492 0.267 1.596 0.622 0.914 0.318 0.078 0.127 0.152 0.117 0.926 0.142 0.209 0.334 0.194 1.358 0.308 0.107 2.474 0.217 1.059 0.084 0.263 0.494 0.078 0.159 0.512 0.080 0.134 0.467 0.167 0.273 0.068 0.075 0.148 2.971 0.070 0.047 0.428 0.576 0.340 0.483 1.558 1.362 1.103 0.428 0.946 0.938 1.906 2.470 1.833 1.602 2.491 2.525 0.313 0.434 0.627 0.360 0.345 1.142 nan 0.988 252 chr1 36001430 36006091 + 0 NA intron (NM_024874, intron 2 of 20) L2a|LINE|L2 19277 NM_024874 79932 Hs.456507 NM_024874 ENSG00000142687 KIAA0319L AAVR|AAVRL KIAA0319 like protein-coding 1.381 nan 4.671 0.122 0.409 0.711 0.260 0.140 0.492 1.312 0.199 0.831 7.086 0.132 0.575 4.393 0.484 0.148 0.040 0.067 0.372 0.332 0.977 0.208 0.093 0.079 0.055 0.132 0.318 0.400 0.602 0.093 0.092 0.195 0.140 0.185 0.251 0.149 0.013 0.033 0.061 0.050 0.360 0.089 0.122 0.190 0.057 0.575 0.137 0.162 0.977 0.141 0.428 0.075 0.000 0.086 0.200 0.211 0.082 0.049 0.011 0.673 0.627 0.872 1.568 1.326 1.666 nan 0.233 0.424 0.457 0.917 1.590 0.977 1.255 nan 0.678 0.496 1.007 1.381 2.013 0.693 1.158 0.946 nan 6684 chr2 225952330 225971111 + 0 NA Intergenic Intergenic -54390 NM_014689 55619 Hs.46578 NM_014689 ENSG00000135905 DOCK10 DRIP2|Nbla10300|ZIZ3 dedicator of cytokinesis 10 protein-coding nan 0.617 0.627 0.429 0.088 0.017 3.276 0.171 0.338 0.111 0.506 1.669 0.109 0.032 0.033 0.162 0.211 0.085 1.290 1.020 1.598 0.007 0.092 0.150 0.108 1.215 0.640 0.024 0.455 0.696 0.364 0.585 0.259 nan 1.974 3.332 0.005 0.029 0.113 0.713 0.021 0.580 0.428 0.166 0.733 0.527 0.663 0.357 0.440 0.189 0.038 0.379 0.162 0.631 0.212 0.108 0.403 0.172 0.020 0.099 0.065 1.091 0.021 0.020 0.971 0.031 0.013 0.367 0.148 0.264 0.474 0.223 0.279 0.133 0.039 0.234 0.208 0.276 0.490 0.339 nan 0.411 0.157 0.064 0.183 0.107 0.298 0.126 nan 0.294 0.307 883 chr1 173368723 173401197 + 0 NA intron (NR_037845, intron 2 of 2) intron (NR_037845, intron 2 of 2) 45541 NR_125960 101928673 Hs.674889 NR_125960 ENSG00000203739 LOC101928673 - uncharacterized LOC101928673 ncRNA nan nan nan 1.249 0.135 0.043 0.706 0.178 0.263 0.332 0.574 1.557 0.619 0.036 0.160 0.366 0.547 0.173 0.206 0.245 0.237 0.026 0.183 0.212 0.088 0.618 0.275 0.141 0.332 0.737 0.109 0.302 0.264 0.311 0.194 1.185 0.023 0.057 0.139 0.125 0.310 0.127 0.214 0.141 0.682 0.322 0.988 0.292 0.326 0.108 0.134 0.217 0.366 0.310 0.490 0.088 0.218 0.125 0.058 0.100 0.158 0.163 1.130 0.224 0.206 0.136 0.048 1.028 1.157 3.022 3.857 nan 0.685 0.314 0.110 0.482 0.520 0.413 0.744 0.359 0.299 0.497 0.293 1.600 2.070 0.120 0.133 0.599 nan 0.644 0.628 7864 chr3 138580147 138583992 + 0 NA Intergenic Intergenic 80793 NR_121649 103344930 Hs.195033 NR_121649 ENSG00000244578 LINC01391 - long intergenic non-protein coding RNA 1391 ncRNA 1.709 nan nan 5.098 1.404 0.657 9.155 1.486 2.411 2.017 0.563 2.808 0.033 3.408 0.114 0.763 0.757 0.421 3.352 2.266 0.130 0.109 1.547 0.580 0.623 5.374 5.577 0.212 8.208 4.693 2.457 8.770 3.054 0.840 3.011 2.308 0.099 0.074 0.064 2.455 0.084 1.087 0.752 0.426 5.466 8.421 2.407 5.473 2.456 5.449 3.089 2.509 0.763 3.105 3.363 0.623 2.482 0.843 0.102 0.729 0.318 4.497 1.698 0.162 2.133 1.066 1.129 0.405 0.391 0.600 1.310 0.414 0.683 2.904 0.594 0.480 0.592 1.538 2.413 0.347 0.255 nan 0.473 1.122 1.854 0.623 0.950 0.241 0.740 0.674 0.560 4610 chr17 16184931 16193736 + 0 NA intron (NM_004278, intron 2 of 6) intron (NM_004278, intron 2 of 6) 4005 NR_031698 100302124 NR_031698 ENSG00000221355 MIR1288 MIRN1288|hsa-mir-1288 microRNA 1288 ncRNA 0.906 0.616 0.694 1.178 0.399 0.133 2.874 0.199 0.481 1.307 3.152 4.119 1.099 0.182 0.303 0.247 2.104 0.433 3.028 1.987 6.725 0.016 0.091 0.114 0.109 1.251 1.404 1.007 2.853 1.353 2.157 3.806 3.768 0.355 1.906 3.262 0.073 0.024 1.677 0.198 8.686 1.513 0.710 2.197 2.852 1.949 4.910 6.421 3.836 1.479 2.490 0.247 3.240 6.529 0.109 2.169 1.734 0.033 7.403 0.386 4.700 0.148 0.293 2.497 7.010 5.357 0.585 0.775 0.544 nan 0.292 0.369 0.890 0.386 0.242 0.285 0.202 0.369 1.131 0.871 nan 0.312 0.478 0.594 0.062 0.070 0.381 1.158 0.356 0.331 11848 chr9 138088438 138117970 + 0 NA Intergenic MER52C|LTR|ERV1 29749 NR_046107 401557 Hs.640138 NR_046107 LOC401557 - uncharacterized LOC401557 ncRNA nan 0.675 0.456 0.046 0.056 5.930 0.045 0.158 0.298 0.019 0.056 0.053 0.019 0.007 0.211 0.091 0.105 0.104 0.046 0.020 0.023 0.024 0.052 0.068 0.049 0.047 0.039 0.018 0.081 0.085 0.251 0.041 1.601 0.025 0.066 0.032 0.048 0.067 0.008 0.030 0.131 0.033 0.016 0.047 0.033 0.112 0.102 0.041 0.021 0.094 0.091 0.095 0.019 0.049 0.025 0.096 0.522 0.095 0.218 0.094 0.296 0.033 0.061 0.021 0.017 0.380 0.739 0.085 0.121 0.243 0.294 nan 0.043 0.081 0.065 0.321 0.561 0.112 0.120 0.923 0.836 0.320 0.537 0.241 0.292 0.243 0.354 0.228 0.302 6058 chr2 43444511 43456939 + 0 NA 3' UTR (NM_006887, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_006887, exon 2 of 2) 3020 NM_006887 678 Hs.503093 NM_006887 ENSG00000152518 ZFP36L2 BRF2|ERF-2|ERF2|RNF162C|TIS11D ZFP36 ring finger protein like 2 protein-coding 4.861 nan 6.220 8.279 2.727 1.812 5.404 1.019 1.998 2.181 4.770 1.664 1.291 1.437 2.146 2.223 3.458 0.246 6.024 1.750 4.402 3.291 1.710 0.575 2.564 4.111 5.333 1.841 6.174 2.000 4.338 nan 3.774 3.732 2.177 4.441 0.611 4.724 0.166 2.775 1.583 7.181 3.749 1.500 3.160 4.060 9.385 11.438 8.001 5.629 5.674 4.601 2.223 6.116 6.456 2.564 2.850 2.503 1.351 11.753 2.612 3.956 1.767 2.442 4.029 2.929 2.101 2.190 2.310 4.006 7.165 nan 2.380 3.837 1.488 4.996 4.931 2.588 3.568 4.757 7.431 4.517 5.034 1.712 2.868 1.677 1.433 4.826 5.186 nan 1.128 6667 chr2 221966013 221992083 + 0 NA Intergenic Intergenic 458030 NM_001304537 2043 Hs.371218 NM_004438 ENSG00000116106 EPHA4 HEK8|SEK|TYRO1 EPH receptor A4 protein-coding nan 0.833 1.175 0.120 0.217 0.275 0.190 0.198 0.277 0.019 0.045 0.053 0.019 0.015 0.089 0.255 0.068 0.074 0.112 0.029 0.012 0.005 0.070 0.115 0.170 0.079 0.036 0.005 0.076 0.024 0.062 0.170 0.101 nan 0.057 0.068 0.172 0.033 0.121 0.009 0.273 0.078 0.023 0.022 0.046 0.035 0.126 0.121 0.066 0.066 0.009 0.058 0.255 0.068 0.038 0.170 0.014 0.038 0.141 0.059 0.198 0.025 0.053 0.313 0.049 0.027 0.010 0.421 0.338 0.260 0.420 0.271 0.329 0.286 0.082 0.286 0.335 5.069 5.933 0.417 nan 0.587 0.347 0.127 0.295 0.688 0.600 0.424 nan 0.350 0.316 6199 chr2 75288000 75306636 + 0 NA intron (NM_001058, intron 2 of 4) L1MC3|LINE|L1 -20621 NR_049796 100846995 NR_049796 ENSG00000263909 MIR5000 - microRNA 5000 ncRNA nan nan 2.738 0.023 0.856 0.206 0.189 0.843 1.156 0.040 0.118 0.079 0.033 0.160 0.133 0.379 0.101 0.051 0.120 0.047 0.014 0.037 0.287 0.186 1.927 0.082 0.031 0.051 0.092 0.011 0.087 0.240 0.155 0.837 0.044 0.167 0.071 0.047 0.105 0.019 0.239 0.090 0.023 0.013 0.041 0.033 0.145 0.158 0.067 0.065 0.053 0.075 0.379 0.083 0.044 1.927 0.033 0.115 0.244 0.134 1.093 0.051 0.058 0.379 0.033 0.040 0.014 0.443 0.305 0.275 0.553 1.956 2.338 3.041 0.920 0.242 0.292 0.835 1.166 3.173 3.052 1.084 0.853 0.225 0.300 0.359 0.580 0.846 2.046 nan 1.760 3825 chr14 103795796 103803456 + 0 NA promoter-TSS (NM_001969) promoter-TSS (NM_001969) -713 NM_001969 1983 Hs.433702 NM_001969 ENSG00000100664 EIF5 EIF-5|EIF-5A eukaryotic translation initiation factor 5 protein-coding 6.950 2.972 4.077 3.475 6.631 4.090 1.783 1.992 4.049 1.515 2.999 2.009 3.124 1.768 4.811 6.064 3.142 0.420 1.497 0.174 5.730 3.731 2.067 1.142 5.114 3.968 5.363 1.139 3.533 1.567 5.619 6.689 5.258 7.611 1.662 6.598 0.971 4.376 0.105 1.286 3.026 3.045 4.092 2.251 1.611 2.594 9.758 3.450 4.786 8.289 1.493 5.670 6.064 2.294 3.728 5.114 2.175 2.804 1.274 3.664 1.521 2.880 3.662 1.167 4.602 1.594 1.288 4.209 4.614 6.418 8.269 9.118 9.251 8.947 5.852 9.477 9.709 3.119 4.170 7.592 11.217 8.370 8.350 5.321 10.025 4.239 4.693 4.275 3.420 3.590 1.853 9352 chr5 174775642 174794526 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie 86137 NM_000794 1812 Hs.2624 NM_000794 ENSG00000184845 DRD1 DADR|DRD1A dopamine receptor D1 protein-coding 0.591 0.707 0.754 0.054 0.152 0.148 0.091 0.043 0.113 0.015 0.101 0.040 0.010 0.016 2.565 0.045 0.036 0.043 0.045 0.010 0.064 0.075 0.119 0.304 0.027 0.015 0.027 0.112 0.006 0.086 0.043 0.068 1.959 0.023 0.072 0.031 0.069 0.087 0.210 0.013 0.106 0.026 0.012 0.046 0.032 0.106 0.200 0.155 0.066 0.004 0.018 0.045 0.031 0.029 0.304 0.019 0.110 0.057 0.068 0.048 0.067 0.067 0.059 0.125 0.048 0.011 0.241 0.167 0.291 nan 0.591 0.823 0.853 0.301 0.061 0.067 0.135 nan 2.140 3.011 0.423 0.299 0.143 0.210 0.137 0.130 0.125 0.274 0.670 0.545 10243 chr7 25790035 25806799 + 0 NA Intergenic Intergenic 191189 NR_029597 406940 NR_029597 ENSG00000199085 MIR148A MIRN148|MIRN148A|hsa-mir-148|mir-148a microRNA 148a ncRNA 1.761 1.464 1.162 0.073 0.225 1.051 0.026 0.257 0.622 0.060 0.033 3.228 0.054 1.516 0.487 0.214 0.116 0.044 0.049 0.008 0.141 0.112 0.261 0.070 0.047 0.017 0.119 0.115 0.304 0.143 1.146 0.038 0.051 0.289 0.058 0.156 0.035 0.203 0.094 0.021 0.009 0.019 0.042 0.051 0.170 0.058 0.030 0.047 0.044 0.487 0.042 0.044 0.261 0.022 0.055 0.936 0.069 0.133 0.066 0.373 0.140 0.018 0.012 0.012 0.585 0.386 0.381 nan 1.131 0.968 1.559 0.492 0.477 0.496 1.173 1.431 0.901 1.199 0.918 0.690 0.230 0.415 0.941 0.956 0.399 nan 0.851 0.691 3618 chr14 61927509 61948228 + 0 NA intron (NM_006255, intron 9 of 13) intron (NM_006255, intron 9 of 13) 99044 NR_110417 101927780 Hs.254789 NR_110416 ENSG00000250548 LINC01303 - long intergenic non-protein coding RNA 1303 ncRNA nan nan 0.979 1.549 0.405 0.229 2.133 0.201 0.431 0.143 2.862 2.603 0.047 0.097 0.325 0.476 1.351 0.124 1.696 0.924 9.031 0.184 0.128 0.341 3.771 2.558 0.099 0.939 1.137 0.561 1.254 1.616 0.578 2.128 3.293 0.118 0.058 0.104 1.404 0.153 1.258 0.467 0.248 2.275 0.932 2.546 0.592 2.112 0.209 3.087 4.841 0.476 1.253 3.232 0.341 1.491 0.134 0.103 1.011 0.317 1.962 0.552 0.219 3.050 0.092 0.059 0.494 0.665 0.543 1.055 0.705 0.773 0.558 0.204 nan 0.515 0.586 1.062 0.913 nan 2.590 1.927 0.413 0.745 0.543 0.601 0.314 0.797 0.904 0.554 3275 chr13 98864886 98869884 + 0 NA intron (NM_005766, intron 2 of 26) intron (NM_005766, intron 2 of 26) 6607 NR_036129 100422881 NR_036129 ENSG00000263399 MIR3170 mir-3170 microRNA 3170 ncRNA 1.480 1.710 1.743 0.428 1.497 2.390 2.276 0.411 0.789 0.288 0.476 0.036 0.471 0.081 1.052 0.742 0.197 0.064 5.959 3.697 0.031 0.412 0.218 1.392 0.757 0.490 0.044 1.297 1.225 5.283 13.620 2.312 2.481 1.908 0.108 0.088 0.111 0.089 0.698 0.468 0.406 0.097 0.031 1.329 0.665 4.220 0.343 0.195 0.197 0.267 0.588 0.742 3.769 0.369 1.392 0.559 0.364 0.331 0.067 0.535 0.047 0.797 0.296 0.556 0.440 0.525 6.757 3.391 5.238 4.413 1.305 1.325 0.768 0.300 0.391 0.400 0.308 0.570 4.441 5.413 0.741 0.694 1.749 2.694 0.886 1.240 0.494 0.634 0.147 0.188 2463 chr12 8228971 8236862 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -1891 NR_024260 25977 Hs.555927 NM_015509 ENSG00000089818 NECAP1 EIEE21 NECAP endocytosis associated 1 protein-coding 2.791 nan nan 1.358 4.520 1.659 1.010 0.849 2.070 0.498 0.837 0.989 0.473 0.582 1.779 2.120 0.483 0.082 1.049 0.543 1.129 0.422 1.403 0.829 2.135 1.090 0.913 0.282 1.782 0.616 2.160 2.534 1.648 4.135 0.370 1.056 0.337 1.552 0.158 0.543 1.745 1.471 0.698 0.424 0.896 0.612 2.095 1.452 1.546 2.150 1.176 0.938 2.120 1.522 1.091 2.135 0.494 0.684 5.222 2.519 0.669 0.630 1.735 0.978 0.327 0.876 0.619 1.658 1.809 2.923 3.894 nan 5.692 9.122 3.452 6.940 7.413 1.831 2.346 2.134 3.190 4.305 4.008 2.284 4.096 2.951 3.005 2.942 nan 1.870 1.109 2493 chr12 12865244 12895433 + 0 NA intron (NM_001130415, intron 1 of 1) MER33|DNA|hAT-Charlie 1487 NM_001130415 81575 Hs.23388 NM_030817 ENSG00000178878 APOLD1 VERGE apolipoprotein L domain containing 1 protein-coding 5.013 2.977 4.584 4.761 7.671 6.148 2.538 2.582 5.161 1.654 1.411 4.503 2.826 1.259 5.137 3.551 1.769 0.277 3.027 1.022 2.639 2.011 2.150 1.094 4.664 3.422 3.948 1.184 6.118 1.845 4.340 7.207 4.457 13.506 0.926 2.541 0.846 3.573 0.170 1.179 2.453 4.522 2.376 0.938 2.701 3.355 3.433 9.143 3.742 4.800 1.309 2.603 3.551 2.770 3.489 4.664 1.152 2.090 0.495 5.469 0.967 2.832 2.903 0.809 1.965 4.094 3.130 1.430 1.617 4.376 6.924 nan 10.178 2.810 1.244 7.302 7.360 3.274 4.206 3.384 4.281 5.776 6.269 2.857 5.541 2.689 2.721 2.506 2.431 1.727 0.895 105 chr1 15674621 15687326 + 0 NA intron (NM_052929, intron 19 of 30) intron (NM_052929, intron 19 of 30) -10594 NR_148919 101927417 Hs.715313 NR_148918 ENSG00000233485 LOC101927417 - uncharacterized LOC101927417 ncRNA 0.995 1.448 nan 1.392 2.315 0.292 5.675 0.481 0.735 0.045 0.790 2.159 0.025 0.142 0.247 0.465 0.148 0.115 3.950 2.152 0.819 0.055 0.088 0.058 0.273 2.732 2.588 0.913 1.049 1.769 0.381 2.315 0.469 0.831 2.625 6.553 0.067 0.078 0.152 1.207 0.162 8.375 4.526 1.816 1.846 0.931 1.428 1.758 2.319 1.394 0.409 1.704 0.465 3.696 7.202 0.273 1.199 1.468 0.084 0.504 0.143 1.415 0.062 0.117 2.054 0.841 0.683 0.436 0.435 0.281 0.546 0.791 0.731 0.468 0.217 0.466 nan 0.237 nan 3.331 3.808 nan 0.191 0.365 0.300 0.312 0.516 0.300 0.704 0.957 0.687 8330 chr4 40055429 40061061 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318359) promoter-TSS (NM_001318359) -279 NM_018177 55728 Hs.391463 NM_018177 ENSG00000078177 N4BP2 B3BP NEDD4 binding protein 2 protein-coding 6.269 nan nan 3.374 8.137 4.544 6.669 3.701 7.171 2.068 6.574 2.736 3.646 3.993 5.608 7.227 3.615 0.345 6.819 2.160 5.780 5.250 5.503 2.851 7.658 3.349 5.592 3.358 6.206 2.336 6.606 9.443 6.760 10.411 2.620 4.117 1.248 5.432 0.128 2.823 4.972 8.456 6.048 2.636 2.330 3.300 4.469 6.315 5.256 8.389 4.833 4.674 7.227 9.254 6.200 7.658 3.694 3.572 0.985 6.530 2.301 4.512 1.588 1.529 2.956 3.139 3.143 7.785 9.514 9.926 13.787 9.836 8.621 11.452 5.535 6.743 6.432 5.068 6.505 8.674 15.200 10.524 11.273 2.860 5.121 7.399 5.619 6.773 5.942 8.988 4.746 9233 chr5 143574608 143594051 + 0 NA intron (NM_020768, intron 2 of 3) T-rich|Low_complexity|Low_complexity 33892 NM_020768 57528 Hs.7093 NM_020768 ENSG00000183775 KCTD16 - potassium channel tetramerization domain containing 16 protein-coding nan 1.316 0.771 0.088 1.445 0.243 0.145 0.135 0.311 0.010 0.164 0.785 0.303 0.381 0.261 0.373 0.175 0.098 0.114 0.126 0.087 1.203 0.836 0.222 0.471 0.171 0.023 0.200 0.011 0.129 0.404 0.316 6.514 0.083 4.368 1.167 0.055 0.085 0.097 0.053 0.076 0.041 0.024 0.141 0.040 0.073 0.077 0.301 0.055 0.069 0.264 0.373 0.147 0.110 0.222 0.238 1.124 0.169 0.048 0.214 0.041 0.021 0.223 0.047 0.036 0.018 0.147 0.102 0.270 0.240 1.330 1.278 4.087 0.934 0.075 0.079 3.365 4.108 0.662 1.237 0.748 0.523 0.148 0.144 4.253 4.368 0.290 0.770 1.106 0.672 5976 chr2 26560336 26570936 + 0 NA intron (NM_001321971, intron 1 of 13) intron (NM_001321971, intron 1 of 13) 3074 NM_001321975 165082 Hs.631878 NM_153835 ENSG00000173567 ADGRF3 GPR113|PGR23 adhesion G protein-coupled receptor F3 protein-coding 2.814 1.448 1.957 2.024 1.723 1.327 1.821 0.751 1.504 0.742 1.477 1.409 0.683 0.386 1.936 1.757 0.938 0.274 2.285 0.623 1.077 0.601 1.058 0.708 1.818 0.870 0.732 0.677 1.268 0.474 1.839 2.384 1.171 4.838 0.663 2.840 0.134 1.567 0.180 0.747 1.199 2.322 1.684 0.710 0.948 0.717 2.153 1.350 1.713 1.722 1.259 1.052 1.757 4.313 1.434 1.818 0.863 0.814 0.724 1.471 0.805 1.519 0.752 0.861 0.833 1.264 0.920 2.111 1.951 5.116 9.585 3.560 2.699 3.754 1.653 6.693 7.194 1.904 2.471 2.628 nan 3.181 3.694 1.348 2.559 0.880 1.279 3.011 3.183 1.664 1.049 6532 chr2 183490409 183504197 + 0 NA Intergenic Intergenic -83465 NR_073365 54431 Hs.516632 NM_018981 ENSG00000077232 DNAJC10 ERdj5|JPDI|MTHr|PDIA19 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 protein-coding 0.870 1.180 1.080 0.083 0.971 0.238 0.057 0.258 0.439 0.014 0.107 0.054 0.013 0.058 0.148 0.685 0.108 0.103 0.106 0.027 0.042 0.616 0.313 0.633 0.020 0.010 0.006 0.050 0.008 0.083 0.087 0.066 0.535 0.021 0.106 0.028 0.024 0.079 0.017 0.296 0.084 0.026 0.017 0.016 0.044 0.156 0.058 0.224 0.041 0.081 0.063 0.685 0.042 0.035 0.633 0.045 0.030 0.070 0.029 0.044 0.029 0.014 0.099 0.021 0.004 0.011 0.300 0.237 0.241 0.274 1.179 1.414 2.867 1.342 0.699 0.770 nan 4.220 4.041 4.301 0.499 0.259 0.153 0.200 1.113 0.841 0.422 nan 0.645 0.517 4500 chr16 86956584 86966653 + 0 NA Intergenic Intergenic -129772 NR_126008 440390 Hs.513789 NR_126008 ENSG00000232190 LINC02181 - long intergenic non-protein coding RNA 2181 ncRNA nan 0.310 0.312 0.076 0.018 0.022 0.365 0.079 0.150 0.487 7.232 0.012 0.030 0.027 0.165 0.179 0.016 0.063 0.037 0.056 0.041 0.032 0.056 0.048 1.249 0.565 0.007 0.102 0.010 0.088 0.063 0.070 0.206 0.074 0.010 0.043 0.066 0.854 0.015 2.188 0.514 0.209 0.033 0.045 0.048 6.508 0.097 0.070 0.055 0.053 0.165 0.070 0.230 0.048 0.061 0.130 0.048 0.070 0.041 0.188 0.019 0.012 2.181 0.023 0.005 0.252 0.101 0.104 0.095 0.137 0.206 0.055 0.060 0.129 0.158 0.050 0.126 0.074 0.085 0.271 0.205 0.063 0.065 0.034 0.038 0.086 0.153 0.204 0.282 2380 chr11 132270939 132302823 + 0 NA 3' UTR (NM_002545, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_002545, exon 7 of 7) 132685 NR_046820 100874281 NR_046820 NTM-IT NTM-IT3 NTM intronic transcript ncRNA 0.598 nan 0.566 0.027 0.575 1.904 0.020 1.182 2.202 0.012 0.029 0.034 0.010 0.022 0.364 0.340 0.017 0.028 0.043 0.018 0.010 0.004 0.505 0.265 1.411 0.009 0.009 0.021 0.056 0.003 0.055 0.021 0.042 nan 0.032 0.040 0.042 0.041 0.065 0.007 0.045 0.153 0.024 0.017 0.020 0.055 0.072 0.133 0.021 0.049 0.012 0.044 0.340 0.023 0.017 1.411 0.057 0.009 0.046 0.041 0.010 0.059 0.135 0.048 0.016 0.005 0.510 0.563 0.149 0.254 0.877 0.968 2.023 1.356 0.481 0.534 0.169 0.242 4.986 7.687 0.319 0.203 0.232 0.281 0.198 0.278 0.142 0.238 1.239 0.778 3549 chr14 53017567 53022091 + 0 NA promoter-TSS (NM_001099652) promoter-TSS (NM_001099652) -37 NR_148417 283554 Hs.416214 NM_001099652 ENSG00000180998 GPR137C TM7SF1L2 G protein-coupled receptor 137C protein-coding nan 5.156 4.039 1.898 5.090 8.041 0.635 2.091 4.028 0.576 0.599 0.472 0.987 0.488 7.718 5.320 1.810 0.319 1.776 0.210 0.205 0.550 1.607 1.354 5.820 1.055 0.684 0.389 1.583 0.468 0.858 2.586 2.085 16.381 0.417 0.264 1.597 1.438 0.105 0.316 5.402 0.959 1.092 0.671 0.477 0.836 0.958 0.907 1.084 1.695 1.102 0.563 5.320 3.865 0.758 5.820 0.379 0.657 1.265 1.567 1.932 0.417 1.394 1.096 0.703 0.305 0.192 4.344 5.881 6.287 8.053 12.355 7.649 8.059 4.698 11.109 11.620 3.844 4.308 3.595 9.224 7.608 8.484 2.261 4.729 7.829 7.047 2.887 2.943 nan 2.156 408 chr1 59267397 59291528 + 0 NA intron (NR_108106, intron 1 of 1) L2c|LINE|L2 28639 NR_034015 100131060 Hs.680604 NR_034014 ENSG00000234807 LINC01135 - long intergenic non-protein coding RNA 1135 ncRNA 1.064 1.075 1.121 1.375 1.049 0.181 2.353 0.505 0.758 0.621 1.307 0.930 0.873 1.356 0.210 0.478 0.512 0.159 1.648 1.119 1.627 0.023 0.423 0.175 1.385 0.966 0.977 0.401 2.046 0.841 1.041 nan 2.238 1.019 1.284 0.518 0.113 0.328 0.111 0.694 0.365 1.830 0.808 0.334 1.057 1.210 2.370 2.691 0.847 1.185 1.226 1.370 0.478 1.883 2.267 1.385 0.767 0.890 0.129 1.299 0.430 0.575 0.321 0.113 1.379 0.453 0.267 0.418 0.615 0.485 0.699 1.398 1.226 3.753 1.083 1.117 1.230 0.990 1.503 1.895 2.108 0.524 0.354 0.496 0.646 0.754 0.940 0.284 nan 1.146 0.790 5410 chr18 66462938 66512848 + 0 NA intron (NM_024781, intron 1 of 7) intron (NM_024781, intron 1 of 7) 22576 NM_024781 79839 Hs.280781 NM_024781 ENSG00000150636 CCDC102B ACY1L|AN|C18orf14|HsT1731 coiled-coil domain containing 102B protein-coding 0.757 0.872 0.770 0.055 0.283 0.144 0.056 0.215 0.364 0.006 0.180 0.628 0.005 0.090 0.105 0.643 1.015 0.120 0.063 0.004 0.042 0.008 0.126 0.129 0.435 0.107 0.061 0.015 0.045 0.034 0.063 0.088 0.069 0.285 0.050 1.215 0.036 0.020 0.077 0.102 0.051 0.109 0.012 0.011 0.026 0.017 0.116 0.109 0.028 0.041 0.056 0.031 0.643 0.020 0.013 0.435 0.022 0.010 0.018 0.038 0.089 0.058 0.071 0.196 0.089 0.013 0.011 0.449 0.296 3.176 4.657 0.496 0.633 1.181 0.456 0.509 nan 0.340 nan 1.101 0.984 0.410 0.169 0.136 0.228 0.196 0.285 0.340 0.702 1.173 1.069 7241 chr21 43926960 43960788 + 0 NA intron (NM_018964, intron 3 of 20) intron (NM_018964, intron 3 of 20) 9911 NM_001320537 54020 Hs.547009 NM_018964 ENSG00000160190 SLC37A1 G3PP solute carrier family 37 member 1 protein-coding nan 1.228 1.494 0.234 2.603 1.035 0.739 1.322 2.400 0.631 0.291 0.142 1.877 0.785 0.933 0.578 0.071 0.086 0.804 0.336 0.069 0.098 1.240 0.584 2.259 0.630 0.504 0.206 0.620 0.398 1.350 2.910 1.681 2.016 0.522 0.303 0.233 0.218 0.076 0.136 0.202 1.909 0.324 0.129 0.375 0.529 1.787 0.136 0.366 0.078 0.188 1.383 0.578 1.441 0.137 2.259 1.261 1.502 0.324 0.363 1.098 0.207 1.718 0.384 0.065 0.066 0.015 2.198 2.899 1.732 2.566 2.383 2.250 nan 0.427 1.099 1.093 0.129 nan 3.503 4.426 0.766 0.550 1.885 2.695 1.540 1.745 0.457 1.138 2.805 1.469 11246 chr8 122753104 122764257 + 0 NA Intergenic MLT1H2|LTR|ERVL-MaLR -105050 NM_005328 3037 Hs.159226 NM_005328 ENSG00000170961 HAS2 - hyaluronan synthase 2 protein-coding nan nan nan 1.474 0.112 0.059 1.577 0.158 0.270 0.009 0.182 2.488 0.011 0.041 0.048 0.034 0.262 0.102 0.665 0.865 0.673 0.025 0.056 0.031 0.096 0.338 0.136 0.013 1.480 2.522 0.181 0.481 0.285 nan 1.276 2.028 0.035 0.010 0.068 0.264 0.007 0.103 0.082 0.070 2.207 0.293 0.791 0.348 0.984 0.141 0.480 1.720 0.034 0.460 2.321 0.096 1.508 1.100 0.239 0.155 0.827 0.054 0.055 0.477 0.062 0.041 0.294 0.159 0.194 0.295 0.314 0.358 0.186 0.087 nan nan 0.258 0.310 0.117 0.169 0.283 0.096 0.135 0.151 0.071 0.032 0.150 0.300 0.180 0.240 7527 chr3 16277781 16290264 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 22474 NM_001047434 285381 Hs.388087 NM_206831 ENSG00000154813 DPH3 DELGIP|DELGIP1|DESR1|DPH3A|KTI11|ZCSL2 diphthamide biosynthesis 3 protein-coding nan 0.765 1.796 0.098 0.099 0.015 0.672 0.065 0.089 0.023 0.530 0.309 0.123 0.057 0.132 0.126 0.112 0.152 0.304 0.091 0.011 0.101 0.073 0.029 0.517 0.229 0.082 0.282 0.364 0.143 0.440 0.113 0.330 0.352 1.592 0.023 0.044 0.076 0.114 0.037 0.199 0.077 0.138 0.393 0.112 0.124 0.303 0.333 0.051 0.461 1.683 0.132 0.154 0.247 0.029 0.127 0.079 0.123 0.382 0.204 0.569 0.135 0.682 0.129 0.046 0.033 0.294 0.335 0.504 0.489 0.398 0.472 0.560 0.214 0.122 0.179 1.858 2.091 0.253 0.307 6.375 5.366 0.356 0.367 0.077 0.093 1.205 1.506 0.656 0.470 7434 chr22 40390477 40419311 + 0 NA intron (NM_138435, intron 1 of 4) intron (NM_138435, intron 1 of 4) 13941 NM_138435 113828 Hs.197680 NM_138435 ENSG00000133477 FAM83F - family with sequence similarity 83 member F protein-coding 1.786 nan 2.016 0.314 2.764 2.896 0.064 0.345 0.491 0.036 0.149 0.094 0.037 0.437 0.701 1.159 0.070 0.116 0.300 0.058 0.059 0.029 0.636 0.289 0.745 0.036 0.010 0.038 0.074 0.007 0.443 1.448 0.122 2.708 0.051 0.920 1.654 0.098 0.106 0.012 2.663 0.223 0.054 0.035 0.008 0.101 0.243 0.163 0.397 0.057 0.850 1.178 1.159 0.343 0.041 0.745 0.272 0.290 1.841 0.125 1.601 0.253 0.162 0.211 0.050 0.012 0.007 1.599 2.109 0.344 0.584 0.414 0.417 2.595 0.777 0.697 0.727 1.500 nan 2.058 2.517 nan 1.854 0.399 0.654 4.556 6.485 0.666 1.573 1.654 0.864 2777 chr12 69497156 69503721 + 0 NA Intergenic Intergenic -132879 NM_001300947 11052 Hs.369606 NM_007007 ENSG00000111605 CPSF6 CFIM|CFIM68|CFIM72|HPBRII-4|HPBRII-7 cleavage and polyadenylation specific factor 6 protein-coding 0.691 0.889 0.643 0.036 0.205 0.035 0.244 0.293 0.706 0.029 0.117 0.322 7.416 0.456 0.238 0.440 0.378 0.219 0.207 0.057 0.058 0.119 0.169 0.529 1.835 0.937 0.111 0.185 0.095 0.075 0.117 0.699 1.055 0.178 0.120 0.116 0.050 0.073 0.292 0.061 0.098 0.038 0.012 0.051 0.060 0.146 0.258 0.206 0.120 0.096 0.110 0.440 0.325 0.529 0.050 0.346 0.046 0.102 0.047 0.241 0.075 0.079 0.026 0.015 0.279 0.237 0.755 6.895 0.855 nan 0.220 0.084 0.385 0.365 0.163 0.251 0.681 2.077 0.552 0.251 0.207 0.254 0.801 0.453 0.372 0.572 1.969 1.257 11523 chr9 34173508 34199972 + 0 NA intron (NM_001171201, intron 1 of 5) L1M5|LINE|L1 7737 NM_001171203 51271 Hs.268963 NM_016525 ENSG00000165006 UBAP1 NAG20|UAP|UBAP|UBAP-1 ubiquitin associated protein 1 protein-coding 1.100 nan 1.046 0.873 0.619 0.521 2.658 0.315 0.676 0.861 0.946 0.854 0.338 0.256 0.337 0.567 0.636 0.231 1.558 0.709 0.581 0.178 0.510 0.348 0.687 1.597 1.591 0.615 1.633 0.857 2.342 4.473 2.921 1.651 0.901 0.837 0.119 0.395 0.098 0.200 0.395 0.473 0.570 0.382 1.383 1.638 1.078 0.624 1.152 0.880 0.476 2.149 0.567 2.646 0.901 0.687 0.652 1.412 0.121 0.507 0.269 0.717 0.333 0.264 0.279 0.361 0.143 0.529 0.681 2.597 3.588 1.008 1.012 1.795 0.796 2.640 2.703 1.010 1.407 0.870 1.257 1.114 0.822 0.631 1.035 0.843 0.966 0.928 1.314 1.393 0.925 10852 chr8 23152799 23164845 + 0 NA intron (NM_002318, intron 12 of 13) intron (NM_002318, intron 12 of 13) 13217 NR_125897 203069 Hs.458644 NM_001136108 ENSG00000104679 R3HCC1 - R3H domain and coiled-coil containing 1 protein-coding nan 0.604 nan 0.090 0.220 0.567 3.380 0.165 0.481 0.039 1.033 0.936 0.154 0.108 2.029 0.276 0.317 0.080 1.293 0.606 0.261 0.023 0.150 0.103 0.494 3.011 3.355 0.273 2.862 1.843 0.382 1.290 0.257 0.140 2.193 0.219 0.059 0.072 0.138 1.058 0.241 0.749 0.575 0.227 1.959 1.818 0.165 1.089 0.308 0.390 0.058 0.277 0.276 0.706 1.397 0.494 0.162 0.042 0.032 0.835 0.496 1.139 0.016 0.232 3.065 0.708 0.613 0.657 0.750 0.292 0.497 nan 1.382 nan 0.231 0.188 0.197 0.316 0.511 1.434 1.473 0.456 0.407 0.186 0.342 0.289 0.245 0.474 0.890 nan nan 3601 chr14 60546315 60562768 + 0 NA Intergenic LTR32|LTR|ERVL -4088 NM_001330177 64430 Hs.509499 NM_022495 ENSG00000126773 PCNX4 C14orf135|FBP2|PCNXL4 pecanex homolog 4 protein-coding nan nan 1.578 1.437 1.982 1.713 0.899 1.286 2.128 0.290 1.073 0.884 0.617 0.316 2.201 2.704 2.385 0.119 1.066 0.324 2.123 0.286 0.544 0.313 1.351 1.126 1.200 0.386 1.154 0.984 1.232 1.245 1.264 3.489 0.666 1.676 0.986 1.214 0.127 0.895 1.241 1.525 2.144 0.845 0.701 0.616 1.098 2.364 0.970 1.209 0.994 0.953 2.704 1.398 1.819 1.351 0.466 0.524 0.395 1.393 0.886 1.704 1.119 0.712 1.943 1.658 1.536 1.677 1.576 1.589 2.556 3.224 2.897 1.568 1.138 nan 6.503 2.161 2.664 1.920 nan 5.481 5.014 1.808 2.570 4.174 4.627 2.079 2.878 1.630 0.966 9091 chr5 96745064 96756842 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -89447 NR_105028 102546227 Hs.582516 NR_105028 ENSG00000250331 LINC01340 - long intergenic non-protein coding RNA 1340 ncRNA nan 1.249 0.958 0.067 0.082 0.023 0.042 0.095 0.152 0.016 0.091 0.017 0.026 0.008 0.098 0.318 0.072 0.116 0.100 0.016 0.032 0.024 0.051 0.103 0.010 0.018 0.099 0.018 0.062 0.055 0.085 0.173 0.037 0.048 2.056 0.083 0.145 0.061 0.031 0.015 0.007 0.019 0.013 0.110 0.043 0.007 0.042 0.007 0.039 0.318 0.037 0.040 0.010 0.031 0.028 0.008 0.025 0.026 0.054 0.034 0.539 0.032 0.020 0.008 0.272 0.118 0.248 0.259 0.147 0.148 0.108 0.010 0.198 0.183 0.283 0.363 0.227 0.176 1.175 0.850 0.060 0.112 6.730 9.566 0.760 nan 0.131 0.204 8912 chr5 53812392 53838795 + 0 NA intron (NM_001145427, intron 1 of 1) MIRc|SINE|MIR 12000 NM_001102575 112574 Hs.432755 NM_052870 ENSG00000178996 SNX18 SH3PX2|SH3PXD3B|SNAG1 sorting nexin 18 protein-coding nan nan 1.513 0.396 0.251 0.109 1.209 0.559 0.836 0.480 0.551 0.505 0.079 0.110 0.498 0.547 1.121 0.134 1.234 0.360 0.148 0.042 0.144 0.127 0.266 0.785 0.588 0.178 2.102 0.511 2.519 4.480 1.692 0.848 0.409 0.158 0.047 0.233 0.105 0.371 0.180 0.112 0.173 0.180 0.769 0.348 0.726 0.436 0.355 0.338 0.152 0.506 0.547 1.590 0.186 0.266 0.184 0.401 0.261 0.329 0.195 0.522 0.027 0.135 0.192 0.183 0.149 0.200 0.181 0.810 1.396 1.134 1.282 nan 0.208 0.526 0.456 1.105 1.380 0.586 0.736 nan 0.532 0.111 0.235 0.216 0.176 0.424 0.980 0.282 0.258 5301 chr18 43675378 43686247 + 0 NA intron (NM_001001937, intron 1 of 12) AluSx1|SINE|Alu -2493 NM_004046 498 Hs.298280 NM_004046 ENSG00000152234 ATP5F1A ATP5A|ATP5A1|ATP5AL2|ATPM|COXPD22|HEL-S-123m|MC5DN4|MOM2|OMR|ORM|hATP1 ATP synthase F1 subunit alpha protein-coding nan 2.643 2.819 1.661 3.858 2.837 1.358 1.076 2.515 0.581 1.950 1.619 0.387 1.313 2.186 5.145 0.888 0.147 0.680 0.209 1.414 1.984 1.330 0.878 3.724 0.726 0.752 1.273 0.539 0.542 1.648 2.239 0.774 6.205 0.471 2.149 1.258 1.872 0.091 0.511 1.475 1.799 2.801 1.298 1.225 0.490 1.595 0.963 1.558 2.375 1.672 1.299 5.145 0.515 1.176 3.724 0.884 0.409 0.811 1.889 1.628 0.933 0.926 2.682 0.910 0.758 0.487 4.428 4.010 3.652 5.052 6.186 5.662 9.188 5.146 3.140 3.121 2.379 3.323 2.687 4.303 5.994 5.882 1.805 2.784 5.337 6.434 4.575 nan 5.622 3.119 10064 chr6 161337907 161354024 + 0 NA Intergenic Intergenic -66794 NM_005922 4216 Hs.390428 NM_005922 ENSG00000085511 MAP3K4 MAPKKK4|MEKK 4|MEKK4|MTK1|PRO0412 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 4 protein-coding 0.756 nan 0.733 0.286 0.237 0.048 0.123 0.109 0.242 0.012 0.073 0.056 0.008 0.018 0.049 0.273 0.162 0.070 0.138 0.059 0.016 0.051 0.099 0.056 0.111 0.013 0.018 0.018 0.055 0.257 0.749 0.070 0.505 0.009 0.057 0.047 0.088 0.095 0.015 0.025 0.080 0.041 0.024 0.156 0.048 0.063 0.107 0.197 0.100 0.416 3.448 0.273 0.074 0.034 0.111 0.615 1.481 0.589 0.133 0.025 0.034 0.054 0.053 0.009 0.020 0.025 0.370 0.193 0.244 0.403 0.561 0.553 0.518 0.135 0.237 0.219 0.253 0.435 0.245 0.313 nan 0.957 0.172 0.288 0.233 0.185 0.217 0.420 0.244 0.404 8867 chr5 38843589 38873906 + 0 NA intron (NM_003999, intron 1 of 17) L1MA4A|LINE|L1 12646 NM_001323504 9180 Hs.120658 NM_003999 ENSG00000145623 OSMR IL-31R-beta|IL-31RB|OSMRB|PLCA1 oncostatin M receptor protein-coding 0.876 1.076 nan 1.045 0.262 0.020 2.183 0.085 0.190 1.036 1.934 2.090 0.669 0.068 0.095 0.175 1.568 0.382 4.658 1.648 2.276 0.119 0.177 0.237 0.075 1.877 1.610 0.506 3.524 1.420 2.598 4.549 4.356 0.378 0.915 1.354 0.019 0.757 0.144 0.735 0.049 1.884 1.655 0.813 1.663 1.409 1.964 0.862 1.429 1.383 1.359 2.016 0.175 5.131 1.566 0.075 1.113 0.510 0.035 1.734 0.052 2.505 0.026 0.074 0.949 1.398 1.280 0.377 0.194 0.651 1.276 0.255 0.322 0.116 0.065 0.736 0.793 0.243 0.408 0.279 0.312 0.649 0.317 0.149 0.228 0.082 0.077 0.151 0.269 0.281 0.390 9722 chr6 53401767 53415557 + 0 NA intron (NM_001197115, intron 1 of 14) intron (NM_001197115, intron 1 of 14) 1265 NM_001197115 2729 Hs.654465 NM_001498 ENSG00000001084 GCLC GCL|GCS|GLCL|GLCLC glutamate-cysteine ligase catalytic subunit protein-coding 2.083 1.326 nan 0.881 1.302 0.398 4.507 0.337 0.503 0.202 1.562 1.605 0.444 0.405 1.451 0.706 1.031 0.259 1.149 0.371 1.119 0.371 0.681 0.341 1.372 2.397 2.409 0.332 0.859 0.467 1.196 1.441 2.048 2.647 0.483 1.871 0.181 0.948 0.135 0.454 0.517 1.203 0.925 0.511 0.590 0.351 2.335 1.573 1.589 1.461 0.828 1.006 0.706 1.638 3.621 1.372 0.781 0.859 0.373 1.769 1.223 0.397 1.068 0.565 0.271 0.393 0.331 2.861 2.775 1.611 2.499 1.445 1.489 2.821 0.906 5.231 5.205 1.080 1.390 3.954 6.371 1.707 1.824 1.361 2.496 1.612 2.129 1.995 2.503 1.689 1.016 4956 chr17 70921411 70968742 + 0 NA intron (NM_001352693, intron 4 of 9) intron (NM_001352693, intron 4 of 9) 143777 NM_001352691 201266 Hs.221127 NM_139177 ENSG00000133195 SLC39A11 C17orf26|ZIP-11|ZIP11 solute carrier family 39 member 11 protein-coding 1.470 0.995 1.685 0.092 0.137 0.107 0.312 0.330 0.587 0.017 0.123 0.168 0.013 0.050 0.119 0.347 0.142 0.106 0.232 0.150 0.030 0.038 0.123 0.149 0.308 0.064 0.034 0.044 0.092 0.049 0.169 0.469 0.092 0.570 0.148 0.114 0.114 0.071 0.116 0.042 0.087 0.136 0.039 0.016 0.054 0.070 0.107 0.165 0.165 0.070 0.028 0.136 0.347 0.184 0.065 0.308 0.074 0.179 0.388 0.098 0.078 0.112 0.105 2.683 0.013 0.026 0.012 0.587 0.635 0.229 0.342 0.498 0.567 0.511 0.192 0.308 0.329 nan 2.484 0.420 0.586 6.217 6.097 0.233 0.339 0.338 0.454 2.920 6.888 nan 0.520 7049 chr20 50594843 50669148 + 0 NA Intergenic Intergenic 90028 NM_001319146 55734 Hs.473082 NM_018197 ENSG00000020256 ZFP64 ZNF338 ZFP64 zinc finger protein protein-coding 0.916 1.156 0.633 0.183 0.118 0.033 0.371 0.119 0.291 0.174 0.147 0.400 0.063 0.042 0.084 0.410 1.347 0.414 0.527 0.151 0.088 0.871 0.127 0.142 0.136 0.199 0.125 0.094 0.173 0.230 0.918 3.751 1.103 0.452 0.256 0.201 0.113 3.150 0.206 0.056 0.235 0.446 0.138 0.106 0.229 0.235 0.293 0.238 0.354 0.088 0.071 0.338 0.410 0.470 0.050 0.136 0.179 0.069 0.176 0.304 0.053 0.293 0.077 0.143 0.408 0.042 0.020 0.575 nan 0.228 0.482 0.253 0.288 1.332 0.362 0.321 0.344 0.462 0.794 0.288 0.357 1.087 1.009 0.280 0.375 0.321 0.445 0.472 1.116 0.381 0.479 11591 chr9 77193657 77200500 + 0 NA intron (NM_006914, intron 1 of 9) intron (NM_006914, intron 1 of 9) -83609 NR_125791 103752585 Hs.635501 NR_125791 RORB-AS1 - RORB antisense RNA 1 ncRNA nan nan nan 0.074 0.102 0.008 0.052 0.054 0.384 0.014 0.069 0.053 0.030 0.091 0.056 0.076 0.024 0.139 0.069 0.085 0.139 0.020 0.021 0.011 0.040 0.078 0.116 0.072 0.283 0.064 0.070 0.028 0.096 0.069 0.018 0.081 0.018 0.034 0.013 0.011 0.028 0.204 0.036 0.021 0.023 0.019 0.056 0.031 0.014 0.139 0.035 0.037 0.043 0.029 0.012 0.029 0.111 0.011 0.025 0.287 0.141 6.961 nan 0.223 nan 0.098 0.008 0.701 0.767 0.083 0.188 0.216 0.246 0.239 0.093 0.104 0.194 0.048 0.093 0.188 0.458 0.858 0.838 9097 chr5 102081753 102101036 + 0 NA intron (NM_001319943, intron 1 of 26) intron (NM_001319943, intron 1 of 26) 907 NM_001319943 5066 Hs.369430 NM_000919 ENSG00000145730 PAM PAL|PHM peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase protein-coding 1.685 4.426 1.145 0.925 3.143 1.808 1.267 0.998 1.898 1.005 0.848 1.408 0.151 0.208 0.919 0.970 0.781 0.117 1.799 0.595 0.120 0.424 0.351 0.190 0.664 1.351 0.840 0.410 1.116 0.806 0.862 2.088 1.404 8.609 0.788 0.329 1.183 0.450 0.097 0.373 0.559 0.325 0.668 0.417 1.108 0.823 0.546 0.664 0.502 1.052 0.470 0.542 0.970 1.269 0.758 0.664 0.401 0.129 0.216 0.707 1.094 1.226 0.871 0.371 0.323 0.311 0.177 1.752 1.892 3.491 7.940 1.450 1.176 2.209 0.835 0.649 0.747 2.740 3.516 2.266 3.832 0.898 1.211 1.053 3.170 4.420 3.933 0.554 1.036 2.017 1.095 6458 chr2 165586311 165596187 + 0 NA intron (NM_001278461, intron 2 of 12) intron (NM_001278461, intron 2 of 12) -46962 NR_033309 100337591 Hs.664357 NR_033309 ENSG00000206869 SNORA70F U70F small nucleolar RNA, H/ACA box 70F snoRNA 0.914 0.950 nan 0.328 0.169 0.028 0.138 0.276 0.620 0.049 0.090 0.271 1.454 0.132 0.081 0.214 0.165 0.066 0.146 0.040 5.600 0.197 0.254 0.342 0.160 0.070 0.037 0.029 0.090 0.021 0.155 0.262 0.907 0.381 0.123 0.159 0.020 0.099 0.089 0.048 0.024 0.093 0.012 0.016 0.011 0.055 0.054 0.101 0.148 0.095 1.404 0.026 0.214 0.080 0.065 0.160 0.013 0.042 0.019 0.076 0.073 0.080 0.041 0.428 0.054 0.017 0.010 0.455 0.402 0.542 0.838 0.297 0.476 0.978 0.413 0.336 0.280 1.480 2.060 0.358 0.367 0.493 0.230 0.092 0.179 0.020 0.740 2.248 0.669 0.506 3808 chr14 101051906 101056655 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -18149 NM_020836 57596 Hs.211751 NM_020836 ENSG00000183092 BEGAIN - brain enriched guanylate kinase associated protein-coding 5.970 2.589 2.841 0.822 0.201 3.863 0.747 1.286 2.542 0.590 0.180 0.748 0.078 0.564 0.338 5.503 0.153 0.132 0.045 0.838 0.204 1.366 0.560 0.653 1.447 1.544 1.276 1.627 0.556 1.213 4.762 0.328 7.980 0.276 3.069 0.805 2.486 0.072 0.399 1.103 1.629 0.617 0.475 0.252 0.274 0.121 0.084 1.817 0.642 0.436 3.122 5.503 0.044 1.288 0.653 0.697 0.926 4.273 4.845 1.903 0.733 0.397 0.157 0.222 0.085 0.064 0.211 0.124 0.077 0.161 3.082 2.453 3.022 0.855 0.066 0.106 4.791 5.741 3.950 5.412 5.098 5.586 0.962 1.352 3.344 2.675 0.683 0.641 1.433 0.915 2307 chr11 118488224 118514488 + 0 NA intron (NM_015157, intron 7 of 23) intron (NM_015157, intron 7 of 23) -13362 NR_106773 102466719 NR_106773 ENSG00000284246 MIR6716 hsa-mir-6716 microRNA 6716 ncRNA 1.124 1.779 1.480 0.703 1.493 5.881 1.376 0.368 0.872 0.480 1.527 1.243 0.056 0.230 1.422 0.925 0.406 0.073 0.864 0.326 0.757 0.047 0.849 0.511 1.468 0.704 0.534 0.553 1.459 0.791 0.628 1.893 0.672 3.264 1.070 0.360 0.783 0.558 0.079 0.531 0.190 2.689 0.520 0.311 0.897 0.863 1.539 0.430 0.155 0.707 0.130 0.690 0.925 1.115 0.834 1.468 0.344 0.198 0.397 0.441 0.990 0.867 3.235 0.236 1.138 0.754 0.500 1.668 nan 1.211 2.206 2.651 2.780 2.519 0.654 1.282 1.343 1.839 nan 5.696 4.345 0.683 0.467 2.426 4.346 1.845 1.439 0.471 1.017 1.721 0.852 7039 chr20 49274434 49298430 + 0 NA intron (NM_001290268, intron 1 of 21) AluSq2|SINE|Alu 21635 NR_110890 140876 Hs.372578 NM_080829 ENSG00000042062 RIPOR3 C20orf175|C20orf176|FAM65C RIPOR family member 3 protein-coding nan nan 1.115 3.539 0.169 0.058 0.623 0.087 0.260 0.772 0.324 0.426 0.153 0.078 0.107 0.182 0.185 0.128 0.806 0.283 0.176 0.083 0.079 0.121 0.147 0.421 0.244 0.058 0.555 0.590 0.839 2.094 0.970 0.428 0.412 0.166 0.020 0.088 0.086 0.110 0.204 1.291 0.173 0.108 0.655 0.615 3.406 0.392 1.054 0.137 0.687 0.586 0.182 1.332 0.877 0.147 0.505 2.816 0.069 0.376 0.038 0.418 0.095 0.313 0.067 0.043 0.019 0.691 0.748 0.262 0.540 0.345 0.449 nan 0.235 0.384 0.451 0.347 0.665 0.583 0.680 nan 0.476 0.420 0.499 0.063 0.093 0.578 1.706 0.499 0.513 2706 chr12 56543847 56556468 + 0 NA intron (NM_002475, intron 5 of 7) AluSx1|SINE|Alu -1888 NM_021019 4637 Hs.632717 NM_021019 ENSG00000092841 MYL6 ESMLC|LC17|LC17-GI|LC17-NM|LC17A|LC17B|MLC-3|MLC1SM|MLC3NM|MLC3SM myosin light chain 6 protein-coding nan 2.842 1.994 2.998 2.840 2.228 2.541 2.226 4.006 0.916 1.953 1.218 1.339 1.824 3.672 3.659 1.495 0.243 2.065 0.714 3.145 1.361 2.368 1.271 3.963 2.036 2.299 1.815 2.798 1.342 2.782 5.788 2.010 7.942 1.192 2.581 1.447 2.291 0.112 1.559 1.354 2.324 2.987 1.245 2.111 1.028 1.948 3.759 2.857 3.254 1.573 1.990 3.659 2.706 2.770 3.963 1.201 1.616 1.577 4.127 2.068 2.435 1.255 1.586 1.745 1.834 1.083 nan 4.372 3.598 4.741 7.139 nan 7.842 2.975 6.426 6.870 3.128 nan 5.484 nan 4.492 4.400 1.741 2.688 5.302 5.836 2.369 3.721 3.893 1.767 6609 chr2 208191319 208205329 + 0 NA Intergenic MER81|DNA|hAT-Blackjack -64176 NR_031633 100302130 NR_031633 ENSG00000221628 MIR1302-4 MIRN1302-4|hsa-mir-1302-4 microRNA 1302-4 ncRNA 0.999 nan 1.139 0.010 0.492 0.994 3.764 1.440 2.976 0.286 1.205 1.225 0.013 0.108 0.611 1.086 0.874 0.126 4.038 2.448 0.345 0.010 0.166 0.092 0.305 3.168 2.616 0.047 3.668 1.833 5.731 8.436 5.145 4.222 2.921 0.234 0.710 0.249 0.080 1.500 0.095 3.066 2.185 1.069 3.149 2.779 0.538 4.114 0.447 1.607 0.518 0.531 1.086 1.520 2.772 0.305 0.443 0.206 0.228 1.411 0.776 1.747 0.085 0.135 2.004 0.448 0.272 0.435 0.314 0.330 0.482 0.244 0.279 0.363 0.124 0.598 0.689 2.191 2.412 0.523 0.479 0.485 0.258 0.170 0.241 3.310 5.026 0.429 0.966 0.318 0.222 9200 chr5 138235032 138242845 + 0 NA intron (NM_001324013, intron 4 of 12) intron (NM_001324013, intron 4 of 12) 27849 NM_001323989 1495 Hs.445981 NM_001903 ENSG00000044115 CTNNA1 CAP102|MDPT2 catenin alpha 1 protein-coding 0.817 0.841 nan 0.370 0.189 0.043 1.510 0.106 0.275 0.024 0.420 0.176 0.102 0.053 0.415 0.049 0.252 0.206 0.209 0.289 0.307 0.061 0.064 0.122 0.403 0.183 0.723 0.153 0.783 0.269 0.358 0.179 0.463 0.131 0.143 0.049 0.185 0.123 0.656 0.071 0.315 6.079 2.787 0.399 0.264 0.142 0.525 0.158 0.486 0.081 0.159 0.049 0.147 0.712 0.122 0.280 0.081 0.064 0.182 0.156 0.244 0.072 0.179 0.993 0.553 0.303 0.195 0.133 0.335 0.518 0.412 0.455 0.398 0.183 0.438 0.410 0.598 0.926 0.470 0.563 0.375 0.215 0.239 0.407 0.158 0.256 0.242 0.781 0.343 0.384 7826 chr3 128940340 128969550 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -13508 NM_016128 22820 Hs.518250 NM_016128 ENSG00000181789 COPG1 COPG coatomer protein complex subunit gamma 1 protein-coding 1.459 nan 1.151 0.797 0.578 0.486 3.735 0.406 0.954 1.014 1.612 1.311 0.070 0.333 0.575 0.593 1.233 0.376 1.039 0.838 0.326 0.203 0.386 0.438 0.436 3.457 3.264 0.434 1.676 1.041 0.694 1.790 1.107 0.845 0.737 1.226 0.052 0.309 0.086 0.752 0.400 1.283 0.475 0.310 0.792 0.418 1.146 1.401 1.438 1.973 1.819 3.015 0.593 0.937 4.311 0.436 0.633 0.743 0.131 1.607 0.500 1.575 0.213 0.263 0.748 0.177 0.114 0.836 1.174 0.731 1.067 1.034 1.128 2.233 0.923 1.416 1.538 0.724 nan 0.784 1.074 1.399 1.066 0.690 0.980 0.318 0.531 0.794 1.071 1.050 0.742 5973 chr2 26213306 26244165 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR -23292 NM_002254 3797 Hs.21611 NM_002254 ENSG00000084731 KIF3C - kinesin family member 3C protein-coding 1.014 0.824 1.200 0.453 0.180 0.179 1.790 0.104 0.295 0.883 1.018 1.279 0.330 0.042 0.213 0.199 0.396 0.141 0.605 0.521 1.379 0.041 0.168 0.129 0.205 0.786 0.488 0.172 0.646 0.748 0.319 1.596 0.664 1.178 0.702 8.101 0.027 0.109 0.129 0.543 0.166 0.555 0.213 0.180 0.728 0.651 1.571 1.785 5.269 0.600 3.946 1.673 0.199 2.125 2.165 0.205 1.579 0.899 0.176 0.324 0.079 1.440 0.047 0.140 0.794 0.314 0.334 0.301 0.334 0.318 0.626 0.482 0.579 0.898 0.277 0.693 0.757 0.536 1.043 0.552 nan 0.524 0.255 0.228 0.301 0.139 0.263 0.343 0.606 0.759 0.645 8546 chr4 132112160 132137450 + 0 NA Intergenic Intergenic -561188 NR_125883 101927305 Hs.507924 NR_125883 SNHG27 - small nucleolar RNA host gene 27 ncRNA nan nan 0.677 0.040 0.125 0.018 0.031 0.147 0.305 0.015 0.086 0.088 0.010 0.035 0.077 0.087 0.071 0.095 0.139 0.045 0.018 0.005 0.360 0.290 0.330 0.016 0.017 0.017 0.064 0.025 0.117 0.241 0.064 0.191 0.029 0.063 0.022 0.030 0.058 0.068 0.073 0.007 0.006 0.047 0.021 0.069 0.032 0.084 0.017 0.118 0.016 0.087 0.091 0.007 0.330 0.078 0.049 0.204 0.011 0.189 0.023 0.059 0.019 0.029 0.011 0.006 0.230 0.168 0.186 0.212 0.231 0.304 0.172 0.057 0.305 0.292 4.138 4.383 0.256 0.237 0.767 0.612 0.129 0.277 0.078 0.101 0.147 nan 0.136 0.172 8736 chr5 6565151 6584563 + 0 NA Intergenic Intergenic -7392 NR_024423 255167 Hs.435515 NR_024423 ENSG00000250056 LINC01018 SRHC long intergenic non-protein coding RNA 1018 ncRNA 0.498 0.826 1.397 0.063 1.280 0.100 0.165 0.163 0.407 0.044 0.145 0.086 0.006 0.062 0.201 0.113 0.800 0.315 0.227 0.068 0.032 0.035 0.344 0.282 2.961 0.026 0.041 0.041 0.355 0.097 0.215 0.206 0.136 0.949 0.015 0.082 0.024 0.084 0.106 0.132 0.176 0.062 0.044 0.034 0.091 0.169 0.072 0.081 0.067 0.029 0.044 0.113 0.169 0.027 2.961 0.070 0.078 0.030 0.640 0.768 0.048 0.057 0.026 0.025 0.024 0.016 0.481 0.368 0.663 nan 1.356 1.540 1.901 0.679 0.627 0.670 0.265 0.443 nan 0.665 nan 0.820 0.299 0.277 0.224 0.230 0.133 0.518 2.314 nan 5444 chr18 75519972 75527009 + 0 NA Intergenic Intergenic 182193 NR_104127 101927715 Hs.385670 NR_104127 LINC01029 - long intergenic non-protein coding RNA 1029 ncRNA nan nan 0.553 0.051 0.102 0.052 0.041 1.914 4.062 0.014 0.079 0.013 0.042 0.972 1.356 0.065 0.030 0.020 0.247 0.361 8.739 0.011 0.027 0.015 0.011 0.035 0.036 0.661 0.041 0.045 0.014 0.030 0.079 0.394 0.079 0.009 0.011 0.096 0.072 0.035 0.142 0.023 0.010 1.356 0.040 0.013 8.739 0.035 0.033 0.116 0.011 0.070 0.053 0.011 0.016 0.007 0.402 0.092 0.143 0.308 9.293 nan 14.919 5.499 0.165 0.134 0.087 0.118 4.506 nan 0.234 0.105 0.092 0.039 0.572 0.409 0.091 0.200 1.222 0.573 5502 chr19 4908204 4916844 + 0 NA intron (NM_013282, intron 1 of 16) L1ME2z|LINE|L1 2145 NM_001290052 29128 Hs.108106 NM_013282 ENSG00000276043 UHRF1 ICBP90|Np95|RNF106|TDRD22|hNP95|hUHRF1|huNp95 ubiquitin like with PHD and ring finger domains 1 protein-coding 2.729 1.812 3.230 2.969 1.775 2.115 3.219 1.279 1.764 1.548 2.316 2.856 0.266 0.496 1.907 2.075 0.793 0.355 4.316 1.582 4.347 1.313 1.363 0.529 2.297 2.864 2.868 2.100 4.271 1.384 1.562 3.945 2.100 4.492 1.334 1.513 0.453 1.819 0.045 1.474 0.728 10.710 3.938 1.524 2.508 1.949 2.490 6.879 2.360 4.304 0.839 1.618 2.075 4.903 3.173 2.297 1.373 4.190 0.426 9.135 0.891 4.419 0.474 0.721 3.039 5.517 3.976 1.871 1.651 2.575 4.097 4.940 3.925 1.613 0.808 3.403 3.242 1.809 2.454 5.876 nan 3.760 4.181 0.874 1.848 1.983 2.037 2.028 2.109 1.528 0.776 2133 chr11 78821208 78835429 + 0 NA intron (NM_001098816, intron 4 of 33) intron (NM_001098816, intron 4 of 33) 284835 NR_030598 100126333 NR_030598 ENSG00000211997 MIR708 MIRN708|hsa-mir-708 microRNA 708 ncRNA nan 0.976 1.124 0.061 0.080 0.020 0.035 0.137 0.232 0.013 0.062 0.052 0.018 0.099 0.110 0.462 0.069 0.011 0.015 0.031 0.010 0.089 0.094 0.212 0.024 0.010 0.010 0.048 0.015 0.057 nan 0.059 0.381 0.051 0.019 0.382 0.030 0.113 0.017 0.229 0.226 0.047 0.008 0.059 0.109 0.161 0.117 0.030 0.393 0.108 0.462 0.048 0.032 0.212 0.052 0.098 0.380 0.034 0.322 0.006 6.337 1.213 0.016 0.005 0.003 6.132 5.896 3.415 3.172 0.557 0.506 0.769 0.199 5.672 5.846 0.431 0.826 0.773 1.031 0.508 0.269 3.367 5.783 1.254 1.759 0.817 2.180 0.402 0.531 11210 chr8 110422729 110429969 + 0 NA intron (NM_177531, intron 21 of 77) intron (NM_177531, intron 21 of 77) 51643 NM_177531 93035 Hs.170128 NM_177531 ENSG00000205038 PKHD1L1 PKHDL1 PKHD1 like 1 protein-coding nan nan 1.107 0.010 0.364 0.905 0.039 0.288 0.624 0.013 0.064 0.051 0.023 0.042 0.313 0.288 0.130 0.133 0.064 0.052 0.034 0.195 0.193 0.563 0.009 0.008 0.020 0.075 0.074 0.275 0.069 1.439 0.015 1.488 0.045 0.062 0.050 0.077 0.074 0.017 0.011 0.045 0.043 0.186 0.066 0.101 0.026 0.011 0.083 0.288 0.109 0.052 0.563 0.051 0.034 0.175 0.016 2.394 0.019 0.014 0.309 0.031 0.306 0.254 0.089 0.198 4.556 4.552 nan 0.439 0.559 nan 2.014 nan 4.637 5.217 2.400 1.777 0.077 0.273 4.996 7.761 0.335 0.477 2.110 0.892 8118 chr3 185645048 185662060 + 0 NA intron (NM_004593, intron 1 of 8) intron (NM_004593, intron 1 of 8) 2370 NM_001243879 6434 Hs.533122 NM_004593 ENSG00000136527 TRA2B Htra2-beta|PPP1R156|SFRS10|SRFS10|TRA2-BETA|TRAN2B transformer 2 beta homolog protein-coding 3.739 2.816 2.066 3.261 2.595 1.793 1.617 2.206 3.837 0.513 1.045 1.048 0.859 0.551 2.214 1.716 1.862 0.270 1.442 0.535 0.948 0.718 1.762 0.928 1.660 1.854 1.784 0.537 2.853 0.967 1.367 2.249 0.795 5.713 0.717 1.229 0.488 1.364 0.126 0.431 1.761 2.103 1.720 0.825 1.356 0.743 2.351 1.403 0.884 1.574 0.756 1.587 1.716 1.623 1.915 1.660 0.727 0.836 0.450 0.584 0.853 0.962 1.195 1.400 0.667 0.792 0.587 2.865 2.789 3.090 4.243 4.856 4.353 5.007 2.729 5.939 5.959 3.029 3.812 3.431 4.688 7.300 7.555 2.239 4.518 3.099 3.105 4.982 3.843 2.071 1.235 8312 chr4 34944612 34979300 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -690587 NR_147184 105374394 Hs.570782 NR_147183 ENSG00000248685 LINC02484 - long intergenic non-protein coding RNA 2484 ncRNA 0.500 0.511 0.414 0.108 0.137 0.008 0.104 0.074 0.212 0.008 0.076 0.029 0.007 0.029 0.080 0.169 0.124 0.037 0.152 0.027 0.009 3.290 0.131 0.110 0.062 0.008 0.013 0.017 0.073 0.036 0.079 0.184 0.051 0.203 0.155 0.043 0.016 0.019 0.086 0.014 0.046 0.048 0.014 0.011 0.044 0.042 0.079 0.095 0.157 0.035 0.014 0.016 0.169 0.053 0.011 0.062 0.028 0.043 0.020 0.018 0.014 0.028 0.025 0.017 0.023 0.013 0.360 0.226 0.192 0.306 0.192 0.241 0.353 0.134 0.129 0.103 0.477 0.556 0.365 0.278 0.358 0.137 0.094 0.132 0.127 0.178 0.124 0.158 0.697 0.661 4969 chr17 71994924 72052811 + 0 NA Intergenic Intergenic -175928 NM_000999 6169 Hs.380953 NM_000999 ENSG00000172809 RPL38 L38 ribosomal protein L38 protein-coding 1.367 1.042 1.466 0.043 0.740 0.309 0.146 0.371 0.704 0.008 0.128 0.060 0.015 0.205 0.441 0.846 0.115 0.092 0.081 0.013 0.020 0.022 0.320 0.247 0.427 0.177 0.076 0.037 0.104 0.013 0.209 0.892 0.118 1.421 0.023 0.079 0.028 0.054 0.097 0.041 0.461 0.169 0.029 0.026 0.021 0.054 0.048 0.200 0.100 0.056 0.091 0.101 0.846 0.085 0.059 0.427 0.046 0.165 0.062 0.086 0.498 0.061 0.289 1.363 0.024 0.045 0.045 0.747 1.157 0.361 0.429 2.550 2.872 0.996 0.349 0.114 0.112 nan 0.691 1.910 2.080 1.641 1.267 0.484 0.658 0.161 0.220 1.244 3.778 nan 0.965 6529 chr2 183277565 183294067 + 0 NA intron (NM_001003683, intron 2 of 14) L5|LINE|RTE 5959 NM_001258313 5136 Hs.191046 NM_005019 ENSG00000115252 PDE1A CAM-PDE-1A|HCAM-1|HCAM1|HSPDE1A phosphodiesterase 1A protein-coding 1.007 0.919 0.810 0.116 0.160 0.046 0.091 0.132 0.285 0.006 0.048 0.051 0.023 0.031 0.085 0.101 0.644 0.098 0.121 0.035 1.988 0.033 0.085 0.071 0.116 0.017 0.027 0.009 0.065 0.006 0.068 0.065 0.085 0.273 0.044 5.961 0.012 0.052 0.068 0.029 0.058 0.067 0.037 0.019 0.045 0.019 0.168 0.085 0.409 0.060 0.028 0.049 0.101 0.060 0.023 0.116 0.045 0.025 0.036 0.060 0.012 0.015 0.060 0.247 0.009 0.003 0.010 0.268 0.181 0.219 0.241 0.238 0.248 0.281 0.140 0.384 0.437 5.864 6.006 0.672 0.768 0.774 0.366 0.159 0.287 0.046 0.064 0.513 nan 0.368 0.293 4722 chr17 36056556 36079291 + 0 NA intron (NM_000458, intron 5 of 8) MamSINE1|SINE|tRNA 37146 NM_001304286 6928 Hs.191144 NM_000458 ENSG00000275410 HNF1B FJHN|HNF-1-beta|HNF-1B|HNF1beta|HNF2|HPC11|LF-B3|LFB3|MODY5|TCF-2|TCF2|VHNF1 HNF1 homeobox B protein-coding nan 1.128 0.614 5.236 0.290 0.566 0.417 0.269 0.586 0.017 0.165 0.115 0.052 0.592 0.258 0.375 0.095 0.064 0.289 0.369 0.489 0.043 0.303 0.189 0.100 0.760 0.442 0.058 0.387 1.124 0.399 0.791 0.849 0.621 0.382 0.859 0.030 0.085 0.078 0.345 0.053 0.178 0.077 0.058 1.148 0.369 0.182 0.296 2.339 0.044 3.958 0.822 0.375 0.567 0.076 0.100 0.344 0.208 0.055 0.129 0.035 0.214 0.148 0.147 0.295 0.162 0.101 0.386 0.348 0.260 0.535 nan 0.448 0.422 0.167 0.923 0.935 0.184 0.244 0.716 1.215 nan 0.177 0.385 0.486 0.089 0.183 0.421 0.695 0.987 0.797 8337 chr4 40700666 40710369 + 0 NA Intergenic Intergenic -46397 NM_024677 79730 Hs.479602 NM_024677 ENSG00000179299 NSUN7 - NOP2/Sun RNA methyltransferase family member 7 protein-coding 0.746 nan nan 0.587 0.108 0.017 0.561 0.131 0.227 0.385 0.295 0.142 0.013 0.031 0.090 0.105 0.112 0.150 0.374 0.134 0.026 0.014 0.143 0.171 0.238 0.172 0.044 0.045 0.104 0.162 0.413 1.105 1.595 0.294 0.376 0.937 0.056 0.054 0.036 0.090 0.200 0.062 0.035 0.090 0.092 3.234 0.187 0.470 0.056 0.031 0.473 0.105 0.205 0.095 0.238 0.404 1.449 0.020 0.048 0.011 0.076 2.052 0.407 0.031 0.065 0.010 0.427 0.330 10.455 5.740 0.196 0.292 0.492 0.242 3.698 3.515 0.165 0.190 0.367 0.338 0.460 0.202 0.849 2.301 0.079 0.070 0.263 1.371 0.773 0.620 431 chr1 64329619 64347273 + 0 NA intron (NM_001083592, intron 1 of 6) intron (NM_001083592, intron 1 of 6) 98756 NM_001083592 4919 Hs.128753 NM_005012 ENSG00000185483 ROR1 NTRKR1|dJ537F10.1 receptor tyrosine kinase like orphan receptor 1 protein-coding 1.372 0.825 nan 1.544 0.110 0.073 5.835 0.136 0.318 0.492 0.244 0.997 0.059 0.040 0.065 0.188 0.574 0.055 2.973 1.740 0.036 0.008 0.097 0.121 0.088 2.782 2.141 0.046 3.743 2.268 0.186 0.919 0.604 0.423 1.768 0.040 0.022 0.074 0.098 1.344 0.086 0.167 0.051 0.027 2.853 2.113 1.891 0.147 0.069 0.196 0.031 0.068 0.188 1.488 10.481 0.088 0.035 0.084 0.086 0.046 0.046 2.244 0.022 0.153 0.259 3.174 1.907 0.275 0.201 0.186 0.412 0.399 0.575 0.174 0.085 0.257 0.252 nan nan 0.345 nan 0.553 0.288 0.190 0.241 0.158 0.195 0.451 0.877 0.524 0.550 7191 chr21 35947589 35993124 + 0 NA intron (NM_004414, intron 1 of 3) L1M5|LINE|L1 15786 NM_001285389 1827 Hs.282326 NM_004414 ENSG00000159200 RCAN1 ADAPT78|CSP1|DSC1|DSCR1|MCIP1|RCN1 regulator of calcineurin 1 protein-coding 0.945 0.891 1.125 0.128 1.237 5.912 0.056 0.415 0.719 0.089 0.135 0.319 0.038 0.350 3.598 1.395 0.211 0.089 0.153 0.075 0.048 0.040 0.544 0.423 1.456 0.071 0.032 0.156 0.106 0.046 0.203 0.329 0.178 6.364 0.042 0.085 0.436 0.064 0.081 0.052 0.174 0.147 0.081 0.053 0.048 0.045 0.438 0.229 0.148 0.223 0.198 0.108 1.395 0.105 0.126 1.456 0.070 0.111 0.083 0.208 0.391 0.057 0.102 0.241 0.072 0.045 0.026 0.670 0.621 0.785 1.483 3.828 3.974 3.013 0.923 0.512 0.479 0.297 0.538 2.873 2.579 0.582 0.438 0.354 0.535 1.879 2.016 0.329 0.556 nan 1.009 11932 chrX 38659797 38666462 + 0 NA promoter-TSS (NR_046706) promoter-TSS (NR_046706) 7 NR_046706 100874211 Hs.662789 NR_046706 MID1IP1-AS1 - MID1IP1 antisense RNA 1 ncRNA 6.369 4.672 4.279 3.240 5.739 2.539 2.079 3.216 6.298 0.629 2.262 2.705 0.895 1.291 2.307 4.932 3.696 0.412 4.851 1.778 1.889 4.093 3.413 1.803 3.399 1.902 2.617 1.161 4.128 1.779 2.216 3.252 3.410 12.995 1.923 6.595 1.861 3.141 0.085 1.112 3.594 2.377 4.719 1.755 2.241 2.460 2.435 4.980 2.473 2.028 4.912 4.932 4.420 3.582 3.399 1.448 2.561 1.388 2.287 2.145 3.547 5.019 4.481 2.007 2.385 2.015 1.972 3.028 3.509 5.197 8.658 6.497 8.360 3.368 10.065 10.440 3.895 5.047 7.858 10.946 11.545 16.663 5.746 9.026 7.491 5.223 8.044 10.154 2.673 1.225 3487 chr14 35786965 35883032 + 0 NA Intergenic Intergenic 38962 NM_020529 4792 Hs.81328 NM_020529 ENSG00000100906 NFKBIA IKBA|MAD-3|NFKBI NFKB inhibitor alpha protein-coding 1.945 1.632 1.108 0.767 0.835 2.027 3.282 0.338 0.584 0.682 1.156 0.650 3.385 0.388 1.369 0.616 1.165 0.348 2.596 1.324 0.603 0.224 0.342 0.207 0.796 1.240 0.874 0.240 1.378 1.487 6.848 22.202 2.642 3.563 0.779 2.338 0.157 0.572 0.132 0.552 0.385 2.106 0.793 0.397 2.233 1.342 1.046 1.066 3.612 0.661 1.308 2.091 0.616 1.930 0.923 0.796 1.009 1.025 0.267 1.071 0.755 0.906 0.142 0.320 0.330 0.147 0.115 0.451 0.536 1.653 2.516 1.135 1.135 1.174 0.613 1.992 2.090 1.044 1.445 2.649 3.316 1.642 1.477 0.407 0.563 0.558 0.557 0.706 1.049 0.935 0.713 7134 chr21 17101477 17104105 + 0 NA promoter-TSS (NM_001352560) promoter-TSS (NM_001352560) 49 NM_001352560 29761 Hs.743994 NM_013396 ENSG00000155313 USP25 USP21 ubiquitin specific peptidase 25 protein-coding 4.890 1.584 6.939 4.054 3.493 0.964 2.676 0.124 0.226 1.914 2.034 5.627 0.773 2.009 1.595 0.087 4.871 0.798 2.623 2.070 1.124 0.722 3.482 1.628 1.936 3.274 4.037 1.481 6.602 8.959 5.323 7.905 0.735 3.087 0.541 5.958 0.111 1.486 1.847 1.226 10.186 6.035 2.184 8.750 4.879 2.193 4.339 4.829 2.404 3.696 1.595 6.505 6.528 3.482 1.212 2.717 0.665 5.255 1.500 1.856 1.855 1.205 0.701 0.616 6.937 6.915 8.459 8.371 5.370 4.596 1.581 0.685 11.841 11.729 2.571 3.361 6.205 10.236 5.627 6.290 3.886 8.332 3.649 3.423 8.706 6.439 2.319 1.471 11379 chr8 144112232 144121954 + 0 NA Intergenic LTR29|LTR|ERV1 -3533 NR_149322 286122 Hs.660382 NR_126398 ENSG00000177335 C8orf31 - chromosome 8 open reading frame 31 (putative) ncRNA 1.468 0.929 nan 1.491 0.090 0.769 0.131 0.263 0.485 1.762 0.248 0.845 4.369 0.060 0.110 0.375 1.090 0.173 0.958 0.213 0.026 0.014 0.216 0.154 0.123 0.554 0.328 0.591 0.085 0.423 0.910 2.319 0.312 1.584 0.466 0.083 0.097 0.032 0.072 0.024 0.033 0.142 0.376 0.209 0.295 0.322 2.336 0.360 0.159 0.087 0.090 0.472 0.375 1.152 0.038 0.123 0.141 1.731 0.109 0.113 0.886 0.154 0.337 0.364 0.188 0.225 0.137 0.552 0.897 0.221 0.432 nan 1.958 nan 0.302 0.226 0.214 0.185 0.454 0.081 0.149 0.795 0.538 0.864 0.898 0.956 0.530 1.077 1.782 1.072 0.662 4729 chr17 36600535 36622214 + 0 NA intron (NM_001199417, intron 1 of 23) intron (NM_001199417, intron 1 of 23) 26654 NM_001199417 57636 Hs.374446 NM_020876 ENSG00000275832 ARHGAP23 - Rho GTPase activating protein 23 protein-coding nan 1.349 1.081 7.093 0.290 0.798 1.189 0.520 0.980 1.814 3.741 0.528 0.126 0.046 0.339 0.650 1.428 0.336 0.652 0.201 0.175 0.077 0.491 0.321 0.343 0.517 0.378 2.828 0.310 0.701 0.634 2.042 0.399 0.865 0.471 0.460 0.044 0.544 0.065 0.517 0.092 7.036 4.087 1.428 0.218 0.207 0.511 0.257 0.917 1.267 0.056 0.306 0.650 1.805 1.096 0.343 0.452 0.050 0.371 0.264 1.525 0.562 0.087 0.393 1.188 0.493 0.263 0.667 1.057 0.637 1.640 nan 1.026 0.731 0.332 1.348 1.353 0.399 0.802 1.442 1.881 nan 3.823 0.399 0.516 0.350 0.394 1.214 2.237 0.889 0.632 4329 chr16 30885274 30894858 + 0 NA intron (NR_110942, intron 2 of 2) AluSg|SINE|Alu 3285 NR_110942 101928736 Hs.303197 NR_110940 ENSG00000260083 MIR762HG - MIR762 host gene ncRNA 3.742 1.695 3.264 1.704 3.279 2.117 1.026 1.520 2.634 0.599 2.427 1.610 0.341 1.456 1.466 2.168 0.759 0.221 1.557 0.353 2.233 0.565 0.885 0.303 3.221 1.105 1.107 1.128 1.348 0.536 1.932 2.943 1.825 7.128 1.079 2.751 0.615 1.889 0.096 0.575 0.894 1.681 0.963 0.619 1.446 1.144 1.659 1.061 1.826 2.329 2.318 2.301 2.168 1.235 2.161 3.221 0.879 1.208 0.873 1.914 1.932 1.513 0.774 0.782 0.779 0.655 0.292 3.347 3.007 3.246 4.082 4.003 3.731 7.332 2.357 5.006 5.469 2.305 3.374 6.088 8.629 3.667 4.165 2.069 2.956 3.289 3.581 2.036 2.593 2.499 1.360 129 chr1 18804890 18814162 + 0 NA exon (NM_152375, exon 1 of 1) exon (NM_152375, exon 1 of 1) 2102 NM_152375 127707 Hs.406913 NM_152375 ENSG00000179023 KLHDC7A - kelch domain containing 7A protein-coding 1.144 4.092 nan 2.472 0.069 6.767 0.115 0.260 0.516 0.547 0.050 0.060 0.107 0.618 0.280 0.073 0.086 0.617 0.082 0.054 0.141 0.116 0.065 0.923 0.906 0.009 0.132 0.056 0.898 4.590 1.868 0.877 0.708 0.047 0.302 0.071 0.067 0.269 0.021 0.119 0.038 0.050 0.599 0.222 0.315 0.107 0.694 0.093 1.796 0.254 0.280 0.298 0.010 0.065 0.317 0.045 0.171 0.081 0.263 0.304 3.812 0.041 0.008 0.708 0.592 2.405 4.956 0.335 0.398 0.477 0.518 0.162 0.050 4.227 nan 0.290 nan 2.278 2.341 nan 1.135 3.049 4.974 1.275 1.276 0.122 0.163 2.127 1.422 6077 chr2 46128397 46176261 + 0 NA intron (NM_005400, intron 2 of 14) intron (NM_005400, intron 2 of 14) 273286 NM_005400 5581 Hs.580351 NM_005400 ENSG00000171132 PRKCE PKCE|nPKC-epsilon protein kinase C epsilon protein-coding 1.351 nan 1.151 0.265 0.434 0.546 1.403 0.315 0.479 0.236 0.620 0.326 0.163 0.184 1.216 0.377 0.482 0.152 0.802 0.480 0.502 0.017 0.370 0.229 0.172 0.411 0.174 0.269 0.290 0.316 0.231 nan 0.415 0.598 0.354 0.473 0.028 0.079 0.132 0.185 0.125 0.663 0.423 0.203 0.431 0.252 0.229 0.292 0.412 0.360 0.346 0.663 0.377 1.500 0.643 0.172 0.281 0.312 0.108 0.502 0.216 0.618 0.052 0.409 0.101 0.137 0.065 0.293 0.231 0.357 0.707 nan 0.900 3.203 1.211 0.480 0.477 0.678 1.026 1.759 2.151 1.477 1.338 0.198 0.287 0.190 0.192 0.459 nan nan 0.652 4662 chr17 26661548 26666912 + 0 NA intron (NM_021137, intron 1 of 6) L2a|LINE|L2 1682 NM_021137 7126 Hs.76090 NM_021137 ENSG00000109079 TNFAIP1 B12|B61|BTBD34|EDP1|hBACURD2 TNF alpha induced protein 1 protein-coding nan nan nan 2.119 0.967 1.375 1.489 1.134 2.906 0.678 3.487 0.660 0.275 0.471 1.260 1.282 1.237 0.185 2.432 0.992 3.232 0.386 0.712 0.403 2.097 1.414 1.402 1.936 2.283 1.080 2.674 3.067 2.085 4.895 0.766 1.189 0.353 2.751 0.136 0.990 1.054 8.112 6.713 2.934 1.461 0.518 1.734 1.756 3.684 1.414 1.459 1.587 1.282 5.851 0.777 2.097 0.797 1.331 0.617 3.829 1.170 1.431 0.464 0.998 1.703 2.469 1.387 1.405 2.066 3.501 6.606 3.695 2.758 4.672 2.269 3.120 3.431 2.301 3.343 3.560 5.803 3.761 4.877 1.317 2.257 2.324 1.991 3.169 nan 1.983 1.353 6033 chr2 39887097 39896584 + 0 NA promoter-TSS (NM_001167959) promoter-TSS (NM_001167959) -798 NM_001167959 130733 Hs.40808 NM_152390 ENSG00000152154 TMEM178A TMEM178 transmembrane protein 178A protein-coding 1.608 nan nan 0.281 0.603 0.169 0.068 0.847 1.418 0.149 0.211 0.065 0.102 0.723 0.197 0.067 0.212 0.040 0.047 0.088 0.467 0.214 1.863 0.022 0.023 0.093 0.080 0.528 nan 0.128 1.620 0.111 0.068 0.712 0.263 0.122 0.024 0.520 0.141 0.030 0.012 0.024 0.085 0.118 0.170 0.180 0.269 0.149 0.091 0.723 0.271 0.039 1.863 0.026 0.304 0.632 0.209 0.053 0.041 0.072 0.156 0.016 0.012 0.022 0.471 0.481 0.387 0.429 2.167 1.770 8.047 2.985 1.128 nan 1.417 2.085 0.524 0.846 nan 1.257 0.317 0.536 3.652 2.853 0.396 0.612 0.983 0.663 926 chr1 182325983 182340964 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 27066 NM_001033056 2752 Hs.132016 NM_002065 ENSG00000135821 GLUL GLNS|GS|PIG43|PIG59 glutamate-ammonia ligase protein-coding nan nan 1.340 0.052 0.473 0.145 0.100 0.256 0.403 0.013 0.042 0.086 0.012 0.021 0.629 0.496 0.199 0.118 0.077 0.050 0.034 0.027 0.116 0.166 0.161 0.088 0.047 0.013 0.073 0.014 0.070 0.433 0.109 1.100 0.033 0.115 0.039 0.101 0.099 0.008 0.609 0.092 0.026 0.036 0.043 0.056 0.084 0.133 0.082 0.019 0.047 0.124 0.496 0.081 0.043 0.161 0.107 0.127 0.298 0.050 0.034 0.013 5.869 0.553 0.025 0.023 0.015 0.710 0.935 1.433 1.036 0.925 nan 0.196 0.107 nan 6.270 1.901 2.269 0.912 0.974 0.928 0.752 4.213 5.762 0.205 0.162 0.641 nan 1.086 0.837 1083 chr1 208439430 208452800 + 0 NA Intergenic Intergenic -28450 NM_025179 5362 Hs.497626 NM_025179 ENSG00000076356 PLXNA2 OCT|PLXN2 plexin A2 protein-coding 1.179 1.175 1.137 0.060 0.146 1.598 0.021 0.180 0.365 0.077 0.110 0.014 0.007 0.052 0.354 1.371 0.195 0.063 0.028 0.010 0.016 0.105 0.155 0.121 0.026 0.044 0.011 0.046 0.064 0.103 0.079 0.404 0.022 0.088 0.056 0.073 0.102 0.009 0.581 0.117 0.042 0.012 0.033 0.028 0.079 0.141 0.085 0.016 0.018 0.044 0.354 0.013 0.030 0.121 0.031 0.101 0.040 0.069 0.018 2.726 0.231 0.056 0.017 0.019 9.357 11.992 3.300 1.153 0.805 0.739 1.006 0.273 nan nan 0.574 0.798 0.432 0.430 0.813 0.690 2.665 3.411 0.149 0.171 0.913 2.332 0.649 0.613 11692 chr9 109645298 109661121 + 0 NA intron (NM_001347997, intron 1 of 12) intron (NM_001347997, intron 1 of 12) 27831 NM_021224 58499 Hs.370379 NM_021224 ENSG00000148143 ZNF462 Zfp462 zinc finger protein 462 protein-coding 0.925 0.854 0.922 0.408 0.321 0.057 1.908 0.152 0.353 0.835 0.541 0.531 2.186 0.133 0.095 0.227 0.486 0.081 1.310 0.864 0.880 0.006 0.079 0.157 0.334 1.017 0.483 0.395 1.131 0.639 0.920 1.946 0.930 0.513 0.940 0.425 0.055 0.068 0.069 0.388 0.070 1.500 1.033 0.576 0.810 0.842 0.487 0.810 0.198 0.678 0.274 0.344 0.227 1.361 0.221 0.334 0.139 0.425 0.086 0.359 0.105 1.019 0.037 0.651 0.387 0.724 0.820 0.207 0.096 0.467 1.600 0.372 0.411 0.164 0.147 0.096 0.115 0.331 0.485 0.593 nan 0.687 0.520 0.121 0.145 0.163 0.230 0.655 1.626 nan 0.574 9763 chr6 73275741 73280829 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 -53286 NM_001160132 56479 Hs.445324 NM_019842 ENSG00000185760 KCNQ5 Kv7.5|MRD46 potassium voltage-gated channel subfamily Q member 5 protein-coding nan nan 0.583 0.141 0.276 0.065 0.046 0.173 0.448 0.395 0.109 0.248 0.019 0.197 0.316 0.179 0.039 0.186 0.074 0.027 0.061 0.098 0.536 0.039 0.056 0.020 0.203 0.779 0.082 0.450 0.048 0.073 0.045 0.044 0.131 0.077 0.041 0.059 0.058 0.044 0.182 0.115 0.058 0.064 0.095 0.154 0.119 0.316 0.171 0.536 0.143 0.048 0.077 0.068 1.073 0.016 0.195 0.044 0.023 0.030 0.514 0.456 0.195 0.180 0.314 0.332 0.478 0.271 21.026 21.926 0.226 0.444 0.724 1.023 0.489 0.260 0.352 0.575 0.142 0.103 0.292 0.535 0.376 0.246 6137 chr2 56339924 56347604 + 0 NA Intergenic MER5A|DNA|hAT-Charlie -26247 NR_135590 101927165 Hs.679803 NR_135590 LINC01813 - long intergenic non-protein coding RNA 1813 ncRNA 1.137 nan 1.045 0.066 0.148 0.058 0.102 0.293 0.391 0.070 0.037 0.032 0.052 0.332 0.252 0.108 0.084 0.110 0.025 0.058 0.015 0.982 0.269 0.494 0.080 0.037 0.028 0.115 0.014 0.052 0.238 0.075 0.455 0.019 0.105 0.111 0.090 0.146 0.043 0.122 0.016 0.041 0.057 0.010 0.113 0.142 0.180 0.046 0.031 0.087 0.252 0.092 0.024 0.494 0.048 0.055 0.025 0.075 0.133 0.062 3.683 0.260 0.010 0.015 0.006 5.766 9.933 5.964 4.736 0.557 0.703 2.803 0.930 2.854 2.897 0.413 0.499 0.269 0.368 0.686 0.434 3.363 5.517 0.557 0.633 0.648 1.276 1.579 0.923 3024 chr12 123531897 123637210 + 0 NA intron (NM_001300801, intron 1 of 24) intron (NM_001300801, intron 1 of 24) 10422 NM_020845 57605 Hs.272759 NM_020845 ENSG00000090975 PITPNM2 NIR-3|NIR3|RDGB2|RDGBA2 phosphatidylinositol transfer protein membrane associated 2 protein-coding 1.447 1.500 1.649 0.304 0.986 3.208 2.235 0.956 1.892 0.654 0.663 1.318 0.031 0.160 2.203 0.522 0.196 0.096 0.984 0.645 0.317 0.071 0.294 0.214 2.069 1.084 0.723 0.271 0.345 0.377 0.502 1.934 0.329 3.292 0.858 0.876 0.441 0.144 0.114 0.454 1.314 0.719 0.270 0.158 0.249 0.447 0.963 0.662 1.230 0.695 0.403 1.076 0.522 1.266 1.584 2.069 0.752 0.974 0.536 0.304 1.685 0.559 1.507 0.470 0.458 0.270 0.238 1.400 2.241 0.416 0.646 2.264 2.286 nan 0.975 0.839 0.907 1.896 2.480 4.520 4.465 1.041 1.023 1.149 1.935 1.152 1.258 0.816 2.167 2.380 1.374 1792 chr11 10877144 10882427 + 0 NA promoter-TSS (NR_034137) promoter-TSS (NR_034137) 21 NR_034137 729013 Hs.726427 NR_034137 ENSG00000247271 ZBED5-AS1 - ZBED5 antisense RNA 1 ncRNA 4.672 nan 6.548 3.914 9.883 7.380 4.104 4.326 7.423 0.938 4.430 2.884 1.248 2.131 6.849 3.880 3.500 0.368 3.576 1.330 2.762 2.573 4.148 1.885 11.231 2.978 3.797 1.779 3.422 2.053 6.017 7.529 5.335 17.270 1.338 3.081 2.039 4.155 0.127 2.097 2.395 8.422 5.112 2.696 2.459 1.870 3.403 4.206 4.312 3.058 3.291 2.837 3.880 2.452 6.488 11.231 1.366 1.743 0.665 3.577 1.920 3.594 4.420 1.496 4.074 2.652 2.099 nan 9.009 7.361 12.040 17.550 15.797 12.182 6.249 18.309 18.598 6.522 7.515 5.806 8.874 7.834 7.854 5.616 10.267 9.208 10.817 4.788 4.933 4.649 nan 8894 chr5 50254241 50271060 + 0 NA Intergenic Intergenic 3371 NR_104653 100287592 Hs.519298 NR_104653 ENSG00000251573 LINC02106 - long intergenic non-protein coding RNA 2106 ncRNA nan nan 0.759 0.158 0.447 7.393 0.169 2.143 4.016 0.017 0.051 0.076 0.022 0.071 0.579 5.111 0.106 0.067 0.244 0.034 0.019 2.651 1.317 4.047 0.081 0.030 0.031 0.077 0.075 0.221 0.421 0.149 13.927 0.052 0.052 3.977 0.543 0.149 0.014 1.103 0.060 0.079 0.056 0.052 0.050 0.080 0.267 0.091 0.168 0.080 0.036 5.111 0.103 0.044 4.047 0.058 0.044 0.184 0.241 0.097 0.052 0.028 0.132 0.014 0.038 0.015 0.142 0.102 10.509 9.054 11.404 10.821 nan 1.480 0.083 0.096 0.174 0.330 0.294 0.497 nan 4.917 0.080 0.104 12.288 11.685 0.201 0.299 3.204 1.836 662 chr1 147009344 147014959 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 72 of 94) intron (NM_001351365, intron 72 of 94) -1120 NM_004326 607 Hs.415209 NM_004326 ENSG00000116128 BCL9 LGS B cell CLL/lymphoma 9 protein-coding 3.007 nan 3.469 1.485 1.611 1.912 3.782 0.801 1.468 0.340 1.279 3.806 1.034 7.586 3.342 1.215 0.140 1.778 1.616 0.368 2.419 1.590 0.894 2.153 1.893 1.185 0.183 0.765 1.410 4.179 13.199 2.853 2.197 2.797 12.674 0.170 3.039 0.167 4.262 0.707 3.815 0.966 0.606 0.290 1.937 3.884 0.914 1.607 2.595 2.283 3.121 3.342 2.427 0.066 2.153 2.122 0.248 0.241 2.446 1.484 1.840 4.694 1.188 0.682 5.226 5.246 2.475 4.430 2.121 3.464 6.639 6.181 5.827 1.487 0.469 0.473 2.088 2.590 3.959 3.801 4.606 3.883 4.824 7.018 1.803 1.804 3.772 5.898 2.767 1.396 168 chr1 24642998 24652625 + 0 NA intron (NM_001195010, intron 1 of 15) intron (NM_001195010, intron 1 of 15) -1719 NM_021180 57822 Hs.657920 NM_021180 ENSG00000158055 GRHL3 SOM|TFCP2L4|VWS2 grainyhead like transcription factor 3 protein-coding 1.007 1.528 nan 2.201 0.955 0.924 1.398 0.267 0.747 0.357 0.681 0.581 2.091 0.096 0.939 1.118 1.674 0.118 0.711 0.494 0.066 0.058 0.036 0.087 0.462 0.690 0.567 0.228 2.166 2.627 1.256 3.205 3.251 2.495 0.480 0.307 0.040 0.045 0.104 0.378 0.116 1.496 0.196 0.195 2.302 1.241 1.588 0.238 0.866 0.237 0.597 1.239 1.118 3.418 0.411 0.462 1.031 2.267 0.151 1.574 0.172 0.206 0.064 0.247 0.072 0.021 0.439 0.491 2.330 9.400 1.215 1.239 0.729 0.140 0.705 0.860 0.215 0.429 2.702 3.136 0.308 0.230 0.606 0.704 0.451 0.407 0.299 0.456 0.372 0.395 6180 chr2 70120435 70128450 + 0 NA intron (NM_006857, intron 3 of 5) intron (NM_006857, intron 3 of 5) 3367 NM_006857 11017 Hs.54649 NM_006857 ENSG00000124380 SNRNP27 27K|RY1 small nuclear ribonucleoprotein U4/U6.U5 subunit 27 protein-coding nan nan 1.379 0.637 0.825 0.355 0.826 0.832 0.980 0.380 0.874 0.813 0.143 0.199 0.640 0.660 0.604 0.100 1.277 0.397 0.417 0.259 0.393 0.241 1.021 0.985 0.745 0.354 0.610 0.202 1.211 1.631 0.767 1.954 0.383 0.616 0.071 0.986 0.114 0.434 0.314 0.873 0.865 0.509 0.833 0.241 0.637 0.772 1.349 1.256 0.652 0.591 0.660 0.888 0.941 1.021 0.367 0.605 0.171 0.978 0.428 0.480 0.616 0.248 0.420 0.366 0.261 6.256 4.827 12.902 6.643 1.728 2.161 2.048 0.723 4.681 5.052 1.427 1.911 1.578 2.498 2.085 1.790 3.270 4.133 0.564 0.816 1.396 1.916 nan 0.530 3447 chr14 30907338 30924470 + 0 NA intron (NR_151720, intron 3 of 3) L1PA5|LINE|L1 -112425 NM_001308097 55632 Hs.509008 NM_017769 ENSG00000092140 G2E3 KIAA1333|PHF7B G2/M-phase specific E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 1.304 0.891 0.797 0.055 0.184 0.088 0.133 0.327 0.765 0.085 0.054 0.022 0.024 0.147 0.351 0.699 0.140 0.099 0.022 0.037 0.008 0.943 0.517 0.453 0.033 0.017 0.004 0.079 0.155 0.165 0.087 0.419 0.060 0.057 1.261 0.032 0.148 0.014 0.042 0.081 0.011 0.001 0.032 0.067 0.062 0.111 0.105 0.050 0.036 0.035 0.351 0.067 0.092 0.453 0.024 0.048 0.040 0.017 0.065 0.051 0.062 0.094 0.009 0.018 0.006 0.151 0.222 0.171 0.193 0.516 0.767 3.840 2.992 0.452 0.417 2.455 3.263 0.407 0.431 0.713 0.352 0.129 0.209 4.547 3.268 0.257 0.405 0.716 0.582 10867 chr8 27929372 27952639 + 0 NA intron (NM_001010906, intron 1 of 18) L1MC3|LINE|L1 383 NM_001010906 389643 Hs.370129 NM_001010906 ENSG00000189233 NUGGC C8orf80|HMFN0672|SLIP-GC nuclear GTPase, germinal center associated protein-coding nan 0.868 nan 0.333 0.479 0.311 0.269 0.263 0.630 0.089 0.272 1.266 0.155 0.172 0.336 0.806 0.296 0.124 0.195 0.065 0.739 0.184 0.406 0.223 0.549 0.436 0.326 0.233 0.217 0.154 0.242 0.487 0.149 0.456 0.289 0.353 0.106 0.586 0.082 0.056 0.073 0.372 0.773 0.382 0.254 0.141 0.727 0.557 1.093 0.282 0.301 0.380 0.806 0.141 0.290 0.549 0.231 0.182 0.126 1.069 0.584 0.350 4.669 0.292 0.473 0.126 0.085 1.471 1.428 0.857 1.231 nan 1.526 nan 0.840 1.393 1.445 0.452 0.661 0.909 1.420 1.422 1.182 1.879 2.919 0.763 0.924 0.814 1.131 nan nan 10030 chr6 154759815 154836055 + 0 NA intron (NM_173515, intron 1 of 12) Tigger15a|DNA|TcMar-Tigger 33858 NM_173515 154043 Hs.16064 NM_173515 ENSG00000153721 CNKSR3 CNK3|CNK3/IPCEF1|MAGI1 CNKSR family member 3 protein-coding nan 1.646 1.054 0.089 2.433 0.634 0.378 1.124 2.105 0.140 0.347 0.792 0.076 0.651 0.544 0.313 0.910 0.191 0.395 0.137 0.167 0.085 1.845 1.128 3.573 0.364 0.224 0.217 0.234 0.068 0.443 nan 0.356 4.060 0.152 0.150 0.135 0.208 0.115 0.095 0.150 0.184 0.229 0.149 0.112 0.277 0.110 0.165 0.339 0.506 0.066 0.162 0.313 0.571 0.337 3.573 0.112 0.151 0.079 0.156 1.776 0.410 0.577 0.062 0.219 0.137 0.078 1.018 1.223 2.709 5.130 2.588 nan 4.177 2.151 1.653 1.660 0.092 0.170 4.905 4.986 0.541 0.331 0.595 1.015 0.688 0.616 0.228 nan 1.794 0.763 8007 chr3 171802029 171825864 + 0 NA intron (NM_001135095, intron 1 of 25) intron (NM_001135095, intron 1 of 25) 55602 NM_001135095 64778 Hs.744888 NM_022763 ENSG00000075420 FNDC3B FAD104|PRO4979|YVTM2421 fibronectin type III domain containing 3B protein-coding 1.345 1.423 1.007 0.809 0.525 0.065 0.751 0.267 0.662 0.474 0.365 0.411 7.791 0.170 0.116 0.184 0.607 0.107 0.584 0.213 0.523 0.012 0.517 0.358 0.818 0.607 0.244 0.105 0.798 0.523 1.072 1.635 1.858 0.187 0.368 0.207 0.239 0.242 0.093 0.064 0.096 0.170 0.079 0.089 0.523 0.245 0.777 0.164 0.300 0.188 0.159 0.501 0.184 0.861 0.733 0.818 0.220 0.110 0.060 0.092 0.059 0.319 0.227 0.239 0.042 0.022 0.011 0.411 0.358 0.829 2.353 0.386 0.455 0.536 0.195 0.321 0.317 0.849 1.244 2.383 3.606 0.714 0.359 0.372 0.612 1.454 1.692 0.399 0.721 0.444 0.480 3156 chr13 50150773 50174324 + 0 NA Intergenic Intergenic -2829 NM_001352501 55213 Hs.508021 NM_018191 ENSG00000136144 RCBTB1 CLLD7|CLLL7|GLP|RDEOA RCC1 and BTB domain containing protein 1 protein-coding 1.336 nan nan 0.332 0.627 0.281 0.458 0.143 0.354 0.061 0.360 0.196 0.090 0.222 0.516 0.349 0.413 0.144 0.460 0.145 0.078 0.159 0.245 0.163 0.686 0.276 0.246 0.122 0.196 0.241 0.861 1.713 0.332 0.562 0.137 0.221 0.044 0.341 0.076 0.111 0.170 0.626 0.325 0.209 0.180 0.378 0.348 0.322 0.418 0.369 0.289 0.331 0.349 0.462 0.436 0.686 0.245 0.326 0.166 0.487 0.156 0.141 1.564 0.905 0.203 0.127 0.078 2.166 1.835 0.750 0.725 1.434 1.399 nan 0.596 0.818 0.778 0.483 0.700 1.077 1.438 0.850 0.639 1.869 2.986 0.336 0.289 2.074 nan 0.389 0.280 2728 chr12 58816900 58822087 + 0 NA Intergenic Intergenic -165991 NR_126341 100506869 Hs.290456 NR_126341 ENSG00000258231 LOC100506869 - uncharacterized LOC100506869 ncRNA nan 1.504 0.852 4.849 0.519 0.011 2.862 0.062 0.236 0.479 1.253 3.188 0.443 0.154 0.070 0.740 1.971 0.247 2.879 1.900 0.968 0.034 0.321 0.502 0.324 4.595 3.957 0.100 3.261 4.320 4.632 6.303 3.609 1.232 4.988 3.774 0.273 0.064 0.098 4.229 0.062 0.231 0.536 0.392 2.709 3.812 1.618 6.582 1.983 0.138 2.802 4.336 0.740 3.056 26.458 0.324 2.830 2.465 0.037 0.091 0.353 3.558 0.451 0.064 3.183 2.664 3.502 nan 0.695 0.856 2.126 0.515 nan 2.967 0.458 0.492 0.686 0.778 nan 0.936 nan 0.548 0.142 0.291 0.776 1.722 2.097 0.192 0.268 1.800 1.085 10619 chr7 115927132 116047753 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -60661 NR_130922 102724434 Hs.667624 NR_130921 ENSG00000237870 LOC102724434 - uncharacterized LOC102724434 ncRNA nan 0.571 0.648 0.848 0.093 0.037 1.712 0.098 0.161 0.227 0.621 1.150 0.502 0.034 0.123 0.087 0.819 0.177 0.648 0.373 0.722 0.013 0.112 0.169 0.082 0.362 0.194 0.140 0.923 0.722 0.165 0.496 0.483 0.301 0.679 0.675 0.016 6.336 0.285 0.424 0.025 1.180 0.280 0.179 0.840 0.535 0.460 2.178 0.385 0.522 0.115 0.327 0.087 0.446 0.848 0.082 0.185 0.380 0.017 0.678 0.051 0.640 0.192 0.070 0.561 0.448 0.488 0.478 0.354 0.254 0.467 0.199 0.238 0.118 0.083 0.297 0.314 0.497 0.825 0.205 0.237 0.372 0.159 0.265 0.448 0.084 0.107 0.163 0.246 0.532 0.701 8594 chr4 153268408 153304334 + 0 NA intron (NM_033632, intron 2 of 11) L2c|LINE|L2 -12261 NM_018315 55294 Hs.561245 NM_018315 ENSG00000109670 FBXW7 AGO|CDC4|FBW6|FBW7|FBX30|FBXO30|FBXW6|SEL-10|SEL10|hAgo|hCdc4 F-box and WD repeat domain containing 7 protein-coding nan 1.108 0.791 0.125 0.754 0.098 0.111 3.086 5.732 0.204 0.126 0.059 0.041 1.197 0.174 0.281 0.230 0.049 0.127 0.040 0.032 0.023 0.456 0.353 0.737 0.081 0.024 0.029 0.117 0.079 0.117 0.390 0.055 0.547 0.069 0.317 0.064 0.112 0.107 0.072 0.223 0.046 0.022 0.020 0.046 0.036 0.115 0.128 0.100 0.038 0.059 0.065 0.281 0.131 0.088 0.737 0.051 0.312 0.014 0.008 0.355 0.078 0.489 0.063 0.047 0.064 0.050 0.452 0.590 0.706 1.185 0.763 1.036 1.558 0.610 2.748 2.695 0.421 0.618 2.351 2.513 0.644 0.441 0.450 0.818 0.385 0.366 0.251 0.568 0.960 0.542 3992 chr15 63136502 63150148 + 0 NA Intergenic Intergenic 27169 NR_029709 406965 NR_029709 ENSG00000211137 MIR190A MIR190|MIRN190|hsa-mir-190a|miR-190|mir-190a microRNA 190a ncRNA 0.742 0.758 nan 2.640 0.073 0.070 1.407 0.082 0.234 0.804 0.902 2.280 0.046 0.036 0.098 0.100 0.340 0.097 0.654 0.596 2.793 0.021 0.163 0.120 0.123 1.090 0.543 0.762 0.351 2.202 0.236 0.562 0.554 0.376 1.898 0.130 0.037 0.048 0.072 0.833 0.047 3.177 1.475 0.633 1.028 0.572 2.507 5.083 0.790 1.025 0.090 1.071 0.100 1.337 0.540 0.123 0.297 1.053 0.057 0.913 0.103 0.949 0.044 0.092 0.950 0.976 0.555 0.266 0.166 0.564 2.311 0.261 0.296 nan 0.115 0.186 0.185 0.341 0.526 0.374 0.428 0.647 0.303 0.274 0.257 0.086 0.150 0.328 0.621 0.349 0.263 3439 chr14 30203583 30232591 + 0 NA intron (NM_001330069, intron 1 of 18) intron (NM_001330069, intron 1 of 18) 178215 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.509 0.864 1.393 0.084 0.346 0.186 0.179 0.381 0.602 0.003 0.088 0.447 0.020 0.124 0.158 0.329 1.339 0.145 0.102 0.013 0.031 0.120 0.377 0.286 0.585 0.172 0.075 0.008 0.105 0.036 2.003 9.190 0.153 0.448 0.151 1.018 0.308 0.093 0.115 0.192 0.092 0.049 0.029 0.027 0.037 0.032 0.086 0.147 0.177 0.076 0.134 0.076 0.329 0.069 0.032 0.585 0.076 0.031 0.043 0.040 0.871 0.060 0.035 0.089 0.063 0.036 0.019 0.188 0.139 0.496 0.430 0.556 0.653 2.404 0.722 0.242 0.278 3.732 4.330 1.337 1.106 0.624 0.276 0.128 0.196 1.566 1.706 0.208 0.457 0.652 0.538 124 chr1 17989012 18015365 + 0 NA intron (NM_001011722, intron 24 of 26) intron (NM_001011722, intron 24 of 26) 57380 NM_001319838 55160 Hs.443460 NM_018125 ENSG00000074964 ARHGEF10L GrinchGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 10 like protein-coding 0.966 0.722 nan 0.058 0.037 2.580 0.068 0.214 0.402 0.018 0.109 0.052 0.017 0.069 0.208 0.439 0.123 0.049 0.161 0.021 0.050 0.026 0.117 0.109 0.176 0.050 0.028 0.113 0.049 0.008 0.083 0.322 0.069 1.158 0.073 0.011 0.082 0.100 0.005 0.142 0.094 0.034 0.015 0.033 0.058 0.029 0.133 0.090 0.057 0.021 0.059 0.439 0.110 0.020 0.176 0.023 0.095 0.360 0.119 0.062 0.052 1.119 0.070 0.020 0.010 1.746 2.836 0.806 0.517 0.844 0.756 0.427 0.157 0.556 nan 0.927 nan 0.288 0.615 nan 1.739 0.682 1.281 0.071 0.088 0.330 0.560 0.923 0.631 9821 chr6 105760867 105780937 + 0 NA intron (NM_002726, intron 10 of 14) intron (NM_002726, intron 10 of 14) 80097 NM_002726 5550 Hs.436564 NM_002726 ENSG00000085377 PREP PE|PEP prolyl endopeptidase protein-coding 1.973 nan nan 0.234 0.807 0.337 0.452 2.801 5.258 0.255 0.191 0.224 0.012 0.039 0.513 1.843 0.228 0.105 0.530 0.331 0.145 0.028 0.423 0.265 0.482 0.176 0.130 0.098 0.229 0.146 0.152 0.379 0.141 0.623 0.285 0.143 0.413 0.075 0.149 0.276 0.577 1.635 0.069 0.078 0.174 0.184 0.225 0.104 0.069 0.397 0.012 0.083 1.843 0.320 0.817 0.482 0.006 0.066 0.591 0.070 0.076 0.569 0.143 0.104 0.171 0.066 0.036 1.234 1.591 1.372 2.807 0.575 nan 0.896 0.325 0.356 0.380 0.833 1.248 1.473 1.496 nan 1.164 0.401 0.728 1.673 2.842 0.231 0.600 1.544 0.801 1429 chr10 33615255 33642107 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -4848 NM_001244973 8829 Hs.131704 NM_003873 ENSG00000099250 NRP1 BDCA4|CD304|NP1|NRP|VEGF165R neuropilin 1 protein-coding 0.896 2.324 1.260 0.920 0.128 0.628 2.660 0.352 0.724 0.238 3.788 3.313 0.012 0.167 0.459 0.545 3.915 0.354 1.674 0.826 2.877 1.227 0.310 0.197 0.198 1.799 2.245 0.325 3.776 1.399 1.652 2.044 1.916 0.892 0.713 0.377 0.180 0.053 0.083 2.197 0.404 0.457 0.288 0.238 2.500 1.716 1.384 1.905 2.888 0.173 2.097 1.786 0.545 0.858 2.070 0.198 0.661 0.768 0.166 0.596 1.810 1.217 0.569 0.028 2.288 0.328 0.252 0.646 0.620 1.587 nan 1.303 1.079 1.192 0.459 5.385 5.265 0.129 0.219 0.629 0.682 0.246 0.211 0.777 2.333 0.399 0.541 0.116 0.180 0.495 0.366 11836 chr9 136736756 136763500 + 0 NA intron (NM_003371, intron 2 of 26) intron (NM_003371, intron 2 of 26) 107318 NM_003371 7410 Hs.369921 NM_003371 ENSG00000160293 VAV2 VAV-2 vav guanine nucleotide exchange factor 2 protein-coding nan 2.850 1.825 0.763 3.002 5.723 1.130 0.755 1.425 0.993 0.473 0.120 0.787 1.510 0.416 0.766 0.300 0.158 1.394 0.707 0.524 0.037 2.629 1.334 1.458 0.560 0.321 0.471 1.016 0.347 0.698 2.713 0.371 3.805 1.432 0.266 1.567 0.101 0.065 0.154 1.098 3.332 0.285 0.204 0.197 0.973 0.850 0.149 0.626 0.291 0.030 0.858 0.766 1.884 0.069 1.458 0.425 2.163 0.560 0.848 3.603 0.854 0.665 0.157 0.704 0.209 0.112 0.416 0.694 0.254 0.460 4.330 4.751 nan 1.714 0.303 0.313 0.297 0.504 6.362 5.977 2.102 2.342 0.717 1.127 3.921 4.007 0.406 0.538 2.424 1.261 11742 chr9 117443954 117459787 + 0 NA Intergenic MER113|DNA|hAT-Charlie -7501 NR_133056 100505478 Hs.200101 NM_001199233 ENSG00000230601 TEX48 - testis expressed 48 protein-coding 0.595 0.796 nan 0.158 0.215 0.401 3.092 0.112 0.183 0.324 0.589 1.849 0.020 0.012 0.067 0.178 0.237 0.083 1.126 0.791 0.698 0.009 0.129 0.090 0.370 0.844 0.286 0.141 1.342 0.903 0.832 nan 0.520 0.460 0.729 0.275 0.048 0.055 0.070 0.870 0.291 1.171 0.454 0.294 0.311 0.723 0.201 1.076 0.123 0.299 0.084 0.221 0.178 2.224 1.279 0.370 0.170 0.377 0.043 0.318 0.115 1.143 0.074 0.047 0.593 0.642 0.484 0.240 0.222 0.729 2.412 0.523 0.729 0.290 0.109 0.311 0.343 0.143 0.248 0.757 nan 0.545 0.307 0.225 0.237 0.239 0.221 0.169 0.206 nan 0.459 11436 chr9 7283152 7291745 + 0 NA Intergenic Intergenic 512358 NM_001318058 90871 Hs.7517 NM_033428 ENSG00000137038 DMAC1 C9orf123|TMEM261 distal membrane arm assembly complex 1 protein-coding 0.609 1.697 0.674 0.034 0.206 6.979 0.054 0.244 0.268 0.038 0.043 0.371 0.606 0.057 0.038 0.049 0.567 0.292 0.195 0.024 0.034 0.048 0.084 0.029 0.025 0.712 0.038 0.267 0.025 0.102 0.110 0.037 0.007 0.037 0.006 0.027 0.045 0.113 0.130 0.019 0.037 0.016 0.606 0.083 0.011 0.195 0.019 0.023 0.013 0.201 0.058 0.044 0.026 0.013 0.012 0.146 0.125 0.187 0.253 0.471 0.877 8.557 2.336 0.091 0.082 0.257 0.537 0.509 0.453 0.387 0.153 0.184 0.169 1.661 0.906 0.325 nan 4.349 1.944 4259 chr16 15968153 15984568 + 0 NA intron (NM_001304500, intron 1 of 3) AluSc8|SINE|Alu 6146 NR_130757 123811 Hs.514179 NM_144600 ENSG00000133393 FOPNL C16orf63|FOR20|PHSECRG2 FGFR1OP N-terminal like protein-coding 1.350 1.261 nan 0.873 1.438 0.308 2.700 0.421 0.707 0.571 4.841 3.107 0.064 0.183 0.499 0.704 0.536 0.196 1.078 0.635 1.567 0.237 0.191 0.237 0.685 3.399 3.023 0.400 0.728 0.290 1.209 2.363 0.852 1.595 0.578 11.376 0.128 0.436 0.104 0.397 0.299 0.792 0.430 0.229 0.739 0.449 2.001 1.333 2.772 0.671 1.057 3.401 0.704 0.962 2.590 0.685 1.790 0.801 0.279 0.737 0.396 0.841 0.260 0.359 0.630 0.354 0.291 0.775 0.745 0.765 1.019 0.805 0.886 3.209 0.687 2.387 2.321 0.902 1.180 3.927 4.692 nan 1.219 0.816 1.108 0.810 2.132 0.820 1.163 1.279 0.817 2536 chr12 22776638 22782709 + 0 NA intron (NM_001039481, intron 1 of 2) intron (NM_001039481, intron 1 of 2) 1597 NM_001039481 55500 Hs.29464 NM_018638 ENSG00000139163 ETNK1 EKI|EKI 1|EKI1|Nbla10396 ethanolamine kinase 1 protein-coding nan nan nan 3.868 7.131 1.591 2.325 1.857 3.999 1.022 3.894 2.689 0.489 1.652 1.588 1.435 0.739 0.026 5.145 1.469 0.937 0.503 2.940 1.347 3.692 1.129 0.903 0.582 2.459 1.043 2.913 3.919 4.118 5.908 1.106 2.142 0.267 2.098 0.129 0.916 1.097 1.668 1.766 0.911 1.600 1.041 2.633 2.599 3.706 3.691 1.694 2.249 1.435 6.570 1.600 3.692 0.828 1.226 0.830 3.746 0.957 1.067 2.733 1.566 1.677 1.243 0.758 2.448 2.452 7.232 10.601 7.942 6.750 7.875 4.989 18.293 18.901 3.857 4.611 4.414 8.861 4.278 4.440 3.839 8.019 3.144 3.163 4.447 5.464 1.939 0.890 5856 chr2 2950656 2956449 + 0 NA intron (NR_110228, intron 5 of 6) MIRb|SINE|MIR 176246 NR_110228 101927554 Hs.638446 NR_110228 ENSG00000234423 LINC01250 - long intergenic non-protein coding RNA 1250 ncRNA 0.496 1.043 0.576 0.065 0.272 10.356 0.073 0.464 0.554 0.068 0.035 0.873 0.324 0.069 0.055 0.019 0.022 0.108 0.113 0.431 0.024 0.013 0.059 0.028 0.052 0.085 4.242 0.025 0.038 0.029 0.018 0.118 0.082 0.146 0.021 0.014 0.020 0.052 0.082 0.173 0.071 0.024 0.014 0.034 0.324 0.036 0.431 0.042 0.028 0.051 0.040 0.275 0.014 0.018 0.073 0.039 0.017 0.009 0.248 0.226 0.242 0.308 1.552 1.233 0.809 0.287 0.078 0.056 0.222 0.525 4.417 2.891 0.326 0.211 0.095 0.182 0.044 0.047 0.300 0.252 1.068 0.696 4988 chr17 73193971 73203803 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2644 NM_001330472 79902 Hs.362817 NM_024844 ENSG00000125450 NUP85 FROUNT|Nup75 nucleoporin 85 protein-coding 3.298 2.519 2.813 1.893 2.834 1.123 4.973 2.218 3.838 0.544 2.851 1.540 0.644 0.578 1.526 1.939 1.928 0.649 3.094 1.369 1.414 1.436 1.280 0.795 2.429 1.903 1.740 1.280 2.368 1.527 3.329 6.856 1.817 5.522 1.639 2.779 0.790 2.752 0.257 1.149 1.010 3.147 2.801 1.337 1.954 0.825 2.463 2.205 2.776 2.289 1.268 2.217 1.939 4.051 1.592 2.429 1.582 1.650 0.732 2.338 1.600 1.870 0.881 1.192 1.113 1.164 0.786 4.383 4.292 4.186 5.756 4.358 4.444 4.727 2.358 3.331 3.665 nan 3.944 4.158 6.150 6.719 6.504 3.374 4.847 3.361 4.369 3.547 4.643 nan 0.945 6875 chr20 20156993 20224425 + 0 NA intron (NM_015585, intron 17 of 26) intron (NM_015585, intron 17 of 26) 153419 NM_001167816 26074 Hs.729168 NM_015585 ENSG00000089101 CFAP61 C20orf26|CaM-IP3|dJ1002M8.3|dJ1178H5.4 cilia and flagella associated protein 61 protein-coding 1.861 1.517 nan 0.028 1.838 0.939 0.030 1.168 2.208 0.013 0.124 0.153 0.016 0.449 2.540 0.671 0.113 0.084 0.032 0.006 0.023 0.010 1.174 0.657 2.053 0.025 0.023 0.013 0.058 0.009 0.065 0.099 0.124 1.917 0.028 0.149 0.930 0.037 0.078 0.011 0.966 0.075 0.029 0.024 0.028 0.037 0.097 0.143 0.068 0.019 0.013 0.024 0.671 0.033 0.019 2.053 0.047 0.098 0.976 0.043 2.033 0.034 0.211 2.118 0.026 0.025 0.015 0.715 0.972 0.226 0.631 2.658 2.317 6.858 2.387 0.239 0.281 1.599 2.237 4.126 3.909 3.116 2.809 0.349 0.569 3.480 4.428 0.536 1.397 2.343 1.242 3611 chr14 61640870 61659830 + 0 NA Intergenic Intergenic 98180 NM_001017970 161291 Hs.146180 NM_001017970 ENSG00000182107 TMEM30B CDC50B transmembrane protein 30B protein-coding nan nan 0.895 1.865 0.255 0.243 1.599 0.202 0.391 0.081 1.409 2.392 0.016 0.042 0.372 0.754 2.597 0.195 1.382 0.549 0.644 0.022 0.091 0.056 0.303 4.115 3.226 0.093 1.237 1.514 0.363 0.791 0.331 1.291 1.605 0.742 0.133 0.081 0.112 1.388 0.253 2.436 4.354 1.754 1.212 0.370 0.725 11.365 1.058 1.086 0.512 0.683 0.754 0.716 0.278 0.303 0.569 0.209 0.072 1.103 0.042 2.691 0.052 0.065 4.630 2.917 3.077 0.296 0.233 0.332 0.597 0.530 0.562 0.494 0.207 nan 0.718 0.159 0.276 0.686 nan 0.604 0.271 0.356 0.398 0.702 0.886 0.151 0.273 0.963 0.718 2483 chr12 11945137 11977419 + 0 NA intron (NM_001987, intron 2 of 7) intron (NM_001987, intron 2 of 7) 158490 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.938 1.144 1.751 0.622 4.335 0.343 0.379 1.529 2.763 0.095 0.992 1.816 0.156 0.865 0.387 0.360 0.333 0.070 0.491 0.266 0.359 0.021 1.730 0.999 3.281 0.419 0.152 0.025 0.318 0.180 0.371 2.297 0.355 2.776 0.249 0.083 0.106 0.102 0.115 0.446 0.042 0.431 0.153 0.132 0.370 0.189 0.476 0.488 0.207 0.333 0.037 0.173 0.360 0.359 0.295 3.281 0.228 0.122 0.057 0.232 0.330 0.280 0.064 0.118 0.627 0.048 0.028 0.222 0.192 2.344 3.049 nan 2.936 10.427 4.922 1.283 1.449 0.770 1.161 4.353 5.825 0.558 0.443 0.282 0.390 0.494 0.578 0.306 0.557 1.951 1.033 9480 chr6 19798988 19815078 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 -2043 NR_134651 100506885 Hs.346489 NR_134649 ENSG00000228412 LOC100506885 - uncharacterized LOC100506885 ncRNA 2.129 nan 1.793 0.366 2.236 0.909 0.704 1.607 3.062 0.328 0.783 0.741 2.137 0.245 1.846 3.177 2.432 0.251 0.643 0.283 7.616 0.534 0.790 0.500 6.938 1.009 0.821 0.750 0.339 0.092 0.533 1.807 2.642 4.482 0.363 1.835 0.584 4.489 0.171 0.449 2.026 2.603 0.240 0.127 0.374 0.162 0.215 0.347 2.208 1.284 1.524 1.147 3.177 1.756 0.478 6.938 0.897 1.617 0.695 2.185 1.374 0.643 0.722 0.250 0.476 0.032 0.006 1.677 1.160 4.544 6.799 2.734 2.449 3.982 1.826 4.709 4.754 2.010 2.455 0.656 0.795 1.294 0.691 0.871 1.098 2.503 3.418 1.212 1.392 2.511 1.395 9782 chr6 80273136 80285223 + 0 NA Intergenic MER4D1|LTR|ERV1 -32032 NM_001122769 167691 Hs.21945 NM_181714 ENSG00000135338 LCA5 C6orf152 LCA5, lebercilin protein-coding 0.923 1.253 nan 0.942 0.459 1.322 0.295 0.424 0.622 0.207 0.083 0.107 1.082 0.157 0.324 0.902 0.189 0.094 0.663 0.236 0.079 0.118 0.379 0.237 1.209 0.142 0.006 0.018 0.541 0.302 0.922 1.400 0.708 0.851 0.266 0.032 0.078 0.260 0.120 0.039 0.276 0.046 0.035 0.019 0.199 0.417 0.972 0.066 0.044 0.127 0.019 0.121 0.902 0.409 0.216 1.209 0.310 0.248 0.121 0.028 0.310 0.039 1.122 0.101 0.260 0.194 0.858 0.700 6.193 10.010 0.940 1.189 1.115 0.407 0.659 0.625 1.265 1.572 0.996 0.864 0.660 0.321 1.078 2.159 0.355 0.688 0.225 0.439 1.111 0.648 6098 chr2 50235151 50253965 + 0 NA intron (NM_138735, intron 4 of 5) intron (NM_138735, intron 4 of 5) -43217 NM_001320156 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 0.991 nan 0.778 0.061 0.155 4.347 0.034 0.139 0.291 0.010 0.078 0.025 0.013 0.037 0.615 0.483 0.079 0.060 0.107 0.010 0.030 0.015 0.424 0.357 0.687 0.004 0.011 0.020 0.061 0.017 0.071 0.079 0.075 0.764 0.031 0.080 0.166 0.057 0.095 0.006 0.127 0.151 0.029 0.012 0.017 0.028 0.116 0.133 0.035 0.034 0.042 0.018 0.483 0.034 0.025 0.687 0.026 0.039 0.696 0.096 0.103 0.020 0.047 0.230 0.016 0.021 0.019 0.344 0.145 0.201 0.257 0.759 0.796 0.498 0.194 0.483 0.473 1.507 1.739 0.516 0.662 0.500 0.242 0.093 0.184 0.383 0.507 0.499 0.749 0.706 0.557 11699 chr9 111228457 111243238 + 0 NA Intergenic Intergenic 382428 NM_006686 10880 Hs.534390 NM_006686 ENSG00000148156 ACTL7B Tact1 actin like 7B protein-coding 0.691 0.967 nan 0.321 0.266 0.008 4.490 0.234 0.386 0.123 0.232 1.317 0.004 0.054 0.157 0.148 1.603 0.141 1.382 1.015 0.413 0.009 0.211 0.162 0.240 0.903 0.351 0.045 0.855 0.839 0.299 nan 0.375 0.859 2.300 1.451 0.122 0.029 0.073 1.862 0.011 0.302 0.199 0.201 1.365 0.940 0.215 5.064 0.589 0.235 0.389 0.158 0.148 1.898 0.863 0.240 0.330 1.547 0.045 0.055 0.185 1.406 0.007 0.202 0.643 0.039 0.007 0.210 0.142 0.482 1.031 0.288 0.451 0.465 0.200 0.257 0.251 0.130 0.157 0.358 nan 0.658 0.282 0.112 0.142 0.728 2.075 0.257 0.562 nan 0.482 11386 chr8 144675182 144682123 + 0 NA intron (NM_001130055, intron 1 of 8) intron (NM_001130055, intron 1 of 8) 931 NM_001130057 1936 Hs.333388 NM_001960 ENSG00000104529 EEF1D EF-1D|EF1D|FP1047 eukaryotic translation elongation factor 1 delta protein-coding 5.892 3.161 nan 5.035 4.625 4.808 3.166 2.476 4.339 3.172 5.378 1.277 1.534 3.746 3.105 2.967 1.791 0.326 4.271 1.307 3.572 2.971 1.064 0.590 5.537 1.921 2.774 2.436 4.710 1.429 4.053 5.887 2.608 9.487 2.863 2.419 0.675 1.769 0.049 1.341 1.903 4.439 4.060 2.218 2.118 1.044 3.597 2.840 4.691 5.934 2.871 2.306 2.967 6.432 2.191 5.537 1.183 3.334 0.759 7.134 3.623 1.508 0.855 1.039 1.407 1.908 1.380 3.272 3.229 3.473 5.942 nan 7.823 nan 2.297 8.165 9.117 1.708 2.795 3.584 5.760 3.369 4.016 2.976 4.221 4.043 3.420 3.739 3.153 2.971 1.566 8202 chr3 197144005 197156865 + 0 NA Intergenic Intergenic 86097 NR_145451 100129516 Hs.635286 NR_145451 LINC02012 - long intergenic non-protein coding RNA 2012 ncRNA nan 1.469 1.039 0.800 0.089 0.663 2.163 0.283 0.418 0.126 0.356 0.661 0.077 0.039 0.132 0.341 0.671 0.112 1.047 0.854 0.056 0.043 0.278 0.152 0.159 4.326 2.620 0.075 0.732 0.948 0.697 nan 0.258 nan 1.019 0.109 0.022 0.101 0.079 0.202 0.198 1.121 0.220 0.096 0.835 0.462 0.502 0.282 0.184 0.396 0.080 0.859 0.341 1.200 0.327 0.159 0.275 0.102 0.105 0.082 0.055 0.933 0.038 0.424 0.442 0.066 0.028 0.315 0.255 1.230 2.472 0.465 0.494 0.422 0.135 0.614 0.800 0.552 1.037 0.447 0.621 1.233 0.758 0.194 0.239 0.121 0.203 0.745 1.989 0.528 0.540 6679 chr2 224557143 224566685 + 0 NA Intergenic Intergenic -94697 NM_003469 7857 Hs.516726 NM_003469 ENSG00000171951 SCG2 CHGC|EM66|SN|SgII secretogranin II protein-coding nan 1.082 1.699 3.907 0.469 0.064 4.701 0.405 0.829 0.228 0.446 1.337 0.000 0.356 0.074 1.904 0.298 0.151 3.019 2.071 1.270 0.014 0.114 0.163 0.254 2.210 1.062 0.230 1.926 1.938 3.230 6.024 0.888 nan 4.601 2.080 0.233 0.080 0.108 3.336 0.066 0.565 0.235 0.212 0.959 1.441 0.539 0.677 2.280 2.341 0.549 1.560 1.904 1.891 2.268 0.254 0.733 1.549 0.020 1.709 1.441 1.939 0.062 0.065 2.011 0.272 0.256 0.345 0.219 0.189 0.388 0.246 0.353 1.372 0.318 0.189 0.226 0.464 0.695 1.496 nan 0.327 0.159 0.100 0.175 0.927 2.742 0.271 nan 0.914 0.541 2259 chr11 112262029 112278769 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -82556 NR_120559 101928823 Hs.126118 NR_120559 ENSG00000254968 LOC101928823 - uncharacterized LOC101928823 ncRNA 0.529 1.658 0.586 0.073 0.825 0.242 0.051 1.295 2.599 0.029 0.210 0.192 0.071 0.030 0.921 0.504 0.036 0.019 0.017 0.023 0.090 0.535 0.255 4.253 0.095 0.022 0.022 0.070 0.044 0.070 0.059 0.610 0.044 0.068 0.091 0.045 0.130 0.014 1.064 0.193 0.043 0.009 0.079 0.074 0.109 0.184 0.053 0.043 0.024 0.179 0.504 0.027 0.033 4.253 0.051 0.025 0.064 0.031 0.024 0.029 0.106 0.029 0.014 0.017 0.012 0.852 nan 0.304 0.340 3.987 3.878 7.935 2.907 0.237 0.329 0.211 nan 2.167 2.700 0.409 0.214 0.431 0.672 1.252 0.651 0.172 0.204 3.368 2.008 10507 chr7 94020427 94056777 + 0 NA intron (NM_000089, intron 16 of 51) intron (NM_000089, intron 16 of 51) 14729 NM_000089 1278 Hs.489142 NM_000089 ENSG00000164692 COL1A2 EDSARTH2|EDSCV|OI4 collagen type I alpha 2 chain protein-coding nan 0.635 nan 0.040 0.095 0.044 0.056 0.111 0.340 0.018 0.169 3.519 0.010 0.025 0.098 0.151 1.694 0.176 0.085 0.041 0.083 0.738 0.138 0.144 0.169 0.027 0.023 0.083 0.146 0.064 0.086 0.192 0.150 0.235 0.044 0.207 0.228 0.131 0.143 0.084 0.087 0.104 0.022 0.015 0.021 0.040 0.109 0.803 0.186 0.111 0.035 0.051 0.151 0.073 0.044 0.169 0.108 0.043 0.147 0.093 0.067 0.192 0.049 0.130 0.123 0.056 0.019 0.358 0.201 0.194 0.280 0.395 0.458 0.766 0.206 0.268 0.276 2.085 2.627 0.300 0.438 0.789 0.388 0.178 0.314 0.826 1.191 0.506 nan 2.026 1.083 11364 chr8 143136378 143148620 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -62842 NR_130468 100616374 NR_130468 ENSG00000265612 MIR4539 - microRNA 4539 ncRNA 1.075 0.610 nan 0.077 0.093 4.817 0.076 0.308 0.667 0.016 0.071 0.030 0.020 4.675 1.463 0.187 0.086 0.067 0.061 0.036 0.011 0.063 0.106 3.325 0.046 0.006 0.018 0.062 0.017 0.615 3.427 0.765 1.014 0.048 0.057 0.055 0.053 0.087 0.019 0.046 0.113 0.030 0.013 0.018 0.062 0.047 0.146 0.166 0.075 0.019 0.048 0.187 0.053 0.030 3.325 0.040 0.099 0.033 0.025 0.049 0.051 0.043 0.024 0.025 0.252 0.202 0.107 0.083 nan 11.446 nan 0.065 0.169 0.216 0.326 0.616 3.293 2.426 0.454 0.256 0.304 0.350 0.142 0.145 0.242 0.293 0.358 0.348 10990 chr8 61892885 61938375 + 0 NA Intergenic Intergenic -35323 NR_034003 100130298 Hs.636194 NR_034003 LOC100130298 - hCG1816373-like ncRNA 2.231 1.040 2.116 0.041 1.183 0.285 0.542 0.888 1.611 0.015 0.212 0.350 0.014 0.101 0.195 0.646 0.063 0.071 0.343 0.409 0.025 0.006 1.779 0.969 1.178 0.256 0.099 0.032 0.133 0.123 0.157 0.653 0.084 1.198 0.333 0.088 1.041 0.026 0.071 0.350 0.408 0.316 0.071 0.067 0.083 0.109 0.087 0.227 0.086 0.173 0.036 0.095 0.646 0.217 0.047 1.178 0.120 0.036 12.991 0.058 3.539 0.113 0.214 0.344 0.303 0.024 0.013 0.366 0.496 0.293 0.413 1.621 1.671 2.939 0.819 0.113 0.121 0.614 nan 1.354 1.051 nan 0.853 0.271 0.460 3.824 3.422 0.444 1.102 5.130 2.383 7694 chr3 97719896 97733226 + 0 NA intron (NR_047685, intron 7 of 9) intron (NR_047685, intron 7 of 9) 27587 NM_001105580 200959 Hs.534578 NM_001105580 ENSG00000183185 GABRR3 - gamma-aminobutyric acid type A receptor rho3 subunit (gene/pseudogene) protein-coding 1.122 1.016 0.882 0.048 0.085 0.091 0.075 0.252 0.502 0.015 0.053 0.035 0.052 0.015 0.066 0.115 0.191 0.060 0.047 0.043 0.014 0.052 0.128 0.184 0.062 0.021 0.005 0.028 0.122 0.032 0.078 0.160 0.088 0.244 0.088 0.142 0.036 0.024 0.096 0.060 0.114 0.027 0.018 0.058 0.029 0.308 0.084 0.996 0.032 0.047 0.373 0.115 0.073 0.028 0.062 0.058 0.037 0.015 0.053 0.122 0.036 0.044 0.395 0.011 0.017 0.004 0.261 0.149 0.192 0.380 0.351 0.333 0.210 0.073 0.242 0.263 3.506 4.146 0.243 0.207 1.043 0.703 0.105 0.180 0.076 0.132 0.450 0.977 0.461 0.464 2212 chr11 103393394 103409302 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -319286 NR_039842 100616457 NR_039842 ENSG00000264200 MIR4693 - microRNA 4693 ncRNA 0.862 1.019 1.170 0.090 0.424 0.007 1.099 0.172 0.311 0.156 1.525 3.842 0.035 0.056 0.136 0.346 0.108 0.091 0.565 0.262 0.096 0.009 0.167 0.224 0.121 0.653 0.186 0.028 0.294 1.003 0.091 0.319 1.068 0.433 0.866 0.455 0.101 0.089 0.135 0.439 0.253 0.980 1.302 0.960 1.331 0.208 0.612 2.380 0.097 0.135 0.020 0.340 0.346 0.197 0.117 0.121 0.276 0.047 0.073 0.066 0.070 1.023 0.118 1.005 0.957 0.152 0.132 2.606 3.333 0.276 0.527 1.940 2.001 0.414 0.115 0.575 0.590 0.859 1.341 0.566 0.564 1.813 1.853 0.279 0.551 0.490 0.443 1.469 2.861 0.909 0.636 6694 chr2 227697978 227705490 + 0 NA intron (NM_001349071, intron 1 of 6) MER5A|DNA|hAT-Charlie 1103 NM_001167608 84236 Hs.471514 NM_032276 ENSG00000144468 RHBDD1 RHBDL4|RRP4 rhomboid domain containing 1 protein-coding 4.816 1.523 3.376 2.888 3.147 1.349 3.041 1.108 2.318 0.611 3.322 1.558 0.678 0.587 0.412 0.744 1.316 0.064 3.452 0.797 1.115 2.585 1.754 0.976 1.482 1.474 1.769 1.251 2.279 1.104 2.289 4.345 1.977 nan 1.518 2.497 0.356 3.726 0.184 1.255 3.062 2.076 2.678 1.128 1.982 1.191 3.031 2.009 2.102 2.712 0.514 1.107 0.744 3.025 4.708 1.482 1.026 1.157 0.156 1.821 2.092 1.143 0.854 3.516 1.460 1.633 0.928 3.906 4.801 2.043 3.094 2.233 1.828 3.531 1.451 8.272 8.297 5.132 6.118 6.976 nan 2.725 2.544 1.069 1.944 2.457 1.809 7.464 9.462 0.972 0.793 1886 chr11 33911452 33921026 + 0 NA Intergenic Intergenic -2403 NM_005574 4005 Hs.34560 NM_005574 ENSG00000135363 LMO2 LMO-2|RBTN2|RBTNL1|RHOM2|TTG2 LIM domain only 2 protein-coding 1.542 2.769 nan 0.053 1.489 7.033 0.029 2.096 4.275 0.019 0.144 1.454 0.020 0.041 2.798 2.738 0.340 0.083 0.066 0.032 0.029 1.884 0.536 0.625 0.137 0.034 0.079 0.126 0.011 0.110 0.316 0.082 5.196 0.031 0.354 0.366 0.120 0.078 0.012 1.799 0.171 0.046 0.065 0.025 0.091 0.182 0.403 0.038 0.082 0.091 2.738 0.051 0.029 0.625 0.077 0.079 1.980 0.058 0.275 0.038 0.972 0.506 0.056 0.024 0.016 0.593 0.721 0.252 0.393 1.756 1.829 0.416 0.185 0.343 0.261 2.387 3.308 2.153 2.390 1.453 1.126 1.293 1.965 1.986 1.382 0.983 nan 3.055 1.672 7222 chr21 40980590 41016455 + 0 NA intron (NM_001278650, intron 1 of 2) L1MB3|LINE|L1 13655 NM_001278650 10317 Hs.733638 NM_006057 ENSG00000183778 B3GALT5 B3GalT-V|B3GalTx|B3T5|GLCT5|beta-1,3-GalTase 5|beta-3-Gx-T5|beta3Gal-T5 beta-1,3-galactosyltransferase 5 protein-coding nan 0.688 1.067 0.888 0.684 0.278 1.176 0.354 0.762 0.053 0.135 0.937 0.024 0.064 0.126 0.225 0.092 0.103 0.036 0.021 0.706 0.015 0.218 0.101 0.786 1.556 1.222 0.024 0.482 0.254 1.191 3.519 0.119 13.095 0.632 0.047 0.200 0.045 0.073 1.337 0.949 0.118 0.128 0.094 1.089 0.484 0.080 2.235 0.256 0.151 0.687 0.188 0.225 0.038 0.036 0.786 0.714 0.487 0.019 0.044 0.038 0.271 2.450 0.051 0.902 2.073 2.230 1.494 1.644 0.175 0.333 0.507 0.614 nan 0.440 0.225 0.246 0.145 nan 0.931 1.194 0.331 0.131 1.642 1.927 0.825 0.875 0.096 0.183 0.975 0.752 9627 chr6 38474670 38479540 + 0 NA intron (NM_001172418, intron 5 of 10) intron (NM_001172418, intron 5 of 10) 27733 NR_144472 101929425 Hs.665280 NR_144472 ENSG00000226533 BTBD9-AS1 - BTBD9 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.409 nan 0.160 0.271 0.188 2.477 0.329 1.038 0.080 0.243 1.183 0.083 0.507 1.073 0.370 0.098 2.172 0.544 0.026 0.160 0.101 0.462 1.916 0.888 0.092 0.908 1.108 0.395 1.499 1.549 0.789 0.664 1.434 0.038 0.066 0.114 0.235 0.133 0.099 0.144 0.962 0.728 0.599 0.117 0.134 0.044 1.036 0.828 1.073 0.934 0.116 0.462 0.240 0.086 0.220 0.047 0.145 0.033 5.953 0.357 0.046 0.910 0.352 2.911 3.877 9.297 12.070 nan 0.796 1.093 0.335 0.908 0.753 0.823 1.125 1.748 1.750 0.743 0.462 2.406 3.578 0.192 0.216 0.331 1.079 0.901 0.863 940 chr1 183599759 183610695 + 0 NA promoter-TSS (NM_001270439) promoter-TSS (NM_001270439) 45 NM_001297670 23179 Hs.497148 NM_015149 ENSG00000143344 RGL1 RGL ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 1 protein-coding nan nan 2.041 1.395 1.207 0.689 0.544 0.573 1.325 0.366 2.223 0.743 0.778 0.276 1.745 1.884 2.547 0.321 1.897 0.770 0.777 0.216 1.572 1.233 0.963 1.340 1.643 0.711 1.202 0.521 1.037 1.531 1.462 3.386 0.815 1.409 0.913 0.964 0.139 0.454 0.740 1.329 1.098 0.569 1.320 0.553 1.026 0.925 0.977 0.924 0.693 0.805 1.884 1.330 2.729 0.963 0.999 0.612 0.374 1.121 0.882 0.506 2.393 0.651 0.774 0.985 0.502 3.152 4.292 4.933 4.792 2.704 nan 2.436 0.845 nan 5.461 4.466 5.554 1.314 1.673 3.423 2.964 2.740 5.617 2.933 3.299 1.496 nan 1.530 0.667 685 chr1 150178744 150187638 + 0 NA Intergenic Intergenic 23835 NM_001136479 81611 Hs.656466 NM_030920 ENSG00000143401 ANP32E LANP-L|LANPL acidic nuclear phosphoprotein 32 family member E protein-coding nan nan 1.426 0.587 0.298 0.062 0.869 0.290 0.586 0.171 0.462 0.898 0.112 0.366 0.850 0.248 0.349 0.214 0.816 0.534 0.335 0.031 0.494 0.318 0.501 0.258 0.113 0.241 0.427 0.190 0.884 3.405 0.390 0.799 0.379 0.881 0.033 0.172 0.152 0.557 0.125 0.383 0.308 0.255 0.293 0.095 0.337 0.372 0.721 0.093 2.084 0.838 0.248 0.814 0.127 0.501 0.123 0.577 0.919 0.958 0.789 0.670 0.557 0.153 0.043 0.142 0.057 1.750 1.382 1.446 1.872 0.983 nan 1.038 0.313 0.425 0.413 6.204 6.334 0.381 0.566 2.760 2.755 1.235 1.174 0.551 0.806 0.651 1.219 1.421 0.737 10192 chr7 16382854 16389734 + 0 NA intron (NM_001101417, intron 2 of 8) intron (NM_001101417, intron 2 of 8) 74653 NM_001101426 729920 Hs.636502 NM_001101417 ENSG00000214960 ISPD MDDGA7|MDDGC7|Nip|hCG_1745121|hISPD isoprenoid synthase domain containing protein-coding nan 1.354 nan 2.018 0.097 0.023 1.380 0.140 0.315 0.640 1.808 1.701 2.218 0.029 0.064 0.166 1.327 0.047 1.351 0.498 0.321 0.164 0.184 0.122 0.833 0.410 1.997 1.626 0.762 1.937 2.708 0.257 1.806 0.805 0.064 0.122 2.108 0.035 0.574 0.220 0.192 0.678 1.065 1.661 1.365 0.059 0.154 0.034 0.078 0.166 1.665 7.195 0.122 0.684 0.865 0.153 0.017 0.045 0.930 0.301 0.126 2.974 0.561 0.199 nan 0.371 1.957 7.782 0.443 0.317 0.188 0.079 0.262 0.291 0.480 0.670 0.261 0.167 0.570 0.671 0.115 0.366 0.092 0.110 0.590 1.707 0.603 0.473 5313 chr18 46064041 46074299 + 0 NA intron (NM_001142397, intron 2 of 12) intron (NM_001142397, intron 2 of 12) 3743 NM_001142397 9811 Hs.145230 NM_014772 ENSG00000134030 CTIF Gm672|KIAA0427 cap binding complex dependent translation initiation factor protein-coding nan 1.524 2.509 1.195 1.741 0.538 0.628 0.628 1.108 1.465 2.538 1.986 0.573 0.489 1.146 4.693 1.047 0.135 0.467 0.184 1.530 0.762 0.337 0.215 2.155 0.450 0.442 1.495 0.447 0.276 0.510 0.874 0.338 3.846 0.314 2.745 0.475 0.690 0.042 0.253 1.213 1.276 2.259 1.101 0.423 0.073 1.255 0.743 1.024 1.574 0.802 1.098 4.693 0.727 0.577 2.155 0.706 0.239 0.867 2.083 2.213 0.946 0.588 0.698 0.615 0.550 0.273 2.947 2.909 1.709 3.483 3.689 3.015 7.163 1.614 1.159 1.207 0.842 1.132 1.600 2.331 2.238 2.714 1.029 1.978 3.130 3.715 2.629 nan 3.116 2.329 7809 chr3 126564523 126595311 + 0 NA intron (NM_032343, intron 5 of 7) MIRb|SINE|MIR -127520 NM_032242 5361 Hs.432329 NM_032242 ENSG00000114554 PLXNA1 NOV|NOVP|PLEXIN-A1|PLXN1 plexin A1 protein-coding 0.956 nan 1.140 0.174 0.523 0.934 1.368 0.234 0.370 0.015 0.128 0.276 0.058 0.046 0.156 0.295 0.195 0.099 0.308 0.195 0.110 0.031 0.565 0.310 0.132 0.470 0.225 0.739 0.127 0.110 0.092 0.202 0.098 0.644 0.124 0.087 0.123 0.074 0.088 0.352 0.091 0.488 0.289 0.170 0.157 0.075 0.122 0.350 0.140 0.312 0.023 0.225 0.295 0.108 0.537 0.132 0.071 0.047 0.122 0.720 0.254 0.202 0.039 0.177 0.198 0.126 0.031 0.321 0.260 0.204 0.402 0.566 0.592 2.991 0.625 0.333 0.321 0.427 nan 0.286 0.499 0.895 0.786 0.325 0.283 0.514 0.383 0.386 0.611 2.466 1.046 4360 chr16 51570277 51576112 + 0 NA Intergenic Intergenic -223236 NR_110916 101927364 Hs.133120 NR_110916 ENSG00000260057 LINC01571 - long intergenic non-protein coding RNA 1571 ncRNA nan nan nan 0.160 0.302 0.027 0.868 0.200 0.580 0.017 2.255 2.484 0.040 0.956 2.450 0.064 0.111 0.065 0.032 0.427 0.008 0.306 0.181 0.255 1.268 0.979 0.012 0.116 1.094 2.767 0.037 0.336 0.100 3.175 0.046 0.038 0.089 2.719 0.066 3.757 0.103 0.013 0.055 0.105 0.057 0.142 2.972 0.048 5.164 2.532 2.450 0.037 0.047 0.255 0.333 0.112 0.016 2.955 0.963 0.965 0.102 1.541 1.372 2.011 0.389 0.340 0.415 0.229 0.327 0.465 0.167 0.120 0.214 0.263 0.104 nan nan nan nan 0.152 0.183 0.214 0.122 0.243 0.288 nan nan 0.448 3823 chr14 103649419 103676887 + 0 NA Intergenic Intergenic -7788 NR_033938 100131366 Hs.147881 NR_033938 ENSG00000251533 LINC00605 - long intergenic non-protein coding RNA 605 ncRNA 0.881 0.762 0.605 0.184 0.102 0.061 0.073 0.106 0.175 0.820 0.263 0.040 0.086 0.033 0.072 0.191 0.295 0.133 0.179 0.028 1.075 0.045 0.130 0.102 0.186 0.197 0.071 0.434 0.102 0.234 0.141 0.666 0.241 0.483 0.159 0.540 0.027 0.241 0.107 0.035 0.032 0.082 0.061 0.077 0.048 0.089 4.703 0.172 0.513 0.237 0.218 1.624 0.191 0.078 0.027 0.186 0.138 0.570 0.074 0.448 0.022 0.250 0.138 0.081 0.077 0.038 0.013 0.341 0.255 0.323 0.793 0.476 0.530 0.267 0.108 0.393 0.543 0.173 0.291 0.323 0.530 0.950 0.705 0.414 0.595 0.080 0.101 0.245 0.668 0.490 0.485 2377 chr11 130963135 130981587 + 0 NA Intergenic Intergenic -185979 NM_001347925 399979 Hs.444024 NM_014758 ENSG00000120451 SNX19 CHET8 sorting nexin 19 protein-coding 0.408 nan 0.460 0.094 0.038 0.357 4.282 0.138 0.224 0.016 0.059 0.060 0.043 0.016 0.058 0.132 0.033 0.044 0.006 0.020 0.086 0.076 0.111 0.059 0.004 0.012 0.035 0.457 0.085 0.048 0.059 0.089 nan 0.024 0.105 0.010 0.097 0.032 0.026 0.213 0.033 0.012 0.847 0.075 0.052 0.178 0.026 0.103 0.013 0.127 0.132 0.066 1.209 0.059 0.027 0.196 0.021 0.019 0.033 0.025 4.460 0.061 0.041 0.009 0.003 1.256 1.433 0.169 0.176 0.187 0.209 0.114 0.056 0.120 0.159 0.156 0.256 0.180 0.157 0.308 0.162 3.406 5.514 0.053 0.110 0.141 0.229 0.190 0.347 3975 chr15 58745364 58770741 + 0 NA intron (NR_120338, intron 2 of 2) intron (NR_120338, intron 2 of 2) 32882 NR_120338 101928694 Hs.655781 NR_120338 ENSG00000259293 LIPC-AS1 - LIPC antisense RNA 1 ncRNA 0.888 1.407 0.975 3.276 0.388 2.817 0.307 0.842 1.882 0.691 0.532 1.840 0.903 0.323 1.516 0.401 0.469 0.057 0.353 0.404 0.273 0.011 0.562 0.225 2.977 1.660 1.136 0.208 0.417 1.600 1.361 4.184 0.747 0.640 0.658 0.091 0.063 0.056 0.080 0.341 0.085 1.311 0.810 0.470 0.625 0.329 1.692 2.198 1.775 0.305 0.040 0.501 0.401 0.318 0.278 2.977 0.381 1.212 0.098 0.180 0.834 1.020 0.383 0.307 1.307 0.939 0.640 0.269 0.326 0.589 2.145 2.423 2.957 0.254 0.077 0.187 0.218 0.377 0.527 3.297 3.083 1.195 1.080 0.405 0.651 0.425 0.551 0.369 0.878 0.645 0.554 8198 chr3 196714868 196768437 + 0 NA intron (NM_005929, intron 9 of 15) L1MA5A|LINE|L1 11875 NR_038285 100507057 Hs.666451 NR_038285 ENSG00000228109 MELTF-AS1 MFI2-AS1 MELTF antisense RNA 1 ncRNA nan 1.914 1.078 0.273 0.714 3.047 0.675 0.584 1.113 0.182 0.439 0.239 0.263 0.227 0.835 0.778 0.301 0.187 0.515 0.245 0.283 0.109 0.400 0.259 0.961 0.557 0.432 0.364 0.894 0.387 0.488 nan 0.205 nan 0.168 0.533 0.136 0.291 0.080 0.110 0.540 0.687 0.352 0.226 0.341 0.270 0.338 0.157 0.524 1.044 0.220 0.473 0.778 0.558 0.601 0.961 0.167 0.221 0.337 0.959 0.284 0.205 1.431 0.288 0.322 0.248 0.140 1.226 1.121 1.269 1.895 2.302 2.012 2.193 0.940 4.214 4.312 0.769 1.203 2.550 3.757 1.634 1.354 1.682 2.767 0.741 0.743 0.702 0.880 1.377 0.956 2500 chr12 13316663 13368008 + 0 NA Intergenic Intergenic -7267 NM_001423 2012 Hs.719042 NM_001423 ENSG00000134531 EMP1 CL-20|EMP-1|TMP epithelial membrane protein 1 protein-coding 0.821 0.638 0.996 2.480 0.266 0.216 1.476 0.138 0.211 0.741 0.695 3.006 0.108 0.070 0.134 0.571 0.227 0.044 1.843 0.949 0.088 0.041 0.119 0.140 0.084 1.435 0.841 0.075 1.543 1.347 1.431 3.431 1.249 0.725 0.846 0.315 0.019 1.354 0.147 0.636 0.068 0.757 0.326 0.217 1.878 1.436 2.195 7.399 0.708 1.781 0.063 0.544 0.571 1.815 0.059 0.084 0.634 0.541 0.028 0.444 0.022 0.498 0.113 0.182 0.505 1.034 1.151 0.276 0.217 0.639 0.867 nan 0.666 0.182 0.088 0.668 0.682 0.488 0.847 0.192 0.194 0.452 0.240 0.215 0.350 0.064 0.096 0.384 0.742 0.281 0.351 3937 chr15 45736941 45751899 + 0 NA Intergenic Intergenic 19172 NR_030599 100126311 NR_030599 ENSG00000284386 MIR147B MIRN147B|mir-147b microRNA 147b ncRNA 0.770 0.662 nan 2.489 0.281 0.123 2.888 0.183 0.355 0.915 3.839 0.906 0.323 0.059 0.166 0.239 0.836 0.088 3.754 2.664 4.947 0.065 0.251 0.129 0.320 1.813 1.369 1.412 2.041 1.892 1.084 3.704 1.031 0.727 0.966 1.680 0.031 0.131 0.062 0.774 0.048 4.444 1.311 0.641 6.811 1.925 1.155 2.034 0.833 1.916 0.613 3.637 0.239 3.148 2.088 0.320 1.528 2.834 0.137 3.203 0.276 1.134 0.409 0.082 3.084 0.408 0.386 0.607 0.716 1.643 3.630 0.802 0.716 0.837 0.255 0.793 0.759 0.325 nan 0.579 0.651 0.914 0.653 0.809 0.894 0.253 0.349 0.331 0.629 0.831 0.581 3162 chr13 51328586 51333181 + 0 NA intron (NM_198989, intron 1 of 1) L1PA16|LINE|L1 -51108 NR_046551 100874074 Hs.734030 NR_046551 ENSG00000237152 DLEU7-AS1 - DLEU7 antisense RNA 1 ncRNA 2.473 nan nan 0.343 1.822 1.580 0.273 1.485 2.813 0.169 0.180 0.014 0.045 1.792 2.119 0.177 0.104 1.309 0.479 0.036 0.091 1.738 0.809 3.191 0.106 0.047 0.045 0.070 0.893 3.261 0.489 8.206 2.003 0.375 1.325 0.136 0.077 0.077 3.372 0.300 0.091 0.034 0.049 0.138 0.147 0.129 0.177 0.015 0.104 0.548 2.119 1.284 0.182 3.191 0.417 0.199 2.363 0.076 0.817 0.273 0.395 0.215 0.166 0.013 1.306 1.542 0.365 1.140 14.282 13.653 11.321 4.140 0.209 0.227 1.619 1.482 1.998 2.394 1.811 1.990 0.353 0.815 3.960 5.370 0.851 nan 0.323 0.197 3895 chr15 33103073 33174410 + 0 NA intron (NM_001103184, intron 13 of 16) L1PA8A|LINE|L1 -127675 NR_109767 100131315 Hs.610545 NR_109767 ENSG00000259721 LOC100131315 - uncharacterized LOC100131315 ncRNA 0.813 nan nan 0.101 0.099 0.186 1.372 0.680 1.256 0.181 0.227 2.944 0.033 0.055 0.157 0.456 0.905 0.144 0.494 0.396 0.563 0.019 0.216 0.192 0.071 1.524 0.964 0.036 0.486 0.373 0.569 1.266 0.345 0.230 0.264 0.444 0.446 0.020 0.079 0.342 0.029 0.540 0.289 0.141 0.648 0.363 0.398 3.439 0.807 0.400 0.380 0.868 0.456 0.308 0.340 0.071 0.417 0.179 0.050 0.056 0.181 0.541 0.699 0.084 0.848 0.128 0.126 0.306 0.223 2.373 4.486 0.221 0.271 0.083 0.041 0.140 0.150 0.140 0.245 0.251 0.266 0.641 0.328 0.949 0.971 1.268 1.792 0.176 0.293 1.084 0.717 3303 chr13 102563349 102582080 + 0 NA intron (NM_001321945, intron 2 of 5) MIR|SINE|MIR -3719 NM_004115 2259 Hs.508616 NM_004115 ENSG00000102466 FGF14 FGF-14|FHF-4|FHF4|SCA27 fibroblast growth factor 14 protein-coding 1.308 0.904 0.664 0.030 1.608 9.990 0.007 2.490 4.244 0.015 0.068 0.093 0.003 1.027 5.390 1.836 0.040 0.069 0.102 0.010 0.013 0.015 1.718 0.701 2.230 0.026 0.016 0.012 0.044 0.077 0.070 0.023 12.321 0.062 0.150 0.877 0.064 0.072 0.006 1.229 0.154 0.033 0.013 0.035 0.021 0.072 0.074 0.030 0.068 0.013 0.032 1.836 0.050 0.020 2.230 0.007 0.045 0.145 0.040 2.525 0.013 0.031 0.171 0.017 0.012 0.011 1.035 0.734 0.162 0.239 5.194 3.988 9.673 6.957 0.114 0.161 2.344 nan 0.996 2.454 0.661 0.640 0.126 0.232 3.259 2.828 0.775 nan 1.106 0.731 351 chr1 45195016 45206618 + 0 NA Intergenic Intergenic -4673 NM_006845 11004 Hs.720061 NM_006845 ENSG00000142945 KIF2C CT139|KNSL6|MCAK kinesin family member 2C protein-coding nan 1.628 nan 2.224 1.743 1.626 2.261 0.682 1.302 0.967 3.559 2.359 1.852 0.646 1.092 1.314 1.501 0.690 2.309 0.981 2.035 0.957 1.069 0.762 0.577 1.274 1.231 1.439 2.636 0.889 1.676 4.546 1.251 4.763 1.277 2.019 0.195 4.276 0.218 0.673 1.344 5.873 1.607 0.775 1.362 2.224 3.760 3.194 1.705 3.202 1.603 1.904 1.314 2.873 2.925 0.577 0.604 4.695 0.624 2.414 1.239 1.463 1.309 1.260 1.167 1.424 1.066 2.996 2.812 2.694 4.247 2.920 3.007 2.978 1.981 6.633 7.069 2.262 nan nan 4.274 2.871 2.555 3.313 nan 1.143 1.611 3.099 4.528 1.600 0.893 8691 chr5 249105 256081 + 0 NA intron (NM_004168, intron 13 of 14) intron (NM_004168, intron 13 of 14) 19046 NR_104613 102467073 Hs.368328 NR_104613 HRAT5 - heart tissue-associated transcript 5 ncRNA 0.672 1.883 1.439 1.707 0.435 0.231 4.815 0.157 0.415 2.395 0.171 0.145 0.027 0.157 0.331 0.330 1.503 0.390 4.638 1.218 0.080 0.061 0.628 0.452 0.535 3.802 4.460 0.115 6.257 1.436 1.982 8.685 0.755 0.664 0.564 0.109 0.082 0.079 0.133 0.556 0.035 3.987 9.437 2.944 2.815 3.499 0.309 0.560 0.286 0.787 2.739 11.130 0.330 3.613 0.198 0.535 1.229 4.179 0.071 0.209 0.103 0.271 0.481 0.088 0.251 0.025 0.039 0.794 1.254 0.405 nan 0.874 1.028 0.369 0.169 0.230 0.218 0.461 0.828 nan 0.968 nan 0.399 0.466 0.406 0.134 0.064 0.115 0.348 0.687 nan 11018 chr8 66119573 66163393 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -48908 NR_038901 552859 Hs.156997 NR_038901 ENSG00000280725 LINC00251 C8orf25|NCRNA00251 long intergenic non-protein coding RNA 251 ncRNA 1.331 0.715 0.627 0.038 0.516 0.018 0.031 0.194 0.363 0.004 0.068 0.034 0.016 0.036 0.071 0.129 0.116 0.099 0.108 0.026 0.019 0.009 0.140 0.168 1.125 0.005 0.012 0.005 0.085 0.005 0.065 0.085 0.095 0.353 0.030 0.037 0.035 0.040 0.094 0.003 0.067 0.063 0.017 0.012 0.020 0.016 0.025 0.128 0.069 0.052 0.029 0.040 0.129 0.044 0.023 1.125 0.028 0.028 0.069 0.015 0.072 0.031 0.045 0.059 0.017 0.020 0.013 0.223 0.175 0.300 0.374 1.489 1.194 0.150 0.071 0.089 0.118 4.743 4.912 0.241 0.314 nan 0.395 0.131 0.194 0.109 0.131 0.229 0.445 0.885 0.730 6337 chr2 121152300 121165740 + 0 NA Intergenic Intergenic 55302 NM_002193 3625 Hs.1735 NM_002193 ENSG00000163083 INHBB - inhibin subunit beta B protein-coding 0.760 nan nan 1.239 0.327 1.164 2.977 0.191 0.352 0.207 0.103 0.049 0.783 0.061 0.198 0.267 0.082 0.060 0.244 0.028 4.230 0.062 0.129 0.119 0.489 0.072 0.037 0.022 0.061 2.481 2.059 4.194 3.026 1.060 3.355 0.090 0.022 0.056 0.053 0.096 0.024 0.366 0.125 0.076 0.676 1.766 4.142 0.163 1.934 0.065 0.300 3.329 0.267 1.154 0.096 0.489 0.391 4.723 0.231 0.111 0.053 0.512 0.147 0.018 0.450 0.283 0.110 0.572 0.723 0.340 0.617 0.596 0.657 0.285 0.156 0.546 0.687 0.247 0.450 1.135 1.290 0.462 0.408 0.502 0.555 0.093 0.156 0.202 0.231 0.689 0.383 9127 chr5 114787330 114800412 + 0 NA Intergenic Intergenic 86720 NM_020177 56929 Hs.47367 NM_020177 ENSG00000145780 FEM1C EUROIMAGE686608|EUROIMAGE783647|FEM1A fem-1 homolog C protein-coding 0.608 0.950 0.731 0.799 0.147 0.051 3.746 0.357 0.665 0.036 0.876 1.767 0.019 0.076 0.185 0.216 0.393 0.087 1.833 1.613 0.019 0.048 0.050 0.027 3.212 2.427 0.046 1.799 3.690 1.780 3.419 1.797 0.436 1.826 0.103 0.045 0.058 0.111 1.884 0.060 0.105 0.136 0.106 2.067 1.818 0.575 3.544 0.211 0.109 0.730 0.537 0.216 1.335 3.289 0.027 0.178 0.164 0.052 0.045 0.080 1.483 0.054 0.028 0.783 2.557 3.779 0.215 0.164 0.306 0.411 0.230 0.241 0.745 0.206 0.175 0.167 0.420 nan 0.339 0.320 0.338 0.143 0.133 0.207 0.263 0.415 0.265 0.416 0.351 0.423 1854 chr11 26088519 26109901 + 0 NA Intergenic Intergenic -111460 NM_001313726 63982 Hs.91791 NM_031418 ENSG00000134343 ANO3 C11orf25|DYT23|DYT24|GENX-3947|TMEM16C anoctamin 3 protein-coding 0.744 1.041 0.728 0.487 0.074 0.705 0.020 0.089 0.194 0.018 0.073 0.017 0.464 0.094 3.873 0.065 0.084 0.105 0.074 0.018 0.023 0.066 0.108 0.048 0.003 0.010 0.134 0.038 0.034 0.057 0.165 0.103 0.471 0.043 0.023 0.046 0.084 0.011 0.049 0.035 0.036 0.047 0.010 0.011 0.118 0.042 0.023 0.007 0.011 0.028 0.065 0.054 0.034 0.048 0.029 0.019 0.018 0.022 0.014 0.022 0.037 0.502 0.029 0.008 0.005 0.312 0.206 0.343 0.676 0.212 0.241 0.163 0.114 0.189 0.191 0.197 0.269 0.202 0.252 0.519 0.278 0.138 0.205 0.139 0.151 0.492 1.278 0.193 0.260 1498 chr10 65386847 65393533 + 0 NA Intergenic CpG -108355 NM_001322258 221037 Hs.413416 NM_004241 ENSG00000171988 JMJD1C KDM3C|TRIP-8|TRIP8 jumonji domain containing 1C protein-coding 2.340 nan 3.161 2.870 2.129 4.066 2.715 1.355 2.081 1.729 3.575 4.484 2.410 1.362 1.485 1.568 3.724 0.220 1.638 0.623 6.515 5.951 1.642 0.707 1.201 1.208 1.160 0.618 3.554 1.231 2.308 3.673 1.628 12.357 1.094 2.486 1.077 5.172 0.091 1.558 0.378 5.934 1.707 0.639 1.407 1.023 1.689 2.792 3.838 1.633 2.836 1.996 1.568 2.340 3.531 1.201 1.291 1.894 0.569 3.908 4.884 2.032 1.326 1.832 2.095 2.868 2.087 1.420 2.190 3.610 8.146 1.820 1.525 3.498 0.771 1.129 0.906 3.098 3.677 2.911 4.691 1.693 1.754 0.511 1.477 3.088 2.762 1.794 nan 1.937 0.912 6863 chr20 17906887 17911455 + 0 NA Intergenic Intergenic 34418 NR_003045 692086 Hs.680747 NR_003045 ENSG00000212232 SNORD17 HBI-43 small nucleolar RNA, C/D box 17 snoRNA 0.855 nan 1.521 0.015 0.922 0.951 0.097 0.561 1.072 0.050 0.069 0.040 1.071 0.592 0.625 0.168 0.198 0.244 0.069 0.069 0.087 0.175 0.056 0.131 0.137 0.016 0.045 1.185 4.576 0.862 0.683 0.060 0.021 0.047 0.082 0.026 0.053 0.240 0.026 0.071 0.050 0.169 0.044 0.214 0.031 0.045 1.551 0.168 0.061 0.034 0.131 0.188 9.304 0.107 0.067 0.670 0.120 0.064 0.076 0.034 0.038 0.680 0.481 0.216 0.550 0.381 0.478 3.130 0.657 0.271 0.319 0.307 0.527 4.737 3.942 0.527 0.320 0.329 0.453 0.229 0.208 0.143 0.320 0.687 0.662 5874 chr2 6774446 6789660 + 0 NA Intergenic Intergenic -7215 NR_110498 102800315 Hs.729713 NR_110498 ENSG00000236172 LINC01246 - long intergenic non-protein coding RNA 1246 ncRNA 0.766 0.549 0.843 0.060 0.104 0.025 0.080 0.179 0.356 0.009 0.070 0.036 0.008 0.040 0.134 0.260 0.049 0.027 0.063 0.012 0.017 0.009 0.122 0.130 0.270 0.004 0.005 0.010 0.062 0.063 0.192 0.098 0.386 0.029 0.082 0.019 0.049 0.097 0.140 0.121 0.028 0.005 0.021 0.040 0.044 0.138 0.016 0.033 0.014 0.026 0.260 0.032 0.037 0.270 0.024 0.041 0.673 0.015 0.033 0.015 0.006 0.689 0.035 0.015 0.007 0.394 0.385 0.277 0.368 0.360 0.532 0.356 0.172 0.106 0.076 6.185 6.275 0.263 0.303 0.957 1.069 0.050 0.158 0.056 0.050 1.102 3.152 0.201 0.369 11052 chr8 73722008 73743956 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) intron (NM_004770, intron 2 of 2) 88702 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.967 1.464 1.617 0.027 2.826 2.331 0.103 1.180 2.319 0.004 0.096 0.055 0.087 1.844 3.171 0.732 0.132 0.139 0.044 0.026 0.020 0.013 1.321 0.503 6.516 0.003 0.013 0.007 0.118 0.005 0.153 0.538 0.090 2.336 0.113 0.030 1.169 0.020 0.089 0.032 0.228 0.055 0.038 0.014 0.054 0.049 0.043 0.133 0.037 0.052 0.047 0.055 0.732 0.043 0.059 6.516 0.039 0.052 0.098 0.011 1.393 0.032 0.437 0.985 0.010 0.022 0.012 0.580 0.814 0.341 0.435 6.107 6.199 6.044 3.502 0.673 0.597 0.754 1.223 3.453 5.264 0.850 0.727 0.429 0.728 4.076 4.595 1.009 3.101 4.689 2.172 4620 chr17 17182381 17186318 + 0 NA promoter-TSS (NM_001199125) promoter-TSS (NM_001199125) 268 NM_001316358 8533 Hs.6076 NM_003653 ENSG00000141030 COPS3 CSN3|SGN3 COP9 signalosome subunit 3 protein-coding 6.502 3.442 4.049 1.561 4.345 3.132 1.753 3.744 7.658 1.062 2.395 1.749 1.886 1.726 3.295 5.710 1.844 0.486 2.593 1.156 2.888 1.411 1.756 0.946 6.056 1.051 1.066 0.948 1.925 0.533 3.648 5.525 3.731 7.627 2.126 2.984 1.033 2.587 0.109 1.048 2.577 4.148 2.963 1.983 1.392 2.060 3.131 2.410 3.432 4.865 2.037 1.228 5.710 4.949 5.528 6.056 1.802 1.278 1.950 5.052 8.750 2.653 1.307 1.896 1.044 1.931 1.109 5.357 5.708 7.504 nan 11.253 10.262 9.303 5.606 6.917 7.994 4.931 5.637 8.863 12.645 nan 8.361 3.460 5.768 4.521 5.203 9.502 7.524 2.925 1.648 901 chr1 178497891 178514859 + 0 NA Intergenic Intergenic -5556 NR_033186 400798 Hs.668085 NM_207467 ENSG00000213057 C1orf220 - chromosome 1 open reading frame 220 (putative) ncRNA nan nan nan 1.577 0.333 0.334 4.677 0.332 0.745 1.375 1.877 2.271 0.065 0.290 0.702 0.846 0.586 0.179 3.703 2.710 0.376 0.285 0.399 0.305 0.105 3.082 3.260 0.318 3.750 3.218 0.838 2.070 0.893 2.290 2.197 0.536 0.040 0.765 0.129 0.724 0.267 0.924 0.452 0.292 3.724 2.481 1.579 0.564 1.330 0.465 1.066 1.795 0.846 2.912 2.777 0.105 0.801 1.721 0.447 0.651 0.515 1.763 0.524 0.593 1.155 0.149 0.077 0.622 0.885 1.745 2.810 nan 1.369 2.068 0.545 0.898 1.102 0.704 1.184 1.059 1.264 0.934 1.081 1.253 2.096 0.214 0.171 0.998 nan 0.779 0.650 2191 chr11 95520765 95532317 + 0 NA intron (NM_001243777, intron 1 of 9) intron (NM_001243777, intron 1 of 9) 2916 NM_001243777 9702 Hs.101014 NM_014679 ENSG00000166037 CEP57 MVA2|PIG8|TSP57 centrosomal protein 57 protein-coding 2.736 nan 1.984 1.618 2.752 3.706 1.701 1.666 2.902 0.619 2.100 1.133 1.078 0.997 2.231 2.075 0.890 0.112 1.278 0.495 1.162 1.708 2.421 0.958 2.658 1.268 1.587 1.131 1.153 0.631 1.734 2.592 1.689 7.419 1.075 1.180 1.084 2.707 0.183 0.948 2.150 4.681 2.407 1.027 1.741 1.017 2.570 2.512 1.193 2.104 0.958 1.398 2.075 2.665 2.815 2.658 0.733 1.273 0.965 1.935 1.360 1.414 1.829 0.914 1.440 1.142 0.654 6.336 5.655 4.176 nan 7.034 5.603 11.711 6.536 13.415 14.743 3.625 4.408 3.585 5.635 4.677 5.225 3.049 5.363 6.507 6.584 3.544 nan 3.501 1.586 8322 chr4 38816467 38824305 + 0 NA Intergenic Intergenic -13974 NM_003263 7096 Hs.621817 NM_003263 ENSG00000174125 TLR1 CD281|TIL|TIL. LPRS5|rsc786 toll like receptor 1 protein-coding 0.535 0.516 0.573 0.148 0.101 0.014 0.240 0.108 0.119 1.866 0.139 0.093 2.837 0.026 0.064 0.306 0.294 0.081 0.121 0.122 0.033 0.018 0.161 0.161 0.091 0.116 0.056 0.067 0.095 0.122 0.030 0.191 0.193 0.396 0.186 0.090 0.024 0.112 0.096 0.090 0.091 1.167 0.062 0.050 0.124 0.068 0.319 0.133 0.048 0.110 0.020 0.050 0.306 0.220 0.083 0.091 0.062 0.086 0.050 0.350 0.178 0.051 0.046 0.174 0.037 0.019 0.332 0.194 1.923 12.883 0.173 0.206 0.116 0.108 0.077 0.162 0.100 0.229 0.329 0.241 0.465 0.205 0.111 0.256 0.027 0.052 0.174 0.176 0.559 0.652 10830 chr8 18516302 18525630 + 0 NA intron (NM_206909, intron 6 of 12) intron (NM_206909, intron 6 of 12) 145439 NM_206909 23362 Hs.434255 NM_015310 ENSG00000156011 PSD3 EFA6D|EFA6R|HCA67 pleckstrin and Sec7 domain containing 3 protein-coding 0.692 0.739 nan 1.328 0.064 0.042 0.810 0.117 0.432 0.082 0.101 0.615 0.923 0.043 0.091 0.221 0.087 0.086 0.180 0.040 1.192 0.030 0.101 0.203 0.203 0.382 0.333 0.039 1.508 3.086 0.699 0.726 1.280 0.131 0.216 0.057 0.050 0.012 0.121 0.152 0.043 0.064 0.084 0.042 3.230 3.622 1.414 0.202 0.205 0.053 0.026 0.290 0.221 0.519 0.049 0.203 0.430 1.406 0.042 0.013 0.022 0.279 0.032 0.066 0.983 0.071 0.021 0.451 0.266 0.821 3.750 0.482 nan 0.269 0.125 0.385 0.460 0.294 0.336 0.274 0.346 0.343 0.164 0.093 0.185 0.230 0.354 0.241 0.563 0.803 0.702 10921 chr8 39950038 39983347 + 0 NA Intergenic Intergenic -44295 NM_020130 56892 Hs.591849 NM_020130 ENSG00000176907 TCIM C8orf4|TC-1|TC1 transcriptional and immune response regulator protein-coding 0.619 1.110 nan 0.210 2.674 0.144 0.255 0.756 1.255 0.108 0.174 0.410 0.038 0.127 0.085 0.661 0.079 0.106 0.232 0.275 0.269 0.028 0.080 0.097 1.629 1.137 0.665 0.018 0.266 0.374 1.785 5.319 1.378 3.769 0.281 0.696 1.035 0.566 0.125 0.167 0.078 0.332 0.062 0.058 0.907 0.171 0.927 0.264 1.706 0.017 0.043 2.635 0.661 0.205 0.019 1.629 0.831 0.730 0.009 0.521 0.140 0.069 0.042 0.096 0.016 0.009 0.008 0.423 0.322 0.882 1.279 1.056 0.951 0.129 0.070 0.572 0.564 0.139 0.195 1.315 1.430 0.484 0.294 0.144 0.187 3.867 5.750 0.190 0.294 0.249 0.415 1056 chr1 205241603 205295020 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 22608 NM_030952 81788 Hs.497512 NM_030952 ENSG00000163545 NUAK2 SNARK NUAK family kinase 2 protein-coding 1.549 2.966 1.584 0.555 1.090 3.021 1.159 0.524 1.055 0.364 1.812 1.642 0.141 0.373 2.293 1.379 0.972 0.298 1.301 0.962 2.956 0.062 0.761 0.546 1.697 1.308 0.842 2.034 0.760 1.033 1.063 2.992 1.416 3.829 0.581 2.853 0.246 3.053 0.207 0.240 0.419 3.689 2.682 1.169 1.399 1.207 0.530 0.706 3.350 1.199 0.638 0.820 1.379 1.296 0.859 1.697 0.487 0.224 0.227 3.745 1.016 0.754 0.087 0.298 0.392 2.553 1.611 0.675 0.785 1.664 5.332 2.139 2.372 1.533 0.423 nan nan 0.421 0.817 3.020 3.414 0.856 0.623 0.297 0.316 0.823 0.752 0.856 1.929 1.480 0.870 11299 chr8 131044289 131074941 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -30240 NM_001353245 51571 Hs.126941 NM_016623 ENSG00000153310 FAM49B BM-009|L1 family with sequence similarity 49 member B protein-coding nan 0.703 0.911 0.667 0.340 1.998 1.901 0.236 0.454 0.942 0.599 0.496 0.166 0.066 0.689 0.349 0.783 0.147 0.707 0.548 0.127 0.054 0.077 0.129 0.215 0.992 0.588 0.087 0.835 0.965 0.164 0.432 0.409 3.662 0.699 0.264 0.047 0.032 0.072 0.136 0.114 0.658 0.207 0.114 0.739 1.589 1.085 0.463 0.367 0.248 0.178 0.506 0.349 0.841 0.094 0.215 0.207 0.759 0.054 0.219 0.183 0.770 0.198 0.105 0.478 0.028 0.032 0.426 0.525 0.612 0.796 0.797 0.885 0.498 0.235 nan 2.460 0.493 0.740 1.226 1.552 0.395 0.278 0.329 0.695 0.226 0.233 0.332 0.606 1.388 0.744 7032 chr20 48802421 48817674 + 0 NA TTS (NM_005194) TTS (NM_005194) -1441 NR_125739 101927559 Hs.442486 NR_125739 ENSG00000277449 CEBPB-AS1 - CEBPB antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.986 3.984 3.144 1.509 0.988 1.239 2.369 1.659 3.287 1.251 0.510 0.673 3.305 1.587 3.115 0.210 1.675 0.355 2.641 3.273 1.371 0.345 1.896 0.802 1.020 0.959 1.594 0.545 3.226 4.359 3.516 6.932 0.661 5.145 0.170 3.422 0.130 0.814 2.043 4.987 1.594 0.895 0.664 0.722 6.887 3.498 4.275 2.129 1.960 3.015 1.587 1.797 1.295 1.896 1.095 1.836 0.628 7.751 1.545 1.088 1.284 0.631 1.863 1.325 0.940 2.593 4.928 1.325 2.554 1.402 1.313 nan 1.766 6.320 6.147 1.527 2.071 3.551 3.929 nan 3.062 5.005 5.372 0.923 1.223 1.811 3.509 1.220 0.830 3664 chr14 69983829 69987829 + 0 NA intron (NM_001161498, intron 6 of 12) intron (NM_001161498, intron 6 of 12) 34358 NM_001161498 400224 Hs.509796 NM_001161498 ENSG00000175985 PLEKHD1 UPF0639 pleckstrin homology and coiled-coil domain containing D1 protein-coding 0.838 1.208 0.654 0.126 0.240 2.195 0.096 0.199 0.310 0.119 0.020 0.022 7.580 0.286 0.707 0.219 0.203 0.079 0.193 0.061 0.034 0.117 0.122 0.089 0.397 0.176 0.018 0.103 0.130 0.240 0.207 0.269 0.720 0.109 0.068 0.024 0.055 0.159 0.078 0.090 0.015 0.139 0.077 0.128 0.214 0.102 0.060 0.060 0.134 0.707 0.035 0.070 0.089 0.092 0.123 0.025 0.146 0.050 0.118 0.185 0.085 0.029 0.038 0.247 0.255 0.196 0.208 0.350 0.423 0.316 0.181 0.439 0.344 0.539 0.833 0.267 nan 0.671 0.380 0.104 0.143 0.105 0.132 0.202 0.424 0.585 nan 10377 chr7 56073890 56079218 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu 42714 NM_004577 5723 Hs.512656 NM_004577 ENSG00000146733 PSPH PSP|PSPHD phosphoserine phosphatase protein-coding 4.249 3.535 3.750 0.145 1.477 3.141 0.157 0.595 1.431 2.014 0.221 0.223 0.266 0.208 0.150 0.479 0.889 0.317 0.100 0.035 0.047 0.053 0.591 0.583 2.023 0.195 0.027 0.182 0.197 0.039 0.255 0.264 1.247 9.734 0.028 0.041 1.692 0.144 0.164 0.156 0.121 0.423 0.046 0.023 0.249 0.523 0.225 0.571 0.242 0.088 0.042 0.479 0.108 0.067 2.023 0.078 0.473 0.228 2.007 0.313 5.542 0.093 0.141 0.147 0.066 0.934 0.867 8.201 6.891 1.778 1.547 5.467 0.940 1.610 1.421 2.018 2.813 5.952 5.984 0.440 0.436 1.905 3.885 4.225 4.504 0.305 0.430 3.194 1.368 6540 chr2 187812057 187826003 + 0 NA Intergenic MER41B|LTR|ERV1 -105133 NM_182521 151112 Hs.375054 NM_182521 ENSG00000163012 ZSWIM2 MEX|ZZZ2 zinc finger SWIM-type containing 2 protein-coding 0.667 0.615 0.596 0.578 0.213 0.016 3.831 0.175 0.272 0.014 0.178 0.672 0.027 0.028 0.113 0.147 0.054 0.062 0.523 0.408 0.058 0.030 0.186 0.112 0.078 1.753 1.323 0.108 0.576 1.661 0.087 0.392 0.152 0.347 1.342 0.078 0.029 0.058 0.083 0.871 0.125 0.417 0.523 0.337 0.659 0.614 0.076 1.389 0.099 0.162 0.039 0.091 0.147 0.396 3.221 0.078 0.026 0.036 0.029 0.159 0.091 0.396 0.007 0.037 0.442 0.330 0.192 0.271 0.197 0.255 0.297 0.250 0.237 0.408 0.164 0.321 0.327 nan 0.490 0.466 0.381 0.299 0.112 0.118 0.192 0.088 0.077 0.160 nan 0.242 0.345 10433 chr7 75403054 75423559 + 0 NA intron (NM_006072, intron 1 of 3) HERVH-int|LTR|ERV1 5758 NM_006072 10344 Hs.131342 NM_006072 ENSG00000006606 CCL26 IMAC|MIP-4a|MIP-4alpha|SCYA26|TSC-1 C-C motif chemokine ligand 26 protein-coding nan 0.667 1.558 0.066 0.073 0.030 1.006 0.141 0.241 0.023 0.166 0.971 0.009 0.039 0.069 0.239 0.168 0.195 0.212 0.130 0.052 0.054 0.168 0.175 0.087 0.347 0.166 0.089 0.194 0.155 0.127 0.450 0.362 0.269 0.207 0.142 0.031 0.127 0.111 0.230 0.096 0.162 0.084 0.042 0.144 0.259 0.122 0.263 0.267 0.139 0.034 0.211 0.239 0.349 0.124 0.087 0.156 0.093 0.240 0.120 0.055 0.359 0.058 0.718 0.453 0.084 0.047 0.330 0.310 0.240 nan 0.348 0.480 0.457 0.133 0.156 0.123 0.345 nan 0.196 nan 1.016 0.815 0.222 0.255 0.108 0.145 1.432 5.615 0.824 0.697 3108 chr13 31320557 31335825 + 0 NA intron (NM_001204406, intron 4 of 5) AluSp|SINE|Alu 18546 NM_001629 241 Hs.507658 NM_001629 ENSG00000132965 ALOX5AP FLAP arachidonate 5-lipoxygenase activating protein protein-coding 1.180 0.881 1.008 0.057 0.191 0.507 0.132 0.069 0.218 0.006 0.119 0.355 0.004 0.047 0.980 0.467 0.136 0.096 0.124 0.112 0.013 0.058 0.086 0.071 0.070 0.033 0.020 0.039 0.028 0.079 0.353 0.067 0.232 0.068 0.046 0.025 0.043 0.098 0.024 0.062 0.175 0.039 0.031 0.043 0.035 0.101 0.188 0.092 0.061 0.079 0.084 0.467 0.122 0.126 0.071 0.055 0.071 0.128 0.116 0.053 0.053 0.244 2.032 0.085 0.015 0.026 0.825 1.091 0.187 0.253 0.836 0.748 0.123 0.058 0.174 0.169 0.241 0.490 0.354 0.410 6.683 6.998 0.467 0.537 0.101 0.113 1.214 4.335 0.544 0.478 9558 chr6 31461260 31468159 + 0 NA intron (NM_001289160, intron 1 of 5) intron (NM_001289160, intron 1 of 5) -1118 NM_001289161 4277 Hs.731446 NM_005931 ENSG00000204516 MICB PERB11.2 MHC class I polypeptide-related sequence B protein-coding nan 2.304 nan 4.455 2.456 2.730 3.588 0.699 1.490 0.179 0.825 1.437 1.240 0.849 0.039 1.139 2.541 0.794 2.130 0.633 4.798 1.621 0.236 0.228 0.380 2.841 2.610 0.994 2.859 1.925 1.108 2.536 0.969 0.899 0.637 1.714 0.376 5.359 0.245 0.994 0.104 8.640 2.405 1.396 0.964 1.616 2.387 2.716 1.628 8.587 1.604 1.188 1.139 1.957 6.380 0.380 0.357 0.255 0.590 6.216 0.132 1.592 0.596 0.018 1.188 0.818 0.374 0.322 0.362 1.018 nan nan 0.589 1.129 0.303 0.503 0.459 0.213 0.370 0.437 0.515 0.359 0.271 0.816 1.702 1.647 1.681 0.201 0.432 0.404 0.447 4285 chr16 21508662 21542958 + 0 NA Intergenic Intergenic 5955 NR_002594 387254 Hs.448808 NR_002594 SLC7A5P2 IMAA|MMAA solute carrier family 7 member 5 pseudogene 2 pseudo 2.884 1.804 nan 2.309 2.212 2.045 1.664 1.116 2.016 1.914 3.873 1.641 1.585 1.481 0.887 2.004 1.020 0.324 2.118 0.598 1.400 1.329 0.966 0.615 2.053 1.831 1.761 2.135 1.977 0.495 2.805 4.400 1.709 4.554 0.725 3.611 0.983 2.574 0.188 0.522 1.265 3.054 2.368 1.289 1.650 1.211 2.575 1.678 2.418 1.984 3.853 2.573 2.004 3.022 1.564 2.053 1.192 0.892 1.014 2.385 1.056 1.577 0.853 1.291 1.434 1.992 1.410 1.530 1.865 1.892 3.201 3.524 3.542 nan 1.081 3.765 3.806 1.048 1.558 5.379 7.213 3.068 3.079 1.040 1.967 2.349 2.420 2.302 3.148 2.738 1.372 10821 chr8 13889422 13898415 + 0 NA Intergenic MER46C|DNA|TcMar-Tigger 406719 NR_134450 102725080 Hs.130621 NR_134450 LOC102725080 - uncharacterized LOC102725080 ncRNA 0.425 0.622 nan 0.063 0.029 0.025 0.071 0.071 0.067 0.010 0.025 0.031 0.007 0.012 0.030 0.071 0.051 0.054 0.026 0.017 0.007 0.032 0.105 0.116 0.045 0.008 0.045 0.036 0.064 0.005 0.040 0.086 0.030 0.011 0.024 0.109 0.009 0.031 0.013 0.024 0.043 0.045 0.063 0.024 0.018 0.015 0.071 0.024 0.031 0.045 0.027 0.009 0.021 0.019 0.091 0.027 0.084 0.026 0.017 0.626 0.346 7.058 3.496 0.220 nan 0.103 0.079 0.206 0.228 0.126 0.156 0.151 0.137 0.281 0.096 0.088 0.176 0.051 0.061 0.171 0.182 0.441 0.699 11753 chr9 123139895 123152664 + 0 NA Intergenic Intergenic -138951 NR_029604 406939 NR_029604 ENSG00000207814 MIR147A MIR147|MIRN147|hsa-mir-147a microRNA 147a ncRNA nan nan 4.016 0.045 4.956 2.175 0.323 2.085 4.179 0.015 0.505 0.807 0.022 2.232 0.549 0.402 0.525 0.087 0.133 0.119 0.029 0.076 3.344 1.432 2.513 0.412 0.198 0.063 0.112 0.025 0.119 0.259 0.088 nan 0.080 1.051 1.986 0.034 0.063 0.046 0.482 0.166 0.057 0.077 0.042 0.058 0.105 0.141 0.836 0.089 0.018 0.265 0.402 0.158 0.124 2.513 0.038 0.061 0.191 0.081 5.003 0.122 0.100 0.117 0.108 0.023 0.020 0.168 0.316 0.305 0.356 5.098 6.151 4.449 1.718 0.457 0.428 0.335 nan 6.591 5.421 0.422 0.337 0.273 0.334 5.145 5.026 0.249 0.399 nan 1.844 5066 chr17 78799236 78814996 + 0 NA intron (NM_020761, intron 9 of 33) intron (NM_020761, intron 9 of 33) -27684 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 2.670 1.734 2.920 0.399 1.098 0.704 2.336 0.484 1.172 0.054 1.675 1.269 0.020 0.323 1.805 3.987 0.930 0.256 1.257 1.237 0.508 0.044 1.171 0.508 1.595 1.489 1.470 0.067 0.586 0.388 0.339 1.129 0.325 4.007 1.521 1.201 0.241 0.089 0.126 1.462 0.663 6.034 0.593 0.258 1.208 0.443 0.178 2.356 0.752 1.643 0.271 1.437 3.987 1.610 1.321 1.595 0.361 0.495 0.985 0.644 4.872 0.817 0.572 0.801 1.649 0.453 0.354 1.715 1.798 1.219 1.781 3.374 2.399 2.872 0.892 0.977 1.048 nan 4.670 2.628 4.137 2.976 2.891 0.966 1.370 1.821 2.623 1.848 2.286 nan 1.262 2753 chr12 65171606 65191371 + 0 NA intron (NM_001330187, intron 3 of 13) intron (NM_001330187, intron 3 of 13) 6515 NM_001330188 23329 Hs.192492 NM_015279 ENSG00000111490 TBC1D30 - TBC1 domain family member 30 protein-coding 0.933 1.013 1.308 0.880 0.701 0.157 0.412 0.412 0.388 0.145 0.126 0.666 0.272 0.384 1.037 0.616 0.111 0.106 0.463 0.111 0.137 0.085 0.618 0.509 0.419 0.371 0.194 0.116 0.727 0.214 1.427 3.004 2.942 1.856 0.171 0.532 0.159 0.153 0.076 0.066 1.326 0.228 0.119 0.091 0.304 2.472 0.978 0.130 0.635 0.696 1.168 1.286 0.616 0.387 0.218 0.419 0.652 1.200 0.279 0.328 0.548 0.083 0.200 0.119 0.035 0.029 0.026 0.842 0.836 0.460 0.784 2.597 nan 1.748 0.590 1.083 1.062 0.670 0.977 2.648 3.667 0.985 0.895 0.455 0.717 0.843 0.706 0.422 0.678 1.447 1.014 1473 chr10 51540597 51573985 + 0 NA intron (NM_002443, intron 3 of 3) AluY|SINE|Alu 7738 NM_138634 4477 Hs.255462 NM_002443 ENSG00000263639 MSMB HPC13|IGBF|MSP|MSPB|PN44|PRPS|PSP|PSP-94|PSP57|PSP94 microseminoprotein beta protein-coding 0.824 nan 1.272 0.599 0.250 0.074 0.585 0.192 0.383 0.082 0.833 0.446 0.110 0.248 0.226 0.229 0.334 0.127 0.519 0.181 0.266 0.142 0.155 0.114 0.387 0.331 0.266 0.175 0.676 0.319 1.006 4.166 0.840 0.632 0.162 0.444 0.023 0.272 0.102 0.330 0.065 0.747 0.401 0.208 0.408 0.307 1.100 0.437 0.509 0.538 0.315 0.981 0.229 0.649 0.374 0.387 0.429 0.412 0.134 0.293 0.167 0.388 0.139 0.184 0.465 0.250 0.141 0.673 0.680 1.030 1.629 0.553 0.710 0.884 0.301 1.649 1.654 0.340 0.539 0.902 1.358 0.647 0.659 0.476 0.592 0.220 0.287 0.547 0.704 0.496 0.460 881 chr1 172851812 172890024 + 0 NA Intergenic Intergenic 149185 NM_005092 8995 Hs.248197 NM_005092 ENSG00000120337 TNFSF18 AITRL|GITRL|TL6|TNLG2A|hGITRL TNF superfamily member 18 protein-coding nan nan nan 1.275 0.182 0.023 1.868 0.126 0.170 0.160 0.415 2.972 0.011 0.028 0.109 0.215 2.021 0.227 0.847 0.442 0.191 0.015 0.103 0.132 0.060 0.981 0.358 0.129 0.457 1.461 0.162 0.671 0.169 0.354 1.116 2.709 0.007 0.088 0.133 0.569 0.035 0.617 1.076 0.624 0.789 0.308 0.204 1.294 0.488 0.164 0.097 0.314 0.215 0.820 0.455 0.060 0.406 0.078 0.015 0.143 0.063 0.424 0.112 0.039 0.966 0.457 0.423 0.386 0.240 0.487 0.823 nan 0.348 0.149 0.077 0.258 0.268 0.234 0.357 0.411 0.325 0.379 0.137 0.250 0.458 0.073 0.128 0.183 nan 0.326 0.382 2461 chr12 8111035 8143905 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -38578 NM_006931 6515 Hs.419240 NM_006931 ENSG00000059804 SLC2A3 GLUT3 solute carrier family 2 member 3 protein-coding 0.723 nan nan 0.140 0.139 0.387 0.899 0.449 0.771 0.742 0.091 0.216 4.409 0.036 0.054 0.781 0.067 0.078 0.344 0.127 1.497 0.557 0.082 0.132 0.048 0.515 0.298 0.424 0.432 0.259 0.224 0.798 0.653 0.942 0.222 1.564 0.023 3.305 0.277 0.307 0.099 0.879 0.171 0.144 0.250 0.191 1.525 2.433 1.915 1.134 0.254 0.541 0.781 0.256 0.837 0.048 0.089 0.779 1.121 3.787 0.025 0.411 0.204 0.716 0.393 1.810 1.190 0.225 0.277 0.354 0.672 nan 2.024 0.242 0.155 0.455 0.468 0.347 0.503 0.089 0.119 1.050 1.220 0.365 0.428 0.084 0.104 0.526 nan 0.124 0.236 10636 chr7 121181468 121187919 + 0 NA Intergenic LTR54|LTR|ERV1 -148271 NM_001040020 10447 Hs.434053 NM_014888 ENSG00000196937 FAM3C GS3786|ILEI family with sequence similarity 3 member C protein-coding 0.827 0.547 0.870 2.676 0.150 0.052 4.617 0.233 0.382 0.381 0.812 4.029 0.126 0.067 0.040 1.011 0.222 7.222 3.162 2.629 0.043 0.267 0.170 0.056 4.330 2.277 0.135 5.703 4.111 1.300 3.639 4.849 0.333 3.614 0.109 0.030 0.067 0.146 3.466 0.098 5.056 0.601 0.414 3.255 6.196 1.156 3.193 0.139 2.590 0.948 2.324 0.040 3.402 2.095 0.056 1.511 2.201 0.594 0.031 4.374 0.031 0.078 1.802 1.464 2.064 0.433 0.280 0.420 1.191 0.340 0.444 0.651 0.217 0.218 0.173 0.760 0.891 0.307 0.236 0.429 0.105 0.282 0.317 0.404 0.971 0.262 0.448 0.980 0.781 6880 chr20 20617254 20659270 + 0 NA intron (NM_020343, intron 3 of 39) intron (NM_020343, intron 3 of 39) 55004 NM_020343 57186 Hs.472285 NM_020343 ENSG00000188559 RALGAPA2 AS250|C20orf74|bA287B20.1|dJ1049G11|dJ1049G11.4|p220 Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 2 protein-coding 1.047 1.402 nan 0.034 0.616 0.090 0.039 0.211 0.382 0.011 0.108 0.083 0.026 0.125 0.095 0.140 0.228 0.173 0.071 0.004 0.012 0.036 0.306 0.269 0.320 0.071 0.034 0.025 0.055 0.013 0.135 0.206 0.312 0.521 0.038 0.071 0.061 0.049 0.078 0.017 0.038 0.052 0.020 0.015 0.049 0.042 0.087 0.119 0.079 0.044 0.052 0.049 0.140 0.032 0.046 0.320 0.026 0.060 0.113 0.035 0.127 0.041 0.160 0.156 0.026 0.016 0.014 0.694 0.752 0.323 0.462 0.623 0.796 0.676 0.281 0.309 0.278 2.985 3.654 1.975 1.994 1.008 0.590 0.278 0.436 0.233 0.252 0.351 0.675 1.107 0.677 3186 chr13 66922046 66949252 + 0 NA intron (NM_203487, intron 4 of 4) intron (NM_203487, intron 4 of 4) 143267 NR_039853 100616205 NR_039853 ENSG00000263561 MIR4704 - microRNA 4704 ncRNA nan 1.170 nan 0.029 0.086 0.020 0.023 0.112 0.176 0.003 0.065 0.065 0.009 0.037 0.058 0.345 0.162 0.024 0.047 0.003 0.057 0.031 0.156 0.182 0.265 0.049 0.013 0.013 0.049 0.038 0.237 0.577 0.219 0.678 0.061 0.027 0.449 0.024 0.096 0.097 0.081 0.012 0.009 0.075 0.063 0.093 0.044 0.084 0.095 0.345 0.016 0.010 0.265 0.036 0.099 0.025 0.018 0.099 0.014 0.069 0.087 0.020 0.004 0.004 0.487 0.375 0.119 0.138 0.385 0.478 1.208 0.456 0.121 0.147 0.175 0.234 0.338 0.343 0.425 0.193 0.131 0.267 2.145 2.620 0.411 0.812 0.254 0.168 405 chr1 59036331 59055507 + 0 NA Intergenic Intergenic -2753 NM_002353 4070 Hs.23582 NM_002353 ENSG00000184292 TACSTD2 EGP-1|EGP1|GA733-1|GA7331|GP50|M1S1|TROP2 tumor associated calcium signal transducer 2 protein-coding 0.867 0.987 0.958 2.782 0.282 0.146 4.155 0.067 0.251 1.448 0.694 1.677 1.165 0.034 0.089 0.134 1.000 0.285 3.314 1.655 0.033 0.028 0.155 0.110 0.243 1.997 2.023 0.073 3.804 2.436 2.371 nan 4.185 0.591 1.585 0.440 0.030 0.028 0.092 0.887 0.070 5.723 0.557 0.281 3.004 3.490 3.427 2.715 0.098 0.200 0.044 1.641 0.134 4.850 4.100 0.243 1.068 2.563 0.081 0.103 0.053 1.129 0.051 0.084 1.267 0.502 0.701 0.382 0.227 0.314 0.859 0.452 0.502 0.798 0.266 0.315 0.304 0.335 0.595 0.679 1.009 0.527 0.280 0.158 0.259 0.096 0.095 0.276 nan 0.557 0.534 7033 chr20 48827077 48935718 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -2626 NM_001278655 100506115 Hs.235484 NM_001278655 SMIM25 LINC01272 small integral membrane protein 25 protein-coding nan nan 0.733 1.570 0.469 0.178 1.013 0.284 0.503 1.025 1.496 1.060 0.029 0.077 0.209 0.235 0.953 0.162 0.305 0.279 1.299 0.057 0.166 0.116 0.364 0.796 0.469 0.217 0.120 0.173 0.457 1.950 0.778 1.757 0.349 2.235 0.018 0.143 0.101 0.132 0.069 3.592 0.336 0.220 0.934 0.110 4.727 1.446 2.723 0.120 0.662 1.929 0.235 0.183 0.173 0.364 0.689 0.809 0.422 1.563 1.192 0.748 0.212 0.082 0.870 0.051 0.032 1.222 1.557 0.586 1.498 0.554 0.533 nan 0.516 0.894 0.897 0.582 1.049 1.089 1.226 nan 0.471 0.615 0.756 0.208 0.284 0.349 0.556 1.130 0.858 6092 chr2 48128851 48135159 + 0 NA intron (NM_001190274, intron 1 of 22) intron (NM_001190274, intron 1 of 22) 927 NM_001190274 80204 Hs.352677 NM_012167 ENSG00000138081 FBXO11 FBX11|PRMT9|UBR6|UG063H01|VIT1 F-box protein 11 protein-coding 5.429 nan 4.692 3.629 3.362 3.696 2.678 2.191 4.404 1.697 3.619 0.964 1.255 1.380 6.132 4.203 2.736 0.203 4.257 1.259 3.055 3.934 3.434 1.511 5.972 2.339 2.931 2.263 3.939 1.118 6.329 nan 3.847 9.746 1.385 3.072 0.831 5.152 0.156 1.663 2.642 5.534 4.599 1.835 1.698 1.984 4.749 4.028 5.828 3.879 3.564 3.091 4.203 6.025 2.716 5.972 2.269 2.152 1.864 8.773 2.545 2.871 2.593 2.786 2.028 1.917 1.518 3.801 5.527 4.528 6.434 nan 9.100 7.113 3.345 18.786 19.390 3.395 4.391 6.527 10.505 9.434 10.151 3.042 7.292 3.072 2.963 9.837 9.327 nan 1.381 8172 chr3 194205314 194211543 + 0 NA non-coding (NR_033929, exon 2 of 2) non-coding (NR_033929, exon 2 of 2) 559 NR_033929 401106 Hs.407087 NR_033929 LINC00884 - long intergenic non-protein coding RNA 884 ncRNA nan 3.963 1.523 5.750 2.028 2.036 2.898 1.515 2.017 1.769 2.362 3.344 1.126 1.154 1.938 1.996 3.349 0.425 1.525 0.426 1.011 0.769 4.648 1.792 3.783 6.733 7.933 1.781 4.091 1.931 2.311 nan 1.895 nan 0.468 1.248 1.411 1.127 0.100 0.398 1.261 5.526 3.990 2.086 4.325 1.313 6.796 1.753 1.464 5.499 1.684 2.853 1.996 3.360 1.532 3.783 0.766 0.919 0.460 2.310 1.575 2.528 0.713 0.798 1.158 1.054 0.548 1.858 1.904 2.566 4.066 4.305 3.614 5.468 3.265 16.198 16.173 1.626 2.534 3.123 4.995 3.733 4.147 1.859 3.379 6.198 6.258 2.563 2.144 1.636 0.844 8045 chr3 176851367 176876524 + 0 NA intron (NM_001321194, intron 1 of 16) ERVL-B4-int|LTR|ERVL 50327 NM_001321193 79718 Hs.714201 NM_024665 ENSG00000177565 TBL1XR1 C21|DC42|IRA1|MRD41|TBLR1 transducin beta like 1 X-linked receptor 1 protein-coding 1.312 1.219 0.952 0.708 0.435 0.293 0.603 0.427 0.958 0.212 0.269 0.267 1.035 0.155 0.318 0.157 0.458 0.217 0.976 0.415 0.119 0.046 0.335 0.295 0.208 1.460 0.820 0.123 0.315 0.222 0.235 0.852 1.038 1.015 0.237 0.126 0.049 0.304 0.129 0.259 0.372 0.108 0.066 0.052 0.290 0.152 0.417 0.234 0.197 0.436 0.047 0.252 0.157 0.844 0.460 0.208 0.083 0.131 0.078 0.132 0.085 0.373 0.288 0.328 0.143 0.034 0.010 0.436 0.381 1.509 4.042 0.508 0.596 0.870 0.321 0.383 0.394 0.465 0.751 0.944 1.341 0.704 0.668 0.246 0.531 0.168 0.243 0.589 1.179 0.230 0.199 1734 chr11 354350 356497 + 0 NA Intergenic Intergenic -14372 NM_178537 338707 Hs.148074 NM_178537 ENSG00000182272 B4GALNT4 - beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyltransferase 4 protein-coding 2.606 4.433 2.338 0.917 0.568 0.310 5.959 0.375 1.308 1.635 5.046 3.460 3.840 3.543 1.470 0.895 7.220 0.755 6.292 1.220 8.051 3.869 0.365 0.148 1.443 3.973 5.686 6.492 4.023 1.968 4.600 10.856 3.475 2.082 0.884 7.484 0.087 6.937 0.174 1.485 0.330 16.051 15.546 4.839 2.507 2.007 0.676 6.746 8.399 5.156 5.870 4.725 0.895 10.725 9.028 1.443 2.875 1.693 0.465 12.561 4.819 5.396 0.949 1.549 6.337 7.152 5.487 3.388 3.420 4.485 8.831 2.665 1.549 2.712 1.010 16.283 16.291 0.346 0.664 6.032 11.762 0.704 0.863 1.864 2.669 0.797 1.187 3.021 3.831 0.214 0.357 11666 chr9 98267017 98285474 + 0 NA intron (NM_001083603, intron 1 of 23) intron (NM_001083603, intron 1 of 23) 3002 NM_001083603 5727 Hs.494538 NM_000264 ENSG00000185920 PTCH1 BCNS|NBCCS|PTC|PTC1|PTCH patched 1 protein-coding 2.928 nan 3.634 1.105 3.310 1.841 1.155 1.235 2.264 0.816 1.401 1.360 0.805 0.725 2.312 4.159 0.511 0.096 0.672 0.197 0.532 2.704 1.459 0.916 3.133 0.705 0.667 1.643 1.299 0.369 1.355 2.075 1.525 5.458 0.440 1.303 1.300 3.170 0.083 0.332 2.100 1.853 2.560 1.164 0.468 0.542 2.020 2.053 2.329 2.654 0.889 0.213 4.159 0.836 0.402 3.133 0.671 0.730 1.504 2.890 1.560 1.518 0.916 1.189 1.103 0.992 0.567 1.918 2.569 3.360 nan 5.425 4.260 1.119 0.460 2.111 2.205 1.283 2.150 2.995 4.107 5.708 7.681 0.956 2.330 3.998 2.909 1.510 1.714 1.309 0.870 9835 chr6 107804189 107837765 + 0 NA intron (NM_018013, intron 1 of 6) intron (NM_018013, intron 1 of 6) 9660 NM_018013 55084 Hs.445244 NM_018013 ENSG00000112320 SOBP JXC1|MRAMS sine oculis binding protein homolog protein-coding 1.785 nan nan 0.073 0.844 0.560 0.042 0.450 0.784 0.034 0.056 0.338 0.091 0.454 1.309 1.161 0.487 0.110 0.100 0.023 0.055 0.305 0.176 0.145 0.521 0.282 0.215 0.075 0.044 0.003 0.398 1.019 0.151 1.555 0.013 0.039 0.278 0.262 0.136 0.060 0.097 0.077 0.172 0.135 0.039 0.038 0.179 0.128 0.162 0.807 0.047 0.034 1.161 0.071 0.198 0.521 0.048 0.033 0.162 0.223 0.870 0.026 0.760 0.367 0.314 0.055 0.011 14.437 17.320 0.850 1.161 1.170 nan 1.386 0.544 0.283 0.324 0.722 0.979 0.361 0.429 nan 0.939 0.595 1.322 1.082 1.058 0.465 0.868 0.744 0.454 9396 chr6 3538142 3551415 + 0 NA Intergenic Intergenic -87985 NM_015482 63027 Hs.713588 NM_015482 ENSG00000137266 SLC22A23 C6orf85 solute carrier family 22 member 23 protein-coding 1.016 1.197 0.949 0.038 1.355 0.033 0.027 0.243 0.550 0.015 0.089 0.069 0.023 0.713 1.577 0.298 0.153 0.073 0.121 0.057 0.051 0.062 0.531 0.287 4.021 0.040 0.017 0.028 0.046 0.061 0.327 0.106 0.210 0.045 0.045 0.080 0.056 0.083 0.017 0.096 0.133 0.023 0.015 0.016 0.058 0.065 0.158 0.110 0.059 0.036 0.115 0.298 0.097 0.035 4.021 0.037 0.088 0.074 0.079 0.038 0.083 0.165 0.130 0.029 0.014 0.007 0.714 0.636 0.360 0.357 0.964 0.936 4.163 1.373 0.356 0.402 0.339 0.619 1.591 1.278 0.452 0.236 0.351 0.546 0.633 0.548 0.283 0.707 3.205 1.445 9354 chr5 175173063 175183395 + 0 NA Intergenic Intergenic -45381 NM_006650 10814 Hs.193235 NM_006650 ENSG00000145920 CPLX2 921-L|CPX-2|CPX2|Hfb1 complexin 2 protein-coding 1.038 0.712 0.738 0.042 0.094 0.032 0.090 0.124 0.126 0.028 0.114 0.044 0.012 0.020 0.077 0.260 0.051 0.016 0.067 0.018 0.013 0.080 0.128 0.279 0.033 0.007 0.007 0.079 0.031 0.078 0.047 0.061 0.642 0.149 0.240 0.063 0.098 0.046 0.354 0.089 0.059 0.068 0.085 0.052 0.075 0.194 0.378 0.048 0.023 0.089 0.260 0.076 0.018 0.279 0.070 0.016 1.424 0.050 0.134 0.185 0.048 0.048 0.074 0.039 0.049 0.205 0.208 0.093 nan 0.886 1.010 0.974 0.495 0.063 0.075 4.393 nan 0.195 0.246 1.991 2.113 0.116 0.170 0.638 0.685 0.388 0.595 0.386 0.374 3230 chr13 80508234 80512829 + 0 NA Intergenic Intergenic 63810 NR_120413 101927195 Hs.342412 NR_120413 ENSG00000229175 LINC00382 TCONS_00021500 long intergenic non-protein coding RNA 382 ncRNA nan nan 0.707 1.544 0.171 4.620 0.191 0.290 0.478 3.091 3.253 0.014 0.043 0.117 0.306 2.788 0.035 0.561 0.660 2.858 2.658 0.035 0.091 0.268 4.377 3.345 0.287 1.229 2.173 0.104 0.313 0.663 0.365 2.290 2.000 0.094 0.079 3.891 0.157 18.965 8.337 2.925 2.071 0.969 0.633 8.271 0.248 3.403 2.725 0.409 0.306 0.417 1.909 0.268 0.746 0.367 2.929 0.022 3.448 0.064 0.054 4.839 4.198 5.121 0.409 0.381 1.721 4.251 0.333 0.255 0.267 0.118 0.156 0.121 0.110 0.177 0.305 0.198 0.408 0.214 0.173 0.323 0.018 0.066 0.225 0.431 0.221 0.225 7042 chr20 49573918 49576292 + 0 NA promoter-TSS (NM_001317036) promoter-TSS (NM_001317036) -4 NM_001317034 8813 Hs.654951 NM_003859 ENSG00000000419 DPM1 CDGIE|MPDS dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 1, catalytic protein-coding 11.019 8.892 7.323 9.101 7.367 4.406 3.115 3.902 7.541 3.113 6.166 2.159 1.665 1.912 3.955 5.278 6.348 0.406 3.419 1.770 3.373 4.547 2.785 1.247 6.034 2.765 3.111 2.300 4.723 1.537 5.351 7.227 7.347 12.306 3.136 5.184 0.599 5.306 0.054 4.917 2.825 9.663 3.022 1.787 3.114 2.749 6.009 4.836 4.121 5.464 3.518 3.634 5.278 7.534 3.005 6.034 3.189 4.539 1.665 8.894 3.020 3.126 2.002 2.481 5.455 2.643 1.977 15.735 13.049 10.046 16.211 12.279 14.119 17.100 14.953 20.614 21.493 7.846 8.325 11.139 17.025 18.323 17.900 11.830 17.324 5.761 7.480 15.581 8.025 6.773 4.913 392 chr1 54698002 54831103 + 0 NA intron (NM_001009955, intron 4 of 16) intron (NM_001009955, intron 4 of 16) 62436 NR_103541 619518 Hs.591438 NM_001034847 ENSG00000198711 SSBP3-AS1 C1orf191|MST128|MSTP128 SSBP3 antisense RNA 1 ncRNA 2.169 1.044 3.510 0.105 0.429 0.383 0.530 0.634 1.217 0.041 0.383 0.215 0.026 0.300 0.221 0.881 0.316 0.104 0.397 0.172 0.042 0.064 0.419 0.237 0.467 0.228 0.118 0.161 0.077 0.064 0.167 nan 0.120 0.690 0.096 0.184 0.151 0.162 0.103 0.058 0.409 0.391 0.153 0.104 0.071 0.129 0.124 0.173 0.184 0.129 0.020 0.073 0.881 0.359 0.096 0.467 0.049 0.234 0.704 0.172 0.299 0.190 0.265 2.882 0.076 0.058 0.034 0.637 0.960 0.316 0.504 1.483 1.566 1.099 0.345 0.463 0.480 1.453 2.112 1.374 1.649 3.238 3.008 0.555 0.801 0.501 0.580 2.116 nan 1.560 0.965 9387 chr6 2763283 2767132 + 0 NA promoter-TSS (NM_020135) promoter-TSS (NM_020135) -459 NM_020135 56897 Hs.236828 NM_020135 ENSG00000124535 WRNIP1 WHIP|bA420G6.2 Werner helicase interacting protein 1 protein-coding 7.140 4.398 5.440 2.793 6.015 1.522 2.572 3.753 6.045 1.458 4.907 3.128 2.071 2.588 5.031 6.296 3.156 0.418 6.988 1.383 3.468 1.298 2.221 1.375 7.937 3.125 4.418 1.553 2.664 1.739 5.222 7.546 2.653 3.193 1.398 2.792 0.573 3.311 0.045 0.886 3.405 6.422 3.836 1.903 1.080 0.609 2.465 6.101 4.021 7.910 2.758 2.334 6.296 10.834 4.032 7.937 0.999 2.281 1.213 7.946 3.883 5.296 1.435 1.932 2.428 1.331 0.906 6.444 6.644 4.924 6.977 10.365 9.178 8.179 3.548 12.209 12.561 3.180 4.519 5.424 9.639 7.207 9.489 2.327 6.269 5.509 3.667 8.122 5.525 3.572 1.873 7484 chr22 49420805 49445925 + 0 NA Intergenic G-rich|Low_complexity|Low_complexity 170783 NR_038944 100128946 Hs.535676 NR_038944 ENSG00000205632 LINC01310 WI2-81516E3.1 long intergenic non-protein coding RNA 1310 ncRNA 0.552 0.293 nan 0.046 0.042 0.087 0.017 0.235 0.362 0.004 0.079 0.044 0.015 0.240 0.113 0.102 0.036 0.051 0.034 0.020 0.027 0.188 0.092 3.568 0.006 0.009 0.009 0.078 0.110 0.213 0.043 0.446 0.018 0.030 0.049 0.047 0.091 0.009 0.032 0.069 0.024 0.004 0.025 0.085 0.103 0.045 0.014 0.019 0.032 0.102 0.037 0.011 3.568 0.019 0.036 0.373 0.048 0.113 0.012 0.051 0.020 0.012 0.005 0.002 0.216 0.111 0.111 0.112 1.827 2.091 0.706 0.241 0.079 0.088 0.107 0.222 0.755 1.049 0.956 0.995 0.151 0.209 0.095 0.218 0.040 0.087 0.954 0.718 2242 chr11 111106822 111209578 + 0 NA Intergenic Intergenic -11071 NM_001271458 120376 Hs.31409 NM_001136105 ENSG00000214290 COLCA2 C11orf93|CASC13|LOH11CR1G colorectal cancer associated 2 protein-coding 0.931 1.804 1.203 0.066 0.275 1.866 0.136 1.144 2.159 0.019 0.078 0.157 0.231 0.333 0.193 0.286 0.309 0.077 0.134 0.044 0.033 0.013 0.499 0.426 1.473 0.630 0.516 0.027 0.251 0.082 0.336 1.849 0.396 2.621 0.188 0.061 0.922 0.058 0.115 0.073 0.249 0.225 0.065 0.048 0.635 0.339 0.402 0.177 0.380 0.041 0.096 0.209 0.286 0.082 0.053 1.473 0.114 0.438 0.580 0.070 0.604 0.044 2.582 0.145 0.029 0.025 0.012 3.522 nan 7.816 9.511 1.668 1.956 1.075 0.291 2.406 2.470 2.104 nan 1.323 1.119 0.737 0.455 2.099 3.714 2.194 2.663 0.282 0.747 1.046 0.729 5530 chr19 10981012 11010991 + 0 NA intron (NM_199141, intron 1 of 15) intron (NM_199141, intron 1 of 15) 13748 NM_199141 10498 Hs.323213 NM_199141 ENSG00000142453 CARM1 PRMT4 coactivator associated arginine methyltransferase 1 protein-coding 2.163 2.106 1.715 0.424 0.911 0.454 0.613 0.565 0.825 0.590 0.431 0.337 1.275 0.255 0.672 2.214 0.403 0.173 1.009 0.233 0.417 0.627 0.364 0.340 2.610 0.433 0.275 0.631 0.662 0.102 0.607 nan 0.563 1.459 0.195 0.351 0.780 0.630 0.097 0.099 0.998 0.310 0.402 0.331 0.245 0.559 0.790 0.380 0.532 1.148 0.375 0.524 2.214 1.251 0.300 2.610 0.351 0.489 0.901 0.738 0.368 1.473 0.886 0.862 0.192 0.108 0.074 3.446 4.381 2.809 2.831 2.286 2.376 2.444 0.857 1.959 1.920 0.945 1.592 3.414 5.223 3.084 3.195 0.877 1.740 2.741 2.586 1.583 2.902 1.030 0.664 2254 chr11 111893560 111897511 + 0 NA promoter-TSS (NM_001931) promoter-TSS (NM_001931) -3 NM_001931 1737 Hs.335551 NM_001931 ENSG00000150768 DLAT DLTA|PDC-E2|PDCE2 dihydrolipoamide S-acetyltransferase protein-coding 3.297 3.659 2.386 1.606 5.059 4.432 3.138 2.475 3.859 1.669 3.278 2.982 1.602 0.729 5.373 3.622 0.797 0.202 2.069 0.790 2.884 1.337 1.911 1.425 5.649 3.511 3.391 2.014 3.658 1.635 2.994 4.390 1.823 9.263 1.500 3.421 1.425 4.131 0.155 1.631 2.757 8.065 4.823 2.254 4.233 3.760 5.575 2.656 2.925 3.701 2.737 3.351 3.622 2.993 7.228 5.649 2.785 3.405 1.417 3.123 2.210 2.640 4.908 2.497 1.413 1.967 1.066 20.410 20.219 4.574 7.118 9.410 8.747 5.011 2.206 9.137 9.660 4.967 nan 6.944 10.377 7.350 9.406 7.735 12.975 6.938 6.035 4.295 5.950 3.473 2.635 10375 chr7 55954306 55956643 + 0 NA intron (NM_182633, intron 1 of 6) G-rich|Low_complexity|Low_complexity 504 NM_182633 349075 Hs.660834 NM_182633 ENSG00000178665 ZNF713 - zinc finger protein 713 protein-coding nan 5.173 6.835 4.030 6.774 5.464 1.220 3.911 7.361 2.075 3.062 1.959 3.177 1.484 4.087 3.737 2.241 0.443 2.752 0.592 1.626 2.976 3.010 2.059 7.182 1.743 1.984 2.136 5.596 0.895 6.740 8.393 22.265 13.905 0.623 0.568 1.632 6.366 0.199 0.706 2.221 4.492 1.417 0.528 1.324 3.220 7.480 2.270 4.284 2.496 1.559 1.679 3.737 4.126 2.655 7.182 1.459 3.292 1.647 4.457 5.527 1.999 3.318 2.442 0.781 1.675 0.984 10.294 12.756 8.337 10.376 16.064 14.057 9.549 6.804 9.083 9.138 4.138 4.694 14.950 22.984 6.533 7.271 4.912 8.148 8.538 7.042 8.215 5.744 4.835 2.304 9693 chr6 48075358 48087896 + 0 NA Intergenic Intergenic -45202 NM_207499 442213 Hs.659409 NM_207499 ENSG00000244694 PTCHD4 C6orf138|PTCH53|dJ402H5.2 patched domain containing 4 protein-coding 0.896 1.668 1.221 0.069 0.273 0.013 0.073 0.255 0.337 0.099 0.084 0.058 0.005 1.125 0.057 0.577 0.196 0.051 0.085 0.040 0.011 0.324 0.206 0.057 0.215 0.029 0.012 0.098 0.363 0.927 1.955 1.121 0.823 0.163 0.516 0.395 0.132 0.113 0.064 0.059 0.012 0.019 0.034 0.018 0.076 0.134 0.071 0.033 0.207 0.031 0.577 0.086 0.037 0.057 0.421 0.040 0.131 2.204 0.045 0.333 0.206 0.141 0.551 0.410 0.527 0.308 0.598 0.346 0.244 0.325 9.845 12.024 0.324 0.338 0.370 0.617 3.340 nan 0.257 0.100 0.498 0.688 3.250 4.203 0.405 0.808 1.080 0.832 813 chr1 160899041 160906969 + 0 NA non-coding (NR_110695, exon 2 of 6) non-coding (NR_110695, exon 2 of 6) 750 NR_110695 101928372 NR_110695 ENSG00000198358 LOC101928372 - uncharacterized LOC101928372 ncRNA 1.210 nan 1.222 0.124 0.975 0.035 0.450 0.199 0.235 0.037 0.085 0.039 0.079 0.075 1.921 0.146 0.131 0.062 0.135 0.048 0.031 0.071 0.119 0.133 0.135 0.159 0.064 0.101 0.120 0.093 0.811 2.304 0.458 1.554 0.074 0.097 0.036 0.068 0.162 0.266 0.040 0.075 0.023 0.015 0.096 0.760 0.024 0.127 0.637 0.090 0.199 0.058 0.146 0.323 0.117 0.135 0.092 0.064 0.036 0.132 0.013 0.607 0.064 6.239 0.067 0.012 0.206 0.129 0.207 0.261 0.262 nan 0.136 0.038 0.079 0.114 0.145 0.309 0.310 nan 0.407 0.273 0.214 0.334 0.031 0.093 1.922 8.132 0.289 0.396 9770 chr6 74403593 74416001 + 0 NA intron (NM_001159588, intron 2 of 31) intron (NM_001159588, intron 2 of 31) -3943 NR_110889 101928489 Hs.660059 NR_110889 ENSG00000231652 LOC101928489 - uncharacterized LOC101928489 ncRNA nan nan 0.603 0.442 0.671 0.054 3.424 0.086 0.200 0.353 1.461 2.188 0.065 0.024 0.138 0.292 1.150 0.232 1.804 0.857 1.501 0.011 0.126 0.101 0.126 2.483 2.370 0.096 1.637 1.968 1.837 5.170 0.654 1.344 2.254 2.752 0.031 0.963 0.156 1.437 0.019 2.242 0.442 0.342 1.019 2.469 1.380 2.560 1.793 0.758 1.487 1.159 0.292 2.339 2.942 0.126 0.486 0.327 2.028 0.726 1.403 0.024 0.066 1.933 2.105 2.234 0.471 0.419 0.292 0.375 0.315 0.205 0.302 0.101 0.353 0.336 0.209 0.332 1.054 1.598 0.633 0.387 0.186 0.354 0.084 0.102 0.240 0.388 0.220 0.246 644 chr1 144704914 144710730 + 0 NA intron (NM_001037501, intron 10 of 24) intron (NM_001037501, intron 10 of 24) 92863 NM_001037675 400818 Hs.445080 NM_001037675 ENSG00000269713 NBPF9 AE01 NBPF member 9 protein-coding 2.704 nan 1.875 0.122 1.528 0.294 0.260 1.128 2.188 0.147 0.549 1.220 0.161 0.667 2.548 5.808 0.867 0.304 0.255 0.230 0.150 0.118 1.536 1.482 0.737 0.188 0.113 0.228 0.186 0.108 0.307 1.684 0.330 13.729 0.169 0.214 3.863 0.186 0.230 0.080 0.145 0.333 0.104 0.054 0.187 0.110 0.398 0.191 0.070 0.146 0.013 0.378 5.808 0.135 0.142 0.737 0.190 0.130 0.083 0.238 2.603 0.136 14.177 0.427 0.145 0.010 0.035 0.460 0.452 1.108 1.264 1.467 1.738 7.665 1.555 1.345 1.058 6.838 6.949 3.862 5.328 0.841 0.465 2.348 7.318 7.175 7.438 1.155 2.499 4.446 2.123 6810 chr20 5041095 5063506 + 0 NA intron (NM_001330987, intron 3 of 3) intron (NM_001330987, intron 3 of 3) 41433 NM_001330986 29058 Hs.472024 NM_014145 ENSG00000089063 TMEM230 C20orf30|HSPC274|dJ1116H23.2.1 transmembrane protein 230 protein-coding 0.904 1.486 0.787 0.717 0.177 0.054 2.093 0.158 0.324 0.331 1.694 1.381 0.017 0.075 0.283 0.190 0.341 0.157 0.666 0.550 0.374 0.053 0.064 0.085 0.091 3.531 2.887 0.133 0.519 0.873 0.241 0.827 0.168 0.440 1.235 5.250 0.026 0.044 0.084 0.630 0.046 0.304 0.413 0.279 1.554 0.621 1.366 2.899 5.454 0.426 1.257 2.226 0.190 0.655 0.726 0.091 1.532 0.392 0.082 0.178 0.199 1.910 0.031 0.390 0.605 0.487 0.552 0.594 0.454 0.391 0.614 0.358 0.405 1.004 0.277 0.380 0.368 0.539 0.851 0.723 1.043 0.530 0.371 0.184 0.283 0.160 0.207 0.637 1.561 0.434 0.436 2477 chr12 10969240 10986831 + 0 NA TTS (NM_023921) TTS (NM_023921) 833 NM_023921 50839 Hs.533756 NM_023921 ENSG00000121318 TAS2R10 T2R10|TRB2 taste 2 receptor member 10 protein-coding 0.748 0.586 0.723 0.065 0.253 0.038 0.024 0.119 0.188 0.006 0.053 0.110 0.003 0.023 0.124 0.130 0.043 0.055 0.066 0.011 0.024 0.058 0.094 0.041 0.012 0.008 0.008 0.077 0.024 0.064 0.093 0.066 0.237 0.025 0.052 0.043 0.134 0.007 0.032 0.021 0.013 0.004 0.031 0.018 0.082 0.126 0.042 0.040 0.018 0.026 0.130 0.032 0.011 0.041 0.007 0.048 0.022 0.023 0.006 0.018 0.033 0.091 0.004 0.017 0.006 0.201 0.113 0.323 0.249 nan 0.451 0.279 0.148 20.669 21.757 0.271 0.385 0.325 0.310 0.322 0.114 0.133 0.217 0.033 0.052 0.218 0.373 0.198 0.190 3360 chr13 113239716 113245321 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286279) promoter-TSS (NM_001286279) -19 NM_001286279 10426 Hs.224152 NM_006322 ENSG00000126216 TUBGCP3 104p|ALP6|GCP3|Grip104|SPBC98|Spc98|Spc98p tubulin gamma complex associated protein 3 protein-coding 3.399 nan 4.076 1.399 6.995 14.263 1.729 3.721 6.013 0.429 2.611 0.873 1.342 0.844 4.142 8.962 1.682 0.317 5.302 2.233 1.808 1.236 1.710 0.674 6.180 1.347 1.634 1.068 1.056 0.765 2.747 6.866 1.481 7.603 0.811 2.267 1.799 1.917 0.088 0.966 7.714 7.085 2.621 1.232 1.088 0.777 2.769 2.084 1.493 1.877 2.343 1.465 8.962 4.773 1.942 6.180 1.283 2.181 0.932 3.137 2.843 1.594 2.379 1.167 1.805 1.274 0.918 9.095 8.625 4.596 7.287 7.741 6.848 10.418 5.853 3.330 3.575 0.899 1.274 7.167 8.619 5.568 6.254 6.529 10.589 6.927 7.477 4.951 5.108 1.052 0.565 1820 chr11 15671004 15688922 + 0 NA intron (NM_001293172, intron 1 of 2) intron (NM_001293172, intron 1 of 2) 14532 NM_001293172 102724957 Hs.512245 NM_001293172 LOC102724957 - uncharacterized LOC102724957 protein-coding 0.806 nan 0.893 0.206 0.737 2.064 0.129 0.365 0.685 0.005 0.186 0.103 0.020 0.056 0.412 0.636 0.126 0.074 0.036 0.084 0.039 0.139 0.125 0.867 0.050 0.008 0.050 0.073 0.215 1.052 0.126 1.094 0.188 0.099 0.154 0.103 0.056 0.118 0.040 0.221 0.034 0.026 0.019 0.074 4.057 0.262 0.332 0.043 0.206 0.852 0.636 0.043 0.103 0.867 1.105 0.147 0.060 0.139 0.306 0.040 0.110 0.110 0.224 0.051 0.063 nan 0.356 0.481 1.026 1.434 1.692 0.246 0.091 0.561 0.660 0.512 nan 1.283 1.062 0.499 0.304 0.427 0.546 0.550 0.438 0.234 0.292 1.169 nan 5308 chr18 45452839 45461447 + 0 NA promoter-TSS (NM_005901) promoter-TSS (NM_005901) -173 NM_005901 4087 Hs.12253 NM_005901 ENSG00000175387 SMAD2 JV18|JV18-1|MADH2|MADR2|hMAD-2|hSMAD2 SMAD family member 2 protein-coding nan 2.598 3.642 2.740 3.787 2.875 0.890 1.659 3.022 0.777 2.938 1.144 1.125 1.830 2.444 5.782 1.143 0.131 0.873 0.330 5.801 2.626 0.828 0.461 4.051 0.682 0.897 1.943 1.149 0.504 1.658 2.191 1.565 6.150 0.343 3.979 1.263 2.145 0.094 0.438 1.721 4.036 2.889 1.365 0.911 0.813 3.117 1.691 3.126 1.908 1.808 5.733 5.782 1.396 0.688 4.051 2.494 1.492 0.779 2.727 1.854 1.350 0.868 2.760 0.957 0.870 0.537 3.944 4.340 4.310 5.602 7.143 5.651 7.130 4.210 5.739 5.496 1.806 2.610 3.369 5.366 3.274 3.308 2.125 3.888 4.675 4.475 3.612 nan 3.112 1.932 5275 chr18 39100949 39118018 + 0 NA Intergenic Intergenic -8842 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 0.796 0.819 0.051 0.277 0.023 0.021 0.951 1.603 0.059 0.147 0.007 0.170 0.069 0.363 0.066 0.019 0.015 0.011 0.015 0.049 0.455 0.222 0.232 0.008 0.009 0.040 0.018 0.042 0.031 0.064 0.282 0.034 0.035 0.050 0.013 0.057 0.007 0.088 0.044 0.014 0.014 0.033 0.009 0.096 0.062 0.019 0.054 0.019 0.023 0.363 0.021 0.016 0.232 0.022 0.015 0.022 0.003 0.071 0.018 0.120 0.043 0.009 0.017 0.003 0.374 0.211 0.363 0.233 0.394 0.499 4.212 0.826 0.093 0.100 0.565 0.728 nan 0.454 0.564 0.262 0.186 0.394 0.892 0.781 0.188 0.421 2.496 1.341 10392 chr7 64703123 64736447 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 118377 NR_146905 285905 Hs.567827 NM_182596 ENSG00000164669 INTS4P1 INTS4L1 integrator complex subunit 4 pseudogene 1 pseudo nan nan nan 0.062 0.410 0.720 0.447 0.197 0.406 0.109 0.247 0.161 0.435 0.054 2.249 0.207 0.097 0.150 0.312 0.086 0.157 0.171 0.358 0.253 0.588 0.264 0.197 0.263 0.175 0.057 0.705 2.249 0.458 1.064 0.259 0.324 0.075 0.628 0.152 0.071 0.300 0.371 0.230 0.138 0.118 0.319 0.102 0.315 0.562 0.758 0.104 0.153 0.207 0.702 0.461 0.588 0.073 0.213 0.508 0.274 0.308 0.313 0.375 1.412 0.050 0.207 0.096 1.128 0.985 0.662 0.998 1.307 1.121 1.173 0.365 0.793 0.772 0.248 0.393 0.590 0.802 0.729 0.551 0.685 0.901 0.419 0.295 1.763 3.735 1.131 0.715 4185 chr16 2279321 2286869 + 0 NA exon (NM_001288778, exon 7 of 12) exon (NM_001288778, exon 7 of 12) -3373 NM_001374 1775 Hs.103503 NM_001374 ENSG00000167968 DNASE1L2 DNAS1L2 deoxyribonuclease 1 like 2 protein-coding 0.761 nan 2.625 0.105 4.341 2.310 0.213 0.148 0.405 0.064 0.259 0.049 0.147 8.193 0.207 0.049 0.085 0.182 0.017 0.069 0.186 0.139 0.205 0.064 0.038 0.160 0.145 0.014 0.203 0.723 0.176 0.734 0.040 0.155 0.063 0.191 0.082 0.110 0.314 0.135 0.087 0.014 0.102 0.091 0.159 0.298 0.282 0.076 0.114 0.207 0.173 0.086 0.205 0.033 0.054 0.064 0.196 0.202 0.126 0.013 0.050 0.010 0.023 0.014 0.306 0.310 0.200 0.351 1.324 1.392 nan 0.266 0.403 0.318 0.210 nan 1.431 1.630 0.351 0.324 0.201 0.211 0.271 0.282 0.256 0.358 0.738 0.567 1802 chr11 12176937 12213857 + 0 NA intron (NM_001346295, intron 3 of 26) L1MB4|LINE|L1 10167 NR_106739 102466906 NR_106739 ENSG00000275373 MIR6124 hsa-mir-6124 microRNA 6124 ncRNA 0.878 nan 0.898 1.508 0.441 2.265 4.692 0.170 0.517 0.132 2.659 3.846 0.061 0.287 0.864 0.323 1.745 0.224 2.651 1.505 0.459 0.022 0.177 0.137 0.690 3.090 2.506 0.128 2.005 2.402 2.369 4.397 4.157 1.796 0.864 0.222 0.077 0.047 0.078 2.560 0.105 5.684 3.124 1.563 1.434 1.421 1.119 5.300 0.565 1.759 0.148 0.593 0.323 2.349 5.354 0.690 0.527 0.373 0.110 0.358 0.838 1.560 0.104 0.329 2.438 4.112 4.627 nan 0.778 0.398 0.719 0.898 0.964 1.370 0.500 0.619 0.643 0.745 nan 1.755 1.565 1.025 0.850 0.380 0.526 0.401 0.662 0.363 0.844 1.072 nan 11358 chr8 142725074 142760933 + 0 NA Intergenic Intergenic 124671 NR_031636 100302147 NR_031636 ENSG00000221768 MIR1302-7 MIRN1302-7|hsa-mir-1302-7 microRNA 1302-7 ncRNA 1.229 0.576 nan 0.062 0.069 3.285 0.043 0.228 0.389 0.021 0.054 0.039 0.009 0.115 1.271 0.478 0.052 0.034 0.056 0.011 0.021 0.027 0.044 0.057 0.705 0.041 0.034 0.026 0.094 0.009 0.080 0.168 0.055 1.616 0.008 0.030 0.045 0.033 0.047 0.105 0.058 0.108 0.083 0.050 0.018 0.030 0.038 0.145 0.077 0.115 0.039 0.053 0.478 0.046 0.023 0.705 0.014 0.044 0.712 0.122 0.040 0.049 0.149 1.432 0.015 0.019 0.019 0.215 0.139 0.078 0.091 nan 3.399 nan 0.055 0.118 0.133 0.701 0.872 0.370 0.520 1.046 1.156 0.356 0.426 0.166 0.180 1.343 2.889 0.230 0.278 2775 chr12 69256283 69272175 + 0 NA intron (NM_001005502, intron 4 of 8) intron (NM_001005502, intron 4 of 8) 61432 NM_001278462 4193 Hs.484551 NM_002392 ENSG00000135679 MDM2 ACTFS|HDMX|hdm2 MDM2 proto-oncogene protein-coding 0.673 0.660 0.507 0.155 0.150 0.028 0.124 0.172 0.327 0.036 0.099 0.104 0.008 0.057 0.182 0.489 0.226 0.080 0.146 0.036 0.020 0.026 0.089 0.202 0.158 0.196 0.036 0.014 0.085 0.026 0.088 0.245 0.119 0.540 0.064 0.058 0.012 0.062 0.070 0.059 0.200 0.121 0.042 0.024 0.055 0.111 0.125 0.304 0.133 0.263 0.055 0.156 0.489 0.099 0.081 0.158 0.069 0.099 0.060 0.077 0.051 0.025 0.117 0.062 0.024 0.029 0.026 0.269 0.245 1.651 7.443 0.690 nan 0.246 0.075 0.520 0.528 0.314 0.650 0.493 0.631 0.780 0.631 0.217 0.334 0.101 0.099 0.183 0.357 0.859 0.684 7494 chr3 234930 259681 + 0 NA intron (NR_045572, intron 1 of 2) intron (NR_045572, intron 1 of 2) 7979 NR_045572 10752 Hs.148909 NM_006614 ENSG00000134121 CHL1 CALL|L1CAM2 cell adhesion molecule L1 like protein-coding 0.479 1.216 0.643 0.084 0.289 0.358 0.029 0.231 0.565 0.047 0.067 0.012 0.036 0.824 0.207 0.070 0.065 0.116 0.038 0.015 0.017 0.139 0.119 0.193 0.008 0.003 0.009 0.525 0.195 0.431 0.123 6.653 0.018 0.149 0.082 0.048 0.077 0.010 0.208 0.067 0.022 0.012 0.027 0.018 0.058 0.089 0.112 0.017 0.039 0.051 0.207 0.087 0.019 0.193 0.098 0.043 0.012 0.031 0.029 0.025 0.092 0.072 0.021 0.014 0.018 0.191 0.161 0.341 0.506 0.596 0.609 1.607 0.486 0.274 0.283 0.101 0.120 0.254 0.346 0.512 0.324 0.200 0.342 0.159 0.163 0.124 0.203 0.639 0.530 9222 chr5 141613541 141620613 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 80810 NR_131221 100642175 Hs.684549 NR_131221 SPRY4-IT1 SPRIGHTLY SPRY4 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.709 0.503 0.617 0.149 0.024 0.616 0.227 0.243 0.230 0.099 0.179 8.653 0.070 0.163 0.399 0.139 0.137 0.090 0.027 0.041 0.044 0.023 0.152 0.211 0.041 0.114 0.106 0.207 1.588 6.292 1.426 0.640 0.125 0.099 0.027 0.096 0.160 0.133 0.232 0.159 0.090 0.055 0.077 0.226 0.829 0.169 0.133 0.302 0.096 0.622 0.399 0.877 0.231 0.152 0.224 0.609 0.013 0.172 0.043 0.066 0.069 0.096 0.086 0.092 0.017 0.191 0.182 0.247 0.430 0.431 0.326 0.263 0.141 0.379 0.603 0.263 0.479 0.408 0.396 0.451 0.257 0.180 0.462 0.070 0.118 0.167 0.403 0.378 0.321 2273 chr11 113703150 113720774 + 0 NA intron (NM_001346270, intron 5 of 26) intron (NM_001346270, intron 5 of 26) 34330 NM_001346259 57646 Hs.503891 NM_020886 ENSG00000048028 USP28 - ubiquitin specific peptidase 28 protein-coding 0.588 0.770 0.531 0.041 0.170 0.091 0.100 0.254 0.192 0.011 0.123 0.099 0.010 0.028 0.095 0.167 0.077 0.072 0.156 0.022 0.024 0.071 0.123 0.088 0.051 0.074 0.101 0.042 0.018 0.060 0.082 0.072 0.335 0.025 0.084 0.027 0.086 0.111 0.084 0.195 0.048 0.018 0.031 0.078 0.219 0.187 0.100 0.085 0.018 0.129 0.167 0.089 0.051 0.088 0.035 0.054 0.016 0.026 0.035 0.110 5.155 0.048 0.070 0.026 0.010 5.626 nan 2.723 2.247 0.561 0.637 0.338 0.154 0.822 0.866 0.386 nan 0.371 0.388 0.323 0.178 3.881 6.568 0.096 0.180 0.230 0.587 0.503 0.424 8343 chr4 41358053 41372426 + 0 NA intron (NM_001112717, intron 1 of 25) intron (NM_001112717, intron 1 of 25) 2591 NM_001289122 22998 Hs.335163 NM_014988 ENSG00000064042 LIMCH1 LIMCH1A|LMO7B LIM and calponin homology domains 1 protein-coding 1.306 nan nan 1.666 2.628 1.561 2.942 0.727 1.353 0.306 4.010 0.701 0.501 1.315 2.129 0.162 1.021 0.180 1.341 0.438 0.026 1.286 0.699 1.807 1.954 2.555 1.440 2.511 0.973 2.540 4.637 1.904 4.710 0.640 2.396 0.100 0.103 0.485 0.645 0.634 1.070 0.618 1.549 0.941 1.225 0.377 2.260 0.228 3.008 3.194 0.162 1.249 2.441 1.807 1.893 2.122 0.787 0.344 1.057 0.157 0.214 0.574 0.339 0.016 0.014 1.067 1.489 1.514 2.152 1.103 0.761 0.446 0.110 0.250 0.287 2.330 3.138 0.821 1.135 1.669 1.824 0.320 0.715 0.096 0.108 0.962 1.851 4.084 2.243 9207 chr5 139013256 139091760 + 0 NA intron (NM_001317203, intron 2 of 3) intron (NM_001317203, intron 2 of 3) -2517 NM_001317211 51523 Hs.189119 NM_016463 ENSG00000171604 CXXC5 CF5|HSPC195|RINF|WID CXXC finger protein 5 protein-coding 2.112 1.041 nan 1.838 0.520 0.871 1.151 0.339 0.685 1.394 2.466 1.256 0.042 1.201 1.017 1.008 0.864 0.195 1.057 0.509 0.046 0.210 0.283 0.152 0.846 1.419 1.249 0.293 0.202 0.223 2.015 4.678 1.206 1.667 0.781 0.939 0.161 0.593 0.101 0.578 0.214 1.920 0.801 0.397 0.579 0.304 1.256 1.739 1.106 0.216 0.211 1.362 1.008 1.295 0.112 0.846 0.630 1.709 0.764 0.406 1.451 0.558 2.548 0.274 0.649 0.862 0.693 2.333 3.417 2.158 2.131 1.045 0.916 0.915 0.308 5.147 5.223 1.333 1.954 1.933 2.201 1.796 1.849 1.971 3.386 0.760 0.754 0.853 1.596 0.577 0.442 791 chr1 156626783 156648251 + 0 NA Intergenic Intergenic 9672 NM_006617 10763 Hs.527971 NM_006617 ENSG00000132688 NES Nbla00170 nestin protein-coding nan nan 1.307 1.099 0.378 0.145 1.479 0.521 0.958 0.067 1.483 2.373 0.014 2.315 0.426 1.033 1.159 0.231 1.055 0.380 3.535 0.206 0.626 0.226 0.128 1.372 0.930 0.210 0.723 0.527 2.892 5.571 0.264 0.613 1.178 4.653 0.085 0.191 0.081 1.267 0.052 1.446 1.303 0.596 0.731 0.324 1.045 0.212 2.340 1.523 0.476 0.995 1.033 1.620 1.454 0.128 1.055 0.236 0.536 2.573 1.857 1.011 0.166 0.642 0.453 1.175 0.920 0.763 0.988 0.806 1.412 0.765 nan 2.458 0.743 0.198 0.213 0.795 1.371 1.519 2.620 0.681 0.447 1.138 1.081 0.372 0.670 1.402 3.416 0.774 0.606 3330 chr13 108866091 108880403 + 0 NA intron (NM_032859, intron 1 of 1) intron (NM_032859, intron 1 of 1) 2484 NM_032859 84945 Hs.183528 NM_032859 ENSG00000139826 ABHD13 BEM46L1|C13orf6|bA153I24.2 abhydrolase domain containing 13 protein-coding 1.681 1.907 1.616 0.447 1.499 1.284 0.732 0.937 1.450 0.173 1.220 0.555 0.262 0.385 2.306 2.026 0.738 0.134 2.031 0.669 0.149 0.359 0.659 0.358 2.265 0.730 0.504 0.470 0.461 0.370 1.629 2.184 0.582 3.593 0.318 0.873 0.327 0.787 0.094 0.321 1.395 2.328 1.112 0.573 0.649 0.214 1.402 0.586 0.745 0.816 0.714 0.461 2.026 2.317 0.956 2.265 0.429 0.737 0.264 0.890 1.966 0.585 0.505 1.065 0.574 0.319 0.192 3.588 3.719 1.920 2.620 3.676 3.269 5.640 4.225 2.099 2.067 0.546 nan 2.869 3.969 2.403 2.216 1.301 2.267 2.131 1.932 2.551 nan 0.688 0.458 2231 chr11 107878801 107882770 + 0 NA intron (NM_003478, intron 1 of 18) intron (NM_003478, intron 1 of 18) 1326 NM_003478 8065 Hs.440320 NM_003478 ENSG00000166266 CUL5 CUL-5|VACM-1|VACM1 cullin 5 protein-coding 3.087 2.609 2.913 2.187 4.002 2.778 2.430 2.768 4.310 0.864 2.834 2.163 2.843 1.108 2.776 2.707 1.325 0.046 2.892 1.047 2.719 1.297 1.750 0.668 4.100 2.560 3.350 2.339 2.953 1.490 3.085 3.108 1.425 8.675 2.062 1.913 0.621 4.829 0.259 1.602 2.126 7.224 4.264 1.766 3.103 2.154 5.592 3.488 2.625 3.902 1.292 3.681 2.707 3.468 3.455 4.100 1.629 3.142 0.858 2.705 1.384 2.133 2.773 2.050 2.412 1.668 1.024 17.133 19.296 6.774 10.046 9.141 10.486 7.294 5.910 15.145 15.959 4.602 5.806 6.590 10.720 8.456 8.935 11.408 15.716 4.515 4.722 7.442 4.791 2.783 1.964 5904 chr2 10495451 10559432 + 0 NA intron (NM_001258359, intron 1 of 4) intron (NM_001258359, intron 1 of 4) 18551 NM_001258359 3241 Hs.580427 NM_002149 ENSG00000115756 HPCAL1 BDR1|HLP2|VILIP-3 hippocalcin like 1 protein-coding 1.108 0.584 1.274 0.259 0.282 1.220 2.000 0.404 0.768 0.271 0.857 0.470 0.016 0.273 0.395 1.062 0.240 0.128 1.255 0.643 1.070 0.049 0.251 0.188 0.626 0.279 0.190 0.089 0.578 0.513 1.834 5.612 0.538 1.076 0.505 1.749 0.058 0.084 0.090 0.342 0.733 2.157 0.704 0.320 0.687 0.321 0.470 0.857 0.571 0.240 0.298 1.735 1.062 1.572 0.726 0.626 0.733 0.985 0.326 0.391 0.424 0.771 0.233 0.338 1.053 0.032 0.018 1.064 1.336 0.459 0.675 1.003 0.836 1.569 0.424 0.220 0.177 0.602 1.044 2.077 nan 0.846 0.817 0.601 0.711 0.310 0.493 0.780 nan 1.081 0.829 3231 chr13 80689503 80721214 + 0 NA Intergenic Intergenic 120146 NR_104138 101515984 Hs.569290 NR_104138 LINC01080 TCONS_00021856 long intergenic non-protein coding RNA 1080 ncRNA nan nan 0.514 0.114 0.198 0.009 0.384 0.151 0.315 0.015 0.142 0.536 0.039 0.101 0.079 0.345 0.539 0.107 0.123 0.095 0.048 4.509 0.040 0.091 0.121 0.332 0.178 0.019 0.079 0.163 0.380 1.750 2.089 0.309 0.124 0.182 0.003 0.065 0.062 0.207 0.642 0.187 0.042 0.047 0.137 0.068 0.107 0.334 0.275 0.331 0.318 0.218 0.345 0.047 0.073 0.121 0.197 0.099 0.015 0.233 0.061 0.152 0.057 0.027 0.534 0.009 0.011 0.470 0.330 0.212 0.345 0.292 0.405 0.300 0.105 0.110 0.115 0.063 0.104 0.312 0.341 0.382 0.122 0.220 0.395 0.042 0.048 0.168 0.277 0.122 0.204 916 chr1 180542595 180565843 + 0 NA Intergenic Intergenic 26109 NR_125716 148756 NR_125716 ENSG00000236719 OVAAL LINC01131|OVAL ovarian adenocarcinoma amplified long non-coding RNA ncRNA nan nan 1.549 0.167 0.257 2.788 0.398 0.190 0.533 0.028 0.095 0.080 0.307 0.039 0.220 2.125 0.298 0.210 0.657 0.555 0.013 0.025 0.197 0.277 0.545 1.501 0.838 0.064 0.981 0.606 1.052 3.206 2.942 1.098 0.482 0.133 0.268 0.076 0.112 0.227 0.085 0.087 0.037 0.029 1.019 0.798 0.153 0.136 0.273 0.058 0.304 0.410 2.125 0.596 0.107 0.545 0.365 0.093 0.067 0.063 0.074 0.228 0.102 0.064 0.020 0.020 0.007 0.633 0.523 1.297 2.160 1.413 nan 2.163 0.399 nan 0.345 0.639 0.962 1.287 1.462 0.352 0.160 0.431 0.552 1.108 0.837 0.333 nan 1.842 1.151 11517 chr9 33505577 33530322 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -6462 NM_001353432 441459 Hs.493710 NM_001013728 ENSG00000230453 ANKRD18B bA255A11.3|bA255A11.5 ankyrin repeat domain 18B protein-coding 1.492 nan 1.601 1.422 1.427 0.380 1.039 0.246 0.566 0.185 0.964 1.069 0.410 0.291 0.534 0.741 0.481 0.096 0.774 0.390 0.459 0.420 1.903 1.068 1.688 0.813 0.628 0.886 0.691 0.437 2.290 4.839 1.844 1.758 0.454 1.163 0.779 0.708 0.125 0.544 0.501 0.571 1.156 0.643 1.010 0.703 0.731 0.775 1.649 0.895 0.510 1.553 0.741 1.217 1.672 1.688 0.484 0.544 0.157 0.840 1.107 0.584 0.564 1.081 0.249 1.307 1.419 2.107 2.767 3.117 2.131 1.382 1.312 8.555 3.826 1.629 1.641 1.681 1.995 1.229 1.701 2.319 2.521 1.485 2.126 4.154 4.058 2.051 2.475 4.821 2.510 3646 chr14 67704174 67715738 + 0 NA intron (NM_001256550, intron 1 of 14) AluSx1|SINE|Alu 1944 NM_022474 64398 Hs.652312 NM_022474 ENSG00000072415 MPP5 PALS1 membrane palmitoylated protein 5 protein-coding nan nan 1.838 2.706 1.610 0.798 1.537 0.373 0.830 0.507 1.103 1.870 5.501 0.234 0.629 0.754 2.281 0.321 0.899 0.379 4.564 0.502 0.244 0.221 0.672 2.797 2.623 1.518 3.423 1.578 1.656 2.679 2.755 1.971 0.734 1.094 0.080 2.139 0.137 0.831 1.060 1.355 2.189 1.202 1.276 1.369 2.298 1.369 1.324 2.467 1.273 1.725 0.754 1.201 5.193 0.672 0.890 0.659 0.217 3.066 0.562 5.848 0.318 0.396 2.777 1.056 0.633 0.697 0.720 1.606 2.765 1.798 1.482 0.732 0.172 nan 3.174 1.555 1.853 1.605 nan 2.821 3.012 0.644 1.356 0.774 0.649 1.107 1.352 1.307 0.988 11576 chr9 72652905 72653692 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite -5199 NM_001347990 256691 Hs.547172 NM_153267 ENSG00000165072 MAMDC2 - MAM domain containing 2 protein-coding nan nan nan 0.735 3.843 0.349 1.421 4.018 6.065 1.073 3.079 4.090 0.549 3.701 4.350 5.261 1.726 14.800 2.127 0.239 1.587 2.074 3.351 7.476 2.093 0.266 1.899 1.091 4.636 0.136 2.099 1.610 3.516 7.360 0.184 3.044 1.583 2.181 6.063 1.899 2.633 1.996 0.890 6.004 3.303 5.444 1.530 0.908 1.010 1.850 5.261 1.740 1.022 2.093 0.933 1.374 0.737 0.584 1.591 1.814 1.387 1.416 1.105 1.096 0.719 9.536 4.360 3.855 nan 9.035 nan 4.133 3.803 5.596 5.823 9.414 11.534 4.587 5.542 13.025 3.936 3.214 6.479 3.484 7.006 4.870 7.914 5.563 8.417 10013 chr6 150711460 150741511 + 0 NA TTS (NM_001164694) TTS (NM_001164694) 36457 NM_001318495 389434 Hs.310225 NM_203395 ENSG00000009765 IYD C6orf71|DEHAL1|IYD-1|TDH4 iodotyrosine deiodinase protein-coding nan 0.980 0.607 0.192 0.232 0.139 0.125 0.102 0.184 0.067 0.057 0.079 0.029 0.023 0.097 0.474 0.265 0.101 0.261 0.171 0.078 0.018 0.047 0.064 0.203 0.289 0.113 0.061 0.570 0.123 1.581 nan 1.587 0.665 0.448 0.148 1.206 0.113 0.185 0.003 0.107 0.055 0.044 0.362 0.728 0.213 0.103 0.111 0.047 0.047 0.181 0.474 0.215 0.188 0.203 0.147 0.157 0.055 0.298 0.033 0.310 0.056 0.037 0.051 0.052 0.041 0.339 0.187 0.375 1.096 0.447 nan 1.561 0.503 0.305 0.397 0.081 0.195 0.384 0.332 0.769 0.344 0.224 0.323 0.061 0.117 0.138 nan 0.140 0.226 7996 chr3 170518412 170530803 + 0 NA Intergenic Intergenic 63438 NM_001320451 200916 Hs.380933 NM_001099645 ENSG00000163584 RPL22L1 - ribosomal protein L22 like 1 protein-coding 1.179 1.092 0.820 0.450 0.162 0.311 1.058 0.180 0.438 0.177 0.842 2.397 0.029 0.057 0.190 0.596 1.253 0.225 0.351 0.506 0.150 0.123 0.126 0.290 0.126 5.165 4.528 0.220 0.290 1.608 0.117 0.181 0.291 0.293 0.351 0.335 0.054 0.070 0.092 0.397 0.114 2.346 0.925 0.582 0.502 0.106 0.347 6.271 0.112 0.207 0.057 0.146 0.596 0.098 0.155 0.126 0.059 0.191 0.119 0.225 0.039 0.913 0.064 0.249 1.249 1.734 2.519 0.317 0.143 0.693 1.598 0.421 0.557 0.345 0.155 0.262 0.213 0.487 0.858 0.808 0.856 0.837 0.424 0.315 0.350 0.159 0.463 0.359 0.726 0.672 0.459 4857 chr17 49177155 49187228 + 0 NA intron (NM_001130528, intron 1 of 29) AluY|SINE|Alu 16035 NM_001130528 9043 Hs.463439 NM_003971 ENSG00000008294 SPAG9 CT89|HLC-6|HLC4|HLC6|JIP-4|JIP4|JLP|PHET|PIG6 sperm associated antigen 9 protein-coding 1.020 0.841 nan 0.223 0.222 0.077 0.434 0.286 0.518 0.048 0.236 0.187 4.040 0.049 0.168 0.189 0.209 0.174 0.318 0.075 0.122 0.068 0.108 0.216 0.317 0.588 0.302 0.227 0.190 0.042 0.150 nan 0.232 0.407 0.043 0.149 0.047 0.218 0.115 0.213 0.261 0.219 0.053 0.061 0.076 0.085 0.421 0.356 0.394 0.394 0.063 0.137 0.189 0.231 0.287 0.317 0.036 0.180 0.088 0.155 0.030 0.233 0.080 0.174 0.030 0.029 0.020 0.377 0.454 0.342 0.556 0.436 nan 0.422 0.122 0.573 0.482 0.454 0.892 1.082 nan 0.748 0.391 0.333 0.504 0.171 0.132 0.588 1.267 0.384 0.483 4828 chr17 46176886 46186494 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2807 NM_001127228 10951 Hs.77254 NM_006807 ENSG00000108468 CBX1 CBX|HP1-BETA|HP1Hs-beta|HP1Hsbeta|M31|MOD1|p25beta chromobox 1 protein-coding 2.928 2.797 nan 3.198 3.098 2.533 2.465 2.519 4.116 0.858 2.785 1.229 2.422 0.509 2.902 1.536 1.085 0.428 3.052 0.907 1.784 1.255 1.562 0.898 2.617 1.493 1.357 1.422 2.672 1.163 3.099 nan 1.977 6.988 0.916 1.510 0.556 2.728 0.178 1.454 1.643 3.490 3.610 1.977 1.907 0.917 3.070 2.639 2.793 3.906 1.295 1.625 1.536 2.786 1.394 2.617 0.979 1.190 1.125 3.764 1.835 1.499 1.155 1.160 1.261 1.364 0.812 2.810 3.008 2.563 4.206 4.992 nan 5.348 1.474 7.361 7.541 1.912 2.556 7.440 nan 4.471 4.424 1.671 3.207 2.707 2.945 2.798 4.332 2.031 1.034 8120 chr3 185814885 185828684 + 0 NA intron (NM_004454, intron 5 of 12) intron (NM_004454, intron 5 of 12) 5117 NM_004454 2119 Hs.43697 NM_004454 ENSG00000244405 ETV5 ERM ETS variant 5 protein-coding 3.772 2.098 2.894 1.292 0.442 0.084 1.794 0.742 1.565 0.360 1.227 1.335 0.701 0.500 0.168 1.016 2.611 0.117 1.627 0.480 1.114 0.883 0.106 0.142 0.043 3.037 2.127 0.897 1.376 0.585 2.051 3.246 1.317 4.997 0.649 1.114 0.007 1.158 0.085 0.907 0.852 2.916 1.976 0.994 0.822 0.395 1.482 2.198 1.431 1.866 1.451 1.166 1.016 1.700 3.700 0.043 0.680 0.114 0.331 0.738 0.985 0.872 0.043 0.063 0.592 0.893 0.531 0.452 0.419 0.833 1.246 0.686 0.488 2.034 0.573 1.098 1.016 1.635 2.620 1.772 1.836 1.288 0.653 0.198 0.221 0.086 0.202 0.366 0.630 0.965 0.634 9231 chr5 142773585 142786568 + 0 NA exon (NM_001204258, exon 2 of 9) exon (NM_001204258, exon 2 of 9) 3178 NM_000176 2908 Hs.122926 NM_000176 ENSG00000113580 NR3C1 GCCR|GCR|GCRST|GR|GRL nuclear receptor subfamily 3 group C member 1 protein-coding nan 2.303 2.372 4.799 2.055 2.111 3.738 0.818 1.381 1.878 6.569 2.358 1.768 0.873 4.665 1.110 2.645 0.223 2.140 0.773 3.551 0.202 0.748 0.269 1.652 3.622 5.276 1.403 2.823 2.628 3.829 5.405 3.532 12.275 1.836 4.253 0.908 0.861 0.087 3.227 1.484 5.221 2.379 1.135 5.028 1.995 2.156 4.673 5.062 3.114 2.542 5.699 1.110 2.570 5.496 1.652 3.000 3.017 1.260 3.245 4.260 3.969 0.757 0.898 4.208 0.798 0.342 0.188 0.095 0.545 0.755 4.195 3.739 2.568 1.326 3.655 3.498 5.336 6.334 4.861 6.049 5.188 5.562 1.833 1.955 2.728 2.690 2.247 3.811 1.633 0.879 8764 chr5 11421322 11434173 + 0 NA intron (NM_001288715, intron 2 of 20) MER45B|DNA|hAT-Tip100 161282 NM_001288715 1501 Hs.314543 NM_001332 ENSG00000169862 CTNND2 GT24|NPRAP catenin delta 2 protein-coding nan nan nan 0.067 0.110 0.002 0.073 0.131 0.142 0.015 0.066 0.042 0.055 0.116 0.140 0.124 0.226 0.171 0.015 0.059 0.022 0.225 0.321 0.045 0.006 0.029 0.078 0.033 0.153 0.067 0.188 nan 0.023 0.173 0.008 0.017 0.098 0.013 0.164 0.038 0.073 0.009 0.041 0.044 0.040 0.033 0.037 0.078 0.140 0.116 0.014 0.045 0.067 0.051 0.234 0.031 0.103 0.043 0.147 0.029 0.012 0.027 0.020 0.532 0.251 0.268 0.333 0.259 0.304 0.077 0.042 0.279 0.288 nan 4.472 0.186 0.255 0.759 0.436 0.213 0.355 0.150 0.097 0.096 nan 0.591 0.597 4476 chr16 84297654 84319203 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -19884 NM_021197 58189 Hs.36688 NM_021197 ENSG00000103175 WFDC1 PS20 WAP four-disulfide core domain 1 protein-coding nan 0.674 0.878 0.070 0.127 0.083 0.108 0.127 0.216 0.013 0.157 0.144 0.003 0.042 0.116 0.505 0.080 0.098 0.157 0.061 0.054 0.039 0.072 0.073 0.172 0.096 0.048 0.037 0.088 0.029 0.045 0.181 0.113 0.346 0.020 0.087 0.018 0.040 0.078 0.022 0.028 0.168 0.056 0.051 0.091 0.062 0.121 0.152 0.166 0.105 0.121 0.105 0.505 0.096 0.111 0.172 0.034 0.081 0.166 0.065 0.075 0.079 0.014 1.473 0.028 0.005 0.021 0.305 0.274 0.149 0.273 0.254 0.314 0.921 0.302 0.246 0.209 0.149 0.211 0.514 0.594 2.539 1.815 0.184 0.212 0.091 0.142 1.741 4.884 0.371 0.379 2331 chr11 122750454 122773777 + 0 NA intron (NM_199124, intron 2 of 3) intron (NM_199124, intron 2 of 3) 8879 NM_199124 79864 Hs.164705 NM_024806 ENSG00000109944 JHY C11orf63 junctional cadherin complex regulator protein-coding 0.677 1.385 0.609 0.304 3.035 3.130 0.442 0.378 0.768 0.144 0.377 0.482 0.077 0.043 0.905 1.077 0.045 0.098 0.204 0.065 0.393 0.047 2.825 1.577 1.660 0.424 0.545 0.220 0.424 0.190 0.242 0.322 0.082 1.819 0.056 0.561 1.324 0.447 0.150 0.532 0.024 0.922 0.788 0.312 0.248 0.056 0.666 0.589 0.415 0.449 0.182 0.573 1.077 0.255 0.529 1.660 0.239 0.354 0.079 0.603 0.017 0.342 0.301 0.032 0.630 0.227 0.105 0.447 0.393 0.612 0.734 2.397 3.096 0.213 0.144 0.640 0.737 0.212 0.355 0.140 0.151 0.571 0.377 0.902 1.209 4.937 3.553 0.107 nan 2.157 1.245 1902 chr11 35323584 35328420 + 0 NA intron (NM_001195728, intron 6 of 11) intron (NM_001195728, intron 6 of 11) 115103 NM_004171 6506 Hs.502338 NM_004171 ENSG00000110436 SLC1A2 EAAT2|EIEE41|GLT-1|HBGT solute carrier family 1 member 2 protein-coding 0.606 0.988 nan 0.135 0.243 0.115 0.221 0.198 0.393 0.092 0.516 0.402 0.013 0.165 0.128 0.715 0.079 0.135 0.153 0.195 0.169 0.100 0.101 0.025 0.939 0.403 0.060 0.362 0.403 0.171 0.412 0.685 0.091 0.121 0.059 0.082 0.144 0.172 0.074 0.032 0.113 0.031 3.324 0.268 1.812 0.223 6.008 1.199 0.715 0.089 0.134 0.025 0.151 0.464 0.021 0.204 0.084 0.229 0.061 0.179 0.268 0.024 0.021 0.519 0.234 0.294 0.455 0.248 0.406 1.139 0.259 0.301 0.344 0.857 1.171 0.430 0.458 0.528 0.194 0.294 0.477 0.289 0.817 0.221 nan 0.888 0.568 1561 chr10 80997969 81037713 + 0 NA intron (NM_020338, intron 7 of 24) MER3|DNA|hAT-Charlie -89379 NM_005729 10105 Hs.381072 NM_005729 ENSG00000108179 PPIF CYP3|CyP-M|Cyp-D|CypD peptidylprolyl isomerase F protein-coding 1.716 0.895 4.017 0.184 0.352 0.164 0.675 0.452 0.752 0.547 1.413 0.205 0.063 0.055 0.676 0.475 0.350 0.053 0.410 0.211 0.038 0.090 0.280 0.192 1.869 0.166 0.106 0.158 0.080 0.228 0.294 1.016 0.241 0.423 0.253 0.106 0.082 0.172 0.067 0.267 0.484 0.345 0.094 0.061 0.178 0.085 0.342 0.330 0.195 0.228 0.036 0.289 0.475 0.620 0.065 1.869 0.105 0.440 1.048 0.193 0.074 0.265 0.282 0.505 0.207 0.032 0.018 1.468 2.251 0.547 0.872 1.395 1.306 1.026 0.360 0.319 0.300 0.963 1.225 1.017 1.586 1.161 1.774 0.396 0.667 0.451 0.372 0.574 1.154 0.611 0.489 7503 chr3 8529661 8548988 + 0 NA intron (NR_033378, intron 2 of 3) L2a|LINE|L2 4020 NR_033378 100288428 Hs.651576 NR_033378 ENSG00000227110 LMCD1-AS1 - LMCD1 antisense RNA 1 ncRNA 0.695 1.145 1.099 0.642 0.507 0.110 1.887 0.142 0.292 0.183 0.621 1.448 0.102 0.150 0.208 0.187 0.759 0.151 0.842 0.561 0.307 0.086 0.113 0.107 0.635 0.571 0.297 0.126 1.012 1.076 0.380 0.738 0.106 0.885 0.962 0.290 0.030 0.297 0.078 0.475 0.316 0.167 0.261 0.133 0.746 0.298 0.499 0.393 1.028 0.493 0.789 1.026 0.187 1.466 1.373 0.635 0.151 0.612 0.025 0.282 0.579 1.177 0.538 0.327 0.513 0.113 0.052 1.902 1.789 3.975 6.821 0.704 0.741 0.839 0.218 0.653 0.653 0.382 0.641 1.179 1.249 0.524 0.291 0.764 1.200 0.213 0.240 0.399 0.861 0.181 0.246 10766 chr7 155375357 155390846 + 0 NA Intergenic Intergenic 53999 NR_126344 100506302 Hs.87856 NR_126344 ENSG00000216895 LOC100506302 - uncharacterized LOC100506302 ncRNA 0.994 0.589 nan 0.074 0.115 0.922 0.137 0.176 0.313 0.025 0.096 0.048 0.008 0.099 0.287 0.453 0.087 0.051 0.027 0.024 0.021 0.045 0.124 0.053 0.287 0.381 0.173 0.048 0.096 0.007 0.078 0.240 0.151 0.312 0.019 0.123 0.025 0.076 0.133 0.015 0.026 0.143 0.035 0.025 0.042 0.045 0.094 0.181 0.368 0.062 0.033 0.167 0.453 0.027 0.066 0.287 0.182 0.074 0.164 0.119 0.602 0.046 4.422 0.048 0.019 0.033 0.010 5.133 6.901 0.712 0.531 0.855 0.761 0.360 0.075 0.154 0.167 0.146 0.221 0.180 0.194 0.432 0.234 3.372 5.145 0.131 0.175 0.074 0.151 1.105 0.862 6316 chr2 113031846 113037059 + 0 NA intron (NM_198581, intron 1 of 11) intron (NM_198581, intron 1 of 11) 1274 NM_198581 376940 Hs.190477 NM_198581 ENSG00000188177 ZC3H6 ZC3HDC6 zinc finger CCCH-type containing 6 protein-coding 4.926 nan 4.443 2.476 4.801 4.718 1.439 3.072 5.599 1.026 3.465 2.488 0.726 1.660 2.397 4.957 3.050 0.422 1.828 0.653 4.060 4.166 2.072 1.025 6.154 1.822 2.882 2.189 4.320 0.671 3.228 4.281 2.807 nan 1.346 3.750 0.584 3.197 0.159 1.717 1.935 4.613 3.170 1.317 1.728 1.363 2.389 3.389 3.685 4.748 1.648 2.142 4.957 3.637 4.219 6.154 0.796 1.627 1.606 4.624 2.767 2.213 1.862 2.873 2.418 2.542 1.664 6.524 5.056 5.932 7.825 10.811 nan 7.933 6.128 16.056 16.126 4.257 5.100 7.350 12.142 8.184 8.435 4.643 6.329 3.576 3.292 9.478 6.992 2.236 1.263 2001 chr11 64772053 64783054 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -4032 NM_001667 402 Hs.502836 NM_001667 ENSG00000213465 ARL2 ARFL2 ADP ribosylation factor like GTPase 2 protein-coding nan 1.466 1.276 2.403 1.536 0.943 3.872 0.948 1.792 0.735 2.879 0.764 0.283 0.781 1.479 1.872 0.828 0.219 1.776 1.050 2.550 0.861 0.524 0.188 1.162 2.073 2.323 1.714 2.445 2.497 1.721 2.613 1.195 2.816 1.859 1.019 0.294 1.878 0.127 1.542 0.827 5.873 5.992 2.607 2.122 1.648 1.777 6.021 2.637 3.189 0.656 0.981 1.872 2.344 2.993 1.162 1.160 0.836 0.640 2.872 0.751 1.562 0.756 0.539 1.332 1.344 1.149 1.865 2.462 1.294 1.918 3.171 2.583 2.424 1.088 2.895 2.908 1.961 2.597 2.206 2.926 2.487 2.612 1.531 2.105 1.916 1.486 1.660 2.140 1.044 0.759 4394 chr16 61951077 61977988 + 0 NA intron (NM_001796, intron 2 of 11) intron (NM_001796, intron 2 of 11) 106207 NM_001796 1006 Hs.368322 NM_001796 ENSG00000150394 CDH8 Nbla04261 cadherin 8 protein-coding nan nan 0.540 0.039 0.098 0.229 0.053 1.047 2.109 0.011 0.174 0.165 0.184 0.056 0.063 0.713 0.091 0.072 0.051 0.007 0.035 0.015 0.265 0.262 2.053 0.016 0.024 0.014 0.063 0.008 0.144 0.302 0.055 0.178 0.294 0.194 0.075 0.020 0.067 0.022 0.059 0.077 0.045 0.029 0.008 0.046 0.054 0.100 0.147 0.027 0.035 0.076 0.713 0.061 0.021 2.053 0.041 0.076 0.137 0.106 0.630 0.029 0.185 0.072 0.107 0.015 0.015 0.516 0.532 0.443 0.382 0.146 0.179 1.139 0.368 1.764 1.927 0.493 nan 0.530 0.623 0.361 0.157 0.343 0.502 0.428 0.578 0.211 0.374 0.744 0.591 3731 chr14 80169770 80185417 + 0 NA intron (NM_001105250, intron 5 of 6) intron (NM_001105250, intron 5 of 6) 431911 NR_073546 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 0.631 0.845 0.042 0.095 0.408 0.023 0.194 0.409 0.075 0.029 0.035 0.025 0.109 0.588 0.148 0.062 0.040 0.036 0.032 0.062 0.090 0.080 0.038 0.028 0.010 0.105 0.040 0.067 0.153 0.104 0.523 0.009 0.058 0.291 0.028 0.101 0.030 0.082 0.047 0.027 0.010 0.035 0.039 0.043 0.134 0.031 0.072 0.040 0.055 0.588 0.029 0.023 0.038 0.002 0.025 0.131 0.039 0.013 0.066 0.070 0.073 0.048 0.026 0.398 0.244 0.685 0.818 0.653 0.768 0.106 0.057 7.180 7.673 1.105 1.535 0.330 0.451 0.650 0.274 0.228 0.313 0.639 0.610 0.160 0.220 0.783 0.951 3216 chr13 76257326 76308621 + 0 NA intron (NM_001306080, intron 1 of 30) L1PA4|LINE|L1 -51584 NM_001330583 4008 Hs.207631 NM_005358 ENSG00000136153 LMO7 FBX20|FBXO20|LMO7b|LOMP LIM domain 7 protein-coding nan 1.640 0.949 0.251 0.387 0.042 2.084 0.272 0.582 0.335 0.138 0.186 1.590 0.115 0.130 0.349 0.804 0.123 0.686 0.272 0.040 0.046 0.086 0.077 0.182 1.181 0.681 0.084 0.845 1.552 2.779 5.320 1.415 0.696 1.077 0.178 0.030 0.196 0.092 0.383 0.573 0.351 0.089 0.069 1.350 1.141 0.914 0.245 0.236 0.097 0.095 1.395 0.349 0.552 1.374 0.182 0.872 2.694 0.104 0.108 0.209 0.380 0.076 0.091 0.254 0.070 0.042 0.501 0.337 0.511 1.548 0.294 0.448 nan 0.435 0.213 0.197 0.195 0.284 0.422 0.472 nan 0.250 0.230 0.325 0.151 0.191 0.328 nan 0.260 0.217 11008 chr8 64080089 64082391 + 0 NA promoter-TSS (NM_001277818) promoter-TSS (NM_001277818) 54 NM_001277817 253943 Hs.491861 NM_152758 ENSG00000185728 YTHDF3 - YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 3 protein-coding 12.673 5.451 7.779 3.851 8.809 3.541 3.332 4.016 7.248 3.114 6.781 3.479 3.468 3.487 5.631 5.373 4.919 0.208 7.653 2.112 9.555 4.524 3.411 1.408 6.663 3.849 5.445 4.802 8.719 2.567 9.265 11.965 6.470 15.261 3.784 5.664 2.063 6.073 0.150 2.674 4.281 7.477 10.838 5.185 4.775 2.041 3.911 8.970 7.568 14.086 4.747 4.304 5.373 14.216 6.139 6.663 4.568 2.866 13.751 7.108 6.029 3.084 2.072 3.125 3.542 3.750 2.822 6.631 6.853 13.101 19.282 16.843 14.764 11.695 7.221 12.548 11.744 7.642 8.017 7.228 11.437 10.824 12.153 5.613 12.168 11.157 10.995 10.101 8.731 6.594 3.276 10510 chr7 94247534 94265841 + 0 NA intron (NM_001099401, intron 3 of 11) intron (NM_001099401, intron 3 of 11) 28834 NM_001099400 8910 Hs.371199 NM_003919 ENSG00000127990 SGCE DYT11|ESG|epsilon-SG sarcoglycan epsilon protein-coding nan 0.868 nan 0.090 0.456 0.051 0.265 0.319 0.557 0.050 0.305 0.553 0.034 0.333 0.214 0.404 0.877 0.107 0.144 0.031 0.076 0.028 1.336 0.615 0.692 0.117 0.032 0.047 0.424 0.154 0.097 0.175 0.205 0.391 0.223 0.059 0.178 0.112 0.190 0.110 0.105 0.261 0.016 0.021 0.337 0.088 0.214 0.770 0.084 0.281 0.054 0.128 0.404 0.222 0.262 0.692 0.099 0.111 0.064 0.041 0.144 0.160 0.081 0.151 0.138 0.050 0.047 0.347 0.286 0.224 0.516 1.463 1.809 0.761 0.508 0.331 0.362 3.237 3.852 0.711 0.926 0.806 0.573 0.229 0.344 0.862 1.362 0.289 nan 2.471 1.625 4357 chr16 50627737 50657541 + 0 NA intron (NM_033119, intron 4 of 9) MIR|SINE|MIR -60127 NR_110908 101927272 Hs.460777 NR_110908 ENSG00000260249 LOC101927272 - uncharacterized LOC101927272 ncRNA nan nan nan 0.062 0.100 0.011 0.403 0.086 0.185 0.154 0.079 0.053 0.019 0.007 0.039 0.404 0.891 0.124 0.075 0.013 0.093 0.061 0.084 0.065 0.132 0.067 0.058 0.045 0.064 0.014 0.048 0.125 0.119 0.259 0.010 0.099 0.025 0.047 0.057 0.031 0.075 0.158 0.132 0.089 0.040 0.039 0.087 0.121 0.156 0.040 0.487 0.318 0.404 0.055 0.037 0.132 0.033 0.045 0.206 0.094 0.031 0.069 0.016 0.463 0.083 5.320 4.909 0.351 0.313 0.149 0.231 0.284 0.318 0.314 0.133 0.497 0.536 0.315 nan nan nan nan 1.363 0.146 0.181 0.073 0.087 0.470 nan nan 0.529 10291 chr7 32287560 32300136 + 0 NA intron (NM_001322059, intron 1 of 17) LTR88a|LTR|Gypsy? 45168 NM_001191058 5137 Hs.143821 NM_005020 ENSG00000154678 PDE1C Hcam3|cam-PDE 1C|hCam-3 phosphodiesterase 1C protein-coding 2.572 1.261 2.116 0.104 0.151 0.057 0.028 0.025 0.312 0.015 0.025 0.037 0.005 0.048 0.078 0.203 0.091 0.039 0.042 0.042 0.011 0.046 0.098 0.353 0.056 0.012 0.030 0.092 0.017 0.162 0.190 0.181 0.336 0.023 0.075 0.060 0.159 0.019 2.076 0.123 0.014 0.012 0.026 0.067 0.061 0.159 0.078 0.062 0.012 0.016 0.203 0.046 0.044 0.353 0.048 0.065 0.724 0.038 0.056 0.033 0.023 4.317 0.018 0.018 0.004 0.545 0.401 0.240 0.218 0.905 nan 0.108 0.083 0.380 0.409 1.851 nan nan nan 4.267 3.980 0.184 0.185 0.084 0.093 3.558 12.238 0.654 0.606 5796 chr19 50864298 50875438 + 0 NA promoter-TSS (NM_004851) promoter-TSS (NM_004851) -781 NM_004851 9476 Hs.512843 NM_004851 ENSG00000131400 NAPSA KAP|Kdap|NAP1|NAPA|SNAPA napsin A aspartic peptidase protein-coding 0.707 0.891 1.138 0.480 0.351 0.406 3.120 0.203 0.493 0.240 0.203 0.529 0.056 0.379 0.714 0.172 0.147 0.187 2.487 1.096 0.386 0.125 0.247 0.142 0.504 2.028 2.291 0.158 4.951 1.747 1.742 4.747 8.162 0.268 0.631 0.313 0.068 0.648 0.135 0.719 0.115 0.796 0.315 0.172 2.716 3.208 0.629 0.224 1.077 0.536 0.485 0.379 0.172 1.838 2.313 0.504 0.416 0.415 0.146 0.728 0.201 1.838 0.158 0.144 0.183 0.450 0.238 0.428 0.613 0.469 0.726 0.476 0.699 1.542 0.446 0.352 0.404 0.428 0.797 0.311 0.437 0.658 0.315 0.597 0.581 0.695 0.529 0.182 0.436 0.984 0.670 6670 chr2 222118856 222134718 + 0 NA Intergenic Intergenic 310291 NM_001304537 2043 Hs.371218 NM_004438 ENSG00000116106 EPHA4 HEK8|SEK|TYRO1 EPH receptor A4 protein-coding nan 0.762 0.948 0.067 0.166 0.077 0.103 0.122 0.257 0.006 0.094 0.053 0.012 0.038 0.067 0.235 0.076 0.070 0.059 0.020 0.018 0.079 0.099 0.131 0.009 0.004 0.073 0.020 0.181 0.609 0.197 nan 0.108 0.061 0.036 0.041 0.094 0.030 0.024 0.058 0.023 0.005 0.024 0.005 0.079 0.094 0.026 0.041 0.015 0.037 0.235 0.148 0.068 0.131 0.031 0.026 0.031 0.033 0.085 0.035 0.056 0.132 0.039 0.011 0.006 0.375 0.220 0.132 0.277 0.213 0.265 0.154 0.049 0.319 0.279 3.372 3.495 0.432 nan 0.481 0.186 0.110 0.267 0.134 0.102 0.311 nan 0.396 0.296 4234 chr16 11870579 11896361 + 0 NA intron (NM_014153, intron 1 of 22) intron (NM_014153, intron 1 of 22) 7644 NM_014153 29066 Hs.371856 NM_014153 ENSG00000122299 ZC3H7A HSPC055|ZC3H7|ZC3HDC7 zinc finger CCCH-type containing 7A protein-coding 2.032 1.386 nan 3.037 2.064 1.465 1.290 1.498 2.683 1.857 1.288 0.577 8.324 1.177 1.354 1.181 1.058 0.227 0.953 0.337 1.786 0.267 1.010 0.462 4.247 1.629 1.480 1.359 1.059 0.231 1.406 4.425 1.042 5.349 0.364 0.804 0.958 0.760 0.100 0.397 1.961 1.827 1.191 0.590 1.074 0.338 0.635 0.882 1.330 0.940 1.033 1.118 1.181 1.364 1.174 4.247 0.194 0.482 1.446 1.020 2.920 0.803 0.935 1.263 0.525 0.789 0.528 1.429 2.167 1.243 2.442 3.532 3.424 5.274 1.528 3.186 3.346 1.726 2.631 3.245 3.191 nan 4.423 1.110 2.229 2.781 3.978 1.749 2.648 3.284 1.268 3695 chr14 75443778 75456140 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -19653 NM_014239 8892 Hs.409137 NM_014239 ENSG00000119718 EIF2B2 EIF-2Bbeta|EIF2B eukaryotic translation initiation factor 2B subunit beta protein-coding 2.666 0.909 1.769 0.348 0.660 1.515 2.007 0.143 0.438 0.039 0.322 0.609 0.025 0.048 0.202 3.840 1.829 0.239 0.213 0.062 0.350 0.011 0.127 0.079 0.875 0.364 0.171 0.059 0.399 0.691 0.138 0.691 0.737 0.534 1.062 0.113 0.139 0.113 0.102 0.564 1.613 2.101 0.544 0.328 0.642 0.303 0.499 2.137 0.191 0.375 0.032 0.227 3.840 0.206 1.767 0.875 0.178 1.240 1.010 0.400 0.238 1.898 0.056 0.220 1.160 0.037 0.022 0.408 0.445 0.285 0.432 0.893 1.137 0.950 0.300 0.737 0.777 1.407 2.122 0.560 nan 2.128 2.134 0.291 0.343 0.617 0.727 0.490 0.867 1.907 nan 11029 chr8 68254365 68257063 + 0 NA promoter-TSS (NR_136223) promoter-TSS (NR_136223) 198 NM_006421 10565 Hs.656902 NM_006421 ENSG00000066777 ARFGEF1 ARFGEP1|BIG1|P200 ADP ribosylation factor guanine nucleotide exchange factor 1 protein-coding 7.443 4.019 2.831 4.909 9.223 1.710 4.117 2.411 4.120 2.743 4.531 2.848 2.122 2.947 5.285 4.141 4.114 1.042 4.953 1.253 3.258 2.456 2.857 1.513 6.034 3.355 3.975 3.439 5.488 1.510 8.282 10.617 8.546 16.318 2.060 1.475 0.772 3.803 0.061 1.445 4.615 4.918 7.037 3.655 2.229 11.212 2.854 5.168 6.091 14.290 3.470 2.529 4.141 8.816 4.289 6.034 2.132 2.264 0.467 4.970 4.318 3.359 2.396 3.197 2.764 1.444 0.848 3.212 4.164 6.438 8.481 13.389 10.246 8.415 3.481 5.132 4.998 3.327 4.109 4.629 7.711 nan 6.840 3.381 8.137 4.885 4.564 6.703 8.186 4.566 2.703 1239 chr1 243415553 243436316 + 0 NA intron (NM_001350248, intron 1 of 18) intron (NM_001350248, intron 1 of 18) 6627 NM_001350251 10806 Hs.591530 NM_006642 ENSG00000054282 SDCCAG8 BBS16|CCCAP|CCCAP SLSN7|HSPC085|NPHP10|NY-CO-8|SLSN7|hCCCAP serologically defined colon cancer antigen 8 protein-coding nan 2.331 nan 4.288 2.060 1.326 1.398 1.342 2.668 0.234 1.223 2.492 0.239 0.295 0.872 1.554 1.294 0.233 1.229 0.585 0.645 0.702 1.464 0.844 1.822 2.117 2.115 0.672 2.069 1.557 0.790 0.997 0.960 3.523 0.425 3.500 0.489 0.929 0.099 0.006 1.230 3.177 5.121 1.857 2.902 0.649 1.104 4.489 1.329 1.715 0.901 0.925 1.554 0.702 0.861 1.822 0.594 0.390 0.562 0.823 0.725 2.066 0.651 0.723 1.202 3.053 3.124 2.584 2.909 3.916 5.366 4.652 3.987 3.061 1.139 5.345 5.541 1.953 2.325 1.470 2.001 2.434 2.645 0.659 1.325 1.885 2.068 2.331 2.775 1.585 0.979 7600 chr3 50372417 50379038 + 0 NA promoter-TSS (NM_170712) promoter-TSS (NM_170712) -63 NM_170712 11186 Hs.476270 NM_007182 ENSG00000068028 RASSF1 123F2|NORE2A|RASSF1A|RDA32|REH3P21 Ras association domain family member 1 protein-coding 2.418 2.995 nan 2.888 1.732 1.626 1.757 1.355 2.205 1.200 3.521 1.904 0.984 1.164 2.286 1.644 1.423 0.122 2.685 0.776 3.026 0.977 0.994 0.523 1.498 1.237 1.359 1.351 6.401 2.056 1.724 5.046 1.221 4.156 1.500 1.936 0.299 2.120 0.111 0.838 1.765 2.766 3.292 2.104 1.925 0.954 2.122 1.973 1.847 3.177 1.313 2.183 1.644 2.794 2.438 1.498 0.815 0.963 0.572 4.290 2.101 2.150 1.270 1.444 3.056 2.923 1.856 2.525 2.643 3.716 5.486 4.684 4.370 3.648 1.759 4.219 4.316 1.947 2.409 2.993 5.205 nan 3.474 2.287 2.954 1.598 1.788 2.221 3.057 1.399 0.650 1809 chr11 12762831 12811957 + 0 NA intron (NM_021961, intron 3 of 12) intron (NM_021961, intron 3 of 12) 91425 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 1.059 nan 1.661 0.348 1.249 1.885 0.657 0.425 0.804 0.132 0.347 0.355 0.212 0.197 1.967 0.961 0.651 0.085 0.509 0.212 0.304 0.048 1.003 0.524 2.650 0.466 0.224 0.255 0.216 0.187 0.254 1.059 0.356 1.243 0.166 0.316 0.366 0.066 0.057 0.101 0.439 0.492 0.206 0.137 0.307 0.139 0.443 0.336 0.573 0.241 0.127 0.303 0.961 0.401 0.247 2.650 0.188 0.174 0.130 0.231 0.260 0.394 0.377 0.316 0.376 0.108 0.064 nan 1.235 0.831 1.200 2.740 2.778 2.047 0.724 0.873 0.918 1.390 nan 2.524 2.451 0.772 0.635 0.466 0.864 1.663 1.833 0.521 1.602 2.491 nan 2744 chr12 64370831 64379890 + 0 NA intron (NM_001346201, intron 1 of 21) intron (NM_001346201, intron 1 of 21) 136827 NM_020762 57522 Hs.210751 NM_020762 ENSG00000196935 SRGAP1 ARHGAP13|NMTC2 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1 protein-coding 0.841 0.609 0.819 0.382 0.116 0.030 0.993 0.300 0.489 0.475 0.486 0.910 0.040 0.022 0.137 0.239 0.354 0.107 0.469 0.272 0.892 0.030 0.213 0.233 0.131 0.520 0.183 0.115 0.378 0.347 0.124 0.175 0.120 0.407 0.451 0.167 0.188 0.174 0.082 0.103 0.220 1.742 0.706 0.375 0.444 0.211 0.385 0.516 0.335 0.283 0.114 0.479 0.239 0.283 0.947 0.131 0.169 0.538 0.043 0.205 0.113 2.029 0.142 0.082 0.110 0.846 0.603 3.608 3.175 6.890 6.821 0.355 nan 1.881 0.509 0.639 0.583 0.755 1.088 0.631 0.645 0.376 0.214 0.617 0.643 0.689 1.083 0.234 0.289 0.850 0.818 9848 chr6 111794904 111807923 + 0 NA intron (NM_001286431, intron 2 of 34) intron (NM_001286431, intron 2 of 34) -3262 NR_034109 643749 Hs.486228 NR_034108 ENSG00000231889 TRAF3IP2-AS1 C6UAS|C6orf3|NCRNA00248|TRAF3IP2-AS2 TRAF3IP2 antisense RNA 1 ncRNA nan 3.715 nan 1.868 4.987 4.972 1.409 2.822 5.496 0.440 1.991 1.862 1.524 0.758 5.821 4.801 2.355 0.222 1.863 0.509 1.964 2.723 1.939 1.010 5.659 1.243 1.758 0.805 2.101 0.472 3.477 5.039 2.460 14.572 0.552 2.045 1.007 3.385 0.136 0.741 2.098 2.566 2.529 1.270 1.290 1.261 2.494 1.098 2.164 3.759 0.667 1.165 4.801 2.942 2.174 5.659 1.034 0.828 1.257 2.125 2.094 1.574 2.422 1.820 1.341 1.786 1.295 4.751 5.479 4.268 7.462 11.359 nan nan 3.192 10.039 10.508 2.735 nan 2.129 4.101 6.474 6.816 3.479 6.214 3.903 4.231 5.922 nan 2.181 1.044 6816 chr20 6364524 6384649 + 0 NA Intergenic L1ME3|LINE|L1 -32793 NR_109953 101929244 Hs.542488 NR_109953 ENSG00000229876 CASC20 - cancer susceptibility 20 (non-protein coding) ncRNA 0.793 1.595 0.694 0.067 0.459 0.011 0.018 0.127 0.265 0.005 0.213 0.036 0.019 0.099 0.040 0.331 0.075 0.024 0.129 0.028 0.019 0.007 0.168 0.129 0.125 0.007 0.003 0.063 0.015 0.128 0.460 0.190 0.342 0.116 0.048 0.146 0.044 0.070 0.029 0.071 0.091 0.042 0.027 0.038 0.034 0.129 0.169 0.044 0.032 0.035 0.030 0.331 0.099 0.005 0.125 0.061 0.095 0.014 0.017 0.212 0.027 0.035 0.173 0.031 0.009 0.010 0.597 0.316 0.860 1.227 0.389 0.422 4.614 1.814 0.571 0.618 0.205 0.342 1.722 1.818 0.507 0.262 0.169 0.269 0.788 1.313 0.454 1.550 1.074 0.671 3199 chr13 71485347 71526624 + 0 NA Intergenic Intergenic -83288 NR_047699 100885781 Hs.372660 NR_047699 ENSG00000226846 LINC00348 - long intergenic non-protein coding RNA 348 ncRNA nan 1.007 0.749 0.025 0.064 0.024 0.023 0.130 0.265 0.005 0.080 0.004 0.015 0.027 0.076 0.232 0.058 0.043 0.036 0.005 0.011 0.013 0.043 0.083 0.035 0.017 0.007 0.007 0.037 0.003 0.074 0.182 0.031 0.272 0.032 0.051 0.028 0.034 0.085 0.009 0.235 0.080 0.010 0.011 0.021 0.011 0.067 0.060 0.014 0.022 0.031 0.020 0.232 0.012 0.016 0.035 0.038 0.030 0.042 0.014 0.027 0.015 0.067 0.329 0.009 0.011 0.001 0.621 0.412 2.410 1.147 0.319 0.374 nan 0.290 0.118 0.106 4.159 4.667 0.183 0.189 nan 0.298 0.143 0.272 0.103 0.085 0.710 nan 0.115 0.136 5801 chr19 52691671 52695377 + 0 NA intron (NR_033500, intron 1 of 13) CpG 469 NM_014225 5518 Hs.467192 NM_014225 ENSG00000105568 PPP2R1A MRD36|PP2A-Aalpha|PP2AA|PP2AAALPHA|PR65A protein phosphatase 2 scaffold subunit Aalpha protein-coding 6.172 3.334 7.002 4.733 4.293 4.142 3.549 4.289 8.597 3.437 5.875 4.457 2.158 1.820 4.579 5.753 3.156 0.430 5.286 1.177 5.462 1.843 1.616 0.736 7.045 1.833 2.129 0.832 4.587 1.591 4.108 5.860 5.021 8.175 2.735 4.150 1.174 5.279 0.184 2.622 3.587 7.960 4.074 1.702 7.589 1.615 5.586 4.172 5.804 3.685 4.149 2.030 5.753 5.005 1.884 7.045 2.822 2.705 1.665 4.603 2.732 5.619 3.070 2.380 3.048 3.154 2.500 5.397 5.599 6.386 9.979 9.921 8.878 8.129 4.089 14.955 16.916 4.905 6.195 6.107 8.423 9.052 8.544 8.593 11.903 5.105 5.023 4.875 5.610 4.722 2.227 4669 chr17 27272526 27281249 + 0 NA intron (NM_001033561, intron 2 of 14) CpG 1621 NM_001033561 57649 Hs.444173 NM_020889 ENSG00000109118 PHF12 PF1 PHD finger protein 12 protein-coding nan nan nan 3.741 2.198 4.806 3.604 3.140 6.059 1.970 4.895 1.580 1.419 1.819 4.527 3.105 2.578 0.293 5.098 1.892 2.285 3.536 1.309 0.739 4.295 3.911 5.050 2.509 3.962 1.752 8.377 9.758 5.593 10.730 1.830 3.488 0.799 5.888 0.218 2.971 2.950 10.410 6.070 3.408 2.450 1.277 3.488 4.746 6.159 3.044 2.782 3.039 3.105 3.943 2.823 4.295 2.019 2.779 1.907 6.716 2.014 2.776 3.630 2.745 2.518 3.033 2.317 5.420 5.094 5.244 7.437 5.714 5.290 4.932 2.206 7.265 7.647 3.429 4.195 6.626 10.039 9.857 8.436 4.483 6.678 2.447 3.235 3.823 5.332 2.118 1.023 5287 chr18 42001441 42007384 + 0 NA intron (NR_110792, intron 2 of 4) intron (NR_110792, intron 2 of 4) 107250 NR_110792 101927921 Hs.464986 NR_110792 ENSG00000267337 LINC01478 - long intergenic non-protein coding RNA 1478 ncRNA nan 1.004 0.714 0.049 0.759 0.160 0.048 1.185 2.700 0.033 0.078 0.016 0.011 0.234 0.015 0.437 0.098 0.018 0.021 0.048 0.816 0.311 0.262 0.012 0.081 0.049 0.024 0.054 1.867 0.046 0.386 0.037 0.063 0.015 0.046 0.010 0.152 0.033 0.011 0.437 0.012 0.262 0.041 0.028 0.030 0.068 0.027 0.033 0.085 0.010 0.253 0.262 0.203 0.386 1.416 1.918 0.247 0.211 0.049 0.058 0.135 0.220 1.625 2.185 0.339 0.149 0.094 0.043 1.732 0.514 0.106 nan 5.991 2.998 60 chr1 8561838 8587151 + 0 NA intron (NM_001042681, intron 7 of 22) intron (NM_001042681, intron 7 of 22) -19521 NR_132752 106632271 NR_132752 SNORD128 ZL43 small nucleolar RNA, C/D box 128 snoRNA 1.451 nan 1.333 0.201 0.390 0.124 0.219 0.240 0.463 0.072 0.316 0.266 0.381 0.076 0.440 0.374 0.670 0.154 0.289 0.067 0.126 0.068 0.447 0.229 0.213 0.182 0.118 0.113 0.205 0.121 0.314 nan 0.221 0.619 0.087 0.106 0.048 0.252 0.120 0.084 0.193 0.084 0.054 0.049 0.121 0.168 0.274 0.222 0.177 0.242 0.065 0.156 0.374 0.355 0.173 0.213 0.062 0.257 0.075 0.149 0.105 0.116 0.217 1.303 0.120 0.039 0.018 0.390 0.576 0.502 1.012 1.167 1.302 0.779 0.363 0.861 0.833 1.349 nan nan 3.236 nan 1.938 0.496 0.662 0.176 0.186 2.262 5.825 1.040 0.681 10585 chr7 106084533 106105483 + 0 NA Intergenic MER4-int|LTR|ERV1 -169370 NM_005746 10135 Hs.489615 NM_005746 ENSG00000105835 NAMPT 1110035O14Rik|PBEF|PBEF1|VF|VISFATIN nicotinamide phosphoribosyltransferase protein-coding nan 0.646 0.815 0.673 0.130 0.074 1.645 0.077 0.257 0.027 0.742 1.011 0.033 0.033 0.136 0.177 0.271 0.076 0.220 0.190 0.159 0.040 0.134 0.140 0.120 2.175 1.624 0.057 0.709 0.559 1.193 1.591 3.728 0.433 0.133 11.266 0.018 0.063 0.158 0.444 0.114 0.190 0.142 0.089 0.511 0.234 1.531 1.303 1.305 0.059 0.230 3.397 0.177 0.090 0.255 0.120 1.716 1.020 0.014 0.089 0.116 0.207 0.043 0.018 0.051 0.030 0.007 0.290 0.193 0.259 0.483 0.277 0.415 0.323 0.107 0.243 0.218 0.286 0.447 0.266 0.282 0.385 0.163 0.194 0.263 0.088 0.205 0.256 nan 0.461 0.622 1400 chr10 26985103 26988663 + 0 NA intron (NM_014317, intron 1 of 11) CpG 530 NM_014317 23590 Hs.558468 NM_014317 ENSG00000148459 PDSS1 COQ1|COQ10D2|DPS|SPS|TPRT|TPT|TPT 1|hDPS1 decaprenyl diphosphate synthase subunit 1 protein-coding 2.204 4.216 2.955 3.346 1.260 0.862 2.432 1.577 3.934 1.395 4.520 2.903 0.716 0.451 2.304 2.015 3.085 0.259 2.706 1.386 4.839 2.216 1.494 0.740 4.448 1.728 2.309 2.233 2.676 1.060 1.991 3.401 1.657 4.283 1.028 4.473 0.618 3.052 0.102 1.855 1.540 1.645 4.482 2.683 2.223 1.273 1.812 2.349 4.190 2.848 5.515 2.847 2.015 2.497 15.308 4.448 3.261 2.400 0.574 4.371 1.942 1.870 1.055 1.663 1.564 1.811 1.226 6.380 6.671 4.597 7.030 3.386 3.177 6.106 1.928 4.109 4.606 3.922 5.082 2.954 4.733 3.984 4.874 2.069 3.621 3.447 2.221 3.413 3.588 2.813 1.465 1067 chr1 206617083 206630243 + 0 NA intron (NM_001300952, intron 15 of 17) intron (NM_001300952, intron 15 of 17) -19923 NM_001193321 9641 Hs.321045 NM_014002 ENSG00000263528 IKBKE IKK-E|IKK-i|IKKE|IKKI inhibitor of nuclear factor kappa B kinase subunit epsilon protein-coding 1.728 1.207 1.310 0.109 0.132 0.261 0.206 0.207 0.556 0.115 0.171 0.167 0.536 0.046 0.445 0.712 0.267 0.066 0.210 0.092 0.034 0.042 0.120 0.240 0.233 0.285 0.154 0.083 0.101 0.150 0.073 0.457 0.203 0.627 0.044 0.163 0.116 0.090 0.118 0.027 0.299 0.062 0.032 0.030 0.252 0.082 0.184 0.212 0.155 0.065 0.015 0.274 0.712 0.127 0.053 0.233 0.042 0.069 0.479 0.116 0.047 0.083 0.151 2.236 0.050 0.031 0.574 0.824 0.856 1.423 0.824 0.960 0.484 0.181 nan nan 1.162 2.068 0.643 0.642 0.478 0.462 0.283 0.345 0.280 0.428 1.913 6.951 0.608 0.451 691 chr1 150506875 150511942 + 0 NA Intergenic Intergenic -12437 NM_001288608 54507 Hs.516243 NM_019032 ENSG00000143382 ADAMTSL4 ADAMTSL-4|ECTOL2|TSRC1 ADAMTS like 4 protein-coding nan nan 1.016 0.268 0.459 0.904 0.238 0.315 0.566 1.113 0.175 0.025 0.052 0.299 0.195 0.331 0.191 1.276 0.673 0.327 0.054 0.494 0.276 0.464 0.464 0.157 2.204 0.134 2.169 1.023 2.964 0.336 0.779 0.116 0.223 0.076 0.107 0.111 0.209 0.140 1.325 8.814 3.504 0.392 0.319 0.378 0.310 0.774 0.916 0.198 1.042 0.195 0.713 0.253 0.464 0.629 0.263 0.047 1.400 0.274 0.716 0.135 0.073 6.177 3.732 0.538 0.503 0.507 0.877 0.822 nan 0.728 0.271 0.513 0.580 0.464 0.846 0.388 0.383 0.435 0.257 1.250 0.963 0.188 0.148 0.537 0.745 1.181 0.741 9847 chr6 111194607 111201044 + 0 NA intron (NM_001287216, intron 1 of 4) intron (NM_001287216, intron 1 of 4) 1838 NM_001634 262 Hs.159118 NM_001634 ENSG00000123505 AMD1 ADOMETDC|AMD|SAMDC adenosylmethionine decarboxylase 1 protein-coding 7.236 3.361 nan 3.706 6.024 3.958 1.972 1.961 3.771 0.532 2.451 2.794 0.953 0.816 3.643 5.190 3.346 0.125 3.222 1.030 1.783 2.939 1.920 1.052 5.492 1.978 2.250 0.994 2.447 0.947 5.109 5.219 4.045 7.916 0.705 2.286 0.856 3.893 0.155 1.377 2.717 3.503 3.043 1.812 2.562 2.105 5.588 1.678 2.457 5.810 0.848 1.652 5.190 4.824 2.654 5.492 1.387 1.564 1.584 3.173 2.779 2.441 1.830 1.458 1.408 2.603 1.653 7.185 7.611 6.863 8.746 8.466 nan 9.204 3.210 16.639 16.641 2.986 nan 2.729 4.270 10.026 11.980 3.501 7.546 4.332 3.943 3.778 nan 2.133 1.638 2615 chr12 34486210 34517451 + 0 NA Intergenic GSATII|Satellite|centr 326614 NM_032834 84920 Hs.102971 NM_032834 ENSG00000139133 ALG10 ALG10A|DIE2|KCR1 ALG10, alpha-1,2-glucosyltransferase protein-coding 0.683 nan 1.081 0.041 0.156 0.029 0.148 0.128 0.241 0.012 0.142 0.731 1.459 0.023 0.107 0.098 0.091 0.026 0.464 0.164 1.640 0.013 0.161 0.108 0.407 0.011 0.021 0.164 0.046 0.020 0.103 0.122 0.082 0.922 0.070 0.095 0.009 0.365 0.107 0.060 0.056 0.538 0.115 0.078 0.007 0.081 0.074 0.259 1.798 1.041 0.120 0.218 0.098 0.315 0.024 0.407 0.016 0.572 0.065 8.498 0.172 0.028 0.029 0.044 0.034 0.033 0.026 0.276 0.144 0.208 0.383 0.484 0.398 0.274 0.071 1.222 1.357 0.316 0.435 0.134 0.149 0.326 0.212 0.248 0.273 0.019 0.026 0.128 0.225 0.294 0.228 5173 chr18 13538089 13543768 + 0 NA intron (NM_181481, intron 3 of 5) intron (NM_181481, intron 3 of 5) -70185 NR_039752 100616130 NR_039752 ENSG00000263527 MIR4526 mir-4526 microRNA 4526 ncRNA 1.050 0.981 0.747 0.037 0.401 3.085 0.013 4.920 9.465 0.055 0.049 0.033 6.772 0.634 0.182 0.222 0.084 0.093 0.033 0.011 1.327 0.298 5.359 0.048 0.026 0.027 0.088 0.018 0.070 0.259 0.165 2.772 0.040 0.046 0.281 0.057 0.101 0.070 0.121 0.032 0.041 0.054 0.118 0.159 3.114 0.075 0.098 0.119 0.182 0.088 5.359 0.066 3.578 0.034 0.092 3.503 0.028 0.070 0.802 0.552 0.501 0.768 0.650 1.178 1.261 0.490 0.191 0.320 0.352 0.060 0.110 2.094 2.085 0.534 0.302 0.325 0.455 0.808 0.647 0.354 0.730 1.736 1.261 3134 chr13 40939857 40960213 + 0 NA intron (NR_024506, intron 5 of 5) intron (NR_024506, intron 5 of 5) 105108 NR_024505 646982 Hs.287664 NR_024505 ENSG00000215483 LINC00598 lncFOXO1 long intergenic non-protein coding RNA 598 ncRNA 0.785 0.666 0.950 0.057 0.077 1.422 0.090 0.094 0.143 0.019 0.119 0.104 0.006 0.044 0.092 0.119 0.088 0.110 0.119 0.071 0.022 0.014 0.038 0.051 0.112 0.055 0.021 0.015 0.047 0.019 0.054 0.205 0.052 0.941 0.029 0.084 0.005 0.051 0.072 0.006 0.050 0.107 0.020 0.042 0.023 0.044 0.043 0.120 0.216 0.025 0.031 0.134 0.119 0.074 0.009 0.112 0.142 0.081 0.176 0.066 0.233 0.027 0.049 0.136 0.075 0.023 0.012 0.594 0.607 0.391 0.338 0.491 0.558 0.116 0.103 0.110 0.106 3.561 3.421 0.210 0.175 1.381 1.197 0.226 0.376 0.037 0.032 0.430 0.998 0.151 0.232 5245 chr18 31695248 31712806 + 0 NA intron (NM_001198547, intron 2 of 10) L4|LINE|RTE -75451 NM_001353236 8715 Hs.514795 NM_003787 ENSG00000101746 NOL4 CT125|HRIHFB2255|NOLP nucleolar protein 4 protein-coding nan 0.975 0.894 0.246 1.027 0.079 0.052 0.182 0.410 0.125 0.088 0.079 1.038 0.109 0.111 0.240 0.203 0.046 0.143 0.054 0.046 0.032 0.635 0.466 1.446 0.008 0.012 0.075 0.115 0.318 0.483 0.117 0.483 0.298 0.089 0.912 0.117 0.096 0.040 0.224 0.031 0.028 0.022 0.118 0.200 0.066 0.062 0.023 0.029 0.018 0.163 0.240 0.147 0.005 1.446 0.321 0.033 0.094 0.116 0.059 0.159 0.254 0.057 0.010 0.011 0.576 0.455 1.218 1.700 1.157 1.759 1.212 0.492 0.203 0.170 0.785 0.935 nan 2.561 0.684 0.363 0.266 0.400 2.329 4.044 0.628 2.016 1.304 0.692 5453 chr18 77193812 77228600 + 0 NA intron (NM_172387, intron 5 of 9) CpG 50932 NM_001278675 4772 Hs.534074 NM_006162 ENSG00000131196 NFATC1 NF-ATC|NF-ATc1.2|NFAT2|NFATc nuclear factor of activated T cells 1 protein-coding nan nan 0.483 0.062 0.031 0.296 0.100 0.452 0.938 0.022 0.081 0.082 0.007 0.062 0.051 0.581 0.056 0.051 0.034 0.011 0.024 0.036 0.091 0.100 0.512 0.112 0.048 0.334 0.039 0.027 0.044 0.135 0.058 0.357 0.021 0.065 0.046 0.053 0.061 0.024 0.284 0.143 0.037 0.025 0.019 0.031 0.072 0.066 0.118 0.114 0.016 0.045 0.581 0.035 0.043 0.512 0.011 0.014 0.134 0.188 0.038 0.055 0.371 0.029 0.017 0.028 0.012 2.951 3.419 3.456 4.044 0.796 nan 0.691 0.273 0.563 0.568 0.068 0.165 0.157 nan 0.329 0.247 0.630 1.006 0.144 0.200 0.055 0.115 0.273 0.352 3171 chr13 52478874 52520015 + 0 NA Intergenic Intergenic 63360 NM_031290 83446 Hs.120573 NM_031290 ENSG00000123171 CCDC70 - coiled-coil domain containing 70 protein-coding 0.685 nan nan 0.051 0.266 0.131 0.084 0.090 0.179 0.009 0.066 0.038 0.029 0.073 1.459 0.094 0.078 0.051 0.135 0.060 0.018 0.017 0.114 0.079 0.431 0.017 0.010 0.039 0.047 0.020 0.570 5.332 0.060 0.718 0.025 0.055 0.014 0.021 0.089 0.020 0.120 0.188 0.022 0.017 0.021 0.060 0.051 0.124 0.097 0.066 0.155 0.268 0.094 0.104 0.011 0.431 0.032 0.069 0.044 0.067 0.030 0.046 0.091 0.183 0.035 0.021 0.007 0.604 0.805 0.163 0.331 0.750 0.733 nan 0.443 0.173 0.174 0.139 0.313 0.857 0.891 0.430 0.310 0.354 0.534 0.075 0.097 0.410 nan 0.325 0.257 427 chr1 62900370 62906796 + 0 NA intron (NM_003368, intron 1 of 8) CpG 1200 NM_003368 7398 Hs.35086 NM_003368 ENSG00000162607 USP1 UBP ubiquitin specific peptidase 1 protein-coding 8.271 4.799 nan 5.383 6.379 5.805 3.788 4.632 8.532 1.989 4.062 2.522 2.127 2.733 5.367 4.905 4.085 0.275 5.570 1.988 3.747 3.471 3.097 1.425 7.887 2.735 3.284 2.864 4.695 1.559 4.111 7.210 3.130 12.145 2.024 5.360 0.923 5.549 0.258 1.573 4.540 7.345 3.934 1.624 2.617 3.709 4.209 4.535 2.901 3.921 1.827 2.281 4.905 6.982 5.041 7.887 1.638 3.951 2.203 5.234 2.647 2.739 2.368 3.638 2.467 3.438 2.663 7.184 6.608 8.319 11.498 16.983 16.497 9.514 7.382 17.197 18.185 nan 9.041 10.607 15.893 10.682 12.306 5.026 9.946 5.140 5.383 10.830 8.519 3.717 2.158 5121 chr18 3440825 3467311 + 0 NA intron (NM_173211, intron 1 of 2) intron (NM_173211, intron 1 of 2) 296 NM_173211 7050 Hs.373550 NM_003244 ENSG00000177426 TGIF1 HPE4|TGIF TGFB induced factor homeobox 1 protein-coding 2.740 3.035 3.481 3.615 1.330 3.561 1.643 0.472 0.842 2.209 3.965 1.664 1.829 4.046 1.949 0.472 2.332 0.255 3.232 1.330 4.570 2.564 0.886 0.515 2.629 1.492 1.914 1.365 4.162 1.183 4.013 4.977 3.744 nan 1.634 2.818 0.777 6.981 0.245 1.179 1.649 6.748 2.588 1.201 1.773 1.749 3.430 5.056 4.000 3.828 3.599 4.579 0.472 3.955 2.210 2.629 1.963 5.244 0.418 7.226 1.185 2.297 1.090 1.196 1.811 1.748 1.360 0.840 1.150 4.006 7.208 5.157 4.177 nan 0.184 2.947 2.945 0.901 nan 3.926 5.444 nan 0.861 0.867 2.098 4.104 4.698 1.637 nan nan 1.451 6593 chr2 204436530 204463946 + 0 NA Intergenic Intergenic -50179 NM_001329728 65059 Hs.471162 NM_025252 ENSG00000173166 RAPH1 ALS2CR18|ALS2CR9|LPD|PREL-2|PREL2|RMO1|RalGDS/AF-6 Ras association (RalGDS/AF-6) and pleckstrin homology domains 1 protein-coding 0.874 nan 1.092 0.574 0.610 0.442 2.966 0.169 0.309 0.407 0.130 0.305 0.308 0.062 0.112 0.163 0.147 0.074 3.751 1.861 0.060 0.031 0.080 0.111 0.523 2.237 1.305 0.083 1.611 1.401 3.189 8.255 4.917 3.361 1.936 0.116 0.017 0.068 0.060 0.512 0.207 0.117 0.046 0.045 1.065 1.466 1.076 0.135 0.410 0.098 0.118 1.909 0.163 2.255 0.115 0.523 0.637 0.931 0.035 0.099 0.078 0.150 1.136 0.136 0.108 0.017 0.011 0.349 0.340 0.758 2.430 0.275 0.332 0.400 0.135 1.640 1.573 0.391 0.580 2.518 4.207 0.460 0.210 0.743 1.336 0.049 0.056 0.470 0.981 0.356 0.401 4735 chr17 36896884 36910477 + 0 NA intron (NM_007144, intron 2 of 10) intron (NM_007144, intron 2 of 10) 878 NM_007144 7703 Hs.371617 NM_007144 ENSG00000277258 PCGF2 MEL-18|RNF110|ZNF144 polycomb group ring finger 2 protein-coding nan 3.784 2.493 8.915 2.021 5.261 2.379 3.950 7.734 2.391 4.580 1.382 0.543 1.685 3.668 4.191 2.000 0.418 2.840 1.041 6.861 5.349 2.570 1.799 6.116 2.139 2.008 2.511 2.286 1.461 2.516 3.551 3.037 16.055 2.187 3.944 1.508 4.249 0.113 1.901 1.915 5.464 3.787 1.650 2.680 1.074 3.127 2.970 4.967 3.038 2.500 2.255 4.191 2.563 2.542 6.116 1.985 1.992 1.513 6.465 3.067 1.801 1.827 2.334 1.883 2.483 1.525 4.200 6.618 3.923 5.082 nan 6.911 6.392 2.385 8.005 8.541 3.440 5.063 7.276 9.814 nan 7.747 1.753 3.478 4.285 3.519 3.264 5.963 3.347 1.594 82 chr1 10648560 10660028 + 0 NA intron (NM_004565, intron 3 of 8) intron (NM_004565, intron 3 of 8) 119291 NM_004565 5195 Hs.149983 NM_004565 ENSG00000142655 PEX14 NAPP2|PBD13A|Pex14p|dJ734G22.2 peroxisomal biogenesis factor 14 protein-coding 1.095 0.805 nan 0.415 1.352 0.170 0.157 0.246 0.443 0.134 0.451 0.183 0.447 0.111 0.388 0.333 0.132 0.113 0.231 0.103 0.499 0.061 0.302 0.238 0.709 0.420 0.278 0.363 0.282 0.313 0.113 0.391 0.106 0.548 0.051 0.080 0.042 0.135 0.090 0.021 0.057 1.249 0.257 0.170 0.322 0.121 0.196 0.219 0.227 0.122 0.511 0.682 0.333 0.161 0.155 0.709 0.151 0.532 0.110 0.261 0.442 0.201 2.036 0.668 0.039 0.025 0.017 0.844 1.396 0.478 0.669 1.461 2.062 0.258 0.109 0.554 nan 0.547 nan 7.983 8.754 nan 0.662 1.678 2.034 0.102 0.158 0.552 0.932 1.382 0.888 3464 chr14 32858252 32901412 + 0 NA intron (NM_004274, intron 1 of 13) MER4E|LTR|ERV1 81353 NM_004274 9472 Hs.509083 NM_004274 ENSG00000151320 AKAP6 ADAP100|ADAP6|AKAP100|PRKA6|mAKAP A-kinase anchoring protein 6 protein-coding 1.264 0.947 0.744 0.210 0.181 0.041 0.878 0.200 0.348 0.110 0.348 2.257 0.095 0.053 0.105 0.466 1.466 0.306 2.737 0.998 0.084 0.042 0.117 0.082 0.338 1.311 0.643 0.033 0.995 0.440 3.264 7.373 2.511 0.421 1.223 0.074 0.070 0.085 0.125 0.252 0.150 0.068 0.038 0.050 0.749 1.093 0.139 0.130 0.274 0.035 0.194 0.744 0.466 1.062 0.222 0.338 0.328 0.099 0.079 0.044 0.051 1.403 0.048 0.169 0.351 0.024 0.007 0.188 0.162 0.227 0.432 0.431 0.494 0.272 0.092 0.233 0.221 1.138 1.503 0.395 0.447 0.854 0.482 0.118 0.217 0.266 0.264 0.453 1.110 0.665 0.618 1763 chr11 3009185 3024670 + 0 NA Intergenic Intergenic -3320 NM_005969 4676 Hs.731784 NM_005969 ENSG00000205531 NAP1L4 NAP1L4b|NAP2|NAP2L|hNAP2 nucleosome assembly protein 1 like 4 protein-coding 2.635 2.701 4.252 1.629 1.462 1.377 2.188 0.725 1.295 0.733 1.420 0.826 0.496 0.375 1.138 1.263 0.638 0.099 1.103 0.336 0.811 0.755 1.218 0.743 1.736 0.750 0.839 0.814 1.113 0.490 1.443 2.573 1.909 8.191 0.454 1.107 1.204 0.944 0.106 0.481 0.433 2.277 1.664 0.845 0.701 0.450 1.145 1.362 1.548 1.019 1.017 0.903 1.263 1.730 1.545 1.736 0.666 0.653 0.664 1.573 0.458 0.824 2.742 0.493 0.988 0.513 0.296 4.401 6.076 2.778 3.731 2.244 2.368 3.709 1.227 5.747 5.888 2.234 3.073 1.358 2.862 2.814 3.027 2.905 5.303 4.510 4.984 1.849 1.585 2.171 1.274 4499 chr16 86853325 86870621 + 0 NA Intergenic Intergenic 106276 NR_135183 102724344 Hs.585769 NR_135182 ENSG00000261175 LINC02188 - long intergenic non-protein coding RNA 2188 ncRNA nan 0.348 0.340 0.113 0.046 0.010 1.303 0.102 0.116 0.016 0.195 4.463 0.046 0.010 0.138 0.109 0.093 0.085 0.022 1.252 0.016 0.046 0.057 0.062 0.265 0.068 0.013 0.096 0.006 0.437 0.698 0.098 0.167 0.034 0.831 0.017 0.044 0.081 0.614 0.005 1.869 0.289 0.178 0.239 0.160 0.247 1.017 0.108 0.123 2.685 0.213 0.138 0.084 3.832 0.062 0.398 0.208 0.033 0.062 0.071 0.352 0.023 0.029 1.856 0.013 0.017 0.217 0.112 0.034 0.114 0.138 0.209 0.071 0.038 0.126 0.128 0.094 0.121 0.091 0.105 0.271 0.108 0.046 0.089 0.039 0.032 0.107 0.116 0.200 0.277 10999 chr8 62398428 62410521 + 0 NA intron (NM_173519, intron 5 of 5) intron (NM_173519, intron 5 of 5) 197934 NM_001164752 444 Hs.332422 NM_004318 ENSG00000198363 ASPH AAH|BAH|CASQ2BP1|FDLAB|HAAH|JCTN|junctin aspartate beta-hydroxylase protein-coding 1.787 0.770 0.877 0.054 0.081 0.051 0.102 0.119 0.275 0.008 0.173 0.053 0.010 0.049 0.074 0.159 0.056 0.038 0.093 0.035 0.026 0.011 0.078 0.109 0.099 0.064 0.048 0.013 0.069 0.066 0.315 0.112 0.307 0.048 0.094 0.356 0.036 0.079 0.020 0.098 0.078 0.015 0.013 0.063 0.076 0.072 0.128 0.088 0.094 0.049 0.159 0.106 0.015 0.099 0.071 0.020 2.721 0.024 0.135 0.033 0.082 0.128 0.012 0.010 0.026 0.247 0.130 0.101 0.181 0.499 0.589 0.521 0.115 0.054 0.045 3.910 nan 0.202 0.160 nan 0.315 0.200 0.252 0.484 0.518 0.437 0.898 0.693 0.682 10888 chr8 32620536 32629427 + 0 NA 3' UTR (NM_013964, exon 12 of 12) 3' UTR (NM_013964, exon 12 of 12) 45710 NM_001322197 3084 Hs.453951 NM_004495 ENSG00000157168 NRG1 ARIA|GGF|GGF2|HGL|HRG|HRG1|HRGA|MST131|MSTP131|NDF|NRG1-IT2|SMDF neuregulin 1 protein-coding 0.540 0.770 nan 14.993 0.078 0.056 0.082 0.180 0.125 0.032 0.154 0.115 0.011 0.069 0.159 0.107 0.060 0.021 0.071 0.007 0.040 0.143 0.183 0.049 0.017 0.077 0.048 0.054 0.009 0.032 0.352 0.033 0.072 0.011 0.313 0.163 0.013 0.080 0.093 0.021 0.026 0.025 0.061 0.065 0.207 0.128 0.041 0.022 0.159 0.048 0.021 0.028 0.009 0.011 0.039 0.023 0.089 0.023 0.144 0.059 0.770 0.442 0.243 0.136 0.228 0.308 0.337 0.390 0.279 0.240 0.132 0.113 0.252 0.461 0.212 0.193 0.307 0.199 0.053 0.170 0.089 0.136 0.268 0.411 0.594 0.640 69 chr1 9202107 9257905 + 0 NA intron (NR_132742, intron 1 of 1) L2c|LINE|L2 -12257 NR_132738 102724571 Hs.599298 NR_132738 ENSG00000234546 LINC01759 - long intergenic non-protein coding RNA 1759 ncRNA 1.064 nan 0.992 0.295 0.664 0.177 1.136 0.172 0.402 0.192 0.450 0.330 0.409 0.161 0.125 0.266 0.386 0.136 1.086 0.507 0.124 0.042 0.169 0.153 0.058 0.837 0.660 0.167 1.886 0.678 2.270 nan 0.927 0.790 1.161 0.855 0.020 0.206 0.118 0.195 0.044 0.301 0.162 0.081 0.829 0.942 0.325 0.543 1.076 0.489 0.425 0.673 0.266 1.957 0.233 0.058 0.511 0.846 0.091 0.938 0.265 0.315 0.048 0.049 0.114 0.312 0.246 0.297 0.236 0.771 1.343 0.814 0.874 0.098 0.063 0.405 0.382 0.614 nan nan 2.324 nan 0.224 0.292 0.343 0.053 0.061 0.179 0.296 0.255 0.332 4299 chr16 25266551 25271014 + 0 NA promoter-TSS (NM_001012981) promoter-TSS (NM_001012981) 73 NM_001012981 342357 Hs.513451 NM_001012981 ENSG00000155592 ZKSCAN2 ZNF694|ZSCAN31|ZSCAN34 zinc finger with KRAB and SCAN domains 2 protein-coding 4.179 2.524 nan 4.475 5.699 4.063 2.590 4.287 5.783 1.395 4.760 1.968 1.056 5.099 3.651 4.070 1.590 0.395 2.786 1.020 3.293 1.307 1.864 0.958 5.141 2.277 2.867 2.675 3.412 0.702 3.706 4.798 2.514 10.358 1.147 3.242 1.180 2.895 0.098 0.792 2.646 3.379 2.570 1.138 2.544 1.890 3.127 1.873 4.198 3.962 3.926 3.993 4.070 3.638 4.109 5.141 1.844 2.190 1.636 3.455 3.434 1.773 3.103 2.660 1.411 1.702 1.100 6.748 7.198 3.360 4.542 7.249 6.589 10.594 6.469 11.080 10.908 3.679 4.761 10.118 15.234 8.740 9.556 5.377 9.212 5.943 5.826 5.672 5.898 3.315 1.681 9325 chr5 169396225 169408435 + 0 NA intron (NM_001346304, intron 1 of 3) intron (NM_001346304, intron 1 of 3) 5431 NM_001346304 100131897 Hs.721917 NM_001129891 ENSG00000204767 FAM196B C5orf57 family with sequence similarity 196 member B protein-coding nan 0.682 2.130 0.089 0.058 0.005 2.171 0.193 0.102 1.984 1.240 0.005 0.016 0.073 0.103 0.282 0.062 0.062 0.078 0.047 0.025 0.061 0.078 3.430 2.438 0.049 0.083 0.026 0.060 0.047 0.064 0.382 0.024 0.084 0.211 0.035 0.114 0.811 0.046 3.224 2.832 1.548 1.284 0.133 1.615 12.752 0.217 0.641 0.026 0.135 0.103 0.064 0.039 0.078 0.461 0.068 0.016 0.071 0.058 0.090 0.762 0.096 2.843 4.407 5.587 1.977 2.337 0.542 0.614 0.177 0.238 0.092 0.034 0.576 0.586 0.120 0.203 0.157 0.250 0.605 0.267 0.833 1.580 0.794 0.760 0.190 0.274 0.524 0.412 224 chr1 32027107 32058373 + 0 NA 5' UTR (NM_022164, exon 2 of 12) 5' UTR (NM_022164, exon 2 of 12) 654 NM_022164 64129 Hs.199368 NM_022164 ENSG00000142910 TINAGL1 ARG1|LCN7|LIECG3|TINAGRP tubulointerstitial nephritis antigen like 1 protein-coding 1.012 nan 1.093 3.488 0.433 0.154 1.815 0.226 0.308 1.464 0.558 1.539 2.251 0.044 0.093 0.146 0.412 0.170 1.561 0.679 0.084 0.044 0.120 0.145 0.180 0.666 0.504 0.135 1.877 1.226 2.573 3.644 1.340 0.535 1.379 0.062 0.009 0.144 0.106 0.169 0.061 2.991 0.780 0.410 1.285 0.908 5.891 1.148 0.240 0.114 0.340 0.734 0.146 1.581 0.198 0.180 1.033 1.034 0.121 0.175 0.088 0.555 0.079 0.217 0.869 0.862 0.647 0.574 0.862 0.663 1.380 0.629 0.754 nan 0.177 0.352 0.385 0.438 0.868 0.198 0.285 nan 0.347 0.411 0.434 0.099 0.202 0.640 1.080 0.410 nan 11092 chr8 85155080 85188164 + 0 NA intron (NM_001354309, intron 3 of 9) MIRc|SINE|MIR 74721 NM_001354323 138046 Hs.121663 NM_173848 ENSG00000184672 RALYL HNRPCL3 RALY RNA binding protein like protein-coding 1.254 nan nan 0.055 1.800 5.551 0.034 0.503 0.942 0.064 0.038 0.004 0.042 1.018 0.606 0.122 0.082 0.071 0.017 0.019 0.008 0.436 0.147 0.561 0.004 0.018 0.002 0.068 0.025 0.086 0.228 0.049 4.419 0.040 0.041 0.524 0.026 0.086 0.007 0.599 0.064 0.018 0.009 0.043 0.007 0.120 0.114 0.034 0.075 0.057 0.051 0.606 0.033 0.008 0.561 0.026 0.063 0.071 0.003 0.742 0.031 1.746 1.261 0.011 0.024 0.011 0.918 0.585 0.958 0.433 1.357 1.804 2.307 1.363 3.635 3.568 2.577 2.686 nan 4.602 0.654 0.411 1.266 2.255 1.839 1.705 1.279 3.215 1.088 0.605 11001 chr8 62501855 62509739 + 0 NA intron (NM_004318, intron 14 of 24) intron (NM_004318, intron 14 of 24) 96611 NM_001164752 444 Hs.332422 NM_004318 ENSG00000198363 ASPH AAH|BAH|CASQ2BP1|FDLAB|HAAH|JCTN|junctin aspartate beta-hydroxylase protein-coding 3.112 0.978 1.160 0.111 0.513 0.113 0.163 0.204 0.388 0.024 0.287 0.540 0.024 0.076 0.259 2.616 0.528 0.020 0.317 0.096 0.096 1.966 0.880 1.213 0.230 0.081 0.161 0.174 0.079 0.153 0.288 0.072 3.501 0.111 0.176 1.208 0.082 0.053 0.147 0.160 0.058 0.030 0.040 0.084 0.155 0.183 0.120 0.320 0.144 0.070 0.120 2.616 0.082 0.046 1.213 0.077 0.041 8.591 0.066 1.106 0.146 0.038 0.472 0.077 0.029 0.013 0.342 0.556 0.323 0.414 1.777 2.495 2.549 0.625 0.083 0.106 1.794 nan 0.207 0.205 nan 3.894 0.150 0.337 4.331 4.334 0.414 1.335 3.805 1.880 2711 chr12 57067510 57085010 + 0 NA intron (NM_001282601, intron 1 of 6) AluJo|SINE|Alu 5521 NR_104219 10728 Hs.50425 NM_006601 ENSG00000110958 PTGES3 P23|TEBP|cPGES prostaglandin E synthase 3 protein-coding nan 2.282 1.860 3.677 2.558 1.246 1.654 1.799 3.673 1.143 1.987 1.065 2.280 0.961 2.630 2.338 0.878 0.239 2.508 0.639 2.197 0.792 1.733 0.957 2.126 1.926 2.043 1.003 2.844 0.927 1.985 3.346 1.771 3.873 1.128 3.326 0.901 1.257 0.128 1.132 1.703 3.001 2.902 1.195 1.340 1.116 2.347 4.065 3.237 3.335 1.602 2.306 2.338 2.344 2.814 2.126 1.343 1.348 0.683 3.680 1.379 2.655 1.131 2.384 1.218 1.560 1.088 nan 3.379 4.681 4.847 4.218 nan 4.406 2.189 7.681 8.222 2.237 nan 3.987 nan 3.509 3.662 2.041 4.318 3.572 4.060 4.867 5.353 2.429 1.416 9608 chr6 36627402 36652921 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL 2742 NR_109836 101154753 Hs.741557 NR_109836 ENSG00000281450 PANDAR PANDA promoter of CDKN1A antisense DNA damage activated RNA ncRNA nan 3.583 nan 1.044 1.370 4.864 1.160 0.703 1.361 0.918 0.675 0.613 0.078 0.335 2.983 2.751 2.095 0.240 0.920 0.476 1.008 0.065 1.485 0.608 1.724 0.868 0.643 0.266 1.439 1.292 2.958 7.230 2.905 9.528 0.693 1.645 1.854 0.320 0.128 0.519 0.766 0.879 0.856 0.398 0.685 0.529 0.342 0.975 1.733 1.400 2.098 0.899 2.751 0.959 0.850 1.724 1.168 0.394 0.706 2.873 1.463 0.292 2.012 0.053 0.366 2.074 1.566 0.565 0.794 1.111 nan nan 1.869 4.415 1.254 0.744 0.664 2.840 3.948 5.979 7.768 1.831 1.736 1.870 2.733 6.187 5.817 0.295 0.430 2.777 1.477 7966 chr3 166546682 166551735 + 0 NA Intergenic Intergenic -67263 NR_135545 105374194 NR_135545 LOC105374194 inv3q26.1 uncharacterized LOC105374194 ncRNA 0.979 1.083 0.936 0.363 0.152 0.004 0.224 0.095 0.240 0.057 0.062 0.143 6.261 0.035 0.320 0.194 0.128 0.070 0.075 0.100 0.125 0.299 0.071 0.067 0.088 0.029 0.361 0.248 0.158 0.477 4.157 0.177 0.088 0.192 0.219 0.064 0.056 0.095 0.091 0.012 0.031 0.556 0.073 0.094 0.079 0.029 0.037 0.108 0.168 0.320 0.042 0.042 0.071 0.314 0.045 0.034 0.045 0.057 0.039 0.146 0.030 0.044 0.012 0.219 0.170 0.562 0.952 0.325 0.350 1.181 0.761 0.201 0.144 0.392 0.599 nan 0.518 nan 0.356 0.062 0.169 0.689 1.105 0.522 0.566 0.244 0.111 2393 chr12 210972 217811 + 0 NA intron (NM_015232, intron 2 of 12) intron (NM_015232, intron 2 of 12) 27849 NM_015232 440073 Hs.536319 NM_015232 ENSG00000120645 IQSEC3 - IQ motif and Sec7 domain 3 protein-coding 2.543 nan nan 0.053 2.560 1.287 0.072 3.120 6.618 0.014 0.079 0.120 0.027 0.114 4.979 1.837 0.121 0.125 0.400 0.154 0.036 0.020 2.604 1.043 1.428 0.061 0.032 0.033 0.060 0.230 0.558 0.115 1.688 0.111 1.366 0.149 0.084 0.581 0.182 0.019 0.034 0.027 0.069 0.220 0.212 0.217 0.240 0.035 0.177 1.837 0.203 0.067 1.428 0.182 2.253 0.223 0.776 0.188 0.391 0.144 0.011 0.038 0.007 0.238 0.330 0.163 0.388 nan 2.609 13.716 6.271 0.312 0.250 0.576 0.778 8.838 7.901 1.206 0.767 0.816 0.677 5.234 5.123 0.426 nan 1.862 0.766 10515 chr7 95524981 95564881 + 0 NA intron (NM_004411, intron 6 of 16) intron (NM_004411, intron 6 of 16) 143113 NM_001135556 1780 Hs.440364 NM_004411 ENSG00000158560 DYNC1I1 DNCI1|DNCIC1 dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 protein-coding nan 1.075 nan 0.070 0.860 0.270 0.075 0.346 0.686 0.012 0.111 0.073 0.019 0.032 0.873 0.261 0.193 0.101 0.130 0.033 0.014 2.147 0.838 0.445 1.048 0.005 0.009 0.017 0.109 0.016 0.085 0.307 0.297 1.762 0.030 0.072 0.539 0.068 0.163 0.030 0.097 0.088 0.014 0.014 0.036 0.036 0.075 0.529 0.033 0.064 0.024 0.038 0.261 0.078 0.035 1.048 0.104 0.072 0.069 0.042 0.287 0.038 0.077 0.103 0.049 0.013 0.010 0.407 0.268 2.089 2.352 0.514 0.648 2.928 0.829 0.263 0.264 0.550 0.888 0.765 0.689 0.540 0.285 0.241 0.365 1.992 2.590 0.359 nan 3.976 1.932 426 chr1 62636579 62662960 + 0 NA Intergenic LTR8|LTR|ERV1 -10705 NM_001164835 54596 Hs.685462 NM_019079 ENSG00000240563 L1TD1 ECAT11 LINE1 type transposase domain containing 1 protein-coding 1.646 0.788 nan 0.071 0.200 0.051 0.111 0.231 0.426 0.286 0.080 0.049 0.012 0.038 0.084 0.214 0.097 0.172 0.147 0.043 0.031 0.026 0.059 0.159 1.157 0.033 0.025 0.047 0.061 0.012 0.064 0.282 0.070 0.650 0.044 0.084 0.140 0.122 0.118 0.005 2.042 0.178 0.039 0.030 0.021 0.076 0.175 0.185 0.089 0.065 0.045 0.096 0.214 0.142 0.056 1.157 0.074 0.428 1.173 0.081 0.085 0.062 0.094 1.682 0.023 0.033 0.027 0.287 0.223 0.269 0.411 4.523 4.046 0.682 0.225 0.337 0.374 nan nan 0.448 nan 4.011 3.284 0.183 0.287 0.345 0.329 1.497 3.752 0.520 0.499 9043 chr5 87021951 87053711 + 0 NA Intergenic Intergenic 79972 NR_149089 111082994 Hs.544037 NR_149089 LINC02488 CTD-2316B1 long intergenic non-protein coding RNA 2488 ncRNA 0.751 1.151 0.663 0.225 0.099 0.013 0.265 0.086 0.174 0.012 0.083 0.024 0.010 0.044 0.118 0.064 0.082 0.083 0.079 0.030 0.033 0.123 0.114 0.041 0.011 0.011 0.007 0.099 0.096 0.121 0.096 0.060 0.377 0.308 0.051 1.959 0.041 0.101 0.026 0.169 0.058 0.013 0.012 0.033 0.022 0.106 0.081 0.033 0.072 0.020 0.031 0.064 0.072 0.009 0.041 0.042 0.031 0.003 0.020 0.073 0.109 0.028 0.058 0.017 0.029 0.026 0.247 0.123 0.178 0.275 0.124 0.173 0.155 0.063 0.125 0.123 0.635 0.628 0.249 0.256 0.425 0.183 0.068 0.137 6.655 7.971 0.205 nan 0.736 0.509 7662 chr3 76811378 76826882 + 0 NA Intergenic Intergenic -270164 NM_001290039 6092 Hs.13305 NM_002942 ENSG00000185008 ROBO2 SAX3 roundabout guidance receptor 2 protein-coding 0.627 0.558 0.506 0.018 0.244 0.007 0.073 0.111 0.006 0.036 0.018 0.008 0.045 0.072 0.082 0.034 0.031 0.075 0.057 0.567 0.163 0.116 0.038 0.048 0.007 0.048 0.038 0.050 1.412 0.019 0.031 0.344 0.049 0.050 0.030 0.035 0.005 0.028 0.020 0.050 0.071 0.005 0.014 0.025 0.021 0.082 0.037 0.012 0.038 0.008 0.021 0.012 0.007 0.354 0.026 0.006 0.032 0.019 0.007 0.010 0.182 0.130 0.088 nan 0.264 0.282 6.202 2.931 0.111 0.143 0.297 0.396 0.483 0.513 0.415 0.145 0.092 0.129 2.534 1.868 0.223 nan 0.480 0.276 3222 chr13 78067104 78140309 + 0 NA Intergenic Intergenic -6103 NM_144777 8796 Hs.534699 NM_003843 ENSG00000136155 SCEL - sciellin protein-coding nan 0.869 0.783 0.167 0.146 0.023 1.152 0.155 0.298 0.116 0.097 0.041 0.973 0.041 0.081 0.227 0.190 0.068 0.552 0.280 1.182 0.008 0.079 0.094 0.131 0.453 0.200 0.007 0.481 0.674 6.402 6.924 1.325 0.649 0.504 0.084 0.037 0.043 0.080 0.320 0.152 0.198 0.164 0.119 0.923 0.499 0.540 0.123 0.359 0.094 0.014 0.536 0.227 0.689 1.787 0.131 0.662 0.664 0.182 0.024 0.100 0.223 0.055 0.083 0.369 0.016 0.008 0.505 0.315 0.257 0.621 0.306 0.377 nan 0.124 0.111 0.119 0.163 0.257 0.334 0.286 nan 0.267 0.258 0.338 0.156 0.180 0.371 nan 0.166 0.170 1435 chr10 34916282 34929621 + 0 NA intron (NM_019619, intron 2 of 24) intron (NM_019619, intron 2 of 24) 181302 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.742 0.858 0.900 0.129 0.086 0.034 0.192 1.125 2.170 0.015 0.277 0.496 0.009 0.018 0.094 0.362 0.967 0.243 0.118 0.057 0.913 0.248 0.498 0.185 0.799 0.212 0.076 0.271 0.097 0.063 0.097 0.195 0.125 0.412 0.057 0.162 0.065 0.164 0.087 0.273 0.113 0.055 0.059 0.018 0.049 0.132 0.116 0.172 0.896 0.085 0.195 0.265 0.362 0.204 6.419 0.799 0.092 0.118 0.102 0.110 0.167 0.154 0.814 0.171 0.062 0.026 1.088 0.740 2.623 nan 1.241 1.101 1.983 0.677 9.544 9.525 0.420 0.734 0.578 0.937 0.223 0.114 0.673 1.152 0.246 0.186 0.255 0.567 0.699 0.485 279 chr1 38267359 38278644 + 0 NA promoter-TSS (NM_198446) promoter-TSS (NM_198446) -472 NM_198446 127687 Hs.532749 NM_198446 ENSG00000197982 C1orf122 ALAESM chromosome 1 open reading frame 122 protein-coding 2.455 nan 2.367 1.314 4.156 0.990 1.428 0.686 1.317 0.456 1.537 0.882 0.282 1.051 1.081 1.402 1.090 0.155 1.002 0.302 1.333 0.811 1.196 0.601 2.717 0.505 0.667 0.995 1.157 0.167 1.627 1.838 1.130 3.337 0.377 0.791 0.143 1.949 0.205 0.315 0.683 1.913 1.044 0.523 0.669 0.327 1.095 1.135 1.273 1.932 0.517 0.621 1.402 1.736 1.261 2.717 2.535 1.209 0.431 2.955 1.035 0.484 1.018 0.692 0.647 0.888 0.537 1.324 1.615 1.263 2.165 2.759 2.678 nan 0.640 2.112 2.163 1.658 2.485 10.664 10.175 nan 2.070 1.883 3.570 0.639 0.624 1.495 2.066 1.417 nan 9519 chr6 26151179 26178872 + 0 NA intron (NM_138720, intron 1 of 1) intron (NM_138720, intron 1 of 1) 6676 NM_138720 3017 Hs.591797 NM_021063 ENSG00000158373 HIST1H2BD H2B.1B|H2B/b|H2BFB|HIRIP2|dJ221C16.6 histone cluster 1 H2B family member d protein-coding 3.502 2.134 nan 3.040 2.618 1.076 1.320 1.500 2.966 0.731 2.681 1.327 0.515 0.706 2.492 1.396 1.423 0.351 1.490 0.650 2.245 1.680 1.036 0.853 2.398 1.203 1.036 0.346 1.081 0.628 1.635 2.887 2.028 nan 0.571 2.153 0.496 3.126 0.145 0.847 1.289 2.271 1.115 0.422 0.768 0.520 1.820 1.030 1.514 2.351 0.923 1.292 1.396 1.953 3.011 2.398 0.734 0.988 0.518 1.430 1.009 1.618 0.900 1.180 1.107 0.387 0.305 4.530 6.148 2.882 nan 6.118 3.590 nan 3.116 6.401 6.496 3.067 3.821 3.965 4.961 3.564 5.568 1.532 2.991 3.903 2.163 3.901 4.303 1.481 0.981 483 chr1 85033219 85050525 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -1709 NM_004388 1486 Hs.513557 NM_004388 ENSG00000117151 CTBS CTB chitobiase protein-coding 2.149 nan nan 0.663 0.731 0.173 0.776 0.332 0.966 0.181 0.921 1.150 0.394 0.442 0.133 0.312 0.458 0.168 1.100 0.449 0.456 0.202 0.420 0.331 0.499 0.460 0.439 0.358 0.782 0.243 0.608 1.113 0.423 1.296 0.507 0.681 0.381 0.704 0.123 0.368 0.239 1.354 0.516 0.252 0.523 0.521 1.069 0.962 0.364 0.783 0.461 0.904 0.312 0.857 0.777 0.499 0.205 0.206 0.130 0.410 0.511 0.569 0.468 2.292 0.421 0.443 0.388 0.568 0.929 1.869 2.148 1.786 1.626 2.512 0.768 0.732 0.887 2.261 2.877 3.610 4.756 2.639 2.899 0.468 0.811 1.678 1.907 3.433 7.905 1.329 0.981 4145 chr15 93339002 93388861 + 0 NA Intergenic Intergenic 25217 NR_033769 728619 Hs.684129 NR_033769 ASB9P1 - ankyrin repeat and SOCS box containing 9 pseudogene 1 pseudo nan nan nan 1.667 2.512 1.738 2.623 1.497 2.806 1.562 2.418 2.042 2.714 0.898 5.289 2.810 1.077 0.342 2.325 0.985 2.657 2.188 1.679 0.890 3.826 3.241 3.308 1.612 2.750 1.923 1.804 4.461 2.441 7.329 1.464 2.481 0.550 3.294 0.169 1.021 1.485 2.769 1.562 0.631 3.171 1.512 2.953 4.537 4.171 2.282 1.344 3.628 2.810 2.478 4.372 3.826 1.604 4.911 0.847 1.852 1.449 3.252 2.877 1.209 2.803 1.198 1.036 3.495 3.796 2.003 3.735 3.499 3.252 nan 1.509 4.788 4.972 2.625 3.027 4.634 6.526 nan 4.428 2.733 3.816 2.318 2.677 2.151 nan 1.944 1.019 11468 chr9 15176332 15188603 + 0 NA intron (NM_001168341, intron 14 of 17) intron (NM_001168341, intron 14 of 17) 67731 NM_001168342 158219 Hs.563630 NM_152574 ENSG00000155158 TTC39B C9orf52 tetratricopeptide repeat domain 39B protein-coding nan nan 1.509 0.041 0.720 0.082 0.075 0.288 0.505 0.008 0.024 0.075 0.005 0.161 1.074 0.312 0.092 0.060 0.015 0.015 0.034 2.429 0.743 0.781 0.029 0.006 0.006 0.061 0.046 0.055 0.116 0.674 0.060 0.034 1.275 0.062 0.093 0.010 2.130 0.045 0.010 0.006 0.057 0.056 0.050 0.123 0.053 0.058 0.032 0.027 1.074 0.075 0.022 0.781 0.030 0.014 0.737 0.033 0.033 0.007 0.089 3.573 0.032 0.019 0.008 0.227 0.321 0.225 0.311 0.891 0.940 4.810 5.716 0.151 0.169 1.965 2.597 0.369 0.433 5.493 5.331 0.297 0.456 3.645 3.472 1.836 4.610 4.766 2.386 2055 chr11 69215593 69238870 + 0 NA Intergenic Intergenic -13208 NM_001319657 102724265 Hs.448669 NM_001319657 LOC102724265 - uncharacterized LOC102724265 protein-coding nan 0.558 0.438 0.783 0.068 0.024 2.490 0.123 0.242 0.427 0.823 1.018 0.416 0.047 0.050 0.136 0.100 0.076 0.428 0.293 1.297 0.056 0.041 0.116 0.038 0.899 0.520 0.869 0.157 1.497 4.614 11.288 1.184 0.286 0.614 0.636 0.012 0.075 0.088 0.673 0.014 3.414 0.904 0.590 1.078 0.458 1.555 1.238 0.569 0.621 0.126 1.130 0.136 0.888 0.724 0.038 0.827 1.754 0.074 0.837 0.043 0.701 0.113 0.016 0.671 0.772 0.552 0.607 0.592 0.213 0.306 0.290 0.320 0.090 0.111 1.004 0.968 0.143 0.234 0.243 0.259 0.699 0.640 0.315 0.429 0.086 0.130 0.092 0.121 0.175 0.242 5576 chr19 18127569 18142521 + 0 NA Intergenic Intergenic 16068 NM_001286826 27106 Hs.515249 NM_015683 ENSG00000105643 ARRDC2 CLONE24945|PP2703 arrestin domain containing 2 protein-coding 2.420 1.317 1.263 0.540 1.649 0.145 0.611 0.242 0.479 0.358 1.034 0.808 0.062 0.428 0.164 0.311 0.437 0.195 0.672 0.399 0.341 0.102 0.357 0.152 0.184 0.775 0.494 0.139 0.910 0.736 0.365 nan 0.311 0.587 0.298 0.695 0.211 0.152 0.090 0.401 0.053 1.287 0.697 0.345 0.722 0.873 1.038 0.228 0.847 1.024 0.375 0.497 0.311 0.596 0.349 0.184 0.237 0.249 1.453 0.422 1.757 1.101 0.026 0.767 0.428 0.073 0.057 0.291 0.169 0.566 1.231 0.562 0.612 0.728 0.229 0.241 0.192 1.704 2.781 2.890 3.807 3.727 2.917 0.234 0.161 0.853 1.123 1.338 2.515 2.115 1.123 1487 chr10 62276694 62296164 + 0 NA intron (NM_001204403, intron 2 of 43) intron (NM_001204403, intron 2 of 43) 46285 NM_001204404 288 Hs.499725 NM_001149 ENSG00000151150 ANK3 ANKYRIN-G|MRT37 ankyrin 3 protein-coding 0.574 nan 0.593 0.240 0.091 0.020 0.244 0.181 0.326 0.025 0.100 0.887 0.013 0.030 0.087 0.614 0.903 0.132 0.171 0.049 0.016 0.021 0.492 0.306 0.043 0.032 0.014 0.004 0.101 0.034 0.074 0.193 0.088 0.226 0.120 4.503 0.029 0.051 0.096 0.041 0.077 0.080 0.028 0.069 0.034 0.059 0.128 0.222 0.061 0.098 0.016 0.264 0.614 0.080 0.080 0.043 0.044 0.055 0.015 0.024 0.016 0.078 0.025 0.039 0.045 0.033 0.012 0.364 0.219 0.336 0.919 0.294 0.275 5.660 2.483 0.272 0.258 0.419 0.597 0.168 0.221 0.208 0.101 0.069 0.141 0.479 0.491 0.121 nan 0.474 0.528 9367 chr5 177364927 177386683 + 0 NA intron (NR_149047, intron 1 of 3) MIR|SINE|MIR 9277 NR_149047 100128340 Hs.710582 NR_149047 LOC100128340 - uncharacterized LOC100128340 ncRNA 0.994 1.478 0.948 0.080 0.150 2.664 0.125 0.198 0.359 0.049 0.099 0.089 0.014 0.547 4.297 0.737 0.070 0.097 0.048 0.018 0.067 0.013 0.216 0.193 1.776 0.229 0.118 0.213 0.106 0.053 0.117 0.373 0.075 2.372 0.020 0.283 0.119 0.141 0.139 0.108 0.075 0.152 0.205 0.176 0.040 0.088 0.089 0.280 0.162 0.068 0.086 0.073 0.737 0.099 0.051 1.776 0.078 0.065 0.405 0.208 0.177 0.065 0.173 0.079 0.049 0.032 0.019 0.543 0.950 0.638 nan 1.320 1.234 1.164 0.336 0.536 0.534 1.456 nan 1.756 1.575 0.393 0.253 0.428 0.607 0.446 0.349 0.183 0.335 0.656 0.416 4698 chr17 31151970 31158890 + 0 NA intron (NM_001303279, intron 1 of 21) AluY|SINE|Alu 48761 NM_001303279 4642 Hs.602063 NM_015194 ENSG00000176658 MYO1D PPP1R108|myr4 myosin ID protein-coding nan 1.677 3.118 0.353 1.925 3.439 0.051 0.867 1.878 0.102 0.027 0.466 2.196 0.075 0.127 0.069 0.882 0.193 0.082 0.040 0.838 0.463 1.005 0.199 0.093 0.011 0.537 0.075 0.516 1.412 0.820 4.865 0.128 0.068 0.374 0.109 0.129 0.085 0.997 0.146 0.078 0.091 0.443 0.112 0.181 0.247 0.423 0.072 2.905 1.420 0.075 0.851 0.027 1.005 0.177 0.250 0.366 0.019 0.567 0.182 0.068 0.036 0.011 0.003 0.007 0.427 0.414 0.182 0.354 nan 1.962 5.811 1.634 0.378 0.325 6.150 6.464 3.621 3.594 nan 0.288 0.202 0.281 1.429 1.645 0.197 0.490 4.052 1.818 9196 chr5 137875970 137881166 + 0 NA exon (NM_004730, exon 2 of 11) exon (NM_004730, exon 2 of 11) 421 NM_001291975 2107 Hs.483494 NM_004730 ENSG00000120705 ETF1 D5S1995|ERF|ERF1|RF1|SUP45L1|TB3-1 eukaryotic translation termination factor 1 protein-coding 5.518 3.745 nan 4.338 2.749 1.592 4.699 2.624 4.759 2.154 4.925 3.671 2.672 1.784 2.860 1.582 3.978 0.279 3.705 1.675 5.588 2.270 1.751 0.627 3.977 4.221 5.194 3.263 3.829 1.817 7.607 9.043 5.418 9.556 1.910 6.267 1.131 4.670 0.184 1.746 1.722 4.392 5.376 2.363 5.404 2.312 4.349 2.938 5.122 5.670 3.893 4.590 1.582 7.352 4.492 3.977 2.990 2.651 0.967 5.711 5.086 3.148 1.679 0.994 3.852 3.613 2.373 3.377 3.134 9.071 13.622 5.818 5.552 6.624 3.686 18.949 19.950 5.338 6.462 5.654 8.165 7.717 9.080 4.272 7.584 7.201 8.855 4.615 5.802 2.459 1.361 1540 chr10 77908716 77917556 + 0 NA intron (NM_001305581, intron 5 of 6) L1MB7|LINE|L1 370617 NM_032024 83938 Hs.118161 NM_032024 ENSG00000148655 LRMDA C10orf11|CDA017 leucine rich melanocyte differentiation associated protein-coding 0.765 nan 0.771 0.350 0.079 0.031 0.067 0.074 0.230 0.011 0.065 0.053 3.269 0.034 0.050 0.115 0.108 0.074 0.277 0.160 0.021 0.016 0.018 0.094 0.272 0.101 0.058 0.005 0.103 0.024 0.370 1.010 0.755 0.656 0.016 0.065 0.129 0.049 0.048 0.287 0.115 0.014 0.017 0.089 0.035 0.033 0.135 0.101 0.016 0.054 0.049 0.115 0.699 0.136 0.272 0.147 0.019 0.032 0.020 0.161 0.062 0.971 0.014 0.008 0.013 0.297 0.243 0.156 0.324 0.227 0.334 4.420 1.057 0.104 0.102 0.516 0.589 0.646 nan 0.177 0.095 0.558 0.667 0.899 0.433 0.175 nan 0.527 0.318 7360 chr22 27852091 27859962 + 0 NA Intergenic MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR 149414 NR_134581 100507657 Hs.537371 NR_134581 ENSG00000226741 LINC02554 - long intergenic non-protein coding RNA 2554 ncRNA nan 0.460 0.463 3.317 0.223 0.014 0.623 0.266 0.361 0.109 0.224 0.169 0.079 0.012 0.035 0.595 0.125 0.061 0.067 0.168 0.088 0.106 1.972 0.231 0.198 0.094 0.383 0.254 0.116 nan 0.118 0.492 0.069 0.061 0.064 0.058 0.409 0.373 0.506 5.500 2.229 0.316 0.263 0.313 1.318 0.093 0.850 0.029 0.077 0.595 0.060 0.460 1.972 0.061 0.052 0.050 0.156 0.077 0.606 0.038 0.015 1.016 1.266 1.014 0.893 1.239 0.383 nan 0.895 0.619 2.790 1.221 0.498 0.629 0.276 nan 0.595 0.760 0.507 0.263 0.332 0.358 0.188 0.110 0.104 nan 0.542 0.668 3075 chr13 21384292 21424362 + 0 NA intron (NM_022459, intron 6 of 22) intron (NM_022459, intron 6 of 22) -56230 NM_001318939 221143 Hs.26674 NM_174928 ENSG00000150456 EEF1AKMT1 ESP13|N6AMT2 EEF1A lysine methyltransferase 1 protein-coding 1.167 1.054 1.368 0.094 0.291 0.043 0.133 0.094 0.143 0.019 0.252 0.214 0.056 0.067 0.085 0.058 1.883 0.285 0.148 0.028 0.047 0.028 0.141 0.100 0.120 0.042 0.016 0.188 0.054 0.026 0.109 0.146 0.048 0.247 0.040 0.147 0.040 0.125 0.090 0.068 0.079 0.060 0.041 0.035 0.070 0.037 0.161 0.105 0.108 0.073 0.039 0.081 0.058 0.072 0.076 0.120 0.025 0.044 0.024 0.054 0.138 0.221 0.059 1.964 0.080 0.316 0.158 0.499 0.475 0.361 nan 0.799 0.933 0.617 0.207 0.243 0.198 0.617 1.010 0.472 0.498 0.736 0.330 0.281 0.389 0.187 0.192 2.508 7.231 0.900 0.606 2064 chr11 70041139 70056463 + 0 NA promoter-TSS (NM_003824) promoter-TSS (NM_003824) -468 NM_003824 8772 Hs.86131 NM_003824 ENSG00000168040 FADD GIG3|MORT1 Fas associated via death domain protein-coding nan 1.074 1.129 1.268 0.745 0.498 1.884 0.440 0.874 0.350 1.346 0.666 0.231 0.414 0.758 1.147 0.447 0.063 1.352 0.539 1.111 0.154 0.325 0.256 0.881 1.065 1.254 0.554 1.300 0.683 7.180 10.129 1.250 1.733 0.946 0.837 0.100 0.721 0.122 0.531 0.445 2.379 1.516 0.605 1.410 0.982 1.648 2.127 1.314 1.304 1.227 1.740 1.147 1.813 1.901 0.881 1.231 1.326 0.146 3.535 0.742 1.530 0.318 0.186 0.933 0.688 0.682 1.218 1.273 1.162 1.747 1.675 1.553 1.791 0.698 3.621 3.586 0.933 1.296 1.048 1.862 1.083 1.137 0.927 1.517 0.864 1.037 0.606 0.713 0.819 0.523 7983 chr3 168957955 168962533 + 0 NA intron (NM_001205194, intron 1 of 15) intron (NM_001205194, intron 1 of 15) -94722 NM_001164000 2122 Hs.744090 NM_004991 ENSG00000085276 MECOM AML1-EVI-1|EVI1|KMT8E|MDS1|MDS1-EVI1|PRDM3|RUSAT2 MDS1 and EVI1 complex locus protein-coding 2.264 1.229 4.252 4.860 0.117 0.036 0.101 0.317 0.426 0.286 4.090 0.055 0.067 0.885 5.114 0.191 0.181 0.082 1.141 0.519 0.170 0.216 0.367 0.061 0.063 0.808 0.073 0.140 0.052 0.170 0.828 0.466 0.058 1.516 0.326 0.422 0.105 0.306 0.500 0.111 6.870 2.853 0.384 0.050 0.839 0.561 0.053 2.788 0.103 0.028 0.885 0.163 0.367 0.212 0.054 0.038 0.994 0.267 0.035 0.044 1.142 0.320 0.013 0.032 0.352 0.148 0.261 0.397 0.529 0.735 0.284 0.091 0.347 0.187 0.111 0.272 nan 0.494 nan 0.951 0.314 0.374 1.560 2.530 0.609 1.311 1.015 0.817 99 chr1 14587870 14619084 + 0 NA Intergenic L1ME3D|LINE|L1 142992 NR_149058 105376762 Hs.568591 NR_149058 KAZN-AS1 - KAZN antisense RNA 1 ncRNA 0.696 0.852 nan 0.060 0.337 0.083 0.030 0.996 1.673 0.016 0.045 0.045 0.008 0.035 0.154 0.196 0.074 0.065 0.034 0.028 0.013 0.076 0.085 0.428 0.009 0.016 0.007 0.038 0.046 0.063 0.057 0.582 0.028 0.040 0.022 0.038 0.114 0.008 0.023 0.053 0.014 0.008 0.024 0.025 0.043 0.082 0.044 0.035 0.045 0.032 0.196 0.037 0.030 0.428 0.004 0.040 0.081 0.075 0.042 0.086 0.142 0.035 0.041 0.009 0.007 0.663 0.510 0.421 0.606 0.525 0.661 1.616 0.718 0.454 nan 0.215 nan 3.519 2.240 nan 0.279 0.326 0.451 0.099 0.104 0.261 0.435 0.842 0.565 4767 chr17 39286497 39299089 + 0 NA Intergenic L1MA9|LINE|L1 3946 NM_030976 81871 Hs.307014 NM_030976 ENSG00000198090 KRTAP4-6 KAP4.15|KAP4.6|KRTAP4-15|KRTAP4.15 keratin associated protein 4-6 protein-coding nan 0.860 0.620 2.411 0.028 0.066 0.985 0.248 0.296 0.038 0.144 0.037 0.039 0.112 0.030 0.148 0.167 1.204 0.722 0.036 0.112 0.097 0.133 0.625 0.295 0.023 2.363 2.453 0.109 0.346 0.535 0.281 0.680 0.073 0.022 0.032 0.067 0.257 0.060 0.335 0.306 0.359 2.496 1.027 0.421 0.146 0.103 0.040 0.019 0.278 0.030 0.532 0.022 0.133 0.126 0.158 0.061 0.069 0.016 0.164 0.039 0.030 0.144 0.142 0.085 0.263 0.200 0.231 0.431 nan 0.343 0.220 0.082 0.290 0.386 0.142 0.244 0.504 0.569 nan 0.097 0.095 0.174 0.082 0.121 0.171 0.205 0.448 0.515 5424 chr18 71934987 71960434 + 0 NA intron (NM_001914, intron 1 of 5) AluJb|SINE|Alu 11541 NM_148923 1528 Hs.465413 NM_001914 ENSG00000166347 CYB5A CYB5|MCB5 cytochrome b5 type A protein-coding nan nan 3.254 0.375 3.198 0.421 0.609 0.315 0.467 0.060 0.432 0.212 0.046 0.362 0.283 1.272 0.209 0.063 0.131 0.067 0.121 0.076 0.633 0.377 0.980 0.695 0.485 0.232 0.387 0.320 0.051 0.317 1.701 1.737 0.277 0.316 0.316 0.153 0.081 0.162 0.309 0.278 0.083 0.055 0.846 0.622 2.223 0.158 0.643 0.310 0.102 0.616 1.272 0.235 0.069 0.980 0.136 0.045 0.077 0.397 0.694 0.308 0.183 0.121 0.183 0.032 0.018 0.847 1.193 0.681 1.105 2.498 nan 2.328 0.760 1.308 1.283 0.349 0.542 3.323 nan 0.860 0.681 0.367 0.745 1.968 1.532 0.317 0.501 1.904 1.079 11687 chr9 107746829 107759009 + 0 NA Intergenic Intergenic -62392 NM_005502 19 Hs.659274 NM_005502 ENSG00000165029 ABCA1 ABC-1|ABC1|CERP|HDLDT1|TGD ATP binding cassette subfamily A member 1 protein-coding 1.242 0.910 1.296 0.277 1.365 0.516 1.154 0.394 0.707 0.837 1.202 1.978 0.071 0.205 0.802 0.497 0.981 0.211 0.990 0.669 0.139 0.012 0.250 0.215 0.295 0.623 0.569 0.916 1.266 0.452 0.648 0.858 0.288 4.162 0.779 2.348 0.511 1.354 0.104 0.756 0.596 0.154 0.513 0.295 0.443 0.173 1.598 0.550 1.150 1.777 0.817 0.585 0.497 0.961 0.061 0.295 0.623 0.164 0.499 1.241 0.966 1.088 0.398 0.284 1.093 0.061 0.025 0.317 0.526 0.331 0.492 1.239 1.057 0.466 0.145 1.135 1.184 0.360 0.513 4.845 nan 2.617 3.307 0.558 0.971 1.144 0.570 0.632 1.533 nan 0.486 5218 chr18 25437142 25444814 + 0 NA Intergenic Intergenic 175571 NM_001308176 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 1.160 1.982 1.628 0.139 0.368 0.873 0.307 0.422 0.603 0.012 0.083 1.350 0.052 1.205 5.776 0.116 0.062 0.069 0.025 0.590 0.485 2.095 0.019 0.038 0.053 0.123 0.052 0.026 0.018 6.554 0.077 0.035 0.313 0.029 0.083 0.093 0.311 0.085 0.040 0.020 0.093 0.010 0.050 0.234 0.064 0.101 0.020 0.044 5.776 0.065 0.012 2.095 0.096 0.021 0.827 0.046 0.862 0.063 0.634 1.199 0.100 0.018 0.007 0.476 0.581 0.533 nan 4.085 4.026 2.943 0.566 0.114 0.252 2.614 2.408 3.478 3.249 2.285 3.477 0.357 0.786 1.325 0.617 0.901 2.285 6.117 2.788 7758 chr3 114563223 114602014 + 0 NA intron (NM_001348800, intron 4 of 11) intron (NM_001348800, intron 4 of 11) -9262 NR_126422 104413890 Hs.612732 NR_126422 ENSG00000239946 ZBTB20-AS3 - ZBTB20 antisense RNA 3 ncRNA 1.279 nan 1.114 0.069 0.156 1.499 0.126 2.686 5.009 0.014 0.110 0.157 0.014 0.083 0.255 0.281 0.283 0.104 0.126 0.039 0.023 0.021 1.063 0.608 1.363 0.066 0.032 0.053 0.160 0.131 0.087 0.212 0.051 0.358 0.121 0.042 0.302 0.039 0.071 0.055 0.076 0.065 0.019 0.022 0.115 0.063 0.067 0.132 0.099 0.117 0.029 0.088 0.281 0.050 0.041 1.363 0.075 0.039 0.257 0.069 0.358 0.046 0.074 0.360 0.028 0.025 0.014 0.921 0.573 1.000 0.874 0.833 nan 5.519 2.813 0.832 0.815 nan 4.419 0.474 0.434 1.120 0.705 0.241 0.299 1.263 1.442 0.450 1.414 1.498 0.954 6295 chr2 106406367 106431742 + 0 NA intron (NM_001004722, intron 1 of 3) MSTB1|LTR|ERVL-MaLR -49150 NM_001004720 8440 Hs.529244 NM_003581 ENSG00000071051 NCK2 GRB4|NCKbeta NCK adaptor protein 2 protein-coding 0.864 nan 1.647 0.133 1.764 0.638 0.152 0.240 0.542 0.061 0.380 0.220 0.005 0.067 0.281 0.455 0.378 0.082 0.168 0.030 0.044 0.044 0.114 0.098 0.462 0.099 0.040 0.044 0.073 0.016 0.067 0.167 0.090 1.274 0.046 0.118 0.011 0.043 0.080 0.071 0.187 0.142 0.055 0.037 0.047 0.041 0.157 0.114 0.154 0.117 0.031 0.079 0.455 0.099 0.051 0.462 0.034 0.152 0.275 0.067 0.921 0.080 0.375 0.279 0.108 0.023 0.010 1.178 1.705 0.437 0.605 4.678 3.788 2.093 0.606 0.595 0.658 0.662 0.952 2.472 2.681 0.501 0.375 0.632 0.873 0.072 0.107 0.554 0.987 0.482 0.311 5164 chr18 12391185 12421570 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -1518 NM_001142405 10650 Hs.514718 NM_006553 ENSG00000141391 PRELID3A C18orf43|HFL-EDDG1|SLMO1 PRELI domain containing 3A protein-coding 1.637 1.630 1.591 0.583 1.320 0.934 0.825 0.634 1.139 0.227 0.549 0.769 0.092 0.145 0.343 0.693 0.326 0.196 0.622 0.274 0.285 0.209 0.527 0.269 1.901 0.374 0.246 0.518 0.223 0.282 0.287 0.800 0.356 1.684 0.607 0.746 0.351 1.013 0.148 0.105 0.824 1.249 0.687 0.357 0.158 0.207 0.539 0.712 0.547 0.809 0.400 0.573 0.693 0.898 0.979 1.901 0.217 0.360 0.442 1.123 0.472 0.426 0.423 1.138 0.213 0.103 0.064 2.096 2.160 0.556 0.939 2.869 2.690 5.370 1.907 1.881 1.837 0.880 1.380 0.965 1.677 1.978 2.251 0.683 1.064 1.765 1.721 1.977 1.991 2.560 1.322 533 chr1 94988562 95012015 + 0 NA intron (NM_001993, intron 3 of 5) intron (NM_001993, intron 3 of 5) 7125 NM_001178096 2152 Hs.62192 NM_001993 ENSG00000117525 F3 CD142|TF|TFA coagulation factor III, tissue factor protein-coding nan nan 1.307 7.670 0.520 0.128 1.797 0.228 0.420 0.578 1.127 1.521 0.103 0.611 0.143 0.451 0.859 0.201 2.131 0.574 0.199 0.041 0.144 0.103 0.133 1.650 1.619 0.127 2.361 0.891 0.515 0.841 1.171 1.267 1.029 0.939 0.020 0.096 0.140 0.244 0.179 1.822 0.342 0.197 1.840 1.300 4.431 1.257 0.508 0.425 1.365 1.208 0.451 1.864 0.642 0.133 1.637 0.190 0.050 0.318 0.713 0.656 0.131 0.190 2.097 0.187 0.094 0.455 0.547 0.805 2.367 0.964 nan 0.649 0.189 0.491 0.536 0.480 nan 0.748 1.146 nan 0.395 0.297 0.624 0.064 0.123 0.336 0.792 0.684 0.550 11062 chr8 75195733 75216142 + 0 NA intron (NM_020647, intron 2 of 5) intron (NM_020647, intron 2 of 5) 27659 NM_001317830 56704 Hs.657367 NM_020647 ENSG00000104369 JPH1 CMT2K|JP-1|JP1 junctophilin 1 protein-coding 1.252 0.761 2.880 0.099 1.254 0.049 0.198 2.265 4.370 0.005 0.092 0.041 0.036 0.050 0.186 0.238 0.110 0.118 0.127 0.074 0.021 0.027 0.591 0.312 1.205 0.039 0.032 0.018 0.077 0.078 0.095 0.266 0.147 0.523 0.074 0.086 0.336 0.140 0.076 0.017 0.695 0.090 0.053 0.027 0.123 0.348 0.086 0.174 0.040 0.161 0.051 0.370 0.238 0.145 0.009 1.205 0.191 0.066 0.014 0.026 0.129 0.031 0.112 0.128 0.011 0.006 0.015 0.354 0.322 0.723 0.744 1.269 1.445 2.067 0.560 0.301 0.327 0.560 0.806 0.477 0.450 0.623 0.486 0.217 0.415 1.062 0.934 0.441 0.971 2.078 1.529 4446 chr16 73486423 73492341 + 0 NA Intergenic Intergenic 68678 NR_038234 100506172 Hs.434230 NR_038234 ENSG00000258779 LINC01568 - long intergenic non-protein coding RNA 1568 ncRNA 0.457 0.534 nan 0.097 0.162 0.009 0.059 0.136 0.299 0.119 0.095 0.050 0.061 0.237 0.101 0.108 0.213 0.022 0.023 0.053 0.058 0.101 0.021 0.012 0.151 0.054 0.084 0.024 0.230 0.049 0.027 0.016 0.019 0.066 0.020 0.014 0.125 0.031 0.040 0.018 0.070 0.084 0.069 0.023 0.040 0.057 0.237 0.070 0.032 0.101 0.017 0.049 0.026 0.334 0.022 0.012 0.017 2.071 1.524 7.402 3.728 0.210 0.222 0.046 0.050 0.494 0.427 0.163 0.384 0.193 0.253 0.380 0.117 0.536 0.483 0.048 0.041 0.114 0.154 0.664 0.501 2080 chr11 71810486 71824917 + 0 NA 3' UTR (NM_001330321, exon 6 of 6) 3' UTR (NM_001330321, exon 6 of 6) -3268 NM_017907 55004 Hs.731528 NM_017907 ENSG00000149357 LAMTOR1 C11orf59|PDRO|Ragulator1|p18|p27RF-Rho late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 1 protein-coding nan 2.009 1.736 1.865 3.099 2.704 1.980 1.721 3.006 0.563 1.785 1.324 0.911 1.263 2.301 2.349 1.567 0.089 1.325 0.551 1.780 1.183 1.139 0.624 2.861 1.590 1.657 1.256 1.177 0.965 2.234 nan 1.786 5.573 1.135 1.724 0.596 1.947 0.104 0.980 2.139 3.970 2.024 0.924 1.942 1.247 2.222 3.399 1.983 1.690 3.324 2.425 2.349 1.848 3.270 2.861 1.418 1.590 0.876 3.214 2.449 1.417 1.192 0.986 1.624 1.026 0.893 4.956 4.456 3.899 5.914 5.656 5.583 4.927 2.223 11.065 12.108 3.385 4.434 4.890 6.259 3.805 3.512 2.956 3.828 3.183 4.097 2.349 3.118 2.662 1.313 11996 chrX 152330750 152353775 + 0 NA Intergenic Intergenic 4003 NM_032882 84968 Hs.533301 NM_032882 ENSG00000235961 PNMA6A MA6|PNMA6|PNMA6C PNMA family member 6A protein-coding 0.317 2.852 0.468 0.047 1.001 4.054 0.048 0.175 0.253 0.008 0.041 0.068 0.092 0.021 1.849 0.499 0.033 0.028 0.018 0.216 0.156 0.131 0.072 0.075 0.114 0.047 0.244 0.181 0.009 0.584 3.287 0.081 2.137 0.013 0.092 0.033 0.142 0.030 0.010 0.024 0.108 0.047 0.044 0.014 0.037 0.096 0.048 0.279 0.193 0.021 0.023 0.499 0.018 0.100 0.075 0.016 0.012 0.130 0.660 0.013 0.007 0.141 0.011 0.010 0.053 0.055 0.099 0.100 0.200 0.230 0.559 0.717 0.369 0.131 0.097 0.074 0.088 0.151 0.053 0.062 0.418 0.360 0.259 0.324 0.046 0.028 0.083 0.216 0.811 0.422 4448 chr16 73578718 73590796 + 0 NA Intergenic Intergenic 164053 NR_038234 100506172 Hs.434230 NR_038234 ENSG00000258779 LINC01568 - long intergenic non-protein coding RNA 1568 ncRNA 0.637 0.629 nan 0.060 0.212 0.014 0.058 0.159 0.452 0.016 0.073 0.054 0.005 0.079 0.030 0.487 0.080 0.094 0.126 0.037 0.013 0.104 0.116 0.258 0.006 0.025 0.013 0.056 0.026 0.060 0.069 0.070 0.668 0.025 1.848 0.090 0.057 0.027 0.084 0.045 0.032 0.056 0.072 0.108 0.037 0.048 0.006 0.027 0.487 0.041 0.038 0.258 0.041 0.049 0.029 0.193 0.026 0.017 0.061 0.006 0.124 0.054 0.396 0.369 0.465 0.513 0.892 0.963 0.075 0.060 0.317 0.455 3.685 3.609 0.412 0.502 0.572 0.330 0.140 0.203 0.070 0.037 0.097 0.166 1.295 0.802 2416 chr12 3470845 3481796 + 0 NA promoter-TSS (NR_146865) promoter-TSS (NR_146865) -954 NR_146865 101930162 Hs.351489 NR_146865 LINC02417 - long intergenic non-protein coding RNA 2417 ncRNA 1.198 nan nan 0.079 1.549 1.268 0.078 0.251 0.490 0.009 0.043 0.042 0.884 0.521 1.226 0.088 0.089 0.058 0.018 0.035 0.025 0.658 0.437 0.527 0.296 0.086 0.054 0.094 0.019 0.294 0.912 0.330 8.205 0.094 0.054 0.112 0.090 0.115 0.151 0.118 0.088 0.078 0.149 0.126 0.057 0.228 0.104 0.089 0.043 0.019 1.226 0.045 0.033 0.527 0.089 0.076 0.273 0.553 0.298 0.043 0.145 0.134 0.180 0.120 0.388 0.343 0.106 0.136 nan 0.765 4.266 1.267 0.717 0.645 0.212 0.385 4.339 5.631 0.584 0.568 0.616 1.034 0.782 0.647 0.638 nan 1.601 0.942 6045 chr2 42189250 42195887 + 0 NA Intergenic Intergenic -11625 NM_001242815 400950 Hs.738713 NM_001242815 ENSG00000205086 C2orf91 - chromosome 2 open reading frame 91 protein-coding 1.054 nan 1.389 0.169 0.093 0.008 0.586 0.218 0.500 0.115 0.478 0.444 0.776 0.162 0.347 3.126 0.387 0.255 0.170 0.209 0.021 0.307 0.138 0.182 0.865 0.568 0.111 0.234 0.032 0.713 4.092 1.101 0.750 0.066 0.064 0.014 0.051 0.101 0.726 0.071 0.219 0.090 0.070 0.476 0.357 0.552 0.564 3.993 0.032 4.552 0.561 0.347 0.302 0.028 0.182 0.093 1.757 0.015 0.105 0.351 1.021 0.149 0.205 1.599 0.095 0.039 0.341 0.378 0.381 0.691 nan 0.501 0.460 0.245 0.549 0.704 0.190 0.280 1.886 1.399 0.480 0.353 0.311 0.735 0.076 0.100 0.321 nan nan 0.995 10143 chr7 5630735 5639377 + 0 NA intron (NM_003088, intron 1 of 4) intron (NM_003088, intron 1 of 4) 2620 NM_003088 6624 Hs.118400 NM_003088 ENSG00000075618 FSCN1 FAN1|HSN|SNL|p55 fascin actin-bundling protein 1 protein-coding 7.132 2.330 2.523 2.452 1.287 2.128 3.209 0.798 2.113 0.885 7.829 4.040 0.138 0.080 1.480 1.789 2.638 0.618 2.092 0.767 4.533 0.544 1.194 0.933 3.752 2.447 2.689 0.324 0.886 1.123 1.334 nan 1.275 nan 2.521 2.125 0.526 4.046 0.166 1.559 1.139 6.288 5.220 2.439 1.565 0.663 4.357 4.276 4.240 7.865 0.302 1.263 1.789 2.884 6.763 3.752 1.993 0.108 0.653 8.312 0.443 2.417 1.224 1.842 5.645 2.226 1.173 3.452 4.950 1.398 nan 6.345 4.621 nan 0.939 4.264 4.368 2.701 4.368 nan 4.510 1.165 1.306 1.507 3.682 2.471 1.835 3.307 5.229 1.246 0.895 3852 chr14 106023140 106050090 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 38423 NR_135205 105370697 Hs.148580 NR_135205 LOC105370697 - uncharacterized LOC105370697 ncRNA 2.104 0.977 1.637 0.079 0.088 6.619 0.029 0.137 0.246 0.055 0.064 0.092 0.051 0.554 0.069 0.749 0.092 0.078 0.039 0.014 0.252 0.113 0.069 0.104 0.107 0.049 0.067 0.039 0.073 0.043 0.363 1.136 0.173 0.377 0.081 0.253 0.463 0.073 0.088 0.035 0.050 0.085 0.168 0.092 0.008 0.102 0.053 0.156 0.320 0.149 0.076 0.252 0.749 0.060 0.055 0.107 0.168 0.220 1.603 0.293 0.105 0.111 0.348 0.023 0.059 0.020 0.015 0.671 0.848 0.146 0.237 0.393 0.428 0.649 0.203 0.169 0.162 0.376 0.609 0.199 0.246 1.071 1.180 0.816 0.998 0.781 0.960 0.095 0.169 0.147 0.129 6923 chr20 31032902 31073821 + 0 NA intron (NM_080616, intron 2 of 7) intron (NM_080616, intron 2 of 7) 18026 NM_080616 140688 Hs.516978 NM_080616 ENSG00000197183 NOL4L C20orf112|C20orf113 nucleolar protein 4 like protein-coding 1.807 1.395 1.506 1.411 0.479 0.776 0.461 0.346 0.614 0.303 2.099 0.870 0.067 0.443 0.795 0.976 0.594 0.177 0.987 0.343 0.361 0.653 0.318 0.201 0.838 0.747 0.553 0.646 0.586 0.209 0.961 nan 1.007 1.182 0.325 1.095 0.294 1.070 0.091 0.453 0.302 0.389 0.931 0.454 0.328 0.353 0.541 0.922 2.030 0.734 0.219 0.490 0.976 0.741 0.278 0.838 0.629 0.154 0.233 0.957 0.317 0.198 0.885 0.689 1.031 0.063 0.058 4.371 6.042 2.127 1.894 1.281 nan 2.043 0.800 1.398 1.367 0.530 0.920 1.311 1.869 1.349 1.402 1.215 2.009 0.901 0.652 1.335 nan 0.520 0.370 6556 chr2 192540748 192548422 + 0 NA intron (NM_001031716, intron 2 of 5) intron (NM_001031716, intron 2 of 5) 1723 NR_045623 64859 Hs.591610 NM_022837 ENSG00000173559 NABP1 OBFC2A|SOSS-B2|SSB2 nucleic acid binding protein 1 protein-coding 1.782 nan 2.127 3.951 0.540 0.206 4.127 0.251 0.532 1.260 2.316 1.589 0.653 0.183 0.336 0.451 1.611 0.166 4.678 1.528 2.510 0.054 0.268 0.280 0.110 2.890 3.296 0.862 6.005 2.491 1.053 1.561 2.931 2.442 1.568 2.463 0.497 0.088 1.287 0.146 5.307 4.079 1.835 2.709 2.146 4.496 2.424 1.669 1.960 1.026 1.677 0.451 3.382 5.926 0.110 0.969 1.751 0.390 3.697 0.410 3.580 0.270 0.358 2.470 4.982 5.320 0.615 0.803 2.540 2.929 0.629 0.419 1.297 0.443 3.747 3.752 2.480 3.113 1.170 1.514 1.067 1.107 0.497 0.737 0.043 0.067 1.475 1.576 0.542 0.401 4558 chr17 4868829 4874161 + 0 NA promoter-TSS (NM_004890) promoter-TSS (NM_004890) -363 NM_004890 9552 Hs.90436 NM_004890 ENSG00000091640 SPAG7 ACRP|FSA-1 sperm associated antigen 7 protein-coding 3.754 2.057 3.131 2.024 2.387 7.631 4.706 2.468 3.798 1.396 4.575 5.865 1.427 1.937 2.957 4.843 1.474 0.150 5.309 2.978 5.526 2.829 1.035 0.602 3.831 1.935 2.681 1.992 6.110 1.741 8.511 11.996 4.459 6.682 2.057 6.754 0.556 4.208 0.128 2.676 1.458 11.392 2.519 1.237 3.495 6.239 4.640 3.501 5.214 4.824 3.368 2.984 4.843 5.551 8.406 3.831 2.592 2.033 0.946 8.919 6.138 6.068 2.056 2.793 4.354 4.676 3.073 6.390 8.744 4.524 7.652 5.394 5.139 5.908 1.961 7.609 8.877 2.874 3.760 7.835 8.724 3.750 3.025 2.544 4.388 2.188 2.081 3.692 7.493 1.804 0.787 263 chr1 36928606 36938678 + 0 NA intron (NM_000760, intron 13 of 16) intron (NM_000760, intron 13 of 16) -3602 NM_031280 64960 Hs.352839 NM_031280 ENSG00000116898 MRPS15 DC37|MPR-S15|RPMS15|S15mt mitochondrial ribosomal protein S15 protein-coding 2.611 nan 1.954 1.338 3.900 1.312 1.573 0.865 1.739 0.572 0.899 1.163 0.345 0.664 1.851 4.627 1.185 0.139 0.775 0.508 0.885 0.756 0.905 0.401 3.612 0.696 0.665 0.766 1.041 0.557 1.120 2.920 1.311 3.404 0.662 1.272 0.199 1.194 0.135 0.281 2.027 1.366 1.168 0.547 0.864 0.494 1.539 0.949 0.931 0.948 0.415 1.097 4.627 0.908 1.276 3.612 0.581 0.713 0.851 1.594 0.974 0.705 2.749 0.805 0.401 0.743 0.408 3.000 3.847 3.774 3.607 3.844 3.331 nan 2.155 3.734 3.759 1.986 2.745 6.703 8.504 nan 2.680 4.022 5.824 1.183 1.008 2.875 2.926 2.758 nan 7550 chr3 29318623 29340092 + 0 NA intron (NM_001003792, intron 1 of 13) intron (NM_001003792, intron 1 of 13) 6554 NM_001177711 27303 Hs.221436 NM_014483 ENSG00000144642 RBMS3 - RNA binding motif single stranded interacting protein 3 protein-coding 0.547 0.859 0.501 0.475 0.105 0.268 0.678 0.179 0.381 0.392 1.496 1.339 2.495 0.028 0.036 0.069 1.876 0.120 0.603 0.177 1.128 1.658 0.058 0.069 0.145 0.767 0.624 0.215 1.897 0.830 0.942 1.550 1.644 0.197 0.341 2.084 0.054 5.870 0.156 0.662 0.063 0.335 0.466 0.224 0.749 0.609 0.052 1.116 0.364 0.611 0.022 0.072 0.069 0.535 1.715 0.145 0.303 0.035 0.104 0.179 0.382 1.068 0.046 0.087 2.004 0.011 0.002 0.192 0.137 0.738 2.687 0.233 0.333 0.088 0.067 0.103 0.100 0.436 0.678 0.253 0.232 nan 2.211 0.126 0.191 0.199 0.249 0.199 0.387 0.288 0.320 10971 chr8 58713500 58727517 + 0 NA Intergenic L1MA9|LINE|L1 61800 NR_134276 286178 Hs.255156 NR_134276 ENSG00000254139 LOC286178 - uncharacterized LOC286178 ncRNA 0.799 nan 0.797 0.059 0.057 0.008 0.010 0.462 0.823 0.007 0.082 0.040 0.031 3.915 0.051 0.055 0.424 0.115 0.008 0.026 0.898 0.252 0.077 0.094 0.015 0.005 0.092 0.080 0.339 0.071 0.314 0.063 0.104 0.055 0.054 0.100 0.060 0.034 0.053 0.035 0.022 0.047 0.005 0.055 0.150 0.116 0.116 0.189 0.024 0.055 0.076 0.020 0.077 0.131 0.018 0.028 0.046 0.244 0.022 0.134 0.140 0.033 0.016 0.022 0.313 0.199 0.297 0.376 0.435 0.635 2.817 0.775 0.116 0.101 0.327 nan 0.115 0.115 0.485 0.160 0.199 0.300 0.326 0.380 0.089 0.176 1.120 0.921 3746 chr14 88811849 88821265 + 0 NA Intergenic Intergenic -23301 NM_021161 54207 Hs.560255 NM_021161 ENSG00000100433 KCNK10 K2p10.1|PPP1R97|TREK-2|TREK2 potassium two pore domain channel subfamily K member 10 protein-coding nan 3.906 0.577 0.038 1.894 1.346 0.114 1.248 2.534 0.034 0.039 0.013 0.022 4.398 1.566 0.160 0.163 0.078 0.021 0.020 0.216 0.169 1.259 0.044 0.015 0.008 0.157 0.079 0.200 0.443 0.099 1.881 0.202 0.151 0.130 0.046 0.103 0.732 0.232 0.079 0.032 0.008 0.058 0.147 0.062 0.150 0.052 0.060 0.100 1.566 0.062 0.011 1.259 0.035 0.805 0.038 0.711 0.606 0.137 0.066 0.089 0.330 0.421 0.209 0.114 0.140 0.251 2.865 2.318 3.046 0.925 0.227 0.247 0.204 0.377 5.096 9.896 1.325 1.250 0.278 0.638 1.517 2.146 0.100 0.208 4.166 2.604 7628 chr3 58448298 58460222 + 0 NA Intergenic Intergenic -23563 NM_001128214 200845 Hs.13982 NM_153331 ENSG00000168301 KCTD6 KCASH3 potassium channel tetramerization domain containing 6 protein-coding 1.107 1.557 nan 0.147 0.326 0.060 3.104 0.244 0.771 0.055 0.729 0.372 0.157 0.743 0.256 0.353 0.435 0.172 2.315 0.908 1.792 0.012 0.264 0.167 1.213 1.973 1.825 0.142 2.654 0.964 2.146 6.180 2.612 1.695 1.736 1.758 0.272 0.070 0.080 1.061 0.146 0.548 0.189 0.125 1.068 1.516 1.038 0.403 3.703 0.784 1.776 3.597 0.353 1.577 2.993 1.213 0.873 0.768 0.289 0.351 0.817 2.636 0.124 1.055 1.238 0.048 0.029 0.323 0.347 0.370 0.712 0.791 0.771 1.863 0.506 0.220 0.175 0.211 0.350 0.601 0.895 nan 1.139 0.180 0.293 0.791 0.836 1.070 4.238 0.893 0.415 5919 chr2 15486618 15581031 + 0 NA intron (NM_015909, intron 28 of 51) L1ME1|LINE|L1 167648 NR_052013 51594 Hs.467759 NM_015909 ENSG00000151779 NBAS ILFS2|NAG|SOPH neuroblastoma amplified sequence protein-coding 0.887 0.782 0.862 0.164 0.391 0.036 0.162 0.103 0.227 0.019 0.179 0.097 0.026 0.042 0.121 0.178 0.134 0.082 0.112 0.030 0.031 0.027 0.136 0.161 0.080 0.019 0.015 0.027 0.059 0.046 0.181 0.354 0.130 0.362 0.085 0.111 0.008 0.074 0.123 0.049 0.090 0.278 0.303 0.173 0.022 0.051 0.153 0.182 0.129 0.091 0.047 0.097 0.178 0.066 0.348 0.080 0.143 0.076 0.065 0.049 0.268 0.077 28.453 0.255 0.076 0.020 0.017 0.447 0.276 0.279 0.314 0.306 0.366 0.371 0.163 0.221 0.183 0.516 0.771 0.410 nan 0.583 0.320 29.620 32.865 0.067 0.073 0.481 nan 0.461 0.449 4536 chr17 1386596 1397121 + 0 NA intron (NM_001080779, intron 1 of 31) MIRb|SINE|MIR -2807 NM_001080950 4641 Hs.286226 NM_033375 ENSG00000197879 MYO1C MMI-beta|MMIb|NMI|myr2 myosin IC protein-coding 2.975 1.785 2.177 2.962 1.021 1.802 2.226 2.666 4.985 1.170 3.222 2.112 7.443 1.858 2.745 1.872 1.108 0.243 2.862 0.513 5.957 1.199 0.632 0.156 2.783 0.979 1.506 2.981 3.381 0.713 4.145 5.649 4.019 5.107 0.528 3.508 0.170 8.418 0.264 1.000 1.024 10.957 4.654 1.685 2.261 1.781 2.632 1.858 7.843 7.290 1.966 2.049 1.872 5.579 7.413 2.783 1.605 2.353 0.959 10.632 2.538 2.465 0.809 0.764 2.444 4.864 2.778 1.919 3.371 2.921 5.171 2.287 1.819 4.768 1.451 3.300 3.331 1.162 1.839 2.790 4.160 1.208 1.302 0.633 1.239 1.143 0.973 1.385 2.823 0.492 0.350 3361 chr13 113327523 113351869 + 0 NA TTS (NM_207440) TTS (NM_207440) -4947 NM_032189 23250 Hs.29189 NM_015205 ENSG00000068650 ATP11A ATPIH|ATPIS ATPase phospholipid transporting 11A protein-coding 1.000 nan 1.130 0.671 0.961 1.058 0.926 0.311 0.631 0.143 0.545 0.232 0.218 0.177 0.856 1.309 0.059 0.066 1.632 0.763 0.894 0.085 0.814 0.369 1.195 0.704 0.488 0.582 0.827 1.129 2.393 5.762 1.364 1.829 0.193 0.233 0.187 0.512 0.069 0.173 0.813 2.520 0.579 0.372 1.412 0.871 0.995 0.226 0.753 0.589 0.436 0.669 1.309 2.254 0.378 1.195 0.851 1.245 0.104 1.879 0.698 0.168 0.268 0.072 0.148 0.144 0.065 2.286 3.292 0.840 1.371 1.469 1.352 1.961 0.755 0.549 0.557 0.102 0.201 1.400 1.688 0.646 0.632 0.872 1.601 1.364 1.066 0.144 0.302 0.635 0.347 2985 chr12 118151238 118177910 + 0 NA intron (NM_173598, intron 4 of 19) L1ME2|LINE|L1 241454 NM_173598 283455 Hs.375836 NM_173598 ENSG00000171435 KSR2 - kinase suppressor of ras 2 protein-coding nan nan 0.754 0.054 0.082 3.920 0.091 0.102 0.286 0.018 0.069 0.052 0.021 0.041 0.280 0.214 0.068 0.096 0.047 0.021 0.031 0.134 0.141 0.342 0.029 0.022 0.027 0.049 0.004 0.072 0.139 0.061 0.529 0.033 0.046 0.064 0.062 0.101 0.027 0.089 0.093 0.032 0.018 0.021 0.063 0.075 0.174 0.125 0.050 0.085 0.057 0.214 0.091 0.024 0.342 0.032 0.099 0.145 0.042 0.049 0.024 0.052 0.046 0.011 0.043 0.009 0.319 0.223 0.135 0.191 nan nan nan 0.116 0.240 0.285 0.118 0.215 nan nan 0.623 0.643 0.183 0.144 0.104 0.193 0.159 0.250 nan 0.593 3593 chr14 59203943 59229866 + 0 NA Intergenic Intergenic -78102 NR_110547 102723742 Hs.232734 NR_110547 ENSG00000258583 LINC01500 - long intergenic non-protein coding RNA 1500 ncRNA nan nan 1.641 0.208 0.492 1.874 0.578 0.148 0.257 0.022 0.144 0.964 0.024 0.059 0.315 0.642 0.833 0.201 0.646 0.505 0.078 0.021 0.133 0.150 0.227 0.163 0.045 0.020 0.323 0.020 0.119 0.162 0.198 0.332 0.191 0.059 0.886 0.059 0.089 0.230 1.652 0.117 0.051 0.024 0.634 0.213 0.085 0.642 0.361 0.749 0.161 0.078 0.642 0.228 0.908 0.227 0.113 0.068 0.169 0.107 0.353 0.314 0.073 1.058 0.053 0.035 0.039 0.330 0.257 0.390 0.691 0.747 0.764 1.078 0.373 nan 0.629 0.721 0.972 1.276 nan 1.017 0.688 0.162 0.293 2.123 2.289 0.484 1.647 0.977 0.741 9148 chr5 123460046 123473844 + 0 NA intron (NR_125774, intron 4 of 5) intron (NR_125774, intron 4 of 5) 307268 NR_125774 103724389 Hs.582211 NR_125774 LINC01170 - long intergenic non-protein coding RNA 1170 ncRNA nan 1.191 1.557 0.083 0.479 0.413 0.041 1.516 3.275 0.007 0.137 0.305 0.018 0.145 0.491 0.445 0.346 0.024 0.107 0.014 0.005 0.060 1.040 0.413 0.517 0.030 0.021 0.079 0.008 0.076 0.287 0.057 0.641 0.021 0.067 0.615 0.146 0.163 0.699 0.040 0.022 0.023 0.031 0.022 0.125 0.061 0.059 0.060 0.029 0.038 0.445 0.054 0.034 0.517 0.088 0.012 0.472 0.021 0.584 0.035 0.130 0.864 0.049 0.021 0.007 0.363 0.336 2.330 nan 1.322 1.091 7.307 2.152 0.215 0.195 0.524 0.899 1.287 1.380 2.072 2.202 0.249 0.379 3.118 3.223 1.448 2.688 1.775 0.879 4979 chr17 72862933 72874112 + 0 NA intron (NM_001258013, intron 1 of 12) intron (NM_001258013, intron 1 of 12) 634 NM_024417 2232 Hs.69745 NM_004110 ENSG00000161513 FDXR ADXR|ANOA ferredoxin reductase protein-coding 2.140 1.437 2.584 0.902 1.032 0.339 0.778 0.815 1.714 0.258 1.005 0.617 0.072 0.287 1.058 0.607 0.802 0.125 0.979 0.293 0.495 0.312 0.517 0.297 0.900 0.446 0.428 0.661 0.898 0.319 1.883 4.465 0.915 3.792 0.422 1.108 0.272 1.268 0.145 0.475 0.365 1.136 0.555 0.244 0.609 0.397 0.721 0.748 2.008 0.976 0.841 0.810 0.607 1.110 0.802 0.900 0.787 0.642 0.453 1.783 0.919 0.701 0.478 0.510 0.429 0.762 0.432 1.846 2.221 1.501 2.134 2.457 2.143 2.231 1.032 1.177 1.173 nan 5.082 2.323 3.598 2.325 2.310 1.054 1.742 1.702 1.937 1.305 1.783 nan 0.780 10863 chr8 26428403 26438541 + 0 NA intron (NM_001197293, intron 1 of 13) intron (NM_001197293, intron 1 of 13) -1868 NM_001386 1808 Hs.593187 NM_001386 ENSG00000092964 DPYSL2 CRMP-2|CRMP2|DHPRP2|DRP-2|DRP2|N2A3|ULIP-2|ULIP2 dihydropyrimidinase like 2 protein-coding nan 3.008 nan 1.006 1.860 3.364 2.781 1.882 3.492 0.169 3.114 2.674 0.465 1.716 2.580 4.240 2.603 0.253 0.574 0.262 3.830 0.560 1.096 0.709 3.712 4.586 4.988 0.626 3.956 2.185 2.399 4.340 1.504 2.872 1.056 6.852 1.033 1.714 0.145 0.590 1.174 2.571 1.446 0.600 2.356 1.054 3.430 4.394 6.528 1.579 1.405 2.268 4.240 0.936 3.240 3.712 0.561 0.524 0.481 3.899 2.565 2.449 0.945 1.864 2.497 0.682 0.403 4.330 4.048 2.719 3.625 nan 7.492 nan 3.003 1.689 1.714 1.768 2.104 3.030 5.911 5.001 6.189 1.840 3.424 3.285 3.199 4.343 4.212 nan nan 7781 chr3 118654881 118671705 + 0 NA intron (NR_046230, intron 1 of 3) intron (NR_046230, intron 1 of 3) 1370 NR_046230 100506765 Hs.660823 NR_046230 ENSG00000239877 IGSF11-AS1 - IGSF11 antisense RNA 1 ncRNA 1.121 nan 0.954 0.030 0.094 0.036 0.059 0.076 0.322 0.079 0.069 0.005 0.018 0.029 0.145 0.253 0.106 0.087 0.095 0.052 0.029 0.008 0.065 0.110 0.078 0.062 0.034 0.009 0.078 0.012 0.085 0.104 0.054 0.138 0.017 0.152 0.017 0.038 0.076 0.036 0.553 0.066 0.169 0.111 0.078 0.041 0.049 0.191 0.131 0.030 0.028 0.043 0.253 0.090 0.094 0.078 0.043 0.089 0.121 0.066 0.012 0.033 0.029 0.638 0.009 0.021 0.006 0.338 0.268 0.203 0.335 0.348 nan 0.216 0.150 0.259 0.269 nan 2.159 0.235 0.210 3.328 2.827 0.090 0.143 0.124 0.084 1.710 5.323 0.406 0.533 9162 chr5 125429147 125483376 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -59009 NR_105042 102546228 Hs.582529 NR_105042 ENSG00000248107 LINC02039 - long intergenic non-protein coding RNA 2039 ncRNA nan 0.807 0.594 0.051 0.088 0.023 0.155 0.233 0.358 0.014 0.093 0.724 0.025 0.046 0.111 0.100 0.168 0.083 0.096 0.049 0.018 0.111 0.104 0.108 0.080 0.037 0.029 0.011 0.121 0.059 1.051 3.468 0.438 0.322 0.181 0.056 0.044 0.104 0.142 0.126 0.157 0.051 0.020 0.013 0.076 0.037 0.059 0.094 0.045 0.071 0.076 0.069 0.100 0.120 0.051 0.080 0.043 0.050 0.037 0.062 0.097 0.115 0.045 0.082 0.133 0.022 0.020 0.238 0.181 0.414 nan 0.249 0.329 0.271 0.115 0.408 0.378 0.328 0.504 0.308 0.253 0.373 0.171 0.112 0.165 0.203 0.295 0.204 0.404 0.316 0.326 3210 chr13 74092353 74103051 + 0 NA Intergenic Intergenic -40679 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.717 0.585 0.066 0.107 0.488 0.087 0.165 0.413 0.035 0.102 0.077 0.023 4.918 0.349 0.119 0.089 0.030 0.018 0.024 0.009 0.044 0.031 0.141 0.263 0.031 0.033 0.063 0.079 0.457 2.935 0.278 2.608 0.054 0.047 0.050 0.059 0.127 0.103 0.023 0.007 0.081 0.065 0.099 0.197 0.236 0.046 0.051 0.159 0.349 0.027 0.018 0.141 0.138 0.116 0.009 0.038 0.057 0.022 0.055 0.023 0.034 0.011 0.010 0.550 0.350 0.263 0.413 0.590 0.589 nan 0.175 0.087 0.133 0.058 0.078 0.269 0.374 nan 0.160 0.246 0.387 0.059 0.109 0.350 nan 0.180 0.175 7260 chr21 45611848 45639739 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu 35094 NM_001283050 23308 Hs.14155 NM_015259 ENSG00000160223 ICOSLG B7-H2|B7H2|B7RP-1|B7RP1|CD275|GL50|ICOS-L|ICOSL|LICOS inducible T cell costimulator ligand protein-coding nan 0.656 1.314 0.135 0.169 0.540 1.136 0.512 0.720 0.271 0.188 0.139 0.036 0.032 0.300 0.253 0.230 0.075 0.433 0.187 0.077 0.070 0.096 0.074 0.184 0.250 0.150 0.072 0.052 0.033 1.317 5.085 0.338 0.966 0.323 0.122 0.034 0.070 0.065 0.081 0.140 1.359 0.160 0.149 0.218 0.196 0.842 0.217 0.140 0.708 0.039 1.475 0.253 0.190 0.076 0.184 0.070 1.104 0.432 0.676 0.204 0.212 0.280 0.111 0.221 0.021 0.013 0.761 0.975 0.262 0.496 0.658 0.644 nan 0.354 0.512 0.629 0.146 nan 1.754 1.989 0.652 0.558 0.485 0.674 0.188 0.252 0.274 0.497 0.746 0.586 1409 chr10 29297686 29303098 + 0 NA Intergenic Intergenic 165055 NM_001278522 283080 NM_001278522 C10orf126 bA492M23.1 chromosome 10 open reading frame 126 protein-coding 0.500 0.598 0.521 0.159 0.064 0.031 0.027 0.268 0.346 0.314 0.059 0.392 0.012 0.079 0.047 0.024 0.166 0.297 0.020 0.050 0.076 0.087 0.108 0.151 0.039 0.053 0.055 0.111 0.045 0.117 0.092 0.395 0.028 0.073 0.035 0.108 0.059 0.051 0.022 0.072 0.020 0.029 0.071 0.056 0.223 0.067 0.069 0.139 0.024 0.040 0.052 0.151 0.068 0.111 0.117 0.075 0.030 0.018 0.064 0.025 0.047 0.019 0.299 0.198 8.992 8.786 0.171 0.268 0.499 0.210 0.255 0.235 0.190 0.189 0.267 0.252 0.196 0.063 0.126 0.190 0.054 0.084 0.272 0.563 0.297 0.245 5895 chr2 9691314 9707079 + 0 NA Intergenic MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR -3247 NM_003183 6868 Hs.404914 NM_003183 ENSG00000151694 ADAM17 ADAM18|CD156B|CSVP|NISBD|NISBD1|TACE ADAM metallopeptidase domain 17 protein-coding 2.203 1.133 1.810 1.496 1.273 0.908 3.316 1.008 1.634 1.424 2.353 2.061 1.251 0.363 1.648 1.114 2.248 0.368 1.472 0.495 3.564 1.155 0.802 0.424 1.411 0.914 0.976 0.905 2.487 0.535 2.633 3.101 1.464 3.914 0.796 3.537 0.204 1.683 0.141 0.840 0.715 5.434 1.204 0.647 1.005 0.885 2.832 3.454 2.974 2.158 1.910 1.494 1.114 1.670 3.077 1.411 1.163 0.951 0.554 1.731 1.325 3.030 0.476 1.136 1.439 2.002 2.261 1.538 1.731 1.807 2.833 2.284 2.196 2.493 1.067 2.144 2.128 1.631 2.113 2.508 3.279 2.325 2.041 0.875 1.692 0.848 1.037 2.258 4.306 1.223 0.839 4417 chr16 68267163 68274279 + 0 NA promoter-TSS (NM_024939) promoter-TSS (NM_024939) -585 NM_024939 80004 Hs.436585 NM_024939 ENSG00000103067 ESRP2 RBM35B epithelial splicing regulatory protein 2 protein-coding nan nan 2.482 5.436 4.492 1.908 3.585 0.897 1.626 3.490 2.742 2.462 1.805 3.545 2.313 0.614 1.376 0.279 6.602 2.094 5.353 0.059 0.556 0.302 2.577 3.245 4.075 1.536 6.297 1.720 4.810 6.243 6.315 6.195 2.694 1.883 0.265 1.543 0.049 0.811 0.314 7.512 4.375 1.687 2.549 3.160 4.398 2.152 2.367 2.336 2.849 6.253 0.614 10.934 5.754 2.577 1.220 4.558 0.533 4.215 0.867 2.633 1.532 0.198 1.752 1.343 0.864 2.911 3.318 2.028 3.411 1.501 1.315 2.973 0.808 5.023 4.835 0.071 nan 4.763 7.846 1.056 0.984 0.900 2.239 1.188 1.006 0.671 0.904 1.706 0.761 1716 chr10 130264930 130282946 + 0 NA Intergenic Intergenic 189724 NR_120619 101927381 Hs.523342 NR_120619 ENSG00000280953 LINC01163 TCONS_00017722 long intergenic non-protein coding RNA 1163 ncRNA 0.393 1.017 0.441 0.038 0.048 4.152 0.079 0.287 0.526 0.061 0.072 0.014 0.028 0.693 0.257 0.058 0.054 0.052 0.010 0.017 0.015 0.035 0.068 0.040 0.008 0.008 0.053 0.037 0.056 0.055 1.437 0.008 0.021 0.016 0.024 0.068 0.075 0.118 0.027 0.012 0.006 0.038 0.032 0.050 0.066 0.021 0.048 0.257 0.077 0.036 0.040 0.032 0.087 0.032 0.073 0.018 0.011 0.023 0.016 0.005 0.217 0.129 0.084 0.095 0.440 0.546 0.058 0.047 0.051 0.061 0.060 0.132 0.128 0.222 0.523 0.495 0.057 0.066 0.031 0.043 0.051 0.101 1.964 0.963 9521 chr6 26213067 26238560 + 0 NA TTS (NM_003532) TTS (NM_003532) 430 NM_003532 8353 Hs.443021 NM_003532 ENSG00000274750 HIST1H3E H3.1|H3/d|H3FD histone cluster 1 H3 family member e protein-coding 2.559 1.104 nan 2.473 2.341 0.935 1.068 1.731 3.290 1.095 3.708 0.406 1.127 0.045 4.807 0.302 0.692 0.185 1.633 0.678 0.178 0.724 0.450 0.386 1.463 0.662 0.497 0.467 1.599 0.413 0.079 0.323 1.257 nan 0.023 3.038 0.674 5.176 0.228 1.156 0.513 0.917 0.305 0.195 0.709 1.084 1.639 1.176 1.187 1.751 0.982 1.243 0.302 1.933 0.297 1.463 0.019 0.490 0.463 3.641 1.111 2.901 0.903 0.731 0.692 0.949 0.849 7.101 8.809 3.653 nan 3.829 2.658 13.069 5.254 7.210 7.590 0.975 1.226 3.302 4.661 3.391 3.805 0.911 1.827 5.922 4.885 2.480 2.941 1.021 0.712 7688 chr3 89571999 89585772 + 0 NA Intergenic Intergenic 422211 NM_182644 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.638 0.542 0.032 0.020 0.016 0.042 0.024 0.146 0.062 0.033 0.022 0.006 0.056 0.039 0.047 0.039 0.014 0.014 0.414 0.045 0.089 0.061 0.015 0.016 0.060 0.016 0.059 0.067 0.083 0.169 0.042 0.031 0.021 0.040 0.077 0.017 0.027 0.017 0.011 0.048 0.033 0.120 0.073 0.018 0.031 0.017 0.029 0.056 0.068 0.027 0.061 0.009 0.018 0.036 0.008 0.066 0.017 0.014 0.036 0.011 0.004 0.004 0.199 0.171 10.470 6.754 0.188 0.274 0.258 0.123 0.120 0.160 0.356 0.432 0.117 0.132 0.318 0.128 0.086 0.067 0.043 0.053 0.185 0.480 0.400 0.425 1663 chr10 115921729 115927547 + 0 NA intron (NM_018017, intron 1 of 15) intron (NM_018017, intron 1 of 15) 9300 NR_031747 100302224 NR_031747 ENSG00000284442 MIR2110 hsa-mir-2110|mir-2110 microRNA 2110 ncRNA 0.544 nan 0.682 0.207 0.120 0.007 0.327 0.193 0.239 1.166 0.134 0.172 6.095 0.088 0.137 0.021 0.167 0.137 0.312 0.099 0.011 0.024 0.054 0.055 0.124 0.262 0.113 0.139 0.104 0.091 0.151 0.352 0.364 0.290 0.050 0.104 0.019 0.132 0.028 0.021 0.110 0.087 0.052 0.026 0.216 0.052 0.552 0.085 0.098 0.059 0.027 1.061 0.021 0.192 0.080 0.124 0.084 1.395 0.034 0.030 0.070 0.095 0.068 0.076 0.049 0.009 0.352 0.305 0.426 1.138 0.094 0.154 0.429 0.197 0.262 0.189 0.745 0.897 0.727 0.711 0.212 0.079 0.083 0.170 0.109 0.078 0.171 0.295 0.235 0.281 11561 chr9 66517750 66528437 + 0 NA TTS (NR_122077) TTS (NR_122077) 26624 NR_135010 442421 Hs.585349 NR_024496 PTGER4P2-CDK2AP2P2 - PTGER4P2-CDK2AP2P2 readthrough, transcribed pseudogene pseudo 1.524 3.048 3.534 0.458 1.780 0.272 0.656 0.629 1.093 1.378 0.204 0.097 0.063 0.119 0.143 0.710 0.181 0.083 0.365 0.197 0.036 0.168 0.848 0.616 1.352 0.052 0.045 0.200 0.253 0.295 0.261 0.080 1.944 0.123 0.166 0.258 0.223 0.206 0.067 0.090 0.208 0.098 0.124 0.072 0.100 0.641 0.233 0.248 0.280 0.056 0.082 0.710 0.296 0.046 1.352 0.116 0.380 0.462 0.049 0.530 0.066 1.399 1.060 0.021 0.060 0.034 1.217 1.353 0.900 1.357 1.579 1.790 7.261 2.115 1.393 1.313 4.250 5.023 1.715 1.445 1.586 1.214 1.179 1.896 0.964 0.932 0.989 1.809 2.652 1.984 10604 chr7 113517990 113523464 + 0 NA intron (NM_002711, intron 3 of 3) intron (NM_002711, intron 3 of 3) 38355 NM_002711 5506 Hs.458309 NM_002711 ENSG00000154415 PPP1R3A GM|PP1G|PPP1R3 protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A protein-coding nan 0.476 0.717 0.089 0.112 0.040 0.038 0.118 0.220 0.018 0.070 0.017 0.033 0.074 0.148 0.105 0.163 0.117 0.037 0.034 0.023 0.087 0.141 0.131 0.092 0.101 0.096 0.157 0.248 0.039 0.018 0.020 0.208 0.021 0.073 0.142 0.011 0.026 0.040 0.014 0.094 0.109 0.015 0.038 0.014 0.023 0.105 0.026 0.034 0.131 0.030 0.158 0.021 0.030 0.029 1.344 0.011 1.663 0.549 9.551 6.069 0.237 0.422 0.107 0.079 1.926 2.089 0.304 0.529 0.168 0.238 1.336 1.011 1.713 3.475 0.175 0.201 0.288 0.355 0.396 0.540 9175 chr5 132385502 132389649 + 0 NA promoter-TSS (NM_002154) promoter-TSS (NM_002154) -87 NM_002154 3308 Hs.90093 NM_002154 ENSG00000170606 HSPA4 APG-2|HEL-S-5a|HS24/P52|HSPH2|RY|hsp70|hsp70RY heat shock protein family A (Hsp70) member 4 protein-coding 7.024 3.907 5.380 5.136 4.523 2.701 4.594 3.529 7.398 2.326 4.966 3.706 3.120 2.769 3.013 2.340 4.306 0.448 4.289 1.732 5.565 2.538 2.201 0.838 4.929 4.764 5.418 3.628 3.553 2.180 9.297 9.460 7.421 8.914 2.113 7.349 1.287 6.736 0.222 1.560 2.885 5.084 7.264 3.043 5.527 3.070 5.084 3.455 5.518 6.417 3.893 4.479 2.340 8.149 6.168 4.929 3.800 2.367 1.509 5.985 4.308 4.868 1.891 4.494 3.101 4.443 3.156 5.705 4.791 9.898 14.901 8.056 7.237 7.974 4.510 23.632 25.556 5.576 7.375 8.502 14.109 12.169 11.899 5.555 10.528 7.213 10.167 8.159 9.026 2.562 1.656 9739 chr6 56808914 56827938 + 0 NA intron (NM_001144769, intron 2 of 96) intron (NM_001144769, intron 2 of 96) 1000 NM_001144769 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.921 1.213 nan 0.649 0.801 0.241 2.535 0.160 0.248 0.305 1.088 3.060 0.163 0.063 0.205 1.076 1.175 0.143 1.651 0.646 0.693 0.575 0.338 0.230 0.139 1.565 1.522 0.132 0.739 0.316 0.426 0.714 0.834 1.084 0.576 0.797 0.045 0.798 0.151 0.632 0.104 0.909 0.749 0.369 0.590 0.448 1.135 2.101 0.867 1.637 0.451 0.366 1.076 1.751 2.615 0.139 0.206 0.331 0.225 1.092 0.660 1.132 0.109 0.325 1.006 0.269 0.141 0.508 0.361 0.753 1.137 0.656 0.592 1.394 0.356 2.374 2.446 2.991 3.686 1.616 2.193 1.284 1.098 0.458 0.672 0.392 0.522 0.590 0.975 0.926 0.708 5716 chr19 44028774 44039095 + 0 NA Intergenic Intergenic -2526 NM_001320867 23474 Hs.7486 NM_014297 ENSG00000105755 ETHE1 HSCO|YF13H12 ETHE1, persulfide dioxygenase protein-coding 1.792 1.487 2.103 3.146 1.306 1.224 1.030 0.763 1.974 1.490 2.576 1.364 0.415 0.826 1.459 0.787 0.783 0.280 2.555 0.899 2.196 0.336 0.768 0.340 1.601 1.302 1.055 2.165 1.599 0.768 1.238 nan 2.388 1.451 0.753 0.894 0.258 2.456 0.086 0.858 0.494 3.466 0.880 0.520 0.910 0.770 2.437 0.814 3.983 6.307 2.110 1.308 0.787 2.608 0.765 1.601 1.165 1.550 0.284 2.535 1.111 0.991 0.751 0.771 1.379 1.180 0.759 0.976 1.793 1.990 2.865 1.584 1.505 3.794 1.141 2.448 2.335 1.750 2.678 1.272 1.905 0.548 0.403 0.737 1.617 1.277 0.837 1.117 2.547 2.291 1.083 635 chr1 120834023 120842132 + 0 NA promoter-TSS (NM_001100910) promoter-TSS (NM_001100910) -928 NM_001100910 653820 Hs.339665 NM_001100910 ENSG00000188610 FAM72B p17 family with sequence similarity 72 member B protein-coding 3.840 2.922 3.429 5.697 2.535 2.709 3.890 1.219 2.291 2.951 4.058 3.356 0.711 1.718 3.985 3.681 4.230 0.535 4.030 1.378 2.526 7.422 1.598 0.837 3.099 2.535 4.240 3.006 4.692 1.183 2.247 5.067 1.305 12.376 1.898 3.347 1.142 3.780 0.175 2.059 2.482 5.633 6.196 3.643 2.114 2.097 4.524 3.559 2.874 5.173 1.747 3.267 3.681 3.830 6.927 3.099 1.493 1.447 1.875 8.996 4.642 3.115 0.940 2.059 2.471 2.990 1.980 3.172 3.849 5.855 8.135 7.687 6.706 3.383 1.119 5.812 5.748 4.952 6.586 3.617 4.454 3.707 3.958 1.115 2.940 1.582 1.960 4.228 5.658 1.766 0.923 9707 chr6 51396571 51403113 + 0 NA Intergenic Intergenic -86826 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.759 1.025 nan 0.032 0.194 0.026 0.284 0.098 0.229 0.036 0.004 0.137 0.013 0.347 0.123 0.074 0.138 0.029 0.144 0.100 0.311 0.042 0.124 0.670 0.098 0.556 0.026 0.120 0.049 0.128 0.018 5.260 0.224 0.018 0.012 0.016 0.035 0.029 0.107 0.025 0.022 0.060 0.039 0.347 0.098 0.029 0.311 0.043 0.090 0.018 0.016 0.024 0.091 0.057 0.047 0.026 0.471 0.511 1.011 2.272 0.424 0.661 0.164 0.045 0.355 0.195 0.200 0.336 0.207 0.276 0.177 0.067 0.215 0.354 0.592 0.678 0.279 0.439 0.222 0.351 1088 chr1 209600480 209610524 + 0 NA promoter-TSS (NR_029622) promoter-TSS (NR_029622) 24 NR_029622 406988 NR_029622 ENSG00000284485 MIR205 MIRN205|mir-205 microRNA 205 ncRNA 0.848 3.874 2.675 0.209 0.596 4.440 1.609 0.451 0.691 2.320 0.094 0.074 7.753 0.021 0.152 0.882 0.090 0.080 2.584 1.054 0.031 0.003 0.206 0.090 0.179 0.532 0.134 0.014 0.184 1.875 0.795 0.540 8.831 2.647 1.351 0.316 0.010 0.053 0.116 0.168 0.096 0.186 0.072 0.077 1.181 1.733 7.972 0.218 0.278 0.035 0.008 1.402 0.882 3.456 0.027 0.179 3.047 1.206 0.078 0.049 0.082 0.141 0.049 0.087 0.644 0.023 0.477 0.261 0.997 2.871 0.773 0.808 5.075 1.450 nan nan 2.569 3.280 0.887 0.853 0.406 0.210 0.182 0.158 0.243 0.425 0.383 0.601 0.815 0.698 5373 chr18 55861432 55911131 + 0 NA intron (NM_001144970, intron 1 of 28) MIR3|SINE|MIR -2473 NM_001144966 23327 Hs.185677 NM_015277 ENSG00000049759 NEDD4L NEDD4-2|NEDD4.2|PVNH7|RSP5|hNEDD4-2 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 1.532 1.018 0.751 0.494 0.496 0.752 0.342 0.632 0.233 0.850 0.534 0.329 0.286 0.429 0.585 0.500 0.061 0.411 0.214 0.811 0.022 0.148 0.113 0.474 0.256 0.135 0.271 0.267 0.746 0.440 0.971 0.329 0.829 0.288 0.256 0.155 0.055 0.083 0.304 0.286 0.941 0.250 0.135 0.614 0.184 0.920 1.008 0.436 0.248 0.233 0.245 0.585 0.476 0.207 0.474 0.153 0.168 0.239 0.357 0.112 0.423 0.221 0.260 1.107 0.035 0.014 0.627 0.747 0.963 3.515 0.965 1.021 1.944 0.769 0.812 0.829 0.397 0.617 2.467 2.910 0.627 0.486 0.339 0.545 0.763 1.765 0.457 0.981 nan 1.494 979 chr1 192279134 192299790 + 0 NA intron (NM_001039152, intron 1 of 4) L1ME5|LINE|L1 3340 NM_001039152 431704 Hs.558673 NM_001039152 ENSG00000253148 RGS21 - regulator of G protein signaling 21 protein-coding 0.861 nan 0.780 0.094 0.102 0.011 0.045 0.054 0.136 0.142 0.009 0.021 0.043 0.056 0.135 0.135 0.179 0.211 0.027 0.036 0.047 0.166 0.213 0.012 0.013 0.007 0.025 0.101 0.021 0.094 0.096 0.082 0.225 0.022 0.079 0.005 0.074 0.118 0.006 0.015 0.049 0.012 0.015 0.048 0.022 0.135 0.051 0.016 0.015 0.048 0.135 0.049 0.036 0.012 0.012 0.018 0.005 0.014 0.030 0.038 0.047 0.084 0.022 0.022 0.015 1.516 0.517 7.659 3.022 0.307 0.545 0.147 0.060 8.541 8.590 0.710 nan 0.292 0.316 0.409 0.182 0.100 0.192 0.066 0.106 0.362 0.668 0.184 0.251 3950 chr15 50644786 50649675 + 0 NA promoter-TSS (NR_026891) promoter-TSS (NR_026891) -154 NR_026891 55056 Hs.511316 NM_017976 ENSG00000285410 GABPB1-IT1 - GABPB1 intronic transcript ncRNA 7.938 5.152 8.053 6.301 5.502 3.989 6.352 4.733 7.792 2.702 7.384 4.844 2.511 3.001 4.092 7.126 6.080 0.491 4.728 1.975 7.880 4.276 4.088 2.021 8.550 3.500 6.045 3.452 5.040 2.405 8.680 10.267 4.924 9.502 3.279 7.749 1.866 6.155 0.177 2.001 3.391 6.861 5.831 2.136 4.061 3.024 4.782 9.099 8.337 6.981 2.978 5.098 7.126 6.510 8.628 8.550 5.612 6.652 2.370 5.380 4.423 4.852 3.547 3.972 6.586 3.875 3.189 11.893 9.967 11.417 16.113 10.806 10.604 9.330 5.851 17.407 17.694 8.835 9.815 10.098 17.076 20.028 20.843 10.740 14.738 11.492 13.678 13.291 9.267 5.351 3.338 709 chr1 151318112 151326063 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2318 NM_000449 5993 Hs.632472 NM_000449 ENSG00000143390 RFX5 - regulatory factor X5 protein-coding nan nan 2.182 1.042 0.907 1.091 2.442 0.785 1.858 0.419 1.254 1.563 0.617 0.808 1.453 1.433 1.738 0.318 1.979 1.550 1.724 0.488 1.144 0.540 0.994 1.538 1.155 0.952 0.716 1.127 4.289 9.898 0.648 5.425 1.393 1.546 0.490 1.677 0.148 1.136 0.689 1.536 1.143 0.540 1.097 0.299 0.669 0.970 1.270 1.528 1.777 2.291 1.433 4.647 1.861 0.994 0.703 0.945 0.231 2.728 1.546 2.291 2.501 0.944 0.844 0.572 0.396 1.757 1.580 2.604 4.108 3.406 nan 2.430 1.118 4.428 5.496 2.194 2.641 1.968 3.795 3.647 3.027 2.723 3.587 3.012 2.779 5.059 3.710 1.797 1.009 3603 chr14 60713707 60718838 + 0 NA 5' UTR (NM_021003, exon 1 of 6) 5' UTR (NM_021003, exon 1 of 6) 306 NM_021003 5494 Hs.130036 NM_021003 ENSG00000100614 PPM1A PP2C-ALPHA|PP2CA|PP2Calpha protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1A protein-coding nan nan 6.368 4.084 7.348 5.428 1.463 2.890 5.452 1.151 2.769 1.922 3.925 1.556 8.272 6.135 4.873 0.551 4.732 0.848 4.768 2.382 2.310 1.013 5.277 3.036 3.673 1.467 4.802 1.171 4.386 6.920 6.656 10.980 1.598 3.433 1.934 3.388 0.138 1.202 5.493 3.431 4.145 2.175 1.822 2.002 4.046 3.818 4.061 4.477 3.835 3.882 6.135 9.364 3.482 5.277 1.956 2.545 1.609 8.084 2.997 5.118 2.736 2.803 2.765 1.751 1.257 5.932 6.377 6.210 8.491 9.251 6.703 4.664 3.050 nan 15.944 3.345 4.218 7.750 nan 13.300 14.232 4.256 6.230 8.836 8.170 6.848 8.125 3.919 2.163 310 chr1 41155844 41160158 + 0 NA promoter-TSS (NR_024567) promoter-TSS (NR_024567) -68 NR_024567 100130557 Hs.233458 NR_024567 NFYC-AS1 0808y08y NFYC antisense RNA 1 ncRNA 27.539 3.527 nan 3.838 3.499 4.005 3.634 2.417 4.758 1.639 3.795 2.316 2.304 2.009 3.368 4.158 2.540 0.333 2.744 1.010 3.834 2.984 2.531 1.416 7.409 1.739 1.966 2.309 3.191 1.071 2.853 6.053 2.726 10.069 1.632 3.588 0.728 4.285 0.245 1.614 3.695 4.609 3.318 1.304 2.553 2.394 3.083 3.315 2.566 3.538 3.366 2.043 4.158 3.607 5.469 7.409 1.492 3.186 1.354 4.200 1.883 1.827 3.834 2.235 1.734 2.830 2.127 5.834 5.292 6.923 10.031 9.270 9.306 4.703 3.236 11.652 12.781 6.190 nan 10.707 14.443 8.546 7.988 9.434 nan 3.758 3.876 7.135 6.616 3.300 1.413 192 chr1 27234288 27250234 + 0 NA Intergenic Intergenic -1694 NM_021969 8431 Hs.427055 NM_021969 ENSG00000131910 NR0B2 SHP|SHP1 nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 protein-coding 1.979 1.373 nan 0.770 6.115 3.705 0.558 1.317 2.706 0.272 0.762 0.454 0.105 2.888 3.411 0.964 0.390 0.162 0.428 0.202 0.407 0.113 1.525 0.669 1.268 0.499 0.354 0.411 0.592 0.226 0.480 1.327 0.469 4.430 0.456 0.418 0.216 0.506 0.101 0.273 0.263 1.129 0.796 0.359 0.465 0.253 0.544 0.449 0.545 1.031 0.320 0.284 0.964 0.696 2.153 1.268 0.306 0.479 0.388 0.988 1.145 0.312 0.230 0.302 0.243 0.206 0.096 1.028 1.036 1.002 1.431 4.912 5.891 3.309 1.346 1.823 2.030 1.335 1.977 6.450 7.868 1.782 1.740 1.149 2.024 1.165 1.264 1.749 1.635 2.675 1.365 9819 chr6 101981719 101994580 + 0 NA intron (NM_175768, intron 1 of 16) intron (NM_175768, intron 1 of 16) 141288 NM_021956 2898 Hs.98262 NM_021956 ENSG00000164418 GRIK2 EAA4|GLR6|GLUK6|GLUR6|GluK2|MRT6 glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 protein-coding 1.029 nan nan 0.135 0.136 0.077 0.005 0.242 0.258 0.085 0.493 0.029 0.030 0.131 0.235 0.776 0.099 0.166 0.015 0.078 0.164 0.242 0.009 0.011 0.011 0.074 0.057 0.113 0.160 0.171 0.321 0.125 0.029 0.133 0.062 0.112 0.018 0.144 0.057 0.009 0.018 0.017 0.012 0.082 0.094 0.006 0.016 0.006 0.010 0.235 0.050 0.029 0.009 0.009 0.039 0.069 0.031 0.048 0.099 0.078 0.663 0.036 0.022 0.008 0.658 0.522 1.260 1.232 0.339 nan 0.288 0.113 0.306 0.315 3.563 4.093 0.221 0.212 nan 0.346 0.309 0.530 0.810 0.864 0.760 2.222 0.320 0.269 8458 chr4 83418889 83451489 + 0 NA intron (NM_001353454, intron 1 of 7) MLT1J-int|LTR|ERVL-MaLR 47983 NM_001080506 441027 Hs.507676 NM_001080506 ENSG00000249242 TMEM150C TTN3 transmembrane protein 150C protein-coding 0.801 1.113 0.663 0.126 0.373 1.365 0.092 0.687 1.311 0.068 0.057 0.062 0.036 0.040 0.363 0.350 0.147 0.114 0.104 0.035 0.031 0.009 0.369 0.207 1.286 0.304 0.131 0.050 0.102 0.071 0.338 1.480 0.597 1.055 0.100 0.066 0.352 0.049 0.061 0.036 0.109 0.156 0.032 0.029 0.095 0.045 0.059 0.239 0.059 0.066 0.143 0.037 0.350 0.103 0.036 1.286 0.044 0.033 0.048 0.072 0.417 0.174 0.055 0.049 0.024 0.014 0.005 0.460 0.629 0.542 0.746 0.967 0.979 3.639 1.536 0.287 0.295 0.208 nan 4.224 4.178 0.372 0.219 0.129 0.207 1.178 1.355 0.150 nan 1.355 0.679 11732 chr9 116224642 116246233 + 0 NA intron (NM_017790, intron 1 of 17) MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR 9457 NM_001282923 5998 Hs.494875 NM_017790 ENSG00000138835 RGS3 C2PA|RGP3 regulator of G protein signaling 3 protein-coding 1.164 1.807 nan 0.576 3.508 2.450 1.140 0.617 1.163 0.035 0.199 0.751 0.124 0.133 1.483 0.808 0.387 0.083 0.729 0.193 0.259 0.013 1.024 0.423 1.519 0.843 0.543 0.639 0.642 0.205 0.299 nan 0.419 2.883 0.318 0.375 0.300 0.163 0.087 0.225 0.617 0.111 0.302 0.188 0.420 0.246 0.594 0.121 0.810 0.085 0.513 0.625 0.808 0.477 0.724 1.519 0.294 0.237 0.234 0.059 1.446 0.216 0.545 0.189 0.185 0.364 0.302 0.818 1.178 1.780 2.263 2.844 2.776 2.516 0.646 1.372 1.528 0.112 0.227 1.474 nan 1.632 1.626 0.590 1.171 1.540 1.228 0.387 0.752 nan 1.976 11106 chr8 92664754 92676908 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR 359077 NM_175636 862 Hs.368431 NM_004349 ENSG00000079102 RUNX1T1 AML1-MTG8|AML1T1|CBFA2T1|CDR|ETO|MTG8|ZMYND2 RUNX1 translocation partner 1 protein-coding nan 0.945 2.261 0.024 0.188 0.050 0.012 0.200 0.362 0.008 0.051 0.015 0.015 0.033 0.089 0.125 0.120 0.079 0.061 0.031 0.103 0.026 0.066 0.166 0.018 0.012 0.065 0.080 0.048 0.114 0.277 0.012 0.044 0.063 0.009 0.087 0.010 1.195 0.030 0.025 0.036 0.019 0.072 0.099 0.037 0.035 0.032 0.011 0.125 0.059 0.069 0.166 0.034 0.548 0.015 0.041 0.058 0.065 5.017 0.019 0.009 0.013 0.201 0.305 0.268 nan 0.559 0.721 0.427 0.153 0.187 0.111 1.569 1.559 0.667 0.700 5.701 5.907 0.106 0.157 0.287 0.438 1.831 5.786 0.299 0.302 10381 chr7 56172321 56184880 + 0 NA Intergenic MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR -4277 NM_001320327 51142 Hs.389996 NM_016139 ENSG00000106153 CHCHD2 C7orf17|MIX17B|MNRR1|NS2TP|PARK22 coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 2 protein-coding nan 2.068 1.462 1.414 1.096 0.701 0.717 0.511 1.083 0.525 0.757 0.569 0.641 0.500 0.347 0.681 0.582 0.255 0.554 0.212 0.555 0.430 0.737 0.442 1.038 0.688 0.575 0.252 1.264 0.319 1.370 1.397 4.984 1.979 0.315 0.309 0.311 0.985 0.177 0.199 0.412 0.996 0.538 0.310 0.417 0.928 3.129 0.853 0.635 0.764 0.709 0.769 0.681 0.783 1.175 1.038 0.448 0.481 0.241 0.831 0.766 1.332 0.337 0.372 0.447 0.417 0.354 1.540 1.553 1.472 2.513 1.594 1.513 2.346 0.944 2.801 3.020 1.249 1.391 5.907 7.263 1.648 1.658 0.860 1.266 1.601 1.824 1.292 1.406 1.148 0.763 11991 chrX 149360746 149372528 + 0 NA Intergenic Intergenic -29602 NR_031748 100313839 NR_031748 ENSG00000252454 MIR2114 - microRNA 2114 ncRNA nan 0.855 0.583 0.140 0.104 0.081 4.012 0.057 0.169 0.098 0.212 0.421 0.042 0.117 0.991 0.095 0.414 0.401 0.782 0.023 0.066 0.063 0.040 1.017 0.534 0.044 0.309 0.301 0.341 1.903 0.204 0.374 0.919 0.098 0.016 0.009 0.041 0.927 0.027 1.183 0.235 0.106 0.361 0.372 0.275 0.230 0.200 0.370 0.100 0.106 0.991 1.006 2.218 0.040 0.051 0.091 0.017 0.368 0.026 1.214 0.034 0.031 0.735 0.220 0.161 0.260 0.195 0.231 0.349 0.157 0.164 0.101 0.067 0.399 0.411 0.167 0.258 0.122 0.118 0.243 0.179 0.134 0.141 0.068 0.078 0.215 0.261 0.285 0.227 4320 chr16 30378656 30391100 + 0 NA intron (NM_001324459, intron 2 of 8) AluSc8|SINE|Alu -1220 NM_013292 29895 Hs.50889 NM_013292 ENSG00000180209 MYLPF HUMMLC2B|MLC2B|MRLC2|MYL11 myosin light chain, phosphorylatable, fast skeletal muscle protein-coding 2.936 2.060 2.909 3.515 3.635 2.621 1.197 2.229 3.538 0.591 3.809 1.348 1.308 3.360 2.237 2.281 1.036 0.206 2.096 0.488 1.478 0.893 0.946 0.488 3.045 1.054 0.986 1.700 2.252 0.482 1.941 3.683 1.685 8.840 0.900 1.982 0.698 1.808 0.091 0.522 1.475 2.448 1.520 0.629 1.423 0.793 3.104 1.675 2.457 3.772 2.150 2.021 2.281 2.984 1.968 3.045 0.531 0.899 0.961 2.787 2.439 1.384 1.019 1.460 1.273 1.268 0.832 2.543 2.974 2.579 3.497 4.157 3.536 6.026 2.809 4.166 4.067 1.941 2.860 6.147 8.532 3.966 4.131 1.598 3.057 2.615 2.787 2.229 5.001 2.182 1.081 4262 chr16 16081030 16100707 + 0 NA intron (NM_004996, intron 1 of 30) intron (NM_004996, intron 1 of 30) 47434 NM_004996 4363 Hs.391464 NM_004996 ENSG00000103222 ABCC1 ABC29|ABCC|GS-X|MRP|MRP1 ATP binding cassette subfamily C member 1 protein-coding 1.066 0.701 nan 1.134 0.304 0.116 2.044 0.114 0.322 0.762 2.939 2.832 0.028 0.041 0.122 0.286 0.793 0.318 1.139 0.549 1.189 0.035 0.175 0.105 0.159 2.399 2.181 0.438 0.252 0.246 0.189 0.494 0.096 0.498 0.134 1.982 0.096 0.105 0.092 0.323 0.085 1.036 0.623 0.317 0.655 0.412 0.405 3.377 2.221 0.466 0.043 0.757 0.286 0.879 3.016 0.159 0.539 0.210 0.153 0.163 0.056 0.605 0.080 0.352 0.204 1.481 1.306 0.239 0.133 0.188 0.228 0.324 0.296 0.935 0.283 0.523 0.550 0.508 0.842 1.439 1.911 nan 0.755 0.286 0.305 0.470 0.636 0.374 0.802 0.810 0.485 3764 chr14 91973936 91978504 + 0 NA 5' UTR (NM_001284280, exon 1 of 15) 5' UTR (NM_001284280, exon 1 of 15) 604 NM_001284280 55671 Hs.533887 NM_017936 ENSG00000100796 PPP4R3A FLFL1|KIAA2010|MSTP033|PP4R3|PP4R3A|SMEK1|smk-1|smk1 protein phosphatase 4 regulatory subunit 3A protein-coding 13.914 5.395 nan 6.110 10.623 9.292 2.620 4.417 6.971 2.328 3.769 1.926 5.083 2.542 8.340 9.861 5.063 0.840 2.584 0.736 9.707 3.274 4.084 2.086 9.191 5.033 7.163 2.259 6.600 2.699 11.430 14.273 13.000 14.300 2.143 6.371 1.731 6.175 0.163 2.347 5.665 5.787 6.721 2.665 2.724 5.373 3.183 4.823 7.947 11.679 4.567 7.363 9.861 3.649 5.808 9.191 4.182 5.849 1.891 5.895 3.083 3.875 2.485 2.772 7.840 2.925 2.165 9.032 8.522 12.717 18.390 17.698 17.160 7.503 5.096 27.599 29.582 6.384 8.748 15.289 23.962 16.252 17.085 8.338 13.818 9.389 9.763 8.491 6.365 5.863 3.773 1707 chr10 127376051 127389588 + 0 NA intron (NR_033848, intron 2 of 4) MER44A|DNA|TcMar-Tigger 11007 NR_033848 283038 Hs.144911 NR_033848 ENSG00000228021 LOC283038 - uncharacterized LOC283038 ncRNA nan 1.022 0.726 0.091 0.148 0.090 2.858 0.197 0.347 0.028 0.116 5.085 0.128 0.045 0.066 0.569 0.149 0.059 0.539 0.279 0.032 0.069 0.118 0.169 4.070 3.903 0.044 0.448 0.326 0.318 1.146 0.282 0.513 0.033 0.139 0.035 0.018 0.067 0.209 0.041 0.109 0.120 0.052 1.154 0.119 0.131 0.118 0.210 0.037 0.046 0.346 0.569 0.553 0.163 0.169 0.768 0.220 0.021 0.052 0.023 1.035 0.037 0.045 0.022 0.004 0.011 0.284 0.292 0.189 0.400 0.210 0.262 0.883 0.231 0.100 0.185 0.061 0.156 1.210 0.954 0.194 0.098 0.145 0.249 0.106 0.078 0.101 0.180 0.587 0.577 7753 chr3 113462432 113468594 + 0 NA promoter-TSS (NM_025146) promoter-TSS (NM_025146) -353 NM_001690 523 Hs.477155 NM_001690 ENSG00000114573 ATP6V1A ARCL2D|ATP6A1|ATP6V1A1|HO68|VA68|VPP2|Vma1 ATPase H+ transporting V1 subunit A protein-coding 6.437 nan 3.012 3.194 5.137 2.692 4.367 2.888 5.795 2.025 3.107 3.296 2.016 1.285 3.369 3.861 5.075 0.419 3.648 0.850 3.321 3.419 2.147 0.929 6.647 3.311 3.968 2.125 5.410 2.224 5.308 6.237 2.645 5.899 1.681 4.100 0.758 2.702 0.114 1.359 2.392 5.126 4.152 1.735 2.261 1.908 2.608 4.409 3.349 3.050 1.992 2.855 3.861 4.171 3.563 6.647 2.116 1.729 2.487 3.603 1.797 3.403 1.527 2.969 2.169 2.467 1.587 6.230 5.284 7.210 10.304 8.084 nan 12.450 8.042 15.513 16.633 nan 6.879 5.826 8.213 15.256 13.931 2.451 4.278 3.807 4.336 7.550 7.217 3.893 2.102 3103 chr13 30156481 30170884 + 0 NA intron (NM_003045, intron 1 of 12) intron (NM_003045, intron 1 of 12) 6143 NM_003045 6541 Hs.14846 NM_003045 ENSG00000139514 SLC7A1 ATRC1|CAT-1|ERR|HCAT1|REC1L solute carrier family 7 member 1 protein-coding 2.137 1.627 3.633 3.440 2.267 1.233 1.245 0.389 0.767 0.226 1.167 0.795 0.345 0.390 1.591 0.874 1.369 0.098 0.926 0.631 0.460 1.050 0.836 0.541 1.612 0.694 0.583 0.498 0.364 0.317 1.755 2.570 0.422 1.719 0.206 0.589 0.344 1.401 0.075 0.336 0.775 2.016 1.476 0.701 1.175 0.271 1.228 1.787 0.944 0.873 0.758 0.728 0.874 0.960 1.050 1.612 0.611 0.974 0.249 1.625 0.958 0.651 0.859 0.988 0.520 0.364 0.175 2.664 2.643 1.251 2.411 3.335 2.710 2.164 0.998 2.947 3.039 0.926 1.264 1.664 2.755 4.719 5.661 2.265 4.218 1.790 1.516 2.982 3.451 1.165 0.697 9704 chr6 51242981 51265171 + 0 NA Intergenic Intergenic -232592 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.773 0.905 nan 0.046 0.318 0.032 0.405 0.303 0.425 0.009 0.056 0.050 0.011 0.741 0.143 0.335 0.114 0.094 0.299 0.186 0.034 0.019 0.078 0.080 0.750 0.006 0.010 0.003 0.079 0.005 0.319 1.223 0.397 0.637 0.276 0.022 0.086 0.020 0.115 0.442 0.107 0.229 0.022 0.007 0.094 0.024 0.065 0.199 0.015 0.047 0.035 0.063 0.335 0.186 0.301 0.750 0.061 0.068 0.005 0.050 0.082 0.036 0.062 0.066 0.051 0.029 0.028 0.693 0.319 5.772 5.990 0.649 0.731 0.126 0.065 0.611 0.696 0.165 0.286 0.394 0.413 0.233 0.071 0.325 0.436 0.459 0.456 0.212 0.363 0.137 0.283 2044 chr11 67440404 67452224 + 0 NA intron (NM_001031615, intron 1 of 9) L1PB1|LINE|L1 2381 NM_001031615 222 Hs.87539 NM_000695 ENSG00000132746 ALDH3B2 ALDH8 aldehyde dehydrogenase 3 family member B2 protein-coding nan 1.517 1.149 0.347 0.346 0.189 0.707 0.110 0.296 1.138 0.105 0.263 0.610 0.068 0.083 0.196 0.089 0.096 1.277 0.529 0.010 0.080 0.121 1.360 0.035 0.042 0.037 0.080 0.170 1.474 6.653 2.175 2.628 0.990 0.083 0.032 0.065 0.108 0.005 0.040 0.163 0.061 0.026 0.304 0.434 2.087 0.193 0.096 0.036 0.073 4.159 0.196 0.648 0.047 1.360 1.001 2.345 0.025 0.233 0.077 0.133 3.453 0.042 0.026 0.010 0.017 3.830 4.455 0.245 0.524 0.498 0.596 0.368 0.220 2.014 2.147 0.200 0.328 3.329 4.714 0.324 0.121 2.547 3.810 0.088 0.077 0.156 0.235 0.318 0.337 9513 chr6 25358967 25372634 + 0 NA intron (NM_017640, intron 2 of 36) AluSz6|SINE|Alu 86144 NM_001173977 55604 Hs.649550 NM_017640 ENSG00000079691 CARMIL1 CARMIL|CARMIL1a|LRRC16|LRRC16A|dJ501N12.1|dJ501N12.5 capping protein regulator and myosin 1 linker 1 protein-coding 2.086 1.447 nan 0.386 1.262 0.953 0.083 0.586 0.789 0.140 0.131 0.113 0.072 0.139 0.469 0.392 0.974 0.129 0.094 0.041 0.102 0.423 0.204 0.850 0.167 0.074 0.027 0.104 0.055 0.093 0.237 0.158 nan 0.053 0.094 0.981 0.128 0.084 0.018 0.104 0.533 0.036 0.052 0.032 0.051 0.155 0.117 0.197 0.145 0.242 0.167 0.392 0.101 0.074 0.850 0.062 0.079 0.579 0.119 0.913 0.138 0.163 1.041 0.128 0.004 2.189 2.806 1.069 nan 0.499 0.418 nan 1.173 0.590 0.650 1.832 2.878 1.746 1.894 1.536 1.097 0.451 0.922 3.592 4.729 1.367 3.316 1.686 0.990 8038 chr3 174865719 174874147 + 0 NA intron (NM_207015, intron 2 of 13) intron (NM_207015, intron 2 of 13) -36901 NR_046390 100862679 Hs.148810 NR_046390 ENSG00000230292 NAALADL2-AS3 - NAALADL2 antisense RNA 3 ncRNA 1.389 2.943 1.652 3.024 1.866 0.365 0.818 1.797 3.220 0.271 0.056 0.022 0.037 0.143 0.158 0.801 0.207 0.096 0.993 0.270 0.112 0.788 0.391 1.799 0.008 0.009 0.017 0.923 0.376 0.989 2.259 2.496 1.672 1.164 0.051 1.052 0.025 0.089 0.042 0.533 0.088 0.080 0.812 0.573 0.333 0.082 0.010 0.049 0.140 0.165 0.801 0.557 0.077 1.799 0.030 0.560 0.053 0.021 0.446 0.537 0.050 0.256 0.019 0.006 0.752 0.490 5.464 5.876 1.295 1.379 9.766 6.949 4.114 4.128 1.039 1.430 3.557 3.192 0.881 0.351 0.077 0.324 3.694 6.729 0.432 0.940 0.877 0.607 4553 chr17 4378057 4426440 + 0 NA 5' UTR (NM_001124758, exon 1 of 13) 5' UTR (NM_001124758, exon 1 of 13) 110 NM_001124758 124976 Hs.22824 NM_001124758 ENSG00000183018 SPNS2 - sphingolipid transporter 2 protein-coding 1.190 0.473 0.778 1.333 0.086 1.081 0.906 0.210 0.305 1.454 0.069 0.134 0.299 0.335 0.205 0.421 0.065 0.057 1.212 0.592 0.086 0.026 0.179 0.088 0.475 0.324 0.166 0.053 0.523 0.369 1.311 3.793 1.730 0.608 0.145 0.109 0.025 0.061 0.065 0.058 0.042 0.221 0.231 0.137 2.227 0.874 3.767 0.124 0.357 0.104 0.755 0.936 0.421 1.179 0.939 0.475 0.399 3.857 0.329 0.320 0.303 0.401 0.045 0.146 0.022 0.176 0.111 0.567 0.870 0.324 0.788 0.612 0.572 1.187 0.363 0.365 0.376 0.259 0.506 0.874 0.939 0.742 0.608 0.315 0.299 0.179 0.228 0.622 0.899 0.952 0.533 10457 chr7 80785979 80795525 + 0 NA Intergenic Intergenic -239057 NM_001350120 10512 Hs.269109 NM_006379 ENSG00000075223 SEMA3C SEMAE|SemE semaphorin 3C protein-coding 1.557 0.667 0.967 0.438 0.151 7.881 0.870 0.574 1.226 0.070 0.343 2.189 0.007 0.101 0.895 0.619 0.662 0.168 0.478 0.318 0.848 0.015 0.231 0.208 0.342 0.688 0.545 0.023 1.458 1.098 0.320 1.067 0.815 0.759 0.660 0.112 0.340 1.054 0.150 0.977 2.942 0.146 0.044 0.016 0.428 0.756 0.152 8.804 0.843 0.156 0.469 0.682 0.619 0.467 0.335 0.342 0.345 0.120 0.784 0.091 0.287 1.312 0.132 0.130 1.009 0.717 0.843 0.489 0.311 0.312 0.394 1.778 1.710 0.164 0.069 0.079 0.109 1.374 1.724 0.632 0.403 2.950 2.345 0.245 0.328 1.448 1.933 0.265 nan 0.578 0.551 4231 chr16 11686919 11692903 + 0 NA Intergenic Intergenic -8589 NR_024320 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 0.927 1.107 nan 1.410 0.561 0.158 1.574 0.267 0.318 1.633 0.624 0.133 6.500 0.129 0.089 0.645 0.228 0.108 2.513 1.231 0.202 0.046 0.158 0.097 1.283 0.968 0.381 0.545 1.274 0.963 2.389 6.836 0.663 0.901 0.832 1.143 0.047 0.090 0.102 0.059 0.093 0.184 0.091 0.038 1.178 0.729 0.992 0.094 1.182 0.126 0.514 2.590 0.645 4.151 0.110 1.283 0.409 0.938 0.064 0.203 0.051 0.647 0.263 0.228 0.019 0.030 1.036 1.652 0.204 0.383 0.935 1.037 0.992 0.401 0.618 0.511 0.378 0.693 2.426 1.921 nan 0.340 0.690 0.676 0.284 0.403 0.083 0.153 0.583 0.417 1437 chr10 35414600 35420618 + 0 NA intron (NM_183060, intron 1 of 5) AluY|SINE|Alu 1224 NM_181571 1390 Hs.200250 NM_001881 ENSG00000095794 CREM CREM-2|ICER|hCREM-2 cAMP responsive element modulator protein-coding 3.003 2.476 3.208 2.385 0.897 0.814 2.345 2.022 3.921 0.759 4.193 2.787 0.608 0.335 1.823 2.209 4.053 1.045 2.516 0.597 7.493 6.154 0.967 0.738 2.188 1.071 1.298 2.586 1.905 0.815 1.833 2.489 2.127 4.290 0.483 2.851 0.380 3.288 0.225 0.824 1.911 1.733 4.138 1.646 1.231 1.338 1.608 1.927 4.329 3.078 2.438 2.876 2.209 4.261 10.158 2.188 1.299 1.580 0.565 4.814 1.821 1.893 0.344 1.208 1.454 2.306 1.536 2.097 3.130 4.085 nan 3.338 2.370 4.772 2.256 10.277 10.603 2.755 3.550 2.634 4.408 1.463 1.859 1.050 2.023 1.885 1.555 3.640 3.554 1.418 0.672 6189 chr2 71678280 71705138 + 0 NA intron (NM_001130976, intron 1 of 53) L2a|LINE|L2 -2123 NM_001130455 8291 Hs.252180 NM_003494 ENSG00000135636 DYSF FER1L1|LGMD2B|MMD1 dysferlin protein-coding nan nan 0.786 0.303 0.197 0.066 0.840 0.191 0.288 0.142 0.315 0.123 0.189 0.030 0.066 0.314 0.114 0.084 0.409 0.262 0.071 0.051 0.081 0.054 0.163 0.769 0.479 0.197 0.527 0.247 0.509 1.190 1.148 0.756 0.591 0.294 0.018 0.146 0.135 0.263 0.056 8.391 1.611 0.786 0.256 0.186 0.609 0.335 0.308 0.155 1.438 0.925 0.314 0.893 0.247 0.163 0.207 0.126 0.077 0.418 0.075 0.606 0.049 0.105 0.491 0.133 0.042 0.311 0.294 0.328 0.518 0.853 0.830 0.946 0.253 0.346 0.395 0.202 0.398 0.567 0.701 0.349 0.202 0.332 0.372 0.120 0.169 0.180 0.358 nan 0.417 2517 chr12 16499557 16505692 + 0 NA intron (NR_048547, intron 1 of 2) intron (NR_048547, intron 1 of 2) 1912 NR_048547 4257 Hs.389700 NM_020300 ENSG00000008394 MGST1 GST12|MGST|MGST-I microsomal glutathione S-transferase 1 protein-coding 2.002 1.922 2.715 4.201 1.905 0.810 2.872 0.973 2.102 2.221 0.317 7.150 0.859 0.016 0.087 0.462 1.387 0.369 3.652 1.751 4.015 0.022 3.631 3.266 0.293 5.565 7.044 0.276 7.760 2.797 6.810 9.106 6.874 0.343 1.263 8.238 1.055 0.071 0.135 1.411 2.910 4.992 1.656 1.017 4.293 3.165 7.574 9.402 6.037 0.898 2.382 4.181 0.462 2.756 3.917 0.293 2.216 3.344 0.253 0.208 0.692 3.652 0.049 1.701 1.555 0.009 0.017 0.249 0.184 3.536 5.041 nan 1.178 0.910 0.186 6.235 6.690 0.390 0.692 4.020 6.521 1.426 1.483 0.233 0.247 3.967 3.245 3.952 5.879 2.581 1.224 7547 chr3 25333059 25351544 + 0 NA intron (NM_001290216, intron 4 of 10) AluSx1|SINE|Alu -39992 NM_001290300 5915 Hs.543218 NM_000965 ENSG00000077092 RARB HAP|MCOPS12|NR1B2|RARbeta1|RRB2 retinoic acid receptor beta protein-coding 0.686 1.260 0.664 0.074 0.062 0.191 0.054 0.095 0.258 0.041 0.075 0.136 0.037 0.005 0.053 0.347 0.130 0.070 0.069 0.010 0.027 0.008 0.009 0.072 0.077 0.015 0.004 0.020 0.059 0.035 0.055 0.053 0.142 0.071 0.064 0.320 0.135 0.051 0.136 0.095 0.016 0.021 0.012 0.025 0.036 0.152 0.220 0.019 0.047 0.152 0.347 0.062 0.020 0.077 0.040 0.039 0.018 0.032 0.038 0.017 0.037 0.033 0.029 0.031 0.022 0.187 0.105 3.569 8.893 0.271 0.365 0.092 0.052 0.094 0.137 0.343 0.564 0.131 0.140 nan 0.155 0.146 0.275 1.024 1.122 0.087 0.153 0.316 0.347 10944 chr8 49605587 49622450 + 0 NA Intergenic Intergenic 33852 NM_001142857 79645 Hs.23245 NM_024593 ENSG00000034239 EFCAB1 - EF-hand calcium binding domain 1 protein-coding 1.533 nan 1.412 0.076 0.062 0.077 0.608 0.296 0.749 0.011 0.112 0.110 0.019 0.048 0.128 0.456 0.112 0.114 0.132 0.023 0.033 0.016 0.630 0.478 0.230 0.164 0.060 0.013 0.100 0.182 0.228 0.409 0.046 2.479 0.197 0.041 0.639 0.039 0.108 0.035 0.104 0.126 0.068 0.042 0.058 0.036 0.076 0.195 0.140 0.104 0.019 0.083 0.456 0.105 0.022 0.230 0.559 0.068 0.214 0.156 1.920 0.079 0.123 0.109 0.035 0.007 0.012 0.592 1.045 0.290 0.695 3.757 2.963 4.900 1.095 0.319 0.332 0.330 0.607 0.074 0.121 0.399 0.272 0.291 0.517 2.595 2.095 0.268 0.328 3.157 1.573 6108 chr2 51097313 51122960 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 5 of 23) intron (NM_001135659, intron 5 of 23) 149538 NM_001330093 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 1.065 nan 0.815 0.039 0.206 0.062 0.014 0.187 0.477 0.011 0.106 0.014 0.024 0.031 0.207 0.309 0.109 0.063 0.105 0.015 0.020 0.011 0.319 0.279 0.313 0.001 0.009 0.041 0.078 0.106 0.072 0.350 0.059 0.036 0.437 0.034 0.122 0.102 0.075 0.005 0.009 0.004 0.022 0.090 0.059 0.025 0.017 0.017 0.029 0.309 0.046 0.018 0.313 0.038 0.029 0.285 0.011 0.052 0.003 0.042 0.636 0.009 0.016 0.014 0.357 0.205 0.159 0.229 0.357 0.540 0.471 0.199 0.323 0.310 3.125 3.555 0.799 0.816 1.094 0.565 0.127 0.187 1.195 1.691 0.737 2.152 0.359 0.260 1740 chr11 701564 711856 + 0 NA intron (NM_022772, intron 1 of 20) intron (NM_022772, intron 1 of 20) 590 NM_022772 64787 Hs.55016 NM_022772 ENSG00000177106 EPS8L2 DFNB106|EPS8R2 EPS8 like 2 protein-coding 1.276 1.448 2.089 6.230 0.664 0.099 5.505 0.346 0.578 1.089 2.572 0.137 3.766 2.057 0.316 0.421 0.219 0.110 5.089 1.489 0.398 0.148 0.147 0.087 0.903 1.411 1.772 2.398 4.017 2.133 7.133 10.974 5.517 0.402 1.749 0.916 0.036 0.242 0.065 1.238 0.395 10.122 2.147 1.037 2.712 2.750 3.268 1.199 5.704 1.688 0.821 1.843 0.421 4.533 4.742 0.903 2.285 3.752 0.141 2.449 0.405 0.819 0.410 0.024 0.954 2.373 1.378 1.462 2.442 2.524 3.874 1.243 1.177 0.729 0.301 0.746 0.998 0.336 0.639 2.199 3.173 0.313 0.190 1.496 1.486 0.198 0.176 0.206 0.266 0.608 0.402 1600 chr10 97204425 97217810 + 0 NA intron (NM_001290294, intron 2 of 31) intron (NM_001290294, intron 2 of 31) -10180 NM_001290296 10580 Hs.38621 NM_006434 ENSG00000095637 SORBS1 CAP|FLAF2|R85FL|SH3D5|SH3P12|SORB1 sorbin and SH3 domain containing 1 protein-coding 0.710 0.763 0.682 0.049 0.117 0.033 0.405 0.123 0.294 0.029 0.123 0.110 0.255 0.074 0.113 0.028 0.085 0.107 0.166 0.114 0.067 0.021 0.059 0.037 0.091 0.260 0.150 0.049 0.278 0.174 0.085 0.175 0.264 0.279 0.044 0.080 0.007 0.040 0.078 0.133 0.113 0.110 0.081 0.052 0.415 0.040 0.159 0.231 0.164 0.058 0.227 0.089 0.028 0.162 0.766 0.091 0.064 0.086 0.065 0.087 0.045 0.489 0.015 0.167 0.068 0.331 0.358 0.478 0.438 2.875 6.985 0.227 0.299 0.575 0.210 0.157 0.141 0.218 0.438 nan 0.589 0.214 0.133 0.166 0.267 0.108 0.167 0.245 0.530 0.498 0.384 9882 chr6 122930112 122946281 + 0 NA intron (NM_032471, intron 1 of 3) intron (NM_032471, intron 1 of 3) 6819 NM_181795 5570 Hs.741340 NM_032471 ENSG00000135549 PKIB PRKACN2 cAMP-dependent protein kinase inhibitor beta protein-coding 1.520 2.035 1.388 0.191 0.304 0.094 0.313 0.565 1.113 0.012 0.062 0.372 0.019 0.150 0.268 0.324 0.106 0.049 0.511 0.247 0.128 0.052 1.543 0.842 0.992 0.043 0.009 0.004 0.303 0.255 1.002 1.621 0.675 1.679 0.488 0.137 1.598 0.074 0.127 0.044 0.583 0.125 0.175 0.106 0.747 0.424 0.805 0.099 0.252 0.747 1.186 1.370 0.324 0.390 0.778 0.992 0.281 0.210 0.288 0.072 0.577 0.167 0.042 0.100 0.048 0.021 0.022 0.287 0.186 0.230 0.507 1.785 1.813 10.832 4.522 0.329 0.385 0.352 0.456 0.425 0.513 1.236 0.993 0.127 0.241 6.603 8.583 0.585 1.435 1.610 0.760 11704 chr9 111773425 111778180 + 0 NA promoter-TSS (NM_003798) promoter-TSS (NM_003798) 72 NM_001286974 8727 Hs.58488 NM_003798 ENSG00000119326 CTNNAL1 ACRP|CLLP|alpha-CATU catenin alpha like 1 protein-coding 3.546 2.119 nan 1.400 3.043 0.378 4.662 0.742 2.112 0.994 3.537 1.498 0.341 0.125 1.233 1.198 1.823 0.136 4.016 1.194 2.299 0.290 0.971 0.405 2.314 1.371 1.264 1.799 2.840 1.428 2.643 nan 1.201 4.546 1.867 2.390 0.399 0.424 0.061 1.630 1.183 9.744 3.389 1.525 1.466 1.466 1.920 2.402 1.883 3.969 1.476 0.976 1.198 7.832 2.740 2.314 0.567 0.298 0.778 3.918 1.515 3.583 0.544 0.759 1.719 4.983 4.454 1.707 1.892 4.028 6.303 3.740 3.113 3.310 1.079 4.951 4.683 1.241 1.770 2.665 nan 4.623 5.981 1.276 2.171 3.233 3.513 3.228 2.959 nan 1.395 9584 chr6 34051068 34090161 + 0 NA intron (NM_001256809, intron 1 of 8) MIRc|SINE|MIR 3145 NM_001256813 2914 Hs.429018 NM_000841 ENSG00000124493 GRM4 GPRC1D|MGLUR4|mGlu4 glutamate metabotropic receptor 4 protein-coding nan 0.891 nan 0.051 0.824 0.764 0.089 0.222 0.399 0.010 0.072 0.052 0.010 0.082 0.616 0.400 0.087 0.090 0.070 0.029 0.039 0.018 0.151 0.118 1.223 0.057 0.047 0.034 0.071 0.025 0.076 0.177 0.123 0.815 0.026 0.044 0.071 0.057 0.088 0.006 0.201 0.149 0.051 0.034 0.008 0.049 0.087 0.199 0.067 0.049 0.030 0.042 0.400 0.088 0.026 1.223 0.038 0.036 0.289 0.137 0.070 0.032 0.162 0.492 0.012 0.029 0.009 0.614 1.184 0.149 nan nan 1.338 1.329 0.387 0.182 0.222 0.290 0.528 4.010 4.610 1.318 1.278 0.498 0.509 0.451 0.501 0.813 1.982 0.728 0.527 603 chr1 114521316 114543389 + 0 NA Intergenic Intergenic 10339 NM_001286353 56944 Hs.9315 NM_020190 ENSG00000116774 OLFML3 HNOEL-iso|OLF44 olfactomedin like 3 protein-coding nan 0.699 1.108 0.105 0.124 0.031 0.106 0.145 0.268 0.096 0.267 0.214 0.023 3.577 0.148 0.244 1.031 0.125 0.062 0.035 0.037 0.025 0.161 0.137 0.111 0.172 0.092 0.044 0.085 0.058 0.058 0.181 0.083 0.312 0.004 0.113 0.013 0.046 0.113 0.016 0.053 0.222 0.033 0.021 0.095 0.035 1.542 0.262 0.092 0.036 0.014 0.175 0.244 0.081 0.051 0.111 0.066 0.056 0.118 0.557 1.139 0.124 0.094 0.386 0.127 0.037 0.024 0.342 0.270 0.206 0.311 0.476 nan 1.081 0.383 0.318 0.360 0.448 0.751 1.781 1.169 0.517 0.357 0.270 0.435 0.122 0.104 0.383 0.996 1.185 0.816 8250 chr4 7804140 7812254 + 0 NA intron (NM_198595, intron 9 of 16) intron (NM_198595, intron 9 of 16) 52380 NR_026892 84740 Hs.663029 NM_032654 ENSG00000272620 AFAP1-AS1 AFAP1-AS|AFAP1AS AFAP1 antisense RNA 1 ncRNA 0.723 0.492 nan 0.584 0.205 0.150 1.792 0.080 0.163 0.602 2.279 0.546 0.740 0.124 0.254 0.406 2.231 0.158 0.351 0.094 3.367 0.068 0.184 0.131 0.236 0.605 0.389 0.827 0.139 0.143 0.432 0.949 0.946 0.261 0.198 2.602 0.047 0.240 0.076 0.530 0.109 0.887 6.357 2.565 1.124 0.085 0.260 0.516 2.115 1.196 3.015 2.314 0.406 0.443 0.339 0.236 1.117 0.563 0.131 0.767 0.037 1.037 0.422 0.122 0.887 0.660 0.250 0.547 0.621 1.225 3.403 0.595 0.749 nan 0.161 0.411 0.521 0.241 0.538 0.474 0.512 0.780 0.706 0.420 0.483 0.070 0.176 0.271 0.454 nan 0.288 8009 chr3 171909573 171944180 + 0 NA intron (NM_022763, intron 3 of 25) MER52A|LTR|ERV1 168532 NM_001135095 64778 Hs.744888 NM_022763 ENSG00000075420 FNDC3B FAD104|PRO4979|YVTM2421 fibronectin type III domain containing 3B protein-coding 1.571 1.763 1.122 0.454 1.611 0.360 0.410 0.371 0.620 0.116 0.920 0.650 0.296 0.090 0.157 1.207 1.043 0.196 0.264 0.082 0.655 0.024 0.545 0.439 1.743 0.430 0.208 0.072 0.192 0.059 0.251 0.563 0.788 0.363 0.101 0.186 0.305 0.175 0.075 0.228 0.116 0.217 0.070 0.061 0.136 0.040 0.553 0.156 0.380 0.224 0.175 0.798 1.207 0.231 0.501 1.743 0.086 0.208 0.106 0.254 0.372 0.247 1.214 0.197 0.087 0.030 0.010 0.334 0.247 1.013 1.432 0.704 0.773 0.884 0.265 0.249 0.266 2.235 2.954 2.811 4.132 0.578 0.355 0.694 1.092 1.322 1.744 0.344 0.629 1.322 0.867 5666 chr19 39916548 39940024 + 0 NA Intergenic Intergenic -1626 NM_001321111 6217 Hs.397609 NM_001020 ENSG00000105193 RPS16 S16 ribosomal protein S16 protein-coding 2.229 1.739 2.257 2.246 3.088 0.950 1.711 1.080 1.891 0.704 2.313 1.854 0.193 0.905 1.415 1.329 0.984 0.355 3.100 1.162 1.553 0.549 0.874 0.577 1.683 1.485 1.320 2.841 2.555 0.988 2.084 3.550 1.978 5.377 0.942 1.689 0.231 2.804 0.175 1.204 0.378 2.087 1.439 0.750 1.376 0.948 2.267 0.859 5.704 4.303 1.576 1.851 1.329 5.189 1.683 1.683 1.309 1.448 0.480 3.114 1.644 0.647 0.703 0.748 0.806 0.586 0.413 2.722 2.826 2.658 3.411 3.083 3.247 4.507 1.763 6.041 6.442 2.190 3.096 3.579 4.685 nan 3.399 1.948 2.976 1.552 1.770 2.340 3.438 2.275 1.208 11197 chr8 107092024 107099458 + 0 NA Intergenic Intergenic -23010 NR_125796 102723356 Hs.571413 NR_125796 ZFPM2-AS1 - ZFPM2 antisense RNA 1 ncRNA 2.738 nan nan 1.394 0.981 0.149 2.574 0.129 0.393 0.245 1.108 2.890 0.050 0.067 0.039 1.478 1.462 0.129 0.685 0.355 0.697 0.022 0.178 1.064 2.533 2.108 0.179 0.657 0.441 0.403 0.968 0.431 3.409 1.416 4.927 0.013 0.111 0.071 0.737 0.118 0.075 0.142 0.114 0.589 0.391 0.907 4.900 0.641 0.415 2.184 1.831 1.478 0.492 0.872 1.064 1.006 0.111 0.261 0.039 1.398 0.708 0.053 0.315 0.523 0.085 0.048 0.386 0.209 0.392 1.272 0.546 0.489 nan 0.145 0.651 0.617 5.610 nan 1.950 nan nan 0.312 0.189 0.304 0.159 0.642 0.749 nan 1.507 1.249 90 chr1 11860094 11867452 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330358) promoter-TSS (NM_001330358) -39 NM_001330358 4524 Hs.214142 NM_005957 ENSG00000177000 MTHFR - methylenetetrahydrofolate reductase protein-coding 3.101 2.066 nan 3.181 4.233 2.552 1.834 1.290 2.412 0.973 2.476 1.299 1.312 1.156 2.664 2.048 2.962 0.550 3.556 1.108 2.039 1.332 0.855 0.441 1.391 2.223 2.112 1.831 3.587 1.738 4.103 6.860 3.457 5.658 1.832 1.318 0.286 2.252 0.178 1.111 0.278 2.321 2.208 1.175 2.530 1.795 1.663 2.542 1.586 4.703 1.800 2.501 2.048 5.303 3.474 1.391 1.516 1.681 0.795 2.807 1.449 1.452 0.730 1.228 1.237 2.427 1.449 1.596 1.985 2.007 2.968 4.846 4.971 2.835 1.391 4.248 nan 2.588 nan 6.380 8.479 nan 2.093 0.889 1.818 1.216 1.526 2.410 4.385 1.682 0.879 4712 chr17 34100388 34123245 + 0 NA intron (NM_001032278, intron 1 of 2) intron (NM_001032278, intron 1 of 2) 10895 NM_024302 79148 Hs.380710 NM_024302 ENSG00000271447 MMP28 EPILYSIN|MM28|MMP-25|MMP-28|MMP25 matrix metallopeptidase 28 protein-coding nan 0.833 0.830 0.084 0.058 0.134 0.908 0.239 0.513 0.037 0.093 0.262 0.201 0.044 0.099 0.169 1.075 0.288 0.167 0.108 0.056 0.017 0.157 0.177 0.120 2.570 2.147 0.391 0.386 0.555 0.374 1.201 0.628 0.546 0.231 0.085 0.033 0.123 0.120 0.486 0.038 0.213 0.084 0.071 0.821 0.434 0.302 0.228 1.175 0.103 0.055 0.290 0.169 0.148 0.905 0.120 0.343 0.163 0.077 0.269 0.031 1.207 0.044 0.060 0.163 0.010 0.020 0.370 0.345 0.177 0.399 nan 0.414 0.522 0.113 0.300 0.342 0.214 0.481 0.203 0.219 nan 0.188 0.257 0.326 0.104 0.139 0.244 0.456 0.391 0.419 3514 chr14 38048145 38074154 + 0 NA exon (NM_004496, exon 2 of 2) exon (NM_004496, exon 2 of 2) 3176 NM_004496 3169 Hs.163484 NM_004496 ENSG00000129514 FOXA1 HNF3A|TCF3A forkhead box A1 protein-coding 6.739 6.579 4.816 4.975 7.064 5.559 2.898 1.950 3.482 0.158 2.806 1.956 10.567 2.811 8.287 1.027 0.109 0.112 5.342 1.540 2.670 2.567 2.751 1.439 3.642 3.898 5.092 0.056 2.686 2.747 21.470 26.331 8.314 15.893 2.300 5.189 2.615 0.970 0.119 1.351 2.525 0.577 0.990 0.417 3.830 3.833 4.264 0.156 3.412 0.767 3.489 6.356 1.027 5.469 8.792 3.642 2.742 4.652 0.538 0.757 2.857 0.118 1.670 0.483 0.090 0.031 0.016 0.321 0.339 4.063 5.689 7.161 6.226 6.447 2.602 1.486 1.608 2.012 2.482 5.389 8.149 1.701 1.755 1.633 3.586 9.066 7.553 1.286 1.591 3.015 1.889 8722 chr5 3590740 3599179 + 0 NA Intergenic CpG -1209 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.244 0.459 0.713 0.034 0.135 0.006 0.017 0.115 0.156 0.011 0.044 0.060 0.015 0.023 0.182 1.967 0.116 0.132 0.088 0.022 0.022 0.673 0.145 0.127 1.165 0.035 0.022 0.130 0.172 0.208 0.109 1.219 0.035 0.051 0.023 0.076 0.075 0.337 0.609 0.102 0.040 0.019 0.073 0.045 0.083 0.039 0.025 0.028 0.056 1.967 0.082 0.022 1.165 0.068 0.931 0.020 0.049 0.037 1.499 0.044 0.014 0.041 0.012 2.630 2.091 0.416 nan 6.929 5.950 0.051 0.028 0.033 0.048 0.065 0.189 nan 0.109 nan 11.801 1.821 5.188 0.029 0.071 0.067 0.044 0.102 nan 565 chr1 107765643 107807709 + 0 NA intron (NM_001312688, intron 2 of 7) intron (NM_001312688, intron 2 of 7) 95985 NM_001113228 22854 Hs.133046 NM_014917 ENSG00000162631 NTNG1 Lmnt1 netrin G1 protein-coding 0.913 nan nan 0.224 0.139 0.062 0.038 0.324 0.576 0.009 0.057 0.041 0.016 0.298 0.068 0.202 0.100 0.088 0.212 0.092 0.015 0.016 0.063 0.085 0.105 0.007 0.010 0.005 0.062 0.030 0.117 0.304 0.035 0.553 0.213 0.046 0.084 0.039 0.117 0.027 0.059 0.084 0.024 0.020 0.042 0.025 0.094 0.102 0.023 0.025 0.024 0.046 0.202 0.103 0.035 0.105 0.050 0.030 0.067 0.031 0.036 0.037 0.118 0.150 0.277 0.027 0.006 0.280 0.194 0.389 0.302 0.304 nan 3.888 1.269 0.223 0.208 2.698 2.954 nan nan 0.456 0.253 0.201 0.302 0.403 0.289 0.352 nan 0.516 0.518 9717 chr6 52904780 52916178 + 0 NA intron (NM_014920, intron 1 of 13) MER47A|DNA|TcMar-Tigger 16121 NM_016513 22858 Hs.417022 NM_014920 ENSG00000112144 ICK ECO|EJM10|LCK2|MRK intestinal cell kinase protein-coding 0.982 0.842 nan 0.277 0.131 0.050 5.318 0.098 0.186 0.134 0.669 3.196 0.031 0.053 0.078 0.236 1.291 0.214 1.077 0.316 0.463 0.012 0.096 0.166 0.217 1.657 0.886 0.111 0.169 0.646 0.084 0.432 0.356 0.332 2.085 0.133 0.049 0.086 0.098 4.359 0.035 2.857 2.062 0.876 1.217 0.476 0.177 5.005 0.107 1.071 0.118 0.227 0.236 1.649 1.303 0.217 0.065 0.059 0.153 0.235 0.108 2.443 0.096 0.325 4.630 4.852 5.115 0.509 0.409 0.382 0.755 0.269 0.305 0.467 0.225 0.293 0.249 0.350 0.594 0.682 0.699 0.476 0.337 0.097 0.267 0.281 0.402 0.567 1.511 0.593 0.556 3247 chr13 92598095 92605452 + 0 NA intron (NM_004466, intron 6 of 7) intron (NM_004466, intron 6 of 7) 402687 NR_120382 100873970 Hs.567269 NR_120382 GPC5-AS2 - GPC5 antisense RNA 2 ncRNA 1.010 1.121 0.875 0.030 0.130 0.037 0.039 0.153 0.299 0.020 0.036 0.025 0.118 0.255 0.090 0.023 0.075 0.025 0.128 0.077 0.409 0.024 0.029 0.027 0.029 0.098 0.124 0.035 0.351 0.043 0.300 0.061 4.405 0.062 0.008 0.030 0.021 0.066 0.067 0.011 0.009 0.054 0.036 0.255 0.038 0.409 0.056 0.408 0.008 0.125 0.362 0.990 0.021 0.008 0.007 0.725 0.528 0.177 0.195 0.607 0.729 0.265 0.193 0.170 0.142 0.782 0.855 0.797 0.733 1.698 1.668 0.258 0.625 0.699 0.749 2.125 5.015 0.223 0.211 850 chr1 165407426 165434821 + 0 NA Intergenic Intergenic -6531 NM_006917 6258 Hs.26550 NM_006917 ENSG00000143171 RXRG NR2B3|RXRC retinoid X receptor gamma protein-coding 1.272 nan 1.189 0.043 0.729 0.065 0.083 0.248 0.551 0.007 0.083 0.050 0.020 0.080 0.189 0.513 0.154 0.071 0.065 0.009 0.018 0.149 0.209 0.124 0.027 0.024 0.008 0.092 0.012 0.079 0.228 0.296 2.001 0.005 0.085 0.284 0.032 0.109 0.013 0.241 0.101 0.042 0.023 0.033 0.098 0.050 0.113 0.070 0.033 0.153 0.079 0.513 0.068 0.014 0.124 0.072 0.027 0.272 0.035 0.037 0.051 0.094 2.160 0.008 0.021 0.011 0.465 0.414 0.404 0.876 0.673 nan 0.207 0.120 0.130 0.127 0.224 0.364 1.415 nan 0.948 0.786 0.393 0.615 1.232 2.889 1.774 4.344 0.408 0.444 11174 chr8 103106978 103144019 + 0 NA intron (NM_001040624, intron 1 of 7) intron (NM_001040624, intron 1 of 7) 11064 NM_001040624 83988 Hs.492427 NM_032041 ENSG00000104490 NCALD - neurocalcin delta protein-coding 1.499 nan nan 0.196 4.170 0.305 0.141 2.715 5.320 0.045 0.084 0.050 0.042 0.756 0.683 0.546 0.125 0.104 0.421 0.184 0.022 0.004 1.158 0.552 1.762 0.094 0.040 0.048 0.156 0.458 0.481 2.073 1.587 1.953 0.348 0.052 0.875 0.047 0.093 0.089 0.172 0.184 0.247 0.175 0.368 0.408 0.140 0.562 0.127 0.116 0.043 0.072 0.546 1.029 0.058 1.762 0.205 0.255 0.045 0.127 0.751 0.036 0.056 0.093 0.027 0.017 0.014 0.345 0.358 0.278 0.310 2.859 2.721 nan 3.646 0.441 0.479 0.456 nan 8.882 11.331 nan 0.272 0.298 0.451 3.258 2.954 0.121 nan 2.018 1.224 10688 chr7 137412976 137452640 + 0 NA intron (NM_001321708, intron 1 of 32) MIRc|SINE|MIR 98270 NM_001321709 9162 Hs.242947 NM_004717 ENSG00000157680 DGKI DGK-IOTA diacylglycerol kinase iota protein-coding nan nan nan 0.068 0.080 0.252 0.029 0.461 0.953 0.002 0.091 0.074 0.009 0.048 0.234 0.544 0.147 0.101 0.074 0.033 0.024 0.003 0.165 0.167 0.062 0.019 0.025 0.122 0.024 0.065 0.098 0.146 0.633 0.022 0.065 0.029 0.044 0.152 0.038 0.038 0.107 0.021 0.022 0.014 0.048 0.075 0.146 0.062 0.020 0.089 0.040 0.544 0.073 0.028 0.062 0.012 0.044 0.032 0.039 0.032 0.062 4.550 0.221 0.055 0.023 0.010 1.496 2.497 1.335 1.448 0.391 0.464 nan 1.125 10.659 11.086 0.131 nan 0.182 0.177 nan 0.327 2.204 4.351 0.108 0.110 0.489 1.036 0.930 nan 4997 chr17 73860823 73875774 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 6358 NM_033452 91107 Hs.293660 NM_033452 ENSG00000132481 TRIM47 GOA|RNF100 tripartite motif containing 47 protein-coding 2.896 3.488 1.168 3.260 2.448 1.587 3.544 1.115 2.047 1.279 3.887 0.829 0.056 1.356 0.042 0.867 1.790 0.442 5.276 1.710 2.294 0.157 2.180 0.832 0.705 2.248 2.845 0.645 3.988 1.477 4.964 12.299 2.473 2.354 4.053 5.490 0.262 0.683 0.186 1.707 0.075 4.155 1.192 0.581 2.530 1.708 1.689 2.440 4.938 2.319 1.182 2.206 0.867 5.339 2.576 0.705 1.364 2.882 0.402 3.567 2.812 1.714 0.152 0.117 1.163 0.378 0.171 1.477 2.437 0.454 0.997 0.672 0.651 1.658 0.668 2.402 2.466 nan 1.697 3.169 4.503 0.955 0.642 0.521 0.538 1.745 1.519 0.561 0.835 nan 1.029 4683 chr17 29150470 29160132 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3523 NR_073118 51379 Hs.649372 NM_015986 ENSG00000176390 CRLF3 CREME-9|CREME9|CRLM9|CYTOR4|FRWS|p48.2 cytokine receptor like factor 3 protein-coding nan nan nan 1.893 1.080 1.159 2.054 1.783 3.325 0.732 2.400 0.737 0.792 0.434 1.407 1.535 0.992 0.150 3.288 1.307 1.127 0.719 0.627 0.334 2.342 1.362 1.031 1.085 1.365 0.820 1.190 2.734 2.135 4.789 0.864 2.356 0.396 1.621 0.186 0.977 0.957 2.426 1.456 0.750 1.785 0.502 1.985 1.992 2.721 1.353 1.356 1.431 1.535 3.779 1.977 2.342 1.483 1.096 0.442 2.704 1.131 1.282 6.367 1.520 0.733 0.614 0.433 3.998 3.658 3.724 4.688 3.791 3.518 5.073 2.438 7.530 8.418 2.226 3.109 4.400 6.699 6.479 6.138 4.442 6.331 2.488 3.348 4.349 nan 2.295 1.065 8554 chr4 139137218 139182337 + 0 NA intron (NM_014331, intron 1 of 11) AluJb|SINE|Alu 3726 NM_014331 23657 Hs.390594 NM_014331 ENSG00000151012 SLC7A11 CCBR1|xCT solute carrier family 7 member 11 protein-coding nan nan 0.768 0.813 1.457 0.260 1.323 0.437 0.741 0.259 1.945 2.400 0.075 0.209 0.327 0.159 0.940 0.199 0.605 0.164 1.768 0.642 0.410 0.262 0.431 1.165 0.932 0.129 0.750 0.317 1.031 1.418 0.535 0.612 0.484 5.935 0.125 1.043 0.111 0.474 0.204 0.418 0.508 0.237 0.435 0.101 1.210 0.813 1.312 0.176 0.575 1.461 0.159 0.324 0.867 0.431 1.460 1.260 0.017 0.125 0.228 0.278 0.162 0.262 0.658 0.037 0.013 0.359 0.217 1.192 2.132 0.458 0.455 1.785 0.776 0.917 0.937 0.418 0.506 2.321 2.529 0.459 0.199 0.396 0.525 0.996 1.420 0.636 nan 0.542 0.421 10073 chr6 164569362 164575183 + 0 NA Intergenic Intergenic -479756 NR_134620 102724152 Hs.738183 NR_134620 LOC102724152 - uncharacterized LOC102724152 ncRNA 0.696 nan 2.144 0.037 1.660 0.029 0.024 0.329 0.291 0.033 0.065 0.032 0.011 0.017 0.108 0.285 0.068 0.110 0.037 0.022 1.100 0.518 2.095 0.023 0.025 0.080 0.056 0.042 0.060 1.828 0.012 0.047 0.421 0.019 0.120 0.021 0.063 0.052 0.027 0.019 0.013 0.016 0.071 0.042 0.086 0.013 0.068 0.285 0.061 2.095 0.201 0.030 0.228 0.022 0.092 0.010 0.009 0.373 0.347 0.437 3.145 1.314 1.186 12.835 7.673 0.080 0.124 0.183 0.206 0.370 0.460 nan 0.281 0.095 0.125 2.607 2.907 0.215 0.294 1.373 0.866 10614 chr7 115300995 115325259 + 0 NA Intergenic Intergenic -91632 NR_145801 109623459 NR_145801 ENSG00000202377 SNORA25B - small nucleolar RNA, H/ACA box 25B snoRNA nan 0.705 0.997 0.315 0.127 0.060 0.067 0.145 0.257 0.098 0.224 0.015 0.033 0.423 0.642 0.279 0.139 0.096 0.047 0.048 0.034 0.284 0.349 0.246 0.020 0.012 0.009 0.092 0.022 0.080 0.225 0.266 0.268 0.127 0.080 3.465 0.077 0.174 0.025 0.047 0.076 0.008 0.016 0.035 0.019 0.102 0.078 0.074 0.065 0.056 0.135 0.642 0.062 0.042 0.246 0.066 0.266 0.032 0.048 0.397 0.030 0.069 0.102 0.006 0.019 0.405 0.294 0.300 0.706 0.195 0.240 0.129 0.101 0.251 0.246 0.402 0.555 0.426 0.395 0.542 0.223 0.225 0.338 11.894 14.013 0.327 0.857 0.653 0.675 11629 chr9 91634459 91640001 + 0 NA intron (NM_016848, intron 11 of 11) intron (NM_016848, intron 11 of 11) 30906 NM_005226 1903 Hs.585118 NM_005226 ENSG00000213694 S1PR3 EDG-3|EDG3|LPB3|S1P3 sphingosine-1-phosphate receptor 3 protein-coding 0.622 nan 0.871 1.708 0.222 0.010 3.828 0.067 0.212 0.724 0.303 0.967 0.805 0.072 0.032 0.046 0.201 0.118 6.944 4.675 0.046 0.025 0.083 0.105 0.043 1.376 0.887 0.066 4.983 1.105 4.591 7.347 5.602 0.400 3.195 0.512 0.059 0.046 0.747 0.101 0.108 0.098 3.083 2.888 1.978 0.198 0.455 0.026 0.228 5.271 0.046 5.896 1.660 0.043 1.482 3.097 0.034 0.064 0.092 0.844 0.067 0.084 0.006 0.009 0.331 0.445 0.595 nan 0.343 0.240 0.107 0.022 0.226 0.139 0.331 0.450 0.202 0.208 0.209 0.097 0.079 0.131 0.046 0.065 0.145 0.202 0.276 0.313 7986 chr3 169489244 169492560 + 0 NA promoter-TSS (NM_018657) promoter-TSS (NM_018657) 49 NM_001185118 55892 Hs.507025 NM_018657 ENSG00000085274 MYNN OSZF|SBBIZ1|ZBTB31|ZNF902 myoneurin protein-coding 9.719 6.383 6.011 11.216 10.939 5.778 5.312 5.703 10.427 1.787 3.257 3.087 3.267 2.953 6.291 5.510 5.734 0.606 4.615 1.114 3.400 3.436 6.464 2.950 6.168 3.618 4.345 2.066 5.404 2.129 7.459 6.447 12.951 12.639 2.456 4.126 1.643 3.614 0.145 1.922 4.224 5.559 7.347 3.504 2.786 2.026 6.056 4.852 5.089 6.920 4.797 3.874 5.510 7.430 6.022 6.168 2.330 4.410 1.641 2.421 3.123 3.917 3.578 3.870 3.071 2.843 1.662 5.101 8.726 8.711 12.161 13.358 10.823 19.737 13.856 20.539 21.833 8.717 9.095 nan 16.781 nan 21.974 4.720 8.989 13.210 15.826 10.402 9.366 6.418 3.473 11079 chr8 81397159 81400611 + 0 NA 5' UTR (NM_023929, exon 1 of 7) 5' UTR (NM_023929, exon 1 of 7) 437 NM_001105539 65986 Hs.591868 NM_023929 ENSG00000205189 ZBTB10 RINZF zinc finger and BTB domain containing 10 protein-coding 13.312 nan nan 2.036 11.388 2.261 3.353 4.041 8.300 1.531 4.967 2.008 3.770 1.537 11.388 4.872 6.229 0.656 6.420 1.465 2.872 3.190 3.125 1.412 8.209 3.142 3.824 2.664 6.371 1.663 6.335 9.131 4.953 15.357 1.981 1.323 2.694 3.893 0.042 2.741 4.887 5.942 5.549 2.860 1.822 8.982 1.769 3.344 5.376 14.050 3.693 2.358 4.872 10.889 6.800 8.209 1.100 3.134 0.674 4.657 7.267 5.123 3.470 3.251 0.838 2.286 1.591 4.282 6.749 6.207 10.663 10.819 7.747 9.224 6.779 21.887 21.510 4.843 5.669 nan 19.275 8.355 12.189 4.686 8.833 9.636 7.287 8.628 7.228 5.897 3.371 11138 chr8 98016030 98029597 + 0 NA intron (NM_016134, intron 5 of 7) intron (NM_016134, intron 5 of 7) 267363 NM_033512 85453 Hs.173094 NM_033512 ENSG00000180543 TSPYL5 - TSPY like 5 protein-coding 6.035 3.532 5.654 0.043 0.222 0.037 0.094 0.201 0.397 0.014 0.116 0.048 0.009 0.045 0.131 0.151 0.410 0.120 0.031 0.032 0.046 0.060 0.348 0.026 0.016 0.011 0.084 0.008 0.060 0.058 0.095 0.410 0.011 0.093 0.041 0.048 0.118 0.009 0.060 0.054 0.036 0.012 0.008 0.017 0.106 0.174 0.042 0.045 0.012 0.043 0.151 0.047 0.020 0.348 0.055 0.022 0.045 0.078 0.051 4.152 0.023 0.055 0.026 0.310 0.152 0.325 nan 0.502 0.562 0.618 0.246 0.305 0.251 0.300 0.592 0.727 0.768 0.428 0.203 0.136 0.328 0.131 0.141 5.942 13.874 0.331 0.386 4777 chr17 40393010 40401767 + 0 NA intron (NM_012448, intron 1 of 18) AluSc|SINE|Alu 31036 NM_012448 6777 Hs.595276 NM_012448 ENSG00000173757 STAT5B STAT5 signal transducer and activator of transcription 5B protein-coding 1.281 1.296 nan 0.203 0.200 0.168 0.374 0.237 0.598 0.044 0.308 0.155 0.028 0.011 0.485 0.359 0.190 0.177 0.354 0.182 0.195 0.611 0.337 0.254 0.775 0.339 0.044 0.260 0.153 0.065 nan 0.149 0.487 0.034 0.187 0.077 0.091 0.086 0.045 0.036 0.159 0.060 0.045 0.137 0.315 0.270 0.198 0.180 0.065 0.072 0.190 0.359 0.544 0.082 0.254 0.041 0.066 0.944 0.191 0.987 0.466 0.079 3.104 0.044 0.362 0.199 0.347 0.436 0.262 0.359 0.381 nan 0.445 0.185 0.452 0.651 1.215 1.750 0.735 nan 7.342 7.487 0.196 0.348 0.202 0.322 2.325 4.646 1.250 0.755 11 chr1 1163899 1174885 + 0 NA 3' UTR (NM_080605, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_080605, exon 1 of 1) 1763 NM_080605 126792 Hs.284284 NM_080605 ENSG00000176022 B3GALT6 EDSP2|EDSSPD2|SEMDJL1|beta3GalT6 beta-1,3-galactosyltransferase 6 protein-coding 2.114 nan 2.179 2.310 2.375 1.165 0.771 0.699 1.115 0.347 1.453 0.864 0.372 0.702 1.353 0.782 0.863 0.191 1.423 0.345 1.013 0.488 0.707 0.263 0.731 0.692 0.703 1.449 1.888 0.396 1.811 nan 0.717 2.037 0.599 1.206 0.086 1.372 0.094 0.334 5.197 1.082 1.177 0.510 0.518 0.286 2.404 0.691 1.327 2.089 0.781 0.992 0.782 1.614 1.606 0.731 0.500 0.917 0.419 2.882 0.835 0.950 0.686 0.573 0.617 0.388 0.176 3.256 4.496 1.644 2.804 3.181 3.133 1.379 0.627 6.189 6.240 1.835 nan nan 12.768 nan 1.409 2.112 3.409 0.921 0.894 1.769 1.442 1.268 0.759 10826 chr8 17635751 17667073 + 0 NA intron (NM_001001924, intron 1 of 14) intron (NM_001001924, intron 1 of 14) 7014 NM_001001925 57509 Hs.7946 NM_020749 ENSG00000129422 MTUS1 ATBP|ATIP|ATIP3|ICIS|MP44|MTSG1 microtubule associated scaffold protein 1 protein-coding 0.841 0.945 nan 1.055 0.097 0.054 0.331 0.511 0.890 0.198 0.136 1.008 0.277 0.522 0.039 0.228 0.229 0.139 0.802 0.211 2.520 0.257 0.152 0.153 0.328 1.577 1.514 1.039 0.678 1.854 3.128 2.423 0.296 0.182 0.307 0.077 0.065 0.109 0.022 0.216 0.123 0.226 0.152 3.969 1.160 1.094 0.121 5.678 0.294 3.238 2.312 0.228 0.922 0.248 0.328 1.297 1.320 0.006 0.201 0.887 1.025 0.016 0.295 0.179 0.099 0.054 0.366 0.236 1.792 6.293 0.564 nan 0.929 0.237 0.830 0.913 0.106 0.219 0.331 0.367 0.363 0.184 0.098 0.183 0.311 0.402 0.347 0.692 1.083 0.893 4117 chr15 86120915 86134197 + 0 NA intron (NM_007200, intron 7 of 36) intron (NM_007200, intron 7 of 36) -35625 NM_001270546 11214 Hs.459211 NM_006738 ENSG00000170776 AKAP13 AKAP-13|AKAP-Lbc|ARHGEF13|BRX|HA-3|Ht31|LBC|PRKA13|PROTO-LB|PROTO-LBC|c-lbc|p47 A-kinase anchoring protein 13 protein-coding 0.829 nan 1.483 2.962 0.158 0.055 0.562 0.169 0.304 0.273 1.124 0.554 0.625 0.045 0.119 0.184 0.642 0.110 0.486 0.227 0.767 0.010 0.084 0.159 0.280 0.789 0.410 0.045 0.809 0.975 0.628 2.041 0.820 0.469 0.759 0.101 0.028 0.073 0.075 0.358 0.144 0.104 0.036 0.035 0.786 0.791 0.652 0.226 2.885 0.258 2.213 2.557 0.184 0.685 0.127 0.280 1.545 0.187 0.191 0.105 0.008 0.572 0.030 0.186 0.143 0.026 0.027 0.315 0.344 0.349 0.631 0.273 0.368 0.273 0.104 0.191 0.158 0.514 0.796 0.400 0.503 2.276 2.410 0.249 0.289 0.090 0.117 0.392 1.066 0.408 0.272 11218 chr8 114225512 114248073 + 0 NA intron (NM_198123, intron 3 of 70) intron (NM_198123, intron 3 of 70) 152590 NM_198124 114788 Hs.91381 NM_052900 ENSG00000164796 CSMD3 - CUB and Sushi multiple domains 3 protein-coding nan nan 1.120 0.067 0.106 0.015 0.013 0.100 0.287 0.004 0.118 0.036 0.011 0.094 0.040 0.090 0.104 0.058 0.099 0.008 0.017 0.025 0.340 0.240 0.037 0.003 0.048 0.014 0.072 0.093 0.081 0.456 0.032 0.050 0.760 0.039 0.095 0.005 0.077 0.024 0.003 0.003 0.029 0.007 0.089 0.097 0.014 0.028 0.010 0.044 0.090 0.031 0.016 0.037 0.020 0.026 0.013 0.398 0.011 0.031 0.066 0.014 0.020 0.011 0.320 0.232 0.051 0.073 0.296 0.425 nan 0.276 0.585 nan 1.023 nan 0.373 0.526 0.433 0.161 0.109 0.238 3.399 4.321 0.222 0.464 0.363 0.362 7145 chr21 22416087 22440334 + 0 NA intron (NM_001352595, intron 1 of 14) MIRb|SINE|MIR 57596 NM_001352591 4685 Hs.473450 NM_004540 ENSG00000154654 NCAM2 NCAM21 neural cell adhesion molecule 2 protein-coding 0.768 0.762 0.744 0.103 0.069 0.070 0.024 0.127 0.212 0.008 0.045 0.091 0.013 0.017 0.042 0.160 0.062 0.054 0.048 0.008 0.010 0.062 0.058 0.112 0.020 0.011 0.003 0.017 0.045 0.022 0.046 0.094 0.086 0.345 0.030 0.810 1.252 0.018 0.095 0.005 0.029 0.022 0.012 0.003 0.046 0.032 0.084 0.083 0.011 0.024 0.026 0.024 0.160 0.027 0.038 0.020 0.005 0.024 0.020 0.022 0.092 0.013 0.037 0.102 0.016 0.014 0.006 0.425 0.326 0.377 0.403 0.247 0.362 0.454 0.189 0.139 0.135 1.341 1.617 0.247 0.226 0.629 0.269 0.078 0.167 4.544 5.299 0.255 nan 0.349 0.307 9307 chr5 160804182 160819577 + 0 NA intron (NM_000813, intron 6 of 9) intron (NM_000813, intron 6 of 9) 163251 NM_021911 2561 Hs.303527 NM_000813 ENSG00000145864 GABRB2 ICEE2 gamma-aminobutyric acid type A receptor beta2 subunit protein-coding nan 0.691 0.516 0.066 0.029 0.397 0.019 0.137 0.156 0.019 0.102 0.024 0.045 0.039 0.590 0.080 0.078 0.126 0.040 0.008 0.001 0.061 0.127 0.046 0.005 0.010 0.009 0.058 0.007 0.089 0.136 0.071 0.270 0.019 0.050 0.013 0.021 0.119 0.023 0.031 0.021 0.016 0.050 0.005 0.059 0.111 0.011 0.023 0.031 0.034 0.080 0.009 0.036 0.046 0.024 0.048 0.119 0.007 0.059 0.010 0.024 0.030 0.030 0.010 0.166 0.137 0.222 0.251 0.272 0.258 0.100 0.082 0.094 0.039 3.322 3.183 0.165 0.104 0.608 0.363 0.116 0.124 0.094 0.098 0.114 0.192 0.366 0.242 7605 chr3 52249125 52253796 + 0 NA Intergenic Intergenic 8719 NM_017442 54106 Hs.87968 NM_017442 ENSG00000239732 TLR9 CD289 toll like receptor 9 protein-coding 0.702 1.607 nan 2.039 0.149 0.543 2.248 0.072 0.122 2.537 0.634 1.504 0.259 0.489 0.076 0.147 0.291 0.138 1.166 1.055 0.156 0.037 0.983 0.175 0.096 0.934 0.737 0.097 1.498 1.674 0.960 3.498 1.385 0.750 0.758 0.084 0.021 0.092 0.051 1.342 0.153 1.470 8.938 3.482 0.723 0.197 4.063 0.172 0.331 1.727 0.186 0.485 0.147 1.046 1.857 0.096 0.968 1.804 0.288 0.389 1.583 0.032 0.079 1.274 1.353 1.410 0.505 0.808 0.466 0.761 0.495 0.507 0.492 0.283 0.352 0.451 0.282 0.581 1.107 0.813 nan 0.272 0.401 0.295 0.321 0.320 0.190 0.489 1.245 0.960 3340 chr13 110461143 110474224 + 0 NA Intergenic ERVL-int|LTR|ERVL -28769 NM_003749 8660 Hs.442344 NM_003749 ENSG00000185950 IRS2 IRS-2 insulin receptor substrate 2 protein-coding 0.549 nan 0.819 0.045 1.258 1.676 0.370 0.180 0.422 0.456 0.155 0.005 0.435 0.994 0.196 0.040 0.037 0.266 0.101 0.005 0.071 0.042 0.359 0.349 0.098 0.022 0.036 0.290 0.109 0.604 0.096 1.063 0.068 0.078 0.066 0.033 0.070 0.136 1.892 0.304 0.033 0.054 0.059 0.035 0.286 0.145 0.087 0.017 0.073 0.193 0.196 0.158 0.035 0.359 0.028 0.083 0.375 0.035 0.566 0.121 0.214 0.047 0.057 0.018 0.004 0.512 0.374 0.449 0.641 0.992 1.001 5.872 1.553 0.149 0.145 0.026 0.062 2.031 1.604 0.504 0.339 0.679 0.908 0.197 0.251 0.180 0.306 0.449 0.370 6498 chr2 176030181 176036036 + 0 NA promoter-TSS (NR_045768) promoter-TSS (NR_045768) -174 NM_001256094 1386 Hs.592510 NM_001880 ENSG00000115966 ATF2 CRE-BP1|CREB-2|CREB2|HB16|TREB7 activating transcription factor 2 protein-coding 4.405 2.648 2.805 1.984 2.952 2.855 1.664 2.132 3.838 0.685 2.996 1.211 0.531 1.175 2.003 2.334 2.349 0.193 2.783 1.196 3.632 1.750 1.197 0.851 2.546 1.599 2.103 1.730 1.588 0.558 2.817 3.099 1.813 9.572 1.373 2.091 0.409 2.347 0.112 1.272 1.666 4.280 2.561 1.275 1.417 0.624 3.178 2.046 2.697 2.119 0.903 1.362 2.334 2.145 2.656 2.546 0.512 0.551 0.761 3.440 0.771 1.594 1.538 2.131 2.571 1.633 0.792 2.368 3.404 4.250 5.048 4.789 4.218 3.870 1.908 8.918 9.015 3.421 3.969 9.601 18.325 5.628 5.627 2.016 4.183 2.100 2.121 6.141 5.876 1.563 0.806 11036 chr8 70548834 70570923 + 0 NA intron (NR_132437, intron 16 of 16) AluSp|SINE|Alu 54743 NR_132437 23213 Hs.409602 NM_015170 ENSG00000137573 SULF1 SULF-1 sulfatase 1 protein-coding 1.016 0.745 0.724 0.029 0.148 0.008 0.353 0.160 0.225 0.009 0.126 0.051 0.022 0.090 0.104 0.348 0.264 0.117 0.431 0.283 0.023 0.149 0.110 0.104 0.194 0.076 0.014 0.221 0.053 0.150 0.654 0.340 0.533 0.226 0.405 0.348 0.049 0.083 0.144 0.096 0.184 0.042 0.028 0.423 0.139 0.075 0.164 0.092 0.087 0.674 0.075 0.348 0.183 0.025 0.104 0.144 0.038 0.026 0.037 0.157 0.138 0.023 0.154 0.038 0.018 0.023 0.240 0.126 0.292 0.425 0.487 0.539 0.647 0.212 0.254 0.279 4.158 4.800 0.136 0.147 0.395 0.156 0.133 0.176 1.573 2.876 0.292 0.510 2.054 1.104 5960 chr2 24449343 24466822 + 0 NA intron (NM_147152, intron 29 of 29) L1MC1|LINE|L1 60170 NM_001040710 653140 Hs.741736 NM_001040710 ENSG00000186453 FAM228A C2orf84 family with sequence similarity 228 member A protein-coding 1.014 0.772 1.020 0.087 0.581 0.043 0.063 0.285 0.731 0.022 0.079 0.065 0.014 0.035 0.208 0.129 0.115 0.129 0.179 0.025 0.055 0.225 0.254 0.226 0.020 0.016 0.026 0.078 0.030 0.167 0.439 0.234 0.482 0.008 0.062 0.055 0.075 0.120 0.027 0.086 0.110 0.024 0.018 0.030 0.187 0.119 0.079 0.089 0.036 0.049 0.129 0.097 0.100 0.226 0.064 0.048 0.067 0.041 0.087 0.040 0.109 0.207 0.035 0.033 0.017 0.505 0.386 0.352 0.363 1.815 1.740 0.557 0.246 0.645 0.634 0.462 0.647 2.210 nan 0.522 0.174 0.257 0.363 0.335 0.218 0.442 0.880 4.123 1.564 11190 chr8 105210392 105219535 + 0 NA intron (NM_001348484, intron 25 of 29) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -20600 NM_001282882 9699 Hs.655271 NM_014677 ENSG00000176406 RIMS2 OBOE|RAB3IP3|RIM2 regulating synaptic membrane exocytosis 2 protein-coding 1.069 nan nan 0.282 0.258 0.110 0.977 0.246 0.363 0.651 0.153 0.060 0.025 0.077 0.155 0.115 0.157 0.277 0.857 0.293 0.669 0.015 0.085 0.054 0.117 0.007 0.016 0.242 0.987 1.792 0.098 0.154 0.124 0.600 0.829 0.053 0.020 0.044 0.108 0.169 0.095 1.000 5.680 2.068 0.647 0.184 0.097 0.219 0.071 0.370 0.026 0.054 0.115 0.383 0.037 0.117 0.080 0.082 0.137 0.034 0.165 0.143 0.095 0.367 1.058 0.641 0.329 0.316 0.441 0.327 0.452 0.491 nan 0.139 0.781 0.848 0.413 nan 1.559 nan nan 0.193 0.298 0.386 0.110 0.135 0.297 nan 0.651 0.475 7121 chr20 62839953 62857404 + 0 NA intron (NM_004535, intron 11 of 22) intron (NM_004535, intron 11 of 22) -38370 NM_018257 55251 Hs.744845 NM_018257 ENSG00000203880 PCMTD2 C20orf36 protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 2 protein-coding 0.906 0.968 0.804 0.147 0.201 4.779 0.061 0.165 0.295 0.022 0.097 0.041 0.018 0.092 2.653 0.536 0.111 0.116 0.061 0.022 0.047 0.072 0.261 0.118 0.214 0.091 0.037 0.047 0.050 0.055 0.312 1.123 0.432 0.574 0.027 0.067 0.028 0.102 0.130 0.047 0.124 0.243 0.083 0.051 0.081 0.062 0.161 0.103 0.145 0.083 0.077 0.068 0.536 0.090 0.011 0.214 0.112 0.047 0.050 0.229 0.279 0.081 0.131 0.108 0.044 0.069 0.035 0.883 nan 0.168 0.227 0.621 0.746 0.530 0.311 0.629 0.639 0.375 0.624 0.366 0.498 0.441 0.308 0.586 0.772 0.057 0.104 0.426 0.733 1.377 0.824 199 chr1 27839882 27874218 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -40352 NM_001201404 10163 Hs.469244 NM_006990 ENSG00000158195 WASF2 IMD2|SCAR2|WASF4|WAVE2|dJ393P12.2 WAS protein family member 2 protein-coding 2.864 3.173 nan 0.588 4.878 5.237 2.189 0.553 0.953 0.707 1.269 0.388 0.070 1.415 3.461 2.342 0.297 0.094 2.911 1.572 1.205 0.212 1.457 0.820 0.905 1.767 1.762 0.832 2.027 0.995 2.287 7.860 1.046 3.214 2.414 0.453 0.869 0.191 0.101 0.869 0.409 5.108 2.329 0.832 1.054 1.446 0.607 0.638 1.079 1.272 1.088 1.320 2.342 3.352 3.206 0.905 0.407 1.192 1.311 2.304 1.983 1.661 1.638 1.275 1.363 0.679 0.432 1.332 2.572 0.399 0.706 5.134 5.336 2.957 1.038 1.153 1.390 2.969 4.161 4.473 6.177 2.344 2.608 1.098 1.763 2.617 2.054 2.709 4.485 3.077 1.575 4972 chr17 72172920 72205112 + 0 NA Intergenic Intergenic -10779 NM_000999 6169 Hs.380953 NM_000999 ENSG00000172809 RPL38 L38 ribosomal protein L38 protein-coding 1.950 1.820 1.966 0.293 1.026 0.389 0.711 3.037 6.118 0.145 0.456 0.312 0.052 0.401 1.206 1.517 0.271 0.116 0.404 0.188 0.186 0.136 0.690 0.496 1.068 0.458 0.362 0.223 0.253 0.180 0.830 1.437 0.288 2.847 0.286 0.705 0.672 0.427 0.095 0.274 0.565 0.550 0.435 0.252 0.366 0.197 0.384 0.379 0.663 0.471 0.422 0.381 1.517 0.444 0.374 1.068 0.301 0.389 0.275 0.746 1.320 0.363 1.198 1.438 0.097 0.200 0.141 1.582 2.045 0.940 1.188 2.674 2.579 3.602 1.085 0.480 0.498 nan 1.314 3.702 3.255 2.793 2.757 1.109 1.719 2.790 3.004 1.675 4.200 nan 1.025 6747 chr2 237476209 237492004 + 0 NA intron (NM_020311, intron 1 of 1) (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 5726 NM_020311 57007 Hs.471751 NM_020311 ENSG00000144476 ACKR3 CMKOR1|CXC-R7|CXCR-7|CXCR7|GPR159|RDC-1|RDC1 atypical chemokine receptor 3 protein-coding 1.121 nan 4.040 0.207 2.010 2.368 0.266 0.233 0.444 0.024 0.565 1.140 0.008 0.051 0.784 0.460 0.057 0.030 0.076 0.048 0.049 0.063 0.682 1.078 0.786 0.008 0.043 0.013 0.140 0.404 0.218 0.980 0.083 0.365 0.030 0.076 0.115 0.208 0.216 0.076 0.072 0.065 0.014 0.074 0.638 0.228 0.173 0.018 1.254 0.527 0.460 0.040 0.029 0.682 0.070 0.100 0.116 0.128 0.750 0.030 2.035 0.040 0.075 0.018 0.016 8.511 13.063 0.303 0.425 1.854 2.096 0.105 0.061 1.855 1.882 1.432 1.700 2.458 nan 1.338 0.843 2.088 3.028 0.040 0.081 0.177 0.173 0.147 0.201 7764 chr3 115218668 115239032 + 0 NA Intergenic Intergenic -113301 NM_002045 2596 Hs.134974 NM_002045 ENSG00000172020 GAP43 B-50|PP46 growth associated protein 43 protein-coding 0.895 nan 0.610 0.078 0.188 0.428 0.043 0.228 0.488 0.010 0.076 0.633 0.009 0.044 0.361 2.940 0.420 0.181 0.130 0.139 0.015 0.034 0.146 0.136 0.335 0.081 0.018 0.022 0.087 0.063 0.095 0.055 0.898 0.057 0.089 0.042 0.277 0.088 0.075 0.147 0.150 0.024 0.046 0.032 0.026 0.029 0.182 0.072 0.272 0.686 0.068 2.940 0.091 0.032 0.335 0.054 0.008 0.123 0.214 0.339 0.024 0.039 0.103 0.011 0.017 0.002 0.322 0.252 0.286 0.517 1.098 nan 0.767 0.375 0.265 0.252 nan 0.799 0.461 0.794 0.732 0.466 0.078 0.150 0.162 0.212 0.395 0.811 0.720 0.685 9779 chr6 79784077 79792655 + 0 NA promoter-TSS (NM_017934) promoter-TSS (NM_017934) -351 NM_017934 55023 Hs.511817 NM_017934 ENSG00000146247 PHIP BRWD2|DCAF14|WDR11|ndrp pleckstrin homology domain interacting protein protein-coding nan nan 4.248 2.287 5.368 3.971 0.854 1.954 3.791 0.367 2.306 1.175 1.330 1.051 3.614 3.978 1.690 0.114 1.847 0.465 1.553 1.908 2.015 1.286 5.735 1.147 1.364 0.506 2.121 0.382 3.163 5.022 2.354 7.625 1.099 1.443 2.388 4.716 0.197 1.002 2.221 1.486 2.002 1.070 1.398 1.164 1.557 1.297 1.718 3.264 1.469 1.570 3.978 2.579 1.675 5.735 0.943 1.248 1.148 4.831 2.009 1.579 1.938 1.473 1.297 1.188 0.717 6.194 6.282 3.958 5.429 8.369 7.658 5.140 2.988 13.104 13.355 2.843 3.509 4.192 8.001 6.228 6.832 2.955 5.729 8.476 8.941 5.384 3.994 1.946 1.200 7934 chr3 155444684 155464014 + 0 NA intron (NM_001349251, intron 1 of 22) intron (NM_001349251, intron 1 of 22) 8529 NM_001349252 23007 Hs.567423 NM_014996 ENSG00000114805 PLCH1 PLCL3 phospholipase C eta 1 protein-coding nan 1.706 1.003 0.920 0.432 0.222 1.498 0.554 0.962 0.030 0.197 0.324 0.640 0.220 0.735 0.413 0.175 0.167 0.476 0.111 0.055 0.092 0.461 0.318 0.607 1.335 1.159 0.087 1.144 0.770 0.320 0.610 3.756 1.529 0.199 0.120 0.148 0.160 0.092 0.251 0.347 0.203 0.104 0.161 1.218 1.035 0.358 0.282 2.094 0.507 0.580 1.754 0.413 0.414 0.076 0.607 0.392 1.565 0.096 0.357 0.076 0.155 0.655 0.141 0.052 0.083 0.037 0.721 0.891 1.136 1.680 1.034 0.924 1.172 0.316 1.070 1.155 0.944 nan 0.661 1.116 1.188 0.959 0.685 1.126 0.671 0.680 0.717 0.853 0.604 0.528 1899 chr11 35179840 35204226 + 0 NA intron (NM_001001392, intron 1 of 3) intron (NM_001001392, intron 1 of 3) 7536 NR_145794 109623487 NR_145794 SNORD164 - small nucleolar RNA, C/D box 164 snoRNA 0.775 1.592 nan 3.094 0.271 0.896 1.487 0.179 0.280 1.336 1.024 0.817 0.048 0.065 0.124 0.667 0.549 0.092 1.359 0.839 1.247 0.017 0.103 0.114 0.093 1.141 0.713 0.064 1.265 0.600 0.816 1.851 1.629 0.781 0.576 0.252 0.056 0.040 0.110 0.971 0.039 3.979 0.490 0.319 0.317 0.444 3.239 1.892 0.917 2.081 1.037 1.250 0.667 0.496 1.069 0.093 0.560 0.279 0.040 0.542 0.034 1.532 0.068 0.142 1.432 1.920 2.322 0.442 0.238 0.667 2.497 0.303 0.317 0.199 0.107 0.294 0.261 0.387 0.756 0.278 0.257 0.473 0.165 0.235 0.304 0.377 0.397 0.486 nan 1.217 0.978 4606 chr17 15540050 15564947 + 0 NA intron (NM_001348126, intron 4 of 8) intron (NM_001348126, intron 4 of 8) -29480 NM_001282540 374286 Hs.548021 NM_006382 ENSG00000241322 CDRT1 C170RF1|C17ORF1|C17ORF1A|FBXW10B|FBXW10P1|HREP|SM25H2 CMT1A duplicated region transcript 1 protein-coding 1.350 1.115 0.986 2.053 0.494 0.131 3.047 0.240 0.370 1.921 2.483 2.282 3.591 0.092 0.141 0.493 0.702 0.135 3.019 1.593 3.229 0.074 0.082 0.120 0.241 1.783 2.134 0.068 1.330 1.204 1.605 3.357 3.488 0.661 3.315 6.531 0.065 0.107 0.069 0.653 0.099 5.257 1.751 0.849 2.728 1.629 3.813 2.974 5.203 0.807 0.971 2.861 0.493 3.638 3.135 0.241 3.825 3.885 0.301 0.929 3.685 2.020 0.052 0.620 2.974 2.570 1.654 0.432 0.576 1.495 nan 0.503 0.464 2.148 0.671 1.016 0.959 0.549 0.582 2.281 2.786 nan 0.355 0.202 0.207 0.405 0.826 0.692 1.811 0.884 0.532 11178 chr8 103657981 103671714 + 0 NA intron (NM_005655, intron 1 of 3) intron (NM_005655, intron 1 of 3) 1345 NR_103760 7071 Hs.435001 NM_005655 ENSG00000155090 KLF10 EGR-alpha|EGRA|TIEG|TIEG1 Kruppel like factor 10 protein-coding 5.136 nan nan 1.732 4.386 3.657 2.372 2.303 4.084 1.711 4.573 1.548 1.748 1.275 3.323 2.290 2.317 0.200 2.937 0.968 1.930 0.997 0.854 0.637 3.364 1.272 1.739 1.466 3.347 1.142 2.363 3.491 2.740 12.988 1.863 1.942 1.155 2.718 0.120 1.665 2.173 2.397 3.442 1.456 1.263 2.650 2.291 2.517 3.502 4.633 1.127 1.931 2.290 3.960 2.326 3.364 0.615 1.949 0.367 3.313 4.102 0.713 1.973 1.035 1.749 1.350 0.735 1.711 2.871 2.501 3.284 9.249 7.194 nan 1.666 5.731 5.323 1.786 nan 8.704 nan nan 4.150 1.742 3.695 2.870 2.274 2.641 nan 1.982 1.091 1929 chr11 46309917 46323214 + 0 NA intron (NM_052854, intron 1 of 11) intron (NM_052854, intron 1 of 11) 17376 NM_052854 90993 Hs.405961 NM_052854 ENSG00000157613 CREB3L1 OASIS cAMP responsive element binding protein 3 like 1 protein-coding nan 0.818 0.786 0.857 0.358 0.167 5.126 0.313 0.385 0.130 4.182 1.624 0.009 0.038 0.228 0.434 0.490 0.190 1.312 1.552 0.047 0.094 0.177 0.186 0.154 2.474 2.255 0.361 0.190 1.467 2.088 4.638 1.018 1.252 0.948 0.251 0.043 0.264 0.088 1.969 0.143 1.332 0.557 0.328 1.043 0.619 1.043 5.821 0.567 0.892 0.564 0.444 0.434 0.908 0.349 0.154 0.208 0.019 0.131 0.619 0.062 3.786 0.092 0.112 4.678 0.113 0.027 0.644 0.658 0.411 0.608 0.742 0.784 1.014 0.274 0.294 0.250 0.310 0.659 0.118 0.224 0.578 0.317 0.583 0.643 0.251 0.342 0.384 nan 0.605 0.558 11396 chr8 145686766 145693230 + 0 NA intron (NM_138496, intron 1 of 4) intron (NM_138496, intron 1 of 4) 420 NM_138496 50626 Hs.459379 NM_032687 ENSG00000187954 CYHR1 CHRP cysteine and histidine rich 1 protein-coding 3.374 1.851 nan 3.786 4.337 2.772 1.747 1.766 2.859 2.012 3.650 1.132 0.498 2.545 4.818 1.912 1.241 0.150 3.418 0.824 1.514 1.256 0.871 0.231 5.626 1.011 1.031 2.537 2.722 0.946 4.350 6.155 1.351 12.305 0.943 1.208 0.380 1.559 0.079 0.887 1.035 2.958 2.289 1.717 1.263 0.591 3.884 1.144 4.763 5.754 2.320 2.084 1.912 3.359 1.591 5.626 0.756 1.951 0.972 7.186 2.850 0.455 1.522 0.810 0.703 0.918 0.386 2.147 2.967 3.237 4.619 nan 5.929 nan 1.099 6.750 6.155 1.679 2.506 2.897 4.062 1.976 1.743 2.465 3.679 1.902 1.859 1.812 2.694 1.429 0.586 10870 chr8 28551332 28573367 + 0 NA intron (NR_073468, intron 1 of 4) AluSg|SINE|Alu 3359 NM_001440 2137 Hs.491354 NM_001440 ENSG00000012232 EXTL3 BOTV|EXTL1L|EXTR1|ISDNA|REGR|RPR exostosin like glycosyltransferase 3 protein-coding nan 1.418 nan 0.597 2.168 0.716 0.737 2.310 4.482 0.095 0.390 0.788 0.059 0.471 0.591 1.748 0.525 0.190 0.658 0.147 0.315 0.171 2.014 0.946 6.458 0.520 0.299 0.222 0.290 0.301 0.358 0.631 0.216 1.020 0.196 0.340 0.488 0.639 0.139 0.070 0.252 0.506 0.504 0.370 0.331 0.122 0.600 0.338 0.942 0.722 0.301 0.423 1.748 0.577 0.147 6.458 0.306 0.192 0.229 0.844 2.382 0.404 0.529 0.668 0.226 0.107 0.040 1.950 2.103 1.502 1.582 nan 3.649 nan 2.056 0.878 0.839 0.996 1.449 2.131 3.136 2.733 2.545 0.918 1.746 2.103 2.378 1.884 2.853 nan nan 9335 chr5 171230059 171240404 + 0 NA Intergenic L1ME3C|LINE|L1 22355 NM_001289970 644994 Hs.591740 NM_001289970 ENSG00000185662 SMIM23 C5orf50 small integral membrane protein 23 protein-coding 0.511 0.828 0.600 0.062 0.197 0.064 0.076 0.232 0.330 0.114 0.098 0.035 0.164 0.059 0.117 0.115 0.108 0.020 0.022 0.012 0.013 0.090 0.078 6.899 0.060 0.014 0.047 0.105 0.040 0.062 0.094 0.061 0.517 0.124 0.014 0.093 0.127 0.045 0.016 0.089 0.052 0.030 0.054 0.021 0.168 0.239 0.055 0.028 0.031 0.019 0.117 0.034 0.018 6.899 0.036 0.024 0.018 0.044 2.545 0.053 0.038 0.012 0.029 0.061 0.010 0.196 0.130 0.160 nan 1.150 1.493 0.266 0.063 0.201 0.245 0.117 nan 1.508 1.590 0.339 0.200 0.100 0.154 0.143 0.136 0.078 0.120 0.460 0.425 9481 chr6 19833502 19882878 + 0 NA Intergenic Intergenic 20589 NM_001546 3400 Hs.519601 NM_001546 ENSG00000172201 ID4 IDB4|bHLHb27 inhibitor of DNA binding 4, HLH protein protein-coding 1.821 nan 2.041 0.210 1.519 2.201 0.257 1.936 3.426 0.105 0.221 0.063 0.490 0.087 0.834 0.824 0.491 0.127 0.347 0.085 1.545 0.037 1.023 0.491 4.402 0.171 0.097 0.152 0.188 0.043 0.344 0.917 2.078 4.004 0.260 0.307 0.327 1.836 0.104 0.075 1.053 0.289 0.022 0.021 0.128 0.087 0.113 0.090 0.335 0.285 0.264 0.491 0.824 0.751 0.041 4.402 0.155 0.628 0.505 0.368 0.648 0.207 0.301 0.168 0.173 0.023 0.014 0.852 0.723 1.495 2.411 3.254 3.228 4.190 1.490 1.975 1.908 1.209 1.515 0.773 1.006 0.698 0.559 0.631 0.959 1.872 1.677 0.694 1.109 2.627 1.240 6507 chr2 178019357 178046827 + 0 NA Intergenic MLT1I|LTR|ERVL-MaLR -44330 NM_001330251 220988 Hs.516539 NM_194247 ENSG00000170144 HNRNPA3 2610510D13Rik|D10S102|FBRNP|HNRPA3 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 protein-coding 1.741 2.233 1.673 0.668 0.502 1.976 0.975 0.837 1.303 1.267 1.035 1.232 0.627 0.240 0.334 0.739 0.435 0.122 0.650 0.454 1.653 0.566 0.343 0.206 0.792 0.908 0.577 0.304 1.107 1.066 1.617 5.533 2.458 3.862 0.617 1.908 0.465 0.358 0.087 0.677 0.177 1.292 1.316 0.596 0.479 0.793 0.897 0.980 1.214 0.929 0.284 0.418 0.739 0.317 0.819 0.792 0.686 0.532 0.187 0.890 0.763 0.644 3.717 0.124 0.789 1.143 0.689 0.810 0.998 2.190 4.251 1.081 1.273 2.235 0.614 0.740 0.725 2.079 2.539 3.245 3.177 1.457 1.331 1.872 3.292 1.771 2.124 0.547 1.158 1.170 0.673 3223 chr13 78271058 78274487 + 0 NA promoter-TSS (NR_037438) promoter-TSS (NR_037438) -244 NM_001040153 122060 Hs.349955 NM_144595 ENSG00000139737 SLAIN1 C13orf32 SLAIN motif family member 1 protein-coding nan 2.298 5.693 0.861 2.913 0.648 0.205 0.851 2.343 0.027 0.178 0.053 0.323 0.556 5.455 5.261 0.239 0.418 0.340 0.040 1.102 0.678 4.360 0.240 0.127 0.089 0.335 0.092 2.844 4.718 0.614 11.392 0.205 0.213 0.951 0.536 0.074 0.103 8.928 2.117 1.284 1.115 0.190 0.090 0.958 0.264 1.353 2.205 0.324 0.157 5.261 0.563 0.700 4.360 0.107 0.748 1.040 1.118 1.652 1.922 1.550 0.044 0.050 0.014 4.416 6.635 3.817 4.036 11.816 7.058 9.042 4.023 2.033 1.858 1.317 1.290 1.771 3.247 nan 8.634 2.979 7.540 2.786 2.057 4.429 nan 0.867 0.531 3244 chr13 90017405 90060934 + 0 NA Intergenic Intergenic 113594 NR_131228 105370308 Hs.599406 NR_131228 ENSG00000226037 LINC01040 TCONS_00021682 long intergenic non-protein coding RNA 1040 ncRNA 0.602 7.698 0.688 0.058 0.102 0.087 0.173 0.111 0.245 0.065 0.239 0.148 0.037 0.050 0.550 0.246 0.210 0.100 0.073 0.039 0.134 0.823 0.097 0.120 0.075 0.423 0.210 0.017 0.094 0.184 0.924 2.146 3.361 0.750 0.124 0.347 0.015 0.030 0.078 0.052 0.027 0.246 0.044 0.029 0.404 0.126 0.154 0.250 0.150 0.013 0.318 0.066 0.246 0.025 0.013 0.075 0.268 0.044 0.009 0.013 0.054 0.052 0.041 0.023 0.075 0.009 0.010 0.495 0.316 0.268 0.410 0.395 0.467 0.235 0.130 0.147 0.111 0.094 0.131 0.734 0.624 0.331 0.138 0.138 0.288 0.169 0.340 0.314 0.427 0.154 0.108 5581 chr19 18459431 18505193 + 0 NA Intergenic Intergenic -14458 NM_004864 9518 Hs.616962 NM_004864 ENSG00000130513 GDF15 GDF-15|MIC-1|MIC1|NAG-1|PDF|PLAB|PTGFB growth differentiation factor 15 protein-coding 1.745 2.344 1.134 0.741 0.865 0.867 0.868 0.757 1.546 0.767 0.395 0.865 0.228 0.582 0.261 1.466 1.677 0.373 0.931 0.473 0.417 0.245 0.320 0.175 0.461 1.283 0.769 0.610 1.471 0.550 4.303 nan 3.344 1.951 0.440 1.670 0.325 0.258 0.094 0.260 0.044 1.024 1.237 0.631 0.845 0.748 2.313 0.703 2.795 1.743 4.082 0.856 1.466 1.230 0.706 0.461 1.313 1.170 0.177 2.534 1.056 1.530 0.068 0.257 0.346 0.628 0.587 0.281 0.319 0.605 2.562 0.609 0.675 3.487 0.937 0.412 0.430 0.459 0.922 2.684 2.626 0.950 0.602 0.363 0.348 1.620 2.748 0.577 1.091 1.513 0.834 2280 chr11 115358084 115377191 + 0 NA intron (NM_001098517, intron 1 of 8) L2|LINE|L2 7604 NM_014333 23705 Hs.370510 NM_014333 ENSG00000182985 CADM1 BL2|IGSF4|IGSF4A|NECL2|Necl-2|RA175|ST17|SYNCAM|TSLC1|sTSLC-1|sgIGSF|synCAM1 cell adhesion molecule 1 protein-coding 1.156 1.165 1.549 0.026 2.253 1.747 0.082 1.368 3.087 0.055 0.351 0.053 3.014 0.481 1.739 0.683 0.035 0.046 0.062 0.020 0.204 1.572 1.210 2.406 0.205 0.084 0.324 0.570 0.148 0.510 1.183 0.404 6.256 0.023 0.089 0.675 0.063 0.098 0.446 1.275 0.113 0.022 0.021 0.321 0.200 0.106 0.157 0.481 0.022 0.491 0.174 0.683 0.044 0.049 2.406 0.051 0.117 0.528 0.399 0.956 0.120 3.653 0.458 0.616 0.582 0.265 3.394 nan 2.693 3.064 10.062 8.310 3.930 1.390 0.115 0.097 2.026 nan 3.163 4.297 0.938 1.062 3.774 7.879 2.054 2.065 1.125 1.802 1.700 0.976 273 chr1 37754542 37773813 + 0 NA Intergenic Intergenic 137013 NR_036217 100422898 NR_036217 ENSG00000264698 MIR4255 - microRNA 4255 ncRNA 0.968 nan 1.430 0.040 0.173 1.705 0.084 0.258 0.437 0.006 0.028 0.048 0.010 0.041 0.167 0.341 0.093 0.067 0.050 0.033 0.029 0.253 0.185 0.124 0.025 0.019 0.008 0.045 0.011 0.043 0.086 0.059 0.911 0.031 0.025 0.039 0.079 0.131 0.919 0.130 0.038 0.024 0.011 0.044 0.035 0.130 0.047 0.030 0.041 0.014 0.341 0.077 0.019 0.124 0.038 0.038 0.170 0.072 0.183 0.027 0.172 0.060 0.020 0.027 0.010 0.263 0.200 0.085 0.152 0.487 0.578 nan 0.499 0.141 0.139 0.796 1.271 1.490 2.249 nan 0.348 0.573 0.751 0.271 0.160 0.296 0.486 3.635 nan 10137 chr7 4775907 4790100 + 0 NA intron (NM_001037165, intron 2 of 8) AluSz|SINE|Alu -32259 NM_014855 9907 Hs.558440 NM_014855 ENSG00000242802 AP5Z1 KIAA0415|SPG48|zeta adaptor related protein complex 5 subunit zeta 1 protein-coding 1.550 1.341 1.424 0.661 1.576 1.246 1.651 0.247 0.461 0.619 2.208 2.519 0.488 0.184 0.171 1.157 1.261 0.401 1.300 0.492 2.783 0.216 0.442 0.327 1.710 2.040 1.941 0.651 2.674 1.163 2.337 nan 3.262 nan 0.802 3.006 0.094 2.418 0.180 1.250 0.125 2.313 1.385 0.564 1.026 1.104 0.357 3.568 5.683 2.384 0.205 1.532 1.157 3.977 3.917 1.710 1.354 0.269 0.391 0.413 3.293 2.604 0.417 0.165 1.584 1.420 1.017 0.713 0.813 0.905 nan 1.922 2.072 nan 0.536 1.452 1.384 0.691 1.188 nan 5.030 0.205 0.108 0.499 0.946 0.597 1.129 0.332 0.589 0.756 0.541 8626 chr4 169399422 169410448 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -3270 NM_001012967 91351 Hs.535011 NM_001012967 ENSG00000181381 DDX60L - DExD/H-box 60 like protein-coding nan nan nan 5.512 1.384 0.179 3.318 0.511 1.176 1.784 2.005 1.186 0.326 0.173 0.548 0.668 2.327 0.291 1.441 0.846 0.913 0.037 0.399 0.257 0.536 2.375 2.106 1.420 3.069 3.501 1.154 1.441 1.001 1.873 1.907 2.179 0.139 0.206 0.034 1.002 0.258 5.139 1.428 0.706 2.824 2.186 1.481 6.077 1.850 0.709 0.700 1.802 0.668 1.203 1.208 0.536 0.788 0.594 0.151 0.559 0.460 2.018 0.234 0.102 1.804 0.544 0.335 0.391 0.394 1.244 2.110 0.754 0.741 0.214 0.060 0.813 0.926 0.190 0.427 1.183 1.460 0.793 0.610 0.512 0.704 0.756 0.713 0.225 0.306 0.994 0.839 471 chr1 77998209 78009582 + 0 NA intron (NM_012093, intron 13 of 13) AluJb|SINE|Alu 144448 NM_015534 26009 Hs.480506 NM_015534 ENSG00000036549 ZZZ3 ATAC1 zinc finger ZZ-type containing 3 protein-coding nan 0.866 3.739 0.220 0.148 0.190 4.821 0.188 0.358 1.310 4.548 4.429 0.016 0.209 0.087 0.261 2.137 0.287 0.447 0.724 0.288 0.036 0.282 0.153 0.147 3.433 2.929 0.497 1.719 0.548 0.126 0.422 0.134 0.350 1.032 2.187 0.017 0.048 0.080 1.793 0.126 8.033 1.614 0.735 0.853 0.683 2.079 10.215 0.462 0.757 0.422 1.261 0.261 0.594 0.612 0.147 0.216 0.102 0.515 0.310 0.181 2.697 0.066 0.552 2.790 5.394 4.965 0.402 0.312 1.215 2.919 0.777 nan 0.724 0.305 0.304 0.302 1.456 nan 1.921 2.414 2.378 2.446 0.237 0.263 0.176 0.384 1.544 4.052 0.981 0.616 6914 chr20 30537928 30565248 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 -4217 NM_001011718 343702 Hs.666444 NM_001011718 ENSG00000260903 XKR7 C20orf159|dJ310O13.4 XK related 7 protein-coding 2.189 1.854 1.220 0.532 0.747 0.460 0.177 0.399 0.925 0.136 0.293 0.161 0.116 0.478 0.531 0.849 0.369 0.095 0.354 0.111 0.368 0.305 0.533 0.308 1.114 0.215 0.182 0.932 0.287 0.081 0.278 nan 0.394 2.008 0.134 0.228 1.053 0.382 0.117 0.126 0.383 0.877 0.294 0.153 0.148 0.194 0.275 0.433 0.356 0.580 0.162 0.185 0.849 0.295 0.368 1.114 0.140 0.221 1.849 0.968 0.643 0.183 1.008 1.746 0.184 0.197 0.121 3.019 3.753 0.651 0.781 1.400 nan 4.084 1.456 0.758 0.749 1.229 1.799 1.342 1.708 7.950 6.840 1.377 2.160 2.326 2.234 1.420 nan 0.858 0.475 11356 chr8 142603444 142609857 + 0 NA Intergenic Intergenic -89320 NR_102364 389690 Hs.689547 NM_207414 ENSG00000226807 MROH5 - maestro heat like repeat family member 5 protein-coding 1.058 0.518 nan 0.056 0.051 0.111 0.165 0.174 0.220 0.045 0.049 0.101 0.030 0.138 0.325 0.059 0.050 0.033 0.029 0.004 0.055 0.039 0.112 0.043 0.027 0.035 0.064 0.016 0.093 0.288 0.064 0.553 0.005 0.059 0.045 0.017 0.065 0.019 0.085 0.086 0.066 0.047 0.068 0.024 0.120 0.180 0.120 0.022 0.037 0.042 0.325 0.033 0.024 0.112 0.053 0.091 0.145 0.025 0.093 0.036 0.008 0.907 0.561 9.926 7.800 nan 0.868 nan 0.094 0.271 0.297 0.410 0.716 0.389 0.455 0.412 0.298 0.555 0.665 0.092 0.150 0.154 0.222 0.240 0.257 10642 chr7 123383581 123393417 + 0 NA intron (NM_003941, intron 1 of 10) CpG 626 NM_003941 8976 Hs.143728 NM_003941 ENSG00000106299 WASL N-WASP|NWASP|WASPB Wiskott-Aldrich syndrome like protein-coding 3.974 1.745 3.138 2.260 3.015 1.565 1.180 1.690 3.068 0.748 2.105 2.074 1.394 0.944 3.054 2.145 1.922 0.214 2.662 0.520 2.361 1.267 2.158 1.363 3.733 0.634 0.796 1.473 3.908 1.071 2.049 2.354 5.171 4.715 0.700 3.837 0.988 3.454 0.190 1.127 2.500 2.869 1.569 0.680 1.217 1.691 2.222 2.289 2.060 1.999 2.298 2.110 2.145 3.844 2.346 3.733 0.743 1.940 0.798 3.100 1.464 2.646 2.297 2.055 1.021 0.972 0.705 3.190 3.711 3.353 4.454 5.634 4.865 4.646 2.532 3.699 3.787 2.871 3.212 3.167 5.346 5.872 6.191 2.591 6.068 4.477 4.566 7.155 8.805 3.155 1.950 4991 chr17 73543601 73555233 + 0 NA intron (NM_001031803, intron 2 of 25) intron (NM_001031803, intron 2 of 25) 27634 NM_001031803 3993 Hs.514477 NM_004524 ENSG00000073350 LLGL2 HGL|Hugl-2|LGL2 LLGL2, scribble cell polarity complex component protein-coding 1.747 2.159 1.955 2.154 1.978 1.503 0.982 0.470 0.870 1.219 0.334 0.341 1.569 1.359 1.307 0.529 0.260 0.263 1.606 0.783 0.454 0.071 0.622 0.263 1.748 1.643 1.280 0.885 1.303 0.581 2.322 5.995 3.401 1.862 1.121 0.268 0.105 0.239 0.102 0.561 0.589 0.293 0.145 0.107 0.957 1.143 1.423 0.242 4.771 0.116 1.660 2.648 0.529 2.746 0.057 1.748 1.212 3.932 0.383 0.228 0.698 1.149 1.672 0.096 0.027 0.058 0.026 1.251 1.855 1.791 2.720 1.447 1.451 1.819 0.588 4.200 4.630 nan 0.783 2.883 4.116 0.486 0.477 1.697 2.559 0.783 0.688 0.288 0.687 nan 0.696 2262 chr11 112830802 112856487 + 0 NA intron (NM_000615, intron 2 of 18) intron (NM_000615, intron 2 of 18) -9462 NR_120563 101928847 Hs.711235 NR_120563 ENSG00000247416 LOC101928847 - uncharacterized LOC101928847 ncRNA 1.197 1.717 0.749 0.101 1.751 1.548 0.028 1.046 2.113 0.004 1.012 0.043 0.019 0.047 1.165 1.155 0.311 0.031 0.025 0.007 0.010 0.038 1.519 0.756 1.328 0.011 0.009 0.012 0.072 0.012 0.065 0.055 0.050 3.725 0.045 0.156 1.051 0.084 0.095 0.229 0.639 0.118 0.016 0.030 0.013 0.015 0.116 0.140 0.032 0.036 0.003 0.059 1.155 0.025 0.047 1.328 0.043 0.068 0.352 0.034 0.742 0.033 0.913 1.292 0.101 0.013 0.006 6.613 nan 1.039 1.125 2.665 2.438 2.792 1.195 1.122 1.114 2.267 nan 1.718 2.977 2.788 2.695 1.058 2.186 3.286 5.327 1.495 2.813 1.294 0.787 9475 chr6 19288785 19313797 + 0 NA Intergenic Intergenic -120580 NR_110860 101928519 Hs.551771 NR_110860 LOC101928519 - uncharacterized LOC101928519 ncRNA 1.147 nan 0.959 0.070 1.259 3.374 0.062 0.719 1.234 0.011 0.109 0.037 0.017 0.028 1.661 1.082 0.244 0.161 0.295 0.136 0.064 0.030 0.401 0.230 3.719 0.114 0.047 0.013 0.171 0.013 0.174 0.493 0.835 4.510 0.140 0.052 0.452 0.056 0.094 0.010 1.214 0.089 0.017 0.018 0.048 0.052 0.276 0.374 0.052 0.028 0.010 0.060 1.082 0.140 0.007 3.719 0.078 0.078 0.565 0.049 0.467 0.094 0.170 0.074 0.086 0.014 0.014 0.455 0.426 0.537 0.847 2.753 3.156 3.017 0.888 0.267 0.232 1.134 1.460 0.828 0.980 0.600 0.403 0.314 0.411 1.935 1.702 0.270 0.458 1.281 0.816 1936 chr11 47484522 47496414 + 0 NA 3' UTR (NM_001172640, exon 13 of 13) 3' UTR (NM_001172640, exon 13 of 13) -19738 NM_005055 5913 Hs.81218 NM_005055 ENSG00000165917 RAPSN CMS11|CMS4C|FADS|RAPSYN|RNF205 receptor associated protein of the synapse protein-coding nan 2.464 2.440 0.119 3.497 3.937 0.203 1.084 1.908 0.047 0.321 0.488 0.052 0.110 3.431 1.000 0.233 0.108 0.197 0.063 0.122 0.060 2.336 1.077 4.835 0.114 0.062 0.183 0.109 0.009 0.148 0.292 0.167 4.447 0.012 0.193 1.372 0.101 0.129 0.138 0.280 0.155 0.076 0.085 0.064 0.076 0.396 0.215 0.178 0.272 0.080 0.093 1.000 0.191 0.133 4.835 0.011 0.084 1.127 0.172 0.120 0.385 0.092 0.136 0.344 0.058 0.030 0.893 1.886 0.519 0.739 9.340 10.019 4.595 1.531 0.495 0.542 1.117 1.747 1.326 2.261 1.476 1.425 0.307 0.506 4.650 5.125 0.411 nan 4.050 1.661 7089 chr20 59277148 59282084 + 0 NA Intergenic MER2|DNA|TcMar-Tigger 139996 NR_039653 100616440 NR_039653 ENSG00000265617 MIR548AG2 - microRNA 548ag-2 ncRNA 0.667 1.055 0.514 0.029 0.089 0.055 0.014 0.032 0.144 0.020 0.030 0.037 0.038 0.040 0.072 0.025 0.075 0.097 0.051 0.082 0.002 0.017 0.015 0.093 0.064 0.060 0.068 0.343 0.064 0.022 0.133 0.016 0.093 0.022 0.015 0.040 0.080 0.016 0.044 0.016 0.013 0.025 0.014 0.037 0.002 0.025 0.067 0.059 0.012 0.062 0.016 0.052 0.101 0.015 0.012 1.655 nan 0.055 0.052 0.199 0.358 0.223 0.149 19.421 21.560 0.198 0.242 0.131 0.162 0.469 0.160 0.225 0.250 0.018 0.042 0.160 0.302 0.780 0.688 2912 chr12 104648042 104709949 + 0 NA intron (NM_001093771, intron 3 of 16) intron (NM_001093771, intron 3 of 16) -1465 NM_182742 7296 Hs.654922 NM_003330 ENSG00000198431 TXNRD1 GRIM-12|TR|TR1|TRXR1|TXNR thioredoxin reductase 1 protein-coding 1.357 1.792 nan 0.850 1.294 0.600 3.992 0.429 0.956 0.498 2.905 2.891 0.641 0.160 0.945 0.543 0.874 0.312 3.134 1.568 2.154 0.367 0.497 0.413 0.936 4.352 4.888 1.266 2.081 1.118 1.204 2.765 0.829 2.162 0.989 3.721 0.352 2.917 0.202 0.482 0.454 3.664 1.229 0.565 2.193 1.267 4.819 5.059 3.761 0.947 0.887 4.108 0.543 2.490 4.866 0.936 1.958 4.672 0.334 1.809 0.517 1.044 0.776 0.351 0.537 1.596 1.527 0.979 1.246 1.165 2.177 1.619 1.684 1.946 0.575 2.528 2.793 1.835 2.254 1.375 2.121 1.655 1.664 0.786 1.162 1.839 2.697 0.954 1.261 1.781 1.035 131 chr1 19248923 19260226 + 0 NA intron (NM_001136265, intron 1 of 8) intron (NM_001136265, intron 1 of 8) -25281 NM_003748 8659 Hs.77448 NM_003748 ENSG00000159423 ALDH4A1 ALDH4|P5CD|P5CDh aldehyde dehydrogenase 4 family member A1 protein-coding 0.988 0.681 nan 1.042 0.095 2.397 3.788 0.237 0.428 0.612 1.481 2.635 0.011 0.053 0.982 0.675 0.406 0.076 3.151 1.773 0.602 0.061 0.061 0.058 0.021 2.572 2.500 0.373 2.676 2.329 2.140 6.841 2.255 4.128 2.674 0.775 0.075 0.083 1.427 0.062 3.280 2.533 0.871 2.564 1.477 1.204 2.653 0.741 3.350 0.028 1.032 0.675 3.029 6.508 0.021 0.877 0.734 0.670 0.910 1.169 1.783 0.062 0.092 2.618 0.922 0.721 0.384 0.530 0.173 0.313 1.692 1.120 0.266 0.139 0.262 nan 0.257 nan 0.457 0.590 nan 2.030 0.160 0.306 0.066 0.068 0.542 1.014 1.158 0.894 11977 chrX 118634176 118640875 + 0 NA Intergenic Intergenic -34442 NR_028443 100303728 Hs.714405 NR_028443 ENSG00000224281 SLC25A5-AS1 - SLC25A5 antisense RNA 1 ncRNA 0.662 2.787 0.836 2.586 0.326 0.366 4.608 0.357 1.020 0.867 0.625 0.308 0.139 0.182 0.304 0.254 0.380 0.210 1.242 0.737 1.465 0.021 0.382 0.210 0.196 1.934 1.936 0.052 3.095 2.138 3.320 8.377 2.481 3.458 1.466 0.167 0.041 0.049 0.073 0.423 0.047 0.741 1.226 0.571 2.689 5.847 3.282 3.129 3.750 0.267 1.758 3.283 0.254 1.949 1.897 0.196 0.456 3.063 0.044 0.261 0.058 1.180 0.030 0.672 0.946 0.788 0.242 0.394 0.349 0.716 0.692 0.679 0.371 0.166 0.166 0.190 0.171 0.318 0.777 0.779 0.348 0.169 0.199 0.193 0.559 0.444 0.152 0.313 0.152 0.160 7686 chr3 89453328 89461068 + 0 NA intron (NM_005233, intron 8 of 16) intron (NM_005233, intron 8 of 16) 300524 NM_182644 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.765 0.694 0.038 0.045 0.035 0.036 0.103 0.208 0.041 0.134 0.008 0.064 0.046 0.232 0.073 0.042 0.042 0.025 0.053 0.222 0.053 0.139 0.010 0.062 0.052 0.090 0.036 0.168 0.038 0.028 0.025 0.085 0.141 0.015 0.036 0.031 0.028 0.059 0.050 0.055 0.011 0.037 0.017 0.232 0.028 0.139 0.078 0.022 0.015 0.030 0.020 0.026 0.047 0.029 0.007 0.166 0.125 9.582 5.464 0.224 0.246 3.520 1.085 0.274 0.344 0.811 1.014 0.132 0.136 0.449 0.126 0.071 0.098 0.271 0.123 0.215 0.395 0.547 0.421 7119 chr20 62723205 62734923 + 0 NA intron (NM_001318855, intron 1 of 2) intron (NM_001318855, intron 1 of 2) 5023 NM_001318855 4987 Hs.2859 NM_000913 ENSG00000125510 OPRL1 KOR-3|NOCIR|NOP|NOPr|OOR|ORL1 opioid related nociceptin receptor 1 protein-coding 1.574 1.105 2.024 0.054 0.262 1.820 0.035 1.949 4.254 0.041 0.133 0.040 0.026 0.055 0.754 0.427 0.096 0.041 0.081 0.016 0.043 0.142 0.442 0.315 2.099 0.036 0.049 0.196 0.156 0.034 0.514 1.704 0.108 1.422 0.104 0.046 0.074 0.692 0.065 0.030 0.263 0.244 0.046 0.019 0.009 0.033 0.123 0.068 0.438 0.450 0.060 0.107 0.427 0.066 0.261 2.099 0.096 0.566 1.435 3.574 0.074 0.237 0.314 0.007 0.023 1.947 nan 0.283 0.334 3.220 2.550 1.134 0.402 0.568 0.735 0.561 1.020 0.290 0.440 0.774 0.842 0.703 0.766 0.602 0.304 0.739 0.872 2.978 1.946 1565 chr10 82212317 82237206 + 0 NA intron (NM_001351268, intron 2 of 9) intron (NM_001351268, intron 2 of 9) -3258 NM_001351272 81619 Hs.718943 NM_030927 ENSG00000108219 TSPAN14 DC-TM4F2|TM4SF14 tetraspanin 14 protein-coding 1.711 3.311 4.517 2.319 1.097 3.291 3.101 0.383 0.880 1.283 1.144 0.619 0.850 0.081 1.132 0.951 0.315 0.103 2.031 0.879 1.804 0.173 0.188 0.118 2.801 0.928 0.642 0.279 1.885 1.159 1.776 4.007 1.287 5.097 0.519 0.386 0.212 0.392 0.077 0.137 0.580 2.047 0.941 0.542 1.416 1.163 4.092 0.236 2.967 0.502 0.289 1.773 0.951 1.333 0.433 2.801 1.646 1.898 0.387 0.856 0.146 1.057 1.167 0.606 0.667 1.660 1.720 3.785 4.807 1.433 2.760 2.251 1.867 1.023 0.364 1.212 1.129 1.527 2.011 5.305 6.126 2.011 2.229 1.045 2.020 1.292 1.244 1.348 2.873 0.821 0.528 6016 chr2 36774371 36800516 + 0 NA intron (NM_005102, intron 5 of 7) intron (NM_005102, intron 5 of 7) 37889 NM_005102 9637 Hs.258563 NM_005102 ENSG00000171055 FEZ2 HUM3CL fasciculation and elongation protein zeta 2 protein-coding 0.816 nan nan 1.418 0.077 0.040 1.754 0.102 0.212 0.460 0.741 1.709 0.026 0.031 0.064 0.127 0.465 0.136 1.089 0.421 1.489 0.042 0.120 0.106 0.069 1.625 1.192 0.667 1.061 0.867 0.290 nan 0.521 0.279 0.564 1.837 0.015 0.162 0.122 1.707 0.045 2.763 4.863 1.830 1.413 0.956 0.889 3.268 0.608 0.919 0.129 0.255 0.127 0.283 5.262 0.069 0.453 0.262 0.023 0.416 0.038 1.185 0.083 0.160 1.707 7.281 8.011 0.330 0.341 0.283 0.634 0.314 0.358 0.181 0.117 0.662 nan 0.535 0.804 0.337 0.348 nan 0.205 0.197 0.297 0.066 0.070 0.430 0.960 0.323 0.335 10425 chr7 74015391 74078024 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -25284 NM_032999 2969 Hs.647041 NM_001518 ENSG00000263001 GTF2I BAP135|BTKAP1|DIWS|GTFII-I|IB291|SPIN|TFII-I|WBS|WBSCR6 general transcription factor IIi protein-coding nan 1.304 1.392 1.203 1.070 1.234 2.547 0.622 1.006 1.359 1.125 1.378 0.780 0.332 1.730 1.270 1.076 0.652 1.270 0.417 0.649 0.582 0.535 0.368 1.061 2.553 2.503 0.536 2.963 0.888 1.203 2.788 2.336 1.941 0.737 1.776 0.323 1.314 0.177 0.585 2.188 1.520 0.554 0.275 1.087 1.423 1.784 1.043 2.048 1.237 0.693 1.636 1.270 1.490 1.372 1.061 0.889 1.494 0.672 0.743 0.380 1.334 0.694 1.152 0.971 0.515 0.338 1.625 1.791 1.570 nan 1.559 1.622 1.401 0.521 1.182 1.211 0.572 nan 2.171 nan 2.403 2.322 0.901 1.544 1.337 1.261 2.322 4.089 1.271 0.902 1872 chr11 31664000 31680556 + 0 NA intron (NM_019040, intron 9 of 9) intron (NM_019040, intron 9 of 9) 141002 NM_019040 26610 Hs.175534 NM_019040 ENSG00000109911 ELP4 AN|AN2|C11orf19|PAX6NEB|PAXNEB|dJ68P15A.1|hELP4 elongator acetyltransferase complex subunit 4 protein-coding 0.780 0.933 nan 0.130 0.104 0.043 0.056 0.145 0.265 0.254 0.236 0.818 0.043 0.118 0.167 0.317 0.088 0.057 0.023 2.850 0.058 0.104 0.172 0.080 0.101 0.044 0.014 0.070 0.045 0.068 0.088 0.556 0.310 0.044 0.036 0.040 0.145 0.146 0.100 0.038 0.358 0.176 0.128 0.053 0.014 0.183 1.311 0.034 0.030 0.024 0.024 0.167 0.013 0.055 0.080 0.059 0.025 0.128 0.024 0.006 0.076 0.030 0.097 0.197 1.221 1.598 0.504 0.314 0.206 0.398 0.269 0.360 0.335 0.128 0.281 0.250 1.264 1.599 0.190 0.210 0.550 0.184 0.212 0.300 0.103 0.202 0.261 nan 0.584 0.421 11403 chr8 146124220 146128687 + 0 NA intron (NM_001109689, intron 1 of 5) CpG 393 NM_001109689 58500 Hs.532277 NM_021061 ENSG00000196150 ZNF250 ZFP647|ZNF647 zinc finger protein 250 protein-coding 8.358 3.773 nan 4.805 6.371 4.628 2.234 3.515 5.786 1.875 5.359 1.362 1.235 2.272 8.528 2.096 2.481 0.541 3.867 1.358 2.155 2.849 1.914 0.969 7.810 1.619 1.620 1.831 2.862 1.614 3.704 4.641 2.620 17.676 2.130 1.365 0.811 2.448 0.096 1.641 2.074 3.958 2.213 1.416 1.698 0.617 4.190 2.928 4.300 4.862 4.021 1.742 2.096 5.212 2.573 7.810 0.886 1.936 1.476 6.014 5.010 1.020 2.094 1.603 0.923 1.921 1.596 3.026 3.834 4.921 5.715 12.615 9.348 nan 3.237 11.341 12.283 2.437 3.261 3.363 5.636 4.537 6.255 3.034 6.117 4.978 3.902 4.767 4.688 3.305 1.927 7991 chr3 170180598 170193163 + 0 NA intron (NR_135557, intron 1 of 2) intron (NR_135557, intron 1 of 2) 1807 NR_135556 101928583 Hs.407600 NR_135555 ENSG00000285051 LOC101928583 - uncharacterized LOC101928583 ncRNA 3.012 1.365 3.453 0.169 1.564 0.262 0.125 1.085 1.597 0.015 0.111 0.351 2.491 0.075 2.319 1.442 2.387 0.386 0.085 0.015 0.020 0.154 0.249 0.523 1.406 0.321 0.149 0.042 0.158 0.059 0.064 0.180 0.260 0.917 0.023 0.058 2.776 0.034 0.075 0.019 1.026 0.078 0.019 0.025 0.017 0.012 0.315 0.136 0.305 0.080 0.182 0.120 1.442 0.090 0.022 1.406 0.059 0.092 1.509 0.042 0.106 0.095 9.740 0.964 0.067 0.018 0.020 0.700 0.948 0.576 1.081 6.153 4.977 0.305 0.165 0.307 0.258 3.115 3.514 2.913 3.651 3.572 3.929 4.529 6.403 5.977 5.749 1.297 2.084 1.548 0.982 7097 chr20 61263216 61300457 + 0 NA intron (NM_016354, intron 1 of 11) intron (NM_016354, intron 1 of 11) 8039 NM_016354 28231 Hs.235782 NM_016354 ENSG00000101187 SLCO4A1 OATP-E|OATP1|OATP4A1|OATPE|OATPRP1|POAT|SLC21A12 solute carrier organic anion transporter family member 4A1 protein-coding 1.231 1.784 0.795 0.591 0.245 0.857 0.843 0.215 0.535 0.274 0.273 0.190 0.115 0.175 0.438 0.366 0.219 0.083 0.915 0.296 0.442 0.194 0.244 0.134 0.238 0.422 0.347 0.481 0.685 0.318 1.466 4.591 0.526 1.239 0.450 0.928 0.025 0.349 0.098 0.350 0.032 2.370 1.257 0.784 0.598 0.351 0.803 0.241 0.566 0.366 1.324 0.816 0.366 0.882 1.044 0.238 0.629 1.096 0.359 1.825 0.798 0.669 0.665 0.200 0.628 0.232 0.176 2.809 nan 1.378 1.262 1.123 1.024 0.411 0.100 0.520 0.533 0.486 0.903 0.158 0.162 1.281 1.437 1.217 1.945 0.256 0.323 0.449 0.639 0.866 0.656 6708 chr2 232564325 232583726 + 0 NA intron (NM_002823, intron 1 of 4) CpG-16069 790 NM_002823 5757 Hs.459927 NM_002823 ENSG00000187514 PTMA TMSA prothymosin alpha protein-coding 5.624 nan 6.405 3.453 5.105 6.966 3.876 3.027 5.540 1.089 3.708 1.578 1.584 1.663 3.052 4.413 1.151 0.108 4.697 1.383 2.885 2.279 1.987 1.105 4.962 2.537 3.033 2.068 4.614 1.181 4.098 7.071 2.911 9.499 1.709 3.748 0.937 3.269 0.146 1.275 2.735 3.066 2.851 1.228 2.419 1.904 2.840 2.082 3.880 2.344 1.452 3.053 4.413 4.838 3.242 4.962 1.519 2.005 0.987 5.469 2.441 2.897 1.989 2.308 2.100 2.033 1.455 6.625 6.787 5.246 7.430 7.219 6.445 4.823 3.197 9.862 10.789 3.565 4.890 9.598 nan 7.493 9.467 5.089 9.839 4.477 4.124 9.469 5.684 1.799 1.183 7489 chr22 50569947 50588382 + 0 NA intron (NM_018995, intron 15 of 26) AluJb|SINE|Alu -6320 NM_001164106 54456 Hs.62880 NM_018995 ENSG00000073146 MOV10L1 CHAMP|DJ402G11.8 Mov10 RISC complex RNA helicase like 1 protein-coding 0.830 0.934 nan 0.126 1.345 0.535 0.170 1.529 3.272 0.026 0.216 0.198 0.024 0.070 0.237 2.932 0.109 0.067 0.185 0.072 0.027 0.023 0.875 0.435 2.139 0.072 0.071 0.024 0.220 0.048 0.199 0.351 0.187 0.864 0.080 0.125 0.062 0.074 0.127 0.051 1.485 0.140 0.104 0.102 0.095 0.062 0.146 0.179 0.104 0.066 0.030 0.216 2.932 0.169 0.176 2.139 0.239 0.055 0.261 0.098 0.640 0.102 0.048 0.054 0.021 0.019 0.020 0.373 0.380 0.228 0.263 4.486 4.295 1.902 0.590 0.347 0.339 0.163 0.300 2.016 3.086 0.532 0.406 0.199 0.233 0.854 1.711 0.097 0.256 2.770 1.348 3875 chr15 27416506 27432419 + 0 NA intron (NM_001270873, intron 3 of 5) intron (NM_001270873, intron 3 of 5) -17996 NR_120343 101928869 Hs.585699 NR_120343 ENSG00000228740 GABRG3-AS1 - GABRG3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.361 nan 0.023 0.072 3.670 0.058 0.076 0.177 0.012 0.053 0.040 0.008 0.031 2.568 0.056 0.033 0.131 0.020 0.012 0.009 0.115 0.126 0.045 0.004 0.014 0.047 0.085 0.089 0.044 4.144 0.185 0.024 0.041 0.066 0.044 0.087 0.019 0.005 0.019 0.014 0.036 0.125 0.031 0.018 0.010 0.030 0.056 0.053 0.006 0.045 0.061 0.026 0.043 0.044 0.051 0.020 0.075 0.024 0.010 0.007 0.015 0.287 0.246 0.433 0.532 0.525 0.516 0.087 0.066 0.101 0.114 0.194 0.307 3.414 3.147 nan 0.220 0.210 0.339 0.100 0.086 0.128 0.208 0.685 0.659 2513 chr12 15779626 15791706 + 0 NA intron (NM_004447, intron 17 of 20) intron (NM_004447, intron 17 of 20) 86388 NM_030668 5800 Hs.160871 NM_002848 ENSG00000151490 PTPRO GLEPP1|NPHS6|PTP-OC|PTP-U2|PTPROT|PTPU2|R-PTP-O protein tyrosine phosphatase, receptor type O protein-coding 0.933 0.764 0.908 1.968 0.300 0.069 0.334 0.198 0.449 0.193 0.457 5.055 0.025 0.245 0.081 0.212 0.828 0.145 0.316 0.078 0.142 0.129 0.171 0.099 0.358 0.245 0.024 1.247 0.593 0.119 0.282 0.195 0.390 0.374 0.865 0.007 0.087 0.077 0.322 0.092 0.138 0.085 0.045 0.135 0.253 0.480 4.344 0.792 0.283 0.013 0.088 0.212 0.112 0.061 0.099 0.101 0.034 0.092 0.008 0.524 0.058 0.092 0.087 0.625 0.614 0.255 0.231 1.360 2.016 nan 0.636 0.599 0.202 0.367 0.336 0.446 0.735 0.446 0.378 0.478 0.151 0.177 0.374 0.073 0.083 0.337 0.721 0.508 0.365 37 chr1 3563865 3649254 + 0 NA promoter-TSS (NM_001204190) promoter-TSS (NM_001204190) -677 NM_001204190 7161 Hs.192132 NM_005427 ENSG00000078900 TP73 P73 tumor protein p73 protein-coding 1.247 nan 2.918 0.150 1.406 4.274 0.149 0.687 1.257 0.061 0.092 0.079 0.033 0.143 1.786 0.418 0.145 0.102 0.186 0.109 0.032 0.098 0.602 0.397 0.654 0.067 0.043 0.209 0.160 0.042 0.182 nan 0.182 5.807 0.079 0.061 0.210 0.271 0.095 0.027 0.149 0.157 0.146 0.102 0.087 0.049 0.103 0.136 0.141 0.281 0.044 0.095 0.418 0.173 0.103 0.654 0.074 0.100 0.653 0.432 0.964 0.071 1.109 0.103 0.047 0.016 0.011 0.367 0.429 0.477 0.708 7.024 6.555 1.002 0.364 0.439 0.526 0.913 nan nan 2.549 nan 1.425 0.928 1.518 0.640 0.665 0.251 0.312 1.613 0.830 6416 chr2 151313894 151354137 + 0 NA intron (NM_001254738, intron 2 of 4) intron (NM_001254738, intron 2 of 4) 10194 NM_001254738 390 Hs.6838 NM_005168 ENSG00000115963 RND3 ARHE|Rho8|RhoE|memB Rho family GTPase 3 protein-coding nan 0.695 nan 2.736 0.257 0.927 1.317 0.479 0.969 0.900 1.696 0.777 1.437 0.246 0.417 0.401 0.955 0.111 2.558 0.952 0.800 0.038 0.163 0.247 0.243 0.905 0.658 0.532 1.585 0.941 2.399 3.182 2.045 2.581 0.830 0.351 0.083 2.618 0.113 0.358 0.509 0.874 1.213 0.548 1.561 1.478 0.977 0.698 0.793 0.697 0.479 0.953 0.401 2.153 0.308 0.243 1.098 0.926 0.204 0.552 0.244 0.617 0.268 0.116 1.109 0.084 0.041 0.762 0.942 1.474 2.606 1.062 0.752 0.809 0.353 1.243 1.204 0.752 1.234 0.403 0.444 1.171 1.566 0.368 0.940 0.404 0.213 0.521 0.971 0.542 0.469 855 chr1 167071477 167080421 + 0 NA intron (NM_001080426, intron 2 of 5) intron (NM_001080426, intron 2 of 5) 12622 NM_001080426 92235 Hs.632462 NM_001080426 ENSG00000198842 DUSP27 - dual specificity phosphatase 27, atypical protein-coding 1.467 nan 4.351 0.288 0.119 0.072 1.360 0.179 0.248 0.011 0.321 0.416 0.007 0.086 0.486 3.526 0.162 0.073 0.926 0.950 0.035 0.384 0.232 0.093 1.019 0.495 0.041 0.075 0.106 0.406 2.812 0.094 1.244 1.428 0.789 2.056 0.048 0.072 0.092 0.232 0.164 0.101 0.051 0.195 0.258 0.998 0.266 0.273 0.048 0.229 0.307 3.526 0.450 0.021 0.093 0.191 0.074 0.467 0.058 0.137 0.964 1.717 0.619 0.657 0.937 0.661 0.595 0.511 0.382 0.667 0.563 nan 8.295 1.793 0.204 0.243 0.354 0.563 1.376 nan 0.327 0.237 1.109 1.780 5.014 6.996 0.947 2.119 0.501 0.447 11589 chr9 75721301 75800241 + 0 NA Intergenic Intergenic -5876 NM_000700 301 Hs.494173 NM_000700 ENSG00000135046 ANXA1 ANX1|LPC1 annexin A1 protein-coding nan nan nan 0.978 0.088 0.027 1.549 0.287 0.633 0.467 0.793 1.554 0.497 0.019 0.058 0.750 0.767 0.114 1.838 1.067 0.632 1.239 0.329 0.190 0.045 1.166 0.557 0.164 1.229 0.615 1.400 2.436 0.865 0.238 1.263 1.888 0.118 0.909 0.094 0.435 0.024 1.092 0.333 0.245 0.792 0.419 0.625 0.929 0.835 0.371 0.572 0.858 0.750 1.139 1.059 0.045 0.726 0.367 0.004 0.473 0.087 1.041 0.238 0.047 0.473 0.399 0.440 1.112 0.761 9.631 nan 0.328 nan 0.107 0.059 2.331 2.296 0.217 0.343 0.435 0.524 0.219 0.079 0.391 0.533 0.964 1.148 0.187 0.399 1.325 0.881 3659 chr14 69402888 69434311 + 0 NA intron (NM_001130004, intron 1 of 21) L2a|LINE|L2 27484 NM_001130004 87 Hs.235750 NM_001102 ENSG00000072110 ACTN1 BDPLT15 actinin alpha 1 protein-coding 1.574 0.701 0.875 1.748 0.254 0.153 0.624 0.215 0.415 0.596 0.980 1.432 0.144 0.280 0.199 0.794 2.808 0.435 0.346 0.205 5.020 0.044 0.089 0.121 0.241 1.533 1.074 0.511 0.141 0.306 0.334 1.444 0.965 0.507 0.424 1.874 0.112 0.200 0.100 0.345 0.280 1.274 1.906 0.918 0.407 0.437 1.036 1.526 3.092 1.637 0.780 1.522 0.794 0.418 0.495 0.241 0.378 0.121 0.115 1.145 0.052 2.484 0.244 0.163 2.546 1.107 0.632 0.415 0.501 0.458 0.799 0.503 0.563 0.628 0.160 1.057 1.148 0.622 0.896 0.529 nan 0.790 0.576 0.411 0.708 0.363 0.772 0.325 0.796 0.788 nan 11772 chr9 128291555 128312790 + 0 NA intron (NM_001006618, intron 7 of 7) intron (NM_001006618, intron 7 of 7) 167341 NM_001006617 79109 Hs.495138 NM_024117 ENSG00000119487 MAPKAP1 JC310|MIP1|SIN1|SIN1b|SIN1g mitogen-activated protein kinase associated protein 1 protein-coding nan nan 1.017 0.615 0.419 0.756 1.146 0.220 0.495 0.638 0.808 1.095 0.825 0.020 0.247 0.688 1.072 0.121 1.076 0.920 0.180 0.033 0.332 0.200 0.727 0.918 0.388 0.059 0.767 0.233 0.206 1.013 0.577 nan 0.716 3.559 0.786 0.046 0.089 0.377 0.056 0.145 0.068 0.044 0.292 0.456 1.530 0.123 0.180 0.668 0.263 2.252 0.688 0.916 0.405 0.727 0.622 0.442 0.150 0.065 0.334 0.767 0.016 0.271 0.476 0.052 0.050 0.194 0.174 0.364 0.501 0.590 0.752 0.592 0.138 0.333 0.335 0.356 nan 1.124 1.142 0.635 0.339 0.139 0.259 2.525 3.571 0.453 0.854 nan 0.608 9755 chr6 70656734 70677164 + 0 NA intron (NM_001858, intron 9 of 50) intron (NM_001858, intron 9 of 50) 90501 NM_001858 1310 Hs.444842 NM_001858 ENSG00000082293 COL19A1 COL9A1L|D6S228E collagen type XIX alpha 1 chain protein-coding nan nan 1.188 0.085 0.186 0.129 0.052 0.110 0.189 0.005 0.058 0.050 0.027 0.030 0.157 0.113 0.124 0.109 0.119 0.037 0.012 0.011 0.108 0.126 0.088 0.007 0.024 0.021 0.081 0.099 0.149 0.376 0.073 0.346 0.043 0.018 0.005 0.037 0.120 0.012 0.012 0.068 0.012 0.012 0.048 0.084 0.095 0.058 0.012 0.041 0.015 0.039 0.113 0.087 0.004 0.088 0.018 0.020 0.342 0.027 0.065 0.012 0.043 0.303 0.023 0.011 0.010 0.376 0.247 0.211 0.275 0.205 0.271 0.152 0.095 0.208 0.250 2.638 2.858 0.470 0.451 3.580 3.022 0.107 0.174 0.049 0.081 0.338 0.615 0.363 0.340 6269 chr2 99513588 99556579 + 0 NA intron (NM_207362, intron 1 of 9) L1PB4|LINE|L1 17601 NM_207362 343990 Hs.469398 NM_207362 ENSG00000196872 KIAA1211L C2orf55 KIAA1211 like protein-coding 1.382 1.717 2.219 0.363 1.475 5.803 0.829 1.689 3.082 0.044 0.147 0.163 0.040 0.160 2.162 0.432 0.113 0.075 0.232 0.225 0.151 0.026 0.335 0.213 3.768 0.635 0.342 0.244 0.716 0.250 0.167 0.504 0.327 3.055 0.360 0.443 0.292 0.076 0.075 0.241 0.141 0.976 0.083 0.078 0.319 0.074 0.143 1.297 0.273 0.068 0.101 0.164 0.432 0.228 0.032 3.768 0.122 0.341 0.107 2.055 0.229 0.119 0.233 0.092 0.138 0.111 0.040 0.330 0.236 0.294 0.431 9.129 8.027 3.224 0.548 0.610 0.646 0.228 0.456 2.707 2.675 0.695 0.459 0.330 0.452 1.131 1.140 0.306 0.549 1.393 0.720 1839 chr11 19884935 19903171 + 0 NA intron (NM_001111018, intron 4 of 37) intron (NM_001111018, intron 4 of 37) -112424 NR_039843 100616426 NR_039843 ENSG00000264309 MIR4694 - microRNA 4694 ncRNA 0.807 nan 4.215 0.060 2.780 3.816 0.292 0.238 0.587 0.010 0.099 0.140 0.017 0.028 1.927 0.407 0.576 0.086 0.167 0.062 0.017 0.023 1.479 0.892 0.446 0.159 0.103 0.057 0.097 0.041 0.097 0.358 0.201 7.634 0.105 0.042 0.309 0.030 0.066 0.019 0.534 0.166 0.036 0.021 0.083 0.066 0.075 0.185 0.080 0.027 0.057 0.051 0.407 0.105 0.050 0.446 0.047 0.045 0.198 0.057 0.044 0.277 1.144 0.027 0.079 0.066 0.059 nan 1.808 0.582 0.583 3.549 3.209 4.984 1.272 0.386 0.364 1.433 nan 1.505 2.203 1.147 1.251 0.698 1.706 1.059 0.496 0.084 0.159 2.868 nan 1788 chr11 10471595 10481422 + 0 NA promoter-TSS (NM_001025390) promoter-TSS (NM_001025390) -158 NM_001025389 272 Hs.501890 NM_000480 ENSG00000133805 AMPD3 - adenosine monophosphate deaminase 3 protein-coding 1.784 nan 1.737 0.734 2.462 3.322 1.760 0.278 0.940 0.204 1.626 0.711 0.012 1.162 5.606 1.190 0.126 0.099 1.906 0.735 0.019 0.014 1.613 0.707 5.426 1.244 1.540 0.073 0.746 0.504 1.536 2.334 1.011 3.343 0.564 0.235 0.570 0.099 0.067 0.411 0.413 2.805 0.343 0.141 0.545 0.352 1.275 1.260 0.341 0.101 1.129 0.832 1.190 1.790 0.047 5.426 0.872 0.690 0.406 0.109 0.883 0.565 2.431 1.329 0.060 0.328 0.268 nan 6.324 0.665 0.614 10.930 9.410 7.080 3.061 3.814 3.932 0.541 nan 4.079 5.473 1.884 2.775 2.602 4.279 2.378 2.196 1.277 4.480 3.716 nan 9462 chr6 17411754 17424100 + 0 NA intron (NM_006366, intron 1 of 12) intron (NM_006366, intron 1 of 12) 24191 NM_006366 10486 Hs.132902 NM_006366 ENSG00000112186 CAP2 - cyclase associated actin cytoskeleton regulatory protein 2 protein-coding 1.184 nan 0.974 0.104 0.173 0.033 0.435 0.220 0.349 0.163 0.347 0.263 0.301 0.048 0.148 1.491 1.752 0.303 0.230 0.107 0.298 0.012 0.150 0.234 0.513 0.238 0.088 0.646 0.094 0.156 0.103 0.084 0.138 0.456 0.059 1.250 0.039 0.156 0.065 0.068 1.084 2.108 2.250 0.855 0.726 0.074 0.241 0.121 0.772 0.655 0.102 0.060 1.491 0.144 0.382 0.513 0.050 0.106 1.015 0.197 0.115 0.436 0.081 0.091 1.004 0.257 0.116 0.365 0.485 0.371 0.523 0.655 0.815 0.684 0.176 0.401 0.357 3.592 4.437 0.144 0.166 3.037 2.851 0.230 0.340 0.144 0.185 0.222 0.355 0.622 0.544 11045 chr8 73445843 73462810 + 0 NA intron (NM_004770, intron 1 of 2) intron (NM_004770, intron 1 of 2) 4700 NM_004770 9312 Hs.661102 NM_004770 ENSG00000182674 KCNB2 KV2.2 potassium voltage-gated channel subfamily B member 2 protein-coding 4.137 1.103 3.838 0.030 3.296 1.393 0.044 0.955 1.640 0.017 0.083 0.011 0.018 1.528 2.636 0.489 0.119 0.067 0.069 0.014 0.008 1.626 0.953 3.872 0.028 0.021 0.026 0.092 0.013 0.119 0.149 0.092 6.467 0.022 1.310 0.300 0.099 0.063 1.000 0.185 0.018 0.013 0.010 0.045 0.029 0.206 0.053 0.202 0.052 0.054 0.489 0.033 0.017 3.872 0.022 0.068 0.354 0.089 2.359 0.023 2.497 2.101 0.036 0.014 0.009 3.270 4.199 4.047 2.471 10.034 8.548 4.149 1.427 17.264 17.385 2.434 3.115 2.588 3.959 3.478 3.692 2.683 6.318 5.720 6.259 4.309 5.365 3.692 1.911 9781 chr6 80230231 80263224 + 0 NA intron (NM_181714, intron 1 of 8) intron (NM_181714, intron 1 of 8) 420 NM_181714 167691 Hs.21945 NM_181714 ENSG00000135338 LCA5 C6orf152 LCA5, lebercilin protein-coding 1.679 1.685 nan 0.808 0.820 0.987 0.331 0.968 1.956 0.128 0.329 0.498 0.222 0.076 0.614 1.024 0.410 0.146 0.525 0.126 0.383 0.869 0.532 0.351 1.160 0.252 0.112 0.058 0.248 0.086 0.569 1.593 0.492 2.455 0.254 0.116 0.689 4.874 0.175 0.218 0.912 0.159 0.170 0.100 0.191 0.209 0.361 0.205 0.247 0.877 0.170 0.134 1.024 0.482 0.643 1.160 0.208 0.183 0.147 0.254 0.859 0.151 0.449 0.165 0.152 0.305 0.221 0.692 0.840 1.967 4.495 1.873 1.799 2.078 1.546 0.529 0.564 1.659 1.907 1.101 1.621 1.851 1.522 0.477 1.031 2.772 2.982 0.527 1.135 1.146 0.624 2186 chr11 94961839 94966549 + 0 NA promoter-TSS (NM_144665) promoter-TSS (NM_144665) 52 NM_144665 143686 Hs.120633 NM_144665 ENSG00000149212 SESN3 SEST3 sestrin 3 protein-coding 2.576 nan 2.488 0.533 0.728 5.653 0.995 1.710 2.876 0.020 2.041 2.744 0.291 0.292 3.442 1.654 0.457 0.203 2.812 0.903 0.079 0.029 1.511 1.235 0.179 1.921 1.161 0.031 1.058 0.468 1.345 1.035 2.097 15.074 0.988 3.963 1.954 0.093 0.094 1.045 2.864 0.703 0.579 0.400 0.879 0.778 0.390 2.001 0.864 1.146 1.714 1.073 1.654 2.684 3.691 0.179 0.719 0.263 0.598 0.604 2.401 0.787 6.066 1.341 0.988 0.086 0.085 2.189 2.432 1.551 nan 4.535 3.105 0.300 0.080 3.253 3.482 4.866 6.029 3.679 5.874 2.351 2.412 3.264 7.462 7.019 6.705 2.076 nan 4.052 1.786 680 chr1 149781609 149863880 + 0 NA promoter-TSS (NR_036461) promoter-TSS (NR_036461) 116 NM_003516 8337 Hs.530461 NM_003516 ENSG00000203812 HIST2H2AA3 H2A|H2A.2|H2A/O|H2A/q|H2AFO|H2a-615|HIST2H2AA histone cluster 2 H2A family member a3 protein-coding 4.945 nan 4.659 2.869 2.643 2.238 3.102 1.589 3.066 1.486 3.262 1.840 1.177 2.495 5.985 2.077 1.983 0.291 2.849 1.283 2.601 3.149 2.240 1.161 2.638 1.846 2.320 1.499 2.002 0.966 5.878 16.766 2.051 13.391 1.846 6.074 0.832 3.404 0.154 2.794 1.738 2.342 3.204 1.442 1.662 1.512 2.208 2.052 2.613 2.019 7.826 5.928 2.077 3.181 3.526 2.638 2.815 2.886 1.008 4.349 2.936 2.845 2.162 2.219 1.334 1.929 1.448 5.744 7.455 5.114 7.797 6.904 4.650 8.357 3.502 8.341 8.057 3.458 4.548 4.318 5.230 5.251 7.637 2.846 7.169 3.977 3.523 8.134 7.738 1.850 1.230 8826 chr5 30094674 30102805 + 0 NA Intergenic L1PA7|LINE|L1 218072 NR_134264 105374704 Hs.151157 NR_134264 LOC105374704 - uncharacterized LOC105374704 ncRNA 0.674 1.250 nan 0.088 1.677 0.035 0.115 0.079 0.210 0.056 2.871 2.168 0.108 0.128 0.201 0.119 0.395 0.024 0.089 0.305 3.568 1.192 0.114 0.050 0.009 0.119 0.026 2.417 2.811 1.914 1.149 1.264 1.325 0.633 0.054 0.158 0.087 0.030 0.045 0.045 0.048 0.040 0.019 0.106 0.210 0.009 1.840 0.008 0.128 0.131 0.031 0.114 0.026 0.041 0.012 0.035 2.693 0.360 0.037 0.063 0.131 0.012 0.432 0.228 0.172 0.204 0.277 0.400 6.627 3.084 0.137 0.103 0.278 0.386 3.282 1.917 0.886 0.314 0.147 0.218 3.705 5.332 0.268 1.322 1.361 0.728 8599 chr4 154168797 154196701 + 0 NA intron (NM_001351055, intron 1 of 11) intron (NM_001351055, intron 1 of 11) 4238 NM_001351054 23321 Hs.435711 NM_015271 ENSG00000109654 TRIM2 CMT2R|RNF86 tripartite motif containing 2 protein-coding nan 1.377 0.943 0.351 0.711 0.455 0.367 0.464 0.736 0.172 0.451 0.192 0.178 0.115 0.622 0.523 0.438 0.145 0.391 0.204 0.176 0.129 0.246 0.274 0.784 0.254 0.159 0.092 0.256 0.038 0.372 0.974 0.110 1.224 0.261 0.463 0.139 0.560 0.083 0.228 0.486 0.221 0.217 0.140 0.226 0.061 0.331 0.136 0.061 0.084 0.031 0.112 0.523 0.345 0.102 0.784 0.088 0.107 0.184 0.298 0.184 0.186 0.263 0.226 0.169 0.066 0.026 0.449 0.403 1.626 3.458 0.876 0.760 1.567 0.509 0.311 0.330 0.821 1.109 1.228 1.744 1.562 1.509 0.384 0.883 0.800 0.746 0.803 1.167 0.838 0.546 3962 chr15 55569484 55583650 + 0 NA intron (NM_183235, intron 1 of 6) intron (NM_183235, intron 1 of 6) 5446 NM_183235 5873 Hs.654978 NM_004580 ENSG00000069974 RAB27A GS2|HsT18676|RAB27|RAM RAB27A, member RAS oncogene family protein-coding 1.379 1.401 1.164 0.775 0.404 0.223 1.499 0.491 0.613 0.168 2.387 2.099 0.082 0.152 0.433 0.809 1.182 0.181 1.466 0.564 1.042 0.129 0.331 0.186 1.010 2.217 2.259 0.425 1.868 1.131 2.911 4.614 3.627 1.346 1.359 0.537 0.074 0.530 0.054 1.049 0.744 0.947 0.625 0.337 2.071 0.985 0.741 0.983 1.257 1.313 0.406 1.197 0.809 1.051 1.817 1.010 0.690 0.334 0.185 0.638 0.874 1.686 0.295 0.122 1.346 0.329 0.215 0.665 0.622 1.822 2.911 1.020 0.820 0.821 0.225 0.764 0.916 0.992 1.337 0.852 1.603 1.736 1.489 0.698 1.207 0.496 0.451 0.373 0.692 1.029 0.770 11482 chr9 19125791 19131843 + 0 NA Intergenic Intergenic -1213 NM_001122 123 Hs.3416 NM_001122 ENSG00000147872 PLIN2 ADFP|ADRP perilipin 2 protein-coding nan 10.413 0.712 0.237 0.146 0.136 2.960 0.414 1.250 1.981 1.196 4.072 1.280 0.298 0.148 1.216 1.110 0.238 3.198 1.020 0.519 0.849 0.328 0.303 0.614 1.299 1.571 0.389 1.237 0.838 0.811 1.602 0.945 0.962 0.675 0.618 0.862 2.529 0.110 0.214 0.445 1.839 0.668 0.475 2.135 0.973 0.183 7.313 2.724 3.280 2.307 1.059 1.216 1.860 1.374 0.614 0.182 0.766 0.223 1.733 0.516 1.088 0.649 0.205 0.279 2.208 1.703 0.118 0.203 1.905 2.614 0.733 0.811 3.539 1.978 0.849 0.893 1.204 1.686 4.086 5.970 1.801 1.740 0.940 2.108 5.238 4.212 0.399 0.548 1.706 1.464 7346 chr22 25506088 25530304 + 0 NA intron (NM_001145206, intron 4 of 10) MER66B|LTR|ERV1 -9537 NR_038941 100128531 Hs.662126 NR_038941 ENSG00000203280 LOC100128531 - uncharacterized LOC100128531 ncRNA 1.515 nan 0.915 3.243 0.734 0.080 0.461 0.264 0.530 0.678 0.219 0.202 0.040 0.246 0.100 0.775 0.130 0.074 0.725 0.227 0.076 0.023 0.155 0.124 0.744 0.208 0.147 0.293 0.365 0.070 0.859 nan 1.430 1.308 0.454 0.092 0.096 0.227 0.073 0.112 0.161 0.120 0.075 0.061 0.177 0.110 0.488 0.174 0.667 0.277 1.275 0.798 0.775 1.022 0.073 0.744 0.104 0.520 0.423 0.183 1.118 0.656 0.340 0.031 0.087 0.050 0.038 0.943 1.327 0.724 2.019 0.752 0.683 1.241 0.420 1.317 1.324 0.360 0.721 1.266 1.883 0.997 0.861 0.639 0.851 0.980 1.910 0.334 0.442 2.215 1.520 7876 chr3 140575709 140583691 + 0 NA Intergenic MSTB|LTR|ERVL-MaLR -80962 NM_018155 55186 Hs.144130 NM_018155 ENSG00000114120 SLC25A36 PNC2 solute carrier family 25 member 36 protein-coding 1.028 nan nan 0.144 0.277 0.109 0.044 0.261 0.582 0.030 0.045 0.016 0.012 0.110 0.358 0.132 0.040 0.061 0.016 0.017 0.668 0.269 0.465 0.043 0.028 0.027 0.143 0.013 0.120 0.551 0.140 0.253 0.018 0.067 0.023 0.075 0.044 0.961 0.103 0.015 0.029 0.040 0.048 0.060 0.126 0.041 0.071 0.040 0.081 0.358 0.036 0.012 0.465 0.073 0.172 0.066 0.307 0.009 0.050 0.015 0.009 0.012 0.006 0.300 0.148 0.494 0.478 0.721 0.858 10.582 2.840 0.278 0.320 0.567 nan 1.117 nan nan 0.553 0.190 0.350 0.365 0.289 0.384 0.642 1.923 1.096 7259 chr21 45540509 45558041 + 0 NA intron (NM_005049, intron 20 of 20) intron (NM_005049, intron 20 of 20) -4219 NR_135220 8209 Hs.413482 NM_004649 ENSG00000160221 GATD3A C21orf33|ES1|GATD3|GT335|HES1|KNPH|KNPI glutamine amidotransferase like class 1 domain containing 3A protein-coding nan 0.894 4.466 0.467 1.010 0.515 1.388 0.347 0.833 0.327 0.653 0.572 0.240 0.359 0.717 0.913 0.353 0.161 0.784 0.269 0.710 0.523 0.366 0.183 0.631 0.407 0.373 0.611 0.302 0.174 1.083 1.453 0.718 2.350 0.342 0.893 0.235 0.732 0.078 0.306 0.314 0.971 0.802 0.337 0.505 0.276 0.576 0.660 0.573 1.027 0.428 0.484 0.913 0.745 1.368 0.631 0.761 0.398 0.474 1.093 0.935 0.561 0.317 0.541 0.247 0.299 0.200 1.285 1.453 0.847 1.462 1.424 1.341 nan 0.423 1.800 1.891 1.088 nan 1.686 2.430 1.856 2.049 0.868 1.369 0.979 0.943 0.755 1.376 1.484 0.770 2783 chr12 71037266 71047287 + 0 NA intron (NR_073474, intron 9 of 10) intron (NR_073474, intron 9 of 10) -11056 NM_001109754 5787 Hs.201030 NM_002837 ENSG00000127329 PTPRB HPTP-BETA|HPTPB|PTPB|R-PTP-BETA|VEPTP protein tyrosine phosphatase, receptor type B protein-coding nan 0.720 0.516 3.240 0.071 0.017 0.736 0.127 0.161 0.379 1.036 5.555 0.050 0.061 0.107 0.432 2.810 0.178 1.347 0.869 0.663 0.079 0.147 0.095 1.637 0.815 0.114 2.031 0.997 0.688 2.164 0.880 0.311 3.001 1.339 0.037 0.064 0.113 1.629 0.032 0.636 0.904 0.566 0.598 0.652 0.269 3.511 0.562 0.474 2.208 2.836 0.432 0.820 0.518 0.095 1.264 2.625 0.039 0.926 0.364 1.033 0.040 0.025 3.372 1.793 1.397 0.241 0.134 0.301 0.496 0.351 0.367 0.103 0.096 0.269 0.299 1.044 1.514 nan 0.378 0.254 0.124 0.119 0.187 0.076 0.076 0.068 0.151 nan 0.540 334 chr1 43916511 43922009 + 0 NA 3' UTR (NM_015284, exon 71 of 71) 3' UTR (NM_015284, exon 71 of 71) 400 NM_031207 81888 Hs.709864 NM_031207 ENSG00000178922 HYI HT036 hydroxypyruvate isomerase (putative) protein-coding nan 2.336 nan 3.964 2.986 2.282 1.894 2.043 3.651 0.536 3.793 2.298 0.609 1.605 2.057 2.007 0.820 0.146 1.095 0.482 2.269 0.025 2.016 1.252 3.719 1.318 1.223 0.121 4.504 1.751 1.567 4.090 1.268 5.999 0.823 0.772 0.209 1.020 0.116 0.688 0.977 6.541 4.706 1.568 1.747 1.465 1.959 2.106 0.533 2.572 1.114 0.728 2.007 1.204 0.302 3.719 0.271 0.498 0.458 5.018 1.617 0.905 0.755 0.663 3.014 2.964 2.007 0.953 1.809 1.980 3.854 6.280 5.807 2.663 1.002 0.659 0.723 0.249 nan 15.138 16.534 1.198 0.775 1.698 nan 0.976 0.761 0.429 0.883 2.240 1.127 7735 chr3 111420860 111434869 + 0 NA intron (NM_153268, intron 2 of 3) intron (NM_153268, intron 2 of 3) -23463 NM_001134437 90102 Hs.603252 NM_145753 ENSG00000144824 PHLDB2 LL5b|LL5beta pleckstrin homology like domain family B member 2 protein-coding 1.400 nan 0.822 0.189 0.088 0.068 0.246 3.011 5.592 0.014 0.123 0.216 0.027 0.043 0.100 0.384 0.139 0.252 0.144 0.087 0.092 0.392 0.211 0.393 0.137 0.028 0.026 0.092 0.015 0.121 0.219 0.051 0.275 0.059 0.077 0.073 0.039 0.066 0.008 0.689 0.174 0.126 0.094 0.048 0.065 0.244 0.160 0.128 0.091 0.011 0.106 0.384 0.058 0.124 0.393 0.162 0.030 0.145 0.169 0.022 0.080 0.368 0.394 0.260 0.070 0.069 1.080 1.192 0.529 0.739 0.451 nan 2.209 0.902 0.393 0.305 nan 0.368 0.279 0.316 1.481 1.116 0.353 0.689 0.286 0.626 0.729 1.340 1.391 0.929 2292 chr11 116466260 116482489 + 0 NA Intergenic Intergenic -35765 NR_135069 101929011 Hs.733911 NR_135069 ENSG00000237937 LOC101929011 - uncharacterized LOC101929011 ncRNA 0.611 0.829 0.550 0.057 0.266 0.838 0.113 0.335 0.615 0.058 0.102 0.031 0.030 0.155 0.333 0.004 0.099 0.032 0.039 0.025 1.009 0.868 1.209 0.081 0.036 0.018 0.055 0.063 0.087 0.061 0.857 0.045 0.298 0.280 0.027 0.112 0.065 0.063 0.287 0.134 0.057 0.041 0.090 0.060 0.254 0.055 0.057 0.024 0.085 0.333 0.061 0.086 1.209 0.060 0.061 0.089 0.050 0.547 0.010 0.105 0.207 0.038 0.025 0.013 0.325 nan 0.093 0.175 0.745 0.886 1.692 0.409 0.112 0.099 0.761 nan 1.201 1.297 0.728 0.490 0.436 0.543 1.559 1.904 0.377 1.027 2.919 1.551 3582 chr14 58035189 58050882 + 0 NA intron (NM_001352015, intron 4 of 7) intron (NM_001352015, intron 4 of 7) -82454 NM_001283056 55195 Hs.659706 NM_018168 ENSG00000100557 CCDC198 C14orf105 coiled-coil domain containing 198 protein-coding nan nan 1.841 0.100 0.148 0.135 0.041 0.145 0.275 0.012 0.041 0.023 0.020 0.013 0.192 0.783 0.059 0.102 0.087 0.049 0.040 0.009 0.110 0.138 0.069 0.005 0.023 0.009 0.095 0.020 0.052 0.119 0.103 0.381 0.009 0.053 0.060 0.024 0.102 0.023 0.064 0.047 0.023 0.010 0.049 0.083 0.056 0.058 0.088 0.046 0.065 0.052 0.783 0.092 0.024 0.069 0.039 0.032 0.037 0.074 0.059 0.058 0.119 7.384 0.024 0.033 0.003 0.353 0.304 0.606 0.438 0.337 0.472 0.191 0.114 0.347 0.380 0.193 0.252 0.333 0.303 0.784 0.303 0.288 0.567 0.162 0.328 4.218 10.989 nan 0.481 1997 chr11 64066466 64074481 + 0 NA intron (NM_001039496, intron 2 of 4) AluSg|SINE|Alu -2527 NM_001282451 2101 Hs.110849 NM_004451 ENSG00000173153 ESRRA ERR1|ERRa|ERRalpha|ESRL1|NR3B1 estrogen related receptor alpha protein-coding nan 2.456 1.545 1.378 2.326 1.439 2.022 1.015 2.141 1.195 2.682 1.690 0.626 1.414 3.409 1.647 1.492 0.199 2.084 0.740 1.443 1.973 0.925 0.563 1.177 1.198 1.262 1.782 1.371 0.673 2.674 4.295 1.699 8.807 0.866 1.962 0.710 2.116 0.123 0.908 0.932 3.773 2.867 1.275 0.896 1.075 2.471 3.214 3.074 3.073 2.160 1.502 1.647 2.570 2.696 1.177 1.300 1.042 0.773 5.100 2.644 1.537 1.462 0.837 1.622 1.107 0.780 3.617 4.685 3.142 3.999 2.528 2.080 3.758 1.447 6.277 6.583 2.285 3.162 2.923 4.873 2.987 3.646 3.406 3.358 3.766 3.021 1.814 2.019 1.802 0.909 6650 chr2 218468589 218488351 + 0 NA intron (NR_026597, intron 1 of 12) intron (NR_026597, intron 1 of 12) 142846 NR_026597 729582 Hs.572788 NR_026597 DIRC3 - disrupted in renal carcinoma 3 ncRNA nan 0.773 nan 0.149 1.368 0.331 0.079 0.444 0.702 0.014 0.093 0.042 0.012 0.891 0.322 0.384 0.125 0.016 0.059 0.038 0.007 0.522 0.277 0.741 0.007 0.018 0.015 0.045 0.011 0.151 0.628 0.104 0.769 0.037 0.067 0.052 0.033 0.098 0.072 0.108 0.027 0.007 0.017 0.033 0.107 0.111 0.099 0.031 0.016 0.126 0.384 0.028 0.010 0.741 0.049 0.122 0.044 0.062 1.000 0.028 0.035 1.027 0.027 0.023 0.028 0.350 0.236 0.228 0.396 0.991 0.744 1.455 0.269 0.311 0.321 0.232 0.404 6.479 nan 0.757 0.611 0.162 0.216 0.416 0.207 1.131 2.416 1.456 0.797 6888 chr20 21915788 21926947 + 0 NA Intergenic LTR16C|LTR|ERVL -113361 NR_038394 100270679 Hs.385748 NR_038394 ENSG00000234435 LINC01432 - long intergenic non-protein coding RNA 1432 ncRNA 0.585 1.000 nan 0.019 0.093 0.035 0.048 0.126 0.232 0.006 0.070 0.090 0.011 0.018 0.048 0.023 0.141 0.116 0.038 0.017 0.011 0.012 0.147 0.134 0.097 0.056 0.065 0.007 0.048 0.029 0.092 0.085 0.171 0.269 0.039 0.062 0.436 0.020 0.051 0.246 0.066 0.011 0.014 0.029 0.028 0.052 0.071 0.036 0.038 0.282 0.006 0.023 0.013 0.016 0.097 0.011 0.051 0.015 4.262 0.014 0.036 0.033 0.015 0.507 0.403 0.099 0.189 0.218 0.282 0.171 0.134 0.201 0.183 0.235 0.304 0.236 0.336 0.390 0.140 0.226 0.428 1.994 2.774 0.149 0.192 0.607 0.411 5256 chr18 33885333 33902992 + 0 NA intron (NM_001281740, intron 1 of 28) intron (NM_001281740, intron 1 of 28) 16503 NM_001281739 80206 Hs.436636 NM_025135 ENSG00000134775 FHOD3 FHOS2|Formactin2 formin homology 2 domain containing 3 protein-coding nan 0.710 0.877 0.550 0.064 0.076 3.118 0.136 0.346 0.275 1.689 3.786 0.050 0.072 0.056 0.376 0.192 0.081 1.494 0.598 0.909 0.031 0.027 0.092 0.054 1.449 1.239 0.066 1.365 2.116 0.740 1.970 0.501 0.430 1.714 2.410 0.091 0.043 0.074 1.141 0.035 2.958 0.314 0.198 2.321 1.432 0.654 2.441 0.115 0.855 0.260 1.285 0.376 1.075 1.621 0.054 0.256 0.019 0.045 0.484 0.080 1.079 0.050 0.245 2.057 1.014 1.073 0.333 0.204 0.343 0.346 0.433 0.516 0.448 0.172 0.189 0.240 0.264 0.448 nan 0.724 0.769 0.500 0.152 0.209 0.226 0.281 0.273 0.393 0.760 0.903 8400 chr4 57920671 57949943 + 0 NA intron (NM_001253835, intron 1 of 3) intron (NM_001253835, intron 1 of 3) -40621 NR_034081 255130 Hs.691061 NR_034081 ENSG00000245067 IGFBP7-AS1 - IGFBP7 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.554 0.499 1.335 0.093 0.243 0.157 0.095 0.180 0.404 0.093 0.567 0.622 0.017 0.073 0.370 1.477 0.215 0.123 0.039 0.693 0.047 0.075 0.108 0.062 0.057 0.046 0.233 0.569 0.689 0.113 0.200 0.413 0.982 0.140 0.209 0.026 0.056 0.085 0.442 0.055 0.902 0.191 0.155 0.168 0.128 0.076 0.258 0.515 0.022 1.236 0.075 0.370 0.100 0.056 0.062 0.157 0.109 0.060 0.322 0.097 0.072 0.041 0.068 0.214 0.096 0.049 0.352 0.171 1.116 3.992 0.224 0.257 0.240 0.101 0.325 0.353 3.216 4.419 0.358 0.490 0.350 0.174 0.092 0.177 0.056 0.073 0.147 0.202 0.719 1.035 1680 chr10 122829851 122848534 + 0 NA Intergenic Intergenic -228501 NR_033850 283089 Hs.568750 NR_033850 ENSG00000227165 WDR11-AS1 - WDR11 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.904 1.356 0.119 0.044 0.036 0.103 0.129 0.278 0.260 0.078 0.039 0.077 0.021 0.091 0.082 0.076 0.067 0.033 0.020 0.022 0.025 0.049 0.038 0.019 0.004 0.090 0.067 0.077 0.064 0.612 0.023 0.060 0.026 0.023 0.085 0.029 0.103 0.023 0.029 0.156 0.046 0.041 0.113 0.143 0.042 0.004 0.066 0.082 0.046 0.030 0.038 0.085 0.039 0.664 0.022 0.044 0.047 0.026 1.785 0.049 0.031 0.016 0.277 0.233 0.915 2.933 0.163 0.164 0.535 0.259 0.107 0.151 3.721 4.063 0.419 0.679 1.017 0.707 0.125 0.219 0.128 0.099 0.997 2.917 0.148 0.226 2879 chr12 96814438 96829116 + 0 NA Intergenic Intergenic -27411 NM_001170464 5128 Hs.506415 NM_002595 ENSG00000059758 CDK17 PCTAIRE2|PCTK2 cyclin dependent kinase 17 protein-coding 1.026 0.855 1.130 0.492 0.119 0.030 2.188 0.077 0.268 0.455 1.251 1.307 0.051 0.062 0.115 0.226 2.455 0.704 0.266 0.371 0.572 0.047 0.097 0.180 0.138 1.128 0.661 0.246 0.744 1.186 0.096 0.454 0.249 nan 1.053 0.431 0.028 0.104 0.147 0.802 0.033 1.550 3.489 1.683 0.622 0.400 0.294 5.782 0.322 1.896 0.349 2.032 0.226 0.280 1.104 0.138 0.432 0.683 0.377 1.913 0.055 1.080 0.155 0.320 1.496 4.217 5.364 0.368 0.341 0.458 0.504 0.436 0.569 0.545 0.248 0.283 0.379 0.959 nan 0.443 nan 1.706 1.741 0.253 0.370 0.359 0.336 0.401 0.517 0.571 0.594 5984 chr2 27575767 27583877 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318909) promoter-TSS (NM_001318909) 79 NM_001035521 2976 Hs.75782 NM_001521 ENSG00000115207 GTF3C2 TFIIIC-BETA|TFIIIC110 general transcription factor IIIC subunit 2 protein-coding 4.089 1.781 2.772 2.120 2.578 1.547 2.824 1.166 2.378 0.874 2.136 2.810 1.748 0.984 2.060 2.116 1.055 0.460 3.786 1.329 2.237 1.744 1.495 0.713 1.847 1.086 1.387 1.515 3.864 1.090 5.007 7.187 3.239 5.377 1.548 2.706 0.292 3.419 0.201 2.040 1.454 4.996 2.362 1.261 2.402 2.002 2.955 2.134 3.103 3.360 1.890 2.065 2.116 5.560 4.953 1.847 1.840 1.908 1.101 3.468 1.254 2.378 0.781 3.257 1.587 1.899 1.454 2.991 2.534 3.047 4.783 3.850 3.099 5.099 2.444 10.374 10.790 2.476 3.449 6.122 nan 4.563 5.285 1.706 2.773 2.359 2.429 6.164 9.170 2.451 1.208 5847 chr2 1588537 1645691 + 0 NA Intergenic Intergenic 131205 NM_012293 7837 Hs.332197 NM_012293 ENSG00000130508 PXDN ASGD7|COPOA|D2S448|D2S448E|MG50|PRG2|PXN|VPO peroxidasin protein-coding 0.403 0.568 0.926 0.270 0.055 0.183 4.295 0.177 0.248 0.023 0.039 0.078 0.242 0.023 0.235 0.223 0.139 0.104 0.033 0.010 0.862 0.022 0.163 0.163 0.176 0.213 0.096 0.022 0.424 0.009 1.360 5.262 1.024 0.618 0.687 0.061 0.012 0.066 0.101 0.198 0.025 0.121 0.077 0.045 0.270 0.054 1.121 0.139 0.128 0.060 0.923 1.124 0.223 0.046 0.232 0.176 0.464 1.537 0.250 0.104 2.857 0.405 0.024 0.037 0.733 0.211 0.164 0.216 0.132 0.244 0.442 0.784 0.764 0.564 0.153 0.086 0.080 0.420 0.714 0.717 0.941 0.578 0.475 0.100 0.118 0.095 0.147 0.100 0.159 0.517 0.473 4043 chr15 70640120 70655691 + 0 NA Intergenic Intergenic 150362 NR_146562 105370880 NR_146562 ENSG00000259473 LINC02205 - long intergenic non-protein coding RNA 2205 ncRNA 0.868 0.856 0.721 0.091 0.777 0.414 0.124 0.435 0.805 0.111 0.222 0.182 0.028 0.445 0.968 3.431 0.109 0.094 0.081 0.012 0.024 0.027 0.100 0.154 1.156 0.054 0.037 0.065 0.073 0.021 0.109 0.633 0.141 1.822 0.085 0.115 0.085 0.119 0.086 0.053 0.204 0.098 0.035 0.035 0.021 0.034 0.094 0.142 0.169 0.041 1.009 0.308 3.431 0.077 0.125 1.156 0.102 0.112 0.865 0.109 0.117 0.082 0.357 0.397 0.102 0.015 0.016 0.530 0.718 0.289 0.560 0.591 0.781 2.194 0.399 0.189 0.172 0.238 0.373 2.563 2.109 1.234 0.696 0.540 0.700 0.200 0.143 0.389 0.992 0.589 0.375 5995 chr2 28645014 28677707 + 0 NA Intergenic Intergenic -43821 NR_103831 403150 Hs.562970 NR_103831 ENSG00000229951 FLJ31356 - uncharacterized protein FLJ31356 ncRNA 0.940 1.099 0.944 0.247 0.542 0.515 1.607 0.118 0.249 0.644 0.669 0.624 0.042 0.039 0.195 0.305 0.115 0.039 0.917 0.881 0.265 0.025 0.117 0.133 0.104 0.585 0.305 0.100 0.742 0.525 0.959 4.602 0.947 2.226 0.671 0.234 0.019 0.046 0.104 0.394 0.111 0.792 0.122 0.065 0.700 1.310 1.270 1.007 0.589 0.307 0.314 1.040 0.305 0.746 0.485 0.104 0.879 1.380 0.659 0.302 0.749 0.474 0.080 0.107 0.492 0.107 0.107 0.332 0.296 0.353 1.119 0.392 0.405 0.808 0.228 0.507 0.535 0.259 0.549 0.875 nan 0.491 0.290 0.225 0.280 0.147 0.200 0.203 0.275 0.908 0.714 2454 chr12 7124351 7127169 + 0 NA promoter-TSS (NM_005768) promoter-TSS (NM_005768) 82 NM_005768 10162 Hs.655248 NM_005768 ENSG00000111684 LPCAT3 C3F|LPCAT|LPLAT 5|LPSAT|MBOAT5|OACT5|nessy lysophosphatidylcholine acyltransferase 3 protein-coding 3.838 nan 4.068 3.072 7.753 2.979 1.075 1.287 2.495 1.410 2.100 2.843 0.509 1.063 2.281 1.412 0.826 0.057 1.983 0.336 2.545 1.275 1.664 1.560 2.658 1.446 1.764 1.272 2.013 0.864 3.164 4.270 2.181 9.059 0.782 2.740 0.943 4.127 0.084 0.675 3.358 1.747 2.267 1.251 1.560 0.736 3.165 2.305 4.962 5.730 1.512 1.325 1.412 1.237 2.127 2.658 1.304 1.150 9.218 7.230 1.511 1.593 1.736 1.614 0.930 0.866 0.421 1.344 2.361 2.398 3.952 nan 6.409 7.516 3.050 10.347 10.592 2.926 3.437 3.273 6.630 3.923 4.061 1.940 3.736 3.011 1.643 3.864 5.571 1.335 0.673 2077 chr11 71489176 71506893 + 0 NA promoter-TSS (NM_152563) promoter-TSS (NM_152563) -523 NM_018172 55199 Hs.567527 NM_018172 ENSG00000158483 FAM86C1 FAM86C family with sequence similarity 86 member C1 protein-coding nan 2.085 1.046 0.698 0.750 3.439 1.970 0.518 0.834 0.215 0.900 0.910 0.464 0.294 3.418 1.446 0.283 0.073 1.036 0.577 0.897 0.360 0.311 0.244 0.764 0.531 0.588 0.594 1.089 1.282 1.095 nan 0.784 2.758 1.032 0.401 0.184 0.817 0.103 0.720 1.413 1.897 0.999 0.494 0.833 0.941 1.260 1.444 0.698 0.747 0.801 0.852 1.446 2.450 1.399 0.764 0.835 0.670 0.562 1.724 0.813 1.251 0.329 0.371 0.504 0.830 0.536 1.485 1.706 0.815 1.577 2.200 2.071 1.409 0.510 3.799 3.956 1.052 1.563 1.586 2.743 0.741 0.478 0.501 0.882 0.844 0.682 1.207 2.027 1.360 0.771 2036 chr11 67068769 67086817 + 0 NA exon (NM_017857, exon 13 of 14) exon (NM_017857, exon 13 of 14) 6874 NM_017857 54961 Hs.29173 NM_017857 ENSG00000172830 SSH3 SSH3L slingshot protein phosphatase 3 protein-coding nan 1.750 1.347 1.724 1.815 1.670 1.538 0.764 1.249 1.735 1.291 2.370 0.841 0.851 1.432 0.818 0.431 0.152 1.884 0.638 1.889 0.292 0.392 0.274 1.324 1.013 0.835 0.761 0.832 0.837 5.093 9.536 5.218 3.727 1.441 1.064 0.238 1.736 0.143 0.419 0.365 3.587 1.343 0.808 1.801 1.271 3.905 0.969 2.976 1.571 2.100 4.734 0.818 1.839 1.805 1.324 2.716 5.313 0.447 6.134 1.857 1.520 0.950 0.392 0.785 0.341 0.168 1.885 3.675 1.471 2.426 2.320 2.339 4.589 1.551 2.232 2.333 0.915 1.270 4.838 5.704 1.009 1.166 1.267 2.302 1.206 1.053 0.890 1.341 0.885 0.674 11292 chr8 129508011 129582258 + 0 NA intron (NR_121672, intron 2 of 7) intron (NR_121672, intron 2 of 7) 31791 NR_121673 101927774 Hs.628730 NR_121672 LINC00824 LINC01263 long intergenic non-protein coding RNA 824 ncRNA nan nan nan 0.452 1.032 0.045 1.247 0.337 0.517 0.024 0.518 48.763 0.028 2.135 0.188 0.088 0.265 0.100 0.415 0.222 0.596 0.276 0.089 0.096 0.109 0.749 0.437 0.033 0.409 0.440 0.470 0.726 0.340 nan 0.403 14.798 0.048 0.029 0.073 0.296 0.071 0.319 0.171 0.129 0.340 0.200 0.686 0.620 0.983 0.141 8.080 1.193 0.088 0.413 0.408 0.109 3.500 0.120 0.034 0.103 1.213 0.111 0.043 0.052 0.138 0.202 0.225 0.329 0.197 0.246 0.355 0.672 0.690 2.780 0.755 nan nan 0.444 0.680 4.592 3.244 0.351 0.140 0.141 0.241 0.367 0.920 0.165 0.281 0.357 0.344 8452 chr4 82369882 82395816 + 0 NA intron (NM_001300735, intron 1 of 13) intron (NM_001300735, intron 1 of 13) 10233 NM_001300735 153020 Hs.591696 NM_152545 ENSG00000138670 RASGEF1B GPIG4 RasGEF domain family member 1B protein-coding 1.239 0.909 1.278 0.722 1.276 1.486 2.018 2.523 4.982 0.022 0.069 0.308 0.245 0.142 2.213 0.957 0.104 0.068 0.710 0.606 0.009 0.005 0.733 0.297 1.891 0.247 0.114 0.014 1.064 0.221 0.177 0.288 0.699 2.943 0.657 0.039 0.381 0.033 0.081 0.108 2.443 0.195 0.040 0.033 0.829 0.278 0.148 0.296 0.279 0.063 0.235 0.575 0.957 0.580 0.054 1.891 0.183 0.739 0.063 0.054 0.296 0.125 0.027 0.668 0.112 0.031 0.019 0.490 0.454 2.571 2.663 3.296 3.131 4.621 2.299 0.799 0.857 0.525 nan 2.104 2.730 2.377 2.312 0.109 0.171 1.222 1.776 1.118 nan 1.500 0.777 7833 chr3 130494837 130507812 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -35628 NM_014602 30849 Hs.149032 NM_014602 ENSG00000196455 PIK3R4 VPS15|p150 phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 4 protein-coding 0.974 nan nan 0.303 2.107 0.849 0.088 0.795 1.580 0.036 0.060 0.424 0.014 0.038 0.164 0.917 0.227 0.163 0.052 0.029 0.034 0.011 0.277 0.258 0.479 0.037 0.011 0.011 0.078 0.013 0.087 0.113 0.103 2.399 0.045 0.080 0.103 0.042 0.084 0.014 0.508 0.064 0.023 0.018 0.020 0.030 0.075 0.078 0.025 0.027 0.012 0.091 0.917 0.072 0.029 0.479 0.010 0.045 0.030 0.053 0.032 0.018 0.062 0.156 0.012 0.031 0.008 0.503 0.463 0.355 0.737 0.909 1.213 1.986 0.840 0.278 0.289 0.252 0.452 2.522 4.125 nan 0.266 0.207 0.324 0.397 0.299 0.309 0.558 3.648 1.376 10266 chr7 28389551 28399119 + 0 NA intron (NM_182899, intron 1 of 9) intron (NM_182899, intron 1 of 9) 55395 NM_182899 9586 Hs.437075 NM_004904 ENSG00000146592 CREB5 CRE-BPA|CREB-5 cAMP responsive element binding protein 5 protein-coding 1.858 2.443 1.243 0.282 1.853 0.147 0.703 2.477 5.091 0.020 0.302 0.880 0.033 3.393 1.096 0.987 0.264 0.175 0.276 0.334 0.112 0.029 2.600 0.605 4.918 0.158 0.091 0.023 0.360 0.122 0.781 3.572 0.164 2.123 0.015 0.214 1.075 0.034 0.155 0.670 0.629 0.267 0.031 0.032 0.136 0.137 0.124 0.657 0.085 0.030 3.319 0.854 0.987 0.379 0.734 4.918 0.357 0.189 0.211 0.141 2.528 0.766 0.103 0.297 0.302 0.094 0.052 0.445 0.481 0.780 nan 2.737 2.092 4.083 4.098 0.424 0.418 0.206 0.319 2.783 4.601 0.492 0.235 0.265 0.401 3.532 5.437 0.487 nan 3.973 1.857 5588 chr19 24167468 24185394 + 0 NA Intergenic Intergenic -35676 NR_149007 100505851 Hs.190888 NR_149007 LOC100505851 - uncharacterized LOC100505851 ncRNA nan 0.626 1.091 0.049 3.522 0.227 0.194 0.089 0.298 0.005 0.056 0.606 0.010 0.067 0.030 0.100 0.074 0.090 0.118 0.105 0.079 0.015 0.123 0.106 1.345 0.132 0.073 0.012 0.102 0.030 0.192 0.535 0.157 0.857 0.057 0.058 0.038 0.054 0.141 0.007 0.535 0.083 0.045 0.011 0.049 0.082 0.285 0.128 0.046 0.088 0.026 0.022 0.100 0.171 0.036 1.345 0.007 0.046 0.097 0.052 0.504 0.201 0.013 0.092 0.025 0.042 0.022 0.313 0.293 0.495 0.841 0.413 0.530 6.474 0.955 1.317 1.538 0.174 0.319 2.748 4.392 0.272 0.112 0.093 0.117 0.523 0.878 0.211 0.363 2.042 0.947 8468 chr4 88892798 88901813 + 0 NA intron (NM_000582, intron 1 of 5) intron (NM_000582, intron 1 of 5) 503 NM_001040058 6696 Hs.313 NM_000582 ENSG00000118785 SPP1 BNSP|BSPI|ETA-1|OPN secreted phosphoprotein 1 protein-coding 0.702 0.717 0.633 0.577 0.391 0.012 0.701 0.213 0.209 0.011 1.751 2.714 0.021 0.022 0.109 0.323 0.074 0.092 0.186 0.042 3.887 0.015 0.138 0.090 0.106 1.281 0.778 0.041 0.136 0.093 0.152 0.313 0.219 0.631 0.455 7.053 0.061 0.087 0.092 0.087 0.093 0.067 0.043 0.072 0.042 2.517 7.738 0.912 0.331 0.557 0.548 0.323 0.008 0.202 0.106 1.870 0.073 0.043 0.033 2.300 0.114 0.022 0.097 0.037 0.026 0.448 0.310 0.334 0.538 0.569 0.586 0.105 0.020 0.344 0.272 0.182 nan 0.902 0.823 0.500 0.192 0.202 0.188 0.083 0.164 0.308 nan 0.777 0.481 10412 chr7 72236710 72258351 + 0 NA intron (NM_001145440, intron 6 of 14) intron (NM_001145440, intron 6 of 14) 51283 NM_001145440 441250 Hs.488614 NM_001145440 ENSG00000277149 TYW1B LINC00069|NCRNA00069|RSAFD2 tRNA-yW synthesizing protein 1 homolog B protein-coding nan 0.681 1.247 0.073 0.197 0.110 0.253 0.276 0.521 0.058 0.118 0.414 0.014 0.504 0.234 0.291 0.411 0.240 0.152 0.026 0.158 0.032 0.484 0.280 0.260 0.111 0.080 0.092 0.150 0.025 0.096 0.226 0.278 0.436 0.040 0.217 0.044 0.085 0.198 0.061 0.510 0.119 0.038 0.047 0.061 0.078 0.143 0.184 0.143 0.228 0.047 0.101 0.291 0.079 1.015 0.260 0.073 0.088 0.219 0.121 2.108 0.146 0.062 0.416 0.035 0.050 0.026 0.457 0.406 0.419 nan 0.413 0.540 1.338 0.391 0.237 0.223 1.441 nan 0.320 nan 0.635 0.409 0.179 0.302 0.283 0.528 0.628 1.328 3.175 1.358 10573 chr7 103552322 103558335 + 0 NA intron (NM_173054, intron 2 of 63) intron (NM_173054, intron 2 of 63) 74635 NM_005045 5649 Hs.655654 NM_005045 ENSG00000189056 RELN ETL7|LIS2|PRO1598|RL reelin protein-coding nan 0.617 0.762 0.250 0.161 0.028 0.035 0.160 0.166 0.016 0.077 0.045 0.021 0.033 0.060 0.122 0.095 0.081 0.052 0.010 0.419 0.165 0.278 0.001 0.006 0.068 0.067 0.089 0.140 0.375 0.024 0.055 0.063 0.037 0.124 0.040 0.108 0.020 0.036 0.028 0.064 0.108 0.014 0.058 0.066 0.033 0.122 0.012 0.077 0.278 0.060 0.003 0.020 0.068 0.026 0.067 0.102 0.026 0.026 0.628 0.312 7.229 2.853 0.228 0.363 0.491 0.244 0.603 0.521 0.473 0.537 0.339 0.295 0.481 0.203 0.197 0.251 0.259 0.330 0.380 nan 0.793 0.748 1552 chr10 80012421 80020007 + 0 NA Intergenic MER5B|DNA|hAT-Charlie 7832 NR_038985 100132987 Hs.55047 NR_038985 ENSG00000230417 LINC00856 - long intergenic non-protein coding RNA 856 ncRNA 0.705 nan 0.793 0.627 0.033 0.153 3.987 0.169 0.238 0.113 1.282 2.315 0.026 0.069 0.135 0.187 0.103 0.684 0.874 0.579 0.036 0.061 0.052 0.451 2.083 1.640 0.136 0.495 0.418 0.350 1.202 0.185 0.232 0.539 2.738 0.013 0.057 1.542 0.053 2.239 0.851 0.443 0.955 0.171 1.004 4.179 0.338 0.566 1.382 1.308 0.135 1.212 5.298 0.451 1.271 0.176 0.077 0.238 0.013 1.575 0.039 0.292 0.561 1.830 1.103 0.488 0.463 0.272 0.463 0.343 0.476 1.190 0.391 0.201 0.232 0.259 0.552 0.634 nan 0.151 0.172 0.181 0.254 0.077 0.215 0.287 nan 0.491 0.398 1194 chr1 231813275 231836453 + 0 NA intron (NM_001164556, intron 1 of 4) intron (NM_001164556, intron 1 of 4) 62303 NM_001164541 27185 Hs.13318 NM_018662 ENSG00000162946 DISC1 C1orf136|SCZD9 DISC1 scaffold protein protein-coding 1.755 3.230 3.496 0.068 2.976 0.283 0.089 0.834 1.530 0.021 0.131 0.135 0.003 0.188 0.158 1.644 0.220 0.083 0.096 0.033 0.019 0.042 0.392 0.224 0.294 0.041 0.031 0.019 0.112 0.023 0.110 0.765 0.110 6.613 0.025 0.107 0.119 0.046 0.091 0.010 2.354 0.107 0.047 0.013 0.090 0.070 0.104 0.165 0.074 0.056 0.020 0.114 1.644 0.062 0.052 0.294 0.026 0.040 0.826 0.033 0.729 0.058 0.017 0.165 0.056 0.020 0.013 0.420 0.213 2.062 2.642 1.680 1.546 nan 3.095 0.222 0.278 0.664 0.979 nan 1.201 1.458 1.825 0.112 0.137 0.563 0.821 0.493 1.061 nan 0.735 7271 chr21 46327851 46339977 + 0 NA intron (NM_001127491, intron 1 of 15) intron (NM_001127491, intron 1 of 15) 6963 NM_001303238 3689 Hs.375957 NM_000211 ENSG00000160255 ITGB2 CD18|LAD|LCAMB|LFA-1|MAC-1|MF17|MFI7 integrin subunit beta 2 protein-coding nan 0.841 1.258 0.344 0.153 1.473 5.999 0.106 0.247 0.537 0.497 0.099 0.010 0.049 0.161 0.169 0.161 0.118 3.429 1.423 1.270 0.069 0.144 0.101 0.069 2.529 2.310 0.066 3.935 2.507 0.836 3.438 2.967 1.257 1.482 0.226 0.126 0.054 0.055 0.265 0.032 1.250 1.433 0.724 4.475 2.947 2.414 0.181 1.341 0.135 0.279 3.271 0.169 2.743 3.044 0.069 0.272 1.728 0.080 0.258 0.503 0.574 0.024 0.051 1.349 0.033 0.029 0.290 0.195 0.188 0.502 0.578 0.636 nan 0.123 0.270 0.285 0.141 nan 0.207 0.251 0.493 0.305 0.360 0.369 0.765 0.870 0.134 0.162 1.097 0.813 4433 chr16 70451303 70474241 + 0 NA intron (NM_006927, intron 1 of 6) intron (NM_006927, intron 1 of 6) 10219 NM_006927 6483 Hs.368611 NM_006927 ENSG00000157350 ST3GAL2 Gal-NAc6S|SIAT4B|ST3GALII|ST3GalA.2 ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 2 protein-coding 1.717 0.693 nan 0.452 0.495 0.347 1.783 0.294 0.617 0.603 4.496 3.098 0.014 1.703 0.470 0.934 1.337 0.438 2.141 1.359 1.172 0.271 0.161 0.176 0.337 2.321 1.914 0.888 1.034 0.435 0.314 0.912 1.329 0.640 0.600 2.111 0.117 0.516 0.094 0.672 0.360 3.193 1.090 0.686 0.689 1.066 1.028 0.383 3.407 2.084 0.304 0.554 0.934 1.636 2.540 0.337 0.347 0.076 0.484 1.166 0.798 1.462 0.221 0.856 1.654 0.143 0.077 0.872 1.505 0.394 0.576 0.764 0.759 1.359 0.430 0.960 0.934 0.731 1.194 1.662 2.039 2.445 2.092 0.422 0.489 0.357 0.360 1.558 3.632 1.058 0.711 41 chr1 4000964 4016060 + 0 NA non-coding (NR_147024, exon 2 of 3) non-coding (NR_147024, exon 2 of 3) 528 NR_147024 105376672 Hs.435087 NR_147024 ENSG00000226374 LINC01345 - long intergenic non-protein coding RNA 1345 ncRNA 0.720 nan 0.724 0.042 4.773 0.262 0.084 0.272 0.364 0.013 0.067 0.012 0.008 0.305 0.210 0.162 0.090 0.063 0.040 0.025 0.028 0.116 0.068 0.560 0.003 0.028 0.025 0.059 0.007 0.288 nan 0.098 2.105 0.040 0.050 0.385 0.061 0.071 1.032 0.068 0.075 0.068 0.096 0.020 0.105 0.146 0.081 0.033 0.078 0.066 0.162 0.056 0.031 0.560 0.016 0.033 0.777 0.032 1.614 0.076 0.013 0.083 0.010 0.008 0.215 0.128 0.100 0.160 1.619 1.623 2.057 0.472 0.169 0.173 0.109 nan nan 6.399 nan 2.638 0.142 0.209 1.526 1.664 0.194 0.430 1.196 0.735 8934 chr5 58330481 58336591 + 0 NA intron (NM_001104631, intron 6 of 14) intron (NM_001104631, intron 6 of 14) 1803 NM_001197221 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 0.859 0.727 0.266 0.092 1.334 1.208 2.485 0.596 1.912 2.495 1.849 2.799 1.465 1.522 2.377 0.026 1.385 0.777 4.332 0.481 0.232 0.080 0.863 1.099 0.388 4.679 1.188 0.242 7.374 7.051 1.319 3.993 1.007 11.377 0.077 5.371 0.188 0.900 0.168 0.674 1.766 1.018 0.972 0.226 1.069 0.918 6.400 3.515 4.652 7.184 1.522 1.223 7.038 0.863 5.123 3.583 0.016 0.773 4.319 0.716 0.489 0.904 0.069 0.017 0.169 0.145 0.401 0.669 1.006 0.846 nan 0.392 0.310 0.334 1.397 2.348 1.937 2.030 nan 1.102 0.053 0.099 0.806 1.089 1.014 2.578 0.693 0.494 3084 chr13 24004425 24028082 + 0 NA Intergenic L1MEe|LINE|L1 -8386 NM_014363 26278 Hs.159492 NM_014363 ENSG00000151835 SACS ARSACS|DNAJC29|PPP1R138|SPAX6 sacsin molecular chaperone protein-coding 1.586 1.011 1.129 0.076 0.695 0.038 0.135 0.041 0.158 0.004 0.109 0.404 0.000 0.051 0.732 0.244 1.139 0.332 0.112 0.064 0.032 0.122 0.140 0.140 0.214 0.052 0.046 0.040 0.037 0.018 0.082 0.211 0.069 0.912 0.012 0.264 0.040 0.138 0.072 0.015 1.287 0.062 0.069 0.033 0.050 0.035 0.032 0.224 0.189 0.054 0.114 0.081 0.244 0.112 0.157 0.214 0.093 0.043 0.658 0.122 0.890 0.100 0.263 2.209 0.057 0.024 0.013 1.042 0.967 0.459 nan 1.164 1.101 0.557 0.169 0.212 0.318 0.679 1.008 1.147 1.365 4.698 4.744 0.429 0.758 0.078 0.111 1.823 4.034 1.849 1.216 2887 chr12 98139329 98152015 + 0 NA intron (NR_077241, intron 1 of 6) MLT2A2|LTR|ERVL 1704 NR_077241 643711 Hs.585557 NR_077240 ENSG00000257501 LOC643711 - platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 pseudogene pseudo 0.775 1.088 0.825 0.120 0.698 1.961 0.101 0.594 1.372 0.066 0.073 0.173 0.395 0.338 0.442 0.115 0.073 0.083 0.020 0.011 1.608 1.425 1.866 0.039 0.069 0.250 0.008 0.151 0.396 0.749 nan 0.155 0.115 0.738 0.051 0.104 0.093 0.024 0.102 0.019 0.019 0.043 0.165 0.063 0.233 0.064 0.074 0.058 0.442 0.068 0.016 1.866 0.058 0.099 0.038 0.023 0.320 0.031 0.405 0.050 0.029 0.009 0.016 0.306 0.198 0.514 0.854 1.008 1.106 1.673 0.588 0.427 0.373 0.535 nan 3.008 nan 0.313 0.147 0.287 0.472 2.806 2.647 0.127 0.180 5.386 2.458 9458 chr6 16235926 16254056 + 0 NA intron (NM_006877, intron 1 of 8) intron (NM_006877, intron 1 of 8) 6180 NM_006877 2766 Hs.484741 NM_006877 ENSG00000137198 GMPR GMPR 1|GMPR1 guanosine monophosphate reductase protein-coding 2.608 nan 1.002 0.127 0.684 0.046 0.187 0.724 1.536 0.021 0.112 0.503 0.028 0.098 0.143 2.977 1.286 0.119 0.466 0.118 0.021 0.015 0.699 0.295 2.463 0.167 0.056 0.082 0.210 0.064 0.240 0.452 0.228 0.308 0.128 0.110 0.095 0.048 0.105 0.065 0.481 0.172 0.160 0.176 0.145 0.046 0.075 0.227 0.225 0.196 0.105 0.099 2.977 0.436 0.316 2.463 0.054 0.091 0.288 0.327 0.073 0.391 0.570 0.184 0.080 0.038 0.031 3.535 5.376 6.391 8.131 0.965 0.889 1.821 0.734 1.028 1.084 0.844 1.451 0.300 0.819 0.892 0.655 1.388 1.757 1.151 0.974 0.884 2.015 1.879 1.276 10721 chr7 142416415 142423983 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -37120 NM_002769 5644 Hs.382212 NM_002769 ENSG00000204983 PRSS1 TRP1|TRY1|TRY4|TRYP1 serine protease 1 protein-coding 0.777 0.587 1.060 0.255 0.104 0.376 0.019 0.149 0.131 0.025 0.102 0.557 0.013 0.644 0.101 0.051 0.127 0.099 0.025 0.351 0.144 0.064 0.009 0.019 0.108 0.053 0.045 0.132 0.377 0.019 0.064 0.042 0.141 0.157 0.052 0.110 0.040 0.015 0.081 0.168 0.317 0.038 0.010 0.027 0.044 0.101 0.084 0.062 0.064 0.048 0.065 0.039 0.072 0.014 0.021 0.030 0.395 0.565 0.014 0.485 0.160 0.140 0.220 0.211 0.275 0.156 0.054 0.317 0.448 0.166 0.288 0.130 0.076 0.505 0.349 0.240 0.225 0.116 0.147 0.474 1.509 5.258 nan 9612 chr6 36963244 36975968 + 0 NA Intergenic MLT2F|LTR|ERVL -3817 NM_173558 221472 Hs.509664 NM_173558 ENSG00000146192 FGD2 ZFYVE4 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 2 protein-coding nan 1.390 nan 0.091 0.291 7.228 0.152 0.195 0.449 0.008 0.121 0.105 0.010 0.039 3.247 0.687 0.236 0.138 0.167 0.084 0.032 0.259 0.205 0.471 0.097 0.043 0.064 0.069 0.017 0.096 0.328 0.191 5.280 0.069 0.441 0.060 0.111 0.075 0.144 0.123 0.304 0.129 0.060 0.080 0.171 0.378 0.083 0.169 0.056 0.062 0.687 0.106 0.087 0.471 0.029 0.039 0.365 0.175 0.462 0.056 0.311 0.067 0.036 0.078 0.016 0.843 0.993 0.268 nan nan 2.515 0.988 0.300 0.414 0.490 0.818 1.242 5.025 3.769 0.662 0.621 0.581 0.905 0.335 0.292 0.342 0.474 1.419 0.936 9115 chr5 108740512 108750475 + 0 NA intron (NM_014819, intron 1 of 9) CpG 182 NM_014819 9867 Hs.483036 NM_014819 ENSG00000198961 PJA2 Neurodap1|RNF131 praja ring finger ubiquitin ligase 2 protein-coding 2.950 2.337 1.809 1.456 1.481 1.557 1.081 1.209 2.265 0.661 1.949 2.749 1.151 0.430 2.338 1.716 2.221 0.258 1.648 0.634 2.083 0.667 1.180 0.658 0.913 1.706 1.802 0.826 1.271 0.877 1.882 2.768 1.697 4.965 0.636 2.865 2.081 2.590 0.140 0.764 1.261 1.554 1.121 0.549 0.822 0.531 1.286 2.205 1.446 1.853 1.829 1.913 1.716 2.226 3.128 0.913 0.748 0.701 0.378 1.276 2.266 1.328 0.624 0.875 0.979 1.098 0.750 1.147 1.685 2.927 4.363 3.428 3.219 2.892 1.262 3.191 3.390 7.732 7.935 2.136 4.263 4.864 4.585 0.716 1.724 5.928 5.520 2.917 3.119 1.885 0.952 2223 chr11 106884893 106890832 + 0 NA intron (NM_000855, intron 1 of 7) intron (NM_000855, intron 1 of 7) 1309 NM_000855 2977 Hs.24321 NM_000855 ENSG00000152402 GUCY1A2 GC-SA2|GUC1A2 guanylate cyclase 1 soluble subunit alpha 2 protein-coding 0.691 0.823 2.158 0.179 1.357 0.112 0.053 0.162 0.319 0.631 0.408 0.420 0.403 1.512 0.274 0.038 0.107 0.356 0.032 1.514 0.501 0.223 0.106 0.035 0.061 0.665 0.512 0.054 1.891 3.650 0.097 0.795 0.911 0.100 0.547 0.220 0.066 0.379 4.804 0.139 0.031 0.019 0.050 0.130 0.966 1.314 1.514 0.054 0.239 0.274 0.420 0.141 0.106 0.083 0.224 0.148 0.772 1.147 0.077 1.678 1.602 0.087 0.378 0.205 13.386 18.615 1.098 1.611 0.642 0.513 0.545 0.297 1.583 1.602 1.688 2.296 1.494 1.750 3.168 3.391 4.493 7.955 2.070 1.155 2.511 2.227 0.318 0.335 8502 chr4 108086973 108136042 + 0 NA Intergenic Intergenic -154054 NM_014421 27123 Hs.211869 NM_014421 ENSG00000155011 DKK2 DKK-2 dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 2 protein-coding 0.487 nan nan 0.078 0.113 0.007 0.075 0.101 0.198 0.006 0.068 0.124 0.014 0.022 0.029 0.105 0.159 0.053 0.086 0.023 0.022 2.435 0.058 0.100 0.102 0.018 0.012 0.023 0.056 0.052 0.067 0.115 0.064 0.173 0.060 0.086 0.021 0.060 0.089 0.017 0.026 0.037 0.018 0.014 0.058 0.020 0.077 0.129 0.041 0.092 0.019 0.038 0.105 0.042 0.025 0.102 0.057 0.035 0.004 0.022 0.017 0.016 0.034 0.070 0.020 0.016 0.013 0.185 0.153 0.184 nan 0.122 0.200 0.111 0.061 0.183 0.187 0.147 nan 0.174 0.187 0.320 0.186 0.122 0.201 0.045 0.063 0.137 nan 0.209 0.270 3532 chr14 50232683 50239753 + 0 NA intron (NM_014315, intron 1 of 12) intron (NM_014315, intron 1 of 12) 1431 NM_014315 23588 Hs.509264 NM_014315 ENSG00000165516 KLHDC2 HCLP-1|HCLP1|LCP kelch domain containing 2 protein-coding nan nan 3.822 2.376 5.122 5.467 2.275 1.831 3.168 1.336 1.877 2.502 4.228 1.927 5.839 4.611 2.344 0.568 3.200 0.563 5.029 1.748 1.290 0.957 4.199 5.007 4.784 0.697 5.945 1.846 5.898 7.724 9.199 5.871 1.406 2.103 0.592 2.806 0.189 1.573 3.304 2.135 2.131 1.163 2.544 5.644 3.331 3.282 4.502 2.983 3.150 3.236 4.611 4.924 4.111 4.199 1.700 3.708 1.238 3.585 2.454 3.739 2.965 2.236 2.270 0.839 0.596 3.890 3.807 6.067 8.171 6.922 6.490 5.740 2.564 7.473 7.401 2.331 3.115 6.486 9.272 8.888 9.784 3.525 5.895 4.103 4.252 3.729 5.574 nan 2.305 3380 chr13 114879699 114915265 + 0 NA intron (NM_001320821, intron 1 of 25) CpG 616 NM_001320821 22821 Hs.593075 NM_007368 ENSG00000185989 RASA3 GAP1IP4BP|GAPIII RAS p21 protein activator 3 protein-coding 0.780 nan 0.551 0.051 1.055 2.741 0.840 0.219 0.377 0.043 2.188 0.766 0.009 0.090 1.327 0.883 0.824 0.117 1.143 0.922 0.060 0.043 0.167 0.080 1.385 0.761 0.792 0.341 0.048 0.196 0.270 0.950 0.057 1.936 0.214 0.387 0.056 0.110 0.071 0.558 0.076 2.783 3.850 1.571 0.056 0.177 0.241 3.118 0.700 1.963 0.083 0.182 0.883 0.462 1.467 1.385 0.103 0.293 0.153 0.780 0.659 0.515 1.033 0.253 1.637 2.626 2.304 1.403 2.192 0.228 0.370 1.239 1.270 1.032 0.298 0.118 0.099 0.087 0.172 2.266 2.710 0.619 0.601 0.946 1.268 0.347 0.267 0.509 0.999 0.097 0.118 11711 chr9 112256625 112270851 + 0 NA Intergenic Intergenic -3145 NM_001145368 5774 Hs.436429 NM_002829 ENSG00000070159 PTPN3 PTP-H1|PTPH1 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 3 protein-coding 0.845 1.191 nan 0.739 1.123 0.200 0.560 0.371 0.473 0.235 0.212 0.052 0.324 0.847 0.203 0.414 0.477 0.034 0.691 0.239 0.776 0.029 0.354 0.144 0.971 0.579 0.396 0.496 1.362 0.217 1.078 nan 0.822 1.462 0.277 0.162 0.180 0.479 0.088 0.166 0.355 1.142 0.299 0.268 0.321 0.207 0.952 0.197 1.591 0.785 2.408 2.309 0.414 0.528 0.071 0.971 0.181 0.704 0.131 1.098 0.907 0.096 0.097 0.035 0.396 0.142 0.060 0.183 0.132 0.553 0.878 1.126 1.037 1.376 0.391 0.835 0.792 0.350 0.529 1.504 nan 1.052 0.692 0.352 0.463 0.899 1.039 0.525 1.012 nan 0.694 11926 chrX 20529326 20538304 + 0 NA Intergenic Intergenic -249065 NM_004586 6197 Hs.445387 NM_004586 ENSG00000177189 RPS6KA3 CLS|HU-3|ISPK-1|MAPKAPK1B|MRX19|RSK|RSK2|S6K-alpha3|p90-RSK2|pp90RSK2 ribosomal protein S6 kinase A3 protein-coding 0.604 1.069 0.439 0.385 0.107 0.284 1.199 0.213 0.342 0.282 0.245 3.604 0.206 0.090 0.059 0.456 0.651 0.044 4.777 2.078 0.182 0.124 0.100 0.114 2.242 1.634 0.041 1.936 1.017 0.499 1.190 1.284 1.394 1.031 0.210 0.036 0.099 0.590 0.025 2.189 0.571 0.259 2.437 2.374 0.374 0.701 0.372 0.819 0.441 0.748 0.456 1.921 1.411 0.114 0.246 0.184 0.044 0.099 0.090 2.438 0.050 0.067 0.397 0.109 0.148 0.116 0.078 0.396 2.082 0.326 0.438 1.085 0.294 0.183 0.153 0.541 0.686 0.374 0.261 0.354 0.155 0.132 0.244 0.029 0.117 0.247 0.450 0.437 0.334 9058 chr5 90932525 90941415 + 0 NA Intergenic Intergenic -257780 NR_138072 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 5.093 0.566 0.065 0.079 0.013 0.055 0.251 0.247 0.011 0.062 0.040 0.021 0.033 0.050 0.188 0.160 0.127 0.095 0.036 0.128 0.109 0.035 0.047 0.047 0.016 0.049 0.123 0.035 0.118 0.358 0.105 0.291 0.115 0.073 0.010 0.061 0.121 0.013 0.018 0.045 0.012 0.009 0.087 0.045 0.087 0.040 0.009 0.083 0.188 0.032 0.273 0.027 0.037 0.072 0.332 0.071 0.044 0.112 0.008 0.052 0.011 0.235 0.133 1.886 0.437 0.288 0.407 0.333 0.121 0.162 0.180 0.446 0.472 0.303 0.333 0.547 0.140 0.079 0.186 0.148 0.182 0.242 nan 0.564 0.351 4292 chr16 22407249 22419454 + 0 NA intron (NR_136333, intron 2 of 3) intron (NR_136333, intron 2 of 3) 16261 NR_136333 105371130 Hs.639607 NR_136333 MFSD13B - major facilitator superfamily domain containing 13B (pseudogene) pseudo 0.737 0.914 nan 5.447 0.251 0.036 0.719 0.172 0.344 0.741 1.591 1.263 0.980 0.057 0.110 0.136 1.275 0.290 0.880 0.281 0.043 0.042 0.089 0.075 0.128 1.676 1.031 0.030 2.599 0.969 0.592 0.991 0.722 0.318 0.514 0.119 0.023 0.106 0.084 0.068 0.046 0.128 0.034 0.039 3.144 1.502 0.940 0.250 0.193 0.058 0.113 0.659 0.136 0.309 0.068 0.128 0.101 0.054 0.040 0.043 0.008 0.466 0.033 0.125 0.361 0.024 0.016 0.291 0.302 0.504 0.501 0.217 0.236 nan 0.133 0.294 0.358 0.350 0.502 0.993 1.000 0.407 0.177 0.111 0.207 0.251 0.203 0.263 0.602 0.883 0.676 10842 chr8 21905490 21925143 + 0 NA promoter-TSS (NM_001114135) promoter-TSS (NM_001114135) -59 NM_001323396 2039 Hs.106124 NM_001978 ENSG00000158856 DMTN DMT|EPB49 dematin actin binding protein protein-coding nan 0.970 nan 0.384 0.223 0.783 0.162 0.404 0.835 0.034 1.902 0.296 0.135 0.769 0.262 1.278 0.137 0.104 0.162 0.048 0.256 0.064 0.403 0.214 1.131 0.401 0.207 0.371 0.230 0.075 0.262 0.708 0.191 0.360 0.097 0.202 0.181 0.406 0.108 0.060 0.076 0.336 0.338 0.242 0.155 0.132 0.064 0.119 4.685 0.308 1.281 0.678 1.278 0.153 0.028 1.131 0.274 0.181 0.301 0.675 1.202 0.173 0.065 0.301 0.035 0.012 0.575 0.820 0.760 1.132 nan 2.595 nan 0.765 0.714 0.696 0.546 0.731 0.692 1.108 0.695 0.612 0.386 0.407 0.856 0.648 0.666 1.000 nan nan 1097 chr1 211870424 211888259 + 0 NA Intergenic Intergenic 30237 NR_148994 91548 Hs.367839 NR_148994 LOC91548 - uncharacterized LOC91548 ncRNA 1.426 2.293 1.621 0.094 2.545 2.258 0.252 0.323 0.562 0.133 0.099 0.181 0.014 0.117 0.772 0.250 0.105 0.134 0.115 0.011 0.063 0.043 1.152 0.505 0.888 0.273 0.085 0.080 0.080 0.047 0.140 0.502 0.278 nan 0.074 0.292 0.271 0.091 0.103 0.020 0.324 0.152 0.034 0.035 0.067 0.116 0.247 0.101 0.755 0.112 0.331 0.442 0.250 0.117 0.202 0.888 0.131 0.337 0.894 0.138 0.529 0.062 0.045 0.380 0.060 0.029 0.020 0.694 0.921 0.791 1.813 3.418 3.105 nan 0.575 0.998 1.000 0.357 nan 4.626 4.453 0.600 0.327 0.236 0.242 1.441 2.006 0.828 2.300 2.251 1.273 5964 chr2 25285292 25303571 + 0 NA intron (NM_001319099, intron 1 of 22) intron (NM_001319099, intron 1 of 22) 29099 NM_001319099 22979 Hs.4892 NM_014971 ENSG00000084710 EFR3B KIAA0953 EFR3 homolog B protein-coding 0.911 0.825 0.971 0.075 2.282 0.165 0.242 0.339 0.436 0.010 0.102 0.136 1.943 0.109 0.492 0.568 0.049 0.143 0.375 0.103 0.086 0.041 1.268 0.699 0.360 0.178 0.123 0.149 0.283 0.063 0.389 1.184 0.483 1.071 0.129 0.591 0.074 0.115 0.108 0.052 0.216 0.157 0.050 0.042 0.090 0.210 0.100 0.142 0.298 0.131 0.332 0.205 0.568 0.994 2.179 0.360 0.033 0.298 0.351 0.252 0.609 0.235 0.051 0.037 0.021 0.019 0.011 0.644 0.749 0.402 0.616 1.595 1.475 4.924 1.484 0.613 0.628 0.921 1.300 3.302 nan 0.430 0.228 0.287 0.367 0.482 0.526 0.211 0.355 2.108 1.211 838 chr1 163409612 163416365 + 0 NA Intergenic Intergenic -20007 NR_104294 100422212 Hs.556898 NR_104294 LOC100422212 - eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J pseudogene pseudo 1.104 nan 1.133 0.065 1.283 0.166 0.021 0.546 1.215 0.014 0.035 0.037 0.059 3.300 0.280 0.087 0.154 0.079 0.028 0.046 0.082 0.203 0.254 1.409 0.003 0.055 0.046 0.023 0.065 0.074 1.373 0.021 0.102 0.043 0.048 0.078 0.052 0.105 0.068 0.018 0.023 0.016 0.045 0.043 0.162 0.048 0.041 0.010 0.280 0.025 1.409 0.037 0.025 0.009 0.060 0.047 0.259 0.613 0.011 0.026 0.008 0.709 0.949 8.914 3.354 2.342 nan 0.567 0.305 0.230 0.178 0.580 0.715 2.809 nan 0.326 0.269 0.556 1.164 0.218 0.171 0.778 2.797 0.640 0.720 2664 chr12 50924683 50951820 + 0 NA intron (NM_173602, intron 1 of 37) AluSx3|SINE|Alu 39483 NM_173602 57609 Hs.505516 NM_020849 ENSG00000066084 DIP2B - disco interacting protein 2 homolog B protein-coding nan 1.196 0.795 1.779 0.152 0.072 2.387 0.260 0.523 1.258 0.562 0.493 0.605 0.356 0.203 0.268 0.278 0.207 2.361 1.400 0.805 0.046 0.232 0.181 0.325 1.696 1.290 0.262 0.607 0.873 1.160 2.682 0.369 0.201 1.298 0.281 0.067 0.080 0.114 0.490 0.079 1.060 0.932 0.417 0.665 0.837 1.482 0.621 1.253 0.948 0.535 1.522 0.268 2.139 1.881 0.325 0.319 1.773 0.049 0.383 0.056 1.258 0.296 0.310 1.048 0.843 1.015 nan 0.440 0.660 1.256 0.531 nan 0.860 0.250 0.506 0.606 0.542 nan 0.557 nan 0.594 0.386 0.416 0.744 0.141 0.177 0.551 1.383 0.906 0.727 8187 chr3 195619728 195642224 + 0 NA intron (NM_005781, intron 1 of 14) AluJb|SINE|Alu -3971 NR_145450 100128262 Hs.605240 NR_145450 TNK2-AS1 - TNK2 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.260 2.641 0.992 3.432 1.900 1.483 0.917 1.961 0.624 1.468 0.974 0.407 0.794 1.398 1.026 0.793 0.216 1.362 0.456 1.276 0.352 2.165 0.796 2.172 1.574 1.247 0.937 0.845 0.497 1.502 3.405 0.890 nan 0.351 0.947 0.313 0.642 0.083 0.692 0.421 2.137 1.185 0.706 0.884 0.642 1.298 0.435 1.000 3.512 0.339 0.792 1.026 1.746 1.171 2.172 0.251 0.480 0.380 2.597 0.983 0.783 0.393 1.040 0.927 0.307 0.156 0.774 1.200 1.039 1.502 3.336 3.017 2.362 1.117 1.664 1.749 1.231 1.765 3.807 4.871 2.634 2.374 0.769 1.321 1.428 1.795 1.427 2.995 2.276 1.235 8461 chr4 84173049 84191777 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 23535 NM_001358921 27235 Hs.144304 NM_015697 ENSG00000173085 COQ2 CL640|COQ10D1|MSA1|PHB:PPT coenzyme Q2, polyprenyltransferase protein-coding 0.719 0.498 0.641 0.486 0.084 0.041 1.498 0.153 0.386 1.498 1.510 0.999 0.398 0.021 0.134 0.302 1.782 0.515 0.373 0.203 3.315 0.052 0.109 0.081 0.128 1.025 0.952 2.241 0.418 0.693 0.316 0.345 0.319 0.251 0.367 0.668 0.025 0.098 0.079 0.308 0.081 5.322 1.368 0.526 0.355 0.371 0.904 1.476 0.909 0.913 0.101 0.915 0.302 0.324 1.170 0.128 0.247 2.552 0.021 1.953 0.075 1.203 0.058 0.086 0.992 0.618 0.545 0.296 0.313 0.480 1.107 0.341 0.396 0.244 0.080 0.411 0.418 0.378 nan 0.429 0.575 0.349 0.202 0.192 0.238 0.089 0.180 0.246 nan 0.629 0.413 5019 chr17 75259040 75289771 + 0 NA intron (NR_136503, intron 1 of 2) AluSq2|SINE|Alu -3087 NM_001113491 10801 Hs.440932 NM_006640 ENSG00000184640 SEPT9 AF17q25|MSF|MSF1|NAPB|PNUTL4|SINT1|SeptD1 septin 9 protein-coding 1.734 3.741 1.582 2.007 1.448 2.006 2.870 0.391 0.888 1.684 2.672 1.314 0.137 1.083 1.406 0.463 0.997 0.397 2.394 0.943 2.207 0.048 1.015 0.502 1.408 1.374 1.586 0.766 2.414 1.228 6.432 9.861 3.141 5.151 1.774 3.555 0.326 0.258 0.115 1.377 0.246 6.264 1.426 0.569 2.110 0.989 1.060 2.775 3.334 1.669 2.579 1.771 0.463 4.423 1.001 1.408 1.715 3.046 0.170 1.846 1.479 1.733 0.733 0.201 2.725 1.846 1.169 0.985 1.129 0.758 1.515 1.419 1.429 1.365 0.487 1.056 0.989 nan 1.249 2.653 4.048 1.411 1.142 0.785 1.384 1.965 2.199 0.588 0.850 nan 0.722 1121 chr1 216393517 216398183 + 0 NA intron (NM_206933, intron 14 of 71) MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 150043 NR_125993 102723833 Hs.232072 NR_125992 ENSG00000233620 LOC102723833 - uncharacterized LOC102723833 ncRNA 1.143 1.087 1.555 0.341 0.730 0.102 1.307 1.495 0.111 0.199 0.786 0.043 0.209 0.428 0.194 0.034 0.091 0.040 0.083 0.890 0.478 0.697 0.090 0.031 0.017 0.276 0.069 0.087 0.498 0.077 nan 0.062 0.246 0.914 0.187 0.119 0.150 0.290 0.148 0.091 0.050 0.061 0.049 0.063 0.426 0.192 0.243 0.177 0.028 0.428 0.108 0.041 0.697 0.026 0.196 0.316 0.175 0.239 0.017 0.318 0.399 0.031 0.037 0.032 0.719 0.759 11.232 12.871 1.389 1.551 nan 0.182 1.981 1.987 0.713 nan 0.771 1.149 0.545 0.464 0.338 0.726 3.330 2.875 0.808 2.076 1.134 0.834 8081 chr3 181655325 181667108 + 0 NA Intergenic Intergenic -8936 NR_104146 100996490 Hs.606987 NR_104146 ENSG00000242512 LINC01206 - long intergenic non-protein coding RNA 1206 ncRNA 0.995 2.063 1.235 0.133 0.150 0.070 0.116 0.396 0.922 0.033 0.086 0.071 0.047 0.108 0.088 0.333 0.141 0.123 0.117 0.048 0.038 0.347 0.238 0.211 0.046 0.031 0.025 0.109 0.018 0.075 0.657 0.060 0.885 0.137 0.091 0.357 3.025 0.161 0.026 0.324 0.147 0.036 0.026 0.056 0.090 0.130 0.111 0.159 0.030 0.053 0.062 0.333 0.114 0.031 0.211 0.085 0.064 0.108 0.030 0.051 0.088 0.017 0.084 0.058 0.018 0.009 0.323 0.200 0.213 0.486 0.513 0.466 7.626 1.877 0.208 0.149 0.592 1.022 0.550 0.429 0.606 0.264 0.141 0.244 1.306 2.039 0.131 0.188 1.286 0.630 4245 chr16 14046722 14055778 + 0 NA Intergenic Intergenic 37236 NM_005236 2072 Hs.567265 NM_005236 ENSG00000175595 ERCC4 ERCC11|FANCQ|RAD1|XFEPS|XPF ERCC excision repair 4, endonuclease catalytic subunit protein-coding 1.592 2.017 nan 0.587 0.359 0.304 5.140 0.213 0.469 2.522 2.642 3.295 0.048 0.230 0.078 2.736 2.849 0.619 2.683 1.485 0.325 0.232 0.175 0.238 4.821 4.431 0.017 2.560 1.247 3.486 11.147 3.168 1.306 2.290 5.857 0.274 0.039 0.081 1.473 0.061 3.316 0.306 0.162 4.114 5.375 2.192 0.936 4.270 0.181 1.062 2.712 2.736 1.591 3.547 0.238 0.575 0.615 0.139 2.952 0.583 3.452 0.298 0.054 2.103 0.243 0.221 0.287 0.192 0.265 0.914 0.241 0.239 3.638 0.967 2.340 2.201 0.414 1.018 1.795 2.683 nan 0.572 0.340 0.282 1.123 2.109 0.286 0.322 0.702 0.646 9087 chr5 95960611 95967338 + 0 NA intron (NR_130776, intron 4 of 4) intron (NR_130776, intron 4 of 4) -33767 NM_001042442 831 Hs.436186 NM_001750 ENSG00000153113 CAST BS-17|PLACK calpastatin protein-coding nan 1.696 0.770 3.732 0.130 0.149 2.144 0.203 0.602 1.159 1.002 1.106 2.048 0.029 0.136 0.210 0.498 0.217 0.962 0.425 0.309 0.187 0.091 0.142 1.128 0.331 0.005 1.875 0.876 1.319 4.398 4.582 0.382 2.483 3.003 0.043 0.058 0.111 0.634 0.035 0.164 0.072 0.058 0.556 0.661 1.469 0.360 1.788 0.180 4.289 2.860 0.210 1.347 0.839 0.142 1.017 3.006 0.057 0.078 0.303 0.595 0.060 0.091 2.455 0.146 0.052 0.217 0.156 0.647 2.629 0.337 0.285 0.201 0.090 0.289 0.269 0.437 0.804 0.349 0.370 0.449 0.168 0.130 0.199 0.211 0.328 0.423 nan 0.404 0.503 6493 chr2 175469247 175484037 + 0 NA intron (NM_001077269, intron 1 of 7) AluJr|SINE|Alu 22665 NM_003387 7456 Hs.128067 NM_003387 ENSG00000115935 WIPF1 PRPL-2|WAS2|WASPIP|WIP WAS/WASL interacting protein family member 1 protein-coding 0.827 0.885 0.793 0.113 0.125 0.057 0.226 0.174 0.238 0.039 0.236 0.283 0.012 0.034 0.053 0.182 0.360 0.097 0.261 0.231 5.842 0.038 0.086 0.118 0.135 0.023 0.024 0.050 0.143 0.092 0.222 1.495 0.192 0.457 0.807 0.213 0.052 0.093 0.119 0.075 0.156 0.082 0.058 0.029 0.060 0.190 0.087 0.209 0.068 0.672 2.532 0.182 0.136 0.031 0.135 0.199 1.824 0.007 0.082 0.069 0.091 0.589 0.076 0.353 0.027 0.014 0.626 1.121 0.372 0.581 0.261 0.325 0.204 0.099 3.221 3.387 0.893 1.271 1.124 1.392 0.397 0.174 0.606 0.905 0.040 0.047 0.143 0.336 0.568 0.493 896 chr1 177944490 177954712 + 0 NA intron (NR_151492, intron 8 of 22) intron (NR_151492, intron 8 of 22) 3837 NM_001356500 89866 Hs.149540 NM_033127 ENSG00000120341 SEC16B LZTR2|PGPR-p117|RGPR|RGPR-p117|SEC16S SEC16 homolog B, endoplasmic reticulum export factor protein-coding nan nan nan 0.093 0.086 0.049 0.316 0.047 0.284 0.005 0.075 0.138 0.006 0.020 0.155 0.188 0.300 0.095 0.183 0.111 0.020 0.150 0.168 0.093 0.069 0.032 0.051 0.101 0.226 0.055 0.096 0.076 0.349 0.186 0.113 0.103 0.055 0.096 0.081 0.071 0.095 0.029 0.053 0.127 0.015 0.141 0.213 0.042 0.032 0.070 0.118 0.188 0.112 0.191 0.093 0.025 0.040 0.095 0.022 0.020 0.200 0.077 0.172 0.068 0.073 0.015 0.371 0.310 0.335 0.453 nan 0.479 0.532 0.179 0.205 0.254 4.513 5.674 0.299 0.297 0.763 0.686 0.417 0.498 0.649 0.494 0.287 nan 1.182 0.758 3530 chr14 50063825 50068807 + 0 NA promoter-TSS (NM_001351375) promoter-TSS (NM_001351375) -888 NM_001351375 6235 Hs.156367 NM_001032 ENSG00000213741 RPS29 DBA13|S29|uS14 ribosomal protein S29 protein-coding 9.602 nan 5.900 5.746 9.234 7.979 3.206 2.886 5.753 1.471 3.929 4.121 2.574 2.190 6.664 8.456 3.801 0.438 5.319 1.488 5.681 1.748 2.596 1.602 7.812 5.611 6.829 1.639 8.936 2.591 5.673 10.679 6.103 9.967 2.991 5.110 2.077 3.889 0.130 2.256 4.818 4.222 6.035 2.936 4.376 3.768 4.179 4.643 5.603 4.983 3.925 3.699 8.456 7.168 6.735 7.812 2.653 2.410 1.104 6.726 4.630 5.185 2.994 1.580 4.014 2.171 1.675 8.490 7.293 8.253 11.472 12.870 11.235 10.343 6.871 15.073 14.984 4.713 5.961 9.299 14.522 14.955 15.348 6.515 10.059 9.564 10.967 7.189 5.618 nan 3.680 9896 chr6 125013257 125021150 + 0 NA intron (NM_001040214, intron 4 of 6) MER39|LTR|ERV1 -266488 NM_001286398 154214 Hs.12876 NM_152553 ENSG00000146373 RNF217 C6orf172|IBRDC1|OSTL|dJ84N20.1 ring finger protein 217 protein-coding 1.047 0.871 1.895 0.092 0.658 0.600 0.015 1.749 3.652 0.049 0.176 0.031 0.050 3.143 0.114 0.095 0.101 0.054 0.024 0.016 1.619 1.337 1.800 0.018 0.035 0.014 0.092 0.121 0.071 1.221 0.018 0.044 1.518 0.055 0.137 0.015 0.641 0.081 0.008 0.020 0.027 0.029 0.097 0.051 0.031 0.055 0.020 0.034 0.114 0.054 0.035 1.800 0.047 0.041 0.940 0.074 0.248 0.010 0.051 0.392 0.020 0.036 0.540 0.502 0.281 0.390 2.810 2.356 12.158 3.602 0.418 0.391 1.591 2.098 1.175 1.318 2.834 3.260 0.122 0.159 5.174 7.424 0.729 1.148 0.918 0.625 5539 chr19 13017884 13031491 + 0 NA intron (NM_001105578, intron 2 of 5) intron (NM_001105578, intron 2 of 5) 5399 NM_001105578 256126 Hs.655173 NM_001105578 ENSG00000161860 SYCE2 CESC1 synaptonemal complex central element protein 2 protein-coding 3.189 2.585 5.624 0.221 5.268 8.217 0.243 1.436 3.141 0.164 0.224 0.109 0.471 0.568 3.477 0.862 0.271 0.261 0.318 0.139 0.230 0.161 1.834 1.130 10.108 0.188 0.155 0.245 0.349 0.124 0.171 nan 0.422 3.480 0.129 0.255 0.883 0.247 0.103 0.044 1.945 0.286 0.128 0.036 0.072 0.108 0.287 0.367 0.287 0.664 0.168 0.259 0.862 0.492 0.236 10.108 0.071 0.158 0.664 0.424 1.063 0.598 0.181 1.431 0.110 0.034 0.030 0.891 1.979 0.604 0.824 11.023 12.422 8.347 3.152 0.830 0.744 1.700 2.411 8.639 10.014 3.088 2.797 0.410 0.481 2.370 2.160 2.156 6.249 3.863 1.952 3672 chr14 71126911 71134923 + 0 NA intron (NM_015351, intron 1 of 2) intron (NM_015351, intron 1 of 2) 22413 NM_015351 23508 Hs.79170 NM_015351 ENSG00000133985 TTC9 TTC9A tetratricopeptide repeat domain 9 protein-coding 1.392 1.679 2.694 2.229 0.973 0.911 1.508 0.200 0.504 1.923 0.078 0.123 3.236 0.062 0.266 0.288 0.390 0.112 0.898 0.567 0.282 0.052 0.443 0.206 1.032 1.266 0.601 0.351 1.471 1.094 2.965 7.353 6.252 3.188 1.017 0.073 0.083 0.088 0.111 0.060 0.158 0.332 0.151 0.117 1.336 2.647 4.579 0.112 0.474 0.088 0.286 3.980 0.288 1.110 0.096 1.032 1.282 5.562 0.084 0.299 0.012 0.462 0.062 0.107 0.243 0.129 0.032 0.323 0.241 1.413 6.861 0.638 0.686 2.093 0.386 1.170 1.242 0.269 0.446 2.130 nan 0.659 0.323 0.340 0.408 0.822 1.255 0.340 0.749 1.553 nan 9040 chr5 86406858 86426063 + 0 NA intron (NR_105018, intron 1 of 3) MIRb|SINE|MIR 495 NR_105018 101929380 NR_105018 LOC101929380 - uncharacterized LOC101929380 ncRNA 0.640 1.244 0.531 3.138 0.052 0.015 4.116 0.075 0.152 0.909 1.727 2.995 0.013 0.021 0.064 0.047 0.463 0.042 2.303 1.985 0.170 0.073 0.079 0.037 2.008 1.083 0.058 2.504 4.492 1.112 1.583 0.724 0.332 2.633 0.242 0.010 0.017 0.132 2.528 0.062 0.936 0.746 0.448 2.780 0.963 0.371 3.948 0.042 0.995 0.062 0.700 0.047 1.118 0.602 0.037 1.051 0.147 0.010 0.205 0.026 1.050 0.015 0.084 2.518 0.081 0.048 0.213 0.134 0.390 1.158 0.164 0.178 0.107 0.057 0.111 0.107 0.375 0.590 0.246 0.234 0.373 0.193 0.074 0.153 0.098 0.145 0.164 nan 0.136 0.255 8143 chr3 189615898 189635681 + 0 NA Intergenic Intergenic 78078 NR_030642 100126340 NR_030642 ENSG00000216058 MIR944 MIRN944|hsa-mir-944|mir-944 microRNA 944 ncRNA 1.074 1.069 0.808 0.731 0.170 0.048 1.469 0.265 0.461 0.317 0.169 0.675 0.047 0.051 0.126 0.077 0.243 0.083 1.329 1.026 0.421 0.014 0.116 0.206 0.060 2.438 1.320 0.022 2.584 2.142 2.238 3.701 0.723 0.395 1.191 0.806 0.039 0.022 0.078 0.161 0.112 3.096 0.929 0.498 3.828 1.332 0.976 0.799 0.550 0.236 0.020 1.363 0.077 0.493 0.224 0.060 1.209 0.130 0.010 0.218 0.015 0.929 0.045 0.082 0.239 0.024 0.028 0.289 0.138 0.188 0.431 0.259 0.323 0.839 0.320 0.303 0.345 0.222 0.297 0.410 0.421 0.635 0.291 0.137 0.179 0.171 0.458 0.347 0.804 0.500 0.405 6470 chr2 169097204 169105791 + 0 NA intron (NM_013233, intron 1 of 17) intron (NM_013233, intron 1 of 17) 2608 NM_013233 27347 Hs.276271 NM_013233 ENSG00000198648 STK39 DCHT|PASK|SPAK serine/threonine kinase 39 protein-coding 3.905 2.945 nan 4.153 2.969 2.111 1.897 1.006 2.419 0.533 1.314 0.709 0.051 0.755 1.957 2.606 1.009 0.317 2.122 0.397 1.134 0.258 1.955 1.271 3.568 1.379 1.314 0.667 4.430 0.552 4.727 5.523 4.066 10.221 1.377 0.535 1.820 0.961 0.057 0.840 3.276 1.932 0.942 0.600 1.701 1.199 1.829 0.987 2.076 2.780 0.762 0.930 2.606 2.070 2.776 3.568 0.242 1.007 1.586 2.828 0.652 1.176 6.515 0.388 0.873 0.798 0.477 3.493 4.603 2.152 3.051 2.904 2.605 3.201 1.106 2.861 2.687 3.410 3.836 3.032 4.500 5.717 6.717 2.986 7.817 4.187 5.472 2.034 3.471 1.326 0.839 4310 chr16 28920624 28937965 + 0 NA intron (NM_024816, intron 3 of 12) MIRb|SINE|MIR 7238 NM_024816 79874 Hs.555978 NM_024816 ENSG00000177548 RABEP2 FRA rabaptin, RAB GTPase binding effector protein 2 protein-coding 1.539 1.158 nan 1.335 1.826 1.814 1.115 0.786 1.537 0.657 1.020 0.533 0.516 2.077 0.788 0.609 0.421 0.110 1.116 0.395 0.928 0.600 0.548 0.300 1.088 0.821 0.975 0.574 0.993 0.273 0.981 1.564 0.928 3.533 0.441 0.988 0.147 0.796 0.097 0.217 0.403 0.957 0.570 0.306 0.743 0.583 1.287 0.747 1.033 0.978 0.609 1.366 0.609 1.267 1.033 1.088 0.332 0.667 0.454 0.914 0.800 0.751 0.799 0.486 0.395 0.335 0.230 1.159 1.496 1.301 1.753 1.689 1.335 nan 1.403 3.135 3.240 0.813 0.985 6.028 6.961 1.331 1.371 0.925 1.489 0.976 0.745 1.514 3.252 1.114 0.702 9341 chr5 172283887 172300886 + 0 NA intron (NM_001031711, intron 1 of 9) intron (NM_001031711, intron 1 of 9) 31163 NM_001031711 57222 Hs.509163 NM_020462 ENSG00000113719 ERGIC1 ERGIC-32|ERGIC32|NET24 endoplasmic reticulum-golgi intermediate compartment 1 protein-coding 0.760 0.808 0.792 0.960 0.131 0.069 2.408 0.066 0.197 0.285 1.390 0.327 0.011 0.065 0.105 0.173 1.581 0.235 1.281 0.580 1.644 0.065 0.110 0.044 0.239 2.135 1.376 0.618 4.861 2.040 0.439 2.187 0.205 0.465 1.273 0.165 0.017 0.192 0.114 1.090 0.065 2.281 2.681 1.279 3.212 1.100 0.726 0.972 1.095 0.620 0.497 0.346 0.173 1.842 5.863 0.239 0.533 0.354 0.505 0.278 0.084 0.950 0.029 0.125 0.506 4.883 3.742 0.298 0.300 0.425 nan 0.401 0.377 0.963 0.270 0.230 0.240 1.073 nan 0.302 0.364 0.569 0.367 0.234 0.247 0.095 0.152 0.264 0.413 0.339 0.287 5045 chr17 77408790 77435677 + 0 NA intron (NM_001082575, intron 2 of 14) intron (NM_001082575, intron 2 of 14) 56447 NM_001350451 146713 Hs.135229 NM_001025448 ENSG00000167281 RBFOX3 FOX-3|FOX3|HRNBP3|NEUN RNA binding fox-1 homolog 3 protein-coding 0.794 0.896 0.855 0.032 0.052 0.902 0.055 0.205 0.268 0.007 0.095 0.058 0.023 0.042 0.543 0.377 0.098 0.088 0.090 0.064 0.016 0.111 0.071 0.098 0.044 0.029 0.039 0.079 0.010 0.173 0.526 0.066 1.066 0.043 0.237 0.017 0.040 0.076 0.032 0.122 0.022 0.026 0.016 0.054 0.053 0.146 3.201 0.050 0.012 0.251 0.377 0.099 0.014 0.098 0.296 0.077 0.166 0.145 0.038 0.035 0.022 0.101 0.017 0.034 0.007 0.352 0.245 0.164 0.130 1.156 1.188 0.132 0.068 0.135 0.155 nan 1.419 0.112 0.220 1.540 1.952 0.152 0.237 0.103 0.131 0.250 0.304 nan 0.334 3609 chr14 61564953 61577641 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -122889 NM_001350253 57570 Hs.380159 NM_020810 ENSG00000126814 TRMT5 COXPD26|KIAA1393|TRM5 tRNA methyltransferase 5 protein-coding nan nan 2.416 1.487 0.608 0.261 2.587 0.270 0.366 0.280 2.020 2.784 0.049 0.054 0.293 1.945 1.353 0.330 1.885 0.792 0.411 0.073 0.129 0.321 7.276 7.883 0.104 2.096 1.439 0.590 1.867 1.176 1.015 2.098 4.459 0.060 0.043 0.125 1.832 0.301 2.330 2.651 0.956 2.291 0.947 0.922 6.809 1.888 1.812 0.180 1.754 1.945 1.640 1.285 0.321 1.870 0.222 0.045 0.283 0.097 3.876 0.054 0.338 4.063 1.094 1.223 0.576 0.609 0.827 1.394 0.573 0.604 0.344 0.162 nan 1.276 0.259 0.476 1.024 nan 0.622 0.361 0.201 0.313 0.267 0.509 0.469 0.777 0.908 0.648 2786 chr12 71832208 71853721 + 0 NA intron (NR_110596, intron 1 of 19) intron (NR_110596, intron 1 of 19) 9414 NM_001277226 8549 Hs.658889 NM_003667 ENSG00000139292 LGR5 FEX|GPR49|GPR67|GRP49|HG38 leucine rich repeat containing G protein-coupled receptor 5 protein-coding nan 0.911 0.716 0.104 0.197 0.015 0.036 0.174 0.291 0.009 0.083 0.496 0.015 0.124 0.497 0.451 1.884 0.159 0.077 0.024 0.024 0.058 0.868 0.893 2.660 0.045 0.030 0.226 0.096 0.010 0.116 0.168 0.068 1.884 0.020 0.091 0.390 0.050 0.079 0.060 0.063 0.075 0.018 0.025 0.035 0.015 0.067 0.245 0.076 0.152 0.074 0.031 0.451 0.056 0.017 2.660 0.057 0.060 0.032 0.114 0.218 0.014 0.066 0.149 0.092 0.032 0.041 0.217 0.117 0.173 0.320 2.026 1.864 0.232 0.112 0.434 0.461 0.536 0.906 nan 0.547 0.760 0.887 0.152 0.405 1.336 1.779 0.242 0.357 nan 1.795 10405 chr7 68144446 68175017 + 0 NA Intergenic Intergenic 674491 NR_120514 102723427 Hs.583491 NR_120514 ENSG00000225209 LOC102723427 - uncharacterized LOC102723427 ncRNA nan nan nan 0.026 0.063 0.436 2.227 1.012 1.847 0.038 0.160 3.568 0.016 0.066 0.651 0.430 0.091 0.206 0.070 0.006 0.105 0.018 0.451 0.382 1.418 0.981 0.844 0.032 0.073 0.007 0.066 0.088 0.094 1.180 0.014 0.271 0.162 0.071 0.125 0.054 0.119 0.127 0.014 0.008 0.007 0.043 1.324 0.170 1.156 0.042 0.952 0.318 0.430 0.040 0.027 1.418 0.082 0.143 0.017 0.053 0.875 0.061 0.101 2.502 0.070 0.086 0.618 0.755 0.793 0.887 0.735 0.787 3.527 0.664 0.286 0.317 0.108 0.160 1.169 1.113 0.427 0.249 0.194 0.302 0.635 0.701 0.338 0.666 1.637 0.966 1672 chr10 120965391 120986803 + 0 NA intron (NM_005308, intron 1 of 15) AluJr|SINE|Alu 8900 NM_005308 2869 Hs.524625 NM_005308 ENSG00000198873 GRK5 GPRK5 G protein-coupled receptor kinase 5 protein-coding nan 0.697 2.225 0.285 0.333 0.318 0.959 0.509 0.791 0.196 1.125 0.749 0.049 0.323 0.284 0.311 0.893 0.208 0.475 0.240 0.544 0.199 0.177 0.108 0.425 0.522 0.451 0.976 1.009 0.284 0.534 0.799 0.256 0.843 0.170 0.400 0.107 0.455 0.063 0.348 0.168 1.610 0.346 0.168 0.281 0.307 0.281 0.482 1.073 0.634 0.482 0.593 0.311 0.592 1.937 0.425 0.212 0.256 0.122 0.834 0.739 0.601 3.871 1.244 0.237 0.137 0.088 3.480 4.095 1.687 1.372 0.550 0.514 1.339 0.565 2.180 2.243 0.541 0.894 0.992 1.438 1.379 1.582 3.302 4.967 0.250 0.211 1.328 2.871 0.253 0.311 2325 chr11 121403476 121444702 + 0 NA intron (NM_003105, intron 16 of 47) intron (NM_003105, intron 16 of 47) 101177 NM_003105 6653 Hs.368592 NM_003105 ENSG00000137642 SORL1 C11orf32|LR11|LRP9|SORLA|SorLA-1|gp250 sortilin related receptor 1 protein-coding 0.781 1.480 0.770 0.036 0.421 3.002 0.248 0.194 0.444 0.014 0.062 0.097 0.030 0.032 0.573 0.169 0.134 0.094 0.122 0.060 0.027 0.003 0.241 0.207 0.070 0.250 0.119 0.040 0.134 0.041 0.163 0.378 0.112 1.023 0.106 0.047 0.120 0.074 0.099 0.037 0.054 0.232 0.032 0.025 0.058 0.071 0.108 0.147 0.069 0.088 0.023 0.111 0.169 0.104 0.130 0.070 0.062 0.122 0.128 0.047 0.183 0.104 0.294 0.171 0.046 0.017 0.005 0.428 0.312 0.188 0.252 0.610 0.577 1.448 0.382 0.273 0.263 1.099 1.494 0.150 0.168 1.351 1.193 0.542 0.894 0.488 0.921 0.180 nan 1.117 0.684 6225 chr2 86473143 86484332 + 0 NA intron (NM_001164732, intron 3 of 4) intron (NM_001164732, intron 3 of 4) 52181 NM_016622 51318 Hs.433439 NM_016622 ENSG00000132313 MRPL35 L35mt|MRP-L35 mitochondrial ribosomal protein L35 protein-coding nan 1.036 nan 0.077 0.261 0.209 0.080 0.172 0.269 0.017 0.112 0.520 0.032 0.267 0.095 1.883 0.162 0.088 0.168 0.067 0.045 0.012 2.256 0.915 0.348 0.111 0.051 0.052 0.085 0.101 0.243 0.053 1.470 0.079 0.081 0.025 0.059 0.094 0.010 0.177 0.162 0.017 0.029 0.068 0.103 0.078 0.191 0.189 0.022 0.071 0.100 1.883 0.124 0.043 0.348 0.033 0.237 0.461 0.103 0.978 0.116 0.097 0.300 0.038 0.031 0.032 0.401 0.522 0.284 0.444 0.600 0.576 5.640 2.415 0.370 0.268 1.873 2.407 0.500 0.558 2.387 2.155 0.191 0.375 0.285 0.163 0.657 1.516 5.649 3.673 9015 chr5 73756307 73818599 + 0 NA intron (NR_126354, intron 1 of 2) intron (NR_126354, intron 1 of 2) 45348 NR_126354 104310351 Hs.582291 NR_126354 ENSG00000248673 LINC01331 - long intergenic non-protein coding RNA 1331 ncRNA 0.863 nan 0.909 0.089 0.082 0.233 0.189 0.159 0.309 0.029 0.115 0.112 0.019 0.186 0.699 0.348 0.129 0.067 0.117 0.085 0.027 0.016 0.085 0.092 0.137 0.135 0.048 0.027 0.215 0.187 0.077 0.341 0.153 0.315 0.078 0.093 0.110 3.339 0.186 0.013 0.051 0.096 0.046 0.029 0.077 0.071 0.201 0.083 0.140 0.101 0.034 0.146 0.348 0.091 0.156 0.137 0.071 0.063 0.045 0.103 0.155 0.058 0.106 0.344 0.047 0.110 0.074 0.443 0.414 1.480 1.128 0.929 0.802 nan 0.231 0.189 0.198 0.729 nan 0.497 0.366 0.465 0.245 0.269 0.370 0.434 0.385 0.429 1.056 0.508 0.401 4924 chr17 63506036 63559269 + 0 NA exon (NM_004655, exon 8 of 11) exon (NM_004655, exon 8 of 11) 25088 NM_004655 8313 Hs.156527 NM_004655 ENSG00000168646 AXIN2 AXIL|ODCRCS axin 2 protein-coding 1.324 nan 0.815 0.087 0.346 0.275 0.143 0.240 0.577 0.045 0.287 0.212 0.061 0.158 0.475 0.913 0.286 0.115 0.114 0.021 0.134 2.575 0.353 0.226 0.534 0.099 0.075 0.094 0.114 0.093 0.328 1.059 0.440 1.373 0.180 0.178 0.209 0.440 0.116 0.091 0.462 0.126 0.102 0.070 0.074 0.070 0.206 0.357 0.701 0.441 0.265 0.436 0.913 0.106 0.168 0.534 0.218 0.252 0.395 0.517 0.273 0.180 0.072 0.211 0.239 5.790 6.155 0.633 0.752 0.421 0.558 0.958 0.906 0.805 0.334 0.583 0.583 0.275 nan 0.752 1.070 0.844 0.795 0.265 0.418 0.650 0.557 0.474 0.545 0.376 0.430 3941 chr15 46561531 46574640 + 0 NA Intergenic Intergenic 570692 NR_135680 105370802 Hs.447522 NR_135680 ENSG00000259200 LOC105370802 - uncharacterized LOC105370802 ncRNA 2.013 0.695 nan 0.039 0.671 0.894 0.054 1.348 2.889 0.041 0.035 0.014 0.015 1.547 1.537 0.102 0.038 0.088 0.010 0.011 1.985 1.123 4.689 0.005 0.011 0.006 0.030 0.056 0.045 0.055 0.959 0.011 0.041 0.863 0.025 0.067 0.027 0.968 0.021 0.009 0.006 0.034 0.041 0.052 0.129 0.021 0.011 0.018 0.016 1.537 0.033 0.014 4.689 0.025 1.308 0.013 0.140 0.018 1.221 0.755 0.046 0.035 0.004 2.746 2.866 0.342 0.228 6.404 7.333 5.268 3.201 1.078 1.113 0.306 nan 0.288 0.529 8.140 8.287 1.629 3.125 4.691 4.013 2.014 3.964 3.770 2.217 2768 chr12 67908233 67914987 + 0 NA Intergenic Intergenic -2252 NR_103861 100507175 Hs.505986 NR_103861 ENSG00000203585 LINC02408 - long intergenic non-protein coding RNA 2408 ncRNA 1.089 1.339 1.563 0.639 1.961 0.707 0.074 1.089 2.436 0.014 0.070 0.654 0.022 0.566 1.578 1.551 0.505 0.168 0.141 0.084 0.028 0.041 4.590 2.552 1.892 0.157 0.054 0.054 0.090 0.140 0.177 1.277 0.074 5.990 0.271 0.034 1.174 0.048 0.078 0.070 0.258 0.068 0.032 0.023 0.243 0.045 0.485 0.325 0.133 0.073 0.012 0.278 1.551 0.073 0.028 1.892 0.360 0.171 0.525 0.069 0.301 0.070 1.025 0.091 0.101 0.017 0.023 0.505 0.640 0.635 0.759 5.536 nan 7.641 3.449 0.281 0.321 1.677 2.090 7.552 6.953 0.521 0.345 0.755 0.901 3.211 3.409 0.384 0.577 4.315 2.585 562 chr1 106595480 106607291 + 0 NA Intergenic Intergenic -30510 NR_146609 105378884 Hs.568533 NR_146609 LINC01677 - long intergenic non-protein coding RNA 1677 ncRNA 0.644 nan nan 0.037 0.228 0.028 0.030 0.149 0.239 0.008 0.060 0.031 0.010 0.073 0.030 0.319 0.095 0.083 0.096 0.048 0.027 0.012 0.079 0.097 0.120 0.006 0.007 0.052 0.009 0.048 0.111 0.043 0.344 0.037 0.059 0.209 0.037 0.086 0.010 0.778 0.055 0.026 0.033 0.027 0.026 0.107 0.076 0.021 0.024 0.020 0.057 0.319 0.066 0.032 0.120 0.072 0.029 0.082 0.020 0.077 0.027 0.025 0.032 0.015 0.017 0.236 0.204 0.187 0.244 0.324 nan 1.025 0.321 0.282 0.332 8.557 9.305 nan nan 0.380 0.136 0.140 0.283 1.363 2.293 0.247 nan 0.475 0.294 9526 chr6 26671776 26692012 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -21914 NM_001242799 79692 Hs.126280 NM_024639 ENSG00000181315 ZNF322 HCG12|ZNF322A|ZNF388|ZNF489 zinc finger protein 322 protein-coding 1.179 1.122 nan 0.117 5.157 0.055 0.064 0.198 0.588 0.014 0.131 0.055 0.018 2.118 0.893 0.397 0.170 0.167 0.147 0.019 0.035 0.049 0.784 0.540 1.640 0.028 0.036 0.007 0.114 0.021 0.092 0.107 0.176 nan 0.022 0.098 0.094 0.102 0.241 0.055 0.189 0.054 0.046 0.038 0.038 0.095 0.109 0.129 0.091 0.102 0.130 0.397 0.154 0.064 1.640 0.113 0.049 0.019 0.063 1.741 0.079 0.059 0.142 0.027 0.026 0.015 0.684 0.518 0.285 nan 1.212 1.298 nan 0.753 0.560 0.565 0.384 0.473 8.631 6.048 0.537 0.304 0.341 0.413 0.709 1.046 0.384 0.969 3.417 1.971 10935 chr8 46843968 46856475 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 679044 NR_146077 389652 NR_146077 ENSG00000248498 ASNSP1 ASNSL1 asparagine synthetase pseudogene 1 pseudo 28.017 23.687 21.680 3.065 3.720 2.145 2.370 4.865 10.390 1.566 3.992 3.762 1.223 6.462 5.066 11.295 5.322 13.401 3.268 0.756 3.326 6.536 4.887 8.560 4.090 3.399 3.768 1.846 5.307 1.089 4.670 3.359 3.804 15.605 1.908 4.962 4.059 3.779 10.705 2.128 3.095 12.701 3.816 2.763 1.602 4.382 4.391 11.504 2.911 3.207 2.307 3.228 11.295 2.694 2.058 4.090 6.937 3.464 1.375 2.804 3.303 2.615 2.710 2.999 1.429 1.027 0.557 14.458 6.718 8.901 11.959 11.863 14.314 5.257 4.720 7.645 6.223 7.316 10.983 6.774 6.023 17.789 4.779 5.254 9.412 4.294 7.269 8.131 11.244 5.229 7.525 2269 chr11 113325134 113387176 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -10154 NM_000795 1813 Hs.73893 NM_000795 ENSG00000149295 DRD2 D2DR|D2R dopamine receptor D2 protein-coding 0.748 0.997 0.735 0.100 0.224 0.107 0.071 0.187 0.342 0.022 0.078 0.056 0.014 0.044 0.380 0.396 0.047 0.049 0.038 0.025 0.015 0.005 0.173 0.160 0.309 0.028 0.032 0.013 0.060 0.024 0.093 0.262 0.050 0.730 0.024 0.134 0.534 0.047 0.107 0.092 0.075 0.199 0.046 0.019 0.044 0.069 0.080 0.195 0.039 0.038 0.008 0.048 0.396 0.033 0.042 0.309 0.037 0.045 0.265 0.044 0.080 0.043 1.054 0.527 0.094 0.210 0.253 7.547 nan 0.717 1.000 0.680 0.635 1.245 0.345 0.592 0.618 0.449 nan 0.791 0.771 1.037 0.814 1.697 2.621 1.133 1.460 0.678 2.406 0.625 0.619 1102 chr1 212203744 212211132 + 0 NA intron (NM_001199811, intron 1 of 19) AluSx1|SINE|Alu -1457 NM_016448 51514 Hs.656473 NM_016448 ENSG00000143476 DTL CDT2|DCAF2|L2DTL|RAMP denticleless E3 ubiquitin protein ligase homolog protein-coding 4.114 3.370 3.683 2.155 2.391 1.804 2.041 2.285 3.720 0.837 2.201 1.881 0.530 0.459 1.137 2.496 2.433 0.416 1.315 0.369 1.140 0.910 2.014 1.051 2.456 2.008 1.430 0.709 2.267 1.597 2.187 4.949 2.233 nan 1.068 3.128 0.895 2.227 0.107 0.583 1.311 1.704 1.968 0.979 2.327 0.961 1.329 1.918 1.947 1.207 2.969 1.294 2.496 1.741 2.652 2.456 1.048 0.615 0.687 1.242 1.630 1.769 0.620 1.267 1.049 1.068 0.653 3.968 3.458 6.365 9.276 6.543 5.288 nan 2.920 9.339 9.654 4.046 nan 3.970 7.085 4.208 3.951 1.662 2.324 5.000 7.369 8.024 6.447 2.542 1.452 7027 chr20 48376845 48395371 + 0 NA Intergenic MSTD|LTR|ERVL-MaLR -43142 NR_048538 23315 Hs.444202 NM_015266 ENSG00000197818 SLC9A8 NHE-8|NHE8 solute carrier family 9 member A8 protein-coding nan nan 1.866 1.076 0.720 0.222 1.063 0.164 0.293 3.479 1.331 0.973 0.127 0.103 0.199 0.403 2.261 0.485 1.295 0.759 1.303 0.038 0.135 0.181 0.582 1.039 0.573 0.091 0.997 1.023 1.849 6.249 7.578 1.436 1.263 1.172 0.071 0.088 0.122 1.240 0.102 1.252 0.235 0.172 1.386 1.024 4.594 0.514 4.190 0.551 0.668 2.631 0.403 2.446 1.408 0.582 1.570 1.022 0.078 0.388 1.255 1.173 0.053 0.152 2.115 1.043 1.121 0.588 0.499 0.263 0.544 0.516 0.571 nan 0.546 0.501 0.512 1.119 1.637 2.484 2.353 nan 0.342 0.297 0.392 0.468 0.639 0.360 0.890 1.043 0.872 6481 chr2 172815578 172826877 + 0 NA intron (NM_003642, intron 4 of 10) intron (NM_003642, intron 4 of 10) 42292 NR_027862 8520 Hs.632532 NM_003642 ENSG00000128708 HAT1 KAT1 histone acetyltransferase 1 protein-coding 0.964 0.925 0.809 0.108 1.295 0.094 0.078 2.424 5.548 0.016 0.119 0.147 0.022 0.017 0.111 1.256 0.212 0.128 0.185 0.045 0.049 0.774 0.412 0.575 0.067 0.019 0.027 0.085 0.121 0.147 0.106 0.304 0.064 0.140 0.108 0.096 0.085 0.021 0.066 0.027 0.011 0.019 0.021 0.490 0.106 0.072 0.076 0.009 0.075 1.256 0.080 0.074 0.575 0.086 0.037 0.017 0.063 0.018 0.057 0.066 0.144 0.020 0.031 0.004 0.336 0.233 0.268 0.329 0.396 0.429 2.302 0.917 0.318 0.374 0.560 0.845 1.104 0.890 0.476 0.239 0.175 0.271 0.970 1.100 0.395 0.809 2.625 1.063 1478 chr10 59069135 59082448 + 0 NA Intergenic Intergenic -11472 NR_037490 100500834 NR_037490 ENSG00000264747 MIR3924 - microRNA 3924 ncRNA 0.427 nan 0.533 0.082 0.072 0.021 0.038 0.124 0.181 0.076 0.029 0.009 0.015 0.020 0.086 0.067 0.108 0.056 0.029 0.021 0.059 0.050 0.045 0.016 0.056 0.008 0.043 0.048 0.084 0.137 0.022 0.024 0.043 0.054 0.071 0.012 0.117 0.023 0.006 0.006 0.092 0.053 0.031 0.021 0.089 0.029 0.086 0.032 0.042 0.045 0.056 0.062 0.022 0.015 0.035 0.015 0.019 0.005 0.015 0.007 0.349 0.133 0.256 0.186 0.098 0.168 5.840 2.826 0.250 0.248 0.079 0.117 0.193 0.182 0.100 0.052 0.089 0.119 0.088 0.105 0.072 0.185 0.295 0.332 2541 chr12 24680693 24719130 + 0 NA intron (NM_152989, intron 1 of 17) HAL1|LINE|L1 15613 NM_152989 6660 Hs.434948 NM_006940 ENSG00000134532 SOX5 L-SOX5|L-SOX5B|L-SOX5F|LAMSHF SRY-box 5 protein-coding nan nan nan 0.101 0.582 0.030 0.122 0.435 0.960 0.007 0.019 0.084 0.003 0.062 0.341 0.522 0.066 0.059 0.192 0.049 0.026 0.004 0.207 0.183 0.441 0.025 0.013 0.009 0.148 0.022 0.143 0.249 0.077 1.066 0.571 0.124 0.387 3.882 0.158 1.192 0.400 0.060 0.034 0.057 0.017 0.026 0.073 0.987 0.083 0.485 0.031 0.029 0.522 0.117 0.023 0.441 0.035 0.026 0.023 0.151 0.135 0.035 0.114 0.196 0.101 0.019 0.011 0.355 0.347 0.289 0.407 1.474 1.292 0.218 0.107 0.725 0.797 0.275 0.356 0.548 0.760 0.570 0.369 0.187 0.421 1.711 2.099 1.431 2.911 0.603 0.530 439 chr1 66691948 66745291 + 0 NA intron (NM_001037341, intron 4 of 16) AluJb|SINE|Alu -79172 NM_001037339 5142 Hs.198072 NM_002600 ENSG00000184588 PDE4B DPDE4|PDEIVB phosphodiesterase 4B protein-coding 1.284 0.803 nan 0.172 0.188 0.039 0.266 0.508 0.804 0.445 0.821 0.604 0.012 0.389 0.203 0.335 0.749 0.205 0.243 0.202 1.686 0.312 0.135 0.153 0.148 0.580 0.260 0.942 0.092 0.148 0.196 0.870 0.088 0.425 0.149 4.561 0.021 0.081 0.101 0.097 0.191 2.694 0.195 0.071 0.096 0.079 0.056 0.245 1.761 0.296 1.425 1.290 0.335 0.139 0.050 0.148 0.459 1.908 0.080 1.325 0.950 0.217 0.466 0.201 0.232 0.018 0.009 0.672 0.772 2.590 3.456 0.497 0.583 0.158 0.073 0.316 0.330 nan nan 0.835 nan 0.278 0.229 0.419 0.809 0.038 0.053 0.402 0.847 0.888 0.719 5846 chr2 1109706 1114242 + 0 NA intron (NM_018968, intron 4 of 16) intron (NM_018968, intron 4 of 16) -164896 NR_136151 101060391 Hs.120377 NR_136151 LOC101060391 - uncharacterized LOC101060391 ncRNA 0.390 0.417 0.444 0.031 0.037 0.037 0.056 0.106 0.221 0.050 0.040 0.023 1.254 1.543 0.034 0.031 0.071 0.042 0.121 1.145 0.560 4.854 0.032 0.129 0.060 0.143 0.087 0.077 0.281 0.118 0.020 0.096 0.134 0.035 0.081 0.079 0.017 0.042 0.151 0.101 0.044 0.117 0.014 1.543 0.015 4.854 0.054 0.084 0.089 0.017 0.109 0.028 0.050 0.051 0.011 0.267 0.181 0.237 0.543 12.590 15.353 0.098 0.040 0.135 0.145 0.215 0.272 1.043 0.895 0.168 0.088 0.052 0.186 0.066 0.032 0.109 0.217 2.864 2.086 2607 chr12 32349767 32372806 + 0 NA intron (NM_001003398, intron 1 of 8) MIR|SINE|MIR 101545 NM_001354188 636 Hs.505202 NM_001714 ENSG00000151746 BICD1 BICD BICD cargo adaptor 1 protein-coding 1.433 nan 1.446 0.186 0.226 0.116 0.308 0.165 0.321 0.021 0.281 0.135 0.016 0.043 0.771 0.275 0.103 0.101 0.266 0.099 0.066 0.018 0.184 0.189 0.213 0.164 0.050 0.023 0.202 0.096 0.090 0.286 0.082 0.700 0.178 0.068 0.228 0.090 0.134 0.102 0.240 0.079 0.050 0.077 0.156 0.076 0.122 0.417 0.092 0.764 0.024 0.059 0.275 0.163 0.123 0.213 0.043 0.061 0.241 0.169 0.088 0.079 0.060 0.590 0.217 0.032 0.051 0.392 0.320 0.269 0.365 0.523 0.657 0.566 0.189 0.450 0.455 4.348 4.218 0.264 0.260 1.682 1.022 0.183 0.258 1.051 1.120 0.694 2.613 0.620 0.511 8676 chr4 187641200 187658116 + 0 NA Intergenic Intergenic -4671 NM_005245 2195 Hs.481371 NM_005245 ENSG00000083857 FAT1 CDHF7|CDHR8|FAT|ME5|hFat1 FAT atypical cadherin 1 protein-coding nan 0.632 nan 3.304 0.476 0.023 3.741 0.142 0.201 1.704 1.952 0.465 2.300 0.165 0.011 0.651 0.057 0.010 1.796 0.798 2.467 0.001 0.214 0.251 2.138 2.887 3.257 0.717 2.556 1.208 1.649 2.270 1.577 3.375 1.534 1.240 0.275 0.892 0.070 1.088 0.263 1.803 3.898 1.683 1.935 1.142 1.294 1.273 2.281 1.633 1.017 1.661 0.651 2.409 4.552 2.138 1.468 2.176 1.304 1.846 1.275 0.227 0.022 1.940 2.220 2.399 0.993 1.179 3.941 5.705 0.825 0.621 0.112 0.080 1.571 1.621 0.093 0.173 0.901 1.233 0.600 0.619 0.531 1.259 0.982 0.940 0.070 0.081 0.130 0.142 9592 chr6 34685797 34691118 + 0 NA Intergenic Intergenic 23735 NR_134626 101929243 Hs.643498 NR_134625 ENSG00000272288 LOC101929243 - uncharacterized LOC101929243 ncRNA nan 1.901 nan 1.063 0.356 0.106 3.382 0.240 0.500 0.127 0.229 0.393 5.969 0.115 0.268 0.338 0.229 0.121 1.136 0.533 0.134 0.107 0.098 0.174 0.344 1.577 1.173 0.070 1.337 2.303 0.895 2.069 3.395 0.462 0.234 0.713 0.018 0.184 0.150 0.088 0.015 0.361 0.056 0.078 0.697 1.813 1.644 0.230 1.227 0.145 0.089 0.277 0.338 3.264 0.075 0.344 0.183 1.390 0.069 0.349 0.038 1.085 1.016 2.207 0.057 0.022 0.087 0.746 0.796 3.317 nan nan 0.443 0.504 0.236 0.699 0.687 0.451 0.599 0.752 0.906 0.904 0.737 1.229 1.361 0.129 0.156 2.277 4.077 0.501 0.453 3345 chr13 111151196 111196020 + 0 NA Intergenic Intergenic -13082 NR_046583 100874203 Hs.508716 NR_046583 ENSG00000232814 COL4A2-AS1 - COL4A2 antisense RNA 1 ncRNA 0.494 nan 0.861 0.057 0.717 5.075 0.551 0.197 0.498 0.247 0.214 0.299 0.149 0.492 1.043 0.570 0.157 0.072 0.406 0.220 0.016 0.009 0.150 0.103 0.823 0.370 0.190 0.129 0.165 0.261 0.444 1.839 0.230 1.005 0.039 4.231 0.032 0.056 0.062 0.026 0.067 0.375 0.105 0.068 0.178 0.067 0.539 0.176 0.291 0.033 0.359 0.441 0.570 0.546 0.070 0.823 0.361 1.111 0.009 0.081 0.453 0.195 0.084 0.086 0.193 0.041 0.020 0.486 0.241 0.270 0.596 1.002 0.960 1.786 0.426 0.213 0.220 0.047 0.064 3.385 3.401 0.390 0.237 0.369 0.525 0.138 0.178 0.256 0.307 0.182 0.147 4839 chr17 47267919 47292860 + 0 NA Intergenic L1MD3|LINE|L1 6354 NM_031498 2793 Hs.181781 NM_031498 ENSG00000167083 GNGT2 G-GAMMA-8|G-GAMMA-C|GNG8|GNG9|GNGT8 G protein subunit gamma transducin 2 protein-coding 1.295 1.307 nan 0.745 0.890 0.328 0.545 0.455 0.838 0.154 0.751 0.523 0.290 0.136 1.088 0.235 0.204 0.109 0.699 0.289 0.757 0.689 0.383 0.370 0.202 0.409 0.460 0.370 0.416 0.237 0.690 nan 0.389 1.847 0.193 0.801 0.055 0.905 0.149 0.388 0.125 1.296 0.400 0.203 0.503 0.268 0.722 1.205 1.545 1.254 0.572 0.489 0.235 0.987 0.601 0.202 0.278 0.349 0.323 1.150 0.316 0.634 0.397 2.214 0.286 0.360 0.238 1.842 2.660 0.629 0.860 0.906 nan 0.773 0.228 2.216 2.362 0.503 0.750 1.878 nan 1.955 1.903 1.018 1.511 0.466 0.556 2.973 6.854 0.568 0.479 10255 chr7 26723750 26741016 + 0 NA intron (NM_001303468, intron 9 of 12) intron (NM_001303468, intron 9 of 12) 53679 NM_001302625 285941 Hs.413394 NM_001145531 C7orf71 - chromosome 7 open reading frame 71 protein-coding 1.511 1.046 1.407 0.150 0.177 0.048 0.053 0.140 0.338 0.028 0.114 0.305 0.049 0.093 0.061 0.177 0.366 0.102 0.097 0.033 0.069 0.096 0.180 0.200 0.125 0.245 0.067 0.021 0.181 0.024 0.135 0.231 0.249 0.347 0.051 0.335 0.353 0.156 0.177 0.041 0.064 0.109 0.031 0.023 0.025 0.094 0.267 0.144 0.096 0.024 0.068 0.089 0.177 0.045 0.147 0.125 0.056 0.082 0.034 0.033 0.094 0.077 0.508 0.021 0.022 0.013 0.026 1.653 1.887 1.039 nan 0.424 0.591 0.536 0.232 0.415 0.517 2.434 3.313 0.502 0.514 0.412 0.162 0.619 1.000 1.063 1.385 0.122 nan 0.626 0.483 10974 chr8 59504787 59511084 + 0 NA intron (NM_003580, intron 22 of 30) intron (NM_003580, intron 22 of 30) 42207 NM_005625 6386 Hs.200804 NM_005625 ENSG00000137575 SDCBP MDA-9|MDA9|ST1|SYCL|TACIP18 syndecan binding protein protein-coding 1.257 nan 0.838 0.307 0.056 0.026 1.612 0.200 0.402 0.015 1.938 1.635 0.039 0.064 0.226 0.369 4.273 0.462 2.419 1.746 0.271 0.087 0.147 0.119 0.059 3.370 3.668 0.083 0.900 0.922 0.129 0.307 0.569 0.411 1.092 9.895 0.030 0.086 0.081 1.478 0.110 0.279 0.511 0.215 1.611 1.240 0.981 6.614 0.293 0.521 5.293 0.541 0.369 0.336 0.249 0.059 0.719 0.062 0.031 0.064 0.063 1.462 0.031 1.401 1.427 0.462 0.474 0.507 0.293 0.522 1.942 0.530 0.501 0.465 0.145 0.136 0.164 0.385 nan 0.154 0.223 0.416 0.251 0.143 0.321 0.146 0.979 1.468 4.462 0.635 0.683 4374 chr16 56658147 56662590 + 0 NA intron (NM_175617, intron 1 of 2) intron (NM_175617, intron 1 of 2) 783 NM_175617 4493 Hs.744893 NM_175617 ENSG00000169715 MT1E MT-1E|MT-IE|MT1|MTD metallothionein 1E protein-coding nan nan nan 0.452 2.907 0.476 4.968 0.072 0.267 0.817 5.816 1.853 0.610 0.483 0.544 0.245 0.183 3.735 1.731 0.699 0.093 0.035 0.126 1.836 3.131 2.315 2.619 5.522 1.188 0.198 0.664 0.585 0.258 2.875 0.684 0.270 0.143 1.235 0.070 6.919 12.158 4.776 8.702 0.901 0.605 3.768 0.590 0.782 0.413 4.275 0.544 5.206 7.723 1.836 0.220 0.542 0.136 4.088 0.068 3.927 1.470 0.139 2.482 3.392 3.213 0.889 1.091 0.238 0.215 2.034 0.545 4.453 0.553 3.254 3.353 0.169 nan nan nan nan 2.189 3.761 4.072 0.707 0.818 0.094 nan nan 0.731 18 chr1 1385959 1410770 + 0 NA intron (NM_001039211, intron 11 of 11) intron (NM_001039211, intron 11 of 11) -8771 NM_031921 83858 Hs.729021 NM_031921 ENSG00000160072 ATAD3B AAA-TOB3|TOB3 ATPase family, AAA domain containing 3B protein-coding 1.882 nan 2.083 0.575 1.281 0.688 0.504 0.316 0.638 0.151 0.546 0.300 0.093 0.408 0.463 0.313 0.347 0.156 0.437 0.115 0.251 0.195 0.302 0.244 0.399 0.323 0.288 0.414 0.862 0.336 0.399 nan 0.398 1.144 0.153 0.417 0.054 0.472 0.101 0.161 0.064 0.471 0.424 0.320 0.457 0.173 0.645 0.425 0.039 0.574 0.388 0.241 0.313 0.768 0.537 0.399 0.267 0.308 1.293 0.993 0.782 0.350 0.225 0.364 0.191 0.111 0.059 0.825 1.027 1.046 1.552 1.324 1.390 1.034 0.380 2.413 2.313 0.853 nan nan 6.877 nan 0.960 0.821 0.919 0.442 0.458 1.345 1.536 1.484 0.882 376 chr1 52018647 52038967 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -43812 NM_001981 2060 Hs.83722 NM_001981 ENSG00000085832 EPS15 AF-1P|AF1P|MLLT5 epidermal growth factor receptor pathway substrate 15 protein-coding 0.868 0.951 0.925 1.787 0.126 0.109 3.783 0.152 0.331 1.910 1.253 1.567 3.205 0.090 0.075 0.446 1.044 0.207 2.079 1.681 0.291 0.028 0.130 0.179 0.058 1.204 0.764 0.467 1.311 1.345 0.801 nan 0.881 0.462 0.993 0.381 0.005 0.075 0.103 0.180 0.070 2.788 1.496 0.590 0.635 2.296 4.745 0.678 0.269 0.286 0.570 1.698 0.446 2.480 1.298 0.058 0.555 3.765 0.010 0.788 0.055 1.875 0.039 0.218 0.449 0.176 0.118 0.302 0.202 0.363 0.984 0.513 0.622 0.336 0.131 0.434 0.321 0.306 0.650 0.302 0.368 0.388 0.165 0.206 0.241 0.064 0.113 0.345 nan 0.597 0.470 6598 chr2 206544090 206580022 + 0 NA intron (NM_201264, intron 1 of 8) (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 14832 NM_201264 8828 Hs.471200 NM_003872 ENSG00000118257 NRP2 NP2|NPN2|PRO2714|VEGF165R2 neuropilin 2 protein-coding 1.802 nan 1.747 0.954 0.278 1.517 3.378 0.148 0.444 0.173 1.449 1.760 0.017 0.229 0.141 0.514 0.196 0.067 3.176 1.559 0.070 0.640 0.070 0.076 0.163 1.966 1.520 0.141 1.832 0.788 1.075 2.631 0.258 1.377 1.396 0.142 0.162 0.045 0.063 1.229 0.362 0.398 0.348 0.206 1.562 0.998 0.553 3.468 1.149 0.210 0.057 0.206 0.514 1.635 3.889 0.163 0.436 0.195 0.691 0.305 0.192 0.799 0.185 0.749 1.140 1.603 1.236 0.405 0.210 0.496 0.849 0.445 0.393 0.789 0.226 2.496 2.465 1.504 2.258 1.089 1.244 1.096 1.705 0.269 0.420 0.599 0.574 0.976 2.301 0.621 0.457 5826 chr19 57032509 57073059 + 0 NA intron (NM_020828, intron 2 of 7) L2|LINE|L2 2467 NM_001308440 140612 Hs.14794 NM_020828 ENSG00000196867 ZFP28 mkr5 ZFP28 zinc finger protein protein-coding 0.790 0.607 0.674 0.060 0.267 0.167 0.102 0.265 0.513 0.087 0.188 0.116 0.061 0.018 0.068 0.246 0.100 0.123 0.261 0.111 0.022 0.065 0.111 0.119 0.377 0.079 0.059 0.020 0.216 0.037 0.071 0.084 0.228 0.582 0.155 0.082 0.054 0.265 0.140 0.070 0.058 0.288 0.092 0.052 0.062 0.094 0.240 0.145 0.205 0.215 0.060 0.021 0.246 0.353 0.139 0.377 0.012 0.014 0.063 0.129 0.126 0.180 0.070 0.079 0.107 4.541 3.606 0.431 0.420 0.115 0.150 0.495 0.610 0.561 0.187 0.202 0.206 0.250 0.360 0.438 0.426 0.492 0.319 0.168 0.277 0.241 0.265 0.241 0.446 0.406 0.354 609 chr1 116378825 116386139 + 0 NA intron (NM_001111061, intron 1 of 1) intron (NM_001111061, intron 1 of 1) 851 NM_001111061 4808 Hs.46296 NM_005599 ENSG00000177551 NHLH2 HEN2|NSCL2|bHLHa34 nescient helix-loop-helix 2 protein-coding nan 1.185 5.554 0.119 0.175 0.045 0.038 0.065 0.183 0.052 0.109 0.013 0.025 1.661 0.108 0.210 0.082 0.087 0.088 0.034 0.075 0.063 0.145 0.115 0.057 0.030 0.096 0.014 0.252 0.745 0.165 2.225 0.088 0.862 0.060 0.135 0.144 4.867 0.129 0.025 0.021 0.021 0.082 0.179 0.156 0.039 0.288 0.134 0.210 0.165 0.050 0.115 0.100 0.057 1.568 1.875 0.041 3.684 0.017 0.021 0.024 0.455 0.404 0.355 0.573 6.260 nan 0.078 0.041 1.189 1.288 1.434 2.093 1.621 2.611 11.549 16.122 5.664 7.620 4.112 3.171 0.111 0.239 2.690 1.436 5615 chr19 34662034 34670479 + 0 NA intron (NM_001114093, intron 1 of 10) AluSz|SINE|Alu 2904 NM_001114093 26065 Hs.744009 NM_015578 ENSG00000257103 LSM14A C19orf13|FAM61A|RAP55|RAP55A LSM14A, mRNA processing body assembly factor protein-coding 6.499 2.511 4.136 4.141 6.122 3.781 1.412 1.710 3.701 1.752 3.667 2.129 2.389 0.891 2.274 2.792 1.843 0.286 3.107 0.897 3.330 1.181 2.346 1.182 3.617 1.631 2.198 3.175 2.780 0.806 2.546 3.284 2.253 9.397 0.898 2.081 0.889 3.412 0.180 0.948 1.203 3.555 3.695 1.831 1.381 0.778 2.789 2.929 6.118 8.190 1.991 1.644 2.792 4.319 1.613 3.617 1.539 1.799 1.177 2.833 2.070 1.336 2.592 2.179 1.310 0.900 0.530 3.471 3.664 5.547 8.328 5.628 5.442 6.012 3.055 9.969 10.104 3.978 4.758 5.077 8.756 11.448 10.410 5.301 9.193 4.300 4.735 5.798 5.446 2.905 1.660 7623 chr3 57733658 57745599 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -3355 NM_007159 7871 Hs.476432 NM_007159 ENSG00000163681 SLMAP SLAP sarcolemma associated protein protein-coding 1.419 1.360 nan 3.242 0.748 0.237 3.034 0.310 0.586 2.068 1.796 1.013 1.079 0.278 0.472 0.371 1.016 0.163 4.237 1.672 1.812 0.499 0.329 0.186 0.691 1.744 1.656 1.596 4.725 2.598 1.603 2.850 1.100 1.865 1.663 1.592 0.127 3.943 0.130 0.662 0.425 3.211 4.461 2.364 2.943 1.278 4.201 3.437 1.333 1.898 0.719 1.687 0.371 2.949 2.200 0.691 1.752 1.159 0.187 1.484 0.632 1.931 0.409 0.619 1.217 1.394 0.832 1.131 0.988 2.351 3.840 1.451 1.508 1.262 0.761 2.538 2.447 0.524 0.697 1.329 2.185 nan 1.693 1.101 1.539 0.787 0.904 1.893 2.401 0.805 0.393 7105 chr20 61845705 61878797 + 0 NA Intergenic LTR1|LTR|ERV1 -4984 NM_022161 79444 Hs.256126 NM_022161 ENSG00000101197 BIRC7 KIAP|LIVIN|ML-IAP|MLIAP|RNF50 baculoviral IAP repeat containing 7 protein-coding 1.152 1.479 1.227 1.276 0.982 4.343 1.119 0.326 0.660 0.515 0.621 0.996 0.260 0.321 1.041 0.692 0.400 0.098 0.986 0.722 0.890 0.423 0.239 0.173 0.802 1.812 1.657 0.756 6.661 1.259 1.491 4.654 0.770 1.530 0.451 2.475 0.066 0.502 0.091 1.290 0.192 2.031 0.708 0.433 1.453 1.038 0.857 0.859 3.784 0.630 0.655 1.347 0.692 0.743 2.002 0.802 0.447 1.081 0.207 2.473 0.847 1.287 0.179 0.158 0.356 0.484 0.420 1.562 nan 0.646 0.911 1.636 1.495 1.888 0.606 2.265 2.236 0.641 1.025 0.813 1.155 1.203 1.058 0.960 1.277 0.381 0.407 0.558 0.646 1.289 0.858 10745 chr7 151120949 151128577 + 0 NA Intergenic Intergenic 5962 NR_037468 100500835 NR_037468 ENSG00000265810 MIR3907 - microRNA 3907 ncRNA 1.603 1.011 nan 0.200 0.150 0.111 1.789 0.147 0.412 0.490 1.064 1.526 0.218 0.172 0.756 0.115 1.922 0.191 2.144 0.694 0.049 0.067 0.349 0.341 0.986 1.632 1.242 0.115 0.268 0.070 0.230 0.412 10.247 0.690 0.538 1.270 0.249 0.156 0.080 0.971 0.064 0.211 0.371 0.122 0.703 0.874 2.083 0.289 0.711 0.869 5.305 3.660 0.115 3.104 0.085 0.986 0.111 0.076 0.112 0.172 0.756 4.459 0.091 2.943 0.961 2.137 1.350 0.355 0.285 0.504 0.986 1.734 2.373 0.366 0.087 0.182 0.244 0.588 0.952 1.983 2.519 3.666 2.738 0.420 0.564 0.789 0.779 1.446 5.708 1.930 0.915 4790 chr17 41430453 41450133 + 0 NA Intergenic Intergenic 25973 NR_027412 100130581 Hs.546897 NR_027412 ENSG00000188825 LINC00910 - long intergenic non-protein coding RNA 910 ncRNA 2.655 3.343 nan 3.134 3.197 3.785 3.649 3.047 5.620 0.819 4.550 1.688 1.218 0.742 4.314 2.389 2.217 0.696 3.229 1.606 2.069 0.731 2.080 1.097 2.366 1.846 2.232 0.765 2.336 1.638 4.593 nan 1.815 6.056 1.433 3.056 0.348 2.071 0.160 2.109 1.260 4.417 2.193 0.980 2.100 1.807 2.401 4.077 3.839 1.136 1.219 1.767 2.389 4.589 4.057 2.366 1.396 1.092 1.149 2.590 1.613 2.571 1.945 1.140 1.899 1.607 1.149 1.805 2.364 2.807 3.817 9.116 nan 4.017 3.271 10.448 11.612 1.021 1.405 3.195 nan 6.479 6.484 5.199 5.502 2.786 2.902 3.329 4.510 1.944 1.146 6717 chr2 233886085 233904260 + 0 NA Intergenic Intergenic -2210 NM_005383 4759 Hs.532681 NM_005383 ENSG00000115488 NEU2 SIAL2 neuraminidase 2 protein-coding 0.509 nan 0.596 0.137 0.063 0.012 5.964 0.088 0.210 0.215 0.188 0.121 0.014 0.027 0.039 0.241 0.058 0.044 0.765 1.588 0.167 0.023 0.061 0.068 0.062 1.345 0.868 0.065 0.486 1.158 0.116 0.451 0.252 0.384 0.872 0.138 0.021 0.084 0.132 1.460 0.026 1.107 0.083 0.039 1.909 0.594 0.971 0.802 0.417 0.392 0.026 0.359 0.241 0.351 2.310 0.062 0.047 0.164 0.032 0.693 0.050 0.759 0.049 0.060 0.821 0.072 0.044 0.471 0.399 0.270 0.611 0.231 0.242 0.106 0.037 0.291 0.295 0.152 0.304 0.312 nan 0.313 0.212 0.183 0.169 0.055 0.076 0.191 0.335 0.265 0.280 3652 chr14 68540959 68780231 + 0 NA intron (NM_002877, intron 7 of 10) intron (NM_002877, intron 7 of 10) 370286 NM_001321815 5890 Hs.172587 NM_002877 ENSG00000182185 RAD51B R51H2|RAD51L1|REC2 RAD51 paralog B protein-coding nan nan 0.935 0.591 0.405 0.903 0.653 0.209 0.400 0.369 0.592 0.986 0.697 0.094 0.191 0.540 1.309 0.218 0.375 0.318 1.467 0.952 0.109 0.111 0.472 2.043 1.081 0.146 1.203 0.912 1.277 3.287 3.096 1.268 0.841 0.424 0.178 4.398 0.190 0.719 0.154 0.404 0.104 0.079 1.035 1.094 0.810 0.572 0.685 0.677 0.639 1.134 0.540 0.241 0.903 0.472 0.191 0.740 0.057 0.534 0.080 1.341 0.072 0.089 0.831 0.154 0.138 0.346 0.228 0.507 1.926 0.536 0.643 0.634 0.183 nan 0.532 0.490 0.781 0.727 nan 0.646 0.324 0.197 0.313 0.676 0.650 0.300 0.712 1.368 0.970 3373 chr13 114477408 114483839 + 0 NA intron (NM_001348663, intron 3 of 7) intron (NM_001348663, intron 3 of 7) 18407 NM_182614 348013 Hs.280805 NM_182614 ENSG00000184497 TMEM255B FAM70B transmembrane protein 255B protein-coding 0.681 nan 0.559 3.165 4.177 0.121 0.199 0.279 0.098 0.028 0.077 1.865 0.617 0.051 0.010 0.122 0.029 0.075 0.044 0.072 0.062 4.636 0.043 0.034 0.086 0.021 0.137 0.367 0.044 1.435 0.023 0.050 0.102 0.017 0.082 0.018 0.037 0.240 0.028 0.086 0.059 0.041 0.109 0.089 0.033 0.098 0.040 0.617 0.120 0.029 4.636 0.056 0.052 0.137 0.099 6.855 0.147 0.046 0.039 0.047 0.027 0.008 0.631 0.502 0.056 0.149 4.373 2.691 2.897 0.395 0.072 0.084 0.069 0.111 3.340 2.958 0.371 0.218 0.634 0.651 0.657 0.735 0.087 0.197 0.283 0.176 12001 chrX 153594172 153609362 + 0 NA intron (NM_001110556, intron 1 of 47) intron (NM_001110556, intron 1 of 47) 1239 NM_001110556 2316 Hs.195464 NM_001456 ENSG00000196924 FLNA ABP-280|ABPX|CSBS|CVD1|FGS2|FLN|FLN-A|FLN1|FMD|MNS|NHBP|OPD|OPD1|OPD2|XLVD|XMVD filamin A protein-coding 3.832 2.855 5.523 6.454 1.903 2.284 3.203 1.855 3.608 0.705 5.315 1.398 1.018 1.747 2.033 4.350 1.300 0.191 1.826 0.762 3.334 0.574 0.548 0.367 1.971 2.920 3.740 1.721 2.623 1.083 3.051 3.934 1.680 5.564 1.432 2.368 0.421 1.261 0.036 0.910 1.880 6.094 2.663 0.956 1.667 2.049 1.280 4.951 3.388 3.128 0.607 1.544 4.350 3.289 1.749 1.971 0.588 1.537 0.684 5.072 1.230 2.100 1.054 1.168 3.499 2.461 1.559 2.354 2.971 2.733 4.634 4.788 3.733 3.692 1.350 7.120 7.072 1.765 2.446 3.593 5.557 2.553 2.705 2.061 3.967 1.748 1.659 2.749 3.639 1.353 0.770 9278 chr5 152491611 152528617 + 0 NA Intergenic LTR9|LTR|ERV1 -158205 NR_109877 101927134 Hs.531423 NR_109877 ENSG00000249484 LINC01470 - long intergenic non-protein coding RNA 1470 ncRNA 0.599 nan 0.783 0.043 1.087 0.267 0.032 0.393 0.734 0.013 0.070 0.035 0.022 0.193 1.062 0.369 0.074 0.061 0.055 0.010 0.007 1.114 0.866 3.189 0.002 0.014 0.004 0.062 0.006 0.069 0.038 0.071 1.345 0.008 0.059 0.347 0.044 0.133 0.019 0.106 0.060 0.039 0.049 0.009 0.027 0.062 0.098 0.029 0.027 0.048 0.038 0.369 0.019 0.030 3.189 0.033 0.010 0.074 0.022 0.257 0.015 0.024 0.057 0.037 0.031 0.025 0.164 0.075 0.192 0.203 1.145 1.648 3.949 1.661 0.082 0.070 0.784 0.866 1.619 1.044 0.372 0.201 0.120 0.191 1.181 1.095 0.132 0.244 1.585 0.752 148 chr1 21643907 21673635 + 0 NA intron (NM_001113348, intron 1 of 18) intron (NM_001113348, intron 1 of 18) 13263 NM_001113348 1889 Hs.195080 NM_001397 ENSG00000117298 ECE1 ECE endothelin converting enzyme 1 protein-coding 1.951 1.449 nan 1.059 1.605 3.321 2.157 0.814 1.732 1.501 1.203 2.339 1.233 0.430 0.982 1.585 0.850 0.238 3.519 1.437 0.810 0.126 0.381 0.293 0.741 1.835 1.568 0.697 2.778 1.127 4.438 9.018 3.061 2.184 2.093 2.994 0.160 0.390 0.099 1.111 0.306 1.829 2.412 0.969 1.528 1.317 1.201 2.277 1.734 2.535 0.633 1.051 1.585 3.067 5.870 0.741 0.626 0.878 0.674 1.813 1.191 1.462 0.559 0.368 2.097 1.488 1.026 0.871 1.377 0.665 1.346 2.425 2.496 1.106 0.353 1.023 1.120 1.121 1.838 3.354 3.616 0.874 0.700 0.567 0.797 0.542 0.639 0.852 1.710 1.346 0.765 6453 chr2 164447834 164483885 + 0 NA 3' UTR (NM_018086, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_018086, exon 3 of 3) 126658 NM_018086 55137 Hs.593650 NM_018086 ENSG00000182263 FIGN - fidgetin, microtubule severing factor protein-coding 1.029 0.862 nan 0.077 0.146 0.023 0.115 0.325 0.677 0.056 0.088 0.051 0.112 0.041 0.079 0.131 0.124 0.067 0.155 0.042 0.081 0.015 0.316 0.188 0.065 0.033 0.014 0.049 0.073 0.035 0.085 0.246 0.182 0.340 0.073 0.081 0.518 0.370 0.082 0.016 0.011 0.066 0.018 0.024 0.047 0.035 0.118 0.117 0.077 0.101 0.033 0.111 0.131 0.052 0.045 0.065 0.111 0.112 0.008 0.097 0.038 0.046 0.066 0.288 0.034 0.018 0.007 0.675 0.389 2.799 1.458 0.397 0.434 0.107 0.063 0.257 0.238 0.477 0.703 0.278 0.311 0.406 0.186 0.208 0.292 1.979 2.362 0.763 1.733 0.453 0.374 6067 chr2 44993358 45006785 + 0 NA TTS (NM_024766) TTS (NM_024766) 165956 NR_147194 107985879 Hs.436392 NR_147194 ENSG00000259439 LINC01833 K21.1|RP11-89 long intergenic non-protein coding RNA 1833 ncRNA 2.134 nan 1.667 0.096 1.959 0.674 0.051 2.446 4.529 0.014 0.098 0.055 0.018 0.098 1.548 0.981 0.102 0.060 0.134 0.042 0.019 0.051 1.094 0.485 3.607 0.042 0.027 0.022 0.116 0.039 0.139 nan 0.093 1.369 0.044 0.083 1.793 0.072 0.105 0.009 0.231 0.077 0.032 0.006 0.008 0.017 0.140 0.158 0.109 0.042 0.018 0.095 0.981 0.064 0.027 3.607 0.027 0.041 0.100 0.108 0.349 0.105 0.140 3.386 0.039 0.030 0.011 0.322 0.416 0.407 0.631 nan 4.332 3.382 1.205 0.539 0.418 0.484 0.725 2.404 2.842 2.214 1.845 0.297 0.504 4.613 5.165 2.481 8.652 nan 1.630 7709 chr3 101642028 101686181 + 0 NA intron (NR_026934, intron 1 of 3) MamSINE1|SINE|tRNA 4401 NR_026934 152225 Hs.376768 NR_026934 ENSG00000214407 LINC02085 - long intergenic non-protein coding RNA 2085 ncRNA nan nan 0.653 0.859 0.199 0.152 1.766 0.390 0.843 0.035 0.276 1.247 0.031 0.106 0.030 0.201 1.793 0.234 0.752 0.797 0.059 0.031 0.145 0.185 0.062 1.393 0.876 0.037 1.726 1.558 3.687 6.527 1.868 0.604 1.359 0.070 0.045 0.027 0.102 1.621 0.033 0.562 0.255 0.225 1.572 1.458 0.213 1.077 0.312 0.316 0.353 0.567 0.201 0.430 0.530 0.062 0.142 0.268 0.009 0.059 0.255 0.463 0.056 0.094 0.975 0.035 0.017 0.221 0.120 0.231 0.418 0.320 0.335 0.538 0.200 0.220 0.238 0.145 0.241 0.243 0.288 0.644 0.286 0.221 0.254 0.129 0.244 0.264 0.451 0.531 0.488 1343 chr10 14225407 14238484 + 0 NA intron (NR_134578, intron 2 of 3) intron (NR_134578, intron 2 of 3) 115662 NR_120638 101928453 Hs.650212 NR_120638 LOC101928453 - uncharacterized LOC101928453 ncRNA nan 0.819 0.602 0.066 1.080 0.009 0.044 0.135 0.334 0.007 0.271 0.078 0.005 0.016 0.034 0.079 0.459 0.307 0.057 0.014 0.058 0.011 0.060 0.125 0.257 0.016 0.027 0.006 0.063 0.008 0.198 0.119 0.038 0.235 0.044 0.503 0.059 0.042 0.087 0.153 0.073 0.148 0.078 0.096 0.025 0.017 0.353 0.165 0.037 0.021 0.024 0.051 0.079 0.027 0.007 0.257 0.009 0.088 0.074 0.120 0.007 0.156 0.145 0.104 0.214 0.026 0.015 2.343 3.054 2.366 2.518 0.305 0.324 5.281 3.267 1.305 1.351 0.650 1.040 0.654 0.893 0.202 0.165 0.547 0.572 0.418 0.427 0.392 0.472 0.584 0.587 8383 chr4 55446383 55454247 + 0 NA Intergenic Intergenic 22983 NR_134657 339978 NR_134657 ENSG00000250456 LINC02260 - long intergenic non-protein coding RNA 2260 ncRNA nan 1.097 0.502 0.064 1.767 0.743 0.485 0.691 0.895 0.110 0.098 0.245 0.039 0.257 1.139 0.226 0.102 0.124 0.551 0.312 0.024 0.018 0.181 0.177 0.366 0.034 0.105 0.360 0.192 1.133 0.789 0.880 0.334 0.021 0.025 0.014 0.102 1.051 0.123 0.128 0.031 0.012 0.092 0.058 0.037 0.317 0.062 0.018 1.787 0.346 0.226 0.245 2.693 0.366 0.015 0.487 0.013 0.117 0.194 0.298 0.113 0.032 0.020 0.685 0.676 0.692 2.163 2.119 1.835 1.246 0.412 0.228 0.265 0.267 0.320 5.737 4.479 0.492 0.383 0.335 0.766 0.222 0.070 0.078 0.144 5.923 3.212 7234 chr21 43458858 43501377 + 0 NA Intergenic Intergenic -2951 NM_001199528 89766 Hs.242520 NM_173568 ENSG00000177398 UMODL1 - uromodulin like 1 protein-coding nan 1.340 1.513 0.085 0.492 3.210 0.342 0.350 0.760 0.020 0.092 0.384 0.074 0.061 1.360 0.313 0.169 0.064 0.275 0.156 0.016 0.006 0.122 0.097 1.065 0.189 0.076 0.043 0.101 0.150 0.542 3.244 0.786 4.462 0.216 0.059 0.124 0.059 0.062 0.108 0.073 0.126 0.113 0.089 0.196 0.235 0.115 0.536 0.089 0.121 0.039 0.259 0.313 0.593 0.418 1.065 0.202 0.574 0.711 0.093 0.089 0.245 1.481 0.149 0.032 0.219 0.098 1.769 2.335 1.065 1.812 1.676 1.351 nan 0.252 0.952 1.055 0.524 nan 2.330 3.287 1.090 1.181 1.569 2.286 0.679 0.693 0.363 0.559 0.954 0.741 2655 chr12 49921171 49948275 + 0 NA exon (NM_012284, exon 2 of 15) exon (NM_012284, exon 2 of 15) 1783 NM_001314030 23416 Hs.64064 NM_012284 ENSG00000135519 KCNH3 BEC1|ELK2|Kv12.2 potassium voltage-gated channel subfamily H member 3 protein-coding 1.141 nan 1.851 0.154 0.855 1.404 0.226 0.392 0.805 0.010 0.146 0.089 0.037 0.052 2.300 0.790 0.161 0.065 0.160 0.044 0.049 0.090 0.377 0.397 1.511 0.128 0.045 0.442 0.105 0.047 0.157 0.438 0.106 0.288 0.054 0.091 0.458 0.177 0.066 0.022 0.047 0.129 0.084 0.106 0.060 0.073 0.128 0.266 0.644 0.764 0.157 0.115 0.790 0.164 0.091 1.511 0.054 0.055 0.165 0.495 0.525 0.125 0.113 0.205 0.048 0.106 0.063 1.135 1.922 0.331 0.502 3.582 3.188 3.918 1.016 2.268 2.432 0.553 1.016 1.903 2.089 1.405 1.294 0.508 0.615 1.810 1.524 0.653 1.044 2.035 1.135 726 chr1 152872786 152886580 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -1338 NM_005547 3713 Hs.516439 NM_005547 ENSG00000163207 IVL - involucrin protein-coding nan nan 0.781 0.591 0.058 0.800 0.612 0.185 0.161 1.225 0.062 0.033 0.986 0.029 1.067 0.365 0.060 0.081 0.116 0.055 0.019 0.010 0.103 0.120 0.061 0.019 0.031 0.027 1.168 0.015 2.794 10.458 1.770 0.652 0.042 0.090 0.028 0.016 0.079 0.598 0.035 0.221 0.048 0.017 1.865 0.512 0.350 0.094 0.065 0.036 0.040 0.433 0.365 0.191 0.020 0.061 0.415 1.667 0.007 0.101 0.044 0.142 0.086 0.063 0.010 0.025 0.015 0.268 0.136 0.247 0.445 0.291 nan 0.243 0.048 0.113 0.139 0.175 0.367 0.148 0.220 0.198 0.061 0.334 0.344 0.069 0.098 0.156 0.301 0.162 0.352 7722 chr3 107699634 107727811 + 0 NA Intergenic Intergenic 96213 NM_198793 961 Hs.446414 NM_001777 ENSG00000196776 CD47 IAP|MER6|OA3 CD47 molecule protein-coding nan nan 0.754 0.163 0.115 0.087 2.506 0.195 0.431 0.478 0.335 0.129 0.108 0.033 0.069 0.166 1.051 0.149 1.782 1.622 0.058 0.010 0.106 0.117 0.268 1.340 0.699 0.057 0.783 1.111 0.313 1.605 1.001 0.410 0.980 0.289 0.297 0.027 0.100 0.507 0.082 0.606 0.098 0.097 1.737 0.967 1.106 0.364 0.255 0.113 0.253 1.602 0.166 0.904 0.683 0.268 0.555 0.400 0.127 0.241 0.032 1.014 0.035 0.149 0.227 0.025 0.013 0.508 0.456 2.622 4.311 0.281 0.393 1.185 0.436 0.424 0.470 0.365 0.634 0.192 0.253 0.601 0.255 0.118 0.184 0.820 0.807 0.315 0.558 0.917 0.658 6241 chr2 91950835 91961494 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -7204 NR_003503 645367 Hs.650223 NR_003503 GGT8P GGT1P1 gamma-glutamyltransferase 8 pseudogene pseudo 0.584 0.414 0.579 0.120 0.058 0.104 3.234 0.030 0.221 0.107 3.809 2.105 0.029 0.049 0.067 0.133 0.157 0.090 3.415 2.353 0.077 0.039 0.029 0.062 0.113 3.908 4.499 0.146 0.328 0.682 0.622 3.222 0.363 0.270 3.104 0.753 0.018 0.069 0.067 0.839 0.029 0.139 0.864 0.606 1.740 4.613 0.054 1.413 4.232 0.154 0.339 0.875 0.133 3.231 0.283 0.113 0.379 0.357 0.018 0.290 0.105 0.902 0.047 0.047 1.844 0.043 0.061 0.283 0.177 1.743 3.130 0.216 0.195 0.174 0.088 0.104 0.170 0.152 0.415 0.194 0.271 0.232 0.078 0.176 0.272 0.044 0.079 0.168 0.268 0.267 0.424 2703 chr12 56120283 56138401 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -5885 NM_001257389 967 Hs.445570 NM_001780 ENSG00000135404 CD63 LAMP-3|ME491|MLA1|OMA81H|TSPAN30 CD63 molecule protein-coding nan 2.009 1.595 2.178 1.203 1.022 2.193 0.947 2.126 0.698 1.398 1.029 0.715 0.803 3.189 2.222 1.494 0.255 1.437 0.513 1.484 1.676 0.898 0.569 1.826 1.755 1.969 1.267 2.545 0.736 3.167 4.643 2.974 4.401 1.021 1.851 0.521 1.393 0.089 1.254 0.907 1.765 1.935 0.981 1.181 1.540 1.206 4.565 2.589 3.681 2.255 1.424 2.222 1.596 2.370 1.826 0.719 1.446 0.703 3.358 1.573 1.155 0.903 0.575 1.314 1.438 0.903 nan 3.626 1.938 2.490 2.770 nan 4.372 1.567 2.471 2.409 2.005 nan 3.099 nan 3.135 3.424 1.045 2.012 2.320 2.038 1.538 2.897 2.545 1.335 6659 chr2 219844386 219850284 + 0 NA intron (NM_017521, intron 2 of 2) MER91A|DNA|hAT-Tip100 3044 NM_017521 54738 Hs.234759 NM_017521 ENSG00000163497 FEV HSRNAFEV|PET-1 FEV, ETS transcription factor protein-coding nan 2.167 nan 0.089 0.773 9.809 0.158 0.722 1.687 0.033 0.185 0.092 0.032 2.559 0.136 3.971 0.052 0.044 0.231 0.033 0.075 0.047 0.375 0.152 1.089 0.094 0.072 0.037 0.081 0.034 0.489 0.339 0.071 2.471 0.050 0.110 0.130 0.767 0.076 0.140 0.253 0.156 0.082 0.053 0.055 0.053 0.049 0.101 0.175 0.368 0.041 0.056 3.971 0.109 0.047 1.089 0.084 0.029 0.408 3.461 1.249 0.093 1.693 0.413 0.887 0.049 0.018 1.064 1.241 0.152 0.167 1.872 1.228 1.939 0.352 0.165 0.193 1.052 1.220 0.958 nan 2.702 2.289 0.941 2.124 0.192 0.289 0.414 1.563 0.440 0.217 4110 chr15 85274912 85280190 + 0 NA Intergenic Intergenic -14267 NM_014630 9640 Hs.79347 NM_014630 ENSG00000166716 ZNF592 CAMOS|SCAR5 zinc finger protein 592 protein-coding 0.747 nan 0.629 3.079 0.118 0.117 4.379 0.277 0.482 0.018 2.583 2.084 2.220 0.135 0.323 0.262 0.198 0.272 3.144 1.884 2.609 0.026 0.027 0.110 0.362 2.340 2.293 0.125 3.956 2.698 2.879 7.501 1.873 0.347 2.906 0.226 0.018 0.071 1.220 0.060 0.176 0.357 0.148 2.978 2.646 2.881 0.291 6.864 0.163 5.312 4.877 0.262 3.950 0.105 0.362 3.502 0.491 0.056 0.104 0.116 2.676 0.131 0.070 1.739 0.305 0.374 0.359 0.661 0.781 1.527 0.372 0.396 1.760 0.273 0.280 0.370 0.130 0.426 1.077 0.772 0.509 0.288 0.573 0.472 0.124 0.135 0.275 0.434 0.495 0.388 157 chr1 23061817 23080905 + 0 NA intron (NM_017449, intron 1 of 15) AluJo|SINE|Alu 25351 NR_039832 100616391 NR_039832 ENSG00000265422 MIR4684 - microRNA 4684 ncRNA 0.907 1.384 nan 4.402 0.151 0.183 2.747 0.240 0.434 0.190 1.103 2.384 1.271 0.076 0.286 0.385 0.720 0.159 2.983 2.133 0.745 0.015 0.139 0.094 0.137 1.365 0.981 0.177 1.447 1.370 0.907 1.963 0.928 0.464 1.477 0.302 0.030 0.102 0.121 1.423 0.098 2.824 1.799 0.862 2.627 1.443 0.658 3.394 0.940 0.611 0.302 1.206 0.385 2.059 2.410 0.137 0.424 0.759 0.386 0.477 0.101 0.580 0.052 0.096 1.605 2.206 1.875 0.446 0.399 0.323 0.752 1.607 1.242 1.152 0.243 0.664 0.774 0.511 1.003 1.101 1.594 0.619 0.449 0.230 0.310 0.114 0.170 0.343 0.484 0.369 0.462 2009 chr11 65231607 65280176 + 0 NA Intergenic Intergenic -9318 NR_144567 378938 Hs.621695 NR_002819 ENSG00000251562 MALAT1 HCN|LINC00047|NCRNA00047|NEAT2|PRO2853 metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan 4.767 2.615 1.911 4.885 5.101 4.091 2.969 5.496 2.144 4.968 3.673 1.627 2.665 7.062 4.058 2.846 0.662 3.142 1.475 3.933 2.925 2.925 1.307 4.774 5.773 6.519 5.417 3.513 2.251 6.873 11.819 3.941 9.059 2.318 6.708 1.738 7.757 0.281 2.813 2.186 12.010 3.611 1.678 4.246 3.906 3.490 6.991 5.854 6.295 3.603 7.035 4.058 3.568 7.817 4.774 2.386 9.017 1.194 4.734 3.480 6.758 4.083 1.349 3.040 6.432 5.166 7.177 9.555 2.760 5.358 9.012 7.388 7.009 3.501 7.696 8.012 5.423 6.844 7.549 8.718 6.507 6.468 5.922 11.188 8.592 8.704 3.338 4.652 3.005 1.728 1909 chr11 41287811 41346566 + 0 NA intron (NM_001258419, intron 1 of 6) intron (NM_001258419, intron 1 of 6) 163998 NM_001258419 57689 Hs.745123 NM_020929 ENSG00000148948 LRRC4C NGL-1|NGL1 leucine rich repeat containing 4C protein-coding nan 0.823 0.604 0.048 0.074 0.025 0.030 0.186 0.309 0.016 0.070 0.025 0.012 0.046 0.294 0.072 0.086 0.074 0.052 0.013 0.015 0.033 0.303 0.169 0.051 0.007 0.019 0.036 0.065 0.005 0.065 0.089 0.104 0.312 0.022 0.052 0.128 3.515 0.167 0.002 0.061 0.088 0.021 0.016 0.039 0.031 0.072 0.162 0.037 0.040 0.015 0.022 0.072 0.075 0.013 0.051 0.023 0.020 0.015 0.035 0.049 0.026 0.042 0.101 0.057 0.017 0.008 0.448 0.360 0.163 0.232 0.211 0.309 2.203 1.150 0.137 0.117 0.202 0.331 0.280 0.291 0.239 0.101 0.155 0.212 0.990 0.838 0.341 nan 1.336 0.753 7179 chr21 34518463 34528174 + 0 NA Intergenic Intergenic 19223 NR_024102 728409 Hs.125234 NR_024102 ENSG00000229086 LINC01548 C21orf54 long intergenic non-protein coding RNA 1548 ncRNA 1.922 0.580 0.923 0.022 0.180 0.029 0.051 0.215 0.330 0.010 0.085 0.067 0.025 0.020 0.156 0.447 0.046 0.101 0.074 0.007 0.029 0.097 0.136 0.086 0.043 0.008 0.028 0.084 0.082 0.217 0.066 0.342 0.077 0.029 0.022 0.066 0.081 0.054 0.010 0.064 0.031 0.056 0.010 0.134 0.084 0.051 0.040 0.069 0.447 0.059 0.029 0.086 0.050 0.085 2.178 0.097 0.070 0.008 0.142 0.748 0.008 0.036 0.016 1.814 1.495 5.922 1.038 0.439 0.433 0.098 0.088 2.893 3.323 0.187 0.450 0.340 0.410 7.140 6.488 0.647 0.732 0.047 0.109 0.620 1.643 nan 0.530 2627 chr12 45676614 45684859 + 0 NA intron (NM_001204803, intron 2 of 20) intron (NM_001204803, intron 2 of 20) -5730 NM_001142678 196527 Hs.505339 NM_001025356 ENSG00000177119 ANO6 BDPLT7|SCTS|TMEM16F anoctamin 6 protein-coding 1.181 nan 1.586 0.417 0.116 0.033 1.151 0.136 0.376 1.281 0.570 0.828 4.955 0.036 0.176 0.273 0.595 0.136 0.849 0.324 0.314 0.017 0.160 0.171 0.305 0.493 0.259 0.720 0.380 0.717 0.155 0.287 0.390 0.149 0.432 0.163 0.093 0.093 0.106 0.213 0.086 0.100 0.154 0.162 0.306 0.394 1.626 0.194 0.394 0.597 0.038 0.184 0.273 0.856 0.673 0.305 0.120 3.576 0.170 0.049 0.404 0.148 1.146 0.166 0.105 0.092 0.336 0.514 0.795 1.610 0.505 0.553 0.970 0.315 0.708 0.897 1.011 1.235 0.415 0.401 0.744 0.696 0.243 0.426 0.362 0.692 0.742 1.934 0.658 0.632 3576 chr14 57342704 57373142 + 0 NA intron (NR_146411, intron 2 of 2) intron (NR_146411, intron 2 of 2) 78047 NR_029385 100309464 Hs.637962 NR_029385 ENSG00000248550 OTX2-AS1 OTX2OS1 OTX2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan nan 2.543 0.047 0.252 0.036 0.030 0.374 0.701 0.006 0.053 0.037 0.059 0.016 0.140 0.425 0.100 0.058 0.063 0.025 0.022 0.005 0.077 0.128 0.285 0.018 0.019 0.007 0.076 0.007 0.110 0.162 0.131 0.401 0.029 0.069 0.041 0.050 0.124 0.012 0.114 0.075 0.031 0.015 0.032 0.043 0.181 0.102 0.029 0.017 0.062 0.142 0.425 0.065 0.030 0.285 0.052 0.025 0.057 0.048 0.030 0.023 0.189 2.237 0.020 0.019 0.010 0.417 0.291 1.813 1.052 0.350 0.395 0.484 0.149 0.414 0.505 0.144 0.222 0.321 0.375 0.973 0.541 0.252 0.406 0.198 0.334 3.352 10.787 nan 0.551 1213 chr1 234790326 234796586 + 0 NA intron (NR_125944, intron 3 of 3) intron (NR_125944, intron 3 of 3) 11421 NR_125944 101927787 Hs.520658 NR_125944 ENSG00000228044 LOC101927787 - uncharacterized LOC101927787 ncRNA 1.586 1.524 2.107 1.312 1.528 0.280 5.586 0.352 1.079 0.762 1.399 3.498 0.030 0.096 0.367 0.694 0.452 0.052 2.092 2.817 0.482 0.067 0.545 0.317 1.114 4.163 3.148 0.211 1.478 3.944 0.410 2.127 0.352 2.480 3.168 0.728 0.091 0.017 0.106 1.718 0.188 9.234 2.949 1.464 5.041 1.652 8.053 15.346 1.843 4.511 2.810 4.770 0.694 0.991 4.723 1.114 1.298 1.914 0.357 2.555 0.436 2.890 0.047 0.249 3.943 1.233 1.241 0.687 0.800 0.619 1.267 0.731 1.121 nan 0.658 0.450 0.567 0.567 0.852 nan 1.150 0.653 0.591 0.205 0.237 0.581 0.657 0.427 0.775 nan 0.632 1093 chr1 211429922 211435166 + 0 NA promoter-TSS (NR_146434) promoter-TSS (NR_146434) -75 NM_001136224 55758 Hs.356399 NM_018254 ENSG00000117625 RCOR3 - REST corepressor 3 protein-coding 9.263 7.092 8.401 4.378 4.689 6.952 4.849 5.527 9.385 2.419 5.533 3.604 4.191 1.467 4.436 8.046 4.153 0.860 3.693 1.518 3.521 6.468 4.656 2.382 8.189 5.376 6.588 3.606 5.620 3.259 4.257 6.503 5.841 nan 1.672 10.582 2.303 6.918 0.146 1.327 4.323 4.606 5.024 2.022 3.630 3.503 4.016 6.942 5.355 3.719 5.754 3.426 8.046 3.717 3.061 8.189 2.881 2.175 2.164 4.052 4.620 3.753 2.552 4.108 3.006 3.415 2.057 7.215 9.394 10.147 13.442 14.713 12.912 nan 2.911 17.879 17.956 5.774 nan 10.312 13.360 7.612 9.279 3.058 5.495 8.389 6.332 8.308 10.827 3.673 1.797 9411 chr6 6657896 6666749 + 0 NA Intergenic Intergenic -39263 NR_026970 285780 Hs.655737 NM_173675 ENSG00000216863 LY86-AS1 LY86-AS|LY86AS LY86 antisense RNA 1 ncRNA 1.679 0.831 5.981 0.057 0.533 0.114 0.048 0.622 1.178 0.021 0.069 0.053 0.049 0.058 0.228 0.910 0.052 0.184 0.107 0.022 0.043 0.047 0.289 0.205 2.068 0.055 0.016 0.025 0.084 0.024 0.123 0.629 0.128 0.363 0.131 0.046 0.658 0.049 0.121 0.027 5.876 0.219 0.047 0.062 0.025 0.043 0.088 0.187 0.117 0.089 0.082 0.141 0.910 0.278 0.046 2.068 0.194 0.096 2.005 0.074 0.080 0.045 0.227 0.069 0.017 0.007 0.006 0.916 1.292 0.580 0.734 2.711 2.467 1.386 0.358 0.497 0.427 0.886 1.955 0.506 0.766 3.774 4.466 0.365 0.480 2.945 2.896 1.057 1.193 1.519 1.132 8061 chr3 178334379 178343748 + 0 NA intron (NM_001278911, intron 1 of 4) intron (NM_001278911, intron 1 of 4) 62575 NM_001278911 10242 Hs.478368 NM_005832 ENSG00000197584 KCNMB2 - potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 2 protein-coding 1.914 1.798 1.265 0.175 0.677 0.090 0.083 1.729 3.724 0.051 0.168 0.382 0.020 0.071 0.266 0.462 0.497 0.103 0.148 0.040 0.054 0.015 2.401 1.264 0.496 0.052 0.046 0.039 0.153 0.022 0.163 0.896 0.328 0.494 0.234 3.947 0.529 0.072 0.102 4.740 0.073 0.019 0.032 0.035 0.089 0.149 0.112 0.043 0.039 0.025 0.172 0.462 0.083 0.058 0.496 0.013 0.027 0.656 0.031 0.552 0.009 0.073 0.619 0.037 0.017 0.325 0.229 0.227 0.428 0.386 0.488 2.456 0.744 0.270 0.359 1.116 1.470 1.184 0.858 0.972 0.590 0.170 0.224 2.094 3.260 1.461 3.972 0.753 0.536 6955 chr20 35233272 35243999 + 0 NA intron (NM_001199534, intron 3 of 3) AluSq2|SINE|Alu 4498 NR_026562 55969 Hs.584985 NM_018840 ENSG00000101084 RAB5IF C20orf24|PNAS-11|RIP5 RAB5 interacting factor protein-coding 1.857 4.455 1.850 2.991 1.815 0.573 1.736 0.552 1.506 0.999 2.670 2.236 0.295 0.716 0.772 1.009 0.922 0.328 2.483 0.623 2.396 0.515 0.882 0.452 1.515 1.642 1.774 0.661 4.377 1.190 1.615 nan 2.137 3.158 0.818 2.996 0.133 0.777 0.103 0.719 0.540 1.498 1.484 0.775 2.191 1.975 3.546 1.769 1.466 1.513 1.346 1.859 1.009 2.860 1.099 1.515 1.685 0.788 0.407 2.106 0.976 1.617 0.422 0.443 1.110 0.350 0.241 2.821 2.931 2.607 4.197 1.583 nan 4.535 1.983 2.941 3.050 1.418 2.019 3.299 4.632 2.381 2.067 1.637 2.506 1.006 1.274 1.588 nan 1.296 0.678 11508 chr9 32336052 32351155 + 0 NA Intergenic Intergenic -40998 NM_001278352 48 Hs.567229 NM_002197 ENSG00000122729 ACO1 ACONS|HEL60|IREB1|IREBP|IREBP1|IRP1 aconitase 1 protein-coding 0.641 nan 0.790 0.037 0.122 0.019 0.113 0.085 0.333 0.083 0.055 0.012 0.007 0.074 0.262 0.073 0.053 0.093 0.025 0.021 0.018 0.070 0.197 0.099 0.115 0.019 0.034 0.057 0.007 0.092 0.164 0.140 0.467 0.020 0.050 0.019 0.021 0.103 0.016 0.161 0.086 0.020 0.021 0.079 0.035 0.096 0.180 0.065 0.038 0.016 0.066 0.262 0.057 0.006 0.099 0.016 0.012 0.027 0.026 3.207 0.091 0.015 0.011 0.024 2.666 2.562 2.520 0.798 0.329 0.490 1.201 0.288 9.701 9.883 0.865 1.234 0.156 0.162 0.325 0.189 6.228 8.040 0.150 0.244 0.216 0.501 0.798 1.040 8856 chr5 34912745 34918663 + 0 NA promoter-TSS (NM_018321) promoter-TSS (NM_018321) 27 NR_026591 5810 Hs.38114 NM_002853 ENSG00000113456 RAD1 HRAD1|REC1 RAD1 checkpoint DNA exonuclease protein-coding 3.160 3.434 5.653 2.589 8.519 0.919 3.244 1.191 3.034 1.599 2.698 2.494 0.816 0.892 1.516 2.523 4.205 0.545 7.207 2.530 3.172 1.985 2.660 1.806 4.190 1.889 1.744 1.266 4.697 1.764 4.989 8.668 5.244 6.563 2.025 3.098 0.436 2.744 0.152 2.180 0.863 2.692 6.583 3.217 2.177 2.220 4.542 1.197 1.967 2.843 2.478 1.631 2.523 6.592 4.289 4.190 2.558 3.061 1.166 6.604 2.946 3.534 2.046 1.063 1.220 1.992 1.274 4.672 4.132 4.870 7.075 5.275 4.981 4.817 1.992 7.560 8.101 7.441 9.185 6.804 8.584 7.677 8.019 4.458 8.175 3.746 4.354 3.306 3.550 3.937 2.126 624 chr1 117808729 117816450 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -25499 NR_126408 104355292 Hs.576446 NR_126408 ENSG00000235202 LINC01525 lnc-MAN1A2-1 long intergenic non-protein coding RNA 1525 ncRNA nan 0.956 0.856 0.736 0.144 0.050 0.158 0.062 0.290 1.041 0.030 0.041 1.448 0.077 0.136 0.223 0.146 0.209 0.588 0.198 0.032 0.041 0.064 0.046 0.046 0.027 0.021 0.039 0.434 0.178 0.867 6.461 0.427 0.170 0.069 0.024 0.084 0.159 0.047 0.135 0.131 0.038 0.020 0.074 1.021 0.841 0.095 0.084 0.112 1.118 0.223 1.559 0.024 0.046 0.171 0.834 0.051 0.120 0.052 0.092 0.310 0.081 0.007 0.341 0.257 0.680 3.709 0.296 nan 0.305 0.173 0.134 0.143 0.710 0.905 0.182 0.301 0.402 0.216 0.359 0.473 0.082 0.072 0.353 0.402 0.412 0.537 6323 chr2 113992038 114000683 + 0 NA intron (NR_047570, intron 2 of 2) MIRb|SINE|MIR 2514 NR_015377 654433 Hs.656660 NR_015377 ENSG00000189223 PAX8-AS1 - PAX8 antisense RNA 1 ncRNA 2.079 nan 1.917 6.002 1.028 0.128 4.211 0.513 0.977 0.836 3.513 3.157 0.035 0.103 2.114 0.940 0.166 1.728 1.490 3.372 0.561 0.055 0.157 2.438 3.235 2.733 0.572 5.024 1.723 0.223 0.660 1.506 nan 2.730 2.066 0.054 0.038 0.054 1.892 0.009 16.308 4.748 1.923 3.368 2.711 3.734 11.021 2.055 2.002 1.498 1.484 2.114 1.517 2.715 2.438 0.878 0.135 0.011 4.148 1.206 3.828 0.619 0.070 6.605 6.786 6.117 0.298 0.279 0.364 0.674 0.429 nan 2.430 0.815 3.650 3.825 0.877 1.316 1.882 2.901 0.379 0.320 1.394 2.676 0.199 0.302 0.318 0.364 0.888 0.566 371 chr1 49811310 49832743 + 0 NA intron (NR_136623, intron 2 of 12) intron (NR_136623, intron 2 of 12) 98943 NR_125988 101929721 Hs.639985 NR_125988 ENSG00000230114 LOC101929721 - uncharacterized LOC101929721 ncRNA nan 0.850 nan 3.373 0.127 0.039 0.093 0.076 0.277 0.005 0.083 0.025 0.067 0.061 0.108 0.088 0.094 0.127 0.118 0.026 0.014 0.026 0.104 0.149 0.251 0.010 0.021 0.060 0.356 0.971 0.320 0.318 0.129 0.053 0.050 0.132 0.176 0.235 0.062 0.017 0.011 0.036 0.033 0.086 0.176 0.038 0.036 0.044 0.140 0.088 0.060 0.030 0.251 0.143 0.217 0.139 0.024 0.032 0.011 0.087 0.166 0.058 0.013 0.017 0.473 0.411 0.399 0.443 0.424 0.600 0.083 0.031 0.315 0.303 0.247 nan nan 0.364 0.367 0.198 0.232 nan 0.063 0.087 0.394 1.283 0.445 0.461 6209 chr2 84175837 84184782 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -337497 NR_003663 388965 Hs.664098 NM_001013648 FUNDC2P2 - FUN14 domain containing 2 pseudogene 2 pseudo nan 0.491 nan 0.676 0.207 0.050 0.063 0.144 0.169 0.011 0.053 0.059 0.028 0.044 0.080 0.151 0.059 0.090 0.129 0.065 0.007 0.031 0.075 0.092 0.094 0.008 0.008 0.016 0.053 0.127 0.117 0.048 0.295 0.016 0.053 0.081 0.149 0.013 0.102 0.027 0.087 0.036 0.008 0.021 0.122 0.082 0.080 0.071 0.097 0.151 0.111 0.010 0.094 0.129 0.037 0.011 0.040 0.011 0.018 0.046 0.041 0.102 0.026 0.011 0.542 0.486 5.834 3.094 0.305 0.328 0.172 0.084 0.198 0.130 0.241 0.378 0.212 0.227 0.378 0.180 0.088 0.132 0.033 0.023 0.138 0.317 0.348 0.364 10120 chr7 1979751 1992671 + 0 NA intron (NM_001013836, intron 16 of 18) intron (NM_001013836, intron 16 of 18) -6025 NM_001304525 8379 Hs.654838 NM_003550 ENSG00000002822 MAD1L1 MAD1|PIG9|TP53I9|TXBP181 mitotic arrest deficient 1 like 1 protein-coding 1.358 1.041 1.365 0.223 1.187 1.161 0.751 0.139 0.339 0.022 0.152 1.614 0.010 0.148 0.355 0.734 0.296 0.038 0.171 0.206 0.034 0.064 0.220 0.207 0.555 0.107 0.085 0.134 0.100 0.158 0.156 nan 0.198 nan 0.342 0.281 0.088 0.163 0.102 0.282 0.198 1.001 0.302 0.160 0.008 0.242 0.082 2.137 0.158 0.419 0.012 0.077 0.734 0.510 0.170 0.555 0.194 0.070 0.098 0.228 2.528 0.880 0.077 0.162 0.694 0.407 0.266 0.544 0.793 0.233 nan 1.229 1.204 nan 0.526 0.695 0.804 0.384 0.789 nan 3.744 0.399 0.393 0.360 0.358 0.353 0.438 0.457 0.629 0.889 0.593 6967 chr20 36334752 36363796 + 0 NA intron (NM_030877, intron 1 of 15) L2b|LINE|L2 26917 NM_030877 56259 Hs.472667 NM_030877 ENSG00000132792 CTNNBL1 C20orf33|NAP|P14L|PP8304|dJ633O20.1 catenin beta like 1 protein-coding 1.457 1.323 1.412 0.204 0.180 0.048 0.111 0.211 0.450 0.109 0.108 0.724 0.019 0.031 0.312 0.406 0.171 0.111 0.248 0.065 0.048 0.072 0.109 0.140 0.185 0.066 0.057 0.053 0.086 0.022 0.121 nan 0.148 0.412 0.126 0.089 0.134 0.112 0.102 0.053 0.101 0.130 0.060 0.019 0.041 0.103 0.199 0.377 0.095 0.114 0.046 0.166 0.406 0.187 0.080 0.185 0.038 0.076 0.406 0.084 0.046 0.115 0.099 0.478 0.066 0.026 0.021 0.680 0.612 0.193 0.318 0.548 nan 0.507 0.302 0.312 0.341 1.040 1.450 0.438 0.535 2.390 2.377 0.284 0.453 0.295 0.200 0.996 nan 1.582 0.811 9209 chr5 139173908 139192477 + 0 NA intron (NM_032289, intron 1 of 14) MIRb|SINE|MIR 7786 NM_032289 84249 Hs.21963 NM_032289 ENSG00000146005 PSD2 EFA6C pleckstrin and Sec7 domain containing 2 protein-coding 0.905 0.536 nan 0.089 0.033 0.027 0.053 0.121 0.199 0.041 0.072 0.059 0.030 0.006 0.071 0.138 0.072 0.035 0.051 0.013 0.037 0.051 0.080 0.155 0.097 0.055 0.076 0.054 0.017 0.052 0.168 0.092 0.449 0.032 0.079 0.015 0.134 0.085 0.006 0.035 0.110 0.071 0.055 0.023 0.037 0.047 0.145 0.180 0.195 0.047 0.046 0.138 0.079 0.055 0.155 0.066 0.031 0.125 0.353 0.038 0.017 4.329 0.094 0.016 0.050 0.019 2.940 5.508 2.229 0.420 0.396 0.399 0.162 0.082 0.832 0.884 0.227 0.410 0.178 0.194 0.708 0.733 3.621 7.451 0.097 0.111 0.248 0.328 0.253 0.309 6872 chr20 19914297 19918978 + 0 NA intron (NM_001242581, intron 3 of 11) intron (NM_001242581, intron 3 of 11) 46427 NM_018993 54453 Hs.472270 NM_018993 ENSG00000132669 RIN2 MACS|RASSF4 Ras and Rab interactor 2 protein-coding 1.018 8.784 5.990 0.168 0.676 1.079 1.071 1.119 2.071 1.127 0.506 0.019 0.026 0.700 1.245 0.243 0.347 0.079 0.113 0.121 0.053 0.417 0.196 1.649 1.537 0.616 0.121 0.505 0.777 1.796 6.323 4.357 6.395 0.812 0.034 0.019 0.070 0.068 0.175 0.118 0.039 0.051 1.884 3.312 1.408 0.236 1.916 0.092 0.081 0.893 0.243 0.016 0.101 1.649 0.237 1.504 0.103 0.145 0.279 0.201 0.097 0.086 0.022 0.628 0.644 0.180 0.573 3.015 2.602 1.935 0.732 0.305 0.375 0.239 0.602 2.930 3.746 0.647 0.452 0.171 0.300 0.279 0.368 0.297 0.569 1.831 1.406 1041 chr1 203952301 203973517 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 47483 NR_027902 284573 Hs.406979 NR_027902 ENSG00000176754 LINC00303 C1orf157|NCRNA00303 long intergenic non-protein coding RNA 303 ncRNA 1.087 1.111 0.983 0.109 0.501 0.063 0.199 0.495 0.942 0.113 0.129 0.122 0.021 0.029 0.738 0.802 0.149 0.171 0.124 0.062 0.060 0.046 0.171 0.245 1.996 0.145 0.043 0.100 0.096 0.040 0.098 0.429 0.124 0.811 0.100 0.171 0.049 0.055 0.115 0.016 1.357 0.117 0.054 0.037 0.072 0.166 0.260 0.223 0.165 0.077 0.022 0.168 0.802 0.127 0.044 1.996 0.145 0.449 0.023 0.142 0.024 0.066 0.779 0.074 0.029 0.027 0.019 0.676 0.958 5.937 4.967 2.540 2.320 0.726 0.219 nan nan 0.272 0.418 0.848 0.834 0.321 0.171 0.872 1.202 0.250 0.288 0.302 0.657 0.543 0.536 7674 chr3 79185671 79239886 + 0 NA intron (NM_002941, intron 2 of 30) L1MB3|LINE|L1 -144169 NM_133631 6091 Hs.744218 NM_002941 ENSG00000169855 ROBO1 DUTT1|SAX3 roundabout guidance receptor 1 protein-coding 0.622 0.582 0.791 0.038 0.094 0.010 0.022 0.080 0.200 0.004 0.043 0.024 0.005 0.021 0.210 0.080 0.097 0.042 0.072 0.024 0.013 0.015 0.055 0.083 0.254 0.005 0.007 0.012 0.045 0.010 0.061 0.067 0.047 0.396 0.035 0.037 0.076 0.044 0.083 0.073 0.053 0.010 0.012 0.042 0.018 0.075 0.111 0.039 0.024 0.013 0.024 0.080 0.046 0.032 0.254 0.014 0.024 0.011 0.028 0.034 0.025 0.022 0.170 0.017 0.012 0.004 0.177 0.098 0.171 nan 0.672 0.783 0.092 0.047 0.124 0.114 5.013 5.172 0.345 0.371 0.621 0.366 0.057 0.107 0.165 0.150 0.349 nan 0.249 0.334 8421 chr4 73932949 73936981 + 0 NA intron (NM_001297733, intron 1 of 5) CpG 511 NM_173827 285521 Hs.356697 NM_173827 ENSG00000163626 COX18 COX18HS COX18, cytochrome c oxidase assembly factor protein-coding 5.729 2.180 3.298 3.463 6.584 2.088 2.846 1.794 3.730 0.827 3.396 2.719 0.476 0.917 3.995 3.268 2.287 0.158 2.351 1.015 2.003 0.790 1.630 0.750 4.452 1.801 1.467 1.070 4.135 1.894 3.653 3.664 2.967 4.064 1.641 3.213 0.544 2.224 0.102 1.557 2.634 3.554 1.884 0.926 2.278 1.104 2.028 2.982 1.494 2.277 2.428 1.890 3.268 2.976 4.263 4.452 1.273 1.948 0.410 3.746 2.953 1.877 1.673 1.751 1.150 0.743 0.469 8.105 9.115 6.920 9.139 7.488 6.008 10.421 5.066 17.038 17.598 3.232 4.031 11.178 20.131 7.876 9.661 2.892 4.497 5.734 5.328 5.791 5.132 4.136 2.329 6080 chr2 46389070 46400344 + 0 NA intron (NM_005400, intron 14 of 14) intron (NM_005400, intron 14 of 14) -129834 NM_001430 2034 Hs.468410 NM_001430 ENSG00000116016 EPAS1 ECYT4|HIF2A|HLF|MOP2|PASD2|bHLHe73 endothelial PAS domain protein 1 protein-coding 1.565 nan 1.437 0.413 0.520 0.346 4.172 0.156 0.294 1.070 1.503 0.270 0.638 0.027 0.275 0.805 0.729 0.114 1.559 0.756 0.577 0.041 0.083 0.095 0.181 2.784 2.187 0.378 0.737 1.233 1.225 5.297 1.173 1.142 2.270 0.186 0.009 0.056 0.096 1.324 0.034 1.790 0.256 0.131 1.104 1.509 1.945 0.345 1.157 0.078 0.186 1.643 0.805 2.251 1.666 0.181 1.201 3.791 0.395 0.848 0.235 1.553 0.053 0.233 1.888 0.089 0.075 0.299 0.146 0.263 0.576 nan 0.823 0.377 0.200 0.456 0.427 0.846 1.399 0.631 0.880 0.440 0.311 0.224 0.347 0.055 0.041 0.367 nan nan 0.493 1990 chr11 63632690 63647342 + 0 NA intron (NM_001039469, intron 1 of 18) intron (NM_001039469, intron 1 of 18) -15971 NM_017490 2011 Hs.567261 NM_004954 ENSG00000072518 MARK2 EMK-1|EMK1|PAR-1|Par-1b|Par1b microtubule affinity regulating kinase 2 protein-coding nan 1.122 0.934 0.300 0.289 0.933 0.695 0.209 0.349 0.716 0.516 0.180 3.798 0.225 0.510 0.745 0.283 0.159 0.864 0.355 0.117 0.095 0.171 0.169 0.385 0.756 0.480 0.234 0.291 0.238 0.939 4.327 1.463 2.494 0.214 1.082 0.063 0.156 0.143 0.242 0.103 0.282 0.112 0.075 0.319 0.354 1.202 0.237 1.296 0.287 0.189 0.491 0.745 0.885 0.714 0.385 0.395 0.950 0.055 0.186 0.104 0.446 0.151 0.150 0.492 0.016 0.014 1.165 1.769 0.532 0.877 1.173 1.245 0.726 0.400 0.857 0.922 1.100 1.743 1.349 1.926 0.364 0.363 0.601 0.679 0.320 0.302 0.298 0.649 0.779 0.521 10319 chr7 41065935 41072817 + 0 NA Intergenic L1MC2|LINE|L1 -49839 NR_110831 101928744 Hs.639767 NR_110831 ENSG00000232458 LINC01450 - long intergenic non-protein coding RNA 1450 ncRNA 0.962 0.916 nan 1.516 0.116 0.041 3.187 0.023 0.197 0.235 0.725 0.567 0.180 0.073 0.093 0.019 0.391 0.164 0.937 0.670 1.491 0.067 0.116 0.010 0.551 6.613 3.079 0.926 1.753 0.934 0.233 1.272 0.109 0.096 0.153 1.737 0.022 8.021 0.980 0.465 1.205 0.723 0.407 4.077 0.189 0.107 0.548 0.325 0.019 2.488 0.041 0.114 0.591 0.028 0.867 0.251 0.538 0.014 0.081 1.492 4.837 5.799 0.465 0.172 1.410 6.206 0.119 0.245 0.144 0.063 0.386 0.408 0.114 0.307 0.196 0.146 0.445 0.190 0.150 0.154 0.062 0.242 0.170 0.396 0.176 0.209 3254 chr13 94699631 94719274 + 0 NA intron (NM_005708, intron 4 of 8) intron (NM_005708, intron 4 of 8) 130793 NR_046535 100873972 Hs.670344 NR_046535 ENSG00000236520 GPC6-AS1 - GPC6 antisense RNA 1 ncRNA 1.270 1.301 1.115 0.032 0.080 0.173 0.040 0.161 0.254 0.119 0.047 0.013 0.005 0.135 0.411 0.132 0.049 0.136 0.039 0.022 0.014 0.080 0.092 0.140 0.035 0.015 0.007 0.042 0.010 0.095 0.113 0.025 0.404 0.043 0.044 0.063 0.033 0.067 0.012 0.187 0.129 0.025 0.008 0.034 0.035 0.098 0.066 0.029 0.033 0.036 0.031 0.411 0.062 0.005 0.140 0.013 0.025 0.020 0.027 0.052 0.045 0.056 1.643 0.027 0.006 0.016 0.552 0.324 0.605 1.145 0.384 0.469 0.558 0.221 0.147 0.109 0.218 0.296 0.467 0.429 0.519 0.243 0.209 0.331 0.187 0.239 2.059 6.269 0.205 0.190 7699 chr3 99613935 99630890 + 0 NA intron (NR_031662, intron 1 of 4) intron (NR_031662, intron 1 of 4) -27365 NM_001282793 11259 Hs.104672 NM_014890 ENSG00000168386 FILIP1L DOC-1|DOC1|GIP130|GIP90 filamin A interacting protein 1 like protein-coding 1.134 1.169 0.849 1.300 0.169 0.105 1.081 0.228 0.434 0.169 0.599 0.763 1.755 0.053 0.099 0.880 1.278 0.162 1.988 0.910 0.048 0.017 0.205 0.146 0.282 0.360 0.137 0.537 2.531 1.275 0.345 0.761 1.396 0.511 1.058 0.199 0.180 0.695 0.107 0.680 0.037 1.177 0.338 0.271 1.211 0.158 3.138 1.582 0.369 0.340 0.306 0.749 0.880 1.194 0.893 0.282 0.431 0.611 0.047 0.468 0.060 0.970 0.047 0.242 0.486 0.248 0.131 0.240 0.196 1.156 2.598 0.317 0.476 1.265 0.591 0.345 0.317 1.626 2.377 0.289 0.259 0.714 0.328 0.101 0.234 0.933 0.991 0.678 1.600 0.791 0.641 5235 chr18 30339251 30356979 + 0 NA intron (NM_020805, intron 2 of 8) intron (NM_020805, intron 2 of 8) 4859 NM_020805 57565 Hs.446164 NM_020805 ENSG00000197705 KLHL14 - kelch like family member 14 protein-coding nan 1.149 0.987 0.117 0.863 0.377 0.024 1.120 2.107 0.016 0.079 0.021 0.017 0.040 0.216 2.128 0.092 0.036 0.053 0.011 0.003 0.023 1.233 0.893 4.600 0.008 0.008 0.008 0.042 0.012 0.140 0.320 0.056 6.163 0.017 0.049 3.304 0.055 0.045 0.027 0.918 0.104 0.078 0.079 0.024 0.033 0.137 0.073 0.709 0.085 0.030 2.128 0.040 0.011 4.600 0.106 0.471 0.035 0.022 0.924 0.069 0.013 0.003 0.012 0.893 1.177 2.900 1.541 7.116 5.697 2.757 1.171 0.633 0.656 0.122 0.151 nan 2.257 0.412 0.286 0.704 1.667 7.706 7.698 0.222 0.537 5.620 3.108 2109 chr11 75264325 75277991 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1943 NM_001207014 871 Hs.596449 NM_001235 ENSG00000149257 SERPINH1 AsTP3|CBP1|CBP2|HSP47|OI10|PIG14|PPROM|RA-A47|SERPINH2|gp46 serpin family H member 1 protein-coding nan 1.165 1.158 1.010 1.025 2.226 2.427 0.598 1.214 1.017 3.903 4.631 0.671 0.643 0.304 1.546 2.670 0.307 1.243 0.431 2.855 0.498 0.105 0.084 1.164 3.279 3.138 1.952 1.415 1.147 2.192 nan 3.226 2.541 1.213 1.677 0.049 3.826 0.142 1.703 0.441 5.929 2.648 1.115 2.885 0.495 1.918 2.128 2.787 2.666 2.645 1.593 1.546 1.134 3.095 1.164 0.331 0.975 0.261 5.865 2.268 3.263 0.232 0.303 2.794 1.064 0.646 1.201 1.926 1.325 2.487 1.931 2.021 2.014 0.663 2.784 3.341 1.144 1.714 1.808 1.909 1.302 1.034 1.178 1.667 0.428 0.584 0.407 0.932 1.207 0.840 9022 chr5 76924334 76942350 + 0 NA intron (NM_032109, intron 1 of 2) CpG-20821 1180 NM_032109 23440 Hs.202247 NM_032109 ENSG00000171540 OTP - orthopedia homeobox protein-coding 1.386 nan 0.561 0.448 0.623 0.710 0.075 0.365 0.716 0.128 0.077 0.067 0.193 0.012 11.379 0.483 0.165 0.126 0.341 0.074 0.065 0.038 0.147 0.137 0.511 0.180 0.152 0.242 0.060 0.128 0.170 0.309 0.070 0.861 0.024 0.111 0.126 0.836 0.132 0.085 0.282 0.123 0.094 0.048 0.018 0.034 0.075 0.288 0.639 1.118 0.044 0.034 0.483 0.591 0.265 0.511 0.251 0.111 0.076 0.981 0.491 0.029 0.107 0.089 0.012 0.099 0.051 0.326 0.310 0.250 0.253 2.171 1.504 nan 0.603 0.379 0.427 0.278 nan 1.583 2.295 1.852 1.314 0.317 0.607 0.724 0.485 0.219 0.504 0.299 0.274 6544 chr2 190238480 190246894 + 0 NA Intergenic Intergenic -63472 NM_001303096 84128 Hs.399984 NM_032168 ENSG00000115368 WDR75 NET16|UTP17 WD repeat domain 75 protein-coding 0.835 nan 0.677 0.204 0.062 0.007 0.127 0.076 0.284 1.201 0.246 0.394 3.658 0.067 0.042 0.073 0.974 0.134 0.175 0.099 3.400 0.709 0.037 0.186 0.043 0.126 0.052 0.862 0.098 0.264 0.048 0.185 0.654 0.299 0.284 2.117 0.011 2.651 0.089 0.169 0.010 2.151 0.136 0.065 0.129 0.119 0.337 0.063 0.277 0.034 0.028 0.111 0.073 0.108 0.077 0.043 0.132 0.188 0.528 0.096 0.311 0.023 0.058 0.317 0.096 0.024 1.102 0.658 1.009 3.472 0.133 0.193 0.220 0.103 0.519 0.581 0.478 0.676 0.232 0.281 0.304 0.200 0.150 0.220 0.026 0.048 0.287 0.506 0.321 0.267 5133 chr18 7869227 7878832 + 0 NA intron (NM_001105244, intron 2 of 32) intron (NM_001105244, intron 2 of 32) 306715 NM_001105244 5797 Hs.49774 NM_002845 ENSG00000173482 PTPRM PTPRL1|R-PTP-MU|RPTPM|RPTPU|hR-PTPu protein tyrosine phosphatase, receptor type M protein-coding 0.758 0.740 0.671 0.366 0.073 0.046 0.155 0.200 0.389 1.104 0.073 0.094 0.013 0.575 0.204 0.080 0.047 0.101 0.129 0.138 2.218 0.014 0.175 0.115 0.149 1.031 0.497 0.023 0.598 0.898 0.938 1.838 0.661 nan 0.076 5.339 0.040 0.022 0.136 0.099 0.066 0.200 0.050 0.065 0.328 0.151 1.578 0.118 2.914 0.045 3.726 5.341 0.080 0.187 0.048 0.149 3.366 2.367 0.060 0.061 0.094 0.238 0.010 0.090 0.127 0.007 0.005 0.458 0.293 0.134 0.371 0.420 0.488 nan 0.608 0.260 0.299 0.124 nan 0.817 0.792 nan 0.173 0.133 0.139 0.272 0.319 0.244 nan nan 0.758 3539 chr14 50521873 50535890 + 0 NA intron (NR_131171, intron 2 of 8) intron (NR_131171, intron 2 of 8) 42880 NR_131171 196913 Hs.406934 NM_001014830 LINC01599 C14orf183 long intergenic non-protein coding RNA 1599 ncRNA nan nan 0.902 1.251 0.231 0.076 1.566 0.126 0.463 0.388 0.958 3.121 0.010 0.419 0.191 1.287 1.071 0.206 1.944 0.836 0.336 0.056 0.324 0.165 0.345 5.701 5.249 0.200 0.538 1.310 1.526 5.549 1.856 0.834 1.658 2.012 0.374 0.077 0.112 2.820 0.073 2.360 0.563 0.245 1.909 0.791 2.745 4.537 1.627 0.820 0.827 2.097 1.287 1.427 0.979 0.345 1.213 0.227 0.063 0.996 2.312 3.077 0.049 0.260 2.761 0.505 0.415 0.381 0.272 0.386 0.957 0.421 0.511 1.815 0.657 0.337 0.307 0.307 0.605 0.665 0.772 0.715 0.641 0.265 0.316 1.595 2.219 0.429 1.046 nan 1.053 6311 chr2 112239678 112263265 + 0 NA intron (NR_024373, intron 1 of 1) intron (NR_024373, intron 1 of 1) 1267 NR_136164 541471 Hs.560805 NR_015395 ENSG00000172965 MIR4435-2HG AGD2|LINC00978|MIR4435-1HG|MORRBID|lncRNA-AWPPH MIR4435-2 host gene ncRNA 0.832 nan 0.709 2.848 0.204 0.324 3.484 0.102 0.336 0.939 2.968 3.584 0.291 0.097 0.076 0.655 1.614 0.184 2.053 1.127 2.638 1.247 0.248 0.137 0.279 2.401 2.818 0.825 2.732 1.391 1.202 2.389 1.546 nan 1.792 2.352 0.033 1.598 0.105 1.498 0.050 4.153 3.927 1.592 1.805 1.830 2.009 4.355 1.403 2.667 0.786 1.395 0.655 2.725 2.637 0.279 1.102 0.479 0.107 1.947 0.709 1.677 0.143 0.068 4.565 3.745 3.687 0.602 0.491 0.822 2.266 0.414 nan 0.508 0.090 2.079 1.967 0.393 0.710 0.623 0.509 0.329 0.197 0.412 0.424 0.258 0.466 0.171 0.251 0.251 0.336 6205 chr2 77736006 77751226 + 0 NA TTS (NM_024993) TTS (NM_024993) 5943 NM_001282928 80059 Hs.285782 NM_024993 ENSG00000176204 LRRTM4 - leucine rich repeat transmembrane neuronal 4 protein-coding nan nan 0.560 0.034 0.113 5.955 0.177 0.084 0.150 0.006 0.110 0.146 0.008 0.020 0.030 0.243 0.062 0.042 0.356 0.075 0.058 0.009 0.052 0.099 0.095 0.009 0.005 0.396 0.089 0.041 0.248 0.617 0.083 0.607 0.058 0.711 0.013 0.056 0.161 0.023 0.059 0.030 0.008 0.036 0.093 0.031 0.089 0.125 0.048 0.019 0.031 0.026 0.243 0.066 0.024 0.095 0.064 0.043 0.019 0.076 0.033 0.021 0.007 0.008 0.219 0.011 0.017 0.339 0.173 0.205 0.330 0.385 0.490 0.462 0.149 0.249 0.237 0.131 0.266 0.360 0.419 0.404 0.171 0.057 0.221 0.041 0.039 0.211 0.286 nan 0.417 345 chr1 44870109 44891813 + 0 NA intron (NM_018150, intron 2 of 14) intron (NM_018150, intron 2 of 14) -8535 NM_001319957 55182 Hs.456557 NM_018150 ENSG00000187147 RNF220 C1orf164 ring finger protein 220 protein-coding nan 0.631 nan 0.109 0.345 0.075 1.180 0.147 0.249 0.013 0.220 1.004 0.017 0.064 0.291 0.724 1.059 0.199 0.139 0.061 0.055 0.032 0.300 0.287 0.039 0.134 0.097 0.282 0.159 0.042 0.189 0.502 0.143 0.671 0.111 0.443 0.263 0.115 0.105 0.141 0.311 0.225 0.075 0.054 0.201 0.141 0.213 0.282 0.214 0.111 0.102 0.068 0.724 0.073 0.567 0.039 0.090 0.080 0.081 0.553 0.253 0.240 11.568 0.301 0.354 0.190 0.083 1.060 1.737 0.239 0.465 0.912 0.882 1.546 0.375 0.366 0.405 0.268 nan nan 1.791 1.467 1.221 7.226 nan 0.758 0.735 0.807 1.843 0.629 0.623 3323 chr13 107122734 107127030 + 0 NA Intergenic Intergenic 62506 NM_004093 1948 Hs.149239 NM_004093 ENSG00000125266 EFNB2 EPLG5|HTKL|Htk-L|LERK5 ephrin B2 protein-coding 0.936 0.903 0.777 0.786 0.182 0.030 3.148 0.111 0.372 0.043 0.942 0.730 0.130 0.024 0.104 1.215 0.066 3.498 4.317 0.015 0.036 0.038 0.141 1.322 0.891 0.981 3.308 0.698 3.283 0.641 0.581 0.957 0.261 0.022 0.102 0.119 1.205 0.055 2.167 0.533 0.381 1.370 1.142 0.870 1.140 0.171 0.866 0.036 0.061 1.215 3.120 0.622 0.141 0.940 0.213 0.069 0.338 0.143 0.921 0.109 0.200 2.192 0.308 0.213 0.693 0.586 0.344 0.949 0.396 0.406 0.229 0.028 0.275 0.230 0.098 nan 0.440 0.574 0.364 0.228 0.187 0.428 0.232 0.164 0.356 nan 0.177 0.167 9449 chr6 14435653 14455192 + 0 NA Intergenic Intergenic -159737 NR_108096 102216342 Hs.563409 NR_108096 ENSG00000226673 LINC01108 LncRNA-ES1 long intergenic non-protein coding RNA 1108 ncRNA 1.517 nan 1.112 0.066 0.786 0.094 0.111 0.430 0.810 0.015 0.121 0.202 0.010 0.051 0.892 1.943 0.482 0.098 0.124 0.060 0.068 0.021 0.332 0.241 3.496 0.117 0.030 0.019 0.068 0.022 0.103 0.548 0.092 0.580 0.046 0.115 0.453 0.033 0.082 0.024 0.251 0.118 0.037 0.047 0.045 0.058 0.106 0.128 0.092 0.080 0.008 0.076 1.943 0.120 0.080 3.496 0.050 0.060 0.570 0.060 0.057 0.094 1.033 0.770 0.047 0.259 0.256 0.607 0.796 0.572 0.465 1.079 1.307 1.869 0.635 0.482 0.543 0.681 0.846 1.318 1.163 1.117 0.966 0.875 1.139 2.069 2.428 0.625 1.917 0.845 0.543 613 chr1 116794650 116817902 + 0 NA Intergenic LTR56|LTR|ERV1 -109519 NM_000701 476 Hs.371889 NM_000701 ENSG00000163399 ATP1A1 - ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 1 protein-coding nan 1.016 1.499 0.068 0.336 1.460 0.059 0.193 0.378 0.020 0.071 0.086 0.072 0.199 0.161 0.288 0.122 0.051 0.078 0.042 0.040 0.017 0.033 0.082 0.790 0.068 0.034 0.031 0.050 0.022 0.052 0.445 0.196 0.448 0.069 0.129 0.041 0.075 0.107 0.084 3.141 0.155 0.018 0.010 0.042 0.056 0.525 0.191 0.074 0.053 0.087 0.475 0.288 0.119 0.068 0.790 0.127 0.036 1.034 0.122 0.188 0.034 0.257 0.577 0.023 0.020 0.020 0.540 0.563 0.480 1.121 0.860 nan 0.369 0.158 0.433 0.356 0.472 0.770 1.434 1.000 2.722 2.942 0.698 0.844 0.232 0.186 1.420 4.387 0.721 0.567 9184 chr5 133886355 133892894 + 0 NA intron (NM_001308143, intron 4 of 11) intron (NM_001308143, intron 4 of 11) 27826 NM_015288 23338 Hs.732155 NM_015288 ENSG00000043143 JADE2 JADE-2|PHF15 jade family PHD finger 2 protein-coding 1.491 0.737 nan 1.705 0.081 0.271 3.333 0.099 0.370 0.087 2.377 2.919 0.312 0.120 0.285 0.484 1.215 0.098 1.329 1.018 3.585 0.170 0.192 0.076 0.178 0.405 0.252 3.236 0.214 0.242 0.161 0.391 0.097 1.586 0.201 1.912 0.058 0.414 0.078 0.395 0.061 3.903 7.754 2.834 0.798 0.261 0.237 0.492 2.087 4.315 0.085 0.204 0.484 0.336 2.313 0.178 0.197 0.581 0.295 2.579 0.327 0.798 0.378 0.227 1.621 6.448 4.411 1.335 1.814 1.182 0.738 0.373 0.308 0.601 0.121 0.691 0.783 1.953 2.676 0.927 0.857 1.518 1.556 0.692 0.984 0.422 0.679 0.474 0.864 0.603 0.397 5141 chr18 8682962 8691120 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 20578 NR_120598 100287082 Hs.439434 NR_120598 ENSG00000265962 GACAT2 MTCL1-AS1|MTCL1AS1 gastric cancer associated transcript 2 (non-protein coding) ncRNA 4.273 2.671 3.408 0.149 0.874 11.397 0.495 1.261 2.916 0.405 0.169 0.068 0.046 0.075 1.014 4.735 0.321 0.118 0.416 0.069 0.007 0.520 0.349 0.496 0.289 0.141 0.099 0.133 0.078 0.050 0.346 0.156 nan 0.466 0.089 3.620 0.040 0.139 0.116 0.872 0.205 0.074 0.029 0.054 0.103 0.095 0.292 0.235 0.170 0.029 0.146 4.735 0.171 0.229 0.496 0.116 0.041 3.131 0.122 0.450 0.183 0.846 0.169 0.028 0.026 0.025 0.603 0.729 0.466 0.477 1.296 1.682 nan 1.477 0.335 0.366 4.079 nan 1.357 1.958 nan 8.263 0.431 0.790 9.931 9.244 0.251 nan nan 1.983 7970 chr3 166827336 166830398 + 0 NA Intergenic Intergenic 212396 NR_135545 105374194 NR_135545 LOC105374194 inv3q26.1 uncharacterized LOC105374194 ncRNA 1.291 1.638 0.766 0.171 0.218 0.159 0.328 0.025 0.057 2.281 0.147 0.260 0.035 0.062 0.021 0.045 0.254 0.184 0.154 0.130 0.026 0.080 0.158 0.518 0.170 0.069 0.063 0.044 0.038 0.026 0.020 0.013 0.036 0.047 0.094 0.198 0.115 0.077 2.281 0.118 0.031 0.154 0.001 0.064 0.067 0.032 0.200 0.324 0.246 0.277 0.342 0.534 0.432 16.672 15.895 0.211 0.138 0.740 1.615 nan 0.432 nan 0.298 0.137 0.248 0.272 0.301 0.465 0.789 0.483 0.606 5181 chr18 19242841 19255558 + 0 NA intron (NM_138340, intron 4 of 8) intron (NM_138340, intron 4 of 8) -5024 NM_001308257 171586 Hs.397978 NM_138340 ENSG00000158201 ABHD3 LABH3 abhydrolase domain containing 3 protein-coding 1.072 1.046 1.241 0.454 0.188 0.136 1.571 0.176 0.290 0.256 0.325 1.003 0.039 0.335 0.069 1.113 0.204 0.076 1.168 0.929 0.160 0.011 0.195 0.207 0.207 1.503 1.330 0.069 1.047 0.749 0.411 1.284 0.612 0.306 0.310 0.266 0.055 0.060 0.060 0.204 0.382 0.442 0.275 0.164 1.607 1.843 1.152 0.463 0.884 0.531 2.498 2.410 1.113 0.822 0.478 0.207 0.886 0.235 0.069 0.113 0.055 1.559 0.094 0.193 0.072 0.086 0.068 0.559 0.625 0.427 0.866 0.533 0.645 1.516 0.472 0.452 0.513 0.359 0.476 0.439 0.484 0.705 0.454 0.162 0.202 0.372 0.878 0.300 0.658 0.819 0.696 10362 chr7 54607432 54625608 + 0 NA intron (NM_182546, intron 3 of 4) intron (NM_182546, intron 3 of 4) 2663 NR_133927 222008 Hs.335933 NM_182546 ENSG00000170419 VSTM2A VSTM2 V-set and transmembrane domain containing 2A protein-coding nan 1.194 0.754 0.111 0.150 4.908 0.027 0.142 0.177 0.021 0.098 0.047 0.017 0.766 0.034 1.005 0.098 0.088 0.059 0.031 0.017 0.053 0.066 0.201 0.200 0.011 0.036 0.049 0.109 0.350 1.641 0.487 2.859 0.040 0.175 0.383 0.096 0.140 0.013 0.183 0.088 0.020 0.021 0.040 0.158 0.202 0.115 0.045 0.056 0.039 0.169 1.005 0.032 0.041 0.200 0.154 0.122 0.147 2.303 0.073 0.016 0.144 0.013 0.022 0.006 0.313 0.227 0.428 0.536 2.722 2.060 0.123 0.067 0.054 0.055 0.185 0.309 2.130 2.520 0.553 0.509 0.113 0.136 1.658 1.028 0.201 0.423 1.815 1.011 6841 chr20 11185221 11218936 + 0 NA Intergenic Intergenic 51953 NR_038972 339593 Hs.434320 NR_038972 LOC339593 - uncharacterized LOC339593 ncRNA 0.600 nan 0.614 0.640 0.138 0.028 0.433 0.205 0.352 0.102 0.258 0.101 0.160 0.103 0.300 2.110 0.234 0.281 0.381 0.028 0.016 0.129 0.166 0.142 0.179 0.075 0.064 0.083 0.222 0.089 0.240 0.205 0.325 0.520 0.218 0.020 2.353 0.098 0.254 0.035 1.412 0.065 0.056 0.265 0.134 0.135 0.208 0.439 0.214 0.213 0.051 0.300 0.123 0.244 0.142 0.196 0.074 0.092 0.409 0.056 0.455 0.036 0.033 0.744 0.041 0.015 0.629 0.322 0.564 1.807 0.475 0.548 0.743 0.244 0.213 0.259 0.771 1.116 0.538 0.503 0.477 0.217 0.211 0.245 0.137 0.182 0.170 0.258 0.642 0.611 952 chr1 185372661 185383145 + 0 NA Intergenic Intergenic -73732 NR_038424 100288079 Hs.131220 NR_038424 ENSG00000261024 GS1-279B7.1 - microtubule associated protein 1 light chain 3 beta pseudogene pseudo nan nan 0.894 0.208 0.150 0.059 0.115 0.122 0.318 0.161 0.104 0.137 0.018 0.057 0.165 0.438 0.307 0.218 0.180 0.074 0.084 0.040 0.136 0.133 0.194 0.112 0.083 0.112 0.143 0.020 0.115 0.739 0.115 0.740 0.461 0.145 0.009 0.675 0.112 0.091 0.091 0.098 0.087 0.045 0.198 0.052 0.091 0.186 0.128 0.103 0.030 0.322 0.438 0.094 0.088 0.194 0.116 0.052 0.046 0.182 0.055 0.030 0.584 0.070 0.087 0.038 0.038 1.043 0.974 3.754 9.489 0.432 nan 0.638 0.242 nan 0.491 0.521 0.658 0.252 0.349 0.367 0.191 1.235 1.856 0.079 0.076 0.268 nan 0.520 0.628 2691 chr12 54068548 54073564 + 0 NA promoter-TSS (NM_001002031) promoter-TSS (NM_001002031) -544 NM_001002031 517 Hs.524464 NM_005176 ENSG00000135390 ATP5MC2 ATP5A|ATP5G2 ATP synthase membrane subunit c locus 2 protein-coding nan 2.044 2.121 1.228 1.928 0.692 1.909 4.735 8.092 0.914 2.506 4.484 1.684 1.604 5.085 1.891 0.930 0.162 1.514 0.301 2.293 1.188 1.027 0.775 4.131 1.435 1.709 1.357 1.873 1.350 2.165 4.549 1.037 5.592 0.701 3.241 0.839 1.276 0.146 0.988 0.743 1.312 2.850 1.135 1.725 0.823 1.360 1.755 3.278 2.325 1.779 2.171 1.891 0.830 3.003 4.131 1.701 1.964 2.181 3.063 5.832 1.547 1.096 5.361 1.138 1.148 0.791 nan 3.405 3.524 4.892 6.702 nan 10.739 4.587 7.514 8.542 4.378 nan 5.497 nan 10.841 10.430 2.903 3.800 5.024 5.124 7.783 10.718 3.410 1.844 6758 chr2 238363623 238422223 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 -2130 NM_001281474 79083 Hs.102406 NM_024101 ENSG00000115648 MLPH SLAC2-A melanophilin protein-coding 0.815 nan 0.970 0.378 0.681 0.113 4.846 0.419 0.730 0.142 0.750 1.511 0.049 0.624 0.246 0.457 0.313 0.066 2.174 1.158 0.228 0.061 0.231 0.115 0.322 2.474 2.189 0.107 1.414 1.024 2.465 5.258 2.805 1.220 1.463 1.991 0.142 0.140 0.115 1.539 0.104 1.038 0.605 0.312 0.486 1.428 2.584 2.287 3.438 0.213 3.288 3.007 0.457 1.763 2.225 0.322 0.895 3.027 0.070 0.447 0.965 1.269 0.046 0.061 2.973 2.601 2.801 0.356 0.299 0.390 0.780 0.566 0.598 2.311 0.775 0.241 0.277 0.226 0.392 1.313 nan 0.588 0.457 0.239 0.280 0.769 0.920 0.220 0.302 0.791 0.537 4804 chr17 43053157 43101863 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -31866 NM_006688 10882 Hs.134012 NM_006688 ENSG00000131094 C1QL1 C1QRF|C1QTNF14|CRF complement C1q like 1 protein-coding 1.731 1.217 nan 0.207 0.376 0.196 0.409 0.403 0.708 0.096 0.379 0.204 0.033 0.132 0.242 0.370 0.196 0.122 0.226 0.113 0.077 0.034 0.481 0.291 0.202 0.252 0.128 0.133 0.211 0.095 0.296 nan 0.242 0.630 0.087 0.241 0.203 0.151 0.126 0.155 0.074 0.207 0.078 0.066 0.169 0.115 0.138 0.285 0.639 0.362 0.786 0.293 0.370 0.195 0.161 0.202 0.119 0.156 0.818 0.536 1.398 0.152 0.101 0.734 0.108 0.037 0.016 0.485 0.596 0.490 0.819 0.680 nan 2.256 0.586 0.782 0.855 0.747 1.162 4.002 nan 1.778 1.609 0.443 0.524 0.816 0.900 1.138 2.841 1.514 0.892 4498 chr16 86750490 86757605 + 0 NA TTS (NR_135181) TTS (NR_135181) 1518 NR_135181 101928614 Hs.399823 NR_135181 ENSG00000260026 LINC02189 - long intergenic non-protein coding RNA 2189 ncRNA nan 0.362 0.341 0.264 0.025 0.015 0.156 0.067 0.111 0.027 0.044 0.286 0.068 0.012 0.143 0.050 0.053 0.060 0.065 0.020 0.045 0.070 0.084 0.174 0.010 0.020 0.057 0.067 0.134 0.070 0.155 0.071 0.054 0.078 0.065 0.083 0.011 0.840 0.586 0.132 0.077 0.086 0.269 0.126 0.170 0.186 6.959 0.112 0.143 0.050 0.368 0.084 0.293 0.081 0.042 0.041 0.014 0.022 0.014 0.034 0.213 0.008 0.192 0.053 0.052 0.032 0.169 0.163 0.056 0.052 0.087 0.124 0.073 0.121 0.096 0.130 0.235 0.085 0.057 0.083 0.029 0.028 0.123 0.097 0.157 0.264 1071 chr1 206857791 206888172 + 0 NA intron (NM_032960, intron 1 of 9) intron (NM_032960, intron 1 of 9) 14616 NM_004759 9261 Hs.643566 NM_004759 ENSG00000162889 MAPKAPK2 MAPKAP-K2|MK-2|MK2 mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase 2 protein-coding 2.116 1.339 6.784 0.704 1.900 0.736 0.759 0.997 1.733 0.179 0.947 1.008 0.075 0.158 1.880 1.870 0.984 0.143 0.627 0.147 0.158 0.127 0.939 0.373 3.076 0.821 0.558 0.419 0.662 0.250 0.502 1.287 0.840 1.976 0.303 0.566 0.299 0.258 0.104 0.175 1.567 0.253 0.370 0.277 0.461 0.487 0.568 0.688 1.214 0.341 1.154 0.916 1.870 1.231 0.426 3.076 0.194 0.574 0.444 0.531 0.714 0.421 0.055 0.695 0.306 0.260 0.150 1.132 1.607 1.322 2.148 6.798 5.863 3.510 0.950 nan nan 1.543 2.319 2.247 2.625 1.494 1.724 0.329 0.393 1.504 1.811 1.006 2.113 2.067 1.190 3058 chr12 132567271 132570100 + 0 NA promoter-TSS (NR_003290) promoter-TSS (NR_003290) -143 NR_003290 347918 Hs.122115 NM_182613 ENSG00000185684 EP400P1 EP400NL EP400 pseudogene 1 pseudo 3.442 2.378 2.398 3.764 3.163 1.746 1.217 1.312 1.934 0.745 2.239 1.717 0.307 1.053 3.144 1.527 1.349 0.225 2.262 0.133 1.175 1.323 1.673 0.964 2.635 1.107 1.304 2.508 2.048 0.586 1.307 3.450 1.149 4.370 0.414 2.118 0.567 2.565 0.058 0.688 13.715 1.652 2.861 1.416 0.643 0.673 1.713 0.771 2.175 3.300 1.710 0.726 1.527 3.470 3.049 2.635 1.346 0.944 0.688 4.995 2.891 1.188 0.835 0.546 0.700 1.098 0.647 3.125 2.460 2.445 3.212 3.774 3.267 3.469 1.368 8.515 8.195 2.535 3.689 nan 10.336 4.883 4.570 2.277 3.224 2.898 3.625 5.977 4.298 3.056 1.903 9636 chr6 40979738 40997259 + 0 NA intron (NR_110873, intron 1 of 5) intron (NR_110873, intron 1 of 5) 2521 NR_110873 101929555 Hs.552555 NR_110873 LOC101929555 - uncharacterized LOC101929555 ncRNA 1.505 1.678 2.238 0.057 0.599 1.282 1.104 0.393 0.705 0.016 0.292 0.226 0.039 0.446 0.081 0.769 0.140 0.157 0.286 0.259 0.371 0.032 0.169 0.146 0.443 0.893 0.451 0.033 0.262 0.199 0.270 0.801 2.032 0.452 0.399 0.581 0.261 0.080 0.106 0.377 0.226 0.165 0.065 0.053 0.206 0.118 0.126 0.268 0.534 0.106 2.084 0.242 0.769 0.611 2.364 0.443 0.049 0.127 0.155 0.463 0.619 0.786 0.175 0.184 0.408 0.108 0.035 0.649 0.649 0.301 0.524 1.300 1.434 2.325 0.796 2.485 2.743 0.371 0.692 3.337 nan 0.579 0.326 0.538 0.844 0.878 1.102 0.344 0.570 1.250 0.818 4331 chr16 31083301 31086975 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172668) promoter-TSS (NM_001172668) -315 NM_001172668 79759 Hs.102928 NM_024706 ENSG00000167394 ZNF668 - zinc finger protein 668 protein-coding 9.051 4.012 6.546 6.210 8.275 4.922 3.430 3.315 6.044 1.977 9.845 3.434 1.436 8.435 3.854 4.963 3.531 0.393 3.888 1.542 6.524 2.188 2.544 0.914 7.765 3.997 3.863 3.566 5.072 1.124 5.410 7.961 5.285 19.456 2.006 7.348 1.767 5.238 0.102 2.283 3.096 6.888 4.786 2.194 4.010 3.422 7.366 5.478 6.457 6.139 4.956 5.296 4.963 4.905 6.251 7.765 2.604 0.871 2.808 8.646 6.134 5.129 2.858 1.918 3.224 3.310 2.312 5.978 7.515 8.489 11.920 9.946 8.618 16.280 5.215 11.476 11.815 6.210 8.559 14.832 16.880 8.843 10.036 3.628 7.848 9.868 10.963 4.232 5.892 5.509 2.608 10569 chr7 102511378 102517671 + 0 NA intron (NM_145032, intron 16 of 19) intron (NM_145032, intron 16 of 19) -38820 NM_005824 10234 Hs.567412 NM_005824 ENSG00000128606 LRRC17 P37NB leucine rich repeat containing 17 protein-coding nan 0.632 0.742 4.708 0.139 6.569 0.128 0.312 0.272 1.465 5.357 0.050 0.064 0.143 0.386 1.345 0.129 4.993 2.669 0.684 0.050 0.133 0.057 2.928 2.791 0.336 3.570 4.051 1.344 1.897 0.705 0.308 2.181 1.939 0.014 0.087 0.108 4.975 0.013 8.574 4.701 1.783 3.872 3.510 1.314 9.577 0.841 3.100 1.452 1.259 0.386 2.910 3.806 0.057 2.293 0.802 0.063 0.559 0.113 4.161 0.031 0.059 3.830 5.159 4.104 0.320 0.252 0.358 0.890 0.194 0.228 0.346 0.170 0.073 0.123 0.388 0.627 0.259 0.262 0.330 0.145 0.149 0.242 0.065 0.114 0.240 nan 0.528 0.748 11131 chr8 97603799 97669413 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 -20849 NM_016134 10404 Hs.156178 NM_016134 ENSG00000104324 CPQ LDP|PGCP carboxypeptidase Q protein-coding 6.942 3.784 6.570 0.040 0.293 0.027 0.436 0.227 0.433 0.040 0.147 0.071 0.058 0.076 0.285 0.170 0.629 0.169 0.077 0.014 0.049 0.011 0.052 0.078 0.266 0.194 0.113 0.042 0.144 0.043 0.141 0.452 0.269 0.878 0.093 0.065 0.056 0.251 0.099 0.083 0.048 0.110 0.100 0.070 0.030 0.026 0.085 0.244 0.139 0.204 0.066 0.073 0.170 0.072 0.031 0.266 0.041 0.064 0.026 0.084 0.076 0.107 0.047 2.416 0.080 0.112 0.028 0.277 0.130 0.355 nan 0.629 0.693 0.799 0.311 0.384 0.372 0.237 0.334 1.019 1.187 0.667 0.412 0.242 0.314 0.149 0.173 5.570 9.279 0.279 0.330 4158 chr15 101242973 101274615 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 116039 NM_198243 140460 Hs.31845 NM_024708 ENSG00000183475 ASB7 - ankyrin repeat and SOCS box containing 7 protein-coding 0.476 nan 0.601 3.574 0.050 0.424 3.599 0.043 0.123 1.483 0.459 1.950 0.073 0.085 0.204 0.334 0.195 0.081 3.093 2.014 0.297 0.018 0.094 0.116 0.064 1.355 1.049 0.058 4.018 2.814 1.187 2.824 1.131 nan 2.518 0.247 0.033 0.038 0.062 0.936 0.025 7.732 0.796 0.500 4.204 3.556 3.079 1.174 1.212 0.056 0.092 1.748 0.334 2.769 3.446 0.064 0.845 7.549 0.053 0.623 0.723 1.142 0.044 0.074 1.313 1.706 1.767 0.340 0.185 1.239 5.966 0.302 0.274 0.167 0.065 0.267 0.268 0.102 0.187 0.102 0.085 0.533 0.317 0.170 0.201 0.091 0.123 0.248 0.317 0.282 0.315 5388 chr18 57617060 57630073 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 56374 NM_021127 5366 Hs.96 NM_021127 ENSG00000141682 PMAIP1 APR|NOXA phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 protein-coding nan 1.463 0.872 0.649 0.565 0.467 1.488 0.283 0.595 0.247 0.220 0.454 0.005 0.231 0.660 1.406 0.150 0.074 1.134 0.962 0.088 0.666 0.397 0.276 0.665 0.401 0.062 0.683 0.591 0.452 0.999 0.414 1.260 0.491 0.079 0.176 0.008 0.060 0.128 0.264 0.659 0.236 0.222 1.535 0.856 1.360 0.577 0.133 0.077 0.042 0.618 1.406 0.579 0.103 0.276 0.676 0.070 0.219 0.142 1.701 1.304 0.919 0.203 0.227 1.151 0.847 0.959 1.410 1.547 0.813 1.074 1.304 8.822 2.105 2.128 2.353 0.380 0.438 3.127 3.161 0.648 0.473 0.512 0.736 0.951 1.574 0.430 1.139 nan 2.586 6602 chr2 206944155 206952689 + 0 NA intron (NM_017759, intron 1 of 10) intron (NM_017759, intron 1 of 10) 2484 NM_017759 54891 Hs.445036 NM_017759 ENSG00000114933 INO80D - INO80 complex subunit D protein-coding 3.664 nan 3.838 2.961 3.535 1.841 3.236 2.218 4.122 1.055 3.276 1.668 1.736 1.841 1.961 4.315 2.367 0.321 3.533 1.145 4.768 3.631 1.546 0.896 5.528 2.400 3.934 2.304 3.589 1.021 6.680 6.843 3.634 7.957 1.259 4.246 0.762 3.010 0.124 1.783 2.567 3.706 4.239 1.517 1.700 2.293 2.212 2.284 4.730 3.531 1.681 2.503 4.315 2.772 3.669 5.528 1.235 2.856 1.158 3.988 2.144 2.488 2.017 1.951 2.989 2.200 1.350 4.388 5.646 4.893 7.130 5.512 6.825 3.074 2.613 17.255 17.771 3.426 4.142 5.999 9.539 6.045 5.852 4.084 7.746 2.873 2.300 5.599 4.394 1.957 0.933 5817 chr19 55917254 55921135 + 0 NA 5' UTR (NM_014501, exon 1 of 4) 5' UTR (NM_014501, exon 1 of 4) 131 NM_014501 27338 Hs.396393 NM_014501 ENSG00000108106 UBE2S E2-EPF|E2EPF|EPF5 ubiquitin conjugating enzyme E2 S protein-coding 5.766 3.813 4.713 7.251 5.984 5.560 3.695 4.392 8.181 2.855 7.382 4.448 3.028 2.690 7.726 5.757 2.099 0.290 3.866 0.976 5.035 2.166 2.108 1.084 7.358 1.850 2.582 6.364 4.953 1.734 2.726 7.579 3.693 9.464 2.505 4.540 2.587 5.929 0.089 3.245 4.223 9.800 6.144 2.298 6.385 2.460 4.589 4.801 7.746 4.177 5.875 2.361 5.757 5.381 4.696 7.358 2.656 2.943 1.959 7.615 3.320 5.708 3.906 5.066 1.765 4.807 3.276 6.859 6.907 5.997 9.172 10.015 9.005 11.518 8.401 5.078 5.660 4.057 5.664 7.646 9.824 9.363 9.722 5.218 8.327 7.504 9.203 5.802 7.932 4.097 2.551 6393 chr2 142794269 142814624 + 0 NA intron (NM_018557, intron 1 of 90) intron (NM_018557, intron 1 of 90) 84824 NM_018557 53353 Hs.656461 NM_018557 ENSG00000168702 LRP1B LRP-1B|LRP-DIT|LRPDIT LDL receptor related protein 1B protein-coding 0.788 nan 0.974 0.244 0.099 0.032 0.067 0.126 0.242 0.014 0.084 0.838 0.012 0.025 0.026 0.505 0.055 0.079 0.119 0.075 0.047 0.061 0.109 0.059 0.003 0.007 0.011 0.106 0.031 0.051 0.082 0.053 0.311 0.043 0.185 0.237 0.062 0.078 0.040 0.171 0.036 0.009 0.005 0.086 0.026 0.161 0.093 0.020 0.063 0.008 0.035 0.505 0.031 0.014 0.059 0.069 0.061 0.028 0.088 0.047 0.008 0.039 0.097 0.015 0.020 0.005 0.293 0.200 2.480 2.092 0.184 0.250 0.081 0.058 0.141 0.130 4.241 4.629 0.239 0.285 0.557 0.284 0.137 0.274 0.308 0.301 0.432 0.607 0.083 0.153 9656 chr6 42846361 42849189 + 0 NA intron (NR_134563, intron 1 of 5) intron (NR_134563, intron 1 of 5) 421 NR_134562 285855 Hs.520133 NM_198486 ENSG00000146223 RPL7L1 dJ475N16.4 ribosomal protein L7 like 1 protein-coding 8.512 3.494 6.133 4.876 8.483 3.413 8.253 3.260 6.703 1.309 3.721 4.078 1.996 2.802 3.268 8.708 4.786 0.695 4.954 2.107 5.803 5.122 2.510 1.623 11.093 5.102 4.619 1.455 2.831 2.721 5.329 7.866 5.196 9.229 2.936 5.492 0.829 6.408 0.257 2.182 2.567 5.394 6.306 2.650 2.578 2.609 6.028 7.802 3.702 7.464 2.696 2.767 8.708 5.882 7.944 11.093 2.159 3.046 1.573 6.791 3.595 6.310 1.725 4.229 2.760 3.863 2.822 10.482 8.650 10.413 14.534 12.955 12.191 18.618 10.994 20.021 21.183 6.819 8.826 16.254 24.216 15.226 15.252 7.392 8.990 9.159 10.375 11.234 12.670 7.475 3.680 5949 chr2 20766602 20836570 + 0 NA Intergenic AluYc|SINE|Alu -9278 NR_046836 100874343 Hs.591546 NR_046836 ENSG00000231948 HS1BP3-IT1 - HS1BP3 intronic transcript 1 ncRNA 1.105 0.776 0.853 0.547 0.275 1.169 1.921 0.183 0.317 0.127 0.951 1.516 0.024 0.322 0.424 0.369 0.604 0.165 0.464 0.339 0.262 0.042 0.452 0.283 0.298 0.495 0.290 0.208 0.324 0.713 1.027 4.706 0.281 0.588 0.993 1.400 0.027 0.099 0.098 0.731 0.253 1.605 0.865 0.446 0.175 0.374 0.930 1.196 0.719 0.748 0.497 1.177 0.369 0.759 0.739 0.298 0.549 1.838 0.668 0.290 0.928 0.743 0.102 0.379 1.157 0.937 0.787 0.425 0.503 0.498 1.429 0.549 0.567 0.695 0.218 0.496 0.547 0.802 1.307 1.194 nan 1.133 0.927 0.357 0.371 0.174 0.171 0.675 1.573 1.283 0.919 179 chr1 25985082 26010104 + 0 NA intron (NM_020379, intron 1 of 11) AluJb|SINE|Alu 53634 NM_020379 57134 Hs.197043 NM_020379 ENSG00000117643 MAN1C1 HMIC|MAN1A3|MAN1C|pp6318 mannosidase alpha class 1C member 1 protein-coding 1.081 0.814 nan 0.058 0.232 0.356 0.048 1.849 3.327 0.072 0.063 0.022 0.075 0.243 0.423 0.355 0.123 0.093 0.015 0.015 0.028 0.901 0.296 0.272 0.131 0.046 0.053 0.049 0.092 0.350 0.107 0.830 0.029 0.050 0.270 0.070 0.091 0.033 0.050 0.122 0.042 0.028 0.026 0.061 0.081 0.120 0.106 0.031 0.025 0.145 0.423 0.046 0.037 0.272 0.029 0.093 0.147 0.064 0.754 0.063 0.487 0.202 0.025 0.021 0.006 1.161 1.551 0.646 0.714 0.923 1.056 0.731 0.268 0.441 0.523 0.886 1.400 0.445 0.647 0.563 0.359 1.177 0.936 1.008 1.160 0.393 0.866 2.366 1.145 8226 chr4 2791905 2821355 + 0 NA intron (NM_001122681, intron 1 of 12) intron (NM_001122681, intron 1 of 12) -7316 NM_001145855 6452 Hs.167679 NM_003023 ENSG00000087266 SH3BP2 3BP-2|3BP2|CRBM|CRPM|RES4-23 SH3 domain binding protein 2 protein-coding 1.754 1.055 nan 0.406 1.359 0.593 1.873 0.174 0.355 0.538 1.678 0.323 0.072 0.144 0.931 0.629 0.159 0.044 3.002 1.311 0.086 0.168 0.846 0.291 0.739 1.567 1.383 0.325 0.457 0.394 1.385 4.169 1.471 1.168 2.210 0.225 0.081 0.354 0.058 0.260 0.291 1.776 0.426 0.233 1.108 0.164 0.786 0.735 0.807 1.201 0.490 1.240 0.629 2.887 0.740 0.739 0.781 0.303 0.332 0.660 0.442 1.219 0.198 0.205 0.493 0.080 0.059 1.519 2.450 1.038 1.590 1.171 1.009 nan 0.632 1.666 1.663 0.456 0.708 1.538 1.926 0.837 0.852 0.895 1.140 0.520 0.497 0.506 0.574 nan 0.925 8729 chr5 4531081 4559999 + 0 NA Intergenic Intergenic -228054 NR_104619 101929153 Hs.385526 NR_104619 ENSG00000249521 LINC02114 - long intergenic non-protein coding RNA 2114 ncRNA 0.417 0.785 0.829 0.042 0.128 0.017 0.071 0.276 0.547 0.013 0.084 0.191 0.011 0.069 1.450 0.706 0.181 0.138 0.225 0.026 0.026 0.048 0.167 0.154 0.269 0.020 0.010 0.122 0.007 0.098 0.091 0.135 1.087 0.030 0.101 0.013 0.033 0.097 0.012 1.115 0.112 0.033 0.024 0.023 0.061 0.117 0.131 0.041 0.035 0.038 0.064 0.706 0.126 0.006 0.269 0.063 0.046 0.348 0.032 0.109 0.035 0.514 0.039 0.048 0.032 0.009 0.436 0.304 4.112 6.698 0.930 0.929 0.613 0.231 0.056 0.061 0.206 0.363 nan 0.510 nan 0.641 0.408 0.841 0.039 0.058 0.082 0.133 0.224 nan 6760 chr2 238766793 238785328 + 0 NA intron (NM_005855, intron 1 of 2) Tigger2|DNA|TcMar-Tigger 7873 NM_001308353 10267 Hs.471783 NM_005855 ENSG00000132329 RAMP1 - receptor activity modifying protein 1 protein-coding 1.269 nan 2.704 0.612 0.148 0.194 6.223 0.209 0.338 0.156 0.599 0.367 0.020 0.705 0.053 0.797 0.072 0.053 4.102 1.712 0.020 0.023 0.093 0.066 0.148 3.545 3.618 0.083 1.503 1.267 1.418 4.106 0.236 0.407 0.742 0.137 0.041 0.096 0.096 0.466 0.025 4.601 1.868 0.956 3.578 3.888 5.629 0.123 0.299 0.094 0.048 0.615 0.797 2.316 4.799 0.148 0.154 0.178 0.189 0.366 0.756 4.074 3.861 0.729 1.296 0.109 0.050 0.515 0.754 1.879 2.982 0.477 0.498 0.755 0.260 0.332 0.342 0.619 0.957 1.018 nan 0.602 0.780 4.449 5.947 0.315 0.342 1.552 2.946 0.352 0.350 3705 chr14 77360071 77445949 + 0 NA Intergenic Intergenic -22971 NR_133913 105370578 Hs.574184 NR_133913 ENSG00000258602 LINC01629 linc-KIAA1737-2 long intergenic non-protein coding RNA 1629 ncRNA 3.667 2.208 1.708 1.150 1.019 5.003 1.644 1.567 2.871 0.953 1.043 1.437 0.243 0.402 3.607 4.775 2.046 0.564 0.764 0.492 2.441 0.352 0.534 0.356 2.101 1.984 1.665 0.307 2.057 0.828 2.854 7.176 3.148 4.541 1.473 2.344 0.536 0.896 0.134 1.157 1.778 1.591 0.373 0.233 0.644 1.070 2.003 1.704 2.894 3.415 1.067 1.665 4.775 1.172 2.331 2.101 0.781 0.796 1.087 5.637 1.068 1.722 1.019 0.385 2.394 0.291 0.209 1.300 1.683 0.795 1.642 3.395 2.971 2.124 0.753 1.352 1.506 1.670 2.284 2.561 nan 3.297 2.824 0.982 1.353 1.812 1.839 0.959 1.482 2.728 nan 9305 chr5 159655780 159660837 + 0 NA intron (NM_001040442, intron 3 of 5) MIR3|SINE|MIR 1871 NM_001445 2172 Hs.519719 NM_001445 ENSG00000170231 FABP6 I-15P|I-BABP|I-BALB|I-BAP|ILBP|ILBP3|ILLBP fatty acid binding protein 6 protein-coding 0.822 nan 0.852 0.086 0.169 0.069 1.340 0.262 0.382 0.018 0.352 0.227 0.012 0.059 0.123 0.152 0.206 0.032 0.401 0.734 0.013 0.027 0.091 0.065 0.160 4.088 3.897 0.026 0.095 0.062 0.111 0.724 0.197 0.383 0.058 0.085 0.019 0.068 0.110 0.865 0.064 1.512 0.299 0.108 5.722 0.043 0.095 0.257 0.174 0.138 0.094 0.539 0.152 0.239 2.668 0.160 0.073 0.066 0.138 0.020 0.531 0.051 1.216 0.091 0.034 0.045 0.180 0.207 0.253 0.511 0.213 0.363 0.369 0.189 0.128 0.194 0.484 0.767 0.257 0.266 0.413 0.243 0.060 0.171 0.142 0.174 0.667 2.494 0.285 0.332 3948 chr15 49086229 49105242 + 0 NA intron (NM_014985, intron 2 of 25) intron (NM_014985, intron 2 of 25) 7608 NM_014985 22995 Hs.443005 NM_014985 ENSG00000103995 CEP152 MCPH4|MCPH9|SCKL5 centrosomal protein 152 protein-coding 1.272 1.319 nan 0.492 0.445 0.806 0.507 0.945 1.727 0.208 0.543 0.421 0.166 0.141 0.667 0.776 1.033 0.085 0.427 0.189 0.264 0.065 0.693 0.420 0.615 0.325 0.178 0.208 0.420 0.208 1.496 2.058 1.124 1.657 0.445 0.552 0.469 0.371 0.107 0.407 0.292 0.198 0.244 0.119 0.446 0.371 0.314 0.315 0.287 0.539 0.615 0.634 0.776 0.602 0.477 0.615 0.469 0.421 0.245 0.369 0.524 0.321 0.161 0.296 0.407 0.106 0.072 0.763 0.869 0.944 1.203 1.295 1.341 2.013 0.527 0.606 0.556 1.573 nan 1.069 1.241 2.068 1.775 0.448 0.817 3.044 3.670 0.884 1.739 1.956 1.070 2499 chr12 13280039 13290368 + 0 NA Intergenic MER6A|DNA|TcMar-Tigger -28573 NM_001206842 83445 Hs.240053 NM_031289 ENSG00000111305 GSG1 - germ cell associated 1 protein-coding 0.828 0.817 0.943 0.795 0.239 0.232 1.323 0.108 0.195 1.382 0.475 1.348 6.716 0.098 0.112 0.207 0.152 0.094 1.346 0.616 0.048 0.007 0.106 0.119 0.023 1.284 0.760 0.042 1.683 1.148 1.954 3.403 3.157 0.844 0.796 0.192 0.019 1.812 0.160 0.497 0.054 0.285 0.092 0.062 1.081 0.742 1.396 2.001 0.572 0.274 0.282 1.273 0.207 1.100 0.018 0.023 0.632 2.544 0.019 0.101 0.411 0.095 0.168 0.211 0.056 0.098 0.182 0.314 0.614 1.576 nan 0.516 0.159 0.075 1.262 1.262 0.373 0.539 0.166 0.250 0.382 0.238 0.222 0.360 0.036 0.067 0.390 0.708 0.218 0.318 7701 chr3 99977952 99994582 + 0 NA intron (NM_001199198, intron 1 of 18) intron (NM_001199198, intron 1 of 18) 6606 NM_001199198 55773 Hs.477003 NM_018309 ENSG00000036054 TBC1D23 NS4ATP1|PCH11 TBC1 domain family member 23 protein-coding 2.257 1.867 1.641 1.329 0.823 0.334 1.561 0.579 1.167 0.248 0.704 0.612 0.328 0.174 0.446 0.474 1.062 0.174 0.904 0.421 0.152 0.171 1.225 0.640 1.108 0.410 0.297 0.234 1.879 0.794 0.595 0.962 0.430 1.125 0.369 0.216 0.086 0.495 0.100 0.451 0.331 1.252 0.363 0.201 0.852 0.692 1.654 0.900 0.583 1.204 0.223 0.423 0.474 0.725 0.672 1.108 0.191 0.288 0.251 0.588 0.355 1.094 0.243 5.551 0.440 0.267 0.155 0.910 1.107 1.120 1.676 1.455 1.379 2.880 1.004 1.936 2.223 0.941 1.402 1.094 1.375 2.040 1.888 0.607 1.030 0.631 0.564 5.390 9.744 1.901 1.035 4016 chr15 67122537 67147751 + 0 NA Intergenic CpG 113709 NR_135687 102723481 Hs.512978 NR_135687 ENSG00000259289 LINC02206 - long intergenic non-protein coding RNA 2206 ncRNA 0.770 0.790 nan 0.579 0.101 0.044 1.877 0.155 0.318 0.915 0.879 1.043 1.659 0.059 0.077 0.418 1.204 0.159 0.552 0.365 0.512 0.055 0.092 0.124 0.252 1.023 0.682 1.051 0.582 0.802 0.386 1.120 0.538 0.617 0.344 1.394 0.045 0.167 0.075 0.325 0.063 0.489 0.355 0.196 0.395 0.292 0.989 1.070 1.252 0.907 0.923 1.353 0.418 1.260 0.569 0.252 0.582 1.732 0.050 0.621 0.093 0.515 0.049 0.049 0.148 0.235 0.228 0.292 0.224 1.629 7.561 0.320 0.349 nan 0.143 0.302 0.260 0.336 0.657 0.249 0.316 0.584 0.353 0.318 0.352 0.183 0.274 0.203 0.287 0.364 0.321 3882 chr15 29960524 29971409 + 0 NA Intergenic LTR8|LTR|ERV1 -1173 NR_135221 100130111 Hs.525720 NR_135221 ENSG00000256802 LOC100130111 - uncharacterized LOC100130111 ncRNA nan 0.627 nan 0.937 0.140 0.222 6.000 0.118 0.149 0.079 0.430 5.044 0.040 0.125 0.073 0.977 0.131 0.132 2.165 1.569 0.780 0.038 0.366 0.213 0.099 2.089 2.144 0.279 0.764 1.704 1.846 4.031 0.461 0.680 2.417 0.151 0.281 0.676 0.086 2.336 0.044 3.071 0.830 0.395 2.560 1.518 0.080 1.028 8.347 2.313 1.668 0.409 0.977 2.836 5.323 0.099 0.888 0.190 0.070 1.536 0.461 1.956 0.100 0.057 5.684 0.862 0.610 0.270 0.202 0.331 0.615 0.541 0.457 1.841 0.393 0.963 1.022 0.179 0.298 0.928 1.481 nan 0.516 0.373 0.436 1.155 1.166 0.138 0.211 0.601 0.518 10006 chr6 148310980 148316624 + 0 NA Intergenic Intergenic -279610 NM_001346505 23328 Hs.193133 NM_015278 ENSG00000111961 SASH1 SH3D6A|dJ323M4.1 SAM and SH3 domain containing 1 protein-coding nan 0.787 nan 0.026 0.061 0.020 0.050 0.141 0.160 0.053 0.067 0.033 0.032 0.317 0.120 0.058 0.130 0.033 0.024 0.083 0.053 0.042 0.012 0.025 0.013 0.036 0.028 0.180 0.050 0.179 0.026 0.075 0.086 0.028 0.098 0.044 0.059 0.015 0.119 0.071 0.029 0.065 0.083 0.317 0.017 0.042 0.021 0.059 0.031 0.054 0.028 1.099 0.776 0.027 1.383 0.966 7.716 4.663 0.241 0.345 0.685 0.335 0.247 0.255 0.081 0.203 0.141 0.188 0.575 0.266 1.065 2.028 0.126 0.081 0.377 1.118 0.286 0.307 1830 chr11 18081403 18095710 + 0 NA Intergenic Arthur1A|DNA|hAT-Tip100 -26221 NM_004179 7166 Hs.591999 NM_004179 ENSG00000129167 TPH1 TPRH|TRPH tryptophan hydroxylase 1 protein-coding 1.227 nan 2.872 0.060 3.596 0.436 0.089 0.506 1.226 0.027 0.110 0.086 0.004 2.410 1.098 0.135 0.100 0.067 0.118 0.018 0.010 2.139 0.750 0.536 0.010 0.036 0.026 0.063 0.081 0.084 0.379 0.145 0.987 0.010 0.038 2.480 0.030 0.110 0.008 0.033 0.072 0.042 0.022 0.016 0.054 0.135 0.120 0.102 0.035 0.033 0.079 0.135 0.047 0.039 0.536 0.044 0.041 0.025 2.747 0.035 0.076 1.560 0.026 0.034 0.007 nan 0.383 0.282 0.309 0.975 1.051 4.565 1.799 0.263 0.267 0.443 nan 2.345 3.575 1.945 1.777 0.216 0.335 7.997 9.203 1.393 5.056 5.130 nan 3917 chr15 40727966 40738719 + 0 NA promoter-TSS (NR_125372) promoter-TSS (NR_125372) -8 NM_014952 22893 Hs.22109 NM_014952 ENSG00000140320 BAHD1 - bromo adjacent homology domain containing 1 protein-coding 2.320 1.513 nan 0.466 0.703 0.680 2.133 0.703 1.354 0.614 1.670 1.422 0.066 0.390 1.751 3.206 0.767 0.210 1.172 0.300 0.180 0.641 1.140 0.358 2.370 2.645 2.859 1.230 4.414 0.852 1.945 4.107 1.599 1.354 0.216 1.380 0.284 0.683 0.062 0.561 0.420 0.412 0.589 0.449 1.598 1.446 1.085 1.125 1.052 2.122 0.953 1.174 3.206 1.445 1.658 2.370 0.488 0.693 0.571 1.791 1.471 0.491 0.514 0.380 1.033 0.300 0.151 1.535 2.184 1.298 1.782 2.237 1.903 2.006 0.531 1.323 1.420 0.742 nan 1.311 1.912 2.571 2.308 1.398 2.736 1.492 1.136 1.121 1.466 1.176 0.985 3060 chr12 132964362 133044947 + 0 NA Intergenic MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR -62503 NM_001142641 57666 Hs.411138 NM_001142641 ENSG00000112787 FBRSL1 - fibrosin like 1 protein-coding 1.160 0.963 1.003 0.287 0.258 1.613 0.419 0.825 1.546 0.062 0.340 0.221 0.011 0.082 1.658 1.029 0.049 0.056 0.312 0.209 0.041 0.034 0.222 0.136 2.809 0.634 0.464 0.059 0.162 0.055 0.421 1.458 0.141 0.972 0.422 0.250 0.107 0.132 0.103 0.105 0.425 0.157 0.115 0.051 0.095 0.079 0.067 0.108 0.451 0.124 0.131 0.271 1.029 0.523 0.083 2.809 0.133 0.090 0.477 0.233 0.779 0.219 0.077 0.553 0.019 0.066 0.045 0.220 0.266 0.134 0.252 3.150 2.797 0.645 0.199 0.234 0.249 0.234 0.401 nan 0.397 0.827 0.800 0.351 0.352 0.737 0.808 1.175 2.459 1.276 0.874 3167 chr13 52025048 52029118 + 0 NA promoter-TSS (NR_103812) promoter-TSS (NR_103812) 192 NM_012141 26512 Hs.439440 NM_012141 ENSG00000102786 INTS6 DBI-1|DDX26|DDX26A|DICE1|HDB|INT6|Notchl2 integrator complex subunit 6 protein-coding 6.977 nan 7.488 5.414 5.478 3.977 3.427 2.568 3.768 1.670 8.026 2.155 1.663 3.597 9.947 4.253 4.163 0.394 7.128 1.489 2.898 4.832 2.590 1.037 10.942 2.342 3.072 2.943 2.790 1.788 12.389 14.638 3.789 11.877 1.474 5.837 1.328 5.777 0.125 1.812 8.951 13.958 8.621 3.849 2.405 3.047 6.019 6.497 6.920 4.965 3.528 4.702 4.253 6.767 4.794 10.942 2.305 5.719 2.472 8.103 2.964 2.573 5.092 5.935 4.728 3.224 1.949 11.248 13.886 5.533 6.157 15.826 13.614 nan 3.724 14.235 13.363 3.660 4.613 7.549 11.387 9.948 11.261 5.915 12.977 4.716 4.022 12.435 nan 1.589 0.795 7411 chr22 37952602 37968105 + 0 NA intron (NM_152243, intron 1 of 2) intron (NM_152243, intron 1 of 2) 3882 NM_152243 11135 Hs.225356 NM_152243 ENSG00000128283 CDC42EP1 BORG5|CEP1|MSE55 CDC42 effector protein 1 protein-coding 1.057 nan 0.560 6.553 0.125 0.025 1.881 0.238 0.290 1.245 1.278 1.385 0.073 0.768 0.092 0.645 0.904 0.259 2.817 1.197 1.697 0.761 0.100 0.026 0.099 0.445 0.364 0.162 4.421 1.117 3.593 7.846 3.182 0.595 1.151 1.216 0.012 2.648 0.116 0.562 0.133 1.507 1.575 0.749 1.244 0.474 3.188 0.553 2.068 1.037 3.285 1.736 0.645 4.602 2.026 0.099 0.796 1.651 0.240 3.119 0.105 1.430 0.089 0.056 0.849 0.520 0.322 3.204 4.442 4.505 7.194 0.309 0.365 0.424 0.086 0.664 0.874 0.142 nan 0.167 0.311 nan 0.452 0.694 0.570 0.113 0.223 0.197 0.295 0.448 0.301 9027 chr5 77932263 77945619 + 0 NA intron (NM_005779, intron 1 of 4) intron (NM_005779, intron 1 of 4) 5707 NM_005779 10184 Hs.79299 NM_005779 ENSG00000145685 LHFPL2 - LHFPL tetraspan subfamily member 2 protein-coding 1.550 nan 2.189 0.789 0.598 0.096 1.780 0.433 0.831 0.765 1.221 1.689 0.047 0.216 0.306 1.016 2.081 0.281 1.484 0.718 0.212 0.239 0.191 0.128 0.376 1.706 1.154 0.584 1.997 0.756 1.605 2.908 1.257 1.728 0.781 0.481 0.029 0.956 0.093 0.654 0.446 0.836 0.623 0.412 0.758 0.754 0.995 0.465 2.704 1.631 3.343 1.331 1.016 1.666 3.858 0.376 0.598 1.386 0.102 1.190 0.811 1.578 0.081 0.417 0.556 0.699 0.406 0.302 0.346 0.727 1.016 1.111 1.081 nan 0.358 0.725 0.709 1.328 nan 1.457 1.817 1.222 1.301 0.230 0.480 0.363 0.525 1.075 1.483 0.448 0.328 6433 chr2 159819566 159831044 + 0 NA intron (NR_146421, intron 1 of 3) CpG 159 NM_001350065 85461 Hs.61590 NM_033394 ENSG00000115183 TANC1 ROLSB|TANC tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 1 protein-coding nan 2.296 nan 1.454 1.619 2.079 1.612 0.546 1.031 0.956 1.309 1.496 3.123 0.254 0.857 2.042 3.212 0.308 2.740 0.932 1.027 1.184 0.285 0.289 1.099 1.655 1.642 0.915 1.387 0.707 2.570 4.920 2.105 2.791 1.440 1.618 0.238 0.869 0.093 0.588 1.238 2.877 1.630 0.897 1.668 0.856 1.467 1.433 1.547 1.946 1.326 2.467 2.042 2.368 1.677 1.099 0.809 1.441 0.345 1.473 0.865 1.228 1.779 0.671 1.322 0.296 0.129 1.648 2.305 2.992 5.465 1.663 1.302 0.437 0.091 1.324 1.250 4.561 5.508 1.639 2.329 1.490 1.551 1.494 4.195 0.872 1.056 1.665 2.992 0.691 0.377 5695 chr19 42529042 42549243 + 0 NA intron (NM_002088, intron 11 of 18) AluSp|SINE|Alu 30815 NM_002088 2901 Hs.367799 NM_002088 ENSG00000105737 GRIK5 EAA2|GRIK2|GluK5|KA2 glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 5 protein-coding 2.333 0.920 3.887 0.089 0.157 0.132 0.255 0.265 0.265 0.053 0.145 0.102 0.003 0.056 0.504 0.183 0.096 0.151 0.164 0.065 0.087 0.021 0.063 0.091 0.234 0.128 0.086 0.117 0.195 0.041 0.111 nan 0.192 0.336 0.072 0.080 0.062 0.096 0.112 0.041 0.297 0.231 0.045 0.015 0.109 0.080 0.109 0.188 0.280 0.207 0.047 0.073 0.183 0.156 0.027 0.234 0.041 0.101 0.742 0.193 0.161 0.073 0.275 0.479 0.038 0.048 0.020 0.556 0.684 0.236 0.378 0.495 0.675 0.517 0.226 0.529 0.657 2.686 3.304 0.501 0.704 3.498 3.404 0.542 0.801 0.204 0.236 1.072 2.511 0.584 0.511 4203 chr16 4315457 4330622 + 0 NA promoter-TSS (NM_003223) promoter-TSS (NM_003223) -38 NM_003223 7023 Hs.513305 NM_003223 ENSG00000090447 TFAP4 AP-4|bHLHc41 transcription factor AP-4 protein-coding 2.607 nan 2.494 2.029 2.776 1.765 1.750 1.130 2.056 0.631 2.527 0.936 0.193 0.533 2.009 1.589 0.711 0.244 1.634 0.524 1.176 0.931 1.334 0.579 2.553 1.383 1.667 1.442 2.438 0.729 2.022 3.929 1.273 4.121 0.744 2.160 0.574 1.497 0.104 0.405 1.334 2.043 1.312 0.541 0.855 1.123 1.343 1.412 2.545 1.584 2.008 4.096 1.589 1.948 1.959 2.553 0.758 1.072 0.631 2.495 1.005 1.618 0.783 1.368 0.855 0.649 0.420 3.187 2.894 0.968 1.393 3.161 2.574 nan 1.604 3.270 3.275 1.423 nan 3.090 4.193 4.327 5.186 0.951 1.516 2.577 1.983 3.116 3.306 1.596 0.930 7163 chr21 30443810 30451064 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR -1319 NM_001282908 10694 Hs.125113 NM_006585 ENSG00000156261 CCT8 C21orf112|Cctq|D21S246|PRED71 chaperonin containing TCP1 subunit 8 protein-coding 3.813 1.959 5.030 1.981 3.682 3.002 1.926 1.257 2.142 1.325 3.203 1.298 1.160 1.644 4.757 2.495 1.382 0.174 4.511 1.487 1.476 1.184 1.290 0.886 1.746 1.814 1.882 1.347 1.988 0.951 5.271 6.911 1.783 6.983 1.208 1.698 1.298 1.793 0.120 0.905 1.084 1.712 2.842 1.272 2.651 1.574 1.716 3.820 2.576 5.345 1.559 2.299 2.495 4.056 3.696 1.746 1.214 1.390 1.061 3.157 2.764 2.944 0.821 1.253 1.281 0.974 0.777 3.799 4.126 3.292 4.254 5.294 4.975 6.148 2.622 9.091 9.488 3.225 4.231 6.998 9.904 9.185 9.456 2.170 4.416 6.287 6.176 4.012 4.144 nan 2.976 11970 chrX 114790654 114802865 + 0 NA non-coding (NR_110383, exon 2 of 5) non-coding (NR_110383, exon 2 of 5) 299 NR_110383 101927352 Hs.571683 NR_110383 ENSG00000271826 PLS3-AS1 - PLS3 antisense RNA 1 ncRNA 0.952 0.708 1.109 2.599 0.642 2.122 1.525 0.329 0.845 0.838 0.616 0.976 2.941 0.106 0.088 0.411 0.743 0.120 0.883 0.357 5.589 0.541 0.893 0.474 0.448 1.092 1.374 0.616 3.198 1.442 1.643 2.455 1.580 2.387 0.995 1.184 0.232 2.890 0.174 0.407 0.330 4.928 0.945 0.435 1.780 2.465 2.187 1.347 2.374 0.932 1.396 2.110 0.411 1.385 1.739 0.448 0.580 1.534 0.008 2.986 0.097 1.536 0.195 0.253 0.998 0.302 0.162 0.252 0.220 1.149 1.847 1.829 1.446 2.007 0.639 1.099 1.232 0.223 0.504 1.242 1.850 0.946 0.753 0.435 0.735 1.028 1.275 0.704 1.326 0.376 0.369 7453 chr22 43578175 43583308 + 0 NA intron (NM_015140, intron 1 of 13) intron (NM_015140, intron 1 of 13) 2396 NM_015140 23170 Hs.517670 NM_015140 ENSG00000100304 TTLL12 dJ526I14.2 tubulin tyrosine ligase like 12 protein-coding 2.020 nan 2.071 1.993 0.736 0.356 2.675 0.439 1.094 0.304 2.016 1.044 0.168 0.335 1.108 1.614 0.671 0.281 4.645 2.140 0.891 0.243 1.010 0.527 1.561 0.716 0.562 0.604 2.976 1.685 1.926 5.134 0.873 2.048 0.737 1.867 0.332 1.047 0.097 0.319 0.618 1.039 0.799 0.546 1.765 1.030 4.503 0.507 0.983 1.289 5.899 4.504 1.614 4.070 1.263 1.561 2.593 0.888 0.856 1.594 1.148 2.381 0.465 0.928 0.371 0.348 0.108 3.698 2.970 2.053 3.425 1.747 1.670 1.735 0.741 1.668 2.339 1.704 nan 2.026 3.213 nan 5.010 0.929 1.822 1.726 1.692 2.122 2.136 0.789 0.436 8937 chr5 58641402 58664131 + 0 NA promoter-TSS (NM_001197219) promoter-TSS (NM_001197219) -39 NM_001197219 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 1.471 0.085 0.081 0.059 0.119 0.237 0.445 0.109 0.082 0.426 0.069 0.212 0.117 0.297 0.612 0.089 0.149 0.083 3.225 0.067 0.180 0.142 0.084 0.036 0.010 0.773 0.083 0.009 0.509 1.259 0.208 0.265 0.103 3.095 0.235 0.142 0.117 0.047 0.049 0.061 0.024 0.028 0.034 0.017 0.140 0.039 1.562 0.063 0.182 0.385 0.297 0.078 0.048 0.084 0.151 2.798 0.009 0.656 0.148 0.031 0.017 1.311 0.013 0.020 0.016 0.213 0.123 0.140 0.205 0.222 0.248 nan 0.257 0.155 0.124 2.298 2.508 0.562 0.407 nan 0.797 0.077 0.096 0.851 1.305 0.661 2.368 0.567 0.416 10987 chr8 61820320 61828032 + 0 NA Intergenic Intergenic 56131 NR_034003 100130298 Hs.636194 NR_034003 LOC100130298 - hCG1816373-like ncRNA 7.430 3.812 1.686 0.065 4.056 1.917 3.610 2.199 5.041 0.061 1.615 1.672 0.041 0.166 3.304 1.641 0.118 0.084 5.915 2.951 0.074 0.027 0.305 0.117 1.942 2.848 1.784 0.143 2.487 1.163 3.827 7.042 0.864 2.387 1.928 0.078 2.500 0.141 0.085 1.817 5.717 0.717 0.314 0.375 1.233 3.802 1.509 0.995 0.306 0.450 0.696 2.489 1.641 4.735 0.036 1.942 1.458 0.226 38.170 0.218 5.651 1.102 0.204 3.234 2.595 0.052 0.014 1.683 2.890 0.654 1.142 2.007 1.789 11.792 3.535 0.209 0.308 0.541 nan 3.438 3.441 nan 7.199 0.727 1.352 8.606 7.724 3.944 5.909 4.044 2.297 11893 chrUn_gl000214 55794 61009 + 0 NA NA L1MB8|LINE|L1 NA NA 1.728 nan nan 0.123 0.305 0.086 0.074 0.306 0.527 0.209 0.190 0.279 0.680 0.648 0.371 0.508 0.214 0.040 0.061 0.050 0.150 0.372 1.013 0.027 0.043 0.223 0.422 1.440 4.854 0.164 0.727 0.084 3.358 0.163 0.103 0.147 0.077 0.178 0.119 0.015 0.077 0.175 0.129 4.114 0.055 1.749 0.111 0.371 0.041 0.017 1.013 0.642 0.058 0.207 0.478 2.124 0.136 0.567 0.093 0.102 2.098 1.980 nan 1.339 0.389 0.681 0.747 1.006 1.347 0.409 0.389 0.316 0.773 1.557 1.479 1.984 1.937 nan 0.884 0.953 0.215 0.478 0.436 0.746 7.555 nan 258 chr1 36547204 36563521 + 0 NA intron (NM_017825, intron 1 of 5) L2|LINE|L2 909 NM_017825 54936 Hs.18021 NM_017825 ENSG00000116863 ADPRHL2 ARH3 ADP-ribosylhydrolase like 2 protein-coding 2.194 nan 2.017 0.688 2.229 0.785 0.673 0.705 1.046 0.233 0.685 0.447 0.231 0.190 1.107 0.967 0.596 0.137 0.540 0.152 0.371 0.226 0.805 0.525 3.126 0.379 0.301 0.543 0.496 0.156 0.544 1.032 0.519 2.392 0.251 0.360 0.211 0.782 0.108 0.261 0.647 0.937 0.329 0.201 0.389 0.250 0.530 0.442 0.553 1.003 0.203 0.309 0.967 0.688 0.727 3.126 0.158 0.364 0.492 1.140 0.531 0.262 0.617 0.371 0.261 0.208 0.126 1.112 1.510 1.055 1.477 3.358 3.547 nan 0.956 1.717 1.770 1.305 2.024 3.342 5.899 nan 1.032 1.893 2.876 0.862 0.789 1.272 1.429 1.542 nan 2620 chr12 41085477 41098212 + 0 NA intron (NM_001843, intron 1 of 23) intron (NM_001843, intron 1 of 23) 5600 NM_001843 1272 Hs.143434 NM_001843 ENSG00000018236 CNTN1 F3|GP135|MYPCN contactin 1 protein-coding 1.868 nan 1.901 0.046 0.077 0.018 0.067 1.144 1.793 0.022 0.090 0.017 0.010 0.142 0.557 0.173 0.123 0.125 1.223 0.497 0.005 0.022 2.252 1.237 0.819 0.031 0.011 0.040 0.221 0.058 0.242 0.543 0.106 3.537 0.217 1.123 1.003 0.026 0.099 0.047 0.025 0.066 0.027 0.012 0.070 0.519 0.120 0.134 2.572 0.569 0.117 0.354 0.173 0.597 0.029 0.819 0.544 0.584 0.945 0.077 0.390 0.081 0.037 0.507 0.006 0.009 0.012 0.519 0.523 0.657 1.090 0.708 0.704 0.238 0.087 0.345 0.346 4.214 4.598 0.356 0.459 2.661 3.235 0.185 0.286 3.086 3.770 1.308 3.141 0.971 0.663 9485 chr6 20400316 20410256 + 0 NA intron (NM_001243076, intron 1 of 6) intron (NM_001243076, intron 1 of 6) 1376 NM_001243076 1871 Hs.269408 NM_001949 ENSG00000112242 E2F3 E2F-3 E2F transcription factor 3 protein-coding 6.320 2.433 nan 4.728 4.042 2.904 2.129 2.421 4.215 0.921 3.058 1.905 1.347 1.251 3.083 4.258 2.888 0.342 3.196 0.799 4.549 3.387 2.090 0.715 6.982 2.121 3.563 0.991 3.023 1.031 2.730 4.877 5.225 nan 1.366 3.030 1.168 3.125 0.094 0.715 2.562 5.599 4.413 1.781 1.187 1.582 2.616 1.907 2.399 5.043 1.340 1.919 4.258 5.971 3.541 6.982 1.279 1.453 1.299 5.775 2.199 2.442 1.304 3.793 1.486 0.904 0.609 6.311 4.846 5.783 nan 7.340 4.295 nan 2.385 11.982 12.573 4.945 6.598 5.766 8.882 5.870 7.170 2.065 3.922 5.873 5.099 9.785 7.965 2.222 1.531 8137 chr3 189099724 189115869 + 0 NA Intergenic Intergenic -149413 NR_046722 100874027 Hs.616080 NR_046722 ENSG00000230115 TPRG1-AS2 - TPRG1 antisense RNA 2 ncRNA 1.173 1.427 0.881 0.495 0.153 0.069 1.977 2.593 5.064 0.456 0.176 0.229 0.169 0.056 0.060 0.310 0.233 0.134 0.751 0.529 0.137 0.009 0.206 0.250 0.426 1.633 0.736 0.023 1.077 0.842 0.958 2.900 0.423 0.430 1.087 0.081 0.337 0.007 0.082 0.051 0.152 0.257 0.400 0.266 1.252 0.948 1.308 0.218 0.449 0.119 0.015 1.807 0.310 0.482 0.289 0.426 0.864 0.318 0.066 0.101 0.075 0.433 0.031 0.084 0.113 0.015 0.019 0.330 0.253 0.309 0.823 0.297 0.361 7.002 2.763 0.348 0.354 0.364 0.578 0.426 0.392 0.850 0.569 0.132 0.190 1.142 1.115 0.317 0.885 0.777 0.516 10098 chr6 170746241 170774835 + 0 NA Intergenic Intergenic 101879 NM_002793 5689 Hs.352768 NM_002793 ENSG00000008018 PSMB1 HC5|PMSB1|PSC5 proteasome subunit beta 1 protein-coding nan 1.182 nan 0.091 0.366 2.033 0.206 0.213 0.305 0.007 0.114 0.488 0.037 0.032 0.655 1.499 0.143 0.028 0.126 0.077 0.041 0.019 0.098 0.066 0.808 0.775 0.333 0.049 0.112 0.059 0.104 0.498 0.087 0.535 0.235 0.070 0.100 0.076 0.088 0.097 0.691 0.090 0.080 0.076 0.134 0.127 0.020 0.483 0.128 0.211 0.041 0.035 1.499 0.108 0.049 0.808 0.013 0.041 0.350 0.072 0.513 0.245 1.080 0.505 0.184 0.236 0.126 1.000 1.519 0.339 0.567 nan 1.240 nan 0.595 0.454 0.549 0.309 0.581 nan 3.352 1.097 0.857 1.123 1.298 0.378 0.460 0.819 1.837 0.612 0.501 4022 chr15 68128410 68156481 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -10062 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 1.315 1.146 nan 0.380 0.542 0.109 0.286 0.309 0.526 0.254 0.498 0.408 1.130 0.193 0.477 0.327 0.527 0.166 0.331 0.207 0.294 0.569 0.374 0.203 0.431 0.261 0.167 0.289 0.298 0.207 0.610 1.060 0.416 1.816 0.443 0.515 0.085 0.410 0.110 0.107 0.426 0.276 0.189 0.141 0.304 0.134 0.293 0.556 1.132 0.579 0.473 0.754 0.327 0.491 0.423 0.431 0.456 0.252 0.206 0.455 0.330 0.287 6.233 0.498 0.185 0.229 0.118 3.013 3.688 1.829 1.697 0.806 0.921 nan 0.762 1.445 1.501 1.022 1.455 1.423 1.981 1.686 1.430 2.812 4.443 0.499 0.613 1.171 2.489 0.759 0.524 10279 chr7 30285213 30303348 + 0 NA intron (NR_136267, intron 2 of 3) intron (NR_136267, intron 2 of 3) -29643 NM_147128 223082 Hs.263912 NM_147128 ENSG00000180233 ZNRF2 RNF202 zinc and ring finger 2 protein-coding 1.577 1.250 4.535 0.309 0.278 0.178 0.444 0.318 0.688 0.132 0.166 0.091 0.034 0.121 0.329 0.205 0.222 0.196 0.242 0.146 0.031 0.015 0.475 0.252 0.624 0.412 0.198 0.033 0.285 0.220 0.267 1.036 1.722 0.703 0.274 0.057 0.409 0.090 0.148 0.325 0.585 0.175 0.043 0.030 0.265 0.285 0.111 0.177 0.117 0.063 0.765 0.240 0.205 0.446 0.297 0.624 0.129 0.086 0.182 0.064 0.134 0.282 0.163 0.348 0.042 0.035 0.031 1.903 1.347 0.807 0.522 1.689 nan 1.319 0.329 0.734 0.696 1.337 nan nan nan 0.741 0.692 0.405 0.544 1.670 1.915 0.790 nan 1.978 1.094 2138 chr11 82419110 82437737 + 0 NA Intergenic Arthur1|DNA|hAT-Tip100 16483 NM_175885 220382 Hs.448218 NM_175885 ENSG00000182103 FAM181B - family with sequence similarity 181 member B protein-coding 0.557 0.627 0.689 0.031 0.109 0.017 0.076 0.171 0.217 0.016 0.088 0.060 0.053 0.080 0.138 0.085 0.078 0.051 0.010 0.047 0.101 0.094 0.051 0.034 0.023 0.052 0.060 0.011 0.104 0.138 0.060 0.343 0.047 0.052 0.066 0.064 0.119 0.006 0.039 0.202 0.045 0.025 0.076 0.037 0.114 0.215 0.048 0.053 0.054 0.065 0.138 0.061 0.015 0.051 0.039 0.049 0.015 0.052 0.054 0.064 0.064 0.046 0.021 0.012 0.005 0.520 0.452 0.218 0.326 0.325 0.398 0.211 0.100 0.610 0.667 3.492 4.768 0.346 0.409 0.481 0.255 0.269 0.319 0.112 0.168 0.086 0.296 0.821 0.542 6479 chr2 171778064 171788384 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -1724 NM_001201428 26003 Hs.431317 NM_015530 ENSG00000115806 GORASP2 GOLPH6|GRASP55|GRS2|p59 golgi reassembly stacking protein 2 protein-coding 2.665 2.498 3.600 1.478 3.122 1.793 1.414 1.178 1.945 0.556 1.462 0.873 1.045 0.746 0.915 1.293 0.870 0.124 3.241 0.534 2.240 0.994 1.090 0.669 1.670 0.991 1.189 0.664 1.894 0.632 3.646 4.951 2.395 3.779 0.946 1.150 0.147 1.419 0.087 0.735 0.751 2.300 1.338 0.713 1.300 0.744 2.265 1.244 1.617 1.586 0.697 1.410 1.293 3.028 1.859 1.670 0.605 0.964 0.480 2.462 0.662 1.091 0.808 0.890 1.406 0.642 0.425 2.160 2.439 2.680 3.696 2.484 2.376 4.537 1.769 10.314 10.634 1.626 2.334 7.648 10.352 2.793 3.399 1.938 2.771 1.573 1.719 3.621 4.033 1.651 0.872 10093 chr6 170188418 170212372 + 0 NA intron (NR_026780, intron 2 of 2) intron (NR_026780, intron 2 of 2) -1474 NR_026781 401288 Hs.556095 NM_207502 ENSG00000229214 LINC00242 C6orf122|NCRNA00242|dJ266L20.5 long intergenic non-protein coding RNA 242 ncRNA nan 0.841 nan 0.063 0.622 3.837 0.113 0.265 0.534 0.016 0.099 0.092 0.026 0.121 0.367 1.342 0.055 0.047 0.102 0.087 0.016 0.029 0.223 0.155 0.518 0.561 0.359 0.034 0.224 0.026 0.183 0.516 0.150 1.465 0.105 0.078 0.104 0.122 0.074 0.118 0.082 0.143 0.076 0.069 0.095 0.196 0.032 0.067 0.228 0.268 0.207 0.053 1.342 0.119 0.282 0.518 0.081 0.048 0.137 0.210 1.003 0.089 0.168 0.047 0.028 0.070 0.047 0.998 1.004 0.567 0.981 nan 1.242 nan 1.232 0.672 0.795 0.158 0.342 nan 1.700 0.749 0.613 0.516 0.502 0.714 0.789 0.174 0.367 0.746 0.558 7376 chr22 29989982 30032717 + 0 NA intron (NM_181830, intron 1 of 14) AluJr4|SINE|Alu 11804 NM_181832 4771 Hs.187898 NM_000268 ENSG00000186575 NF2 ACN|BANF|SCH neurofibromin 2 protein-coding nan 0.664 0.760 4.262 0.197 0.103 2.475 0.162 0.432 1.050 0.526 0.737 1.161 0.089 0.222 0.468 0.602 0.267 2.572 1.077 1.502 0.084 0.140 0.135 0.347 0.851 0.716 0.431 2.134 0.838 1.023 nan 0.539 0.655 0.898 0.572 0.071 0.241 0.097 0.486 0.197 3.064 1.628 0.634 0.601 0.614 1.502 0.679 0.364 0.868 0.348 0.541 0.468 3.505 3.775 0.347 0.140 0.675 0.159 1.379 0.275 5.197 0.114 0.183 0.952 0.005 0.002 0.603 0.622 1.054 nan 0.506 0.533 0.693 0.226 0.884 0.958 0.935 nan 0.503 0.677 0.840 0.681 0.323 0.395 0.413 0.417 0.451 nan 1.209 0.953 141 chr1 20534704 20541691 + 0 NA Intergenic Intergenic -25218 NR_110078 101928017 Hs.550803 NR_110078 ENSG00000225986 UBXN10-AS1 - UBXN10 antisense RNA 1 ncRNA 1.009 0.997 nan 2.676 0.127 0.185 0.609 0.367 0.713 4.310 0.102 0.067 0.018 0.143 0.410 0.495 0.129 0.092 3.817 1.923 0.334 0.020 0.090 0.109 0.020 0.636 0.529 0.083 4.269 1.057 0.563 2.888 1.569 1.553 3.304 0.026 0.066 0.088 0.079 0.101 0.079 0.092 0.018 2.550 0.207 4.872 0.143 0.920 0.062 4.727 4.944 0.495 1.482 0.222 0.020 1.306 6.619 0.395 0.257 0.043 2.687 0.015 0.124 0.076 0.223 0.570 0.433 0.574 0.144 0.347 0.525 0.729 0.356 0.070 0.107 0.189 0.277 0.528 2.240 2.233 0.618 0.406 0.114 0.100 0.091 0.168 0.220 0.480 0.977 0.682 11461 chr9 14173191 14187072 + 0 NA intron (NM_001190737, intron 2 of 10) intron (NM_001190737, intron 2 of 10) 670 NM_001282787 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.311 0.616 0.646 0.534 0.250 0.507 0.860 0.695 0.134 0.217 0.018 0.044 0.084 0.193 0.383 0.081 0.152 0.028 0.095 0.010 0.802 0.605 0.383 0.094 0.031 0.000 0.059 0.007 0.244 0.663 0.975 1.413 0.337 0.104 0.522 0.102 0.115 0.017 0.097 0.053 0.013 0.034 0.243 0.045 0.159 0.088 0.152 0.046 0.034 0.087 0.193 0.093 0.107 0.383 0.142 0.071 0.034 0.013 0.051 0.040 0.043 0.035 0.274 0.050 0.018 0.245 0.174 3.351 7.654 0.465 0.518 2.316 0.687 0.177 0.163 7.595 9.337 0.753 0.817 0.262 0.116 0.257 0.328 1.864 2.912 0.232 0.534 2.678 1.296 3043 chr12 128038577 128057191 + 0 NA Intergenic Intergenic 73128 NR_120451 101927637 Hs.170413 NR_120451 ENSG00000256022 LINC02411 - long intergenic non-protein coding RNA 2411 ncRNA 0.634 0.664 0.556 0.035 1.775 0.293 1.209 0.480 1.111 0.010 0.053 0.445 0.023 3.206 0.101 0.276 0.076 0.087 0.052 0.028 0.025 1.183 0.565 1.024 0.220 0.101 0.020 0.040 0.056 0.269 0.822 0.045 0.619 0.181 0.054 0.097 0.017 0.092 1.308 0.013 0.114 0.039 0.038 0.140 0.037 0.078 0.751 0.079 0.600 0.209 0.022 0.276 0.050 0.338 1.024 0.026 0.027 0.036 0.041 2.425 0.124 0.058 0.046 0.323 0.034 0.022 0.373 0.297 0.181 0.175 1.418 1.602 nan 3.376 0.285 0.337 0.528 0.655 6.859 6.171 0.327 0.137 0.145 0.238 0.906 1.188 0.149 0.199 2.308 1.483 4228 chr16 11587682 11602860 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 36155 NR_110907 101927131 Hs.569654 NR_110907 ENSG00000262999 LOC101927131 - uncharacterized LOC101927131 ncRNA 1.635 0.961 nan 1.049 0.948 2.095 1.284 0.391 0.582 1.766 0.725 1.047 0.053 0.277 0.183 0.572 0.657 0.202 0.952 0.449 0.948 0.246 0.320 0.187 0.647 0.743 0.463 0.266 0.698 0.453 1.490 7.781 1.372 2.914 1.002 1.727 1.462 0.539 0.088 0.360 0.083 0.918 0.203 0.082 0.496 0.358 0.337 0.409 2.382 1.539 1.752 1.989 0.572 0.507 1.497 0.647 0.832 0.994 0.839 1.001 0.856 0.510 0.651 0.081 0.621 1.003 1.048 0.306 0.504 1.062 1.284 0.642 0.648 2.101 0.513 0.394 0.440 1.576 1.947 1.888 1.733 nan 0.824 0.581 0.934 3.021 3.344 0.171 0.358 1.414 0.842 1230 chr1 238222458 238228497 + 0 NA Intergenic MER41G|LTR|ERV1 -171255 NM_021186 57829 Hs.136241 NM_021186 ENSG00000116996 ZP4 ZBP|ZP1|ZPB|Zp-4 zona pellucida glycoprotein 4 protein-coding 0.741 1.913 1.189 0.102 0.047 0.213 0.132 0.381 0.079 0.187 0.357 0.010 0.016 0.030 0.888 0.149 0.080 0.399 0.409 0.104 0.149 0.024 0.012 0.192 0.210 0.080 0.492 0.035 0.450 0.437 0.144 0.032 0.037 0.105 0.701 0.026 0.122 0.051 0.026 0.166 0.052 0.080 11.836 0.108 0.504 0.078 0.888 0.154 0.016 0.081 0.069 0.528 0.039 0.101 0.026 0.077 0.041 0.304 0.057 0.025 0.335 0.157 0.316 0.665 0.264 0.216 nan 0.010 0.192 0.195 1.152 1.909 nan 0.337 0.230 0.048 0.066 0.154 0.629 0.818 0.228 0.179 nan 0.247 2793 chr12 75961617 76001808 + 0 NA Intergenic Intergenic -76294 NM_007043 11103 Hs.645517 NM_007043 ENSG00000111615 KRR1 HRB2|RIP-1 KRR1, small subunit processome component homolog protein-coding nan 1.041 0.817 0.259 0.190 0.055 0.159 0.179 0.293 0.007 0.124 0.523 0.020 0.053 0.182 0.356 0.295 0.178 0.100 0.009 0.036 0.028 0.174 0.172 0.230 0.064 0.020 0.044 0.074 0.060 0.086 0.350 0.100 0.586 0.098 0.072 0.274 0.062 0.069 0.112 0.112 0.113 0.039 0.046 0.041 0.061 0.127 0.302 0.148 0.182 0.031 0.067 0.356 0.081 0.212 0.230 0.100 0.051 0.760 0.142 0.191 0.063 0.047 0.309 0.075 0.047 0.024 0.376 0.259 1.300 2.063 0.858 1.045 0.809 0.210 0.197 0.202 5.703 5.067 nan 0.802 2.297 1.935 0.144 0.216 0.780 1.063 0.564 1.086 nan 0.849 6155 chr2 62793371 62815540 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -70851 NM_198276 200728 Hs.308028 NM_198276 ENSG00000186889 TMEM17 - transmembrane protein 17 protein-coding 0.768 0.625 nan 2.242 0.072 0.100 3.520 0.101 0.230 0.488 0.518 1.070 0.020 1.043 0.149 0.179 0.238 0.110 1.164 1.148 4.414 0.050 0.070 0.120 0.145 1.913 1.325 0.075 0.976 1.256 0.784 2.037 0.157 0.377 2.409 0.213 0.021 0.029 0.156 1.857 0.057 1.175 0.697 0.402 1.240 0.716 1.149 2.245 3.896 1.266 4.155 2.445 0.179 0.435 0.885 0.145 0.689 0.160 0.030 0.295 0.037 1.135 0.130 0.270 1.774 1.678 2.126 0.409 0.407 0.427 0.790 0.367 0.346 nan 0.101 0.267 0.256 0.243 0.312 0.425 0.358 0.408 0.263 0.218 0.222 0.056 0.081 0.477 1.063 0.680 0.724 6387 chr2 140589397 140598871 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 750120 NR_106979 102465692 NR_106979 ENSG00000283506 MIR7157 hsa-mir-7157 microRNA 7157 ncRNA 0.779 nan 0.778 0.060 0.149 0.006 0.022 0.219 0.268 0.043 0.091 0.029 0.040 0.126 0.028 0.107 0.048 0.188 0.078 0.046 0.044 0.083 0.115 0.152 0.008 0.072 0.017 0.021 0.087 0.323 0.046 0.034 12.218 0.055 0.066 0.029 0.013 0.016 0.023 0.024 0.030 0.053 0.017 0.039 0.008 0.029 0.107 0.030 0.030 0.152 0.013 0.027 0.031 0.037 0.022 0.008 0.021 0.079 0.040 0.012 0.010 0.270 0.210 0.440 0.321 0.207 0.274 0.721 0.283 0.084 0.150 0.794 1.097 0.299 0.321 0.371 0.187 0.118 0.203 38.069 48.206 0.321 0.484 0.171 0.254 10911 chr8 38359320 38373148 + 0 NA Intergenic Mam_R4|LINE|Dong-R4 19946 NM_207412 389649 Hs.546586 NM_207412 ENSG00000196166 C8orf86 - chromosome 8 open reading frame 86 protein-coding 0.729 1.670 nan 0.191 3.498 0.032 0.175 0.255 0.552 0.020 0.188 0.124 0.108 0.952 0.491 0.869 0.153 0.147 0.047 0.014 0.081 0.070 0.454 0.253 0.878 0.160 0.047 0.047 0.078 0.030 0.035 0.162 0.066 0.698 0.219 0.146 0.116 0.113 0.735 0.166 0.106 0.034 0.061 0.065 0.133 0.189 0.693 0.047 0.044 0.489 0.869 0.036 0.007 0.878 0.240 0.065 0.197 0.118 0.059 0.046 0.800 0.135 0.066 0.037 0.022 0.496 0.637 0.261 0.452 1.497 1.509 6.148 1.309 0.473 0.447 0.210 0.425 1.158 1.101 0.636 0.522 0.173 0.502 0.898 0.992 0.314 0.730 1.333 0.785 11789 chr9 130677759 130700953 + 0 NA intron (NM_001135219, intron 7 of 9) MIR3|SINE|MIR 414 NM_173492 138429 Hs.734928 NM_173492 ENSG00000167103 PIP5KL1 PIPKH phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase like 1 protein-coding nan 1.546 1.168 0.501 1.107 0.793 2.301 0.465 0.880 0.795 2.117 1.271 0.188 0.647 0.371 0.669 0.417 0.160 2.293 1.462 0.576 0.060 0.700 0.277 0.795 2.065 1.827 0.812 2.169 0.843 0.922 2.668 0.492 3.560 1.477 2.719 0.114 0.330 0.104 0.540 0.147 2.488 2.314 1.316 0.877 0.828 0.974 1.607 1.746 2.583 0.971 2.219 0.669 3.337 2.777 0.795 0.353 0.725 0.472 2.074 1.337 2.229 0.107 0.166 0.890 1.338 1.074 0.598 0.737 0.934 1.409 1.591 1.559 nan 0.736 1.292 1.209 0.795 1.231 2.774 3.549 1.666 1.493 0.369 0.526 0.852 1.229 0.569 1.029 1.175 0.672 11722 chr9 114652340 114748232 + 0 NA Intergenic Intergenic 5906 NR_039814 100616114 NR_039814 ENSG00000266315 MIR4668 mir-4668 microRNA 4668 ncRNA 0.846 0.986 nan 2.202 1.280 0.255 1.461 0.426 0.840 0.199 2.128 0.643 0.297 0.196 0.172 0.203 0.353 0.140 0.824 0.451 0.417 0.061 0.292 0.247 0.879 1.347 0.926 0.475 1.003 0.666 0.568 nan 0.436 0.942 0.361 0.427 0.124 0.456 0.101 0.431 0.162 4.413 0.999 0.580 0.653 0.512 0.684 0.987 0.726 1.141 0.191 0.511 0.203 0.545 0.335 0.879 0.176 0.451 0.136 0.716 0.414 0.811 0.155 0.290 0.358 0.291 0.226 0.374 0.416 1.216 1.478 0.804 0.868 0.675 0.194 0.582 0.623 0.275 0.414 4.563 nan 0.933 0.704 0.235 0.435 0.454 0.413 0.472 0.971 nan 0.568 5865 chr2 3903594 3922494 + 0 NA Intergenic Intergenic 108578 NR_037881 100505964 Hs.190267 NR_037881 ENSG00000237401 LINC01304 - long intergenic non-protein coding RNA 1304 ncRNA 0.588 0.490 0.645 0.060 0.415 1.151 0.026 0.153 0.406 0.069 0.029 0.023 0.016 0.666 0.175 0.052 0.057 0.034 0.020 0.033 1.148 0.536 1.152 0.004 0.019 0.020 0.049 0.011 0.132 0.532 0.063 1.583 0.038 0.051 0.040 0.034 0.121 0.042 0.149 0.032 0.008 0.017 0.065 0.066 0.159 0.056 0.038 0.038 0.050 0.175 0.050 0.024 1.152 0.041 0.057 0.051 0.052 0.167 0.026 0.075 0.020 0.040 0.024 0.008 0.273 0.239 0.197 0.293 0.888 0.847 5.881 1.519 0.034 0.049 0.158 0.271 1.740 2.392 0.379 0.168 0.122 0.221 0.546 0.348 0.150 0.268 1.390 0.871 7446 chr22 42707193 42727046 + 0 NA Intergenic Intergenic -37186 NM_005650 6942 Hs.475018 NM_005650 ENSG00000100207 TCF20 AR1|SPBP|TCF-20 transcription factor 20 protein-coding 0.886 nan 0.956 0.095 0.670 2.708 0.271 0.885 1.741 0.279 0.259 0.190 0.009 0.592 1.060 1.648 0.079 0.033 0.250 0.229 0.146 0.063 0.440 0.200 1.437 0.248 0.150 0.089 0.191 0.122 0.974 4.773 0.209 6.088 0.073 0.066 0.878 0.165 0.071 0.089 0.088 0.647 0.049 0.071 0.087 0.132 0.229 0.129 0.442 0.061 0.144 0.236 1.648 0.391 0.032 1.437 0.055 0.101 0.464 0.390 2.332 0.405 1.309 0.155 0.139 0.055 0.031 1.508 2.340 0.401 0.528 2.144 1.673 3.911 0.934 0.250 0.311 0.726 nan 2.260 2.365 nan 0.641 0.936 1.692 3.075 3.537 0.265 0.484 1.775 0.950 3590 chr14 58892549 58896846 + 0 NA promoter-TSS (NM_001304491) promoter-TSS (NM_001304491) 303 NM_001329943 9786 Hs.232532 NM_014749 ENSG00000100578 KIAA0586 JBTS23|SRTD14|Talpid3 KIAA0586 protein-coding 8.665 2.695 4.753 3.466 6.810 3.731 2.730 1.862 4.269 1.731 2.808 2.823 1.530 2.074 6.008 4.509 3.935 0.231 3.424 1.147 4.995 1.870 1.890 1.397 4.377 4.905 4.982 0.601 4.803 2.162 5.473 5.932 5.076 9.168 3.261 5.080 1.482 4.750 0.269 2.473 3.388 3.633 4.039 1.926 3.146 2.557 3.026 5.838 2.256 2.408 3.887 3.106 4.509 3.714 7.148 4.377 1.732 1.675 1.901 5.524 3.533 6.911 2.747 2.448 4.057 2.458 1.943 5.679 5.333 5.947 8.289 7.190 6.502 5.768 3.134 21.463 22.248 6.173 6.654 7.628 11.709 15.017 14.564 4.264 7.402 8.573 9.264 6.184 6.803 nan 2.604 1060 chr1 205546597 205552970 + 0 NA intron (NM_181644, intron 2 of 9) intron (NM_181644, intron 2 of 9) -11350 NR_152721 284578 Hs.537020 NR_027086 LOC284578 - uncharacterized LOC284578 ncRNA 1.029 7.284 0.995 0.327 0.320 1.020 1.266 0.352 0.485 0.035 0.073 0.116 0.166 0.205 0.512 0.362 0.116 0.128 1.590 0.867 0.040 0.296 0.090 0.309 0.119 0.080 0.011 3.314 0.982 2.945 9.375 4.248 3.847 1.078 0.110 0.060 0.070 0.134 0.038 0.087 0.101 0.038 2.129 2.603 0.482 0.109 0.169 0.034 0.173 0.240 0.362 2.987 0.029 0.309 0.095 0.233 0.045 0.124 0.089 0.036 0.045 0.214 0.024 0.018 0.047 0.577 0.502 0.732 1.719 1.411 1.341 0.676 0.355 nan nan 0.289 0.598 0.550 0.777 0.434 0.365 0.302 0.333 0.572 0.653 0.674 1.106 0.951 0.706 11863 chr9 139692960 139703960 + 0 NA TTS (NR_024580) TTS (NR_024580) -3914 NM_001173988 55684 Hs.370555 NM_017995 ENSG00000196642 RABL6 C9orf86|PARF|RBEL1|pp8875 RAB, member RAS oncogene family like 6 protein-coding nan 2.486 3.776 1.330 4.514 4.123 0.850 1.137 2.037 0.674 1.959 0.811 0.118 1.541 2.071 2.205 1.006 0.309 2.249 0.554 0.400 0.539 1.811 0.886 3.272 0.849 0.841 1.508 1.983 0.341 2.034 4.360 1.101 6.481 0.916 1.596 0.629 1.009 0.090 0.358 0.503 1.415 1.598 0.832 0.504 0.565 1.282 0.739 2.587 2.626 1.038 1.820 2.205 2.453 1.234 3.272 0.443 1.895 0.711 2.539 2.998 0.899 0.647 0.502 1.210 0.522 0.284 1.966 2.218 2.710 3.880 5.251 5.036 nan 1.164 2.038 1.864 1.157 1.779 4.889 6.808 3.765 3.483 1.367 2.361 2.287 2.454 2.239 2.577 2.970 1.439 3759 chr14 91315057 91319805 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -34670 NM_001010854 145567 Hs.655697 NM_001010854 ENSG00000165914 TTC7B TTC7L1|c14_5685 tetratricopeptide repeat domain 7B protein-coding 1.243 0.531 nan 0.135 0.133 0.071 1.292 0.034 0.335 0.040 0.097 0.487 0.026 0.064 0.088 0.300 0.699 0.275 0.625 0.159 0.080 0.165 0.051 0.050 1.193 0.506 0.062 0.786 0.206 0.153 0.302 0.307 0.332 0.083 0.263 0.039 0.093 0.074 0.087 0.930 10.270 3.879 0.433 1.948 0.689 0.252 0.137 1.786 0.033 0.584 0.300 0.424 0.311 0.050 0.367 0.086 0.041 0.168 0.945 0.042 0.102 0.225 0.291 0.162 0.292 0.271 0.346 0.733 0.550 0.535 0.218 0.152 0.485 0.638 0.576 0.980 0.719 0.588 0.574 0.228 0.240 0.181 0.106 0.063 0.181 0.601 nan 0.457 2104 chr11 74732897 74744495 + 0 NA Intergenic MamRep564|Unknown|Unknown 38746 NM_006656 10825 Hs.191074 NM_006656 ENSG00000162139 NEU3 SIAL3 neuraminidase 3 protein-coding nan 0.565 0.852 0.178 0.295 1.970 0.964 0.193 0.293 0.176 0.180 0.016 0.070 0.686 0.222 0.122 0.028 0.182 0.213 0.033 0.024 0.040 0.094 0.124 0.691 0.325 0.076 0.182 0.402 0.250 nan 0.147 1.770 0.321 0.093 0.156 0.071 0.144 0.235 0.061 0.268 0.115 0.053 0.247 0.456 0.074 0.813 0.128 0.092 2.860 0.326 0.222 0.146 0.255 0.124 0.095 0.058 0.034 0.171 0.122 0.438 0.298 0.296 0.066 0.025 0.005 1.006 1.208 0.251 0.387 0.854 1.062 0.414 0.204 1.016 1.056 0.397 0.833 2.236 1.993 0.394 0.236 0.564 0.917 0.430 0.434 0.321 0.816 0.921 0.557 11721 chr9 114486398 114496523 + 0 NA intron (NR_109816, intron 12 of 26) AluJr|SINE|Alu 30353 NM_001080551 158401 Hs.428209 NM_173521 ENSG00000165181 C9orf84 - chromosome 9 open reading frame 84 protein-coding 0.684 0.788 nan 0.226 0.102 0.022 4.972 0.126 0.198 1.248 1.456 1.922 0.220 0.049 0.044 0.090 0.199 0.047 4.798 2.561 2.201 0.109 0.088 0.165 2.789 2.208 0.160 4.330 1.122 2.044 nan 2.513 0.343 2.049 0.096 0.010 0.054 0.106 0.721 0.094 2.540 0.339 0.231 3.381 2.160 0.400 0.287 0.233 0.106 0.357 1.633 0.090 1.510 5.939 0.165 0.217 0.800 0.448 0.070 6.062 0.039 0.048 0.874 0.245 0.080 0.200 0.088 0.209 0.860 0.292 0.332 0.120 0.072 0.204 0.206 0.124 0.191 0.340 nan 0.561 0.194 0.071 0.099 0.065 0.091 0.156 0.378 nan 0.316 10582 chr7 105950693 105956821 + 0 NA Intergenic Intergenic -28119 NM_005746 10135 Hs.489615 NM_005746 ENSG00000105835 NAMPT 1110035O14Rik|PBEF|PBEF1|VF|VISFATIN nicotinamide phosphoribosyltransferase protein-coding nan 0.652 0.676 1.225 0.071 0.018 1.708 0.027 0.174 0.403 0.835 0.041 0.048 0.068 0.145 0.244 0.105 0.519 0.247 0.104 0.080 0.175 0.058 1.127 0.604 0.023 4.025 2.147 1.552 2.233 9.806 0.158 0.767 0.380 0.036 0.143 1.497 0.064 0.230 0.375 0.336 2.203 0.757 0.456 1.680 0.203 0.057 0.007 1.047 0.145 0.221 0.635 0.058 0.461 1.630 0.056 0.033 0.475 0.016 0.075 0.488 0.019 0.009 0.393 0.137 0.182 0.560 0.312 0.270 0.167 0.089 0.114 0.046 0.138 0.418 0.212 0.240 0.380 0.158 0.126 0.312 0.088 0.148 0.191 nan 0.552 0.645 6171 chr2 66908646 66930234 + 0 NA intron (NR_110156, intron 5 of 5) intron (NR_110156, intron 5 of 5) 10919 NR_110264 101927577 Hs.380543 NR_110264 ENSG00000237179 LINC01797 - long intergenic non-protein coding RNA 1797 ncRNA 1.220 0.723 nan 0.103 0.130 0.064 0.039 0.371 0.792 0.031 0.069 0.061 0.072 0.019 0.127 0.131 0.125 0.052 0.092 0.018 0.026 0.128 0.255 0.175 0.277 0.023 0.003 0.070 0.213 1.352 0.305 0.576 0.075 0.050 0.185 0.066 0.107 0.033 0.184 0.068 0.014 0.011 0.022 0.018 0.054 0.070 0.030 0.030 0.015 0.046 0.131 0.070 0.017 0.277 0.460 0.264 0.032 0.038 0.047 0.015 0.870 1.642 0.014 0.016 0.009 1.030 0.937 4.953 4.687 0.437 0.543 nan 0.278 0.557 0.528 0.436 0.612 0.646 0.505 0.906 0.488 0.846 2.724 0.647 0.522 1.036 2.598 0.333 0.325 2894 chr12 99144676 99151056 + 0 NA intron (NM_001352209, intron 8 of 9) intron (NM_001352209, intron 8 of 9) 108788 NM_001160 317 Hs.552567 NM_001160 ENSG00000120868 APAF1 APAF-1|CED4 apoptotic peptidase activating factor 1 protein-coding 0.735 0.676 0.531 0.095 0.070 0.026 2.430 0.150 0.258 0.030 0.064 0.795 0.010 0.048 0.112 2.498 0.290 0.229 0.547 1.911 0.020 0.044 0.200 0.167 0.137 1.176 1.006 0.082 0.198 0.101 0.150 0.055 nan 0.329 0.119 0.014 0.017 0.116 3.791 0.914 0.101 0.414 0.148 0.017 0.036 0.045 2.382 0.698 0.915 0.148 0.112 2.498 0.291 0.044 0.137 0.095 0.152 0.046 0.088 0.192 0.269 0.031 0.057 0.036 0.364 0.168 0.269 0.351 0.330 0.403 0.352 0.079 0.171 0.112 0.470 nan 0.375 nan 0.271 0.154 0.186 0.120 0.119 0.095 0.314 0.265 0.675 0.766 2126 chr11 77953339 77958347 + 0 NA intron (NM_012296, intron 3 of 9) L1M2a|LINE|L1 55985 NM_020798 57558 Hs.531249 NM_020798 ENSG00000118369 USP35 - ubiquitin specific peptidase 35 protein-coding nan 0.873 0.530 0.071 0.157 0.089 0.115 0.096 0.421 0.018 0.138 0.211 0.013 0.098 0.123 0.128 2.142 0.839 0.105 0.038 0.012 0.066 0.243 0.192 0.150 0.055 0.026 0.031 0.027 0.083 0.110 nan 0.122 0.381 0.029 0.058 0.152 0.111 0.115 0.240 0.048 0.067 0.045 0.217 0.179 0.111 0.042 0.078 0.129 0.128 0.129 0.019 0.150 0.065 0.059 0.139 0.089 0.048 11.376 0.097 0.031 0.034 0.021 8.638 5.869 10.133 4.528 0.573 0.700 0.983 0.389 0.921 1.172 0.806 1.258 0.328 0.355 0.186 0.143 4.825 7.072 0.191 0.170 0.223 0.524 0.546 0.421 2858 chr12 92679340 92686855 + 0 NA Intergenic Intergenic -132210 NR_027932 574028 Hs.730377 NM_001025233 ENSG00000257127 CLLU1 - chronic lymphocytic leukemia up-regulated 1 ncRNA 0.812 0.779 0.767 1.256 0.189 0.313 0.076 0.171 0.215 0.025 0.166 0.431 0.008 0.080 0.187 0.185 0.157 0.043 0.210 0.152 0.078 0.018 0.107 0.205 0.126 0.415 0.097 0.039 0.324 0.573 0.095 0.383 0.065 nan 0.328 0.051 0.041 0.100 0.145 0.204 0.043 0.599 0.787 0.384 0.216 0.061 0.269 1.789 0.162 0.151 0.080 0.096 0.185 0.056 0.037 0.126 0.147 0.066 0.051 0.086 0.054 0.042 0.802 0.197 0.091 0.031 0.041 5.171 3.914 20.012 11.879 0.354 0.658 0.328 0.171 5.347 5.357 2.846 nan 0.402 nan 1.263 1.768 2.399 4.828 0.120 0.195 0.324 0.631 0.663 0.783 10758 chr7 153138826 153160038 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -40113 NR_125776 103724390 Hs.614280 NR_125776 ENSG00000234722 LINC01287 TCONS_l2_00027522 long intergenic non-protein coding RNA 1287 ncRNA 0.539 0.803 nan 0.052 0.039 0.013 0.026 0.878 1.813 0.005 0.059 0.061 0.009 0.047 0.050 4.087 0.085 0.068 0.010 0.012 0.480 0.270 0.214 0.010 0.014 0.098 0.050 0.021 0.122 0.659 0.042 0.070 0.022 0.046 0.133 0.005 0.049 0.124 0.022 0.011 0.021 0.036 0.100 0.124 0.054 0.031 0.011 0.038 4.087 0.027 0.022 0.214 0.007 0.039 0.023 0.038 0.029 0.033 0.047 0.012 0.011 0.010 0.012 0.441 0.314 0.494 1.405 1.460 1.249 6.435 2.897 0.068 0.053 0.124 0.232 0.083 0.104 0.270 0.104 0.109 0.160 0.186 0.223 0.122 0.214 1.722 1.156 4221 chr16 9183730 9196302 + 0 NA intron (NM_014117, intron 2 of 3) MIR|SINE|MIR 4479 NM_014117 29035 Hs.221497 NM_014117 ENSG00000182831 C16orf72 PRO0149 chromosome 16 open reading frame 72 protein-coding 3.132 nan 2.917 3.998 2.902 1.769 2.185 1.261 2.653 0.898 3.665 1.395 0.430 0.551 2.380 1.836 1.359 0.280 2.816 0.425 1.938 1.127 1.169 0.569 2.648 2.021 2.493 1.524 3.319 0.482 4.177 5.827 2.095 4.134 0.511 1.783 0.468 1.659 0.126 0.528 1.571 1.831 1.913 0.847 1.783 1.446 2.765 1.707 2.784 2.607 1.877 2.921 1.836 3.109 2.335 2.648 0.702 1.286 0.649 2.883 1.198 1.288 0.910 1.224 1.217 0.912 0.876 2.243 2.349 1.643 2.500 2.713 2.655 nan 1.884 4.506 4.536 1.756 nan 1.783 3.095 4.076 4.077 1.671 3.804 2.131 2.669 2.770 3.030 1.470 0.827 8644 chr4 178223936 178245650 + 0 NA intron (NM_018248, intron 1 of 9) intron (NM_018248, intron 1 of 9) 3802 NM_018248 55247 Hs.405467 NM_018248 ENSG00000109674 NEIL3 FGP2|FPG2|NEI3|ZGRF3|hFPG2|hNEI3 nei like DNA glycosylase 3 protein-coding nan nan 0.679 0.453 0.534 0.128 0.575 0.229 0.428 0.228 0.729 0.289 0.103 0.046 0.095 0.053 0.424 0.089 0.342 0.148 3.130 0.096 0.239 0.240 0.309 2.003 1.420 0.109 0.487 0.119 0.126 0.414 0.413 0.540 0.299 4.380 0.162 0.284 0.094 0.272 0.314 0.182 0.309 0.208 0.307 0.081 0.250 0.547 1.247 0.302 0.669 1.371 0.053 0.239 0.548 0.309 0.373 0.130 0.031 0.167 0.098 0.441 0.101 0.188 0.238 0.081 0.037 0.484 0.452 1.054 nan 0.634 0.623 0.544 0.221 0.399 0.386 0.543 0.643 0.564 0.694 0.745 0.706 0.287 0.343 0.595 0.689 0.558 0.686 0.665 0.464 2526 chr12 19139601 19153433 + 0 NA Intergenic Intergenic -136109 NM_019012 54477 Hs.188614 NM_019012 ENSG00000052126 PLEKHA5 PEPP-2|PEPP2 pleckstrin homology domain containing A5 protein-coding 0.847 1.485 1.004 0.117 0.379 9.087 1.675 0.115 0.297 0.024 0.220 0.665 0.044 0.090 0.278 0.113 0.047 0.849 0.726 0.036 0.060 0.113 0.148 0.052 0.100 0.077 0.026 1.012 0.774 0.075 0.427 0.282 1.480 0.218 0.156 0.047 0.114 0.283 0.366 0.114 0.087 0.040 0.441 0.404 0.070 0.264 0.094 0.144 0.017 0.057 0.278 0.350 0.286 0.052 0.178 0.007 0.088 0.036 0.429 0.014 0.233 0.125 0.008 0.007 0.189 0.099 0.154 0.247 nan 0.806 0.873 0.230 0.290 0.264 0.763 1.078 0.404 0.333 0.385 0.191 0.098 0.192 0.049 0.054 0.514 1.222 0.780 0.436 972 chr1 187621547 187626495 + 0 NA Intergenic Intergenic 211261 NR_132374 106144535 Hs.568709 NR_132374 LINC01037 - long intergenic non-protein coding RNA 1037 ncRNA nan nan 0.913 2.355 0.142 0.045 0.157 0.098 0.161 0.112 0.131 0.103 0.155 0.180 0.098 0.173 0.039 0.191 0.158 0.120 0.014 0.029 0.031 0.037 0.214 0.193 0.687 0.215 0.428 0.148 0.075 0.043 0.116 0.048 0.097 0.093 0.024 0.090 0.112 0.102 0.033 0.014 0.175 0.040 0.155 0.014 0.018 0.120 0.035 0.012 0.087 0.097 0.031 0.023 0.020 0.516 0.261 10.516 8.304 0.410 nan 0.370 0.122 nan 0.458 0.710 1.210 0.416 0.230 0.010 0.224 0.387 0.136 0.145 0.341 nan 0.377 0.243 7787 chr3 119862922 119901822 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -69108 NM_001354596 2932 Hs.445733 NM_002093 ENSG00000082701 GSK3B - glycogen synthase kinase 3 beta protein-coding 1.463 nan 1.440 0.821 0.784 0.977 1.641 0.362 0.668 0.774 0.470 0.126 0.119 0.527 0.354 0.235 0.924 0.170 0.862 0.708 0.768 0.028 0.484 0.232 0.547 1.312 0.632 0.185 1.153 2.050 1.635 3.558 3.857 1.120 0.692 2.152 0.059 0.053 0.063 0.240 0.470 3.561 0.418 0.293 1.087 0.846 0.861 0.483 0.380 0.501 0.188 2.800 0.235 1.341 0.446 0.547 0.476 1.015 0.194 0.192 0.164 0.653 0.089 0.150 0.176 0.076 0.036 0.379 0.285 0.334 0.745 0.635 nan 5.756 2.508 0.319 0.371 nan 0.775 2.744 2.500 1.485 1.526 0.299 0.328 0.543 0.530 0.429 0.763 1.545 1.028 10003 chr6 148122456 148191657 + 0 NA Intergenic LTR33A_|LTR|ERVL 327228 NM_001030060 389432 Hs.567973 NM_001030060 ENSG00000203727 SAMD5 dJ875H10.1 sterile alpha motif domain containing 5 protein-coding nan 0.846 nan 0.027 0.106 0.130 0.072 0.079 0.187 0.007 0.060 0.038 0.011 0.083 0.094 0.281 0.439 0.095 0.086 0.027 0.024 0.028 0.084 0.098 0.111 0.028 0.013 0.022 0.056 0.008 0.108 0.276 0.070 0.208 0.034 0.108 0.069 0.035 0.099 0.024 0.052 0.059 0.027 0.025 0.030 0.042 0.139 0.083 0.085 0.081 0.019 0.071 0.281 0.065 0.023 0.111 0.081 0.055 0.066 0.029 0.054 0.034 0.102 0.203 0.011 0.023 0.010 0.427 0.319 0.692 0.858 0.438 0.521 4.834 2.433 0.278 0.278 0.205 0.294 0.320 0.286 1.503 0.910 0.227 0.465 0.374 0.425 0.289 0.518 0.382 0.385 8397 chr4 57299065 57305091 + 0 NA promoter-TSS (NM_002703) promoter-TSS (NM_002703) 163 NM_006452 10606 Hs.518774 NM_006452 ENSG00000128050 PAICS ADE2|ADE2H1|AIRC|PAIS phosphoribosylaminoimidazole carboxylase and phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase protein-coding nan 1.596 2.629 3.063 5.898 2.752 2.526 1.864 3.633 1.646 4.007 3.393 2.478 0.848 4.564 2.901 1.906 0.454 4.134 1.639 1.856 1.499 2.365 1.324 2.851 1.642 2.109 1.998 3.917 1.277 2.143 3.633 2.117 6.025 2.625 2.739 0.755 2.960 0.159 2.268 2.581 6.298 4.213 2.277 2.795 1.510 3.004 4.637 2.378 2.536 3.007 1.690 2.901 4.547 5.540 2.851 1.159 1.239 0.756 6.797 3.181 2.698 2.178 2.345 2.024 1.357 0.708 7.183 6.359 2.736 4.381 4.826 3.619 9.453 4.244 12.061 13.177 5.882 7.294 8.226 15.161 9.215 13.749 3.214 5.058 3.779 4.084 7.053 6.887 8.924 5.441 3 chr1 839570 862084 + 0 NA Intergenic Intergenic 4245 NR_026874 100130417 Hs.200644 NM_175912 ENSG00000223764 LOC100130417 - uncharacterized LOC100130417 ncRNA 1.286 nan 1.253 0.318 0.355 0.439 0.338 0.271 0.406 0.089 0.765 0.646 0.044 0.283 0.924 0.896 0.240 0.154 0.286 0.152 0.198 0.323 0.195 0.173 1.281 0.284 0.201 0.883 0.332 0.065 0.488 nan 0.348 1.593 0.173 0.431 0.166 1.116 0.114 0.132 4.607 0.440 0.212 0.162 0.077 0.061 0.328 0.271 2.062 1.072 0.816 0.317 0.896 0.371 0.510 1.281 0.278 0.673 0.431 1.799 0.619 0.232 2.598 0.269 0.215 0.049 0.029 1.716 3.060 1.021 1.540 1.077 0.957 1.217 0.247 1.974 2.051 2.101 nan nan 1.679 nan 0.391 1.902 3.944 0.523 0.370 0.941 1.415 1.344 0.878 7802 chr3 124702539 124707257 + 0 NA intron (NM_020733, intron 14 of 16) AluSz|SINE|Alu -51303 NM_033049 56667 Hs.5940 NM_033049 ENSG00000173702 MUC13 DRCC1|MUC-13 mucin 13, cell surface associated protein-coding 1.209 nan 0.608 0.093 0.108 0.036 3.505 0.183 0.518 0.122 1.619 1.347 0.052 0.041 0.526 0.356 0.967 0.522 1.525 0.799 0.132 0.165 0.190 0.101 1.453 1.162 0.125 1.383 1.925 0.160 0.419 0.149 0.271 0.308 2.043 0.045 0.092 0.527 0.173 6.730 9.750 3.270 2.314 1.089 0.492 5.420 0.535 1.355 0.033 0.627 0.356 0.658 0.262 0.101 0.548 0.298 0.020 0.653 0.534 1.575 0.049 0.136 1.096 4.791 4.622 0.429 0.251 0.531 1.401 0.386 0.436 2.199 0.443 0.254 0.409 1.407 nan 0.395 0.474 0.787 0.410 0.356 0.536 0.125 0.106 0.384 0.860 1.039 0.691 5643 chr19 38144362 38148000 + 0 NA 5' UTR (NM_001320666, exon 1 of 6) 5' UTR (NM_001320666, exon 1 of 6) 185 NM_014898 22835 Hs.668737 NM_014898 ENSG00000120784 ZFP30 ZNF745 ZFP30 zinc finger protein protein-coding 8.440 4.356 4.877 1.159 12.998 6.321 1.502 3.693 7.228 1.608 3.661 0.026 1.792 0.027 7.630 4.258 2.105 0.223 5.042 1.670 0.035 2.518 1.830 1.314 6.778 2.434 3.469 3.331 1.392 2.654 3.940 1.940 28.265 2.315 1.843 1.151 6.233 0.138 1.297 3.157 5.266 7.359 3.090 1.979 0.949 3.553 2.055 4.877 11.717 1.906 1.338 4.258 7.073 4.015 6.778 0.436 0.477 1.678 3.285 3.679 1.805 3.228 2.679 1.646 5.849 5.870 4.175 5.636 3.351 5.741 15.176 12.394 12.758 5.428 14.748 15.680 3.953 5.279 7.244 9.740 nan 10.584 3.928 6.801 7.460 6.602 6.079 7.987 5.411 2.680 248 chr1 35242726 35250488 + 0 NA promoter-TSS (NM_024009) promoter-TSS (NM_024009) -183 NM_024009 2707 Hs.522561 NM_024009 ENSG00000188910 GJB3 CX31|DFNA2|DFNA2B|EKV|EKVP1 gap junction protein beta 3 protein-coding 0.589 nan 0.910 7.099 0.388 0.050 6.433 0.228 0.313 2.010 0.098 0.042 0.520 0.038 0.126 0.395 0.077 0.104 3.040 1.445 0.220 0.018 0.141 0.109 0.354 1.408 1.614 0.580 6.818 2.633 1.998 4.724 0.467 0.981 1.772 0.042 0.012 0.085 0.076 0.101 0.082 0.763 2.642 1.279 4.339 2.827 4.750 0.235 0.415 0.294 0.051 2.700 0.395 2.389 0.048 0.354 3.291 2.749 0.050 1.012 0.039 0.346 0.050 0.047 0.089 0.015 0.295 0.167 0.107 0.254 0.882 1.001 nan 0.069 0.285 0.340 0.173 0.307 0.860 1.767 nan 0.410 0.397 0.456 0.131 0.071 0.204 0.334 0.411 nan 5608 chr19 32960134 32977534 + 0 NA intron (NM_001172774, intron 17 of 18) THE1B|LTR|ERVL-MaLR 71812 NM_207325 147991 Hs.194392 NM_207325 ENSG00000178904 DPY19L3 - dpy-19 like C-mannosyltransferase 3 protein-coding 0.876 0.667 0.790 0.131 0.281 4.450 0.078 0.138 0.196 0.022 0.172 0.105 0.021 0.041 2.046 0.490 0.141 0.068 0.115 0.022 0.027 0.008 0.090 0.084 0.076 0.040 0.025 0.025 0.085 0.074 0.090 0.077 2.446 0.017 0.059 0.038 0.092 0.129 0.007 0.068 0.157 0.055 0.014 0.006 0.031 0.133 0.134 0.126 0.194 0.032 0.042 0.490 0.094 0.052 0.076 0.070 0.019 0.050 0.034 0.047 0.054 0.058 0.114 0.022 0.007 0.006 0.293 0.329 0.281 0.477 1.781 2.259 0.378 0.136 0.419 0.377 0.490 0.758 1.109 1.894 nan 0.267 0.337 0.483 0.163 0.199 0.243 0.453 0.708 0.556 802 chr1 159194870 159203901 + 0 NA Intergenic Intergenic 24336 NM_001122951 2532 Hs.153381 NM_002036 ENSG00000213088 ACKR1 CCBP1|CD234|DARC|DARC/ACKR1|Dfy|FY|GPD|GpFy|WBCQ1 atypical chemokine receptor 1 (Duffy blood group) protein-coding nan nan 1.975 0.024 0.069 0.771 0.064 0.125 0.259 0.011 0.095 0.313 0.040 0.045 0.135 0.084 0.098 0.073 0.035 0.021 0.049 0.031 0.053 0.297 0.071 0.023 0.032 0.033 0.075 0.047 0.063 0.123 0.117 0.278 0.049 0.167 0.011 0.085 0.127 0.013 0.053 0.112 0.046 0.017 0.024 0.040 0.043 0.100 0.037 0.056 0.087 0.065 0.084 0.031 0.066 0.071 0.104 0.055 0.011 0.122 0.022 0.079 3.394 0.149 0.058 0.026 0.033 1.256 0.998 13.499 9.451 0.242 nan 0.118 0.073 0.112 0.117 0.224 0.414 0.339 0.331 0.397 0.300 3.290 5.372 0.066 0.113 0.187 0.512 0.432 0.456 11204 chr8 108190958 108230518 + 0 NA Intergenic L1MB4|LINE|L1 138005 NM_001314051 284 Hs.369675 NM_001146 ENSG00000154188 ANGPT1 AGP1|AGPT|ANG1 angiopoietin 1 protein-coding 1.243 nan nan 0.057 0.572 0.333 0.072 0.154 0.320 0.074 0.176 0.387 0.016 0.148 0.054 0.353 0.254 0.146 0.085 0.019 0.067 0.193 0.150 0.144 0.175 0.011 0.005 0.009 0.091 0.016 0.086 0.105 0.080 1.144 0.052 0.054 1.042 0.034 0.086 0.012 0.702 0.058 0.020 0.020 0.025 0.020 0.086 0.163 0.218 0.055 0.036 0.046 0.353 0.056 0.031 0.175 0.025 0.055 0.039 0.048 0.092 0.026 0.027 0.100 0.080 0.015 0.013 0.369 0.274 0.233 0.285 0.795 1.111 nan 0.501 0.570 0.509 1.587 nan 0.760 nan nan 0.226 0.145 0.281 3.236 4.376 0.245 nan 0.628 0.480 3924 chr15 42141494 42172699 + 0 NA intron (NM_016642, intron 39 of 67) MIRc|SINE|MIR 1653 NR_036195 100423013 NR_036195 ENSG00000264850 MIR4310 - microRNA 4310 ncRNA 0.734 0.480 nan 0.037 0.242 2.383 0.357 0.142 0.326 0.021 0.141 0.160 0.008 0.039 0.724 0.260 0.101 0.092 0.145 0.174 0.034 0.027 0.293 0.196 0.152 0.060 0.037 0.109 0.070 0.027 0.150 0.910 0.120 0.746 0.056 0.085 0.012 0.056 0.051 0.011 0.073 0.062 0.035 0.030 0.055 0.042 0.074 0.152 0.112 0.111 0.023 0.176 0.260 0.183 0.109 0.152 0.137 0.061 0.133 0.122 0.131 0.134 0.054 0.100 0.140 0.023 0.006 0.473 0.745 0.238 0.403 0.580 0.602 0.487 0.220 0.252 0.305 0.177 nan 0.961 1.110 0.764 0.674 0.393 0.409 0.192 0.162 0.312 0.398 1.509 0.803 9153 chr5 124173575 124188138 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -100051 NM_020747 57507 Hs.266616 NM_020747 ENSG00000168916 ZNF608 NY-REN-36 zinc finger protein 608 protein-coding nan 1.246 0.721 0.064 0.175 0.414 0.157 0.707 1.032 0.019 0.063 0.259 0.026 0.062 0.246 0.547 0.585 0.209 0.094 0.013 0.039 0.246 0.244 0.231 0.095 0.030 0.010 0.063 0.037 0.368 2.490 0.911 1.080 0.041 0.070 1.466 0.210 0.132 0.008 0.457 0.057 0.025 0.011 0.015 0.042 0.099 0.082 0.152 0.077 0.087 0.338 0.547 0.109 0.019 0.231 0.126 0.069 0.245 0.072 0.104 0.086 0.055 0.135 0.188 0.024 0.017 0.252 0.214 0.457 nan 0.478 0.411 1.378 0.420 0.395 0.260 1.351 1.487 0.386 0.361 0.456 0.212 0.110 0.139 3.526 4.051 0.246 0.596 0.615 0.398 3420 chr14 26783091 26798681 + 0 NA Intergenic Intergenic 276074 NM_006491 4857 Hs.31588 NM_002515 ENSG00000139910 NOVA1 Nova-1 NOVA alternative splicing regulator 1 protein-coding nan 0.746 0.915 0.041 5.390 0.183 0.056 0.216 0.258 0.064 0.083 0.020 0.122 0.164 0.179 0.162 0.061 0.048 0.041 0.027 0.684 0.185 0.390 0.036 0.005 0.005 0.026 0.098 0.369 0.107 3.702 0.028 1.054 0.043 0.056 0.137 0.204 0.036 0.008 0.005 0.007 0.019 0.049 0.109 0.073 0.027 0.256 0.112 0.179 0.054 0.042 0.390 0.087 0.027 0.013 0.018 0.494 0.040 0.031 0.031 0.025 0.004 0.011 0.218 0.145 0.190 0.196 0.683 0.884 4.823 1.194 0.193 0.212 0.806 1.110 2.374 nan 0.637 0.229 0.132 0.217 0.344 0.421 0.096 0.184 2.344 1.019 8097 chr3 183002720 183025539 + 0 NA intron (NM_015078, intron 12 of 29) L2b|LINE|L2 43097 NM_032047 84002 Hs.718506 NM_032047 ENSG00000176597 B3GNT5 B3GN-T5|beta3Gn-T5 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 5 protein-coding 1.277 1.771 1.046 0.826 0.766 0.260 1.155 0.612 1.246 0.474 0.856 1.297 0.054 0.274 0.150 0.271 1.089 0.148 0.700 0.434 0.438 0.024 1.523 0.560 0.879 2.157 1.263 0.048 1.386 0.660 0.990 2.275 1.723 3.469 0.679 1.014 0.134 0.029 0.069 0.207 0.194 0.601 0.574 0.255 1.560 0.469 1.743 0.302 0.423 0.633 0.627 1.982 0.271 0.673 0.756 0.879 0.480 1.070 0.276 0.220 1.005 0.592 0.035 0.335 0.343 0.234 0.229 0.592 0.550 0.401 0.848 0.535 0.618 2.147 0.368 0.305 0.313 0.824 1.323 1.520 1.542 1.375 1.117 0.191 0.294 1.597 2.296 0.523 0.801 1.552 1.072 5130 chr18 6402613 6417953 + 0 NA intron (NM_173464, intron 1 of 19) L2c|LINE|L2 4627 NM_173464 91133 Hs.128279 NM_173464 ENSG00000154655 L3MBTL4 HsT1031 L3MBTL4, histone methyl-lysine binding protein protein-coding 1.606 1.159 3.388 0.065 0.075 2.360 0.038 0.061 0.240 0.012 0.110 0.629 0.126 0.019 0.430 0.819 0.115 0.084 0.090 0.012 0.029 0.109 0.735 0.412 0.101 0.303 0.300 0.380 0.491 0.263 0.577 0.444 nan 0.038 0.070 1.117 0.310 0.142 0.154 2.136 0.246 0.511 0.336 0.200 0.010 0.102 0.275 0.186 0.033 0.026 0.094 0.819 0.075 0.018 0.101 0.351 0.097 0.303 0.390 0.246 0.016 1.611 0.024 0.005 0.008 0.007 1.215 0.883 4.179 4.069 2.602 2.234 nan 0.164 1.343 1.469 0.065 nan 3.917 5.474 nan 0.605 1.819 3.658 5.518 8.286 0.114 nan nan 0.341 3269 chr13 97893051 97934709 + 0 NA intron (NM_001306070, intron 1 of 7) intron (NM_001306070, intron 1 of 7) 39330 NM_144778 10150 Hs.657347 NM_144778 ENSG00000139793 MBNL2 MBLL|MBLL39|PRO2032 muscleblind like splicing regulator 2 protein-coding 0.904 1.554 0.917 0.395 0.191 0.202 1.075 0.270 0.483 0.819 1.199 0.947 1.149 0.036 0.271 0.963 1.108 0.282 2.469 1.266 0.122 0.027 0.109 0.111 0.233 0.866 0.530 0.438 0.358 0.367 1.589 4.043 0.669 0.515 0.635 1.302 0.039 0.326 0.075 0.405 0.305 6.979 0.778 0.414 0.506 0.489 1.434 0.447 0.500 0.319 0.688 0.577 0.963 1.565 0.504 0.233 0.344 0.757 0.222 1.287 0.355 1.233 0.274 0.225 0.958 0.817 0.378 0.582 0.536 3.230 7.589 0.355 0.461 0.296 0.168 0.222 0.179 0.276 0.459 0.489 0.522 0.424 0.259 0.431 0.625 0.233 0.289 0.618 1.245 0.195 0.180 2632 chr12 46751483 46786549 + 0 NA Intergenic Intergenic -2371 NM_001307936 54407 Hs.221847 NM_018976 ENSG00000134294 SLC38A2 ATA2|PRO1068|SAT2|SNAT2 solute carrier family 38 member 2 protein-coding 1.896 nan 1.419 1.666 1.727 1.150 1.486 0.909 1.678 0.933 1.745 1.561 2.104 0.786 1.300 1.033 2.253 0.202 1.826 0.595 3.443 1.059 1.014 0.492 1.195 1.443 1.435 1.524 1.797 0.947 3.873 4.651 3.265 1.284 1.136 1.947 0.367 3.525 0.139 1.073 0.698 2.654 1.930 0.770 1.025 0.833 2.520 3.936 2.232 3.612 1.661 2.576 1.033 1.712 3.682 1.195 0.872 1.675 0.421 2.550 0.875 1.439 0.419 0.791 1.266 1.294 1.025 1.649 1.715 2.153 3.268 2.907 2.613 2.018 0.808 3.286 3.373 1.035 1.295 2.208 2.795 2.011 2.101 0.845 1.509 1.883 2.124 2.007 2.592 1.133 0.763 5684 chr19 41677479 41687648 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -16549 NM_030622 29785 Hs.98370 NM_030622 ENSG00000167600 CYP2S1 CYPIIS1 cytochrome P450 family 2 subfamily S member 1 protein-coding 0.583 0.845 0.628 0.368 0.070 0.059 1.298 0.126 0.177 1.568 0.512 0.421 4.773 0.049 0.244 0.262 0.132 0.191 1.052 0.442 1.621 0.083 0.077 0.089 0.106 1.460 1.206 0.198 2.639 1.033 1.738 nan 3.483 0.325 0.662 0.289 0.047 0.111 0.093 0.361 0.078 0.616 0.327 0.205 1.257 2.116 1.727 0.284 4.182 0.323 0.193 0.689 0.262 2.938 0.328 0.106 0.648 1.563 0.020 0.543 0.452 0.088 0.136 0.128 1.654 1.520 0.116 0.148 0.143 0.287 0.172 0.303 0.159 0.066 0.222 0.200 0.143 0.273 0.177 0.247 0.314 0.209 0.196 0.099 0.074 0.084 0.233 0.566 0.278 0.344 6261 chr2 98352469 98383129 + 0 NA Intergenic Intergenic 16930 NM_207519 7535 Hs.234569 NM_001079 ENSG00000115085 ZAP70 ADMIO2|IMD48|SRK|STCD|STD|TZK|ZAP-70 zeta chain of T cell receptor associated protein kinase 70 protein-coding 0.947 0.575 1.833 0.113 0.174 2.742 0.297 0.173 0.377 0.025 0.132 0.158 0.008 0.037 3.782 2.269 0.163 0.084 0.252 0.111 0.123 0.027 0.143 0.120 0.660 0.291 0.134 0.044 0.235 0.117 0.077 0.209 0.277 2.239 0.386 0.115 0.047 0.043 0.085 0.120 0.564 0.145 0.097 0.041 0.064 0.078 0.218 0.268 0.119 0.132 0.021 0.095 2.269 0.154 0.120 0.660 0.060 0.051 0.290 0.232 0.074 0.136 0.061 0.041 0.050 0.022 0.017 0.474 0.342 0.339 0.472 1.909 2.209 1.393 0.428 0.357 0.300 0.347 0.709 0.491 0.838 0.600 0.563 0.272 0.315 0.149 0.214 0.189 0.306 0.593 0.417 6243 chr2 92289504 92299073 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 165129 NR_027714 440888 Hs.730239 NM_001032412 ACTR3BP2 FKSG73 ACTR3B pseudogene 2 pseudo 16.261 18.134 15.600 2.833 5.195 1.533 2.476 6.466 10.570 1.700 4.350 4.193 1.901 6.780 2.929 10.118 5.786 15.017 3.340 1.189 4.471 5.709 5.558 9.279 3.814 2.665 2.845 1.454 5.057 1.667 4.546 2.567 5.388 15.725 2.509 6.058 2.995 3.054 6.871 4.272 2.270 8.213 3.028 2.349 2.522 5.572 6.796 10.979 2.765 2.192 2.228 4.648 10.118 2.415 2.942 3.814 4.985 5.386 1.968 4.272 2.868 2.910 2.804 2.455 2.235 1.469 0.942 14.754 8.363 6.813 8.558 10.740 13.308 6.030 5.348 9.266 8.751 7.245 9.636 8.928 7.401 14.644 4.945 6.125 8.981 3.370 5.229 6.222 8.305 3.866 5.625 10416 chr7 73149152 73162594 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -2676 NM_001145364 83451 Hs.647045 NM_148912 ENSG00000106077 ABHD11 PP1226|WBSCR21 abhydrolase domain containing 11 protein-coding nan 2.917 2.189 3.047 5.060 9.412 2.778 4.148 7.576 1.466 1.050 0.912 4.168 1.619 11.198 3.946 1.051 0.347 2.320 1.019 0.868 0.494 3.568 1.881 9.147 0.551 0.409 0.587 6.362 2.999 3.403 7.187 10.525 11.637 1.835 0.875 1.926 1.255 0.184 0.595 2.313 1.097 0.405 0.326 2.495 5.538 5.665 0.609 1.602 1.801 0.597 1.460 3.946 7.252 0.974 9.147 2.542 5.515 1.277 1.603 1.207 1.121 3.504 0.417 0.555 0.634 0.432 4.810 6.365 6.166 nan 9.329 8.856 8.156 5.414 2.672 2.869 0.784 nan 12.052 nan 2.228 2.464 4.289 5.469 5.845 5.780 1.619 2.354 4.040 2.030 9998 chr6 147764364 147772791 + 0 NA Intergenic Intergenic -61251 NM_001030060 389432 Hs.567973 NM_001030060 ENSG00000203727 SAMD5 dJ875H10.1 sterile alpha motif domain containing 5 protein-coding nan 0.698 nan 0.017 0.083 0.013 0.025 0.169 0.531 0.011 0.083 0.022 0.023 0.063 0.167 0.128 0.115 0.062 0.023 0.008 0.033 0.131 0.093 0.115 0.033 0.026 0.043 0.049 0.098 0.127 0.050 0.214 0.038 0.011 0.066 0.098 0.010 0.065 0.021 0.009 0.026 0.046 0.069 0.048 0.039 0.068 0.031 0.167 0.025 0.033 0.115 0.087 0.029 0.046 0.028 0.037 0.117 0.224 0.007 0.018 0.703 0.953 0.709 0.629 0.432 0.372 9.702 5.853 1.013 1.207 0.108 0.143 0.171 0.162 0.613 0.255 0.292 0.331 0.153 0.226 0.220 0.339 0.471 0.397 8349 chr4 41857894 41870310 + 0 NA Intergenic Intergenic 20526 NR_104143 101927074 Hs.611425 NR_104143 ENSG00000245870 LINC00682 - long intergenic non-protein coding RNA 682 ncRNA 1.452 nan nan 0.056 0.283 0.139 0.069 0.090 0.201 0.118 0.083 0.015 1.406 0.351 0.098 0.077 0.170 0.046 0.015 0.338 0.264 0.096 0.022 0.030 0.096 0.042 0.090 0.435 0.104 0.332 0.024 0.052 0.035 0.086 0.019 6.598 0.061 0.005 0.019 0.027 0.031 0.086 0.121 0.062 0.045 0.051 0.074 0.351 0.038 0.052 0.096 0.020 0.154 0.102 0.019 0.409 0.012 0.024 2.977 0.025 0.023 0.004 0.391 0.225 0.240 0.349 0.627 0.511 0.124 0.102 0.143 0.176 0.113 0.249 0.555 0.585 2.094 1.855 0.217 0.375 0.034 0.073 2.287 6.669 1.216 0.954 4869 chr17 55070559 55074999 + 0 NA intron (NM_021626, intron 7 of 12) intron (NM_021626, intron 7 of 12) 17311 NM_021626 59342 Hs.514950 NM_021626 ENSG00000121064 SCPEP1 HSCP1|RISC serine carboxypeptidase 1 protein-coding 0.891 0.788 0.695 0.310 0.128 1.257 0.210 0.317 0.567 0.022 0.185 0.042 8.412 0.022 0.141 0.319 0.220 0.289 0.024 0.085 0.043 0.032 0.107 0.110 0.108 0.132 0.130 0.033 0.181 0.023 0.162 0.358 0.097 0.651 0.143 0.043 0.076 0.137 0.108 0.104 0.014 0.053 0.172 0.119 0.260 0.226 0.183 0.186 0.018 0.091 0.319 0.161 0.105 0.108 0.027 0.056 0.153 0.074 0.091 0.178 0.067 0.154 0.035 0.013 0.012 0.568 0.494 0.435 0.382 0.431 0.471 0.323 0.179 nan 0.436 0.445 0.465 nan nan 0.591 0.219 0.283 0.546 0.105 0.080 0.296 0.722 0.592 0.408 2812 chr12 79800508 79819845 + 0 NA intron (NM_005639, intron 9 of 10) intron (NM_005639, intron 9 of 10) -2861 NR_031700 100302136 NR_031700 ENSG00000221788 MIR1252 MIRN1252|hsa-mir-1252 microRNA 1252 ncRNA nan 0.949 0.779 2.899 0.173 0.148 1.146 0.324 0.717 0.537 0.609 2.138 1.068 0.051 0.092 0.232 1.047 0.157 0.330 0.109 2.158 0.022 0.259 0.181 0.173 2.539 1.470 0.372 1.080 1.293 0.363 1.109 0.710 0.363 0.518 0.633 0.020 0.118 0.076 0.354 0.054 0.258 0.128 0.091 0.733 0.779 1.181 1.666 0.303 0.134 0.601 1.383 0.232 0.724 1.558 0.173 0.566 4.002 0.036 0.166 0.069 0.629 0.041 0.148 0.550 0.125 0.149 0.351 0.254 1.002 4.927 0.590 0.714 0.865 0.389 0.372 0.346 1.033 1.395 nan 1.033 0.450 0.248 0.172 0.279 0.136 0.271 0.409 0.634 nan 0.807 6361 chr2 131588821 131611565 + 0 NA Intergenic Intergenic -74031 NM_015320 50649 Hs.469935 NM_015320 ENSG00000136002 ARHGEF4 ASEF|ASEF1|GEF4|STM6 Rho guanine nucleotide exchange factor 4 protein-coding nan 0.412 nan 0.157 0.034 0.186 0.655 0.141 0.422 0.025 0.202 0.061 0.027 0.049 0.948 0.521 0.059 0.078 0.449 0.241 0.039 0.037 0.040 0.081 0.142 0.361 0.169 0.192 0.470 0.200 0.376 1.490 0.133 0.898 0.220 0.225 0.080 0.100 0.078 0.109 0.024 0.227 0.084 0.086 0.064 0.182 0.170 0.481 0.347 0.215 0.067 0.869 0.521 0.718 0.114 0.142 0.289 0.441 1.150 0.445 0.085 0.158 0.937 0.224 0.030 0.094 0.051 1.127 1.873 0.563 0.757 0.491 0.460 1.353 0.289 0.455 0.490 0.219 0.368 1.345 nan 3.472 4.591 1.315 2.091 0.447 0.448 0.476 0.789 0.143 0.177 560 chr1 102453658 102463931 + 0 NA intron (NM_001288823, intron 1 of 6) intron (NM_001288823, intron 1 of 6) 3996 NM_001288823 118427 Hs.484475 NM_058170 ENSG00000118733 OLFM3 NOE3|NOELIN3|OPTIMEDIN olfactomedin 3 protein-coding 1.017 nan nan 0.113 0.209 0.032 0.028 0.047 0.176 0.023 0.071 0.018 0.035 0.311 0.108 0.064 0.031 0.037 0.024 0.122 0.153 0.160 0.432 0.007 0.047 0.031 0.063 0.098 0.098 4.242 1.973 0.083 0.075 0.097 0.023 0.101 0.071 0.023 0.031 0.022 0.131 0.146 0.024 0.007 0.008 0.039 0.311 0.035 0.009 0.432 0.012 0.048 0.017 0.841 0.030 0.538 0.494 0.015 0.006 0.005 1.391 2.356 0.610 1.854 0.949 nan 0.081 0.093 0.247 0.215 5.298 5.725 nan nan 0.973 0.858 0.543 1.692 0.381 0.365 0.897 nan 1.088 0.587 2830 chr12 84897146 84907288 + 0 NA Intergenic MER50-int|LTR|ERV1 404391 NM_018057 55117 Hs.44424 NM_018057 ENSG00000072041 SLC6A15 NTT73|SBAT1|V7-3|hv7-3 solute carrier family 6 member 15 protein-coding 1.553 0.716 0.631 0.114 0.652 0.029 0.275 1.077 2.334 0.019 0.150 0.146 0.030 0.063 0.130 0.101 1.650 0.285 0.356 0.345 0.058 0.369 0.155 0.115 0.130 0.014 0.057 0.095 0.292 0.220 0.376 0.868 1.023 0.403 0.117 1.027 0.060 0.104 0.197 0.079 0.081 0.033 0.061 0.260 0.045 0.075 0.944 0.076 0.122 0.055 0.038 0.101 0.119 0.018 0.130 0.314 0.057 0.152 0.137 0.306 0.079 0.116 0.048 0.053 0.068 0.025 0.220 0.217 0.339 0.409 0.793 0.795 1.265 0.453 0.286 0.157 5.267 5.825 1.598 1.152 0.423 0.184 0.109 0.235 4.762 3.997 0.360 0.473 1.148 0.908 798 chr1 157961746 158052563 + 0 NA intron (NM_001286349, intron 1 of 12) AluSg|SINE|Alu 11814 NR_145471 100505785 Hs.664656 NR_145471 KIRREL1-IT1 KIRREL-IT1 KIRREL1 intronic transcript 1 ncRNA nan nan 2.283 0.331 0.053 0.025 1.409 0.074 0.181 0.440 1.632 1.426 0.051 0.088 0.187 0.115 1.655 0.215 1.008 0.522 1.811 0.030 0.095 0.140 0.050 1.816 1.499 0.894 0.752 0.615 0.123 0.147 0.223 0.319 0.249 1.028 0.136 0.186 0.098 1.807 0.043 3.538 1.346 0.582 0.846 0.392 0.320 1.709 0.528 0.871 0.264 0.438 0.115 0.690 1.144 0.050 0.483 0.127 0.048 2.021 0.022 1.777 0.157 0.862 0.950 0.874 0.857 1.049 1.681 0.845 2.496 0.263 nan 0.124 0.069 0.256 0.268 0.971 1.428 0.498 0.707 0.643 0.440 0.713 0.897 0.543 0.442 1.360 3.387 0.801 0.638 898 chr1 178228385 178244286 + 0 NA intron (NM_170692, intron 1 of 17) HAL1|LINE|L1 -74271 NM_004841 9462 Hs.496139 NM_004841 ENSG00000075391 RASAL2 NGAP RAS protein activator like 2 protein-coding nan nan nan 0.349 0.165 0.014 0.996 0.141 0.331 0.409 0.421 0.364 0.528 0.013 0.180 0.163 0.546 0.222 1.360 0.346 0.733 0.042 0.292 0.175 0.075 1.535 0.677 1.446 1.344 1.341 0.113 0.357 0.164 0.342 0.368 0.239 0.030 0.163 0.124 0.283 0.100 0.561 1.273 0.629 1.190 0.700 0.476 0.273 0.176 0.139 0.015 0.169 0.163 1.128 0.934 0.075 0.054 0.162 0.019 0.227 0.045 0.878 0.106 0.077 0.416 1.521 1.952 0.574 0.317 3.394 7.275 nan 0.444 0.749 0.694 0.287 0.298 0.613 1.014 0.328 0.326 0.390 0.142 0.354 0.610 0.157 0.272 0.436 nan 0.478 0.541 3670 chr14 70825136 70834732 + 0 NA intron (NM_001202548, intron 3 of 5) MER5A|DNA|hAT-Charlie -3486 NM_016468 51241 Hs.709581 NM_016468 ENSG00000133983 COX16 C14orf112|HSPC203|hCOX16 COX16, cytochrome c oxidase assembly homolog protein-coding 1.894 1.007 0.981 0.918 1.105 0.857 0.424 0.501 0.789 0.260 0.536 0.516 0.311 0.510 0.511 1.223 0.672 0.218 0.290 0.118 0.534 0.172 0.340 0.389 0.835 1.058 0.777 0.108 0.729 0.431 1.657 2.423 5.641 1.784 0.366 0.704 0.131 0.974 0.117 0.293 0.413 0.507 0.797 0.470 0.566 0.331 0.950 0.514 0.821 1.127 0.444 0.749 1.223 0.216 0.825 0.835 0.448 0.467 0.222 0.818 0.454 1.289 0.463 0.246 0.879 0.267 0.122 0.813 0.787 1.093 1.576 1.425 1.420 1.386 0.637 2.558 2.714 0.954 1.376 1.963 nan 2.939 2.857 1.010 1.605 1.070 1.441 0.761 1.071 1.677 nan 7391 chr22 34458420 34474726 + 0 NA Intergenic MER46C|DNA|TcMar-Tigger -150157 NM_133642 9215 Hs.474667 NM_004737 ENSG00000133424 LARGE1 LARGE|MDC1D|MDDGA6|MDDGB6 LARGE xylosyl- and glucuronyltransferase 1 protein-coding nan 0.572 1.008 0.044 0.049 0.007 0.030 0.089 0.207 0.006 0.065 0.040 0.008 0.008 0.062 0.127 0.051 0.050 0.052 0.012 0.016 0.019 0.061 0.066 0.009 0.009 0.046 0.034 nan 0.038 0.218 0.027 0.026 0.012 0.007 0.061 0.030 0.056 0.018 0.005 0.007 0.033 0.083 0.148 0.030 0.031 0.010 0.045 0.127 0.043 0.066 0.047 0.030 0.004 0.081 0.034 0.051 2.585 0.009 0.007 0.016 0.273 0.158 0.131 nan 0.217 0.256 0.077 0.040 0.051 0.058 0.151 nan 0.203 0.293 1.420 1.562 0.146 0.143 0.031 0.058 1.151 5.631 0.259 0.291 7239 chr21 43808561 43836604 + 0 NA Intergenic L1ME3|LINE|L1 -1389 NM_001243467 53347 Hs.473912 NM_018961 ENSG00000160185 UBASH3A CLIP4|STS-2|TULA|TULA-1 ubiquitin associated and SH3 domain containing A protein-coding nan 0.961 0.939 0.402 0.553 0.063 0.063 0.111 0.294 0.007 0.170 0.056 0.007 0.046 0.164 0.218 0.035 0.100 0.076 0.041 0.024 0.020 0.145 0.143 0.269 0.236 0.082 0.043 0.058 0.027 0.249 1.509 0.129 0.529 0.047 0.065 0.051 0.043 0.072 0.021 0.560 0.423 0.130 0.078 0.208 0.030 0.422 0.161 0.290 0.036 0.031 0.515 0.218 0.066 0.049 0.269 0.297 0.308 0.296 0.144 0.285 0.116 4.907 0.186 0.139 0.014 0.009 1.611 1.823 2.253 1.773 0.488 0.565 nan 0.529 1.666 1.655 0.129 nan 0.438 0.447 1.568 1.411 4.156 6.169 0.269 0.194 0.287 0.468 1.180 0.860 1273 chr1 248056970 248072992 + 0 NA Intergenic Harlequin-int|LTR|ERV1 6092 NM_001001957 343171 Hs.269151 NM_001001957 ENSG00000238243 OR2W3 OR2W3P|OR2W8P|OST718 olfactory receptor family 2 subfamily W member 3 protein-coding nan 0.776 nan 0.123 0.198 0.026 0.331 0.130 0.236 0.036 0.249 0.068 0.182 0.037 0.069 0.148 0.081 0.020 0.053 0.032 0.083 0.061 0.041 0.107 0.164 0.216 0.087 0.093 0.099 0.033 0.025 0.124 0.084 0.301 0.044 0.192 0.042 0.034 0.129 0.022 0.030 0.285 0.121 0.092 0.109 0.072 0.044 0.461 0.051 0.156 0.044 0.063 0.148 0.120 0.023 0.164 0.055 0.062 0.079 0.121 0.044 0.039 0.349 0.023 0.162 0.194 0.171 0.728 0.637 1.253 1.630 0.289 0.368 0.199 0.090 8.006 8.254 0.111 0.196 0.279 0.420 0.217 0.092 0.323 0.482 0.095 0.104 0.120 0.175 0.154 0.203 451 chr1 68212490 68226797 + 0 NA intron (NM_018841, intron 2 of 3) intron (NM_018841, intron 2 of 3) 68783 NM_001924 1647 Hs.80409 NM_001924 ENSG00000116717 GADD45A DDIT1|GADD45 growth arrest and DNA damage inducible alpha protein-coding 1.644 1.217 nan 1.640 0.141 0.959 2.471 0.304 0.621 1.272 1.441 1.918 1.504 0.379 2.281 2.630 2.860 0.302 1.893 1.046 1.271 0.020 0.404 0.188 0.526 1.310 1.085 1.024 1.814 1.512 2.016 7.601 2.445 1.928 1.584 0.736 0.414 0.574 0.100 0.743 0.729 1.012 0.185 0.142 1.994 4.143 2.153 2.428 1.095 0.513 1.475 1.141 2.630 3.156 0.351 0.526 0.975 1.950 0.549 0.494 0.276 0.782 0.305 0.235 0.816 0.149 0.093 0.442 0.422 3.975 6.990 0.895 0.932 1.746 0.573 0.589 0.524 nan nan 1.028 nan 0.464 0.247 0.373 0.604 1.337 1.422 0.459 1.069 1.290 0.756 7573 chr3 42209893 42226770 + 0 NA exon (NM_001349248, exon 2 of 15) exon (NM_001349248, exon 2 of 15) 16670 NM_014965 22906 Hs.535711 NM_014965 ENSG00000182606 TRAK1 MILT1|OIP106 trafficking kinesin protein 1 protein-coding 0.707 nan nan 1.089 0.177 0.066 0.644 0.966 1.897 0.127 0.240 0.330 0.099 0.047 0.676 0.785 0.172 0.143 0.351 0.168 0.050 0.009 0.213 0.159 1.024 0.463 0.194 0.083 0.287 0.226 0.200 0.695 0.151 0.366 0.357 0.150 0.384 0.083 0.072 0.147 0.334 0.120 0.047 0.055 0.207 0.171 0.392 0.237 0.294 0.185 0.107 0.154 0.785 0.642 0.310 1.024 0.131 0.068 0.083 0.069 0.036 0.297 4.924 0.148 0.050 0.208 0.253 0.518 0.944 0.820 1.218 1.943 1.712 0.566 0.220 0.251 0.236 0.661 0.794 0.384 0.515 0.652 0.646 3.355 4.600 0.956 2.117 0.314 0.603 0.918 0.727 7632 chr3 60275366 60278465 + 0 NA intron (NM_001354590, intron 5 of 8) LTR9|LTR|ERV1 -210062 NR_135491 2272 Hs.655995 NM_002012 ENSG00000189283 FHIT AP3Aase|FRA3B fragile histidine triad protein-coding 0.932 nan 1.364 0.395 0.071 0.092 0.206 0.195 0.031 0.163 0.065 0.030 0.125 0.192 0.068 0.199 0.080 1.503 0.044 0.035 0.027 0.168 0.096 0.227 0.142 0.017 0.060 0.107 0.088 0.205 0.118 0.039 0.024 0.024 0.031 0.064 0.079 0.024 0.025 0.020 0.125 0.069 0.029 1.503 0.126 0.057 0.027 0.102 6.648 0.082 0.037 5.651 5.954 13.523 5.035 0.297 0.334 6.064 1.533 15.436 16.938 0.621 0.902 0.340 0.235 0.378 0.148 4.448 9.528 0.192 0.129 0.202 nan 0.392 0.275 6227 chr2 86929153 86934550 + 0 NA intron (NM_001198954, intron 1 of 7) MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR -15563 NM_022780 64795 Hs.75277 NM_022780 ENSG00000153561 RMND5A CTLH|GID2|GID2A|RMD5|p44CTLH required for meiotic nuclear division 5 homolog A protein-coding nan 0.957 nan 1.063 0.532 0.167 1.394 0.089 0.338 1.061 0.539 2.166 0.165 0.083 0.900 0.193 0.185 1.770 0.815 3.195 0.087 0.150 0.354 0.842 0.509 0.054 1.209 0.743 0.682 0.988 0.428 1.452 1.613 1.244 0.087 0.109 0.103 0.219 0.030 3.757 0.310 0.275 0.911 0.850 1.739 0.301 1.610 0.719 5.675 0.763 0.900 1.772 1.096 0.354 0.727 2.176 0.037 1.407 0.320 2.661 0.073 0.117 0.493 1.238 1.534 0.362 0.249 0.339 1.210 0.350 0.375 1.316 0.222 0.441 0.323 0.602 0.918 0.256 0.277 0.403 0.159 0.176 0.203 0.684 1.048 0.406 1.044 1.084 0.894 2448 chr12 6944904 6963657 + 0 NA intron (NM_002075, intron 8 of 9) L1MC4|LINE|L1 4262 NM_002075 2784 Hs.631657 NM_002075 ENSG00000111664 GNB3 CSNB1H G protein subunit beta 3 protein-coding 2.390 nan nan 0.887 2.385 1.073 0.688 0.753 1.294 0.398 0.847 0.751 0.254 0.343 1.760 0.703 0.228 0.077 0.595 0.231 1.202 0.243 0.740 0.387 1.223 0.676 0.618 0.379 1.090 0.344 0.808 1.857 0.906 3.673 0.396 0.971 0.274 1.001 0.122 0.376 1.230 1.106 0.502 0.339 0.547 0.418 1.026 1.772 1.083 1.933 0.454 0.599 0.703 0.738 0.847 1.223 0.320 0.414 2.694 2.946 0.331 0.477 0.517 3.301 0.313 0.657 0.368 0.655 1.021 1.538 1.995 nan 3.303 3.513 1.401 3.214 3.382 1.272 2.052 1.527 1.796 2.765 2.188 0.775 0.985 1.133 1.418 2.262 9.424 0.619 0.369 2969 chr12 115879545 115891968 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 700703 NR_030351 693205 NR_030351 ENSG00000207967 MIR620 MIRN620|hsa-mir-620 microRNA 620 ncRNA nan nan 0.465 0.029 1.021 4.493 0.023 0.562 1.318 0.016 0.249 0.082 0.020 0.370 0.292 1.215 0.047 0.013 0.022 0.026 0.056 0.077 0.127 2.323 0.050 0.036 0.036 0.060 0.008 0.058 0.071 0.051 1.939 0.059 0.177 0.069 0.061 0.106 0.038 0.293 0.096 0.039 0.037 0.026 0.043 0.155 0.161 0.651 0.029 0.210 0.162 1.215 0.023 0.024 2.323 0.069 0.133 0.048 0.061 1.557 0.038 1.372 0.268 0.037 0.032 0.025 1.436 1.254 0.444 0.848 nan nan nan 0.176 6.185 6.591 0.105 0.195 nan nan 0.342 0.258 1.196 2.065 0.274 0.402 0.467 0.797 nan 0.436 7898 chr3 148505948 148517057 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -34086 NM_001871 1360 Hs.477891 NM_001871 ENSG00000153002 CPB1 CPB|PASP|PCPB carboxypeptidase B1 protein-coding 1.878 nan nan 0.152 0.087 0.035 0.134 0.159 0.262 0.009 0.154 0.042 0.017 0.098 0.032 0.108 0.288 0.058 0.209 0.086 0.017 0.695 0.340 0.064 0.037 0.013 0.020 0.246 0.064 0.349 1.037 0.140 0.471 0.278 0.055 0.009 0.020 0.079 0.021 0.029 0.058 0.038 0.021 0.314 0.034 0.083 0.161 0.132 0.097 0.036 1.500 0.108 0.083 0.058 0.064 0.179 0.037 0.009 0.042 1.578 0.036 0.266 0.299 0.034 0.010 0.014 1.295 1.213 1.486 1.151 0.192 0.282 nan 0.155 1.718 1.506 0.532 nan 0.376 nan nan 0.418 0.500 1.069 0.031 0.059 0.499 1.031 3.787 2.017 4557 chr17 4845492 4857439 + 0 NA intron (NM_005022, intron 1 of 2) CpG 916 NM_005022 5216 Hs.494691 NM_005022 ENSG00000108518 PFN1 ALS18 profilin 1 protein-coding 4.484 1.979 3.464 2.702 2.936 4.356 2.656 2.878 5.857 2.004 3.681 3.482 1.940 2.931 2.965 4.326 1.804 0.256 3.043 1.002 7.455 1.740 1.642 0.676 3.838 1.033 1.747 2.023 3.267 0.996 4.337 6.336 3.708 6.264 1.519 5.260 0.590 2.434 0.091 1.496 1.904 17.413 4.960 1.862 2.186 3.029 2.657 5.343 8.787 4.450 2.243 2.377 4.326 3.946 6.933 3.838 2.535 1.975 1.456 10.644 4.273 3.950 1.632 3.944 3.363 4.184 2.641 3.942 5.821 3.417 4.353 5.052 3.725 4.768 1.497 7.136 7.065 1.704 2.967 6.062 7.446 4.508 4.886 1.353 2.733 2.027 1.898 3.863 6.555 1.590 0.588 2721 chr12 58163873 58168542 + 0 NA promoter-TSS (NM_023033) promoter-TSS (NM_023033) -176 NM_206914 25895 Hs.632720 NM_015433 ENSG00000123427 EEF1AKMT3 FAM119B|METTL21B EEF1A lysine methyltransferase 3 protein-coding nan 2.225 2.821 3.766 2.105 0.844 1.720 0.839 1.608 1.043 2.180 7.733 0.494 1.508 3.325 1.945 1.441 0.242 1.876 1.087 2.252 1.424 1.080 1.175 1.897 1.872 2.522 1.817 2.769 1.448 3.014 4.446 2.860 6.053 1.193 3.637 0.630 1.836 0.146 1.316 0.972 3.408 3.035 1.705 2.438 1.646 2.288 3.509 4.026 5.032 3.624 2.414 1.945 3.065 26.338 1.897 1.621 2.327 1.224 6.547 2.102 2.961 1.043 1.956 1.643 2.528 1.309 nan 3.931 2.751 4.765 3.108 nan 5.692 2.636 8.136 9.478 3.226 nan 7.995 nan 4.367 5.011 2.256 2.700 3.609 3.637 4.326 5.528 3.412 1.874 3595 chr14 59605061 59616516 + 0 NA Intergenic Intergenic -44593 NM_001270520 23002 Hs.19156 NM_014992 ENSG00000100592 DAAM1 - dishevelled associated activator of morphogenesis 1 protein-coding nan nan 0.808 0.045 0.108 0.048 0.037 0.148 0.179 0.008 0.056 0.129 0.032 0.044 0.124 0.154 0.219 0.126 0.079 0.016 0.016 0.024 0.069 0.120 0.147 0.029 0.032 0.013 0.103 0.009 0.092 0.251 0.154 0.311 0.060 0.449 0.057 0.172 3.297 0.073 0.037 0.014 0.020 0.036 0.134 0.086 0.050 0.075 0.028 0.058 0.154 0.080 0.048 0.147 0.032 0.050 0.221 0.076 0.035 0.076 0.109 0.225 0.026 0.020 0.015 0.280 0.209 0.245 0.333 0.305 0.408 0.160 0.052 nan 0.338 4.946 5.030 0.358 nan 1.620 1.292 0.172 0.246 1.736 1.323 0.374 1.118 0.502 0.435 4788 chr17 41320902 41324930 + 0 NA promoter-TSS (NR_110868) promoter-TSS (NR_110868) -71 NM_005899 4077 Hs.277721 NM_005899 ENSG00000188554 NBR1 1A1-3B|IAI3B|M17S2|MIG19 NBR1, autophagy cargo receptor protein-coding 5.169 5.542 3.299 7.326 9.050 4.328 3.639 4.445 8.812 2.313 7.552 2.030 0.722 2.201 6.812 2.582 4.840 0.481 4.730 2.519 6.138 3.124 4.359 1.969 4.347 3.046 3.480 2.053 3.045 1.838 3.307 3.890 4.166 11.906 1.567 3.105 1.139 3.586 0.183 2.983 3.249 11.533 6.394 2.249 4.862 2.200 5.690 7.960 6.641 3.101 2.832 2.570 2.582 7.541 4.408 4.347 1.335 2.315 1.898 7.097 3.415 4.156 2.695 3.320 2.784 5.638 4.602 7.513 9.402 7.118 10.798 10.912 nan 12.256 6.740 25.923 28.169 4.307 4.986 10.620 nan 12.184 12.854 4.765 4.953 9.762 10.466 9.179 11.186 4.539 2.578 11034 chr8 70472588 70480746 + 0 NA intron (NM_001128204, intron 4 of 21) intron (NM_001128204, intron 4 of 21) -28468 NR_132437 23213 Hs.409602 NM_015170 ENSG00000137573 SULF1 SULF-1 sulfatase 1 protein-coding 1.026 1.569 1.688 0.071 2.186 0.020 0.069 0.039 0.218 0.024 0.047 0.022 0.008 2.199 0.326 0.671 0.173 0.060 0.116 0.069 0.031 0.017 0.499 0.377 0.308 0.085 0.044 0.018 0.141 0.038 0.071 0.550 0.305 3.996 0.018 0.045 0.035 0.053 0.048 0.014 0.478 0.124 0.015 0.010 0.093 0.048 0.052 0.271 0.050 0.115 0.087 0.023 0.671 0.079 0.023 0.308 0.015 0.031 0.096 0.021 0.125 0.048 0.037 0.160 0.009 0.034 0.006 0.272 0.112 0.201 0.436 2.830 2.372 2.827 1.172 0.265 0.402 0.446 0.676 0.396 1.029 0.320 0.127 0.106 0.173 1.206 2.090 0.271 0.350 6.391 3.142 8810 chr5 22154875 22196151 + 0 NA intron (NM_001317227, intron 1 of 11) intron (NM_001317227, intron 1 of 11) 33052 NR_003921 5369 Hs.247975 NM_031887 ENSG00000168967 PMCHL1 - pro-melanin concentrating hormone like 1 (pseudogene) pseudo 0.744 1.828 1.266 0.049 0.566 0.029 0.052 0.195 0.309 0.009 0.095 0.081 0.024 0.053 0.528 0.167 0.188 0.133 0.177 0.050 0.015 0.044 0.743 0.508 0.328 0.008 0.016 0.027 0.076 0.018 0.303 0.977 0.091 0.874 0.025 0.092 1.797 0.044 0.107 0.006 0.035 0.076 0.019 0.024 0.019 0.055 0.128 0.029 0.029 0.031 0.084 0.029 0.167 0.112 0.016 0.328 0.033 0.044 0.370 0.031 0.455 0.048 0.173 0.138 0.013 0.018 0.021 0.461 0.434 0.276 0.337 0.511 0.629 1.074 0.501 0.160 0.149 nan 2.325 0.807 0.791 1.133 0.708 0.215 0.386 4.313 5.176 0.229 0.453 nan 1.045 4909 chr17 61817547 61821103 + 0 NA promoter-TSS (NM_153335) promoter-TSS (NM_153335) 5 NM_001165969 92335 Hs.514402 NM_153335 ENSG00000266173 STRADA LYK5|NY-BR-96|PMSE|STRAD|Stlk STE20-related kinase adaptor alpha protein-coding 6.258 nan 5.664 4.292 8.662 3.617 4.548 5.385 9.256 1.990 5.055 2.571 2.356 2.413 4.896 4.714 2.602 0.589 5.653 2.080 3.785 2.343 4.540 1.782 6.591 3.392 3.476 2.704 4.976 2.483 11.428 16.813 5.851 14.880 3.454 6.703 2.435 4.681 0.115 2.912 3.932 4.822 3.640 1.358 4.878 2.924 4.905 2.910 6.367 4.908 3.053 3.283 4.714 7.152 3.668 6.591 2.064 3.601 1.934 5.549 3.378 5.412 2.951 3.093 3.608 1.797 0.850 10.366 8.922 6.361 8.898 10.163 9.673 11.443 4.251 13.227 13.675 3.922 nan 13.882 18.799 8.357 7.966 2.544 6.265 10.467 10.823 6.497 8.866 4.341 2.549 4384 chr16 57503486 57521675 + 0 NA intron (NM_018110, intron 2 of 8) intron (NM_018110, intron 2 of 8) 1199 NM_001330556 55715 Hs.279832 NM_018110 ENSG00000125170 DOK4 IRS-5|IRS5 docking protein 4 protein-coding nan nan nan 0.236 0.207 0.384 0.575 0.231 0.476 0.053 1.084 0.208 0.055 1.780 0.696 0.941 0.187 0.070 0.146 0.031 0.167 0.116 0.251 0.172 0.673 0.156 0.104 0.799 0.116 0.023 0.155 0.466 0.354 0.860 0.056 0.334 0.094 0.208 0.074 0.091 0.065 0.432 0.294 0.184 0.197 0.401 0.206 0.158 4.382 0.440 0.255 0.202 0.941 0.282 0.132 0.673 0.074 0.132 0.427 0.517 0.186 0.174 0.164 0.095 0.075 0.142 0.101 0.551 0.850 0.262 0.536 1.183 1.218 0.570 0.210 0.414 0.367 0.399 nan nan nan nan 0.756 0.350 0.497 0.251 0.251 0.195 nan nan 0.505 11638 chr9 92854690 92872640 + 0 NA Intergenic Intergenic -59884 NR_038882 286370 Hs.407589 NR_038882 ENSG00000227555 MIR4290HG - MIR4290 host gene ncRNA 0.989 nan 2.745 0.044 4.636 1.678 0.213 1.802 3.895 0.005 0.100 0.050 0.024 0.316 1.593 1.259 0.075 0.081 0.192 0.213 0.018 0.015 1.853 0.625 1.631 0.358 0.148 0.033 0.193 0.011 0.108 0.682 0.086 2.561 0.069 0.062 0.357 0.048 0.058 0.066 0.318 0.103 0.030 0.026 0.079 0.047 0.080 0.072 0.145 0.024 0.288 0.082 1.259 0.180 0.623 1.631 0.041 0.060 0.612 0.029 1.573 0.146 0.083 0.870 0.012 0.026 0.014 0.349 0.484 0.338 nan 3.413 3.144 3.733 0.999 0.212 0.230 0.679 1.064 5.237 5.216 0.946 0.754 0.355 0.322 1.799 2.251 0.659 2.381 3.457 1.622 10790 chr8 3721535 3732844 + 0 NA intron (NM_033225, intron 5 of 69) intron (NM_033225, intron 5 of 69) 1125139 NM_033225 64478 Hs.571466 NM_033225 ENSG00000183117 CSMD1 PPP1R24 CUB and Sushi multiple domains 1 protein-coding 0.464 0.592 0.473 0.067 0.046 0.320 0.014 0.484 0.771 0.049 0.041 0.022 0.018 0.040 0.137 0.066 0.056 0.019 0.017 0.006 3.108 1.653 0.021 0.007 0.013 0.049 0.009 0.029 0.017 0.057 0.046 0.020 0.033 0.025 0.058 0.070 0.082 0.027 0.007 0.020 0.042 0.053 0.014 0.019 0.007 0.023 0.137 0.008 0.016 0.021 0.021 0.015 0.008 0.041 0.081 0.007 0.009 0.023 0.005 0.305 0.258 0.155 0.220 0.913 0.846 0.199 0.144 0.135 0.218 0.105 0.121 0.393 0.367 nan 1.486 0.072 0.157 0.317 0.274 0.142 0.207 1.879 1.011 8743 chr5 8473650 8506523 + 0 NA Intergenic LTR8|LTR|ERV1 29048 NR_039663 100616142 NR_039663 ENSG00000284000 MIR4458 mir-4458 microRNA 4458 ncRNA 0.568 0.884 1.875 0.063 0.234 0.150 0.104 0.187 0.257 0.026 0.084 0.103 0.011 0.063 0.149 0.100 0.198 0.150 0.106 0.011 0.013 0.004 1.322 0.806 0.095 0.004 0.009 0.011 0.116 0.023 0.115 0.085 0.117 0.497 0.045 0.088 0.053 0.036 0.135 0.029 0.068 0.084 0.035 0.024 0.033 0.040 0.132 0.149 0.019 0.028 0.021 0.051 0.100 0.109 0.025 0.095 0.045 0.053 0.063 0.026 0.210 0.053 0.039 0.030 0.007 0.025 0.016 0.385 0.271 0.188 nan 0.584 0.603 0.185 0.078 0.061 0.073 0.277 0.484 nan 0.663 nan 0.322 0.130 0.176 0.400 0.417 0.192 0.256 3.440 nan 10168 chr7 12103765 12108667 + 0 NA Intergenic LTR10A|LTR|ERV1 -144632 NM_001134232 54664 Hs.396358 NM_018374 ENSG00000106460 TMEM106B - transmembrane protein 106B protein-coding nan 1.200 nan 5.602 0.177 0.009 0.998 0.133 0.527 0.288 0.113 0.292 0.038 0.062 0.231 0.567 0.136 0.117 0.951 0.544 0.246 0.028 0.351 0.119 0.409 0.210 0.055 9.758 3.824 1.559 2.419 5.253 0.343 0.720 0.552 0.079 0.096 0.121 0.122 0.097 0.112 0.012 0.048 4.178 4.493 0.983 0.226 0.565 0.146 1.983 0.950 0.567 0.861 0.050 0.409 1.198 2.090 0.019 0.177 0.226 0.303 0.040 0.160 0.016 0.047 0.072 nan 0.307 1.218 2.938 0.419 0.545 2.654 0.561 0.792 0.884 0.906 1.430 0.946 0.963 0.420 0.171 0.131 0.273 0.578 2.800 0.536 0.790 0.980 0.754 3331 chr13 109089662 109094790 + 0 NA Intergenic Intergenic -156274 NM_015011 23026 Hs.656587 NM_015011 ENSG00000041515 MYO16 MYAP3|MYR8|Myo16b|NYAP3|PPP1R107 myosin XVI protein-coding 1.702 nan 0.749 0.014 0.085 0.032 0.439 0.189 0.015 0.036 0.060 0.016 0.163 0.058 0.124 0.301 0.205 0.083 1.257 0.028 0.014 0.129 0.042 0.018 0.039 0.042 0.339 0.028 0.151 0.022 0.073 0.080 0.311 0.162 0.035 0.106 0.046 0.076 0.429 0.048 0.054 0.015 0.026 0.182 0.037 1.257 0.073 0.032 0.151 0.011 0.020 1.684 0.052 0.103 0.034 0.010 8.262 7.683 0.570 0.698 9.580 13.555 0.176 0.077 0.080 0.053 1.324 1.427 0.215 0.337 6.510 6.178 1.839 2.480 0.081 0.132 0.128 0.222 0.117 0.115 5335 chr18 48143919 48166773 + 0 NA intron (NM_001292039, intron 1 of 4) intron (NM_001292039, intron 1 of 4) 68862 NM_001292040 5596 Hs.433728 NM_002747 ENSG00000141639 MAPK4 ERK-4|ERK4|PRKM4|p63-MAPK|p63MAPK mitogen-activated protein kinase 4 protein-coding nan 1.134 0.830 0.044 0.534 4.840 0.071 0.260 0.621 0.017 0.072 0.125 0.011 0.079 0.905 1.279 0.062 0.036 0.042 0.008 0.019 0.018 0.206 0.177 1.190 0.012 0.013 0.016 0.027 0.009 0.063 0.105 0.043 1.622 0.026 0.095 0.150 0.024 0.087 0.021 0.062 0.101 0.074 0.031 0.014 0.079 0.089 0.118 0.162 0.050 0.204 0.540 1.279 0.028 0.024 1.190 0.048 0.371 0.101 0.109 0.035 0.021 0.372 0.206 0.027 0.015 0.009 0.569 0.502 0.303 0.435 2.167 3.111 1.626 0.622 0.170 0.179 0.206 0.342 1.841 1.736 0.504 0.334 0.307 0.514 1.090 0.638 0.314 nan 3.826 2.255 5148 chr18 9135111 9139039 + 0 NA promoter-TSS (NR_110771) promoter-TSS (NR_110771) 324 NM_015208 23253 Hs.464585 NM_015208 ENSG00000101745 ANKRD12 ANCO-2|ANCO1|GAC-1|Nbla00144 ankyrin repeat domain 12 protein-coding 5.710 4.165 4.483 4.356 6.498 4.642 1.901 2.619 4.630 1.776 3.746 1.425 2.320 2.645 4.654 1.861 3.494 0.499 4.921 0.752 3.453 1.594 2.616 1.603 7.826 1.556 1.426 2.736 3.911 1.308 4.221 5.212 4.354 nan 2.584 1.691 2.811 4.317 0.206 1.285 5.653 7.406 3.479 1.664 1.735 1.132 3.190 3.035 3.815 7.870 3.468 4.532 1.861 8.825 4.197 7.826 1.986 3.902 1.685 6.823 1.877 2.349 2.508 3.118 2.643 0.933 0.635 5.955 8.706 5.300 7.853 14.542 11.669 12.514 5.336 14.409 14.152 2.383 nan 8.981 14.524 7.839 10.802 2.663 5.472 9.970 10.241 6.351 nan nan 2.455 9932 chr6 134392809 134403511 + 0 NA Intergenic L1MA8|LINE|L1 -24371 NM_145176 154091 Hs.486508 NM_145176 ENSG00000146411 SLC2A12 GLUT12|GLUT8 solute carrier family 2 member 12 protein-coding 1.081 1.448 1.388 0.088 1.598 0.505 0.193 0.524 1.152 0.009 0.153 1.672 0.209 4.574 5.106 0.088 0.075 0.224 0.070 0.035 0.026 0.423 0.254 2.438 0.026 0.020 0.020 0.190 0.254 0.136 0.895 0.099 6.949 0.218 0.091 0.883 0.062 0.105 0.221 0.587 0.215 0.049 0.075 0.183 0.194 0.352 0.151 0.099 0.175 0.007 0.087 5.106 0.691 0.078 2.438 0.127 0.100 0.064 0.094 0.057 0.309 0.213 0.092 0.310 0.102 0.119 0.586 0.752 0.545 2.041 3.964 3.972 nan 5.599 0.280 0.311 0.348 0.502 0.699 0.922 0.462 0.252 0.406 0.439 3.766 3.177 0.142 nan 1.364 1.003 9906 chr6 127586559 127590850 + 0 NA intron (NM_001242847, intron 1 of 3) intron (NM_001242847, intron 1 of 3) 721 NM_001242845 81847 Hs.267120 NM_030963 ENSG00000118518 RNF146 - ring finger protein 146 protein-coding 7.240 3.225 3.691 2.600 5.546 2.379 1.571 1.013 2.458 1.129 2.598 2.018 1.079 0.866 3.249 4.325 3.123 0.446 3.327 1.014 2.727 3.616 2.153 0.905 3.419 1.792 1.969 0.963 2.979 0.522 5.928 6.791 3.776 7.007 1.022 1.594 0.753 4.090 0.136 1.268 1.292 3.048 3.042 1.703 2.185 1.754 5.406 1.509 2.197 5.105 0.953 1.587 4.325 3.506 2.434 3.419 0.997 1.333 1.291 2.549 2.793 1.711 1.385 2.245 1.006 1.771 1.308 6.188 8.501 4.238 5.799 7.001 6.267 14.811 6.515 16.905 17.541 2.578 3.127 5.138 8.377 12.486 13.847 3.312 7.696 6.965 5.542 7.928 7.392 2.893 1.757 540 chr1 95384042 95394139 + 0 NA intron (NM_001286055, intron 1 of 5) intron (NM_001286055, intron 1 of 5) 2274 NM_001286056 1266 Hs.483454 NM_001839 ENSG00000117519 CNN3 - calponin 3 protein-coding nan nan 3.445 3.053 1.594 3.111 1.452 1.947 3.543 1.078 1.034 1.805 0.611 2.992 3.354 1.739 3.728 0.399 1.628 0.582 1.352 1.324 0.824 0.767 3.514 1.841 1.880 1.124 3.531 1.100 0.216 0.741 0.541 7.784 0.826 0.358 0.330 2.037 0.163 1.030 2.634 3.767 2.282 0.987 1.950 0.682 2.647 3.373 1.635 2.861 0.196 1.696 1.739 1.447 2.366 3.514 0.146 0.527 0.385 1.579 0.723 0.859 1.946 1.595 1.523 2.787 2.153 3.478 4.072 6.304 8.287 5.582 nan 5.096 1.840 3.453 3.701 3.801 nan 3.333 4.701 nan 2.634 1.480 3.999 1.546 1.239 3.007 3.029 1.972 1.259 6673 chr2 223286949 223308335 + 0 NA intron (NM_152386, intron 1 of 4) AluSp|SINE|Alu 8416 NM_001320833 130367 Hs.210043 NM_152386 ENSG00000163082 SGPP2 SPP2|SPPase2 sphingosine-1-phosphate phosphatase 2 protein-coding nan 1.499 0.848 0.922 1.123 0.104 0.547 0.438 0.799 0.018 0.131 0.077 0.485 0.099 0.999 0.299 0.089 0.087 1.231 0.357 0.041 0.033 0.698 0.432 0.913 1.736 1.274 0.020 0.669 0.640 1.676 4.410 2.373 nan 0.420 0.101 0.022 0.158 0.128 0.255 0.364 0.129 0.025 0.040 1.123 1.158 0.338 0.239 0.270 0.050 1.292 0.408 0.299 1.127 0.035 0.913 0.125 0.051 0.439 0.101 0.038 0.053 0.465 0.070 0.068 0.030 0.013 1.663 2.278 0.469 1.001 1.083 1.059 1.049 0.419 0.895 0.990 0.116 0.206 1.020 nan 0.427 0.207 0.629 1.356 0.173 0.158 0.111 nan 0.787 0.623 1615 chr10 102118810 102138101 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -4878 NR_026762 90271 Hs.628088 NR_026762 ENSG00000235823 OLMALINC C10orf75|HI-LNC80|LINC00263|NCRNA00263|OLMALINCAS oligodendrocyte maturation-associated long intergenic non-coding RNA ncRNA nan nan 1.479 1.522 1.267 0.974 4.014 1.484 2.688 1.991 1.747 3.770 1.431 1.399 1.623 1.004 2.487 0.586 2.310 0.773 2.443 4.268 0.751 0.416 1.323 1.765 1.681 1.276 3.523 1.530 2.670 6.163 2.391 1.551 1.212 4.208 0.500 3.142 0.145 1.004 0.482 1.430 2.629 1.167 1.521 1.239 2.605 2.221 4.199 3.942 2.132 2.794 1.004 1.877 4.166 1.323 1.940 1.358 0.171 2.369 1.444 2.756 1.047 1.019 2.099 2.905 3.218 0.757 1.386 1.202 2.572 1.106 1.093 1.933 0.906 2.018 2.162 0.652 nan 3.064 3.467 0.781 0.741 0.823 1.686 0.892 0.554 0.977 nan 0.503 0.357 3065 chr12 133351650 133354710 + 0 NA intron (NM_005895, intron 21 of 23) intron (NM_005895, intron 21 of 23) -14706 NM_015114 23141 Hs.654628 NM_015114 ENSG00000176915 ANKLE2 KIAA0692|LEMD7|Lem4|MCPH16 ankyrin repeat and LEM domain containing 2 protein-coding 1.462 0.621 4.957 0.070 0.173 0.089 0.183 0.104 0.199 0.103 0.031 0.060 0.034 0.468 0.621 0.132 0.067 0.222 0.021 0.097 0.221 0.076 0.160 0.045 0.023 0.047 0.041 0.035 0.079 0.147 0.068 0.343 0.095 0.192 0.063 0.035 0.042 1.127 0.039 0.079 0.051 0.219 0.163 0.213 0.098 0.035 0.022 0.621 0.094 0.062 0.160 0.041 0.053 0.636 0.118 0.198 0.152 0.085 0.040 0.035 0.038 0.033 0.318 0.351 0.288 0.401 20.161 13.974 0.363 0.156 0.342 0.218 0.201 0.386 nan 0.302 0.322 0.179 0.220 0.269 0.152 0.115 0.217 0.403 2.010 1.339 7959 chr3 160573156 160596390 + 0 NA intron (NM_001317911, intron 1 of 3) AluJb|SINE|Alu -3613 NR_134243 151742 Hs.389027 NM_139245 ENSG00000163590 PPM1L PP2C-epsilon|PP2CE|PPM1-LIKE protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1L protein-coding 1.912 1.969 1.330 0.142 0.389 0.057 0.116 0.303 0.598 0.029 0.105 0.071 0.056 0.017 0.262 0.270 0.189 0.104 0.086 0.016 0.016 0.012 0.229 0.214 0.155 0.027 0.022 0.019 0.106 0.023 0.073 0.154 0.117 0.205 0.037 0.037 0.431 0.018 0.080 0.015 0.499 0.103 0.024 0.017 0.033 0.022 0.117 0.089 0.042 0.069 0.234 0.114 0.270 0.088 0.055 0.155 0.021 0.045 0.336 0.047 0.096 0.091 0.337 0.739 0.030 0.020 0.011 1.012 0.987 0.908 0.819 0.422 0.489 4.743 1.891 0.282 0.190 1.123 1.515 nan 0.717 nan 1.264 0.657 0.985 2.253 3.179 1.056 2.681 1.198 0.941 2073 chr11 70717248 70734627 + 0 NA intron (NM_012309, intron 8 of 22) intron (NM_012309, intron 8 of 22) -7464 NR_037437 100500844 NR_037437 ENSG00000263744 MIR3664 mir-3664 microRNA 3664 ncRNA nan 1.129 0.608 0.045 0.052 1.673 0.095 0.655 1.418 0.022 0.048 0.030 0.011 0.069 1.101 0.764 0.035 0.056 0.030 0.032 0.008 0.569 0.308 3.278 0.053 0.037 0.025 0.039 0.024 0.098 nan 0.123 3.010 0.034 0.065 0.329 0.056 0.092 0.007 0.030 0.271 0.076 0.018 0.044 0.073 0.116 0.168 0.126 0.016 0.022 0.087 0.764 0.068 0.027 3.278 0.021 0.057 0.084 0.242 0.041 0.091 0.189 0.022 0.017 0.020 0.006 1.792 2.220 0.170 0.345 2.066 2.120 4.761 1.552 0.337 0.406 0.445 0.704 2.741 3.211 0.347 0.180 0.519 0.657 1.492 1.331 0.121 0.168 1.329 0.864 2406 chr12 2031116 2037280 + 0 NA Intergenic Intergenic -6328 NM_172364 93589 Hs.13768 NM_172364 ENSG00000151062 CACNA2D4 RCD4 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 4 protein-coding 1.387 nan nan 0.047 0.255 0.587 0.082 0.233 0.379 0.031 0.113 0.055 0.081 0.389 1.151 0.390 0.235 0.051 0.152 0.122 0.249 0.033 0.023 0.024 0.055 0.039 0.301 0.127 0.860 0.043 0.339 0.142 0.089 0.019 0.256 0.089 0.010 0.013 0.054 0.050 0.042 0.289 0.106 0.165 0.013 0.011 1.151 0.079 0.249 0.101 4.315 0.138 0.033 0.415 0.372 0.013 0.009 0.191 0.392 0.172 0.155 nan 0.939 0.480 0.114 0.235 0.266 1.852 2.480 0.170 0.398 1.093 0.910 0.396 0.462 0.747 0.630 0.450 nan 1.073 0.679 76 chr1 9947855 9973455 + 0 NA intron (NM_020248, intron 1 of 5) intron (NM_020248, intron 1 of 5) 9661 NM_020248 56998 Hs.463759 NM_020248 ENSG00000178585 CTNNBIP1 ICAT catenin beta interacting protein 1 protein-coding 1.597 nan 3.175 0.563 2.576 0.440 3.083 0.332 0.669 1.127 0.600 0.981 0.366 0.391 0.563 1.069 0.628 0.289 2.383 1.000 0.734 0.214 0.207 0.239 0.453 1.831 1.355 0.619 1.891 1.602 1.107 nan 1.676 2.619 1.539 0.179 0.161 0.528 0.142 0.864 0.151 2.612 3.390 1.401 1.517 0.906 1.011 1.288 0.414 3.465 0.132 1.024 1.069 3.622 3.306 0.453 0.610 0.792 0.387 1.492 0.293 0.756 0.209 0.379 0.687 0.596 0.326 1.935 2.412 1.850 2.771 1.889 1.881 0.526 0.170 1.039 1.091 1.311 nan nan 5.185 nan 0.598 0.501 0.676 0.564 0.626 0.893 1.902 1.122 0.714 11223 chr8 116421023 116468563 + 0 NA intron (NM_014112, intron 5 of 6) intron (NM_014112, intron 5 of 6) 235446 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 0.990 0.080 0.086 0.034 0.183 0.149 0.225 0.646 0.210 0.775 0.037 0.031 0.071 0.043 0.818 0.121 0.298 0.164 0.034 4.078 0.056 0.081 0.063 0.120 0.027 0.020 0.062 0.022 0.086 0.337 0.082 0.419 0.259 0.060 0.303 0.037 0.068 0.159 0.050 0.088 0.046 0.036 0.105 0.014 0.162 0.671 0.055 0.437 0.015 0.150 0.043 0.128 0.033 0.063 0.042 0.097 0.014 0.047 0.167 0.284 0.031 0.217 0.193 0.013 0.011 0.267 0.176 0.204 0.311 0.365 0.473 nan 0.092 0.789 nan 1.628 nan 0.321 0.342 0.487 0.249 0.107 0.189 1.589 1.832 0.362 0.828 0.508 0.479 10285 chr7 31565408 31595281 + 0 NA intron (NM_001257968, intron 1 of 14) LTR19-int|LTR|ERV1 11268 NM_001257968 223075 Hs.224269 NM_194300 ENSG00000180347 CCDC129 - coiled-coil domain containing 129 protein-coding 1.040 1.230 1.320 0.623 0.462 0.031 0.019 0.424 0.889 0.006 0.062 0.031 0.197 0.307 0.069 0.081 0.136 0.092 0.149 0.038 0.026 0.009 0.226 0.180 0.652 0.009 0.034 0.005 0.125 0.025 0.310 1.620 1.600 0.522 0.020 0.078 0.092 0.043 0.175 0.042 0.065 0.008 0.201 0.105 0.190 0.130 0.016 0.038 0.076 0.081 0.167 0.025 0.652 0.105 0.150 0.013 0.006 0.017 0.024 1.111 0.041 0.023 0.012 0.014 3.269 4.656 7.346 6.881 0.525 nan 0.454 0.279 0.826 0.936 0.478 nan nan nan 0.349 0.165 1.478 2.150 0.478 0.700 0.184 nan 1.046 0.699 7621 chr3 57111367 57118942 + 0 NA Intergenic Intergenic -1818 NM_001128615 50650 Hs.476402 NM_019555 ENSG00000163947 ARHGEF3 GEF3|STA3|XPLN Rho guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.053 0.952 nan 1.177 0.374 0.866 4.235 0.169 0.258 0.951 0.990 0.989 0.124 0.014 0.998 0.386 0.428 0.106 2.358 1.190 0.116 0.146 0.021 0.100 0.253 1.430 1.097 0.507 6.191 5.363 0.979 1.858 0.678 1.869 0.620 0.365 0.025 0.557 0.064 0.325 0.272 0.572 0.957 0.526 1.944 2.220 3.291 0.342 1.182 1.367 0.553 1.443 0.386 3.833 0.466 0.253 0.964 0.501 0.077 1.581 0.140 1.193 0.975 0.098 0.291 0.487 0.282 0.443 0.555 1.165 1.952 0.574 0.550 1.906 0.416 1.089 1.026 0.560 0.827 0.859 1.605 nan 0.848 0.827 1.588 0.172 0.086 0.116 0.257 0.610 0.401 982 chr1 192475930 192551229 + 0 NA Intergenic Intergenic -31278 NM_002922 5996 Hs.75256 NM_002922 ENSG00000090104 RGS1 1R20|BL34|HEL-S-87|IER1|IR20 regulator of G protein signaling 1 protein-coding 0.878 nan 0.893 0.161 0.085 0.019 0.984 0.083 0.164 0.029 0.241 1.854 0.024 0.019 0.092 0.158 0.337 0.144 1.517 0.954 0.049 5.249 0.158 0.178 0.076 1.043 0.578 0.030 0.336 0.489 0.189 0.852 0.318 0.296 1.144 0.164 0.011 0.068 0.121 0.512 0.029 0.136 0.077 0.064 0.186 0.091 0.174 2.258 0.136 0.103 0.047 0.110 0.158 0.569 0.099 0.076 0.268 0.029 0.015 0.069 0.054 0.343 0.034 0.170 0.502 0.713 0.877 0.576 0.389 2.013 1.933 0.352 0.395 0.193 0.123 0.422 0.460 0.313 nan 0.284 0.283 0.323 0.156 0.083 0.137 0.077 0.091 0.468 0.916 0.303 0.417 8752 chr5 10282475 10319444 + 0 NA intron (NM_138809, intron 1 of 5) T-rich|Low_complexity|Low_complexity 7209 NM_138809 134147 Hs.192586 NM_138809 ENSG00000164237 CMBL JS-1 carboxymethylenebutenolidase homolog protein-coding nan nan nan 0.147 3.070 1.874 2.616 1.174 2.259 0.848 0.231 1.127 0.023 0.125 1.739 0.587 0.245 0.337 1.948 1.151 0.560 0.116 1.710 1.289 3.456 1.146 0.795 0.147 0.691 0.482 0.537 2.527 1.031 nan 0.574 0.954 0.595 0.434 0.135 0.141 0.277 0.732 0.254 0.209 0.390 0.239 0.966 0.140 0.440 0.629 1.645 1.935 0.587 1.167 0.661 3.456 1.226 2.382 0.381 0.963 0.648 0.844 0.072 0.147 0.287 0.125 0.080 0.333 0.221 0.481 0.682 3.955 3.931 2.674 0.683 0.229 0.228 nan 3.262 3.291 3.101 1.269 1.178 0.243 0.304 2.173 2.601 0.292 nan 3.644 1.893 9957 chr6 138128217 138133771 + 0 NA Intergenic Intergenic -57331 NM_001270508 7128 Hs.211600 NM_006290 ENSG00000118503 TNFAIP3 A20|AISBL|OTUD7C|TNFA1P2 TNF alpha induced protein 3 protein-coding 0.896 1.078 0.830 0.591 0.111 0.051 2.800 0.320 0.503 0.139 1.330 1.196 0.090 0.178 0.921 1.721 0.202 2.855 2.263 1.113 0.025 0.055 0.029 0.166 3.196 2.962 0.172 3.804 3.118 0.568 2.529 0.546 0.949 1.018 7.951 0.034 0.059 0.098 1.279 0.034 4.524 2.883 1.580 6.886 4.878 1.091 1.620 0.463 1.020 0.625 1.109 0.921 0.923 0.235 0.166 0.728 0.420 0.039 1.020 0.583 0.768 0.018 0.044 1.527 0.052 0.019 0.306 0.242 0.620 2.149 0.490 0.539 nan 0.431 0.299 0.120 0.121 0.199 0.506 0.465 0.499 0.238 0.142 0.217 0.469 0.607 0.200 nan 0.489 0.395 2592 chr12 31223578 31235333 + 0 NA intron (NM_152438, intron 1 of 26) MIRb|SINE|MIR -2674 NR_038927 100506660 Hs.586774 NR_038927 ENSG00000245614 DDX11-AS1 CONCR DDX11 antisense RNA 1 ncRNA 2.581 nan 3.339 2.074 4.245 2.922 2.706 1.025 2.245 0.818 2.601 1.818 1.828 0.676 2.280 2.007 0.797 0.028 4.905 2.311 0.874 1.310 1.546 1.006 2.289 2.299 2.647 0.480 3.254 1.719 2.389 4.573 3.409 4.619 1.752 1.294 3.212 1.404 0.117 2.328 1.396 3.267 2.673 1.199 1.410 2.425 2.159 3.759 1.475 3.719 1.471 2.287 2.007 6.556 3.463 2.289 0.997 0.719 0.552 2.392 2.352 1.471 1.145 0.962 7.247 1.607 1.311 2.778 2.662 2.598 3.751 6.752 6.271 4.773 2.763 5.485 6.169 2.183 2.798 3.374 5.358 2.674 2.876 1.497 2.769 8.157 10.087 2.149 2.804 2.107 1.172 11213 chr8 110642738 110662755 + 0 NA intron (NM_001099746, intron 1 of 5) intron (NM_001099746, intron 1 of 5) 2673 NM_001099756 55638 Hs.390738 NM_017786 ENSG00000147642 SYBU GOLSYN|OCSYN|SNPHL syntabulin protein-coding nan nan 2.080 0.249 0.889 1.273 0.471 0.553 1.050 0.634 0.137 0.300 0.324 0.176 3.657 0.820 0.390 0.104 0.481 0.180 0.352 0.069 0.110 0.112 0.690 0.595 0.580 1.121 0.933 0.184 0.463 0.854 0.276 1.365 0.289 0.209 0.363 0.228 0.049 0.124 0.274 0.212 0.129 0.161 0.419 0.115 1.217 0.553 0.811 0.754 0.563 0.666 0.820 0.490 0.120 0.690 0.067 2.059 0.140 0.384 0.730 0.090 0.065 0.160 0.011 0.866 0.736 0.342 0.233 0.185 0.328 1.545 1.360 nan 1.441 2.031 nan 1.365 nan 0.897 1.161 0.739 0.617 0.174 0.387 1.165 1.475 0.661 1.530 0.754 0.630 7646 chr3 65935016 65952370 + 0 NA intron (NM_001033057, intron 1 of 22) AluSq|SINE|Alu -3460 NR_145422 151877 Hs.476636 NR_145422 ENSG00000272610 MAGI1-IT1 - MAGI1 intronic transcript 1 ncRNA 0.704 nan 1.027 1.317 0.575 0.103 2.934 0.400 0.778 0.138 0.723 2.189 1.900 0.838 0.304 0.412 0.255 0.018 0.878 0.384 0.394 0.181 0.168 1.049 0.472 0.171 0.101 1.885 2.146 2.427 4.733 1.914 1.056 0.582 0.028 0.006 0.050 0.072 1.634 0.106 1.120 0.302 0.270 0.824 1.040 1.826 0.155 0.272 0.522 0.787 0.911 0.412 2.399 3.258 1.049 0.210 1.071 0.044 0.419 0.158 0.899 0.063 0.113 0.781 0.159 0.144 0.196 0.186 0.212 0.774 0.708 0.912 0.289 0.147 0.276 0.255 0.102 0.186 1.748 2.539 0.407 0.216 0.201 0.295 0.049 0.035 0.254 nan 0.352 0.398 9131 chr5 119934452 119960916 + 0 NA intron (NM_001308088, intron 1 of 3) THE1A-int|LTR|ERVL-MaLR 80525 NM_001308088 51334 Hs.157461 NM_016644 ENSG00000184838 PRR16 DSC54|LARGEN proline rich 16 protein-coding 0.519 0.674 0.454 2.743 0.450 0.012 1.593 0.049 0.147 0.491 0.485 2.759 0.477 0.042 0.037 0.062 0.409 0.139 0.457 0.231 2.500 0.016 0.053 0.040 0.027 1.618 0.929 0.532 0.499 1.314 0.633 0.696 0.499 0.152 0.364 0.376 0.025 0.097 0.110 0.388 0.009 0.443 0.242 0.183 0.766 0.386 0.432 1.936 0.037 0.150 0.024 0.063 0.062 0.313 0.021 0.027 0.198 0.013 0.011 0.057 0.134 0.442 0.026 0.019 1.471 0.533 0.378 0.239 0.137 0.817 2.242 0.129 0.176 0.091 0.027 0.123 0.079 0.153 nan 0.606 0.379 0.338 0.118 0.102 0.160 0.089 0.206 0.128 0.240 0.265 0.307 11898 chrUn_gl000218 96078 98591 + 0 NA intron (NR_037872, intron 1 of 3) CpG 120 NR_037872 100233156 Hs.487536 NM_174888 LOC100233156 - tektin 4 pseudogene pseudo 2.756 1.105 nan 2.072 3.745 0.201 0.279 1.726 2.442 0.800 2.266 1.272 1.268 1.380 2.310 3.442 0.537 0.197 0.470 0.152 1.486 1.501 0.817 4.711 1.618 1.341 0.044 2.123 0.628 29.521 20.690 0.375 7.281 1.407 1.267 0.218 1.937 0.199 0.424 0.985 2.022 1.294 0.649 2.207 0.287 2.410 0.408 1.091 5.407 2.009 3.686 3.442 0.652 0.037 4.711 0.975 2.075 1.924 6.566 1.806 0.604 0.526 1.078 2.072 0.115 0.163 2.628 2.930 0.868 1.394 0.766 0.956 5.808 1.639 2.845 2.877 4.265 nan 4.909 7.094 5.985 4.357 1.644 2.997 1.172 1.093 5.295 4.925 5.327 nan 10743 chr7 150782151 150787838 + 0 NA intron (NM_001042535, intron 1 of 8) CpG 1485 NM_001042535 116988 Hs.647075 NM_031946 ENSG00000133612 AGAP3 AGAP-3|CENTG3|CRAG|MRIP-1|cnt-g3 ArfGAP with GTPase domain, ankyrin repeat and PH domain 3 protein-coding 7.938 1.783 11.596 2.158 2.943 0.491 2.922 1.247 1.968 0.939 5.222 2.345 0.126 2.050 3.438 2.764 1.241 0.122 5.035 1.535 1.395 0.950 1.700 1.009 4.737 2.539 2.884 2.855 3.769 1.515 1.680 2.864 3.987 2.665 1.581 3.349 0.705 3.124 0.176 1.667 2.386 3.057 3.247 1.746 2.292 3.048 2.362 1.480 3.515 3.776 2.833 2.094 2.764 6.878 3.269 4.737 0.752 2.093 1.819 6.642 2.029 2.532 1.327 1.563 0.740 1.488 0.754 3.416 5.427 2.912 3.722 5.802 5.287 5.300 1.291 2.945 2.856 2.308 3.697 3.890 5.535 8.439 13.341 2.350 4.630 3.777 2.967 5.492 5.647 3.693 2.232 8151 chr3 191046124 191049568 + 0 NA intron (NM_178335, intron 1 of 11) intron (NM_178335, intron 1 of 11) 479 NM_198152 257313 Hs.518492 NM_198152 ENSG00000188958 UTS2B U2B|URP|UTS2D urotensin 2B protein-coding nan 3.515 6.161 6.919 6.420 1.692 1.792 2.355 5.360 2.224 2.403 2.094 0.416 3.795 2.415 3.124 7.200 0.426 1.562 0.630 4.007 1.410 3.820 1.668 4.871 3.046 2.794 1.877 0.318 0.802 2.768 nan 0.103 12.717 0.893 1.471 0.388 2.736 0.048 1.284 1.885 6.393 6.344 3.329 1.028 0.383 4.365 2.313 2.292 7.164 2.880 2.150 3.124 1.710 1.910 4.871 1.237 1.845 0.852 1.602 1.585 1.598 1.505 1.870 1.691 1.670 0.977 6.417 6.554 14.200 14.634 11.802 9.929 16.003 7.636 11.092 11.840 4.179 4.909 7.264 10.102 8.885 9.271 2.651 5.696 2.952 2.711 6.112 4.615 3.549 2.493 1345 chr10 14383735 14426087 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 20365 NR_036181 100422843 NR_036181 ENSG00000266321 MIR4293 - microRNA 4293 ncRNA nan 0.752 1.175 0.096 0.256 0.018 0.028 0.231 0.332 0.002 0.071 0.116 0.002 0.010 0.071 0.103 0.253 0.120 0.028 0.013 0.041 0.007 0.153 0.099 0.747 0.016 0.019 0.021 0.071 0.003 0.043 0.081 0.046 0.326 0.007 0.052 0.629 0.056 0.075 0.019 0.370 0.093 0.023 0.020 0.028 0.014 0.053 0.119 0.060 0.032 0.021 0.060 0.103 0.045 0.015 0.747 0.032 0.045 0.030 0.086 0.021 0.043 0.420 0.221 0.100 0.016 0.010 0.448 0.356 0.374 0.877 0.372 0.355 5.645 1.422 0.139 0.148 0.747 1.088 1.332 1.201 0.386 0.251 0.356 0.508 1.817 1.366 0.331 0.842 0.963 0.549 2290 chr11 116368259 116390282 + 0 NA Intergenic Intergenic -130869 NR_135069 101929011 Hs.733911 NR_135069 ENSG00000237937 LOC101929011 - uncharacterized LOC101929011 ncRNA 1.177 1.290 0.721 0.033 0.235 0.417 0.055 0.245 0.367 0.017 0.113 0.029 0.020 0.027 0.247 1.211 0.024 0.090 0.062 0.017 0.020 1.145 0.879 0.527 0.009 0.033 0.027 0.078 0.051 0.149 0.055 2.221 0.007 0.044 0.681 0.064 0.110 0.016 0.129 0.201 0.041 0.032 0.030 0.039 0.052 0.228 0.042 0.045 0.007 0.037 1.211 0.036 0.034 0.527 0.017 0.057 0.438 0.053 0.852 0.036 0.121 2.499 0.028 0.028 0.007 0.382 nan 0.144 0.196 0.563 0.635 1.915 0.458 0.097 0.135 3.013 nan 1.403 1.233 3.367 2.873 0.421 0.635 2.184 1.710 1.028 3.441 3.793 1.848 4431 chr16 70092516 70100817 + 0 NA intron (NR_003610, intron 1 of 25) intron (NR_003610, intron 1 of 25) 3185 NR_003610 283970 Hs.513695 NM_199134 ENSG00000196696 PDXDC2P-NPIPB14P - nuclear pore complex-interacting protein pseudo 2.053 1.984 nan 2.259 3.091 1.148 1.528 1.195 3.118 1.932 1.832 0.875 0.847 6.722 1.742 1.340 1.292 0.324 2.122 0.502 0.865 0.852 1.221 0.722 2.187 1.424 1.582 1.004 2.066 0.505 1.482 2.975 1.717 4.308 0.846 0.592 0.635 0.820 0.160 0.334 1.315 1.625 0.943 0.942 0.804 0.984 1.588 0.719 1.771 1.495 1.483 2.515 1.340 2.859 1.133 2.187 1.536 1.554 0.863 1.162 1.162 1.193 2.599 0.336 0.626 0.312 0.110 2.881 3.586 1.918 2.694 3.425 3.703 3.648 1.986 7.594 7.095 1.480 1.790 4.371 6.523 2.630 2.459 3.001 4.923 2.257 2.205 1.600 2.142 2.052 1.121 9276 chr5 151297450 151316055 + 0 NA Intergenic Intergenic -2355 NM_000171 2741 Hs.121490 NM_000171 ENSG00000145888 GLRA1 HKPX1|STHE glycine receptor alpha 1 protein-coding 0.604 nan 0.451 0.043 0.066 0.307 0.046 0.138 0.287 0.005 0.049 0.030 0.017 0.362 0.209 0.089 0.069 0.051 0.020 0.047 0.080 0.161 0.018 0.016 0.004 0.037 0.006 0.079 0.063 0.056 0.784 0.008 0.055 0.092 0.023 0.105 0.006 0.791 0.062 0.020 0.004 0.012 0.025 0.053 0.071 0.018 0.040 0.021 0.029 0.209 0.033 0.030 0.161 0.026 0.023 0.036 0.019 0.229 0.034 0.053 0.268 0.012 0.015 0.019 0.147 0.079 0.065 0.103 0.327 0.324 0.400 0.143 0.039 0.056 0.167 0.248 0.227 0.221 0.709 0.654 0.183 0.240 0.194 0.250 1.427 5.204 0.196 0.271 10601 chr7 111333510 111354120 + 0 NA Intergenic L1PA7|LINE|L1 -104746 NR_103806 100506413 Hs.677513 NR_103806 ENSG00000225572 DOCK4-AS1 - DOCK4 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.777 1.431 0.070 0.123 0.157 0.100 0.124 0.238 0.009 0.098 0.086 0.009 0.024 0.095 0.124 0.106 0.126 0.056 0.037 0.029 0.020 0.106 0.129 0.102 0.010 0.017 0.025 0.105 0.025 0.070 0.083 0.134 0.226 0.014 0.073 0.018 0.069 0.173 0.089 0.130 0.038 0.008 0.026 0.063 0.089 0.187 0.111 0.048 0.045 0.109 0.124 0.055 0.014 0.102 0.065 0.048 0.127 0.048 0.025 0.027 0.058 1.847 0.015 0.014 0.022 0.371 0.231 0.231 0.272 0.245 0.313 0.199 0.085 0.226 0.209 0.295 0.414 0.170 0.225 0.842 0.641 0.158 0.247 0.069 0.136 1.527 6.218 0.597 0.589 1123 chr1 216853613 216902448 + 0 NA intron (NM_001350125, intron 3 of 8) intron (NM_001350125, intron 3 of 8) 18784 NM_001243519 2104 Hs.444225 NM_001438 ENSG00000196482 ESRRG ERR-gamma|ERR3|ERRg|ERRgamma|NR3B3 estrogen related receptor gamma protein-coding 1.385 1.364 6.557 0.098 0.675 0.019 0.029 1.248 2.157 0.002 0.071 0.054 0.020 0.037 0.096 0.435 0.128 0.082 0.076 0.051 0.021 0.020 1.342 0.790 0.725 0.008 0.024 0.015 0.056 0.011 0.043 0.041 0.064 nan 0.024 0.086 0.729 0.058 0.112 0.016 1.430 0.047 0.011 0.016 0.022 0.018 0.095 0.106 0.043 0.051 0.093 0.034 0.435 0.044 0.013 0.725 0.033 0.052 0.296 0.032 0.293 0.028 0.057 2.319 0.018 0.018 0.007 0.425 0.337 0.449 0.654 1.047 1.156 nan 0.357 0.601 0.665 1.651 nan 0.357 0.422 3.182 2.940 0.110 0.198 3.710 4.072 4.700 6.720 0.985 0.775 758 chr1 154965477 154999792 + 0 NA intron (NM_001256455, intron 1 of 2) intron (NM_001256455, intron 1 of 2) 7528 NM_001252406 51043 Hs.729279 NM_001252406 ENSG00000160685 ZBTB7B CKROX|THPOK|ZBTB15|ZFP-67|ZFP67|ZNF857B|c-KROX|hcKROX zinc finger and BTB domain containing 7B protein-coding nan nan 3.656 2.194 2.156 1.416 2.118 1.172 2.216 1.028 2.462 1.714 1.597 1.785 3.015 3.131 2.033 0.312 2.943 1.223 5.951 2.895 1.464 0.621 1.748 2.038 2.005 1.189 2.564 1.203 3.508 6.240 2.963 6.034 1.497 5.151 0.539 2.275 0.122 1.382 1.407 2.440 1.157 0.568 1.941 1.436 1.443 0.700 4.562 2.149 4.764 6.298 3.131 2.461 1.897 1.748 2.432 2.895 1.009 6.506 2.186 2.258 2.514 1.464 0.606 0.751 0.354 2.819 3.482 1.953 2.813 2.689 nan 2.319 0.737 3.074 3.272 1.707 2.380 3.771 4.362 2.158 1.777 3.120 4.804 1.744 1.730 2.123 4.227 1.224 0.678 6351 chr2 128452943 128460703 + 0 NA Intergenic Intergenic -1774 NM_032740 84826 Hs.345849 NM_032740 ENSG00000173349 SFT2D3 - SFT2 domain containing 3 protein-coding 3.244 nan nan 2.252 1.981 1.931 2.262 0.803 1.410 0.525 2.090 0.655 0.523 0.751 1.067 3.035 1.174 0.064 1.792 0.834 2.015 0.749 0.825 0.419 2.697 1.334 1.707 1.308 3.542 0.562 2.268 3.729 2.283 3.584 1.281 1.808 0.306 1.340 0.101 0.884 0.942 3.525 1.989 0.993 1.095 1.661 2.172 1.096 2.089 4.190 1.595 1.883 3.035 4.498 3.139 2.697 0.759 1.535 0.500 3.772 1.611 1.556 0.419 0.682 1.191 0.653 0.474 3.462 3.357 2.899 4.776 3.053 2.833 5.904 3.062 5.887 6.199 1.900 2.804 4.116 6.727 3.187 3.814 1.813 4.027 2.046 1.953 4.357 2.755 1.335 0.834 5902 chr2 10405348 10446271 + 0 NA Intergenic Intergenic -17221 NM_002149 3241 Hs.580427 NM_002149 ENSG00000115756 HPCAL1 BDR1|HLP2|VILIP-3 hippocalcin like 1 protein-coding 1.174 0.813 1.244 0.617 0.601 1.017 3.435 0.262 0.594 0.196 2.084 1.983 0.021 0.338 0.429 0.569 0.325 0.119 1.609 0.934 0.702 0.102 0.338 0.222 0.800 0.984 0.943 0.268 0.846 0.966 2.385 6.348 0.749 1.547 1.894 2.461 0.023 0.273 0.120 2.087 0.319 3.885 1.295 0.794 0.866 0.732 1.920 2.620 1.459 1.730 0.625 2.036 0.569 1.564 1.821 0.800 0.892 1.016 0.272 0.859 1.376 1.441 0.109 0.168 2.033 0.403 0.360 0.550 0.664 0.631 0.752 0.743 0.701 1.633 0.518 0.258 0.263 0.561 0.852 2.247 nan 0.699 0.629 0.363 0.536 0.271 0.379 0.494 nan 0.841 0.602 14 chr1 1277172 1298460 + 0 NA TTS (NM_032348) TTS (NM_032348) -3324 NM_001330311 1855 Hs.731450 NM_004421 ENSG00000107404 DVL1 DRS2|DVL|DVL1L1|DVL1P1 dishevelled segment polarity protein 1 protein-coding 1.672 nan 3.755 4.491 0.841 0.329 2.475 0.369 0.760 0.856 3.501 0.979 0.641 1.025 0.550 0.391 1.367 0.346 3.221 1.292 1.207 0.632 0.302 0.147 0.349 1.685 2.681 2.393 2.016 1.476 2.456 nan 0.828 1.038 2.397 1.098 0.098 0.860 0.113 0.559 0.130 2.875 2.080 0.964 2.089 0.893 2.393 1.421 1.488 4.429 0.731 1.541 0.391 2.718 2.825 0.349 1.017 1.634 0.403 4.514 0.505 1.584 0.335 0.916 2.134 0.760 0.484 0.986 1.668 0.739 1.165 1.577 1.774 1.079 0.397 2.870 2.697 1.079 nan nan 3.954 nan 1.161 0.842 1.318 0.465 0.348 3.019 4.135 0.756 0.452 4761 chr17 38662254 38718486 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 26276 NM_001301718 1236 Hs.370036 NM_001838 ENSG00000126353 CCR7 BLR2|CC-CKR-7|CCR-7|CD197|CDw197|CMKBR7|EBI1 C-C motif chemokine receptor 7 protein-coding nan 1.534 0.837 0.908 0.349 2.855 2.910 0.806 1.538 0.420 2.036 0.283 0.062 0.064 2.230 0.343 0.366 0.118 1.279 0.827 5.716 0.037 0.395 0.254 1.442 2.146 1.575 0.090 1.010 1.501 1.093 4.565 1.080 2.338 1.451 0.621 0.154 0.056 0.073 1.062 0.339 1.297 2.613 1.020 1.266 0.566 0.741 0.784 4.552 0.143 0.340 3.013 0.343 1.906 1.326 1.442 1.441 2.084 0.354 0.315 1.734 0.584 0.147 0.207 1.424 0.594 0.415 0.431 0.457 0.304 0.501 nan 2.358 2.054 0.726 0.640 0.704 0.922 1.234 2.105 2.127 nan 0.320 0.338 0.435 0.650 0.763 0.528 1.003 0.828 0.704 2587 chr12 30915125 30920482 + 0 NA intron (NR_135046, intron 1 of 1) intron (NR_135046, intron 1 of 1) 9795 NR_135046 645485 Hs.232332 NR_135046 ENSG00000246331 LOC645485 - uncharacterized LOC645485 ncRNA 1.484 nan 1.488 0.094 1.429 0.052 0.225 0.238 0.722 0.217 0.160 0.088 0.131 0.065 0.287 0.069 0.119 0.159 0.035 0.023 0.022 0.440 0.215 0.112 0.051 0.027 0.141 0.173 0.162 0.157 0.879 0.098 2.449 0.117 0.030 0.103 0.057 0.087 0.100 0.233 0.282 0.061 0.298 0.015 0.050 0.287 0.001 0.051 0.112 0.046 0.063 0.617 0.109 3.918 0.044 0.037 0.024 0.301 0.032 0.019 0.328 0.207 0.188 0.304 0.738 0.869 5.334 1.356 0.247 0.353 0.221 0.439 0.684 0.639 0.682 0.448 0.176 0.175 7.995 14.173 0.154 0.305 2.142 1.125 10898 chr8 37088755 37101893 + 0 NA intron (NR_031672, intron 2 of 2).2 intron (NR_031672, intron 2 of 2).2 115853 NR_031672 100302233 NR_031672 ENSG00000221641 MIR1268A MIR1268|MIRN1268|hsa-mir-1268|hsa-mir-1268a microRNA 1268a ncRNA 0.569 0.942 nan 0.109 3.815 0.025 0.017 0.209 0.595 0.014 0.147 0.097 0.005 0.054 0.252 0.686 0.068 0.135 0.016 0.015 0.010 0.028 0.092 2.230 0.016 0.022 0.006 0.114 0.386 2.326 0.169 2.395 0.022 0.041 0.036 0.016 0.120 0.018 0.054 0.123 0.027 0.018 0.058 0.041 0.169 0.136 0.155 0.011 0.258 1.045 0.686 0.006 0.014 2.230 0.317 0.096 0.031 0.013 1.719 0.042 0.048 0.085 0.272 0.009 0.264 0.208 0.350 0.472 1.829 1.633 0.187 0.077 0.109 0.114 0.292 0.433 0.897 1.543 0.528 0.322 0.042 0.170 0.204 0.208 0.373 0.881 3.961 1.540 9010 chr5 73302508 73459848 + 0 NA Intergenic Intergenic 222972 NR_105009 102503429 Hs.519391 NR_105009 ENSG00000248942 LINC01335 - long intergenic non-protein coding RNA 1335 ncRNA 1.140 nan 1.156 0.122 0.206 0.807 0.441 0.321 0.623 0.081 0.162 0.410 0.058 0.056 0.151 0.417 0.366 0.073 0.453 0.286 0.036 0.012 0.388 0.208 0.348 0.157 0.055 0.028 0.144 0.463 0.395 1.785 0.735 1.008 0.297 0.075 0.607 4.580 0.192 0.109 0.211 0.092 0.045 0.027 0.215 0.191 0.287 0.087 0.098 0.123 0.100 0.781 0.417 0.467 0.062 0.348 0.215 0.116 0.257 0.122 0.374 0.123 0.034 0.810 0.166 0.131 0.046 0.239 0.187 1.225 2.075 0.785 0.772 nan 0.643 0.136 0.134 3.543 nan 0.558 0.445 0.731 0.547 0.106 0.166 1.669 1.653 0.579 1.910 0.932 0.581 9556 chr6 31160828 31173910 + 0 NA intron (NR_026791, intron 1 of 1) intron (NR_026791, intron 1 of 1) 1832 NR_026791 253018 Hs.659818 NR_026791 ENSG00000206344 HCG27 bCX101P6.9|bPG299F13.9|bQB115I13.2 HLA complex group 27 (non-protein coding) ncRNA nan 3.337 nan 3.307 3.795 1.349 3.661 3.079 5.553 0.525 1.901 1.227 1.266 1.784 2.848 1.454 1.246 0.468 2.890 0.948 3.972 0.679 1.612 0.578 4.009 1.618 1.669 0.400 2.176 0.912 1.383 3.157 2.280 2.999 1.309 1.714 0.552 1.565 0.148 0.650 0.230 3.130 2.131 0.774 1.494 1.590 1.286 3.191 1.159 3.557 1.534 1.100 1.454 5.393 3.057 4.009 0.543 1.087 0.292 3.148 1.104 1.353 1.233 0.132 1.575 0.565 0.386 2.036 2.314 3.854 nan nan 1.897 7.018 4.778 2.813 3.001 0.506 0.726 6.261 8.763 0.410 0.226 1.033 1.648 2.736 3.351 0.171 0.388 2.206 1.406 2328 chr11 122008768 122075283 + 0 NA intron (NR_137179, intron 3 of 4) L2a|LINE|L2 9315 NR_137183 399959 Hs.44098 NR_024430 ENSG00000255248 MIR100HG AGD1|linc-NeD125|lncRNA-N2 mir-100-let-7a-2-mir-125b-1 cluster host gene ncRNA 0.735 0.677 0.658 0.387 0.075 0.603 5.442 0.075 0.182 0.213 4.212 4.503 0.021 0.024 1.570 0.210 1.248 0.178 2.575 1.476 3.118 0.017 0.255 0.410 0.050 4.723 4.674 0.026 3.018 2.731 0.886 1.489 0.222 1.640 2.432 0.857 0.029 0.245 0.129 3.655 0.012 8.425 1.199 0.724 7.429 2.315 1.308 4.671 0.916 2.672 0.223 0.591 0.210 0.880 11.070 0.050 0.666 0.220 0.006 0.410 0.053 2.182 0.060 0.056 2.857 1.811 2.039 0.321 0.161 0.177 0.306 0.631 0.716 0.155 0.085 0.241 0.229 0.176 0.312 0.138 0.165 0.441 0.255 0.237 0.370 0.279 0.303 0.102 nan 0.508 0.481 5630 chr19 36542511 36548204 + 0 NA promoter-TSS (NM_173636) promoter-TSS (NM_173636) 307 NM_001331104 199745 Hs.350209 NM_152658 ENSG00000161277 THAP8 - THAP domain containing 8 protein-coding 4.921 2.746 3.031 3.274 7.439 4.082 1.476 1.923 3.634 1.342 3.539 2.198 1.978 0.808 4.534 2.581 1.899 0.455 3.174 0.972 3.385 1.331 1.335 0.816 3.802 1.812 1.887 4.151 2.739 0.553 1.928 3.313 2.203 18.601 0.873 3.722 1.136 3.860 0.187 1.347 1.224 5.342 3.298 1.923 1.262 0.904 1.503 3.898 5.252 8.618 2.790 1.249 2.581 4.731 3.131 3.802 0.839 1.613 1.205 3.489 1.620 1.317 2.067 1.749 1.755 1.155 0.705 2.727 2.574 4.069 5.978 5.578 4.321 6.756 3.521 10.586 11.030 4.048 4.789 5.130 9.371 nan 4.504 2.885 4.219 3.903 5.616 3.593 5.040 3.318 1.688 2889 chr12 98477912 98485103 + 0 NA Intergenic Intergenic -92281 NR_036189 100422924 NR_036189 ENSG00000263890 MIR4303 - microRNA 4303 ncRNA 0.755 0.821 0.700 0.070 2.640 2.353 0.030 0.313 0.458 0.042 0.039 0.043 0.250 2.431 0.265 0.126 0.135 0.018 0.347 0.148 0.842 0.019 0.031 0.047 0.060 0.069 0.021 nan 0.020 0.068 0.121 0.060 0.106 0.241 0.069 0.019 0.011 0.016 0.086 0.161 0.138 0.034 0.049 0.000 0.027 0.265 0.049 0.013 0.842 0.041 0.013 0.024 0.156 0.033 0.057 0.067 0.008 0.007 0.444 0.244 0.298 0.324 1.764 1.472 9.966 5.543 0.386 0.450 0.400 nan 7.798 nan 0.451 0.137 0.122 0.156 1.168 0.923 0.260 0.358 4.317 2.293 3786 chr14 96111061 96138414 + 0 NA intron (NR_152604, intron 3 of 7) AluJo|SINE|Alu 6303 NR_152604 27004 Hs.510368 NM_012468 TCL6 TNG1|TNG2 T cell leukemia/lymphoma 6 (non-protein coding) ncRNA 0.776 0.737 nan 0.073 0.539 0.809 0.060 0.245 0.288 0.018 0.080 0.075 0.027 0.091 0.318 0.519 0.165 0.106 0.031 0.021 0.067 0.026 0.269 0.192 0.214 0.302 0.162 0.011 0.052 0.011 0.082 0.128 0.136 1.918 0.027 0.152 0.175 0.048 0.107 0.009 0.029 0.074 0.048 0.023 0.020 0.075 0.053 0.125 0.101 0.071 0.084 0.139 0.519 0.047 0.045 0.214 0.085 0.106 0.050 0.049 0.056 0.052 2.166 0.040 0.050 0.025 0.013 0.926 1.394 0.100 0.149 0.758 0.815 2.241 0.362 8.358 8.748 0.282 0.514 1.287 2.065 0.609 0.416 1.575 2.241 0.794 0.768 0.166 0.293 nan 0.785 234 chr1 32797469 32808516 + 0 NA Intergenic Intergenic -1152 NR_052852 65108 Hs.75061 NM_023009 ENSG00000175130 MARCKSL1 F52|MACMARCKS|MLP|MLP1|MRP MARCKS like 1 protein-coding 3.033 nan 2.809 1.672 3.067 1.697 0.662 1.082 2.209 1.131 0.558 0.456 0.101 0.668 1.952 1.803 0.335 0.087 0.946 0.240 0.136 0.817 1.876 0.862 4.113 0.699 0.569 0.743 0.438 0.287 1.787 4.215 2.068 4.266 0.665 0.246 0.243 1.641 0.113 0.266 1.330 0.350 0.427 0.275 0.249 0.805 1.315 0.253 1.282 1.412 0.335 0.794 1.803 0.832 0.476 4.113 0.232 0.963 0.395 1.469 1.117 0.271 1.550 0.681 0.379 0.214 0.153 6.365 8.449 2.741 3.589 4.428 4.499 nan 1.032 4.240 4.262 1.832 2.684 1.852 2.571 nan 2.773 2.586 5.594 1.397 0.759 2.079 2.034 1.152 nan 7867 chr3 139013731 139048570 + 0 NA Intergenic Intergenic -31711 NM_020191 56945 Hs.745001 NM_020191 ENSG00000175110 MRPS22 C3orf5|COXPD5|GIBT|GK002|MRP-S22|RPMS22 mitochondrial ribosomal protein S22 protein-coding 1.012 nan nan 1.346 0.116 0.033 4.246 0.143 0.335 0.156 0.280 2.741 0.019 0.035 0.040 0.165 0.234 0.097 0.400 0.381 0.278 0.020 0.162 0.131 0.076 3.888 3.350 0.414 0.299 2.160 0.128 0.261 0.171 0.228 0.391 0.048 0.005 0.037 0.073 1.953 0.047 3.250 1.281 0.661 0.354 0.599 0.235 6.766 0.173 1.139 0.170 0.134 0.165 0.290 2.829 0.076 0.203 0.043 0.070 0.299 0.041 1.860 0.054 0.274 1.429 5.713 6.958 0.396 0.312 0.298 0.525 0.410 0.430 0.350 0.183 0.320 0.313 0.665 1.010 0.134 0.193 nan 0.771 0.255 0.289 0.065 0.056 0.442 0.766 0.454 0.425 594 chr1 113241983 113250967 + 0 NA intron (NM_001042678, intron 1 of 4) intron (NM_001042678, intron 1 of 4) 3203 NM_001042679 389 Hs.502659 NM_175744 ENSG00000155366 RHOC ARH9|ARHC|H9|RHOH9 ras homolog family member C protein-coding nan 1.704 1.630 4.766 0.445 0.790 3.006 0.446 0.867 1.840 3.160 3.546 1.261 1.007 0.658 2.038 2.401 0.320 3.339 1.036 3.527 0.665 0.226 0.120 0.705 2.832 2.938 2.221 4.782 1.562 3.689 5.880 2.372 3.465 2.940 2.725 0.118 1.885 0.152 1.285 0.382 6.688 3.014 1.262 2.148 3.279 3.287 4.318 2.891 4.646 1.133 4.055 2.038 3.668 4.447 0.705 0.916 1.279 0.579 7.832 0.768 2.194 0.578 0.358 2.913 3.032 1.912 0.468 0.882 2.268 4.081 1.205 nan 1.794 0.637 1.630 1.604 2.572 3.790 2.487 3.310 0.511 0.416 0.929 1.775 0.554 0.781 0.579 2.169 0.872 0.443 10789 chr8 3429749 3445288 + 0 NA intron (NM_033225, intron 9 of 69) AluSx1|SINE|Alu -851527 NR_125425 101927815 Hs.571467 NR_125423 ENSG00000254319 LOC101927815 - uncharacterized LOC101927815 ncRNA 0.508 0.623 0.533 0.028 0.034 0.087 0.027 0.103 0.394 0.006 0.030 0.024 0.026 0.045 0.112 0.048 0.093 0.021 0.533 0.276 0.054 0.004 0.005 0.009 0.065 0.023 0.055 0.019 0.044 0.089 0.028 0.057 0.188 0.035 0.110 0.007 0.015 0.092 0.015 0.010 0.014 0.015 0.043 0.053 0.033 0.018 0.010 0.024 0.112 0.014 0.054 0.008 0.016 0.034 0.039 0.019 0.008 0.010 0.015 0.376 0.359 0.264 0.348 0.531 0.600 5.983 2.283 0.147 0.208 0.086 0.159 0.328 0.357 nan 0.203 0.095 0.108 1.622 1.656 0.108 0.160 1.088 0.854 2924 chr12 106720170 106737396 + 0 NA intron (NM_152772, intron 6 of 9) intron (NM_152772, intron 6 of 9) -22653 NM_018082 55703 Hs.62696 NM_018082 ENSG00000013503 POLR3B C128|HLD8|INMAP|RPC2 RNA polymerase III subunit B protein-coding 1.568 0.981 nan 0.127 0.143 0.361 0.301 0.711 1.358 0.011 0.136 0.246 0.025 0.053 0.415 0.306 0.265 0.112 0.119 0.087 0.040 0.040 0.275 0.317 0.423 0.334 0.125 0.034 0.184 0.035 0.119 0.236 0.136 1.454 0.226 0.210 1.068 0.069 0.149 0.149 0.092 0.063 0.042 0.032 0.101 0.043 0.189 0.224 0.142 0.066 0.245 0.389 0.306 0.045 0.080 0.423 0.099 0.062 0.327 0.054 0.035 0.110 0.092 0.076 0.052 0.020 0.020 0.301 0.256 0.357 0.448 0.841 0.917 0.953 0.427 0.332 0.357 1.396 1.814 0.393 0.469 0.862 0.623 0.211 0.298 3.138 3.485 0.377 0.492 4.495 1.915 6746 chr2 237305855 237313932 + 0 NA intron (NM_001270584, intron 7 of 17) intron (NM_001270584, intron 7 of 17) 102447 NM_001270585 79781 Hs.591594 NM_024726 ENSG00000132321 IQCA1 4930465P12Rik|DRC11|IQCA IQ motif containing with AAA domain 1 protein-coding 0.648 nan 0.494 0.081 0.114 0.056 0.062 0.105 0.247 0.012 0.038 0.045 0.034 0.076 0.158 0.049 0.079 0.013 0.023 0.032 0.035 0.010 0.114 0.134 0.018 0.036 0.019 0.051 0.083 0.127 0.106 0.415 0.074 0.012 0.067 0.126 0.049 0.084 0.022 0.010 0.053 0.045 0.049 0.141 0.081 0.053 0.029 0.057 0.158 0.065 0.057 0.134 0.031 0.183 0.076 0.038 0.039 1.666 0.032 0.019 0.014 0.013 6.799 8.522 1.437 0.280 0.325 0.258 0.088 0.087 2.787 2.889 0.146 0.358 0.478 nan 0.336 0.212 1.925 3.110 0.026 0.050 0.069 0.162 0.077 0.229 4580 chr17 8052691 8068854 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -5019 NM_002616 5187 Hs.445534 NM_002616 ENSG00000179094 PER1 PER|RIGUI|hPER period circadian regulator 1 protein-coding 2.732 2.374 2.215 0.852 1.197 1.478 1.032 1.603 3.202 0.718 2.017 1.126 0.956 1.574 1.924 2.819 1.727 0.188 1.960 0.573 3.591 2.040 0.836 0.443 2.416 0.650 0.554 0.998 0.941 0.640 2.356 3.969 2.037 5.312 0.606 2.538 0.209 2.296 0.089 0.657 1.560 3.244 1.198 0.659 1.025 0.810 0.619 0.580 3.999 3.885 1.233 1.003 2.819 6.230 2.652 2.416 0.961 1.195 0.499 5.355 3.183 1.152 0.865 3.055 1.086 0.966 0.497 2.868 4.017 3.328 5.411 5.157 4.066 4.852 2.734 2.623 2.663 1.335 1.852 3.862 6.762 1.703 1.567 1.429 2.064 1.134 1.217 4.777 8.780 0.619 0.376 10011 chr6 149634781 149641543 + 0 NA promoter-TSS (NM_001292034) promoter-TSS (NM_001292034) -901 NM_001292034 23118 Hs.269775 NM_015093 ENSG00000055208 TAB2 CHTD2|MAP3K7IP2|TAB-2 TGF-beta activated kinase 1 (MAP3K7) binding protein 2 protein-coding nan 2.597 nan 2.288 3.808 1.261 1.369 1.018 1.976 1.593 5.013 2.091 1.818 1.036 3.300 4.137 3.116 0.285 3.161 0.785 1.516 3.979 1.201 0.735 3.351 2.206 2.886 3.073 3.288 0.725 5.203 6.621 3.064 5.884 0.683 2.116 1.118 3.640 0.156 1.322 1.991 5.578 6.213 2.576 1.650 1.587 2.622 1.913 3.096 4.932 0.865 1.740 4.137 3.882 2.337 3.351 1.490 1.364 1.031 7.842 2.226 1.992 0.984 1.868 2.942 1.320 0.683 2.783 3.716 3.726 4.666 5.878 4.177 6.831 2.788 6.636 6.072 1.095 1.453 2.965 4.549 8.835 10.547 1.294 2.988 3.064 2.346 3.661 3.751 1.114 0.628 5213 chr18 24531425 24545186 + 0 NA intron (NM_031422, intron 4 of 5) intron (NM_031422, intron 4 of 5) -92538 NM_001317387 361 Hs.315369 NM_001650 ENSG00000171885 AQP4 MIWC|WCH4 aquaporin 4 protein-coding 0.669 0.816 0.778 0.057 0.102 0.021 0.116 0.154 0.028 0.112 0.084 0.036 0.039 0.679 0.048 0.046 0.031 0.023 0.010 0.126 0.108 0.052 0.015 0.005 0.005 0.029 0.008 0.047 0.135 0.036 0.294 0.039 0.055 0.047 0.079 0.017 0.085 0.107 0.018 0.032 0.028 0.049 0.102 0.089 0.026 0.035 0.049 0.679 0.026 0.007 0.052 0.009 0.012 0.028 0.109 0.022 0.011 0.078 0.060 0.022 0.010 0.531 0.318 1.127 nan 0.411 0.416 6.078 1.767 0.239 0.221 0.131 0.158 0.163 0.250 0.477 0.156 0.267 0.189 0.460 0.707 0.208 0.471 0.926 1.088 4302 chr16 26076556 26102386 + 0 NA intron (NM_006040, intron 1 of 1) AluY|SINE|Alu 52913 NR_036146 100422923 NR_036146 ENSG00000265005 MIR548W - microRNA 548w ncRNA 0.524 0.478 nan 0.045 0.079 0.017 0.020 0.316 0.503 0.007 0.051 0.036 0.012 0.093 0.125 0.273 0.057 0.045 0.024 0.019 0.005 0.018 0.094 0.071 0.008 0.017 0.058 0.016 0.090 0.042 0.036 0.258 0.011 0.049 0.019 0.013 0.082 0.004 0.099 0.075 0.021 0.006 0.013 0.033 0.071 0.127 0.041 0.030 0.031 0.039 0.273 0.036 0.043 0.071 0.014 0.023 0.009 0.667 0.015 0.046 0.087 0.021 0.004 0.008 0.265 0.202 0.071 0.060 0.093 0.151 nan 0.076 0.119 0.118 0.111 0.203 5.076 3.737 0.248 0.074 0.117 0.251 0.066 0.092 0.224 0.376 0.168 0.205 10273 chr7 29464045 29483756 + 0 NA intron (NM_004067, intron 6 of 12) intron (NM_004067, intron 6 of 12) -45428 NM_001293076 1124 Hs.654611 NM_004067 ENSG00000106069 CHN2 ARHGAP3|BCH|CHN2-3|RHOGAP3 chimerin 2 protein-coding 1.653 1.141 1.448 0.091 0.244 0.040 0.057 0.146 0.464 0.097 0.066 0.013 0.071 0.181 0.267 0.109 0.114 0.101 0.086 0.035 0.014 0.596 0.217 0.518 0.236 0.074 0.007 0.117 0.016 0.095 0.592 0.233 0.435 0.022 0.085 0.044 0.077 0.164 0.042 0.366 0.122 0.028 0.024 0.033 0.046 0.112 0.207 0.103 0.040 0.088 0.216 0.267 0.073 0.089 0.518 0.064 0.099 0.089 0.068 0.113 0.128 0.381 2.193 0.031 0.029 0.005 0.502 0.557 0.327 nan 0.368 0.546 0.904 0.649 0.600 0.544 0.169 0.327 0.563 1.128 0.424 0.228 0.314 0.508 0.195 0.270 1.157 nan 0.724 0.426 3554 chr14 54714308 54723602 + 0 NA Intergenic Intergenic -144631 NM_001330173 1033 Hs.84113 NM_005192 ENSG00000100526 CDKN3 CDI1|CIP2|KAP|KAP1 cyclin dependent kinase inhibitor 3 protein-coding nan nan 0.716 1.171 0.085 0.076 4.922 0.052 0.119 0.548 0.250 1.528 2.171 0.032 0.090 0.249 0.186 0.094 1.841 1.000 1.993 0.015 0.068 0.037 0.176 4.338 3.752 0.036 3.349 5.235 0.625 2.327 1.442 0.330 4.209 0.087 0.031 0.035 0.139 1.446 0.071 0.268 0.279 0.193 5.213 2.135 2.395 2.266 0.096 0.185 0.272 1.458 0.249 2.901 4.699 0.176 2.452 0.330 0.038 0.151 0.055 3.362 0.054 0.040 3.879 2.448 2.146 0.308 0.127 0.405 1.119 0.308 0.369 0.148 0.116 0.302 0.433 0.411 0.990 0.131 0.167 0.462 0.267 0.154 0.184 0.105 0.139 0.194 0.134 nan 0.621 11473 chr9 16051271 16066616 + 0 NA Intergenic Intergenic 194162 NM_001271829 100129385 Hs.586441 NM_001271829 ENSG00000205549 C9orf92 Em:AL513424.1 chromosome 9 open reading frame 92 protein-coding nan nan 0.552 1.003 0.108 0.043 6.826 0.157 0.315 0.013 0.168 1.804 0.016 0.019 0.058 0.142 0.126 0.074 1.232 0.765 0.055 0.018 0.134 0.119 0.023 0.821 0.441 0.015 0.348 1.105 1.945 3.135 0.272 0.542 2.721 0.025 0.021 0.014 0.114 2.096 0.119 0.174 0.643 0.325 1.759 0.355 0.239 5.359 0.048 1.056 0.036 0.074 0.142 0.610 2.387 0.023 0.080 0.028 0.009 0.046 0.059 0.335 0.061 0.072 3.096 0.049 0.010 0.175 0.135 0.223 0.416 0.359 0.386 0.402 0.155 0.164 0.129 0.194 0.447 0.148 0.142 0.267 0.150 0.366 0.429 0.074 0.085 0.101 0.213 0.794 0.866 6158 chr2 64255108 64264572 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR -13626 NM_016516 51542 Hs.48499 NM_016516 ENSG00000143952 VPS54 HCC8|PPP1R164|SLP-8p|VPS54L|WR|hVps54L VPS54, GARP complex subunit protein-coding 0.833 1.208 nan 0.138 0.257 0.327 0.322 0.455 0.863 0.130 0.956 0.007 0.279 2.648 1.624 0.253 0.035 0.324 0.200 0.054 0.148 0.226 0.288 0.239 0.107 0.015 0.097 0.062 0.153 0.669 0.107 1.104 0.178 0.056 0.262 0.057 0.163 0.188 0.394 0.155 0.033 0.017 0.182 0.056 0.182 0.568 0.140 0.209 0.043 0.114 1.624 0.175 0.406 0.288 0.026 0.031 0.048 0.119 0.148 0.356 0.187 0.060 0.030 0.032 0.385 0.213 0.180 0.292 0.857 1.128 nan 0.786 0.368 0.425 0.347 0.363 1.915 1.962 0.423 0.168 0.203 0.429 1.320 2.404 0.434 1.683 4.219 2.057 10127 chr7 2636206 2682704 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -12148 NM_025250 80727 Hs.440899 NM_025250 ENSG00000136295 TTYH3 - tweety family member 3 protein-coding 2.430 1.917 5.381 0.947 0.407 1.918 0.319 0.359 0.691 0.743 0.815 1.103 0.031 0.153 0.813 0.651 1.080 0.177 0.455 0.212 0.120 0.199 0.513 0.278 0.999 0.368 0.269 0.316 0.456 0.133 0.530 nan 1.036 nan 0.166 0.195 0.092 0.629 0.133 0.221 0.494 1.579 0.406 0.182 0.199 0.243 0.409 0.176 0.664 1.037 0.056 0.197 0.651 0.408 0.304 0.999 0.142 0.094 0.367 0.872 1.141 0.621 0.306 0.233 0.328 0.140 0.076 1.210 1.993 0.705 nan 1.785 1.641 nan 0.437 1.397 1.351 1.321 2.034 nan 1.612 0.404 0.307 0.615 0.783 0.566 0.555 0.744 1.169 1.066 0.602 9982 chr6 143856719 143878464 + 0 NA Intergenic Intergenic 15597 NR_110148 285740 Hs.432656 NR_027113 ENSG00000235740 PHACTR2-AS1 - PHACTR2 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.022 nan 0.324 0.425 0.036 0.246 0.095 0.170 0.101 0.221 0.347 0.112 0.129 0.075 0.500 0.191 0.052 0.344 0.087 0.139 0.370 0.151 0.101 0.472 0.262 0.191 0.287 0.285 0.024 0.315 0.882 0.312 0.683 0.076 0.134 0.697 0.429 0.125 0.097 0.807 0.207 0.402 0.290 0.197 0.155 0.305 0.242 0.748 1.226 0.346 0.712 0.500 0.448 0.307 0.472 0.067 0.225 0.049 0.500 0.158 0.061 0.068 0.079 0.106 0.892 0.754 0.849 0.819 1.330 2.064 0.683 0.576 5.078 1.446 0.614 0.535 0.256 0.446 0.154 0.129 0.816 0.642 0.321 0.534 3.145 2.401 0.197 0.360 0.332 0.332 11973 chrX 115360586 115378539 + 0 NA Intergenic Intergenic 67604 NM_000686 186 Hs.405348 NM_000686 ENSG00000180772 AGTR2 AT2|ATGR2|MRX88 angiotensin II receptor type 2 protein-coding 0.429 0.721 0.899 1.405 0.342 0.857 0.133 0.253 0.274 0.242 0.825 0.145 0.047 0.064 0.120 0.029 0.053 0.821 0.526 0.205 0.015 0.168 0.173 0.040 1.843 1.545 0.127 1.013 1.077 2.554 5.054 1.700 0.837 1.190 0.402 0.021 0.073 0.219 0.275 0.026 0.207 0.116 0.117 2.271 1.945 0.905 0.150 0.232 0.118 0.131 1.873 0.120 0.553 0.021 0.040 0.890 0.923 0.016 0.081 0.079 0.578 0.005 0.007 0.377 0.016 0.006 0.251 0.185 0.531 1.062 0.116 0.174 0.188 0.063 0.070 0.077 0.102 0.142 0.561 0.415 0.319 0.150 0.082 0.107 0.069 0.084 0.114 0.161 0.408 0.213 6936 chr20 32234454 32249701 + 0 NA Intergenic Intergenic -8015 NM_080825 128864 Hs.324104 NM_080825 ENSG00000149609 C20orf144 dJ63M2.6 chromosome 20 open reading frame 144 protein-coding 1.460 3.338 5.258 0.384 3.173 1.841 0.098 2.711 5.312 0.698 0.347 0.308 0.065 1.535 2.375 0.252 1.034 0.254 0.313 0.084 0.101 0.054 1.008 0.441 6.877 0.105 0.090 0.135 0.158 0.055 0.295 nan 0.690 4.803 0.154 0.162 0.144 0.121 0.075 0.047 0.632 0.154 0.066 0.051 0.051 0.189 0.295 0.185 0.206 0.199 0.065 0.218 0.252 0.466 0.270 6.877 0.281 1.560 0.165 0.191 0.453 0.093 0.498 0.369 0.055 0.023 0.011 3.572 5.017 0.968 0.695 4.990 nan 3.560 0.921 2.266 2.452 1.128 1.777 8.340 7.799 2.135 1.919 1.650 2.224 0.760 0.968 0.658 nan 1.084 0.615 6551 chr2 191699276 191728884 + 0 NA Intergenic Intergenic -31467 NM_001256310 2744 Hs.116448 NM_014905 ENSG00000115419 GLS AAD20|GAC|GAM|GLS1|KGA glutaminase protein-coding 0.885 nan 0.869 0.790 0.388 0.478 3.308 0.233 0.406 1.870 1.319 1.707 1.847 0.128 0.245 0.235 1.353 0.178 2.240 1.306 0.972 0.033 0.127 0.139 0.761 5.076 4.474 0.613 3.088 1.506 0.452 1.270 0.749 0.840 1.524 0.210 0.010 0.319 0.081 1.010 0.046 0.972 0.103 0.071 2.394 2.072 0.599 1.056 0.528 0.123 0.208 0.210 0.235 0.873 7.470 0.761 0.182 0.159 0.049 0.063 0.097 2.877 0.037 0.320 1.409 4.809 3.329 0.362 0.224 0.340 0.786 0.380 0.488 0.494 0.228 0.379 0.429 0.941 1.377 0.771 0.904 0.394 0.145 0.168 0.249 0.072 0.060 0.392 1.119 0.978 0.541 9191 chr5 135328545 135396185 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -2219 NM_000358 7045 Hs.369397 NM_000358 ENSG00000120708 TGFBI BIGH3|CDB1|CDG2|CDGG1|CSD|CSD1|CSD2|CSD3|EBMD|LCD1 transforming growth factor beta induced protein-coding 0.689 0.821 nan 1.106 0.199 0.080 3.050 0.234 0.367 0.583 1.032 2.432 0.013 0.083 0.166 0.318 1.115 0.124 2.186 1.640 0.816 0.010 0.084 0.078 0.606 2.485 1.699 0.143 0.946 1.575 0.773 2.265 0.635 1.635 1.580 2.756 0.033 0.068 0.110 1.183 0.033 4.087 0.845 0.525 2.700 0.837 0.587 2.057 1.093 1.352 0.433 1.216 0.318 1.419 0.500 0.606 0.563 0.458 0.145 0.711 0.289 1.281 0.032 0.101 1.560 1.376 1.378 0.247 0.228 0.279 0.700 0.452 0.585 0.422 0.124 0.224 0.300 0.627 0.978 0.489 0.439 0.449 0.270 0.153 0.151 0.162 0.354 0.141 0.236 0.327 0.357 6107 chr2 51040929 51095048 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 5 of 23) intron (NM_001135659, intron 5 of 23) -144588 NR_130470 103504737 NR_130470 ENSG00000216191 MIR8485 hsa-mir-8485 microRNA 8485 ncRNA 1.236 nan 1.298 0.052 0.498 0.559 0.045 0.380 0.771 0.005 0.069 0.017 0.037 0.076 0.915 0.592 0.089 0.080 0.117 0.018 0.020 0.013 0.356 0.292 0.501 0.009 0.020 0.016 0.054 0.014 0.092 0.228 0.100 0.908 0.068 0.059 0.567 0.028 0.099 0.015 0.172 0.102 0.026 0.009 0.018 0.046 0.100 0.121 0.051 0.025 0.023 0.036 0.592 0.092 0.021 0.501 0.059 0.032 0.639 0.043 0.152 0.025 0.042 0.742 0.024 0.014 0.016 0.278 0.209 0.236 0.364 0.710 0.867 0.841 0.269 0.346 0.346 5.308 5.791 1.146 1.443 1.672 1.064 0.107 0.189 1.550 2.124 1.112 3.132 0.418 0.361 3116 chr13 34908561 34933082 + 0 NA Intergenic Intergenic -1359 NR_146542 105370158 NR_146542 LINC02343 - long intergenic non-protein coding RNA 2343 ncRNA 0.761 1.131 1.304 0.291 0.227 0.029 0.937 0.059 0.164 0.008 0.242 0.932 0.031 0.155 0.163 0.185 0.164 0.066 0.737 0.465 0.008 0.023 0.154 0.098 0.152 0.608 0.264 0.012 0.186 0.700 1.332 4.656 0.496 0.535 0.759 0.073 0.023 0.004 0.079 0.424 0.068 0.131 0.093 0.099 0.379 0.216 0.693 1.047 0.299 0.117 0.684 0.811 0.185 0.346 0.068 0.152 0.549 0.504 0.024 0.050 0.674 0.090 0.595 0.077 0.374 0.039 0.045 0.695 0.678 0.421 0.759 0.467 0.461 1.200 0.494 0.153 0.163 0.901 1.188 1.000 1.060 0.493 0.323 0.812 1.168 0.059 0.195 0.302 0.388 0.340 0.403 10571 chr7 103433522 103439593 + 0 NA intron (NM_173054, intron 3 of 63) intron (NM_173054, intron 3 of 63) 193406 NM_005045 5649 Hs.655654 NM_005045 ENSG00000189056 RELN ETL7|LIS2|PRO1598|RL reelin protein-coding nan 0.669 1.474 0.095 0.079 0.028 0.094 0.158 0.248 0.031 0.091 0.030 0.020 0.033 0.154 0.213 0.100 0.131 0.105 0.032 0.028 0.023 0.411 0.283 0.236 0.024 0.012 0.090 0.017 0.013 0.016 0.128 0.315 0.024 0.031 0.048 0.054 0.148 0.058 0.106 0.076 0.010 0.031 0.032 0.048 0.214 0.054 0.024 0.313 0.022 0.213 0.035 0.015 0.236 0.001 0.068 0.067 0.084 0.026 0.098 0.101 0.012 0.023 0.016 2.615 1.158 12.586 6.468 0.313 0.509 0.656 0.419 10.993 11.174 0.633 0.823 0.337 0.297 0.437 0.169 0.734 1.267 0.295 0.392 0.359 nan 0.811 0.905 1000 chr1 198824486 198837231 + 0 NA intron (NR_040073, intron 2 of 2) intron (NR_040073, intron 2 of 2) -2576 NR_029626 406995 NR_029626 ENSG00000207759 MIR181A1 MIR213|MIRN181A1|MIRN213|hsa-mir-181a-1|mir-181a-1|mir-213 microRNA 181a-1 ncRNA 0.940 nan 1.057 0.173 0.143 0.026 0.040 0.211 0.354 0.015 0.171 0.144 0.029 0.008 0.047 0.153 0.293 0.164 0.116 0.021 0.054 0.065 0.650 0.589 0.028 0.033 0.029 0.095 0.025 0.076 0.193 0.174 0.291 0.062 0.095 0.142 0.100 0.119 0.016 0.019 0.036 0.014 0.051 0.016 0.151 0.042 0.038 0.051 0.006 0.147 0.153 0.033 0.033 0.028 0.051 0.051 0.056 0.080 0.004 0.280 0.071 0.014 0.012 0.687 0.273 1.231 1.137 0.534 0.552 0.260 0.192 0.417 0.400 3.732 3.539 0.570 0.516 0.371 0.197 0.081 0.163 0.765 0.671 0.510 1.196 0.387 0.311 11222 chr8 116112908 116128662 + 0 NA Intergenic Intergenic 559454 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 1.247 0.061 0.213 0.018 0.120 0.082 0.275 0.084 0.127 0.189 0.020 0.057 0.085 0.073 0.170 0.103 0.099 0.109 0.020 0.193 0.088 0.119 0.714 0.022 0.023 0.019 0.073 0.033 0.118 0.570 0.166 0.433 0.916 0.071 0.525 0.055 0.094 0.052 0.142 0.076 0.023 0.035 0.035 0.038 0.092 0.152 0.078 0.045 0.036 0.094 0.073 0.147 0.714 0.062 0.079 0.019 0.033 0.277 0.050 0.457 0.079 0.034 0.015 0.003 0.419 0.522 0.264 0.384 0.639 0.791 nan 0.064 0.660 nan 1.951 nan 0.921 1.102 6.183 5.976 0.211 0.503 1.480 1.123 0.244 0.449 0.789 0.726 9818 chr6 101889447 101907450 + 0 NA intron (NM_175768, intron 1 of 16) intron (NM_175768, intron 1 of 16) 51587 NM_021956 2898 Hs.98262 NM_021956 ENSG00000164418 GRIK2 EAA4|GLR6|GLUK6|GLUR6|GluK2|MRT6 glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 protein-coding 0.957 nan nan 0.055 0.133 0.080 0.012 0.122 0.217 0.011 0.070 0.165 0.024 0.017 0.211 0.210 0.515 0.102 0.123 0.021 0.021 0.114 0.118 0.026 0.008 0.008 0.004 0.064 0.077 0.271 0.098 0.252 0.081 0.024 0.117 0.030 0.124 0.013 0.048 0.031 0.010 0.013 0.012 0.010 0.116 0.034 0.023 0.047 0.009 0.019 0.210 0.049 0.041 0.026 0.023 0.016 0.013 0.609 0.059 0.084 0.144 0.030 0.018 0.024 0.437 0.277 0.607 1.069 0.288 nan 0.198 0.110 0.297 0.217 2.802 3.313 0.235 0.235 nan 0.229 0.212 0.184 0.597 0.531 0.360 0.733 0.245 0.255 43 chr1 5804422 5832212 + 0 NA Intergenic Intergenic 104484 NR_039838 100616421 NR_039838 ENSG00000264101 MIR4689 mir-4689 microRNA 4689 ncRNA 0.502 nan 1.898 0.049 3.712 1.217 0.049 0.167 0.241 0.024 0.058 0.065 0.007 0.029 0.245 0.193 0.086 0.027 0.027 0.007 0.007 0.025 0.096 0.110 1.309 0.027 0.014 0.045 0.036 0.004 0.072 nan 0.064 1.136 0.021 0.062 0.014 0.058 0.095 0.008 0.014 0.060 0.024 0.023 0.019 0.022 0.038 0.098 0.076 0.041 0.079 0.026 0.193 0.049 0.027 1.309 0.031 0.254 0.324 0.098 0.208 0.014 0.021 0.062 0.016 0.019 0.013 0.234 0.116 0.113 0.197 5.350 4.419 0.290 0.067 0.161 0.210 0.164 nan nan 4.527 nan 0.343 0.151 0.141 0.039 0.056 0.172 0.289 0.456 0.434 8410 chr4 68563889 68568976 + 0 NA promoter-TSS (NR_015439) promoter-TSS (NR_015439) 457 NM_018227 55236 Hs.212774 NM_018227 ENSG00000033178 UBA6 E1-L2|MOP-4|UBE1L2 ubiquitin like modifier activating enzyme 6 protein-coding nan nan 2.046 2.599 3.756 1.694 2.042 1.987 2.960 1.013 3.690 2.165 0.502 0.887 1.924 2.041 1.453 0.033 2.881 0.928 1.806 0.598 2.032 1.134 2.837 1.196 1.200 1.243 2.014 1.092 2.050 1.806 1.690 4.697 1.466 1.666 0.393 1.238 0.097 1.200 1.482 3.245 1.930 0.828 1.501 0.723 1.623 2.726 1.248 1.467 1.732 1.301 2.041 3.391 2.128 2.837 0.960 1.336 0.132 1.795 2.389 1.445 1.342 0.437 1.015 0.577 0.230 2.990 3.645 3.623 5.440 3.756 3.176 14.351 7.124 10.268 10.130 1.916 2.320 7.999 10.936 3.093 2.572 1.138 2.430 2.589 3.122 1.770 2.227 2.640 1.896 6012 chr2 36187284 36242680 + 0 NA Intergenic Intergenic 367731 NR_037631 100288911 Hs.432924 NR_037631 LOC100288911 - uncharacterized LOC100288911 ncRNA 0.690 nan nan 0.057 0.051 0.026 0.027 0.075 0.141 0.009 0.076 0.042 0.006 0.027 0.049 0.258 0.065 0.076 0.071 0.007 0.024 2.404 0.071 0.124 0.048 0.009 0.014 0.030 0.063 0.002 0.086 nan 0.068 0.214 0.021 0.070 0.023 0.046 0.117 0.030 0.010 0.097 0.014 0.007 0.023 0.040 0.085 0.122 0.041 0.067 0.040 0.032 0.258 0.055 0.027 0.048 0.027 0.037 0.009 0.036 0.027 0.032 0.038 0.087 0.056 0.042 0.037 0.342 0.229 0.301 0.300 0.204 0.249 0.694 0.231 0.335 nan 0.168 0.255 0.154 0.186 nan 0.176 0.138 0.198 0.099 0.119 0.233 0.397 0.140 0.266 2582 chr12 29300233 29308954 + 0 NA intron (NM_001271783, intron 1 of 11) intron (NM_001271783, intron 1 of 11) 2657 NM_001271783 55711 Hs.684482 NM_018099 ENSG00000064763 FAR2 HEL-S-81|MLSTD1|SDR10E2 fatty acyl-CoA reductase 2 protein-coding nan nan nan 1.970 4.143 8.159 0.122 0.055 0.205 0.098 1.368 0.595 0.035 0.045 6.687 2.551 1.187 0.129 0.165 0.066 0.036 0.794 0.559 0.069 0.008 0.016 0.919 0.101 0.517 0.970 2.033 0.051 2.138 0.034 0.235 0.065 0.287 0.111 4.026 0.309 1.362 1.111 0.464 0.038 0.386 1.234 0.125 0.367 2.448 0.045 0.031 2.551 0.065 0.042 0.069 0.099 0.047 0.692 0.918 0.058 1.682 0.086 0.105 0.046 2.319 2.914 0.714 1.148 9.474 7.282 0.140 0.055 12.803 13.390 7.745 8.561 0.970 1.520 2.502 2.728 2.408 3.662 0.399 0.268 0.488 0.817 0.266 0.352 6669 chr2 222060816 222073713 + 0 NA Intergenic Intergenic 369814 NM_001304537 2043 Hs.371218 NM_004438 ENSG00000116106 EPHA4 HEK8|SEK|TYRO1 EPH receptor A4 protein-coding nan 0.939 1.674 0.080 0.422 0.258 0.154 0.149 0.310 0.043 0.036 0.034 0.107 0.298 0.389 0.070 0.062 0.080 0.030 0.025 0.194 0.149 0.177 0.022 0.017 0.011 0.068 0.033 0.063 0.432 0.142 nan 0.091 0.088 0.163 0.050 0.108 0.046 0.079 0.044 0.014 0.018 0.017 0.024 0.069 0.116 0.069 0.022 0.037 0.044 0.389 0.073 0.029 0.177 0.019 0.113 0.453 0.027 0.426 0.012 0.057 1.097 0.022 0.014 0.008 0.622 0.581 0.271 0.282 0.346 0.301 0.615 0.163 0.344 0.354 3.494 3.319 0.590 nan 1.388 1.775 0.135 0.270 0.581 0.681 0.677 nan 0.356 0.333 3502 chr14 36906155 36936660 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 61583 NR_138598 253970 Hs.509165 NM_001101341 ENSG00000229415 SFTA3 NANCI|SFTPH|SP-H|SPH surfactant associated 3 protein-coding 1.164 3.826 0.650 0.074 0.511 3.847 0.400 1.172 2.032 0.016 0.046 0.067 0.081 0.074 3.757 0.353 0.161 0.111 0.226 0.111 0.053 0.052 0.237 0.133 0.776 0.260 0.085 0.002 0.086 0.142 0.501 2.918 0.249 2.013 0.173 0.108 0.081 0.065 0.108 0.019 0.039 0.097 0.024 0.015 0.265 0.095 0.066 0.116 0.120 0.021 0.029 0.108 0.353 0.189 0.239 0.776 0.116 0.057 0.088 0.076 0.103 0.092 0.033 0.076 0.015 0.017 0.015 0.145 0.104 0.194 0.219 1.172 1.276 0.213 0.084 0.234 0.228 0.861 1.072 1.540 1.508 0.679 0.314 0.129 0.172 0.231 0.235 0.131 0.160 0.835 0.598 7887 chr3 142566064 142592766 + 0 NA intron (NM_013363, intron 2 of 8) AluSq2|SINE|Alu 28630 NM_013363 26577 Hs.8944 NM_013363 ENSG00000163710 PCOLCE2 PCPE2 procollagen C-endopeptidase enhancer 2 protein-coding 1.613 nan nan 0.272 0.365 0.048 0.654 0.212 0.452 0.050 0.271 0.421 0.023 0.030 0.084 0.241 0.169 0.114 0.095 0.114 0.607 0.005 0.323 0.218 0.359 0.427 0.135 0.063 0.248 0.147 0.161 0.353 0.188 0.234 0.246 0.085 0.257 0.050 0.088 0.031 1.459 0.161 0.072 0.040 0.123 0.054 0.248 0.130 0.205 0.121 0.413 1.142 0.241 0.056 0.052 0.359 0.106 0.056 0.677 0.331 0.042 0.165 0.642 0.384 0.095 0.013 0.017 2.604 3.516 0.358 0.371 0.744 0.772 nan 0.963 0.664 0.653 1.547 nan 0.531 nan nan 2.180 0.730 0.848 1.151 1.241 0.509 1.489 0.703 0.614 3955 chr15 52156046 52170916 + 0 NA intron (NM_014547, intron 3 of 9) intron (NM_014547, intron 3 of 9) 41656 NM_014547 29766 Hs.4998 NM_014547 ENSG00000138594 TMOD3 UTMOD tropomodulin 3 protein-coding 0.717 0.829 1.306 1.030 0.102 0.030 1.083 0.129 0.223 1.185 1.005 1.809 1.964 0.128 0.078 0.504 0.805 0.115 1.535 0.579 2.101 0.019 0.217 0.110 0.128 1.533 1.055 0.154 0.723 0.950 0.515 1.044 0.376 0.198 0.551 4.000 0.058 0.061 0.082 0.306 0.151 2.479 0.851 0.326 0.855 0.285 0.739 1.965 5.563 0.454 0.229 0.977 0.504 1.791 0.485 0.128 1.526 1.804 0.089 0.652 0.191 0.499 0.047 0.099 1.474 2.329 2.350 0.402 0.455 0.528 1.450 0.264 0.289 0.454 0.118 0.256 0.288 0.768 1.307 0.242 0.275 0.605 0.356 0.299 0.365 0.279 0.885 0.330 0.672 0.598 0.562 5367 chr18 55512826 55527262 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -49497 NM_005603 5205 Hs.216623 NM_005603 ENSG00000081923 ATP8B1 ATPIC|BRIC|FIC1|ICP1|PFIC|PFIC1 ATPase phospholipid transporting 8B1 protein-coding nan 0.841 0.793 0.577 0.231 0.344 0.292 0.201 0.493 0.080 0.390 1.042 0.129 0.028 0.826 3.725 0.167 0.157 0.059 0.048 0.131 0.010 0.129 0.108 1.861 0.059 0.015 0.301 0.113 0.232 0.056 0.141 0.086 0.418 0.121 0.442 0.046 0.036 0.094 0.087 0.099 0.633 0.075 0.043 0.132 0.074 0.675 0.291 0.251 0.163 0.076 0.092 3.725 0.099 0.150 1.861 0.068 0.069 0.040 0.161 0.042 0.666 0.038 0.059 0.170 0.044 0.014 0.408 0.483 0.559 0.886 2.856 3.289 3.678 1.435 0.602 0.668 0.274 0.429 0.406 0.423 0.427 0.203 0.188 0.356 0.239 0.292 0.149 0.366 nan 1.444 193 chr1 27312789 27339434 + 0 NA intron (NM_001013642, intron 1 of 1) intron (NM_001013642, intron 1 of 1) 5916 NM_001013642 388610 Hs.355747 NM_001013642 ENSG00000253368 TRNP1 C1orf225|TNRP TMF1-regulated nuclear protein 1 protein-coding 1.162 0.793 nan 3.658 0.957 0.198 1.069 0.199 0.433 1.133 0.738 0.464 0.841 1.254 0.732 0.410 0.334 0.079 0.703 0.370 1.694 0.081 0.206 0.129 0.198 1.039 0.806 0.466 1.061 1.749 0.229 0.635 0.810 1.007 0.274 0.152 0.071 0.556 0.128 0.542 0.128 3.574 0.531 0.342 0.841 1.004 0.351 0.543 2.908 1.091 0.827 0.547 0.410 1.383 0.534 0.198 0.165 0.506 0.114 2.223 0.253 0.674 0.167 0.644 0.450 1.036 0.493 0.715 1.016 0.456 1.046 1.151 1.077 1.310 0.301 0.911 1.003 0.415 0.724 1.354 1.590 0.940 1.035 0.387 0.594 0.272 0.330 1.197 2.395 1.329 0.802 288 chr1 39567848 39682177 + 0 NA intron (NM_012090, intron 1 of 92) intron (NM_012090, intron 1 of 92) 75173 NM_012090 23499 Hs.472475 NM_012090 ENSG00000127603 MACF1 ABP620|ACF7|MACF|OFC4 microtubule-actin crosslinking factor 1 protein-coding 10.526 nan 1.771 1.204 1.099 2.727 2.120 0.252 0.477 0.817 0.588 0.784 0.982 0.251 0.942 0.455 1.091 0.283 1.110 0.469 1.475 0.144 0.276 0.240 1.198 1.272 0.980 0.572 1.431 0.698 1.730 4.080 1.437 2.355 0.545 0.314 0.041 2.170 0.157 0.397 0.118 3.106 1.866 0.768 0.830 0.416 0.673 1.023 0.878 1.069 0.631 0.400 0.455 1.386 3.074 1.198 0.316 0.864 0.230 0.944 0.604 0.773 0.219 0.784 0.405 2.570 2.707 0.403 0.361 0.437 0.872 2.001 2.053 nan 0.242 0.571 0.593 1.205 1.837 12.899 14.668 nan 0.869 0.576 0.921 0.159 0.174 1.303 2.903 2.052 nan 119 chr1 17214520 17257921 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 -12225 NM_014675 9696 Hs.309403 NM_014675 ENSG00000058453 CROCC ROLT|TAX1BP2 ciliary rootlet coiled-coil, rootletin protein-coding 4.384 3.076 nan 0.932 3.488 6.008 1.450 1.304 2.431 0.770 2.467 1.131 0.855 1.347 2.284 3.300 0.571 0.181 0.833 0.403 1.147 1.412 1.054 0.629 0.837 0.533 0.827 1.026 1.234 0.326 3.241 5.814 1.105 5.682 0.689 0.972 0.446 2.488 0.238 0.672 1.066 1.042 0.967 0.402 0.425 0.819 0.815 1.246 1.476 2.148 1.267 0.700 3.300 1.054 0.939 0.837 1.246 0.948 1.241 2.609 1.348 0.644 1.843 2.527 1.011 0.614 0.513 3.725 4.296 2.940 4.341 6.907 6.649 3.592 2.275 3.785 nan 2.721 nan 4.797 5.894 nan 3.454 3.460 4.242 1.607 1.468 4.244 7.191 3.055 1.856 4875 chr17 55516567 55522419 + 0 NA intron (NM_170721, intron 5 of 9) AluSc|SINE|Alu 81465 NR_110808 101927557 Hs.639984 NR_110808 ENSG00000266100 LOC101927557 - uncharacterized LOC101927557 ncRNA 2.659 2.267 1.337 0.929 0.998 3.000 0.985 1.759 3.895 0.273 0.200 0.930 0.021 0.306 1.570 4.445 0.270 0.218 0.451 0.745 0.079 0.072 0.561 0.264 2.014 0.870 0.358 0.133 0.094 0.615 0.726 4.780 0.158 2.492 0.253 0.211 0.928 0.106 0.075 0.326 0.559 0.134 0.252 0.146 0.149 0.108 0.384 0.246 2.681 0.157 4.564 3.165 4.445 0.323 0.084 2.014 0.397 3.136 1.044 0.305 4.836 1.044 0.328 1.295 1.876 0.010 0.035 0.901 1.569 2.701 7.543 2.951 2.583 2.638 0.707 nan 1.014 1.382 1.874 nan nan 2.219 1.864 0.803 1.322 3.851 4.906 1.106 2.663 2.446 1.367 10764 chr7 155125635 155138542 + 0 NA Intergenic Intergenic 28540 NR_103545 338436 Hs.521326 NR_103545 ENSG00000204960 BLACE - B cell acute lymphoblastic leukemia expressed ncRNA 0.722 0.586 nan 0.390 0.095 0.966 0.127 0.248 0.381 0.062 0.087 0.185 0.029 0.045 0.961 1.108 0.188 0.112 0.089 0.015 0.054 0.096 0.182 0.207 4.468 0.130 0.107 0.157 0.215 0.049 0.174 0.893 0.285 1.368 0.034 0.169 0.045 0.417 0.162 0.073 0.380 0.377 0.126 0.090 0.034 0.083 0.135 0.240 0.352 0.559 0.135 0.145 1.108 0.017 0.316 4.468 0.085 0.421 0.379 0.926 0.117 0.171 0.174 0.229 0.082 0.067 0.047 0.369 0.464 0.370 0.675 2.436 2.259 0.668 0.188 0.169 0.149 0.277 0.417 0.217 0.240 0.961 0.773 0.703 0.915 0.501 0.490 0.548 0.698 1.460 1.118 10222 chr7 21400358 21411626 + 0 NA Intergenic Intergenic -61660 NM_001326543 6671 Hs.88013 NM_003112 ENSG00000105866 SP4 HF1B|SPR-1 Sp4 transcription factor protein-coding 0.920 1.317 1.161 0.356 1.999 0.149 0.282 0.725 1.333 0.009 0.100 0.057 0.588 0.803 0.125 0.092 0.109 0.128 0.582 0.407 0.078 0.037 0.975 0.495 0.870 0.111 0.064 0.013 0.358 0.320 2.649 4.256 4.082 2.629 1.050 0.198 0.085 0.204 0.121 0.063 0.028 0.186 0.016 0.042 0.251 0.650 0.307 0.160 0.173 0.025 0.051 0.101 0.092 1.559 0.921 0.870 0.301 0.338 0.017 0.056 0.907 0.505 0.068 0.033 0.450 0.010 0.013 0.633 0.400 0.882 nan 0.453 0.549 7.561 3.693 0.273 0.213 0.181 0.375 2.445 3.751 0.332 0.139 0.259 0.439 1.111 2.071 0.203 nan 1.627 0.922 7859 chr3 136535740 136541002 + 0 NA 5' UTR (NM_025246, exon 1 of 2) 5' UTR (NM_025246, exon 1 of 2) 510 NM_025246 80723 Hs.477692 NM_025246 ENSG00000168917 SLC35G2 TMEM22 solute carrier family 35 member G2 protein-coding 7.714 5.630 nan 6.261 5.057 6.720 2.454 3.314 5.393 0.345 2.156 1.590 0.023 0.096 0.237 2.563 1.106 0.276 1.683 1.223 0.661 0.528 1.133 0.745 4.372 1.818 1.822 0.849 1.638 0.901 2.503 2.961 0.520 3.934 0.638 1.015 1.389 1.486 0.052 0.338 3.365 4.339 0.848 0.533 1.762 0.174 0.823 2.680 2.599 7.725 1.711 2.549 2.563 0.908 0.087 4.372 1.231 0.458 0.426 1.718 2.250 0.935 2.419 2.068 0.968 2.090 1.512 1.752 2.401 1.246 1.247 9.623 7.708 13.630 6.409 1.250 1.312 0.484 0.806 5.317 8.666 nan 14.359 2.874 5.688 4.914 5.610 7.291 6.078 3.315 1.965 5227 chr18 28615997 28625322 + 0 NA intron (NM_024423, intron 1 of 16) intron (NM_024423, intron 1 of 16) 2122 NM_001941 1825 Hs.41690 NM_001941 ENSG00000134762 DSC3 CDHF3|DSC|DSC1|DSC2|DSC4|HT-CP desmocollin 3 protein-coding 0.471 0.826 0.634 1.777 0.105 0.036 0.098 0.020 0.183 0.135 0.050 0.080 8.843 0.032 0.019 0.143 0.080 0.051 0.124 0.041 0.014 0.059 0.068 0.120 0.026 0.022 0.032 1.756 0.068 0.161 0.060 0.135 0.807 0.165 0.128 0.041 0.035 0.097 0.038 0.119 0.478 0.235 0.250 0.196 0.097 0.150 0.768 0.038 0.135 0.094 0.143 0.222 0.026 0.119 0.050 0.041 0.486 0.043 0.042 0.022 0.040 0.024 0.006 0.005 0.380 0.322 0.127 nan 0.744 0.708 0.178 0.120 0.287 0.218 0.097 0.117 0.590 0.855 0.695 0.924 0.229 0.371 0.094 0.133 0.080 0.185 0.928 0.715 5954 chr2 23713201 23736909 + 0 NA intron (NM_052920, intron 2 of 13) intron (NM_052920, intron 2 of 13) 116757 NM_052920 114818 Hs.130593 NM_025067 ENSG00000119771 KLHL29 KBTBD9 kelch like family member 29 protein-coding 1.923 0.825 1.211 0.073 0.267 0.085 0.309 0.317 0.414 0.017 0.127 0.291 0.018 0.047 0.155 0.282 0.240 0.075 0.090 0.040 0.061 0.012 0.320 0.212 0.586 0.082 0.034 0.087 0.119 0.135 0.137 0.089 1.979 0.043 0.068 0.028 0.119 0.090 0.230 0.040 0.279 0.064 0.072 0.051 0.057 0.077 0.337 0.110 0.067 0.050 0.066 0.282 0.089 0.032 0.586 0.021 0.092 0.822 0.093 0.479 0.187 0.331 1.348 0.132 0.034 0.021 0.899 1.601 0.913 1.597 0.558 0.602 0.648 0.279 0.909 0.880 0.641 1.069 0.747 nan 2.045 1.654 0.629 1.000 0.097 0.109 1.572 4.817 1.257 0.737 11303 chr8 131310884 131320245 + 0 NA intron (NM_001247996, intron 4 of 30) intron (NM_001247996, intron 4 of 30) -6785 NR_002765 29065 Hs.639318 NR_002765 ASAP1-IT1 ASAP1-IT|ASAP1IT|ASAP1IT1|DDEF1IT1|HSPC054|NCRNA00050 ASAP1 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.228 3.733 0.330 0.539 0.642 0.773 0.568 0.721 1.021 1.723 1.205 0.078 0.235 0.863 0.300 1.268 0.125 0.664 0.181 0.142 0.058 0.366 0.203 0.695 0.509 0.224 0.040 0.326 0.381 0.433 1.215 0.294 0.751 0.547 0.149 1.307 0.047 0.087 0.153 0.610 0.118 0.117 0.080 0.249 0.221 1.578 0.266 0.954 0.176 0.243 0.328 0.300 0.305 0.040 0.695 0.251 0.185 0.429 0.062 1.037 0.405 1.765 1.017 0.185 0.068 0.039 0.969 1.458 0.264 0.600 1.223 1.494 3.175 0.734 nan 1.420 2.445 2.909 1.878 1.841 1.839 1.542 0.847 1.984 3.878 6.233 0.917 3.257 1.988 1.075 10213 chr7 19134467 19157736 + 0 NA Intergenic CpG 11194 NM_000474 7291 Hs.66744 NM_000474 ENSG00000122691 TWIST1 ACS3|BPES2|BPES3|CRS|CRS1|CSO|SCS|SWCOS|TWIST|bHLHa38 twist family bHLH transcription factor 1 protein-coding nan 0.862 nan 0.365 0.241 0.019 0.085 0.108 0.178 0.152 1.182 0.362 0.040 0.030 0.181 0.599 5.129 0.451 0.245 0.090 0.220 2.623 0.290 0.309 0.080 0.169 0.052 0.248 0.117 0.018 0.214 0.441 0.098 1.786 0.156 0.073 0.688 1.816 0.159 0.369 0.030 1.022 0.010 0.010 0.019 0.049 0.190 0.872 0.425 0.644 0.034 0.026 0.599 0.233 0.083 0.080 0.026 0.078 0.048 1.147 0.381 0.047 0.017 0.079 0.049 0.007 0.015 nan 0.202 3.627 3.923 0.941 0.957 1.145 0.330 2.205 2.308 0.963 1.412 0.370 0.395 1.000 0.897 0.076 0.102 3.056 2.264 0.144 0.372 0.738 0.666 4730 chr17 36684428 36702844 + 0 NA intron (NM_025248, intron 18 of 18) AluJb|SINE|Alu 68547 NM_025248 80725 Hs.448872 NM_025248 ENSG00000277363 SRCIN1 P140|SNIP SRC kinase signaling inhibitor 1 protein-coding nan 0.847 1.502 0.226 0.440 0.064 0.129 5.510 10.033 0.005 0.161 0.040 0.003 0.718 0.455 0.229 0.053 0.078 0.125 0.042 0.043 0.106 1.802 0.930 1.063 0.075 0.035 0.137 0.067 0.046 0.102 0.263 0.131 0.634 0.059 0.102 0.615 0.065 0.057 0.026 0.078 0.227 0.029 0.038 0.012 0.079 0.126 0.165 0.137 0.074 0.047 0.156 0.229 0.132 0.040 1.063 0.053 0.071 0.226 0.193 2.565 0.030 0.097 0.134 0.020 0.031 0.011 0.567 0.738 0.301 0.335 nan 0.766 4.183 1.440 1.277 1.406 0.291 0.616 4.453 3.394 nan 0.433 0.440 0.427 2.884 3.538 0.485 0.835 2.649 1.125 7946 chr3 157818973 157830202 + 0 NA promoter-TSS (NM_001163678) promoter-TSS (NM_001163678) -635 NM_001163678 6474 Hs.55967 NM_003030 ENSG00000168779 SHOX2 OG12|OG12X|SHOT short stature homeobox 2 protein-coding nan 2.760 4.100 2.534 2.109 0.951 1.683 0.770 1.383 0.357 1.082 0.461 0.471 0.421 1.318 1.589 3.790 0.344 0.693 0.390 0.488 0.160 1.438 0.809 2.133 0.853 0.598 2.081 1.288 0.321 0.910 1.425 1.121 2.418 0.434 1.097 0.412 0.713 0.061 0.503 0.892 1.396 1.235 0.771 0.622 0.537 0.917 0.382 1.160 2.729 0.566 0.796 1.589 0.706 2.485 2.133 0.447 0.589 0.654 1.757 1.230 0.767 0.664 0.878 0.406 0.564 0.280 1.132 1.383 0.438 0.497 3.929 3.134 4.449 2.036 2.578 2.671 4.987 nan 2.499 3.527 4.701 4.180 0.661 1.380 2.118 2.379 2.135 3.191 1.524 1.118 4438 chr16 70833924 70841362 + 0 NA 3' UTR (NM_001270974, exon 86 of 86) 3' UTR (NM_001270974, exon 86 of 86) -2564 NM_018052 55697 Hs.445061 NM_018052 ENSG00000103043 VAC14 ArPIKfyve|TAX1BP2|TRX Vac14, PIKFYVE complex component protein-coding 1.525 0.925 nan 0.624 1.189 0.180 3.078 0.282 0.642 0.335 1.936 0.670 0.017 0.215 0.367 0.725 0.602 3.455 2.402 0.272 0.336 0.188 0.179 0.590 2.056 1.783 0.715 5.515 1.757 1.286 1.520 1.401 0.983 1.633 0.252 0.038 0.413 0.104 3.076 0.150 0.695 1.441 0.734 3.203 1.051 0.773 3.483 0.460 0.726 0.403 0.690 0.725 2.112 1.855 0.590 0.148 0.424 0.260 0.654 0.792 3.521 0.106 0.182 1.311 0.085 0.117 1.386 0.786 1.028 1.679 1.119 0.974 2.172 0.780 1.861 2.044 0.545 0.894 0.931 2.104 1.487 1.300 0.557 0.685 0.606 0.835 1.039 0.693 1.535 0.904 8515 chr4 116935856 116941725 + 0 NA Intergenic HERV3-int|LTR|ERV1 -282091 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.344 0.633 0.663 2.184 0.324 0.009 2.364 0.082 0.173 0.456 0.474 0.235 0.200 0.018 0.031 0.065 0.074 0.027 3.696 2.264 0.087 0.027 0.393 0.060 0.074 0.012 1.401 1.455 1.638 4.569 1.479 0.835 4.112 0.081 0.016 0.018 0.068 0.240 0.136 0.156 0.206 0.211 1.505 0.065 0.427 1.142 0.014 0.120 0.172 0.065 2.309 0.016 0.393 0.437 0.034 0.010 0.017 0.107 0.053 0.046 0.324 0.008 0.190 0.091 0.362 1.432 0.220 0.187 0.276 0.051 0.195 0.206 0.065 0.211 0.213 0.279 0.102 0.097 0.040 0.102 0.071 0.033 0.054 0.198 0.124 0.236 2118 chr11 76724676 76760876 + 0 NA Intergenic Intergenic -2609 NM_138706 192134 Hs.352622 NM_138706 ENSG00000198488 B3GNT6 B3Gn-T6|BGnT-6|beta-1,3-Gn-T6|beta3Gn-T6 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 6 protein-coding nan 0.752 0.893 0.245 0.155 0.099 2.116 0.140 0.300 0.029 0.140 0.300 0.012 0.061 0.097 0.183 0.137 0.102 0.371 0.262 0.063 0.015 0.130 0.133 0.132 0.282 0.110 0.034 0.175 0.314 2.034 nan 2.349 0.547 0.761 0.098 0.351 0.083 0.139 0.114 0.136 0.266 0.068 0.028 0.292 1.515 0.508 0.187 0.702 0.127 0.557 1.270 0.183 0.559 2.795 0.132 0.832 0.603 0.088 0.205 0.144 0.309 0.101 0.092 0.059 0.011 0.009 0.521 0.423 0.275 0.400 0.515 0.572 0.787 0.230 1.360 1.358 0.684 1.061 0.495 0.642 0.628 0.468 0.289 0.396 1.320 1.067 0.273 0.579 0.560 0.462 415 chr1 60137317 60159486 + 0 NA intron (NM_001350792, intron 16 of 17) LTR33|LTR|ERVL 50567 NR_039861 100616409 NR_039861 ENSG00000266150 MIR4711 - microRNA 4711 ncRNA 1.586 1.163 nan 0.205 0.426 1.007 1.271 0.152 0.348 0.676 0.412 0.645 0.492 0.050 0.687 0.704 0.907 0.116 1.234 0.981 0.093 0.012 0.162 0.156 1.580 0.265 0.103 0.056 0.123 0.849 0.693 1.712 1.436 1.286 1.080 0.073 0.077 0.083 0.129 0.139 0.775 4.455 0.082 0.039 0.284 2.152 0.138 0.145 0.073 0.376 0.050 0.376 0.704 2.097 0.338 1.580 0.184 0.101 0.357 0.431 0.348 0.347 0.054 2.007 0.160 0.182 0.126 0.384 0.387 0.633 0.883 2.314 2.671 0.845 0.299 0.480 0.465 nan nan 4.709 nan 1.604 1.237 0.152 0.244 0.445 0.409 1.085 3.687 1.141 0.809 8904 chr5 51637050 51676050 + 0 NA Intergenic Intergenic 352685 NR_147166 105378960 Hs.639310 NR_147166 ENSG00000248789 LINC02118 - long intergenic non-protein coding RNA 2118 ncRNA nan nan 0.842 0.056 0.286 3.987 0.051 4.310 7.718 0.012 0.064 0.026 0.011 0.103 1.231 2.394 0.108 0.079 0.072 0.015 0.011 0.321 0.309 0.787 0.016 0.010 0.009 0.066 0.016 0.070 0.263 0.108 0.449 0.030 0.038 0.090 0.051 0.109 0.012 0.104 0.043 0.022 0.014 0.042 0.022 0.064 0.097 0.027 0.029 0.026 0.033 2.394 0.040 0.028 0.787 0.019 0.024 0.022 0.016 0.028 0.010 0.023 0.139 0.008 0.022 0.012 0.132 0.094 0.594 0.444 3.732 4.870 nan 0.422 0.061 0.063 0.545 0.683 0.298 0.276 nan 0.251 0.071 0.107 0.424 0.481 0.381 0.924 2.200 0.961 4196 chr16 3069155 3075236 + 0 NA TTS (NM_017885) TTS (NM_017885) -1825 NM_024339 79228 Hs.412304 NM_024339 ENSG00000131652 THOC6 WDR58|fSAP35 THO complex 6 protein-coding 2.398 nan 2.281 13.458 2.119 2.260 7.528 1.586 2.738 4.074 11.793 4.865 3.038 0.776 4.851 3.648 2.330 0.531 6.920 2.632 9.521 2.483 0.933 0.529 1.484 6.535 11.985 6.055 11.069 2.258 11.533 10.752 6.367 11.154 5.278 5.711 0.531 8.576 0.133 4.541 1.043 14.239 9.976 2.991 3.930 8.128 6.628 12.904 7.212 6.183 5.759 3.919 3.648 9.262 6.185 1.484 2.591 4.289 1.370 9.925 1.218 9.469 0.406 0.507 7.803 9.635 7.626 1.876 2.529 2.045 3.886 2.747 2.418 nan 1.464 2.947 3.300 2.844 nan 2.192 3.350 2.094 2.076 0.951 1.056 2.450 3.173 1.387 2.480 1.675 0.858 3987 chr15 60641581 60719945 + 0 NA intron (NM_004039, intron 1 of 12) intron (NM_004039, intron 1 of 12) 9422 NM_004039 302 Hs.511605 NM_004039 ENSG00000182718 ANXA2 ANX2|ANX2L4|CAL1H|HEL-S-270|LIP2|LPC2|LPC2D|P36|PAP-IV annexin A2 protein-coding 1.204 2.001 nan 2.787 0.411 1.078 1.653 1.057 2.037 1.136 1.868 1.982 1.984 0.059 1.055 1.755 1.744 0.290 1.869 0.827 4.013 0.164 0.754 0.433 1.952 1.660 1.676 0.772 1.142 0.827 2.032 4.471 1.470 2.377 1.807 3.159 0.699 1.056 0.099 0.964 0.100 1.944 0.717 0.339 1.252 0.821 0.469 4.010 3.340 2.019 0.965 2.142 1.755 2.514 3.285 1.952 1.719 1.382 0.409 1.267 0.467 1.637 0.108 0.492 1.704 3.109 3.061 0.356 0.262 2.779 6.668 1.209 1.185 nan 0.215 0.313 0.297 1.879 2.842 0.889 1.486 1.026 0.963 0.291 0.447 2.183 2.833 0.907 1.943 1.303 0.711 2597 chr12 31638987 31650761 + 0 NA intron (NM_144973, intron 2 of 20) intron (NM_144973, intron 2 of 20) -97983 NR_046909 100874249 Hs.627628 NR_046909 ENSG00000255867 DENND5B-AS1 - DENND5B antisense RNA 1 ncRNA 1.433 nan 1.426 0.920 0.273 0.086 1.188 0.218 0.365 0.512 1.563 1.061 0.069 0.025 0.068 0.528 0.223 0.068 0.937 0.401 3.209 0.036 0.174 0.119 0.274 1.047 0.377 0.444 0.680 0.458 0.155 0.431 0.342 0.340 0.991 3.478 0.802 0.086 0.159 0.489 0.161 1.885 0.214 0.146 0.121 0.515 0.306 0.660 2.126 0.853 0.958 2.062 0.528 0.453 0.409 0.274 0.377 0.254 0.025 2.799 0.121 1.535 0.101 0.136 3.083 0.225 0.173 0.381 0.361 0.549 1.185 0.536 0.566 0.556 0.269 0.556 0.526 0.660 0.718 0.264 0.253 0.330 0.221 0.141 0.317 3.672 7.000 0.427 0.924 0.692 0.479 1292 chr10 3814367 3831058 + 0 NA intron (NR_027653, intron 2 of 3) intron (NR_027653, intron 2 of 3) 4761 NM_001300 1316 Hs.4055 NM_001300 ENSG00000067082 KLF6 BCD1|CBA1|COPEB|CPBP|GBF|PAC1|ST12|ZF9 Kruppel like factor 6 protein-coding 1.491 2.458 2.456 3.982 2.865 0.472 2.334 1.833 3.493 1.187 2.410 3.104 0.867 0.365 2.110 2.822 5.030 0.493 2.434 0.794 4.549 1.859 1.794 0.688 3.809 2.159 2.807 1.598 4.234 1.686 1.268 1.933 2.975 4.876 1.205 1.727 0.421 7.081 0.137 2.424 0.873 3.626 3.856 1.739 1.787 0.699 1.448 4.663 2.334 2.913 1.927 1.572 2.822 3.898 2.983 3.809 1.259 2.285 0.314 8.918 1.107 3.293 0.439 1.038 4.395 5.145 5.291 2.531 3.151 3.805 7.145 3.618 2.772 8.214 8.300 4.959 4.953 1.628 1.923 2.567 5.473 1.448 2.193 0.798 1.636 2.707 2.882 2.921 3.033 1.796 1.057 11984 chrX 130861636 130888485 + 0 NA intron (NR_026975, intron 10 of 12) intron (NR_026975, intron 10 of 12) 89611 NR_026975 286467 Hs.720385 NR_026975 ENSG00000213468 FIRRE LINC01200 firre intergenic repeating RNA element ncRNA 0.525 0.537 1.011 0.041 0.036 0.473 0.246 0.273 0.433 0.268 3.272 0.062 0.007 0.109 1.769 0.303 0.490 0.138 0.059 0.014 0.327 0.015 0.295 0.162 1.100 0.079 0.075 0.068 0.030 0.090 0.042 0.094 0.741 2.195 0.022 0.068 0.121 0.852 0.061 0.013 0.352 0.426 0.545 0.238 0.016 0.214 0.098 0.624 0.858 0.079 0.003 0.188 0.303 0.097 0.003 1.100 0.356 0.955 0.051 0.423 0.027 0.015 0.070 0.041 0.324 0.009 0.868 1.124 0.504 0.597 0.511 0.499 0.380 0.155 0.174 0.152 0.199 0.287 0.595 0.860 0.326 0.171 0.195 0.263 0.602 0.661 0.126 0.360 0.183 0.146 8370 chr4 52900465 52906287 + 0 NA intron (NM_000232, intron 1 of 5) intron (NM_000232, intron 1 of 5) 1109 NM_000232 6443 Hs.438953 NM_000232 ENSG00000163069 SGCB A3b|LGMD2E|SGC sarcoglycan beta protein-coding nan 1.182 1.292 0.696 1.415 1.200 0.428 0.608 1.695 0.181 0.878 0.977 0.075 0.257 1.387 2.100 1.256 0.111 0.616 0.328 0.324 0.214 0.188 0.143 2.819 0.428 0.436 0.770 0.530 0.273 0.332 0.444 0.367 3.643 0.227 0.435 0.357 1.030 0.074 0.424 1.361 0.808 0.726 0.412 0.262 0.149 0.050 0.933 1.163 0.983 0.474 0.285 2.100 0.469 0.048 2.819 0.125 0.198 0.267 3.322 1.675 0.256 0.479 0.367 0.490 0.267 0.071 1.486 1.273 1.920 2.115 4.422 3.919 4.594 1.788 2.353 2.377 2.266 2.891 1.974 3.046 2.784 3.046 1.272 1.887 1.319 0.889 0.629 0.836 8.047 4.853 5441 chr18 74960306 74984749 + 0 NA intron (NM_001480, intron 2 of 2) MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR 10519 NM_001480 2587 Hs.272191 NM_001480 ENSG00000166573 GALR1 GALNR|GALNR1 galanin receptor 1 protein-coding nan nan 0.612 0.059 0.070 0.039 0.032 0.210 0.370 0.004 0.054 0.072 0.013 0.033 0.105 0.779 0.058 0.046 0.022 0.008 0.013 0.513 0.341 0.367 0.028 0.012 0.021 0.047 0.022 0.053 0.082 0.074 1.175 0.018 0.160 0.070 0.013 0.060 0.019 0.124 0.106 0.017 0.016 0.076 0.038 0.055 0.093 0.087 0.186 0.023 0.038 0.779 0.017 0.015 0.367 0.020 0.020 0.043 0.055 0.318 0.013 0.020 0.026 0.009 0.012 0.010 0.467 0.334 0.181 0.328 0.790 nan 7.701 1.950 0.210 0.240 0.112 0.225 0.821 nan 0.331 0.127 0.114 0.185 0.786 0.722 0.073 0.100 1.344 0.833 1356 chr10 15900225 15909680 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -2420 NM_024948 80013 Hs.158870 NM_024948 ENSG00000148481 MINDY3 C10orf97|CARP|DERP5|FAM188A|MST126|MSTP126|my042 MINDY lysine 48 deubiquitinase 3 protein-coding nan 1.922 0.645 0.451 2.708 0.099 0.338 0.187 0.608 0.121 0.536 0.411 0.152 0.511 0.245 0.230 1.058 0.103 0.346 0.259 0.120 0.249 0.764 0.259 0.913 0.299 0.260 0.306 0.244 0.108 0.467 0.806 0.339 1.893 0.169 0.612 0.233 0.239 0.075 0.325 0.126 0.097 0.408 0.356 0.312 0.008 0.163 0.128 0.482 0.447 4.611 0.414 0.230 0.333 0.412 0.913 0.155 0.364 0.031 0.671 1.312 0.348 0.198 0.240 0.404 0.189 0.083 1.221 1.204 1.341 1.592 0.943 0.722 10.306 3.407 0.425 0.428 0.965 1.190 1.377 1.140 0.706 0.663 0.470 0.759 1.353 2.142 0.371 0.976 1.627 0.882 10782 chr7_gl000195_random 28004 34710 + 0 NA Intergenic Intergenic 34683 NM_001322975 102723360 Hs.743984 NM_001322975 LOC102723360 - uncharacterized LOC102723360 protein-coding 9.908 nan 10.794 5.827 12.769 9.463 2.638 5.251 8.879 0.704 7.032 5.615 3.633 3.389 7.362 6.530 2.698 0.504 2.385 1.246 6.284 4.489 4.754 2.170 7.236 3.571 3.334 3.848 4.444 1.834 7.617 13.817 2.560 19.659 1.774 9.959 1.217 7.391 0.346 3.432 5.768 13.516 nan nan 1.840 2.916 6.163 2.708 10.738 7.101 4.215 5.164 6.530 2.111 1.470 7.236 3.777 4.239 3.147 3.166 7.182 9.107 5.062 6.779 5.955 3.143 2.089 8.852 10.617 5.924 10.510 12.299 nan 11.487 4.086 11.703 12.361 9.490 12.323 4.356 3.884 17.500 21.290 4.959 7.469 7.420 5.569 9.385 11.796 6.973 nan 5208 chr18 24028548 24070885 + 0 NA intron (NM_001136205, intron 3 of 4) intron (NM_001136205, intron 3 of 4) 46757 NR_110762 100506787 Hs.734746 NR_110762 LINC01543 - long intergenic non-protein coding RNA 1543 ncRNA 0.933 1.396 2.176 1.491 0.702 0.622 0.984 0.512 0.957 0.368 0.868 4.144 0.034 0.287 0.289 0.723 0.190 0.044 0.319 0.188 0.216 0.026 0.578 0.343 0.917 0.680 0.398 0.042 0.219 0.645 0.438 0.807 1.363 1.778 0.424 1.974 0.022 0.059 0.073 0.354 0.099 1.737 0.491 0.275 0.795 0.327 1.129 0.848 1.400 0.103 0.283 1.190 0.723 0.319 0.029 0.917 0.670 0.230 0.171 0.275 0.176 0.505 0.316 0.140 0.296 0.416 0.333 1.712 1.830 4.031 nan 2.417 2.357 0.277 0.150 1.694 1.765 0.413 0.618 1.516 2.378 0.421 0.249 0.525 0.777 0.259 0.253 0.322 0.875 3.838 2.067 10966 chr8 55518463 55529527 + 0 NA Intergenic L1M4c|LINE|L1 -4632 NM_006269 6101 Hs.732820 NM_006269 ENSG00000104237 RP1 DCDC4A|ORP1 RP1, axonemal microtubule associated protein-coding 1.047 nan 0.710 0.055 0.056 0.030 1.263 0.088 0.131 0.009 0.105 0.050 0.028 0.044 0.124 0.070 0.047 0.128 1.951 2.282 0.045 0.012 0.044 0.084 0.022 1.079 0.525 0.007 0.257 0.057 0.199 0.305 0.052 0.231 1.021 0.074 0.042 0.068 0.117 0.267 0.043 0.075 0.049 0.028 0.205 0.132 0.070 0.133 0.103 0.301 0.054 0.054 0.070 0.201 0.116 0.022 0.288 0.030 0.018 0.053 0.072 0.107 0.050 0.937 0.021 0.036 0.014 0.277 0.165 0.287 0.318 0.286 0.316 0.101 0.050 0.087 0.065 0.145 nan 0.127 0.115 0.338 0.169 0.072 0.168 0.066 0.147 1.428 3.169 0.244 0.403 1153 chr1 224516804 224519124 + 0 NA promoter-TSS (NM_001243147) promoter-TSS (NM_001243147) -73 NM_206840 4931 Hs.497867 NM_002533 ENSG00000143748 NVL NVL2 nuclear VCP-like protein-coding 6.545 7.068 7.159 6.590 10.917 4.679 5.754 4.584 7.974 3.181 3.649 4.728 3.827 0.905 2.219 7.464 4.626 0.419 4.841 2.183 3.295 3.464 3.231 1.880 6.378 5.501 6.636 3.974 5.540 4.206 6.879 9.767 6.870 12.498 2.918 7.844 1.800 5.243 0.125 1.667 3.647 7.950 4.895 2.737 6.585 4.716 5.489 7.190 5.005 3.369 4.889 4.249 7.464 5.018 4.185 6.378 3.506 4.277 1.171 5.225 2.352 6.576 1.803 3.429 3.340 3.698 3.151 10.921 8.939 15.793 22.875 12.448 13.033 10.537 7.919 21.371 22.513 5.365 7.006 11.731 15.644 11.701 9.890 6.234 9.898 8.323 10.983 10.936 10.852 6.418 2.780 1871 chr11 31657399 31663384 + 0 NA intron (NM_001288725, intron 7 of 10) intron (NM_001288725, intron 7 of 10) 129115 NM_019040 26610 Hs.175534 NM_019040 ENSG00000109911 ELP4 AN|AN2|C11orf19|PAX6NEB|PAXNEB|dJ68P15A.1|hELP4 elongator acetyltransferase complex subunit 4 protein-coding 0.948 0.968 nan 0.114 0.162 0.018 0.012 0.182 0.292 0.039 0.242 0.033 0.030 0.148 0.160 0.081 0.017 0.303 0.102 0.065 0.229 0.020 0.023 0.024 0.057 0.018 0.096 0.048 0.071 0.203 0.025 0.037 0.071 0.133 0.172 0.064 0.012 0.017 0.018 0.194 0.124 0.014 0.012 0.052 0.067 0.148 0.044 0.016 0.020 0.041 0.523 0.020 0.034 0.027 0.049 0.228 0.038 0.017 0.017 0.443 0.406 0.721 0.445 0.295 0.536 0.433 0.192 0.248 0.208 7.246 7.009 0.203 0.201 0.938 0.527 0.295 0.304 0.260 0.292 0.345 nan 0.601 0.470 5209 chr18 24125209 24133545 + 0 NA promoter-TSS (NM_001142730) promoter-TSS (NM_001142730) 22 NM_001351443 284252 Hs.526630 NM_198991 ENSG00000134504 KCTD1 C18orf5 potassium channel tetramerization domain containing 1 protein-coding 1.578 3.289 6.528 3.673 1.653 0.753 1.271 0.980 1.859 1.419 2.211 5.466 0.243 1.354 0.727 2.712 0.462 0.058 0.597 0.183 0.582 0.200 1.149 0.630 1.996 1.009 1.514 0.856 0.986 0.849 1.983 3.479 0.693 6.752 0.591 2.723 0.127 0.468 0.029 0.564 0.793 3.437 1.283 1.179 0.630 0.792 2.049 2.506 4.247 2.288 2.297 2.492 2.712 0.935 0.357 1.996 1.177 0.626 0.478 3.718 0.596 0.858 2.988 0.131 1.607 0.739 0.419 2.926 4.649 7.349 nan 4.162 3.287 0.406 0.232 10.114 9.554 0.809 1.089 1.729 3.169 0.950 0.853 3.104 6.404 0.874 0.481 0.719 1.035 2.452 1.633 7843 chr3 133286676 133295506 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -1343 NM_001134422 55573 Hs.518265 NM_017548 ENSG00000091527 CDV3 H41 CDV3 homolog protein-coding 3.020 nan nan 5.961 1.742 1.191 4.599 1.662 3.127 2.069 2.153 1.361 2.491 0.849 2.091 1.450 4.502 0.375 3.098 1.463 1.833 0.988 1.594 0.651 1.657 3.228 3.127 2.302 4.529 2.613 2.388 3.882 2.444 2.394 1.491 2.506 0.390 1.279 0.081 0.924 0.830 7.159 6.261 2.827 3.709 2.946 2.495 4.902 2.717 4.081 1.696 3.822 1.450 4.303 2.579 1.657 0.931 2.340 0.559 3.362 1.015 2.617 0.681 1.316 1.643 2.451 1.527 2.014 2.498 3.986 5.615 3.474 3.676 6.318 2.729 9.786 9.331 2.112 2.727 2.527 3.653 nan 4.047 1.059 2.586 1.654 1.900 3.023 3.076 1.672 1.004 4463 chr16 81038054 81042667 + 0 NA non-coding (NR_147840, exon 1 of 4) non-coding (NR_147840, exon 1 of 4) 164 NM_001351970 56942 Hs.55028 NM_020188 ENSG00000103121 CMC2 2310061C15Rik|C16orf61|DC13 C-X9-C motif containing 2 protein-coding nan 3.245 3.257 5.423 5.737 1.738 2.615 2.568 4.448 2.809 6.796 4.461 0.908 2.410 3.042 5.139 2.711 0.349 5.127 2.581 8.156 3.238 1.025 0.495 5.066 4.562 4.669 2.926 5.039 1.118 2.114 3.533 3.434 8.247 2.597 2.788 0.737 3.625 0.151 2.203 1.966 6.362 7.445 3.500 1.940 2.209 3.976 4.521 4.582 5.729 4.104 3.490 5.139 9.582 4.467 5.066 1.729 3.082 1.224 4.500 3.468 3.148 1.540 0.956 2.349 2.691 1.964 5.506 5.480 5.325 7.848 6.546 6.984 4.820 4.052 14.454 15.573 3.021 3.860 5.122 8.670 7.231 7.234 4.230 6.324 3.665 4.008 5.095 4.792 2.751 1.401 2795 chr12 76045811 76061576 + 0 NA Intergenic Intergenic -148275 NM_007043 11103 Hs.645517 NM_007043 ENSG00000111615 KRR1 HRB2|RIP-1 KRR1, small subunit processome component homolog protein-coding nan 1.751 0.697 1.668 0.932 0.093 0.986 0.290 0.523 0.344 0.124 5.147 0.051 0.191 0.191 1.624 1.047 0.142 1.655 1.252 0.068 0.149 0.248 0.202 0.723 0.359 0.143 0.122 1.744 1.533 1.695 4.205 0.238 0.661 1.231 0.085 0.024 0.255 0.071 1.549 0.065 0.723 0.585 0.416 1.424 0.902 0.371 4.563 0.418 1.004 0.050 0.240 1.624 0.585 0.693 0.723 2.254 0.086 0.172 0.339 0.117 0.814 0.081 0.058 1.146 0.709 0.869 0.852 0.705 0.508 0.699 1.075 0.971 1.774 0.524 0.275 0.319 2.291 2.307 nan 0.480 0.393 0.171 0.203 0.295 0.379 0.639 0.243 0.381 nan 1.030 8517 chr4 117127514 117162414 + 0 NA Intergenic L1MC3|LINE|L1 -75917 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.520 0.648 0.523 0.062 0.106 0.016 0.035 0.074 0.150 0.007 0.065 0.050 0.007 0.029 0.028 0.055 0.092 0.092 0.079 0.005 0.016 0.004 0.029 0.076 0.086 0.004 0.006 0.010 0.045 0.033 0.053 0.036 0.049 0.162 0.021 0.041 0.014 0.037 0.066 0.050 0.058 0.003 0.002 0.022 0.017 0.060 0.066 0.023 0.021 0.009 0.019 0.055 0.028 0.019 0.086 0.028 0.021 0.007 0.015 0.043 0.009 0.029 0.078 0.013 0.013 0.004 0.208 0.146 0.166 0.226 0.119 0.160 0.166 0.080 0.083 0.114 4.334 4.750 0.210 0.195 0.303 0.128 0.116 0.172 0.059 0.071 0.231 0.478 0.243 0.249 4830 chr17 46304496 46327252 + 0 NA intron (NM_001075099, intron 4 of 12) AluJo|SINE|Alu -55835 NR_131239 105371807 Hs.661105 NR_131239 ENSG00000235300 THRA1/BTR - uncharacterized LOC105371807 ncRNA 0.976 1.210 nan 1.391 2.039 0.039 1.218 0.567 1.211 0.072 0.316 1.163 0.111 0.370 0.238 0.100 0.118 0.071 2.317 1.123 0.247 1.659 1.881 1.005 1.442 0.170 0.050 0.039 2.264 1.686 0.420 nan 0.494 0.396 0.436 0.337 1.807 0.198 0.144 0.728 0.016 2.253 0.503 0.374 1.796 0.889 2.050 0.863 1.550 0.163 0.211 0.893 0.100 0.265 0.204 1.442 0.722 0.647 0.021 0.203 1.036 0.847 0.061 0.157 1.069 7.361 7.751 0.550 0.930 0.134 0.154 2.233 nan 4.354 2.487 0.386 0.432 0.149 0.293 5.776 6.637 0.588 0.180 0.219 0.353 3.728 3.358 0.192 0.329 1.045 0.780 11157 chr8 101799779 101803515 + 0 NA Intergenic Intergenic -67332 NM_002568 26986 Hs.387804 NM_002568 ENSG00000070756 PABPC1 PAB1|PABP|PABP1|PABPC2|PABPL1 poly(A) binding protein cytoplasmic 1 protein-coding 1.042 nan nan 1.267 0.145 0.015 7.769 0.388 0.183 2.197 1.974 1.980 0.033 0.143 0.068 0.304 0.130 2.652 1.769 0.981 0.041 0.092 0.143 3.641 2.735 2.101 4.900 5.169 0.431 1.149 0.533 0.484 2.947 0.116 0.029 0.056 2.497 0.022 2.709 11.575 4.404 4.134 2.155 2.425 11.272 0.305 3.704 0.021 0.828 0.068 1.931 9.799 0.143 0.397 0.532 0.343 0.027 5.187 0.052 0.032 0.832 11.010 11.608 0.401 0.115 0.272 0.259 0.383 0.315 nan 0.271 0.354 0.361 0.247 nan 0.541 nan nan 0.144 0.159 0.306 0.112 0.060 0.182 nan 0.453 0.276 8123 chr3 186540038 186546123 + 0 NA intron (NR_125409, intron 1 of 3) intron (NR_125409, intron 1 of 3) 230 NR_125409 102724699 Hs.518476 NR_125409 ENSG00000232233 LINC02043 - long intergenic non-protein coding RNA 2043 ncRNA 2.114 1.833 1.022 1.765 1.809 1.041 0.676 0.491 1.394 0.064 0.538 0.472 0.072 0.114 1.274 1.914 0.270 0.026 0.924 0.219 0.186 0.161 0.875 0.502 0.452 0.828 0.409 0.735 1.699 0.451 0.777 1.134 0.715 4.665 0.215 1.028 0.762 0.535 0.039 0.271 0.754 0.696 1.964 1.011 0.179 0.496 1.169 0.444 0.936 1.437 0.933 0.777 1.914 0.926 1.708 0.452 0.842 0.867 0.177 1.698 0.347 0.769 0.243 0.855 0.374 0.426 0.316 1.218 1.561 0.883 1.529 2.513 2.341 14.879 4.147 2.166 2.524 0.715 1.389 1.742 2.804 3.537 4.496 0.759 1.310 4.326 3.846 1.675 1.732 3.494 1.586 3912 chr15 39612422 39620797 + 0 NA Intergenic Intergenic 73739 NR_144508 400360 Hs.376109 NM_207445 ENSG00000175746 C15orf54 - chromosome 15 open reading frame 54 (putative) ncRNA 0.806 nan nan 0.087 0.062 0.013 0.216 0.153 0.239 0.023 0.192 0.546 0.024 0.086 0.093 0.230 0.137 0.127 0.045 0.058 0.171 0.361 0.108 0.017 0.006 0.057 0.038 0.071 0.374 0.084 0.229 0.017 0.091 0.022 0.112 0.056 0.228 0.055 0.015 0.019 0.078 0.036 0.080 0.178 0.097 0.017 0.009 0.128 0.093 0.026 0.044 0.361 0.102 0.049 0.057 0.070 0.049 0.066 2.304 0.281 0.109 0.021 3.586 3.596 7.536 5.151 0.293 0.310 0.145 0.104 0.377 0.217 0.274 0.556 0.249 0.237 0.761 0.531 2.592 3.366 0.116 0.175 0.281 0.610 0.444 0.347 10908 chr8 38028543 38036300 + 0 NA intron (NR_045493, intron 1 of 3) AluSx1|SINE|Alu -1685 NM_001204878 9530 Hs.194726 NM_004874 ENSG00000156735 BAG4 BAG-4|SODD BCL2 associated athanogene 4 protein-coding 2.509 2.220 nan 7.308 9.190 1.532 1.839 1.468 2.894 0.776 2.370 1.777 1.336 1.186 2.079 1.633 1.648 0.291 1.253 0.440 1.558 3.073 1.392 0.802 3.245 2.048 2.260 0.863 2.887 1.090 1.960 2.392 2.954 5.865 1.432 1.592 0.600 2.872 0.181 1.092 0.654 4.582 4.956 2.085 1.635 0.588 1.700 2.432 2.954 2.283 1.221 1.862 1.633 1.219 1.019 3.245 1.700 0.883 0.699 2.528 1.945 1.408 1.110 1.558 1.054 0.865 0.507 3.882 3.679 3.585 5.729 5.918 5.303 4.370 1.677 6.941 7.408 2.758 3.270 2.814 4.078 4.110 3.841 1.366 3.813 2.383 3.084 3.537 4.159 2.881 1.313 6500 chr2 176970389 177006199 + 0 NA exon (NM_014213, exon 1 of 2) exon (NM_014213, exon 1 of 2) 881 NM_014213 3235 Hs.236646 NM_014213 ENSG00000128709 HOXD9 HOX4|HOX4C|Hox-4.3|Hox-5.2 homeobox D9 protein-coding 2.179 2.241 1.533 0.108 2.427 6.000 0.165 1.988 3.779 0.191 0.090 0.126 0.102 0.713 0.973 1.152 0.335 0.108 0.254 0.066 0.134 3.188 1.489 0.949 8.434 0.328 0.298 0.665 0.114 0.023 0.686 1.228 0.208 5.409 0.135 0.099 0.552 0.935 0.089 0.213 0.294 0.698 0.113 0.057 0.073 0.054 0.077 0.507 0.848 0.941 0.085 0.056 1.152 0.111 0.119 8.434 0.092 0.074 0.198 1.602 2.434 0.051 2.182 0.104 0.066 0.101 0.085 0.738 1.088 1.990 2.481 6.248 5.801 2.254 0.908 0.836 0.892 1.038 1.475 3.142 3.732 1.523 1.696 2.759 4.952 1.686 1.477 0.444 0.948 1.798 0.929 6637 chr2 216624736 216662846 + 0 NA intron (NR_037195, intron 1 of 9) intron (NR_037195, intron 1 of 9) 61025 NR_132383 105373869 Hs.152812 NR_132383 LINC01614 LCAL4 long intergenic non-protein coding RNA 1614 ncRNA nan 0.778 nan 0.114 0.186 0.029 0.417 0.109 0.211 0.027 0.289 3.078 0.016 0.047 0.065 0.311 0.726 0.135 0.209 0.369 0.103 0.011 0.068 0.091 0.241 1.305 0.606 0.029 0.147 0.376 0.141 0.825 0.475 0.441 0.230 3.229 0.020 0.045 0.137 0.352 0.068 0.084 0.058 0.041 0.169 0.124 0.264 2.080 1.053 0.063 0.094 0.220 0.311 0.097 0.572 0.241 0.152 0.109 0.038 0.032 0.079 0.142 0.028 0.098 0.055 0.030 0.008 0.350 0.220 0.277 0.372 0.255 0.249 0.312 0.116 0.251 0.224 0.201 0.329 0.761 nan 0.383 0.246 0.127 0.198 0.061 0.058 0.283 0.718 0.381 0.349 784 chr1 156229918 156234888 + 0 NA intron (NM_015327, intron 13 of 21) intron (NM_015327, intron 13 of 21) -14495 NM_001272113 79957 Hs.235873 NM_024897 ENSG00000160781 PAQR6 PRdelta progestin and adipoQ receptor family member 6 protein-coding nan nan 1.347 0.525 0.193 0.012 4.171 0.193 0.353 0.039 0.362 0.621 0.000 0.100 0.286 0.327 0.075 0.226 1.746 1.681 0.175 0.098 0.125 0.199 0.096 0.960 0.678 0.164 1.559 0.387 0.096 0.268 0.156 1.054 1.812 0.131 0.078 0.130 0.154 5.081 0.093 0.260 0.076 0.104 0.659 0.154 0.077 0.723 0.147 0.973 0.047 0.160 0.327 2.031 5.125 0.096 0.059 0.049 0.005 0.528 0.062 4.081 0.100 0.081 1.632 0.614 0.306 3.278 5.481 0.674 0.892 0.552 nan 0.605 0.083 0.210 0.198 0.331 0.544 0.578 0.597 0.452 0.073 0.432 0.706 0.042 0.120 0.286 0.911 1.324 0.622 7601 chr3 50627394 50670917 + 0 NA promoter-TSS (NM_001243926) promoter-TSS (NM_001243926) 107 NM_013324 1154 Hs.655334 NM_013324 ENSG00000114737 CISH BACTS2|CIS|CIS-1|G18|SOCS cytokine inducible SH2 containing protein protein-coding 0.868 1.293 nan 0.981 0.232 0.610 1.817 0.151 0.373 0.805 0.897 0.760 0.058 0.413 0.698 0.242 0.631 0.158 1.296 0.611 0.349 0.194 0.163 0.130 0.194 1.018 0.883 0.174 2.349 1.459 1.824 4.665 1.689 2.234 0.924 0.351 0.070 0.232 0.091 0.978 0.065 0.629 1.017 0.550 1.380 1.114 0.839 0.292 0.943 0.882 0.892 0.777 0.242 1.834 1.504 0.194 0.384 0.500 0.292 0.485 1.153 0.890 0.492 0.373 0.285 0.191 0.099 0.434 0.572 0.644 1.117 0.684 0.650 0.574 0.211 0.722 0.743 0.706 1.095 1.763 2.101 nan 1.148 0.727 0.885 0.281 0.238 0.706 1.065 0.815 0.461 6300 chr2 109875434 109898013 + 0 NA intron (NM_001099289, intron 1 of 9) intron (NM_001099289, intron 1 of 9) 43358 NR_036224 100423027 NR_036224 ENSG00000265965 MIR4266 - microRNA 4266 ncRNA 0.929 nan 1.000 0.032 0.637 1.364 0.183 0.164 0.275 0.008 0.353 0.077 0.017 0.207 1.021 0.391 0.218 0.021 0.061 0.017 0.028 0.025 0.382 0.228 0.229 0.234 0.083 0.067 0.074 0.021 0.172 0.811 0.152 2.389 0.007 0.136 0.030 0.091 0.065 0.099 0.129 0.296 0.094 0.086 0.058 0.064 0.237 0.162 0.105 0.060 0.014 0.118 0.391 0.074 0.084 0.229 0.070 0.022 0.151 0.106 0.723 0.084 0.044 0.154 0.191 0.023 0.007 0.422 0.469 0.177 0.290 2.168 1.943 0.179 0.096 0.369 0.498 0.767 1.093 4.112 3.522 0.486 0.430 0.211 0.290 0.124 0.119 0.467 0.909 0.593 0.397 9747 chr6 65781127 65792932 + 0 NA intron (NM_001292009, intron 12 of 43) intron (NM_001292009, intron 12 of 43) -224282 NM_001271675 441155 Hs.546686 NM_001271675 LOC441155 - zinc finger CCCH-type domain-containing-like protein-coding nan 0.854 0.640 0.055 0.080 0.024 0.012 0.081 0.200 0.021 0.024 0.005 0.018 0.052 0.163 0.134 0.074 0.018 0.016 0.027 0.427 0.322 0.030 0.012 0.081 0.009 0.068 0.058 0.043 0.229 0.012 0.018 2.237 0.064 0.139 0.041 0.055 0.007 0.028 0.020 0.032 0.034 0.007 0.024 0.005 0.012 0.163 0.024 0.030 0.010 0.021 0.017 0.025 0.017 0.007 0.075 0.084 0.046 0.020 0.008 0.353 0.286 0.203 0.142 0.247 0.221 0.663 0.200 0.219 0.224 0.233 0.161 0.201 0.225 0.450 0.149 0.107 0.186 8.052 7.758 0.233 0.443 0.260 0.210 1844 chr11 20775883 20796238 + 0 NA intron (NM_201551, intron 2 of 18) intron (NM_201551, intron 2 of 18) 94963 NM_001288714 4745 Hs.657172 NM_006157 ENSG00000165973 NELL1 IDH3GL|NRP1 neural EGFL like 1 protein-coding 0.781 1.044 0.897 0.046 3.067 0.041 0.046 0.271 0.652 0.014 0.072 0.022 0.015 0.020 0.805 1.161 0.043 0.087 0.031 0.019 0.009 0.002 0.719 0.261 3.278 0.017 0.028 0.032 0.053 0.054 0.132 0.098 1.699 0.029 0.040 1.452 0.031 0.063 2.757 0.095 0.047 0.019 0.016 0.023 0.093 0.103 0.036 0.028 0.019 0.039 1.161 0.046 0.032 3.278 0.024 0.041 0.005 0.011 0.045 0.055 1.769 0.183 0.029 0.025 0.007 2.806 2.570 0.662 1.072 2.305 2.639 4.030 1.782 0.191 0.165 0.391 0.664 1.212 1.513 0.420 0.171 0.959 1.931 4.084 4.962 0.259 0.599 2.386 1.334 11324 chr8 135934074 135944696 + 0 NA Intergenic Intergenic 77207 NR_125427 101927845 Hs.559609 NR_125427 ENSG00000251218 LOC101927845 - uncharacterized LOC101927845 ncRNA nan 0.627 4.475 0.117 0.149 0.042 0.141 0.301 0.303 0.009 0.087 0.035 0.006 0.028 0.142 0.227 0.070 0.241 0.060 0.018 0.030 0.046 0.161 0.130 0.304 0.013 0.021 0.007 0.096 0.020 0.098 0.188 0.141 0.503 0.014 0.056 0.009 0.016 0.077 0.293 0.078 0.023 0.015 0.040 0.193 0.037 0.124 0.069 0.087 0.030 0.049 0.227 0.047 0.009 0.304 0.046 0.047 0.313 0.038 0.269 0.084 0.255 0.016 0.029 0.258 0.224 0.266 0.258 0.383 0.410 8.939 1.551 nan 0.617 0.177 0.197 1.396 1.433 0.785 0.662 0.209 0.412 0.371 0.251 0.344 0.870 1.372 0.820 5765 chr19 48406569 48420955 + 0 NA Intergenic L1P4|LINE|L1 -2546 NR_024220 100170225 Hs.717052 NR_024220 SNAR-C1 - small ILF3/NF90-associated RNA C1 snRNA 1.711 1.398 1.569 0.225 0.147 0.058 0.108 0.557 1.105 0.126 0.173 0.210 0.004 0.418 0.174 0.472 0.216 0.199 0.184 0.080 0.026 0.067 0.105 0.202 0.141 0.057 0.065 0.133 0.203 0.015 0.219 nan 0.201 0.373 0.226 0.491 0.101 12.263 0.792 0.017 0.121 0.372 0.214 0.163 0.053 0.191 0.140 0.392 0.577 0.315 0.164 0.096 0.472 0.147 0.077 0.141 0.093 0.247 0.088 0.671 0.333 0.202 0.108 0.352 0.037 0.072 0.032 0.544 0.340 0.238 0.332 0.531 0.614 0.914 0.387 0.626 0.528 0.510 0.899 0.606 0.661 1.120 0.306 0.313 0.464 0.189 0.383 0.789 1.741 0.680 0.869 7186 chr21 35570159 35581624 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 22913 NR_027266 114036 Hs.720230 NM_153751 ENSG00000227456 LINC00310 C21orf82|NCRNA00310 long intergenic non-protein coding RNA 310 ncRNA 1.666 1.125 4.047 0.175 0.759 7.665 0.173 0.223 0.387 0.229 0.180 0.537 0.746 0.113 0.353 0.588 0.705 0.183 0.213 0.133 0.392 0.338 0.342 0.344 0.210 0.150 0.068 0.733 0.070 0.046 0.084 0.487 0.111 2.013 0.103 0.374 1.763 0.497 0.075 0.154 0.236 0.168 0.221 0.135 0.067 0.054 0.084 0.403 0.320 0.616 0.372 0.185 0.588 0.119 0.471 0.210 0.289 0.153 0.896 0.548 0.991 0.192 0.193 0.762 0.120 0.231 0.062 0.551 0.764 0.341 0.328 1.065 1.099 2.519 0.390 0.620 0.614 1.606 1.889 0.951 1.250 5.207 5.469 0.656 0.903 4.690 6.312 0.875 2.230 nan 2.153 762 chr1 155138644 155150690 + 0 NA intron (NM_173852, intron 3 of 4) intron (NM_173852, intron 3 of 4) 1137 NM_173852 200185 Hs.516671 NM_173852 ENSG00000163463 KRTCAP2 KCP2 keratinocyte associated protein 2 protein-coding nan nan 2.113 1.040 1.298 2.046 0.771 0.898 1.637 0.841 1.214 1.208 0.387 4.299 2.140 3.441 0.928 0.188 1.314 0.550 4.140 0.425 1.165 0.718 1.970 0.761 0.646 1.413 0.967 0.654 1.204 2.555 1.814 6.766 1.105 1.196 0.827 2.161 0.173 0.976 1.307 1.863 0.731 0.392 0.773 0.305 0.831 0.570 1.223 1.635 3.325 2.004 3.441 1.094 1.212 1.970 0.607 1.159 1.250 5.003 2.377 1.016 2.458 0.667 0.885 0.387 0.221 2.095 2.754 1.986 2.668 5.177 nan 2.958 1.075 1.279 1.460 1.623 2.437 2.267 3.222 2.200 1.523 2.558 3.919 2.487 2.001 1.367 2.962 1.539 0.723 10108 chr7 912773 924045 + 0 NA intron (NM_015949, intron 1 of 8) AluSg|SINE|Alu 2218 NM_015949 51608 Hs.107387 NM_015949 ENSG00000239857 GET4 C7orf20|CEE|CGI-20|TRC35 golgi to ER traffic protein 4 protein-coding 2.490 1.527 3.415 2.692 3.117 1.155 0.648 0.998 1.277 0.484 1.856 1.715 0.892 1.659 1.274 1.352 0.907 0.230 1.426 0.353 0.885 1.019 3.017 1.745 5.375 0.920 0.791 1.092 2.941 0.524 1.479 nan 3.158 nan 0.351 1.167 0.370 1.600 0.165 0.439 1.534 1.724 0.755 0.394 0.715 0.748 1.228 1.063 1.298 2.321 0.733 0.821 1.352 1.707 1.947 5.375 0.885 0.771 0.634 2.225 1.335 0.862 0.261 0.466 0.438 0.383 0.329 2.115 2.318 2.017 nan 5.660 6.124 nan 1.263 4.623 4.533 1.197 1.862 nan 1.337 1.193 1.047 1.353 1.766 1.689 2.484 1.297 1.863 2.640 1.698 10346 chr7 47007919 47012961 + 0 NA Intergenic Intergenic -273720 NR_134575 730338 Hs.640207 NR_134575 ENSG00000233539 LOC730338 - uncharacterized LOC730338 ncRNA 0.797 1.517 nan 4.817 0.035 0.031 2.042 0.048 0.138 3.090 0.974 0.417 0.012 0.141 0.070 0.178 0.429 0.158 1.953 1.078 0.143 0.027 0.061 0.097 0.047 6.042 6.328 0.014 7.269 2.025 1.108 2.682 2.036 0.255 1.413 0.493 0.049 0.150 0.170 0.704 0.257 0.915 0.264 3.742 1.373 1.032 4.860 0.178 0.028 0.047 1.018 0.178 0.438 0.702 0.047 1.473 0.297 0.012 3.170 0.007 0.099 1.739 0.023 0.010 0.287 0.251 1.438 6.217 0.249 0.310 0.118 0.084 0.087 0.108 0.270 0.411 0.157 0.123 0.290 0.098 0.047 0.276 0.057 0.073 0.184 0.421 0.439 0.392 4619 chr17 17138246 17142432 + 0 NA 5' UTR (NM_144997, exon 1 of 14) 5' UTR (NM_144997, exon 1 of 14) 166 NM_001353229 201163 Hs.31652 NM_144606 ENSG00000154803 FLCN BHD|FLCL folliculin protein-coding 4.586 2.975 3.412 2.194 3.938 2.439 2.961 4.248 7.383 2.103 2.617 2.122 3.710 2.448 3.933 4.274 3.516 0.725 3.586 1.767 3.909 3.473 1.681 0.845 4.692 1.758 2.512 1.782 2.454 1.086 4.183 6.138 5.024 8.147 2.695 4.335 0.495 3.624 0.154 2.012 1.195 6.892 7.133 3.365 2.471 3.967 4.212 5.539 5.699 4.636 2.595 2.268 4.274 5.350 7.539 4.692 2.347 3.344 1.865 5.492 8.027 6.947 1.060 2.434 2.716 3.532 2.627 9.106 10.478 7.947 nan 8.804 11.274 10.119 7.725 10.346 10.426 4.673 4.964 9.109 14.504 nan 8.276 5.646 8.432 4.781 5.809 8.278 6.442 2.835 1.873 5281 chr18 40275322 40289208 + 0 NA Intergenic Intergenic 413392 NM_001272077 6014 Hs.464985 NM_002930 ENSG00000152214 RIT2 RIBA|RIN|ROC2 Ras like without CAAX 2 protein-coding nan 1.071 0.910 0.029 0.466 0.193 0.005 0.600 1.067 0.007 0.066 0.027 0.014 0.073 0.775 0.434 0.037 0.049 0.038 0.023 0.010 0.289 0.241 0.195 0.039 0.008 0.065 0.025 0.071 0.382 0.010 0.008 0.224 0.023 0.097 0.085 0.055 0.017 0.011 0.015 0.011 0.056 0.159 0.012 0.102 0.029 0.434 0.026 0.007 0.195 0.053 0.024 0.084 0.021 0.228 0.028 0.024 0.199 0.005 0.021 0.454 0.329 0.592 1.005 0.666 0.839 6.530 3.261 0.059 0.062 1.161 0.992 3.993 3.633 0.713 0.577 0.075 0.099 1.828 1.315 0.684 nan 1.617 1.174 10542 chr7 99002948 99008191 + 0 NA intron (NM_014891, intron 1 of 5) MIR|SINE|MIR 736 NM_014891 11333 Hs.632296 NM_014891 ENSG00000106244 PDAP1 HASPP28|PAP|PAP1 PDGFA associated protein 1 protein-coding nan 2.367 nan 2.803 4.784 3.077 3.905 3.271 5.448 1.590 4.217 3.123 1.144 2.060 4.725 4.891 3.780 0.122 3.348 0.959 2.919 3.273 5.016 2.041 4.578 1.588 1.616 2.927 6.859 0.801 4.849 6.233 7.342 6.922 2.147 4.211 0.907 7.328 0.215 1.846 2.768 6.005 3.891 1.874 2.483 2.516 3.438 4.770 3.725 7.079 2.191 2.902 4.891 4.825 3.580 4.578 3.990 3.176 1.367 5.701 1.930 3.768 2.072 1.622 2.222 4.097 3.395 7.607 7.184 6.333 9.126 7.854 7.825 7.959 5.862 13.579 15.059 4.786 6.006 5.372 7.862 8.281 8.110 7.494 10.358 6.998 7.971 7.508 nan 7.367 3.362 6118 chr2 53729693 53759944 + 0 NA Intergenic Intergenic -250102 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 6.926 3.996 6.774 0.200 0.648 0.345 0.626 0.189 0.334 0.182 0.086 0.015 0.004 0.272 0.151 0.604 0.110 0.069 0.279 0.321 0.031 0.014 0.347 0.225 0.479 0.075 0.050 0.046 0.148 0.111 0.076 0.198 0.166 0.665 0.209 0.082 3.921 0.043 0.127 0.031 0.250 0.192 0.026 0.023 0.108 0.086 0.255 0.108 0.089 0.052 0.037 0.327 0.604 0.171 0.040 0.479 0.130 0.881 0.267 0.062 3.231 0.215 0.082 0.250 0.027 0.024 0.005 0.344 0.315 0.215 0.316 1.270 1.407 1.865 0.584 0.409 0.404 1.423 1.834 2.374 1.678 0.599 0.238 0.212 0.379 17.578 17.452 0.422 0.923 0.872 0.633 5708 chr19 43518391 43533597 + 0 NA intron (NM_001113410, intron 1 of 4) intron (NM_001113410, intron 1 of 4) 4637 NM_002785 5680 Hs.741150 NM_002785 ENSG00000243130 PSG11 PSBG-11|PSBG-13|PSG13|PSG14 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 11 protein-coding 0.494 0.578 0.545 1.970 0.075 0.036 0.763 0.061 0.112 0.933 0.346 0.151 0.037 0.039 0.070 0.110 0.192 0.127 0.528 0.429 0.209 0.014 0.052 0.038 0.142 0.427 0.353 4.111 0.625 0.351 0.077 nan 0.260 0.190 0.288 0.046 0.019 0.036 0.087 0.008 0.016 0.726 0.587 0.257 0.069 0.303 0.304 0.033 0.327 0.122 1.360 0.246 0.110 0.533 0.103 0.142 0.129 1.033 0.026 0.371 0.027 0.776 0.036 0.008 0.174 0.921 0.769 0.288 0.289 1.564 2.351 0.226 0.307 0.243 0.090 0.205 0.272 0.152 0.275 0.122 0.232 0.024 0.016 0.251 0.220 0.064 0.110 0.106 0.204 0.311 0.417 9138 chr5 121407506 121415119 + 0 NA intron (NM_001317073, intron 1 of 5) intron (NM_001317073, intron 1 of 5) 1557 NM_001317073 4015 Hs.102267 NM_002317 ENSG00000113083 LOX AAT10 lysyl oxidase protein-coding nan 1.217 1.034 1.408 0.229 0.117 1.255 0.106 0.465 0.215 2.087 1.766 0.016 0.082 0.230 2.449 0.209 0.613 0.274 0.017 0.563 0.429 0.173 0.245 1.764 1.871 0.408 2.055 0.745 0.328 0.541 0.241 0.663 0.442 0.101 0.411 0.227 0.080 0.918 0.361 0.363 0.163 0.093 1.959 0.061 0.909 2.888 0.438 0.967 0.899 0.360 0.230 0.265 0.192 0.245 0.096 0.066 0.025 0.259 0.727 0.414 0.051 0.245 0.917 0.045 0.007 0.296 0.214 8.299 6.286 0.664 0.616 0.864 0.111 0.322 0.240 1.814 2.502 0.297 0.494 0.490 0.367 0.187 0.330 1.781 1.460 0.511 0.750 0.532 0.566 2205 chr11 102174419 102201528 + 0 NA promoter-TSS (NM_001165) promoter-TSS (NM_001165) -208 NM_182962 330 Hs.127799 NM_001165 ENSG00000023445 BIRC3 AIP1|API2|CIAP2|HAIP1|HIAP1|MALT2|MIHC|RNF49|c-IAP2 baculoviral IAP repeat containing 3 protein-coding 0.506 1.197 0.671 1.420 0.266 0.094 1.215 0.333 0.548 0.422 1.035 0.708 0.755 0.063 0.187 0.294 0.533 0.078 0.973 0.581 5.504 0.031 0.410 0.233 0.141 1.514 1.089 0.516 0.922 0.891 0.269 0.617 0.532 1.377 0.870 0.608 0.039 1.234 0.160 0.321 0.111 4.433 0.456 0.316 2.809 0.900 0.879 1.706 1.919 1.227 0.416 1.599 0.294 0.530 1.365 0.141 0.510 1.911 0.007 2.808 0.168 0.322 0.220 0.037 0.568 0.072 0.069 0.386 0.376 0.928 2.001 0.694 0.748 1.511 0.648 1.110 1.154 0.184 0.286 0.532 0.556 0.397 0.210 0.446 0.618 0.432 0.595 0.144 0.251 0.898 0.653 8071 chr3 180118507 180140219 + 0 NA Intergenic Intergenic -2598 NR_132416 100505609 Hs.518427 NR_132416 ENSG00000241696 LINC02053 - long intergenic non-protein coding RNA 2053 ncRNA 1.068 1.147 0.905 3.859 0.167 0.013 0.612 0.163 0.343 0.009 0.118 0.089 0.037 0.037 0.065 0.082 0.112 0.134 0.362 0.418 0.021 0.013 0.230 0.236 0.116 0.338 0.133 0.003 0.533 0.256 0.126 0.206 0.070 0.440 0.809 0.172 0.036 0.050 0.105 0.591 0.094 0.174 0.067 0.111 0.843 0.025 0.155 2.306 0.045 0.099 0.007 0.076 0.082 0.063 0.034 0.116 0.153 0.008 0.040 0.040 0.018 0.169 0.091 0.426 0.336 0.027 0.303 0.246 0.335 0.781 0.332 0.425 0.349 0.225 0.189 0.233 0.198 0.327 0.337 0.313 0.988 0.585 0.150 0.283 0.071 0.080 0.550 1.267 0.292 0.452 7965 chr3 165512991 165524852 + 0 NA intron (NR_137635, intron 1 of 2) intron (NR_137635, intron 1 of 2) 36339 NM_000055 590 Hs.420483 NM_000055 ENSG00000114200 BCHE CHE1|CHE2|E1 butyrylcholinesterase protein-coding 1.063 1.376 0.733 0.298 0.215 0.033 0.162 0.390 0.762 0.008 0.125 0.289 0.058 0.009 0.195 0.076 0.933 0.183 0.143 0.016 0.048 0.128 0.263 0.261 0.092 0.170 0.055 0.074 0.103 0.045 0.061 0.066 0.132 0.241 0.037 0.328 0.073 0.018 0.064 0.099 0.014 0.054 0.096 0.046 0.101 0.032 0.130 0.127 0.110 0.067 0.033 0.061 0.076 0.036 0.021 0.092 0.124 0.028 0.016 0.005 0.178 0.058 0.029 0.062 0.007 0.010 0.017 0.365 0.244 0.798 0.765 0.263 0.423 0.462 0.239 0.259 0.319 4.346 4.776 nan 0.495 nan 0.325 0.128 0.206 0.188 0.222 0.432 0.734 0.258 0.303 8292 chr4 24594613 24607292 + 0 NA Intergenic LTR12D|LTR|ERV1 -14768 NM_001358 1665 Hs.696074 NM_001358 ENSG00000109606 DHX15 DBP1|DDX15|HRH2|PRP43|PRPF43|PrPp43p DEAH-box helicase 15 protein-coding 0.615 0.553 nan 3.970 0.097 0.004 4.201 0.139 0.216 0.760 0.086 0.044 3.606 0.080 0.166 0.234 0.113 0.076 2.628 0.794 0.154 0.011 0.085 0.153 0.177 0.115 0.034 0.035 2.095 1.961 1.210 3.081 2.724 0.238 2.331 0.072 0.008 0.026 0.078 0.224 0.101 0.116 0.038 0.025 1.914 1.840 2.620 0.134 0.334 0.080 0.421 2.283 0.234 3.764 0.082 0.177 1.743 3.926 0.037 0.062 0.046 0.127 0.324 0.023 0.008 0.439 0.289 0.929 3.353 0.206 0.259 0.140 0.067 0.307 0.277 0.167 0.325 0.241 0.260 0.421 0.159 0.120 0.222 0.042 0.068 0.151 0.434 nan 0.600 6349 chr2 127965288 127985847 + 0 NA Intergenic Intergenic -12224 NM_001001665 339761 Hs.407639 NM_001001665 ENSG00000186684 CYP27C1 - cytochrome P450 family 27 subfamily C member 1 protein-coding 1.516 nan nan 1.361 0.245 0.054 0.889 0.147 0.196 1.765 0.166 0.163 0.030 0.053 0.052 0.354 0.885 0.178 0.394 0.286 3.480 0.034 0.137 0.115 0.471 0.248 0.077 0.086 0.186 0.602 0.476 0.916 0.636 1.026 1.707 0.100 0.014 0.697 0.085 0.230 0.536 4.290 1.087 0.467 0.239 0.474 5.511 2.448 1.299 1.846 0.066 2.249 0.354 0.696 0.379 0.471 0.149 1.096 0.146 0.495 0.113 1.691 0.465 0.509 0.840 0.025 0.022 0.334 0.304 0.801 1.526 0.733 0.704 0.408 0.132 0.398 0.551 0.178 0.331 0.746 1.081 0.923 0.730 0.464 0.776 0.068 0.083 0.621 1.601 0.306 0.342 11420 chr9 4222139 4247475 + 0 NA intron (NM_001042413, intron 2 of 10) MIRc|SINE|MIR 65228 NM_001042413 169792 Hs.162125 NM_152629 ENSG00000107249 GLIS3 NDH|ZNF515 GLIS family zinc finger 3 protein-coding 0.645 1.987 0.663 1.407 0.136 0.039 1.247 0.159 0.364 0.113 0.259 0.502 0.037 0.020 0.087 0.310 0.576 0.133 0.902 0.391 1.473 0.005 0.161 0.154 0.114 0.963 0.685 0.023 0.739 0.317 0.064 0.315 0.344 0.519 0.704 1.662 0.011 0.128 0.112 0.312 0.046 0.043 0.126 0.067 0.878 1.077 0.358 0.551 1.182 0.316 0.758 0.727 0.310 0.499 0.099 0.114 0.383 0.101 0.050 0.057 0.072 0.534 0.035 0.025 0.519 2.305 2.382 0.213 0.144 2.404 7.237 0.313 0.397 0.165 0.073 0.288 0.241 0.721 1.177 0.253 0.267 0.421 0.179 0.159 0.280 0.104 0.145 0.095 nan 0.825 0.959 7593 chr3 49231855 49244789 + 0 NA intron (NM_001135197, intron 1 of 7) intron (NM_001135197, intron 1 of 7) 1389 NM_001135197 339834 Hs.631931 NM_178173 ENSG00000173421 CCDC36 CT74 coiled-coil domain containing 36 protein-coding 0.635 nan nan 0.078 0.081 0.026 0.093 0.099 0.131 0.029 1.407 0.085 0.015 0.015 0.055 0.123 0.083 0.414 0.241 0.191 0.049 0.075 0.043 0.070 0.056 0.299 0.311 0.006 0.063 0.155 0.072 0.217 0.082 0.216 0.091 0.093 0.044 0.587 0.108 0.009 0.080 0.178 0.093 0.091 0.007 0.047 0.127 0.132 0.176 4.172 0.025 0.134 0.123 0.187 0.057 0.056 0.038 0.052 0.067 0.098 0.056 0.311 0.023 0.184 0.059 0.022 0.027 0.178 0.187 0.137 0.227 0.236 0.249 0.202 0.144 0.155 0.127 0.110 0.280 0.144 0.243 0.333 0.186 0.157 0.132 0.055 0.101 0.293 0.473 0.307 0.254 22 chr1 1587924 1595787 + 0 NA intron (NM_033490, intron 5 of 18) AluY|SINE|Alu 23696 NR_002946 8511 Hs.671760 NR_002946 ENSG00000215914 MMP23A MIFR|MIFR-1|MMP21 matrix metallopeptidase 23A (pseudogene) pseudo 3.157 nan 3.184 1.800 2.441 1.584 1.533 1.368 2.903 0.786 1.870 1.150 0.712 1.071 2.151 1.094 3.039 0.718 1.390 0.625 1.101 0.864 1.412 0.958 0.935 1.115 1.449 0.932 1.693 0.817 2.036 nan 1.741 4.003 0.898 1.825 0.231 2.146 0.198 0.543 0.584 2.345 2.287 0.919 1.262 0.939 1.036 1.860 1.362 2.458 0.823 1.104 1.094 3.121 1.935 0.935 1.134 0.820 0.823 2.752 0.956 1.105 1.207 1.050 0.766 0.579 0.394 2.639 2.437 3.545 5.215 4.378 3.937 3.001 1.701 8.954 8.957 2.331 nan 11.186 12.867 nan 2.732 1.860 2.629 1.484 1.951 3.031 3.688 1.847 1.008 205 chr1 28826760 28856282 + 0 NA intron (NM_001048199, intron 3 of 11) AluSx|SINE|Alu -3224 NM_001269 1104 Hs.469723 NM_001269 ENSG00000180198 RCC1 CHC1|RCC1-I|SNHG3-RCC1 regulator of chromosome condensation 1 protein-coding 2.217 1.397 nan 3.529 1.669 0.699 2.705 0.908 1.671 1.473 2.387 1.817 1.466 0.698 0.758 1.127 0.697 0.359 2.487 0.912 1.733 1.367 0.750 0.552 0.661 2.488 2.702 1.472 3.794 1.801 2.584 3.992 2.535 2.478 1.302 3.641 0.174 2.073 0.221 0.586 0.499 2.838 2.269 0.827 2.989 2.367 2.862 1.638 1.619 2.481 1.320 2.349 1.127 3.150 3.631 0.661 1.658 2.485 0.340 2.813 0.701 1.894 0.679 2.138 0.858 0.958 0.765 2.379 2.402 2.202 3.558 2.265 2.625 2.159 0.888 3.985 3.906 2.240 3.599 2.955 3.215 3.866 4.168 1.303 2.518 0.937 1.023 7.459 5.769 1.455 0.794 8990 chr5 71401700 71410682 + 0 NA intron (NM_005909, intron 1 of 6) intron (NM_005909, intron 1 of 6) 3096 NM_005909 4131 Hs.335079 NM_005909 ENSG00000131711 MAP1B FUTSCH|MAP5|PPP1R102 microtubule associated protein 1B protein-coding 4.229 nan 3.539 0.431 1.861 1.854 0.795 2.576 5.284 0.319 2.482 1.209 0.048 0.289 3.861 3.127 1.187 0.128 0.763 0.273 0.607 0.200 1.497 0.907 1.840 2.351 3.036 0.538 0.607 0.389 0.912 1.089 0.379 6.836 0.275 2.070 1.609 2.019 0.119 0.447 2.509 0.318 0.235 0.234 0.072 0.189 1.135 0.867 2.461 1.284 0.702 0.187 3.127 0.846 1.610 1.840 0.068 0.093 0.782 0.879 2.080 0.648 0.574 1.793 0.378 1.545 0.780 1.292 1.858 1.202 1.616 4.965 3.429 8.646 2.874 2.810 2.897 3.591 nan 2.857 4.208 5.948 7.297 1.097 1.646 6.647 6.053 2.630 3.860 1.756 1.142 3296 chr13 101317462 101328291 + 0 NA intron (NM_001350571, intron 1 of 19) intron (NM_001350571, intron 1 of 19) 4313 NM_001350576 84899 Hs.190983 NM_032813 ENSG00000125247 TMTC4 - transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 4 protein-coding 2.083 2.136 2.377 0.319 2.144 2.663 0.220 0.443 0.934 0.062 0.976 0.387 0.063 0.186 2.363 6.281 0.366 0.119 1.720 0.426 0.246 0.625 0.723 0.434 1.872 0.384 0.472 0.292 0.289 0.097 1.152 1.486 0.426 3.805 0.188 0.357 0.557 0.692 0.092 0.304 2.079 1.683 1.148 0.418 0.171 0.352 0.587 0.323 1.068 0.910 0.873 0.687 6.281 1.885 0.770 1.872 0.188 0.627 0.601 1.480 0.984 0.408 0.247 0.341 0.722 0.266 0.137 2.598 3.156 1.519 2.310 3.891 3.037 3.950 1.644 1.125 1.092 1.704 nan 1.443 2.527 1.576 2.182 0.495 1.550 2.620 2.439 1.857 nan 0.687 0.440 10847 chr8 22481881 22496700 + 0 NA intron (NM_018688, intron 4 of 8) intron (NM_018688, intron 4 of 8) 10432 NR_027715 80094 Hs.675917 NM_025026 BIN3-IT1 - BIN3 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.526 nan 0.068 0.442 5.441 0.124 0.323 0.534 0.110 0.111 0.021 0.513 0.583 0.320 0.110 0.056 0.078 0.013 0.034 0.026 0.698 0.351 0.678 0.097 0.031 0.075 0.046 0.022 0.016 0.145 0.043 0.279 0.116 0.070 0.095 0.112 0.016 0.037 0.125 0.012 0.026 0.022 0.036 0.104 0.116 0.170 0.063 0.032 0.054 0.320 0.053 0.025 0.678 0.017 0.022 0.078 0.129 0.681 0.069 0.033 0.157 0.052 0.039 0.010 0.563 0.980 0.220 0.449 nan 3.248 nan 0.838 0.210 0.316 0.192 0.294 1.558 1.441 0.251 0.205 0.268 0.273 0.596 0.566 0.225 0.480 nan nan 5730 chr19 45576962 45584952 + 0 NA Intergenic Intergenic -1111 NM_145288 162979 Hs.192237 NM_145288 ENSG00000170684 ZNF296 ZFP296|ZNF342 zinc finger protein 296 protein-coding 2.983 1.868 2.583 3.119 1.883 0.816 1.550 0.899 1.735 1.870 2.793 1.994 0.296 0.747 2.663 1.412 0.892 0.106 2.346 0.997 1.292 0.451 1.140 0.719 1.619 1.369 1.229 2.377 1.847 0.769 1.798 nan 1.954 1.310 0.824 1.800 0.452 2.361 0.139 1.181 0.376 2.930 1.390 0.917 1.667 0.433 1.886 0.860 3.605 7.695 1.749 1.239 1.412 2.206 1.554 1.619 1.318 1.874 0.811 2.863 1.120 1.965 1.105 1.539 1.047 0.686 0.438 2.186 2.906 2.455 3.804 2.283 2.668 5.284 1.883 5.630 5.992 3.017 3.986 4.236 4.576 2.819 3.020 1.835 2.926 2.296 2.134 2.259 4.397 2.424 1.173 2681 chr12 53253197 53276495 + 0 NA Intergenic Intergenic -22068 NM_173352 196374 Hs.665267 NM_173352 ENSG00000170423 KRT78 CK-78|K5B|K78|Kb40 keratin 78 protein-coding nan 1.092 0.551 0.583 0.279 1.014 1.123 0.323 0.563 0.767 0.667 0.787 0.179 0.168 0.642 0.356 0.814 0.193 0.415 0.328 0.146 0.066 0.436 0.253 0.673 1.814 1.493 0.433 0.590 0.294 0.533 1.688 0.878 3.551 1.002 3.845 0.172 0.126 0.052 0.518 0.060 0.785 0.598 0.421 0.448 0.247 0.707 1.150 6.073 1.141 1.173 1.769 0.356 1.183 1.379 0.673 0.551 1.893 0.913 1.299 0.170 0.739 0.481 0.042 0.967 0.282 0.140 nan 2.580 3.196 6.558 1.265 nan 1.891 0.711 0.401 0.435 0.373 nan 2.407 nan 0.859 1.035 1.137 1.506 0.960 1.144 0.153 0.272 0.976 0.808 8013 chr3 172253173 172265568 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -18073 NM_001190942 8743 Hs.478275 NM_003810 ENSG00000121858 TNFSF10 APO2L|Apo-2L|CD253|TL2|TNLG6A|TRAIL TNF superfamily member 10 protein-coding 0.972 1.147 0.723 1.674 0.276 0.081 0.834 0.393 0.703 1.288 0.261 0.973 0.249 0.089 0.043 0.138 4.732 0.728 0.316 0.275 1.862 0.022 0.125 0.154 0.126 1.252 0.640 2.035 0.376 0.256 0.361 1.734 4.178 0.242 0.567 0.101 0.054 0.035 0.070 0.107 0.057 0.483 0.209 0.120 0.641 0.167 1.950 0.189 0.223 0.381 0.140 2.096 0.138 0.231 0.253 0.126 0.326 2.224 0.275 0.024 0.582 0.055 0.099 0.073 0.033 0.029 0.431 0.312 0.625 1.398 0.365 0.331 0.583 0.242 0.214 0.289 0.478 0.721 1.024 0.791 0.517 0.376 0.161 0.321 0.095 0.168 0.251 0.359 0.540 0.554 1260 chr1 245019029 245033992 + 0 NA intron (NM_004501, intron 1 of 13) CpG 1317 NM_004501 3192 Hs.106212 NM_004501 ENSG00000153187 HNRNPU EIEE54|GRIP120|HNRNPU-AS1|HNRPU|SAF-A|SAFA|U21.1|hnRNP U|pp120 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U protein-coding nan 5.057 nan 2.356 5.272 2.900 1.825 2.929 5.287 0.854 2.295 2.074 1.228 0.770 1.713 3.737 2.432 0.275 2.706 0.696 2.260 2.613 2.815 1.365 3.961 3.003 3.991 1.226 3.219 1.383 2.349 3.612 2.917 5.384 0.840 5.231 0.995 3.463 0.184 0.625 1.791 3.559 3.068 1.293 2.069 1.725 1.898 3.069 2.579 2.595 2.096 3.775 3.737 3.314 1.905 3.961 1.269 2.084 0.771 2.112 1.800 2.845 0.755 1.755 1.007 1.559 1.073 3.994 3.810 6.274 8.928 7.454 7.106 5.764 2.780 11.082 11.810 3.020 3.643 3.730 5.551 4.103 4.728 1.432 2.759 4.208 4.492 5.593 5.569 2.285 1.358 8636 chr4 173946431 173963250 + 0 NA intron (NM_001034845, intron 12 of 12) MIR3|SINE|MIR -135064 NM_017423 51809 Hs.548088 NM_017423 ENSG00000109586 GALNT7 GALNAC-T7|GalNAcT7 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7 protein-coding nan nan 0.554 0.090 0.451 0.622 0.132 1.716 3.937 0.028 0.060 0.098 0.037 0.089 0.115 0.298 0.049 0.087 0.164 0.103 0.019 0.008 0.140 0.141 0.772 0.109 0.051 0.032 0.090 0.046 0.425 1.962 0.412 1.306 0.104 0.059 0.163 0.032 0.088 0.035 0.145 0.048 0.029 0.009 0.097 0.064 0.141 0.373 0.276 0.038 0.235 0.309 0.298 0.114 0.072 0.772 0.124 0.266 0.017 0.021 0.109 0.070 0.017 0.052 0.037 0.021 0.003 0.253 0.150 0.464 nan 0.529 0.500 1.960 0.637 0.093 0.095 0.318 0.441 0.940 0.884 0.362 0.187 0.057 0.248 0.569 0.765 0.089 0.206 0.476 0.311 874 chr1 171453574 171456117 + 0 NA 5' UTR (NM_015172, exon 1 of 34) 5' UTR (NM_015172, exon 1 of 34) 179 NM_015172 23215 Hs.494614 NM_015172 ENSG00000117523 PRRC2C BAT2-iso|BAT2D1|BAT2L2|XTP2 proline rich coiled-coil 2C protein-coding 8.887 6.445 6.258 6.860 6.083 2.868 5.155 3.687 6.933 1.319 5.193 4.249 1.341 1.358 7.945 5.984 9.507 0.445 6.604 1.639 3.522 2.836 6.074 1.650 4.372 7.433 8.264 2.573 5.915 2.437 6.119 7.306 5.165 13.802 2.699 6.987 1.565 4.874 0.174 1.490 2.461 5.314 6.144 2.887 6.677 4.255 4.713 5.879 4.376 4.596 2.906 3.387 5.984 9.119 4.479 4.372 1.838 1.945 1.675 3.569 2.569 3.703 4.623 3.038 2.852 3.482 2.428 7.510 8.430 17.207 24.199 nan 12.208 10.751 6.012 12.250 12.585 8.274 8.168 8.667 15.225 12.004 12.587 8.597 16.179 8.126 8.967 13.376 12.002 4.668 2.249 1708 chr10 127582465 127594984 + 0 NA intron (NM_001350939, intron 1 of 11) intron (NM_001350939, intron 1 of 11) 3620 NM_001350939 92565 Hs.352591 NM_145235 ENSG00000203780 FANK1 HSD13 fibronectin type III and ankyrin repeat domains 1 protein-coding nan 1.477 1.700 1.618 0.445 0.133 3.940 0.664 1.375 1.030 1.788 1.445 0.669 1.339 0.383 0.571 0.191 0.224 2.173 1.226 1.173 0.553 0.263 0.257 0.736 1.068 1.035 0.629 3.118 1.117 1.475 1.634 1.180 1.671 1.227 0.510 0.055 0.327 0.157 0.321 0.171 0.778 1.344 0.667 1.333 1.872 2.692 0.417 0.930 0.733 0.495 3.810 0.571 2.439 1.507 0.736 1.535 3.145 0.058 1.251 1.046 1.593 0.095 0.461 0.696 0.404 0.265 0.517 0.382 0.940 1.825 0.571 0.561 1.782 0.619 1.024 1.095 0.264 0.478 1.990 2.469 0.712 0.294 0.253 0.454 0.187 0.209 0.774 1.150 1.021 0.824 2220 chr11 105881770 105894953 + 0 NA intron (NM_001318750, intron 1 of 2) intron (NM_001318750, intron 1 of 2) 4653 NM_001318750 84437 Hs.266782 NM_032424 ENSG00000170903 MSANTD4 KIAA1826 Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils protein-coding 0.886 1.109 0.583 0.367 0.734 0.448 0.420 0.353 0.697 0.101 0.483 0.533 0.138 0.120 0.474 0.886 0.215 0.416 0.101 0.115 0.125 0.826 0.441 0.656 0.418 0.302 0.259 0.306 0.152 0.422 0.862 0.439 1.904 0.211 0.279 0.144 0.479 0.158 0.180 0.988 0.589 0.374 0.183 0.474 0.140 0.555 0.522 0.290 0.872 0.324 0.227 0.886 0.227 0.859 0.656 0.158 0.259 0.287 0.352 0.470 0.258 0.622 0.132 0.269 0.123 0.084 6.622 6.701 0.233 0.301 1.272 1.117 1.446 0.492 2.961 3.042 3.948 4.237 1.206 1.552 2.125 2.010 1.240 2.442 0.935 1.249 0.353 0.848 1.138 0.575 10983 chr8 61563318 61568377 + 0 NA Intergenic Intergenic -25477 NM_017780 55636 Hs.20395 NM_017780 ENSG00000171316 CHD7 CRG|HH5|IS3|KAL5 chromodomain helicase DNA binding protein 7 protein-coding 8.310 2.877 9.430 1.652 5.331 1.618 1.009 2.084 4.238 1.059 2.071 0.985 1.865 1.880 6.298 3.214 0.423 0.076 3.660 1.348 3.657 1.868 3.218 1.662 6.668 1.200 1.526 1.875 3.427 0.974 4.299 3.883 2.515 7.816 0.919 1.157 2.543 2.478 0.085 1.280 2.279 2.585 3.635 1.644 1.016 2.012 1.634 1.855 2.864 6.186 2.399 1.272 3.214 5.161 2.474 6.668 1.402 1.118 1.247 3.172 5.763 1.359 1.237 1.888 1.209 1.745 1.018 2.507 3.766 2.104 3.336 14.097 11.041 7.761 2.309 2.356 2.545 2.330 nan 3.631 5.737 nan 9.313 1.991 4.332 9.340 9.528 4.443 5.777 5.267 2.883 2528 chr12 19339350 19366524 + 0 NA intron (NM_001143821, intron 3 of 27) L1MA4A|LINE|L1 -5322 NM_001256787 54477 Hs.188614 NM_019012 ENSG00000052126 PLEKHA5 PEPP-2|PEPP2 pleckstrin homology domain containing A5 protein-coding 1.033 0.993 1.317 0.177 0.552 0.231 0.232 0.879 1.459 0.088 0.400 0.253 0.009 0.015 0.130 0.178 0.225 0.043 0.249 0.105 0.054 0.045 1.124 0.722 0.551 0.039 0.024 0.006 0.177 0.066 0.077 0.252 0.137 0.426 0.140 0.240 0.429 0.064 0.160 0.013 0.402 0.109 0.022 0.020 0.057 0.066 0.085 0.225 0.051 0.122 0.116 0.088 0.178 0.172 0.051 0.551 0.081 0.043 0.007 0.175 0.329 0.105 0.095 0.299 0.048 0.027 0.017 0.240 0.130 0.577 1.026 nan 1.704 4.809 2.996 0.343 0.318 1.191 1.631 0.852 0.739 0.466 0.273 0.172 0.357 1.694 2.189 0.601 1.712 1.398 0.708 1591 chr10 94448435 94460509 + 0 NA exon (NM_002729, exon 4 of 4) exon (NM_002729, exon 4 of 4) 4791 NM_002729 3087 Hs.118651 NM_002729 ENSG00000152804 HHEX HEX|HMPH|HOX11L-PEN|PRH|PRHX hematopoietically expressed homeobox protein-coding 1.126 1.186 0.984 4.452 0.555 2.708 0.746 0.558 0.724 0.079 2.737 1.876 0.031 0.183 2.497 0.266 0.494 0.148 0.887 0.392 0.202 0.436 0.246 0.335 0.479 1.090 0.970 0.923 0.342 0.302 0.802 1.425 0.071 0.899 0.114 0.679 0.175 0.655 0.075 0.370 0.191 1.399 0.862 0.496 0.488 0.088 0.582 0.223 3.675 1.240 1.501 0.522 0.266 0.951 1.379 0.479 0.488 0.109 0.113 1.013 0.158 0.066 0.122 0.215 0.032 0.065 0.029 0.547 0.679 0.330 0.534 0.855 0.794 1.117 0.264 0.594 0.628 0.420 0.711 nan 2.355 0.800 0.661 0.315 0.615 0.783 0.596 0.782 1.018 0.586 0.502 8043 chr3 176498362 176512976 + 0 NA Intergenic Intergenic 29120 NR_110819 101928684 Hs.639352 NR_110819 ENSG00000228308 LINC01209 - long intergenic non-protein coding RNA 1209 ncRNA 1.276 1.235 0.717 0.173 0.235 1.115 0.122 0.198 0.618 0.020 0.026 0.070 0.026 0.089 0.195 0.176 0.194 0.197 0.051 0.039 0.008 0.010 0.164 0.135 0.251 0.024 0.030 0.005 0.145 0.014 0.105 0.197 0.356 1.588 0.040 0.063 0.177 0.038 0.092 0.024 0.092 0.095 0.025 0.016 0.059 0.062 0.151 0.097 0.045 0.063 0.037 0.078 0.176 0.049 0.019 0.251 0.033 0.095 0.146 0.024 0.090 0.022 0.075 0.060 0.005 0.012 0.011 0.318 0.273 0.342 0.592 0.493 0.521 1.007 0.362 0.209 0.215 4.406 3.947 0.551 0.506 0.990 0.718 0.079 0.298 0.595 0.542 0.360 0.374 0.705 0.630 1677 chr10 121297357 121303555 + 0 NA intron (NM_001005339, intron 1 of 4) intron (NM_001005339, intron 1 of 4) 1766 NM_001005339 6001 Hs.501200 NM_002925 ENSG00000148908 RGS10 - regulator of G protein signaling 10 protein-coding nan 0.950 1.431 0.800 0.522 0.290 2.151 0.663 1.119 0.568 1.479 1.012 0.140 0.048 0.489 0.414 0.315 0.154 1.806 0.739 0.389 0.459 0.228 0.092 0.025 1.033 0.945 1.511 3.273 2.059 1.142 1.505 0.865 1.513 0.637 0.807 0.059 1.191 0.090 0.631 0.354 4.291 7.938 2.803 1.949 0.509 1.388 0.673 2.508 2.842 0.724 1.241 0.414 1.826 2.744 0.025 0.905 2.454 0.577 2.718 0.168 1.530 0.462 1.035 0.931 0.362 0.122 1.237 1.773 1.036 1.655 0.527 0.441 2.527 0.974 0.647 0.488 0.862 1.552 1.868 3.395 2.123 2.522 0.527 1.337 0.319 0.181 1.433 2.675 0.260 0.194 11877 chr9 140499096 140514813 + 0 NA intron (NM_152285, intron 1 of 7) intron (NM_152285, intron 1 of 7) 6027 NR_122036 85026 Hs.522520 NM_032937 ENSG00000203993 ARRDC1-AS1 C9orf37 ARRDC1 antisense RNA 1 ncRNA 1.306 1.965 1.679 2.843 4.133 1.284 3.267 0.992 1.949 2.818 2.480 0.577 2.052 0.554 1.223 1.514 0.688 0.216 6.500 2.364 0.600 0.361 1.245 0.535 2.044 2.641 3.222 1.443 6.622 1.550 5.251 8.879 3.159 4.190 2.050 1.385 0.310 1.105 0.084 0.718 0.514 5.005 3.434 1.707 2.218 2.960 3.833 0.969 2.530 3.279 1.187 3.266 1.514 7.877 1.931 2.044 1.592 7.877 0.737 1.971 1.290 1.973 0.616 0.266 1.320 1.221 0.815 1.469 1.822 1.989 nan 2.693 nan 3.264 0.925 2.998 2.750 0.690 0.998 3.931 5.866 2.214 1.789 1.165 2.128 1.861 2.445 1.113 1.260 1.444 0.877 2174 chr11 92701777 92715937 + 0 NA intron (NM_005959, intron 1 of 1) intron (NM_005959, intron 1 of 1) 6068 NM_005959 4544 Hs.569039 NM_005959 ENSG00000134640 MTNR1B FGQTL2|MEL-1B-R|MT2 melatonin receptor 1B protein-coding 0.734 nan 0.688 0.046 0.801 7.509 0.160 0.510 0.795 0.041 0.089 0.128 0.004 0.092 0.628 1.003 0.084 0.034 0.090 0.085 0.019 0.010 0.411 0.158 1.384 0.304 0.137 0.021 0.049 0.044 0.086 0.240 0.075 3.975 0.052 0.062 0.396 0.046 0.116 0.124 0.419 0.258 0.056 0.017 0.108 0.060 0.075 0.217 0.121 0.055 0.045 0.128 1.003 0.065 1.756 1.384 0.112 0.030 0.007 0.063 0.726 0.101 0.118 0.209 0.064 0.016 0.011 0.994 1.531 0.416 nan 3.492 3.295 0.524 0.104 0.627 0.662 1.366 1.902 1.712 1.227 0.596 0.452 0.313 0.563 1.672 1.420 0.224 nan 2.427 1.106 1320 chr10 11476406 11488437 + 0 NA Intergenic MER41B|LTR|ERV1 91858 NM_001080491 9712 Hs.498661 NM_014688 ENSG00000148429 USP6NL RNTRE|TRE2NL|USP6NL-IT1 USP6 N-terminal like protein-coding nan 0.486 0.541 0.040 0.176 0.393 0.048 0.160 0.299 0.101 0.045 0.005 0.009 0.097 0.192 0.133 0.121 0.017 0.042 0.092 0.079 0.083 0.080 0.012 0.024 0.013 0.057 0.040 0.118 0.076 0.213 0.027 0.055 0.045 0.102 0.020 0.053 0.020 0.035 0.039 0.026 0.032 0.136 0.062 0.023 0.013 0.072 0.192 0.059 0.015 0.080 0.010 0.007 0.032 0.115 0.034 0.027 0.016 0.010 0.038 0.019 0.004 0.429 0.311 0.221 0.281 0.241 0.258 6.112 1.606 0.179 0.179 0.188 0.334 0.165 0.187 0.147 0.070 0.123 0.144 0.372 0.454 0.097 0.122 0.657 0.417 8417 chr4 70499130 70516871 + 0 NA intron (NM_001252274, intron 2 of 6) intron (NM_001252274, intron 2 of 6) -2640 NM_001105677 574537 Hs.225950 NM_001105677 ENSG00000271271 UGT2A2 - UDP glucuronosyltransferase family 2 member A2 protein-coding 0.515 0.788 0.472 0.061 0.157 0.016 0.032 0.505 1.007 0.005 0.070 0.063 0.034 0.025 0.145 0.097 0.073 0.096 0.011 0.021 0.008 0.256 0.233 0.440 0.008 0.004 0.047 0.006 0.053 0.069 0.044 0.204 0.008 0.036 0.070 0.043 0.073 0.260 0.057 0.014 0.013 0.031 0.009 0.038 0.073 0.046 0.008 0.018 0.015 0.145 0.024 0.026 0.440 0.055 0.028 0.005 0.017 0.029 0.009 0.078 0.035 0.021 0.006 0.358 0.272 0.189 0.226 0.534 0.782 9.846 6.065 0.218 0.189 0.093 0.165 0.573 0.551 0.418 0.179 0.076 0.150 0.405 0.222 0.149 0.197 3.374 1.529 7814 chr3 127283351 127294901 + 0 NA TTS (NM_001353002) TTS (NM_001353002) 5048 NR_106883 102466199 NR_106883 ENSG00000275067 MIR6825 hsa-mir-6825 microRNA 6825 ncRNA 1.156 nan 0.971 0.131 0.330 5.285 0.122 0.263 0.367 0.008 0.047 0.040 0.005 0.052 0.986 0.772 0.258 0.124 0.208 0.033 0.080 0.060 0.224 0.227 0.176 0.089 0.038 0.157 0.101 0.045 0.105 0.233 0.133 2.216 0.038 0.102 0.050 0.065 0.061 0.298 0.201 0.058 0.034 0.028 0.025 0.051 0.171 0.183 0.130 0.048 0.113 0.772 0.099 0.102 0.176 0.128 0.050 0.293 0.191 0.059 0.096 0.185 0.148 0.050 0.015 0.004 0.332 0.356 0.246 0.269 1.029 0.867 1.763 0.374 0.470 0.441 0.681 nan 0.260 0.339 1.182 0.990 0.458 0.605 0.273 0.465 0.534 0.781 1.001 0.812 11369 chr8 143412970 143442095 + 0 NA intron (NM_145003, intron 2 of 13) intron (NM_145003, intron 2 of 13) 57078 NM_001291931 203062 Hs.370931 NM_145003 ENSG00000171045 TSNARE1 - t-SNARE domain containing 1 protein-coding 1.332 0.870 nan 0.101 0.659 5.205 0.098 0.276 0.555 0.026 0.086 0.060 0.013 0.178 1.024 0.218 0.057 0.056 0.139 0.026 0.043 0.051 0.237 0.151 2.374 0.057 0.051 0.044 0.091 0.018 0.093 0.331 0.080 1.563 0.050 0.024 0.075 0.022 0.056 0.020 0.169 0.145 0.031 0.032 0.022 0.029 0.070 0.215 0.204 0.113 0.024 0.076 0.218 0.180 0.022 2.374 0.021 0.087 0.349 0.133 0.665 0.054 0.047 0.086 0.018 0.024 0.014 0.744 1.338 0.209 0.260 nan 4.963 nan 0.184 0.517 0.438 0.459 0.712 2.281 2.791 1.020 1.490 0.376 0.478 0.351 0.312 0.200 0.344 1.240 0.747 8561 chr4 140722865 140779502 + 0 NA intron (NM_018717, intron 3 of 5) L3|LINE|CR1 164261 NM_002413 4258 Hs.81874 NM_002413 ENSG00000085871 MGST2 GST2|MGST-II microsomal glutathione S-transferase 2 protein-coding 1.142 1.223 1.004 0.076 1.812 1.124 0.106 2.938 5.490 0.008 0.149 0.237 0.026 0.984 0.612 0.515 0.391 0.109 0.101 0.047 0.021 0.034 1.646 0.926 2.108 0.077 0.033 0.026 0.058 0.030 0.107 0.389 0.113 2.070 0.041 0.073 0.486 0.031 0.086 0.059 0.779 0.080 0.029 0.018 0.040 0.045 0.076 0.143 0.079 0.064 0.056 0.130 0.515 0.065 0.062 2.108 0.054 0.053 0.158 0.020 0.463 0.049 0.207 0.377 0.031 0.007 0.009 0.271 0.334 0.520 0.387 1.333 1.231 4.585 2.246 0.136 0.117 2.738 3.513 1.679 1.793 0.820 0.602 0.282 0.515 1.893 1.867 0.821 1.793 1.494 0.759 1026 chr1 203005425 203024700 + 0 NA exon (NM_001304331, exon 8 of 30) exon (NM_001304331, exon 8 of 30) 19413 NM_001304331 8497 Hs.153648 NM_015053 ENSG00000143847 PPFIA4 - PTPRF interacting protein alpha 4 protein-coding 1.367 0.921 1.264 0.043 0.133 0.575 0.291 0.249 0.464 0.005 0.251 0.148 0.010 0.005 0.318 0.475 0.153 0.144 0.120 0.158 0.052 0.036 0.237 0.146 0.422 0.519 0.252 0.103 0.156 0.070 0.112 0.287 0.220 0.827 0.137 0.160 0.040 0.090 0.085 0.141 0.201 0.152 0.060 0.053 0.095 0.071 0.116 0.265 0.140 0.096 0.037 0.097 0.475 0.131 0.115 0.422 0.051 0.041 0.227 0.122 0.727 0.074 0.026 0.346 0.068 0.054 0.050 0.646 0.596 0.449 0.720 3.301 3.554 1.148 0.311 nan nan 0.627 1.233 1.383 1.603 0.619 0.356 0.241 0.261 0.289 0.265 0.797 1.402 1.335 0.831 5606 chr19 31862308 31884758 + 0 NA Intergenic Intergenic -33102 NM_020856 57616 Hs.278436 NM_020856 ENSG00000121297 TSHZ3 TSH3|ZNF537 teashirt zinc finger homeobox 3 protein-coding 0.494 0.492 0.483 0.086 0.104 2.623 0.051 0.108 0.164 0.013 0.107 0.245 0.022 0.018 0.075 0.303 0.084 0.079 0.093 0.008 0.022 0.012 0.045 0.120 0.174 0.006 0.023 0.030 0.084 0.005 0.083 0.059 0.051 0.445 0.026 0.056 0.034 0.059 0.109 0.010 0.014 0.111 0.024 0.042 0.010 0.041 0.064 0.160 0.116 0.103 0.014 0.064 0.303 0.029 0.043 0.174 0.022 0.062 0.013 0.055 0.733 0.102 0.031 0.055 0.182 0.013 0.007 0.406 0.554 0.294 0.310 0.180 0.199 0.167 0.088 0.167 0.135 0.144 0.276 0.141 0.141 nan 0.083 0.380 0.391 0.055 0.065 0.223 0.219 0.180 0.299 1390 chr10 25000604 25014658 + 0 NA intron (NM_020824, intron 2 of 25) intron (NM_020824, intron 2 of 25) 4966 NM_020824 57584 Hs.524195 NM_020824 ENSG00000107863 ARHGAP21 ARHGAP10 Rho GTPase activating protein 21 protein-coding 1.817 1.967 2.860 2.199 0.901 1.000 1.453 0.939 1.844 0.952 3.429 1.878 1.156 0.172 1.294 0.700 4.286 0.549 2.106 0.593 1.534 1.067 0.637 0.341 2.183 1.287 1.662 1.343 2.919 0.837 0.814 1.181 0.910 3.601 0.345 1.374 0.128 1.514 0.093 0.929 3.832 1.048 1.808 0.920 1.190 1.215 1.530 1.321 3.376 1.884 2.783 3.475 0.700 1.939 1.396 2.183 1.675 1.166 0.318 2.079 0.886 1.469 1.482 3.150 1.302 1.401 0.747 2.835 4.500 1.848 2.573 2.121 1.849 3.909 2.055 1.920 1.752 2.763 3.224 1.117 1.815 1.927 2.053 1.448 3.783 0.965 0.928 3.506 5.407 0.962 0.580 8521 chr4 117499284 117518233 + 0 NA Intergenic L1MCb|LINE|L1 287877 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.577 0.661 0.515 0.064 0.153 0.009 0.015 0.101 0.132 0.010 0.091 0.020 0.010 0.026 0.047 0.080 0.083 0.051 0.039 0.002 0.023 0.007 0.042 0.066 0.076 0.004 0.008 0.061 0.022 0.042 0.010 0.050 0.173 0.031 0.046 0.020 0.029 0.086 0.055 0.019 0.009 0.004 0.012 0.008 0.056 0.058 0.013 0.033 0.004 0.028 0.080 0.014 0.025 0.076 0.006 0.043 0.005 0.003 0.054 0.017 0.073 0.221 0.016 0.015 0.003 0.243 0.142 0.126 0.229 0.101 0.154 0.079 0.068 0.143 0.098 6.418 7.294 0.229 0.237 0.599 0.227 0.126 0.220 0.060 0.029 0.311 0.940 0.149 0.197 10268 chr7 29019304 29027303 + 0 NA intron (NR_038965, intron 1 of 4) intron (NR_038965, intron 1 of 4) 3720 NR_038965 100506497 Hs.586328 NR_038965 ENSG00000272568 LOC100506497 - uncharacterized LOC100506497 ncRNA 1.607 1.333 2.096 0.576 0.087 0.503 0.072 0.164 0.265 0.204 0.167 1.654 0.117 0.076 0.196 0.803 1.265 0.185 0.252 0.403 0.087 0.017 0.137 0.122 0.281 1.154 0.359 0.009 0.084 0.260 1.331 7.870 0.709 0.019 2.975 0.060 0.048 0.149 0.425 0.089 0.150 0.082 0.108 0.028 0.259 0.577 0.976 0.204 0.198 0.189 1.099 0.803 0.247 0.241 0.281 0.446 0.247 0.157 0.081 0.164 0.326 0.062 0.256 0.027 0.019 0.476 0.454 0.215 nan 0.353 0.397 0.828 0.183 0.571 0.521 0.160 0.273 0.559 0.574 0.308 0.126 0.263 0.339 0.595 1.275 0.185 nan 0.637 0.631 3544 chr14 51859787 51867713 + 0 NA non-coding (NR_146549, exon 1 of 4) non-coding (NR_146549, exon 1 of 4) 103 NR_146549 105370496 Hs.578228 NR_146549 ENSG00000258808 LINC02310 - long intergenic non-protein coding RNA 2310 ncRNA nan nan 5.360 3.836 0.840 4.341 2.971 0.020 0.285 0.449 1.537 1.953 0.016 1.477 0.124 0.433 3.575 0.285 1.943 1.365 0.305 0.139 0.116 0.272 4.479 3.827 0.046 2.172 4.439 4.111 6.473 3.066 2.686 2.567 0.535 0.822 0.096 0.094 2.441 0.131 6.348 8.021 2.734 4.960 2.924 2.049 11.833 0.534 1.704 1.935 3.561 0.433 0.713 0.906 0.272 2.354 0.580 1.127 0.594 0.781 1.657 0.027 1.419 6.339 3.749 3.334 0.270 0.241 0.315 0.549 0.979 0.748 0.099 0.070 0.378 0.337 4.493 5.698 1.522 1.262 4.419 4.801 0.230 0.216 2.241 1.764 0.529 1.797 nan 0.432 1469 chr10 49792701 49823664 + 0 NA intron (NM_001256025, intron 1 of 9) MIRb|SINE|MIR 4994 NM_001347737 58504 Hs.655672 NM_021226 ENSG00000128805 ARHGAP22 RhoGAP2|RhoGap22 Rho GTPase activating protein 22 protein-coding 0.678 nan 4.432 0.270 0.368 0.916 0.859 0.305 0.591 0.006 0.249 0.313 0.009 0.039 0.192 0.066 0.082 0.072 0.146 0.129 0.055 0.012 0.087 0.088 1.957 0.402 0.238 0.024 0.433 0.443 0.062 0.133 0.100 1.796 0.160 0.144 0.070 0.080 0.430 0.360 0.750 0.815 0.356 0.515 0.101 0.165 2.991 0.150 0.304 0.084 0.069 0.066 0.083 1.359 1.957 0.165 0.032 0.113 0.171 0.020 0.289 0.025 0.099 0.293 0.134 0.177 0.565 0.757 0.219 0.311 1.075 0.895 2.232 0.407 0.686 0.725 0.194 0.364 1.148 1.290 0.559 0.557 0.158 0.206 0.479 0.584 0.162 0.209 0.457 0.412 4674 chr17 27502138 27508973 + 0 NA intron (NM_001346765, intron 1 of 42) intron (NM_001346765, intron 1 of 42) -1785 NM_001346767 399687 Hs.462590 NM_078471 ENSG00000196535 MYO18A MAJN|MYSPDZ|SP-R210|SPR210 myosin XVIIIA protein-coding nan nan nan 5.125 1.837 1.971 4.259 1.571 2.384 1.971 3.766 0.839 0.292 2.898 2.917 0.896 0.591 0.178 7.088 2.250 0.773 0.242 1.124 0.433 2.430 3.051 3.634 1.824 3.315 1.384 9.405 15.038 7.883 5.407 1.922 1.243 0.390 1.650 0.162 0.724 1.314 4.038 1.707 1.278 2.879 2.599 5.942 2.056 9.237 2.166 5.120 4.721 0.896 4.827 4.469 2.430 3.023 3.375 0.718 3.220 2.255 4.258 2.061 0.473 0.586 0.480 0.278 3.521 5.525 2.262 3.923 4.768 4.004 5.570 1.559 3.765 3.478 0.887 1.617 6.230 7.150 5.849 5.867 2.994 4.266 2.554 2.493 1.535 nan 1.917 1.277 10248 chr7 26191016 26209314 + 0 NA intron (NM_004289, intron 1 of 3) MLT2C1|LTR|ERVL 8318 NM_004289 9603 Hs.404741 NM_004289 ENSG00000050344 NFE2L3 NRF3 nuclear factor, erythroid 2 like 3 protein-coding 2.022 1.228 3.263 4.042 0.449 0.353 0.934 0.271 0.562 0.146 2.098 1.534 0.611 0.114 0.865 0.505 0.184 0.159 0.439 0.313 0.601 0.155 0.392 0.302 0.242 0.711 0.320 0.546 1.797 1.434 0.539 1.590 0.571 1.588 0.319 0.263 0.062 0.484 0.147 1.508 0.307 5.322 2.007 0.806 0.982 0.981 4.571 2.352 0.681 1.783 0.151 0.281 0.505 0.297 2.523 0.242 0.247 0.265 0.128 1.845 0.251 1.571 0.691 1.087 1.300 4.759 4.476 2.198 2.210 3.303 nan 0.707 0.653 2.613 0.810 1.329 1.466 0.614 1.108 1.269 1.630 0.868 1.069 1.499 1.912 0.388 0.287 1.401 nan 0.608 0.524 9268 chr5 149845338 149856956 + 0 NA Intergenic MER33|DNA|hAT-Charlie 14408 NR_105061 102546298 Hs.570892 NR_105061 ENSG00000254333 NDST1-AS1 - NDST1 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.662 0.596 2.690 0.105 0.024 4.459 0.082 0.243 2.305 2.469 2.051 1.441 0.035 0.084 0.132 0.281 0.278 2.685 1.611 1.257 0.047 0.058 0.056 0.133 2.677 1.704 3.175 1.127 2.783 0.344 0.887 0.267 0.368 1.139 0.261 0.058 0.273 0.099 1.902 0.076 9.017 6.256 2.450 2.985 1.750 1.783 4.265 0.497 2.074 0.034 0.306 0.132 3.346 3.623 0.133 0.126 0.108 0.245 0.570 0.035 2.525 0.025 0.064 1.260 7.197 4.595 0.204 0.250 0.322 0.553 0.293 0.357 0.630 0.205 0.217 0.238 0.306 0.660 0.277 0.534 0.938 0.869 0.351 0.320 0.208 0.226 0.328 0.481 0.190 0.273 1268 chr1 246308987 246331309 + 0 NA intron (NM_022743, intron 5 of 11) intron (NM_022743, intron 5 of 11) 260566 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.267 nan 0.193 1.624 2.941 0.184 0.709 1.042 0.009 0.134 1.934 0.019 0.316 0.683 0.327 0.250 0.068 0.290 0.178 0.020 0.025 0.630 0.525 1.311 0.221 0.068 0.059 0.086 0.066 0.192 0.640 0.215 4.885 0.164 0.272 0.252 0.045 0.082 0.053 0.126 0.102 0.038 0.032 0.112 0.052 0.065 0.232 0.109 0.095 0.096 0.397 0.327 0.131 0.087 1.311 0.532 0.119 0.391 0.058 1.026 0.191 0.671 0.299 0.027 0.026 0.021 0.605 0.783 1.438 1.780 2.781 2.671 1.592 0.453 0.590 0.633 0.750 1.007 2.867 3.060 0.299 0.148 0.397 0.759 1.317 1.333 0.538 1.266 0.882 0.651 1977 chr11 62338375 62343162 + 0 NA intron (NM_001404, intron 1 of 9) intron (NM_001404, intron 1 of 9) 692 NM_001404 1937 Hs.144835 NM_001404 ENSG00000254772 EEF1G EF1G|GIG35 eukaryotic translation elongation factor 1 gamma protein-coding nan 2.610 1.983 2.727 3.735 2.872 5.301 1.811 3.391 1.784 3.612 3.530 1.402 2.555 1.909 2.889 2.215 0.127 2.980 1.263 2.792 1.772 1.802 0.929 3.225 2.357 2.557 2.159 2.141 1.660 3.251 6.606 2.921 8.370 3.026 3.873 0.977 4.624 0.182 1.473 0.924 5.716 7.094 3.439 2.204 1.973 5.485 4.363 2.782 3.264 2.489 1.854 2.889 2.388 4.319 3.225 1.454 2.271 0.997 3.013 2.353 4.150 1.459 2.123 2.359 2.033 1.097 4.593 5.820 4.965 7.234 7.736 7.807 6.391 2.190 6.444 7.008 4.262 5.850 7.278 9.675 5.717 6.282 3.127 6.473 3.051 3.882 3.735 5.242 3.726 1.485 2023 chr11 66101417 66106959 + 0 NA promoter-TSS (NM_004292) promoter-TSS (NM_004292) -188 NM_004292 9610 Hs.1030 NM_004292 ENSG00000174791 RIN1 - Ras and Rab interactor 1 protein-coding nan 1.123 3.057 1.084 0.377 0.182 2.114 0.116 0.354 0.965 3.993 1.431 0.010 0.233 0.201 1.255 0.338 0.058 2.016 0.991 3.706 0.117 0.989 0.418 0.299 1.399 1.489 1.452 1.472 0.855 1.143 3.129 0.601 0.707 3.504 1.834 0.518 0.494 0.057 2.620 0.068 14.018 4.088 1.865 2.571 1.465 1.654 10.852 2.350 4.912 2.894 1.212 1.255 3.352 4.689 0.299 1.106 0.714 3.949 4.343 2.026 2.029 0.248 0.134 2.261 3.106 1.655 0.747 1.299 0.380 0.622 3.558 3.188 1.061 0.230 0.383 0.315 2.916 3.568 0.380 0.921 5.583 8.790 0.744 0.958 2.820 1.505 0.434 0.592 1.416 0.975 4387 chr16 57676233 57683171 + 0 NA intron (NM_001290142, intron 2 of 13) MER5A|DNA|hAT-Charlie 6495 NM_001290144 9289 Hs.513633 NM_005682 ENSG00000205336 ADGRG1 BFPP|BPPR|GPR56|TM7LN4|TM7XN1 adhesion G protein-coupled receptor G1 protein-coding nan nan nan 0.520 0.191 0.024 2.435 0.139 0.230 0.566 1.300 0.213 0.009 0.152 0.054 0.556 0.142 0.046 1.302 0.672 0.300 0.020 0.068 0.046 0.260 1.134 0.761 0.096 1.993 0.434 0.335 1.143 0.315 0.232 0.754 0.416 0.014 0.110 0.084 0.597 0.033 10.945 7.640 3.271 2.127 0.277 0.826 2.731 0.389 0.248 0.125 0.366 0.556 1.068 0.534 0.260 0.018 0.191 0.124 0.557 0.082 0.772 0.042 0.036 0.108 0.257 0.132 0.264 0.325 0.047 0.156 0.487 0.451 0.355 0.089 0.253 0.301 0.237 nan nan nan nan 0.481 0.169 0.124 0.066 0.134 0.235 nan nan 0.387 9788 chr6 84137488 84145141 + 0 NA promoter-TSS (NM_002395) promoter-TSS (NM_002395) -376 NM_002395 4199 Hs.21160 NM_002395 ENSG00000065833 ME1 HUMNDME|MES malic enzyme 1 protein-coding 1.906 1.469 nan 0.732 1.496 0.138 2.091 0.269 0.234 0.625 2.565 4.418 4.294 0.784 0.151 0.347 2.643 0.396 1.558 0.537 2.043 0.036 0.738 0.424 1.693 1.945 2.366 0.551 1.099 0.552 5.369 6.731 2.110 0.536 1.670 5.611 0.013 0.465 0.138 0.509 0.623 2.094 2.511 1.106 1.644 0.614 2.897 1.066 3.461 1.028 2.093 3.224 0.347 1.627 1.884 1.693 1.774 1.557 0.568 0.973 1.086 0.917 0.307 0.678 0.865 0.557 0.268 3.649 3.219 0.153 0.406 0.542 0.539 2.834 0.655 7.621 7.537 1.196 1.182 3.062 5.002 2.091 2.083 1.335 2.202 0.275 0.578 2.067 1.918 0.750 0.646 8331 chr4 40189427 40204604 + 0 NA intron (NM_001278369, intron 1 of 2) (TTCC)n|Simple_repeat|Simple_repeat -1512 NM_001278362 399 Hs.654594 NM_004310 ENSG00000168421 RHOH ARHH|TTF ras homolog family member H protein-coding 1.115 nan nan 0.033 0.699 0.067 0.361 0.212 0.506 0.025 0.179 0.239 0.037 5.649 0.143 0.397 0.089 0.079 0.160 0.114 0.021 0.037 0.235 0.162 0.634 0.733 0.399 0.039 0.095 0.014 1.420 4.305 0.729 0.974 0.183 7.155 0.208 0.064 0.072 0.070 0.047 0.115 0.084 0.083 0.029 0.025 0.095 0.224 1.038 0.174 4.264 2.581 0.397 0.052 0.068 0.634 0.570 1.173 0.006 0.225 0.874 0.089 0.609 0.151 0.071 0.027 0.020 0.499 0.411 0.363 0.701 0.461 0.423 1.993 0.663 0.168 0.131 0.145 0.355 1.089 2.052 0.454 0.208 0.403 1.017 0.545 1.059 0.301 0.610 2.462 1.479 11822 chr9 134877668 134920670 + 0 NA intron (NM_001253881, intron 2 of 6) intron (NM_001253881, intron 2 of 6) 56105 NM_001253882 9442 Hs.374262 NM_004269 ENSG00000160563 MED27 CRAP34|CRSP34|CRSP8|MED3|TRAP37 mediator complex subunit 27 protein-coding nan 1.128 2.161 0.102 1.925 0.573 0.939 0.682 1.324 0.049 0.913 1.605 0.121 0.068 2.086 0.322 0.277 0.150 0.555 0.292 0.076 0.048 0.596 0.386 1.094 1.098 0.766 0.121 0.135 0.182 0.555 1.771 0.243 2.957 0.731 1.387 0.689 0.053 0.075 0.421 0.194 0.446 0.427 0.207 0.104 0.278 0.195 1.705 0.418 0.308 0.053 0.226 0.322 0.366 0.205 1.094 0.254 0.146 0.697 0.107 1.817 0.585 0.985 0.775 0.396 0.346 0.299 1.041 1.052 0.414 0.645 3.049 2.940 nan 0.324 0.281 0.277 2.966 3.172 2.489 3.550 3.379 3.474 1.070 1.208 1.956 3.900 0.581 1.179 1.805 1.117 3445 chr14 30618773 30630531 + 0 NA Intergenic Intergenic -227704 NM_001330069 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.350 0.813 0.665 0.055 0.156 0.080 0.048 0.164 0.345 0.060 0.054 0.005 0.033 0.068 0.262 0.331 0.217 0.162 0.011 0.023 0.107 0.176 0.183 0.018 0.006 0.075 0.018 0.067 0.157 0.108 0.336 0.037 0.072 0.161 0.037 0.148 0.122 0.040 0.021 0.007 0.018 0.039 0.049 0.101 0.069 0.054 0.013 0.022 0.262 0.060 0.103 0.183 0.010 0.029 0.172 0.035 0.086 0.040 0.033 0.063 0.012 0.005 0.013 0.133 0.092 0.193 0.157 0.378 0.377 0.236 0.100 0.217 0.225 5.383 5.608 0.329 0.286 0.751 0.390 0.107 0.135 1.083 0.756 0.260 0.355 0.425 0.504 1669 chr10 120114436 120132598 + 0 NA Intergenic MER74A|LTR|ERVL 6897 NR_108045 100506126 Hs.69494 NR_108045 ENSG00000232139 LINC00867 - long intergenic non-protein coding RNA 867 ncRNA nan 0.788 1.155 0.024 0.745 0.144 0.496 1.756 3.393 0.011 0.060 0.035 0.069 0.116 0.054 0.058 0.089 0.124 0.334 0.152 0.017 0.008 0.483 0.424 1.674 0.174 0.052 0.020 0.117 0.035 0.112 0.202 0.500 0.925 0.363 0.036 0.734 0.042 0.097 0.015 0.838 0.078 0.020 0.009 0.135 0.059 0.085 0.061 0.054 0.023 0.017 0.029 0.058 0.267 0.056 1.674 0.032 0.022 0.026 0.313 0.299 0.055 0.040 0.008 0.029 0.011 0.302 0.334 0.432 0.512 0.525 0.613 5.311 1.726 0.107 0.108 0.167 0.255 0.204 0.206 0.184 0.125 0.153 0.201 2.400 2.608 0.112 0.238 1.675 0.802 1825 chr11 16900635 16950649 + 0 NA intron (NM_175058, intron 3 of 22) intron (NM_175058, intron 3 of 22) 21927 NR_145810 109623465 NR_145810 SNORD147 - small nucleolar RNA, C/D box 147 snoRNA 0.910 nan 0.949 2.232 0.335 0.574 2.560 0.180 0.354 0.249 0.130 0.092 1.208 0.032 1.959 0.969 0.095 0.068 2.641 1.152 0.039 0.055 0.235 0.191 0.681 0.616 0.378 0.078 0.472 1.547 1.609 3.808 0.803 3.011 0.557 0.060 0.141 0.086 0.082 0.042 0.358 0.129 0.040 0.026 1.504 1.132 0.979 0.199 0.259 0.052 0.157 0.407 0.969 3.130 0.115 0.681 0.952 0.557 0.051 0.087 0.016 0.397 0.201 0.511 0.072 0.040 0.021 nan 0.680 0.475 1.314 1.596 1.573 0.962 0.269 0.381 0.367 0.452 nan 1.552 1.544 0.427 0.285 0.472 0.610 0.531 0.589 0.535 2.166 1.053 nan 10957 chr8 54255909 54267242 + 0 NA Intergenic PABL_A-int|LTR|ERV1 -97318 NM_001282904 4986 Hs.106795 NM_000912 ENSG00000082556 OPRK1 K-OR-1|KOR|KOR-1|OPRK opioid receptor kappa 1 protein-coding 1.240 nan 1.026 0.107 0.116 0.020 0.101 0.099 0.129 1.365 0.061 0.108 4.074 0.035 0.079 0.171 0.111 0.071 0.374 0.217 0.073 0.096 0.059 0.074 0.250 0.077 0.126 0.009 0.248 0.669 1.040 0.301 0.440 0.929 0.026 0.048 0.114 0.103 0.011 0.130 0.016 0.021 0.125 0.033 0.102 0.134 0.273 0.056 0.069 0.305 0.171 0.453 0.074 0.074 0.552 0.226 0.017 0.031 0.117 0.063 0.017 0.066 0.112 0.005 0.004 0.301 0.114 0.289 1.111 0.355 0.452 0.121 0.070 0.094 0.164 0.155 nan 0.243 0.244 0.447 0.177 0.091 0.141 0.085 0.095 0.214 0.527 0.230 0.329 1285 chr10 1765201 1782959 + 0 NA intron (NM_018702, intron 1 of 9) intron (NM_018702, intron 1 of 9) 5590 NM_018702 105 Hs.586663 NM_018702 ENSG00000185736 ADARB2 ADAR3|RED2 adenosine deaminase, RNA specific B2 (inactive) protein-coding 0.867 0.511 1.019 0.022 0.421 0.163 0.013 0.357 1.018 0.011 0.041 0.025 0.014 0.343 0.526 0.410 0.105 0.109 0.047 0.064 1.637 1.034 3.462 0.004 0.028 0.004 0.039 0.039 0.027 0.055 1.167 0.025 1.988 0.022 0.024 0.064 0.006 0.366 0.061 0.034 0.009 0.024 0.009 0.011 0.101 0.069 0.344 0.450 0.172 0.410 0.044 0.016 3.462 0.021 0.036 0.286 0.686 0.813 0.053 4.168 0.046 0.064 0.019 0.014 2.630 3.621 0.129 0.218 2.472 2.625 0.220 0.148 0.429 0.431 0.125 0.199 1.733 2.976 0.209 0.149 3.116 6.829 0.036 0.033 0.284 0.400 0.662 0.532 9963 chr6 138540009 138565528 + 0 NA intron (NM_020340, intron 5 of 33) intron (NM_020340, intron 5 of 33) -13141 NM_021635 59351 Hs.302016 NM_021635 ENSG00000254440 PBOV1 UC28|UROC28|dJ171N11.2 prostate and breast cancer overexpressed 1 protein-coding 1.153 1.390 1.959 0.175 0.826 2.749 0.183 0.509 1.038 0.022 0.052 0.297 0.049 0.820 2.283 0.558 0.086 0.057 0.262 0.134 0.029 0.022 0.774 0.347 0.700 0.032 0.006 0.017 0.101 0.144 1.529 4.725 1.889 1.106 0.189 0.068 0.544 0.047 0.101 0.037 0.189 0.083 0.054 0.043 0.342 0.408 2.297 0.220 0.179 0.101 0.567 1.470 0.558 0.201 0.029 0.700 0.478 0.964 0.332 0.030 0.556 0.036 0.564 0.062 0.018 0.020 0.022 0.392 0.241 0.319 0.739 0.851 0.829 6.917 3.168 0.358 0.380 0.334 0.567 2.869 3.084 0.546 0.270 0.420 0.660 1.816 2.862 0.242 nan 1.882 0.936 6401 chr2 144066125 144084620 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 188473 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.848 nan 0.844 0.055 0.085 0.048 0.031 0.110 0.238 0.083 0.113 0.016 0.016 0.024 0.138 0.154 0.121 0.102 0.020 0.024 0.015 0.103 0.107 0.159 0.004 0.020 0.024 0.074 0.028 0.087 0.138 0.070 0.348 0.016 0.078 0.015 0.059 0.054 0.078 0.060 0.016 0.034 0.012 0.019 0.120 0.064 0.062 0.041 0.004 0.033 0.138 0.032 0.025 0.159 0.020 0.040 0.087 0.044 0.027 0.030 0.037 0.054 0.045 0.021 0.008 0.295 0.177 0.167 0.288 0.185 0.270 0.159 0.079 0.207 0.216 3.800 3.603 0.283 0.325 0.426 0.181 0.124 0.180 0.041 0.030 0.371 0.565 0.251 0.312 7335 chr22 24307931 24317894 + 0 NA TTS (NM_001355) TTS (NM_001355) 3768 NM_001084392 1652 Hs.656723 NM_001355 ENSG00000099977 DDT D-DT|DDCT|MIF-2|MIF2 D-dopachrome tautomerase protein-coding 2.017 nan 1.277 2.203 0.853 1.457 1.416 0.996 2.033 0.698 1.419 1.053 0.659 0.766 0.744 1.451 1.168 0.227 3.119 0.913 0.992 1.545 0.424 0.197 3.096 0.730 0.953 1.666 2.173 0.857 2.192 nan 2.354 7.320 0.630 0.812 1.137 0.674 0.061 0.405 1.090 1.522 1.109 0.736 0.889 0.340 0.958 0.807 1.667 2.667 2.924 1.657 1.451 2.422 0.955 3.096 2.355 0.797 0.998 2.557 1.496 1.297 0.396 0.508 0.710 0.543 0.231 2.706 3.044 2.736 3.630 3.088 3.059 2.578 0.798 4.661 4.597 2.872 4.355 2.977 3.557 3.597 3.844 0.989 1.888 2.020 2.945 1.217 1.963 2.704 1.270 3757 chr14 91180473 91184331 + 0 NA intron (NM_001010854, intron 5 of 19) MER31A|LTR|ERV1 18725 NR_135190 105370622 Hs.662373 NR_135190 ENSG00000258716 LOC105370622 - uncharacterized LOC105370622 ncRNA 1.489 0.776 nan 0.092 0.203 0.174 0.152 0.085 0.252 1.322 0.097 0.168 8.859 0.183 0.208 0.262 0.333 0.047 0.059 0.065 0.025 0.285 0.238 0.217 0.242 0.042 0.056 0.106 0.047 0.146 0.610 1.357 0.415 0.075 0.068 0.048 0.083 0.097 0.183 0.095 0.031 0.019 0.008 0.041 1.827 0.232 0.072 0.344 0.021 0.084 0.262 0.055 0.217 0.063 0.367 0.049 0.107 0.027 0.062 0.051 0.162 0.080 0.021 0.286 0.451 0.252 0.276 0.678 0.721 0.501 0.407 0.451 0.708 0.956 1.417 2.286 1.848 0.674 0.392 0.232 0.427 0.182 0.096 0.225 0.922 nan 1.003 1959 chr11 59883409 59896693 + 0 NA Intergenic MER4A|LTR|ERV1 33914 NM_001256916 2206 Hs.386748 NM_000139 ENSG00000149534 MS4A2 APY|ATOPY|FCER1B|FCERI|IGEL|IGER|IGHER|MS4A1 membrane spanning 4-domains A2 protein-coding 0.688 0.712 0.589 0.352 0.083 0.011 0.145 0.146 0.225 0.007 0.087 0.042 0.009 0.045 0.033 0.116 0.088 0.121 0.024 0.015 0.029 0.042 0.048 0.143 0.045 0.005 0.017 0.022 0.236 0.011 0.067 0.057 0.068 0.239 0.033 0.039 0.015 0.065 0.161 0.009 0.036 0.180 0.041 0.035 0.016 0.040 0.189 0.232 0.031 0.043 0.047 0.046 0.116 0.020 0.007 0.045 0.019 0.070 0.007 0.026 0.035 1.041 0.209 3.795 0.092 0.019 0.012 0.310 0.242 0.285 0.746 0.202 0.299 0.126 0.105 0.129 0.146 0.615 0.731 0.213 0.198 0.377 0.144 0.167 0.358 0.054 0.115 0.447 1.320 0.297 0.330 1242 chr1 243538412 243544925 + 0 NA intron (NM_001350248, intron 13 of 18) intron (NM_001350248, intron 13 of 18) 32190 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 1.307 nan 0.090 0.108 0.033 0.065 0.144 0.430 0.015 0.060 0.052 0.031 0.041 0.197 0.252 0.073 0.048 0.010 0.053 0.251 0.092 0.032 0.011 0.031 0.094 0.045 0.088 0.207 0.023 0.091 0.014 0.033 0.057 0.061 0.070 0.024 0.017 0.118 0.091 0.036 0.065 0.024 0.082 0.197 0.066 0.042 0.092 0.057 0.063 0.267 0.026 0.062 0.041 0.049 0.075 0.011 0.035 0.008 0.422 0.255 0.301 0.431 0.469 0.773 0.229 0.157 0.474 0.450 8.031 7.972 0.219 0.242 4.596 3.477 0.121 0.173 0.167 0.077 0.265 0.648 0.435 0.422 11167 chr8 102289188 102314515 + 0 NA Intergenic Intergenic -79270 NR_002182 83955 Hs.567608 NM_032031 ENSG00000228224 NACAP1 FKSG17 NACA pseudogene 1 pseudo 2.034 nan nan 0.066 0.559 0.539 0.763 0.658 1.269 0.279 0.581 0.573 0.022 0.167 3.802 0.631 0.713 0.139 0.233 0.209 0.080 0.005 0.161 0.074 1.160 0.390 0.141 0.319 0.161 0.456 0.130 0.555 0.117 4.384 0.162 0.093 0.120 0.047 0.086 0.131 0.187 0.299 0.493 0.291 0.301 0.276 0.284 0.722 0.197 0.292 0.209 0.181 0.631 0.149 0.110 1.160 0.125 0.147 0.837 0.248 0.575 0.629 0.051 0.697 0.376 0.459 0.253 0.356 0.345 0.281 0.616 2.845 2.511 nan 0.624 0.521 0.585 1.427 nan 3.977 nan nan 0.986 0.326 0.354 0.464 0.545 1.130 nan 1.967 1.156 1874 chr11 31828240 31839575 + 0 NA promoter-TSS (NM_001258463) promoter-TSS (NM_001258463) -17 NM_001310158 5080 Hs.270303 NM_000280 ENSG00000007372 PAX6 AN|AN2|ASGD5|D11S812E|FVH1|MGDA|WAGR paired box 6 protein-coding 2.565 0.704 nan 0.123 1.084 0.580 0.050 0.383 0.632 0.329 0.108 0.783 0.006 0.026 0.102 1.416 1.274 0.087 0.085 0.017 0.047 0.379 1.044 0.496 0.210 0.024 0.026 0.245 0.048 0.009 0.064 0.061 0.068 1.044 0.013 0.534 0.438 1.196 0.111 0.041 2.059 1.122 1.379 0.693 0.019 0.040 2.737 3.806 0.477 1.161 0.166 0.075 1.416 0.055 0.049 0.210 0.032 0.088 1.345 2.332 0.009 0.042 0.113 0.032 0.027 2.708 2.258 0.743 0.649 5.223 6.323 0.870 0.719 1.624 0.713 0.415 0.327 5.353 7.537 0.111 0.090 0.761 0.465 0.414 0.637 2.719 2.166 0.202 nan 0.967 0.760 3542 chr14 51544413 51566423 + 0 NA intron (NM_052978, intron 1 of 6) intron (NM_052978, intron 1 of 6) 7004 NM_052978 114088 Hs.654750 NM_015163 ENSG00000100505 TRIM9 RNF91|SPRING tripartite motif containing 9 protein-coding nan nan 1.902 0.456 1.427 1.588 0.076 0.385 0.749 0.437 0.088 0.055 0.070 0.300 1.103 0.989 0.771 0.098 0.202 0.113 0.155 0.082 0.749 0.604 1.022 0.079 0.040 0.037 0.203 0.034 0.295 0.397 0.171 3.073 0.086 0.157 0.852 0.113 0.136 0.070 0.559 0.167 0.191 0.103 0.064 0.077 0.581 0.196 1.181 0.417 0.897 0.660 0.989 0.175 0.286 1.022 0.122 0.117 0.301 0.473 1.368 0.357 0.244 0.545 0.448 0.173 0.114 1.310 1.670 0.378 0.802 2.058 2.106 1.708 0.575 0.487 0.448 1.801 2.251 1.825 2.130 3.188 3.828 0.398 0.726 2.964 4.127 0.844 1.545 nan 0.904 6619 chr2 210288052 210299066 + 0 NA intron (NM_001039538, intron 1 of 14) intron (NM_001039538, intron 1 of 14) 4788 NM_001039538 4133 Hs.368281 NM_002374 ENSG00000078018 MAP2 MAP2A|MAP2B|MAP2C microtubule associated protein 2 protein-coding nan 3.017 nan 0.854 2.159 1.821 0.867 1.012 1.765 0.617 0.707 1.158 2.199 0.227 0.456 0.980 1.134 0.117 0.521 0.137 4.636 0.013 1.130 0.648 1.960 1.926 1.466 0.020 0.508 0.396 0.433 0.701 1.109 4.934 0.478 1.730 0.563 3.860 0.125 0.138 1.137 0.628 0.066 0.049 0.158 0.155 0.386 0.145 0.318 0.863 0.071 0.827 0.980 1.375 0.394 1.960 0.482 0.828 0.345 0.391 1.055 0.222 0.464 0.336 0.462 0.233 0.139 2.134 2.019 4.812 5.918 2.698 1.980 3.126 1.276 3.397 3.413 3.757 4.603 3.009 nan 3.040 2.777 0.718 1.311 1.957 2.669 0.498 0.837 1.090 0.612 11627 chr9 91143173 91151128 + 0 NA Intergenic Intergenic -2866 NM_145283 158046 Hs.734507 NM_145283 ENSG00000130045 NXNL2 C9orf121|RDCVF2|RdCVF2L nucleoredoxin like 2 protein-coding 0.482 nan 0.617 2.264 0.209 0.014 5.648 0.060 0.114 1.260 5.242 1.446 0.523 0.062 0.033 0.162 1.241 0.358 4.385 1.876 1.077 1.272 0.078 0.082 0.003 3.922 4.504 3.099 3.885 1.515 0.260 0.783 0.517 1.526 1.309 0.868 0.061 2.748 0.121 1.052 6.559 2.665 1.019 2.288 1.571 0.822 6.108 2.703 4.075 1.059 1.915 0.162 4.191 1.464 0.003 0.476 0.423 0.105 2.614 0.013 3.422 0.075 0.078 0.997 4.451 2.991 0.106 0.120 0.590 nan 0.657 0.358 0.220 0.051 0.370 0.361 0.036 0.094 0.149 0.135 0.115 0.154 0.060 0.191 0.246 0.291 0.086 0.293 0.117 0.179 10803 chr8 8931364 8964738 + 0 NA intron (NM_001354638, intron 7 of 7) intron (NM_001354638, intron 7 of 7) -31911 NR_145772 109616996 NR_145772 SNORD3I - small nucleolar RNA, C/D box 3I snoRNA 0.691 0.910 1.074 0.485 0.058 0.520 0.761 0.164 0.262 0.100 0.172 1.033 0.310 0.918 0.095 0.380 0.582 0.111 0.514 0.176 0.252 0.033 0.096 0.124 1.454 0.607 0.317 0.108 0.632 0.544 1.458 3.640 1.178 0.368 0.459 0.607 0.132 0.078 0.103 0.138 0.019 1.526 0.616 0.338 0.663 0.469 0.419 1.448 0.756 0.286 0.606 1.403 0.380 0.480 0.149 1.454 0.891 0.995 0.015 0.131 0.611 0.517 0.100 0.160 0.122 0.280 0.187 0.469 0.342 0.367 0.688 0.691 0.733 0.480 0.163 0.387 0.368 0.241 0.439 0.601 0.592 nan 0.200 0.124 0.188 0.451 0.668 0.311 0.544 0.218 0.314 11814 chr9 132777612 132788851 + 0 NA intron (NM_015033, intron 1 of 16) intron (NM_015033, intron 1 of 16) 22242 NM_015033 23048 Hs.189409 NM_015033 ENSG00000187239 FNBP1 FBP17 formin binding protein 1 protein-coding nan 0.824 0.833 0.337 0.196 0.080 2.585 0.144 0.291 0.461 0.461 0.222 0.265 0.057 0.079 0.102 0.328 0.258 1.497 0.523 2.332 0.013 0.070 0.074 0.064 1.478 1.040 0.180 1.737 1.482 0.214 0.634 0.609 0.436 1.195 0.135 0.116 0.091 0.137 0.050 0.240 1.701 0.681 1.201 1.080 1.188 0.141 0.217 0.335 0.063 0.541 0.102 3.842 4.136 0.064 0.086 3.417 0.017 0.186 0.018 1.101 0.115 0.055 0.567 0.082 0.041 0.278 0.172 0.473 0.925 0.489 0.492 nan 0.117 0.241 0.200 0.314 0.504 0.340 0.502 0.481 0.188 0.204 0.312 0.089 0.143 0.238 0.512 0.484 0.392 519 chr1 94039564 94091134 + 0 NA non-coding (NR_034091, exon 4 of 4) non-coding (NR_034091, exon 4 of 4) 7824 NR_034091 100129046 Hs.729244 NR_034091 LOC100129046 - uncharacterized LOC100129046 ncRNA nan nan 1.424 0.933 0.578 1.773 0.885 0.642 1.366 0.890 0.616 0.844 0.776 15.737 0.427 1.367 2.533 0.300 0.944 0.532 0.595 0.027 0.425 0.233 0.560 0.734 0.414 0.133 0.369 0.229 0.766 2.921 0.519 1.519 0.397 0.916 0.270 0.109 0.115 0.117 0.152 0.711 0.136 0.072 0.453 0.903 1.086 0.438 1.416 0.287 2.135 3.757 1.367 1.197 0.334 0.560 0.437 1.173 0.059 0.254 1.000 0.355 0.864 0.232 0.231 1.561 1.295 1.064 1.502 1.164 1.383 1.282 nan 1.770 0.532 0.810 0.837 1.726 nan 3.530 3.693 nan 0.391 1.125 1.117 0.980 0.697 0.465 0.784 1.413 0.846 11390 chr8 145001647 145032883 + 0 NA promoter-TSS (NM_201383) promoter-TSS (NM_201383) -573 NM_201383 5339 Hs.434248 NM_000445 ENSG00000178209 PLEC EBS1|EBSMD|EBSND|EBSO|EBSOG|EBSPA|HD1|LGMD2Q|PCN|PLEC1|PLEC1b|PLTN plectin protein-coding 2.755 1.191 nan 8.100 1.647 1.250 5.151 0.574 1.157 4.645 6.336 2.873 1.171 0.870 1.123 1.908 1.306 0.360 5.021 1.851 4.304 0.744 0.207 0.111 1.143 2.726 4.145 2.191 7.551 3.087 8.379 10.905 2.411 3.566 4.766 3.299 0.153 0.718 0.055 2.668 0.391 5.978 6.172 2.449 2.899 1.569 3.962 11.187 6.710 8.989 1.743 2.857 1.908 8.417 3.248 1.143 1.595 5.878 0.361 7.673 1.033 1.571 0.666 0.264 3.961 4.718 2.816 1.347 2.379 1.000 1.813 nan 2.269 nan 0.612 1.913 2.100 0.543 1.002 1.823 2.894 0.736 0.818 0.977 1.399 0.711 0.644 1.119 1.514 0.741 0.474 5070 chr17 79001875 79032298 + 0 NA intron (NM_001144888, intron 1 of 13) intron (NM_001144888, intron 1 of 13) 8139 NM_006340 10458 Hs.128316 NM_006340 ENSG00000175866 BAIAP2 BAP2|FLAF3|IRSP53 BAI1 associated protein 2 protein-coding 1.420 0.958 3.259 2.362 0.410 0.150 2.752 0.378 0.745 1.275 1.729 0.370 0.799 0.469 1.142 2.524 0.105 0.117 2.388 1.072 0.187 0.187 0.294 0.208 0.492 1.573 1.423 1.230 1.920 1.193 1.269 3.425 1.339 1.331 1.335 0.174 0.119 0.486 0.106 0.849 0.115 4.133 1.566 0.763 1.608 0.849 0.933 0.574 0.786 0.859 0.116 0.889 2.524 5.714 0.859 0.492 0.792 1.855 0.242 0.731 0.588 0.612 0.741 0.505 3.061 1.424 0.813 1.802 2.458 0.542 0.898 1.086 0.942 0.803 0.303 0.279 0.248 nan 1.266 0.866 1.281 2.029 2.159 0.921 1.348 0.540 0.563 1.107 1.889 nan 0.532 6383 chr2 139023429 139035293 + 0 NA Intergenic LTR9B|LTR|ERV1 169907 NR_135526 105373635 NR_135526 ENSG00000224231 LINC01832 - long intergenic non-protein coding RNA 1832 ncRNA nan 0.629 nan 2.225 0.169 0.070 2.295 0.243 0.359 0.273 0.879 1.006 0.035 0.050 0.045 0.148 0.548 0.054 2.035 1.887 0.198 0.012 0.172 0.172 0.165 1.485 1.034 0.043 1.190 0.712 0.480 1.550 0.646 0.462 2.701 0.165 0.081 0.046 0.094 0.941 0.074 1.002 0.518 0.283 1.209 0.926 0.157 0.388 0.494 0.391 0.564 1.026 0.148 0.528 1.203 0.165 0.401 0.726 0.008 0.172 0.051 1.721 0.047 0.280 1.276 0.049 0.004 0.373 0.172 0.733 2.565 0.214 0.244 2.335 0.583 0.122 0.144 0.617 0.952 0.511 nan 0.474 0.267 0.133 0.256 0.418 0.528 0.509 0.837 0.395 0.384 4092 chr15 78364840 78382966 + 0 NA Intergenic ORSL-2b|DNA|hAT-Tip100 -3909 NM_015079 23102 Hs.567426 NM_015079 ENSG00000167202 TBC1D2B - TBC1 domain family member 2B protein-coding 0.750 1.044 1.307 0.366 0.305 0.171 0.365 0.442 0.600 0.079 0.321 0.442 0.113 0.215 0.338 0.297 0.792 0.116 0.514 0.345 0.429 0.176 0.330 0.231 0.465 0.632 0.434 0.208 0.270 0.594 0.386 1.339 0.618 1.225 0.225 0.139 0.048 0.293 0.069 0.214 0.173 0.412 0.223 0.181 0.300 0.153 0.382 0.713 0.786 0.407 0.197 0.569 0.297 0.304 0.406 0.465 0.339 0.441 0.135 0.530 0.447 0.248 4.730 0.143 0.724 0.218 0.143 3.148 3.695 2.287 1.685 0.601 0.610 1.042 0.367 1.061 1.124 0.804 1.209 0.657 0.816 1.368 1.161 4.456 5.415 0.364 0.357 0.389 0.696 0.594 0.474 2451 chr12 7032606 7041199 + 0 NA promoter-TSS (NM_001940) promoter-TSS (NM_001940) -578 NM_001940 1822 Hs.143766 NM_001940 ENSG00000111676 ATN1 B37|D12S755E|DRPLA|HRS|NOD atrophin 1 protein-coding 3.977 nan nan 2.732 3.123 4.314 2.826 1.963 3.562 1.946 3.884 3.416 0.433 1.259 1.968 5.565 1.072 0.151 3.132 1.214 5.778 2.208 1.720 1.064 3.774 3.581 4.466 1.914 3.759 1.471 3.962 9.621 3.474 5.731 0.918 5.236 0.842 5.448 0.209 1.401 4.440 4.483 4.086 1.676 2.060 2.375 4.049 6.948 5.921 8.231 1.632 3.170 5.565 1.872 3.035 3.774 1.354 1.487 6.295 9.640 1.084 2.637 1.661 1.805 1.670 2.942 2.003 2.019 3.603 3.202 4.078 nan 10.885 5.042 1.954 5.704 5.739 4.382 5.874 2.227 2.837 2.631 2.423 2.258 4.290 2.586 2.158 2.261 nan 1.472 0.720 8621 chr4 166886489 166916591 + 0 NA intron (NM_012464, intron 1 of 20) intron (NM_012464, intron 1 of 20) 107130 NM_001204760 7092 Hs.106513 NM_012464 ENSG00000038295 TLL1 ASD6|TLL tolloid like 1 protein-coding nan nan nan 0.168 0.085 0.020 0.038 0.144 0.290 0.107 0.112 0.030 0.019 0.010 0.026 0.034 0.267 0.086 0.101 0.038 0.050 0.023 0.530 0.437 0.099 0.014 0.017 0.005 0.059 0.028 0.083 0.193 0.173 0.146 0.083 0.116 0.082 0.079 0.057 0.004 0.071 0.117 0.014 0.013 0.029 0.018 0.103 0.079 0.027 0.040 0.010 0.009 0.034 0.050 0.012 0.099 0.138 0.116 0.006 0.035 0.040 0.029 0.030 0.041 0.035 0.011 0.017 0.170 0.102 2.513 6.351 0.115 0.180 2.379 1.411 0.099 0.105 0.235 0.339 0.181 0.181 0.288 0.102 0.068 0.149 0.576 0.526 0.168 0.204 0.720 0.384 7059 chr20 53702713 53721294 + 0 NA Intergenic L1MC5|LINE|L1 -327578 NR_110629 102723578 Hs.446269 NR_110629 ENSG00000235166 LINC01440 - long intergenic non-protein coding RNA 1440 ncRNA 0.593 0.986 0.473 0.061 0.071 0.012 0.023 0.148 0.167 0.010 0.106 0.020 1.175 0.043 0.181 0.147 0.140 0.121 0.057 0.010 0.045 0.015 0.159 0.146 0.063 0.012 0.091 0.006 0.083 0.047 0.133 0.267 0.016 0.287 0.035 0.012 0.142 0.037 0.022 0.114 0.016 0.008 0.023 0.036 0.105 0.313 0.070 0.015 0.017 0.047 0.147 0.023 0.015 0.063 0.033 0.080 0.041 0.041 0.070 0.264 0.019 0.040 0.155 0.006 0.008 0.684 nan 0.231 0.633 0.197 0.192 5.532 1.584 0.154 0.178 0.194 0.331 0.167 0.220 0.347 0.098 0.154 0.202 0.255 0.234 0.137 0.209 0.146 0.253 5466 chr19 1063070 1075959 + 0 NA intron (NM_001258328, intron 2 of 22) MIRc|SINE|MIR -1706 NM_001282335 23526 Hs.465521 NM_012292 ENSG00000180448 ARHGAP45 HA-1|HLA-HA1|HMHA1 Rho GTPase activating protein 45 protein-coding 0.578 0.968 1.135 0.894 0.346 0.234 1.652 0.402 0.820 0.576 1.045 0.494 0.471 0.187 0.390 0.338 0.321 0.250 2.139 0.676 0.768 0.065 0.182 0.189 0.467 1.042 0.913 1.245 2.111 0.713 2.036 4.111 1.831 1.106 0.845 0.444 0.051 0.824 0.062 0.279 0.123 3.208 1.118 0.707 2.305 1.034 1.166 0.580 1.175 3.479 0.568 0.644 0.338 2.689 3.343 0.467 0.362 0.321 0.112 6.395 0.486 0.993 0.054 0.076 0.554 0.607 0.366 0.269 0.328 0.872 1.572 0.632 0.610 0.871 0.208 0.240 0.338 0.894 1.308 0.420 nan 0.865 0.411 0.178 0.255 0.407 0.434 0.214 0.299 0.686 0.417 3337 chr13 110338626 110361208 + 0 NA Intergenic Intergenic -30704 NR_103846 101409253 Hs.578072 NR_103846 ENSG00000234854 LINC00676 - long intergenic non-protein coding RNA 676 ncRNA 0.822 nan 1.244 0.073 1.324 0.705 0.135 1.006 1.769 0.021 0.155 0.313 0.006 0.823 1.870 0.559 0.057 0.106 0.422 0.335 0.022 0.006 0.306 0.111 0.970 0.159 0.078 0.042 0.117 0.145 0.698 1.764 0.319 2.234 0.084 2.184 0.081 0.081 0.085 0.068 1.468 0.225 0.051 0.048 0.292 0.045 0.556 0.137 1.229 0.041 0.404 1.514 0.559 0.184 0.024 0.970 0.164 0.751 0.294 0.041 1.906 0.102 1.489 0.171 0.272 0.010 0.009 0.719 0.625 0.238 0.399 1.169 0.926 6.714 2.103 0.182 0.230 0.043 0.107 2.385 1.468 0.367 0.193 2.956 2.689 0.737 0.986 0.237 0.468 0.404 0.213 1274 chr1 249106825 249121813 + 0 NA intron (NM_030645, intron 2 of 6) intron (NM_030645, intron 2 of 6) 5246 NM_001322462 80851 Hs.298573 NM_030645 ENSG00000175137 SH3BP5L - SH3 binding domain protein 5 like protein-coding nan 1.791 nan 0.991 2.048 0.571 0.796 1.303 1.968 0.352 1.111 0.701 0.331 0.274 0.525 0.539 0.974 0.097 0.707 0.329 0.689 0.946 0.941 0.393 0.910 0.946 0.856 0.669 0.789 0.366 1.104 1.733 1.034 2.788 0.361 1.552 0.261 0.969 0.130 0.302 0.499 1.528 4.721 1.826 0.922 0.613 0.630 1.555 1.174 1.001 0.630 1.311 0.539 0.853 0.605 0.910 0.474 0.701 0.400 0.782 0.562 1.550 0.331 0.704 1.151 8.961 8.720 2.176 2.391 3.304 4.546 2.947 2.991 3.129 1.420 4.151 4.824 1.472 1.756 1.729 2.199 1.961 1.849 0.643 1.118 1.415 1.370 1.789 2.699 1.310 0.730 11761 chr9 125662105 125668769 + 0 NA intron (NM_001100588, intron 1 of 20) intron (NM_001100588, intron 1 of 20) 2193 NM_018835 54542 Hs.533499 NM_018835 ENSG00000056586 RC3H2 MNAB|RNF164 ring finger and CCCH-type domains 2 protein-coding nan nan 2.209 1.821 3.141 1.496 1.297 0.915 1.859 1.017 1.529 1.565 0.540 0.360 1.028 2.263 1.669 0.337 3.009 0.484 0.869 0.855 1.445 0.851 2.353 1.815 1.666 1.317 2.792 0.481 2.944 3.087 1.558 nan 0.961 2.038 0.410 1.283 0.100 0.825 1.912 2.309 1.900 1.122 0.992 0.726 1.602 1.183 1.832 2.966 0.663 1.564 2.263 3.405 2.115 2.353 0.660 0.892 0.680 1.596 1.493 1.958 1.061 0.760 1.134 1.348 0.956 3.674 3.112 4.312 6.533 4.926 5.059 3.339 1.546 7.524 8.438 2.019 nan 4.252 7.145 9.660 8.217 2.521 3.804 2.355 3.359 3.907 2.899 nan 1.144 5119 chr18 3379313 3390100 + 0 NA Intergenic MER57B1|LTR|ERV1 -27219 NM_174886 7050 Hs.373550 NM_003244 ENSG00000177426 TGIF1 HPE4|TGIF TGFB induced factor homeobox 1 protein-coding 0.966 1.092 1.420 0.188 0.164 0.072 0.197 0.074 0.242 0.500 0.215 1.414 0.064 0.045 0.073 0.140 0.224 0.193 0.241 0.088 0.156 0.026 0.086 0.144 0.338 0.059 0.067 0.054 0.119 0.039 0.097 0.361 0.144 nan 0.245 7.365 0.071 0.109 0.117 0.044 0.115 1.020 0.114 0.111 0.082 0.014 6.257 0.130 0.808 0.124 0.066 0.670 0.140 0.305 0.017 0.338 0.327 5.280 0.026 0.268 0.057 0.147 0.045 0.596 0.020 0.027 0.010 0.386 0.235 0.256 0.925 0.509 0.585 nan 0.120 0.297 0.293 0.307 nan 0.369 0.355 nan 0.166 0.134 0.180 0.274 0.630 0.730 nan nan 0.600 110 chr1 16106244 16130094 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 16025 NM_001089591 440567 Hs.568229 NM_001089591 ENSG00000233954 UQCRHL - ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein like protein-coding 0.790 0.674 nan 2.085 0.575 0.048 1.965 0.238 0.334 1.583 2.221 1.909 3.271 0.146 0.093 0.299 0.704 0.364 1.954 0.928 4.692 0.151 0.125 0.137 0.136 2.608 2.821 1.564 2.153 1.325 0.529 1.436 0.891 0.538 0.897 1.433 0.020 0.351 0.103 0.682 0.064 4.763 4.102 1.330 1.562 0.874 1.505 2.863 2.301 1.734 0.723 0.889 0.299 1.562 1.339 0.136 0.629 1.362 0.045 4.277 0.055 0.934 0.256 0.104 1.794 1.432 1.071 0.559 0.542 0.625 2.031 0.650 0.794 0.699 0.161 0.405 nan 0.328 nan 0.800 1.119 nan 0.282 0.412 0.577 0.075 0.114 0.267 0.457 0.396 0.415 4861 chr17 50786546 50789453 + 0 NA Intergenic MER52C|LTR|ERV1 -151482 NR_146899 105371831 Hs.97791 NR_146899 ENSG00000226364 LINC02089 - long intergenic non-protein coding RNA 2089 ncRNA 0.486 0.648 0.496 0.025 0.172 0.384 0.172 0.032 0.168 0.032 10.316 0.032 0.045 0.076 0.055 0.037 0.164 0.139 0.082 0.025 0.025 0.046 0.054 0.117 0.083 0.242 0.050 0.033 0.091 0.061 0.052 0.063 0.041 0.052 0.078 0.099 0.101 0.028 0.048 0.023 0.045 0.048 0.082 0.020 0.070 0.027 0.034 0.042 0.002 0.404 0.111 0.210 0.263 0.237 0.321 0.054 0.069 nan 0.229 0.117 0.182 nan nan 0.394 0.203 0.192 0.205 0.059 0.103 0.145 0.182 0.226 0.253 9253 chr5 147463230 147502967 + 0 NA intron (NM_006846, intron 15 of 32) Tigger12|DNA|TcMar-Tigger 39563 NM_001127699 11005 Hs.331555 NM_006846 ENSG00000133710 SPINK5 LEKTI|LETKI|NETS|NS|VAKTI serine peptidase inhibitor, Kazal type 5 protein-coding nan 0.776 0.613 0.108 0.087 0.014 0.281 0.153 0.333 0.053 0.113 0.126 0.017 0.035 0.090 0.071 0.171 0.076 0.210 0.091 0.029 0.007 0.091 0.083 0.162 0.045 0.018 0.005 0.216 0.045 0.389 1.248 0.274 0.353 0.221 0.205 0.356 0.038 0.135 0.113 0.034 0.056 0.018 0.006 0.241 0.055 0.122 0.088 0.039 0.062 0.095 0.329 0.071 0.110 0.035 0.162 0.422 0.062 0.037 0.023 0.054 0.072 0.060 0.328 0.023 0.014 0.018 0.265 0.180 8.049 6.388 0.215 0.333 0.224 0.130 0.206 0.244 0.339 0.632 0.404 0.289 1.203 0.827 0.156 0.253 1.342 1.876 0.430 1.227 0.391 0.379 9246 chr5 146829869 146838564 + 0 NA promoter-TSS (NM_001387) promoter-TSS (NM_001387) -956 NM_001387 1809 Hs.519659 NM_001387 ENSG00000113657 DPYSL3 CRMP-4|CRMP4|DRP-3|DRP3|LCRMP|ULIP|ULIP-1 dihydropyrimidinase like 3 protein-coding nan 1.979 1.220 0.264 1.561 1.141 0.173 1.662 3.683 0.011 0.145 0.965 0.036 0.266 1.743 0.488 0.659 0.166 0.536 0.174 0.057 0.016 1.030 0.444 4.510 0.785 0.649 0.026 0.380 0.048 0.732 1.156 0.569 11.535 0.017 0.056 0.991 0.125 0.132 0.299 1.078 0.144 0.138 0.153 0.176 0.203 0.055 0.195 0.489 1.132 0.027 0.032 0.488 0.289 1.002 4.510 0.100 0.028 0.192 0.275 1.305 0.275 3.540 0.453 0.140 0.293 0.228 2.845 4.322 4.050 4.254 4.820 3.806 2.367 1.124 0.113 0.070 4.371 5.593 1.764 3.865 1.458 1.625 2.256 5.110 2.636 2.705 1.598 3.279 2.395 1.222 8215 chr4 924041 927546 + 0 NA promoter-TSS (NM_001297428) promoter-TSS (NM_001297428) -382 NM_001297427 84286 Hs.478936 NM_032326 ENSG00000127419 TMEM175 hTMEM175 transmembrane protein 175 protein-coding 2.407 2.046 nan 3.814 3.664 1.161 1.848 1.426 2.940 0.623 2.652 1.659 1.655 1.143 5.344 4.099 2.328 0.414 5.617 1.996 0.575 0.478 2.452 0.817 2.701 1.642 2.066 2.203 3.714 1.377 4.655 7.325 3.057 3.857 1.251 1.848 0.437 1.729 0.091 1.136 1.494 2.785 2.384 1.691 1.735 1.672 4.026 2.362 2.090 4.661 2.723 1.680 4.099 10.579 3.060 2.701 2.216 1.628 0.580 3.343 0.783 1.353 0.923 0.422 1.123 1.051 0.686 6.800 5.466 5.608 8.358 3.875 4.263 4.658 1.989 7.081 7.245 1.705 2.397 2.432 3.836 4.609 4.915 3.547 6.320 2.839 2.947 1.543 2.414 nan 1.645 8139 chr3 189428521 189443463 + 0 NA intron (NM_001114978, intron 1 of 12) intron (NM_001114978, intron 1 of 12) -71457 NM_001114980 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.496 1.338 1.039 0.329 0.306 0.056 0.614 0.283 0.816 0.026 0.250 0.302 0.075 0.074 0.092 0.172 3.390 0.231 0.503 0.365 0.212 0.247 0.214 0.132 1.197 0.426 0.005 0.394 0.372 2.006 4.524 0.887 1.117 0.592 0.415 0.223 0.036 0.085 0.197 0.101 0.934 0.090 0.100 1.082 0.371 0.232 1.014 0.358 0.221 0.037 0.576 0.172 0.193 0.155 0.132 0.192 0.116 0.072 0.347 0.115 0.411 0.020 0.912 0.136 0.017 0.387 0.176 0.309 0.941 0.386 0.475 6.978 2.097 0.342 0.343 0.244 0.355 1.006 1.727 0.795 0.485 0.115 0.181 1.140 1.248 1.174 3.217 1.422 0.650 9646 chr6 42081667 42111726 + 0 NA intron (NM_001164446, intron 1 of 4) intron (NM_001164446, intron 1 of 4) 14019 NM_001164446 647024 Hs.444277 NM_001164446 ENSG00000188112 C6orf132 bA7K24.2 chromosome 6 open reading frame 132 protein-coding 1.426 0.932 1.524 3.477 0.328 0.096 4.002 0.221 0.280 1.105 0.269 0.309 0.270 0.060 0.086 0.354 0.254 0.219 2.837 0.897 0.117 0.074 0.151 0.150 0.751 2.112 1.907 0.073 1.094 1.246 0.839 2.309 1.842 0.720 1.362 0.167 0.106 0.076 0.122 0.176 0.132 0.194 0.927 0.439 1.342 0.858 2.298 0.906 1.603 0.206 0.194 1.667 0.354 2.338 0.179 0.751 1.014 3.123 0.156 0.473 0.098 0.622 0.475 0.357 0.182 1.491 1.217 1.060 1.211 0.809 1.302 0.992 1.053 1.560 0.586 1.601 1.759 0.223 0.438 0.988 nan 0.510 0.398 0.721 1.040 0.448 0.455 0.662 1.628 0.781 0.575 2210 chr11 102624155 102665370 + 0 NA intron (NM_002425, intron 7 of 9) MIRc|SINE|MIR 6597 NM_002425 4319 Hs.2258 NM_002425 ENSG00000166670 MMP10 SL-2|STMY2 matrix metallopeptidase 10 protein-coding 0.499 0.863 0.600 0.063 0.134 0.036 0.141 0.204 0.367 0.069 0.089 0.130 0.157 0.054 0.098 0.370 0.052 0.039 0.208 0.298 0.049 0.034 0.349 0.263 0.044 0.121 0.053 0.327 0.118 0.094 0.349 0.984 0.121 0.469 0.163 0.076 0.177 4.079 0.211 0.080 0.081 0.532 0.237 0.145 0.183 0.056 0.128 0.306 0.071 0.274 0.067 0.062 0.370 0.074 0.061 0.044 0.114 0.104 0.007 0.162 0.062 0.115 0.048 0.120 0.048 0.408 0.139 0.322 0.224 0.201 0.348 0.394 0.401 0.143 0.073 0.569 0.613 0.184 0.298 0.419 0.546 0.364 0.139 0.224 0.281 0.667 0.871 0.248 0.527 0.590 0.570 2658 chr12 50274844 50318245 + 0 NA intron (NM_012306, intron 1 of 11) intron (NM_012306, intron 1 of 11) 1216 NM_012306 23017 Hs.567424 NM_012306 ENSG00000135472 FAIM2 LFG|LFG2|NGP35|NMP35|TMBIM2 Fas apoptotic inhibitory molecule 2 protein-coding nan 0.845 0.803 0.166 0.414 0.198 0.136 0.248 0.559 0.013 0.090 0.138 0.027 0.152 1.118 0.696 0.257 0.093 0.229 0.108 0.035 0.032 0.286 0.224 0.583 0.128 0.036 0.073 0.086 0.107 1.405 6.613 0.492 0.761 0.047 0.130 0.088 0.058 0.081 0.019 0.220 0.094 0.050 0.036 0.234 0.129 0.141 0.226 0.591 0.131 0.735 1.472 0.696 0.224 0.047 0.583 0.108 0.425 0.345 0.157 0.671 0.228 0.072 0.271 0.117 0.017 0.019 nan 0.625 0.233 0.470 1.288 nan 1.264 0.461 0.458 0.508 0.636 nan 2.744 nan 0.732 0.542 0.324 0.445 0.386 0.399 0.762 2.078 1.254 0.854 11797 chr9 131057341 131071395 + 0 NA Intergenic (TTTG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 20129 NM_001329862 26995 Hs.632685 NM_015679 ENSG00000167112 TRUB2 CLONE24922 TruB pseudouridine synthase family member 2 protein-coding nan 0.807 0.920 0.545 0.394 0.084 3.621 0.194 0.336 1.007 1.565 2.106 0.048 0.386 0.095 0.303 0.134 0.233 1.875 1.208 0.238 0.019 0.202 0.103 0.388 1.865 1.602 0.152 1.767 1.111 0.951 2.748 0.368 0.496 1.874 1.166 0.013 0.073 0.107 0.731 0.134 1.259 1.178 0.500 0.555 0.902 2.397 1.187 1.098 2.156 0.163 2.847 0.303 2.895 3.163 0.388 0.400 0.484 0.035 0.614 0.381 2.244 0.035 0.403 0.684 0.563 0.609 0.277 0.313 0.372 0.669 0.694 0.854 nan 0.231 0.581 0.652 0.195 0.387 1.229 1.452 0.756 0.470 0.199 0.256 0.237 0.320 0.616 1.592 0.592 0.498 8778 chr5 14225073 14272812 + 0 NA intron (NM_007118, intron 1 of 56) MIRb|SINE|MIR 105131 NM_007118 7204 Hs.130031 NM_007118 ENSG00000038382 TRIO ARHGEF23|MEBAS|MRD44|tgat trio Rho guanine nucleotide exchange factor protein-coding nan nan nan 1.666 2.342 0.406 3.228 0.324 0.656 0.812 0.669 1.627 0.844 0.099 0.675 0.785 1.317 0.270 2.198 0.830 1.384 0.035 1.137 0.621 0.995 1.475 1.041 1.051 1.263 1.158 0.454 1.479 0.528 nan 0.551 1.810 0.268 0.670 0.139 0.643 0.199 1.923 3.919 1.664 0.756 0.653 0.821 0.529 0.346 0.957 0.149 0.185 0.785 3.100 2.272 0.995 0.259 0.293 0.713 0.676 0.412 1.856 0.646 0.691 0.628 2.082 2.059 0.850 0.827 0.988 1.869 1.625 1.384 1.405 0.527 0.430 0.467 nan 3.127 2.217 3.420 2.754 2.953 0.708 1.140 1.524 1.743 0.775 nan 2.634 1.682 8112 chr3 185031395 185038803 + 0 NA intron (NM_001242317, intron 2 of 12) intron (NM_001242317, intron 2 of 12) 34370 NR_038322 9175 Hs.591306 NM_004721 ENSG00000073803 MAP3K13 LZK|MEKK13|MLK mitogen-activated protein kinase kinase kinase 13 protein-coding 1.222 1.394 0.789 5.822 0.202 0.015 0.844 0.212 0.792 0.528 0.676 1.057 2.599 0.068 0.073 0.124 0.452 0.228 1.358 0.562 0.094 0.187 0.257 0.145 4.561 2.772 0.179 3.703 2.748 0.303 0.602 2.825 1.228 0.356 6.705 0.090 0.409 0.085 0.289 0.059 1.020 0.219 0.148 4.838 1.788 1.985 0.498 0.979 0.052 0.026 0.615 0.124 1.407 0.136 0.145 0.843 0.178 0.013 0.138 3.013 0.114 0.073 0.031 0.469 0.501 2.621 5.354 0.332 0.399 0.350 0.139 0.675 0.647 0.536 0.666 0.417 0.424 0.672 0.372 2.835 3.716 0.161 0.312 0.482 0.568 0.659 0.418 9686 chr6 47039585 47052299 + 0 NA Intergenic Intergenic -35843 NM_153840 266977 Hs.733762 NM_025048 ENSG00000153292 ADGRF1 GPR110|KPG_012|PGR19|hGPCR36 adhesion G protein-coupled receptor F1 protein-coding 1.126 0.884 0.803 0.141 0.179 0.029 0.546 0.138 0.362 0.068 0.092 0.117 0.011 0.032 0.052 0.337 0.846 0.126 0.232 0.178 0.030 0.022 0.152 0.084 0.056 0.165 0.097 0.011 0.117 0.090 0.145 1.012 1.120 0.351 0.275 0.067 0.030 0.060 0.126 0.140 0.031 0.094 0.028 0.043 0.149 0.082 0.312 0.205 0.128 0.159 0.571 0.252 0.337 0.144 0.341 0.056 0.087 0.170 0.031 0.082 0.320 0.075 0.408 0.181 0.177 0.028 0.028 2.409 3.024 10.324 8.974 0.271 0.330 0.363 0.102 0.423 0.434 0.168 0.271 0.529 nan 0.363 0.147 1.352 2.085 0.238 0.375 0.480 1.050 0.687 0.605 6309 chr2 112112074 112137921 + 0 NA non-coding (NR_136162, exon 2 of 5) non-coding (NR_136162, exon 2 of 5) -46329 NR_039634 100616499 NR_039634 ENSG00000265507 MIR4435-1 mir-4435-1 microRNA 4435-1 ncRNA 1.457 nan 1.013 0.147 0.729 0.685 0.227 0.229 0.718 0.625 0.481 0.721 0.024 0.082 0.090 1.523 0.925 0.205 0.311 0.143 0.207 0.107 0.442 0.216 2.523 0.305 0.148 0.177 0.137 0.020 0.149 0.775 0.377 nan 0.108 0.148 0.132 0.160 0.124 0.068 0.509 0.263 0.133 0.078 0.093 0.101 0.229 0.209 0.243 0.391 0.134 0.310 1.523 0.169 0.240 2.523 0.098 0.173 0.212 0.113 0.291 0.152 0.172 0.047 0.224 0.040 0.039 0.392 0.355 0.319 0.736 1.865 nan 0.477 0.169 1.048 0.977 0.439 0.756 1.046 0.926 0.442 0.227 0.222 0.423 0.469 0.402 0.149 0.225 0.640 0.387 10621 chr7 116209582 116233890 + 0 NA intron (NR_120506, intron 2 of 4) intron (NR_120506, intron 2 of 4) 33138 NR_120506 100996266 Hs.552122 NR_120506 LINC01510 - long intergenic non-protein coding RNA 1510 ncRNA nan 0.518 0.694 1.392 0.098 0.071 1.803 0.099 0.206 0.517 0.757 2.458 0.018 0.070 0.113 0.095 0.861 0.145 0.594 0.492 0.470 0.028 0.101 0.113 0.049 0.636 0.333 0.097 0.868 0.521 0.142 0.400 0.223 0.261 0.909 0.751 0.012 2.486 0.219 0.909 0.043 2.120 0.131 0.084 0.815 0.229 0.210 2.576 0.440 0.295 0.454 1.379 0.095 0.140 0.245 0.049 0.322 0.337 0.028 0.771 0.080 0.481 0.065 0.071 0.826 0.090 0.040 0.424 0.298 0.275 0.439 0.193 0.247 0.151 0.103 0.489 0.490 0.387 0.642 0.248 0.248 0.398 0.170 0.247 0.283 0.102 0.133 0.190 0.322 0.671 0.697 11057 chr8 74486798 74547561 + 0 NA intron (NM_001164380, intron 9 of 14) L1ME3E|LINE|L1 141983 NM_014393 27067 Hs.561815 NM_014393 ENSG00000040341 STAU2 39K2|39K3 staufen double-stranded RNA binding protein 2 protein-coding 1.151 0.805 0.808 0.180 0.169 0.037 0.128 0.217 0.438 0.089 0.136 0.568 0.033 0.059 0.154 0.167 0.539 0.176 0.205 0.058 0.157 0.011 0.103 0.139 0.191 0.077 0.044 0.354 0.100 0.029 0.087 0.193 0.120 0.333 0.038 0.065 0.025 3.013 0.148 0.023 0.113 0.089 0.041 0.031 0.038 0.177 0.116 0.160 0.206 0.134 0.040 0.191 0.167 0.071 0.065 0.191 0.080 0.063 0.017 0.100 0.115 0.084 0.128 0.146 0.030 0.339 0.247 0.307 0.208 0.419 0.497 0.446 0.594 0.371 0.167 0.401 0.376 0.543 0.661 0.284 0.298 0.366 0.151 0.271 0.420 0.133 0.190 0.343 0.770 0.889 0.741 6644 chr2 217460923 217473535 + 0 NA intron (NR_110392, intron 1 of 3) intron (NR_110392, intron 1 of 3) 4432 NR_110392 101928232 Hs.694592 NR_110392 LINC01280 - long intergenic non-protein coding RNA 1280 ncRNA nan 1.581 nan 0.086 0.932 1.945 0.325 2.803 5.232 0.514 0.105 0.071 0.015 0.016 0.191 1.417 1.111 0.243 0.109 0.051 0.050 0.055 0.782 0.382 1.280 0.474 0.195 0.047 0.086 0.386 2.982 0.282 0.920 0.093 0.302 0.590 0.060 0.097 0.019 1.012 0.120 0.024 0.031 0.104 0.092 0.989 0.143 0.116 0.051 0.084 0.626 1.417 0.062 0.161 1.280 0.127 0.339 0.175 0.333 1.526 0.119 0.157 0.523 0.127 0.014 0.012 0.455 0.857 0.566 1.449 3.338 3.140 2.206 0.862 0.242 0.246 0.460 0.776 2.776 nan 0.950 1.454 0.270 0.397 1.413 1.145 0.672 1.605 0.914 0.483 646 chr1 144921558 144942812 + 0 NA promoter-TSS (NM_001350520) promoter-TSS (NM_001350520) -153 NM_001350520 9659 Hs.584841 NM_014644 ENSG00000178104 PDE4DIP CMYA2|MMGL phosphodiesterase 4D interacting protein protein-coding 2.873 nan 3.131 2.220 1.871 2.570 0.982 1.026 1.974 1.029 2.768 1.556 2.741 1.566 3.401 1.561 4.075 0.356 1.792 0.846 0.640 0.203 1.899 1.373 1.413 0.873 0.595 1.097 1.164 0.883 6.562 8.436 3.537 14.967 2.042 0.659 0.778 1.166 0.263 1.555 0.982 1.569 0.734 0.445 0.766 0.711 2.745 1.209 0.854 1.456 1.050 2.369 1.561 1.140 0.510 1.413 0.512 1.038 0.113 1.732 1.711 0.927 2.507 0.333 1.672 0.230 0.127 1.670 1.921 1.868 4.331 4.759 4.848 5.787 1.721 2.673 2.795 3.189 3.855 3.859 4.625 1.222 0.917 2.579 4.758 2.153 3.028 1.178 2.386 3.390 1.741 10703 chr7 139526785 139532499 + 0 NA intron (NM_001061, intron 1 of 12) intron (NM_001061, intron 1 of 12) 690 NM_001061 6916 Hs.520757 NM_001061 ENSG00000059377 TBXAS1 BDPLT14|CYP5|CYP5A1|GHOSAL|THAS|TS|TXAS|TXS thromboxane A synthase 1 protein-coding nan nan nan 1.575 0.155 0.048 0.560 0.162 0.420 0.163 0.482 0.022 1.906 0.107 0.157 0.051 0.028 0.112 0.101 0.044 0.085 0.259 0.544 4.819 4.658 0.025 0.145 0.147 0.189 0.864 0.294 0.214 0.308 0.487 0.125 0.127 1.446 0.069 0.163 0.273 0.081 0.477 0.542 0.186 1.754 0.641 0.074 5.518 0.589 0.157 0.115 0.172 0.544 0.064 0.164 0.067 0.087 0.028 0.029 1.007 0.129 0.014 0.020 0.556 0.420 1.005 1.864 0.484 0.545 nan 0.166 0.687 0.685 0.170 nan 0.494 0.342 nan 0.156 0.759 1.370 0.090 0.115 0.321 0.746 1.629 nan 8530 chr4 122014780 122024412 + 0 NA Intergenic Intergenic -25923 NM_024574 79625 Hs.709520 NM_024574 ENSG00000173376 NDNF C4orf31|NORD neuron derived neurotrophic factor protein-coding 0.562 0.755 nan 0.074 0.166 0.012 0.007 0.166 0.224 0.020 0.090 0.210 0.013 0.010 0.046 0.173 0.093 0.035 0.088 0.020 0.085 0.065 0.111 0.136 0.022 0.015 0.085 0.033 0.066 0.127 0.278 0.173 0.107 0.174 0.024 0.044 0.049 0.041 0.032 0.023 0.016 0.119 0.096 0.042 0.022 0.016 0.021 0.173 0.052 0.029 0.136 0.050 0.042 0.024 0.056 0.016 0.040 0.140 0.016 0.006 0.420 0.184 6.947 1.332 0.320 0.378 0.121 0.051 0.352 0.390 0.211 0.369 0.396 0.376 0.350 0.188 0.183 0.193 0.031 0.031 0.239 0.775 0.440 0.357 5322 chr18 47108697 47148853 + 0 NA Intergenic MER39B|LTR|ERV1 40374 NM_001308006 9388 Hs.465102 NM_006033 ENSG00000101670 LIPG EDL|EL|PRO719 lipase G, endothelial type protein-coding nan 0.800 0.878 0.102 0.210 0.179 0.300 0.172 0.248 0.041 0.059 0.218 0.012 0.209 0.121 0.753 0.071 0.092 0.058 0.039 0.025 0.031 0.067 0.102 0.151 0.029 0.023 0.036 0.075 0.108 0.064 0.157 0.061 0.612 0.007 0.164 0.057 0.043 0.076 0.012 0.129 0.097 0.034 0.021 0.057 0.053 0.271 0.082 0.075 0.030 0.043 0.134 0.753 0.041 0.023 0.151 0.104 0.083 0.288 0.097 0.132 0.191 0.215 0.079 0.079 0.026 0.009 0.554 0.488 2.012 6.885 0.580 0.675 4.498 1.135 0.177 0.194 0.250 0.459 0.300 0.364 0.540 0.374 0.319 0.465 0.436 0.635 0.203 nan 0.908 0.885 11603 chr9 81578641 81591795 + 0 NA Intergenic LTR8A|LTR|ERV1 175363 NR_109771 101927450 Hs.738041 NR_109771 ENSG00000260995 LOC101927450 - uncharacterized LOC101927450 ncRNA 0.695 1.369 0.705 0.120 5.812 0.516 0.189 2.438 4.614 0.028 0.195 0.189 0.005 0.031 1.739 3.269 0.070 0.134 0.073 0.043 0.332 0.116 1.758 0.862 4.467 0.440 0.111 0.146 0.207 0.073 0.080 0.378 0.060 3.985 0.113 0.149 1.118 0.058 0.082 0.036 1.666 0.761 0.151 0.184 0.082 0.044 0.102 0.098 0.607 0.046 0.012 0.155 3.269 0.054 0.063 4.467 0.028 0.157 0.357 0.088 0.031 0.244 0.030 0.056 0.046 0.022 0.015 0.224 0.155 0.277 0.795 4.484 4.884 4.465 1.981 0.160 0.110 0.056 0.177 2.739 3.055 0.427 0.487 0.082 0.142 3.463 4.010 0.287 0.564 2.694 1.260 10282 chr7 30632802 30638187 + 0 NA intron (NM_002047, intron 1 of 16) intron (NM_002047, intron 1 of 16) 985 NM_002047 2617 Hs.404321 NM_002047 ENSG00000106105 GARS CMT2D|DSMAV|GlyRS|HMN5|SMAD1 glycyl-tRNA synthetase protein-coding 7.797 4.532 6.108 6.833 5.292 3.658 2.740 2.229 4.550 2.941 3.286 3.194 1.412 2.585 4.572 4.011 5.639 0.238 3.367 1.017 1.543 5.433 4.001 1.880 8.008 3.450 2.939 1.564 8.095 2.004 11.539 13.350 7.740 9.516 1.410 3.560 1.181 9.784 0.301 1.827 4.679 3.397 2.587 1.566 2.838 2.368 5.971 5.153 3.385 4.057 3.230 3.111 4.011 3.661 5.693 8.008 3.015 1.623 1.404 3.650 3.618 3.645 3.043 2.292 2.392 2.687 1.531 10.111 10.664 5.068 6.997 9.324 nan 9.678 4.668 23.752 25.518 5.449 nan nan nan 5.714 6.975 5.053 8.321 8.672 9.442 5.753 9.421 3.477 1.989 8491 chr4 102598602 102636199 + 0 NA Intergenic Intergenic -94364 NM_017935 55024 Hs.480400 NM_017935 ENSG00000153064 BANK1 BANK B cell scaffold protein with ankyrin repeats 1 protein-coding 0.742 nan nan 0.063 0.267 0.015 0.068 0.119 0.291 0.035 0.087 0.125 0.036 0.077 0.082 0.411 0.091 0.082 0.133 0.015 0.018 0.011 0.189 0.136 0.360 0.005 0.015 0.012 0.091 0.037 0.145 0.629 0.216 0.602 0.070 0.056 0.141 0.049 0.078 0.016 0.099 0.044 0.010 0.008 0.032 0.071 0.108 0.099 0.050 0.028 0.082 0.070 0.411 0.023 0.022 0.360 0.020 0.173 0.122 0.019 0.129 0.031 0.013 0.095 0.044 0.009 0.012 0.202 0.144 0.429 nan 0.348 0.456 0.618 0.174 0.136 0.117 4.541 nan 0.337 0.341 0.811 0.498 0.080 0.148 0.579 0.889 0.325 nan 0.514 0.508 4005 chr15 64924673 64929565 + 0 NA intron (NM_015042, intron 2 of 8) intron (NM_015042, intron 2 of 8) 68361 NM_001301302 4947 Hs.744924 NM_002537 ENSG00000180304 OAZ2 AZ2 ornithine decarboxylase antizyme 2 protein-coding 1.343 1.289 nan 0.412 0.249 0.351 0.143 2.268 4.308 0.118 0.223 0.285 0.152 0.081 0.144 2.238 0.244 0.231 0.109 0.041 0.155 0.056 1.027 0.367 1.920 0.170 0.090 0.180 0.069 0.042 0.115 0.444 0.217 2.205 0.090 0.141 2.463 0.022 0.095 0.024 1.169 0.053 0.016 0.095 0.119 0.248 1.313 0.347 0.388 0.300 2.238 0.214 0.056 1.920 0.205 0.287 0.237 0.095 0.113 0.168 4.272 0.204 0.079 0.082 7.099 13.205 4.051 2.764 1.770 1.840 nan 0.980 6.145 5.594 1.215 1.668 0.626 1.136 1.100 0.673 3.074 5.516 11.548 8.717 1.100 1.432 2.256 1.721 8999 chr5 72244514 72254344 + 0 NA Intergenic Intergenic -2379 NM_138782 115548 Hs.165762 NM_138782 ENSG00000157107 FCHO2 - FCH domain only 2 protein-coding 1.861 nan 1.822 4.227 1.038 0.854 5.247 0.652 1.069 1.010 1.716 0.790 2.370 0.284 1.425 0.955 0.916 0.262 3.507 1.368 1.063 0.395 0.440 0.238 0.583 3.748 3.684 1.692 4.961 5.505 4.190 5.468 2.023 2.365 1.641 0.955 0.223 1.799 0.154 0.817 0.555 2.100 2.822 1.410 3.472 1.925 2.441 1.660 2.170 2.829 1.044 1.981 0.955 2.942 5.312 0.583 1.482 1.238 0.188 1.472 1.065 1.473 0.384 0.478 0.880 0.561 0.275 1.177 1.699 1.466 2.068 1.668 1.256 nan 0.808 1.165 1.323 1.077 nan 1.399 2.350 1.360 1.353 0.701 1.626 1.287 1.137 1.163 1.434 0.766 0.478 10235 chr7 24002344 24011376 + 0 NA Intergenic Intergenic 256915 NM_001260504 56164 Hs.309767 NM_031414 ENSG00000196335 STK31 SGK396|TDRD8 serine/threonine kinase 31 protein-coding 1.037 1.050 1.002 0.230 0.156 0.130 0.052 0.230 0.413 0.063 0.119 0.148 0.035 0.022 0.093 1.922 0.058 0.018 0.058 0.022 0.058 0.178 0.180 0.235 0.046 0.041 0.057 0.172 0.164 0.356 0.283 0.378 0.054 0.060 0.170 0.072 0.140 0.013 0.685 0.218 0.013 0.043 0.048 0.118 0.491 0.263 0.040 0.034 0.043 0.053 1.922 0.161 0.051 0.235 0.148 0.046 0.043 0.142 0.068 0.124 0.033 0.095 0.075 0.064 0.028 0.390 0.225 0.417 nan 0.413 0.538 9.290 2.291 0.337 0.231 0.273 0.455 0.353 0.304 0.303 0.231 0.112 0.220 1.649 2.606 0.180 nan 0.527 0.610 10251 chr7 26436339 26467224 + 0 NA intron (NR_148499, intron 2 of 6) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -12743 NR_136272 105375304 Hs.735352 NR_136270 ENSG00000225792 LOC105375304 - uncharacterized LOC105375304 ncRNA 2.273 1.481 3.071 0.560 2.934 1.601 0.080 0.432 0.900 0.038 0.068 0.039 0.046 0.903 1.162 0.767 0.123 0.119 0.062 0.006 0.025 0.319 0.541 0.336 0.334 0.380 0.304 0.068 0.521 0.014 0.206 0.915 0.677 0.771 0.047 0.125 0.312 0.264 0.166 0.107 1.007 0.307 0.086 0.045 0.124 0.057 0.572 0.153 0.195 0.181 0.181 0.067 0.767 0.055 0.060 0.334 0.079 0.110 0.293 0.341 0.171 0.077 0.590 1.152 0.032 0.056 0.026 2.291 2.292 1.133 nan 0.987 0.957 2.950 0.833 1.206 1.283 0.977 1.383 4.767 3.747 1.063 0.862 0.829 1.212 1.390 1.232 1.530 nan 0.882 0.544 8342 chr4 41318636 41324535 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -40039 NM_001289124 22998 Hs.335163 NM_014988 ENSG00000064042 LIMCH1 LIMCH1A|LMO7B LIM and calponin homology domains 1 protein-coding 0.762 nan nan 0.146 0.611 0.047 4.897 0.108 0.460 1.053 0.945 0.250 0.391 0.837 0.068 0.065 0.177 0.162 2.083 1.710 0.086 0.047 0.134 0.154 0.304 1.915 1.402 0.139 1.971 1.394 4.095 7.162 1.861 0.844 1.924 3.022 0.015 0.074 0.094 0.139 0.066 0.155 0.399 0.344 1.961 1.680 2.767 0.152 1.194 0.048 5.072 4.596 0.065 2.550 1.507 0.304 2.108 2.891 0.118 0.872 0.229 0.033 0.190 0.295 0.010 0.052 0.506 0.526 0.415 1.853 0.163 0.318 0.167 0.073 0.184 0.166 0.369 0.398 2.014 1.906 0.463 0.217 0.282 0.374 0.055 0.059 0.266 0.559 1.623 1.149 6407 chr2 145178575 145244780 + 0 NA intron (NM_001171653, intron 2 of 8) intron (NM_001171653, intron 2 of 8) -65504 NR_040248 100303491 Hs.560789 NR_040248 ENSG00000238057 ZEB2-AS1 ZEB2-AS|ZEB2AS|ZEB2NAT ZEB2 antisense RNA 1 ncRNA 1.095 nan 1.066 0.070 0.695 0.144 0.066 0.695 1.411 0.003 0.186 0.159 0.046 0.018 0.069 0.284 0.415 0.076 0.125 0.052 0.030 0.031 0.596 0.486 0.499 0.028 0.014 0.044 0.083 0.043 0.054 0.135 0.140 0.668 0.071 0.199 0.026 0.021 0.086 0.054 0.258 0.061 0.018 0.012 0.041 0.036 0.100 0.100 0.132 0.088 0.007 0.052 0.284 0.101 0.129 0.499 0.039 0.028 0.161 0.032 0.074 0.033 0.236 0.217 0.040 0.018 0.005 0.358 0.234 9.085 11.829 0.788 0.716 0.354 0.175 0.233 0.233 1.128 1.346 0.421 0.489 1.145 0.910 0.171 0.516 0.077 0.053 0.599 1.146 0.525 0.432 4626 chr17 17407363 17451048 + 0 NA intron (NM_148172, intron 2 of 6) AluSx3|SINE|Alu -29496 NM_001199989 51655 Hs.25829 NM_016084 ENSG00000108551 RASD1 AGS1|DEXRAS1|MGC:26290 ras related dexamethasone induced 1 protein-coding 1.255 0.944 1.238 0.045 0.868 3.529 0.511 0.549 1.234 0.022 0.159 0.235 0.245 0.387 0.788 1.057 0.077 0.070 0.149 0.069 0.092 0.035 0.369 0.258 2.418 0.216 0.120 0.037 0.057 0.036 0.250 1.233 0.325 1.288 0.063 0.334 0.119 0.056 0.067 0.043 0.129 0.241 0.099 0.104 0.075 0.212 0.097 0.177 0.663 0.160 0.262 0.173 1.057 0.225 0.392 2.418 0.145 0.183 0.942 0.212 2.989 0.209 0.590 0.484 0.059 0.037 0.024 1.402 2.992 0.357 nan 2.254 2.771 2.983 1.205 0.348 0.375 0.421 0.818 3.337 3.876 nan 1.652 0.500 0.771 0.375 0.544 0.734 1.377 1.711 0.879 8431 chr4 76596390 76600721 + 0 NA promoter-TSS (NM_012297) promoter-TSS (NM_012297) 112 NM_203504 9908 Hs.303676 NM_012297 ENSG00000138757 G3BP2 - G3BP stress granule assembly factor 2 protein-coding 4.761 3.045 3.234 3.922 7.421 4.713 3.509 2.739 5.132 1.192 3.896 2.363 0.986 1.769 5.533 3.570 2.667 0.117 3.077 1.292 1.799 0.704 2.082 1.107 5.231 2.223 2.144 1.947 3.281 1.800 4.172 5.179 3.929 7.703 1.687 2.260 0.636 2.363 0.128 1.711 2.885 4.906 2.014 1.189 2.164 1.119 3.094 3.446 2.633 2.464 2.018 2.009 3.570 4.322 2.518 5.231 1.018 1.843 0.696 2.849 3.426 2.263 1.226 1.768 2.144 0.771 0.583 6.267 6.493 7.545 9.416 7.441 5.702 11.169 5.448 12.704 13.502 3.462 4.019 12.916 18.213 6.198 6.417 2.136 4.671 3.820 3.333 5.526 6.634 2.571 1.387 7993 chr3 170347855 170363504 + 0 NA intron (NR_135556, intron 2 of 5) intron (NR_135556, intron 2 of 5) -51816 NM_020949 57709 Hs.596660 NM_020949 ENSG00000013293 SLC7A14 PPP1R142 solute carrier family 7 member 14 protein-coding 1.126 1.140 0.898 0.125 0.212 4.519 0.199 0.185 0.378 0.143 0.176 0.008 0.019 2.148 0.810 0.305 0.123 0.081 0.032 0.009 0.291 0.233 0.138 0.399 0.079 0.052 0.126 0.088 0.097 0.090 0.259 0.537 0.019 0.069 0.122 0.048 0.073 0.002 0.136 0.141 0.056 0.045 0.192 0.053 0.129 0.135 0.062 0.105 0.020 0.064 0.810 0.051 0.059 0.138 0.062 0.042 0.112 0.034 0.052 0.061 0.209 0.095 0.024 0.015 0.009 0.318 0.297 0.181 0.232 0.787 0.807 0.365 0.179 0.219 0.208 1.355 1.834 1.098 0.985 0.742 0.382 0.294 0.414 0.340 0.465 0.244 0.395 0.927 0.692 6151 chr2 61931519 61937977 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 146530 NR_037710 84140 Hs.440466 NM_032180 ENSG00000170264 FAM161A RP28 FAM161A, centrosomal protein protein-coding 0.745 0.991 nan 0.067 2.293 0.727 0.066 1.107 2.965 0.108 0.416 0.047 2.058 3.560 1.075 0.077 0.178 0.230 0.143 0.019 0.022 2.370 1.113 2.654 0.450 0.190 0.124 0.168 0.033 0.332 1.012 0.197 9.195 0.122 0.141 0.104 0.112 0.094 0.036 0.159 0.174 0.019 0.036 0.027 0.036 0.119 0.126 0.637 0.132 4.825 0.568 1.075 0.242 0.104 2.654 0.173 0.565 0.195 0.161 1.740 0.096 0.108 0.077 0.012 0.018 0.257 0.189 0.361 0.208 2.884 3.157 nan 3.083 0.470 0.455 0.176 0.295 6.912 7.237 0.479 0.182 0.344 0.450 0.273 0.359 0.355 0.674 3.775 1.789 11962 chrX 99970529 99987428 + 0 NA intron (NM_080737, intron 1 of 18) SVA_D|Other|Other 7544 NM_080737 94121 Hs.592224 NM_080737 ENSG00000102362 SYTL4 SLP4 synaptotagmin like 4 protein-coding 1.207 1.436 0.931 0.207 0.540 0.033 0.434 0.124 0.285 0.017 0.266 0.104 0.018 0.018 0.341 1.057 0.045 0.085 0.257 0.064 0.041 0.074 0.138 0.176 0.110 0.601 0.465 0.092 0.194 0.081 0.185 0.542 0.267 2.508 0.009 0.105 1.123 0.192 0.169 0.042 0.184 0.144 0.114 0.124 0.058 0.210 0.177 0.131 0.299 0.155 0.098 0.139 1.057 0.619 0.044 0.110 0.108 0.069 0.633 0.151 0.054 0.383 0.023 1.644 0.013 0.041 0.015 0.128 0.102 0.411 0.491 1.020 0.834 1.416 0.593 0.232 0.159 0.570 0.831 0.443 0.377 6.186 6.564 0.099 0.158 2.188 3.328 0.451 1.351 0.088 0.060 5885 chr2 8763731 8778142 + 0 NA Intergenic Intergenic -47014 NR_110257 101929567 Hs.634706 NR_110257 ENSG00000236008 LINC01814 - long intergenic non-protein coding RNA 1814 ncRNA 0.820 0.528 0.785 0.595 0.238 0.136 0.462 0.496 0.906 0.020 0.153 0.150 0.030 1.389 0.282 0.632 0.160 0.056 0.111 0.118 0.131 0.019 0.530 0.170 1.008 0.249 0.075 0.365 0.132 0.699 0.098 0.444 0.054 0.639 0.020 0.211 0.027 0.150 0.090 0.913 0.148 0.153 0.050 0.027 0.212 0.438 0.027 0.135 4.987 0.132 0.246 0.462 0.632 0.128 0.039 1.008 0.162 0.231 0.122 0.326 0.650 0.060 0.293 0.172 0.269 5.943 4.893 0.464 0.551 0.291 0.634 0.801 0.955 1.653 0.677 0.271 0.340 0.377 0.585 0.751 0.713 0.511 0.330 0.611 0.565 0.144 0.296 0.473 0.933 0.957 0.671 4351 chr16 49052298 49062649 + 0 NA Intergenic MER113A|DNA|hAT-Charlie 258269 NM_004352 869 Hs.458423 NM_004352 ENSG00000102924 CBLN1 - cerebellin 1 precursor protein-coding 1.369 1.878 4.162 0.049 0.056 0.122 3.362 0.309 0.522 0.037 0.210 0.062 0.096 0.438 5.641 0.116 0.092 0.072 0.012 0.013 0.015 0.015 0.373 2.668 1.766 0.021 0.631 0.609 0.216 0.562 0.055 0.348 0.029 0.178 0.253 0.031 0.070 1.037 2.275 0.139 0.050 0.038 0.780 0.075 0.075 0.195 0.098 0.007 0.347 0.115 5.641 0.034 2.875 0.373 0.024 0.036 0.507 0.034 0.382 0.564 0.048 0.121 0.954 0.017 0.010 0.467 0.441 0.072 0.080 0.486 0.472 0.061 0.052 0.120 0.086 0.135 0.479 2.131 3.829 1.266 1.392 0.199 0.256 1.755 1.548 0.573 1.008 0.363 0.609 4166 chr16 428210 434998 + 0 NA promoter-TSS (NR_024453) promoter-TSS (NR_024453) 346 NM_021259 58986 Hs.288940 NM_021259 ENSG00000129925 TMEM8A GPI-PLA2|M83|PGAP6|TMEM6|TMEM8 transmembrane protein 8A protein-coding 1.951 nan 3.347 3.743 3.057 2.972 1.469 1.227 2.079 0.518 2.106 0.833 0.146 2.096 11.264 1.808 1.022 0.144 2.963 0.671 0.837 0.918 1.207 0.616 4.746 0.875 0.499 2.137 3.578 0.433 3.841 7.643 1.718 4.857 0.344 0.924 0.437 1.262 0.055 0.329 0.536 1.454 1.722 1.192 1.763 0.553 0.963 0.378 2.362 2.215 6.302 2.191 1.808 2.603 0.819 4.746 0.849 1.475 0.774 1.461 1.073 0.486 1.044 0.345 0.546 0.356 0.224 2.932 4.282 1.220 1.727 2.145 1.885 nan 1.724 3.273 3.388 1.289 nan 4.103 4.899 1.518 1.129 1.100 2.174 1.776 1.486 0.997 1.729 1.783 1.121 33 chr1 2984263 3005056 + 0 NA intron (NM_022114, intron 1 of 16) intron (NM_022114, intron 1 of 16) 8917 NM_199454 63976 Hs.99500 NM_022114 ENSG00000142611 PRDM16 CMD1LL|KMT8F|LVNC8|MEL1|PFM13 PR/SET domain 16 protein-coding 0.714 nan 0.450 0.052 0.068 7.022 0.116 0.424 0.679 0.078 0.041 0.043 0.018 0.848 0.030 0.203 0.043 0.069 0.030 0.009 0.012 0.087 0.023 0.042 0.029 1.793 2.439 0.071 0.131 0.010 0.152 nan 0.061 0.285 0.014 0.046 0.019 0.532 0.099 0.136 0.015 0.098 0.153 0.173 0.210 0.022 0.028 0.134 0.154 0.055 0.019 0.026 0.203 0.048 0.049 0.029 0.024 0.052 0.140 0.839 0.010 0.065 0.018 0.026 0.366 0.198 0.156 0.088 0.196 0.288 0.234 0.323 0.051 0.053 0.148 0.092 0.092 nan nan 0.112 nan 0.055 0.123 0.133 0.049 0.070 0.063 0.075 0.128 0.178 5654 chr19 39263420 39302235 + 0 NA TTS (NM_001042507) TTS (NM_001042507) 2977 NM_001042507 653499 Hs.558355 NM_001042507 ENSG00000178934 LGALS7B GAL7|Gal-7|HKL-14|LGALS7|PI7 galectin 7B protein-coding 0.999 1.773 0.812 0.432 1.109 0.371 1.209 0.165 0.305 0.152 0.201 0.298 0.187 0.072 0.472 0.455 0.125 0.233 1.264 0.591 0.043 0.046 0.125 0.099 0.235 0.621 0.324 0.157 0.569 0.484 1.489 4.064 0.811 3.457 0.493 0.126 0.157 0.103 0.100 0.274 0.059 0.169 0.522 0.325 0.321 0.674 0.303 0.170 1.109 0.309 0.821 0.536 0.455 1.893 0.121 0.235 0.357 0.513 0.321 0.768 0.212 0.195 0.081 0.628 0.039 0.024 0.024 0.275 0.293 0.232 0.435 0.394 0.396 1.482 0.334 0.447 0.500 0.587 0.917 0.665 0.850 nan 0.622 0.432 0.340 0.567 1.071 0.586 1.843 0.974 0.758 6990 chr20 43581465 43589920 + 0 NA intron (NM_006809, intron 1 of 6) intron (NM_006809, intron 1 of 6) 3422 NM_006809 10953 Hs.517066 NM_006809 ENSG00000025772 TOMM34 HTOM34P|TOM34|URCC3 translocase of outer mitochondrial membrane 34 protein-coding nan nan 0.996 2.952 0.874 0.100 1.029 0.407 0.689 0.294 1.383 0.990 6.275 0.488 0.526 0.803 0.565 0.097 1.215 0.384 0.850 0.310 0.556 0.262 1.191 0.620 0.607 0.817 1.143 0.699 0.507 0.625 0.501 1.919 0.670 1.256 0.108 0.783 0.132 0.778 0.460 1.984 1.099 0.599 1.461 0.544 1.529 0.606 1.070 1.441 0.641 0.801 0.803 1.038 1.191 1.191 0.622 0.606 0.400 1.980 0.632 0.819 0.498 0.609 1.465 0.723 0.403 2.060 2.452 1.124 1.730 1.478 1.400 nan 0.570 1.288 1.347 1.621 2.189 1.545 1.881 nan 1.336 0.936 1.479 0.406 0.213 1.420 2.782 0.859 0.669 6235 chr2 89325618 89333650 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 217750 NR_039635 100616399 NR_039635 ENSG00000265510 MIR4436A mir-4436a microRNA 4436a ncRNA nan 0.434 nan 0.061 0.065 0.007 0.052 0.139 0.176 0.087 0.056 0.007 0.063 0.016 0.096 0.068 0.013 0.023 0.016 0.018 1.169 0.434 0.069 0.026 0.009 0.037 0.059 0.050 0.036 0.086 0.208 0.075 0.090 0.012 0.054 0.135 0.014 0.115 0.015 0.020 0.030 0.057 0.186 0.051 0.054 0.030 0.041 0.016 0.027 0.011 0.069 0.030 0.073 0.049 0.021 0.013 0.050 0.087 0.039 0.009 0.014 0.013 0.670 0.971 0.086 0.079 0.242 0.258 0.188 0.088 1.616 1.611 0.128 0.182 0.103 0.178 0.256 0.088 0.283 0.289 0.051 0.085 0.153 0.193 5.007 3.768 5619 chr19 35152565 35170102 + 0 NA intron (NR_027620, intron 1 of 3) L1MD|LINE|L1 6603 NR_027620 643719 Hs.686754 NR_027620 SCGB1B2P SCGB4A1P secretoglobin family 1B member 2, pseudogene pseudo 2.408 1.941 1.726 0.865 4.751 2.052 0.705 0.833 1.454 0.762 0.930 1.160 0.592 0.469 0.999 0.994 0.454 0.119 1.820 0.877 1.091 0.387 1.003 0.595 1.534 1.183 1.599 0.240 1.039 0.397 1.166 2.235 0.938 6.727 0.560 0.626 0.417 1.194 0.127 0.693 0.286 0.783 1.179 0.618 0.428 0.336 0.686 0.889 1.342 3.231 0.812 0.341 0.994 1.765 0.900 1.534 0.411 0.475 0.334 0.706 1.255 0.820 1.913 0.295 0.559 0.305 0.221 1.043 1.077 0.645 0.865 3.433 2.912 2.090 0.707 4.685 4.864 1.837 2.339 1.070 1.458 nan 2.123 3.600 3.746 2.989 2.811 0.657 0.884 3.611 1.880 11547 chr9 38162610 38187500 + 0 NA Intergenic L1MB4|LINE|L1 -105845 NM_003028 6461 Hs.521482 NM_003028 ENSG00000107338 SHB bA3J10.2 SH2 domain containing adaptor protein B protein-coding 0.709 nan 1.657 0.249 0.215 0.279 1.324 0.122 0.287 0.319 0.322 0.327 0.007 0.032 0.236 0.206 0.125 0.129 1.405 1.041 0.027 0.028 0.114 0.086 0.154 0.200 0.148 0.030 0.409 0.305 1.033 5.457 0.145 0.716 2.214 0.076 0.039 0.044 0.080 0.341 0.086 0.429 0.089 0.044 1.183 0.510 0.549 0.189 0.164 0.692 0.329 1.413 0.206 1.599 0.030 0.154 0.486 0.319 0.062 0.184 0.048 0.920 0.072 0.180 0.089 0.679 0.706 0.307 0.386 0.429 0.671 0.369 0.461 1.275 0.348 0.216 0.163 0.311 0.464 0.879 0.728 0.427 0.232 0.287 0.290 0.249 0.737 0.242 0.577 0.881 0.796 4577 chr17 7779526 7798290 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330111) promoter-TSS (NM_001330111) -202 NM_001330111 84316 Hs.565094 NM_032356 ENSG00000183011 NAA38 LSMD1|PFAAP2 N(alpha)-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit protein-coding 3.121 1.704 3.326 1.413 2.109 4.944 1.220 2.109 4.170 2.128 1.882 1.400 2.201 2.220 3.226 3.162 1.543 0.239 2.304 0.819 1.592 1.241 1.993 1.030 5.866 0.630 0.636 0.835 1.568 0.488 3.583 4.811 4.720 6.728 1.363 4.334 1.039 1.819 0.099 0.540 1.247 4.565 1.506 0.806 0.622 2.491 1.709 2.084 4.174 3.040 1.124 1.865 3.162 2.577 2.933 5.866 1.741 2.964 1.630 3.336 3.946 2.027 2.901 2.275 1.803 1.805 1.411 5.069 6.777 2.919 4.698 9.188 8.564 2.890 1.046 2.676 2.663 2.091 2.936 6.947 6.639 3.102 2.883 1.825 3.608 2.179 2.002 3.082 5.696 2.033 0.889 2013 chr11 65473679 65488465 + 0 NA exon (NM_001206833, exon 4 of 12) exon (NM_001206833, exon 4 of 12) 1599 NM_182710 10524 Hs.397010 NM_006388 ENSG00000172977 KAT5 ESA1|HTATIP|HTATIP1|PLIP|TIP|TIP60|ZC2HC5|cPLA2 lysine acetyltransferase 5 protein-coding nan 1.819 1.428 1.153 2.592 1.717 1.812 0.963 1.999 0.555 1.535 1.013 0.889 1.321 1.685 1.353 0.994 0.228 1.265 0.589 1.777 0.918 0.636 0.506 2.198 1.767 2.112 1.042 1.390 1.046 2.152 3.605 1.427 4.052 1.019 1.054 0.465 1.534 0.152 0.854 0.993 4.435 2.302 1.055 1.400 1.389 1.620 4.152 1.666 1.892 0.810 1.660 1.353 1.649 2.117 2.198 0.949 1.258 0.811 2.136 1.265 1.715 0.622 0.537 1.399 0.810 0.576 2.682 2.987 2.361 3.250 4.313 4.384 3.303 1.635 3.211 3.610 2.195 2.822 3.205 3.621 2.765 2.598 1.914 3.156 2.097 2.415 1.427 1.565 1.700 0.972 9875 chr6 121750583 121767129 + 0 NA intron (NM_000165, intron 1 of 1) intron (NM_000165, intron 1 of 1) 2133 NM_000165 2697 Hs.74471 NM_000165 ENSG00000152661 GJA1 AVSD3|CMDR|CX43|EKVP|EKVP3|GJAL|HLHS1|HSS|ODDD|PPKCA gap junction protein alpha 1 protein-coding 3.374 0.694 0.786 0.438 0.117 0.030 0.455 0.232 0.345 0.035 0.161 1.710 0.297 0.024 0.108 0.410 0.072 0.087 0.442 0.287 2.196 7.943 0.075 0.094 0.065 0.368 0.148 0.116 0.046 0.013 0.179 0.601 0.840 0.206 0.062 0.884 0.465 5.062 0.190 0.257 0.014 0.045 0.303 0.128 0.323 0.065 0.245 0.126 1.068 0.878 0.254 0.815 0.410 0.263 0.375 0.065 0.260 0.030 0.064 0.557 0.055 0.570 0.024 0.149 0.189 0.024 0.025 0.304 0.166 0.323 0.501 0.205 0.225 0.367 0.176 0.297 0.252 0.082 0.173 0.226 0.282 0.525 0.309 0.082 0.169 3.541 2.455 0.172 0.457 0.399 0.298 7675 chr3 82041504 82056828 + 0 NA intron (NR_147146, intron 1 of 8) intron (NR_147146, intron 1 of 8) 13873 NR_147146 105377180 Hs.531803 NR_147146 ENSG00000239440 LINC02008 - long intergenic non-protein coding RNA 2008 ncRNA nan 0.680 1.508 0.033 0.471 0.019 0.027 0.555 0.931 0.006 0.042 0.067 0.008 0.039 0.083 0.204 0.043 0.062 0.062 0.012 0.033 0.651 0.306 0.266 0.309 0.014 0.010 0.005 0.109 0.028 0.053 0.085 0.065 0.371 0.038 0.079 0.111 0.071 0.092 0.008 0.105 0.066 0.016 0.015 0.021 0.005 0.120 0.065 0.043 0.060 0.010 0.018 0.204 0.037 0.029 0.309 0.048 0.022 0.013 0.416 0.026 0.026 0.153 0.027 0.011 0.013 0.291 0.210 0.277 0.331 0.519 0.629 7.057 2.232 0.161 0.149 1.199 1.245 0.666 0.403 1.147 1.089 0.093 0.177 0.750 0.913 0.343 0.896 0.758 0.376 264 chr1 37118510 37133696 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -177188 NM_156039 1441 Hs.524517 NM_000760 ENSG00000119535 CSF3R CD114|GCSFR|SCN7 colony stimulating factor 3 receptor protein-coding 1.299 nan 0.952 0.070 0.087 0.128 0.084 0.168 0.364 0.032 0.046 0.078 0.012 0.034 0.107 0.169 0.074 0.139 0.062 0.012 0.024 0.072 0.163 0.369 0.009 0.019 0.034 0.097 0.003 0.052 0.087 0.056 0.365 0.029 0.028 0.088 0.043 0.093 0.008 0.060 0.114 0.036 0.036 0.036 0.036 0.038 0.172 0.056 0.028 0.010 0.015 0.169 0.075 0.012 0.369 0.041 0.011 0.396 0.142 0.022 0.037 0.058 0.426 0.015 0.019 0.010 0.298 0.184 0.137 0.155 0.609 0.645 nan 0.213 0.180 0.129 4.003 4.694 5.013 6.517 nan 2.018 0.397 0.451 0.357 0.495 0.650 1.625 0.728 nan 806 chr1 159849849 159899270 + 0 NA Intergenic Tigger1|DNA|TcMar-Tigger -4653 NM_012337 25790 Hs.647705 NM_012337 ENSG00000213085 CFAP45 CCDC19|NESG1 cilia and flagella associated protein 45 protein-coding nan nan 1.691 1.716 0.627 0.482 2.418 0.749 1.515 0.743 1.607 2.229 0.270 0.124 0.814 0.704 0.809 0.163 1.701 0.867 2.099 0.042 0.689 0.369 2.058 1.690 1.603 0.375 1.108 0.814 0.747 2.563 1.712 0.914 2.616 0.642 0.484 0.284 0.111 1.479 0.193 3.942 0.872 0.446 1.174 0.740 1.603 1.874 1.002 0.793 0.535 1.264 0.704 2.155 1.287 2.058 1.178 1.575 0.145 4.421 0.208 2.057 0.619 0.149 1.135 0.362 0.213 0.805 0.949 2.696 6.242 1.560 nan 1.298 0.789 0.824 0.914 0.835 1.264 1.436 2.836 0.600 0.392 0.905 1.594 2.250 2.516 0.782 1.109 0.978 0.734 4960 chr17 71251730 71309658 + 0 NA 3' UTR (NM_012121, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_012121, exon 2 of 2) -22675 NM_001129885 642843 Hs.534707 NM_001129885 ENSG00000187959 CPSF4L - cleavage and polyadenylation specific factor 4 like protein-coding 1.528 1.246 1.859 1.073 0.919 0.190 2.913 0.498 0.977 0.770 2.217 1.308 0.125 0.155 1.341 0.719 1.152 0.436 1.770 0.811 0.495 0.160 0.519 0.281 0.739 1.620 1.643 0.540 1.866 0.853 1.860 4.313 0.849 1.743 0.780 2.246 0.300 0.432 0.105 1.061 0.998 2.288 0.684 0.306 1.818 0.538 1.722 0.951 2.257 1.102 0.664 1.675 0.719 1.850 1.590 0.739 0.691 0.262 0.161 0.701 0.423 1.382 1.198 0.430 1.000 0.488 0.262 2.100 2.745 3.422 6.722 1.384 1.336 1.383 0.494 1.236 1.268 nan 0.723 1.203 1.740 1.492 0.959 1.334 2.166 0.838 1.034 0.756 1.560 nan 0.612 1885 chr11 33881691 33900037 + 0 NA intron (NM_005574, intron 4 of 5) CpG 507 NM_001142316 4005 Hs.34560 NM_005574 ENSG00000135363 LMO2 LMO-2|RBTN2|RBTNL1|RHOM2|TTG2 LIM domain only 2 protein-coding 1.113 1.230 nan 0.105 0.354 2.728 0.071 0.620 1.094 0.062 0.059 0.405 0.010 0.033 0.536 0.708 0.429 0.114 0.122 0.031 0.019 0.015 1.408 0.595 0.255 0.068 0.048 0.145 0.060 0.034 0.197 0.289 0.104 2.559 0.016 0.042 0.212 0.094 0.092 0.032 0.514 0.152 0.489 0.259 0.030 0.025 0.191 0.326 0.213 0.106 0.232 0.033 0.708 0.097 0.036 0.255 0.047 0.081 0.656 0.209 0.039 0.022 2.298 0.087 0.067 0.038 0.011 2.271 3.501 1.707 0.989 0.865 0.978 0.268 0.112 0.441 0.368 1.469 2.131 0.376 0.448 0.580 0.441 4.023 5.411 0.403 0.321 0.275 nan 2.751 1.534 4899 chr17 59486224 59492077 + 0 NA promoter-TSS (NM_203425) promoter-TSS (NM_203425) 38 NM_203425 388407 Hs.434459 NM_203425 C17orf82 - chromosome 17 open reading frame 82 protein-coding 3.180 2.328 1.587 0.652 0.692 1.270 1.855 1.699 3.850 1.224 0.618 2.008 0.952 0.310 0.550 2.277 2.956 0.192 3.428 0.840 5.073 0.678 0.515 0.188 1.225 1.666 1.663 2.468 4.215 1.746 8.213 13.383 1.678 2.896 2.951 3.997 1.239 2.557 0.148 1.552 0.874 0.583 2.772 1.330 0.966 0.280 1.040 0.476 7.336 8.904 3.786 3.283 2.277 3.824 1.362 1.225 2.406 4.139 0.263 6.146 0.852 3.690 0.169 0.500 0.416 0.748 0.406 0.828 1.039 2.644 3.961 1.970 1.714 4.372 1.381 nan 8.177 1.904 2.366 nan nan 3.912 4.524 1.646 1.456 5.763 5.003 0.949 1.350 0.831 0.567 10054 chr6 159062465 159096800 + 0 NA intron (NM_001009991, intron 2 of 16) intron (NM_001009991, intron 2 of 16) -4803 NM_001318745 94120 Hs.436977 NM_001009991 ENSG00000164674 SYTL3 SLP3 synaptotagmin like 3 protein-coding nan 2.061 2.570 0.891 1.249 3.199 1.318 0.314 0.598 0.483 0.414 0.374 1.638 0.108 3.980 0.753 0.740 0.201 1.395 0.506 0.183 0.125 0.584 0.316 1.559 0.552 0.397 0.165 0.710 0.563 2.192 nan 2.408 5.829 0.454 0.181 0.743 0.405 0.120 0.205 0.714 0.512 0.506 0.257 1.955 1.103 1.543 0.311 0.351 0.883 0.085 0.454 0.753 2.238 0.657 1.559 0.295 0.353 0.373 0.398 2.351 0.360 0.291 0.450 0.274 0.433 0.267 1.186 1.161 0.909 1.279 1.668 nan 5.540 1.840 1.440 1.524 0.904 1.121 2.659 2.821 1.869 1.600 0.529 0.764 2.551 2.901 1.101 nan 1.778 0.906 2905 chr12 104191578 104197316 + 0 NA intron (NM_001031701, intron 4 of 13) intron (NM_001031701, intron 4 of 13) 40528 NM_001031701 51559 Hs.48428 NM_016575 ENSG00000111696 NT5DC3 TU12B1-TY|TU12B1TY 5'-nucleotidase domain containing 3 protein-coding 1.145 2.426 nan 1.160 4.645 3.123 2.632 0.924 1.279 0.099 0.397 1.893 0.030 0.423 2.264 1.071 1.315 0.139 0.257 0.164 0.474 0.144 0.661 0.249 2.168 0.785 0.443 0.141 0.952 0.749 0.475 2.736 0.839 6.159 0.519 2.287 0.066 0.090 0.133 0.808 0.112 3.313 0.673 0.435 0.572 0.201 2.167 0.788 1.619 0.359 5.451 3.052 1.071 0.224 0.546 2.168 1.709 0.483 0.339 0.630 0.837 1.269 0.034 0.151 0.258 2.403 1.997 1.063 1.764 0.373 0.566 3.366 2.604 8.868 4.899 0.413 0.541 1.543 2.318 6.983 8.783 0.400 0.349 0.363 0.487 1.122 2.513 0.292 0.500 5.629 3.719 5612 chr19 33863148 33868148 + 0 NA intron (NM_001252296, intron 1 of 1) intron (NM_001252296, intron 1 of 1) 218 NM_001252296 1054 Hs.429666 NM_001806 ENSG00000153879 CEBPG GPE1BP|IG/EBP-1 CCAAT enhancer binding protein gamma protein-coding 5.142 4.276 4.831 3.693 7.910 4.329 1.769 2.336 4.012 1.110 5.003 3.091 0.854 0.873 5.172 2.220 3.133 0.290 3.393 1.439 0.981 1.886 1.909 0.795 4.354 1.515 1.718 2.475 2.990 0.590 3.909 5.232 1.949 15.243 0.293 1.613 0.823 4.493 0.209 0.846 2.093 3.196 3.505 1.824 0.897 0.810 2.874 4.812 5.724 7.714 3.056 1.179 2.220 4.802 1.868 4.354 1.001 2.575 0.911 2.688 2.193 0.837 2.763 1.035 1.021 0.967 0.494 3.906 5.192 4.438 6.479 5.415 4.688 7.882 4.775 11.742 12.136 2.973 4.327 5.626 7.784 nan 6.516 12.215 15.038 5.360 7.386 3.681 4.079 3.223 1.626 7659 chr3 73299915 73310342 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 178019 NM_001303142 23024 Hs.660347 NM_015009 ENSG00000121440 PDZRN3 LNX3|SEMACAP3|SEMCAP3 PDZ domain containing ring finger 3 protein-coding 0.659 0.569 0.621 0.131 0.084 0.005 0.074 0.077 0.124 0.009 0.052 0.035 0.053 0.039 0.060 0.172 0.036 0.093 0.010 0.024 0.013 0.089 0.078 0.172 0.014 0.007 0.007 0.121 0.010 0.076 0.151 0.061 0.492 0.042 0.065 0.036 0.031 0.079 0.046 0.068 0.088 0.029 0.033 0.094 0.058 0.046 0.177 0.062 0.014 0.015 0.025 0.172 0.047 0.082 0.172 0.016 0.018 0.006 0.039 0.056 2.882 0.117 0.027 0.029 1.064 0.854 12.306 nan 0.235 0.250 0.145 0.059 0.669 1.002 0.163 0.319 0.199 0.219 0.489 0.210 1.617 3.548 0.084 0.070 0.243 nan 0.576 0.295 6519 chr2 180127067 180141097 + 0 NA Intergenic MER5A|DNA|hAT-Charlie -4732 NM_178123 91404 Hs.30977 NM_178123 ENSG00000187231 SESTD1 SOLO SEC14 and spectrin domain containing 1 protein-coding 2.058 2.251 1.965 2.831 3.484 0.740 0.607 2.050 3.671 0.320 0.757 1.704 0.088 0.623 1.562 1.021 1.147 0.057 0.980 0.231 0.458 0.246 1.422 0.686 1.904 1.866 1.395 0.099 1.936 0.150 3.340 6.199 3.973 4.092 0.458 3.990 0.770 0.410 0.114 0.165 0.776 1.169 0.446 0.305 0.739 0.700 3.252 0.293 1.455 0.699 1.697 3.059 1.021 0.968 0.371 1.904 0.846 1.760 0.278 0.657 0.650 0.733 0.221 0.133 0.178 0.115 0.040 1.394 1.381 1.591 2.273 2.200 2.033 4.612 2.123 2.432 2.437 nan 1.231 6.467 9.805 1.140 1.120 0.697 1.468 4.404 4.262 1.224 nan 2.246 1.240 556 chr1 100430674 100446738 + 0 NA intron (NM_001271685, intron 1 of 7) intron (NM_001271685, intron 1 of 7) 2714 NM_001271685 23443 Hs.448979 NM_012243 ENSG00000117620 SLC35A3 AMRS solute carrier family 35 member A3 protein-coding 1.370 nan nan 1.404 0.564 2.233 0.504 0.220 0.731 0.449 0.456 0.638 2.153 0.256 0.361 0.419 0.427 0.252 0.941 0.223 0.416 0.198 0.225 0.101 0.903 0.589 0.551 0.426 0.671 0.323 0.643 1.522 1.111 2.300 0.343 0.326 0.146 0.729 0.133 0.302 0.539 0.551 0.416 0.247 0.428 0.521 1.365 0.287 0.492 0.764 0.216 0.967 0.419 1.010 1.114 0.903 0.281 0.439 0.231 0.311 0.317 0.348 0.221 0.292 0.241 0.180 0.080 0.835 0.913 1.136 2.191 1.415 nan 1.299 0.631 0.731 0.810 1.138 1.565 nan nan 0.941 0.752 0.731 1.205 0.513 0.347 0.704 nan 1.006 0.813 717 chr1 151728081 151749369 + 0 NA promoter-TSS (NM_016178) promoter-TSS (NM_016178) -406 NM_016178 51686 Hs.713789 NM_016178 ENSG00000143450 OAZ3 AZ3|OAZ-t|TISP15 ornithine decarboxylase antizyme 3 protein-coding nan nan 1.927 0.826 0.589 0.297 3.041 0.338 0.665 0.279 0.483 0.412 0.358 0.338 0.710 0.765 0.414 0.212 1.419 0.985 0.354 0.192 0.347 0.355 0.704 0.569 0.531 0.285 1.243 1.081 9.236 14.524 1.494 2.761 1.204 0.714 0.102 0.454 0.146 0.493 0.302 0.523 0.363 0.143 1.719 1.095 0.659 0.428 0.562 0.687 1.781 2.995 0.765 1.951 0.615 0.704 0.488 1.146 0.229 0.797 0.744 0.707 0.401 0.460 0.390 0.218 0.132 1.000 1.059 1.229 1.881 1.596 nan 1.190 0.482 1.474 1.509 0.901 1.152 1.297 1.677 1.126 1.111 1.281 1.944 0.696 0.602 1.355 1.971 0.843 0.510 7882 chr3 141090775 141147094 + 0 NA intron (NM_001080412, intron 6 of 7) intron (NM_001080412, intron 6 of 7) -2257 NM_001350100 253461 Hs.518301 NM_152535 ENSG00000177311 ZBTB38 CIBZ|PPP1R171|ZNF921 zinc finger and BTB domain containing 38 protein-coding 1.743 nan nan 0.478 0.548 0.170 0.693 0.917 1.709 0.073 1.398 0.388 0.092 0.181 1.203 0.949 1.812 0.192 0.298 0.091 1.958 0.089 1.553 0.983 1.287 0.489 0.311 0.170 0.376 0.087 0.927 2.117 0.871 0.483 0.109 4.577 0.310 0.192 0.083 0.173 0.776 0.600 0.300 0.148 0.324 0.389 0.143 0.271 2.641 0.824 0.898 3.488 0.949 0.178 0.850 1.287 1.014 1.317 0.078 0.447 0.793 0.296 1.514 0.678 0.358 0.198 0.184 2.274 3.181 1.593 2.235 0.546 0.591 nan 2.311 0.561 0.505 0.952 nan 0.649 nan nan 1.053 1.724 2.229 1.330 1.406 1.183 3.067 2.083 1.277 2817 chr12 80812506 80821354 + 0 NA Intergenic Intergenic -21196 NM_001145026 374462 Hs.539284 NM_001145026 ENSG00000139304 PTPRQ DFNA73|DFNB84|DFNB84A|PTPGMC1|R-PTP-Q protein tyrosine phosphatase, receptor type Q protein-coding 0.868 0.928 0.613 0.196 0.109 0.060 0.033 0.255 0.702 0.011 0.248 0.135 0.007 0.489 0.080 0.101 1.044 0.269 0.061 0.035 1.747 0.962 0.175 0.032 0.008 0.038 0.058 0.024 0.073 0.126 0.047 0.375 0.016 0.177 1.689 1.058 0.104 0.013 0.072 0.052 0.014 0.009 0.037 0.009 0.162 0.102 0.028 0.024 0.045 0.015 0.101 0.030 0.060 0.175 0.042 0.053 0.023 0.006 0.046 0.044 0.071 0.017 0.013 0.011 0.320 0.231 0.167 0.390 0.644 0.899 3.209 0.886 0.260 0.249 0.739 0.785 0.478 0.539 0.430 0.228 0.136 0.331 8.440 8.145 0.235 0.499 1.103 0.788 6111 chr2 51226534 51260778 + 0 NA intron (NM_001330082, intron 2 of 21) L1PA7|LINE|L1 16018 NM_001330093 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 1.602 nan 1.092 0.073 1.648 1.556 0.085 1.457 2.683 0.008 0.055 0.022 0.175 0.364 1.637 0.504 0.113 0.122 0.240 0.050 0.018 0.020 2.970 1.902 2.499 0.006 0.015 0.004 0.123 0.006 0.314 1.028 0.322 3.628 0.251 0.078 0.579 0.038 0.112 0.007 0.239 0.105 0.020 0.009 0.134 0.013 0.087 0.079 0.043 0.014 0.064 0.045 0.504 0.152 0.024 2.499 0.228 0.034 0.739 0.034 0.678 0.023 0.118 0.183 0.007 0.025 0.009 0.524 0.677 0.309 0.379 2.197 2.422 3.478 1.079 0.386 0.449 4.702 5.699 3.744 4.545 3.068 2.788 0.162 0.356 2.165 2.693 0.673 1.301 1.076 0.616 7838 chr3 132926668 132934490 + 0 NA intron (NM_001282865, intron 1 of 3) intron (NM_001282865, intron 1 of 3) 45386 NR_110812 101927455 Hs.570550 NR_110812 ENSG00000251011 TMEM108-AS1 - TMEM108 antisense RNA 1 ncRNA 1.089 nan nan 0.065 0.098 0.763 0.163 0.712 1.519 0.012 0.050 0.010 0.026 0.240 0.373 0.960 0.163 0.115 0.121 0.033 0.278 0.188 0.352 0.009 0.078 0.041 0.535 1.859 0.100 0.379 0.225 0.069 0.049 0.014 0.078 0.618 0.040 0.094 0.015 0.014 0.039 0.030 0.139 0.042 0.046 0.085 0.373 0.054 0.024 0.352 0.107 0.031 0.131 0.051 0.104 0.020 0.013 0.190 0.029 0.015 0.007 0.371 0.185 15.512 4.845 0.448 0.579 1.162 0.475 0.715 0.766 0.908 1.295 0.416 0.361 nan 0.464 0.162 0.186 0.096 0.178 0.412 1.257 0.920 0.652 7250 chr21 44829218 44880432 + 0 NA Intergenic Intergenic -7756 NM_001320643 102724428 Hs.282113 NM_001320643 ENSG00000275993 SIK1B - salt inducible kinase 1B (putative) protein-coding nan 1.533 2.400 0.833 0.687 2.325 2.812 1.689 2.933 0.130 0.543 0.227 0.082 0.411 1.927 0.761 0.215 0.057 1.451 0.663 1.147 0.081 0.337 0.194 2.127 0.846 0.726 1.037 1.742 1.065 1.051 3.624 1.472 3.241 0.769 4.252 0.273 0.152 0.069 0.655 0.312 0.611 0.224 0.131 0.324 0.303 0.573 0.860 4.434 3.012 4.609 0.761 2.417 0.326 2.127 3.684 3.582 0.463 2.406 1.870 0.536 0.348 0.134 0.246 0.063 0.044 1.106 1.543 2.017 3.307 2.371 2.288 nan 1.023 3.405 3.385 0.743 nan 2.394 2.847 1.636 1.748 0.983 1.414 1.756 1.874 0.550 0.671 1.616 0.945 5436 chr18 74531413 74537176 + 0 NA promoter-TSS (NM_001306089) promoter-TSS (NM_001306089) -43 NR_040024 100131655 Hs.385806 NR_040024 ENSG00000264278 ZNF236-DT - ZNF236 divergent transcript ncRNA nan nan 4.458 3.827 4.803 4.105 1.800 2.223 4.768 1.097 4.060 1.955 1.012 2.213 2.948 8.069 1.153 0.111 1.710 0.263 4.543 1.926 2.585 1.241 13.935 1.486 1.732 3.216 1.749 0.952 2.014 2.929 1.975 8.311 0.560 3.247 2.491 3.556 0.078 0.654 2.992 4.000 1.702 0.662 1.332 1.207 2.856 2.633 4.562 4.986 2.126 2.689 8.069 2.352 1.689 13.935 0.531 0.716 0.468 5.467 2.415 1.518 1.341 1.548 1.393 1.339 1.131 5.585 6.826 8.447 7.868 10.531 nan 12.504 7.210 16.106 15.261 2.387 3.075 10.882 18.456 6.063 6.580 2.834 5.918 10.478 9.594 4.658 3.298 2.532 1.466 8299 chr4 25562735 25572526 + 0 NA intron (NR_134641, intron 1 of 3) AluSx|SINE|Alu 3338 NR_134641 101929161 Hs.125638 NR_134641 LOC101929161 - uncharacterized LOC101929161 ncRNA 0.704 0.752 nan 0.154 0.372 0.564 0.224 0.130 0.298 0.039 0.128 0.057 6.618 0.063 0.669 0.289 0.092 0.165 0.280 0.058 0.064 0.015 0.176 0.183 0.294 1.669 0.946 0.022 0.167 0.686 0.362 2.339 1.730 0.629 0.165 0.066 0.019 0.044 0.066 0.012 0.266 0.141 0.049 0.040 1.912 0.126 0.059 0.104 1.310 0.088 0.193 1.630 0.289 0.384 0.038 0.294 0.395 1.070 0.083 0.094 0.081 0.030 0.025 0.077 0.024 0.016 0.322 0.148 0.203 0.567 0.324 0.390 0.839 0.207 0.561 0.630 0.344 0.452 0.732 0.820 0.536 0.386 0.056 0.209 0.065 0.047 0.086 0.178 nan 0.747 2249 chr11 111669847 111680171 + 0 NA intron (NM_001352421, intron 14 of 15) L1MC1|LINE|L1 -37840 NM_181699 5519 Hs.269128 NM_002716 ENSG00000137713 PPP2R1B PP2A-Abeta|PR65B protein phosphatase 2 scaffold subunit Abeta protein-coding 0.651 0.741 0.573 0.049 0.393 0.096 0.130 0.156 0.243 0.037 0.215 0.148 2.781 0.036 0.121 0.271 0.066 0.079 0.140 0.019 0.018 0.144 0.139 0.097 0.153 0.142 0.092 0.092 0.025 0.063 0.106 0.123 0.400 0.071 0.160 0.037 0.116 0.125 0.084 0.195 0.039 0.038 0.074 0.084 1.634 0.211 0.084 0.097 0.421 0.292 0.271 0.076 0.090 0.097 0.198 0.080 0.037 0.074 0.176 0.061 0.152 0.119 0.022 0.017 0.005 1.798 nan 0.382 0.512 0.610 0.534 0.833 0.464 0.302 0.349 0.760 nan 0.379 0.488 0.304 0.190 0.422 0.703 0.156 0.276 0.296 0.531 0.561 0.556 3353 chr13 112126218 112138563 + 0 NA Intergenic Intergenic -115966 NR_135814 105370369 NR_135814 ENSG00000215881 LINC02337 - long intergenic non-protein coding RNA 2337 ncRNA 0.759 nan 1.090 0.029 2.603 0.576 0.052 0.719 1.783 0.072 0.015 0.009 0.016 0.649 0.807 0.043 0.013 0.069 0.031 0.011 1.321 0.355 2.640 0.006 0.017 0.006 0.022 0.008 0.111 0.127 0.023 1.474 0.012 0.035 0.926 0.044 0.050 0.019 0.161 0.172 0.025 0.031 0.037 0.066 0.081 0.033 0.034 0.019 0.027 0.807 0.081 0.030 2.640 0.027 0.074 0.016 0.076 3.684 0.025 0.476 0.079 0.006 0.019 0.012 0.444 0.300 0.164 0.290 3.961 4.054 11.733 7.426 0.083 0.072 0.032 0.087 3.304 3.771 0.242 0.178 0.604 0.827 4.796 3.420 0.080 0.174 1.442 0.901 5678 chr19 41194611 41201065 + 0 NA 3' UTR (NM_024876, exon 15 of 15) 3' UTR (NM_024876, exon 15 of 15) -1275 NM_004756 9253 Hs.326953 NM_004756 ENSG00000105245 NUMBL CAG3A|CTG3a|NBL|NUMB-R|NUMBLIKE|NUMBR|TNRC23 NUMB like, endocytic adaptor protein protein-coding 4.249 1.702 9.326 1.690 0.855 4.408 1.224 0.795 1.256 0.827 2.568 2.777 0.328 0.356 2.672 2.335 1.318 0.192 1.644 0.951 2.308 0.516 1.292 0.689 2.050 2.025 2.722 2.988 1.529 0.341 0.686 nan 1.073 8.308 0.431 2.160 0.767 3.012 0.127 0.742 1.242 2.861 1.050 0.548 0.847 0.348 0.864 1.501 5.238 5.124 1.014 0.946 2.335 1.953 0.665 2.050 0.930 1.259 1.561 3.220 3.369 0.267 0.534 4.052 0.834 0.544 0.294 2.344 3.069 2.191 3.494 8.642 7.385 4.013 1.188 7.043 7.725 3.481 4.414 3.727 6.527 8.950 11.011 1.304 1.632 3.088 3.403 6.402 8.680 3.441 1.597 1605 chr10 99330126 99337242 + 0 NA intron (NM_001291219, intron 1 of 7) intron (NM_001291219, intron 1 of 7) 1428 NM_001291219 26287 Hs.73708 NM_020349 ENSG00000165887 ANKRD2 ARPP ankyrin repeat domain 2 protein-coding 0.887 0.727 3.278 1.119 0.129 0.081 4.514 0.202 0.239 3.787 1.572 0.340 0.043 0.069 0.077 0.341 0.387 0.167 2.137 1.092 6.463 0.045 0.092 0.147 0.771 0.478 2.617 3.252 2.296 0.339 0.755 0.525 0.509 1.039 0.956 0.014 0.154 0.088 0.313 0.034 10.897 6.116 2.698 1.640 1.342 2.246 0.532 2.411 0.519 0.665 1.899 0.341 2.561 2.150 0.147 1.734 3.768 0.187 3.651 0.142 1.647 0.070 0.278 0.780 1.780 1.058 0.502 1.094 0.531 2.059 0.235 0.337 0.818 0.153 0.270 0.271 0.276 0.573 nan 0.679 0.282 0.392 0.222 0.285 0.052 0.106 0.324 0.490 0.270 0.243 8957 chr5 66499552 66512513 + 0 NA Intergenic MER5B|DNA|hAT-Charlie -13415 NM_005582 4064 Hs.87205 NM_005582 ENSG00000134061 CD180 LY64|Ly78|RP105 CD180 molecule protein-coding 0.849 1.283 0.778 1.523 0.152 0.199 2.067 0.254 0.305 0.488 0.090 0.418 0.187 0.046 0.498 0.248 0.669 0.173 1.237 0.836 0.137 0.044 0.070 0.076 0.042 2.568 1.431 0.006 1.775 2.394 0.861 3.731 1.823 0.584 1.173 0.121 0.047 0.042 0.141 0.864 0.067 0.879 0.341 0.264 2.575 0.881 0.706 0.379 0.232 0.284 0.415 2.287 0.248 1.162 5.278 0.042 1.402 0.935 0.039 0.051 0.168 1.993 0.015 0.275 0.462 0.120 0.118 0.247 0.155 0.287 0.555 0.339 0.398 0.635 0.249 0.163 0.132 0.319 0.607 0.482 0.475 0.515 0.271 0.137 0.234 0.282 0.339 0.239 0.346 0.259 0.310 6892 chr20 22537862 22568146 + 0 NA intron (NR_001558, intron 1 of 3) intron (NR_001558, intron 1 of 3) 6276 NR_001558 140828 Hs.9842 NR_001558 ENSG00000259974 LINC00261 ALIEN|C20orf56|DEANR1|HCCDR1|NCRNA00261|TCONS_00027846|onco-lncRNA-17 long intergenic non-protein coding RNA 261 ncRNA 0.799 1.138 nan 0.059 5.045 0.012 1.164 4.102 7.262 0.003 0.164 0.083 0.026 2.886 0.212 0.541 0.092 0.084 0.175 0.038 0.013 0.014 5.951 2.815 3.383 0.503 0.427 0.007 1.235 0.125 0.862 1.636 1.976 2.555 0.395 0.053 3.349 0.043 0.060 0.530 0.019 0.094 0.066 0.075 0.629 0.069 0.060 0.091 1.882 0.038 0.903 0.048 0.541 0.230 0.022 3.383 0.041 0.082 0.013 0.163 1.574 0.395 0.042 0.053 2.802 0.021 0.019 0.387 0.186 0.080 0.107 2.184 1.943 7.610 3.292 0.090 0.095 0.110 0.204 2.684 3.313 0.298 0.096 0.165 0.233 9.588 7.346 0.188 0.355 4.773 2.597 2431 chr12 5365735 5388668 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -24884 NR_120477 101929584 Hs.436529 NR_120476 ENSG00000256115 LINC02443 - long intergenic non-protein coding RNA 2443 ncRNA 0.781 nan nan 0.056 4.127 0.402 0.285 0.294 0.533 0.013 0.057 0.130 0.008 0.031 0.450 0.469 0.328 0.064 0.069 0.022 0.012 0.658 0.281 2.095 0.009 0.009 0.016 0.090 0.004 0.108 0.134 0.117 4.870 0.019 0.061 0.175 0.085 0.105 0.021 0.639 0.052 0.026 0.007 0.076 0.084 0.067 0.200 0.036 0.086 0.004 0.014 0.469 0.040 0.023 2.095 0.043 0.040 0.013 0.094 0.022 0.027 0.224 0.200 0.026 0.020 0.018 0.319 0.255 0.551 1.222 nan 0.882 2.807 0.779 0.725 0.763 0.560 0.778 2.142 2.447 0.329 0.198 0.362 0.653 1.247 1.105 0.335 nan 0.764 0.488 6373 chr2 135783194 135813360 + 0 NA Intergenic Intergenic -11558 NM_012233 22930 Hs.306327 NM_012233 ENSG00000115839 RAB3GAP1 P130|RAB3GAP|RAB3GAP130|WARBM1 RAB3 GTPase activating protein catalytic subunit 1 protein-coding nan 0.895 nan 0.435 0.391 0.196 0.357 0.292 0.458 0.141 0.377 0.193 0.095 0.102 0.315 0.300 0.370 0.101 0.532 0.081 0.197 0.078 0.183 0.207 0.444 0.308 0.272 0.247 0.393 0.139 0.467 0.978 0.624 1.013 0.194 0.326 0.067 0.281 0.089 0.101 0.160 0.265 0.291 0.148 0.215 0.297 0.287 0.358 0.354 0.561 0.154 0.420 0.300 0.544 0.332 0.444 0.230 0.535 0.098 0.314 0.103 0.194 0.177 2.185 0.180 0.135 0.074 0.617 0.507 0.646 0.927 0.569 0.574 1.291 0.552 0.638 0.620 0.573 0.892 0.785 nan 1.416 1.058 0.444 0.600 0.312 0.337 1.269 4.242 0.524 0.437 6299 chr2 109335109 109345615 + 0 NA intron (NM_006267, intron 1 of 28) (ATTG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 4425 NM_006267 5903 Hs.199561 NM_006267 ENSG00000153201 RANBP2 ADANE|ANE1|IIAE3|NUP358|TRP1|TRP2 RAN binding protein 2 protein-coding 2.817 nan 2.466 1.262 1.945 0.758 1.035 0.693 1.491 0.545 1.681 1.458 0.206 0.824 0.573 1.470 0.660 0.200 1.009 0.273 0.432 0.541 1.062 0.770 1.931 1.010 0.847 0.603 1.591 0.400 1.036 1.481 1.113 2.261 0.391 0.879 0.126 1.044 0.124 0.494 0.712 1.177 0.963 0.591 0.577 0.513 1.301 1.102 1.142 1.990 0.530 0.873 1.470 1.609 0.904 1.931 0.454 0.496 0.582 1.353 1.107 0.893 0.482 3.099 0.588 0.241 0.247 1.766 1.771 1.999 3.098 4.038 3.428 3.968 1.852 4.552 4.895 1.726 2.119 3.031 4.965 3.090 3.758 1.483 2.004 1.081 1.073 4.982 8.194 1.515 0.825 1945 chr11 56888008 56896651 + 0 NA Intergenic Intergenic -56892 NM_001005210 219527 Hs.199853 NM_001005210 ENSG00000183908 LRRC55 - leucine rich repeat containing 55 protein-coding 0.563 0.715 0.504 0.033 0.172 0.035 0.041 0.129 0.181 0.022 0.116 0.169 0.079 0.081 0.186 0.453 0.052 0.093 0.062 0.044 0.014 0.016 0.074 0.087 0.156 0.017 0.008 0.364 0.012 0.130 0.393 6.039 0.218 0.068 0.062 0.107 0.014 0.009 0.132 0.014 0.027 0.306 0.230 1.178 0.111 0.873 0.042 0.100 0.241 0.453 0.049 0.022 0.156 0.311 0.130 0.044 0.075 0.047 0.027 0.023 0.057 0.011 0.020 0.628 0.435 0.199 0.396 0.268 0.298 0.204 0.041 0.303 0.330 0.329 0.508 0.284 0.370 0.338 0.098 0.135 0.207 0.064 0.095 0.243 0.403 0.292 0.434 9075 chr5 94025967 94034702 + 0 NA intron (NM_032290, intron 20 of 20) intron (NM_032290, intron 20 of 20) 75943 NM_032290 84250 Hs.657315 NM_032290 ENSG00000133302 SLF1 ANKRD32|BRCTD1|BRCTx SMC5-SMC6 complex localization factor 1 protein-coding nan 5.719 1.086 0.150 0.231 1.196 0.238 0.110 0.379 0.033 0.204 0.148 0.021 0.011 0.453 0.808 0.291 0.110 0.143 0.022 0.151 0.032 0.076 0.120 0.008 0.416 0.366 0.264 0.241 0.520 0.242 0.558 0.151 7.959 0.569 0.394 0.132 0.174 0.128 0.011 0.007 0.009 0.137 0.097 0.163 0.079 0.084 0.008 3.130 0.261 0.808 0.058 0.276 0.071 0.331 0.011 0.254 0.431 0.272 0.085 0.097 0.044 0.178 0.123 0.279 0.265 0.286 0.484 0.313 0.471 1.303 0.408 0.177 0.128 1.440 1.772 1.154 0.796 0.632 0.325 0.182 0.202 2.012 2.969 0.248 nan 0.923 0.485 969 chr1 187151739 187163951 + 0 NA intron (NR_126347, intron 1 of 3) intron (NR_126347, intron 1 of 3) 95871 NR_126347 104169671 NR_126347 ENSG00000230426 LINC01036 - long intergenic non-protein coding RNA 1036 ncRNA nan nan 1.112 0.092 0.163 0.036 0.029 0.877 1.261 0.052 0.045 0.015 0.008 0.157 0.230 0.144 0.093 0.124 0.046 0.021 0.023 0.714 0.404 0.383 0.028 0.006 0.006 0.062 0.017 0.053 0.159 0.098 0.302 0.012 0.057 0.194 0.018 0.127 0.148 0.008 0.005 0.032 0.036 0.006 0.072 0.037 0.047 0.040 0.013 0.065 0.230 0.049 0.023 0.383 0.010 0.095 0.040 0.005 0.050 0.013 0.092 0.082 0.012 0.032 0.020 0.590 0.409 0.390 0.577 0.590 nan 10.035 5.167 nan 0.380 0.801 1.129 0.744 0.447 0.504 0.187 0.275 0.437 2.931 1.832 0.377 nan 0.911 0.563 9477 chr6 19431812 19480417 + 0 NA intron (NR_134615, intron 1 of 1) intron (NR_134615, intron 1 of 1) 6062 NR_134615 105374960 Hs.519913 NR_134615 LOC105374960 - uncharacterized LOC105374960 ncRNA 1.123 nan 1.372 0.293 0.486 2.239 0.563 0.416 0.788 0.147 0.129 0.040 0.133 0.035 0.653 0.450 0.733 0.136 0.601 0.187 0.524 0.031 0.364 0.195 1.005 0.307 0.156 0.017 0.201 0.093 0.885 2.087 3.459 2.484 0.578 0.260 0.239 0.140 0.099 0.136 0.406 0.326 0.045 0.011 0.141 0.159 0.152 0.070 0.193 0.039 0.256 0.410 0.450 0.619 0.014 1.005 0.264 0.339 0.145 0.072 0.255 0.339 0.043 0.098 0.226 0.012 0.006 0.434 0.277 0.236 0.497 0.571 0.737 2.633 0.799 0.284 0.259 1.047 1.257 0.490 0.475 0.432 0.202 0.167 0.211 1.616 1.481 0.353 0.799 0.904 0.734 4207 chr16 4523416 4528417 + 0 NA promoter-TSS (NM_001127204) promoter-TSS (NM_001127204) 422 NM_001351994 57407 Hs.288969 NM_020677 ENSG00000153406 NMRAL1 HSCARG|SDR48A1 NmrA like redox sensor 1 protein-coding 3.244 nan 3.531 7.102 6.337 3.494 5.739 2.566 4.021 1.742 5.132 2.143 0.497 1.358 2.274 3.231 0.748 0.257 4.936 2.252 1.297 0.997 0.927 0.298 3.449 3.163 3.544 2.723 5.975 1.864 6.222 9.499 2.136 11.680 2.484 3.983 0.686 2.607 0.196 1.206 2.473 2.926 3.303 1.764 2.780 3.351 3.765 1.819 3.534 3.599 3.419 10.186 3.231 9.011 7.917 3.449 1.394 2.312 0.545 4.264 2.489 4.902 1.029 2.850 1.472 2.318 1.777 5.375 4.405 2.264 3.696 3.650 3.410 11.909 3.800 7.971 7.279 2.935 4.165 4.585 6.676 1.326 1.401 1.391 2.287 3.609 3.977 4.393 6.557 4.289 2.110 4089 chr15 77816722 77827419 + 0 NA intron (NR_135692, intron 1 of 1) intron (NR_135692, intron 1 of 1) 4133 NR_135692 101929457 Hs.637111 NR_135692 ENSG00000259362 LOC101929457 - uncharacterized LOC101929457 ncRNA 1.448 0.908 1.259 0.094 0.062 0.210 0.081 0.267 0.537 0.045 0.084 0.120 0.575 0.019 0.075 0.299 0.549 0.070 0.138 0.071 0.024 0.125 0.075 0.140 0.224 0.131 0.047 0.132 0.070 0.060 1.100 4.834 0.991 3.464 0.288 0.135 0.026 0.074 0.066 0.210 0.029 0.112 0.056 0.029 0.071 0.114 0.126 0.152 0.244 0.093 0.052 0.196 0.299 0.314 0.006 0.224 0.170 0.178 0.217 0.241 0.111 0.096 1.992 2.672 0.177 0.011 0.029 0.636 0.733 0.290 0.637 0.394 0.416 0.505 0.206 0.316 0.245 0.618 1.056 0.527 0.597 0.721 0.344 1.143 2.634 0.077 0.128 2.814 8.542 0.275 0.300 1501 chr10 70087136 70095538 + 0 NA promoter-TSS (NM_001322440) promoter-TSS (NM_001322440) -113 NM_001322438 3189 Hs.643472 NM_012207 ENSG00000096746 HNRNPH3 2H9|HNRPH3 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H3 protein-coding 5.475 nan 4.843 6.227 4.161 3.100 3.730 4.595 7.318 2.073 5.677 2.951 2.406 2.524 2.701 2.814 6.569 0.769 2.928 1.036 4.682 4.666 1.857 0.650 6.633 3.048 3.725 1.413 4.804 1.628 3.823 4.809 3.024 7.741 1.174 3.448 1.159 4.781 0.127 1.588 2.860 5.524 4.842 1.776 2.210 1.778 4.768 3.129 3.958 3.941 1.730 2.748 2.814 3.366 3.562 6.633 2.114 1.899 0.955 3.215 1.391 3.489 1.736 2.199 2.633 3.502 2.645 7.708 6.152 7.659 11.559 9.164 8.732 8.445 5.340 8.763 9.172 4.089 5.007 10.002 nan 6.190 6.101 3.517 5.353 5.133 4.739 6.955 nan 2.927 1.677 4808 chr17 43296397 43311465 + 0 NA intron (NM_005892, intron 1 of 26) MIR|SINE|MIR 4639 NM_005892 752 Hs.100217 NM_005892 ENSG00000184922 FMNL1 C17orf1|C17orf1B|FHOD4|FMNL|KW-13 formin like 1 protein-coding 1.590 1.439 nan 1.940 0.259 0.727 0.981 0.459 0.820 0.739 8.239 1.090 0.527 0.027 0.223 0.298 0.543 0.128 1.155 1.064 6.721 0.129 0.292 0.161 0.707 2.009 1.355 2.699 0.154 1.489 2.014 nan 0.385 1.094 0.188 9.986 0.051 1.154 0.105 0.721 0.116 13.563 2.473 1.069 2.184 0.141 0.583 1.045 9.019 1.328 0.355 2.722 0.298 1.437 4.323 0.707 1.868 0.284 1.157 4.650 1.975 0.425 0.085 0.131 3.554 0.088 0.040 0.677 1.148 0.367 0.719 1.150 nan 1.148 0.385 0.923 0.961 0.490 0.891 0.617 nan 2.146 1.763 0.594 0.699 0.267 0.358 0.499 1.071 0.917 0.645 549 chr1 99919223 99947721 + 0 NA Intergenic Intergenic 19888 NR_125951 101928270 Hs.576048 NR_125951 ENSG00000224445 LINC01708 - long intergenic non-protein coding RNA 1708 ncRNA nan nan 1.370 0.064 0.055 0.046 0.040 0.156 0.175 0.037 0.052 0.126 0.026 0.036 0.083 0.166 0.213 0.130 0.097 0.017 0.053 0.092 0.083 0.072 0.226 0.007 0.005 0.049 0.081 0.011 0.068 0.087 0.065 0.296 0.031 0.114 0.010 0.080 0.094 0.031 0.103 0.047 0.030 0.015 0.024 0.156 0.136 0.041 0.056 0.054 0.067 0.166 0.050 0.051 0.226 0.025 0.040 0.034 0.131 0.058 0.125 0.031 4.655 0.024 0.018 0.011 0.361 0.193 0.442 0.659 0.564 nan 0.148 0.075 0.254 0.269 0.794 nan 0.333 0.359 nan 1.359 0.134 0.210 0.038 0.051 1.570 6.695 0.650 0.625 8002 chr3 171488121 171536147 + 0 NA intron (NM_002662, intron 1 of 26) Tigger7|DNA|TcMar-Tigger 16150 NM_001130081 5337 Hs.382865 NM_002662 ENSG00000075651 PLD1 CVDD phospholipase D1 protein-coding 1.254 1.193 0.839 1.303 0.238 0.125 0.726 0.247 0.527 0.329 0.812 0.998 2.341 0.098 0.090 0.195 2.712 0.389 0.880 0.395 2.016 0.064 0.173 0.241 0.140 0.518 0.337 0.212 0.997 0.368 0.422 0.853 2.032 0.310 0.331 2.440 0.094 0.261 0.093 0.396 0.195 1.372 0.279 0.129 0.324 0.178 1.187 0.456 1.117 0.801 0.874 1.111 0.195 0.770 0.731 0.140 0.288 1.016 0.045 0.415 0.197 0.971 3.466 0.250 0.187 0.148 0.104 2.144 2.669 5.966 6.792 0.435 0.447 1.005 0.375 0.540 0.520 0.588 0.956 0.762 0.802 0.773 0.327 2.952 4.535 0.473 0.944 0.275 0.497 0.685 0.678 6127 chr2 54997105 55001358 + 0 NA intron (NM_001039753, intron 1 of 40) intron (NM_001039753, intron 1 of 40) 47082 NM_001039753 400954 Hs.656692 NM_001039753 ENSG00000214595 EML6 - echinoderm microtubule associated protein like 6 protein-coding 1.123 nan 0.843 0.256 0.123 0.026 8.980 0.075 0.275 0.227 0.704 1.714 0.029 0.023 0.211 0.448 0.140 0.077 5.690 4.091 0.030 0.229 0.159 0.104 3.987 2.722 0.035 4.604 2.478 2.137 4.720 0.992 0.380 3.709 0.089 0.023 0.102 0.162 4.614 0.093 4.638 3.322 1.829 4.600 3.226 0.295 4.037 0.158 1.162 0.038 1.005 0.448 3.154 3.813 0.104 1.146 0.137 0.032 0.082 0.459 3.987 0.115 2.538 0.054 0.024 0.325 0.150 0.418 0.255 0.312 0.363 0.449 0.223 0.343 0.437 0.850 1.207 0.343 0.456 0.612 0.416 0.207 0.185 0.304 0.363 0.350 0.459 0.547 0.573 8532 chr4 124351930 124411939 + 0 NA Intergenic Tigger3|DNA|TcMar-Tigger 61289 NM_005841 10252 Hs.744854 NM_005841 ENSG00000164056 SPRY1 hSPRY1 sprouty RTK signaling antagonist 1 protein-coding 0.665 0.712 nan 0.156 0.191 0.015 0.641 0.136 0.325 0.067 0.087 0.645 0.294 0.067 0.048 0.162 0.253 0.116 0.207 0.098 0.490 0.044 0.058 0.078 0.122 0.284 0.091 0.023 0.173 0.458 1.083 3.666 2.064 0.270 0.263 0.051 0.017 0.074 0.075 0.387 0.094 0.060 0.028 0.022 0.157 0.138 0.424 0.167 0.141 0.095 0.517 0.144 0.162 0.239 0.092 0.122 0.178 0.296 0.044 0.213 0.120 0.087 0.056 0.171 0.073 0.187 0.149 0.202 0.177 0.362 0.758 0.242 0.279 0.500 0.153 0.197 0.195 0.104 0.148 0.301 0.288 0.483 0.333 0.139 0.208 0.099 0.120 0.321 0.589 0.394 0.354 9049 chr5 87891420 87909643 + 0 NA intron (NR_152235, intron 2 of 3) intron (NR_152235, intron 2 of 3) 62226 NR_030741 407047 NR_030741 ENSG00000284447 MIR9-2 MIRN9-2|hsa-mir-9-2|miRNA9-2|mir-9-2 microRNA 9-2 ncRNA 0.692 1.194 0.659 0.055 0.087 0.022 0.046 0.114 0.168 0.016 0.123 0.065 0.030 0.022 0.098 0.044 0.112 0.080 0.064 0.021 0.021 0.046 0.051 0.113 0.020 0.019 0.012 0.004 0.066 0.017 0.080 0.442 0.051 0.170 0.040 0.059 1.271 0.035 0.120 0.007 0.071 0.051 0.016 0.004 0.018 0.025 0.053 0.076 0.063 0.046 0.035 0.030 0.044 0.066 0.020 0.020 0.061 0.046 0.038 0.056 0.048 0.038 0.021 0.017 0.038 0.008 0.212 0.183 0.218 0.369 0.115 0.203 0.082 0.043 0.133 0.096 0.405 0.562 0.209 0.204 0.379 0.146 0.083 0.116 4.477 5.755 0.160 nan 0.279 0.385 7018 chr20 47077045 47095593 + 0 NA Intergenic Intergenic 97665 NR_026958 284749 Hs.299080 NR_026958 ENSG00000235621 LINC00494 - long intergenic non-protein coding RNA 494 ncRNA nan nan 0.885 0.128 0.090 0.310 0.038 0.112 0.248 0.021 0.078 0.063 0.013 0.027 0.202 0.510 0.125 0.070 0.116 0.010 0.024 0.030 0.068 0.036 0.099 0.034 0.025 0.028 0.066 0.017 0.043 0.107 0.129 0.660 0.008 0.069 0.005 0.045 0.082 0.006 0.106 0.144 0.032 0.025 0.019 0.065 0.206 0.188 0.088 0.027 0.122 0.071 0.510 0.047 0.030 0.099 0.046 0.022 0.635 0.121 0.011 0.046 0.043 0.087 0.041 0.027 0.022 0.451 0.279 0.145 0.311 1.239 1.040 nan 0.111 0.116 0.103 3.272 3.832 0.157 0.156 nan 1.283 0.295 0.317 0.098 0.182 0.273 0.442 0.257 0.517 3930 chr15 43799821 43810954 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -2461 NM_005657 7158 Hs.440968 NM_005657 ENSG00000067369 TP53BP1 53BP1|TDRD30|TP53|p202|p53BP1 tumor protein p53 binding protein 1 protein-coding 2.179 1.235 nan 0.116 0.807 0.728 0.648 0.782 1.448 0.113 1.653 1.025 0.167 0.277 2.526 4.292 1.417 0.217 0.162 0.137 0.636 0.534 0.822 0.566 1.603 0.479 0.312 0.472 0.318 0.057 0.317 0.684 0.205 3.093 0.224 2.334 0.445 0.467 0.090 0.211 0.576 0.199 0.211 0.133 0.098 0.048 0.124 0.609 0.590 0.906 1.007 0.226 4.292 0.274 0.549 1.603 0.033 0.136 1.511 0.534 1.780 0.497 0.825 0.904 0.640 0.134 0.114 1.229 1.888 0.660 0.844 2.512 2.175 3.877 0.876 0.556 0.676 1.694 nan 2.396 3.436 4.556 4.247 1.006 1.166 1.803 2.417 2.879 4.006 2.175 1.243 8828 chr5 30599618 30609750 + 0 NA Intergenic Intergenic -589078 NM_001362435 1004 Hs.124776 NM_004932 ENSG00000113361 CDH6 CAD6|KCAD cadherin 6 protein-coding 0.557 1.056 nan 0.127 2.812 0.011 0.007 0.079 0.166 0.010 0.085 0.255 0.025 3.934 0.052 0.704 0.229 0.127 0.209 0.038 0.006 0.041 2.069 0.679 0.423 0.003 0.007 0.008 0.170 0.010 0.376 2.003 0.147 1.582 0.058 0.059 0.461 0.011 0.132 0.023 0.037 0.036 0.030 0.007 0.022 0.062 0.075 0.033 0.014 0.109 0.026 0.704 0.086 0.423 0.036 0.058 0.009 0.040 2.385 0.055 0.019 0.047 0.008 0.051 0.020 0.381 0.255 0.210 0.283 0.300 0.291 3.900 2.482 0.137 0.145 0.202 0.405 5.480 5.386 0.478 0.204 0.110 0.195 1.625 2.479 0.286 0.412 0.931 0.508 946 chr1 184844691 184875400 + 0 NA intron (NM_052966, intron 3 of 13) intron (NM_052966, intron 3 of 13) 83673 NM_052966 116496 Hs.518662 NM_052966 ENSG00000135842 FAM129A C1orf24|GIG39|NIBAN family with sequence similarity 129 member A protein-coding nan nan 1.036 0.091 0.157 0.623 0.169 0.185 0.295 0.025 0.098 0.751 0.014 0.039 0.174 0.248 0.773 0.251 0.247 0.136 0.045 0.032 0.086 0.173 0.224 0.126 0.059 0.088 0.101 0.107 0.111 0.587 0.401 0.558 0.413 0.114 0.028 0.096 0.113 0.081 0.052 0.075 0.025 0.025 0.106 0.033 0.100 0.115 0.050 0.113 0.044 0.074 0.248 0.103 0.077 0.224 0.068 0.097 0.102 0.066 0.033 0.129 0.132 0.095 0.045 0.013 0.022 0.617 0.399 5.274 5.240 0.489 nan 0.389 0.117 nan 0.382 1.131 1.572 0.759 0.649 0.378 0.202 0.450 0.639 0.096 0.149 0.327 nan 0.510 0.568 7230 chr21 43091402 43108858 + 0 NA intron (NR_024367, intron 1 of 2) AluSc8|SINE|Alu 668 NR_024367 54090 Hs.570442 NR_024367 LINC00111 C21orf21|NCRNA00111 long intergenic non-protein coding RNA 111 ncRNA nan 0.991 2.583 1.760 0.513 0.550 2.395 0.291 0.506 2.242 0.680 1.648 2.467 0.299 0.230 0.241 0.800 0.322 2.214 1.259 0.530 0.019 0.206 0.094 0.663 1.704 1.322 0.039 1.999 1.213 2.337 5.732 3.481 1.614 1.766 0.911 0.168 0.043 0.058 1.710 0.136 1.446 0.442 0.288 1.472 1.582 6.977 1.425 1.755 0.670 1.269 2.154 0.241 3.106 2.774 0.663 1.895 4.430 0.065 0.686 0.424 1.270 0.283 0.078 2.424 0.271 0.289 0.651 1.045 1.679 6.104 0.497 0.548 nan 0.306 0.450 0.522 0.133 nan 1.495 1.706 0.436 0.219 0.592 0.600 0.790 0.707 0.252 0.383 0.944 0.774 1361 chr10 17006515 17013067 + 0 NA intron (NM_001081, intron 31 of 66) GA-rich|Low_complexity|Low_complexity -150338 NM_012425 6251 Hs.524161 NM_012425 ENSG00000148484 RSU1 RSP-1 Ras suppressor protein 1 protein-coding nan 0.825 0.689 0.577 0.094 0.025 0.965 0.074 0.115 0.044 1.162 2.621 0.015 0.013 0.138 4.813 0.955 0.432 0.376 0.182 8.322 0.167 0.050 0.140 1.741 1.104 0.425 0.547 0.400 0.040 0.086 0.118 0.109 0.763 0.585 0.015 0.149 0.043 2.011 0.015 0.337 2.118 0.964 0.217 0.024 0.075 15.209 0.149 1.554 0.036 0.050 0.138 0.372 1.085 0.140 0.019 0.076 0.014 0.832 0.031 2.035 0.015 0.436 2.100 5.980 5.063 0.399 0.478 3.872 11.550 0.369 0.288 0.238 0.121 0.120 0.135 1.808 3.124 0.241 0.227 1.621 1.721 0.219 0.133 0.038 0.053 0.256 0.304 0.235 0.255 11709 chr9 112104284 112120091 + 0 NA Intergenic MLT1J1|LTR|ERVL-MaLR -28943 NM_019114 54566 Hs.591901 NM_018424 ENSG00000095203 EPB41L4B CG1|EHM2 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4B protein-coding 0.681 1.265 nan 0.191 1.229 0.501 1.082 0.187 0.370 0.201 0.097 0.029 1.449 0.025 0.080 0.462 0.110 0.112 0.519 0.411 0.024 0.017 0.230 0.105 0.882 0.097 0.032 0.051 0.415 0.596 0.437 nan 1.014 1.139 0.499 0.088 0.042 0.014 0.079 0.030 0.131 0.130 0.027 0.054 0.156 1.155 0.190 0.083 0.103 0.041 0.066 0.307 0.462 2.241 0.287 0.882 0.317 0.151 0.086 0.059 0.116 0.164 0.169 0.086 0.053 0.164 0.035 0.248 0.390 0.538 1.206 0.612 0.573 5.003 1.484 1.012 0.956 0.136 0.309 1.694 nan 0.940 0.660 0.246 0.420 0.591 0.646 0.235 0.509 nan 0.585 7020 chr20 47331867 47358172 + 0 NA intron (NM_020820, intron 4 of 39) intron (NM_020820, intron 4 of 39) 99401 NM_020820 57580 Hs.153310 NM_020820 ENSG00000124126 PREX1 P-REX1 phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate dependent Rac exchange factor 1 protein-coding nan nan 0.566 0.101 0.114 0.101 0.063 0.176 0.228 0.018 0.521 0.385 0.021 0.046 0.332 0.272 0.217 0.098 0.080 0.022 0.038 0.084 0.150 0.125 0.114 0.129 0.064 0.053 0.091 0.020 0.140 0.458 0.107 0.562 0.022 0.093 0.044 0.128 0.086 0.140 0.392 0.183 0.080 0.036 0.033 0.026 0.168 0.138 0.149 0.062 0.081 0.370 0.272 0.075 0.032 0.114 0.056 0.053 0.641 0.161 0.409 0.114 1.658 0.235 0.272 0.022 0.015 3.440 4.622 1.318 0.712 0.436 0.480 nan 0.437 0.634 0.589 0.955 1.449 0.632 0.770 nan 2.249 1.858 2.477 0.176 0.218 0.390 0.762 0.795 0.746 6737 chr2 235759683 235767941 + 0 NA Intergenic MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR -96816 NM_014521 23677 Hs.516777 NM_014521 ENSG00000130147 SH3BP4 BOG25|TTP SH3 domain binding protein 4 protein-coding 0.715 nan 0.518 0.052 0.133 0.077 0.156 0.165 0.379 0.012 0.152 0.234 0.030 0.025 0.311 0.264 0.072 0.077 0.137 0.093 0.062 0.075 0.089 0.349 0.146 0.064 0.009 0.041 0.022 0.106 0.374 0.120 0.387 0.035 0.097 0.046 0.026 0.117 0.015 0.038 0.100 0.051 0.019 0.013 0.047 0.152 0.156 0.158 0.017 0.060 0.241 0.264 0.111 0.113 0.349 0.012 0.414 0.096 0.091 0.026 0.158 0.227 0.015 0.028 0.028 0.025 0.712 0.994 8.822 2.363 0.230 0.419 0.315 0.220 0.322 0.367 0.390 0.569 0.411 nan 0.508 0.237 0.293 0.532 0.047 0.141 0.180 0.383 0.639 0.433 3864 chr14 107247901 107261847 + 0 NA Intergenic L1PBb|LINE|L1 4340 NR_049827 100847062 NR_049827 ENSG00000265929 MIR5195 - microRNA 5195 ncRNA 1.359 1.368 0.577 2.005 0.082 0.804 0.408 1.751 3.583 0.069 0.468 0.485 1.191 0.797 5.989 0.165 0.304 0.172 0.068 2.884 0.020 0.147 0.094 2.007 2.720 2.730 0.038 0.234 0.629 0.790 1.378 2.473 3.088 0.094 1.427 0.034 0.095 0.123 0.373 0.040 0.076 0.238 0.145 0.196 1.061 0.129 0.236 1.935 0.096 1.093 1.384 0.165 0.032 0.033 2.007 0.607 0.300 0.071 0.083 0.131 0.057 4.654 0.106 0.334 0.529 0.473 6.537 8.475 0.711 1.166 0.696 0.833 0.706 0.252 5.446 5.101 0.174 0.260 0.739 1.359 0.716 0.366 4.800 6.594 0.105 0.147 0.088 0.188 0.114 0.106 5079 chr17 79518413 79548227 + 0 NA intron (NM_017921, intron 15 of 16) AluSg|SINE|Alu 341 NR_130140 55666 Hs.464333 NM_017921 ENSG00000182446 NPLOC4 NPL4 NPL4 homolog, ubiquitin recognition factor protein-coding 1.078 1.627 1.748 1.916 1.351 0.931 3.270 0.553 1.055 0.420 2.389 1.173 0.248 0.631 1.025 1.265 0.803 0.313 1.441 0.585 6.669 0.312 0.550 0.388 0.847 1.956 1.727 1.041 1.781 0.850 1.062 1.916 1.659 1.959 0.922 0.952 0.182 0.725 0.103 1.511 0.371 3.088 1.196 0.547 1.191 0.636 0.687 2.953 2.123 1.549 0.805 0.878 1.265 1.303 2.420 0.847 0.579 0.879 0.293 1.859 0.968 1.485 0.365 0.323 3.516 1.219 0.823 1.752 2.363 1.050 1.908 1.865 1.769 1.978 0.607 1.180 1.079 nan 1.213 3.277 3.281 1.336 1.274 0.743 1.390 0.662 0.630 0.538 1.034 nan 0.734 10302 chr7 35041065 35046478 + 0 NA intron (NM_015283, intron 6 of 21) MER76|LTR|ERVL 33882 NM_015283 23333 Hs.408623 NM_015283 ENSG00000173852 DPY19L1 - dpy-19 like C-mannosyltransferase 1 protein-coding 2.086 3.800 4.044 5.906 0.695 0.482 3.128 0.845 1.542 3.647 1.833 3.191 2.543 1.017 0.197 1.977 0.685 0.208 2.679 2.075 3.448 0.179 0.433 0.228 0.663 3.489 3.195 0.150 4.158 1.854 4.043 7.019 5.386 2.934 2.400 11.180 0.159 0.121 0.164 3.419 0.162 2.586 0.358 0.159 2.996 5.775 2.795 4.498 4.552 0.738 2.611 2.366 1.977 2.653 6.666 0.663 2.235 0.892 0.608 0.152 1.387 4.063 0.732 0.230 3.218 2.606 3.064 0.670 0.580 1.186 2.861 1.026 nan 0.582 0.182 0.932 0.961 1.439 nan nan nan 1.309 1.139 1.324 1.039 0.874 1.808 0.444 nan 2.075 1.264 3773 chr14 93382259 93391652 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2490 NM_001275 1113 Hs.150793 NM_001275 ENSG00000100604 CHGA CGA chromogranin A protein-coding 2.281 1.332 nan 0.039 1.926 2.206 0.054 2.199 4.137 0.058 0.030 0.039 0.171 3.471 1.829 0.112 0.086 0.033 0.060 0.015 1.880 0.998 2.937 0.103 0.062 0.039 0.065 0.022 0.026 0.166 0.087 5.160 0.055 0.201 0.516 0.057 0.095 1.258 0.134 0.058 0.025 0.006 0.074 0.082 0.144 0.156 0.077 0.043 1.829 0.045 0.010 2.937 0.018 0.308 0.049 0.991 0.026 0.653 2.132 0.049 0.006 0.006 1.046 1.653 0.096 0.101 4.292 4.043 2.502 1.327 0.238 0.334 1.352 1.930 2.852 4.425 3.710 4.493 1.073 2.069 2.922 3.171 2.513 5.650 nan 2.046 5025 chr17 75687506 75697979 + 0 NA Intergenic Intergenic 31899 NR_104134 100132174 Hs.640110 NR_104134 ENSG00000267790 LINC01987 - long intergenic non-protein coding RNA 1987 ncRNA 1.049 0.676 0.854 0.048 0.041 0.764 0.108 0.370 0.945 0.009 0.066 0.026 0.012 0.048 2.073 2.075 0.042 0.168 0.091 0.037 0.006 0.013 0.090 0.132 1.897 0.026 0.041 0.056 0.091 0.010 0.169 0.451 0.046 3.465 0.028 0.095 0.009 0.052 0.082 0.033 0.105 0.192 0.017 0.031 0.022 0.027 0.200 0.109 0.048 0.205 0.051 2.075 0.075 1.897 0.024 0.079 0.193 0.106 0.086 0.022 0.547 0.223 0.060 0.016 0.009 4.007 5.890 0.184 0.296 0.710 0.805 0.558 0.228 0.378 0.474 nan 0.474 1.278 2.136 1.233 0.927 0.943 1.324 0.142 0.183 0.645 1.765 nan 0.412 10835 chr8 19598499 19616969 + 0 NA intron (NM_001354488, intron 1 of 9) intron (NM_001354488, intron 1 of 9) 6860 NM_001354490 55790 Hs.613729 NM_018371 ENSG00000147408 CSGALNACT1 CSGalNAcT-1|ChGn|ChGn-1|beta4GalNAcT chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 protein-coding 0.907 0.625 nan 0.125 0.042 0.039 0.115 0.144 0.194 0.564 0.886 0.703 0.013 0.264 0.077 0.187 0.087 0.076 0.097 0.092 3.487 0.007 0.118 0.150 0.032 0.188 0.050 0.926 0.144 0.079 0.205 0.363 0.095 0.201 0.104 0.730 0.015 0.082 0.114 0.038 0.538 0.747 0.104 0.109 0.076 0.034 0.532 0.135 3.348 0.222 1.266 1.513 0.187 0.054 0.298 0.032 0.325 1.058 0.199 2.582 0.033 0.172 0.043 0.027 0.157 0.009 0.003 0.333 0.163 0.236 0.446 0.688 nan 0.160 0.078 0.140 0.152 0.094 0.208 0.221 0.213 0.740 0.661 0.150 0.179 0.182 0.142 0.203 0.269 0.808 0.799 11381 chr8 144285287 144333735 + 0 NA Intergenic Intergenic 14443 NM_001301772 338328 Hs.426410 NM_178172 ENSG00000277494 GPIHBP1 GPI-HBP1|HYPL1D glycosylphosphatidylinositol anchored high density lipoprotein binding protein 1 protein-coding 1.313 0.606 nan 0.305 0.247 0.999 0.380 0.407 0.742 0.101 0.672 0.225 0.130 0.072 1.434 0.332 0.200 0.140 0.422 0.157 0.246 0.377 0.075 0.048 0.260 0.166 0.172 0.178 0.330 0.087 3.633 2.273 0.137 2.052 0.326 0.121 0.043 0.148 0.067 0.085 0.056 0.338 0.302 0.188 0.126 0.101 0.173 0.208 0.886 0.527 0.258 0.233 0.332 0.840 0.201 0.260 0.126 0.165 0.250 1.059 0.222 0.301 0.547 0.049 0.086 0.446 0.333 0.529 0.662 0.186 0.326 nan 1.261 nan 0.117 0.447 0.452 0.215 0.443 0.115 0.121 0.591 0.451 0.803 0.981 0.249 0.261 0.182 0.300 0.868 0.504 11631 chr9 91924533 91930993 + 0 NA TTS (NR_036108) TTS (NR_036108) 623 NR_036108 100422936 NR_036108 ENSG00000265112 MIR3153 mir-3153 microRNA 3153 ncRNA 4.930 nan 4.609 3.685 6.600 1.714 4.381 3.189 5.806 1.647 4.034 2.432 1.179 1.181 2.454 4.142 2.570 0.249 4.788 1.426 2.234 1.609 3.221 1.211 4.898 1.066 1.476 2.074 5.384 1.230 3.350 4.578 2.865 7.392 2.066 4.154 1.781 3.181 0.155 1.218 1.740 4.693 4.641 1.849 1.537 2.029 4.044 3.447 2.668 4.323 2.424 3.135 4.142 7.314 3.094 4.898 1.175 1.488 1.642 3.283 2.775 3.081 1.564 2.071 4.112 3.477 3.211 3.651 3.128 6.729 9.046 9.083 7.867 5.379 3.727 8.947 8.845 3.410 3.940 6.455 11.136 4.361 4.472 2.935 5.919 8.055 8.204 6.962 6.045 4.069 2.110 1397 chr10 26138157 26149492 + 0 NA Intergenic Intergenic 78815 NR_120650 101929073 Hs.409816 NR_120650 ENSG00000226304 LOC101929073 - uncharacterized LOC101929073 ncRNA 0.633 0.771 0.946 0.057 0.131 0.020 0.025 0.244 0.454 0.094 0.088 0.011 0.009 0.061 0.479 0.226 0.283 0.065 0.017 0.023 0.024 0.145 0.190 0.032 0.024 0.019 0.073 0.028 0.042 0.041 0.025 0.138 0.013 0.039 1.099 0.071 0.096 0.021 0.038 0.016 0.007 0.019 0.020 0.017 0.097 0.028 0.012 0.021 0.048 0.479 0.019 0.156 0.032 0.011 0.043 0.031 0.062 0.014 0.065 0.034 0.005 0.005 0.387 0.228 0.264 0.309 0.202 0.256 2.397 0.549 0.140 0.111 1.860 2.542 0.107 0.139 0.165 0.143 0.072 0.198 3.507 5.428 0.250 0.427 0.666 0.559 3678 chr14 72112480 72116694 + 0 NA intron (NM_001354288, intron 7 of 23) intron (NM_001354288, intron 7 of 23) 61589 NM_001284246 26037 Hs.654657 NM_015556 ENSG00000197555 SIPA1L1 E6TP1 signal induced proliferation associated 1 like 1 protein-coding 1.248 1.574 1.037 0.490 0.750 0.803 0.695 0.433 0.483 0.634 0.149 0.199 6.725 0.070 0.048 0.203 0.405 0.145 0.678 0.450 0.061 0.098 0.149 0.039 0.903 0.115 0.103 0.017 2.110 1.108 2.796 5.123 6.177 2.259 0.380 0.076 0.066 0.053 0.045 0.112 0.224 0.071 0.028 0.037 0.778 0.785 0.963 0.142 0.184 0.134 0.056 0.477 0.203 0.389 0.111 0.903 1.043 1.026 0.111 0.023 0.258 0.124 0.175 0.107 0.024 0.596 0.471 0.807 2.407 0.660 0.674 0.567 0.100 0.730 0.889 0.469 0.435 2.377 nan 0.778 0.428 0.321 0.284 0.064 0.216 0.319 0.892 0.839 nan 11089 chr8 83748265 83760188 + 0 NA Intergenic Intergenic -70113 NR_134295 101927141 Hs.128557 NR_134295 ENSG00000254394 LOC101927141 - uncharacterized LOC101927141 ncRNA 1.207 nan nan 0.019 1.598 0.060 0.042 2.707 5.060 0.008 0.077 0.016 0.005 0.126 0.075 0.113 0.193 0.068 0.097 0.016 0.048 0.643 0.223 2.764 0.006 0.022 0.006 0.046 0.054 0.058 0.121 0.033 0.442 0.061 0.045 0.328 0.039 0.088 0.004 0.159 0.023 0.020 0.007 0.052 0.025 0.075 0.117 0.027 0.051 0.056 0.113 0.018 0.031 2.764 0.010 0.063 0.024 0.015 2.045 0.033 0.125 0.224 0.038 0.019 0.741 0.537 0.895 0.387 2.808 3.336 5.044 2.305 0.323 0.272 1.340 1.543 nan 5.850 1.157 0.716 0.311 0.597 2.321 1.965 0.928 1.764 6.203 2.769 8539 chr4 129379901 129390711 + 0 NA intron (NR_125882, intron 1 of 8) intron (NR_125882, intron 1 of 8) 36135 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 0.748 1.628 nan 0.194 0.250 0.164 0.542 0.134 0.221 0.018 0.279 1.152 0.006 0.028 0.041 0.059 0.948 0.148 0.137 0.124 0.408 0.038 0.102 0.091 0.100 0.488 0.193 0.049 0.045 0.078 0.060 0.366 0.125 0.394 0.146 0.315 0.075 0.081 0.197 0.066 0.112 0.056 0.064 0.096 0.050 0.133 0.998 0.485 0.066 3.008 0.272 0.059 0.060 0.042 0.100 0.171 0.178 0.026 0.027 0.207 0.195 0.044 0.528 0.028 0.011 0.014 0.200 0.184 0.215 0.284 0.233 0.231 0.139 0.055 0.070 0.176 0.389 0.643 0.408 0.289 0.348 0.176 0.132 0.342 0.095 0.142 0.887 2.557 0.477 0.379 6051 chr2 43036003 43039695 + 0 NA Intergenic Intergenic -18098 NM_012205 23498 Hs.368805 NM_012205 ENSG00000162882 HAAO 3-HAO|HAO|VCRL1|h3HAO 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase protein-coding 6.672 nan 5.564 5.427 5.401 4.494 1.859 4.054 8.032 1.931 4.856 1.469 1.742 1.785 4.370 4.196 2.872 0.479 5.887 1.655 7.940 2.065 2.567 1.162 6.326 2.400 2.854 3.364 4.673 1.514 7.292 9.521 4.806 13.114 1.820 2.150 0.619 5.313 0.079 1.544 3.308 3.270 5.467 2.290 1.357 1.117 6.479 5.063 6.349 5.541 4.316 2.445 4.196 8.199 2.947 6.326 1.087 3.505 1.339 20.100 4.675 3.302 1.632 1.285 2.039 2.167 1.577 4.109 5.563 3.569 5.026 nan 8.405 12.867 8.170 13.711 14.117 4.165 4.982 12.338 17.091 8.321 10.090 3.681 6.332 4.407 3.591 4.320 nan nan 2.427 583 chr1 110774538 110787813 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 27839 NM_004978 3749 Hs.153521 NM_004978 ENSG00000116396 KCNC4 C1orf30|HKSHIIIC|KSHIIIC|KV3.4 potassium voltage-gated channel subfamily C member 4 protein-coding nan 1.769 2.372 1.298 1.823 6.126 0.054 0.725 1.507 0.282 0.133 0.130 0.036 0.285 0.461 0.620 0.097 0.115 0.032 0.043 0.042 0.022 0.282 0.162 1.296 0.558 0.422 0.090 0.441 0.024 0.121 0.263 0.107 1.292 0.086 0.131 0.067 0.101 0.009 0.726 2.441 0.023 0.047 0.115 0.059 1.040 0.123 0.233 0.094 0.053 0.485 0.620 0.091 0.083 1.296 0.148 0.305 0.177 1.259 0.512 0.119 0.127 0.084 0.051 0.143 0.184 0.594 0.875 0.283 0.567 2.288 nan 2.592 0.506 0.418 0.490 0.957 1.792 4.295 3.594 0.786 0.564 0.472 0.633 0.656 0.657 0.367 0.628 0.865 0.622 10317 chr7 40172780 40188428 + 0 NA intron (NM_001193311, intron 1 of 14) L1P4|LINE|L1 6029 NM_001193312 79783 Hs.586313 NM_024728 ENSG00000175600 SUGCT C7orf10|DERP13|GA3|ORF19 succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase protein-coding 1.664 1.371 nan 1.484 0.721 0.305 0.752 0.500 0.719 0.837 1.047 0.495 0.198 0.359 0.574 0.527 0.658 0.287 2.783 1.205 0.500 0.399 0.531 0.385 0.562 0.573 0.470 0.476 1.460 0.410 1.459 1.546 1.075 1.620 1.710 0.649 0.139 1.341 0.185 0.437 0.299 1.047 0.499 0.248 0.673 0.367 1.377 0.709 0.827 1.135 0.586 0.539 0.527 2.030 0.988 0.562 0.586 0.776 0.191 1.182 0.623 1.205 0.285 0.749 1.145 0.394 0.211 1.554 1.432 1.400 2.150 1.510 1.343 1.286 0.500 3.682 3.772 0.987 1.271 1.204 1.674 1.608 1.466 0.719 1.458 0.822 0.957 1.734 2.889 0.866 0.655 7852 chr3 134576815 134601284 + 0 NA intron (NM_004441, intron 1 of 15) intron (NM_004441, intron 1 of 15) 74950 NM_004441 2047 Hs.116092 NM_004441 ENSG00000154928 EPHB1 ELK|EPHT2|Hek6|NET EPH receptor B1 protein-coding 1.066 nan nan 0.093 0.951 0.186 0.068 0.204 0.477 0.008 0.060 0.060 0.008 0.081 0.174 0.193 0.147 0.086 0.026 0.016 0.013 0.017 0.173 0.146 0.145 0.025 0.015 0.027 0.067 0.026 0.079 0.210 0.081 0.609 0.036 0.042 0.043 0.044 0.087 0.043 0.055 0.117 0.027 0.006 0.022 0.054 0.040 0.122 0.047 0.041 0.016 0.047 0.193 0.026 0.045 0.145 0.020 0.013 0.205 0.048 0.050 0.036 0.044 0.076 0.006 0.016 0.015 0.278 0.150 0.222 0.292 0.549 0.625 4.693 1.512 0.226 0.229 0.527 0.919 1.252 0.969 nan 0.394 0.149 0.277 0.367 0.434 0.175 0.278 0.248 0.328 5063 chr17 78537794 78630349 + 0 NA intron (NM_020761, intron 1 of 33) intron (NM_020761, intron 1 of 33) 65446 NM_001163034 57521 Hs.133044 NM_020761 ENSG00000141564 RPTOR KOG1|Mip1 regulatory associated protein of MTOR complex 1 protein-coding 1.181 1.069 1.232 0.175 3.309 0.220 0.518 0.268 0.473 0.092 0.347 0.163 0.159 0.507 0.751 0.679 0.158 0.136 0.422 0.197 0.175 0.051 0.325 0.225 0.657 0.235 0.116 0.105 0.220 0.133 0.210 1.064 0.127 1.020 0.279 0.133 0.077 0.112 0.122 0.114 0.172 0.222 0.085 0.069 0.265 0.180 0.151 0.229 0.340 0.174 0.042 0.224 0.679 0.344 0.111 0.657 0.105 0.228 0.085 0.147 1.350 0.169 0.177 1.311 0.162 0.121 0.067 0.583 0.740 0.345 0.431 1.287 1.381 0.623 0.210 0.382 0.384 nan 1.031 3.734 3.902 1.083 0.764 0.578 0.673 0.479 0.532 1.352 3.141 nan 0.940 8602 chr4 155283527 155290147 + 0 NA intron (NM_001142552, intron 3 of 7) AluSg7|SINE|Alu 126040 NM_001142552 54798 Hs.655664 NM_017639 ENSG00000197410 DCHS2 CDH27|CDHJ|CDHR7|PCDH23|PCDHJ dachsous cadherin-related 2 protein-coding nan 0.587 0.434 0.096 0.052 0.009 0.426 0.049 0.260 0.015 0.011 0.042 0.031 0.068 0.116 0.045 0.024 0.081 0.027 0.038 0.096 0.149 0.018 0.031 0.032 0.022 0.050 0.085 0.148 0.032 0.157 0.022 0.042 0.043 0.018 0.179 0.042 0.037 0.012 0.032 0.011 0.060 0.127 0.025 0.021 0.024 0.021 0.116 0.054 0.018 0.018 0.051 0.014 0.044 0.015 0.052 3.412 0.113 0.023 0.017 0.899 0.800 7.410 0.937 0.143 0.141 0.041 0.017 0.353 0.276 0.142 0.174 0.202 0.193 0.256 0.067 3.350 5.793 0.025 0.054 0.094 0.174 0.168 0.209 7535 chr3 20121738 20141929 + 0 NA intron (NM_003884, intron 2 of 17) L1MA8|LINE|L1 -47224 NR_036086 100422901 NR_036086 ENSG00000266745 MIR3135A MIR3135|hsa-mir-3135a microRNA 3135a ncRNA 0.625 0.907 0.857 0.079 0.101 0.082 0.129 0.080 0.109 0.014 0.097 0.078 0.028 0.045 0.071 0.044 0.350 0.128 0.101 0.019 0.046 0.028 0.106 0.097 0.087 0.048 0.015 0.019 0.036 0.010 0.048 0.075 0.070 0.262 0.063 0.100 0.019 0.032 0.093 0.047 0.048 0.087 0.030 0.031 0.038 0.023 0.071 0.040 0.068 0.096 0.205 0.053 0.044 0.057 0.121 0.087 0.061 0.025 0.012 0.035 0.141 0.067 1.251 0.139 0.045 0.017 0.011 2.453 2.430 2.113 0.710 0.224 0.335 0.539 0.170 7.848 8.181 0.250 0.466 0.347 0.354 nan 0.309 1.255 2.226 0.106 0.095 0.291 0.755 0.562 0.438 8946 chr5 59470147 59508473 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 1 of 17) AluYf4|SINE|Alu -294230 NR_024617 25859 Hs.146312 NM_001039499 ENSG00000152931 PART1 NCRNA00206 prostate androgen-regulated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan 0.668 0.078 0.089 0.045 0.260 0.143 0.225 0.015 0.176 0.593 0.005 0.021 0.092 0.289 0.210 0.089 0.113 0.034 0.038 0.007 0.045 0.103 0.078 0.663 0.202 0.015 0.130 0.017 0.095 0.124 0.083 0.224 0.042 9.305 0.012 0.054 0.122 0.065 0.055 0.133 0.020 0.030 0.051 0.036 0.113 0.157 0.642 0.033 0.249 0.134 0.289 0.046 0.038 0.078 0.257 0.039 0.008 0.020 0.059 0.039 0.016 0.090 0.022 0.018 0.008 0.177 0.108 0.456 0.522 0.195 0.238 nan 0.064 0.087 0.113 1.432 1.737 0.223 0.200 nan 0.211 0.079 0.127 0.055 0.117 0.132 0.223 0.254 0.300 8817 chr5 26621118 26626867 + 0 NA Intergenic Intergenic 414697 NM_016279 1007 Hs.272212 NM_016279 ENSG00000113100 CDH9 - cadherin 9 protein-coding 0.644 3.135 1.061 0.076 3.695 0.572 0.062 2.686 5.681 0.076 0.047 0.022 1.079 0.055 0.392 0.222 0.141 0.236 0.066 0.022 0.024 3.551 1.717 4.286 0.060 0.013 0.130 0.005 0.093 0.076 0.179 2.181 0.043 0.054 0.282 0.086 0.101 0.042 0.016 0.042 0.014 0.039 0.014 0.098 0.136 0.013 0.027 0.005 0.392 0.086 0.016 4.286 0.014 2.755 0.014 0.051 0.021 0.010 0.391 0.266 0.176 0.188 4.825 7.235 10.521 9.967 0.273 0.221 nan 1.076 3.052 3.613 0.589 0.248 0.138 0.235 1.987 2.455 0.172 0.229 nan 1.263 591 chr1 112489731 112524542 + 0 NA intron (NM_172198, intron 2 of 6) intron (NM_172198, intron 2 of 6) 24641 NM_172198 3752 Hs.666367 NM_004980 ENSG00000171385 KCND3 BRGDA9|KCND3L|KCND3S|KSHIVB|KV4.3|SCA19|SCA22 potassium voltage-gated channel subfamily D member 3 protein-coding nan 1.730 1.526 0.056 1.319 1.805 0.039 0.161 0.409 0.011 0.047 0.056 0.011 0.261 1.019 0.508 0.101 0.046 0.042 0.011 0.014 0.008 0.265 0.100 0.041 0.052 0.025 0.057 0.063 0.003 0.081 0.108 0.053 2.172 0.017 0.051 0.008 0.062 0.109 0.007 0.094 0.098 0.016 0.018 0.013 0.077 0.050 0.149 0.073 0.051 0.023 0.241 0.508 0.059 0.024 0.041 0.035 0.041 0.466 0.127 0.808 0.032 0.054 0.145 0.014 0.028 0.010 0.296 0.248 0.160 0.191 0.573 nan 1.981 0.718 0.133 0.151 1.742 2.303 0.937 1.297 0.554 0.443 0.287 0.392 0.074 0.099 0.300 0.537 3.848 1.726 8808 chr5 21272595 21279849 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -183367 NR_027026 728411 Hs.88181 NM_207331 ENSG00000183666 GUSBP1 - glucuronidase, beta pseudogene 1 pseudo 0.677 1.603 1.314 0.080 0.326 0.015 0.134 0.132 0.294 0.026 0.121 0.079 0.017 0.055 0.036 0.339 0.221 0.114 0.142 0.054 0.026 0.110 1.025 0.468 0.149 0.084 0.029 0.020 0.168 0.043 0.145 0.282 0.212 0.487 0.041 0.044 2.417 0.030 0.159 0.006 0.021 0.038 0.025 0.038 0.043 0.112 0.031 0.044 0.056 0.037 0.339 0.118 0.012 0.149 0.059 0.080 0.080 0.065 0.042 0.044 0.014 0.017 0.032 0.020 0.372 0.244 0.218 0.374 0.383 0.459 4.955 3.584 0.139 0.142 nan 1.829 0.356 0.363 0.623 0.259 0.109 0.181 6.132 7.975 0.146 0.318 nan 0.683 2304 chr11 118271119 118273945 + 0 NA intron (NM_006476, intron 1 of 2) CpG 428 NM_006476 10632 Hs.486360 NM_006476 ENSG00000167283 ATP5MG ATP5JG|ATP5L ATP synthase membrane subunit g protein-coding 2.912 3.373 3.396 3.008 7.094 3.697 5.141 3.505 6.557 2.202 4.578 4.017 5.017 1.551 4.159 3.464 1.724 0.175 4.322 2.180 5.260 2.139 2.774 1.734 5.042 4.276 4.583 2.444 5.912 2.760 5.163 6.985 2.893 11.857 3.113 4.788 1.891 5.938 0.352 2.452 2.130 13.960 7.650 3.445 5.339 3.445 7.704 6.264 2.592 5.319 3.106 4.914 3.464 4.807 6.542 5.042 3.956 3.949 1.244 4.782 2.853 5.109 5.757 1.321 3.238 2.504 2.168 8.915 nan 11.227 15.522 7.136 9.060 9.931 6.119 14.196 15.476 5.436 7.618 9.115 13.486 9.924 8.332 12.966 18.844 6.511 10.142 6.180 5.453 4.397 2.353 6571 chr2 198377695 198382517 + 0 NA promoter-TSS (NM_001204094) promoter-TSS (NM_001204094) -189 NM_199482 25843 Hs.633165 NM_015387 ENSG00000115540 MOB4 2C4D|CGI-95|MOB1|MOB3|MOBKL3|PHOCN|PREI3 MOB family member 4, phocein protein-coding 4.061 nan 4.767 2.769 5.074 1.907 2.832 1.960 4.475 0.775 2.540 1.266 0.667 1.313 2.078 2.496 1.755 0.458 3.932 1.065 2.290 1.265 1.616 1.077 4.111 2.236 1.710 1.212 2.554 1.117 3.350 5.275 3.441 9.161 1.518 7.197 0.375 1.735 0.109 1.717 1.811 2.841 2.115 1.240 1.675 1.088 2.304 1.728 2.821 2.785 2.099 1.784 2.496 2.604 3.399 4.111 1.116 1.444 1.368 3.058 2.863 1.276 1.517 7.423 1.763 1.027 0.646 3.719 4.121 4.101 5.375 4.851 5.057 4.071 2.005 11.033 11.569 3.330 3.959 5.765 9.377 12.602 13.162 3.398 7.070 2.075 2.374 8.458 12.774 2.366 1.047 3846 chr14 105478045 105510566 + 0 NA Intergenic L1ME3B|LINE|L1 -6880 NM_017955 55038 Hs.34045 NM_017955 ENSG00000170779 CDCA4 HEPP|SEI-3/HEPP cell division cycle associated 4 protein-coding 2.074 1.289 1.477 2.621 1.348 1.905 2.037 0.524 1.086 0.797 0.954 0.642 0.757 0.230 0.857 1.494 0.825 0.347 1.684 0.577 2.797 0.666 0.422 0.416 0.783 3.249 2.865 0.303 2.034 1.535 2.290 4.226 3.007 2.333 2.612 1.358 0.255 1.040 0.130 1.904 0.647 1.732 3.742 1.476 2.033 2.464 1.286 3.715 1.429 5.244 0.436 2.101 1.494 1.590 3.445 0.783 0.429 0.742 0.301 1.072 0.471 2.223 0.846 0.427 4.657 1.373 1.140 1.110 1.046 1.389 2.068 2.229 2.212 1.580 0.788 0.866 0.869 1.127 1.600 1.596 2.203 1.915 1.639 1.550 2.347 0.910 1.122 1.060 1.459 0.437 0.278 2804 chr12 78201456 78255252 + 0 NA intron (NM_001024383, intron 1 of 39) intron (NM_001024383, intron 1 of 39) 3285 NM_014903 89795 Hs.655301 NM_014903 ENSG00000067798 NAV3 POMFIL1|STEERIN3|unc53H3 neuron navigator 3 protein-coding nan 0.732 0.603 0.116 0.187 0.100 0.135 0.179 0.311 0.005 0.129 0.901 0.025 0.054 0.176 0.189 0.491 0.141 0.197 0.067 0.128 3.402 0.154 0.157 0.204 0.272 0.108 0.008 0.369 0.193 0.317 0.615 0.126 0.457 0.445 0.112 0.014 0.057 0.079 0.483 0.101 0.144 0.024 0.017 0.279 0.271 0.075 0.178 0.121 0.112 0.043 0.139 0.189 0.045 0.436 0.204 0.050 0.029 0.034 0.030 0.070 0.085 0.057 0.156 0.133 0.028 0.026 0.336 0.220 0.149 0.260 0.599 0.791 0.422 0.210 0.258 0.239 1.701 1.977 nan 0.700 0.601 0.305 0.149 0.207 0.081 0.114 0.223 0.444 nan 0.754 2341 chr11 125494989 125498254 + 0 NA intron (NR_045205, intron 1 of 12) intron (NR_045205, intron 1 of 12) 370 NM_001274 1111 Hs.24529 NM_001274 ENSG00000149554 CHEK1 CHK1 checkpoint kinase 1 protein-coding 4.301 3.832 3.510 2.362 5.008 6.016 4.064 2.119 4.125 2.617 4.149 3.295 1.891 0.938 2.945 3.713 0.862 0.098 3.565 1.014 5.435 1.653 1.576 1.625 4.925 3.326 4.550 2.281 4.415 1.716 3.128 5.056 2.339 12.241 2.354 5.125 0.962 5.897 0.201 2.762 3.671 15.453 7.533 3.103 5.520 2.848 4.563 6.045 2.930 4.963 2.662 4.094 3.713 4.270 8.001 4.925 1.952 3.214 0.950 4.496 2.920 5.231 4.628 2.024 4.403 2.945 2.026 8.390 8.627 4.892 7.527 7.499 7.244 10.535 5.625 13.780 14.517 6.977 8.553 9.944 13.848 7.782 9.364 12.075 19.050 7.740 9.301 7.454 6.829 3.695 2.085 4078 chr15 75246618 75251696 + 0 NA 5' UTR (NM_017793, exon 1 of 1) 5' UTR (NM_017793, exon 1 of 1) 618 NM_017793 54913 Hs.8562 NM_017793 ENSG00000178718 RPP25 - ribonuclease P and MRP subunit p25 protein-coding 2.913 5.177 2.798 2.894 2.225 2.046 3.060 0.964 2.126 1.091 4.731 3.785 1.616 2.049 5.258 1.246 0.241 0.159 2.590 0.916 4.449 2.725 1.673 0.833 2.731 2.312 2.671 0.800 4.191 1.315 2.200 5.186 0.773 2.229 1.420 4.203 2.058 3.058 0.086 1.528 0.672 1.323 3.325 1.958 2.885 1.587 3.094 1.572 6.397 3.471 7.179 6.423 1.246 2.291 3.577 2.731 4.840 1.755 0.229 6.324 2.096 1.979 1.547 2.580 2.810 1.996 1.568 3.858 4.842 1.216 2.014 1.688 1.429 4.530 0.989 1.050 1.175 3.218 4.028 3.436 5.829 3.725 4.183 2.933 4.725 6.125 5.972 4.392 5.249 1.536 1.030 5123 chr18 3578264 3673410 + 0 NA intron (NM_001003809, intron 4 of 9) intron (NM_001003809, intron 4 of 9) 22102 NR_119377 84777 Hs.659053 NM_032691 DLGAP1-AS2 - DLGAP1 antisense RNA 2 ncRNA 1.021 1.278 1.301 1.505 0.537 1.816 1.847 0.249 0.492 1.150 3.022 2.271 0.561 1.249 0.440 0.391 1.699 0.371 2.111 1.151 5.502 4.271 0.308 0.188 1.162 1.524 1.513 2.078 1.825 1.057 2.047 2.651 1.281 nan 1.244 3.941 0.129 10.086 0.345 0.839 0.183 5.014 2.385 0.880 1.151 0.952 3.283 4.379 4.736 3.903 1.973 3.388 0.391 1.778 2.953 1.162 1.765 3.821 0.092 10.895 0.812 1.519 0.507 0.233 1.372 1.141 1.210 0.519 0.538 1.220 2.580 1.375 1.514 nan 0.611 0.741 0.734 0.464 nan 2.615 2.518 nan 0.264 0.474 0.674 0.937 1.515 0.467 nan nan 0.808 6467 chr2 168129728 168134566 + 0 NA Intergenic Intergenic 88354 NM_001199145 129446 Hs.73680 NM_152381 ENSG00000163092 XIRP2 CMYA3 xin actin binding repeat containing 2 protein-coding 0.730 0.772 nan 0.045 0.056 0.047 0.044 0.100 0.271 0.130 0.038 0.040 0.019 0.156 0.122 0.004 0.167 0.040 0.028 0.065 0.085 0.019 0.044 0.016 0.057 0.022 0.052 0.149 0.004 0.334 0.031 0.012 0.044 0.039 0.024 0.017 0.171 0.012 0.062 0.059 0.044 0.040 0.156 0.014 0.019 0.086 0.020 0.036 0.031 0.041 0.129 0.015 0.012 0.011 0.383 0.211 9.641 3.216 0.209 0.278 0.093 0.038 0.363 0.348 0.078 0.165 0.247 0.288 0.323 0.182 0.146 0.286 0.017 0.021 0.515 1.309 0.403 0.412 4990 chr17 73520184 73530164 + 0 NA intron (NM_001031803, intron 1 of 25) AluSg|SINE|Alu 3391 NM_001031803 3993 Hs.514477 NM_004524 ENSG00000073350 LLGL2 HGL|Hugl-2|LGL2 LLGL2, scribble cell polarity complex component protein-coding 1.518 2.000 1.654 2.512 1.799 0.902 1.033 0.820 1.546 0.564 0.430 0.120 2.354 0.762 1.340 0.384 0.113 0.122 3.515 1.221 0.235 0.208 0.733 0.494 1.572 0.782 0.578 1.251 2.550 1.357 3.419 5.983 2.300 3.937 0.545 0.359 0.431 0.617 0.162 0.175 0.653 0.706 0.283 0.234 2.253 0.807 1.996 0.190 2.377 0.967 0.943 1.667 0.384 7.312 0.371 1.572 1.213 2.991 0.144 1.175 0.689 0.221 0.651 0.174 0.122 0.046 0.041 1.594 2.553 1.189 1.760 1.932 1.648 2.463 0.739 2.380 2.085 nan 0.494 2.549 3.231 0.779 0.819 0.715 1.484 1.546 1.306 0.722 1.262 nan 0.439 1920 chr11 45531233 45541971 + 0 NA Intergenic Intergenic 143654 NR_122071 399886 Hs.559970 NR_122071 ENSG00000255267 LOC399886 - uncharacterized LOC399886 ncRNA nan 0.762 0.557 0.080 0.125 0.021 0.060 0.209 0.382 0.009 0.049 0.035 0.003 0.065 0.084 0.190 0.064 0.030 0.039 0.029 0.013 0.073 0.068 0.093 0.019 0.027 0.021 0.037 0.020 0.038 0.133 0.108 0.478 0.027 0.054 0.096 0.041 0.115 0.033 0.225 0.143 0.028 0.079 0.010 0.031 0.080 0.150 0.088 0.020 0.023 0.006 0.190 0.086 0.009 0.093 0.035 0.030 2.097 0.077 0.067 0.081 0.055 0.296 0.028 0.021 0.014 0.516 0.458 0.139 0.290 0.415 0.352 0.212 0.084 0.163 0.149 0.559 1.001 0.107 0.164 3.214 3.189 0.224 0.350 0.257 0.288 0.574 nan 0.574 0.504 11656 chr9 96328887 96365165 + 0 NA intron (NM_005392, intron 1 of 21) L1MB5|LINE|L1 8117 NM_005392 5253 Hs.211441 NM_005392 ENSG00000197724 PHF2 CENP-35|GRC5|JHDM1E|KDM7C PHD finger protein 2 protein-coding 1.179 nan 1.633 0.477 3.801 0.518 0.649 0.601 1.234 0.305 0.849 0.396 0.096 0.791 0.608 0.903 0.450 0.102 0.860 0.193 0.276 0.137 1.507 0.602 1.632 0.630 0.589 0.625 0.746 0.185 0.978 2.090 0.719 1.864 0.258 0.732 0.501 0.497 0.079 0.183 0.430 0.704 0.768 0.407 0.240 0.251 0.796 0.345 1.145 1.043 0.262 0.859 0.903 0.707 0.277 1.632 0.273 0.664 0.568 0.749 0.610 0.432 0.215 0.212 0.238 0.287 0.186 0.855 1.120 1.486 nan 2.752 2.784 3.002 1.283 1.245 1.103 0.486 0.785 4.002 5.473 1.876 1.827 0.620 1.133 1.974 1.863 0.594 0.559 1.912 1.081 10947 chr8 50157466 50170961 + 0 NA Intergenic Intergenic 179313 NM_001256597 492307 Hs.49890 NM_001007176 ENSG00000168333 PPDPFL C8orf22 pancreatic progenitor cell differentiation and proliferation factor like protein-coding 0.809 nan 0.768 0.048 0.131 0.004 0.036 0.048 0.179 0.070 0.217 0.013 0.014 0.075 0.161 0.055 0.035 0.109 0.029 0.453 0.299 0.044 0.005 0.016 0.069 0.024 0.109 0.058 0.047 0.281 0.022 0.027 0.007 0.032 0.131 0.017 0.068 0.031 0.029 0.024 0.006 0.036 0.153 0.030 0.048 0.029 0.035 0.161 0.044 0.007 0.044 0.009 0.036 0.044 0.022 2.855 0.018 0.044 0.037 0.005 0.013 0.011 0.309 0.211 0.183 0.268 0.920 0.568 0.173 0.066 0.100 0.130 0.237 nan 0.182 0.222 0.317 0.115 0.117 0.147 0.153 0.190 0.164 0.178 6.355 3.152 3827 chr14 103977329 104018128 + 0 NA intron (NM_152307, intron 2 of 3) L2b|LINE|L2 2219 NM_152307 115708 Hs.525610 NM_152307 ENSG00000166166 TRMT61A C14orf172|GCD14|Gcd14p|TRM61|hTRM61 tRNA methyltransferase 61A protein-coding 4.689 2.268 3.071 0.867 2.699 2.937 1.118 0.713 1.411 0.424 0.744 0.328 0.466 0.353 1.658 2.086 0.573 0.213 0.595 0.317 0.579 0.277 0.726 0.377 1.229 1.180 1.193 0.413 1.069 0.730 1.089 1.890 1.535 2.898 1.249 0.724 0.478 0.525 0.098 0.454 0.940 0.536 0.443 0.255 0.613 1.053 0.977 0.678 1.129 2.160 0.668 0.818 2.086 1.837 1.569 1.229 0.536 0.390 0.943 1.031 0.551 1.578 1.147 0.503 1.231 0.264 0.134 2.150 3.067 0.870 1.258 2.695 2.481 4.541 1.883 0.838 0.783 1.492 2.227 2.023 3.180 2.238 2.184 1.534 2.321 2.088 2.216 1.002 1.300 1.665 0.998 11891 chrUn_gl000212 104836 112197 + 0 NA Intergenic Intergenic 84467 NR_027278 26080 Hs.448583 NR_027278 ENSG00000279516 FAM230C LINC00281|NCRNA00281 family with sequence similarity 230 member C ncRNA 0.427 nan 0.474 0.097 0.153 0.112 2.037 0.087 0.178 0.187 3.233 1.177 0.048 0.041 0.084 0.121 0.161 0.087 0.879 0.383 0.017 0.019 0.043 0.035 0.082 1.132 1.999 0.111 0.157 0.888 0.424 2.879 0.215 0.220 1.463 0.353 0.012 0.133 0.099 0.175 0.043 0.150 0.697 0.404 0.972 4.683 0.027 0.647 1.719 0.088 0.225 0.576 0.121 0.934 0.158 0.082 0.249 0.146 0.039 0.119 0.014 0.313 0.067 4.182 0.047 0.026 0.264 0.189 2.096 4.140 0.182 0.295 0.107 0.090 0.125 0.068 0.380 0.597 0.189 0.262 0.343 0.220 0.088 0.196 0.045 0.069 0.178 0.234 0.381 0.402 5157 chr18 11112482 11122701 + 0 NA intron (NM_022068, intron 1 of 51) intron (NM_022068, intron 1 of 51) 31170 NM_022068 63895 Hs.436902 NM_022068 ENSG00000154864 PIEZO2 C18orf30|C18orf58|DA3|DA5|DAIPT|FAM38B|FAM38B2|HsT748|HsT771|MWKS piezo type mechanosensitive ion channel component 2 protein-coding 0.708 0.664 0.452 0.091 0.122 0.050 0.035 0.138 0.128 0.045 0.090 1.448 0.030 0.056 0.024 0.502 0.237 0.104 0.018 5.605 0.031 0.057 0.023 0.014 0.014 0.158 0.079 0.010 0.057 0.058 0.075 0.279 0.331 0.037 0.003 0.084 0.069 0.090 0.042 0.015 0.021 0.022 0.056 0.059 0.295 0.043 0.078 0.032 0.024 0.070 0.027 0.023 0.049 0.091 0.048 0.448 0.020 0.039 0.039 0.036 0.030 0.034 0.340 0.163 0.230 0.495 0.404 0.513 0.104 0.182 0.126 0.075 0.108 0.116 0.196 0.316 0.335 0.188 0.127 0.117 0.090 0.113 0.067 0.154 0.175 0.381 4589 chr17 8876650 8882664 + 0 NA Intergenic Charlie8|DNA|hAT-Charlie -10628 NM_001142633 23533 Hs.278901 NM_014308 ENSG00000141506 PIK3R5 F730038I15Rik|FOAP-2|P101-PI3K|p101 phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 5 protein-coding 0.688 0.555 0.585 0.060 0.029 0.047 0.106 0.229 0.052 0.030 0.010 0.017 0.015 1.940 0.038 0.134 0.070 0.031 0.021 0.023 0.079 0.187 0.030 0.012 0.024 0.060 0.053 0.127 0.168 0.269 0.024 0.053 0.016 0.054 0.280 0.040 0.184 0.012 0.013 0.019 0.077 0.032 0.135 0.081 0.024 0.013 0.043 1.940 0.054 0.045 0.030 0.040 0.028 0.032 0.101 0.025 0.262 0.041 0.049 0.010 0.033 1.456 2.383 11.973 7.549 0.264 0.350 0.644 0.271 0.584 0.569 0.141 0.294 0.172 0.177 0.415 0.131 0.298 0.911 0.106 0.141 0.256 0.295 0.894 0.379 2992 chr12 119036045 119064320 + 0 NA Intergenic Intergenic 149302 NR_134999 105370014 Hs.550870 NR_134998 ENSG00000256750 LINC02423 - long intergenic non-protein coding RNA 2423 ncRNA nan nan 0.568 0.096 0.059 0.018 0.045 0.136 0.249 0.007 0.102 0.048 0.007 0.039 0.101 0.370 0.081 0.082 0.045 0.007 0.018 0.015 0.056 0.112 0.055 0.020 0.026 0.018 0.064 0.004 0.065 0.078 0.058 0.345 0.016 0.063 0.016 0.042 0.130 0.031 0.072 0.028 0.025 0.012 0.047 0.062 0.178 0.072 0.042 0.048 0.036 0.370 0.040 0.019 0.055 0.017 0.026 0.153 0.041 0.086 0.019 0.028 0.201 0.011 0.014 0.011 0.354 0.253 0.145 0.140 nan nan nan 1.670 0.119 0.148 0.167 0.251 nan nan 0.511 0.376 0.078 0.157 0.130 0.162 0.253 0.513 nan 0.935 4942 chr17 67306087 67324799 + 0 NA intron (NM_172232, intron 1 of 38) intron (NM_172232, intron 1 of 38) -3669 NM_018672 23461 Hs.731824 NM_018672 ENSG00000154265 ABCA5 ABC13|EST90625 ATP binding cassette subfamily A member 5 protein-coding 2.416 nan 3.418 0.292 1.745 0.145 0.423 0.588 1.171 0.169 0.573 0.247 0.076 0.223 0.546 0.391 0.440 0.128 0.482 0.140 0.236 0.037 0.746 0.427 1.585 0.392 0.208 0.376 0.204 0.068 0.700 1.047 0.212 1.085 0.194 0.371 0.035 0.064 0.115 0.232 3.103 0.692 0.266 0.154 0.299 0.033 0.327 0.348 0.637 0.212 0.546 0.264 0.391 0.378 0.124 1.585 0.137 0.326 0.629 0.580 0.483 0.063 0.243 3.221 0.183 0.089 0.054 1.411 1.902 1.487 1.394 2.940 2.679 0.765 0.239 1.150 1.227 0.570 nan 1.701 2.185 7.151 6.293 0.478 0.750 0.103 0.118 3.800 8.436 1.239 0.787 2639 chr12 47657801 47677895 + 0 NA Intergenic Intergenic 33334 NR_135024 105369747 Hs.88617 NR_135024 LOC105369747 - uncharacterized LOC105369747 ncRNA 0.814 nan 0.638 3.004 0.201 0.031 5.544 0.255 0.505 1.004 1.783 4.335 0.027 0.045 0.053 0.102 0.294 0.121 3.750 2.305 2.558 0.016 0.093 0.135 0.293 4.832 4.086 0.264 2.697 3.567 4.962 6.616 3.178 0.092 3.331 2.336 0.033 0.070 0.110 2.223 0.087 3.455 0.761 0.325 4.057 2.451 2.889 13.907 2.454 0.814 0.118 3.248 0.102 2.585 0.336 0.293 2.063 0.483 0.005 0.302 0.111 1.043 0.055 0.351 2.477 0.602 0.251 0.404 0.261 0.365 0.892 0.248 0.319 0.246 0.081 0.316 0.289 0.144 0.247 0.914 0.638 0.651 0.435 0.138 0.182 0.186 0.217 0.418 1.066 0.580 0.581 4409 chr16 67200965 67213299 + 0 NA promoter-TSS (NM_003946) promoter-TSS (NM_003946) -624 NM_001185057 8996 Hs.513667 NM_003946 ENSG00000140939 NOL3 ARC|FCM|MYP|NOP|NOP30 nucleolar protein 3 protein-coding nan nan 3.627 1.072 3.011 2.146 1.746 0.692 2.007 1.802 1.960 2.370 0.501 3.712 1.084 1.146 1.211 0.118 3.721 1.539 6.228 0.113 0.823 0.686 1.826 2.574 2.950 1.792 1.761 0.418 1.418 2.897 1.922 2.377 1.471 5.745 0.093 1.330 0.077 1.078 0.270 1.891 1.726 0.949 1.600 0.810 2.014 2.446 3.165 1.851 2.068 3.610 1.146 3.399 2.653 1.826 1.346 1.252 0.725 2.577 2.473 1.061 0.576 0.910 1.498 0.747 0.322 1.910 3.415 0.738 1.250 1.646 1.429 3.258 1.113 2.765 2.986 1.023 nan 3.059 4.089 1.716 1.618 0.752 1.191 0.537 0.466 1.635 2.483 2.361 1.014 11784 chr9 130278057 130349879 + 0 NA intron (NM_001035534, intron 1 of 13) AluSx|SINE|Alu 17428 NM_022833 64855 Hs.522401 NM_022833 ENSG00000136830 FAM129B C9orf88|MEG-3|MINERVA|OC58|bA356B19.6 family with sequence similarity 129 member B protein-coding nan 1.798 3.222 2.070 2.730 0.881 2.604 0.816 1.785 1.422 2.665 1.054 0.922 0.285 0.450 0.573 0.689 0.218 4.260 1.603 1.023 0.044 0.780 0.381 2.596 2.089 2.127 0.385 3.993 1.114 3.594 6.769 2.203 3.427 2.097 1.892 0.655 0.246 0.073 1.597 0.251 2.828 3.393 1.308 1.386 1.894 1.428 3.392 1.948 4.447 0.193 1.793 0.573 5.217 1.658 2.596 0.846 2.572 0.836 1.052 0.466 2.043 0.100 0.155 2.107 2.811 2.256 0.449 0.593 0.606 1.238 3.923 4.325 nan 0.369 1.167 1.284 0.590 0.922 3.891 4.658 1.580 1.474 0.274 0.362 1.573 1.536 0.397 0.516 1.246 0.674 1625 chr10 103872344 103894821 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -3352 NM_001321612 8861 Hs.454418 NM_003893 ENSG00000198728 LDB1 CLIM-2|CLIM2|LDB-1|NLI LIM domain binding 1 protein-coding nan nan 2.737 0.914 1.391 1.658 2.101 1.498 3.176 0.884 4.092 1.781 0.389 1.184 1.820 1.372 1.310 0.301 1.289 0.432 1.542 1.862 0.881 0.523 2.880 1.051 0.979 1.465 1.556 1.058 2.649 4.281 1.878 4.230 0.488 1.682 0.548 1.685 0.113 0.730 0.567 2.518 1.781 0.958 1.119 0.833 0.777 0.810 2.326 2.872 1.047 1.252 1.372 1.862 2.707 2.880 1.105 0.922 0.648 2.606 1.428 1.090 1.041 2.107 1.170 1.229 0.769 2.664 3.138 1.832 2.507 3.090 3.070 2.497 0.980 1.835 1.866 1.709 nan 4.244 5.134 2.023 2.369 1.202 1.929 1.519 1.470 2.475 nan 1.103 0.590 163 chr1 23692785 23712556 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -6313 NM_001077195 80818 Hs.293798 NM_030634 ENSG00000125945 ZNF436 ZNF|Zfp46 zinc finger protein 436 protein-coding 2.595 2.111 nan 1.097 2.688 1.885 1.336 0.848 1.710 1.046 1.820 2.082 0.499 0.497 1.123 1.574 0.528 0.309 1.266 0.623 0.783 0.638 0.631 0.479 0.628 0.840 0.731 0.622 1.227 0.384 1.807 5.865 1.530 6.537 1.333 1.462 0.481 1.462 0.149 0.885 1.044 1.681 0.839 0.369 0.664 0.604 1.786 1.299 1.715 1.550 0.589 0.968 1.574 1.420 1.572 0.628 0.524 0.673 0.573 1.676 0.749 1.125 0.419 1.186 1.197 0.352 0.213 1.136 1.412 1.515 2.403 3.227 3.170 2.581 0.724 2.499 2.667 2.409 3.422 2.096 2.554 1.571 1.611 0.780 1.766 1.391 1.927 1.908 3.438 1.119 0.740 4070 chr15 74685243 74701969 + 0 NA Intergenic Intergenic 10167 NR_106941 102465530 NR_106941 ENSG00000277391 MIR6881 hsa-mir-6881 microRNA 6881 ncRNA 0.557 0.578 0.581 3.593 0.036 0.034 5.225 0.173 0.327 0.256 0.348 1.020 0.204 0.030 0.097 0.323 0.108 0.126 2.375 2.117 0.188 0.025 0.085 0.096 0.105 1.075 0.755 0.194 4.061 3.335 0.830 1.541 0.308 0.344 2.725 0.086 0.028 0.044 0.103 0.559 0.038 1.287 0.492 0.220 3.051 1.054 1.573 6.612 0.097 0.315 0.038 0.941 0.323 2.699 0.277 0.105 0.527 1.687 0.041 0.191 0.018 1.126 0.362 0.074 3.308 1.760 0.758 1.088 1.909 0.342 0.461 0.381 0.477 0.518 0.206 0.349 0.365 0.256 0.403 0.211 0.347 0.596 0.439 0.842 0.937 0.060 0.106 0.251 0.289 0.413 0.358 3898 chr15 33790952 33799532 + 0 NA intron (NM_001036, intron 2 of 103) intron (NM_001036, intron 2 of 103) 192079 NM_001036 6263 Hs.709373 NM_001036 ENSG00000198838 RYR3 RYR-3 ryanodine receptor 3 protein-coding 0.841 nan nan 0.024 1.994 0.020 0.041 0.075 0.187 0.011 0.028 0.076 0.021 0.095 0.271 0.129 0.150 0.025 0.037 0.016 1.073 0.352 0.008 0.016 0.017 0.062 0.065 0.086 0.033 0.248 0.018 0.032 0.733 0.028 0.098 0.014 0.047 0.075 0.014 0.025 0.056 0.164 0.076 0.008 0.028 0.039 0.271 0.042 0.011 0.008 0.042 0.020 0.148 0.040 0.025 0.082 0.014 0.036 0.007 0.018 0.273 0.094 0.188 0.104 0.306 0.361 0.097 0.056 0.049 0.077 0.118 0.262 0.642 0.985 0.519 0.228 0.064 0.131 4.846 5.557 0.167 0.254 4.668 2.742 1106 chr1 212777795 212783932 + 0 NA intron (NM_001030287, intron 1 of 3) CpG -1107 NM_001674 467 Hs.460 NM_001674 ENSG00000162772 ATF3 - activating transcription factor 3 protein-coding 4.154 4.802 4.912 2.112 4.277 1.616 0.935 2.219 3.984 0.668 0.974 1.554 0.639 0.812 3.015 2.706 2.365 0.078 1.485 0.402 0.253 0.631 4.838 1.352 4.912 0.631 0.309 1.023 2.263 0.413 2.374 4.718 1.165 nan 0.712 0.840 0.281 2.050 0.137 0.267 1.683 2.157 1.279 0.978 1.368 0.374 0.283 0.719 2.268 1.649 3.360 0.544 2.706 5.241 0.575 4.912 1.276 2.168 0.699 4.710 1.786 0.442 0.342 1.232 0.125 1.192 0.555 1.446 1.903 7.987 14.383 4.114 3.217 nan 2.692 13.029 13.480 1.314 nan 2.668 6.308 1.552 2.148 0.879 1.426 2.363 2.719 1.765 4.740 1.603 1.308 10356 chr7 50534786 50548499 + 0 NA intron (NM_000790, intron 11 of 14) intron (NM_000790, intron 11 of 14) -23538 NM_001287495 63979 Hs.137516 NM_022116 ENSG00000132436 FIGNL1 - fidgetin like 1 protein-coding nan 1.780 1.947 0.279 0.515 0.912 0.181 0.473 0.835 0.014 0.114 0.201 0.037 0.386 0.399 1.284 0.089 0.091 0.130 0.042 0.045 0.950 0.686 0.585 0.179 0.063 0.135 0.139 0.047 0.137 0.585 0.190 2.513 0.074 0.057 0.544 0.063 0.148 0.051 0.481 0.210 0.076 0.029 0.103 0.073 0.221 0.216 0.135 0.031 0.104 0.131 1.284 0.125 0.316 0.585 0.072 0.126 0.148 0.216 0.830 0.322 0.059 0.167 0.034 0.029 0.015 0.523 0.359 0.493 0.907 1.648 1.771 2.700 0.458 0.129 0.168 0.700 1.200 3.653 3.062 0.663 0.655 0.218 0.388 2.008 2.149 0.375 0.915 3.157 1.332 1531 chr10 75935405 75954314 + 0 NA intron (NM_001123, intron 1 of 10) MIRc|SINE|MIR 8612 NM_001202449 132 Hs.656586 NM_001123 ENSG00000156110 ADK AK adenosine kinase protein-coding 1.533 nan 1.262 2.060 0.749 0.437 3.534 0.450 0.801 1.240 1.023 0.954 2.501 0.163 0.586 0.443 0.830 0.191 2.773 0.986 1.822 0.443 0.605 0.285 0.881 1.871 1.557 0.234 2.525 1.553 1.726 2.747 1.935 1.502 0.721 0.744 0.162 0.471 0.065 0.653 0.575 1.899 0.717 0.387 1.710 1.302 2.085 0.382 0.815 0.965 0.433 1.761 0.443 2.888 4.453 0.881 1.059 1.117 0.127 0.624 0.153 2.218 0.365 0.336 0.895 0.445 0.323 1.164 1.387 1.772 4.258 1.211 1.112 1.953 0.896 1.916 1.959 1.321 1.591 2.101 nan 0.884 0.981 0.864 1.183 1.326 1.129 1.123 nan 0.803 0.600 10772 chr7 157128286 157135479 + 0 NA intron (NM_058246, intron 1 of 9) intron (NM_058246, intron 1 of 9) 2171 NM_058246 10049 Hs.490745 NM_005494 ENSG00000105993 DNAJB6 DJ4|DnaJ|HHDJ1|HSJ-2|HSJ2|LGMD1D|LGMD1E|MRJ|MSJ-1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B6 protein-coding 2.352 1.177 nan 3.353 1.102 0.670 2.133 1.405 2.752 1.587 3.825 1.866 0.714 0.505 1.845 1.444 2.574 0.523 1.073 0.393 0.830 0.754 1.047 0.789 3.418 2.652 2.910 2.812 2.761 1.422 1.533 2.268 2.447 3.565 1.163 2.031 0.305 2.696 0.154 1.147 0.719 8.930 5.373 2.039 1.065 1.078 3.372 4.897 1.811 4.216 1.089 1.970 1.444 1.779 2.693 3.418 0.966 1.695 0.641 2.621 1.186 2.300 0.578 0.374 3.062 3.571 3.223 2.479 3.016 2.101 2.560 2.765 2.607 2.627 1.178 2.186 2.135 1.415 1.855 2.346 3.809 1.791 1.743 3.180 6.023 1.517 1.799 1.478 1.558 1.742 1.157 2731 chr12 59153014 59169801 + 0 NA intron (NR_120452, intron 1 of 7) L2a|LINE|L2 14091 NR_120452 101927653 Hs.130744 NR_120452 ENSG00000257259 LINC02388 - long intergenic non-protein coding RNA 2388 ncRNA nan 1.500 0.735 0.055 1.378 0.017 0.025 0.782 1.385 0.012 0.061 0.195 0.026 0.234 0.746 0.150 0.229 0.087 0.056 0.037 0.008 0.574 0.256 0.566 0.021 0.004 0.009 0.060 0.019 0.081 0.398 0.068 1.232 0.114 0.060 0.192 0.026 0.104 0.014 0.061 0.050 0.018 0.009 0.039 0.023 0.092 0.090 0.165 0.009 0.042 0.091 0.150 0.098 0.066 0.566 0.029 0.051 0.035 0.008 0.320 0.057 0.266 0.044 0.018 0.020 0.021 nan 0.221 0.479 0.220 0.549 nan 4.410 3.776 0.250 0.287 0.538 nan 1.930 nan 0.338 0.151 0.180 0.381 1.097 0.627 0.144 0.239 1.416 1.151 5640 chr19 37802843 37811362 + 0 NA intron (NR_138103, intron 1 of 8) intron (NR_138103, intron 1 of 8) -1682 NR_138108 284459 Hs.640243 NM_181786 ENSG00000181666 HKR1 ZNF875 HKR1, GLI-Kruppel zinc finger family member protein-coding 2.014 1.348 1.155 0.596 2.716 0.479 1.381 0.389 1.185 0.548 1.390 0.833 0.884 0.188 0.917 0.677 0.673 0.283 2.813 0.958 1.029 0.357 0.313 0.358 1.066 0.928 0.945 0.026 0.645 0.062 1.253 2.366 0.754 4.763 0.806 0.285 0.178 4.599 0.383 0.291 0.318 1.581 2.311 1.359 0.320 0.279 1.165 1.363 1.003 8.001 0.481 0.226 0.677 4.889 1.064 1.066 0.171 0.582 0.332 0.829 0.887 0.806 0.426 0.379 0.198 1.413 1.061 1.413 1.664 0.732 1.183 1.935 1.819 2.361 0.422 3.400 3.688 0.927 1.174 1.642 2.385 nan 1.445 0.819 1.788 1.313 1.335 1.232 1.656 2.210 1.421 11825 chr9 135497130 135521439 + 0 NA intron (NR_136309, intron 14 of 18) L1MC4a|LINE|L1 29429 NM_001322343 64794 Hs.660767 NM_022779 ENSG00000125485 DDX31 PPP1R25 DEAD-box helicase 31 protein-coding nan 0.766 1.138 0.118 0.582 0.160 0.320 0.456 0.695 0.016 0.151 0.125 0.033 0.041 0.058 0.318 0.119 0.099 0.275 0.086 0.036 0.057 0.684 0.394 0.793 0.125 0.045 0.085 0.122 0.017 0.173 0.315 0.065 1.778 0.300 0.126 0.553 0.068 0.082 0.068 0.075 0.146 0.072 0.042 0.108 0.132 0.120 0.174 0.175 0.141 0.032 0.081 0.318 0.205 0.103 0.793 0.070 0.046 0.463 0.090 0.644 0.322 0.615 0.244 0.104 0.218 0.130 0.903 1.002 1.779 2.437 1.416 1.189 nan 0.125 0.475 0.480 2.028 1.836 0.486 0.644 2.055 1.468 0.915 1.537 1.789 2.497 0.557 0.934 3.104 1.603 8838 chr5 32582518 32588057 + 0 NA promoter-TSS (NM_006713) promoter-TSS (NM_006713) -318 NM_006713 10923 Hs.229641 NM_006713 ENSG00000113387 SUB1 P15|PC4|p14 SUB1 homolog, transcriptional regulator protein-coding 3.377 3.655 nan 2.799 5.489 0.804 4.052 1.635 2.349 2.118 3.010 2.390 1.390 1.413 2.680 2.140 8.354 2.020 5.421 2.498 2.951 2.625 3.573 1.927 8.147 2.387 2.687 1.406 2.842 1.252 6.072 7.781 4.100 7.291 1.295 3.575 0.849 2.841 0.107 1.303 0.991 2.199 4.985 2.858 3.154 1.107 1.912 1.299 2.473 2.929 2.779 1.942 2.140 8.634 1.833 8.147 1.438 1.902 1.243 3.978 3.261 2.835 2.012 0.513 1.398 1.601 0.992 3.340 4.002 3.589 4.940 5.726 4.918 3.576 2.153 7.410 7.105 3.703 4.581 4.098 6.266 5.849 5.928 3.085 4.925 3.083 3.343 2.137 2.120 2.774 1.611 9251 chr5 147237864 147249458 + 0 NA Intergenic LTR75|LTR|ERVL -14613 NM_054023 117156 Hs.483765 NM_054023 ENSG00000164265 SCGB3A2 LU103|PNSP1|UGRP1|pnSP-1 secretoglobin family 3A member 2 protein-coding nan 0.722 0.800 0.055 0.228 0.063 0.086 0.152 0.216 0.041 0.068 0.080 0.028 0.030 0.114 0.177 0.097 0.055 0.092 0.081 0.027 0.059 0.055 0.050 0.209 0.077 0.062 0.032 0.053 0.027 0.098 0.346 0.116 0.634 0.038 1.837 1.236 0.028 0.099 0.010 0.089 0.103 0.021 0.014 0.123 0.093 0.058 0.112 0.098 0.098 0.013 0.156 0.177 0.123 0.048 0.209 0.232 0.107 0.075 0.043 0.071 0.075 0.077 0.022 0.039 0.015 0.022 0.253 0.148 0.706 0.822 0.256 0.372 0.355 0.150 0.163 0.169 0.175 0.379 0.424 0.337 0.324 0.177 0.185 0.258 4.072 4.811 0.279 0.599 0.523 0.388 1333 chr10 12795978 12811111 + 0 NA intron (NM_153498, intron 4 of 10) intron (NM_153498, intron 4 of 10) -36192 NR_031752 100313841 NR_031752 ENSG00000221331 MIR548Q - microRNA 548q ncRNA nan 0.645 0.478 0.062 1.221 0.079 0.106 0.209 0.330 0.006 0.130 0.283 0.020 0.032 0.526 0.575 0.179 0.149 0.084 0.050 0.048 0.028 0.322 0.240 0.644 0.036 0.038 0.051 0.067 0.067 0.048 0.193 0.039 0.503 0.019 0.039 0.069 0.040 0.094 0.047 0.057 0.086 0.058 0.062 0.109 0.035 0.051 0.165 0.091 0.051 0.031 0.067 0.575 0.077 0.171 0.644 0.130 0.038 0.090 0.126 0.057 0.160 0.009 0.058 0.167 0.061 0.030 0.439 0.213 0.228 0.549 1.318 1.416 4.556 1.744 0.107 0.183 0.367 0.526 0.612 0.879 0.187 0.130 0.121 0.156 0.353 0.257 0.077 0.182 0.813 0.508 8022 chr3 173407836 173430891 + 0 NA intron (NM_014932, intron 3 of 6) MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 219223 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 0.906 1.772 0.689 0.294 0.159 0.171 0.129 1.537 2.499 0.082 0.050 0.238 0.056 0.112 0.795 0.140 0.083 0.096 0.079 0.025 0.012 0.732 0.465 0.702 0.054 0.031 0.022 0.110 0.009 0.070 0.087 0.141 0.266 0.051 0.053 0.669 0.089 0.089 0.021 0.142 0.055 0.031 0.020 0.023 0.044 0.187 0.030 0.035 0.084 0.055 0.037 0.795 0.037 0.024 0.702 0.027 0.025 0.013 0.030 0.022 0.031 0.026 0.037 0.016 0.009 0.013 0.294 0.184 0.222 0.324 0.613 0.704 2.513 1.696 0.245 0.289 2.012 2.179 0.320 0.297 0.584 0.236 0.173 0.225 2.487 3.544 0.250 0.359 0.893 0.586 7478 chr22 47157451 47172381 + 0 NA intron (NR_104292, intron 2 of 13) AluSx1|SINE|Alu -4908 NM_001284305 25771 Hs.435044 NM_014346 ENSG00000054611 TBC1D22A C22orf4|HSC79E021 TBC1 domain family member 22A protein-coding 1.571 0.880 nan 1.601 0.805 1.561 1.445 0.601 1.441 0.402 1.552 0.840 0.813 0.271 0.978 1.176 0.581 0.110 1.504 0.745 0.545 0.187 0.759 0.438 1.088 0.857 0.718 0.490 1.631 0.606 1.709 3.090 1.125 2.733 0.791 0.784 0.293 0.853 0.124 0.469 0.576 3.381 1.000 0.496 1.210 0.685 2.014 0.632 1.142 0.872 0.623 1.271 1.176 1.642 1.139 1.088 0.596 1.210 0.583 1.150 2.161 1.323 0.791 0.389 1.249 0.833 0.596 2.801 2.692 1.649 2.655 1.875 1.776 2.394 0.734 3.007 3.126 1.134 1.650 3.363 3.654 2.413 3.046 1.403 1.916 1.216 1.372 1.044 1.252 1.614 0.921 2770 chr12 68471716 68478020 + 0 NA Intergenic Intergenic 78653 NM_000619 3458 Hs.856 NM_000619 ENSG00000111537 IFNG IFG|IFI interferon gamma protein-coding 0.732 0.565 0.471 0.079 0.068 0.018 0.011 0.152 0.224 0.015 0.025 0.147 0.017 0.047 0.191 0.237 0.119 0.181 0.083 0.040 0.088 0.142 0.095 0.033 0.011 0.046 0.076 0.139 0.031 0.078 0.273 0.024 0.129 0.052 0.046 0.019 0.039 0.085 0.025 0.034 0.074 0.062 0.287 0.013 0.056 0.063 0.073 0.237 0.022 0.044 0.095 0.065 0.013 0.030 0.046 0.032 0.025 0.704 0.039 0.037 0.027 0.008 5.277 4.339 9.021 4.436 0.457 nan 0.113 0.062 3.567 3.224 0.298 0.504 0.410 0.361 0.408 0.115 0.975 2.400 0.081 0.152 0.127 0.231 0.657 0.804 3859 chr14 106444264 106465740 + 0 NA Intergenic L1MCb|LINE|L1 -16644 NR_002224 8755 Hs.662288 NR_002224 ENSG00000271968 ADAM6 C14orf96|tMDCIV ADAM metallopeptidase domain 6 (pseudogene) pseudo 1.648 0.798 2.616 0.060 0.078 0.521 0.053 0.075 0.214 0.123 0.039 0.569 0.037 0.063 0.142 0.087 0.172 0.039 0.018 0.029 0.019 0.088 0.114 0.044 0.013 0.030 0.004 0.091 0.010 0.099 0.322 0.097 0.280 0.014 0.083 0.298 0.024 0.103 0.120 0.055 0.034 0.025 0.018 0.031 0.044 0.045 1.641 0.053 0.066 0.015 0.070 0.142 0.016 0.061 0.044 0.031 0.493 0.362 0.031 0.028 0.030 0.069 0.012 0.208 0.005 0.007 0.362 0.275 0.125 0.200 0.236 0.343 0.346 0.173 0.093 0.061 0.723 1.160 0.300 0.554 1.133 0.839 0.218 0.256 1.408 3.756 0.097 0.105 0.102 0.111 7775 chr3 116488545 116516804 + 0 NA Intergenic Intergenic 66540 NR_039649 100616485 NR_039649 ENSG00000265433 MIR4447 - microRNA 4447 ncRNA 0.864 nan 0.747 0.038 0.109 0.056 0.023 0.170 0.362 0.007 0.028 0.028 0.015 0.028 0.101 0.086 0.079 0.119 0.067 0.013 0.016 0.039 0.078 0.112 0.038 0.007 0.010 0.008 0.067 0.068 0.067 0.037 0.186 0.015 0.012 0.007 3.065 0.078 0.008 0.095 0.056 0.019 0.008 0.039 0.024 0.027 0.082 0.043 0.023 0.022 0.084 0.086 0.033 0.023 0.038 0.009 0.024 0.045 0.017 0.075 0.031 0.021 0.462 0.011 0.008 0.004 0.315 0.185 0.161 0.228 0.307 nan 0.209 0.139 0.206 0.177 nan 1.039 0.212 0.218 1.005 0.661 0.076 0.150 0.031 0.061 0.557 1.715 0.576 0.556 7288 chr22 17731467 17764930 + 0 NA promoter-TSS (NR_038398) promoter-TSS (NR_038398) -575 NR_038398 27442 Hs.517394 NR_038398 ENSG00000241832 CECR3 - cat eye syndrome chromosome region, candidate 3 (non-protein coding) ncRNA 1.665 nan 1.166 0.099 0.754 0.757 0.040 0.667 1.311 0.023 0.071 0.079 0.022 0.051 2.293 1.976 0.074 0.096 0.064 0.006 0.040 0.029 0.629 0.329 1.341 0.047 0.024 0.093 0.099 0.019 0.140 nan 0.212 1.613 0.022 0.075 0.568 0.075 0.085 0.040 0.420 0.099 0.029 0.032 0.016 0.085 0.092 0.141 0.109 0.083 0.712 0.144 1.976 0.068 0.022 1.341 0.077 0.057 0.942 0.059 0.898 0.071 0.360 0.288 0.030 0.021 0.012 1.153 2.141 0.565 0.620 1.846 1.927 1.635 0.570 0.541 0.575 0.615 1.045 2.880 3.492 2.509 2.176 0.449 0.815 1.400 1.429 0.418 1.235 4.076 2.029 6165 chr2 65214911 65217996 + 0 NA promoter-TSS (NM_003038) promoter-TSS (NM_003038) -42 NM_003038 6509 Hs.654352 NM_003038 ENSG00000115902 SLC1A4 ASCT1|SATT|SPATCCM solute carrier family 1 member 4 protein-coding 7.931 3.517 4.487 1.846 6.115 10.674 0.867 4.211 7.785 0.588 4.525 4.243 0.040 1.397 19.043 7.052 4.258 0.519 2.687 0.877 2.470 1.843 3.334 1.537 7.084 3.025 3.064 1.530 1.652 0.401 6.521 10.625 2.784 18.683 1.040 2.270 0.715 6.073 0.097 1.676 3.142 5.605 2.534 1.158 0.107 0.755 0.980 2.389 5.013 5.277 6.058 2.260 7.052 4.627 3.557 7.084 0.317 1.619 1.574 3.704 4.256 0.740 1.618 2.394 2.445 2.355 1.804 4.300 5.874 5.922 7.372 14.729 10.509 12.142 5.265 11.812 13.145 3.572 4.571 8.783 15.913 5.850 7.398 3.084 6.014 3.640 3.702 6.288 7.586 5.813 3.523 8656 chr4 182739844 182765313 + 0 NA Intergenic Intergenic -1452 NR_147188 105377573 Hs.333288 NR_147188 ENSG00000251336 TEMN3-AS1 - TENM3 antisense transcript 1 ncRNA nan 0.691 nan 0.315 0.049 0.253 0.085 0.507 0.877 0.007 0.071 0.127 0.005 0.213 0.231 0.077 0.076 0.082 0.099 0.022 0.003 0.016 0.264 0.135 0.122 0.016 0.014 0.006 0.043 0.008 0.078 0.036 0.047 0.161 0.063 0.114 0.324 2.822 0.130 0.009 0.080 0.047 0.038 0.019 0.030 0.014 0.049 0.275 0.042 0.028 0.006 0.013 0.077 0.050 0.022 0.122 0.019 0.010 0.016 0.025 0.008 0.024 0.241 0.034 0.066 0.014 0.006 0.262 0.211 0.830 0.788 0.426 0.462 6.234 1.835 0.200 0.229 0.092 0.131 1.028 0.924 0.434 0.268 0.293 0.411 1.438 1.656 0.090 0.143 1.006 0.530 4492 chr16 85778362 85785692 + 0 NA intron (NM_206967, intron 1 of 3) AluSg|SINE|Alu 2662 NM_206967 404550 Hs.461655 NM_206967 ENSG00000154102 C16orf74 - chromosome 16 open reading frame 74 protein-coding nan 0.632 0.743 1.167 0.346 0.352 3.219 1.028 2.105 1.468 1.920 0.582 0.026 0.083 0.157 0.675 0.122 0.110 5.849 3.004 0.086 0.152 0.215 0.100 1.098 1.323 0.888 0.452 0.370 1.158 0.528 0.821 0.406 1.334 0.655 0.282 0.066 0.340 0.113 0.354 0.139 5.132 3.094 1.577 1.182 1.653 4.531 0.326 2.222 1.051 0.367 3.456 0.675 4.715 0.736 1.098 1.731 0.583 0.241 1.288 0.486 1.710 0.121 0.153 1.586 0.126 0.027 0.370 0.404 0.330 0.686 0.930 0.789 1.058 0.331 0.274 0.182 0.395 0.696 0.885 1.173 0.841 0.678 0.250 0.307 0.128 0.248 0.221 0.513 0.719 0.545 2156 chr11 86397638 86411061 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -20671 NM_001351934 10873 Hs.199743 NM_006680 ENSG00000151376 ME3 NADP-ME malic enzyme 3 protein-coding 0.665 0.786 0.500 0.879 0.204 0.059 3.165 0.186 0.280 0.762 1.047 1.802 0.014 0.030 0.126 0.278 0.348 0.036 1.373 0.721 0.386 0.010 0.082 0.093 0.050 2.995 2.021 0.153 0.166 1.004 0.127 0.491 0.791 0.340 0.945 0.229 0.022 0.072 0.116 1.411 0.082 2.654 1.141 0.656 3.613 1.322 1.308 1.727 0.218 0.571 0.041 1.335 0.278 0.308 0.833 0.050 0.137 0.226 0.283 0.191 0.015 2.650 0.066 0.073 1.360 0.189 0.041 0.634 0.380 1.131 4.964 0.345 0.572 0.200 0.086 0.524 0.483 0.204 0.439 0.431 0.376 0.342 0.183 0.255 0.320 0.134 0.217 0.163 0.393 0.436 0.441 1577 chr10 88725686 88734858 + 0 NA promoter-TSS (NM_133447) promoter-TSS (NM_133447) -226 NM_133447 119385 Hs.511787 NM_133447 AGAP11 - ArfGAP with GTPase domain, ankyrin repeat and PH domain 11 protein-coding 1.510 1.416 2.849 0.916 0.835 1.183 4.512 0.123 0.282 0.480 3.434 1.488 0.986 0.476 0.213 0.084 1.382 0.233 1.004 0.805 0.089 0.046 0.168 0.058 1.121 2.159 2.833 0.667 2.050 1.854 1.111 2.520 0.221 0.305 1.197 0.734 0.154 0.107 0.071 1.400 0.285 5.383 0.236 0.102 1.407 0.385 2.542 1.015 2.627 3.087 0.600 1.811 0.084 4.034 4.348 1.121 0.460 2.352 0.602 1.941 0.089 1.908 0.236 0.297 1.470 2.367 2.486 0.504 0.527 0.231 0.368 0.670 0.473 7.809 4.129 2.851 2.854 0.306 0.318 2.094 4.198 0.541 0.487 1.047 0.924 0.919 1.066 1.104 1.852 0.599 0.511 7511 chr3 11236679 11244813 + 0 NA intron (NM_001098212, intron 1 of 1) AluSg|SINE|Alu -26923 NM_001098211 3269 Hs.1570 NM_000861 ENSG00000196639 HRH1 H1-R|H1R|HH1R|hisH1 histamine receptor H1 protein-coding nan 1.092 1.518 0.141 0.086 0.007 1.843 0.059 0.172 0.421 1.146 0.333 0.008 0.013 0.066 0.268 0.191 0.098 1.458 0.885 0.121 0.034 0.038 0.032 0.015 0.674 0.471 0.071 0.962 1.810 0.236 0.824 0.107 0.631 0.293 0.125 0.684 0.066 0.092 0.331 4.980 5.708 2.604 0.873 0.650 0.106 0.453 0.540 0.357 0.019 0.352 0.268 0.726 0.917 0.015 0.573 0.091 0.319 1.068 0.174 0.793 0.036 0.016 0.331 0.007 0.019 0.150 0.053 0.119 0.233 0.445 0.390 0.234 0.083 0.147 0.130 0.104 0.222 0.194 0.222 0.525 0.784 0.185 0.209 3.059 3.219 0.083 0.195 0.232 0.283 1572 chr10 86080952 86113580 + 0 NA intron (NM_018999, intron 1 of 10) L2a|LINE|L2 8921 NM_001351292 54462 Hs.461988 NM_018999 ENSG00000107771 CCSER2 FAM190B|Gcap14|KIAA1128|bA486O22.1 coiled-coil serine rich protein 2 protein-coding 1.018 0.788 0.992 0.201 3.318 0.097 0.559 0.471 0.905 0.158 0.558 0.317 0.310 1.398 0.252 0.188 0.284 0.094 0.436 0.087 0.166 0.217 0.150 0.160 0.379 0.359 0.251 0.248 0.447 0.352 1.113 2.497 0.372 0.643 0.125 0.315 0.044 0.266 0.076 0.073 0.202 0.430 0.257 0.144 0.181 0.169 0.451 0.206 0.472 0.339 0.244 0.339 0.188 0.710 0.301 0.379 0.142 0.165 0.081 0.259 0.361 0.274 0.100 0.527 0.117 0.188 0.125 0.388 0.413 0.487 0.746 0.552 0.667 1.657 0.529 0.357 0.357 0.871 1.194 3.097 3.536 1.121 0.962 0.165 0.385 0.241 0.239 0.690 1.667 0.592 0.367 2851 chr12 90143978 90164718 + 0 NA Intergenic Intergenic 51616 NR_028138 338758 Hs.601766 NR_028138 ENSG00000271614 ATP2B1-AS1 LINC00936 ATP2B1 antisense RNA 1 ncRNA 0.767 0.756 0.991 0.301 0.123 0.027 0.487 0.124 0.239 0.575 0.906 0.343 0.251 0.089 0.064 0.339 0.354 0.193 0.332 0.366 0.742 0.047 0.061 0.152 0.081 0.316 0.140 0.039 0.226 0.213 0.635 1.813 0.775 nan 0.387 2.036 0.040 0.032 0.127 0.364 0.035 1.222 0.134 0.106 0.342 0.110 1.047 0.968 0.302 0.127 0.304 2.266 0.339 0.309 0.050 0.081 0.790 1.491 0.028 0.708 0.054 0.660 0.060 0.148 0.225 0.017 0.010 0.237 0.248 0.332 1.023 0.373 0.436 0.190 0.075 0.247 0.274 0.364 nan 0.318 nan 0.422 0.252 0.106 0.163 0.186 0.469 0.223 0.364 0.472 0.589 11105 chr8 92603686 92645945 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie 363299 NM_134266 115111 Hs.354013 NM_052832 ENSG00000147606 SLC26A7 SUT2 solute carrier family 26 member 7 protein-coding nan 0.850 1.323 0.029 0.208 0.062 0.022 0.148 0.357 0.007 0.072 0.029 0.018 0.040 0.107 0.110 0.380 0.125 0.063 0.027 0.035 0.582 0.052 0.063 0.147 0.005 0.005 0.009 0.082 0.012 0.069 0.068 0.088 0.369 0.135 0.050 0.107 0.038 0.079 0.036 0.074 0.074 0.017 0.017 0.059 0.016 0.085 0.438 0.033 0.027 0.006 0.035 0.110 0.049 0.026 0.147 0.038 0.031 0.222 0.008 0.081 0.037 0.061 3.057 0.007 0.011 0.010 0.264 0.140 0.390 nan 0.426 0.539 0.308 0.107 0.189 0.176 1.149 1.487 0.788 0.795 1.590 1.225 0.165 0.192 0.422 0.433 1.181 3.561 0.351 0.304 886 chr1 173989479 173994174 + 0 NA Intergenic CpG -29616 NM_001300850 149041 Hs.30258 NM_172071 ENSG00000135870 RC3H1 RNF198|ROQUIN ring finger and CCCH-type domains 1 protein-coding nan 5.598 6.785 4.246 3.335 1.847 3.051 1.406 3.659 1.892 3.407 2.539 1.937 0.681 4.486 3.376 3.559 0.550 4.610 1.541 1.943 2.153 2.919 1.582 4.431 3.020 3.023 3.301 2.859 1.558 2.905 4.439 3.437 9.187 1.593 3.759 0.715 3.140 0.213 0.803 2.124 1.962 2.589 1.640 3.158 1.653 3.767 1.363 4.282 3.982 1.816 2.888 3.376 7.470 2.645 4.431 1.482 3.400 1.035 2.777 2.224 1.316 2.470 3.525 1.406 1.570 0.986 7.012 7.996 10.958 17.686 nan 7.290 6.989 2.816 9.324 10.537 4.178 5.296 6.741 11.848 4.777 5.090 4.691 11.096 3.284 3.241 10.092 11.867 2.711 1.893 4984 chr17 73069643 73096488 + 0 NA promoter-TSS (NM_001271765) promoter-TSS (NM_001271765) -757 NM_001271765 9121 Hs.592095 NM_004695 ENSG00000170190 SLC16A5 MCT5|MCT6 solute carrier family 16 member 5 protein-coding 1.186 1.150 1.014 2.846 0.349 0.084 3.423 0.189 0.388 1.158 2.574 1.530 0.808 0.601 0.152 0.259 0.508 0.246 1.025 0.573 0.958 0.042 0.125 0.083 0.268 2.358 2.173 0.895 2.800 2.137 1.974 4.574 1.658 0.633 1.469 4.941 0.016 0.187 0.108 0.589 0.079 4.007 0.857 0.423 2.244 1.303 2.828 0.874 6.320 0.866 0.750 3.693 0.259 3.208 0.998 0.268 0.710 2.400 0.105 2.019 0.227 1.603 0.066 0.471 0.704 2.499 1.696 0.762 0.836 0.285 0.676 0.507 0.715 1.091 0.454 0.446 0.474 nan 0.806 0.635 0.959 1.093 0.806 0.530 0.592 0.196 0.223 0.615 1.219 nan 0.479 4733 chr17 36808382 36819999 + 0 NA Intergenic Intergenic 16997 NM_001130677 100170841 Hs.445574 NM_001130677 ENSG00000273604 EPOP C17orf96|PRR28 elongin BC and polycomb repressive complex 2 associated protein protein-coding nan 1.051 0.816 0.596 0.167 0.274 0.290 0.427 0.736 0.057 0.128 0.072 0.016 1.068 0.228 0.187 0.129 0.159 0.128 0.049 0.076 0.083 0.210 0.239 0.134 0.213 0.137 0.133 0.077 0.055 0.097 0.687 0.256 0.425 0.052 0.115 0.049 0.189 0.098 0.157 0.027 0.143 0.042 0.066 0.010 0.113 0.174 0.127 0.347 0.123 0.047 0.228 0.187 0.234 0.168 0.134 0.021 0.104 0.175 0.404 0.205 0.121 1.945 0.200 0.053 0.038 0.009 5.456 8.179 5.074 2.198 nan 0.696 0.643 0.274 6.716 7.311 0.314 0.692 0.807 0.889 nan 1.431 1.684 2.627 0.144 0.240 0.476 0.958 0.710 0.510 2835 chr12 85861608 85886494 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR 200015 NM_006982 8092 Hs.41683 NM_006982 ENSG00000180318 ALX1 CART1|FND3|HEL23 ALX homeobox 1 protein-coding 0.771 0.914 0.752 0.462 0.253 0.018 0.319 0.207 0.409 0.004 0.173 0.330 0.267 0.173 0.068 0.119 0.352 0.143 0.094 0.054 0.035 0.139 0.475 0.257 0.324 0.106 0.052 0.009 0.158 0.348 0.704 1.387 0.573 0.653 0.250 0.237 0.418 0.052 0.111 0.080 0.047 0.052 0.049 0.029 0.116 0.173 0.190 0.191 0.255 0.065 0.140 0.202 0.119 0.332 0.101 0.324 0.334 0.054 0.012 0.047 0.196 0.029 0.075 0.204 0.114 0.014 0.008 0.355 0.248 0.294 0.382 0.417 0.461 5.007 1.593 0.292 0.334 1.111 1.302 0.642 0.712 0.524 0.221 0.137 0.235 1.603 1.891 0.433 0.619 1.227 0.777 1329 chr10 12619303 12663542 + 0 NA intron (NM_153498, intron 2 of 10) LTR89|LTR|ERVL? 20670 NR_039700 100616151 NR_039700 ENSG00000263584 MIR4480 - microRNA 4480 ncRNA nan 1.928 0.600 0.058 3.190 2.489 0.499 0.598 1.224 0.052 0.121 0.248 0.084 0.097 0.878 0.720 0.315 0.149 0.162 0.116 0.108 0.028 0.958 0.366 1.865 0.149 0.073 0.047 0.088 0.081 0.187 0.871 0.351 5.336 0.225 0.077 0.153 0.044 0.088 0.382 0.065 0.048 0.074 0.055 0.172 0.038 0.264 0.129 0.398 0.053 0.217 0.677 0.720 0.247 2.035 1.865 0.080 0.402 0.116 0.108 0.850 0.179 0.150 0.089 0.109 0.027 0.030 0.420 0.283 0.346 0.507 2.793 2.306 4.755 1.849 0.171 0.153 0.721 1.040 4.373 5.474 0.256 0.171 0.221 0.296 0.668 0.778 0.199 0.367 1.618 0.899 3728 chr14 79981982 80018824 + 0 NA intron (NM_001105250, intron 2 of 6) intron (NM_001105250, intron 2 of 6) 254721 NR_073546 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 0.749 0.864 0.067 0.100 0.190 0.025 0.220 0.408 0.022 0.049 0.040 0.183 0.022 0.228 0.321 0.211 0.153 0.046 0.048 0.027 0.030 0.144 0.107 0.052 0.011 0.023 0.018 0.082 0.015 0.099 0.278 0.078 0.681 0.048 0.063 0.262 0.062 0.114 0.020 0.310 0.077 0.033 0.011 0.018 0.029 0.082 0.107 0.046 0.044 0.182 0.042 0.321 0.092 0.008 0.052 0.017 0.096 0.179 0.035 0.038 0.032 0.035 0.064 0.082 0.016 0.019 0.392 0.236 0.309 0.681 0.694 0.795 0.116 0.078 3.365 3.708 1.221 1.569 0.455 0.540 0.684 0.376 0.147 0.232 0.713 0.751 0.106 0.230 0.940 0.858 7410 chr22 37893582 37946680 + 0 NA Intergenic Intergenic -4921 NM_014550 29775 Hs.57973 NM_014550 ENSG00000100065 CARD10 BIMP1|CARMA3 caspase recruitment domain family member 10 protein-coding 1.200 nan 0.663 2.321 0.127 0.126 1.725 0.178 0.370 0.933 0.968 0.424 0.043 0.462 0.275 0.410 0.446 0.241 1.896 1.151 0.412 0.043 0.091 0.093 0.183 0.571 0.385 0.181 1.625 1.020 0.812 3.412 0.677 0.566 1.022 0.224 0.038 0.307 0.106 0.659 0.272 2.256 0.714 0.357 1.085 0.841 1.613 0.431 1.829 0.944 0.786 0.807 0.410 3.171 1.374 0.183 0.384 1.121 0.295 0.931 0.537 1.279 0.345 0.060 0.844 0.211 0.117 1.201 1.614 1.207 2.665 0.405 0.417 0.609 0.172 0.308 0.318 0.214 nan 0.482 0.558 nan 0.734 0.525 0.628 0.216 0.290 0.234 0.479 0.469 0.374 5562 chr19 16042690 16047310 + 0 NA intron (NM_021187, intron 1 of 11) intron (NM_021187, intron 1 of 11) 676 NM_001128932 57834 Hs.187393 NM_021187 ENSG00000171903 CYP4F11 CYPIVF11 cytochrome P450 family 4 subfamily F member 11 protein-coding 0.584 0.693 0.595 0.093 0.209 0.086 1.106 0.138 0.190 1.486 0.298 0.081 0.045 0.095 0.089 0.257 0.006 0.046 4.726 0.103 0.035 0.052 5.404 7.918 0.081 0.209 0.141 nan 0.204 0.247 8.195 0.055 0.052 0.223 0.196 0.067 0.424 0.135 3.171 0.323 5.248 0.030 0.051 2.132 0.089 0.030 0.041 0.052 3.887 0.053 0.042 0.100 1.192 0.085 0.021 0.026 0.017 0.025 0.011 0.327 0.209 0.058 0.165 0.291 0.330 0.136 0.090 0.387 0.378 0.169 0.309 0.151 0.074 0.464 0.160 0.205 0.187 0.053 0.242 0.217 0.300 0.193 0.486 3568 chr14 56577546 56620445 + 0 NA intron (NM_021255, intron 1 of 5) MIRb|SINE|MIR 13902 NM_021255 57161 Hs.657926 NM_021255 ENSG00000139946 PELI2 - pellino E3 ubiquitin protein ligase family member 2 protein-coding 3.930 nan 4.436 0.130 1.130 0.691 0.025 0.650 1.288 0.018 0.039 0.136 0.019 0.383 1.372 1.256 0.479 0.142 0.183 0.040 0.022 0.110 0.438 0.303 1.153 0.139 0.091 0.019 0.120 0.029 0.660 1.505 1.021 1.479 0.027 0.404 0.270 0.053 0.120 0.080 0.635 0.174 0.107 0.065 0.031 0.125 0.097 0.187 0.448 0.080 0.080 0.608 1.256 0.176 0.019 1.153 0.126 0.091 0.425 0.314 0.959 0.042 1.162 4.996 0.021 0.027 0.014 1.351 1.783 1.163 1.445 2.008 1.726 1.091 0.379 6.234 6.194 0.138 0.220 1.695 2.164 4.426 4.516 1.269 2.553 1.203 1.362 7.682 15.331 nan 0.736 11267 chr8 125615546 125662011 + 0 NA intron (NM_001282971, intron 3 of 14) intron (NM_001282971, intron 3 of 14) 87435 NM_001278645 4715 Hs.15977 NM_005005 ENSG00000147684 NDUFB9 B22|CI-B22|LYRM3|UQOR22 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9 protein-coding nan nan nan 0.099 0.457 0.210 0.217 0.425 0.681 0.103 0.259 0.139 0.040 0.285 0.261 0.372 0.148 0.131 0.464 0.453 0.051 0.036 0.184 0.115 0.751 0.109 0.049 0.051 0.078 0.018 0.150 0.480 0.126 nan 0.044 0.068 0.047 0.070 0.076 0.056 0.180 0.648 0.102 0.038 0.023 0.038 0.089 0.200 0.121 0.096 0.053 0.287 0.372 0.343 0.160 0.751 0.045 0.208 0.509 0.195 0.312 0.073 0.198 1.864 0.029 0.022 0.014 0.637 0.771 0.344 0.407 0.900 0.951 1.876 0.740 nan nan 1.011 1.450 0.917 0.955 2.430 2.212 0.442 0.722 0.189 0.314 1.546 4.889 0.914 0.718 3777 chr14 94389045 94414222 + 0 NA intron (NM_001202429, intron 9 of 9) intron (NM_001202429, intron 9 of 9) 7902 NM_001207072 90050 Hs.525550 NM_138344 ENSG00000140067 FAM181A C14orf152 family with sequence similarity 181 member A protein-coding 1.388 2.490 nan 0.175 0.487 4.250 0.780 0.123 0.265 0.031 0.128 0.124 0.029 0.040 0.182 0.457 0.847 0.109 0.206 0.278 0.095 0.016 0.123 0.138 0.108 0.569 0.260 0.041 0.122 0.214 0.128 0.625 0.260 2.269 0.786 0.109 0.089 0.060 0.107 0.575 0.114 0.201 0.110 0.104 0.225 0.661 0.059 0.402 0.174 2.425 0.859 0.315 0.457 0.192 0.298 0.108 0.197 0.125 0.403 0.144 0.101 0.378 0.072 0.074 1.035 0.098 0.077 0.251 0.218 0.294 0.797 1.093 0.918 0.442 0.131 0.375 0.327 0.237 0.473 0.778 1.791 0.803 0.726 0.382 0.338 0.903 0.708 0.236 0.423 nan 0.554 320 chr1 42316253 42343655 + 0 NA intron (NR_038260, intron 1 of 2) intron (NR_038260, intron 1 of 2) 54424 NM_024503 59269 Hs.403972 NM_024503 ENSG00000127124 HIVEP3 KBP-1|KBP1|KRC|SHN3|Schnurri-3|ZAS3|ZNF40C human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 3 protein-coding nan 0.877 nan 0.192 0.147 0.121 1.767 0.175 0.288 0.021 0.626 2.288 0.142 0.044 0.081 0.891 0.185 0.053 0.654 0.499 0.046 0.025 0.190 0.145 0.284 0.818 0.547 0.019 0.439 0.549 0.238 1.162 0.208 0.486 0.766 1.022 0.059 0.067 0.105 0.628 0.014 2.575 0.084 0.063 0.299 0.858 0.961 0.233 0.107 0.272 0.173 0.290 0.891 0.568 0.074 0.284 0.160 0.374 0.251 0.233 0.052 0.621 0.796 0.122 1.259 0.069 0.077 0.397 0.300 1.865 3.044 0.710 0.788 0.654 0.189 0.313 0.376 0.529 nan nan 1.076 0.665 0.452 0.903 nan 0.372 0.648 0.393 0.622 0.634 0.596 9141 chr5 121719667 121745750 + 0 NA intron (NR_131762, intron 2 of 9) MIR|SINE|MIR 5924 NM_001308108 9627 Hs.426463 NM_005460 ENSG00000064692 SNCAIP SYPH1|Sph1 synuclein alpha interacting protein protein-coding nan 0.897 1.344 0.050 0.320 0.213 0.086 0.543 1.252 0.007 0.093 0.078 0.017 0.011 0.779 0.147 0.085 0.062 0.078 0.024 0.020 0.021 0.210 0.144 0.375 0.055 0.028 0.017 0.072 0.016 0.111 0.157 0.076 0.958 0.054 0.058 0.806 0.039 0.134 0.014 0.738 0.075 0.028 0.036 0.067 0.024 0.074 0.120 0.103 0.044 0.037 0.049 0.147 0.036 0.021 0.375 0.061 0.016 0.048 0.022 0.361 0.024 0.031 0.066 0.041 0.029 0.010 0.186 0.202 0.225 nan 0.502 0.665 0.536 0.163 0.401 0.376 2.619 3.617 0.814 0.623 0.461 0.283 0.095 0.125 2.370 3.102 0.246 0.392 1.121 0.627 6273 chr2 100491448 100500821 + 0 NA intron (NM_001025108, intron 6 of 23) intron (NM_001025108, intron 6 of 23) 225911 NM_001025108 3899 Hs.444414 NM_002285 ENSG00000144218 AFF3 LAF4|MLLT2-like AF4/FMR2 family member 3 protein-coding 1.128 nan 0.805 0.030 0.095 0.024 0.068 0.155 0.279 0.066 0.079 0.026 0.043 0.106 0.569 0.238 0.104 0.056 0.020 0.067 0.015 0.426 0.280 0.140 0.029 0.008 1.396 0.046 0.022 0.103 0.068 0.068 0.663 0.326 0.282 0.776 0.068 1.020 0.017 9.527 0.997 0.430 0.139 0.067 0.154 12.310 0.087 0.038 0.211 0.092 0.569 0.038 0.056 0.140 0.105 0.158 0.618 3.510 0.043 0.034 0.143 0.027 2.495 5.562 6.997 0.522 0.361 0.234 0.309 2.111 1.775 0.873 0.392 0.700 0.722 0.789 1.326 0.349 0.364 0.564 0.407 0.385 0.474 0.483 0.420 0.132 0.203 0.395 0.372 5663 chr19 39831434 39834582 + 0 NA promoter-TSS (NM_018028) promoter-TSS (NM_018028) -91 NM_001303614 55095 Hs.612332 NM_018028 ENSG00000179134 SAMD4B SMGB|Smaug2 sterile alpha motif domain containing 4B protein-coding 4.148 2.651 3.902 4.234 4.527 0.913 1.714 1.728 2.791 1.677 4.410 2.667 0.297 0.785 2.235 2.279 1.588 0.106 3.406 0.784 1.372 0.967 1.190 0.687 3.316 2.329 2.240 4.552 2.614 0.502 2.282 4.394 2.639 13.160 0.604 1.491 0.480 3.316 0.066 0.962 0.427 3.952 7.220 5.802 0.992 0.560 3.487 1.067 7.550 9.493 2.984 1.916 2.279 7.442 1.440 3.316 1.198 2.602 1.051 4.027 3.412 0.600 0.949 1.690 1.000 0.786 0.387 1.963 3.191 4.127 5.306 5.131 5.039 5.010 2.458 11.693 10.964 3.222 4.123 5.189 6.658 nan 3.708 2.696 6.012 2.907 2.472 4.281 4.917 3.662 1.519 6561 chr2 193175112 193180174 + 0 NA Intergenic Intergenic -117984 NM_001305145 23671 Hs.144513 NM_016192 ENSG00000144339 TMEFF2 CT120.2|HPP1|TENB2|TPEF|TR|TR-2 transmembrane protein with EGF like and two follistatin like domains 2 protein-coding 0.516 nan 0.705 0.058 0.017 0.055 0.044 0.255 0.109 0.019 0.062 0.000 0.073 0.280 0.126 0.032 0.112 0.024 0.027 0.015 0.027 0.031 0.096 0.068 0.139 0.074 0.038 0.021 0.075 0.016 0.109 0.024 0.031 0.044 0.040 0.032 0.014 0.021 0.053 0.000 0.098 0.024 0.024 0.016 0.020 0.034 0.060 0.016 0.024 0.015 0.023 0.010 0.736 0.318 8.430 6.285 0.194 0.197 0.155 0.085 0.437 0.702 0.268 0.450 0.303 0.301 0.384 0.085 0.237 0.209 0.009 0.051 0.240 0.396 0.331 0.140 3528 chr14 46785143 46815382 + 0 NA intron (NR_102702, intron 3 of 3) intron (NR_102702, intron 3 of 3) -140300 NR_102699 100506412 Hs.207545 NR_102699 ENSG00000258700 LINC00871 - long intergenic non-protein coding RNA 871 ncRNA nan 0.809 nan 0.103 0.128 0.042 0.021 0.158 0.317 0.070 0.057 0.025 0.052 0.027 0.065 0.148 0.113 0.112 0.098 0.006 0.031 0.151 0.037 0.089 0.103 0.009 0.012 0.005 0.074 0.028 0.075 0.052 0.098 0.304 0.030 0.045 0.013 0.047 0.124 0.004 0.066 0.036 0.008 0.005 0.033 0.033 0.099 0.049 0.013 0.016 0.018 0.033 0.148 0.068 0.034 0.103 0.008 0.038 0.006 0.012 0.040 0.013 0.013 0.122 0.013 0.008 0.003 0.314 0.197 0.187 0.285 0.284 0.322 0.217 0.071 0.259 0.224 6.565 7.805 0.196 0.259 0.568 0.244 0.100 0.169 0.079 0.128 0.315 0.694 0.373 0.435 3756 chr14 90961550 90992490 + 0 NA Intergenic Intergenic 6533 NR_135274 105370619 Hs.525530 NR_135274 LOC105370619 - uncharacterized LOC105370619 ncRNA 3.840 2.022 nan 0.859 1.430 2.896 0.251 0.737 1.373 0.540 0.114 0.122 0.385 0.329 1.986 1.149 0.254 0.136 0.103 0.043 0.133 0.040 1.023 0.608 2.621 0.266 0.127 0.070 0.092 0.041 0.520 1.941 0.430 3.124 0.271 0.236 0.468 0.163 0.086 0.084 0.260 0.228 0.209 0.114 0.046 0.145 0.498 0.194 0.824 0.268 0.138 1.045 1.149 0.201 0.061 2.621 0.422 1.144 1.250 0.206 0.975 0.145 1.052 0.191 0.141 0.076 0.031 1.202 2.391 0.676 1.598 2.537 2.735 3.585 1.880 1.138 1.094 1.815 2.475 5.095 5.432 1.816 1.692 1.577 2.533 1.656 1.330 0.451 0.631 nan 1.302 811 chr1 160505624 160515401 + 0 NA TTS (NM_003874) TTS (NM_003874) -17460 NM_052931 114836 Hs.492348 NM_052931 ENSG00000162739 SLAMF6 CD352|KALI|KALIb|Ly108|NTB-A|NTBA|SF2000 SLAM family member 6 protein-coding 0.745 nan 0.946 0.184 0.142 0.017 0.038 0.115 0.233 0.010 0.056 0.065 0.019 12.300 0.074 0.092 0.123 0.066 0.033 0.058 0.043 0.080 0.152 0.074 0.042 0.045 0.028 0.065 0.041 0.531 0.129 0.328 0.030 0.105 0.019 0.011 0.128 0.012 0.025 0.091 0.037 0.040 0.112 0.454 0.002 0.103 0.325 0.044 0.259 0.071 0.092 0.094 0.056 0.074 0.200 0.026 0.069 0.074 0.073 0.057 0.312 0.100 0.084 0.024 0.005 0.349 0.242 0.278 0.326 0.241 nan 0.146 0.062 0.130 0.079 0.329 0.431 0.843 nan 0.213 0.060 0.401 0.568 0.100 0.123 0.290 0.518 0.322 0.401 465 chr1 74057471 74061451 + 0 NA Intergenic Intergenic -80901 NR_146300 109729166 Hs.563902 NR_146300 LINC02238 - long intergenic non-protein coding RNA 2238 ncRNA nan 1.726 1.232 1.732 0.087 0.988 3.244 0.160 0.298 0.024 0.274 0.625 0.047 0.202 0.178 0.467 0.115 2.715 1.308 0.094 0.199 0.160 0.201 2.087 1.480 0.091 4.419 2.428 2.441 3.836 3.537 2.008 2.547 0.379 0.024 0.054 0.128 0.861 0.079 0.188 0.332 0.255 3.687 6.532 0.300 1.887 0.184 0.230 0.298 0.336 0.467 2.082 6.631 0.201 0.706 0.146 0.087 0.051 0.306 0.049 0.172 0.026 0.270 0.210 0.483 1.718 1.032 nan 0.392 0.043 0.355 0.183 0.557 nan 1.478 1.479 0.301 0.147 0.110 0.197 0.122 0.390 0.219 0.172 0.346 0.493 11360 chr8 142926164 142964567 + 0 NA Intergenic Intergenic -77691 NR_031636 100302147 NR_031636 ENSG00000221768 MIR1302-7 MIRN1302-7|hsa-mir-1302-7 microRNA 1302-7 ncRNA 1.164 0.746 nan 0.066 0.100 2.612 0.076 0.267 0.478 0.015 0.063 0.036 0.021 0.240 1.447 0.430 0.077 0.058 0.049 0.026 0.033 0.074 0.050 0.633 0.038 0.017 0.027 0.073 0.014 0.100 0.212 0.082 1.650 0.043 0.035 0.035 0.031 0.047 0.003 0.075 0.124 0.035 0.018 0.028 0.022 0.068 0.174 0.064 0.046 0.019 0.056 0.430 0.074 0.014 0.633 0.035 0.049 0.245 0.058 0.026 0.017 0.100 0.224 0.008 0.024 0.014 0.208 0.153 0.099 0.105 nan 3.590 nan 0.072 0.131 0.153 0.425 0.608 0.737 0.968 0.629 0.527 0.341 0.395 0.195 0.263 0.378 0.559 0.379 0.399 819 chr1 161166457 161173883 + 0 NA intron (NM_004550, intron 1 of 14) intron (NM_004550, intron 1 of 14) 1065 NM_004550 4720 Hs.173611 NM_004550 ENSG00000158864 NDUFS2 CI-49 NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2 protein-coding 6.396 nan 3.369 1.264 1.613 1.698 1.852 0.956 1.701 0.468 1.407 1.451 0.367 2.209 2.540 4.524 4.480 0.453 1.154 0.510 2.997 0.690 1.413 0.945 2.305 1.527 1.363 1.123 0.976 0.554 1.505 3.519 1.104 4.153 1.288 2.574 0.795 1.620 0.134 1.572 1.323 2.610 1.631 0.692 1.735 0.499 1.296 0.928 1.761 1.367 1.666 1.535 4.524 1.375 2.000 2.305 1.546 0.825 1.055 4.961 1.887 2.108 6.991 2.612 0.733 0.605 0.446 2.968 2.729 4.612 6.622 4.852 nan 8.025 3.823 3.155 3.318 7.615 8.809 3.302 nan 2.761 2.483 5.231 9.240 3.474 4.901 4.791 7.789 2.833 1.576 5280 chr18 40248752 40261117 + 0 NA intron (NR_046174, intron 7 of 9) intron (NR_046174, intron 7 of 9) 440723 NM_001272077 6014 Hs.464985 NM_002930 ENSG00000152214 RIT2 RIBA|RIN|ROC2 Ras like without CAAX 2 protein-coding nan 1.090 1.221 0.046 5.966 0.126 0.011 0.871 1.565 0.008 0.056 0.045 0.020 3.238 1.337 0.530 0.030 0.053 0.034 0.016 0.011 0.911 0.397 1.407 0.006 0.033 0.009 0.048 0.032 0.057 0.780 0.023 0.052 0.261 0.026 0.046 0.005 0.045 0.037 0.015 0.018 0.013 0.008 0.096 0.023 0.010 0.010 0.530 0.023 1.407 0.070 0.007 0.071 1.156 0.032 0.008 0.081 0.006 0.005 0.343 0.282 0.169 0.252 2.983 3.652 8.074 5.315 0.083 0.074 0.807 1.099 11.377 11.852 0.475 0.195 0.076 0.080 2.312 1.674 0.310 nan 6.876 3.212 1177 chr1 228643194 228654146 + 0 NA Intergenic Charlie2b|DNA|hAT-Charlie -1105 NR_039812 100616308 NR_039812 ENSG00000266174 MIR4666A MIR4666|hsa-mir-4666a microRNA 4666a ncRNA 1.570 nan 1.249 1.197 4.397 3.197 0.436 2.935 5.766 0.315 2.470 0.722 0.396 0.374 1.721 0.136 0.122 0.072 1.146 0.312 0.092 1.241 1.969 1.407 3.033 0.739 0.464 0.861 1.200 0.240 0.090 0.370 0.086 8.575 0.409 2.351 0.490 3.727 0.186 0.536 0.621 1.663 1.003 0.505 1.167 0.345 0.393 0.985 1.011 1.035 2.029 0.019 0.136 1.348 0.075 3.033 0.279 0.801 1.272 1.905 1.364 0.399 0.396 1.153 0.007 1.027 0.737 7.349 12.974 3.557 5.188 3.167 nan 6.781 1.928 7.583 7.638 1.795 2.375 2.445 3.048 3.985 5.779 0.535 1.347 4.379 3.336 5.993 7.050 1.975 1.214 1189 chr1 231326731 231333478 + 0 NA intron (NM_001004342, intron 1 of 9) intron (NM_001004342, intron 1 of 9) -6731 NM_001256615 149373 Hs.632505 NM_001256615 ENSG00000235710 LOC149373 - uncharacterized LOC149373 protein-coding 1.013 1.868 1.140 0.132 0.117 0.915 0.466 0.191 0.372 0.028 0.035 0.137 0.138 0.156 0.944 0.553 0.207 0.129 0.028 2.555 0.020 0.211 0.169 0.284 0.393 0.054 0.033 0.116 0.110 0.211 0.858 0.619 0.545 0.228 0.102 0.013 0.071 0.073 0.087 0.045 0.147 0.148 0.058 0.192 0.195 0.043 0.164 2.094 0.058 7.136 1.235 0.944 0.139 0.966 0.284 0.108 0.069 0.028 0.049 0.105 0.319 0.029 0.096 0.078 0.051 0.008 0.387 0.175 0.328 0.776 0.545 0.473 nan 0.199 0.259 0.267 0.413 0.759 nan 0.558 0.320 0.203 0.118 0.118 0.075 0.260 0.297 0.325 nan 0.852 3680 chr14 73024606 73042313 + 0 NA TTS (NM_001204416) TTS (NM_001204416) 49931 NR_106994 102465832 NR_106994 ENSG00000273830 MIR7843 hsa-mir-7843 microRNA 7843 ncRNA 2.424 0.534 5.412 0.049 0.079 0.059 0.044 0.046 0.166 0.044 0.028 0.011 0.028 0.085 0.137 0.160 0.045 0.024 0.011 0.074 0.008 0.062 0.074 0.061 0.024 0.033 0.004 0.058 0.012 0.072 0.124 0.088 0.294 0.017 0.054 0.016 0.025 0.083 0.107 0.165 0.089 0.061 0.040 0.006 0.069 0.049 1.819 0.087 0.121 0.042 0.064 0.137 0.020 0.005 0.061 0.020 0.035 0.314 0.139 0.040 0.157 0.011 0.153 0.354 0.016 0.009 0.655 0.717 0.185 0.296 0.241 0.283 0.095 0.068 0.487 0.479 0.148 0.277 0.221 nan 0.769 0.542 0.261 0.232 0.074 0.100 0.150 0.196 0.441 nan 10085 chr6 168770303 168795137 + 0 NA Intergenic Intergenic -59111 NM_022138 64094 Hs.487200 NM_022138 ENSG00000112562 SMOC2 DTDP1|MST117|MSTP117|MSTP140|SMAP2|bA270C4A.1|bA37D8.1|dJ421D16.1 SPARC related modular calcium binding 2 protein-coding 0.649 nan 2.300 0.064 2.952 0.137 0.026 0.297 0.568 0.012 0.028 0.029 0.010 0.425 0.308 0.556 0.054 0.013 0.042 0.015 0.015 0.067 0.529 0.261 7.533 0.017 0.029 0.058 0.097 0.326 0.051 1.554 0.012 0.037 0.067 0.035 0.078 0.005 0.029 0.074 0.048 0.025 0.009 0.044 0.039 0.052 0.085 0.104 0.030 0.064 0.556 0.049 0.015 7.533 0.069 0.124 0.047 0.033 0.929 0.038 0.061 0.035 0.009 0.023 0.008 0.269 0.233 0.214 0.331 7.554 7.950 3.265 1.458 0.144 0.171 0.059 0.108 4.713 4.924 nan 0.178 0.236 0.327 0.638 0.339 0.107 0.117 1.452 0.794 8185 chr3 195520917 195553610 + 0 NA intron (NM_018406, intron 1 of 24) intron (NM_018406, intron 1 of 24) 1581 NM_001322468 4585 Hs.369646 NM_004532 ENSG00000145113 MUC4 ASGP|HSA276359|MUC-4 mucin 4, cell surface associated protein-coding nan 0.873 1.277 0.378 0.185 1.240 2.414 0.390 0.710 0.026 0.311 0.102 0.494 0.024 3.242 0.200 0.143 0.168 2.094 0.952 0.023 0.017 0.156 0.158 0.216 2.721 1.941 0.065 1.159 1.127 3.659 nan 0.914 nan 0.496 0.084 0.050 0.046 0.066 0.036 0.134 0.172 0.279 0.246 4.148 0.712 2.273 0.165 0.107 0.087 0.050 1.102 0.200 2.352 0.108 0.216 0.861 0.326 0.105 0.110 0.068 0.810 0.175 0.098 0.037 0.039 0.027 0.269 0.164 0.262 0.443 0.583 0.529 0.911 0.339 0.365 0.386 0.158 0.349 0.911 1.151 0.526 0.288 0.531 0.541 0.159 0.218 0.328 0.407 0.622 0.550 3768 chr14 92968543 92981500 + 0 NA Intergenic Tigger1|DNA|TcMar-Tigger -5104 NM_024832 79890 Hs.326822 NM_024832 ENSG00000100599 RIN3 - Ras and Rab interactor 3 protein-coding 1.536 1.583 nan 0.639 0.338 0.223 1.860 0.186 0.271 0.694 1.676 2.054 0.919 0.070 0.034 0.350 0.892 0.124 1.138 1.037 0.471 0.022 0.169 0.114 0.037 2.388 1.714 0.243 3.181 2.088 2.349 4.723 2.120 0.663 2.087 0.665 0.037 0.343 0.120 0.793 0.070 2.729 0.909 0.472 2.519 2.829 2.725 0.942 2.673 0.949 0.318 2.598 0.350 0.669 0.973 0.037 1.175 1.856 0.066 0.806 0.008 1.669 0.045 0.077 0.459 5.585 5.658 0.263 0.228 1.289 2.541 1.100 1.142 1.206 0.385 3.385 3.322 0.170 0.273 0.657 0.999 0.767 0.464 0.329 0.553 0.353 0.400 0.180 0.207 nan 0.814 385 chr1 53963592 53980879 + 0 NA 3' UTR (NM_147193, exon 10 of 10) 3' UTR (NM_147193, exon 10 of 10) 47163 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.180 0.680 1.231 0.046 0.148 3.485 0.115 0.250 0.406 0.011 0.062 0.161 0.008 0.035 0.735 2.006 1.239 0.204 0.104 0.033 0.022 0.008 0.186 0.142 0.172 0.108 0.084 0.145 0.082 0.019 0.079 nan 0.258 1.171 0.085 0.095 0.221 0.050 0.075 0.164 0.106 0.098 0.042 0.023 0.019 0.089 0.056 0.167 0.071 0.060 0.073 0.182 2.006 0.119 0.166 0.172 0.028 0.095 0.463 0.202 0.135 0.055 0.442 0.446 0.026 0.030 0.015 0.554 0.840 0.584 0.840 2.621 2.409 0.502 0.221 0.464 0.505 2.353 2.621 1.264 1.783 0.859 0.784 0.624 1.088 0.679 0.492 0.730 nan 0.545 0.546 7440 chr22 41486488 41490418 + 0 NA promoter-TSS (NM_001429) promoter-TSS (NM_001429) -64 NR_031694 100302237 NR_031694 ENSG00000284015 MIR1281 MIRN1281|hsa-mir-1281 microRNA 1281 ncRNA 7.903 nan 4.839 10.305 4.529 3.408 2.658 4.049 6.246 3.507 6.620 2.053 3.194 2.321 4.827 7.105 5.000 0.307 5.189 1.160 7.402 5.221 2.027 0.758 8.875 1.880 3.496 2.838 10.656 2.837 11.956 14.305 13.003 10.043 2.234 4.800 2.470 8.974 0.206 1.502 3.652 6.960 5.835 2.177 2.211 2.996 8.929 4.252 6.169 2.807 4.334 6.763 7.105 9.090 4.523 8.875 1.680 5.891 1.680 7.946 4.024 4.689 2.164 2.646 3.489 2.403 1.505 8.691 7.244 9.833 15.178 7.372 7.108 7.695 3.562 13.231 13.026 5.073 nan 7.382 12.030 13.097 11.544 5.523 10.366 7.548 9.374 8.408 6.481 2.528 1.080 9926 chr6 133557834 133582708 + 0 NA intron (NM_172103, intron 1 of 18) intron (NM_172103, intron 1 of 18) 7634 NM_001301013 2070 Hs.596680 NM_004100 ENSG00000112319 EYA4 CMD1J|DFNA10 EYA transcriptional coactivator and phosphatase 4 protein-coding 0.722 0.677 0.673 1.074 0.081 0.029 0.234 0.181 0.327 0.250 2.000 2.256 2.975 0.028 0.237 0.964 0.853 0.149 0.434 0.266 1.670 0.145 1.053 0.449 0.072 1.548 1.270 0.006 0.057 0.008 3.795 7.065 0.279 0.211 0.118 3.380 0.015 0.561 0.127 0.303 1.293 0.282 0.066 0.041 0.237 0.021 0.654 0.533 1.149 0.980 0.032 0.894 0.964 0.241 0.028 0.072 0.418 0.087 0.063 0.238 0.049 0.013 0.044 0.055 0.079 0.016 0.017 0.417 0.263 2.051 3.112 0.295 0.390 nan 0.311 0.542 0.504 1.278 1.763 0.115 0.100 0.570 0.282 0.144 0.278 0.076 0.100 0.124 nan 1.400 0.860 5095 chr17 80737363 80771635 + 0 NA intron (NM_005993, intron 7 of 38) intron (NM_005993, intron 7 of 38) 43432 NM_024702 79755 Hs.464391 NM_024702 ENSG00000141579 ZNF750 ZFP750 zinc finger protein 750 protein-coding 0.810 0.730 0.846 0.067 0.317 1.840 0.204 0.232 0.562 0.064 0.217 0.103 0.016 0.067 3.239 0.531 0.157 0.127 0.290 0.077 0.026 0.037 0.397 0.284 5.393 0.091 0.045 0.140 0.073 0.040 0.158 nan 0.141 4.718 0.047 0.106 0.036 0.133 0.090 0.034 0.095 0.215 0.054 0.020 0.032 0.072 0.096 0.259 0.192 0.128 0.021 0.163 0.531 0.263 0.038 5.393 0.067 0.468 0.073 0.173 0.118 0.074 0.089 0.091 0.060 0.035 0.022 0.530 nan 0.438 0.707 nan 2.347 0.451 0.180 0.490 0.492 0.395 0.700 3.849 5.524 0.145 0.127 0.376 0.491 0.138 0.198 0.222 0.480 1.212 0.599 2578 chr12 28099451 28102415 + 0 NA Intergenic Intergenic 21961 NM_198966 5744 Hs.591159 NM_002820 ENSG00000087494 PTHLH BDE2|HHM|PLP|PTHR|PTHRP parathyroid hormone like hormone protein-coding nan nan nan 0.096 0.264 0.065 0.301 0.348 0.237 0.308 0.149 0.215 0.109 0.006 0.178 0.129 0.005 0.054 0.114 0.040 0.023 0.050 0.004 0.139 0.072 0.055 0.241 0.049 0.262 0.074 0.107 0.074 0.138 0.199 0.320 0.081 0.083 0.026 0.077 0.113 0.269 0.141 0.132 0.067 0.215 0.049 0.019 0.040 0.082 0.057 4.578 0.078 0.033 0.066 0.123 0.071 0.019 0.017 0.206 0.181 0.348 0.502 0.484 0.743 0.120 0.145 0.226 0.492 0.402 0.699 0.219 0.180 0.488 0.171 0.186 0.179 0.228 0.184 0.124 0.478 0.812 0.318 8087 chr3 182105155 182116120 + 0 NA Intergenic Intergenic 93513 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 0.992 1.148 0.893 0.714 4.625 0.273 0.567 0.395 0.617 0.043 0.106 0.087 0.072 0.391 0.974 0.258 0.097 0.089 0.241 0.139 0.055 0.025 1.058 0.563 0.544 0.012 0.013 0.014 0.389 0.047 0.343 1.022 0.401 1.550 0.442 0.103 0.226 0.056 0.055 0.022 4.589 0.117 0.044 0.035 0.109 0.077 0.379 0.108 0.022 0.091 0.073 0.182 0.258 0.130 0.025 0.544 0.134 0.067 0.044 0.011 0.454 0.020 0.018 0.125 0.035 0.026 0.023 0.292 0.264 0.148 0.298 0.598 0.962 4.299 1.111 0.181 0.131 0.456 0.673 3.223 3.022 0.566 0.299 0.161 0.206 1.971 1.395 0.158 0.265 1.889 0.895 7469 chr22 46361999 46375606 + 0 NA intron (NM_058238, intron 1 of 3) intron (NM_058238, intron 1 of 3) 4206 NM_058238 7477 Hs.512714 NM_058238 ENSG00000188064 WNT7B - Wnt family member 7B protein-coding 0.828 1.091 nan 5.566 0.337 0.932 2.608 0.529 0.886 0.626 1.126 1.055 0.241 0.043 0.255 0.340 0.143 0.047 2.156 0.905 1.326 0.020 0.242 0.145 0.534 0.810 0.792 0.086 2.030 0.542 2.884 3.706 3.263 3.007 1.235 0.107 0.112 0.327 0.106 0.841 0.147 0.507 0.605 0.436 1.499 0.826 2.083 1.271 2.490 0.423 0.556 2.089 0.340 1.381 3.439 0.534 0.260 2.473 0.129 0.620 0.172 1.487 0.246 0.019 0.654 0.271 0.139 0.417 0.584 0.545 0.820 1.009 0.861 0.784 0.214 0.818 0.877 0.207 0.435 0.954 1.543 0.824 0.782 0.481 0.882 0.734 0.639 0.096 0.113 0.580 0.372 7213 chr21 39679488 39686748 + 0 NA Intergenic Intergenic 34880 NR_110545 102724678 Hs.635675 NR_110545 LINC01423 - long intergenic non-protein coding RNA 1423 ncRNA nan 0.766 0.790 0.159 1.653 0.046 0.167 0.199 0.456 0.205 1.357 0.066 1.187 0.048 1.444 0.148 0.111 0.146 0.052 0.052 0.019 0.098 0.129 7.197 0.364 0.169 0.021 0.057 0.029 0.748 2.944 2.305 0.402 0.036 0.068 0.091 0.045 0.094 1.016 0.055 0.133 0.070 0.032 0.121 0.305 0.027 0.244 0.643 0.059 2.133 0.090 1.444 0.089 0.025 7.197 0.100 0.034 0.066 0.081 0.432 0.130 0.019 0.119 0.084 0.008 0.487 0.488 0.217 0.311 1.167 1.544 nan 0.049 0.099 0.146 0.370 nan 0.489 0.762 0.484 0.187 0.152 0.190 0.737 0.353 0.150 0.199 0.349 0.486 4781 chr17 40530817 40546563 + 0 NA intron (NM_213662, intron 1 of 23) FLAM_A|SINE|Alu 1715 NM_213662 6774 Hs.463059 NM_003150 ENSG00000168610 STAT3 ADMIO|ADMIO1|APRF|HIES signal transducer and activator of transcription 3 protein-coding 1.638 2.127 nan 1.138 0.986 0.477 1.062 0.541 1.389 0.695 1.100 0.475 0.442 0.350 0.568 0.651 1.047 0.266 1.653 0.601 3.392 0.255 0.767 0.451 0.630 1.617 1.292 0.822 0.913 0.387 0.766 nan 1.515 1.893 0.279 0.600 0.352 0.983 0.109 0.831 0.929 2.031 0.738 0.370 1.708 0.511 0.753 1.025 1.779 0.763 1.167 1.158 0.651 1.630 0.588 0.630 0.864 1.458 0.234 1.793 1.115 0.767 0.311 0.385 0.401 0.311 0.149 1.167 1.520 1.810 2.581 1.632 nan 1.698 0.657 3.865 3.815 0.744 1.174 1.877 nan 1.282 1.131 0.632 0.875 1.569 1.900 0.658 1.432 1.626 0.912 4716 chr17 35060454 35090141 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR 117272 NM_024864 79922 Hs.194864 NM_024864 ENSG00000278619 MRM1 - mitochondrial rRNA methyltransferase 1 protein-coding nan 1.372 0.666 0.208 0.568 0.700 0.388 3.880 7.743 0.007 0.212 0.111 0.021 0.034 0.500 0.940 0.118 0.081 0.172 0.051 0.042 0.024 0.166 0.152 1.125 0.220 0.193 0.035 0.263 0.145 0.169 0.437 0.172 1.320 0.138 0.077 0.357 0.087 0.105 0.311 0.094 0.165 0.029 0.026 0.066 0.077 0.055 0.423 0.126 0.088 0.048 0.050 0.940 0.126 0.037 1.125 0.041 0.068 0.218 0.073 0.323 0.133 1.396 0.262 0.093 0.012 0.010 0.612 0.712 0.144 0.231 nan 1.392 2.255 0.842 0.226 0.241 0.223 0.432 1.889 2.056 nan 0.517 0.690 1.206 0.848 0.910 0.484 0.827 1.859 1.006 7520 chr3 13364578 13390358 + 0 NA intron (NM_024923, intron 27 of 39) intron (NM_024923, intron 27 of 39) 84351 NM_024923 23225 Hs.475525 NM_024923 ENSG00000132182 NUP210 GP210|POM210 nucleoporin 210 protein-coding nan 0.632 0.929 0.089 0.785 0.168 0.486 0.224 0.562 0.008 0.185 0.201 0.012 1.146 1.015 0.299 0.086 0.078 0.246 0.059 0.083 0.037 1.798 1.378 0.520 0.217 0.194 0.063 0.069 0.041 0.185 1.138 0.087 1.797 0.307 0.439 0.100 0.059 0.077 0.041 0.064 0.164 0.054 0.067 0.030 0.024 0.096 0.119 0.263 0.074 0.141 0.287 0.299 0.312 0.118 0.520 0.190 0.077 0.045 0.139 1.346 0.104 0.200 0.063 0.065 0.018 0.014 0.241 0.347 0.333 0.590 2.256 2.118 1.816 0.791 0.433 0.441 0.228 0.267 5.822 5.990 0.336 0.264 0.401 0.546 0.259 0.275 0.246 0.342 1.517 0.721 1166 chr1 226248030 226256464 + 0 NA intron (NM_002107, intron 2 of 3) intron (NM_002107, intron 2 of 3) 1819 NR_002315 440926 Hs.533624 NR_002315 H3F3AP4 p13 H3 histone, family 3A, pseudogene 4 pseudo 7.677 nan 8.158 3.355 8.028 6.913 1.931 4.142 7.683 1.418 4.125 2.217 2.856 1.268 3.001 4.634 3.343 0.344 2.232 0.742 1.817 3.647 4.667 1.718 6.809 2.224 2.981 1.808 3.049 1.483 3.690 6.251 3.960 10.016 1.247 3.897 1.704 4.808 0.193 0.936 3.293 4.678 2.974 1.568 2.429 1.504 3.103 3.397 3.516 2.281 2.786 2.407 4.634 3.285 1.830 6.809 1.666 2.122 1.081 2.878 2.368 2.448 1.409 2.252 1.549 1.953 1.313 8.765 8.226 11.614 15.019 13.221 nan 6.839 2.723 16.169 16.035 3.939 4.905 7.731 11.351 7.838 9.442 2.466 4.228 6.336 5.631 7.121 7.369 3.206 1.615 8381 chr4 54928440 54934705 + 0 NA promoter-TSS (NM_012110) promoter-TSS (NM_012110) -757 NM_012110 26511 Hs.335393 NM_012110 ENSG00000109220 CHIC2 BTL cysteine rich hydrophobic domain 2 protein-coding nan 1.233 1.585 2.235 3.255 0.570 2.202 0.563 1.588 0.728 2.273 3.958 0.946 1.426 1.863 1.534 2.411 0.230 1.529 0.529 2.088 0.484 1.545 0.705 2.006 1.727 1.541 1.602 2.267 1.998 1.860 1.986 1.683 3.092 1.341 0.740 0.137 1.356 0.089 1.583 0.649 3.181 5.931 2.758 2.649 1.324 1.864 4.925 1.377 1.670 1.284 1.334 1.534 1.546 3.919 2.006 0.684 1.079 0.186 3.037 1.977 1.817 0.994 0.276 1.706 0.423 0.355 2.565 3.469 3.602 6.080 2.552 2.862 6.079 3.745 5.635 5.888 2.158 2.605 4.372 6.917 2.164 2.097 2.033 3.576 1.070 1.273 1.985 2.012 4.936 3.237 3091 chr13 26256313 26268765 + 0 NA intron (NM_001313741, intron 24 of 35) intron (NM_001313741, intron 24 of 35) 219627 NM_001313741 51761 Hs.444957 NM_016529 ENSG00000132932 ATP8A2 ATP|ATPIB|CAMRQ4|IB|ML-1 ATPase phospholipid transporting 8A2 protein-coding 0.755 1.271 0.774 0.041 4.429 0.380 0.029 1.933 3.605 0.051 0.030 0.020 2.580 0.173 0.278 0.103 0.085 0.058 0.011 2.506 0.875 1.988 0.151 0.128 0.027 0.123 0.563 0.097 2.083 0.054 0.070 0.060 0.009 0.090 0.141 0.063 0.019 0.026 0.024 0.077 0.161 0.026 0.017 0.025 0.065 0.278 0.030 0.044 1.988 0.030 0.107 0.047 0.032 1.211 0.051 0.429 0.188 0.043 0.009 0.008 2.706 4.081 0.655 nan 3.273 3.573 5.573 2.297 0.092 0.083 0.163 0.290 5.435 3.845 0.580 0.276 0.949 1.235 0.126 0.150 0.724 1.330 6.197 2.951 2166 chr11 91955201 91976302 + 0 NA Intergenic Intergenic -119511 NM_001008781 120114 Hs.98523 NM_001008781 ENSG00000165323 FAT3 CDHF15|CDHR10|hFat3 FAT atypical cadherin 3 protein-coding 1.163 nan 0.626 0.270 1.037 1.575 0.047 0.116 0.194 0.501 0.081 0.079 0.044 0.205 0.249 1.039 0.419 0.129 0.056 0.018 0.028 0.020 0.122 0.122 0.091 0.215 0.124 0.056 0.062 0.015 0.064 0.046 0.080 5.812 0.007 0.036 1.244 0.493 0.131 0.051 0.509 0.184 0.015 0.007 0.062 0.029 0.124 0.208 0.239 0.031 0.015 0.083 1.039 0.047 0.035 0.091 0.017 0.063 0.023 0.047 0.534 0.023 5.105 0.146 0.079 0.014 0.010 7.399 9.537 2.431 nan 3.335 2.598 0.260 0.078 9.098 9.030 1.187 1.631 1.607 1.841 0.775 0.745 3.607 8.015 3.382 2.523 0.357 nan 1.122 0.693 5637 chr19 37261418 37268106 + 0 NA intron (NM_001294306, intron 1 of 1) intron (NM_001294306, intron 1 of 1) 742 NM_001294306 728485 Hs.157101 NM_001294306 LOC728485 - uncharacterized LOC728485 protein-coding 2.615 1.351 1.594 1.703 5.154 1.370 1.126 0.766 1.937 0.801 2.195 0.255 0.762 0.192 1.196 0.748 1.101 0.073 6.614 2.863 0.737 0.519 0.562 0.387 1.952 0.921 0.857 0.044 1.984 0.205 1.206 2.033 0.518 6.382 1.686 0.853 0.186 4.120 0.170 0.337 0.462 2.535 3.216 1.596 0.457 0.608 0.978 0.875 0.329 5.232 0.294 0.288 0.748 7.974 1.173 1.952 0.186 0.549 2.190 0.759 1.202 0.860 0.533 0.518 1.145 0.600 1.521 1.384 2.431 3.316 2.433 2.100 3.255 0.971 11.469 12.266 1.787 2.729 2.184 2.704 nan 3.886 1.103 2.505 1.547 1.502 2.537 2.570 2.032 1.202 1378 chr10 21561892 21664678 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu 150054 NR_046284 100128511 Hs.635827 NR_046283 ENSG00000231920 NEBL-AS1 - NEBL antisense RNA 1 ncRNA 0.578 0.770 0.532 0.273 0.097 0.018 0.892 0.223 0.396 0.333 0.449 1.230 0.180 0.022 0.075 0.118 0.524 0.305 0.606 0.317 3.988 0.951 0.087 0.082 0.155 0.768 0.440 0.849 0.547 0.536 0.111 0.321 0.379 0.291 0.309 1.201 0.031 5.309 0.244 0.267 0.058 0.866 0.477 0.266 0.157 0.441 0.786 0.731 2.635 0.376 0.310 1.033 0.118 0.836 0.211 0.155 0.402 0.330 0.041 4.446 0.085 0.972 0.036 0.046 0.199 3.062 3.042 0.389 0.276 0.407 1.434 0.205 0.241 1.535 0.474 0.148 0.161 0.146 0.322 0.372 0.368 0.200 0.115 0.108 0.165 0.253 0.294 0.206 0.362 0.420 0.334 7420 chr22 38849679 38865687 + 0 NA Intergenic CpG -6384 NM_016657 11015 Hs.745072 NM_006855 ENSG00000100196 KDELR3 ERD2L3 KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 3 protein-coding 1.397 nan 0.802 0.563 0.226 0.306 0.205 0.305 0.682 0.113 0.420 0.347 0.136 0.087 0.567 1.293 0.226 0.060 0.251 0.024 0.133 0.311 0.127 0.129 0.699 0.169 0.094 0.429 0.403 0.192 0.523 1.658 0.452 1.635 0.100 0.085 0.101 1.174 0.110 0.149 0.556 0.264 0.199 0.186 0.129 0.090 0.422 0.123 0.854 1.314 0.671 0.384 1.293 0.361 0.354 0.699 0.161 0.477 0.610 1.282 0.673 0.234 0.852 0.116 0.119 0.090 0.045 2.245 4.060 0.563 0.950 0.892 0.879 1.155 0.409 0.366 0.414 1.051 nan 0.509 0.835 nan 2.266 0.733 1.387 0.759 0.782 0.360 0.584 0.392 0.330 1054 chr1 204970467 205003819 + 0 NA 3' UTR (NM_015090, exon 27 of 27) 3' UTR (NM_015090, exon 27 of 27) -24922 NM_001346083 6900 Hs.519220 NM_005076 ENSG00000184144 CNTN2 AXT|FAME5|TAG-1|TAX|TAX1 contactin 2 protein-coding 1.880 1.099 2.563 0.056 0.099 0.290 0.062 0.308 0.563 0.009 0.069 0.069 0.015 0.109 0.320 0.456 0.092 0.087 0.057 0.001 0.017 0.037 0.268 0.284 0.219 0.052 0.045 0.038 0.078 0.007 0.077 0.226 0.080 0.960 0.017 0.092 0.212 0.069 0.069 0.004 0.446 0.085 0.031 0.028 0.020 0.060 0.058 0.150 0.085 0.047 0.012 0.058 0.456 0.064 0.014 0.219 0.062 0.049 0.601 0.074 0.131 0.033 0.052 0.993 0.005 0.021 0.012 0.579 0.676 0.334 0.511 0.908 1.055 0.481 0.205 nan nan 1.732 2.547 0.544 0.739 1.299 1.466 0.186 0.288 0.543 0.609 1.390 6.472 0.924 0.650 5726 chr19 45219707 45289336 + 0 NA exon (NM_005178, exon 2 of 9) exon (NM_005178, exon 2 of 9) 2543 NM_005178 602 Hs.31210 NM_005178 ENSG00000069399 BCL3 BCL4|D19S37 B cell CLL/lymphoma 3 protein-coding 0.822 1.006 0.802 1.666 0.459 0.107 1.356 0.202 0.373 1.741 3.231 3.299 0.091 0.804 0.084 0.313 1.275 0.326 2.500 1.183 2.306 0.092 0.242 0.140 0.352 2.178 1.896 0.791 1.174 0.637 1.365 nan 1.904 0.672 0.810 2.267 0.056 0.963 0.129 0.883 0.037 3.304 1.174 0.466 1.609 0.729 2.271 0.982 5.574 3.687 2.147 1.772 0.313 2.000 1.442 0.352 1.428 1.612 0.103 2.497 1.570 2.256 0.205 0.144 1.055 0.282 0.171 0.365 0.544 0.751 1.480 0.686 0.678 1.425 0.456 1.364 1.374 0.376 0.687 1.436 2.476 0.564 0.299 0.475 0.568 0.298 0.311 0.408 0.833 1.044 0.728 8354 chr4 44719694 44729910 + 0 NA intron (NM_138335, intron 1 of 6) MER2|DNA|TcMar-Tigger 3849 NM_001270880 132789 Hs.21398 NM_138335 ENSG00000163281 GNPDA2 GNP2|SB52 glucosamine-6-phosphate deaminase 2 protein-coding 1.353 nan nan 0.531 0.936 0.145 0.452 0.556 1.244 0.159 0.912 0.359 0.061 0.293 0.252 0.662 0.632 0.094 0.778 0.408 0.006 0.203 1.419 0.744 0.445 0.380 0.389 0.225 0.397 0.277 0.347 0.602 0.320 1.162 0.285 0.468 0.856 0.329 0.086 0.407 0.578 0.822 0.710 0.388 0.300 0.114 0.452 0.695 0.414 1.614 0.516 0.286 0.662 0.627 0.589 0.445 0.431 0.511 0.144 0.363 0.407 0.154 0.358 0.397 0.276 0.220 0.100 1.314 1.793 1.788 2.404 1.168 1.160 1.862 0.640 1.424 1.216 1.964 2.733 1.015 1.773 1.764 1.725 0.650 1.213 4.694 4.469 1.163 1.920 6.359 2.585 3797 chr14 100196199 100222469 + 0 NA Intergenic Intergenic -50411 NM_004434 2009 Hs.12451 NM_004434 ENSG00000066629 EML1 BH|ELP79|EMAP|EMAPL|HuEMAP echinoderm microtubule associated protein like 1 protein-coding 1.725 0.683 0.850 0.644 0.101 0.279 0.140 0.183 0.356 0.146 0.102 0.127 0.087 0.011 0.099 0.417 0.431 0.171 0.083 0.107 0.099 0.096 0.143 0.102 0.160 1.153 0.743 0.211 0.193 0.064 0.175 0.364 0.487 0.664 0.009 0.115 0.040 0.276 0.090 0.120 0.107 0.221 0.331 0.170 0.226 0.214 0.184 1.038 0.914 1.010 0.080 0.234 0.417 0.022 0.061 0.160 0.156 0.262 0.162 0.387 0.031 0.141 0.046 0.079 0.090 0.098 0.057 0.741 0.852 2.932 5.343 0.836 0.822 0.155 0.083 0.120 0.122 0.653 1.178 0.352 0.506 1.323 1.029 0.320 0.513 0.220 0.198 0.401 1.072 0.541 0.490 3616 chr14 61882564 61912392 + 0 NA intron (NM_006255, intron 2 of 13) AluSc8|SINE|Alu 109317 NM_006255 5583 Hs.333907 NM_006255 ENSG00000027075 PRKCH PKC-L|PKCL|PRKCL|nPKC-eta protein kinase C eta protein-coding nan nan 1.710 0.155 0.562 0.476 0.475 0.335 0.667 0.074 0.082 0.062 0.783 0.058 0.711 0.395 0.306 0.167 0.875 0.228 0.311 0.018 0.058 0.080 0.162 0.979 0.509 0.015 0.781 0.382 1.574 4.546 2.676 0.567 0.497 0.127 0.144 0.077 0.129 0.280 0.701 0.188 0.360 0.187 0.582 0.790 0.777 0.259 0.325 0.082 0.690 0.994 0.395 1.073 0.099 0.162 0.296 0.257 0.036 0.119 0.095 0.132 0.276 0.081 0.087 0.017 0.014 0.266 0.153 0.276 0.621 0.542 0.570 1.027 0.284 nan 0.357 1.073 1.511 1.366 nan 0.839 0.521 0.184 0.312 0.666 0.715 0.258 0.298 1.300 0.850 621 chr1 117702107 117726024 + 0 NA intron (NM_001253850, intron 1 of 4) L1PA8|LINE|L1 32393 NM_001253849 79679 Hs.546434 NM_024626 ENSG00000134258 VTCN1 B7-H4|B7H4|B7S1|B7X|B7h.5|PRO1291|VCTN1 V-set domain containing T cell activation inhibitor 1 protein-coding nan 1.028 1.231 0.414 0.135 0.058 0.188 0.101 0.160 0.020 0.062 0.055 0.028 0.084 0.093 0.673 0.199 0.141 0.345 0.255 0.029 0.012 0.087 0.063 0.130 0.718 0.403 0.013 0.246 0.379 0.287 1.147 0.270 0.465 0.311 0.059 0.056 0.059 0.091 0.133 0.165 0.104 0.023 0.013 0.836 0.456 0.302 0.150 0.199 0.024 2.389 1.392 0.673 0.278 0.027 0.130 0.066 0.373 0.179 0.095 0.064 0.222 0.880 0.479 0.029 0.014 0.006 0.442 0.382 0.440 1.393 0.397 nan 0.583 0.217 0.213 0.165 2.410 3.006 0.328 0.344 1.028 0.981 0.544 0.535 0.367 0.577 0.832 2.653 0.674 0.656 6056 chr2 43295653 43316783 + 0 NA Intergenic Intergenic 23365 NR_151714 100506047 Hs.127112 NR_151714 LINC02580 - long intergenic non-protein coding RNA 2580 ncRNA 0.960 nan 0.805 1.431 0.105 0.058 3.948 0.151 0.334 0.894 1.199 1.380 0.067 0.162 0.304 2.266 0.275 2.099 1.534 0.093 0.020 0.175 0.134 0.142 2.455 1.526 0.079 1.321 1.017 0.779 3.345 1.366 0.397 1.266 0.120 0.023 0.051 0.118 2.102 0.049 3.610 0.854 0.490 1.489 0.932 3.766 3.183 0.450 0.495 0.093 0.805 0.304 4.430 2.113 0.142 0.794 1.345 0.045 0.374 0.057 1.797 0.047 0.123 1.562 0.709 0.497 0.768 1.319 0.383 0.707 nan 0.410 0.431 0.168 0.713 0.713 0.219 0.451 0.270 0.463 0.423 0.200 0.249 0.386 0.106 0.128 0.493 nan nan 0.564 7537 chr3 20360894 20368499 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -19264 NR_110814 101927829 Hs.639381 NR_110814 ENSG00000231304 LOC101927829 - uncharacterized LOC101927829 ncRNA 0.529 0.700 0.565 2.904 0.080 0.015 0.037 0.107 0.126 0.865 0.246 0.145 4.214 0.326 0.047 0.083 0.135 0.153 0.025 0.025 0.061 0.055 0.016 0.009 0.019 0.010 0.071 0.028 0.074 0.064 0.047 0.231 0.039 0.055 0.013 0.100 0.063 0.026 0.056 0.031 0.033 0.042 0.381 0.066 0.089 0.003 0.045 0.083 0.085 0.033 0.016 0.358 0.034 0.127 0.023 0.053 0.375 0.052 0.082 0.041 0.253 0.105 0.222 0.240 0.252 0.831 0.213 0.215 0.117 0.055 0.145 0.185 0.239 0.323 1.298 0.683 nan 0.320 0.125 0.180 0.033 0.047 0.138 0.187 0.563 0.309 9938 chr6 134938332 135015546 + 0 NA Intergenic Intergenic -115796 NR_125855 101928304 Hs.555076 NR_125855 LOC101928304 - uncharacterized LOC101928304 ncRNA 0.825 1.057 0.962 0.120 0.151 0.168 0.458 0.154 0.340 0.068 0.089 0.367 0.059 0.020 0.079 1.161 0.154 0.108 0.473 0.619 0.034 0.029 0.075 0.083 0.135 0.464 0.182 0.216 0.118 0.093 0.285 1.141 0.322 0.414 0.127 0.816 0.026 6.358 0.271 0.182 0.050 0.103 0.050 0.037 0.276 0.366 0.304 0.093 0.413 0.175 0.028 0.168 1.161 0.346 0.030 0.135 0.140 0.065 0.068 0.184 0.266 0.171 0.046 0.253 0.029 0.034 0.021 0.408 0.304 0.372 0.632 0.391 0.470 nan 0.822 0.251 0.273 0.284 0.481 0.307 0.321 0.568 0.245 0.157 0.206 0.149 0.290 0.552 nan 0.364 0.309 10397 chr7 66066127 66075800 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -13569 NR_111973 493754 Hs.732409 NR_002933 ENSG00000229180 GS1-124K5.11 - RAB guanine nucleotide exchange factor 1 pseudogene pseudo nan nan nan 0.064 0.204 0.140 0.732 0.189 0.229 0.010 0.211 0.209 0.391 0.042 0.091 0.226 0.138 0.248 0.182 0.039 0.020 0.057 0.044 0.120 0.148 0.450 0.320 0.091 1.986 0.939 0.286 1.455 5.519 0.730 0.168 0.133 0.059 0.113 0.161 0.167 0.156 0.143 0.082 0.048 0.584 0.689 0.178 0.307 0.223 0.185 0.092 0.310 0.226 0.302 0.105 0.148 0.127 0.124 0.039 0.138 0.229 0.458 0.041 0.064 0.188 0.018 0.011 0.363 0.321 0.256 0.269 0.376 0.319 0.559 0.356 0.284 0.222 0.217 0.437 0.300 0.404 0.439 0.258 0.250 0.197 0.154 0.278 0.288 0.519 0.565 0.539 9511 chr6 25233762 25258530 + 0 NA intron (NR_110863, intron 2 of 2) intron (NR_110863, intron 2 of 2) 15489 NR_110862 101928663 Hs.561600 NR_110862 LOC101928663 - uncharacterized LOC101928663 ncRNA 1.109 0.902 nan 0.125 0.294 0.080 0.066 0.152 0.297 0.027 0.139 0.156 0.025 0.061 0.136 0.360 0.285 0.137 0.114 0.062 0.046 0.184 0.171 0.222 0.214 0.070 0.015 0.092 0.053 0.072 0.158 0.163 nan 0.065 0.066 0.307 0.062 0.117 0.010 0.291 0.118 0.025 0.016 0.106 0.025 0.154 0.097 0.033 0.089 0.035 0.056 0.360 0.148 0.475 0.222 0.025 0.107 0.216 0.113 0.184 0.137 0.061 0.094 0.024 0.053 0.043 0.510 0.407 0.289 nan 0.357 0.463 nan 1.896 0.241 0.209 0.558 0.843 0.592 0.468 0.432 0.241 0.163 0.237 1.375 1.109 0.261 0.564 0.788 0.480 7389 chr22 33504088 33513394 + 0 NA intron (NR_134617, intron 3 of 3) intron (NR_134617, intron 3 of 3) 4226 NR_134617 105373006 Hs.637171 NR_134617 ENSG00000231253 LINC01640 - long intergenic non-protein coding RNA 1640 ncRNA nan 1.325 2.817 0.051 1.107 0.042 0.030 0.189 0.506 0.188 0.015 0.019 0.021 0.338 0.807 0.087 0.087 0.046 0.033 0.135 0.054 0.856 0.029 0.038 0.031 0.080 0.086 nan 0.015 0.320 0.016 0.058 0.370 0.012 0.076 0.096 0.657 0.060 0.046 0.067 0.023 0.034 0.062 0.098 0.079 0.054 0.140 0.235 0.807 0.030 0.856 0.026 0.291 0.481 0.119 0.066 1.484 0.054 0.200 0.106 0.019 0.021 0.418 0.432 0.184 nan 1.944 1.936 7.271 3.302 0.053 0.072 0.096 nan 1.130 1.700 4.066 4.266 0.154 0.116 0.832 0.869 0.538 nan 1.305 0.785 2310 chr11 118777266 118811902 + 0 NA Intergenic Intergenic -12971 NM_182557 283149 Hs.414740 NM_182557 ENSG00000186174 BCL9L BCL9-2|DLNB11 B cell CLL/lymphoma 9 like protein-coding 1.213 1.414 1.575 3.264 0.904 2.976 6.053 1.188 2.338 3.346 6.005 2.944 4.792 1.302 1.875 2.945 1.183 0.172 4.626 1.942 7.717 0.984 0.700 0.421 1.800 4.057 5.754 3.356 6.915 3.315 7.703 8.631 3.611 3.194 4.178 6.449 0.809 4.454 0.164 3.195 0.343 23.102 8.502 3.131 6.004 5.853 8.122 6.715 5.308 6.175 2.989 5.990 2.945 6.417 9.143 1.800 2.886 6.490 0.574 6.808 0.507 4.560 7.935 0.360 6.065 3.378 2.279 3.109 nan 2.872 5.812 1.710 1.533 1.979 0.671 2.991 3.190 1.867 nan 3.113 3.927 0.913 0.873 5.844 8.795 2.393 2.519 0.909 2.202 1.005 0.685 7579 chr3 45651402 45659994 + 0 NA intron (NM_014240, intron 1 of 7) intron (NM_014240, intron 1 of 7) 19375 NM_014240 8994 Hs.193370 NM_014240 ENSG00000144791 LIMD1 - LIM domains containing 1 protein-coding 0.760 nan nan 0.599 0.154 0.026 0.403 0.037 0.128 0.045 0.191 0.096 0.023 0.020 0.104 0.285 0.075 0.134 0.038 0.434 0.016 0.073 0.068 0.153 0.130 0.096 0.077 0.149 0.024 0.047 0.380 0.105 0.334 0.153 0.791 0.045 0.076 0.067 0.027 0.074 0.150 0.106 0.155 0.114 0.080 0.224 0.163 1.298 0.166 1.203 0.210 0.104 0.155 0.193 0.153 0.141 0.067 0.090 0.123 0.106 0.621 2.964 0.099 0.070 0.060 0.006 3.463 5.000 10.371 4.923 0.394 0.322 0.279 0.205 1.377 1.329 0.478 0.844 0.383 0.474 0.345 0.307 5.822 4.177 0.081 0.078 0.179 0.238 0.428 0.335 2495 chr12 12985935 12999625 + 0 NA Intergenic Intergenic 26500 NM_201224 51202 Hs.719938 NM_016355 ENSG00000213782 DDX47 E4-DBP|HQ0256|MSTP162|RRP3 DEAD-box helicase 47 protein-coding 0.957 0.686 1.266 4.122 0.322 0.194 4.420 0.129 0.363 1.427 0.328 3.701 3.569 0.059 0.072 0.253 0.235 0.130 2.548 1.230 2.572 0.030 0.139 0.166 0.140 3.835 3.729 0.718 4.795 3.474 3.666 6.647 5.103 0.420 1.006 0.336 0.028 0.103 0.129 0.389 0.150 2.776 0.977 0.483 2.732 3.109 3.515 1.974 1.852 1.775 0.201 1.580 0.253 5.961 1.649 0.140 1.045 2.001 0.022 2.157 0.067 1.596 0.043 0.072 0.658 0.334 0.223 0.214 0.170 0.720 2.401 nan 0.625 0.358 0.181 0.436 0.548 0.470 0.833 0.311 0.291 0.348 0.256 0.169 0.286 0.066 0.063 0.342 0.719 0.289 0.221 3052 chr12 131748287 131755804 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 30472 NR_135045 107161159 Hs.730119 NR_135045 ENSG00000248703 LINC02415 - long intergenic non-protein coding RNA 2415 ncRNA 0.563 0.723 0.413 0.124 0.070 0.219 0.038 0.127 0.349 0.126 0.102 0.074 0.017 0.027 0.036 0.171 0.040 0.115 0.025 0.058 0.037 0.063 0.100 0.064 0.893 0.559 0.108 0.054 0.241 3.099 0.057 0.234 3.301 0.038 0.059 0.102 0.085 0.032 0.010 0.044 0.051 0.076 0.080 2.975 0.040 4.946 3.547 0.171 0.056 0.025 0.064 0.943 1.795 1.106 0.232 0.460 0.207 0.052 0.036 0.040 0.015 0.007 0.362 0.474 0.115 0.314 0.371 0.387 0.089 0.031 0.149 0.141 0.174 0.204 nan 0.215 0.485 0.393 0.330 0.486 0.094 0.093 0.237 0.293 0.519 0.605 2438 chr12 6468386 6504299 + 0 NA intron (NM_001270987, intron 1 of 9) intron (NM_001270987, intron 1 of 9) 181 NM_001159575 6337 Hs.591047 NM_001038 ENSG00000111319 SCNN1A BESC2|ENaCa|ENaCalpha|SCNEA|SCNN1 sodium channel epithelial 1 alpha subunit protein-coding 0.945 nan nan 2.398 6.639 2.078 2.912 1.437 2.670 1.414 1.950 2.196 1.084 1.491 2.621 0.907 0.500 0.108 2.810 1.086 0.496 0.077 1.630 0.849 4.372 2.901 3.214 0.678 4.722 1.874 4.262 8.438 3.712 3.613 1.253 2.579 0.765 0.106 0.122 1.236 3.385 2.625 1.277 0.625 2.304 2.764 3.742 3.491 7.157 3.731 1.219 2.735 0.907 2.671 3.003 4.372 1.413 3.174 0.657 1.799 0.299 1.627 1.044 0.223 0.700 2.313 1.943 0.649 1.018 0.500 1.047 nan 6.490 5.814 1.739 2.588 2.745 0.216 0.460 2.961 3.422 0.394 0.194 1.013 1.601 1.861 1.659 0.711 nan 0.917 0.459 3246 chr13 91991774 92003504 + 0 NA Intergenic Intergenic -2435 NR_027350 407975 Hs.24115 NR_027349 ENSG00000215417 MIR17HG C13orf25|FGLDS2|LINC00048|MIHG1|MIRH1|MIRHG1|NCRNA00048|miR-17-92 miR-17-92a-1 cluster host gene ncRNA 3.041 2.465 2.973 1.032 1.891 2.357 0.731 1.078 1.865 0.155 1.443 0.489 0.757 0.523 2.831 5.815 0.676 0.109 0.875 0.113 0.647 1.031 1.047 0.466 3.500 0.684 0.800 0.550 0.749 0.208 2.978 3.410 1.133 3.913 0.249 1.272 1.855 1.416 0.108 0.402 2.892 4.221 1.726 0.790 0.428 0.575 1.772 0.984 1.451 1.296 2.896 1.060 5.815 1.377 1.566 3.500 0.503 1.503 0.390 2.489 1.827 0.725 1.470 1.757 0.868 0.864 0.622 6.262 6.016 3.354 4.004 5.086 4.387 5.277 2.590 4.210 3.928 0.702 0.954 4.483 7.007 5.522 7.531 3.059 6.415 8.504 8.155 7.636 5.006 0.672 0.437 4179 chr16 1819991 1824585 + 0 NA promoter-TSS (NM_001257370) promoter-TSS (NM_001257370) -578 NM_002513 4832 Hs.514065 NM_002513 ENSG00000103024 NME3 DR-nm23|NDPK-C|NDPKC|NM23-H3|NM23H3|c371H6.2 NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3 protein-coding 3.359 nan 3.150 6.371 5.653 2.965 3.149 1.818 2.779 2.231 7.910 2.132 0.530 2.442 10.425 4.967 0.957 0.175 4.759 1.398 6.362 1.666 2.616 1.355 6.675 2.063 3.186 3.232 4.321 0.959 4.524 6.461 4.381 6.347 1.997 6.093 0.744 3.774 0.053 2.023 1.744 4.775 2.798 1.400 2.461 1.920 5.397 1.285 5.819 6.247 4.069 4.099 4.967 4.827 4.902 6.675 2.478 2.436 2.756 9.493 2.278 3.088 0.933 0.721 2.499 2.090 0.997 4.129 5.111 2.527 3.884 3.445 2.951 nan 2.927 6.873 7.037 2.339 nan 4.516 6.881 3.455 4.380 2.145 4.391 4.281 3.969 3.421 3.088 3.382 1.952 5899 chr2 10077771 10095638 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -5088 NM_198182 29841 Hs.418493 NM_198182 ENSG00000134317 GRHL1 LBP32|MGR|NH32|TFCP2L2 grainyhead like transcription factor 1 protein-coding 1.341 0.836 1.358 0.565 0.341 0.165 0.566 0.341 0.479 0.236 0.226 0.129 1.237 0.079 0.531 0.379 0.184 0.054 0.919 0.256 0.045 0.057 0.368 0.250 0.542 0.202 0.092 0.245 0.769 0.396 4.403 7.960 4.564 2.473 0.335 0.124 0.021 0.361 0.126 0.086 0.164 0.526 0.128 0.131 1.568 0.648 2.691 0.240 0.612 0.654 0.325 1.665 0.379 2.038 0.626 0.542 0.940 1.239 0.108 0.631 0.431 0.221 0.095 0.152 0.099 0.110 0.023 0.387 0.529 0.604 1.112 0.939 1.014 1.060 0.270 0.377 0.349 0.600 0.916 0.810 nan 0.588 0.446 0.471 0.880 0.236 0.300 0.517 nan 0.832 0.641 5481 chr19 2080587 2098053 + 0 NA intron (NM_130807, intron 1 of 4) MIRc|SINE|MIR 6949 NM_130807 126308 Hs.744938 NM_130807 ENSG00000172081 MOB3A MOB-LAK|MOB1C|MOBKL2A|moblak MOB kinase activator 3A protein-coding 1.289 1.683 1.643 0.559 0.980 0.409 3.942 0.478 1.296 0.142 2.472 1.175 0.167 0.235 1.041 0.925 0.340 0.249 5.697 2.051 0.741 0.374 0.504 0.229 0.780 3.158 3.744 1.056 0.494 0.495 0.901 3.592 0.435 1.851 2.499 0.985 0.157 0.638 0.106 0.588 0.186 5.069 1.413 0.580 5.361 0.500 0.788 8.096 0.926 1.732 0.258 0.973 0.925 3.384 1.060 0.780 0.339 0.473 0.160 1.639 1.519 1.340 0.153 0.184 3.713 0.311 0.238 0.749 1.004 0.790 1.508 1.287 1.416 1.611 0.611 1.454 1.569 1.122 1.750 1.438 nan 1.097 0.832 0.426 0.633 0.894 1.006 0.681 1.052 1.666 1.025 10628 chr7 116706730 116714225 + 0 NA intron (NM_021908, intron 1 of 15) L1MB2|LINE|L1 20358 NR_109980 93654 Hs.628891 NR_002331 ENSG00000226367 ST7-AS2 ST7AS2|ST7OT2 ST7 antisense RNA 2 ncRNA nan 1.076 3.199 0.077 0.526 6.659 0.136 1.009 2.233 0.048 0.201 0.321 0.016 0.066 4.827 1.363 0.317 0.086 0.227 0.039 0.037 1.172 0.942 0.660 0.112 0.019 0.086 0.100 0.028 0.102 0.175 0.200 4.221 0.019 0.123 0.763 0.173 0.164 0.015 0.052 0.123 0.032 0.022 0.117 0.040 0.244 0.198 0.196 0.155 0.058 0.144 1.363 0.077 0.074 0.660 0.050 0.023 0.596 0.108 1.675 0.199 0.105 0.032 0.030 0.015 0.007 0.475 0.572 0.342 0.365 1.994 1.332 5.887 1.143 0.233 0.320 2.528 2.993 2.725 3.007 1.220 1.105 0.349 0.388 2.910 4.585 0.123 0.294 6.255 3.083 9663 chr6 43800856 43923112 + 0 NA intron (NR_024478, intron 1 of 1) intron (NR_024478, intron 1 of 1) 3219 NR_024478 100132354 Hs.376232 NR_024478 LINC01512 HI-LNC77 long intergenic non-protein coding RNA 1512 ncRNA 1.319 1.226 1.081 0.392 0.356 1.506 0.694 0.707 1.345 0.046 0.189 0.268 0.029 0.081 0.850 0.826 0.582 0.120 0.211 0.157 0.091 0.067 0.351 0.169 0.835 0.308 0.111 0.068 0.150 0.096 1.068 3.400 0.513 0.918 0.122 0.104 0.089 0.098 0.093 0.342 0.387 0.174 0.059 0.039 0.211 0.101 0.446 0.230 0.224 0.112 0.373 0.264 0.826 0.203 0.248 0.835 0.093 0.107 0.280 0.192 0.131 0.207 0.417 0.608 0.089 0.098 0.037 0.930 1.291 0.354 0.567 1.106 1.087 2.436 0.992 0.840 0.877 0.264 0.474 1.183 nan 1.374 1.272 1.280 1.222 0.412 0.499 0.823 2.872 1.565 0.901 8281 chr4 16115664 16147678 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -46048 NM_001145848 8842 Hs.614734 NM_006017 ENSG00000007062 PROM1 AC133|CD133|CORD12|MCDR2|MSTP061|PROML1|RP41|STGD4 prominin 1 protein-coding nan nan nan 0.240 2.133 0.134 0.253 0.330 0.775 0.200 0.120 0.244 0.131 1.553 0.498 0.579 0.508 0.070 0.331 0.136 0.099 0.026 0.595 0.339 2.848 0.188 0.093 0.044 0.082 0.099 0.096 0.375 0.185 0.973 0.046 0.037 0.169 0.027 0.082 0.115 0.187 0.143 0.051 0.039 0.283 0.088 0.091 0.256 0.102 0.087 0.353 0.276 0.579 0.592 0.072 2.848 0.195 0.332 0.124 0.044 0.607 0.127 0.072 0.337 0.100 0.049 0.022 0.596 0.649 2.323 7.615 1.628 1.973 6.192 2.291 0.327 0.349 0.221 0.373 1.995 2.604 0.344 0.145 0.203 0.336 0.684 0.511 0.312 0.708 nan 1.383 7267 chr21 46098210 46109138 + 0 NA intron (NM_144991, intron 1 of 11) L1MEf|LINE|L1 -1596 NM_181686 353332 Hs.688628 NM_181686 ENSG00000187175 KRTAP12-1 KAP12.1|KRTAP12.1 keratin associated protein 12-1 protein-coding nan 0.897 1.016 0.020 0.225 1.895 0.078 0.318 0.623 0.008 0.051 0.043 0.017 0.046 1.599 0.825 0.082 0.074 0.049 0.018 0.023 0.051 0.444 0.250 0.968 0.019 0.020 0.034 0.050 0.019 0.057 0.176 0.078 3.396 0.013 0.049 0.167 0.059 0.097 0.011 0.022 0.107 0.022 0.007 0.030 0.007 0.062 0.119 0.060 0.066 0.007 0.012 0.825 0.065 0.034 0.968 0.034 0.061 0.501 0.037 0.699 0.029 0.018 0.068 0.021 0.016 0.009 0.312 0.149 0.186 0.208 3.860 3.122 nan 0.281 0.144 0.168 0.128 nan 0.520 0.798 0.952 1.176 0.116 0.220 1.529 1.160 0.096 0.210 4.559 1.898 2050 chr11 68063305 68159391 + 0 NA intron (NM_001291902, intron 1 of 22) intron (NM_001291902, intron 1 of 22) 31271 NM_002335 4041 Hs.6347 NM_002335 ENSG00000162337 LRP5 BMND1|EVR1|EVR4|HBM|LR3|LRP-5|LRP7|OPPG|OPS|OPTA1|PCLD4|VBCH2 LDL receptor related protein 5 protein-coding nan 0.677 1.251 0.343 0.644 0.333 1.772 0.229 0.435 0.685 0.629 0.669 0.257 1.565 0.082 0.379 0.346 0.161 0.999 0.371 0.265 0.095 0.178 0.128 0.547 1.108 0.908 0.261 0.421 0.340 3.712 10.046 1.931 0.756 0.778 0.333 0.044 0.264 0.114 0.609 0.226 1.922 0.583 0.262 0.791 0.548 1.144 0.234 1.732 0.341 0.469 2.063 0.379 1.081 1.851 0.547 0.683 1.513 0.052 0.911 1.536 0.789 1.474 0.142 0.651 0.141 0.082 2.472 3.187 0.921 1.670 1.037 0.929 1.001 0.281 1.409 1.399 0.604 0.948 2.644 2.793 0.588 0.526 2.000 2.864 0.306 0.378 0.404 0.563 0.601 0.509 3815 chr14 102536431 102565543 + 0 NA intron (NM_001017963, intron 6 of 11) intron (NM_001017963, intron 6 of 11) 2525 NM_005348 3320 Hs.525600 NM_005348 ENSG00000080824 HSP90AA1 EL52|HEL-S-65p|HSP86|HSP89A|HSP90A|HSP90N|HSPC1|HSPCA|HSPCAL1|HSPCAL4|HSPN|Hsp103|Hsp89|Hsp90|LAP-2|LAP2 heat shock protein 90 alpha family class A member 1 protein-coding 2.418 1.529 1.653 2.170 1.652 2.648 0.750 0.887 1.733 0.810 0.710 0.632 1.675 0.420 1.088 1.588 0.816 0.255 0.467 0.091 1.980 0.801 0.675 0.437 1.270 1.002 1.245 0.295 0.891 0.751 1.385 2.615 2.137 2.800 0.834 0.801 0.287 1.250 0.128 0.703 0.915 1.126 1.353 0.712 0.443 0.852 3.743 0.823 1.004 3.161 0.362 1.969 1.588 0.487 0.829 1.270 0.634 1.466 0.341 1.285 0.488 0.909 0.364 0.524 1.946 0.635 0.471 1.269 1.453 1.718 3.750 3.341 3.281 1.468 0.809 1.511 1.548 1.210 1.898 2.407 3.223 2.855 2.357 1.660 3.218 1.363 1.403 1.292 1.403 1.065 0.621 1311 chr10 6761112 6793107 + 0 NA Intergenic L1PA16|LINE|L1 -2235 NR_138480 108570035 Hs.568834 NR_138480 ENSG00000223784 LINP1 - lncRNA in non-homologous end joining pathway 1 ncRNA 0.412 0.472 0.424 2.378 0.052 0.010 1.361 0.090 0.148 0.101 0.202 0.306 0.096 0.019 0.052 0.075 0.144 0.081 0.043 0.024 0.081 0.009 0.068 0.071 0.049 2.031 1.543 0.058 1.179 0.310 0.146 0.606 0.148 0.158 0.005 0.491 0.009 0.020 0.071 0.399 0.022 0.588 0.749 0.414 1.867 0.328 0.481 0.864 0.734 0.064 0.488 1.451 0.075 0.048 0.020 0.049 1.251 0.882 0.006 0.087 0.019 2.183 0.040 0.042 0.228 0.025 0.017 0.431 0.364 0.241 0.478 0.143 0.119 0.172 0.103 0.097 0.086 0.106 0.193 0.097 0.091 0.197 0.155 0.104 0.168 0.034 0.024 0.149 0.266 0.106 0.184 1787 chr11 10309585 10347143 + 0 NA 3' UTR (NM_001124, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001124, exon 4 of 4) -1496 NR_103765 100130460 Hs.501890 NR_103765 CAND1.11 - uncharacterized LOC100130460 ncRNA 1.102 nan 1.308 1.541 0.895 0.400 1.136 0.550 1.221 0.614 2.084 1.408 0.483 0.651 0.267 0.781 1.352 0.138 0.284 0.136 1.883 1.401 0.654 0.349 1.848 0.352 0.222 1.600 0.145 0.406 0.582 0.856 1.620 2.098 0.515 1.201 0.205 4.013 0.122 0.181 0.266 5.397 3.704 1.479 0.165 0.163 1.979 3.119 2.747 1.342 2.002 1.198 0.781 0.223 0.251 1.848 0.781 1.089 0.112 2.359 0.366 0.670 0.571 0.304 1.361 1.461 1.177 nan 1.482 2.131 3.299 2.129 1.915 2.967 0.753 2.208 2.300 1.029 nan 0.956 0.973 1.092 1.130 0.808 1.610 1.055 1.259 0.464 1.036 1.416 nan 11081 chr8 81718553 81724499 + 0 NA intron (NM_001033723, intron 2 of 8) AluSz|SINE|Alu 65490 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.244 nan nan 0.267 0.896 0.572 0.035 0.242 0.685 1.210 0.136 0.212 5.313 0.119 0.119 0.279 0.295 0.080 0.142 0.033 0.084 0.212 0.041 0.624 0.070 0.096 0.321 0.071 0.095 0.349 1.199 1.269 0.466 0.039 0.095 0.038 0.040 0.040 0.107 0.093 0.020 0.026 0.257 3.627 0.137 0.068 0.082 0.106 0.250 0.279 0.158 0.016 0.624 0.123 1.207 0.010 0.084 0.067 0.148 0.094 0.035 0.019 0.046 0.359 0.316 0.478 1.125 0.781 1.051 0.531 0.081 0.231 0.156 1.673 1.858 nan 1.774 0.385 0.153 0.352 0.480 0.221 0.355 0.246 0.531 1.171 1.009 6062 chr2 44314067 44326712 + 0 NA Intergenic MSTB2|LTR|ERVL-MaLR -75553 NM_177969 5495 Hs.416769 NM_002706 ENSG00000138032 PPM1B PP2C-beta|PP2C-beta-X|PP2CB|PP2CBETA|PPC2BETAX protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1B protein-coding 1.951 nan 0.982 0.707 0.333 0.184 0.263 0.215 0.627 0.008 0.150 0.361 0.010 0.954 0.591 0.262 0.177 0.064 0.250 0.150 0.169 0.022 0.483 0.271 1.042 0.197 0.051 0.142 0.250 0.226 0.367 nan 0.123 1.024 0.376 0.146 0.075 0.207 0.102 0.393 0.271 0.278 0.045 0.077 0.146 0.200 0.293 0.453 0.746 0.306 0.573 0.139 0.262 0.365 0.124 1.042 0.125 0.092 0.168 0.373 0.280 0.112 0.086 1.231 0.186 0.059 0.072 0.449 0.641 0.325 0.510 nan 1.050 2.071 0.785 1.087 1.104 0.642 0.890 2.247 1.790 7.135 6.068 0.282 0.393 0.258 0.280 0.996 nan nan 0.680 8229 chr4 3239655 3260338 + 0 NA promoter-TSS (NM_001042690) promoter-TSS (NM_001042690) -771 NM_001042690 345222 Hs.442291 NM_001012982 ENSG00000188981 MSANTD1 C4orf44 Myb/SANT DNA binding domain containing 1 protein-coding 0.798 0.570 nan 0.062 1.556 2.002 0.236 0.115 0.248 0.009 0.129 0.031 0.009 0.063 3.647 0.312 0.065 0.067 0.444 0.348 0.030 0.395 0.215 1.110 0.134 0.070 0.133 0.805 0.122 0.137 0.503 0.084 0.379 0.206 0.057 0.078 0.058 0.054 0.149 0.248 0.169 0.039 0.023 0.729 0.082 0.224 0.205 0.084 0.171 0.037 0.068 0.312 0.807 0.346 1.110 0.041 0.020 0.023 0.127 0.089 0.069 0.677 0.113 0.011 0.028 0.017 0.982 1.832 0.313 0.462 2.184 1.953 nan 0.875 1.439 1.498 0.169 0.313 2.073 2.762 0.551 0.570 0.770 0.897 0.271 0.391 0.229 0.201 nan 0.865 936 chr1 183235844 183251956 + 0 NA intron (NM_015039, intron 8 of 10) FLAM_C|SINE|Alu 30109 NM_170706 23057 Hs.497123 NM_015039 ENSG00000157064 NMNAT2 C1orf15|PNAT2 nicotinamide nucleotide adenylyltransferase 2 protein-coding nan nan 1.101 0.247 0.117 0.052 1.524 0.195 0.344 0.966 0.660 0.877 0.534 0.017 0.255 0.719 1.723 0.550 1.276 1.121 1.595 0.061 0.202 0.234 0.075 1.519 0.881 2.561 0.240 1.445 0.267 1.268 0.430 0.659 1.071 15.337 0.055 0.095 0.085 0.550 0.198 12.624 0.530 0.277 0.961 0.577 1.083 5.598 0.401 0.136 0.088 0.410 0.719 1.102 0.482 0.075 0.434 0.567 0.677 0.471 0.149 1.120 0.719 0.131 1.871 0.061 0.053 0.616 0.695 0.649 1.026 0.624 nan 0.589 0.206 nan 0.956 0.846 1.187 0.865 1.029 1.000 0.740 1.046 1.061 0.180 0.311 0.402 nan 0.638 0.466 5736 chr19 46007196 46020306 + 0 NA intron (NM_003370, intron 1 of 12) AluSq2|SINE|Alu 3063 NM_003370 7408 Hs.515469 NM_003370 ENSG00000125753 VASP - vasodilator stimulated phosphoprotein protein-coding 2.178 1.494 2.715 4.609 1.508 0.767 2.754 0.708 1.471 2.220 3.648 2.515 0.564 2.204 1.444 0.864 1.647 0.347 2.805 0.968 4.710 1.599 0.632 0.352 2.074 0.790 0.949 1.085 1.302 0.707 2.145 nan 1.747 2.381 0.932 1.692 0.325 2.975 0.213 1.202 0.993 5.614 3.346 1.260 1.367 0.865 3.425 1.463 6.731 9.579 2.431 1.649 0.864 3.942 1.207 2.074 1.512 2.331 0.499 4.457 1.775 0.475 0.780 0.744 1.448 1.674 1.129 1.086 2.079 1.337 2.337 3.102 2.576 2.127 0.810 3.277 3.272 1.175 1.753 3.765 5.001 1.087 0.700 0.545 1.331 1.427 1.210 1.753 3.076 1.586 0.776 7417 chr22 38612440 38640645 + 0 NA intron (NM_012264, intron 5 of 8) intron (NM_012264, intron 5 of 8) -5815 NR_132774 106635525 NR_132774 SNORA92 - small nucleolar RNA, H/ACA box 92 snoRNA 1.209 nan 1.383 2.148 0.789 0.642 2.346 0.429 0.839 0.524 2.415 1.469 0.539 0.315 0.415 0.689 1.047 0.125 1.691 0.813 1.524 0.096 0.577 0.287 0.741 0.975 0.778 0.568 1.674 1.415 2.357 5.414 1.134 0.839 0.430 0.330 0.405 0.618 0.107 0.792 0.511 1.331 1.734 0.631 1.245 0.897 2.372 1.199 1.336 0.845 0.133 2.017 0.689 3.283 1.142 0.741 0.981 3.229 0.595 1.195 0.876 1.010 0.199 0.369 1.416 0.469 0.269 0.823 1.418 0.927 2.343 1.484 1.699 0.972 0.316 0.365 0.404 0.770 nan 1.888 2.125 nan 2.323 0.381 0.494 0.873 1.409 0.567 1.025 0.847 0.490 5110 chr18 2300773 2306052 + 0 NA Intergenic Intergenic 268090 NM_001308401 64863 Hs.126888 NM_022840 ENSG00000101574 METTL4 HsT661 methyltransferase like 4 protein-coding 1.033 0.890 1.113 3.483 0.135 0.053 4.413 0.060 0.077 3.761 2.346 0.855 0.154 0.096 0.070 0.122 1.311 0.148 5.472 3.757 0.061 0.174 0.168 0.182 2.677 2.957 0.544 4.860 3.469 0.478 1.147 3.712 nan 4.144 1.102 0.037 0.083 0.129 0.708 0.029 5.450 3.349 1.775 3.272 3.227 6.902 5.752 0.785 0.455 1.211 3.689 0.122 3.659 2.065 0.182 2.070 4.785 0.708 4.410 0.075 0.293 0.877 0.022 0.009 0.390 0.183 0.273 0.690 0.497 0.534 nan 0.102 0.291 0.312 0.595 nan 0.297 0.327 nan 0.187 0.129 0.169 0.156 0.127 0.389 nan nan 0.742 4510 chr16 88362389 88371003 + 0 NA Intergenic Intergenic -127183 NM_001127464 84627 Hs.54925 NM_001127464 ENSG00000225614 ZNF469 BCS|BCS1 zinc finger protein 469 protein-coding nan 0.342 0.494 0.466 0.091 0.038 1.925 0.074 0.188 0.547 2.703 4.738 0.015 0.050 0.020 0.222 2.259 0.225 1.149 0.994 10.009 0.076 0.018 0.069 2.617 2.997 0.292 0.244 0.424 0.743 0.347 0.299 1.361 6.519 0.025 0.118 0.699 0.009 1.474 5.828 2.365 0.153 0.454 1.786 2.059 3.227 2.299 0.083 2.625 0.222 4.076 0.183 0.069 1.377 0.108 0.146 0.338 0.223 1.712 0.069 0.057 2.354 0.722 0.231 0.343 0.265 0.309 1.027 0.282 0.235 0.564 0.093 0.300 0.319 0.073 0.157 0.092 0.121 0.388 0.160 0.064 0.231 0.044 0.432 0.137 0.132 0.290 0.340 701 chr1 151019313 151022032 + 0 NA TTS (NM_001159642) TTS (NM_001159642) 456 NM_017860 54964 Hs.549171 NM_017860 ENSG00000143443 C1orf56 MENT chromosome 1 open reading frame 56 protein-coding nan 5.468 4.406 3.315 2.872 3.089 3.186 1.069 1.461 1.512 2.965 2.177 0.664 2.100 4.761 4.134 2.311 0.351 2.539 1.510 2.537 2.637 2.240 1.285 3.530 2.276 2.367 2.382 2.649 1.823 30.476 31.592 3.838 17.140 2.559 3.715 0.485 4.686 0.144 3.405 1.750 3.132 1.912 1.237 2.363 0.904 2.465 2.802 5.613 5.098 8.796 8.654 4.134 1.617 0.289 3.530 2.657 4.163 0.573 8.734 5.527 2.164 3.556 1.825 1.901 1.812 1.011 4.736 5.819 4.037 6.130 7.218 nan 7.857 2.450 2.351 2.581 4.141 5.194 4.672 6.396 4.970 4.141 6.631 11.144 3.310 2.865 3.398 5.396 2.957 1.614 3710 chr14 77647044 77657224 + 0 NA intron (NM_020431, intron 1 of 23) intron (NM_020431, intron 1 of 23) 4032 NM_020431 57156 Hs.22452 NM_020431 ENSG00000165548 TMEM63C C14orf171|CSC1|hsCSC1 transmembrane protein 63C protein-coding 3.090 3.409 1.811 0.142 0.621 4.965 0.341 0.693 1.050 0.655 0.257 0.074 0.006 0.187 1.080 1.098 0.141 0.158 0.084 0.056 0.092 0.041 0.523 0.425 1.083 1.050 0.641 0.073 0.179 0.187 0.838 3.944 1.126 2.534 0.587 0.111 0.619 0.439 0.081 0.488 0.443 0.156 0.225 0.122 0.149 0.355 0.124 0.176 0.315 0.363 1.692 1.939 1.098 0.446 0.718 1.083 0.290 0.310 0.700 0.872 1.557 0.963 0.292 0.293 0.387 0.283 0.241 0.798 1.129 0.378 0.607 1.460 1.715 1.726 0.390 0.352 0.414 1.358 1.895 2.004 nan 6.911 5.920 0.740 0.810 1.891 2.092 0.843 1.500 3.807 nan 9365 chr5 176872392 176884418 + 0 NA intron (NM_001174102, intron 1 of 2) intron (NM_001174102, intron 1 of 2) 3079 NM_001174102 80758 Hs.534492 NM_030567 ENSG00000131188 PRR7 - proline rich 7, synaptic protein-coding 2.815 1.716 2.403 2.221 1.291 1.132 2.124 0.616 1.281 0.443 3.154 1.675 0.322 1.176 2.653 1.477 0.567 0.040 1.613 0.882 1.298 0.495 1.381 0.846 2.093 1.721 1.894 1.188 2.087 0.795 2.653 3.084 0.949 5.285 1.205 3.686 0.735 2.602 0.120 2.021 0.815 1.525 2.101 1.200 1.857 0.648 0.871 7.325 1.983 4.785 2.068 1.460 1.477 2.669 3.329 2.093 1.536 0.660 0.744 5.418 1.733 1.339 1.398 0.908 2.452 3.403 2.846 3.362 5.029 1.493 nan 3.219 2.300 2.943 1.088 2.671 2.938 1.883 nan 2.370 3.844 2.373 2.895 1.871 3.469 3.895 2.750 2.110 2.570 1.472 0.726 6251 chr2 96296854 96310395 + 0 NA Intergenic Intergenic 45858 NM_138800 129868 Hs.232026 NM_138800 ENSG00000144015 TRIM43 TRIM43A tripartite motif containing 43 protein-coding 0.732 0.724 0.737 1.824 0.063 0.036 3.413 0.012 0.205 1.035 0.104 0.658 0.005 0.032 0.065 0.098 0.304 0.071 2.127 1.331 0.046 0.041 0.150 0.123 0.018 2.534 2.205 0.044 4.487 1.384 0.545 1.743 3.050 0.489 2.190 0.063 0.014 0.048 0.045 2.415 0.598 2.816 2.590 1.436 1.419 1.194 0.363 6.007 0.089 1.316 0.145 0.062 0.098 2.036 2.132 0.018 0.053 0.061 0.276 0.108 0.053 2.413 0.044 0.176 2.180 9.050 10.583 0.652 0.549 0.191 0.427 0.377 0.471 0.202 0.157 0.297 0.261 0.119 0.267 0.175 0.215 0.485 0.233 0.276 0.254 0.047 0.037 0.372 0.585 0.103 0.192 11366 chr8 143252570 143307803 + 0 NA intron (NR_024378, intron 1 of 2) intron (NR_024378, intron 1 of 2) 469 NR_024378 619434 Hs.393308 NR_024378 ENSG00000254008 LINC00051 C8orf43|NCRNA00051 long intergenic non-protein coding RNA 51 ncRNA 1.501 0.815 nan 0.125 0.138 2.730 0.131 0.864 1.654 0.019 0.120 0.275 0.005 0.128 1.161 0.514 0.050 0.076 0.069 0.021 0.058 0.060 0.198 0.102 2.111 0.069 0.050 0.046 0.079 0.023 0.135 0.856 0.117 2.008 0.040 0.043 0.105 0.047 0.065 0.066 0.265 0.117 0.097 0.062 0.034 0.033 0.261 0.181 0.183 0.322 0.041 0.067 0.514 0.102 0.049 2.111 0.020 0.043 0.359 0.190 0.201 0.133 0.479 0.734 0.041 0.215 0.171 0.753 1.371 0.087 0.130 nan 4.827 nan 0.100 0.196 0.209 0.589 0.817 1.361 1.516 1.462 1.177 0.741 1.038 0.575 0.569 0.847 1.856 0.793 0.577 8978 chr5 69972706 70044206 + 0 NA Intergenic Intergenic -7160 NR_146391 653080 Hs.582500 NR_146391 LOC653080 - glucuronidase beta pseudogene pseudo 0.936 nan 0.833 0.259 0.566 0.222 0.267 0.278 0.564 0.119 0.198 0.108 0.149 0.521 0.594 0.670 0.141 0.074 0.240 0.088 0.085 0.232 1.197 0.900 0.360 0.123 0.163 0.096 0.243 0.128 0.251 0.594 0.300 1.558 0.276 0.215 1.929 0.247 0.134 0.087 0.465 0.242 0.175 0.116 0.109 0.192 0.190 0.085 0.134 0.191 0.193 0.154 0.670 0.199 0.166 0.360 0.176 0.456 0.282 0.136 0.309 0.170 0.219 0.085 0.087 0.064 0.038 0.716 0.684 0.765 1.100 1.113 1.114 nan 2.263 0.879 0.710 1.967 nan 1.117 1.591 0.844 0.687 0.168 0.443 2.825 4.039 0.292 0.403 2.502 1.340 3630 chr14 64354587 64365447 + 0 NA intron (NM_182914, intron 1 of 115) AluJb|SINE|Alu 40334 NM_015180 23224 Hs.745014 NM_015180 ENSG00000054654 SYNE2 EDMD5|KASH2|NUA|NUANCE|Nesp2|Nesprin-2|SYNE-2|TROPH spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2 protein-coding nan nan 1.373 0.490 0.566 0.188 0.103 0.316 0.603 0.666 0.128 0.192 0.840 0.065 0.301 0.351 2.294 0.528 0.087 0.017 5.549 0.391 0.264 0.443 0.192 0.059 0.387 0.089 0.059 0.177 0.446 0.568 0.564 0.086 0.198 0.036 0.190 0.129 0.036 0.111 0.059 0.062 0.007 0.020 0.076 0.294 0.193 1.043 0.212 2.057 0.406 0.351 0.163 0.105 0.443 0.195 0.176 0.141 0.406 0.167 0.500 0.082 0.262 0.204 0.042 0.052 0.323 0.381 0.853 1.745 0.571 0.641 0.782 0.183 nan 0.542 0.700 1.076 1.200 nan 0.761 0.326 0.269 0.480 0.230 0.466 0.423 1.024 1.274 0.727 8696 chr5 498248 539242 + 0 NA intron (NM_001284351, intron 1 of 16) intron (NM_001284351, intron 1 of 16) 5804 NM_004174 6550 Hs.658120 NM_004174 ENSG00000066230 SLC9A3 DIAR8|NHE-3|NHE3 solute carrier family 9 member A3 protein-coding 0.491 1.870 1.078 0.054 0.511 3.434 0.216 0.203 0.623 0.016 0.080 0.054 0.006 0.044 1.417 0.383 0.155 0.110 0.187 0.171 0.017 0.057 0.152 0.137 0.710 0.047 0.051 0.079 0.099 0.008 0.248 0.792 0.150 2.673 0.018 0.088 0.021 0.087 0.089 0.020 0.048 0.140 0.087 0.079 0.042 0.125 0.092 0.166 0.154 0.078 0.055 0.088 0.383 0.253 0.020 0.710 0.027 0.067 0.224 0.126 0.129 0.086 0.067 0.027 0.030 0.031 0.014 0.329 0.242 0.306 nan 1.379 1.409 0.481 0.137 0.093 0.127 0.154 0.380 nan 0.616 nan 0.262 0.250 0.293 0.188 0.227 0.048 0.077 1.359 nan 7176 chr21 33971250 33986230 + 0 NA intron (NM_001350334, intron 2 of 5) intron (NM_001350334, intron 2 of 5) 6441 NM_001350334 56683 Hs.5811 NM_017835 ENSG00000159079 CFAP298 C21orf48|C21orf59|CILD26|FBB18|Kur cilia and flagella associated protein 298 protein-coding 1.841 1.095 8.072 0.798 1.887 1.408 0.664 0.461 1.079 0.439 0.905 0.651 0.663 0.234 1.222 1.817 0.578 0.118 1.102 0.354 1.048 0.796 0.781 0.461 1.250 0.474 0.525 0.746 0.599 0.270 1.213 1.393 1.013 5.942 0.523 0.718 0.649 0.992 0.105 0.536 2.154 1.417 0.962 0.448 0.613 0.175 0.970 0.980 0.957 1.269 0.984 0.688 1.817 1.043 1.035 1.250 0.408 0.835 1.069 1.390 0.610 0.643 0.534 0.504 0.528 0.713 0.438 1.552 2.926 1.726 2.183 7.524 7.720 4.420 1.132 2.004 1.811 1.145 1.724 1.883 3.706 3.856 4.584 0.755 1.665 2.622 1.768 1.670 1.979 nan 1.336 2708 chr12 56726088 56734424 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -2407 NM_016584 51561 Hs.98309 NM_016584 ENSG00000110944 IL23A IL-23|IL-23A|IL23P19|P19|SGRF interleukin 23 subunit alpha protein-coding nan 1.823 1.348 2.667 3.123 0.845 1.548 1.642 2.963 0.586 1.453 1.017 1.071 1.321 1.598 2.229 1.695 0.193 1.727 1.239 2.595 0.050 1.778 0.851 2.683 1.669 1.716 1.045 1.410 1.899 1.860 3.678 1.633 4.716 1.051 2.517 0.603 1.161 0.136 0.837 0.836 2.543 1.873 0.645 1.963 0.699 1.680 3.009 2.101 1.871 1.518 1.655 2.229 2.192 1.642 2.683 1.099 1.371 0.630 2.884 1.483 1.601 1.352 0.828 1.446 0.974 0.608 nan 2.750 3.715 5.819 4.606 nan 9.226 4.951 6.445 7.331 1.978 nan 5.800 nan 1.823 1.562 1.798 2.237 3.233 3.947 2.527 2.961 3.142 1.608 1650 chr10 112592548 112608173 + 0 NA Intergenic Intergenic 30302 NR_026932 282997 Hs.599931 NR_026932 PDCD4-AS1 - PDCD4 antisense RNA 1 ncRNA 3.312 nan 3.859 0.073 0.220 1.199 0.196 4.595 8.323 0.147 0.160 0.141 0.047 0.083 0.932 0.292 0.248 0.113 0.142 0.024 0.036 0.135 0.169 0.102 1.714 0.165 0.061 0.089 0.069 0.040 0.113 0.536 0.373 0.944 0.063 0.115 0.812 0.042 0.065 0.008 0.586 0.100 0.039 0.010 0.049 0.065 0.247 0.103 0.516 0.063 0.433 0.859 0.292 0.109 0.071 1.714 0.359 1.199 0.483 0.078 0.130 0.089 1.566 0.443 0.039 0.029 0.007 1.388 2.730 0.614 0.713 0.644 0.773 0.713 0.288 0.227 0.285 0.663 1.054 1.709 2.297 0.371 0.303 0.680 1.187 1.443 1.278 0.397 0.821 1.145 0.663 6999 chr20 45005631 45018545 + 0 NA exon (NM_133171, exon 10 of 22) exon (NM_133171, exon 10 of 22) -18991 NM_173073 51006 Hs.593344 NM_015945 ENSG00000080189 SLC35C2 BA394O2.1|C20orf5|CGI-15|OVCOV1 solute carrier family 35 member C2 protein-coding nan nan 0.975 0.145 0.257 0.022 0.169 0.132 0.319 0.075 0.132 0.108 0.034 0.023 0.112 0.062 0.292 0.088 0.384 0.250 0.058 0.054 0.169 0.087 0.084 0.053 0.023 0.023 0.155 0.025 0.057 0.095 0.104 0.439 0.067 0.073 0.022 0.079 0.104 0.009 0.847 0.130 0.037 0.025 0.065 0.141 0.179 0.098 0.077 0.018 0.062 0.062 0.238 0.142 0.084 0.010 0.045 0.202 0.088 0.032 0.080 0.501 0.124 0.087 0.027 0.016 3.644 4.987 0.794 0.439 0.506 0.595 nan 0.287 0.572 0.702 0.934 1.405 0.420 0.427 nan 1.960 0.701 1.314 0.064 0.082 0.447 1.182 0.969 0.439 2539 chr12 24088180 24105906 + 0 NA intron (NM_152989, intron 4 of 17) intron (NM_152989, intron 4 of 17) 5594 NM_001330785 6660 Hs.434948 NM_006940 ENSG00000134532 SOX5 L-SOX5|L-SOX5B|L-SOX5F|LAMSHF SRY-box 5 protein-coding nan nan nan 0.053 0.555 0.015 0.080 0.446 0.685 0.010 0.017 0.041 0.004 0.807 0.059 0.534 0.055 0.063 0.203 0.043 0.061 0.619 0.503 1.443 0.008 0.008 0.073 0.006 0.150 0.223 0.045 0.718 0.116 0.031 0.327 0.717 0.124 0.020 0.093 0.021 0.014 0.009 0.012 0.013 0.044 0.191 0.014 0.135 0.062 0.010 0.534 0.116 0.016 1.443 0.021 0.038 0.224 0.049 0.333 0.018 0.100 0.471 0.038 0.016 0.009 0.195 0.248 0.271 0.340 2.397 2.633 2.585 0.793 0.396 0.421 5.931 7.045 0.505 0.497 7.261 8.071 0.264 0.333 1.148 1.040 0.507 1.207 0.948 0.627 10046 chr6 158134197 158142162 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -106024 NM_016224 51429 Hs.191213 NM_016224 ENSG00000130340 SNX9 SDP1|SH3PX1|SH3PXD3A|WISP sorting nexin 9 protein-coding nan 0.557 0.703 0.063 0.153 1.035 0.091 0.157 0.427 0.012 0.124 0.099 0.016 0.012 2.634 8.840 1.994 0.223 0.053 0.016 0.035 0.060 0.074 0.465 0.052 0.054 0.019 0.052 0.130 nan 0.071 0.559 0.018 0.217 0.036 0.095 0.091 0.147 0.128 0.060 0.027 0.038 0.061 0.138 0.061 0.116 0.276 8.840 0.060 0.035 0.465 0.171 0.021 0.269 0.074 0.089 0.050 0.098 0.123 0.038 0.007 0.473 0.490 0.279 0.445 1.949 nan 1.454 0.391 0.335 0.376 0.127 0.315 0.180 0.270 0.471 0.357 0.138 0.296 0.185 0.272 0.431 nan 0.441 0.474 9359 chr5 175959925 175974933 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -2083 NM_001171976 54825 Hs.4205 NM_017675 ENSG00000074276 CDHR2 PCDH24|PCLKC cadherin related family member 2 protein-coding 3.270 1.729 3.793 1.900 1.682 1.066 2.151 0.744 1.289 0.815 2.280 1.195 0.395 1.541 2.568 1.114 0.903 0.193 1.667 0.500 1.715 1.535 1.484 0.652 2.326 1.882 2.069 1.506 2.363 0.991 2.838 3.803 1.651 5.714 0.850 1.607 0.908 3.512 0.161 1.069 1.130 2.167 3.062 1.542 1.720 1.949 1.745 2.308 2.901 3.903 2.770 2.109 1.114 2.056 2.695 2.326 1.773 1.058 0.798 3.641 2.481 1.280 1.219 1.094 0.902 1.646 1.285 2.875 3.069 3.278 nan 3.478 2.841 3.479 1.387 3.685 3.542 2.350 nan 4.066 6.286 4.157 4.968 1.906 2.806 4.608 4.367 3.126 3.818 1.689 0.971 3639 chr14 65400713 65411315 + 0 NA non-coding (NR_138078, exon 3 of 3) non-coding (NR_138078, exon 3 of 3) 3609 NR_046320 2877 Hs.2704 NM_002083 ENSG00000176153 GPX2 GI-GPx|GPRP|GPRP-2|GPx-2|GPx-GI|GSHPX-GI|GSHPx-2 glutathione peroxidase 2 protein-coding nan nan 0.973 0.244 4.698 2.670 0.277 0.908 1.886 0.009 0.132 0.209 0.093 1.204 1.575 0.616 0.458 0.281 0.080 0.018 0.173 0.013 1.449 0.789 2.179 1.001 0.747 0.035 0.134 0.040 0.297 0.910 0.321 1.707 0.242 0.250 0.493 0.101 0.159 0.045 0.568 0.095 0.034 0.037 0.052 0.294 2.567 0.094 3.785 0.140 0.120 3.189 0.616 0.122 0.044 2.179 1.777 1.036 0.850 0.186 1.699 0.172 0.214 0.288 0.086 0.027 0.028 0.385 0.440 0.452 0.833 1.683 1.678 4.080 1.048 nan 8.987 0.404 0.694 4.489 nan 0.747 0.535 0.458 0.718 2.455 4.287 0.421 0.923 4.556 2.165 11192 chr8 105597307 105602775 + 0 NA intron (NM_013437, intron 1 of 6) intron (NM_013437, intron 1 of 6) 1211 NM_013437 29967 Hs.600630 NM_013437 ENSG00000147650 LRP12 ST7 LDL receptor related protein 12 protein-coding 6.366 nan nan 1.025 3.799 2.003 1.926 2.142 3.964 0.541 5.357 4.270 0.285 0.664 2.913 2.317 1.692 0.294 1.988 0.797 0.894 1.168 0.803 0.256 4.193 3.087 2.488 1.290 2.173 0.751 2.515 3.622 0.129 11.705 1.888 5.003 1.499 1.946 0.103 1.164 1.545 1.703 0.254 0.072 0.717 0.142 1.658 2.650 3.082 3.977 0.978 4.081 2.317 2.083 1.168 4.193 0.825 1.147 0.355 1.840 3.259 1.576 1.214 1.086 1.840 0.558 0.374 2.493 2.876 2.714 3.700 9.625 7.853 6.526 2.121 9.326 9.285 1.923 nan 11.702 nan nan 5.233 1.656 4.589 3.890 2.792 3.837 nan 2.117 1.071 2779 chr12 69750931 69755666 + 0 NA promoter-TSS (NM_001300950) promoter-TSS (NM_001300950) -192 NM_001300950 8089 Hs.4029 NM_006530 ENSG00000127337 YEATS4 4930573H17Rik|B230215M10Rik|GAS41|NUBI-1|YAF9 YEATS domain containing 4 protein-coding 4.079 3.845 2.085 4.225 4.760 2.476 1.355 3.485 5.406 0.815 2.871 1.643 0.959 1.523 4.456 4.334 1.630 0.406 1.939 1.006 2.593 1.634 3.816 2.215 4.775 1.492 1.480 1.322 2.817 0.979 2.111 4.974 1.394 10.087 1.264 2.404 1.185 2.096 0.073 1.347 1.776 2.806 3.021 1.467 1.472 1.328 1.943 4.016 2.733 3.905 1.948 2.062 4.334 3.960 3.646 4.775 1.423 1.955 0.931 4.100 2.383 0.898 1.416 1.403 1.207 1.993 1.412 5.520 4.285 4.821 7.752 10.624 nan 11.740 7.976 16.071 17.439 4.972 5.409 9.993 14.796 7.458 7.138 3.498 5.332 5.196 6.911 7.527 4.307 5.394 2.496 2139 chr11 82440445 82445486 + 0 NA TTS (NM_175885) TTS (NM_175885) 1941 NM_175885 220382 Hs.448218 NM_175885 ENSG00000182103 FAM181B - family with sequence similarity 181 member B protein-coding 0.494 0.598 0.572 0.042 0.630 0.055 0.057 0.158 0.337 0.237 0.216 0.054 0.019 0.233 0.403 0.059 0.032 0.043 0.025 0.312 0.136 0.028 0.014 0.368 0.040 0.289 0.213 0.123 2.158 0.029 0.148 0.093 0.321 0.108 0.212 0.287 0.349 0.014 0.086 0.015 0.057 0.198 0.210 0.172 0.047 0.027 0.403 0.071 0.073 0.048 0.097 0.019 0.745 0.048 0.040 0.049 0.059 0.023 0.552 0.586 0.252 0.549 0.745 0.417 0.555 0.154 2.138 1.731 7.519 9.473 1.093 1.908 0.605 0.489 0.186 0.696 0.233 0.280 0.170 0.292 1.162 0.875 5573 chr19 17900134 17911342 + 0 NA promoter-TSS (NM_014256) promoter-TSS (NM_014256) -181 NM_014256 10331 Hs.69009 NM_014256 ENSG00000179913 B3GNT3 B3GAL-T8|B3GN-T3|B3GNT-3|HP10328|TMEM3|beta3Gn-T3 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 3 protein-coding 0.785 2.263 0.829 2.844 0.244 0.098 2.302 0.259 0.703 1.280 0.318 0.337 0.045 0.712 0.134 0.271 0.080 0.144 3.269 1.484 0.105 0.042 0.168 0.154 0.320 1.392 0.961 0.184 3.146 1.879 4.703 9.009 1.708 2.318 1.418 0.158 0.052 0.088 0.051 0.317 0.063 2.820 1.421 0.845 2.859 4.144 5.252 0.197 2.090 1.046 2.053 2.433 0.271 7.168 1.949 0.320 1.989 4.389 0.243 1.260 0.117 1.899 0.017 0.070 0.437 0.031 0.018 0.248 0.165 0.253 0.486 0.828 0.651 1.621 0.248 0.216 0.172 0.430 0.595 0.881 0.996 0.665 0.299 0.201 0.141 0.382 0.376 0.304 0.516 1.103 0.678 768 chr1 155241052 155249670 + 0 NA Intergenic Intergenic -1857 NR_073074 57657 Hs.706960 NM_020897 ENSG00000143630 HCN3 - hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 3 protein-coding nan nan 2.302 1.732 2.343 2.442 1.485 1.356 2.162 0.722 1.847 1.369 0.575 1.957 5.107 4.373 1.399 0.356 2.255 0.988 2.015 1.964 1.461 0.968 3.016 1.351 1.381 1.270 1.330 0.893 1.734 3.707 1.656 12.620 1.193 2.516 0.564 1.767 0.178 0.948 1.528 2.545 1.782 1.104 1.506 0.702 1.330 1.320 1.975 2.756 8.324 1.134 4.373 2.095 2.027 3.016 1.109 1.481 0.902 7.690 3.430 1.585 2.505 1.528 0.795 1.256 0.613 2.046 2.996 3.260 4.152 5.306 nan 4.015 1.157 1.799 1.620 2.570 3.415 3.937 4.912 2.967 2.425 3.052 5.784 1.811 1.865 2.954 5.488 2.020 0.985 7924 chr3 152760591 152778436 + 0 NA Intergenic Intergenic -110488 NM_002886 5912 Hs.98643 NM_002886 ENSG00000181467 RAP2B - RAP2B, member of RAS oncogene family protein-coding nan 0.861 0.546 1.641 0.162 0.028 4.151 0.197 0.315 0.803 1.065 1.830 0.062 0.034 0.035 0.238 0.372 0.246 1.174 0.944 0.288 0.015 0.528 0.421 0.040 1.701 1.102 0.106 2.030 1.789 0.508 1.121 0.790 0.211 1.300 0.618 0.380 0.037 0.095 0.716 0.054 2.068 1.533 0.622 1.580 0.934 1.991 1.102 0.690 1.495 0.110 1.332 0.238 0.725 3.272 0.040 0.411 0.600 0.022 0.640 0.042 1.310 0.055 0.311 0.834 0.045 0.040 0.279 0.129 0.383 0.952 0.345 0.366 0.139 0.092 0.262 0.341 0.971 nan 0.184 0.190 0.733 0.381 0.218 0.301 1.294 1.548 0.318 0.917 0.201 0.283 3877 chr15 28972721 28986407 + 0 NA Intergenic Intergenic -3165 NR_026589 440253 Hs.558967 NR_026589 WHAMMP2 WHAMML2|WHDC1L2 WAS protein homolog associated with actin, golgi membranes and microtubules pseudogene 2 pseudo nan 1.347 nan 0.116 0.476 0.965 0.238 0.467 0.775 0.391 0.654 1.173 0.408 2.147 0.898 1.018 0.144 0.059 0.529 0.056 1.055 0.374 0.805 0.543 1.440 0.703 1.104 0.328 0.119 0.147 0.583 0.678 0.125 2.596 0.022 0.748 0.090 0.529 0.061 0.190 0.498 0.607 0.819 0.399 0.605 0.056 0.049 0.549 1.943 1.663 0.582 0.287 1.018 0.224 0.683 1.440 0.500 0.280 0.356 0.731 2.013 0.214 0.693 0.235 0.667 0.134 0.099 2.215 2.497 3.609 2.751 1.560 1.832 0.202 0.050 2.044 1.953 1.531 1.881 1.884 2.216 nan 1.899 1.037 2.004 0.283 0.363 0.765 0.772 2.962 1.659 1636 chr10 105665418 105680042 + 0 NA intron (NM_024928, intron 2 of 9) intron (NM_024928, intron 2 of 9) 5315 NM_024928 79991 Hs.62314 NM_024928 ENSG00000107960 STN1 AAF-44|AAF44|OBFC1|RPA-32|bA541N10.2 STN1, CST complex subunit protein-coding nan nan 1.367 1.230 0.643 0.346 3.132 0.416 0.930 1.092 2.380 2.266 0.686 0.343 0.470 0.629 1.109 0.121 1.756 0.873 2.544 0.643 0.355 0.259 0.856 3.497 3.697 0.623 3.637 1.342 2.404 4.382 1.442 1.506 1.249 1.815 0.052 0.553 0.063 1.277 0.744 3.299 1.844 0.785 2.180 0.945 1.446 3.462 2.307 2.271 1.684 2.433 0.629 1.433 3.924 0.856 1.603 1.600 0.279 1.531 1.026 2.469 0.196 0.787 2.159 1.524 1.439 0.884 1.064 1.010 1.788 0.861 0.870 2.542 0.714 0.591 0.744 1.600 nan 2.247 2.668 0.513 0.419 0.390 0.562 0.456 0.569 1.138 nan 1.078 0.627 2491 chr12 12670577 12677597 + 0 NA 5' UTR (NM_030640, exon 2 of 7) 5' UTR (NM_030640, exon 2 of 7) 41361 NM_030640 80824 Hs.536535 NM_030640 ENSG00000111266 DUSP16 MKP-7|MKP7 dual specificity phosphatase 16 protein-coding 1.110 1.177 1.089 0.092 2.221 0.071 0.125 0.549 1.479 0.028 0.105 0.276 0.062 0.111 0.317 0.308 0.097 0.024 0.074 0.027 0.054 0.020 1.912 0.529 2.109 0.119 0.071 0.031 0.078 0.045 0.170 0.442 0.162 0.494 0.414 0.152 0.134 0.091 0.033 0.067 0.088 0.026 0.011 0.018 0.143 0.151 0.270 0.567 0.143 0.033 0.347 0.308 0.011 0.053 2.109 0.566 0.403 0.014 0.116 0.159 0.011 0.070 0.282 0.008 0.022 0.366 0.222 0.330 0.794 nan 1.236 11.051 5.558 0.756 0.671 0.856 1.218 1.339 0.922 0.338 0.161 0.256 0.275 1.130 2.054 0.388 0.717 2.921 1.202 11958 chrX 88133325 88150091 + 0 NA Intergenic L1M1|LINE|L1 139482 NM_001184771 53336 Hs.458292 NM_033048 ENSG00000147183 CPXCR1 CT77 CPX chromosome region, candidate 1 protein-coding 0.409 0.653 nan 0.030 0.214 0.003 0.089 0.050 0.150 0.006 0.034 0.017 0.042 0.038 0.013 0.019 0.056 0.011 5.011 0.008 0.141 0.148 0.014 0.001 0.009 0.134 0.041 0.006 0.038 0.015 0.008 0.133 0.009 0.307 0.012 0.087 0.198 0.033 0.538 0.036 0.009 0.026 0.028 0.040 0.048 0.049 0.017 0.606 1.241 0.038 0.021 0.014 0.676 0.237 0.030 0.033 0.042 0.036 0.027 0.168 0.126 0.451 0.494 0.127 0.126 0.071 0.042 0.122 0.118 0.125 0.159 0.110 0.133 0.382 0.146 0.099 0.125 0.030 0.052 0.151 0.282 0.074 0.068 7730 chr3 110131234 110141124 + 0 NA Intergenic L1PA16|LINE|L1 652627 NR_045114 100506555 Hs.535689 NR_045114 NECTIN3-AS1 PVRL3-AS1 NECTIN3 antisense RNA 1 ncRNA 0.727 nan 0.594 1.296 0.108 0.034 3.649 0.164 0.167 0.038 0.440 2.629 0.019 0.020 0.081 1.135 0.740 0.081 2.253 1.166 0.530 0.057 0.080 0.146 0.243 2.291 1.322 0.089 3.699 3.154 0.627 1.436 0.342 0.169 1.838 0.121 0.010 0.111 0.102 2.341 0.032 2.815 1.972 1.123 1.935 1.095 0.205 4.159 0.165 0.398 0.152 0.013 1.135 0.575 1.190 0.243 0.617 0.058 0.010 0.160 0.030 1.918 0.040 0.051 1.443 0.355 0.372 0.223 0.203 0.386 0.317 0.165 nan 0.135 0.113 0.233 0.227 nan 0.270 0.227 0.214 0.683 0.186 0.072 0.093 0.056 0.107 0.188 0.237 0.457 0.488 6971 chr20 36735960 36803424 + 0 NA exon (NM_001323316, exon 9 of 14) exon (NM_001323316, exon 9 of 14) 24139 NM_004613 7052 Hs.517033 NM_004613 ENSG00000198959 TGM2 TG(C)|TGC transglutaminase 2 protein-coding 1.077 1.391 0.819 1.746 0.240 0.165 1.203 0.130 0.250 1.836 1.221 2.905 0.028 0.099 0.117 0.182 0.745 0.189 2.341 1.425 1.829 0.048 0.134 0.129 0.108 1.016 0.660 0.831 0.891 0.890 0.886 nan 1.139 0.619 1.127 0.220 0.031 0.108 0.085 0.927 0.055 4.347 1.808 0.871 1.647 0.533 1.435 5.974 1.830 0.526 0.403 1.386 0.182 1.582 0.441 0.108 0.675 0.152 0.071 1.297 0.145 0.905 0.050 0.282 2.357 3.676 3.071 0.672 0.649 0.235 0.347 0.286 nan 0.871 0.307 0.371 0.378 0.250 0.444 0.900 1.004 1.164 0.929 0.278 0.341 0.122 0.176 0.618 nan 0.374 0.367 10314 chr7 39111221 39143934 + 0 NA intron (NM_007252, intron 3 of 10) intron (NM_007252, intron 3 of 10) -74410 NR_138047 100689074 Hs.675876 NR_138047 POU6F2-AS2 - POU6F2 antisense RNA 2 ncRNA 1.175 1.003 1.160 0.154 0.160 1.211 0.037 0.235 0.367 0.006 0.103 0.099 0.011 0.189 0.689 0.440 0.100 0.064 0.066 0.018 0.019 0.021 1.082 0.855 0.435 0.030 0.029 0.011 0.096 0.013 0.109 0.506 0.205 0.977 0.022 0.059 0.122 0.063 0.181 0.007 0.281 0.088 0.018 0.012 0.013 0.033 0.115 0.154 0.030 0.045 0.007 0.068 0.440 0.061 0.030 0.435 0.037 0.056 0.161 0.055 0.563 0.048 0.049 0.657 0.026 0.019 0.011 0.508 0.424 0.191 0.251 1.028 nan 5.409 1.993 0.678 0.581 0.232 nan nan nan 0.681 0.422 0.146 0.177 0.801 0.631 0.630 nan 2.046 1.076 4976 chr17 72666178 72682698 + 0 NA intron (NM_175738, intron 1 of 8) intron (NM_175738, intron 1 of 8) 7182 NM_175738 326624 Hs.351413 NM_175738 ENSG00000172794 RAB37 - RAB37, member RAS oncogene family protein-coding 1.691 0.877 0.857 0.048 0.041 0.383 0.077 0.161 0.396 0.012 0.061 0.066 0.030 0.547 0.534 0.221 0.091 0.137 0.116 0.015 0.025 0.086 0.075 0.073 0.278 0.083 0.045 0.086 0.262 0.725 0.150 1.160 0.018 0.072 0.023 0.052 0.104 0.121 0.044 0.128 0.022 0.014 0.020 0.023 0.076 0.241 0.478 0.038 0.019 0.057 0.221 0.078 0.059 0.073 0.052 0.010 0.810 0.114 0.172 0.014 1.680 1.558 0.023 0.017 0.006 3.997 7.173 0.096 0.100 0.931 0.805 0.208 0.093 0.068 0.078 nan 3.140 2.016 2.006 10.498 10.331 1.157 1.455 0.083 0.102 1.588 5.290 nan 0.428 338 chr1 44171782 44189259 + 0 NA intron (NR_125986, intron 3 of 3) intron (NR_125986, intron 3 of 3) 7316 NM_001270459 6487 Hs.597915 NM_006279 ENSG00000126091 ST3GAL3 EIEE15|MRT12|SIAT6|ST3GALII|ST3Gal III|ST3GalIII|ST3N ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 3 protein-coding nan 1.326 nan 0.628 0.698 0.537 0.825 0.415 0.815 0.188 1.883 1.036 0.096 0.241 0.793 0.884 1.059 0.259 0.402 0.221 0.957 0.406 0.412 0.411 1.922 0.526 0.560 0.759 0.940 0.398 0.365 0.802 0.353 2.007 0.287 1.003 0.093 1.008 0.142 0.433 0.672 1.881 1.177 0.556 0.417 0.238 0.367 0.971 0.699 1.465 0.436 0.301 0.884 0.291 2.281 1.922 0.113 0.393 0.229 1.781 0.626 0.568 0.508 2.192 0.839 0.852 0.645 0.707 0.966 0.709 1.081 1.583 1.719 0.929 0.233 0.652 0.631 1.552 nan nan 4.799 2.727 2.288 0.938 nan 0.429 0.484 2.154 5.205 0.999 0.698 5478 chr19 1744848 1749425 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -6526 NM_001080488 390874 Hs.654347 NM_001080488 ENSG00000205922 ONECUT3 OC3 one cut homeobox 3 protein-coding 0.301 0.594 0.560 5.816 0.115 0.194 4.394 0.315 0.598 0.019 0.269 1.388 0.045 0.038 0.248 0.017 0.141 1.965 1.530 0.042 0.000 0.019 0.047 0.646 0.477 0.111 2.528 3.323 2.800 6.327 0.370 0.606 2.077 0.430 0.062 0.141 0.056 0.880 0.018 14.824 0.323 0.152 6.530 0.625 3.646 0.241 1.139 0.344 0.449 5.270 0.248 4.078 0.119 0.047 3.691 0.217 2.460 0.045 7.469 0.022 3.377 7.269 5.088 0.143 0.106 0.157 0.417 0.347 0.480 0.259 0.054 0.160 0.157 0.047 0.221 0.091 nan 0.402 0.113 0.120 0.107 0.073 0.304 0.059 0.159 0.252 0.255 3105 chr13 31035873 31041766 + 0 NA promoter-TSS (NM_001313892) promoter-TSS (NM_001313892) -355 NM_001313892 3146 Hs.434102 NM_002128 ENSG00000189403 HMGB1 HMG-1|HMG1|HMG3|SBP-1 high mobility group box 1 protein-coding 4.821 3.304 4.311 3.595 6.632 2.711 1.949 1.228 2.367 1.050 4.276 1.450 1.356 2.023 2.636 2.305 3.729 0.409 2.609 0.416 2.053 1.597 1.326 0.872 5.696 0.634 1.126 1.048 1.691 0.833 5.268 8.579 1.813 5.277 0.791 3.345 0.890 3.076 0.071 1.200 2.345 4.988 3.916 1.995 1.148 1.397 3.183 4.018 3.108 2.805 1.811 2.193 2.305 4.606 3.191 5.696 1.246 2.788 0.688 5.073 2.338 1.205 3.477 2.561 2.946 2.135 1.541 8.324 9.066 7.381 9.329 10.471 8.491 6.932 2.939 8.956 8.985 2.926 4.404 5.483 8.369 13.507 15.995 4.780 10.368 3.565 2.867 10.661 7.189 2.193 1.136 576 chr1 109808751 109827198 + 0 NA 3' UTR (NM_001408, exon 34 of 34) 3' UTR (NM_001408, exon 34 of 34) 7792 NM_001350237 84722 Hs.405925 NM_032636 ENSG00000134222 PSRC1 DDA3|FP3214 proline and serine rich coiled-coil 1 protein-coding 2.132 nan nan 2.101 1.179 0.658 1.245 0.557 0.945 0.830 0.657 0.761 0.625 0.549 0.912 0.953 0.670 0.203 1.067 0.534 1.833 0.285 0.364 0.194 1.123 1.282 1.061 0.887 2.528 1.068 2.159 4.944 2.020 2.875 1.847 1.263 0.232 0.918 0.087 0.690 0.617 2.823 0.785 0.443 0.758 1.497 3.413 1.087 2.006 0.846 0.976 4.601 0.953 1.666 1.305 1.123 0.660 1.820 0.314 2.709 0.589 1.059 0.874 0.664 1.642 0.643 0.353 0.998 1.278 1.809 3.521 2.110 nan 1.969 0.673 1.307 1.480 1.475 2.010 nan nan 0.939 0.931 1.326 2.066 0.829 1.052 1.041 nan 1.257 0.669 761 chr1 155094469 155113399 + 0 NA exon (NM_004428, exon 2 of 5) exon (NM_004428, exon 2 of 5) 3585 NM_182685 1942 Hs.516664 NM_004428 ENSG00000169242 EFNA1 B61|ECKLG|EFL1|EPLG1|LERK-1|LERK1|TNFAIP4 ephrin A1 protein-coding nan nan 2.616 2.774 1.958 1.046 3.095 0.771 1.202 1.548 2.313 1.214 1.645 3.307 1.622 2.549 0.903 0.359 3.544 1.543 9.537 0.752 0.904 0.538 2.408 2.085 1.822 2.888 3.881 2.002 3.988 7.070 5.861 8.639 2.559 5.834 0.206 2.672 0.153 1.414 1.220 6.475 3.065 1.668 2.860 2.232 2.722 1.062 3.648 2.434 13.553 9.152 2.549 5.982 3.468 2.408 2.410 6.311 0.476 10.164 3.168 3.319 5.424 0.581 0.896 0.891 0.435 3.865 4.573 5.919 11.891 3.198 nan 2.213 0.760 1.379 1.438 1.831 2.680 3.657 5.787 1.550 1.215 5.932 8.584 1.323 1.404 2.116 3.694 1.404 0.721 9793 chr6 86350324 86356033 + 0 NA promoter-TSS (NM_001159674) promoter-TSS (NM_001159674) -135 NM_006372 10492 Hs.571177 NM_006372 ENSG00000135316 SYNCRIP GRY-RBP|GRYRBP|HNRNPQ|HNRPQ1|NSAP1|PP68|hnRNP-Q synaptotagmin binding cytoplasmic RNA interacting protein protein-coding 8.496 4.468 nan 5.042 10.079 5.676 3.356 3.912 7.675 1.454 6.156 3.264 3.213 1.502 7.247 6.689 3.843 0.554 5.613 1.827 5.731 5.705 3.535 1.732 10.721 2.915 4.530 1.959 5.156 1.580 8.916 11.701 6.193 12.166 1.823 5.498 2.452 8.337 0.338 1.947 3.767 6.398 6.877 3.096 3.520 3.794 4.021 4.285 4.230 8.802 2.933 3.137 6.689 6.986 5.555 10.721 2.766 2.258 2.450 6.277 4.029 3.807 2.401 3.012 3.002 2.007 1.597 10.579 10.475 8.781 11.683 13.159 10.785 9.797 4.504 18.457 19.133 3.593 4.834 9.100 12.685 12.054 15.757 5.031 9.408 10.097 8.261 8.586 8.494 3.063 1.587 1775 chr11 8277855 8313798 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -5644 NM_001270428 4004 Hs.654426 NM_002315 ENSG00000166407 LMO1 RBTN1|RHOM1|TTG1 LIM domain only 1 protein-coding 2.173 1.230 0.898 0.052 0.345 2.724 0.162 0.706 1.452 0.013 0.113 0.235 0.015 0.031 0.459 0.599 0.143 0.049 0.088 0.021 0.032 0.011 0.292 0.169 1.233 0.062 0.043 0.078 0.063 0.009 0.147 0.351 0.115 0.731 0.012 0.137 0.630 0.057 0.069 0.040 0.823 0.132 0.059 0.069 0.042 0.030 0.091 0.111 0.148 0.049 0.103 0.101 0.599 0.078 0.031 1.233 0.031 0.060 0.349 0.207 0.150 0.083 0.182 1.763 0.068 0.018 0.016 1.660 2.539 0.281 0.329 1.641 1.488 0.972 0.409 0.339 0.373 1.287 1.609 0.985 1.422 4.633 5.245 0.422 0.723 1.434 1.331 1.227 3.447 0.932 0.633 1415 chr10 30146517 30156945 + 0 NA Intergenic Intergenic -125801 NM_001323599 6840 Hs.499209 NM_003174 ENSG00000197321 SVIL - supervillin protein-coding 0.465 0.690 0.639 5.654 0.051 0.036 3.032 0.170 0.270 0.861 0.659 3.168 4.884 0.019 0.043 0.064 6.133 0.892 2.241 1.429 0.348 0.026 0.106 0.101 0.134 0.178 0.076 0.359 2.714 4.042 0.093 0.399 1.241 0.338 0.391 0.185 0.314 0.087 0.554 0.056 0.062 0.080 0.052 1.897 4.997 2.841 0.857 0.289 0.151 0.195 0.181 0.064 2.173 1.192 0.134 0.648 1.492 0.211 0.070 0.368 0.038 0.048 0.220 0.127 0.052 0.292 0.190 0.345 nan 0.287 0.218 0.789 0.264 0.252 0.260 0.200 0.383 0.313 0.391 0.146 0.085 0.068 0.204 0.111 0.131 0.120 0.193 0.376 0.332 2334 chr11 123029061 123069330 + 0 NA intron (NM_024769, intron 1 of 6) MIR|SINE|MIR 16818 NM_024769 79827 Hs.591949 NM_024769 ENSG00000166250 CLMP ACAM|ASAM|CSBM|CSBS CXADR like membrane protein protein-coding 0.823 0.814 0.694 0.080 0.061 0.261 0.802 0.199 0.377 0.060 3.920 0.915 0.028 0.020 0.129 0.515 0.472 0.103 0.121 0.152 0.165 0.003 0.154 0.152 0.065 1.101 0.713 0.046 0.239 0.161 0.106 0.450 0.037 0.461 0.033 0.497 0.083 0.062 0.116 0.158 0.035 5.134 0.154 0.073 0.650 0.121 0.893 1.710 0.342 0.649 0.082 2.480 0.515 0.119 0.074 0.065 0.233 0.311 0.197 0.629 0.028 0.558 0.123 0.192 0.583 0.164 0.114 0.447 0.352 0.176 0.290 0.364 0.338 0.165 0.095 0.390 0.348 1.466 2.020 0.140 0.151 0.435 0.314 0.595 0.695 0.392 0.299 0.252 nan 0.785 0.606 1078 chr1 207985492 208002193 + 0 NA non-coding (NR_026817, exon 1 of 1) non-coding (NR_026817, exon 1 of 1) 2118 NR_026817 148696 Hs.125511 NM_001039568 LOC148696 - uncharacterized LOC148696 ncRNA 0.988 1.044 0.832 1.281 0.289 0.026 2.606 0.282 0.380 0.113 1.892 1.631 0.044 0.156 0.075 0.321 0.244 0.039 1.632 0.839 2.066 0.035 0.179 0.141 0.525 3.609 3.021 0.190 1.537 1.337 1.146 4.304 1.464 0.435 0.929 4.117 0.017 0.090 0.086 0.532 0.080 0.204 0.407 0.197 4.118 1.822 0.923 0.180 2.962 0.090 2.738 3.234 0.321 0.934 0.223 0.525 1.050 1.410 0.093 0.162 0.183 0.884 0.083 0.192 0.688 0.041 0.015 1.084 1.607 0.654 0.944 0.528 0.741 0.476 0.230 nan nan 0.624 0.821 1.095 1.295 0.348 0.223 0.224 0.386 0.136 0.118 0.429 0.911 0.579 0.482 2530 chr12 19998565 20021221 + 0 NA Intergenic Intergenic -157726 NR_040098 100506393 Hs.658356 NR_040098 ENSG00000256287 LINC02398 - long intergenic non-protein coding RNA 2398 ncRNA 0.755 0.732 0.762 0.139 0.638 0.039 0.496 0.113 0.377 0.017 0.267 1.087 0.470 0.056 0.084 0.079 0.355 0.107 0.677 0.223 0.142 0.049 0.124 0.168 0.064 0.415 0.170 0.023 1.344 0.459 0.307 1.190 3.864 0.769 0.431 1.041 0.009 0.105 0.129 0.115 0.032 0.102 0.048 0.042 0.192 0.054 0.085 0.443 0.219 0.118 0.160 0.216 0.079 0.396 0.008 0.064 0.183 0.051 0.004 0.257 0.018 0.170 0.022 0.132 0.111 0.013 0.018 0.439 0.200 0.315 0.531 nan 0.390 1.031 0.365 0.329 0.279 0.430 0.586 0.780 0.880 0.393 0.148 0.114 0.166 0.112 0.101 0.219 0.431 0.329 0.333 1512 chr10 72586611 72596685 + 0 NA intron (NM_003901, intron 2 of 14) MER21A|LTR|ERVL 15944 NM_003901 8879 Hs.499984 NM_003901 ENSG00000166224 SGPL1 NPHS14|S1PL|SPL sphingosine-1-phosphate lyase 1 protein-coding 0.753 nan 0.752 0.421 0.161 0.198 2.190 0.179 0.408 0.212 1.378 0.512 0.215 0.196 0.226 0.075 0.200 0.049 2.169 1.504 0.362 0.053 0.139 0.049 0.259 0.453 0.115 0.095 0.736 1.264 0.603 1.318 1.453 0.802 0.450 0.088 0.010 0.070 0.092 0.292 0.142 0.238 0.293 0.232 2.102 0.761 2.615 0.546 0.129 0.312 0.055 0.506 0.075 0.545 0.276 0.259 0.388 0.379 0.088 0.061 0.376 0.124 0.135 0.529 4.562 4.784 0.705 0.778 5.574 7.904 0.448 0.622 0.392 0.193 0.303 0.365 0.312 0.492 1.153 nan 0.226 0.138 0.259 0.451 0.091 0.090 0.246 nan 0.903 0.468 2956 chr12 112272166 112283325 + 0 NA non-coding (NR_152607, exon 3 of 3) non-coding (NR_152607, exon 3 of 3) 1989 NR_152606 51275 Hs.333120 NR_015404 ENSG00000234608 MAPKAPK5-AS1 C12orf47 MAPKAPK5 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 2.245 2.462 1.919 0.857 2.191 1.246 2.261 0.591 2.046 1.389 0.535 0.913 1.808 2.062 0.858 0.158 1.378 0.596 0.827 0.669 1.050 0.690 2.536 1.474 1.575 1.055 1.538 0.378 3.042 4.058 1.679 3.372 0.542 2.124 0.477 1.752 0.145 0.495 0.939 0.956 1.514 1.065 0.930 0.964 1.658 1.326 3.418 1.733 1.147 1.696 2.062 2.434 1.550 2.536 1.526 0.992 0.863 2.174 1.609 0.679 0.833 1.386 0.621 0.501 0.396 3.596 3.505 3.174 4.641 nan nan nan 2.354 9.237 10.323 2.003 2.835 nan nan 4.224 5.068 2.768 4.460 3.536 4.034 3.915 4.298 nan 1.732 8056 chr3 178134750 178173393 + 0 NA intron (NR_046786, intron 1 of 2) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 17082 NR_046786 100874330 Hs.201902 NR_046786 ENSG00000223941 LINC01014 KCNMB2-IT1 long intergenic non-protein coding RNA 1014 ncRNA 1.380 1.384 1.063 0.161 1.278 0.027 0.105 1.510 3.059 0.020 0.154 0.188 0.037 0.371 0.205 0.212 0.311 0.142 0.122 0.039 0.042 0.014 2.619 1.469 0.678 0.272 0.106 0.011 0.130 0.025 0.094 0.312 0.454 1.246 0.057 0.551 0.484 0.034 0.076 0.034 0.295 0.081 0.020 0.028 0.051 0.016 0.152 0.138 0.059 0.040 0.071 0.251 0.212 0.043 0.022 0.678 0.143 0.072 0.086 0.035 0.449 0.039 0.175 0.109 0.021 0.004 0.008 0.335 0.202 0.389 0.445 1.299 1.755 8.792 4.743 0.254 0.241 0.674 0.896 2.109 1.919 0.664 0.303 0.232 0.355 2.241 2.548 0.485 0.982 1.866 1.060 9439 chr6 12532704 12550184 + 0 NA Intergenic Intergenic 44192 NR_149140 101928309 Hs.639414 NR_149140 ENSG00000234015 LINC02530 - long intergenic non-protein coding RNA 2530 ncRNA 0.730 nan 0.552 0.386 0.113 0.009 0.203 0.103 0.184 0.027 0.124 3.438 0.053 0.034 0.054 0.159 0.475 0.108 0.207 0.044 0.085 0.008 0.107 0.119 0.088 0.230 0.041 0.008 0.094 0.145 0.122 0.343 0.217 0.145 0.125 0.093 0.021 0.209 0.102 0.027 0.016 0.276 0.438 0.366 0.182 0.062 0.198 0.083 0.258 0.104 0.090 0.206 0.159 0.129 0.076 0.088 0.115 0.100 0.017 0.089 0.085 0.149 0.101 0.042 0.033 0.013 0.003 0.440 0.289 0.380 1.119 0.276 0.376 0.090 0.085 0.337 0.221 0.172 0.282 0.088 0.094 0.409 0.159 0.224 0.324 0.084 0.078 0.166 0.251 0.253 0.439 10678 chr7 134131827 134148671 + 0 NA intron (NM_001346142, intron 1 of 9) intron (NM_001346142, intron 1 of 9) 3695 NR_144376 231 Hs.521212 NM_001628 ENSG00000085662 AKR1B1 ADR|ALDR1|ALR2|AR aldo-keto reductase family 1 member B protein-coding nan nan nan 0.784 0.218 0.234 1.983 0.238 0.621 0.159 4.425 3.118 0.021 0.126 0.288 0.404 0.459 0.144 1.017 0.729 1.574 0.090 0.280 0.198 0.396 1.231 1.022 0.331 0.629 0.694 0.377 0.868 0.868 1.152 0.221 2.506 0.051 0.495 0.117 0.851 0.517 1.950 1.144 0.516 0.763 0.287 5.352 1.181 2.583 0.506 0.478 2.207 0.404 0.944 0.654 0.396 1.012 0.355 0.151 0.636 0.651 2.416 0.445 0.214 0.924 0.202 0.139 0.928 1.347 0.181 0.327 0.929 0.840 nan 0.282 0.531 0.541 0.485 nan 0.661 0.690 nan 1.055 0.817 1.580 0.428 0.390 0.570 1.620 1.185 nan 2946 chr12 110455167 110463852 + 0 NA intron (NM_033121, intron 6 of 14) AluSx1|SINE|Alu 22274 NM_033121 88455 Hs.528703 NM_033121 ENSG00000076513 ANKRD13A ANKRD13|NY-REN-25 ankyrin repeat domain 13A protein-coding nan nan 4.037 0.133 0.264 0.064 0.256 0.091 0.357 0.144 0.279 0.459 0.057 0.035 0.161 0.206 0.328 0.149 0.198 0.132 0.516 0.066 0.372 0.207 0.215 0.413 0.216 0.105 0.148 0.036 0.129 0.259 0.155 0.295 0.053 0.571 0.264 0.025 0.135 0.081 0.439 0.098 0.087 0.080 0.123 0.115 0.184 0.175 0.431 0.147 0.083 0.448 0.206 0.229 0.212 0.215 0.212 0.106 1.495 0.137 0.094 0.313 0.103 3.790 0.018 0.027 0.012 0.880 0.960 0.383 0.653 nan nan nan 0.230 0.416 0.398 2.218 3.026 nan nan 7.087 8.317 0.312 0.459 1.384 2.426 4.119 8.754 nan 1.188 328 chr1 43584443 43590352 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -26197 NM_001101376 440585 Hs.657614 NM_001101376 ENSG00000186973 FAM183A - family with sequence similarity 183 member A protein-coding nan 0.980 nan 0.080 1.698 3.535 0.072 1.162 2.131 0.178 0.845 0.389 0.493 0.086 3.469 0.907 0.757 0.108 1.037 0.450 0.031 1.520 1.139 4.946 0.432 0.378 0.062 0.084 0.054 0.356 1.079 0.720 7.385 0.025 0.134 0.272 1.471 0.097 0.282 0.255 0.228 0.106 0.027 1.024 0.490 0.069 0.427 0.831 0.295 0.093 0.907 0.599 0.926 4.946 0.187 0.779 0.116 0.188 0.990 0.026 4.188 0.315 0.180 0.029 0.026 1.691 2.755 0.288 0.431 4.010 4.907 2.973 1.034 6.999 7.345 2.624 nan 12.166 15.797 0.892 0.828 3.998 nan 1.959 2.169 0.681 1.174 2.773 1.528 10732 chr7 148839991 148846702 + 0 NA intron (NM_020781, intron 2 of 6) intron (NM_020781, intron 2 of 6) -1214 NM_170686 57541 Hs.632032 NM_020781 ENSG00000197024 ZNF398 P51|P71|ZER6 zinc finger protein 398 protein-coding 2.755 2.238 2.305 5.272 4.054 1.513 1.833 1.623 2.709 2.625 2.946 2.507 4.447 1.460 2.811 2.943 1.169 0.239 4.671 1.605 0.998 0.806 1.715 1.041 5.043 1.049 0.894 1.328 4.399 1.725 5.457 8.589 8.943 7.171 2.097 1.985 0.853 3.702 0.203 0.581 0.650 1.866 1.988 0.815 1.451 3.682 4.232 1.506 3.256 4.308 1.738 3.848 2.943 6.075 1.957 5.043 1.257 5.807 0.821 4.520 2.455 1.563 3.672 1.422 0.353 1.399 0.786 8.638 8.684 5.425 10.162 3.202 3.151 5.859 2.084 12.137 12.566 1.695 2.367 4.455 6.154 3.848 3.934 6.039 7.904 4.574 3.631 5.189 6.231 3.323 nan 9568 chr6 32152252 32169338 + 0 NA promoter-TSS (NM_001276501).4 promoter-TSS (NM_001276501).4 -103 NM_001276501 63940 Hs.520046 NM_022107 ENSG00000213654 GPSM3 AGS4|C6orf9|G18|G18.1a|G18.1b|G18.2|NG1 G protein signaling modulator 3 protein-coding nan 1.712 nan 2.218 2.026 1.820 2.583 1.256 2.479 0.583 3.142 1.322 0.892 1.013 1.184 4.680 2.255 0.245 1.671 0.534 3.937 2.602 0.615 0.328 3.855 1.659 1.753 1.014 0.913 0.661 2.060 4.035 2.126 3.756 0.909 1.679 0.402 3.482 0.120 0.953 0.963 2.666 3.052 1.386 0.829 0.775 1.454 3.054 1.623 4.715 1.534 1.146 4.680 2.539 2.390 3.855 0.535 0.815 0.658 3.861 1.728 1.527 1.121 1.635 2.234 1.697 1.157 3.741 4.996 3.521 nan nan 4.080 2.477 1.967 3.556 3.827 1.432 2.027 4.728 5.441 2.781 2.426 2.380 2.889 1.893 1.517 1.975 3.528 1.693 0.916 8104 chr3 183716374 183736728 + 0 NA intron (NR_046570, intron 1 of 2) intron (NR_046570, intron 1 of 2) 2425 NR_046570 100873982 Hs.570696 NR_046570 ENSG00000223882 ABCC5-AS1 - ABCC5 antisense RNA 1 ncRNA 2.109 1.519 1.219 0.676 0.984 0.351 0.429 0.528 0.967 0.329 0.395 0.651 0.369 0.222 0.607 0.638 0.277 0.198 0.281 0.159 0.270 0.089 1.269 0.669 0.801 1.302 0.782 0.324 0.484 0.233 0.355 0.545 0.845 2.175 0.129 0.554 0.238 0.453 0.100 0.104 0.545 0.553 0.362 0.268 0.414 0.169 3.474 0.243 0.438 0.667 0.325 1.161 0.638 0.294 0.573 0.801 0.390 2.144 0.444 0.246 0.532 0.427 0.547 0.990 0.125 0.153 0.090 1.166 1.383 1.788 3.170 1.525 1.504 3.829 0.894 0.551 0.440 0.958 1.530 1.588 1.648 2.197 1.948 0.604 1.059 1.993 3.369 1.210 1.969 1.703 1.006 6682 chr2 224715922 224731795 + 0 NA Intergenic Intergenic -21539 NR_110905 130340 Hs.632555 NM_178814 ENSG00000152056 AP1S3 PSORS15 adaptor related protein complex 1 subunit sigma 3 protein-coding nan 0.553 0.858 1.303 0.091 0.031 4.686 0.151 0.317 0.085 0.349 0.744 0.070 0.069 0.050 0.210 0.222 0.190 0.626 0.252 0.167 0.096 0.099 0.089 0.143 2.158 1.811 0.098 1.085 1.118 0.198 0.763 0.384 nan 1.450 0.120 0.018 0.110 0.108 0.611 0.070 0.058 0.174 0.099 1.654 2.175 1.686 0.321 1.941 0.183 0.194 0.826 0.210 0.148 1.974 0.143 0.562 0.292 0.043 0.284 0.050 0.354 0.075 0.182 1.752 0.011 0.003 0.466 0.277 0.409 0.963 0.303 0.340 0.419 0.110 0.257 0.239 0.397 0.634 0.311 nan 0.449 0.226 0.174 0.225 0.073 0.107 0.379 nan 0.463 0.374 6144 chr2 58332655 58346797 + 0 NA intron (NM_001130482, intron 7 of 12) LTR48|LTR|ERV1 65879 NM_001130481 7444 Hs.715298 NM_006296 ENSG00000028116 VRK2 - vaccinia related kinase 2 protein-coding 0.830 nan 0.873 0.786 0.056 0.039 2.181 0.170 0.277 0.385 0.386 0.894 0.027 0.064 0.088 0.192 0.202 0.103 2.967 2.212 3.057 0.040 0.111 0.111 0.160 2.034 1.466 0.083 2.220 0.772 1.652 2.668 0.670 0.262 1.178 2.682 0.054 0.099 0.102 1.107 0.123 2.361 0.409 0.159 2.297 2.982 1.058 0.744 3.062 0.201 0.665 1.769 0.192 1.441 3.018 0.160 1.966 0.316 0.075 0.136 0.101 1.038 0.070 0.286 0.735 0.088 0.065 0.384 0.339 0.566 0.788 0.382 0.405 0.382 0.146 0.321 0.387 0.822 0.956 0.343 0.437 0.481 0.330 0.174 0.230 0.085 0.089 0.421 1.008 0.577 0.549 10241 chr7 25395855 25411460 + 0 NA Intergenic Intergenic -135552 NM_022150 64111 Hs.60473 NM_022150 ENSG00000105954 NPVF C7orf9|RFRP neuropeptide VF precursor protein-coding 2.381 1.710 2.505 0.082 0.120 0.089 0.032 2.066 3.682 0.012 0.095 0.112 0.016 0.660 1.680 1.460 0.301 0.166 0.041 0.040 1.815 0.745 4.605 0.027 0.023 0.010 0.096 0.007 0.134 0.119 0.176 1.523 0.010 0.065 0.042 0.028 0.181 0.900 0.118 0.019 0.020 0.028 0.069 0.092 0.186 0.042 0.027 0.056 0.045 1.460 0.041 0.030 4.605 0.016 0.042 0.037 0.056 4.641 0.042 0.228 0.136 0.034 0.026 0.013 0.654 0.622 0.284 nan 4.508 4.173 1.505 2.331 0.252 0.242 1.520 2.278 0.505 1.189 0.367 0.182 0.205 0.421 0.073 0.116 0.246 nan 3.499 1.909 628 chr1 119582718 119596047 + 0 NA promoter-TSS (NR_126447) promoter-TSS (NR_126447) -646 NR_126447 104472716 Hs.689536 NR_126447 WARS2-IT1 - WARS2 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.838 1.083 0.108 0.121 0.047 0.087 0.126 0.248 0.022 0.099 0.201 0.019 0.090 0.093 0.126 0.251 0.181 0.103 0.014 0.015 0.059 0.049 0.072 0.046 0.027 0.028 0.045 0.043 0.067 0.154 0.047 0.336 0.044 0.044 0.012 0.049 0.170 0.027 0.139 0.104 0.027 0.018 0.016 0.034 0.209 0.127 0.024 0.011 0.018 0.060 0.126 0.064 0.090 0.072 0.036 0.038 0.036 0.044 0.046 0.077 0.329 0.326 0.045 0.022 0.015 0.387 0.444 0.314 0.401 0.292 nan 0.179 0.113 0.545 0.609 3.748 4.374 0.297 0.303 0.329 0.128 0.692 0.673 0.057 0.081 0.436 1.058 0.717 0.502 1223 chr1 235803667 235821542 + 0 NA intron (NM_001098721, intron 1 of 3) CpG 689 NM_001098722 2786 Hs.159711 NM_004485 ENSG00000168243 GNG4 - G protein subunit gamma 4 protein-coding 3.484 5.201 1.258 0.362 5.099 1.357 0.505 1.440 2.674 0.086 0.238 0.155 0.024 0.546 0.685 2.229 0.168 0.072 0.373 0.275 0.032 0.218 3.736 1.527 3.147 0.199 0.069 0.079 0.122 0.124 1.111 2.730 0.227 2.731 0.555 0.132 0.739 0.359 0.113 0.532 0.995 0.232 0.084 0.074 0.043 0.221 0.683 0.152 0.460 0.520 0.057 0.483 2.229 0.634 0.052 3.147 0.170 0.088 0.571 0.793 2.153 0.457 0.311 0.435 0.106 0.042 0.021 3.030 3.777 1.624 2.507 3.604 2.701 nan 1.915 0.317 0.397 1.564 2.139 nan 6.682 1.440 1.469 0.730 1.188 3.804 4.502 2.334 2.254 nan 1.633 7525 chr3 15350892 15375966 + 0 NA intron (NM_001018009, intron 2 of 8) intron (NM_001018009, intron 2 of 8) 10707 NM_004844 9467 Hs.257761 NM_004844 ENSG00000131370 SH3BP5 SAB|SH3BP-5 SH3 domain binding protein 5 protein-coding nan 2.014 1.489 0.177 1.225 1.059 0.603 0.302 0.691 0.898 0.515 0.842 1.546 0.373 0.170 1.201 0.616 0.161 0.572 0.364 0.068 0.033 0.757 0.426 1.417 0.585 0.382 0.094 0.631 0.319 0.596 1.585 0.494 1.829 0.413 0.233 0.225 0.164 0.070 0.164 0.069 0.889 0.236 0.165 0.261 0.191 0.868 0.177 0.749 0.478 1.051 0.766 1.201 0.593 0.475 1.417 0.180 0.513 0.161 0.356 1.191 0.347 0.035 0.138 0.349 0.087 0.053 0.229 0.257 0.474 0.904 1.059 1.324 2.017 0.598 0.583 0.583 0.487 0.800 5.161 6.091 0.804 0.637 0.285 0.309 1.179 1.164 0.193 0.430 0.842 0.479 4014 chr15 66979968 67002022 + 0 NA Intergenic Intergenic -3679 NM_005585 4091 Hs.153863 NM_005585 ENSG00000137834 SMAD6 AOVD2|HsT17432|MADH6|MADH7 SMAD family member 6 protein-coding 1.323 1.040 nan 1.138 0.331 0.340 0.695 0.342 0.638 0.712 1.283 1.075 0.922 0.120 0.347 1.103 0.904 0.255 1.004 0.300 2.565 2.163 0.262 0.118 1.300 0.654 0.565 1.308 0.741 0.345 0.507 1.456 0.930 2.048 0.522 1.493 0.497 1.180 0.093 0.290 1.158 1.448 0.230 0.179 0.465 0.253 0.550 0.841 3.853 1.258 1.492 2.549 1.103 1.104 0.440 1.300 0.761 1.018 0.577 2.073 0.370 0.499 0.224 0.677 0.563 0.232 0.150 0.324 0.293 3.527 6.228 0.915 0.908 nan 0.110 0.220 0.297 0.940 1.475 0.358 0.589 2.208 2.174 0.296 0.501 1.215 0.994 1.039 1.579 0.590 0.487 4803 chr17 42967857 42992446 + 0 NA exon (NM_213607, exon 4 of 4) exon (NM_213607, exon 4 of 4) -1047 NM_001258400 100528020 NM_001258400 ENSG00000214447 FAM187A - family with sequence similarity 187 member A protein-coding 1.860 1.708 nan 0.918 1.088 0.635 4.499 0.827 1.234 0.288 2.705 1.714 0.272 0.342 0.731 0.778 0.586 0.159 1.785 1.181 0.429 0.455 0.478 0.245 0.706 2.070 1.779 0.471 1.313 1.176 2.663 nan 0.854 1.887 1.135 1.577 0.440 0.614 0.118 2.010 0.315 1.821 0.771 0.403 1.661 1.083 0.735 1.179 1.223 1.081 0.598 0.677 0.778 2.091 2.647 0.706 0.374 0.481 0.552 0.898 0.663 1.560 0.365 0.447 1.180 1.261 0.930 1.649 1.702 1.640 2.264 1.669 nan 1.682 1.196 2.884 3.202 1.327 1.883 2.082 nan 3.985 4.244 1.479 1.893 2.311 3.475 1.832 1.699 1.103 0.743 4271 chr16 19097933 19158078 + 0 NA non-coding (NR_028028, exon 2 of 2) non-coding (NR_028028, exon 2 of 2) 2751 NR_028028 162073 Hs.530899 NM_001034841 ENSG00000205730 ITPRIPL2 - ITPRIP like 2 protein-coding 1.313 1.139 nan 1.641 0.626 0.128 1.503 0.254 0.476 0.960 0.796 1.090 0.087 0.188 0.072 2.363 0.732 0.199 1.130 0.491 0.526 0.106 0.157 0.119 0.590 0.900 0.690 0.269 1.132 0.438 1.682 3.726 0.922 1.475 0.946 1.078 0.255 0.240 0.086 0.355 0.171 1.212 0.572 0.309 0.484 0.821 1.747 0.893 2.124 0.735 0.552 3.421 2.363 1.317 1.698 0.590 0.384 1.041 0.076 0.547 0.218 0.986 0.023 0.266 0.644 0.257 0.157 0.227 0.122 0.173 0.364 0.361 0.395 2.140 0.548 0.158 0.168 0.131 0.265 4.005 4.372 nan 0.552 0.123 0.151 1.004 1.386 0.455 1.483 0.459 0.495 5003 chr17 74115098 74154826 + 0 NA intron (NM_001454, intron 2 of 2) intron (NM_001454, intron 2 of 2) -1675 NR_040017 100507218 Hs.654866 NR_040017 ENSG00000267128 RNF157-AS1 - RNF157 antisense RNA 1 ncRNA 1.383 1.226 1.546 0.190 0.976 0.859 0.324 0.589 1.223 0.126 0.190 0.188 0.098 1.309 0.467 0.480 0.142 0.209 0.294 0.124 0.041 0.082 0.659 0.345 0.860 0.131 0.075 0.156 0.457 0.347 1.636 11.385 1.065 1.968 0.228 0.320 0.090 0.110 0.101 0.059 0.809 0.261 0.060 0.037 0.321 0.244 0.283 0.213 0.573 0.237 0.190 0.344 0.480 0.251 0.079 0.860 0.332 0.135 0.189 0.871 0.250 0.077 0.574 0.318 0.035 0.032 0.023 0.940 1.387 0.575 0.863 0.951 1.053 2.964 0.754 0.720 0.746 nan 0.950 4.260 3.706 1.093 0.768 0.739 1.202 0.474 0.592 0.726 0.884 nan 0.594 733 chr1 153578158 153592487 + 0 NA intron (NM_080388, intron 1 of 2) intron (NM_080388, intron 1 of 2) 322 NR_133645 140576 Hs.515714 NM_080388 ENSG00000188643 S100A16 AAG13|DT1P1A7|S100F S100 calcium binding protein A16 protein-coding nan nan 1.092 4.820 0.546 0.252 4.403 0.192 0.341 1.443 1.286 2.007 0.394 0.275 0.531 0.699 0.194 0.213 3.889 2.489 2.332 0.020 0.139 0.127 0.185 2.998 3.149 0.169 3.376 2.529 35.068 44.214 4.914 1.969 2.581 0.479 0.080 0.129 0.088 3.941 0.045 7.009 1.778 0.780 4.880 1.265 3.499 1.006 2.915 0.217 2.424 13.880 0.699 4.702 2.795 0.185 4.748 9.081 0.108 0.958 0.270 3.454 0.158 0.987 1.497 0.945 0.775 0.538 0.583 0.429 0.668 0.809 nan 1.165 0.491 0.745 0.900 1.096 1.719 0.837 1.014 0.555 0.301 0.788 0.828 0.368 0.755 0.908 2.136 0.870 0.650 6249 chr2 96095624 96111336 + 0 NA Intergenic Intergenic 35032 NM_016044 51011 Hs.531247 NM_016044 ENSG00000115042 FAHD2A CGI-105 fumarylacetoacetate hydrolase domain containing 2A protein-coding 0.719 0.802 0.982 2.038 0.055 0.060 3.153 0.120 0.179 0.864 0.169 0.883 0.020 0.026 0.157 0.138 0.311 0.051 2.457 1.416 0.056 0.053 0.141 0.083 0.046 2.324 1.878 0.037 4.672 1.687 0.680 2.178 3.238 0.560 1.993 0.065 0.006 0.028 0.096 2.576 0.572 2.566 2.267 1.086 1.843 1.109 0.413 5.533 0.104 1.192 0.151 0.101 0.138 2.218 1.883 0.046 0.070 0.060 0.268 0.150 0.026 2.290 0.158 0.165 1.666 7.709 9.334 0.599 0.552 0.427 0.752 0.447 0.451 0.359 0.147 0.344 0.371 0.152 0.229 0.215 0.198 0.477 0.197 0.304 0.535 0.042 0.058 0.335 0.588 0.175 0.250 11096 chr8 89122302 89131259 + 0 NA intron (NM_005941, intron 6 of 9) intron (NM_005941, intron 6 of 9) 212937 NM_005941 4325 Hs.492187 NM_005941 ENSG00000156103 MMP16 C8orf57|MMP-X2|MT-MMP2|MT-MMP3|MT3-MMP matrix metallopeptidase 16 protein-coding 1.210 nan nan 0.227 0.235 0.080 0.045 0.204 0.357 0.117 0.044 0.227 0.007 0.067 0.117 0.216 0.383 0.036 0.719 0.571 0.021 0.034 0.074 0.146 0.008 0.016 0.008 0.121 0.740 0.116 0.120 0.079 0.383 1.140 0.461 0.042 0.061 0.063 0.105 0.036 0.020 0.030 0.035 0.111 0.009 0.119 0.995 0.018 0.103 0.017 0.023 0.216 0.231 0.021 0.146 0.232 0.018 0.006 0.075 0.097 0.033 0.298 0.111 0.013 0.011 0.509 0.366 6.213 4.367 0.306 0.532 0.251 0.196 1.348 1.513 0.785 0.922 nan 0.464 0.462 0.193 0.178 0.414 0.116 0.164 0.376 0.539 0.337 0.428 7711 chr3 102002292 102025277 + 0 NA Intergenic MER11C|LTR|ERVK 131235 NR_135549 101929411 Hs.506540 NR_135549 LOC101929411 - uncharacterized LOC101929411 ncRNA nan nan 0.740 0.333 0.113 0.066 2.761 0.197 0.389 0.021 0.037 0.273 1.278 0.039 0.066 0.173 0.116 0.107 0.995 0.611 0.045 0.127 0.157 0.118 0.063 0.298 0.123 0.026 2.322 2.314 2.291 5.484 2.381 0.250 1.216 0.049 0.042 0.037 0.069 0.314 0.042 0.137 0.084 0.065 1.967 1.200 0.355 0.231 0.028 0.047 0.031 0.053 0.173 0.627 0.193 0.063 0.271 0.018 0.013 0.031 0.027 0.048 0.039 0.266 0.129 0.025 0.035 0.252 0.215 0.243 0.276 0.312 0.427 0.278 0.120 0.212 0.202 0.222 0.366 0.227 0.174 0.641 0.227 0.138 0.245 0.527 0.313 0.393 0.891 0.698 0.520 11305 chr8 131770446 131776978 + 0 NA Intergenic Intergenic 279123 NM_001115 114 Hs.591859 NM_001115 ENSG00000155897 ADCY8 AC8|ADCY3|HBAC1 adenylate cyclase 8 protein-coding nan 0.670 2.876 0.143 0.072 0.051 0.289 0.123 0.274 0.015 0.096 0.056 1.393 0.096 0.117 0.188 0.123 0.142 0.222 0.049 0.021 0.163 0.075 0.055 0.401 0.137 0.024 0.424 0.096 0.123 0.355 0.129 0.488 0.156 0.028 0.103 0.049 0.123 0.363 0.055 0.099 0.037 0.039 0.251 0.505 0.107 0.221 5.361 0.033 6.342 0.383 0.117 0.087 0.050 0.055 0.187 0.102 0.120 0.079 0.015 0.132 0.031 0.096 0.130 0.053 0.024 0.193 0.107 0.107 0.219 0.364 0.440 1.028 0.312 nan 0.646 0.200 0.344 0.150 0.160 0.410 0.162 0.111 0.171 0.578 0.682 0.237 0.316 0.900 0.833 8425 chr4 74527783 74609150 + 0 NA Intergenic Intergenic -37757 NM_000584 3576 Hs.624 NM_000584 ENSG00000169429 CXCL8 GCP-1|GCP1|IL8|LECT|LUCT|LYNAP|MDNCF|MONAP|NAF|NAP-1|NAP1 C-X-C motif chemokine ligand 8 protein-coding 0.691 0.753 0.576 1.320 0.311 0.049 2.156 0.183 0.424 0.290 0.665 0.940 0.024 0.060 0.181 0.419 0.406 0.077 1.539 0.997 0.546 0.002 0.086 0.080 0.407 1.612 1.050 0.027 1.034 1.087 1.605 3.419 2.801 1.085 1.773 5.773 0.038 0.035 0.069 1.253 0.076 1.088 0.354 0.180 2.382 0.903 0.230 2.429 0.397 0.165 0.444 1.271 0.419 1.036 1.740 0.407 0.662 0.260 0.017 0.477 0.259 0.688 0.079 0.073 0.511 0.016 0.008 0.566 0.473 0.839 0.882 0.266 0.359 0.855 0.240 1.276 1.324 0.119 0.176 2.411 1.921 0.377 0.177 0.160 0.282 0.198 0.250 0.199 0.492 0.523 0.401 630 chr1 119849908 119871322 + 0 NA Intergenic Intergenic -10260 NR_146623 105378934 NR_146623 ENSG00000232650 LINC01780 - long intergenic non-protein coding RNA 1780 ncRNA nan 0.839 0.889 0.111 0.148 0.122 0.046 0.120 0.217 0.005 0.054 0.082 0.012 0.052 0.883 0.275 0.233 0.120 0.050 0.018 0.017 0.026 0.037 0.054 0.073 0.033 0.023 0.045 0.072 0.015 0.075 0.211 0.059 0.573 0.034 0.035 0.018 0.066 0.149 0.022 0.092 0.201 0.023 0.022 0.010 0.050 0.162 0.125 0.034 0.020 0.030 0.065 0.275 0.067 0.043 0.073 0.017 0.031 0.023 0.062 0.067 0.022 0.162 0.417 0.014 0.200 0.142 0.361 0.158 0.209 0.297 0.502 nan 0.285 0.093 0.351 0.333 0.481 0.878 0.500 0.555 0.573 0.343 0.310 0.467 0.071 0.039 1.406 4.716 0.384 0.517 8980 chr5 70566515 70628196 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -42233 NR_033968 100049076 Hs.665231 NR_033968 GUSBP9 - glucuronidase, beta pseudogene 9 pseudo 0.718 nan 0.634 0.280 0.576 0.188 0.286 0.294 0.554 0.123 0.196 0.121 0.195 0.591 0.659 0.677 0.200 0.091 0.252 0.064 0.127 0.269 1.423 1.019 0.440 0.137 0.185 0.131 0.272 0.101 0.313 0.639 0.344 1.512 0.173 0.219 2.126 0.231 0.135 0.075 0.446 0.239 0.195 0.141 0.124 0.190 0.263 0.093 0.145 0.220 0.217 0.193 0.677 0.213 0.191 0.440 0.176 0.463 0.297 0.165 0.349 0.170 0.209 0.113 0.087 0.087 0.049 0.630 0.567 0.642 1.031 0.952 0.978 nan 1.938 0.685 0.656 1.680 nan 1.071 1.384 0.801 0.593 0.171 0.335 2.692 4.138 0.270 0.392 2.379 1.375 5001 chr17 74039876 74053043 + 0 NA intron (NM_014230, intron 9 of 15) intron (NM_014230, intron 9 of 15) 3278 NM_001260503 6730 Hs.514495 NM_014230 ENSG00000167881 SRP68 - signal recognition particle 68 protein-coding 0.855 0.890 0.835 1.401 0.107 0.059 4.234 0.133 0.428 1.127 0.885 0.302 2.858 0.062 0.175 0.166 0.138 0.136 3.080 1.611 0.062 0.074 0.190 0.158 0.073 0.766 0.654 0.146 3.133 2.035 3.757 8.246 4.516 0.607 3.197 0.122 0.043 0.157 0.116 1.055 0.126 0.262 0.426 0.190 2.098 2.687 0.923 0.304 0.219 0.183 0.155 1.783 0.166 6.861 2.403 0.073 1.176 1.377 0.022 0.127 0.046 0.517 0.037 0.113 0.583 0.608 0.204 0.496 0.675 0.485 0.930 0.408 0.615 0.456 0.213 0.719 0.724 nan 0.660 0.444 0.491 0.587 0.440 0.294 0.420 0.146 0.162 0.397 0.594 nan 0.293 4947 chr17 69442987 69470881 + 0 NA Intergenic Intergenic -258614 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility 17 (non-protein coding) ncRNA 0.838 nan 0.573 0.200 0.141 0.035 0.600 4.157 8.619 0.051 0.150 0.225 0.016 0.047 0.251 0.426 0.242 0.110 0.126 0.172 0.094 0.010 0.314 0.240 0.698 0.057 0.008 0.008 0.117 0.137 0.208 0.417 0.119 0.679 0.551 0.092 0.090 0.032 0.112 0.055 0.076 0.103 0.028 0.017 0.148 0.030 0.162 0.192 0.082 0.077 0.097 0.162 0.426 0.077 0.053 0.698 0.151 0.177 0.045 0.077 0.045 0.198 0.119 0.040 0.371 0.033 0.023 0.508 0.324 0.489 1.155 0.477 0.562 3.313 1.078 0.243 0.239 0.520 nan 0.592 0.547 0.497 0.196 0.231 0.342 0.543 0.869 0.135 0.231 1.024 0.579 11132 chr8 97684742 97707285 + 0 NA intron (NM_016134, intron 1 of 7) L1MA4|LINE|L1 38558 NM_016134 10404 Hs.156178 NM_016134 ENSG00000104324 CPQ LDP|PGCP carboxypeptidase Q protein-coding 6.965 4.066 6.766 0.025 0.145 0.044 0.047 0.208 0.262 0.004 0.114 0.016 0.016 0.062 0.109 0.085 0.146 0.114 0.061 0.022 0.006 0.028 0.102 0.128 0.019 0.003 0.007 0.052 0.010 0.074 0.074 0.090 0.424 0.059 0.033 0.042 0.039 0.117 0.021 0.021 0.071 0.016 0.014 0.007 0.103 0.131 0.021 0.038 0.018 0.032 0.085 0.031 0.033 0.128 0.016 0.022 0.008 0.008 0.013 0.053 0.044 1.348 0.013 0.061 0.004 0.252 0.181 0.187 nan 0.345 0.422 0.293 0.117 0.195 0.183 0.148 0.300 0.647 0.659 0.419 0.167 0.102 0.195 0.085 0.120 4.185 6.601 0.181 0.264 9605 chr6 36389927 36413599 + 0 NA intron (NM_152990, intron 2 of 4) L1MC4|LINE|L1 -8781 NR_104480 222658 Hs.188757 NM_173562 ENSG00000112078 KCTD20 C6orf69|dJ108K11.3 potassium channel tetramerization domain containing 20 protein-coding nan 1.668 nan 0.982 1.736 0.893 1.529 0.691 1.392 0.726 1.286 0.963 0.896 0.495 0.887 1.252 1.066 0.320 1.411 0.365 3.999 0.743 0.704 0.313 1.975 0.903 0.901 1.344 0.720 0.580 1.081 1.985 1.585 2.538 0.550 2.102 0.318 1.217 0.140 0.342 0.698 1.867 1.506 0.721 0.510 0.375 1.509 1.211 1.489 1.883 1.311 1.731 1.252 1.876 1.858 1.975 0.600 1.134 0.365 5.074 1.277 0.954 0.704 0.458 0.515 0.487 0.366 1.491 1.752 1.683 nan nan 1.816 2.407 0.864 2.714 2.881 1.631 1.919 4.021 5.122 1.465 1.188 1.033 1.877 1.538 1.652 1.415 2.566 1.429 0.946 11593 chr9 79131782 79149720 + 0 NA Intergenic LTR82A|LTR|ERVL 25202 NM_001097636 2650 Hs.521568 NM_001490 ENSG00000187210 GCNT1 C2GNT|C2GNT-L|C2GNT1|G6NT|NACGT2|NAGCT2 glucosaminyl (N-acetyl) transferase 1, core 2 protein-coding nan nan nan 0.704 0.227 0.078 0.388 0.196 0.251 0.047 0.265 0.260 3.412 0.072 0.114 0.206 0.377 0.107 0.662 0.148 0.021 0.346 0.175 0.187 2.514 1.475 0.037 0.382 0.147 1.275 5.840 1.009 0.691 2.020 0.085 0.558 0.170 0.101 0.059 0.045 0.144 0.061 0.021 0.540 1.144 0.799 0.202 0.073 0.480 0.017 0.089 0.206 1.635 0.046 0.187 0.055 0.259 0.011 0.029 0.238 0.558 0.045 0.041 0.237 0.010 0.014 0.224 0.219 0.350 nan 0.281 nan 1.280 0.312 0.235 0.276 0.136 0.248 1.167 1.060 0.154 0.087 0.120 0.173 1.948 1.544 0.150 0.197 2.231 1.246 7824 chr3 128591335 128602532 + 0 NA Intergenic Intergenic -1400 NR_033426 28976 Hs.567482 NM_014049 ENSG00000177646 ACAD9 NPD002 acyl-CoA dehydrogenase family member 9 protein-coding 4.218 nan 2.631 2.258 1.861 1.083 1.737 2.252 3.816 0.474 1.082 0.759 0.249 0.528 1.018 1.679 2.607 0.296 1.073 0.338 0.656 0.607 1.858 0.883 2.288 1.347 1.258 0.683 1.707 0.734 1.472 2.398 1.084 2.510 0.522 1.134 0.205 0.955 0.090 0.358 0.983 1.386 1.442 0.702 0.779 0.584 0.773 1.124 0.724 1.750 0.846 1.175 1.679 1.927 1.635 2.288 0.285 0.658 0.638 1.618 0.798 1.218 0.803 1.160 0.681 0.667 0.496 3.737 2.702 3.346 4.926 4.401 4.345 7.238 4.328 6.058 6.098 3.243 nan 2.746 4.371 5.780 5.547 3.022 4.375 1.701 1.877 3.045 3.420 2.513 1.565 3263 chr13 95931498 95935544 + 0 NA intron (NM_001301829, intron 1 of 29) AluSx|SINE|Alu 20179 NM_005845 10257 Hs.508423 NM_005845 ENSG00000125257 ABCC4 MOAT-B|MOATB|MRP4 ATP binding cassette subfamily C member 4 protein-coding 0.849 0.767 0.819 0.054 0.044 0.067 0.474 0.079 0.274 0.883 0.202 0.136 0.074 0.109 0.333 0.146 0.108 0.601 0.329 0.789 0.040 0.042 0.095 0.262 0.123 0.418 0.033 0.312 0.298 2.028 0.310 0.252 0.072 0.123 0.147 0.043 0.322 0.118 7.682 9.352 3.241 1.002 0.115 0.261 0.591 1.021 0.581 0.058 0.050 0.333 0.245 0.454 0.095 0.060 0.056 0.219 0.430 0.026 0.954 0.097 0.548 0.171 0.282 0.200 0.501 0.526 0.284 0.788 0.315 0.387 0.368 0.093 0.377 0.249 0.184 0.294 0.348 0.303 0.896 0.442 0.392 0.461 0.092 0.137 0.483 1.163 0.106 0.066 9833 chr6 107632502 107642214 + 0 NA intron (NM_020381, intron 2 of 7) intron (NM_020381, intron 2 of 7) 143421 NM_020381 57107 Hs.745008 NM_020381 ENSG00000164494 PDSS2 C6orf210|COQ10D3|DLP1|bA59I9.3|hDLP1 decaprenyl diphosphate synthase subunit 2 protein-coding 1.112 nan nan 0.082 0.749 0.126 0.072 1.286 1.867 0.010 0.045 0.135 0.006 0.082 0.164 0.281 0.237 0.116 0.065 0.039 0.052 0.043 0.177 0.125 0.284 0.118 0.052 0.015 0.057 0.032 0.091 0.485 0.139 0.459 0.045 0.055 0.375 0.112 0.121 0.012 0.121 0.057 0.020 0.048 0.045 0.039 0.158 0.106 0.075 0.066 0.032 0.048 0.281 0.089 0.105 0.284 0.038 0.059 0.021 0.042 0.303 0.057 3.606 0.261 0.008 0.018 0.005 7.379 8.081 1.937 1.277 0.486 nan 1.789 0.565 0.373 0.466 1.250 1.425 0.415 0.372 nan 0.258 2.883 3.541 1.130 1.455 0.375 0.883 1.322 0.815 1234 chr1 241751648 241794528 + 0 NA intron (NM_014322, intron 1 of 3) intron (NM_014322, intron 1 of 3) 26144 NM_001821 1122 Hs.654545 NM_001821 ENSG00000203668 CHML REP2 CHM like, Rab escort protein 2 protein-coding nan 1.267 nan 0.373 0.188 0.039 0.298 0.184 0.401 0.394 0.221 0.222 0.033 0.137 0.050 0.365 0.189 0.128 0.353 0.301 3.616 0.010 0.233 0.211 0.162 0.658 0.324 0.019 0.395 0.400 0.137 0.302 0.307 0.389 0.167 1.115 0.011 0.061 0.117 0.196 0.091 1.741 0.083 0.036 0.671 0.754 0.281 0.401 0.433 0.051 1.230 1.603 0.365 0.158 0.064 0.162 0.145 0.986 0.016 0.241 0.052 0.398 0.047 0.081 0.211 0.044 0.057 0.448 0.327 1.105 4.196 0.513 0.590 1.043 0.252 0.279 0.285 0.273 0.451 0.282 0.276 0.435 0.179 0.138 0.169 0.102 0.125 0.275 0.575 0.651 0.595 7368 chr22 28824937 28840181 + 0 NA intron (NM_001145418, intron 2 of 22) intron (NM_001145418, intron 2 of 22) -23298 NR_106713 102466081 NR_106713 ENSG00000276162 MIR5739 hsa-mir-5739 microRNA 5739 ncRNA nan 0.579 0.743 0.095 0.149 0.055 0.051 0.264 0.427 0.013 0.098 0.054 0.012 0.013 0.082 0.511 2.163 0.137 0.143 0.112 0.153 0.528 0.143 0.153 0.095 0.055 0.014 0.038 0.054 0.007 0.080 nan 0.075 0.244 0.076 0.043 0.429 0.438 0.084 0.179 0.067 0.138 0.087 0.021 0.035 0.215 0.662 0.069 0.132 0.036 0.035 0.511 0.070 0.048 0.095 0.024 0.245 0.101 0.019 0.083 0.211 0.026 0.113 0.025 0.125 0.037 0.391 0.197 0.208 nan 0.200 0.254 0.661 0.188 0.260 0.300 4.435 5.818 0.222 0.318 0.842 0.445 0.088 0.161 1.901 1.547 0.239 nan 1.034 0.837 11696 chr9 110497970 110522352 + 0 NA Intergenic MLT1H2|LTR|ERVL-MaLR -258160 NM_004235 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 1.020 0.889 nan 1.133 1.074 0.075 4.285 0.490 0.875 0.658 1.378 2.239 0.028 0.057 0.246 0.416 1.285 0.164 2.700 1.711 0.343 0.023 0.489 0.145 0.262 1.652 1.342 0.152 2.934 1.131 2.157 5.525 1.037 0.964 1.836 1.269 0.338 0.031 0.062 1.005 0.119 3.427 3.024 1.199 1.910 1.598 1.674 1.305 0.778 1.230 0.847 1.465 0.416 1.999 1.907 0.262 0.968 0.879 0.153 0.448 0.960 1.169 0.146 0.025 0.417 0.094 0.069 0.378 0.344 0.455 1.034 0.320 0.378 0.912 0.361 0.607 0.603 0.133 0.256 0.914 nan 0.639 0.301 0.352 0.386 1.328 1.465 0.159 0.251 nan 0.606 4108 chr15 84045327 84050785 + 0 NA Intergenic CpG -67924 NM_001324186 6457 Hs.270055 NM_003027 ENSG00000140600 SH3GL3 CNSA3|EEN-B2|HsT19371|SH3D2C|SH3P13 SH3 domain containing GRB2 like 3, endophilin A3 protein-coding 0.391 nan 0.948 0.636 0.130 0.011 4.236 0.059 0.074 0.419 0.230 0.309 0.023 0.037 0.094 0.054 0.117 0.233 0.347 0.035 0.029 0.073 0.022 2.168 2.383 0.093 4.992 0.717 0.412 0.277 0.053 0.202 0.556 0.484 0.020 0.043 0.215 0.010 5.817 2.519 1.225 5.116 1.452 2.816 0.239 0.537 0.196 0.072 4.306 0.094 0.131 0.200 0.022 2.498 1.233 0.035 0.203 0.038 1.212 0.072 0.133 2.477 0.084 0.093 0.261 0.184 0.203 0.335 0.080 0.111 0.058 0.033 0.045 0.049 0.093 0.201 0.169 0.165 0.446 0.276 0.305 0.298 0.030 0.037 0.250 0.358 0.183 0.252 8845 chr5 33806037 33859539 + 0 NA intron (NM_001324512, intron 2 of 21) intron (NM_001324512, intron 2 of 21) 59509 NM_001324512 81792 Hs.12680 NM_030955 ENSG00000151388 ADAMTS12 PRO4389 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 12 protein-coding 0.615 1.079 nan 0.996 0.247 0.019 0.714 0.105 0.173 0.037 1.220 3.499 0.026 0.045 0.083 0.081 0.232 0.213 0.319 0.203 0.077 0.013 0.146 0.217 0.097 0.247 0.085 0.033 0.228 1.631 0.140 0.184 0.166 0.474 0.115 0.145 0.032 0.030 0.113 0.399 0.040 0.112 1.130 0.840 0.267 0.100 1.131 0.422 0.129 0.045 0.028 0.058 0.081 0.278 0.073 0.097 0.140 0.078 0.015 0.042 0.055 0.383 0.034 0.144 1.480 0.058 0.044 0.395 0.242 0.186 0.264 0.267 0.326 0.169 0.084 0.174 0.195 0.486 0.805 0.223 0.231 1.048 0.923 0.170 0.257 0.068 0.119 0.112 0.210 0.673 0.607 10961 chr8 54784606 54807244 + 0 NA intron (NR_104579, intron 1 of 3) AluSp|SINE|Alu 2493 NM_003702 8601 Hs.368733 NM_003702 ENSG00000147509 RGS20 RGSZ1|ZGAP1|g(z)GAP|gz-GAP regulator of G protein signaling 20 protein-coding 1.763 nan 1.140 0.427 0.399 0.255 1.148 0.121 0.395 0.467 0.811 0.817 0.052 0.079 0.038 1.182 0.241 0.070 1.802 0.783 2.560 0.031 0.090 0.062 0.480 0.997 0.929 0.613 1.407 0.693 0.853 1.037 0.304 1.500 0.946 0.398 0.432 4.435 0.227 0.807 0.248 2.237 1.442 0.721 0.964 0.382 0.786 1.753 2.027 4.581 0.328 0.353 1.182 2.157 2.886 0.480 0.954 0.129 0.126 2.397 0.113 0.891 0.101 0.534 0.458 0.201 0.095 0.358 0.330 0.235 0.435 1.176 0.972 0.518 0.172 0.235 0.237 0.816 nan 0.471 0.628 1.300 1.106 0.224 0.485 1.634 1.279 0.716 1.399 0.456 0.426 1687 chr10 123858259 123903032 + 0 NA intron (NM_001291879, intron 1 of 16) intron (NM_001291879, intron 1 of 16) 8091 NM_001291879 10579 Hs.501252 NM_006997 ENSG00000138162 TACC2 AZU-1|ECTACC transforming acidic coiled-coil containing protein 2 protein-coding nan 1.014 1.361 0.063 0.171 0.677 1.392 0.249 0.504 0.319 0.918 0.943 0.389 0.627 1.338 0.160 1.027 0.215 0.254 0.233 0.855 0.300 0.081 0.078 0.529 0.678 0.524 0.463 0.440 0.246 0.795 1.977 0.305 0.536 0.281 1.198 0.037 0.447 0.090 0.443 0.058 1.767 0.930 0.424 0.336 0.229 0.280 0.728 3.761 1.127 0.577 1.401 0.160 0.654 3.106 0.529 0.535 1.066 0.190 0.653 1.655 0.849 0.060 0.271 0.908 0.412 0.319 0.348 0.278 1.172 1.209 0.377 0.343 0.731 0.276 0.402 0.390 0.429 0.647 2.812 2.986 0.393 0.359 0.215 0.276 0.113 0.234 0.614 1.229 0.512 0.395 7404 chr22 36923610 36945821 + 0 NA Intergenic Intergenic -9438 NM_003753 8664 Hs.55682 NM_003753 ENSG00000100353 EIF3D EIF3S7|eIF3-p66|eIF3-zeta eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D protein-coding 1.411 nan 1.248 1.151 0.688 1.108 2.867 0.599 1.178 0.641 1.171 0.544 0.338 0.289 1.086 0.810 0.417 0.173 1.561 0.953 0.626 0.268 0.530 0.355 2.481 1.203 0.985 0.186 2.151 1.530 1.231 3.036 0.975 1.907 1.245 0.741 0.343 0.784 0.116 1.216 0.368 0.924 1.870 0.822 1.513 0.787 1.912 3.934 0.788 1.533 1.211 1.404 0.810 1.859 3.822 2.481 0.513 0.528 0.513 0.992 0.979 1.894 0.343 0.436 1.423 1.677 1.312 1.186 1.286 1.025 1.650 3.335 3.011 1.186 0.492 1.044 1.198 0.976 nan 1.406 1.861 nan 1.970 0.534 0.822 1.610 1.890 0.997 1.539 1.226 0.694 8494 chr4 105408024 105423372 + 0 NA non-coding (NR_132741, exon 2 of 3) non-coding (NR_132741, exon 2 of 3) 360 NR_132741 80319 Hs.12248 NM_025212 ENSG00000168772 CXXC4 IDAX CXXC finger protein 4 protein-coding 1.520 nan nan 0.650 2.795 0.007 0.694 2.193 4.342 1.323 1.005 0.117 0.552 1.379 2.093 0.146 0.052 0.619 0.295 1.153 0.598 1.410 1.005 3.193 0.233 0.127 0.057 0.342 0.418 0.732 1.420 0.235 6.109 0.678 0.497 0.867 3.808 0.120 0.377 2.302 0.259 0.249 0.158 0.264 0.150 0.157 0.671 1.315 1.226 1.308 0.774 2.093 0.463 0.559 3.193 0.215 0.198 0.190 1.011 0.613 0.016 0.393 1.177 0.545 0.011 0.010 0.546 0.591 0.760 nan 3.811 3.584 1.564 0.608 0.514 0.595 1.815 nan 2.703 3.557 2.814 2.772 0.322 0.771 3.821 2.761 2.331 nan 1.531 0.694 1188 chr1 231272907 231278002 + 0 NA Intergenic Intergenic -23220 NM_001300889 440730 Hs.655089 NM_001004342 ENSG00000119283 TRIM67 TNL tripartite motif containing 67 protein-coding 0.764 1.112 1.282 1.201 0.291 0.012 1.104 0.159 0.346 0.038 0.130 0.182 0.330 0.040 0.017 0.183 0.596 0.095 0.144 5.342 0.125 0.302 0.094 0.349 0.143 0.030 0.121 0.020 0.174 0.247 3.388 0.338 1.722 4.980 0.019 0.064 0.084 0.439 0.288 0.215 0.077 0.410 0.047 0.056 0.371 0.781 0.070 8.126 2.426 0.183 0.126 2.321 0.094 0.194 1.704 0.134 0.046 0.040 0.795 0.058 0.048 1.811 0.486 0.141 0.272 0.305 3.051 9.448 0.349 0.486 nan 0.072 0.186 0.224 0.143 0.292 nan 0.359 0.377 0.166 0.093 0.091 0.074 0.079 0.273 0.380 nan 0.428 3142 chr13 43843008 43883169 + 0 NA intron (NM_001127615, intron 12 of 16) L1PA16|LINE|L1 -159900 NR_120399 100874130 Hs.738887 NR_120399 ENOX1-AS2 - ENOX1 antisense RNA 2 ncRNA 1.313 0.987 1.118 0.128 0.171 1.933 0.204 0.056 0.169 0.022 0.478 0.083 0.140 0.045 0.442 0.255 0.288 0.100 0.254 0.115 0.034 0.389 0.303 0.112 0.185 0.108 0.082 0.092 0.081 0.176 0.561 0.066 1.726 0.169 0.907 0.317 0.021 0.060 0.174 0.055 0.083 0.065 0.035 0.177 0.132 0.107 0.216 0.084 0.034 0.234 0.280 0.255 0.159 1.583 0.112 0.219 0.275 0.129 0.050 0.040 0.126 0.160 0.167 0.234 0.042 0.035 0.571 0.352 0.122 0.211 0.475 0.566 1.951 0.504 0.131 0.160 1.180 2.005 0.175 0.205 0.451 0.225 0.413 0.533 1.291 1.406 0.453 0.959 1.138 0.678 7455 chr22 43828381 43846755 + 0 NA intron (NM_001044370, intron 3 of 6) intron (NM_001044370, intron 3 of 6) 29548 NM_001044370 758 Hs.159538 NM_001044370 ENSG00000186732 MPPED1 239AB|C22orf1|FAM1A metallophosphoesterase domain containing 1 protein-coding 0.850 nan 0.441 0.086 1.137 1.928 0.035 1.642 3.425 0.016 0.033 0.052 0.013 0.349 0.923 0.664 0.053 0.062 0.064 0.021 0.024 0.023 0.264 0.113 3.369 0.030 0.022 0.016 0.059 0.012 0.079 0.162 0.073 2.124 0.008 0.065 0.265 0.094 0.123 0.006 0.060 0.115 0.027 0.013 0.009 0.063 0.105 0.132 0.101 0.033 0.021 0.061 0.664 0.058 0.010 3.369 0.019 0.037 0.310 0.105 0.138 0.070 0.043 0.038 0.004 0.026 0.006 0.278 0.235 0.143 0.166 2.380 2.454 1.539 0.508 0.101 0.092 0.585 nan 2.505 2.915 nan 1.371 0.213 0.261 1.371 1.199 0.176 0.223 1.569 0.751 10595 chr7 108034215 108075248 + 0 NA intron (NM_001193584, intron 1 of 28) intron (NM_001193584, intron 1 of 28) 42110 NM_001193584 4897 Hs.21422 NM_005010 ENSG00000091129 NRCAM - neuronal cell adhesion molecule protein-coding nan 1.321 1.021 0.053 0.319 1.867 0.109 0.491 0.938 0.007 0.919 2.323 0.015 0.046 0.576 0.713 0.450 0.078 0.112 0.032 0.037 0.017 0.381 0.285 0.816 0.015 0.007 0.012 0.093 0.020 0.069 0.208 0.817 0.583 0.078 4.778 0.320 0.074 0.157 0.040 0.344 0.105 0.094 0.044 0.032 0.062 0.204 0.175 0.609 0.076 0.025 0.097 0.713 0.091 0.048 0.816 0.496 0.102 0.299 0.044 0.231 0.070 0.988 0.120 0.049 0.031 0.015 0.648 0.826 1.599 1.017 0.737 0.769 2.199 0.647 1.503 1.617 0.719 1.003 0.849 1.000 0.626 0.315 0.837 1.158 1.508 2.422 0.464 nan 2.024 1.210 7138 chr21 18859828 18866636 + 0 NA Intergenic L1PA10|LINE|L1 -21992 NM_001338 1525 Hs.627078 NM_001338 ENSG00000154639 CXADR CAR|CAR4/6|HCAR CXADR, Ig-like cell adhesion molecule protein-coding 0.866 0.903 nan 0.451 0.175 0.057 0.500 0.235 0.264 0.126 0.399 0.018 0.206 0.104 0.152 0.033 0.047 0.061 0.055 5.758 0.020 0.653 0.424 0.158 0.582 0.394 0.129 0.649 0.519 0.118 0.625 0.240 0.808 0.129 3.419 0.141 0.081 0.074 1.161 0.046 0.514 0.274 0.081 0.132 0.316 0.231 0.308 0.466 1.550 0.567 0.147 0.152 0.062 6.401 0.158 0.012 0.014 3.682 1.955 0.015 0.053 0.189 0.888 0.874 0.347 0.294 0.256 0.328 0.290 0.298 0.109 0.071 0.242 0.273 0.651 1.002 0.183 0.183 0.517 0.121 0.163 0.272 0.571 0.828 0.298 0.748 0.805 0.680 714 chr1 151539278 151586390 + 0 NA Intergenic Intergenic -21828 NM_001330723 81609 Hs.192326 NM_030918 ENSG00000143376 SNX27 MRT1|MY014 sorting nexin family member 27 protein-coding nan nan 3.019 0.622 0.428 0.185 1.735 0.267 0.509 0.412 0.463 0.622 0.369 0.200 0.739 0.478 0.352 0.202 1.128 0.758 0.370 0.223 0.372 0.283 0.419 0.887 0.584 0.298 0.903 0.486 5.073 10.436 0.844 1.646 0.586 0.456 0.152 0.336 0.110 0.306 0.391 0.417 0.324 0.203 0.692 0.560 0.929 0.315 0.541 0.384 2.038 2.297 0.478 1.221 0.431 0.419 0.574 2.456 0.169 0.629 0.476 1.084 0.211 0.330 0.198 0.090 0.062 0.786 0.753 0.658 1.006 1.145 nan 1.788 0.509 0.794 0.789 0.631 0.998 0.798 1.007 0.790 0.680 0.800 1.195 0.649 0.837 0.890 1.682 0.818 0.592 4364 chr16 52572332 52614581 + 0 NA intron (NR_033920, intron 3 of 3) intron (NR_033920, intron 3 of 3) -11742 NM_001146188 27324 Hs.132574 NM_001080430 ENSG00000103460 TOX3 CAGF9|TNRC9 TOX high mobility group box family member 3 protein-coding nan nan nan 0.585 3.836 1.604 0.042 0.960 2.073 0.009 0.091 0.033 0.010 2.934 1.793 1.846 0.076 0.077 0.023 0.004 0.028 0.007 0.160 0.112 3.377 0.038 0.020 0.005 0.235 0.010 0.367 1.943 0.658 4.377 0.357 0.077 0.097 0.036 0.084 0.011 0.294 0.082 0.029 0.028 1.054 1.198 0.050 0.113 1.114 0.029 1.727 3.262 1.846 0.035 0.037 3.377 0.339 0.232 0.189 0.036 1.054 0.110 0.061 0.094 0.009 0.010 0.007 0.480 0.413 0.217 0.229 3.809 3.471 2.900 0.632 3.040 3.047 1.115 nan 8.466 nan nan 0.468 0.198 0.290 0.662 0.558 0.412 nan nan 0.655 7293 chr22 18631223 18652159 + 0 NA intron (NM_017414, intron 2 of 10) intron (NM_017414, intron 2 of 10) 8933 NM_017414 11274 Hs.38260 NM_017414 ENSG00000184979 USP18 ISG43|PTORCH2|UBP43 ubiquitin specific peptidase 18 protein-coding 0.931 nan 1.296 0.355 1.546 0.671 0.175 0.671 1.049 0.261 0.271 0.308 0.439 0.528 1.348 0.780 0.722 0.223 0.998 0.356 0.457 0.151 0.835 0.559 1.475 0.353 0.334 0.311 0.739 0.167 0.719 nan 1.152 3.005 0.377 0.323 0.752 0.337 0.072 0.108 0.256 0.312 0.484 0.280 0.344 0.259 0.243 0.295 0.393 0.489 0.362 0.556 0.780 0.850 0.535 1.475 0.222 0.371 0.450 0.318 0.980 0.417 0.747 0.076 0.345 0.072 0.049 1.915 2.155 0.992 1.244 1.814 1.638 3.101 0.997 2.071 2.170 0.209 0.330 2.946 3.615 1.032 1.208 0.889 1.189 2.285 2.906 0.122 0.208 4.467 2.362 11914 chrX 12021646 12047017 + 0 NA Intergenic Intergenic -122254 NM_014728 9758 Hs.657507 NM_014728 ENSG00000169933 FRMPD4 MRX104|PDZD10|PDZK10 FERM and PDZ domain containing 4 protein-coding 0.511 nan 0.477 0.249 0.120 0.011 0.151 0.093 0.142 0.043 3.370 0.002 0.012 0.014 0.056 0.101 0.113 0.033 0.023 0.089 0.011 0.073 0.075 0.030 0.058 0.023 0.006 0.066 0.105 0.069 0.202 0.033 0.226 0.034 0.094 0.004 0.026 0.042 0.139 0.053 0.138 0.040 0.018 0.284 0.082 0.114 0.192 0.055 0.056 0.038 0.176 0.056 0.031 0.018 0.030 0.140 0.045 0.015 0.007 0.051 0.165 0.020 0.054 0.150 0.025 0.038 0.107 0.051 0.144 0.245 0.278 0.325 0.914 0.228 0.197 0.204 0.141 0.289 0.177 0.202 0.382 0.128 0.094 0.110 0.093 0.234 0.088 0.239 0.505 0.401 11429 chr9 6086926 6091933 + 0 NA Intergenic Intergenic -73789 NM_012416 26953 Hs.167496 NM_012416 ENSG00000137040 RANBP6 - RAN binding protein 6 protein-coding 0.633 1.547 0.724 0.154 0.122 0.045 0.070 0.064 0.121 0.031 0.143 0.231 0.075 0.105 0.012 0.028 0.081 0.115 0.072 0.014 0.029 0.069 0.021 0.057 0.108 0.089 0.298 0.030 0.151 0.019 0.043 0.096 0.047 0.018 0.012 0.022 0.015 0.038 0.040 0.199 0.058 0.291 0.228 0.231 0.034 0.056 0.072 0.098 0.020 0.025 0.257 0.024 0.058 0.061 1.479 2.132 9.183 1.028 0.306 0.299 0.174 0.147 10.361 10.182 0.327 0.659 0.210 0.219 0.433 0.152 0.631 0.675 0.093 0.082 0.148 nan 0.810 0.931 5008 chr17 74536307 74555639 + 0 NA Intergenic L1ME2|LINE|L1 -7873 NR_038111 100507246 Hs.288215 NR_038108 ENSG00000163597 SNHG16 Nbla10727|Nbla12061|ncRAN small nucleolar RNA host gene 16 ncRNA 2.936 2.232 2.137 0.905 1.087 0.424 1.457 0.796 1.733 0.395 1.326 0.964 0.205 0.447 1.011 1.987 1.229 0.282 1.212 0.701 0.565 0.675 1.004 0.522 1.126 1.218 0.955 0.690 1.030 0.600 2.343 4.160 1.587 5.175 1.346 3.264 0.281 1.159 0.118 1.062 0.414 1.306 0.769 0.429 1.224 0.465 0.723 1.162 2.574 1.334 2.503 0.721 1.987 1.251 0.841 1.126 1.044 0.708 1.270 1.649 1.120 0.842 0.648 1.268 0.830 0.591 0.462 3.436 3.858 2.089 4.845 2.391 2.346 2.490 1.059 3.125 3.335 nan 3.373 2.462 3.359 4.306 4.498 1.469 2.298 1.998 2.558 2.953 4.107 nan 1.101 11274 chr8 126725109 126739927 + 0 NA Intergenic LTR82A|LTR|ERVL 230923 NR_038447 100130231 Hs.729642 NR_038446 ENSG00000245164 LINC00861 - long intergenic non-protein coding RNA 861 ncRNA nan nan nan 0.130 1.085 0.045 0.095 0.152 0.230 0.057 0.067 0.051 0.017 0.054 0.072 0.069 0.123 0.088 0.064 0.026 0.025 0.019 0.138 0.068 0.153 0.033 0.029 0.015 0.143 0.036 0.091 0.225 0.138 nan 0.079 0.029 0.033 0.030 0.079 0.024 0.032 0.162 0.041 0.026 0.064 0.032 0.182 0.125 0.066 0.048 0.042 0.129 0.069 0.110 0.138 0.153 0.041 0.036 0.013 0.051 0.091 0.027 0.041 0.102 0.020 0.019 0.013 0.269 0.182 0.197 0.241 0.463 0.591 5.071 1.238 nan nan 0.201 0.272 0.228 0.246 27.170 16.702 0.123 0.210 0.102 0.143 0.225 0.333 1.164 0.798 4631 chr17 17814182 17833928 + 0 NA intron (NM_001033551, intron 1 of 13) AluSx1|SINE|Alu 51729 NM_001082968 146691 Hs.462379 NM_144678 ENSG00000175662 TOM1L2 - target of myb1 like 2 membrane trafficking protein protein-coding 1.584 1.424 1.561 0.846 0.718 1.172 1.831 0.399 0.690 0.861 0.426 1.297 2.886 0.207 0.918 1.399 0.493 0.212 1.178 0.547 1.374 0.134 0.332 0.218 0.532 0.794 0.506 0.828 0.713 0.256 0.691 2.404 2.237 1.198 1.169 0.770 0.334 0.933 0.057 0.654 0.301 3.052 1.537 0.746 0.614 1.136 0.525 1.202 1.783 2.446 0.211 0.438 1.399 1.769 4.731 0.532 0.390 0.874 0.314 1.332 1.148 1.684 0.066 0.847 0.938 1.275 0.716 0.581 1.023 0.579 nan 0.921 1.056 1.955 0.554 0.359 0.350 0.631 0.928 3.006 3.241 nan 1.438 0.237 0.339 0.777 0.854 1.071 2.879 0.919 0.494 3285 chr13 100146727 100155488 + 0 NA TTS (NR_133664) TTS (NR_133664) 453 NR_110731 102725509 Hs.648968 NR_110731 LINC01232 TCONS_00021520 long intergenic non-protein coding RNA 1232 ncRNA 1.873 3.089 2.200 1.980 3.091 3.288 2.356 0.857 1.954 0.794 2.175 1.607 2.065 0.584 2.572 2.539 1.358 0.122 6.924 2.656 0.848 0.511 0.891 0.357 1.832 2.784 2.151 1.170 0.832 0.596 3.725 5.287 1.719 5.291 1.683 2.638 0.538 1.648 0.137 1.197 3.054 4.050 3.719 1.630 2.194 1.291 3.720 2.644 1.961 1.838 2.971 1.888 2.539 6.925 2.900 1.832 0.784 1.922 0.843 1.546 1.799 2.405 1.567 0.512 1.127 1.328 0.732 3.775 4.672 2.917 4.362 3.768 3.492 6.269 2.069 3.123 3.027 1.488 nan 2.477 3.441 3.070 2.426 2.665 4.534 2.858 3.431 1.887 nan 0.767 0.464 11904 chrUn_gl000223 148522 151638 + 0 NA Intergenic G-rich|Low_complexity|Low_complexity -30350 NM_001330513 7574 Hs.489608 NM_019591 ENSG00000198393 ZNF26 HEL-179|KOX20 zinc finger protein 26 protein-coding 1.995 nan 1.487 2.205 1.625 2.144 2.187 0.713 1.772 0.740 1.002 0.447 0.578 0.421 0.515 2.209 0.675 0.109 1.992 0.425 0.439 3.679 1.154 0.698 2.884 1.222 1.764 0.799 1.743 0.304 1.845 2.582 0.659 3.429 1.011 1.540 0.217 3.963 0.093 0.527 13.019 1.094 1.744 0.903 0.805 0.541 1.023 0.957 1.567 2.593 0.606 1.085 2.209 1.717 2.134 2.884 0.316 0.400 0.616 2.967 1.632 1.012 0.476 0.638 0.558 1.275 0.854 0.190 0.792 0.172 0.409 2.907 2.718 3.801 1.022 4.820 4.645 0.767 1.330 2.617 3.359 1.992 2.095 1.604 1.762 1.205 0.824 1.506 2.321 0.069 0.106 1657 chr10 115467914 115474374 + 0 NA intron (NM_001267058, intron 1 of 5) intron (NM_001267058, intron 1 of 5) 2040 NM_001267058 840 Hs.9216 NM_001227 ENSG00000165806 CASP7 CASP-7|CMH-1|ICE-LAP3|LICE2|MCH3 caspase 7 protein-coding 0.619 nan 0.508 0.090 0.359 0.060 0.088 0.276 0.372 0.015 0.301 0.199 0.039 0.046 0.096 0.514 0.128 0.122 0.081 0.059 0.096 0.227 0.103 0.129 0.063 0.023 0.079 0.126 0.016 0.063 0.224 0.087 0.937 0.023 0.150 0.015 0.067 0.093 0.055 0.121 0.157 0.074 0.016 0.017 0.035 0.092 0.095 0.171 0.066 0.061 0.104 0.514 0.089 0.072 0.129 0.037 0.029 0.027 0.063 0.159 3.705 0.039 0.117 0.009 0.015 3.354 3.694 11.734 9.387 0.160 0.204 3.549 1.146 2.591 2.567 0.840 1.258 2.190 3.670 0.244 0.100 3.164 4.252 0.129 0.304 0.123 0.127 0.360 0.316 3009 chr12 122005772 122021335 + 0 NA intron (NM_001005366, intron 3 of 22) intron (NM_001005366, intron 3 of 22) 4811 NM_001005366 84678 Hs.524800 NM_032590 ENSG00000089094 KDM2B CXXC2|FBXL10|Fbl10|JHDM1B|PCCX2 lysine demethylase 2B protein-coding 1.750 1.371 1.456 0.332 0.926 3.971 1.563 1.351 2.774 0.160 0.670 0.556 0.157 0.157 9.140 1.278 0.785 0.105 1.135 0.377 0.145 0.989 0.671 0.455 1.275 0.814 0.687 0.804 0.808 0.818 0.517 1.965 0.559 2.322 0.333 0.350 0.296 1.713 0.108 0.388 0.561 0.453 0.609 0.500 0.967 0.647 0.725 0.728 1.214 1.162 0.654 1.153 1.278 0.679 0.737 1.275 0.204 0.421 0.571 1.520 0.996 0.259 1.108 0.542 0.764 0.320 0.138 0.915 1.610 2.353 2.625 4.221 3.422 nan 0.638 1.604 1.796 1.752 2.369 2.085 3.537 1.560 1.410 1.475 2.255 1.144 0.970 1.029 1.821 2.432 1.409 10692 chr7 138344475 138355213 + 0 NA promoter-TSS (NM_001331192) promoter-TSS (NM_001331192) -875 NM_174959 136306 Hs.99414 NM_174959 ENSG00000157703 SVOPL - SVOP like protein-coding nan nan nan 0.577 0.287 0.181 0.122 0.324 0.493 0.695 0.123 1.094 6.012 0.037 0.578 0.108 0.090 0.060 0.607 0.142 0.035 0.026 0.160 0.177 0.278 0.058 0.027 0.111 0.213 0.078 0.268 1.030 1.090 0.326 0.081 0.071 0.026 0.091 0.154 0.099 0.125 0.095 0.022 0.057 0.020 0.100 1.308 0.113 0.129 0.027 0.862 0.163 0.108 0.575 0.052 0.278 0.081 1.111 0.090 0.250 0.057 0.067 0.166 0.046 0.021 0.025 0.023 0.707 0.730 0.317 0.577 0.970 0.907 nan 0.552 1.136 1.338 0.148 nan 0.444 0.712 nan 0.922 0.434 0.784 0.113 0.094 0.389 0.707 0.827 nan 8484 chr4 99395281 99408253 + 0 NA intron (NM_005723, intron 4 of 7) intron (NM_005723, intron 4 of 7) 178045 NM_005723 10098 Hs.118118 NM_005723 ENSG00000168785 TSPAN5 NET-4|NET4|TM4SF9|TSPAN-5 tetraspanin 5 protein-coding 0.793 0.603 1.206 1.345 0.162 0.013 4.275 0.111 0.200 0.096 0.182 0.313 0.018 0.031 0.061 0.236 0.155 0.050 1.305 0.745 0.238 0.072 0.052 0.055 0.305 0.061 0.051 0.215 1.490 0.261 0.988 0.191 0.251 1.279 0.029 0.016 0.033 0.095 0.653 0.067 0.135 0.075 0.042 0.564 0.574 0.407 0.130 0.282 0.268 0.108 1.549 0.236 0.482 0.927 0.055 0.472 0.337 0.038 0.049 0.032 0.269 0.146 0.334 0.416 0.582 0.363 1.826 1.498 0.357 0.378 0.248 0.271 0.057 0.019 0.213 0.198 0.339 0.689 0.415 0.438 0.315 0.204 0.317 0.270 0.080 0.132 0.448 1.150 0.130 0.307 2717 chr12 57983927 57987135 + 0 NA intron (NM_024779, intron 1 of 9) intron (NM_024779, intron 1 of 9) 589 NM_001146258 79837 Hs.745011 NM_024779 ENSG00000166908 PIP4K2C PIP5K2C phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase type 2 gamma protein-coding nan 2.273 2.148 3.092 2.839 0.896 1.234 1.052 1.923 0.925 1.516 2.020 0.607 1.444 2.992 0.869 0.984 0.102 2.069 0.708 0.767 0.521 1.370 0.802 2.600 1.276 0.899 0.844 1.878 1.151 3.561 4.202 3.147 7.624 0.518 0.792 0.265 1.057 0.071 0.333 0.634 0.974 0.891 1.091 1.468 12.798 1.612 0.800 2.430 2.149 1.749 1.331 0.869 2.630 1.731 2.600 1.101 1.985 0.807 3.373 2.090 0.790 0.432 0.331 0.335 0.215 0.144 nan 3.479 3.815 4.744 3.809 nan 7.378 2.007 4.902 5.028 2.064 nan 5.193 nan 2.537 2.442 1.450 2.669 1.902 3.101 1.886 3.779 3.975 1.768 6825 chr20 6900255 6903885 + 0 NA Intergenic Intergenic 153325 NM_001200 650 Hs.73853 NM_001200 ENSG00000125845 BMP2 BDA2|BMP2A|SSFSC bone morphogenetic protein 2 protein-coding 0.730 1.753 0.611 0.197 0.241 0.336 0.059 0.266 0.262 0.067 0.026 0.016 0.027 0.440 0.140 0.082 0.001 0.059 0.104 0.087 0.158 0.167 0.019 0.129 0.215 0.510 0.079 0.513 0.120 0.423 0.030 0.068 0.033 0.260 0.092 0.051 0.020 0.089 0.041 0.240 0.086 0.067 0.015 0.087 0.082 0.140 0.060 0.017 0.167 0.103 0.138 0.026 0.048 0.196 0.087 0.135 0.068 0.020 0.014 1.057 1.089 12.202 6.659 0.452 0.302 3.066 0.963 0.292 0.220 0.193 0.244 0.680 0.654 0.654 0.567 0.611 0.586 3.169 2.912 0.101 0.239 0.594 0.683 4659 chr17 25800223 25890281 + 0 NA intron (NM_014238, intron 2 of 20) intron (NM_014238, intron 2 of 20) 46216 NM_014238 8844 Hs.133534 NM_014238 ENSG00000141068 KSR1 KSR|RSU2 kinase suppressor of ras 1 protein-coding nan nan nan 0.103 0.253 0.201 0.763 0.274 0.541 0.117 0.364 0.466 0.025 0.093 0.519 0.183 0.690 0.133 0.315 0.160 0.273 0.043 0.084 0.070 0.116 0.577 0.266 0.114 0.313 0.179 1.540 4.853 1.479 1.172 0.680 0.661 0.091 0.092 0.110 0.125 0.392 0.464 0.133 0.119 0.452 0.289 0.266 0.332 1.727 0.060 0.487 1.178 0.183 0.329 0.095 0.116 0.673 0.855 0.338 0.205 0.195 0.429 1.388 0.612 0.092 0.049 0.023 1.226 1.645 1.209 2.401 0.390 0.398 0.906 0.266 0.924 0.926 0.132 0.264 1.981 2.211 2.152 1.998 1.468 2.069 0.503 0.632 0.833 nan 0.934 0.678 771 chr1 155512840 155535799 + 0 NA intron (NM_018489, intron 1 of 27) AluSp|SINE|Alu -7514 NR_147963 645676 Hs.568693 NR_027023 ENSG00000235919 ASH1L-AS1 - ASH1L antisense RNA 1 ncRNA nan nan 2.056 1.433 1.263 1.128 1.189 0.763 1.573 0.561 1.458 0.991 0.530 1.095 2.960 1.637 1.186 0.357 2.136 0.602 1.425 0.941 1.378 0.853 1.671 1.384 1.423 0.911 2.163 1.219 1.767 3.336 1.638 4.762 0.918 3.327 0.394 1.252 0.164 1.217 0.984 0.652 1.318 0.710 1.348 0.849 1.184 1.092 1.621 1.425 0.485 1.032 1.637 2.788 1.257 1.671 0.842 1.027 0.410 2.958 1.371 1.481 2.821 0.791 0.626 0.690 0.475 2.987 3.322 3.379 4.218 3.433 nan 3.680 1.986 3.015 3.085 2.019 2.608 2.451 4.484 2.428 2.321 3.935 6.861 1.557 2.067 2.611 3.033 1.287 0.751 5697 chr19 42612634 42627870 + 0 NA intron (NM_001247994, intron 5 of 13) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 16373 NM_001207025 5452 Hs.147381 NM_002698 ENSG00000028277 POU2F2 OCT2|OTF2|Oct-2 POU class 2 homeobox 2 protein-coding 1.457 0.752 1.358 0.577 0.126 1.356 1.140 0.787 1.405 0.088 2.936 0.342 0.008 0.053 3.679 0.437 0.162 0.021 1.499 1.412 0.862 0.027 0.145 0.070 0.778 0.811 0.496 0.461 0.220 1.009 0.155 nan 0.183 0.658 0.403 0.142 0.030 0.057 0.105 1.836 0.395 10.958 6.929 2.396 1.995 0.096 0.255 5.786 0.549 4.345 0.201 0.105 0.437 0.329 0.326 0.778 0.032 0.173 0.151 1.507 0.127 0.265 0.706 1.772 1.629 1.134 1.097 1.211 1.361 0.240 0.259 1.398 1.448 1.924 0.507 0.285 0.285 0.362 0.711 1.591 1.699 1.478 1.131 1.190 1.513 0.236 0.261 1.680 5.141 1.250 0.720 401 chr1 55993035 56009521 + 0 NA Intergenic L1PREC2|LINE|L1 309964 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.841 0.892 1.125 0.083 0.108 0.071 0.525 0.146 0.421 0.012 0.132 0.091 0.011 0.030 0.124 0.380 0.448 0.128 0.128 0.069 0.046 0.022 0.094 0.093 0.210 0.278 0.053 0.022 0.066 0.071 0.063 nan 0.116 0.394 0.045 0.046 0.033 0.091 0.014 0.082 0.129 0.062 0.048 0.093 0.080 0.223 0.188 0.188 0.069 0.033 0.109 0.380 0.082 0.163 0.210 0.022 0.110 0.176 0.049 0.036 0.106 0.180 0.581 0.118 0.017 0.016 0.416 0.325 1.877 6.634 0.646 0.812 0.174 0.102 0.420 0.505 0.749 1.070 0.627 0.553 0.434 0.258 0.283 0.301 0.049 0.061 0.516 nan 0.648 0.543 186 chr1 26785940 26801702 + 0 NA non-coding (NR_125952, exon 1 of 4) non-coding (NR_125952, exon 1 of 4) 207 NR_125952 101928324 Hs.663256 NR_125952 LOC101928324 - uncharacterized LOC101928324 ncRNA 3.347 2.488 nan 1.379 4.917 4.845 0.418 2.410 4.576 0.564 1.424 0.422 0.822 1.257 3.259 2.623 0.869 0.133 0.959 0.157 1.150 1.460 1.507 0.890 2.735 0.410 0.620 0.686 1.032 0.274 1.344 2.911 1.033 6.895 0.353 0.582 1.053 1.755 0.110 0.256 2.064 1.778 0.895 0.450 0.580 0.310 0.654 1.014 0.832 1.326 0.712 0.627 2.623 1.386 1.016 2.735 0.405 0.714 0.813 1.964 1.165 0.371 0.993 2.541 0.647 0.398 0.265 2.649 3.070 1.849 2.351 9.033 8.972 4.020 1.698 3.159 3.241 4.099 5.248 3.993 4.950 3.806 4.470 1.639 2.794 2.987 2.710 3.852 6.258 4.082 1.738 10033 chr6 155052670 155056690 + 0 NA exon (NM_001286188, exon 1 of 21) exon (NM_001286188, exon 1 of 21) 168 NM_014892 22828 Hs.591329 NM_014892 ENSG00000213079 SCAF8 RBM16 SR-related CTD associated factor 8 protein-coding nan 4.618 5.925 3.115 7.685 4.735 3.315 4.353 6.519 2.572 3.104 1.805 2.936 1.794 4.508 7.937 3.118 0.323 4.220 0.989 6.080 4.408 2.055 1.124 6.672 2.365 4.378 4.078 3.980 1.105 8.318 nan 4.757 11.676 1.128 4.362 1.564 6.127 0.231 1.768 3.303 5.737 7.312 3.173 2.427 3.153 2.743 2.992 4.023 8.992 0.866 2.108 7.937 6.921 3.891 6.672 1.641 3.293 2.051 4.734 4.239 2.598 2.285 2.614 3.008 3.251 1.967 10.721 9.973 10.289 13.439 12.649 nan 14.503 8.972 14.632 15.667 3.416 4.463 13.682 18.699 12.858 12.024 5.231 8.375 7.322 6.877 9.201 nan 3.021 1.479 1914 chr11 44731955 44759959 + 0 NA Intergenic Intergenic -40019 NM_130783 90139 Hs.385634 NM_130783 ENSG00000157570 TSPAN18 TSPAN tetraspanin 18 protein-coding nan 0.782 2.678 0.069 0.050 0.071 0.155 0.166 0.373 0.031 0.279 0.092 0.009 0.023 0.060 0.105 0.225 0.133 0.030 0.020 0.020 0.459 0.215 0.103 0.032 0.010 0.063 0.051 0.004 0.238 0.341 0.051 0.742 0.043 0.007 0.252 0.119 0.038 0.029 2.356 0.136 0.122 0.031 0.030 0.082 0.186 0.247 0.070 0.064 0.353 0.105 0.049 0.030 0.103 0.097 0.092 0.821 0.505 0.037 0.073 0.042 1.456 0.057 0.027 0.016 0.735 1.593 0.260 0.354 1.690 1.724 0.220 0.097 0.126 0.106 2.589 3.440 0.125 0.171 3.791 3.471 0.240 0.356 0.106 0.158 1.178 nan 0.969 0.776 8706 chr5 1237144 1259435 + 0 NA Intergenic Intergenic 22819 NM_182632 348932 Hs.213284 NM_182632 ENSG00000164363 SLC6A18 Xtrp2 solute carrier family 6 member 18 protein-coding 0.469 0.773 1.116 0.045 0.243 0.366 0.070 0.267 0.413 0.013 0.065 0.081 0.014 0.636 1.903 0.322 0.124 0.108 0.212 0.060 0.051 0.075 0.310 0.137 0.683 0.064 0.036 0.092 0.075 0.014 0.151 0.622 0.175 0.634 0.039 0.097 0.029 0.097 0.095 0.005 0.079 0.132 0.057 0.021 0.024 0.069 0.086 0.192 0.102 0.048 0.022 0.179 0.322 0.246 0.012 0.683 0.082 0.070 0.157 0.063 0.198 0.064 0.244 0.033 0.007 0.019 0.018 3.275 4.412 0.090 nan 1.614 1.324 1.540 0.538 0.062 0.059 0.209 0.508 nan 0.969 nan 0.542 0.516 0.659 0.303 0.296 0.133 0.124 1.580 nan 6696 chr2 228679020 228686538 + 0 NA TTS (NM_001130046) TTS (NM_001130046) 4221 NM_001130046 6364 Hs.75498 NM_004591 ENSG00000115009 CCL20 CKb4|Exodus|LARC|MIP-3-alpha|MIP-3a|MIP3A|SCYA20|ST38 C-C motif chemokine ligand 20 protein-coding nan 0.518 0.537 1.069 0.094 0.052 4.570 0.085 0.151 0.942 3.537 2.745 0.066 0.053 0.096 0.275 0.439 0.106 1.664 1.275 5.416 0.062 0.096 0.096 1.820 1.269 0.773 1.576 1.572 2.182 3.454 1.208 nan 1.460 8.654 0.013 0.071 0.070 1.718 0.076 7.418 3.571 1.582 1.905 0.650 1.989 1.966 3.819 1.335 0.596 1.824 0.275 1.165 5.716 0.096 0.803 0.153 5.967 1.139 0.014 1.649 0.850 1.000 0.252 0.086 0.355 0.638 0.195 0.262 0.063 0.081 0.183 0.116 0.135 0.269 0.507 nan 0.294 0.065 0.054 0.159 0.011 0.089 0.157 nan 0.118 0.211 6495 chr2 175827772 175841455 + 0 NA intron (NR_038133, intron 1 of 11) Charlie1a|DNA|hAT-Charlie 35368 NM_001822 1123 Hs.380138 NM_001822 ENSG00000128656 CHN1 ARHGAP2|CHN|DURS2|NC|RHOGAP2 chimerin 1 protein-coding 1.193 0.973 1.532 0.110 0.174 0.095 0.466 0.176 0.283 0.112 0.467 1.989 0.063 0.029 0.065 0.206 0.461 0.035 0.446 0.387 5.612 0.061 0.231 0.225 0.167 0.071 0.032 0.108 0.163 0.201 0.137 0.360 0.191 0.400 0.482 0.269 0.034 0.047 0.096 0.501 0.052 1.388 0.418 0.256 0.208 0.034 0.162 0.110 0.167 0.461 0.081 0.146 0.206 0.319 0.156 0.167 0.160 0.024 0.021 0.115 0.060 0.565 0.073 0.401 0.983 2.226 1.827 0.455 0.503 0.495 0.753 0.270 0.327 0.329 0.146 0.353 0.335 0.724 1.334 1.277 1.728 0.478 0.292 0.217 0.427 0.254 0.539 0.747 1.893 0.394 0.356 6940 chr20 32579665 32583957 + 0 NA 5' UTR (NM_007367, exon 1 of 9) 5' UTR (NM_007367, exon 1 of 9) 353 NM_007367 22913 Hs.136947 NM_007367 ENSG00000125970 RALY HNRPCL2|P542 RALY heterogeneous nuclear ribonucleoprotein protein-coding 6.884 7.463 5.716 9.262 6.569 3.301 2.708 3.157 5.089 4.042 8.127 3.812 2.489 2.356 5.757 4.291 5.810 0.487 7.440 2.090 4.288 3.879 2.557 0.994 5.184 2.974 4.343 3.276 7.603 2.153 6.218 9.666 7.480 14.597 2.457 3.880 1.283 5.751 0.148 2.914 3.481 6.994 5.129 2.466 3.947 3.005 5.498 12.127 6.028 7.257 3.184 3.786 4.291 9.665 4.244 5.184 2.319 3.548 1.271 7.361 2.676 4.855 2.651 1.430 5.694 3.464 2.450 11.808 11.432 8.094 10.996 8.171 nan 12.221 5.688 15.239 15.642 5.660 6.704 10.112 15.287 9.201 10.552 6.574 10.774 6.615 6.468 5.618 nan 2.574 0.976 1705 chr10 126770313 126775776 + 0 NA intron (NM_001321013, intron 1 of 9) intron (NM_001321013, intron 1 of 9) -51605 NR_036178 100423041 NR_036178 ENSG00000264572 MIR4296 - microRNA 4296 ncRNA nan 1.803 2.673 0.535 0.471 0.590 3.621 0.146 0.628 0.806 1.820 1.570 0.011 0.037 0.131 0.083 0.179 0.126 2.553 0.662 0.484 0.051 0.261 0.105 0.237 1.835 1.434 0.175 1.027 0.718 2.610 5.844 0.921 0.705 0.989 2.083 0.181 0.065 0.929 0.058 0.876 0.584 0.343 1.502 0.989 0.106 1.034 2.106 2.041 1.813 0.760 0.083 7.050 3.115 0.237 1.246 0.137 0.267 0.721 0.985 1.580 0.018 2.103 0.487 0.242 0.208 0.310 0.334 0.435 1.153 0.240 0.260 0.337 0.177 0.311 0.296 0.951 1.333 2.627 4.366 0.795 0.843 0.160 0.388 0.030 0.168 3.124 6.338 1.202 0.900 3000 chr12 120553160 120559115 + 0 NA Intergenic L1MC|LINE|L1 -1494 NM_006861 11021 Hs.524788 NM_006861 ENSG00000111737 RAB35 H-ray|RAB1C|RAY RAB35, member RAS oncogene family protein-coding 2.108 1.681 1.539 4.653 2.207 0.936 4.082 1.318 2.143 1.094 4.855 2.538 1.176 0.924 2.874 2.464 1.595 0.163 2.801 0.799 3.947 0.816 1.318 0.598 2.979 3.370 3.626 1.905 3.245 1.540 2.352 3.761 2.147 3.997 1.328 9.467 0.449 1.877 0.134 1.323 0.933 3.489 5.179 1.898 2.309 1.421 3.018 3.022 3.708 3.727 5.520 4.265 2.464 3.473 4.556 2.979 2.856 3.494 0.576 4.438 2.729 1.121 0.900 0.683 0.988 1.605 0.887 1.919 2.241 2.835 3.745 3.226 3.123 nan 1.900 6.127 5.759 2.132 3.086 4.736 7.294 2.001 1.983 1.413 2.712 2.512 2.898 1.751 2.449 2.691 1.261 6729 chr2 235042670 235057444 + 0 NA Intergenic L1M6|LINE|L1 90711 NM_006944 6694 Hs.444488 NM_006944 ENSG00000072080 SPP2 SPP-24|SPP24 secreted phosphoprotein 2 protein-coding 0.773 nan 0.756 0.800 0.100 0.263 2.752 0.586 1.262 0.516 0.237 0.856 0.131 0.569 0.096 1.468 0.131 0.087 0.791 0.599 0.391 0.064 0.128 0.204 0.809 0.377 0.101 0.119 0.778 0.408 1.523 1.217 1.390 2.379 0.119 0.045 0.036 0.132 2.134 0.194 2.006 0.289 0.227 0.203 0.603 0.784 2.816 1.196 2.141 1.900 0.094 1.468 0.643 0.547 0.204 0.157 0.222 0.040 1.338 0.326 1.260 0.161 0.046 1.937 4.569 4.048 0.357 0.218 0.604 0.795 0.495 0.414 0.725 0.140 0.232 0.265 0.283 0.435 0.626 nan 0.432 0.257 0.144 0.289 0.179 0.243 0.385 0.538 0.500 0.428 7512 chr3 11264398 11268801 + 0 NA intron (NM_001098212, intron 1 of 1) intron (NM_001098212, intron 1 of 1) -1070 NM_001098211 3269 Hs.1570 NM_000861 ENSG00000196639 HRH1 H1-R|H1R|HH1R|hisH1 histamine receptor H1 protein-coding nan 3.013 0.683 1.679 0.427 0.074 2.481 0.183 0.182 0.820 2.805 3.481 0.969 0.083 0.204 2.367 0.219 3.011 1.280 2.893 0.031 0.072 0.078 0.054 1.650 1.878 0.033 6.363 2.566 3.613 4.494 1.457 0.253 1.491 1.728 0.066 0.066 1.580 5.145 7.809 2.598 2.677 1.730 1.788 4.719 1.296 0.964 1.218 2.271 0.204 4.003 3.765 0.054 1.193 0.281 0.181 0.527 0.759 3.484 0.022 0.058 2.814 2.576 2.299 0.133 0.073 0.325 0.983 0.329 0.430 0.254 0.070 0.103 0.109 0.089 0.177 0.149 0.273 0.254 0.180 0.126 0.223 0.146 0.411 0.157 0.156 0.363 0.325 6558 chr2 192769712 192786389 + 0 NA Intergenic Intergenic -66044 NM_004657 8436 Hs.26530 NM_004657 ENSG00000168497 CAVIN2 PS-p68|SDPR|SDR|cavin-2 caveolae associated protein 2 protein-coding 0.913 nan 0.769 0.102 0.232 0.017 0.289 0.241 0.361 0.002 0.151 0.251 0.015 0.048 0.080 0.176 0.508 0.098 0.204 0.171 0.091 0.008 0.073 0.084 0.069 0.242 0.056 0.035 0.130 0.063 0.081 0.325 0.114 0.406 0.070 0.130 0.017 0.059 0.086 0.127 0.243 0.126 0.036 0.014 0.164 0.061 0.029 0.131 0.078 0.089 0.024 0.080 0.176 0.084 0.333 0.069 0.058 0.055 0.023 0.067 0.030 0.321 0.090 0.201 0.251 0.010 0.009 0.441 0.515 0.251 0.337 0.180 0.288 0.471 0.194 0.350 0.365 3.656 3.948 0.504 0.454 0.351 0.167 0.234 0.286 0.068 0.081 0.342 0.717 0.440 0.406 5390 chr18 59131385 59142500 + 0 NA intron (NM_031891, intron 1 of 11) intron (NM_031891, intron 1 of 11) 136127 NM_031891 28316 Hs.671510 NM_031891 ENSG00000101542 CDH20 CDH7L3|Cdh7 cadherin 20 protein-coding nan 0.754 0.770 0.110 0.079 0.015 0.045 0.072 0.228 0.008 0.057 0.025 0.053 0.040 5.267 0.060 0.029 0.010 0.017 0.012 0.128 0.187 0.043 0.006 0.007 0.020 0.037 0.036 0.031 0.025 0.284 0.013 0.043 1.569 0.059 0.082 0.092 0.074 0.020 0.028 0.085 0.037 0.058 0.026 0.176 0.042 5.267 0.013 0.043 0.011 0.018 0.032 0.018 0.021 0.009 0.144 0.027 0.005 0.004 0.294 0.194 0.235 0.390 0.435 0.571 6.740 1.916 0.473 0.462 0.139 0.202 0.275 0.451 0.254 0.180 0.044 0.173 5.557 5.433 0.358 0.627 nan 1.526 5260 chr18 34970776 34985376 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 2 of 12) intron (NM_001025087, intron 2 of 12) 68391 NR_132967 106635546 NR_132967 SNORA111 - small nucleolar RNA, H/ACA box 111 snoRNA nan 0.983 0.808 0.056 0.646 1.922 0.067 0.308 0.598 0.013 0.397 0.075 0.013 0.041 0.328 1.016 0.061 0.035 0.013 0.004 0.493 0.357 0.726 0.029 0.015 0.091 0.061 0.050 0.050 0.101 0.010 1.024 0.071 0.444 0.059 0.048 0.081 0.390 0.082 0.091 0.027 0.031 0.018 0.013 0.109 0.106 0.024 0.027 0.327 1.016 0.023 0.006 0.726 0.050 0.012 0.485 0.116 0.093 0.114 0.054 0.239 0.021 0.036 0.014 1.172 2.344 0.185 0.458 1.369 1.304 2.462 1.172 0.139 0.148 1.296 1.667 nan 1.904 2.479 2.918 0.244 0.371 2.160 1.614 1.017 0.895 3.483 2.383 1586 chr10 92671480 92695058 + 0 NA Intergenic Intergenic -2237 NM_014391 27063 Hs.448589 NM_014391 ENSG00000148677 ANKRD1 ALRP|C-193|CARP|CVARP|MCARP|bA320F15.2 ankyrin repeat domain 1 protein-coding 0.467 0.727 0.624 0.341 0.075 0.033 0.638 0.190 0.252 0.142 1.319 3.170 2.342 0.059 0.053 0.065 1.688 0.171 0.171 0.137 1.359 0.029 0.059 0.085 0.071 2.771 2.471 1.369 0.223 0.926 0.102 0.147 0.271 0.322 0.050 0.982 0.021 0.151 0.070 0.286 0.064 1.453 2.553 1.198 0.674 0.163 0.791 0.751 1.515 0.192 0.291 0.127 0.065 0.671 1.662 0.071 0.166 0.586 0.004 0.054 0.022 0.848 0.021 0.063 1.127 2.604 1.750 0.287 0.219 0.571 2.353 0.190 0.302 0.282 0.111 0.139 0.132 0.302 0.561 nan 0.229 0.143 0.075 0.121 0.115 0.049 0.052 0.181 0.322 0.272 0.345 7918 chr3 151602958 151651322 + 0 NA intron (NR_110203, intron 1 of 2) intron (NR_110203, intron 1 of 2) 18823 NR_110203 101928142 Hs.680207 NR_110202 AADACL2-AS1 - AADACL2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.988 0.595 0.373 0.132 0.029 1.286 0.246 0.395 0.124 0.158 2.707 0.014 0.110 0.064 0.232 0.736 0.173 0.141 0.149 0.090 0.020 0.203 0.268 0.126 0.869 0.319 0.069 0.475 0.421 0.161 1.047 0.255 0.205 0.360 0.197 0.061 0.038 0.093 0.305 0.067 0.385 0.085 0.060 0.273 0.062 0.154 0.686 0.342 0.137 0.208 0.207 0.232 0.081 0.129 0.126 0.096 0.118 0.016 0.166 0.065 0.371 0.094 0.074 0.391 0.020 0.007 0.397 0.233 0.522 0.502 0.380 0.542 3.207 1.136 0.225 0.235 0.169 nan 0.248 0.293 0.631 0.313 0.263 0.377 0.184 0.261 0.295 0.438 1.039 0.616 1986 chr11 63320755 63343160 + 0 NA Intergenic Intergenic -1102 NM_017878 54979 Hs.272805 NM_017878 ENSG00000133328 HRASLS2 PLA1/2-2 HRAS like suppressor 2 protein-coding nan 1.416 0.522 1.010 0.122 0.699 1.183 0.230 0.428 0.269 0.686 1.211 0.924 0.059 0.973 0.378 0.519 0.136 0.322 0.279 0.085 0.019 0.316 0.135 0.115 2.263 1.694 0.149 0.422 0.784 0.294 1.023 1.087 0.917 0.654 1.138 0.004 0.062 0.100 0.161 0.050 0.321 0.129 0.118 0.689 0.601 1.503 1.030 2.036 0.096 0.014 1.201 0.378 0.762 0.256 0.115 0.802 2.126 0.508 0.083 0.031 0.265 0.287 0.049 0.369 0.019 0.009 0.511 0.840 0.447 1.009 0.452 0.455 1.144 0.322 0.581 0.617 0.368 0.589 0.467 1.017 0.748 0.601 0.526 0.889 0.071 0.156 0.138 0.233 1.163 0.815 1456 chr10 45469500 45479491 + 0 NA promoter-TSS (NM_007021) promoter-TSS (NM_007021) -165 NM_007021 11067 Hs.93675 NM_007021 ENSG00000165507 DEPP1 C10orf10|DEPP|FIG|Fseg DEPP1, autophagy regulator protein-coding 1.920 nan 3.350 4.575 1.409 0.536 3.804 0.610 1.106 0.580 4.242 3.316 0.089 1.554 1.704 0.204 2.085 0.179 3.228 1.327 0.360 0.069 0.268 0.116 2.093 2.503 2.369 0.045 3.663 1.614 1.605 3.877 1.430 1.866 1.053 1.234 0.437 0.326 0.060 2.683 0.393 4.128 1.280 0.648 2.350 1.007 4.013 3.812 2.479 4.862 1.021 1.399 0.204 1.781 1.054 2.093 1.417 0.901 0.445 0.872 1.290 2.803 1.244 1.444 4.148 2.237 2.241 1.798 3.176 1.030 3.520 2.122 2.381 3.654 0.966 1.643 1.903 0.739 1.190 1.787 4.046 1.128 1.097 0.958 1.820 1.156 1.131 1.347 3.215 1.052 0.594 7471 chr22 46422267 46487693 + 0 NA TTS (NR_027034) TTS (NR_027034) -4956 NM_018280 55267 Hs.567529 NM_018280 ENSG00000182257 PRR34 C22orf26 proline rich 34 protein-coding 5.375 6.450 nan 5.630 5.182 6.469 3.019 3.026 5.809 1.958 3.189 1.425 0.497 0.831 3.630 1.991 2.818 0.299 3.160 1.174 3.260 1.386 3.144 1.592 5.341 1.893 2.527 0.974 5.056 1.277 2.546 5.154 4.049 9.302 0.982 4.296 2.467 4.262 0.158 1.983 0.837 5.387 3.518 1.347 2.594 1.333 2.239 5.670 3.191 2.002 1.460 2.317 1.991 2.770 5.001 5.341 1.572 1.935 0.728 1.605 3.198 2.726 3.216 0.043 3.005 2.670 2.106 8.631 9.659 4.192 7.138 16.126 13.763 2.843 0.939 11.873 11.779 6.710 8.995 2.435 3.595 10.961 13.575 4.706 7.786 8.099 7.647 0.170 0.380 5.109 3.219 2060 chr11 69508905 69522773 + 0 NA intron (NM_005117, intron 2 of 2) intron (NM_005117, intron 2 of 2) 3267 NM_005117 9965 Hs.249200 NM_005117 ENSG00000162344 FGF19 - fibroblast growth factor 19 protein-coding nan 0.704 0.801 0.166 0.475 0.077 1.145 0.247 0.313 0.021 0.141 0.080 0.005 0.639 0.052 1.335 0.076 0.069 0.183 0.192 0.027 0.040 0.056 0.066 0.067 0.339 0.079 0.085 0.150 0.084 3.924 9.937 0.213 0.812 0.411 0.121 0.173 0.086 0.125 0.051 0.040 0.340 0.083 0.067 0.054 0.083 1.368 0.123 0.513 0.061 0.177 0.804 1.335 0.575 0.114 0.067 0.422 0.149 0.326 0.950 3.494 0.322 0.036 0.009 0.049 0.012 0.011 0.458 0.246 0.208 0.409 0.729 0.533 2.270 0.253 0.697 0.712 0.602 0.820 1.922 1.596 0.692 0.612 0.206 0.297 1.233 1.142 0.080 0.156 0.966 0.615 3561 chr14 55555686 55599760 + 0 NA Intergenic HERVL32-int|LTR|ERVL -18212 NM_002306 3958 Hs.531081 NM_002306 ENSG00000131981 LGALS3 CBP35|GAL3|GALBP|GALIG|L31|LGALS2|MAC2 galectin 3 protein-coding nan nan 0.744 2.100 0.751 0.299 1.970 0.288 0.488 0.624 0.397 1.063 1.614 0.147 0.791 1.818 1.474 0.286 2.104 0.674 0.057 0.041 0.163 0.137 0.269 2.939 2.700 0.131 2.742 1.668 3.169 7.739 3.692 2.857 1.573 3.316 0.069 0.143 0.116 0.773 0.338 0.332 0.314 0.207 2.384 3.147 2.112 3.046 1.130 0.705 0.522 3.894 1.818 3.483 1.305 0.269 1.414 1.993 0.631 0.487 0.412 1.350 0.510 0.056 1.514 0.140 0.077 0.937 1.045 2.109 3.421 0.479 0.563 0.764 0.244 1.290 1.342 0.372 0.679 1.204 1.166 0.746 0.442 0.563 0.995 0.264 0.328 0.157 0.302 nan 0.588 10699 chr7 139167089 139185524 + 0 NA Intergenic Intergenic -7849 NM_198508 346689 Hs.17572 NM_198508 ENSG00000188883 KLRG2 CLEC15B killer cell lectin like receptor G2 protein-coding nan nan nan 0.134 0.328 1.572 0.088 0.209 0.297 0.046 0.132 0.118 0.070 0.011 4.448 0.717 0.097 0.113 0.241 0.071 0.048 0.023 0.261 0.237 0.811 0.284 0.113 0.140 0.415 0.105 0.216 1.006 0.344 1.894 0.048 0.094 0.089 0.173 0.137 0.042 0.099 0.209 0.059 0.051 0.041 0.121 0.162 0.173 0.286 0.426 0.081 0.217 0.717 0.422 0.098 0.811 0.042 0.210 0.475 0.737 0.078 0.112 0.049 0.101 0.013 0.059 0.011 0.292 0.287 0.382 0.614 0.963 1.146 nan 0.387 0.668 0.624 0.187 nan 0.428 0.469 nan 0.447 0.314 0.417 0.477 0.438 0.513 0.901 1.122 nan 8195 chr3 196514924 196523400 + 0 NA intron (NM_002577, intron 2 of 14) intron (NM_002577, intron 2 of 14) 52434 NM_002577 5062 Hs.518530 NM_002577 ENSG00000180370 PAK2 PAK65|PAKgamma p21 (RAC1) activated kinase 2 protein-coding nan 0.898 0.642 0.640 0.234 0.070 1.473 0.227 0.443 0.765 0.457 1.028 4.814 0.047 0.088 0.422 0.221 0.095 0.896 0.313 2.214 0.082 0.075 0.268 0.188 2.113 1.440 0.451 0.739 0.699 0.238 nan 0.843 nan 0.173 0.089 0.033 0.104 0.094 0.543 0.085 3.418 2.501 1.057 0.350 0.607 2.983 0.212 0.214 0.667 0.428 0.309 0.422 1.387 5.618 0.188 0.174 0.812 0.092 1.005 0.024 3.665 0.090 0.230 0.578 0.734 0.809 0.258 0.308 0.879 3.636 0.496 0.632 0.530 0.224 0.619 0.640 0.536 0.761 0.502 0.656 0.568 0.432 0.186 0.343 0.132 0.137 0.378 0.659 0.481 0.449 11888 chrGL000220.1 6131 22781 + 0 NA NA NA NA NA 7001 chr20 45311395 45344221 + 0 NA Intergenic Intergenic -9532 NM_033550 112858 Hs.440263 NM_033550 ENSG00000172315 TP53RK BUD32|C20orf64|GAMOS4|Nori-2|Nori-2p|PRPK|dJ101A2 TP53 regulating kinase protein-coding nan nan 1.155 1.200 0.483 0.274 0.337 0.361 0.857 0.378 0.566 0.252 0.292 0.114 0.991 0.794 0.677 0.113 0.892 0.244 0.537 0.317 0.230 0.128 0.870 0.477 0.382 0.311 0.625 0.121 0.558 1.209 0.875 1.877 0.400 0.405 0.034 0.614 0.119 0.425 0.519 0.515 0.423 0.220 0.332 0.207 0.862 0.450 0.581 0.676 0.450 1.021 0.794 0.835 0.827 0.870 0.294 1.628 0.229 1.205 0.364 0.724 0.945 0.561 0.438 0.263 0.154 2.282 2.840 0.856 1.693 1.038 0.993 nan 1.371 0.936 1.044 0.700 0.979 1.509 2.502 nan 1.346 2.767 2.390 0.182 0.160 1.807 2.622 0.506 0.446 11940 chrX 45564271 45579801 + 0 NA Intergenic Intergenic -18541 NR_102268 392452 Hs.745266 NR_102268 LOC392452 - mitochondrial fission factor pseudogene pseudo 0.481 0.633 nan 0.932 0.055 0.036 2.605 0.082 0.084 0.012 1.483 1.715 0.025 0.023 0.042 0.352 0.034 1.984 1.358 0.101 0.141 0.091 0.008 3.903 3.718 0.038 2.039 3.111 0.248 0.785 0.487 0.162 1.543 0.097 0.006 0.042 0.068 2.216 0.015 2.482 1.386 0.814 2.384 1.076 0.341 3.391 0.073 1.497 0.030 0.231 0.042 1.196 0.649 0.008 0.173 0.090 0.019 0.085 0.013 1.779 0.038 0.072 1.808 1.806 2.105 0.126 0.055 0.162 0.314 0.172 0.171 0.156 0.065 0.151 0.160 0.093 0.143 0.147 0.167 0.252 0.121 0.066 0.098 0.041 0.062 0.137 0.207 0.229 0.257 2904 chr12 104070739 104083111 + 0 NA intron (NM_017564, intron 25 of 68) intron (NM_017564, intron 25 of 68) 95856 NM_017564 55576 Hs.408249 NM_017564 ENSG00000136011 STAB2 FEEL2|FELE-2|FELL2|FEX2|HARE|SCARH1 stabilin 2 protein-coding 0.722 1.184 nan 0.085 0.612 0.797 0.093 0.169 0.376 0.016 0.083 0.066 0.020 0.151 0.279 0.258 0.109 0.130 0.142 0.040 0.033 0.828 0.307 0.803 0.033 0.031 0.030 0.105 0.008 0.058 0.163 0.091 1.068 0.012 0.092 0.045 0.053 0.100 0.019 0.053 0.059 0.068 0.013 0.026 0.085 0.055 0.178 0.112 0.052 0.045 0.086 0.258 0.092 0.037 0.803 0.069 0.061 0.103 0.085 0.041 0.010 0.048 0.245 0.014 0.013 0.322 0.187 0.219 0.250 0.701 0.741 1.836 0.888 0.228 0.304 3.441 3.352 2.423 2.659 0.634 0.461 0.102 0.214 0.269 0.205 0.270 0.491 2.590 1.572 11075 chr8 81073584 81088326 + 0 NA intron (NR_105035, intron 1 of 6) intron (NR_105035, intron 1 of 6) 2480 NR_105037 7163 Hs.368433 NM_005079 ENSG00000076554 TPD52 D52|N8L|PC-1|PrLZ|hD52 tumor protein D52 protein-coding 2.971 nan nan 0.440 7.590 5.364 0.809 4.150 7.748 0.342 0.435 0.782 1.536 2.359 6.268 1.686 0.457 0.142 1.715 0.360 1.713 0.292 1.908 1.219 4.925 0.842 0.593 0.970 0.679 0.330 1.653 3.294 1.376 12.904 0.944 1.124 1.354 0.833 0.112 0.287 0.562 0.594 0.503 0.339 0.592 1.366 1.403 0.298 1.491 1.615 0.929 1.456 1.686 1.464 3.139 4.925 0.564 1.277 0.419 0.425 2.873 0.890 5.955 0.505 0.130 0.273 0.192 3.937 5.237 2.443 3.000 8.391 7.525 4.081 1.540 1.248 1.358 2.307 2.774 nan 8.668 2.972 3.236 3.478 7.249 4.658 5.116 1.894 3.369 4.685 1.951 10940 chr8 49051237 49066801 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu 138024 NM_003350 7336 Hs.491695 NM_003350 ENSG00000169139 UBE2V2 DDVIT1|DDVit-1|EDAF-1|EDPF-1|EDPF1|MMS2|UEV-2|UEV2 ubiquitin conjugating enzyme E2 V2 protein-coding 0.899 nan 0.688 0.047 0.096 0.014 0.114 0.093 0.181 0.018 0.412 0.190 0.024 0.045 0.079 0.179 0.120 0.089 0.082 0.061 0.041 0.009 0.059 0.112 0.080 0.057 0.023 0.027 0.123 0.323 0.183 0.567 0.091 0.471 0.122 0.048 0.006 0.069 0.129 0.684 0.015 0.910 0.256 0.120 0.070 0.079 0.056 10.075 0.124 0.134 0.076 0.064 0.179 0.069 0.046 0.080 0.061 0.032 0.025 0.157 0.503 0.051 0.013 0.532 1.664 0.033 0.013 0.226 0.187 0.253 0.327 0.291 0.328 0.148 0.084 0.125 0.138 0.231 0.385 0.153 0.161 0.314 0.129 0.178 0.176 0.083 0.118 0.630 1.571 0.708 0.727 7788 chr3 119916831 119935796 + 0 NA intron (NM_153002, intron 2 of 8) L1MA9|LINE|L1 36829 NM_001168271 165829 Hs.333358 NM_153002 ENSG00000175697 GPR156 GABABL|PGR28 G protein-coupled receptor 156 protein-coding 1.766 nan 1.188 0.064 0.130 0.040 0.082 0.251 0.355 0.056 0.050 0.083 0.016 0.053 0.094 0.403 0.378 0.129 0.106 0.072 0.007 0.205 0.205 0.152 0.050 0.014 0.034 0.084 0.018 0.062 0.191 0.116 0.336 0.208 0.041 0.029 0.107 0.012 1.040 0.185 0.051 0.033 0.037 0.028 0.091 0.116 0.094 0.078 0.029 0.167 0.403 0.061 0.049 0.152 0.019 0.068 0.179 0.031 0.161 0.103 0.104 2.979 0.024 0.006 0.008 0.671 1.203 0.337 0.283 0.519 nan 3.127 0.773 0.401 0.382 nan 2.043 0.385 0.427 5.756 5.827 0.296 0.365 0.181 0.168 2.835 5.947 0.774 0.734 3643 chr14 66289137 66320280 + 0 NA Intergenic Intergenic 366888 NR_030355 693210 NR_030355 ENSG00000207781 MIR625 MIRN625|hsa-mir-625 microRNA 625 ncRNA nan nan 1.076 0.074 0.401 0.837 0.039 0.351 0.862 0.009 0.065 0.068 0.022 0.033 0.779 0.753 0.132 0.113 0.053 0.012 0.057 0.022 0.166 0.183 0.504 0.122 0.056 0.028 0.094 0.020 0.082 0.326 0.135 1.114 0.023 0.047 0.143 0.059 0.093 0.019 0.359 0.081 0.037 0.025 0.042 0.083 0.095 0.183 0.131 0.062 1.073 0.090 0.753 0.039 0.048 0.504 0.016 0.040 0.125 0.079 0.052 0.084 0.038 0.141 0.048 0.015 0.008 0.353 0.256 0.227 0.343 1.453 1.558 1.169 0.395 nan 0.395 0.491 0.856 0.701 nan 0.805 0.336 0.168 0.212 0.617 0.478 0.233 0.549 4.022 2.049 5325 chr18 47369834 47386357 + 0 NA TTS (NR_117096) TTS (NR_117096) 37702 NR_117096 103091864 Hs.646459 NR_117096 ENSG00000267322 SNHG22 SCARNA17|SCARNA17HG small nucleolar RNA host gene 22 ncRNA nan 1.438 1.311 0.822 0.702 1.925 1.501 0.222 0.512 0.129 0.160 0.613 0.004 0.616 0.255 2.060 0.095 0.079 0.500 0.382 0.061 0.042 0.161 0.061 0.326 0.294 0.149 0.134 0.267 0.630 0.485 1.165 0.236 1.440 0.389 0.492 0.306 0.040 0.055 0.430 0.179 0.262 0.229 0.294 1.026 0.400 0.595 0.127 0.738 0.277 0.655 1.546 2.060 0.510 0.504 0.326 0.565 0.190 0.597 0.200 0.258 0.316 0.144 0.112 0.175 0.272 0.225 0.441 0.419 0.655 1.598 1.258 1.287 5.838 1.686 0.268 0.243 0.309 0.609 1.356 1.311 0.847 0.867 0.316 0.445 1.412 2.261 0.211 nan 2.629 2.189 2346 chr11 126271055 126277776 + 0 NA intron (NM_001254758, intron 1 of 10) L2b|LINE|L2 1104 NM_001254758 6484 Hs.591947 NM_006278 ENSG00000110080 ST3GAL4 CGS23|NANTA3|SAT3|SIAT4|SIAT4C|ST-4|ST3GalA.2|ST3GalIV|STZ|gal-NAc6S ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 4 protein-coding 0.885 1.140 0.962 0.161 0.766 0.099 2.051 0.111 0.298 2.871 0.413 0.220 0.435 0.030 0.133 0.193 0.078 0.052 1.477 0.650 0.107 0.046 0.132 0.286 0.998 0.570 0.198 0.223 1.053 3.662 8.979 0.590 0.889 2.567 1.314 0.029 0.161 0.130 0.017 0.057 0.494 0.278 0.058 1.004 1.474 3.147 0.242 0.424 0.086 2.978 6.406 0.193 3.010 0.042 0.286 3.774 12.257 0.057 0.147 0.030 0.444 0.134 2.469 0.068 0.017 0.667 0.984 0.407 0.653 0.307 0.418 0.772 0.248 0.783 0.878 0.813 1.048 1.161 1.138 2.438 3.139 0.600 0.840 0.255 0.287 1.417 nan 0.393 0.516 2195 chr11 95933247 95942335 + 0 NA intron (NM_032427, intron 1 of 4) intron (NM_032427, intron 1 of 4) -136811 NR_036125 100422991 NR_036125 ENSG00000266192 MIR1260B mir-1260b microRNA 1260b ncRNA 1.058 nan 0.750 0.188 0.116 0.128 0.194 0.247 0.418 0.426 0.347 0.259 0.095 0.077 0.099 0.395 0.539 0.105 0.210 0.062 0.078 0.139 0.146 0.026 0.153 0.047 0.049 0.113 0.070 0.319 0.943 0.670 0.304 0.241 0.340 0.716 0.401 0.156 0.195 0.349 0.283 0.033 0.026 0.234 0.141 0.857 0.311 0.134 0.165 0.061 0.747 0.395 0.094 0.324 0.026 0.148 0.889 0.193 0.051 0.033 0.130 0.086 0.221 0.050 0.013 0.011 0.713 0.579 0.552 nan 0.384 0.416 0.152 0.058 0.794 0.824 5.907 6.038 0.127 0.169 0.406 0.265 0.363 0.444 2.029 3.225 0.334 nan 0.383 0.410 5546 chr19 13647013 13654514 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -33489 NM_023035 773 Hs.501632 NM_000068 ENSG00000141837 CACNA1A APCA|BI|CACNL1A4|CAV2.1|EA2|EIEE42|FHM|HPCA|MHP|MHP1|SCA6 calcium voltage-gated channel subunit alpha1 A protein-coding 1.137 1.013 0.798 0.038 0.634 0.593 0.113 0.428 0.655 0.013 0.052 0.050 0.008 0.079 0.048 0.229 0.081 0.064 0.014 0.025 0.025 1.045 0.438 1.324 0.068 0.019 0.010 0.072 0.097 nan 0.057 0.828 0.019 0.050 0.454 0.059 0.113 0.096 0.098 0.016 0.010 0.030 0.071 0.077 0.119 0.043 0.028 0.063 0.009 0.229 0.047 0.038 1.324 0.016 0.044 0.273 0.088 0.150 0.063 0.052 0.066 0.010 0.008 0.014 0.206 0.129 0.279 0.374 1.061 0.986 9.834 3.883 0.178 0.110 0.193 0.360 2.328 3.553 0.654 0.273 0.086 0.157 3.625 4.525 0.248 0.288 2.535 1.312 10591 chr7 107832208 107854988 + 0 NA intron (NM_001193584, intron 12 of 28) intron (NM_001193584, intron 12 of 28) 37016 NM_001037132 4897 Hs.21422 NM_005010 ENSG00000091129 NRCAM - neuronal cell adhesion molecule protein-coding nan 1.082 1.305 0.133 0.999 0.994 0.670 0.183 0.352 0.034 0.822 1.537 0.074 0.110 1.083 0.711 0.140 0.105 0.238 0.153 0.098 0.006 0.274 0.216 0.811 0.196 0.114 0.042 0.131 0.106 0.120 0.331 1.125 1.028 0.219 1.945 0.117 0.070 0.152 0.135 0.528 0.538 0.100 0.058 0.268 0.087 0.533 0.241 0.861 0.122 0.934 0.614 0.711 0.270 0.102 0.811 0.401 0.185 0.301 0.128 0.410 0.285 0.853 0.155 0.200 0.030 0.031 0.423 0.333 0.311 0.600 0.816 0.809 5.135 1.037 0.562 0.589 0.336 0.514 2.604 2.277 0.509 0.332 0.655 0.940 0.981 2.148 0.538 nan 1.606 1.047 6329 chr2 118469680 118477159 + 0 NA Intergenic AluSc5|SINE|Alu -98836 NM_006773 8886 Hs.744922 NM_006773 ENSG00000088205 DDX18 Has1|MrDb DEAD-box helicase 18 protein-coding 0.538 nan 0.675 0.068 0.084 0.030 0.047 0.128 0.379 0.106 0.037 0.017 0.072 0.037 0.102 0.060 0.065 0.014 0.050 0.012 0.105 0.086 0.208 0.021 0.019 0.019 0.046 0.014 0.021 0.046 0.095 nan 0.020 0.073 0.025 0.029 0.060 0.075 0.135 0.033 0.014 0.043 0.110 0.120 0.076 0.066 0.035 0.102 0.029 0.013 0.208 0.016 0.061 0.038 0.095 0.032 3.029 0.016 0.010 0.046 0.013 1.234 2.435 1.025 0.858 0.333 nan 0.173 0.089 0.936 1.001 0.134 0.214 0.219 0.294 0.380 0.242 8.608 5.723 0.033 0.020 0.115 0.523 0.204 0.346 5202 chr18 21690255 21696821 + 0 NA 5' UTR (NM_001292030, exon 1 of 9) 5' UTR (NM_001292030, exon 1 of 9) 221 NM_001292030 125488 Hs.128576 NM_153211 ENSG00000168234 TTC39C C18orf17|HsT2697 tetratricopeptide repeat domain 39C protein-coding 0.835 0.934 1.109 0.517 0.551 0.039 0.450 0.129 0.274 0.168 1.238 0.487 0.107 0.721 0.187 0.124 0.145 0.289 0.029 0.349 0.167 0.293 0.240 0.076 0.078 0.051 0.032 0.099 0.604 0.153 0.748 0.098 0.355 0.217 0.058 0.108 0.097 0.085 0.119 0.094 0.149 0.023 0.310 0.259 0.487 0.126 4.387 0.618 0.721 0.130 0.069 0.293 0.780 0.582 0.151 0.142 1.053 0.383 0.199 0.185 0.016 0.468 0.489 0.430 nan 0.685 0.658 5.605 1.500 0.277 0.231 0.293 0.534 0.522 0.557 0.319 0.179 0.193 0.303 0.932 1.408 0.277 0.965 1.629 1.220 2555 chr12 26122563 26143416 + 0 NA intron (NM_001164747, intron 1 of 5) intron (NM_001164747, intron 1 of 5) 6301 NM_001164747 11228 Hs.696433 NM_007211 ENSG00000123094 RASSF8 C12orf2|HOJ1 Ras association domain family member 8 protein-coding nan nan nan 0.083 0.272 0.021 0.215 0.094 0.158 0.005 0.174 0.600 0.015 0.067 0.085 0.098 0.144 0.054 0.202 0.145 0.223 0.020 0.136 0.141 0.074 0.139 0.007 0.050 0.180 0.045 0.125 0.146 0.106 0.483 0.102 0.147 0.045 0.078 0.111 0.251 0.053 0.097 0.040 0.045 0.057 0.066 0.148 0.727 0.122 0.218 0.042 0.090 0.098 0.218 0.031 0.074 0.023 0.071 0.060 0.301 0.084 0.079 0.047 2.415 0.230 0.025 0.022 0.284 0.342 0.236 0.522 0.246 0.346 0.149 0.094 0.421 0.465 0.254 0.388 0.448 0.476 0.740 0.471 0.124 0.283 0.047 0.087 1.768 4.755 0.182 0.253 3718 chr14 78629935 78650329 + 0 NA intron (NR_073547, intron 1 of 20) intron (NR_073547, intron 1 of 20) 3416 NR_073547 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.028 0.829 0.620 0.071 0.082 3.224 0.035 0.508 0.887 0.019 0.034 0.050 0.012 0.083 1.385 0.610 0.119 0.110 0.026 0.028 0.007 0.077 0.073 0.249 0.007 0.028 0.014 0.073 0.005 0.086 0.112 0.098 5.250 0.014 0.047 0.197 0.519 0.127 0.910 0.099 0.024 0.004 0.016 0.052 0.094 0.153 0.052 0.069 0.017 0.055 0.610 0.024 0.018 0.249 0.042 0.065 0.058 0.055 0.029 0.046 0.024 0.061 0.090 0.047 0.002 0.298 0.151 0.135 0.091 0.925 1.059 0.993 0.289 0.191 0.192 0.572 0.825 0.336 nan 0.550 0.293 0.089 0.140 0.677 0.715 0.196 0.294 2.709 nan 2475 chr12 10867701 10878412 + 0 NA intron (NM_003651, intron 1 of 9) intron (NM_003651, intron 1 of 9) 2897 NM_001145426 8531 Hs.221889 NM_003651 ENSG00000060138 YBX3 CSDA|CSDA1|DBPA|ZONAB Y-box binding protein 3 protein-coding 1.049 1.588 0.919 3.450 2.042 0.104 1.062 0.060 0.199 1.741 1.250 1.462 1.827 0.488 0.117 0.252 1.148 0.079 1.539 0.384 0.619 0.711 0.982 0.515 0.056 1.314 1.441 0.905 4.017 1.034 3.044 5.958 2.751 2.737 0.479 1.135 1.906 0.124 0.885 0.008 2.339 1.656 0.849 1.634 1.077 2.303 2.348 2.607 3.931 1.294 1.038 0.252 2.798 1.124 0.056 1.016 0.726 0.383 5.538 0.578 0.816 0.470 1.291 0.546 2.387 1.950 0.464 0.451 3.121 6.393 nan 0.792 1.278 0.404 14.193 14.476 1.260 1.799 2.243 4.326 2.480 3.052 0.520 1.436 0.074 0.103 2.455 3.441 0.736 0.651 3834 chr14 104651284 104673840 + 0 NA Intergenic Intergenic -27359 NR_146613 145195 Hs.534297 NR_146611 ENSG00000258913 C14orf144 - chromosome 14 open reading frame 144 (putative) ncRNA 1.097 0.639 0.497 0.064 0.074 3.947 0.064 0.092 0.173 0.017 0.056 0.032 0.014 0.044 0.291 0.102 0.087 0.043 0.028 0.008 0.042 0.025 0.116 0.143 0.694 0.108 0.048 0.029 0.048 0.028 0.118 0.595 0.137 2.817 0.039 0.168 0.079 0.044 0.076 0.011 0.024 0.106 0.141 0.052 0.010 0.071 0.069 0.133 0.158 0.069 0.014 0.650 0.102 0.044 0.037 0.694 0.083 0.095 0.301 0.146 1.670 0.107 1.037 0.258 0.040 0.015 0.007 1.038 1.643 0.965 0.729 1.375 1.273 0.197 0.106 0.058 0.076 3.018 3.362 0.740 1.123 1.327 1.213 1.236 1.783 0.422 0.420 0.327 0.468 1.974 1.063 11680 chr9 101866579 101885185 + 0 NA intron (NM_004612, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR 8511 NM_004612 7046 Hs.494622 NM_004612 ENSG00000106799 TGFBR1 AAT5|ACVRLK4|ALK-5|ALK5|ESS1|LDS1|LDS1A|LDS2A|MSSE|SKR4|TBR-i|TBRI|TGFR-1|tbetaR-I transforming growth factor beta receptor 1 protein-coding 1.677 1.052 1.801 0.265 0.847 0.100 0.369 0.341 0.764 0.093 0.931 0.434 0.104 0.063 0.288 0.481 0.864 0.087 0.541 0.112 0.105 0.164 0.270 0.210 0.712 0.287 0.301 0.486 0.296 0.090 0.422 0.573 0.263 1.476 0.147 0.374 0.072 0.320 0.114 0.131 0.372 0.857 0.317 0.276 0.100 0.074 0.424 0.407 0.718 0.672 0.296 0.691 0.481 0.794 0.476 0.712 0.073 0.475 0.539 0.868 0.389 0.363 0.178 1.278 0.493 0.106 0.071 0.753 0.874 1.139 1.386 1.420 1.199 0.772 0.332 0.817 0.675 1.281 1.483 1.478 nan 4.680 3.894 0.374 0.870 0.418 0.396 2.030 3.398 nan 0.742 9737 chr6 56750954 56758308 + 0 NA intron (NM_001144769, intron 3 of 96) intron (NM_001144769, intron 3 of 96) -37917 NM_001144770 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.060 0.889 nan 0.088 0.121 0.038 4.677 0.130 0.259 0.065 1.581 3.050 0.041 0.061 0.276 0.741 0.173 1.856 0.978 1.115 0.021 0.108 0.115 0.032 3.397 2.862 0.121 1.021 0.802 0.142 0.494 0.548 0.317 0.553 4.199 0.039 0.119 0.084 1.385 0.022 0.464 0.362 0.158 1.218 0.566 0.576 1.243 1.184 0.430 0.181 0.951 0.276 1.310 6.043 0.032 0.502 0.113 0.065 0.128 0.027 1.034 0.027 0.154 0.725 0.039 0.007 0.384 0.215 0.429 0.478 0.255 0.377 0.455 0.153 0.284 0.332 0.614 0.973 0.584 0.647 0.541 0.378 0.228 0.199 0.114 0.166 0.366 0.900 0.455 0.601 4084 chr15 76618838 76635029 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2132 NM_145805 64843 Hs.444677 NM_145805 ENSG00000159556 ISL2 - ISL LIM homeobox 2 protein-coding 1.386 1.066 1.261 0.493 0.126 0.152 0.586 0.247 0.412 0.178 0.497 1.939 0.176 0.112 0.094 0.809 0.659 0.100 0.276 0.105 0.501 0.787 0.137 0.134 0.333 0.197 0.084 0.937 1.277 0.541 0.522 1.308 0.145 1.248 0.045 2.064 0.441 1.000 0.060 0.124 0.622 0.603 0.209 0.082 0.081 0.099 0.172 0.546 1.539 0.606 0.657 0.868 0.809 0.390 0.522 0.333 0.238 1.139 0.408 0.957 0.038 0.102 0.981 2.162 0.042 0.153 0.173 1.865 1.681 1.440 1.816 0.951 0.670 1.378 0.375 1.876 2.027 0.811 1.104 0.166 0.220 2.891 2.687 1.667 2.804 1.551 1.033 4.105 5.757 0.742 0.490 5491 chr19 3356113 3372554 + 0 NA intron (NM_001245005, intron 1 of 9) MIR|SINE|MIR -2232 NM_005597 4782 Hs.170131 NM_005597 ENSG00000141905 NFIC CTF|CTF5|NF-I|NFI nuclear factor I C protein-coding 1.742 2.042 3.392 0.870 1.529 1.793 1.693 1.295 2.273 0.652 2.785 1.632 0.449 0.602 1.569 1.729 2.191 0.341 1.634 0.576 3.931 2.109 1.303 0.615 2.976 1.860 2.317 3.782 1.965 0.212 0.971 3.034 0.965 3.129 0.336 3.999 0.603 3.763 0.110 0.885 0.180 4.570 2.225 1.059 1.732 0.114 0.733 1.700 3.490 4.506 2.067 1.341 1.729 1.451 1.912 2.976 0.918 1.092 0.751 8.290 1.831 1.841 0.766 0.420 1.272 1.464 0.880 1.423 2.298 1.483 1.546 4.096 3.545 1.213 0.435 2.992 2.880 5.555 7.661 2.226 nan 5.557 5.753 0.952 1.525 1.694 1.434 0.655 0.964 1.446 0.912 297 chr1 40279464 40370392 + 0 NA intron (NM_001312691, intron 1 of 9) AluSx3|SINE|Alu 24255 NM_001312691 54802 Hs.356554 NM_017646 ENSG00000043514 TRIT1 COXPD35|GRO1|IPPT|IPT|IPTase|MOD5|hGRO1 tRNA isopentenyltransferase 1 protein-coding 13.685 1.241 nan 0.249 17.084 0.791 0.283 1.655 3.226 0.163 0.222 0.171 0.650 0.567 0.678 6.698 0.291 0.132 0.262 0.085 0.080 0.105 0.361 0.289 7.942 0.160 0.085 0.180 0.205 0.132 0.280 0.811 0.352 2.311 0.153 0.119 0.029 0.338 0.132 0.057 12.310 0.279 0.094 0.065 0.170 0.227 0.267 0.195 0.262 0.247 0.097 0.226 6.698 0.361 0.243 7.942 0.109 0.395 0.142 0.326 0.113 0.131 0.390 0.692 0.070 0.195 0.111 0.531 0.674 0.443 0.801 3.872 5.135 0.804 0.363 0.865 0.902 0.914 nan 40.269 34.804 0.812 0.658 0.799 nan 0.124 0.178 1.074 2.574 30.849 21.336 963 chr1 186640175 186653438 + 0 NA exon (NM_000963, exon 5 of 10) exon (NM_000963, exon 5 of 10) 2753 NM_000963 5743 Hs.196384 NM_000963 ENSG00000073756 PTGS2 COX-2|COX2|GRIPGHS|PGG/HS|PGHS-2|PHS-2|hCox-2 prostaglandin-endoperoxide synthase 2 protein-coding nan nan 1.474 1.520 0.193 0.017 0.302 0.121 0.144 0.014 0.404 0.762 0.309 0.037 0.067 0.221 1.948 0.133 0.755 0.459 0.806 0.031 0.294 0.322 0.057 0.407 0.239 0.027 1.381 0.602 1.375 2.821 5.222 0.662 0.508 2.193 0.065 0.124 0.137 0.425 0.018 0.217 0.222 0.106 1.093 0.168 0.146 0.339 1.545 0.133 0.589 1.709 0.221 0.813 0.014 0.057 1.342 0.299 0.030 0.364 0.010 0.147 0.283 0.205 0.406 0.004 0.023 0.705 0.591 1.384 1.826 0.978 nan 0.260 0.102 nan 9.204 0.942 1.166 0.657 0.669 0.739 0.500 0.971 1.428 0.724 0.831 0.516 nan 0.518 0.442 8582 chr4 149361793 149367527 + 0 NA promoter-TSS (NM_001166104) promoter-TSS (NM_001166104) -988 NM_001166104 4306 Hs.163924 NM_000901 ENSG00000151623 NR3C2 MCR|MLR|MR|NR3C2VIT nuclear receptor subfamily 3 group C member 2 protein-coding 0.634 2.330 1.856 1.815 0.520 0.010 0.640 0.195 0.401 0.894 0.438 0.055 0.088 0.620 0.067 1.639 0.139 1.320 0.200 0.024 0.333 0.157 0.188 0.913 0.390 0.101 6.651 2.111 1.312 2.146 3.938 4.470 0.865 0.018 0.150 0.227 0.079 0.330 0.014 0.579 0.589 0.409 1.664 0.040 0.203 0.384 0.767 2.194 1.673 0.268 0.067 1.092 0.081 0.188 0.363 0.461 0.017 0.396 0.143 0.014 0.586 0.239 0.917 0.099 0.026 0.434 0.917 1.899 3.050 0.200 0.220 0.344 0.114 0.654 0.886 0.246 0.485 1.048 1.408 0.567 0.377 0.366 1.246 1.732 1.348 0.574 1.698 0.380 0.432 10199 chr7 17009888 17060870 + 0 NA Intergenic Intergenic -113766 NM_176813 155465 Hs.100686 NM_176813 ENSG00000173467 AGR3 AG-3|AG3|BCMP11|HAG3|PDIA18|hAG-3 anterior gradient 3, protein disulphide isomerase family member protein-coding nan 1.170 nan 0.262 0.157 0.166 0.287 0.154 0.310 0.337 0.232 0.684 0.150 0.079 0.108 0.195 0.685 0.196 0.152 0.075 1.378 0.022 0.126 0.147 0.073 0.574 0.226 0.036 0.324 0.176 1.176 4.229 1.807 0.525 0.163 0.330 0.027 0.073 0.154 0.289 0.048 0.114 0.032 0.034 0.302 0.223 0.489 0.163 0.508 0.057 0.318 0.578 0.195 0.100 0.229 0.073 0.294 0.313 0.032 0.147 0.085 0.234 0.029 0.100 0.256 0.043 0.025 nan 0.247 0.286 0.581 0.359 0.433 0.640 0.269 0.332 0.333 0.179 0.383 0.340 0.357 0.231 0.101 0.104 0.172 0.135 0.205 0.218 0.388 0.558 0.538 9291 chr5 154970885 154991694 + 0 NA Intergenic T-rich|Low_complexity|Low_complexity 587974 NM_001099293 285643 Hs.567824 NM_001099293 ENSG00000226650 KIF4B - kinesin family member 4B protein-coding 1.097 nan 1.128 0.052 0.131 0.059 0.044 0.170 0.212 0.005 0.049 0.053 0.012 0.231 0.112 0.074 0.083 0.046 0.030 0.027 0.003 0.007 0.068 0.108 0.212 0.003 0.025 0.036 0.010 0.042 0.054 0.048 0.301 0.014 0.077 0.087 0.053 0.094 0.017 0.125 0.085 0.017 0.008 0.016 0.037 0.056 0.076 0.043 0.048 0.011 0.051 0.074 0.017 0.005 0.212 0.020 0.093 0.006 0.038 0.030 0.024 3.360 0.011 0.014 0.015 0.274 0.168 0.162 0.239 0.261 0.311 0.148 0.075 0.080 0.047 0.326 0.479 0.524 0.513 1.440 1.108 0.108 0.168 0.421 0.397 1.221 4.721 0.572 0.514 4959 chr17 71173764 71204284 + 0 NA promoter-TSS (NM_018714) promoter-TSS (NM_018714) -149 NM_018714 9382 Hs.103555 NM_018714 ENSG00000166685 COG1 CDG2G|LDLB component of oligomeric golgi complex 1 protein-coding 1.666 1.475 2.318 0.668 1.921 0.506 0.752 0.866 1.685 0.215 1.185 0.478 0.198 0.513 1.261 0.956 0.534 0.217 0.926 0.373 0.368 0.422 0.828 0.453 1.231 0.523 0.448 0.339 0.622 0.204 1.003 2.060 0.521 2.615 0.436 0.816 0.480 0.540 0.118 0.364 1.250 1.056 0.462 0.236 0.347 0.238 0.597 0.602 0.949 0.712 0.708 0.622 0.956 0.990 0.454 1.231 0.445 0.423 0.484 0.991 1.233 0.459 0.399 0.835 0.331 0.287 0.167 1.882 1.990 1.191 1.582 1.696 1.741 2.013 0.690 1.394 1.396 nan 1.775 2.712 3.260 3.225 3.234 0.732 1.320 1.399 1.608 1.423 2.849 nan 0.884 4931 chr17 64698013 64727792 + 0 NA intron (NM_002737, intron 8 of 16) intron (NM_002737, intron 8 of 16) -70288 NR_030364 693219 NR_030364 ENSG00000207943 MIR634 MIRN634|hsa-mir-634 microRNA 634 ncRNA 0.937 nan 0.976 0.126 0.499 0.372 0.402 0.372 0.707 0.033 0.187 0.143 0.021 0.268 0.123 0.905 0.233 0.168 0.174 0.095 0.557 0.042 0.386 0.324 0.530 0.198 0.132 0.059 0.112 0.138 1.483 5.535 0.296 3.538 0.672 0.306 0.134 0.062 0.102 0.491 0.114 0.096 0.057 0.039 0.562 0.522 0.192 0.218 1.386 0.091 1.142 0.499 0.905 0.221 0.174 0.530 0.301 0.235 0.110 0.121 0.651 0.143 0.066 0.130 0.056 0.035 0.026 0.540 0.544 0.260 0.424 0.579 0.637 2.790 0.931 0.302 0.299 0.482 nan 1.896 1.998 0.700 0.445 0.267 0.387 0.559 0.794 0.273 0.348 1.040 0.800 6340 chr2 121704992 121722826 + 0 NA intron (NM_005270, intron 4 of 12) L2a|LINE|L2 159042 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 0.922 nan nan 0.101 0.059 3.632 0.493 0.091 0.186 0.011 0.303 0.046 0.021 0.027 0.190 0.395 0.148 0.054 0.024 0.011 0.085 0.015 0.080 0.097 0.060 0.348 0.109 0.082 0.071 0.103 0.059 0.224 0.060 0.542 0.109 0.027 0.061 0.087 0.039 0.044 0.218 0.081 0.039 0.025 0.048 0.076 0.207 0.718 0.048 0.057 0.142 0.395 0.042 0.062 0.060 0.083 0.051 0.158 0.165 0.025 0.075 0.051 0.331 0.081 0.074 0.035 0.412 0.496 0.353 0.424 0.370 0.445 0.237 0.117 0.588 0.497 0.454 0.737 1.470 1.166 0.618 0.601 0.307 0.386 0.072 0.082 0.610 1.048 0.549 0.393 2031 chr11 66843156 66849866 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 22222 NM_001300886 29984 Hs.15114 NM_014578 ENSG00000173156 RHOD ARHD|RHOHP1|RHOM|Rho ras homolog family member D protein-coding nan 0.765 0.771 0.343 0.175 0.162 2.556 0.255 0.504 2.221 0.646 0.759 0.119 0.148 0.185 0.434 0.139 0.218 1.415 0.959 0.131 0.076 0.114 0.111 0.200 1.213 1.061 0.187 0.741 2.076 1.187 3.338 0.509 0.549 3.233 0.671 0.041 0.163 0.089 0.035 0.139 0.823 0.107 0.140 2.037 2.464 2.364 0.304 1.562 0.272 0.223 2.476 0.434 2.092 0.194 0.200 1.805 4.295 0.070 0.699 0.196 0.886 0.074 0.204 0.058 0.034 0.019 0.584 0.847 0.368 0.642 0.781 0.837 0.994 0.364 0.681 0.593 0.358 0.725 0.685 0.832 1.694 1.580 0.592 0.581 0.193 0.364 0.686 1.732 0.520 0.503 5627 chr19 36234844 36237952 + 0 NA promoter-TSS (NM_001281532) promoter-TSS (NM_001281532) -55 NR_110173 199746 Hs.351558 NM_144987 ENSG00000161265 U2AF1L4 U2AF1-RS3|U2AF1L3|U2AF1L3V1|U2AF1RS3|U2af26 U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1 like 4 protein-coding 5.939 2.795 5.021 4.677 9.883 3.092 1.707 3.024 4.874 2.365 5.118 3.179 2.331 2.180 4.878 3.768 2.573 0.054 3.956 1.813 3.946 1.549 1.653 0.836 3.908 1.724 2.275 3.429 2.851 1.255 4.235 6.104 3.296 26.110 1.827 3.144 0.644 4.633 0.132 1.557 1.662 6.867 4.697 2.358 2.079 1.039 3.436 2.547 7.542 10.054 2.505 2.102 3.768 6.953 2.910 3.908 1.967 2.457 1.250 4.828 2.735 1.853 2.854 2.220 2.107 1.074 0.469 2.707 3.729 4.071 6.003 5.791 5.344 6.836 3.652 12.948 13.713 4.210 5.142 6.986 10.111 nan 4.458 3.729 5.265 5.319 5.578 4.201 6.419 3.756 1.791 8798 chr5 17212979 17230766 + 0 NA intron (NM_006317, intron 1 of 1) intron (NM_006317, intron 1 of 1) 4202 NM_006317 10409 Hs.201641 NM_006317 ENSG00000176788 BASP1 CAP-23|CAP23|NAP-22|NAP22 brain abundant membrane attached signal protein 1 protein-coding nan nan nan 0.166 0.316 1.127 1.592 0.594 1.358 0.616 0.916 0.535 0.549 0.050 0.030 1.392 0.317 0.216 2.445 0.683 3.302 0.328 2.223 1.436 1.827 1.025 0.813 0.789 0.352 0.433 1.669 5.164 1.827 nan 0.462 1.650 0.123 0.098 0.111 0.524 0.031 0.124 0.263 0.171 0.251 0.530 0.065 1.030 1.883 0.642 0.252 0.320 1.392 0.969 0.026 1.827 0.658 2.289 0.267 2.445 0.057 1.147 0.654 0.194 0.205 0.037 0.013 0.252 0.136 1.443 1.855 5.187 4.522 2.425 0.714 1.796 1.729 nan 2.625 1.438 2.249 1.897 1.588 0.687 1.716 0.581 0.502 0.625 nan 3.085 1.709 980 chr1 192309699 192322375 + 0 NA intron (NM_001039152, intron 2 of 4) intron (NM_001039152, intron 2 of 4) 29915 NM_001039152 431704 Hs.558673 NM_001039152 ENSG00000253148 RGS21 - regulator of G protein signaling 21 protein-coding 0.949 nan 0.907 0.114 0.055 0.019 0.072 0.077 0.215 0.104 0.044 0.005 0.024 0.099 0.201 0.168 0.127 0.200 0.090 0.025 0.098 0.118 0.162 0.028 0.038 0.029 0.006 0.080 0.095 0.085 0.110 0.274 0.023 0.054 0.015 0.069 0.116 0.009 0.006 0.036 0.009 0.044 0.012 0.107 0.095 0.039 0.005 0.006 0.035 0.201 0.062 0.007 0.028 0.077 0.013 0.123 0.009 0.032 0.006 0.094 0.235 0.018 0.018 0.020 2.181 0.928 5.606 2.777 0.289 0.425 0.187 0.081 2.357 2.406 0.448 nan 0.214 0.273 1.146 0.903 0.118 0.335 0.053 0.116 0.640 1.081 0.181 0.318 1596 chr10 96968667 97008197 + 0 NA exon (NM_207321, exon 11 of 11) exon (NM_207321, exon 11 of 11) 34475 NM_207321 142827 Hs.134229 NM_207321 ENSG00000173124 ACSM6 C10orf129|bA310E22.3 acyl-CoA synthetase medium chain family member 6 protein-coding 0.687 0.801 0.617 0.117 0.133 0.091 3.021 0.139 0.286 0.947 1.792 2.446 0.293 0.091 0.053 0.143 0.523 0.151 0.784 0.575 2.430 0.028 0.142 0.091 0.327 1.523 1.229 0.483 0.515 1.599 0.425 0.787 0.323 0.554 0.835 2.829 0.012 0.313 0.074 0.663 0.098 1.600 0.760 0.382 0.876 0.758 1.385 0.868 0.292 0.157 0.054 0.449 0.143 1.070 1.497 0.327 0.592 0.373 0.024 0.176 0.057 2.294 0.037 0.097 0.836 1.532 1.064 0.278 0.181 0.346 0.630 0.402 0.512 0.277 0.142 0.110 0.110 0.257 0.450 nan 0.943 0.367 0.298 0.127 0.177 0.069 0.089 0.206 0.458 0.324 0.336 5957 chr2 23885968 23893675 + 0 NA intron (NM_052920, intron 5 of 13) intron (NM_052920, intron 5 of 13) 260163 NR_125717 54454 Hs.467862 NM_017552 ENSG00000119778 ATAD2B - ATPase family, AAA domain containing 2B protein-coding 1.023 0.448 1.065 0.066 0.058 0.124 0.119 0.143 0.273 0.040 0.156 0.016 0.025 0.134 0.334 0.172 0.085 0.068 0.073 0.016 0.036 0.164 0.151 0.316 0.045 0.027 0.057 0.095 0.052 0.268 0.074 0.869 0.067 0.025 0.098 0.052 0.016 0.113 0.288 0.042 0.019 0.124 0.087 0.142 0.158 0.103 0.010 0.146 0.334 0.090 0.024 0.316 0.032 0.538 0.093 0.118 0.062 0.078 0.160 0.009 0.030 0.033 1.559 2.466 5.592 3.291 0.363 0.534 0.643 0.213 1.983 2.233 1.133 1.637 1.355 nan 0.499 0.339 0.414 0.492 0.205 0.247 0.378 0.422 1.033 0.653 7941 chr3 156776092 156786143 + 0 NA Intergenic Intergenic -18513 NR_135546 105374177 Hs.634263 NR_135546 ENSG00000241544 LINC02029 - long intergenic non-protein coding RNA 2029 ncRNA nan 0.949 0.750 0.171 0.114 0.056 0.295 0.226 0.375 0.019 0.132 0.073 0.025 0.069 0.080 0.319 0.514 0.163 0.125 0.113 0.032 0.014 0.258 0.219 0.119 0.117 0.029 0.029 0.068 0.073 0.071 0.258 0.084 0.423 0.029 0.054 0.076 0.054 0.083 0.023 0.093 0.120 0.018 0.031 0.087 0.061 0.133 0.120 0.121 0.192 0.039 0.107 0.319 0.039 0.157 0.119 0.036 0.042 0.461 0.167 0.136 0.040 0.535 0.196 0.021 0.016 0.025 2.511 3.123 6.348 2.490 0.321 0.481 1.060 0.420 1.698 1.911 2.931 nan 0.281 0.346 0.724 0.368 0.534 1.183 0.187 0.146 0.377 0.383 0.788 0.732 2697 chr12 54647665 54663691 + 0 NA intron (NM_012117, intron 1 of 4) intron (NM_012117, intron 1 of 4) -2308 NM_001127321 23468 Hs.349283 NM_012117 ENSG00000094916 CBX5 HEL25|HP1|HP1A chromobox 5 protein-coding nan 1.765 1.363 0.558 0.128 0.356 0.493 0.504 1.148 0.077 2.038 5.365 0.027 0.827 1.169 1.950 1.713 0.342 0.751 0.225 1.970 0.009 1.229 0.810 1.373 0.708 0.338 1.529 0.809 0.502 0.534 1.088 0.115 1.888 0.318 1.342 1.093 0.426 0.084 0.063 1.177 2.621 1.875 0.904 0.967 0.349 0.196 0.342 1.041 2.063 1.397 0.363 1.950 0.266 0.463 1.373 0.383 0.109 0.545 0.546 1.148 1.273 0.635 3.415 1.122 1.049 0.473 nan 2.432 0.750 1.668 2.165 nan 3.932 2.119 0.594 0.555 2.323 nan 2.378 nan 4.896 3.878 0.698 1.207 3.228 3.345 3.291 8.668 2.461 1.167 2097 chr11 73561588 73589375 + 0 NA non-coding (NR_134658, exon 7 of 7) non-coding (NR_134658, exon 7 of 7) -12263 NM_001267806 80227 Hs.525017 NM_025155 ENSG00000175575 PAAF1 PAAF|Rpn14|WDR71 proteasomal ATPase associated factor 1 protein-coding nan 1.115 1.015 0.497 0.944 2.550 0.999 0.542 0.971 0.306 0.597 0.545 0.517 0.437 0.644 0.880 0.396 0.186 0.381 0.212 0.400 0.244 0.426 0.272 0.817 0.509 0.450 0.244 0.392 0.412 0.700 nan 0.517 1.572 0.379 0.471 0.164 0.701 0.123 0.188 0.361 1.261 0.521 0.311 0.595 0.427 1.114 0.656 0.626 0.520 2.202 0.633 0.880 0.447 0.957 0.817 0.347 0.444 0.291 0.878 0.546 0.587 0.548 0.413 0.358 0.245 0.184 1.959 1.618 1.095 1.428 1.887 1.885 1.826 0.718 4.138 4.557 1.479 2.025 1.786 2.537 1.435 1.386 1.182 1.791 1.227 1.478 0.953 1.522 1.599 0.929 6423 chr2 155847348 155893166 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 315164 NM_001260509 3760 Hs.591606 NM_002239 ENSG00000162989 KCNJ3 GIRK1|KGA|KIR3.1 potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 protein-coding nan 0.750 nan 0.047 0.104 0.039 0.028 0.154 0.283 0.008 0.068 0.024 0.015 0.031 0.029 0.064 0.086 0.098 0.097 0.012 0.022 0.012 0.115 0.127 0.086 0.001 0.003 0.011 0.052 0.012 0.051 0.058 0.056 0.304 0.035 0.046 0.023 0.028 0.075 0.018 0.048 0.033 0.011 0.007 0.029 0.018 0.063 0.059 0.023 0.060 0.019 0.026 0.064 0.020 0.018 0.086 0.027 0.018 0.056 0.020 0.033 0.022 0.065 0.068 0.018 0.011 0.003 0.318 0.260 0.177 0.189 0.119 0.151 0.463 0.166 0.283 0.245 7.536 8.108 0.209 0.257 0.457 0.240 0.135 0.247 0.112 0.155 0.325 0.478 0.299 0.284 1651 chr10 112616662 112634485 + 0 NA Intergenic Intergenic 5089 NR_026932 282997 Hs.599931 NR_026932 PDCD4-AS1 - PDCD4 antisense RNA 1 ncRNA 2.527 nan 4.272 0.271 1.163 1.366 0.984 3.026 5.969 0.783 1.262 1.177 0.274 0.427 1.904 0.653 1.970 0.217 1.120 0.498 0.877 1.571 0.543 0.319 1.830 1.705 1.595 0.724 1.284 0.852 0.870 1.743 0.728 2.310 0.408 1.559 0.370 0.772 0.108 0.305 1.138 1.005 0.468 0.201 0.918 0.874 0.641 0.507 1.749 0.890 0.797 1.835 0.653 1.452 1.568 1.830 0.631 1.102 0.524 0.884 1.371 0.856 0.977 1.104 0.431 0.233 0.133 1.937 2.806 1.519 1.976 1.272 1.108 3.939 1.476 1.195 1.204 1.598 2.006 3.821 4.633 1.419 1.348 0.928 1.463 1.249 1.283 1.687 2.975 1.706 0.894 11502 chr9 27419068 27438690 + 0 NA intron (NM_024761, intron 2 of 3) MamGypLTR1a|LTR|Gypsy -95433 NM_020124 56832 Hs.591083 NM_020124 ENSG00000147896 IFNK IFNT1|INFE1 interferon kappa protein-coding 0.803 nan nan 0.533 0.655 0.255 0.332 0.229 0.472 0.726 0.043 0.014 2.559 0.026 0.150 0.729 0.065 0.139 0.425 0.290 0.081 0.014 0.295 0.179 0.610 0.011 0.015 0.090 0.253 0.348 0.515 1.485 0.255 1.716 0.345 0.075 0.048 0.044 0.100 0.024 1.275 0.051 0.033 0.036 0.345 0.539 0.152 0.102 0.087 0.065 0.236 1.074 0.729 0.840 0.024 0.610 0.733 0.844 0.069 0.036 0.047 0.025 0.101 0.189 0.100 0.028 0.686 0.689 0.279 0.727 0.603 0.633 2.858 0.789 0.139 0.117 0.399 0.680 0.161 0.392 0.352 0.138 0.125 0.235 0.407 0.321 0.166 0.347 1.094 0.905 5451 chr18 77000316 77023871 + 0 NA intron (NM_198531, intron 11 of 29) MIRb|SINE|MIR -143679 NM_001278669 4772 Hs.534074 NM_006162 ENSG00000131196 NFATC1 NF-ATC|NF-ATc1.2|NFAT2|NFATc nuclear factor of activated T cells 1 protein-coding nan nan 0.632 0.064 0.415 0.053 0.347 0.215 0.376 0.024 0.161 0.137 0.005 0.084 0.114 0.376 0.108 0.034 0.094 0.016 0.020 0.041 0.387 0.203 0.498 0.126 0.150 0.186 0.058 0.045 0.061 0.077 0.051 0.594 0.075 0.287 0.142 0.126 0.075 0.050 0.067 0.321 0.063 0.027 0.023 0.032 0.146 0.204 0.169 0.105 0.067 0.111 0.376 0.106 0.200 0.498 0.047 0.064 0.054 0.086 0.182 0.193 0.027 0.068 0.061 0.015 0.011 0.403 0.276 0.460 0.914 0.674 nan 10.800 4.757 0.840 0.882 0.192 0.336 0.707 nan 0.351 0.200 0.151 0.259 0.821 1.648 0.204 0.275 1.280 0.680 10496 chr7 91509116 91526493 + 0 NA Intergenic SVA_F|Other|Other -7770 NM_006980 7978 Hs.532216 NM_006980 ENSG00000127989 MTERF1 MTERF mitochondrial transcription termination factor 1 protein-coding nan 1.033 nan 0.346 0.410 0.232 0.872 0.341 0.591 0.125 0.453 0.622 0.032 0.218 0.359 0.627 0.545 0.129 0.516 0.267 0.101 0.080 0.405 0.276 0.482 0.177 0.113 0.179 1.151 0.398 0.645 1.128 1.461 0.867 0.420 0.395 0.180 0.499 0.178 0.371 0.186 0.297 0.198 0.090 0.413 0.948 0.361 0.310 0.361 0.536 0.218 0.211 0.627 1.051 1.046 0.482 0.336 0.267 0.186 0.274 0.264 0.345 0.404 1.618 0.122 0.089 0.059 0.985 0.890 0.458 0.682 0.826 0.812 2.575 0.756 1.090 1.149 0.707 0.988 0.770 0.717 2.029 2.206 0.661 1.010 1.419 1.138 2.447 nan 1.316 0.986 9403 chr6 4014467 4024513 + 0 NA Intergenic Intergenic -2079 NR_146784 8899 Hs.159014 NM_003913 ENSG00000112739 PRPF4B PR4H|PRP4|PRP4H|PRP4K|dJ1013A10.1 pre-mRNA processing factor 4B protein-coding 6.034 3.194 5.189 1.917 5.106 1.835 1.601 2.504 4.243 0.722 3.811 2.146 1.830 0.874 2.709 4.210 2.882 0.472 3.431 1.076 4.077 3.904 1.930 1.015 5.561 1.671 1.564 0.646 1.585 0.870 4.390 5.805 3.508 2.852 1.438 2.226 0.835 4.288 0.184 0.901 2.813 4.661 2.843 1.445 1.097 0.810 2.551 4.069 1.814 5.469 2.385 1.883 4.210 4.513 3.641 5.561 1.051 1.580 1.042 3.555 2.454 1.932 1.861 4.075 2.156 0.871 0.602 5.676 5.102 6.109 8.955 7.838 6.868 5.756 2.908 11.209 11.608 4.370 5.238 4.582 7.672 6.790 7.465 2.464 4.981 4.505 4.574 6.765 10.407 2.687 1.356 11234 chr8 119566919 119572960 + 0 NA intron (NR_109794, intron 2 of 4) intron (NR_109794, intron 2 of 4) -63301 NR_038210 552860 Hs.571527 NR_038210 ENSG00000281641 SAMD12-AS1 C8orf26|NCRNA00252 SAMD12 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.887 0.059 0.176 0.037 0.131 0.106 0.289 0.015 0.104 0.143 0.067 0.044 0.021 0.334 0.096 0.251 0.216 0.032 0.078 0.039 0.105 0.057 0.012 0.064 0.086 0.108 0.208 0.094 0.555 0.120 0.081 0.081 0.020 0.013 0.076 0.040 0.013 0.128 0.013 0.210 0.115 0.040 0.141 0.052 0.055 0.021 0.130 0.105 0.040 0.033 0.010 0.054 0.013 0.292 0.287 0.038 0.019 0.880 0.666 8.091 2.668 0.455 0.510 nan 0.158 0.931 nan 0.256 nan 0.345 0.403 0.461 0.234 0.330 0.578 0.041 0.059 0.307 0.952 0.520 0.321 6778 chr2 242283691 242296569 + 0 NA intron (NM_001008491, intron 13 of 13) intron (NM_001008491, intron 13 of 13) -5534 NM_001282983 9855 Hs.726316 NM_014808 ENSG00000006607 FARP2 FIR|FRG|PLEKHC3 FERM, ARH/RhoGEF and pleckstrin domain protein 2 protein-coding 1.272 nan 1.333 0.910 0.753 0.389 0.582 0.296 0.902 0.172 0.678 0.299 0.169 0.501 0.494 0.427 0.180 0.042 1.163 0.425 4.564 0.267 0.341 0.211 0.969 0.480 0.328 0.528 0.843 0.303 0.632 1.207 1.455 1.840 0.269 0.460 0.071 0.715 0.129 0.339 0.203 0.448 0.391 0.268 0.592 0.679 0.884 0.296 1.733 0.788 1.945 0.465 0.427 0.980 0.395 0.969 0.144 0.296 0.136 1.023 0.300 0.422 0.825 0.289 0.244 0.278 0.154 0.815 1.295 0.910 1.470 0.827 0.798 0.708 0.213 1.392 1.438 0.710 1.057 1.118 1.330 0.995 1.185 0.637 1.363 0.375 0.290 1.204 1.205 0.428 0.314 2123 chr11 77732550 77763869 + 0 NA intron (NM_001203261, intron 2 of 2) intron (NM_001203261, intron 2 of 2) 9028 NM_001282406 65987 Hs.709780 NM_023930 ENSG00000151364 KCTD14 - potassium channel tetramerization domain containing 14 protein-coding nan 1.670 1.153 0.645 0.852 2.470 2.419 0.517 1.052 0.945 0.912 0.997 0.046 0.156 0.363 1.359 0.873 0.283 1.039 0.478 0.085 0.022 0.696 0.383 1.705 1.672 1.254 0.182 0.622 0.852 1.179 nan 2.635 3.014 0.797 0.265 0.426 0.229 0.133 0.493 0.208 2.494 2.995 1.256 2.414 1.602 1.586 1.275 0.554 0.639 1.530 1.284 1.359 0.846 1.922 1.705 0.270 0.262 0.339 0.794 1.209 1.225 0.070 0.238 1.005 0.054 0.021 0.627 1.275 0.455 0.952 3.712 4.035 2.189 0.810 0.865 1.045 2.327 3.108 1.498 1.862 1.023 0.938 0.426 0.495 2.554 2.674 0.515 1.309 2.265 1.310 8713 chr5 1630285 1645792 + 0 NA Intergenic Intergenic -3918 NR_003713 728613 Hs.720393 NR_003713 LOC728613 - programmed cell death 6 pseudogene pseudo 1.251 1.877 2.841 0.394 1.449 1.456 1.202 0.640 1.195 0.622 0.516 0.632 0.092 0.511 0.824 1.370 0.445 0.262 1.466 0.402 0.856 0.816 0.751 0.573 3.921 0.800 0.634 0.833 0.804 0.150 1.555 3.084 0.949 2.658 0.194 0.654 0.110 0.857 0.125 0.166 0.198 0.357 1.671 0.895 0.322 0.366 0.323 0.459 0.756 1.006 1.182 1.459 1.370 1.602 2.566 3.921 0.499 0.739 0.544 0.586 1.285 0.567 0.266 0.120 0.104 0.282 0.148 0.879 1.185 1.229 nan 2.961 2.868 2.171 0.512 0.579 0.612 1.689 2.608 nan 2.477 nan 1.449 0.715 1.041 0.674 0.675 0.360 0.446 1.621 nan 11949 chrX 53709307 53714226 + 0 NA intron (NM_031407, intron 2 of 83) intron (NM_031407, intron 2 of 83) 1908 NM_031407 10075 Hs.136905 NM_031407 ENSG00000086758 HUWE1 ARF-BP1|HECTH9|HSPC272|Ib772|LASU1|MULE|URE-B1|UREB1 HECT, UBA and WWE domain containing 1, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 5.852 3.932 2.770 2.551 4.614 2.858 1.846 4.673 8.129 1.474 1.700 1.967 1.546 0.948 3.030 2.902 2.287 0.167 3.188 1.034 2.018 2.366 2.682 1.004 4.448 1.940 2.497 1.871 4.510 1.430 1.737 2.592 2.083 12.117 1.891 4.941 0.828 5.235 0.131 1.087 2.679 3.164 3.503 1.660 2.146 1.591 2.066 5.737 4.158 3.899 1.060 3.448 2.902 2.651 2.271 4.448 0.992 2.137 1.274 2.694 5.012 3.146 2.452 2.582 1.497 2.378 1.464 3.456 3.218 7.940 9.080 11.806 9.928 8.209 4.851 18.935 19.501 4.000 5.026 9.270 17.412 13.536 14.575 5.391 8.503 5.017 5.573 11.616 9.038 3.748 1.834 9991 chr6 145848877 145857955 + 0 NA Intergenic LTR22C|LTR|ERVK -202589 NR_038246 100507557 Hs.124537 NR_038244 ENSG00000235652 LOC100507557 - uncharacterized LOC100507557 ncRNA nan 0.900 nan 0.056 0.397 0.031 0.220 0.194 0.409 0.021 0.077 0.059 0.013 0.034 0.724 0.270 0.041 0.035 0.115 0.021 0.056 0.045 0.705 0.247 0.586 0.053 0.032 0.017 0.065 0.012 0.072 0.902 0.055 0.853 0.065 0.036 0.084 0.047 0.103 0.065 0.061 0.053 0.025 0.048 0.008 0.117 0.078 0.045 0.085 0.017 0.125 0.270 0.060 0.040 0.586 0.054 0.018 0.051 0.022 0.034 0.022 0.067 0.293 0.019 0.011 1.158 0.866 10.855 7.471 0.432 0.488 0.177 0.100 0.238 0.270 0.118 0.164 0.092 0.143 0.555 0.253 0.305 0.416 0.124 0.265 0.157 0.263 1.317 0.768 9547 chr6 30580684 30587687 + 0 NA intron (NR_072994, intron 2 of 19).2 intron (NR_072994, intron 2 of 19).2 899 NR_072994 5514 Hs.106019 NM_002714 ENSG00000204569 PPP1R10 CAT53|FB19|PNUTS|PP1R10|R111|p99 protein phosphatase 1 regulatory subunit 10 protein-coding 8.689 5.031 nan 4.937 7.917 6.702 5.102 3.872 7.588 1.593 4.693 3.156 2.782 2.782 5.128 5.788 6.363 0.302 4.041 1.135 4.097 4.094 3.878 1.956 10.180 4.416 5.017 0.879 3.194 2.612 6.114 6.740 6.780 15.693 2.400 5.223 1.800 8.201 0.269 1.903 4.609 4.655 4.976 1.890 2.632 2.758 6.112 7.285 2.362 6.474 5.751 3.512 5.788 4.721 5.722 10.180 2.227 3.243 1.675 4.590 2.280 4.129 2.959 3.466 2.990 1.950 1.772 13.387 14.252 8.933 nan nan 15.546 12.161 9.474 23.102 25.032 8.156 10.334 13.017 17.383 14.793 15.421 8.352 10.822 10.925 11.879 12.828 10.986 5.933 2.734 10071 chr6 163833778 163838118 + 0 NA promoter-TSS (NR_037593) promoter-TSS (NR_037593) 273 NM_001301085 9444 Hs.510324 NM_006775 ENSG00000112531 QKI Hqk|QK|QK1|QK3|hqkI QKI, KH domain containing RNA binding protein-coding 1.047 nan 8.489 6.290 4.808 0.004 2.745 2.377 4.489 1.566 2.805 2.235 3.087 1.597 2.941 7.691 4.509 0.478 4.272 1.004 3.994 4.959 1.016 0.778 6.289 5.606 8.191 5.056 5.044 1.431 4.443 6.028 4.714 4.546 0.370 3.090 2.218 8.082 0.113 1.388 0.258 8.455 8.880 4.364 2.564 2.512 3.675 3.826 6.339 12.197 1.658 3.007 7.691 5.774 3.182 6.289 2.059 3.030 0.389 7.018 2.474 2.824 1.457 1.479 3.404 2.418 1.520 3.093 6.429 7.050 9.545 11.523 7.161 9.435 4.431 13.302 11.885 0.953 1.433 3.080 5.623 nan 8.886 1.407 5.596 7.950 5.510 6.989 4.773 1.666 1.052 10429 chr7 74507546 74512293 + 0 NA intron (NM_001003795, intron 1 of 15) intron (NM_001003795, intron 1 of 15) 1572 NM_173537 84163 Hs.647017 NM_173537 ENSG00000196275 GTF2IRD2 FP630|GTF2IRD2 alpha|GTF2IRD2A GTF2I repeat domain containing 2 protein-coding nan 3.157 4.748 3.136 4.684 6.826 4.111 4.035 6.572 2.883 6.067 5.175 2.885 3.488 5.359 7.162 5.465 0.899 3.479 0.676 4.432 3.623 4.738 2.472 5.946 6.822 9.929 3.767 7.090 1.417 6.103 7.640 6.996 8.922 1.667 9.088 1.846 5.258 0.319 1.560 3.598 6.369 3.367 1.709 2.033 4.106 2.840 5.395 5.365 8.014 2.610 3.624 7.162 6.594 9.328 5.946 3.461 4.461 2.617 3.968 3.735 3.675 1.948 1.499 3.834 2.365 1.873 6.547 7.128 4.777 nan 9.973 8.459 7.855 6.012 7.686 7.831 2.799 nan 7.819 nan 6.496 7.107 5.059 7.677 6.616 6.294 6.686 5.713 5.959 3.091 5594 chr19 29008571 29017865 + 0 NA intron (NR_110759, intron 5 of 9) MER41A|LTR|ERV1 -84377 NR_135636 102724908 NR_135636 ENSG00000266976 LOC102724908 - uncharacterized LOC102724908 ncRNA nan 1.333 0.645 0.047 0.169 0.258 0.050 0.224 0.503 0.008 0.092 0.069 0.043 0.115 0.069 0.097 0.106 0.057 0.021 0.015 0.084 0.133 0.049 0.007 0.015 0.024 0.072 0.060 0.037 0.074 8.812 0.032 0.059 0.021 0.012 0.112 0.008 0.020 0.026 0.008 0.016 0.083 0.205 0.096 0.108 0.009 0.037 0.069 0.046 0.010 0.049 0.013 0.045 0.053 0.043 0.119 0.150 0.026 0.049 0.012 0.026 0.253 0.068 0.217 0.412 0.194 0.277 0.128 0.046 0.068 0.089 0.206 0.248 0.120 0.147 0.316 0.069 0.226 0.259 0.302 0.076 0.058 0.162 4.921 2.226 3701 chr14 75985870 75991205 + 0 NA promoter-TSS (NM_006399) promoter-TSS (NM_006399) -247 NM_006399 10538 Hs.509964 NM_006399 ENSG00000156127 BATF B-ATF|BATF1|SFA-2|SFA2 basic leucine zipper ATF-like transcription factor protein-coding 1.076 0.886 0.695 0.413 0.165 0.041 0.589 0.209 0.152 0.611 0.118 0.489 1.606 0.149 0.121 0.216 0.166 0.209 0.159 0.035 0.024 0.025 0.185 0.225 2.639 1.601 0.014 0.508 1.524 1.853 5.490 3.579 1.193 0.544 0.061 0.054 0.061 0.124 0.244 0.042 0.105 0.135 0.190 1.146 0.259 8.053 0.264 0.458 0.054 0.945 5.454 0.216 0.429 0.262 0.225 0.755 8.723 0.034 0.100 0.135 0.148 0.037 0.063 0.143 0.043 0.233 0.251 0.389 1.228 0.783 0.682 0.169 0.080 0.545 0.484 0.203 0.300 0.558 nan 0.450 0.278 0.164 0.349 0.056 0.141 0.094 0.172 0.652 nan 2675 chr12 52256886 52290144 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -8278 NM_001304460 341405 Hs.433492 NM_182608 ENSG00000167612 ANKRD33 C12orf7|PANKY ankyrin repeat domain 33 protein-coding nan 0.911 1.433 0.045 0.243 0.186 0.154 0.224 0.355 0.012 0.093 0.052 0.011 0.030 0.181 0.258 0.144 0.097 0.197 0.120 0.064 0.070 0.089 0.191 0.284 0.216 0.074 0.117 0.284 0.092 0.217 0.792 0.112 0.450 0.039 0.085 0.257 0.084 0.077 0.084 0.178 0.146 0.130 0.073 0.056 0.098 0.040 0.575 0.229 0.218 0.341 0.199 0.258 0.110 0.053 0.284 0.022 0.127 0.229 0.204 0.298 0.568 0.217 1.049 0.078 0.024 0.034 nan 1.593 0.261 0.395 1.101 nan 2.790 0.765 0.301 0.358 0.287 nan 0.822 nan 1.376 1.404 0.658 0.673 0.867 0.918 1.319 3.624 0.678 0.582 11445 chr9 11192521 11202819 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 584464 NR_110696 101929428 Hs.434446 NR_110696 ENSG00000226717 PTPRD-AS2 - PTPRD antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan nan 0.644 0.042 0.111 0.011 0.104 0.568 0.938 0.061 0.027 0.019 0.027 0.414 0.084 0.062 0.187 0.018 0.006 0.040 0.629 0.396 0.199 0.021 0.046 0.016 0.038 0.048 0.366 0.085 0.062 0.140 0.031 0.072 0.046 0.009 0.006 0.032 0.008 0.066 0.078 0.079 0.007 0.053 0.007 0.414 0.126 0.199 0.012 0.016 0.459 0.011 0.049 0.016 0.085 0.024 0.037 0.034 0.010 0.236 0.099 0.295 0.272 0.173 0.247 0.439 0.192 0.113 0.085 4.613 4.830 0.285 0.226 1.097 0.776 0.046 0.128 0.768 0.446 0.164 0.229 3.169 1.776 8266 chr4 11542072 11553646 + 0 NA Intergenic Intergenic -117322 NM_005114 9957 Hs.507348 NM_005114 ENSG00000002587 HS3ST1 3OST|3OST1 heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 protein-coding nan nan nan 2.706 0.136 0.010 4.281 0.110 0.140 0.049 0.211 0.459 0.032 0.157 0.077 0.279 0.097 0.069 2.282 2.201 0.011 0.162 0.207 0.105 0.811 0.362 0.007 2.250 3.608 1.177 4.373 1.070 0.268 2.825 0.028 0.016 0.047 0.069 0.789 0.110 0.210 0.052 0.041 3.167 1.194 0.834 0.234 0.169 0.037 0.085 0.852 0.279 0.998 0.024 0.105 0.932 0.140 0.017 0.009 0.043 0.921 0.076 0.042 0.231 0.005 0.009 0.326 0.230 0.225 0.341 0.206 0.255 0.371 0.142 0.142 0.219 0.258 0.393 0.394 0.384 0.270 0.198 0.173 0.160 0.137 0.212 0.070 0.137 nan 0.496 7308 chr22 19946160 19953072 + 0 NA promoter-TSS (NM_007310) promoter-TSS (NM_007310) -454 NM_007310 1312 Hs.370408 NM_000754 ENSG00000093010 COMT HEL-S-98n catechol-O-methyltransferase protein-coding 1.020 nan 1.988 3.303 0.458 0.185 0.958 0.291 0.451 1.588 1.102 0.111 8.693 0.057 0.181 0.298 0.090 0.092 4.044 1.705 0.304 0.060 0.161 0.097 0.788 0.296 0.094 0.623 1.955 1.313 3.335 nan 6.882 1.346 1.906 0.156 0.028 0.172 0.062 0.324 0.058 0.809 0.148 0.135 1.061 1.976 1.721 0.073 0.212 3.085 0.562 4.017 0.298 3.506 0.159 0.788 1.168 4.083 0.042 1.073 0.162 0.582 0.243 0.250 0.089 0.108 0.140 1.518 1.957 0.986 1.964 0.915 0.814 0.460 0.213 2.115 2.037 0.403 0.862 2.726 3.358 0.660 0.390 0.720 0.778 0.240 0.344 0.332 0.611 1.385 0.922 11747 chr9 118427786 118438338 + 0 NA Intergenic Intergenic 73456 NR_109805 101928775 Hs.522362 NR_109805 ENSG00000228714 LOC101928775 - uncharacterized LOC101928775 ncRNA 0.532 0.616 nan 1.226 0.099 0.026 0.383 0.349 0.559 0.617 0.313 3.989 0.041 0.028 0.041 0.786 2.415 0.229 1.284 1.279 1.810 0.013 0.149 0.124 0.046 0.348 0.337 0.594 0.174 0.310 0.456 nan 0.119 0.472 0.476 0.376 0.009 1.708 0.103 0.636 0.316 7.753 2.086 0.990 0.238 0.124 0.373 13.005 0.555 1.208 0.030 0.448 0.786 0.122 0.048 0.046 0.267 0.156 0.037 1.237 0.040 0.785 0.019 0.059 0.923 3.302 2.456 0.218 0.116 0.482 1.425 0.307 0.358 0.097 0.041 0.359 0.324 0.167 0.174 0.235 nan 0.498 0.235 0.143 0.157 0.078 0.129 0.096 0.174 nan 0.512 6830 chr20 8732256 8740966 + 0 NA intron (NM_182734, intron 23 of 32) MER65A|LTR|ERV1 -313090 NM_001172646 5332 Hs.472101 NM_000933 ENSG00000101333 PLCB4 ARCND2|PI-PLC phospholipase C beta 4 protein-coding 0.695 1.357 0.684 0.025 0.465 0.029 0.057 0.147 0.310 0.011 0.320 0.223 0.007 0.080 0.051 0.419 0.266 0.130 0.155 0.110 0.087 0.016 0.125 0.121 0.123 0.224 0.083 0.367 0.070 0.028 0.387 1.076 0.173 0.417 0.288 0.689 0.011 0.025 0.064 0.256 0.027 0.137 0.021 0.027 0.050 0.045 0.092 0.311 0.228 0.100 0.064 0.100 0.419 0.114 0.666 0.123 0.126 0.088 0.113 0.106 2.750 0.172 0.068 0.188 0.026 1.349 1.706 0.555 0.555 0.196 0.339 0.484 0.404 8.181 6.747 0.309 0.297 0.876 1.400 4.626 4.165 0.727 0.438 0.227 0.331 0.208 0.788 0.179 0.535 1.177 0.898 8860 chr5 36239410 36243785 + 0 NA promoter-TSS (NM_001287340) promoter-TSS (NM_001287340) -104 NM_001287340 133686 Hs.81907 NM_153013 ENSG00000152620 NADK2 C5orf33|DECRD|MNADK|NADKD1 NAD kinase 2, mitochondrial protein-coding 4.025 3.395 14.955 2.557 3.195 1.032 2.804 1.063 1.171 1.944 4.310 2.439 1.089 1.834 2.060 2.142 4.187 0.781 6.137 2.603 2.285 4.375 2.199 1.159 2.135 2.371 2.738 2.317 5.358 1.524 5.337 9.581 6.360 6.141 1.706 2.104 0.216 3.575 0.223 1.939 1.633 3.584 6.625 3.585 1.431 2.100 4.324 1.211 4.205 4.708 4.659 3.261 2.142 8.197 3.409 2.135 2.063 3.601 0.888 12.537 4.846 4.155 2.861 0.676 1.421 2.013 1.085 4.747 6.071 5.648 6.726 4.019 2.637 6.176 1.913 7.932 8.608 5.105 7.581 3.832 4.561 5.579 7.325 5.739 9.681 2.691 2.165 2.818 2.424 2.126 1.672 11311 chr8 133418800 133438082 + 0 NA intron (NM_004519, intron 1 of 14) intron (NM_004519, intron 1 of 14) 31068 NM_001204824 3786 Hs.374023 NM_004519 ENSG00000184156 KCNQ3 BFNC2|EBN2|KV7.3 potassium voltage-gated channel subfamily Q member 3 protein-coding nan 0.558 0.688 0.195 0.192 0.040 0.136 0.182 0.270 0.020 0.098 0.033 0.013 0.073 0.051 0.122 0.079 0.058 0.092 0.039 0.010 0.014 0.123 0.060 0.044 0.108 0.071 0.012 0.085 0.016 0.116 0.396 0.091 1.880 0.023 0.050 0.175 0.029 0.088 0.024 1.570 0.134 0.079 0.034 0.183 0.095 0.293 0.080 0.060 0.004 0.042 0.122 0.107 0.024 0.044 0.019 0.030 0.655 0.057 0.021 0.021 1.385 0.332 0.020 0.039 0.003 0.695 1.177 0.502 0.399 0.383 0.454 0.360 0.177 nan 5.324 0.347 0.478 7.772 7.047 0.883 0.845 1.212 1.433 0.998 1.133 0.708 1.472 0.256 0.391 10673 chr7 133253294 133265760 + 0 NA intron (NM_021807, intron 9 of 17) intron (NM_021807, intron 9 of 17) 250114 NR_120513 101928861 Hs.675747 NR_120513 LOC101928861 - uncharacterized LOC101928861 ncRNA nan nan nan 0.142 0.092 0.190 0.034 0.129 0.247 0.007 0.105 0.081 0.020 0.048 0.100 0.083 0.569 0.077 0.179 0.015 0.010 0.033 0.214 0.161 0.247 0.023 0.006 0.029 0.099 0.232 0.608 0.325 0.363 0.093 0.270 0.068 0.095 0.153 0.028 0.064 0.106 0.021 0.013 0.051 0.092 0.159 0.110 0.073 0.042 0.120 0.107 0.083 0.086 0.059 0.247 0.059 0.020 0.096 0.042 0.032 0.102 0.037 0.158 0.024 0.014 0.008 0.476 0.324 0.205 0.310 0.422 0.495 nan 0.098 0.276 0.295 3.897 nan 0.570 0.584 nan 0.603 0.177 0.223 0.328 0.361 0.370 0.793 0.552 nan 6756 chr2 238104592 238145830 + 0 NA Intergenic Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger 131127 NM_006710 10920 Hs.531713 NM_006710 ENSG00000198612 COPS8 COP9|CSN8|SGN8 COP9 signalosome subunit 8 protein-coding 0.693 nan 0.997 0.353 0.314 0.043 1.065 0.175 0.264 0.079 1.403 2.191 0.005 0.029 0.055 0.412 0.910 0.078 0.449 0.307 0.207 0.034 0.068 0.101 0.055 1.037 0.520 0.011 0.292 0.125 0.344 2.236 0.382 0.479 0.652 0.106 0.105 0.045 0.107 1.284 0.053 0.585 0.190 0.154 0.169 0.519 0.628 1.989 0.217 0.098 0.381 0.368 0.412 0.534 1.727 0.055 0.173 0.249 0.012 0.095 0.042 0.669 0.021 0.051 1.828 1.730 1.636 0.449 0.187 0.241 0.600 0.285 0.287 1.560 0.473 0.154 0.128 0.463 0.793 0.370 nan 0.435 0.329 0.110 0.147 0.318 0.406 0.124 0.202 0.673 0.459 11186 chr8 104142525 104154779 + 0 NA non-coding (NR_145429, exon 4 of 6) non-coding (NR_145429, exon 4 of 6) -4269 NM_024812 79870 Hs.533446 NM_024812 ENSG00000164929 BAALC - BAALC, MAP3K1 and KLF4 binding protein-coding 3.893 4.815 nan 0.053 1.291 0.085 0.099 3.348 5.745 0.165 0.090 0.010 6.417 0.079 1.145 0.445 0.048 0.171 0.070 0.051 0.023 1.586 0.441 2.927 0.037 0.023 0.044 0.133 0.060 1.009 3.271 0.136 2.749 0.178 0.044 1.242 0.062 0.088 0.048 0.286 0.049 0.069 0.019 0.034 1.110 0.114 0.268 0.100 0.160 0.034 0.065 1.145 0.081 0.023 2.927 0.135 0.064 0.056 3.909 0.077 0.146 0.202 0.037 0.013 0.008 0.462 0.508 0.219 0.395 2.780 2.337 nan 1.538 0.418 0.510 0.746 nan 1.347 nan nan 2.288 0.577 0.919 4.048 4.584 0.435 nan 1.966 1.396 10644 chr7 124202577 124211123 + 0 NA Intergenic Intergenic 199312 NM_005302 2861 Hs.406094 NM_005302 ENSG00000170775 GPR37 EDNRBL|PAELR|hET(B)R-LP G protein-coupled receptor 37 protein-coding 0.760 0.599 0.781 0.086 0.130 0.013 0.108 0.066 0.161 0.023 0.083 0.064 0.022 0.023 0.094 0.045 0.194 0.075 0.076 0.044 5.873 0.032 0.102 0.086 0.070 0.127 0.168 0.038 0.173 0.143 0.819 0.177 0.327 0.372 0.024 0.114 0.142 0.138 0.061 0.029 0.021 0.009 0.038 0.054 0.122 0.140 0.442 0.052 3.025 0.389 0.045 0.092 0.184 0.070 0.043 0.677 0.022 0.825 0.039 0.229 0.035 0.058 0.045 0.020 0.018 0.402 0.252 0.194 0.168 0.262 0.292 0.115 0.076 0.211 0.214 1.197 1.258 0.142 0.212 0.405 0.197 0.188 0.257 0.144 0.155 0.281 0.776 0.536 0.484 1287 chr10 3108792 3152453 + 0 NA intron (NM_002627, intron 2 of 21) intron (NM_002627, intron 2 of 21) -16179 NM_001323070 5214 Hs.26010 NM_002627 ENSG00000067057 PFKP ATP-PFK|PFK-C|PFK-P|PFKF phosphofructokinase, platelet protein-coding 0.713 0.995 1.010 1.873 0.365 0.288 1.947 0.557 1.070 0.568 1.227 2.497 0.055 0.067 0.521 0.764 1.421 0.314 1.568 0.670 5.342 0.143 0.387 0.245 0.704 1.072 0.888 0.856 1.298 0.811 0.421 0.666 0.804 1.444 0.714 2.247 0.219 0.362 0.078 1.178 0.429 1.382 1.963 0.808 0.778 0.312 0.557 2.367 2.555 1.149 0.948 1.096 0.764 1.533 2.261 0.704 1.246 0.550 0.182 1.669 0.289 1.267 1.107 0.169 1.022 3.141 2.684 1.765 1.939 1.156 1.749 0.934 0.869 1.699 0.533 0.295 0.303 0.554 0.958 0.413 0.739 0.210 0.169 1.461 2.119 0.464 0.601 0.333 0.637 0.704 0.443 4650 chr17 20972507 20982442 + 0 NA Intergenic LTR47B|LTR|ERVL -1395 NR_110895 101060544 Hs.585812 NR_110895 ENSG00000236819 LINC01563 HP08942 long intergenic non-protein coding RNA 1563 ncRNA nan nan nan 0.014 0.072 0.881 0.089 0.258 0.375 0.039 0.055 0.028 0.019 0.029 0.144 0.064 0.076 0.080 0.085 0.041 0.056 0.127 0.092 0.061 0.049 0.022 0.059 0.034 0.017 0.183 0.118 0.222 0.106 0.019 0.079 0.091 0.012 0.008 0.104 0.025 0.016 0.018 0.038 0.121 0.121 0.197 0.086 0.024 0.099 0.064 0.073 0.064 0.061 0.099 0.134 0.020 0.181 0.092 0.064 0.020 4.179 0.038 0.052 0.005 0.352 0.288 0.280 0.205 0.668 0.525 0.732 0.248 0.170 0.102 2.108 2.258 0.370 0.453 5.429 4.933 0.096 0.161 0.058 0.056 3.635 9.203 0.363 0.362 8378 chr4 54567148 54579287 + 0 NA intron (NR_125918, intron 1 of 2) intron (NR_125918, intron 1 of 2) 11149 NR_125918 100506444 Hs.636176 NR_125918 ENSG00000249341 LOC100506444 - uncharacterized LOC100506444 ncRNA nan 0.537 1.101 0.144 1.909 0.197 0.227 0.435 0.674 0.078 0.492 1.899 0.020 1.315 0.217 0.536 0.871 0.079 0.201 0.173 0.093 0.023 0.841 0.387 0.930 0.206 0.096 0.036 0.079 0.044 0.284 1.122 0.345 1.247 0.555 0.203 0.171 0.021 0.083 0.603 0.195 0.130 0.129 0.084 0.072 0.061 0.079 1.515 0.483 0.024 1.473 0.579 0.536 0.124 0.555 0.930 0.141 0.192 0.103 0.101 1.863 0.189 0.318 0.051 0.563 0.005 0.013 1.598 2.647 0.816 1.292 0.954 1.163 6.283 1.895 0.360 0.361 0.721 1.096 4.907 3.673 0.365 0.309 0.593 0.883 0.641 0.703 0.173 0.306 3.972 2.637 10091 chr6 169844224 169855176 + 0 NA Intergenic Intergenic -195491 NM_003247 7058 Hs.371147 NM_003247 ENSG00000186340 THBS2 TSP2 thrombospondin 2 protein-coding 0.605 nan 1.069 0.225 0.323 0.031 0.020 0.262 0.303 0.009 0.089 0.269 0.002 0.009 0.177 0.416 0.282 0.046 0.280 0.069 0.073 0.050 0.299 0.204 0.617 0.132 0.027 0.170 0.044 0.059 0.167 0.072 0.939 0.040 0.045 0.044 0.050 0.111 0.032 0.102 0.261 0.204 0.156 0.040 0.032 0.166 0.376 0.123 0.091 0.007 0.043 0.416 0.110 0.025 0.617 0.022 0.227 0.044 0.042 0.056 0.044 0.099 0.046 0.014 0.679 0.801 0.438 0.296 0.158 0.267 0.926 0.879 9.051 2.698 0.308 0.259 0.085 0.113 0.600 0.682 nan 2.007 0.304 0.428 0.164 0.123 0.079 0.195 1.101 0.662 7153 chr21 25330802 25344112 + 0 NA Intergenic HERVL18-int|LTR|ERVL 356233 NR_109963 101927869 Hs.555591 NR_109963 ENSG00000224832 LINC01689 - long intergenic non-protein coding RNA 1689 ncRNA 0.620 0.890 1.122 0.065 0.106 0.030 0.043 0.563 0.784 0.023 0.056 0.014 0.106 0.059 0.256 0.051 0.072 0.096 0.028 0.019 1.144 0.356 0.539 0.005 0.011 0.028 0.035 0.040 0.134 0.571 0.053 1.783 0.047 0.052 0.997 0.031 0.083 0.018 0.115 0.070 0.027 0.082 0.011 0.050 0.189 0.012 0.037 0.231 0.015 0.256 0.054 0.042 0.539 0.019 0.014 0.039 1.140 0.042 0.015 0.018 0.028 0.004 0.015 0.372 0.404 0.241 0.538 1.466 1.308 5.147 1.900 0.045 0.050 0.730 1.020 0.939 0.800 0.599 0.484 0.066 0.099 5.936 4.786 0.165 nan 3.469 1.711 10883 chr8 31660263 31670793 + 0 NA intron (NM_013962, intron 1 of 4) L1MB1|LINE|L1 168260 NM_013962 3084 Hs.453951 NM_004495 ENSG00000157168 NRG1 ARIA|GGF|GGF2|HGL|HRG|HRG1|HRGA|MST131|MSTP131|NDF|NRG1-IT2|SMDF neuregulin 1 protein-coding 1.016 1.331 nan 0.159 0.761 0.248 0.129 0.122 0.243 0.052 0.202 0.006 0.829 0.461 0.120 0.086 0.123 0.031 0.026 0.077 0.886 0.535 0.023 0.059 0.021 0.051 0.010 0.091 0.264 0.074 2.962 0.014 0.030 0.371 0.056 0.113 0.090 0.032 0.087 0.023 0.007 0.083 0.008 0.128 0.258 0.039 0.088 0.037 0.006 0.120 0.034 0.088 0.023 0.047 0.008 0.101 0.022 1.575 0.075 0.056 0.204 0.017 0.022 0.005 0.395 0.291 0.135 0.175 0.555 0.757 0.125 0.080 0.156 0.235 1.306 1.817 1.834 1.352 0.654 0.354 0.082 0.205 1.551 1.931 0.367 0.924 3.368 1.836 283 chr1 38476919 38483309 + 0 NA intron (NM_016037, intron 1 of 7) intron (NM_016037, intron 1 of 7) 1730 NM_016037 51118 Hs.472038 NM_016037 ENSG00000183520 UTP11 CGI-94|CGI94|UTP11L UTP11, small subunit processome component protein-coding 23.140 nan 3.220 1.240 4.049 1.149 1.959 0.472 1.224 0.376 1.463 2.000 0.727 0.670 0.778 1.194 1.515 0.250 1.060 0.476 1.691 0.694 1.405 0.554 2.828 1.420 1.337 0.843 1.500 0.761 1.208 2.169 1.030 3.382 0.819 1.460 0.193 1.696 0.235 0.682 0.758 1.819 1.029 0.488 0.605 0.310 1.189 1.283 1.197 1.515 0.793 0.896 1.194 1.502 2.324 2.828 0.443 1.249 0.575 1.818 0.894 0.951 1.149 1.962 0.600 0.712 0.560 2.203 1.719 2.420 3.497 3.632 3.390 nan 1.031 4.960 4.983 2.810 3.734 9.872 11.795 nan 2.803 2.746 3.656 0.957 1.399 3.398 6.375 1.834 nan 11736 chr9 116394571 116423580 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 52641 NM_001276262 5998 Hs.494875 NM_017790 ENSG00000138835 RGS3 C2PA|RGP3 regulator of G protein signaling 3 protein-coding 1.077 1.034 nan 0.085 0.733 0.538 0.781 0.198 0.384 0.026 0.140 0.450 0.015 0.137 0.110 0.210 2.221 0.188 0.243 0.249 0.039 0.014 0.130 0.128 0.240 0.280 0.171 0.096 0.131 0.065 0.141 nan 0.110 0.737 0.291 0.202 0.095 0.060 0.088 0.227 0.148 0.264 0.127 0.093 0.042 0.045 0.144 0.566 0.276 0.678 0.104 0.176 0.210 0.199 0.172 0.240 0.038 0.052 0.288 0.113 1.454 0.201 0.062 1.132 0.280 0.044 0.023 0.293 0.353 0.207 0.477 0.833 0.892 0.867 0.291 0.399 0.401 0.227 0.406 0.757 nan 1.370 1.244 0.208 0.264 0.400 0.454 1.113 3.666 nan 0.844 7304 chr22 19592515 19611560 + 0 NA Intergenic Intergenic -47675 NR_024381 150185 Hs.719752 NR_024381 LINC00895 - long intergenic non-protein coding RNA 895 ncRNA 0.762 nan 0.754 0.094 0.443 0.114 0.045 0.424 0.652 0.010 0.073 0.049 0.091 1.098 0.682 0.370 0.108 0.051 0.183 0.139 0.056 0.015 0.849 0.380 1.142 0.051 0.023 0.054 0.089 0.056 0.131 nan 0.136 0.588 0.016 0.080 0.065 0.017 0.077 0.012 0.071 0.094 0.029 0.021 0.040 0.053 0.060 0.110 0.128 0.064 0.025 0.199 0.370 0.141 0.029 1.142 0.032 0.078 0.141 0.088 3.861 0.050 0.057 0.013 0.024 0.021 0.013 0.455 0.492 0.226 0.303 1.932 1.570 1.657 0.615 0.425 0.415 0.290 0.483 2.408 2.481 0.493 0.244 0.196 0.258 0.308 0.419 0.133 0.208 3.216 1.948 5860 chr2 3446665 3454968 + 0 NA intron (NM_016030, intron 6 of 11) MSTB|LTR|ERVL-MaLR 67370 NM_016030 51112 Hs.252713 NM_016030 ENSG00000171853 TRAPPC12 CGI-87|PEBAS|TTC-15|TTC15 trafficking protein particle complex 12 protein-coding 0.758 0.482 0.745 0.095 0.264 4.248 0.154 0.292 0.421 0.034 0.104 0.034 0.049 7.591 0.697 0.108 0.078 0.072 0.069 0.053 0.169 0.260 0.261 0.016 0.009 0.044 0.024 0.012 0.106 0.167 0.060 3.158 0.035 0.102 0.023 0.085 0.138 0.014 0.833 0.199 0.051 0.028 0.013 0.046 0.083 0.161 0.275 0.051 0.047 0.072 0.697 0.106 0.067 0.261 0.089 0.041 0.618 0.098 0.177 0.086 0.024 0.164 0.036 0.035 0.019 0.717 0.827 0.412 0.614 0.857 0.648 0.661 0.238 0.164 0.269 0.473 0.667 1.396 1.291 0.367 0.358 0.171 0.338 0.271 0.162 0.468 0.896 1.811 0.856 4178 chr16 1792683 1798447 + 0 NA intron (NM_001040439, intron 5 of 30) intron (NM_001040439, intron 5 of 30) 10579 NR_036138 100423012 NR_036138 ENSG00000265820 MIR3177 mir-3177 microRNA 3177 ncRNA 0.663 nan 0.598 0.137 0.091 0.029 0.312 0.138 0.157 2.412 3.922 0.113 1.808 0.052 0.275 0.264 0.079 0.055 3.483 1.377 1.187 0.144 0.057 0.021 2.575 3.122 0.366 0.047 0.184 0.523 0.322 0.303 2.238 0.112 0.032 0.132 0.028 2.627 0.063 10.043 3.365 1.025 0.019 0.080 3.723 0.208 0.570 0.062 0.028 0.081 0.264 8.500 0.127 0.021 0.044 1.132 0.005 0.284 0.018 0.737 0.052 0.039 3.397 1.738 1.394 0.286 0.286 0.241 0.738 0.264 0.342 nan 0.188 0.353 0.386 0.188 nan 0.210 0.188 0.295 0.225 0.178 0.206 0.069 0.170 0.376 0.302 0.289 0.135 3414 chr14 25062922 25069180 + 0 NA Intergenic L1M2|LINE|L1 12875 NM_001270780 2999 Hs.348264 NM_033423 ENSG00000100450 GZMH CCP-X|CGL-2|CSP-C|CTLA1|CTSGL2 granzyme H protein-coding nan 0.648 0.603 0.057 0.111 0.027 0.090 0.077 0.188 0.111 0.074 0.017 0.127 0.103 0.145 0.257 0.101 0.040 0.044 0.020 0.133 0.057 0.011 0.022 0.099 0.052 0.279 0.102 0.289 0.094 0.180 0.035 0.187 0.019 0.051 0.059 0.269 0.037 0.034 0.025 1.180 0.091 0.091 0.022 0.430 2.158 0.103 0.040 0.057 0.802 0.026 0.046 0.033 0.038 0.052 0.058 0.111 0.028 0.008 2.213 0.952 6.938 4.196 0.261 0.350 0.109 0.069 0.421 0.363 0.193 0.368 0.271 nan 0.450 0.197 0.242 0.204 0.020 0.128 0.070 0.255 0.255 0.213 4278 chr16 19754248 19769996 + 0 NA intron (NR_130967, intron 5 of 7) MIRb|SINE|MIR -32630 NM_001348530 400506 Hs.585209 NM_001012991 ENSG00000103550 KNOP1 101F10.1|C16orf88|FAM191A|TSG118 lysine rich nucleolar protein 1 protein-coding 0.987 0.739 nan 4.864 0.156 0.081 0.077 0.225 0.299 0.097 0.137 0.549 0.031 0.032 0.050 0.326 0.196 0.102 0.128 0.052 0.044 0.133 0.115 0.169 0.053 0.029 0.042 0.074 0.034 0.113 0.270 0.430 0.361 0.046 0.076 0.085 0.049 0.087 0.008 0.045 0.123 0.027 0.045 0.028 0.157 1.663 0.130 0.289 0.078 0.041 0.092 0.326 0.112 0.036 0.169 0.074 0.058 0.055 0.052 0.033 0.085 0.073 0.362 0.068 0.516 0.674 0.302 0.278 0.488 0.732 0.295 0.411 1.807 0.507 0.370 0.305 0.665 0.988 0.660 0.795 nan 0.482 0.293 0.386 0.368 0.493 0.424 1.624 0.617 0.405 10559 chr7 100797375 100827361 + 0 NA Intergenic Intergenic -3516 NM_003378 7425 Hs.587325 NM_003378 ENSG00000128564 VGF SCG7|SgVII VGF nerve growth factor inducible protein-coding nan 1.498 1.117 0.362 0.813 2.266 1.170 0.837 1.491 0.773 0.910 0.440 0.858 1.307 3.415 2.486 0.182 0.116 0.474 0.210 0.423 0.190 1.003 0.439 0.931 0.304 0.230 0.536 0.792 0.251 1.036 1.713 1.089 3.650 0.186 0.636 0.230 0.628 0.158 0.517 0.356 1.129 0.312 0.227 0.375 0.568 1.260 0.425 0.814 3.621 0.585 0.508 2.486 0.785 0.904 0.931 0.728 0.484 0.551 2.356 1.564 0.686 0.260 0.171 0.625 0.712 0.425 1.465 1.949 0.466 0.685 1.678 1.402 2.466 0.898 0.358 0.381 0.943 1.413 1.484 1.821 0.945 0.864 0.672 0.898 1.218 1.021 0.276 nan 2.268 1.208 7040 chr20 49317415 49389504 + 0 NA intron (NM_032521, intron 1 of 2) AluSg|SINE|Alu 5378 NM_032521 84612 Hs.589848 NM_032521 ENSG00000124171 PARD6B PAR6B par-6 family cell polarity regulator beta protein-coding nan nan 1.090 5.151 0.467 0.221 1.701 0.258 0.416 1.357 0.982 0.859 2.259 0.249 0.342 0.417 0.348 0.261 1.548 0.675 2.723 0.115 0.163 0.143 0.328 1.440 1.189 0.411 2.294 1.792 0.873 1.761 1.797 0.869 0.958 0.774 0.036 0.326 0.135 0.684 0.339 3.153 0.688 0.374 1.771 1.806 2.516 1.116 2.884 0.480 1.323 1.026 0.417 2.054 1.802 0.328 0.548 1.585 0.113 1.670 0.172 1.262 0.736 0.775 0.532 1.174 1.156 1.312 1.629 0.742 1.371 0.681 0.705 nan 0.320 0.782 0.776 0.536 0.943 1.123 1.355 nan 0.827 0.805 1.513 0.141 0.154 1.039 2.735 0.675 0.599 9868 chr6 118969722 118986473 + 0 NA intron (NM_001178035, intron 1 of 13) ERV3-16A3_LTR|LTR|ERVL -5077 NM_206921 387119 Hs.656959 NM_206921 ENSG00000111860 CEP85L C6orf204|NY-BR-15|bA57K17.2 centrosomal protein 85 like protein-coding nan 1.340 nan 0.410 1.066 2.963 0.272 0.527 1.090 0.080 0.486 0.516 0.056 0.388 4.611 1.118 0.578 0.070 0.427 0.136 0.125 0.381 0.328 0.182 0.522 0.315 0.264 0.198 0.321 0.075 0.612 0.805 0.453 9.451 0.148 0.421 0.294 0.446 0.102 0.232 0.610 0.404 0.386 0.268 0.196 0.076 0.847 0.238 0.632 1.095 0.235 0.309 1.118 0.586 0.172 0.522 0.158 0.168 0.334 0.562 1.015 0.209 0.148 0.546 0.263 0.384 0.208 1.243 1.249 0.756 1.090 2.693 nan nan 0.597 1.499 1.542 1.159 nan 1.907 2.243 1.605 1.879 0.329 0.550 1.331 1.317 1.903 nan 1.039 0.641 11553 chr9 41919365 41937430 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 26780 NR_126044 389741 Hs.380240 NM_203448 ENSG00000278175 GLIDR LINC01172|TCONS_00015562 glioblastoma down-regulated RNA ncRNA 0.744 1.822 1.850 0.132 0.202 0.057 0.124 0.125 0.365 0.154 0.110 0.178 0.029 0.099 0.044 1.682 0.070 0.080 0.352 0.143 0.217 1.456 0.191 0.213 0.157 0.096 0.072 0.111 0.132 0.035 0.226 0.257 0.082 0.718 0.097 0.083 0.190 0.168 0.071 0.098 0.079 0.350 0.153 0.130 0.091 0.056 0.166 0.167 0.423 0.339 0.105 0.067 1.682 0.227 0.015 0.157 0.065 0.137 0.115 0.128 0.281 0.048 0.076 0.062 0.075 0.038 0.026 0.333 0.360 0.775 1.339 0.756 0.659 1.850 0.441 0.621 0.534 3.595 4.192 0.313 0.297 0.487 0.290 0.415 0.545 1.151 1.908 0.253 0.425 1.576 1.147 9494 chr6 21173402 21209846 + 0 NA intron (NM_017774, intron 13 of 15) intron (NM_017774, intron 13 of 15) 320499 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.390 1.658 nan 0.125 1.478 3.356 0.190 1.226 2.249 0.023 0.134 0.216 0.021 0.325 1.024 3.110 0.341 0.110 0.177 0.016 0.045 0.110 0.806 0.745 1.974 0.224 0.046 0.012 0.080 0.038 0.177 0.833 0.267 nan 0.152 0.073 0.480 0.063 0.100 0.045 0.192 0.091 0.031 0.034 0.063 0.054 0.133 0.066 0.067 0.096 0.028 0.081 3.110 0.078 0.078 1.974 0.027 0.066 0.534 0.065 0.309 0.087 0.070 0.457 0.041 0.014 0.015 0.415 0.409 0.623 nan 1.567 1.978 nan 0.891 0.597 0.599 1.593 1.678 1.434 1.444 2.132 1.493 0.183 0.283 1.645 1.877 0.482 1.309 1.786 0.838 7742 chr3 112050916 112054121 + 0 NA TTS (NR_147411) TTS (NR_147411) 724 NM_001318830 4345 Hs.79015 NM_005944 ENSG00000091972 CD200 MOX1|MOX2|MRC|OX-2 CD200 molecule protein-coding 2.766 nan 0.772 0.135 0.764 1.157 0.133 2.198 6.286 0.606 0.049 0.020 0.371 0.194 2.931 0.675 0.052 0.064 0.019 0.297 1.758 1.147 16.091 0.065 0.023 0.185 0.101 0.136 0.065 5.843 0.018 0.150 0.071 5.175 0.042 0.027 0.024 0.047 0.060 0.117 0.206 1.727 0.040 2.931 0.044 0.040 16.091 0.075 0.129 3.365 1.086 0.918 0.431 0.151 0.024 0.018 0.016 0.428 0.519 0.400 0.508 16.646 nan 9.787 3.229 0.381 0.470 nan 0.276 3.750 5.461 4.234 3.476 0.644 2.464 0.397 0.159 0.520 0.659 5.175 2.909 9318 chr5 167579454 167594646 + 0 NA intron (NM_001080428, intron 9 of 24) intron (NM_001080428, intron 9 of 24) 72327 NR_109894 101927862 Hs.659376 NR_109894 ENSG00000253978 CTB-178M22.2 - uncharacterized LOC101927862 ncRNA nan 0.588 1.405 0.194 0.028 0.015 0.085 0.401 0.662 0.081 0.036 0.008 0.039 0.106 0.966 0.035 0.083 0.028 0.025 0.025 0.009 0.537 0.332 0.165 0.018 0.025 0.063 0.045 0.007 0.068 0.058 0.073 0.517 0.082 1.086 0.036 0.094 0.023 0.237 0.074 0.044 0.010 0.029 0.045 0.050 0.139 0.059 0.043 0.005 0.053 0.966 0.042 0.037 0.165 0.008 0.016 0.509 0.050 0.094 0.028 0.408 0.056 0.070 0.027 0.020 0.612 0.818 1.236 1.338 0.678 0.465 5.098 1.600 0.070 0.067 0.156 0.277 0.086 0.120 1.553 1.928 0.540 0.939 3.809 2.926 0.405 0.663 1.925 1.042 7480 chr22 48797142 48805128 + 0 NA Intergenic Intergenic -84137 NM_001082967 25817 Hs.436854 NM_015381 ENSG00000219438 FAM19A5 QLLK5208|TAFA-5|TAFA5|UNQ5208 family with sequence similarity 19 member A5, C-C motif chemokine like protein-coding 0.722 0.351 nan 0.027 0.022 0.084 0.026 0.160 0.236 0.036 0.097 0.024 0.016 0.454 0.011 0.097 0.022 0.130 0.013 0.277 0.116 0.062 0.075 0.009 0.051 0.081 0.049 0.044 0.316 0.018 0.384 0.024 0.041 0.117 0.050 0.063 0.015 0.014 0.028 0.116 0.101 4.072 0.006 5.237 2.394 0.097 0.046 0.075 0.031 0.220 0.022 0.064 0.020 0.025 0.016 0.009 0.021 0.008 0.253 0.060 0.098 0.104 0.192 0.276 0.044 0.053 0.115 0.119 1.458 1.594 0.256 0.517 0.394 0.164 0.127 0.147 0.053 0.159 0.054 0.108 0.233 0.334 1744 chr11 818764 849266 + 0 NA intron (NM_139030, intron 1 of 7) intron (NM_139030, intron 1 of 7) 1063 NM_139030 977 Hs.654379 NM_004357 ENSG00000177697 CD151 GP27|MER2|PETA-3|RAPH|SFA1|TSPAN24 CD151 molecule (Raph blood group) protein-coding 2.054 2.815 7.765 3.405 1.258 1.313 3.372 0.580 1.024 0.608 4.354 1.221 0.739 1.619 2.464 1.288 1.289 0.232 2.264 0.792 2.002 1.033 0.935 0.429 2.040 1.981 2.557 2.550 2.453 1.044 4.324 6.104 5.380 2.335 0.674 2.754 0.236 1.599 0.076 1.149 0.348 5.833 5.308 2.269 1.768 0.924 1.531 2.478 4.921 4.749 1.400 2.128 1.288 3.529 3.836 2.040 1.421 2.019 0.211 5.028 1.292 1.327 0.667 0.320 2.762 1.680 1.105 2.886 4.025 2.078 2.968 2.647 2.722 2.144 0.986 1.888 1.918 1.206 2.085 2.867 3.639 1.642 1.613 1.714 2.564 1.232 1.175 0.930 1.346 1.345 0.773 7683 chr3 89070372 89082776 + 0 NA Intergenic Intergenic -80100 NM_005233 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.700 0.474 0.178 0.043 0.018 0.034 0.013 0.049 0.038 0.063 0.722 0.035 0.032 0.036 0.123 0.507 0.065 0.449 0.093 0.036 0.123 0.064 0.039 0.058 0.006 0.205 0.067 0.219 0.462 0.057 0.146 0.140 0.212 0.008 0.026 0.138 0.337 0.013 0.045 0.034 0.063 0.013 0.070 0.354 0.007 0.017 0.032 0.027 0.123 0.080 0.023 0.058 0.027 0.016 0.014 0.065 0.019 0.016 0.020 0.117 0.024 0.185 0.108 0.433 1.069 0.182 0.223 0.151 0.055 0.138 0.120 6.746 7.648 0.111 0.114 0.353 0.198 0.052 0.095 0.030 0.020 0.149 0.319 0.206 0.291 864 chr1 168885966 168892693 + 0 NA intron (NR_104091, intron 3 of 4) intron (NR_104091, intron 3 of 4) 133150 NR_024160 79100 Hs.250624 NR_024160 ENSG00000225826 LINC00626 - long intergenic non-protein coding RNA 626 ncRNA 1.111 nan 1.246 0.856 0.180 0.066 3.270 0.428 0.607 0.014 0.139 0.944 0.019 0.061 0.198 3.359 0.224 0.142 0.818 0.668 0.017 0.020 0.118 0.178 0.966 0.778 0.342 0.012 0.198 2.166 0.873 3.692 1.403 0.997 3.752 0.335 0.013 0.064 0.123 0.175 0.096 0.110 0.250 0.117 1.389 0.272 1.028 0.132 0.695 0.028 4.130 3.320 3.359 0.459 0.013 0.966 2.073 0.605 0.052 0.045 0.129 0.135 0.166 0.636 0.051 0.015 0.592 0.612 0.594 1.467 0.607 nan 1.035 0.188 0.150 0.150 0.473 0.719 0.500 nan 0.470 0.223 0.270 0.414 0.118 0.285 0.431 1.095 0.483 0.635 9669 chr6 44224213 44233551 + 0 NA intron (NM_004556, intron 3 of 5) L2a|LINE|L2 -3255 NM_001286511 347734 Hs.182885 NM_178148 ENSG00000157593 SLC35B2 PAPST1|SLL|UGTrel4 solute carrier family 35 member B2 protein-coding 2.938 1.715 2.029 3.245 2.078 0.791 1.485 0.738 1.660 0.466 2.776 0.677 0.597 0.996 1.906 1.976 2.001 0.188 2.576 0.827 1.944 1.060 0.884 0.449 2.527 1.373 1.150 0.963 1.045 0.766 1.590 2.492 1.663 3.931 0.801 1.367 0.283 1.970 0.107 1.003 0.577 5.228 3.539 1.895 1.374 0.531 1.389 2.243 1.621 4.597 2.321 0.982 1.976 2.545 1.581 2.527 0.457 1.146 0.322 4.597 1.110 0.593 0.381 0.809 0.766 0.866 0.663 2.803 2.978 2.382 3.844 3.106 3.000 5.344 1.749 3.316 3.294 1.190 2.106 3.080 nan 3.449 2.906 1.300 2.468 1.524 1.792 1.661 2.570 1.571 0.878 1170 chr1 227125365 227136426 + 0 NA intron (NM_020247, intron 1 of 14) intron (NM_020247, intron 1 of 14) 2957 NM_020247 56997 Hs.118241 NM_020247 ENSG00000163050 COQ8A ADCK3|ARCA2|CABC1|COQ10D4|COQ8|SCAR9 coenzyme Q8A protein-coding 3.151 nan 3.855 1.171 4.818 2.931 1.582 1.247 2.576 0.373 1.524 1.903 0.454 1.820 1.697 3.109 1.192 0.147 0.843 0.479 0.990 0.476 3.971 1.668 2.953 2.137 2.132 0.733 1.207 0.576 0.829 1.852 0.955 3.234 0.476 2.131 0.397 1.305 0.103 0.439 1.567 2.455 1.062 0.527 1.404 0.700 1.855 2.732 1.604 1.139 2.212 1.373 3.109 0.943 1.160 2.953 1.164 0.885 1.044 1.511 1.751 1.746 0.405 1.012 0.732 1.015 0.729 3.015 3.566 3.145 5.054 5.600 nan 8.933 2.881 3.144 3.219 2.615 3.266 4.794 6.190 3.164 4.352 0.799 1.285 2.849 3.112 3.054 3.665 2.864 1.979 7638 chr3 62651501 62677699 + 0 NA intron (NM_183394, intron 3 of 27) intron (NM_183394, intron 3 of 27) 196464 NM_003716 8618 Hs.654933 NM_003716 ENSG00000163618 CADPS CADPS1|CAPS|CAPS1|UNC-31 calcium dependent secretion activator protein-coding 1.547 nan 0.997 0.041 0.053 0.055 0.032 0.090 0.215 0.015 0.033 0.036 0.005 0.050 0.206 0.108 0.052 0.031 0.053 0.043 0.012 0.011 0.102 0.126 0.141 0.028 0.011 0.008 0.060 0.028 0.067 0.138 0.099 0.282 0.022 0.037 0.069 0.025 0.075 0.010 0.070 0.053 0.029 0.012 0.050 0.020 0.044 0.150 0.028 0.024 0.006 0.067 0.108 0.068 0.005 0.141 0.065 0.025 0.338 0.009 0.022 0.021 0.098 3.924 0.014 0.011 0.016 0.214 0.203 0.165 0.195 0.472 0.480 0.358 0.145 0.053 0.073 1.214 1.600 0.267 0.303 2.351 2.132 0.161 0.218 0.153 0.301 1.851 nan 0.625 0.523 11597 chr9 79622818 79634906 + 0 NA Intergenic Intergenic -5709 NM_001013735 442425 Hs.553843 NM_001013735 ENSG00000204612 FOXB2 bA159H20.4 forkhead box B2 protein-coding nan nan nan 0.012 1.154 0.220 0.047 0.293 0.482 0.024 0.091 0.053 0.004 0.025 0.100 1.724 0.060 0.041 0.044 0.016 0.016 0.011 0.156 0.152 6.533 0.103 0.018 0.024 0.057 0.207 0.315 0.074 1.740 0.024 0.057 0.071 0.046 0.079 0.010 0.098 0.145 0.045 0.032 0.018 0.051 0.056 0.114 0.061 0.101 0.013 0.033 1.724 0.058 0.023 6.533 0.042 0.032 0.423 0.369 0.040 0.035 0.051 0.006 0.024 0.162 0.067 0.588 nan 1.073 nan 1.327 0.303 0.233 0.225 0.115 0.189 0.567 0.743 0.169 0.086 0.072 0.146 0.732 0.558 0.057 0.168 1.677 0.986 11571 chr9 70644848 70652070 + 0 NA Intergenic TAR1|Satellite|telo -158248 NM_001286836 220869 Hs.355950 NM_001024916 ENSG00000147996 CBWD5 DC36 COBW domain containing 5 protein-coding nan nan nan 1.883 3.904 0.533 1.696 0.767 1.401 1.418 2.856 1.775 1.547 1.096 1.615 2.445 0.648 0.156 5.989 2.576 1.686 1.706 1.915 1.219 2.166 2.037 2.565 2.026 1.826 0.723 6.583 7.596 0.527 4.251 1.077 1.601 1.397 1.049 0.057 0.966 2.171 6.641 2.947 1.548 0.925 1.838 0.759 1.191 5.399 9.611 1.005 2.093 2.445 5.324 1.018 2.166 0.710 2.118 2.812 3.980 4.615 1.402 2.259 1.397 0.646 1.180 0.552 3.515 3.936 1.907 nan 3.906 nan 6.050 2.136 10.419 10.684 2.290 2.495 1.951 2.894 2.579 2.973 3.147 5.804 4.003 3.502 2.631 2.915 2.371 1.444 11585 chr9 75137969 75160307 + 0 NA intron (NM_138691, intron 1 of 23) intron (NM_138691, intron 1 of 23) 12421 NM_138691 117531 Hs.670211 NM_138691 ENSG00000165091 TMC1 DFNA36|DFNB11|DFNB7 transmembrane channel like 1 protein-coding nan nan nan 0.269 0.095 0.016 4.198 0.262 0.369 0.692 0.733 2.047 0.303 0.067 0.076 1.138 0.285 0.094 3.247 1.990 0.170 0.044 0.127 0.164 0.230 4.522 3.698 0.109 1.757 0.924 1.015 2.685 1.198 0.250 2.031 0.205 0.047 0.068 0.072 0.852 0.089 1.204 0.349 0.245 1.168 1.856 2.126 3.392 1.618 1.024 0.241 1.473 1.138 3.329 0.960 0.230 0.784 0.952 0.026 0.752 0.114 1.501 0.146 0.670 0.554 0.487 0.691 0.774 1.564 1.073 nan 0.532 nan 0.062 0.059 0.659 0.726 0.439 0.720 0.852 1.500 0.216 0.110 0.197 0.389 0.363 0.446 0.873 2.114 0.581 0.602 9561 chr6 31544323 31551018 + 0 NA TTS (NM_002341).4 TTS (NM_002341).4 2532 NM_002341 4050 Hs.376208 NM_002341 ENSG00000227507 LTB TNFC|TNFSF3|TNLG1C|p33 lymphotoxin beta protein-coding nan 0.814 nan 0.268 0.263 0.212 0.858 0.167 0.545 0.091 0.945 0.385 0.900 0.249 0.079 0.620 0.770 0.120 1.407 0.934 3.039 0.147 0.118 0.223 0.537 0.370 0.194 0.262 0.173 1.249 0.432 1.043 0.244 1.931 0.087 0.229 0.301 1.101 0.068 0.317 0.035 6.460 6.795 2.741 1.861 0.057 0.215 0.428 0.849 2.459 0.590 0.419 0.620 0.160 0.621 0.537 0.092 0.531 0.094 5.317 0.318 0.295 0.192 0.111 0.175 0.103 0.038 0.435 0.592 2.159 nan nan 1.044 0.809 0.385 1.385 1.328 0.477 0.791 0.353 0.575 0.571 0.566 1.005 1.319 0.828 0.894 0.430 0.711 0.492 0.511 8307 chr4 26856535 26864035 + 0 NA TTS (NR_134675) TTS (NR_134675) 1581 NR_134675 105374546 Hs.548859 NR_134673 LOC105374546 - uncharacterized LOC105374546 ncRNA 2.200 2.423 nan 2.974 6.439 2.255 3.160 1.665 3.307 1.033 1.887 0.910 0.849 4.131 6.263 2.234 1.568 0.156 3.808 0.961 1.335 0.378 2.578 1.334 5.200 1.604 1.096 1.419 2.757 1.148 2.607 4.741 2.924 8.265 1.402 1.109 0.456 2.387 0.124 1.085 3.684 2.495 1.807 1.174 1.382 1.320 2.338 2.175 1.849 3.394 2.074 1.396 2.234 3.244 2.336 5.200 1.347 1.562 0.576 2.251 1.497 1.209 1.880 1.317 0.852 0.914 0.597 4.359 5.113 3.764 5.216 6.249 4.495 5.922 1.471 4.762 4.986 2.490 2.776 3.388 5.642 3.749 4.536 1.727 4.298 1.972 2.010 2.102 3.336 nan 2.103 1686 chr10 123809348 123833238 + 0 NA intron (NM_206861, intron 3 of 19) L2b|LINE|L2 -51261 NM_001291879 10579 Hs.501252 NM_006997 ENSG00000138162 TACC2 AZU-1|ECTACC transforming acidic coiled-coil containing protein 2 protein-coding nan 1.010 1.010 0.102 0.208 0.077 2.325 0.336 0.595 0.111 0.340 0.321 0.312 0.347 0.246 0.140 0.520 0.161 0.398 0.310 0.289 0.033 0.150 0.066 0.316 1.100 0.648 0.164 0.541 0.716 0.555 2.497 0.385 0.495 0.300 0.576 0.039 0.095 0.090 0.367 0.061 0.177 0.141 0.078 0.417 0.751 0.213 0.130 5.003 0.559 0.653 3.593 0.140 1.553 2.377 0.316 1.143 1.743 0.065 0.295 1.293 0.721 0.033 0.209 0.421 0.046 0.038 0.254 0.221 0.426 0.611 0.240 0.196 0.775 0.291 0.196 0.221 0.344 0.616 1.441 1.636 0.230 0.160 0.220 0.202 0.203 0.352 0.432 1.012 0.851 0.498 4817 chr17 44264378 44273649 + 0 NA intron (NM_001193465, intron 2 of 15).2 intron (NM_001193465, intron 2 of 15).2 1153 NM_001193466 284058 Hs.648744 NM_015443 ENSG00000120071 KANSL1 CENP-36|KDVS|KIAA1267|MSL1v1|NSL1|hMSL1v1 KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 protein-coding 4.426 3.458 nan 7.042 6.855 2.251 2.359 2.508 5.140 0.934 5.154 2.704 3.071 1.288 3.816 3.350 5.143 0.697 4.759 0.859 2.047 3.171 2.454 1.409 3.744 2.996 3.682 3.106 2.819 0.804 7.363 nan 4.523 8.143 1.213 2.128 1.554 4.257 0.236 1.374 5.474 7.039 2.109 0.909 1.824 1.604 3.386 3.458 6.555 2.957 1.620 2.461 3.350 5.039 1.645 3.744 1.502 2.036 2.023 4.870 4.112 2.045 3.475 2.098 2.739 2.261 1.130 4.887 4.877 5.459 8.476 5.311 nan 4.788 1.822 20.848 21.429 4.550 5.625 8.176 nan 13.479 11.947 5.318 10.234 4.845 8.065 5.622 5.455 2.576 1.362 4745 chr17 37884972 37898312 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -2512 NM_001330207 2886 Hs.86859 NM_005310 ENSG00000141738 GRB7 - growth factor receptor bound protein 7 protein-coding nan 2.807 1.928 52.094 2.106 2.561 1.496 1.930 3.602 1.472 0.862 0.193 4.950 1.346 2.623 1.749 0.553 0.181 3.399 1.349 4.005 0.298 3.324 1.211 3.605 0.732 0.564 0.740 2.887 1.328 2.426 3.731 4.015 8.782 1.018 0.584 0.479 0.853 0.113 0.790 0.780 3.267 0.701 0.473 2.114 1.689 3.342 0.578 4.254 0.708 1.291 2.506 1.749 4.571 0.884 3.605 1.208 3.082 0.783 2.654 1.083 1.332 1.765 0.204 0.359 0.348 0.236 1.910 3.872 1.692 2.898 nan 4.786 4.019 1.744 10.416 11.166 0.532 0.824 6.079 8.309 nan 0.871 0.886 1.793 1.508 1.561 0.541 0.978 1.397 0.938 4143 chr15 93149205 93170465 + 0 NA TTS (NM_207446) TTS (NM_207446) 39196 NM_207446 400451 Hs.27373 NM_207446 ENSG00000185442 FAM174B - family with sequence similarity 174 member B protein-coding nan nan nan 0.227 0.739 1.163 0.138 0.188 0.441 0.027 0.112 0.126 0.044 0.830 2.939 0.407 0.105 0.053 0.060 0.027 0.039 0.026 0.709 0.467 2.090 0.150 0.076 0.055 0.134 0.094 0.509 2.081 0.584 5.093 0.034 0.097 0.183 0.086 0.069 0.122 0.983 0.139 0.097 0.033 0.122 0.283 0.471 0.193 0.296 0.060 0.018 0.194 0.407 0.091 0.859 2.090 0.324 2.138 0.169 0.076 1.077 0.164 0.155 0.228 0.143 0.033 0.021 0.274 0.177 0.250 0.414 2.670 2.733 nan 0.281 0.311 0.369 0.506 0.931 4.205 4.347 nan 2.388 0.397 0.638 0.693 0.695 0.361 nan 1.439 0.868 8010 chr3 171972801 171981290 + 0 NA intron (NM_022763, intron 6 of 25) intron (NM_022763, intron 6 of 25) 189201 NM_198407 2693 Hs.130212 NM_004122 ENSG00000121853 GHSR GHDP growth hormone secretagogue receptor protein-coding 1.227 1.019 0.720 6.971 0.215 0.073 0.356 0.169 0.380 1.007 0.611 0.229 1.143 0.024 0.062 0.165 1.292 0.191 0.307 0.044 0.576 0.016 0.094 0.140 0.197 0.213 0.084 0.095 0.120 0.050 0.057 0.207 0.492 0.236 0.069 0.171 0.022 0.179 0.087 0.041 0.076 0.226 0.071 0.063 0.073 0.018 5.746 0.153 0.288 0.117 0.103 0.479 0.165 0.100 0.166 0.197 0.072 0.097 0.034 0.264 0.024 0.186 0.047 0.174 0.045 0.027 0.024 0.392 0.240 0.457 0.864 0.360 0.342 0.468 0.255 0.270 0.194 1.477 1.831 0.482 0.484 0.508 0.334 0.171 0.337 0.109 0.172 0.357 0.584 0.526 0.439 5837 chr1_gl000192_random 473225 483365 + 0 NA Intergenic PRIMA4-int|LTR|ERV1 -9612 NR_103556 100288805 Hs.648712 NR_049745 HYDIN2 HYDINP1 HYDIN2, axonemal central pair apparatus protein (pseudogene) pseudo nan nan 1.862 0.395 0.708 0.230 0.526 0.475 0.916 0.208 0.452 0.433 0.101 0.354 0.929 0.378 0.400 0.175 1.107 0.837 0.284 0.487 0.573 0.530 0.613 0.545 0.409 0.262 0.355 0.561 1.964 3.383 0.335 3.669 0.767 0.652 0.095 0.661 0.171 0.868 0.203 0.803 0.526 0.350 0.529 0.160 0.957 0.481 0.594 0.516 4.111 2.710 0.378 0.864 0.574 0.613 0.870 0.748 0.096 1.136 1.043 0.646 0.960 0.484 0.249 0.210 0.162 1.000 1.157 1.073 1.811 nan 2.215 1.316 0.481 1.317 1.089 2.783 3.235 1.332 1.810 0.968 0.946 1.891 nan 0.446 0.439 1.161 1.705 0.779 0.461 1674 chr10 121072814 121080542 + 0 NA intron (NM_005308, intron 1 of 15) intron (NM_005308, intron 1 of 15) -60806 NR_039829 100616398 NR_039829 ENSG00000265719 MIR4681 - microRNA 4681 ncRNA nan 0.815 1.973 0.620 0.136 1.451 6.132 0.271 0.574 0.953 2.204 4.256 0.024 0.391 0.315 2.124 0.564 0.041 3.040 2.147 0.065 0.054 0.121 0.052 0.062 2.858 2.579 0.287 3.402 1.516 1.745 4.640 0.320 1.028 1.727 0.844 0.062 0.057 0.049 1.783 0.071 8.800 0.813 0.645 1.159 1.927 1.046 1.387 2.970 2.468 0.092 2.123 2.124 6.344 6.099 0.062 1.332 0.106 0.214 0.391 0.749 3.740 0.344 0.717 1.350 0.939 0.609 0.583 0.982 0.427 0.964 0.472 0.529 1.770 0.384 0.455 0.441 0.337 0.681 1.705 2.526 0.698 0.672 0.381 0.859 0.274 0.419 0.820 2.445 0.227 0.269 11980 chrX 124058055 124070476 + 0 NA intron (NM_014253, intron 1 of 30) intron (NM_014253, intron 1 of 30) 33401 NM_001163279 10178 Hs.23796 NM_014253 ENSG00000009694 TENM1 ODZ1|ODZ3|TEN-M1|TNM|TNM1 teneurin transmembrane protein 1 protein-coding 0.765 nan 3.603 0.034 0.693 0.013 0.024 0.117 0.543 0.037 0.037 0.003 0.080 0.122 0.289 0.042 0.039 0.049 0.010 0.003 1.333 0.762 0.232 0.006 0.006 0.022 0.017 0.039 0.016 0.046 0.274 0.015 0.795 0.026 0.049 0.009 0.153 0.044 0.026 0.037 0.129 0.032 0.052 0.006 0.006 0.032 0.289 0.017 0.232 0.010 0.033 0.028 0.040 0.006 0.008 0.206 0.006 0.189 0.099 0.165 0.155 0.128 0.162 7.335 3.657 0.116 0.163 1.098 1.663 2.193 2.221 0.321 0.123 0.070 0.150 2.881 2.277 0.273 0.493 0.417 0.243 1065 chr1 206132443 206141331 + 0 NA promoter-TSS (NM_001317901) promoter-TSS (NM_001317901) -378 NM_001317901 729533 Hs.339665 NM_001123168 ENSG00000196550 FAM72A LMPIP|Ugene|p17 family with sequence similarity 72 member A protein-coding 4.033 3.256 3.415 5.369 2.607 2.637 3.981 1.055 2.273 2.634 4.084 3.841 0.893 1.528 4.040 3.678 3.673 0.414 3.382 1.474 2.190 6.716 1.686 0.786 2.805 2.576 3.921 3.022 4.665 1.280 2.010 5.206 1.587 12.080 1.677 3.487 1.242 3.510 0.190 1.695 2.120 5.389 6.523 3.220 2.855 2.256 3.842 3.489 3.318 4.456 1.745 3.309 3.678 3.589 5.618 2.805 1.443 1.577 1.768 7.653 4.297 3.329 0.961 1.852 2.432 3.117 1.821 3.680 3.966 6.057 8.470 7.561 6.152 3.921 1.265 nan nan 5.136 6.603 3.457 4.497 3.571 3.924 1.199 2.253 1.834 2.290 4.373 6.420 1.765 1.117 5862 chr2 3604829 3625778 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -7550 NM_001011 6201 Hs.534346 NM_001011 ENSG00000171863 RPS7 DBA8|S7|eS7 ribosomal protein S7 protein-coding 2.309 1.341 1.793 1.081 1.686 0.705 2.474 0.886 1.802 0.561 1.351 1.159 0.287 0.640 2.903 1.536 0.690 0.123 1.219 0.517 1.202 1.613 0.878 0.453 2.173 0.595 0.668 1.146 1.360 0.520 1.718 2.520 1.105 3.554 0.858 2.631 0.164 1.741 0.156 0.493 0.585 2.784 1.708 0.864 1.019 0.747 1.812 1.408 2.004 1.767 1.163 1.066 1.536 1.768 1.808 2.173 1.011 0.885 0.859 2.098 1.580 1.491 0.311 1.457 0.834 1.163 0.858 1.871 1.723 2.369 3.661 3.156 2.861 3.476 1.624 2.405 2.372 1.885 2.752 5.100 6.394 3.232 3.771 1.395 1.974 1.079 1.196 3.387 4.492 2.030 1.144 9089 chr5 96038286 96084077 + 0 NA intron (NM_001042440, intron 4 of 29) MIRb|SINE|MIR -18063 NR_104285 831 Hs.436186 NM_001750 ENSG00000153113 CAST BS-17|PLACK calpastatin protein-coding nan 1.495 1.301 0.611 0.232 0.400 0.765 0.809 1.526 0.268 0.338 0.380 0.456 0.081 1.724 0.474 0.315 0.119 0.846 0.405 0.096 0.049 0.426 0.215 0.182 0.484 0.212 0.113 0.810 0.749 0.870 1.742 0.701 0.478 0.412 0.202 0.462 0.139 0.127 0.129 0.092 0.191 0.228 0.128 0.578 0.374 0.558 0.152 0.218 0.337 0.237 0.290 0.474 1.014 0.390 0.182 0.309 0.211 0.082 0.109 0.124 0.313 0.113 0.648 0.152 0.160 0.098 0.212 0.222 0.593 1.204 0.411 0.456 0.402 0.238 0.670 0.668 0.593 0.813 0.857 1.014 0.616 0.361 0.335 0.393 1.800 2.243 0.965 nan 0.699 0.497 8761 chr5 10759081 10762445 + 0 NA intron (NM_001291963, intron 1 of 2) intron (NM_001291963, intron 1 of 2) 624 NM_004394 1611 Hs.75189 NM_004394 ENSG00000112977 DAP - death associated protein protein-coding nan 3.664 9.034 4.125 5.594 1.458 4.652 1.093 1.902 2.608 3.893 4.476 1.807 2.557 2.145 1.217 7.280 0.752 10.724 3.200 6.364 0.823 3.035 1.098 1.989 2.866 3.772 2.152 6.950 1.527 7.476 9.286 6.138 nan 1.646 2.170 0.430 1.552 0.108 1.979 2.168 4.062 7.867 4.885 1.920 1.392 5.299 2.770 3.193 5.527 5.848 3.500 1.217 13.585 4.150 1.989 1.882 4.064 1.287 3.918 4.457 3.703 0.821 0.519 2.144 3.851 3.416 3.590 5.218 4.739 8.083 5.965 5.242 4.209 1.121 6.439 6.035 nan 7.449 5.058 7.893 5.788 5.895 2.168 3.940 3.009 3.266 2.253 nan 3.346 1.657 4396 chr16 62590948 62597856 + 0 NA Intergenic Intergenic -523663 NM_001796 1006 Hs.368322 NM_001796 ENSG00000150394 CDH8 Nbla04261 cadherin 8 protein-coding nan nan 0.391 0.031 0.088 0.081 0.011 0.117 0.292 0.066 0.052 0.009 0.056 0.039 0.092 0.055 0.069 0.046 0.019 0.023 0.059 0.011 0.011 0.070 0.035 0.028 0.072 0.121 0.075 0.001 0.016 0.053 0.017 0.047 0.108 0.009 0.031 0.044 0.084 0.029 0.039 0.020 0.033 0.048 0.092 0.052 0.014 0.024 0.017 0.030 0.012 0.216 0.018 0.025 0.007 1.608 0.816 6.390 0.927 0.113 0.151 0.063 0.114 1.882 1.709 0.245 nan 0.181 0.125 0.326 0.100 0.286 0.542 0.070 0.074 0.099 0.229 0.453 0.423 84 chr1 10883531 10905902 + 0 NA Intergenic Intergenic -37983 NM_017766 54897 Hs.439894 NM_017766 ENSG00000130940 CASZ1 CAS11|CST|SRG|ZNF693|dJ734G22.1 castor zinc finger 1 protein-coding 1.202 0.948 nan 0.077 3.168 0.239 0.132 1.737 3.541 0.072 0.084 0.080 0.019 0.079 0.669 1.979 0.090 0.122 0.131 0.076 0.022 0.031 0.597 0.393 2.030 0.069 0.036 0.082 0.072 0.014 0.101 0.623 0.098 0.888 0.033 0.085 0.093 0.140 0.108 0.016 0.606 0.153 0.040 0.026 0.039 0.042 0.120 0.196 0.120 0.093 0.023 0.453 1.979 0.154 0.066 2.030 0.049 0.200 0.376 0.238 0.598 0.071 0.615 0.272 0.037 0.015 0.021 1.998 2.621 0.560 0.529 5.594 5.080 1.015 0.261 8.817 nan 0.334 nan 3.626 4.145 nan 0.526 0.726 1.256 0.523 0.421 0.642 1.244 1.654 0.927 6002 chr2 29325430 29355548 + 0 NA intron (NM_024692, intron 1 of 15) AluSx1|SINE|Alu 2197 NM_001287527 79745 Hs.122927 NM_024692 ENSG00000115295 CLIP4 RSNL2 CAP-Gly domain containing linker protein family member 4 protein-coding 1.642 1.001 0.888 8.975 0.334 0.815 4.075 0.298 0.794 0.870 2.756 3.069 0.311 0.056 0.218 1.312 1.101 0.139 4.343 2.034 3.321 0.152 0.303 0.230 0.052 2.494 2.267 0.956 4.100 2.528 4.435 5.663 2.559 1.130 2.173 3.869 0.138 0.441 0.122 1.766 0.622 5.977 3.426 1.380 3.372 2.571 3.929 4.210 2.342 1.017 2.174 3.144 1.312 4.638 5.290 0.052 1.958 0.687 0.675 0.583 1.098 3.339 0.168 0.423 1.615 1.159 1.037 0.908 1.902 0.816 3.050 0.871 0.934 2.501 0.447 3.353 3.321 0.257 0.441 0.776 nan 1.858 1.531 0.529 0.843 1.270 2.065 1.083 1.973 0.937 0.712 4068 chr15 74592023 74615434 + 0 NA intron (NM_025055, intron 11 of 18) intron (NM_025055, intron 11 of 18) -7154 NM_182791 80125 Hs.383206 NM_025055 ENSG00000140481 CCDC33 CT61|HP11097 coiled-coil domain containing 33 protein-coding 1.373 2.510 1.491 0.128 0.812 2.754 0.115 2.785 5.769 0.016 0.112 2.776 0.029 0.315 4.115 1.832 0.658 0.096 0.085 0.032 0.107 0.095 2.386 1.367 7.448 0.127 0.040 0.035 0.072 0.027 0.118 0.406 0.078 11.547 0.138 0.539 1.162 0.070 0.047 0.207 2.010 0.224 0.044 0.030 0.023 0.036 0.178 2.889 0.310 0.128 0.101 0.155 1.832 0.090 0.012 7.448 0.084 0.133 0.608 0.204 1.064 0.070 0.107 1.224 0.162 0.038 0.017 0.598 0.921 0.182 0.297 4.402 5.479 2.486 0.805 0.126 0.099 2.618 2.944 4.587 6.148 2.034 1.731 0.443 0.540 2.669 1.846 1.637 3.369 2.383 1.243 437 chr1 65882754 65897722 + 0 NA intron (NM_001198681, intron 2 of 4) intron (NM_001198681, intron 2 of 4) 3839 NM_001198681 54741 Hs.23581 NM_017526 ENSG00000213625 LEPROT LEPR|OB-RGRP|OBRGRP|VPS55 leptin receptor overlapping transcript protein-coding 2.395 1.345 nan 2.532 0.972 0.714 3.310 0.526 0.866 1.190 1.573 2.034 0.429 0.469 0.883 0.584 1.368 0.129 3.152 1.115 4.016 0.481 0.389 0.297 0.920 1.037 1.112 0.927 2.856 1.666 0.733 1.006 1.488 2.613 0.926 1.272 0.122 0.975 0.129 0.968 0.568 1.891 2.623 1.037 2.002 2.012 1.285 2.180 0.821 1.381 0.954 0.958 0.584 3.080 8.019 0.920 0.517 0.761 0.310 1.074 0.461 2.930 0.559 0.661 2.213 5.820 5.145 1.604 1.560 2.414 3.037 2.661 2.402 2.071 0.683 1.780 1.890 nan nan 2.475 nan 1.871 2.014 0.931 1.488 0.572 0.496 1.476 2.469 1.228 0.775 2749 chr12 64844079 64847338 + 0 NA promoter-TSS (NM_013254) promoter-TSS (NM_013254) -132 NM_013254 29110 Hs.505874 NM_013254 ENSG00000183735 TBK1 FTDALS4|IIAE8|NAK|T2K TANK binding kinase 1 protein-coding 4.185 2.760 2.468 5.868 4.782 1.158 2.323 2.702 3.220 1.905 5.729 2.843 2.798 1.438 4.641 4.507 3.623 0.098 4.074 1.514 5.211 2.385 2.692 1.563 3.923 2.505 3.735 3.226 3.803 1.416 4.949 4.775 2.515 11.757 2.597 5.431 1.327 3.611 0.151 1.523 1.798 5.668 6.507 2.295 2.782 26.019 4.530 6.747 4.720 5.681 2.438 3.079 4.507 3.544 5.099 3.923 1.908 3.410 0.877 6.399 3.481 2.313 1.292 2.759 2.633 3.683 2.706 5.005 4.875 5.984 10.455 7.927 7.174 7.954 3.456 14.391 14.797 4.009 5.788 11.060 22.293 5.929 6.322 2.148 5.293 6.587 10.155 5.641 3.656 4.742 2.404 1768 chr11 4690168 4742918 + 0 NA intron (NM_030774, intron 1 of 1) intron (NM_030774, intron 1 of 1) 2533 NM_030774 81285 Hs.501758 NM_030774 ENSG00000167332 OR51E2 OR51E3P|OR52A2|PSGR olfactory receptor family 51 subfamily E member 2 protein-coding 0.532 0.863 0.656 0.061 1.171 1.553 0.045 0.813 1.358 0.007 0.049 0.059 0.012 2.495 0.831 0.087 0.150 0.070 0.050 0.007 0.025 1.791 0.869 0.402 0.008 0.012 0.013 0.054 0.008 0.070 0.063 0.058 2.301 0.014 0.054 0.263 0.029 0.084 0.002 0.016 0.092 0.025 0.015 0.023 0.029 0.066 0.105 0.051 0.027 0.448 0.021 0.087 0.037 0.046 0.402 0.014 0.041 0.007 0.028 2.466 0.019 0.161 0.075 0.013 0.023 0.014 0.365 0.227 0.201 0.379 1.042 1.550 2.519 1.317 0.133 0.139 0.194 0.313 10.331 9.608 0.416 0.205 0.306 0.367 1.395 1.887 0.150 0.326 3.268 1.485 6429 chr2 157737608 157750902 + 0 NA Intergenic Intergenic -369855 NM_014568 11227 Hs.269027 NM_014568 ENSG00000136542 GALNT5 GALNAC-T5|GALNACT5 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 5 protein-coding nan 0.903 nan 0.367 1.587 0.021 0.422 1.435 3.005 0.050 0.286 0.750 0.005 0.406 0.148 0.498 0.147 0.108 0.683 0.244 0.151 0.010 0.308 0.150 0.369 0.276 0.104 0.016 0.499 0.218 0.867 1.790 0.970 1.223 0.493 0.131 0.048 0.081 0.247 0.410 0.109 0.082 0.035 0.468 0.110 0.356 0.097 0.122 0.122 0.420 0.933 0.498 0.272 0.056 0.369 0.881 0.119 0.080 0.175 1.495 0.143 0.216 0.111 0.097 0.009 0.013 0.570 0.739 1.107 0.991 0.570 0.590 5.917 1.854 0.348 0.408 1.151 1.317 0.881 0.952 0.509 0.262 0.329 0.635 0.091 0.099 0.377 0.898 0.455 0.385 8015 chr3 172424307 172430881 + 0 NA intron (NM_001146276, intron 1 of 4) intron (NM_001146276, intron 1 of 4) 1414 NM_001146278 57552 Hs.444099 NM_020792 ENSG00000144959 NCEH1 AADACL1|NCEH neutral cholesterol ester hydrolase 1 protein-coding 1.643 2.432 1.077 8.097 1.098 0.652 3.938 0.502 1.114 0.536 1.107 1.229 0.669 0.430 0.355 0.314 1.653 0.416 1.992 0.796 2.791 0.126 0.615 0.414 0.518 4.132 3.810 1.078 5.334 2.651 0.805 1.312 3.501 1.713 0.813 0.803 0.058 0.807 0.084 1.127 0.213 3.339 2.401 1.256 3.819 1.900 4.447 3.029 2.295 3.537 1.185 2.213 0.314 2.796 5.517 0.518 0.860 0.853 0.104 0.767 0.480 2.531 0.639 0.411 1.263 2.683 3.002 0.972 1.731 1.861 2.861 1.766 1.207 6.859 2.182 1.393 1.554 0.876 1.085 1.515 1.321 1.478 1.724 0.745 1.132 0.927 0.833 0.695 1.379 0.874 0.876 8309 chr4 30717905 30724939 + 0 NA promoter-TSS (NM_032457) promoter-TSS (NM_032457) -608 NM_032456 5099 Hs.479439 NM_002589 ENSG00000169851 PCDH7 BH-Pcdh|BHPCDH|PPP1R120 protocadherin 7 protein-coding 0.644 1.662 1.015 0.449 0.915 0.008 3.247 0.193 0.328 0.562 0.575 1.759 0.127 0.127 0.037 1.328 1.941 0.185 3.360 1.191 1.020 6.164 0.201 0.175 0.271 0.650 0.566 2.236 4.294 1.888 1.170 2.194 3.786 9.879 2.599 1.581 4.420 0.078 2.042 0.038 4.564 0.299 0.344 2.218 2.949 3.125 3.659 0.150 3.439 8.338 1.039 1.328 6.070 0.005 0.271 2.408 2.038 5.842 0.145 3.111 0.042 0.086 1.447 0.025 0.022 0.340 0.244 0.936 2.609 1.259 0.812 6.832 2.712 0.482 0.484 0.693 1.012 0.432 0.657 0.613 0.683 0.157 0.533 0.204 0.167 0.229 0.505 0.532 0.373 9216 chr5 140696635 140706158 + 0 NA Intergenic Intergenic -1045 NM_005642 6879 Hs.438838 NM_005642 ENSG00000178913 TAF7 TAF2F|TAFII55 TATA-box binding protein associated factor 7 protein-coding nan 1.692 0.996 0.833 0.517 0.779 1.378 1.111 1.968 0.370 0.601 0.756 0.651 0.315 0.707 0.607 0.444 0.169 1.381 0.549 0.854 0.234 0.539 0.299 1.245 1.208 1.202 0.280 0.643 0.143 2.076 2.454 0.879 4.201 0.840 1.111 0.190 1.189 0.136 0.535 0.523 0.524 1.142 0.392 1.110 0.578 0.542 0.680 0.980 1.263 0.545 0.571 0.607 1.767 1.121 1.245 0.330 0.218 0.192 0.810 0.699 0.823 0.344 0.118 0.753 1.304 0.999 1.060 1.081 1.912 2.642 1.737 1.437 2.736 1.564 11.805 12.195 0.781 1.075 1.450 2.282 2.526 2.090 1.265 1.999 2.050 2.513 1.057 1.145 0.864 0.580 6781 chr20 270254 282519 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -1818 NM_033089 85364 Hs.28608 NM_033089 ENSG00000247315 ZCCHC3 C20orf99 zinc finger CCHC-type containing 3 protein-coding 3.219 3.467 2.129 1.609 3.341 2.466 0.560 1.174 2.049 0.816 3.767 1.344 0.734 1.344 3.707 2.352 1.426 0.289 1.904 0.433 1.239 3.374 1.290 0.676 2.822 1.042 1.274 1.420 0.847 0.798 3.312 4.454 2.258 4.858 1.055 2.053 0.612 1.933 0.088 0.480 0.581 1.899 2.363 1.172 0.939 1.179 1.970 1.958 3.832 3.798 1.333 2.072 2.352 2.296 2.114 2.822 1.055 1.870 0.964 2.699 2.664 1.653 1.270 1.260 1.396 1.179 0.704 4.290 4.599 2.193 3.692 3.693 3.796 4.734 2.054 6.147 6.175 2.582 3.416 5.183 7.422 4.377 4.019 2.769 4.630 2.509 2.235 2.606 3.316 1.380 0.669 1021 chr1 202417332 202454846 + 0 NA intron (NM_032103, intron 1 of 11) intron (NM_032103, intron 1 of 11) 4218 NM_032103 4660 Hs.444403 NM_002481 ENSG00000077157 PPP1R12B MYPT2|PP1bp55 protein phosphatase 1 regulatory subunit 12B protein-coding 1.130 1.347 1.097 0.532 0.494 0.798 1.317 0.246 0.430 0.066 0.237 0.738 0.066 0.070 4.356 0.400 0.277 0.103 0.702 0.414 0.064 0.033 0.258 0.240 0.250 0.818 0.315 0.045 0.864 1.103 0.756 2.172 0.486 0.421 0.765 0.139 0.071 0.090 0.118 0.135 0.091 0.103 0.063 0.075 2.013 1.641 1.173 0.230 0.525 0.113 0.350 0.841 0.400 0.438 0.176 0.250 0.804 0.122 0.047 0.037 0.094 0.357 0.024 0.241 0.210 0.021 0.013 0.597 0.462 1.133 0.806 0.741 0.789 0.750 0.213 nan nan 0.605 0.877 1.796 1.417 0.533 0.400 0.176 0.269 0.235 0.489 0.681 2.159 0.684 0.553 6325 chr2 114081509 114094917 + 0 NA Intergenic Intergenic -51715 NM_013953 7849 Hs.469728 NM_003466 ENSG00000125618 PAX8 - paired box 8 protein-coding 1.414 nan 1.676 0.736 0.185 0.104 3.317 0.286 0.553 0.430 2.303 0.380 0.018 0.023 0.253 0.521 0.317 0.097 1.358 0.821 0.308 0.177 0.175 0.183 0.169 4.325 4.108 0.257 4.155 1.287 1.783 4.171 1.874 nan 2.182 0.756 0.007 0.316 0.045 1.012 0.023 1.380 0.233 0.204 2.168 1.153 0.842 1.609 1.673 0.396 0.495 1.125 0.521 1.089 0.812 0.169 0.338 0.067 0.445 0.917 0.087 1.857 0.126 0.985 2.843 0.369 0.267 0.448 0.360 0.636 1.144 1.959 nan 1.150 0.278 0.491 0.528 0.756 1.152 0.767 0.914 1.114 1.139 0.278 0.346 0.084 0.105 1.209 2.608 0.297 0.339 5094 chr17 80640468 80646766 + 0 NA intron (NM_006822, intron 1 of 5) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 12981 NM_006822 10966 Hs.484068 NM_006822 ENSG00000141542 RAB40B RAR|SEC4L RAB40B, member RAS oncogene family protein-coding 0.577 0.710 0.709 2.083 0.169 0.023 0.193 0.377 0.534 0.015 0.191 0.161 0.079 0.206 0.506 0.190 0.310 0.235 0.031 0.025 0.044 0.224 0.162 0.360 0.476 0.243 0.119 0.095 0.017 0.079 nan 0.351 0.450 0.023 0.545 0.030 0.103 0.168 0.113 0.134 0.226 0.048 0.025 0.017 0.181 0.046 0.163 4.157 0.136 4.725 3.233 0.506 0.196 0.033 0.360 0.352 0.132 0.047 0.153 0.113 0.050 0.328 0.140 0.032 0.046 0.033 1.221 nan 3.070 7.779 nan 0.616 0.473 0.126 0.941 1.060 0.392 0.672 0.305 0.472 0.200 0.129 0.520 0.374 0.119 0.155 0.324 0.484 0.693 0.361 6595 chr2 205088807 205106201 + 0 NA Intergenic Intergenic 296033 NM_012092 29851 Hs.56247 NM_012092 ENSG00000163600 ICOS AILIM|CD278|CVID1 inducible T cell costimulator protein-coding 1.304 nan 0.880 0.045 0.412 0.055 0.053 0.304 0.607 0.006 0.066 0.058 0.018 0.012 0.046 1.146 0.061 0.093 0.110 0.033 0.022 0.048 0.343 0.198 0.758 0.020 0.021 0.017 0.061 0.012 0.077 0.295 0.102 0.804 0.042 0.066 0.011 0.031 0.063 0.745 0.068 0.024 0.005 0.050 0.048 0.072 0.097 0.042 0.033 0.031 0.023 1.146 0.074 0.070 0.758 0.056 0.038 0.112 0.060 0.233 0.023 0.051 0.051 0.026 0.017 0.012 2.683 2.488 0.450 0.194 0.741 0.930 2.215 0.559 15.650 16.753 0.418 0.685 0.841 0.915 0.491 0.265 0.332 0.429 0.103 0.107 0.210 0.281 1.035 0.542 4212 chr16 4844547 4853651 + 0 NA intron (NM_024589, intron 6 of 10) intron (NM_024589, intron 6 of 10) 3720 NM_001253793 440335 Hs.390599 NM_001253790 ENSG00000267795 SMIM22 CASIMO1 small integral membrane protein 22 protein-coding 2.056 nan 1.716 2.728 3.211 3.030 1.361 1.266 2.130 0.515 2.528 0.342 0.163 1.880 1.947 0.772 0.245 0.194 1.864 0.729 0.875 0.198 1.442 0.740 1.733 0.590 0.610 0.700 1.940 0.186 5.053 7.550 2.144 4.111 1.123 0.539 0.322 1.050 0.066 0.480 0.558 1.006 0.382 0.147 0.575 0.918 2.149 0.529 1.382 1.023 1.445 5.013 0.772 1.916 0.868 1.733 0.729 1.116 1.739 1.718 1.818 0.537 0.763 0.890 0.643 0.278 0.178 2.161 4.493 0.568 0.809 1.979 1.949 nan 1.643 2.688 2.655 1.025 nan 4.078 4.176 2.519 2.217 0.793 2.052 1.655 1.398 0.969 3.074 1.981 0.947 934 chr1 183127401 183136698 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -21644 NR_149048 110841583 Hs.604063 NR_149048 ENSG00000224468 LAMC1-AS1 lnc-LAMC2-1:1 LAMC1 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.982 5.924 0.127 0.012 6.014 0.172 0.176 0.987 1.617 2.588 0.876 0.032 0.141 0.482 0.382 0.243 5.769 3.829 0.388 0.044 0.118 0.198 0.052 3.722 2.803 0.347 4.137 5.702 1.281 4.005 1.014 0.378 4.327 1.000 0.021 0.094 0.129 1.423 0.161 4.668 3.983 1.677 6.404 4.932 2.539 8.297 0.525 0.351 0.278 2.535 0.482 7.124 5.969 0.052 2.574 1.720 0.041 0.140 0.044 1.549 0.180 0.133 2.205 1.466 1.391 0.427 0.365 0.570 1.589 0.332 nan 0.443 0.192 nan 1.055 0.409 0.828 0.702 0.706 0.356 0.193 0.397 0.491 0.197 0.331 0.272 nan 0.482 0.410 9420 chr6 8385688 8402248 + 0 NA Intergenic L1MD3|LINE|L1 41832 NM_001142541 51000 Hs.285847 NM_015948 ENSG00000124786 SLC35B3 C6orf196|CGI-19|PAPST2 solute carrier family 35 member B3 protein-coding 0.859 0.851 0.726 0.041 0.160 0.013 0.030 1.503 3.065 0.011 0.088 0.023 0.008 0.030 0.075 0.162 0.130 0.049 0.111 0.012 0.019 0.008 1.746 1.095 0.308 0.025 0.018 0.033 0.013 0.109 0.173 0.067 0.147 0.026 0.071 0.269 0.053 0.133 0.021 0.047 0.073 0.025 0.019 0.006 0.014 0.047 0.175 0.079 0.047 0.005 0.020 0.162 0.066 0.022 0.308 0.052 0.065 0.006 0.035 0.160 0.029 0.030 0.067 0.032 0.010 0.001 0.600 0.567 0.170 0.263 0.305 0.398 7.556 2.812 0.245 0.279 0.174 0.237 0.276 0.228 0.275 0.121 0.163 0.212 1.665 1.765 0.188 0.273 2.348 1.053 6451 chr2 164177486 164207527 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 400011 NM_018086 55137 Hs.593650 NM_018086 ENSG00000182263 FIGN - fidgetin, microtubule severing factor protein-coding 1.103 0.974 nan 0.143 0.106 0.130 0.284 0.470 0.791 0.397 0.072 0.298 0.488 0.044 0.068 0.081 0.142 0.102 0.392 0.126 0.150 0.371 0.785 0.441 0.052 0.151 0.094 0.311 0.385 0.246 0.115 0.180 0.223 0.324 0.381 1.618 1.876 1.034 0.074 0.083 0.045 0.620 0.110 0.060 0.120 0.308 0.167 1.254 0.385 0.057 0.421 0.162 0.081 0.337 0.032 0.052 0.049 0.104 0.007 0.928 0.182 0.347 0.049 0.230 0.206 0.690 0.734 0.356 0.287 0.360 0.383 0.257 0.336 0.224 0.082 0.283 0.245 0.472 0.598 0.339 0.398 0.509 0.237 0.160 0.237 6.185 7.207 0.479 1.233 1.319 0.592 5990 chr2 28137684 28158602 + 0 NA intron (NR_137439, intron 2 of 13) intron (NR_137439, intron 2 of 13) -34162 NR_028308 100302650 Hs.729719 NR_028308 BRE-AS1 - BRE antisense RNA 1 ncRNA 0.911 0.628 0.803 0.837 0.125 0.050 0.537 0.206 0.327 0.251 0.829 0.847 0.021 0.078 0.103 0.074 0.263 0.085 0.393 0.127 4.266 0.113 0.126 0.150 0.192 0.028 0.116 0.258 0.146 0.172 0.350 0.181 0.375 0.342 0.228 0.047 0.151 0.118 0.073 0.173 0.035 0.033 0.380 0.103 0.351 0.124 1.088 0.127 5.912 0.729 0.074 0.197 0.365 0.150 0.403 0.143 0.065 0.109 0.319 0.205 0.071 0.159 0.112 0.085 0.058 0.388 0.323 0.942 2.063 0.323 0.366 0.424 0.166 0.468 0.526 0.657 0.999 0.503 nan 0.511 0.232 0.178 0.279 0.073 0.103 0.352 0.577 0.511 0.513 11902 chrUn_gl000220 43113 74737 + 0 NA Intergenic Intergenic -38204 NR_038958 100507412 Hs.426704 NR_038958 LOC100507412 - uncharacterized LOC100507412 ncRNA nan nan 2.548 1.020 0.614 4.954 1.002 0.578 nan 0.067 0.642 0.593 1.336 0.825 0.455 0.511 0.478 0.272 0.691 0.378 0.488 0.097 0.651 nan 0.659 0.901 0.599 0.283 0.967 0.554 1.855 nan 0.927 2.432 1.294 1.461 0.228 0.306 0.266 0.646 0.133 0.617 3.276 2.472 0.421 1.993 1.056 0.541 0.875 0.512 0.769 1.351 0.511 0.543 0.115 0.659 1.523 0.481 0.074 0.256 1.117 0.611 0.264 0.180 0.698 0.219 0.142 0.936 0.635 1.473 2.750 1.285 1.470 0.429 0.174 1.102 0.955 0.633 1.106 0.272 0.365 nan 0.600 0.795 1.199 1.173 nan 0.515 nan 0.820 1.264 3537 chr14 50458594 50491641 + 0 NA promoter-TSS (NR_126498) promoter-TSS (NR_126498) -879 NR_126498 283551 Hs.292580 NM_001012706 ENSG00000214900 LINC01588 C14orf182 long intergenic non-protein coding RNA 1588 ncRNA nan nan 2.019 3.467 0.426 0.662 2.708 0.179 0.333 1.693 0.841 2.053 2.360 0.076 0.740 1.476 0.823 0.181 2.270 1.027 0.238 0.130 0.199 0.170 0.384 4.262 4.583 0.466 3.212 2.030 2.009 4.674 3.233 1.561 2.316 0.396 0.276 0.145 0.115 2.253 0.129 2.223 0.349 0.143 2.148 2.055 3.087 3.733 1.741 0.932 0.656 2.496 1.476 2.829 4.227 0.384 1.168 2.247 0.138 2.126 0.242 2.972 0.326 0.227 3.213 3.650 3.599 0.585 0.466 0.526 1.637 0.701 0.714 1.249 0.288 1.111 1.044 0.260 0.413 0.993 1.264 1.076 0.870 0.394 0.666 1.128 1.157 0.380 0.826 nan 0.989 4821 chr17 45602960 45612034 + 0 NA promoter-TSS (NM_006310) promoter-TSS (NM_006310) -947 NM_006310 9520 Hs.443837 NM_006310 ENSG00000141279 NPEPPS AAP-S|MP100|PSA aminopeptidase puromycin sensitive protein-coding 2.392 2.326 nan 3.496 2.346 1.656 2.676 1.631 2.947 1.584 2.510 1.452 5.989 0.428 2.128 1.912 1.462 0.494 5.548 1.383 1.651 2.126 1.354 0.835 2.247 2.147 3.024 1.847 3.952 1.485 2.610 nan 3.074 4.834 0.581 1.590 0.988 1.755 0.152 0.753 1.494 4.703 3.648 2.174 2.449 2.095 2.397 2.603 2.698 3.985 1.232 1.232 1.912 4.604 1.222 2.247 1.124 1.296 0.781 2.804 1.132 1.718 1.062 1.156 1.104 0.952 0.605 2.115 2.371 1.875 2.410 2.959 nan 3.807 1.668 7.628 7.681 1.610 1.804 3.209 nan 3.532 3.474 1.263 2.428 1.805 1.997 2.965 3.633 1.826 0.792 948 chr1 185269504 185292230 + 0 NA intron (NM_006469, intron 1 of 14) L2c|LINE|L2 5594 NM_006469 10625 Hs.497183 NM_006469 ENSG00000116679 IVNS1ABP ARA3|FLARA3|HSPC068|KLHL39|ND1|NS-1|NS1-BP|NS1BP influenza virus NS1A binding protein protein-coding nan nan 1.876 1.424 1.979 1.078 0.744 1.206 2.130 0.517 0.669 0.723 0.775 0.329 2.509 1.827 1.366 0.250 1.360 0.485 0.763 0.396 1.452 0.741 1.824 0.790 0.809 0.585 0.863 0.348 0.933 1.681 1.083 3.363 0.598 0.848 0.410 1.349 0.146 0.250 1.204 1.557 0.809 0.429 0.945 0.558 0.865 0.595 0.573 0.668 0.655 0.664 1.827 1.648 1.091 1.824 0.644 0.417 0.475 0.791 0.810 0.302 1.563 0.671 0.483 0.775 0.477 2.658 3.340 5.652 9.164 4.547 nan 2.523 1.286 nan 5.258 1.908 2.356 2.772 4.041 2.252 2.361 3.152 5.556 1.956 1.638 2.120 nan 1.574 1.039 8239 chr4 5950682 5966446 + 0 NA Intergenic Intergenic -33509 NR_039608 100616201 NR_039608 ENSG00000263631 MIR378D1 mir-378d-1 microRNA 378d-1 ncRNA 1.302 0.862 nan 0.032 1.204 0.657 0.027 0.489 0.976 0.078 0.038 0.020 0.121 3.528 0.971 0.071 0.072 0.087 0.036 0.020 0.009 0.467 0.255 1.405 0.048 0.008 0.014 0.072 0.007 0.066 0.150 0.054 1.124 0.019 0.027 0.213 0.034 0.066 0.015 0.180 0.117 0.031 0.035 0.014 0.058 0.037 0.235 0.098 0.045 0.095 0.075 0.971 0.061 0.035 1.405 0.077 0.119 0.370 0.044 0.463 0.048 0.320 0.071 0.029 0.015 0.013 1.490 2.294 0.226 0.291 1.553 1.337 nan 0.875 0.527 0.612 0.325 0.556 3.265 3.353 1.225 1.035 0.803 1.019 0.979 1.079 0.631 1.242 nan 0.778 8361 chr4 48901184 48918062 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286774) promoter-TSS (NM_001286774) -778 NM_152398 132299 Hs.95835 NM_152398 ENSG00000145247 OCIAD2 - OCIA domain containing 2 protein-coding 1.289 nan nan 1.594 1.216 1.139 3.371 0.571 1.213 0.172 0.815 1.401 0.037 0.725 1.720 0.995 0.370 0.114 2.719 2.034 0.121 0.024 1.476 0.639 1.763 1.934 1.538 0.258 2.554 0.847 1.584 3.419 1.510 1.254 2.243 0.356 0.103 0.154 0.095 1.100 0.351 0.548 0.971 0.538 0.864 1.145 0.587 3.056 0.468 4.761 0.858 0.650 0.995 2.577 2.901 1.763 1.355 1.011 0.225 0.279 0.377 0.884 0.146 0.264 0.394 0.826 1.152 1.163 1.311 1.213 1.548 1.519 1.440 2.594 0.956 1.364 1.384 2.514 3.265 1.189 1.882 1.885 2.220 0.470 0.730 0.757 0.874 0.848 1.379 1.545 1.005 9768 chr6 74223308 74234865 + 0 NA promoter-TSS (NR_132980).2 promoter-TSS (NR_132980).2 -925 NR_132981 106635684 NR_132981 SNORD141B - small nucleolar RNA, C/D box 141B snoRNA nan nan 3.563 3.869 4.216 3.474 4.212 2.471 3.894 1.241 3.572 2.593 1.742 1.151 2.789 3.389 2.786 0.446 3.153 1.282 2.566 2.594 1.693 0.838 4.486 3.417 3.861 1.286 2.743 2.130 5.865 6.267 3.111 5.833 2.176 4.883 0.980 7.803 0.314 1.153 1.633 5.389 7.968 2.969 3.038 2.926 5.244 3.491 2.949 7.101 2.355 2.618 3.389 3.727 4.879 4.486 1.856 1.864 0.965 10.334 1.490 3.247 1.328 1.439 2.063 3.691 2.942 4.497 4.671 4.812 7.681 5.770 4.825 7.221 3.735 9.502 9.187 2.029 2.630 4.426 5.431 5.673 6.352 2.086 4.679 5.165 5.242 5.543 4.020 1.429 0.818 6827 chr20 7682008 7687021 + 0 NA Intergenic Intergenic 236579 NM_017545 54363 Hs.193640 NM_017545 ENSG00000101323 HAO1 GOX|GOX1|HAOX1 hydroxyacid oxidase 1 protein-coding 0.751 4.050 0.615 0.029 2.985 2.507 0.018 0.415 0.983 0.019 0.078 0.018 0.272 0.452 1.338 0.015 0.129 0.021 0.113 0.038 2.408 0.735 4.239 0.029 0.043 0.041 0.064 0.159 0.688 0.112 1.470 0.058 0.064 0.664 0.044 0.044 0.080 0.110 0.024 0.031 0.087 0.016 0.020 0.159 0.093 0.084 2.063 0.041 1.338 0.014 0.037 4.239 0.115 0.213 0.040 0.023 6.360 0.095 0.059 0.150 0.061 0.011 0.010 2.499 2.331 0.171 0.312 4.625 4.892 14.261 6.921 0.239 0.077 0.404 0.562 7.779 4.175 1.015 0.591 0.280 0.685 4.035 5.169 0.271 0.427 4.012 1.935 10520 chr7 95800732 95820595 + 0 NA intron (NM_014251, intron 11 of 17) intron (NM_014251, intron 11 of 17) 38405 NR_030322 693176 NR_030322 ENSG00000208025 MIR591 MIRN591|hsa-mir-591 microRNA 591 ncRNA nan 0.731 nan 0.082 0.186 0.084 0.095 0.508 0.915 0.024 0.142 0.130 0.106 0.061 0.228 0.509 0.193 0.146 0.133 0.029 0.041 0.049 0.610 0.403 0.820 0.038 0.022 0.063 0.124 0.022 0.081 0.108 0.192 0.379 0.051 0.073 1.344 0.152 0.172 0.024 0.132 0.129 0.021 0.012 0.061 0.057 0.179 0.185 0.061 0.129 0.031 0.114 0.509 0.071 0.277 0.820 0.055 0.100 0.063 0.094 0.056 0.120 0.155 0.137 0.056 0.026 0.015 0.527 0.524 4.340 6.681 0.515 0.516 1.656 0.444 0.487 0.462 0.739 0.941 0.218 0.298 0.351 0.210 0.288 0.648 2.915 3.303 0.311 nan 2.792 1.399 226 chr1 32210611 32242158 + 0 NA intron (NM_001294335, intron 1 of 32) CpG -2048 NR_036216 100423028 NR_036216 ENSG00000266580 MIR4254 - microRNA 4254 ncRNA 1.320 nan 1.128 0.243 0.771 1.726 0.234 0.435 0.871 0.213 0.822 0.494 0.022 0.229 0.397 0.847 0.367 0.056 0.177 0.084 0.277 0.099 0.384 0.265 0.911 0.129 0.046 0.476 0.120 0.087 0.357 0.706 0.218 5.976 0.076 0.158 0.105 0.416 0.097 0.045 0.294 0.654 0.086 0.086 0.038 0.049 0.434 0.253 0.542 0.262 0.102 0.136 0.847 0.193 0.108 0.911 0.019 0.097 0.456 0.587 0.594 0.240 0.577 0.177 0.084 0.126 0.036 0.930 1.679 3.026 1.751 1.898 1.844 nan 0.379 0.681 0.710 1.641 2.561 1.147 1.870 nan 1.472 0.582 1.118 0.701 0.878 0.880 1.091 0.912 nan 4296 chr16 24848594 24867133 + 0 NA intron (NR_147936, intron 2 of 15) intron (NR_147936, intron 2 of 15) 311 NM_052944 115584 Hs.164118 NM_052944 ENSG00000158865 SLC5A11 KST1|RKST1|SGLT6|SMIT2 solute carrier family 5 member 11 protein-coding 0.777 0.766 nan 1.095 0.196 0.051 4.097 0.173 0.265 0.588 0.744 2.500 0.013 0.136 0.067 0.221 0.072 0.069 0.339 0.318 1.310 0.022 0.162 0.190 0.135 1.472 0.997 0.091 0.224 0.551 0.137 0.406 0.084 0.415 0.181 1.597 0.063 0.041 0.072 0.197 0.103 0.725 0.375 0.211 0.766 0.203 0.615 0.555 3.970 0.391 0.281 3.739 0.221 0.350 1.410 0.135 0.811 1.152 0.079 0.527 0.097 1.060 0.076 0.656 0.451 0.407 0.284 0.320 0.263 0.137 0.208 0.201 0.253 nan 0.247 0.247 0.259 0.394 0.722 0.471 0.584 0.787 0.374 0.286 0.325 0.392 0.820 0.573 1.506 0.477 0.499 4982 chr17 73004042 73033581 + 0 NA Intergenic LTR14A|LTR|ERVK -9851 NR_110835 23510 Hs.514468 NM_015353 ENSG00000180901 KCTD2 - potassium channel tetramerization domain containing 2 protein-coding 3.230 2.066 4.023 0.806 1.831 0.533 0.927 0.984 1.964 0.538 1.379 0.701 0.397 0.857 0.973 1.144 0.923 0.297 1.070 0.359 0.402 0.549 1.616 0.629 1.298 0.574 0.555 0.498 0.682 0.286 2.126 3.659 1.079 4.088 0.675 2.259 0.488 1.066 0.143 0.464 0.919 1.181 0.389 0.240 0.654 0.171 0.947 0.907 1.723 1.168 0.784 1.338 1.144 1.845 0.529 1.298 0.458 1.083 0.549 1.602 1.685 0.746 1.788 1.381 0.411 0.388 0.219 2.679 3.565 1.189 1.807 2.044 1.854 4.419 2.982 1.399 1.288 nan 3.146 2.921 4.358 4.407 4.258 2.286 3.062 2.633 2.426 2.972 4.639 nan 1.048 1430 chr10 33651915 33667951 + 0 NA Intergenic Intergenic -36100 NM_001244973 8829 Hs.131704 NM_003873 ENSG00000099250 NRP1 BDCA4|CD304|NP1|NRP|VEGF165R neuropilin 1 protein-coding 0.481 0.650 0.467 0.841 0.033 0.018 3.409 0.066 0.143 0.054 2.304 3.779 0.021 0.033 0.168 0.703 0.192 1.249 1.441 0.197 0.026 0.049 0.098 0.059 1.626 1.286 0.097 1.695 1.451 0.857 1.255 0.275 0.197 0.813 0.389 0.013 0.095 2.598 0.075 0.225 0.429 0.336 3.405 0.536 0.336 2.164 0.178 0.054 0.054 0.443 0.168 0.249 0.131 0.059 0.420 0.108 0.037 0.088 0.102 0.451 0.012 0.069 1.297 0.104 0.079 0.289 0.177 0.745 nan 0.227 0.201 0.226 0.098 0.245 0.338 0.114 0.237 0.295 0.227 0.171 0.086 0.097 0.117 0.034 0.094 0.092 0.151 0.227 0.201 7473 chr22 46769305 46775554 + 0 NA intron (NM_014246, intron 24 of 34) AluSx1|SINE|Alu 41131 NM_001282783 55687 Hs.439524 NM_018006 ENSG00000100416 TRMU LCAL3|MTO2|MTU1|TRMT|TRMT1 tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridylate methyltransferase protein-coding 0.614 0.717 nan 4.363 0.122 0.949 1.297 0.077 0.209 0.347 0.472 0.088 0.187 0.064 0.057 0.489 0.134 0.128 2.257 0.940 0.453 0.022 0.075 0.080 0.249 0.599 0.337 0.036 1.789 1.300 5.384 11.404 2.139 0.918 1.776 0.155 0.105 0.095 0.285 0.064 0.153 0.116 0.137 1.118 1.294 2.157 0.096 1.851 0.045 2.466 2.176 0.489 5.869 0.313 0.249 1.409 2.708 0.047 0.099 0.398 0.731 0.062 0.059 0.180 0.894 0.643 0.264 0.336 0.205 0.408 0.714 0.675 0.483 0.129 0.384 0.490 0.174 0.191 0.201 0.507 0.392 0.174 0.230 0.255 0.168 0.166 0.118 0.123 0.560 0.392 1145 chr1 223401814 223408890 + 0 NA intron (NM_017982, intron 5 of 8) L1MA9|LINE|L1 -88728 NM_003268 7100 Hs.604542 NM_003268 ENSG00000187554 TLR5 MELIOS|SLE1|SLEB1|TIL3 toll like receptor 5 protein-coding 0.924 nan 0.936 6.647 0.174 4.854 0.076 0.368 0.371 1.539 0.009 0.014 0.140 0.962 0.054 0.093 0.883 0.834 0.036 0.200 0.304 0.041 4.253 3.194 0.043 4.686 3.925 0.079 0.382 0.577 0.334 1.408 0.098 0.004 0.061 0.096 2.381 0.090 0.637 2.660 1.444 5.869 1.205 0.219 5.635 0.092 0.789 0.089 0.434 0.962 0.643 0.838 0.041 0.397 0.095 0.069 0.400 3.218 0.014 0.158 6.202 4.754 4.477 0.471 0.435 0.714 1.247 0.522 nan 0.166 0.094 0.475 0.522 0.499 0.656 0.444 0.486 0.344 0.195 0.193 0.148 0.106 0.157 0.362 0.516 0.994 0.781 8960 chr5 67533583 67567743 + 0 NA intron (NM_181523, intron 2 of 15) (T)n|Simple_repeat|Simple_repeat -33589 NM_181524 5295 Hs.132225 NM_181504 ENSG00000145675 PIK3R1 AGM7|GRB1|IMD36|p85|p85-ALPHA phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1 protein-coding 0.862 1.439 0.888 0.182 0.245 0.315 0.112 0.206 0.340 0.019 0.123 0.445 0.014 0.065 0.185 0.423 1.452 0.183 0.114 0.039 0.031 0.036 0.115 0.090 0.103 0.069 0.013 0.035 0.055 0.031 0.094 0.259 0.096 0.338 0.057 0.327 0.858 0.075 0.127 0.031 0.062 0.082 0.033 0.014 0.038 0.049 0.118 0.161 0.071 0.092 1.051 0.115 0.423 0.056 0.083 0.103 0.068 0.053 0.003 0.036 0.053 0.072 0.058 0.203 0.031 0.037 0.016 0.239 0.264 0.609 0.897 0.356 0.464 0.886 0.249 0.206 0.198 2.062 2.716 0.527 0.470 0.416 0.275 0.174 0.280 2.454 4.542 0.371 1.038 0.550 0.426 9381 chr6 1593639 1617020 + 0 NA promoter-TSS (NR_125804) promoter-TSS (NR_125804) -437 NR_125804 101927703 Hs.607964 NR_125804 FOXCUT LINC01379|TCONS_00011636 FOXC1 upstream transcript (non-protein coding) ncRNA 1.218 1.583 3.576 1.406 1.592 0.072 0.648 0.941 1.885 0.331 0.216 0.587 0.189 0.172 0.155 0.991 2.016 0.187 0.734 0.162 0.057 0.217 0.270 0.153 0.441 0.610 0.553 0.828 0.474 0.144 2.425 3.467 3.381 1.006 0.544 1.575 0.036 0.537 0.077 0.126 2.996 0.944 0.917 0.523 0.215 0.121 1.323 0.617 1.189 1.741 1.063 0.578 0.991 1.533 0.423 0.441 0.367 0.853 0.037 4.488 1.938 0.880 0.101 0.111 0.225 0.116 0.072 0.446 0.397 2.611 4.974 0.896 0.636 1.221 0.340 1.049 1.003 0.483 0.921 0.620 1.050 0.521 0.286 0.452 0.491 0.492 0.633 0.219 0.503 0.898 0.513 3229 chr13 80346979 80387056 + 0 NA Intergenic MLT1H|LTR|ERVL-MaLR -11504 NR_125785 102724076 Hs.208617 NR_125785 ENSG00000229011 LINC01038 - long intergenic non-protein coding RNA 1038 ncRNA nan nan 0.751 0.086 0.385 0.021 0.332 0.181 0.396 0.076 0.202 0.305 0.062 0.220 0.089 0.400 0.125 0.056 0.074 0.014 0.083 3.607 0.175 0.078 0.176 0.272 0.090 0.022 0.136 0.158 0.169 0.583 0.648 0.361 0.084 0.071 0.002 0.076 0.063 0.298 0.278 0.564 0.109 0.078 0.131 0.064 0.154 0.182 0.073 0.205 0.077 0.043 0.400 0.055 0.077 0.176 0.049 0.164 0.007 0.216 0.115 0.110 0.065 0.065 0.144 0.083 0.081 0.515 0.320 0.226 0.585 0.318 0.459 1.106 0.401 0.126 0.132 0.061 0.075 0.470 0.525 0.447 0.130 0.192 0.326 0.054 0.064 0.223 0.291 0.179 0.221 2466 chr12 9557039 9573591 + 0 NA Intergenic Intergenic -5305 NR_144634 728715 NR_144634 LOC728715 - ovostatin homolog 2 ncRNA 1.303 nan nan 0.103 1.822 0.844 0.503 0.165 0.261 0.035 0.176 0.117 0.008 0.079 0.345 0.519 0.045 0.039 0.377 0.149 0.015 0.081 0.633 0.378 0.466 0.237 0.297 0.097 0.193 0.205 0.908 3.260 0.806 0.473 0.397 0.049 0.810 0.032 0.115 0.057 0.097 0.111 0.084 0.047 0.119 0.613 0.140 0.265 0.446 0.250 0.526 0.585 0.519 0.314 0.078 0.466 0.536 0.080 0.124 0.234 0.446 0.088 0.117 0.119 0.220 0.045 0.018 0.275 0.495 0.498 0.698 nan 1.452 1.864 0.607 0.799 0.764 0.267 0.449 2.005 3.168 0.766 0.882 0.255 0.311 3.609 2.414 0.257 nan 1.150 0.661 62 chr1 8679372 8713615 + 0 NA intron (NM_001042681, intron 2 of 22) FRAM|SINE|Alu -141520 NR_132752 106632271 NR_132752 SNORD128 ZL43 small nucleolar RNA, C/D box 128 snoRNA 1.128 nan 1.728 0.088 0.631 0.335 0.151 0.388 0.744 0.047 0.471 0.547 0.358 0.161 0.878 1.155 0.331 0.117 0.146 0.044 0.701 0.061 0.352 0.368 0.353 0.072 0.027 0.118 0.137 0.049 0.153 nan 0.164 0.689 0.030 0.079 0.137 0.329 0.124 0.040 0.886 0.683 0.037 0.032 0.055 0.059 0.139 0.131 0.112 0.151 0.095 0.113 1.155 0.143 0.193 0.353 0.028 0.237 0.167 0.421 0.089 0.094 0.081 0.383 0.031 0.025 0.006 0.345 0.418 0.868 2.356 1.742 1.974 1.030 0.434 0.785 0.720 1.243 nan nan 4.762 nan 0.579 0.323 0.411 0.466 0.837 0.786 1.730 1.325 0.692 8209 chr3 197675525 197679913 + 0 NA promoter-TSS (NM_001323027) promoter-TSS (NM_001323027) 624 NM_001316311 6165 Hs.529631 NM_000996 ENSG00000182899 RPL35A DBA5|L35A|eL33 ribosomal protein L35a protein-coding nan 3.417 2.572 2.441 4.998 2.550 4.295 2.941 5.444 0.996 2.210 2.819 1.348 1.299 1.617 2.556 3.235 0.367 2.748 1.015 1.427 1.293 2.142 1.274 2.709 4.595 4.114 1.709 3.337 1.827 4.687 nan 1.743 nan 2.067 3.246 0.603 3.164 0.166 1.056 1.230 5.157 4.557 2.613 3.107 1.750 6.518 2.185 1.258 5.147 1.917 2.951 2.556 3.088 5.088 2.709 1.439 1.983 1.263 2.666 1.204 3.117 1.121 1.784 1.180 1.619 1.218 4.487 4.688 6.387 9.682 8.261 8.487 13.001 10.453 16.725 18.389 4.868 6.787 12.210 19.000 14.274 12.876 6.252 8.049 6.086 6.673 11.820 8.105 4.539 2.945 6749 chr2 237648494 237666475 + 0 NA Intergenic Intergenic 179104 NM_020311 57007 Hs.471751 NM_020311 ENSG00000144476 ACKR3 CMKOR1|CXC-R7|CXCR-7|CXCR7|GPR159|RDC-1|RDC1 atypical chemokine receptor 3 protein-coding 1.149 nan 1.992 0.373 0.241 5.980 2.520 0.327 0.568 0.069 1.243 2.557 0.090 0.011 0.318 0.406 0.240 0.045 0.060 0.099 0.008 0.026 0.045 0.240 1.745 1.243 0.004 0.469 0.017 0.170 0.713 0.336 1.577 1.091 0.124 0.032 0.036 0.094 0.230 0.150 0.102 0.064 0.039 1.204 0.282 1.929 1.088 0.132 0.024 3.620 0.764 0.406 0.063 0.087 0.240 0.402 0.335 0.227 0.053 0.203 0.481 1.315 0.110 0.987 0.035 0.023 3.019 4.176 0.487 0.709 1.267 1.268 0.146 0.084 0.732 0.828 1.004 1.526 1.097 nan 2.366 1.887 1.000 1.626 0.061 0.106 0.556 1.315 0.149 0.185 7427 chr22 39566730 39575623 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -22521 NM_001346743 23492 Hs.356416 NM_175709 ENSG00000100307 CBX7 - chromobox 7 protein-coding 0.814 nan 0.577 3.937 0.264 0.099 2.117 0.248 0.519 1.954 1.757 2.388 0.245 0.246 0.040 0.596 0.411 0.073 1.225 0.634 3.532 0.124 0.141 0.139 0.471 0.940 0.624 2.614 0.374 1.270 1.019 1.635 0.645 0.433 0.989 0.366 0.021 1.557 0.111 0.750 0.042 4.990 9.073 3.177 0.914 0.685 3.147 3.566 1.653 2.486 0.249 0.824 0.596 1.415 2.255 0.471 0.318 3.122 0.131 3.020 0.416 2.329 0.024 0.131 2.171 3.614 1.890 0.354 0.646 0.767 2.642 0.736 0.722 0.935 0.341 0.190 0.167 0.214 nan 0.543 0.815 nan 0.732 0.327 0.216 0.266 0.362 0.465 1.058 0.451 0.286 4794 chr17 41605229 41637788 + 0 NA intron (NM_001322219, intron 23 of 23) intron (NM_001322219, intron 23 of 23) 1797 NM_001986 2118 Hs.434059 NM_001986 ENSG00000175832 ETV4 E1A-F|E1AF|PEA3|PEAS3 ETS variant 4 protein-coding 1.375 1.393 nan 0.523 0.278 0.034 0.583 0.411 0.582 0.088 0.776 1.341 0.051 0.476 0.063 0.798 0.848 0.158 0.556 0.221 0.215 0.442 0.154 0.178 0.088 0.681 0.484 0.430 0.532 0.569 1.601 nan 1.008 0.987 0.337 4.021 0.053 0.692 0.091 0.306 0.022 1.265 0.427 0.230 0.185 0.286 1.094 0.819 3.118 0.430 0.351 0.873 0.798 0.875 0.327 0.088 0.549 0.413 0.072 1.505 0.694 0.269 0.027 0.076 0.261 0.467 0.240 1.466 1.620 2.563 1.983 0.384 nan 1.173 0.391 0.789 0.747 0.277 0.630 0.581 nan 0.622 0.271 0.323 0.269 0.404 0.924 0.272 0.378 0.333 0.401 10657 chr7 129609405 129625490 + 0 NA Intergenic Intergenic -24647 NM_003344 7328 Hs.643548 NM_003344 ENSG00000186591 UBE2H E2-20K|GID3|UBC8|UBCH|UBCH2 ubiquitin conjugating enzyme E2 H protein-coding 0.877 0.602 0.871 1.080 0.198 0.062 0.973 0.158 0.393 0.642 0.805 0.735 0.424 0.069 0.172 0.327 0.181 0.266 0.863 0.359 0.266 0.043 0.262 0.184 0.285 1.492 1.052 0.192 1.856 1.077 0.173 0.873 0.917 0.328 0.346 0.921 0.129 0.146 0.216 0.246 0.110 2.974 1.235 0.501 1.029 0.820 1.294 1.427 1.405 0.488 0.318 1.325 0.327 1.073 0.989 0.285 0.488 1.174 0.084 1.392 0.093 1.114 0.133 0.092 0.382 1.179 0.773 0.394 0.380 0.325 0.915 0.421 0.392 4.796 0.991 0.340 0.306 0.175 0.491 0.607 0.691 0.361 0.180 0.376 0.542 0.614 0.814 0.263 0.539 0.921 0.741 6719 chr2 234115213 234124375 + 0 NA Intergenic Intergenic -40423 NM_001190266 55054 Hs.529322 NM_017974 ENSG00000085978 ATG16L1 APG16L|ATG16A|ATG16L|IBD10|WDR30 autophagy related 16 like 1 protein-coding 0.586 nan 0.705 0.188 0.095 0.086 5.631 0.144 0.265 0.071 1.008 0.382 0.014 0.042 0.062 1.947 0.127 0.209 0.994 0.860 0.062 0.090 0.098 0.065 2.364 2.131 0.136 1.196 1.175 0.279 1.339 0.322 0.713 1.563 0.131 0.015 0.048 0.084 1.271 0.018 1.773 0.105 0.112 0.305 1.091 1.437 0.217 0.251 0.165 0.311 1.032 1.947 0.844 1.442 0.065 0.067 0.109 0.048 0.134 0.033 1.488 0.197 0.027 3.190 0.031 0.029 0.790 0.977 0.326 0.911 0.275 0.210 0.191 0.084 0.390 0.421 0.135 0.411 0.331 nan 0.266 0.209 0.278 0.483 0.088 0.122 0.139 0.275 0.156 0.144 10461 chr7 81228074 81271862 + 0 NA intron (NR_126026, intron 2 of 8) intron (NR_126026, intron 2 of 8) 5564 NR_126026 100128317 Hs.571267 NR_126025 ENSG00000233491 LOC100128317 - uncharacterized LOC100128317 ncRNA 0.771 0.617 0.629 0.221 0.084 0.051 0.230 0.099 0.246 0.093 3.328 0.010 0.048 0.075 0.140 1.010 0.129 0.211 0.299 0.027 1.762 0.129 0.175 0.119 0.058 0.025 0.009 0.299 0.202 0.250 1.001 0.148 0.204 0.582 0.254 0.043 0.455 0.174 0.719 0.058 0.754 0.034 0.039 0.331 0.191 0.114 0.207 0.356 0.172 1.282 0.315 0.140 0.052 0.125 0.119 0.166 0.100 0.009 0.249 1.132 0.404 0.047 0.068 0.660 0.024 0.020 0.405 0.283 0.165 0.217 0.313 0.378 0.163 0.096 0.171 0.126 7.420 8.109 0.303 0.266 0.439 0.151 0.181 0.292 0.122 0.192 0.262 nan 0.560 0.521 6505 chr2 177383243 177403656 + 0 NA Intergenic MER5A|DNA|hAT-Charlie 72331 NR_031648 100302142 NR_031648 ENSG00000283203 MIR1246 MIRN1246|hsa-mir-1246 microRNA 1246 ncRNA 0.889 1.306 0.876 0.069 0.255 3.703 0.132 0.188 0.354 0.005 0.110 0.140 0.021 0.035 0.313 0.240 0.050 0.016 0.119 0.018 0.015 0.040 0.092 0.159 0.581 0.063 0.024 0.021 0.086 0.005 0.168 0.872 0.153 2.023 0.064 0.058 0.047 0.016 0.100 0.012 0.066 0.114 0.030 0.008 0.037 0.026 0.111 0.080 0.076 0.078 0.031 0.069 0.240 0.045 0.055 0.581 0.060 0.045 0.047 0.062 0.328 0.015 0.069 0.121 0.056 0.020 0.018 0.336 0.268 0.171 0.291 0.492 0.531 0.916 0.241 0.204 0.225 0.250 0.410 1.000 0.887 0.369 0.161 0.168 0.279 0.290 0.448 0.408 0.904 0.713 0.502 3697 chr14 75642290 75652666 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -4129 NM_006827 10972 Hs.74137 NM_006827 ENSG00000170348 TMED10 P24(DELTA)|S31I125|S31III125|TMP21|Tmp-21-I|p23|p24d1 transmembrane p24 trafficking protein 10 protein-coding 3.304 1.597 1.741 1.033 2.305 1.155 0.652 0.875 1.878 0.633 0.676 0.827 4.089 0.688 0.995 1.651 1.796 0.380 0.397 0.169 1.642 0.567 0.547 0.319 1.267 1.491 1.408 0.523 1.027 0.459 2.130 2.464 3.109 3.576 0.765 1.121 0.249 1.387 0.168 0.512 0.603 1.167 0.747 0.395 0.611 0.602 3.249 1.093 1.721 1.351 0.772 1.726 1.651 0.513 0.846 1.267 0.717 1.476 0.449 1.367 0.881 0.974 0.683 0.484 1.554 0.492 0.263 1.732 1.567 2.016 2.951 2.093 2.275 1.896 1.771 6.075 7.115 1.459 1.979 2.708 nan 3.241 2.703 1.765 2.127 2.298 3.208 1.956 1.811 2.587 nan 3466 chr14 33160077 33165958 + 0 NA intron (NM_004274, intron 8 of 13) LTR81|LTR|Gypsy -245442 NM_001164749 64067 Hs.657892 NM_022123 ENSG00000151322 NPAS3 MOP6|PASD6|bHLHe12 neuronal PAS domain protein 3 protein-coding 1.222 1.726 0.832 0.087 2.404 10.029 0.437 0.217 0.334 0.016 0.079 0.441 0.052 0.067 0.409 0.173 1.053 0.369 1.357 0.960 0.022 0.319 0.143 1.140 0.248 0.049 0.012 0.846 0.582 1.565 4.651 0.951 0.621 1.885 0.103 0.016 0.682 0.162 0.724 0.067 0.063 0.052 0.039 1.952 1.237 0.033 0.222 0.055 0.072 0.080 0.124 0.173 0.534 0.223 1.140 0.104 0.057 0.050 0.029 0.105 0.941 0.017 0.087 0.013 0.020 0.008 0.291 0.171 0.222 0.227 0.651 0.871 3.630 1.762 0.237 0.256 0.410 0.729 3.011 3.691 0.844 0.604 0.136 0.308 0.124 0.215 0.264 0.555 1.831 1.255 1999 chr11 64098867 64128738 + 0 NA intron (NM_032251, intron 14 of 26) AluSx|SINE|Alu -4426 NR_106977 102466815 NR_106977 ENSG00000278359 MIR7155 hsa-mir-7155 microRNA 7155 ncRNA nan 1.169 1.633 1.171 1.237 1.342 1.794 0.327 0.775 0.691 1.024 1.080 0.246 0.268 0.479 0.907 0.292 0.106 1.040 0.887 1.312 0.311 0.677 0.298 0.488 1.276 1.008 0.643 0.999 0.770 1.075 2.796 0.814 1.933 1.261 1.013 0.183 0.894 0.106 0.569 0.720 2.690 1.504 0.774 0.799 0.572 1.237 1.653 1.645 1.598 0.653 0.656 0.907 0.951 1.750 0.488 0.998 0.625 0.649 1.597 1.009 0.900 0.395 0.380 0.782 0.511 0.338 2.195 3.338 0.721 1.148 1.875 1.606 2.443 0.592 1.143 1.093 1.430 2.147 1.385 2.186 1.683 1.540 0.989 1.134 1.067 1.072 0.820 1.691 1.588 0.897 10035 chr6 155646216 155652409 + 0 NA Intergenic Intergenic -13695 NM_016020 51106 Hs.279908 NM_016020 ENSG00000029639 TFB1M CGI-75|CGI75|mtTFB|mtTFB1 transcription factor B1, mitochondrial protein-coding nan 1.359 0.975 0.711 0.748 0.167 0.664 0.259 0.546 0.060 0.127 0.879 0.010 0.098 0.125 1.180 0.230 0.129 0.120 0.061 0.254 0.022 0.103 0.187 1.127 0.620 0.205 0.047 0.104 0.034 0.340 nan 0.992 0.634 0.141 0.087 0.122 0.069 0.111 0.496 0.619 0.105 0.087 0.138 0.068 0.126 0.201 0.227 0.243 0.240 0.229 1.109 1.180 0.125 0.149 1.127 0.078 0.980 0.094 0.056 0.050 0.193 0.066 0.061 0.294 0.019 0.008 0.672 0.538 1.527 1.969 0.994 nan 12.521 8.970 0.230 0.332 0.525 0.597 1.676 1.656 0.748 0.332 0.412 0.653 0.772 1.397 0.332 nan 0.916 0.403 3632 chr14 64853403 64856890 + 0 NA exon (NM_005956, exon 1 of 28) exon (NM_005956, exon 1 of 28) 387 NM_005956 4522 Hs.652308 NM_005956 ENSG00000100714 MTHFD1 CIMAH|MTHFC|MTHFD methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, cyclohydrolase and formyltetrahydrofolate synthetase 1 protein-coding 12.625 nan 6.224 3.610 7.800 5.522 3.535 2.320 4.659 1.068 3.312 3.524 1.228 0.920 4.684 6.717 5.702 0.985 1.879 0.870 7.417 1.270 1.566 1.254 6.254 5.075 4.633 1.262 6.448 2.726 2.365 8.351 4.447 10.472 3.392 5.529 1.958 5.151 0.183 2.511 4.008 4.456 4.724 2.472 4.015 2.530 4.481 3.825 4.203 4.623 3.445 3.631 6.717 2.180 6.177 6.254 2.369 1.539 1.787 7.234 3.090 7.555 1.527 2.576 5.791 2.894 1.775 6.959 6.149 7.996 9.991 12.304 10.515 9.038 4.396 19.641 20.839 6.090 8.395 9.913 17.579 16.610 19.427 6.864 7.811 11.240 13.153 9.311 7.989 7.639 3.876 9678 chr6 45614221 45628128 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 230860 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.402 0.787 0.671 0.125 0.129 0.036 4.615 0.150 0.142 0.185 2.240 2.404 0.040 0.044 0.115 0.433 0.348 0.128 0.809 0.913 0.491 0.010 0.091 0.130 0.060 1.091 0.531 0.016 0.229 1.818 0.097 0.534 0.189 0.393 2.157 0.085 0.034 0.039 0.129 1.275 0.048 1.624 1.815 1.165 0.431 0.448 0.639 7.812 0.070 0.824 0.647 0.273 0.433 0.846 0.220 0.060 0.290 0.116 0.027 0.313 0.117 1.690 0.128 0.506 3.336 5.400 6.014 0.560 0.612 0.692 2.277 0.264 0.258 0.102 0.074 0.332 0.308 0.088 0.203 0.378 nan 0.474 0.295 0.372 0.427 0.072 0.051 0.278 0.654 0.456 0.579 6030 chr2 39365715 39370591 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -20549 NM_005633 6654 Hs.709893 NM_005633 ENSG00000115904 SOS1 GF1|GGF1|GINGF|HGF|NS4|SOS-1 SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1 protein-coding 0.976 nan nan 0.044 0.184 0.077 0.124 0.113 0.306 1.428 0.129 1.147 0.038 0.041 0.126 0.369 1.271 0.174 0.153 0.077 0.103 0.240 0.118 0.136 0.319 0.057 0.053 0.062 0.113 0.022 0.049 nan 0.214 0.422 0.113 0.020 0.200 0.083 0.024 0.131 0.232 0.025 0.032 0.046 0.016 0.302 0.135 0.520 0.030 0.098 0.173 0.369 0.058 0.038 0.319 0.051 0.516 0.019 0.148 0.021 0.177 1.904 0.176 0.048 0.012 0.010 4.467 3.232 9.830 7.807 0.300 0.452 0.593 0.249 1.205 nan 0.365 0.386 0.352 0.315 nan 0.191 4.719 5.872 0.085 0.103 0.292 0.770 0.340 0.610 9000 chr5 72323672 72336041 + 0 NA intron (NM_138782, intron 8 of 25) intron (NM_138782, intron 8 of 25) 78048 NM_001146032 115548 Hs.165762 NM_138782 ENSG00000157107 FCHO2 - FCH domain only 2 protein-coding 0.734 nan 0.679 1.013 0.186 0.083 0.192 0.103 0.257 1.015 0.204 0.336 3.519 0.040 0.193 1.055 0.206 0.065 0.299 0.107 0.051 0.089 0.087 0.039 0.073 0.082 0.746 0.337 0.102 0.163 0.373 0.368 0.679 0.284 0.174 0.044 0.161 0.104 0.010 0.090 0.119 0.287 0.126 0.062 0.174 0.618 0.089 0.112 0.098 0.045 0.140 1.055 0.482 0.060 0.039 0.110 0.301 0.039 0.089 0.125 0.121 0.112 0.090 0.019 0.057 0.053 0.345 0.289 2.065 1.287 0.272 0.380 nan 0.181 0.476 0.437 0.664 nan 0.491 0.408 0.458 0.243 0.308 0.318 0.257 0.435 0.237 0.551 0.262 0.201 6953 chr20 34668970 34704768 + 0 NA intron (NM_001258329, intron 1 of 22) AluSx1|SINE|Alu 6237 NM_177996 2036 Hs.437422 NM_012156 ENSG00000088367 EPB41L1 4.1N|MRD11 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 1 protein-coding 1.058 1.534 0.917 2.104 0.650 0.050 1.282 0.107 0.232 2.675 1.265 1.513 0.113 0.045 0.442 0.240 0.886 0.338 1.313 0.577 0.070 0.070 0.245 0.137 0.244 1.540 1.191 0.234 1.396 0.865 1.212 nan 1.626 0.856 0.869 0.210 0.059 0.203 0.097 0.177 0.097 0.451 0.136 0.109 0.951 2.249 1.727 0.334 4.237 0.149 1.639 2.951 0.240 1.192 0.204 0.244 1.074 2.469 0.068 0.489 0.077 1.224 0.233 0.697 0.433 0.103 0.089 1.575 3.106 0.373 0.690 0.499 nan 2.995 0.774 1.564 1.549 0.247 0.471 1.010 1.140 0.654 0.351 0.918 1.048 0.331 0.404 0.930 nan 0.483 0.408 5969 chr2 25620241 25628254 + 0 NA intron (NM_001320935, intron 13 of 17) intron (NM_001320935, intron 13 of 17) -58788 NM_175630 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 2.812 1.312 4.846 0.063 0.835 2.160 0.185 0.199 0.590 0.036 0.165 0.273 0.031 0.062 2.582 2.544 0.102 0.128 0.204 0.016 4.172 2.217 0.852 0.052 0.018 0.009 0.078 0.027 0.152 0.344 0.069 3.950 0.074 0.108 1.152 0.067 0.155 0.102 5.620 0.199 0.097 0.010 0.060 0.126 0.121 0.250 0.183 0.072 0.050 0.049 2.544 0.135 0.092 0.852 0.058 0.073 2.093 0.131 0.241 0.049 0.123 0.552 0.038 0.029 0.858 1.798 0.314 0.403 9.449 7.923 11.133 4.531 0.649 0.820 3.017 3.529 2.040 nan 3.760 5.135 0.287 0.333 3.758 3.227 0.931 1.787 4.453 2.291 7968 chr3 166767607 166789460 + 0 NA Intergenic MLT1L|LTR|ERVL-MaLR 162062 NR_135545 105374194 NR_135545 LOC105374194 inv3q26.1 uncharacterized LOC105374194 ncRNA 0.999 1.888 0.813 0.188 0.462 0.040 0.055 0.125 0.304 0.022 0.051 0.049 0.037 0.018 0.134 1.866 0.123 0.136 0.052 0.017 0.014 0.006 0.210 0.237 0.071 0.003 0.011 0.017 0.093 0.014 0.048 0.090 0.127 0.320 0.051 0.035 0.288 0.035 0.071 0.005 0.040 0.228 0.013 0.018 0.030 0.039 0.035 0.106 0.019 0.075 0.101 0.057 1.866 0.036 0.009 0.071 0.039 0.045 0.057 0.011 0.055 0.029 0.032 0.221 0.010 0.018 0.007 0.288 0.231 0.286 0.860 0.829 0.975 12.613 7.847 0.166 0.166 0.393 0.559 nan 0.587 nan 0.445 0.113 0.167 1.227 1.337 0.399 0.866 1.164 0.761 6082 chr2 46858797 46880201 + 0 NA Intergenic Intergenic 25188 NM_014171 9419 Hs.133998 NM_014171 ENSG00000119878 CRIPT HSPC139|SSMDF CXXC repeat containing interactor of PDZ3 domain protein-coding 1.036 nan 0.924 0.093 0.143 0.232 0.321 0.099 0.238 0.103 0.206 0.155 0.009 0.051 0.101 0.156 0.245 0.087 0.173 0.053 0.945 0.032 0.146 0.155 0.084 0.226 0.121 0.118 0.095 0.069 0.602 nan 0.721 0.316 0.240 0.334 0.020 0.056 0.113 0.089 0.048 0.282 0.062 0.042 0.082 0.219 0.306 0.259 6.010 0.087 0.927 2.236 0.156 0.327 0.104 0.084 0.440 0.429 0.043 0.122 0.323 0.146 0.046 0.127 0.263 0.045 0.038 0.312 0.274 0.268 0.426 nan 0.473 0.421 0.179 0.418 0.499 0.668 1.062 0.607 0.862 0.588 0.397 0.167 0.236 0.096 0.154 0.385 nan nan 0.377 7907 chr3 149346365 149381393 + 0 NA intron (NM_001348362, intron 5 of 9) intron (NM_001348362, intron 5 of 9) 11933 NM_001168280 25937 Hs.477921 NM_015472 ENSG00000018408 WWTR1 TAZ WW domain containing transcription regulator 1 protein-coding 1.564 nan nan 3.152 0.351 0.035 2.733 0.256 0.547 0.365 0.858 1.127 0.233 0.069 0.089 0.701 1.440 0.306 1.081 0.341 0.868 0.185 0.198 0.218 0.243 1.449 1.421 0.527 1.323 0.665 0.696 1.232 1.131 0.433 0.657 1.528 0.022 0.344 0.082 0.569 0.143 1.512 0.554 0.349 0.615 0.421 0.620 0.971 1.451 1.456 0.661 0.808 0.701 1.299 1.809 0.243 0.276 0.277 0.015 1.368 0.295 0.731 0.076 0.092 0.604 0.580 0.529 0.443 0.333 3.694 7.871 0.582 0.532 nan 0.278 0.701 0.678 1.316 nan 0.816 nan nan 0.560 0.397 0.493 0.064 0.070 0.228 0.355 0.713 0.713 6812 chr20 5121220 5154221 + 0 NA intron (NM_003818, intron 1 of 12) intron (NM_003818, intron 1 of 12) 30313 NM_003818 8760 Hs.126857 NM_003818 ENSG00000101290 CDS2 - CDP-diacylglycerol synthase 2 protein-coding 1.180 1.266 0.915 0.129 0.158 1.182 1.444 0.235 0.350 0.023 0.490 0.231 0.017 0.051 4.921 1.073 0.265 0.088 0.792 0.513 0.052 0.063 0.200 0.153 0.131 0.270 0.144 0.130 0.179 0.726 0.127 0.345 0.189 0.807 0.811 0.214 0.041 0.085 0.100 0.140 0.549 0.187 0.111 0.108 0.641 0.496 0.817 0.245 0.451 0.170 0.024 0.196 1.073 0.330 0.208 0.131 0.330 0.106 0.255 0.072 0.142 0.980 0.081 0.531 0.067 0.061 0.046 0.715 0.899 0.364 0.534 0.633 0.797 2.223 0.680 0.414 0.465 0.801 1.321 0.760 0.828 1.082 0.878 0.399 0.546 0.191 0.231 0.542 1.047 0.657 0.639 5808 chr19 54958189 54963659 + 0 NA promoter-TSS (NR_126418) promoter-TSS (NR_126418) 584 NM_052925 114823 Hs.502378 NM_052925 ENSG00000167615 LENG8 pp13842 leukocyte receptor cluster member 8 protein-coding 4.145 2.710 4.286 6.097 4.246 2.386 2.883 3.066 5.014 2.134 4.544 4.718 2.394 2.629 2.722 2.950 2.148 0.707 3.874 0.622 3.345 1.568 2.052 0.771 2.798 1.623 1.719 1.162 4.922 1.525 3.739 4.837 4.435 4.777 1.308 2.697 0.887 4.383 0.145 1.958 1.729 5.874 3.185 1.483 6.946 1.782 5.266 2.143 4.531 3.267 3.083 1.660 2.950 4.888 2.286 2.798 2.063 3.347 1.015 4.073 1.666 3.559 1.843 2.213 1.734 1.975 1.426 4.570 4.740 4.933 7.662 5.338 5.008 6.734 3.135 14.408 15.651 3.417 4.806 4.834 6.325 7.138 6.281 3.679 7.310 4.001 5.996 4.083 6.322 4.643 2.098 2046 chr11 67768843 67789191 + 0 NA intron (NM_000694, intron 1 of 12) LTR54B|LTR|ERV1 1242 NM_001290058 221 Hs.523841 NM_000694 ENSG00000006534 ALDH3B1 ALDH4|ALDH7 aldehyde dehydrogenase 3 family member B1 protein-coding nan 1.551 0.800 3.424 0.777 0.428 3.408 0.362 0.532 2.347 4.519 2.038 0.469 0.213 0.489 0.417 1.248 0.222 2.343 1.355 3.572 0.034 0.610 0.292 0.488 2.790 3.333 3.701 2.616 1.879 2.014 3.828 2.390 1.175 2.717 6.102 0.047 0.714 0.112 1.320 0.047 13.057 1.152 0.670 3.261 3.166 3.330 4.091 10.443 2.943 3.606 6.420 0.417 4.910 4.891 0.488 3.451 7.092 0.251 2.660 0.514 4.805 0.221 0.079 2.447 1.608 0.921 0.887 1.562 0.653 1.994 1.059 1.020 1.713 0.457 1.021 1.025 0.381 0.597 1.660 2.354 0.637 0.463 0.752 0.791 0.421 0.489 0.368 0.471 0.714 0.569 8682 chr4 189896281 189918572 + 0 NA Intergenic Intergenic 209615 NR_149102 105377610 NR_149102 ENSG00000251619 LINC02508 - long intergenic non-protein coding RNA 2508 ncRNA nan 1.199 nan 0.039 0.669 0.002 0.422 0.415 0.730 0.015 0.109 0.074 0.072 0.071 0.445 0.385 0.066 0.131 0.328 0.188 0.028 0.012 0.162 0.158 1.966 1.043 0.577 0.007 0.079 0.132 0.313 0.772 0.055 0.513 0.157 0.297 0.128 0.047 0.089 0.450 0.531 0.045 0.031 0.010 0.416 0.134 0.209 0.152 0.155 0.042 0.103 0.143 0.385 0.318 0.025 1.966 0.231 0.066 0.043 0.025 1.278 0.375 0.214 0.024 0.082 0.005 0.009 0.302 0.214 0.451 0.932 0.747 0.857 4.976 1.672 0.220 0.267 0.086 0.123 1.379 1.332 0.342 0.202 0.217 0.243 0.955 0.909 0.084 0.160 0.896 0.432 7985 chr3 169374566 169387649 + 0 NA intron (NM_004991, intron 1 of 16) intron (NM_004991, intron 1 of 16) 456 NM_001205194 2122 Hs.744090 NM_004991 ENSG00000085276 MECOM AML1-EVI-1|EVI1|KMT8E|MDS1|MDS1-EVI1|PRDM3|RUSAT2 MDS1 and EVI1 complex locus protein-coding 2.943 1.490 1.970 16.521 1.076 0.068 0.685 0.735 1.578 0.022 0.123 3.109 0.524 0.098 0.300 1.278 1.969 0.504 0.799 0.217 0.261 0.552 0.835 0.662 2.151 0.154 0.038 0.309 1.535 0.539 0.636 1.209 3.345 1.327 0.691 0.094 0.423 0.464 0.084 0.884 0.304 1.027 1.427 0.713 1.587 0.315 1.231 1.077 0.336 4.345 0.211 0.040 1.278 0.822 1.025 2.151 0.644 0.114 0.022 0.641 0.286 0.323 0.133 0.550 1.912 0.062 0.011 0.334 0.357 2.107 2.020 3.868 3.651 0.523 0.228 1.023 1.020 0.199 0.359 nan 1.163 nan 2.167 0.421 0.717 2.273 1.327 0.550 1.209 0.881 0.692 10697 chr7 139042418 139047546 + 0 NA 5' UTR (NM_001270643, exon 1 of 11) 5' UTR (NM_001270643, exon 1 of 11) 390 NM_001270643 51631 Hs.731488 NM_016019 ENSG00000146963 LUC7L2 CGI-59|CGI-74|LUC7B2 LUC7 like 2, pre-mRNA splicing factor protein-coding nan nan nan 5.918 6.405 8.614 3.162 4.281 8.452 2.492 5.745 3.370 4.097 2.630 7.749 4.811 4.309 0.880 5.989 2.538 5.133 3.268 5.414 2.636 9.113 3.027 4.193 2.995 9.193 1.974 5.856 8.751 10.557 11.155 2.205 5.690 2.059 8.988 0.339 2.443 3.909 8.723 3.638 1.597 2.824 3.552 7.771 5.798 5.601 6.174 3.363 3.486 4.811 8.643 4.969 9.113 1.764 4.612 2.266 8.635 3.259 4.608 4.521 2.162 2.984 3.447 2.210 7.758 7.873 8.578 11.238 11.017 10.758 11.091 5.799 29.496 31.226 5.246 nan 7.151 12.135 nan 11.392 9.009 12.825 9.063 11.101 9.244 8.391 5.439 nan 6302 chr2 110360972 110374156 + 0 NA intron (NM_144710, intron 1 of 10) intron (NM_144710, intron 1 of 10) 3670 NM_001321515 151011 Hs.469615 NM_144710 ENSG00000186522 SEPT10 - septin 10 protein-coding 2.392 nan 2.817 2.142 0.796 0.575 2.759 0.560 0.737 1.700 2.492 1.766 0.141 0.297 0.647 0.843 1.515 0.233 4.014 1.415 3.542 1.200 0.192 0.207 0.390 2.446 2.447 1.044 5.506 1.128 1.045 1.530 1.632 nan 0.342 6.679 0.087 1.635 0.131 1.041 0.089 4.140 4.127 1.982 1.307 1.194 2.023 2.186 2.865 3.516 1.013 2.076 0.843 6.282 6.905 0.390 1.423 0.462 0.277 3.937 0.889 2.989 0.030 0.711 2.665 2.555 2.215 0.269 0.153 1.170 1.797 2.634 nan 0.150 0.120 1.187 1.242 2.607 3.288 1.497 2.487 1.516 1.727 0.164 0.302 0.458 0.457 2.416 2.759 0.469 0.405 11253 chr8 124284857 124290136 + 0 NA promoter-TSS (NM_001204180) promoter-TSS (NM_001204180) 285 NR_037873 11244 Hs.521800 NM_007222 ENSG00000165156 ZHX1 - zinc fingers and homeoboxes 1 protein-coding nan nan nan 2.372 3.395 1.658 3.734 1.024 1.712 3.973 3.249 1.642 1.261 0.968 3.898 1.670 2.549 0.909 4.111 1.091 1.736 2.398 1.062 0.501 3.947 1.947 2.033 1.266 3.036 1.308 3.742 4.754 4.094 nan 1.768 2.087 0.986 1.439 0.100 1.142 1.762 2.149 3.361 1.715 1.573 0.757 1.628 2.541 2.837 5.975 1.898 2.402 1.670 7.183 6.759 3.947 0.668 0.609 1.029 1.520 3.021 2.673 1.369 1.342 1.031 1.036 0.425 1.904 2.411 2.732 3.751 6.365 5.129 6.174 1.674 15.981 16.992 1.967 3.061 1.990 3.043 4.072 4.559 2.414 4.507 3.109 3.211 3.736 4.973 2.140 1.308 8858 chr5 35875418 35892589 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 27052 NR_120485 3575 Hs.591742 NM_002185 ENSG00000168685 IL7R CD127|CDW127|IL-7R-alpha|IL7RA|ILRA interleukin 7 receptor protein-coding 0.683 1.270 nan 0.078 0.131 0.197 2.711 0.103 0.179 0.770 0.882 1.169 0.373 0.035 0.083 0.523 0.628 0.187 3.669 2.200 0.161 0.012 0.110 0.160 0.088 0.133 0.113 0.017 2.587 0.562 2.183 5.907 6.434 0.329 1.727 0.960 0.017 0.082 0.107 1.089 1.025 0.392 0.242 0.603 1.978 0.392 0.599 0.066 0.045 0.212 0.097 0.523 2.606 0.194 0.088 0.187 0.136 0.070 0.968 0.041 1.720 0.017 0.036 0.338 0.030 0.021 0.343 0.144 0.236 0.401 0.290 0.344 0.098 0.070 0.167 0.132 0.711 1.195 0.190 0.215 0.582 0.272 0.163 0.247 0.178 0.159 0.116 0.162 0.234 0.388 10203 chr7 17393025 17491776 + 0 NA intron (NR_110015, intron 1 of 2) intron (NR_110015, intron 1 of 2) 27859 NR_110015 102659288 Hs.559488 NR_110014 KCCAT333 - renal clear cell carcinoma-associated transcript 333 ncRNA nan 1.000 nan 0.413 0.086 0.029 0.195 0.132 0.206 0.397 0.336 0.489 0.014 0.083 0.090 0.170 0.454 0.105 0.222 0.112 1.330 0.014 0.101 0.143 0.075 0.683 0.377 0.108 0.625 0.189 1.300 4.450 1.448 0.403 0.240 1.173 0.015 0.057 0.146 0.169 0.031 0.533 0.082 0.044 0.501 0.174 0.370 0.399 0.445 0.037 0.417 1.398 0.170 0.125 0.308 0.075 0.624 0.602 0.018 0.585 0.374 0.495 0.030 0.051 0.226 0.058 0.026 nan 0.275 0.289 0.374 0.289 0.351 0.395 0.163 0.233 0.236 0.190 0.299 0.287 0.289 0.235 0.111 0.084 0.158 0.094 0.122 0.210 0.318 0.374 0.474 6604 chr2 207707460 207729295 + 0 NA Intergenic MER1A|DNA|hAT-Charlie -70345 NR_036077 100422993 NR_036077 ENSG00000283469 MIR3130-1 MIR3130-3|mir-3130-1 microRNA 3130-1 ncRNA 1.054 nan 0.816 0.072 0.077 0.059 0.078 0.222 0.352 0.015 0.096 0.050 0.019 0.027 0.082 0.088 0.086 0.052 0.083 0.017 0.017 0.009 0.101 0.114 0.116 0.029 0.021 0.024 0.110 0.015 0.074 0.142 0.093 0.326 0.020 0.069 0.024 0.040 0.081 0.005 0.059 0.056 0.032 0.007 0.035 0.046 0.061 0.109 0.047 0.055 0.014 0.030 0.088 0.037 0.033 0.116 0.041 0.021 0.037 0.051 0.029 0.018 0.246 0.028 0.021 0.008 0.255 0.202 0.205 0.225 0.191 0.228 0.171 0.045 0.352 0.297 4.970 5.177 0.255 0.328 0.406 0.226 0.123 0.171 0.073 0.053 0.313 0.650 0.435 0.417 1934 chr11 47289533 47295551 + 0 NA intron (NR_120569, intron 2 of 2) intron (NR_120569, intron 2 of 2) 871 NM_001135943 8567 Hs.82548 NM_003682 ENSG00000110514 MADD DENN|IG20|RAB3GEP MAP kinase activating death domain protein-coding 2.665 3.654 2.610 1.957 5.270 3.538 2.305 1.785 3.846 0.606 3.849 2.687 2.209 2.809 7.637 2.677 1.559 0.120 2.206 0.629 1.379 1.820 3.118 1.298 4.803 1.352 1.469 2.304 1.938 1.545 3.332 6.340 3.825 7.785 1.092 2.256 1.316 2.315 0.130 1.516 2.094 4.571 3.053 1.316 1.034 0.965 2.814 5.837 3.208 2.052 2.489 1.709 2.677 2.700 2.433 4.803 0.843 1.227 1.411 2.638 2.833 1.956 3.390 1.460 3.883 2.163 1.535 6.544 8.663 3.584 4.550 10.508 9.274 8.368 2.884 4.624 4.728 3.110 3.947 2.616 3.915 3.130 3.677 3.459 6.378 3.818 4.372 2.899 nan 3.021 1.329 1916 chr11 44958172 44991541 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -1999 NM_001258324 9537 Hs.554791 NM_006034 ENSG00000175274 TP53I11 PIG11 tumor protein p53 inducible protein 11 protein-coding nan 2.408 2.010 0.063 0.564 2.395 0.645 1.968 3.846 0.132 0.123 0.080 0.192 0.156 1.154 1.255 0.375 0.131 0.063 0.023 0.046 0.062 0.513 0.311 1.285 0.255 0.153 0.126 0.198 0.054 0.524 1.706 1.804 3.081 0.051 0.066 0.322 0.461 0.089 0.088 0.575 0.218 0.172 0.152 0.259 0.249 0.099 0.162 1.039 0.097 0.169 0.584 1.255 0.060 0.474 1.285 0.173 0.414 2.299 0.679 0.131 0.283 0.181 0.552 0.073 0.074 0.026 0.802 1.645 0.552 0.832 2.124 1.704 2.369 0.633 0.135 0.114 1.592 2.232 0.443 0.753 3.815 3.693 0.631 0.771 0.962 0.967 0.976 nan 1.310 0.838 4232 chr16 11701295 11736995 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -37823 NR_024320 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 1.058 0.889 nan 1.392 0.716 0.627 1.923 0.170 0.413 2.882 0.793 0.385 1.048 0.070 0.272 0.276 0.532 0.185 1.501 0.799 1.389 0.070 0.181 0.137 0.754 1.642 1.218 1.432 1.235 1.145 1.622 4.638 0.846 1.138 0.848 2.868 0.107 0.120 0.069 0.086 0.124 0.545 0.148 0.088 1.304 0.758 1.728 0.232 1.826 0.115 1.320 2.615 0.276 2.191 0.322 0.754 0.782 1.569 0.253 0.259 0.233 1.435 0.072 0.049 0.935 0.027 0.014 0.494 0.623 0.248 0.401 0.702 0.729 3.076 1.037 0.496 0.501 0.571 0.998 1.140 1.297 nan 0.843 0.450 0.415 0.506 0.809 0.214 0.275 0.604 0.549 9517 chr6 26097557 26110102 + 0 NA promoter-TSS (NM_003542) promoter-TSS (NM_003542) -347 NM_003542 8364 Hs.46423 NM_003542 ENSG00000197061 HIST1H4C H4/g|H4FG|dJ221C16.1 histone cluster 1 H4 family member c protein-coding 2.088 1.068 nan 1.724 1.105 0.075 1.041 0.525 1.083 0.708 1.584 1.136 0.396 0.506 1.041 0.234 0.653 0.205 0.886 0.544 1.759 0.465 0.500 0.247 1.074 0.876 0.611 0.368 0.638 0.612 0.744 2.617 0.994 nan 0.663 1.728 0.136 1.460 0.155 0.545 0.624 0.985 0.441 0.273 0.636 0.577 0.983 0.633 1.307 1.119 0.847 0.985 0.234 1.180 1.988 1.074 0.606 0.556 0.368 1.643 0.627 1.014 0.253 0.657 0.704 0.239 0.200 1.795 2.096 1.415 nan 1.209 1.082 6.041 1.927 2.518 2.569 0.458 0.634 1.673 1.886 1.105 1.055 0.429 0.667 1.209 1.381 1.978 3.419 0.829 0.563 1722 chr10 133580689 133605093 + 0 NA Intergenic Intergenic 29644 NR_038365 399827 Hs.523353 NM_001001677 ENSG00000189275 LINC01164 - long intergenic non-protein coding RNA 1164 ncRNA 0.316 0.464 1.101 0.457 0.028 0.291 0.119 0.145 0.227 0.004 0.093 0.034 0.003 0.024 0.252 0.246 0.046 0.046 0.086 0.021 0.011 0.046 0.026 0.296 0.008 0.018 0.015 0.045 0.017 0.082 0.223 0.061 0.362 0.041 0.012 0.040 0.069 0.023 0.099 0.030 0.013 0.103 0.016 0.055 0.086 0.146 0.020 0.267 0.043 0.246 0.070 0.027 0.296 0.121 0.048 0.135 0.031 0.029 0.039 0.703 0.020 0.015 0.099 0.050 3.370 5.105 0.118 0.123 0.475 0.402 0.112 0.065 0.041 0.059 0.076 0.100 1.059 1.580 0.143 0.197 0.836 1.192 0.063 0.079 0.058 0.081 0.164 0.236 4568 chr17 7151735 7157357 + 0 NA promoter-TSS (NM_203414) promoter-TSS (NM_203414) 449 NM_001143775 23399 Hs.513913 NM_015343 ENSG00000175826 CTDNEP1 DULLARD|HSA011916|NET56 CTD nuclear envelope phosphatase 1 protein-coding 4.924 2.650 3.176 2.434 2.890 3.879 2.451 2.820 4.949 2.115 2.878 2.030 1.886 2.460 3.287 3.732 2.026 0.305 6.146 1.448 4.028 1.915 1.846 0.772 4.903 1.377 1.908 1.882 3.161 1.070 5.415 6.507 5.965 6.415 0.780 4.464 0.591 11.592 0.368 1.177 2.119 6.676 4.221 1.904 2.060 3.053 3.920 2.824 5.965 5.432 2.337 2.015 3.732 9.198 5.767 4.903 2.727 2.387 1.622 7.238 4.366 3.920 1.414 3.469 1.880 3.112 1.848 5.507 6.278 4.941 7.330 8.498 7.064 6.270 3.768 7.646 7.922 3.998 4.957 6.243 7.957 3.798 3.708 2.822 4.172 3.119 3.870 6.761 9.873 2.353 1.087 950 chr1 185342979 185347703 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -41170 NR_038424 100288079 Hs.131220 NR_038424 ENSG00000261024 GS1-279B7.1 - microtubule associated protein 1 light chain 3 beta pseudogene pseudo nan nan 1.019 0.168 0.528 0.105 0.287 0.408 0.464 0.020 0.114 0.276 0.026 0.022 0.505 0.699 0.213 0.101 0.245 0.360 0.168 0.234 0.229 0.514 0.176 0.070 0.140 0.116 0.294 0.023 0.337 0.133 0.576 0.353 0.235 0.366 0.077 0.640 0.219 2.370 1.474 0.851 0.004 0.016 0.122 1.603 0.052 0.776 0.050 0.267 0.699 0.106 0.116 0.514 0.078 0.069 0.080 0.277 0.087 0.034 3.857 0.123 0.314 0.092 0.088 2.682 4.886 0.913 1.783 0.955 nan 1.370 0.402 nan 4.325 0.413 0.831 1.379 1.274 0.609 0.418 11.374 7.848 0.064 0.083 0.308 nan 0.909 0.879 9508 chr6 24717628 24723212 + 0 NA Intergenic CpG -1017 NM_030939 81688 Hs.744857 NM_030939 ENSG00000112308 C6orf62 Nbla00237|XTP12|dJ30M3.2 chromosome 6 open reading frame 62 protein-coding 8.432 5.196 nan 6.990 8.206 6.067 3.509 3.164 7.373 1.691 5.311 3.375 3.399 3.050 6.521 7.198 6.036 0.605 4.616 0.997 5.075 3.772 3.516 1.476 8.292 4.617 6.218 1.268 4.252 2.171 4.856 6.004 7.301 nan 2.916 5.441 1.615 5.910 0.192 1.968 5.516 7.735 4.832 2.460 2.732 2.476 5.098 4.399 2.653 6.466 3.024 3.337 7.198 8.371 5.598 8.292 1.986 3.250 2.340 6.598 2.724 4.017 3.076 3.100 3.424 1.846 1.381 9.435 9.571 9.931 nan 12.421 11.059 10.813 6.916 20.566 21.697 5.537 6.497 10.683 15.885 10.940 11.259 6.728 9.049 9.195 10.936 9.429 7.547 4.245 2.310 1445 chr10 39137785 39154451 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite 156391 NR_045000 399746 Hs.742607 NR_045000 ACTR3BP5 FKSG74 ACTR3B pseudogene 5 pseudo 2.926 3.877 2.912 0.126 0.433 0.108 0.149 0.646 1.270 0.052 0.377 0.221 0.026 0.448 0.406 0.775 0.775 3.790 0.368 0.049 0.189 0.447 1.228 0.439 0.025 0.139 0.031 0.443 0.116 0.277 0.602 1.320 0.035 0.503 0.291 0.175 1.011 0.007 0.175 0.468 0.195 0.103 0.020 0.474 0.128 0.995 0.249 0.154 0.080 0.278 0.775 0.327 0.123 0.439 0.197 0.158 0.070 0.056 0.182 0.202 0.166 0.264 0.140 0.114 0.106 1.419 0.618 0.541 nan 1.090 1.776 0.488 0.335 0.585 0.638 1.124 1.527 0.773 0.802 1.452 0.452 0.427 0.797 0.544 0.797 0.572 0.996 0.572 0.892 11574 chr9 71728530 71752654 + 0 NA intron (NM_001170414, intron 1 of 21) intron (NM_001170414, intron 1 of 21) 4412 NM_001170414 9414 Hs.50382 NM_004817 ENSG00000119139 TJP2 C9DUPq21.11|DFNA51|DUP9q21.11|PFIC4|X104|ZO2 tight junction protein 2 protein-coding nan nan nan 1.430 3.685 0.998 2.452 0.725 1.548 0.680 0.434 0.191 1.448 0.266 1.017 0.526 0.316 0.093 2.306 0.974 0.029 0.011 0.742 0.380 2.601 1.142 0.995 0.318 2.666 0.673 2.332 4.291 1.696 3.137 0.764 0.094 0.103 0.652 0.095 0.105 0.505 0.539 0.708 0.327 0.793 1.395 1.635 0.087 0.348 0.495 0.196 1.657 0.526 3.245 1.386 2.601 0.795 1.460 0.032 0.188 0.088 0.544 0.374 0.373 0.122 0.074 0.019 0.991 1.116 2.275 nan 2.878 nan 1.505 0.428 3.441 3.588 0.184 0.255 4.626 5.639 0.186 0.103 0.405 0.749 0.549 0.342 0.403 0.967 0.655 0.562 8481 chr4 95400173 95415302 + 0 NA intron (NM_001256428, intron 2 of 11) intron (NM_001256428, intron 2 of 11) 34729 NM_001011515 10611 Hs.480311 NM_006457 ENSG00000163110 PDLIM5 ENH|ENH1|L9|LIM PDZ and LIM domain 5 protein-coding 0.812 0.675 0.706 0.414 0.186 0.044 1.744 0.127 0.320 0.732 0.525 1.051 0.151 0.046 0.077 0.110 0.438 0.159 1.635 0.560 3.656 0.009 0.042 0.067 0.063 0.552 0.276 0.369 1.256 0.641 0.623 1.313 0.940 0.204 0.654 0.920 0.006 0.064 0.096 0.404 0.120 3.661 0.662 0.304 1.517 0.495 0.229 0.099 0.363 0.093 0.089 0.907 0.110 1.003 0.258 0.063 0.379 1.204 0.025 0.710 0.007 1.196 0.013 0.106 0.458 0.019 0.010 0.526 0.305 0.563 1.194 0.190 0.279 0.058 0.048 0.360 0.346 0.405 0.555 0.427 0.530 0.304 0.155 0.063 0.189 0.099 0.153 0.327 0.764 0.206 0.242 3429 chr14 29585464 29599514 + 0 NA Intergenic Intergenic -337496 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.217 0.975 0.768 0.062 0.211 0.043 0.081 0.159 0.271 0.076 0.046 0.018 0.028 0.099 0.219 0.223 0.103 0.112 0.013 0.012 0.066 0.125 0.221 0.034 0.021 0.005 0.058 0.137 0.288 0.116 0.289 0.010 0.045 0.068 0.054 0.110 0.033 0.155 0.059 0.004 0.011 0.022 0.022 0.073 0.070 0.029 0.015 0.039 0.028 0.219 0.066 0.033 0.221 0.017 0.024 0.076 0.033 0.041 0.039 0.014 0.347 0.047 0.004 0.158 0.118 0.133 0.209 0.349 0.518 0.415 0.170 0.151 0.185 4.739 5.392 0.319 0.376 0.731 0.319 0.051 0.131 0.195 0.280 0.447 1.389 0.535 0.392 3580 chr14 57810669 57863773 + 0 NA Intergenic L1PA7|LINE|L1 -20050 NM_001011713 122830 Hs.165465 NM_001011713 ENSG00000139977 NAA30 C14orf35|MAK3|Mak3p|NAT12|NAT12P N(alpha)-acetyltransferase 30, NatC catalytic subunit protein-coding nan nan 3.190 0.337 0.596 0.186 0.233 0.251 0.480 0.091 0.224 0.163 0.088 0.113 0.512 0.601 0.214 0.108 0.365 0.108 0.194 0.050 0.362 0.245 0.477 0.357 0.324 0.098 0.353 0.117 0.394 0.627 0.462 1.176 0.238 0.217 0.139 0.250 0.135 0.305 0.406 0.262 0.260 0.161 0.248 0.212 0.362 0.455 0.382 0.343 0.346 0.346 0.601 0.406 0.405 0.477 0.238 0.166 0.317 0.521 0.550 0.624 0.207 2.533 0.247 0.142 0.102 0.547 0.502 0.463 0.774 0.860 0.894 1.107 0.350 1.344 1.268 0.375 0.588 0.722 1.024 2.061 1.984 0.464 0.775 0.835 1.121 3.344 5.297 nan 0.720 3073 chr13 20434990 20440176 + 0 NA intron (NM_001039649, intron 1 of 4) CpG 193 NM_001142684 9205 Hs.530988 NM_014242 ENSG00000132950 ZMYM5 HSPC050|MYM|ZNF198L1|ZNF237 zinc finger MYM-type containing 5 protein-coding 5.523 5.033 5.980 5.040 9.244 4.771 3.680 2.308 3.843 1.418 5.639 1.790 1.387 2.692 4.511 3.903 7.031 0.747 4.402 1.541 3.128 0.962 2.318 0.854 8.143 0.860 1.539 2.001 2.765 2.033 11.968 12.905 5.564 10.478 2.563 3.298 1.245 4.321 0.125 1.913 8.828 3.844 6.374 3.168 2.066 1.428 4.865 4.707 4.628 5.747 2.192 2.839 3.903 5.108 2.605 8.143 1.675 4.099 1.215 6.356 3.896 4.166 3.609 3.767 5.144 3.187 2.007 9.039 9.481 7.784 nan 22.384 21.325 7.159 3.762 8.927 9.941 7.035 8.043 6.758 11.617 16.847 16.073 6.317 12.184 4.822 4.411 9.327 8.972 4.713 2.472 1992 chr11 63822651 63876200 + 0 NA intron (NM_014067, intron 3 of 10) intron (NM_014067, intron 3 of 10) -21937 NM_013280 23769 Hs.584876 NM_013280 ENSG00000126500 FLRT1 SPG68 fibronectin leucine rich transmembrane protein 1 protein-coding nan 1.797 0.880 0.081 1.011 5.898 0.473 0.804 1.734 0.079 0.423 0.250 0.015 0.114 1.422 0.874 0.424 0.093 0.275 0.131 0.050 0.109 0.654 0.478 0.530 0.220 0.178 0.107 0.098 0.037 0.247 1.071 0.160 3.901 0.178 0.955 0.229 0.183 0.101 0.150 0.121 0.289 0.090 0.064 0.118 0.129 0.175 0.220 0.618 0.251 0.023 0.169 0.874 0.342 0.292 0.530 0.057 0.054 0.580 0.175 0.732 0.423 0.259 0.237 0.138 0.046 0.014 0.913 1.363 0.325 0.461 2.562 2.461 1.709 0.595 0.527 0.572 0.601 1.036 1.397 1.769 1.034 0.916 0.902 0.967 1.139 0.955 0.399 1.096 1.820 0.941 6912 chr20 30247311 30337773 + 0 NA intron (NR_134257, intron 1 of 2) intron (NR_134257, intron 1 of 2) -16768 NR_131907 103021294 NR_131907 ENSG00000281376 ABALON INXS apoptotic BCL2L1-antisense long non-coding RNA ncRNA 1.839 3.289 1.507 4.078 2.742 3.456 2.094 1.157 2.068 1.534 1.963 12.326 1.709 0.752 2.502 23.276 1.674 0.406 2.488 0.955 3.736 0.456 1.191 0.697 2.469 4.511 4.398 0.910 3.052 1.782 3.259 nan 3.455 4.966 1.370 0.643 0.778 0.947 0.134 1.432 1.301 2.052 2.209 0.937 1.581 1.613 1.705 12.393 3.167 1.865 2.369 0.916 23.276 3.916 2.843 2.469 1.274 1.761 0.903 0.808 0.673 1.886 1.058 1.034 2.506 3.917 3.896 1.598 2.086 1.300 2.777 2.646 nan 4.424 1.723 2.731 2.895 1.838 2.359 3.700 4.447 2.328 1.890 0.972 1.665 1.785 2.253 1.152 nan 1.206 0.645 1466 chr10 48325172 48343613 + 0 NA Intergenic Intergenic -2195 NR_134500 107001062 Hs.576719 NR_134500 LOC107001062 - uncharacterized LOC107001062 ncRNA 0.542 nan 0.611 0.847 0.057 0.052 3.832 0.104 0.257 0.527 1.117 1.880 0.331 0.049 0.170 0.056 0.057 0.087 1.308 0.989 0.262 0.022 0.068 0.045 0.071 1.259 0.978 0.156 1.922 1.208 0.087 0.273 0.309 0.258 0.962 0.042 0.010 0.041 0.082 0.971 0.065 3.302 1.941 0.975 0.749 0.774 3.196 0.812 1.352 0.750 0.493 0.857 0.056 1.473 2.568 0.071 1.017 0.418 0.074 0.105 0.033 2.501 0.032 0.088 1.338 2.117 1.490 0.422 0.434 0.193 0.568 0.263 0.296 0.566 0.184 0.285 0.338 0.109 0.209 0.334 0.380 0.218 0.127 0.234 0.170 0.039 0.038 0.239 0.355 0.427 0.449 10466 chr7 81770507 81808770 + 0 NA intron (NM_000722, intron 4 of 38) HAL1b|LINE|L1 151145 NR_110077 101927356 Hs.571348 NR_110076 ENSG00000223770 LOC101927356 - uncharacterized LOC101927356 ncRNA 1.082 0.803 0.981 0.079 0.776 0.913 0.048 1.637 3.341 0.005 0.074 0.255 0.006 0.099 0.213 0.288 0.169 0.055 0.064 0.025 0.023 0.123 0.773 0.578 0.603 0.004 0.004 0.008 0.112 0.003 0.059 0.096 0.099 1.640 0.057 0.228 0.817 0.127 0.166 0.012 0.323 0.051 0.019 0.012 0.017 0.024 0.096 0.052 0.349 0.071 0.031 0.058 0.288 0.029 0.048 0.603 0.035 0.082 0.054 0.033 0.162 0.026 0.049 0.388 0.030 0.015 0.015 0.482 0.364 0.194 0.192 0.582 0.781 3.199 1.832 0.133 0.117 1.150 1.366 1.491 2.110 0.617 0.390 0.200 0.303 2.578 3.531 1.180 nan 0.648 0.542 9824 chr6 106227569 106268354 + 0 NA Intergenic Intergenic -286234 NM_001198 639 Hs.436023 NM_001198 ENSG00000057657 PRDM1 BLIMP1|PRDI-BF1 PR/SET domain 1 protein-coding 1.277 nan nan 0.286 0.181 0.085 0.447 0.145 0.369 0.171 0.092 1.034 0.014 0.022 0.086 0.289 0.496 0.055 0.745 0.521 0.110 0.017 0.065 0.068 0.103 1.059 0.568 0.031 0.140 0.433 0.538 4.262 0.374 0.516 0.502 0.336 0.030 0.101 0.137 0.182 0.032 0.194 0.126 0.101 0.809 0.259 1.120 0.287 0.531 0.415 0.124 0.855 0.289 0.242 0.111 0.103 0.448 0.221 0.178 0.148 0.035 0.212 0.027 0.813 0.130 0.035 0.025 11.906 9.639 0.262 0.435 0.414 nan 0.260 0.134 0.220 0.261 0.784 1.039 0.574 0.662 nan 0.573 0.148 0.220 0.153 0.153 0.511 1.075 0.546 0.535 4248 chr16 14278124 14300192 + 0 NA intron (NM_014048, intron 3 of 16) intron (NM_014048, intron 3 of 16) -106987 NR_132983 100129781 Hs.190748 NR_132983 MIR193BHG - MIR193B host gene ncRNA 0.999 0.991 nan 0.143 3.726 0.221 0.136 0.770 1.540 0.052 0.240 0.170 0.006 1.401 0.169 0.587 0.629 0.160 0.160 0.069 0.017 0.038 1.596 0.949 1.247 0.156 0.036 0.067 0.105 0.038 0.094 0.608 0.092 0.832 0.099 0.126 0.282 0.049 0.089 0.011 0.280 0.103 0.008 0.018 0.118 0.093 0.155 0.074 0.232 0.060 0.028 0.224 0.587 0.110 0.151 1.247 0.039 0.101 0.018 0.137 1.714 0.072 0.090 0.191 0.066 0.034 0.005 0.304 0.251 0.120 0.205 0.645 0.679 8.803 3.524 1.028 1.033 0.506 0.746 4.837 5.992 nan 0.233 0.293 0.324 1.842 1.808 0.301 0.639 3.241 1.617 11689 chr9 107825545 107836412 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -140451 NM_005502 19 Hs.659274 NM_005502 ENSG00000165029 ABCA1 ABC-1|ABC1|CERP|HDLDT1|TGD ATP binding cassette subfamily A member 1 protein-coding 0.964 0.879 1.208 0.671 0.683 0.587 4.578 0.393 0.575 0.768 0.968 2.368 0.040 0.085 1.204 0.479 1.601 0.222 2.769 2.252 0.369 0.013 0.361 0.188 0.363 1.920 1.441 0.086 2.000 2.620 0.276 0.523 0.215 2.204 2.050 0.401 0.150 0.069 0.084 0.640 1.709 0.594 0.446 0.414 1.875 2.037 0.988 1.074 1.123 1.905 0.819 0.300 0.479 0.734 0.060 0.363 0.252 0.137 0.086 0.239 0.466 1.801 0.246 0.161 1.077 3.166 2.075 0.266 0.340 0.280 0.586 0.711 0.780 0.145 0.032 0.417 0.344 0.341 0.486 1.370 nan 1.067 0.708 0.403 0.383 1.006 1.013 0.335 0.928 nan 0.578 4534 chr17 1300830 1306513 + 0 NA promoter-TSS (NR_024058) promoter-TSS (NR_024058) -115 NM_006761 7531 Hs.513851 NM_006761 ENSG00000108953 YWHAE 14-3-3E|HEL2|KCIP-1|MDCR|MDS tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein epsilon protein-coding 5.291 2.893 3.204 2.261 2.527 1.671 2.617 3.013 5.272 1.166 2.051 2.774 2.152 1.611 2.309 4.260 1.499 0.198 2.426 0.634 2.940 1.977 1.353 0.576 4.438 0.927 1.447 1.020 2.650 0.934 3.489 5.848 3.357 6.337 0.767 3.887 0.662 1.254 0.104 1.039 1.346 5.903 2.855 1.166 1.998 2.660 2.947 2.981 3.604 3.495 0.909 1.693 4.260 3.797 5.924 4.438 2.026 1.487 1.806 4.798 2.824 2.948 1.165 3.324 1.936 2.179 1.266 5.305 4.740 6.141 7.609 7.832 7.960 6.557 4.874 12.300 11.982 3.723 4.973 4.695 8.579 6.581 6.736 3.023 5.060 3.685 3.637 11.972 9.861 1.885 1.130 778 chr1 155928397 155960255 + 0 NA intron (NM_001350112, intron 1 of 21) intron (NM_001350112, intron 1 of 21) 3640 NM_001350111 9181 Hs.743352 NM_004723 ENSG00000116584 ARHGEF2 GEF|GEF-H1|GEFH1|LFP40|NEDMHM|P40 Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 2 protein-coding nan nan 2.045 1.085 1.542 1.854 3.268 0.983 1.847 0.364 2.650 2.553 0.388 1.046 1.152 2.386 1.952 0.278 1.472 0.923 3.223 0.810 1.535 0.680 3.612 2.884 2.751 0.869 1.549 1.243 3.209 5.293 1.530 14.580 1.527 3.394 0.678 0.808 0.110 3.179 0.875 2.468 2.230 0.994 1.584 0.605 1.647 2.392 2.011 3.033 0.295 0.872 2.386 1.584 3.472 3.612 1.451 0.415 0.540 2.624 1.348 2.578 2.631 1.211 1.783 1.070 0.744 3.089 4.574 2.593 2.573 6.057 nan 1.923 0.755 2.761 2.978 1.673 2.514 2.650 2.596 2.213 1.996 4.106 5.467 1.448 1.690 1.805 5.188 1.504 0.735 10383 chr7 57697300 57701845 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 189689 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 0.986 1.231 0.173 0.181 0.036 0.062 0.463 0.549 0.215 0.082 0.096 0.152 0.136 0.141 0.165 0.324 0.070 0.083 0.093 0.136 0.183 0.106 0.045 0.118 0.033 0.279 0.372 0.154 0.389 0.582 0.098 0.139 0.084 0.163 0.271 0.051 0.159 0.263 0.013 0.069 0.047 0.237 0.166 0.419 0.125 0.094 0.069 0.212 0.141 0.124 0.040 0.106 0.054 0.054 0.022 0.025 0.056 0.208 0.152 0.080 0.034 0.038 0.022 2.489 5.459 8.705 1.851 0.349 0.421 0.208 0.135 0.449 0.565 0.334 0.447 0.104 0.219 0.559 0.172 0.595 0.846 0.036 0.132 0.236 0.280 0.363 0.504 10096 chr6 170488267 170504101 + 0 NA Intergenic Intergenic 20318 NR_125878 102724511 Hs.550045 NR_125878 LOC102724511 - uncharacterized LOC102724511 ncRNA nan 1.062 nan 0.037 0.616 2.398 0.067 1.345 2.701 0.024 0.168 0.086 0.153 0.259 0.672 0.659 0.061 0.064 0.133 0.084 0.215 0.246 0.456 0.358 3.579 0.267 0.086 0.009 0.061 0.014 0.329 0.901 0.098 1.368 0.149 0.068 0.755 0.412 0.091 0.455 0.425 0.092 0.083 0.331 0.029 0.012 0.073 0.223 0.338 0.020 0.223 0.659 0.156 0.071 3.579 0.046 0.173 0.579 0.149 2.226 0.095 0.551 0.305 0.187 0.015 0.022 1.152 1.697 0.330 0.438 nan 3.406 nan 1.391 1.115 1.120 0.125 0.201 nan 2.076 1.507 1.447 1.075 1.028 3.327 2.848 0.523 1.262 2.180 1.037 5166 chr18 12595631 12610894 + 0 NA intron (NM_020148, intron 2 of 15) MER47A|DNA|TcMar-Tigger 53469 NM_001128627 56907 Hs.515283 NM_020148 ENSG00000134278 SPIRE1 Spir-1 spire type actin nucleation factor 1 protein-coding 0.940 1.782 0.987 1.950 0.244 0.412 1.703 0.620 1.376 0.979 0.444 0.657 0.627 0.151 0.117 0.263 3.103 0.391 1.733 1.146 2.986 0.073 0.214 0.172 0.323 0.704 0.634 0.768 0.678 0.996 2.734 4.326 2.125 2.273 1.563 0.564 0.063 0.285 0.121 0.634 0.151 2.302 1.195 0.623 1.323 0.768 0.714 3.602 0.171 0.775 3.389 1.586 0.263 1.220 4.037 0.323 0.385 0.485 0.070 0.742 0.073 1.070 0.026 0.137 0.758 0.343 0.217 0.539 0.442 0.372 0.721 0.549 0.712 2.121 0.776 0.459 0.557 0.877 1.094 0.480 0.483 0.426 0.267 0.250 0.283 0.462 1.307 0.450 0.871 1.328 0.955 11541 chr9 37114612 37122437 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -1945 NM_032226 84186 Hs.654700 NM_032226 ENSG00000147905 ZCCHC7 AIR1|HSPC086 zinc finger CCHC-type containing 7 protein-coding 1.796 nan 3.772 0.439 3.099 1.411 1.161 0.687 1.406 0.574 1.241 1.027 0.703 0.715 1.263 0.995 0.808 0.103 1.097 0.436 0.267 0.530 0.944 0.530 2.051 1.065 1.006 0.787 1.538 0.459 1.696 2.122 1.610 3.504 0.805 0.885 0.485 0.772 0.121 0.329 0.638 1.242 1.411 0.656 0.766 0.395 0.738 0.591 1.196 2.127 0.595 0.967 0.995 1.817 0.699 2.051 0.532 0.780 0.307 3.234 1.076 0.805 1.151 0.490 0.341 0.442 0.383 2.036 2.160 1.415 2.288 3.321 2.862 4.180 1.848 4.054 4.251 2.534 3.537 7.908 11.062 2.359 2.610 1.636 2.903 2.717 2.706 2.004 1.878 4.731 2.407 11470 chr9 15507813 15514207 + 0 NA promoter-TSS (NM_001128217) promoter-TSS (NM_001128217) 7 NM_001128217 11168 Hs.658434 NM_021144 ENSG00000164985 PSIP1 DFS70|LEDGF|PAIP|PSIP2|p52|p75 PC4 and SFRS1 interacting protein 1 protein-coding nan 6.424 3.433 1.456 5.824 6.130 1.508 3.530 6.769 0.570 0.630 0.878 0.525 0.375 4.088 4.598 1.505 0.029 1.560 0.545 0.347 2.170 3.839 1.753 4.649 0.748 0.580 0.944 0.966 0.199 1.107 1.892 1.780 9.961 0.631 1.278 2.257 2.588 0.105 0.351 4.765 1.094 1.527 0.547 0.718 0.630 1.236 1.798 2.630 2.367 0.985 0.511 4.598 1.945 1.707 4.649 0.690 0.491 0.743 1.281 1.268 0.310 3.795 1.117 1.026 1.451 0.779 3.317 3.684 4.479 5.427 12.750 11.752 7.325 4.416 4.489 4.607 4.270 4.770 5.212 7.745 7.406 7.753 6.833 10.444 8.359 8.289 4.762 4.190 6.929 3.212 10297 chr7 33429466 33442174 + 0 NA intron (NM_001348037, intron 18 of 20) L1ME4a|LINE|L1 266668 NM_001348037 27241 Hs.372360 NM_014451 ENSG00000122507 BBS9 B1|C18|D1|PTHB1 Bardet-Biedl syndrome 9 protein-coding 2.687 1.278 2.434 0.119 3.490 1.774 0.033 0.870 1.630 0.030 0.128 0.056 0.024 0.050 0.551 0.182 0.216 0.227 0.043 0.045 0.030 0.065 0.351 0.268 2.446 0.063 0.006 0.012 0.139 0.120 0.183 0.245 2.411 0.026 0.047 0.075 0.077 0.175 0.009 0.870 0.058 0.024 0.012 0.026 0.023 0.084 0.173 0.045 0.050 0.026 0.047 0.182 0.019 0.072 2.446 0.077 0.033 0.779 0.023 1.328 0.056 0.055 0.068 0.006 0.032 0.004 0.453 0.305 0.282 0.818 3.821 nan 4.942 1.333 0.431 0.393 2.708 nan nan nan 2.443 2.080 0.093 0.217 0.392 0.586 0.150 nan 1.538 1.107 5072 chr17 79064987 79073109 + 0 NA intron (NM_001144888, intron 6 of 13) intron (NM_001144888, intron 6 of 13) 30125 NR_030394 724027 NR_030394 ENSG00000207736 MIR657 MIRN657|hsa-mir-657 microRNA 657 ncRNA 1.556 2.048 1.504 1.189 0.560 0.665 4.054 0.414 1.629 0.305 2.769 1.589 0.054 0.061 1.440 8.839 0.275 0.184 3.832 2.333 0.109 0.170 0.385 0.102 0.914 1.938 1.538 0.552 2.123 1.641 3.058 6.971 0.466 2.656 4.063 0.913 0.200 0.339 0.091 2.261 0.410 0.752 0.638 0.420 2.308 1.801 0.712 0.236 1.583 1.672 0.029 0.896 8.839 7.470 1.084 0.914 1.569 0.142 0.335 0.814 0.414 2.297 0.156 0.486 4.055 2.723 1.819 1.678 2.411 0.673 2.053 1.693 1.330 2.292 1.005 0.336 0.342 nan 0.694 0.785 2.514 1.663 2.039 0.625 0.772 1.101 1.344 2.123 2.799 nan 0.905 6297 chr2 106928844 106936743 + 0 NA Intergenic Intergenic -65777 NR_003506 285189 Hs.143436 NR_003506 ENSG00000240935 PLGLA PLGLA1|PLGP2|PRGA plasminogen-like A (pseudogene) pseudo 0.947 nan 0.933 0.055 0.201 0.014 0.072 0.142 0.301 0.037 0.089 0.087 0.031 0.039 0.100 0.777 0.019 0.130 0.088 0.016 0.035 0.100 0.082 0.060 0.033 0.029 0.018 0.137 0.130 0.080 0.071 0.448 0.009 0.089 0.573 0.020 0.071 0.045 4.589 0.194 0.038 0.039 0.067 0.036 0.163 0.155 0.018 0.030 0.059 0.777 0.034 0.025 0.060 0.046 0.075 0.210 0.060 0.038 0.030 0.039 0.157 0.009 0.006 0.297 0.190 0.229 0.351 2.769 1.959 0.148 0.089 0.232 0.240 0.164 0.226 0.478 0.483 0.819 0.812 0.131 0.151 2.124 2.532 0.447 0.744 0.181 0.174 4168 chr16 574342 587388 + 0 NA intron (NM_005632, intron 1 of 13) intron (NM_005632, intron 1 of 13) 3009 NM_005632 6650 Hs.632219 NM_005632 ENSG00000103326 CAPN15 SOLH calpain 15 protein-coding 2.392 nan 3.441 2.645 1.328 0.749 3.270 0.726 1.526 1.370 3.861 1.254 0.408 0.495 1.586 1.536 0.821 0.161 2.770 1.007 1.372 0.531 0.716 0.302 1.671 2.459 3.053 1.746 3.578 0.550 3.601 6.625 1.726 2.066 1.646 2.882 0.491 0.967 0.104 1.365 0.311 2.238 1.686 0.783 1.410 1.841 2.267 1.586 2.870 2.145 2.897 2.195 1.536 4.352 2.346 1.671 0.985 1.362 0.534 2.798 0.911 2.379 0.357 0.451 1.244 2.011 1.346 2.238 2.769 1.258 2.088 1.447 1.538 nan 1.624 4.096 3.880 1.483 nan 1.579 2.738 2.365 3.135 0.951 1.761 1.985 2.062 2.202 1.656 1.402 0.779 7664 chr3 77114013 77134814 + 0 NA intron (NM_001290039, intron 1 of 26) intron (NM_001290039, intron 1 of 26) -22750 NM_001128929 6092 Hs.13305 NM_002942 ENSG00000185008 ROBO2 SAX3 roundabout guidance receptor 2 protein-coding 0.964 0.864 0.950 0.011 0.102 0.220 0.017 0.077 0.237 0.005 0.052 0.027 0.024 0.020 0.085 0.049 0.047 0.038 0.066 0.027 0.046 0.020 0.103 0.079 0.040 0.003 0.007 0.004 0.097 0.021 0.089 0.334 0.082 0.278 0.047 0.039 0.109 0.141 0.073 0.006 1.009 0.031 0.026 0.022 0.047 0.008 0.081 0.072 0.035 0.065 0.023 0.016 0.049 0.054 0.013 0.040 0.017 0.040 0.079 0.008 0.098 0.023 0.019 1.835 0.018 0.006 0.012 0.228 0.114 0.179 nan 0.271 0.332 1.431 0.576 0.128 0.077 1.213 1.332 0.504 0.643 0.460 0.160 0.061 0.110 0.755 1.001 3.363 nan 0.361 0.296 3744 chr14 88096744 88112260 + 0 NA intron (NR_146551, intron 1 of 2) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 17136 NR_146551 105370611 Hs.691123 NR_146551 ENSG00000258770 LINC02330 - long intergenic non-protein coding RNA 2330 ncRNA nan 0.614 0.794 0.042 0.102 3.797 0.037 0.165 0.308 0.012 0.011 0.030 0.012 0.025 0.046 0.206 0.130 0.093 0.047 0.012 0.020 0.018 0.071 0.048 0.093 0.004 0.005 0.040 0.014 0.066 0.085 0.109 0.393 0.019 0.059 0.049 0.043 0.094 0.011 0.080 0.049 0.008 0.020 0.028 0.035 0.058 0.115 0.051 0.060 0.005 0.064 0.206 0.014 0.012 0.093 0.016 0.032 0.219 0.019 0.031 0.055 0.075 0.297 0.057 0.019 0.007 0.259 0.150 0.305 0.289 0.430 0.477 0.114 0.049 0.397 0.339 3.211 3.777 0.239 0.234 3.665 3.130 0.160 0.239 0.079 0.120 0.248 0.516 0.468 0.624 3220 chr13 77452518 77461869 + 0 NA 3' UTR (NM_138444, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_138444, exon 1 of 1) 3347 NM_138444 115207 Hs.644125 NM_138444 ENSG00000178695 KCTD12 C13orf2|PFET1|PFETIN potassium channel tetramerization domain containing 12 protein-coding nan 1.139 7.931 0.287 1.109 0.036 0.417 0.727 1.281 0.236 0.632 0.060 0.040 1.330 0.038 1.097 1.778 0.120 0.441 0.122 0.108 0.386 0.293 0.154 0.548 0.393 0.031 0.640 0.277 0.772 1.368 1.075 3.236 0.379 0.139 0.388 0.486 0.080 0.492 1.259 1.934 0.877 0.547 0.790 0.016 0.069 0.229 0.383 0.512 2.212 0.100 1.097 0.282 0.635 0.154 0.588 0.204 0.459 0.884 0.487 0.430 0.096 1.263 1.507 0.020 0.011 1.727 1.334 1.208 0.969 1.145 0.728 nan 2.766 0.703 0.795 0.511 0.574 1.081 1.753 nan 3.168 0.371 0.640 2.120 1.274 1.358 nan 0.265 0.129 6411 chr2 148600287 148605769 + 0 NA intron (NM_001278579, intron 2 of 11) intron (NM_001278579, intron 2 of 11) 464 NM_001616 92 Hs.470174 NM_001616 ENSG00000121989 ACVR2A ACTRII|ACVR2 activin A receptor type 2A protein-coding 4.337 nan 4.402 1.578 6.250 5.115 1.283 1.169 3.155 0.664 2.960 1.181 0.374 1.278 1.910 1.878 1.291 0.147 2.796 1.211 0.287 0.305 1.637 1.146 5.294 1.215 1.477 1.233 3.382 0.559 1.247 2.510 1.743 6.231 0.829 0.984 0.452 0.813 0.123 1.229 2.691 1.257 2.815 1.123 1.191 0.529 2.106 1.685 2.391 2.913 1.339 1.460 1.878 2.584 1.096 5.294 0.824 1.952 0.890 2.301 1.363 1.096 1.012 1.916 1.687 0.515 0.279 2.809 3.814 3.853 5.425 12.367 10.302 3.358 1.282 7.463 7.211 3.396 4.444 5.116 7.477 6.853 7.616 1.549 4.095 1.746 1.339 6.327 5.882 1.843 1.168 7586 chr3 47843011 47845896 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330990) promoter-TSS (NM_001330990) 54 NM_001330990 22907 Hs.517948 NM_014966 ENSG00000132153 DHX30 DDX30|NEDMIAL|RETCOR DExH-box helicase 30 protein-coding 5.954 nan nan 4.342 4.014 2.786 4.668 1.941 4.064 1.790 7.885 3.689 3.864 1.762 2.276 3.460 3.775 0.212 5.373 1.351 5.903 2.887 1.140 0.372 4.317 2.487 4.091 2.853 8.623 3.102 4.257 4.538 2.958 9.620 2.403 5.098 0.704 6.254 0.216 1.382 1.885 9.903 12.349 4.567 2.060 2.610 5.196 5.632 4.726 5.312 2.354 2.540 3.460 6.880 4.780 4.317 1.326 1.576 1.582 7.985 6.370 6.465 0.891 1.504 3.123 5.609 4.362 4.073 3.856 7.135 12.861 10.991 9.725 8.586 4.468 7.365 7.073 4.263 5.123 7.726 13.394 8.021 8.478 3.593 5.567 3.443 2.706 5.158 4.700 2.555 1.259 3854 chr14 106108170 106117985 + 0 NA Intergenic Intergenic 6572 NR_107038 102465871 NR_107038 ENSG00000274172 MIR8071-1 hsa-mir-8071-1 microRNA 8071-1 ncRNA 1.237 0.700 2.129 0.088 0.089 5.944 0.022 0.098 0.135 0.012 0.015 0.047 0.016 0.061 0.055 0.144 0.054 0.130 0.097 0.058 0.029 0.028 0.076 0.036 0.014 0.022 0.007 0.055 0.010 0.132 0.455 0.096 0.236 0.015 0.081 0.039 0.055 0.066 0.081 0.057 0.058 0.032 0.011 0.055 0.140 0.114 0.058 0.008 0.089 0.144 0.007 0.028 0.036 0.151 0.348 0.053 0.024 0.050 0.025 0.071 0.012 0.350 0.405 0.092 0.084 0.273 0.343 0.312 0.123 0.071 0.097 0.159 0.263 0.137 0.143 0.317 0.236 0.339 0.293 0.252 0.322 0.077 0.058 0.112 0.122 7744 chr3 112344049 112376677 + 0 NA promoter-TSS (NM_199512) promoter-TSS (NM_199512) -373 NM_199511 151887 Hs.477128 NM_199511 ENSG00000091986 CCDC80 DRO1|SSG1|URB|okuribin coiled-coil domain containing 80 protein-coding 1.560 nan 0.747 0.383 0.293 0.034 1.634 0.308 0.522 0.582 1.286 1.413 0.044 0.033 0.606 0.333 1.721 0.088 0.745 0.367 0.987 0.017 0.207 0.173 0.833 0.976 0.520 0.244 1.445 1.691 0.288 1.323 0.591 0.451 0.839 0.604 0.053 0.087 0.086 0.445 0.133 2.456 1.060 0.634 1.236 0.832 1.063 2.542 0.535 0.431 0.041 0.415 0.333 0.470 0.679 0.833 0.278 0.496 0.042 0.219 0.582 0.543 0.031 0.144 0.758 2.060 1.900 0.350 0.306 0.412 0.581 0.507 nan 3.861 1.858 0.300 0.352 nan 0.840 0.618 0.491 0.694 0.329 0.187 0.200 0.225 0.328 0.408 0.581 1.009 0.808 8906 chr5 51835272 51857839 + 0 NA Intergenic Intergenic -237219 NM_015946 53918 Hs.644352 NM_015946 ENSG00000152684 PELO CGI-17|PRO1770 pelota mRNA surveillance and ribosome rescue factor protein-coding nan nan 0.640 0.067 0.086 7.813 0.082 0.494 0.974 0.055 0.037 0.019 0.075 2.631 0.401 0.084 0.043 0.070 0.050 0.014 0.013 0.202 0.205 0.359 0.018 0.013 0.003 0.090 0.048 0.101 0.669 0.175 0.498 0.045 0.057 0.055 0.053 0.125 0.026 0.084 0.016 0.021 0.010 0.049 0.007 0.073 0.071 0.018 0.025 0.021 0.045 0.401 0.088 0.029 0.359 0.016 0.029 0.017 0.010 0.036 0.014 0.022 0.425 0.017 0.015 0.014 0.173 0.114 0.438 0.318 1.063 1.533 nan 0.232 0.078 0.034 0.365 0.470 0.258 0.221 nan 0.228 0.049 0.109 0.294 0.436 0.674 2.462 0.618 0.472 9143 chr5 122178963 122186812 + 0 NA intron (NM_014035, intron 1 of 6) intron (NM_014035, intron 1 of 6) 1743 NM_014035 28966 Hs.483200 NM_014035 ENSG00000064652 SNX24 PRO1284|SBBI31 sorting nexin 24 protein-coding nan 1.720 1.393 2.314 0.794 0.658 1.061 0.715 1.570 2.022 2.024 1.023 6.494 0.128 0.907 0.579 0.526 0.061 1.997 0.841 1.472 0.723 0.400 0.324 1.006 3.283 2.885 1.192 1.662 1.195 2.176 2.701 1.770 3.074 0.436 0.837 0.581 2.597 0.194 0.459 0.345 2.451 1.866 0.903 2.694 0.567 2.136 1.234 2.216 2.573 1.774 1.812 0.579 2.056 1.356 1.006 0.734 0.632 0.173 1.772 1.252 0.824 0.101 0.353 1.616 0.822 0.480 0.620 0.702 2.203 nan 2.342 2.036 0.020 0.007 1.953 1.912 2.223 2.806 1.619 2.523 0.934 0.982 0.388 0.761 2.544 2.294 1.006 1.164 0.974 0.725 1607 chr10 99571305 99612476 + 0 NA intron (NR_108035, intron 1 of 2) L2b|LINE|L2 17665 NR_108035 100505561 Hs.351904 NR_108035 ENSG00000227356 LINC00866 - long intergenic non-protein coding RNA 866 ncRNA 0.709 1.421 1.732 0.083 0.650 0.434 0.729 0.284 0.529 0.035 0.327 0.508 0.020 0.592 0.806 0.240 0.074 0.119 0.512 0.299 0.041 0.041 0.148 0.111 0.774 0.588 0.286 0.082 0.740 0.590 1.144 3.051 0.686 1.421 0.372 0.343 0.033 0.047 0.088 0.291 0.073 0.861 0.155 0.100 0.224 0.541 0.315 0.211 0.386 0.080 0.204 0.586 0.240 0.938 0.357 0.774 0.260 0.299 0.228 0.582 0.920 0.273 0.069 0.100 0.471 0.524 0.498 0.800 1.034 0.144 0.224 1.071 0.911 1.992 0.410 0.089 0.097 0.240 0.417 nan 4.397 0.552 0.415 0.187 0.269 0.226 0.272 0.334 0.735 0.726 0.505 10369 chr7 55431644 55435989 + 0 NA exon (NM_018697, exon 1 of 9) exon (NM_018697, exon 1 of 9) 675 NM_018697 55915 Hs.595384 NM_018697 ENSG00000132434 LANCL2 GPR69B|TASP LanC like 2 protein-coding nan 7.601 11.356 6.426 6.707 10.576 2.978 3.249 6.270 2.002 4.018 3.193 3.323 3.609 4.018 6.998 3.108 0.295 2.548 1.133 2.758 2.586 4.842 2.351 10.190 2.864 4.295 2.103 6.849 1.214 8.974 9.652 42.286 12.564 0.971 1.104 1.209 6.936 0.257 1.685 3.728 4.731 2.831 1.449 2.208 18.191 9.899 4.016 3.895 4.365 3.215 2.564 6.998 4.138 6.515 10.190 2.280 3.579 1.830 5.902 5.468 6.040 2.943 2.337 2.292 2.266 1.796 14.310 13.966 10.339 13.266 18.601 17.008 13.487 6.255 12.440 12.384 5.168 6.788 16.809 21.261 8.938 9.596 6.766 12.748 8.574 7.075 7.687 5.734 5.414 3.021 11003 chr8 63090515 63105719 + 0 NA Intergenic Intergenic -63384 NR_130764 286183 Hs.654662 NM_173688 ENSG00000185942 NKAIN3 FAM77D sodium/potassium transporting ATPase interacting 3 protein-coding 0.898 0.693 0.598 0.052 0.064 0.040 0.014 0.021 0.193 0.006 0.107 0.048 0.025 0.069 0.058 0.102 0.044 0.116 0.098 0.025 0.153 0.027 0.041 0.123 0.055 0.050 0.010 0.005 0.085 0.007 0.144 0.119 0.047 0.266 0.086 0.056 0.025 0.029 0.073 0.034 0.192 0.036 0.015 0.036 0.021 0.165 0.125 0.107 0.117 0.078 0.044 0.102 0.066 0.018 0.055 0.041 0.033 2.614 0.424 0.039 0.068 0.032 0.024 0.029 0.019 0.014 0.326 0.151 0.188 0.315 0.404 0.515 0.153 0.103 0.059 0.061 0.926 nan 0.128 0.150 nan 0.292 0.138 0.217 0.149 0.113 0.135 0.243 0.592 0.566 8036 chr3 174573969 174594817 + 0 NA intron (NM_207015, intron 1 of 13) intron (NM_207015, intron 1 of 13) 7282 NM_207015 254827 Hs.565848 NM_207015 ENSG00000177694 NAALADL2 - N-acetylated alpha-linked acidic dipeptidase like 2 protein-coding 1.074 1.503 1.329 2.756 0.228 0.112 0.280 0.939 1.731 0.381 0.092 0.052 2.138 0.057 0.098 0.149 0.198 0.172 0.512 0.191 2.515 0.761 0.650 0.560 0.003 0.003 0.003 0.293 0.475 0.669 1.304 4.324 0.944 0.652 0.062 0.472 0.063 0.087 0.011 0.038 0.053 0.017 0.015 0.182 0.593 0.957 0.074 0.027 0.068 0.455 1.418 0.149 0.464 0.031 0.560 0.475 0.807 0.023 0.020 0.039 0.057 0.514 0.092 0.011 0.022 0.010 0.579 0.528 5.184 8.061 0.560 0.647 2.214 0.596 4.378 4.231 0.897 0.968 0.858 0.837 0.749 0.287 0.400 0.516 1.896 1.907 0.412 0.572 0.603 0.493 10438 chr7 75984842 76039980 + 0 NA Intergenic MER2|DNA|TcMar-Tigger -14430 NM_007155 7784 Hs.656137 NM_007155 ENSG00000188372 ZP3 OOMD3|ZP3A|ZP3B|ZPC|Zp-3 zona pellucida glycoprotein 3 protein-coding nan 1.107 1.585 0.631 0.969 0.828 2.451 0.629 1.181 0.599 1.576 2.510 0.342 0.320 1.370 1.004 0.891 0.379 0.967 0.588 0.882 0.524 0.836 0.447 1.013 0.931 0.941 0.981 1.785 0.642 0.799 2.161 1.645 1.570 0.562 3.889 0.301 1.445 0.170 0.564 0.644 1.707 0.705 0.406 0.855 0.896 1.112 1.979 3.017 2.013 0.759 1.625 1.004 1.436 1.690 1.013 1.561 0.851 0.542 1.147 0.779 1.217 0.305 0.927 0.787 0.649 0.367 1.460 1.541 1.134 nan 1.782 1.504 3.252 0.981 1.375 1.401 0.551 nan 1.329 nan 1.591 1.579 0.893 1.415 1.647 1.848 2.228 4.741 2.205 1.380 3893 chr15 32903152 32911702 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286480) promoter-TSS (NM_001286480) 82 NM_001286479 9824 Hs.591130 NM_014783 ENSG00000198826 ARHGAP11A GAP (1-12) Rho GTPase activating protein 11A protein-coding 3.378 nan nan 1.516 2.146 2.316 3.743 2.117 3.403 1.523 2.326 3.086 0.913 1.653 2.429 3.411 2.286 0.356 2.289 0.975 4.067 1.519 2.396 1.677 4.058 2.447 2.527 0.846 2.205 0.778 3.484 6.071 1.609 6.448 1.796 4.542 1.884 3.259 0.132 1.393 2.163 2.142 3.193 1.260 1.928 1.199 1.936 4.292 3.375 3.356 2.831 2.760 3.411 1.991 6.092 4.058 1.678 1.126 1.350 2.074 2.305 2.420 2.928 1.452 5.143 2.331 1.729 3.583 3.964 5.197 6.613 5.271 4.628 4.175 1.745 6.033 6.072 3.921 4.664 4.339 6.156 6.781 7.257 2.295 5.269 5.232 6.904 3.639 4.963 2.479 1.332 2617 chr12 38527938 38545242 + 0 NA Intergenic Intergenic -173967 NM_001308340 144245 Hs.259305 NM_001013620 ENSG00000175548 ALG10B ALG10|KCR1 ALG10B, alpha-1,2-glucosyltransferase protein-coding 0.500 nan 0.320 2.395 0.040 0.025 3.973 0.120 0.208 0.254 0.291 0.070 0.022 0.163 0.015 0.353 0.128 0.103 2.354 1.599 0.919 0.016 0.114 0.159 0.048 1.774 1.591 0.082 4.483 2.109 0.856 1.572 1.398 0.462 2.044 0.103 0.005 0.176 0.060 1.198 0.028 0.735 0.167 0.133 1.660 3.434 0.427 1.277 0.580 0.537 0.224 0.886 0.353 3.776 0.032 0.048 0.350 0.126 1.053 0.041 1.280 0.023 0.064 1.332 0.023 0.026 0.249 0.130 0.325 0.393 0.222 0.286 0.207 0.111 0.133 0.118 0.139 0.248 0.111 0.151 0.285 0.125 0.118 0.201 0.033 0.026 0.225 0.373 0.209 0.244 4187 chr16 2511341 2551533 + 0 NA intron (NM_020705, intron 1 of 6) intron (NM_020705, intron 1 of 6) 6290 NM_001199107 57465 Hs.353087 NM_020705 ENSG00000162065 TBC1D24 DFNA65|DFNB86|DOORS|EIEE16|FIME|TLDC6 TBC1 domain family member 24 protein-coding 3.388 nan 2.531 0.620 1.879 3.243 0.473 1.112 2.200 0.231 1.319 0.504 0.032 0.326 7.007 0.922 0.338 0.140 0.389 0.108 0.266 0.203 1.061 0.486 1.722 0.338 0.247 0.775 0.744 0.095 0.672 1.890 0.438 4.800 0.134 0.769 0.746 0.461 0.062 0.147 1.784 0.338 0.316 0.189 0.139 0.145 0.429 0.267 0.907 0.841 0.414 0.448 0.922 0.375 0.417 1.722 0.183 0.326 1.525 1.398 0.713 0.368 1.703 2.164 0.219 0.240 0.139 4.461 5.735 0.538 0.746 3.298 3.593 nan 1.070 1.552 1.546 1.991 nan 2.164 2.726 5.489 6.500 1.913 3.111 1.973 1.793 2.364 3.831 1.798 0.932 579 chr1 110319500 110337427 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -21819 NM_024526 79574 Hs.485352 NM_024526 ENSG00000198758 EPS8L3 EPS8R3 EPS8 like 3 protein-coding nan 1.568 0.896 0.450 0.226 0.415 2.353 1.222 2.236 0.511 0.921 1.932 0.066 0.063 0.257 1.172 0.662 0.144 1.256 0.743 0.406 0.108 0.304 0.133 0.232 1.672 1.160 0.423 0.383 0.800 0.343 1.393 0.771 1.737 0.751 3.787 0.109 0.096 0.103 0.421 0.056 0.495 0.519 0.287 1.446 0.560 4.689 1.386 1.778 0.192 0.436 2.589 1.172 1.761 2.602 0.232 0.959 1.286 0.270 0.699 0.142 1.344 0.131 0.124 0.348 0.035 0.011 0.900 1.292 0.548 1.457 0.623 nan 2.533 1.009 0.707 0.867 0.723 1.175 0.650 0.755 0.693 0.442 0.608 0.650 1.114 1.173 0.643 0.946 1.191 0.878 9303 chr5 159328556 159345764 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -6580 NM_000679 147 Hs.368632 NM_000679 ENSG00000170214 ADRA1B ADRA1|ALPHA1BAR adrenoceptor alpha 1B protein-coding 0.623 nan 0.637 3.880 0.046 0.016 2.822 0.215 0.456 0.746 0.582 0.476 0.038 0.047 0.099 0.261 0.492 0.135 1.338 1.036 1.986 0.129 0.119 0.081 0.994 0.344 0.074 0.702 4.325 0.683 2.548 0.977 0.333 2.559 1.543 0.011 0.113 0.103 1.394 0.018 7.590 0.326 0.274 0.799 0.762 2.125 0.327 3.040 1.347 0.619 1.156 0.261 2.892 1.289 0.081 0.388 0.211 0.011 2.003 0.058 0.762 0.046 0.093 1.325 1.289 1.310 0.164 0.072 0.194 0.429 0.241 0.219 0.099 0.067 0.070 0.080 0.555 0.886 0.359 0.379 0.415 0.284 0.148 0.204 0.128 0.199 0.229 0.473 0.449 0.426 4701 chr17 32180744 32200632 + 0 NA intron (NM_001094, intron 1 of 9) MER113|DNA|hAT-Charlie 293137 NM_001094 40 Hs.368417 NM_001094 ENSG00000108684 ASIC2 ACCN|ACCN1|ASIC2a|BNC1|BNaC1|MDEG|hBNaC1 acid sensing ion channel subunit 2 protein-coding nan 0.760 0.400 0.058 0.031 0.126 0.239 0.137 0.228 0.024 0.098 0.032 0.012 0.030 0.094 0.128 0.098 0.065 0.059 0.010 0.053 0.021 0.102 0.137 0.048 0.343 0.204 0.030 0.065 0.011 0.048 0.040 0.070 0.413 0.015 0.090 0.767 0.052 0.088 0.006 0.036 0.088 0.024 0.020 0.038 0.042 0.077 0.202 0.069 0.007 0.028 0.066 0.128 0.054 0.009 0.048 0.165 0.062 0.005 0.061 0.077 0.084 0.327 0.075 0.015 0.012 0.008 0.770 1.584 0.128 0.163 nan 0.231 0.181 0.070 0.242 0.275 0.151 0.228 0.159 0.170 nan 0.124 0.316 0.587 1.780 3.112 0.220 0.280 0.191 0.286 3301 chr13 102100925 102110735 + 0 NA intron (NM_001271754, intron 1 of 10) intron (NM_001271754, intron 1 of 10) 886 NM_001271755 9358 Hs.696554 NM_004791 ENSG00000198542 ITGBL1 OSCP|TIED integrin subunit beta like 1 protein-coding 0.667 0.881 0.581 2.296 0.189 0.245 4.525 0.229 0.268 0.312 2.360 2.945 2.937 0.051 0.182 1.129 0.460 0.213 6.200 2.993 1.885 0.028 0.081 0.091 0.147 3.645 3.998 0.127 2.106 4.780 0.428 0.528 0.877 0.517 2.082 2.306 0.020 0.044 0.065 1.584 0.169 12.149 3.036 1.056 3.781 1.764 5.480 1.953 0.274 0.342 0.041 0.348 1.129 5.812 1.072 0.147 0.560 0.202 0.098 0.706 0.031 1.602 0.050 0.179 4.330 3.499 3.535 0.691 0.503 0.329 0.770 0.394 0.297 1.569 0.389 0.169 0.222 0.438 nan 0.270 0.377 0.607 0.405 0.145 0.204 0.086 0.123 0.323 nan 0.179 0.179 3136 chr13 41624840 41637553 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4197 NM_007187 11193 Hs.411300 NM_007187 ENSG00000120688 WBP4 FBP21 WW domain binding protein 4 protein-coding 2.869 2.157 2.951 2.690 2.085 1.675 2.285 0.795 1.722 0.669 2.930 1.002 2.013 0.836 2.275 0.614 1.688 0.279 2.249 0.659 1.423 1.198 0.974 0.593 2.887 1.518 1.486 0.929 1.031 1.089 5.153 7.265 1.954 5.174 1.102 3.038 0.336 2.570 0.124 0.911 1.410 2.761 2.357 1.094 1.506 1.147 1.674 2.411 2.108 1.867 0.969 2.451 0.614 2.400 2.141 2.887 1.377 2.632 0.252 2.293 0.639 1.085 1.855 1.383 1.634 1.674 1.279 4.680 5.696 2.131 3.314 5.133 4.269 4.486 2.016 3.320 3.616 2.883 3.553 1.932 2.951 3.555 3.797 2.580 5.017 1.954 1.845 4.200 4.628 1.383 0.907 8220 chr4 1316644 1344561 + 0 NA intron (NM_001017405, intron 6 of 8) intron (NM_001017405, intron 6 of 8) -10452 NM_001317934 57654 Hs.380475 NM_020894 ENSG00000163945 UVSSA KIAA1530|UVSS3 UV stimulated scaffold protein A protein-coding 1.025 0.595 nan 1.845 0.667 0.346 1.621 0.476 0.862 1.125 2.072 0.527 0.241 0.657 0.917 0.825 0.322 0.081 3.604 1.672 0.759 0.302 0.572 0.269 0.652 0.589 0.571 0.758 1.017 0.560 0.914 1.061 0.822 1.002 2.032 0.509 0.048 0.466 0.093 0.770 0.490 5.273 2.294 1.002 0.782 0.710 1.298 0.876 0.541 3.551 0.515 0.424 0.825 3.485 1.110 0.652 0.522 0.465 0.132 1.413 0.264 1.358 0.249 0.283 1.022 1.409 1.006 1.175 1.493 0.977 1.693 0.843 0.812 nan 0.461 1.486 1.635 0.432 0.639 0.681 1.007 0.734 0.715 0.605 1.120 0.371 0.399 0.491 0.659 nan 0.503 9369 chr5 179047575 179052475 + 0 NA intron (NM_001257293, intron 2 of 13) CpG 686 NM_001257293 3187 Hs.604001 NM_005520 ENSG00000169045 HNRNPH1 HNRPH|HNRPH1|hnRNPH heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1 protein-coding 6.652 5.168 7.099 4.796 4.675 8.456 2.765 2.846 5.568 2.289 5.560 2.884 2.438 1.736 7.544 3.825 3.032 0.383 3.953 1.386 6.124 2.150 3.129 1.410 6.831 3.840 4.952 3.326 5.764 2.640 5.654 7.519 3.858 17.012 1.435 5.584 2.270 6.785 0.235 3.419 3.863 5.356 6.963 3.136 4.766 1.916 3.962 8.443 5.504 6.926 3.095 3.540 3.825 4.656 5.133 6.831 3.154 2.179 1.191 5.619 4.042 3.591 2.607 3.196 3.699 7.245 4.500 6.340 6.177 9.270 nan 10.928 9.348 7.201 3.720 8.059 8.606 5.086 nan 6.545 9.468 9.258 9.918 4.089 8.025 9.853 9.443 6.753 6.131 2.234 1.672 4317 chr16 30102066 30108480 + 0 NA intron (NM_031477, intron 3 of 3) MIRc|SINE|MIR -2068 NM_004608 6911 Hs.198301 NM_004608 ENSG00000149922 TBX6 SCDO5 T-box 6 protein-coding 2.649 1.985 3.672 3.641 4.155 1.124 2.296 1.579 2.886 1.505 3.109 1.160 1.961 6.985 1.622 2.037 0.806 0.101 3.514 1.192 1.262 0.130 1.511 0.590 4.741 1.160 1.081 1.768 2.995 0.865 4.005 9.267 2.976 5.926 1.579 1.473 0.963 1.326 0.050 0.408 0.667 1.396 0.631 0.488 3.092 1.592 4.057 0.617 2.497 2.115 1.857 4.755 2.037 4.049 2.193 4.741 1.627 3.515 1.131 2.475 3.593 1.212 1.760 2.427 0.368 0.153 0.110 2.904 4.294 2.311 3.303 2.830 2.388 3.855 1.318 4.978 4.765 1.366 2.468 7.248 9.084 2.413 2.290 2.282 3.348 3.690 3.218 2.662 4.797 1.906 1.084 11525 chr9 35069263 35082068 + 0 NA exon (NM_004629, exon 10 of 14) exon (NM_004629, exon 10 of 14) -2926 NM_007126 7415 Hs.529782 NM_007126 ENSG00000165280 VCP CDC48|TERA|p97 valosin containing protein protein-coding 2.695 nan 2.942 1.636 2.571 1.708 1.858 1.516 2.938 0.759 2.576 1.274 1.061 0.768 1.668 1.827 1.465 0.238 2.034 0.535 1.462 0.963 1.667 0.746 3.003 1.571 1.746 1.431 1.523 0.345 1.886 2.903 1.993 5.752 0.789 1.986 0.604 1.666 0.104 0.599 1.587 2.399 2.722 1.244 0.903 0.880 1.535 1.904 2.594 3.492 1.301 1.797 1.827 2.414 2.218 3.003 1.042 1.266 0.265 6.160 1.336 0.941 0.635 1.209 1.048 1.498 0.897 1.972 1.920 4.220 5.508 4.773 4.428 6.935 3.130 4.207 4.414 3.090 4.158 3.381 5.746 4.657 5.185 1.831 2.793 3.210 3.817 3.968 3.370 3.339 1.831 10145 chr7 6046773 6061849 + 0 NA intron (NM_001326609, intron 2 of 4) intron (NM_001326609, intron 2 of 4) -2197 NR_145771 109616999 NR_145771 ENSG00000207217 SNORA80D - small nucleolar RNA, H/ACA box 80D snoRNA 3.091 2.076 2.751 1.933 1.936 3.212 1.254 1.661 3.170 1.517 1.654 2.064 3.066 0.713 3.273 1.277 2.174 0.674 1.381 0.443 0.983 1.160 1.056 0.705 2.154 1.485 1.479 0.903 2.845 0.536 3.104 nan 3.734 nan 0.457 1.680 0.373 2.404 0.199 0.653 2.054 1.747 1.296 0.679 0.952 1.226 1.638 2.082 1.403 1.962 0.962 1.240 1.277 1.785 1.912 2.154 1.483 1.317 0.418 2.083 1.446 1.804 1.277 0.766 0.802 1.266 0.751 2.047 2.520 1.863 nan 2.318 2.185 nan 0.945 5.064 5.092 1.592 2.398 nan 3.707 1.495 1.549 2.857 2.927 2.038 2.639 1.963 3.091 1.894 0.965 5863 chr2 3651468 3659791 + 0 NA intron (NM_001255989, intron 1 of 3) intron (NM_001255989, intron 1 of 3) 1987 NM_001255989 78989 Hs.32603 NM_024027 ENSG00000118004 COLEC11 3MC2|CL-K1-I|CL-K1-II|CL-K1-IIa|CL-K1-IIb|CLK1 collectin subfamily member 11 protein-coding 1.339 0.565 0.835 0.122 2.646 0.906 0.609 3.005 6.086 0.093 0.530 0.675 0.143 0.157 6.603 1.395 0.124 0.096 0.837 0.406 0.582 2.087 0.324 0.156 0.676 0.184 0.087 1.112 0.407 0.063 0.485 1.469 0.134 1.272 0.303 1.532 0.034 1.019 0.117 0.043 0.285 1.661 0.139 0.065 0.052 0.196 1.483 1.710 1.995 1.134 2.188 0.392 1.395 0.816 1.055 0.676 0.294 0.415 0.695 0.874 2.686 0.902 0.595 0.896 0.055 0.235 0.196 2.290 2.544 0.652 1.020 0.899 0.750 1.080 0.442 1.451 1.266 1.318 1.521 10.847 10.566 2.364 1.566 1.171 1.242 0.484 0.450 1.472 3.191 2.224 0.968 5061 chr17 78443109 78476354 + 0 NA Intergenic Intergenic -9327 NM_002522 4884 Hs.514556 NM_002522 ENSG00000171246 NPTX1 NP1 neuronal pentraxin 1 protein-coding 1.160 0.920 2.344 0.078 2.003 1.023 0.474 0.317 0.729 0.029 0.149 0.065 0.015 0.269 1.727 1.164 0.092 0.078 0.156 0.091 0.069 0.054 0.223 0.150 4.346 0.075 0.059 0.690 0.108 0.095 0.170 0.466 0.101 2.071 0.070 0.151 0.057 0.118 0.084 0.053 0.955 0.782 0.051 0.047 0.033 0.058 0.102 0.181 0.478 0.251 0.049 0.184 1.164 0.209 0.037 4.346 0.041 1.020 0.301 2.290 0.766 0.100 0.188 1.364 0.112 0.036 0.017 0.585 0.623 0.233 0.295 4.205 3.323 1.786 0.495 0.266 0.290 nan 1.360 2.228 3.463 1.144 1.169 0.526 0.608 0.442 0.368 1.937 3.000 nan 0.653 1628 chr10 104352672 104411073 + 0 NA intron (NM_016169, intron 10 of 11) intron (NM_016169, intron 10 of 11) -22380 NM_001345950 81603 Hs.336810 NM_030912 ENSG00000171206 TRIM8 GERP|RNF27 tripartite motif containing 8 protein-coding nan nan 1.554 1.157 0.772 0.398 4.084 0.613 1.049 0.543 4.347 1.112 0.183 0.592 0.779 0.488 0.869 0.166 3.483 1.724 0.615 1.105 0.472 0.202 1.227 1.653 1.642 0.670 1.929 1.821 2.197 3.359 1.243 1.431 0.866 0.534 0.120 0.679 0.073 1.291 0.566 4.624 3.325 1.334 2.163 0.975 1.242 1.447 1.296 1.906 0.316 1.392 0.488 2.648 1.292 1.227 0.882 0.563 0.171 1.143 0.869 1.339 0.338 0.390 0.957 0.698 0.432 0.973 1.439 0.893 1.646 1.451 1.246 1.745 0.630 1.007 1.104 0.518 nan 1.775 2.536 0.578 0.683 0.456 0.866 0.534 0.467 0.919 nan 0.544 0.384 9575 chr6 33376819 33396974 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130066) promoter-TSS (NM_001130066) -831 NM_001014840 51596 Hs.520070 NM_015921 ENSG00000112514 CUTA ACHAP|C6orf82 cutA divalent cation tolerance homolog protein-coding nan 1.898 nan 1.719 2.520 1.800 2.186 1.364 2.372 0.557 2.620 1.122 0.636 1.073 2.164 4.604 1.750 0.132 1.552 0.471 2.283 2.002 1.013 0.354 3.059 1.399 1.315 1.002 0.892 0.761 1.500 2.829 1.934 4.963 0.857 1.623 0.680 2.595 0.142 0.733 1.440 3.316 1.721 0.975 0.502 0.479 1.188 3.185 1.597 3.972 2.590 1.039 4.604 2.177 2.512 3.059 0.469 0.649 0.722 3.844 1.733 1.059 1.216 1.934 1.598 1.613 0.967 2.203 2.777 2.199 nan nan 4.145 3.637 1.559 4.252 4.472 1.862 2.533 5.170 6.401 3.823 3.077 1.383 2.195 2.167 2.506 2.588 5.016 1.942 0.817 9173 chr5 132164789 132178240 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 -4924 NM_001172700 134549 Hs.519574 NM_133456 ENSG00000164403 SHROOM1 APXL2 shroom family member 1 protein-coding 1.376 1.432 nan 0.475 0.508 0.183 0.492 0.322 0.570 0.424 0.733 0.405 0.060 0.260 0.386 0.333 0.354 0.084 0.492 0.239 0.349 0.143 0.313 0.155 0.987 3.057 3.033 0.421 0.602 0.345 0.647 1.871 1.398 0.873 0.358 0.423 0.099 0.646 0.120 0.158 0.159 0.569 0.488 0.372 0.754 0.232 2.353 0.274 1.230 0.865 0.378 3.712 0.333 0.598 0.694 0.987 1.238 0.297 0.102 0.928 0.474 0.398 0.132 0.119 0.084 0.188 0.136 0.630 0.667 0.840 1.163 1.040 1.087 1.401 0.580 1.755 1.704 0.411 0.854 1.207 1.720 0.838 0.792 0.651 0.856 0.983 1.016 0.622 0.517 0.562 0.411 6011 chr2 33577648 33591081 + 0 NA intron (NM_000627, intron 22 of 29) intron (NM_000627, intron 22 of 29) -59219 NR_039628 100616136 NR_039628 ENSG00000283591 MIR4430 - microRNA 4430 ncRNA 0.790 nan nan 0.107 0.045 0.025 0.106 0.144 0.244 0.007 0.099 0.179 0.009 0.052 0.093 0.144 0.404 0.136 0.440 0.692 0.044 0.058 0.102 0.027 0.016 0.017 0.036 0.180 0.118 0.205 nan 0.121 0.243 0.603 0.080 0.007 0.060 0.167 2.503 0.055 0.130 0.022 0.023 0.100 0.029 0.115 0.332 0.109 0.058 0.059 0.086 0.144 0.140 0.173 0.027 0.015 0.112 0.021 0.059 0.057 0.065 0.022 0.039 0.074 0.017 0.011 0.341 0.157 0.261 0.376 0.296 0.344 0.190 0.102 0.343 nan 0.317 0.429 0.177 0.167 nan 0.220 0.162 0.190 0.041 0.060 0.189 0.283 0.171 0.253 3219 chr13 77386135 77412502 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 61222 NM_138444 115207 Hs.644125 NM_138444 ENSG00000178695 KCTD12 C13orf2|PFET1|PFETIN potassium channel tetramerization domain containing 12 protein-coding nan 0.760 1.543 0.027 0.284 0.008 0.049 0.261 0.457 0.004 0.071 0.032 0.016 0.193 0.101 0.375 0.271 0.092 0.037 0.014 0.012 0.010 0.118 0.123 0.073 0.045 0.022 0.006 0.034 0.028 0.071 0.222 0.054 0.593 0.022 0.045 0.145 0.021 0.065 0.100 0.157 0.052 0.023 0.025 0.027 0.059 0.131 0.025 0.044 0.018 0.040 0.375 0.030 0.018 0.073 0.032 0.072 0.238 0.034 0.076 0.056 0.249 0.259 0.120 0.022 0.007 0.608 0.381 0.216 0.281 0.389 0.425 nan 2.083 0.128 0.116 0.237 0.294 0.492 0.782 nan 1.391 0.389 0.559 0.532 0.555 0.509 nan 0.276 0.137 8161 chr3 192943667 192961508 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -6330 NM_020386 57110 Hs.36761 NM_020386 ENSG00000127252 HRASLS A-C1|H-REV107|HRASLS1|HRSL1|HSD28 HRAS like suppressor protein-coding nan 1.436 1.648 0.519 0.771 0.196 0.263 0.261 0.674 0.026 0.099 0.108 0.084 0.134 1.071 0.573 0.147 0.127 0.141 0.053 0.088 0.023 0.441 0.348 0.124 0.039 0.008 0.195 0.514 0.053 0.430 nan 0.322 nan 0.121 0.102 0.112 0.043 0.069 0.212 3.732 0.192 0.220 0.148 0.049 0.030 0.110 0.352 0.119 0.757 0.217 0.037 0.573 0.100 0.526 0.124 0.109 0.135 0.890 0.466 0.171 0.040 0.384 2.126 0.124 0.178 0.108 0.714 0.784 0.948 0.970 2.120 2.050 0.470 0.237 1.836 1.856 0.904 1.244 1.090 1.502 4.878 5.925 0.503 0.816 0.228 0.203 2.764 6.401 1.026 0.840 6042 chr2 41959296 41966469 + 0 NA Intergenic Intergenic -141813 NR_033996 388942 Hs.631883 NR_033996 ENSG00000214691 LINC01913 - long intergenic non-protein coding RNA 1913 ncRNA 0.982 nan 0.949 0.124 0.140 0.189 0.315 0.864 0.142 0.298 0.009 0.043 0.358 0.269 0.269 0.112 0.130 0.053 0.027 0.038 0.130 0.210 0.451 0.251 0.131 0.020 0.067 0.014 0.068 nan 0.028 0.538 0.020 1.340 0.066 0.046 0.146 0.017 0.099 0.914 0.008 0.022 0.076 0.032 0.121 14.816 0.238 0.218 0.066 0.055 0.269 0.070 0.052 0.451 0.152 0.070 0.053 0.073 0.084 0.066 0.028 0.593 0.074 0.016 0.014 0.311 0.235 0.214 0.260 nan 0.507 0.790 0.159 0.303 0.290 0.101 0.238 1.160 0.628 0.755 0.363 0.133 0.283 0.152 0.162 0.563 nan nan 0.645 237 chr1 33181306 33209482 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -12118 NM_020888 57648 Hs.591502 NM_020888 ENSG00000162522 KIAA1522 - KIAA1522 protein-coding 1.953 nan 1.983 1.269 1.418 0.716 1.397 0.347 0.610 0.598 0.801 1.399 0.132 0.140 0.477 0.336 0.300 0.199 1.371 0.728 0.596 0.133 0.388 0.259 1.432 1.476 1.218 0.452 0.853 0.529 1.237 3.567 0.842 1.049 1.063 1.337 0.047 0.629 0.126 0.203 0.280 0.657 0.302 0.229 0.931 0.496 1.502 1.233 2.323 0.691 0.500 1.371 0.336 0.908 0.883 1.432 0.961 1.115 0.375 0.732 0.573 0.346 0.556 0.211 0.402 0.184 0.112 2.533 3.190 1.568 1.297 1.399 1.495 nan 0.429 1.937 2.000 0.617 1.056 1.401 1.914 nan 0.461 1.015 1.543 0.357 0.572 0.545 1.002 0.717 nan 10029 chr6 154676549 154733952 + 0 NA Intergenic Intergenic -27350 NM_001130700 26034 Hs.146100 NM_015553 ENSG00000074706 IPCEF1 PIP3-E interaction protein for cytohesin exchange factors 1 protein-coding nan 0.912 0.681 0.045 0.319 0.068 1.744 0.246 0.432 0.117 0.267 0.711 0.082 0.049 0.116 0.356 0.593 0.186 0.547 0.185 0.574 0.041 0.140 0.146 0.244 1.057 0.616 0.242 0.356 0.210 0.898 nan 0.916 0.580 0.344 0.189 0.032 0.068 0.129 0.354 0.068 0.118 0.138 0.083 0.369 0.377 0.077 0.218 0.225 0.385 0.030 0.113 0.356 0.600 2.428 0.244 0.094 0.098 0.020 0.090 0.193 0.442 0.050 0.099 0.592 0.250 0.167 0.594 0.419 3.128 3.556 0.402 nan 0.887 0.362 0.755 0.876 0.126 0.180 0.894 0.762 0.553 0.243 0.185 0.288 0.135 0.171 0.227 nan 0.498 0.330 2371 chr11 129866069 129879000 + 0 NA promoter-TSS (NR_024233) promoter-TSS (NR_024233) 15 NR_024233 440072 Hs.630600 NM_001007543 LINC00167 C11orf37|NCRNA00167 long intergenic non-protein coding RNA 167 ncRNA 2.667 2.907 2.426 1.476 3.448 3.631 3.275 1.725 3.371 1.421 2.883 1.898 2.301 1.285 3.038 4.151 1.019 0.188 2.144 0.763 3.418 1.299 1.700 0.798 4.046 2.023 2.762 1.832 3.318 1.418 3.215 4.451 1.852 5.245 1.516 2.564 1.149 2.859 0.132 1.697 2.300 8.605 4.762 1.895 2.224 2.818 3.551 4.453 2.069 3.820 1.384 3.549 4.151 3.248 5.092 4.046 2.053 3.000 0.582 2.936 1.639 2.532 3.841 1.233 3.005 2.384 2.123 5.344 5.678 4.051 6.103 6.011 5.647 4.746 3.374 9.203 9.424 3.042 3.813 5.629 8.475 5.436 6.580 7.845 10.991 5.192 5.219 3.905 nan 2.382 1.450 2519 chr12 16680258 16693400 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 71484 NM_001243611 55885 Hs.504908 NM_018640 ENSG00000048540 LMO3 RBTN3|RBTNL2|RHOM3|Rhom-3 LIM domain only 3 protein-coding 0.755 1.486 1.029 0.106 2.091 4.322 0.173 0.243 0.327 0.014 0.078 0.227 0.010 0.069 0.146 0.401 0.057 0.061 0.096 0.071 0.009 0.043 1.308 1.086 1.173 0.184 0.022 0.113 0.040 0.103 0.426 0.495 3.653 0.100 0.088 0.260 0.066 0.087 0.018 0.319 0.085 0.009 0.006 0.108 0.104 0.177 0.211 0.072 0.084 0.018 0.140 0.401 0.076 0.097 1.173 0.119 0.077 0.044 0.075 0.054 0.049 0.105 0.074 0.018 0.031 0.017 0.334 0.494 1.563 1.381 nan 1.877 9.785 3.242 0.315 0.379 0.246 0.332 3.448 3.800 0.394 0.247 0.212 0.419 0.950 0.648 0.421 0.591 1.431 0.726 6958 chr20 35482315 35494704 + 0 NA promoter-TSS (NM_199181) promoter-TSS (NM_199181) -233 NM_199181 140710 Hs.460807 NM_080627 ENSG00000149639 SOGA1 C20orf117|KIAA0889|SOGA suppressor of glucose, autophagy associated 1 protein-coding 3.383 3.241 3.438 0.709 1.338 1.397 0.772 0.753 1.166 1.703 2.384 1.824 0.393 2.007 1.932 1.460 0.274 0.758 0.245 3.023 0.369 0.925 0.313 1.730 0.890 0.927 1.881 0.767 0.129 0.545 nan 0.859 4.990 0.377 2.057 0.543 1.255 0.124 1.019 0.462 3.811 0.781 0.548 0.053 0.229 0.388 0.563 3.843 3.013 0.179 1.250 1.932 0.905 2.522 1.730 0.189 0.594 0.597 7.068 1.266 1.423 0.499 0.439 2.731 1.567 0.918 2.659 3.589 1.389 2.078 2.162 nan 5.875 1.471 2.509 2.162 2.501 3.713 2.065 4.125 2.627 2.724 1.184 2.544 1.747 1.713 1.924 nan 0.890 0.503 2610 chr12 32650597 32657401 + 0 NA promoter-TSS (NM_001304484) promoter-TSS (NM_001304484) -978 NM_001330373 121512 Hs.117835 NM_139241 ENSG00000139132 FGD4 CMT4H|FRABP|ZFYVE6 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 4 protein-coding 2.757 nan 3.223 0.257 1.090 0.068 0.126 0.212 0.504 0.056 0.126 0.094 0.145 3.866 0.686 0.076 0.073 0.272 0.084 0.020 0.020 1.100 0.817 1.058 0.091 0.043 0.076 0.090 0.095 0.092 0.193 0.242 1.149 0.009 0.149 1.614 0.064 0.112 0.035 1.704 0.047 0.026 0.034 0.053 0.046 0.128 0.181 0.207 0.115 0.029 0.029 0.686 0.158 0.100 1.058 0.018 0.061 0.370 0.077 0.120 0.070 0.857 2.482 0.066 0.017 0.030 3.949 4.778 1.300 1.570 1.930 1.712 5.542 1.245 0.627 0.602 3.179 3.823 0.830 0.867 2.783 3.429 0.654 1.855 8.506 8.435 3.871 6.612 1.187 0.776 9586 chr6 34189490 34220327 + 0 NA 5' UTR (NM_145901, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_145901, exon 1 of 5) 258 NM_145902 3159 Hs.518805 NM_002131 ENSG00000137309 HMGA1 HMG-R|HMGA1A|HMGIY high mobility group AT-hook 1 protein-coding nan 1.527 nan 4.971 1.504 0.615 6.042 0.758 1.532 0.443 2.387 2.231 0.679 0.502 0.939 2.523 0.863 0.189 3.920 1.309 4.277 1.030 1.071 0.484 2.043 2.441 2.264 0.648 2.398 1.949 2.652 3.884 1.499 2.775 2.076 1.950 0.423 2.764 0.136 1.454 0.846 6.893 3.607 1.506 1.823 1.295 4.662 7.102 2.075 6.325 1.908 1.716 2.523 3.856 4.056 2.043 0.841 1.196 0.518 5.514 0.855 1.454 0.649 1.172 1.008 3.250 3.274 2.109 2.366 1.557 nan nan 2.092 2.440 0.873 2.867 2.973 1.559 2.340 5.612 8.187 2.699 3.007 1.208 1.981 1.971 2.076 2.546 2.901 1.365 0.741 4154 chr15 99189139 99195722 + 0 NA non-coding (NR_126453, exon 1 of 1) non-coding (NR_126453, exon 1 of 1) 662 NM_001291858 3480 Hs.643120 NM_000875 ENSG00000140443 IGF1R CD221|IGFIR|IGFR|JTK13 insulin like growth factor 1 receptor protein-coding nan nan nan 4.763 2.042 0.389 2.401 0.463 0.877 0.767 1.771 2.507 0.706 0.442 3.848 1.556 0.317 4.186 0.748 0.289 1.728 1.925 0.834 1.980 2.056 3.074 3.465 5.028 0.689 3.471 5.855 2.231 5.621 1.904 2.875 0.533 4.980 0.140 1.893 1.520 2.564 2.628 1.673 0.848 1.362 3.484 2.689 10.597 2.534 4.195 4.834 1.556 6.011 2.315 1.980 3.989 6.137 1.446 7.477 2.192 2.560 1.581 2.160 1.469 0.892 0.658 4.647 5.786 0.516 0.569 3.030 1.881 nan 0.210 5.728 5.424 1.849 3.158 1.028 1.246 nan 12.168 2.328 5.928 2.219 1.926 7.917 nan 0.665 0.604 3212 chr13 74227372 74259644 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 105127 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.385 0.871 0.161 0.335 0.108 0.064 0.280 0.639 0.006 0.100 0.078 0.015 0.166 0.521 0.946 0.114 0.040 0.069 0.012 0.010 0.013 0.125 0.111 0.156 0.066 0.034 0.020 0.074 0.026 1.871 5.871 0.395 1.537 0.086 0.085 0.112 0.044 0.081 0.018 0.190 0.153 0.017 0.017 0.054 0.069 0.131 0.121 0.407 0.038 0.132 0.278 0.946 0.035 0.017 0.156 0.599 0.172 0.030 0.027 0.088 0.015 0.093 0.115 0.054 0.012 0.009 0.479 0.401 0.549 1.278 0.353 0.427 nan 0.841 0.125 0.125 0.074 0.151 0.259 0.269 nan 0.135 0.259 0.371 0.444 0.386 0.330 nan 0.282 0.204 4407 chr16 66904501 66916409 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -3809 NM_001329929 57546 Hs.632214 NM_020786 ENSG00000172840 PDP2 PDPC 2|PPM2B|PPM2C2 pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 protein-coding nan nan 1.346 0.712 0.963 0.248 2.424 0.444 0.896 0.655 0.665 2.131 0.166 0.353 0.588 0.762 0.547 0.230 0.987 0.543 3.181 0.502 0.160 0.168 0.795 1.231 1.110 2.086 0.829 0.684 0.388 1.208 1.530 1.444 1.225 1.028 0.048 0.336 0.082 1.444 0.248 2.136 1.401 0.682 0.476 0.401 0.787 5.429 1.094 4.716 0.815 0.828 0.762 1.075 3.076 0.795 0.370 0.355 0.317 2.091 0.444 0.943 0.191 0.331 2.141 1.765 1.461 0.920 1.191 0.407 0.732 0.857 0.814 1.523 0.482 1.393 1.630 0.980 nan 0.826 1.264 1.500 1.394 0.535 0.660 0.455 0.414 0.915 1.710 1.200 0.670 914 chr1 180494814 180501453 + 0 NA Intergenic Intergenic -26111 NM_032360 84320 Hs.200051 NM_032360 ENSG00000230124 ACBD6 - acyl-CoA binding domain containing 6 protein-coding nan nan 1.002 0.709 0.108 0.085 1.874 0.096 0.395 0.115 1.007 0.127 0.533 0.045 0.208 0.539 0.665 0.189 3.215 1.573 0.019 0.041 0.120 0.123 0.109 3.846 3.358 0.589 2.739 4.012 0.896 3.807 4.121 0.550 0.529 1.553 0.044 0.099 0.150 0.290 0.082 1.288 0.253 0.217 4.603 1.014 0.058 0.234 0.257 0.085 1.192 0.880 0.539 2.764 0.041 0.109 1.537 0.125 0.043 0.168 0.121 0.176 0.074 0.101 0.122 0.052 0.008 0.472 0.363 0.802 1.886 0.580 nan 0.538 0.269 nan 0.466 0.461 0.822 0.306 0.418 0.415 0.174 0.482 0.503 0.229 0.168 0.357 nan 0.658 0.640 4756 chr17 38435381 38447125 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2893 NM_001254 990 Hs.405958 NM_001254 ENSG00000094804 CDC6 CDC18L|HsCDC18|HsCDC6|MGORS5 cell division cycle 6 protein-coding nan 1.660 1.275 15.013 0.651 0.601 2.163 0.632 1.414 0.764 1.831 0.506 0.528 0.119 0.325 0.690 0.872 0.259 1.750 0.902 0.849 0.283 0.664 0.444 0.798 1.192 0.900 0.465 1.730 1.077 0.638 1.653 1.625 2.245 0.682 0.780 0.113 0.473 0.088 0.529 0.491 1.284 0.691 0.379 1.090 1.699 1.916 0.879 0.600 0.532 1.879 1.110 0.690 3.479 0.878 0.798 0.853 1.014 0.231 0.947 0.381 1.154 0.235 0.677 0.517 2.060 1.260 1.771 1.263 1.806 2.808 nan 2.042 2.284 1.139 2.966 3.047 1.216 1.549 2.052 3.387 nan 2.016 0.948 1.613 0.757 1.294 3.130 2.904 1.112 0.590 300 chr1 40504368 40510125 + 0 NA intron (NM_001350484, intron 2 of 13) MIRc|SINE|MIR 723 NM_001350481 10487 Hs.370581 NM_006367 ENSG00000131236 CAP1 CAP|CAP1-PEN cyclase associated actin cytoskeleton regulatory protein 1 protein-coding 25.289 2.940 nan 3.092 16.302 3.531 4.894 1.387 2.807 1.247 3.750 2.489 1.606 1.592 2.455 61.865 3.697 0.464 2.835 1.088 4.379 1.276 2.622 1.204 7.500 2.357 2.688 1.972 3.255 1.431 3.376 5.575 3.703 9.375 2.253 1.635 0.351 3.848 0.141 1.536 16.381 7.837 3.446 1.174 3.988 1.492 3.811 3.828 2.489 3.339 1.643 1.721 61.865 3.739 4.857 7.500 1.089 3.445 1.179 6.239 2.100 2.036 1.081 1.787 2.703 2.781 1.770 2.399 2.896 4.104 6.630 6.060 5.544 3.946 1.502 7.246 7.520 4.132 nan 10.618 13.784 3.551 3.418 2.265 nan 1.866 2.113 3.414 5.444 4.135 1.816 9702 chr6 51136242 51169389 + 0 NA Intergenic Intergenic -333853 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.773 0.863 nan 0.044 0.217 0.022 0.170 0.221 0.381 0.003 0.076 0.039 0.009 0.067 0.097 0.247 0.077 0.095 0.147 0.034 0.023 0.023 0.047 0.075 0.269 0.002 0.013 0.009 0.104 0.003 0.087 0.372 0.299 0.448 0.172 0.047 0.023 0.033 0.108 0.039 0.118 0.125 0.024 0.012 0.013 0.014 0.078 0.154 0.007 0.049 0.034 0.050 0.247 0.118 0.020 0.269 0.022 0.037 0.015 0.014 0.007 0.038 0.105 0.075 0.156 0.047 0.023 0.605 0.413 6.069 6.192 0.380 0.450 0.135 0.098 0.325 0.302 0.152 0.237 0.196 0.226 0.242 0.080 0.188 0.320 0.158 0.161 0.271 0.456 0.147 0.262 1439 chr10 35921614 35933313 + 0 NA 3' UTR (NM_031866, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_031866, exon 1 of 1) 2717 NR_039831 100616500 NR_039831 ENSG00000284265 MIR4683 - microRNA 4683 ncRNA 1.867 3.411 4.481 0.314 0.497 0.338 0.431 1.410 2.501 0.082 0.199 0.117 0.032 0.026 0.052 1.872 0.167 0.152 0.126 0.049 0.032 0.402 0.338 0.086 0.130 0.260 0.180 0.176 0.454 0.198 0.398 0.854 0.875 7.213 0.049 0.914 0.170 2.168 0.084 0.334 0.630 0.363 0.304 0.326 0.102 0.163 0.040 2.544 1.558 0.330 0.802 0.258 1.872 0.127 0.214 0.130 0.178 0.143 0.463 1.754 0.043 0.074 0.453 0.239 0.034 0.043 0.203 0.147 1.043 nan 2.596 1.869 0.485 0.087 4.252 4.109 1.493 2.178 0.223 0.276 1.671 2.688 0.074 0.091 0.598 0.509 1.016 2.109 1.243 0.641 4419 chr16 68765319 68795601 + 0 NA intron (NM_004360, intron 2 of 15) intron (NM_004360, intron 2 of 15) 4041 NR_106988 nan nan 1.422 1.965 2.394 1.165 2.518 1.139 2.390 1.541 0.393 0.495 1.289 0.587 0.731 0.309 0.181 0.150 3.767 1.735 0.096 0.042 0.533 0.230 2.614 0.998 0.513 0.072 2.886 1.160 1.491 3.551 2.290 3.287 1.893 0.267 0.050 0.074 0.071 0.132 0.846 0.242 0.148 0.105 1.424 2.391 1.591 0.151 2.514 0.092 1.142 2.095 0.309 6.867 1.779 2.614 0.496 1.697 0.370 0.689 0.106 0.914 1.405 0.033 0.324 0.181 0.094 1.090 1.295 0.393 0.769 1.702 1.494 1.333 0.377 1.683 1.738 0.082 nan 3.034 4.217 0.435 0.259 1.273 2.154 0.210 0.307 0.136 0.311 1.599 0.808 3654 chr14 68900640 68956109 + 0 NA intron (NM_002877, intron 9 of 10) intron (NM_002877, intron 9 of 10) 167130 NR_135816 100996664 NR_135816 LOC100996664 - uncharacterized LOC100996664 ncRNA nan nan 0.972 0.461 0.259 0.284 1.078 0.164 0.274 0.434 0.820 2.219 0.327 0.053 0.103 0.410 0.935 0.270 0.261 0.315 0.168 0.050 0.099 0.089 0.131 2.043 1.062 0.028 0.478 0.840 1.949 4.405 2.395 0.464 0.551 0.452 0.054 0.212 0.148 0.509 0.085 0.643 0.301 0.185 0.643 0.191 2.651 0.764 0.580 0.137 0.522 1.329 0.410 0.089 0.168 0.131 0.284 0.565 0.063 0.104 0.129 0.882 0.040 0.092 1.649 0.297 0.317 0.285 0.216 0.269 0.635 0.318 0.401 0.202 0.091 nan 0.435 0.254 0.447 0.499 nan 0.565 0.321 0.150 0.225 0.192 0.292 0.225 0.463 0.972 0.822 6330 chr2 118834009 118849281 + 0 NA Intergenic Intergenic -4349 NM_001321330 51141 Hs.7089 NM_016133 ENSG00000125629 INSIG2 INSIG-2 insulin induced gene 2 protein-coding 1.263 nan 1.121 2.764 0.500 0.295 0.834 0.441 0.829 0.338 0.396 0.203 0.053 0.118 0.174 0.603 0.681 0.169 0.851 0.249 0.273 0.037 0.226 0.140 0.321 1.041 0.769 0.092 1.586 0.711 0.301 0.316 1.164 nan 0.383 0.244 0.006 0.306 0.073 0.412 0.267 0.375 0.344 0.234 1.095 0.630 5.715 0.478 0.389 0.639 0.454 0.804 0.603 0.517 0.804 0.321 0.257 0.914 0.212 0.372 0.411 0.487 0.593 0.388 0.861 2.125 2.230 0.513 0.561 0.718 1.235 0.975 nan 1.099 0.351 1.594 1.721 1.149 1.476 0.794 1.069 0.875 0.772 0.540 1.286 0.135 0.151 0.328 0.918 0.448 0.346 9005 chr5 72699433 72750511 + 0 NA Intergenic Intergenic 19380 NM_004472 2297 Hs.519385 NM_004472 ENSG00000251493 FOXD1 FKHL8|FREAC-4|FREAC4 forkhead box D1 protein-coding 1.327 nan 1.366 0.703 1.451 0.534 0.636 0.315 0.734 0.123 0.370 0.475 0.463 0.084 0.748 0.696 0.307 0.092 0.596 0.327 0.250 0.176 0.215 0.131 0.734 0.700 0.337 0.203 0.196 0.504 0.760 3.299 0.695 1.254 0.253 0.138 0.050 0.718 0.140 0.115 0.340 1.377 0.583 0.308 0.103 0.082 0.368 0.970 0.554 1.320 0.173 0.041 0.696 0.812 0.371 0.734 0.179 0.110 0.074 1.095 0.121 0.113 0.322 0.149 0.041 1.334 1.194 0.673 0.784 0.547 0.666 0.896 0.761 nan 1.201 0.236 0.278 0.497 nan 0.781 0.901 1.028 0.958 0.648 1.036 0.372 0.279 0.411 0.741 0.474 0.399 11108 chr8 93098855 93122866 + 0 NA intron (NM_175634, intron 1 of 11) intron (NM_175634, intron 1 of 11) 1056 NM_001198628 862 Hs.368431 NM_004349 ENSG00000079102 RUNX1T1 AML1-MTG8|AML1T1|CBFA2T1|CDR|ETO|MTG8|ZMYND2 RUNX1 translocation partner 1 protein-coding nan 1.423 4.489 0.056 3.711 5.119 0.039 0.761 1.338 0.012 0.059 0.061 0.013 1.468 2.989 2.659 1.589 0.173 0.075 0.034 0.139 0.764 0.618 3.170 0.029 0.024 0.021 0.071 0.013 0.158 0.262 0.589 12.039 0.092 0.033 0.480 0.052 0.071 0.162 2.931 0.050 0.015 0.010 0.018 0.029 0.061 0.204 0.044 0.232 0.048 0.053 2.659 0.048 0.034 3.170 0.025 0.042 0.685 0.095 2.325 0.033 0.066 1.006 0.009 0.014 0.006 0.218 0.159 0.311 nan 5.506 4.879 2.624 0.828 0.280 0.247 1.297 1.619 3.453 4.504 5.804 8.062 0.164 0.212 1.219 0.593 2.968 4.676 0.952 0.594 1407 chr10 28952826 28980003 + 0 NA promoter-TSS (NM_012342) promoter-TSS (NM_012342) -10 NM_012342 25805 Hs.533336 NM_012342 ENSG00000095739 BAMBI NMA BMP and activin membrane bound inhibitor protein-coding 1.008 0.922 1.107 0.541 0.626 0.107 0.102 0.596 1.244 0.106 0.254 0.941 0.107 0.128 0.344 0.329 0.191 0.171 0.070 0.065 0.020 0.373 0.180 1.354 0.218 0.157 0.245 0.097 0.012 0.175 0.343 0.299 2.646 0.016 0.123 0.254 0.124 0.088 0.125 0.359 0.129 0.380 0.218 0.036 0.045 0.206 0.301 1.156 0.093 0.804 0.869 0.329 0.055 0.041 1.354 0.310 0.947 0.075 0.611 0.500 0.174 0.029 0.086 0.136 0.038 0.030 0.258 0.176 4.817 6.606 1.739 1.526 1.646 0.484 0.845 0.839 0.119 0.241 0.710 1.260 0.387 0.356 0.102 0.263 0.869 0.950 0.506 0.863 0.859 0.499 3946 chr15 48003460 48020956 + 0 NA intron (NM_153619, intron 1 of 17) intron (NM_153619, intron 1 of 17) 1522 NM_153618 80031 Hs.511265 NM_020858 ENSG00000137872 SEMA6D - semaphorin 6D protein-coding 1.525 1.477 nan 0.054 1.492 0.660 0.073 0.604 0.987 0.005 0.058 0.037 0.028 0.090 2.584 0.709 0.099 0.110 0.134 0.032 0.018 0.076 0.340 0.291 1.312 0.032 0.025 0.025 0.128 0.001 0.288 0.358 0.097 12.098 0.125 0.096 0.380 0.037 0.102 0.115 0.452 0.053 0.041 0.036 0.037 0.041 0.044 0.331 0.042 0.061 0.081 0.080 0.709 0.138 0.011 1.312 0.049 0.067 0.462 0.066 1.133 0.036 0.022 2.351 0.071 0.016 0.006 0.183 0.178 0.216 0.445 1.421 1.084 1.075 0.334 0.307 0.261 1.106 nan 1.381 1.546 1.516 1.304 0.060 0.173 0.991 1.187 1.964 4.364 2.037 1.058 496 chr1 87167846 87173379 + 0 NA promoter-TSS (NR_135837) promoter-TSS (NR_135837) 359 NM_001206653 51100 Hs.136309 NM_016009 ENSG00000097033 SH3GLB1 Bif-1|CGI-61|PPP1R70|dJ612B15.2 SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 protein-coding 4.103 nan nan 3.214 4.121 4.156 2.309 2.376 4.565 1.020 4.031 2.454 1.995 2.386 4.535 3.553 2.856 0.444 3.577 1.231 1.769 1.028 1.844 0.717 5.921 1.838 2.402 1.518 3.529 1.296 3.725 5.204 2.417 11.194 1.241 1.512 0.840 2.376 0.190 1.154 2.135 4.634 2.384 1.140 2.251 2.397 3.945 2.872 2.560 4.234 2.222 2.803 3.553 3.658 5.276 5.921 0.882 1.071 1.089 3.364 2.497 1.534 1.651 1.425 1.753 1.478 0.767 3.510 4.938 3.274 4.903 8.300 7.724 10.591 3.687 8.121 8.257 2.657 3.712 16.242 20.332 7.065 7.206 2.167 5.070 3.511 3.981 3.102 3.178 3.134 1.552 6246 chr2 95715793 95730514 + 0 NA Intergenic Intergenic 31753 NM_022438 4118 Hs.80395 NM_002371 ENSG00000172005 MAL - mal, T cell differentiation protein protein-coding 0.521 0.802 1.281 0.143 0.341 0.671 0.199 0.120 0.301 0.091 0.053 0.081 0.017 0.007 0.638 0.079 0.103 0.066 0.504 0.090 0.064 0.009 0.118 0.072 0.212 0.033 0.034 0.040 0.083 0.200 0.160 0.709 0.253 1.039 0.238 0.066 0.149 0.022 0.069 0.008 0.033 0.112 0.061 0.026 0.029 0.088 6.778 0.178 0.149 0.077 0.006 0.330 0.079 0.566 0.015 0.212 0.174 5.097 0.057 0.238 0.152 0.242 0.075 0.033 0.067 0.023 0.003 1.360 1.829 0.172 0.230 0.397 0.431 1.104 0.241 0.398 0.335 0.136 0.234 0.459 0.609 0.283 0.216 0.496 0.460 0.482 0.649 0.139 0.215 0.314 0.423 2829 chr12 84257053 84261920 + 0 NA Intergenic Intergenic 1047122 NM_018057 55117 Hs.44424 NM_018057 ENSG00000072041 SLC6A15 NTT73|SBAT1|V7-3|hv7-3 solute carrier family 6 member 15 protein-coding 0.712 0.713 0.543 0.795 0.054 0.011 0.168 0.165 0.264 0.059 0.112 0.013 0.007 0.054 0.282 0.298 0.264 0.393 0.196 0.039 0.129 0.101 0.025 0.034 0.015 0.153 0.141 0.124 0.525 0.773 0.223 1.199 0.088 0.040 0.044 0.093 0.049 0.083 0.019 0.032 0.448 0.031 0.138 0.206 0.117 0.117 0.053 0.282 0.118 0.025 0.151 0.080 0.012 0.071 0.033 0.020 0.052 0.024 0.021 0.526 0.419 8.903 2.666 0.406 0.413 0.325 0.124 0.301 0.304 0.604 0.742 0.350 0.245 0.368 0.132 0.131 0.205 0.235 0.191 0.215 0.215 0.530 0.599 5170 chr18 13136005 13148844 + 0 NA Intergenic Intergenic -76305 NM_181482 753 Hs.697787 NM_004338 ENSG00000168675 LDLRAD4 C18orf1 low density lipoprotein receptor class A domain containing 4 protein-coding 0.991 1.359 0.601 0.409 1.511 0.105 0.383 0.225 0.581 0.045 1.154 0.594 0.019 4.150 0.896 0.100 0.286 0.088 0.455 0.250 0.010 0.054 0.230 0.148 1.833 0.413 0.405 0.263 0.525 0.304 0.295 0.469 0.155 0.588 0.284 0.331 0.007 0.143 0.110 0.341 0.093 0.882 0.401 0.309 0.145 0.207 0.090 1.423 0.333 0.039 0.375 0.187 0.100 0.296 0.014 1.833 0.247 0.143 0.067 0.553 0.232 0.210 0.038 0.097 0.018 0.511 0.282 0.660 0.619 1.399 1.948 1.924 2.230 1.350 0.350 0.527 0.610 0.119 0.195 0.950 1.086 0.467 0.522 0.358 0.432 0.538 0.447 0.216 0.281 2.483 1.369 7738 chr3 111614070 111646646 + 0 NA intron (NM_001134437, intron 3 of 17) intron (NM_001134437, intron 3 of 17) 51790 NM_001134439 90102 Hs.603252 NM_145753 ENSG00000144824 PHLDB2 LL5b|LL5beta pleckstrin homology like domain family B member 2 protein-coding 1.161 nan 0.807 0.706 0.226 0.339 3.456 0.304 0.469 0.220 0.779 1.023 0.061 0.052 0.091 0.158 0.818 0.180 1.301 0.940 0.398 0.008 0.134 0.168 0.273 2.666 1.905 0.250 1.987 1.468 0.861 1.305 0.251 0.283 0.864 0.667 0.034 0.066 0.591 0.121 2.245 2.802 1.323 1.660 0.485 0.852 0.583 0.197 0.544 0.034 0.353 0.158 0.614 0.341 0.273 0.361 0.084 0.080 0.838 0.168 1.159 0.030 0.379 0.415 0.861 0.697 0.385 0.308 0.231 0.502 0.395 nan 0.768 0.288 0.295 0.255 nan 0.335 0.522 0.422 0.700 0.280 0.135 0.188 0.081 0.111 0.489 1.069 0.913 0.614 605 chr1 115297474 115301413 + 0 NA intron (NM_001007553, intron 1 of 19) intron (NM_001007553, intron 1 of 19) 1228 NM_001242892 7812 Hs.69855 NM_007158 ENSG00000009307 CSDE1 D1S155E|UNR cold shock domain containing E1 protein-coding 8.167 3.238 5.126 3.981 3.816 3.253 2.322 2.726 5.262 1.525 2.464 3.007 1.523 4.745 3.490 3.433 2.766 0.164 2.996 0.782 2.784 2.353 1.670 0.892 4.562 1.721 1.913 1.557 4.026 1.520 3.866 6.094 2.423 10.264 1.858 3.276 0.546 4.336 0.173 2.201 2.233 4.221 2.176 1.088 2.410 2.240 6.021 3.384 1.790 2.419 1.548 4.175 3.433 3.224 4.156 4.562 2.278 0.866 1.450 5.377 1.959 1.164 2.562 2.955 1.591 1.942 1.290 7.025 5.930 8.272 11.797 9.244 nan 9.758 5.220 15.954 17.859 4.946 6.899 9.034 12.072 9.538 10.572 5.908 9.931 3.902 4.349 11.125 8.204 3.777 2.380 2987 chr12 118488346 118501958 + 0 NA intron (NM_001278557, intron 1 of 8) AluSx|SINE|Alu 3864 NM_018639 55884 Hs.506985 NM_018639 ENSG00000176871 WSB2 SBA2 WD repeat and SOCS box containing 2 protein-coding nan nan 2.050 3.819 2.911 2.367 3.966 1.589 3.129 1.745 3.132 2.937 1.821 2.494 2.938 1.774 1.939 0.224 1.942 0.781 2.697 1.309 1.472 0.866 4.105 3.187 3.486 1.863 1.886 1.758 2.021 4.706 1.718 5.363 1.009 2.908 1.151 2.983 0.121 1.527 0.332 2.299 3.321 1.462 1.601 1.667 2.251 6.945 4.785 3.124 1.559 2.679 1.774 2.464 3.564 4.105 1.688 1.310 0.329 2.271 1.840 1.896 1.207 0.376 1.821 2.522 1.796 2.620 3.558 3.149 3.523 nan nan nan 1.968 3.525 3.648 1.068 1.647 nan nan 1.468 1.216 2.683 3.579 2.893 3.390 0.817 1.102 nan 1.237 9523 chr6 26267549 26289118 + 0 NA Intergenic Intergenic 5129 NM_003525 8346 Hs.553506 NM_003525 ENSG00000278588 HIST1H2BI H2B/k|H2BFK histone cluster 1 H2B family member i protein-coding 3.399 1.610 nan 2.877 3.306 1.258 0.777 1.549 3.006 0.986 3.984 1.153 1.343 0.381 4.007 1.170 1.191 0.269 0.913 0.431 2.660 0.809 0.576 0.369 1.294 1.810 1.721 0.287 1.194 0.823 0.668 1.088 1.271 nan 0.528 1.460 0.893 5.905 0.211 0.694 0.669 3.326 0.798 0.301 1.193 1.093 2.336 1.107 1.895 3.379 1.517 0.950 1.170 1.667 1.720 1.294 0.539 0.549 0.819 4.231 1.399 2.992 0.609 0.715 0.715 1.362 1.064 5.221 5.244 1.260 nan 3.281 2.246 nan 3.648 8.693 8.898 1.158 1.600 2.569 3.852 2.541 2.646 0.600 1.016 6.313 5.481 2.300 2.194 2.017 1.213 4855 chr17 48961340 49035040 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -52851 NM_001243877 10140 Hs.703321 NM_005749 ENSG00000141232 TOB1 APRO5|APRO6|PIG49|TOB|TROB|TROB1 transducer of ERBB2, 1 protein-coding 2.380 2.370 nan 0.831 1.108 2.006 0.874 1.110 2.245 0.394 1.212 0.379 0.081 0.416 0.992 1.685 0.278 0.127 0.361 0.193 0.117 0.062 1.294 0.754 1.997 0.536 0.306 0.416 0.282 0.234 0.940 nan 0.627 3.495 0.383 3.898 0.672 0.157 0.104 0.277 0.899 0.695 0.117 0.071 0.347 0.178 1.791 0.371 3.266 0.254 3.033 3.282 1.685 0.892 0.072 1.997 0.941 3.650 0.494 0.762 1.934 0.209 4.034 0.897 0.327 0.132 0.103 2.163 3.067 0.811 1.517 2.187 nan 2.232 0.921 2.478 2.647 1.589 2.049 4.109 nan 2.133 1.592 3.187 4.585 2.215 2.282 1.103 2.462 1.497 0.975 1699 chr10 125975737 125982366 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -125928 NM_001270765 51363 Hs.287537 NM_014863 ENSG00000182022 CHST15 BRAG|GALNAC4S-6ST carbohydrate sulfotransferase 15 protein-coding nan 0.426 1.092 0.065 0.198 0.083 0.351 0.194 0.635 0.333 0.236 0.009 0.077 0.067 0.156 0.109 0.160 0.028 0.028 0.063 0.118 0.075 0.234 0.136 0.076 0.058 0.071 0.048 0.086 0.196 0.054 1.258 0.088 0.262 0.048 0.065 0.036 0.012 0.083 0.037 0.011 0.016 0.046 0.029 0.135 0.147 0.043 0.082 0.156 0.065 0.099 0.234 0.100 0.059 0.121 4.327 0.072 0.030 0.038 0.230 0.017 0.007 0.294 0.438 0.186 0.232 0.281 0.207 0.779 0.164 0.125 0.161 0.055 0.193 0.650 0.732 0.332 0.251 0.310 0.170 0.057 0.153 0.079 0.108 1.066 0.601 10525 chr7 96216580 96231528 + 0 NA intron (NM_001349698, intron 3 of 6) Arthur1|DNA|hAT-Tip100 69596 NR_038948 7979 Hs.489201 NM_006304 ENSG00000127922 SEM1 C7orf76|DSS1|ECD|SHFD1|SHFM1|SHSF1|Shfdg1 SEM1, 26S proteasome complex subunit protein-coding nan 2.738 nan 0.087 1.129 0.754 0.038 3.346 6.684 0.019 0.075 0.067 0.641 0.121 0.422 2.870 0.140 0.053 0.064 0.013 0.021 0.018 3.413 1.603 2.461 0.014 0.009 0.005 0.114 0.007 0.051 0.178 0.212 1.511 0.098 0.043 3.928 0.073 0.189 0.024 1.819 0.114 0.028 0.016 0.022 0.041 0.110 0.153 0.005 0.048 0.011 0.036 2.870 0.053 0.087 2.461 0.150 0.089 0.125 0.039 0.489 0.032 0.107 0.468 0.020 0.027 0.007 0.536 0.449 2.576 5.060 1.826 2.183 10.667 6.054 0.254 0.322 0.626 0.831 2.416 2.473 0.552 0.181 0.266 0.517 10.796 15.880 0.658 nan 4.628 2.237 10399 chr7 66204299 66208755 + 0 NA intron (NM_014504, intron 1 of 8) CpG 884 NM_001287062 27342 Hs.530053 NM_014504 ENSG00000154710 RABGEF1 RABEX5|RAP1|rabex-5 RAB guanine nucleotide exchange factor 1 protein-coding 4.430 nan nan 2.793 2.435 1.809 3.880 1.660 3.080 1.647 4.100 3.651 2.396 1.494 2.422 3.369 3.046 0.603 3.368 1.661 2.392 1.402 1.822 0.822 2.770 1.718 1.578 3.305 9.282 1.988 5.470 6.291 5.484 6.415 1.837 2.231 0.402 5.263 0.169 2.597 1.834 6.097 3.223 1.805 3.118 2.440 4.011 4.191 3.288 8.676 1.790 2.470 3.369 5.956 4.696 2.770 1.668 2.280 1.239 3.882 3.110 4.907 0.530 0.802 2.799 2.197 1.576 4.343 6.277 4.569 6.768 4.983 4.303 5.348 2.149 7.572 7.533 3.054 3.990 2.929 3.788 2.765 3.286 2.312 4.878 3.162 3.636 2.231 3.762 2.650 1.375 1228 chr1 236652317 236701447 + 0 NA Intergenic Charlie2b|DNA|hAT-Charlie -4632 NM_201545 3964 Hs.4082 NM_006499 ENSG00000116977 LGALS8 Gal-8|PCTA-1|PCTA1|Po66-CBP galectin 8 protein-coding 1.212 2.047 1.451 0.378 1.434 1.060 0.626 1.734 3.127 0.138 0.365 0.463 0.465 0.759 0.166 0.439 0.378 0.170 0.415 0.173 0.709 0.226 2.072 1.162 2.779 0.442 0.308 0.943 0.322 0.494 0.623 1.927 1.977 1.940 0.366 0.628 0.661 0.597 0.134 0.183 0.138 0.497 0.438 0.254 0.446 0.238 1.340 0.386 0.938 0.044 0.831 2.801 0.439 0.522 0.188 2.779 0.379 0.806 0.105 0.553 0.926 0.282 0.969 0.080 0.628 0.504 0.678 0.486 0.485 2.460 6.433 1.200 1.430 nan 0.798 0.753 0.758 0.143 0.297 nan 2.404 0.463 0.283 0.465 0.728 1.918 2.417 0.212 0.340 nan 0.896 6117 chr2 53714836 53729022 + 0 NA Intergenic Intergenic -272991 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 6.134 3.607 6.328 0.119 0.281 0.454 0.350 0.147 0.303 0.027 0.143 0.032 0.009 0.049 0.163 0.405 0.239 0.067 0.222 0.141 0.088 0.010 0.328 0.185 0.469 0.320 0.133 0.044 0.135 0.089 0.165 0.451 0.161 0.798 0.062 0.089 1.206 0.070 0.098 0.016 0.084 0.217 0.017 0.028 0.154 0.049 0.176 0.175 0.113 0.045 0.050 0.574 0.405 0.084 0.053 0.469 0.102 0.457 0.034 0.062 2.438 0.114 0.063 0.519 0.027 0.012 0.011 0.281 0.219 0.209 0.296 1.638 1.637 0.950 0.214 0.623 0.573 1.058 1.313 1.269 0.922 0.470 0.224 0.268 0.319 8.531 7.274 0.562 1.558 1.338 0.894 5788 chr19 50140719 50146685 + 0 NA promoter-TSS (NM_006270) promoter-TSS (NM_006270) -302 NM_006270 6237 Hs.515536 NM_006270 ENSG00000126458 RRAS R-Ras RAS related protein-coding 4.998 2.781 3.973 7.921 2.352 2.402 4.057 3.824 5.584 4.816 9.421 5.729 2.609 2.296 2.992 3.871 4.655 0.697 5.547 2.185 8.360 2.509 1.668 0.676 2.709 2.594 4.208 2.056 7.236 2.858 6.698 8.737 6.467 6.393 3.335 5.735 1.103 9.099 0.226 2.327 1.416 14.573 6.987 2.484 3.931 3.176 6.824 5.262 9.622 5.532 4.133 3.150 3.871 6.988 2.232 2.709 4.423 6.392 1.106 8.265 2.874 4.058 0.977 2.344 5.451 5.048 4.026 2.405 3.366 5.049 7.922 4.953 4.798 7.341 4.959 12.511 13.280 4.537 6.099 6.738 10.162 6.905 5.491 2.185 3.302 4.075 5.283 4.611 7.223 2.774 1.504 5917 chr2 14771888 14777879 + 0 NA non-coding (NR_144632, exon 2 of 5) non-coding (NR_144632, exon 2 of 5) 2076 NM_145175 151354 Hs.260855 NM_145175 ENSG00000162981 FAM84A NSE1|PP11517 family with sequence similarity 84 member A protein-coding 1.004 1.811 0.831 0.120 6.148 3.430 0.036 0.170 0.301 0.366 0.130 0.046 0.444 0.903 3.316 1.944 0.087 0.055 0.071 0.032 1.767 1.188 0.783 0.011 0.012 0.012 0.034 0.261 6.002 9.603 0.874 18.021 1.614 0.028 0.258 0.037 0.049 0.569 0.846 0.046 1.220 0.783 0.217 0.025 0.193 0.092 0.163 0.225 2.229 0.408 1.944 0.059 0.015 0.783 2.126 2.246 0.146 0.307 5.476 0.052 1.070 0.761 0.076 0.019 0.043 0.710 0.905 1.891 2.713 6.529 5.396 4.499 1.185 2.282 2.161 1.199 1.517 8.316 10.241 2.887 4.196 1.684 3.121 1.464 1.089 1.784 nan 1.560 0.935 694 chr1 150638359 150645225 + 0 NA intron (NM_018178, intron 2 of 4) intron (NM_018178, intron 2 of 4) 27880 NM_018178 55204 Hs.203699 NM_018178 ENSG00000143457 GOLPH3L GPP34R golgi phosphoprotein 3 like protein-coding nan nan 1.150 0.541 0.112 0.063 0.282 0.163 0.338 0.042 0.186 0.170 4.062 0.090 0.284 0.302 0.179 0.234 0.302 0.111 0.020 0.215 0.178 0.144 1.616 1.504 0.032 0.149 0.096 1.411 3.069 0.977 0.643 0.148 0.092 0.027 0.142 0.155 0.034 0.162 0.177 0.107 0.046 0.440 0.089 0.207 0.131 1.029 0.126 0.345 1.093 0.302 0.207 0.106 0.144 0.142 0.268 0.028 0.125 0.046 0.173 0.175 0.199 0.027 0.025 0.581 0.401 0.393 0.580 0.590 nan 0.615 0.333 0.425 0.422 0.455 0.875 0.681 0.860 0.344 0.200 0.576 0.955 0.136 0.380 0.461 1.100 0.818 0.479 9165 chr5 129861475 129869261 + 0 NA Intergenic Intergenic 624845 NM_175856 337876 Hs.213137 NM_175856 ENSG00000198108 CHSY3 CHSY2|CSS3 chondroitin sulfate synthase 3 protein-coding nan 0.603 0.712 0.768 0.079 0.042 1.213 0.041 0.251 0.021 0.190 0.260 0.047 0.039 0.057 0.016 0.116 0.061 0.598 0.242 0.081 0.022 0.085 0.127 0.221 0.131 2.019 4.200 0.901 2.001 3.329 0.138 1.702 0.958 0.036 0.014 0.132 0.105 0.154 0.039 0.020 4.412 2.516 0.087 0.102 0.199 0.155 0.082 2.418 0.016 2.371 0.591 0.127 0.816 0.489 0.038 0.037 0.026 0.277 0.025 0.068 0.716 0.015 0.007 0.178 0.114 0.171 nan 0.125 0.120 0.086 0.030 0.283 0.250 0.171 0.254 0.315 0.381 0.278 0.055 0.061 0.155 0.058 0.090 0.180 0.180 0.074 0.137 9812 chr6 99871489 99878066 + 0 NA intron (NR_125843, intron 2 of 2) AluSx1|SINE|Alu -1556 NR_136326 25957 Hs.520287 NM_015491 ENSG00000132424 PNISR C6orf111|HSPC306|SFRS18|SRrp130|bA98I9.2 PNN interacting serine and arginine rich protein protein-coding nan 3.036 nan 2.010 4.743 2.854 2.178 1.771 3.777 0.509 1.863 2.433 1.503 0.896 3.255 3.419 2.217 0.292 2.297 1.182 3.300 2.573 1.156 0.626 3.258 1.613 1.646 0.638 2.033 0.853 5.250 6.494 2.297 7.282 1.155 2.545 0.816 4.326 0.226 1.257 2.261 2.974 2.760 1.162 2.357 2.088 3.542 1.922 2.260 4.425 1.490 1.672 3.419 2.800 2.854 3.258 1.449 0.820 1.130 2.062 2.228 1.571 2.375 2.341 1.804 2.023 1.444 7.362 6.773 5.768 8.350 6.394 5.013 nan 3.809 12.685 13.542 3.101 nan 4.799 8.286 nan 9.284 4.024 5.863 4.929 6.286 5.944 6.085 2.135 1.224 5426 chr18 72262584 72266763 + 0 NA non-coding (NR_024484, exon 1 of 2) non-coding (NR_024484, exon 1 of 2) 398 NR_024484 400657 Hs.61508 NM_001008234 ENSG00000264247 LINC00909 - long intergenic non-protein coding RNA 909 ncRNA nan nan 4.764 4.380 8.631 3.995 3.211 3.795 7.685 1.298 5.206 2.689 1.083 4.539 3.111 12.685 2.385 0.229 1.746 0.635 4.101 2.720 2.390 1.364 12.581 2.199 3.061 2.786 1.931 1.624 3.231 3.752 3.484 11.748 1.366 4.225 1.631 3.213 0.133 1.607 3.591 5.724 2.633 0.933 3.547 1.747 6.410 3.595 3.681 4.474 2.317 2.266 12.685 2.012 2.295 12.581 1.231 0.810 1.111 7.246 4.348 2.431 2.110 1.974 3.219 1.929 1.299 7.724 9.037 9.103 12.599 15.634 nan 13.643 9.039 22.403 23.223 3.184 4.170 18.420 23.897 8.032 9.488 3.908 6.874 8.622 9.674 4.957 4.287 4.306 2.680 5371 chr18 55709789 55790021 + 0 NA intron (NM_001144964, intron 1 of 30) AluSx|SINE|Alu 35447 NM_001144964 23327 Hs.185677 NM_015277 ENSG00000049759 NEDD4L NEDD4-2|NEDD4.2|PVNH7|RSP5|hNEDD4-2 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 1.302 1.963 0.501 0.448 0.405 0.509 0.680 1.304 0.125 0.414 0.801 0.936 0.236 0.569 0.602 0.149 0.084 0.242 0.125 0.240 0.166 0.119 0.115 0.656 0.629 0.401 0.175 0.120 0.190 0.391 0.974 0.706 1.356 0.115 0.187 0.413 0.185 0.076 0.097 0.307 0.666 0.148 0.080 0.528 0.327 1.678 0.205 0.399 0.228 0.149 0.408 0.602 0.257 0.804 0.656 0.265 0.251 0.218 0.211 0.232 0.359 1.226 1.373 0.179 0.042 0.021 1.732 1.790 4.206 8.057 1.236 1.162 3.152 0.930 3.221 3.288 0.468 0.726 0.924 1.084 1.151 1.267 1.310 1.853 1.759 2.142 1.173 3.125 nan 1.528 4444 chr16 73264239 73268099 + 0 NA Intergenic Intergenic -87823 NM_207385 388289 Hs.371893 NM_207385 C16orf47 - chromosome 16 open reading frame 47 protein-coding 0.686 1.182 nan 0.354 0.228 0.302 0.200 0.136 0.474 0.413 0.359 0.080 0.076 0.069 0.099 0.884 0.071 0.148 0.323 0.254 0.621 0.035 0.018 0.172 0.089 0.021 0.252 0.074 3.005 0.038 0.195 0.140 0.033 0.021 0.191 0.454 0.465 0.029 0.158 0.025 0.104 0.527 0.220 0.361 0.086 0.099 0.037 0.621 0.064 0.182 2.331 0.202 0.040 0.243 0.094 0.019 0.030 0.040 1.245 2.820 14.726 14.073 0.328 0.403 0.144 0.098 1.344 1.330 0.344 0.438 0.188 0.304 0.695 0.446 0.515 0.913 0.077 0.117 0.114 0.190 0.545 0.624 11372 chr8 143680445 143705763 + 0 NA 3' UTR (NM_015193, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_015193, exon 3 of 3) 2729 NM_015193 23237 Hs.40888 NM_015193 ENSG00000198576 ARC Arg3.1|hArc activity regulated cytoskeleton associated protein protein-coding 2.373 1.005 nan 0.150 0.152 1.420 0.347 0.827 1.421 0.038 0.132 0.080 0.010 0.256 0.901 1.780 0.081 0.082 0.174 0.097 0.030 0.049 0.254 0.193 0.491 0.061 0.023 0.120 0.084 0.030 0.314 1.238 0.098 2.226 0.069 0.124 0.079 0.072 0.043 0.125 0.047 0.174 0.139 0.113 0.069 0.027 0.092 0.145 0.257 0.167 0.040 0.074 1.780 0.307 0.135 0.491 0.029 0.049 0.928 0.991 1.257 0.084 0.214 0.064 0.006 0.036 0.016 0.834 1.288 0.095 0.205 nan 2.616 nan 0.163 0.262 0.215 0.410 0.746 0.730 0.982 1.561 1.787 0.558 0.677 0.607 0.411 0.432 0.686 1.702 0.937 3788 chr14 96581989 96586032 + 0 NA Intergenic MER50-int|LTR|ERV1 78349 NM_001282463 56967 Hs.6434 NM_020215 ENSG00000227051 C14orf132 C14orf88 chromosome 14 open reading frame 132 protein-coding 1.095 1.222 nan 0.053 0.108 0.574 0.041 0.216 0.247 0.306 0.115 0.023 8.630 0.124 0.717 1.244 0.685 0.201 0.025 0.067 0.034 0.118 0.285 0.248 0.524 0.370 0.036 0.051 0.233 2.245 7.408 7.047 1.656 0.053 0.261 0.061 0.059 0.078 0.091 0.194 0.042 0.700 0.115 2.637 0.152 0.579 0.072 0.812 5.095 1.244 0.047 0.046 0.248 0.182 11.672 0.048 0.043 1.138 0.212 0.048 0.124 1.341 0.298 0.159 0.195 0.535 0.889 0.806 0.452 0.127 0.171 0.283 0.295 0.525 1.283 0.779 1.030 0.820 0.132 0.233 0.704 0.488 0.091 0.312 nan 0.557 3148 chr13 45761951 45797689 + 0 NA intron (NM_004128, intron 4 of 7) AluSc|SINE|Alu -4645 NM_198404 386618 Hs.23406 NM_198404 ENSG00000180332 KCTD4 bA321C24.3 potassium channel tetramerization domain containing 4 protein-coding 1.051 1.075 0.782 1.777 0.247 0.213 0.530 0.314 0.670 0.235 1.996 0.620 0.069 0.031 0.476 0.308 0.543 0.072 1.510 0.727 0.282 0.016 0.176 0.180 1.175 0.690 0.434 0.047 0.314 0.779 0.244 0.660 0.242 0.374 0.472 0.485 0.027 0.395 0.083 0.765 0.302 3.039 0.936 0.476 0.770 0.369 0.465 4.320 0.091 0.252 0.267 0.160 0.308 0.875 0.237 1.175 0.147 0.085 0.152 0.135 0.082 0.641 0.082 0.176 1.110 0.669 0.581 0.634 0.477 0.415 0.765 0.951 1.160 0.642 0.210 0.245 0.260 0.748 1.091 0.198 0.191 1.184 0.760 0.238 0.404 0.398 0.927 0.648 1.265 0.785 0.484 2244 chr11 111241658 111277757 + 0 NA Intergenic Intergenic -9550 NM_006235 5450 Hs.654525 NM_006235 ENSG00000110777 POU2AF1 BOB1|OBF-1|OBF1|OCAB POU class 2 associating factor 1 protein-coding 0.737 1.174 0.857 0.038 0.265 1.434 0.077 1.462 2.662 0.016 0.077 0.067 0.017 0.045 0.136 0.206 0.112 0.041 0.092 0.042 0.028 0.019 0.186 0.207 0.729 0.407 0.150 0.033 0.070 0.009 0.076 0.627 0.092 1.335 0.121 0.044 0.249 0.043 0.108 0.019 0.157 0.219 0.053 0.020 0.079 0.075 0.494 0.249 0.090 0.048 0.033 0.157 0.206 0.055 0.054 0.729 0.074 0.085 0.531 0.034 0.222 0.076 0.896 0.051 0.045 0.021 2.129 nan 1.498 3.328 0.584 0.774 0.769 0.250 0.335 0.317 2.484 nan 0.722 0.523 0.437 0.243 0.947 1.574 0.855 1.028 0.192 0.419 0.857 0.512 9503 chr6 22877505 22893778 + 0 NA Intergenic Intergenic -167488 NR_134613 105374972 Hs.484889 NR_134613 LOC105374972 - uncharacterized LOC105374972 ncRNA 0.961 0.847 nan 3.579 0.225 0.075 0.151 0.137 0.230 0.058 0.732 1.245 1.628 0.049 0.055 0.191 1.975 0.287 0.772 0.549 0.503 0.096 0.112 0.140 1.149 0.405 0.032 0.507 2.288 0.277 0.674 1.480 nan 0.476 0.304 0.035 0.232 0.118 0.197 0.029 1.114 0.632 0.369 2.392 0.264 0.460 0.688 0.130 0.163 0.276 0.563 0.191 0.563 0.034 0.140 0.661 1.212 0.071 0.196 0.075 0.288 0.049 0.137 0.818 0.752 0.424 0.504 0.553 0.690 nan 0.241 0.396 nan 0.246 0.311 0.208 0.639 0.954 0.411 0.328 0.400 0.171 0.137 0.179 0.144 0.289 0.312 0.658 0.381 0.425 7201 chr21 37557540 37586532 + 0 NA intron (NM_005128, intron 3 of 36) L1PA5|LINE|L1 35197 NM_005128 9980 Hs.204575 NM_005128 ENSG00000142197 DOPEY2 21orf5|C21orf5 dopey family member 2 protein-coding 0.882 0.797 1.661 0.687 0.783 0.163 1.120 0.183 0.399 0.250 0.298 0.391 0.376 0.321 0.233 0.349 0.149 0.109 1.481 0.738 0.110 0.075 0.206 0.146 0.264 0.922 0.741 0.110 0.624 0.963 1.736 4.095 1.917 0.835 0.889 0.103 0.091 0.056 0.097 0.611 0.107 0.581 0.129 0.064 0.897 0.752 0.775 3.538 0.382 0.378 0.882 1.152 0.349 1.297 1.167 0.264 0.938 2.501 0.067 0.211 0.454 0.976 0.281 0.115 0.781 0.944 0.539 0.536 0.637 0.412 0.716 0.448 0.554 0.785 0.309 0.724 0.747 0.403 0.686 1.903 1.840 0.531 0.336 0.443 0.681 0.527 0.759 0.301 0.537 nan 0.657 7064 chr20 55352104 55372568 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 157978 NM_003222 7022 Hs.473152 NM_003222 ENSG00000087510 TFAP2C AP2-GAMMA|ERF1|TFAP2G|hAP-2g transcription factor AP-2 gamma protein-coding 0.680 1.058 1.323 0.114 0.077 0.049 2.057 0.094 0.211 1.149 0.125 0.046 0.082 0.035 0.065 0.119 0.084 0.220 0.418 0.139 8.106 0.054 0.038 0.068 0.059 1.088 0.772 1.343 0.898 0.685 0.866 2.818 0.894 0.742 0.908 4.115 0.009 0.123 0.089 1.032 0.027 7.014 2.563 1.017 1.019 1.449 1.004 0.874 4.785 0.236 0.547 2.249 0.119 0.635 2.094 0.059 1.204 3.128 0.010 9.675 0.059 1.846 0.164 0.055 0.474 2.603 2.860 0.519 nan 0.648 0.892 0.194 0.229 0.122 0.071 0.217 0.171 0.144 0.241 0.145 0.147 0.614 0.356 0.344 0.532 0.041 0.047 0.111 0.144 0.205 0.370 9220 chr5 141390877 141399180 + 0 NA Intergenic Intergenic -2408 NM_005471 10007 Hs.633853 NM_005471 ENSG00000113552 GNPDA1 GNP1|GNPDA|GNPI|GPI|HLN glucosamine-6-phosphate deaminase 1 protein-coding nan 1.282 1.263 1.579 0.824 0.909 2.814 0.830 1.393 0.401 1.096 0.935 0.440 0.290 1.262 0.901 1.456 0.078 1.249 0.868 1.001 0.601 0.522 0.170 1.731 2.532 2.439 0.878 1.577 1.675 1.554 2.972 1.012 2.647 0.544 1.651 0.091 1.397 0.096 1.617 0.295 1.794 1.239 0.684 3.208 1.025 2.387 1.488 1.380 1.413 2.004 1.991 0.901 1.206 6.682 1.731 1.195 0.942 0.152 1.590 0.621 1.477 0.358 0.700 1.126 1.297 1.162 1.075 1.084 1.956 2.554 1.667 1.526 1.971 0.628 2.848 2.906 1.650 2.181 1.818 2.877 1.883 1.626 1.424 1.694 1.153 1.211 1.742 2.887 1.356 0.835 8174 chr3 194255953 194262120 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -45961 NR_047574 100507297 Hs.586059 NR_047573 TMEM44-AS1 - TMEM44 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.734 0.548 3.158 0.586 0.277 2.948 0.501 0.688 1.018 0.467 0.846 2.281 0.817 0.305 0.235 1.595 0.649 0.809 0.370 0.122 0.045 1.094 0.671 0.329 5.979 5.853 0.120 0.660 0.376 0.237 nan 0.162 nan 0.142 0.234 0.200 0.069 0.091 0.153 0.130 2.274 1.567 0.961 3.144 1.462 2.135 0.210 1.109 1.702 0.307 0.807 0.235 1.306 2.323 0.329 0.060 0.270 0.163 0.342 0.149 0.886 0.048 0.081 0.185 0.374 0.198 0.356 0.432 0.422 0.609 0.484 0.467 2.319 0.726 0.730 0.795 0.507 0.964 2.657 2.124 0.816 0.214 0.217 0.367 1.053 0.624 0.321 0.421 1.372 0.889 3999 chr15 63654644 63675152 + 0 NA intron (NM_206925, intron 2 of 9) intron (NM_206925, intron 2 of 9) 9411 NM_001293642 771 Hs.210995 NM_001218 ENSG00000074410 CA12 CA-XII|CAXII|HsT18816|T18816 carbonic anhydrase 12 protein-coding 0.939 0.842 nan 0.373 0.180 0.073 0.443 0.164 0.290 0.014 0.452 2.301 0.021 0.025 0.039 0.188 0.523 0.210 0.232 0.195 0.102 0.081 0.153 0.181 0.268 1.843 1.430 0.062 0.096 0.118 0.123 0.761 0.277 0.612 0.393 1.140 0.051 0.175 0.063 0.370 0.047 0.162 0.080 0.075 0.363 0.052 0.216 3.082 4.222 0.107 1.447 5.197 0.188 0.158 0.104 0.268 0.677 0.157 0.272 0.198 0.124 0.970 0.065 0.359 0.341 0.034 0.025 0.364 0.467 0.321 0.461 0.459 0.357 nan 0.263 0.198 0.236 0.676 1.164 0.791 0.733 0.833 0.503 0.302 0.388 0.343 0.468 0.678 1.762 0.527 0.351 4327 chr16 30698494 30711855 + 0 NA Intergenic Intergenic 4636 NM_001256932 730183 Hs.535456 NM_001256932 ENSG00000261840 LOC730183 - uncharacterized LOC730183 protein-coding 2.130 1.438 1.878 2.223 2.783 1.694 0.945 1.373 2.416 0.559 2.283 0.801 0.925 2.328 1.164 1.960 1.028 0.163 1.387 0.427 1.680 1.035 0.667 0.285 2.320 0.669 1.119 1.288 1.673 0.348 1.894 2.769 1.475 5.516 0.590 1.648 0.595 1.449 0.080 0.512 0.942 1.840 1.791 0.648 1.541 1.118 2.201 1.154 1.704 2.463 1.308 1.713 1.960 1.681 1.804 2.320 0.732 1.269 0.706 2.016 1.318 1.267 1.901 1.081 0.984 1.121 0.749 2.965 2.665 2.581 3.281 2.980 3.126 3.888 2.795 5.811 6.096 1.570 2.058 4.332 5.540 3.592 3.113 3.189 3.858 2.513 3.190 2.701 2.805 1.703 1.045 11636 chr9 92752199 92782006 + 0 NA Intergenic Intergenic 18715 NR_036253 100422963 NR_036253 ENSG00000263967 MIR4290 - microRNA 4290 ncRNA 0.971 nan 2.460 0.062 2.749 1.412 1.462 0.909 2.018 0.055 0.142 0.162 0.008 0.530 1.742 0.978 0.191 0.059 0.685 0.514 0.032 0.009 0.965 0.486 1.394 1.306 0.784 0.059 0.645 0.085 0.476 1.807 0.746 3.324 0.601 0.325 0.387 0.033 0.071 0.321 0.254 0.117 0.079 0.050 0.314 0.559 0.078 0.141 0.412 0.036 0.628 0.558 0.978 0.480 0.515 1.394 0.222 0.061 0.221 0.060 1.257 0.142 0.348 0.314 0.010 0.021 0.014 0.252 0.398 0.398 nan 2.023 1.912 1.794 0.559 0.170 0.155 0.630 0.819 4.741 4.292 0.414 0.261 0.250 0.496 1.339 1.418 0.364 0.836 2.071 1.084 9487 chr6 20558098 20771305 + 0 NA intron (NM_017774, intron 5 of 15) intron (NM_017774, intron 5 of 15) 130013 NM_017774 54901 Hs.657604 NM_017774 ENSG00000145996 CDKAL1 - CDK5 regulatory subunit associated protein 1 like 1 protein-coding 1.620 1.534 nan 0.293 0.900 3.424 0.070 1.813 3.481 0.018 0.133 0.247 0.037 0.061 1.306 0.419 0.286 0.121 0.150 0.039 0.062 0.033 0.652 0.507 2.150 0.084 0.038 0.016 0.088 0.062 0.227 0.498 0.486 nan 0.065 0.059 0.818 0.080 0.104 0.032 0.580 0.099 0.027 0.023 0.049 0.064 0.157 0.065 0.191 0.112 0.133 0.144 0.419 0.111 0.088 2.150 0.057 0.064 0.276 0.040 0.091 0.094 0.166 2.150 0.035 0.015 0.011 0.718 0.445 4.628 nan 0.813 1.059 nan 0.753 2.553 2.641 4.844 5.275 1.823 1.654 3.717 3.328 0.321 0.561 2.392 3.455 1.806 4.553 0.612 0.455 6079 chr2 46292744 46311391 + 0 NA intron (NM_005400, intron 10 of 14) intron (NM_005400, intron 10 of 14) -222474 NM_001430 2034 Hs.468410 NM_001430 ENSG00000116016 EPAS1 ECYT4|HIF2A|HLF|MOP2|PASD2|bHLHe73 endothelial PAS domain protein 1 protein-coding 0.878 nan 0.712 0.497 0.123 0.031 1.081 0.077 0.280 0.734 2.557 1.217 0.013 0.060 0.133 0.193 2.167 0.225 0.692 0.294 1.796 0.008 0.110 0.143 0.019 1.208 0.726 1.819 0.158 0.261 0.229 nan 0.116 0.299 0.676 0.377 0.047 0.030 0.115 1.314 0.034 1.186 2.599 1.090 0.364 0.353 1.389 4.999 0.847 0.382 1.263 0.917 0.193 0.251 0.377 0.019 0.393 0.759 0.057 2.313 0.093 0.758 0.101 0.161 2.863 3.267 2.559 0.312 0.302 0.407 0.461 nan 0.376 0.311 0.156 0.530 0.395 0.366 0.544 0.240 0.328 0.431 0.275 0.241 0.353 0.043 0.056 0.280 nan nan 0.481 7650 chr3 68183170 68216166 + 0 NA intron (NM_001252216, intron 2 of 4) intron (NM_001252216, intron 2 of 4) 146309 NM_213609 407738 Hs.655061 NM_213609 ENSG00000183662 FAM19A1 TAFA-1|TAFA1 family with sequence similarity 19 member A1, C-C motif chemokine like protein-coding 0.480 nan 0.482 0.040 0.067 0.010 0.026 1.467 3.378 0.009 0.066 0.020 0.011 0.024 0.060 0.128 0.041 0.029 0.038 0.013 0.012 0.004 0.318 0.289 0.182 0.004 0.011 0.002 0.060 0.019 0.035 0.040 0.039 0.149 0.013 0.066 0.045 0.033 0.093 0.011 0.282 0.052 0.018 0.019 0.010 0.030 0.056 0.118 0.032 0.024 0.026 0.020 0.128 0.037 0.018 0.182 0.027 0.003 0.019 0.022 0.022 0.066 0.017 0.018 0.012 0.006 0.167 0.096 0.325 0.370 0.384 0.421 2.408 0.745 0.126 0.115 0.305 0.493 0.184 0.148 0.303 0.149 0.135 0.181 0.271 0.201 0.103 nan 1.770 0.839 7313 chr22 20848512 20852500 + 0 NA promoter-TSS (NM_032775) promoter-TSS (NM_032775) -336 NM_032775 84861 Hs.517419 NM_032775 ENSG00000099910 KLHL22 KELCHL kelch like family member 22 protein-coding 4.821 nan 4.002 5.310 2.530 2.659 0.821 2.776 4.578 1.702 9.358 1.501 10.300 1.071 3.084 5.430 3.621 0.404 5.150 0.954 4.202 1.987 1.722 0.608 6.388 1.538 1.902 5.199 6.105 1.796 4.663 7.836 5.174 7.876 1.028 3.010 0.955 4.294 0.137 0.744 1.178 5.402 4.064 2.014 1.450 1.252 1.995 2.919 3.143 5.042 3.660 2.083 5.430 6.584 2.765 6.388 1.287 2.738 0.953 5.164 3.549 1.974 0.843 1.474 1.219 1.473 0.853 3.633 4.400 8.637 11.482 7.376 6.246 6.145 2.140 9.105 9.443 5.954 8.402 5.555 9.057 4.956 5.314 1.678 2.702 3.528 3.119 3.680 4.631 6.516 2.705 8320 chr4 38598368 38628352 + 0 NA TTS (NR_026804) TTS (NR_026804) 47736 NR_146991 105374411 NR_146991 LINC02278 - long intergenic non-protein coding RNA 2278 ncRNA 0.655 1.102 0.546 0.226 0.528 0.243 0.563 0.646 1.240 0.019 0.094 0.179 0.233 0.183 0.709 0.406 0.165 0.102 0.419 0.297 0.044 0.019 0.114 0.195 0.822 0.399 0.190 0.054 0.314 0.201 2.407 7.517 1.717 0.561 0.536 0.190 0.061 0.054 0.104 0.098 0.151 0.141 0.052 0.031 0.398 0.189 0.636 0.185 0.593 0.090 0.319 1.014 0.406 0.376 0.327 0.822 0.663 0.538 0.048 0.095 0.071 0.140 0.069 0.041 0.044 0.042 0.018 0.322 0.254 0.233 0.397 0.357 0.438 0.220 0.086 0.152 0.105 0.585 0.852 1.524 1.087 0.371 0.191 0.197 0.293 0.288 0.370 0.113 0.136 0.876 0.781 3201 chr13 72175844 72199581 + 0 NA intron (NM_080759, intron 4 of 11) L2b|LINE|L2 253618 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.230 0.863 0.034 0.171 0.108 0.039 1.047 2.508 0.004 0.071 0.054 0.005 0.209 0.438 1.924 0.057 0.068 0.018 0.008 0.013 0.159 0.487 0.271 0.704 0.012 0.012 0.009 0.046 0.018 0.099 0.084 0.021 0.613 0.049 0.033 0.393 0.018 0.064 0.015 1.708 0.058 0.005 0.010 0.032 0.010 0.061 0.030 0.014 0.021 0.037 0.014 1.924 0.021 0.023 0.704 0.005 0.031 0.390 0.007 0.051 0.010 0.144 0.444 0.022 0.004 0.712 0.645 0.203 0.391 1.591 1.819 nan 1.213 0.144 0.155 1.116 1.082 0.414 0.453 nan 2.155 0.271 0.501 1.280 2.433 0.890 nan 0.252 0.187 11064 chr8 76314880 76334812 + 0 NA intron (NM_001330561, intron 1 of 11) intron (NM_001330561, intron 1 of 11) 4941 NM_001330561 3174 Hs.241529 NM_004133 ENSG00000164749 HNF4G NR2A2|NR2A3 hepatocyte nuclear factor 4 gamma protein-coding 1.952 0.781 0.960 0.966 0.225 0.020 0.895 0.933 1.875 0.019 0.221 0.677 0.480 0.753 0.286 0.390 0.820 0.080 0.437 0.295 0.548 4.584 0.738 0.433 0.217 1.080 1.188 0.506 1.483 1.089 0.452 1.325 0.089 0.621 0.374 0.313 0.808 0.416 0.098 0.380 0.044 0.227 0.667 0.329 0.772 3.272 0.111 1.265 1.250 1.005 0.623 0.194 0.390 0.502 0.028 0.217 0.393 0.186 0.019 0.241 0.531 0.079 1.733 0.093 0.065 0.038 0.023 0.667 0.444 2.784 3.583 1.085 1.000 0.672 0.236 1.649 1.560 1.128 1.345 1.066 1.625 0.718 0.570 1.812 2.598 3.849 2.890 0.346 0.484 1.473 1.297 3257 chr13 95120197 95160127 + 0 NA intron (NM_001322185, intron 1 of 7) intron (NM_001322185, intron 1 of 7) -8226 NM_001922 1638 Hs.301865 NM_001922 ENSG00000080166 DCT TRP-2|TYRP2 dopachrome tautomerase protein-coding 1.609 1.336 1.470 0.021 0.066 0.245 0.055 0.158 0.286 0.010 0.086 0.027 0.011 0.022 0.125 0.329 0.084 0.068 0.133 0.028 0.006 0.007 0.106 0.091 0.156 0.028 0.014 0.015 0.051 0.032 0.064 0.152 0.057 0.479 0.022 0.039 0.024 0.024 0.073 0.012 0.135 0.172 0.021 0.035 0.019 0.033 0.078 0.108 0.045 0.034 0.042 0.038 0.329 0.119 0.016 0.156 0.018 0.044 0.235 0.029 0.079 0.020 0.082 2.590 0.032 0.020 0.008 0.500 0.317 0.206 0.267 0.365 0.441 0.678 0.287 0.118 0.102 0.401 0.568 0.349 0.328 1.097 1.148 0.201 0.339 0.218 0.211 3.311 7.793 0.343 0.252 11694 chr9 110028291 110050981 + 0 NA Intergenic Intergenic -5881 NM_002874 5887 Hs.521640 NM_002874 ENSG00000119318 RAD23B HHR23B|HR23B|P58 RAD23 homolog B, nucleotide excision repair protein protein-coding 1.584 1.535 nan 0.962 1.806 0.351 1.449 0.848 1.412 1.160 1.380 0.565 1.594 0.281 0.646 1.024 1.497 0.327 2.028 0.609 0.645 0.414 0.738 0.403 1.223 0.637 0.623 1.434 2.600 0.425 1.678 nan 1.779 2.205 0.561 1.371 0.408 0.825 0.085 0.405 0.776 2.010 1.246 0.556 0.438 0.914 2.830 0.977 1.193 1.482 0.504 1.469 1.024 2.869 0.649 1.223 0.422 0.978 0.303 1.008 0.554 0.968 0.305 0.567 0.495 1.328 0.740 0.761 0.710 1.829 2.799 2.106 1.953 1.425 0.649 2.997 3.168 0.671 0.953 2.097 nan 3.442 3.302 0.440 1.030 1.526 1.610 1.965 1.758 nan 0.661 6572 chr2 200167115 200177852 + 0 NA intron (NM_001172509, intron 10 of 10) intron (NM_001172509, intron 10 of 10) 150336 NR_134967 23314 Hs.516617 NM_015265 ENSG00000119042 SATB2 GLSS SATB homeobox 2 protein-coding 0.900 nan 0.887 0.061 1.692 0.069 0.252 2.150 4.464 0.215 0.358 0.029 0.055 1.795 1.524 0.136 0.149 0.129 0.036 0.017 0.039 0.762 0.545 3.885 0.065 0.020 0.028 0.100 0.030 0.070 0.103 0.080 1.807 0.055 0.135 0.265 0.082 0.599 1.018 0.403 0.162 0.058 0.253 0.079 0.062 2.301 0.061 0.226 0.022 0.031 1.524 0.145 0.155 3.885 0.011 0.038 0.358 0.030 1.716 0.140 0.425 0.439 0.148 1.211 1.014 1.017 0.900 0.283 0.361 8.228 7.764 1.979 0.455 0.408 0.510 1.149 1.445 4.325 5.052 1.173 1.354 0.451 0.694 0.925 1.256 1.076 2.628 1.889 0.935 5303 chr18 43912845 43925034 + 0 NA intron (NM_001256758, intron 1 of 5) intron (NM_001256758, intron 1 of 5) 4752 NM_001256758 494470 Hs.501114 NM_152470 ENSG00000141622 RNF165 ARKL2|RNF111L2 ring finger protein 165 protein-coding nan 1.471 2.765 0.383 1.342 2.205 0.219 0.894 1.367 0.220 1.332 0.681 0.082 0.058 2.143 3.400 0.243 0.035 0.078 0.047 0.160 0.988 0.703 2.465 0.664 0.709 0.234 0.342 0.284 0.659 1.118 0.405 2.825 0.036 0.044 0.511 0.278 0.072 0.077 1.711 0.245 0.218 0.141 1.067 0.068 1.537 0.098 0.173 0.047 0.032 0.601 3.400 0.100 0.031 2.465 0.290 0.014 0.859 0.401 0.042 0.166 0.456 1.700 0.627 0.008 2.513 3.118 0.461 0.647 6.793 5.955 3.734 1.278 0.643 0.730 1.454 2.086 1.889 2.521 3.237 4.057 0.861 1.658 1.981 1.463 3.695 nan 3.611 2.273 9432 chr6 11597314 11604561 + 0 NA Intergenic Intergenic 62477 NM_001100829 100113407 Hs.146317 NM_001100829 ENSG00000205269 TMEM170B - transmembrane protein 170B protein-coding 0.674 nan 0.531 0.120 0.109 0.020 0.131 0.212 0.134 0.094 0.540 0.316 0.077 0.344 0.154 0.204 0.145 0.236 0.155 0.019 0.070 0.054 0.083 0.067 0.019 0.010 0.055 0.425 0.113 0.528 0.177 0.126 0.137 0.067 0.032 0.053 0.074 0.016 0.054 0.156 0.091 0.032 0.060 6.246 0.593 0.125 0.367 0.068 0.043 1.103 0.344 0.217 0.026 0.083 0.609 0.358 0.026 0.070 0.014 0.021 0.055 0.085 0.031 0.024 0.408 0.300 0.191 0.463 0.342 0.343 0.142 0.017 0.274 0.273 0.214 0.437 0.062 0.111 0.413 0.246 0.110 0.183 0.064 0.104 0.154 0.329 0.535 0.515 7306 chr22 19860450 19874043 + 0 NA intron (NM_006440, intron 14 of 17) intron (NM_006440, intron 14 of 17) -24784 NM_053004 54584 Hs.105642 NM_053004 ENSG00000185838 GNB1L DGCRK3|FKSG1|GY2|WDR14|WDVCF G protein subunit beta 1 like protein-coding 0.822 nan 0.967 1.056 0.175 1.320 0.619 0.215 0.623 0.394 1.911 1.131 2.244 0.081 0.103 0.301 0.269 0.117 0.578 0.252 2.520 0.020 0.403 0.144 0.466 0.072 0.026 8.657 0.159 0.442 0.184 nan 0.429 0.407 0.526 1.882 0.035 2.346 0.100 0.252 0.036 2.417 3.565 1.200 0.102 0.372 0.163 2.288 1.120 0.636 0.041 0.200 0.301 1.989 1.083 0.466 0.171 0.925 0.135 3.625 0.068 1.431 0.072 0.117 1.298 2.491 1.566 0.651 0.902 0.667 2.219 0.830 0.777 0.412 0.175 0.669 0.615 0.247 0.650 0.582 0.814 0.448 0.352 0.287 0.415 0.210 0.186 0.331 0.362 1.494 0.839 3621 chr14 62160360 62185830 + 0 NA intron (NM_001243084, intron 1 of 14) intron (NM_001243084, intron 1 of 14) 8755 NM_001243084 3091 Hs.597216 NM_001530 ENSG00000100644 HIF1A HIF-1-alpha|HIF-1A|HIF-1alpha|HIF1|HIF1-ALPHA|MOP1|PASD8|bHLHe78 hypoxia inducible factor 1 subunit alpha protein-coding nan nan 1.618 3.453 1.761 0.693 0.996 0.503 0.980 0.373 1.738 0.883 0.580 0.319 1.278 1.033 1.549 0.316 2.417 0.433 1.750 0.353 0.449 0.238 1.066 2.034 1.729 0.206 1.485 0.921 1.325 1.872 2.293 2.022 1.053 0.895 0.269 0.809 0.142 1.047 0.807 0.855 0.868 0.429 1.875 0.704 2.338 1.162 0.958 0.696 1.572 2.756 1.033 1.604 1.660 1.066 1.170 0.350 0.256 0.968 0.439 1.825 0.544 0.638 2.320 0.384 0.287 0.920 0.994 1.330 1.846 1.865 1.832 1.281 0.524 nan 2.842 0.945 1.264 1.723 nan 2.890 2.814 0.712 1.693 1.121 1.190 1.313 1.586 0.972 0.688 10257 chr7 26879033 26905532 + 0 NA intron (NM_001303468, intron 3 of 12) intron (NM_001303468, intron 3 of 12) 5060 NM_001303468 8935 Hs.200770 NM_003930 ENSG00000005020 SKAP2 PRAP|RA70|SAPS|SCAP2|SKAP-HOM|SKAP55R src kinase associated phosphoprotein 2 protein-coding 2.399 1.592 1.796 0.795 0.631 0.325 0.457 0.431 0.752 0.328 0.243 0.506 0.468 0.280 1.053 0.243 0.280 0.127 0.487 0.193 0.499 1.297 0.499 0.313 0.673 0.660 0.572 0.103 1.401 0.329 0.995 1.356 0.873 1.670 0.395 1.834 1.589 0.581 0.180 0.311 0.425 0.266 0.189 0.097 0.289 0.562 1.244 0.518 0.375 0.275 0.264 0.464 0.243 0.326 0.442 0.673 0.507 0.432 0.151 0.329 0.349 0.794 0.514 0.070 0.255 0.220 0.165 4.389 3.812 4.861 nan 1.652 1.468 1.626 0.696 2.065 2.205 1.982 2.336 1.810 2.439 0.802 0.634 0.907 1.291 5.466 6.036 0.314 nan 1.083 0.661 8278 chr4 15677116 15698688 + 0 NA 5' UTR (NM_001145191, exon 2 of 2) 5' UTR (NM_001145191, exon 2 of 2) 4550 NM_001145191 285550 Hs.399980 NM_001145191 ENSG00000237765 FAM200B C4orf53 family with sequence similarity 200 member B protein-coding nan nan nan 1.453 1.670 0.383 2.047 0.341 0.521 0.642 1.835 1.188 0.296 0.244 0.830 0.884 0.987 0.178 2.806 1.381 1.241 0.218 0.870 0.491 1.308 0.646 0.465 0.417 1.399 0.870 1.102 2.649 0.990 1.681 1.824 2.069 0.098 0.568 0.102 0.774 0.605 5.068 3.350 1.533 0.852 0.955 1.324 2.300 0.953 2.078 0.644 1.152 0.884 3.088 1.297 1.308 1.017 0.414 0.150 0.948 0.281 1.398 0.395 0.876 1.566 1.316 1.095 1.644 1.568 3.388 5.529 1.682 1.857 1.922 0.837 2.700 2.780 1.409 1.698 1.420 1.960 2.104 1.591 0.758 1.262 0.778 0.884 1.202 2.362 nan 0.775 11454 chr9 13548943 13571569 + 0 NA Intergenic Intergenic -128928 NR_033863 401492 Hs.632651 NR_033863 ENSG00000270547 LINC01235 - long intergenic non-protein coding RNA 1235 ncRNA nan nan 1.191 0.030 1.741 1.004 0.046 0.276 0.454 0.046 0.106 0.003 0.022 0.054 0.315 0.389 0.142 0.061 0.025 0.006 0.055 2.427 1.504 1.923 0.012 0.010 0.010 0.024 0.005 0.035 0.120 0.063 13.630 0.019 0.056 0.261 0.048 0.071 0.005 0.063 0.041 0.016 0.028 0.014 0.023 0.068 0.079 0.061 0.105 0.052 0.027 0.315 0.050 0.057 1.923 0.005 0.040 0.039 0.028 1.331 0.010 0.070 0.033 0.020 0.036 0.014 0.255 0.127 0.498 0.429 1.424 1.294 1.629 0.457 0.123 0.125 15.697 16.361 0.627 0.555 0.405 0.236 0.116 0.241 2.842 2.437 0.202 0.351 5.625 2.887 2726 chr12 58326870 58338999 + 0 NA Intergenic L1PB4|LINE|L1 -2353 NM_001320409 91419 Hs.61188 NM_033276 ENSG00000166896 ATP23 KUB3|XRCC6BP1 ATP23 metallopeptidase and ATP synthase assembly factor homolog protein-coding nan 1.724 1.498 1.237 1.842 0.650 0.441 0.860 1.473 0.284 0.944 1.599 0.328 0.437 2.298 0.928 0.765 0.160 0.826 0.390 0.862 0.547 0.929 0.573 1.206 0.827 0.620 0.565 1.055 0.380 0.929 1.833 0.893 3.759 0.638 0.730 0.291 0.956 0.103 0.565 0.558 1.130 0.717 0.371 0.441 0.223 0.875 1.047 1.121 1.899 0.689 0.822 0.928 0.841 13.492 1.206 0.544 0.557 0.420 1.600 1.085 0.950 0.809 0.450 0.497 0.855 0.468 nan 2.934 1.311 1.875 2.645 nan 4.126 1.621 2.631 2.866 1.668 nan 2.877 nan 2.101 1.360 1.198 1.243 1.698 1.783 1.688 2.377 2.726 1.410 11587 chr9 75281149 75298624 + 0 NA intron (NM_138691, intron 5 of 23) intron (NM_138691, intron 5 of 23) 153169 NM_138691 117531 Hs.670211 NM_138691 ENSG00000165091 TMC1 DFNA36|DFNB11|DFNB7 transmembrane channel like 1 protein-coding nan nan nan 0.881 0.086 0.070 0.104 0.341 0.633 0.028 0.062 0.048 0.025 0.023 0.447 0.371 0.090 0.083 0.126 0.065 0.021 0.032 0.529 0.468 0.986 0.055 0.021 0.034 0.117 0.061 0.093 0.312 0.092 0.251 0.155 0.138 0.976 0.087 0.069 0.007 0.036 0.069 0.014 0.009 0.382 0.016 0.204 0.111 0.121 0.049 0.018 0.246 0.371 0.073 0.026 0.986 0.147 0.066 0.017 0.023 0.151 0.040 0.040 0.079 0.009 0.013 0.006 0.273 0.258 0.837 nan 1.351 nan 0.106 0.048 0.262 0.169 0.121 0.195 0.393 0.467 0.175 0.095 0.181 0.178 3.431 3.952 0.245 0.428 2.391 1.430 9442 chr6 12986640 13016040 + 0 NA intron (NM_001322312, intron 1 of 11) intron (NM_001322312, intron 1 of 11) -12548 NM_001322314 221692 Hs.436996 NM_030948 ENSG00000112137 PHACTR1 RPEL|RPEL1|dJ257A7.2 phosphatase and actin regulator 1 protein-coding 0.949 nan 0.646 0.035 0.553 0.023 0.022 0.223 0.361 0.060 0.072 0.083 0.061 0.410 0.283 0.104 0.131 0.040 0.006 0.028 0.014 0.391 0.226 0.341 0.015 0.017 0.007 0.037 0.004 0.086 0.066 0.152 0.318 0.020 0.081 0.042 0.022 0.112 0.012 0.312 0.088 0.037 0.011 0.033 0.030 0.082 0.081 0.028 0.044 0.065 0.030 0.283 0.046 0.022 0.341 0.066 0.034 0.066 0.096 0.045 0.022 0.231 0.046 0.026 0.012 0.004 0.835 0.752 0.570 0.572 0.851 0.803 5.702 2.610 0.645 0.664 0.499 0.636 0.037 0.063 0.495 0.266 0.449 0.570 0.254 0.231 0.210 0.342 1.361 0.774 7193 chr21 36162597 36189811 + 0 NA intron (NM_001001890, intron 4 of 5) intron (NM_001001890, intron 4 of 5) 58082 NR_038885 100506385 Hs.120179 NR_038885 ENSG00000234380 LINC01426 lincRNA-uc002yug.2 long intergenic non-protein coding RNA 1426 ncRNA 0.900 0.571 1.074 0.499 0.363 0.102 1.616 0.292 0.480 0.854 1.453 1.098 0.256 0.055 0.421 0.454 0.353 0.059 1.673 0.708 0.590 0.010 0.133 0.103 1.686 1.520 1.173 0.311 1.474 0.813 3.648 5.765 0.591 0.703 0.978 0.762 0.017 0.028 0.075 1.076 0.181 0.942 0.596 0.200 1.552 0.204 0.935 2.006 0.643 0.916 1.186 1.951 0.454 1.374 0.405 1.686 2.073 0.464 0.218 0.397 0.275 0.597 1.134 0.145 1.230 0.751 0.656 0.832 1.639 1.240 2.582 0.991 1.143 0.447 0.211 1.153 1.150 0.149 0.260 1.292 1.346 0.438 0.222 2.403 1.781 0.257 0.461 0.313 0.518 nan 0.621 441 chr1 66861117 66880103 + 0 NA Intergenic MER102b|DNA|hAT-Charlie 50549 NM_001297442 5142 Hs.198072 NM_002600 ENSG00000184588 PDE4B DPDE4|PDEIVB phosphodiesterase 4B protein-coding 1.486 0.952 nan 0.058 0.097 0.079 0.068 0.152 0.369 0.020 0.189 0.126 0.010 0.079 0.206 0.108 0.257 0.127 0.089 0.050 0.073 0.044 0.090 0.091 0.089 0.066 0.008 0.034 0.040 0.011 0.080 0.188 0.064 0.470 0.031 0.134 0.036 0.017 0.122 0.013 0.075 0.164 0.031 0.012 0.025 0.057 0.072 0.147 0.214 0.071 0.051 0.115 0.108 0.083 0.019 0.089 0.064 0.217 0.090 0.155 0.096 0.033 0.058 1.838 0.092 0.012 0.019 0.389 0.412 0.261 0.370 0.362 0.433 0.136 0.092 0.222 0.215 nan nan 0.304 nan 0.957 1.495 0.167 0.266 0.043 0.056 1.223 5.050 0.872 0.754 8865 chr5 38527974 38559302 + 0 NA intron (NM_002310, intron 1 of 19) MIR|SINE|MIR 13110 NM_001127671 3977 Hs.133421 NM_002310 ENSG00000113594 LIFR CD118|LIF-R|SJS2|STWS|SWS LIF receptor alpha protein-coding 1.222 2.519 nan 0.214 6.526 2.639 0.813 1.400 2.923 0.069 0.458 1.500 0.074 0.523 3.450 1.232 0.424 0.212 1.732 0.702 0.226 0.137 0.927 0.477 2.641 0.483 0.330 0.199 0.615 0.188 0.951 2.005 1.527 7.539 0.493 0.585 0.044 0.464 0.126 0.408 0.448 0.238 0.267 0.196 0.231 0.384 0.250 0.167 0.557 0.580 0.713 0.373 1.232 1.366 1.955 2.641 0.215 0.167 0.625 1.059 1.763 0.769 0.066 0.082 0.254 0.230 0.148 0.532 0.476 0.440 0.623 2.725 2.924 0.188 0.094 1.351 1.311 0.286 0.510 6.053 7.476 3.378 2.923 0.226 0.418 0.157 0.161 0.273 0.474 3.846 1.909 6182 chr2 70308360 70324296 + 0 NA TTS (NM_006196) TTS (NM_006196) 1743 NM_006196 5093 Hs.2853 NM_006196 ENSG00000169564 PCBP1 HEL-S-85|HNRPE1|HNRPX|hnRNP-E1|hnRNP-X poly(rC) binding protein 1 protein-coding nan nan 5.049 2.465 6.497 5.414 3.950 5.171 8.632 1.839 3.327 2.446 2.383 2.945 5.708 5.318 1.658 0.242 3.789 1.620 5.473 3.521 3.106 1.358 6.241 3.534 4.133 1.864 5.418 2.025 6.247 10.878 4.378 7.972 2.498 4.692 0.924 2.958 0.188 1.959 2.398 4.336 2.460 1.145 3.085 3.119 2.904 4.026 5.209 3.476 2.897 3.880 5.318 5.169 3.634 6.241 2.655 2.729 1.767 5.518 2.900 2.096 3.123 2.520 2.703 2.513 2.617 7.259 5.906 5.921 8.146 9.935 11.035 7.515 6.694 10.617 11.495 4.829 5.570 9.120 11.474 6.618 5.842 6.095 7.985 3.925 4.593 7.487 6.133 nan 1.122 7430 chr22 39673538 39707003 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 19646 NR_000028 116938 NR_000028 ENSG00000209480 SNORD83B RNU83B|U83B small nucleolar RNA, C/D box 83B snoRNA 0.667 nan 0.660 2.749 0.294 0.058 0.641 0.210 0.410 1.209 0.705 0.366 0.022 0.233 0.098 0.538 0.420 0.164 1.346 1.065 0.358 0.079 0.135 0.059 0.354 0.289 0.146 0.296 0.683 0.503 2.082 4.179 0.510 0.563 1.159 0.475 0.026 0.369 0.094 0.283 0.050 2.827 0.613 0.333 0.294 0.488 1.985 0.629 1.007 1.193 0.377 1.208 0.538 2.711 0.867 0.354 0.161 2.138 0.213 1.107 0.267 0.697 0.198 0.096 0.285 0.484 0.273 0.741 1.192 0.883 2.506 0.466 0.466 0.614 0.232 0.282 0.304 0.277 nan 0.962 0.978 nan 0.326 0.352 0.441 0.190 0.215 0.344 0.651 0.414 0.346 7047 chr20 50469312 50538010 + 0 NA Intergenic MER20|DNA|hAT-Charlie -24209 NR_110016 101927678 Hs.683840 NR_110016 ENSG00000227964 LINC01429 - long intergenic non-protein coding RNA 1429 ncRNA 0.761 0.941 0.562 0.226 0.095 0.035 0.098 0.147 0.259 0.337 0.079 0.244 0.830 0.048 0.078 0.132 0.171 0.205 0.205 0.072 0.049 1.324 0.096 0.101 0.153 0.185 0.090 0.236 0.100 0.040 0.288 1.013 0.677 0.378 0.092 0.114 0.028 4.761 0.307 0.021 0.097 0.204 0.055 0.047 0.060 0.101 0.486 0.160 0.408 0.066 0.034 0.146 0.132 0.150 0.048 0.153 0.138 0.160 0.043 0.564 0.067 0.091 0.050 0.070 0.045 0.409 0.357 0.622 nan 0.251 0.442 0.243 0.284 0.748 0.220 0.316 0.338 0.281 0.484 0.248 0.348 0.442 0.228 0.253 0.314 0.140 0.182 0.235 0.575 0.314 0.434 4041 chr15 70432264 70452703 + 0 NA Intergenic Intergenic -52227 NM_001105192 7090 Hs.287362 NM_005078 ENSG00000140332 TLE3 ESG|ESG3|GRG3|HsT18976 transducin like enhancer of split 3 protein-coding 0.866 0.812 0.880 0.078 0.246 0.199 0.487 0.275 0.502 0.038 1.339 3.037 0.151 0.049 0.218 0.426 0.435 0.211 0.290 0.269 0.077 0.034 0.224 0.088 0.398 0.654 0.230 0.083 0.093 0.190 0.233 0.952 0.226 0.825 0.311 2.116 0.061 0.058 0.055 0.229 0.148 0.180 0.166 0.092 0.284 0.067 0.222 0.172 0.516 0.073 0.128 0.399 0.426 0.147 0.104 0.398 0.341 0.081 0.352 0.098 0.238 0.089 0.063 0.174 0.286 0.048 0.015 0.448 0.576 0.456 0.664 0.532 0.592 1.203 0.226 0.165 0.234 0.448 0.649 1.374 1.185 1.340 0.885 0.256 0.338 0.181 0.327 0.437 0.860 0.712 0.500 672 chr1 148232601 148248940 + 0 NA intron (NM_001351372, intron 19 of 29) intron (NM_001351372, intron 19 of 29) -38234 NM_001164261 645142 Hs.730589 NM_001164261 ENSG00000256374 PPIAL4D - peptidylprolyl isomerase A like 4D protein-coding 2.183 nan 1.854 0.795 1.858 1.219 1.272 0.442 0.676 0.492 0.852 1.609 0.448 1.784 2.206 1.300 0.435 0.177 1.510 1.043 1.428 2.622 1.319 0.958 1.521 1.127 1.318 0.870 0.622 0.459 8.101 9.734 1.185 6.711 1.326 1.768 0.456 1.594 0.131 2.225 0.459 1.155 1.661 0.915 1.280 0.777 1.169 1.039 1.550 1.755 1.254 2.429 1.300 1.540 1.854 1.521 1.816 1.698 0.416 2.297 2.558 0.901 1.905 1.299 0.725 0.677 0.374 2.312 2.917 1.216 1.507 2.829 2.344 2.621 1.557 3.610 3.691 0.913 1.115 2.968 3.647 2.407 2.584 4.012 5.412 1.681 1.400 2.524 5.794 0.973 0.702 8575 chr4 145958435 145969855 + 0 NA intron (NM_001256710, intron 4 of 5) intron (NM_001256710, intron 4 of 5) 54389 NM_001318367 10393 Hs.480876 NM_014885 ENSG00000164162 ANAPC10 APC10|DOC1 anaphase promoting complex subunit 10 protein-coding 0.752 0.799 0.640 0.101 0.207 0.010 0.055 0.098 0.240 0.008 0.138 0.187 0.027 0.053 0.054 0.123 0.202 0.028 0.195 0.067 0.034 0.028 0.129 0.080 0.023 0.013 0.006 0.072 0.018 0.035 0.067 0.067 0.202 0.038 0.042 0.008 0.076 0.073 0.052 0.090 0.016 0.026 0.034 0.027 0.007 0.050 0.052 0.078 0.050 0.007 0.023 0.123 0.037 0.065 0.080 0.038 0.022 0.050 0.015 0.055 0.208 1.191 0.033 0.025 0.018 0.407 0.320 6.037 1.678 0.187 0.271 0.164 0.094 0.210 0.192 0.410 0.522 0.237 0.245 0.372 0.242 0.357 0.518 0.100 0.071 0.487 2.219 0.254 0.310 10485 chr7 86568330 86585363 + 0 NA intron (NM_001291991, intron 1 of 20) intron (NM_001291991, intron 1 of 20) 18445 NM_152748 222223 Hs.208093 NM_152748 ENSG00000164659 KIAA1324L EIG121L KIAA1324 like protein-coding 1.119 0.702 0.819 0.051 0.162 0.061 0.055 0.160 0.294 0.011 0.207 0.033 0.011 0.053 0.157 0.193 0.152 0.094 0.159 0.011 0.026 0.019 0.218 0.225 0.056 0.004 0.013 0.009 0.088 0.019 0.124 0.436 0.240 0.294 0.716 0.011 0.128 0.172 0.007 0.213 0.062 0.025 0.014 0.019 0.031 0.146 0.117 0.029 0.062 2.704 0.062 0.193 0.063 0.032 0.056 0.165 0.126 0.038 0.024 0.051 0.104 0.130 0.026 0.031 0.018 0.391 0.414 0.215 0.351 0.369 0.425 0.417 0.181 0.341 0.450 0.717 0.917 0.369 0.351 0.511 0.254 0.190 0.447 0.181 0.184 0.581 nan 1.184 0.929 7644 chr3 64958060 64965680 + 0 NA intron (NR_038264, intron 4 of 5) MIR|SINE|MIR -288505 NM_182920 56999 Hs.656071 NM_182920 ENSG00000163638 ADAMTS9 - ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 9 protein-coding 0.528 nan 0.444 0.323 0.034 0.076 0.075 0.022 0.169 0.478 0.720 0.073 0.016 0.026 0.011 0.033 0.104 0.042 1.346 1.294 0.016 0.074 0.028 3.196 2.775 0.042 0.013 0.131 0.211 0.155 0.050 0.025 0.015 0.110 0.171 0.188 3.855 1.645 0.713 4.739 0.642 0.960 0.484 0.064 0.028 0.041 0.009 0.033 0.777 0.024 0.032 0.011 0.012 0.229 0.053 0.860 0.699 0.144 0.095 0.280 0.160 0.754 2.883 0.218 0.247 0.098 0.061 0.078 0.087 0.129 0.229 0.133 0.223 0.260 0.079 0.083 0.140 0.025 0.054 0.116 nan 0.192 0.322 11744 chr9 117640845 117694853 + 0 NA intron (NM_001244, intron 3 of 3) MER102c|DNA|hAT-Charlie 25026 NM_001244 944 Hs.494901 NM_001244 ENSG00000106952 TNFSF8 CD153|CD30L|CD30LG|TNLG3A TNF superfamily member 8 protein-coding 0.664 1.239 nan 0.112 0.739 2.289 0.638 0.317 0.470 0.170 0.136 0.458 0.266 0.289 0.279 0.234 0.236 0.096 0.402 0.196 0.698 0.008 0.308 0.194 1.886 0.175 0.053 0.030 0.742 0.469 1.373 nan 1.661 1.416 0.292 0.092 0.308 0.024 0.092 0.214 0.177 0.388 1.306 0.640 0.148 0.362 0.086 0.523 0.414 0.243 0.815 0.335 0.234 0.684 0.449 1.886 0.481 0.394 0.292 0.149 0.478 0.343 1.983 0.039 0.144 0.035 0.014 1.181 1.513 0.678 1.755 1.858 2.509 0.896 0.342 0.953 1.019 0.150 0.301 3.555 nan 0.608 0.346 1.465 2.280 0.821 1.120 0.122 0.196 nan 0.785 4257 chr16 15733206 15740218 + 0 NA promoter-TSS (NM_001143979) promoter-TSS (NM_001143979) 311 NM_014647 9665 Hs.173524 NM_014647 ENSG00000166783 MARF1 KIAA0430|LKAP|LMKB|PPP1R34 meiosis regulator and mRNA stability factor 1 protein-coding 2.671 3.138 nan 3.340 5.571 2.128 2.910 2.050 4.122 2.353 3.768 2.714 1.820 2.583 1.752 2.390 2.672 0.233 2.144 1.057 4.146 1.204 1.902 0.962 3.305 2.511 2.891 1.376 3.346 1.026 7.358 10.708 4.935 11.219 1.646 4.916 1.263 4.287 0.223 1.217 1.516 3.432 1.739 0.611 1.775 2.081 2.571 2.582 3.780 1.773 3.335 3.985 2.390 2.236 5.926 3.305 1.328 1.680 1.222 2.449 1.129 2.920 1.926 1.389 1.554 1.437 1.058 3.017 2.781 2.006 2.822 4.175 3.794 8.204 3.720 6.355 7.204 2.766 3.715 10.257 15.666 nan 4.762 2.217 3.209 4.636 6.895 2.392 3.757 3.130 1.232 11239 chr8 120213227 120229419 + 0 NA intron (NM_052886, intron 2 of 4) intron (NM_052886, intron 2 of 4) 713 NM_052886 114569 Hs.201083 NM_052886 ENSG00000147676 MAL2 - mal, T cell differentiation protein 2 (gene/pseudogene) protein-coding nan nan nan 3.230 2.368 0.772 3.969 0.630 1.162 1.258 0.227 0.063 0.645 0.625 1.429 0.072 0.141 0.100 2.442 1.361 0.020 0.037 0.552 0.226 1.191 1.186 0.728 0.009 5.700 4.505 3.587 5.474 4.840 nan 2.105 0.073 0.176 0.020 0.054 0.073 0.629 0.096 0.059 0.048 4.432 2.031 3.718 0.129 0.096 0.079 0.821 2.974 0.072 5.494 0.057 1.191 1.577 2.585 0.161 0.183 0.144 0.054 0.442 0.061 0.141 0.018 0.015 0.325 0.172 1.336 1.794 2.526 2.448 3.153 1.207 nan nan 0.249 0.381 1.655 2.239 0.743 0.659 1.142 1.918 1.419 1.359 0.133 0.260 1.138 0.929 3806 chr14 100929728 100971360 + 0 NA intron (NM_001350948, intron 4 of 6) intron (NM_001350948, intron 4 of 6) 83863 NM_001159531 57596 Hs.211751 NM_020836 ENSG00000183092 BEGAIN - brain enriched guanylate kinase associated protein-coding 1.683 2.263 1.137 0.322 0.472 5.236 0.483 1.310 2.677 0.278 0.094 0.553 0.016 0.907 1.711 5.629 0.477 0.131 0.266 0.118 0.065 0.027 0.629 0.353 1.091 1.527 1.157 0.037 0.058 0.078 0.104 0.402 0.194 7.169 0.689 0.399 0.321 0.068 0.107 0.277 1.847 1.551 0.117 0.034 0.152 0.155 0.127 0.161 0.211 0.414 1.748 0.887 5.629 0.071 0.749 1.091 0.111 0.356 1.110 0.354 1.495 1.361 0.224 0.107 0.617 0.216 0.158 0.331 0.295 0.217 0.599 2.513 2.671 2.786 0.615 0.110 0.094 0.868 1.320 4.353 3.726 1.172 1.021 0.273 0.464 1.493 2.116 0.356 0.502 3.187 1.643 3689 chr14 74249103 74255662 + 0 NA intron (NM_001043318, intron 1 of 11) intron (NM_001043318, intron 1 of 11) 1579 NM_001043318 91748 Hs.594157 NM_194278 ENSG00000156030 ELMSAN1 C14orf117|C14orf43|LSR68|MIDEAS|c14_5541 ELM2 and Myb/SANT domain containing 1 protein-coding 3.143 1.543 2.101 1.999 0.512 0.794 3.341 0.342 0.685 2.538 3.670 2.788 0.564 0.290 0.169 1.341 4.428 0.270 1.884 0.721 5.589 1.188 0.453 0.215 1.001 7.207 8.667 1.861 6.795 2.135 4.160 8.006 3.846 1.235 1.537 6.962 0.014 3.468 0.153 1.961 1.053 4.779 3.208 1.746 2.616 2.282 4.109 4.159 5.749 4.688 5.306 6.769 1.341 1.977 4.674 1.001 2.745 2.892 0.134 4.376 1.489 6.160 1.732 0.583 7.023 1.563 0.883 1.617 2.659 2.996 5.425 2.228 2.612 0.850 0.323 4.625 4.293 1.548 2.471 1.515 nan 2.644 2.539 2.277 5.128 0.297 0.246 1.598 1.855 0.687 nan 5858 chr2 3351922 3373797 + 0 NA intron (NM_003310, intron 1 of 8) L2c|LINE|L2 18844 NM_003310 7260 Hs.502770 NM_003310 ENSG00000032389 EIPR1 EIPR-1|TSSC1 EARP complex and GARP complex interacting protein 1 protein-coding 0.860 0.686 0.805 0.082 0.545 1.328 0.750 0.157 0.306 0.022 0.448 0.138 0.008 0.102 3.625 0.175 0.093 0.066 0.502 0.224 0.050 0.070 0.172 0.154 0.775 0.379 0.254 0.091 0.614 0.026 0.928 1.593 0.443 1.119 0.527 0.657 0.031 0.095 0.129 0.116 0.141 0.211 0.088 0.065 0.045 0.259 0.396 0.210 0.249 0.223 0.487 0.448 0.175 0.496 0.162 0.775 0.274 0.057 0.153 0.063 0.526 0.445 0.104 0.435 0.031 0.018 0.014 0.385 0.423 0.351 0.449 1.377 1.353 1.979 0.530 0.517 0.492 0.397 0.694 1.728 1.934 0.657 0.479 0.341 0.506 0.194 0.245 0.720 1.799 0.559 0.529 5391 chr18 59846138 59857380 + 0 NA intron (NM_012327, intron 1 of 29) intron (NM_012327, intron 1 of 29) 2530 NM_012327 23556 Hs.157031 NM_012327 ENSG00000197563 PIGN MCAHS|MCAHS1|MCD4|MDC4|PIG-N phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class N protein-coding nan 1.720 2.035 1.667 1.602 0.669 0.500 0.777 1.168 0.299 1.101 0.354 0.214 0.595 0.798 1.440 0.433 0.085 0.549 0.186 0.184 0.417 0.880 0.441 1.521 0.350 0.251 0.407 0.362 0.350 0.629 0.927 0.782 3.202 0.235 0.542 0.449 0.596 0.079 0.242 0.666 0.779 0.348 0.226 0.748 0.285 2.248 0.391 0.702 0.954 0.460 0.620 1.440 0.679 0.608 1.521 0.325 0.155 0.258 1.172 0.633 0.589 0.289 0.569 0.440 0.143 0.100 2.049 2.056 2.184 2.863 3.762 3.018 6.202 2.001 6.101 6.397 0.987 1.311 3.616 5.011 2.258 2.764 0.904 2.049 2.336 2.364 1.834 2.082 nan 2.054 751 chr1 154389421 154401168 + 0 NA intron (NM_000565, intron 1 of 9) intron (NM_000565, intron 1 of 9) -16254 NR_147855 101928101 Hs.617089 NR_147855 ENSG00000228013 IL6R-AS1 - IL6R antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.345 1.326 0.381 0.038 2.666 0.178 0.264 0.608 0.330 2.699 0.015 1.010 0.122 1.460 1.083 0.219 2.042 1.916 3.523 0.040 1.000 0.377 0.160 2.461 1.742 0.125 1.260 1.169 1.063 3.135 2.490 1.286 1.429 1.364 0.047 0.110 0.107 1.297 0.081 0.188 0.189 0.213 1.559 2.345 0.345 0.280 2.417 0.281 8.363 2.304 1.460 2.334 1.977 0.160 0.780 0.712 0.313 0.462 3.388 2.104 0.219 0.053 0.209 0.054 0.020 0.675 1.003 0.783 1.151 0.600 nan 0.658 0.178 0.903 0.853 1.658 2.241 2.032 2.392 0.405 0.245 0.767 0.700 0.459 0.492 0.185 0.349 3.043 1.367 1746 chr11 993784 1014970 + 0 NA intron (NM_012305, intron 16 of 21) AluSz|SINE|Alu 32329 NM_005961 4588 Hs.528432 NM_005961 ENSG00000184956 MUC6 MUC-6 mucin 6, oligomeric mucus/gel-forming protein-coding 1.179 0.706 1.214 0.049 0.484 0.466 0.127 0.212 0.427 0.018 0.207 0.057 0.009 0.043 0.926 0.386 0.102 0.068 0.086 0.027 0.027 0.035 0.695 0.505 0.356 0.040 0.024 0.098 0.058 0.009 0.125 0.220 0.082 0.480 0.027 0.106 0.103 0.062 0.063 0.005 0.060 0.139 0.060 0.019 0.015 0.047 0.086 0.156 0.270 0.077 0.017 0.097 0.386 0.185 0.053 0.356 0.035 0.054 0.083 0.099 0.828 0.049 0.089 0.030 0.039 0.016 0.012 1.544 3.876 0.278 0.404 0.932 0.918 0.972 0.272 0.600 0.573 0.333 0.516 4.339 4.682 0.931 0.876 0.395 0.530 0.298 0.299 0.187 0.297 0.816 0.641 11853 chr9 138795615 138801262 + 0 NA intron (NM_015447, intron 1 of 16) intron (NM_015447, intron 1 of 16) 567 NM_015447 157922 Hs.522493 NM_015447 ENSG00000130559 CAMSAP1 - calmodulin regulated spectrin associated protein 1 protein-coding nan 2.009 2.444 2.864 3.462 1.939 2.304 1.082 2.026 1.013 2.462 1.612 0.198 0.416 1.457 2.335 1.232 0.200 4.057 1.250 0.478 0.884 1.003 0.469 3.595 2.076 2.093 2.309 5.310 1.362 1.982 3.376 0.951 4.669 1.329 1.811 0.568 1.694 0.097 0.852 0.926 4.206 2.725 1.514 1.829 1.629 0.646 1.148 2.279 4.196 1.315 1.539 2.335 6.842 2.570 3.595 0.694 1.594 0.740 2.887 2.026 1.921 0.700 0.898 1.359 0.836 0.539 1.949 1.699 1.957 2.581 3.774 3.459 nan 0.730 1.517 1.528 0.924 1.357 3.348 5.382 2.505 3.053 0.923 2.449 2.413 2.083 2.726 2.424 1.451 0.737 8580 chr4 148245649 148303618 + 0 NA Intergenic Intergenic -127436 NM_001354797 1909 Hs.183713 NM_001957 ENSG00000151617 EDNRA ET-A|ETA|ETA-R|ETAR|ETRA|MFDA|hET-AR endothelin receptor type A protein-coding 0.458 0.662 0.493 0.166 0.208 0.017 1.029 0.069 0.159 0.008 0.105 0.184 0.012 0.028 0.070 0.040 0.258 0.114 0.590 0.435 0.014 2.951 0.053 0.057 0.023 0.316 0.163 0.022 0.478 0.815 1.610 3.909 1.423 0.173 1.234 0.040 0.011 0.039 0.065 0.690 0.037 0.067 0.017 0.016 0.713 0.489 0.060 0.160 0.129 0.130 0.789 0.320 0.040 0.210 0.032 0.023 0.123 0.051 0.008 0.015 0.028 0.313 0.034 0.038 0.110 0.025 0.050 0.185 0.102 0.190 0.367 0.115 0.159 0.094 0.046 0.113 0.133 0.124 0.203 0.335 0.344 0.228 0.085 0.086 0.144 0.040 0.046 0.129 0.231 0.177 0.228 7224 chr21 41415892 41435999 + 0 NA intron (NM_001389, intron 29 of 32) MIRb|SINE|MIR 158413 NR_039917 100616148 NR_039917 ENSG00000263973 MIR4760 - microRNA 4760 ncRNA nan 0.795 2.442 0.054 0.855 2.265 0.039 1.937 3.240 0.047 0.014 0.009 0.060 0.655 0.863 0.071 0.072 0.036 0.019 0.018 0.014 0.571 0.329 4.560 0.007 0.029 0.022 0.040 0.011 0.124 0.708 0.109 6.948 0.014 0.054 0.819 0.038 0.088 0.006 0.739 0.078 0.015 0.008 0.011 0.015 0.062 0.099 0.036 0.035 0.384 0.036 0.863 0.053 0.046 4.560 0.181 0.092 0.017 1.533 0.036 0.078 0.391 0.011 0.034 0.012 0.452 0.576 0.141 0.284 5.319 5.414 nan 0.963 0.115 0.121 0.157 nan 4.224 5.940 0.812 0.752 0.209 0.247 2.376 2.210 0.385 0.915 4.657 2.397 4551 chr17 3856632 3889702 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -5409 NM_174954 489 Hs.513870 NM_005173 ENSG00000074370 ATP2A3 SERCA3 ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 3 protein-coding 1.057 1.717 1.098 0.118 1.449 0.749 0.140 1.771 3.390 0.055 0.140 0.194 0.027 0.548 1.687 0.387 0.054 0.083 0.185 0.109 0.059 0.038 1.313 0.664 0.778 0.174 0.079 0.078 0.096 0.035 1.047 2.861 0.718 3.011 0.132 0.252 0.336 0.187 0.083 0.085 0.063 0.187 0.082 0.088 0.103 0.156 0.271 0.106 0.757 0.114 0.026 0.772 0.387 0.286 0.342 0.778 0.211 1.859 0.324 0.642 1.424 0.245 0.599 0.224 0.034 0.031 0.015 1.761 2.849 0.295 0.322 0.506 0.501 4.559 1.258 1.860 1.939 0.347 0.545 3.100 3.396 0.401 0.244 0.821 1.160 1.398 1.233 0.395 0.593 2.016 0.887 4300 chr16 25366959 25383319 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -106284 NM_001012981 342357 Hs.513451 NM_001012981 ENSG00000155592 ZKSCAN2 ZNF694|ZSCAN31|ZSCAN34 zinc finger with KRAB and SCAN domains 2 protein-coding 0.387 0.445 nan 0.096 0.082 0.020 0.048 0.157 0.204 0.012 0.052 0.045 0.015 0.073 0.049 0.101 0.059 0.019 0.059 0.023 0.012 0.042 0.038 0.060 0.110 0.013 0.027 0.018 0.051 0.013 0.088 0.081 0.044 0.275 0.027 0.089 0.024 0.060 0.071 0.007 0.044 0.101 0.022 0.028 0.040 0.051 0.029 0.127 0.050 0.031 0.029 0.089 0.101 0.051 0.040 0.110 0.015 0.020 0.006 0.032 0.031 0.029 4.170 0.046 0.005 0.032 0.016 4.742 4.015 0.104 0.101 0.151 0.140 nan 0.065 0.322 0.338 0.154 0.292 0.481 0.454 0.224 0.110 2.531 2.953 0.065 0.104 0.129 0.180 0.159 0.331 3356 chr13 112309009 112350376 + 0 NA Intergenic Intergenic 81336 NR_135814 105370369 NR_135814 ENSG00000215881 LINC02337 - long intergenic non-protein coding RNA 2337 ncRNA 0.699 nan 0.903 0.016 1.930 2.992 0.028 1.129 2.128 0.007 0.040 0.029 0.006 0.026 1.301 4.835 0.069 0.066 0.095 0.014 0.009 0.496 0.287 2.856 0.008 0.017 0.014 0.040 0.003 0.080 0.099 0.039 2.081 0.011 0.047 0.338 0.036 0.074 0.006 1.380 0.220 0.048 0.028 0.008 0.020 0.046 0.119 0.033 0.010 0.025 0.024 4.835 0.074 0.020 2.856 0.006 0.090 0.007 0.048 0.082 0.021 0.133 0.030 0.022 0.015 0.005 0.418 0.201 0.175 0.261 3.259 3.109 2.726 0.887 0.054 0.039 0.027 0.058 1.673 1.940 0.819 0.919 0.402 0.471 1.274 1.218 0.089 0.157 0.610 0.299 2275 chr11 114090161 114116473 + 0 NA intron (NM_001018011, intron 4 of 6) (GGCTG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -63218 NM_006169 4837 Hs.503911 NM_006169 ENSG00000166741 NNMT - nicotinamide N-methyltransferase protein-coding 0.947 0.839 0.716 0.030 0.207 0.042 0.038 0.128 0.301 0.011 0.056 0.056 0.021 0.038 0.139 0.289 0.045 0.049 0.032 0.007 0.026 0.016 0.149 0.135 0.141 0.029 0.017 0.067 0.052 0.004 0.074 0.093 0.032 0.300 0.011 0.050 0.221 0.021 0.108 0.161 0.192 0.037 0.024 0.025 0.061 0.055 0.205 0.084 0.040 0.012 0.053 0.289 0.049 0.050 0.141 0.033 0.088 0.059 0.065 0.073 0.033 0.200 0.697 0.012 0.018 0.022 0.733 nan 0.111 0.131 0.619 0.656 0.683 0.179 0.147 0.148 0.400 nan 0.429 0.471 1.040 1.062 0.575 0.844 0.758 0.694 1.071 3.568 0.867 0.669 5532 chr19 11194041 11209972 + 0 NA intron (NM_000527, intron 1 of 17) intron (NM_000527, intron 1 of 17) 1968 NM_001195800 3949 Hs.213289 NM_000527 ENSG00000130164 LDLR FH|FHC|LDLCQ2 low density lipoprotein receptor protein-coding 2.915 3.626 3.171 4.767 2.345 2.047 4.067 2.027 3.704 1.551 2.203 3.195 2.322 0.887 1.944 4.448 3.098 1.245 3.073 1.166 2.279 1.104 1.882 0.744 3.425 2.683 2.940 1.697 4.881 2.247 4.372 nan 3.931 1.702 1.725 2.168 0.627 1.607 0.108 2.006 0.533 5.031 2.720 1.040 3.062 3.080 3.615 7.177 2.044 5.365 2.245 1.434 4.448 5.844 2.270 3.425 1.030 1.441 0.663 3.612 1.924 7.161 1.228 1.441 3.082 2.094 1.838 2.382 2.724 4.141 8.462 3.335 2.413 3.948 3.377 5.640 5.845 2.382 3.110 2.669 5.567 2.177 2.006 1.104 2.087 2.101 1.745 2.422 3.119 2.191 1.134 10663 chr7 130125201 130138939 + 0 NA 5' UTR (NM_001253900, exon 1 of 12) 5' UTR (NM_001253900, exon 1 of 12) 171 NM_001253900 4232 Hs.270978 NM_002402 ENSG00000106484 MEST PEG1 mesoderm specific transcript protein-coding nan nan nan 0.813 1.229 4.323 0.290 0.852 1.668 0.125 0.431 4.759 0.082 0.712 0.888 1.162 0.650 0.106 0.533 0.250 0.277 0.009 1.825 1.191 4.687 0.248 0.110 0.822 1.347 0.346 0.617 0.885 1.303 1.723 0.243 3.264 1.626 0.379 0.142 0.237 1.056 0.228 0.237 0.136 0.326 0.249 0.764 0.276 0.619 0.399 0.685 0.269 1.162 0.489 0.309 4.687 0.339 0.585 0.655 1.046 0.961 0.191 0.302 0.045 0.088 0.143 0.090 1.494 1.300 1.009 1.565 6.888 6.747 nan 1.219 2.340 2.301 2.763 nan 1.757 2.548 nan 3.242 0.907 1.532 5.092 5.040 0.282 0.613 1.937 nan 10062 chr6 160389155 160412471 + 0 NA intron (NM_000876, intron 1 of 47) L2|LINE|L2 10682 NM_000876 3482 Hs.487062 NM_000876 ENSG00000197081 IGF2R CD222|CI-M6PR|CIMPR|M6P-R|M6P/IGF2R|MPR 300|MPR1|MPR300|MPRI insulin like growth factor 2 receptor protein-coding 1.649 nan 1.905 0.764 3.247 1.346 1.819 0.392 0.737 0.143 0.896 1.616 0.391 0.153 1.581 2.211 1.038 0.082 1.792 1.011 0.548 0.511 0.216 0.109 0.831 1.342 1.180 0.419 1.183 0.584 2.290 4.384 1.578 2.933 0.496 1.111 0.557 0.595 0.111 0.516 0.733 1.016 1.077 0.534 0.813 0.762 0.372 0.394 0.559 1.056 0.225 0.909 2.211 3.583 1.016 0.831 0.709 0.323 0.205 0.396 0.587 1.556 0.086 0.333 0.624 0.336 0.256 1.147 1.421 1.436 2.226 3.000 2.210 2.880 0.939 1.590 1.608 0.608 0.825 1.476 2.462 nan 1.682 0.578 0.903 3.188 4.034 1.160 1.233 0.700 0.553 9249 chr5 147114024 147140424 + 0 NA intron (NM_014790, intron 1 of 20) intron (NM_014790, intron 1 of 20) 35187 NM_014790 9832 Hs.740461 NM_014790 ENSG00000176049 JAKMIP2 JAMIP2|NECC1 janus kinase and microtubule interacting protein 2 protein-coding nan 0.969 1.467 0.051 1.361 1.347 0.049 0.856 1.542 0.007 0.071 0.053 0.014 0.045 1.443 0.272 0.100 0.074 0.117 0.036 0.021 0.005 0.513 0.251 0.527 0.016 0.006 0.011 0.104 0.020 0.305 0.711 0.738 3.459 0.016 0.055 1.202 0.029 0.103 0.018 0.283 0.078 0.009 0.003 0.021 0.055 0.040 0.117 0.034 0.073 0.021 0.061 0.272 0.062 0.053 0.527 0.051 0.060 0.332 0.026 1.250 0.024 0.132 0.380 0.014 0.015 0.012 0.387 0.307 0.874 0.840 0.709 0.755 3.176 1.120 0.222 0.235 1.336 1.675 4.724 3.807 1.550 1.586 0.426 0.535 4.533 6.620 0.556 1.945 0.843 0.532 907 chr1 179089090 179153836 + 0 NA intron (NM_007314, intron 1 of 11) intron (NM_007314, intron 1 of 11) -9239 NM_001136000 27 Hs.159472 NM_005158 ENSG00000143322 ABL2 ABLL|ARG ABL proto-oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase protein-coding nan nan nan 1.051 0.177 0.071 0.979 0.160 0.261 0.321 0.802 1.103 0.066 0.045 0.282 0.301 1.938 0.485 0.920 0.436 0.489 0.070 0.171 0.199 0.160 1.026 0.717 0.292 0.933 0.709 0.151 0.359 0.253 0.428 0.453 0.573 0.034 0.141 0.149 0.261 0.114 0.519 0.412 0.226 0.893 0.474 0.574 0.729 0.297 0.387 0.167 0.396 0.301 0.860 1.176 0.160 0.100 0.308 0.056 0.204 0.049 0.600 0.468 2.403 0.541 0.706 0.690 1.017 0.816 1.088 1.776 nan 0.575 0.304 0.133 0.820 0.848 0.908 1.244 0.458 0.500 0.566 0.374 0.978 1.180 0.160 0.210 1.763 nan 0.472 0.495 10060 chr6 160179038 160184692 + 0 NA non-coding (NR_037166, exon 2 of 2) non-coding (NR_037166, exon 2 of 2) -1124 NM_005891 39 Hs.571037 NM_005891 ENSG00000120437 ACAT2 - acetyl-CoA acetyltransferase 2 protein-coding 3.071 nan 2.480 2.376 3.618 2.964 1.546 1.870 4.057 1.046 2.542 1.362 1.423 0.852 2.564 4.461 1.272 0.201 2.318 0.569 3.414 1.051 0.973 0.418 4.768 1.037 1.087 2.053 1.875 1.100 2.762 5.053 2.480 7.722 0.518 2.142 0.629 3.169 0.137 0.460 1.257 4.839 7.431 2.980 1.780 0.915 1.473 1.580 2.145 5.339 0.657 1.313 4.461 3.006 2.195 4.768 0.801 1.304 0.533 1.702 2.165 1.322 0.981 2.333 1.757 7.510 6.288 4.302 4.664 4.795 6.695 5.874 5.506 5.601 4.470 6.688 6.984 2.079 2.807 2.838 4.097 nan 4.916 2.164 4.688 2.866 3.370 4.192 5.164 1.570 0.587 5925 chr2 16023140 16038093 + 0 NA Intergenic MER5A1|DNA|hAT-Charlie -29905 NR_125783 103752554 Hs.269571 NR_125783 ENSG00000223850 MYCNUT MYCNUN|lncUSMycN MYCN upstream transcript (non-protein coding) ncRNA 0.625 0.529 0.875 0.073 0.298 0.072 0.062 0.107 0.146 0.006 0.067 0.042 0.041 0.033 0.149 0.086 0.076 0.065 0.028 0.013 0.089 0.009 0.084 0.105 0.072 0.005 0.010 0.020 0.032 0.007 0.080 0.163 0.057 0.487 0.010 0.065 0.013 0.044 0.117 0.008 0.027 0.117 0.008 0.021 0.014 0.041 0.058 0.101 0.234 0.024 0.005 0.067 0.086 0.024 0.019 0.072 0.050 0.049 0.078 0.509 0.055 0.027 18.912 0.057 0.097 0.031 0.021 0.405 0.510 0.447 1.751 0.280 0.327 0.152 0.092 0.158 0.201 0.179 0.291 0.267 nan 0.646 0.610 23.261 31.859 0.023 0.060 0.462 nan 0.146 0.236 7257 chr21 45335919 45366614 + 0 NA intron (NM_001037553, intron 1 of 8) intron (NM_001037553, intron 1 of 8) 5987 NM_001037553 56894 Hs.248785 NM_020132 ENSG00000160216 AGPAT3 LPAAT-GAMMA1|LPAAT3 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 3 protein-coding nan 0.719 3.929 0.068 0.206 0.106 0.211 0.152 0.326 0.019 0.099 0.135 0.026 0.062 0.229 0.955 0.133 0.089 0.137 0.025 0.042 0.080 0.219 0.144 0.994 0.079 0.054 0.141 0.077 0.014 0.116 0.404 0.135 0.530 0.043 0.122 0.689 0.139 0.066 0.031 0.535 0.201 0.053 0.046 0.050 0.052 0.157 0.199 0.192 0.142 0.046 0.094 0.955 0.155 0.138 0.994 0.072 0.065 0.642 0.184 0.245 0.077 0.092 0.290 0.015 0.038 0.012 0.750 0.955 0.718 0.807 1.910 1.592 nan 0.329 0.283 0.341 0.445 nan 0.496 0.832 0.632 0.485 0.483 0.588 3.098 3.293 0.509 1.187 1.116 0.662 1868 chr11 31000999 31015288 + 0 NA intron (NM_001350255, intron 21 of 39) AluSc|SINE|Alu 6090 NM_020869 341019 Hs.127405 NM_020869 ENSG00000170959 DCDC1 - doublecortin domain containing 1 protein-coding 0.701 0.884 nan 0.055 0.153 0.035 0.040 0.449 0.761 0.071 0.038 0.008 0.021 1.146 0.170 0.078 0.091 0.022 0.053 0.029 0.142 0.241 0.025 0.039 0.045 0.028 0.068 0.034 0.104 0.472 0.117 0.998 0.068 0.124 0.025 0.289 0.110 0.042 0.066 0.023 0.037 0.155 0.188 0.724 0.020 0.027 0.056 0.170 0.015 0.026 0.025 0.052 0.046 0.231 0.033 0.346 0.022 0.035 0.017 0.011 0.011 0.470 0.277 0.208 0.386 0.221 0.265 2.226 0.426 0.237 0.252 2.396 2.487 0.116 0.128 0.334 0.165 0.200 0.314 4.675 5.739 0.112 nan 0.901 0.668 10869 chr8 28504050 28539543 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 37185 NR_126027 101929402 Hs.667366 NR_126027 ENSG00000246339 EXTL3-AS1 C8orf50 EXTL3 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.454 nan 0.126 1.504 0.433 0.136 1.704 3.230 0.024 0.064 0.137 0.004 0.700 0.179 0.418 0.277 0.128 0.107 0.021 0.044 0.016 1.267 0.544 4.045 0.079 0.041 0.035 0.075 0.018 0.043 0.146 0.100 0.650 0.037 0.063 0.543 0.068 0.110 0.010 0.080 0.087 0.047 0.044 0.123 0.050 0.103 0.146 0.122 0.048 0.267 0.069 0.418 0.040 0.039 4.045 0.058 0.035 0.063 0.041 1.599 0.140 0.033 0.591 0.047 0.011 0.012 0.577 0.679 0.423 0.547 nan 1.886 nan 2.584 0.119 0.120 0.293 0.458 1.788 1.975 1.097 0.698 0.186 0.247 2.419 3.101 0.861 2.080 nan nan 10505 chr7 93924638 93946706 + 0 NA Intergenic LTR50|LTR|ERVL 85832 NR_147206 101927525 Hs.571263 NR_147206 COL1A2-AS1 TCONS_00013888|lncRNA8975-1 COL1A2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.666 nan 0.265 0.139 0.124 0.509 0.290 0.709 0.135 0.291 4.510 0.006 0.031 0.407 0.268 2.536 0.233 0.178 0.120 0.312 1.150 0.170 0.199 0.249 0.181 0.092 0.169 0.205 0.191 0.082 0.217 0.180 0.256 0.173 0.837 0.130 0.098 0.158 0.268 0.058 1.177 0.153 0.081 0.094 0.278 0.311 4.217 0.830 0.666 0.372 0.138 0.268 0.106 0.148 0.249 0.283 0.132 0.027 0.212 0.290 1.038 0.086 0.056 0.968 0.324 0.283 0.387 0.248 0.399 0.531 0.430 0.557 0.303 0.104 0.275 0.249 0.936 1.196 0.466 0.644 0.554 0.326 0.194 0.312 0.357 0.409 0.457 nan 2.751 1.518 3480 chr14 35161859 35193871 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 5158 NM_021914 1073 Hs.180141 NM_021914 ENSG00000165410 CFL2 NEM7 cofilin 2 protein-coding 2.359 1.057 1.205 0.426 0.751 0.372 1.051 0.321 0.696 0.387 0.745 1.573 2.538 0.129 0.937 0.859 2.201 0.669 1.380 0.421 0.620 0.351 0.300 0.271 0.901 1.343 0.879 0.557 1.108 0.510 6.217 10.895 0.875 1.516 0.729 0.445 0.338 0.714 0.136 0.450 1.378 0.515 0.611 0.373 0.740 0.701 0.404 2.164 1.675 1.158 0.565 0.903 0.859 0.876 4.627 0.901 0.390 0.336 0.787 0.981 0.450 0.782 1.110 0.398 0.815 0.831 0.744 0.631 0.830 0.837 1.690 1.459 1.376 1.059 0.394 1.574 1.572 3.238 3.986 0.932 1.501 2.817 2.512 0.658 1.301 1.236 1.299 0.701 1.252 0.880 0.638 6925 chr20 31140778 31173315 + 0 NA intron (NM_001256798, intron 1 of 10) L2a|LINE|L2 15829 NM_001256798 140688 Hs.516978 NM_080616 ENSG00000197183 NOL4L C20orf112|C20orf113 nucleolar protein 4 like protein-coding 2.425 2.959 1.263 0.290 0.570 2.510 0.300 0.657 1.224 0.234 0.941 0.458 0.008 0.133 2.076 1.053 0.205 0.085 0.329 0.140 0.084 0.836 0.443 0.272 0.876 0.334 0.162 0.365 0.125 0.062 0.679 nan 0.384 2.001 0.076 0.478 0.176 0.680 0.108 0.450 0.914 0.399 0.171 0.159 0.057 0.170 0.629 0.306 0.789 1.151 0.122 0.327 1.053 0.301 0.142 0.876 0.087 0.097 0.851 0.965 0.161 0.624 0.829 0.202 0.125 0.053 0.027 1.530 2.775 0.334 0.505 1.457 nan 4.348 1.555 0.885 0.892 0.310 0.611 1.129 1.400 4.253 4.031 0.857 1.258 1.347 1.180 0.553 nan 0.960 0.566 3154 chr13 49214241 49236363 + 0 NA Intergenic AluSg7|SINE|Alu -2545 NM_001308469 57105 Hs.253706 NM_020377 ENSG00000152207 CYSLTR2 CYSLT2|CYSLT2R|GPCR21|HG57|HPN321|KPG_011|PSEC0146|hGPCR21 cysteinyl leukotriene receptor 2 protein-coding 1.062 nan nan 0.081 0.068 0.063 0.099 0.116 0.259 0.004 0.067 0.120 0.014 0.036 0.068 0.081 0.101 0.036 0.020 0.013 0.028 0.114 0.124 0.032 0.003 0.027 0.059 0.005 0.109 0.638 0.048 0.114 0.222 0.069 0.013 0.034 0.074 0.043 0.154 0.171 0.033 0.018 0.010 0.014 0.069 0.144 0.029 0.028 0.014 0.066 0.081 0.003 0.029 0.124 0.033 0.248 0.141 0.032 0.039 0.021 0.049 3.541 0.017 0.021 0.005 0.692 0.519 0.305 0.233 0.489 0.526 nan 0.122 0.153 0.118 0.170 0.252 0.061 0.071 0.866 0.993 0.179 0.244 0.038 0.069 2.944 10.174 0.126 0.150 5812 chr19 55717195 55730568 + 0 NA Intergenic Intergenic -3007 NM_001161440 5794 Hs.179770 NM_002842 ENSG00000080031 PTPRH R-PTP-H|SAP1 protein tyrosine phosphatase, receptor type H protein-coding 1.506 2.794 1.023 3.265 2.104 1.603 1.611 2.516 5.000 1.631 1.011 2.714 0.023 1.936 1.388 1.454 0.446 0.145 2.273 0.639 2.683 0.954 1.478 0.605 2.415 0.937 0.911 0.667 3.818 0.718 3.612 7.196 1.539 2.648 1.203 2.425 0.278 2.157 0.167 1.031 0.777 6.198 0.604 0.286 3.824 3.334 2.047 1.279 3.671 2.586 1.123 0.740 1.454 2.605 2.794 2.415 0.615 4.480 0.539 3.398 1.394 1.953 0.628 0.591 0.554 0.965 0.725 2.393 3.351 0.423 0.781 1.718 1.441 6.119 2.885 0.324 0.347 1.373 1.747 4.212 6.359 1.060 0.946 2.555 1.970 1.816 3.208 1.481 2.054 2.172 1.019 12006 chrX 153988906 153993361 + 0 NA non-coding (NR_110023, exon 1 of 15) non-coding (NR_110023, exon 1 of 15) 116 NM_001363 1736 Hs.4747 NM_001363 ENSG00000130826 DKC1 CBF5|DKC|DKCX|NAP57|NOLA4|XAP101 dyskerin pseudouridine synthase 1 protein-coding 4.913 2.511 3.533 4.583 5.074 3.504 4.158 2.343 5.209 0.644 3.301 1.445 0.532 2.858 4.476 2.753 0.803 0.036 1.680 0.513 2.578 0.840 1.147 0.572 2.311 1.587 1.162 1.157 1.985 1.132 3.044 4.197 1.546 6.933 1.152 3.266 1.525 1.503 0.082 0.657 2.059 4.691 1.554 0.804 2.036 2.194 2.271 3.158 2.267 2.211 0.917 1.451 2.753 1.568 2.290 2.311 0.935 1.772 1.418 4.381 1.454 2.897 3.780 2.304 1.399 1.305 0.759 5.121 5.246 2.677 4.093 6.959 6.423 7.106 2.539 10.008 9.745 2.631 3.643 5.944 7.887 11.975 16.091 3.600 6.199 6.059 5.193 4.981 5.891 3.272 1.933 10379 chr7 56126666 56133628 + 0 NA intron (NM_001009186, intron 11 of 12) intron (NM_001009186, intron 11 of 12) -1770 NM_001146333 25870 Hs.279696 NM_015411 ENSG00000129103 SUMF2 pFGE sulfatase modifying factor 2 protein-coding nan 2.161 2.846 3.839 1.737 1.582 2.234 1.050 1.681 1.416 1.813 3.657 1.157 1.137 1.146 1.568 1.452 0.932 1.580 0.407 1.678 1.252 1.459 0.934 2.040 1.701 1.780 1.256 2.809 0.955 2.557 2.768 10.778 4.222 0.400 0.811 0.480 2.927 0.295 1.120 1.372 2.869 1.660 0.864 0.958 2.092 4.661 3.191 1.880 3.297 1.052 1.344 1.568 1.088 4.358 2.040 1.503 0.734 0.463 2.588 1.649 4.290 1.081 1.246 2.624 6.026 5.952 2.277 3.534 2.678 4.373 3.370 3.116 2.890 0.796 2.696 3.211 2.394 3.123 5.031 5.911 2.459 2.951 1.230 2.829 2.046 2.047 1.763 3.099 1.926 0.758 8914 chr5 54887254 54900912 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 -63177 NM_176895 8611 Hs.696231 NM_003711 ENSG00000067113 PLPP1 LLP1a|LPP1|PAP-2a|PAP2|PPAP2A phospholipid phosphatase 1 protein-coding nan nan 1.396 0.362 0.174 0.267 2.107 0.213 0.332 0.280 0.380 3.063 0.109 0.029 0.111 0.597 2.101 0.566 0.303 0.180 0.042 0.020 0.229 0.158 0.105 2.218 1.462 0.330 1.439 1.596 0.088 0.832 0.545 2.274 0.413 4.668 0.301 0.068 0.125 0.201 0.070 0.081 0.128 0.063 0.520 0.428 1.228 0.623 2.858 0.140 0.684 1.153 0.597 0.325 0.081 0.105 0.449 0.534 0.219 0.077 0.238 1.170 0.246 0.072 0.241 0.042 0.027 1.930 2.169 4.444 4.903 0.341 0.360 nan 0.343 0.896 0.948 3.299 4.310 0.596 0.634 nan 0.566 0.562 0.953 1.377 1.216 0.280 0.392 0.937 0.701 8725 chr5 3917965 3922946 + 0 NA Intergenic L1MA3|LINE|L1 324287 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.407 0.844 0.972 0.044 0.136 0.033 0.056 0.162 0.215 0.093 0.038 0.054 0.154 0.222 0.130 0.213 0.188 0.269 0.128 0.015 0.135 0.071 0.139 0.096 0.543 0.029 0.044 0.073 0.052 0.037 0.036 0.032 0.022 0.015 0.212 0.040 0.016 0.015 0.051 0.044 0.154 0.054 0.128 0.024 0.049 0.023 0.062 0.064 1.264 0.024 0.016 0.023 0.010 4.058 2.759 8.822 nan 0.264 0.404 0.063 0.102 0.037 0.066 0.216 0.312 nan 0.151 nan 0.199 1.811 3.425 0.068 0.061 0.091 0.158 0.247 nan 664 chr1 147183202 147196761 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 72 of 94) HERVL18-int|LTR|ERVL 42733 NM_181703 2702 Hs.447968 NM_005266 ENSG00000265107 GJA5 ATFB11|CX40 gap junction protein alpha 5 protein-coding 0.698 nan 0.817 0.835 0.363 0.147 1.729 0.176 0.215 0.226 0.092 0.135 0.009 0.801 0.881 0.359 0.136 0.060 1.549 1.163 0.100 0.020 0.416 0.249 2.128 0.531 0.315 0.033 0.405 0.187 4.377 13.075 1.221 1.321 1.743 6.069 0.021 0.104 0.132 0.486 0.035 0.166 0.053 0.081 0.690 0.605 1.776 0.059 0.252 0.052 0.385 3.332 0.359 1.316 0.429 2.128 1.016 1.056 0.107 0.095 0.207 0.181 0.206 0.027 0.174 0.025 0.023 0.588 0.617 0.886 0.996 1.718 1.288 1.023 0.089 0.559 0.615 0.246 0.349 3.186 3.252 0.360 0.147 0.557 0.719 0.092 0.292 0.151 0.328 1.637 1.055 5639 chr19 37301399 37385402 + 0 NA intron (NR_038362, intron 2 of 2) AluSc|SINE|Alu 847 NM_001242475 25850 Hs.362324 NM_003419 ENSG00000251247 ZNF345 HZF10 zinc finger protein 345 protein-coding 1.024 0.716 0.740 0.268 0.685 0.204 0.200 0.168 0.350 0.085 0.241 0.132 0.209 0.093 0.281 0.234 0.253 0.133 0.556 0.187 0.147 0.063 0.197 0.126 0.260 0.198 0.194 0.028 0.313 0.078 0.304 0.353 0.194 1.477 0.190 0.214 0.056 0.491 0.136 0.022 0.085 0.297 0.423 0.231 0.086 0.137 0.194 0.227 0.062 0.819 0.129 0.067 0.234 0.527 0.150 0.260 0.019 0.031 0.084 0.162 0.150 0.159 0.201 0.136 0.073 3.067 2.765 0.279 0.267 0.179 0.274 0.704 0.705 0.778 0.210 0.971 1.006 0.277 0.439 0.496 0.517 nan 0.633 0.347 0.587 0.332 0.326 0.340 0.535 0.444 0.291 1790 chr11 10667001 10696988 + 0 NA intron (NM_130385, intron 1 of 20) MER63B|DNA|hAT-Blackjack -8146 NM_001098579 10335 Hs.501898 NM_130385 ENSG00000072952 MRVI1 IRAG|JAW1L murine retrovirus integration site 1 homolog protein-coding 0.800 nan 0.750 0.217 0.334 0.505 3.874 0.113 0.250 0.137 0.419 1.552 0.147 0.162 0.438 0.435 0.589 0.181 2.139 0.809 0.255 0.032 0.109 0.093 0.225 3.387 2.499 0.143 1.298 1.427 2.244 5.597 3.842 0.631 1.102 0.302 0.054 0.047 0.076 0.759 0.064 0.416 0.261 0.130 1.672 0.979 1.067 1.854 0.765 0.223 0.995 1.333 0.435 1.292 1.434 0.225 0.527 0.427 0.042 0.280 0.166 0.894 0.049 0.194 0.260 2.478 3.159 nan 0.493 0.307 0.414 1.245 1.551 1.391 0.415 0.317 0.386 0.353 nan 0.530 0.562 0.423 0.349 0.258 0.323 0.123 0.217 0.319 0.623 0.834 nan 2264 chr11 112970029 112978566 + 0 NA intron (NM_000615, intron 2 of 18) intron (NM_000615, intron 2 of 18) -140115 NR_120563 101928847 Hs.711235 NR_120563 ENSG00000247416 LOC101928847 - uncharacterized LOC101928847 ncRNA 0.683 0.906 0.584 0.059 0.708 0.118 0.025 0.187 0.361 0.703 0.288 0.036 0.024 0.077 0.328 0.140 0.071 0.012 0.081 0.351 0.493 0.279 0.041 0.009 0.026 0.032 0.076 0.018 0.050 0.651 0.045 0.089 0.049 0.108 0.333 0.262 0.129 0.014 0.028 0.013 0.045 0.092 0.161 0.038 0.009 0.018 0.038 0.328 0.017 0.008 0.279 0.041 0.126 0.027 0.053 0.019 0.659 0.287 0.406 0.040 0.066 8.558 7.726 6.399 2.868 0.941 1.223 0.473 0.242 1.256 1.400 1.131 nan 0.838 1.811 0.627 0.408 0.767 1.599 0.750 0.894 0.252 0.765 1.313 0.775 8738 chr5 6711142 6716727 + 0 NA promoter-TSS (NM_006999) promoter-TSS (NM_006999) -784 NM_006999 11044 Hs.481542 NM_006999 ENSG00000112941 TENT4A LAK-1|LAK1|PAPD7|POLK|POLS|TRF4|TRF4-1|TRF41|TUTASE5 terminal nucleotidyltransferase 4A protein-coding 2.999 3.301 6.696 4.066 8.136 1.736 4.899 1.668 3.423 3.332 4.220 3.013 0.622 1.489 4.324 1.311 4.508 0.264 10.862 2.376 5.198 3.298 4.124 1.924 5.864 2.965 4.040 3.231 6.953 1.493 6.159 8.778 7.685 8.679 1.640 4.043 0.888 4.041 0.143 2.304 2.461 6.798 7.489 3.704 1.913 1.737 4.758 2.788 4.831 5.014 5.413 3.574 1.311 11.830 4.389 5.864 1.819 4.119 0.987 8.458 4.783 4.930 2.263 1.774 1.986 3.114 1.923 6.350 7.365 4.371 nan 8.682 7.210 4.362 1.767 4.786 4.330 2.996 4.562 nan 6.309 nan 11.036 2.798 6.408 4.440 3.286 4.605 5.240 3.330 nan 6920 chr20 30840133 30879227 + 0 NA Intergenic Intergenic -5774 NM_004798 9371 Hs.369670 NM_004798 ENSG00000101350 KIF3B FLA8|HH0048|KLP-11 kinesin family member 3B protein-coding 1.206 1.595 1.249 0.420 1.090 0.328 0.160 0.394 0.667 0.083 0.347 0.275 0.078 0.860 0.412 0.245 0.267 0.206 0.308 0.127 0.190 0.100 0.386 0.301 0.897 0.221 0.129 0.178 0.181 0.038 0.435 nan 0.413 1.548 0.086 0.248 0.356 0.208 0.147 0.075 0.124 0.340 0.185 0.129 0.153 0.161 0.389 0.334 0.636 0.478 0.155 0.428 0.245 0.294 0.555 0.897 0.131 0.459 0.166 0.393 0.337 0.309 0.263 0.206 0.173 0.059 0.068 0.783 0.880 0.465 0.701 0.837 nan 5.707 1.387 0.588 0.648 0.798 1.253 1.946 1.905 1.038 0.706 0.447 0.759 1.261 1.432 0.545 nan 0.861 0.509 1420 chr10 32034775 32050534 + 0 NA Intergenic Intergenic 155200 NM_001270699 94134 Hs.499264 NM_018287 ENSG00000165322 ARHGAP12 - Rho GTPase activating protein 12 protein-coding 2.002 1.733 2.374 0.466 0.473 2.851 1.545 0.937 1.515 0.150 0.714 0.567 0.107 0.065 0.681 1.104 1.161 0.317 0.807 0.544 0.552 0.281 1.544 0.596 1.207 1.900 1.316 0.781 0.526 0.308 0.270 0.481 0.232 5.434 0.373 0.410 0.708 0.370 0.079 1.158 1.243 1.089 1.048 0.722 0.979 0.231 0.314 1.721 1.219 1.496 0.607 0.642 1.104 0.782 0.381 1.207 0.266 0.194 0.857 0.721 2.142 1.431 0.359 0.500 0.513 0.842 0.641 0.722 1.344 0.703 nan 2.886 2.521 3.293 1.069 1.921 1.857 3.327 4.494 0.853 1.609 1.627 1.801 0.459 0.662 2.280 1.988 1.065 1.379 2.502 1.182 11405 chr9 1047110 1062478 + 0 NA intron (NM_181872, intron 3 of 3) intron (NM_181872, intron 3 of 3) 4174 NM_181872 10655 Hs.59506 NM_006557 ENSG00000173253 DMRT2 - doublesex and mab-3 related transcription factor 2 protein-coding 0.348 2.104 1.501 0.071 0.573 0.011 0.033 0.115 0.202 0.006 0.047 0.024 0.044 0.040 0.458 1.082 0.044 0.063 0.152 0.062 0.321 0.036 0.051 0.075 0.346 0.117 0.099 0.039 0.182 0.291 0.462 0.088 1.053 0.019 0.025 0.018 0.057 0.085 0.046 0.016 0.042 0.039 0.026 0.212 0.035 0.050 0.859 0.101 0.044 0.211 0.030 1.082 0.115 0.024 0.346 0.048 0.021 0.042 0.023 0.041 0.113 0.155 0.024 0.252 0.052 0.080 0.217 0.191 0.807 0.667 1.445 1.264 0.126 0.069 11.600 11.284 0.839 1.330 0.915 1.121 0.913 0.891 0.228 0.461 0.071 0.071 0.045 nan 0.581 0.658 3437 chr14 29883585 29943748 + 0 NA Intergenic Intergenic 482636 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.181 0.851 0.652 0.053 0.189 0.064 0.162 0.169 0.355 0.003 0.075 0.397 0.017 0.039 0.599 0.715 1.559 0.240 0.129 0.035 0.036 0.005 0.097 0.142 0.228 0.258 0.082 0.010 0.093 0.011 0.386 1.063 0.106 0.387 0.091 0.064 0.393 0.143 0.132 0.148 0.126 0.056 0.030 0.025 0.022 0.024 0.046 0.255 0.024 0.049 0.034 0.031 0.715 0.058 0.038 0.228 0.045 0.030 0.089 0.052 0.094 0.085 0.031 0.059 0.083 0.012 0.008 0.312 0.197 0.396 0.264 0.619 0.801 1.728 0.634 0.148 0.126 7.940 8.760 0.297 0.318 0.707 0.270 0.127 0.155 1.314 2.224 0.233 0.496 0.525 0.493 2502 chr12 13876980 13884371 + 0 NA intron (NM_000834, intron 3 of 12) intron (NM_000834, intron 3 of 12) 252615 NM_000834 2904 Hs.504844 NM_000834 ENSG00000273079 GRIN2B EIEE27|GluN2B|MRD6|NMDAR2B|NR2B|NR3|hNR3 glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2B protein-coding 0.598 0.735 1.730 0.049 0.189 0.510 0.048 0.411 0.739 0.031 0.123 0.042 0.027 0.140 2.155 0.082 0.022 0.057 0.009 0.019 0.785 0.333 0.955 0.005 0.020 0.148 0.033 0.072 0.116 2.227 0.013 0.071 0.373 0.103 0.156 0.016 0.011 0.099 0.024 0.021 0.015 0.074 0.130 0.314 0.176 0.132 0.011 0.009 2.155 0.032 0.955 0.017 0.011 0.039 0.032 0.067 0.058 0.044 0.020 0.317 0.269 6.998 2.164 nan 2.344 3.233 1.010 0.769 0.757 0.968 1.207 0.226 0.210 0.392 0.243 0.205 0.223 1.472 1.642 0.323 0.634 1.644 0.808 126 chr1 18397793 18408506 + 0 NA Intergenic Intergenic 10998 NR_125946 101927876 Hs.522954 NR_125946 ENSG00000261781 LINC01654 - long intergenic non-protein coding RNA 1654 ncRNA 0.811 0.567 nan 0.060 0.065 5.371 0.033 3.232 5.193 0.009 0.051 0.043 0.006 0.121 7.004 0.222 0.084 0.149 0.059 0.018 0.013 0.248 0.178 1.520 0.019 0.033 0.034 0.055 0.041 0.132 0.072 7.793 0.040 0.079 0.047 0.069 0.035 0.077 0.017 0.019 0.020 0.044 0.027 0.132 0.045 0.046 0.030 0.031 0.222 0.119 0.049 1.520 0.023 0.343 0.084 0.241 0.037 0.292 0.150 0.028 0.016 0.014 0.458 0.676 0.165 0.267 7.422 6.550 0.150 0.050 0.673 nan 0.389 nan 4.554 3.769 nan 2.427 0.436 0.699 0.272 0.234 0.294 0.563 2.170 1.101 9095 chr5 98262584 98270054 + 0 NA non-coding (NR_036530, exon 1 of 1) non-coding (NR_036530, exon 1 of 1) 1481 NR_036530 100289230 Hs.552095 NR_036530 LOC100289230 - uncharacterized LOC100289230 ncRNA nan 4.623 1.767 2.801 2.018 1.215 1.954 1.973 3.657 1.307 2.648 1.600 1.254 0.892 2.768 2.701 2.251 0.184 2.481 0.684 2.305 1.168 1.002 0.409 1.407 2.073 2.779 1.691 1.994 1.212 3.267 3.419 2.798 5.711 0.501 2.575 1.050 3.126 0.121 0.694 1.149 2.974 2.777 1.376 1.123 1.162 1.941 1.328 2.880 3.485 1.931 1.959 2.701 3.765 2.281 1.407 1.309 0.894 0.350 2.639 1.905 1.671 0.649 1.469 0.754 2.223 1.642 1.833 2.115 10.734 13.675 4.339 3.787 3.197 1.410 5.894 6.026 2.745 3.467 3.488 6.037 4.634 5.849 1.092 2.688 4.027 3.981 3.099 nan 1.486 0.902 6314 chr2 112759556 112814262 + 0 NA TTS (NM_006343) TTS (NM_006343) -25891 NM_032824 84910 Hs.656298 NM_032824 ENSG00000153214 TMEM87B - transmembrane protein 87B protein-coding 1.230 nan 1.203 0.360 0.454 0.781 1.163 0.313 0.591 0.325 0.403 0.897 0.093 0.146 0.327 0.333 0.678 0.135 0.630 0.272 0.319 0.119 0.123 0.169 0.349 0.384 0.347 0.262 1.042 0.558 1.068 2.910 1.832 nan 0.458 0.252 0.035 0.187 0.089 0.392 0.148 0.780 0.261 0.117 0.485 0.593 0.421 0.355 0.428 0.548 0.094 0.472 0.333 0.791 0.406 0.349 0.166 0.289 0.209 0.523 0.240 0.424 0.110 0.354 0.257 0.103 0.068 0.482 0.457 0.555 1.026 1.188 nan 1.080 0.381 0.854 0.895 0.651 0.995 1.014 1.365 1.065 0.860 0.280 0.408 0.340 0.384 0.576 1.189 0.529 0.410 11934 chrX 40001128 40036982 + 0 NA intron (NM_001123384, intron 1 of 13) intron (NM_001123384, intron 1 of 13) 17527 NM_001123383 54880 Hs.659681 NM_017745 ENSG00000183337 BCOR ANOP2|MAA2|MCOPS2 BCL6 corepressor protein-coding 3.618 3.066 3.177 0.749 3.294 3.530 1.375 1.171 2.127 0.301 1.209 1.203 0.476 1.480 1.740 2.467 1.323 0.175 0.362 0.216 1.259 1.932 2.389 1.002 3.227 0.673 0.824 0.726 1.139 0.474 1.080 2.570 0.895 4.010 0.332 1.114 0.563 1.619 0.054 0.587 2.130 1.014 1.510 0.693 0.784 0.488 1.056 0.729 1.741 1.697 1.089 1.627 2.467 0.347 0.351 3.227 0.375 0.821 0.979 2.247 1.366 0.579 1.110 1.289 0.576 0.362 0.196 1.221 1.396 2.131 3.465 5.866 4.812 3.258 1.052 3.169 3.181 0.772 1.040 4.459 6.028 4.734 6.376 1.571 1.887 2.588 1.975 1.445 2.620 1.374 0.752 9614 chr6 37021505 37029748 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 52203 NM_173558 221472 Hs.509664 NM_173558 ENSG00000146192 FGD2 ZFYVE4 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 2 protein-coding nan 1.054 nan 3.717 0.667 0.745 4.679 0.254 0.469 1.394 1.988 2.884 0.008 0.280 0.464 1.775 1.319 0.353 2.947 1.763 1.930 0.403 0.076 0.091 0.822 3.180 2.389 0.412 4.669 3.409 1.650 3.585 4.064 0.969 2.910 5.854 0.069 3.008 0.152 0.979 0.201 4.616 0.841 0.313 1.986 2.994 4.485 7.035 3.453 2.235 1.278 2.864 1.775 4.912 1.874 0.822 2.056 1.549 0.258 2.792 0.420 1.492 0.096 0.121 0.671 1.799 1.516 0.620 0.724 0.387 nan nan 0.740 2.081 0.415 0.739 0.848 0.494 0.958 1.604 1.997 0.748 0.509 0.450 0.393 1.048 2.558 0.530 1.198 1.028 0.723 2875 chr12 96175880 96209485 + 0 NA intron (NR_135014, intron 2 of 2) (GAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -4193 NR_135016 105369920 Hs.145556 NR_135016 ENSG00000258292 LINC02410 - long intergenic non-protein coding RNA 2410 ncRNA 1.153 0.837 0.674 3.042 0.160 0.078 2.531 0.092 0.242 1.789 0.466 0.662 0.138 0.050 0.127 0.249 1.255 0.241 1.845 0.921 5.037 0.013 0.280 0.233 0.608 2.488 2.166 0.116 2.789 1.809 1.330 1.743 1.276 nan 1.727 1.608 0.029 0.058 0.116 0.799 0.052 0.266 0.271 0.202 1.828 1.830 3.385 0.610 2.510 0.522 0.789 3.089 0.249 1.729 7.622 0.608 1.024 3.331 0.070 0.213 0.391 0.918 0.021 0.085 0.378 0.281 0.114 0.276 0.150 0.891 3.756 1.049 1.084 0.345 0.132 0.260 0.271 0.584 nan 0.378 nan 0.428 0.316 0.180 0.300 0.154 0.144 0.390 0.540 1.594 0.939 5819 chr19 55982048 55989716 + 0 NA Intergenic Intergenic -1817 NM_033113 89887 Hs.525209 NM_033113 ENSG00000197483 ZNF628 ZEC|Zfp628 zinc finger protein 628 protein-coding 2.407 1.366 3.581 2.111 1.467 1.457 1.587 1.561 3.415 1.440 2.245 1.623 0.518 0.833 1.599 2.803 0.544 0.127 1.537 0.796 1.393 1.119 0.471 0.357 1.579 0.512 0.611 1.959 1.984 1.398 1.543 3.806 1.950 3.072 0.801 1.239 0.373 1.633 0.116 0.568 1.248 5.653 1.224 0.679 3.959 1.381 2.448 1.136 2.423 1.305 1.411 1.656 2.803 3.004 2.084 1.579 1.593 1.167 0.888 2.162 1.217 2.718 1.182 1.512 3.578 1.127 0.687 2.732 3.187 1.527 2.205 2.914 3.282 5.679 2.568 0.949 0.927 2.102 2.742 3.346 4.144 2.466 2.874 1.404 2.215 2.012 1.607 2.011 3.467 2.503 1.299 1533 chr10 76048027 76055842 + 0 NA intron (NM_001123, intron 3 of 10) intron (NM_001123, intron 3 of 10) 115687 NM_001202449 132 Hs.656586 NM_001123 ENSG00000156110 ADK AK adenosine kinase protein-coding 0.721 nan 0.724 1.161 0.199 0.183 0.791 0.124 0.442 1.074 0.689 1.581 3.794 0.038 0.443 0.191 1.237 0.311 1.252 0.267 0.958 0.036 0.201 0.225 0.510 0.576 0.377 0.028 1.591 1.076 0.993 1.194 0.803 1.226 0.672 0.096 0.429 0.055 0.093 0.165 0.132 0.141 0.100 0.030 0.460 0.492 0.915 0.118 0.167 0.280 0.040 0.621 0.191 1.126 0.262 0.510 0.359 0.790 0.075 0.030 0.078 0.243 0.101 0.047 0.292 0.017 0.013 0.219 0.280 0.439 1.174 0.344 0.553 1.592 0.457 0.277 0.238 0.951 0.935 0.966 nan 0.267 0.094 0.071 0.262 0.590 0.989 0.234 nan 0.412 0.298 7979 chr3 168507136 168514447 + 0 NA intron (NR_021485, intron 7 of 15) intron (NR_021485, intron 7 of 15) -108942 NR_109989 100507661 Hs.65918 NR_109989 ENSG00000242268 LINC02082 - long intergenic non-protein coding RNA 2082 ncRNA 1.038 1.158 0.820 0.266 0.322 0.046 0.107 0.219 0.346 0.095 0.039 0.034 0.150 0.096 0.123 0.162 0.044 0.044 0.042 1.180 0.474 0.049 0.010 0.122 0.044 0.143 0.127 0.164 0.151 0.060 0.022 0.091 0.091 0.016 0.087 0.050 0.008 0.021 0.059 0.047 0.071 0.101 0.086 0.036 0.027 0.123 0.049 0.089 0.049 0.017 0.022 0.040 0.008 0.292 0.055 0.100 0.021 0.008 0.438 0.342 0.188 0.269 0.866 0.790 12.665 5.444 0.227 0.211 0.516 0.721 nan 1.100 nan 0.411 0.119 0.226 0.596 0.498 0.311 0.441 0.987 0.951 651 chr1 145381066 145402433 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 70 of 92) MER90|LTR|ERV1 -9345 NR_125968 101928979 Hs.735893 NR_125967 ENSG00000233396 LINC01719 - long intergenic non-protein coding RNA 1719 ncRNA 2.716 nan 2.810 1.139 1.219 1.140 1.169 0.505 1.218 0.448 1.686 1.200 0.535 0.969 3.113 1.018 1.599 0.444 2.004 0.923 1.748 1.474 1.345 0.793 1.120 1.121 0.944 0.707 1.056 0.490 5.601 8.296 1.264 9.941 1.021 2.035 0.299 2.200 0.227 1.190 0.656 1.385 1.181 0.570 1.052 0.606 0.941 1.334 3.267 1.861 0.535 2.314 1.018 2.745 1.539 1.120 1.055 1.407 0.379 3.044 1.388 1.596 1.803 1.087 0.413 0.776 0.518 1.932 2.857 1.625 2.516 1.983 1.737 3.711 1.287 3.366 3.409 1.787 2.273 2.350 3.319 2.060 2.004 3.999 4.376 2.380 2.155 2.699 4.460 1.457 0.735 176 chr1 25516029 25533332 + 0 NA Intergenic Intergenic 34333 NM_015484 25949 Hs.20013 NM_015484 ENSG00000117614 SYF2 CBPIN|NTC31|P29|fSAP29 SYF2 pre-mRNA splicing factor protein-coding 0.970 1.866 nan 0.122 0.497 1.292 0.129 0.167 0.473 0.016 0.098 0.085 0.011 0.053 0.809 0.283 0.091 0.147 0.116 0.011 0.029 0.016 0.163 0.100 0.083 0.070 0.016 0.045 0.055 0.006 0.939 8.054 0.061 2.249 0.042 0.052 0.027 0.070 0.099 0.037 0.094 0.045 0.022 0.019 0.027 0.044 0.152 0.145 0.054 0.014 0.061 0.283 0.076 0.058 0.083 0.036 0.068 0.397 0.120 0.293 0.051 0.092 0.070 0.048 0.007 0.003 0.484 0.604 0.621 1.939 1.590 1.487 0.385 0.095 0.368 0.397 0.325 0.506 0.822 1.194 0.557 0.460 0.317 0.379 0.073 0.093 0.247 0.284 0.529 0.600 4660 chr17 26277279 26326291 + 0 NA intron (NR_146896, intron 2 of 4) intron (NR_146896, intron 2 of 4) 16948 NR_146896 105371708 Hs.385535 NR_146896 LINC01992 - long intergenic non-protein coding RNA 1992 ncRNA nan nan nan 0.065 0.120 0.015 0.170 0.235 0.489 0.014 0.228 0.049 0.011 0.041 0.077 0.188 0.080 0.088 0.041 0.023 0.106 0.028 0.089 0.083 0.154 0.061 0.034 0.044 0.163 0.357 0.175 0.244 0.104 0.439 0.027 0.074 0.041 0.051 0.118 0.029 0.061 0.211 0.562 0.459 0.125 0.036 0.125 0.286 0.125 0.038 0.021 0.102 0.188 0.032 0.021 0.154 0.080 0.063 0.040 0.080 0.095 0.066 0.707 4.034 0.095 0.183 0.163 1.018 1.481 0.322 0.287 0.315 0.384 0.168 0.069 0.392 0.422 0.191 0.335 0.491 0.482 2.931 2.294 1.210 1.831 0.155 0.168 1.402 nan 0.680 0.548 256 chr1 36232640 36236754 + 0 NA intron (NM_001190481, intron 1 of 23) MER96B|DNA|hAT 854 NM_001330490 63967 Hs.175613 NM_022111 ENSG00000092853 CLSPN - claspin protein-coding 4.640 nan 3.873 2.443 6.717 3.573 2.253 1.904 2.993 0.720 2.184 1.297 0.530 1.230 2.403 2.142 1.751 0.359 1.596 0.597 1.887 1.017 2.803 1.491 6.654 0.994 0.980 1.365 1.917 0.538 1.811 4.227 1.277 8.662 1.065 1.371 0.372 2.977 0.164 0.636 1.756 3.114 1.640 0.701 0.775 0.602 1.076 1.458 1.448 3.159 1.440 0.804 2.142 2.927 2.546 6.654 0.803 1.159 0.450 4.000 1.745 0.897 1.475 1.435 0.777 1.414 0.559 4.218 3.313 4.155 5.301 7.782 6.556 nan 2.193 5.731 5.358 3.829 5.145 10.343 15.809 nan 5.234 3.632 5.256 2.619 2.877 5.886 4.824 2.718 nan 10264 chr7 28217983 28224841 + 0 NA promoter-TSS (NM_175061) promoter-TSS (NM_175061) -975 NM_175061 221895 Hs.368944 NM_175061 ENSG00000153814 JAZF1 TIP27|ZNF802 JAZF zinc finger 1 protein-coding 2.459 2.054 2.224 1.510 0.664 0.097 0.238 1.007 1.416 0.487 0.762 0.709 0.153 0.728 0.803 1.435 1.394 0.398 0.495 0.082 0.553 0.181 1.547 0.616 3.510 0.709 0.411 0.442 0.554 0.169 0.542 1.682 0.547 2.092 0.021 0.913 0.815 0.508 0.115 0.241 0.737 1.072 0.440 0.262 0.254 0.088 0.422 0.903 1.436 0.900 1.048 0.984 1.435 0.523 0.713 3.510 0.340 0.337 0.525 1.331 4.008 0.265 0.345 0.522 0.402 0.227 0.075 3.104 3.699 2.123 nan 2.739 2.013 2.476 1.277 2.789 2.249 0.172 0.379 1.253 1.686 0.880 0.675 0.370 1.066 2.131 1.777 0.775 nan 1.726 0.802 7613 chr3 54582099 54598622 + 0 NA intron (NM_018398, intron 5 of 37) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 83524 NR_027122 790952 Hs.720658 NR_027122 ENSG00000265992 ESRG HESRG embryonic stem cell related (non-protein coding) ncRNA 0.544 1.214 nan 0.044 0.129 0.034 0.047 0.714 1.148 0.261 0.033 0.564 0.395 0.043 0.167 0.247 0.101 0.058 0.038 0.023 0.009 0.121 0.079 0.152 0.004 0.018 0.027 0.075 0.039 0.148 0.076 0.374 0.009 2.304 0.035 0.014 0.069 0.072 0.072 0.033 0.005 0.033 0.037 0.064 0.128 0.020 0.035 0.009 0.032 0.247 0.031 0.006 0.152 0.044 0.025 0.035 0.031 0.049 0.019 0.030 0.044 0.018 0.010 0.012 0.221 0.171 3.898 10.058 0.254 0.353 1.225 0.316 0.105 0.083 0.126 0.281 0.214 0.262 nan 0.165 0.154 0.259 0.056 0.111 0.109 0.160 0.830 0.541 2810 chr12 79403437 79418339 + 0 NA intron (NM_001291901, intron 2 of 9) intron (NM_001291901, intron 2 of 9) -28545 NM_001135806 6857 Hs.310545 NM_005639 ENSG00000067715 SYT1 P65|SVP65|SYT synaptotagmin 1 protein-coding nan 1.081 0.762 0.087 2.701 0.317 0.062 1.901 3.829 0.006 0.068 0.199 0.021 0.963 1.522 0.257 0.208 0.130 0.166 0.025 0.026 0.047 2.194 1.216 3.549 0.074 0.024 0.039 0.095 0.028 0.140 0.404 0.166 2.056 0.117 0.085 0.471 0.043 0.084 0.024 0.091 0.056 0.026 0.083 0.036 0.117 0.107 0.137 0.029 0.037 0.081 0.257 0.043 0.037 3.549 0.024 0.073 0.026 0.024 0.763 0.037 0.024 0.271 0.028 0.023 0.017 0.278 0.231 0.125 0.197 2.178 2.444 2.934 1.886 0.259 0.249 1.699 1.806 nan 7.188 0.581 0.320 0.118 0.241 1.653 2.862 0.471 0.986 nan 0.671 6704 chr2 232161518 232175156 + 0 NA intron (NM_001352759, intron 19 of 19) L1M4|LINE|L1 -59082 NR_039937 100616317 NR_039937 ENSG00000263641 MIR4777 - microRNA 4777 ncRNA 0.941 nan 0.842 0.089 0.161 0.086 1.226 0.094 0.324 0.043 0.144 0.095 0.242 0.028 0.073 0.343 0.033 0.119 0.689 0.320 0.056 0.031 0.127 0.118 0.263 0.658 0.403 0.043 0.903 0.333 2.153 6.942 3.228 0.629 1.951 0.109 0.007 0.040 0.130 0.068 0.070 0.101 0.027 0.053 1.842 0.903 0.336 0.111 0.343 0.109 0.279 1.233 0.343 1.115 1.441 0.263 0.147 1.553 0.050 0.112 0.037 0.613 0.065 0.144 0.090 0.025 0.015 0.492 0.350 1.753 0.685 0.271 0.332 0.360 0.243 0.258 0.276 0.322 0.498 1.008 nan 0.343 0.236 0.209 0.340 0.083 0.108 0.398 1.016 0.442 0.409 9468 chr6 17981441 17994871 + 0 NA promoter-TSS (NM_001105568) promoter-TSS (NM_001105568) -302 NM_001243423 63971 Hs.94499 NM_022113 ENSG00000137177 KIF13A RBKIN|bA500C11.2 kinesin family member 13A protein-coding 2.050 nan 1.762 0.866 0.371 0.037 0.840 0.493 0.829 0.864 1.954 1.126 0.181 0.218 0.456 0.799 1.392 0.337 1.957 0.604 0.380 0.732 0.221 0.204 1.121 2.695 2.860 0.396 0.750 0.562 0.802 1.457 1.548 1.163 0.772 0.402 0.036 1.010 0.098 0.479 0.693 2.064 1.105 0.575 0.548 0.337 2.275 1.501 1.261 2.200 0.351 0.957 0.799 2.960 0.835 1.121 0.483 0.782 0.246 1.679 0.234 1.260 0.713 0.296 0.620 1.012 0.648 0.740 0.914 1.603 2.992 0.861 0.843 0.354 0.147 1.767 1.750 1.748 2.534 1.029 1.653 1.127 1.063 0.821 1.838 0.104 0.124 1.053 1.212 0.313 0.424 4840 chr17 47704379 47709880 + 0 NA intron (NM_001007228, intron 1 of 9) intron (NM_001007228, intron 1 of 9) 48396 NM_001007229 8405 Hs.463382 NM_003563 ENSG00000121067 SPOP BTBD32|TEF2 speckle type BTB/POZ protein protein-coding 1.214 1.185 nan 0.209 0.151 0.051 0.248 0.235 0.534 0.051 0.158 0.185 6.348 0.036 0.064 0.110 0.350 0.132 0.219 0.070 0.130 0.039 0.172 0.273 0.104 0.146 0.040 0.070 0.062 0.019 0.146 nan 0.129 0.318 0.079 0.101 0.034 0.254 0.170 0.022 0.073 0.147 0.033 0.057 0.088 0.054 0.369 0.182 0.143 0.201 0.150 0.110 0.179 0.302 0.104 0.044 0.015 0.148 0.096 0.074 0.123 0.056 0.325 0.027 0.013 0.018 0.420 0.488 0.280 0.394 0.316 nan 0.429 0.133 0.714 0.635 0.579 0.953 0.496 nan 0.668 0.446 0.280 0.469 0.191 0.135 0.866 1.970 0.581 0.486 4545 chr17 2444966 2467505 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 -40688 NM_000430 5048 Hs.77318 NM_000430 ENSG00000007168 PAFAH1B1 LIS1|LIS2|MDCR|MDS|NudF|PAFAH platelet activating factor acetylhydrolase 1b regulatory subunit 1 protein-coding 1.271 0.790 0.872 0.068 0.149 0.093 0.283 0.178 0.291 0.021 0.065 0.150 0.013 0.027 0.124 0.210 0.073 0.180 0.132 0.076 0.042 0.030 0.062 0.072 0.146 0.241 0.113 0.035 0.167 0.210 0.107 0.547 0.203 0.432 0.036 0.158 0.030 0.063 0.103 0.010 0.035 0.156 0.038 0.031 0.136 0.211 0.090 0.181 0.210 0.117 0.073 0.162 0.210 0.414 0.182 0.146 0.168 0.045 0.077 0.134 0.158 0.236 0.079 1.013 0.030 0.031 0.018 0.444 0.393 0.230 0.382 0.388 0.457 0.547 0.247 0.234 0.314 0.265 0.526 0.235 0.348 0.854 0.581 0.137 0.208 0.063 0.082 1.409 4.673 0.337 0.370 4344 chr16 46776587 46807215 + 0 NA intron (NM_001308301, intron 1 of 11) intron (NM_001308301, intron 1 of 11) 5257 NM_001308301 91807 Hs.130465 NM_182493 ENSG00000140795 MYLK3 MLCK|MLCK2|caMLCK myosin light chain kinase 3 protein-coding 0.998 1.091 0.666 0.080 1.208 1.640 0.053 0.266 0.360 0.037 0.172 0.066 0.106 0.017 0.309 0.284 0.125 0.058 0.104 0.050 0.064 0.036 0.101 0.101 0.552 0.091 0.048 1.474 0.067 0.069 0.165 0.086 0.781 0.043 0.096 0.087 0.105 0.070 0.015 0.135 0.162 0.099 0.036 0.046 0.044 0.163 0.182 0.165 0.114 0.039 0.147 0.284 0.109 0.030 0.552 0.012 0.122 0.126 0.075 0.797 0.060 0.039 0.141 0.042 0.015 0.011 0.392 0.439 0.165 0.221 0.487 0.537 1.188 0.247 0.417 0.404 0.194 0.306 3.271 3.735 0.442 0.258 0.174 0.186 0.386 0.465 0.319 0.686 0.829 0.532 5273 chr18 38966902 38979504 + 0 NA Intergenic Intergenic 127438 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 1.074 0.736 0.035 0.290 0.151 0.023 4.179 8.143 0.015 0.131 0.263 0.044 0.498 0.099 1.171 0.047 0.013 0.025 0.030 0.015 0.408 0.186 0.239 0.172 0.016 0.012 0.049 0.017 0.038 0.058 0.069 0.603 0.035 0.025 0.136 0.034 0.101 0.028 0.057 0.059 0.086 0.111 0.061 0.013 0.046 0.111 0.065 0.028 0.025 0.053 1.171 0.034 0.007 0.172 0.019 0.066 0.031 0.041 1.481 0.056 0.070 0.098 0.024 0.009 0.569 0.273 1.137 1.283 0.995 0.942 5.590 1.671 0.072 0.118 0.702 0.989 nan 0.696 0.358 0.268 0.142 0.200 1.668 1.706 0.321 0.601 2.487 1.726 6542 chr2 189148857 189171903 + 0 NA intron (NR_045563, intron 2 of 12) intron (NR_045563, intron 2 of 12) -1839 NR_030287 693146 NR_030287 ENSG00000207951 MIR561 MIRN561|hsa-mir-561|mir-561 microRNA 561 ncRNA 0.817 0.926 2.171 3.206 0.972 0.024 1.958 0.125 0.214 0.560 0.615 1.347 0.689 0.454 0.077 0.177 1.303 0.266 2.151 0.651 1.728 0.865 0.838 0.703 0.031 0.529 0.518 0.543 2.825 1.014 1.662 2.045 1.623 5.426 0.983 2.634 0.337 1.457 0.099 0.590 0.069 0.644 0.673 0.298 1.528 1.356 0.888 0.772 1.798 0.944 1.030 0.924 0.177 1.095 1.385 0.031 0.955 0.945 0.034 1.483 1.342 1.256 0.034 0.017 0.404 0.940 0.499 0.303 0.270 1.465 4.337 0.126 0.186 3.051 0.940 0.576 0.535 nan 1.340 0.821 1.122 0.804 0.873 0.179 0.337 2.097 2.915 0.304 nan 0.591 0.372 1221 chr1 235488332 235495243 + 0 NA promoter-TSS (NR_135074) promoter-TSS (NR_135074) 34 NM_001037277 9453 Hs.730768 NM_004837 ENSG00000152904 GGPS1 GGPPS|GGPPS1 geranylgeranyl diphosphate synthase 1 protein-coding 6.928 5.570 4.502 5.305 6.474 3.619 3.959 3.314 5.760 1.580 4.148 3.134 1.543 1.052 3.072 3.693 3.653 0.280 4.416 1.127 2.046 3.090 4.191 2.372 5.245 3.333 3.382 1.927 4.146 2.533 4.152 6.529 4.005 8.712 1.577 5.272 0.386 3.972 0.157 1.027 2.502 5.235 4.294 1.800 3.868 2.144 5.156 4.218 3.498 3.158 3.557 6.261 3.693 3.932 3.138 5.245 1.749 1.883 0.958 2.704 2.473 4.366 0.920 1.823 1.936 2.608 1.526 5.548 5.681 10.562 15.953 11.619 10.068 nan 3.513 18.590 19.225 4.255 5.224 nan 7.920 6.334 6.842 2.037 4.597 2.307 2.842 6.852 8.222 nan 1.441 6135 chr2 56235049 56251740 + 0 NA intron (NR_126406, intron 1 of 2) MIR3|SINE|MIR -15464 NR_030623 100126319 NR_030623 ENSG00000211520 MIR216B MIRN216B|mir-216b microRNA 216b ncRNA 2.212 nan 2.832 0.064 0.197 0.037 0.472 1.278 2.429 0.034 0.272 0.570 0.015 0.035 2.852 3.320 0.184 0.077 0.129 0.023 0.315 0.008 4.060 2.794 0.831 0.162 0.063 0.101 0.111 0.157 0.082 0.286 0.086 7.801 0.088 0.742 1.528 0.071 0.125 0.141 1.367 0.149 0.094 0.079 0.032 0.082 0.163 0.192 0.078 0.022 0.059 0.121 3.320 0.062 0.133 0.831 0.014 0.015 1.257 0.154 0.310 0.099 0.345 1.089 0.037 0.031 0.015 0.676 0.787 0.187 0.389 2.540 2.724 5.244 2.383 0.291 0.320 4.900 5.215 1.052 1.466 6.748 6.569 0.537 0.620 5.339 6.120 2.196 3.761 1.429 0.703 1200 chr1 232713547 232737156 + 0 NA Intergenic Intergenic -73997 NM_020808 57568 Hs.745009 NM_020808 ENSG00000116991 SIPA1L2 SPAL2 signal induced proliferation associated 1 like 2 protein-coding 1.461 2.248 1.326 0.072 0.652 0.501 0.066 2.458 4.702 0.040 0.178 0.265 0.045 0.038 0.158 0.573 0.453 0.057 0.086 0.032 0.165 0.030 1.658 0.520 1.291 0.126 0.043 0.009 0.098 0.004 0.304 1.375 1.386 0.780 0.068 0.129 0.105 0.060 0.109 0.030 0.672 0.137 0.016 0.046 0.073 0.075 0.122 0.179 0.219 0.033 0.097 0.170 0.573 0.139 0.020 1.291 0.094 0.077 0.370 0.042 0.621 0.217 0.151 0.157 0.045 0.024 0.004 0.462 0.375 1.153 2.342 1.017 1.094 nan 0.630 0.220 0.193 1.420 1.886 nan 1.864 0.650 0.421 0.258 0.307 0.420 0.717 0.400 0.789 nan 1.653 1757 chr11 2187422 2240025 + 0 NA Intergenic Intergenic 19430 NR_039834 100616126 NR_039834 ENSG00000265258 MIR4686 - microRNA 4686 ncRNA 0.541 1.268 0.704 0.260 0.120 0.406 2.696 0.317 0.639 0.599 0.074 0.053 0.015 1.330 0.053 1.265 0.041 0.046 0.675 0.342 0.115 0.029 0.156 0.156 0.690 0.139 0.052 0.114 0.267 0.539 0.503 2.293 0.468 0.766 0.449 0.055 0.153 0.034 0.043 0.110 0.018 1.029 1.448 0.650 0.129 0.261 0.872 0.552 0.245 0.062 0.032 1.386 1.265 0.986 0.082 0.690 0.172 2.978 0.079 0.411 0.317 0.894 2.420 0.019 0.528 0.215 0.187 3.004 4.219 0.576 0.926 0.637 0.650 1.355 0.576 3.422 3.567 0.113 0.212 0.821 1.204 0.684 0.686 2.774 3.358 0.629 0.629 0.139 0.133 0.658 0.458 4193 chr16 3011215 3021176 + 0 NA exon (NM_001253726, exon 3 of 9) exon (NM_001253726, exon 3 of 9) 1978 NM_001253726 79412 Hs.661128 NM_024507 ENSG00000131650 KREMEN2 KRM2 kringle containing transmembrane protein 2 protein-coding 3.214 nan 2.236 1.993 2.776 1.913 0.877 1.898 2.926 0.501 1.241 0.194 0.037 0.661 4.574 2.016 0.265 0.065 0.871 0.409 0.673 0.821 0.897 0.418 1.036 0.359 0.255 1.963 1.351 0.265 2.601 6.134 1.358 6.231 0.545 1.920 0.771 2.996 0.125 0.364 0.907 1.897 0.660 0.532 0.285 0.319 1.130 0.352 1.956 2.200 2.230 1.385 2.016 1.349 1.612 1.036 0.432 0.541 1.135 7.057 1.322 0.420 1.099 1.866 0.345 0.953 0.581 2.633 3.426 1.880 2.333 2.343 1.976 nan 1.724 2.526 2.335 1.513 nan 2.240 3.494 3.143 3.371 1.412 2.886 2.468 2.557 3.417 4.927 1.374 0.670 918 chr1 180916959 180946716 + 0 NA Intergenic Intergenic -7814 NR_145481 103344928 Hs.665319 NR_145481 ENSG00000232586 KIAA1614-AS1 - KIAA1614 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 6.099 0.200 0.396 0.846 0.229 0.152 0.286 0.035 0.291 0.254 0.021 0.037 0.910 0.949 0.340 0.113 0.449 0.121 0.148 0.060 1.013 0.520 0.748 0.267 0.226 0.077 0.415 0.089 0.146 0.452 0.204 1.054 0.137 0.185 0.793 0.164 0.083 0.044 0.296 0.115 0.085 0.047 0.307 0.178 0.102 0.198 0.241 0.065 0.143 0.262 0.949 0.316 0.041 0.748 0.142 0.152 0.340 0.236 0.109 0.080 0.541 0.200 0.028 0.128 0.086 0.597 0.943 0.719 1.164 1.029 nan 0.703 0.247 nan 0.762 1.547 2.460 0.887 1.012 0.544 0.619 1.467 1.943 1.949 2.008 0.409 nan 1.760 1.027 8406 chr4 66516089 66537992 + 0 NA intron (NM_001281765, intron 1 of 17) intron (NM_001281765, intron 1 of 17) 8166 NM_001318761 2044 Hs.654492 NM_004439 ENSG00000145242 EPHA5 CEK7|EHK-1|EHK1|EK7|HEK7|TYRO4 EPH receptor A5 protein-coding nan nan 0.851 0.184 0.448 0.046 0.080 0.073 0.247 0.004 0.199 0.420 0.023 0.032 0.135 1.262 1.290 0.168 0.158 0.061 1.299 0.019 0.078 0.086 0.164 0.031 0.010 0.420 0.149 0.115 0.187 0.300 0.042 0.751 0.199 4.333 0.894 0.123 0.066 0.094 0.301 0.101 0.038 0.029 0.090 0.007 0.044 0.456 0.207 0.247 0.201 0.024 1.262 0.082 0.013 0.164 0.011 0.015 0.188 0.360 0.208 0.022 0.049 0.079 0.195 0.013 0.005 0.407 0.416 0.393 0.649 0.490 0.460 0.243 0.091 0.293 0.332 1.415 1.623 0.485 0.524 0.564 0.416 0.110 0.275 2.838 3.708 0.220 0.442 0.265 0.262 1413 chr10 29944314 29951666 + 0 NA intron (NM_001323600, intron 2 of 36) intron (NM_001323600, intron 2 of 36) -24089 NM_021738 6840 Hs.499209 NM_003174 ENSG00000197321 SVIL - supervillin protein-coding 0.657 1.430 0.652 2.015 0.084 0.151 2.333 0.917 1.867 0.703 0.841 1.027 1.957 0.802 1.515 5.081 0.528 1.793 1.346 6.875 0.065 0.045 1.341 0.350 0.156 0.522 1.214 1.759 0.704 1.510 1.599 0.998 0.803 0.735 0.039 0.019 0.077 1.028 0.076 1.177 0.828 0.414 1.720 2.928 0.510 3.427 1.187 1.409 1.019 0.486 1.515 3.104 3.074 1.341 0.683 1.591 0.145 2.334 0.013 0.618 0.034 0.413 2.194 1.802 0.248 0.204 1.371 6.301 1.118 1.162 0.682 0.138 0.282 0.204 0.614 1.084 0.638 0.972 0.231 0.155 0.171 0.162 0.087 0.144 0.212 0.545 0.275 0.339 11805 chr9 131900082 131911011 + 0 NA intron (NM_178000, intron 9 of 9) intron (NM_178000, intron 9 of 9) 31579 NM_001193397 5524 Hs.400740 NM_021131 ENSG00000119383 PTPA PP2A|PPP2R4|PR53 protein phosphatase 2 phosphatase activator protein-coding nan 1.957 3.185 3.315 2.579 4.152 2.817 2.819 4.969 2.095 6.815 3.008 0.626 0.802 2.773 5.591 3.194 0.420 4.982 2.138 3.191 0.228 1.191 0.558 5.531 2.885 3.904 2.235 5.081 1.369 5.036 8.066 2.329 5.615 3.529 5.960 1.105 0.864 0.095 2.077 2.214 7.792 4.176 1.635 1.716 2.806 2.635 7.899 4.990 6.302 2.526 3.442 5.591 4.698 3.113 5.531 1.839 2.838 1.612 4.426 1.707 4.925 2.012 1.072 3.881 4.538 3.907 2.079 2.869 3.250 4.881 6.856 6.076 nan 0.145 0.598 0.676 1.867 2.406 4.241 5.057 3.930 4.127 1.471 2.531 2.984 3.165 1.411 2.092 0.886 0.519 9959 chr6 138349648 138360460 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 73606 NM_022121 64065 Hs.201446 NM_022121 ENSG00000112378 PERP KCP1|KRTCAP1|PIGPC1|THW|dJ496H19.1 PERP, TP53 apoptosis effector protein-coding 0.896 2.213 0.835 0.062 0.655 0.213 0.196 0.275 0.452 0.246 0.070 0.068 0.017 0.010 0.254 0.763 0.075 0.015 0.059 0.018 0.035 0.038 0.116 0.077 0.235 0.058 0.013 0.013 0.120 0.029 0.112 0.873 0.152 5.015 0.149 0.085 0.750 0.020 0.099 0.011 0.066 0.152 0.045 0.036 0.050 0.099 0.331 0.019 0.205 0.105 0.029 0.266 0.763 0.110 0.042 0.235 0.261 0.218 0.179 0.065 0.123 0.014 0.073 0.092 0.043 0.019 0.338 0.208 0.453 1.337 0.459 0.559 nan 0.487 0.321 0.323 0.078 0.220 0.695 0.592 0.625 0.200 0.161 0.269 4.733 6.927 0.415 nan 0.692 0.510 7539 chr3 20964836 20972511 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -478545 NR_002311 391518 Hs.543226 NR_002311 VENTXP7 HPX42|VENTX1 VENT homeobox pseudogene 7 pseudo 0.558 0.633 0.539 1.106 0.046 0.012 0.239 0.342 0.375 0.133 0.108 0.078 0.023 0.083 0.203 0.105 0.028 0.025 0.019 0.102 0.151 0.016 0.009 0.009 0.079 0.039 0.042 0.133 0.018 0.194 0.057 0.036 0.058 0.015 0.049 0.016 0.020 0.060 0.016 0.020 0.014 0.020 0.030 0.091 0.042 0.055 0.010 0.017 0.083 0.010 0.012 0.016 0.032 0.076 0.098 0.019 0.039 0.231 0.032 0.015 0.743 0.549 6.080 7.081 0.111 0.233 0.092 0.039 0.238 0.166 0.655 0.816 0.369 0.378 nan 0.156 0.449 0.985 0.319 0.347 0.162 0.216 0.545 0.375 7326 chr22 23499835 23506909 + 0 NA intron (NM_004914, intron 10 of 10) intron (NM_004914, intron 10 of 10) 15861 NR_146295 9609 Hs.353024 NM_004914 ENSG00000100228 RAB36 - RAB36, member RAS oncogene family protein-coding 1.399 nan 0.991 0.131 0.177 0.047 0.114 0.091 0.144 0.065 0.106 0.025 0.014 0.163 0.149 0.054 0.150 0.036 0.036 0.327 0.243 3.139 0.069 0.051 0.269 0.086 0.015 0.145 nan 0.242 0.329 0.002 0.112 0.136 0.130 0.081 0.017 2.025 0.099 0.034 0.022 0.036 0.032 0.122 0.116 0.069 0.074 0.012 0.086 0.149 0.166 0.026 3.139 0.034 0.058 0.898 0.104 0.100 0.033 0.057 0.021 0.022 0.028 0.452 0.584 0.340 0.504 3.390 3.410 4.029 1.045 0.389 0.508 1.406 2.174 0.279 0.341 0.621 0.372 0.238 0.249 0.905 0.945 0.218 0.281 5.027 2.755 2107 chr11 75074091 75100756 + 0 NA Intergenic Intergenic -23112 NM_001260506 6188 Hs.546286 NM_001005 ENSG00000149273 RPS3 S3 ribosomal protein S3 protein-coding nan 1.544 0.786 0.132 0.327 0.553 1.333 0.112 0.325 0.334 0.202 0.190 0.501 0.338 0.342 0.188 0.082 0.144 0.498 0.291 0.223 0.073 0.100 0.111 0.238 0.699 0.375 0.125 0.321 0.639 0.801 nan 1.195 0.813 0.676 0.472 0.072 0.142 0.123 0.163 0.107 0.704 0.317 0.189 0.752 0.961 1.302 0.298 1.047 0.092 0.556 2.660 0.188 0.726 4.070 0.238 0.201 3.716 0.070 0.425 0.274 0.513 0.348 0.354 0.100 0.043 0.036 0.602 0.496 0.302 0.509 0.604 0.707 1.032 0.290 0.692 0.829 0.555 0.906 1.079 1.222 0.720 0.505 0.508 0.647 0.300 0.508 0.529 1.293 0.404 0.431 6960 chr20 35806064 35808851 + 0 NA promoter-TSS (NM_001324299) promoter-TSS (NM_001324299) 8 NM_001324306 6185 Hs.370895 NM_002951 ENSG00000118705 RPN2 RIBIIR|RPN-II|RPNII|SWP1 ribophorin II protein-coding 8.870 9.224 6.288 10.872 9.142 5.726 3.643 4.041 9.180 6.440 6.647 6.955 3.778 3.355 6.081 5.929 6.403 1.101 8.144 2.898 9.486 5.621 3.612 1.757 8.831 3.139 4.215 4.316 6.057 2.463 8.216 nan 9.900 16.031 4.201 7.949 1.126 7.336 0.196 5.543 4.283 10.514 7.243 2.937 4.506 3.296 6.447 9.520 7.202 8.325 5.066 6.183 5.929 11.265 6.303 8.831 5.480 7.506 1.774 14.217 3.498 7.448 3.814 3.874 8.231 5.301 4.338 14.174 15.243 10.398 16.315 9.298 nan 16.310 9.852 22.797 23.583 7.057 9.151 13.322 22.435 15.967 17.260 10.110 16.504 7.161 8.214 10.340 11.038 2.910 1.894 1598 chr10 97046154 97056004 + 0 NA promoter-TSS (NM_020992) promoter-TSS (NM_020992) -174 NM_020992 9124 Hs.368525 NM_020992 ENSG00000107438 PDLIM1 CLIM1|CLP-36|CLP36|HEL-S-112|hCLIM1 PDZ and LIM domain 1 protein-coding 1.702 3.465 1.570 0.455 0.721 0.767 1.365 0.719 1.717 1.403 1.678 1.479 3.125 0.342 0.623 0.444 1.109 0.197 1.019 0.386 1.043 0.140 0.910 0.326 3.374 0.802 0.491 0.173 0.545 0.557 1.525 5.327 0.898 7.143 0.476 0.429 0.289 0.571 0.060 0.157 1.352 1.346 0.689 0.431 0.487 0.561 1.146 0.163 2.662 0.353 0.224 2.048 0.444 1.985 0.300 3.374 0.602 1.001 0.709 0.939 0.680 0.799 0.322 1.296 0.968 2.075 1.723 0.812 1.234 2.089 3.101 1.760 1.636 2.721 1.208 0.506 0.399 0.817 0.968 nan 4.718 0.686 0.793 0.539 0.842 1.056 0.988 1.632 2.000 0.675 0.508 9395 chr6 3329755 3368604 + 0 NA intron (NR_104448, intron 3 of 11) intron (NR_104448, intron 3 of 11) 90017 NM_001128592 389362 Hs.207069 NM_001128591 ENSG00000180822 PSMG4 C6orf86|PAC4|bA506K6.2 proteasome assembly chaperone 4 protein-coding 1.580 1.791 1.601 0.085 0.829 0.270 0.172 0.459 0.848 0.081 0.874 1.009 0.027 0.169 3.393 2.457 1.334 0.195 0.353 0.220 0.118 0.075 0.546 0.218 1.103 0.473 0.248 0.063 0.102 0.125 0.963 4.336 0.548 0.302 0.019 0.108 0.116 0.126 0.102 0.103 0.431 0.278 0.113 0.068 0.238 0.055 0.290 0.358 0.637 0.235 0.512 0.428 2.457 0.458 0.048 1.103 0.104 0.642 0.269 0.253 3.092 0.195 2.732 3.508 0.434 0.036 0.016 0.960 1.561 1.008 1.827 0.904 0.868 1.925 0.580 0.845 0.925 0.428 0.655 1.244 1.257 2.365 1.484 1.210 2.081 0.681 0.779 2.224 7.660 1.272 0.859 3453 chr14 31664187 31684831 + 0 NA intron (NM_015382, intron 2 of 42) intron (NM_015382, intron 2 of 42) 2220 NM_015382 25831 Hs.708017 NM_015382 ENSG00000092148 HECTD1 EULIR HECT domain E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding 2.945 1.527 1.875 1.704 1.868 1.010 1.907 1.117 1.809 0.379 0.965 1.281 2.870 0.494 1.450 1.128 3.217 0.771 2.031 0.560 1.485 1.061 0.451 0.383 1.636 1.256 1.419 0.480 2.617 1.461 8.457 10.674 2.160 3.032 0.944 1.310 0.349 1.290 0.124 0.583 1.844 1.320 1.764 0.819 1.204 1.716 0.981 1.311 1.885 1.158 1.184 1.720 1.128 2.098 2.575 1.636 1.007 0.643 0.415 1.814 1.029 1.466 0.566 0.505 1.212 0.703 0.514 1.266 1.308 2.364 3.617 2.935 3.187 1.539 0.756 3.993 4.216 1.585 2.155 2.477 3.759 2.599 2.368 1.414 2.712 1.822 1.880 1.512 1.418 1.014 0.685 1856 chr11 26869695 26882600 + 0 NA Intergenic Intergenic -132573 NM_178498 159963 Hs.148907 NM_178498 ENSG00000148942 SLC5A12 SMCT2 solute carrier family 5 member 12 protein-coding 1.243 1.029 0.642 0.057 0.151 0.022 0.055 0.062 0.294 0.023 0.101 0.028 0.009 0.054 0.491 0.080 0.887 0.212 0.065 0.044 0.018 0.085 0.089 0.185 0.021 0.017 0.023 0.037 0.008 0.074 0.083 0.053 0.431 0.011 0.037 0.399 0.017 0.056 0.019 0.056 0.050 0.009 0.012 0.034 0.024 0.045 0.100 0.032 0.006 0.025 0.031 0.080 0.033 0.029 0.185 0.028 0.013 0.233 0.009 0.023 0.042 0.099 0.039 0.011 0.009 0.008 0.538 0.376 0.190 0.338 0.288 0.306 0.289 0.117 0.242 0.299 5.840 5.405 0.331 0.265 1.179 1.114 0.218 0.308 0.912 0.951 0.187 0.223 0.465 0.516 1491 chr10 63505046 63526126 + 0 NA intron (NM_173554, intron 4 of 6) intron (NM_173554, intron 4 of 6) 92867 NM_173554 219621 Hs.673160 NM_173554 ENSG00000183346 CABCOCO1 C10orf107|bA63A2.1 ciliary associated calcium binding coiled-coil 1 protein-coding 0.731 nan 0.709 0.888 0.054 0.485 0.313 0.483 0.476 0.310 1.334 0.038 0.114 0.071 0.043 2.227 0.168 0.470 0.395 0.094 0.007 0.134 0.121 0.302 0.947 0.521 0.025 0.889 0.321 0.683 2.631 0.322 0.287 0.520 0.255 0.176 0.165 0.110 0.224 0.058 0.126 0.105 0.041 0.481 0.249 0.242 0.252 0.135 0.067 0.671 0.474 0.043 0.244 0.101 0.302 0.255 0.597 0.052 0.428 0.056 0.505 0.550 0.124 0.141 0.055 0.035 0.527 0.323 4.502 10.438 0.247 0.387 0.276 0.116 0.443 0.464 0.579 0.739 0.357 0.306 0.196 0.102 0.353 0.696 0.611 0.696 0.229 nan 0.836 0.521 1804 chr11 12285511 12317480 + 0 NA Intergenic Intergenic -6952 NM_032867 84953 Hs.60371 NM_032867 ENSG00000133816 MICALCL Ebitein1 MICAL C-terminal like protein-coding 0.939 nan 1.868 0.893 1.427 4.992 1.618 0.381 0.840 0.146 1.272 1.687 0.019 0.371 1.044 0.550 0.657 0.182 0.926 0.636 0.397 0.017 0.328 0.170 3.327 0.523 0.382 0.361 0.386 0.676 0.594 2.204 0.530 3.623 0.407 0.249 0.092 0.051 0.069 0.556 0.305 1.771 0.641 0.317 0.558 0.233 0.492 3.028 0.415 0.373 0.109 0.547 0.550 0.700 1.199 3.327 0.138 0.171 0.164 0.242 0.232 0.667 0.278 0.151 2.373 0.837 0.620 nan 0.757 0.525 0.871 1.937 2.143 3.959 0.960 1.400 1.540 0.968 nan 2.436 1.727 0.989 0.988 0.632 0.951 0.362 0.445 0.297 0.478 2.637 nan 632 chr1 120448550 120455536 + 0 NA Intergenic L1ME3|LINE|L1 -12896 NM_021794 11085 Hs.283011 NM_021794 ENSG00000134249 ADAM30 svph4 ADAM metallopeptidase domain 30 protein-coding 1.417 0.692 1.941 0.115 0.543 0.048 0.081 0.275 0.739 0.014 0.065 0.102 0.009 0.070 0.317 0.147 0.116 0.144 0.099 0.027 0.018 0.202 0.107 0.446 0.044 0.021 0.021 0.094 0.092 0.175 0.091 0.500 0.021 0.077 0.123 0.048 0.133 0.034 5.449 0.172 0.017 0.011 0.047 0.055 0.201 0.128 0.012 0.056 0.147 0.051 0.053 0.446 0.052 0.059 0.028 0.116 0.043 0.023 0.129 0.054 0.011 0.049 0.007 0.439 0.561 0.173 0.247 2.324 3.229 0.136 0.060 0.179 0.191 0.159 0.410 0.330 0.536 0.606 0.650 0.262 0.195 0.437 0.354 0.248 0.395 2.832 1.282 2357 chr11 128087399 128093963 + 0 NA intron (NR_146647, intron 3 of 3) AluJb|SINE|Alu 12020 NR_146647 105369564 Hs.591937 NR_146647 ENSG00000272575 LINC02098 - long intergenic non-protein coding RNA 2098 ncRNA 0.564 0.722 0.526 0.196 0.188 0.034 0.414 0.073 0.258 0.775 0.195 0.195 5.213 0.031 0.041 0.117 0.065 0.073 0.276 0.088 0.201 0.021 0.118 0.152 0.110 0.203 0.132 1.302 0.050 0.325 0.073 0.122 0.085 0.368 0.201 0.033 0.496 0.129 0.195 0.037 0.380 0.093 0.224 0.347 0.124 0.218 0.305 0.186 0.347 0.048 0.152 0.117 0.065 2.023 0.110 0.074 0.240 0.014 0.115 0.125 0.100 0.038 0.093 0.237 0.108 0.516 0.309 0.407 0.717 0.181 0.255 0.313 0.101 0.121 0.177 0.225 0.310 0.417 0.413 0.253 0.092 0.405 0.504 0.089 0.160 0.147 nan 0.537 0.469 394 chr1 55006953 55050163 + 0 NA intron (NM_015547, intron 1 of 16) SVA_F|Other|Other 14751 NM_147161 26027 Hs.745173 NM_015547 ENSG00000162390 ACOT11 BFIT|STARD14|THEA|THEM1 acyl-CoA thioesterase 11 protein-coding 1.975 1.545 2.304 0.255 0.815 0.557 0.629 0.186 0.394 0.251 0.296 0.141 0.042 0.111 0.209 0.465 0.196 0.123 0.811 0.367 0.050 0.305 0.312 0.188 0.328 0.233 0.141 0.327 0.153 0.171 0.247 nan 0.101 0.723 0.223 0.121 0.144 0.457 0.128 0.120 0.130 0.900 0.144 0.073 0.106 0.185 0.337 0.130 0.376 0.676 0.287 0.383 0.465 0.761 0.139 0.328 0.246 0.485 0.451 0.582 0.205 0.177 0.179 1.886 0.048 0.083 0.045 0.604 1.055 0.315 0.529 1.001 1.012 1.677 0.501 0.640 0.613 1.062 1.435 1.232 1.849 0.734 0.623 0.431 0.568 0.732 0.798 1.297 nan 1.108 0.736 1371 chr10 18937889 18951010 + 0 NA intron (NM_001351116, intron 1 of 11) intron (NM_001351116, intron 1 of 11) 3736 NM_001351116 221078 Hs.396175 NM_182543 ENSG00000241058 NSUN6 4933414E04Rik|ARL5B-AS1|NOPD1 NOP2/Sun RNA methyltransferase family member 6 protein-coding nan 1.889 1.788 1.647 2.500 0.747 1.276 1.225 2.504 0.553 3.211 1.971 0.987 0.427 0.692 0.795 3.716 0.293 1.326 0.449 1.558 0.761 0.993 0.592 2.784 1.266 0.990 0.894 1.412 0.669 1.405 1.368 1.098 2.883 0.451 0.933 0.181 1.768 0.103 0.865 1.271 0.557 1.979 1.217 1.304 1.059 1.238 0.874 1.619 1.296 1.428 1.892 0.795 2.542 1.756 2.784 0.858 0.781 0.312 1.645 1.315 1.394 1.019 1.018 0.491 0.676 0.412 3.820 3.674 3.393 5.017 3.341 2.815 8.731 4.641 5.346 5.370 2.613 3.191 2.915 4.744 1.992 2.074 1.345 2.522 1.817 2.050 2.772 3.572 1.587 0.815 5068 chr17 78861852 78869144 + 0 NA intron (NM_020761, intron 17 of 33) intron (NM_020761, intron 17 of 33) 79515 NR_148968 400627 Hs.591201 NR_148968 ENSG00000261924 LOC400627 - uncharacterized LOC400627 ncRNA 0.982 1.981 1.033 0.541 1.353 0.173 6.435 0.221 0.342 0.563 4.200 2.311 0.028 1.299 5.164 0.617 0.086 3.954 1.848 0.971 0.076 0.343 0.137 0.162 1.577 1.664 0.116 2.729 2.072 0.836 1.838 0.511 0.660 4.551 2.014 0.183 0.133 0.051 3.281 0.123 9.646 1.281 0.471 3.700 1.995 0.438 10.084 0.442 0.350 0.075 1.250 5.164 3.932 4.137 0.162 0.706 0.113 0.753 0.569 0.856 3.445 0.108 0.102 6.805 3.949 3.032 0.662 0.999 0.379 0.732 0.875 0.804 3.143 1.042 0.323 0.396 nan 1.467 2.909 3.302 2.028 3.841 0.488 0.494 1.625 2.156 0.247 0.387 nan 0.859 11770 chr9 127410673 127462860 + 0 NA intron (NR_038975, intron 1 of 1) MIR|SINE|MIR 16051 NR_038975 100379345 Hs.660412 NR_038975 ENSG00000224020 MIR181A2HG - MIR181A2 host gene ncRNA nan nan 1.218 2.116 1.280 0.303 0.747 0.342 0.529 0.648 0.110 0.634 1.148 0.025 0.109 0.544 0.911 0.143 1.036 0.277 0.121 0.207 0.421 0.334 0.405 0.602 0.460 0.496 2.078 0.622 1.095 1.059 0.875 nan 0.541 0.782 0.148 2.909 0.147 0.260 0.189 1.293 1.159 0.470 0.588 1.016 1.299 0.870 0.288 0.574 0.228 0.445 0.544 1.079 0.643 0.405 0.113 0.280 0.052 0.387 0.192 0.807 0.586 0.485 0.390 0.350 0.267 1.081 1.132 1.894 2.567 1.175 0.888 1.120 0.351 2.576 2.734 0.579 nan 1.068 1.385 1.606 1.442 1.007 1.282 1.212 1.077 1.082 1.561 nan 0.737 9129 chr5 115850649 115910843 + 0 NA intron (NM_020796, intron 1 of 18) LTR10A|LTR|ERV1 -29368 NR_147170 105379132 NR_147170 SEMA6A-AS2 - SEMA6A antisense RNA 2 ncRNA 1.640 0.898 0.845 0.095 0.183 0.316 0.096 0.128 0.358 0.019 0.079 0.095 0.011 0.057 0.060 0.350 0.100 0.070 0.097 0.017 0.024 0.014 0.135 0.107 0.050 0.020 0.017 0.029 0.056 0.019 0.124 0.396 0.065 0.753 0.041 0.091 1.219 0.065 0.104 0.019 1.831 0.093 0.031 0.022 0.027 0.043 0.061 0.109 0.058 0.139 0.565 0.057 0.350 0.063 0.019 0.050 0.055 0.024 0.196 0.067 0.133 0.052 0.046 0.337 0.039 0.016 0.018 0.215 0.200 0.763 1.128 0.319 0.341 0.797 0.239 0.202 0.253 2.037 nan 0.202 0.229 1.153 1.304 0.120 0.174 3.336 5.622 0.342 0.738 1.094 0.551 4954 chr17 70650010 70724299 + 0 NA intron (NM_001352693, intron 7 of 9) intron (NM_001352693, intron 7 of 9) -50543 NR_033876 400619 Hs.447555 NR_033876 ENSG00000227036 LINC00511 LCAL5|onco-lncRNA-12 long intergenic non-protein coding RNA 511 ncRNA 0.969 1.163 0.792 0.977 0.513 0.400 2.611 0.222 0.424 0.180 0.231 0.403 0.052 0.073 0.353 0.703 0.157 0.146 0.882 0.609 0.433 0.022 0.436 0.272 0.277 0.765 0.448 0.036 0.583 0.521 0.815 3.723 0.723 3.124 1.207 0.295 0.098 0.052 0.102 0.771 0.113 0.635 0.128 0.054 0.925 0.480 0.894 0.294 1.259 0.142 0.353 1.527 0.703 0.682 0.809 0.277 0.614 0.408 0.207 0.184 0.180 0.850 0.197 0.147 0.901 0.266 0.210 1.306 2.237 2.308 4.794 0.425 0.545 3.051 0.984 0.482 0.508 nan 0.683 1.706 1.870 0.800 0.655 0.429 0.704 0.485 0.661 0.334 0.789 nan 0.722 2645 chr12 48432352 48436862 + 0 NA Intergenic Intergenic -36322 NM_033150 1280 Hs.408182 NM_001844 ENSG00000139219 COL2A1 ANFH|AOM|COL11A3|SEDC|STL1 collagen type II alpha 1 chain protein-coding 0.780 nan 0.646 0.079 0.060 0.036 0.062 0.212 0.177 0.020 0.035 0.061 0.014 0.098 0.080 0.091 0.108 0.186 0.027 0.174 0.255 0.079 0.076 0.047 0.061 0.014 0.036 0.184 0.093 0.111 0.047 0.041 0.064 0.065 0.071 0.081 0.066 0.024 0.017 0.149 0.252 0.172 0.063 0.035 0.059 0.080 0.047 0.041 0.079 0.110 0.065 0.047 0.069 1.672 0.054 0.016 0.041 0.012 2.719 3.742 9.747 5.899 0.575 0.740 0.841 0.423 0.816 0.803 0.290 0.518 0.316 0.377 0.190 0.174 1.535 2.546 0.142 0.248 0.209 0.357 0.544 0.609 1519 chr10 73723417 73738163 + 0 NA intron (NM_004273, intron 1 of 2) intron (NM_004273, intron 1 of 2) 6670 NM_004273 9469 Hs.158304 NM_004273 ENSG00000122863 CHST3 C6ST|C6ST1|HSD carbohydrate sulfotransferase 3 protein-coding 1.642 nan 3.601 3.959 0.149 0.430 4.410 0.250 0.377 1.165 2.039 1.608 0.008 0.041 0.078 0.390 1.537 0.292 1.781 1.028 0.950 0.217 0.128 0.078 0.121 2.909 2.670 0.663 4.819 2.251 0.692 1.862 0.330 0.887 0.567 1.559 0.026 1.001 0.074 1.371 0.702 2.681 2.231 0.937 3.856 1.504 1.564 1.496 2.782 2.098 0.477 1.652 0.390 1.249 5.970 0.121 1.050 1.141 0.383 2.024 0.255 2.399 2.837 0.159 1.458 0.445 0.320 1.046 1.764 1.106 1.560 0.767 0.615 0.675 0.219 0.832 0.828 0.950 1.586 0.410 nan 0.195 0.142 1.684 2.640 0.218 0.133 0.306 nan 0.730 0.492 3173 chr13 53022846 53036188 + 0 NA promoter-TSS (NM_001098525) promoter-TSS (NM_001098525) 22 NM_001286687 26586 Hs.444028 NM_018204 ENSG00000136108 CKAP2 LB1|TMAP|se20-10 cytoskeleton associated protein 2 protein-coding 2.610 nan nan 2.208 2.046 2.158 1.456 0.755 1.372 0.449 1.871 0.743 0.676 0.782 3.488 0.890 1.155 0.157 1.864 0.764 0.747 0.530 1.316 0.779 2.919 0.447 0.364 0.608 0.755 0.518 1.834 2.936 0.548 4.946 0.471 1.054 0.544 1.678 0.121 0.664 1.761 4.490 2.219 1.000 0.826 0.431 1.745 1.651 1.471 1.960 1.627 0.977 0.890 1.820 2.429 2.919 0.621 1.153 0.790 1.988 0.975 0.770 2.031 2.259 1.322 1.562 1.149 3.689 4.035 1.361 2.209 5.832 5.358 nan 2.154 2.461 2.574 1.767 1.981 2.696 4.323 4.257 4.428 1.946 3.871 2.265 2.294 4.750 nan 0.808 0.338 11534 chr9 35920134 35925783 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu 13478 NM_001348107 158376 Hs.302677 NM_001348107 ENSG00000235387 SPAAR LINC00961|SPAR small regulatory polypeptide of amino acid response protein-coding 0.831 nan 0.938 0.077 0.058 0.728 2.586 0.170 0.142 0.458 2.001 2.609 0.033 0.091 0.111 0.458 0.503 0.433 0.843 0.735 0.960 0.123 0.199 0.100 0.103 6.013 5.476 0.195 0.467 0.114 0.101 0.432 0.492 0.425 0.129 7.695 0.017 0.153 0.148 0.397 0.028 0.547 0.128 0.139 0.909 0.270 2.087 5.937 1.276 0.352 0.173 1.031 0.458 0.140 0.131 0.103 0.586 0.043 0.034 0.548 0.035 1.957 0.036 0.305 0.230 5.165 4.892 0.245 0.114 0.339 0.308 0.279 0.439 0.322 0.107 0.130 0.117 0.716 1.445 0.182 0.251 0.535 0.161 0.183 0.263 0.045 0.130 0.280 0.759 1.281 1.218 2197 chr11 96031999 96077733 + 0 NA intron (NM_032427, intron 1 of 4) intron (NM_032427, intron 1 of 4) -19736 NR_036125 100422991 NR_036125 ENSG00000266192 MIR1260B mir-1260b microRNA 1260b ncRNA 0.985 nan 1.001 1.926 0.236 0.602 2.564 0.192 0.479 1.011 1.490 1.895 3.279 0.074 0.296 1.060 0.748 0.071 1.706 0.647 0.349 0.039 0.226 0.156 0.081 3.363 2.215 0.674 2.763 1.578 1.319 3.134 2.956 1.293 1.429 1.144 0.370 3.527 0.165 0.850 0.163 1.752 0.693 0.430 3.847 2.236 4.353 3.777 0.488 1.113 0.304 1.219 1.060 1.482 4.178 0.081 0.715 0.975 0.051 0.113 0.013 0.837 0.162 0.585 0.697 0.593 0.740 0.826 0.750 1.240 nan 0.802 0.839 0.246 0.112 2.032 2.017 2.591 3.168 0.177 0.186 0.627 0.357 0.389 0.562 1.632 1.691 0.838 nan 0.622 0.550 9348 chr5 173378994 173402190 + 0 NA Intergenic Intergenic -25570 NM_001144954 133491 Hs.131469 NM_001144954 ENSG00000185056 C5orf47 - chromosome 5 open reading frame 47 protein-coding 0.834 0.982 0.801 0.326 0.209 0.580 0.171 0.161 0.300 0.128 0.266 0.203 0.219 0.370 0.426 0.181 0.211 0.062 0.128 0.041 0.321 0.006 0.319 0.174 1.378 0.712 0.408 0.093 0.294 0.367 0.375 0.720 0.508 1.000 0.044 0.283 0.070 0.305 0.125 0.509 0.233 0.059 0.123 0.128 0.245 0.214 0.631 0.298 1.114 0.077 3.308 0.723 0.181 0.058 0.147 1.378 0.269 0.453 0.050 0.113 0.310 0.198 0.239 0.282 0.409 0.228 0.273 0.334 0.428 0.264 nan 1.731 1.571 1.924 1.134 0.209 0.181 0.283 nan 1.777 1.877 0.506 0.367 0.386 0.552 0.650 0.603 0.680 1.885 0.729 0.503 11384 chr8 144622374 144641787 + 0 NA Intergenic Intergenic -3477 NM_001166237 79792 Hs.118983 NM_024736 ENSG00000104518 GSDMD DF5L|DFNA5L|FKSG10|GSDMDC1 gasdermin D protein-coding 1.958 1.450 nan 1.999 1.327 1.288 1.758 1.149 1.831 1.213 1.765 1.077 0.134 0.866 0.632 0.546 1.026 0.374 1.776 0.633 1.363 0.237 0.210 0.136 0.980 0.786 0.596 0.809 1.858 0.983 1.820 3.522 0.985 2.090 0.460 0.508 0.035 0.348 0.065 0.354 0.175 3.155 1.273 0.614 1.635 0.569 1.039 0.748 2.553 0.951 0.368 0.794 0.546 2.020 0.836 0.980 0.316 0.864 0.184 2.018 0.726 0.653 0.361 0.154 0.549 0.211 0.175 0.915 0.924 1.591 2.380 nan 2.074 nan 0.611 2.745 2.882 0.465 0.704 0.747 1.418 0.991 0.912 0.937 1.195 0.623 0.795 0.750 0.719 1.055 0.762 1236 chr1 241992050 242022067 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4435 NM_001319224 9156 Hs.498248 NM_003686 ENSG00000174371 EXO1 HEX1|hExoI exonuclease 1 protein-coding nan 1.780 nan 0.417 1.263 0.227 0.408 0.631 1.189 0.546 0.472 0.283 0.021 0.233 0.390 0.713 0.325 0.187 0.336 0.120 1.914 0.299 0.752 0.451 1.162 0.230 0.238 0.221 0.309 0.152 0.342 0.841 0.397 1.953 0.185 6.614 0.144 0.448 0.115 0.137 0.503 0.963 0.276 0.203 0.299 0.174 0.462 0.455 0.638 0.312 0.313 1.388 0.713 0.338 0.236 1.162 0.326 0.938 0.145 0.498 0.364 0.281 0.142 0.276 0.190 0.152 0.112 0.879 0.819 1.385 2.144 2.118 2.076 2.345 1.119 1.358 1.504 0.740 1.011 1.221 1.405 1.091 0.957 0.280 0.487 0.684 0.845 0.844 1.197 2.299 1.096 11016 chr8 66052621 66066300 + 0 NA Intergenic Intergenic 33115 NR_038901 552859 Hs.156997 NR_038901 ENSG00000280725 LINC00251 C8orf25|NCRNA00251 long intergenic non-protein coding RNA 251 ncRNA 2.780 0.688 0.759 0.042 0.397 0.016 0.057 0.176 0.276 0.021 0.081 0.052 0.030 0.049 0.126 0.087 0.059 0.159 0.028 0.023 0.093 0.160 0.764 0.010 0.026 0.022 0.090 0.070 0.207 0.098 0.405 0.075 0.058 0.062 0.047 0.065 0.078 0.326 0.075 0.018 0.006 0.016 0.035 0.015 0.221 0.262 0.077 0.011 0.039 0.126 0.128 0.015 0.764 0.045 0.037 0.390 0.043 0.222 0.029 0.044 0.629 0.028 0.076 0.160 0.315 0.255 0.243 0.312 0.708 0.817 0.261 0.138 0.124 0.097 9.133 9.061 0.167 0.202 nan 2.543 0.192 0.228 0.230 0.204 1.451 3.616 0.779 0.669 2413 chr12 3308206 3362853 + 0 NA intron (NM_001168320, intron 2 of 7) intron (NM_001168320, intron 2 of 7) 139759 NR_148995 100128253 Hs.447497 NR_148995 LOC100128253 - uncharacterized LOC100128253 ncRNA 1.933 nan nan 0.159 0.535 3.123 0.098 0.232 0.422 0.025 0.136 0.089 0.009 0.036 0.415 0.568 0.175 0.081 0.120 0.038 0.033 0.028 0.333 0.287 0.257 0.282 0.120 0.242 0.136 0.100 0.175 0.540 0.129 2.829 0.035 0.056 0.330 0.097 0.103 0.052 0.127 0.121 0.225 0.108 0.072 0.126 0.093 0.249 0.176 0.135 0.022 0.103 0.568 0.123 0.041 0.257 0.047 0.153 2.012 0.335 0.902 0.078 0.060 1.666 0.024 0.090 0.044 0.260 0.337 0.208 0.353 nan 0.805 1.900 0.526 0.418 0.443 0.905 1.319 0.785 1.040 4.242 4.825 0.324 0.427 1.214 0.990 1.941 nan 2.363 1.285 10865 chr8 27587562 27609890 + 0 NA intron (NM_001304529, intron 5 of 6) intron (NM_001304529, intron 5 of 6) 31444 NR_130762 55246 Hs.445512 NM_018246 ENSG00000147419 CCDC25 - coiled-coil domain containing 25 protein-coding nan 0.842 nan 0.077 0.090 0.055 0.108 0.098 0.216 0.013 0.080 0.178 0.008 0.046 0.092 0.164 0.151 0.087 0.033 0.008 0.023 0.031 0.086 0.117 0.076 0.077 0.016 0.030 0.058 0.028 0.040 0.082 0.051 0.099 0.054 0.096 0.021 0.083 0.165 0.047 0.062 0.014 0.028 0.015 0.024 0.065 0.117 0.179 0.048 0.011 0.087 0.164 0.032 0.043 0.076 0.050 0.077 0.004 0.050 0.050 0.051 0.044 1.611 0.028 0.010 0.011 0.427 0.421 0.259 0.370 nan 0.685 nan 0.153 0.196 0.217 0.296 0.417 0.279 0.312 0.403 0.234 0.167 0.243 0.117 0.147 1.150 4.636 nan nan 4400 chr16 65689647 65702611 + 0 NA Intergenic Intergenic -85926 NR_027755 283867 Hs.444774 NM_001101346 ENSG00000261742 LINC00922 - long intergenic non-protein coding RNA 922 ncRNA nan nan 0.591 0.039 0.048 0.004 3.789 0.076 0.164 0.052 0.090 0.058 0.024 0.055 0.041 0.305 0.114 0.050 0.107 0.653 0.032 0.073 0.038 0.046 0.925 0.481 0.040 0.611 0.187 0.229 0.957 0.220 0.661 0.948 2.269 0.033 0.077 0.699 0.037 0.149 0.075 0.024 1.762 0.072 0.074 0.107 0.082 0.038 1.018 1.613 0.305 0.044 1.743 0.046 0.275 0.756 0.037 0.260 0.039 0.878 0.037 2.003 2.370 2.139 0.325 0.203 0.108 0.167 0.337 0.374 0.067 0.038 0.118 0.158 0.086 nan 0.418 0.387 0.346 0.215 0.064 0.108 0.036 0.052 0.192 0.410 0.378 0.364 5493 chr19 3556369 3566664 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -3934 NM_001287529 126321 Hs.656901 NM_021731 ENSG00000161091 MFSD12 C19orf28|PP3501 major facilitator superfamily domain containing 12 protein-coding 1.633 0.897 1.923 0.955 0.865 0.280 2.512 0.655 1.328 0.741 1.150 1.349 0.416 0.312 1.355 0.858 0.232 0.224 2.425 1.123 3.917 0.206 0.613 0.379 1.902 2.185 1.775 1.479 0.930 0.368 0.727 1.483 0.540 1.508 0.492 3.692 0.324 0.749 0.148 0.294 0.252 7.123 1.850 0.998 0.621 1.010 1.384 1.762 2.161 1.687 1.858 1.547 0.858 4.611 1.754 1.902 0.759 1.592 0.254 3.025 1.275 4.438 0.153 0.247 1.334 3.960 2.896 0.835 0.828 0.807 1.467 1.807 1.636 1.500 0.405 0.752 0.618 0.680 1.217 1.159 nan 1.503 1.845 0.357 0.687 1.279 1.126 0.689 0.786 1.650 1.132 11668 chr9 100272707 100294139 + 0 NA intron (NM_003275, intron 1 of 9) intron (NM_003275, intron 1 of 9) 19502 NM_003275 7111 Hs.404289 NM_003275 ENSG00000136842 TMOD1 D9S57E|ETMOD|TMOD tropomodulin 1 protein-coding 0.674 1.050 0.753 0.089 0.188 0.249 0.916 0.172 0.434 0.170 0.096 0.786 0.791 0.064 0.203 0.363 0.273 0.087 0.495 0.393 0.030 0.013 0.118 0.096 0.090 3.153 2.471 0.055 0.504 0.151 0.267 2.267 0.329 0.782 0.143 0.986 0.349 0.051 0.079 0.055 0.026 1.454 0.132 0.073 0.329 0.232 1.033 0.268 0.373 0.211 0.084 0.561 0.363 0.384 0.118 0.090 0.217 0.273 0.090 0.092 0.114 0.156 0.023 0.035 0.011 0.048 0.033 0.188 0.170 0.341 0.804 0.462 0.428 0.349 0.214 0.165 0.196 0.286 0.467 0.890 nan 0.442 0.285 0.168 0.210 1.204 1.652 0.124 0.188 nan 0.560 7037 chr20 49162123 49213585 + 0 NA intron (NM_002827, intron 4 of 9) intron (NM_002827, intron 4 of 9) -14469 NR_030375 693230 NR_030375 ENSG00000208018 MIR645 MIRN645|hsa-mir-645 microRNA 645 ncRNA nan nan 1.099 0.360 2.520 1.960 0.433 0.160 0.354 0.223 0.683 0.592 0.042 0.154 2.294 0.321 0.663 0.107 0.427 0.205 0.461 0.054 0.238 0.159 0.929 0.693 0.371 0.162 0.311 0.370 0.152 0.346 0.453 5.336 0.331 0.324 0.027 0.099 0.107 0.413 0.456 0.686 0.558 0.259 0.164 0.283 0.345 0.897 0.258 0.208 0.061 0.287 0.321 0.675 0.322 0.929 0.247 0.227 0.161 0.397 0.233 0.479 0.080 0.118 0.567 1.720 1.574 0.643 0.778 0.439 0.783 1.479 1.534 nan 0.356 0.592 0.555 0.673 1.154 4.868 5.875 nan 0.460 0.434 0.553 0.137 0.128 0.389 0.930 2.432 1.246 5015 chr17 75032272 75051536 + 0 NA Intergenic MER66C|LTR|ERV1 -42821 NM_001204408 6397 Hs.464184 NM_003003 ENSG00000129657 SEC14L1 PRELID4A|SEC14L SEC14 like lipid binding 1 protein-coding 1.148 1.123 1.529 0.080 0.213 1.232 0.140 0.886 1.527 0.288 0.118 0.049 0.019 0.031 0.621 1.050 0.140 0.101 0.133 0.069 0.047 0.036 0.771 0.518 1.056 0.148 0.067 0.050 0.143 0.038 0.100 0.441 0.117 1.060 0.076 0.098 0.157 0.066 0.104 0.049 0.160 0.197 0.031 0.037 0.034 0.068 0.078 0.250 0.545 0.088 0.081 0.114 1.050 0.163 0.033 1.056 0.019 0.086 0.264 0.136 0.301 0.066 0.343 0.177 0.079 0.030 0.010 2.469 2.366 0.391 0.475 1.887 1.621 2.320 0.688 0.616 0.670 nan 0.925 1.345 1.938 1.465 1.186 0.702 0.848 0.720 0.654 0.417 0.652 nan 1.403 1815 chr11 13228088 13247020 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -60645 NM_001351804 406 Hs.65734 NM_001178 ENSG00000133794 ARNTL BMAL1|BMAL1c|JAP3|MOP3|PASD3|TIC|bHLHe5 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator like protein-coding 0.631 nan 0.629 1.169 0.216 0.390 5.554 0.187 0.588 0.233 1.449 2.590 0.067 0.047 0.155 0.865 0.464 0.152 1.969 1.864 0.110 0.022 0.083 0.149 0.372 3.246 2.977 0.241 2.133 2.720 0.930 2.187 1.549 0.845 1.320 1.644 0.037 0.023 0.069 2.019 0.076 4.152 0.987 0.494 1.817 1.283 0.627 2.834 0.251 0.899 0.220 0.405 0.865 2.735 5.071 0.372 0.284 0.205 0.266 0.063 2.319 0.106 0.039 2.033 1.475 1.638 nan 0.857 1.036 1.315 0.636 0.737 0.765 0.196 0.446 0.486 0.407 nan 0.356 0.290 0.422 0.114 0.349 0.522 0.250 0.330 0.189 0.344 0.853 nan 3662 chr14 69817289 69829838 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 41458 NM_004450 2079 Hs.509791 NM_004450 ENSG00000100632 ERH DROER ERH, mRNA splicing and mitosis factor protein-coding 1.387 0.615 0.727 0.058 0.144 11.295 0.109 0.158 0.298 0.015 0.087 0.118 0.103 0.040 1.968 0.280 0.197 0.064 0.068 0.046 0.028 0.011 0.049 0.080 0.167 0.083 0.068 0.058 0.076 0.017 0.070 0.431 0.207 0.457 0.038 0.082 0.015 0.043 0.102 0.037 0.151 0.124 0.048 0.031 0.078 0.135 0.092 0.127 0.117 0.173 0.031 0.178 0.280 0.029 0.074 0.167 0.048 0.355 0.116 0.121 0.161 0.163 0.055 0.059 0.084 0.009 0.004 0.490 0.411 0.293 0.444 0.501 0.519 0.317 0.207 0.536 0.528 0.431 0.765 2.293 nan 0.832 0.738 0.375 0.406 0.099 0.159 0.182 0.276 0.829 nan 1005 chr1 200369525 200389239 + 0 NA promoter-TSS (NM_001281294) promoter-TSS (NM_001281294) -196 NM_012482 23528 Hs.59757 NM_012482 ENSG00000162702 ZNF281 ZBP-99|ZNP-99 zinc finger protein 281 protein-coding 1.499 1.765 1.713 0.787 0.800 0.571 1.445 0.765 1.319 0.397 1.291 1.940 0.041 0.153 0.550 0.675 2.387 0.304 0.936 0.348 3.296 0.204 0.829 0.486 0.656 1.836 1.531 0.500 1.450 1.304 2.741 3.196 2.771 2.234 0.870 0.607 0.188 0.518 0.113 0.353 0.616 1.786 1.390 0.721 1.478 1.028 1.658 1.942 1.656 0.948 0.632 1.597 0.675 0.646 1.597 0.656 0.694 0.489 0.212 1.306 0.364 0.923 0.467 0.397 0.426 0.161 0.070 0.941 1.236 1.791 2.292 1.908 1.793 1.207 0.335 nan nan 0.869 1.263 1.629 1.759 1.049 0.791 0.418 0.813 0.914 1.082 1.067 1.611 1.015 0.669 4280 chr16 19885561 19898689 + 0 NA intron (NM_001304771, intron 1 of 3) intron (NM_001304771, intron 1 of 3) 4108 NM_016235 51704 Hs.148685 NM_016235 ENSG00000167191 GPRC5B RAIG-2|RAIG2 G protein-coupled receptor class C group 5 member B protein-coding 1.824 1.637 nan 2.342 1.195 0.675 0.146 0.442 1.048 0.087 0.293 0.301 0.019 0.038 0.272 2.283 0.210 0.122 0.095 0.029 0.044 0.042 2.058 0.710 0.932 0.127 0.061 0.098 0.168 0.048 0.215 0.592 0.205 2.062 0.167 0.166 2.154 0.107 0.078 0.045 0.254 0.126 0.069 0.106 0.074 0.075 0.359 0.162 0.664 0.359 0.138 0.117 2.283 0.120 0.228 0.932 0.038 0.028 0.834 0.322 0.093 0.054 0.497 0.340 0.029 0.066 0.036 0.539 0.521 2.871 1.975 1.697 1.456 10.138 3.526 5.037 5.312 0.877 1.541 1.540 2.412 nan 1.006 0.551 1.145 4.833 5.055 0.387 0.886 2.864 1.516 11739 chr9 116982518 116989505 + 0 NA intron (NM_032888, intron 14 of 60) MIR|SINE|MIR 14297 NR_030255 619556 NR_030255 ENSG00000207726 MIR455 MIRN455|hsa-mir-455|mir-455 microRNA 455 ncRNA 0.689 0.564 nan 0.024 0.063 0.024 4.641 0.137 0.301 0.027 1.638 1.582 0.009 0.044 0.129 0.160 0.024 0.557 1.418 0.125 0.039 0.111 0.072 0.103 0.527 0.321 0.181 0.097 0.789 0.248 nan 0.145 0.405 0.842 0.320 0.028 0.016 0.092 2.440 0.011 4.878 5.662 2.464 0.621 0.111 0.083 5.060 0.241 1.773 0.429 0.642 0.129 0.218 2.336 0.103 0.048 0.125 0.219 0.219 0.655 1.986 0.177 3.818 2.382 1.466 0.794 1.050 0.705 0.676 0.452 0.535 0.155 0.017 1.749 1.926 0.115 0.441 0.347 nan 0.515 0.392 1.719 2.490 0.127 0.216 0.295 0.557 nan 0.441 4130 chr15 90559775 90619762 + 0 NA intron (NM_198526, intron 1 of 4) intron (NM_198526, intron 1 of 4) 35671 NR_146321 109729181 Hs.655249 NR_146321 ENSG00000259291 ZNF710-AS1 - ZNF710 antisense RNA 1 ncRNA nan nan nan 0.340 0.973 0.998 0.461 0.890 1.677 0.216 0.292 0.163 0.025 0.871 1.302 0.337 0.276 0.215 0.829 0.382 0.090 0.111 0.909 0.518 2.553 0.167 0.119 0.157 0.131 0.172 1.633 5.016 1.953 2.538 0.342 0.152 0.137 0.084 0.078 0.045 0.174 0.194 0.071 0.058 0.382 0.426 0.448 0.231 0.379 0.131 0.048 1.242 0.337 0.827 0.057 2.553 1.016 0.885 0.224 0.134 0.550 0.096 1.558 0.136 0.071 0.023 0.020 1.659 2.158 0.355 0.663 1.224 1.219 nan 0.439 5.249 5.578 0.403 0.641 3.150 3.181 nan 0.356 1.501 2.263 0.680 0.633 0.331 nan 0.473 0.378 2089 chr11 72847942 72859762 + 0 NA promoter-TSS (NM_014824) promoter-TSS (NM_014824) -709 NM_014824 9873 Hs.744959 NM_014824 ENSG00000137478 FCHSD2 NWK|SH3MD3 FCH and double SH3 domains 2 protein-coding nan 2.034 1.869 1.049 2.035 2.739 0.951 0.879 1.734 0.358 1.946 0.758 0.473 1.013 2.796 1.449 0.854 0.146 1.112 0.393 1.309 0.772 0.730 0.453 1.711 1.220 1.430 1.438 1.193 0.719 1.177 nan 1.580 4.290 0.382 0.555 0.629 1.958 0.155 0.750 3.063 4.743 2.224 0.904 1.062 0.530 1.108 1.477 1.763 1.836 2.929 1.375 1.449 0.839 2.616 1.711 0.560 1.180 0.358 3.689 1.639 0.548 1.865 0.947 0.773 0.580 0.283 5.293 6.398 3.880 2.980 4.754 3.968 2.778 1.243 12.145 12.427 2.013 2.750 5.243 6.658 1.813 2.154 2.090 4.435 2.669 2.215 2.302 2.698 1.902 1.107 10690 chr7 137615174 137653733 + 0 NA intron (NM_001253775, intron 1 of 3) intron (NM_001253775, intron 1 of 3) -3641 NM_001243523 100130880 Hs.712161 NM_001243523 LOC100130880 - uncharacterized LOC100130880 protein-coding nan nan nan 0.666 0.140 0.225 0.518 0.245 0.374 0.293 0.432 0.428 0.789 0.091 0.417 0.189 0.519 0.172 1.141 0.964 0.078 0.029 0.276 0.182 0.099 0.675 0.362 0.092 0.387 0.648 1.702 5.652 3.081 0.853 0.377 0.675 0.032 0.085 0.146 0.105 0.266 0.159 0.115 0.080 0.704 0.874 0.739 0.182 0.435 0.176 1.464 1.706 0.189 1.445 0.179 0.099 0.448 2.013 0.101 0.123 0.082 0.359 0.120 0.211 0.074 0.028 0.015 0.888 1.241 0.478 0.750 0.308 0.435 nan 0.314 1.029 1.030 0.754 nan 0.574 0.799 nan 0.474 0.254 0.451 0.219 0.231 0.621 1.119 1.071 nan 11646 chr9 93921245 93930326 + 0 NA intron (NR_135306, intron 2 of 2) intron (NR_135306, intron 2 of 2) 44441 NR_135306 100129347 Hs.522287 NR_135306 ENSG00000229694 LINC00484 C9orf73 long intergenic non-protein coding RNA 484 ncRNA 0.562 nan 0.830 0.300 0.178 0.155 5.583 0.158 0.242 0.011 1.156 1.820 0.419 0.032 0.184 0.438 0.167 0.089 2.219 1.485 0.076 0.031 0.069 0.129 0.092 2.136 1.335 0.162 1.357 0.890 0.540 3.447 0.265 0.256 2.672 0.651 0.042 0.072 0.086 1.527 0.061 1.666 0.459 0.344 1.057 0.585 0.265 2.207 0.981 1.126 0.398 1.721 0.438 1.070 1.223 0.092 0.386 0.366 0.033 0.315 0.100 1.324 0.033 0.123 1.654 0.089 0.067 0.178 0.272 0.593 nan 0.517 0.430 0.339 0.212 0.107 0.160 0.080 0.144 0.424 0.400 0.433 0.292 0.270 0.167 0.195 0.217 0.192 0.115 0.483 0.417 10304 chr7 36318675 36324962 + 0 NA intron (NM_030636, intron 4 of 7) intron (NM_030636, intron 4 of 7) 84964 NM_001199707 23366 Hs.6224 NM_015314 ENSG00000164542 KIAA0895 - KIAA0895 protein-coding 2.006 2.214 1.411 3.138 0.995 3.069 1.503 0.764 1.547 0.076 0.562 2.257 0.461 0.709 1.977 1.657 0.179 0.575 0.812 0.091 0.044 1.021 0.329 1.028 2.568 1.626 0.081 1.978 1.163 0.306 1.143 0.584 5.282 0.958 0.698 0.438 0.120 0.179 0.902 0.430 0.336 0.284 0.099 1.206 1.003 2.156 10.953 1.062 0.147 3.131 1.620 1.977 0.457 2.013 1.028 0.777 0.065 0.589 0.101 0.557 2.150 0.302 0.334 1.194 0.513 0.745 0.534 0.623 0.502 1.124 0.875 nan 0.840 0.258 1.354 1.294 1.380 nan nan nan 1.128 1.142 0.518 0.680 2.165 2.777 0.550 nan 1.067 0.937 4575 chr17 7587022 7593658 + 0 NA promoter-TSS (NM_001143991) promoter-TSS (NM_001143991) -418 NM_001143991 55135 Hs.408312 NM_018081 ENSG00000141499 WRAP53 DKCB3|TCAB1|WDR79 WD repeat containing antisense to TP53 protein-coding 6.587 3.574 3.872 2.669 4.696 7.967 2.768 4.710 10.117 1.408 3.493 2.242 2.810 2.525 4.910 6.553 2.171 0.169 4.179 1.712 3.563 2.547 2.536 1.119 6.905 1.462 1.621 1.091 3.140 1.158 4.661 6.453 5.103 12.900 3.155 4.327 0.789 14.652 0.575 1.810 4.391 8.158 3.096 1.539 1.744 4.307 3.454 3.570 5.919 4.582 1.748 2.475 6.553 5.863 7.592 6.905 2.106 2.499 2.707 6.028 4.271 4.841 3.500 3.566 2.468 4.001 3.273 15.388 15.202 9.771 12.589 15.030 13.149 10.447 7.664 11.470 11.813 5.185 6.909 10.791 14.448 5.957 8.342 10.095 12.461 6.291 5.860 11.195 13.159 2.918 1.546 215 chr1 30266020 30280580 + 0 NA Intergenic Intergenic 237159 NR_110790 101929406 Hs.639413 NR_110790 ENSG00000233399 LINC01648 - long intergenic non-protein coding RNA 1648 ncRNA 0.670 nan 0.529 0.139 0.374 0.355 0.092 1.575 2.598 0.045 0.081 0.089 0.022 0.041 0.402 0.391 0.075 0.067 0.063 0.065 0.048 0.019 0.129 0.156 4.704 0.071 0.010 0.010 0.103 0.007 0.150 0.570 0.092 1.088 0.030 0.040 0.020 0.067 0.087 0.018 0.017 0.128 0.025 0.016 0.136 0.043 0.073 0.082 0.084 0.019 0.184 0.114 0.391 0.039 0.086 4.704 0.120 0.052 0.113 0.076 0.175 0.016 0.122 0.166 0.016 0.036 0.021 0.327 0.383 0.093 0.183 2.403 3.495 nan 0.062 0.134 0.124 0.168 0.346 0.706 0.807 nan 0.350 0.464 0.466 0.132 0.146 0.432 1.132 0.708 nan 4410 chr16 67239947 67248716 + 0 NA intron (NM_001004055, intron 2 of 6) intron (NM_001004055, intron 2 of 6) -8033 NR_029887 442901 NR_029887 ENSG00000207948 MIR328 MIRN328|hsa-mir-328|mir-328 microRNA 328 ncRNA nan nan 2.825 0.083 0.528 0.176 1.974 0.090 0.353 0.339 0.349 0.475 0.007 0.058 0.151 0.228 0.125 0.055 2.117 2.136 0.500 0.031 0.090 0.038 0.122 2.834 1.895 0.254 0.798 0.566 0.422 1.403 0.738 0.191 0.433 0.931 0.021 0.122 0.082 0.299 0.019 0.599 0.427 0.294 0.410 0.140 1.867 0.091 0.539 0.291 0.202 1.143 0.228 1.879 0.380 0.122 0.070 0.153 0.068 0.334 0.694 2.729 0.022 0.015 0.078 0.039 0.023 0.459 0.490 0.163 0.131 0.417 0.486 0.604 0.219 0.611 0.591 0.194 nan 0.386 0.604 0.432 0.290 0.335 0.283 0.115 0.134 0.291 0.475 0.794 0.447 687 chr1 150251615 150268075 + 0 NA TTS (NM_144697) TTS (NM_144697) 4713 NM_001300841 148523 Hs.54680 NM_144697 ENSG00000159208 CIART C1orf51|CHRONO|GM129 circadian associated repressor of transcription protein-coding nan nan 2.573 0.698 1.986 0.901 0.836 0.712 1.431 0.174 1.099 1.145 0.132 0.931 3.025 1.317 1.568 0.255 1.508 0.637 0.389 0.328 1.251 0.600 1.355 1.071 0.926 0.362 0.779 0.648 1.827 3.172 0.654 4.917 0.953 1.222 0.238 0.755 0.126 1.156 0.496 0.656 0.581 0.417 0.893 0.233 0.639 0.490 0.667 1.210 5.114 1.216 1.317 2.295 0.818 1.355 0.327 0.496 0.362 1.381 1.814 1.024 2.391 0.693 0.500 0.490 0.327 3.335 2.957 4.120 3.905 3.890 nan 3.896 1.983 6.234 6.747 2.516 3.250 3.654 6.359 1.746 1.537 4.128 4.912 2.034 2.495 2.426 2.734 2.360 1.515 9730 chr6 56379936 56393524 + 0 NA intron (NM_183380, intron 60 of 93) intron (NM_183380, intron 60 of 93) 120964 NM_015548 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.331 0.943 nan 0.075 0.161 0.151 0.223 0.271 0.473 0.071 0.114 0.156 0.009 0.117 0.183 4.916 1.283 0.095 0.297 0.070 0.056 0.031 0.501 0.417 0.061 0.116 0.053 0.033 0.250 0.032 0.077 0.095 0.103 0.341 0.054 0.091 0.062 0.157 0.171 0.079 0.238 0.068 0.031 0.021 0.024 0.023 0.188 0.126 0.060 0.226 0.127 0.069 4.916 0.089 0.243 0.061 0.036 0.085 0.014 0.030 0.569 0.091 0.062 0.283 0.209 0.576 0.718 0.481 0.442 0.432 0.694 0.636 0.784 3.232 1.632 0.299 0.322 1.114 1.487 1.522 1.764 2.337 1.547 0.239 0.371 0.313 0.353 0.537 1.846 1.779 0.791 9610 chr6 36734355 36742057 + 0 NA intron (NM_020939, intron 10 of 20) MIR|SINE|MIR -13020 NM_001314019 57699 Hs.372129 NM_020939 ENSG00000124772 CPNE5 COPN5|CPN5 copine 5 protein-coding nan 0.733 nan 0.388 0.225 0.254 5.890 0.202 0.507 0.135 0.713 0.427 0.024 0.039 0.249 0.837 1.125 0.315 1.321 0.468 0.114 0.054 0.275 0.182 0.264 0.449 0.202 0.086 0.705 0.782 0.099 0.756 1.788 0.547 1.369 0.126 0.347 0.088 0.126 0.751 0.031 1.496 2.074 1.143 1.007 0.148 0.308 3.090 0.116 0.362 0.245 0.277 0.837 2.349 0.964 0.264 0.221 0.044 0.392 0.283 0.215 1.299 0.116 0.568 0.456 0.127 0.052 0.775 1.023 0.310 nan nan 0.868 1.162 0.364 0.603 0.539 0.572 1.308 0.512 0.697 0.762 0.668 0.443 0.644 1.142 0.893 0.577 1.617 1.296 0.671 9229 chr5 142592947 142612414 + 0 NA non-coding (NR_146198, exon 23 of 23) non-coding (NR_146198, exon 23 of 23) 30615 NR_046816 100874372 Hs.666717 NR_046816 ENSG00000230789 ARHGAP26-IT1 - ARHGAP26 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.139 0.688 0.121 0.709 0.818 0.465 0.305 0.544 0.024 0.451 0.233 0.035 0.077 4.078 0.637 0.306 0.091 0.194 0.118 0.100 0.019 0.120 0.113 0.566 1.128 0.342 0.053 0.094 0.037 0.140 0.693 0.091 3.382 0.127 0.157 0.095 0.089 0.101 0.127 0.139 0.279 0.087 0.076 1.122 0.067 0.114 0.395 0.333 0.146 0.232 0.185 0.637 0.110 0.956 0.566 0.131 0.140 0.295 0.077 0.511 0.138 0.768 0.120 0.144 0.033 0.021 0.187 0.253 0.252 0.361 2.641 2.262 0.807 0.384 0.266 0.281 1.274 1.641 2.206 2.314 0.457 0.414 0.325 0.582 0.345 0.326 0.255 0.610 1.066 0.765 5824 chr19 56158516 56170395 + 0 NA promoter-TSS (NM_007279) promoter-TSS (NM_007279) -961 NM_007279 11338 Hs.528007 NM_007279 ENSG00000063244 U2AF2 U2AF65 U2 small nuclear RNA auxiliary factor 2 protein-coding 4.477 2.702 4.183 5.122 3.452 4.055 2.293 3.728 6.261 1.683 4.886 2.776 2.378 2.401 5.086 2.940 1.873 0.231 2.929 0.686 4.551 2.065 2.190 1.294 3.869 0.909 1.135 3.838 2.834 0.835 3.180 4.481 3.536 5.196 1.480 2.754 1.483 4.499 0.161 1.856 2.635 4.922 2.622 0.855 4.139 1.760 3.114 1.715 5.395 3.613 2.800 1.742 2.940 3.098 2.851 3.869 2.371 2.048 1.668 4.731 2.459 2.847 3.219 2.869 1.615 1.707 1.107 7.162 7.770 4.258 6.412 8.458 9.182 6.157 5.358 6.480 6.972 4.977 6.039 5.631 8.828 9.642 8.583 5.953 9.196 5.058 6.314 6.702 6.164 3.707 1.821 5509 chr19 5838750 5852224 + 0 NA intron (NM_001097641, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu -1991 NR_110740 101928844 Hs.434577 NR_110740 ENSG00000267709 LOC101928844 - uncharacterized LOC101928844 ncRNA 1.649 1.218 1.622 0.332 0.365 0.665 0.647 0.143 0.307 0.415 0.069 0.094 0.079 0.433 0.039 0.218 0.089 0.154 1.138 0.544 0.034 0.021 0.185 0.142 0.119 0.307 0.194 0.104 1.335 0.420 1.255 3.608 0.956 1.338 0.185 0.127 1.319 0.017 0.079 0.017 0.058 0.140 0.076 0.052 1.367 0.284 1.056 0.234 0.337 0.090 0.096 1.023 0.218 0.934 0.069 0.119 0.272 0.190 0.741 0.164 0.287 0.572 0.017 0.736 0.026 0.038 0.030 0.305 0.442 0.372 0.697 0.609 0.610 0.513 0.175 0.394 0.445 0.715 1.141 0.927 nan 2.043 2.142 0.264 0.283 3.382 3.978 0.700 2.050 1.174 0.698 11956 chrX 73509442 73513907 + 0 NA intron (NR_028379, intron 1 of 6) intron (NR_028379, intron 1 of 6) 1735 NR_028379 100302692 Hs.349570 NR_028379 ENSG00000230590 FTX LINC00182|MIR374AHG|NCRNA00182 FTX transcript, XIST regulator (non-protein coding) ncRNA 6.750 4.337 nan 3.472 5.478 5.141 2.989 3.622 8.058 1.223 3.285 2.787 1.093 0.645 2.971 3.504 2.233 0.435 2.199 0.593 2.611 2.783 2.756 1.139 4.286 2.771 3.618 1.028 3.042 0.991 1.297 1.602 1.670 11.975 1.786 6.462 0.943 4.806 0.181 0.713 3.730 6.174 1.741 0.853 2.296 2.565 4.009 8.350 4.994 3.526 1.021 3.199 3.504 1.130 2.296 4.286 1.121 5.540 1.082 3.483 2.294 3.724 2.943 1.111 1.786 1.793 1.374 7.724 6.803 3.576 5.129 12.738 10.767 9.861 3.774 12.808 13.180 5.800 6.339 7.675 13.028 15.092 14.092 4.304 6.866 5.311 7.421 5.088 5.091 4.560 1.908 5692 chr19 42225040 42308621 + 0 NA intron (NM_002483, intron 4 of 5) MIRc|SINE|MIR 7402 NM_002483 4680 Hs.466814 NM_002483 ENSG00000086548 CEACAM6 CD66c|CEAL|NCA carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 6 protein-coding 0.844 2.515 0.729 0.094 1.722 5.177 1.245 2.452 4.741 0.039 0.103 0.074 0.311 0.596 2.185 0.100 0.057 0.081 0.604 0.436 0.039 0.012 0.392 0.198 2.125 0.886 0.447 0.058 1.172 0.406 5.485 nan 7.131 3.820 0.429 0.049 0.695 0.051 0.120 0.095 0.035 0.134 0.056 0.028 0.949 1.064 1.979 0.133 0.348 0.105 1.163 1.248 0.100 0.976 0.830 2.125 1.514 3.301 0.038 0.080 0.239 0.128 0.047 0.065 0.054 0.023 0.009 0.243 0.144 0.093 0.124 0.296 0.364 1.677 0.449 0.221 0.223 0.212 0.376 4.131 4.290 0.404 0.139 0.156 0.213 2.123 2.355 0.185 0.315 3.216 1.601 2336 chr11 123299321 123354363 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 25671 NM_001354837 100128242 Hs.651710 NM_001354837 ENSG00000023171 LOC100128242 - uncharacterized LOC100128242 protein-coding 0.869 0.990 0.867 0.030 0.440 1.900 0.366 0.466 0.851 0.710 2.287 0.664 0.021 0.022 0.266 0.542 0.081 0.079 0.060 0.055 5.582 0.008 0.855 0.458 0.491 1.829 1.355 0.771 0.178 0.324 0.238 1.030 0.055 0.484 0.027 3.743 0.177 0.075 0.110 0.234 0.349 7.594 0.644 0.312 0.305 0.071 0.662 0.537 1.464 0.725 1.010 3.600 0.542 0.061 0.059 0.491 1.690 3.261 0.089 5.154 0.083 0.668 0.274 0.147 0.199 0.017 0.011 0.509 0.528 0.247 0.724 0.648 0.644 0.108 0.079 0.941 1.007 1.109 1.545 0.142 0.171 0.946 0.625 0.718 0.860 1.418 1.770 0.362 nan 1.635 0.989 5872 chr2 6206041 6224170 + 0 NA Intergenic Intergenic 92995 NR_026833 400940 Hs.378814 NM_207479 LOC400940 - uncharacterized LOC400940 ncRNA 1.015 2.355 0.828 0.047 0.581 6.572 0.125 2.917 5.119 0.098 0.077 0.014 0.429 10.986 1.768 0.088 0.053 0.034 0.016 0.015 0.521 0.291 3.326 0.039 0.020 0.020 0.067 0.006 0.127 0.513 0.082 16.643 0.049 0.269 0.362 0.034 0.109 0.020 0.083 0.137 0.013 0.017 0.036 0.030 0.082 0.144 0.112 0.031 0.049 0.155 1.768 0.015 0.030 3.326 0.020 0.027 0.638 0.035 3.689 0.031 0.317 1.188 0.278 0.020 0.005 2.180 3.325 6.963 5.441 4.721 3.901 5.986 3.028 0.082 0.061 2.001 2.029 4.134 4.775 3.750 3.675 0.197 0.538 1.326 0.975 0.924 1.749 0.219 0.233 9205 chr5 138627819 138640279 + 0 NA intron (NM_001194956, intron 1 of 13) AluSz6|SINE|Alu 4610 NM_001194956 9782 Hs.268939 NM_018834 ENSG00000015479 MATR3 ALS21|MPD2|VCPDM matrin 3 protein-coding 3.328 2.565 nan 1.949 1.772 1.469 1.289 1.812 3.268 0.916 2.271 1.052 4.245 0.713 2.168 1.316 1.461 0.167 1.706 0.334 2.042 1.025 0.791 0.555 2.997 1.524 1.965 0.991 1.141 0.506 2.648 3.531 1.485 6.374 0.586 2.194 0.841 2.323 0.161 0.631 1.224 1.817 1.624 0.844 1.434 0.919 1.600 1.646 1.941 1.867 1.059 1.654 1.316 2.319 1.936 2.997 1.254 0.785 0.575 1.723 1.784 1.272 2.094 1.499 1.257 1.507 0.938 2.532 2.549 4.721 6.140 3.698 3.691 3.552 2.264 7.795 8.426 2.538 3.160 3.484 5.389 5.281 5.959 4.555 7.910 4.319 5.082 4.333 3.666 1.490 0.853 4424 chr16 69362226 69365684 + 0 NA exon (NM_022341, exon 1 of 2) exon (NM_022341, exon 1 of 2) 543 NM_022341 64146 Hs.130849 NM_022341 ENSG00000258429 PDF - peptide deformylase, mitochondrial protein-coding nan nan 3.002 3.929 4.405 1.559 2.509 1.778 3.278 2.298 5.413 3.329 0.197 2.715 2.730 3.310 1.778 0.233 4.553 0.944 5.005 3.088 1.222 0.899 2.499 2.922 3.277 2.701 3.083 0.306 3.263 5.282 2.973 4.319 2.123 2.658 0.605 3.686 0.068 2.226 2.812 5.262 8.240 4.374 1.270 1.305 2.862 2.141 4.699 6.062 3.550 3.966 3.310 5.698 4.494 2.499 1.708 2.243 1.004 6.214 2.566 2.467 0.977 1.177 1.877 1.732 1.374 4.992 4.715 3.468 4.487 3.956 4.482 5.078 2.250 8.519 8.716 2.267 nan 3.676 5.561 5.332 5.998 2.278 5.025 2.105 2.825 2.657 3.464 2.768 1.349 2190 chr11 95430361 95441305 + 0 NA Intergenic Intergenic 87121 NM_144664 143684 Hs.288304 NM_144664 ENSG00000077458 FAM76B - family with sequence similarity 76 member B protein-coding 0.889 nan 0.780 0.157 0.072 1.090 0.113 0.268 0.329 0.009 0.048 0.252 0.011 0.028 0.057 0.379 0.095 0.089 0.395 0.225 0.028 0.100 0.167 0.066 0.050 0.007 0.027 0.207 0.240 0.132 0.503 0.176 0.627 0.136 5.360 0.113 0.138 0.132 0.247 0.065 0.233 0.044 0.029 0.216 0.078 0.114 0.225 0.134 0.065 0.087 0.079 0.379 0.065 0.059 0.066 0.134 0.244 0.027 0.053 0.130 0.022 0.054 0.530 0.014 0.037 0.056 0.854 0.823 0.555 nan 0.621 0.827 0.192 0.121 0.616 0.555 4.332 4.501 0.224 0.271 0.495 0.259 0.502 0.664 0.535 0.682 0.664 nan 0.860 0.896 826 chr1 162128923 162190203 + 0 NA intron (NM_014697, intron 2 of 9) L2a|LINE|L2 32666 NR_039798 100616386 NR_039798 ENSG00000266144 MIR4654 mir-4654 microRNA 4654 ncRNA 1.452 nan 1.802 0.109 0.221 0.196 0.434 1.283 2.573 0.139 0.070 0.093 0.214 0.082 0.748 0.425 0.201 0.097 0.389 0.264 0.039 0.014 0.917 0.599 1.327 0.770 0.319 0.163 0.333 0.277 0.212 1.159 0.346 0.897 0.178 0.097 0.226 0.074 0.109 0.073 0.056 0.120 0.160 0.098 0.459 0.421 0.342 0.146 0.111 0.089 0.077 0.264 0.425 0.514 0.168 1.327 0.154 0.184 0.273 0.111 0.098 0.262 0.392 0.567 0.016 0.061 0.036 0.494 0.402 0.987 2.127 0.780 nan 1.653 0.871 0.152 0.171 1.400 1.913 0.595 nan 0.712 0.584 0.554 0.833 0.800 0.718 1.076 2.743 2.098 1.121 3990 chr15 61315243 61320532 + 0 NA intron (NM_134261, intron 1 of 10) intron (NM_134261, intron 1 of 10) 203615 NM_134261 6095 Hs.560343 NM_002943 ENSG00000069667 RORA NR1F1|ROR1|ROR2|ROR3|RZR-ALPHA|RZRA RAR related orphan receptor A protein-coding 0.602 0.691 nan 0.028 0.101 0.010 0.013 0.096 0.426 0.029 0.102 0.023 0.018 0.060 0.187 0.103 0.030 0.014 0.046 0.026 0.177 0.125 0.263 0.053 0.041 0.014 0.078 0.076 0.183 0.067 0.384 0.051 0.018 0.038 0.100 0.029 0.026 0.015 0.008 0.029 0.092 0.173 0.046 0.093 0.015 0.075 0.187 0.040 0.263 0.023 0.046 0.109 0.022 0.020 0.038 0.039 0.015 0.011 0.029 0.347 0.396 9.890 5.934 0.303 0.376 nan 0.114 0.170 0.137 0.117 0.246 0.325 0.250 0.484 0.306 0.254 0.269 0.087 0.066 0.258 0.396 0.409 0.427 10549 chr7 99930203 99936927 + 0 NA promoter-TSS (NR_036569) promoter-TSS (NR_036569) -123 NR_036569 101752399 Hs.521075 NR_036569 ENSG00000272752 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB LOC101735302-LOC101752334-PILRB STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB readthrough ncRNA nan 1.537 nan 2.247 2.521 2.040 3.676 1.697 3.329 1.528 3.413 3.173 0.784 0.863 3.021 4.727 1.717 0.990 2.641 0.959 4.032 1.586 1.956 1.228 2.693 1.478 1.763 2.104 4.449 0.988 2.478 2.784 4.565 5.148 1.175 3.060 1.055 4.336 0.429 0.985 2.023 5.411 2.974 1.358 1.539 2.192 4.657 2.647 3.496 8.131 1.768 2.733 4.727 3.297 4.194 2.693 1.763 2.364 1.150 5.707 1.344 2.356 2.481 1.295 1.599 3.100 2.030 3.144 3.651 5.426 10.587 4.284 3.267 4.247 1.475 6.287 6.551 1.955 2.600 2.914 4.369 3.974 4.297 3.313 5.168 3.504 4.221 3.465 nan 3.034 1.612 5467 chr19 1093639 1114303 + 0 NA promoter-TSS (NM_002085) promoter-TSS (NM_002085) 46 NM_002085 2879 Hs.433951 NM_002085 ENSG00000167468 GPX4 GPx-4|GSHPx-4|MCSP|PHGPx|SMDS|snGPx|snPHGPx glutathione peroxidase 4 protein-coding 1.489 1.231 1.701 1.136 1.460 0.447 2.398 1.032 1.975 0.726 2.316 1.153 1.162 0.634 1.306 1.253 1.500 0.467 2.725 0.982 3.097 1.066 0.463 0.329 1.161 1.977 2.390 2.019 2.227 1.196 2.493 5.012 2.007 2.630 0.777 2.280 0.179 1.515 0.122 0.697 0.326 5.602 2.063 0.999 2.517 1.045 2.458 4.572 3.086 3.924 0.657 1.977 1.253 3.062 3.607 1.161 1.084 0.328 0.282 7.733 1.082 3.090 0.259 0.292 1.365 1.376 0.916 1.101 1.351 1.748 2.774 1.536 1.643 1.190 0.457 1.749 1.803 0.899 1.558 1.346 nan 1.446 1.108 0.490 0.826 0.956 1.036 0.910 1.295 1.721 0.841 7344 chr22 25337987 25356169 + 0 NA Intergenic Intergenic -4416 NM_001001663 255349 Hs.329040 NM_001001663 ENSG00000206069 TMEM211 bA9F11.1 transmembrane protein 211 protein-coding 1.179 nan 1.079 1.827 0.610 0.128 1.576 0.459 0.903 1.023 0.795 0.403 0.030 0.216 0.393 0.532 0.259 0.120 1.720 0.720 0.547 0.214 0.146 0.129 1.006 0.362 0.377 0.766 2.096 0.623 0.790 nan 0.738 1.008 0.507 0.394 0.113 0.360 0.073 0.581 0.141 1.116 0.824 0.456 0.920 0.577 0.927 0.272 0.747 1.224 0.651 1.097 0.532 2.055 0.744 1.006 0.405 0.805 0.194 0.674 0.615 0.590 0.202 0.146 0.480 0.070 0.033 0.637 1.144 0.752 1.212 0.756 0.747 1.700 0.501 1.182 1.215 0.329 0.695 1.121 1.814 1.156 1.049 0.432 0.661 0.869 0.921 0.684 0.791 2.559 1.582 5265 chr18 37059819 37076551 + 0 NA intron (NR_024391, intron 3 of 3) intron (NR_024391, intron 3 of 3) 133954 NR_030628 100126323 NR_030628 ENSG00000283615 MIR924 MIRN924|hsa-mir-924 microRNA 924 ncRNA nan 0.765 0.779 0.083 0.408 0.113 0.084 0.211 0.412 0.069 0.074 0.072 0.022 0.356 0.080 0.392 0.067 0.049 0.051 0.023 0.019 0.008 0.064 0.155 0.246 0.023 0.004 0.013 0.041 0.006 0.029 0.076 0.025 0.234 0.051 0.034 0.057 0.094 0.007 0.126 0.050 0.025 0.005 0.020 0.019 0.075 0.087 0.055 0.013 0.009 0.028 0.392 0.008 0.033 0.246 0.022 0.028 0.047 0.021 0.055 0.019 0.012 0.044 0.014 0.007 0.003 0.332 0.202 0.197 0.293 0.730 0.785 5.348 1.328 0.158 0.132 0.326 0.383 nan 0.723 0.276 0.126 0.072 0.208 0.244 0.243 0.220 0.330 1.057 0.917 7030 chr20 48714727 48733378 + 0 NA intron (NM_001257399, intron 1 of 4) intron (NM_001257399, intron 1 of 4) 5683 NM_001257399 7335 Hs.420529 NM_021988 ENSG00000244687 UBE2V1 CIR1|CROC-1|CROC1|UBE2V|UEV-1|UEV1|UEV1A ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 protein-coding nan nan 1.511 3.132 1.539 0.603 1.172 0.725 1.343 1.608 2.296 1.223 2.284 0.643 0.741 1.084 1.252 0.190 1.471 0.497 2.257 0.912 0.631 0.355 1.155 1.022 0.867 0.524 1.198 0.735 1.233 1.867 1.923 2.968 0.705 1.523 0.092 1.633 0.165 0.758 0.674 2.850 1.695 0.800 0.871 1.073 2.176 1.924 1.520 1.583 0.661 1.105 1.084 1.990 1.305 1.155 0.598 1.282 0.307 2.778 0.897 1.251 1.186 0.665 1.952 0.787 0.579 2.828 3.292 1.950 2.793 2.212 2.387 nan 1.349 2.738 2.760 2.683 3.423 2.257 3.162 nan 2.297 1.683 2.727 0.683 0.675 1.766 2.534 1.784 1.020 9389 chr6 2960833 2977936 + 0 NA intron (NM_001195291, intron 1 of 7) intron (NM_001195291, intron 1 of 7) 1898 NM_001271823 5269 Hs.519523 NM_004568 ENSG00000124570 SERPINB6 CAP|DFNB91|MSTP057|PI-6|PI6|PTI|SPI3 serpin family B member 6 protein-coding 1.588 1.116 1.150 0.310 0.589 0.240 0.847 0.272 0.436 0.167 1.087 1.007 0.113 0.336 0.514 0.779 0.954 0.385 1.112 0.749 0.564 1.266 0.293 0.180 0.903 0.856 0.740 0.215 0.639 0.283 1.038 2.098 0.711 0.255 0.471 0.582 0.006 1.174 0.126 0.279 0.209 1.496 0.889 0.578 0.611 0.198 0.688 1.468 1.234 2.894 0.573 0.799 0.779 1.024 1.286 0.903 0.251 0.477 0.124 1.661 0.065 0.713 0.347 0.150 0.498 0.320 0.156 2.980 3.902 1.393 1.582 0.795 0.726 0.326 0.098 2.241 2.278 0.194 0.328 1.570 1.892 0.897 0.680 0.800 1.088 0.086 0.118 0.703 1.252 0.362 0.375 6418 chr2 152434751 152471135 + 0 NA intron (NM_001164508, intron 91 of 181) intron (NM_001164508, intron 91 of 181) 138058 NM_001164508 4703 Hs.588655 NM_004543 ENSG00000183091 NEB NEB177D|NEM2 nebulin protein-coding nan 0.583 nan 0.058 0.094 0.041 0.041 0.150 0.270 0.013 0.071 0.061 0.017 0.079 0.079 0.204 0.098 0.048 0.122 0.026 0.043 0.030 0.051 0.096 0.102 0.019 0.018 0.041 0.047 0.014 0.055 0.121 0.084 0.350 0.016 0.075 0.021 0.021 0.093 0.020 0.048 0.092 0.023 0.009 0.009 0.036 0.047 0.115 0.467 0.106 0.510 0.028 0.204 0.045 0.035 0.102 0.014 0.040 0.011 0.083 0.025 0.024 7.174 0.095 0.029 0.021 0.017 0.493 0.317 0.222 0.292 0.180 0.234 0.222 0.104 0.366 0.378 0.316 0.511 0.212 0.249 0.334 0.154 3.447 5.054 0.041 0.054 0.267 0.481 0.334 0.292 10069 chr6 162895028 162907179 + 0 NA intron (NM_013987, intron 1 of 10) AluSc|SINE|Alu -247061 NM_001080378 135138 Hs.25791 NM_152410 ENSG00000112530 PACRG GLUP|HAK005771|PARK2CRG parkin coregulated protein-coding 0.601 nan 0.656 0.029 0.152 0.014 0.047 0.083 0.190 0.044 0.023 0.021 0.016 0.043 0.201 0.061 0.066 0.044 0.005 0.069 0.065 0.040 0.086 0.023 0.030 0.024 0.036 0.048 0.044 0.054 0.204 0.066 0.008 0.026 0.084 0.046 0.083 0.020 0.025 0.009 0.012 0.032 0.066 0.047 0.018 0.006 0.036 0.201 0.029 0.015 0.086 0.039 0.027 0.016 0.029 0.050 0.007 0.074 0.035 0.043 0.021 0.483 0.448 0.179 0.301 0.296 0.367 6.444 2.069 0.111 0.091 0.153 0.208 0.365 0.365 nan 0.480 0.124 0.288 0.220 0.398 0.344 0.683 0.426 0.353 2980 chr12 117463216 117491633 + 0 NA intron (NR_031766, intron 7 of 7) MIRc|SINE|MIR -52282 NR_103809 100506551 Hs.657861 NR_103809 ENSG00000257279 LOC100506551 - uncharacterized LOC100506551 ncRNA nan nan 1.473 0.232 0.475 3.468 0.155 0.575 1.083 0.010 0.233 0.120 0.029 0.089 2.755 0.464 0.085 0.068 0.096 0.013 0.027 0.064 0.265 0.219 0.824 0.219 0.090 0.086 0.058 0.022 0.141 0.502 0.122 3.227 0.016 0.152 0.115 0.104 0.066 0.041 1.089 0.097 0.062 0.058 0.031 0.032 0.054 0.159 0.897 0.065 0.103 0.207 0.464 0.088 0.070 0.824 0.082 0.047 0.226 0.177 0.389 0.108 0.723 0.122 0.016 0.014 0.009 1.278 1.523 0.282 0.363 nan nan nan 0.311 1.066 1.115 0.518 0.784 nan nan 0.610 0.528 0.609 0.986 0.901 0.922 0.570 0.853 nan 1.986 11986 chrX 135396679 135411935 + 0 NA intron (NM_153834, intron 4 of 25) intron (NM_153834, intron 4 of 25) 21185 NM_153834 139378 Hs.381354 NM_153834 ENSG00000156920 ADGRG4 GPR112|PGR17|RP1-299I16 adhesion G protein-coupled receptor G4 protein-coding 1.140 0.702 0.783 0.061 0.084 0.039 0.046 0.390 0.675 0.006 0.067 0.036 0.004 0.039 0.047 0.184 0.067 0.042 0.027 0.033 0.009 0.083 0.122 0.070 0.018 0.005 0.005 0.014 0.074 0.061 0.069 0.247 0.042 0.105 0.007 0.051 0.008 0.032 0.136 0.027 0.015 0.014 0.045 0.109 0.072 0.053 0.042 0.005 0.022 0.184 0.042 0.024 0.070 0.004 0.049 0.312 0.053 0.020 0.060 0.054 0.364 0.003 0.221 0.239 0.176 0.209 0.168 0.175 0.925 0.286 0.114 0.151 3.940 4.527 0.103 0.127 2.543 2.334 0.099 0.166 0.600 0.672 0.286 0.853 0.465 0.367 2653 chr12 49684927 49691546 + 0 NA promoter-TSS (NM_006262) promoter-TSS (NM_006262) -673 NM_006262 5630 Hs.37044 NM_006262 ENSG00000135406 PRPH NEF4|PRPH1 peripherin protein-coding 4.413 nan 0.940 0.119 0.506 7.911 0.143 0.290 0.929 0.029 0.118 0.119 0.009 0.076 9.962 1.523 0.556 0.222 0.195 0.144 0.071 0.126 0.475 0.312 0.694 0.111 0.000 0.130 0.039 0.032 0.248 0.401 0.205 0.393 0.044 0.169 0.199 0.148 0.058 0.057 0.157 0.127 0.072 0.023 0.080 0.118 0.290 0.732 1.021 0.131 0.141 1.523 0.277 0.114 0.694 0.019 0.125 2.212 1.121 2.206 0.073 1.078 0.999 0.072 0.035 0.015 0.526 0.823 0.594 0.763 1.983 1.401 3.408 1.153 0.532 0.679 3.584 3.735 1.709 2.354 1.616 2.556 0.606 1.021 0.726 0.545 1.226 4.264 2.630 1.323 5883 chr2 8630053 8693301 + 0 NA Intergenic Intergenic 62245 NR_110257 101929567 Hs.634706 NR_110257 ENSG00000236008 LINC01814 - long intergenic non-protein coding RNA 1814 ncRNA 0.784 0.693 0.990 0.368 0.978 0.510 0.100 0.766 1.359 0.073 0.107 0.079 0.056 2.249 0.453 0.522 0.209 0.056 0.071 0.039 0.034 0.020 0.682 0.343 2.631 0.022 0.023 0.044 0.057 0.018 0.162 0.806 0.115 2.619 0.028 0.137 0.063 0.125 0.108 0.181 0.192 0.179 0.031 0.021 0.038 0.064 0.050 0.142 0.467 0.106 0.851 0.471 0.522 0.050 0.040 2.631 0.110 0.344 0.183 0.167 2.004 0.169 0.452 0.112 0.125 0.040 0.033 1.255 1.596 0.518 1.078 1.719 1.863 4.216 1.568 0.735 0.773 0.614 0.874 4.655 3.602 0.593 0.356 0.654 0.957 0.442 0.463 0.294 0.459 1.619 0.926 5056 chr17 78092633 78104993 + 0 NA Intergenic Intergenic 22169 NM_014740 9775 Hs.389649 NM_014740 ENSG00000141543 EIF4A3 DDX48|Fal1|MUK34|NMP265|NUK34|RCPS|eIF4AIII eukaryotic translation initiation factor 4A3 protein-coding 1.239 0.945 0.992 0.119 0.332 0.050 0.293 0.158 0.470 0.062 0.137 0.103 0.020 0.050 0.174 0.244 0.205 0.143 0.120 0.078 0.061 0.067 0.203 0.080 0.205 0.022 0.053 0.068 0.076 0.034 0.138 0.518 0.108 0.532 0.047 0.118 0.078 0.052 0.091 0.037 0.144 0.140 0.024 0.019 0.053 0.068 0.102 0.175 0.144 0.069 0.026 0.255 0.244 0.173 0.053 0.205 0.209 0.134 0.128 0.147 1.397 0.076 0.145 0.348 0.074 0.023 0.021 4.700 6.307 0.277 0.334 0.580 0.570 0.966 0.284 1.037 1.141 nan 0.411 0.608 0.798 0.809 0.580 0.372 0.562 0.165 0.160 0.781 1.940 nan 0.611 2548 chr12 25339136 25350603 + 0 NA intron (NM_018272, intron 1 of 15) intron (NM_018272, intron 1 of 15) 3227 NM_001352067 55259 Hs.407771 NM_018272 ENSG00000118307 CASC1 LAS1|PPP1R54 cancer susceptibility 1 protein-coding nan nan nan 0.604 1.758 0.207 0.610 0.351 0.490 0.316 0.723 1.920 0.038 0.264 0.465 0.452 0.495 0.098 1.000 0.333 0.375 0.471 0.480 0.229 0.679 0.352 0.283 0.187 0.629 0.129 0.612 0.787 0.604 2.016 1.630 0.338 0.099 0.668 0.102 4.508 0.658 0.379 0.346 0.183 0.218 0.188 0.456 1.979 0.563 0.740 0.295 0.236 0.452 1.232 0.468 0.679 0.170 0.261 0.152 0.830 0.415 0.234 0.253 0.397 2.035 0.256 0.151 0.716 0.931 1.448 2.106 1.278 1.467 1.766 0.897 3.876 4.070 0.827 1.072 1.199 2.415 1.126 0.827 0.622 1.117 0.630 0.652 1.805 1.705 0.820 0.512 9410 chr6 5995853 6010077 + 0 NA intron (NM_001278710, intron 2 of 3) CpG-21667 1312 NM_001278711 51299 Hs.103291 NM_016588 ENSG00000124785 NRN1 NRN|dJ380B8.2 neuritin 1 protein-coding 2.341 1.846 1.141 0.121 0.790 0.934 0.060 0.901 1.548 0.034 0.125 0.248 0.498 0.063 2.117 1.866 2.011 0.345 0.141 0.040 0.027 0.019 1.445 0.669 3.389 0.957 0.568 0.130 0.043 0.015 0.074 0.336 0.294 1.712 0.072 0.101 0.007 0.218 0.109 0.133 1.776 0.318 0.072 0.066 0.008 0.038 0.034 1.506 0.149 1.316 0.245 0.070 1.866 0.270 1.800 3.389 0.095 0.218 0.442 1.561 1.803 0.071 0.251 1.015 0.005 0.073 0.029 0.337 0.231 3.960 5.756 4.500 3.662 0.579 0.186 0.673 0.724 1.142 1.454 1.220 2.144 4.734 7.013 0.274 0.661 0.164 0.203 3.383 3.558 2.118 1.382 11466 chr9 14514151 14548023 + 0 NA Intergenic Intergenic -132105 NM_001190738 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.121 0.038 0.362 1.694 0.046 0.215 0.373 0.030 0.038 0.027 0.009 1.835 0.536 0.095 0.085 0.072 0.034 0.012 0.029 2.754 1.881 0.184 0.023 0.013 0.007 0.054 0.012 0.033 0.085 0.073 1.221 0.017 0.056 0.096 0.048 0.067 0.004 0.052 0.047 0.023 0.016 0.123 0.041 0.037 0.097 0.096 0.030 0.033 0.037 0.536 0.050 0.016 0.184 0.014 0.020 0.132 0.030 1.054 0.002 1.434 1.737 0.020 0.020 0.007 0.237 0.174 0.224 0.316 0.582 0.797 10.001 3.264 0.111 0.107 46.103 44.762 0.258 0.288 0.478 0.305 0.917 2.124 0.801 0.576 1.080 3.090 1.675 1.220 5356 chr18 53559589 53563281 + 0 NA intron (NR_110755, intron 3 of 3) L2c|LINE|L2 25995 NR_110755 101927273 Hs.434335 NR_110755 ENSG00000260930 LINC01416 - long intergenic non-protein coding RNA 1416 ncRNA nan 0.939 1.248 0.129 2.271 0.061 0.118 0.780 1.606 1.021 1.074 0.219 0.137 0.240 0.316 1.080 0.198 0.144 0.102 0.033 0.029 0.042 0.131 6.648 0.075 0.098 0.062 0.037 0.130 0.278 0.231 0.501 0.041 0.043 0.860 0.347 0.119 0.864 0.121 0.120 0.028 0.021 0.058 0.103 2.257 0.323 0.110 0.829 0.193 0.054 0.316 0.252 0.038 6.648 0.109 0.022 0.106 1.216 2.006 0.041 2.718 1.246 0.042 0.047 0.732 0.523 0.158 0.362 0.275 0.724 7.782 5.042 22.999 25.483 0.353 0.511 7.610 10.431 0.468 0.309 5.545 7.773 5.139 4.343 2.362 2.043 nan 1.184 6890 chr20 22428159 22455522 + 0 NA Intergenic Intergenic -40559 NR_027089 284788 Hs.651993 NR_027089 ENSG00000204684 LOC284788 - uncharacterized LOC284788 ncRNA 0.757 1.623 nan 0.075 2.764 0.026 0.293 2.341 4.425 0.003 0.185 0.005 0.102 0.508 0.533 0.118 0.052 0.066 0.069 0.021 0.005 2.530 1.152 2.353 0.228 0.084 0.021 0.183 0.050 0.422 2.361 1.055 2.162 0.289 0.051 1.378 0.032 0.067 0.021 0.017 0.071 0.026 0.006 0.108 0.031 0.134 0.132 0.899 0.042 0.130 0.051 0.533 0.057 0.040 2.353 0.183 0.072 0.021 0.034 1.055 0.104 0.069 0.041 0.025 0.019 0.002 0.504 0.241 0.111 0.154 3.481 3.363 8.897 2.676 0.107 0.114 0.188 0.310 3.001 2.916 0.359 0.094 0.236 0.298 3.597 3.534 0.147 0.240 3.397 1.454 5088 chr17 80158597 80207078 + 0 NA Intergenic Intergenic -3445 NM_001042422 9123 Hs.500761 NM_004207 ENSG00000141526 SLC16A3 MCT 3|MCT 4|MCT-3|MCT-4|MCT3|MCT4 solute carrier family 16 member 3 protein-coding 1.395 1.886 1.461 2.053 0.715 0.988 3.468 0.692 1.324 1.117 4.409 0.901 0.533 0.552 0.951 1.233 1.046 0.277 3.978 1.486 0.888 0.417 1.026 0.550 0.820 1.615 1.691 1.183 2.164 1.161 5.419 nan 1.677 2.517 2.683 2.971 0.229 0.573 0.120 1.735 0.172 5.557 1.435 0.657 1.944 0.952 1.195 2.400 3.688 3.414 0.689 3.348 1.233 3.872 1.887 0.820 1.950 2.061 0.387 3.647 0.625 1.067 0.241 0.366 2.350 1.109 0.647 1.053 nan 0.710 1.323 nan 1.223 1.964 0.750 0.805 0.820 0.709 1.177 1.107 1.829 0.299 0.327 0.672 0.970 1.097 1.179 0.763 1.069 0.803 0.526 2625 chr12 45607655 45612619 + 0 NA promoter-TSS (NR_037144) promoter-TSS (NR_037144) -348 NR_037144 51054 Hs.233495 NM_015899 ENSG00000134297 PLEKHA8P1 PLEKHA9 pleckstrin homology domain containing A8 pseudogene 1 pseudo 3.947 nan 3.246 3.666 3.092 1.332 3.813 2.811 4.251 3.031 4.071 2.943 6.690 1.107 3.300 1.945 3.706 0.196 5.519 2.025 3.427 3.232 1.667 1.616 4.293 3.212 3.515 2.465 4.976 2.293 3.910 5.371 3.024 4.526 2.208 3.516 1.314 4.253 0.093 2.372 1.843 5.339 6.865 2.729 3.846 2.284 6.812 7.888 5.671 11.787 3.074 3.898 1.945 4.349 6.793 4.293 1.160 3.793 0.019 6.857 2.744 5.330 3.990 3.422 3.327 3.984 2.912 7.054 8.921 5.972 8.114 8.432 6.010 5.560 1.372 13.521 13.402 4.715 5.669 4.451 6.424 1.616 2.460 3.328 8.646 5.837 4.017 2.849 5.482 2.924 1.679 10001 chr6 147945866 147976294 + 0 NA Intergenic Intergenic 131252 NM_001030060 389432 Hs.567973 NM_001030060 ENSG00000203727 SAMD5 dJ875H10.1 sterile alpha motif domain containing 5 protein-coding nan 0.671 nan 0.024 0.069 0.029 0.042 0.048 0.216 0.006 0.051 0.058 0.014 0.052 0.085 0.256 0.607 0.090 0.052 0.012 0.015 0.005 0.076 0.071 0.067 0.016 0.014 0.049 0.042 0.055 0.124 0.067 0.235 0.014 0.137 0.022 0.046 0.089 0.008 0.031 0.083 0.022 0.034 0.029 0.043 0.070 0.053 0.056 0.085 0.018 0.053 0.256 0.056 0.018 0.067 0.016 0.303 0.029 0.052 0.013 0.011 0.082 0.223 0.005 0.026 0.017 0.485 0.338 2.094 3.961 0.248 0.315 1.645 0.687 0.200 0.240 0.183 0.301 0.189 0.213 0.910 0.593 0.188 0.361 0.075 0.101 0.281 0.670 0.311 0.347 4090 chr15 77881760 77901569 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR 33205 NM_032808 84894 Hs.656765 NM_032808 ENSG00000169783 LINGO1 LERN1|LRRN6A|UNQ201 leucine rich repeat and Ig domain containing 1 protein-coding 1.246 0.663 0.940 0.078 0.271 0.058 0.083 1.075 2.039 0.033 0.125 0.214 0.028 0.060 0.080 0.194 0.092 0.115 0.059 0.038 0.067 0.175 0.368 0.237 0.368 0.063 0.036 0.119 0.072 0.011 0.176 1.003 0.089 0.465 0.022 0.133 0.024 0.061 0.078 0.018 0.428 0.108 0.021 0.024 0.022 0.042 0.080 0.182 0.337 0.089 0.067 0.225 0.194 0.079 0.051 0.368 0.087 0.083 1.035 0.196 1.635 0.079 1.344 0.854 0.027 0.032 0.005 1.212 2.656 0.352 0.588 0.602 0.501 0.630 0.246 0.227 0.208 0.474 0.645 0.806 1.001 3.891 3.892 1.256 2.047 0.256 0.231 1.335 2.774 0.653 0.542 3400 chr14 23442904 23455945 + 0 NA intron (NM_001289097, intron 1 of 1) intron (NM_001289097, intron 1 of 1) 2427 NM_032876 84962 Hs.655832 NM_032876 ENSG00000129474 AJUBA JUB ajuba LIM protein protein-coding nan 0.693 1.226 3.727 0.440 2.058 4.660 0.332 0.514 0.888 5.039 3.622 1.748 0.241 0.164 0.455 2.506 0.470 3.637 1.089 7.918 1.115 0.084 0.109 0.339 4.131 5.360 1.684 5.610 3.922 9.816 13.138 5.867 1.585 4.271 2.838 0.065 6.062 0.180 2.145 0.139 7.562 4.970 2.141 3.728 4.533 1.871 4.348 4.445 2.916 1.554 2.602 0.455 3.369 6.419 0.339 2.269 0.583 0.689 5.236 0.545 5.016 0.760 0.191 5.180 4.003 2.384 1.891 2.446 7.077 7.041 0.641 0.749 1.092 0.251 0.502 0.555 1.811 1.896 0.736 nan 0.957 0.570 0.945 1.540 0.316 0.465 0.447 1.323 0.823 0.551 7878 chr3 140945591 140960150 + 0 NA intron (NM_001282728, intron 1 of 6) intron (NM_001282728, intron 1 of 6) 2203 NM_001037172 92370 Hs.657887 NM_152282 ENSG00000155893 PXYLP1 ACPL2|HEL124|XYLP 2-phosphoxylose phosphatase 1 protein-coding 1.854 nan nan 0.758 1.116 3.022 0.164 1.023 1.804 0.073 0.251 0.248 0.026 0.318 1.557 0.743 0.441 0.166 0.420 0.183 0.134 0.085 1.144 0.593 1.203 0.157 0.084 0.380 0.592 0.232 0.568 1.038 0.440 1.566 0.071 0.194 0.545 0.305 0.051 0.097 0.285 0.696 0.195 0.150 0.196 0.041 0.450 0.110 0.720 0.816 0.344 0.551 0.743 0.362 0.274 1.203 0.286 0.340 0.334 0.940 1.099 0.113 0.271 0.328 0.261 0.111 0.060 0.979 1.354 0.896 1.273 2.381 1.988 nan 2.371 1.352 1.267 1.109 nan 1.487 nan nan 1.797 0.948 1.485 2.025 1.909 0.680 0.953 3.304 1.522 5143 chr18 8906195 8915259 + 0 NA Intergenic MER41B|LTR|ERV1 -191901 NM_021074 4729 Hs.464572 NM_021074 ENSG00000178127 NDUFV2 CI-24k NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit V2 protein-coding 1.121 0.757 0.784 0.283 0.202 0.018 0.356 0.089 0.289 0.540 0.147 0.164 5.256 0.022 0.079 0.139 0.381 0.036 0.761 0.333 0.117 0.070 0.091 0.145 0.099 0.073 0.081 0.307 0.733 0.159 0.667 0.935 nan 0.112 0.105 0.043 0.076 0.198 0.051 0.907 0.173 0.040 0.069 0.796 0.153 0.200 0.132 0.157 0.078 0.130 0.186 0.139 0.408 0.101 0.145 0.068 0.473 0.342 0.103 0.123 0.095 0.044 0.028 0.042 0.032 0.448 0.237 0.230 0.381 0.909 0.939 nan 0.181 0.202 0.268 1.264 nan 2.342 1.909 nan 0.204 0.088 0.155 0.133 0.223 0.176 nan nan 0.802 730 chr1 153448893 153468852 + 0 NA Intergenic Intergenic -25735 NM_002963 6278 Hs.112408 NM_002963 ENSG00000143556 S100A7 PSOR1|S100A7c S100 calcium binding protein A7 protein-coding nan nan 1.710 0.153 0.153 0.195 0.136 2.955 5.337 0.531 0.149 0.124 0.068 0.081 1.825 1.014 0.261 0.209 0.180 0.038 0.079 0.028 2.870 1.783 1.888 0.194 0.088 0.056 0.152 0.573 1.610 0.202 7.010 0.022 0.124 2.033 0.075 0.126 0.136 0.036 0.175 0.048 0.031 0.193 0.040 0.258 0.125 0.106 0.290 0.174 1.033 1.014 0.122 0.037 1.888 0.161 0.887 0.131 0.517 0.213 0.420 0.034 0.239 0.038 0.121 0.140 0.324 0.223 0.239 0.463 2.700 nan 4.043 1.312 0.175 0.182 0.894 1.222 0.600 0.876 0.788 0.514 0.359 0.471 5.981 4.976 0.820 2.771 3.119 1.495 16 chr1 1332879 1338235 + 0 NA promoter-TSS (NR_135154) promoter-TSS (NR_135154) 647 NR_015434 148413 Hs.741357 NR_015434 ENSG00000224870 LOC148413 - uncharacterized LOC148413 ncRNA 4.274 nan 4.497 2.966 4.726 2.241 2.089 1.076 3.551 0.499 3.544 1.818 0.940 1.775 3.168 1.264 2.284 0.086 2.768 1.128 3.215 1.120 1.343 0.780 1.858 1.484 1.500 3.027 3.587 1.038 4.413 5.958 2.852 5.916 1.808 2.658 0.426 4.039 0.143 1.502 0.607 3.042 2.524 1.662 1.999 0.873 2.565 1.814 2.613 4.855 1.256 1.509 1.264 2.303 3.202 1.858 1.696 1.874 1.252 6.182 1.792 1.501 0.837 1.459 1.347 0.865 0.528 3.960 4.011 3.664 5.863 6.002 6.554 3.317 1.417 9.863 9.776 3.584 nan 11.073 13.984 nan 3.992 3.659 5.514 1.667 2.282 5.315 5.469 2.235 1.012 8428 chr4 75397233 75413416 + 0 NA Intergenic Intergenic -75267 NM_001657 374 Hs.270833 NM_001657 ENSG00000109321 AREG AR|AREGB|CRDGF|SDGF amphiregulin protein-coding 0.551 0.798 0.468 3.525 0.164 0.089 1.619 0.141 0.143 0.170 0.507 0.500 0.131 0.086 0.194 0.301 0.343 0.039 2.194 1.001 0.397 0.094 0.049 0.040 0.022 1.372 0.570 0.027 2.690 2.914 1.234 2.191 2.198 0.383 2.500 0.340 0.012 0.080 0.090 1.385 0.123 0.744 0.045 0.053 2.387 1.808 0.202 0.706 0.717 0.106 0.785 0.476 0.301 2.100 0.343 0.022 0.432 0.144 0.006 0.136 0.013 0.559 0.037 0.046 0.198 0.043 0.025 0.419 0.313 0.382 0.572 0.216 0.248 0.231 0.160 0.354 0.419 0.459 0.708 0.291 0.364 0.351 0.203 0.207 0.173 0.039 0.094 0.130 0.264 0.203 0.250 921 chr1 181353244 181374105 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -89012 NM_001205293 777 Hs.437444 NM_000721 ENSG00000198216 CACNA1E BII|CACH6|CACNL1A6|Cav2.3|gm139 calcium voltage-gated channel subunit alpha1 E protein-coding nan nan 1.125 0.066 0.404 0.368 0.044 0.791 1.849 0.005 0.052 0.066 0.009 0.010 1.366 0.910 0.130 0.147 0.086 0.027 0.024 0.020 0.488 0.322 0.072 0.047 0.035 0.025 0.085 0.005 0.093 0.472 0.073 0.887 0.037 0.098 0.502 0.067 0.120 0.006 0.076 0.070 0.018 0.023 0.061 0.055 0.037 0.120 0.043 0.035 0.044 0.075 0.910 0.081 0.022 0.072 0.098 0.038 0.136 0.050 0.074 0.033 0.057 0.078 0.009 0.017 0.012 0.393 0.208 0.424 1.095 1.200 nan 4.023 1.555 nan 0.204 0.341 0.614 0.569 0.520 0.478 0.288 0.292 0.414 2.282 1.802 0.291 nan 3.158 1.774 5233 chr18 30014882 30031150 + 0 NA intron (NM_022751, intron 1 of 5) intron (NM_022751, intron 1 of 5) 27431 NM_001242409 64762 Hs.444314 NM_022751 ENSG00000141441 GAREM1 C18orf11|FAM59A|GAREM|Gm944 GRB2 associated regulator of MAPK1 subtype 1 protein-coding nan 1.040 1.327 0.048 0.271 0.072 0.071 2.085 3.596 0.018 0.091 0.166 0.010 0.104 0.229 0.360 0.125 0.069 0.033 0.023 0.016 0.008 0.303 0.277 0.174 0.028 0.009 0.019 0.051 0.062 0.059 0.428 0.129 0.610 0.048 0.066 2.397 0.033 0.070 0.007 0.127 0.068 0.037 0.005 0.054 0.014 0.083 0.115 0.020 0.048 0.039 0.123 0.360 0.016 0.022 0.174 0.007 0.035 0.220 0.039 0.097 0.034 0.535 0.978 0.012 0.011 0.006 0.419 0.270 0.242 0.409 0.423 0.632 3.350 0.944 0.173 0.176 0.408 0.646 nan 0.885 0.568 0.317 0.248 0.584 7.144 10.874 0.628 1.507 1.310 1.312 2880 chr12 96836773 96843613 + 0 NA Intergenic Intergenic -43156 NM_001306084 144535 Hs.382121 NM_198520 ENSG00000188596 CFAP54 C12orf55|C12orf63 cilia and flagella associated protein 54 protein-coding 0.705 0.742 0.676 0.889 0.143 0.024 1.632 0.180 0.248 0.237 1.573 1.676 0.029 0.101 0.113 0.601 0.236 0.387 0.388 0.097 0.081 0.206 0.120 0.164 0.587 0.294 0.194 1.075 1.466 0.129 0.537 0.124 nan 0.856 0.498 0.014 0.140 0.125 0.532 0.057 1.357 9.074 3.324 0.224 0.258 1.075 3.300 0.166 1.154 0.082 0.921 0.113 0.302 0.257 0.164 0.910 0.145 0.113 1.743 0.119 1.107 0.008 0.071 0.923 0.615 1.406 0.328 0.217 0.222 0.254 0.529 0.433 0.323 0.077 0.218 0.232 0.465 nan 0.490 nan 0.540 0.208 0.196 0.260 0.093 0.103 0.121 0.251 0.612 0.842 10470 chr7 81995868 82016174 + 0 NA intron (NM_000722, intron 1 of 38) intron (NM_000722, intron 1 of 38) 67101 NM_000722 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 1.284 1.536 0.928 0.053 0.406 6.212 0.098 0.457 0.933 0.005 0.102 0.159 0.043 0.074 0.140 1.521 0.229 0.134 0.072 0.019 0.046 0.014 0.876 0.564 0.812 0.011 0.011 0.018 0.101 0.011 0.044 0.083 0.118 1.018 0.029 0.147 0.712 0.197 0.172 0.006 0.242 0.086 0.009 0.011 0.052 0.119 0.108 0.104 0.144 0.039 0.033 1.521 0.038 0.050 0.812 0.072 0.033 0.394 0.040 0.075 0.043 0.093 0.357 0.019 0.017 0.007 0.676 0.903 0.591 0.370 1.547 1.748 1.861 0.758 0.154 0.194 1.997 2.205 0.606 0.836 2.027 1.608 0.246 0.432 1.944 3.402 0.953 nan 0.637 0.562 7998 chr3 170971855 170988140 + 0 NA intron (NM_001161561, intron 2 of 31) intron (NM_001161561, intron 2 of 31) -155449 NR_030295 693154 NR_030295 ENSG00000207963 MIR569 MIRN569|hsa-mir-569 microRNA 569 ncRNA 1.134 3.704 0.735 0.888 0.179 0.230 0.623 0.256 0.567 0.305 0.444 0.053 0.116 0.122 0.456 0.871 0.139 0.848 0.446 0.061 0.034 0.174 0.128 0.088 0.768 0.396 0.037 0.510 0.222 0.769 2.607 1.563 0.381 0.703 0.087 0.018 0.028 0.068 0.129 0.901 0.108 0.089 0.076 0.362 0.345 0.732 0.119 0.250 0.339 0.456 1.092 0.456 0.518 0.178 0.088 0.113 0.162 0.054 0.018 0.049 0.463 0.049 0.173 0.147 0.018 0.009 0.286 0.185 0.369 0.813 0.449 0.759 0.248 0.169 0.332 0.228 2.942 3.582 0.795 0.738 0.913 0.612 0.180 0.382 0.067 0.096 0.280 0.393 0.636 0.701 9186 chr5 134442117 134479322 + 0 NA intron (NM_001277348, intron 2 of 5) intron (NM_001277348, intron 2 of 5) -84982 NR_105050 101927953 Hs.436898 NR_105049 ENSG00000249082 C5orf66-AS1 Epist C5orf66 antisense RNA 1 ncRNA 0.957 1.190 nan 0.167 0.309 0.698 2.033 0.487 0.710 0.056 0.321 0.347 0.019 0.496 0.124 0.155 0.091 0.104 0.636 0.498 0.021 0.026 0.118 0.062 0.270 1.866 1.242 0.063 0.595 0.408 2.002 6.463 0.184 1.421 0.634 0.785 0.021 0.076 0.102 0.142 0.039 0.082 0.174 0.069 1.611 0.335 1.045 0.497 0.762 0.068 0.161 2.847 0.155 0.195 0.174 0.270 1.157 0.238 0.068 0.084 0.607 0.358 0.044 0.337 0.451 0.093 0.123 0.522 0.723 0.321 0.355 0.346 0.450 0.549 0.224 0.328 0.387 0.209 0.436 0.933 0.593 0.446 0.417 0.219 0.236 0.185 0.193 0.393 0.742 0.326 0.299 10930 chr8 42392523 42411500 + 0 NA intron (NM_138436, intron 2 of 3) AluSc5|SINE|Alu -4655 NM_006749 6575 Hs.653173 NM_006749 ENSG00000168575 SLC20A2 GLVR-2|GLVR2|IBGC1|IBGC3|MLVAR|PIT-2|PIT2|RAM1|Ram-1 solute carrier family 20 member 2 protein-coding 1.708 nan 2.213 2.808 1.363 0.688 0.752 0.541 1.215 0.258 0.912 0.933 2.665 0.659 1.628 1.262 1.355 0.255 1.047 0.199 0.943 3.905 0.595 0.318 1.566 1.137 1.436 1.187 1.203 0.710 0.873 1.011 2.532 2.326 0.478 0.683 0.416 1.280 0.139 0.298 0.258 8.660 2.225 0.983 0.681 0.874 1.210 1.796 1.400 1.093 0.469 1.344 1.262 2.437 0.543 1.566 0.657 0.996 0.213 1.368 1.440 0.666 0.314 0.867 0.480 0.492 0.307 1.636 1.895 1.604 2.462 2.809 2.617 2.087 0.901 3.607 3.444 1.292 1.929 1.499 2.087 2.682 2.642 0.666 1.489 1.962 2.272 2.369 2.427 2.696 1.270 994 chr1 197922451 197929834 + 0 NA Intergenic MLT1A|LTR|ERVL-MaLR 39625 NM_020204 56956 Hs.442578 NM_020204 ENSG00000143355 LHX9 - LIM homeobox 9 protein-coding 1.186 nan 0.957 0.450 0.514 0.023 0.058 0.477 0.787 0.039 0.031 0.126 0.065 0.219 0.191 0.438 0.070 0.057 0.026 0.026 0.037 0.909 0.414 0.307 1.017 0.527 0.030 0.120 0.028 0.077 0.218 1.027 2.113 0.020 0.139 0.193 0.029 0.053 0.097 0.125 0.008 0.011 0.177 0.333 0.182 0.190 0.221 0.058 4.298 0.099 0.191 0.068 0.025 0.307 0.033 0.044 0.048 0.055 0.022 0.159 0.120 0.008 0.007 0.842 1.004 0.454 0.701 0.927 0.943 0.177 0.107 0.418 0.385 0.417 nan 2.205 1.580 0.448 0.192 0.404 0.484 1.489 1.381 0.521 0.925 2.074 1.400 5360 chr18 54645933 54676087 + 0 NA intron (NM_052834, intron 25 of 26) intron (NM_052834, intron 25 of 26) 78340 NR_152602 100885779 Hs.565136 NR_048536 ENSG00000258609 LINC-ROR ROR|lincRNA-RoR|lincRNA-ST8SIA3 long intergenic non-protein coding RNA, regulator of reprogramming ncRNA nan 1.028 1.062 0.507 0.381 0.035 0.065 0.234 0.360 0.009 0.123 0.258 0.015 0.439 0.109 0.746 0.124 0.097 0.081 0.031 0.033 0.005 0.452 0.201 0.389 0.094 0.062 0.024 0.046 0.038 0.053 0.154 0.094 0.821 0.039 0.099 0.391 0.068 0.079 0.039 0.065 0.067 0.014 0.005 0.134 0.041 0.205 0.096 0.202 0.028 0.557 0.277 0.746 0.017 0.043 0.389 0.106 0.014 0.032 0.025 0.413 0.066 0.049 0.155 0.031 0.007 0.003 0.663 0.857 0.186 0.300 0.648 0.838 1.268 0.438 0.538 0.489 1.478 1.680 0.502 0.554 0.541 0.283 0.223 0.265 1.634 2.282 0.344 0.785 nan 2.125 9940 chr6 135151043 135163320 + 0 NA Intergenic Intergenic 114079 NM_170771 64577 Hs.486520 NM_022568 ENSG00000118514 ALDH8A1 ALDH12|DJ352A20.2 aldehyde dehydrogenase 8 family member A1 protein-coding 1.292 0.889 1.330 0.052 0.129 0.050 0.133 0.105 0.261 0.031 0.235 0.020 0.025 0.042 0.398 0.171 0.092 0.173 0.157 0.016 0.075 0.163 0.131 0.034 0.012 0.053 0.066 0.051 0.104 0.316 0.053 0.374 0.071 0.084 0.050 0.336 0.137 0.029 0.104 0.090 0.035 0.038 0.046 0.050 0.098 0.081 0.166 0.320 0.031 0.082 0.398 0.101 0.023 0.131 0.010 0.034 0.102 0.092 0.063 0.091 0.073 2.730 0.013 0.033 0.019 0.476 0.496 0.206 0.508 0.388 0.389 nan 0.922 0.250 0.293 0.452 0.698 0.204 0.224 1.276 1.151 0.133 0.168 0.757 0.536 2.080 nan 0.739 0.452 6847 chr20 12506795 12517398 + 0 NA Intergenic Intergenic 405515 NR_109872 102606466 Hs.602196 NR_109872 LOC102606466 - uncharacterized LOC102606466 ncRNA 0.931 nan 1.699 0.048 0.209 0.288 0.034 0.445 0.696 0.037 0.124 0.053 0.024 0.038 1.148 0.267 0.154 0.151 0.020 0.018 0.013 0.118 0.140 0.197 0.008 0.007 0.057 0.010 0.121 0.186 0.107 0.518 0.125 0.081 0.070 0.020 0.076 0.592 0.078 0.029 0.007 0.041 0.021 0.105 0.168 0.038 0.013 0.052 0.027 0.267 0.061 0.017 0.197 0.012 0.023 2.007 0.005 0.451 0.037 0.102 0.187 0.036 0.043 1.366 1.159 0.462 0.368 2.093 1.697 1.197 0.356 0.316 0.289 1.382 1.440 0.869 0.946 1.721 1.580 0.174 0.494 0.641 0.818 0.607 1.363 0.835 0.670 2788 chr12 72332704 72346614 + 0 NA intron (NM_173353, intron 4 of 10) intron (NM_173353, intron 4 of 10) 7033 NM_173353 121278 Hs.736576 NM_173353 ENSG00000139287 TPH2 ADHD7|NTPH tryptophan hydroxylase 2 protein-coding nan 1.365 1.136 0.082 0.730 0.434 0.062 0.440 1.083 0.014 0.117 0.099 0.058 0.144 0.293 0.792 0.129 0.105 0.076 0.018 0.040 0.397 0.285 0.639 0.308 0.058 0.031 0.216 0.030 0.110 0.344 0.127 2.145 0.084 0.049 0.335 0.016 0.056 0.020 0.912 0.099 0.009 0.017 0.149 0.045 0.051 0.213 0.076 0.074 0.011 0.056 0.792 0.112 0.120 0.639 0.026 0.184 0.756 0.037 1.531 0.040 0.064 0.335 0.027 0.015 0.015 0.258 0.195 0.299 0.325 1.564 1.329 4.940 1.766 0.432 0.464 2.452 3.669 nan 2.635 3.152 2.220 0.168 0.199 1.163 1.326 0.774 1.815 nan 0.966 2140 chr11 82698969 82725180 + 0 NA intron (NM_001286060, intron 1 of 4) AluYd8|SINE|Alu 33537 NM_001286059 27314 Hs.40758 NM_014488 ENSG00000137502 RAB30 - RAB30, member RAS oncogene family protein-coding 0.897 0.867 0.840 0.076 0.967 0.104 0.277 0.648 1.332 0.131 0.225 0.504 0.026 1.221 0.130 0.373 1.081 0.079 0.099 0.058 0.286 0.041 1.593 0.667 0.156 0.300 0.127 0.073 0.074 0.068 0.109 0.252 0.084 0.595 0.062 0.126 1.619 0.099 0.135 0.045 0.097 0.200 0.062 0.036 0.062 0.048 0.144 0.295 0.165 0.055 0.133 0.417 0.373 0.074 0.134 0.156 0.056 0.247 0.045 0.053 1.732 0.192 0.042 0.487 0.094 0.015 0.010 0.606 0.617 0.261 0.334 0.524 0.599 5.172 1.476 0.585 0.656 0.698 1.090 2.516 2.212 0.859 0.526 0.215 0.315 4.817 5.641 0.591 1.340 2.655 1.338 1523 chr10 73970215 73984535 + 0 NA promoter-TSS (NR_045564) promoter-TSS (NR_045564) -483 NR_045564 51008 Hs.500007 NM_015947 ENSG00000138303 ASCC1 ASC1p50|CGI-18|SMABF2|p50 activating signal cointegrator 1 complex subunit 1 protein-coding 1.301 nan 1.365 1.892 0.643 0.566 1.500 0.627 1.196 0.950 2.045 1.230 0.463 0.294 0.604 0.408 0.772 0.302 0.924 0.450 5.238 0.408 0.581 0.340 0.834 0.969 0.788 0.840 1.187 0.536 1.226 2.196 0.572 1.612 0.245 2.639 0.147 0.962 0.112 0.272 0.375 1.337 0.916 0.467 0.586 0.297 2.199 0.572 3.065 1.308 0.940 1.651 0.408 1.120 1.329 0.834 0.947 2.046 0.149 2.410 0.299 1.048 0.422 0.437 0.570 0.442 0.348 1.249 1.423 1.978 2.209 1.381 1.502 1.943 0.866 1.896 2.055 0.853 1.027 1.830 nan 0.939 0.574 0.817 1.215 0.561 0.740 1.065 nan 0.762 0.467 8972 chr5 69203905 69211585 + 0 NA intron (NR_146391, intron 4 of 10) intron (NR_146391, intron 4 of 10) 67249 NR_146391 653080 Hs.582500 NR_146391 LOC653080 - glucuronidase beta pseudogene pseudo 2.465 6.009 2.572 0.195 0.447 0.065 0.395 0.337 0.552 0.025 0.242 0.096 0.016 0.105 0.401 0.473 0.355 0.255 0.282 0.099 0.078 0.419 0.163 0.147 0.257 0.304 0.292 0.246 0.149 0.021 0.157 0.613 0.254 0.477 0.115 0.326 0.248 0.226 0.174 0.047 0.318 0.224 0.219 0.217 0.059 0.180 0.311 0.104 0.837 0.316 0.097 0.183 0.473 0.250 0.070 0.257 0.224 0.315 0.052 0.309 0.079 0.174 0.039 0.151 0.069 0.067 0.065 0.398 0.402 1.127 1.355 0.820 0.995 1.524 0.649 0.883 0.761 1.388 2.311 0.815 1.013 1.166 0.765 0.248 0.605 0.456 0.599 0.719 1.000 1.047 0.615 5613 chr19 34174393 34182124 + 0 NA intron (NM_022467, intron 1 of 3) intron (NM_022467, intron 1 of 3) 2824 NM_022467 64377 Hs.165724 NM_022467 ENSG00000124302 CHST8 GALNAC4ST1|GalNAc4ST|PSS3 carbohydrate sulfotransferase 8 protein-coding 1.000 0.899 3.189 0.055 0.550 0.488 0.074 0.413 0.795 0.013 0.119 0.034 0.008 0.026 0.103 0.166 0.087 0.042 0.040 0.033 0.101 0.042 0.082 0.063 0.028 0.076 0.069 0.014 0.072 0.063 0.118 2.116 0.036 0.140 0.095 0.009 2.269 0.114 0.029 0.047 0.028 0.020 0.062 0.116 0.115 0.091 0.010 0.009 0.166 0.037 0.082 0.032 0.096 1.385 0.107 2.596 0.010 0.259 0.032 0.028 0.022 0.042 1.079 1.648 0.081 0.033 0.307 0.403 0.154 0.071 0.226 0.094 0.206 0.421 0.128 0.162 nan 10.956 0.960 0.941 0.139 0.144 0.296 0.416 0.869 0.719 6405 chr2 144691536 144716098 + 0 NA non-coding (NR_148872, exon 11 of 11) non-coding (NR_148872, exon 11 of 11) 9183 NR_110237 101928386 Hs.668251 NR_110237 ENSG00000232377 LOC101928386 - uncharacterized LOC101928386 ncRNA 1.143 nan 3.381 1.438 0.139 0.156 0.058 0.143 0.332 0.027 0.115 0.109 0.008 0.040 0.051 0.225 1.499 0.112 0.138 0.031 0.034 0.045 0.236 0.194 0.199 0.011 0.018 0.108 0.097 0.022 0.056 0.138 0.089 1.512 0.071 0.092 0.031 0.057 0.083 0.063 0.334 0.026 0.020 0.035 0.066 0.028 0.078 0.150 0.060 0.206 0.032 0.027 0.225 0.044 0.060 0.199 0.075 0.067 0.099 0.213 0.029 0.029 0.064 0.324 0.056 0.033 0.016 0.348 0.253 0.346 0.584 0.630 0.555 0.502 0.131 0.280 0.251 5.539 5.672 0.463 0.416 0.683 0.479 0.166 0.381 0.090 0.110 0.566 1.302 0.445 0.282 4667 chr17 27132276 27141210 + 0 NA intron (NM_001288637, intron 1 of 4) AluJr|SINE|Alu 2710 NM_001288634 55731 Hs.564533 NM_018182 ENSG00000173065 FAM222B C17orf63 family with sequence similarity 222 member B protein-coding nan nan nan 3.830 1.368 1.028 3.193 0.992 2.398 2.375 2.575 0.869 0.104 0.459 1.131 1.464 1.477 0.215 4.156 1.478 4.354 1.101 0.736 0.452 1.583 1.984 1.534 1.651 2.505 2.575 2.811 4.073 1.129 3.405 1.731 2.327 0.363 3.397 0.222 2.024 1.011 3.628 5.816 3.163 1.331 0.809 2.410 4.117 2.760 1.706 1.013 1.779 1.464 5.393 2.485 1.583 1.023 0.780 0.560 1.179 1.070 2.128 0.885 1.437 0.937 2.814 2.488 2.584 2.887 6.552 10.669 3.081 2.797 2.986 1.107 3.830 3.892 1.647 2.283 4.497 6.330 4.138 4.076 1.686 2.705 1.794 1.794 2.333 nan 2.193 1.143 3578 chr14 57493277 57558818 + 0 NA Intergenic Intergenic -209559 NM_018229 55745 Hs.597349 NM_018229 ENSG00000053770 AP5M1 C14orf108|MUDENG|Mu5|MuD adaptor related protein complex 5 subunit mu 1 protein-coding nan nan 2.636 0.065 0.408 0.058 0.029 0.252 0.540 0.010 0.075 0.041 0.024 0.037 0.234 0.390 0.084 0.108 0.099 0.019 0.032 0.015 0.117 0.110 0.607 0.038 0.042 0.016 0.096 0.043 0.088 0.250 0.198 0.496 0.020 0.134 0.275 0.040 0.119 0.005 0.144 0.062 0.016 0.017 0.125 0.070 0.180 0.116 0.073 0.048 0.110 0.243 0.390 0.065 0.028 0.607 0.110 0.048 0.198 0.056 0.130 0.043 0.048 1.971 0.020 0.025 0.008 0.331 0.176 0.269 0.351 0.505 0.659 0.808 0.212 0.486 0.513 0.160 0.262 0.981 0.893 1.896 1.321 0.202 0.282 0.953 1.303 2.666 9.329 nan 0.510 7763 chr3 115102727 115124352 + 0 NA Intergenic Intergenic -228612 NM_002045 2596 Hs.134974 NM_002045 ENSG00000172020 GAP43 B-50|PP46 growth associated protein 43 protein-coding 1.159 nan 0.823 0.093 0.123 0.075 0.082 0.230 0.374 0.004 0.083 0.755 0.001 0.047 0.095 0.525 0.129 0.097 0.044 0.044 0.032 0.026 0.079 0.084 0.105 0.035 0.023 0.014 0.087 0.010 0.063 0.068 0.085 0.268 0.081 0.050 0.044 0.076 0.095 0.006 0.414 0.149 0.036 0.022 0.030 0.032 0.059 0.162 0.049 0.083 0.011 0.049 0.525 0.059 0.021 0.105 0.028 0.042 0.166 0.064 0.080 0.058 0.206 1.469 0.050 0.048 0.017 0.356 0.283 0.248 0.345 0.335 nan 0.504 0.285 0.230 0.273 nan 0.752 0.228 0.236 0.757 0.311 0.166 0.298 0.148 0.317 1.772 5.248 0.505 0.594 10822 chr8 13915115 13920809 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL 430763 NR_134450 102725080 Hs.130621 NR_134450 LOC102725080 - uncharacterized LOC102725080 ncRNA 0.457 0.647 nan 0.050 0.031 0.025 0.115 0.144 0.027 0.050 0.052 0.046 0.066 0.053 0.113 0.019 0.033 0.033 0.057 0.064 0.013 0.070 0.019 0.028 0.016 0.025 0.035 0.025 0.016 0.016 0.047 0.125 0.033 0.017 0.014 0.067 0.017 0.051 0.014 0.011 0.066 0.025 0.032 0.064 0.030 0.030 0.078 0.077 0.014 0.009 0.877 0.654 9.392 4.689 0.328 nan 0.105 0.045 0.214 0.137 0.070 0.138 0.189 0.142 0.289 0.181 0.112 0.138 0.078 0.102 0.119 0.225 0.983 0.641 6546 chr2 191268688 191279561 + 0 NA intron (NM_017694, intron 1 of 7) intron (NM_017694, intron 1 of 7) 1043 NM_017694 54842 Hs.418581 NM_017694 ENSG00000151690 MFSD6 MMR2|hMMR2 major facilitator superfamily domain containing 6 protein-coding 2.391 nan 1.784 0.847 3.629 3.082 0.320 2.184 3.542 0.144 0.351 0.356 0.075 0.773 1.804 1.741 0.451 0.176 0.566 0.209 0.029 0.089 1.811 0.944 3.261 0.540 0.438 0.249 0.852 0.262 1.834 3.146 1.276 11.637 0.162 0.304 0.605 0.599 0.078 0.087 1.254 0.806 0.233 0.201 0.352 0.177 0.327 0.156 1.544 0.753 0.441 0.446 1.741 1.388 0.282 3.261 0.177 0.778 0.430 0.652 1.356 0.036 1.630 0.195 0.307 0.138 0.057 3.027 4.485 1.843 3.068 3.571 3.101 3.713 2.442 5.205 5.699 2.427 3.249 3.113 6.509 1.135 1.213 1.893 3.947 2.950 2.344 0.928 1.334 1.764 1.173 11528 chr9 35487997 35493889 + 0 NA intron (NM_001330740, intron 1 of 10) intron (NM_001330740, intron 1 of 10) 1113 NR_052015 9853 Hs.493796 NM_014806 ENSG00000198853 RUSC2 Iporin|MRT61 RUN and SH3 domain containing 2 protein-coding 1.283 nan 1.598 2.120 1.557 1.479 4.450 1.309 2.223 1.571 5.548 4.955 0.721 0.288 0.709 2.108 1.714 0.380 3.069 1.438 4.616 1.387 1.756 0.913 2.147 4.170 5.296 2.647 1.875 0.661 1.188 1.994 1.247 2.723 1.636 2.643 0.024 2.891 0.120 1.061 0.770 9.659 8.462 2.535 2.147 1.366 2.275 4.543 5.437 6.365 2.300 2.490 2.108 2.528 7.641 2.147 1.278 0.850 0.051 10.374 1.138 2.463 1.259 0.877 2.399 5.102 4.954 0.390 0.574 3.550 5.081 3.472 2.873 8.351 2.900 1.942 1.947 2.388 2.523 1.955 2.933 3.071 3.091 1.523 3.799 0.250 0.376 1.848 2.831 2.364 1.594 8130 chr3 187867159 187888125 + 0 NA intron (NM_001167672, intron 1 of 9) intron (NM_001167672, intron 1 of 9) -5766 NR_036497 339929 Hs.596639 NR_036497 ENSG00000270959 LPP-AS2 MYCLo-5|MYCLo-6 LPP antisense RNA 2 ncRNA 1.709 1.875 1.118 2.425 0.507 1.088 1.921 0.672 1.397 0.377 1.001 0.903 0.432 0.356 0.514 0.715 1.874 0.314 2.123 1.031 2.283 0.212 0.425 0.283 0.778 2.594 2.037 1.169 2.418 1.249 1.346 3.039 1.084 1.838 0.701 0.755 0.027 0.879 0.092 0.454 0.461 2.623 1.436 0.598 2.375 1.363 1.676 1.078 1.659 1.381 1.172 2.633 0.715 2.281 1.068 0.778 1.009 1.409 0.102 0.995 0.372 0.659 0.066 0.100 0.559 0.420 0.264 0.332 0.330 1.527 2.657 1.410 1.123 0.766 0.274 1.971 2.114 1.920 2.829 1.410 1.932 1.020 0.684 0.331 0.477 0.167 0.196 0.134 0.204 0.185 0.260 3040 chr12 126963617 126979923 + 0 NA Intergenic Intergenic -37897 NR_147498 283435 Hs.667334 NR_147498 LOC283435 - uncharacterized LOC283435 ncRNA 0.619 0.481 0.523 0.067 0.146 0.017 2.116 0.118 0.136 0.012 0.365 3.945 0.008 0.073 0.072 1.662 0.153 0.089 0.026 0.027 0.598 0.414 0.396 1.780 1.095 0.009 0.754 0.188 0.499 0.164 0.265 0.009 0.365 0.023 0.013 0.086 0.007 0.019 0.153 0.078 0.042 0.592 0.279 0.710 0.257 0.060 0.072 0.029 0.314 1.662 0.022 0.006 0.396 0.135 0.020 0.018 0.043 0.161 0.277 0.018 0.046 0.285 0.014 0.209 0.102 0.205 0.410 0.412 0.467 nan 0.078 0.218 0.188 0.103 0.226 0.326 0.475 0.275 0.088 0.102 0.114 0.141 0.175 0.121 0.264 0.929 0.645 374 chr1 51699994 51704549 + 0 NA 5' UTR (NM_014372, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_014372, exon 1 of 3) 326 NM_014372 26994 Hs.309641 NM_014372 ENSG00000123091 RNF11 CGI-123|SID1669 ring finger protein 11 protein-coding 5.653 5.534 6.430 3.182 4.398 4.639 2.414 1.977 3.906 0.962 3.210 2.808 1.537 1.924 4.345 3.072 4.284 0.478 3.952 1.329 1.630 1.698 5.591 2.072 3.502 2.238 1.505 2.034 2.369 0.873 5.266 6.404 3.129 11.687 1.081 1.546 0.837 3.200 0.165 0.788 2.291 3.185 1.656 1.031 1.295 1.638 2.319 2.628 2.198 3.348 1.225 1.630 3.072 6.423 2.756 3.502 0.804 3.087 0.745 3.321 3.184 1.049 0.957 2.746 1.567 1.133 0.481 2.375 3.923 5.309 6.395 17.053 13.066 9.975 3.282 11.222 11.946 5.207 5.424 9.015 14.800 7.084 7.366 1.457 4.016 5.019 5.642 8.931 12.104 4.874 2.908 429 chr1 64237181 64243952 + 0 NA intron (NM_001083592, intron 1 of 6) CpG 876 NM_001083592 4919 Hs.128753 NM_005012 ENSG00000185483 ROR1 NTRKR1|dJ537F10.1 receptor tyrosine kinase like orphan receptor 1 protein-coding 2.419 1.483 nan 1.749 0.207 0.113 2.583 0.474 0.684 0.567 1.507 2.266 0.064 0.576 0.052 0.342 1.783 0.288 2.108 0.684 0.065 0.041 0.160 0.219 0.156 2.015 2.166 0.251 4.401 1.094 0.780 1.519 1.389 2.075 1.015 0.133 0.538 0.129 0.138 1.081 1.167 2.045 0.709 0.358 1.011 1.062 2.759 0.129 1.368 1.477 0.558 0.365 0.342 1.393 6.449 0.156 0.199 0.344 0.304 1.078 0.406 1.421 0.087 0.290 0.430 0.472 0.180 0.309 0.436 0.470 0.567 1.079 0.944 0.293 0.098 0.565 0.621 nan nan 0.284 nan 1.203 1.200 0.306 0.634 1.386 1.349 0.952 1.519 0.701 0.497 1306 chr10 5527519 5571843 + 0 NA Intergenic Intergenic -8148 NM_017422 51806 Hs.180142 NM_017422 ENSG00000178372 CALML5 CLSP calmodulin like 5 protein-coding 0.477 2.271 1.203 0.112 2.027 1.525 0.550 0.174 0.261 0.022 0.072 0.080 0.025 0.048 0.524 0.213 0.153 0.148 0.494 0.197 0.030 0.042 0.133 0.062 1.861 0.117 0.033 0.037 0.334 0.342 1.024 5.100 1.705 4.196 0.278 0.086 0.034 0.056 0.061 0.021 0.029 0.068 0.034 0.028 0.236 0.145 0.921 0.129 0.317 0.043 0.122 2.231 0.213 0.910 0.038 1.861 0.475 1.877 0.050 0.115 0.128 0.114 0.112 0.095 0.024 0.023 0.016 0.442 0.485 0.216 0.440 0.716 0.705 1.433 0.396 0.185 0.200 0.100 0.217 2.926 2.862 0.157 0.083 0.344 0.380 0.169 0.182 0.250 0.491 0.676 0.479 9578 chr6 33675348 33740491 + 0 NA intron (NM_001142883, intron 1 of 6) intron (NM_001142883, intron 1 of 6) 6843 NM_054111 117283 Hs.17253 NM_054111 ENSG00000161896 IP6K3 IHPK3|INSP6K3 inositol hexakisphosphate kinase 3 protein-coding nan 1.984 nan 0.667 1.029 4.176 0.482 0.407 0.782 0.274 0.513 0.194 0.135 0.518 2.209 0.912 0.320 0.107 0.412 0.105 0.300 0.232 0.323 0.235 1.411 0.291 0.215 0.088 0.370 0.128 2.270 7.044 3.489 2.398 0.765 0.216 0.178 0.276 0.090 0.128 0.844 0.514 0.265 0.135 0.279 0.464 0.776 0.485 0.299 0.326 0.329 0.820 0.912 0.586 0.303 1.411 0.129 1.662 0.559 0.560 1.050 0.249 0.371 0.862 0.119 0.193 0.129 0.741 0.838 1.668 nan nan 2.648 1.832 0.689 1.151 1.220 0.755 1.046 4.657 4.626 2.481 2.138 0.625 0.831 0.803 0.898 1.269 2.418 0.986 0.700 1091 chr1 210110046 210118150 + 0 NA intron (NM_001146261, intron 1 of 9) L3|LINE|CR1 2579 NR_027459 255928 Hs.658866 NM_153262 ENSG00000143469 SYT14 SCAR11|sytXIV synaptotagmin 14 protein-coding 1.403 2.440 0.935 0.284 0.727 1.513 0.017 1.643 2.230 0.035 0.228 0.272 0.107 0.013 0.761 2.055 0.367 0.059 0.026 0.031 0.137 1.259 0.505 2.693 0.017 0.009 0.608 0.068 0.026 0.041 0.054 0.087 nan 0.019 0.100 0.378 0.172 0.104 0.116 1.048 0.068 0.007 0.003 0.014 0.124 0.082 0.949 0.020 0.703 0.020 0.017 2.055 0.054 0.011 2.693 0.015 0.030 0.488 0.310 0.013 0.049 0.512 0.429 0.010 0.014 0.038 1.807 2.406 0.330 0.369 4.972 4.868 nan 1.151 0.368 0.400 4.801 nan 2.979 4.543 2.423 2.517 1.232 2.220 2.078 2.142 3.490 4.201 2.177 1.084 9620 chr6 37514363 37547017 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -7492 NR_039669 100616413 NR_039669 ENSG00000263926 MIR4462 - microRNA 4462 ncRNA nan 0.770 nan 0.325 0.153 0.297 1.196 0.271 0.523 0.280 0.145 0.411 0.025 0.028 0.336 2.450 0.126 0.089 2.009 1.452 0.091 0.047 0.214 0.111 0.752 0.417 0.211 0.096 0.154 0.201 0.148 0.524 0.130 1.006 0.618 0.062 0.068 0.102 0.099 0.341 0.131 3.580 0.107 0.064 0.096 0.140 0.313 2.454 0.113 0.725 0.106 0.140 2.450 0.829 1.220 0.752 0.101 0.263 0.396 0.539 0.162 0.750 0.107 0.485 0.190 1.797 1.579 0.563 0.855 0.223 nan nan 1.289 1.264 0.340 0.394 0.381 1.909 2.418 0.578 0.721 1.258 1.021 0.361 0.430 0.274 0.242 1.174 3.106 1.563 0.940 9535 chr6 27853697 27871655 + 0 NA Intergenic Intergenic 1473 NM_003527 8348 Hs.484991 NM_003527 ENSG00000274641 HIST1H2BO H2B.2|H2B/n|H2BFN|dJ193B12.2 histone cluster 1 H2B family member o protein-coding 4.447 2.158 nan 2.851 3.922 1.510 1.899 2.029 4.138 0.969 3.554 1.611 3.146 0.971 4.201 2.201 1.483 0.286 2.750 0.781 2.935 2.191 1.406 0.710 4.776 1.609 1.448 0.461 1.169 0.713 1.309 3.092 2.186 nan 1.351 3.758 1.040 4.716 0.185 0.846 2.382 3.692 2.697 1.114 0.893 1.041 1.884 1.752 2.708 4.634 3.284 1.271 2.201 2.730 4.386 4.776 1.034 2.033 0.717 4.464 1.461 2.371 1.538 1.774 1.454 1.382 1.035 5.828 7.045 4.668 nan 6.555 4.821 nan 4.774 9.004 9.292 3.013 3.939 4.660 6.013 5.724 6.101 1.302 2.969 5.371 4.712 4.821 4.750 2.273 1.181 4594 chr17 9911496 9937750 + 0 NA intron (NM_201433, intron 1 of 13) intron (NM_201433, intron 1 of 13) 5000 NM_001130831 8522 Hs.462214 NM_003644 ENSG00000007237 GAS7 - growth arrest specific 7 protein-coding 0.748 0.753 0.589 0.028 0.024 0.248 0.032 0.104 0.175 0.007 0.039 0.039 0.012 0.023 0.020 0.092 0.051 0.093 0.032 0.017 0.016 0.042 0.054 0.045 0.021 0.025 0.009 0.051 0.073 0.284 0.081 0.164 0.027 0.101 0.022 0.078 0.096 0.009 0.021 0.091 0.044 0.027 0.021 0.077 0.048 0.140 0.130 0.041 0.006 0.112 0.092 0.055 0.028 0.045 0.023 0.012 0.004 0.100 0.077 0.042 0.447 0.240 0.041 0.026 0.015 1.747 2.646 1.521 4.152 0.171 0.188 0.117 0.057 0.063 0.061 0.104 0.160 0.117 0.131 0.548 0.349 0.419 0.738 0.028 0.027 0.431 0.926 0.052 0.081 1962 chr11 60905472 60941952 + 0 NA intron (NM_017966, intron 1 of 4) L1MEc|LINE|L1 5204 NM_017966 55048 Hs.523715 NM_017966 ENSG00000167987 VPS37C - VPS37C, ESCRT-I subunit protein-coding nan 2.401 1.186 0.758 2.198 0.890 1.467 0.483 1.007 0.464 0.586 0.341 2.129 0.496 2.233 0.746 0.524 0.149 0.985 0.422 0.485 0.243 0.506 0.243 1.119 0.369 0.308 0.492 0.315 0.776 2.318 5.380 4.415 2.380 0.413 0.380 0.210 0.844 0.147 0.342 0.167 0.920 0.876 0.403 0.377 0.903 1.831 1.061 0.533 0.702 0.289 0.538 0.746 1.291 0.383 1.119 0.322 1.615 0.278 0.542 0.751 0.667 0.527 0.459 0.277 0.270 0.183 1.452 1.680 0.921 1.216 1.437 1.295 3.128 1.344 1.510 1.553 0.894 1.318 3.669 4.712 1.060 1.015 0.915 1.356 1.027 1.086 0.868 2.029 1.308 0.834 10917 chr8 39434531 39440638 + 0 NA TTS (NR_046245) TTS (NR_046245) -4503 NR_135201 8749 Hs.127930 NM_014237 ENSG00000168619 ADAM18 ADAM27|tMDCIII ADAM metallopeptidase domain 18 protein-coding 0.519 0.558 nan 0.171 0.289 0.055 0.070 0.157 0.258 0.047 0.125 0.239 5.295 0.026 0.021 0.231 0.122 0.134 0.105 0.051 0.023 0.056 0.122 0.078 0.057 0.036 0.037 0.100 0.034 0.111 0.263 0.173 0.336 0.073 0.271 0.016 0.088 0.078 0.090 0.121 0.069 0.013 0.018 0.063 0.505 0.152 0.120 0.048 0.038 0.150 0.231 0.035 0.078 0.212 0.090 0.019 0.017 0.025 0.097 0.060 0.019 0.009 0.617 0.230 1.336 5.340 0.507 0.478 0.167 0.019 0.227 0.353 0.071 0.294 0.143 0.196 0.385 0.153 0.105 0.141 0.105 0.082 0.162 0.188 0.261 0.377 9026 chr5 77813398 77827535 + 0 NA intron (NM_005779, intron 3 of 4) AluSz6|SINE|Alu 124182 NM_005779 10184 Hs.79299 NM_005779 ENSG00000145685 LHFPL2 - LHFPL tetraspan subfamily member 2 protein-coding 1.129 nan 0.819 0.139 0.120 0.018 1.810 0.140 0.286 0.244 1.198 1.150 0.030 0.021 0.101 0.094 1.101 0.126 1.300 1.227 0.041 0.017 0.077 0.134 0.111 3.923 3.039 0.084 2.022 0.784 0.165 1.136 0.239 0.177 0.543 0.141 0.006 0.069 0.100 0.285 0.124 0.215 0.392 0.253 1.153 0.909 0.866 1.435 0.463 0.141 0.050 0.186 0.094 0.844 0.476 0.111 0.432 0.218 0.116 0.049 0.029 1.549 0.042 0.149 0.592 0.065 0.054 0.203 0.159 0.234 0.423 0.352 0.381 nan 0.189 0.197 0.179 1.221 nan 0.354 0.347 1.113 0.951 0.107 0.206 0.108 0.143 0.424 0.633 0.318 0.324 489 chr1 85773158 85812220 + 0 NA intron (NM_001330655, intron 4 of 5) intron (NM_001330655, intron 4 of 5) -50102 NM_001320715 8915 Hs.193516 NM_003921 ENSG00000142867 BCL10 CARMEN|CIPER|CLAP|IMD37|c-E10|mE10 B cell CLL/lymphoma 10 protein-coding 1.035 nan nan 1.953 0.135 0.039 0.956 0.144 0.273 0.367 0.530 2.841 0.048 0.061 0.092 0.247 1.345 0.194 0.351 0.183 2.214 0.035 0.068 0.110 0.129 0.923 0.555 1.001 0.610 0.667 0.124 0.347 0.203 0.359 0.314 0.142 0.017 0.705 0.149 0.501 0.076 2.986 1.876 0.917 0.659 0.558 0.330 1.832 0.295 1.960 0.133 0.351 0.247 0.573 2.178 0.129 0.110 0.061 0.186 0.951 0.024 0.534 0.041 0.155 0.489 2.947 2.969 0.318 0.258 0.571 1.663 0.398 0.395 0.414 0.173 0.307 0.340 0.607 0.881 0.681 0.668 0.437 0.285 0.179 0.229 0.084 0.080 0.379 1.117 0.608 0.556 9745 chr6 64263194 64285046 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -7797 NM_003463 7803 Hs.227777 NM_003463 ENSG00000112245 PTP4A1 HH72|PRL-1|PRL1|PTP(CAAX1)|PTPCAAX1 protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 protein-coding nan 2.107 1.882 1.147 1.773 1.033 0.763 1.087 1.827 0.355 2.125 0.877 0.611 0.472 0.886 1.671 1.074 0.141 1.562 0.520 7.065 0.684 0.908 0.337 2.115 0.804 0.810 0.433 1.157 0.641 2.161 3.345 2.250 3.130 0.515 2.917 0.366 1.498 0.146 0.328 1.153 1.271 0.882 0.415 0.798 0.894 1.264 0.746 3.523 1.517 4.775 3.833 1.671 2.446 1.087 2.115 1.802 2.708 0.276 2.731 1.147 0.538 0.485 0.301 0.757 0.841 0.625 1.535 1.620 2.174 3.186 2.450 1.822 2.737 1.167 3.092 3.089 0.631 0.856 2.647 3.877 2.137 2.515 0.721 1.565 2.371 2.271 1.427 1.280 0.798 0.574 1392 chr10 25178670 25202123 + 0 NA intron (NM_020200, intron 3 of 8) AluJr|SINE|Alu 51177 NM_020200 56952 Hs.405619 NM_020200 ENSG00000099256 PRTFDC1 HHGP phosphoribosyl transferase domain containing 1 protein-coding 0.589 0.699 0.724 0.466 0.106 0.041 1.317 0.116 0.308 0.248 0.949 2.444 0.021 0.030 0.076 0.105 2.863 0.581 0.450 0.642 0.407 0.018 0.100 0.057 0.087 0.922 0.466 0.104 0.341 0.505 0.041 0.156 0.121 0.268 0.503 0.594 0.016 0.070 0.102 0.963 0.075 0.179 0.261 0.326 0.550 0.411 0.177 0.689 0.849 0.600 0.610 0.476 0.105 0.247 1.135 0.087 0.495 0.154 0.042 0.322 0.087 1.016 0.038 0.174 0.704 0.957 0.860 0.450 0.267 0.371 0.731 0.194 0.254 0.752 0.283 0.139 0.112 0.774 1.059 0.199 0.196 0.152 0.094 0.094 0.156 0.079 0.107 0.250 0.542 0.383 0.318 1080 chr1 208271952 208277920 + 0 NA intron (NM_025179, intron 5 of 31) intron (NM_025179, intron 5 of 31) 142729 NM_025179 5362 Hs.497626 NM_025179 ENSG00000076356 PLXNA2 OCT|PLXN2 plexin A2 protein-coding 1.601 2.819 1.216 0.083 2.113 5.713 0.132 1.910 4.216 0.197 0.108 0.010 0.016 5.461 2.222 0.628 0.136 0.055 0.032 0.023 1.491 1.025 7.967 0.162 0.098 0.049 0.080 0.036 0.013 0.142 0.131 8.795 2.099 0.223 0.093 0.029 0.040 0.267 0.367 0.020 0.038 0.055 0.063 0.211 0.304 0.191 0.024 0.063 0.165 2.222 0.059 0.016 7.967 0.014 0.226 0.092 0.445 0.118 0.033 0.497 0.037 0.010 0.008 0.621 1.079 0.492 0.644 7.527 6.946 2.865 0.730 nan nan 1.848 2.509 4.783 4.090 0.649 0.542 0.216 0.266 1.283 0.930 0.751 1.554 2.582 1.472 4724 chr17 36354912 36379035 + 0 NA intron (NR_036750, intron 3 of 11) intron (NR_036750, intron 3 of 11) -18324 NM_001001418 414060 Hs.735975 NM_001001418 ENSG00000278299 TBC1D3C TBC1D3D TBC1 domain family member 3C protein-coding nan 1.596 1.311 1.133 0.124 0.113 0.335 0.483 0.829 0.162 0.509 0.198 0.044 0.025 0.238 0.557 0.362 0.247 0.680 0.212 0.182 0.064 0.398 0.590 0.195 0.272 0.133 0.126 0.385 0.100 0.273 0.298 0.342 0.848 0.187 0.188 0.063 0.148 0.144 0.137 0.191 0.344 0.101 0.081 0.285 0.089 0.624 0.443 0.323 0.203 2.448 0.170 0.557 0.221 0.143 0.195 0.290 0.408 0.064 0.298 0.046 0.420 0.224 0.184 0.250 0.091 0.093 0.869 0.817 1.279 1.088 nan 1.686 0.615 0.334 6.380 6.448 0.673 0.934 0.764 0.862 nan 0.785 0.557 0.680 0.200 0.236 0.554 1.176 0.851 0.903 2819 chr12 81076464 81080515 + 0 NA Intergenic Intergenic -22919 NM_002469 4618 Hs.35937 NM_002469 ENSG00000111046 MYF6 CNM3|MRF4|bHLHc4|myf-6 myogenic factor 6 protein-coding 0.884 0.771 0.633 0.054 0.088 0.027 0.593 0.838 0.038 0.207 0.015 0.079 0.066 0.182 0.093 0.154 0.016 0.068 0.620 0.340 0.587 0.034 0.033 0.039 0.050 0.009 0.224 0.098 0.052 1.533 0.028 0.079 0.020 0.045 0.037 0.121 0.096 0.040 0.018 0.049 0.036 0.587 0.042 0.014 0.025 0.020 0.125 0.018 0.012 3.559 3.352 1.934 0.896 0.402 0.498 0.261 0.136 0.323 0.449 0.357 0.464 3.315 3.695 0.241 0.078 0.156 0.212 9.579 12.972 0.262 0.488 0.527 0.472 10364 chr7 54890844 54909292 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 73062 NR_110040 100996654 Hs.127991 NR_110040 LOC100996654 - uncharacterized LOC100996654 ncRNA nan 0.876 0.861 1.045 0.072 0.090 2.871 0.122 0.218 1.321 0.355 0.443 0.107 0.049 0.048 0.105 0.572 0.157 0.820 0.791 3.074 0.008 0.094 0.118 0.117 1.763 0.897 0.113 1.766 1.157 2.209 4.253 3.862 0.346 1.077 0.586 0.025 1.231 0.167 0.089 0.035 4.191 0.193 0.110 1.419 5.340 3.764 0.265 0.415 0.027 0.326 2.688 0.105 0.224 0.186 0.117 1.235 4.716 0.010 0.384 0.220 1.023 0.038 0.041 1.647 0.025 0.014 0.327 0.195 0.260 0.504 0.356 0.361 0.075 0.059 0.058 0.054 0.123 0.305 0.412 0.400 0.338 0.136 0.104 0.155 0.078 0.059 0.134 0.219 0.522 0.437 9120 chr5 112311346 112315935 + 0 NA intron (NR_038352, intron 1 of 8) intron (NR_038352, intron 1 of 8) 1233 NM_001242377 167227 Hs.443875 NM_152624 ENSG00000172795 DCP2 NUDT20 decapping mRNA 2 protein-coding 3.403 2.117 2.486 3.331 2.326 2.099 2.943 1.240 3.298 1.626 3.187 3.249 1.175 0.374 2.148 1.269 1.631 0.349 3.100 1.282 1.239 0.997 1.209 0.647 1.175 2.067 1.718 0.918 1.974 1.820 2.667 4.740 2.512 5.086 1.147 2.049 0.956 2.364 0.220 0.957 0.973 2.210 3.750 1.795 2.044 1.185 2.959 2.353 2.743 3.253 1.653 3.062 1.269 2.455 3.823 1.175 1.253 0.867 0.485 2.356 2.176 1.929 1.285 1.537 2.315 1.481 1.055 3.674 4.487 10.631 10.681 3.839 2.986 9.863 3.602 4.524 4.594 4.240 5.374 3.413 5.590 5.374 4.966 1.703 3.059 4.373 7.011 4.439 6.453 2.412 1.076 2233 chr11 109957214 109969626 + 0 NA promoter-TSS (NM_033390) promoter-TSS (NM_033390) -667 NM_033390 85463 Hs.376289 NM_033390 ENSG00000149289 ZC3H12C MCPIP3 zinc finger CCCH-type containing 12C protein-coding 1.487 1.606 1.551 0.747 1.462 1.463 1.966 0.813 1.588 0.362 3.201 1.898 3.334 0.184 1.219 1.383 1.079 0.091 1.647 0.459 1.518 0.401 1.012 0.435 2.048 1.227 1.391 1.018 1.914 0.838 1.609 2.714 0.826 4.828 0.637 1.165 0.471 1.528 0.135 0.720 2.245 4.623 2.244 1.107 2.386 0.730 3.072 2.071 1.588 1.732 1.070 3.622 1.383 1.912 2.766 2.048 1.200 1.304 0.460 0.993 1.172 1.212 0.551 0.179 1.098 0.082 0.080 6.641 7.903 1.533 2.748 5.126 4.672 2.887 1.678 2.903 3.001 2.014 2.757 1.984 3.505 2.659 3.392 1.807 3.096 2.212 2.191 0.922 0.489 1.504 0.908 622 chr1 117744646 117755873 + 0 NA intron (NM_001253850, intron 1 of 4) L2b|LINE|L2 3323 NR_045603 79679 Hs.546434 NM_024626 ENSG00000134258 VTCN1 B7-H4|B7H4|B7S1|B7X|B7h.5|PRO1291|VCTN1 V-set domain containing T cell activation inhibitor 1 protein-coding nan 0.674 0.689 1.497 0.063 0.094 0.174 0.114 0.195 0.543 0.055 0.048 0.061 0.090 0.094 0.148 0.066 0.129 0.453 0.220 0.028 0.037 0.140 0.058 0.090 0.347 0.136 0.039 0.139 0.272 0.215 1.598 0.931 0.766 0.091 0.053 0.008 0.048 0.105 0.041 0.064 0.115 0.027 0.028 0.700 0.375 0.818 0.156 0.265 0.042 0.148 1.368 0.148 0.824 0.022 0.090 0.109 0.744 0.019 0.113 0.027 0.062 0.061 0.120 0.041 0.015 0.005 0.630 0.456 3.973 8.882 0.317 nan 0.378 0.190 0.220 0.279 0.613 1.043 0.212 0.382 0.305 0.215 0.360 0.500 0.071 0.112 0.324 0.505 0.523 0.615 5389 chr18 59014856 59040209 + 0 NA intron (NM_031891, intron 1 of 11) intron (NM_031891, intron 1 of 11) 26717 NM_031891 28316 Hs.671510 NM_031891 ENSG00000101542 CDH20 CDH7L3|Cdh7 cadherin 20 protein-coding nan 0.897 0.931 0.059 0.106 0.022 0.028 0.139 0.243 0.011 0.062 0.044 0.007 0.036 0.077 1.064 0.076 0.083 0.029 0.023 0.030 0.149 0.152 0.057 0.006 0.009 0.009 0.018 0.004 0.048 0.027 0.025 0.305 0.017 0.036 0.722 0.038 0.087 0.009 0.131 0.054 0.005 0.006 0.009 0.033 0.053 0.067 0.010 0.036 0.404 0.024 1.064 0.017 0.011 0.057 0.023 0.019 0.025 0.017 0.028 0.012 1.057 0.012 0.009 0.002 0.313 0.174 0.187 0.280 0.395 0.449 1.242 0.545 0.392 0.399 0.132 0.200 0.375 0.386 0.816 0.473 0.128 0.183 2.662 3.488 1.379 3.207 nan 1.265 6653 chr2 219145485 219166247 + 0 NA intron (NM_001321436, intron 1 of 12) intron (NM_001321436, intron 1 of 12) -1141 NM_001321432 64114 Hs.591605 NM_022152 ENSG00000135926 TMBIM1 LFG3|MST100|MSTP100|PP1201|RECS1 transmembrane BAX inhibitor motif containing 1 protein-coding nan 0.989 nan 4.163 0.250 1.177 4.335 0.269 0.460 1.689 1.743 0.851 1.140 0.154 0.569 0.340 0.994 0.404 3.528 1.550 1.136 0.180 0.129 0.108 0.393 1.546 1.157 0.585 4.438 2.057 1.475 3.313 3.204 0.849 1.469 0.766 0.023 0.981 0.117 0.924 0.042 0.965 1.398 0.688 2.475 3.024 4.455 1.325 1.781 1.583 0.208 1.132 0.340 3.612 0.909 0.393 1.162 1.771 0.347 1.370 0.300 1.021 0.683 0.161 1.070 0.641 0.529 0.716 1.165 0.683 1.473 0.506 0.522 0.522 0.216 0.647 0.645 0.835 1.179 1.507 nan 0.605 0.336 0.700 0.911 0.129 0.137 0.436 0.785 0.894 0.518 6200 chr2 75693384 75731973 + 0 NA Intergenic Intergenic -38516 NR_110281 101927884 Hs.671110 NR_110281 ENSG00000231172 LOC101927884 - uncharacterized LOC101927884 ncRNA nan nan 0.770 0.031 0.637 0.023 0.288 0.999 1.982 0.119 0.085 0.041 0.008 0.617 0.129 0.699 0.206 0.125 0.229 0.175 0.041 0.006 0.538 0.395 0.440 0.117 0.038 0.013 0.081 0.041 0.090 0.270 0.103 0.574 0.129 0.065 0.393 0.048 0.110 0.083 0.174 0.096 0.042 0.020 0.039 0.052 0.154 0.256 0.064 0.030 0.140 0.031 0.699 0.099 0.135 0.440 0.028 0.066 0.025 0.044 0.542 0.157 0.036 0.080 0.191 0.053 0.034 0.502 0.364 0.211 0.453 0.861 0.956 5.170 1.971 0.211 0.193 0.310 0.526 1.116 0.955 0.383 0.202 0.136 0.213 1.220 1.585 0.181 0.292 nan 1.442 970 chr1 187203785 187223483 + 0 NA intron (NR_126347, intron 1 of 3) intron (NR_126347, intron 1 of 3) 151660 NR_126347 104169671 NR_126347 ENSG00000230426 LINC01036 - long intergenic non-protein coding RNA 1036 ncRNA nan nan 0.913 0.219 0.134 0.061 0.054 0.201 0.561 0.015 0.091 0.075 0.340 0.031 0.123 0.285 0.125 0.179 0.146 0.049 0.022 0.007 0.221 0.230 0.194 0.025 0.029 0.056 0.072 0.059 0.086 0.178 0.126 0.763 0.022 0.068 0.072 0.041 0.183 0.121 0.019 0.012 0.004 0.077 0.012 0.078 0.036 0.041 0.014 0.018 0.064 0.285 0.094 0.061 0.194 0.118 0.046 0.015 0.012 0.062 0.015 0.097 0.051 0.015 0.012 0.003 0.722 0.413 1.019 1.480 0.499 nan 0.909 0.385 nan 0.450 3.758 3.895 0.385 0.381 0.378 0.152 0.259 0.536 0.735 0.698 0.330 nan 0.406 0.393 9699 chr6 50532217 50578088 + 0 NA Intergenic L1MA9|LINE|L1 -126105 NM_172238 83741 Hs.434107 NM_172238 ENSG00000008197 TFAP2D TFAP2BL1 transcription factor AP-2 delta protein-coding 0.836 0.794 nan 0.050 0.172 0.015 0.075 0.077 0.204 0.006 0.064 0.032 0.041 0.044 0.058 0.254 0.100 0.094 0.046 0.017 0.025 2.835 0.088 0.145 0.055 0.004 0.011 0.006 0.055 0.005 0.091 0.260 0.201 0.493 0.045 0.046 0.037 0.026 0.117 0.036 0.028 0.034 0.016 0.005 0.017 0.017 0.078 0.089 0.011 0.029 0.039 0.019 0.254 0.042 0.022 0.055 0.029 0.034 0.030 0.009 0.062 0.021 0.035 0.055 0.010 0.019 0.010 0.508 0.346 0.516 0.385 0.230 0.294 0.132 0.093 0.219 0.229 0.183 0.248 0.475 0.477 0.245 0.081 0.182 0.267 0.151 0.207 0.160 0.267 0.182 0.274 2256 chr11 111955652 111958978 + 0 NA promoter-TSS (NM_003002) promoter-TSS (NM_003002) 207 NM_012459 26521 Hs.279915 NM_012459 ENSG00000150779 TIMM8B DDP2|TIM8B translocase of inner mitochondrial membrane 8 homolog B protein-coding 2.200 2.449 1.621 1.782 3.268 1.988 3.289 1.748 2.792 0.913 3.103 3.365 0.712 0.802 2.687 2.998 1.075 0.048 1.620 0.830 1.707 0.999 2.272 1.169 2.889 2.662 2.562 1.932 1.671 1.661 3.194 4.082 1.424 7.831 1.367 3.450 0.743 3.035 0.118 2.026 1.909 5.036 3.521 2.126 3.838 1.510 4.489 2.527 1.868 3.073 2.854 3.044 2.998 2.550 4.335 2.889 1.983 2.188 1.285 2.321 2.517 2.405 3.274 1.372 1.440 1.177 1.162 22.825 18.666 5.988 8.329 6.417 6.861 7.713 2.285 8.421 8.996 5.449 5.697 6.003 7.561 8.117 6.989 7.732 13.427 5.208 5.996 3.791 4.869 4.373 1.822 10639 chr7 121941449 121950900 + 0 NA non-coding (NR_036484, exon 3 of 7) non-coding (NR_036484, exon 3 of 7) -1609 NM_001024613 389549 Hs.553970 NM_001024613 ENSG00000128610 FEZF1 FEZ|HH22|ZNF312B FEZ family zinc finger 1 protein-coding 3.048 0.761 1.121 0.173 0.445 0.041 0.127 0.524 0.908 0.064 0.133 0.039 0.043 0.624 1.041 0.071 0.089 0.112 0.100 0.015 0.215 0.240 1.565 0.103 0.061 0.008 1.045 0.412 0.135 0.213 1.005 2.666 0.155 0.085 1.041 0.034 0.099 0.137 1.677 0.273 0.063 0.099 0.466 0.072 0.122 0.473 0.078 0.745 0.284 0.042 1.041 0.203 0.039 1.565 0.206 0.070 1.385 0.387 0.054 0.017 0.031 0.146 0.015 0.010 6.024 8.588 2.392 2.197 2.390 1.492 1.711 0.608 0.481 0.421 0.073 0.172 0.390 0.568 1.612 1.729 0.247 0.463 3.411 2.115 0.390 0.765 0.811 0.495 5718 chr19 44097277 44102499 + 0 NA promoter-TSS (NM_024327) promoter-TSS (NM_024327) 399 NM_001007561 126298 Hs.6217 NM_001007561 ENSG00000167378 IRGQ FKSG27|IRGQ1 immunity related GTPase Q protein-coding 5.687 3.070 3.798 3.373 2.576 1.898 1.748 1.598 3.640 1.447 3.650 2.835 0.501 1.072 3.270 3.200 2.014 0.220 3.376 1.493 2.068 0.911 1.547 1.064 3.618 2.075 2.254 3.045 2.706 0.685 2.663 nan 4.117 4.789 1.344 1.951 0.421 2.890 0.162 1.949 0.702 3.878 1.793 0.884 1.903 0.791 2.490 2.501 3.605 9.369 2.505 1.251 3.200 5.765 0.768 3.618 1.574 1.943 0.996 3.185 1.808 1.572 1.593 1.536 0.978 1.952 1.365 2.908 3.459 6.008 9.274 6.094 6.295 6.875 5.204 14.151 16.726 3.802 5.075 5.842 8.803 3.759 4.131 3.746 6.035 4.467 4.736 5.937 5.302 4.458 2.585 5768 chr19 48771975 48778514 + 0 NA intron (NM_153608, intron 3 of 5) CpG 742 NM_001331098 163071 Hs.511883 NM_153608 ENSG00000178150 ZNF114 - zinc finger protein 114 protein-coding 3.381 1.331 1.314 0.132 0.859 3.441 4.827 0.381 0.680 2.864 2.198 1.610 0.277 0.473 0.109 1.293 0.825 0.541 6.105 1.619 1.700 1.489 0.332 0.148 0.091 0.859 0.707 0.437 1.486 1.245 1.223 nan 0.743 1.043 1.793 2.503 0.556 5.491 0.330 0.467 0.025 0.754 2.970 1.168 1.098 0.834 7.486 0.413 2.902 2.523 2.766 1.338 1.293 5.825 4.775 0.091 1.836 0.583 1.217 1.903 0.146 3.847 0.498 0.305 0.196 0.229 0.031 0.259 0.172 0.370 0.778 0.746 0.605 4.852 1.247 0.315 0.274 3.130 4.552 0.473 0.623 3.897 3.376 0.873 1.179 3.237 3.196 0.840 1.229 0.578 0.592 2057 chr11 69354116 69359550 + 0 NA Intergenic MER121|DNA|TcMar? 56504 NR_120545 101928292 Hs.736219 NR_120542 LINC01488 BRCAT8 long intergenic non-protein coding RNA 1488 ncRNA nan 0.415 0.404 0.121 0.065 0.039 0.694 0.103 0.154 0.214 0.322 0.092 0.093 0.112 0.059 0.271 0.249 0.024 0.051 0.057 0.017 0.088 1.416 0.939 0.098 0.834 1.866 8.914 20.357 5.644 0.325 0.110 0.487 0.018 0.080 0.082 0.990 0.294 0.153 0.081 2.000 0.608 0.195 0.109 0.375 0.157 5.330 0.501 0.093 0.457 1.498 0.088 0.134 0.091 0.213 0.548 0.074 0.473 0.164 0.126 0.085 0.009 0.615 0.647 0.098 0.270 0.407 0.329 0.148 0.076 0.932 1.170 0.072 0.224 0.318 0.309 0.345 0.199 0.589 0.520 0.055 0.093 0.073 0.144 0.189 0.286 9594 chr6 34854029 34858574 + 0 NA promoter-TSS (NM_001270488) promoter-TSS (NM_001270488) -453 NM_005643 6882 Hs.112444 NM_005643 ENSG00000064995 TAF11 MGC:15243|PRO2134|TAF2I|TAFII28 TATA-box binding protein associated factor 11 protein-coding 8.097 3.722 4.443 5.354 5.575 3.027 4.263 1.793 3.035 0.670 2.823 1.628 0.899 1.140 3.055 3.373 2.561 0.542 3.762 0.840 1.356 1.374 3.039 1.160 4.993 1.916 1.397 0.742 2.103 1.547 3.360 4.318 4.173 8.713 1.521 1.322 0.925 2.290 0.130 0.674 2.101 2.338 2.157 1.708 1.326 0.980 4.118 1.349 2.078 3.976 2.640 1.863 3.373 9.397 3.529 4.993 0.754 1.607 1.200 4.047 2.727 1.655 1.341 1.375 1.212 0.786 0.390 6.536 6.151 6.176 nan nan 4.877 9.858 3.839 17.200 18.324 3.065 4.126 9.704 16.778 4.518 6.587 2.301 4.675 8.558 7.984 4.200 5.140 3.949 2.834 10567 chr7 102131216 102158295 + 0 NA intron (NM_001277335, intron 5 of 19).2 AluJr|SINE|Alu 13469 NM_001277335 100271927 Hs.530089 NM_001277335 ENSG00000170667 RASA4B - RAS p21 protein activator 4B protein-coding nan 1.488 3.258 0.332 0.750 0.661 1.998 0.814 1.519 0.145 1.549 1.136 0.078 0.500 3.081 2.843 0.421 0.219 1.273 0.870 0.121 0.343 0.869 0.609 1.014 0.624 0.476 0.838 0.730 0.843 1.531 4.280 0.789 2.128 0.513 0.970 0.492 0.745 0.195 1.195 0.404 5.098 0.357 0.297 0.302 0.477 0.413 0.237 1.308 1.845 1.009 1.027 2.843 1.753 0.809 1.014 1.871 0.662 0.991 1.931 1.435 0.551 0.550 0.735 0.504 0.095 0.040 1.383 2.457 0.974 1.421 2.465 2.138 1.919 0.582 1.843 2.137 0.477 0.937 2.796 3.339 1.944 1.870 0.714 0.865 1.083 0.924 1.822 nan 1.652 0.952 8314 chr4 37400352 37404301 + 0 NA intron (NM_001144990, intron 3 of 6) intron (NM_001144990, intron 3 of 6) -53226 NM_001104629 55286 Hs.107527 NM_018302 ENSG00000154274 C4orf19 - chromosome 4 open reading frame 19 protein-coding 0.507 0.466 0.534 0.091 0.067 0.042 0.071 0.097 0.129 0.020 0.046 0.015 0.025 0.138 0.031 0.135 0.040 0.052 0.039 0.087 0.062 0.018 0.018 0.086 0.052 0.041 0.147 0.034 0.174 0.038 0.069 0.063 0.028 0.085 0.100 0.141 0.047 0.020 0.038 0.098 0.124 0.019 0.020 0.033 0.031 0.071 0.023 0.062 0.092 0.041 0.081 12.077 0.031 0.038 0.028 0.026 5.666 6.459 11.024 4.505 0.196 0.268 0.134 0.045 2.199 2.732 0.347 0.514 0.282 0.295 0.514 0.197 10.232 14.410 0.076 0.051 0.109 0.094 0.581 0.506 2361 chr11 128772044 128780200 + 0 NA promoter-TSS (NR_045767) promoter-TSS (NR_045767) 4 NR_045767 219833 Hs.689860 NM_145013 ENSG00000174370 C11orf45 - chromosome 11 open reading frame 45 protein-coding 0.896 1.123 0.977 0.388 0.204 0.784 1.541 0.612 0.923 0.668 0.938 1.204 0.053 0.012 0.174 0.324 0.393 0.059 0.545 0.534 0.008 0.017 0.269 0.337 0.911 0.930 0.631 0.849 1.394 1.063 0.307 0.895 0.088 2.890 0.861 0.417 0.094 1.235 0.094 0.722 0.700 0.990 0.946 0.527 1.746 0.724 0.250 9.335 0.749 0.721 0.212 0.596 0.324 0.252 0.046 0.911 0.150 0.327 0.263 1.187 0.143 1.148 4.244 0.136 2.509 0.042 0.009 0.928 1.954 0.990 1.593 0.785 0.748 4.393 1.097 1.025 1.135 0.229 0.411 0.884 1.162 0.656 0.773 2.601 3.618 0.294 0.274 0.267 nan 0.801 0.547 10640 chr7 122016498 122028658 + 0 NA intron (NM_017954, intron 24 of 29) intron (NM_017954, intron 24 of 29) -78013 NM_001024613 389549 Hs.553970 NM_001024613 ENSG00000128610 FEZF1 FEZ|HH22|ZNF312B FEZ family zinc finger 1 protein-coding 1.228 0.713 1.014 0.053 0.283 0.009 0.058 0.553 1.062 0.008 0.096 0.140 0.020 0.016 0.227 0.624 0.101 0.053 0.112 0.031 0.021 0.172 0.299 0.554 0.028 0.018 0.101 0.009 0.073 0.086 0.159 0.360 0.133 0.140 0.053 0.124 0.830 0.068 0.015 0.011 0.036 0.031 0.063 0.132 0.007 0.047 0.020 0.061 0.624 0.080 0.069 0.554 0.030 0.055 1.018 0.014 0.066 0.038 0.162 0.264 0.025 0.014 0.009 6.191 4.826 5.719 2.306 0.842 0.840 1.857 0.307 0.335 0.351 0.157 0.197 0.407 0.408 0.826 0.528 0.336 0.609 1.200 1.780 1.136 2.492 0.654 0.654 10901 chr8 37551760 37562670 + 0 NA 3' UTR (NM_025069, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_025069, exon 2 of 2) 3946 NM_025069 80139 Hs.288042 NM_025069 ENSG00000183779 ZNF703 NLZ1|ZEPPO1|ZNF503L|ZPO1 zinc finger protein 703 protein-coding 2.241 2.187 nan 0.864 3.472 0.676 0.197 0.911 1.636 0.322 1.777 0.860 0.420 0.625 1.745 1.729 1.523 0.169 0.067 0.374 2.539 0.189 0.195 3.776 0.984 1.072 0.225 0.434 0.106 1.475 2.272 1.248 4.694 0.027 0.462 1.828 0.936 0.102 0.432 0.452 1.302 2.042 1.214 0.422 0.070 1.915 2.673 2.632 0.749 0.943 1.287 1.729 0.039 0.408 3.776 1.144 0.515 0.401 1.166 2.141 0.593 0.100 0.500 1.092 1.431 1.103 0.280 0.389 1.743 3.345 4.213 3.727 0.502 0.197 0.249 0.292 0.865 1.113 1.821 2.276 1.744 1.878 0.322 0.860 3.732 3.152 0.628 1.697 1.510 0.777 8920 chr5 56621705 56636626 + 0 NA Intergenic Intergenic 119264 NM_001127236 65056 Hs.444279 NM_022913 ENSG00000062194 GPBP1 GPBP|SSH6|VASCULIN GC-rich promoter binding protein 1 protein-coding nan nan 0.605 0.272 0.035 0.163 3.083 0.129 0.284 0.083 0.080 0.694 0.013 0.046 0.089 0.197 0.215 0.086 0.613 0.634 0.093 0.034 0.021 0.100 0.016 0.753 0.234 0.049 0.921 1.320 0.275 1.087 0.811 0.326 1.101 0.197 0.019 0.102 0.090 0.213 0.064 0.064 0.077 0.063 0.824 0.370 0.601 0.159 0.246 0.057 0.068 0.533 0.197 0.437 1.090 0.016 0.222 0.167 0.065 0.124 0.074 0.354 0.013 0.075 0.155 0.062 0.092 0.228 0.076 0.332 1.083 0.145 0.199 nan 0.060 0.132 0.118 0.356 0.536 0.169 0.139 nan 0.191 0.091 0.168 0.087 0.213 0.150 0.396 0.390 0.326 5089 chr17 80223394 80280499 + 0 NA Intergenic Intergenic -1256 NR_135639 101929511 Hs.147682 NR_135639 ENSG00000265692 LINC01970 - long intergenic non-protein coding RNA 1970 ncRNA 1.433 2.038 1.270 1.503 0.861 0.430 1.511 0.927 1.789 0.370 1.840 0.849 0.995 0.844 1.830 1.096 1.374 0.291 2.320 0.990 0.416 0.315 0.654 0.362 1.883 1.280 1.264 0.518 2.009 0.800 3.608 nan 2.457 2.118 1.260 1.163 0.214 0.652 0.129 1.278 0.305 1.686 0.559 0.286 1.329 0.589 0.629 0.771 2.775 0.848 2.243 4.468 1.096 4.032 0.758 1.883 0.808 1.543 0.391 2.253 1.655 0.440 0.364 0.358 1.050 0.319 0.180 1.799 nan 0.912 1.486 nan 1.635 1.792 0.862 1.546 1.651 0.771 1.100 1.526 2.270 0.604 0.554 1.059 1.491 1.079 1.109 1.056 1.116 0.982 0.669 7348 chr22 25881121 25898942 + 0 NA Intergenic Intergenic 38418 NR_106875 102466198 NR_106875 ENSG00000277872 MIR6817 hsa-mir-6817 microRNA 6817 ncRNA 1.359 nan 2.322 0.178 0.138 0.052 0.079 0.217 0.349 0.027 0.148 0.058 0.021 0.055 0.055 0.470 0.186 0.101 0.108 0.032 0.025 0.008 0.053 0.088 0.132 0.125 0.048 0.078 0.127 0.029 0.068 nan 0.211 0.385 0.082 0.069 0.283 0.061 0.083 0.020 0.232 0.067 0.013 0.031 0.031 0.052 0.081 0.143 0.114 0.079 0.057 0.116 0.470 0.071 0.057 0.132 0.027 0.108 0.516 0.097 0.200 0.128 0.123 2.052 0.038 0.010 0.011 0.548 0.711 0.192 0.300 0.596 0.851 0.643 0.137 0.302 0.278 1.840 2.545 0.451 0.516 3.373 2.823 0.241 0.386 0.916 1.332 2.081 6.413 1.718 1.121 2563 chr12 26841079 26847964 + 0 NA intron (NM_002223, intron 10 of 56) intron (NM_002223, intron 10 of 56) 141610 NM_002223 3709 Hs.512235 NM_002223 ENSG00000123104 ITPR2 ANHD|CFAP48|INSP3R2|IP3R2 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 2 protein-coding nan nan nan 0.210 0.312 0.063 0.701 0.106 0.269 1.009 0.609 1.766 0.009 0.043 0.108 0.187 0.282 0.023 0.640 0.423 0.471 0.020 0.298 0.301 0.047 0.112 0.105 0.118 0.136 0.092 0.105 0.314 0.192 0.421 0.532 0.812 0.139 0.095 0.102 2.657 0.058 0.776 0.157 0.135 0.127 0.056 0.372 1.333 0.130 0.455 0.138 0.088 0.187 0.523 0.736 0.047 0.072 0.071 0.097 4.438 0.766 0.634 0.172 0.351 2.140 0.474 0.420 0.270 0.187 0.482 0.895 0.428 0.463 10.890 1.905 0.740 0.844 0.408 0.635 0.932 0.732 0.407 0.187 0.264 0.518 0.938 1.768 0.365 0.988 0.888 0.505 3086 chr13 24141138 24156391 + 0 NA intron (NM_001204459, intron 1 of 7) intron (NM_001204459, intron 1 of 7) 4255 NM_148957 55504 Hs.149168 NM_018647 ENSG00000127863 TNFRSF19 TAJ|TAJ-alpha|TRADE|TROY TNF receptor superfamily member 19 protein-coding 1.762 1.543 1.268 0.550 0.652 0.087 0.090 0.085 0.231 0.092 0.316 0.004 0.100 0.284 0.050 1.087 0.200 0.228 0.113 0.120 2.542 0.337 0.118 0.149 0.042 0.028 0.070 0.071 0.014 0.511 0.750 0.268 1.472 0.018 1.124 0.337 0.148 0.072 0.085 0.291 0.078 0.127 0.127 0.057 0.086 0.139 0.203 0.323 0.163 0.091 0.143 0.050 0.307 0.324 0.149 0.071 0.200 0.064 1.321 1.373 0.088 0.118 1.127 0.149 5.771 8.744 0.688 1.006 0.655 nan 1.164 0.946 0.631 0.222 0.367 0.312 0.195 0.328 1.151 1.800 1.475 1.148 0.354 0.620 0.685 0.452 2.110 4.394 2.265 1.249 4749 chr17 38131709 38141921 + 0 NA promoter-TSS (NM_002809) promoter-TSS (NM_002809) -206 NM_002809 5709 Hs.12970 NM_002809 ENSG00000108344 PSMD3 P58|RPN3|S3|TSTA2 proteasome 26S subunit, non-ATPase 3 protein-coding nan 1.544 1.375 17.934 0.959 0.753 0.958 1.317 2.601 0.404 1.924 0.533 4.391 0.296 1.010 1.130 1.006 0.125 1.533 0.411 1.501 0.610 0.921 0.429 1.464 0.663 0.672 1.106 1.181 0.413 0.729 1.312 1.270 2.580 0.488 1.001 0.083 0.786 0.083 0.498 0.430 1.605 0.808 0.472 1.100 0.308 1.188 0.947 1.611 0.760 0.820 0.728 1.130 1.493 0.508 1.464 0.554 1.103 0.372 1.622 1.025 0.603 0.562 0.484 0.465 3.434 2.274 2.655 3.098 2.509 3.649 nan 3.086 2.573 1.327 5.409 5.973 1.336 1.778 2.542 4.170 nan 2.583 2.180 2.548 0.888 1.163 2.393 2.153 1.284 0.900 7208 chr21 38737106 38748380 + 0 NA intron (NM_001347723, intron 1 of 10) intron (NM_001347723, intron 1 of 10) 2884 NM_101395 1859 Hs.368240 NM_001396 ENSG00000157540 DYRK1A DYRK|DYRK1|HP86|MNB|MNBH|MRD7 dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 1A protein-coding 4.517 2.490 5.544 3.692 3.003 2.360 2.217 1.988 3.875 1.836 3.185 2.255 3.927 0.911 3.606 3.165 2.956 0.259 4.096 0.823 4.661 3.669 1.335 0.588 4.370 2.233 3.121 2.997 3.701 1.298 5.764 6.963 4.359 7.186 0.817 2.567 1.024 3.372 0.111 1.350 2.671 5.003 2.879 1.269 1.939 1.387 4.453 3.197 3.185 4.249 1.960 3.407 3.165 5.554 3.559 4.370 2.172 2.871 0.487 4.263 2.070 1.591 1.568 1.874 2.072 1.705 1.296 4.278 4.118 5.078 8.355 5.202 5.172 2.748 1.621 11.081 10.705 2.560 3.227 4.040 7.068 6.737 5.514 3.323 6.848 2.976 3.121 6.734 4.535 nan 0.949 6861 chr20 17659713 17663710 + 0 NA intron (NM_001042576, intron 1 of 25) CpG 1217 NM_004587 6238 Hs.472213 NM_004587 ENSG00000125844 RRBP1 ES/130|ES130|RRp|hES ribosome binding protein 1 protein-coding 2.216 nan 4.142 1.410 0.966 0.968 0.919 0.866 1.773 1.752 6.721 1.039 2.278 0.919 1.577 0.673 4.901 0.809 2.070 0.334 2.562 1.319 1.307 0.185 0.778 2.453 3.082 3.897 1.946 1.502 6.562 9.106 13.043 5.586 1.826 2.382 0.238 1.818 0.064 0.930 0.319 4.416 4.248 2.013 2.031 2.297 3.591 4.100 10.030 4.853 2.293 3.390 0.673 3.639 3.306 0.778 2.427 4.426 0.295 4.784 1.953 2.066 0.101 0.332 3.251 1.911 1.520 1.027 2.202 2.232 4.645 2.307 1.847 2.743 0.629 4.799 3.990 1.716 2.393 4.724 5.856 1.850 2.047 0.801 1.612 1.140 1.203 1.535 1.752 1.104 0.661 4333 chr16 31190218 31193741 + 0 NA intron (NR_028388, intron 1 of 13) CpG 548 NM_001170937 2521 Hs.46894 NM_004960 ENSG00000089280 FUS ALS6|ETM4|FUS1|HNRNPP2|POMP75|TLS FUS RNA binding protein protein-coding 7.857 4.279 6.799 8.470 9.547 6.027 2.614 4.528 8.912 1.947 8.553 3.391 2.401 4.873 4.559 5.095 3.972 0.500 3.062 1.080 5.650 3.446 2.714 0.913 7.547 2.153 3.531 3.586 4.051 0.933 4.220 5.763 4.739 22.466 1.994 6.363 1.875 5.913 0.090 2.085 4.214 7.285 3.688 1.982 3.308 1.787 7.046 5.923 6.922 7.850 4.681 5.266 5.095 5.566 6.228 7.547 2.180 2.839 1.765 7.883 3.942 3.367 3.139 2.419 3.369 3.917 2.665 7.864 8.735 7.689 10.854 10.124 10.087 14.490 10.816 16.940 18.001 6.024 7.366 13.497 20.496 13.094 15.367 8.516 12.865 10.791 11.431 8.438 7.537 5.287 2.467 11728 chr9 115583582 115613864 + 0 NA intron (NM_001012994, intron 5 of 8) intron (NM_001012994, intron 5 of 8) 54470 NM_033051 57864 Hs.512668 NM_033051 ENSG00000119457 SLC46A2 Ly110|TSCOT solute carrier family 46 member 2 protein-coding 0.598 0.704 nan 0.088 0.737 0.188 0.399 0.137 0.242 0.026 0.139 0.109 0.017 0.026 0.079 0.093 0.093 0.074 0.228 0.138 0.027 0.018 0.098 0.081 0.142 0.239 0.112 0.068 0.153 0.035 0.897 4.394 0.683 0.577 0.125 0.091 0.034 0.043 0.083 0.055 0.078 0.140 0.078 0.067 0.101 0.082 0.150 0.145 0.070 0.115 0.026 0.139 0.093 0.236 0.290 0.142 0.088 0.058 0.083 0.071 0.080 0.118 0.023 0.094 0.667 0.021 0.019 0.277 0.174 0.354 0.338 0.478 0.556 0.304 0.138 0.425 0.486 0.225 0.359 2.927 nan 0.596 0.359 0.114 0.179 0.143 0.150 0.250 0.409 nan 0.524 4461 chr16 80328030 80336147 + 0 NA intron (NR_120307, intron 2 of 5) L2a|LINE|L2 -242543 NM_001305017 83657 Hs.98849 NM_130897 ENSG00000168589 DYNLRB2 DNCL2B|DNLC2B|ROBLD2 dynein light chain roadblock-type 2 protein-coding nan 0.503 0.468 0.060 0.130 0.090 0.026 0.080 0.225 0.023 0.256 0.148 0.091 0.111 0.011 0.110 0.194 0.179 0.104 0.046 0.685 0.059 0.114 0.008 0.053 0.027 0.115 0.060 0.276 0.122 0.351 0.072 0.066 0.067 0.066 0.317 0.058 0.082 3.908 2.086 0.013 0.047 0.048 0.161 0.060 0.027 0.010 0.074 0.110 0.062 0.057 0.114 0.060 0.072 0.094 0.050 0.030 0.037 0.016 0.824 0.766 0.425 0.347 0.274 1.575 1.667 0.305 0.315 0.114 0.043 0.308 0.309 0.048 0.186 0.332 0.425 0.443 0.251 0.107 0.182 0.026 0.047 0.104 0.145 0.205 0.251 270 chr1 37491643 37545879 + 0 NA Intergenic Intergenic -18917 NM_000831 2899 Hs.128848 NM_000831 ENSG00000163873 GRIK3 EAA5|GLR7|GLUR7|GluK3|GluR7a glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 protein-coding 1.303 nan 1.704 0.050 0.138 6.597 0.064 0.829 1.643 0.009 0.052 0.050 0.012 0.044 1.033 0.775 0.069 0.086 0.047 0.014 0.027 0.026 0.272 0.199 1.770 0.010 0.021 0.028 0.049 0.008 0.056 0.099 0.052 5.848 0.013 0.042 0.198 0.106 0.097 0.009 0.284 0.122 0.028 0.011 0.016 0.037 0.044 0.123 0.030 0.038 0.015 0.031 0.775 0.056 0.017 1.770 0.030 0.044 0.479 0.312 0.086 0.028 0.117 1.169 0.028 0.020 0.006 0.288 0.229 0.109 0.107 3.389 2.976 nan 0.430 0.138 0.118 1.372 2.176 2.660 3.608 nan 1.261 0.630 0.676 0.593 0.498 1.055 3.150 2.701 nan 6870 chr20 19793443 19802860 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR -69014 NM_001242581 54453 Hs.472270 NM_018993 ENSG00000132669 RIN2 MACS|RASSF4 Ras and Rab interactor 2 protein-coding 1.119 nan 0.807 0.076 0.134 0.043 1.993 0.172 0.286 0.097 1.486 0.010 0.013 0.024 0.048 0.081 2.456 0.173 0.746 0.221 2.849 0.030 0.099 0.054 0.038 1.603 0.707 0.329 0.167 1.657 0.172 0.410 0.339 0.514 1.226 1.771 0.030 0.069 0.101 2.627 0.126 1.604 5.004 2.215 0.311 0.138 0.459 8.467 1.644 0.915 0.257 0.358 0.081 0.182 1.906 0.038 1.002 0.260 0.414 0.378 0.033 0.814 0.457 0.145 3.144 2.532 3.348 0.992 2.214 0.313 0.602 0.268 0.466 0.522 0.164 0.183 0.259 0.621 0.855 0.415 0.424 0.676 0.470 0.202 0.511 0.178 0.181 0.339 0.796 0.737 0.526 6791 chr20 1392805 1404951 + 0 NA Intergenic Intergenic -25062 NM_000801 2280 Hs.471933 NM_000801 ENSG00000088832 FKBP1A FKBP-12|FKBP-1A|FKBP1|FKBP12|PKC12|PKCI2|PPIASE FK506 binding protein 1A protein-coding 0.928 1.527 0.652 0.357 0.238 0.037 0.970 0.159 0.220 0.769 0.346 0.541 0.026 0.041 0.124 0.127 0.080 0.105 1.068 0.765 0.218 0.046 0.114 0.143 0.080 0.975 0.584 0.127 0.211 1.518 0.184 1.016 0.261 0.392 1.618 0.098 0.046 0.063 0.105 0.933 0.026 3.965 7.110 2.377 0.878 0.569 1.048 9.065 0.382 0.711 1.127 1.059 0.127 0.528 1.489 0.080 0.343 3.707 0.032 0.234 0.109 1.984 0.130 0.054 1.118 1.110 1.473 0.828 0.753 0.247 0.239 0.464 0.502 0.929 0.216 0.280 0.298 0.226 0.375 0.495 0.665 0.624 0.324 0.330 0.356 0.343 0.489 0.233 0.292 0.447 0.579 8180 chr3 194960298 194982176 + 0 NA intron (NM_152531, intron 1 of 3) AluSq2|SINE|Alu -2588 NM_001308069 152002 Hs.478741 NM_152531 ENSG00000173950 XXYLT1 C3orf21 xyloside xylosyltransferase 1 protein-coding nan 1.328 1.794 0.618 1.041 1.659 0.475 0.770 1.473 0.096 0.284 0.403 0.028 0.292 1.342 0.690 2.382 0.472 0.276 0.148 0.127 0.138 0.622 0.456 2.720 0.972 0.844 0.297 0.880 0.246 1.534 nan 0.216 nan 0.157 0.215 0.109 0.348 0.095 0.272 1.937 0.771 0.717 0.356 0.305 0.242 0.555 0.585 0.320 1.118 0.079 0.229 0.690 0.377 0.368 2.720 0.144 0.099 0.891 0.408 0.219 0.205 0.880 1.910 0.389 0.432 0.427 0.641 0.835 1.178 2.102 3.660 3.960 1.776 0.687 1.232 1.341 4.019 4.370 2.013 2.168 4.262 3.559 1.257 1.799 0.431 0.488 1.259 2.355 1.034 0.699 6517 chr2 179725679 179737548 + 0 NA intron (NM_173648, intron 16 of 23) AluSg|SINE|Alu -59463 NM_001267550 7273 Hs.134602 NM_003319 ENSG00000155657 TTN CMD1G|CMH9|CMPD4|EOMFC|HMERF|LGMD2J|MYLK5|SALMY|TMD titin protein-coding 0.842 0.748 0.854 0.249 0.067 0.039 3.623 0.284 0.323 0.016 0.131 0.179 0.021 0.076 0.209 0.222 0.054 0.877 1.048 0.044 0.012 0.446 0.287 0.111 0.541 0.211 0.025 1.940 1.522 0.325 1.893 0.918 0.526 1.827 0.075 0.176 0.055 0.059 1.000 0.046 0.965 0.547 0.416 3.901 0.518 1.030 0.220 0.078 0.569 0.080 0.050 0.209 0.305 0.273 0.111 0.135 0.069 0.088 0.111 0.879 0.033 0.219 0.360 0.015 0.004 0.328 0.206 0.168 0.272 0.212 0.204 0.721 0.164 0.290 0.302 1.217 1.658 0.736 0.684 0.346 0.216 0.213 0.311 0.660 0.808 0.354 0.946 0.320 0.276 2840 chr12 86217898 86234146 + 0 NA intron (NM_005447, intron 1 of 1) intron (NM_005447, intron 1 of 1) 4296 NM_005447 9182 Hs.527881 NM_005447 ENSG00000198774 RASSF9 P-CIP1|PAMCI|PCIP1 Ras association domain family member 9 protein-coding 0.852 0.765 1.064 1.286 0.169 0.010 0.170 0.181 0.463 0.135 0.747 1.359 0.061 0.077 0.086 1.786 0.215 0.104 0.090 0.111 1.153 1.256 0.977 0.206 0.021 0.018 0.018 0.076 0.114 0.320 0.697 0.962 0.341 0.145 0.110 0.885 0.209 0.113 0.072 0.132 0.102 0.015 0.039 0.094 0.019 0.119 0.665 0.878 0.141 1.207 0.480 0.086 0.031 0.034 0.206 0.670 0.082 0.030 0.075 0.060 0.195 0.047 0.031 0.151 0.025 0.010 0.387 0.337 1.139 1.431 0.371 0.433 1.984 0.802 0.352 0.348 4.628 5.638 0.418 0.423 0.375 0.200 0.255 0.311 3.256 3.551 0.225 0.492 1.156 0.744 5037 chr17 76518100 76548749 + 0 NA exon (NM_173628, exon 19 of 81) exon (NM_173628, exon 19 of 81) 40052 NM_173628 8632 Hs.375975 NM_003727 ENSG00000187775 DNAH17 DNAHL1|DNEL2 dynein axonemal heavy chain 17 protein-coding 0.866 1.267 0.915 0.398 0.253 0.220 0.430 0.325 0.589 0.022 0.429 0.221 0.016 0.238 0.460 0.321 0.131 0.142 0.388 0.421 0.152 0.018 0.200 0.181 1.074 0.568 0.245 0.091 0.149 0.069 2.986 8.530 1.442 1.511 0.669 0.422 0.037 0.057 0.094 0.154 0.101 0.666 0.062 0.031 0.160 0.080 0.408 0.252 0.850 0.133 0.095 1.246 0.321 0.493 0.051 1.074 0.187 0.372 0.022 0.273 0.362 0.101 0.022 0.084 0.116 0.021 0.015 0.638 0.718 0.278 0.371 1.551 1.362 1.955 0.528 0.428 0.408 nan 0.787 1.638 1.954 1.015 0.523 0.197 0.230 0.165 0.289 0.262 0.463 nan 0.531 1602 chr10 98345218 98348131 + 0 NA 5' UTR (NM_020123, exon 1 of 15) 5' UTR (NM_020123, exon 1 of 15) 135 NM_020123 56889 Hs.500674 NM_020123 ENSG00000077147 TM9SF3 EP70-P-iso|SMBP transmembrane 9 superfamily member 3 protein-coding 7.633 5.471 6.528 4.070 4.717 2.618 4.444 3.009 7.136 2.640 9.665 3.926 2.680 4.941 5.631 3.768 5.119 0.219 4.738 1.650 7.781 5.377 3.787 1.649 9.214 3.252 3.968 4.894 7.042 1.890 7.712 9.278 4.102 10.247 0.901 5.062 1.471 4.170 0.069 2.068 2.746 9.987 11.570 3.634 3.812 2.424 4.423 5.218 7.916 6.119 4.206 5.708 3.768 6.927 7.636 9.214 3.519 3.661 1.065 6.851 5.663 3.351 1.991 2.278 3.581 7.558 7.621 6.473 7.213 9.959 15.940 9.214 7.993 11.829 6.433 15.866 15.158 4.203 5.163 12.420 19.926 6.581 6.579 4.240 8.472 7.834 8.397 9.031 7.499 3.567 1.962 4226 chr16 11404826 11414154 + 0 NA Intergenic Intergenic 29579 NR_135174 105371083 Hs.737495 NR_135174 ENSG00000263080 LOC105371083 - uncharacterized LOC105371083 ncRNA 0.723 0.685 nan 0.333 0.222 0.631 0.708 0.258 0.459 0.349 0.339 0.651 4.982 0.043 0.575 0.430 0.685 0.294 0.181 0.092 0.461 0.104 0.150 0.098 0.130 0.606 0.224 0.705 0.403 0.254 0.181 0.615 0.704 1.374 0.283 0.288 0.081 0.336 0.092 0.176 0.043 0.472 0.135 0.142 0.445 0.608 0.789 1.582 0.349 0.303 0.819 0.406 0.430 0.229 0.517 0.130 0.078 0.123 0.208 0.324 0.141 0.256 0.165 0.041 0.156 2.953 1.900 0.232 0.223 0.245 0.560 0.266 0.299 1.031 0.323 0.369 0.348 0.194 0.408 0.559 0.693 nan 0.307 0.422 0.465 0.428 0.576 0.166 0.183 0.664 0.600 2007 chr11 65132986 65155882 + 0 NA non-coding (NR_147972, exon 8 of 9) non-coding (NR_147972, exon 8 of 9) 5423 NM_001300820 283130 Hs.661604 NM_182556 ENSG00000162241 SLC25A45 - solute carrier family 25 member 45 protein-coding nan 1.738 1.289 0.873 1.654 1.737 1.478 0.855 1.549 0.643 1.258 1.627 0.818 1.025 1.622 1.253 0.937 0.238 1.188 0.671 1.813 0.315 0.795 0.361 1.655 1.950 1.726 1.083 1.092 0.942 2.918 7.500 1.786 3.885 0.804 1.248 0.320 1.349 0.146 0.996 0.486 2.779 1.326 0.640 1.083 1.163 1.476 2.082 3.719 2.213 1.355 1.301 1.253 1.869 1.312 1.655 1.214 2.533 0.480 2.045 0.953 1.289 0.713 0.222 1.355 0.606 0.413 1.568 2.416 1.799 3.714 3.479 3.214 2.962 1.105 2.404 2.780 1.662 2.395 2.964 3.513 2.005 1.787 1.325 1.567 1.493 1.847 0.508 1.141 1.705 0.918 9673 chr6 44820161 44829976 + 0 NA intron (NM_181356, intron 12 of 12) intron (NM_181356, intron 12 of 12) -305450 NR_134609 105375075 Hs.123393 NR_134609 LOC105375075 - uncharacterized LOC105375075 ncRNA 1.135 0.999 0.930 0.059 0.163 5.919 0.135 0.228 0.604 0.010 0.140 0.056 0.019 0.062 1.269 0.177 0.580 0.098 0.119 0.040 0.052 0.056 0.334 0.177 0.280 0.043 0.022 0.017 0.032 0.081 0.117 0.094 0.728 0.030 0.022 0.703 0.055 0.152 0.012 0.057 0.086 0.019 0.011 0.008 0.098 0.165 0.025 0.057 0.041 0.081 0.177 0.050 0.051 0.280 0.012 0.017 0.023 0.018 0.021 0.024 0.766 0.153 0.032 0.035 0.015 0.578 0.415 0.259 0.487 0.715 0.829 0.130 0.061 0.341 0.305 0.537 0.648 0.554 nan 0.316 0.172 0.477 0.937 2.251 1.941 0.437 0.919 1.201 0.765 5139 chr18 8608820 8630326 + 0 NA intron (NM_001025300, intron 1 of 5) intron (NM_001025300, intron 1 of 5) 10130 NM_001025300 201475 Hs.270074 NM_001025300 ENSG00000206418 RAB12 - RAB12, member RAS oncogene family protein-coding 1.442 1.531 2.600 0.389 3.803 1.228 0.516 0.789 1.563 0.923 0.880 0.630 2.361 0.443 0.966 0.315 0.721 0.138 1.563 0.366 0.308 0.058 1.456 0.820 1.517 0.499 0.324 0.337 0.428 0.116 1.073 2.448 0.430 nan 0.594 0.943 0.673 0.393 0.140 0.187 0.997 0.487 0.425 0.320 0.209 0.177 1.028 0.902 0.503 0.873 0.385 1.183 0.315 1.837 0.435 1.517 0.451 1.566 0.417 0.743 0.722 0.448 0.456 0.369 0.194 0.040 0.029 1.417 1.715 2.110 2.877 2.216 2.311 nan 0.749 1.575 1.640 1.487 nan 1.834 2.580 nan 2.194 0.767 1.365 3.008 5.285 0.849 nan nan 1.399 9727 chr6 55729387 55752150 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329756) promoter-TSS (NM_001329756) -380 NM_001329756 653 Hs.296648 NM_021073 ENSG00000112175 BMP5 - bone morphogenetic protein 5 protein-coding 0.901 2.284 nan 0.286 0.096 0.034 0.086 0.170 0.115 0.948 0.119 0.299 0.894 0.394 0.863 1.646 0.182 0.041 0.217 0.092 4.629 0.116 0.069 0.150 0.058 0.009 0.010 0.059 0.164 0.236 0.036 0.099 0.471 0.238 0.295 0.560 0.025 0.135 0.156 0.073 0.052 0.171 0.018 0.044 0.024 0.023 0.178 0.074 0.076 0.153 0.443 0.053 1.646 0.114 0.040 0.058 0.059 0.567 0.014 0.556 0.542 0.347 1.109 0.169 0.023 0.061 0.026 4.213 4.849 0.655 2.824 0.203 0.258 0.115 0.083 0.312 0.340 0.631 0.749 1.667 2.313 0.518 0.192 1.216 2.984 0.318 0.185 0.280 0.523 0.514 0.562 5341 chr18 49139989 49152947 + 0 NA Intergenic Intergenic 228056 NR_040074 100287225 Hs.448920 NR_040074 ENSG00000227115 LINC01630 - long intergenic non-protein coding RNA 1630 ncRNA nan 0.757 1.165 0.045 0.067 0.021 0.243 0.174 0.294 0.074 0.115 0.071 0.069 0.041 2.182 0.058 0.017 0.059 0.156 0.018 0.073 0.044 0.063 0.011 0.063 0.008 0.067 0.030 0.021 0.515 0.022 0.108 0.425 0.067 0.079 0.253 0.174 0.386 0.075 0.042 0.034 0.035 0.415 0.122 0.101 0.043 0.142 0.310 2.182 0.022 0.063 0.066 0.064 1.013 0.330 0.282 0.128 0.031 0.488 0.547 0.004 0.466 0.380 0.220 0.424 0.596 0.678 3.487 1.079 0.097 0.123 0.728 0.917 1.584 1.764 1.512 1.415 0.097 0.172 2.070 1.927 0.534 nan 4.042 2.444 1399 chr10 26501993 26511298 + 0 NA intron (NM_000818, intron 2 of 16) CpG-2659 1409 NM_001134366 2572 Hs.231829 NM_000818 ENSG00000136750 GAD2 GAD65 glutamate decarboxylase 2 protein-coding 0.421 2.974 0.756 0.031 0.833 4.275 0.023 5.290 11.381 0.059 0.078 0.013 0.011 0.763 2.656 0.179 0.223 0.114 0.026 2.378 1.601 0.044 0.015 0.008 0.065 0.012 0.043 0.042 0.023 0.098 0.047 2.436 0.046 0.069 0.180 0.059 0.019 0.008 0.012 0.034 0.021 0.118 0.035 0.015 0.008 0.036 2.656 0.072 0.076 0.044 0.026 0.056 0.011 0.017 0.032 0.006 1.212 2.134 0.212 0.355 4.115 3.106 6.401 1.900 0.099 0.139 0.994 1.423 0.106 0.103 0.421 0.421 0.291 0.378 7.463 7.095 0.094 0.163 3.489 2.110 7626 chr3 58003552 58049653 + 0 NA intron (NM_001164317, intron 1 of 46) intron (NM_001164317, intron 1 of 46) 32475 NM_001164317 2317 Hs.476448 NM_001457 ENSG00000136068 FLNB ABP-278|ABP-280|AOI|FH1|FLN-B|FLN1L|LRS1|SCT|TABP|TAP filamin B protein-coding 1.075 1.335 nan 1.138 1.194 0.176 1.368 0.199 0.445 1.734 1.358 1.280 1.070 0.163 0.160 0.288 0.934 0.220 1.187 0.577 1.550 0.048 0.325 0.168 0.763 0.663 0.377 1.424 1.138 0.790 0.358 1.188 0.825 0.671 0.518 1.993 0.108 0.237 0.089 0.489 0.133 1.932 0.775 0.382 0.554 0.587 0.653 0.853 1.040 0.805 0.274 0.765 0.288 2.343 0.865 0.763 0.352 0.488 0.120 0.357 0.374 1.400 0.142 0.206 1.235 1.096 0.459 0.242 0.229 0.759 2.123 0.685 0.727 1.458 0.559 0.218 0.245 0.278 0.416 1.551 1.910 nan 0.732 0.207 0.306 0.337 0.380 0.347 0.869 0.839 0.571 6395 chr2 142831157 142837876 + 0 NA intron (NM_018557, intron 1 of 90) intron (NM_018557, intron 1 of 90) 54754 NM_018557 53353 Hs.656461 NM_018557 ENSG00000168702 LRP1B LRP-1B|LRP-DIT|LRPDIT LDL receptor related protein 1B protein-coding 0.765 nan 0.683 0.066 0.039 0.025 0.052 0.072 0.299 0.106 0.111 0.015 0.536 0.094 0.024 0.140 0.057 0.033 0.070 0.074 0.071 0.010 0.090 0.071 0.061 0.043 0.372 0.044 0.089 0.127 0.048 0.077 0.058 0.136 0.027 0.012 0.023 0.101 0.088 0.053 0.039 0.536 0.032 0.071 0.037 0.015 0.078 0.015 0.006 0.117 0.074 0.056 0.007 0.401 0.296 7.103 7.209 0.260 0.214 0.092 0.074 0.130 0.141 0.569 1.026 0.257 0.304 0.486 0.183 0.106 0.335 0.242 0.211 0.266 0.390 0.086 0.280 7540 chr3 21429636 21436819 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -13991 NR_002311 391518 Hs.543226 NR_002311 VENTXP7 HPX42|VENTX1 VENT homeobox pseudogene 7 pseudo 0.555 0.500 0.502 1.833 0.258 0.008 0.040 0.067 0.111 0.013 0.084 0.064 0.684 0.087 0.036 0.603 0.159 0.060 0.009 0.020 0.066 0.109 0.013 0.020 0.462 0.073 0.101 0.021 0.049 0.115 0.050 0.030 0.026 0.016 0.083 0.017 0.038 0.017 0.022 0.041 0.041 0.011 0.030 0.154 0.018 0.036 0.070 0.013 0.013 0.017 0.023 0.016 0.169 0.032 0.014 0.032 0.016 0.014 0.181 0.113 4.314 12.082 0.186 0.121 0.071 0.008 0.094 0.073 0.297 0.336 0.376 0.302 nan 0.130 0.034 0.202 0.064 0.022 0.087 0.180 0.051 0.111 103 chr1 15465233 15517500 + 0 NA intron (NM_001278502, intron 2 of 2) AluSc|SINE|Alu 6754 NM_001278501 727684 Hs.667584 NM_001278501 C1orf195 - chromosome 1 open reading frame 195 protein-coding 1.366 1.117 nan 1.173 1.650 0.093 0.832 0.230 0.564 0.217 0.628 0.673 0.093 0.384 0.272 0.397 0.225 0.059 1.274 0.770 0.297 0.331 0.223 0.121 0.249 0.458 0.300 0.121 0.567 0.519 0.228 0.657 0.384 1.502 0.325 0.233 0.057 0.312 0.106 0.327 0.158 0.675 0.204 0.116 0.868 0.316 0.308 0.794 0.857 0.795 0.707 0.437 0.397 0.848 1.414 0.249 0.238 0.478 0.286 0.593 0.284 0.486 0.673 0.533 0.467 0.294 0.256 0.340 0.336 1.168 2.214 1.202 1.206 1.213 0.339 0.734 nan 0.481 nan 3.219 3.994 nan 0.482 0.906 1.050 0.288 0.420 1.149 3.126 1.176 0.824 6859 chr20 17535552 17554187 + 0 NA intron (NM_001278608, intron 1 of 9) AluJb|SINE|Alu 4996 NM_001278608 631 Hs.129702 NM_001195 ENSG00000125864 BFSP1 CP115|CP94|CTRCT33|LIFL-H beaded filament structural protein 1 protein-coding 2.113 nan 3.084 1.176 2.120 1.416 3.624 0.714 1.016 1.603 4.739 2.050 0.782 1.319 0.757 1.410 3.923 0.720 1.558 0.610 1.621 1.316 0.792 0.384 1.890 4.606 4.227 1.089 1.019 2.427 3.216 6.434 5.580 3.925 3.366 4.301 0.414 0.576 0.119 1.107 0.331 3.476 2.194 1.086 2.026 2.439 3.600 4.116 3.303 1.888 1.440 2.571 1.410 1.868 5.986 1.890 1.214 6.477 1.183 1.594 2.079 2.791 0.810 0.227 2.515 1.669 1.327 2.991 3.414 2.262 4.603 2.236 1.886 2.714 0.855 1.955 1.921 1.649 2.711 4.704 5.828 1.390 1.354 0.767 1.985 1.614 1.383 0.778 1.164 1.243 0.902 8228 chr4 2934590 2940719 + 0 NA non-coding (NR_015453, exon 1 of 4) non-coding (NR_015453, exon 1 of 4) 381 NR_015453 317648 Hs.398178 NR_015453 ENSG00000249673 NOP14-AS1 C4orf10|RES4-24 NOP14 antisense RNA 1 ncRNA 2.537 1.472 nan 2.970 1.604 0.503 2.186 0.287 0.732 0.574 2.721 1.527 0.645 0.836 1.053 1.415 0.867 0.264 3.700 1.264 1.579 0.685 0.798 0.586 2.392 1.482 1.788 2.730 4.877 2.451 1.911 3.468 2.230 3.012 2.657 2.676 0.157 1.572 0.119 1.662 0.569 4.953 6.269 2.533 2.612 1.542 1.276 1.170 1.952 6.403 1.122 0.841 1.415 6.828 4.942 2.392 2.314 0.944 0.159 4.547 0.574 1.840 0.929 0.829 3.007 6.033 5.361 2.082 2.092 2.319 4.094 1.498 1.609 nan 0.979 2.589 2.837 1.018 1.634 2.129 3.240 1.594 1.730 1.165 2.528 0.696 0.595 1.389 1.779 nan 1.164 5641 chr19 37956933 37961628 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321994) promoter-TSS (NM_001321994) 606 NM_001300993 148268 Hs.126962 NM_144694 ENSG00000171827 ZNF570 - zinc finger protein 570 protein-coding 4.472 2.513 1.329 1.199 7.136 3.459 1.286 1.641 3.345 0.736 4.022 1.395 1.253 0.104 4.418 1.908 1.655 0.245 3.676 1.515 0.214 1.268 0.836 0.608 4.297 2.124 1.662 0.031 1.771 0.289 2.846 3.439 1.069 21.505 1.801 0.641 0.771 7.497 0.149 0.529 1.688 4.587 4.217 2.623 0.417 0.281 1.084 1.719 3.693 13.209 1.848 0.127 1.908 5.163 2.595 4.297 0.052 0.913 4.091 3.384 1.987 1.240 0.945 0.971 0.498 0.211 2.174 2.997 3.270 4.517 7.401 5.740 5.569 1.131 9.719 9.940 1.849 2.915 4.057 5.056 nan 5.260 1.368 4.124 4.825 3.423 2.195 3.526 4.121 1.819 8875 chr5 40676179 40690765 + 0 NA intron (NM_000958, intron 2 of 2) intron (NM_000958, intron 2 of 2) 3440 NM_000958 5734 Hs.199248 NM_000958 ENSG00000171522 PTGER4 EP4|EP4R prostaglandin E receptor 4 protein-coding 0.615 1.289 1.457 1.404 0.453 0.023 2.091 0.144 0.244 0.158 0.681 1.343 0.127 0.580 0.036 1.599 0.413 0.155 4.407 1.897 1.703 2.680 0.239 0.215 0.159 0.613 0.537 0.513 2.569 1.326 0.924 1.574 1.545 0.469 1.910 1.143 0.585 0.416 0.115 1.071 0.169 1.667 0.557 0.283 0.796 0.618 2.047 0.811 0.837 1.658 0.602 0.531 1.599 3.443 5.653 0.159 0.292 0.741 0.093 2.899 1.009 2.431 0.082 0.285 0.957 0.513 0.333 0.333 0.191 1.224 2.079 0.412 0.406 0.406 0.121 1.302 1.408 0.282 0.687 0.728 0.938 0.618 0.210 0.289 0.277 1.753 1.974 0.170 0.474 0.329 0.409 3393 chr14 22929450 22945608 + 0 NA intron (NR_148361, intron 2 of 4) intron (NR_148361, intron 2 of 4) 14419 NR_148361 105370401 Hs.435144 NR_148361 LOC105370401 - uncharacterized LOC105370401 ncRNA nan 0.715 1.050 0.100 0.114 0.044 2.990 0.079 0.182 0.006 0.255 0.338 0.008 0.031 0.038 0.374 0.202 0.050 0.628 1.093 0.046 0.112 0.068 0.045 0.037 0.327 0.089 0.023 0.224 0.728 0.335 2.674 0.290 0.223 0.426 0.104 0.035 0.085 0.111 0.328 0.168 0.120 0.055 0.048 0.719 0.053 0.275 0.695 0.116 0.044 0.111 0.423 0.374 0.130 0.520 0.037 0.311 0.171 0.158 0.072 0.032 0.259 0.018 0.215 1.403 0.064 0.103 0.135 0.073 0.167 0.235 0.249 0.275 0.122 0.094 0.135 0.133 1.876 2.731 0.144 nan 0.961 0.496 0.133 0.152 0.146 0.302 0.317 0.944 0.213 0.439 10041 chr6 157094432 157113285 + 0 NA intron (NM_001346813, intron 1 of 19) intron (NM_001346813, intron 1 of 19) -2993 NR_039676 100616154 NR_039676 ENSG00000271899 MIR4466 mir-4466 microRNA 4466 ncRNA nan 1.667 3.201 1.537 4.218 4.411 0.951 1.539 3.011 0.791 1.563 0.957 1.144 0.711 3.638 3.157 1.465 0.111 1.796 0.420 2.040 1.801 1.490 0.684 3.955 0.971 1.450 0.626 1.652 0.342 3.852 nan 1.975 5.657 0.303 1.323 1.211 2.732 0.130 0.607 2.457 2.095 2.659 1.251 0.897 1.176 1.487 1.133 1.956 3.737 0.577 1.514 3.157 1.830 1.533 3.955 0.551 1.629 0.874 2.154 1.918 1.216 1.080 1.497 1.255 1.164 0.758 3.624 5.477 6.879 6.525 7.613 nan 6.228 2.558 6.519 6.384 1.659 2.167 3.383 5.175 7.876 9.234 1.539 3.744 4.315 4.127 5.082 nan 1.160 0.653 10473 chr7 82222031 82230570 + 0 NA Intergenic Intergenic -153178 NM_001302890 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 1.339 1.131 1.836 0.117 0.741 1.331 0.050 1.206 2.582 0.022 0.065 1.737 0.014 0.516 3.181 2.012 0.238 0.189 0.668 0.199 0.037 0.065 1.977 1.277 2.000 0.016 0.013 0.112 0.036 1.274 1.620 0.215 3.376 0.398 0.325 1.378 0.183 0.248 0.014 0.335 0.065 0.014 0.018 0.013 0.024 0.247 0.127 0.315 0.186 0.102 0.055 2.012 0.084 0.054 2.000 0.357 0.060 0.274 0.054 0.924 0.064 0.046 0.505 0.080 0.041 0.006 0.561 0.439 0.233 0.558 2.764 3.636 6.443 2.417 0.106 0.155 2.776 3.281 2.259 2.836 8.352 4.918 0.235 0.336 4.971 5.799 1.284 nan 2.526 1.402 4528 chr17 224479 237977 + 0 NA Intergenic Intergenic -28595 NM_006987 9501 Hs.651925 NM_006987 ENSG00000181031 RPH3AL NOC2 rabphilin 3A like (without C2 domains) protein-coding 1.775 0.603 0.903 0.208 0.593 0.473 0.300 0.557 0.861 0.134 0.398 0.164 0.046 3.509 0.677 0.414 0.067 0.095 0.370 0.182 0.064 0.214 0.395 0.164 1.575 0.189 0.193 0.266 0.446 0.023 0.750 2.103 0.439 0.597 0.119 6.438 0.012 0.507 0.074 0.122 0.030 0.410 0.234 0.183 0.185 0.205 0.159 0.184 6.931 0.755 0.655 0.546 0.414 0.333 0.684 1.575 0.272 0.178 0.451 0.963 4.140 0.222 0.089 0.430 0.097 0.158 0.053 0.233 0.143 0.306 0.382 1.254 1.323 0.645 0.321 0.794 0.812 0.148 0.285 2.252 2.165 1.074 1.109 0.300 0.353 0.087 0.078 1.028 2.120 0.339 0.249 6039 chr2 40584891 40604145 + 0 NA intron (NM_001351488, intron 2 of 8) intron (NM_001351488, intron 2 of 8) 62926 NM_001112800 6546 Hs.31961 NM_021097 ENSG00000183023 SLC8A1 NCX1 solute carrier family 8 member A1 protein-coding 1.005 nan 1.014 0.127 0.192 0.635 0.274 1.533 3.084 0.035 0.193 0.440 0.010 0.042 1.151 0.658 1.053 0.208 0.099 0.057 0.033 0.014 0.416 0.376 0.460 0.110 0.019 0.230 0.099 0.032 0.142 nan 0.085 0.537 0.130 0.521 0.030 0.071 0.143 0.112 0.273 0.126 0.016 0.032 0.034 0.092 0.238 0.441 0.093 0.273 0.057 0.042 0.658 0.085 0.068 0.460 0.190 0.060 0.031 0.353 0.083 0.094 0.062 1.407 0.071 0.033 0.008 0.499 0.468 0.379 0.641 nan 0.589 1.413 0.651 0.272 0.275 1.301 1.644 0.982 1.365 1.314 0.992 0.252 0.328 0.220 0.277 2.237 6.467 nan 0.819 8689 chr5 164250 171005 + 0 NA intron (NM_052909, intron 13 of 19) intron (NM_052909, intron 13 of 19) -23999 NM_001080478 389257 Hs.103142 NM_001080478 ENSG00000185028 LRRC14B - leucine rich repeat containing 14B protein-coding 0.638 0.718 1.426 0.096 0.249 0.123 1.959 0.210 0.340 0.084 0.768 1.105 0.028 0.293 0.247 0.392 0.263 1.853 1.542 0.027 0.165 0.240 0.381 0.690 0.375 0.130 0.791 0.330 0.327 1.558 0.355 0.458 0.646 0.090 0.014 0.064 0.087 2.062 0.046 0.292 1.116 0.555 0.210 0.605 0.101 4.104 0.060 0.528 0.024 0.206 0.247 6.313 0.475 0.381 0.127 0.073 0.173 0.036 0.109 1.787 0.178 0.018 2.227 0.358 0.212 0.722 1.232 0.488 nan 0.635 0.802 0.366 0.153 0.240 0.225 0.748 1.312 nan 1.121 nan 0.262 0.489 0.463 0.179 0.334 0.046 0.122 0.792 nan 4891 chr17 57822471 57941593 + 0 NA intron (NM_001329400, intron 5 of 9) intron (NM_001329400, intron 5 of 9) -36595 NR_029493 406991 Hs.444569 NR_029493 ENSG00000284190 MIR21 MIRN21|hsa-mir-21|miR-21|miRNA21 microRNA 21 ncRNA 1.167 1.972 0.995 2.841 0.705 0.178 3.794 1.401 2.830 1.012 2.767 4.589 4.019 0.367 0.273 0.573 1.974 0.523 4.180 2.000 5.161 2.410 1.227 0.670 1.540 4.200 4.465 1.630 3.260 2.076 6.680 8.984 4.662 2.184 3.158 2.504 0.463 12.268 0.512 2.316 0.192 1.540 0.967 0.470 3.620 2.838 4.879 5.220 7.685 3.186 2.062 3.468 0.573 2.734 4.089 1.540 1.998 3.118 0.044 4.566 0.701 4.709 2.257 0.233 1.453 3.901 3.874 1.587 1.448 5.212 10.682 0.588 0.703 1.657 0.626 nan 4.360 0.540 0.797 nan nan 1.668 1.191 1.470 2.355 1.379 1.981 0.455 1.086 1.163 0.663 5411 chr18 66878329 66887032 + 0 NA Intergenic Intergenic -185604 NM_152721 220164 Hs.278285 NM_152721 ENSG00000206052 DOK6 DOK5L|HsT3226 docking protein 6 protein-coding 0.950 0.909 2.134 0.082 3.753 0.753 0.057 0.326 0.722 0.063 0.094 0.014 0.023 0.679 0.969 0.081 0.073 0.025 0.014 0.016 1.116 0.934 0.248 0.024 0.008 0.008 0.031 0.025 0.070 0.039 0.082 1.119 0.050 0.252 0.050 0.086 0.966 0.095 0.021 0.026 0.110 0.035 0.019 0.016 0.027 0.046 0.969 0.049 0.022 0.248 0.014 0.009 0.355 0.013 0.323 0.009 0.352 0.515 0.008 0.370 0.376 0.708 0.878 1.172 1.087 15.592 6.615 0.433 nan 0.549 nan 4.278 3.139 1.013 1.119 0.523 0.973 1.891 1.153 1.827 2.897 4.384 2.086 9151 chr5 123905571 123948984 + 0 NA Intergenic Intergenic -153064 NR_125774 103724389 Hs.582211 NR_125774 LINC01170 - long intergenic non-protein coding RNA 1170 ncRNA nan 0.990 0.782 0.538 0.380 0.109 0.607 0.185 0.369 0.041 0.242 1.552 0.034 0.145 0.203 0.210 0.335 0.148 0.151 0.179 0.062 0.023 0.192 0.162 0.171 0.544 0.188 0.024 0.138 0.235 0.531 2.016 0.497 0.504 0.231 0.328 0.092 5.779 0.209 0.201 0.128 0.089 0.046 0.058 0.590 0.129 0.172 0.234 0.349 0.189 0.234 0.342 0.210 0.239 0.111 0.171 0.149 0.127 0.179 0.075 0.350 0.127 0.226 0.151 0.368 0.027 0.025 0.714 0.690 2.831 nan 0.333 0.410 1.369 0.324 0.462 0.505 0.579 0.889 0.498 0.390 0.669 0.518 0.247 0.434 0.556 0.807 0.321 0.779 0.458 0.377 5178 chr18 18837498 18847390 + 0 NA intron (NM_001142966, intron 1 of 32) intron (NM_001142966, intron 1 of 32) 20241 NM_001142966 80000 Hs.149020 NM_024935 ENSG00000141449 GREB1L C18orf6|KIAA1772|RHDA3 GREB1 like retinoic acid receptor coactivator protein-coding 1.317 1.128 1.597 0.117 0.124 0.034 0.086 0.162 0.164 0.259 0.048 0.186 0.187 0.110 0.071 0.496 0.090 0.064 0.005 0.019 0.090 0.014 0.157 0.106 0.085 0.042 0.029 0.554 0.110 0.032 0.081 0.147 0.130 0.280 0.015 0.038 1.582 0.071 0.112 0.012 0.092 0.052 0.006 0.014 0.022 0.016 0.165 0.051 0.025 0.029 0.056 0.095 0.496 0.044 0.044 0.085 0.044 0.128 0.177 0.041 0.030 0.087 0.030 0.841 0.016 0.042 0.017 0.566 0.331 0.465 1.758 0.441 0.546 1.108 0.440 0.309 0.223 0.069 0.221 0.121 0.134 3.278 2.576 0.087 0.166 4.653 9.499 0.792 1.596 0.697 0.698 11810 chr9 132161512 132188735 + 0 NA Intergenic Intergenic -75816 NR_038955 100506190 Hs.529860 NR_038955 LINC00963 MetaLnc9 long intergenic non-protein coding RNA 963 ncRNA nan 1.525 1.615 0.929 1.562 1.354 0.869 1.298 2.537 0.607 1.290 1.012 0.264 0.592 1.882 3.078 1.243 0.244 1.505 0.744 1.403 1.455 0.718 0.404 2.781 0.975 1.257 1.556 1.590 0.322 1.884 4.787 0.819 2.235 1.101 2.724 0.526 1.536 0.107 0.535 0.414 2.836 1.578 0.523 0.372 1.143 1.137 2.032 4.492 3.025 1.200 2.203 3.078 2.022 0.788 2.781 0.724 2.000 0.887 3.075 1.824 1.403 1.482 0.768 0.800 1.458 1.208 1.686 2.080 0.995 2.066 2.794 2.972 nan 0.265 1.035 1.129 0.670 1.006 3.172 4.886 3.126 3.196 1.401 1.867 1.487 1.588 1.532 2.474 0.943 0.731 3363 chr13 113407568 113451700 + 0 NA intron (NM_032189, intron 1 of 28) intron (NM_032189, intron 1 of 28) -20589 NR_046661 100874205 Hs.658692 NR_046661 ENSG00000232684 ATP11A-AS1 - ATP11A antisense RNA 1 ncRNA 0.722 nan 0.715 0.055 0.624 2.645 0.608 0.225 0.382 0.013 0.095 0.086 0.089 0.149 0.385 1.704 0.049 0.066 0.736 0.214 0.202 0.046 0.368 0.258 0.716 0.589 0.436 0.170 0.157 0.292 1.543 4.961 0.763 0.987 0.013 0.056 0.125 0.104 0.076 0.166 0.219 0.505 0.048 0.044 0.472 0.187 0.259 0.109 0.118 0.129 0.030 0.101 1.704 0.730 0.134 0.716 0.214 0.112 0.068 0.272 0.111 0.100 0.379 0.050 0.059 0.021 0.018 2.418 2.927 1.290 1.141 0.815 0.760 1.927 0.936 0.281 0.275 0.099 0.155 1.274 1.575 0.268 0.185 0.862 1.115 0.836 0.994 0.139 0.173 0.395 0.235 1219 chr1 235242226 235249925 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 45177 NR_002956 677802 Hs.744743 NR_002956 ENSG00000207181 SNORA14B ACA14b small nucleolar RNA, H/ACA box 14B snoRNA 2.712 3.901 3.208 2.513 1.930 1.619 2.254 1.791 3.284 0.845 3.442 2.792 0.701 0.473 3.301 1.555 0.670 2.229 1.938 2.082 0.737 1.835 0.814 2.490 4.466 3.620 0.113 2.847 1.873 2.938 10.532 4.474 2.454 2.361 1.341 0.930 0.409 0.085 1.223 0.490 0.395 0.235 0.163 2.939 1.404 5.252 4.707 4.631 1.301 3.657 6.618 3.301 3.149 2.999 2.490 1.901 2.283 0.633 2.333 0.845 1.146 0.563 2.031 1.010 1.801 1.076 0.637 1.052 1.264 4.674 2.577 2.821 nan 0.529 0.785 0.900 2.033 2.930 nan 2.870 1.739 1.968 0.695 0.935 2.033 2.668 1.184 3.255 nan 1.186 2534 chr12 21808372 21833291 + 0 NA Intergenic Intergenic -10042 NM_001315537 3945 Hs.446149 NM_002300 ENSG00000111716 LDHB HEL-S-281|LDH-B|LDH-H|LDHBD|TRG-5 lactate dehydrogenase B protein-coding nan nan nan 0.615 1.746 0.314 0.927 0.359 0.749 0.168 0.776 0.721 0.436 0.182 0.407 0.570 0.144 0.081 1.993 0.712 1.453 0.228 0.653 0.396 0.749 0.461 0.374 0.210 0.494 0.460 2.449 4.386 4.059 1.853 0.456 0.507 0.137 1.000 0.139 0.388 0.300 0.628 0.050 0.040 0.409 0.911 0.666 1.116 1.037 0.859 0.903 0.459 0.570 1.874 0.386 0.749 0.398 0.076 0.395 1.221 0.237 0.487 0.397 0.706 0.312 0.284 0.206 0.664 0.452 0.999 1.344 1.892 1.609 1.383 0.553 1.935 2.186 0.740 1.113 1.300 1.981 1.673 1.634 0.627 1.061 0.672 0.577 1.588 1.703 0.670 0.527 5525 chr19 10340726 10353966 + 0 NA Intergenic Intergenic -5398 NM_004230 9294 Hs.655405 NM_004230 ENSG00000267534 S1PR2 AGR16|DFNB68|EDG-5|EDG5|Gpcr13|H218|LPB2|S1P2 sphingosine-1-phosphate receptor 2 protein-coding 1.523 2.268 1.775 0.512 0.888 0.866 0.605 2.214 4.190 0.290 0.460 0.322 0.163 0.325 1.143 0.523 0.390 0.291 0.568 0.387 0.191 0.763 0.871 0.475 2.131 0.584 0.286 0.329 0.488 0.369 0.659 nan 1.044 3.029 0.293 0.256 0.202 0.802 0.068 0.196 0.179 0.292 0.209 0.223 0.324 0.503 0.648 0.347 0.652 1.099 0.232 0.441 0.523 1.614 0.579 2.131 0.258 0.307 0.521 1.039 1.674 0.634 0.882 0.357 0.092 0.043 0.023 1.332 1.831 0.712 1.117 3.209 2.791 3.989 1.368 1.465 1.565 1.336 1.673 2.186 3.759 0.645 0.447 0.907 1.279 1.243 1.165 0.884 1.624 3.448 1.432 10854 chr8 23259836 23276346 + 0 NA Intergenic Intergenic -6369 NM_002318 4017 Hs.626637 NM_002318 ENSG00000134013 LOXL2 LOR|LOR2|WS9-14 lysyl oxidase like 2 protein-coding nan 0.704 nan 0.631 0.080 0.141 1.731 0.260 0.413 0.347 0.945 0.966 0.030 0.212 0.125 0.287 0.458 0.136 0.760 0.638 0.464 0.017 0.076 0.099 0.160 1.128 0.837 0.313 0.765 1.132 0.376 0.878 0.143 0.121 1.419 0.294 0.041 0.307 0.120 0.266 0.063 3.063 1.278 0.666 1.742 0.292 0.461 1.126 0.754 1.272 0.144 1.633 0.287 0.483 0.504 0.160 0.341 0.120 0.018 1.553 0.160 0.739 0.030 0.064 1.042 1.117 1.145 0.632 0.702 0.399 1.228 nan 0.640 nan 0.257 0.147 0.157 0.134 0.363 0.303 0.369 0.339 0.314 0.168 0.265 0.122 0.166 0.200 0.387 nan nan 6772 chr2 241621705 241631594 + 0 NA non-coding (NR_149021, exon 1 of 3) non-coding (NR_149021, exon 1 of 3) 898 NR_149021 285191 Hs.729906 NR_149021 LOC285191 - uncharacterized LOC285191 ncRNA 0.498 nan 1.226 0.081 0.256 7.639 0.201 0.418 0.811 0.140 0.093 0.062 4.314 0.270 0.030 0.081 0.143 0.019 0.012 0.028 0.064 0.108 0.109 0.112 0.080 0.082 0.055 0.243 1.904 0.119 0.442 0.015 0.066 0.039 0.110 0.086 0.009 0.064 0.093 0.085 0.016 0.054 0.163 0.078 0.152 0.115 0.087 0.113 0.270 0.094 0.047 0.109 0.024 0.067 0.108 0.159 0.031 0.087 1.360 0.087 0.031 0.017 0.010 0.593 0.619 0.267 0.331 0.508 0.500 0.336 0.176 0.336 0.427 0.273 0.433 1.647 3.440 0.411 0.321 2.519 3.328 0.111 0.177 0.068 0.136 0.302 0.324 6173 chr2 68148503 68183501 + 0 NA Intergenic Intergenic -113308 NR_110271 101927701 Hs.348697 NR_110271 ENSG00000237013 LINC01812 - long intergenic non-protein coding RNA 1812 ncRNA 1.451 0.935 nan 0.061 0.359 1.316 0.102 0.876 1.712 0.037 0.120 0.066 0.009 0.148 0.333 0.469 0.171 0.088 0.079 0.011 0.050 0.020 0.323 0.243 0.557 0.012 0.020 0.023 0.076 0.009 0.177 1.317 0.158 2.443 0.159 0.075 0.240 0.071 0.124 0.059 0.068 0.089 0.040 0.031 0.041 0.036 0.088 0.167 0.070 0.054 0.454 0.057 0.469 0.099 0.053 0.557 0.049 0.059 0.045 0.053 0.438 0.067 0.037 0.693 0.045 0.039 0.023 0.307 0.188 0.272 0.466 1.430 1.184 nan 0.119 0.240 0.257 0.218 0.344 0.896 1.220 0.974 1.067 0.125 0.198 0.582 0.393 0.696 2.495 0.346 0.263 5500 chr19 4737378 4769839 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -15509 NR_027148 284424 Hs.326728 NM_174947 ENSG00000176840 MIR7-3HG C19orf30|Huh7|LINC00306|NCRNA00306|PGSF1|uc002mbe.2 MIR7-3 host gene ncRNA 1.188 0.951 0.666 0.053 0.277 0.347 0.087 1.207 2.441 0.018 0.070 0.052 0.014 0.215 1.802 2.858 0.065 0.139 0.088 0.029 0.041 0.325 0.507 0.453 0.880 0.113 0.093 0.120 0.101 0.026 0.079 0.306 0.096 1.603 0.027 0.057 0.489 0.100 0.104 0.026 0.177 0.222 0.046 0.031 0.053 0.056 0.051 0.200 0.136 0.232 0.024 0.060 2.858 0.090 0.079 0.880 0.057 0.023 0.335 0.322 0.440 0.097 0.150 0.179 0.033 0.021 0.017 0.337 0.573 0.127 0.171 2.137 2.332 1.408 0.422 0.173 0.201 0.520 0.838 1.781 nan 2.456 1.684 0.235 0.265 1.649 1.389 0.664 1.388 1.456 1.006 10760 chr7 154626948 154636706 + 0 NA intron (NM_001039350, intron 16 of 25) intron (NM_001039350, intron 16 of 25) -88400 NR_024477 100132707 Hs.586358 NR_024476 ENSG00000214106 PAXIP1-AS2 PAXIP1OS PAXIP1 antisense RNA 2 ncRNA 0.439 0.493 nan 0.007 0.125 0.971 0.022 0.230 0.334 0.063 0.047 0.013 0.042 0.164 1.667 0.080 0.084 0.014 0.020 0.510 0.281 1.531 0.007 0.015 0.015 0.132 0.008 0.060 0.188 2.170 0.063 0.049 0.078 0.096 0.389 0.142 0.031 0.016 0.033 0.071 0.030 0.103 0.042 0.014 0.008 0.026 1.667 0.008 0.037 1.531 0.013 0.064 0.110 0.054 0.042 0.008 0.518 0.008 0.024 0.021 0.519 0.732 0.191 0.300 2.268 1.485 2.169 0.518 0.037 0.075 0.145 0.154 0.114 0.159 0.283 0.146 0.610 0.746 0.332 0.229 0.059 0.052 3.940 2.178 1749 chr11 1142189 1157421 + 0 NA Intergenic (CTCA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -1775 NM_001304359 4586 Hs.534332 NM_017511 ENSG00000215182 MUC5AC MUC5|TBM|leB|mucin mucin 5AC, oligomeric mucus/gel-forming protein-coding 0.532 0.496 0.486 2.223 0.386 0.253 4.792 0.042 0.315 0.013 1.017 0.225 0.008 0.039 0.163 0.176 0.079 0.042 1.453 0.899 0.174 0.018 0.130 0.142 0.939 0.844 0.729 0.037 0.054 0.701 4.376 9.072 0.427 0.495 1.209 1.814 0.018 0.044 0.868 0.046 2.342 0.305 0.134 0.962 1.901 1.675 0.230 7.182 0.161 2.880 3.747 0.176 2.741 3.301 0.939 1.883 2.725 0.090 0.085 0.053 0.788 0.013 0.025 0.211 0.302 0.201 0.350 0.283 0.130 0.212 1.054 0.888 0.863 0.220 0.164 0.174 0.109 0.258 0.226 0.242 0.239 0.237 0.402 0.326 0.344 0.386 0.077 0.125 0.454 0.445 7799 chr3 124064937 124086156 + 0 NA intron (NM_001024660, intron 10 of 59) L2c|LINE|L2 -17633 NR_106731 102464832 NR_106731 ENSG00000276656 MIR6083 hsa-mir-6083 microRNA 6083 ncRNA 1.358 nan 1.228 0.030 0.318 0.084 0.086 0.189 0.416 0.019 0.119 0.074 0.004 0.427 0.184 0.221 0.302 0.143 0.055 0.030 0.012 0.781 0.383 0.356 0.091 0.024 0.028 0.069 0.010 0.120 0.301 0.113 0.375 0.011 0.218 0.207 0.031 0.075 0.011 0.086 0.105 0.048 0.022 0.010 0.076 0.044 0.089 0.092 0.038 0.082 0.147 0.221 0.086 0.026 0.356 0.040 0.109 0.239 0.560 0.100 0.093 0.051 1.254 0.029 0.019 0.010 0.435 0.341 1.569 1.955 0.663 0.782 10.336 2.747 0.484 0.518 0.656 nan 0.772 0.716 1.213 1.012 0.187 0.317 0.885 0.664 1.093 3.136 1.539 0.868 2128 chr11 78042916 78114976 + 0 NA intron (NM_080491, intron 1 of 9) AluYk4|SINE|Alu -26020 NM_012296 9846 Hs.429434 NM_012296 ENSG00000033327 GAB2 - GRB2 associated binding protein 2 protein-coding nan 1.142 0.771 0.072 0.407 0.986 0.114 1.193 2.307 0.015 0.095 0.091 0.585 0.223 1.424 0.711 0.346 0.109 0.105 0.024 0.022 0.031 0.821 0.388 0.483 0.254 0.085 0.410 0.076 0.022 0.140 nan 0.136 1.038 0.191 0.049 0.268 2.617 0.189 0.080 0.351 0.295 0.042 0.026 0.139 0.105 0.249 0.217 0.100 0.059 0.109 0.162 0.711 0.083 0.047 0.483 0.041 0.115 0.091 0.172 0.139 0.057 0.689 0.394 0.025 0.021 0.019 1.096 1.160 3.403 3.804 1.424 1.584 2.661 1.209 0.750 0.729 0.553 0.819 0.442 0.441 0.406 0.236 0.726 1.379 1.026 1.144 0.735 2.378 1.319 0.887 3926 chr15 42325141 42353418 + 0 NA intron (NM_001206670, intron 1 of 19) MLT1A1|LTR|ERVL-MaLR 3622 NM_001206670 123745 Hs.668060 NM_001080490 ENSG00000188089 PLA2G4E - phospholipase A2 group IVE protein-coding 0.623 0.928 nan 0.064 0.245 0.246 0.337 0.155 0.349 0.146 0.215 0.114 0.015 0.110 0.074 0.188 0.147 0.108 0.248 0.190 0.083 0.005 0.115 0.142 0.178 0.154 0.054 0.040 0.205 0.138 0.890 4.513 1.025 1.522 0.165 0.108 0.020 0.047 0.092 0.063 0.056 0.114 0.105 0.065 1.190 0.160 0.372 0.199 0.334 0.120 1.053 1.149 0.188 0.423 0.075 0.178 0.452 0.178 0.082 0.454 0.116 0.118 0.049 0.135 0.166 0.032 0.011 0.293 0.370 0.374 0.362 0.356 0.386 0.617 0.246 0.298 0.375 0.176 nan 1.183 1.268 0.665 0.377 0.271 0.248 0.052 0.062 0.319 0.475 0.754 0.620 11202 chr8 107606491 107651933 + 0 NA intron (NM_001198533, intron 3 of 16) intron (NM_001198533, intron 3 of 16) -40824 NM_181354 55074 Hs.127286 NM_018002 ENSG00000164830 OXR1 Nbla00307|TLDC3 oxidation resistance 1 protein-coding 1.076 nan nan 0.230 0.781 0.292 0.218 0.198 0.335 0.211 0.125 0.124 0.408 0.064 0.088 0.152 0.239 0.113 0.335 0.075 0.043 0.038 0.048 0.080 0.504 0.029 0.027 0.027 0.360 0.422 1.043 3.963 1.451 2.507 0.505 0.052 0.038 0.057 0.096 0.026 0.075 0.077 0.035 0.022 0.139 0.187 0.242 0.132 0.095 0.059 0.071 0.223 0.152 0.429 0.069 0.504 0.255 0.113 0.021 0.037 0.082 0.037 0.092 0.226 0.044 0.018 0.024 0.869 0.519 5.758 4.921 0.450 0.526 nan 0.371 1.173 1.233 0.840 nan 5.824 nan nan 0.216 0.232 0.492 0.096 0.134 0.430 nan 1.045 0.685 10996 chr8 62322200 62328630 + 0 NA intron (NM_173519, intron 3 of 5) intron (NM_173519, intron 3 of 5) 124890 NM_173519 157807 Hs.591874 NM_173519 ENSG00000177182 CLVS1 C6orf212L|CRALBPL|RLBP1L1 clavesin 1 protein-coding 1.581 0.646 0.728 0.067 0.094 0.053 0.043 0.175 0.311 0.085 0.029 0.019 0.079 0.041 0.167 0.045 0.074 0.223 0.019 0.098 0.104 0.074 0.034 0.023 0.117 0.017 0.013 0.076 0.099 0.308 0.046 0.074 0.017 0.102 0.175 0.057 0.056 0.024 0.017 0.097 0.031 0.228 0.060 0.120 0.074 0.011 0.167 0.044 0.071 0.074 0.086 0.051 7.064 0.045 0.032 0.025 0.030 0.087 0.012 0.045 0.366 0.318 0.197 0.414 0.577 0.566 0.335 0.170 0.056 0.069 1.013 nan 0.122 0.211 nan 1.008 0.186 0.347 0.259 0.227 0.417 0.760 1.136 1.012 10813 chr8 11317913 11340653 + 0 NA Intergenic MER115|DNA|hAT-Tip100 -5007 NM_053279 83648 Hs.124299 NM_053279 ENSG00000154319 FAM167A C8orf13|D8S265 family with sequence similarity 167 member A protein-coding 1.590 0.937 nan 0.430 0.345 1.710 1.461 0.275 0.675 0.013 0.122 0.922 0.003 0.962 1.754 0.755 0.106 0.069 0.326 0.234 0.064 0.067 0.138 0.181 1.863 0.695 0.486 0.106 2.640 1.620 0.727 2.288 0.188 2.158 0.161 0.078 0.059 0.419 0.107 0.561 0.021 1.410 1.292 0.608 1.178 0.858 0.173 4.553 1.033 0.763 1.133 1.618 0.755 0.398 0.338 1.863 0.404 0.124 0.295 0.470 2.719 0.502 0.555 0.136 1.082 0.512 0.500 0.687 0.904 0.445 0.804 1.441 nan 0.968 0.206 1.359 1.444 0.908 1.429 1.273 1.300 0.453 0.371 0.473 0.710 0.190 0.143 0.346 0.669 2.974 1.433 8315 chr4 37454448 37489185 + 0 NA intron (NM_001104629, intron 1 of 3) intron (NM_001104629, intron 1 of 3) 16264 NM_001104629 55286 Hs.107527 NM_018302 ENSG00000154274 C4orf19 - chromosome 4 open reading frame 19 protein-coding 0.627 0.549 0.529 1.497 0.225 0.008 0.286 0.097 0.159 0.049 0.083 0.051 0.166 0.086 0.194 0.177 0.086 0.083 0.374 0.122 0.016 0.012 0.172 0.154 0.038 0.010 0.019 0.017 0.215 0.152 0.232 0.653 0.047 0.498 0.163 0.042 0.022 0.040 0.075 0.039 0.168 0.127 0.122 0.103 0.176 0.201 0.125 0.197 0.047 0.109 0.445 0.040 0.177 0.413 0.039 0.038 0.130 2.650 0.014 0.126 0.008 0.062 1.725 0.086 0.031 0.022 0.022 0.718 0.702 3.755 6.499 0.285 0.293 0.131 0.067 0.758 0.825 0.511 0.716 0.280 0.348 0.442 0.253 1.435 2.771 0.054 0.066 0.098 0.161 0.610 0.658 8391 chr4 56495810 56504686 + 0 NA intron (NR_120489, intron 1 of 8) intron (NR_120489, intron 1 of 8) 2217 NM_001292045 10874 Hs.418367 NM_006681 ENSG00000109255 NMU - neuromedin U protein-coding nan 0.757 0.806 0.454 0.849 0.550 0.403 0.327 0.564 0.064 0.254 0.622 0.049 0.079 0.848 0.440 0.127 0.291 0.170 0.042 0.016 0.420 0.326 1.349 0.218 0.114 0.292 0.337 0.261 0.072 0.528 0.233 2.862 0.214 0.079 0.075 0.208 0.110 0.146 0.080 0.220 0.320 0.166 0.208 0.026 0.465 0.270 0.147 0.112 0.178 0.096 0.848 0.233 0.157 1.349 0.070 0.093 0.343 0.443 0.570 0.035 8.096 0.070 0.051 0.065 0.011 6.252 6.613 3.962 2.023 2.063 1.600 0.509 0.177 17.677 17.640 0.393 0.752 0.649 0.763 1.321 1.154 4.339 8.234 0.470 0.314 0.216 0.355 2.202 1.654 6343 chr2 122286607 122290556 + 0 NA TTS (NR_023343) TTS (NR_023343) 125 NR_023343 100151683 Hs.689638 NR_023343 ENSG00000264229 RNU4ATAC MOPD1|RFMN|RNU4ATAC1|TALS|U4ATAC RNA, U4atac small nuclear (U12-dependent splicing) snRNA 4.718 nan nan 4.212 4.198 3.002 2.647 1.815 3.440 1.109 4.500 2.099 1.460 1.055 1.080 2.519 2.785 0.863 3.579 1.316 3.546 4.157 1.396 0.860 3.788 2.799 3.632 2.828 3.680 1.385 3.356 5.581 3.065 8.531 2.732 3.720 0.314 4.330 0.214 2.064 2.203 8.104 4.728 2.194 2.107 1.912 7.080 4.955 4.647 5.850 2.003 2.506 2.519 5.545 4.949 3.788 1.805 1.704 0.760 5.005 1.907 2.921 1.641 1.158 2.221 3.937 2.483 6.625 7.281 6.575 8.493 4.678 4.745 8.942 7.484 15.965 17.234 4.091 5.040 7.281 11.416 6.358 5.818 5.023 6.034 2.652 2.965 7.226 6.571 1.512 1.084 10298 chr7 33679296 33692225 + 0 NA Intergenic Intergenic -258763 NM_133468 168667 Hs.660998 NM_133468 ENSG00000164619 BMPER CRIM3|CV-2|CV2 BMP binding endothelial regulator protein-coding 1.451 1.117 0.983 0.145 0.165 0.046 0.022 0.137 0.279 0.030 0.090 0.156 0.015 1.686 0.069 0.228 1.674 0.174 0.049 0.039 0.032 0.121 0.191 0.176 0.011 0.022 0.029 0.135 0.041 1.079 3.261 9.771 0.312 0.045 0.103 0.022 0.059 0.188 0.027 0.079 0.086 0.032 0.012 0.067 0.089 0.104 0.178 0.088 0.057 0.049 0.057 0.228 0.039 0.025 0.176 0.019 0.423 0.023 0.050 0.073 0.091 0.067 0.029 0.009 0.012 0.498 0.245 0.256 0.225 0.317 nan 0.557 0.215 0.412 0.334 0.348 nan nan nan 0.323 0.168 0.185 0.188 0.059 0.114 0.173 nan 0.406 0.390 7905 chr3 149246014 149278225 + 0 NA intron (NM_001348362, intron 6 of 9) intron (NM_001348362, intron 6 of 9) 69751 NM_004617 7104 Hs.133527 NM_004617 ENSG00000169903 TM4SF4 ILTMP|il-TMP transmembrane 4 L six family member 4 protein-coding 1.202 nan nan 5.447 0.337 0.033 1.588 0.278 0.577 0.226 0.371 1.097 0.029 0.047 0.088 0.290 1.462 0.365 0.615 0.206 2.877 0.017 0.252 0.308 0.227 1.012 0.513 0.181 0.983 0.180 0.133 0.376 0.541 0.608 0.114 4.576 0.021 0.058 0.102 0.486 0.097 0.189 0.056 0.029 0.376 0.317 0.141 0.165 2.482 0.433 0.680 0.412 0.290 0.224 1.656 0.227 0.190 0.365 0.009 0.227 0.482 0.442 0.061 0.134 0.181 0.656 0.297 0.349 0.247 1.328 2.626 0.458 0.482 nan 0.309 0.251 0.270 1.612 nan 1.165 nan nan 0.441 0.309 0.399 0.123 0.188 0.346 0.497 1.118 0.869 7783 chr3 118892518 118911048 + 0 NA intron (NM_006952, intron 1 of 7) intron (NM_006952, intron 1 of 7) 9358 NM_006952 7348 Hs.271580 NM_006952 ENSG00000114638 UPK1B TSPAN20|UPIB|UPK1 uroplakin 1B protein-coding 0.684 nan 0.524 1.116 0.104 0.030 0.095 0.164 0.280 0.696 0.059 0.065 0.237 0.021 0.044 0.181 0.077 0.147 0.132 0.021 0.637 0.017 0.087 0.062 0.078 0.030 0.040 0.058 0.069 0.011 0.123 0.326 0.143 0.187 0.024 0.212 0.046 0.035 0.081 0.006 0.077 0.274 0.062 0.029 0.023 0.042 0.510 0.194 4.703 0.042 0.047 2.454 0.181 0.061 0.021 0.078 0.831 5.435 0.036 0.137 0.039 0.042 0.032 0.054 0.020 0.009 0.005 0.238 0.116 0.176 0.307 0.304 nan 0.219 0.139 0.235 0.208 nan 0.450 0.156 0.196 0.533 0.215 0.081 0.157 0.074 0.060 0.239 0.311 0.481 0.589 7755 chr3 114153425 114178066 + 0 NA intron (NM_001164345, intron 3 of 6) intron (NM_001164345, intron 3 of 6) -6695 NR_121661 101929754 Hs.614195 NR_121661 ENSG00000242290 ZBTB20-AS5 - ZBTB20 antisense RNA 5 ncRNA 1.111 nan 0.713 0.176 0.302 3.111 0.158 0.678 1.552 0.016 0.142 0.426 0.013 0.040 0.749 1.302 1.299 0.175 0.126 0.023 0.031 0.007 0.838 0.493 4.300 0.148 0.070 0.035 0.106 0.026 0.049 0.105 0.058 3.918 0.035 0.064 0.050 0.092 0.068 0.029 0.187 0.090 0.007 0.013 0.044 0.044 0.071 0.106 0.119 0.061 0.042 0.081 1.302 0.040 0.078 4.300 0.045 0.017 0.401 0.029 0.132 0.071 2.445 0.095 0.015 0.025 0.006 6.998 8.245 10.474 12.929 6.588 nan 1.993 0.613 0.269 0.328 nan 2.694 0.346 0.382 2.329 1.601 2.895 4.690 0.274 0.232 0.299 0.416 2.721 1.816 7492 chr22 50966997 50981379 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -3180 NM_001014440 440836 Hs.531314 NM_001014440 ENSG00000177989 ODF3B ODF3L3 outer dense fiber of sperm tails 3B protein-coding 1.193 1.191 nan 3.437 0.375 0.580 1.398 0.346 0.825 1.568 4.847 1.280 0.870 0.696 0.178 0.428 3.800 0.767 2.052 1.295 4.382 0.092 0.151 0.141 0.482 1.567 1.523 0.284 3.296 1.250 3.060 5.162 6.856 2.133 0.957 3.788 0.054 0.415 0.116 0.811 0.122 5.315 0.984 0.340 2.863 2.375 3.632 1.945 2.406 1.199 2.655 5.294 0.428 1.124 0.426 0.482 1.258 2.726 0.163 3.738 0.219 1.580 0.028 0.069 2.025 0.020 0.028 0.337 0.472 1.062 2.522 0.677 0.679 0.781 0.292 0.266 0.365 0.426 0.578 0.915 1.420 0.600 0.474 0.275 0.304 0.273 0.268 0.207 0.368 0.594 0.534 7103 chr20 61605456 61618006 + 0 NA Intergenic Intergenic 26656 NM_080606 128408 Hs.551230 NM_080606 ENSG00000125533 BHLHE23 BETA4|BHLHB4|Beta3b|bA305P22.3 basic helix-loop-helix family member e23 protein-coding 1.306 2.110 3.413 0.085 0.171 0.921 0.102 0.485 0.839 0.031 0.105 0.044 0.030 0.069 0.341 2.006 0.084 0.025 0.069 0.061 0.055 0.044 0.264 0.304 5.976 0.044 0.006 0.106 0.075 0.160 0.473 0.123 0.715 0.024 0.068 0.076 0.096 0.074 0.254 0.184 0.057 0.038 0.054 0.031 0.080 0.156 0.097 0.094 0.100 2.006 0.074 0.037 5.976 0.067 0.079 0.291 0.387 0.120 0.132 0.221 0.117 0.024 0.028 0.012 1.664 nan 0.157 0.239 2.068 1.680 0.771 0.235 0.439 0.467 0.186 0.355 0.216 0.251 2.145 2.384 0.682 0.839 0.381 0.247 0.214 0.261 1.534 1.111 2737 chr12 63012106 63028133 + 0 NA Intergenic MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR 22653 NR_029661 406891 NR_029661 ENSG00000199179 MIRLET7I LET7I|MIRNLET7I|hsa-let-7i|let-7i microRNA let-7i ncRNA 1.271 1.072 0.802 0.349 0.715 0.761 0.763 0.220 0.560 0.012 0.554 1.450 0.039 0.112 1.067 0.241 0.471 0.187 0.303 0.190 0.040 0.027 1.125 1.056 1.291 1.273 0.898 0.161 0.127 0.292 0.273 0.897 0.141 5.342 0.319 2.048 0.540 0.027 0.081 0.317 0.078 0.367 0.060 0.059 0.464 0.024 0.386 4.478 0.848 0.141 0.197 0.430 0.241 0.183 0.231 1.291 0.138 0.141 0.156 0.600 0.234 0.113 0.093 0.248 0.276 0.054 0.060 0.445 0.547 1.737 1.101 0.595 nan 2.072 0.471 0.375 0.423 0.749 0.989 1.601 1.778 0.737 0.556 0.307 0.505 2.366 2.025 0.471 0.976 3.203 1.898 7720 chr3 107562934 107592117 + 0 NA intron (NR_024276, intron 3 of 7) AluJr|SINE|Alu 19390 NR_024276 151658 Hs.159043 NR_015414 ENSG00000241469 LINC00635 - long intergenic non-protein coding RNA 635 ncRNA nan nan 0.738 0.050 0.123 0.611 0.226 0.220 0.492 0.049 0.078 0.110 0.023 0.103 0.085 0.374 0.190 0.132 0.127 0.032 0.035 0.019 0.375 0.230 0.410 0.209 0.096 0.040 0.096 0.063 0.066 0.276 0.139 0.200 0.100 0.246 0.069 0.045 0.070 0.020 0.133 0.123 0.039 0.029 0.089 0.055 0.182 0.106 0.114 0.056 0.100 0.238 0.374 0.098 0.054 0.410 0.185 0.054 0.073 0.080 0.063 0.057 0.248 0.221 0.042 0.018 0.009 0.321 0.178 0.316 0.457 0.483 0.551 7.219 3.269 0.254 0.275 0.238 0.476 0.253 0.296 0.671 0.303 0.187 0.276 0.400 0.335 0.415 0.836 0.693 0.577 804 chr1 159747425 159753043 + 0 NA promoter-TSS (NM_017823) promoter-TSS (NM_017823) -502 NM_017823 54935 Hs.425801 NM_017823 ENSG00000158716 DUSP23 DUSP25|LDP-3|MOSP|VHZ dual specificity phosphatase 23 protein-coding nan nan 3.137 0.357 0.811 0.385 0.365 0.541 0.943 0.408 0.939 0.833 0.354 0.446 1.996 0.096 0.331 0.099 1.040 0.407 2.108 0.025 0.459 0.237 0.767 1.266 1.150 0.935 0.860 0.336 0.849 1.544 1.798 1.879 0.596 0.164 0.372 0.407 0.097 0.716 0.269 1.493 0.439 0.265 1.262 0.316 0.531 0.285 0.724 0.352 0.762 0.758 0.096 1.084 0.825 0.767 0.870 0.638 0.070 2.424 0.054 0.368 0.821 0.132 0.259 0.113 0.045 0.771 0.816 7.972 3.416 0.880 nan 1.599 0.418 0.936 0.758 0.524 1.170 1.957 2.958 0.710 0.541 1.140 1.983 1.436 1.577 0.552 0.813 0.639 0.545 5728 chr19 45347042 45365474 + 0 NA intron (NM_001042724, intron 1 of 8) AluJr|SINE|Alu 6865 NM_001042724 5819 Hs.655455 NM_002856 ENSG00000130202 NECTIN2 CD112|HVEB|PRR2|PVRL2|PVRR2 nectin cell adhesion molecule 2 protein-coding 1.198 1.199 2.052 1.137 1.341 0.299 0.817 0.395 0.787 0.681 2.286 1.354 0.444 0.953 0.114 0.484 0.724 0.217 1.553 0.377 1.160 0.694 0.524 0.305 0.912 1.126 1.273 2.423 0.732 0.354 1.199 nan 1.242 1.370 0.389 0.451 0.259 2.175 0.156 0.589 0.031 1.487 1.109 0.697 0.609 0.189 1.582 0.304 2.242 4.796 0.903 0.656 0.484 2.944 1.047 0.912 0.455 0.811 0.223 1.911 0.743 0.829 2.802 1.602 0.681 0.562 0.346 1.439 1.985 1.993 2.968 1.355 1.125 4.865 1.361 0.851 0.932 0.376 0.708 2.038 2.938 0.484 0.333 1.616 3.099 1.071 1.124 1.709 5.870 2.426 1.281 5514 chr19 6729072 6750526 + 0 NA intron (NM_001288962, intron 1 of 14) intron (NM_001288962, intron 1 of 14) 106 NR_110231 9322 Hs.515094 NM_004240 ENSG00000125733 TRIP10 CIP4|HSTP|STOT|STP|TRIP-10 thyroid hormone receptor interactor 10 protein-coding 1.017 0.979 2.025 2.020 0.895 0.676 1.489 0.538 1.264 0.830 2.271 1.023 1.903 0.426 0.054 0.202 0.902 0.198 2.425 0.760 2.646 1.034 0.411 0.242 0.830 1.711 1.784 0.882 2.618 0.721 1.930 2.820 1.737 1.804 0.870 1.620 0.022 1.366 0.076 0.699 0.348 2.689 2.003 0.825 1.544 0.695 1.254 1.311 2.490 2.825 1.223 1.645 0.202 2.467 1.182 0.830 1.036 1.091 0.249 2.418 1.434 2.468 0.314 0.608 1.902 0.835 0.413 0.716 1.193 1.380 2.414 1.188 1.316 0.888 0.413 0.081 0.120 1.049 1.426 1.793 nan 2.425 2.345 0.447 0.769 0.071 0.059 0.641 1.615 1.035 0.518 8095 chr3 182831104 182836413 + 0 NA Intergenic MER51E|LTR|ERV1 -16383 NM_001293273 56922 Hs.47649 NM_020166 ENSG00000078070 MCCC1 MCC-B|MCCA methylcrotonoyl-CoA carboxylase 1 protein-coding 1.136 2.257 1.707 0.398 3.028 4.956 0.161 3.766 7.199 0.018 0.060 0.086 0.176 0.681 5.026 2.204 0.057 0.152 0.157 0.145 0.031 0.052 2.339 2.167 8.420 0.092 0.069 0.069 0.296 0.020 0.241 0.694 0.262 7.180 0.070 0.180 0.256 0.072 0.023 1.954 0.277 0.124 0.105 0.061 0.172 0.151 0.183 0.119 0.129 0.113 2.204 0.149 0.031 8.420 0.093 0.084 0.182 0.099 0.727 0.044 0.281 0.095 0.028 0.011 0.014 0.786 1.226 0.354 0.357 12.169 8.814 9.852 3.321 1.506 2.120 0.593 0.816 5.503 7.416 3.545 5.085 0.582 1.040 2.332 1.077 0.291 0.454 2.867 1.795 11188 chr8 104305366 104321972 + 0 NA intron (NM_001317796, intron 2 of 5) intron (NM_001317796, intron 2 of 5) 2610 NM_003506 8323 Hs.591863 NM_003506 ENSG00000164930 FZD6 FZ-6|FZ6|HFZ6|NDNC10 frizzled class receptor 6 protein-coding 4.026 nan nan 0.551 1.387 0.371 1.028 0.763 1.552 0.356 0.632 0.472 2.923 0.463 0.209 0.752 2.169 0.350 1.381 0.446 0.438 0.058 0.404 0.174 1.541 0.751 0.719 0.777 1.794 0.944 0.802 1.221 0.816 2.303 0.424 0.201 0.803 0.256 0.085 0.298 1.215 0.532 0.972 0.524 0.729 0.272 1.213 0.300 0.809 1.113 0.603 1.214 0.752 2.423 0.111 1.541 0.325 0.597 0.170 0.501 1.865 0.714 0.501 0.260 0.227 0.864 1.003 0.739 0.882 1.776 2.568 2.595 2.619 nan 1.262 2.311 2.301 2.018 nan 1.496 nan nan 1.579 1.049 1.802 3.354 3.837 1.152 nan 1.776 0.993 5962 chr2 25006703 25017730 + 0 NA TTS (NM_001013663) TTS (NM_001013663) -3768 NM_024322 79172 Hs.731569 NM_024322 ENSG00000138092 CENPO CENP-O|ICEN-36|MCM21R centromere protein O protein-coding 2.703 1.285 2.165 1.561 1.968 1.856 1.551 1.128 2.524 0.594 1.686 0.921 0.523 0.510 2.485 1.223 0.970 0.145 1.975 0.620 2.228 1.048 1.135 0.768 3.967 0.588 0.736 1.033 2.018 0.696 2.199 4.210 1.656 6.707 0.837 1.746 0.374 2.107 0.130 0.994 1.188 3.257 1.850 0.959 1.031 1.003 1.603 1.842 2.149 1.495 1.726 1.220 1.223 2.087 2.310 3.967 0.982 0.962 1.102 2.154 0.969 1.383 0.762 1.054 1.407 1.065 0.804 2.774 2.483 2.391 3.408 5.187 4.867 3.772 1.872 6.023 7.018 2.053 2.816 3.429 nan 3.643 3.076 1.676 2.441 1.412 1.936 2.965 3.382 2.162 1.222 4503 chr16 87414693 87428409 + 0 NA intron (NM_001282683, intron 2 of 9) intron (NM_001282683, intron 2 of 9) -4152 NM_024735 79791 Hs.567582 NM_024735 ENSG00000103264 FBXO31 FBX14|FBXO14|Fbx31|MRT45|pp2386 F-box protein 31 protein-coding nan 2.170 3.305 1.628 4.402 1.275 1.113 1.743 3.538 0.636 3.110 2.163 0.329 1.751 2.661 3.748 1.936 0.285 2.681 0.761 2.762 2.057 1.210 0.516 3.974 1.568 1.428 1.547 2.220 0.398 2.339 3.319 1.613 4.451 1.109 1.542 0.249 1.994 0.127 0.975 1.787 2.353 2.801 1.677 0.635 0.592 1.301 1.387 2.639 5.265 2.063 1.768 3.748 5.469 2.886 3.974 1.028 1.014 1.407 2.565 2.733 1.362 0.923 1.439 0.511 1.009 0.781 2.751 3.109 1.991 3.395 3.034 2.924 4.520 2.716 6.087 5.904 2.044 2.722 3.154 5.194 5.598 4.921 1.522 2.272 1.768 2.459 2.669 4.853 2.375 1.424 8407 chr4 67419521 67444216 + 0 NA Intergenic Intergenic 289326 NR_031673 100302177 NR_031673 ENSG00000221563 MIR1269A MIR1269|MIRN1269|hsa-mir-1269|hsa-mir-1269a microRNA 1269a ncRNA nan nan 0.534 0.256 0.139 0.045 0.209 0.078 0.211 1.026 0.179 0.844 0.005 0.016 0.539 0.960 0.569 0.105 0.197 0.130 3.860 0.078 0.109 0.160 0.796 0.454 0.203 0.067 0.056 0.053 0.096 0.066 0.216 0.266 0.068 0.018 0.148 0.093 0.053 0.274 0.100 0.440 0.184 0.060 0.086 0.086 1.472 0.623 0.201 0.289 0.014 0.960 0.098 0.015 0.160 0.030 0.115 0.118 0.685 0.041 0.038 0.048 0.059 0.167 1.283 1.707 0.382 0.372 0.550 0.778 0.469 0.495 0.191 0.103 0.283 0.257 0.443 0.756 0.510 0.418 0.551 0.217 0.125 0.232 0.102 0.137 0.175 0.358 0.270 0.250 9020 chr5 74916270 74921133 + 0 NA intron (NM_001276713, intron 3 of 13) intron (NM_001276713, intron 3 of 13) 11400 NM_001276713 728780 Hs.370455 NM_001271529 ENSG00000189045 ANKDD1B - ankyrin repeat and death domain containing 1B protein-coding 0.706 nan 0.568 1.551 0.072 0.081 3.852 0.189 0.206 0.019 0.111 0.075 0.871 0.021 0.403 0.131 0.123 0.131 1.485 1.115 0.013 0.032 0.016 0.025 1.668 1.126 0.061 6.007 6.741 1.720 3.654 4.383 0.503 1.013 0.043 0.113 0.088 0.484 0.033 0.066 0.025 0.016 3.690 3.143 0.437 0.102 0.274 0.031 0.147 0.579 0.131 2.455 4.297 0.025 0.205 1.334 0.040 0.037 0.021 0.439 0.101 0.071 0.161 0.121 0.197 0.720 0.203 0.351 nan 0.074 0.059 0.158 0.323 nan 0.321 0.307 0.335 0.212 0.147 0.109 0.102 0.095 0.235 0.414 0.451 0.424 1385 chr10 23477423 23491150 + 0 NA Intergenic CpG 2826 NM_178161 256297 Hs.351503 NM_178161 ENSG00000168267 PTF1A PACA|PAGEN2|PTF1-p48|bHLHa29|p48 pancreas associated transcription factor 1a protein-coding 0.348 0.461 0.468 0.027 0.065 0.161 0.015 3.131 5.504 0.007 0.103 0.050 0.013 0.028 0.503 0.103 0.125 0.153 0.007 0.014 0.023 0.080 0.095 0.061 0.020 0.010 0.059 0.054 0.008 0.076 0.102 0.031 0.258 0.011 0.048 0.014 0.064 0.060 0.034 0.011 0.047 0.031 0.020 0.008 0.022 0.056 0.080 0.095 0.026 0.029 0.029 0.103 0.077 0.061 0.035 0.018 0.144 0.044 0.023 0.007 0.027 0.006 0.021 0.015 0.195 0.092 0.093 0.172 1.253 0.972 0.150 0.093 0.104 0.069 0.095 0.169 0.101 0.140 0.159 0.097 0.040 0.067 0.025 0.040 0.084 0.120 0.138 0.152 5168 chr18 12700448 12705672 + 0 NA promoter-TSS (NM_001271989) promoter-TSS (NM_001271989) 73 NM_020232 56984 Hs.464652 NM_020232 ENSG00000128789 PSMG2 CLAST3|HCCA3|HsT1707|MDS003|PAC2|TNFSF5IP1 proteasome assembly chaperone 2 protein-coding 5.555 3.581 3.984 3.251 5.998 3.146 2.066 3.044 4.823 1.666 3.615 1.958 1.208 1.994 3.162 2.207 2.749 0.490 3.794 1.524 2.391 3.480 2.233 1.071 6.388 1.124 1.359 2.303 1.891 1.270 3.248 4.313 3.084 8.347 1.848 1.938 1.614 4.236 0.182 0.954 3.631 4.406 4.434 2.120 1.862 1.348 3.623 3.356 2.831 3.095 2.200 3.132 2.207 5.973 2.428 6.388 1.633 2.905 1.937 4.999 1.630 2.076 1.553 1.923 1.642 1.743 1.535 9.242 8.387 7.293 10.576 12.033 12.317 14.363 8.024 12.540 13.693 3.004 4.238 5.241 8.545 8.216 8.462 4.909 6.941 8.532 10.144 6.840 5.982 4.685 2.711 4156 chr15 99673973 99689745 + 0 NA intron (NR_109947, intron 11 of 12) intron (NR_109947, intron 11 of 12) 36573 NM_145728 23336 Hs.207106 NM_015286 ENSG00000182253 SYNM DMN|SYN synemin protein-coding nan nan nan 0.046 0.537 0.224 0.262 0.162 0.178 0.024 0.165 0.414 0.004 0.070 0.213 0.706 0.335 0.102 0.127 0.037 0.100 0.027 0.505 0.280 0.374 0.163 0.078 0.236 0.079 0.007 0.092 0.299 0.117 1.042 0.139 0.245 0.055 0.028 0.081 0.015 0.167 0.087 0.058 0.064 0.062 0.044 0.085 0.185 0.260 0.149 0.654 0.186 0.706 0.177 0.135 0.374 0.162 0.094 0.081 0.076 0.267 0.066 0.356 0.205 0.145 0.022 0.019 0.808 0.923 0.408 0.593 0.580 0.581 5.667 1.286 0.342 0.392 0.394 0.502 0.773 0.549 nan 0.295 0.327 0.642 0.367 0.577 0.507 nan 0.631 0.435 1818 chr11 13959650 13967136 + 0 NA Intergenic Intergenic -16983 NR_135052 101928132 Hs.568970 NR_135052 ENSG00000254438 LOC101928132 - uncharacterized LOC101928132 ncRNA 0.532 nan 0.835 0.096 0.200 0.008 5.825 0.172 0.302 0.255 0.474 0.049 0.041 0.171 0.190 0.080 2.333 1.965 0.276 0.018 0.148 0.045 0.127 1.482 1.035 0.010 2.178 2.626 0.331 1.571 0.604 0.343 0.686 0.128 0.052 0.015 0.073 1.659 0.043 5.647 0.589 0.438 2.817 1.074 1.536 0.535 0.294 0.038 0.843 0.225 0.190 1.892 2.498 0.127 0.442 0.366 0.187 0.042 3.348 0.077 0.065 0.547 0.069 0.089 nan 0.278 0.218 0.403 0.404 0.255 0.105 0.032 0.247 0.319 0.189 nan 0.153 0.198 0.321 0.205 0.158 0.292 0.461 0.323 0.145 0.208 0.552 nan 7435 chr22 40573007 40576591 + 0 NA intron (NM_001162501, intron 1 of 22) intron (NM_001162501, intron 1 of 22) 870 NM_001162501 23112 Hs.372082 NM_015088 ENSG00000100354 TNRC6B - trinucleotide repeat containing 6B protein-coding 5.097 nan 2.946 3.814 2.694 1.624 2.415 1.431 3.631 1.372 4.120 3.094 0.638 0.794 2.399 3.187 3.289 0.059 3.315 1.005 2.244 1.428 2.247 1.137 4.876 1.703 1.198 0.431 3.879 1.843 3.081 4.647 2.269 6.180 1.776 3.462 0.987 6.675 0.305 1.955 1.818 2.169 1.539 0.998 1.169 1.086 4.865 2.953 1.652 1.286 2.820 3.083 3.187 1.880 3.912 4.876 0.784 1.084 1.478 1.666 1.999 3.130 1.624 2.584 1.763 0.878 0.605 4.147 3.988 12.664 13.903 4.912 4.766 6.235 2.348 10.408 9.967 5.890 6.667 4.134 6.877 12.009 10.076 1.815 3.718 3.753 7.064 7.988 7.697 1.196 0.433 1837 chr11 19731642 19747312 + 0 NA intron (NM_001244963, intron 1 of 39) intron (NM_001244963, intron 1 of 39) -3259 NR_015384 100126784 Hs.64341 NR_015384 LOC100126784 - uncharacterized LOC100126784 ncRNA 1.841 nan 2.011 2.031 1.343 1.748 4.671 0.183 0.334 0.269 0.964 1.096 0.209 0.164 0.190 0.485 1.834 0.112 2.481 1.040 0.270 0.027 0.289 0.145 0.122 1.463 1.500 0.260 3.127 2.121 0.940 1.961 1.385 1.351 1.135 0.157 0.062 0.056 0.053 1.251 0.328 5.461 0.745 0.422 2.292 0.866 1.708 3.386 0.525 0.985 1.195 0.405 0.485 2.108 2.796 0.122 0.265 0.132 0.277 0.650 0.151 1.652 0.063 0.111 1.669 1.911 2.032 nan 0.764 0.902 1.263 1.204 0.979 1.725 0.502 0.721 0.739 2.034 nan 0.757 1.281 2.025 2.439 0.324 0.366 0.241 0.271 0.147 0.294 0.855 nan 143 chr1 20926060 20941909 + 0 NA intron (NM_001785, intron 2 of 3) intron (NM_001785, intron 2 of 3) 18540 NM_001785 978 Hs.466910 NM_001785 ENSG00000158825 CDA CDD cytidine deaminase protein-coding 1.016 0.875 nan 0.895 0.254 0.031 2.777 0.163 0.281 1.596 1.007 0.390 0.372 0.081 0.101 0.386 0.128 0.127 2.169 1.580 0.152 0.038 0.068 0.112 0.058 1.932 1.647 0.434 1.586 2.109 0.208 0.803 0.179 0.388 1.429 0.247 0.024 0.060 0.083 0.278 0.026 2.192 1.039 0.448 2.772 0.679 1.899 0.732 0.848 0.638 0.485 0.662 0.386 1.759 0.623 0.058 0.503 1.925 0.067 0.757 0.249 1.891 0.062 0.444 1.073 0.634 0.524 0.382 0.595 0.404 0.953 0.502 0.416 0.416 0.114 0.775 0.802 0.331 0.666 0.420 0.566 0.544 0.305 0.182 0.264 0.109 0.178 1.063 3.051 0.770 0.665 9238 chr5 143830048 143852935 + 0 NA intron (NM_020768, intron 3 of 3) L2c|LINE|L2 291054 NM_020768 57528 Hs.7093 NM_020768 ENSG00000183775 KCTD16 - potassium channel tetramerization domain containing 16 protein-coding nan 0.966 1.001 0.040 0.473 0.057 0.026 0.165 0.303 0.021 0.099 0.093 0.013 0.083 0.167 0.117 0.065 0.094 0.051 0.016 0.030 0.006 0.459 0.301 0.345 0.019 0.029 0.057 0.148 0.399 0.083 0.858 0.019 0.092 0.926 0.033 0.123 0.270 0.089 0.021 0.014 0.033 0.034 0.051 0.096 0.032 0.041 0.021 0.023 0.117 0.041 0.024 0.345 0.037 0.044 0.098 0.030 0.195 0.024 0.030 0.509 0.027 0.015 0.011 0.188 0.080 0.234 0.309 0.913 0.921 1.149 0.299 0.060 0.079 1.240 1.684 0.551 0.602 0.672 0.490 0.115 0.191 3.587 5.738 0.566 1.770 0.717 0.521 7384 chr22 31587061 31590958 + 0 NA intron (NM_001135825, intron 3 of 4) intron (NM_001135825, intron 3 of 4) -19241 NM_005569 3985 Hs.474596 NM_005569 ENSG00000182541 LIMK2 - LIM domain kinase 2 protein-coding nan 0.536 0.535 0.147 0.185 0.698 0.156 0.796 1.561 0.634 0.082 0.118 0.223 0.025 1.297 0.496 0.419 0.205 0.196 0.048 0.147 0.071 0.001 0.064 0.273 0.057 0.039 0.034 0.102 nan 0.931 0.996 0.074 8.366 0.049 0.112 0.098 0.060 0.974 0.283 0.032 0.020 0.346 0.257 0.188 0.077 0.202 0.222 0.496 0.055 0.110 0.273 0.176 0.021 0.967 0.119 0.053 0.183 4.056 0.065 0.058 0.030 0.026 1.120 1.718 0.541 nan 0.604 0.838 0.262 0.250 0.615 0.796 0.621 nan 0.319 0.290 0.441 0.336 10.397 7.890 0.323 0.662 0.309 nan 0.241 0.288 4020 chr15 67692604 67704585 + 0 NA non-coding (NR_040051, exon 6 of 6) non-coding (NR_040051, exon 6 of 6) 114717 NR_040055 100506686 Hs.656245 NR_040051 ENSG00000259673 IQCH-AS1 - IQCH antisense RNA 1 ncRNA 1.211 1.673 nan 0.067 0.190 0.014 0.112 0.294 0.562 0.009 0.060 0.168 0.036 0.008 0.112 0.563 0.225 0.109 0.057 0.016 0.011 0.069 0.144 0.116 0.209 0.042 0.018 0.031 0.172 0.067 0.080 0.211 0.081 0.538 0.183 0.067 0.472 0.037 0.065 0.022 3.059 0.084 0.031 0.020 0.027 0.071 0.104 0.151 0.171 0.072 0.119 0.100 0.563 0.112 0.117 0.209 0.144 0.063 0.234 0.058 0.033 0.053 0.025 0.073 0.138 0.048 0.017 0.278 0.157 0.425 0.286 0.408 0.491 nan 0.576 1.355 1.429 0.572 0.735 0.314 0.360 0.949 0.746 0.212 0.194 1.926 1.949 0.249 0.309 0.821 0.542 8638 chr4 174252870 174258061 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130689) promoter-TSS (NM_001130689) 44 NM_001130688 3148 Hs.434953 NM_002129 ENSG00000164104 HMGB2 HMG2 high mobility group box 2 protein-coding nan nan 3.648 5.538 11.452 4.879 4.063 4.974 8.839 2.138 5.632 1.778 2.445 1.473 4.848 2.556 3.033 0.157 4.088 1.272 3.044 2.517 2.850 1.438 8.572 2.406 3.334 1.256 5.512 2.375 1.630 7.461 2.955 15.526 2.157 3.101 2.340 5.158 0.154 2.994 7.293 2.765 4.785 1.786 2.841 2.117 2.875 7.728 3.293 2.514 2.739 3.441 2.556 5.592 4.742 8.572 1.671 2.086 1.269 2.821 1.595 2.796 2.421 2.855 3.347 2.429 1.919 5.615 6.246 8.883 nan 12.146 10.275 7.987 4.535 8.558 8.193 4.296 5.548 7.107 9.937 10.266 13.556 2.330 5.945 7.464 7.843 7.499 7.843 2.494 1.315 7800 chr3 124547972 124566627 + 0 NA intron (NM_001354764, intron 5 of 14) intron (NM_001354764, intron 5 of 14) 48853 NM_002213 3693 Hs.13155 NM_002213 ENSG00000082781 ITGB5 - integrin subunit beta 5 protein-coding 1.264 nan 0.923 0.784 0.490 0.325 2.784 0.360 0.822 0.196 0.719 1.661 0.086 0.734 0.901 0.597 1.485 0.380 0.508 0.274 1.877 0.030 0.863 0.601 0.769 1.273 0.905 0.083 1.631 0.815 0.168 0.423 0.210 0.515 0.250 4.585 0.057 0.052 0.066 0.448 0.172 0.216 0.216 0.155 0.942 0.558 0.817 0.396 4.988 0.423 1.551 2.416 0.597 0.626 2.671 0.769 0.733 2.875 0.183 0.206 0.180 0.855 0.128 0.157 0.298 2.127 1.950 0.719 0.918 0.463 0.696 1.643 1.484 4.253 1.494 1.198 1.146 0.326 nan 1.165 1.116 1.010 0.977 0.249 0.426 0.386 0.264 0.355 0.693 0.923 0.894 2323 chr11 120760710 120767771 + 0 NA intron (NM_001282473, intron 11 of 17) MIR|SINE|MIR 1266 NR_132790 101929227 Hs.627156 NR_132790 ENSG00000250493 LOC101929227 - uncharacterized LOC101929227 ncRNA 0.565 0.743 0.803 0.030 0.028 0.134 0.060 0.274 0.249 0.041 0.033 0.013 0.017 0.014 0.238 0.239 0.083 0.045 0.035 0.089 0.119 0.068 0.036 0.030 0.021 0.066 0.069 0.154 0.040 0.798 0.046 0.041 0.076 0.117 0.011 0.169 0.051 0.022 0.046 0.059 0.113 0.133 0.035 0.050 0.022 0.120 0.239 0.020 0.026 0.068 0.035 0.162 0.055 0.028 0.144 0.023 7.864 0.300 0.011 1.970 2.143 0.284 0.187 0.355 0.441 0.318 0.075 0.370 0.395 1.246 1.455 0.120 0.123 0.438 0.234 6.173 6.731 0.183 0.197 0.256 nan 0.799 0.812 6157 chr2 64063715 64083789 + 0 NA intron (NM_006759, intron 1 of 9) intron (NM_006759, intron 1 of 9) 4738 NM_006759 7360 Hs.516217 NM_006759 ENSG00000169764 UGP2 UDPG|UDPGP|UDPGP2|UGP1|UGPP1|UGPP2|pHC379 UDP-glucose pyrophosphorylase 2 protein-coding 2.049 1.408 nan 1.215 1.539 0.992 0.918 0.847 1.456 0.658 1.087 1.480 1.681 0.288 2.111 1.124 2.527 0.224 1.541 0.426 0.807 1.047 0.749 0.450 1.083 0.954 0.785 0.510 1.212 0.319 1.699 2.285 1.475 3.985 0.531 0.718 0.204 2.087 0.163 0.565 1.118 1.340 0.801 0.425 0.794 0.570 1.201 1.094 1.489 1.151 1.109 0.803 1.124 1.530 0.714 1.083 0.495 0.614 0.275 1.493 0.784 0.579 0.518 1.961 1.007 0.709 0.335 1.174 1.391 2.093 3.365 2.660 2.267 nan 0.854 4.481 4.598 1.715 2.093 2.012 3.076 1.416 1.474 0.746 1.510 0.879 0.828 2.457 5.038 1.249 0.796 3049 chr12 131114064 131153971 + 0 NA intron (NM_001351226, intron 1 of 21) MLT1J|LTR|ERVL-MaLR -15611 NM_001351232 23504 Hs.657441 NM_015347 ENSG00000060709 RIMBP2 PPP1R133|RBP2|RIM-BP2 RIMS binding protein 2 protein-coding 0.974 1.249 0.568 0.072 0.520 2.280 0.060 0.667 1.236 0.024 0.055 0.041 0.011 0.571 2.455 0.753 0.070 0.080 0.048 0.005 0.019 0.035 0.589 0.307 2.138 0.030 0.022 0.017 0.087 0.008 0.313 0.481 0.054 1.548 0.026 0.070 0.007 0.046 0.114 0.009 0.952 0.095 0.026 0.029 0.005 0.066 0.038 0.117 0.073 0.034 0.022 0.050 0.753 0.059 0.014 2.138 0.027 0.035 0.674 0.042 0.471 0.006 2.681 0.031 0.057 0.017 0.009 1.415 1.841 0.122 0.160 4.169 3.884 2.603 1.060 3.438 3.483 0.126 0.216 nan 4.731 1.104 0.960 1.845 2.701 0.155 0.148 0.358 0.677 1.672 1.090 2822 chr12 81597938 81607347 + 0 NA intron (NM_001330243, intron 10 of 16) intron (NM_001330243, intron 10 of 16) 50475 NR_039848 100616133 NR_039848 ENSG00000265227 MIR4699 - microRNA 4699 ncRNA 0.982 1.065 0.723 0.107 0.428 0.018 0.136 0.481 0.773 0.151 0.950 0.013 0.075 0.782 1.441 0.353 0.131 0.080 0.040 0.027 0.015 1.617 0.783 1.077 0.088 0.054 0.008 0.101 0.056 0.060 0.148 0.045 2.121 0.093 0.087 0.174 0.046 0.092 0.050 0.117 0.057 0.013 0.008 0.046 0.049 0.204 0.205 0.104 0.343 0.243 0.057 1.441 0.060 0.030 1.077 0.009 0.105 0.493 0.104 1.482 0.092 0.042 0.168 0.032 0.012 0.027 0.368 0.530 0.277 0.332 6.451 7.225 9.004 7.616 0.219 0.318 0.859 1.162 2.018 3.229 2.232 1.656 0.194 0.226 1.327 1.473 0.360 0.576 1.339 1.078 9654 chr6 42703143 42717325 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL 3650 NM_003192 6903 Hs.75064 NM_003192 ENSG00000124659 TBCC CFC tubulin folding cofactor C protein-coding 3.605 1.792 3.369 1.326 2.644 1.374 2.355 2.068 4.304 0.500 1.178 1.240 0.529 0.701 2.723 2.122 1.492 0.320 1.517 0.429 1.783 1.701 1.768 0.900 4.668 1.604 1.811 0.698 1.035 0.781 1.677 2.179 1.691 4.108 0.721 1.020 1.472 2.940 0.172 0.631 2.250 1.753 1.661 0.940 0.707 0.692 1.170 3.665 1.303 3.194 0.889 0.736 2.122 2.073 2.208 4.668 0.569 0.718 1.152 2.607 1.518 1.253 0.545 2.450 0.957 0.987 0.692 2.543 3.184 1.800 2.488 4.726 3.802 7.257 2.576 2.789 3.098 3.134 3.970 6.091 nan 4.809 5.204 0.999 1.789 5.572 5.796 3.800 7.181 1.986 1.080 9949 chr6 136832654 136852080 + 0 NA intron (NM_001198617, intron 1 of 15) MER102b|DNA|hAT-Charlie 4984 NM_001198611 9053 Hs.486548 NM_003980 ENSG00000135525 MAP7 E-MAP-115|EMAP115 microtubule associated protein 7 protein-coding 1.049 1.502 1.336 0.068 0.508 0.198 0.098 0.554 1.161 0.025 0.036 0.081 0.091 0.149 0.148 0.702 0.050 0.150 0.078 0.029 0.032 0.021 0.452 0.221 0.626 0.025 0.022 0.440 0.077 0.011 0.397 0.911 0.163 1.062 0.061 4.166 0.921 0.072 0.096 0.012 0.242 0.062 0.038 0.028 0.068 0.055 0.288 0.083 1.646 0.362 0.524 0.330 0.702 0.073 0.023 0.626 0.101 0.545 0.060 0.093 0.645 0.024 0.581 0.120 0.020 0.024 0.013 0.849 0.937 0.298 0.383 0.986 0.777 nan 1.682 0.411 0.489 0.272 0.430 0.692 0.952 0.674 0.418 0.417 1.159 3.214 5.303 0.238 nan 1.467 0.832 11671 chr9 100546428 100573489 + 0 NA intron (NR_147055, intron 5 of 10) L1MEd|LINE|L1 55404 NR_147055 101928337 NR_147055 PTCSC2 - papillary thyroid carcinoma susceptibility candidate 2 (non-protein coding) ncRNA 0.692 1.194 0.923 0.689 0.847 0.127 1.816 0.278 0.476 0.208 0.264 0.092 0.335 0.037 0.312 0.966 0.111 0.078 1.730 0.764 0.209 0.051 0.353 0.221 0.136 1.204 0.582 0.167 1.327 1.009 0.558 1.234 0.563 1.146 0.856 0.139 0.704 0.126 0.083 0.134 0.144 1.265 0.223 0.140 0.537 0.755 0.544 0.250 0.359 0.261 0.134 0.593 0.966 4.917 0.085 0.136 0.330 0.150 0.282 0.386 0.081 0.405 0.103 0.082 0.158 0.255 0.187 0.510 0.564 0.526 1.520 0.928 0.901 1.924 0.956 0.409 0.471 0.201 0.381 0.800 nan 1.066 1.130 0.298 0.321 2.277 2.269 0.210 0.343 nan 0.580 7703 chr3 100752028 100762462 + 0 NA Intergenic Intergenic -44911 NM_001349332 25890 Hs.477015 NM_015429 ENSG00000154175 ABI3BP NESHBP|TARSH ABI family member 3 binding protein protein-coding nan nan 1.103 1.309 0.101 0.022 4.402 0.142 0.337 0.743 0.942 0.793 1.458 0.009 0.076 0.070 0.663 0.204 1.154 0.545 1.799 0.026 0.104 0.204 0.178 2.078 1.567 0.262 2.482 2.217 0.444 0.323 0.743 0.308 1.338 0.754 0.009 0.042 0.062 0.723 0.046 1.713 1.946 0.905 2.103 1.092 2.118 1.379 0.133 0.094 0.061 0.872 0.070 0.729 0.134 0.178 0.387 0.944 0.009 0.117 0.068 1.498 0.039 0.718 1.479 1.350 1.083 0.245 0.184 0.715 3.027 0.288 0.323 0.102 0.080 0.241 0.247 0.213 0.257 0.225 0.177 0.481 0.305 0.065 0.144 0.064 0.091 1.034 2.889 0.195 0.451 7374 chr22 29661511 29668043 + 0 NA promoter-TSS (NM_012265) promoter-TSS (NM_012265) -625 NM_001329536 25807 Hs.106730 NM_012265 ENSG00000100263 RHBDD3 C22orf3|HS984G1A|PTAG rhomboid domain containing 3 protein-coding nan 2.691 4.440 6.817 4.193 3.060 3.294 4.384 8.493 2.484 4.719 6.327 3.200 2.178 3.805 7.446 3.779 0.276 5.910 1.946 7.216 3.520 1.898 0.972 8.025 2.178 3.290 2.499 6.099 1.858 7.654 nan 3.090 8.306 2.330 6.517 2.462 4.384 0.124 1.680 3.106 6.155 5.189 2.244 2.731 2.432 4.768 5.281 4.511 4.512 3.320 5.201 7.446 8.655 4.035 8.025 2.657 4.212 3.384 6.361 3.221 6.923 3.286 3.569 3.978 2.733 2.347 9.267 7.874 10.226 nan 7.738 9.011 6.689 5.109 17.624 19.029 6.978 8.085 7.079 11.653 13.432 12.643 6.304 10.444 7.581 11.743 10.556 nan 6.745 3.507 2914 chr12 105021556 105027531 + 0 NA intron (NM_001173982, intron 2 of 2) intron (NM_001173982, intron 2 of 2) 39132 NR_037487 100500843 NR_037487 ENSG00000264295 MIR3922 - microRNA 3922 ncRNA 0.809 0.763 nan 0.085 1.784 0.232 0.224 1.813 3.534 0.031 0.273 0.108 0.021 0.016 4.525 1.520 0.262 0.187 0.229 0.063 0.085 0.262 0.194 7.215 0.117 0.064 0.085 0.102 0.107 0.262 0.094 0.838 0.073 0.073 0.016 0.109 0.136 0.982 0.199 0.031 0.039 0.128 0.090 0.146 0.343 0.249 0.107 0.039 0.177 1.520 0.096 7.215 0.072 0.091 0.314 0.177 5.322 0.026 0.133 0.661 0.026 0.058 0.017 0.380 0.198 0.321 0.292 4.500 5.609 0.123 0.031 1.558 1.667 1.015 1.347 3.699 6.412 1.002 0.595 0.216 0.409 0.114 0.092 0.911 2.610 2.708 1.503 1211 chr1 234629154 234691376 + 0 NA Intergenic Intergenic 7260 NR_038426 100506795 Hs.448989 NR_038426 ENSG00000231768 LINC01354 - long intergenic non-protein coding RNA 1354 ncRNA 1.742 2.119 1.828 0.919 0.745 0.560 0.555 0.769 1.502 0.724 0.888 0.711 0.272 0.209 0.972 2.196 1.430 0.235 0.465 0.257 0.521 0.121 1.044 0.485 1.506 1.360 0.715 0.195 0.898 0.485 0.452 2.082 1.262 2.396 0.228 1.311 0.237 0.137 0.115 0.175 0.925 0.413 0.111 0.090 0.980 0.418 1.558 1.134 0.712 0.268 1.375 1.168 2.196 0.564 0.341 1.506 0.342 0.689 0.363 0.916 0.791 0.862 0.274 0.356 0.317 0.086 0.050 0.609 0.962 1.163 3.666 1.505 1.531 nan 1.425 0.443 0.476 0.705 1.193 nan 1.856 0.740 0.563 0.364 0.456 0.841 1.381 0.692 1.760 nan 0.797 11865 chr9 139775592 139782370 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1984 NM_021138 7186 Hs.522506 NM_021138 ENSG00000127191 TRAF2 MGC:45012|RNF117|TRAP|TRAP3 TNF receptor associated factor 2 protein-coding nan 2.387 1.732 3.784 2.709 0.913 1.755 1.072 1.851 0.998 7.279 1.601 0.349 1.027 1.378 1.613 1.977 0.380 5.021 1.816 1.247 0.573 0.858 0.583 2.144 3.104 3.640 2.475 5.120 1.269 1.873 3.981 1.430 4.241 1.939 3.202 0.757 1.644 0.117 0.966 0.682 18.666 4.831 2.267 2.390 1.481 1.918 3.141 6.097 4.340 4.613 4.328 1.613 4.958 2.020 2.144 1.166 6.424 0.522 6.611 2.724 2.278 0.423 0.730 1.445 0.817 0.515 0.922 1.386 1.466 2.744 2.831 2.682 nan 0.662 0.793 0.978 0.935 1.444 2.236 3.855 2.213 2.653 0.993 1.554 1.860 1.775 1.223 1.912 1.584 0.973 2399 chr12 858444 865327 + 0 NA promoter-TSS (NM_018979) promoter-TSS (NM_018979) -204 NM_001184985 65125 Hs.744906 NM_014823 ENSG00000060237 WNK1 HSAN2|HSN2|KDP|PPP1R167|PRKWNK1|PSK|p65 WNK lysine deficient protein kinase 1 protein-coding 5.475 nan nan 3.781 8.901 2.506 1.939 2.511 4.650 1.651 4.386 2.103 1.111 1.624 4.837 3.757 4.443 0.681 2.842 0.777 1.523 1.511 3.013 1.842 4.444 2.673 2.513 1.380 4.032 1.376 3.548 4.497 4.715 10.331 0.808 3.037 1.345 5.199 0.173 1.101 7.128 3.116 2.036 0.976 1.370 1.127 3.409 6.407 4.317 6.263 1.928 2.406 3.757 3.224 2.981 4.444 0.889 1.527 3.128 8.789 1.048 1.946 2.735 2.930 1.241 1.539 0.940 2.318 2.962 3.513 4.997 nan 10.900 9.173 3.919 10.424 10.574 6.094 7.455 7.166 10.000 6.561 7.566 3.307 7.647 6.682 5.866 4.990 nan 4.526 2.387 1542 chr10 78188835 78196507 + 0 NA intron (NM_001305581, intron 6 of 6) intron (NM_001305581, intron 6 of 6) -455131 NR_120655 101929328 Hs.664552 NR_120655 ENSG00000236467 KCNMA1-AS1 - KCNMA1 antisense RNA 1 ncRNA 0.922 nan 0.741 0.321 1.134 0.820 0.482 2.222 3.674 0.037 0.231 1.429 0.024 0.053 2.228 2.942 1.337 0.134 0.123 0.025 0.053 2.060 0.524 7.546 0.199 0.094 0.159 0.574 0.565 0.355 0.364 0.129 1.245 0.076 0.335 0.014 0.053 0.215 0.797 0.191 0.942 0.528 0.711 0.080 0.217 0.362 0.074 0.037 0.021 0.053 2.942 0.168 0.060 7.546 0.208 0.011 0.647 0.058 0.066 0.720 0.136 0.016 0.040 0.125 0.073 0.421 0.407 0.194 0.473 4.516 5.905 6.622 4.406 0.233 0.309 1.769 2.238 4.020 nan 0.385 0.301 0.279 0.434 2.446 1.398 0.124 nan 3.732 2.107 2102 chr11 74405276 74411741 + 0 NA intron (NM_001278473, intron 9 of 10) L2c|LINE|L2 13904 NM_001304417 25884 Hs.432379 NM_015424 ENSG00000054938 CHRDL2 BNF1|CHL2 chordin like 2 protein-coding nan 0.561 1.368 0.056 0.083 0.149 0.457 0.074 0.171 0.493 0.814 0.522 0.010 0.030 0.096 0.278 0.243 0.049 0.133 0.058 0.030 0.219 0.153 0.130 0.181 0.090 0.375 0.072 0.016 0.075 nan 0.093 0.362 0.112 0.145 0.029 0.050 0.089 0.075 0.688 0.084 0.060 0.552 0.096 0.403 0.246 0.667 0.120 6.277 1.236 0.278 0.071 0.047 0.130 0.150 0.065 0.288 0.502 1.177 0.015 0.155 0.059 0.009 0.008 0.619 0.595 0.253 0.399 0.628 0.498 0.581 0.364 0.904 0.964 0.621 0.929 0.579 0.822 0.477 0.477 0.499 0.237 0.135 0.148 0.317 0.839 0.960 0.677 10564 chr7 101946227 101954322 + 0 NA intron (NM_001359230, intron 3 of 6) intron (NM_001359230, intron 3 of 6) 13905 NR_036245 100422858 NR_036245 ENSG00000264675 MIR4285 - microRNA 4285 ncRNA nan 0.638 2.512 0.053 0.366 0.053 0.791 0.376 0.867 0.202 0.587 0.081 0.031 0.187 0.088 0.459 0.212 0.139 0.136 0.047 0.093 0.173 0.151 0.252 0.110 0.036 0.081 0.067 0.039 0.249 0.748 0.210 0.360 0.090 0.443 0.170 0.121 0.119 0.014 0.693 0.145 0.120 0.105 0.040 0.286 0.178 0.171 0.709 0.175 0.058 0.233 0.459 0.130 0.079 0.252 0.054 0.062 0.534 0.184 1.254 0.135 7.991 0.916 0.102 0.007 0.019 5.104 6.297 1.488 2.153 0.359 0.419 0.308 0.238 1.209 1.208 0.355 0.823 0.493 1.053 2.153 1.585 7.638 8.362 0.551 0.813 1.244 nan 0.772 0.690 8548 chr4 133264597 133267949 + 0 NA Intergenic L1PA10|LINE|L1 -245971 NR_126401 104355285 Hs.123483 NR_126401 ENSG00000251398 LINC01256 TCONS_l2_00021715 long intergenic non-protein coding RNA 1256 ncRNA nan nan 0.670 0.065 3.775 0.018 0.162 0.142 4.308 3.147 2.185 4.121 0.076 2.562 0.190 0.062 0.056 0.019 4.095 0.090 0.172 13.494 0.021 0.022 0.041 0.067 0.114 0.084 0.200 0.021 0.064 0.029 0.065 0.090 2.252 4.123 0.018 0.033 0.666 1.578 0.059 0.194 2.510 3.673 0.879 0.076 0.043 13.494 2.160 0.028 2.631 0.090 0.740 0.034 3.857 5.603 0.200 0.276 0.161 0.101 11.137 8.160 0.087 0.100 4.000 4.708 5.899 10.078 0.217 0.098 1.696 1.491 0.072 0.046 0.111 nan 0.633 0.215 478 chr1 81766164 82102069 + 0 NA Intergenic Intergenic 89271 NR_125943 101927434 Hs.130394 NR_125943 ENSG00000234953 LOC101927434 - uncharacterized LOC101927434 ncRNA 0.929 nan nan 0.093 0.111 0.032 0.056 0.148 0.275 0.019 0.104 0.053 0.024 0.051 0.060 0.162 0.143 0.115 0.099 0.033 0.026 0.012 0.110 0.123 0.105 0.005 0.016 0.015 0.064 0.017 0.068 0.238 0.064 0.339 0.059 0.039 0.011 7.751 0.233 0.011 0.081 0.088 0.017 0.014 0.025 0.043 0.126 0.108 0.032 0.043 0.020 0.091 0.162 0.074 0.024 0.105 0.029 0.036 0.008 0.036 0.177 0.024 0.055 0.104 0.012 0.017 0.011 0.354 0.267 0.328 0.369 0.335 0.386 0.599 0.256 0.206 0.217 0.554 0.790 0.517 0.515 0.458 0.243 0.146 0.231 0.030 0.043 0.322 0.629 0.612 0.520 836 chr1 163262640 163270665 + 0 NA intron (NM_001254748, intron 2 of 5) MER34C_|LTR|ERV1 24929 NR_045630 8490 Hs.24950 NM_003617 ENSG00000143248 RGS5 MST092|MST106|MST129|MSTP032|MSTP092|MSTP106|MSTP129 regulator of G protein signaling 5 protein-coding 1.066 nan 1.043 0.081 0.153 0.082 0.061 0.180 0.605 0.024 0.157 0.057 0.008 0.147 0.215 0.320 0.244 0.140 0.171 0.047 0.055 0.116 0.102 0.170 0.017 0.040 0.055 0.054 0.040 0.071 0.055 0.089 0.382 0.081 0.047 0.013 0.118 0.090 0.107 0.015 0.010 0.027 0.009 0.120 0.088 0.080 0.053 0.117 0.528 0.320 0.062 0.046 0.170 0.061 0.073 0.072 0.051 0.034 0.109 1.513 0.190 0.047 0.014 0.019 1.831 1.419 5.178 12.358 0.584 nan 0.388 0.203 0.153 0.192 0.468 0.770 0.413 nan 0.464 0.306 2.020 4.092 0.134 0.150 0.594 1.408 0.851 0.573 11682 chr9 102580798 102586783 + 0 NA promoter-TSS (NM_006981) promoter-TSS (NM_006981) -347 NM_173199 8013 Hs.279522 NM_006981 ENSG00000119508 NR4A3 CHN|CSMF|MINOR|NOR1|TEC nuclear receptor subfamily 4 group A member 3 protein-coding 3.598 1.598 4.263 0.935 4.287 0.692 1.208 1.342 2.614 0.337 1.051 1.173 0.340 0.512 2.239 1.739 2.339 0.099 1.397 0.506 2.021 0.900 1.257 0.687 2.174 1.790 1.345 3.120 1.358 0.390 2.728 2.896 0.861 8.646 0.793 2.944 0.620 1.704 0.117 0.428 1.635 1.645 1.535 0.830 0.758 0.270 0.725 1.134 2.945 4.487 3.007 2.047 1.739 6.463 0.935 2.174 0.735 2.273 1.415 5.350 3.453 0.794 1.584 1.313 0.908 0.924 0.656 2.088 2.204 4.321 6.026 4.704 3.629 3.482 1.495 4.240 4.047 2.308 2.732 3.196 nan 4.882 5.450 2.308 4.480 3.107 3.298 3.547 3.943 nan 1.547 7559 chr3 30636726 30674146 + 0 NA intron (NM_003242, intron 1 of 6) intron (NM_003242, intron 1 of 6) 7442 NM_003242 7048 Hs.82028 NM_003242 ENSG00000163513 TGFBR2 AAT3|FAA3|LDS1B|LDS2|LDS2B|MFS2|RIIC|TAAD2|TBR-ii|TBRII|TGFR-2|TGFbeta-RII transforming growth factor beta receptor 2 protein-coding 0.569 1.015 0.620 1.661 0.099 0.019 1.157 0.077 0.155 1.355 0.860 1.011 0.112 0.182 0.059 0.117 0.574 0.119 1.236 0.529 3.382 0.444 0.059 0.093 0.109 1.106 0.818 0.022 1.687 1.425 0.682 1.316 1.016 0.393 0.708 0.096 0.059 0.234 0.082 0.585 0.065 1.283 0.901 0.470 1.082 0.593 0.522 0.946 1.575 0.565 0.575 0.915 0.117 1.140 1.105 0.109 0.708 0.461 0.016 0.645 0.076 1.614 0.034 0.049 1.756 0.434 0.389 0.252 0.181 0.351 0.874 0.238 0.315 0.615 0.162 0.177 0.147 0.639 nan 0.227 0.269 0.412 0.203 0.119 0.174 0.212 0.215 0.164 0.224 0.357 0.287 4028 chr15 68863996 68898182 + 0 NA intron (NM_006091, intron 1 of 11) intron (NM_006091, intron 1 of 11) 9781 NM_006091 10391 Hs.551213 NM_006091 ENSG00000103647 CORO2B CLIPINC coronin 2B protein-coding 1.445 1.434 nan 0.084 0.105 0.504 0.326 0.694 1.136 0.006 0.256 0.146 0.024 0.331 0.455 1.901 0.205 0.075 0.124 0.083 0.044 0.028 0.198 0.153 0.224 0.134 0.059 0.078 0.165 0.102 0.293 0.717 0.075 2.919 0.045 0.068 0.239 0.130 0.058 0.148 0.329 0.668 0.097 0.135 0.086 0.038 0.254 0.191 0.219 1.103 0.065 0.258 1.901 0.075 0.030 0.224 0.110 0.039 0.306 0.284 0.036 0.188 1.164 1.723 0.073 0.259 0.230 3.573 4.743 1.058 0.541 1.005 0.768 nan 0.522 2.095 2.179 1.331 2.004 0.441 0.531 2.973 2.516 2.065 2.558 0.748 0.740 1.966 4.674 0.357 0.412 6767 chr2 240209891 240217942 + 0 NA intron (NM_006037, intron 2 of 26) intron (NM_006037, intron 2 of 26) -13241 NR_036229 100423043 NR_036229 ENSG00000265215 MIR4269 - microRNA 4269 ncRNA 1.251 nan 1.841 0.053 1.382 4.377 0.358 4.024 7.448 0.048 0.153 0.276 0.016 0.039 1.358 0.860 0.083 0.020 0.199 0.096 0.127 0.069 1.033 0.663 3.888 0.353 0.137 0.110 0.062 0.110 0.441 0.114 3.315 0.109 0.336 0.047 0.129 0.092 0.541 0.091 0.030 0.047 0.027 0.047 0.375 0.173 0.323 0.083 0.089 0.307 0.860 0.194 0.099 3.888 0.153 0.061 0.133 0.116 0.544 0.174 0.500 0.139 0.052 0.043 0.025 1.837 2.041 0.406 0.614 4.309 3.291 3.828 1.259 0.785 0.798 0.566 0.985 2.463 2.576 0.477 0.397 1.225 1.416 0.569 0.861 0.247 0.358 1.102 0.760 3068 chr12 133463380 133466076 + 0 NA promoter-TSS (NM_001161346) promoter-TSS (NM_001161346) 300 NR_110919 101928530 Hs.560003 NR_110919 ENSG00000236617 LOC101928530 - uncharacterized LOC101928530 ncRNA 3.432 3.048 2.540 4.107 3.889 4.067 3.571 1.254 2.025 0.671 2.500 1.868 1.532 1.103 3.799 2.513 1.729 0.299 2.990 0.817 0.048 1.237 1.689 0.982 3.535 2.651 2.982 1.247 4.156 1.106 4.685 7.378 2.329 7.050 1.521 2.858 0.912 3.892 0.044 1.051 15.430 2.931 1.467 1.939 1.848 2.000 3.867 3.678 4.268 1.951 2.300 2.513 4.553 3.743 3.535 1.960 0.983 0.683 5.255 4.076 2.383 1.210 0.279 1.981 1.879 1.353 4.618 4.104 2.347 3.146 4.622 3.910 6.325 3.164 6.174 7.321 1.830 3.057 nan 8.110 2.463 2.687 4.745 5.853 4.763 5.011 2.457 2.342 2.953 1.674 3989 chr15 61306893 61313919 + 0 NA intron (NM_134261, intron 1 of 10) MamRep434|DNA|TcMar-Tigger 211096 NM_134261 6095 Hs.560343 NM_002943 ENSG00000069667 RORA NR1F1|ROR1|ROR2|ROR3|RZR-ALPHA|RZRA RAR related orphan receptor A protein-coding 0.609 0.898 nan 0.041 0.049 0.016 0.030 0.250 0.327 0.014 0.066 0.118 0.085 0.012 0.251 0.084 0.090 0.054 0.020 0.155 0.083 0.082 0.069 0.010 0.010 0.048 0.015 0.125 0.234 0.222 0.369 0.021 0.084 0.046 0.071 0.034 0.026 0.009 0.046 0.011 0.068 0.142 0.070 0.060 0.028 0.044 0.251 0.020 0.013 0.082 0.018 0.036 0.046 0.013 0.082 0.125 0.122 0.022 0.016 0.007 1.181 1.534 7.422 1.926 0.325 0.288 nan 0.047 0.177 0.134 0.106 0.195 0.280 0.270 0.545 0.306 0.395 0.588 0.070 0.080 0.239 0.504 0.345 0.298 3512 chr14 37889763 37907433 + 0 NA intron (NM_001195297, intron 13 of 14) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 165727 NM_004496 3169 Hs.163484 NM_004496 ENSG00000129514 FOXA1 HNF3A|TCF3A forkhead box A1 protein-coding 1.235 1.478 0.871 1.225 0.195 0.066 0.092 0.163 0.359 0.102 0.072 0.104 0.926 0.050 0.196 0.098 0.174 0.146 0.145 0.021 0.032 0.016 0.194 0.162 0.122 0.114 0.025 0.012 0.116 0.077 0.926 2.631 4.621 0.377 0.091 0.110 0.192 0.030 0.131 0.056 0.115 0.052 0.027 0.013 0.074 0.091 0.612 0.085 0.165 0.014 0.196 1.001 0.098 0.210 0.125 0.122 0.312 1.194 0.132 0.026 0.261 0.035 0.089 0.099 0.021 0.010 0.006 0.175 0.146 0.414 0.874 0.459 0.466 0.828 0.322 0.338 0.313 1.225 1.296 0.576 0.704 0.837 0.384 0.197 0.266 0.863 1.490 0.259 0.542 0.708 0.474 7237 chr21 43754130 43758892 + 0 NA Intergenic MER101|LTR|ERV1 14697 NM_005423 7032 Hs.2979 NM_005423 ENSG00000160181 TFF2 SML1|SP trefoil factor 2 protein-coding nan 1.325 1.778 0.044 1.222 0.545 0.085 0.271 0.496 0.040 0.082 0.039 0.026 0.062 0.670 0.303 0.048 0.056 0.086 0.040 0.265 0.336 0.869 0.156 0.091 0.093 0.029 0.111 0.476 3.036 0.159 2.202 0.061 0.023 0.091 0.046 0.042 0.049 0.186 0.164 0.064 0.033 0.206 0.101 0.084 0.120 0.029 0.016 1.524 0.303 0.061 0.020 0.869 0.592 0.191 0.293 0.036 0.832 3.981 0.099 0.221 0.048 0.011 5.275 6.927 9.291 6.498 1.242 1.793 nan 0.652 9.328 9.257 0.178 nan 2.965 4.106 0.996 1.116 4.956 5.469 0.658 0.898 0.259 0.484 1.637 1.067 9719 chr6 53042800 53061509 + 0 NA Intergenic Intergenic -38530 NM_003643 8521 Hs.23589 NM_003643 ENSG00000137270 GCM1 GCMA|hGCMa glial cells missing homolog 1 protein-coding 0.932 1.438 nan 0.110 1.432 0.238 0.289 0.419 0.916 0.026 0.105 0.128 0.033 0.282 0.148 0.513 0.164 0.188 0.192 0.047 0.088 0.261 0.214 1.170 0.460 0.157 0.032 0.060 0.152 0.173 0.636 0.272 1.938 0.055 0.056 0.086 0.088 0.143 0.038 0.096 0.142 0.065 0.025 0.044 0.272 0.134 0.197 0.174 0.142 0.034 0.273 0.513 0.155 0.078 1.170 0.026 0.041 0.021 0.173 0.508 0.102 0.095 0.047 0.105 0.015 0.011 0.427 0.469 0.355 0.491 0.739 0.834 2.930 0.751 0.402 0.355 0.350 0.569 6.401 4.618 0.432 0.162 0.234 0.412 0.791 0.894 0.235 0.341 1.513 0.820 9104 chr5 105726635 105737378 + 0 NA Intergenic Intergenic 614709 NR_104671 102467213 Hs.570923 NR_104671 ENSG00000251027 LINC01950 - long intergenic non-protein coding RNA 1950 ncRNA 0.591 1.081 0.522 0.220 0.050 0.005 0.857 0.163 0.334 0.097 0.173 0.462 0.156 0.028 0.077 0.179 0.084 0.045 0.918 0.265 0.199 0.283 0.059 0.122 0.112 0.639 0.202 0.007 0.666 1.295 0.212 0.164 0.106 0.216 0.640 0.709 0.035 0.071 0.109 0.385 0.027 0.797 0.717 0.640 1.320 0.278 0.385 8.162 0.083 0.106 0.059 0.198 0.179 0.225 0.042 0.112 0.532 0.132 0.092 0.038 0.111 0.037 0.012 0.491 0.059 0.047 0.200 0.169 0.432 1.488 0.209 0.249 0.165 0.079 0.126 0.082 0.391 0.501 0.247 0.189 0.399 0.161 0.111 0.166 0.089 0.145 0.126 0.109 0.216 0.298 8257 chr4 8352871 8366189 + 0 NA Intergenic Intergenic 37627 NR_149125 105374374 Hs.145224 NR_149125 ENSG00000249145 LINC02517 - long intergenic non-protein coding RNA 2517 ncRNA 0.573 0.415 nan 0.472 0.153 0.130 0.362 0.084 0.091 0.338 0.155 0.097 2.659 0.015 0.087 0.086 0.079 0.108 0.497 0.214 0.019 0.011 0.109 0.136 0.090 0.068 0.043 0.034 0.147 0.547 0.090 0.367 0.298 0.229 0.779 0.033 0.043 0.049 0.090 0.045 0.054 0.334 0.050 0.035 0.189 0.149 0.567 0.135 0.061 0.032 0.018 0.143 0.086 1.154 0.028 0.090 0.193 0.218 0.014 0.065 0.046 0.488 0.030 0.037 1.082 0.022 0.019 0.405 0.248 0.156 0.329 0.292 0.318 nan 0.145 0.254 0.250 0.076 0.236 0.265 0.424 0.349 0.164 0.135 0.197 0.064 0.060 0.112 0.145 nan 0.507 5906 chr2 11040048 11063086 + 0 NA promoter-TSS (NM_002236) promoter-TSS (NM_002236) -496 NM_002236 3754 Hs.23735 NM_002236 ENSG00000162975 KCNF1 IK8|KCNF|KV5.1|kH1 potassium voltage-gated channel modifier subfamily F member 1 protein-coding 0.955 0.621 1.310 0.058 1.371 0.925 1.131 0.194 0.324 0.045 0.152 0.285 0.005 0.201 0.984 0.286 0.098 0.056 0.226 0.107 0.057 0.079 0.374 0.264 1.893 0.153 0.050 0.094 0.130 0.060 0.521 1.631 0.152 2.539 0.330 0.188 0.025 0.122 0.091 0.344 0.107 0.416 0.099 0.078 0.138 0.266 0.185 0.151 1.237 0.383 0.226 0.418 0.286 0.647 0.313 1.893 0.144 0.324 0.110 0.874 0.203 0.367 0.026 0.331 0.092 0.015 0.022 0.257 0.128 0.221 0.271 2.988 2.694 1.941 0.540 0.086 0.112 0.351 0.653 6.218 nan 0.911 0.870 0.227 0.221 0.169 0.267 0.807 nan 1.549 1.003 7448 chr22 42931442 42937212 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -15541 NR_104301 253190 Hs.728878 NM_014509 ENSG00000183569 SERHL2 dJ222E13.1 serine hydrolase like 2 protein-coding 0.811 nan 0.830 0.382 1.624 0.263 1.410 0.225 0.468 0.360 0.146 0.032 1.552 0.760 0.136 0.050 0.143 0.451 0.237 0.033 0.168 0.753 0.171 0.554 0.457 0.286 0.038 0.367 0.275 0.881 4.400 0.742 0.504 0.380 1.527 0.129 0.094 0.169 0.061 0.114 0.209 0.177 0.377 0.255 0.951 0.806 2.116 0.195 1.954 5.947 0.136 0.790 0.257 0.554 0.805 10.696 0.131 9.020 0.711 0.069 0.108 0.698 0.020 0.035 0.428 0.488 0.327 0.567 0.297 0.338 4.902 1.305 0.175 0.201 0.280 nan 4.983 4.033 nan 0.196 0.307 0.354 1.345 1.276 0.196 0.642 1.033 0.774 11323 chr8 135903461 135906784 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 42944 NR_125427 101927845 Hs.559609 NR_125427 ENSG00000251218 LOC101927845 - uncharacterized LOC101927845 ncRNA nan 1.035 1.384 6.781 0.260 0.050 5.554 0.276 0.311 0.257 0.214 0.171 0.029 0.053 0.156 0.044 0.018 2.552 1.177 0.076 0.103 0.075 0.252 0.252 0.089 0.022 4.250 4.911 3.038 6.800 8.092 0.652 5.920 0.144 0.058 0.097 0.085 3.000 0.999 0.080 0.069 1.051 9.462 1.853 3.656 0.196 1.382 2.789 3.996 0.156 1.978 0.254 0.252 1.214 4.508 0.226 0.150 0.786 0.088 0.239 2.156 0.581 1.168 0.256 0.194 0.363 1.035 0.404 0.673 0.722 0.184 nan 0.759 0.126 0.333 0.565 0.301 0.290 0.193 0.213 0.217 0.088 0.167 0.520 0.732 0.585 0.589 8504 chr4 111529323 111546369 + 0 NA TTS (NM_001204399) TTS (NM_001204399) -1232 NR_147204 110231149 Hs.436030 NR_147203 ENSG00000250103 PANCR - PITX2 adjacent non-coding RNA ncRNA 0.452 0.603 0.453 0.076 0.062 0.013 0.437 0.085 0.158 0.011 0.974 0.387 0.028 0.311 0.185 0.231 0.538 0.061 5.608 2.418 0.074 0.033 0.045 0.052 0.041 0.041 0.029 0.068 0.370 0.516 0.259 0.781 0.232 1.262 0.263 0.107 0.156 0.165 0.073 0.151 0.064 0.135 0.128 0.060 0.103 0.265 0.186 0.352 0.143 0.443 0.570 0.211 0.231 3.727 0.109 0.041 0.115 0.026 0.012 0.786 0.594 0.023 0.163 0.109 0.009 0.010 0.620 0.951 4.896 5.497 0.094 0.162 0.048 0.064 0.319 0.281 0.140 0.184 0.915 1.152 0.250 0.134 0.228 0.622 0.827 0.493 0.229 0.431 0.196 0.202 8149 chr3 190651516 190661400 + 0 NA Intergenic L1MD2|LINE|L1 60739 NR_024343 100170222 Hs.717310 NR_024343 SNAR-I snaR-3 small ILF3/NF90-associated RNA I snRNA 3.224 1.149 0.990 0.175 0.213 0.028 0.050 0.113 0.302 0.086 0.019 0.018 0.040 0.117 0.079 0.122 0.116 0.053 0.019 0.026 0.096 0.158 0.048 0.022 0.037 0.017 0.121 0.043 0.114 nan 0.072 nan 0.050 0.022 0.223 0.131 0.111 0.024 0.074 0.035 0.008 0.022 0.008 0.136 0.032 0.025 0.087 0.016 0.048 0.079 0.064 0.056 0.048 0.050 0.020 0.023 0.051 0.048 0.459 0.688 0.008 0.012 0.011 1.033 1.465 1.359 0.386 0.213 0.378 0.580 0.197 0.472 0.327 0.211 0.327 0.377 0.509 14.369 13.542 0.666 1.055 0.301 0.337 0.973 2.339 0.238 0.349 11488 chr9 21738495 21791744 + 0 NA Intergenic L1MEf|LINE|L1 -37516 NM_002451 4507 Hs.193268 NM_002451 ENSG00000099810 MTAP BDMF|DMSFH|DMSMFH|HEL-249|LGMBF|MSAP|c86fus methylthioadenosine phosphorylase protein-coding 0.591 nan nan 0.666 0.081 0.010 1.159 0.120 0.216 0.163 0.010 0.164 0.010 0.019 0.054 0.124 0.323 0.075 0.472 0.242 0.125 0.008 0.080 0.089 0.049 0.004 0.005 0.019 0.136 0.290 0.446 1.171 0.008 0.253 0.320 0.123 0.014 3.295 0.142 0.033 0.048 0.045 0.029 0.822 0.274 0.803 0.006 0.167 0.091 0.046 0.001 0.124 0.088 0.097 0.049 0.659 0.005 0.004 0.035 0.009 0.065 0.060 0.090 0.537 0.175 0.085 0.297 0.292 0.293 0.347 0.181 0.105 0.069 0.083 0.187 0.331 0.128 0.132 0.345 0.178 0.135 0.208 0.102 0.124 0.197 0.449 0.827 0.877 9915 chr6 129952057 130014089 + 0 NA intron (NM_033515, intron 1 of 14) intron (NM_033515, intron 1 of 14) 48297 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.892 1.049 0.727 1.630 0.102 0.022 0.701 0.070 0.146 0.193 0.842 3.032 0.039 0.029 0.099 0.406 1.088 0.130 0.471 0.208 3.605 0.013 0.123 0.094 0.059 0.948 0.514 0.019 0.397 0.426 0.557 1.380 0.354 0.274 0.321 2.128 0.198 0.059 0.107 0.535 0.073 0.428 0.667 0.394 0.731 0.498 0.653 0.495 0.934 0.593 0.513 0.223 0.406 0.283 0.917 0.059 0.310 0.040 0.055 0.115 0.270 0.806 0.061 0.188 0.970 1.821 2.258 0.551 0.550 0.577 1.889 0.198 0.276 2.972 1.179 0.295 0.271 0.477 0.717 0.263 0.331 1.175 0.837 0.150 0.242 1.053 1.512 0.359 0.633 0.510 0.383 7822 chr3 128199824 128217340 + 0 NA intron (NR_125398, intron 1 of 2) CpG-18893 536 NR_125398 101927167 Hs.287582 NR_125398 GATA2-AS1 - GATA2 antisense RNA 1 ncRNA 2.973 nan 1.756 1.347 0.838 1.139 0.871 0.314 0.812 0.760 1.017 0.338 0.552 0.784 0.609 0.827 1.486 0.260 0.687 0.270 0.852 0.071 0.744 0.302 1.401 1.180 1.555 1.906 1.476 0.283 1.413 2.171 1.391 1.104 0.201 1.295 0.218 0.990 0.064 0.136 1.874 1.822 1.389 0.747 0.025 0.449 1.595 0.216 0.862 1.175 0.913 2.013 0.827 0.663 0.349 1.401 1.032 2.076 1.069 3.125 1.242 1.064 3.080 0.057 0.013 0.725 0.563 2.412 2.220 3.141 4.119 2.074 1.426 3.790 1.093 1.044 1.123 1.689 nan 1.172 2.038 1.499 1.083 3.971 8.553 1.163 1.072 0.336 0.476 1.022 0.678 10125 chr7 2532164 2580477 + 0 NA intron (NM_001166355, intron 2 of 8) intron (NM_001166355, intron 2 of 8) -1177 NM_002304 3955 Hs.159142 NM_002304 ENSG00000106003 LFNG SCDO3 LFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase protein-coding 1.523 2.582 5.672 2.416 2.820 1.925 0.904 0.637 1.394 0.940 2.126 1.380 0.272 2.524 2.224 0.445 0.197 0.108 0.904 0.585 0.059 0.127 1.257 0.587 4.020 0.730 0.511 0.210 2.444 0.553 4.484 nan 1.327 nan 0.826 0.180 0.324 0.323 0.124 0.872 1.261 2.875 0.298 0.175 0.490 0.976 0.923 0.342 1.146 0.841 0.175 0.868 0.445 1.065 0.591 4.020 0.635 1.049 0.281 0.603 3.397 0.797 0.283 0.571 0.844 0.597 0.245 0.763 1.032 0.232 nan 2.850 2.659 nan 0.644 1.321 1.375 0.349 0.678 nan 8.022 0.378 0.314 0.485 0.602 0.953 1.002 0.757 2.188 1.173 0.731 8445 chr4 80771684 80789222 + 0 NA intron (NR_026555, intron 1 of 1) L2a|LINE|L2 31828 NR_026555 118425 Hs.104215 NR_026555 ENSG00000251321 PCAT4 GDEP|PCA4|PCAN1 prostate cancer associated transcript 4 (non-protein coding) ncRNA 1.184 0.797 0.880 0.074 0.459 0.032 0.102 0.120 0.263 0.011 0.104 0.288 0.028 0.040 0.148 0.222 0.228 0.055 0.109 0.032 0.018 0.295 0.176 0.089 0.016 0.017 0.004 0.051 0.024 0.183 0.492 0.081 0.524 0.150 0.043 0.066 0.025 0.065 0.162 0.063 0.063 0.007 0.036 0.043 0.022 0.060 0.314 0.019 0.084 0.036 0.030 0.222 0.028 0.053 0.089 0.021 0.042 0.188 0.033 0.667 0.036 0.027 1.800 0.047 0.033 0.021 0.292 0.171 0.179 0.258 0.327 0.400 2.769 1.006 0.259 0.294 1.146 nan 1.382 0.657 2.564 1.991 0.094 0.116 0.635 0.638 1.687 nan 0.891 0.654 343 chr1 44725321 44787458 + 0 NA intron (NM_001301701, intron 5 of 7) intron (NM_001301701, intron 5 of 7) -38158 NR_132966 106635545 NR_132966 SNORA110 - small nucleolar RNA, H/ACA box 110 snoRNA nan 1.156 nan 0.117 0.719 0.572 0.180 0.293 0.578 0.017 0.154 0.165 0.029 0.731 1.938 0.983 0.284 0.083 0.124 0.030 0.054 0.025 2.086 0.855 0.809 0.065 0.030 0.066 0.086 0.027 0.088 0.561 0.120 0.778 0.042 0.074 0.219 0.077 0.108 0.019 1.333 0.133 0.040 0.028 0.056 0.152 0.138 0.160 0.081 0.077 0.159 0.100 0.983 0.077 0.117 0.809 0.042 0.084 0.209 0.089 0.561 0.085 0.128 0.309 0.036 0.037 0.022 0.447 0.650 0.417 0.649 1.480 1.553 2.012 0.541 0.486 0.476 0.492 nan nan 9.590 0.852 0.716 0.528 nan 0.690 0.733 0.541 1.249 1.788 1.045 3910 chr15 39409927 39447475 + 0 NA Intergenic Intergenic -114169 NR_144507 400360 Hs.376109 NM_207445 ENSG00000175746 C15orf54 - chromosome 15 open reading frame 54 (putative) ncRNA 0.754 nan nan 0.309 0.139 0.027 1.962 0.115 0.193 0.421 1.484 4.001 0.113 0.126 0.056 0.283 0.797 0.190 0.836 0.523 0.470 0.004 0.117 0.125 0.168 1.740 1.262 0.037 0.373 0.391 0.343 1.156 0.434 0.388 1.227 1.662 0.020 0.124 0.087 0.657 0.039 0.582 0.257 0.133 0.814 0.240 0.813 2.240 0.526 0.176 0.414 0.944 0.283 0.626 1.551 0.168 0.466 0.695 0.179 0.310 0.111 1.649 0.100 0.177 2.577 0.235 0.115 0.416 0.358 0.820 2.317 0.215 0.322 0.317 0.079 0.145 0.162 0.523 0.950 0.535 0.555 0.864 0.605 0.222 0.280 0.114 0.248 0.195 0.330 0.641 0.540 6230 chr2 87775559 87814767 + 0 NA intron (NR_024204, intron 3 of 3) intron (NR_024204, intron 3 of 3) 25694 NR_146460 112597 Hs.652166 NR_024204 ENSG00000222041 CYTOR C2orf59|LINC00152|NCRNA00152 cytoskeleton regulator RNA ncRNA nan 2.117 nan 0.521 0.586 0.502 0.685 0.458 0.840 1.484 1.621 1.126 0.219 0.176 0.089 0.982 1.172 0.214 0.969 0.433 0.786 0.768 0.847 0.482 2.610 0.947 0.591 0.484 0.555 0.164 0.666 2.080 2.180 1.157 0.232 0.619 0.245 0.800 0.109 0.171 0.106 0.488 0.241 0.173 0.353 0.457 0.844 0.618 1.150 1.027 1.843 1.345 0.982 1.082 0.343 2.610 0.745 0.596 0.102 0.293 0.660 0.514 0.818 0.183 0.715 0.447 0.277 2.050 2.439 2.577 4.427 1.339 1.663 0.709 0.329 2.823 2.795 0.338 0.589 0.806 1.010 0.392 0.224 1.372 1.572 0.845 0.741 0.218 0.370 0.569 0.463 5840 chr2 673583 683777 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1212 NM_152834 129787 Hs.6729 NM_152834 ENSG00000151353 TMEM18 lncND transmembrane protein 18 protein-coding 1.854 1.089 1.816 1.073 1.399 1.271 1.457 1.243 2.587 0.420 1.548 0.910 0.468 0.401 4.063 1.769 0.720 0.127 1.286 0.391 1.015 0.897 0.798 0.566 1.763 0.523 0.727 0.809 1.652 0.404 1.787 2.149 1.136 5.019 0.501 1.757 0.150 1.694 0.110 0.545 0.546 1.892 1.826 0.780 0.879 0.745 1.322 1.296 1.494 1.087 1.641 0.909 1.769 1.800 2.083 1.763 0.765 0.946 0.874 1.786 1.155 1.649 0.970 0.698 1.253 2.224 1.660 2.372 2.475 2.931 4.021 6.394 6.661 2.983 2.466 3.830 3.968 1.898 2.470 4.091 5.708 3.773 4.685 2.882 3.625 1.453 1.514 3.532 2.003 2.074 1.273 857 chr1 167186973 167206915 + 0 NA intron (NM_002697, intron 1 of 15) intron (NM_002697, intron 1 of 15) 6821 NR_037163 5451 Hs.283402 NM_002697 ENSG00000143190 POU2F1 OCT1|OTF1|oct-1B POU class 2 homeobox 1 protein-coding 3.182 nan 3.849 1.489 1.494 1.254 1.288 0.988 1.778 0.588 1.137 0.923 0.620 0.425 3.550 1.919 1.126 0.275 1.878 0.668 0.638 1.341 1.748 0.835 1.724 1.106 1.010 0.641 1.246 0.589 1.398 2.840 1.423 3.431 0.744 1.472 0.719 1.177 0.120 0.290 1.111 1.909 1.261 0.520 1.816 0.747 1.941 0.783 1.629 0.977 0.840 1.512 1.919 1.967 1.093 1.724 1.156 0.711 0.606 1.103 0.908 1.325 2.234 3.393 0.574 0.838 0.850 3.326 3.427 3.019 4.143 4.274 nan 2.962 1.668 3.106 3.287 2.228 2.924 2.751 nan 3.104 2.965 2.313 4.546 2.561 3.157 5.605 9.011 1.189 0.886 707 chr1 151250779 151259995 + 0 NA promoter-TSS (NR_135595) promoter-TSS (NR_135595) 599 NM_020832 57592 Hs.186756 NM_020832 ENSG00000143373 ZNF687 PDB6 zinc finger protein 687 protein-coding nan nan 4.777 2.133 1.759 1.898 2.160 1.061 2.923 0.913 2.712 1.269 1.253 2.304 5.081 2.117 2.139 0.406 3.152 1.111 2.802 1.665 1.523 0.761 1.822 1.584 1.885 1.744 2.374 0.765 15.265 20.160 2.164 12.111 1.489 1.827 0.473 2.807 0.143 1.538 1.370 3.424 2.102 0.851 1.692 0.762 1.795 1.070 2.562 3.343 3.699 4.218 2.117 4.694 1.701 1.822 1.062 2.204 0.519 6.138 3.202 1.680 1.526 2.297 0.962 1.194 0.602 3.150 3.221 4.329 6.352 4.735 nan 5.039 3.336 6.358 6.749 1.996 2.835 5.756 8.322 3.516 3.181 3.657 5.245 3.279 4.050 5.380 6.430 1.722 1.093 5738 chr19 46135021 46173035 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -5141 NR_147901 24139 Hs.24178 NM_012155 ENSG00000125746 EML2 ELP70|EMAP-2|EMAP2 echinoderm microtubule associated protein like 2 protein-coding 1.520 0.984 1.101 0.841 0.449 0.160 0.685 0.286 0.523 0.800 1.368 0.773 0.046 0.246 0.630 0.408 0.225 0.182 0.763 0.371 0.861 0.084 0.190 0.162 0.294 0.213 0.172 0.160 0.532 0.186 0.674 nan 0.529 0.948 0.272 0.755 0.090 0.943 0.126 0.342 0.110 1.503 0.477 0.228 0.372 0.196 0.607 0.441 1.729 3.101 1.253 0.434 0.408 1.738 0.422 0.294 0.398 0.953 0.293 1.778 0.646 0.277 0.152 2.315 0.376 0.477 0.330 0.373 0.510 0.571 1.040 0.933 1.023 1.407 0.395 0.626 0.647 0.714 1.066 1.657 2.253 2.205 1.785 0.399 0.474 0.546 0.591 2.211 6.202 1.052 0.720 9262 chr5 148922766 148945013 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -2774 NM_001892 1452 Hs.529862 NM_001892 ENSG00000113712 CSNK1A1 CK1|CK1a|CKIa|HEL-S-77p|HLCDGP1|PRO2975 casein kinase 1 alpha 1 protein-coding nan 2.180 1.607 2.183 1.517 0.912 3.597 1.083 2.048 1.511 1.724 2.037 1.273 0.604 1.560 1.021 1.745 0.346 2.285 1.110 1.818 0.591 0.756 0.366 1.992 3.468 3.434 0.645 1.939 1.550 4.972 7.531 2.738 4.887 1.663 2.910 0.416 1.972 0.116 2.424 0.796 1.913 1.777 0.950 2.356 2.026 2.563 3.544 1.580 4.053 1.481 2.269 1.021 2.825 5.152 1.992 1.250 1.756 0.319 1.992 0.779 1.749 0.996 0.632 1.926 2.920 2.396 1.574 1.351 3.425 4.562 2.466 2.527 2.423 1.278 3.096 3.454 1.650 2.297 3.224 5.106 3.257 2.622 1.807 3.101 1.555 2.457 1.508 2.336 1.188 0.585 8475 chr4 90823041 90851510 + 0 NA intron (NM_007351, intron 3 of 7) intron (NM_007351, intron 3 of 7) 21223 NM_007351 22915 Hs.268107 NM_007351 ENSG00000138722 MMRN1 ECM|EMILIN4|GPIa*|MMRN multimerin 1 protein-coding 0.683 0.800 0.576 0.066 0.191 0.029 0.037 0.318 0.639 0.007 0.060 0.082 0.013 0.035 0.099 0.162 0.094 0.063 0.049 0.014 0.028 0.345 0.116 0.111 0.042 0.003 0.015 0.046 0.015 0.093 0.131 0.057 0.742 0.062 0.143 0.961 0.019 0.077 0.008 0.069 0.068 0.013 0.019 0.016 0.057 0.053 0.029 0.020 0.036 0.016 0.162 0.040 0.026 0.042 0.039 0.105 0.065 0.039 0.074 0.034 0.059 0.053 0.003 0.004 0.009 0.457 0.262 0.879 0.918 0.213 0.363 0.119 0.057 0.457 0.496 0.712 0.871 0.373 0.360 0.567 0.236 0.132 0.212 3.292 3.606 0.210 0.544 0.370 0.274 261 chr1 36807868 36826950 + 0 NA intron (NM_001282547, intron 6 of 10) intron (NM_001282547, intron 6 of 10) -27654 NM_018166 55194 Hs.87016 NM_018166 ENSG00000142694 EVA1B C1orf78|FAM176B eva-1 homolog B protein-coding 1.257 nan 0.891 2.779 0.329 0.476 5.520 0.184 0.249 0.480 1.971 1.268 0.035 0.084 0.190 0.209 1.078 0.210 2.839 1.498 0.465 0.044 0.113 0.146 0.227 0.982 0.960 0.223 1.461 2.143 0.259 0.601 0.222 0.596 1.064 0.132 0.015 0.096 0.097 1.650 0.096 6.424 4.393 1.603 1.517 1.367 1.399 8.997 0.476 1.170 0.112 0.162 0.209 1.972 2.537 0.227 0.186 0.173 0.150 0.573 0.048 1.597 0.111 0.130 2.251 3.214 3.552 0.310 0.395 0.351 0.658 0.721 0.864 nan 0.154 0.544 0.542 0.554 1.127 0.809 1.081 nan 0.367 0.519 0.620 0.075 0.089 0.426 0.612 0.416 nan 8716 chr5 2684440 2714584 + 0 NA Intergenic Intergenic -13193 NR_145480 101234261 NR_145480 ENSG00000281560 LSINCT5 - long stress-induced non-coding transcript 5 ncRNA 0.342 0.669 0.777 0.036 0.118 0.791 0.166 0.266 0.435 0.009 0.072 0.085 0.004 0.415 0.262 0.239 0.163 0.096 0.125 0.031 0.025 0.009 0.073 0.131 2.602 0.009 0.036 0.012 0.119 0.976 3.200 0.163 0.471 0.019 0.056 0.028 0.029 0.099 0.012 0.082 0.107 0.050 0.036 0.547 0.048 0.124 0.232 0.065 0.023 0.034 0.405 0.239 0.108 0.022 2.602 0.036 0.137 0.071 0.016 0.032 0.032 0.039 0.008 0.290 0.080 0.053 0.313 0.141 0.305 nan 0.882 0.978 0.092 0.060 0.045 0.035 0.156 0.304 nan 0.154 nan 0.319 0.150 0.197 0.053 0.093 0.056 0.124 0.177 nan 10649 chr7 127802772 127808277 + 0 NA Intergenic Intergenic -42401 NR_029596 406917 NR_029596 ENSG00000207705 MIR129-1 MIR-129b|MIRN129-1|mir-129-1 microRNA 129-1 ncRNA 2.254 1.171 0.794 2.650 0.335 0.871 3.995 0.351 1.089 0.676 0.320 1.286 0.373 0.382 0.790 0.757 0.081 0.148 2.633 2.658 0.023 0.684 0.318 1.306 2.608 2.821 0.242 6.136 3.061 0.670 1.425 0.898 2.545 1.703 0.058 1.188 0.609 0.164 0.596 0.548 0.219 0.164 0.212 1.761 2.142 1.469 0.892 0.338 0.350 1.135 1.448 0.757 6.871 0.972 1.306 1.151 0.463 1.310 0.740 1.615 2.498 0.984 0.044 1.398 1.318 0.931 1.667 2.040 0.588 1.879 1.646 1.145 4.191 2.234 0.117 0.174 1.151 1.283 0.625 0.969 0.838 0.656 1.057 2.208 4.632 3.488 0.335 0.570 0.919 0.797 4685 chr17 29394005 29404608 + 0 NA Intergenic Intergenic -13179 NR_146737 646030 NR_146737 LOC646030 - leucine rich repeat containing 37B pseudogene pseudo nan nan nan 0.155 0.116 0.116 1.044 0.137 0.493 1.804 1.556 0.628 3.159 0.029 0.126 0.372 0.260 0.092 1.364 0.793 0.226 0.066 0.096 0.054 0.203 0.925 0.699 1.236 0.680 0.419 0.491 0.888 8.510 0.328 0.660 0.225 0.397 0.128 0.550 0.045 5.178 0.193 0.111 1.188 0.919 0.473 1.478 0.732 0.101 0.111 0.293 0.372 1.541 0.586 0.203 0.368 0.939 0.120 0.856 0.038 1.024 0.089 0.075 0.513 0.081 0.029 0.457 0.308 0.723 3.538 0.486 0.509 0.803 0.284 0.361 0.334 0.327 0.497 0.658 0.910 0.746 0.337 0.444 0.452 0.118 0.085 0.321 nan 0.568 0.439 2439 chr12 6558100 6569015 + 0 NA intron (NR_147126, intron 3 of 7) AluSx1|SINE|Alu 2380 NR_147129 55080 Hs.504597 NM_018009 ENSG00000139192 TAPBPL TAPBP-R|TAPBPR TAP binding protein like protein-coding 2.609 nan nan 1.847 4.149 4.136 1.252 1.058 1.935 0.744 1.809 1.725 0.513 1.211 3.907 1.723 0.679 0.099 1.173 0.433 1.493 0.025 1.976 0.906 2.630 2.310 2.871 0.887 2.407 0.907 2.458 4.600 1.832 5.091 0.214 2.373 0.462 1.251 0.136 1.091 0.389 1.529 1.210 0.582 1.406 2.081 1.403 3.633 1.723 0.953 0.990 1.200 1.723 0.806 0.732 2.630 0.717 0.274 2.893 3.380 1.044 1.520 1.074 2.031 0.905 0.554 0.260 1.561 2.030 2.333 2.911 nan 5.820 8.587 3.312 4.723 4.852 0.271 0.469 2.667 3.045 6.196 6.288 2.277 2.250 2.672 2.193 2.014 nan 1.400 0.736 9880 chr6 122709356 122723129 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -4454 NM_001135564 3298 Hs.158195 NM_004506 ENSG00000025156 HSF2 HSF 2|HSTF 2 heat shock transcription factor 2 protein-coding 2.354 1.342 1.948 0.622 1.310 0.317 0.298 0.872 1.592 0.166 0.509 0.550 0.073 0.284 0.903 1.188 0.374 0.105 0.502 0.123 0.243 0.573 0.853 0.430 1.447 0.211 0.216 0.198 0.475 0.138 0.774 0.963 0.586 2.010 0.171 0.338 0.151 0.505 0.097 0.171 0.391 0.615 0.377 0.322 0.454 0.172 1.091 0.353 0.355 0.844 0.098 0.290 1.188 0.830 0.464 1.447 0.160 0.300 0.155 0.451 0.605 0.282 0.283 0.638 0.238 0.309 0.166 1.952 3.184 2.029 2.756 2.083 2.141 6.821 6.679 2.446 2.345 0.748 0.965 1.249 2.846 1.874 1.867 0.744 1.573 1.236 1.120 1.595 1.702 1.118 0.983 7768 chr3 115847920 115863012 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 1 of 8) intron (NM_001318915, intron 1 of 8) -223405 NR_109998 101926903 Hs.26479 NR_109998 ENSG00000240922 LSAMP-AS1 - LSAMP antisense RNA 1 ncRNA 1.089 nan 0.754 0.162 0.099 0.062 0.065 0.339 0.587 0.067 0.147 0.017 0.040 0.041 0.305 0.267 0.225 0.105 0.063 0.017 0.028 0.355 0.215 0.112 0.069 0.019 0.005 0.077 0.064 0.071 0.056 0.192 0.019 0.070 0.102 0.165 0.096 0.016 0.142 0.110 0.012 0.016 0.036 0.025 0.038 0.132 0.032 0.019 0.016 0.058 0.305 0.048 0.043 0.112 0.016 0.043 0.058 0.023 0.051 0.038 0.046 0.132 0.025 0.008 0.003 0.386 0.214 1.733 0.591 0.317 nan 0.411 0.182 0.282 0.312 nan 5.240 0.279 0.248 0.905 0.533 0.094 0.171 0.340 0.437 0.294 0.624 0.753 0.508 10980 chr8 60012142 60037449 + 0 NA intron (NM_014729, intron 1 of 8) intron (NM_014729, intron 1 of 8) 6972 NM_014729 9760 Hs.491805 NM_014729 ENSG00000198846 TOX TOX1 thymocyte selection associated high mobility group box protein-coding 2.948 2.543 2.567 0.188 3.370 2.257 0.068 2.865 5.844 0.057 0.160 0.451 0.022 1.077 3.041 2.165 0.101 0.071 0.244 0.090 0.020 1.710 0.840 3.696 0.484 0.502 0.009 0.393 0.090 0.538 1.500 1.080 7.444 0.162 0.034 1.780 0.205 0.069 0.099 2.693 0.095 0.069 0.059 0.030 0.114 0.038 0.304 0.129 0.458 0.047 0.016 2.165 0.341 0.008 3.696 0.078 0.026 0.061 0.178 2.981 0.037 0.035 0.102 0.305 0.020 0.012 1.862 2.847 0.374 0.420 9.420 7.061 1.874 0.921 0.086 0.097 3.436 nan 1.239 1.783 nan 0.474 0.085 0.141 6.176 6.052 0.132 0.221 3.707 1.871 10723 chr7 142489979 142512322 + 0 NA Intergenic Intergenic 22393 NR_001296 154754 Hs.449281 NR_001296 PRSS3P2 T6|TRY6 PRSS3 pseudogene 2 pseudo 0.610 0.433 0.656 1.519 0.067 0.094 0.543 0.043 0.185 0.013 0.294 4.237 0.025 0.606 0.182 0.056 0.084 0.129 0.072 0.026 0.033 0.019 0.125 0.160 0.080 0.055 0.042 0.026 0.908 0.019 0.241 0.193 0.145 0.506 0.033 0.066 0.025 0.053 0.119 1.132 0.057 0.266 0.062 0.018 0.098 0.067 2.649 0.184 0.076 0.067 0.081 0.708 0.056 0.042 0.050 0.080 0.262 1.177 0.022 0.276 0.159 0.361 0.093 0.061 3.466 0.037 0.018 0.314 0.175 0.221 0.379 0.206 0.209 0.161 0.081 0.692 0.648 0.131 0.253 0.120 0.118 0.379 0.265 0.241 0.322 0.089 0.106 0.261 0.597 1.247 nan 2896 chr12 101146379 101152915 + 0 NA Intergenic Intergenic -38727 NM_001286615 121601 Hs.58785 NM_178826 ENSG00000151572 ANO4 TMEM16D anoctamin 4 protein-coding 0.735 0.812 nan 0.132 1.279 1.055 0.064 1.976 2.814 0.014 0.025 0.099 0.045 0.192 0.117 0.171 0.123 0.049 0.087 0.010 0.042 2.028 1.167 2.348 0.011 0.011 0.011 0.060 0.073 0.045 0.091 0.713 0.045 0.066 0.043 0.033 0.086 0.018 0.025 0.092 0.053 0.012 0.118 0.088 0.263 0.087 0.131 0.036 0.010 0.117 0.033 0.029 2.348 0.065 0.208 0.054 0.961 0.024 0.015 0.191 0.023 0.009 0.024 0.391 0.192 0.197 0.195 1.146 1.333 7.664 2.122 0.305 0.239 0.957 0.975 7.550 6.763 0.812 0.796 0.183 0.250 0.360 0.284 0.180 0.245 5.684 2.923 5183 chr18 19597934 19608315 + 0 NA Intergenic Intergenic 145805 NR_102763 100128893 Hs.514745 NR_102763 ENSG00000266010 GATA6-AS1 BM742401|locus5689 GATA6 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.582 0.653 1.068 0.082 0.673 0.043 0.199 0.062 0.145 0.009 0.135 0.216 0.012 1.646 0.051 0.444 0.101 0.078 0.081 0.127 0.066 0.040 0.167 0.140 0.073 0.100 0.014 0.064 0.053 0.051 0.108 0.547 0.075 0.322 0.028 0.077 0.019 0.042 0.060 0.034 0.069 0.115 0.053 0.074 0.137 0.111 0.029 0.243 0.439 0.137 0.074 0.320 0.444 0.142 0.170 0.073 0.106 0.290 0.032 0.069 0.091 0.029 0.133 0.029 0.033 0.005 0.417 0.215 0.273 0.497 0.280 0.377 9.617 2.350 0.369 0.291 0.087 0.188 0.104 0.116 0.912 0.787 0.183 0.223 0.284 0.164 0.404 0.638 0.548 0.591 9777 chr6 76768024 76774679 + 0 NA intron (NM_001563, intron 1 of 16) intron (NM_001563, intron 1 of 16) 11044 NM_001563 3617 Hs.590893 NM_001563 ENSG00000112706 IMPG1 GP147|IPM150|SPACR|VMD4 interphotoreceptor matrix proteoglycan 1 protein-coding nan nan 0.920 0.032 0.104 0.025 0.084 0.072 0.136 0.081 0.028 0.019 0.016 0.080 0.197 0.142 0.101 0.095 0.065 0.028 0.021 0.137 0.036 0.011 0.022 0.062 0.040 0.095 0.042 0.233 0.022 0.040 0.029 0.096 0.113 0.017 0.108 0.056 0.037 0.011 0.073 0.045 0.037 0.064 0.012 0.070 0.197 0.032 0.014 0.036 0.025 0.073 0.026 0.015 0.476 0.187 0.012 0.035 0.008 0.645 0.466 7.957 1.801 0.245 0.195 0.508 0.284 0.303 0.239 0.043 0.151 0.134 0.142 0.315 0.059 0.343 0.425 0.132 0.172 0.268 0.435 0.218 0.320 9013 chr5 73606264 73639517 + 0 NA intron (NR_105010, intron 2 of 2) intron (NR_105010, intron 2 of 2) 4579 NR_105010 101929082 Hs.434316 NR_105010 ENSG00000249343 LINC01333 - long intergenic non-protein coding RNA 1333 ncRNA 1.009 nan 1.116 0.525 0.108 0.405 0.980 0.223 0.378 0.184 0.362 0.442 0.891 0.030 0.504 0.606 0.316 0.095 0.528 0.656 0.099 0.012 0.117 0.105 0.216 0.877 0.388 0.167 0.429 1.290 0.171 0.818 0.754 0.493 0.400 0.233 0.231 3.214 0.198 0.247 0.127 0.695 0.321 0.194 0.529 0.352 0.960 0.701 0.191 0.659 0.363 0.583 0.606 0.465 0.214 0.216 0.417 0.563 0.163 0.461 0.333 0.334 0.185 0.453 0.198 0.596 0.388 0.246 0.271 0.591 1.554 0.496 0.513 nan 0.358 0.148 0.126 1.373 nan 0.508 0.393 0.638 0.495 0.120 0.348 0.978 1.191 0.528 1.847 0.547 0.427 4884 chr17 56590352 56597869 + 0 NA intron (NM_004687, intron 1 of 18) intron (NM_004687, intron 1 of 18) 1141 NM_004687 9110 Hs.514373 NM_004687 ENSG00000108389 MTMR4 FYVE-DSP2|ZFYVE11 myotubularin related protein 4 protein-coding 4.943 3.719 3.224 1.540 5.186 1.188 2.363 3.238 5.731 0.559 3.277 1.863 0.942 0.684 4.700 3.506 2.105 0.407 2.332 1.003 2.137 0.957 2.462 1.445 3.766 1.335 1.599 1.212 1.574 1.121 6.777 8.154 3.396 11.528 1.041 1.373 0.544 2.838 0.080 1.576 3.270 1.987 1.361 0.839 1.486 0.957 2.164 2.403 3.124 5.071 2.573 1.885 3.506 3.220 2.047 3.766 1.137 1.797 1.634 4.486 2.173 2.014 2.273 1.394 1.242 1.325 0.903 6.206 6.732 4.421 6.859 8.371 5.837 7.447 3.096 nan 12.320 2.416 3.207 nan 14.727 6.351 8.237 2.575 5.207 5.315 4.852 3.682 4.723 2.926 1.366 3407 chr14 23979245 23987485 + 0 NA intron (NR_046051, intron 3 of 4) intron (NR_046051, intron 3 of 4) 1346 NR_046052 79178 Hs.655179 NM_024328 ENSG00000259431 THTPA THTP|THTPASE thiamine triphosphatase protein-coding 4.744 1.386 3.146 0.070 0.633 6.838 0.124 0.543 0.901 0.012 0.075 0.067 0.008 0.021 0.075 0.195 0.118 0.135 0.129 0.054 0.067 0.401 0.351 1.682 0.066 0.009 0.027 0.083 0.025 0.112 0.273 0.105 1.288 0.053 0.568 0.036 0.096 0.015 0.134 0.056 0.030 0.014 0.056 0.133 0.099 0.053 0.038 0.042 0.195 0.061 0.034 1.682 0.015 0.090 1.560 0.092 1.058 0.089 0.060 0.031 0.027 0.014 0.006 0.648 1.238 0.112 0.170 7.065 6.563 0.974 0.341 0.308 0.279 2.200 2.985 0.588 nan 9.533 9.053 0.311 0.520 1.628 0.895 0.161 0.217 2.451 1.127 7079 chr20 57605877 57617906 + 0 NA intron (NR_037930, intron 1 of 5) intron (NR_037930, intron 1 of 5) -4469 NM_006886 514 Hs.177530 NM_006886 ENSG00000124172 ATP5F1E ATP5E|ATPE|MC5DN3 ATP synthase F1 subunit epsilon protein-coding 2.434 2.490 1.733 2.835 2.011 0.519 1.394 0.990 1.434 0.950 1.885 1.111 0.552 0.842 1.254 0.994 1.166 0.134 1.540 0.408 1.961 1.442 1.098 0.647 1.671 0.707 0.771 1.158 1.434 0.518 2.746 3.079 2.173 3.804 0.855 3.324 0.645 3.535 0.179 0.912 0.621 3.175 2.579 1.462 1.243 0.830 3.117 0.961 1.595 2.337 2.032 1.211 0.994 1.584 1.209 1.671 1.148 1.256 0.567 3.867 3.327 1.421 0.817 0.848 1.222 0.790 0.489 3.415 nan 1.980 3.068 2.542 2.500 3.608 1.355 4.096 4.016 2.333 3.268 2.503 3.603 3.935 3.319 1.690 3.417 1.838 2.097 2.269 3.100 3.417 1.500 7072 chr20 56587569 56601258 + 0 NA Intergenic Intergenic 15453 NR_147083 105376992 Hs.736662 NR_147083 ENSG00000275852 LINC01742 - long intergenic non-protein coding RNA 1742 ncRNA 1.418 1.194 0.524 12.413 0.051 0.016 3.676 0.082 0.291 0.561 0.080 0.603 0.009 0.053 0.039 0.056 0.076 0.073 0.270 1.011 0.326 0.130 0.125 0.042 0.253 0.132 0.033 0.485 1.856 0.359 1.061 0.221 0.275 2.781 0.135 0.049 0.079 0.114 5.625 0.018 5.143 0.571 0.308 0.080 0.144 1.974 6.703 0.455 2.125 0.724 1.245 0.056 0.074 0.064 0.042 1.345 0.457 0.035 2.684 0.045 1.368 0.138 0.081 4.746 5.962 6.007 2.519 nan 1.233 3.513 0.178 0.281 2.083 0.536 0.107 0.153 0.220 0.375 0.112 0.113 0.517 0.280 0.548 0.723 0.197 0.273 0.304 0.351 0.925 0.874 5900 chr2 10146194 10157265 + 0 NA Intergenic Intergenic 31799 NR_135558 101929882 Hs.405158 NR_135558 LOC101929882 - uncharacterized LOC101929882 ncRNA 0.656 0.346 0.795 0.045 0.112 0.101 0.204 0.072 0.209 0.052 0.126 0.133 0.270 0.009 0.305 0.399 0.053 0.044 1.392 0.207 0.039 0.078 0.086 0.053 0.123 0.106 0.078 0.075 0.088 0.028 0.305 1.462 0.123 0.493 0.079 0.071 0.061 0.077 0.071 0.011 0.115 0.169 0.033 0.035 0.099 0.107 0.122 0.160 0.178 0.121 0.085 0.121 0.399 5.024 0.058 0.123 0.233 0.389 0.298 0.197 0.156 0.071 0.063 0.188 0.021 0.021 0.018 0.192 0.245 0.178 0.256 0.335 0.330 6.310 1.504 2.979 3.459 0.176 0.389 0.268 nan 0.605 0.504 0.209 0.164 0.281 0.850 0.361 nan 1.073 0.834 3980 chr15 59482361 59494286 + 0 NA intron (NM_004998, intron 16 of 27) intron (NM_004998, intron 16 of 27) -10692 NM_033195 92483 Hs.307052 NM_033195 ENSG00000171989 LDHAL6B LDH6B|LDHAL6|LDHL lactate dehydrogenase A like 6B protein-coding 0.715 0.790 0.711 1.115 0.096 0.042 2.378 0.080 0.291 1.274 0.894 1.724 0.021 0.076 0.039 0.567 0.361 0.135 1.818 1.374 0.429 0.012 0.078 0.153 0.100 2.466 1.989 0.031 1.236 1.838 0.472 2.428 0.569 0.472 1.559 0.086 0.055 0.063 0.086 1.035 0.046 0.293 0.593 0.315 2.752 2.020 0.776 3.165 0.941 0.293 2.065 0.532 0.567 1.217 0.962 0.100 0.678 0.131 0.049 0.069 0.026 1.352 0.033 0.143 0.923 0.918 0.993 0.302 0.261 0.534 1.325 0.338 0.307 0.208 0.093 0.209 0.180 0.148 0.182 0.327 0.318 0.552 0.285 0.245 0.332 0.135 0.130 0.243 0.284 0.292 0.288 11928 chrX 23796485 23864908 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu 29421 NR_027783 6303 Hs.28491 NM_002970 ENSG00000130066 SAT1 DC21|KFSD|KFSDX|SAT|SSAT|SSAT-1 spermidine/spermine N1-acetyltransferase 1 protein-coding 0.724 2.351 0.670 0.328 0.350 0.210 0.738 0.260 0.464 0.231 0.206 0.410 0.835 0.175 0.113 0.223 0.562 0.256 1.442 0.610 0.871 0.049 0.149 0.143 0.598 0.783 0.603 0.173 0.819 0.629 0.509 1.721 1.420 1.614 0.442 1.098 0.224 0.079 0.057 0.221 0.059 1.661 0.438 0.217 0.754 0.786 0.716 0.202 1.589 0.372 0.411 1.276 0.223 1.894 0.647 0.598 0.650 1.838 0.042 1.012 0.239 0.463 0.678 0.112 0.316 0.401 0.348 0.201 0.224 2.559 6.832 0.327 0.408 0.815 0.234 0.383 0.428 0.295 0.422 1.280 1.921 0.484 0.238 0.704 1.144 0.790 1.086 0.273 0.476 0.467 0.388 2933 chr12 109025631 109037981 + 0 NA Intergenic Tigger8|DNA|TcMar-Tigger 2220 NR_039717 100616240 NR_039717 ENSG00000284388 MIR4496 - microRNA 4496 ncRNA 1.197 1.225 nan 0.291 0.178 1.638 2.271 0.273 0.357 0.046 0.811 0.671 0.030 0.042 4.618 0.994 0.487 0.181 1.005 0.435 0.102 0.056 0.127 0.100 0.147 1.373 0.855 0.108 0.392 0.496 0.426 2.797 1.318 1.735 0.457 0.563 0.030 0.123 0.148 0.444 0.039 0.260 0.166 0.082 0.187 0.662 0.187 0.196 0.326 0.190 0.030 0.587 0.994 1.029 1.117 0.147 0.209 0.060 0.697 0.208 5.278 0.937 4.095 0.298 0.291 0.530 0.363 2.466 3.267 0.456 0.560 1.472 1.252 0.600 0.160 0.643 0.563 0.320 0.655 3.929 3.683 2.047 2.441 2.950 4.032 0.211 0.277 0.835 1.805 1.407 1.074 10686 chr7 135741953 135761113 + 0 NA Intergenic Intergenic -89329 NM_001128619 767558 Hs.602015 NM_001128619 ENSG00000267697 LUZP6 MPD6|MTPNUT leucine zipper protein 6 protein-coding nan nan nan 0.064 0.264 0.247 0.026 0.403 0.777 0.005 0.074 0.081 0.023 0.026 0.163 0.174 0.414 0.092 0.122 0.010 0.017 0.007 0.236 0.136 0.068 0.036 0.011 0.015 0.093 0.006 0.076 0.242 0.171 0.331 0.015 0.136 0.451 0.085 0.183 0.012 0.095 0.096 0.019 0.020 0.017 0.042 0.104 0.137 0.047 0.037 0.029 0.062 0.174 0.078 0.030 0.068 0.026 0.112 0.045 0.070 0.584 0.029 0.042 0.303 0.032 0.030 0.016 0.544 0.603 0.403 0.245 0.373 0.426 nan 2.765 0.230 0.224 0.155 nan 0.773 0.932 nan 0.182 0.261 0.340 2.062 1.791 0.731 2.034 2.687 nan 531 chr1 94847075 94852806 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -33993 NM_002858 5825 Hs.700576 NM_002858 ENSG00000117528 ABCD3 ABC43|CBAS5|PMP70|PXMP1|ZWS2 ATP binding cassette subfamily D member 3 protein-coding nan nan 1.322 1.644 0.291 0.302 0.109 0.167 0.173 0.102 0.389 17.094 0.139 0.091 0.262 0.168 0.222 0.033 0.167 0.018 0.027 0.100 0.295 0.704 0.290 0.025 0.092 0.696 0.224 1.944 1.171 0.467 0.077 0.045 0.123 0.042 0.113 0.322 0.041 0.177 0.053 0.014 0.266 2.066 0.269 0.122 1.932 0.050 2.176 1.640 0.091 0.178 0.146 0.295 0.064 0.029 0.017 0.081 0.256 0.017 0.661 0.129 0.040 0.734 0.453 0.271 0.206 0.213 0.317 0.744 nan 0.292 0.084 0.911 0.884 0.326 nan 3.413 1.939 nan 0.224 0.627 0.337 0.094 0.247 0.185 0.370 0.893 0.747 11872 chr9 140170181 140176714 + 0 NA exon (NM_017723, exon 2 of 2) exon (NM_017723, exon 2 of 2) 1167 NM_017723 54863 Hs.495541 NM_017723 ENSG00000198113 TOR4A C9orf167 torsin family 4 member A protein-coding 0.633 0.494 0.742 2.778 0.513 0.118 1.974 0.147 0.445 0.014 2.414 1.457 0.009 0.227 0.061 0.429 0.228 0.122 4.525 1.534 2.979 0.021 0.048 0.061 0.249 1.841 2.329 0.211 4.320 0.840 4.829 7.700 0.205 0.333 1.628 2.982 0.030 0.133 0.043 1.283 0.083 6.089 6.112 2.695 1.621 0.036 1.973 0.031 4.394 7.621 1.647 3.211 0.429 3.561 2.957 0.249 2.005 0.076 0.630 0.203 0.170 2.629 0.106 0.144 2.124 2.927 1.806 1.120 1.910 0.221 nan 0.514 nan 0.583 0.120 0.186 0.137 0.143 0.321 0.441 0.568 0.483 0.297 0.582 0.621 0.135 0.342 0.380 0.603 0.707 0.460 10877 chr8 29575808 29642534 + 0 NA non-coding (NR_125816, exon 3 of 3) non-coding (NR_125816, exon 3 of 3) 3346 NR_125816 101929450 Hs.512440 NR_125814 ENSG00000253490 LINC02099 - long intergenic non-protein coding RNA 2099 ncRNA nan 1.937 nan 0.456 0.705 1.653 0.734 1.373 2.512 0.083 0.525 0.789 0.073 1.221 0.436 0.855 0.297 0.114 0.252 0.199 0.227 0.010 0.446 0.249 2.270 1.294 0.698 0.029 0.485 0.916 1.695 5.018 0.829 4.275 0.951 2.169 0.721 0.039 0.110 0.227 0.138 0.544 0.178 0.116 0.645 0.276 0.527 0.231 2.015 0.023 1.136 2.878 0.855 0.336 0.040 2.270 2.447 1.481 0.235 0.420 1.553 0.194 0.039 0.530 1.457 0.035 0.024 0.461 0.464 0.441 1.166 nan 2.387 nan 1.593 0.141 0.149 0.557 0.765 3.098 2.914 1.451 1.365 0.136 0.177 2.411 2.657 0.776 2.035 nan nan 2111 chr11 75310689 75318826 + 0 NA 3' UTR (NM_207577, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_207577, exon 3 of 3) 20516 NR_145823 105369391 Hs.689687 NR_145823 ENSG00000255326 LOC105369391 - uncharacterized LOC105369391 ncRNA nan 0.993 0.650 0.098 0.195 0.272 2.017 0.059 0.277 0.024 0.949 0.342 0.023 0.061 0.195 0.262 0.547 0.101 0.476 0.394 0.033 0.014 0.058 0.159 0.309 1.794 0.846 0.054 0.710 0.987 0.408 nan 0.949 0.310 0.107 0.068 0.024 0.013 0.067 1.003 0.068 1.522 0.430 0.471 1.761 0.300 0.130 0.508 0.170 0.070 0.155 0.596 0.262 0.217 7.043 0.309 0.105 0.092 0.044 0.225 0.149 0.466 0.061 0.151 1.227 0.026 0.012 0.519 0.457 0.224 0.306 0.845 0.719 0.544 0.244 0.925 0.890 0.589 1.223 0.822 0.614 0.561 0.379 0.290 0.262 0.123 0.168 0.404 0.555 0.843 0.515 721 chr1 151911372 151922345 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -34497 NM_053055 117145 Hs.164070 NM_053055 ENSG00000159445 THEM4 CTMP thioesterase superfamily member 4 protein-coding nan nan 1.132 1.361 0.108 0.133 4.600 0.802 1.407 0.557 1.045 1.668 0.203 0.072 0.194 2.223 1.273 0.233 1.428 1.309 0.352 0.013 0.526 0.176 0.504 2.043 1.167 0.107 0.867 0.855 5.291 18.292 0.490 0.594 3.461 6.775 0.086 0.108 0.111 1.203 0.051 0.623 0.114 0.085 1.509 1.017 1.387 0.547 2.277 0.267 2.028 4.135 2.223 2.641 1.250 0.504 0.437 1.589 0.009 2.182 0.999 2.238 0.109 0.035 0.818 0.125 0.028 0.316 0.176 0.457 1.228 0.353 nan 0.189 0.088 0.283 0.244 0.416 0.832 0.221 0.525 0.318 0.148 0.425 0.469 0.547 1.040 0.491 0.698 0.463 0.660 1897 chr11 35128584 35139648 + 0 NA Intergenic Intergenic 25463 NR_120528 100507144 Hs.673491 NR_120528 ENSG00000255521 LOC100507144 - uncharacterized LOC100507144 ncRNA 0.596 1.529 nan 0.209 0.237 3.782 4.906 0.159 0.252 0.130 1.910 1.953 0.039 0.018 0.136 0.423 0.100 0.086 0.778 0.805 0.075 0.025 0.157 0.104 0.108 1.046 0.485 0.047 0.526 1.048 0.515 0.778 0.354 0.607 0.461 0.094 0.043 0.029 0.108 0.947 0.022 3.442 0.364 0.078 0.389 0.083 1.000 2.212 0.515 0.715 0.064 0.360 0.423 0.230 0.300 0.108 0.220 0.172 0.141 0.235 0.039 1.055 0.027 0.077 3.049 0.027 0.023 0.508 0.220 0.239 0.559 0.335 0.330 0.166 0.081 0.252 0.311 0.221 0.466 0.332 0.399 0.610 0.437 0.196 0.205 0.144 0.219 0.225 nan 1.157 0.828 3482 chr14 35443942 35455068 + 0 NA intron (NR_151701, intron 1 of 4) intron (NR_151701, intron 1 of 4) 2267 NR_151701 100506157 NR_151701 SRP54-AS1 - SRP54 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 3.234 1.726 1.696 1.589 2.362 2.593 1.417 1.010 1.552 0.421 1.080 1.526 1.913 0.450 1.819 1.084 1.925 0.337 1.704 0.698 0.841 1.073 0.627 0.437 1.432 1.290 1.286 0.391 1.687 0.646 11.197 12.321 2.077 5.017 0.815 1.057 0.404 1.901 0.145 0.872 1.538 1.290 1.427 0.649 1.188 0.664 0.700 1.458 1.544 1.279 1.073 1.327 1.084 2.411 3.800 1.432 0.604 0.528 0.324 1.650 1.395 1.435 0.843 0.606 1.286 0.802 0.493 1.789 1.684 2.454 3.460 3.183 2.725 2.030 1.043 6.063 6.901 2.766 3.302 3.905 5.115 3.686 3.786 1.759 2.452 2.143 2.180 1.750 2.476 1.634 0.854 669 chr1 147914365 147933703 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 71 of 94) intron (NM_001351365, intron 71 of 94) -6902 NR_148945 100996740 Hs.634406 NR_148945 LOC100996740 - uncharacterized LOC100996740 ncRNA 1.313 nan 1.072 1.736 1.104 0.860 1.204 0.267 0.438 0.277 0.901 1.947 1.650 2.802 2.567 0.498 0.553 0.224 1.827 0.726 3.768 4.675 0.983 0.526 1.032 0.287 0.295 0.745 0.474 0.327 7.022 8.425 0.747 6.489 1.164 0.571 0.750 2.105 0.195 1.362 0.181 1.895 1.996 1.113 1.085 0.670 1.241 1.210 0.400 0.972 2.406 2.979 0.498 1.980 1.644 1.032 1.904 1.142 0.045 1.678 3.108 0.714 4.238 0.397 1.061 0.089 0.050 1.303 1.162 1.254 1.958 1.816 1.787 0.897 0.230 10.157 9.757 0.713 1.017 1.330 1.733 0.733 0.599 4.145 4.588 1.166 1.319 0.677 1.382 0.862 0.674 420 chr1 60613113 60624261 + 0 NA Intergenic Intergenic -79245 NM_152377 127795 Hs.47385 NM_152377 ENSG00000162598 C1orf87 CREF chromosome 1 open reading frame 87 protein-coding 1.120 0.693 nan 0.097 0.110 0.124 0.070 0.158 0.305 0.017 0.041 0.017 0.006 0.082 0.052 0.137 0.184 0.159 0.105 0.056 0.140 0.178 0.205 0.013 0.006 0.086 0.019 0.028 0.172 0.031 0.515 0.013 0.054 0.111 0.020 0.137 0.032 0.053 0.059 0.011 0.014 0.029 0.048 0.095 0.159 0.022 0.038 0.014 0.036 0.137 0.103 0.025 0.205 0.037 0.321 0.015 0.091 0.014 0.035 0.122 0.007 0.036 0.050 0.350 0.204 0.210 0.341 0.524 0.573 0.968 0.277 0.290 0.395 nan 4.659 0.426 nan 0.558 0.418 0.128 0.249 0.325 0.231 0.216 0.383 2.207 1.029 5682 chr19 41303494 41318721 + 0 NA intron (NR_037791, intron 8 of 11) intron (NR_037791, intron 8 of 11) 5773 NM_053046 112398 Hs.515417 NM_017555 ENSG00000269858 EGLN2 EIT6|HIF-PH1|HIFPH1|HPH-1|HPH-3|PHD1 egl-9 family hypoxia inducible factor 2 protein-coding 1.873 1.378 2.039 1.567 1.086 0.881 0.879 0.687 1.217 0.720 3.562 1.260 0.676 1.143 1.756 1.362 1.027 0.104 2.569 0.549 1.561 0.555 0.498 0.333 1.223 1.254 1.040 1.741 1.565 0.415 1.666 4.379 2.809 5.690 0.519 0.735 0.219 1.642 0.112 0.781 0.360 1.644 0.961 0.498 1.379 0.554 0.601 1.031 2.563 4.986 1.133 1.487 1.362 3.102 0.420 1.223 0.778 2.779 0.370 1.793 1.139 0.393 1.296 0.548 0.647 0.359 0.148 1.372 1.903 2.386 2.829 1.823 2.054 2.372 0.745 3.425 3.704 1.060 1.823 1.785 2.805 1.818 1.557 1.983 3.242 1.071 1.356 1.399 2.059 1.415 0.633 11334 chr8 139840775 139863693 + 0 NA intron (NM_152888, intron 4 of 64) MIR3|SINE|MIR 74015 NM_152888 169044 Hs.117169 NM_152888 ENSG00000169436 COL22A1 - collagen type XXII alpha 1 chain protein-coding nan 0.684 0.824 1.458 1.370 0.026 0.105 0.409 0.777 0.108 0.155 0.056 0.024 0.759 0.136 0.492 0.065 0.063 0.055 0.025 0.047 0.024 0.474 0.099 2.583 0.006 0.019 0.013 0.157 0.005 0.134 0.141 0.077 3.874 0.049 0.134 0.104 0.033 0.073 0.171 0.811 0.141 0.045 0.027 0.299 0.027 0.038 0.187 0.299 0.047 0.024 0.312 0.492 0.062 0.012 2.583 0.230 0.161 0.262 0.061 4.480 0.014 0.017 0.038 0.140 0.040 0.033 0.270 0.178 0.108 0.142 2.088 1.993 4.295 1.458 nan 0.159 0.147 0.231 1.845 1.606 0.502 0.417 0.183 0.201 0.434 0.766 0.183 0.248 1.479 0.885 1348 chr10 14590855 14656386 + 0 NA intron (NM_001282695, intron 2 of 5) AluJr|SINE|Alu -9248 NM_001320735 83641 Hs.446315 NM_031453 ENSG00000065809 FAM107B C10orf45|HITS family with sequence similarity 107 member B protein-coding nan 0.826 0.790 0.506 0.264 0.034 0.831 0.196 0.442 0.031 0.146 0.865 0.031 0.027 0.099 0.131 0.214 0.113 0.848 0.333 4.509 0.046 0.132 0.122 0.573 0.752 0.394 0.107 0.564 0.393 0.488 1.057 0.729 0.442 0.263 0.266 0.044 0.071 0.098 0.204 0.107 0.142 0.109 0.077 0.824 0.178 0.936 0.116 1.383 0.067 1.328 1.142 0.131 0.780 0.021 0.573 0.616 0.940 0.084 0.300 0.026 0.357 0.042 0.068 0.277 0.105 0.082 0.423 0.430 0.372 0.623 0.529 0.504 3.087 1.034 0.253 0.251 0.470 0.746 0.477 0.600 0.271 0.148 0.151 0.206 0.233 0.291 0.242 0.414 0.659 0.450 5656 chr19 39336532 39383285 + 0 NA exon (NM_198445, exon 11 of 12) exon (NM_198445, exon 11 of 12) 9011 NM_198445 126432 Hs.446933 NM_198445 ENSG00000187994 RINL - Ras and Rab interactor like protein-coding 2.343 2.330 3.100 1.563 3.642 0.968 1.189 1.249 2.393 1.429 1.934 1.068 0.733 2.167 1.100 1.063 0.791 0.266 2.187 0.820 1.106 0.652 1.842 0.929 1.737 1.136 1.222 1.384 1.877 0.613 1.748 3.932 1.392 4.388 0.485 2.062 0.546 2.087 0.160 0.710 0.575 1.624 2.489 1.086 0.782 0.542 1.599 0.975 3.241 2.842 1.548 1.237 1.063 3.048 0.818 1.737 1.023 1.804 0.387 1.433 1.401 0.756 0.747 0.892 0.484 0.597 0.414 1.180 1.504 1.189 1.849 1.934 2.070 5.649 2.244 3.110 3.161 1.057 1.555 3.400 3.352 nan 1.615 1.142 1.823 1.805 1.741 1.508 2.635 2.683 1.208 8412 chr4 69903582 69925844 + 0 NA Intergenic Intergenic -2269 NM_001349568 7364 Hs.654424 NM_001074 ENSG00000171234 UGT2B7 UDPGT 2B7|UDPGT 2B9|UDPGT2B7|UDPGTH2|UDPGTh-2|UGT2B9 UDP glucuronosyltransferase family 2 member B7 protein-coding nan nan 0.380 5.186 0.114 0.015 0.195 0.127 0.196 0.030 0.097 0.723 0.022 0.060 0.081 0.071 0.022 0.204 0.246 0.031 0.006 0.066 0.082 0.077 0.526 0.305 0.013 0.168 0.230 0.134 0.813 0.460 0.198 0.192 0.105 0.009 0.034 0.084 0.063 0.082 0.168 0.065 0.052 0.191 0.087 0.082 0.331 0.288 0.079 0.021 0.188 0.081 0.138 0.058 0.077 0.302 0.058 0.004 0.042 0.037 0.007 0.041 0.017 0.051 0.013 0.002 0.566 0.383 0.836 0.793 0.168 0.231 0.472 0.194 0.277 0.319 0.109 0.155 0.381 0.401 0.307 0.141 0.128 0.220 0.045 0.064 0.077 0.134 0.240 0.328 7147 chr21 22519984 22538319 + 0 NA intron (NM_001352597, intron 1 of 10) intron (NM_001352597, intron 1 of 10) 9729 NM_001352597 4685 Hs.473450 NM_004540 ENSG00000154654 NCAM2 NCAM21 neural cell adhesion molecule 2 protein-coding 0.759 0.782 0.844 0.035 0.082 0.037 0.008 0.160 0.160 0.011 0.064 0.169 0.030 0.049 0.063 0.090 0.089 0.052 0.069 0.015 0.085 0.134 0.052 0.008 0.008 0.045 0.046 0.035 0.062 0.070 0.296 0.040 0.194 0.854 0.012 0.082 0.007 0.018 0.032 0.003 0.009 0.048 0.012 0.090 0.097 0.011 0.015 0.046 0.037 0.090 0.031 0.025 0.052 0.007 0.018 0.021 0.010 0.110 0.047 0.043 0.047 0.021 0.013 0.007 0.409 0.255 0.208 0.281 0.261 0.429 0.344 0.122 0.116 0.105 1.835 2.257 0.218 0.322 0.562 0.197 0.092 0.138 2.721 3.404 0.236 nan 0.422 0.358 1137 chr1 220688360 220706834 + 0 NA Intergenic Intergenic -3928 NM_001286126 4139 Hs.497806 NM_018650 ENSG00000116141 MARK1 MARK|Par-1c|Par1c microtubule affinity regulating kinase 1 protein-coding 2.794 nan 2.995 0.194 4.965 3.338 0.031 2.016 3.577 0.067 0.326 0.076 0.596 0.459 0.839 1.587 0.182 0.044 0.499 0.144 0.034 0.435 1.288 0.625 5.590 0.094 0.016 0.040 0.144 0.029 1.608 2.830 1.245 7.403 0.117 0.200 0.357 0.116 0.057 1.138 0.418 0.470 0.274 0.065 0.216 0.261 0.388 0.185 0.492 0.577 0.693 1.587 0.470 0.045 5.590 0.398 0.540 0.670 0.619 1.703 0.034 0.262 0.741 0.012 0.056 0.022 1.285 1.855 1.393 2.169 5.902 nan 0.261 0.155 3.518 3.647 0.927 1.237 4.667 4.838 3.001 2.653 0.512 1.228 1.122 0.707 2.251 2.487 2.737 1.306 9724 chr6 53502715 53518151 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 17255 NR_125841 101927171 Hs.334005 NR_125841 ENSG00000235899 LINC01564 TCONS_00011314|XLOC_005327 long intergenic non-protein coding RNA 1564 ncRNA 1.828 1.385 nan 0.544 1.228 0.366 3.503 0.135 0.279 0.187 0.557 0.797 0.149 0.181 0.674 0.579 0.377 0.135 0.636 0.309 0.446 0.027 0.500 0.341 0.667 1.095 0.786 0.148 0.627 0.609 0.450 1.475 2.055 1.326 0.550 0.553 0.189 0.073 0.137 0.275 0.210 0.674 0.270 0.166 0.504 0.318 0.908 0.628 0.659 0.346 0.732 0.391 0.579 0.759 1.780 0.667 0.701 0.467 0.179 0.648 0.658 0.327 0.799 1.594 0.256 0.235 0.122 1.712 1.912 0.558 0.822 0.876 0.768 2.062 0.644 2.449 2.802 0.767 0.890 4.234 5.084 1.147 1.270 0.955 1.506 1.557 1.264 2.143 5.787 1.919 1.110 9193 chr5 137085748 137099584 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -2627 NM_006805 10949 Hs.96996 NM_006805 ENSG00000177733 HNRNPA0 HNRPA0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A0 protein-coding 2.674 1.970 nan 1.915 1.827 1.235 1.524 2.044 3.705 0.923 1.828 1.335 1.427 0.628 2.017 1.312 1.638 0.221 1.591 0.383 1.674 1.032 1.022 0.396 3.320 1.931 2.362 1.112 1.501 0.864 2.550 3.494 1.494 5.879 0.770 1.868 0.618 1.965 0.137 0.698 1.258 1.672 1.846 0.857 1.449 1.150 2.134 2.016 1.862 1.884 1.366 3.971 1.312 2.200 1.767 3.320 1.527 4.497 0.454 2.524 1.460 1.177 1.335 0.989 1.503 1.798 1.056 2.149 1.928 3.382 4.556 3.937 3.700 3.093 1.880 7.501 7.894 1.553 2.177 3.396 4.531 4.397 4.418 2.822 4.495 3.173 3.802 2.753 2.676 1.222 0.709 10214 chr7 19408165 19422927 + 0 NA Intergenic Intergenic -230502 NM_152898 222894 Hs.592168 NM_152898 ENSG00000146618 FERD3L N-TWIST|NATO3|NTWIST|PTFB|bHLHa31 Fer3 like bHLH transcription factor protein-coding nan 0.977 nan 0.136 0.191 0.015 0.058 0.044 0.182 0.007 0.172 1.750 0.017 0.027 0.097 0.223 0.289 0.131 0.050 0.064 0.056 0.047 0.826 0.655 0.073 0.159 0.059 0.025 0.110 0.014 0.075 0.072 0.161 0.669 0.040 0.081 1.074 0.103 0.150 0.008 0.016 0.118 0.011 0.022 0.052 0.112 0.138 0.028 0.087 0.011 0.022 0.223 0.053 0.303 0.073 0.059 0.039 0.302 0.084 0.550 0.147 0.027 0.058 0.091 0.016 0.004 nan 0.204 0.189 0.263 0.377 0.442 3.741 1.251 0.295 0.269 2.733 3.339 0.604 0.792 1.132 0.855 0.091 0.118 4.827 3.860 0.286 0.621 0.998 0.720 7807 chr3 126177451 126194919 + 0 NA intron (NM_001040653, intron 4 of 5) MIRb|SINE|MIR 8577 NR_104249 79364 Hs.440049 NM_025112 ENSG00000070476 ZXDC ZXDL ZXD family zinc finger C protein-coding 1.858 nan 5.184 1.509 1.234 0.417 0.610 0.685 1.058 0.180 0.617 0.254 0.068 0.305 0.753 1.012 0.862 0.157 0.576 0.087 0.232 0.310 0.853 0.384 1.441 0.441 0.372 0.546 0.787 0.241 0.921 1.167 0.747 1.257 0.092 0.408 0.104 0.426 0.073 0.095 1.829 1.186 0.877 0.491 0.262 0.240 0.733 0.229 0.662 1.153 0.472 0.747 1.012 0.817 0.435 1.441 0.330 0.324 1.010 1.063 0.238 0.357 0.210 0.278 0.222 0.246 0.166 0.814 0.935 1.009 1.694 3.147 3.323 2.376 1.097 1.655 1.516 0.895 nan 1.167 1.843 3.888 4.655 0.884 1.879 0.399 0.440 1.081 1.010 1.049 0.567 3504 chr14 36957387 37000240 + 0 NA intron (NM_001352987, intron 1 of 4) intron (NM_001352987, intron 1 of 4) 4177 NR_138598 253970 Hs.509165 NM_001101341 ENSG00000229415 SFTA3 NANCI|SFTPH|SP-H|SPH surfactant associated 3 protein-coding 2.027 6.842 0.519 0.107 6.396 17.649 7.691 1.282 2.352 0.007 0.045 0.041 8.451 6.607 11.888 2.064 0.152 0.104 7.426 2.830 0.022 0.026 0.483 0.293 7.634 3.367 4.829 0.024 8.960 3.652 9.117 16.524 11.164 13.468 2.289 0.061 0.155 0.069 0.102 2.633 0.123 0.058 0.054 0.058 7.904 8.379 0.051 0.118 0.101 0.090 0.057 0.059 2.064 5.165 10.597 7.634 0.038 0.095 0.215 0.535 2.633 2.725 0.021 0.026 0.021 0.023 0.006 0.175 0.084 0.737 0.819 21.599 20.239 0.125 0.072 0.274 0.301 1.352 1.664 6.796 6.812 18.276 18.754 0.134 0.151 0.430 0.331 0.093 0.151 3.047 1.652 6356 chr2 131095913 131115341 + 0 NA TTS (NM_001320307) TTS (NM_001320307) -5373 NR_104471 84317 Hs.104203 NM_032357 ENSG00000136710 CCDC115 CDG2O|ccp1 coiled-coil domain containing 115 protein-coding nan 0.882 nan 0.894 0.972 0.640 0.656 0.608 1.053 0.330 1.027 0.439 0.147 0.391 0.842 0.790 0.500 0.141 0.811 0.272 0.479 0.251 0.398 0.312 1.049 0.759 0.739 0.664 0.969 0.271 0.983 1.072 1.034 3.218 0.413 1.136 0.128 0.737 0.091 0.456 0.319 1.751 0.832 0.566 0.579 0.498 0.779 0.787 1.296 2.006 0.569 0.813 0.790 0.574 1.083 1.049 0.384 0.605 0.431 1.797 0.693 0.586 10.230 0.403 0.435 0.387 0.240 8.599 11.588 7.120 5.560 1.319 1.108 2.837 1.038 10.869 11.441 0.976 1.611 2.033 nan 1.476 1.605 9.905 15.388 0.585 0.611 0.993 1.363 0.808 0.504 8552 chr4 138879439 138936767 + 0 NA Intergenic L1MA5A|LINE|L1 -102065 NR_038380 641364 Hs.570846 NR_038380 ENSG00000250033 SLC7A11-AS1 - SLC7A11 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.520 0.066 0.130 0.016 0.104 0.070 0.223 0.214 0.100 0.100 0.068 0.026 0.040 0.069 0.369 0.112 0.068 0.023 0.074 2.634 0.065 0.085 0.090 0.012 0.015 0.028 0.066 0.031 0.043 0.076 0.059 0.205 0.064 0.095 0.018 0.042 0.083 0.014 0.062 0.116 0.014 0.015 0.038 0.016 0.084 0.277 0.043 0.025 0.037 0.052 0.069 0.049 0.042 0.090 0.030 0.178 0.020 0.065 0.012 0.055 0.026 0.035 0.016 0.012 0.006 0.181 0.118 0.246 0.786 0.208 0.227 0.153 0.066 0.112 0.093 0.240 0.346 0.249 0.219 0.298 0.110 0.111 0.219 0.055 0.128 0.215 nan 0.240 0.285 3381 chr13 115044497 115049031 + 0 NA promoter-TSS (NM_080687) promoter-TSS (NM_080687) -295 NR_148483 65110 Hs.533855 NM_023011 ENSG00000169062 UPF3A HUPF3A|RENT3A|UPF3 UPF3A, regulator of nonsense mediated mRNA decay protein-coding 5.516 6.050 6.940 1.540 10.992 11.677 2.625 3.601 6.284 1.015 4.852 1.466 2.692 2.154 12.097 11.175 2.780 0.678 8.786 4.173 2.836 4.866 2.038 1.197 8.520 2.726 3.917 1.473 1.796 1.210 9.526 11.117 3.164 14.640 2.001 4.216 2.327 4.913 0.187 1.796 6.601 13.313 5.553 2.361 1.947 2.037 6.471 4.693 3.530 3.884 2.987 2.581 11.175 9.050 3.779 8.520 1.458 4.994 2.116 5.201 4.286 3.409 4.232 2.317 4.541 2.527 1.821 13.079 12.789 6.529 9.747 11.045 10.533 11.786 5.459 8.500 8.955 1.511 1.915 9.797 13.428 9.367 9.886 6.252 10.726 10.647 12.057 9.926 7.764 1.629 0.834 852 chr1 165795777 165803085 + 0 NA intron (NM_012474, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu 2699 NM_012474 7371 Hs.458360 NM_012474 ENSG00000143179 UCK2 TSA903|UK|UMPK uridine-cytidine kinase 2 protein-coding 7.216 nan 5.469 3.581 4.468 1.366 1.921 1.706 3.381 1.109 3.013 2.512 0.732 1.447 3.350 5.768 1.788 0.197 2.387 1.033 2.844 2.728 3.273 1.352 5.813 1.570 1.610 1.474 1.483 1.051 2.285 4.033 0.828 6.985 1.481 4.834 1.265 3.195 0.159 1.584 3.885 5.173 2.870 1.218 2.316 1.062 2.662 1.741 3.616 3.141 2.006 2.386 5.768 2.741 3.774 5.813 2.464 1.090 1.382 3.086 2.643 3.076 4.696 2.916 1.529 1.600 0.840 9.087 8.181 6.758 7.846 11.679 nan 5.674 2.504 6.272 6.145 4.961 6.210 7.812 nan 7.651 9.612 7.017 12.219 6.350 5.666 10.258 7.439 3.285 1.780 10634 chr7 121025041 121040085 + 0 NA intron (NM_001040020, intron 1 of 9) THE1D|LTR|ERVL-MaLR 3859 NM_014888 10447 Hs.434053 NM_014888 ENSG00000196937 FAM3C GS3786|ILEI family with sequence similarity 3 member C protein-coding 1.565 0.833 1.418 2.208 0.736 0.074 1.138 0.330 0.692 0.184 0.997 0.922 0.165 0.297 0.493 0.391 0.726 0.096 2.436 0.646 0.799 0.212 0.457 0.374 0.327 0.670 0.480 0.277 2.240 1.060 0.812 1.102 2.058 1.331 0.601 0.390 0.177 0.784 0.170 0.794 0.425 0.894 0.304 0.258 0.854 1.435 1.144 0.725 0.655 1.726 1.990 1.071 0.391 1.341 0.844 0.327 0.271 0.517 0.163 1.110 0.541 1.244 0.348 0.633 0.354 0.523 0.594 0.945 1.153 0.717 1.184 1.091 1.087 1.621 0.736 1.317 1.528 1.378 1.833 1.085 1.672 1.617 1.663 0.544 1.338 1.136 1.035 1.705 2.691 1.319 1.015 8230 chr4 3292271 3326149 + 0 NA Intergenic Intergenic -6664 NM_198229 6002 Hs.527061 NM_002926 ENSG00000159788 RGS12 - regulator of G protein signaling 12 protein-coding 1.253 1.261 nan 0.274 1.976 3.167 0.281 0.540 1.009 0.042 0.456 0.141 0.027 2.465 4.976 0.990 0.270 0.075 0.537 0.213 0.067 0.151 0.614 0.342 6.008 0.410 0.344 0.397 0.471 0.089 0.327 1.236 0.379 1.689 0.169 0.177 0.034 0.263 0.080 0.146 0.422 0.522 0.256 0.173 0.258 0.171 0.348 0.338 0.416 0.741 0.252 0.166 0.990 0.770 0.323 6.008 0.073 0.169 0.042 0.441 0.355 0.147 1.214 0.131 0.141 0.116 0.076 2.404 3.083 1.117 1.415 5.276 4.544 nan 0.883 2.788 2.919 0.392 0.676 3.398 5.349 1.084 0.920 1.453 2.350 0.186 0.315 0.325 0.391 nan 0.773 10989 chr8 61868503 61884679 + 0 NA Intergenic Intergenic 3716 NR_034003 100130298 Hs.636194 NR_034003 LOC100130298 - hCG1816373-like ncRNA 3.928 0.997 2.607 0.027 1.908 0.202 0.171 0.881 1.689 0.017 0.131 0.159 0.042 0.077 0.992 0.854 0.090 0.149 0.230 0.079 0.027 0.017 1.597 1.019 0.728 0.125 0.045 0.046 0.072 0.020 0.070 0.240 0.071 0.745 0.096 0.044 1.487 0.013 0.092 0.066 1.525 0.085 0.060 0.043 0.054 0.117 0.054 0.191 0.060 0.097 0.025 0.106 0.854 0.185 0.040 0.728 0.045 0.080 19.318 0.026 4.071 0.059 0.135 0.254 0.038 0.011 0.013 0.503 0.850 0.220 0.326 0.962 1.059 4.848 1.407 0.086 0.078 1.237 nan 1.335 1.234 nan 2.364 0.187 0.339 4.677 4.307 0.411 0.910 4.971 2.333 7317 chr22 21126564 21152548 + 0 NA intron (NM_000185, intron 3 of 4) AluJr|SINE|Alu 11173 NM_000185 3053 Hs.474270 NM_000185 ENSG00000099937 SERPIND1 D22S673|HC2|HCF2|HCII|HLS2|LS2|THPH10 serpin family D member 1 protein-coding 0.775 nan 0.856 0.205 0.378 0.156 0.126 0.216 0.437 0.022 0.636 0.354 0.449 0.164 0.355 0.354 0.181 0.055 0.220 0.087 0.152 0.027 0.423 0.208 0.321 0.339 0.167 0.127 0.287 0.209 0.515 nan 0.945 0.547 0.056 1.606 0.018 0.058 0.075 0.081 0.080 0.181 0.042 0.024 0.216 0.102 0.233 0.303 0.229 0.109 0.126 0.628 0.354 0.282 0.083 0.321 0.175 0.369 0.059 0.083 0.323 0.230 0.076 0.163 0.362 0.016 0.008 0.546 0.806 0.487 0.783 0.424 0.534 1.106 0.469 1.075 1.061 0.459 0.823 1.351 0.965 0.545 0.437 0.207 0.375 0.073 0.102 0.335 1.009 3.445 1.678 4341 chr16 34738929 34745794 + 0 NA promoter-TSS (NR_034018) promoter-TSS (NR_034018) -820 NR_034018 100130700 Hs.97712 NR_034018 TP53TG3HP - TP53 target 3 family member H, pseudogene pseudo 0.442 0.382 0.458 0.063 0.051 0.031 0.184 0.260 0.028 1.291 0.013 0.054 0.013 0.241 0.043 0.070 0.016 0.055 0.064 1.714 0.646 0.151 0.010 0.042 0.022 0.098 0.046 0.037 0.061 0.619 0.063 0.884 0.100 0.035 0.684 0.062 0.056 0.045 0.128 0.117 0.047 0.343 0.034 0.059 0.241 0.022 0.027 0.151 0.036 0.060 0.677 0.017 4.752 0.069 0.316 0.072 0.011 0.003 0.170 0.102 0.163 0.216 0.097 0.181 1.503 0.503 0.093 0.127 3.161 3.490 1.779 7.520 0.246 0.071 0.136 0.193 0.061 0.057 1.177 1.216 0.096 0.090 5721 chr19 44245343 44291261 + 0 NA Intergenic Intergenic -9114 NM_019108 56006 Hs.466875 NM_019108 ENSG00000105771 SMG9 C19orf61|F17127_1|HBMS SMG9, nonsense mediated mRNA decay factor protein-coding 1.214 1.588 1.082 3.355 0.753 1.597 2.329 0.997 1.828 1.973 3.971 1.944 0.361 0.204 0.954 1.499 0.403 0.148 2.682 1.360 2.362 0.429 0.518 0.321 2.535 2.333 2.324 1.071 2.758 1.239 2.617 nan 4.245 1.571 1.589 1.967 0.229 0.959 0.162 2.335 0.299 6.714 1.616 0.740 1.566 1.329 2.289 3.922 2.930 10.377 1.241 1.509 1.499 3.710 1.879 2.535 1.046 2.505 0.278 4.000 0.342 1.364 0.446 0.281 2.277 2.840 2.741 1.229 1.447 1.485 2.275 1.904 2.157 2.897 1.026 2.097 2.319 0.881 1.418 1.271 1.733 0.928 0.774 0.978 1.361 0.977 1.179 0.868 1.077 1.489 0.905 5732 chr19 45902771 45913800 + 0 NA promoter-TSS (NM_006663) promoter-TSS (NM_006663) 27 NM_006663 10848 Hs.466937 NM_006663 ENSG00000104881 PPP1R13L IASPP|NKIP1|RAI|RAI4 protein phosphatase 1 regulatory subunit 13 like protein-coding 2.868 1.824 2.921 5.043 2.503 1.834 4.713 1.164 2.195 3.398 3.867 2.478 1.192 0.877 3.319 1.175 1.607 0.275 4.098 1.819 4.916 1.141 0.586 0.451 1.806 2.146 2.587 1.319 3.108 1.914 3.340 nan 3.422 5.340 2.182 1.471 0.434 4.595 0.148 1.550 0.902 8.101 5.248 1.987 3.843 1.603 3.292 2.210 3.418 6.934 1.810 2.136 1.175 4.891 1.580 1.806 2.703 3.078 0.904 3.014 0.985 0.972 1.318 1.905 2.656 3.551 2.586 1.947 2.474 2.925 5.197 2.532 3.086 3.432 1.959 5.981 6.839 2.406 3.316 3.428 4.472 3.027 2.707 2.215 3.005 2.249 2.762 2.784 4.492 2.494 1.179 6288 chr2 105021833 105035872 + 0 NA non-coding (NR_135589, exon 2 of 2) non-coding (NR_135589, exon 2 of 2) 1637 NR_135589 101927331 Hs.352254 NR_135589 ENSG00000225765 LINC01831 - long intergenic non-protein coding RNA 1831 ncRNA 0.527 nan 0.534 0.062 0.038 0.004 0.040 3.169 5.602 0.007 0.067 0.113 0.009 0.022 0.025 0.469 0.064 0.091 0.023 0.099 0.020 0.355 0.197 0.685 0.010 0.015 0.010 0.088 0.063 0.059 0.070 0.895 0.021 0.078 0.047 0.032 0.060 0.057 0.138 0.017 0.006 0.039 0.033 0.048 0.082 0.133 0.005 0.045 0.028 0.469 0.015 0.016 0.685 0.017 0.036 0.217 0.028 2.534 0.027 0.011 0.033 0.004 0.566 1.284 0.262 0.288 0.779 0.938 0.146 0.091 0.128 0.102 0.302 0.517 0.490 0.405 0.357 0.150 0.823 1.925 0.491 0.334 0.110 0.149 0.827 0.558 11344 chr8 141597166 141609634 + 0 NA intron (NM_001164623, intron 1 of 17) AluSx|SINE|Alu 42245 NM_012154 27161 Hs.660189 NM_012154 ENSG00000123908 AGO2 CASC7|EIF2C2|LINC00980|PPD|Q10 argonaute 2, RISC catalytic component protein-coding 2.440 1.489 nan 1.750 1.255 0.286 4.396 0.487 1.082 0.337 0.833 1.135 0.055 3.049 0.403 0.752 0.553 0.168 3.883 1.239 2.944 0.133 0.616 0.341 0.995 1.443 0.827 0.497 1.686 1.770 5.246 8.863 1.876 2.020 1.674 0.382 0.328 0.141 0.058 1.204 0.172 1.124 1.240 0.684 1.727 0.543 1.032 0.728 1.587 2.745 1.555 1.448 0.752 4.656 2.758 0.995 0.432 2.249 0.170 0.954 1.391 0.728 1.398 0.258 0.543 0.743 0.664 3.000 2.603 1.734 2.778 nan 1.416 nan 0.478 2.036 2.055 0.829 1.489 1.164 1.439 1.093 1.372 1.582 2.872 1.890 2.708 0.463 0.695 1.516 1.025 1475 chr10 54068069 54090067 + 0 NA Intergenic Intergenic 5125 NM_012242 22943 Hs.40499 NM_012242 ENSG00000107984 DKK1 DKK-1|SK dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 1 protein-coding 0.432 nan 0.473 4.112 0.048 0.003 3.279 0.102 0.147 0.126 0.766 1.659 0.429 0.087 0.016 0.046 0.368 0.066 1.267 0.494 2.034 0.271 0.038 0.041 0.016 1.828 1.535 0.441 2.327 2.031 0.571 0.962 0.457 0.906 0.897 0.388 0.004 0.588 0.103 1.088 0.022 4.287 0.676 0.403 2.124 0.663 2.147 1.149 2.729 0.490 1.309 1.143 0.046 0.859 4.672 0.016 0.854 1.793 0.009 2.137 0.042 2.304 0.018 0.029 1.078 1.029 1.104 0.207 0.108 0.309 0.964 0.134 0.161 0.136 0.060 0.255 0.288 0.129 0.262 0.340 0.380 0.135 0.040 0.081 0.097 0.092 0.080 0.098 0.121 0.100 0.128 10406 chr7 69196538 69259053 + 0 NA intron (NM_001127231, intron 1 of 17) intron (NM_001127231, intron 1 of 17) 163890 NM_001127231 26053 Hs.21631 NM_015570 ENSG00000158321 AUTS2 FBRSL2|MRD26 AUTS2, activator of transcription and developmental regulator protein-coding nan nan nan 0.029 0.062 0.176 0.036 0.426 0.914 0.021 0.070 0.088 0.203 0.048 0.176 1.002 0.389 0.152 0.034 0.009 0.015 0.020 0.448 0.293 0.400 0.022 0.019 0.006 0.059 0.014 0.163 0.579 0.168 0.484 0.026 0.088 0.497 0.146 0.134 0.006 0.487 0.099 0.011 0.014 0.017 0.048 0.075 0.173 0.142 0.041 0.020 0.044 1.002 0.037 0.010 0.400 0.039 0.149 0.308 0.032 0.063 0.057 0.741 0.230 0.142 0.027 0.009 0.754 0.763 1.721 3.273 0.506 0.599 1.449 0.479 0.157 0.143 0.305 0.539 0.473 0.368 0.717 0.486 0.700 0.908 1.387 1.740 0.693 1.822 1.133 0.843 7690 chr3 96524805 96545775 + 0 NA intron (NM_001080448, intron 1 of 17) intron (NM_001080448, intron 1 of 17) 1865 NM_001278301 285220 Hs.272208 NM_173655 ENSG00000080224 EPHA6 EHK-2|EHK2|EK12|EPA6|HEK12|PRO57066 EPH receptor A6 protein-coding 0.748 1.127 0.774 0.281 0.083 0.037 0.116 0.214 0.248 0.009 0.056 0.009 0.033 0.090 0.060 0.079 0.107 0.114 0.217 0.061 0.085 0.483 0.274 0.294 0.086 0.007 0.442 0.360 0.106 0.222 0.357 0.054 0.481 0.168 0.081 0.014 0.051 0.083 0.056 0.015 0.325 0.017 0.004 0.016 0.014 0.090 0.134 0.078 0.037 0.475 0.038 0.079 0.177 0.031 0.086 0.047 0.052 0.014 0.424 0.443 0.106 0.104 0.065 0.007 0.011 0.007 0.299 0.210 0.266 0.365 0.209 0.261 0.411 0.141 1.417 1.365 2.950 3.455 0.311 0.282 10.972 8.869 0.213 0.371 0.048 0.048 0.230 0.312 0.331 0.289 2968 chr12 115337799 115366112 + 0 NA Intergenic Intergenic -229986 NM_005996 6926 Hs.744016 NM_005996 ENSG00000135111 TBX3 TBX3-ISO|UMS|XHL T-box 3 protein-coding nan nan 0.449 0.038 0.198 3.019 0.462 0.234 0.368 0.007 0.108 0.039 0.011 0.039 0.468 0.457 0.069 0.103 0.049 0.145 0.034 0.082 0.276 0.437 0.261 0.013 0.049 0.034 0.056 0.031 0.057 0.766 0.041 0.106 0.024 0.065 0.102 0.441 0.017 0.062 0.019 0.011 0.246 0.170 0.184 0.389 0.175 0.023 0.078 0.397 0.457 0.035 0.477 0.276 0.074 0.213 0.010 0.039 0.115 0.434 0.730 0.314 0.019 0.082 0.051 0.749 0.910 0.165 0.198 nan nan nan 0.052 7.544 8.110 0.129 0.271 nan nan 0.230 0.064 1.004 1.119 0.145 0.176 0.393 0.760 nan 0.267 10088 chr6 169440897 169455695 + 0 NA Intergenic Intergenic -12558 NR_134622 101929460 Hs.355225 NR_134622 ENSG00000229720 LOC101929460 - uncharacterized LOC101929460 ncRNA 0.499 nan 0.845 0.049 2.879 0.023 0.029 0.542 0.996 0.007 0.037 0.050 0.028 0.030 0.322 0.060 0.065 0.028 0.021 0.019 0.189 0.159 0.437 0.052 0.029 0.015 0.037 0.007 0.072 0.059 0.063 1.190 0.029 0.018 0.007 0.087 0.108 0.048 0.220 0.118 0.012 0.032 0.022 0.031 0.006 0.635 0.068 0.150 0.022 0.036 0.322 0.043 0.031 0.437 0.016 0.044 0.026 0.016 0.027 0.252 0.016 0.041 0.052 0.027 0.038 0.385 0.192 0.211 0.326 0.623 0.825 10.920 3.005 0.102 0.163 0.118 0.189 1.798 1.509 nan 0.143 0.138 0.201 0.138 0.095 0.104 0.180 1.826 0.752 11581 chr9 74371530 74384189 + 0 NA intron (NM_001349784, intron 1 of 23) AluJb|SINE|Alu 5941 NM_001349784 23670 Hs.494146 NM_013390 ENSG00000135048 CEMIP2 TMEM2 cell migration inducing hyaluronidase 2 protein-coding nan nan nan 3.166 1.249 1.096 0.944 0.556 1.138 0.447 0.419 0.647 1.904 1.000 0.341 1.023 0.673 0.115 1.330 0.398 1.672 0.033 0.289 0.271 0.415 1.303 0.768 0.364 2.216 0.833 4.682 6.898 1.941 4.634 1.085 0.293 0.090 0.224 0.075 0.886 1.019 1.034 0.460 0.259 1.627 1.791 0.997 0.378 2.091 0.942 2.125 1.809 1.023 1.717 0.392 0.415 0.959 0.874 0.169 0.672 0.623 0.792 0.304 0.157 0.963 1.675 1.246 0.546 0.663 1.694 nan 2.312 nan 0.331 0.104 1.444 1.626 0.638 0.947 1.831 2.215 0.400 0.441 0.581 0.894 0.800 1.007 0.434 0.572 1.211 0.808 9681 chr6 46128002 46145564 + 0 NA intron (NM_021572, intron 1 of 3) intron (NM_021572, intron 1 of 3) 1964 NM_001290072 59084 Hs.35198 NM_021572 ENSG00000112796 ENPP5 NPP-5|NPP5 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 5 (putative) protein-coding 1.109 1.035 0.980 0.246 0.672 0.353 0.069 0.292 0.527 0.016 0.057 0.032 0.138 0.094 0.445 0.288 0.111 0.129 0.264 0.086 0.021 0.016 0.271 0.145 0.403 0.028 0.016 0.012 0.105 0.012 0.175 0.292 0.315 1.454 0.091 0.046 0.048 0.025 0.108 0.020 0.261 0.095 0.083 0.027 0.094 0.083 0.215 0.183 0.019 0.056 0.058 0.049 0.288 0.317 0.027 0.403 0.042 0.128 0.061 0.043 0.057 0.031 0.521 0.064 0.025 0.023 0.023 0.799 0.999 3.096 6.551 0.974 0.880 1.124 0.310 0.778 0.827 0.128 0.218 1.207 nan 0.676 0.512 0.711 1.247 0.304 0.322 0.135 0.283 0.930 0.563 5448 chr18 76733414 76763882 + 0 NA intron (NM_171999, intron 1 of 2) intron (NM_171999, intron 1 of 2) 8373 NM_171999 27164 Hs.700557 NM_171999 ENSG00000256463 SALL3 ZNF796 spalt like transcription factor 3 protein-coding nan nan 0.717 0.028 2.046 0.036 0.133 0.337 0.485 0.012 0.031 0.031 0.481 0.137 0.035 1.142 0.042 0.048 0.043 0.006 0.044 0.005 0.196 0.130 4.181 0.016 0.010 0.200 0.046 0.021 0.116 0.167 0.195 4.821 0.058 0.043 0.091 0.071 0.067 0.008 0.955 0.097 0.012 0.008 0.032 0.027 0.073 0.036 0.024 0.988 0.008 0.039 1.142 0.033 0.009 4.181 0.012 0.103 0.067 0.054 0.018 0.016 0.028 0.012 0.009 0.003 0.260 0.126 0.356 0.635 2.075 nan 1.681 0.561 0.140 0.120 0.078 0.132 1.772 nan 0.292 0.144 0.052 0.088 0.635 0.829 0.087 0.091 0.397 0.272 2456 chr12 7340859 7343725 + 0 NA promoter-TSS (NM_001351138) promoter-TSS (NM_001351138) 10 NM_001351132 5830 Hs.567327 NM_000319 ENSG00000139197 PEX5 PBD2A|PBD2B|PTS1-BP|PTS1R|PXR1|RCDP5 peroxisomal biogenesis factor 5 protein-coding 3.085 nan 2.892 2.329 4.890 2.520 1.370 1.480 2.557 1.091 2.275 2.574 0.430 1.438 4.140 1.379 0.737 0.058 2.163 1.255 1.507 0.824 2.325 1.212 3.919 2.651 2.187 1.636 2.702 0.918 3.551 3.979 1.384 8.225 0.557 2.140 0.360 2.524 0.130 1.456 1.081 3.372 2.449 1.274 1.592 1.391 3.108 3.716 4.879 6.768 1.864 1.828 1.379 2.747 2.912 3.919 1.364 1.444 6.319 10.664 2.087 1.646 0.948 2.438 0.766 0.708 0.512 2.048 2.846 2.986 4.030 7.825 6.748 13.363 4.566 9.183 9.735 3.012 3.812 4.886 7.165 3.353 4.269 1.660 3.271 3.922 2.237 5.444 nan 2.506 1.226 7291 chr22 18109748 18123907 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -4523 NM_001270735 23786 Hs.631672 NM_015367 ENSG00000099968 BCL2L13 BCL-RAMBO|Bcl2-L-13|MIL1 BCL2 like 13 protein-coding 2.982 nan 2.057 3.413 1.429 0.764 1.743 1.268 2.300 2.069 1.968 2.079 4.495 0.622 1.131 1.767 2.035 0.285 4.197 1.673 2.641 0.782 1.161 0.526 2.074 1.665 1.467 1.592 4.939 2.443 4.132 nan 4.031 3.576 1.505 2.696 0.385 1.718 0.085 0.827 0.738 1.958 1.823 0.745 1.934 1.772 2.320 2.598 1.486 3.222 2.537 2.769 1.767 5.346 3.760 2.074 1.501 1.980 0.808 1.258 1.425 3.525 0.610 0.830 2.952 1.924 1.807 2.610 2.370 3.749 7.248 2.415 2.370 3.336 1.680 9.493 10.073 3.136 3.944 2.962 4.469 4.383 4.013 1.464 2.366 3.129 4.850 2.502 2.776 3.227 2.008 1192 chr1 231541265 231561785 + 0 NA intron (NM_022051, intron 1 of 4) MIRc|SINE|MIR 9265 NM_022051 54583 Hs.444450 NM_022051 ENSG00000135766 EGLN1 C1orf12|ECYT3|HALAH|HIF-PH2|HIFPH2|HPH-2|HPH2|PHD2|SM20|ZMYND6 egl-9 family hypoxia inducible factor 1 protein-coding 2.180 2.023 1.957 2.596 1.994 0.662 1.010 0.923 1.504 0.474 1.534 0.941 0.317 0.300 0.613 1.451 0.948 0.239 1.253 0.355 1.129 0.744 0.802 0.665 1.160 1.225 1.093 0.869 1.022 0.335 0.950 1.338 0.835 2.517 0.270 0.911 0.194 0.794 0.123 0.293 1.325 2.128 1.384 0.882 1.168 0.550 1.352 1.165 2.623 1.268 2.043 1.452 1.451 0.704 1.280 1.160 0.637 0.633 0.218 1.432 1.015 1.417 0.269 0.538 0.775 0.848 0.758 1.367 1.645 1.590 2.426 2.612 2.461 nan 0.807 2.811 2.722 1.080 1.757 nan 1.955 1.638 1.791 0.647 1.200 0.781 0.707 1.245 1.781 nan 0.831 10130 chr7 2899709 2915659 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -23725 NM_001293092 2768 Hs.487341 NM_007353 ENSG00000146535 GNA12 NNX3|RMP|gep G protein subunit alpha 12 protein-coding 1.292 1.336 1.755 2.950 0.470 0.382 1.871 0.288 0.523 0.695 1.096 3.048 0.020 0.132 0.290 0.667 0.409 0.192 1.697 0.944 0.298 0.018 0.424 0.226 0.840 2.382 2.192 0.212 0.815 0.660 2.750 nan 2.079 nan 1.127 2.013 0.144 0.181 0.098 1.638 0.213 3.849 0.827 0.514 1.317 1.064 2.335 5.917 0.669 1.341 0.327 2.513 0.667 1.949 2.432 0.840 1.641 0.378 0.361 1.200 1.589 1.710 0.255 0.054 2.632 1.025 0.998 1.570 2.099 0.485 nan 0.817 0.809 nan 0.662 0.882 0.815 0.344 0.686 nan 2.612 0.486 0.562 0.959 0.899 0.438 0.667 0.292 0.266 0.986 0.700 3017 chr12 122515677 122530045 + 0 NA intron (NM_014938, intron 1 of 16) MIRc|SINE|MIR 6227 NM_014938 22877 Hs.437153 NM_014938 ENSG00000175727 MLXIP MIR|MONDOA|bHLHe36 MLX interacting protein protein-coding 1.933 1.665 1.236 2.098 1.151 1.047 1.572 0.884 1.655 0.597 0.921 1.093 0.095 0.758 2.052 0.752 0.430 0.131 1.404 0.550 0.260 0.231 0.735 0.490 1.505 0.970 0.571 0.768 1.253 0.746 1.236 2.243 0.693 2.204 0.807 0.803 0.273 0.799 0.152 0.394 0.706 0.486 0.653 0.547 0.872 0.608 1.353 0.599 1.810 1.196 0.557 0.920 0.752 1.249 0.709 1.505 0.461 0.754 0.220 1.466 0.619 0.599 6.032 0.319 0.495 0.180 0.127 1.530 2.022 0.952 1.387 1.982 1.885 nan 0.758 2.462 2.304 1.434 2.096 3.067 4.096 1.659 1.697 3.709 6.741 1.321 1.500 0.785 1.031 1.909 1.070 9035 chr5 82103369 82110745 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -28917 NR_039773 100616297 NR_039773 ENSG00000283359 MIR3977 - microRNA 3977 ncRNA 0.680 1.115 0.612 0.120 0.071 0.015 0.048 0.151 0.327 0.191 0.087 0.055 0.132 0.330 0.185 0.093 0.028 0.060 0.022 0.022 0.090 0.020 0.019 0.064 0.056 0.062 0.153 0.105 0.307 0.079 0.114 0.052 0.073 0.094 0.010 0.079 0.016 0.021 0.045 0.021 0.078 0.013 0.022 0.048 0.064 0.037 0.330 0.039 0.063 0.090 0.050 0.055 0.056 0.022 0.015 0.067 0.134 0.021 0.635 0.291 7.321 2.218 0.205 0.253 0.106 0.049 0.222 0.266 0.462 0.626 0.246 0.193 0.303 0.170 0.085 0.205 0.363 0.301 0.164 nan 0.269 0.306 1095 chr1 211649710 211668887 + 0 NA intron (NM_183059, intron 1 of 2) AluSx3|SINE|Alu 6961 NM_001164688 343035 Hs.632495 NM_183059 ENSG00000198570 RD3 C1orf36|LCA12 retinal degeneration 3 protein-coding 1.667 1.679 2.232 0.104 0.109 0.081 0.230 0.259 0.409 0.010 0.133 0.163 0.011 0.031 0.027 0.984 0.147 0.075 0.061 0.010 0.023 0.029 0.246 0.168 0.136 0.108 0.057 0.058 0.081 0.041 0.100 0.267 0.115 nan 0.023 0.138 0.163 0.045 0.091 0.006 0.077 0.082 0.035 0.020 0.056 0.069 0.160 0.141 0.227 0.073 0.056 0.144 0.984 0.081 0.053 0.136 0.137 0.043 0.147 0.107 0.064 0.062 0.052 4.290 0.036 0.030 0.004 0.394 0.372 0.409 0.628 0.628 0.755 nan 0.372 0.507 0.506 0.453 nan 0.382 0.498 1.521 1.330 0.177 0.158 0.551 0.682 3.960 10.269 0.905 0.706 2975 chr12 116694738 116716639 + 0 NA intron (NM_015335, intron 1 of 30) intron (NM_015335, intron 1 of 30) 9303 NM_015335 23389 Hs.603766 NM_015335 ENSG00000123066 MED13L MRFACD|PROSIT240|THRAP2|TRAP240L mediator complex subunit 13 like protein-coding nan nan 1.122 0.741 0.568 0.335 0.476 0.366 0.469 0.435 0.740 0.563 3.713 0.391 1.001 0.722 0.891 0.172 0.564 0.052 0.147 0.373 0.388 0.322 0.853 0.309 0.307 0.549 0.483 0.149 0.726 1.469 0.660 1.668 0.198 0.245 0.193 0.845 0.125 0.140 0.229 0.702 0.661 0.377 0.219 0.231 1.056 1.087 2.046 0.911 1.284 1.067 0.722 0.645 0.413 0.853 0.396 0.500 0.159 1.276 0.477 0.586 0.339 0.644 0.206 0.605 0.619 0.851 0.888 1.032 1.215 nan nan nan 0.391 2.758 2.558 2.572 3.241 nan nan 1.222 1.052 0.624 1.260 0.987 0.999 1.970 1.990 nan 0.507 6734 chr2 235400992 235423479 + 0 NA Intergenic Intergenic -6538 NM_001282431 10123 Hs.111554 NM_005737 ENSG00000188042 ARL4C ARL7|LAK ADP ribosylation factor like GTPase 4C protein-coding 2.439 nan 2.245 0.898 0.861 1.510 1.323 0.809 1.520 0.280 0.386 0.617 0.130 0.338 1.026 2.489 0.156 0.072 0.712 0.506 0.101 0.037 0.802 0.581 1.658 0.967 0.696 0.356 0.184 0.174 0.244 0.954 0.757 5.398 1.277 0.196 0.574 0.120 0.124 1.186 0.551 0.455 0.260 0.219 0.141 0.290 1.542 1.633 1.219 1.171 0.605 0.121 2.489 0.638 1.231 1.658 0.087 0.297 0.323 1.048 1.223 0.843 0.101 0.403 0.938 1.332 1.413 0.368 0.271 0.828 1.359 2.783 1.827 3.392 1.076 0.552 0.616 0.859 1.187 1.633 nan 1.179 1.534 0.376 0.536 1.592 1.664 1.165 2.620 1.330 0.749 10038 chr6 156348024 156355666 + 0 NA Intergenic Intergenic 83914 NR_031606 100302259 NR_031606 ENSG00000221456 MIR1202 MIRN1202|hsa-mir-1202 microRNA 1202 ncRNA nan 0.688 0.649 0.080 0.131 0.091 0.084 0.377 0.847 0.025 0.061 0.048 0.053 0.038 0.136 0.189 0.068 0.043 0.114 0.096 0.008 0.008 0.103 0.073 0.748 0.045 0.010 0.016 0.053 0.125 nan 0.024 0.346 0.045 0.112 0.038 0.066 0.069 0.026 0.802 0.121 0.050 0.015 0.029 0.093 0.051 0.164 0.053 0.093 0.051 0.130 0.189 0.145 0.058 0.748 0.052 1.450 0.032 0.044 0.344 0.052 0.315 0.189 0.020 0.015 0.033 2.833 3.241 1.511 0.670 0.380 nan 7.304 5.750 1.225 1.120 0.070 0.220 0.528 0.858 0.703 0.329 0.835 1.623 0.177 0.211 0.410 nan 0.231 0.287 1883 chr11 33708882 33732498 + 0 NA intron (NM_001166692, intron 1 of 1) intron (NM_001166692, intron 1 of 1) 1596 NM_001166692 100131378 Hs.709466 NM_001166692 ENSG00000205177 C11orf91 - chromosome 11 open reading frame 91 protein-coding 0.899 2.441 nan 5.870 0.365 0.621 5.130 0.197 0.310 0.944 1.609 2.112 0.039 0.072 0.258 1.523 0.524 0.041 2.375 1.492 1.150 0.030 0.504 0.217 0.479 2.510 2.037 0.170 1.413 2.010 1.415 2.790 1.374 4.721 1.146 0.174 0.251 0.216 0.121 1.641 0.054 4.418 4.924 1.972 2.627 1.167 2.019 4.524 1.038 2.454 2.071 0.657 1.523 1.835 5.600 0.479 0.460 0.933 0.278 1.271 0.296 2.181 0.067 0.188 2.058 1.604 1.755 0.762 0.758 1.167 3.671 0.909 0.919 0.572 0.229 0.483 0.438 2.489 3.015 0.338 0.522 0.517 0.364 0.356 0.421 1.098 1.158 0.371 nan 1.151 0.810 11287 chr8 129131479 129145410 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -23918 NR_031613 100302281 NR_031613 ENSG00000221261 MIR1208 MIRN1208|hsa-mir-1208 microRNA 1208 ncRNA nan nan nan 1.640 0.273 0.031 4.307 0.301 0.432 0.502 1.806 67.736 0.031 0.071 0.070 0.054 1.201 0.083 3.431 2.601 2.209 0.054 0.076 0.058 0.069 2.644 1.586 0.206 1.482 2.072 0.800 1.966 0.577 nan 1.608 1.408 0.034 0.125 0.080 2.787 0.117 5.092 1.200 0.927 4.154 0.274 0.845 4.521 0.997 1.196 0.943 0.602 0.054 3.130 6.931 0.069 0.325 0.131 0.080 1.941 0.114 15.903 0.085 0.129 0.965 2.939 3.365 13.832 14.895 1.958 1.651 0.478 0.504 1.491 0.483 nan nan 0.412 0.788 1.368 1.217 0.462 0.252 0.506 0.912 0.107 0.137 0.289 0.459 0.302 0.422 4691 chr17 30500376 30527723 + 0 NA intron (NM_001033566, intron 8 of 19) AluSz6|SINE|Alu -35459 NR_002222 503640 Hs.631752 NR_002222 ARGFXP2 - arginine-fifty homeobox pseudogene 2 pseudo nan 1.201 1.012 0.141 0.144 0.106 0.455 0.153 0.381 0.329 0.047 0.018 0.044 0.139 0.079 0.202 0.156 0.682 0.230 0.072 0.025 0.091 0.081 0.065 0.442 0.277 0.040 0.565 0.346 0.136 0.182 0.213 0.358 0.124 0.152 0.038 0.166 0.249 0.074 0.181 0.118 0.031 0.020 0.458 0.291 0.188 0.164 0.301 0.065 0.035 0.107 0.079 0.282 0.071 0.065 0.071 0.086 0.043 0.067 0.041 0.176 0.058 2.526 0.078 0.051 0.041 0.355 0.354 0.222 0.315 nan 0.445 0.434 0.196 0.386 0.364 0.358 0.605 0.444 0.500 nan 0.993 0.169 0.221 0.159 0.214 1.825 6.048 0.500 0.310 11779 chr9 129168155 129214373 + 0 NA intron (NM_033446, intron 7 of 9) intron (NM_033446, intron 7 of 9) -18481 NR_045006 641373 Hs.742606 NR_045006 NRON NCRNA00194 non-protein coding RNA, repressor of NFAT ncRNA nan nan 0.870 0.069 3.103 1.906 0.531 3.074 5.807 0.012 0.081 0.106 0.011 0.115 6.687 0.478 0.098 0.059 0.635 0.474 0.065 0.009 1.240 0.422 2.720 0.210 0.077 0.046 0.226 0.112 0.419 1.612 0.170 nan 0.572 0.084 0.206 0.036 0.078 0.094 0.660 0.118 0.039 0.040 0.080 0.237 0.120 0.100 0.069 0.067 0.100 0.143 0.478 0.675 0.136 2.720 0.061 0.064 0.254 0.067 1.034 0.319 0.478 0.130 0.091 0.027 0.015 0.485 0.777 0.554 0.645 2.236 2.361 2.474 0.745 0.922 0.868 0.734 nan 5.956 4.988 0.920 0.809 0.659 0.702 1.177 1.361 0.337 0.835 nan 1.057 6618 chr2 210245245 210269009 + 0 NA Intergenic Intergenic -31644 NM_001039538 4133 Hs.368281 NM_002374 ENSG00000078018 MAP2 MAP2A|MAP2B|MAP2C microtubule associated protein 2 protein-coding nan 2.141 nan 0.349 0.194 0.111 0.274 0.403 0.657 0.148 0.186 0.306 0.175 0.033 0.116 0.343 0.298 0.068 0.246 0.097 0.159 0.018 0.096 0.158 0.241 0.113 0.049 0.012 0.155 0.075 0.456 0.770 0.530 0.544 0.366 0.330 0.030 3.762 0.156 0.065 0.135 0.101 0.061 0.100 0.078 0.071 0.131 0.106 0.055 0.109 0.080 0.162 0.343 0.754 0.197 0.241 0.169 0.101 0.027 0.073 0.107 0.217 0.033 0.062 0.080 0.053 0.030 0.309 0.165 0.215 0.593 0.252 0.318 0.914 0.277 0.369 0.362 0.442 0.640 1.044 nan 0.445 0.199 0.111 0.236 0.114 0.229 0.267 0.449 0.323 0.334 1846 chr11 21574069 21591669 + 0 NA intron (NM_201551, intron 16 of 18) intron (NM_201551, intron 16 of 18) -631853 NM_213599 203859 Hs.154329 NM_213599 ENSG00000171714 ANO5 GDD1|LGMD2L|TMEM16E anoctamin 5 protein-coding 0.868 1.042 1.014 0.271 0.330 0.054 0.024 0.200 0.294 0.011 0.070 0.041 0.049 0.045 0.152 0.124 0.068 0.073 0.055 0.011 0.016 0.934 0.422 0.536 0.004 0.004 0.181 0.006 0.128 0.428 0.073 0.471 0.042 0.027 1.075 0.049 0.085 0.020 0.086 0.061 0.010 0.465 0.385 0.061 0.140 0.176 0.008 0.150 0.030 0.124 0.024 0.016 0.536 0.111 0.014 0.010 0.035 0.015 0.428 0.143 0.009 0.115 0.037 0.856 0.560 2.164 3.743 0.414 0.587 2.195 1.107 0.262 0.228 0.335 0.517 0.726 0.892 0.412 0.190 0.418 0.875 3.265 3.613 0.291 0.481 0.774 0.485 9064 chr5 92495515 92501316 + 0 NA Intergenic Intergenic 408634 NR_109825 441094 Hs.457407 NR_015369 ENSG00000237187 NR2F1-AS1 - NR2F1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.286 0.694 2.603 0.030 0.066 3.759 0.056 0.208 1.940 0.726 1.235 0.150 0.086 0.071 0.310 2.312 0.113 2.352 1.239 2.554 1.169 0.055 0.074 2.195 1.803 0.051 3.732 4.823 3.222 3.468 6.866 0.210 2.235 0.028 0.114 0.056 0.151 1.643 0.095 0.665 0.998 0.786 2.966 2.133 3.556 1.377 0.120 0.568 0.040 0.286 0.310 1.203 1.372 1.100 0.042 0.133 0.100 0.035 0.937 0.107 1.784 11.454 13.985 0.258 0.120 0.585 0.471 0.151 0.307 0.243 0.094 0.158 0.152 0.619 0.901 0.304 0.225 0.579 0.164 0.026 0.123 0.340 0.593 0.227 nan 0.575 0.508 4832 chr17 46547280 46612452 + 0 NA Intergenic Intergenic 28406 NM_002144 3211 Hs.99992 NM_002144 ENSG00000120094 HOXB1 HCFP3|HOX2|HOX2I|Hox-2.9 homeobox B1 protein-coding 0.680 2.815 nan 0.292 1.176 0.611 2.322 0.888 1.676 0.067 0.658 0.887 0.065 0.118 2.597 0.091 0.096 0.099 0.758 0.562 0.056 0.139 1.544 0.713 1.343 1.445 0.885 0.079 0.117 1.200 1.409 nan 0.853 4.427 0.319 0.104 0.588 0.087 0.125 1.363 0.035 2.402 0.943 0.544 0.907 0.391 0.615 3.193 0.894 1.543 0.141 0.445 0.091 0.539 1.207 1.343 0.161 0.975 0.024 0.229 0.555 0.334 0.041 0.051 1.323 3.209 2.664 0.387 0.343 0.125 0.216 1.176 nan 1.853 1.031 0.489 0.537 0.177 0.346 1.974 nan 0.396 0.157 0.181 0.237 1.655 1.323 0.127 0.215 2.087 1.105 133 chr1 19353743 19403635 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -95863 NM_001136265 126917 Hs.466625 NM_001136265 ENSG00000169991 IFFO2 - intermediate filament family orphan 2 protein-coding 0.683 0.659 nan 0.243 0.342 1.872 0.461 0.155 0.353 0.033 0.169 0.278 0.019 0.084 1.035 0.326 0.081 0.083 0.220 0.179 0.048 0.025 0.104 0.090 0.065 0.247 0.120 0.488 0.069 0.068 0.105 0.558 0.161 9.198 0.195 0.328 0.030 0.057 0.104 0.031 0.058 0.156 0.360 0.195 0.550 0.079 0.137 0.146 0.234 0.137 0.016 0.153 0.326 0.220 0.312 0.065 0.091 0.073 0.213 0.164 1.107 0.216 0.032 0.057 0.057 0.063 0.036 0.292 0.222 0.218 0.415 0.697 0.670 0.389 0.124 0.326 nan 0.201 nan 0.634 0.607 nan 0.235 0.158 0.187 0.183 0.144 0.180 0.308 1.222 0.741 11047 chr8 73602339 73612044 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) intron (NM_004770, intron 2 of 2) -37089 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.259 0.862 0.988 0.045 0.523 0.063 0.015 0.412 0.866 0.010 0.080 0.029 0.019 0.103 0.322 0.080 0.138 0.151 0.033 0.020 0.322 0.241 1.171 0.007 0.022 0.042 0.041 0.070 0.138 0.531 0.045 0.039 0.495 0.090 0.096 0.139 0.038 0.012 0.016 0.011 0.071 0.090 0.155 0.025 0.102 0.640 0.049 0.080 0.037 0.019 1.171 0.050 0.052 0.018 0.386 0.033 3.977 0.420 0.008 0.018 0.015 3.238 2.955 6.074 1.722 0.644 0.879 1.912 0.728 7.361 7.330 0.684 1.082 0.823 0.745 0.483 0.228 3.575 5.663 1.098 1.721 0.415 0.946 1.239 0.814 2515 chr12 15931554 15956259 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -1396 NM_004447 2059 Hs.591160 NM_004447 ENSG00000151491 EPS8 DFNB102 epidermal growth factor receptor pathway substrate 8 protein-coding 1.538 1.331 1.898 1.282 1.868 1.126 1.623 0.383 0.829 0.182 0.385 1.514 0.590 0.873 0.797 0.305 0.354 0.052 0.831 0.353 0.164 0.106 0.468 0.319 0.544 0.962 0.620 0.063 3.457 1.172 1.402 3.467 1.223 2.857 0.880 0.065 0.047 0.118 0.117 0.339 0.838 0.518 0.173 0.117 1.798 1.634 1.339 1.177 1.380 1.201 0.565 0.321 0.305 1.206 1.431 0.544 0.217 0.352 0.004 0.586 0.267 1.172 0.480 0.635 0.105 0.093 0.057 0.868 0.734 0.977 1.285 nan 1.655 2.165 0.711 0.887 0.914 0.770 0.990 1.320 1.669 0.850 0.878 0.564 1.009 0.433 0.270 0.954 2.020 0.700 0.445 5017 chr17 75115183 75173208 + 0 NA intron (NM_001204410, intron 4 of 17) intron (NM_001204410, intron 4 of 17) 7190 NM_003003 6397 Hs.464184 NM_003003 ENSG00000129657 SEC14L1 PRELID4A|SEC14L SEC14 like lipid binding 1 protein-coding 1.296 1.913 1.346 0.677 1.270 0.305 2.540 0.519 0.925 0.561 1.197 1.541 0.197 0.251 0.900 0.610 1.307 0.302 1.935 0.791 0.475 0.127 2.013 1.109 1.559 0.806 0.567 0.614 0.629 0.759 1.040 2.548 0.768 1.873 1.457 0.509 0.767 0.430 0.152 0.777 0.321 1.477 0.787 0.383 0.938 0.533 0.689 2.245 0.607 1.441 0.337 0.885 0.610 2.510 1.975 1.559 0.378 0.460 0.180 0.674 0.978 1.827 1.181 0.192 1.396 1.394 1.234 2.947 2.477 1.510 1.267 1.207 1.331 4.046 1.404 9.478 9.611 nan 1.259 1.730 2.511 1.098 0.762 1.111 1.508 2.298 2.869 0.581 0.963 nan 0.956 11434 chr9 6679661 6684821 + 0 NA Intergenic Intergenic -36549 NM_000170 2731 Hs.584238 NM_000170 ENSG00000178445 GLDC GCE|GCSP|HYGN1 glycine decarboxylase protein-coding 4.464 7.794 5.456 3.342 5.938 5.605 4.320 2.946 5.647 1.309 1.454 0.770 2.043 0.601 3.570 7.078 2.795 0.758 3.429 1.033 3.604 2.522 3.201 1.808 4.185 1.686 2.463 2.540 2.974 0.514 2.589 3.234 1.951 9.441 2.595 3.961 1.661 2.796 0.203 1.415 3.745 2.573 4.161 1.711 2.804 3.459 3.418 2.770 4.184 4.535 2.722 1.397 7.078 5.230 4.241 4.185 1.848 2.008 1.109 1.822 2.207 1.781 1.746 1.656 2.278 3.693 2.651 3.443 4.234 4.065 5.671 9.604 8.173 9.850 5.354 9.549 10.420 9.642 10.927 6.957 10.945 7.523 9.196 4.582 5.747 9.628 8.973 6.343 nan 7.190 4.111 2605 chr12 32251306 32272866 + 0 NA intron (NM_001003398, intron 1 of 8) intron (NM_001003398, intron 1 of 8) 2345 NM_001354188 636 Hs.505202 NM_001714 ENSG00000151746 BICD1 BICD BICD cargo adaptor 1 protein-coding 2.206 nan 1.713 1.698 1.213 0.490 1.873 0.394 0.651 0.532 2.652 1.193 0.601 0.463 0.852 1.291 0.589 0.143 1.958 0.805 1.623 0.212 0.520 0.371 1.161 1.348 1.066 0.377 1.607 0.753 0.766 1.729 0.836 1.812 0.807 0.823 0.719 0.653 0.151 1.194 1.020 1.440 0.914 0.574 0.694 0.851 1.156 2.471 1.107 2.558 0.549 0.280 1.291 4.016 2.605 1.161 0.245 0.250 0.333 1.995 0.513 0.975 0.290 0.773 3.154 1.060 0.835 1.143 1.155 1.331 2.620 2.509 2.422 1.537 0.530 2.079 2.213 2.005 2.447 0.730 1.088 2.460 2.462 0.623 1.191 2.880 3.944 1.542 2.849 0.867 0.743 10776 chr7 157941544 157951402 + 0 NA intron (NM_130842, intron 5 of 21) L2a|LINE|L2 299196 NR_038966 100506585 Hs.661265 NR_038966 ENSG00000233038 LOC100506585 - uncharacterized LOC100506585 ncRNA 0.545 0.419 nan 0.014 0.155 0.243 0.060 0.569 1.084 0.010 0.071 0.046 0.018 0.109 1.447 3.079 0.069 0.114 0.042 0.013 0.053 0.353 0.234 5.960 0.007 0.046 0.007 0.138 0.011 0.327 2.800 0.187 4.594 0.015 0.088 0.146 0.056 0.230 0.012 0.185 0.214 0.053 0.035 0.069 0.059 0.234 0.495 0.029 0.000 0.056 3.079 0.030 0.017 5.960 0.065 0.964 0.339 0.876 0.307 0.509 0.037 0.031 0.029 0.015 1.129 2.265 0.133 0.129 0.439 0.506 0.713 0.252 0.037 0.067 0.125 0.206 2.053 3.245 0.887 0.416 0.964 1.045 0.672 0.735 0.069 0.163 0.857 0.582 56 chr1 7425599 7451916 + 0 NA intron (NM_001349608, intron 4 of 21) L1MB5|LINE|L1 11057 NR_146200 102725193 Hs.666120 NR_146199 ENSG00000237728 LOC102725193 - uncharacterized LOC102725193 ncRNA 1.019 nan 0.944 0.096 2.572 5.220 0.171 0.627 1.130 0.047 0.335 0.264 0.019 0.422 1.622 0.727 0.148 0.067 0.028 0.029 0.032 0.426 0.212 0.900 0.155 0.057 0.201 0.053 0.004 0.071 nan 0.064 5.662 0.033 0.253 0.116 0.057 0.096 0.013 0.154 0.168 0.039 0.015 0.025 0.050 0.040 0.204 0.201 0.143 0.048 0.394 0.727 0.073 0.035 0.900 0.149 0.471 0.315 0.387 0.964 0.093 0.840 0.137 0.064 0.015 0.012 0.580 0.760 0.172 0.329 1.758 1.845 1.486 0.471 0.237 0.212 0.285 nan nan 4.577 nan 0.343 1.484 1.783 0.490 0.594 0.372 0.619 1.241 0.815 10171 chr7 12498244 12530428 + 0 NA Intergenic Intergenic -21719 NR_136261 102725191 Hs.602382 NR_136261 ENSG00000226690 LOC102725191 - uncharacterized LOC102725191 ncRNA nan 1.001 nan 0.192 0.232 0.024 0.040 0.380 0.677 0.012 0.136 0.174 0.015 0.049 0.094 0.100 0.137 0.105 0.092 0.052 0.045 0.034 0.228 0.185 0.210 0.063 0.025 0.005 0.121 0.049 0.098 0.174 0.166 0.327 0.073 0.089 0.066 0.071 0.169 0.048 0.123 0.075 0.011 0.014 0.051 0.021 0.164 0.107 0.051 0.040 0.022 0.092 0.100 0.044 0.062 0.210 0.038 0.034 0.051 0.024 0.126 0.057 3.996 0.058 0.045 0.016 0.017 nan 1.833 0.509 0.329 0.600 0.850 0.756 0.270 5.759 5.646 1.397 1.562 0.739 0.646 0.312 0.146 2.090 3.715 0.165 0.348 0.288 0.421 1.012 0.624 3977 chr15 59031021 59036490 + 0 NA intron (NM_001110, intron 1 of 15) intron (NM_001110, intron 1 of 15) 8422 NM_001110 102 Hs.172028 NM_001110 ENSG00000137845 ADAM10 AD10|AD18|CD156c|CDw156|HsT18717|MADM|RAK|kuz ADAM metallopeptidase domain 10 protein-coding 0.797 0.798 0.940 0.703 0.133 0.061 0.100 0.123 0.442 0.035 0.198 0.218 0.053 0.078 0.140 0.193 0.097 0.036 0.058 0.050 0.105 0.071 0.312 0.255 0.054 0.322 0.138 0.059 0.060 0.389 0.136 0.430 0.134 0.079 0.018 0.040 0.110 0.021 0.058 0.147 0.077 0.042 0.123 0.043 0.212 0.200 0.505 0.170 0.014 0.133 0.140 0.053 0.151 0.312 0.179 0.164 0.090 0.095 1.026 0.337 0.098 0.084 0.009 1.606 1.360 11.134 4.627 0.713 0.942 0.231 0.087 2.661 2.752 0.556 0.874 0.563 0.687 1.646 0.805 0.847 1.559 0.137 0.166 0.715 1.371 0.190 0.229 7567 chr3 37976080 37989960 + 0 NA intron (NM_001008392, intron 1 of 7) AluSz6|SINE|Alu -27875 NR_029499 407015 NR_029499 ENSG00000199075 MIR26A1 MIR26A|MIRN26A1|mir-26a-1 microRNA 26a-1 ncRNA 1.017 0.564 1.155 1.151 0.094 0.024 1.099 0.093 0.137 1.096 0.479 2.447 4.771 0.187 0.057 0.091 1.282 0.209 0.151 0.055 0.027 0.068 0.024 0.106 0.340 0.201 0.607 0.258 0.965 0.592 1.283 0.761 0.539 0.599 0.034 0.109 0.092 0.647 0.047 1.100 1.008 0.527 0.242 0.237 2.515 0.617 0.983 0.317 0.814 0.380 0.091 0.635 0.228 0.106 0.397 0.955 0.028 0.201 0.022 0.762 0.035 0.804 1.627 0.657 0.518 0.316 0.255 2.194 7.451 0.279 0.329 0.095 0.049 0.171 0.211 0.729 nan 0.295 0.305 2.064 2.251 0.155 0.158 0.036 0.069 0.413 0.870 0.344 0.398 6623 chr2 210408621 210422682 + 0 NA intron (NM_001039538, intron 2 of 14) intron (NM_001039538, intron 2 of 14) -28752 NM_031845 4133 Hs.368281 NM_002374 ENSG00000078018 MAP2 MAP2A|MAP2B|MAP2C microtubule associated protein 2 protein-coding nan 0.952 nan 0.129 0.262 0.150 0.151 0.170 0.386 0.034 0.123 0.428 0.022 0.064 0.101 0.347 0.368 0.171 0.112 0.035 0.250 0.018 0.189 0.173 0.334 0.158 0.040 0.016 0.084 0.022 0.096 0.175 0.131 0.465 0.042 0.223 0.095 0.493 0.073 0.042 0.373 0.105 0.022 0.011 0.024 0.036 0.048 0.078 0.110 0.101 0.011 0.079 0.347 0.061 0.086 0.334 0.018 0.053 0.014 0.050 0.094 0.039 0.042 0.230 0.054 0.029 0.007 0.317 0.252 0.323 0.543 0.286 0.331 0.470 0.194 0.446 0.488 3.117 3.483 0.905 nan 1.291 0.741 0.153 0.231 0.230 0.363 0.361 0.704 0.413 0.350 4282 chr16 20815905 20822790 + 0 NA intron (NM_001144924, intron 2 of 18) MER1B|DNA|hAT-Charlie -1552 NM_001142725 112479 Hs.248437 NM_080663 ENSG00000196678 ERI2 EXOD1|ZGRF5 ERI1 exoribonuclease family member 2 protein-coding 3.510 2.607 nan 3.199 4.807 3.345 1.510 1.671 2.913 1.167 2.946 1.275 0.498 2.197 1.954 2.065 1.075 0.188 1.694 0.608 2.108 0.564 1.550 0.740 4.347 2.066 2.503 1.353 2.986 0.656 2.783 5.387 1.836 6.461 0.784 2.558 0.689 1.731 0.094 0.978 1.531 2.558 2.224 0.953 2.034 1.533 1.624 2.275 2.052 1.928 2.924 2.042 2.065 1.793 3.846 4.347 0.962 0.935 0.803 2.342 1.577 2.019 1.017 1.058 1.425 1.790 1.092 3.464 3.071 1.955 2.552 5.199 4.256 nan 3.941 9.592 9.557 2.858 3.759 8.227 11.995 3.979 4.032 2.161 3.210 4.399 4.631 2.220 3.184 3.205 1.751 9371 chr5 179229403 179236429 + 0 NA promoter-TSS (NM_001142298) promoter-TSS (NM_001142298) -472 NM_001142298 8878 Hs.587290 NM_003900 ENSG00000161011 SQSTM1 A170|DMRV|FTDALS3|NADGP|OSIL|PDB3|ZIP3|p60|p62|p62B sequestosome 1 protein-coding 3.471 4.552 2.940 4.434 2.609 5.954 3.527 1.272 1.914 1.284 4.711 1.804 0.468 2.411 6.019 2.269 1.188 0.283 3.522 1.076 3.548 1.060 2.212 0.830 4.925 3.520 4.651 2.330 6.161 1.941 3.721 5.342 2.584 7.601 1.126 3.863 1.233 2.942 0.146 1.680 3.000 3.715 6.000 2.956 3.629 2.362 3.060 3.880 6.750 7.759 3.753 4.234 2.269 3.271 3.605 4.925 1.547 1.385 0.753 4.961 2.182 1.661 1.447 0.580 1.278 3.106 2.323 1.367 2.496 3.013 nan 6.525 6.103 4.483 1.669 2.766 2.529 1.408 nan 4.294 5.050 1.838 1.919 1.461 3.119 5.003 3.978 1.545 1.680 1.279 0.746 8770 chr5 12882150 12891662 + 0 NA intron (NR_147005, intron 4 of 4) MLT1F2-int|LTR|ERVL-MaLR 146092 NR_147005 105374658 NR_147005 LINC02220 - long intergenic non-protein coding RNA 2220 ncRNA nan nan nan 0.046 0.285 0.030 0.067 0.084 0.276 0.001 0.124 0.020 0.008 0.010 0.091 0.283 0.261 0.226 0.242 0.040 0.029 0.113 0.156 0.038 0.023 0.079 0.011 0.146 0.262 0.122 nan 0.016 0.148 0.010 0.046 0.108 0.116 0.013 0.017 0.011 0.049 0.101 0.053 0.009 0.022 0.034 0.050 0.283 0.105 0.058 0.038 0.051 0.053 0.012 0.075 0.083 0.023 0.066 0.016 0.018 0.001 0.453 0.271 0.273 0.234 0.279 0.381 0.149 0.089 0.125 0.158 4.587 4.437 0.455 0.545 1.145 0.580 0.108 0.201 0.098 0.081 0.454 nan 1.059 0.650 6819 chr20 6492238 6499675 + 0 NA intron (NR_109953, intron 3 of 3) intron (NR_109953, intron 3 of 3) 88577 NR_109953 101929244 Hs.542488 NR_109953 ENSG00000229876 CASC20 - cancer susceptibility 20 (non-protein coding) ncRNA 0.882 1.158 0.563 0.117 0.200 0.058 0.019 0.064 0.137 0.012 0.115 0.050 0.017 0.013 0.035 0.377 0.090 0.109 0.068 0.077 0.009 0.056 0.105 0.088 0.113 0.064 0.140 0.192 0.124 0.366 0.078 0.128 0.026 0.044 0.072 0.016 0.063 0.100 0.032 0.014 0.031 0.168 0.067 0.044 0.068 0.032 0.009 0.377 0.059 0.074 0.113 0.049 0.085 0.015 0.068 0.021 0.040 0.016 0.050 0.023 0.007 0.537 0.260 9.875 3.071 0.407 0.323 1.037 0.140 0.534 0.520 0.289 0.408 0.368 0.449 0.609 0.213 0.340 0.339 0.125 0.216 0.224 0.363 0.705 0.477 11294 chr8 129982499 130008574 + 0 NA Intergenic Intergenic -17289 NR_145483 106144608 NR_145483 ENSG00000229140 LINC00976 - long intergenic non-protein coding RNA 976 ncRNA nan nan nan 0.271 0.200 0.017 0.186 0.111 0.250 0.022 0.161 0.113 0.012 0.046 0.076 0.074 0.507 0.067 0.154 0.022 0.051 4.692 0.048 0.078 0.097 0.114 0.055 0.017 0.136 0.073 0.124 0.302 0.111 nan 0.034 0.392 0.015 0.049 0.095 0.209 0.052 0.304 0.072 0.072 0.183 0.156 0.103 0.865 0.081 0.082 0.021 0.051 0.074 0.077 0.043 0.097 0.023 0.086 0.056 0.069 0.152 0.021 0.049 0.156 0.020 0.015 0.016 0.264 0.157 0.228 0.320 0.347 0.523 0.173 0.097 nan nan 0.861 1.147 0.258 0.196 0.355 0.211 0.173 0.238 0.070 0.091 0.323 0.914 0.179 0.293 5966 chr2 25531754 25538348 + 0 NA intron (NM_175629, intron 2 of 22) intron (NM_175629, intron 2 of 22) 16539 NR_031570 100302246 NR_031570 ENSG00000221445 MIR1301 MIRN1301|hsa-mir-1301|mir-1301 microRNA 1301 ncRNA 2.862 1.600 3.662 0.055 3.088 4.092 0.442 1.044 2.295 0.088 0.192 0.190 0.028 0.878 2.412 1.774 0.132 0.048 0.241 0.057 0.092 0.094 4.348 1.756 1.461 0.084 0.032 0.379 0.146 0.016 0.391 1.632 0.162 7.733 0.110 0.106 0.917 0.265 0.073 0.072 0.798 0.269 0.114 0.091 0.033 0.255 0.176 0.091 0.453 0.216 0.018 0.285 1.774 0.258 0.070 1.461 0.068 0.050 1.497 0.364 2.470 0.204 1.124 2.632 0.126 0.017 0.030 2.224 4.620 0.693 0.887 5.847 5.307 5.579 1.374 3.718 3.988 1.898 2.677 8.705 nan 1.702 2.004 1.042 1.565 2.065 1.955 2.069 6.863 2.949 1.567 5552 chr19 14089297 14099421 + 0 NA exon (NM_002918, exon 3 of 21) exon (NM_002918, exon 3 of 21) 22775 NM_002918 5989 Hs.655215 NM_002918 ENSG00000132005 RFX1 EFC|RFX regulatory factor X1 protein-coding 1.577 1.989 1.300 0.093 2.475 4.094 1.724 1.084 2.319 0.038 0.605 0.072 0.183 1.454 2.794 1.295 0.147 0.047 2.004 1.103 0.050 0.015 1.238 0.555 3.409 1.913 2.323 0.196 4.348 1.082 3.367 nan 1.880 0.967 0.505 0.116 0.592 0.097 0.074 0.686 1.232 0.171 0.447 0.309 2.433 2.285 0.142 0.202 0.193 0.255 0.008 0.067 1.295 2.521 0.073 3.409 0.049 0.139 2.058 0.206 0.542 0.528 0.660 0.335 0.202 0.028 2.395 3.850 0.429 0.693 5.817 5.759 5.174 1.843 1.276 1.402 0.381 0.765 6.908 6.609 2.372 2.281 1.130 1.314 2.719 2.082 0.676 1.058 2.433 1.520 4038 chr15 69843362 69858737 + 0 NA Intergenic Intergenic -3010 NR_026979 145837 Hs.410126 NR_026979 DRAIC - downregulated RNA in cancer, inhibitor of cell invasion and migration ncRNA 0.701 1.050 nan 0.391 0.809 0.284 0.583 1.603 3.251 0.311 0.245 1.015 0.032 2.876 0.659 0.342 0.280 0.073 0.370 0.124 1.092 0.018 2.182 2.120 5.316 0.793 0.373 0.793 0.162 0.055 0.193 0.830 0.289 2.865 0.580 3.114 0.661 0.056 0.085 0.271 0.300 0.438 0.102 0.062 0.084 0.805 0.314 0.297 3.020 0.078 3.557 0.697 0.342 1.043 0.096 5.316 0.662 0.885 0.067 0.585 0.841 0.507 0.212 0.114 0.133 0.422 0.254 0.345 0.264 0.338 0.727 1.570 2.634 nan 0.643 0.144 0.130 0.183 0.390 2.376 5.147 0.555 0.335 0.237 0.429 1.952 1.531 0.308 0.711 2.458 1.245 9483 chr6 19971624 20040025 + 0 NA Intergenic Intergenic 168223 NM_001546 3400 Hs.519601 NM_001546 ENSG00000172201 ID4 IDB4|bHLHb27 inhibitor of DNA binding 4, HLH protein protein-coding 1.334 nan 1.037 0.073 0.293 0.574 0.039 1.520 2.906 0.010 0.068 0.042 0.014 0.043 0.130 0.375 0.111 0.099 0.109 0.022 0.036 0.024 0.618 0.314 3.514 0.015 0.021 0.013 0.059 0.008 0.063 0.173 0.146 1.059 0.083 0.038 0.157 0.054 0.090 0.012 0.719 0.127 0.024 0.017 0.016 0.026 0.058 0.058 0.041 0.043 0.023 0.028 0.375 0.091 0.022 3.514 0.033 0.044 0.287 0.036 0.101 0.029 0.033 0.457 0.031 0.008 0.008 0.387 0.277 0.296 0.564 2.556 2.850 6.385 2.077 0.213 0.239 0.455 0.634 0.376 0.405 0.608 0.439 0.182 0.232 0.916 0.949 0.750 1.791 2.055 1.038 2225 chr11 107429441 107437650 + 0 NA intron (NM_001301010, intron 1 of 11) intron (NM_001301010, intron 1 of 11) 2916 NM_138775 91801 Hs.503763 NM_138775 ENSG00000137760 ALKBH8 ABH8|TRM9|TRMT9|TRMT9A alkB homolog 8, tRNA methyltransferase protein-coding 1.043 1.032 0.771 1.079 0.666 0.416 3.003 0.326 0.512 0.723 1.132 2.181 0.107 0.182 0.607 0.544 0.199 0.060 2.021 1.200 1.188 0.186 0.536 0.331 0.596 1.598 1.622 0.521 2.317 1.420 1.438 2.375 0.674 2.338 2.920 0.890 0.290 0.660 0.102 2.233 0.271 5.840 1.522 0.600 2.982 2.822 2.281 2.405 0.476 1.871 0.518 0.625 0.544 1.256 8.661 0.596 0.673 0.872 0.037 1.295 0.606 2.502 1.148 0.418 1.092 3.445 4.043 5.424 6.376 1.299 1.808 1.552 1.583 2.636 0.863 2.145 2.365 1.963 2.793 2.296 2.506 2.084 1.761 1.858 2.868 1.230 1.784 0.755 1.452 1.247 0.834 6087 chr2 47253847 47273680 + 0 NA intron (NM_001288955, intron 14 of 18) AluJr|SINE|Alu -94769 NM_001171511 90411 Hs.662152 NM_139279 ENSG00000180398 MCFD2 F5F8D|F5F8D2|LMAN1IP|SDNSF multiple coagulation factor deficiency 2 protein-coding 1.918 nan 2.122 3.969 0.558 1.951 6.268 0.195 0.364 0.741 2.226 1.687 1.814 0.157 0.377 0.645 1.533 0.186 3.592 2.040 3.418 0.049 0.908 0.277 0.428 2.651 2.248 0.901 3.184 2.454 2.849 nan 2.281 0.960 2.744 1.188 0.033 0.104 0.082 2.862 0.104 4.488 4.114 1.662 3.177 2.560 2.956 5.136 1.837 3.229 0.254 1.640 0.645 9.807 5.904 0.428 0.991 1.523 0.410 1.614 0.420 2.673 0.099 0.443 3.810 5.561 5.010 0.569 0.796 0.798 2.983 nan 0.619 2.988 1.042 0.777 0.849 0.583 1.032 2.234 3.365 0.750 0.574 0.596 0.691 0.209 0.232 0.852 nan nan 1.275 30 chr1 2361760 2371315 + 0 NA Intergenic Intergenic -22527 NM_153818 5192 Hs.732228 NM_002617 ENSG00000157911 PEX10 NALD|PBD6A|PBD6B|RNF69 peroxisomal biogenesis factor 10 protein-coding 1.525 nan 1.420 0.052 0.129 2.318 0.156 0.194 0.357 0.020 0.049 0.067 0.007 0.020 0.092 0.314 0.095 0.017 0.044 0.020 0.027 0.029 0.017 0.076 0.043 0.046 0.051 0.042 0.017 0.106 nan 0.083 0.583 0.016 0.023 0.030 0.027 0.068 0.192 0.093 0.059 0.066 0.023 0.054 0.051 0.114 0.068 0.038 0.063 0.314 0.068 0.058 0.064 0.052 1.946 0.141 0.063 0.017 0.237 0.055 0.008 0.012 0.011 0.847 1.472 0.123 0.141 0.695 0.747 1.002 0.231 0.256 0.266 0.920 nan nan 0.415 nan 0.923 0.431 0.570 0.162 0.090 0.189 0.236 0.342 0.379 7988 chr3 169656546 169669274 + 0 NA non-coding (NR_027622, exon 2 of 2) non-coding (NR_027622, exon 2 of 2) 21612 NR_024409 100128164 Hs.633070 NR_024409 ENSG00000239219 LOC100128164 - four and a half LIM domains 1 pseudogene pseudo 0.977 1.876 0.814 0.127 0.338 0.240 0.035 0.328 0.428 0.008 0.107 0.036 0.259 0.402 0.189 0.181 0.212 0.076 0.092 0.022 0.009 0.192 0.227 0.384 0.071 0.029 0.052 0.235 0.124 0.556 3.094 4.688 0.696 0.081 0.055 0.045 0.043 0.079 0.009 0.070 0.161 0.024 0.025 0.029 0.061 0.145 0.117 0.049 0.055 0.025 0.100 0.181 0.128 0.030 0.384 0.067 0.098 0.023 0.048 0.031 0.047 0.078 0.018 0.005 0.008 0.343 0.238 0.205 0.191 0.542 0.606 1.328 0.442 0.236 0.233 0.174 0.333 nan 1.349 nan 0.218 0.267 0.382 0.146 0.171 0.230 0.326 0.546 0.551 11713 chr9 112790557 112797526 + 0 NA intron (NM_147150, intron 7 of 9) intron (NM_147150, intron 7 of 9) -16837 NM_001004065 11217 Hs.591908 NM_001004065 ENSG00000241978 AKAP2 AKAP-2|AKAPKL|MISP2|PRKA2 A-kinase anchoring protein 2 protein-coding 0.556 0.798 nan 0.041 0.486 0.039 6.380 0.184 0.230 0.819 1.734 1.139 0.114 0.015 0.076 0.051 2.569 0.230 1.850 1.085 1.242 0.060 0.127 0.052 0.209 1.638 1.118 0.095 4.473 1.865 0.161 nan 0.638 0.426 0.794 0.103 0.042 0.063 0.072 0.829 0.045 2.036 2.532 1.289 1.191 1.111 0.373 0.918 0.082 0.432 0.125 0.476 0.051 1.305 0.346 0.209 0.194 0.277 0.014 0.232 0.142 1.774 0.056 0.036 1.242 0.760 0.329 0.113 0.077 0.311 0.986 0.403 0.439 1.139 0.353 0.277 0.231 0.237 0.460 0.221 nan 0.526 0.196 0.170 0.113 0.224 0.452 0.097 0.230 nan 0.609 11350 chr8 142153412 142172913 + 0 NA intron (NR_148197, intron 7 of 23) intron (NR_148197, intron 7 of 23) 24451 NR_148197 22898 Hs.18166 NM_014957 ENSG00000105339 DENND3 - DENN domain containing 3 protein-coding 1.717 0.760 nan 1.427 0.211 0.184 3.702 0.453 0.799 0.474 2.011 1.407 2.069 0.156 0.219 0.440 1.172 0.455 1.556 0.770 0.240 0.071 0.160 0.047 0.282 1.939 1.945 0.107 2.871 1.593 0.531 1.206 0.951 0.683 1.137 3.372 0.049 0.083 0.089 1.131 0.180 2.620 2.407 0.886 1.325 0.905 0.751 1.989 2.538 1.551 0.899 0.830 0.440 3.235 2.178 0.282 0.731 2.739 0.489 0.185 0.182 0.768 0.334 0.101 0.712 0.068 0.031 0.487 0.493 0.502 1.552 nan 0.937 nan 0.187 0.579 0.549 0.317 0.623 0.771 0.881 0.663 0.393 0.633 0.887 0.163 0.238 0.371 0.550 0.443 0.400 3038 chr12 125549100 125585497 + 0 NA intron (NM_023928, intron 3 of 17) AluSg|SINE|Alu 17385 NM_001319839 65985 Hs.656073 NM_023928 ENSG00000081760 AACS ACSF1|SUR-5 acetoacetyl-CoA synthetase protein-coding 1.041 1.517 1.826 0.292 1.573 2.166 0.572 1.030 2.018 0.150 0.150 0.205 0.043 0.514 2.203 0.564 0.178 0.137 0.323 0.177 0.079 0.088 0.781 0.514 1.800 0.476 0.327 0.199 0.247 0.087 0.350 0.919 0.220 3.586 0.269 0.529 0.174 0.291 0.105 0.149 0.136 0.220 0.131 0.101 0.129 0.107 0.312 0.187 0.539 0.316 0.903 0.523 0.564 0.266 0.199 1.800 0.276 0.068 0.238 0.377 0.860 0.127 0.494 0.298 0.096 0.066 0.031 0.883 1.121 0.816 0.775 2.581 3.003 nan 0.842 0.442 0.545 0.548 0.815 4.529 5.047 0.728 0.695 0.664 1.022 0.500 0.639 0.581 1.104 2.017 1.117 2151 chr11 85950243 85958168 + 0 NA Intergenic Intergenic -1221 NM_001308007 8726 Hs.503510 NM_003797 ENSG00000074266 EED COGIS|HEED|WAIT1 embryonic ectoderm development protein-coding 1.837 2.057 1.574 1.439 2.944 2.390 1.782 1.864 2.875 0.889 1.845 1.069 1.685 1.140 2.184 1.384 0.830 0.060 1.602 0.573 1.470 0.646 1.426 0.711 1.934 1.431 1.473 0.688 1.469 1.032 1.906 3.606 2.085 5.524 1.114 1.458 0.864 2.396 0.087 1.055 1.781 5.575 2.601 1.102 2.628 1.307 3.782 3.034 2.178 1.393 0.897 2.245 1.384 1.764 2.906 1.934 1.144 1.804 4.023 1.527 1.118 1.775 1.386 0.966 1.077 0.843 0.544 6.737 5.885 7.426 6.005 5.847 6.541 4.205 3.198 11.327 12.426 3.423 3.660 4.752 6.093 4.605 3.888 3.212 5.500 4.082 4.761 2.982 3.058 2.289 1.270 618 chr1 117361460 117376904 + 0 NA Intergenic Intergenic 72130 NM_001328609 914 Hs.523500 NM_001767 ENSG00000116824 CD2 LFA-2|SRBC|T11 CD2 molecule protein-coding nan 1.222 1.653 0.149 0.539 0.113 0.369 0.407 0.849 0.006 0.060 0.398 0.016 0.852 1.160 2.091 0.348 0.199 0.451 0.394 0.061 0.549 0.268 2.506 0.082 0.037 0.048 0.097 0.082 0.147 1.181 0.065 2.732 0.207 0.738 0.393 0.028 0.105 0.313 0.092 0.137 0.113 0.116 0.078 0.102 0.169 0.207 0.105 0.115 0.438 0.350 2.091 0.160 0.117 2.506 0.064 0.126 1.453 0.107 2.814 0.092 0.786 0.481 0.462 0.302 0.228 0.735 1.866 1.209 2.689 5.873 nan 0.798 0.256 0.229 0.295 3.339 3.728 1.794 1.251 2.651 2.790 0.673 1.302 1.716 2.377 0.776 1.993 2.133 1.267 848 chr1 165187599 165212487 + 0 NA intron (NM_177398, intron 4 of 8) MIR3|SINE|MIR 125435 NM_001174069 4009 Hs.667312 NM_177398 ENSG00000162761 LMX1A LMX1|LMX1.1 LIM homeobox transcription factor 1 alpha protein-coding 2.602 nan 1.288 0.072 0.573 1.405 0.051 0.741 1.086 0.011 0.060 0.044 0.005 0.124 0.776 1.385 0.145 0.125 0.034 0.011 1.149 0.494 0.708 0.039 0.026 0.009 0.085 0.008 0.074 0.067 0.074 2.680 0.012 0.077 1.207 0.030 0.105 0.005 0.660 0.104 0.022 0.009 0.039 0.032 0.094 0.089 0.043 0.050 0.009 0.053 1.385 0.054 0.041 0.708 0.044 0.016 0.479 0.025 0.098 0.054 2.825 3.170 0.015 0.023 0.012 0.989 2.264 0.590 0.637 2.118 nan 0.554 0.213 0.127 0.125 0.635 0.880 1.543 nan 3.878 3.974 1.733 3.804 3.984 3.663 3.361 6.087 1.382 0.966 8843 chr5 33309578 33317767 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 83831 NR_147008 105374716 Hs.582475 NR_147008 ENSG00000251443 LINC02160 - long intergenic non-protein coding RNA 2160 ncRNA 0.584 1.048 nan 0.465 0.226 0.007 2.415 0.177 0.095 0.122 0.401 0.374 0.007 0.086 0.058 0.046 0.371 0.256 6.128 4.201 0.130 0.034 0.153 0.192 0.045 0.160 0.044 0.009 4.613 2.353 1.069 3.646 1.344 0.294 3.329 0.157 0.035 0.027 0.157 1.383 0.020 0.374 0.096 0.124 3.093 0.138 0.294 0.171 0.109 0.017 0.145 0.390 0.046 3.608 0.437 0.045 0.555 0.375 0.048 0.093 0.247 3.461 0.059 0.016 0.305 0.028 0.044 0.419 0.149 0.305 0.394 0.235 0.312 0.145 0.074 0.148 0.155 0.236 0.456 0.177 0.299 0.468 0.110 0.232 0.251 0.082 0.130 0.105 0.168 0.238 0.421 10612 chr7 114992546 115000908 + 0 NA Intergenic Intergenic -125318 NR_126407 104355291 NR_126407 ENSG00000233607 LINC01392 - long intergenic non-protein coding RNA 1392 ncRNA nan 0.734 0.953 0.086 0.283 0.033 0.106 0.115 0.207 0.012 0.102 0.165 0.014 0.060 0.149 0.214 0.160 0.077 0.180 0.046 0.015 0.050 0.093 0.207 0.272 0.051 0.008 0.017 0.097 0.025 0.057 0.196 0.232 0.345 0.052 0.083 1.300 0.051 0.190 0.028 0.140 0.140 0.029 0.065 0.046 0.160 0.074 0.116 0.060 0.038 0.097 0.214 0.034 0.089 0.272 0.015 0.111 0.047 0.072 0.121 0.037 0.071 0.088 0.009 0.007 0.006 0.336 0.257 0.371 0.428 0.195 0.258 0.132 0.131 0.283 0.207 0.736 0.743 1.015 0.910 0.562 0.312 0.151 0.324 4.154 6.366 0.385 0.632 0.797 0.695 11519 chr9 33712582 33722415 + 0 NA Intergenic HAL1b|LINE|L1 20916 NR_109755 101929688 Hs.372465 NR_109755 ENSG00000233776 LINC01251 - long intergenic non-protein coding RNA 1251 ncRNA 1.364 nan 0.871 0.117 0.313 0.116 0.044 0.164 0.647 0.030 0.062 0.080 0.025 0.020 0.090 0.274 0.115 0.066 0.043 0.057 0.025 4.173 2.280 0.671 0.035 0.036 0.075 0.098 0.010 0.114 0.325 0.173 0.537 0.030 0.057 0.389 0.055 0.089 1.117 0.113 0.067 0.048 0.077 0.015 0.128 0.091 0.157 0.102 0.112 0.141 0.274 0.065 0.132 0.671 0.150 0.116 0.070 0.137 0.315 0.056 0.071 0.255 0.015 0.030 0.011 0.200 0.158 0.298 0.346 1.137 0.975 7.394 2.409 0.329 0.315 0.288 0.660 0.323 0.294 1.174 1.250 0.225 0.310 2.940 1.695 0.470 1.026 3.890 1.918 6472 chr2 169374103 169415575 + 0 NA intron (NM_203463, intron 1 of 9) L2a|LINE|L2 -44614 NR_039933 100616356 NR_039933 ENSG00000265694 MIR4774 - microRNA 4774 ncRNA 1.117 1.015 nan 0.220 0.503 0.044 0.287 0.163 0.361 0.071 0.097 0.190 0.439 0.044 0.088 0.275 0.714 0.143 0.756 0.234 0.146 0.018 0.140 0.141 0.190 0.079 0.021 0.041 0.131 0.190 0.341 1.105 0.301 0.492 0.414 0.099 0.030 0.076 0.093 0.111 0.136 0.151 0.060 0.036 0.126 0.195 0.142 0.103 0.116 0.120 0.021 0.185 0.275 0.316 0.067 0.190 0.084 0.186 0.066 0.081 0.044 0.177 1.471 0.816 0.147 0.037 0.011 0.612 0.485 4.127 2.984 0.302 0.347 0.593 0.189 1.706 1.714 1.007 1.209 0.606 0.572 1.374 1.111 1.232 2.058 0.142 0.283 1.058 3.407 0.279 0.262 1904 chr11 35832819 35844330 + 0 NA Intergenic Intergenic -126957 NM_174902 143458 Hs.745134 NM_174902 ENSG00000179241 LDLRAD3 LRAD3 low density lipoprotein receptor class A domain containing 3 protein-coding 0.832 1.237 nan 0.318 2.167 0.158 0.332 0.543 1.116 0.183 0.359 0.201 0.048 0.096 0.223 0.436 0.260 0.112 0.128 0.017 0.148 0.024 0.873 0.475 5.220 0.159 0.100 0.083 0.450 0.076 0.294 0.140 0.292 0.949 0.038 0.118 0.685 0.076 0.104 0.093 0.332 0.408 0.237 0.129 0.114 0.073 0.407 0.348 0.170 0.240 0.140 0.116 0.436 0.092 0.369 5.220 0.021 0.072 0.228 0.198 0.273 0.158 0.138 0.377 0.106 0.080 0.022 0.696 0.634 1.130 2.470 4.278 4.329 3.375 1.361 0.546 0.591 1.103 1.791 1.307 1.255 1.005 1.017 0.263 0.425 2.352 1.763 0.642 nan 1.876 0.872 11413 chr9 2837200 2845205 + 0 NA intron (NM_014878, intron 1 of 17) L1MD3|LINE|L1 2928 NM_014878 9933 Hs.493309 NM_014878 ENSG00000080608 PUM3 HA-8|HLA-HA8|KIAA0020|PEN|PUF-A|PUF6|XTP5 pumilio RNA binding family member 3 protein-coding 1.573 2.398 1.626 1.171 1.485 0.438 1.282 0.796 1.559 0.416 0.361 0.765 0.186 0.063 1.219 1.936 1.129 0.242 0.966 0.299 0.570 0.283 0.956 0.730 1.075 0.476 0.456 0.739 0.927 0.106 0.687 0.775 0.170 4.631 0.749 1.054 0.298 1.018 0.111 0.475 0.497 0.666 0.852 0.371 0.901 0.509 0.872 1.182 1.301 1.189 0.893 0.592 1.936 1.190 0.752 1.075 0.522 0.357 0.484 0.599 0.693 0.375 7.827 0.425 0.448 0.856 0.584 1.315 1.498 2.056 3.063 2.401 2.592 4.301 1.404 4.531 4.692 4.044 5.156 2.485 3.860 3.099 3.211 5.026 7.096 2.056 2.552 1.651 nan 3.582 1.951 5043 chr17 76960521 77009533 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -8966 NM_005567 3959 Hs.514535 NM_005567 ENSG00000108679 LGALS3BP 90K|BTBD17B|CyCAP|M2BP|MAC-2-BP|TANGO10B|gp90 galectin 3 binding protein protein-coding 1.705 2.003 1.960 1.111 1.291 0.810 2.413 0.853 1.522 0.342 1.473 0.911 0.066 0.566 2.056 1.079 0.909 0.275 1.580 0.550 1.438 0.155 0.990 0.567 0.916 0.803 0.649 0.356 0.740 0.422 2.389 6.879 1.109 2.951 0.726 1.212 0.281 0.340 0.114 0.557 0.505 0.974 0.552 0.285 0.803 0.410 0.795 0.999 0.935 0.633 0.391 1.864 1.079 1.236 0.505 0.916 1.270 2.280 0.412 0.960 1.051 0.444 0.468 0.218 0.601 0.331 0.186 1.517 2.198 0.802 1.228 2.294 2.367 2.696 0.722 0.897 0.924 nan 1.425 2.937 3.399 2.436 2.358 0.858 1.383 1.093 1.362 0.543 0.988 nan 0.702 1761 chr11 2911189 2926778 + 0 NA intron (NM_001302862, intron 2 of 2) intron (NM_001302862, intron 2 of 2) -1968 NM_183233 5002 Hs.50868 NM_002555 ENSG00000110628 SLC22A18 BWR1A|BWSCR1A|HET|IMPT1|ITM|ORCTL2|SLC22A1L|TSSC5|p45-BWR1A solute carrier family 22 member 18 protein-coding 0.829 1.895 1.524 1.722 0.471 0.594 5.669 0.770 1.363 0.171 1.572 0.394 0.072 1.395 0.160 0.981 0.410 0.093 2.458 1.011 0.866 0.258 0.217 0.179 0.660 1.931 1.906 0.743 1.831 1.810 3.643 9.587 3.862 2.995 1.210 0.995 0.147 0.718 0.070 1.965 0.046 1.796 1.397 0.780 1.788 1.097 0.628 2.290 2.323 2.066 2.043 1.381 0.981 3.408 4.677 0.660 0.628 0.588 0.093 1.957 1.114 0.922 0.367 0.088 1.096 0.558 0.522 2.419 3.530 0.795 1.197 1.734 1.137 2.346 0.628 1.127 1.284 0.757 1.046 0.437 0.765 0.818 0.646 1.448 1.443 0.936 0.838 0.155 0.276 1.304 0.791 8177 chr3 194405934 194413761 + 0 NA TTS (NM_153690) TTS (NM_153690) 3225 NM_153690 131583 Hs.435080 NM_153690 ENSG00000185112 FAM43A - family with sequence similarity 43 member A protein-coding nan 1.869 1.316 0.350 1.592 3.252 1.109 2.522 4.616 0.121 0.357 0.200 0.015 0.051 3.753 1.308 4.115 0.394 0.339 0.145 0.049 0.070 0.159 0.242 0.904 1.069 0.402 0.253 0.534 0.107 0.897 nan 0.182 11.082 0.375 0.096 0.660 0.331 0.058 0.482 0.566 0.498 1.100 0.767 0.067 0.186 0.209 0.423 0.363 1.005 0.433 0.414 1.308 0.364 1.145 0.904 0.093 0.337 0.975 1.025 0.104 0.265 0.152 0.539 0.223 0.824 1.123 0.285 0.433 0.933 1.609 1.787 1.628 0.849 0.323 0.985 1.118 0.358 0.709 2.618 1.808 3.675 4.696 0.275 0.619 1.873 2.348 0.466 0.969 0.395 0.430 9894 chr6 124516219 124530035 + 0 NA intron (NM_001300737, intron 2 of 7) intron (NM_001300737, intron 2 of 7) -81024 NM_001300740 154215 Hs.656604 NM_153355 ENSG00000188580 NKAIN2 FAM77B|NKAIP2|TCBA|TCBA1 sodium/potassium transporting ATPase interacting 2 protein-coding 0.841 1.014 0.994 0.016 0.452 0.210 0.016 1.269 2.478 0.063 0.280 0.031 0.079 0.309 0.120 0.130 0.117 0.110 0.027 0.018 0.040 0.707 0.745 0.337 0.005 0.016 0.058 0.007 0.053 0.137 0.089 0.432 0.021 0.051 1.457 0.024 0.113 0.025 0.023 0.027 0.004 0.022 0.016 0.011 0.111 0.007 0.006 0.067 0.011 0.014 0.120 0.031 0.007 0.337 0.027 0.006 0.042 0.037 0.105 0.034 0.050 0.014 0.011 0.017 0.007 0.449 0.354 0.263 0.271 0.470 0.590 4.542 1.445 0.494 0.364 1.640 1.632 1.479 1.312 0.400 0.217 0.178 0.187 4.065 5.380 0.260 0.340 0.618 0.375 8674 chr4 187571265 187583373 + 0 NA intron (NM_005245, intron 3 of 26) MER74A|LTR|ERVL 67668 NM_005245 2195 Hs.481371 NM_005245 ENSG00000083857 FAT1 CDHF7|CDHR8|FAT|ME5|hFat1 FAT atypical cadherin 1 protein-coding nan 0.704 nan 0.301 0.635 0.282 0.067 0.172 0.023 0.256 0.118 0.020 0.041 0.030 0.717 0.069 0.092 0.306 0.158 0.169 0.246 0.172 3.429 0.164 0.060 0.085 0.079 0.017 0.085 0.146 0.088 0.720 0.337 0.140 0.008 0.077 0.067 0.088 0.190 0.030 0.077 0.071 0.027 0.038 0.129 0.172 0.376 0.140 0.347 0.109 0.717 0.405 0.130 3.429 0.171 0.051 0.033 0.029 1.197 0.211 0.039 0.011 0.131 0.599 0.465 0.524 0.705 1.922 2.341 0.464 0.467 0.061 0.024 0.231 0.163 0.102 0.104 0.948 1.018 0.315 0.153 0.157 0.196 0.554 0.671 0.056 0.104 0.151 0.210 6856 chr20 15791968 15838606 + 0 NA intron (NM_001033087, intron 4 of 13) L2c|LINE|L2 88672 NR_130925 613266 Hs.309149 NR_130924 LOC613266 - uncharacterized LOC613266 ncRNA 1.050 nan 1.011 0.054 0.108 0.012 0.027 0.093 0.211 0.084 0.077 0.012 0.025 0.030 0.086 0.151 0.227 0.089 0.038 0.012 0.020 0.012 0.047 0.092 0.087 0.004 0.012 0.008 0.072 0.011 0.095 0.292 0.096 0.361 0.069 0.063 0.045 0.035 0.085 0.013 0.133 0.057 0.019 0.008 0.012 0.038 0.180 0.103 0.049 0.027 0.034 0.064 0.151 0.035 0.016 0.087 0.063 0.053 0.084 0.030 0.046 0.039 0.081 2.511 0.023 0.014 0.014 0.724 0.523 0.170 0.322 0.321 0.408 0.155 0.080 0.329 0.287 0.792 0.939 0.374 0.420 2.036 1.678 0.173 0.333 0.215 0.252 1.223 3.947 0.488 0.492 5758 chr19 48100839 48114050 + 0 NA Intergenic Intergenic -4009 NM_015711 29998 Hs.97244 NM_015711 ENSG00000063169 BICRA GLTSCR1 BRD4 interacting chromatin remodeling complex associated protein protein-coding 2.738 2.136 2.572 3.452 2.059 1.192 1.915 1.812 3.197 2.340 3.724 2.276 0.710 1.490 1.941 1.773 1.569 0.562 2.067 0.734 2.403 1.251 0.953 0.516 2.409 0.782 0.806 1.086 3.567 1.217 1.919 nan 2.312 3.278 0.453 1.469 0.294 3.401 0.203 0.628 0.288 5.537 3.149 1.460 1.306 1.266 4.529 2.141 4.013 2.196 1.945 1.768 1.773 2.473 2.327 2.409 1.336 2.991 0.603 3.097 1.160 1.454 0.732 0.945 1.356 1.826 1.481 1.255 1.577 2.148 3.558 3.296 3.296 3.531 1.347 3.703 3.573 1.585 2.544 2.148 3.297 3.089 2.711 0.991 1.628 1.051 0.965 1.855 2.558 1.777 0.885 2662 chr12 50633572 50655586 + 0 NA intron (NM_001113546, intron 1 of 10) MIRb|SINE|MIR -16584 NR_031625 100302220 NR_031625 ENSG00000221604 MIR1293 MIRN1293|hsa-mir-1293|mir-1293 microRNA 1293 ncRNA nan 0.944 1.528 0.901 0.145 0.173 2.514 0.187 0.396 2.569 0.396 1.411 4.550 0.181 0.289 0.348 1.143 0.329 1.553 0.972 0.172 0.038 0.135 0.210 0.277 2.510 1.566 1.601 0.900 1.027 0.598 2.978 1.346 0.241 1.027 0.252 0.034 0.075 0.100 0.347 0.083 0.516 0.357 0.185 0.655 1.582 2.807 1.160 1.451 0.626 0.439 2.102 0.348 1.444 0.504 0.277 0.289 4.254 0.119 0.976 0.083 1.944 0.099 0.190 0.791 3.733 4.054 nan 0.349 1.091 2.254 0.523 nan 0.934 0.346 0.400 0.390 0.668 nan 0.745 nan 0.514 0.219 0.213 0.383 0.172 0.158 0.349 0.982 0.992 0.693 1492 chr10 63591947 63603869 + 0 NA Intergenic Intergenic -63105 NM_032199 84159 Hs.535297 NM_032199 ENSG00000150347 ARID5B DESRT|MRF-2|MRF2 AT-rich interaction domain 5B protein-coding 0.670 nan 1.308 0.416 0.089 0.019 0.949 0.147 0.352 1.139 0.373 2.359 1.019 0.174 0.044 0.043 2.576 0.121 0.574 0.509 1.120 0.046 0.074 0.096 0.622 1.045 0.507 0.031 1.107 0.370 0.939 2.963 1.627 0.360 0.742 1.020 0.119 4.580 0.138 0.335 0.040 0.154 0.101 0.098 0.623 0.625 1.290 0.672 0.355 0.119 1.953 1.023 0.043 0.508 0.792 0.622 0.380 1.243 0.033 0.958 0.068 1.449 0.034 0.083 0.688 1.425 1.062 0.456 0.284 6.688 10.744 0.469 0.529 0.339 0.117 0.831 0.847 0.560 0.747 0.566 0.455 0.308 0.161 0.159 0.189 0.575 0.760 0.294 nan 0.791 0.508 7332 chr22 24127574 24133479 + 0 NA intron (NM_001007468, intron 1 of 8) Tigger8|DNA|TcMar-Tigger 1408 NM_001007468 6598 Hs.534350 NM_003073 ENSG00000099956 SMARCB1 BAF47|CSS3|INI1|MRD15|PPP1R144|RDT|RTPS1|SNF5|SNF5L1|SWNTS1|Sfh1p|Snr1|hSNFS SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1 protein-coding 2.610 nan 3.319 2.173 1.926 1.391 0.985 1.709 2.986 0.532 1.387 0.763 0.691 0.825 3.144 2.015 1.584 0.166 2.054 0.450 1.526 0.848 1.227 0.329 3.922 0.433 0.771 2.719 1.901 0.572 2.140 nan 2.174 6.900 0.496 0.962 0.694 1.897 0.123 0.441 1.775 1.970 1.183 0.661 0.535 0.742 1.580 1.163 1.709 2.953 0.963 1.445 2.015 2.699 1.085 3.922 0.433 1.051 1.255 1.976 1.992 1.618 1.195 0.887 1.255 0.536 0.336 3.407 3.465 3.498 5.336 5.029 5.735 3.211 1.536 7.185 7.642 3.082 4.423 3.810 5.561 4.320 3.749 2.121 3.254 2.448 3.205 2.797 2.914 5.998 3.228 6438 chr2 160466084 160476424 + 0 NA promoter-TSS (NR_110587) promoter-TSS (NR_110587) -551 NR_110588 643072 Hs.632541 NR_110587 LOC643072 - uncharacterized LOC643072 ncRNA 4.675 2.738 nan 1.750 3.519 3.173 1.270 3.422 6.656 1.075 2.388 0.928 0.882 1.641 1.904 2.573 2.424 0.136 1.765 0.441 2.566 1.327 2.424 1.818 3.809 1.394 1.440 0.658 1.226 0.682 2.192 2.587 1.897 4.792 0.540 3.843 0.967 2.393 0.089 1.310 1.816 0.918 1.457 0.768 1.226 0.649 1.467 0.940 1.693 1.805 1.271 2.087 2.573 1.314 0.959 3.809 0.769 1.251 1.050 1.390 0.953 1.557 1.913 3.221 2.032 1.216 0.875 4.011 4.495 5.858 7.423 5.899 5.598 4.062 1.636 10.194 10.689 4.526 4.942 4.523 7.146 9.316 9.163 3.104 4.400 4.434 5.865 8.329 7.729 2.616 1.356 10937 chr8 48421337 48453868 + 0 NA intron (NM_001352958, intron 10 of 21) intron (NM_001352958, intron 10 of 21) -129048 NM_001352959 23514 Hs.381058 NM_001080394 ENSG00000164808 SPIDR KIAA0146 scaffold protein involved in DNA repair protein-coding 1.156 nan 0.722 0.216 0.327 0.055 0.591 0.232 0.318 0.487 2.035 1.089 0.430 0.039 0.091 0.177 1.419 0.134 1.363 0.621 2.713 0.017 0.179 0.141 0.302 1.984 1.447 0.528 0.755 0.585 0.399 1.377 0.595 0.683 0.522 1.621 0.099 0.982 0.116 0.440 0.095 0.890 1.241 0.669 2.551 0.563 0.403 0.505 1.944 0.471 2.185 1.465 0.177 0.521 0.828 0.302 0.831 0.803 0.018 1.054 0.667 1.109 0.097 0.170 0.312 0.056 0.022 0.527 0.360 3.291 5.564 0.532 0.602 0.459 0.144 0.618 0.669 0.418 0.772 0.467 0.436 0.344 0.160 0.228 0.473 0.437 0.554 0.308 0.644 0.883 0.734 11342 chr8 141466130 141478177 + 0 NA Intergenic Intergenic -3475 NM_031466 83696 Hs.654911 NM_031466 ENSG00000167632 TRAPPC9 IBP|IKBKBBP|MRT13|NIBP|T1|TRS120 trafficking protein particle complex 9 protein-coding 4.292 3.014 nan 2.340 4.212 4.353 1.468 2.731 5.245 0.847 1.919 1.413 0.954 2.066 4.164 1.996 1.012 0.281 1.178 0.584 2.402 2.361 1.190 0.373 4.640 0.622 0.599 1.266 1.207 0.884 2.443 5.013 1.102 8.058 1.416 2.249 0.725 1.135 0.094 0.784 1.030 2.584 1.490 0.771 1.595 0.328 1.220 1.596 2.987 3.226 2.108 1.715 1.996 3.246 1.008 4.640 0.813 2.561 1.224 3.601 3.483 0.503 1.035 0.719 0.557 0.512 0.371 2.907 3.186 2.233 3.689 nan 7.770 nan 3.794 6.434 6.876 2.128 2.811 4.858 6.896 4.051 4.037 1.856 2.841 4.404 4.628 2.054 2.606 3.454 1.695 1100 chr1 212064463 212071539 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR 63698 NR_135820 102723727 Hs.147656 NR_135818 ENSG00000229258 LOC102723727 - uncharacterized LOC102723727 ncRNA 1.533 1.709 1.048 0.110 0.151 0.078 0.050 0.283 0.626 0.055 0.068 0.104 0.039 0.071 0.076 0.292 0.145 0.068 0.030 0.053 0.036 0.078 0.176 0.225 0.186 0.433 0.173 0.011 0.068 0.029 0.160 0.908 0.644 nan 0.021 0.166 2.669 0.138 0.144 0.024 0.145 0.086 0.076 0.011 0.315 0.010 0.202 0.172 1.783 0.030 0.210 1.604 0.292 0.074 0.013 0.186 0.120 0.697 0.111 0.039 0.259 0.056 0.014 0.140 0.021 0.024 0.028 0.346 0.383 3.507 2.435 0.496 0.440 nan 0.659 2.142 2.416 0.432 nan 0.598 0.666 0.371 0.177 0.111 0.138 6.383 8.940 0.362 0.763 1.032 0.719 2861 chr12 93818983 93824882 + 0 NA intron (NM_003348, intron 1 of 3) AluJb|SINE|Alu 14094 NM_003348 7334 Hs.524630 NM_003348 ENSG00000177889 UBE2N HEL-S-71|UBC13|UBCHBEN; UBC13|UbcH-ben|UbcH13 ubiquitin conjugating enzyme E2 N protein-coding 1.042 0.946 1.348 0.183 0.119 0.010 0.120 0.189 0.303 0.200 0.188 5.576 0.071 0.076 0.052 0.746 0.301 0.256 0.021 0.107 0.093 0.214 0.236 0.223 0.312 0.102 0.077 0.113 0.037 0.286 0.562 0.675 nan 0.049 0.122 0.016 0.219 0.151 0.040 0.093 0.094 0.089 0.053 0.074 0.143 0.346 0.152 0.433 0.254 0.066 0.224 0.052 0.193 0.126 0.223 0.146 0.042 0.115 0.097 0.017 0.107 0.086 1.185 0.090 0.029 0.058 0.352 0.369 0.215 0.394 0.462 0.675 0.420 0.139 0.480 0.526 1.040 nan 0.630 nan 0.641 0.565 0.164 0.397 0.128 0.171 0.993 2.326 0.467 0.531 9373 chr5 179750099 179763016 + 0 NA intron (NM_005110, intron 6 of 18) intron (NM_005110, intron 6 of 18) 23830 NM_005110 9945 Hs.696497 NM_005110 ENSG00000131459 GFPT2 GFAT|GFAT 2|GFAT2 glutamine-fructose-6-phosphate transaminase 2 protein-coding 0.587 0.634 0.738 0.040 0.082 0.245 2.012 0.075 0.100 0.237 1.935 1.659 0.024 0.031 0.076 0.115 0.064 0.149 1.640 1.337 0.078 0.021 0.074 0.043 0.083 1.518 1.014 0.079 0.649 0.695 0.237 0.789 0.147 0.577 0.996 2.538 0.037 0.117 0.082 0.646 0.018 2.894 2.709 1.220 1.411 0.382 0.830 4.425 0.676 0.191 0.055 0.762 0.115 1.024 0.832 0.083 0.437 0.134 0.060 0.166 0.047 2.253 0.015 0.067 3.013 8.293 8.937 0.153 0.137 0.292 nan 0.286 0.371 0.186 0.097 0.100 0.107 0.184 nan 0.096 0.124 0.410 0.231 0.141 0.215 0.149 0.129 0.187 0.319 0.210 0.272 8140 chr3 189465227 189483959 + 0 NA intron (NM_001114978, intron 3 of 12) intron (NM_001114978, intron 3 of 12) -32856 NM_001114980 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.053 1.250 0.812 0.180 0.119 0.051 0.452 0.315 0.418 0.404 0.096 0.094 1.440 0.027 0.056 0.233 0.179 0.163 0.476 0.173 0.338 0.022 0.200 0.203 0.083 0.316 0.065 0.012 0.275 0.129 1.360 2.858 1.092 0.605 0.699 0.087 0.125 0.029 0.073 0.006 0.106 1.725 0.035 0.023 0.226 0.391 1.705 0.123 0.197 0.061 0.088 0.863 0.233 0.633 0.111 0.083 0.147 0.496 0.031 0.284 0.027 0.283 0.021 0.151 0.076 0.022 0.016 0.275 0.127 0.221 0.594 0.320 0.391 4.428 1.291 0.317 0.261 0.189 0.310 0.399 0.466 0.585 0.263 0.094 0.141 0.605 0.536 0.286 0.648 0.647 0.469 1719 chr10 132936952 132944104 + 0 NA intron (NM_174937, intron 7 of 11) intron (NM_174937, intron 7 of 11) 47047 NR_120623 101927489 Hs.659317 NR_120623 ENSG00000230098 TCERG1L-AS1 - TCERG1L antisense RNA 1 ncRNA 0.433 1.442 0.510 0.010 1.943 1.098 0.050 2.851 5.350 0.014 0.098 0.052 0.028 0.880 0.310 0.041 0.002 0.058 0.017 0.132 0.187 9.686 0.010 0.010 0.020 0.029 0.015 0.067 0.370 0.049 0.951 0.053 0.162 0.016 0.092 0.022 0.127 0.021 0.022 0.022 0.128 0.057 0.010 0.046 0.310 0.069 9.686 0.017 0.093 0.083 0.016 0.113 0.044 0.111 0.008 0.216 0.066 0.058 0.107 2.376 3.265 5.882 2.362 0.052 0.067 0.056 0.088 7.653 7.128 0.166 0.075 0.376 0.610 0.573 0.311 0.069 0.076 1.901 1.032 8790 chr5 16536791 16555771 + 0 NA intron (NM_001034850, intron 3 of 8) AluJr|SINE|Alu -37174 NM_019000 54463 Hs.481704 NM_019000 ENSG00000154153 RETREG1 FAM134B|JK-1|JK1 reticulophagy regulator 1 protein-coding nan nan 4.811 0.092 2.623 0.115 0.201 0.211 0.553 0.197 0.101 0.142 0.045 1.089 0.042 0.221 0.246 0.235 0.630 0.393 0.123 0.002 0.448 0.289 0.717 0.595 0.228 0.023 1.269 0.111 0.213 0.553 0.565 nan 0.054 0.131 0.080 0.050 0.104 0.038 0.163 0.117 0.114 0.095 0.881 0.066 0.267 0.137 0.124 0.041 0.547 0.143 0.221 0.219 0.043 0.717 0.155 0.299 0.123 0.068 0.330 0.126 0.120 0.096 0.054 0.030 0.029 0.415 0.330 0.406 0.783 0.590 0.576 0.945 0.768 0.164 0.174 nan 2.157 0.789 1.003 0.942 0.868 0.236 0.309 0.447 0.665 0.305 nan 1.357 1.072 7505 chr3 9388397 9397329 + 0 NA Intergenic MLT1H2|LTR|ERVL-MaLR -11854 NM_001114092 25917 Hs.443081 NM_015453 ENSG00000134077 THUMPD3 - THUMP domain containing 3 protein-coding 0.712 1.838 0.805 0.859 0.560 0.299 3.413 0.108 0.258 0.298 0.174 0.187 0.388 1.828 0.081 0.212 0.175 0.036 4.638 2.377 0.092 0.047 0.192 0.083 0.081 0.270 0.186 0.057 2.611 2.478 1.781 5.866 2.506 0.566 1.537 0.186 0.053 0.073 0.071 0.713 0.106 0.156 0.152 0.105 2.209 3.788 0.496 0.592 0.441 0.304 0.902 1.759 0.212 2.122 0.496 0.081 0.644 0.428 0.021 0.052 0.082 0.828 0.156 0.096 0.377 0.045 0.023 0.189 0.322 1.324 5.593 0.448 0.726 1.946 0.526 0.402 0.418 0.371 0.516 1.603 1.791 0.512 0.260 0.347 0.651 0.329 0.314 0.340 0.645 0.698 0.379 5755 chr19 47728240 47736514 + 0 NA intron (NM_001127240, intron 1 of 3) intron (NM_001127240, intron 1 of 3) 2074 NM_014417 27113 Hs.467020 NM_014417 ENSG00000105327 BBC3 JFY-1|JFY1|PUMA BCL2 binding component 3 protein-coding 3.837 2.915 5.239 3.373 2.362 2.359 1.778 1.027 2.148 3.102 6.336 3.510 0.254 2.236 2.874 2.448 3.658 0.427 3.286 0.982 5.062 3.348 1.063 0.542 1.940 1.205 1.303 4.755 4.498 0.943 5.195 11.475 6.443 4.044 0.830 3.951 0.738 7.029 0.206 0.700 0.581 9.370 3.821 1.406 2.399 1.497 2.396 1.792 9.647 4.019 5.485 1.839 2.448 5.069 3.198 1.940 1.656 0.991 0.400 5.808 2.543 1.437 0.679 0.865 1.203 2.521 1.860 1.467 2.135 2.692 4.968 2.541 2.046 9.077 6.145 7.029 7.127 1.987 3.079 5.484 7.602 2.138 1.763 1.473 1.366 3.424 4.205 2.356 3.890 3.449 1.978 5849 chr2 2010605 2020699 + 0 NA intron (NM_015025, intron 4 of 24) L1MB8|LINE|L1 -267333 NM_012293 7837 Hs.332197 NM_012293 ENSG00000130508 PXDN ASGD7|COPOA|D2S448|D2S448E|MG50|PRG2|PXN|VPO peroxidasin protein-coding 0.669 0.642 0.670 0.050 0.053 0.235 0.029 0.238 0.395 0.061 0.054 0.006 0.029 0.172 0.421 0.090 0.129 0.042 0.025 0.201 0.196 0.224 0.007 0.007 0.014 0.081 0.078 0.278 0.055 0.716 0.015 0.063 0.019 0.033 0.146 0.012 0.340 0.155 0.018 0.016 0.022 0.057 0.144 0.081 0.035 0.015 0.019 0.421 0.071 0.037 0.224 0.012 0.041 2.340 0.052 0.060 0.111 0.473 0.480 0.179 0.023 0.020 0.732 1.282 0.193 0.360 0.579 0.646 2.941 0.458 0.120 0.169 2.025 3.002 0.849 0.764 4.860 6.697 0.396 0.496 0.281 0.366 1.351 3.053 0.400 0.424 7529 chr3 16841942 16851615 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -79674 NM_001144382 23228 Hs.202010 NM_015184 ENSG00000154822 PLCL2 PLCE2 phospholipase C like 2 protein-coding nan 1.021 2.487 0.092 0.027 0.034 0.066 0.221 0.040 0.089 0.032 0.013 0.052 0.111 0.026 0.086 0.064 0.078 0.019 0.007 0.098 0.051 0.062 0.021 0.015 0.112 0.022 0.034 0.067 0.036 0.287 0.016 0.039 0.256 0.034 0.082 0.012 0.378 0.111 0.056 0.024 0.012 0.031 0.099 0.113 0.050 0.044 0.008 0.049 0.026 0.029 0.062 0.025 0.051 1.197 0.006 0.242 0.032 0.061 1.513 0.008 0.012 0.005 0.528 0.586 0.330 0.295 0.598 0.511 0.102 0.044 0.137 0.131 2.438 2.563 0.492 0.462 8.505 8.431 0.181 0.228 1.141 1.185 1.800 4.652 0.543 0.556 71 chr1 9350639 9424344 + 0 NA intron (NM_025106, intron 1 of 2) intron (NM_025106, intron 1 of 2) 34550 NM_025106 80176 Hs.8261 NM_025106 ENSG00000171621 SPSB1 SSB-1|SSB1 splA/ryanodine receptor domain and SOCS box containing 1 protein-coding 1.084 nan 0.928 0.353 0.881 0.540 1.131 0.174 0.290 0.390 0.780 0.909 0.087 0.121 0.495 0.313 0.582 0.164 0.895 0.404 0.297 0.106 0.217 0.161 0.196 1.364 1.077 0.281 0.767 0.386 1.027 nan 0.494 0.671 0.568 0.653 0.022 0.263 0.105 0.249 0.124 0.695 0.265 0.145 0.505 0.391 0.454 0.480 1.060 0.498 0.168 0.684 0.313 1.303 1.240 0.196 0.409 0.902 0.207 0.478 0.569 0.480 0.042 0.322 0.430 0.098 0.055 0.331 0.415 0.428 0.650 2.145 1.760 0.104 0.069 0.478 0.470 0.221 nan nan 4.944 nan 0.571 0.234 0.274 0.118 0.127 0.563 1.102 0.353 0.375 1481 chr10 60383516 60413294 + 0 NA intron (NM_001080512, intron 2 of 20) intron (NM_001080512, intron 2 of 20) -76370 NR_027508 728640 Hs.729209 NR_027508 FAM133CP - family with sequence similarity 133, member A pseudogene pseudo 0.617 nan 0.785 0.459 0.083 0.026 0.081 0.171 0.275 0.107 0.577 1.984 0.008 0.030 0.036 0.034 1.511 0.086 0.094 0.039 3.283 0.023 0.063 0.089 0.048 0.026 0.024 0.008 0.057 0.001 0.051 0.125 0.694 0.316 0.064 0.048 0.026 0.033 0.058 0.048 0.080 0.120 0.024 0.026 0.033 0.036 0.084 0.288 0.730 0.110 0.098 0.045 0.034 0.034 0.031 0.048 0.062 0.037 0.003 0.049 0.031 0.095 0.027 0.145 0.173 1.704 2.054 0.330 0.120 0.287 0.585 0.183 0.183 0.136 0.075 0.219 0.167 0.205 0.366 0.178 0.193 0.170 0.082 0.059 0.111 0.110 0.166 0.295 nan 0.340 0.396 9666 chr6 44140555 44161147 + 0 NA intron (NM_007058, intron 20 of 22) intron (NM_007058, intron 20 of 22) 24303 NM_007058 11131 Hs.225953 NM_007058 ENSG00000137225 CAPN11 calpain11 calpain 11 protein-coding 1.019 0.687 0.890 0.126 0.259 0.060 0.379 0.494 0.737 0.018 0.133 0.063 0.024 0.063 0.194 0.199 0.102 0.071 0.224 0.028 0.065 0.081 0.207 0.157 0.516 0.108 0.053 0.065 0.073 0.095 0.089 0.439 0.145 0.424 0.056 0.065 0.050 0.142 0.120 0.085 0.104 0.346 0.124 0.102 0.064 0.066 0.091 0.393 0.181 0.269 0.085 0.097 0.199 0.171 0.393 0.516 0.051 0.074 0.038 0.273 0.168 0.069 0.214 0.181 0.033 0.025 0.014 1.068 0.908 0.393 0.440 0.462 0.602 5.019 1.566 0.615 0.695 0.184 0.388 0.827 nan 0.550 0.282 0.586 0.584 0.201 0.251 0.969 1.265 0.791 0.623 2927 chr12 107366692 107373783 + 0 NA TTS (NM_025198) TTS (NM_025198) 10707 NM_025198 80298 Hs.5009 NM_025198 ENSG00000120832 MTERF2 MTERFD3|mTERFL mitochondrial transcription termination factor 2 protein-coding 1.173 0.855 nan 0.226 0.535 0.101 0.080 0.277 0.355 0.148 0.107 1.157 0.102 0.690 0.122 0.322 1.024 0.182 0.283 0.075 0.017 0.312 0.137 0.202 0.169 0.075 0.132 0.087 0.060 0.420 1.163 0.258 0.599 0.181 0.235 1.612 0.123 0.122 0.033 0.101 0.105 0.043 0.033 0.062 0.117 0.216 0.262 0.272 0.122 0.656 0.362 0.322 0.141 0.092 0.202 0.186 0.408 0.054 0.017 1.351 0.135 0.122 0.122 0.053 0.016 0.029 0.375 0.264 0.422 0.734 0.472 0.683 1.530 0.578 0.446 0.386 1.974 2.919 2.120 2.049 0.512 0.215 0.167 0.321 4.880 7.582 0.397 0.626 1.447 0.896 8054 chr3 177911723 177927974 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -217141 NR_046786 100874330 Hs.201902 NR_046786 ENSG00000223941 LINC01014 KCNMB2-IT1 long intergenic non-protein coding RNA 1014 ncRNA 1.278 1.202 0.996 0.173 0.199 0.048 0.232 0.804 1.293 0.035 0.231 0.584 0.027 0.036 0.093 0.330 0.538 0.179 0.097 0.014 0.054 0.318 0.194 0.240 0.188 0.617 0.199 0.023 0.121 0.022 0.085 0.285 0.255 0.406 0.165 0.189 0.031 0.060 0.089 0.043 0.211 0.108 0.056 0.039 0.067 0.071 0.227 0.121 0.045 0.057 0.219 0.530 0.330 0.066 0.071 0.188 0.592 0.096 0.054 0.086 0.044 0.068 0.080 0.474 0.047 0.026 0.013 0.449 0.475 0.405 0.628 0.377 0.499 4.756 2.786 0.264 0.257 0.899 1.122 0.368 0.391 0.646 0.342 0.406 0.409 0.149 0.247 0.633 1.901 0.640 0.566 7608 chr3 53163463 53204862 + 0 NA Intergenic Intergenic -11061 NM_001354680 5580 Hs.155342 NM_006254 ENSG00000163932 PRKCD ALPS3|CVID9|MAY1|PKCD|nPKC-delta protein kinase C delta protein-coding 1.193 1.290 nan 0.446 0.496 0.368 0.971 0.223 0.446 0.977 0.675 0.429 0.062 0.547 0.251 0.191 0.418 0.095 0.791 0.334 0.202 0.117 0.235 0.110 0.402 0.244 0.184 0.334 0.527 0.523 1.213 3.897 0.997 0.976 0.476 0.275 0.118 0.246 0.065 0.245 0.121 0.425 0.426 0.338 0.342 0.681 1.364 0.428 0.763 0.540 0.253 1.648 0.191 0.776 0.478 0.402 0.482 1.504 0.092 0.652 0.342 0.520 0.488 0.140 0.209 0.136 0.092 0.784 1.097 1.150 1.583 0.912 0.872 1.233 0.545 1.160 1.156 0.334 0.621 2.366 3.034 nan 0.816 0.850 0.952 0.475 0.512 0.589 0.847 0.780 0.543 6535 chr2 183987969 183991523 + 0 NA intron (NM_138285, intron 1 of 8) intron (NM_138285, intron 1 of 8) 663 NM_001287585 129401 Hs.180591 NM_138285 ENSG00000163002 NUP35 MP-44|MP44|NP44|NUP53 nucleoporin 35 protein-coding 5.541 3.622 3.637 4.350 6.060 3.470 3.169 2.302 4.022 0.913 3.154 2.384 1.065 0.908 1.983 3.888 2.048 0.090 3.076 1.568 3.273 1.446 2.277 1.417 4.162 1.972 1.743 1.312 4.668 2.241 4.233 4.896 2.691 10.469 1.689 4.056 0.622 3.207 0.113 1.996 2.014 4.141 3.102 1.795 3.351 1.986 6.741 2.049 3.115 2.209 1.823 2.809 3.888 2.629 4.301 4.162 1.270 1.457 0.979 3.646 2.705 2.004 2.233 1.570 1.700 1.689 0.827 5.935 6.828 5.184 8.330 7.934 6.206 8.953 4.446 16.962 18.924 nan 7.778 16.584 22.569 9.028 10.201 5.113 7.450 5.007 5.097 7.849 7.789 3.405 1.944 11276 chr8 127461385 127468764 + 0 NA Intergenic Intergenic 105637 NM_174911 157638 Hs.741352 NM_174911 ENSG00000168672 FAM84B BCMP101|NSE2 family with sequence similarity 84 member B protein-coding nan nan nan 2.561 0.202 0.030 3.535 0.217 0.354 1.099 0.253 0.084 0.083 0.068 0.110 0.480 0.151 0.229 1.856 1.411 0.355 0.076 0.106 0.127 0.303 0.934 0.325 0.089 1.758 3.464 0.497 1.551 0.644 nan 2.010 0.045 0.048 0.029 0.127 1.444 0.054 6.472 0.907 0.631 3.915 0.876 1.357 0.540 0.132 0.239 0.194 1.820 0.480 2.364 2.823 0.303 0.395 0.967 0.039 0.283 0.068 1.296 0.027 0.169 0.031 0.086 0.062 0.221 0.175 0.397 0.836 0.654 0.831 0.877 0.280 nan nan 4.504 7.360 0.375 0.390 39.381 25.232 0.129 0.260 0.223 0.273 0.265 0.495 0.594 0.617 11180 chr8 103763739 103772327 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -51017 NR_149020 401472 NR_149020 GASAL1 GASL1 growth arrest associated lncRNA 1 ncRNA 1.330 nan nan 0.427 0.288 0.207 5.461 0.374 0.843 1.102 2.483 1.627 0.007 0.095 0.199 0.344 0.333 0.131 3.434 2.231 0.091 0.092 0.039 0.209 2.169 1.495 0.128 1.130 2.815 0.414 1.914 0.395 0.826 3.416 0.350 0.034 0.025 0.092 0.918 0.073 0.139 0.308 0.219 1.826 2.400 1.213 2.979 0.753 1.032 0.091 2.417 0.344 2.078 0.194 0.209 0.544 0.686 0.102 0.379 0.319 1.278 0.149 0.188 1.062 0.020 0.363 0.387 0.310 0.505 0.855 0.769 nan 0.434 0.628 0.739 0.302 nan 0.456 nan nan 0.212 0.381 0.486 0.192 0.241 0.364 nan 0.889 0.696 4564 chr17 6453794 6461028 + 0 NA intron (NM_001165966, intron 1 of 18) AluSz|SINE|Alu 2466 NM_001165966 83394 Hs.183983 NM_031220 ENSG00000091622 PITPNM3 ACKR6|CORD5|NIR1|RDGBA3 PITPNM family member 3 protein-coding 0.833 2.014 2.873 2.050 0.256 0.817 3.769 0.331 0.459 3.786 0.268 0.038 4.560 0.068 0.098 1.825 0.104 0.044 3.319 1.220 0.026 0.019 0.107 0.077 1.953 1.535 1.111 0.125 4.916 1.016 3.173 8.787 5.797 2.137 2.346 0.088 0.026 0.300 0.206 0.083 0.142 0.179 0.100 0.075 3.567 2.887 2.173 0.166 1.187 0.137 0.165 2.932 1.825 7.533 0.739 1.953 3.589 1.670 0.284 0.766 0.099 0.625 0.179 0.017 0.357 0.016 0.023 1.002 2.514 0.493 0.797 1.387 1.146 1.281 0.510 0.228 0.266 0.473 0.846 1.550 2.347 0.388 0.267 0.393 0.733 0.116 0.245 0.283 0.323 0.205 0.355 9796 chr6 88554434 88559751 + 0 NA intron (NR_110869, intron 2 of 4) L1ME3|LINE|L1 62514 NR_110869 101928911 Hs.571178 NR_110869 LOC101928911 - uncharacterized LOC101928911 ncRNA 0.933 0.893 nan 0.040 0.136 0.068 0.106 0.121 0.323 0.036 0.044 0.175 0.012 0.076 0.101 0.193 0.082 0.106 0.109 0.035 0.023 0.118 0.123 0.310 0.039 0.014 0.064 0.356 1.963 0.117 0.948 0.278 0.040 0.018 0.020 0.168 0.103 0.017 0.014 0.041 0.060 0.036 0.136 0.031 0.075 0.213 0.193 0.110 0.035 0.310 0.185 0.100 0.073 0.045 0.058 0.015 0.055 0.049 0.015 0.011 0.009 0.412 0.291 8.051 3.720 0.449 0.381 0.141 0.054 0.253 0.241 0.467 0.640 0.359 0.374 0.523 0.219 0.197 0.301 0.096 0.056 0.274 0.392 0.460 0.402 512 chr1 92073886 92080789 + 0 NA Intergenic Intergenic 110672 NM_001134420 8317 Hs.533573 NM_003503 ENSG00000097046 CDC7 CDC7L1|HsCDC7|Hsk1|huCDC7 cell division cycle 7 protein-coding nan nan 1.110 2.444 0.082 0.051 0.573 0.084 0.250 1.425 0.056 0.186 4.880 0.044 0.076 0.167 0.206 0.116 0.291 0.389 0.256 0.041 0.046 0.084 0.128 0.625 0.292 0.450 0.070 1.503 0.129 0.163 0.061 0.291 0.063 5.163 0.014 0.079 0.099 0.052 0.034 1.264 7.196 2.703 1.149 0.347 0.587 3.558 3.140 0.367 0.034 1.895 0.167 0.521 0.201 0.128 3.388 1.511 0.014 0.110 0.092 0.547 0.043 0.425 0.067 0.840 0.785 0.170 0.134 0.160 0.286 0.244 nan 1.078 0.287 0.261 0.162 0.563 nan 0.587 0.724 nan 0.691 0.270 0.196 0.070 0.043 0.501 1.019 0.597 0.552 5974 chr2 26254464 26260570 + 0 NA exon (NM_016131, exon 1 of 6) exon (NM_016131, exon 1 of 6) 788 NM_016131 10890 Hs.467960 NM_016131 ENSG00000084733 RAB10 - RAB10, member RAS oncogene family protein-coding 4.672 2.106 4.007 3.070 3.081 2.729 3.498 1.573 2.703 1.752 3.676 2.481 2.107 1.065 4.513 2.217 1.985 0.469 4.014 1.800 3.619 2.113 2.517 1.580 3.486 1.482 1.723 1.821 4.782 1.606 4.382 5.412 3.347 10.703 2.071 5.805 0.589 4.102 0.214 1.921 2.975 6.273 2.918 1.364 2.561 1.751 4.746 4.272 6.475 3.948 5.067 2.767 2.217 7.262 4.101 3.486 2.728 2.587 1.303 4.318 1.680 3.667 1.630 1.443 2.736 2.319 1.557 3.226 3.501 4.062 6.186 6.042 5.163 5.540 2.278 13.481 13.916 3.059 4.015 4.822 nan 4.146 4.400 2.734 4.731 2.549 2.865 3.982 5.893 2.641 1.340 463 chr1 72128922 72143910 + 0 NA intron (NM_173808, intron 4 of 6) L1MEg|LINE|L1 166279 NR_046218 100852409 Hs.681780 NR_046218 ENSG00000228853 NEGR1-IT1 - NEGR1 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.767 0.933 0.077 0.211 0.108 0.014 0.219 0.478 0.013 0.068 0.067 0.017 0.080 0.349 0.153 0.060 0.084 0.121 0.013 0.021 1.120 0.653 3.316 0.005 0.054 0.014 0.091 0.065 0.095 0.588 0.039 0.050 0.265 0.029 0.132 0.048 0.061 0.004 0.010 0.015 0.015 0.074 0.054 0.033 0.024 0.005 0.027 0.153 0.052 0.019 3.316 0.016 0.039 0.007 0.008 0.075 0.032 0.059 0.139 0.020 0.015 0.003 0.325 0.226 0.225 0.291 0.765 nan 6.872 2.471 0.390 0.378 1.970 nan 0.455 0.488 0.418 0.164 0.219 0.198 1.042 0.782 0.430 0.920 1.043 0.754 517 chr1 93810111 93815095 + 0 NA intron (NM_001938, intron 1 of 2) intron (NM_001938, intron 1 of 2) 1125 NM_001938 1810 Hs.348418 NM_001938 ENSG00000117505 DR1 NC2|NC2-BETA|NC2B|NCB2 down-regulator of transcription 1 protein-coding nan nan 4.957 5.428 3.358 2.504 2.819 2.097 3.030 1.841 2.595 2.550 1.911 16.543 2.687 3.164 4.601 0.487 4.825 1.312 2.974 2.707 1.400 0.838 4.383 2.495 2.826 1.772 4.438 1.803 4.958 6.827 3.072 7.826 2.404 2.760 0.632 3.900 0.077 1.353 3.689 5.120 3.819 1.313 2.847 3.894 6.559 3.936 2.336 3.664 1.529 4.413 3.164 3.874 7.461 4.383 1.799 1.545 0.371 3.739 1.449 2.135 2.376 3.112 1.396 1.944 1.594 4.028 4.255 5.004 7.167 8.307 nan 6.963 3.024 12.720 13.682 4.866 nan 7.522 10.333 nan 7.444 3.802 7.643 2.819 3.218 5.720 7.427 3.084 1.346 5887 chr2 8904783 8924912 + 0 NA intron (NM_001348739, intron 21 of 28) L2a|LINE|L2 62922 NM_001348739 57498 Hs.9873 NM_020738 ENSG00000134313 KIDINS220 ARMS|SINO kinase D interacting substrate 220 protein-coding 0.868 0.634 0.729 0.072 0.113 0.057 0.078 0.582 1.249 0.084 0.094 0.028 0.044 0.150 0.268 0.146 0.072 0.111 0.037 0.022 0.034 0.733 0.686 0.402 0.061 0.022 0.081 0.010 0.117 0.167 0.113 0.473 0.052 0.113 0.152 0.097 0.117 0.029 0.358 0.128 0.015 0.008 0.016 0.034 0.119 0.119 0.093 0.060 0.031 0.056 0.268 0.046 0.068 0.402 0.012 0.058 0.025 0.032 0.065 0.075 0.074 0.110 0.048 0.026 0.025 0.302 0.290 0.354 0.391 0.431 0.494 4.180 4.866 0.233 0.194 0.693 0.752 0.462 0.423 0.470 0.212 0.166 0.300 0.456 0.703 0.375 0.806 1.787 0.766 11170 chr8 102497287 102527982 + 0 NA intron (NM_001330593, intron 1 of 15) intron (NM_001330593, intron 1 of 15) 7966 NM_024915 79977 Hs.661088 NM_024915 ENSG00000083307 GRHL2 BOM|DFNA28|ECTDS|TFCP2L3 grainyhead like transcription factor 2 protein-coding 1.484 nan nan 1.963 2.120 2.120 2.227 0.390 0.792 2.037 0.175 0.997 1.976 0.056 0.145 0.262 0.349 0.089 1.951 0.661 0.087 0.032 0.404 0.250 3.290 0.617 0.232 0.119 1.311 0.891 3.536 5.652 2.156 5.443 1.308 1.658 0.075 0.025 0.074 0.257 0.761 0.110 0.057 0.055 1.081 1.102 3.268 0.361 0.477 0.074 0.255 2.417 0.262 2.260 0.163 3.290 1.200 1.932 0.038 0.446 0.515 0.364 1.278 0.225 0.157 0.019 0.012 2.156 2.485 3.518 5.704 2.826 2.448 nan 0.728 5.605 5.976 1.031 nan 7.897 nan nan 0.216 2.439 3.895 0.467 0.568 0.327 nan 1.186 0.806 8379 chr4 54822028 54833572 + 0 NA Intergenic Intergenic 25649 NR_027153 402176 Hs.452943 NM_001011538 RPL21P44 RPL21_17_477 ribosomal protein L21 pseudogene 44 pseudo nan 0.452 0.474 0.938 0.136 0.024 0.123 0.263 0.409 0.034 0.128 0.247 0.029 0.052 0.090 0.482 0.124 0.069 0.101 0.033 0.066 0.024 1.084 0.469 0.300 0.066 0.031 0.064 0.064 0.018 0.056 0.143 0.090 0.275 0.102 0.071 0.052 0.047 0.091 0.122 0.110 0.127 0.028 0.007 0.038 0.033 0.058 0.166 0.042 0.031 0.008 0.086 0.482 0.100 0.068 0.300 0.033 0.065 0.131 0.563 0.095 0.052 0.097 0.086 0.010 0.009 0.372 0.512 0.392 0.898 0.198 0.251 9.590 3.600 0.261 0.286 0.230 0.479 0.656 0.644 0.348 0.139 0.240 0.328 0.483 0.274 0.241 0.329 2.976 2.193 11570 chr9 69873802 69891694 + 0 NA Intergenic Intergenic -124964 NR_121570 101928381 Hs.708686 NR_121570 LOC101928381 - uncharacterized LOC101928381 ncRNA 0.430 0.971 0.468 3.071 0.063 0.029 2.862 0.107 0.162 0.032 0.074 0.104 0.038 0.039 0.034 0.130 0.061 0.081 2.080 0.827 0.011 0.431 0.079 0.149 0.040 1.035 1.143 0.017 4.032 0.932 0.301 0.451 0.103 0.354 0.883 0.070 0.069 0.045 0.078 0.571 0.026 0.294 0.269 0.214 2.645 2.338 0.070 0.201 0.059 0.466 0.031 0.071 0.130 1.007 0.046 0.040 0.471 0.042 0.022 0.019 0.057 1.201 0.049 0.056 0.653 2.149 2.443 0.227 0.090 0.176 0.445 0.500 0.723 0.159 0.054 0.200 0.220 0.195 0.246 0.127 0.122 0.289 0.134 0.121 0.225 0.151 0.203 0.121 0.192 0.407 0.559 1363 chr10 17062507 17091858 + 0 NA intron (NM_001081, intron 27 of 66) L3|LINE|CR1 94634 NM_001081 8029 Hs.166206 NM_001081 ENSG00000107611 CUBN IFCR|MGA1|gp280 cubilin protein-coding nan 0.673 0.510 0.234 0.101 0.021 1.076 0.142 0.170 0.026 0.674 1.748 0.013 0.007 0.036 0.035 1.359 0.353 0.476 0.452 0.071 5.088 0.177 0.089 0.069 0.772 0.485 0.053 0.606 0.489 0.077 0.156 0.154 0.169 0.539 0.958 0.010 0.036 0.094 1.145 0.016 0.213 0.585 0.414 0.335 0.110 0.079 2.504 0.053 0.867 0.113 0.059 0.035 0.600 0.943 0.069 0.066 0.059 1.116 0.187 0.724 0.024 0.114 1.438 0.341 0.289 0.357 0.278 0.373 1.123 0.180 0.215 0.227 0.176 0.127 0.118 2.134 2.569 0.197 0.209 0.153 0.090 0.105 0.146 0.049 0.042 0.130 0.224 0.138 0.216 6691 chr2 227339799 227350273 + 0 NA Intergenic Intergenic 178473 NR_049887 100847053 NR_049887 ENSG00000263363 MIR5702 - microRNA 5702 ncRNA nan 0.600 0.563 1.756 0.042 0.021 1.416 0.077 0.306 0.200 0.268 0.804 3.283 0.077 0.034 0.196 0.274 0.094 1.077 0.842 0.528 0.437 0.090 0.102 0.102 0.689 0.242 0.925 0.628 1.043 0.154 0.585 0.694 nan 0.766 1.916 0.009 1.865 0.164 0.541 0.028 0.625 0.706 0.452 1.242 0.672 0.241 2.767 0.978 0.276 0.121 0.330 0.196 0.346 0.283 0.102 0.215 1.046 1.330 0.029 0.708 0.037 0.095 1.401 1.818 1.065 0.291 0.184 0.669 2.447 0.181 0.247 0.075 0.052 0.224 0.225 0.926 1.074 0.242 nan 0.333 0.163 0.090 0.151 0.048 0.037 0.299 nan 0.298 0.295 1109 chr1 212985422 212991877 + 0 NA 3' UTR (NM_001146169, exon 10 of 10) 3' UTR (NM_001146169, exon 10 of 10) 23479 NM_001146170 128387 Hs.530538 NM_001042552 ENSG00000203705 TATDN3 - TatD DNase domain containing 3 protein-coding 1.193 1.936 2.301 0.145 0.481 0.026 0.111 0.367 0.641 0.145 0.119 0.157 0.098 0.317 0.101 0.226 0.116 0.058 0.029 0.087 0.567 0.491 0.576 0.080 0.015 0.067 0.043 0.112 0.192 0.077 nan 0.099 1.679 0.134 0.121 0.025 0.088 0.011 0.024 0.051 0.120 0.194 0.084 0.729 0.049 0.198 0.065 0.317 0.083 0.057 0.576 0.075 0.039 0.070 0.090 0.205 0.135 0.030 0.372 0.036 0.011 0.016 0.390 0.343 0.468 0.617 0.994 1.411 nan 0.478 0.514 0.393 0.493 nan 0.835 0.946 0.468 0.168 0.135 0.196 4.593 8.505 0.572 1.595 0.770 0.525 3051 chr12 131716848 131736810 + 0 NA Intergenic LTR10E|LTR|ERV1 55688 NR_135045 107161159 Hs.730119 NR_135045 ENSG00000248703 LINC02415 - long intergenic non-protein coding RNA 2415 ncRNA 0.639 0.921 0.440 0.564 0.057 0.334 0.054 0.144 0.247 0.181 0.047 0.041 0.040 0.056 0.085 0.195 0.060 0.193 0.064 0.038 0.069 0.021 0.112 0.143 0.066 0.468 0.281 0.018 0.120 0.021 0.360 2.689 0.071 0.351 0.037 0.361 0.028 0.043 0.112 0.006 0.020 0.088 0.040 0.027 0.060 0.046 0.048 0.170 2.255 0.046 2.260 1.804 0.195 0.110 0.051 0.066 0.603 1.036 0.554 0.119 0.106 0.159 0.154 0.050 0.114 0.022 0.015 0.595 1.174 0.212 0.612 0.480 0.318 0.157 0.068 0.102 0.093 0.087 0.277 nan 0.204 0.549 0.412 0.501 0.357 0.109 0.130 0.291 0.252 0.371 0.420 6787 chr20 678087 714271 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 -39356 NM_033129 85508 Hs.355284 NM_033129 ENSG00000215397 SCRT2 ZNF898B scratch family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.002 1.079 1.063 0.069 0.121 0.042 0.041 0.124 0.298 0.024 0.133 0.079 0.017 0.027 0.076 0.274 0.084 0.077 0.049 0.016 0.040 0.092 0.139 0.140 0.064 0.097 0.058 0.068 0.066 0.006 0.145 0.226 0.060 0.828 0.037 0.142 0.027 0.192 0.082 0.046 0.122 0.087 0.071 0.015 0.063 0.066 0.146 0.612 0.194 0.039 0.092 0.274 0.051 0.033 0.064 0.037 0.123 0.793 0.217 0.108 0.058 0.292 0.058 0.021 0.029 0.018 3.611 5.030 0.229 0.284 0.282 0.275 0.376 0.128 0.267 0.273 0.446 0.703 0.229 0.219 0.920 0.726 0.609 0.724 0.082 0.108 0.422 0.657 0.209 0.234 2067 chr11 70137673 70167895 + 0 NA intron (NM_177423, intron 2 of 25) intron (NM_177423, intron 2 of 25) 22723 NR_031624 100313770 NR_031624 ENSG00000221333 MIR548K MIRN548K microRNA 548k ncRNA nan 0.732 0.544 0.601 0.226 0.143 0.465 0.170 0.352 0.035 0.224 0.154 0.110 0.080 0.315 0.211 0.169 0.107 0.447 0.150 0.045 0.055 0.264 0.183 0.194 0.326 0.175 0.167 0.119 0.021 0.822 nan 0.256 0.390 0.072 0.136 0.078 0.131 0.101 0.070 0.081 0.314 0.096 0.057 0.163 0.210 0.300 0.371 0.236 0.176 0.079 0.349 0.211 0.351 0.211 0.194 0.187 0.164 0.045 0.292 0.047 0.329 0.175 0.111 0.062 0.168 0.092 0.609 0.618 0.509 0.571 0.529 0.649 6.181 3.422 1.002 1.143 0.424 0.694 0.944 1.008 0.468 0.353 0.435 0.540 0.445 0.562 0.226 0.536 1.152 0.763 8929 chr5 57097356 57143159 + 0 NA Intergenic Intergenic 74732 NR_109900 101928539 Hs.639385 NR_109900 ENSG00000249584 LINC02225 - long intergenic non-protein coding RNA 2225 ncRNA nan nan 0.964 0.993 0.056 0.047 1.158 0.098 0.171 0.636 0.339 0.657 0.049 0.019 0.083 0.282 0.890 0.131 0.569 0.277 0.060 0.003 0.058 0.058 0.018 0.817 0.437 0.168 0.512 1.653 0.130 0.323 0.266 0.697 1.123 0.896 0.042 2.689 0.182 0.286 0.043 1.733 1.591 0.783 0.687 0.309 0.833 4.675 0.407 0.199 0.122 0.136 0.282 0.332 0.127 0.018 0.482 0.269 0.053 0.180 0.062 0.514 0.021 0.124 0.578 3.366 3.421 0.148 0.098 0.869 3.196 0.148 0.176 nan 0.091 0.128 0.104 0.307 0.563 0.171 0.205 nan 0.198 0.078 0.098 0.200 0.242 0.268 0.644 0.364 0.356 10717 chr7 141479863 141497933 + 0 NA Intergenic Intergenic -1119 NM_018980 54429 Hs.675370 NM_018980 ENSG00000127366 TAS2R5 T2R5 taste 2 receptor member 5 protein-coding 0.806 0.576 0.754 0.160 0.099 0.059 0.074 0.115 0.284 0.016 0.206 0.103 0.030 0.061 0.122 0.104 0.128 0.090 0.117 0.028 0.008 0.268 0.165 0.122 0.057 0.040 0.062 0.126 0.017 0.080 0.110 0.168 0.247 0.008 0.083 0.016 0.099 0.142 0.013 0.071 0.086 0.030 0.021 0.024 0.060 0.170 0.133 0.069 0.065 0.044 0.045 0.104 0.099 0.082 0.122 0.047 0.079 0.060 0.090 0.040 0.759 0.061 0.025 0.019 0.014 1.369 1.099 0.463 0.341 0.360 0.480 0.618 0.198 21.822 23.207 0.257 0.401 0.340 0.358 0.357 0.228 0.999 1.721 0.102 0.127 0.304 0.709 0.935 nan 8219 chr4 1282203 1285596 + 0 NA intron (NM_001017405, intron 1 of 8) CpG 260 NM_001297431 10296 Hs.139896 NM_005882 ENSG00000090316 MAEA EMLP|EMP|GID9|HLC-10|PIG5 macrophage erythroblast attacher protein-coding 4.820 2.395 nan 4.276 5.017 1.363 2.265 1.467 3.371 1.591 4.689 1.334 0.834 1.215 3.130 3.297 1.513 0.047 7.372 2.242 1.471 0.816 2.014 1.278 2.879 1.972 1.726 2.478 3.727 1.364 2.989 5.109 2.252 4.700 2.450 2.209 0.421 2.457 0.129 1.359 1.778 7.372 4.812 2.225 1.985 1.593 4.552 2.309 2.807 8.451 4.324 2.544 3.297 13.386 4.594 2.879 2.384 1.881 0.628 5.255 1.344 1.675 1.094 1.345 1.864 1.375 1.111 6.288 5.124 6.178 9.063 4.694 3.842 7.282 2.635 10.624 10.170 1.709 2.583 3.568 6.421 6.190 6.128 2.831 6.632 2.845 2.645 5.178 3.425 nan 1.622 2154 chr11 86341500 86346927 + 0 NA intron (NM_001014811, intron 1 of 13) intron (NM_001014811, intron 1 of 13) 39027 NR_147831 10873 Hs.199743 NM_006680 ENSG00000151376 ME3 NADP-ME malic enzyme 3 protein-coding 0.747 0.761 0.464 1.109 0.308 0.084 4.843 0.171 0.240 0.158 1.347 2.697 0.023 0.038 0.112 0.709 0.219 0.120 1.860 1.431 1.020 0.057 0.074 0.084 2.804 1.533 0.524 0.655 1.663 0.386 1.736 0.130 0.429 2.988 0.359 0.036 0.081 0.092 3.301 0.073 5.718 4.737 2.252 3.531 1.357 0.748 13.923 0.750 2.495 0.029 0.656 0.709 1.916 9.203 0.084 0.331 0.396 0.275 1.055 0.019 1.673 0.092 0.136 3.080 2.409 1.770 0.798 0.562 0.396 1.662 0.596 0.501 0.249 0.087 0.513 0.586 0.158 0.396 0.496 0.426 0.392 0.218 0.331 0.396 0.174 0.234 0.295 0.522 0.592 0.420 6023 chr2 38289127 38345094 + 0 NA Intergenic Intergenic -13787 NM_000104 1545 Hs.154654 NM_000104 ENSG00000138061 CYP1B1 ASGD6|CP1B|CYPIB1|GLC3A|P4501B1 cytochrome P450 family 1 subfamily B member 1 protein-coding 1.712 nan nan 0.558 0.278 0.308 0.481 0.103 0.205 1.130 0.629 0.770 0.744 0.036 0.184 0.791 1.547 0.215 0.379 0.241 2.796 0.054 0.137 0.143 0.103 3.139 2.850 0.219 0.722 0.285 1.116 nan 2.616 0.849 0.464 5.958 0.015 0.395 0.119 1.400 0.073 4.514 0.322 0.154 0.658 0.817 2.000 2.972 2.029 0.690 1.976 3.557 0.791 0.420 0.354 0.103 0.938 1.984 0.273 1.946 0.143 1.118 0.055 2.691 1.820 0.114 0.073 0.291 0.155 2.734 7.940 0.683 0.561 0.159 0.081 1.281 nan 0.810 1.007 1.215 1.608 nan 1.108 0.180 0.235 0.039 0.058 3.005 6.029 0.265 0.319 4171 chr16 725337 731714 + 0 NA TTS (NM_001278720) TTS (NM_001278720) 1252 NR_136337 105371184 Hs.121180 NR_136337 ENSG00000260394 LOC105371184 LA16c-313D11.9 uncharacterized LOC105371184 pseudo 2.758 nan 2.223 1.767 3.576 5.786 1.542 1.566 2.780 0.587 3.880 0.843 0.262 1.280 11.344 1.503 0.667 0.104 2.608 0.777 1.318 0.926 1.919 0.573 4.314 0.837 0.909 1.311 1.558 0.229 5.407 14.246 1.664 7.390 0.681 1.838 0.702 1.552 0.063 0.547 0.812 1.650 0.982 0.649 0.538 0.446 1.373 0.547 2.872 2.654 2.272 1.635 1.503 3.240 1.431 4.314 0.903 1.086 0.855 3.118 1.425 1.407 1.985 0.891 0.488 0.695 0.548 2.439 3.219 0.823 1.476 3.350 2.753 nan 2.519 3.186 3.321 1.308 nan 3.593 5.320 2.103 2.010 1.304 2.908 3.877 2.790 1.629 2.143 2.768 1.479 11921 chrX 15508352 15539439 + 0 NA intron (NM_203281, intron 1 of 18) intron (NM_203281, intron 1 of 18) -1536 NM_001721 660 Hs.495731 NM_001721 ENSG00000102010 BMX ETK|PSCTK2|PSCTK3 BMX non-receptor tyrosine kinase protein-coding 0.949 nan 0.710 0.143 0.393 0.199 0.203 0.157 0.306 0.065 0.371 3.063 0.026 0.087 0.122 0.107 0.257 0.113 0.276 0.103 0.457 0.147 0.166 0.139 0.204 0.295 0.274 0.073 0.066 0.115 0.083 0.242 0.660 0.532 0.104 1.285 0.056 0.101 0.053 0.072 0.253 0.486 0.227 0.133 0.092 0.131 0.620 0.283 0.458 0.246 0.089 0.431 0.107 0.185 0.161 0.204 0.354 0.247 0.163 0.124 0.280 0.116 2.497 0.255 0.071 0.120 0.103 1.398 1.345 3.252 1.569 0.902 1.001 1.279 0.294 7.066 7.273 0.687 1.002 1.005 1.363 0.859 0.484 3.104 3.151 0.411 0.673 0.744 0.802 0.500 0.470 742 chr1 153914547 153922940 + 0 NA intron (NM_014856, intron 1 of 27) CpG 411 NM_014856 9909 Hs.744878 NM_014856 ENSG00000198837 DENND4B KIAA0476 DENN domain containing 4B protein-coding nan nan 2.191 1.650 1.190 1.116 1.060 0.657 1.409 0.750 1.843 1.110 0.649 1.564 3.038 2.016 2.010 0.229 1.975 0.567 2.335 1.272 1.334 0.683 1.680 1.214 1.581 1.540 1.657 0.491 12.801 14.880 1.817 4.800 0.785 2.285 0.285 1.732 0.092 1.040 0.964 2.453 1.623 0.873 1.027 0.642 1.044 0.979 2.435 2.250 5.195 4.549 2.016 2.181 1.754 1.680 0.888 2.540 0.381 6.681 2.538 1.302 0.919 0.618 0.651 0.501 0.351 1.792 2.839 2.406 4.098 2.778 nan 1.955 0.757 2.629 2.421 1.527 2.337 1.969 2.722 1.779 1.884 2.837 4.818 1.311 1.428 1.505 1.887 1.046 0.579 7712 chr3 102094735 102104372 + 0 NA Intergenic Intergenic -54306 NM_175056 131368 Hs.352213 NM_175056 ENSG00000170044 ZPLD1 - zona pellucida like domain containing 1 protein-coding nan nan 1.202 0.045 0.082 0.018 0.335 0.293 0.342 0.065 0.211 0.019 0.042 0.045 0.232 0.201 0.099 0.109 0.059 0.033 0.230 0.083 0.114 0.062 0.091 0.043 0.078 0.077 0.500 1.591 0.954 0.256 0.091 0.056 0.119 0.023 0.108 0.012 0.016 0.057 0.038 0.016 0.068 0.056 0.168 0.114 0.051 0.029 0.017 0.055 0.232 0.029 0.029 0.062 0.101 0.061 0.010 0.036 0.011 0.057 0.031 3.816 0.015 0.018 0.010 0.298 0.158 0.175 0.278 0.288 0.394 0.685 0.181 0.240 0.309 0.567 0.689 0.190 0.265 0.702 0.300 0.191 0.230 0.645 0.617 2.273 9.026 0.576 0.340 11698 chr9 110915689 110931931 + 0 NA Intergenic Intergenic -671809 NM_004235 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 0.664 0.655 nan 0.049 0.254 0.027 0.319 0.307 0.654 0.115 0.195 0.035 0.031 0.049 0.234 0.226 0.010 0.175 0.140 0.027 0.008 0.087 0.090 0.195 0.555 0.214 0.041 0.114 0.071 0.118 nan 0.087 0.362 0.144 0.494 0.030 0.026 0.058 0.073 0.062 0.125 0.070 0.091 0.175 0.118 0.231 0.620 0.231 0.097 0.097 0.292 0.234 0.136 0.022 0.195 0.270 0.143 0.114 0.043 0.082 0.111 3.276 0.031 0.037 0.032 0.009 1.791 2.178 4.150 2.791 0.326 0.405 0.877 0.293 8.399 8.582 0.080 0.166 0.368 nan 0.430 0.190 3.114 3.641 0.261 0.270 0.103 0.188 nan 0.549 58 chr1 8012923 8028532 + 0 NA promoter-TSS (NM_001123377) promoter-TSS (NM_001123377) -987 NM_007262 11315 Hs.419640 NM_007262 ENSG00000116288 PARK7 DJ-1|DJ1|GATD2|HEL-S-67p Parkinsonism associated deglycase protein-coding 2.079 nan 2.267 1.383 4.053 0.873 0.899 0.715 1.252 0.423 1.284 0.961 0.377 0.784 0.933 0.599 1.574 0.137 0.898 0.385 1.512 0.375 0.679 0.486 0.705 0.564 0.398 0.674 0.962 0.339 1.597 nan 0.827 3.621 0.506 1.051 0.225 1.384 0.116 0.424 0.470 0.833 1.094 0.495 0.881 0.308 1.562 0.866 1.014 2.165 0.733 0.648 0.599 1.363 2.341 0.705 0.714 0.662 0.550 2.083 0.850 0.876 0.784 0.886 0.468 0.373 0.206 1.502 1.802 1.170 1.929 4.830 4.698 1.709 0.808 3.151 3.284 2.672 nan nan 8.671 nan 1.513 1.244 1.815 1.019 1.065 1.918 2.821 2.242 1.338 8473 chr4 90214079 90229821 + 0 NA intron (NM_198281, intron 1 of 1) intron (NM_198281, intron 1 of 1) 7211 NM_198281 285513 Hs.100912 NM_198281 ENSG00000185477 GPRIN3 GRIN3 GPRIN family member 3 protein-coding 0.981 0.832 1.121 0.502 0.687 0.078 0.176 0.180 0.274 0.012 0.169 0.498 0.020 0.668 0.118 0.185 0.142 0.051 0.222 0.096 5.002 0.009 0.987 0.563 0.250 0.057 0.021 0.330 0.112 0.060 0.137 0.276 0.068 1.488 0.065 6.640 0.485 0.028 0.089 0.105 1.752 0.163 0.038 0.025 0.187 0.058 0.061 0.141 2.816 0.236 2.063 0.312 0.185 0.095 0.021 0.250 0.807 1.852 0.031 0.114 1.454 0.036 0.114 1.023 0.005 0.003 0.330 0.276 0.355 0.670 0.682 0.534 1.511 0.518 1.102 1.088 1.053 1.230 0.988 1.297 3.652 3.883 0.326 0.511 1.630 2.735 1.806 3.647 1.038 0.571 4980 chr17 72957900 72969046 + 0 NA intron (NM_030630, intron 1 of 18) AluSg|SINE|Alu -3311 NR_110878 102723641 NR_110878 ENSG00000263586 HID1-AS1 - HID1 antisense RNA 1 ncRNA 2.809 1.620 6.701 0.731 1.395 0.211 1.058 0.488 0.821 0.197 0.286 0.100 0.105 0.823 0.526 0.294 0.096 0.029 0.809 0.216 0.046 0.015 0.490 0.258 1.131 0.186 0.117 0.257 0.284 0.218 1.802 5.411 1.687 2.442 0.458 0.121 0.093 0.148 0.062 0.186 0.841 0.297 0.070 0.041 0.185 0.270 1.102 0.171 0.981 0.388 0.789 1.701 0.294 1.319 0.258 1.131 0.774 1.978 0.331 0.534 1.545 0.093 0.181 0.132 0.022 0.031 0.009 1.277 2.236 0.982 1.485 1.666 1.531 2.083 0.816 0.501 0.550 nan 1.295 2.331 3.263 1.120 0.860 0.712 1.148 0.468 0.499 0.456 0.839 nan 0.570 4086 chr15 76782507 76813957 + 0 NA intron (NM_020843, intron 23 of 31) L1MA3|LINE|L1 -80756 NR_037464 100500855 NR_037464 ENSG00000266449 MIR3713 - microRNA 3713 ncRNA 1.160 1.040 1.392 0.067 0.173 0.043 0.050 0.179 0.348 0.009 0.110 0.099 0.032 0.031 0.062 0.193 0.159 0.128 0.074 0.018 0.028 0.035 0.144 0.183 0.110 0.101 0.030 0.035 0.095 0.014 0.082 0.189 0.084 0.318 0.023 0.097 0.364 0.042 0.073 0.019 0.613 0.067 0.002 0.010 0.031 0.029 0.119 0.123 0.095 0.059 0.052 0.142 0.193 0.057 0.027 0.110 0.024 0.074 0.193 0.020 0.023 0.054 0.057 2.062 0.012 0.016 0.010 0.393 0.295 0.233 0.282 0.356 0.372 0.826 0.159 0.148 0.150 0.575 0.851 0.189 0.236 2.705 1.777 0.162 0.257 0.870 1.095 2.112 5.840 0.812 0.497 6028 chr2 38976281 38982927 + 0 NA promoter-TSS (NM_001195446) promoter-TSS (NM_001195446) -968 NM_001195446 6432 Hs.309090 NM_006276 ENSG00000115875 SRSF7 9G8|AAG3|SFRS7 serine and arginine rich splicing factor 7 protein-coding 4.853 nan nan 2.547 4.176 3.284 2.700 2.705 5.012 1.162 2.747 1.325 0.588 0.969 4.316 3.163 1.507 0.193 3.098 0.883 2.778 2.741 2.496 1.548 3.997 1.945 2.047 1.896 1.960 0.604 3.200 nan 2.325 8.681 1.318 3.135 0.704 4.798 0.125 1.150 2.301 5.120 2.652 1.239 1.412 1.430 2.132 2.801 4.105 3.559 2.005 1.617 3.163 3.823 3.425 3.997 1.654 1.939 1.086 6.312 2.561 2.035 2.318 3.725 1.342 1.652 1.354 5.767 6.671 6.179 7.762 8.601 7.415 7.516 3.877 11.292 nan 3.625 4.988 8.052 10.838 nan 8.527 3.664 6.943 3.540 2.664 8.737 10.698 3.770 2.517 3906 chr15 37883711 37888956 + 0 NA Intergenic Intergenic -340475 NM_001330255 145942 Hs.179646 NM_152453 ENSG00000166069 TMCO5A TMCO5 transmembrane and coiled-coil domains 5A protein-coding 0.805 nan nan 0.014 1.493 0.004 0.109 1.693 3.107 0.044 0.044 2.136 0.862 0.120 0.128 0.030 0.100 0.036 0.272 3.718 1.497 0.045 0.014 0.065 0.020 0.077 0.118 0.027 0.523 0.085 0.054 2.545 0.041 0.058 0.014 0.011 0.015 0.042 0.038 0.060 0.041 0.016 0.016 0.120 0.109 0.017 0.045 0.047 0.016 0.019 0.023 0.231 0.015 0.057 0.046 0.028 0.022 0.019 0.223 0.179 0.146 0.133 2.543 2.432 0.105 0.070 0.088 0.127 0.183 0.461 3.869 2.052 0.402 0.232 0.111 0.210 10.359 10.265 0.188 0.307 1.744 1.192 11625 chr9 90491273 90496192 + 0 NA intron (NR_149022, intron 3 of 3) LTR26|LTR|ERV1 -4040 NM_178828 286234 Hs.130672 NM_178828 ENSG00000177992 SPATA31E1 C9orf79|FAM75E1 SPATA31 subfamily E member 1 protein-coding 0.793 nan 0.613 0.740 0.054 0.011 3.963 0.125 0.125 0.059 2.283 2.633 0.020 0.036 0.114 0.059 0.066 0.331 0.568 0.445 0.064 0.068 6.605 6.760 0.044 0.425 0.366 0.107 0.118 0.160 0.225 0.059 7.318 0.039 0.022 0.050 0.784 0.049 0.339 0.220 0.112 0.266 0.078 0.388 1.762 0.759 0.348 0.147 1.270 0.114 0.102 0.564 0.648 0.218 0.524 0.090 0.042 1.368 0.027 0.108 0.047 0.021 0.146 0.120 0.255 nan 0.267 0.229 0.064 0.025 0.253 0.181 0.319 0.686 0.066 0.147 0.197 0.162 0.130 0.068 0.066 0.105 0.151 0.176 0.360 0.588 9633 chr6 40898095 40908947 + 0 NA intron (NR_110873, intron 1 of 5) intron (NR_110873, intron 1 of 5) 87498 NR_110873 101929555 Hs.552555 NR_110873 LOC101929555 - uncharacterized LOC101929555 ncRNA 0.941 0.752 0.801 0.065 0.146 0.693 4.703 0.159 0.250 0.017 0.208 0.468 0.017 0.028 0.106 0.400 0.089 0.040 0.544 0.595 0.023 0.026 0.110 0.091 0.110 4.387 3.584 0.255 1.326 0.134 1.196 1.428 0.432 0.448 0.239 0.020 0.033 0.096 1.451 0.080 0.076 0.078 0.051 0.401 0.482 0.124 0.740 0.135 0.066 0.080 0.154 0.400 0.619 2.897 0.110 0.047 0.038 0.018 0.081 0.047 0.371 0.054 0.114 1.207 0.058 0.019 0.429 0.483 0.220 0.200 0.403 0.374 0.284 0.140 0.337 0.275 0.244 0.490 0.461 nan 0.457 0.185 0.145 0.249 0.129 0.155 0.244 0.431 0.505 0.675 2425 chr12 4713782 4722171 + 0 NA intron (NM_001282285, intron 2 of 4) intron (NM_001282285, intron 2 of 4) 3947 NM_001282285 8798 Hs.439530 NM_003845 ENSG00000010219 DYRK4 - dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 4 protein-coding 1.307 nan nan 0.291 0.737 0.080 0.137 0.324 0.344 0.091 0.105 0.353 0.015 0.095 0.014 0.379 0.080 0.088 0.030 0.083 0.224 0.306 0.160 0.380 0.208 0.061 0.188 0.125 0.221 0.244 0.333 0.574 0.017 0.128 0.057 0.409 0.065 0.085 0.303 0.187 0.155 0.168 0.261 0.091 0.527 0.429 0.514 0.525 0.196 0.167 0.379 0.021 0.253 0.160 0.118 0.118 0.070 0.694 0.109 0.094 0.363 3.440 0.045 0.192 0.121 0.442 0.623 0.725 0.844 nan 0.995 0.841 0.345 1.724 1.897 0.536 0.812 0.607 0.694 0.743 0.624 0.571 1.035 0.239 0.199 2.721 9.985 0.523 0.399 8646 chr4 182174901 182192865 + 0 NA intron (NR_149139, intron 1 of 1) intron (NR_149139, intron 1 of 1) 2299 NR_149139 101928679 Hs.149643 NR_149139 LINC02500 - long intergenic non-protein coding RNA 2500 ncRNA nan 0.725 nan 0.048 0.039 2.509 0.047 1.398 2.102 0.060 0.021 0.011 2.185 0.114 0.041 0.027 0.039 0.007 0.579 1.263 0.647 0.096 0.004 0.008 0.012 0.026 0.031 0.039 0.048 0.158 0.025 0.224 0.728 0.302 0.115 0.013 0.278 0.036 0.037 0.017 0.012 0.026 0.043 0.130 0.018 0.020 0.009 0.015 0.114 0.028 0.096 0.007 0.009 0.005 0.024 0.040 0.026 0.028 0.041 0.022 0.006 0.009 0.152 0.123 0.154 0.230 0.334 0.390 4.944 2.147 0.133 0.098 0.134 0.157 0.370 0.277 0.409 0.147 0.103 0.115 3.844 3.170 0.095 0.124 0.461 0.441 1703 chr10 126421709 126433765 + 0 NA intron (NM_014661, intron 1 of 4) intron (NM_014661, intron 1 of 4) 5193 NM_014661 9679 Hs.129195 NM_014661 ENSG00000189319 FAM53B KIAA0140|bA12J10.2|smp family with sequence similarity 53 member B protein-coding nan 0.799 3.443 0.495 0.569 1.535 0.955 3.938 6.763 0.576 1.644 1.444 0.310 0.689 1.849 0.286 0.298 0.107 0.897 0.270 0.182 0.926 0.753 0.519 1.418 1.743 1.493 0.713 1.101 0.185 0.945 1.342 1.050 1.852 0.201 0.558 0.185 0.638 0.056 0.191 0.085 0.642 0.622 0.439 1.475 0.538 0.671 0.380 1.279 0.731 0.711 0.868 0.286 1.229 1.844 1.418 0.818 0.726 0.242 1.115 0.824 0.697 0.345 0.092 0.194 0.210 0.067 1.382 2.025 1.424 1.975 0.418 0.424 1.891 0.535 1.222 1.129 1.129 1.754 2.688 4.145 0.331 0.500 0.594 1.485 0.953 0.585 0.550 0.592 1.628 1.003 4671 chr17 27358489 27401874 + 0 NA intron (NM_016518, intron 3 of 7) intron (NM_016518, intron 3 of 7) 10263 NM_016518 51268 Hs.462585 NM_016518 ENSG00000179761 PIPOX LPIPOX pipecolic acid and sarcosine oxidase protein-coding nan nan nan 0.075 0.272 0.661 0.108 0.661 1.155 0.013 0.173 0.074 0.011 0.102 0.531 1.482 0.128 0.088 0.205 0.092 0.026 0.019 0.256 0.199 0.401 0.065 0.034 0.039 0.111 0.030 0.119 0.688 0.180 1.513 0.064 0.079 0.488 0.120 0.148 0.016 0.193 0.584 0.056 0.047 0.030 0.048 0.084 0.224 0.139 0.034 0.048 0.102 1.482 0.261 0.043 0.401 0.064 0.050 0.333 0.112 0.375 0.097 0.726 2.686 0.027 0.033 0.014 1.573 2.294 0.509 0.600 0.592 0.754 2.426 0.955 0.351 0.435 0.567 0.891 0.937 1.283 4.160 3.295 0.996 1.540 1.086 1.255 1.518 nan 1.266 0.757 6527 chr2 182905859 182924770 + 0 NA intron (NM_001080545, intron 2 of 4) intron (NM_001080545, intron 2 of 4) 64763 NM_001080545 151242 Hs.10941 NM_001080545 ENSG00000150722 PPP1R1C IPP5 protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 1C protein-coding 1.048 0.906 0.825 0.080 0.116 0.395 0.169 0.237 0.470 0.043 0.066 0.180 0.010 0.025 0.054 0.231 1.141 0.120 0.177 0.054 0.034 0.005 0.157 0.203 0.127 0.323 0.058 0.004 0.099 0.034 0.087 0.346 0.139 0.277 0.039 0.059 0.020 0.034 0.088 0.006 0.076 0.063 0.032 0.016 0.104 0.036 0.141 0.083 0.065 0.075 0.029 0.039 0.231 0.064 0.044 0.127 0.039 0.044 0.031 0.037 0.070 0.032 0.041 0.131 0.032 0.012 0.005 0.328 0.196 0.175 0.232 0.246 0.283 0.451 0.115 0.342 0.382 nan 5.299 0.546 0.551 0.486 0.197 0.135 0.207 0.245 0.240 0.423 nan 0.464 0.375 5073 chr17 79222580 79227535 + 0 NA exon (NM_138570, exon 14 of 14) exon (NM_138570, exon 14 of 14) 11343 NR_148426 284184 Hs.356545 NM_001086521 ENSG00000224877 NDUFAF8 C17orf89 NADH:ubiquinone oxidoreductase complex assembly factor 8 protein-coding 2.894 2.324 6.976 0.130 3.165 1.144 0.133 1.292 3.254 0.039 0.142 0.056 0.025 2.691 4.213 3.841 0.076 0.097 0.084 0.077 0.140 0.196 3.335 2.048 4.065 0.090 0.073 0.206 0.109 0.021 0.114 0.504 0.127 7.797 0.020 0.141 1.805 0.151 0.096 0.402 0.244 0.061 0.015 0.157 0.304 0.254 0.158 0.016 0.135 3.841 0.164 0.056 4.065 0.099 0.067 0.254 0.166 7.233 0.065 1.598 0.324 0.016 0.046 0.010 2.732 4.379 0.387 0.582 9.185 6.847 1.275 0.598 0.723 0.649 nan 3.132 5.621 5.098 7.273 8.950 1.356 2.503 5.185 4.019 0.678 1.348 nan 2.345 11485 chr9 20639762 20647611 + 0 NA Intergenic Intergenic -14622 NM_017794 54914 Hs.136247 NM_017794 ENSG00000188352 FOCAD KIAA1797 focadhesin protein-coding 1.069 nan nan 0.037 0.091 0.063 0.098 0.119 0.307 0.012 0.010 0.048 0.024 0.026 0.124 0.261 0.134 0.083 0.082 0.032 0.018 0.201 0.267 0.122 0.009 0.019 0.009 0.042 0.040 0.071 0.087 0.129 0.565 0.055 0.048 0.364 0.027 0.068 0.030 0.152 0.024 0.015 0.009 0.042 0.020 0.025 0.064 0.053 0.082 0.071 0.261 0.018 0.024 0.122 0.109 0.021 0.248 0.022 0.026 0.030 0.114 0.174 0.039 0.022 0.143 0.283 0.497 0.830 0.350 0.422 1.061 0.350 0.113 0.161 5.439 5.929 0.283 0.237 0.515 0.249 0.253 0.549 1.407 1.929 0.216 1.022 1.142 0.981 5880 chr2 7758219 7781378 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 208406 NR_038432 100506274 Hs.177930 NR_038432 ENSG00000229727 LOC100506274 - uncharacterized LOC100506274 ncRNA 0.789 0.552 0.612 0.283 0.333 0.098 0.034 1.246 2.721 0.008 0.066 0.024 0.011 0.073 0.198 0.441 0.072 0.055 0.045 0.011 0.008 1.568 0.705 5.540 0.003 0.009 0.053 0.020 0.111 0.073 0.083 1.151 0.019 0.107 0.176 0.053 0.125 0.036 0.126 0.103 0.016 0.010 0.075 0.010 0.054 0.130 0.061 0.031 0.024 0.034 0.441 0.031 0.012 5.540 0.047 0.039 0.196 0.035 1.134 0.025 0.034 0.059 0.085 0.012 0.011 0.305 0.236 0.202 0.242 1.692 1.988 5.140 3.640 0.096 0.112 0.607 0.857 0.883 0.360 0.665 0.564 0.133 0.183 0.781 1.111 0.088 0.220 2.883 1.418 4519 chr16 89554537 89559869 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256182) promoter-TSS (NM_001256182) -234 NM_001256182 29123 Hs.335003 NM_013275 ENSG00000167522 ANKRD11 ANCO-1|ANCO1|LZ16|T13 ankyrin repeat domain 11 protein-coding nan 2.253 3.739 3.959 4.552 0.936 1.922 2.035 3.625 1.389 5.507 2.794 0.571 1.882 2.635 4.456 2.578 0.335 5.274 0.641 3.503 2.866 1.062 0.394 5.031 2.442 2.592 2.714 3.854 0.437 2.518 4.961 3.337 4.077 0.684 2.776 0.337 3.004 0.125 0.749 1.807 6.356 5.777 3.153 0.856 1.063 2.471 2.901 4.962 6.062 1.813 2.964 4.456 10.027 3.984 5.031 1.374 1.521 0.543 4.835 2.816 1.602 0.983 1.036 1.309 1.825 1.077 3.919 3.951 3.032 4.230 3.380 3.358 3.319 1.621 9.362 9.355 1.509 1.926 3.131 5.679 4.710 5.275 1.638 4.049 1.757 2.487 3.764 3.397 1.749 0.884 4018 chr15 67325552 67345920 + 0 NA intron (NR_135686, intron 2 of 5) AluJb|SINE|Alu 20784 NR_135686 102723493 Hs.419760 NR_135686 LOC102723493 - uncharacterized LOC102723493 ncRNA 0.636 0.685 nan 0.843 0.155 0.020 1.871 0.141 0.258 1.247 1.730 1.870 0.403 0.241 0.083 0.233 1.561 0.284 0.892 0.765 2.060 0.021 0.100 0.141 0.128 1.314 0.833 0.757 0.815 1.937 0.761 2.349 0.839 0.544 1.061 3.195 0.052 0.045 0.078 0.466 0.074 3.695 0.704 0.398 1.494 0.769 1.166 0.767 3.410 1.555 2.472 1.799 0.233 1.184 1.413 0.128 1.556 0.789 0.076 4.520 0.040 0.736 0.165 0.031 0.921 0.393 0.145 0.257 0.190 0.615 1.851 0.200 0.339 nan 0.247 0.195 0.178 0.219 0.400 0.325 0.354 0.518 0.245 0.389 0.412 0.295 0.526 0.143 0.204 0.495 0.354 1172 chr1 228078380 228084919 + 0 NA Intergenic Intergenic 47735 NR_049806 100847072 NR_049806 ENSG00000264483 MIR5008 - microRNA 5008 ncRNA 1.865 nan 1.755 0.077 0.353 0.145 0.257 0.206 0.244 0.778 0.083 0.060 6.047 0.135 0.087 0.164 0.087 0.074 0.213 0.087 0.087 0.063 0.095 0.101 0.091 0.326 0.133 0.090 0.103 0.047 0.074 0.517 0.270 0.357 0.113 0.107 0.058 0.074 0.090 0.008 0.060 0.647 0.184 0.167 0.451 0.128 0.250 0.076 0.162 0.109 0.024 0.192 0.164 0.312 0.057 0.091 0.165 2.192 0.117 0.320 0.094 0.363 0.060 0.038 0.024 0.060 0.046 1.044 1.664 0.472 1.165 0.708 nan 0.892 0.351 0.780 0.916 0.178 0.302 1.415 1.266 0.532 0.475 0.327 0.356 0.141 0.245 0.434 0.352 0.538 0.395 9760 chr6 72169649 72193147 + 0 NA Intergenic Intergenic 50668 NR_121615 102724000 Hs.145785 NR_121615 LINC01626 - long intergenic non-protein coding RNA 1626 ncRNA nan nan 0.570 0.607 0.124 0.107 0.607 0.089 0.161 0.093 0.411 0.871 0.246 0.026 0.061 0.152 1.175 0.172 0.414 0.235 0.937 0.051 0.047 0.111 0.051 0.363 0.099 0.174 0.559 1.373 0.092 0.383 0.591 0.283 0.647 0.069 0.008 1.890 0.146 0.575 0.021 0.651 0.473 0.299 0.714 0.325 0.319 2.062 0.069 0.358 0.054 0.020 0.152 0.507 0.036 0.051 0.141 0.017 0.012 0.410 0.048 0.249 0.026 0.026 0.756 4.227 5.373 0.428 0.322 0.244 0.545 0.160 0.264 0.106 0.113 0.415 0.394 0.329 0.527 0.237 0.176 0.444 0.195 0.109 0.213 0.061 0.102 0.137 0.213 0.298 0.361 5598 chr19 29879683 29898500 + 0 NA intron (NR_040029, intron 4 of 9) intron (NR_040029, intron 4 of 9) 127568 NR_040029 284395 Hs.631601 NR_040029 ENSG00000264515 LOC284395 - uncharacterized LOC284395 ncRNA nan 0.527 0.870 0.026 0.107 3.399 0.034 0.750 1.179 0.031 0.083 0.059 0.014 0.022 3.656 0.868 0.080 0.078 0.067 0.020 0.030 0.007 0.134 0.113 2.691 0.004 0.027 0.016 0.058 0.011 0.043 0.054 0.065 10.558 0.023 0.026 0.015 0.057 0.089 0.006 0.439 0.118 0.041 0.017 0.011 0.036 0.041 0.181 0.108 0.065 0.021 0.046 0.868 0.087 0.010 2.691 0.013 0.096 0.258 0.093 0.011 0.016 0.265 0.065 0.021 0.009 0.003 0.979 1.405 0.194 0.274 3.478 3.114 0.709 0.169 0.142 0.120 0.361 0.583 0.251 0.220 0.358 0.164 0.607 0.957 0.064 0.059 0.200 0.210 0.661 0.718 4912 chr17 62048530 62068589 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -8281 NM_000334 6329 Hs.46038 NM_000334 ENSG00000007314 SCN4A CMS16|HOKPP2|HYKPP|HYPP|NAC1A|Na(V)1.4|Nav1.4|SkM1 sodium voltage-gated channel alpha subunit 4 protein-coding 1.299 nan 0.904 0.277 0.148 0.080 2.696 0.225 0.415 0.129 0.462 0.225 0.006 0.035 0.248 0.192 0.093 0.080 0.596 0.588 0.059 0.028 0.180 0.145 0.106 1.001 0.594 0.132 0.742 0.630 1.043 6.020 0.346 0.528 1.205 0.118 0.017 0.079 0.078 0.835 0.071 0.508 0.153 0.112 0.678 0.483 0.206 0.734 0.509 0.403 0.134 0.213 0.192 0.542 0.851 0.106 0.207 0.107 0.009 0.490 0.090 0.456 0.073 0.413 0.515 0.356 0.228 0.427 0.345 0.253 0.300 0.523 0.482 0.847 0.208 0.787 0.845 0.228 nan 0.990 1.644 0.916 0.828 0.279 0.374 0.160 0.129 0.611 1.364 0.669 0.633 285 chr1 39317101 39330456 + 0 NA intron (NM_022157, intron 1 of 6) intron (NM_022157, intron 1 of 6) 1717 NM_022157 64121 Hs.532461 NM_022157 ENSG00000116954 RRAGC GTR2|RAGC|TIB929 Ras related GTP binding C protein-coding 12.385 nan 1.296 0.659 2.312 0.418 0.767 0.419 1.001 0.186 0.502 0.367 0.176 0.194 0.719 0.614 1.171 0.264 0.706 0.228 0.171 0.518 0.460 0.363 1.668 0.335 0.401 0.601 0.496 0.206 0.499 0.582 0.653 2.395 0.230 0.243 0.050 0.820 0.187 0.140 0.299 0.625 0.375 0.268 0.317 0.138 0.628 0.727 0.451 0.835 0.408 0.330 0.614 0.813 0.623 1.668 0.162 0.401 0.100 0.605 0.327 0.385 0.436 0.280 0.227 0.362 0.267 0.729 1.053 1.436 1.668 1.528 1.702 nan 0.317 1.319 1.463 1.374 1.772 5.967 7.858 nan 0.557 1.264 2.047 0.285 0.421 1.092 2.127 28.669 18.519 4397 chr16 65152782 65160773 + 0 NA promoter-TSS (NM_001308392) promoter-TSS (NM_001308392) -737 NM_001797 1009 Hs.116471 NM_001797 ENSG00000140937 CDH11 CAD11|CDHOB|OB|OSF-4 cadherin 11 protein-coding nan nan 0.981 0.036 0.039 0.221 0.681 0.157 0.238 0.012 0.145 0.073 0.063 0.643 2.419 0.120 0.013 0.024 0.056 0.060 0.066 0.045 6.887 9.920 0.046 0.861 0.290 0.241 0.195 0.123 3.136 1.608 12.322 0.012 0.071 4.274 1.311 0.115 0.030 0.069 3.584 0.039 0.012 0.112 0.163 0.027 4.065 0.125 0.643 0.044 3.637 0.045 0.046 1.107 0.013 4.705 0.030 0.762 0.012 0.016 5.201 4.601 6.536 0.517 1.404 0.171 0.272 2.456 1.246 0.169 0.083 0.317 0.333 1.312 nan 0.595 0.560 0.938 0.873 0.110 0.223 0.059 0.094 0.207 0.630 0.464 0.233 2441 chr12 6637061 6652817 + 0 NA intron (NM_001256799, intron 1 of 7) intron (NM_001256799, intron 1 of 7) 554 NM_001256799 2597 Hs.544577 NM_002046 ENSG00000111640 GAPDH G3PD|GAPD|HEL-S-162eP glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase protein-coding 3.407 nan nan 3.016 5.559 3.064 2.644 1.891 3.742 2.268 2.712 2.943 2.244 1.662 2.963 3.194 0.566 0.091 3.000 0.926 5.166 1.273 1.313 1.121 2.868 2.709 3.352 1.565 3.511 1.392 3.864 6.645 2.995 7.215 1.413 5.291 0.868 2.955 0.166 1.833 3.292 4.582 2.337 1.091 2.508 2.217 3.635 10.148 5.088 6.392 1.948 2.073 3.194 3.038 3.004 2.868 1.645 1.856 3.274 11.161 1.198 1.994 1.274 1.486 1.984 2.536 1.530 1.823 2.020 3.710 5.297 nan 6.186 8.620 2.696 2.870 2.936 2.305 3.300 3.048 3.791 3.655 5.096 1.676 2.707 3.436 3.506 3.139 nan 1.083 0.708 9470 chr6 18340850 18352352 + 0 NA Intergenic Intergenic -40980 NM_182757 255488 Hs.148741 NM_182757 ENSG00000137393 RNF144B IBRDC2|PIR2|bA528A10.3|p53RFP ring finger protein 144B protein-coding 0.928 nan 0.823 0.251 0.129 0.164 0.093 0.139 0.373 0.117 0.260 0.040 8.797 0.062 0.782 0.252 0.369 0.237 0.384 0.033 0.060 0.036 0.080 0.072 0.229 0.061 0.013 0.038 0.101 0.092 1.176 2.141 1.251 0.533 0.204 0.045 0.058 0.037 0.086 0.010 0.021 0.057 0.055 0.027 0.086 0.073 0.220 0.087 0.064 0.098 0.025 0.308 0.252 0.560 0.089 0.229 0.252 0.195 0.008 0.065 0.080 0.021 0.180 0.087 0.013 0.010 0.737 0.480 0.754 1.179 0.331 0.367 0.278 0.084 0.646 0.638 0.363 0.662 0.365 0.375 0.453 0.158 0.477 0.460 0.300 0.349 0.338 0.824 0.447 0.603 5171 chr18 13159621 13167334 + 0 NA Intergenic MER34B-int|LTR|ERV1 -55252 NM_181482 753 Hs.697787 NM_004338 ENSG00000168675 LDLRAD4 C18orf1 low density lipoprotein receptor class A domain containing 4 protein-coding 1.909 1.959 0.853 0.066 2.962 1.257 0.046 0.177 0.227 0.070 0.048 0.180 1.382 0.117 0.126 0.188 0.097 0.073 0.036 0.123 0.075 6.450 0.018 0.020 0.062 0.093 0.196 0.093 2.691 0.076 0.186 0.042 0.092 0.015 2.512 0.154 0.039 0.065 0.075 0.142 0.095 0.074 0.020 0.016 0.117 0.065 0.038 6.450 0.016 0.050 0.578 0.076 0.484 0.051 0.076 0.371 0.003 0.597 0.814 0.379 0.553 15.389 14.431 0.844 0.250 0.327 0.308 0.094 0.282 0.873 0.777 3.745 4.278 0.236 0.272 1.382 0.681 0.522 1.130 1.092 0.886 7665 chr3 77512090 77528426 + 0 NA intron (NM_001290039, intron 2 of 26) Charlie20a|DNA|hAT-Charlie 373095 NM_001128929 6092 Hs.13305 NM_002942 ENSG00000185008 ROBO2 SAX3 roundabout guidance receptor 2 protein-coding 0.932 0.488 0.859 0.039 0.075 0.333 0.056 0.147 0.386 0.012 0.028 0.017 0.011 0.024 0.126 0.102 0.145 0.060 0.071 0.019 0.026 0.192 0.137 0.107 0.005 0.013 0.071 0.037 0.059 0.063 0.053 0.294 0.027 0.047 0.186 0.046 0.081 0.007 0.239 0.047 0.019 0.014 0.119 0.019 0.054 0.073 0.015 0.043 0.545 0.028 0.102 0.035 0.023 0.107 0.030 0.041 0.249 0.023 0.118 0.019 0.030 0.122 0.005 0.018 0.009 0.201 0.274 0.220 nan 0.493 0.547 0.268 0.129 0.130 0.088 3.874 4.370 0.238 0.223 0.896 0.788 0.048 0.093 0.990 0.775 0.279 nan 0.596 0.324 2414 chr12 3408577 3430125 + 0 NA intron (NR_148995, intron 1 of 11) intron (NR_148995, intron 1 of 11) 55937 NR_148995 100128253 Hs.447497 NR_148995 LOC100128253 - uncharacterized LOC100128253 ncRNA 1.132 nan nan 0.618 4.388 1.119 3.058 0.209 0.485 0.139 0.260 0.079 0.026 2.069 0.175 3.129 0.094 0.082 0.741 0.633 0.087 1.255 0.324 0.587 1.173 0.942 0.047 1.729 0.834 0.535 2.488 0.574 5.147 1.037 0.048 0.310 0.058 0.071 0.533 0.115 0.169 0.420 0.271 1.009 0.621 0.340 0.480 0.185 0.099 0.029 0.228 3.129 0.987 0.210 0.587 0.226 0.257 0.189 0.299 1.278 1.089 0.120 0.192 0.219 1.258 1.950 0.339 0.311 0.248 0.442 nan 0.903 8.489 2.160 0.540 0.484 0.223 0.477 4.876 4.854 0.421 0.312 0.353 0.459 1.996 2.383 0.354 nan 1.746 0.958 4657 chr17 25645769 25681901 + 0 NA Intergenic Intergenic 42788 NM_001348350 26118 Hs.446017 NM_015626 ENSG00000109046 WSB1 SWIP1|WSB-1 WD repeat and SOCS box containing 1 protein-coding nan nan nan 0.785 0.749 0.534 1.085 0.932 1.917 0.311 0.945 0.539 0.304 0.270 0.797 0.797 0.743 0.213 0.385 0.205 1.241 0.368 0.343 0.188 1.281 0.725 0.664 0.439 0.908 0.394 1.547 3.267 0.975 1.404 0.914 1.499 0.100 1.111 0.165 0.573 0.425 1.129 1.513 0.670 0.478 0.443 0.530 1.660 2.005 1.101 0.741 1.128 0.797 0.635 0.765 1.281 0.803 0.933 0.413 2.200 0.659 0.618 0.227 0.741 0.314 0.639 0.495 0.755 1.143 1.381 2.309 0.740 0.794 3.434 1.960 1.998 2.013 0.808 1.233 3.877 4.835 1.921 2.003 0.771 0.926 0.491 0.720 0.933 nan 1.099 0.771 4423 chr16 69164754 69167925 + 0 NA promoter-TSS (NM_032830) promoter-TSS (NM_032830) 154 NM_001039690 54921 Hs.85962 NM_017804 ENSG00000168802 CHTF8 CTF8|DERPC chromosome transmission fidelity factor 8 protein-coding nan nan 4.129 5.587 6.101 2.230 3.196 3.312 5.733 4.303 6.294 5.160 0.799 4.264 2.238 5.436 2.998 0.357 5.839 1.718 7.230 6.147 2.258 0.726 4.087 4.222 6.219 5.540 4.617 0.930 2.806 5.196 4.175 8.941 1.766 4.036 0.629 3.744 0.126 1.753 2.288 9.068 11.137 5.661 1.901 2.464 4.260 4.531 5.212 3.892 2.635 4.168 5.436 6.479 5.831 4.087 0.808 2.574 1.781 6.043 3.576 3.093 1.537 2.156 2.700 1.798 1.204 6.384 6.030 3.357 4.551 6.935 5.398 5.537 2.661 15.039 16.251 3.470 nan 7.566 11.744 9.847 9.820 2.893 4.704 2.771 3.315 5.708 7.992 3.703 1.886 2194 chr11 95827106 95902737 + 0 NA intron (NM_032427, intron 1 of 4) AluSz|SINE|Alu -207550 NM_016156 8898 Hs.181326 NM_016156 ENSG00000087053 MTMR2 CMT4B|CMT4B1 myotubularin related protein 2 protein-coding 0.871 nan 0.711 0.336 0.112 0.112 0.212 0.133 0.275 0.435 1.091 0.590 0.808 0.025 0.114 0.523 0.660 0.083 0.299 0.162 0.058 0.022 0.129 0.126 0.045 0.390 0.201 0.103 0.123 0.128 0.127 0.428 0.324 0.478 0.266 0.537 0.266 0.430 0.121 0.075 0.156 1.022 0.275 0.189 0.286 0.281 1.471 1.120 0.165 0.230 0.073 0.650 0.523 0.180 0.160 0.045 0.314 0.252 0.081 0.132 0.028 0.226 0.072 0.313 0.166 0.055 0.039 0.707 0.546 0.852 nan 0.387 0.435 0.169 0.115 0.930 0.931 1.732 2.340 0.152 0.156 0.370 0.206 0.301 0.450 0.954 1.352 0.546 nan 0.447 0.468 2285 chr11 115898160 115949650 + 0 NA Intergenic Intergenic -292987 NR_034148 283143 Hs.130499 NR_034148 LINC00900 - long intergenic non-protein coding RNA 900 ncRNA 0.952 1.059 0.908 0.028 0.684 1.557 0.033 0.365 0.830 0.011 0.056 0.060 0.013 0.574 0.182 0.724 0.038 0.032 0.029 0.004 0.011 0.011 0.640 0.492 2.942 0.011 0.018 0.011 0.058 0.006 0.221 2.199 0.068 1.163 0.029 0.046 0.187 0.048 0.116 0.025 0.981 0.162 0.032 0.017 0.045 0.059 0.105 0.166 0.054 0.033 0.031 0.044 0.724 0.036 0.014 2.942 0.005 0.048 0.394 0.050 1.145 0.028 0.131 0.689 0.058 0.015 0.005 0.711 nan 0.168 0.250 1.317 1.395 3.933 0.996 0.114 0.119 0.580 nan 4.596 3.272 0.678 0.299 0.562 0.604 0.946 0.760 0.881 3.355 2.592 1.338 8791 chr5 16567729 16599535 + 0 NA intron (NM_001034850, intron 1 of 8) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -32403 NR_109946 101929524 Hs.734029 NR_109946 ENSG00000246214 LOC101929524 - uncharacterized LOC101929524 ncRNA nan nan nan 0.066 2.727 0.089 0.218 0.680 1.518 0.048 0.074 0.093 0.018 0.095 0.067 0.504 0.289 0.168 0.321 0.185 0.043 0.026 0.636 0.533 1.246 0.041 0.027 0.040 0.092 0.017 0.134 0.252 0.189 nan 0.041 0.177 0.899 0.078 0.114 0.015 0.512 0.208 0.168 0.109 0.041 0.062 0.089 0.185 0.100 0.038 0.079 0.044 0.504 0.207 0.011 1.246 0.137 0.152 0.129 0.053 1.000 0.079 0.037 0.055 0.096 0.034 0.010 0.414 0.305 0.374 0.535 1.274 1.134 2.846 0.845 0.147 0.146 nan 3.120 1.065 1.277 0.677 0.484 0.173 0.243 3.296 4.620 0.193 nan 2.040 1.398 3092 chr13 26432623 26444109 + 0 NA intron (NM_001313741, intron 32 of 35) intron (NM_001313741, intron 32 of 35) 186832 NM_001007538 387914 Hs.433791 NM_001007538 ENSG00000180730 SHISA2 C13orf13|PRO28631|TMEM46|WGAR9166|bA398O19.2|hShisa shisa family member 2 protein-coding 0.679 0.844 0.732 0.095 0.191 0.044 0.056 0.090 0.253 0.008 0.055 0.041 0.027 0.061 0.085 0.067 0.118 0.083 0.045 0.008 0.098 0.145 0.351 0.109 0.057 0.013 0.029 0.237 1.110 0.474 0.363 0.025 0.033 0.029 0.085 0.082 0.042 0.220 0.058 0.027 0.028 0.007 0.117 0.087 0.007 0.024 0.069 0.035 0.067 0.013 0.195 0.351 0.011 0.036 0.025 0.021 0.071 0.421 0.096 0.129 0.343 0.009 0.027 0.861 0.792 8.463 nan 0.396 0.609 0.146 0.086 0.073 0.082 0.158 0.327 0.771 0.662 0.561 0.231 0.492 0.797 0.033 0.062 0.405 0.710 1.216 0.727 6425 chr2 155997917 156014832 + 0 NA Intergenic Intergenic 451281 NM_001260509 3760 Hs.591606 NM_002239 ENSG00000162989 KCNJ3 GIRK1|KGA|KIR3.1 potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 protein-coding nan 0.846 nan 0.069 0.373 0.032 0.046 0.246 0.302 0.006 0.083 0.049 0.196 0.301 0.063 0.128 0.123 0.046 0.113 0.033 0.052 0.016 0.435 0.332 0.219 0.025 0.017 0.017 0.056 0.012 0.064 0.075 0.066 0.272 0.035 0.048 0.465 0.038 0.062 0.028 0.060 0.017 0.021 0.037 0.013 0.015 0.074 0.024 0.035 0.080 0.023 0.059 0.128 0.056 0.076 0.219 0.036 0.059 0.386 0.019 0.114 0.018 0.229 0.066 0.018 0.017 0.012 0.644 0.707 0.227 0.282 0.130 0.186 1.875 0.869 0.460 0.396 6.183 6.479 0.815 0.741 3.099 2.759 0.304 0.593 1.308 1.325 0.363 0.766 0.351 0.406 1135 chr1 219707481 219752379 + 0 NA intron (NR_135822, intron 1 of 3) intron (NR_135822, intron 1 of 3) 736 NR_135822 102723886 Hs.525963 NR_135822 LOC102723886 - uncharacterized LOC102723886 ncRNA 1.223 1.096 1.528 0.089 0.459 0.034 0.103 0.571 1.269 0.011 0.136 0.530 0.023 0.043 0.083 0.443 0.365 0.064 0.097 0.038 0.065 4.153 0.462 0.281 0.045 0.051 0.034 0.048 0.055 0.019 0.088 0.324 0.080 nan 0.068 1.392 0.367 0.063 0.116 0.029 0.289 0.090 0.027 0.015 0.022 0.056 0.090 0.180 0.129 0.035 0.256 0.088 0.443 0.098 0.050 0.045 0.210 0.041 0.022 0.101 0.319 0.044 0.031 0.277 0.046 0.101 0.139 0.417 0.283 0.404 0.624 0.527 0.579 nan 1.110 0.362 0.366 0.168 nan 0.640 0.605 0.474 0.233 0.067 0.148 1.277 1.498 0.409 1.031 1.405 0.828 4198 chr16 3173142 3186587 + 0 NA intron (NR_110900, intron 3 of 5) ERVL-B4-int|LTR|ERVL 5019 NR_110900 100507458 Hs.522143 NR_110900 ZNF213-AS1 - ZNF213 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 2.706 nan 2.149 1.940 2.694 1.130 1.237 1.180 2.383 0.491 2.128 1.074 0.092 0.436 2.885 2.067 0.677 0.324 1.024 0.381 0.918 0.382 0.896 0.502 1.124 1.067 0.998 0.713 1.047 0.213 2.597 3.521 1.175 6.022 0.550 1.207 0.374 1.320 0.130 0.762 0.872 1.205 0.885 0.441 0.671 0.500 1.557 1.012 1.688 1.373 1.160 1.080 2.067 1.800 1.417 1.124 0.436 0.893 0.797 1.938 0.985 1.130 0.405 0.494 0.547 0.518 0.419 2.681 2.432 1.341 2.028 2.639 2.474 nan 2.358 3.961 4.366 1.626 nan 2.427 3.433 2.484 2.258 1.192 1.753 2.450 2.548 1.893 2.123 2.256 1.072 96 chr1 14082310 14090245 + 0 NA intron (NM_001135610, intron 6 of 7) intron (NM_001135610, intron 6 of 7) 10401 NM_001007257 7799 Hs.371823 NM_012231 ENSG00000116731 PRDM2 HUMHOXY1|KMT8|KMT8A|MTB-ZF|RIZ|RIZ1|RIZ2 PR/SET domain 2 protein-coding 1.094 0.926 nan 1.144 0.167 0.035 1.076 0.241 0.315 0.771 0.156 0.222 4.483 0.075 0.290 0.146 0.186 0.060 1.496 0.604 0.040 0.054 0.079 0.178 0.150 0.227 0.046 0.056 0.774 0.738 1.167 1.608 1.975 0.942 0.368 0.178 0.024 0.159 0.125 0.088 0.458 0.058 0.038 0.029 0.401 0.438 1.338 0.089 0.092 0.130 0.056 0.971 0.146 1.383 0.094 0.150 0.525 1.328 0.074 0.037 0.052 0.100 0.199 0.335 0.057 0.015 0.013 0.693 0.799 0.653 1.852 0.666 0.768 0.270 0.128 0.495 nan 1.145 nan 1.476 1.880 nan 0.359 0.200 0.385 0.090 0.095 1.030 2.079 0.633 0.364 6726 chr2 234728539 234767869 + 0 NA intron (NM_001282963, intron 5 of 5) intron (NM_001282963, intron 5 of 5) 15008 NM_018410 55355 Hs.532968 NM_018410 ENSG00000123485 HJURP FAKTS|URLC9|hFLEG1 Holliday junction recognition protein protein-coding 1.022 nan 0.986 0.485 0.613 0.514 0.739 0.384 0.804 0.127 0.583 2.051 0.106 0.160 0.434 0.430 0.144 0.074 0.533 0.130 0.490 0.207 0.282 0.216 0.649 0.667 0.546 0.317 0.443 0.129 0.225 0.812 0.382 1.874 0.290 2.392 0.064 0.563 0.119 0.393 0.276 0.553 0.638 0.286 0.163 0.170 0.646 0.624 3.988 0.939 0.293 0.389 0.430 0.409 0.855 0.649 0.224 0.233 0.131 0.870 0.249 0.278 0.176 0.291 0.521 0.696 0.476 0.803 0.753 0.814 1.210 0.956 0.920 0.783 0.261 1.026 1.048 0.691 0.987 0.918 nan 0.884 0.910 0.395 0.661 0.305 0.510 0.741 1.335 0.505 0.434 11681 chr9 101925696 101949442 + 0 NA Intergenic Intergenic 46677 NM_033087 85365 Hs.40919 NM_033087 ENSG00000119523 ALG2 CDG1I|CDGIi|CMS14|CMSTA3|NET38|hALPG2 ALG2, alpha-1,3/1,6-mannosyltransferase protein-coding 1.340 0.811 1.865 0.067 0.885 0.052 0.117 0.592 1.204 0.012 0.191 0.117 0.005 0.025 0.124 0.484 0.149 0.075 0.174 0.056 0.019 0.023 0.198 0.136 1.210 0.084 0.041 0.059 0.090 0.022 0.106 0.211 0.071 0.662 0.080 0.161 0.505 0.039 0.080 0.035 1.951 0.112 0.115 0.072 0.014 0.068 0.093 0.163 0.110 0.117 0.086 0.053 0.484 0.121 0.089 1.210 0.020 0.116 0.663 0.135 0.585 0.090 1.868 1.747 0.061 0.015 0.011 1.297 2.132 1.752 1.706 1.515 1.808 0.867 0.311 0.362 0.369 0.768 0.975 1.231 nan 2.908 2.479 1.508 2.344 0.840 0.598 1.709 5.092 nan 0.685 3836 chr14 104737455 104753256 + 0 NA intron (NR_146612, intron 1 of 2) intron (NR_146612, intron 1 of 2) 55434 NR_146611 145195 Hs.534297 NR_146611 ENSG00000258913 C14orf144 - chromosome 14 open reading frame 144 (putative) ncRNA 1.142 0.769 0.676 0.073 0.156 3.174 0.094 0.081 0.126 0.012 0.070 0.029 0.015 0.059 0.613 0.097 0.081 0.092 0.061 0.012 0.032 0.044 0.187 0.108 0.759 0.577 0.384 0.014 0.087 0.033 0.203 0.330 0.105 2.394 0.009 0.106 0.012 0.034 0.091 0.044 0.038 0.075 0.027 0.020 0.014 0.112 0.036 0.114 0.093 0.064 0.040 0.278 0.097 0.050 0.059 0.759 0.116 0.108 0.226 0.070 0.316 0.120 0.377 0.573 0.101 0.015 0.006 1.463 2.201 0.280 0.331 0.880 0.919 0.282 0.133 0.066 0.046 3.408 3.528 1.923 2.842 1.019 1.074 0.696 0.985 0.289 0.331 0.803 1.395 1.714 1.069 2114 chr11 76015992 76029246 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL 69390 NM_004705 5612 Hs.503315 NM_004705 ENSG00000137492 THAP12 DAP4|P52rIPK|PRKRIR|THAP0 THAP domain containing 12 protein-coding nan 0.771 0.545 0.054 0.695 4.835 0.142 0.170 0.282 0.015 0.112 0.063 0.018 0.082 0.116 0.116 0.095 0.073 0.061 0.014 0.035 0.008 0.106 0.126 0.247 0.036 0.063 0.101 0.087 0.024 0.073 nan 0.094 5.860 0.033 0.088 0.044 0.140 0.105 0.009 0.030 0.211 0.070 0.041 0.025 0.109 0.197 0.205 0.133 0.067 0.036 0.149 0.116 0.081 0.056 0.247 0.019 0.103 0.043 0.242 0.110 0.065 0.060 0.075 0.057 0.030 0.008 0.560 0.389 0.246 0.311 1.021 1.261 0.566 0.227 0.733 0.955 0.379 0.699 0.526 0.731 0.562 0.395 0.390 0.418 0.219 0.251 0.191 0.322 1.375 0.795 9908 chr6 128549768 128563060 + 0 NA intron (NM_002844, intron 5 of 29) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 207404 NR_125849 101928140 Hs.656779 NR_125849 LOC101928140 - uncharacterized LOC101928140 ncRNA 1.191 1.018 2.146 0.206 0.222 0.046 0.080 0.157 0.281 0.007 0.070 0.139 0.019 0.007 0.133 0.539 0.139 0.061 0.119 0.028 0.061 0.016 0.130 0.201 0.036 0.035 0.002 0.061 0.016 0.152 0.177 0.096 0.301 0.022 0.041 0.905 0.041 0.101 0.018 0.101 0.101 0.018 0.018 0.016 0.052 0.217 0.068 0.012 0.044 0.055 0.539 0.047 0.025 0.036 0.028 0.031 0.191 0.035 0.031 0.103 0.030 0.316 0.057 0.017 0.004 0.478 0.396 0.244 0.441 0.353 0.361 1.589 0.422 0.301 0.329 2.221 2.419 0.258 0.318 1.385 0.903 0.131 0.194 3.087 6.354 0.594 1.285 0.914 0.497 9548 chr6 30646045 30664254 + 0 NA promoter-TSS (NM_001134870).5 promoter-TSS (NM_001134870).5 -56 NM_001134870 170954 Hs.101150 NM_133471 ENSG00000146112 PPP1R18 HKMT1098|KIAA1949 protein phosphatase 1 regulatory subunit 18 protein-coding nan 1.773 nan 3.256 1.139 2.446 5.322 1.421 2.600 0.928 4.104 2.760 0.478 0.308 1.390 1.486 3.030 0.441 3.986 1.187 3.952 0.971 0.706 0.283 2.254 3.162 3.686 0.986 3.056 1.807 1.346 3.191 1.958 5.263 2.120 2.884 0.602 2.733 0.171 1.832 0.472 9.141 6.405 2.414 1.757 1.232 2.250 11.123 1.672 7.787 1.853 1.714 1.486 2.479 3.366 2.254 0.577 0.713 0.426 5.577 1.079 2.759 0.548 0.997 3.059 1.676 1.254 2.064 2.509 1.956 nan nan 2.580 3.255 0.810 3.060 2.953 1.803 2.834 2.016 2.501 2.176 1.637 0.746 1.270 1.991 2.328 2.041 3.579 1.459 0.672 5930 chr2 16340937 16351780 + 0 NA Intergenic Intergenic 155809 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.641 0.340 0.664 0.083 0.518 0.052 0.053 0.084 0.112 0.009 0.035 0.051 0.012 0.019 0.147 0.062 0.047 0.196 0.059 0.035 0.034 0.013 0.057 0.162 0.044 0.013 0.006 0.025 0.044 0.010 0.126 0.218 0.088 0.447 0.027 0.055 0.017 0.061 0.113 0.011 0.050 0.180 0.045 0.012 0.030 0.041 0.035 0.091 0.116 0.029 0.022 0.037 0.062 0.026 0.009 0.044 0.049 0.054 0.027 0.037 0.028 0.007 15.331 0.012 0.035 0.012 0.024 0.495 0.411 0.380 0.208 0.226 0.219 0.337 0.105 0.403 0.578 0.178 0.253 0.193 nan 0.393 0.194 20.533 22.123 0.027 0.040 0.207 nan 0.128 0.252 1396 chr10 26088268 26132444 + 0 NA Intergenic Intergenic 112283 NR_120650 101929073 Hs.409816 NR_120650 ENSG00000226304 LOC101929073 - uncharacterized LOC101929073 ncRNA 0.570 0.836 0.914 0.049 0.094 0.021 0.027 0.458 0.972 0.009 0.081 0.088 0.007 0.014 0.048 0.269 0.179 0.143 0.069 0.039 0.027 0.016 0.160 0.158 0.027 0.006 0.007 0.015 0.057 0.007 0.036 0.028 0.034 0.152 0.010 0.037 0.626 0.047 0.089 0.008 0.033 0.039 0.011 0.012 0.025 0.033 0.039 0.088 0.048 0.021 0.014 0.022 0.269 0.040 0.084 0.027 0.033 0.035 0.004 0.030 0.035 0.030 0.070 0.211 0.007 0.014 0.009 0.454 0.332 0.208 0.276 0.190 0.252 0.931 0.290 0.124 0.131 1.554 1.803 0.102 0.112 0.360 0.228 0.113 0.215 1.732 2.958 0.572 1.342 0.795 0.455 1760 chr11 2439463 2454043 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -2478 NM_014555 29850 Hs.272287 NM_014555 ENSG00000070985 TRPM5 LTRPC5|MTR1 transient receptor potential cation channel subfamily M member 5 protein-coding 0.479 0.629 0.608 0.025 0.109 0.042 0.137 0.099 0.224 0.020 0.053 0.045 0.009 0.048 0.049 0.211 0.066 0.108 0.019 0.052 0.042 0.108 0.076 0.082 0.038 0.030 0.172 0.051 0.166 0.596 0.115 0.601 0.030 0.023 0.046 0.074 0.055 0.048 0.017 0.126 0.087 0.085 0.037 0.043 0.073 0.158 0.140 0.229 0.038 0.101 0.211 0.099 0.139 0.082 0.013 0.074 0.020 0.564 0.606 0.082 0.916 0.039 0.027 0.040 0.021 3.409 4.822 0.280 0.408 0.453 0.528 0.772 0.272 7.993 8.324 0.145 0.310 0.109 0.123 0.406 0.306 2.274 2.185 0.165 0.255 0.051 0.154 1.058 0.555 11336 chr8 140431726 140448583 + 0 NA Intergenic MER49|LTR|ERV1 275145 NR_104210 51305 Hs.493037 NM_001282534 ENSG00000169427 KCNK9 K2p9.1|KT3.2|TASK-3|TASK3 potassium two pore domain channel subfamily K member 9 protein-coding 1.435 0.924 nan 0.063 0.214 0.117 0.071 0.132 0.265 0.028 0.062 0.066 0.007 0.059 0.347 0.269 0.093 0.114 0.069 0.022 0.015 0.017 0.034 0.087 0.073 0.012 0.030 0.018 0.077 0.006 0.095 0.073 0.071 1.080 0.078 0.025 0.023 0.064 0.085 0.014 0.075 0.138 0.032 0.005 0.013 0.009 0.097 0.160 0.068 0.063 0.009 0.040 0.269 0.034 0.050 0.073 0.036 0.064 0.327 0.062 0.109 0.023 0.035 2.693 0.013 0.020 0.003 0.325 0.217 0.107 0.128 nan 0.694 nan 0.132 0.165 0.183 0.232 0.312 0.583 0.580 0.826 0.544 0.108 0.208 0.080 0.063 2.861 7.434 0.676 0.595 391 chr1 54411644 54426545 + 0 NA intron (NM_001256409, intron 3 of 8) AluSc5|SINE|Alu 7095 NM_001256409 115353 Hs.40094 NM_052940 ENSG00000116212 LRRC42 dJ167A19.4 leucine rich repeat containing 42 protein-coding 1.776 1.390 2.108 0.608 1.090 0.768 1.231 0.681 1.077 0.415 1.573 0.447 0.336 0.435 0.966 0.513 0.766 0.206 1.236 0.394 0.554 0.295 0.857 0.458 0.480 0.864 0.640 0.885 1.479 0.579 0.685 nan 0.829 2.565 0.192 0.347 0.451 0.910 0.137 0.159 0.409 1.486 1.030 0.561 0.729 0.964 1.130 0.484 0.470 0.638 0.151 0.468 0.513 0.923 0.927 0.480 0.436 0.592 0.483 0.916 2.068 0.734 0.270 0.511 0.740 1.554 1.334 0.523 0.757 1.172 1.771 3.252 3.568 2.861 0.909 2.004 2.031 1.759 2.447 2.698 5.055 1.345 0.981 0.577 0.817 0.963 1.111 1.200 nan 3.765 1.409 2033 chr11 67005585 67021587 + 0 NA non-coding (NR_027473, exon 15 of 21) non-coding (NR_027473, exon 15 of 21) 6080 NM_001256405 22992 Hs.124147 NM_012308 ENSG00000173120 KDM2A CXXC8|FBL11|FBL7|FBXL11|JHDM1A|LILINA lysine demethylase 2A protein-coding nan 1.373 1.353 1.222 1.019 0.713 1.588 0.380 0.803 1.572 1.346 3.193 2.872 0.392 0.600 0.612 0.648 0.181 1.113 0.438 0.606 0.259 0.537 0.265 0.643 1.124 1.035 0.524 0.791 0.764 1.015 1.969 2.315 1.776 0.891 0.901 0.155 0.697 0.111 0.530 0.314 3.311 1.440 0.666 1.185 0.926 2.928 1.481 0.845 1.067 2.296 1.795 0.612 1.960 1.562 0.643 0.827 3.105 0.261 2.476 0.804 2.370 0.457 0.705 0.358 0.374 0.241 2.109 2.116 1.962 4.704 1.588 1.569 3.352 1.490 3.154 3.062 1.493 2.156 2.847 4.313 1.090 0.962 1.120 1.693 1.460 1.176 1.615 1.956 1.040 0.736 10963 chr8 54933152 54936914 + 0 NA promoter-TSS (NR_109902) promoter-TSS (NR_109902) -17 NR_109901 6917 Hs.491745 NM_006756 ENSG00000187735 TCEA1 GTF2S|SII|TCEA|TF2S|TFIIS transcription elongation factor A1 protein-coding 5.347 nan 2.678 2.771 3.553 1.332 2.904 1.821 3.410 1.843 3.977 2.391 2.610 0.931 2.990 2.876 2.953 0.599 6.148 1.922 5.459 2.895 1.386 0.782 3.420 4.550 5.457 1.160 5.346 2.076 6.322 6.283 2.545 6.405 1.813 2.169 0.509 6.707 0.380 2.011 3.030 3.218 5.150 3.076 2.227 3.282 2.796 6.250 6.427 10.104 3.400 1.205 2.876 10.877 3.830 3.420 1.722 0.746 0.951 3.544 2.798 2.155 1.852 2.084 1.195 1.539 1.097 2.410 3.668 4.632 7.353 5.828 4.277 4.741 1.349 5.527 5.887 2.729 nan 3.903 5.329 4.020 3.917 4.291 6.416 3.235 3.038 4.409 6.139 3.323 1.592 10058 chr6 159316144 159346417 + 0 NA 3' UTR (NM_001195032, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001195032, exon 3 of 3) 21661 NM_001195032 100130967 Hs.32804 NM_001195032 C6orf99 - chromosome 6 open reading frame 99 protein-coding nan 0.778 0.889 1.296 0.236 0.133 1.021 0.137 0.374 0.429 0.095 0.116 1.155 0.040 0.160 0.364 0.106 0.101 0.674 0.259 0.056 0.018 0.094 0.111 0.242 0.192 0.074 0.054 0.172 0.261 1.042 nan 1.529 0.487 0.306 0.131 0.069 0.068 0.133 0.042 0.044 0.137 0.107 0.080 0.429 0.443 1.426 0.145 0.242 0.403 0.042 0.208 0.364 1.316 0.137 0.242 0.387 0.259 0.103 0.080 0.111 0.084 0.072 0.176 0.078 0.073 0.056 0.665 0.463 0.409 0.646 0.627 nan 6.222 2.285 2.851 3.125 0.333 0.576 0.461 0.650 0.703 0.463 0.258 0.380 0.327 0.386 0.306 nan 0.529 0.388 8796 chr5 16988647 17006279 + 0 NA Intergenic Intergenic -61078 NM_012334 4651 Hs.481720 NM_012334 ENSG00000145555 MYO10 - myosin X protein-coding nan nan nan 0.475 0.296 0.016 2.450 0.073 0.164 0.185 0.705 4.005 0.028 0.011 0.191 0.276 1.152 0.401 1.356 1.073 0.320 0.024 0.138 0.220 0.267 1.161 0.520 0.267 0.630 0.657 0.253 1.004 0.486 nan 1.236 0.305 0.005 0.067 0.126 2.062 1.050 0.570 0.318 0.296 0.488 0.297 0.218 2.163 0.184 0.286 0.130 0.125 0.276 1.895 0.173 0.267 0.166 0.132 0.044 0.146 0.057 1.761 0.047 0.099 0.900 0.758 0.655 0.310 0.158 0.335 0.589 1.121 0.867 0.300 0.158 0.125 0.106 nan 1.209 0.396 0.480 0.631 0.294 0.167 0.273 0.096 0.084 0.239 nan 0.370 0.441 2676 chr12 52396574 52487841 + 0 NA intron (NM_001202233, intron 2 of 7) AluY|SINE|Alu -2979 NM_173157 3164 Hs.524430 NM_002135 ENSG00000123358 NR4A1 GFRP1|HMR|N10|NAK-1|NGFIB|NP10|NUR77|TR3 nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 protein-coding nan 1.212 0.912 0.310 0.661 0.723 0.289 0.768 1.318 0.112 0.334 0.250 0.169 0.575 1.674 0.656 0.332 0.091 0.293 0.092 0.624 0.235 0.903 0.539 1.111 0.305 0.210 0.562 0.264 0.145 0.639 1.445 0.436 1.642 0.152 0.603 0.197 0.429 0.068 0.137 0.710 0.310 0.319 0.229 0.214 0.138 0.251 0.500 1.458 0.896 0.649 0.665 0.656 0.818 0.254 1.111 0.205 0.971 0.516 1.698 1.383 0.264 0.746 0.186 0.134 0.249 0.153 nan 3.569 1.452 1.839 2.464 nan 2.609 1.198 1.402 1.470 0.652 nan 1.894 nan 1.145 0.952 1.334 2.013 1.103 1.207 0.674 0.882 2.541 1.399 8455 chr4 83291991 83302405 + 0 NA Intergenic LTR90B|LTR|LTR -2049 NM_002138 3184 Hs.480073 NM_002138 ENSG00000138668 HNRNPD AUF1|AUF1A|HNRPD|P37|hnRNPD0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D protein-coding 3.755 2.081 2.451 3.207 2.553 3.143 2.779 2.343 5.090 1.036 2.631 1.347 1.317 0.698 3.878 3.234 1.855 0.108 2.776 0.873 2.085 1.299 1.745 0.756 3.208 1.269 1.590 1.759 3.504 1.378 2.790 4.682 2.237 5.999 1.727 2.587 0.741 2.001 0.115 1.054 2.311 4.833 1.940 1.007 1.916 1.060 1.658 4.561 1.462 1.826 1.642 1.513 3.234 4.194 1.937 3.208 1.108 1.051 0.640 2.303 1.732 1.167 0.998 1.581 1.188 1.006 0.605 4.442 3.922 6.081 8.288 5.837 5.318 5.976 2.866 10.539 10.968 2.516 nan 5.166 7.775 6.009 8.032 2.129 4.234 4.039 4.474 5.843 nan 1.589 0.921 5821 chr19 56090956 56099053 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -2793 NM_152600 163033 Hs.112529 NM_152600 ENSG00000218891 ZNF579 - zinc finger protein 579 protein-coding 3.219 2.073 3.748 2.719 2.293 1.631 0.934 3.695 7.126 0.860 2.818 1.288 0.690 1.214 3.556 2.876 0.795 0.039 1.541 0.608 1.382 0.788 1.257 0.731 4.330 0.496 0.600 2.063 1.441 0.597 1.756 2.741 1.792 4.741 0.646 0.757 0.694 5.750 0.170 0.645 1.351 1.822 1.071 0.627 1.539 0.652 1.676 0.580 4.038 1.544 0.884 0.681 2.876 1.202 0.559 4.330 0.730 1.517 1.230 1.898 1.979 0.843 1.672 2.123 1.233 0.576 0.229 3.524 4.992 1.620 2.083 5.335 5.328 8.078 2.016 0.890 0.877 2.122 2.839 3.815 5.006 4.981 3.813 1.885 3.260 2.839 2.431 3.422 5.749 2.963 1.415 5596 chr19 29069853 29093133 + 0 NA intron (NR_110759, intron 5 of 9) MER20|DNA|hAT-Charlie -16102 NR_135636 102724908 NR_135636 ENSG00000266976 LOC102724908 - uncharacterized LOC102724908 ncRNA nan 0.506 0.496 0.031 0.056 0.021 0.021 0.201 0.350 0.016 0.086 0.063 0.018 0.017 0.065 0.094 0.077 0.096 0.077 0.025 0.074 0.053 0.155 0.003 0.022 0.029 0.086 0.005 0.042 0.061 0.064 7.105 0.012 0.039 0.021 0.051 0.092 0.010 0.045 0.067 0.026 0.020 0.005 0.033 0.049 0.141 0.224 0.147 0.044 0.034 0.094 0.071 0.004 0.155 0.011 0.071 0.102 0.056 0.026 0.014 0.106 0.021 0.029 0.017 0.013 0.203 0.115 0.295 0.369 0.157 0.247 0.212 0.073 0.098 0.097 0.135 0.314 0.116 0.120 0.229 0.073 0.219 0.334 0.088 0.067 0.092 0.134 2.499 1.316 180 chr1 26053714 26102967 + 0 NA intron (NM_020379, intron 4 of 11) intron (NM_020379, intron 4 of 11) -48327 NM_020451 57190 Hs.323396 NM_020451 ENSG00000162430 SELENON CFTD|MDRS1|RSMD1|RSS|SELN|SEPN1 selenoprotein N protein-coding 2.335 1.483 nan 0.090 0.390 4.521 0.061 0.313 0.597 0.021 0.082 0.061 0.014 0.131 1.272 1.035 0.659 0.100 0.047 0.019 0.046 0.059 0.800 0.417 0.100 0.141 0.075 0.066 0.051 0.015 0.087 0.346 0.106 1.697 0.021 0.070 0.286 0.062 0.101 0.026 0.048 0.166 0.048 0.018 0.042 0.063 0.080 0.160 0.332 0.060 0.260 0.225 1.035 0.075 0.019 0.100 0.070 0.068 0.909 0.148 1.329 0.057 0.249 0.442 0.025 0.012 0.005 0.413 0.579 0.340 0.699 1.227 1.319 1.134 0.339 0.411 0.423 2.174 2.924 0.574 0.889 1.452 1.417 0.482 0.533 1.052 1.033 0.660 1.481 2.138 1.065 1375 chr10 21260756 21293192 + 0 NA intron (NM_213569, intron 3 of 6) L1M5|LINE|L1 -90443 NM_006393 10529 Hs.5025 NM_006393 ENSG00000078114 NEBL LASP2|LNEBL nebulette protein-coding 0.744 0.865 0.649 0.057 0.184 0.005 0.106 0.119 0.251 0.012 0.097 0.773 0.013 0.025 0.162 0.130 0.132 0.114 0.114 0.052 0.058 0.028 0.082 0.086 0.124 0.216 0.097 0.023 0.048 0.010 0.089 0.438 0.079 0.211 0.117 0.091 0.111 0.421 0.093 0.007 0.096 0.034 0.030 0.017 0.010 0.035 0.110 0.147 0.073 0.020 0.061 0.532 0.130 0.078 0.023 0.124 0.143 0.104 0.012 0.090 0.080 0.136 0.226 0.084 0.010 0.027 0.012 0.512 0.367 0.368 0.573 0.211 0.244 4.702 1.417 0.134 0.106 0.148 0.218 0.278 0.310 0.186 0.090 0.317 0.632 0.510 0.554 0.262 0.769 0.342 0.274 2907 chr12 104317604 104327342 + 0 NA intron (NR_027249, intron 1 of 15) intron (NR_027249, intron 1 of 15) 1516 NR_027249 253724 Hs.506549 NR_027249 ENSG00000214198 TTC41P GNN|GNNP tetratricopeptide repeat domain 41, pseudogene pseudo 2.705 2.102 nan 2.276 3.133 1.388 1.475 1.406 2.446 0.491 2.016 1.946 0.536 0.996 2.370 1.780 1.767 0.362 1.813 0.701 1.076 0.669 1.577 0.975 2.319 1.348 1.106 1.231 1.250 0.692 1.404 2.121 1.180 7.979 0.734 1.490 0.949 2.685 0.152 0.908 1.114 1.410 1.449 0.736 1.044 0.686 2.336 1.964 2.214 1.910 2.077 1.779 1.780 2.347 1.613 2.319 0.869 0.805 0.660 2.579 1.700 0.727 1.484 1.024 0.879 1.975 1.182 3.467 3.193 3.550 3.454 4.611 4.127 9.256 6.145 7.469 7.648 3.172 3.918 4.424 10.112 2.765 4.274 2.398 4.692 5.532 5.757 5.960 3.286 3.367 1.913 8581 chr4 148671108 148717189 + 0 NA intron (NM_024605, intron 1 of 22) intron (NM_024605, intron 1 of 22) -9598 NR_039962 100616246 NR_039962 ENSG00000264274 MIR4799 - microRNA 4799 ncRNA 0.763 0.898 0.781 0.175 0.211 0.014 1.652 0.219 0.442 0.506 0.178 0.789 0.084 0.022 0.246 0.114 0.332 0.122 1.692 0.893 0.072 0.024 0.143 0.146 0.079 0.242 0.077 0.109 0.564 0.571 1.320 3.093 0.498 0.381 0.739 0.080 0.060 0.059 0.075 0.121 0.017 0.318 0.211 0.127 0.539 0.759 0.463 0.136 0.230 0.144 0.085 0.454 0.114 0.544 0.204 0.079 0.170 0.936 0.122 0.068 0.029 0.315 0.041 0.177 0.043 0.016 0.014 0.178 0.104 0.440 0.933 0.123 0.166 0.068 0.051 0.141 0.155 0.545 0.734 0.391 0.509 0.539 0.327 0.092 0.144 0.225 0.269 0.359 0.894 0.378 0.338 10675 chr7 133417952 133432091 + 0 NA intron (NM_021807, intron 10 of 17) Tigger10|DNA|TcMar-Tigger 84620 NR_120513 101928861 Hs.675747 NR_120513 LOC101928861 - uncharacterized LOC101928861 ncRNA nan nan nan 0.942 0.119 0.121 0.085 0.149 0.389 0.054 0.144 0.099 0.253 0.022 0.106 0.150 0.335 0.090 0.221 0.062 0.027 0.010 0.110 0.173 0.359 0.020 0.010 0.010 0.184 0.026 0.060 0.104 0.268 0.303 0.031 0.260 0.257 0.178 0.165 0.008 0.045 0.104 0.004 0.017 0.023 0.076 0.117 0.111 0.081 0.086 0.061 0.146 0.150 0.091 0.046 0.359 0.069 0.087 0.021 0.057 0.050 0.072 0.056 0.122 0.043 0.013 0.022 0.486 0.270 0.332 0.584 0.400 0.446 nan 0.173 0.278 0.277 4.110 nan 0.278 0.272 nan 0.163 0.226 0.373 0.867 0.899 0.334 0.794 1.217 nan 4097 chr15 80405776 80414971 + 0 NA intron (NM_001242917, intron 2 of 6) intron (NM_001242917, intron 2 of 6) 19615 NM_001242919 54469 Hs.596679 NM_019006 ENSG00000086666 ZFAND6 AWP1|ZA20D3|ZFAND5B zinc finger AN1-type containing 6 protein-coding 0.785 nan 0.891 0.056 0.143 0.036 0.119 0.087 0.283 0.021 0.130 0.133 0.010 0.043 0.124 0.153 0.168 0.069 0.235 0.062 0.041 0.118 0.131 0.092 0.030 0.023 0.049 0.120 0.092 0.076 0.117 0.100 0.439 0.032 0.119 0.010 0.083 0.121 0.102 0.017 0.050 0.020 0.017 0.141 0.008 0.156 0.056 0.062 0.069 0.017 0.153 0.153 0.053 0.151 0.092 0.079 0.063 0.339 0.019 0.154 0.095 0.303 0.067 0.024 0.038 0.585 0.778 0.458 0.435 0.266 0.333 0.363 0.147 0.398 0.428 4.752 4.431 0.360 0.348 1.449 1.107 0.390 0.665 0.055 0.094 0.329 0.607 0.497 0.370 7914 chr3 150124134 150138285 + 0 NA intron (NM_001303264, intron 1 of 2) intron (NM_001303264, intron 1 of 2) 5087 NM_014779 9819 Hs.722470 NM_014779 ENSG00000196428 TSC22D2 TILZ4a|TILZ4b|TILZ4c TSC22 domain family member 2 protein-coding nan 2.809 2.527 5.932 2.307 0.882 2.871 1.508 3.103 1.357 2.173 1.678 0.710 0.680 1.874 1.575 3.263 0.340 2.344 0.857 1.259 0.734 1.985 1.189 1.870 2.009 2.185 1.179 5.254 2.052 1.874 2.132 3.006 3.498 1.491 1.376 0.365 1.350 0.066 0.994 1.755 2.849 2.501 1.013 2.496 1.883 2.057 2.495 1.686 2.998 1.309 2.090 1.575 2.568 2.146 1.870 1.080 1.678 0.485 2.915 1.024 2.915 1.649 1.644 1.635 1.471 0.776 1.652 2.103 1.903 3.873 3.175 2.985 6.025 2.779 4.652 4.749 2.846 nan 2.864 3.845 5.181 4.848 2.383 5.459 1.199 1.370 3.533 5.434 1.834 0.992 10495 chr7 91259998 91273374 + 0 NA Intergenic Intergenic 243348 NM_001301135 7978 Hs.532216 NM_006980 ENSG00000127989 MTERF1 MTERF mitochondrial transcription termination factor 1 protein-coding nan 0.964 nan 0.053 1.267 1.366 0.055 0.736 1.116 0.007 0.081 0.097 0.056 2.927 0.212 0.468 0.157 0.048 0.058 0.015 0.019 0.385 0.307 2.876 0.010 0.011 0.031 0.092 0.008 0.331 0.949 0.184 1.582 0.109 0.073 0.071 0.071 0.112 0.009 0.077 0.085 0.023 0.012 0.032 0.029 0.064 0.141 0.067 0.069 0.030 0.035 0.468 0.074 0.041 2.876 0.097 0.068 0.051 0.047 1.787 0.036 0.111 0.249 0.033 0.013 0.012 0.375 0.278 0.262 0.292 1.095 1.004 6.867 3.438 0.242 0.297 0.772 1.044 3.185 2.509 0.418 0.183 0.202 0.494 0.465 0.518 0.249 nan 1.190 1.067 8090 chr3 182194894 182228438 + 0 NA Intergenic (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -7516 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.135 1.493 1.091 0.213 3.110 1.676 0.206 0.329 0.650 0.023 0.084 0.052 0.026 0.533 1.088 0.352 0.151 0.124 0.101 0.045 0.034 0.021 0.827 0.451 0.347 0.026 0.024 0.009 0.103 0.009 0.202 0.927 0.165 2.643 0.140 0.066 0.480 0.061 0.100 0.014 4.764 0.127 0.030 0.026 0.042 0.064 0.147 0.071 0.024 0.066 0.033 0.138 0.352 0.063 0.036 0.347 0.036 0.135 0.023 0.021 0.526 0.035 0.031 0.245 0.029 0.014 0.004 0.310 0.160 0.266 0.716 0.814 0.978 6.000 2.244 0.155 0.130 0.753 1.169 2.269 2.639 0.849 0.515 0.138 0.204 2.500 1.726 0.243 0.397 1.100 0.595 8273 chr4 13917268 13925960 + 0 NA intron (NR_121681, intron 3 of 3) intron (NR_121681, intron 3 of 3) -191978 NR_033931 152742 Hs.135435 NR_033931 ENSG00000248698 LINC01085 - long intergenic non-protein coding RNA 1085 ncRNA nan nan nan 0.182 0.110 5.266 0.055 0.102 0.022 0.925 1.713 0.028 0.046 0.041 0.406 1.067 0.037 1.140 1.312 0.442 0.115 0.086 0.146 2.217 1.364 0.025 0.490 1.235 0.195 0.308 0.056 0.278 1.976 0.835 0.011 0.063 0.089 1.795 0.091 3.037 0.645 0.555 0.762 0.468 1.539 16.451 0.617 0.109 1.371 0.688 0.406 1.588 2.158 0.146 1.126 0.208 0.011 0.180 0.012 0.345 0.023 0.113 1.186 0.431 0.299 0.390 0.254 0.323 0.463 0.196 0.220 0.340 0.094 0.172 0.181 0.157 0.276 0.186 0.141 0.297 0.177 0.156 0.115 0.039 0.052 0.313 0.682 nan 0.525 11254 chr8 124395395 124431003 + 0 NA Intergenic Intergenic -4494 NM_014109 29028 Hs.370834 NM_014109 ENSG00000156802 ATAD2 ANCCA|CT137|PRO2000 ATPase family, AAA domain containing 2 protein-coding nan nan nan 1.241 2.100 1.368 1.062 0.850 1.689 0.599 1.169 0.502 0.513 0.458 1.151 0.808 0.924 0.298 1.114 0.346 0.727 0.624 0.507 0.234 1.584 0.869 0.711 0.569 1.664 0.748 0.725 2.110 1.207 nan 0.514 0.493 0.469 0.634 0.113 0.428 0.595 1.136 0.949 0.503 0.993 1.482 1.094 1.025 0.913 1.465 0.487 0.946 0.808 1.832 2.434 1.584 0.271 0.582 0.296 0.773 0.719 0.576 0.526 0.527 0.423 0.313 0.171 1.244 1.194 1.538 2.114 3.043 2.902 4.075 1.967 nan nan 1.323 1.744 1.372 2.161 1.759 1.610 1.249 1.912 1.695 2.540 1.684 1.978 1.583 0.770 4102 chr15 80934965 80976010 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -32165 NM_021214 58489 Hs.459072 NM_021214 ENSG00000136379 ABHD17C FAM108C1 abhydrolase domain containing 17C protein-coding 0.491 nan 0.605 0.393 0.126 0.043 0.713 0.185 0.329 0.113 0.106 0.123 0.097 0.044 0.086 0.116 0.135 0.106 0.438 0.321 0.029 0.027 0.133 0.120 0.160 0.387 0.116 0.020 0.148 0.632 0.564 3.357 0.357 0.441 0.324 0.059 0.014 0.043 0.073 0.032 0.054 0.091 0.023 0.027 0.416 0.282 0.661 0.169 0.188 0.049 0.088 1.408 0.116 0.316 0.118 0.160 0.845 1.320 0.028 0.051 0.055 0.069 0.039 0.072 0.029 0.011 0.004 0.280 0.217 0.197 0.377 0.216 0.255 0.573 0.200 0.165 0.124 0.464 0.729 0.516 0.455 0.549 0.226 0.151 0.218 0.067 0.080 0.134 0.218 0.396 0.386 11496 chr9 22446065 22458610 + 0 NA 3' UTR (NM_022160, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_022160, exon 2 of 2) 5497 NM_022160 63951 Hs.371976 NM_022160 ENSG00000176399 DMRTA1 DMO|DMRT4 DMRT like family A1 protein-coding 1.764 nan nan 0.686 0.433 0.013 0.572 0.115 0.168 0.273 0.006 0.133 0.545 0.016 0.310 0.531 0.749 0.174 0.794 0.272 0.035 0.022 0.585 0.313 0.143 0.208 0.394 0.118 0.330 0.458 0.563 0.244 0.055 0.993 0.529 0.083 1.071 0.396 0.563 0.206 0.368 0.152 0.343 0.008 0.684 1.109 0.542 0.309 0.531 0.820 0.022 0.143 0.117 0.016 0.302 0.605 0.057 0.063 0.351 0.480 0.183 0.098 0.544 1.164 0.689 0.766 1.876 0.504 0.062 0.062 3.431 4.152 0.116 0.145 1.207 1.004 0.164 0.247 3.656 3.468 0.425 0.952 3.694 1.758 4323 chr16 30536571 30548163 + 0 NA 3' UTR (NM_001305020, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_001305020, exon 2 of 2) 3924 NM_023931 65988 Hs.592032 NM_023931 ENSG00000169955 ZNF747 - zinc finger protein 747 protein-coding 4.351 2.832 3.872 4.053 4.820 2.938 1.246 2.064 4.391 1.920 3.926 1.527 2.129 4.976 2.342 3.738 1.141 0.168 2.058 0.969 3.803 1.865 1.337 0.498 4.076 1.796 2.308 2.108 3.543 0.774 3.109 4.958 3.721 10.603 1.716 3.050 1.199 1.902 0.104 0.723 2.259 3.591 2.081 0.953 2.666 1.856 4.662 1.293 3.507 5.058 4.164 5.210 3.738 2.352 3.971 4.076 1.321 2.374 1.560 4.494 2.968 1.954 1.748 1.132 1.463 1.336 0.929 4.827 4.537 3.715 6.341 4.421 3.737 7.338 3.094 8.383 8.687 3.146 4.161 8.869 12.694 4.863 5.662 3.400 4.408 5.570 5.169 3.843 3.644 3.016 1.556 9628 chr6 39148935 39158038 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 43765 NM_003740 8645 Hs.444448 NM_003740 ENSG00000164626 KCNK5 K2p5.1|KCNK5b|TASK-2|TASK2 potassium two pore domain channel subfamily K member 5 protein-coding nan 2.742 nan 0.157 0.204 2.929 2.634 0.380 0.687 0.319 0.094 0.021 0.048 0.088 0.292 0.071 0.096 0.088 1.555 0.606 0.042 0.091 0.378 0.190 0.306 1.718 1.438 0.033 1.146 1.020 2.659 6.604 2.198 2.334 0.712 0.055 0.011 0.073 0.099 0.032 0.009 0.102 0.020 0.017 0.913 1.420 1.080 0.153 0.538 0.080 0.290 2.158 0.071 1.035 0.692 0.306 1.082 0.264 0.022 0.154 0.089 0.931 0.077 0.328 0.022 0.525 0.505 0.204 nan nan 0.505 11.326 3.145 0.391 0.401 0.218 0.455 4.783 3.405 0.339 0.260 0.278 0.430 0.149 0.121 0.433 0.892 2.119 1.099 8264 chr4 11420051 11433807 + 0 NA intron (NM_005114, intron 1 of 1) intron (NM_005114, intron 1 of 1) 3608 NM_005114 9957 Hs.507348 NM_005114 ENSG00000002587 HS3ST1 3OST|3OST1 heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 protein-coding nan nan nan 4.921 0.941 0.008 1.415 0.082 0.378 0.117 0.085 0.136 0.179 1.233 0.962 0.260 0.060 0.081 1.941 0.711 0.009 0.605 0.317 1.262 1.605 1.440 0.016 2.936 1.411 1.119 2.153 0.705 1.430 1.403 0.035 0.096 0.057 0.069 0.274 0.179 0.301 0.048 0.062 1.259 0.790 1.276 0.315 0.438 0.005 0.684 0.684 0.260 1.154 0.034 1.262 0.869 0.379 0.275 0.029 0.192 0.208 0.144 0.018 0.205 0.008 0.018 0.481 0.393 0.410 0.566 1.764 1.698 1.966 0.575 0.695 0.737 1.080 1.189 2.202 2.830 0.731 0.594 0.392 0.569 0.277 0.297 0.058 0.146 nan 0.805 11343 chr8 141516439 141523813 + 0 NA Intergenic Intergenic -1271 NM_017444 54108 Hs.279704 NM_017444 ENSG00000104472 CHRAC1 CHARC1|CHARC15|CHRAC-1|CHRAC-15|CHRAC15|YCL1 chromatin accessibility complex 1 protein-coding 7.001 2.987 nan 4.244 7.195 7.907 3.642 4.647 7.616 1.855 4.339 1.841 1.697 2.571 4.969 4.039 2.650 0.479 3.101 0.903 4.122 3.907 1.144 0.571 7.086 2.081 2.856 2.584 3.915 1.866 4.845 7.429 2.155 16.759 2.340 1.987 1.251 2.606 0.162 1.428 1.990 4.534 4.494 2.019 2.795 0.980 2.793 3.446 5.405 5.531 2.083 2.655 4.039 5.193 2.704 7.086 1.462 2.931 0.873 6.230 3.623 1.571 1.465 1.622 1.443 1.656 1.185 3.545 4.132 4.941 7.355 nan 11.062 nan 3.933 11.576 11.988 3.770 4.411 5.238 8.374 4.715 5.055 4.096 5.485 5.395 6.436 4.972 3.938 3.759 1.994 6688 chr2 227039446 227082164 + 0 NA Intergenic Intergenic 53295 NR_046102 646736 Hs.712836 NR_046102 LOC646736 - uncharacterized LOC646736 ncRNA nan 0.615 0.692 0.311 0.055 0.011 0.772 0.186 0.230 0.021 0.488 0.587 0.044 0.034 0.022 0.249 0.989 0.128 0.235 0.164 0.643 3.311 0.062 0.094 0.050 0.284 0.076 0.023 0.212 0.287 0.066 0.201 0.134 nan 0.626 0.626 0.038 0.289 0.137 0.144 0.017 0.084 0.032 0.029 0.209 0.054 0.139 0.152 0.302 0.076 0.011 0.089 0.249 0.091 0.113 0.050 0.198 0.042 0.059 0.120 0.021 0.148 0.032 0.138 0.300 0.024 0.022 0.342 0.187 0.986 1.193 0.235 0.274 0.085 0.058 0.279 0.226 1.370 1.591 0.392 nan 0.470 0.288 0.094 0.134 0.121 0.156 0.391 nan 0.308 0.338 4661 chr17 26644068 26653857 + 0 NA intron (NM_014573, intron 1 of 2) intron (NM_014573, intron 1 of 2) 2841 NM_014573 27346 Hs.199695 NM_014573 ENSG00000109084 TMEM97 MAC30 transmembrane protein 97 protein-coding nan nan nan 1.562 1.487 1.273 0.889 1.306 2.013 0.517 1.011 0.526 0.076 0.226 1.211 1.559 0.834 0.147 1.067 0.463 0.502 0.283 0.720 0.565 2.374 0.396 0.258 0.555 1.118 0.560 1.619 4.346 1.924 3.005 0.359 1.216 1.471 0.937 0.094 0.369 1.574 1.645 1.734 0.931 0.721 0.456 1.129 0.994 2.715 0.467 0.999 1.645 1.559 1.294 0.944 2.374 0.845 0.987 1.620 1.628 0.653 0.584 1.760 2.851 0.249 0.494 0.290 2.620 2.867 1.803 2.692 3.793 3.410 2.940 1.080 2.790 2.792 2.714 3.252 4.971 6.697 13.511 14.409 2.926 5.521 4.668 5.405 3.892 6.085 2.449 1.253 1653 chr10 114533850 114557793 + 0 NA intron (NM_001318205, intron 7 of 7) L1MEf|LINE|L1 -37434 NR_120684 103344931 Hs.458447 NR_120684 ENSG00000260917 LOC103344931 - uncharacterized LOC103344931 ncRNA 0.818 nan 0.933 0.112 0.247 0.137 0.381 2.091 3.953 0.179 0.127 0.190 0.163 0.158 0.255 0.398 0.156 0.094 0.365 0.103 0.063 0.029 0.182 0.090 1.381 0.095 0.018 0.046 0.091 0.353 0.071 0.244 0.228 0.429 0.030 0.054 0.032 0.032 0.092 0.049 0.348 0.154 0.023 0.019 0.092 0.058 0.229 0.057 0.265 0.047 0.102 0.138 0.398 0.234 0.177 1.381 0.123 0.159 0.032 0.058 0.322 0.143 0.050 0.433 0.044 0.019 0.007 0.446 0.447 0.737 1.345 0.832 0.737 1.196 0.324 0.147 0.131 0.412 0.473 1.702 1.586 0.485 0.467 0.159 0.215 0.160 0.158 0.571 1.190 0.546 0.443 9312 chr5 162929380 162939745 + 0 NA intron (NM_013283, intron 1 of 6) intron (NM_013283, intron 1 of 6) 2028 NM_013283 27430 Hs.54642 NM_013283 ENSG00000038274 MAT2B MAT-II|MATIIbeta|Nbla02999|SDR23E1|TGR methionine adenosyltransferase 2B protein-coding nan 1.606 1.970 2.170 1.162 0.465 1.682 0.589 1.168 1.755 2.231 2.119 3.533 0.307 0.923 0.735 1.939 0.175 1.573 0.495 1.259 1.057 0.360 0.305 1.062 2.019 1.573 0.779 1.405 1.120 1.515 1.623 2.347 3.013 0.736 2.503 0.414 3.625 0.141 1.606 0.978 1.263 1.675 0.810 2.748 0.703 2.199 1.674 1.980 1.436 1.496 1.899 0.735 1.460 3.065 1.062 1.478 0.584 0.225 0.691 1.059 1.731 0.780 0.700 1.776 1.350 1.096 1.160 1.150 6.522 13.574 1.353 1.358 1.925 0.597 1.767 1.736 0.969 1.304 1.618 2.714 2.180 1.983 0.936 1.818 2.422 2.372 2.247 2.928 0.913 0.428 1688 chr10 123911630 123932097 + 0 NA intron (NM_206862, intron 7 of 22) intron (NM_206862, intron 7 of 22) -1078 NM_206860 10579 Hs.501252 NM_006997 ENSG00000138162 TACC2 AZU-1|ECTACC transforming acidic coiled-coil containing protein 2 protein-coding nan 1.343 1.851 0.060 0.940 1.263 0.231 0.948 1.623 0.009 0.287 0.171 0.012 0.269 3.182 0.875 0.633 0.190 0.115 0.037 0.068 0.054 0.734 0.359 2.873 0.104 0.034 0.095 0.063 0.015 0.098 0.233 0.099 1.358 0.021 0.134 0.246 0.063 0.074 0.015 0.861 0.206 0.026 0.034 0.016 0.072 0.099 0.109 0.677 0.160 0.027 0.142 0.875 0.110 0.210 2.873 0.075 0.056 0.513 0.074 1.167 0.118 0.252 0.206 0.045 0.023 0.012 1.542 2.200 0.555 0.745 2.811 2.212 1.743 0.787 0.392 0.372 0.935 1.295 4.432 6.371 0.968 1.252 0.563 0.755 0.894 0.682 0.707 0.860 1.735 1.053 8085 chr3 182066327 182084576 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 128699 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.052 1.516 0.766 0.829 2.566 0.195 0.241 0.571 1.195 0.005 0.084 0.314 0.037 0.224 0.686 0.281 0.090 0.151 0.295 0.176 0.031 0.677 0.304 0.509 0.019 0.031 0.004 0.143 0.041 0.388 0.870 0.134 1.819 0.266 0.461 0.271 0.053 0.125 0.313 0.578 0.096 0.013 0.034 0.036 0.021 0.174 0.137 0.018 0.201 0.013 0.070 0.281 0.215 0.188 0.509 0.174 0.036 0.037 0.009 0.585 0.033 0.041 0.060 0.067 0.297 0.264 0.243 0.197 0.207 0.247 0.641 0.757 4.292 1.734 0.152 0.150 0.555 1.000 1.224 1.369 0.574 0.271 0.143 0.223 1.709 1.556 0.178 0.252 0.859 0.513 8540 chr4 129433728 129451673 + 0 NA Intergenic Intergenic 93529 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 0.706 1.567 nan 1.105 0.172 0.341 3.360 0.170 0.225 0.772 1.140 3.514 0.504 0.045 0.238 0.215 1.308 0.099 0.919 0.604 1.441 0.037 0.034 0.069 0.080 2.547 1.619 0.327 0.966 1.557 0.835 1.902 1.140 0.529 1.350 3.150 0.037 0.085 0.078 1.318 0.162 1.328 1.068 0.580 1.138 0.952 0.720 8.437 1.361 0.531 1.176 1.656 0.215 0.944 1.603 0.080 0.758 1.424 0.054 0.220 0.300 1.376 0.067 0.058 0.901 0.600 0.522 0.202 0.153 0.336 0.784 0.222 0.262 0.175 0.058 0.131 0.114 0.326 0.437 0.516 0.410 0.307 0.162 0.124 0.224 0.110 0.460 0.197 0.457 0.359 0.381 10553 chr7 100200011 100211121 + 0 NA exon (NM_002593, exon 9 of 9) exon (NM_002593, exon 9 of 9) -3905 NR_038910 100129845 Hs.714123 NR_038910 ENSG00000224729 PCOLCE-AS1 - PCOLCE antisense RNA 1 ncRNA nan 1.174 1.700 0.849 1.365 1.105 1.257 0.777 1.731 0.559 1.544 1.525 0.263 0.586 1.771 0.967 1.482 0.498 1.278 0.426 0.774 0.635 0.775 0.519 0.821 0.343 0.275 0.979 1.468 0.449 1.633 2.695 2.332 3.928 0.571 0.624 0.223 3.015 0.179 0.582 0.522 1.844 0.712 0.380 0.638 0.675 1.024 0.846 2.120 4.815 1.945 1.119 0.967 1.286 1.331 0.821 0.529 1.093 0.445 4.852 0.918 0.691 0.482 0.233 0.631 0.648 0.366 1.582 1.854 2.199 2.715 2.887 2.155 2.737 1.162 2.822 3.179 1.319 1.751 1.992 2.724 1.672 1.764 0.917 1.121 1.722 1.261 0.973 nan 1.630 0.841 7481 chr22 49038151 49050782 + 0 NA intron (NM_001082967, intron 2 of 3) AluSg7|SINE|Alu 72348 NM_015381 25817 Hs.436854 NM_015381 ENSG00000219438 FAM19A5 QLLK5208|TAFA-5|TAFA5|UNQ5208 family with sequence similarity 19 member A5, C-C motif chemokine like protein-coding 0.647 0.243 nan 0.020 0.035 0.269 0.034 0.127 0.437 0.007 0.019 0.015 0.016 0.077 0.181 0.012 0.051 0.017 0.041 0.033 0.125 0.111 0.365 0.006 0.018 0.092 0.083 0.120 0.039 0.413 0.011 1.688 0.030 0.061 0.069 0.122 0.086 0.053 0.006 0.037 0.061 0.087 0.122 0.017 0.019 0.035 0.181 0.034 0.007 0.365 0.039 0.040 0.224 0.042 2.282 0.032 0.023 0.020 0.112 0.009 0.389 0.515 0.075 0.171 0.580 0.586 0.484 0.282 0.063 0.117 0.243 0.488 2.004 1.978 0.772 0.848 0.246 0.283 0.216 0.280 0.064 0.065 1.004 0.608 3311 chr13 104167404 104180974 + 0 NA Intergenic Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 96639 NR_126374 104326190 Hs.334381 NR_126374 ENSG00000234551 LINC01309 TCONS_l2_00007459 long intergenic non-protein coding RNA 1309 ncRNA 0.720 0.740 0.730 0.058 0.260 0.258 0.021 0.295 0.637 0.088 0.020 0.018 0.229 0.370 0.482 0.093 0.083 0.132 0.014 0.005 0.010 0.637 0.321 1.180 0.020 0.021 0.011 0.050 0.015 0.056 0.054 0.034 0.721 0.024 0.041 0.078 0.071 0.064 0.018 0.083 0.116 0.022 0.016 0.017 0.117 0.088 0.102 0.073 0.070 0.019 0.482 0.063 0.007 1.180 0.009 0.053 0.065 0.008 0.501 0.012 0.051 0.064 0.017 0.025 0.004 0.839 0.472 0.167 0.197 0.993 1.597 7.276 2.844 0.217 0.231 0.087 nan 1.346 0.994 0.420 0.188 0.257 0.337 0.881 0.602 0.533 nan 0.866 0.420 1458 chr10 46950880 46963891 + 0 NA TTS (NM_031912) TTS (NM_031912) 5913 NR_134489 102724593 Hs.663831 NR_134489 LOC102724593 - uncharacterized LOC102724593 ncRNA 0.943 nan 1.795 7.461 0.166 0.081 3.559 0.341 0.523 0.559 1.986 0.517 3.455 0.070 0.150 0.117 0.183 0.198 1.975 1.427 0.586 0.126 0.120 0.138 0.110 1.599 1.122 0.588 3.331 4.631 0.419 0.676 1.616 0.416 0.395 0.236 0.073 0.351 0.162 0.709 0.127 2.470 1.090 0.713 1.627 2.071 1.022 0.332 1.627 0.380 0.292 2.770 0.117 4.470 1.367 0.110 0.423 2.366 0.136 1.211 0.008 1.746 0.069 0.134 0.818 0.226 0.074 0.448 0.506 1.001 2.380 0.328 0.366 0.349 0.188 0.923 1.060 0.409 0.554 0.709 0.771 0.686 0.768 0.362 0.608 0.148 0.138 0.344 0.407 0.274 0.440 2958 chr12 112544108 112569004 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -6793 NM_001143906 10906 Hs.5148 NM_006700 ENSG00000135148 TRAFD1 FLN29 TRAF-type zinc finger domain containing 1 protein-coding nan nan 1.151 2.502 0.812 1.023 4.512 0.689 0.995 1.453 1.615 1.601 0.937 0.266 1.393 1.456 1.305 0.711 2.438 0.807 0.840 0.560 0.695 0.509 1.160 1.848 1.451 0.710 1.409 1.214 1.654 2.917 1.837 2.352 1.411 1.896 0.235 0.942 0.177 0.497 0.444 1.306 1.197 0.623 1.414 1.036 3.911 1.590 1.933 1.341 0.763 2.895 1.456 1.622 1.211 1.160 0.938 0.775 0.422 1.549 1.020 1.940 1.731 0.942 0.546 0.566 0.343 1.264 1.255 1.397 2.062 nan nan nan 0.992 3.468 3.591 1.409 2.086 nan nan 2.419 2.454 1.338 2.074 1.217 1.248 2.106 2.421 nan 1.257 7953 chr3 159569856 159585334 + 0 NA intron (NM_001197109, intron 1 of 6) MER5A|DNA|hAT-Charlie 19945 NM_001197109 29970 Hs.134665 NM_014575 ENSG00000151967 SCHIP1 SCHIP-1 schwannomin interacting protein 1 protein-coding nan 1.169 0.939 0.890 0.198 0.622 0.374 0.197 0.447 0.204 0.100 1.087 0.917 0.020 0.116 0.752 2.368 0.093 0.171 0.110 0.216 0.018 0.296 0.207 0.730 0.462 0.192 0.325 0.264 0.252 0.084 0.276 0.309 0.415 0.094 0.085 0.271 0.734 0.090 0.092 2.001 0.403 1.036 0.477 0.168 0.153 0.386 0.355 0.359 0.776 0.015 0.088 0.752 0.143 0.335 0.730 0.048 0.045 0.440 0.275 0.214 0.174 0.517 0.248 0.123 0.935 0.747 0.962 1.633 0.575 0.946 1.088 1.356 0.858 0.437 0.177 0.157 2.937 nan 0.983 0.753 2.372 2.076 0.455 0.980 1.137 1.267 0.532 1.667 1.317 0.909 1336 chr10 13340100 13345749 + 0 NA promoter-TSS (NM_001323083) promoter-TSS (NM_001323083) -794 NM_001323082 5264 Hs.498732 NM_006214 ENSG00000107537 PHYH LN1|LNAP1|PAHX|PHYH1|RD phytanoyl-CoA 2-hydroxylase protein-coding nan 3.128 3.093 2.155 3.241 1.231 1.345 1.528 2.484 0.644 1.924 1.712 0.220 0.531 0.759 1.337 3.612 0.622 2.359 1.008 2.510 1.152 1.113 0.601 1.937 1.322 1.484 1.977 1.797 0.413 1.096 1.596 1.232 4.624 0.597 1.534 0.068 2.945 0.163 1.106 0.895 1.518 1.995 1.034 0.930 0.176 0.834 1.588 3.012 3.182 3.336 0.931 1.337 3.815 2.801 1.937 0.586 0.760 0.410 5.258 1.774 1.932 0.567 0.264 1.269 1.509 0.765 1.945 2.841 2.702 4.377 2.752 1.896 12.669 5.727 3.226 3.394 2.151 2.736 5.748 9.005 1.001 0.965 0.716 1.616 0.713 0.699 0.634 0.995 1.552 0.969 7278 chr21 46779870 46789373 + 0 NA Intergenic Intergenic -22716 NR_103811 388830 Hs.592162 NR_103811 ENSG00000237664 LINC00316 C21orf111|NCRNA00316|PRED59 long intergenic non-protein coding RNA 316 ncRNA nan 0.686 0.661 0.990 0.133 0.070 5.650 0.135 0.268 0.824 1.949 3.098 0.046 0.022 0.066 0.873 2.788 0.474 1.833 1.257 0.417 0.044 0.043 0.026 2.992 2.952 0.680 0.422 0.844 0.363 1.887 0.210 0.408 2.270 1.696 0.061 0.120 0.041 3.346 0.081 7.298 3.815 1.395 0.567 1.026 1.335 7.969 1.790 4.830 0.581 0.875 0.873 4.230 6.311 0.026 0.759 0.147 0.173 0.551 0.052 2.609 0.055 0.039 1.956 6.460 4.908 0.266 0.151 0.452 1.325 0.461 0.379 nan 0.038 0.180 0.114 0.102 nan 0.119 0.150 0.461 0.274 0.116 0.243 0.249 0.757 0.073 0.100 0.315 0.475 3260 chr13 95670075 95676164 + 0 NA 3' UTR (NM_005845, exon 31 of 31) 3' UTR (NM_005845, exon 31 of 31) 60824 NR_047487 100861544 Hs.48706 NR_047487 ENSG00000260962 LINC00557 - long intergenic non-protein coding RNA 557 ncRNA 1.039 1.435 0.938 0.048 0.466 0.036 2.458 0.381 0.799 0.023 0.129 0.850 0.010 0.321 0.483 0.100 0.080 5.384 3.866 0.145 0.061 0.449 0.149 1.198 0.925 0.334 0.005 0.023 0.518 0.535 1.967 0.070 0.435 1.407 0.063 0.016 0.018 0.066 0.756 0.300 0.136 0.403 0.116 0.324 0.051 0.180 0.099 0.201 0.095 0.013 0.733 0.483 0.759 0.098 1.198 0.988 0.055 0.100 0.028 0.379 0.375 0.032 0.083 0.972 0.605 0.649 0.555 0.379 0.270 0.194 1.178 1.035 2.479 1.298 0.219 0.248 0.112 0.150 2.770 2.697 0.494 0.231 0.235 0.405 0.161 0.108 0.389 0.972 0.299 0.304 8328 chr4 39697775 39710808 + 0 NA intron (NM_001111113, intron 1 of 4) intron (NM_001111113, intron 1 of 4) 4627 NM_001312647 3093 Hs.50308 NM_005339 ENSG00000078140 UBE2K E2-25K|HIP2|HYPG|LIG|UBC1 ubiquitin conjugating enzyme E2 K protein-coding 1.893 1.043 1.379 1.514 1.880 0.537 2.326 0.732 1.705 0.540 1.732 0.902 2.154 0.492 1.330 1.443 1.171 0.246 1.944 0.576 1.208 0.682 0.854 0.692 1.413 0.760 0.810 1.283 1.197 0.646 1.257 1.880 0.970 2.233 0.819 1.168 0.226 1.386 0.139 0.527 0.921 2.157 1.993 0.991 0.815 0.666 1.664 1.777 1.110 2.905 0.889 0.817 1.443 1.811 2.313 1.413 0.910 0.704 0.286 1.412 0.484 0.987 0.654 0.655 0.670 0.706 0.421 2.819 2.454 2.657 3.716 2.060 2.122 2.943 1.204 3.121 3.116 1.925 2.206 1.895 3.264 3.365 2.797 1.530 2.932 1.088 1.495 2.180 2.352 2.395 1.294 6221 chr2 86150884 86166722 + 0 NA Intergenic MER2|DNA|TcMar-Tigger 42400 NR_110569 101928113 Hs.625888 NR_110569 ST3GAL5-AS1 - ST3GAL5 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan 0.620 nan 0.078 0.167 0.145 1.501 0.082 0.220 0.530 0.351 1.231 0.039 0.056 0.085 0.330 0.203 0.041 0.734 0.706 0.583 0.035 0.043 0.082 0.144 0.909 0.342 0.098 0.930 0.287 1.000 2.830 0.607 0.570 0.288 3.167 0.066 0.062 0.103 0.345 0.075 1.055 0.245 0.128 0.104 0.204 2.477 0.355 5.022 0.283 3.650 2.471 0.330 0.801 0.111 0.144 1.335 0.567 0.086 0.315 0.070 0.808 0.019 0.079 0.118 0.756 1.147 0.284 0.173 0.544 0.348 0.289 0.458 0.212 0.099 0.276 0.246 0.338 0.715 0.437 0.383 0.433 0.244 0.194 0.206 0.343 0.310 0.211 0.424 0.825 0.700 3036 chr12 125196512 125256983 + 0 NA Intergenic Intergenic 121772 NM_005505 949 Hs.731377 NM_005505 ENSG00000073060 SCARB1 CD36L1|CLA-1|CLA1|HDLQTL6|SR-BI|SRB1 scavenger receptor class B member 1 protein-coding 1.555 1.864 1.695 0.515 0.231 1.207 0.707 0.376 0.810 0.536 0.170 0.567 0.055 0.082 1.461 0.850 0.616 0.212 0.555 0.358 0.285 0.055 0.280 0.236 0.858 1.172 0.752 0.125 0.093 0.271 0.802 2.797 0.349 2.223 0.568 0.949 0.212 0.332 0.129 0.121 0.117 0.416 0.162 0.111 0.225 0.291 0.638 0.493 0.982 0.400 0.203 0.572 0.850 0.923 0.114 0.858 0.512 0.437 0.901 0.727 0.327 0.314 0.524 0.816 0.566 0.141 0.081 1.282 1.975 0.419 0.869 1.127 1.127 nan 0.485 0.391 0.440 2.627 3.063 1.113 1.639 3.749 3.062 0.612 0.769 0.562 0.791 1.199 3.144 1.550 0.955 11903 chrUn_gl000220 88306 108087 + 0 NA intron (NR_038958, intron 1 of 6) L1MEe|LINE|L1 1067 NR_038958 100507412 Hs.426704 NR_038958 LOC100507412 - uncharacterized LOC100507412 ncRNA nan nan 6.338 1.798 2.119 5.196 2.258 2.545 nan 0.440 2.336 2.357 0.851 1.887 1.179 9.394 2.758 3.853 2.812 0.393 1.643 0.724 1.898 nan 1.753 1.311 1.451 1.647 2.720 0.682 4.234 nan 1.934 9.027 0.571 6.269 0.980 1.410 1.531 0.844 1.079 3.121 8.383 6.149 0.632 1.882 1.525 2.932 3.819 2.372 1.665 2.320 9.394 3.017 0.516 1.753 1.892 1.361 0.472 7.592 1.808 2.445 1.011 0.395 1.256 0.530 0.260 3.726 2.005 7.672 11.605 5.024 6.043 1.387 0.611 3.859 3.519 2.459 4.621 1.277 1.650 nan 2.031 2.854 3.974 2.537 nan 1.991 nan 2.483 3.778 7364 chr22 28534315 28548511 + 0 NA intron (NM_001145418, intron 6 of 22) intron (NM_001145418, intron 6 of 22) -224813 NR_036169 100423034 NR_036169 ENSG00000264073 MIR3199-1 mir-3199-1 microRNA 3199-1 ncRNA nan 0.620 0.890 0.099 0.081 0.078 0.050 0.241 0.338 0.074 0.158 0.033 0.250 0.034 0.078 0.268 1.956 0.113 0.149 0.040 0.081 0.010 0.087 0.096 0.190 0.029 0.005 0.078 0.130 0.038 0.068 nan 0.035 0.223 0.061 0.058 0.099 0.069 0.076 0.033 0.747 0.091 0.046 0.043 0.038 0.011 0.077 0.094 0.069 0.114 0.006 0.061 0.268 0.067 0.034 0.190 0.052 0.063 0.109 0.033 0.050 0.200 0.140 0.271 0.091 0.146 0.058 0.333 0.263 0.309 nan 0.389 0.526 0.286 0.144 0.328 0.332 2.886 3.785 0.218 0.286 0.911 0.575 0.178 0.272 0.585 0.442 0.381 nan 0.882 0.986 4137 chr15 91491867 91501451 + 0 NA intron (NM_001039675, intron 22 of 22) intron (NM_001039675, intron 22 of 22) -1447 NM_001017919 91433 Hs.655895 NM_033544 ENSG00000166965 RCCD1 - RCC1 domain containing 1 protein-coding nan nan nan 1.533 1.588 0.212 1.121 1.156 1.816 0.509 3.257 1.672 0.547 1.051 2.679 1.521 0.569 0.151 1.580 0.651 2.606 0.910 1.376 0.771 0.935 1.150 1.026 1.612 1.657 0.526 1.090 2.867 0.633 4.719 1.082 4.542 0.040 1.273 0.108 0.623 1.168 1.968 1.404 0.628 1.225 0.441 1.087 1.221 2.703 1.936 2.084 3.384 1.521 2.123 1.730 0.935 2.976 1.825 0.638 2.664 1.346 0.936 1.347 0.712 1.629 1.202 0.763 4.094 3.798 3.574 4.349 1.802 1.436 nan 1.238 1.699 1.716 0.719 1.075 2.649 3.951 nan 2.632 1.511 3.053 0.189 0.306 1.775 nan 1.182 0.798 8588 chr4 151126806 151172153 + 0 NA intron (NM_001040261, intron 9 of 16) intron (NM_001040261, intron 9 of 16) 150053 NR_036614 166614 Hs.591683 NM_152619 ENSG00000170390 DCLK2 CL2|CLICK-II|CLICK2|CLIK2|DCAMKL2|DCDC3|DCDC3B|DCK2 doublecortin like kinase 2 protein-coding nan 0.836 0.611 0.132 0.143 0.116 0.257 0.149 0.345 0.343 0.409 10.066 0.180 0.042 0.092 0.130 0.879 0.149 0.109 0.054 1.218 0.012 0.079 0.121 0.124 0.557 0.285 0.530 0.130 0.089 0.100 0.495 0.313 0.557 0.203 1.136 0.046 0.069 0.085 0.369 0.099 0.613 0.078 0.062 0.084 0.036 0.159 0.434 0.370 0.260 0.200 0.100 0.130 0.121 0.946 0.124 0.032 0.845 0.026 0.440 0.024 0.715 0.189 0.151 0.411 0.203 0.207 0.343 0.345 1.329 3.112 0.356 0.411 0.458 0.168 0.220 0.204 1.654 2.024 0.382 0.461 0.311 0.157 0.248 0.528 0.168 0.185 0.329 0.603 0.475 0.335 6140 chr2 57970739 57992022 + 0 NA Intergenic Intergenic -153406 NM_001288837 7444 Hs.715298 NM_006296 ENSG00000028116 VRK2 - vaccinia related kinase 2 protein-coding 0.709 nan 0.638 0.180 0.157 0.107 0.220 0.286 0.555 0.013 0.101 0.052 0.006 0.108 0.230 0.175 0.109 0.060 0.125 0.035 0.053 0.065 0.284 0.312 0.599 0.126 0.037 0.024 0.153 0.054 0.110 0.163 0.076 0.685 0.096 0.116 0.032 0.041 0.109 0.033 0.056 0.112 0.054 0.030 0.051 0.061 0.081 0.132 0.138 0.044 0.063 0.031 0.175 0.044 0.069 0.599 0.080 0.051 0.027 0.129 0.154 0.078 2.010 0.116 0.011 0.014 0.007 2.027 2.092 11.022 8.277 0.905 1.194 1.037 0.375 0.680 0.776 1.814 1.855 0.492 0.459 0.600 0.314 3.516 4.118 0.130 0.128 0.269 0.461 1.074 0.663 7405 chr22 37579839 37597326 + 0 NA Intergenic MER41-int|LTR|ERV1 -4252 NM_031910 114904 Hs.22011 NM_031910 ENSG00000133466 C1QTNF6 CTFP6|CTRP6|ZACRP6 C1q and TNF related 6 protein-coding 1.193 nan 0.923 1.864 0.115 0.323 2.821 0.705 1.244 2.682 1.217 0.458 2.063 0.342 0.408 1.083 0.339 0.093 3.604 1.368 5.440 0.186 0.223 0.176 0.971 0.813 0.840 0.237 1.411 1.486 3.404 4.925 3.607 1.416 2.133 1.956 0.022 0.854 0.152 0.837 0.126 2.128 2.668 1.099 0.812 1.643 7.427 0.895 3.311 1.588 2.364 5.448 1.083 3.321 2.464 0.971 2.450 9.322 0.303 4.291 0.997 3.593 0.356 0.128 1.684 0.893 0.743 0.890 1.264 0.748 0.928 1.473 1.378 0.357 0.177 0.733 0.680 0.442 nan 0.366 0.529 nan 1.144 0.602 0.839 0.373 0.247 0.492 0.599 0.569 0.415 4806 chr17 43197638 43214318 + 0 NA intron (NM_133373, intron 1 of 15) intron (NM_133373, intron 1 of 15) 3922 NM_133373 113026 Hs.380094 NM_133373 ENSG00000161714 PLCD3 PLC-delta-3 phospholipase C delta 3 protein-coding 1.668 1.274 nan 2.380 0.388 0.267 3.524 0.525 0.742 0.940 4.369 1.700 0.226 0.521 0.410 0.995 0.739 0.173 2.761 1.358 1.430 0.283 0.341 0.139 0.402 2.066 1.817 3.067 0.837 1.068 2.884 nan 0.978 1.340 1.419 4.279 0.103 1.093 0.123 1.544 0.219 7.928 1.276 0.704 1.032 0.935 1.270 1.366 8.592 2.828 0.876 2.496 0.995 3.503 2.193 0.402 2.544 3.435 0.268 2.723 0.602 1.605 0.157 0.831 1.244 1.637 0.941 0.670 0.920 0.878 1.385 0.826 nan 1.482 0.583 1.961 2.025 0.549 0.945 1.003 nan 1.553 1.438 0.567 0.775 0.400 0.502 1.433 3.206 0.494 0.375 8325 chr4 39512551 39532377 + 0 NA intron (NM_001184701, intron 1 of 10) AluSx1|SINE|Alu 6754 NM_003359 7358 Hs.572518 NM_003359 ENSG00000109814 UGDH GDH|UDP-GlcDH|UDPGDH|UGD UDP-glucose 6-dehydrogenase protein-coding 1.552 0.970 0.935 1.387 1.326 0.513 5.717 0.518 1.005 0.317 2.831 2.379 0.157 0.727 1.448 0.703 1.258 0.413 1.756 0.765 3.200 0.427 0.539 0.364 0.875 3.358 3.494 0.527 1.525 1.089 1.060 1.438 1.204 1.956 1.032 7.041 0.067 0.761 0.150 0.779 0.652 1.041 0.929 0.417 1.297 0.841 3.169 1.267 3.749 1.886 2.435 3.544 0.703 1.476 3.611 0.875 2.884 1.975 0.162 0.805 0.420 0.711 0.393 0.399 0.605 0.389 0.244 1.458 1.656 1.483 2.804 1.124 1.036 2.498 0.959 1.443 1.334 1.192 1.457 1.539 2.824 1.483 1.581 0.917 1.498 0.508 0.774 1.064 1.706 1.752 1.090 3413 chr14 24897754 24902274 + 0 NA exon (NM_015299, exon 2 of 8) exon (NM_015299, exon 2 of 8) 873 NM_001290257 23351 Hs.713590 NM_015299 ENSG00000100441 KHNYN KIAA0323 KH and NYN domain containing protein-coding nan 2.832 7.598 3.312 2.645 2.330 3.036 1.491 2.670 0.910 2.641 1.674 0.769 3.494 2.881 3.849 3.790 0.603 3.663 0.713 10.273 1.651 1.477 0.636 3.777 2.173 2.934 1.166 3.805 2.033 8.557 13.069 6.027 4.256 2.172 3.930 0.264 4.250 0.131 1.461 1.234 4.314 3.058 1.222 1.854 2.245 1.600 3.529 6.475 5.225 2.302 3.368 3.849 4.074 3.660 3.777 1.603 2.125 1.484 9.930 2.567 2.574 2.063 0.805 2.983 2.722 2.030 1.378 1.422 4.335 6.439 6.592 6.632 2.843 0.786 4.059 4.682 0.558 0.909 5.681 nan 3.530 3.305 2.383 2.727 1.798 1.670 1.237 1.853 2.703 1.274 6385 chr2 140547534 140551565 + 0 NA Intergenic Intergenic 794705 NR_106979 102465692 NR_106979 ENSG00000283506 MIR7157 hsa-mir-7157 microRNA 7157 ncRNA 0.839 nan 0.951 0.045 0.131 0.137 0.072 0.074 0.222 0.024 0.134 0.087 0.016 0.092 0.045 0.158 0.055 0.079 0.079 0.005 0.018 0.116 0.147 0.289 0.018 0.082 0.081 0.129 0.070 0.368 0.109 0.053 9.287 0.108 0.087 0.238 0.160 0.055 0.020 0.066 0.125 0.040 0.053 0.016 0.158 0.035 0.289 0.091 0.101 0.048 0.044 0.050 0.024 0.091 0.151 0.306 0.158 0.568 0.383 1.340 1.634 0.722 0.198 0.081 0.096 3.381 3.239 0.553 0.369 0.546 0.439 0.119 0.230 34.868 33.660 0.504 0.637 0.287 0.425 875 chr1 172223060 172249704 + 0 NA intron (NM_001136127, intron 15 of 19) L2a|LINE|L2 -122407 NR_103486 100628315 Hs.584880 NR_038397 ENSG00000230630 DNM3OS DNM3-AS1|MIR199A2HG DNM3 opposite strand/antisense RNA ncRNA nan nan nan 0.490 0.152 0.015 0.424 0.096 0.192 0.607 0.475 1.957 0.060 0.008 0.125 0.240 0.474 0.159 0.975 0.542 3.264 1.334 0.145 0.222 0.049 0.840 0.364 0.077 0.712 0.291 3.664 4.264 4.917 0.521 1.464 0.185 0.040 0.138 0.105 0.080 0.078 0.276 0.014 0.021 1.216 0.583 0.137 0.727 0.361 0.136 0.305 0.405 0.240 0.474 0.149 0.049 0.078 0.096 0.029 0.069 0.293 0.196 0.384 0.088 0.149 0.223 0.126 0.430 0.318 0.465 0.856 nan 0.553 0.366 0.157 0.305 0.258 0.634 0.934 0.800 1.130 0.411 0.171 0.502 0.910 0.390 0.278 0.307 nan 0.679 0.697 9990 chr6 145669303 145672910 + 0 NA Intergenic Intergenic -384899 NR_038246 100507557 Hs.124537 NR_038244 ENSG00000235652 LOC100507557 - uncharacterized LOC100507557 ncRNA nan 0.829 nan 0.097 0.097 0.045 0.079 0.263 0.304 0.027 0.021 0.026 0.050 0.216 0.042 0.056 0.088 0.017 0.043 0.047 0.186 0.038 0.020 0.020 0.038 0.022 0.259 0.060 0.415 0.090 0.030 0.184 0.076 0.050 0.031 0.042 0.159 0.055 0.179 0.022 0.216 0.099 0.026 0.186 0.037 0.016 0.085 0.022 0.192 0.477 0.020 0.016 0.041 3.323 3.685 13.570 8.054 0.349 0.340 0.255 0.166 0.379 0.316 0.049 0.197 0.180 0.129 1.421 1.048 0.331 0.609 0.068 0.212 0.879 1.469 0.258 0.445 8255 chr4 8007671 8056774 + 0 NA intron (NM_001130083, intron 10 of 20) intron (NM_001130083, intron 10 of 20) -25114 NR_029511 407052 NR_029511 ENSG00000207807 MIR95 MIRN95|hsa-mir-95|miR-95 microRNA 95 ncRNA 1.246 0.843 nan 0.075 2.922 3.736 0.474 0.861 1.654 0.025 0.093 0.036 0.028 0.840 4.485 1.279 0.076 0.075 0.147 0.143 0.017 0.020 2.225 1.273 5.277 0.100 0.053 0.045 0.384 0.247 0.152 0.712 0.240 2.834 0.140 0.032 0.163 0.044 0.057 0.108 1.720 0.185 0.040 0.024 0.295 0.130 0.078 0.137 0.081 0.096 0.027 0.119 1.279 0.620 0.047 5.277 0.135 0.170 0.465 0.077 0.959 0.074 1.092 0.071 0.028 0.021 0.005 1.342 2.016 0.414 0.665 4.716 5.340 nan 1.014 0.405 0.496 0.265 0.421 3.689 4.260 1.704 1.376 1.299 1.443 0.479 0.659 0.139 0.183 nan 1.260 1580 chr10 89982419 90015593 + 0 NA Intergenic Intergenic 344076 NM_018363 55328 Hs.149849 NM_018363 ENSG00000184719 RNLS C10orf59|RENALASE renalase, FAD dependent amine oxidase protein-coding 0.281 0.578 0.878 0.088 0.071 0.916 0.659 0.184 0.302 0.147 0.440 2.385 0.017 0.042 0.648 0.093 0.223 0.068 0.162 0.120 0.054 0.021 0.081 0.083 0.043 0.227 0.080 0.042 0.176 0.177 0.084 0.342 0.111 0.212 0.239 0.856 0.075 0.032 0.091 0.153 0.043 0.230 0.049 0.021 0.201 0.076 0.342 0.107 0.223 0.081 0.133 0.553 0.093 0.059 0.034 0.043 0.152 0.205 0.012 0.068 0.034 0.303 0.062 0.175 0.295 0.017 0.007 0.343 0.163 0.191 0.258 0.219 0.289 1.377 0.373 0.132 0.100 0.368 0.529 0.266 0.268 0.646 0.531 0.107 0.180 0.574 0.642 0.214 0.492 0.891 0.592 10341 chr7 46013356 46021166 + 0 NA Intergenic Intergenic -56390 NM_001013398 3486 Hs.450230 NM_000598 ENSG00000146674 IGFBP3 BP-53|IBP3 insulin like growth factor binding protein 3 protein-coding 0.678 1.312 nan 5.540 0.102 0.043 5.630 0.061 0.064 3.835 2.685 2.174 0.938 0.126 0.091 0.297 0.376 0.123 2.304 1.379 2.649 0.018 0.040 0.103 0.015 6.975 5.708 0.782 3.653 3.115 1.234 5.502 3.814 0.452 2.814 6.556 0.012 0.151 0.130 3.454 0.031 1.966 0.834 0.558 5.632 2.863 3.606 7.003 2.727 0.676 2.113 4.093 0.297 3.142 5.679 0.015 1.873 3.819 0.012 0.564 0.250 2.447 0.013 0.032 2.808 3.001 2.885 0.819 1.034 0.968 4.059 0.373 0.301 0.168 0.085 0.131 0.151 0.224 0.289 0.113 0.136 0.381 0.177 0.213 0.186 0.082 0.135 0.167 0.258 0.549 0.880 3274 chr13 98627169 98630356 + 0 NA intron (NM_002271, intron 3 of 28) CpG 22833 NM_002271 3843 Hs.712598 NM_002271 ENSG00000065150 IPO5 IMB3|KPNB3|Pse1|RANBP5|imp5 importin 5 protein-coding 6.693 5.632 4.826 2.321 8.207 8.962 2.957 2.620 4.853 1.048 6.786 1.356 0.781 1.196 7.073 12.923 2.963 0.253 9.254 2.779 2.358 2.127 3.241 0.851 7.922 2.136 2.887 1.917 2.073 1.403 7.292 11.048 2.955 11.371 1.057 2.954 2.001 3.792 0.086 1.353 6.110 13.735 7.731 3.039 1.967 1.639 4.249 2.854 4.302 4.312 3.562 2.216 12.923 13.077 4.000 7.922 1.617 3.607 1.187 6.799 4.865 2.642 4.604 2.789 4.407 2.132 1.538 9.474 9.378 6.321 9.057 11.232 9.585 11.199 6.576 9.102 8.761 3.233 4.215 6.584 11.188 9.484 10.143 8.289 14.217 8.461 7.661 11.748 9.040 1.374 0.636 2146 chr11 84285403 84320406 + 0 NA intron (NM_001351274, intron 5 of 26) MER5B|DNA|hAT-Charlie 128690 NM_001351276 1740 Hs.367656 NM_001364 ENSG00000150672 DLG2 PPP1R58|PSD-93|PSD93|chapsyn-110 discs large MAGUK scaffold protein 2 protein-coding 0.559 0.734 0.544 0.035 0.117 0.024 0.034 0.146 0.314 0.016 0.071 0.037 0.049 0.114 0.071 0.117 0.037 0.060 0.079 0.005 0.029 0.004 0.121 0.124 0.037 0.033 0.021 0.015 0.078 0.015 0.136 0.432 0.109 0.449 0.008 0.025 0.025 2.365 0.135 0.017 0.041 0.142 0.019 0.018 0.041 0.022 0.080 0.172 0.079 0.026 0.013 0.059 0.117 0.045 0.026 0.037 0.041 0.061 0.008 0.017 0.301 0.038 0.066 0.064 0.007 0.013 0.013 0.481 0.287 0.214 0.311 0.287 0.339 0.750 0.296 0.476 0.443 0.481 0.735 0.308 0.338 0.338 0.146 0.143 0.305 0.154 0.137 0.213 0.423 0.707 0.553 2419 chr12 3789671 3797077 + 0 NA intron (NM_032680, intron 4 of 10) intron (NM_032680, intron 4 of 10) 68992 NM_001144958 84766 Hs.504534 NM_032680 ENSG00000130038 CRACR2A EFCAB4B calcium release activated channel regulator 2A protein-coding 1.081 nan nan 0.127 4.010 0.197 0.175 0.393 0.989 0.143 0.189 0.008 0.026 0.225 0.486 0.092 0.134 0.072 0.017 0.478 0.191 2.474 0.149 0.047 0.039 0.108 0.014 0.109 0.322 0.096 1.147 0.109 0.155 0.014 0.143 0.040 10.111 0.012 0.024 0.032 0.015 0.041 0.091 0.248 0.121 0.030 0.048 0.486 0.019 0.076 2.474 0.067 0.067 1.206 0.087 0.041 0.042 0.054 0.700 0.010 0.012 0.007 0.252 0.264 0.087 0.138 nan 1.086 5.837 1.134 0.336 0.312 0.599 0.873 0.874 1.001 0.439 0.194 0.356 0.329 1.944 2.853 0.893 nan 1.363 0.937 9077 chr5 94182542 94229794 + 0 NA exon (NM_001297777, exon 14 of 20) exon (NM_001297777, exon 14 of 20) 211402 NM_001297777 79772 Hs.591248 NM_024717 ENSG00000175471 MCTP1 - multiple C2 and transmembrane domain containing 1 protein-coding nan 2.801 0.649 0.061 0.094 0.400 0.063 0.122 0.268 0.010 0.083 0.057 0.017 0.034 0.099 0.356 0.129 0.079 0.086 0.020 0.037 0.015 0.050 0.052 0.038 0.023 0.049 0.086 0.020 0.072 0.100 0.071 0.235 0.043 0.093 2.516 1.264 0.119 0.015 0.101 0.033 0.013 0.020 0.027 0.029 0.100 0.055 0.040 0.041 0.033 0.060 0.356 0.031 0.059 0.029 0.030 0.023 0.028 0.122 0.037 0.050 0.086 0.022 0.023 0.016 0.225 0.112 0.264 0.312 0.265 0.294 1.203 0.472 0.109 0.099 0.406 0.573 0.360 0.279 0.410 0.160 0.071 0.137 9.089 10.570 0.223 nan 0.411 0.375 5541 chr19 13056421 13068825 + 0 NA intron (NM_001270363, intron 7 of 7) L2b|LINE|L2 5445 NM_052850 90480 Hs.515164 NM_052850 ENSG00000179271 GADD45GIP1 CKBBP2|CKbetaBP2|CRIF1|MRP-L59|PLINP|PLINP-1|PRG6|Plinp1 GADD45G interacting protein 1 protein-coding 4.148 1.955 7.228 1.364 2.173 3.740 1.674 1.320 2.757 0.861 1.716 1.346 0.957 0.663 1.076 1.748 1.134 0.339 1.929 0.643 1.840 1.186 1.428 0.921 2.587 1.213 1.247 1.420 1.658 0.643 1.451 nan 1.633 1.693 0.370 1.509 1.012 1.768 0.103 0.730 0.788 2.164 1.995 0.997 1.348 0.500 2.267 1.869 1.591 4.225 1.484 0.945 1.748 2.055 1.730 2.587 1.063 0.943 1.417 2.335 1.591 4.001 0.607 2.898 0.897 0.599 0.462 2.473 2.647 2.554 3.684 3.955 4.329 5.599 2.339 5.605 5.332 2.649 4.000 3.646 4.832 6.835 6.131 1.412 2.319 2.704 3.717 4.509 6.205 3.465 1.512 11087 chr8 82541034 82548560 + 0 NA Intergenic Intergenic -1285 NR_146081 650747 NR_146081 IMPA1P1 IMPA1P inositol monophosphatase 1 pseudogene 1 pseudo 1.935 nan nan 0.040 1.062 0.014 0.123 0.213 0.467 0.012 0.144 0.122 0.017 0.033 0.059 0.118 0.141 0.107 0.200 0.050 0.026 0.012 0.084 0.088 0.250 0.045 0.039 0.048 0.132 0.084 0.121 0.482 0.104 0.384 0.153 0.021 0.684 0.014 0.056 0.047 0.506 0.110 0.075 0.083 0.014 0.131 0.102 0.093 0.349 0.363 0.052 0.153 0.118 0.137 0.033 0.250 0.049 0.077 0.330 0.075 0.720 0.074 0.182 0.097 0.031 0.008 0.003 0.379 0.448 0.222 0.501 0.454 0.466 7.891 1.322 0.768 0.578 0.375 0.547 nan 4.018 1.301 1.092 0.389 0.414 6.019 7.521 0.380 0.816 1.138 0.738 11320 chr8 135557083 135614752 + 0 NA intron (NM_001029939, intron 11 of 16) intron (NM_001029939, intron 11 of 16) -24397 NR_002438 594840 Hs.626298 NR_002438 ENSG00000248492 ZFAT-AS1 NCRNA00070|SAS-ZFAT|ZFAT-AS|ZFATAS ZFAT antisense RNA 1 ncRNA nan 1.003 1.380 0.171 0.206 3.451 0.361 0.206 0.478 0.028 0.164 0.518 0.036 0.103 2.174 0.366 0.172 0.083 0.174 0.033 0.038 0.039 0.074 0.061 0.183 0.391 0.214 0.044 0.111 0.066 0.153 0.747 0.193 2.119 0.142 0.310 0.040 0.038 0.074 0.031 0.109 0.144 0.048 0.029 0.078 0.257 0.257 0.170 0.213 0.104 0.068 0.620 0.366 0.121 0.024 0.183 0.139 0.127 0.068 0.070 0.093 0.043 0.084 0.236 0.026 0.030 0.013 0.316 0.226 0.279 0.352 1.199 1.138 0.926 0.309 nan 0.844 0.404 0.671 0.381 0.377 0.462 0.365 0.211 0.342 0.177 0.226 0.381 0.775 0.637 0.563 5544 chr19 13179260 13207389 + 0 NA intron (NM_001271044, intron 8 of 9) intron (NM_001271044, intron 8 of 9) 20650 NM_005583 4066 Hs.46446 NM_005583 ENSG00000104903 LYL1 bHLHa18 LYL1, basic helix-loop-helix family member protein-coding 2.396 0.714 4.315 0.179 0.256 1.950 0.202 0.460 0.815 0.041 0.242 0.357 0.020 0.046 0.233 1.430 0.300 0.120 0.113 0.075 0.091 0.179 0.272 0.158 0.475 0.208 0.129 0.162 0.200 0.022 0.527 nan 0.190 0.786 0.057 0.114 0.303 0.499 0.051 0.046 0.245 0.119 0.049 0.056 0.035 0.041 0.107 0.231 0.352 1.084 0.031 0.116 1.430 0.122 0.077 0.475 0.047 0.047 0.772 0.577 0.461 0.266 0.084 0.260 0.162 0.035 0.016 1.075 1.806 0.418 0.846 1.850 2.047 2.362 0.655 0.431 0.566 1.340 1.938 1.133 1.124 1.144 0.865 0.418 0.420 0.906 0.997 0.708 1.340 1.380 0.759 8909 chr5 52649952 52670457 + 0 NA Intergenic Intergenic -116060 NM_006350 10468 Hs.9914 NM_006350 ENSG00000134363 FST FS follistatin protein-coding nan nan 0.492 1.903 0.099 0.003 2.329 0.125 0.190 0.234 0.572 1.748 0.012 0.064 0.106 0.087 1.210 0.101 0.959 0.527 0.157 0.013 0.054 0.085 0.047 0.236 0.184 0.026 2.102 4.846 0.925 1.831 2.120 0.302 1.391 3.041 0.009 0.042 0.116 1.521 0.041 0.220 0.239 0.115 2.117 1.041 0.618 0.170 0.206 0.034 0.054 0.966 0.087 0.387 0.045 0.047 0.924 0.396 0.014 0.020 0.040 1.129 0.024 0.024 1.181 0.034 0.015 0.214 0.097 0.529 1.610 0.236 0.284 nan 0.090 0.129 0.099 0.194 0.237 0.178 0.169 nan 0.098 0.081 0.110 0.055 0.126 0.101 0.165 0.308 0.242 5742 chr19 46383079 46391224 + 0 NA 3' UTR (NM_015649, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_015649, exon 1 of 1) 2277 NM_015649 26145 Hs.515477 NM_015649 ENSG00000170604 IRF2BP1 - interferon regulatory factor 2 binding protein 1 protein-coding 3.558 2.154 4.513 3.822 1.954 1.125 0.909 1.281 2.634 1.291 2.764 1.542 0.471 5.983 1.944 1.633 0.859 0.215 2.463 0.788 5.680 0.493 2.211 0.907 2.431 0.526 0.603 1.831 1.688 0.440 2.514 nan 3.045 2.941 0.451 1.378 0.747 2.313 0.139 0.886 1.163 3.028 1.125 0.603 0.939 0.518 2.142 0.748 6.482 2.529 5.397 1.856 1.633 2.730 0.624 2.431 2.240 1.803 0.777 5.869 1.810 0.835 1.080 1.002 1.000 0.566 0.288 2.073 2.544 2.883 3.864 3.724 3.123 8.532 2.693 5.647 5.733 2.258 3.425 6.852 8.261 2.212 2.211 1.666 2.439 4.207 3.756 2.673 2.984 3.235 1.839 5113 chr18 2654321 2657778 + 0 NA promoter-TSS (NR_033754) promoter-TSS (NR_033754) 163 NM_015295 23347 Hs.8118 NM_015295 ENSG00000101596 SMCHD1 BAMS|FSHD2 structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain containing 1 protein-coding 7.997 6.095 5.629 4.926 8.431 5.406 2.460 2.957 5.663 2.648 5.877 2.096 1.472 4.954 5.007 2.516 4.138 0.325 6.105 1.805 3.763 1.955 3.501 1.250 11.993 1.368 1.923 3.741 4.124 1.157 4.170 7.207 6.856 nan 1.956 2.895 2.186 5.977 0.166 1.505 4.541 7.910 5.462 3.361 2.133 1.806 4.398 4.337 4.209 9.856 3.425 4.701 2.516 10.271 4.446 11.993 1.659 3.747 1.865 12.698 2.949 3.097 1.364 1.735 2.111 1.216 0.696 8.237 8.209 7.897 11.816 15.178 12.122 14.089 9.528 19.654 18.038 3.977 4.969 8.407 14.669 nan 8.549 3.560 6.219 10.396 10.915 9.040 nan 5.187 2.690 3802 chr14 100737749 100754986 + 0 NA TTS (NM_003403) TTS (NM_003403) 2673 NR_106822 102466730 NR_106822 ENSG00000283840 MIR6764 hsa-mir-6764 microRNA 6764 ncRNA 1.990 1.068 1.152 0.702 0.627 0.982 0.724 0.419 0.821 0.255 0.495 0.274 0.947 0.202 0.743 0.936 0.842 0.288 0.404 0.077 1.125 0.274 0.467 0.345 0.798 0.836 0.691 0.350 0.571 0.282 1.331 3.023 7.064 1.463 0.594 0.574 0.094 0.811 0.119 0.207 0.510 0.466 0.374 0.232 0.203 0.971 0.301 0.393 0.884 1.723 0.226 0.946 0.936 0.380 0.643 0.798 0.311 0.464 0.223 0.538 0.170 0.561 0.189 0.322 0.508 0.217 0.151 0.885 1.008 0.812 1.297 1.696 1.873 0.848 0.380 1.048 1.175 1.251 1.620 1.277 1.709 1.562 1.251 0.623 0.909 0.836 0.909 0.706 1.066 0.945 0.658 11265 chr8 125549073 125553186 + 0 NA promoter-TSS (NM_001311168) promoter-TSS (NM_001311168) 200 NM_001146160 83940 Hs.170568 NM_032026 ENSG00000147687 TATDN1 CDA11 TatD DNase domain containing 1 protein-coding 5.666 nan nan 4.276 5.181 1.918 5.098 2.610 3.887 2.300 4.780 2.942 0.719 1.706 3.003 2.167 2.439 0.270 4.329 1.748 3.033 2.295 1.257 0.868 3.716 1.858 2.404 1.657 2.830 2.902 4.148 4.664 2.662 nan 2.947 3.233 0.784 2.265 0.040 1.727 1.384 4.052 5.150 2.700 3.288 0.695 3.693 3.539 2.725 4.624 4.324 5.066 2.167 6.418 7.974 3.716 1.076 2.719 0.946 3.007 3.871 2.947 1.724 2.283 1.292 1.904 1.656 4.154 3.606 4.678 7.053 6.094 5.945 9.420 3.343 21.072 22.525 3.867 4.920 4.646 6.387 6.667 6.650 3.578 5.538 4.031 5.635 4.464 5.795 3.515 2.107 8284 chr4 19775447 19780451 + 0 NA Intergenic Intergenic -475579 NM_001289135 9353 Hs.29802 NM_004787 ENSG00000145147 SLIT2 SLIL3|Slit-2 slit guidance ligand 2 protein-coding nan nan nan 2.063 0.104 0.011 4.320 0.064 0.180 0.728 0.376 1.376 1.870 0.099 0.036 2.813 0.164 0.164 3.460 1.402 0.379 0.028 0.125 0.113 0.024 2.808 1.997 0.058 2.736 1.545 1.306 2.484 1.025 1.020 5.634 1.014 0.037 0.055 0.111 2.115 0.080 0.388 0.409 0.231 3.188 4.023 0.117 6.018 0.081 0.229 0.943 0.225 2.813 3.522 3.568 0.024 0.244 0.084 0.034 1.383 0.118 0.073 3.370 2.811 3.705 0.352 0.204 0.289 0.443 0.401 0.511 0.198 0.059 0.314 0.252 0.304 0.495 0.459 0.643 0.383 0.162 0.245 0.154 0.310 0.487 0.086 0.368 nan 0.498 4811 chr17 43406888 43423745 + 0 NA Intergenic Intergenic -20886 NM_003954 9020 Hs.404183 NM_003954 ENSG00000006062 MAP3K14 FTDCR1B|HS|HSNIK|NIK mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 protein-coding 0.944 1.417 nan 0.176 2.899 0.133 1.003 1.332 3.110 0.040 0.631 0.643 0.069 0.095 0.212 0.248 0.607 0.210 0.194 0.079 0.221 0.143 0.990 0.433 1.017 0.449 0.141 0.543 0.096 0.050 0.180 nan 0.084 0.800 0.103 0.766 0.181 0.376 0.099 0.192 0.029 0.517 0.119 0.042 0.097 0.078 0.321 0.427 1.868 1.159 0.054 0.210 0.248 0.126 0.285 1.017 0.142 0.183 0.047 0.895 0.091 0.360 0.047 0.087 0.041 0.273 0.243 0.453 0.468 0.319 0.793 1.707 nan 4.971 1.685 0.539 0.586 0.234 0.438 6.236 nan 0.707 0.322 0.342 0.335 0.863 0.704 0.341 0.558 2.005 1.086 3004 chr12 120797174 120808118 + 0 NA intron (NM_002442, intron 4 of 14) intron (NM_002442, intron 4 of 14) 4337 NM_002442 4440 Hs.158311 NM_002442 ENSG00000135097 MSI1 - musashi RNA binding protein 1 protein-coding 3.519 2.288 2.363 0.382 1.690 1.993 0.115 2.193 4.206 0.070 0.154 0.060 0.005 0.037 2.719 5.822 0.123 0.053 0.096 0.017 0.098 0.305 1.296 0.646 4.857 0.057 0.013 0.242 0.043 0.029 0.436 1.127 0.233 3.461 0.027 0.131 0.808 1.397 0.105 0.021 0.867 0.093 0.166 0.207 0.040 0.042 0.097 0.109 1.294 0.530 0.093 0.154 5.822 0.121 0.083 4.857 0.057 0.272 1.639 1.587 0.564 0.058 0.309 2.812 0.042 0.106 0.028 0.627 0.744 1.314 2.100 6.928 6.432 nan 1.200 1.230 1.176 1.396 2.491 1.312 2.662 6.433 7.089 1.027 1.918 2.954 2.162 4.611 7.606 1.978 1.182 6867 chr20 18644537 18662522 + 0 NA intron (NM_080820, intron 4 of 5) intron (NM_080820, intron 4 of 5) 25823 NR_109955 101929526 Hs.639402 NR_109955 ENSG00000233993 LOC101929526 - uncharacterized LOC101929526 ncRNA 1.731 nan 1.020 0.048 0.753 1.336 0.086 1.757 3.493 0.022 0.137 0.082 0.017 0.028 1.069 0.882 0.166 0.098 0.047 0.021 0.018 0.015 0.245 0.233 4.436 0.042 0.008 0.033 0.057 0.006 0.086 0.155 0.177 1.252 0.056 0.092 0.153 0.042 0.065 0.006 2.025 0.109 0.023 0.031 0.035 0.060 0.163 0.127 0.141 0.056 0.009 0.071 0.882 0.028 0.036 4.436 0.049 0.091 0.428 0.020 0.085 0.094 0.330 0.803 0.021 0.022 0.014 1.277 1.997 0.249 0.349 4.619 4.952 3.332 1.312 0.367 0.353 1.449 2.083 5.765 5.836 2.909 2.840 0.348 0.644 0.706 0.475 1.047 2.304 1.832 1.214 3676 chr14 71267998 71289377 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -2799 NM_033141 4293 Hs.445496 NM_033141 ENSG00000006432 MAP3K9 MEKK9|MLK1|PRKE1 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 protein-coding 2.188 1.184 1.118 1.473 1.034 0.729 1.454 0.519 0.999 0.339 0.241 0.436 0.385 0.235 1.154 1.238 0.417 0.180 0.827 0.301 0.736 0.239 0.541 0.311 1.069 1.468 1.319 0.283 3.545 1.591 1.342 1.965 3.439 2.596 1.100 0.126 0.332 0.933 0.149 0.540 1.132 1.874 0.548 0.372 0.944 1.554 1.353 0.538 0.984 1.502 0.550 1.110 1.238 0.823 2.617 1.069 0.405 0.395 0.181 1.481 0.463 0.814 0.167 0.237 1.222 0.248 0.100 0.868 0.876 0.951 1.559 2.301 1.914 1.626 0.481 1.687 1.755 0.820 1.193 1.585 nan 1.454 1.285 0.597 1.173 1.349 1.446 0.941 1.715 1.559 nan 7303 chr22 19553026 19568197 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -6249 NR_024381 150185 Hs.719752 NR_024381 LINC00895 - long intergenic non-protein coding RNA 895 ncRNA 0.682 nan 0.564 0.085 0.148 0.026 0.582 0.200 0.240 0.025 0.164 0.067 0.066 0.713 0.088 0.351 0.079 0.064 1.584 1.773 0.037 0.036 0.289 0.148 0.144 0.670 0.443 0.068 0.379 0.416 0.107 nan 0.097 0.366 0.058 0.078 0.025 0.072 0.070 0.460 0.026 0.784 0.190 0.149 0.116 0.253 0.127 0.257 0.066 0.290 0.058 0.202 0.351 0.693 0.617 0.144 0.032 0.060 0.077 0.134 2.034 0.743 0.013 0.050 0.055 0.019 0.302 0.314 0.208 0.323 0.419 0.473 0.577 0.215 0.401 0.341 0.192 0.379 0.673 0.632 0.415 0.247 0.183 0.166 0.190 0.334 0.183 0.201 2.772 1.739 3939 chr15 45923222 45946391 + 0 NA intron (NM_021199, intron 1 of 9) intron (NM_021199, intron 1 of 9) 7868 NM_021199 58472 Hs.511251 NM_021199 ENSG00000137767 SQOR CGI-44|PRO1975|SQR|SQRDL sulfide quinone oxidoreductase protein-coding 0.722 0.657 nan 0.966 0.219 0.101 1.792 0.235 0.387 0.734 1.645 0.247 0.059 0.647 0.076 0.227 0.816 0.253 1.903 1.040 3.593 0.018 0.250 0.120 0.274 3.035 2.899 0.201 1.228 0.943 0.633 1.184 1.248 0.703 0.202 0.831 0.078 0.210 0.071 0.427 0.058 1.348 0.437 0.239 3.598 0.920 0.600 0.565 1.933 0.479 0.933 3.160 0.227 0.634 5.923 0.274 1.292 0.957 0.039 0.657 0.081 1.156 0.069 0.112 0.992 1.578 1.825 0.240 0.240 0.478 0.713 0.467 0.402 1.655 0.427 0.332 0.287 0.144 nan 0.738 0.678 0.687 0.301 0.203 0.338 0.541 0.512 0.323 0.688 0.829 0.706 9066 chr5 92899710 92952426 + 0 NA intron (NM_005654, intron 2 of 2) intron (NM_005654, intron 2 of 2) 7025 NM_005654 7025 Hs.519445 NM_005654 ENSG00000175745 NR2F1 BBOAS|BBSOAS|COUP-TFI|COUPTF1|EAR-3|EAR3|ERBAL3|NR2F2|SVP44|TCFCOUP1|TFCOUP1 nuclear receptor subfamily 2 group F member 1 protein-coding nan 9.108 2.728 1.329 0.217 0.414 0.916 0.294 0.541 0.348 0.276 0.855 1.229 0.262 0.752 5.684 0.818 0.109 0.554 0.124 0.827 2.072 0.247 0.210 0.002 0.780 0.589 0.851 1.235 0.654 1.043 1.746 1.558 1.519 0.862 0.540 3.379 6.618 0.176 0.332 0.509 0.303 0.209 0.160 0.492 0.259 0.756 0.208 1.022 1.211 0.397 0.172 5.684 0.323 2.426 0.002 0.365 0.078 0.099 1.252 1.268 0.485 0.016 0.199 0.940 0.979 0.998 0.272 0.179 1.128 1.032 0.817 0.613 3.090 1.252 0.203 0.209 1.214 1.617 0.588 0.591 0.554 0.340 0.115 0.173 12.244 8.347 0.205 nan 1.908 1.117 4272 chr16 19176801 19197998 + 0 NA intron (NM_016524, intron 3 of 7) intron (NM_016524, intron 3 of 7) 3720 NM_001308157 51760 Hs.258326 NM_016524 ENSG00000103528 SYT17 sytXVII synaptotagmin 17 protein-coding 1.414 0.956 nan 0.536 1.084 1.347 0.322 0.575 0.913 0.599 0.277 0.143 0.047 0.518 1.433 1.015 0.270 0.114 0.364 0.059 0.086 0.032 0.252 0.195 1.153 0.790 0.597 0.048 0.824 0.286 1.259 2.809 1.009 2.667 0.324 0.141 0.279 0.282 0.096 0.033 0.559 0.223 0.086 0.117 0.345 0.484 0.806 0.216 1.286 0.272 0.224 1.424 1.015 0.206 0.891 1.153 0.214 0.456 0.064 0.379 0.696 0.190 0.027 0.075 0.125 0.027 0.002 0.227 0.102 0.094 0.131 0.719 0.618 1.832 0.602 0.107 0.097 0.086 0.195 6.448 6.602 nan 0.439 0.108 0.112 0.754 0.540 0.293 0.517 0.548 0.531 8505 chr4 111943524 111952518 + 0 NA Intergenic THE1D|LTR|ERVL-MaLR -384742 NM_001204398 5308 Hs.643588 NM_000325 ENSG00000164093 PITX2 ARP1|ASGD4|Brx1|IDG2|IGDS|IGDS2|IHG2|IRID2|Otlx2|PTX2|RGS|RIEG|RIEG1|RS paired like homeodomain 2 protein-coding 0.647 0.652 0.517 0.056 0.079 0.006 0.142 0.090 0.233 0.067 0.148 0.009 0.030 0.014 0.102 0.090 0.045 0.084 0.028 0.061 0.030 0.062 0.063 0.008 0.016 0.105 0.036 0.081 0.110 0.031 0.226 0.032 0.108 0.023 0.126 0.052 0.008 0.052 0.022 0.012 0.009 0.086 0.089 0.027 0.048 0.016 0.029 0.014 0.031 0.063 0.095 0.055 0.033 0.013 0.017 0.071 0.072 0.026 0.762 0.352 9.372 0.908 0.119 0.176 0.079 0.041 0.473 0.501 0.250 0.276 0.238 0.255 0.193 0.043 0.194 0.360 0.032 0.095 0.388 0.751 0.113 0.206 51 chr1 6658842 6676134 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -4530 NM_014851 9903 Hs.7764 NM_014851 ENSG00000162413 KLHL21 - kelch like family member 21 protein-coding 2.543 nan 3.086 4.238 4.490 1.063 1.732 0.760 1.411 1.136 2.516 2.016 1.639 0.685 1.643 0.784 2.760 0.536 2.569 0.723 0.903 2.495 0.798 0.449 1.081 1.851 2.036 1.977 3.124 1.017 1.425 nan 1.117 3.400 0.836 1.490 0.116 3.766 0.175 0.629 0.563 2.248 2.481 1.136 1.513 0.449 1.207 4.089 1.959 4.296 1.342 1.283 0.784 3.613 1.936 1.081 0.951 0.833 0.654 4.110 1.397 0.882 1.303 0.629 1.522 0.969 0.724 1.691 2.377 3.650 5.967 3.437 3.076 1.586 0.443 3.701 3.678 1.743 nan nan 5.220 nan 1.937 1.967 3.153 0.685 0.704 1.769 2.120 1.311 0.884 456 chr1 70032380 70041921 + 0 NA intron (NM_001350216, intron 1 of 25) intron (NM_001350216, intron 1 of 25) 2713 NM_001350216 57554 Hs.479658 NM_020794 ENSG00000033122 LRRC7 DENSIN leucine rich repeat containing 7 protein-coding nan 0.762 0.917 0.247 0.644 0.029 0.074 0.537 0.854 0.089 0.228 0.028 0.331 0.722 0.645 0.248 0.063 0.237 0.040 0.020 0.296 0.556 0.306 0.147 0.007 0.022 0.037 0.094 0.077 0.119 0.170 0.043 4.976 0.108 0.057 0.331 0.887 0.109 0.062 2.536 0.173 0.044 0.032 0.068 0.016 0.040 0.133 0.043 0.699 0.083 0.020 0.645 0.153 0.020 0.147 0.025 0.054 0.030 0.178 0.032 0.033 0.125 0.116 0.008 0.003 0.419 0.255 0.283 0.568 2.927 nan 0.445 0.170 0.283 0.277 5.873 7.194 1.981 2.814 0.752 1.051 0.274 0.600 0.993 0.456 0.318 0.386 1.494 0.829 1822 chr11 15985346 15993507 + 0 NA 3' UTR (NM_017508, exon 15 of 15) 3' UTR (NM_017508, exon 15 of 15) 1741 NR_106721 102464826 NR_106721 ENSG00000284094 MIR6073 hsa-mir-6073 microRNA 6073 ncRNA 1.376 nan 2.302 2.089 2.589 1.445 1.776 1.419 2.380 0.372 0.515 1.393 0.068 0.158 0.279 0.485 0.823 0.059 0.472 0.162 0.139 0.017 0.077 0.142 0.966 1.096 0.656 0.107 0.374 0.665 3.282 8.241 6.749 2.161 1.114 5.017 0.083 0.013 0.089 0.361 0.048 0.429 0.103 0.077 0.761 1.464 1.504 1.884 1.097 0.097 0.542 2.923 0.485 1.456 0.308 0.966 1.349 2.583 0.057 1.205 0.154 0.448 0.563 0.598 0.014 0.009 nan 0.526 8.083 8.975 0.776 0.987 0.719 0.223 1.276 1.484 1.300 nan 2.777 3.903 0.482 0.235 1.142 1.812 1.159 2.183 0.472 1.011 0.789 nan 7533 chr3 17780363 17785366 + 0 NA promoter-TSS (NM_014744) promoter-TSS (NM_014744) -465 NM_014744 9779 Hs.475629 NM_014744 ENSG00000131374 TBC1D5 - TBC1 domain family member 5 protein-coding nan 3.516 4.429 4.019 3.765 2.735 2.826 1.999 4.589 3.138 4.189 4.934 1.818 2.136 2.979 2.058 2.968 0.257 3.699 1.248 4.984 2.536 3.006 1.754 2.988 2.725 3.291 1.916 6.909 2.572 3.091 4.597 2.452 7.312 1.605 7.503 1.874 3.952 0.109 1.696 2.847 5.014 8.746 3.987 2.551 2.440 3.240 6.623 7.258 4.911 2.795 2.655 2.058 4.018 5.474 2.988 2.364 1.752 0.955 3.175 3.511 5.424 3.060 2.312 3.400 3.624 2.944 3.765 4.204 5.840 7.699 7.153 7.036 4.552 2.280 8.020 8.609 3.731 4.295 5.963 9.363 7.168 6.919 3.195 5.617 5.337 6.225 5.325 5.574 2.385 1.107 7093 chr20 60807138 60832536 + 0 NA intron (NM_001278649, intron 1 of 12) intron (NM_001278649, intron 1 of 12) 6296 NM_001278649 9885 Hs.473254 NM_014835 ENSG00000130703 OSBPL2 DFNA67|DNFA67|ORP-2|ORP2 oxysterol binding protein like 2 protein-coding 1.051 1.974 1.270 0.619 0.643 0.656 0.328 0.356 0.489 0.277 0.359 0.170 0.069 0.337 3.670 0.821 0.217 0.121 0.593 0.104 0.274 0.168 0.321 0.260 0.425 0.413 0.194 0.230 0.466 0.078 0.522 1.277 0.504 11.313 0.121 0.184 0.042 0.227 0.130 0.056 0.314 0.643 0.438 0.208 0.165 0.181 0.733 0.191 0.506 0.474 8.210 0.579 0.821 0.730 0.120 0.425 0.306 0.467 0.073 0.970 0.962 0.254 0.258 0.160 0.149 0.132 0.102 1.323 nan 0.452 0.592 0.963 0.961 1.197 0.514 1.643 1.521 0.708 0.986 1.219 1.613 0.683 0.520 0.652 0.991 0.185 0.255 0.452 0.683 1.258 0.797 6693 chr2 227654756 227666888 + 0 NA exon (NM_005544, exon 1 of 2) exon (NM_005544, exon 1 of 2) 2684 NM_005544 3667 Hs.471508 NM_005544 ENSG00000169047 IRS1 HIRS-1 insulin receptor substrate 1 protein-coding nan 1.325 1.913 4.155 1.735 0.848 6.079 1.077 2.170 0.560 5.249 2.411 0.981 1.127 0.117 2.358 1.845 0.187 7.446 2.911 2.357 6.208 1.253 0.674 1.807 2.974 3.442 1.304 6.318 3.207 3.205 5.202 6.528 nan 4.908 3.217 0.334 4.433 0.147 3.882 0.836 4.463 2.406 1.268 4.051 3.741 3.579 3.877 4.852 5.353 0.986 1.579 2.358 5.848 6.550 1.807 1.140 1.176 0.369 3.942 1.614 2.629 0.841 1.058 6.528 3.404 2.639 2.141 2.691 1.758 2.816 2.972 2.486 1.914 0.909 5.346 5.440 3.549 4.304 3.613 nan 2.668 3.279 1.357 2.024 1.599 1.256 2.546 nan 1.270 0.826 1033 chr1 203473631 203495328 + 0 NA Intergenic Intergenic 21208 NM_014359 26254 Hs.632468 NM_014359 ENSG00000188770 OPTC OPT opticin protein-coding 2.020 2.469 1.809 0.212 0.273 0.077 2.459 0.467 1.077 0.114 1.431 1.628 0.026 0.021 0.391 7.256 0.689 0.147 0.830 0.726 0.116 0.051 0.980 0.485 0.764 2.195 1.542 0.440 1.568 1.311 0.256 0.893 0.323 1.344 0.546 0.174 0.487 0.115 0.093 0.501 1.725 1.052 0.608 0.385 1.702 1.101 1.548 1.436 0.375 0.352 0.372 1.182 7.256 0.609 1.058 0.764 0.555 0.328 0.382 0.607 0.047 0.897 0.460 0.456 0.472 0.802 0.657 1.257 2.021 0.739 1.140 1.476 1.836 3.666 1.106 nan nan 1.443 2.277 0.464 0.545 1.064 0.922 0.531 0.825 1.629 0.955 0.885 2.076 1.828 1.002 4059 chr15 73310196 73331808 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -23823 NM_002499 4756 Hs.388613 NM_002499 ENSG00000067141 NEO1 IGDCC2|NGN|NTN1R2 neogenin 1 protein-coding 1.553 0.823 0.965 0.076 0.100 0.031 0.035 0.164 0.301 0.013 0.090 0.064 0.029 0.056 0.087 0.186 0.079 0.090 0.029 0.018 0.029 0.013 0.095 0.148 0.124 0.016 0.010 0.027 0.053 0.005 0.094 0.194 0.069 0.340 0.034 0.079 0.018 0.030 0.086 0.016 0.055 0.085 0.017 0.011 0.030 0.029 0.049 0.176 0.094 0.049 0.048 0.070 0.186 0.056 0.021 0.124 0.074 0.039 0.396 0.038 0.056 0.033 0.037 0.496 0.014 0.011 0.007 0.409 0.333 0.212 0.276 0.245 0.290 0.068 0.044 0.157 0.138 4.708 5.130 0.258 0.282 2.287 2.355 0.238 0.319 0.033 0.063 0.578 1.263 0.635 0.558 2736 chr12 62994627 63005056 + 0 NA Intergenic Intergenic 2375 NR_029661 406891 NR_029661 ENSG00000199179 MIRLET7I LET7I|MIRNLET7I|hsa-let-7i|let-7i microRNA let-7i ncRNA 4.478 2.832 2.654 3.812 3.573 2.153 1.653 1.887 3.447 0.986 4.134 3.201 1.609 1.316 3.943 4.146 3.147 0.256 2.381 0.913 2.243 2.223 2.052 1.464 4.442 2.948 4.491 1.720 3.678 1.714 3.091 3.806 1.861 8.927 2.233 7.935 0.956 2.155 0.137 2.009 2.071 4.330 3.677 1.437 2.148 1.781 2.319 11.919 4.351 3.485 2.188 2.508 4.146 3.045 4.485 4.442 1.934 2.436 0.850 4.053 2.442 2.530 1.395 1.752 2.392 4.777 5.942 4.970 4.392 5.725 7.261 6.004 nan 5.744 3.940 10.426 11.017 3.747 4.156 7.660 10.251 5.657 6.203 4.045 4.983 5.385 5.721 5.220 4.439 3.722 2.250 10626 chr7 116591146 116595476 + 0 NA promoter-TSS (NM_018412) promoter-TSS (NM_018412) -70 NM_018412 7982 Hs.368131 NM_018412 ENSG00000004866 ST7 ETS7q|FAM4A|FAM4A1|HELG|RAY1|SEN4|TSG7 suppression of tumorigenicity 7 protein-coding nan 3.059 6.947 3.384 4.086 7.050 4.424 2.408 3.160 1.091 4.985 3.658 2.661 1.110 5.954 2.329 3.138 0.335 5.228 1.906 2.825 1.499 2.822 1.425 5.909 1.728 2.654 2.718 8.225 1.649 3.078 5.747 8.260 7.707 1.658 3.236 2.159 6.416 0.300 1.581 3.710 5.444 3.210 1.422 1.730 1.980 3.378 4.224 5.011 4.974 4.231 4.154 2.329 8.709 6.441 5.909 0.978 3.653 1.037 8.099 2.954 3.473 2.777 1.646 1.460 0.911 4.954 6.886 7.121 10.624 7.740 6.290 7.537 3.510 10.301 10.100 4.587 5.155 5.486 8.570 4.917 5.962 3.450 8.112 8.789 7.445 0.156 0.347 3.314 2.595 10246 chr7 25978692 25994814 + 0 NA Intergenic Intergenic 2853 NR_029597 406940 NR_029597 ENSG00000199085 MIR148A MIRN148|MIRN148A|hsa-mir-148|mir-148a microRNA 148a ncRNA 2.892 1.368 4.477 0.520 2.257 0.805 0.209 0.321 0.712 0.184 0.159 0.069 0.104 1.116 1.135 3.297 0.195 0.136 0.075 0.024 0.104 0.138 0.532 0.244 0.616 0.583 0.336 0.133 0.719 0.007 1.190 2.468 0.603 1.932 0.018 0.293 0.106 0.161 0.133 0.518 1.446 0.239 0.126 0.125 0.291 0.176 0.140 0.298 0.187 0.186 1.435 0.671 3.297 0.067 0.046 0.616 0.267 0.118 0.229 0.559 1.109 0.054 0.661 0.354 0.099 0.039 0.041 1.487 1.323 0.927 nan 2.401 1.959 7.398 2.553 0.932 0.957 1.013 1.485 4.422 4.610 0.736 0.751 1.091 1.517 0.870 0.818 0.632 nan 0.966 0.615 8983 chr5 70736842 70754536 + 0 NA Intergenic Intergenic -3106 NR_134269 102724392 Hs.625874 NR_134268 LINC02197 - long intergenic non-protein coding RNA 2197 ncRNA 1.335 nan 1.089 0.477 0.545 0.178 0.462 0.454 0.957 0.162 0.454 0.224 0.227 0.227 0.669 0.682 0.362 0.092 0.468 0.160 0.344 0.290 2.174 1.552 0.535 0.355 0.286 0.229 0.535 0.274 0.750 1.132 0.494 1.555 0.222 0.480 2.369 0.618 0.153 0.228 0.340 0.392 0.341 0.197 0.333 0.204 0.573 0.191 0.464 0.644 0.687 0.277 0.682 0.836 0.522 0.535 0.264 0.284 0.110 0.519 1.739 0.255 0.316 0.237 0.173 0.312 0.179 0.625 0.721 1.000 1.318 1.173 1.078 nan 1.772 0.948 0.920 3.298 nan 1.020 1.466 2.155 2.003 0.489 0.812 9.173 8.255 0.858 0.967 3.185 1.931 10836 chr8 20333064 20347780 + 0 NA Intergenic (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 132015 NR_145737 109616983 NR_145737 SNORD3F - small nucleolar RNA, C/D box 3F snoRNA nan 0.722 nan 0.044 0.059 0.057 0.043 0.033 0.221 0.007 0.022 0.075 0.017 0.037 0.030 0.296 0.079 0.055 0.015 0.030 0.009 0.117 0.142 0.065 0.020 0.011 0.045 0.041 0.056 0.043 0.179 0.010 0.041 0.085 0.052 0.102 0.038 0.062 0.013 0.021 0.008 0.059 0.052 0.102 0.072 0.005 0.016 0.036 0.296 0.010 0.016 0.065 0.021 0.017 0.028 0.076 0.005 0.040 0.041 0.015 0.004 0.441 0.394 0.113 0.117 nan 0.570 nan 1.548 0.066 0.104 0.207 0.348 0.230 0.235 0.429 0.162 0.135 0.122 0.589 0.573 0.194 0.227 nan nan 1539 chr10 77791533 77796759 + 0 NA intron (NR_131178, intron 3 of 7) intron (NR_131178, intron 3 of 7) 251627 NM_032024 83938 Hs.118161 NM_032024 ENSG00000148655 LRMDA C10orf11|CDA017 leucine rich melanocyte differentiation associated protein-coding 0.710 nan 1.064 0.096 0.133 0.171 0.137 0.557 0.954 0.138 0.311 0.012 0.609 0.188 0.489 0.292 0.185 0.121 0.037 0.025 0.133 0.121 0.091 1.677 0.061 0.056 0.077 0.130 0.559 0.122 2.078 0.028 0.030 0.203 0.063 0.104 0.091 0.164 0.124 0.046 0.015 0.082 0.073 0.142 1.136 0.054 0.463 0.101 0.489 0.042 0.403 1.677 0.188 0.032 0.187 0.134 0.349 0.105 8.513 0.095 0.099 0.029 6.661 10.447 3.263 2.966 0.676 0.830 2.674 0.391 0.373 0.457 0.113 0.402 1.045 nan 0.288 0.170 8.032 10.544 0.923 0.432 0.295 nan 1.239 0.576 9939 chr6 135023465 135066527 + 0 NA Intergenic Intergenic -183853 NR_125855 101928304 Hs.555076 NR_125855 LOC101928304 - uncharacterized LOC101928304 ncRNA 0.832 0.932 0.889 0.073 0.157 0.079 0.084 0.176 0.284 0.018 0.053 0.383 0.013 0.028 0.089 0.701 0.364 0.079 0.140 0.110 0.029 0.029 0.073 0.091 0.235 0.140 0.035 0.077 0.063 0.007 0.155 0.721 0.174 0.327 0.037 0.434 0.013 5.857 0.217 0.060 0.049 0.094 0.035 0.013 0.077 0.074 0.206 0.067 0.207 0.109 0.246 0.079 0.701 0.092 0.028 0.235 0.146 0.073 0.061 0.087 0.730 0.073 0.057 0.161 0.014 0.052 0.040 0.437 0.277 1.322 1.012 0.512 0.547 nan 0.296 0.253 0.262 0.305 0.486 0.330 0.318 0.603 0.293 0.157 0.247 0.126 0.145 0.473 nan 0.304 0.324 9122 chr5 112598613 112617857 + 0 NA intron (NM_001085377, intron 3 of 18) intron (NM_001085377, intron 3 of 18) 22377 NM_002387 4163 Hs.593171 NM_002387 ENSG00000171444 MCC MCC1 mutated in colorectal cancers protein-coding 1.683 0.976 1.057 0.060 0.064 0.022 0.052 0.093 0.160 0.637 0.097 0.350 0.064 0.021 0.056 0.668 0.145 0.109 0.115 0.109 0.020 0.014 0.148 0.111 0.019 0.022 0.022 0.019 0.060 0.033 0.158 0.344 0.146 0.191 0.130 1.528 0.790 0.034 0.109 0.020 0.249 0.103 0.031 0.016 0.034 0.039 0.149 0.120 0.076 0.071 1.536 0.991 0.668 0.048 0.024 0.019 0.157 0.040 0.154 0.021 0.027 0.086 0.020 0.884 0.047 0.027 0.029 0.208 0.137 0.945 3.656 0.147 0.176 0.189 0.091 0.119 0.127 0.819 nan 0.116 0.106 1.401 1.233 0.086 0.241 2.198 2.843 0.891 3.067 0.616 0.528 6702 chr2 231637647 231663808 + 0 NA intron (NM_001130849, intron 2 of 8) AluY|SINE|Alu 72464 NM_001130849 51719 Hs.603930 NM_016289 ENSG00000135932 CAB39 CGI-66|MO25 calcium binding protein 39 protein-coding 0.788 nan 0.737 1.167 0.122 0.062 5.203 0.110 0.236 1.048 0.474 1.280 0.478 0.027 0.071 0.117 0.138 0.074 4.358 1.974 0.805 0.042 0.085 0.106 0.096 2.480 1.635 0.065 2.355 1.511 3.058 4.822 2.467 0.334 2.446 0.212 0.015 0.054 0.131 1.964 0.069 1.903 0.560 0.316 1.451 2.557 1.184 0.823 0.111 0.322 0.244 1.560 0.117 3.904 3.542 0.096 0.506 1.307 0.015 0.202 0.039 2.032 0.049 0.099 1.667 0.273 0.227 0.360 0.313 0.433 0.931 0.236 0.304 0.165 0.072 0.400 0.354 0.374 0.666 0.802 nan 0.383 0.185 0.158 0.297 0.059 0.060 0.329 0.632 0.286 0.289 6054 chr2 43230852 43239871 + 0 NA Intergenic MLT1F|LTR|ERVL-MaLR 31321 NR_110585 102723854 Hs.570165 NR_110585 ENSG00000231826 LINC01819 - long intergenic non-protein coding RNA 1819 ncRNA 0.855 nan 0.654 5.889 0.175 0.478 0.190 0.089 0.322 0.170 0.114 0.054 0.213 0.022 0.271 0.115 0.154 0.141 0.272 0.212 0.041 0.124 0.146 0.108 0.253 0.081 0.016 0.128 0.204 0.378 3.578 0.357 0.759 0.048 0.069 0.011 0.012 0.114 0.053 0.062 0.156 0.076 0.017 0.145 0.239 1.702 0.133 0.572 0.108 0.044 0.256 0.115 0.270 0.112 0.108 0.136 0.301 0.076 0.207 0.023 0.113 0.046 0.136 0.142 0.007 0.385 0.583 0.510 1.603 nan 0.363 0.296 0.147 0.577 0.554 0.251 0.422 0.369 0.425 0.395 0.206 0.240 0.265 0.065 0.084 0.286 nan nan 0.567 366 chr1 48010481 48045809 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -125156 NR_126355 102724077 Hs.159718 NR_126355 LINC01389 - long intergenic non-protein coding RNA 1389 ncRNA nan 1.097 nan 0.317 0.060 0.206 1.252 0.292 0.525 0.027 0.071 0.049 0.044 0.326 0.141 0.218 0.084 0.032 0.315 0.376 0.011 0.012 0.154 0.136 0.109 0.318 0.118 0.054 0.770 0.329 1.224 5.556 0.685 0.733 0.558 0.062 0.065 0.123 0.086 0.074 0.705 0.120 0.051 0.053 0.781 1.322 0.535 0.200 0.377 0.042 1.122 0.450 0.218 0.253 0.987 0.109 0.433 0.424 0.050 0.107 0.115 0.076 0.076 0.061 0.141 0.054 0.041 0.515 0.767 0.193 0.279 0.859 0.908 0.113 0.052 0.248 0.248 0.151 nan nan 0.978 0.352 0.194 0.243 nan 0.266 0.244 0.131 0.223 0.814 0.711 8102 chr3 183415046 183419122 + 0 NA intron (NM_001351371, intron 1 of 21) L2|LINE|L2 1478 NM_001351370 55689 Hs.632575 NM_018023 ENSG00000163872 YEATS2 - YEATS domain containing 2 protein-coding 7.555 3.254 3.324 4.635 4.305 2.942 1.931 2.559 6.109 1.270 2.475 1.830 3.044 0.954 2.832 2.431 2.771 0.356 2.534 0.697 1.674 1.598 3.963 2.579 4.437 2.440 2.396 2.257 1.968 0.553 1.578 2.753 1.268 9.877 0.541 1.826 1.195 2.333 0.121 0.759 2.475 2.626 4.141 2.201 2.086 0.661 2.485 1.753 2.211 4.240 1.079 2.063 2.431 2.808 3.153 4.437 0.510 1.284 1.505 1.355 1.730 1.293 1.703 3.567 1.194 0.862 0.545 5.205 5.155 5.131 7.240 7.477 6.877 10.718 4.412 6.632 6.619 4.898 6.246 5.275 8.558 13.243 14.675 2.356 5.151 4.692 4.379 7.693 7.222 3.013 1.637 9351 chr5 174142160 174179854 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 9432 NM_002449 4488 Hs.89404 NM_002449 ENSG00000120149 MSX2 CRS2|FPP|HOX8|MSH|PFM|PFM1 msh homeobox 2 protein-coding 0.573 0.474 0.521 0.121 0.040 0.028 0.117 0.123 0.246 0.379 0.174 0.238 0.046 0.018 0.185 0.495 0.065 0.060 0.031 0.010 0.053 0.018 0.021 0.042 0.041 0.595 0.371 0.024 0.156 0.053 0.188 0.168 0.099 1.510 0.012 0.854 0.270 0.081 0.100 0.065 0.010 0.071 0.183 0.139 0.104 0.063 0.184 0.190 0.313 0.117 0.055 0.460 0.495 0.047 0.014 0.041 0.358 0.296 0.005 0.295 0.030 0.092 0.034 0.066 0.202 0.200 0.168 0.146 0.067 3.942 nan 0.671 0.707 0.060 0.037 0.046 0.040 0.165 nan 0.333 0.480 0.243 0.087 0.167 0.299 1.138 1.390 0.151 0.292 0.083 0.143 11103 chr8 91924542 91942069 + 0 NA intron (NM_022351, intron 6 of 12) AluSx1|SINE|Alu 64180 NM_001190972 100127983 Hs.733266 NM_001190972 ENSG00000253250 C8orf88 - chromosome 8 open reading frame 88 protein-coding nan 0.828 1.421 0.058 0.624 0.038 0.082 0.215 0.427 0.006 0.112 0.037 0.032 0.029 0.086 0.522 0.549 0.126 0.150 0.022 0.032 0.008 0.080 0.099 0.041 0.012 0.012 0.013 0.089 0.024 0.069 0.047 0.069 0.296 0.072 0.040 0.625 0.067 0.104 0.014 0.081 0.055 0.010 0.036 0.044 0.052 0.110 0.145 0.037 0.057 0.048 0.060 0.522 0.033 0.037 0.041 0.021 0.052 0.056 0.033 0.069 0.041 0.023 0.226 0.004 0.026 0.009 0.223 0.166 0.220 nan 0.475 0.530 0.319 0.133 0.255 0.167 0.298 0.467 1.154 1.258 0.571 0.295 0.106 0.261 2.682 4.301 0.338 0.925 0.317 0.423 5621 chr19 35599880 35617367 + 0 NA intron (NM_001136007, intron 3 of 10) intron (NM_001136007, intron 3 of 10) 1891 NM_021910 5349 Hs.301350 NM_005971 ENSG00000089356 FXYD3 MAT8|PLML FXYD domain containing ion transport regulator 3 protein-coding 2.025 2.433 2.686 1.474 0.835 0.174 1.344 0.183 0.148 0.579 0.269 0.895 0.468 0.109 0.086 0.116 0.204 0.093 0.912 0.545 0.223 0.008 0.198 0.203 0.293 3.177 2.391 0.240 0.479 0.319 2.127 7.084 2.099 2.606 0.966 0.492 1.851 0.285 0.085 0.102 0.018 0.205 0.169 0.116 0.472 0.532 2.991 0.166 1.183 1.020 0.511 2.275 0.116 1.050 0.209 0.293 1.575 2.195 0.919 0.513 0.134 0.262 0.311 1.693 0.595 0.036 0.035 0.220 0.153 0.478 0.730 0.269 0.324 0.665 0.184 0.213 0.291 0.473 0.864 0.141 0.159 nan 3.377 0.839 0.982 3.677 3.381 1.456 4.440 1.657 1.012 5358 chr18 54527312 54542686 + 0 NA intron (NM_052834, intron 19 of 26) intron (NM_052834, intron 19 of 26) 204351 NR_152602 100885779 Hs.565136 NR_048536 ENSG00000258609 LINC-ROR ROR|lincRNA-RoR|lincRNA-ST8SIA3 long intergenic non-protein coding RNA, regulator of reprogramming ncRNA nan 0.988 1.051 2.086 0.204 0.014 0.032 0.178 0.322 0.006 0.136 0.081 0.012 0.120 0.069 1.055 0.078 0.063 0.041 0.025 0.020 0.225 0.155 0.298 0.023 0.005 0.049 0.013 0.036 0.019 0.046 0.359 0.019 0.052 0.837 0.043 0.091 0.082 0.030 0.007 0.010 0.021 0.010 0.232 0.070 0.074 0.027 0.338 0.044 1.055 0.005 0.006 0.298 0.013 0.044 0.011 0.138 0.031 0.033 0.080 0.005 0.007 0.003 0.460 0.393 0.175 0.280 0.655 0.873 0.797 0.339 0.503 0.573 0.840 1.069 0.692 0.696 0.556 0.244 0.259 0.262 3.110 5.915 0.252 0.500 nan 1.293 3727 chr14 79877143 79893764 + 0 NA intron (NM_001105250, intron 1 of 6) MIR|SINE|MIR 139771 NR_073546 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 0.807 1.344 0.082 0.092 0.259 0.017 0.241 0.522 0.057 0.056 0.008 0.030 0.365 0.288 0.161 0.142 0.026 0.019 0.025 0.130 0.101 0.073 0.004 0.022 0.009 0.128 0.006 0.172 0.653 0.162 0.454 0.017 0.045 1.224 0.078 0.106 0.322 0.055 0.020 0.009 0.026 0.042 0.064 0.084 0.049 0.038 0.038 0.051 0.288 0.017 0.028 0.073 0.059 0.120 0.778 0.011 0.127 0.033 0.029 0.163 0.094 0.007 0.009 0.277 0.182 0.178 0.268 0.682 0.780 0.138 0.073 0.875 0.825 1.682 2.220 0.838 0.631 1.385 1.293 0.159 0.192 2.745 4.809 0.237 0.483 1.329 0.909 8885 chr5 43482827 43485550 + 0 NA promoter-TSS (NM_022483) promoter-TSS (NM_022483) -196 NM_022483 64417 Hs.732093 NM_022483 ENSG00000151881 TMEM267 C5orf28 transmembrane protein 267 protein-coding 4.663 5.719 8.913 4.691 13.952 4.797 5.290 2.254 5.318 4.087 3.834 4.744 1.966 2.570 8.167 4.854 15.232 0.582 11.075 5.561 5.860 8.705 3.818 1.992 6.928 4.709 5.712 2.699 9.239 3.808 15.351 19.097 10.891 15.238 3.273 6.238 0.697 12.239 0.197 3.596 2.247 5.275 7.018 3.127 5.091 4.349 9.526 3.271 5.838 7.690 6.985 6.139 4.854 14.140 8.837 6.928 4.632 4.434 2.814 12.986 5.841 7.990 3.026 1.549 3.902 4.313 3.072 6.987 8.408 8.089 10.971 8.974 8.422 9.039 3.762 13.861 13.717 8.647 9.775 10.353 13.072 11.874 13.474 8.035 11.191 6.219 4.986 4.848 5.774 4.589 2.497 11362 chr8 143018316 143028146 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR 56426 NR_130468 100616374 NR_130468 ENSG00000265612 MIR4539 - microRNA 4539 ncRNA 1.229 0.683 nan 0.079 0.124 6.162 0.076 0.235 0.554 0.062 0.047 0.025 0.036 4.434 0.381 0.062 0.049 0.043 0.019 0.026 0.028 0.094 0.035 0.688 0.106 0.060 0.030 0.103 0.033 0.157 0.506 0.058 0.777 0.194 0.022 0.056 0.024 0.097 0.141 0.062 0.024 0.045 0.054 0.010 0.164 0.174 0.031 0.072 0.187 0.381 0.058 0.046 0.688 0.186 0.338 0.436 0.077 0.103 0.039 0.091 0.076 0.023 0.035 0.005 0.171 0.207 0.096 0.188 nan 2.218 nan 0.049 0.104 0.152 0.601 0.965 0.349 0.568 0.724 0.697 0.507 0.334 0.200 0.176 0.271 0.464 0.265 0.313 10950 chr8 52808980 52818003 + 0 NA Intergenic Intergenic -1745 NM_001286783 115294 Hs.671268 NM_052937 ENSG00000168300 PCMTD1 - protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 protein-coding 7.470 nan 4.569 1.098 3.756 2.517 1.426 1.419 2.553 0.971 2.496 1.350 1.500 1.328 2.616 3.047 1.777 0.230 2.814 0.799 2.404 1.446 2.705 1.477 4.127 2.198 2.561 0.480 3.006 1.111 2.676 3.748 2.664 5.256 1.575 1.872 1.435 2.318 0.173 1.258 2.169 1.920 2.787 1.721 1.601 1.097 2.114 2.349 2.021 3.964 2.204 1.530 3.047 3.461 3.111 4.127 1.667 0.773 0.972 1.489 2.792 1.778 2.476 2.334 0.883 0.619 0.286 5.646 6.243 5.319 7.214 7.046 7.596 7.721 3.144 5.988 5.549 3.737 nan 3.376 5.529 5.855 6.774 3.205 6.437 5.581 6.200 5.224 6.736 4.912 2.690 6196 chr2 74728920 74743627 + 0 NA Intergenic L1MA10|LINE|L1 -1452 NM_032673 84759 Hs.316750 NM_032673 ENSG00000115289 PCGF1 2010002K04Rik|NSPC1|RNF3A-2|RNF68 polycomb group ring finger 1 protein-coding nan nan 2.237 1.586 1.562 1.233 2.548 0.894 1.625 0.883 1.813 1.415 0.577 1.156 0.578 1.324 1.763 0.295 2.409 1.112 2.469 1.640 0.799 0.395 1.505 2.073 2.930 1.190 2.969 1.087 3.710 5.999 1.366 2.646 1.389 1.802 0.208 1.497 0.114 1.341 3.291 2.116 3.691 1.550 1.287 1.948 1.242 4.414 2.546 1.926 3.250 1.523 1.324 1.791 3.151 1.505 0.931 1.059 0.835 3.216 1.034 1.379 0.471 4.233 1.954 2.890 2.269 1.217 1.485 2.916 4.436 2.769 2.728 4.287 1.606 2.771 3.043 1.088 1.431 1.947 2.163 3.348 2.768 1.274 1.811 0.826 1.086 5.076 9.226 nan 0.713 3527 chr14 46711632 46734157 + 0 NA intron (NR_102702, intron 3 of 3) intron (NR_102702, intron 3 of 3) 189532 NR_102702 100506412 Hs.207545 NR_102699 ENSG00000258700 LINC00871 - long intergenic non-protein coding RNA 871 ncRNA nan 0.757 nan 0.073 0.120 0.044 0.013 0.135 0.208 0.025 0.062 0.045 0.017 0.021 0.071 0.238 0.097 0.093 0.104 0.042 0.031 0.278 0.035 0.105 0.101 0.003 0.075 0.033 0.080 0.022 0.105 0.247 0.032 0.053 0.021 0.048 0.102 0.095 0.025 0.021 0.003 0.043 0.041 0.103 0.062 0.011 0.009 0.017 0.015 0.238 0.040 0.041 0.101 0.027 0.019 0.013 0.015 0.031 0.039 0.017 0.121 0.017 0.008 0.013 0.409 0.266 0.245 0.280 0.299 0.405 0.157 0.070 0.244 0.293 3.729 4.176 0.214 0.223 0.531 0.251 0.114 0.192 0.104 0.108 0.314 0.542 0.467 0.492 6821 chr20 6527642 6535698 + 0 NA Intergenic Intergenic 124291 NR_109953 101929244 Hs.542488 NR_109953 ENSG00000229876 CASC20 - cancer susceptibility 20 (non-protein coding) ncRNA 0.782 1.273 0.589 0.025 0.164 0.021 0.009 0.016 0.113 0.067 0.012 0.008 0.036 0.011 0.048 0.066 0.023 0.061 0.048 0.077 0.095 0.068 0.009 0.019 0.071 0.013 0.078 0.092 0.168 0.319 0.037 0.054 0.023 0.032 0.097 0.030 0.034 0.010 0.013 0.019 0.055 0.049 0.028 0.009 0.034 0.048 0.009 0.023 0.068 0.046 0.052 0.012 0.008 0.075 0.060 0.109 0.022 0.019 0.014 0.031 0.615 0.298 7.331 3.855 0.306 0.374 0.436 0.132 0.709 0.885 0.231 0.378 0.590 0.518 0.458 0.280 0.196 0.343 0.152 0.236 0.187 0.410 0.533 0.485 2343 chr11 125981124 126021804 + 0 NA Intergenic MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR -68277 NM_001243597 50937 Hs.38034 NM_016952 ENSG00000064309 CDON CDO|CDON1|HPE11|ORCAM cell adhesion associated, oncogene regulated protein-coding 1.302 0.983 1.319 0.155 1.022 4.371 0.953 0.789 1.466 0.108 0.261 0.303 0.213 0.216 0.338 0.503 0.632 0.091 0.166 0.079 0.029 0.014 1.102 0.644 1.777 0.740 0.554 0.085 0.089 0.196 0.210 0.845 0.124 1.468 0.029 0.580 0.040 0.082 0.107 0.269 0.384 0.205 0.083 0.068 0.113 0.405 0.317 0.382 0.629 0.066 0.119 0.448 0.503 0.293 0.300 1.777 0.216 0.492 0.294 0.114 0.347 0.381 1.587 0.469 0.043 0.014 0.020 0.686 1.238 0.566 1.174 1.178 1.536 0.768 0.389 0.542 0.593 0.666 1.127 3.815 4.675 1.478 1.603 1.380 2.342 0.296 0.253 0.613 nan 1.327 0.789 6440 chr2 161010792 161024847 + 0 NA intron (NM_000888, intron 7 of 14) intron (NM_000888, intron 7 of 14) 39005 NM_001282353 3694 Hs.470399 NM_000888 ENSG00000115221 ITGB6 AI1H integrin subunit beta 6 protein-coding 0.867 0.671 nan 0.236 0.053 0.023 0.220 0.126 0.284 0.225 0.117 0.361 0.062 0.058 0.044 0.146 0.085 0.035 0.242 0.109 0.045 0.020 0.079 0.088 0.028 0.331 0.058 0.042 0.077 0.060 0.097 0.270 0.229 0.302 0.093 0.087 0.006 0.023 0.075 0.235 0.044 0.654 0.082 0.039 0.094 0.101 0.143 0.305 0.253 0.270 0.096 0.155 0.146 0.085 0.264 0.028 0.060 0.389 0.021 0.232 0.022 0.113 0.105 0.159 0.125 0.009 0.015 0.271 0.205 4.536 12.460 0.229 0.213 0.098 0.052 0.269 0.210 0.249 0.487 0.132 0.237 0.317 0.124 0.322 0.453 0.042 0.040 0.384 0.587 0.248 0.327 7052 chr20 52251486 52456805 + 0 NA Intergenic Intergenic 129252 NR_134576 105372672 Hs.259350 NR_134576 ENSG00000235415 LOC105372672 - uncharacterized LOC105372672 ncRNA 1.195 1.578 1.018 1.167 0.209 0.404 1.278 0.241 0.431 1.486 0.981 0.635 0.768 0.072 0.466 0.676 1.500 0.404 1.108 0.645 0.717 0.939 0.069 0.082 0.093 1.569 1.220 0.610 1.068 0.794 1.143 2.877 2.352 0.326 0.644 1.038 0.014 5.884 0.282 0.942 0.315 2.325 1.068 0.543 1.148 0.887 2.354 3.049 1.509 1.280 0.423 1.035 0.676 0.996 0.982 0.093 0.446 1.430 0.304 4.400 0.063 0.846 0.500 0.273 0.849 0.740 0.623 0.920 nan 1.031 3.324 0.765 0.767 0.165 0.073 0.332 0.328 0.705 0.979 0.614 0.815 0.923 0.632 0.456 0.767 0.040 0.044 0.565 1.434 0.225 0.328 6754 chr2 237876804 237887479 + 0 NA Intergenic Intergenic 82669 NR_135202 93463 Hs.652810 NR_135202 ENSG00000124835 LOC93463 - uncharacterized LOC93463 ncRNA 0.961 nan 1.417 0.081 1.301 6.414 0.140 0.886 1.743 0.018 0.209 0.307 0.023 0.046 0.815 0.687 0.064 0.030 0.079 0.018 0.012 0.058 0.047 0.582 0.469 0.156 0.014 0.071 0.136 0.691 0.112 4.679 0.207 0.086 0.170 0.030 0.107 0.944 0.144 0.034 0.016 0.041 0.036 0.198 0.437 0.334 0.040 0.063 0.213 0.687 0.121 0.035 0.582 0.114 0.110 0.211 0.054 0.091 0.015 1.836 0.023 0.087 0.027 4.486 6.487 0.228 0.251 3.755 3.239 0.163 0.108 0.584 0.646 0.597 0.900 0.811 nan 0.480 0.426 0.940 1.671 0.594 0.533 0.221 0.280 0.776 0.450 3771 chr14 93250392 93261891 + 0 NA Intergenic L1ME3|LINE|L1 -4435 NM_005113 9950 Hs.104320 NM_005113 ENSG00000066455 GOLGA5 GOLIM5|RFG5|ret-II golgin A5 protein-coding 1.984 1.243 nan 1.188 1.317 1.209 1.252 0.517 1.183 0.448 0.734 1.292 0.803 0.357 1.530 1.292 1.252 0.140 0.745 0.435 1.263 0.217 0.520 0.378 0.859 1.354 1.420 0.268 0.966 1.266 2.655 3.805 2.217 2.238 1.860 1.551 0.148 0.767 0.156 0.409 0.929 0.861 1.286 0.654 0.766 0.794 2.702 0.923 1.236 1.954 0.440 3.889 1.292 0.863 1.275 0.859 1.540 1.149 0.424 0.820 0.461 1.657 0.300 0.323 1.071 0.426 0.290 1.280 0.926 1.324 2.161 2.065 2.280 2.043 0.636 4.773 4.739 1.160 1.833 2.056 3.177 2.260 1.543 0.938 1.214 1.077 1.580 1.081 1.410 nan 1.322 1011 chr1 201416700 201439965 + 0 NA Intergenic (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 9967 NR_073080 23612 Hs.153944 NM_012396 ENSG00000174307 PHLDA3 TIH1 pleckstrin homology like domain family A member 3 protein-coding 2.011 1.611 1.088 2.747 0.248 0.175 3.016 0.379 0.814 1.116 2.542 1.378 0.965 0.052 0.179 0.496 0.626 0.195 1.945 1.124 0.085 0.060 0.250 0.187 0.328 3.761 3.668 0.965 3.822 4.138 1.663 5.695 2.603 1.653 1.834 0.845 0.029 0.729 0.115 0.554 0.177 0.270 0.363 0.285 2.941 2.992 2.643 5.677 2.200 0.899 1.119 2.645 0.496 2.683 0.737 0.328 1.278 1.386 0.237 0.656 0.105 1.309 0.145 0.123 1.011 1.889 1.472 0.656 0.862 1.314 2.254 1.265 1.189 1.392 0.469 nan nan 0.680 1.214 1.068 1.794 0.502 0.335 0.322 0.545 0.392 0.384 0.381 0.650 0.467 0.451 10460 chr7 81186151 81200580 + 0 NA Intergenic L1ME3F|LINE|L1 -2230 NR_136264 105369146 Hs.730390 NR_136264 LOC105369146 - uncharacterized LOC105369146 ncRNA 0.853 0.623 0.628 0.060 0.104 0.015 0.040 0.066 0.207 0.013 0.081 0.314 0.022 0.014 0.154 0.089 0.278 0.049 0.073 0.027 0.009 0.183 0.109 0.064 0.083 0.009 0.085 0.037 0.062 0.129 0.116 0.172 0.031 0.076 0.020 0.937 0.171 0.041 0.077 0.051 0.017 0.005 0.023 0.027 0.120 0.042 0.079 0.039 0.033 0.074 0.089 0.034 0.051 0.083 0.059 0.026 0.007 0.036 0.028 0.069 0.089 0.078 0.074 0.028 0.004 0.301 0.253 0.173 0.227 0.289 0.398 0.160 0.085 0.102 0.178 3.371 3.038 0.240 0.223 0.485 0.162 0.155 0.316 0.073 0.119 0.262 nan 0.531 0.496 8463 chr4 84771510 84779424 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 317997 NM_032717 84803 Hs.99196 NM_032717 ENSG00000138678 GPAT3 AGPAT 10|AGPAT10|AGPAT8|AGPAT9|HMFN0839|LPAAT-theta|MAG1 glycerol-3-phosphate acyltransferase 3 protein-coding 0.569 0.429 0.486 0.749 0.112 0.014 4.611 0.082 0.254 0.230 0.404 0.034 0.111 0.002 0.117 0.297 0.133 1.901 1.050 2.032 0.034 0.039 0.051 0.119 0.744 0.606 0.370 4.668 5.606 0.281 0.705 0.349 0.229 1.300 0.062 0.012 0.028 0.071 0.838 0.040 10.693 1.287 0.922 5.640 1.940 0.261 1.888 0.482 0.232 0.162 1.028 0.297 0.800 0.593 0.119 1.567 1.885 0.025 2.537 0.065 0.325 0.037 0.109 1.373 1.036 0.399 0.156 0.210 0.585 1.670 0.219 0.243 0.035 0.015 0.252 0.306 0.113 nan 0.296 0.418 0.295 0.163 0.072 0.067 0.043 0.092 0.155 nan 0.298 0.345 6770 chr2 241497546 241510032 + 0 NA TTS (NM_001033575) TTS (NM_001033575) -3262 NR_148697 51281 Hs.656615 NM_016552 ENSG00000144504 ANKMY1 ZMYND13 ankyrin repeat and MYND domain containing 1 protein-coding 2.418 nan 3.592 2.800 2.736 4.358 3.567 1.938 2.967 1.390 3.714 1.748 0.621 1.881 2.871 2.146 0.525 0.051 4.357 1.532 2.312 0.848 1.070 0.797 2.796 2.156 2.627 1.824 5.194 1.285 7.283 11.443 5.377 7.093 1.450 4.373 0.317 2.480 0.157 1.541 0.851 3.418 1.964 1.110 2.664 2.262 5.273 0.851 5.552 3.715 2.136 5.182 2.146 4.312 4.389 2.796 1.969 4.197 0.255 5.240 2.813 1.513 1.291 1.164 2.565 1.453 0.938 4.189 5.556 2.228 3.945 2.956 2.682 3.425 1.317 4.804 4.643 2.183 2.839 4.106 5.269 2.646 2.965 2.142 3.701 1.512 1.329 2.820 2.769 1.694 0.709 4515 chr16 89098041 89121335 + 0 NA Intergenic Intergenic -50529 NM_001243279 197322 Hs.461727 NM_174917 ENSG00000176715 ACSF3 - acyl-CoA synthetase family member 3 protein-coding nan 0.767 0.626 0.179 0.356 1.151 0.238 0.152 0.277 0.049 0.147 0.107 0.008 0.052 0.679 0.392 0.042 0.076 0.254 0.196 0.040 0.024 0.122 0.050 0.493 0.062 0.053 0.112 0.082 0.277 0.463 0.072 0.833 0.125 0.216 0.029 0.023 0.040 0.005 0.439 0.174 0.085 0.047 0.073 0.069 0.046 0.102 0.266 0.081 0.064 0.226 0.392 0.417 0.020 0.493 0.095 0.093 0.465 0.329 0.658 0.020 1.130 0.037 0.007 0.020 0.009 3.040 4.525 0.283 0.544 0.849 0.712 0.445 0.109 0.138 0.177 0.082 0.210 0.129 0.221 1.620 1.998 1.453 1.985 0.226 0.241 0.168 0.170 0.679 0.561 1754 chr11 1843754 1860634 + 0 NA Intergenic Intergenic -3346 NM_001290334 90019 Hs.161031 NM_138567 ENSG00000149043 SYT8 - synaptotagmin 8 protein-coding 0.834 0.836 1.343 5.950 0.065 0.670 6.972 0.114 0.266 1.277 0.728 1.624 1.475 0.102 0.079 0.220 0.105 0.048 2.239 1.091 0.191 0.033 0.053 0.088 0.259 1.054 0.788 0.119 2.406 2.783 3.091 10.432 5.947 1.342 2.763 0.340 0.080 0.097 0.058 1.644 0.024 0.253 0.125 0.142 2.081 2.174 1.218 2.858 0.500 0.076 0.621 0.860 0.220 4.852 2.553 0.259 1.219 2.228 0.091 0.517 0.475 0.878 0.105 0.007 2.963 0.126 0.069 1.364 2.006 0.841 1.275 0.796 0.742 0.525 0.114 0.267 0.247 0.107 0.254 0.073 0.122 0.488 0.658 0.323 0.340 0.463 0.683 0.073 0.084 0.377 0.391 9714 chr6 52580404 52597662 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 20924 NR_033760 730152 Hs.739662 NR_033760 GSTA7P GSTAP2|GSTAP6 glutathione S-transferase alpha 7, pseudogene pseudo 1.032 1.095 nan 0.042 0.727 0.094 0.612 0.232 0.484 0.096 0.175 0.018 0.499 0.286 0.217 0.207 0.056 0.199 0.087 0.077 0.039 1.161 0.708 0.151 0.487 0.306 0.026 0.083 0.024 0.464 1.515 0.866 0.478 0.327 0.318 0.561 0.056 0.154 0.028 0.051 0.156 0.038 0.041 0.108 0.066 0.488 0.180 0.460 0.078 0.544 0.919 0.217 0.086 0.043 0.151 0.538 0.187 0.061 0.086 2.010 0.143 0.229 0.231 0.142 0.020 0.021 0.667 0.998 0.366 0.570 0.324 0.327 5.817 1.644 0.483 0.390 0.256 0.365 7.870 7.640 0.421 0.190 0.271 0.463 2.471 3.716 0.587 1.092 4.723 1.804 10358 chr7 50644616 50669885 + 0 NA TTS (NM_001350816) TTS (NM_001350816) -24096 NM_001082971 1644 Hs.359698 NM_000790 ENSG00000132437 DDC AADC dopa decarboxylase protein-coding nan 1.445 1.696 0.185 0.198 0.404 0.174 0.287 0.561 0.310 0.089 0.088 0.042 0.246 0.764 1.029 0.095 0.147 0.113 0.046 0.027 0.022 0.347 0.336 0.644 0.071 0.037 0.058 0.118 0.042 0.112 0.203 0.160 1.519 0.116 0.045 0.218 0.060 0.136 0.005 0.565 0.120 0.048 0.009 0.022 0.043 0.207 0.198 0.126 0.031 0.031 0.111 1.029 0.070 0.051 0.644 0.053 0.141 0.240 0.067 0.384 0.282 0.043 0.639 0.051 0.055 0.016 0.473 0.261 0.939 2.641 0.768 0.945 4.917 1.334 0.093 0.112 0.639 0.950 1.639 1.542 1.135 1.078 0.129 0.278 0.908 0.866 1.043 2.456 2.375 1.305 10557 chr7 100523533 100531581 + 0 NA Intergenic Intergenic -19495 NM_005960 4584 Hs.703577 NM_005960 ENSG00000169894 MUC3A MUC-3A|MUC3 mucin 3A, cell surface associated protein-coding nan 0.538 0.641 0.170 0.108 0.012 0.256 0.194 0.211 0.452 0.069 0.117 5.672 0.024 0.121 0.096 0.134 0.162 0.104 0.190 0.048 0.017 0.117 0.131 0.104 0.093 0.009 0.065 0.161 0.130 0.090 0.555 1.412 0.192 0.018 0.087 0.068 0.113 0.030 0.020 0.126 0.030 0.020 0.027 0.285 0.322 0.284 0.142 0.067 0.010 0.209 0.096 0.223 0.046 0.104 0.339 1.036 0.230 0.083 0.051 0.117 0.049 0.047 0.129 0.019 0.346 0.170 0.284 0.696 0.197 0.334 0.073 0.104 0.111 0.178 0.101 0.226 0.134 0.116 0.407 0.098 0.157 0.224 0.114 0.127 0.308 nan 0.378 0.439 6563 chr2 197092743 197116359 + 0 NA intron (NM_001348768, intron 21 of 28) intron (NM_001348768, intron 21 of 28) -20197 NR_110226 101927482 Hs.191841 NR_110225 LOC101927482 - uncharacterized LOC101927482 ncRNA 0.860 nan 1.494 0.471 0.115 0.035 2.221 0.140 0.289 0.353 0.303 1.097 0.068 0.047 0.045 0.191 0.490 0.115 1.413 0.826 0.040 0.016 0.066 0.126 0.071 0.850 0.448 0.071 1.799 1.382 2.468 4.564 3.391 0.531 1.159 0.449 0.035 0.036 0.083 1.511 0.074 0.195 0.102 0.092 1.989 0.684 0.547 1.347 0.110 0.068 0.020 0.908 0.191 0.726 0.078 0.071 0.523 0.337 0.053 0.079 0.058 0.253 0.072 0.115 0.647 0.169 0.368 0.302 0.240 0.698 1.187 0.256 0.278 0.304 0.103 0.361 0.395 0.318 0.528 1.165 1.010 0.354 0.217 0.134 0.250 0.119 0.101 0.370 0.738 0.388 0.471 2093 chr11 73022688 73042339 + 0 NA intron (NM_014786, intron 1 of 20) MIRb|SINE|MIR -12107 NR_147696 100287837 Hs.573929 NR_147696 ENSG00000257038 LOC100287837 - uncharacterized LOC100287837 ncRNA nan 0.625 0.764 0.150 0.077 0.311 0.355 0.229 0.382 0.053 0.824 0.775 0.098 0.067 0.162 0.192 2.391 0.493 0.411 0.145 0.282 0.057 0.081 0.079 0.285 0.346 0.113 0.520 0.076 0.064 0.228 nan 0.172 0.751 0.159 0.136 0.024 0.414 0.114 0.090 0.230 0.518 0.192 0.135 0.144 0.157 0.267 0.336 0.265 1.227 0.080 0.247 0.192 0.287 0.219 0.285 0.094 0.198 1.339 0.667 0.212 0.376 0.081 0.703 0.201 0.138 0.047 0.972 1.520 0.404 0.486 0.996 1.018 0.575 0.252 1.235 1.155 3.183 3.518 0.988 1.458 1.825 1.473 0.601 0.689 0.325 0.313 0.968 2.513 1.002 0.703 6160 chr2 64494168 64505723 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 44410 NR_120420 100507006 Hs.442789 NR_120420 LOC100507006 - uncharacterized LOC100507006 ncRNA 0.901 0.729 nan 1.375 0.168 1.076 1.111 0.139 0.297 1.074 0.466 0.673 0.350 0.035 0.147 0.200 0.123 0.042 1.438 0.647 0.148 0.012 0.258 0.151 0.259 0.664 0.257 0.496 0.477 0.599 0.494 1.724 1.281 0.821 0.720 0.227 0.008 0.141 0.092 0.122 0.097 2.462 2.985 1.490 0.624 0.771 1.881 0.355 0.274 0.123 0.191 0.965 0.200 1.074 0.641 0.259 0.371 0.223 0.034 0.316 0.079 0.396 0.110 0.192 0.276 0.503 0.093 0.396 0.502 2.260 4.781 0.392 0.514 nan 0.183 0.541 0.631 0.394 0.619 1.550 1.472 0.339 0.230 0.235 0.396 0.094 0.216 0.364 0.792 1.027 1.062 1927 chr11 46256912 46271695 + 0 NA Intergenic Intergenic -34886 NM_052854 90993 Hs.405961 NM_052854 ENSG00000157613 CREB3L1 OASIS cAMP responsive element binding protein 3 like 1 protein-coding nan 1.858 1.132 0.798 2.420 1.124 3.233 0.660 1.352 0.247 3.129 1.948 0.582 0.688 1.857 1.389 1.371 0.175 0.621 0.344 1.327 2.047 0.681 0.316 0.892 1.617 1.328 0.970 0.957 1.211 2.677 4.697 1.259 3.805 0.613 1.469 0.148 1.993 0.141 1.232 0.734 3.378 4.629 1.939 0.722 0.420 1.497 4.900 1.740 2.696 3.239 0.956 1.389 0.506 4.623 0.892 0.266 0.323 0.335 2.728 0.629 2.026 1.019 0.693 2.691 1.743 1.268 1.942 2.161 1.091 1.905 1.722 1.449 2.837 1.168 2.807 2.993 1.054 1.607 1.202 1.319 1.106 0.986 2.580 2.593 1.223 1.861 1.164 nan 1.101 0.685 4779 chr17 40471646 40491365 + 0 NA intron (NM_213662, intron 13 of 23) intron (NM_213662, intron 13 of 23) 41431 NM_001288720 6776 Hs.437058 NM_003152 ENSG00000126561 STAT5A MGF|STAT5 signal transducer and activator of transcription 5A protein-coding 1.064 1.231 nan 0.259 0.157 0.090 1.816 0.288 0.551 0.623 0.672 0.127 0.296 0.044 0.166 0.713 0.479 0.107 2.232 1.269 7.843 0.098 0.173 0.188 0.176 1.587 1.480 0.653 0.554 0.957 0.078 nan 0.247 0.366 0.101 0.394 0.131 0.793 0.122 1.241 1.171 6.949 0.828 0.422 1.522 0.385 1.372 0.906 1.305 0.650 0.140 0.249 0.713 1.086 0.950 0.176 0.087 2.672 0.295 3.393 0.047 1.219 0.060 0.177 0.568 2.500 2.039 0.325 0.359 0.563 1.070 0.626 nan 0.421 0.224 0.681 0.620 0.588 0.899 0.400 nan 0.803 0.594 0.211 0.237 0.264 0.236 0.290 0.784 0.507 0.423 10139 chr7 5446045 5471765 + 0 NA intron (NM_001080495, intron 2 of 29) CpG 4272 NM_001080495 84629 Hs.520638 NM_001013722 ENSG00000182095 TNRC18 CAGL79|TNRC18A trinucleotide repeat containing 18 protein-coding 8.755 4.342 6.897 7.473 3.744 6.054 3.351 2.796 5.358 4.445 7.099 3.963 6.619 3.279 4.357 4.145 3.815 0.507 3.300 1.133 5.086 5.895 3.319 1.589 9.454 4.413 6.603 2.446 8.601 2.624 13.089 nan 10.560 nan 2.036 6.374 0.992 9.143 0.253 3.138 2.789 9.371 3.040 1.369 3.230 3.776 6.909 6.215 5.075 7.129 3.469 4.173 4.145 3.878 8.459 9.454 4.871 4.598 1.463 6.765 3.897 5.088 3.573 0.777 3.426 2.633 1.906 7.828 8.594 6.930 nan 7.853 6.552 nan 1.072 10.100 10.553 4.021 5.534 nan 5.519 2.838 2.831 4.505 8.711 3.195 3.281 1.312 2.774 1.978 1.217 5457 chr19 280330 291499 + 0 NA intron (NM_177526, intron 3 of 5) AluSx|SINE|Alu 5255 NM_177543 8612 Hs.465506 NM_003712 ENSG00000141934 PLPP2 LPP2|PAP-2c|PAP2-g|PPAP2C phospholipid phosphatase 2 protein-coding 0.606 2.075 3.176 2.230 0.872 2.803 1.197 2.687 5.015 0.400 1.257 0.463 0.450 0.574 2.324 0.458 0.087 0.145 2.342 0.655 0.465 0.125 1.665 0.664 2.105 1.137 1.329 0.974 1.214 0.497 2.630 4.211 2.723 3.180 0.966 1.507 0.136 0.585 0.087 0.549 0.043 2.898 0.509 0.321 1.110 0.535 1.908 0.377 1.999 1.742 1.030 1.257 0.458 2.880 0.404 2.105 1.304 1.241 0.512 1.917 0.145 1.035 0.735 0.033 0.701 1.113 0.698 4.184 5.397 2.762 3.867 2.519 1.885 1.895 0.718 4.242 4.478 0.263 0.451 3.686 nan 0.417 0.193 1.512 2.295 1.256 1.522 0.149 0.315 2.174 1.220 1442 chr10 38871574 38889063 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite -109409 NR_045000 399746 Hs.742607 NR_045000 ACTR3BP5 FKSG74 ACTR3B pseudogene 5 pseudo 4.723 6.119 4.556 0.298 0.742 0.203 0.187 0.855 1.467 0.187 0.503 0.576 0.067 0.770 0.719 1.010 0.809 6.279 0.446 0.076 0.118 0.610 0.707 2.031 0.407 0.055 0.347 0.067 0.673 0.032 0.497 0.340 0.640 2.203 0.126 0.869 0.436 0.324 2.196 0.088 0.300 0.721 0.259 0.116 0.062 0.754 0.638 1.284 0.298 0.142 0.109 0.368 1.010 0.423 0.196 0.407 0.370 0.327 0.112 0.137 0.245 0.429 0.520 0.599 0.205 0.217 0.154 1.789 0.847 0.740 nan 1.336 2.068 0.780 0.782 1.012 0.961 1.628 1.824 1.390 1.446 2.042 0.676 1.246 1.707 0.621 1.104 1.244 1.624 0.678 0.963 1614 chr10 102073779 102091849 + 0 NA intron (NM_001253837, intron 2 of 15) MIR|SINE|MIR 7429 NM_001253837 9033 Hs.159241 NM_016112 ENSG00000107593 PKD2L1 PCL|PKD2L|PKDL|TRPP3 polycystin 2 like 1, transient receptor potential cation channel protein-coding nan nan 1.868 0.040 1.116 0.052 0.090 0.309 0.668 0.016 0.049 0.081 0.007 0.022 0.065 0.085 0.062 0.204 0.047 0.010 0.014 0.023 0.396 0.153 0.527 0.031 0.024 0.040 0.060 0.006 0.057 0.121 0.047 0.238 0.016 0.048 0.047 0.049 0.084 0.007 0.276 0.177 0.033 0.013 0.012 0.042 0.048 0.099 0.131 0.063 0.035 0.059 0.085 0.036 0.031 0.527 0.027 0.064 0.471 0.077 0.039 0.039 0.005 0.315 0.008 0.025 0.011 0.242 0.193 0.184 0.194 0.553 0.594 7.875 4.174 0.140 0.128 1.023 nan 0.254 0.372 0.616 0.459 0.120 0.158 0.218 0.255 0.699 nan 1.014 0.609 2218 chr11 105479014 105491261 + 0 NA intron (NM_000829, intron 3 of 16) intron (NM_000829, intron 3 of 16) 3726 NR_046356 2893 Hs.503743 NM_000829 ENSG00000152578 GRIA4 GLUR4|GLUR4C|GLURD|GluA4|NEDSGA glutamate ionotropic receptor AMPA type subunit 4 protein-coding 0.450 0.754 0.533 0.065 0.251 0.009 0.040 0.079 0.180 0.008 0.082 0.053 0.010 0.024 0.050 0.073 0.103 0.078 0.060 0.010 0.023 0.972 0.533 0.243 0.006 0.006 0.006 0.084 0.026 0.039 0.119 0.063 1.041 0.024 0.036 0.357 0.026 0.111 0.096 0.474 0.158 0.025 0.026 0.009 0.019 0.121 0.140 0.033 0.367 0.054 0.073 0.047 0.099 0.243 0.010 0.088 0.008 0.099 0.590 0.020 0.074 0.031 0.031 5.925 8.698 0.170 0.162 0.236 0.357 1.541 0.602 0.317 0.333 6.380 6.936 0.478 0.717 2.005 2.056 0.207 0.318 2.431 2.067 0.303 0.569 0.845 0.568 2316 chr11 119887555 119907906 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 101891 NM_001330382 23650 Hs.504115 NM_012101 ENSG00000137699 TRIM29 ATDC tripartite motif containing 29 protein-coding 0.705 0.491 0.573 0.036 0.047 4.504 0.060 0.150 0.349 0.014 0.050 0.045 0.012 0.010 0.332 0.461 0.051 0.039 0.054 0.009 0.019 0.021 0.135 0.173 0.539 0.022 0.042 0.022 0.098 0.005 0.071 0.086 0.042 0.599 0.021 0.044 0.023 0.074 0.106 0.006 0.116 0.183 0.021 0.004 0.022 0.067 0.081 0.201 0.080 0.049 0.019 0.033 0.461 0.049 0.014 0.539 0.042 0.036 0.114 0.089 0.045 0.039 0.716 0.198 0.019 0.031 0.022 0.849 nan 0.133 0.216 2.783 2.839 0.558 0.283 0.250 0.229 0.237 nan 0.438 0.556 0.625 0.475 0.858 1.055 0.160 0.129 0.283 0.798 1.582 0.846 7422 chr22 39045474 39054037 + 0 NA intron (NM_001013647, intron 1 of 16) MER1A|DNA|hAT-Charlie 2879 NM_001013647 646851 Hs.542707 NM_001013647 ENSG00000184949 FAM227A - family with sequence similarity 227 member A protein-coding 2.363 nan 1.588 2.516 1.710 0.892 0.819 1.349 2.758 0.704 1.167 0.857 0.754 0.733 1.523 2.508 0.728 0.208 1.040 0.443 1.121 1.053 0.535 0.409 2.866 0.492 0.726 0.519 1.762 0.369 2.535 3.348 1.406 3.605 0.867 0.491 0.520 2.375 0.190 0.413 0.828 1.301 1.310 0.466 0.889 0.664 2.010 0.990 0.903 1.401 1.219 1.197 2.508 1.950 1.182 2.866 0.572 1.062 1.006 1.711 1.186 0.986 0.544 0.325 0.499 0.679 0.398 2.746 3.244 2.365 3.500 3.204 3.602 2.595 2.996 3.749 4.155 1.884 nan 3.572 8.510 nan 3.098 2.205 2.890 3.339 3.341 2.700 2.021 1.477 1.002 4949 chr17 70301089 70308463 + 0 NA Intergenic Intergenic -34176 NR_135222 146795 Hs.651743 NR_135222 ENSG00000264026 LINC02003 - long intergenic non-protein coding RNA 2003 ncRNA 1.053 0.865 0.585 0.134 0.727 0.016 0.250 0.304 0.719 0.013 0.087 0.261 0.017 0.054 0.054 0.275 0.132 0.087 0.130 0.077 0.085 0.019 0.149 0.112 0.455 0.050 0.059 0.030 0.101 0.218 1.737 0.152 0.559 0.158 0.102 0.030 0.059 0.084 0.064 0.127 0.277 0.033 0.042 0.044 0.042 0.196 0.163 0.385 0.251 0.046 0.117 0.275 0.086 0.099 0.455 0.097 0.045 0.054 0.196 0.081 0.098 0.728 0.034 0.072 0.020 0.007 2.420 3.832 8.652 2.491 0.435 0.430 0.566 0.263 1.280 1.479 nan 1.012 0.698 0.809 0.498 0.318 1.082 1.800 0.156 0.219 0.242 0.189 nan 0.713 1743 chr11 803343 811965 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2282 NM_001004 6181 Hs.437594 NM_001004 ENSG00000177600 RPLP2 D11S2243E|LP2|P2|RPP2 ribosomal protein lateral stalk subunit P2 protein-coding 5.711 5.073 9.440 2.774 3.456 3.188 3.649 2.382 4.292 0.755 4.264 1.808 0.719 2.138 5.859 4.300 1.790 0.432 2.874 1.077 1.885 1.817 2.498 1.380 7.696 1.812 2.058 2.786 1.928 1.045 4.896 9.163 3.225 11.639 1.150 3.944 1.183 2.863 0.137 1.462 1.564 6.351 4.766 2.788 2.330 0.844 2.281 2.112 3.905 4.141 3.070 1.971 4.300 4.429 4.803 7.696 1.789 1.581 1.423 5.782 3.569 2.297 2.427 1.550 2.209 1.775 1.188 7.167 7.562 5.039 7.336 11.858 9.699 10.257 4.670 7.778 8.536 5.960 7.940 6.496 9.061 5.945 6.514 4.133 6.325 5.873 6.149 4.775 4.365 3.872 1.959 10895 chr8 34870132 34888551 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -213634 NM_080872 137970 Hs.238889 NM_080872 ENSG00000156687 UNC5D PRO34692|Unc5h4 unc-5 netrin receptor D protein-coding 0.542 0.865 nan 2.663 0.097 0.024 0.420 0.105 0.294 0.031 0.396 0.055 0.010 0.033 0.048 0.472 0.044 0.082 0.397 0.164 0.937 0.007 0.043 0.081 0.033 0.011 0.008 0.012 0.746 0.011 1.301 1.993 0.233 0.309 2.372 0.292 0.052 0.029 0.122 0.199 0.047 0.070 0.049 0.055 0.392 0.029 0.741 0.103 1.102 0.008 0.872 2.703 0.472 0.119 0.033 1.835 0.027 0.019 0.375 0.597 0.043 0.027 0.414 0.016 0.003 0.360 0.166 0.268 0.353 0.389 0.465 0.126 0.064 0.130 0.114 0.360 0.571 0.209 0.186 0.345 0.235 0.108 0.100 0.111 0.192 0.282 0.523 0.238 0.313 6832 chr20 10195921 10202676 + 0 NA promoter-TSS (NM_001322904) promoter-TSS (NM_001322904) -148 NM_003081 6616 Hs.167317 NM_003081 ENSG00000132639 SNAP25 CMS18|RIC-4|RIC4|SEC9|SNAP|SNAP-25|SUP|bA416N4.2|dJ1068F16.2 synaptosome associated protein 25 protein-coding 5.754 nan 0.830 0.267 3.027 1.545 0.032 1.925 4.077 0.085 5.586 0.410 0.073 1.141 3.295 2.119 3.490 0.237 0.032 0.093 0.061 2.153 1.093 2.799 0.020 0.101 0.286 0.654 0.128 5.426 0.044 0.430 1.451 0.770 0.061 0.123 2.583 0.589 0.170 0.092 0.168 0.022 0.071 0.177 2.001 2.390 1.022 0.627 2.119 0.021 0.122 2.799 0.090 0.319 1.624 3.165 7.147 0.112 2.111 0.528 0.068 0.009 0.015 3.819 6.492 0.469 0.734 7.243 5.047 10.438 6.469 0.345 0.447 2.839 3.930 4.920 7.218 6.959 8.792 1.755 3.301 7.654 7.492 3.104 4.343 2.052 1.567 11307 chr8 132854397 132873248 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -52513 NR_136615 23167 Hs.204564 NM_015137 ENSG00000132294 EFR3A - EFR3 homolog A protein-coding nan 0.664 1.004 0.673 0.120 0.039 2.872 0.178 0.292 0.269 1.008 1.839 0.010 0.058 0.038 0.178 0.504 0.078 0.755 0.871 0.099 0.010 0.079 0.114 0.060 1.694 0.910 0.189 1.145 1.126 0.239 0.606 0.180 0.441 1.427 0.874 0.040 0.040 0.069 1.623 0.030 0.562 0.377 0.227 1.000 1.880 0.146 5.729 0.238 1.190 0.945 0.151 0.178 0.455 0.656 0.060 0.142 0.048 0.058 0.254 0.038 1.092 0.048 0.110 0.458 0.364 0.505 0.342 0.234 0.216 0.347 0.340 0.417 0.507 0.154 nan 0.657 0.245 0.471 0.284 0.330 0.419 0.141 0.081 0.211 0.120 0.211 0.335 0.770 0.731 0.626 4770 chr17 39801340 39824209 + 0 NA Intergenic Intergenic -16323 NR_033415 284116 Hs.725790 NR_033415 ENSG00000214514 KRT42P - keratin 42 pseudogene pseudo nan 1.737 1.700 4.090 0.219 2.328 1.543 0.856 1.549 2.285 0.676 0.500 0.456 0.202 0.658 0.586 0.187 0.098 1.019 0.828 0.856 0.079 0.834 0.466 1.104 1.167 0.714 0.329 0.905 0.758 1.045 3.634 2.301 3.880 1.044 1.555 0.270 0.316 0.068 0.454 0.319 1.448 0.320 0.154 1.075 0.672 2.815 0.910 2.701 0.543 0.964 2.310 0.586 1.800 0.643 1.104 2.592 4.218 0.740 1.821 0.687 0.467 1.002 0.117 0.412 0.204 0.116 3.034 4.864 3.909 5.413 nan 1.809 2.426 0.586 1.566 1.654 0.582 0.930 1.783 2.529 nan 0.947 1.306 1.985 1.600 1.080 0.396 0.476 1.389 0.973 6555 chr2 192474545 192509282 + 0 NA Intergenic Intergenic -50885 NM_001254736 64859 Hs.591610 NM_022837 ENSG00000173559 NABP1 OBFC2A|SOSS-B2|SSB2 nucleic acid binding protein 1 protein-coding 0.641 nan 0.785 1.290 0.157 0.044 2.755 0.095 0.269 0.703 0.740 0.618 0.897 0.050 0.051 0.261 0.373 0.155 2.230 1.135 1.113 0.020 0.104 0.137 0.055 1.751 0.923 0.345 1.450 1.596 0.201 0.758 1.386 0.477 1.439 0.402 0.017 0.043 0.084 0.753 0.037 0.668 0.340 0.249 2.038 0.936 2.673 0.866 0.262 0.331 0.246 0.711 0.261 0.828 1.815 0.055 0.297 1.221 0.033 0.239 0.044 1.119 0.026 0.064 1.037 2.580 2.555 0.414 0.221 0.714 1.489 0.253 0.272 0.696 0.376 0.318 0.360 0.379 0.589 0.632 0.517 0.340 0.163 0.137 0.202 0.033 0.073 0.222 0.370 0.379 0.331 5898 chr2 9935795 9985198 + 0 NA Intergenic (TGGGGG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -23075 NM_001318977 9014 Hs.584833 NM_005680 ENSG00000115750 TAF1B MGC:9349|RAF1B|RAFI63|SL1|TAFI63 TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit B protein-coding 1.269 0.834 1.285 0.600 0.206 0.268 1.781 0.282 0.406 0.755 0.802 0.575 0.282 0.125 0.447 0.389 0.280 0.170 0.759 0.476 0.273 0.191 0.257 0.211 0.516 0.312 0.175 0.294 0.789 0.607 1.615 6.020 1.214 1.645 0.664 0.321 0.044 0.352 0.110 0.246 0.229 2.021 0.529 0.294 1.206 0.885 2.186 0.526 0.695 0.540 0.246 1.099 0.389 0.995 0.498 0.516 0.527 0.946 0.226 0.692 0.391 0.735 0.180 0.632 0.601 0.199 0.109 0.486 0.558 0.609 1.051 0.814 0.843 1.078 0.417 0.340 0.328 0.503 0.864 1.285 1.580 0.781 0.570 0.424 0.539 0.221 0.250 0.896 2.721 0.720 0.617 4109 chr15 84822720 84834466 + 0 NA Intergenic Intergenic -12649 NM_001243531 100505679 Hs.726826 NM_001243531 ENSG00000259511 UBE2Q2L - ubiquitin conjugating enzyme E2 Q2 like protein-coding 0.518 nan 0.629 0.026 0.122 0.048 0.060 0.144 0.286 0.025 0.074 0.008 0.027 0.035 0.294 0.124 0.084 0.083 0.045 0.037 0.023 0.134 0.113 0.152 0.047 0.019 0.012 0.035 0.116 0.162 0.052 0.320 0.018 0.041 0.008 0.028 0.046 0.010 0.042 0.070 0.020 0.007 0.019 0.033 0.065 0.171 0.076 0.055 0.014 0.087 0.124 0.052 0.016 0.152 0.032 0.028 0.191 0.069 0.017 0.027 0.077 0.181 0.026 0.010 0.001 0.244 0.273 0.136 0.208 0.329 0.403 0.350 0.122 0.157 0.197 0.167 0.326 0.360 0.632 10.716 10.039 0.221 0.363 0.053 0.034 0.530 1.080 0.286 0.222 11943 chrX 46155666 46204286 + 0 NA Intergenic Intergenic 7133 NR_110388 101927574 Hs.350952 NR_110388 ENSG00000236751 LINC01186 - long intergenic non-protein coding RNA 1186 ncRNA 0.538 0.658 nan 0.805 0.034 0.024 1.007 0.092 0.161 0.310 0.463 0.665 0.406 0.003 0.022 0.124 0.326 0.099 1.039 0.664 0.586 0.139 0.112 0.115 0.035 1.191 1.124 0.138 0.670 1.010 0.068 0.157 0.330 0.284 0.725 0.728 0.012 2.587 0.095 0.167 0.020 1.940 0.668 0.266 0.852 0.757 1.071 0.567 1.538 0.299 0.332 0.759 0.124 1.231 0.617 0.035 0.717 0.197 0.014 0.184 0.012 0.682 0.022 0.071 0.837 1.572 1.943 0.101 0.067 0.493 2.032 0.177 0.202 0.442 0.121 0.157 0.156 0.094 0.166 0.137 0.149 0.416 0.246 0.080 0.088 0.074 0.126 0.184 0.554 0.421 0.259 4401 chr16 66349147 66380670 + 0 NA Intergenic Intergenic -35602 NM_001795 1003 Hs.76206 NM_001795 ENSG00000179776 CDH5 7B4|CD144 cadherin 5 protein-coding nan nan 1.151 0.089 1.989 1.778 0.087 0.896 1.740 0.021 0.124 0.140 0.030 0.938 1.725 0.454 0.100 0.067 0.114 0.006 0.076 0.013 0.746 0.336 6.324 0.068 0.053 0.143 0.086 0.010 0.097 0.485 0.150 2.979 0.056 0.100 0.154 0.055 0.069 0.028 0.043 0.134 0.127 0.092 0.045 0.069 0.143 0.101 0.132 0.058 0.094 0.177 0.454 0.118 0.056 6.324 0.047 0.210 0.218 0.215 1.342 0.077 0.041 0.036 0.022 0.024 0.010 0.326 0.211 0.123 0.148 4.185 4.729 3.349 1.087 0.251 0.317 0.285 nan 3.388 3.612 0.583 0.438 0.154 0.239 0.732 0.395 0.193 0.314 2.835 1.331 3205 chr13 73699988 73723120 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 78624 NM_001730 688 Hs.508234 NM_001730 ENSG00000102554 KLF5 BTEB2|CKLF|IKLF Kruppel like factor 5 protein-coding nan 1.704 0.697 1.012 0.625 0.169 0.778 0.386 0.724 0.226 0.584 0.542 1.337 0.056 1.316 0.696 0.369 0.139 0.228 0.099 1.501 0.006 0.093 0.078 1.056 1.047 0.757 0.076 0.203 0.667 2.115 5.578 1.141 2.446 0.545 0.065 0.112 0.111 0.112 0.371 0.152 0.102 0.108 0.773 0.941 1.585 0.177 0.947 0.092 0.730 0.798 0.696 0.371 0.028 1.056 1.131 0.437 0.030 0.196 0.075 0.120 0.047 0.070 0.404 0.015 0.004 0.487 0.316 0.376 0.845 0.771 0.721 nan 1.765 0.111 0.151 0.061 0.114 0.707 1.049 nan 0.148 0.207 0.418 0.073 0.094 0.304 nan 0.232 0.236 9274 chr5 151117439 151138705 + 0 NA intron (NM_004045, intron 2 of 3) intron (NM_004045, intron 2 of 3) 10138 NM_004045 475 Hs.125213 NM_004045 ENSG00000177556 ATOX1 ATX1|HAH1 antioxidant 1 copper chaperone protein-coding 0.810 nan 0.659 3.137 0.225 0.104 1.464 0.221 0.390 0.293 1.038 1.295 0.155 0.051 0.290 0.128 0.510 0.159 0.544 0.447 0.782 0.095 0.137 0.138 0.328 0.610 0.340 0.860 0.873 1.220 0.245 0.547 0.232 1.019 0.330 0.366 0.060 0.262 0.132 1.171 0.120 3.342 4.969 1.904 1.121 0.385 0.676 1.651 0.435 2.514 0.193 0.262 0.128 0.446 0.410 0.328 0.621 0.159 0.108 0.837 0.229 1.121 0.129 0.126 1.084 7.492 7.688 0.422 0.415 0.678 1.040 0.625 0.596 0.830 0.305 0.493 0.459 0.651 0.952 0.810 1.024 0.614 0.516 0.386 0.625 0.322 0.327 0.525 0.910 0.493 0.367 4995 chr17 73771175 73784732 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -1937 NM_005324 3021 Hs.180877 NM_005324 ENSG00000132475 H3F3B H3.3B H3 histone family member 3B protein-coding 5.224 4.663 5.541 3.473 4.998 3.900 4.271 4.654 8.423 1.457 5.225 2.148 2.225 1.226 4.073 3.480 2.495 0.369 4.160 2.063 2.594 1.535 3.383 1.420 5.229 2.196 2.690 1.501 3.137 2.027 7.603 12.603 3.656 10.001 3.031 4.499 1.258 3.374 0.169 2.317 2.582 3.573 2.006 0.773 2.976 1.452 3.078 3.794 4.216 3.860 1.907 3.713 3.480 5.943 2.655 5.229 2.200 2.482 0.908 3.830 3.120 2.437 3.405 2.332 1.569 1.700 1.116 8.588 9.122 6.746 9.589 7.561 6.441 7.436 4.271 8.596 9.091 nan 5.737 6.107 8.335 8.819 8.194 4.860 7.772 6.365 7.140 5.361 6.636 nan 1.556 1383 chr10 22903841 22923487 + 0 NA intron (NM_005028, intron 1 of 9) Charlie7|DNA|hAT-Charlie 89373 NM_001330062 5305 Hs.57079 NM_005028 ENSG00000150867 PIP4K2A PI5P4KA|PIP5K2A|PIP5KII-alpha|PIP5KIIA|PIPK phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase type 2 alpha protein-coding 0.751 1.708 1.134 0.546 0.304 0.070 1.085 0.259 0.414 0.156 0.784 1.889 0.063 0.015 0.095 0.189 4.664 0.467 0.766 0.501 1.907 0.014 0.112 0.046 0.209 0.961 0.570 0.143 0.424 0.182 0.585 1.299 1.429 0.672 0.700 1.495 0.024 0.077 0.082 0.915 0.053 0.379 0.166 0.111 0.618 0.853 0.240 1.729 0.323 0.325 3.371 1.059 0.189 1.518 2.313 0.209 0.499 0.632 0.094 0.195 0.103 1.465 0.041 0.377 0.919 0.044 0.055 0.446 0.435 1.382 5.145 0.284 0.425 1.209 0.532 0.169 0.132 1.056 1.454 0.603 0.594 1.155 1.092 0.141 0.240 0.199 0.252 0.379 0.953 0.629 0.439 137 chr1 19795085 19814861 + 0 NA intron (NM_001206541, intron 1 of 8) intron (NM_001206541, intron 1 of 8) 6228 NM_001282162 832 Hs.432760 NM_004930 ENSG00000077549 CAPZB CAPB|CAPPB|CAPZ capping actin protein of muscle Z-line subunit beta protein-coding 1.796 1.164 nan 1.234 1.529 1.176 0.772 0.623 1.037 0.653 1.421 0.819 0.722 0.550 1.943 0.930 0.660 0.253 1.327 0.473 1.095 0.454 0.294 0.303 0.622 0.685 0.714 0.887 1.255 0.495 1.183 2.635 0.811 3.014 0.562 0.802 0.126 1.240 0.115 0.329 0.370 1.522 0.841 0.376 0.760 0.503 0.701 0.886 1.283 1.600 0.505 0.656 0.930 1.909 1.293 0.622 0.563 0.695 0.354 1.793 0.631 0.567 0.261 0.445 0.465 0.259 0.130 1.005 1.716 1.254 1.794 2.330 2.444 0.984 0.339 2.804 nan 1.335 nan 5.238 5.830 nan 0.908 0.603 1.258 0.414 0.289 0.947 1.800 0.847 0.572 1414 chr10 30083066 30105279 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL -68242 NM_001323599 6840 Hs.499209 NM_003174 ENSG00000197321 SVIL - supervillin protein-coding 0.507 0.681 0.611 0.816 0.075 0.041 1.857 0.130 0.315 0.206 1.294 3.743 0.384 0.018 0.048 0.190 3.993 0.732 1.319 0.948 1.102 0.012 0.281 0.240 0.519 0.747 0.427 0.060 1.088 1.458 0.242 1.168 0.392 1.030 0.540 2.534 0.030 0.034 0.086 1.209 0.029 0.083 0.963 0.471 1.057 1.622 1.594 1.657 0.775 0.164 1.092 1.595 0.190 1.317 3.205 0.519 2.180 1.836 0.053 0.194 1.320 1.065 0.031 0.011 0.416 0.052 0.021 0.288 0.278 0.238 nan 0.250 0.266 1.917 0.399 0.235 0.273 0.597 0.869 0.447 0.405 0.179 0.064 0.085 0.132 0.331 0.363 0.129 0.130 0.721 0.510 4504 chr16 87489513 87500526 + 0 NA intron (NM_015144, intron 1 of 12) intron (NM_015144, intron 1 of 12) 30441 NM_015144 23174 Hs.156231 NM_015144 ENSG00000140948 ZCCHC14 BDG-29|BDG29 zinc finger CCHC-type containing 14 protein-coding nan 0.624 0.665 0.543 0.403 0.192 1.965 0.161 0.532 0.464 1.919 2.721 0.062 0.434 0.263 0.566 3.478 0.220 2.083 1.019 1.159 0.188 0.225 0.125 0.791 2.837 2.519 0.367 2.157 0.564 1.110 1.840 1.623 0.473 1.153 0.394 0.017 0.169 0.059 1.015 0.167 1.377 0.795 0.575 0.881 1.997 0.480 3.276 0.420 1.798 1.646 0.520 0.566 5.122 2.576 0.791 0.422 0.128 0.061 0.338 0.203 3.485 0.153 0.175 0.792 1.884 2.125 0.471 0.588 0.561 1.492 0.648 0.632 0.422 0.192 1.353 1.240 0.230 0.446 0.670 0.619 0.462 0.320 0.544 0.626 0.119 0.155 0.223 0.607 0.528 0.393 8059 chr3 178275625 178281410 + 0 NA intron (NM_001278911, intron 1 of 4) MIRb|SINE|MIR 2029 NM_001278911 10242 Hs.478368 NM_005832 ENSG00000197584 KCNMB2 - potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 2 protein-coding 2.670 2.470 1.347 0.149 1.249 0.281 0.074 2.921 5.949 0.017 0.100 0.400 0.032 0.139 0.999 0.353 0.292 0.224 0.055 0.033 0.022 5.084 3.937 2.188 0.084 0.013 0.046 0.037 0.065 0.262 0.183 3.902 0.125 0.194 0.973 0.127 0.091 1.439 0.048 0.015 0.037 0.064 0.166 0.086 0.049 0.014 0.023 0.353 0.157 0.032 2.188 0.014 0.468 0.023 0.453 0.014 0.648 0.314 0.013 0.009 0.373 0.232 0.267 0.363 6.779 7.983 6.254 2.507 0.166 0.230 1.673 1.897 3.357 4.685 0.685 0.505 0.382 1.047 5.090 4.586 0.438 1.399 1.898 1.086 7443 chr22 41830006 41846182 + 0 NA intron (NM_016272, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu 4933 NM_016272 10766 Hs.474978 NM_016272 ENSG00000183864 TOB2 APRO5|TOB4|TOBL|TROB2 transducer of ERBB2, 2 protein-coding 3.624 nan 2.372 3.610 2.161 1.315 1.517 2.256 4.190 1.294 2.946 1.221 0.934 1.067 1.992 2.911 1.414 0.308 2.423 0.855 3.311 2.017 1.297 0.607 3.418 1.185 1.366 1.167 2.967 0.822 3.780 4.557 2.755 4.304 1.012 2.536 1.204 3.825 0.149 0.842 1.718 3.425 2.509 1.128 1.254 1.235 3.174 2.308 2.541 2.556 1.937 2.291 2.911 2.174 1.835 3.418 1.129 1.922 1.296 3.316 2.155 2.264 1.019 2.402 1.576 1.207 0.643 2.305 3.165 3.094 4.538 3.813 3.483 3.345 1.289 3.550 3.371 2.587 nan 3.338 4.064 nan 5.163 0.931 2.422 3.842 3.737 2.602 5.445 1.367 0.802 666 chr1 147734945 147737447 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 71 of 94) intron (NM_001351365, intron 71 of 94) -16854 NR_120331 101927468 Hs.515867 NR_120331 LOC101927468 - uncharacterized LOC101927468 ncRNA 1.011 nan 3.234 0.412 5.376 0.560 2.686 0.452 0.362 1.036 2.609 1.351 0.540 1.680 6.782 0.104 0.335 5.886 3.099 1.600 1.104 2.060 0.954 1.434 3.377 4.964 1.646 1.104 1.034 15.856 21.034 4.167 15.247 0.408 7.305 0.036 3.516 0.193 3.530 0.096 2.499 4.611 1.403 2.563 2.423 5.163 0.729 5.024 2.919 3.101 12.696 0.104 6.431 0.334 1.434 6.018 5.930 0.080 5.793 3.563 1.136 5.992 0.148 0.211 1.906 0.892 10.491 12.558 9.552 13.580 2.727 1.883 0.639 0.679 7.340 8.070 1.215 1.593 8.173 10.673 0.771 0.410 15.967 16.927 0.215 0.292 4.514 2.653 0.618 0.614 8650 chr4 182349326 182373455 + 0 NA Intergenic Intergenic -175208 NR_149139 101928679 Hs.149643 NR_149139 LINC02500 - long intergenic non-protein coding RNA 2500 ncRNA nan 0.659 nan 0.065 0.029 0.071 0.044 0.599 1.109 0.008 0.049 0.019 0.015 0.024 0.853 0.079 0.059 0.080 0.061 0.016 0.005 0.120 0.171 0.189 0.115 0.003 0.021 0.006 0.059 0.004 0.070 0.061 0.079 0.214 0.024 0.028 0.055 0.076 0.082 0.005 0.079 0.061 0.023 0.026 0.045 0.032 0.029 0.123 0.034 0.015 0.010 0.025 0.079 0.021 0.004 0.115 0.025 0.024 0.016 0.021 0.034 0.006 0.021 0.041 0.016 0.007 0.013 0.196 0.125 0.242 0.318 0.283 0.281 3.553 1.131 0.141 0.138 0.100 0.154 0.265 0.216 0.300 0.202 0.125 0.167 0.285 0.347 0.065 0.154 0.392 0.318 11478 chr9 17648930 17664454 + 0 NA intron (NM_003026, intron 1 of 8) intron (NM_003026, intron 1 of 8) 77740 NM_003026 6456 Hs.75149 NM_003026 ENSG00000107295 SH3GL2 CNSA2|EEN-B1|SH3D2A|SH3P4 SH3 domain containing GRB2 like 2, endophilin A1 protein-coding nan nan 1.239 0.018 0.244 0.069 0.037 0.309 0.571 0.056 0.010 0.053 0.032 0.013 0.127 0.102 0.111 0.062 0.026 0.025 0.012 0.027 0.121 0.147 0.145 0.009 0.005 0.009 0.035 0.046 0.056 0.031 0.434 0.038 0.032 0.021 0.014 0.080 0.007 0.108 0.030 0.012 0.015 0.028 0.024 0.045 0.077 0.042 0.032 0.102 0.051 0.018 0.145 0.029 0.036 0.037 0.015 0.019 0.005 0.038 0.471 0.015 0.007 0.010 0.205 0.115 0.165 0.275 0.481 0.643 0.692 0.236 0.085 0.126 2.707 3.423 0.415 0.399 1.870 1.494 0.210 0.337 0.228 0.337 0.471 1.143 0.924 0.974 8880 chr5 43033220 43051329 + 0 NA promoter-TSS (NR_015447) promoter-TSS (NR_015447) 38 NR_015447 153684 Hs.259625 NR_015447 ENSG00000215068 LOC153684 - uncharacterized LOC153684 ncRNA 2.167 4.832 3.550 3.122 3.040 2.709 3.322 0.478 1.097 0.632 1.604 1.984 1.152 0.579 5.904 0.905 3.070 0.379 0.707 0.488 2.313 5.083 0.691 0.678 1.666 6.261 7.943 0.709 1.299 1.480 3.094 5.530 4.852 8.542 0.858 2.113 0.032 1.659 0.139 1.798 0.702 1.947 4.488 1.795 1.609 2.015 1.852 2.570 1.881 3.408 2.706 1.960 0.905 1.051 6.235 1.666 0.789 0.751 0.349 3.080 1.578 6.884 0.732 0.042 1.480 3.896 3.369 0.432 0.320 3.267 5.135 2.872 2.246 0.515 0.183 0.821 0.812 1.879 2.445 0.437 0.522 0.784 0.401 1.099 1.937 0.143 0.131 0.068 0.187 0.399 0.412 3794 chr14 99810908 99825402 + 0 NA Intergenic Intergenic -80105 NM_001282237 64919 Hs.709690 NM_022898 ENSG00000127152 BCL11B ATL1|ATL1-alpha|ATL1-beta|ATL1-delta|ATL1-gamma|CTIP-2|CTIP2|IMD49|RIT1|ZNF856B|hRIT1-alpha B cell CLL/lymphoma 11B protein-coding 1.244 0.475 0.696 0.055 0.074 0.097 0.098 0.207 0.216 0.054 0.059 0.004 0.048 0.110 0.341 0.094 0.078 0.036 0.013 0.040 0.057 0.043 0.061 0.083 0.120 0.081 0.035 0.061 0.014 0.066 0.310 0.132 0.275 0.020 0.081 0.046 0.060 0.078 1.358 0.095 0.059 0.032 0.015 0.058 0.036 0.153 0.143 0.120 0.022 0.129 0.341 0.034 0.045 0.083 0.062 0.068 0.698 0.120 0.021 0.082 0.034 0.263 0.047 0.008 0.014 0.298 0.258 0.128 0.114 0.518 0.514 0.128 0.067 0.169 0.175 5.145 5.064 0.250 0.336 1.675 1.468 0.186 0.223 0.090 0.188 0.333 0.567 0.340 0.608 1074 chr1 207219184 207235814 + 0 NA intron (NM_001018053, intron 1 of 14) AluSc|SINE|Alu 879 NM_006212 5208 Hs.282702 NM_006212 ENSG00000123836 PFKFB2 PFK-2/FBPase-2 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 2 protein-coding 1.515 3.090 3.292 2.249 2.344 2.243 1.794 1.411 2.882 0.597 1.254 1.036 1.218 0.350 3.793 1.819 0.885 0.214 1.603 0.572 0.543 0.625 1.326 0.604 3.919 2.073 2.074 0.682 2.540 1.246 2.020 2.575 1.823 3.823 1.004 1.183 0.407 1.036 0.130 0.453 1.144 0.837 0.935 0.412 2.061 0.868 1.756 1.681 1.165 0.731 2.338 1.489 1.819 2.390 1.248 3.919 1.104 0.799 0.350 0.693 0.872 0.963 0.333 0.497 0.725 1.143 0.779 1.587 1.859 4.735 7.162 9.220 10.646 3.605 1.253 nan nan 1.666 2.103 4.930 5.836 2.073 2.027 0.840 1.315 2.305 2.927 1.946 2.596 2.887 1.486 3884 chr15 30208929 30220280 + 0 NA intron (NM_001355012, intron 2 of 28) intron (NM_001355012, intron 2 of 28) 46523 NM_001301025 7082 Hs.743990 NM_003257 ENSG00000104067 TJP1 ZO-1 tight junction protein 1 protein-coding 0.668 nan nan 0.985 0.084 0.015 5.202 0.128 0.221 1.044 0.150 0.878 0.975 0.122 0.031 0.289 0.118 0.128 1.128 0.787 2.417 0.123 0.109 0.080 0.490 0.317 0.416 1.372 1.948 0.905 1.929 0.280 0.302 1.806 0.176 0.092 0.210 0.093 0.511 0.029 0.715 2.706 1.093 1.941 0.941 1.046 0.483 1.236 0.500 0.125 0.500 0.289 1.928 1.627 0.080 1.230 0.408 0.418 0.200 0.224 0.941 0.035 0.097 3.389 4.176 4.006 0.286 0.288 0.333 0.819 0.276 0.360 0.089 0.054 0.431 0.454 0.207 0.354 0.465 0.470 1.087 0.957 0.265 0.341 0.861 1.348 0.214 0.333 0.709 0.496 7546 chr3 25077097 25091691 + 0 NA intron (NM_001290216, intron 2 of 10) L1MA9|LINE|L1 213580 NM_001290216 5915 Hs.543218 NM_000965 ENSG00000077092 RARB HAP|MCOPS12|NR1B2|RARbeta1|RRB2 retinoic acid receptor beta protein-coding 0.783 1.270 0.581 0.065 0.024 0.259 0.015 0.132 0.302 0.013 0.070 0.247 0.030 0.027 0.066 0.547 1.512 0.066 0.043 0.026 0.022 0.009 0.151 0.108 0.016 0.009 0.005 0.045 0.098 0.007 0.027 0.063 0.043 0.218 0.080 0.055 0.092 0.075 0.074 0.016 0.243 0.051 0.026 0.005 0.016 0.026 0.158 0.113 0.044 0.027 0.143 0.547 0.046 0.012 0.016 0.019 0.114 0.099 0.028 0.051 0.043 0.245 0.060 0.011 0.012 0.010 0.210 0.125 3.636 7.050 0.739 0.702 0.111 0.028 0.207 0.174 0.708 0.844 0.240 0.212 nan 0.299 0.233 0.429 0.739 1.121 0.165 0.215 0.384 0.349 2576 chr12 28020994 28024301 + 0 NA Intergenic Intergenic 89460 NM_020782 57542 Hs.505104 NM_020782 ENSG00000087448 KLHL42 Ctb9|KLHDC5 kelch like family member 42 protein-coding 2.499 nan nan 0.048 0.106 0.050 0.218 0.193 0.182 0.029 3.718 0.588 0.019 0.030 0.135 0.193 0.714 0.145 0.156 0.274 0.039 0.042 0.190 0.252 0.072 0.041 0.050 0.167 0.064 0.049 0.249 0.108 0.437 0.083 0.146 0.047 0.368 0.055 0.054 0.070 0.130 0.383 0.098 0.225 0.193 0.128 0.028 0.072 0.038 0.042 5.247 0.104 0.062 0.229 0.030 0.566 0.487 0.017 0.016 0.199 0.148 0.259 0.952 0.316 0.342 0.166 0.073 0.352 0.439 1.685 1.877 0.123 0.229 1.160 0.894 0.119 0.206 0.417 0.355 0.761 2.274 0.329 0.470 4938 chr17 65653518 65679394 + 0 NA intron (NM_012417, intron 7 of 8) intron (NM_012417, intron 7 of 8) -47493 NM_001303272 25926 Hs.463936 NM_015462 ENSG00000130935 NOL11 - nucleolar protein 11 protein-coding 1.427 nan 0.892 0.051 0.947 0.183 0.126 1.437 2.569 0.033 0.139 0.151 0.012 0.112 1.702 0.369 0.288 0.317 0.158 0.058 0.051 0.027 1.179 0.648 3.131 0.082 0.044 0.077 0.128 0.004 0.318 0.856 0.190 0.568 0.011 0.099 0.033 0.102 0.134 0.004 0.232 0.175 0.028 0.033 0.123 0.077 0.164 0.174 0.120 0.151 0.030 0.111 0.369 0.146 0.086 3.131 0.033 0.298 0.215 0.090 0.065 0.104 0.950 0.177 0.112 0.020 0.008 1.080 1.141 0.705 0.741 0.694 0.825 2.837 0.942 0.457 0.475 0.818 nan 2.004 1.923 1.024 0.701 0.930 1.257 0.424 0.428 0.317 0.804 1.422 0.712 8347 chr4 41744545 41802556 + 0 NA Intergenic Intergenic -22563 NM_003924 8929 Hs.87202 NM_003924 ENSG00000109132 PHOX2B CCHS|NBLST2|NBPhox|PMX2B paired like homeobox 2b protein-coding 1.372 nan nan 0.061 0.120 0.025 0.161 0.097 0.216 0.002 0.075 0.038 0.026 0.031 0.283 0.071 0.084 0.058 0.173 0.042 0.016 0.007 0.101 0.147 0.050 0.030 0.009 0.035 0.099 0.062 0.047 0.194 0.073 0.237 0.045 0.056 0.005 0.040 0.060 0.067 2.678 0.096 0.030 0.018 0.083 0.047 0.064 0.161 0.055 0.042 0.024 0.054 0.071 0.088 0.021 0.050 0.084 0.125 0.121 0.032 0.049 0.042 0.026 2.793 0.016 0.017 0.010 0.306 0.163 0.161 0.234 0.278 0.233 0.096 0.085 0.118 0.119 0.158 0.259 0.223 0.265 1.712 1.458 0.122 0.189 0.042 0.046 2.518 5.925 0.675 0.762 6125 chr2 54341445 54343794 + 0 NA 5' UTR (NM_001320590, exon 1 of 4) 5' UTR (NM_001320590, exon 1 of 4) 209 NM_001320590 98 Hs.516173 NM_138448 ENSG00000170634 ACYP2 ACYM|ACYP acylphosphatase 2 protein-coding 7.068 nan 4.701 4.424 6.659 4.357 4.957 4.339 7.009 1.556 4.852 2.247 2.224 2.355 4.695 5.339 5.051 0.337 6.575 2.518 5.496 2.832 3.547 1.592 5.790 3.413 5.046 3.135 4.424 1.753 7.280 9.994 3.738 11.043 3.547 6.629 0.813 5.396 0.306 2.474 3.238 9.408 6.976 2.356 3.456 2.863 7.435 5.368 5.411 4.627 4.022 3.585 5.339 8.654 5.870 5.790 3.229 3.493 2.662 6.063 7.490 3.244 2.776 3.185 4.731 3.529 3.223 7.811 6.542 4.558 6.400 12.204 12.318 9.958 7.189 25.980 27.984 6.097 6.863 11.986 15.820 12.501 10.827 5.541 7.586 4.105 5.019 12.137 9.292 3.910 1.330 3287 chr13 100373628 100413167 + 0 NA intron (NR_120421, intron 4 of 4) intron (NR_120421, intron 4 of 4) -12142 NR_120383 101927465 Hs.130690 NR_046525 CLYBL-AS1 - CLYBL antisense RNA 1 ncRNA 0.924 1.091 0.786 0.036 0.208 0.098 0.046 0.182 0.283 0.015 0.078 0.014 0.014 0.020 0.260 5.155 0.115 0.078 0.186 0.064 0.011 0.038 0.307 0.277 0.172 0.038 0.038 0.013 0.046 0.008 0.087 0.184 0.062 0.449 0.015 0.065 1.285 0.055 0.076 0.009 0.185 0.168 0.043 0.032 0.022 0.035 0.088 0.109 0.066 0.056 0.046 0.037 5.155 0.122 0.044 0.172 0.019 0.054 0.406 0.055 0.070 0.050 0.058 0.140 0.013 0.017 0.011 0.651 0.440 0.195 0.209 0.599 0.738 1.148 0.400 0.130 0.145 0.437 nan 0.243 0.365 1.097 1.116 0.194 0.283 3.301 3.405 0.357 nan 0.578 0.286 10705 chr7 139636630 139655393 + 0 NA intron (NM_001061, intron 5 of 12) AluJo|SINE|Alu 117059 NM_001061 6916 Hs.520757 NM_001061 ENSG00000059377 TBXAS1 BDPLT14|CYP5|CYP5A1|GHOSAL|THAS|TS|TXAS|TXS thromboxane A synthase 1 protein-coding nan nan nan 0.077 0.084 0.074 0.151 0.232 0.273 0.010 0.107 0.223 0.010 1.399 0.134 0.239 0.112 0.123 0.171 0.030 0.020 0.022 0.410 0.289 0.398 0.122 0.080 0.031 0.101 0.023 0.167 1.293 0.262 0.270 0.105 0.164 0.041 0.063 0.164 0.054 0.029 0.108 0.048 0.025 0.047 0.046 0.113 0.188 0.137 0.064 0.389 0.878 0.239 0.083 0.131 0.398 0.098 0.178 0.036 0.115 0.086 0.050 0.069 0.079 0.081 0.012 0.008 0.493 0.335 0.235 0.268 0.405 0.462 nan 0.425 0.421 0.377 0.123 nan 0.469 0.473 nan 0.172 0.262 0.317 0.264 0.188 0.195 0.474 3.231 nan 1601 chr10 98259598 98274429 + 0 NA intron (NM_012465, intron 1 of 20) intron (NM_012465, intron 1 of 20) 6670 NM_012465 7093 Hs.154296 NM_012465 ENSG00000095587 TLL2 - tolloid like 2 protein-coding 0.579 0.608 0.481 0.083 0.132 1.688 0.315 0.373 0.655 0.013 0.195 0.134 0.013 0.189 1.944 0.200 0.076 0.087 0.335 0.282 0.030 0.035 0.085 0.108 0.188 0.070 0.034 0.141 0.182 0.163 0.716 2.315 0.186 6.999 0.137 0.069 0.039 0.182 0.067 0.039 0.021 0.174 0.061 0.037 0.281 0.430 0.130 0.155 0.209 0.268 0.090 0.122 0.200 0.148 0.099 0.188 0.206 0.061 0.065 0.247 0.245 0.107 0.220 0.049 0.036 1.267 1.597 0.311 0.286 0.550 1.650 0.660 0.632 0.638 0.181 0.178 0.219 0.136 0.277 nan 5.277 0.367 0.311 0.357 0.926 0.092 0.150 0.135 0.270 0.535 0.441 11828 chr9 135988336 136026008 + 0 NA promoter-TSS (NM_001271774) promoter-TSS (NM_001271774) -628 NM_001271774 5900 Hs.106185 NM_006266 ENSG00000160271 RALGDS RGDS|RGF|RalGEF ral guanine nucleotide dissociation stimulator protein-coding nan 2.720 3.453 0.417 3.202 1.501 1.120 0.464 0.964 1.042 0.887 0.927 0.124 0.489 0.812 1.070 0.473 0.121 1.416 0.490 0.381 0.103 1.470 0.692 1.645 1.072 0.790 0.512 1.283 0.325 1.260 4.232 0.460 3.883 1.087 0.538 0.366 0.373 0.067 0.504 0.226 1.458 0.436 0.276 0.408 0.634 0.582 0.707 1.995 2.669 0.199 0.878 1.070 3.732 2.516 1.645 0.342 2.096 0.879 0.983 1.207 1.008 0.299 0.270 0.259 0.366 0.253 1.116 1.971 1.151 2.048 2.610 2.990 nan 1.163 1.257 1.261 0.516 0.993 3.782 6.474 2.802 3.585 0.677 0.929 2.283 1.649 0.875 1.115 2.325 1.512 323 chr1 42920636 42933923 + 0 NA TTS (NM_001287507) TTS (NM_001287507) -1746 NM_001355224 728621 Hs.729640 NM_001080850 ENSG00000186409 CCDC30 PFD6L|PFDN6L coiled-coil domain containing 30 protein-coding 21.357 2.420 nan 1.461 2.833 2.249 0.944 1.051 2.262 0.387 1.606 0.859 0.496 1.067 1.926 1.517 0.624 0.061 1.021 0.356 0.856 0.761 1.448 0.715 3.629 0.686 0.815 0.581 1.095 0.505 1.487 2.636 1.389 7.026 0.758 0.936 0.459 1.812 0.177 0.363 0.496 1.510 0.659 0.305 0.853 0.841 1.553 0.827 1.121 1.102 0.901 0.859 1.517 1.217 1.300 3.629 0.599 1.697 0.469 1.677 1.358 0.452 1.208 0.270 0.289 0.329 0.191 1.786 2.202 1.728 2.832 4.306 4.236 4.017 1.860 3.275 3.538 1.675 nan nan 6.958 1.509 1.310 2.341 nan 2.051 2.172 1.591 2.105 2.703 1.774 6904 chr20 25509663 25549078 + 0 NA intron (NM_025176, intron 1 of 23) intron (NM_025176, intron 1 of 23) 36797 NM_001318226 22981 Hs.631508 NM_025176 ENSG00000101004 NINL NLP ninein like protein-coding 1.315 1.334 nan 0.060 0.201 0.334 0.310 0.175 0.298 0.121 0.290 0.251 0.163 0.045 0.122 0.286 0.210 0.111 0.476 0.227 0.085 0.099 0.107 0.173 0.207 0.402 0.218 0.106 0.103 0.097 0.129 0.467 0.246 0.553 0.249 0.126 0.024 0.088 0.064 0.039 0.030 0.117 0.052 0.046 0.122 0.167 0.388 0.172 0.645 0.128 0.040 0.167 0.286 0.660 0.063 0.207 0.096 0.071 0.170 0.107 0.131 0.202 0.370 2.687 0.076 0.031 0.017 1.148 1.682 0.399 0.547 0.503 0.599 0.605 0.257 0.446 0.450 0.436 0.737 0.943 1.118 0.975 0.638 0.476 0.784 0.173 0.140 1.749 5.908 0.545 0.509 9443 chr6 13144582 13149487 + 0 NA intron (NM_001322308, intron 4 of 13) intron (NM_001322308, intron 4 of 13) 133146 NM_001322314 221692 Hs.436996 NM_030948 ENSG00000112137 PHACTR1 RPEL|RPEL1|dJ257A7.2 phosphatase and actin regulator 1 protein-coding 1.078 nan 0.631 0.045 0.124 0.056 0.043 0.228 0.354 0.020 0.032 0.095 0.013 0.091 0.218 0.154 0.130 0.078 0.026 0.028 0.142 0.133 0.098 0.014 0.014 0.068 0.084 0.069 0.218 0.132 0.038 0.022 0.087 0.024 0.437 0.075 0.025 0.021 0.015 0.059 0.033 0.057 0.003 0.027 0.218 0.044 0.098 0.068 0.034 0.042 0.032 0.020 0.025 0.016 0.012 1.097 0.590 10.198 5.280 0.392 0.397 0.519 0.170 0.247 0.281 1.004 1.326 0.057 0.079 0.554 0.300 0.237 0.409 0.116 0.148 0.396 0.304 1.979 0.832 5292 chr18 42414587 42439458 + 0 NA intron (NM_015559, intron 2 of 5) intron (NM_015559, intron 2 of 5) 123109 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 0.990 1.428 0.072 0.468 3.868 0.088 0.445 0.613 0.015 0.073 0.404 0.008 0.271 0.190 0.986 0.215 0.039 0.012 0.025 0.017 0.540 0.444 0.699 0.058 0.017 0.015 0.039 0.012 0.048 0.027 0.031 2.825 0.024 0.395 0.691 0.031 0.063 0.052 0.172 0.048 0.022 0.013 0.048 0.040 0.298 0.065 0.249 0.020 0.098 0.305 0.986 0.011 0.018 0.699 0.096 0.040 0.232 0.042 0.411 0.051 0.079 0.480 0.129 0.014 0.688 0.696 0.607 0.592 1.573 1.376 1.519 0.476 0.054 0.078 0.912 1.420 0.569 0.546 1.261 1.139 0.208 0.328 2.048 2.710 0.475 nan 4.251 2.270 2467 chr12 9593859 9602571 + 0 NA intron (NR_033399, intron 1 of 26) MLT1M|LTR|ERVL-MaLR 2553 NR_033399 440081 Hs.447869 NM_004400 DDX12P CHLR2|DDX12 DEAD/H-box helicase 12, pseudogene pseudo 2.711 nan nan 1.940 4.070 1.946 1.609 0.855 2.008 0.749 1.317 1.353 0.683 0.620 1.381 1.539 0.465 0.056 2.168 0.635 0.884 2.389 1.599 0.715 2.275 1.075 1.252 0.516 2.464 0.724 1.717 4.748 1.847 4.971 0.889 1.168 1.957 1.760 0.149 1.076 0.918 2.182 2.195 1.082 1.336 1.468 1.522 2.083 1.467 2.689 1.307 1.097 1.539 2.419 1.803 2.275 0.690 0.607 0.393 3.172 1.094 1.181 0.930 0.921 1.465 1.302 0.914 2.104 1.848 4.072 5.329 nan 4.718 6.599 2.955 5.844 5.813 2.108 3.098 4.088 6.385 2.548 2.809 1.340 2.524 5.429 5.896 3.077 nan 1.384 0.977 8785 chr5 14815729 14825662 + 0 NA intron (NM_054027, intron 1 of 11) MER31B|LTR|ERV1 5426 NR_039780 100616271 NR_039780 ENSG00000264792 MIR4637 - microRNA 4637 ncRNA nan nan nan 0.058 0.382 0.005 0.715 0.097 0.288 0.219 0.223 0.894 0.013 0.051 0.259 0.201 0.219 0.260 0.204 0.076 0.070 0.310 0.326 0.048 0.367 0.147 0.022 0.115 0.143 0.175 0.574 0.203 nan 0.059 0.118 0.019 0.022 0.162 1.062 0.057 0.111 0.197 0.107 0.066 0.058 0.181 0.884 0.138 0.235 0.072 0.106 0.201 0.208 0.112 0.048 0.050 0.116 0.285 0.064 0.184 0.498 0.064 0.188 0.313 0.018 0.025 0.481 0.383 0.334 0.564 0.505 0.737 0.461 0.198 0.228 0.201 nan 5.906 0.755 0.823 2.868 2.270 0.196 0.311 0.224 0.224 0.360 nan 1.511 1.025 5196 chr18 21031770 21035875 + 0 NA intron (NM_003831, intron 1 of 12) intron (NM_003831, intron 1 of 12) 637 NM_003831 8780 Hs.445511 NM_003831 ENSG00000101782 RIOK3 SUDD RIO kinase 3 protein-coding 2.379 2.111 3.210 3.228 2.144 1.030 2.101 1.003 1.572 1.922 3.481 2.811 3.386 1.223 1.355 3.147 2.479 0.228 2.774 1.117 1.586 0.665 1.172 0.519 3.376 1.462 1.708 1.549 2.039 1.558 3.491 3.789 3.446 4.070 1.063 1.798 0.724 2.288 0.151 1.119 1.235 2.751 7.143 4.283 3.421 1.665 3.459 2.779 2.400 2.071 1.438 2.970 3.147 4.615 2.620 3.376 1.439 2.331 0.625 1.229 1.405 1.671 0.535 0.909 1.949 0.427 0.249 2.931 3.398 4.212 nan 5.456 5.116 5.393 1.829 2.335 2.439 1.352 2.131 2.050 2.759 3.604 3.547 0.713 1.598 3.124 3.851 2.559 3.122 4.429 2.205 187 chr1 26855690 26871010 + 0 NA intron (NM_002953, intron 1 of 21) intron (NM_002953, intron 1 of 21) -6253 NM_001330441 6195 Hs.149957 NM_002953 ENSG00000117676 RPS6KA1 HU-1|MAPKAPK1A|RSK|RSK1|p90Rsk ribosomal protein S6 kinase A1 protein-coding 1.686 1.694 nan 1.141 1.715 0.812 1.039 0.511 1.051 0.567 1.114 0.567 0.543 1.362 0.643 0.681 0.239 0.052 0.998 0.397 0.411 0.133 0.450 0.199 0.600 0.686 0.478 0.615 0.990 0.295 1.237 2.283 0.544 2.530 0.330 0.619 0.050 0.779 0.110 0.185 0.196 2.544 0.255 0.238 0.895 0.308 0.890 0.262 0.907 0.788 0.612 1.150 0.681 1.447 0.748 0.600 0.510 0.722 0.284 1.568 0.434 0.320 0.283 0.409 0.213 0.192 0.090 1.228 2.009 0.881 1.740 1.893 1.916 0.947 0.390 2.297 2.228 1.354 1.999 2.111 3.349 0.715 0.603 0.815 1.201 0.334 0.395 0.967 1.847 1.319 0.699 8968 chr5 68808682 68817620 + 0 NA intron (NM_002538, intron 4 of 8) AluSz|SINE|Alu 13147 NM_001205255 100506658 Hs.592605 NM_002538 ENSG00000197822 OCLN BLCPMG|PPP1R115|PTORCH1 occludin protein-coding 0.771 2.221 0.794 1.114 0.384 0.280 3.996 0.234 0.507 0.681 1.194 0.797 2.152 0.472 0.574 0.164 0.475 0.232 1.363 0.910 0.334 0.094 0.262 0.184 0.228 2.400 1.867 0.149 3.851 4.956 2.789 6.993 4.711 0.605 1.406 0.597 0.170 0.117 0.077 0.226 0.197 0.299 0.222 0.122 2.619 4.987 2.914 0.190 0.865 0.310 0.305 1.399 0.164 3.401 1.490 0.228 0.956 1.899 0.032 0.490 0.228 2.302 0.810 0.165 0.223 0.052 0.051 0.186 0.166 0.711 2.450 0.322 0.428 1.379 0.366 0.242 0.234 0.347 0.520 1.567 2.964 0.401 0.367 0.334 0.454 0.311 0.444 0.331 1.058 0.601 0.284 6408 chr2 145251968 145283091 + 0 NA intron (NM_001171653, intron 2 of 8) intron (NM_001171653, intron 2 of 8) -9652 NR_040248 100303491 Hs.560789 NR_040248 ENSG00000238057 ZEB2-AS1 ZEB2-AS|ZEB2AS|ZEB2NAT ZEB2 antisense RNA 1 ncRNA 1.953 nan 0.901 0.141 0.606 0.100 0.094 1.072 2.371 0.003 0.922 1.020 0.014 0.016 0.086 0.704 2.097 0.181 0.142 0.098 0.038 2.665 0.923 0.628 0.566 0.101 0.058 0.391 0.048 0.054 0.098 0.169 0.089 2.296 0.056 1.305 0.015 0.131 0.059 0.224 0.550 0.367 0.083 0.050 0.024 0.037 0.092 0.613 0.904 1.502 0.038 0.040 0.704 0.115 0.029 0.566 0.016 0.037 0.436 1.062 0.059 0.081 0.181 1.086 0.058 0.015 0.002 0.316 0.255 6.663 9.563 2.090 1.405 0.328 0.107 0.233 0.294 3.078 3.524 0.389 0.484 1.697 1.748 0.216 0.467 0.036 0.047 1.728 2.949 0.470 0.345 1283 chr10 1549549 1568225 + 0 NA intron (NM_018702, intron 1 of 9) intron (NM_018702, intron 1 of 9) -9938 NR_033387 642394 Hs.568831 NM_001098830 ENSG00000205696 ADARB2-AS1 C10orf109|NCRNA00168 ADARB2 antisense RNA 1 ncRNA 0.440 0.426 0.558 0.034 0.528 0.056 0.015 0.195 0.420 0.036 0.045 0.013 0.028 0.465 0.550 0.123 0.121 0.039 0.027 0.015 0.804 0.389 2.984 0.023 0.020 0.054 0.011 0.034 0.045 0.035 0.312 0.008 0.049 0.005 0.062 0.094 0.013 0.128 0.059 0.030 0.008 0.006 0.013 0.036 0.068 0.052 0.073 0.009 0.162 0.550 0.034 0.005 2.984 0.059 0.058 0.058 0.048 0.252 0.017 0.233 0.033 0.016 0.025 0.011 0.546 0.478 0.133 0.136 0.784 0.863 0.492 0.180 0.250 0.226 0.097 0.213 2.229 2.235 0.146 0.064 0.340 0.602 0.032 0.073 0.060 0.118 0.363 0.371 9753 chr6 69790827 69808146 + 0 NA intron (NM_001704, intron 17 of 31) intron (NM_001704, intron 17 of 31) 453854 NM_001704 577 Hs.13261 NM_001704 ENSG00000135298 ADGRB3 BAI3 adhesion G protein-coupled receptor B3 protein-coding nan 0.748 0.549 2.885 0.133 0.041 0.037 0.102 0.226 0.006 0.072 0.037 0.075 0.049 0.052 0.162 0.083 0.126 0.074 0.011 0.399 0.008 0.118 0.154 0.051 0.004 0.009 0.150 0.012 0.042 0.197 0.073 0.263 0.042 0.062 0.011 0.037 0.124 0.007 0.045 0.064 0.018 0.032 0.019 0.031 0.050 0.034 0.019 0.045 0.014 0.019 0.162 0.016 0.051 0.035 0.028 0.011 0.057 0.059 0.028 0.087 0.095 0.027 0.009 0.003 0.574 0.606 0.215 0.230 0.271 0.351 0.137 0.112 0.297 0.298 0.310 0.400 0.459 0.285 0.404 0.185 0.231 0.390 0.088 0.151 0.256 0.505 0.326 0.303 6909 chr20 29829129 29830091 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite -15857 NM_001037730 245929 Hs.580793 NM_001037730 ENSG00000215547 DEFB115 DEFB-15 defensin beta 115 protein-coding 18.826 24.416 nan 1.097 3.341 0.298 0.730 1.824 3.060 0.594 0.943 1.050 0.641 2.688 3.254 2.289 0.893 12.432 0.628 0.202 0.396 2.200 3.385 5.193 1.138 0.071 0.525 0.151 2.699 0.111 2.529 1.300 1.970 5.637 0.307 1.699 2.178 0.896 4.942 1.288 2.010 1.291 0.614 3.457 3.698 3.794 1.425 0.514 0.332 1.238 2.289 0.910 0.815 1.138 1.010 0.605 1.316 0.179 0.638 0.903 0.717 0.840 0.982 0.958 0.634 11.363 4.044 4.140 5.623 9.214 15.130 4.580 3.831 7.368 5.490 12.485 15.961 6.178 6.358 13.591 3.354 4.626 7.855 3.931 7.892 4.611 8.843 5.285 7.469 212 chr1 29771400 29802442 + 0 NA Intergenic Intergenic -110295 NR_110758 101928460 Hs.434659 NR_110758 ENSG00000230523 LINC01756 - long intergenic non-protein coding RNA 1756 ncRNA 1.199 0.853 nan 0.079 0.333 0.276 0.071 0.382 0.656 0.009 0.063 0.033 0.008 0.036 0.467 0.204 0.038 0.042 0.080 0.012 0.012 0.004 0.199 0.144 0.512 0.101 0.032 0.026 0.048 0.010 0.086 0.162 0.055 0.971 0.005 0.038 0.074 0.060 0.104 0.053 0.051 0.131 0.029 0.013 0.014 0.027 0.025 0.139 0.050 0.021 0.035 0.017 0.204 0.052 0.048 0.512 0.012 0.053 0.556 0.100 1.209 0.036 0.089 1.361 0.034 0.033 0.010 0.272 0.203 0.107 0.119 0.873 0.956 0.654 0.209 0.125 0.125 0.278 0.464 1.049 1.174 1.241 1.031 0.318 0.336 0.401 0.330 1.201 3.339 2.047 0.940 10828 chr8 17750220 17771244 + 0 NA Intergenic Intergenic -7685 NM_201552 2267 Hs.491143 NM_004467 ENSG00000104760 FGL1 HFREP1|HP-041|LFIRE-1|LFIRE1 fibrinogen like 1 protein-coding 1.006 0.954 nan 0.144 0.109 0.040 0.061 0.221 0.575 0.045 0.082 0.280 0.007 0.528 0.106 0.262 0.129 0.068 0.036 0.009 0.966 0.520 0.211 0.125 0.267 0.181 0.066 0.011 0.078 0.046 0.160 0.877 0.581 0.125 0.065 0.094 0.106 0.109 0.131 0.005 0.027 0.083 0.029 0.026 0.104 0.073 0.119 0.114 5.201 0.085 2.475 0.665 0.262 0.044 0.045 0.267 0.099 0.118 0.027 0.091 2.661 0.064 0.018 1.025 0.029 0.014 0.014 0.470 0.270 0.991 1.473 0.478 nan 1.375 0.334 0.418 0.442 0.210 0.332 0.452 0.414 0.511 0.295 0.084 0.165 0.670 0.839 0.733 2.196 1.547 0.813 9921 chr6 132377789 132412369 + 0 NA Intergenic L1ME3B|LINE|L1 41324 NR_039673 100616191 NR_039673 ENSG00000265669 MIR548AJ1 - microRNA 548aj-1 ncRNA 0.666 0.824 0.686 2.297 0.074 0.013 0.139 0.098 0.198 0.047 0.078 0.715 0.023 0.116 0.055 0.163 0.448 0.146 0.119 0.065 0.124 0.024 0.213 0.152 0.038 0.020 0.019 0.124 0.177 0.052 0.076 0.185 0.098 0.214 0.114 0.042 0.011 9.132 0.301 0.116 0.053 0.104 0.463 0.279 0.029 0.029 0.120 0.101 0.047 0.196 0.016 0.040 0.163 0.089 0.027 0.038 0.057 0.024 0.011 0.052 0.062 0.103 0.040 0.032 0.042 1.850 1.793 0.640 0.424 0.475 0.542 0.199 0.259 nan 0.247 0.480 0.475 0.335 0.422 0.110 0.135 0.987 0.765 0.137 0.214 0.141 0.147 0.154 nan 0.369 0.362 3384 chr14 20921972 20924855 + 0 NA promoter-TSS (NM_017807) promoter-TSS (NM_017807) 123 NM_001641 328 Hs.73722 NM_001641 ENSG00000100823 APEX1 APE|APE1|APEN|APEX|APX|HAP1|REF1 apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease 1 protein-coding 17.307 5.864 7.678 5.306 11.501 8.191 4.901 3.724 7.856 0.966 3.594 4.271 2.119 3.201 8.474 5.662 7.804 0.371 3.364 1.574 6.625 4.808 2.300 0.973 6.484 4.126 4.894 1.314 6.282 2.881 9.201 13.118 8.522 14.510 4.163 6.786 2.085 7.179 0.215 0.892 5.283 5.429 3.348 1.451 4.206 4.436 4.146 5.196 3.845 3.227 4.180 3.847 5.662 5.985 6.349 6.484 3.368 2.596 4.006 7.097 4.559 6.684 2.967 2.501 3.812 3.303 2.589 8.299 7.056 12.088 16.950 17.335 15.169 11.676 7.829 25.809 26.821 10.182 12.631 15.161 20.470 18.587 17.895 7.696 10.236 11.631 13.447 9.685 8.601 7.034 4.362 6934 chr20 32132904 32191324 + 0 NA intron (NM_005093, intron 2 of 11) intron (NM_005093, intron 2 of 11) 11943 NM_005093 9139 Hs.153934 NM_005093 ENSG00000078699 CBFA2T2 EHT|MTGR1|ZMYND3|p85 CBFA2/RUNX1 translocation partner 2 protein-coding 1.583 2.325 3.796 0.272 3.079 0.287 0.112 1.180 2.413 0.054 0.300 0.314 0.043 0.253 1.172 0.699 0.763 0.190 0.335 0.114 0.075 0.054 1.621 0.980 1.331 0.167 0.093 0.074 0.163 0.029 0.103 nan 0.179 4.223 0.120 0.123 0.829 0.123 0.132 0.114 0.657 0.148 0.051 0.039 0.065 0.129 0.198 0.350 0.244 0.153 0.100 0.179 0.699 0.245 0.140 1.331 0.084 0.153 0.237 0.080 0.648 0.191 0.347 0.873 0.083 0.039 0.024 1.562 1.715 0.814 0.864 3.604 nan 5.579 2.103 2.380 2.423 2.805 3.336 2.752 3.603 2.961 2.060 0.842 1.073 2.503 3.471 1.152 nan 1.498 0.710 1331 chr10 12725799 12736044 + 0 NA intron (NM_153498, intron 3 of 10) AluSq2|SINE|Alu -35725 NR_039701 100616320 NR_039701 ENSG00000283699 MIR4481 - microRNA 4481 ncRNA nan 1.262 0.527 0.084 1.626 0.269 0.277 0.441 0.714 0.009 0.037 0.250 0.012 0.029 0.466 0.676 0.248 0.186 0.061 0.055 0.098 0.109 2.347 1.218 2.348 0.088 0.021 0.051 0.067 0.030 0.055 0.262 0.247 0.964 0.172 0.078 0.624 0.021 0.083 0.047 0.070 0.054 0.023 0.030 0.096 0.037 0.066 0.088 0.135 0.042 0.008 0.155 0.676 0.118 0.452 2.348 0.096 0.089 0.057 0.119 0.110 0.107 0.038 0.134 0.052 0.028 0.010 0.361 0.414 0.222 0.360 0.893 1.406 12.750 12.741 0.167 0.104 0.485 0.687 3.336 6.218 0.202 0.105 0.147 0.342 3.056 3.037 0.211 0.505 1.029 0.606 9661 chr6 43654119 43678573 + 0 NA Intergenic Intergenic -10797 NM_018135 55168 Hs.520149 NM_018135 ENSG00000096080 MRPS18A HumanS18b|MRP-S18-3|MRPS18-3|S18bmt mitochondrial ribosomal protein S18A protein-coding 2.387 1.417 2.798 0.459 1.095 0.530 1.925 0.584 1.102 0.094 0.625 0.413 0.076 0.434 0.527 2.290 0.704 0.217 0.851 0.364 0.152 0.130 0.289 0.279 1.666 1.011 0.684 0.066 0.416 0.742 1.250 3.392 1.336 1.861 0.609 1.630 0.467 0.195 0.103 0.265 0.621 0.225 0.319 0.149 0.650 0.511 1.037 0.479 1.743 0.421 1.547 2.252 2.290 1.049 0.344 1.666 0.857 1.114 0.480 0.395 0.487 0.386 0.336 0.909 0.277 0.087 0.041 1.089 1.948 0.675 1.148 0.909 1.176 8.053 3.341 1.597 1.710 0.508 0.819 3.012 nan 2.488 2.330 0.692 1.118 1.663 2.361 1.016 2.963 0.969 0.688 9228 chr5 142429394 142447959 + 0 NA intron (NM_001349547, intron 17 of 21) intron (NM_001349547, intron 17 of 21) -133389 NR_046816 100874372 Hs.666717 NR_046816 ENSG00000230789 ARHGAP26-IT1 - ARHGAP26 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.964 0.743 0.186 0.342 0.277 1.174 0.415 0.892 0.021 0.572 0.708 0.030 0.048 3.046 0.299 1.253 0.208 0.845 0.583 0.078 0.007 0.153 0.159 0.667 1.200 0.456 0.044 0.413 0.609 0.181 0.493 0.325 3.115 0.402 0.206 0.123 0.058 0.110 0.306 0.166 0.193 0.084 0.089 1.740 0.291 0.176 0.178 0.298 0.077 0.073 0.165 0.299 0.119 0.505 0.667 0.099 0.123 0.287 0.066 0.552 0.224 0.522 0.238 0.443 0.025 0.027 0.228 0.211 0.327 0.830 0.452 0.553 0.342 0.162 0.454 0.429 1.213 1.570 2.931 1.891 0.511 0.409 0.280 0.588 0.568 0.432 0.248 0.980 1.015 0.696 5108 chr18 979819 1004872 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 -64351 NR_146724 388456 Hs.407666 NR_146724 ENSG00000259837 LINC01904 - long intergenic non-protein coding RNA 1904 ncRNA 1.104 0.864 1.225 0.087 1.960 0.686 0.062 0.342 0.563 0.018 0.294 2.446 0.010 0.883 0.132 0.113 0.104 0.051 0.420 0.397 0.047 0.011 0.225 0.191 1.039 0.196 0.089 0.074 0.076 0.034 0.076 0.108 0.137 nan 0.076 0.567 0.187 0.056 0.136 0.014 0.270 0.124 0.192 0.150 0.061 0.089 0.233 0.283 0.026 0.102 0.031 0.122 0.113 0.181 0.011 1.039 0.318 0.153 0.275 0.035 1.023 0.177 0.091 0.094 0.018 0.011 0.002 0.278 0.196 0.171 0.333 1.167 1.344 nan 1.361 0.295 0.307 0.662 nan 2.601 2.761 nan 0.735 0.142 0.183 0.793 1.179 0.260 nan nan 1.319 2383 chr11 133205707 133218634 + 0 NA intron (NM_001012393, intron 1 of 7) intron (NM_001012393, intron 1 of 7) 190337 NM_001012393 4978 Hs.4817 NM_002545 ENSG00000183715 OPCML IGLON1|OBCAM|OPCM opioid binding protein/cell adhesion molecule like protein-coding 0.390 nan 0.450 0.213 0.061 0.026 0.082 0.037 0.142 0.015 0.054 0.064 0.010 0.016 0.063 2.088 0.029 0.012 0.050 0.030 0.010 0.287 0.171 0.108 0.011 0.022 0.032 0.084 0.014 0.118 0.072 0.071 nan 0.051 0.007 0.042 0.113 0.018 1.324 0.157 0.014 0.023 0.034 0.064 0.052 0.179 0.050 0.039 0.006 0.031 2.088 0.055 0.014 0.108 0.038 0.077 0.015 0.018 0.023 0.025 0.092 0.029 0.088 0.013 0.012 0.571 0.509 0.097 0.123 0.763 0.821 6.347 1.521 0.084 0.077 0.174 0.312 0.251 0.306 0.291 0.213 0.333 0.595 0.085 0.168 0.067 0.141 0.418 0.490 8392 chr4 56622764 56630101 + 0 NA Intergenic Intergenic -59737 NM_001351575 644145 Hs.570825 NM_001351574 ENSG00000250821 EXOC1L - exocyst complex component 1 like protein-coding nan 0.806 0.838 0.108 0.307 1.435 0.136 0.414 1.138 0.121 0.942 0.034 0.042 2.460 0.225 2.617 0.350 0.332 0.051 0.051 0.038 0.300 0.257 1.307 0.076 0.059 0.060 0.250 0.159 0.056 0.272 0.228 0.473 0.099 0.634 0.299 0.015 0.045 0.048 0.021 0.050 0.025 0.043 0.060 0.062 0.258 0.541 0.044 0.040 0.062 0.225 0.152 0.025 1.307 0.132 0.023 1.017 0.057 0.258 0.054 0.170 0.287 0.032 0.024 0.007 0.368 0.454 0.462 0.383 1.130 0.892 0.339 0.130 0.723 0.707 6.567 5.203 1.724 1.388 6.143 5.957 0.223 0.293 0.930 1.428 0.554 1.449 2.303 1.706 1305 chr10 5353799 5359224 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL -43312 NR_149060 110806285 NR_149060 ENSG00000224034 LINC02561 - long intergenic non-protein coding RNA 2561 ncRNA 0.507 1.368 0.829 0.072 1.787 0.061 0.205 0.396 0.870 0.017 0.129 0.293 0.112 1.426 0.211 0.159 0.088 0.188 0.144 0.032 1.087 0.500 0.528 0.579 0.143 0.027 0.040 0.076 1.291 0.066 0.912 0.054 0.161 1.527 0.020 0.067 0.043 0.030 0.085 0.066 0.087 0.219 0.028 0.212 0.076 0.195 0.051 0.015 0.250 0.211 0.080 0.013 0.528 0.161 0.135 0.216 0.042 0.374 0.031 0.236 0.028 0.021 0.009 0.348 0.196 0.146 0.167 0.272 0.440 14.443 5.263 0.128 0.084 0.083 0.253 1.726 1.602 0.162 0.091 0.298 0.647 3.907 3.842 0.045 0.110 2.499 1.324 961 chr1 186526708 186549497 + 0 NA Intergenic Intergenic -107862 NM_002597 5132 Hs.654381 NM_002597 ENSG00000116703 PDC MEKA|PHD|PhLOP|PhLP phosducin protein-coding nan nan 1.050 1.086 0.089 0.014 0.093 0.120 0.181 0.013 0.204 0.288 0.095 0.013 0.097 0.328 0.733 0.171 0.353 0.217 0.033 0.209 0.127 0.052 0.562 0.308 0.010 1.038 0.847 0.908 2.112 7.527 0.520 0.707 0.105 0.008 0.067 0.133 0.052 0.014 0.044 0.032 0.041 0.841 0.177 0.083 0.090 0.432 0.016 0.063 2.250 0.328 0.539 0.056 0.052 1.392 0.599 0.009 0.026 0.089 0.066 0.117 0.157 0.106 0.008 0.011 0.497 0.315 0.410 0.821 0.401 nan 0.147 0.077 nan 0.491 0.348 0.543 0.289 0.293 0.329 0.178 0.275 0.415 0.093 0.091 0.412 nan 0.505 0.567 8246 chr4 6987061 7007772 + 0 NA intron (NM_001113361, intron 4 of 13) AluSc8|SINE|Alu 8181 NM_001286805 57533 Hs.518611 NM_020773 ENSG00000132405 TBC1D14 - TBC1 domain family member 14 protein-coding 0.992 0.754 nan 0.632 1.119 0.394 2.475 0.062 0.365 0.514 0.845 0.375 0.188 0.160 1.082 0.418 0.438 0.157 1.652 0.687 0.249 0.127 0.531 0.365 0.563 0.897 0.572 0.584 0.766 0.567 0.822 1.192 0.462 1.251 0.489 0.221 0.050 0.413 0.068 0.519 0.379 1.401 0.885 0.482 0.804 0.520 0.797 0.757 0.520 1.127 0.239 0.402 0.418 2.030 0.558 0.563 1.045 0.306 0.145 0.475 0.211 0.561 0.566 0.339 0.260 0.341 0.205 1.840 1.624 3.205 7.776 0.788 0.831 nan 0.539 1.374 1.435 0.396 0.745 1.050 1.653 1.396 1.406 0.877 1.442 0.306 0.411 0.782 1.026 nan 0.860 4539 chr17 1586852 1589290 + 0 NA intron (NM_006445, intron 1 of 42) CpG 105 NM_006445 10594 Hs.181368 NM_006445 ENSG00000174231 PRPF8 HPRP8|PRP8|PRPC8|RP13|SNRNP220 pre-mRNA processing factor 8 protein-coding 3.736 2.453 2.570 1.959 4.266 2.609 2.477 3.885 7.750 1.249 3.083 2.768 1.457 1.316 3.700 8.809 1.543 0.794 2.453 1.165 3.412 1.818 1.835 1.055 5.958 2.154 2.437 1.275 2.063 0.952 4.599 5.663 5.114 8.721 0.984 4.059 0.707 2.659 0.082 1.061 2.827 6.356 3.363 1.431 1.963 2.817 4.874 3.033 5.948 4.136 1.517 2.040 8.809 3.161 4.175 5.958 2.109 1.701 5.657 5.419 3.917 3.243 2.236 2.872 2.008 3.326 2.602 10.702 9.933 5.989 7.903 8.776 10.069 6.381 4.088 11.218 11.502 3.376 4.352 5.279 7.272 7.592 9.481 5.005 8.085 2.207 2.602 4.802 6.720 2.337 1.187 11885 chrGL000202.1 1 22398 + 0 NA NA NA NA NA 6378 chr2 137579339 137602281 + 0 NA intron (NM_001316349, intron 1 of 27) AluYk4|SINE|Alu 67678 NM_001316349 80731 Hs.68533 NM_001080427 ENSG00000144229 THSD7B - thrombospondin type 1 domain containing 7B protein-coding nan 3.875 6.408 0.052 0.088 0.046 0.059 0.098 0.200 0.013 0.071 0.024 0.016 0.157 0.093 0.126 0.081 0.035 0.051 0.033 0.018 0.068 0.118 0.062 0.003 0.009 0.010 0.049 0.046 0.047 0.092 0.282 0.019 0.057 6.135 0.038 0.091 0.016 0.059 0.049 0.016 0.007 0.019 0.024 0.054 0.109 0.032 0.022 0.014 0.020 0.126 0.053 0.028 0.062 0.040 0.441 0.022 0.036 0.024 0.031 0.333 0.020 0.013 0.002 0.290 0.173 0.138 0.183 0.364 0.483 0.121 0.058 0.133 0.112 0.642 0.865 0.294 nan 1.917 1.688 0.135 0.203 20.039 19.791 0.406 0.727 0.349 0.415 2686 chr12 53489660 53494885 + 0 NA intron (NM_002178, intron 1 of 3) intron (NM_002178, intron 1 of 3) 836 NM_002178 3489 Hs.274313 NM_002178 ENSG00000167779 IGFBP6 IBP6 insulin like growth factor binding protein 6 protein-coding nan 1.250 0.789 2.264 0.419 0.989 5.416 0.368 0.826 0.201 5.852 3.213 0.012 1.703 0.202 0.767 0.455 0.185 1.637 1.521 0.266 0.133 0.421 0.614 1.263 2.452 3.241 0.521 3.255 2.336 1.587 2.187 0.338 3.024 4.000 6.154 0.018 0.685 0.059 3.111 0.046 8.443 3.129 1.457 2.456 0.361 3.766 9.149 4.783 2.294 1.679 0.793 0.767 0.777 13.203 1.263 0.669 0.379 0.131 2.907 1.259 3.124 0.189 0.049 4.949 6.872 7.451 nan 1.177 1.213 2.009 2.729 nan 1.675 0.417 0.688 0.676 0.658 nan 1.907 nan 0.768 0.630 0.516 0.655 0.386 0.326 0.190 0.725 1.370 0.902 10371 chr7 55566838 55584389 + 0 NA intron (NM_001284282, intron 2 of 4) ALINE|LINE|RTE 18960 NM_001321251 81552 Hs.488307 NM_030796 ENSG00000154978 VOPP1 ECOP|GASP|WBP1L2 VOPP1, WBP1/VOPP1 family member protein-coding nan 0.897 1.055 0.200 0.939 0.070 0.216 0.412 0.907 0.027 0.124 0.336 0.042 0.072 0.154 0.488 0.210 0.083 0.282 0.061 0.021 0.087 1.128 0.463 1.718 0.159 0.098 0.071 0.220 0.054 0.114 0.284 0.970 0.538 0.032 0.049 0.119 0.113 0.169 0.020 0.346 0.183 0.089 0.053 0.074 0.693 0.500 0.141 0.163 0.085 0.022 0.107 0.488 0.241 0.090 1.718 0.148 0.057 0.039 0.115 0.081 0.303 0.045 0.240 0.026 0.066 0.022 0.558 0.578 0.347 0.524 2.404 2.826 4.986 1.413 0.167 0.203 0.449 0.777 0.692 0.958 0.353 0.206 0.198 0.404 0.735 0.597 0.274 0.638 3.313 1.510 6803 chr20 3624992 3668206 + 0 NA Intergenic MER41A|LTR|ERV1 -2553 NM_145762 64096 Hs.302025 NM_022139 ENSG00000125861 GFRA4 - GDNF family receptor alpha 4 protein-coding 0.752 1.002 0.733 0.068 0.203 3.839 0.104 0.127 0.228 0.015 0.136 0.098 0.016 0.056 2.661 0.297 0.103 0.060 0.079 0.026 0.023 0.057 0.117 0.092 0.210 0.089 0.035 0.116 0.054 0.019 0.119 0.435 0.082 0.608 0.054 0.079 0.044 0.073 0.071 0.022 0.051 0.100 0.057 0.025 0.040 0.046 0.125 0.185 0.240 0.115 0.022 0.100 0.297 0.075 0.030 0.210 0.051 0.088 0.206 0.177 0.209 0.108 0.178 0.086 0.023 0.020 0.015 0.692 0.782 0.258 0.281 0.837 0.884 0.875 0.236 0.355 0.350 0.394 0.675 6.104 6.021 0.470 0.241 0.454 0.619 0.141 0.097 0.195 0.296 0.866 0.702 3234 chr13 84928606 84933509 + 0 NA intron (NR_046871, intron 3 of 6) MIRb|SINE|MIR 216320 NR_046871 100874128 Hs.578060 NR_046871 LINC00333 NCRNA00333 long intergenic non-protein coding RNA 333 ncRNA nan nan 0.496 0.030 0.019 0.029 0.126 0.187 0.020 0.032 0.057 0.050 0.038 0.018 0.297 0.122 0.065 0.043 0.012 0.097 0.042 0.193 0.029 0.014 0.014 0.044 0.082 0.039 0.232 0.059 0.032 0.091 0.081 0.151 0.024 0.015 0.020 0.020 0.017 0.040 0.297 0.038 0.193 0.033 0.041 0.020 0.242 0.075 0.033 0.011 1.117 0.528 9.332 1.684 0.329 0.436 0.595 0.170 5.974 6.160 0.046 0.194 0.314 0.334 0.375 0.193 0.349 0.708 0.086 0.111 0.179 0.248 0.166 0.134 6465 chr2 166647180 166651864 + 0 NA intron (NM_004482, intron 1 of 10) intron (NM_004482, intron 1 of 10) 1281 NM_004482 2591 Hs.170986 NM_004482 ENSG00000115339 GALNT3 GalNAc-T3|HFTC|HHS polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 3 protein-coding 1.372 4.711 nan 5.778 4.346 2.091 2.227 0.479 0.959 1.535 0.802 2.309 1.513 1.066 4.685 0.520 3.804 0.310 4.588 1.455 0.023 2.745 0.988 3.066 0.338 0.247 0.094 8.344 1.912 3.459 5.081 5.477 8.147 1.681 0.082 0.021 0.010 0.078 1.704 1.644 0.235 0.269 0.144 4.479 2.366 3.457 0.087 0.487 0.787 1.768 4.832 0.520 3.905 0.039 3.066 2.079 3.074 0.814 0.646 0.011 0.674 1.702 0.184 3.227 0.012 4.071 5.037 3.177 5.083 2.393 1.959 7.483 2.674 9.512 10.321 0.326 0.505 3.029 4.400 0.768 0.938 2.098 5.571 0.063 0.329 0.598 1.720 1.082 5365 chr18 55404652 55425846 + 0 NA intron (NM_005603, intron 1 of 27) intron (NM_005603, intron 1 of 27) 55298 NM_005603 5205 Hs.216623 NM_005603 ENSG00000081923 ATP8B1 ATPIC|BRIC|FIC1|ICP1|PFIC|PFIC1 ATPase phospholipid transporting 8B1 protein-coding nan 1.216 1.127 0.515 0.567 0.090 0.404 1.291 2.171 0.134 0.368 0.712 0.012 0.415 0.800 1.131 0.293 0.114 0.175 0.054 0.198 0.035 0.598 0.343 1.550 0.289 0.141 0.177 0.128 0.257 0.289 1.244 0.203 0.848 0.125 0.144 0.929 0.031 0.085 0.116 0.272 0.105 0.026 0.026 0.425 0.158 0.685 0.257 1.776 0.140 0.594 0.706 1.131 0.081 0.070 1.550 0.440 0.249 0.055 0.058 0.647 0.283 0.930 0.104 0.413 0.011 0.007 0.611 0.653 0.907 1.556 0.768 0.834 6.278 3.882 1.131 1.137 0.236 0.378 1.753 1.893 0.339 0.192 0.655 1.265 3.662 4.365 0.232 0.465 nan 2.102 8802 chr5 18354406 18384220 + 0 NA Intergenic MER4A1|LTR|ERV1 561930 NR_134287 646241 Hs.407197 NR_134286 LINC02223 - long intergenic non-protein coding RNA 2223 ncRNA nan nan nan 0.077 0.218 0.020 0.114 0.119 0.160 0.019 0.081 0.034 0.004 0.051 0.057 0.119 0.127 0.205 0.248 0.064 0.036 4.673 0.132 0.192 0.060 0.012 0.029 0.030 0.097 0.031 0.136 0.245 0.138 nan 0.025 0.066 0.080 0.018 0.129 0.004 0.022 0.105 0.028 0.029 0.022 0.077 0.124 0.007 0.038 0.029 0.050 0.014 0.119 0.156 0.028 0.060 0.045 0.084 0.165 0.031 0.071 0.035 0.037 0.046 0.008 0.027 0.009 0.313 0.178 0.171 0.216 0.385 0.418 0.263 0.121 0.133 0.095 nan 2.203 0.296 0.261 0.850 0.475 0.078 0.145 0.175 0.215 0.122 nan 0.582 0.721 4916 chr17 62398181 62410826 + 0 NA intron (NM_000442, intron 1 of 1) intron (NM_000442, intron 1 of 1) 2580 NM_000442 5175 Hs.376675 NM_000442 ENSG00000261371 PECAM1 CD31|CD31/EndoCAM|GPIIA'|PECA1|PECAM-1|endoCAM platelet and endothelial cell adhesion molecule 1 protein-coding 1.263 nan 2.383 0.129 0.208 0.031 0.531 0.486 1.008 0.323 2.014 3.103 0.010 0.127 0.472 0.233 0.142 0.153 0.394 0.347 0.320 0.011 0.433 0.158 0.568 2.297 1.676 0.070 0.113 0.067 0.199 0.979 5.504 0.402 0.196 0.119 0.053 0.088 0.122 0.577 0.219 0.153 0.233 0.149 1.276 0.030 7.521 0.306 2.521 0.212 0.465 7.260 0.233 0.221 0.081 0.568 1.848 0.766 0.206 0.179 3.158 1.974 0.023 0.412 0.704 0.022 0.012 0.388 0.328 0.224 0.314 0.439 0.628 1.833 0.849 0.536 0.558 1.055 nan 0.715 0.820 1.270 1.291 0.232 0.241 0.176 0.234 0.727 1.986 1.778 1.023 5093 chr17 80622276 80638761 + 0 NA intron (NM_006822, intron 1 of 5) MSTC|LTR|ERVL-MaLR -4335 NR_039751 100616196 NR_039751 ENSG00000266107 MIR4525 - microRNA 4525 ncRNA 0.836 0.741 1.107 0.135 0.362 0.064 0.210 0.930 1.702 0.011 0.151 0.085 0.023 0.223 0.318 0.794 0.154 0.184 0.295 0.050 0.008 0.023 0.447 0.347 3.630 0.195 0.151 0.199 0.140 0.083 0.361 nan 0.282 1.133 0.098 0.182 0.033 0.086 0.103 0.007 0.184 0.184 0.053 0.043 0.066 0.023 0.052 0.285 0.365 0.169 0.133 0.348 0.794 0.376 0.034 3.630 0.073 0.105 0.066 0.217 0.530 0.114 0.078 0.098 0.033 0.025 0.015 0.726 nan 0.437 0.713 nan 1.621 1.364 0.358 0.490 0.566 0.424 0.738 0.617 1.249 0.151 0.130 0.460 0.521 0.299 0.264 0.377 0.469 1.518 0.670 3928 chr15 42395909 42403079 + 0 NA Intergenic Intergenic -12742 NM_178034 283748 Hs.380225 NM_178034 ENSG00000159337 PLA2G4D cPLA2delta phospholipase A2 group IVD protein-coding 0.643 0.804 nan 0.070 0.215 0.256 0.229 0.356 0.596 0.039 0.085 0.117 0.048 0.070 0.319 0.164 0.127 0.173 0.146 0.105 0.026 0.039 0.134 0.201 0.567 0.329 0.083 0.042 0.076 0.103 0.244 1.797 0.259 1.063 0.061 0.130 0.027 0.071 0.049 0.133 0.059 0.025 0.022 0.472 0.175 0.107 0.293 0.068 0.060 0.066 0.213 0.164 0.156 0.104 0.567 0.616 0.023 0.378 0.066 0.112 0.163 0.124 0.052 0.044 0.016 0.021 0.589 0.892 8.226 4.919 0.450 0.627 1.301 0.264 0.757 0.847 0.173 nan 1.457 1.241 0.751 0.424 0.331 0.428 0.093 0.154 0.257 0.687 1.200 0.565 9769 chr6 74266106 74303147 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -53871 NM_001402 1915 Hs.535192 NM_001402 ENSG00000156508 EEF1A1 CCS-3|CCS3|EE1A1|EEF-1|EEF1A|EF-Tu|EF1A|GRAF-1EF|HNGC:16303|LENG7|PTI1|eEF1A-1 eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1 protein-coding nan nan 0.701 1.291 0.342 0.124 2.303 0.104 0.250 0.514 1.158 1.318 0.908 0.040 0.101 0.754 1.323 0.477 1.108 0.462 1.481 1.023 0.101 0.120 0.113 2.073 1.650 0.617 0.849 1.052 0.752 1.926 0.939 0.430 0.787 2.176 0.036 3.270 0.217 0.507 0.121 2.534 2.468 1.026 0.976 1.270 1.251 1.802 1.837 2.459 0.614 0.733 0.754 1.138 1.379 0.113 0.750 0.535 0.042 3.488 0.134 1.152 0.048 0.111 0.676 1.561 1.235 0.394 0.312 0.643 1.398 0.313 0.309 1.119 0.242 0.272 0.330 0.231 0.379 0.318 0.351 0.373 0.183 0.182 0.233 0.161 0.302 0.302 0.553 0.279 0.324 8870 chr5 39144851 39159187 + 0 NA intron (NM_001349333, intron 4 of 19) intron (NM_001349333, intron 4 of 19) 67689 NM_199335 2533 Hs.370503 NM_001465 ENSG00000082074 FYB1 ADAP|FYB|PRO0823|SLAP-130|SLAP130|THC3 FYN binding protein 1 protein-coding 0.623 1.037 nan 0.165 0.246 0.005 0.245 0.101 0.197 0.013 0.102 0.354 0.014 0.091 0.082 0.125 0.255 0.152 0.327 0.209 0.053 0.010 0.154 0.167 0.042 0.101 0.025 0.031 0.265 0.103 0.166 0.626 0.189 0.332 0.234 0.072 0.013 0.038 0.130 0.050 0.032 0.078 0.020 0.016 0.129 0.110 0.348 0.066 0.330 0.090 0.055 0.496 0.125 0.185 0.052 0.042 0.196 0.230 0.007 0.090 0.091 0.172 0.088 0.078 0.042 0.036 0.011 1.080 0.390 2.340 0.572 0.280 0.346 0.156 0.085 8.508 9.098 0.342 0.534 0.320 0.296 0.422 0.124 0.401 0.694 0.096 0.092 0.182 0.358 0.213 0.428 9951 chr6 137093470 137114713 + 0 NA intron (NM_005923, intron 1 of 29) intron (NM_005923, intron 1 of 29) -1094 NR_134635 101928429 Hs.672896 NR_134635 LOC101928429 - uncharacterized LOC101928429 ncRNA 1.382 1.912 1.864 1.425 1.147 0.347 0.972 0.317 0.674 1.575 0.404 0.686 0.121 0.259 0.324 0.642 0.814 0.122 1.993 0.728 1.156 0.078 0.390 0.296 0.629 0.840 0.562 0.192 1.463 0.303 1.886 4.287 2.647 2.244 0.633 0.467 0.243 0.572 0.136 0.334 0.490 1.302 0.310 0.249 1.053 0.650 4.209 0.288 0.765 2.006 0.305 1.269 0.642 1.979 1.180 0.629 0.685 0.476 0.114 1.619 0.819 0.524 0.135 0.209 0.358 0.073 0.077 0.622 0.613 1.298 1.831 0.891 0.759 nan 1.045 1.284 1.303 0.865 1.127 0.779 1.150 1.052 1.128 0.373 0.792 1.414 1.316 0.344 nan 0.965 0.490 10733 chr7 148928429 148938000 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -3528 NM_012256 7988 Hs.490510 NM_012256 ENSG00000170260 ZNF212 C2H2-150|ZNF182|ZNFC150 zinc finger protein 212 protein-coding 1.414 0.790 1.222 3.826 0.774 0.202 3.396 0.235 0.789 0.639 1.367 0.650 0.176 0.105 0.610 0.443 0.605 0.152 4.450 2.235 0.219 0.274 0.343 0.205 0.887 1.026 0.888 0.401 8.834 4.049 1.255 2.365 4.170 1.134 1.921 0.319 0.036 0.639 0.164 1.299 0.211 1.561 0.654 0.480 3.300 5.659 3.452 1.094 0.904 4.029 0.229 1.662 0.443 5.156 0.800 0.887 0.737 1.921 0.153 1.445 0.341 1.756 0.207 0.211 0.537 1.077 0.774 1.247 1.258 1.194 2.096 1.441 1.536 1.692 0.540 1.427 1.572 0.559 0.937 0.719 1.264 1.269 1.200 1.355 1.908 0.641 0.862 0.807 1.031 1.122 nan 6900 chr20 25010775 25026625 + 0 NA intron (NM_032501, intron 2 of 13) intron (NM_032501, intron 2 of 13) -5358 NM_001252676 84532 Hs.529353 NM_032501 ENSG00000154930 ACSS1 ACAS2L|ACECS1|AceCS2L acyl-CoA synthetase short chain family member 1 protein-coding 1.124 2.196 nan 0.076 0.138 0.562 0.143 0.108 0.191 0.024 0.089 0.123 0.168 0.038 0.067 0.219 0.415 0.141 0.127 0.036 0.071 0.026 0.099 0.067 0.168 0.179 0.069 0.083 0.081 0.013 0.121 0.539 0.448 1.080 0.047 0.091 0.042 0.069 0.098 0.029 0.040 0.087 0.060 0.015 0.041 0.096 0.280 0.154 0.221 0.041 0.159 0.152 0.219 0.118 0.093 0.168 0.077 0.184 0.195 0.098 0.090 0.110 0.676 0.141 0.068 0.029 0.007 3.871 6.659 3.026 4.838 0.449 0.497 0.758 0.228 0.308 0.346 0.253 0.475 1.779 1.708 1.295 1.179 1.579 1.817 0.195 0.209 0.274 0.377 0.488 0.491 4940 chr17 66080951 66099821 + 0 NA Intergenic Intergenic -7310 NR_027418 100499466 Hs.591212 NR_027418 LINC00674 - long intergenic non-protein coding RNA 674 ncRNA 1.303 nan 1.417 0.619 0.797 0.174 2.446 0.545 1.044 0.236 0.647 0.288 0.863 0.239 0.619 0.617 0.544 0.266 2.295 0.583 0.166 0.192 0.380 0.228 0.793 1.468 0.981 0.401 0.803 1.131 1.574 7.698 2.466 1.611 1.744 0.227 0.160 0.363 0.128 1.572 0.447 0.860 0.387 0.243 0.730 0.740 0.330 0.395 0.772 0.741 0.431 0.551 0.617 5.387 0.660 0.793 0.272 0.386 0.186 0.676 0.388 0.412 0.267 0.165 0.856 1.679 1.366 1.216 1.286 1.239 1.893 1.397 1.282 1.338 0.509 1.564 1.432 0.629 nan 1.537 2.164 1.327 1.010 0.618 1.055 0.634 0.636 0.498 0.744 0.844 0.645 477 chr1 81695608 81711800 + 0 NA Intergenic Intergenic 319683 NR_125943 101927434 Hs.130394 NR_125943 ENSG00000234953 LOC101927434 - uncharacterized LOC101927434 ncRNA 0.782 nan nan 0.167 0.113 0.024 0.097 0.189 0.266 0.006 0.155 0.074 0.034 0.067 0.099 0.131 0.161 0.110 0.141 0.036 0.024 0.026 0.214 0.121 0.089 0.021 0.009 0.071 0.026 0.090 0.160 0.083 1.004 0.027 0.067 0.012 5.526 0.215 0.022 0.109 0.091 0.026 0.019 0.027 0.034 0.108 0.080 0.021 0.077 0.020 0.075 0.131 0.070 0.022 0.089 0.053 0.031 0.006 0.032 0.307 0.015 0.061 0.082 0.005 0.022 0.022 0.356 0.211 0.528 0.577 0.621 0.603 2.055 0.630 0.257 0.230 0.530 0.767 1.081 1.171 0.387 0.163 0.128 0.241 0.036 0.081 0.362 0.714 0.504 0.530 7233 chr21 43428758 43443118 + 0 NA intron (NR_119384, intron 1 of 1) intron (NR_119384, intron 1 of 1) -5442 NM_001320729 49854 Hs.434947 NM_020727 ENSG00000173276 ZBTB21 ZNF295 zinc finger and BTB domain containing 21 protein-coding nan 2.501 6.870 0.793 2.078 2.860 0.357 0.837 1.749 0.525 1.024 0.480 0.431 0.598 4.376 1.900 0.918 0.134 1.006 0.211 0.703 0.526 1.079 0.561 2.498 0.401 0.615 0.763 0.788 0.249 1.683 2.805 1.708 10.428 0.234 0.508 1.124 0.680 0.085 0.231 0.858 0.917 0.703 0.370 0.486 0.399 0.883 0.699 0.935 1.619 0.768 0.828 1.900 2.014 1.755 2.498 0.519 1.250 0.964 1.822 1.176 0.741 1.263 0.825 0.228 0.509 0.380 2.992 4.408 1.838 3.075 2.999 2.646 nan 1.559 4.224 4.335 1.779 nan 3.555 5.544 2.740 3.565 1.960 3.301 4.140 4.300 2.225 2.371 2.667 1.790 6591 chr2 203239274 203244781 + 0 NA 5' UTR (NM_001204, exon 1 of 13) 5' UTR (NM_001204, exon 1 of 13) 977 NM_001204 659 Hs.471119 NM_001204 ENSG00000204217 BMPR2 BMPR-II|BMPR3|BMR2|BRK-3|POVD1|PPH1|T-ALK bone morphogenetic protein receptor type 2 protein-coding 7.518 5.366 4.980 4.479 4.945 6.077 4.469 2.709 4.719 1.784 4.391 3.373 2.395 1.639 3.588 2.783 2.854 0.291 5.369 1.822 5.927 2.738 2.853 1.424 5.905 3.229 3.832 2.654 4.308 2.248 4.796 6.103 3.581 12.950 2.017 3.137 1.068 4.539 0.140 3.447 3.204 5.694 4.692 2.095 3.825 2.139 2.809 5.269 5.075 5.411 2.285 1.978 2.783 4.025 5.169 5.905 1.015 2.411 1.730 5.404 3.421 4.142 3.112 4.274 5.965 4.266 2.535 3.296 4.944 4.824 6.487 9.113 8.550 7.148 3.064 11.576 12.011 4.372 5.486 7.165 13.851 9.208 11.008 2.937 8.198 5.174 4.458 11.459 12.071 3.363 1.846 1338 chr10 13740034 13761796 + 0 NA intron (NM_018027, intron 12 of 24) MIR|SINE|MIR -1348 NM_001318338 55691 Hs.330463 NM_018027 ENSG00000151474 FRMD4A CCAFCA|FRMD4|bA295P9.4 FERM domain containing 4A protein-coding nan 0.632 2.112 0.368 0.198 0.350 1.187 0.121 0.233 0.557 1.390 1.496 0.553 0.014 0.065 0.648 1.164 0.325 0.058 0.017 0.052 0.025 0.088 0.079 0.226 0.532 0.433 0.290 0.086 0.053 0.140 0.204 0.285 0.362 0.020 0.170 0.078 0.030 0.079 1.439 0.094 0.267 0.338 0.218 0.176 0.053 1.120 3.904 0.549 0.262 1.494 0.348 0.648 0.033 0.506 0.226 0.073 0.671 0.116 0.158 0.028 0.721 0.082 0.170 1.547 0.286 0.193 0.499 0.698 1.710 4.400 0.397 0.289 1.077 0.458 0.182 0.238 1.317 1.892 0.817 0.846 0.155 0.133 0.175 0.320 0.121 0.233 0.218 0.539 0.453 0.410 10105 chr7 764946 778245 + 0 NA intron (NM_017802, intron 2 of 12) intron (NM_017802, intron 2 of 12) -4282 NM_001164759 5575 Hs.520851 NM_002735 ENSG00000188191 PRKAR1B PRKAR1 protein kinase cAMP-dependent type I regulatory subunit beta protein-coding 2.093 1.327 3.313 1.084 2.370 1.182 1.215 0.444 0.581 0.423 1.262 1.904 0.151 0.747 0.500 1.220 0.315 0.180 1.169 0.370 0.460 0.585 1.193 0.579 2.066 0.850 0.956 0.965 1.805 0.363 1.062 nan 1.319 nan 0.482 1.282 0.126 1.154 0.209 0.400 0.424 1.828 0.921 0.463 0.808 0.562 1.326 0.721 0.777 1.232 1.086 0.737 1.220 1.171 1.737 2.066 0.873 0.707 0.766 2.804 2.808 1.379 0.202 0.445 0.319 0.355 0.256 2.210 1.645 0.899 nan 4.147 4.509 nan 0.703 3.826 3.914 1.130 1.703 nan 1.656 1.175 1.457 0.705 1.135 1.114 0.932 1.164 1.243 2.925 1.401 8973 chr5 69574316 69628893 + 0 NA intron (NR_027386, intron 3 of 5).2 intron (NR_027386, intron 3 of 5).2 -15600 NR_029426 11039 Hs.582500 NM_006780 SMA4 SMA3|b55C20.2 glucuronidase beta pseudogene pseudo 0.745 1.686 0.618 0.311 0.663 0.218 0.309 0.315 0.627 0.142 0.233 0.144 0.198 0.665 0.712 0.779 0.157 0.071 0.246 0.038 0.101 0.286 1.386 1.019 0.467 0.128 0.195 0.136 0.283 0.083 0.328 0.723 0.345 1.863 0.238 0.201 2.589 0.268 0.128 0.092 0.467 0.263 0.221 0.130 0.072 0.211 0.213 0.064 0.155 0.228 0.266 0.184 0.779 0.217 0.192 0.467 0.179 0.468 0.345 0.171 0.385 0.152 0.274 0.113 0.107 0.087 0.057 0.732 0.691 0.658 1.032 1.033 1.044 4.032 1.964 0.716 0.680 2.236 2.371 1.046 1.364 0.804 0.639 0.164 0.337 3.084 4.628 0.252 0.372 2.697 1.537 7416 chr22 38558466 38600236 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1435 NM_001349867 8398 Hs.170479 NM_003560 ENSG00000184381 PLA2G6 CaI-PLA2|GVI|INAD1|IPLA2-VIA|NBIA2|NBIA2A|NBIA2B|PARK14|PLA2|PNPLA9|iPLA2|iPLA2beta phospholipase A2 group VI protein-coding 1.619 nan 1.428 1.684 1.145 1.254 0.653 0.853 1.666 0.571 0.913 0.756 0.720 0.376 0.777 0.912 0.840 0.204 0.837 0.339 0.873 0.236 0.509 0.269 1.766 0.424 0.295 0.495 0.873 0.459 1.173 3.882 0.946 1.584 0.256 0.371 0.301 0.981 0.122 0.324 0.235 2.071 1.129 0.489 0.402 0.452 1.858 0.680 1.318 1.093 0.520 0.999 0.912 1.725 0.899 1.766 0.316 1.123 0.438 1.413 1.941 0.738 0.370 0.515 0.341 0.341 0.238 3.096 3.575 2.046 2.590 1.585 1.495 1.500 0.670 1.910 2.058 0.863 nan 2.839 3.339 nan 0.953 0.717 0.779 1.385 2.093 0.856 1.525 1.670 0.906 7974 chr3 168129795 168143409 + 0 NA intron (NR_021485, intron 3 of 15) intron (NR_021485, intron 3 of 15) -133040 NR_030294 693136 NR_030294 ENSG00000207717 MIR551B MIRN551B|mir-551b microRNA 551b ncRNA 0.953 1.057 0.728 0.568 0.103 0.024 0.740 0.047 0.192 0.161 0.069 0.191 0.578 0.037 0.013 0.164 0.202 0.047 0.373 0.207 0.060 0.160 0.230 0.079 0.005 0.011 0.043 0.436 0.404 0.659 1.515 6.233 0.137 0.451 0.035 0.028 0.039 0.094 0.134 0.047 0.031 0.033 0.145 0.090 0.199 0.096 0.030 0.062 0.040 0.041 0.164 0.369 0.027 0.079 0.036 0.037 0.044 0.017 0.015 0.012 0.059 0.264 0.017 0.017 0.007 0.292 0.136 0.202 0.622 0.320 0.380 0.584 0.279 0.177 0.186 0.544 0.890 nan 0.313 nan 0.297 0.088 0.185 0.139 0.217 0.424 0.922 0.487 0.425 3416 chr14 25508548 25520762 + 0 NA intron (NM_001304476, intron 1 of 6) intron (NM_001304476, intron 1 of 6) 3551 NM_001304477 29091 Hs.508958 NM_014178 ENSG00000168952 STXBP6 HSPC156|amisyn syntaxin binding protein 6 protein-coding nan 1.318 1.614 0.481 0.431 6.039 0.105 0.184 0.188 0.102 0.408 0.039 0.082 0.065 0.154 0.705 0.613 0.133 0.052 0.036 0.034 0.102 0.120 0.039 0.006 0.017 0.073 0.112 1.367 5.567 0.162 3.218 0.012 0.375 0.180 0.054 0.087 0.117 0.190 0.143 0.054 0.077 0.044 0.075 0.063 0.459 0.147 0.011 0.052 0.038 0.705 0.041 0.091 0.039 0.130 0.041 0.478 0.125 0.020 0.041 0.031 0.192 0.090 0.021 0.213 0.114 0.544 0.998 0.943 0.887 0.166 0.085 0.142 0.117 0.232 0.349 1.013 nan 0.724 0.704 0.124 0.201 0.695 1.018 0.103 0.153 0.606 0.601 5254 chr18 32922956 32928836 + 0 NA Intergenic Intergenic -1465 NM_001308123 7572 Hs.514802 NM_006965 ENSG00000172466 ZNF24 KOX17|RSG-A|ZNF191|ZSCAN3|Zfp191 zinc finger protein 24 protein-coding nan 3.548 2.798 1.494 5.553 4.144 0.680 1.817 3.520 0.377 1.497 1.325 1.188 2.845 3.062 5.115 0.985 0.167 0.559 0.291 0.844 1.696 1.460 0.434 4.318 0.541 0.770 1.095 0.603 0.251 1.724 2.253 1.147 8.272 0.645 1.053 0.993 1.548 0.050 0.484 1.670 1.253 1.764 0.690 0.760 0.469 1.226 1.219 1.351 1.898 0.832 1.444 5.115 1.175 0.455 4.318 0.833 0.381 0.657 1.511 2.348 0.672 0.893 0.715 0.631 0.607 0.443 4.382 4.390 3.608 5.011 5.739 5.708 7.563 5.082 3.845 3.873 1.360 2.123 nan 17.303 3.153 3.100 1.534 2.063 5.566 6.760 2.873 2.333 8.717 4.782 6963 chr20 35962853 35988106 + 0 NA intron (NM_198291, intron 1 of 13) intron (NM_198291, intron 1 of 13) 948 NM_198291 6714 Hs.195659 NM_005417 ENSG00000197122 SRC ASV|SRC1|THC6|c-SRC|p60-Src SRC proto-oncogene, non-receptor tyrosine kinase protein-coding 1.636 1.764 1.057 1.081 0.474 0.250 1.422 0.450 0.818 0.556 1.199 0.989 0.135 0.103 0.315 0.928 0.331 0.096 0.750 0.285 0.747 0.181 0.229 0.130 0.670 0.871 0.619 0.441 0.275 0.473 0.636 nan 0.384 0.877 0.268 1.137 0.031 0.477 0.106 0.201 0.307 0.357 0.561 0.327 0.541 0.715 0.490 0.431 4.269 0.836 0.150 1.281 0.928 0.791 0.853 0.670 0.848 0.465 0.069 1.343 0.233 0.384 0.321 0.298 0.419 0.162 0.093 1.039 1.735 0.475 0.768 1.281 nan 2.133 0.619 1.451 1.624 0.739 1.186 0.928 1.359 1.068 0.866 0.787 0.989 0.199 0.139 0.765 nan 0.466 0.387 9635 chr6 40960340 40972466 + 0 NA intron (NR_110873, intron 1 of 5) intron (NR_110873, intron 1 of 5) 24616 NR_110873 101929555 Hs.552555 NR_110873 LOC101929555 - uncharacterized LOC101929555 ncRNA 1.449 1.284 1.916 0.153 0.254 0.439 6.298 0.164 0.267 0.008 0.340 1.585 0.276 0.058 0.182 2.541 0.099 0.134 1.388 0.734 0.028 0.023 0.200 0.096 0.110 3.494 3.322 0.024 0.694 1.428 0.337 1.408 1.722 1.104 1.446 1.909 0.077 0.071 0.136 1.139 0.035 0.108 0.244 0.129 0.470 1.146 0.303 0.399 1.370 0.150 2.125 0.182 2.541 1.767 4.490 0.110 0.101 0.027 0.217 0.201 0.060 2.762 0.138 0.071 1.927 2.165 1.660 0.697 0.493 0.281 0.541 0.645 0.670 0.935 0.338 0.410 0.414 0.757 1.265 0.834 nan 0.466 0.263 0.405 0.502 0.432 0.498 0.327 0.338 0.694 0.744 3279 chr13 99123041 99165597 + 0 NA intron (NM_001032296, intron 2 of 10) L1M5|LINE|L1 30060 NM_003576 8428 Hs.508514 NM_003576 ENSG00000102572 STK24 HEL-S-95|MST3|MST3B|STE20|STK3 serine/threonine kinase 24 protein-coding 1.040 1.485 1.046 0.405 0.416 1.039 1.137 0.222 0.388 0.164 0.539 0.663 0.598 0.061 0.801 0.614 0.751 0.106 2.361 1.232 0.052 0.079 0.107 0.095 0.352 0.749 0.575 0.090 0.461 0.537 4.927 7.301 0.459 1.106 0.662 0.210 0.062 0.139 0.088 0.513 0.473 1.073 0.380 0.188 0.611 0.309 0.880 1.004 0.645 0.402 0.765 0.575 0.614 3.991 0.988 0.352 0.475 0.614 0.154 0.090 0.334 0.043 2.111 0.245 1.058 0.154 0.094 0.897 1.260 0.533 1.220 0.697 0.743 1.133 0.393 0.428 0.425 0.329 nan 1.007 1.310 0.635 0.541 1.574 2.655 0.442 0.665 0.784 nan 0.315 0.202 3377 chr13 114739960 114759166 + 0 NA intron (NM_001320822, intron 23 of 23) intron (NM_001320822, intron 23 of 23) 93891 NM_001320822 22821 Hs.593075 NM_007368 ENSG00000185989 RASA3 GAP1IP4BP|GAPIII RAS p21 protein activator 3 protein-coding 0.656 nan 0.642 0.034 0.735 5.119 0.452 0.142 0.189 0.035 0.290 0.047 0.045 0.016 1.337 1.028 0.137 0.036 0.250 0.109 0.025 0.015 0.292 0.181 0.100 0.268 0.218 0.031 0.028 0.042 0.142 0.368 0.029 1.982 0.081 0.075 0.099 0.039 0.049 0.012 0.041 0.452 0.138 0.089 0.078 0.045 0.406 0.208 0.136 0.071 0.106 0.100 1.028 0.369 0.041 0.100 0.225 0.103 0.123 0.121 0.523 0.443 0.132 0.045 0.107 0.168 0.076 0.528 0.641 0.211 0.292 0.841 0.785 1.493 0.387 0.165 0.180 0.059 0.160 1.634 1.775 0.294 0.242 0.365 0.365 0.452 0.352 0.178 0.273 0.242 0.200 1076 chr1 207469190 207497530 + 0 NA Intergenic Intergenic -11457 NM_000574 1604 Hs.126517 NM_000574 ENSG00000196352 CD55 CHAPLE|CR|CROM|DAF|TC CD55 molecule (Cromer blood group) protein-coding 1.267 2.303 1.125 0.909 0.444 0.047 1.391 0.283 0.617 0.513 0.557 1.021 0.729 0.085 0.541 0.638 0.557 0.120 1.492 0.668 0.178 0.309 0.449 0.281 0.384 1.423 0.938 0.424 1.755 1.210 2.909 5.953 3.697 1.075 0.599 1.978 0.017 0.138 0.132 0.393 0.214 0.612 0.469 0.281 2.182 0.562 0.638 0.621 1.180 0.269 1.061 1.624 0.638 1.878 0.701 0.384 1.341 1.763 0.147 0.532 0.200 0.368 0.217 0.547 0.198 0.445 0.370 0.980 1.085 1.701 4.208 1.406 1.350 0.222 0.089 nan nan 0.240 0.522 0.854 1.687 0.802 0.726 0.375 0.664 0.099 0.158 1.129 1.931 0.860 0.751 766 chr1 155209661 155215849 + 0 NA intron (NM_001005741, intron 1 of 11) MIRb|SINE|MIR -1686 NM_000157 2629 Hs.282997 NM_000157 ENSG00000177628 GBA GBA1|GCB|GLUC glucosylceramidase beta protein-coding 4.711 nan 3.814 1.903 3.400 3.759 2.587 1.802 3.586 0.528 2.857 2.002 0.601 1.848 6.482 3.345 3.579 1.355 3.093 1.599 3.508 2.990 0.921 0.559 3.787 2.453 2.062 1.254 2.657 1.564 0.859 3.732 1.682 15.370 1.501 3.886 1.035 3.083 0.259 2.644 2.918 2.530 2.311 1.098 1.892 1.154 2.123 2.244 2.387 3.642 8.726 1.650 3.345 2.588 4.058 3.787 1.045 1.517 1.440 7.062 4.523 2.746 1.700 2.564 1.432 1.889 1.227 4.372 4.256 4.136 5.812 7.039 nan 7.430 2.978 2.180 2.381 5.355 6.504 5.315 8.161 4.951 4.595 3.521 4.471 4.256 5.000 6.169 8.552 2.691 1.426 449 chr1 68138361 68168143 + 0 NA intron (NM_001924, intron 3 of 3) intron (NM_001924, intron 3 of 3) 2392 NM_001924 1647 Hs.80409 NM_001924 ENSG00000116717 GADD45A DDIT1|GADD45 growth arrest and DNA damage inducible alpha protein-coding 3.175 1.656 nan 1.115 0.778 0.680 0.924 0.528 0.905 0.440 1.517 1.432 0.067 0.847 1.136 1.172 1.490 0.248 1.005 0.453 0.351 0.150 0.717 0.399 0.696 0.579 0.531 0.462 1.360 0.618 1.473 3.051 0.948 2.204 0.776 0.953 0.730 0.307 0.111 0.475 0.856 2.504 0.984 0.466 0.707 0.741 1.332 1.257 0.891 1.159 0.927 0.546 1.172 1.512 0.854 0.696 0.498 0.498 0.830 1.666 0.959 0.631 0.589 1.360 0.572 0.961 0.813 0.651 0.901 3.550 4.828 1.517 1.232 2.747 1.304 0.800 0.739 nan nan 2.352 nan 1.647 1.825 0.775 1.385 2.123 3.380 1.591 5.388 1.402 0.838 10178 chr7 13863204 13900185 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 144445 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.006 nan 0.170 0.188 0.039 0.477 0.367 0.856 0.108 0.171 0.453 0.020 0.210 0.209 0.691 1.587 0.158 0.198 0.112 0.087 0.011 2.959 1.305 0.643 0.551 0.162 0.042 0.323 0.133 0.261 0.813 0.571 0.947 0.126 1.584 0.459 0.071 0.147 0.692 0.183 0.249 0.078 0.042 0.146 0.095 0.091 0.268 0.044 0.149 0.327 0.053 0.691 0.081 0.315 0.643 0.080 0.043 0.108 0.102 0.487 0.269 0.036 0.053 0.330 0.023 0.023 nan 0.524 0.871 0.923 0.694 0.797 1.060 0.414 0.312 0.323 1.795 2.143 0.741 0.733 0.295 0.149 0.092 0.158 1.984 2.399 0.211 0.437 1.307 0.756 7524 chr3 14987498 14992430 + 0 NA promoter-TSS (NR_046252) promoter-TSS (NR_046252) -16 NR_046251 100505641 Hs.517821 NR_046251 ENSG00000225733 FGD5-AS1 - FGD5 antisense RNA 1 ncRNA nan 4.312 4.412 3.487 4.388 4.470 2.069 2.045 3.848 1.895 4.208 2.582 1.836 2.647 3.898 3.186 3.370 0.588 3.456 0.615 3.988 2.612 1.812 1.065 4.296 1.822 2.392 1.639 4.953 1.436 4.774 6.397 2.718 9.696 1.069 2.758 1.388 4.062 0.120 1.139 3.172 5.729 6.080 2.843 1.102 1.838 2.522 3.628 6.140 5.117 1.798 2.034 3.186 4.915 3.196 4.296 1.294 1.813 0.850 5.310 3.333 2.839 2.292 2.035 3.543 2.429 1.654 5.780 4.374 8.002 10.311 8.728 8.495 6.143 3.842 15.125 15.749 2.963 3.380 9.381 14.631 8.697 8.232 6.670 7.610 4.366 5.455 5.176 4.322 2.763 1.195 1574 chr10 88087936 88102341 + 0 NA intron (NM_017551, intron 2 of 15) MER103C|DNA|hAT-Charlie 31112 NM_017551 2894 Hs.530653 NM_017551 ENSG00000182771 GRID1 GluD1 glutamate ionotropic receptor delta type subunit 1 protein-coding 0.628 0.612 0.597 0.067 0.015 0.514 0.088 3.128 6.057 0.013 0.085 0.077 0.009 0.029 0.518 0.223 0.047 0.090 0.095 0.039 0.018 0.038 0.454 0.259 0.706 0.078 0.049 0.112 0.062 0.015 0.111 0.168 0.044 0.981 0.030 0.086 0.852 0.023 0.055 0.059 0.096 0.034 0.022 0.007 0.022 0.047 0.107 0.215 0.024 0.005 0.056 0.223 0.094 0.050 0.706 0.051 0.034 0.074 0.061 0.028 0.066 0.027 0.079 0.037 0.004 0.018 0.376 0.343 0.191 0.280 0.608 0.550 2.891 1.230 0.078 0.104 0.244 0.309 0.345 0.756 0.261 0.162 0.186 0.187 1.647 1.582 0.210 0.350 2.121 1.001 6536 chr2 185306309 185319531 + 0 NA Intergenic (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 69218 NR_039638 100616305 NR_039638 ENSG00000266808 MIR548AE1 - microRNA 548ae-1 ncRNA 0.986 1.033 1.029 0.054 0.147 0.038 0.037 0.123 0.313 0.007 0.136 0.042 0.005 0.021 0.061 0.125 0.175 0.121 0.048 0.043 0.062 0.012 0.155 0.121 0.082 0.016 0.045 0.047 0.008 0.031 0.037 0.022 0.254 0.052 0.022 0.033 0.080 0.009 0.709 0.077 0.029 0.160 0.030 0.031 0.011 0.012 0.020 0.125 0.016 0.028 0.082 0.019 0.063 0.146 0.013 0.031 0.012 0.074 2.322 0.023 0.039 0.433 0.511 0.290 0.425 0.239 0.308 0.457 0.139 0.444 0.355 nan 1.256 0.621 0.571 1.165 0.712 0.132 0.284 0.042 0.065 3.018 nan 0.354 0.349 1579 chr10 88851622 88856617 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330112) promoter-TSS (NM_001330112) -275 NM_001318900 2746 Hs.500409 NM_005271 ENSG00000148672 GLUD1 GDH|GDH1|GLUD glutamate dehydrogenase 1 protein-coding 3.854 1.927 4.311 2.975 1.450 0.867 4.456 1.394 2.432 1.603 5.423 2.415 1.374 0.830 1.884 1.321 1.795 0.424 4.146 1.127 2.303 3.861 1.239 0.693 2.416 1.972 2.475 3.123 4.998 2.170 4.609 6.557 2.446 4.662 1.563 2.596 0.496 3.203 0.100 0.899 1.089 6.626 4.757 2.346 2.755 1.539 3.357 2.881 5.736 4.750 2.452 4.501 1.321 7.931 6.415 2.416 2.152 3.224 0.721 3.601 1.381 3.769 1.169 1.879 2.452 3.046 2.285 4.243 4.769 3.300 5.358 3.081 1.990 6.101 2.656 4.349 3.635 2.292 3.031 3.285 7.124 2.557 3.866 1.140 2.692 2.359 2.203 5.208 5.603 1.560 1.148 7438 chr22 40985076 41004267 + 0 NA intron (NM_001282662, intron 1 of 14) intron (NM_001282662, intron 1 of 14) 38052 NM_001282662 57591 Hs.654688 NM_020831 ENSG00000196588 MKL1 BSAC|MAL|MKL|MRTF-A megakaryoblastic leukemia (translocation) 1 protein-coding 0.970 nan 0.921 1.471 0.083 0.020 0.222 0.100 0.345 1.743 0.430 0.642 1.959 0.016 0.069 0.127 0.674 0.240 0.247 0.079 0.605 0.022 0.116 0.129 0.223 0.242 0.084 0.134 0.165 0.049 0.199 0.471 0.153 0.274 0.085 0.187 0.054 0.108 0.165 0.043 0.092 0.266 0.053 0.037 0.073 0.117 0.541 0.152 0.328 0.140 0.054 0.320 0.127 0.196 0.917 0.223 0.115 0.276 0.040 0.076 0.070 0.503 0.189 0.572 0.175 0.048 0.016 0.353 0.356 0.532 1.075 0.427 0.470 0.645 0.239 0.248 0.230 0.962 nan 0.372 0.495 nan 0.291 0.242 0.354 0.162 0.177 0.410 1.307 0.210 0.152 9795 chr6 88405716 88447302 + 0 NA Intergenic Charlie1b|DNA|hAT-Charlie -14524 NM_018064 55122 Hs.485915 NM_018064 ENSG00000135334 AKIRIN2 C6orf166|FBI1|dJ486L4.2 akirin 2 protein-coding 1.463 1.218 nan 0.547 1.115 0.365 1.356 0.489 0.919 1.212 0.919 2.143 0.283 0.133 0.591 0.767 0.959 0.248 0.794 0.455 0.926 0.397 0.332 0.242 1.057 1.292 0.886 0.191 0.723 0.236 1.740 3.242 1.297 2.227 0.532 5.387 0.238 0.450 0.129 0.326 0.570 0.843 0.562 0.349 0.826 0.536 0.750 1.176 0.899 0.961 0.764 1.362 0.767 1.133 1.083 1.057 0.717 0.314 0.266 0.569 0.566 0.532 0.311 0.359 0.658 0.384 0.226 1.056 1.085 1.255 2.131 1.210 1.244 1.754 0.513 1.765 1.857 0.769 0.988 0.922 1.320 1.425 1.316 0.483 1.013 0.999 1.347 0.735 1.235 0.621 0.471 11471 chr9 15550180 15555170 + 0 NA promoter-TSS (NM_001348002) promoter-TSS (NM_001348002) -330 NM_173550 203238 Hs.17267 NM_173550 ENSG00000164989 CCDC171 C9orf93|bA536D16.1|bA778P13.1 coiled-coil domain containing 171 protein-coding nan nan 2.440 1.097 3.406 3.469 0.949 2.637 5.093 0.362 0.579 0.638 0.185 0.121 2.820 3.656 1.075 0.313 1.163 0.456 0.477 2.495 1.621 1.463 3.673 0.568 0.552 0.251 0.604 0.170 0.679 0.752 1.295 9.787 0.764 0.799 1.465 2.283 0.113 0.189 2.697 0.740 0.842 0.345 0.481 0.472 0.733 1.186 1.256 2.078 0.727 0.134 3.656 1.174 1.416 3.673 0.293 0.363 0.894 1.140 2.079 0.463 2.355 1.194 0.746 1.004 0.479 0.776 1.473 1.963 2.668 8.230 5.901 7.112 2.359 3.275 3.011 2.389 3.225 4.064 6.154 3.497 3.815 2.327 2.977 7.854 5.907 1.875 2.798 7.341 3.782 6254 chr2 96548295 96589633 + 0 NA intron (NM_001310154, intron 53 of 88) intron (NM_001310154, intron 53 of 88) -76235 NR_103734 150759 Hs.503463 NR_103734 LINC00342 NCRNA00342 long intergenic non-protein coding RNA 342 ncRNA 0.826 2.222 0.831 0.171 0.061 0.056 0.333 0.127 0.315 0.016 0.110 0.276 0.021 0.056 0.141 0.143 0.253 0.101 0.697 0.202 0.024 0.040 0.140 0.175 0.121 0.526 0.223 0.020 2.765 0.120 5.201 10.992 2.131 0.425 0.414 0.094 0.021 0.032 0.093 0.285 0.061 0.076 0.144 0.092 5.579 1.550 0.665 0.169 0.114 0.045 0.029 0.497 0.143 0.185 0.642 0.121 0.118 0.376 0.024 0.048 0.178 0.552 0.043 0.123 0.088 0.031 0.006 0.562 0.452 0.430 1.675 0.299 0.382 0.359 0.172 0.333 0.268 0.446 0.627 0.202 0.231 0.316 0.151 0.180 0.244 0.096 0.159 0.299 0.617 0.479 0.306 4484 chr16 85202722 85209542 + 0 NA Intergenic Intergenic 35376 NR_033984 400548 Hs.592054 NR_033984 ENSG00000278214 LINC02139 - long intergenic non-protein coding RNA 2139 ncRNA nan 0.691 4.335 0.063 0.318 0.795 1.481 0.330 0.552 0.041 3.171 1.620 0.395 0.248 1.864 0.528 0.047 0.733 0.471 0.211 0.122 0.209 0.060 2.313 0.825 0.409 1.699 0.146 1.080 0.394 0.858 0.072 1.532 0.394 0.262 0.527 0.037 0.174 0.395 5.975 7.012 2.889 1.181 0.186 0.723 0.985 1.206 2.765 0.138 0.905 1.864 0.747 1.465 2.313 0.269 0.167 0.836 2.190 1.789 2.152 0.146 0.251 0.746 0.490 0.283 1.027 1.611 0.203 0.336 1.027 0.801 0.746 0.266 0.204 0.285 1.147 1.812 0.922 0.952 2.837 3.211 0.451 0.587 0.659 0.638 0.755 1.351 1.148 0.604 11231 chr8 118945782 118970755 + 0 NA intron (NM_000127, intron 1 of 10) AluSq2|SINE|Alu -25116 NR_145799 109623457 NR_145799 SNORD168 - small nucleolar RNA, C/D box 168 snoRNA nan nan 1.350 0.690 0.285 0.287 0.568 0.289 0.514 0.829 1.590 0.934 0.082 0.068 0.127 0.298 2.565 0.309 0.476 0.319 0.468 0.033 0.082 0.142 0.067 1.103 0.539 0.658 0.130 0.171 0.145 0.531 0.162 0.829 0.150 1.025 0.091 0.130 0.076 0.179 0.091 1.716 5.570 2.469 1.217 0.096 0.278 1.020 1.001 0.426 0.246 0.446 0.298 0.194 0.083 0.067 0.167 0.146 0.062 0.328 0.065 0.339 0.051 0.361 0.542 3.460 2.126 0.346 0.294 0.636 2.139 0.674 0.671 nan 0.107 0.776 nan 0.606 nan 0.297 0.336 0.451 0.269 0.227 0.288 0.335 0.409 0.564 1.425 0.869 0.709 2989 chr12 118568587 118575515 + 0 NA Intergenic Intergenic -1638 NM_002567 5037 Hs.433863 NM_002567 ENSG00000089220 PEBP1 HCNP|HCNPpp|HEL-210|HEL-S-34|HEL-S-96|PBP|PEBP|PEBP-1|RKIP phosphatidylethanolamine binding protein 1 protein-coding nan nan 1.802 1.998 2.004 2.943 1.565 0.801 1.871 0.914 1.516 1.049 1.051 0.445 1.362 1.799 0.625 0.326 1.180 0.246 0.045 0.559 1.314 0.742 6.258 1.195 1.210 1.045 0.962 0.562 0.185 0.666 0.615 2.256 0.674 1.469 0.342 1.229 0.171 0.475 0.537 0.438 1.340 1.023 1.081 0.432 1.942 1.505 2.500 2.402 2.386 2.367 1.799 1.356 1.497 6.258 1.149 0.740 0.655 1.511 1.528 1.069 0.542 0.692 0.293 0.878 0.736 2.097 2.131 2.854 4.530 nan nan nan 1.309 3.209 3.288 1.733 2.537 nan 8.182 2.346 2.774 1.553 2.998 2.295 2.166 2.652 3.308 nan 1.780 2833 chr12 85076676 85141603 + 0 NA Intergenic Intergenic 197469 NM_018057 55117 Hs.44424 NM_018057 ENSG00000072041 SLC6A15 NTT73|SBAT1|V7-3|hv7-3 solute carrier family 6 member 15 protein-coding 0.772 0.791 0.618 0.112 0.104 0.027 0.028 0.397 0.749 0.007 0.060 0.044 0.665 0.037 0.079 0.126 0.227 0.145 0.062 0.012 0.023 0.310 0.110 0.187 0.164 0.004 0.007 0.005 0.114 0.052 0.066 0.048 0.616 0.258 0.053 0.077 0.223 0.049 0.105 0.016 0.048 0.030 0.006 0.006 0.023 0.017 0.093 0.094 0.031 0.048 0.030 0.034 0.126 0.040 0.016 0.164 0.034 0.043 0.027 0.033 0.044 0.035 0.294 0.105 0.015 0.025 0.005 0.302 0.217 0.451 0.444 0.381 0.489 0.776 0.310 0.288 0.252 7.656 7.683 0.327 0.291 0.384 0.160 0.358 0.420 1.410 1.327 0.278 0.456 0.757 0.578 8356 chr4 47074098 47093017 + 0 NA intron (NM_000812, intron 3 of 8) intron (NM_000812, intron 3 of 8) 50262 NM_000812 2560 Hs.27283 NM_000812 ENSG00000163288 GABRB1 EIEE45 gamma-aminobutyric acid type A receptor beta1 subunit protein-coding 0.934 nan nan 0.336 0.112 0.015 0.135 0.094 0.180 0.015 0.068 0.438 0.019 0.032 0.047 0.087 0.075 0.047 0.642 0.438 0.045 0.007 0.239 0.190 0.070 0.004 0.015 0.012 0.159 0.065 0.755 1.092 0.083 0.153 0.717 0.034 0.010 0.023 0.092 0.119 0.084 0.070 0.019 0.008 0.194 0.016 0.077 0.248 0.030 0.049 0.137 0.014 0.087 0.084 0.034 0.070 0.226 0.018 0.257 0.046 0.054 0.188 0.031 1.959 0.068 0.018 0.016 0.438 0.346 0.171 0.249 0.137 0.179 0.132 0.093 0.236 0.239 1.382 1.529 0.179 0.208 2.310 2.749 0.125 0.227 0.035 0.083 1.971 5.595 0.385 0.383 3914 chr15 40329919 40418274 + 0 NA Intergenic Intergenic 24191 NM_001003942 90427 Hs.591104 NM_033503 ENSG00000104081 BMF - Bcl2 modifying factor protein-coding 1.276 1.037 nan 0.367 1.253 3.056 1.509 0.456 0.815 0.599 0.542 2.273 0.289 0.476 1.862 2.236 0.862 0.178 1.216 0.788 0.369 0.089 1.348 0.734 3.339 1.582 1.267 0.191 0.600 0.580 5.652 12.127 2.954 3.470 0.989 0.400 0.272 0.283 0.084 1.008 0.994 0.566 0.354 0.215 1.577 1.695 0.939 0.984 0.662 1.070 0.172 0.963 2.236 1.336 0.363 3.339 0.647 0.664 0.477 0.369 1.070 0.420 2.392 0.381 0.848 0.109 0.072 1.842 2.480 2.339 5.471 2.546 2.654 1.760 0.608 1.258 1.375 0.979 nan 4.054 4.191 1.457 1.159 2.040 3.033 0.959 1.143 0.736 1.509 2.112 1.042 7265 chr21 45987978 46003996 + 0 NA TTS (NM_198687) TTS (NM_198687) 2381 NM_198687 386672 Hs.567901 NM_198687 ENSG00000215454 KRTAP10-4 KAP10.4|KAP18-4|KRTAP10.4|KRTAP18-4|KRTAP18.4 keratin associated protein 10-4 protein-coding nan 0.665 5.230 0.018 0.374 0.187 0.083 0.160 0.288 0.053 0.029 0.016 0.069 0.307 0.403 0.051 0.081 0.066 0.012 0.012 0.026 0.309 0.237 0.224 0.022 0.004 0.023 0.067 0.013 0.064 0.238 0.054 0.883 0.018 0.034 0.304 0.041 0.046 0.045 0.149 0.019 0.029 0.020 0.009 0.032 0.126 0.066 0.062 0.015 0.037 0.403 0.107 0.035 0.224 0.023 0.113 0.215 0.080 2.748 0.024 0.049 0.061 0.019 0.018 0.003 0.262 0.118 0.127 0.267 0.405 0.468 nan 0.321 0.139 0.158 0.131 nan 0.249 0.438 0.890 1.462 0.220 0.229 2.021 1.428 0.120 0.134 2.087 1.277 9456 chr6 15904377 15912867 + 0 NA Intergenic Intergenic -220695 NM_013262 29116 Hs.484738 NM_013262 ENSG00000007944 MYLIP IDOL|MIR myosin regulatory light chain interacting protein protein-coding 1.155 nan 3.047 0.068 3.475 0.137 0.025 0.433 0.778 0.041 0.033 0.007 0.048 0.179 0.281 0.116 0.057 0.233 0.089 0.052 0.049 0.055 0.109 9.763 0.016 0.009 0.089 0.568 2.563 0.956 1.374 0.052 0.082 0.034 0.051 0.062 0.085 2.947 0.130 0.022 0.027 0.013 0.054 0.056 0.094 0.010 0.059 0.083 0.493 0.281 0.276 0.033 9.763 0.202 0.750 0.068 0.054 0.068 0.045 1.506 0.234 0.027 0.027 0.012 3.613 3.011 1.001 2.547 4.102 3.157 2.374 1.068 1.281 1.491 0.370 0.432 3.929 5.070 0.610 0.506 1.442 2.661 0.155 0.078 0.447 1.129 0.546 0.505 3692 chr14 75076851 75089046 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -3914 NM_000428 4053 Hs.512776 NM_000428 ENSG00000119681 LTBP2 C14orf141|GLC3D|LTBP3|MSPKA|MSTP031|WMS3 latent transforming growth factor beta binding protein 2 protein-coding 1.968 1.330 1.877 2.765 0.507 0.878 3.580 0.106 0.249 0.562 1.963 3.068 0.161 0.025 0.354 0.646 1.094 0.313 1.407 1.399 2.461 0.023 0.153 0.083 0.151 3.862 3.010 0.170 2.740 3.277 1.323 3.860 1.298 1.099 2.566 0.722 0.078 0.472 0.106 3.712 0.179 6.294 1.562 0.780 1.310 0.710 6.169 11.511 1.580 7.612 0.136 1.349 0.646 0.670 1.598 0.151 0.511 0.312 0.150 2.674 0.100 1.755 0.082 1.682 5.211 7.575 5.743 0.314 0.299 0.479 0.939 0.678 0.654 0.889 0.320 0.817 1.100 0.398 0.657 0.621 nan 1.371 1.108 0.358 0.566 0.465 0.487 1.438 2.349 0.734 nan 8065 chr3 178750109 178756619 + 0 NA intron (NM_152240, intron 3 of 6) L2a|LINE|L2 36292 NM_152240 64393 Hs.371609 NM_022470 ENSG00000172667 ZMAT3 PAG608|WIG-1|WIG1 zinc finger matrin-type 3 protein-coding 1.053 1.304 0.712 0.190 0.177 0.034 2.227 0.221 0.442 0.909 0.059 0.071 7.822 0.046 0.980 0.196 0.142 0.173 0.551 0.408 0.019 0.082 0.171 0.171 0.111 2.826 1.474 3.364 0.991 1.117 0.408 1.610 0.806 0.483 0.112 0.094 0.029 0.050 0.059 0.669 1.315 0.908 0.610 1.119 0.708 0.045 0.287 0.090 0.122 0.023 0.077 0.196 1.558 0.215 0.111 0.280 0.208 0.088 0.189 0.031 0.667 0.016 0.245 0.046 0.035 0.015 0.221 0.345 0.259 0.523 0.381 0.278 0.455 0.181 0.213 0.239 0.460 0.593 0.440 0.416 1.335 1.790 0.159 0.193 0.109 0.138 0.687 1.242 0.223 0.324 5770 chr19 48861213 48883167 + 0 NA intron (NM_012451, intron 2 of 4) MIRb|SINE|MIR 4539 NM_012451 23546 Hs.408333 NM_012451 ENSG00000105467 SYNGR4 - synaptogyrin 4 protein-coding 2.060 1.277 2.294 0.788 0.685 1.543 1.273 1.146 2.273 0.319 0.830 0.663 0.150 0.411 3.104 1.221 0.386 0.228 0.711 0.327 0.688 0.240 0.463 0.218 1.094 0.704 0.601 0.258 1.244 0.531 0.388 nan 0.960 1.622 0.502 0.553 0.689 0.736 0.128 0.227 0.661 0.982 0.329 0.203 0.936 0.230 0.732 0.382 1.593 0.719 0.885 0.677 1.221 0.772 0.580 1.094 0.395 0.404 1.819 0.967 0.897 0.467 0.454 1.163 0.366 0.357 0.184 0.972 1.026 1.027 1.466 2.285 2.062 4.342 1.286 2.173 2.408 3.244 3.823 1.818 2.738 4.120 3.465 0.757 0.843 2.532 2.952 1.641 4.444 2.118 0.908 5406 chr18 64561049 64581007 + 0 NA Intergenic Intergenic -177793 NR_049809 100847002 NR_049809 ENSG00000263354 MIR5011 - microRNA 5011 ncRNA 0.937 0.964 0.723 0.090 0.768 0.031 0.109 0.130 0.256 0.005 0.066 0.050 0.016 0.080 0.129 0.255 0.045 0.032 0.138 0.050 0.019 0.021 0.260 0.276 0.030 0.005 0.011 0.004 0.027 0.032 0.053 0.133 0.081 1.185 0.010 0.057 0.921 0.027 0.083 0.018 0.059 0.046 0.012 0.008 0.018 0.070 0.149 0.070 0.012 0.018 0.012 0.017 0.255 0.084 0.023 0.030 0.008 0.093 0.012 0.138 0.044 0.040 0.037 0.015 0.009 0.003 0.377 0.222 0.149 0.267 0.513 0.554 3.681 1.297 0.443 nan 0.357 nan 2.279 2.189 0.711 0.607 0.092 0.217 4.533 4.396 0.316 0.499 1.044 0.797 3726 chr14 79185951 79192167 + 0 NA intron (NM_004796, intron 5 of 16) L2b|LINE|L2 318985 NM_004796 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 0.796 3.441 0.046 0.066 2.799 0.016 0.942 1.762 0.025 0.030 0.177 4.439 0.308 0.105 0.040 0.001 0.021 0.022 0.980 0.370 0.621 0.012 0.002 0.120 0.063 0.053 0.104 0.723 0.042 0.054 0.147 0.113 0.130 0.038 0.166 0.090 0.014 0.049 0.062 0.064 0.065 0.068 0.013 0.106 0.308 0.046 0.621 0.019 0.039 0.016 0.055 0.066 0.013 0.080 0.237 0.037 0.019 0.008 0.355 0.199 0.115 0.154 4.598 3.503 3.040 1.179 0.244 0.283 0.259 0.575 2.201 2.391 0.801 0.573 0.077 0.212 1.351 0.834 0.220 0.426 6.186 3.600 10710 chr7 140013551 140018270 + 0 NA Intergenic Intergenic 82440 NM_001287498 84255 Hs.446021 NM_032295 ENSG00000157800 SLC37A3 - solute carrier family 37 member 3 protein-coding 1.124 1.190 1.130 0.854 0.188 0.473 1.596 0.101 0.320 1.175 0.297 0.177 0.013 0.062 0.132 0.110 0.331 0.357 3.105 2.009 0.053 0.058 0.131 0.125 0.288 1.992 1.455 0.046 2.132 0.763 0.634 2.331 1.531 0.658 0.966 0.057 0.020 0.137 0.120 0.426 0.078 0.158 0.243 0.232 7.120 1.273 0.326 0.910 0.379 0.152 2.969 3.343 0.110 1.484 0.825 0.288 0.596 1.958 0.113 0.123 0.065 1.990 0.146 0.182 0.964 0.037 0.107 0.474 0.318 0.403 0.469 0.322 0.615 0.547 0.211 0.498 0.548 0.512 0.834 0.248 0.378 0.404 0.240 0.354 0.420 0.144 0.096 0.368 1.133 1.351 nan 10698 chr7 139109766 139120684 + 0 NA Intergenic L1ME2|LINE|L1 -2953 NR_033999 100129148 Hs.744449 NR_033999 LOC100129148 - uncharacterized LOC100129148 ncRNA nan nan nan 0.317 0.458 2.765 0.435 0.205 0.542 0.272 0.142 0.211 5.304 0.063 1.659 0.190 0.206 0.266 0.947 0.260 0.058 0.050 0.215 0.128 0.446 0.279 0.167 0.165 0.188 0.126 0.907 3.468 3.222 1.534 0.214 0.191 0.041 0.219 0.194 0.087 0.152 0.136 0.080 0.050 0.050 0.816 0.477 0.246 0.226 0.321 0.094 0.373 0.190 2.426 0.110 0.446 0.157 0.794 0.108 0.271 0.046 0.223 0.090 0.502 0.042 0.037 0.019 0.338 0.364 0.551 1.443 0.373 0.571 nan 0.170 0.661 0.679 0.428 nan 1.240 1.059 nan 0.680 0.347 0.557 0.152 0.212 0.852 2.746 0.933 nan 10815 chr8 11653675 11666754 + 0 NA promoter-TSS (NM_001287748) promoter-TSS (NM_001287748) 94 NM_001287745 2222 Hs.593928 NM_004462 ENSG00000079459 FDFT1 DGPT|ERG9|SQS|SS farnesyl-diphosphate farnesyltransferase 1 protein-coding 1.693 1.959 nan 3.202 1.708 3.064 1.814 1.223 2.347 0.407 0.816 1.620 0.133 1.052 2.789 3.058 1.259 0.346 1.102 0.333 1.308 0.793 1.021 0.782 5.658 1.088 0.814 0.369 3.286 1.384 0.808 2.871 0.981 1.922 0.481 1.230 0.723 1.629 0.172 0.330 0.556 1.950 1.410 0.591 1.571 1.021 1.756 1.461 1.783 2.522 0.540 1.426 3.058 0.962 4.230 5.658 1.055 0.414 0.461 1.146 1.393 1.077 1.489 2.034 1.039 0.484 0.308 2.620 2.536 1.712 3.068 6.195 nan 3.414 2.286 5.492 5.502 1.786 2.418 2.056 3.705 3.228 2.700 1.254 2.846 1.789 1.536 2.510 4.171 2.928 1.390 7906 chr3 149281223 149343754 + 0 NA intron (NM_001348362, intron 5 of 9) L1MC4|LINE|L1 63324 NM_001168280 25937 Hs.477921 NM_015472 ENSG00000018408 WWTR1 TAZ WW domain containing transcription regulator 1 protein-coding 1.245 nan nan 4.228 0.156 0.023 4.817 0.216 0.405 0.513 0.867 1.944 0.053 0.101 0.084 0.603 2.429 0.423 1.349 0.749 1.924 0.031 0.186 0.199 0.109 1.667 1.363 0.216 1.509 1.047 1.092 1.698 0.833 0.284 1.068 2.172 0.009 0.077 0.095 1.188 0.058 1.702 0.437 0.286 0.846 0.592 0.531 1.475 1.508 1.462 1.273 0.671 0.603 1.032 4.398 0.109 0.397 0.188 0.020 0.945 0.402 1.638 0.114 0.119 1.026 0.656 0.686 0.595 0.464 2.581 4.546 0.319 0.382 nan 0.204 0.270 0.261 1.856 nan 0.722 nan nan 0.478 0.277 0.474 0.057 0.110 0.276 0.473 0.632 0.631 2944 chr12 110324759 110328553 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -8363 NM_016433 51228 Hs.381256 NM_016433 ENSG00000139433 GLTP - glycolipid transfer protein protein-coding nan nan 0.623 0.115 0.183 0.014 5.167 1.563 3.262 0.653 1.682 0.339 0.049 0.079 0.164 3.416 0.139 0.253 1.224 1.541 0.065 1.249 0.699 0.284 3.980 3.921 0.098 3.514 2.308 0.125 0.727 0.151 0.894 0.924 11.464 0.102 0.172 0.094 1.544 0.232 2.834 10.102 3.620 2.613 0.328 1.238 8.801 0.566 0.438 2.814 3.416 1.132 8.971 0.284 0.613 0.360 0.575 0.498 0.080 0.501 0.052 0.064 1.351 0.047 0.041 0.398 0.265 0.291 0.498 nan nan 5.468 1.838 0.292 0.403 3.681 3.438 nan nan 0.357 0.282 0.310 0.208 0.676 0.947 0.210 0.297 nan 2.151 3144 chr13 45008560 45012145 + 0 NA intron (NM_183422, intron 1 of 2) intron (NM_183422, intron 1 of 2) 708 NM_006022 8848 Hs.436383 NM_006022 ENSG00000102804 TSC22D1 Ptg-2|TGFB1I4|TSC22 TSC22 domain family member 1 protein-coding 6.447 8.024 5.667 3.927 4.846 4.168 1.395 2.683 5.936 1.147 5.306 2.643 1.227 2.386 7.518 2.459 3.235 0.091 3.834 1.207 1.803 3.538 1.601 6.781 2.362 1.838 0.165 1.696 1.964 6.313 8.676 2.641 18.331 2.573 4.843 1.416 1.814 0.087 1.920 2.493 4.006 2.041 1.193 2.744 3.535 2.890 2.805 2.961 2.194 2.140 3.100 2.459 4.455 3.379 6.781 2.280 5.882 0.810 3.479 1.774 1.668 6.029 4.739 4.374 3.585 4.541 11.848 14.143 5.268 7.556 13.564 8.226 11.896 6.050 11.916 11.494 6.324 7.702 3.732 7.897 13.119 15.474 5.396 12.132 7.159 6.393 16.353 14.563 2.870 1.996 5059 chr17 78362312 78373216 + 0 NA 3' UTR (NM_001256071, exon 68 of 68) 3' UTR (NM_001256071, exon 68 of 68) -21203 NM_001352761 284131 Hs.389678 NM_173627 ENSG00000173818 ENDOV - endonuclease V protein-coding 1.133 0.887 1.125 0.104 0.269 0.010 0.150 0.208 0.514 0.009 0.137 0.159 0.020 0.046 0.218 0.448 0.242 0.206 0.251 0.017 0.184 0.026 0.173 0.115 0.157 0.134 0.092 0.139 0.125 0.010 0.151 0.414 0.158 0.666 0.040 0.167 0.017 0.128 0.130 0.033 0.102 0.179 0.038 0.058 0.032 0.042 0.098 0.201 0.246 0.163 0.029 0.171 0.448 0.141 0.042 0.157 0.067 0.038 0.072 0.178 0.130 0.125 2.268 0.231 0.052 0.032 0.018 4.143 6.889 0.598 0.575 0.676 0.814 0.634 0.201 0.421 0.468 nan 0.739 0.477 0.755 0.734 0.413 1.837 3.018 0.131 0.102 0.459 0.816 nan 0.570 9603 chr6 36082304 36101938 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -6140 NR_072996 5603 Hs.178695 NM_002754 ENSG00000156711 MAPK13 MAPK 13|MAPK-13|PRKM13|SAPK4|p38delta mitogen-activated protein kinase 13 protein-coding nan 2.361 nan 0.936 2.965 2.732 4.211 0.703 1.349 0.285 1.767 0.239 0.291 1.236 2.303 0.548 0.266 0.115 2.337 0.955 0.203 0.050 1.385 0.704 2.144 1.261 0.857 0.101 2.243 1.941 3.371 6.425 6.243 2.778 1.466 0.144 0.519 0.095 0.104 0.781 0.568 0.750 0.258 0.227 1.042 0.648 3.069 0.377 0.164 0.496 0.739 1.238 0.548 2.892 0.334 2.144 0.499 0.526 0.396 0.316 0.947 0.713 0.943 0.357 0.024 0.044 0.047 2.097 2.508 1.294 nan nan 2.334 3.483 1.101 3.310 3.302 0.434 0.767 4.731 5.744 0.773 0.641 1.160 2.238 2.349 2.384 0.615 1.376 1.707 0.881 387 chr1 54035730 54040224 + 0 NA intron (NM_147193, intron 3 of 9) MIRb|SINE|MIR 112905 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.276 1.003 1.920 0.080 0.272 0.719 0.250 0.178 0.336 0.466 0.050 0.219 0.014 0.045 0.546 1.590 0.376 0.071 0.306 0.126 0.022 0.081 0.130 0.134 0.138 0.080 0.082 0.061 0.108 nan 0.352 2.817 0.130 0.060 0.086 0.049 0.134 0.027 0.158 0.122 0.054 0.035 0.049 0.493 0.200 0.077 0.051 0.175 0.431 1.590 0.602 0.041 0.134 0.136 0.351 0.808 0.116 0.127 0.171 1.517 0.136 0.016 0.022 0.831 1.360 10.801 12.692 1.208 1.124 0.781 0.341 0.879 0.774 3.659 3.678 1.812 2.187 1.446 1.229 1.115 2.109 0.381 0.177 0.374 nan 0.385 0.454 1913 chr11 44605521 44634083 + 0 NA intron (NM_001024844, intron 3 of 8) intron (NM_001024844, intron 3 of 8) 32661 NM_001024844 3732 Hs.527778 NM_002231 ENSG00000085117 CD82 4F9|C33|GR15|IA4|KAI1|R2|SAR2|ST6|TSPAN27 CD82 molecule protein-coding nan 1.064 1.568 0.107 0.046 4.949 0.114 0.235 0.389 0.035 0.147 0.061 0.015 0.152 0.109 0.089 0.209 0.158 0.055 0.027 0.033 0.015 0.224 0.161 0.105 0.121 0.056 0.117 0.062 0.041 0.130 0.586 0.204 2.197 0.077 0.057 0.087 0.099 0.050 0.020 0.268 0.082 0.061 0.050 0.067 0.189 0.273 0.208 0.196 0.025 0.089 0.089 0.035 0.036 0.105 0.030 0.069 0.229 0.144 0.060 0.086 0.045 0.222 0.118 0.048 0.034 0.561 0.704 0.239 0.407 1.702 1.812 0.498 0.202 0.115 0.145 0.933 1.426 0.466 0.511 1.118 0.896 0.251 0.269 0.155 0.215 0.250 nan 1.125 0.756 11050 chr8 73667677 73676506 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) intron (NM_004770, intron 2 of 2) 27811 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.424 0.785 2.111 0.025 2.357 0.616 0.032 0.328 0.806 0.078 0.062 0.007 2.350 1.621 0.252 0.111 0.042 0.036 0.036 0.016 1.763 0.756 2.961 0.008 0.085 0.024 0.104 0.187 0.122 1.280 0.040 0.063 0.584 0.025 0.049 0.014 0.151 0.094 0.039 0.027 0.013 0.052 0.033 0.136 0.055 0.089 0.009 0.091 0.252 0.041 0.006 2.961 0.041 0.028 0.011 0.013 1.161 0.009 1.980 0.393 0.018 0.033 0.506 0.487 0.516 0.375 1.629 2.471 2.870 0.833 1.331 1.398 0.918 1.229 2.370 2.961 0.466 0.287 0.988 1.453 2.043 2.369 0.442 1.159 5.762 2.532 4944 chr17 69155470 69179810 + 0 NA intron (NR_104152, intron 2 of 3) intron (NR_104152, intron 2 of 3) 30680 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility 17 (non-protein coding) ncRNA 1.116 nan 0.557 0.136 0.418 0.408 0.455 1.356 2.688 0.012 0.230 0.391 0.003 0.085 2.140 0.347 0.309 0.146 0.156 0.096 0.021 1.130 0.781 3.653 0.045 0.017 0.028 0.066 0.056 0.094 0.160 0.089 2.607 0.414 0.039 0.430 0.040 0.138 0.069 0.093 0.100 0.018 0.019 0.084 0.043 0.131 0.103 0.031 0.053 0.039 0.036 0.347 0.059 0.027 3.653 0.056 0.039 0.103 0.028 0.138 0.173 1.834 0.031 0.283 0.019 0.017 0.637 0.482 0.945 1.485 1.057 1.565 3.706 2.913 0.241 0.203 1.295 nan 0.554 0.696 0.449 0.217 0.682 1.369 1.928 2.588 0.134 0.189 2.276 0.965 7156 chr21 27537991 27544496 + 0 NA intron (NM_001136131, intron 1 of 15) intron (NM_001136131, intron 1 of 15) 1895 NM_000484 351 Hs.434980 NM_000484 ENSG00000142192 APP AAA|ABETA|ABPP|AD1|APPI|CTFgamma|CVAP|PN-II|PN2|preA4 amyloid beta precursor protein protein-coding 4.485 2.452 4.488 3.020 4.488 2.045 1.735 2.562 5.078 2.288 1.276 1.388 2.008 1.921 0.822 3.352 2.385 0.173 3.584 1.046 3.000 2.066 2.749 1.285 4.550 2.017 1.988 2.159 2.249 0.939 5.236 6.722 2.688 12.797 1.482 1.284 1.175 2.699 0.092 1.257 1.618 2.547 2.357 1.201 1.524 1.312 2.748 2.028 2.488 2.763 2.420 2.794 3.352 2.219 4.162 4.550 0.430 1.867 1.579 2.870 1.869 1.418 1.612 0.983 1.148 1.992 1.315 6.151 8.320 4.036 8.177 8.498 7.251 6.993 3.327 9.009 8.712 6.025 7.422 6.619 11.526 6.549 8.165 3.118 7.220 5.896 4.448 3.675 nan 5.713 2.555 8836 chr5 32442821 32445714 + 0 NA intron (NR_144318, intron 2 of 18) CpG 600 NM_016107 51663 Hs.435231 NM_016107 ENSG00000056097 ZFR SPG71|ZFR1 zinc finger RNA binding protein protein-coding 5.812 5.122 10.678 5.319 9.640 2.177 4.432 2.996 3.537 4.549 5.380 4.341 2.016 2.466 4.077 4.727 8.205 1.394 10.966 3.002 6.551 3.542 5.148 2.075 9.866 3.491 5.739 3.568 7.060 2.549 11.949 14.553 7.009 11.645 1.412 5.486 1.189 5.127 0.142 2.206 2.424 5.438 9.064 4.329 1.774 2.392 5.621 1.373 6.668 9.364 4.706 2.925 4.727 12.955 3.420 9.866 1.846 4.370 2.138 10.173 5.343 3.867 2.840 1.779 2.305 3.324 1.387 6.134 6.653 7.857 10.247 9.376 8.977 9.587 3.308 13.364 13.783 6.655 7.810 7.961 12.728 11.373 10.790 6.213 12.901 6.265 6.562 4.223 2.667 3.402 1.975 6663 chr2 220359195 220392617 + 0 NA Intergenic Intergenic -2986 NM_182847 55515 Hs.87469 NM_018674 ENSG00000072182 ASIC4 ACCN4|BNAC4 acid sensing ion channel subunit family member 4 protein-coding nan 0.871 2.058 0.278 0.286 0.177 0.712 0.282 0.467 0.131 0.876 0.557 0.029 0.199 0.162 0.616 0.363 0.072 0.434 0.259 0.287 0.162 0.166 0.105 0.254 0.314 0.233 0.380 0.263 0.215 0.421 0.838 0.309 nan 0.171 0.392 0.088 0.424 0.110 0.264 0.128 0.399 0.224 0.131 0.226 0.185 0.349 0.691 0.668 0.611 0.343 0.233 0.616 0.219 0.383 0.254 0.142 0.253 0.879 0.976 0.310 0.413 0.098 4.533 0.284 0.395 0.306 2.432 3.595 0.373 0.607 0.554 0.551 0.945 0.252 0.531 0.604 2.078 2.730 0.769 nan 2.303 1.923 0.507 0.582 0.313 0.262 2.401 nan 0.415 0.327 257 chr1 36394275 36406963 + 0 NA intron (NM_177422, intron 1 of 16) intron (NM_177422, intron 1 of 16) 3936 NM_177422 192669 Hs.657659 NM_024852 ENSG00000126070 AGO3 EIF2C3 argonaute 3, RISC catalytic component protein-coding 2.491 nan 1.775 1.477 3.811 1.311 1.132 0.858 1.513 0.353 1.588 0.588 0.670 0.666 1.106 1.190 1.298 0.190 0.901 0.373 0.553 0.774 1.088 0.677 3.227 0.568 0.632 0.820 1.209 0.398 1.576 1.862 1.237 3.218 0.450 0.406 0.217 1.429 0.141 0.271 1.100 1.540 0.870 0.467 0.662 0.403 1.270 0.834 0.918 1.479 0.485 0.625 1.190 1.531 1.269 3.227 0.434 0.709 0.368 1.534 0.856 0.585 3.958 0.879 0.467 0.381 0.269 2.590 3.367 2.063 2.958 3.640 3.739 nan 0.826 5.171 5.243 2.592 3.329 5.912 8.015 nan 1.661 5.619 9.645 0.865 0.799 1.885 2.368 1.366 nan 10118 chr7 1603157 1612466 + 0 NA intron (NM_001134340, intron 2 of 2) intron (NM_001134340, intron 2 of 2) 1818 NM_032302 84262 Hs.446311 NM_032302 ENSG00000157778 PSMG3 C7orf48|PAC3 proteasome assembly chaperone 3 protein-coding 2.679 3.101 4.506 4.512 1.413 3.807 3.350 0.981 1.733 1.173 3.927 7.144 1.566 0.649 3.674 3.344 1.203 0.442 3.257 1.039 2.303 0.879 1.160 0.845 3.109 4.780 6.115 1.260 6.890 1.674 5.843 11.250 8.762 nan 2.701 10.524 0.500 2.741 0.240 2.607 0.963 2.932 2.181 0.914 2.813 2.647 2.744 2.557 4.230 3.565 1.217 3.318 3.344 6.266 5.477 3.109 3.563 3.871 1.258 4.109 2.903 3.837 0.423 1.114 3.090 1.163 0.807 2.312 2.550 1.828 nan 3.627 3.521 nan 0.919 3.463 3.534 1.840 2.831 nan 5.415 1.642 1.493 1.566 2.176 2.142 2.842 1.861 2.744 1.442 0.876 9416 chr6 7106183 7167890 + 0 NA intron (NM_001003698, intron 1 of 11) intron (NM_001003698, intron 1 of 11) 28950 NM_001003699 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 1.590 1.813 2.214 0.584 1.558 1.311 1.023 0.566 1.173 0.407 0.660 0.345 0.513 0.258 1.698 0.557 0.392 0.172 1.112 0.439 0.407 0.380 0.863 0.478 3.287 0.888 0.664 0.266 0.480 0.403 1.976 4.825 1.606 2.095 0.448 0.299 0.537 0.711 0.132 0.184 0.752 0.518 0.553 0.275 0.685 0.378 0.731 0.577 0.940 1.059 0.362 0.982 0.557 1.564 0.709 3.287 0.597 1.067 0.263 0.764 1.138 0.427 1.288 0.433 0.321 0.132 0.066 2.277 3.085 1.302 1.857 1.746 1.912 1.640 0.513 1.340 1.408 0.817 1.219 3.305 3.804 0.810 0.668 1.095 1.842 2.115 2.289 1.114 2.020 2.305 1.274 951 chr1 185360533 185365625 + 0 NA Intergenic Intergenic -58908 NR_038424 100288079 Hs.131220 NR_038424 ENSG00000261024 GS1-279B7.1 - microtubule associated protein 1 light chain 3 beta pseudogene pseudo nan nan 0.879 0.127 0.297 0.033 0.028 0.095 0.288 0.076 0.018 0.025 0.207 0.327 0.161 0.063 0.195 0.037 0.087 0.214 0.214 0.604 0.068 0.043 0.015 0.068 0.216 0.441 0.119 1.757 0.057 0.108 0.147 0.136 0.024 0.247 0.073 0.024 0.086 0.046 0.151 0.118 0.064 0.029 0.286 0.327 0.028 0.047 0.604 0.407 0.066 0.020 0.102 0.020 0.016 1.282 0.049 0.015 0.017 0.021 0.956 0.875 8.549 11.985 0.378 nan 0.314 0.106 nan 1.784 0.403 0.723 1.265 1.334 0.305 0.172 2.536 4.213 0.050 0.069 0.207 nan 0.563 0.538 4750 chr17 38170043 38184022 + 0 NA intron (NM_001079518, intron 22 of 24) AluJo|SINE|Alu 5418 NM_000759 1440 Hs.2233 NM_000759 ENSG00000108342 CSF3 C17orf33|CSF3OS|GCSF colony stimulating factor 3 protein-coding nan 0.880 0.743 1.540 0.308 1.192 0.994 0.321 0.543 0.103 1.306 0.140 0.847 0.136 0.177 0.303 0.216 0.128 0.655 0.270 0.745 0.109 0.350 0.212 0.489 0.247 0.136 0.216 0.349 0.182 0.553 1.671 2.648 0.604 0.604 0.442 0.061 0.055 0.047 0.633 0.085 9.822 3.736 1.350 0.803 0.117 0.255 0.321 0.681 0.204 0.383 0.285 0.303 0.463 0.178 0.489 0.088 0.241 0.119 1.210 1.493 0.840 0.043 0.167 7.302 0.678 0.527 0.466 0.529 0.532 0.989 nan 0.867 0.685 0.229 0.827 0.898 0.495 1.018 2.608 3.596 nan 0.423 0.332 0.389 0.314 0.279 0.412 0.794 1.023 0.591 85 chr1 10993769 11051174 + 0 NA intron (NM_001170754, intron 5 of 12) AluSz|SINE|Alu 19623 NM_001170754 148345 Hs.127026 NM_173507 ENSG00000175262 C1orf127 - chromosome 1 open reading frame 127 protein-coding 1.175 1.073 nan 0.184 5.525 1.022 0.208 0.301 0.616 0.056 0.099 0.124 0.014 0.302 1.228 0.514 0.213 0.188 0.118 0.056 0.033 0.063 0.478 0.256 0.894 0.264 0.145 0.090 0.198 0.061 0.116 0.639 0.130 2.480 0.049 0.073 0.147 0.102 0.091 0.037 0.039 0.108 0.055 0.023 0.108 0.068 0.098 0.299 0.113 0.112 0.047 0.135 0.514 0.194 0.095 0.894 0.064 0.075 0.139 0.230 0.743 0.101 0.222 0.179 0.036 0.320 0.228 0.507 0.712 0.374 0.558 2.796 3.205 1.626 0.442 1.601 nan 0.310 nan 10.181 9.022 nan 0.498 0.539 0.605 0.499 0.437 0.500 1.298 1.890 0.917 809 chr1 160323612 160346889 + 0 NA Intergenic Intergenic -1611 NM_005598 4807 Hs.30956 NM_005598 ENSG00000171786 NHLH1 HEN1|NSCL|NSCL1|bHLHa35 nescient helix-loop-helix 1 protein-coding 3.956 nan 8.914 0.103 0.106 0.601 0.139 0.173 0.528 0.045 0.139 0.139 0.005 0.147 0.410 0.655 0.171 0.091 0.117 0.025 0.076 0.226 0.108 0.156 0.405 0.077 0.069 0.063 0.058 0.032 0.122 0.505 0.122 0.380 0.006 0.156 0.682 0.168 0.098 0.036 3.977 0.147 0.062 0.037 0.052 0.040 0.116 0.107 0.178 0.112 0.080 0.078 0.655 0.067 0.072 0.405 0.106 0.082 1.422 0.252 0.039 0.160 0.542 4.137 0.029 0.027 0.013 1.706 3.984 0.620 0.717 1.565 nan 0.638 0.264 0.241 0.258 2.821 3.708 0.413 nan 6.234 7.185 0.916 1.348 2.149 1.929 4.557 12.770 0.683 0.497 7857 chr3 135964515 135974842 + 0 NA intron (NM_000532, intron 1 of 14) intron (NM_000532, intron 1 of 14) 511 NM_001178014 5096 Hs.63788 NM_000532 ENSG00000114054 PCCB - propionyl-CoA carboxylase subunit beta protein-coding 2.315 nan nan 1.226 1.672 1.052 0.687 1.225 1.956 0.407 0.513 0.501 0.251 0.561 1.155 0.722 0.572 0.390 0.642 0.314 0.314 0.243 1.808 0.882 1.312 0.349 0.259 0.470 1.225 0.423 0.925 1.549 0.824 1.383 0.253 0.551 0.221 0.586 0.100 0.250 0.590 0.864 0.549 0.272 0.645 0.348 0.662 0.497 0.516 1.567 0.527 0.719 0.722 0.662 1.067 1.312 0.403 0.463 0.536 1.108 0.422 0.431 1.038 0.871 0.339 0.213 0.157 1.710 2.305 2.117 2.636 2.837 2.471 6.853 2.624 4.050 4.083 1.318 2.130 2.054 2.743 nan 5.754 1.853 2.379 1.085 1.018 2.009 2.911 1.835 1.093 2200 chr11 100618391 100651598 + 0 NA intron (NM_152432, intron 1 of 23) AluJr|SINE|Alu -76308 NR_133571 100128386 Hs.635125 NR_133571 ENSG00000248027 LOC100128386 - uncharacterized LOC100128386 ncRNA 0.813 0.949 0.823 0.309 0.050 0.028 1.982 0.190 0.289 0.300 0.187 0.676 1.775 0.051 0.056 0.263 0.292 0.087 1.364 0.384 0.245 0.012 0.151 0.121 0.032 0.626 0.543 0.093 0.563 0.689 0.247 0.549 0.408 0.498 1.420 0.054 0.060 0.075 0.103 0.075 0.510 3.130 0.118 0.049 0.764 1.014 1.263 0.181 0.515 0.037 0.050 1.157 0.263 2.571 0.034 0.032 0.620 2.035 0.268 0.065 0.308 0.991 0.051 0.455 0.369 0.023 0.014 0.503 0.282 0.426 0.731 0.462 0.526 0.122 0.075 0.612 0.570 2.956 3.463 0.134 0.168 0.483 0.239 0.187 0.274 0.361 0.330 0.701 1.662 0.977 0.663 6926 chr20 31193027 31227421 + 0 NA Intergenic Intergenic 34943 NR_034152 149950 Hs.516980 NM_001010976 ENSG00000204393 NOL4L-DT - NOL4L divergent transcript ncRNA 1.777 3.122 1.472 0.126 1.291 2.724 0.134 0.486 0.821 0.047 0.221 0.137 0.018 0.190 2.908 0.999 0.126 0.098 0.162 0.022 0.072 0.142 0.719 0.336 0.470 0.073 0.048 0.141 0.105 0.015 0.171 nan 0.132 2.222 0.034 0.156 0.229 0.138 0.098 0.130 0.145 0.150 0.045 0.025 0.003 0.103 0.121 0.296 0.234 0.170 0.034 0.107 0.999 0.149 0.063 0.470 0.050 0.089 0.506 0.245 1.259 0.094 0.557 0.115 0.053 0.013 0.009 1.346 1.997 0.210 0.324 1.286 nan 3.999 1.402 0.674 0.752 0.405 0.649 3.420 3.211 2.234 2.112 0.837 1.002 1.481 1.303 0.498 nan 1.320 0.725 9469 chr6 18257698 18280603 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4351 NM_001134709 7913 Hs.484813 NM_003472 ENSG00000124795 DEK D6S231E DEK proto-oncogene protein-coding 2.673 nan 1.977 1.070 1.887 2.056 0.741 0.867 2.042 0.451 1.314 0.524 2.409 0.468 1.104 2.021 1.583 0.351 1.349 0.330 0.961 0.895 0.930 0.515 2.424 0.767 0.800 0.409 0.869 0.456 1.138 1.776 1.204 4.295 0.491 0.785 0.741 0.981 0.118 0.251 1.143 1.881 1.255 0.590 0.444 0.386 1.053 0.932 0.835 1.713 0.444 0.611 2.021 1.868 1.286 2.424 0.300 0.550 0.281 1.457 0.947 0.708 0.798 1.097 0.686 0.508 0.328 1.845 1.794 2.429 4.030 3.101 3.078 2.491 1.345 2.978 3.158 2.112 2.613 2.167 3.127 3.023 3.178 1.405 2.290 2.394 2.541 2.474 2.848 1.571 0.870 7580 chr3 45675458 45701130 + 0 NA intron (NM_014240, intron 2 of 7) AluJb|SINE|Alu 42080 NR_033947 644714 Hs.712889 NR_033947 LIMD1-AS1 - LIMD1 antisense RNA 1 ncRNA 0.676 nan nan 0.423 0.293 0.083 1.405 0.081 0.161 0.582 1.263 0.841 0.078 0.242 0.052 0.105 0.488 0.100 0.298 0.244 2.884 0.011 0.097 0.140 0.046 0.501 0.228 0.178 0.739 1.117 0.413 1.277 0.911 0.555 0.328 1.980 0.034 0.088 0.110 0.496 0.139 1.379 3.571 1.409 0.539 0.380 1.279 0.514 2.722 0.856 0.998 1.632 0.105 0.334 2.890 0.046 0.638 0.493 0.068 0.771 0.265 1.172 0.109 0.082 0.865 0.345 0.204 0.317 0.323 0.589 0.829 0.396 0.428 0.710 0.175 0.254 0.257 0.438 0.744 0.719 1.024 0.509 0.352 0.395 0.476 0.105 0.118 0.211 0.315 0.634 0.414 736 chr1 153638390 153652483 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -1932 NM_004515 3608 Hs.75117 NM_004515 ENSG00000143621 ILF2 NF45|PRO3063 interleukin enhancer binding factor 2 protein-coding nan nan 2.400 0.906 1.746 1.131 1.148 0.844 1.638 0.291 1.090 1.001 0.247 0.934 2.641 1.831 0.880 0.320 1.447 0.634 1.307 0.350 1.333 0.995 1.566 1.126 0.754 0.702 1.114 0.579 8.939 10.368 1.225 6.223 0.831 1.777 0.455 1.315 0.228 1.105 0.818 1.687 0.897 0.522 0.773 0.396 0.976 0.688 1.384 1.602 1.959 3.622 1.831 1.487 1.354 1.566 0.721 0.970 0.548 3.255 1.237 1.215 1.145 0.752 0.490 0.727 0.561 1.997 2.032 4.395 4.034 4.056 nan 4.067 1.460 3.681 3.876 2.279 3.077 2.689 3.864 2.633 2.629 2.928 4.380 2.987 2.978 2.725 3.362 1.627 1.039 8310 chr4 31100246 31133528 + 0 NA intron (NM_001173523, intron 2 of 2) intron (NM_001173523, intron 2 of 2) -55879 NR_125935 102723778 Hs.210739 NR_125935 ENSG00000251182 LINC02497 - long intergenic non-protein coding RNA 2497 ncRNA 0.559 0.558 0.555 0.068 0.203 0.015 0.239 0.165 0.308 0.072 0.138 0.017 0.025 0.054 0.093 0.172 0.092 0.129 0.074 0.017 0.004 0.240 0.238 0.187 0.048 0.015 0.013 0.136 0.064 0.061 0.154 0.161 0.211 0.193 0.061 0.097 0.043 0.076 0.042 0.041 0.094 0.018 0.016 0.147 0.056 0.096 0.098 0.022 0.037 0.102 0.036 0.093 0.073 0.019 0.187 0.051 0.032 0.006 0.026 0.033 0.187 0.033 0.036 0.011 0.014 0.011 0.363 0.244 0.193 0.243 0.236 0.280 4.380 1.691 0.229 0.197 0.445 0.661 0.454 0.349 0.375 0.149 0.108 0.197 0.411 0.479 0.238 0.548 0.786 0.588 539 chr1 95318843 95334754 + 0 NA intron (NM_001301079, intron 9 of 13) HAL1|LINE|L1 36749 NM_001350223 126969 Hs.483423 NM_152369 ENSG00000143036 SLC44A3 CTL3 solute carrier family 44 member 3 protein-coding nan nan 1.572 1.103 0.176 0.492 1.449 0.222 0.477 2.209 0.328 1.042 0.067 0.586 0.753 0.426 2.089 0.223 1.555 0.898 0.931 0.017 0.178 0.121 0.564 1.698 1.144 0.643 1.756 1.446 0.565 1.167 1.040 1.548 1.406 0.932 0.035 0.096 0.136 0.587 1.518 1.310 0.592 0.277 1.563 1.045 3.020 1.215 0.634 0.608 1.065 2.942 0.426 1.560 2.621 0.564 0.492 1.731 0.049 0.831 0.157 1.097 0.261 0.215 0.758 0.554 0.315 3.171 2.986 3.805 2.187 0.746 nan 1.318 0.467 0.785 0.822 1.349 nan 0.671 0.648 nan 0.383 0.681 0.815 0.249 0.240 0.430 0.829 0.966 0.694 5569 chr19 17406662 17429706 + 0 NA TTS (NM_023937) TTS (NM_023937) 1707 NM_023937 64981 Hs.515242 NM_023937 ENSG00000130312 MRPL34 L34mt mitochondrial ribosomal protein L34 protein-coding 1.629 1.481 3.099 0.985 1.084 1.235 1.775 0.744 1.441 0.793 1.305 0.795 0.536 0.581 0.939 1.210 0.583 0.229 2.037 0.676 2.274 0.496 0.725 0.363 1.481 1.400 1.069 0.849 1.768 0.689 1.192 nan 0.879 2.622 0.349 0.613 0.322 1.073 0.105 0.391 0.352 3.468 1.399 0.722 0.752 0.896 1.927 0.568 1.703 1.936 1.592 1.830 1.210 2.007 0.888 1.481 0.739 1.601 0.371 2.234 1.717 1.481 0.276 0.881 0.629 0.355 0.242 1.107 1.519 1.521 2.444 2.909 2.491 3.347 1.249 1.799 1.807 1.504 2.081 2.426 3.142 2.416 2.089 0.499 0.858 1.302 1.390 1.568 2.772 1.937 0.907 2847 chr12 89508888 89523395 + 0 NA Intergenic Intergenic -102672 NR_038385 728084 Hs.132563 NR_038385 ENSG00000246363 LINC02458 - long intergenic non-protein coding RNA 2458 ncRNA 0.741 1.017 0.699 0.222 0.127 0.080 0.349 0.088 0.324 0.238 0.125 0.312 0.082 0.069 0.086 0.371 0.231 0.133 0.244 0.223 0.140 0.038 0.096 0.152 0.107 0.234 0.047 0.040 0.244 0.174 0.465 2.260 0.521 0.413 0.175 0.066 0.026 0.067 0.139 0.146 0.033 0.268 0.023 0.027 0.278 0.042 0.425 0.220 0.208 0.127 2.816 0.935 0.371 0.109 0.127 0.107 0.508 0.719 0.032 0.232 0.110 0.073 0.069 0.121 0.068 0.012 0.003 0.425 0.192 0.219 0.492 0.430 0.396 0.313 0.142 0.373 0.274 0.549 0.747 0.479 0.355 0.402 0.213 0.133 0.195 0.071 0.140 0.190 0.278 0.724 0.620 8300 chr4 25652797 25668434 + 0 NA intron (NM_001177999, intron 1 of 12) intron (NM_001177999, intron 1 of 12) 2529 NM_001177999 10568 Hs.479372 NM_006424 ENSG00000157765 SLC34A2 NAPI-3B|NAPI-IIb|NPTIIb solute carrier family 34 member 2 protein-coding 0.523 1.364 nan 0.124 0.259 0.597 0.491 0.205 0.321 0.006 0.119 0.041 3.007 0.031 1.923 0.237 0.110 0.020 0.928 0.702 0.056 0.081 0.140 0.123 2.184 2.481 0.089 1.364 1.069 0.226 0.985 2.899 0.380 0.187 0.062 0.012 0.076 0.055 0.090 0.096 0.247 0.449 0.200 4.294 0.093 0.055 0.211 0.418 0.145 0.253 0.999 0.237 0.434 0.035 0.123 0.230 0.395 0.012 0.155 0.044 0.227 0.019 0.016 0.353 0.129 0.086 0.231 0.168 0.268 0.712 0.361 0.397 0.656 0.199 0.375 0.452 0.353 0.506 0.457 0.325 0.467 0.191 0.111 0.184 0.048 0.064 0.079 0.138 nan 0.652 3339 chr13 110425285 110449604 + 0 NA exon (NM_003749, exon 1 of 2) exon (NM_003749, exon 1 of 2) 1470 NM_003749 8660 Hs.442344 NM_003749 ENSG00000185950 IRS2 IRS-2 insulin receptor substrate 2 protein-coding 1.232 nan 2.585 0.547 3.704 2.077 1.288 0.805 1.597 0.126 3.462 0.613 0.074 2.022 2.127 1.124 0.089 0.084 2.206 0.561 0.049 0.023 0.517 0.214 1.423 0.868 0.747 0.388 0.550 0.429 1.006 1.706 0.467 3.420 0.603 3.088 0.086 1.960 0.110 0.796 2.183 7.520 0.714 0.440 0.599 0.319 5.190 0.473 2.353 0.044 3.113 2.845 1.124 3.531 1.208 1.423 0.840 3.739 0.283 0.481 3.229 0.418 1.625 0.404 0.607 0.232 0.125 0.897 1.552 0.710 1.407 2.791 2.297 2.449 0.892 0.704 0.555 0.112 0.208 2.202 3.554 1.455 1.844 3.189 6.193 0.548 0.566 0.930 1.173 0.531 0.316 11911 chrX 10564310 10605955 + 0 NA intron (NM_033290, intron 1 of 9) intron (NM_033290, intron 1 of 9) 3542 NM_033289 4281 Hs.27695 NM_000381 ENSG00000101871 MID1 BBBG1|FXY|GBBB1|MIDIN|OGS1|OS|OSX|RNF59|TRIM18|XPRF|ZNFXY midline 1 protein-coding 0.795 nan 1.026 0.896 0.505 0.023 0.464 0.120 0.221 0.340 0.445 3.222 0.581 0.012 0.137 0.326 1.199 0.162 1.249 0.675 2.502 0.007 0.245 0.204 0.158 1.287 0.863 0.366 0.934 0.620 0.556 0.883 0.690 0.609 0.618 1.671 0.030 2.336 0.085 0.252 0.118 0.752 0.274 0.162 0.553 0.465 0.705 0.837 1.210 0.234 0.730 1.160 0.326 1.445 0.466 0.158 0.543 0.920 0.098 0.249 0.157 0.654 0.482 0.177 0.476 2.866 3.092 0.346 0.266 1.989 4.433 0.496 0.483 1.104 0.538 0.747 0.725 0.161 0.303 1.008 1.774 0.641 0.369 1.150 1.136 0.109 0.218 0.392 0.756 0.478 0.503 6347 chr2 127874925 127893869 + 0 NA Intergenic MER21C|LTR|ERVL -19494 NM_139344 274 Hs.193163 NM_004305 ENSG00000136717 BIN1 AMPH2|AMPHL|CNM2|SH3P9 bridging integrator 1 protein-coding 1.182 nan nan 0.144 0.065 0.049 0.287 0.084 0.140 0.055 0.146 0.088 0.016 0.079 0.133 0.129 0.086 0.052 0.180 0.070 0.072 0.044 0.099 0.110 0.057 0.139 0.105 0.078 0.147 0.049 0.098 0.284 0.149 0.332 0.038 0.069 0.020 0.086 0.067 0.019 0.029 0.140 0.036 0.021 0.184 0.104 0.294 0.127 0.165 0.100 0.037 0.162 0.129 0.208 0.068 0.057 0.091 0.075 0.230 0.129 0.061 0.063 0.061 0.986 0.028 0.024 0.016 0.428 0.317 0.187 0.208 0.238 0.279 0.230 0.122 0.295 0.361 0.153 0.297 0.512 0.529 0.676 0.699 0.187 0.210 0.037 0.040 1.298 4.730 0.286 0.305 4369 chr16 54954857 54973551 + 0 NA promoter-TSS (NM_005853) promoter-TSS (NM_005853) -907 NM_001252197 10265 Hs.435730 NM_005853 ENSG00000176842 IRX5 HMMS|IRX-2a|IRXB2 iroquois homeobox 5 protein-coding nan nan nan 0.726 2.349 1.363 0.186 0.583 1.088 2.486 1.959 0.626 0.231 0.942 0.945 2.937 0.824 0.068 0.113 0.010 0.290 0.681 0.117 0.048 1.687 4.059 5.227 0.508 3.462 0.441 1.107 1.872 3.339 4.993 0.842 0.561 0.183 1.124 0.089 2.293 1.275 1.795 1.506 0.784 3.432 0.259 0.866 0.147 1.520 1.368 3.752 3.503 2.937 0.206 1.447 1.687 0.052 0.691 0.369 1.791 0.903 4.033 0.074 0.033 3.621 0.453 0.304 0.810 0.795 0.743 1.090 3.300 2.155 3.248 1.496 3.219 2.991 0.928 nan nan nan nan 0.633 0.207 0.232 0.782 0.941 0.374 nan nan 0.543 520 chr1 94125211 94188524 + 0 NA intron (NM_001261408, intron 3 of 13) intron (NM_001261408, intron 3 of 13) -9473 NM_003567 8412 Hs.36958 NM_003567 ENSG00000137936 BCAR3 AND-34|NSP2|SH2D3B BCAR3, NSP family adaptor protein protein-coding nan nan 1.355 2.400 0.171 0.188 2.678 0.181 0.473 1.196 1.883 1.705 0.394 0.435 0.513 0.558 0.962 0.213 2.057 1.368 1.112 0.033 0.104 0.085 0.238 2.076 2.020 0.444 1.990 1.395 1.313 3.432 0.478 0.915 1.786 1.794 0.081 0.139 0.104 0.969 0.336 6.263 1.606 0.650 1.578 2.094 3.513 4.790 0.858 1.664 0.358 2.265 0.558 1.764 3.432 0.238 0.857 1.227 0.106 1.390 0.232 0.933 0.099 0.218 1.723 3.135 3.287 0.447 0.626 0.460 1.035 0.779 nan 0.453 0.152 0.457 0.517 0.817 nan 1.429 1.469 nan 0.736 0.290 0.396 0.210 0.270 0.391 0.681 1.008 0.688 2865 chr12 94115990 94146307 + 0 NA intron (NR_110093, intron 1 of 2) intron (NR_110093, intron 1 of 2) 451 NR_110093 101928731 Hs.659971 NR_110092 ENSG00000258274 LOC101928731 - uncharacterized LOC101928731 ncRNA 0.923 0.860 1.167 0.157 0.221 0.989 0.189 0.148 0.249 0.063 0.178 0.362 0.667 0.086 0.124 0.346 2.192 0.220 0.189 0.063 0.611 0.101 0.163 0.192 0.340 0.206 0.088 0.161 0.210 0.066 0.225 0.652 0.566 nan 0.106 0.345 0.452 0.133 0.108 0.245 0.045 0.070 0.091 0.054 0.267 0.124 0.164 0.311 0.593 0.233 0.449 0.235 0.346 0.192 0.162 0.340 0.141 0.395 0.205 0.270 0.442 0.141 0.649 0.159 0.107 0.040 0.037 0.601 0.639 0.810 1.100 0.588 0.661 1.715 0.556 0.376 0.385 6.234 nan 0.771 nan 0.767 0.712 0.397 0.631 0.599 0.788 0.349 0.715 1.658 1.112 11055 chr8 74203257 74210145 + 0 NA promoter-TSS (NM_172037) promoter-TSS (NM_172037) -136 NM_172037 157506 Hs.244940 NM_172037 ENSG00000121039 RDH10 SDR16C4 retinol dehydrogenase 10 protein-coding 5.807 2.888 5.580 2.439 3.707 1.641 4.104 2.910 5.497 1.164 3.242 3.864 1.541 2.114 3.105 2.526 2.870 0.203 4.390 1.794 2.668 1.350 1.373 0.967 5.350 2.701 3.219 2.172 5.164 1.926 6.214 8.825 5.164 7.905 2.042 2.654 1.047 5.065 0.176 1.416 2.559 3.824 4.352 2.668 2.671 8.662 3.498 3.291 4.879 6.454 3.136 6.608 2.526 3.041 3.721 5.350 2.900 4.939 0.410 2.194 4.033 3.283 1.531 1.410 1.738 3.235 2.675 3.509 4.022 5.716 8.532 7.014 6.241 6.894 3.687 11.370 11.197 2.842 4.303 4.502 6.512 5.778 6.266 4.063 7.099 5.240 5.454 5.147 5.322 4.631 2.321 11875 chr9 140336946 140354730 + 0 NA intron (NM_001130969, intron 12 of 15) C-rich|Low_complexity|Low_complexity -1300 NR_106964 102466223 NR_106964 ENSG00000284317 MIR7114 hsa-mir-7114 microRNA 7114 ncRNA 1.166 1.284 1.683 0.349 1.221 0.396 0.299 0.397 0.762 0.140 0.838 0.249 0.056 0.215 0.462 0.991 0.293 0.109 0.773 0.235 0.178 0.367 0.536 0.268 1.094 0.463 0.292 0.594 0.484 0.101 0.676 1.625 0.200 1.509 0.234 0.649 0.112 0.408 0.076 0.133 0.232 1.414 0.569 0.325 0.172 0.090 0.326 0.324 0.887 1.331 0.187 0.613 0.991 1.330 0.374 1.094 0.117 0.709 0.493 1.478 0.938 0.405 0.115 0.090 0.290 9.985 6.283 0.495 0.662 0.616 nan 2.036 nan 1.350 0.473 0.551 0.545 0.498 0.816 1.326 2.231 1.141 1.137 0.339 0.615 0.919 0.811 0.516 0.635 1.014 0.590 9157 chr5 124519654 124571598 + 0 NA intron (NR_109882, intron 4 of 5) intron (NR_109882, intron 4 of 5) 173102 NR_109882 101927421 Hs.121305 NR_109882 LOC101927421 - uncharacterized LOC101927421 ncRNA nan 1.032 0.781 0.099 0.077 0.073 0.266 0.283 0.529 0.026 0.110 0.560 0.061 0.130 0.159 0.359 0.346 0.090 0.097 0.048 0.042 0.019 0.133 0.177 0.171 0.228 0.057 0.016 0.064 0.018 0.108 0.489 0.184 0.564 0.059 0.069 0.513 3.345 0.162 0.018 0.136 0.073 0.023 0.015 0.112 0.037 0.096 0.123 0.058 0.124 0.038 0.088 0.359 0.055 0.045 0.171 0.073 0.053 0.142 0.096 0.119 0.064 0.055 0.447 0.137 0.029 0.011 0.237 0.185 0.434 nan 0.452 0.470 0.629 0.247 0.292 0.270 0.888 1.092 0.288 0.290 0.563 0.318 0.108 0.149 1.801 2.004 0.615 2.259 0.369 0.367 4617 chr17 16881037 16887943 + 0 NA intron (NR_148948, intron 1 of 2) L2a|LINE|L2 177 NR_148948 284191 Hs.638414 NR_148948 ENSG00000230709 LOC284191 - uncharacterized LOC284191 ncRNA 0.820 0.656 2.203 0.104 0.241 0.024 0.185 0.116 0.230 0.028 0.112 0.106 0.063 0.014 0.077 0.287 0.022 0.047 0.135 0.137 0.064 0.041 0.070 0.123 0.069 0.050 0.042 0.075 0.077 0.107 0.069 0.296 0.206 0.392 0.086 0.023 0.125 0.047 0.036 0.226 0.061 0.023 0.091 0.166 0.139 0.113 0.224 0.072 0.011 0.136 0.287 0.134 0.081 0.069 0.024 0.506 0.116 6.466 0.206 0.043 0.108 0.087 0.047 0.022 0.493 0.456 0.197 nan 1.673 1.199 4.586 0.813 0.135 0.144 0.149 0.301 0.515 0.570 nan 1.319 0.149 0.192 0.959 1.122 0.377 0.606 0.471 0.311 11783 chr9 130247219 130268890 + 0 NA intron (NM_001005373, intron 22 of 25) L1MC|LINE|L1 43520 NM_001005374 90678 Hs.495188 NM_138361 ENSG00000148356 LRSAM1 CMT2P|RIFLE|TAL leucine rich repeat and sterile alpha motif containing 1 protein-coding nan 0.653 4.536 0.168 0.345 0.129 0.255 0.222 0.364 0.100 0.321 0.242 0.040 0.028 0.094 0.282 0.121 0.097 0.372 0.101 0.113 0.039 0.250 0.150 0.174 0.198 0.134 0.149 0.182 0.029 0.169 0.461 0.154 0.536 0.162 0.187 0.043 0.065 0.058 0.199 0.150 0.210 0.208 0.139 0.045 0.120 0.195 0.332 0.278 1.026 0.022 0.151 0.282 0.385 0.059 0.174 0.046 0.096 0.922 0.177 0.122 0.303 0.023 0.120 0.165 0.372 0.245 0.283 0.571 0.320 0.435 1.107 1.139 nan 0.171 0.488 0.537 0.315 0.502 1.051 1.526 1.531 1.693 0.232 0.223 0.237 0.259 0.376 0.597 1.028 0.613 2642 chr12 48195434 48223785 + 0 NA intron (NM_015401, intron 1 of 25) AluSz6|SINE|Alu 4154 NM_001098416 51564 Hs.200063 NM_015401 ENSG00000061273 HDAC7 HD7|HD7A|HDAC7A histone deacetylase 7 protein-coding 1.456 nan 0.898 1.074 0.260 0.517 1.707 0.482 0.909 0.602 1.540 1.312 0.304 1.704 0.223 0.966 0.932 0.181 2.723 1.089 1.666 0.260 0.350 0.231 0.613 2.628 2.566 1.121 1.991 2.079 1.652 3.985 2.250 0.271 0.807 1.619 0.057 0.742 0.080 0.672 0.065 3.685 2.649 1.140 2.748 1.001 1.478 3.479 2.584 4.256 1.232 2.605 0.966 2.708 1.077 0.613 0.790 0.766 0.287 1.536 0.676 0.900 1.124 0.247 1.195 1.334 0.878 1.554 2.793 0.913 1.870 1.532 1.433 1.577 0.699 1.163 1.166 0.446 0.728 1.560 2.313 0.933 0.802 1.023 1.892 0.259 0.255 0.686 0.704 0.571 0.654 5867 chr2 5453377 5458025 + 0 NA Intergenic Intergenic 375549 NR_110580 102723818 Hs.128107 NR_110580 LINC01248 - long intergenic non-protein coding RNA 1248 ncRNA 2.056 0.841 1.872 0.045 0.247 0.940 0.031 0.952 1.234 0.085 0.020 0.040 0.021 0.535 0.701 0.096 0.072 0.091 0.014 0.305 0.244 1.122 0.047 0.086 0.120 0.623 0.074 1.074 0.031 0.058 0.411 0.046 0.110 0.025 1.346 0.059 0.039 0.017 0.117 0.016 0.086 0.069 0.076 0.034 0.027 0.701 0.062 0.020 1.122 0.054 0.018 3.057 0.042 0.043 0.034 0.021 1.839 0.017 0.025 0.044 0.410 0.647 0.343 1.873 7.935 6.283 1.589 0.456 0.020 0.096 0.367 0.571 0.751 0.748 2.271 2.934 0.085 0.144 1.445 1.866 2.805 6.894 0.189 0.132 2354 chr11 127905375 127925523 + 0 NA Intergenic Intergenic -163212 NR_146647 105369564 Hs.591937 NR_146647 ENSG00000272575 LINC02098 - long intergenic non-protein coding RNA 2098 ncRNA 0.476 0.741 0.576 0.841 0.162 0.039 0.202 0.230 0.464 0.417 0.647 1.486 0.037 0.010 0.054 0.222 1.311 0.087 0.189 0.038 0.040 0.014 0.124 0.185 0.250 0.074 0.050 0.118 0.250 0.016 0.384 1.349 0.059 0.339 0.225 0.062 0.047 0.080 0.127 0.447 0.070 1.408 0.308 0.234 0.938 0.039 0.071 5.235 0.032 0.213 0.008 0.456 0.222 0.050 0.184 0.250 0.431 0.199 0.005 0.091 0.030 0.218 0.112 0.061 2.178 0.026 0.010 0.433 0.487 0.248 0.360 0.398 0.436 0.440 0.194 0.141 0.170 0.207 0.304 1.437 0.916 0.276 0.126 0.373 0.521 0.129 0.152 0.098 nan 0.605 0.458 4714 chr17 34897906 34905075 + 0 NA 5' UTR (NM_024835, exon 2 of 14) 5' UTR (NM_024835, exon 2 of 14) 753 NM_024835 79893 Hs.514116 NM_024835 ENSG00000278311 GGNBP2 DIF-3|DIF3|LCRG1|LZK1|ZFP403|ZNF403 gametogenetin binding protein 2 protein-coding nan 4.492 3.577 11.098 2.892 4.057 3.222 3.956 6.761 1.481 4.960 1.099 0.788 1.237 4.052 3.875 3.184 0.416 5.522 1.746 5.639 2.416 3.912 1.759 3.706 2.625 3.299 2.605 4.333 1.484 3.408 4.918 4.177 9.723 1.763 5.049 1.567 3.874 0.209 2.401 2.689 5.768 2.765 1.266 3.486 1.690 3.375 4.820 5.149 2.659 2.842 2.905 3.875 6.993 2.552 3.706 2.217 2.249 1.630 4.643 2.156 2.879 1.859 2.238 2.638 2.747 1.682 4.847 5.316 6.719 8.845 nan 7.731 8.553 3.851 12.424 12.975 3.372 4.426 6.729 10.917 nan 9.069 3.561 6.393 6.416 7.207 6.246 6.792 2.908 1.272 3479 chr14 35116642 35122830 + 0 NA Intergenic LTR7B|LTR|ERV1 -20347 NM_021249 58533 Hs.276523 NM_021249 ENSG00000129515 SNX6 MSTP010|TFAF2 sorting nexin 6 protein-coding 1.079 0.566 0.636 0.421 0.156 0.018 2.409 0.130 0.315 1.749 1.605 4.817 8.917 0.016 0.071 0.195 0.646 0.103 4.320 1.742 0.973 0.045 0.051 0.079 0.096 3.313 3.262 0.706 0.367 1.585 12.799 36.319 0.890 0.415 1.505 0.462 0.141 0.100 1.569 0.077 4.357 2.417 1.432 1.835 0.470 0.575 6.450 1.087 1.997 0.230 0.616 0.195 3.646 7.112 0.096 0.280 0.040 0.047 2.150 0.049 2.865 0.016 0.060 3.927 3.964 4.174 0.284 0.250 0.206 0.507 0.312 0.302 0.251 0.125 0.437 0.590 0.442 0.745 0.273 0.417 0.534 0.302 0.151 0.202 0.070 0.096 0.114 0.299 0.451 0.571 7698 chr3 99535468 99557638 + 0 NA intron (NM_032359, intron 1 of 9) AluSp|SINE|Alu -3844 NR_110821 101929357 Hs.741615 NR_110821 HP09053 - uncharacterized LOC101929357 ncRNA 1.624 1.344 1.314 0.448 0.539 0.281 0.648 0.362 0.615 0.194 0.335 0.431 0.090 0.113 0.290 0.466 0.760 0.246 0.323 0.128 0.185 0.301 0.331 0.322 0.570 0.319 0.248 0.233 0.550 0.261 0.506 0.794 0.341 0.602 0.301 0.300 0.034 0.523 0.080 0.197 0.104 0.553 0.362 0.239 0.330 0.240 0.961 0.402 0.331 0.421 0.230 0.358 0.466 0.449 0.888 0.570 0.166 0.239 0.210 0.510 0.225 0.658 0.214 1.495 0.141 0.169 0.124 1.064 0.886 1.064 1.818 0.974 1.093 1.401 0.781 2.145 2.200 1.150 1.765 0.820 1.321 2.442 2.218 0.625 0.948 0.280 0.360 2.157 4.621 1.188 0.885 5494 chr19 3983488 3991163 + 0 NA intron (NR_031672, intron 2 of 2) AluSx1|SINE|Alu -1864 NM_001961 1938 Hs.515070 NM_001961 ENSG00000167658 EEF2 EEF-2|EF-2|EF2|SCA26 eukaryotic translation elongation factor 2 protein-coding 2.977 3.235 5.738 2.293 2.993 3.509 2.040 2.753 5.069 0.732 1.995 1.782 1.645 1.426 7.166 3.068 1.658 0.370 2.336 1.313 2.750 2.179 1.928 1.057 3.712 2.771 2.503 1.606 3.181 0.893 3.293 4.870 2.749 11.213 1.324 2.818 1.033 3.273 0.125 0.677 1.736 5.422 2.064 0.927 3.251 0.986 2.307 2.408 2.412 4.930 2.690 1.862 3.068 3.122 3.211 3.712 1.260 1.815 1.147 6.032 1.757 3.367 3.160 1.550 0.822 1.497 0.796 4.792 5.409 4.616 5.986 7.953 6.224 5.426 2.326 6.681 6.965 3.979 4.903 7.761 nan 7.509 8.384 2.236 3.590 5.958 5.477 4.027 4.238 4.695 2.312 6871 chr20 19857042 19872414 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -2437 NM_001242581 54453 Hs.472270 NM_018993 ENSG00000132669 RIN2 MACS|RASSF4 Ras and Rab interactor 2 protein-coding 1.171 nan 2.726 0.460 0.507 1.254 2.458 0.344 0.732 1.210 2.633 0.020 1.524 1.113 0.176 1.645 0.210 0.791 0.246 2.968 0.018 0.837 0.399 1.808 2.829 2.275 1.416 0.588 1.330 1.336 6.030 4.012 5.261 1.702 2.749 0.087 0.056 0.070 1.128 0.036 0.448 1.182 0.695 2.457 1.423 1.773 1.284 6.634 0.445 2.420 1.783 0.176 0.333 1.389 1.808 1.085 1.849 0.070 0.174 0.699 0.714 0.109 0.357 2.592 0.528 0.392 1.172 1.662 0.518 1.242 1.930 2.066 1.783 0.456 0.399 0.391 0.405 0.764 2.705 1.523 0.530 0.330 0.366 0.415 0.687 0.570 0.428 1.150 1.326 0.952 175 chr1 25321052 25434284 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 27674 NR_039623 100616365 NR_039623 ENSG00000264371 MIR4425 - microRNA 4425 ncRNA 0.645 0.805 nan 0.281 0.160 0.504 0.359 0.151 0.307 0.011 0.155 0.240 0.010 0.181 0.209 0.310 0.228 0.104 0.095 0.025 0.026 0.038 0.139 0.123 0.048 0.342 0.155 0.065 0.066 0.056 1.522 6.019 0.294 1.347 0.157 1.342 0.012 0.132 0.103 0.101 0.042 0.575 0.118 0.061 0.069 0.096 0.054 0.155 0.173 0.357 0.034 0.109 0.310 0.095 0.040 0.048 0.043 0.072 0.134 0.148 0.414 0.134 0.049 0.050 0.402 0.400 0.346 0.360 0.372 0.242 0.367 0.699 0.751 0.731 0.212 0.314 0.329 0.220 0.448 0.726 0.775 0.399 0.283 0.296 0.329 0.062 0.075 0.192 0.248 0.426 0.436 584 chr1 110872266 110891537 + 0 NA promoter-TSS (NM_022768) promoter-TSS (NM_022768) -44 NM_001201545 64783 Hs.435947 NM_022768 ENSG00000162775 RBM15 OTT|OTT1|SPEN RNA binding motif protein 15 protein-coding nan 1.919 2.182 2.019 2.213 2.176 0.928 1.331 2.491 0.689 1.122 0.937 0.610 1.137 1.890 1.492 1.274 0.175 1.333 0.472 1.948 1.122 0.912 0.459 2.168 1.656 1.488 0.967 1.955 0.680 1.223 2.398 1.072 4.450 0.963 1.449 0.352 1.938 0.146 0.612 1.559 2.688 1.347 0.574 1.263 1.042 3.129 1.266 2.161 1.553 1.944 4.952 1.492 1.341 2.657 2.168 0.774 0.763 0.459 3.600 0.735 1.165 1.600 1.008 0.963 1.486 1.194 2.514 2.272 2.596 3.680 3.810 nan 3.229 1.942 7.988 8.358 2.523 3.127 3.245 5.170 3.462 3.105 2.844 4.469 1.603 2.046 3.081 3.644 2.001 1.147 8933 chr5 58265457 58306055 + 0 NA intron (NM_001104631, intron 9 of 14) intron (NM_001104631, intron 9 of 14) 10003 NM_001197223 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 1.005 0.074 0.058 0.015 0.052 0.153 0.256 0.030 0.109 0.075 0.024 0.057 0.178 0.148 0.137 0.091 0.083 0.005 0.385 0.081 0.093 0.120 0.068 0.034 0.016 0.329 0.042 0.026 0.113 0.185 0.097 0.409 0.040 5.670 0.033 0.165 0.128 0.015 0.043 0.141 0.011 0.010 0.040 0.025 0.126 0.074 0.695 0.122 0.091 0.274 0.148 0.049 0.075 0.068 0.064 0.280 0.012 0.660 0.289 0.049 0.010 0.217 0.021 0.028 0.015 0.162 0.091 0.172 0.277 0.178 0.288 nan 0.195 0.189 0.170 0.601 0.822 0.271 0.262 nan 0.943 0.076 0.116 0.237 0.322 0.414 1.054 0.318 0.315 8114 chr3 185079618 185129332 + 0 NA intron (NM_004721, intron 1 of 13) L1PA11|LINE|L1 23639 NM_004721 9175 Hs.591306 NM_004721 ENSG00000073803 MAP3K13 LZK|MEKK13|MLK mitogen-activated protein kinase kinase kinase 13 protein-coding 1.981 1.617 1.391 0.318 0.289 0.045 0.214 0.570 1.150 0.025 0.103 0.058 0.162 0.045 0.353 0.397 0.200 0.142 0.293 0.090 0.028 0.011 0.844 0.567 0.227 0.415 0.223 0.028 0.268 0.119 0.302 0.556 0.338 0.450 0.074 0.170 0.805 0.044 0.086 0.050 0.386 0.117 0.047 0.053 0.321 0.090 0.228 0.128 0.090 0.050 0.060 0.120 0.397 0.195 0.074 0.227 0.056 0.063 0.518 0.027 0.088 0.060 0.402 2.227 0.066 0.024 0.011 0.456 0.497 1.418 1.020 0.641 0.658 0.772 0.200 0.333 0.365 2.331 2.829 0.621 0.699 4.884 4.255 0.514 0.658 2.510 2.759 2.815 7.181 1.561 0.877 10353 chr7 48030414 48045572 + 0 NA intron (NM_001030019, intron 6 of 9) L1MB8|LINE|L1 -18771 NR_037917 3364 Hs.152983 NM_004507 ENSG00000136273 HUS1 hHUS1 HUS1 checkpoint clamp component protein-coding 1.174 1.344 nan 0.728 0.081 0.040 0.602 0.095 0.225 0.246 0.510 0.243 0.350 0.026 0.094 0.076 0.212 0.127 0.306 0.139 1.413 0.182 0.106 0.142 0.063 0.402 0.181 0.259 0.201 0.711 0.637 1.123 0.513 0.612 0.270 0.675 0.226 6.486 0.335 0.047 0.095 0.589 0.457 0.190 0.373 0.315 0.617 0.277 0.161 0.466 0.094 0.188 0.076 0.441 0.446 0.063 0.137 0.125 0.013 0.527 0.275 1.019 0.131 0.233 0.290 0.042 0.034 0.369 0.336 0.166 0.290 0.388 0.399 0.438 0.178 0.103 0.103 0.200 0.422 0.299 0.386 0.435 0.328 0.188 0.298 0.551 0.914 0.580 1.341 0.548 0.493 1882 chr11 33391788 33399973 + 0 NA Intergenic Intergenic 116003 NM_001278162 10114 Hs.201918 NM_005734 ENSG00000110422 HIPK3 DYRK6|FIST3|PKY|YAK1 homeodomain interacting protein kinase 3 protein-coding 0.951 1.225 nan 0.867 0.627 0.544 0.875 0.542 0.972 0.251 0.837 1.753 0.038 1.035 1.428 0.091 0.098 0.466 0.173 0.016 0.323 0.242 1.210 0.152 0.072 0.153 0.050 0.409 0.240 0.323 0.086 3.059 0.232 0.075 0.327 0.708 0.106 1.676 0.321 6.904 7.223 3.203 0.133 0.198 1.236 5.595 0.767 4.070 0.115 0.055 1.428 0.236 0.564 1.210 0.045 0.051 0.474 0.682 0.013 0.145 0.460 0.214 3.036 1.339 1.535 0.596 0.908 0.328 0.755 3.421 2.351 0.422 0.154 0.388 0.498 1.565 2.601 0.261 0.740 0.695 1.008 1.125 2.463 1.346 0.816 0.817 nan 0.720 0.538 1421 chr10 32214687 32237646 + 0 NA Intergenic MER101-int|LTR|ERV1 -8362 NM_001270698 94134 Hs.499264 NM_018287 ENSG00000165322 ARHGAP12 - Rho GTPase activating protein 12 protein-coding 1.083 1.943 1.642 2.197 0.364 0.453 2.687 0.537 1.094 1.400 2.457 2.323 0.705 0.100 0.649 0.390 2.650 0.555 2.599 0.932 4.769 1.336 0.356 0.160 0.825 2.085 1.649 1.078 2.376 1.371 1.827 3.367 1.897 1.973 1.029 3.995 0.091 0.676 0.112 1.734 0.280 2.213 1.865 0.908 1.362 3.012 2.140 2.417 3.951 1.944 1.817 2.935 0.390 3.007 3.189 0.825 1.653 2.083 0.104 2.068 0.524 1.438 0.245 0.268 1.300 4.007 4.103 1.701 2.117 2.379 nan 1.266 1.127 2.275 0.666 1.482 1.493 1.755 2.358 1.212 1.678 0.605 0.529 0.742 1.148 0.504 0.630 0.671 1.049 0.636 0.424 7819 chr3 127597284 127608181 + 0 NA Intergenic Intergenic -39170 NM_207335 166348 Hs.132087 NM_207335 ENSG00000187715 KBTBD12 KLHDC6 kelch repeat and BTB domain containing 12 protein-coding 1.917 nan 1.551 0.154 0.177 2.602 0.235 0.354 0.530 0.065 0.034 0.006 0.056 0.367 0.341 0.221 0.075 0.373 0.252 0.037 0.013 0.261 0.204 0.299 0.209 0.039 0.016 0.443 0.574 0.112 0.473 0.103 0.564 0.254 0.046 0.228 0.010 0.087 0.033 2.184 0.136 0.022 0.023 0.293 0.176 0.021 0.099 0.067 0.073 0.043 0.123 0.341 0.198 0.059 0.299 0.044 0.030 1.041 0.091 0.204 0.217 0.099 1.509 0.035 0.032 0.005 0.360 0.308 0.183 0.315 1.752 1.473 1.051 0.423 0.227 0.237 1.535 nan 0.186 0.220 8.357 7.194 0.345 0.550 0.781 0.621 1.553 4.344 1.522 0.859 4033 chr15 69318353 69340576 + 0 NA non-coding (NR_033672, exon 9 of 17) non-coding (NR_033672, exon 9 of 17) 22430 NM_001184779 79400 Hs.657932 NM_024505 ENSG00000255346 NOX5 - NADPH oxidase 5 protein-coding 0.820 0.751 nan 0.518 0.075 0.010 3.720 0.123 0.230 0.333 0.556 0.736 0.034 0.045 0.082 0.127 0.095 0.080 0.923 0.835 0.095 0.025 0.084 0.131 0.151 0.907 0.596 0.100 0.276 0.682 0.160 0.674 0.147 0.433 0.633 2.466 0.013 0.063 0.082 0.557 0.092 0.444 0.203 0.123 0.675 0.281 1.160 0.357 0.537 0.421 0.412 4.113 0.127 0.440 0.260 0.151 0.652 0.194 0.214 0.220 0.036 1.307 0.082 0.669 1.630 0.137 0.050 0.438 0.458 0.233 0.385 0.350 0.372 nan 0.149 0.297 0.277 0.232 0.476 0.263 0.341 1.410 0.877 0.221 0.340 0.124 0.217 0.395 1.027 0.331 0.394 6321 chr2 113833100 113844104 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 8707 NM_032556 84639 Hs.306974 NM_032556 ENSG00000136697 IL1F10 FIL1-theta|FKSG75|IL-1HY2|IL-38|IL1-theta|IL1HY2 interleukin 1 family member 10 protein-coding 0.671 nan 0.764 0.858 0.119 0.064 1.347 0.101 0.238 0.418 0.079 0.165 0.011 0.018 0.163 0.119 0.076 0.087 1.249 0.741 0.023 0.013 0.128 0.069 0.055 2.410 2.015 0.027 3.907 1.475 0.978 2.605 3.734 nan 1.073 0.305 0.009 0.010 0.059 0.300 0.094 0.319 0.170 0.050 3.052 2.781 2.440 0.254 0.067 0.023 0.458 1.270 0.119 1.131 0.076 0.055 0.225 0.052 0.009 0.113 0.018 1.682 0.027 0.180 0.766 0.051 0.051 0.228 0.152 0.351 0.857 0.435 nan 0.197 0.125 0.289 0.298 0.159 0.322 0.257 0.236 0.371 0.220 0.115 0.135 0.038 0.047 0.370 0.789 0.255 0.381 3021 chr12 123203725 123216647 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 4943 NM_032554 27198 Hs.610873 NM_032554 ENSG00000196917 HCAR1 FKSG80|GPR104|GPR81|HCA1|LACR1|TA-GPCR|TAGPCR hydroxycarboxylic acid receptor 1 protein-coding 1.244 1.237 0.546 1.397 0.231 0.817 4.479 0.074 0.248 1.283 0.223 1.241 0.989 0.039 0.170 0.269 0.157 0.059 1.738 0.743 0.059 0.033 1.047 0.677 0.324 1.676 0.943 0.098 3.251 2.472 1.589 2.925 1.454 0.566 1.625 0.132 0.036 0.100 0.085 0.147 0.037 0.370 0.189 0.138 1.032 5.184 2.788 0.551 0.369 0.154 0.492 0.728 0.269 1.598 0.245 0.324 0.511 0.345 0.062 0.302 0.959 1.248 0.901 0.048 0.295 0.045 0.019 0.344 0.273 0.331 0.470 1.065 1.026 nan 0.336 0.340 0.411 0.710 1.321 0.692 1.128 2.639 3.279 1.340 2.283 0.317 0.246 0.285 0.511 0.595 0.798 8340 chr4 41120210 41165734 + 0 NA intron (NM_004307, intron 2 of 17) MER1A|DNA|hAT-Charlie 73663 NM_001166050 323 Hs.479602 NM_004307 ENSG00000163697 APBB2 FE65L|FE65L1 amyloid beta precursor protein binding family B member 2 protein-coding 0.737 nan nan 0.098 0.288 0.043 2.321 0.200 0.372 0.666 0.995 1.019 1.116 0.053 0.168 0.225 1.391 0.153 0.434 0.491 0.620 0.015 0.189 0.185 0.223 1.072 0.665 1.563 0.249 0.653 0.104 0.254 0.269 0.346 0.204 0.102 0.120 3.618 0.148 0.655 0.725 2.428 0.633 0.339 0.617 0.123 0.197 0.766 0.173 1.197 0.188 0.221 0.225 0.375 2.350 0.223 0.293 0.109 0.019 0.353 0.053 0.495 0.208 0.076 0.725 1.918 1.756 0.679 0.611 0.773 2.386 0.227 0.297 1.450 0.392 0.171 0.160 0.161 0.286 0.398 0.481 0.491 0.259 0.454 0.664 0.509 0.661 0.280 0.547 1.397 0.967 7895 chr3 145870253 145886566 + 0 NA intron (NM_000935, intron 1 of 18) intron (NM_000935, intron 1 of 18) 873 NM_000935 5352 Hs.477866 NM_000935 ENSG00000152952 PLOD2 BRKS2|LH2|TLH procollagen-lysine,2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2 protein-coding 3.041 nan nan 4.301 1.430 0.198 2.262 1.116 2.152 1.294 2.911 1.146 0.548 0.365 0.076 0.933 3.483 0.426 1.184 0.232 5.186 0.408 1.327 0.967 0.549 1.349 1.134 0.293 1.281 0.517 0.316 0.714 0.495 3.073 0.627 0.260 0.315 0.066 0.095 0.501 1.147 9.126 3.559 1.419 3.163 0.513 0.587 1.495 3.038 1.206 0.594 2.403 0.933 0.923 1.481 0.549 0.255 0.379 0.177 0.837 0.816 1.917 0.418 0.763 2.468 0.169 0.093 0.389 0.603 3.009 4.413 2.281 2.257 nan 1.981 1.698 1.665 3.017 nan 1.533 nan nan 3.443 0.893 1.912 1.329 1.178 1.392 1.891 1.238 1.011 7883 chr3 141195431 141207811 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -4268 NM_006506 5922 Hs.98445 NM_006506 ENSG00000155903 RASA2 GAP1M RAS p21 protein activator 2 protein-coding 2.529 nan nan 3.296 1.676 0.488 1.646 1.135 1.953 0.387 0.889 0.568 2.063 0.387 0.519 0.917 1.502 0.239 1.845 0.886 0.698 0.440 0.898 0.670 1.536 1.226 1.003 0.712 3.448 1.749 1.516 2.441 1.862 2.109 0.355 0.674 0.093 0.846 0.082 0.259 1.313 2.934 1.219 0.648 3.000 1.114 1.447 0.687 1.686 1.462 0.352 2.005 0.917 1.553 1.835 1.536 0.562 0.666 0.205 1.743 0.515 0.866 0.556 0.411 0.547 0.330 0.197 1.288 1.693 1.769 2.442 2.361 2.149 nan 1.981 2.119 1.997 1.361 nan 1.566 nan nan 2.785 0.880 1.901 0.480 0.459 1.362 1.443 1.344 0.910 8569 chr4 141347110 141350096 + 0 NA intron (NM_001130675, intron 1 of 15) CpG 212 NM_004362 1047 Hs.86368 NM_004362 ENSG00000153132 CLGN - calmegin protein-coding 4.711 2.680 1.713 0.581 5.689 0.519 0.483 2.857 6.122 0.032 2.187 0.674 0.063 0.505 2.810 1.224 0.605 0.053 1.226 0.476 0.128 0.512 0.930 0.432 3.941 0.721 0.586 0.174 0.343 0.637 1.293 1.572 0.352 7.634 0.686 0.161 1.046 1.989 0.073 0.802 2.854 0.618 1.190 0.706 0.571 0.025 0.344 1.822 1.554 1.741 1.305 0.427 1.224 0.338 0.260 3.941 0.656 0.250 0.778 0.874 1.329 0.027 3.762 1.114 0.252 0.366 0.160 1.592 3.302 3.135 4.492 5.957 4.789 4.336 2.118 6.449 5.858 1.542 1.962 3.924 5.353 3.432 5.030 12.770 10.755 4.100 4.950 3.234 3.702 2.013 1.437 2670 chr12 51661183 51667159 + 0 NA promoter-TSS (NM_001033873) promoter-TSS (NM_001033873) 31 NM_001031628 57228 Hs.652389 NM_001031628 ENSG00000170545 SMAGP hSMAGP small cell adhesion glycoprotein protein-coding nan 1.237 1.598 4.309 0.970 0.102 4.653 0.242 0.733 1.053 1.914 2.175 2.027 0.049 0.416 0.570 0.766 0.163 3.408 1.522 0.658 0.833 0.422 0.222 0.868 3.603 4.808 0.978 5.355 2.507 1.621 3.733 2.093 2.685 2.059 0.470 0.032 0.762 0.062 2.337 0.173 3.965 3.832 1.864 3.176 3.052 3.890 8.403 3.296 6.638 0.423 2.439 0.570 3.594 13.528 0.868 1.438 1.993 0.032 3.102 0.255 2.953 0.329 0.062 2.111 4.250 4.193 nan 0.720 1.396 2.755 1.906 nan 1.879 0.587 2.221 2.347 0.387 nan 2.484 nan 0.665 0.686 0.680 1.099 0.485 0.415 0.217 0.432 0.735 0.678 5100 chr17_gl000205_random 80490 98293 + 0 NA Intergenic LTR43-int|LTR|ERV1 -27232 NR_003682 403340 Hs.572501 NR_003682 MGC70870 - C-terminal binding protein 2 pseudogene pseudo nan 3.582 6.913 2.798 8.081 3.878 1.243 3.377 6.277 0.263 2.769 3.190 1.580 2.062 4.925 3.545 0.945 0.390 1.107 0.501 3.598 2.764 2.914 1.602 4.840 1.440 1.367 1.232 2.611 1.020 3.933 6.243 1.238 9.960 0.762 6.459 0.638 4.466 0.344 1.267 3.440 4.646 7.121 5.063 0.691 1.710 2.290 1.154 4.821 3.181 1.809 1.965 3.545 1.166 0.375 4.840 2.549 1.800 1.906 1.612 3.498 3.475 3.560 3.303 1.971 1.326 1.006 7.152 7.673 nan nan 5.786 4.415 7.508 2.905 7.740 8.401 6.309 7.976 2.429 2.203 nan 10.215 3.630 4.584 4.980 3.984 6.099 7.329 5.505 4.455 11951 chrX 56789710 56820616 + 0 NA intron (NM_001348129, intron 2 of 2) intron (NM_001348129, intron 2 of 2) -41146 NR_002308 442454 Hs.663220 NR_002308 UQCRBP1 - ubiquinol-cytochrome c reductase binding protein pseudogene 1 pseudo 0.785 0.588 1.252 0.072 0.384 0.031 0.057 0.252 0.402 0.071 2.777 0.161 0.024 0.140 1.058 0.083 0.133 0.073 0.135 0.018 0.047 0.054 0.655 0.321 1.091 0.117 0.070 0.071 0.055 0.041 0.045 0.068 1.541 6.141 0.051 0.142 0.016 0.140 0.113 0.026 0.165 0.263 1.201 0.596 0.040 0.465 0.090 0.745 0.211 0.115 0.052 0.058 0.083 0.110 0.033 1.091 0.554 0.078 0.044 0.178 3.367 0.110 0.032 0.095 0.015 0.013 0.022 0.330 0.201 1.472 2.199 1.474 1.265 4.455 2.718 5.367 5.464 0.228 0.371 0.253 0.399 1.224 0.973 0.154 0.142 0.097 0.127 0.271 0.361 0.932 0.696 930 chr1 182666120 182674158 + 0 NA Intergenic Intergenic -11858 NR_146548 105371644 Hs.496952 NR_146548 ENSG00000227181 LINC01688 - long intergenic non-protein coding RNA 1688 ncRNA nan nan 4.924 0.081 0.414 4.326 0.055 1.494 2.035 0.068 0.102 0.024 0.975 1.682 2.459 0.180 0.065 0.016 0.017 0.448 0.291 1.652 0.051 0.027 0.042 0.101 0.531 1.770 0.252 1.122 0.037 0.118 1.997 0.040 0.138 0.029 1.083 0.103 0.038 0.013 0.019 0.085 0.100 0.030 0.045 0.040 0.116 1.682 0.076 0.035 1.652 0.123 0.041 1.059 0.045 0.281 3.095 1.646 0.028 0.014 0.012 1.793 2.463 0.670 0.716 9.709 8.557 0.999 0.228 nan 0.998 3.384 3.629 0.914 0.857 2.902 3.249 1.237 4.087 4.324 4.076 2.536 7.615 1.070 0.757 3848 chr14 105620744 105681819 + 0 NA Intergenic Intergenic -3621 NM_177533 256281 Hs.526432 NM_177533 ENSG00000183828 NUDT14 UGPP|UGPPase nudix hydrolase 14 protein-coding 1.317 1.105 1.173 0.280 2.160 3.865 0.259 0.916 1.703 0.111 0.226 0.220 0.084 1.337 1.722 0.807 0.189 0.097 0.193 0.058 0.190 0.170 0.704 0.511 1.687 0.233 0.134 0.211 0.298 0.127 0.431 1.751 0.384 1.153 0.220 0.168 0.161 0.362 0.074 0.054 1.019 0.263 0.148 0.113 0.097 0.160 0.229 0.141 0.448 0.638 0.157 0.649 0.807 0.221 0.366 1.687 0.209 0.257 0.332 0.681 0.836 0.159 0.537 0.107 0.137 0.048 0.025 1.213 2.125 0.359 0.591 2.920 3.019 2.942 0.714 0.951 0.962 0.437 0.805 4.921 4.779 0.754 0.595 0.846 1.189 0.643 0.487 0.284 0.481 0.410 0.206 5274 chr18 39078199 39088139 + 0 NA intron (NR_002838, intron 2 of 5) intron (NR_002838, intron 2 of 5) 17472 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 0.832 0.758 0.007 0.133 0.072 0.014 6.251 11.414 0.097 0.086 0.182 0.045 0.438 0.075 0.066 0.011 0.012 0.298 0.204 0.197 0.014 0.007 0.007 0.028 0.011 0.065 0.027 0.021 0.226 0.029 0.032 0.082 0.053 0.063 0.047 0.018 0.006 0.010 0.030 0.025 0.022 0.026 0.438 0.019 0.197 0.000 0.017 0.112 0.008 0.039 0.075 0.008 0.012 0.015 0.461 0.185 0.286 0.346 0.385 0.522 6.453 0.974 0.093 0.134 0.466 0.693 nan 0.395 0.435 0.166 0.107 0.157 3.129 1.022 0.223 0.386 1.165 1.033 2972 chr12 116177200 116212959 + 0 NA Intergenic Intergenic 391380 NR_030351 693205 NR_030351 ENSG00000207967 MIR620 MIRN620|hsa-mir-620 microRNA 620 ncRNA nan nan 0.487 0.083 0.205 6.433 0.040 0.146 0.219 0.008 0.076 0.047 0.031 0.084 0.444 0.225 0.061 0.069 0.039 0.005 0.016 0.039 0.053 0.098 0.268 0.011 0.010 0.017 0.057 0.003 0.048 0.071 0.066 1.147 0.032 0.075 0.032 0.028 0.105 0.003 0.047 0.098 0.017 0.007 0.015 0.028 0.096 0.188 0.175 0.024 0.035 0.074 0.225 0.044 0.023 0.268 0.041 0.095 0.008 0.028 0.065 0.042 0.041 0.079 0.055 0.027 0.013 0.262 0.128 0.113 0.151 nan nan nan 0.086 0.583 0.608 0.192 0.319 nan nan 0.286 0.089 0.208 0.260 0.061 0.118 0.322 0.561 nan 0.387 648 chr1 145072607 145118532 + 0 NA promoter-TSS (NM_004892) promoter-TSS (NM_004892) -838 NM_004892 9554 Hs.632438 NM_004892 ENSG00000265808 SEC22B ERS-24|SEC22L1 SEC22 homolog B, vesicle trafficking protein (gene/pseudogene) protein-coding 3.780 nan 3.101 0.879 0.569 0.424 0.410 0.530 0.884 0.168 3.978 4.620 0.184 0.232 0.670 0.875 2.864 0.472 0.731 0.362 0.299 0.130 0.580 0.547 0.541 0.341 0.170 0.639 0.441 0.266 0.653 1.620 0.789 3.741 0.245 3.104 0.431 0.368 0.438 0.404 0.315 0.554 0.234 0.165 0.553 0.166 1.086 0.810 0.237 0.383 0.429 0.860 0.875 0.361 0.364 0.541 0.237 0.317 0.079 0.767 0.677 0.819 0.647 1.305 1.095 0.142 0.068 1.250 1.057 1.117 1.693 2.055 2.454 1.877 0.579 1.711 1.795 1.567 2.385 1.693 1.849 2.000 1.238 1.791 2.468 1.472 1.815 2.469 5.498 2.155 1.637 6617 chr2 210230285 210235497 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -55880 NM_001039538 4133 Hs.368281 NM_002374 ENSG00000078018 MAP2 MAP2A|MAP2B|MAP2C microtubule associated protein 2 protein-coding nan 1.835 nan 2.811 0.115 0.203 1.776 0.153 0.444 1.430 0.357 2.211 5.536 0.056 0.050 0.246 0.702 0.063 0.690 0.629 2.101 0.026 0.059 0.105 0.104 1.383 0.695 0.028 2.376 0.806 0.093 0.164 1.643 0.418 0.949 1.079 0.019 5.236 0.232 0.818 0.514 0.197 0.211 0.566 0.337 0.684 2.108 0.078 0.905 0.665 0.444 0.246 2.083 1.689 0.104 0.423 1.118 0.037 0.444 0.155 2.184 0.039 0.094 2.122 1.867 1.149 0.197 0.182 0.983 3.520 0.149 0.177 0.514 0.139 0.268 0.236 0.520 0.892 0.323 nan 0.347 0.232 0.045 0.193 0.073 0.159 0.180 0.194 0.413 0.308 6627 chr2 212253495 212288348 + 0 NA intron (NM_005235, intron 25 of 27) L2c|LINE|L2 788626 NR_002763 29034 Hs.658398 NR_002763 ENSG00000280837 CPS1-IT1 CPS1-IT|CPS1IT|CPS1IT1|PRO0132 CPS1 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.063 nan 0.951 0.502 0.034 0.334 0.215 0.460 0.005 0.074 0.077 0.032 0.198 0.036 0.163 0.081 0.065 0.121 0.060 0.418 0.020 0.462 0.287 0.432 0.002 0.008 0.019 0.304 0.241 0.238 0.785 1.149 0.325 0.138 0.091 0.150 0.053 0.109 0.126 0.158 0.045 0.017 0.014 0.047 0.141 0.091 0.066 0.065 0.033 0.193 0.104 0.163 0.146 0.034 0.432 0.137 0.211 0.014 0.064 0.299 0.039 0.145 0.042 0.015 0.023 0.007 0.662 0.604 0.433 0.550 0.320 0.391 2.425 0.952 0.276 0.326 0.484 0.701 0.695 nan 0.402 0.205 0.245 0.441 0.685 0.725 0.225 0.358 0.413 0.387 9056 chr5 90571644 90630661 + 0 NA intron (NR_103548, intron 3 of 4) intron (NR_103548, intron 3 of 4) 9067 NR_103548 100505994 Hs.628363 NR_103548 ENSG00000248323 LUCAT1 SCAL1 lung cancer associated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan 1.523 0.662 0.505 0.379 0.122 2.234 0.291 0.614 1.371 2.198 1.495 0.831 0.066 0.128 0.803 0.993 0.218 1.628 0.797 2.630 0.115 0.122 0.101 0.006 2.345 1.682 0.239 1.768 1.134 1.372 3.355 1.029 0.762 0.874 2.520 0.079 0.307 0.148 0.828 0.179 2.345 1.043 0.476 2.419 0.778 1.821 0.798 1.510 1.512 1.195 1.599 0.803 0.856 2.399 0.006 1.132 0.405 0.058 1.693 0.739 0.830 0.054 0.118 0.867 1.312 1.269 0.236 0.203 0.420 1.029 0.488 0.403 1.315 0.240 0.585 0.608 0.597 0.796 0.795 1.149 0.722 0.534 0.111 0.191 0.496 0.969 0.331 nan 0.493 0.435 4453 chr16 76859566 76873334 + 0 NA Intergenic Intergenic -36383 NR_039870 100616172 NR_039870 ENSG00000266426 MIR4719 - microRNA 4719 ncRNA 0.447 0.477 nan 0.079 0.106 0.008 0.093 0.093 0.156 0.013 0.079 0.080 0.005 0.058 0.058 0.129 0.044 0.070 0.189 0.110 0.018 0.020 0.064 0.113 0.061 0.005 0.021 0.011 0.065 0.070 0.054 0.077 0.197 0.043 0.053 0.007 0.021 0.089 0.026 0.023 0.101 0.026 0.011 0.016 0.033 0.084 0.102 0.030 0.057 0.017 0.039 0.129 0.124 0.033 0.061 0.036 0.078 0.042 0.038 0.015 0.035 0.036 0.003 0.029 0.004 0.284 0.162 0.078 0.065 0.214 0.308 5.387 2.727 0.207 0.186 0.135 0.102 0.194 0.231 0.345 0.141 0.086 0.125 0.066 0.073 0.081 0.184 0.565 0.484 8522 chr4 117530358 117562887 + 0 NA Intergenic Intergenic 325741 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.485 0.716 0.437 0.078 0.097 0.010 0.032 0.079 0.172 0.006 0.080 0.043 0.006 0.018 0.016 0.071 0.092 0.044 0.046 0.012 0.010 0.004 0.041 0.064 0.033 0.006 0.011 0.002 0.041 0.007 0.057 0.045 0.048 0.169 0.045 0.030 0.015 0.023 0.084 0.004 0.031 0.037 0.006 0.002 0.024 0.010 0.071 0.089 0.026 0.022 0.022 0.020 0.071 0.039 0.020 0.033 0.015 0.023 0.003 0.004 0.062 0.007 0.082 0.061 0.016 0.016 0.003 0.225 0.163 0.147 0.166 0.126 0.168 0.085 0.065 0.136 0.112 5.766 5.959 0.225 0.196 0.325 0.142 0.167 0.208 0.045 0.055 0.240 0.494 0.135 0.182 4973 chr17 72321014 72340872 + 0 NA intron (NM_153209, intron 2 of 19) intron (NM_153209, intron 2 of 19) 8592 NM_153209 124602 Hs.372773 NM_153209 ENSG00000196169 KIF19 KIF19A kinesin family member 19 protein-coding 2.369 1.526 3.311 0.033 3.102 2.392 0.094 2.876 5.615 0.024 0.074 0.070 0.028 0.414 3.995 0.742 0.098 0.170 0.067 0.019 0.041 0.028 0.245 0.137 3.147 0.157 0.065 0.097 0.061 0.021 0.249 0.891 0.072 8.038 0.037 0.095 0.490 0.062 0.110 0.018 0.984 0.126 0.046 0.029 0.022 0.035 0.048 0.152 0.153 0.051 0.056 0.070 0.742 0.097 0.033 3.147 0.012 0.063 1.036 0.280 1.779 0.044 0.144 0.693 0.019 0.031 0.020 2.726 5.079 0.170 0.260 9.237 8.378 0.580 0.153 0.068 0.073 nan 0.745 6.437 7.000 5.179 5.730 0.500 0.541 2.169 2.457 1.134 3.442 nan 1.391 1589 chr10 93871835 93887099 + 0 NA intron (NM_001178137, intron 6 of 9) intron (NM_001178137, intron 6 of 9) 123569 NM_001178137 22849 Hs.131683 NM_014912 ENSG00000107864 CPEB3 - cytoplasmic polyadenylation element binding protein 3 protein-coding 0.714 0.714 1.226 0.882 0.161 0.049 0.490 0.480 0.827 0.376 0.483 0.533 0.143 0.298 0.099 0.126 0.932 0.149 0.208 0.136 0.058 0.045 0.215 0.195 0.317 0.136 0.071 0.048 0.257 0.145 0.926 1.530 0.806 0.337 0.354 0.445 0.031 0.056 0.104 0.023 0.135 0.127 0.080 0.050 0.592 0.075 0.240 0.107 0.155 0.085 2.926 1.523 0.126 0.374 0.238 0.317 0.694 0.494 0.051 0.038 0.113 0.261 0.124 0.193 0.064 0.026 0.010 0.343 0.253 0.416 0.922 0.248 0.389 0.938 0.320 0.189 0.190 0.443 0.647 nan 0.694 0.208 0.143 0.217 0.294 0.088 0.112 0.309 0.490 0.603 0.422 7657 chr3 71613147 71636024 + 0 NA intron (NM_001012505, intron 2 of 6) intron (NM_001012505, intron 2 of 6) 8319 NR_146142 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 1.672 0.909 2.165 2.260 1.322 0.176 1.164 0.409 0.878 1.403 1.900 1.076 0.750 1.193 1.321 0.582 0.464 0.070 1.307 0.473 1.254 1.225 1.350 0.634 1.183 0.924 1.090 0.067 1.448 0.312 3.205 4.532 1.653 3.179 0.885 0.040 0.578 0.205 0.075 0.816 1.120 2.179 1.269 0.622 1.781 0.666 0.700 1.220 0.940 0.397 1.012 1.385 0.582 1.009 4.496 1.183 0.738 0.890 0.217 0.551 1.616 1.819 0.626 0.168 1.913 0.025 0.034 0.574 0.709 3.228 nan 1.464 1.449 1.663 0.785 2.320 2.416 0.099 0.145 1.995 3.354 6.398 6.787 0.475 1.341 2.194 1.615 0.365 nan 1.409 0.817 7245 chr21 44435823 44458102 + 0 NA intron (NM_004571, intron 9 of 10) intron (NM_004571, intron 9 of 10) 41552 NM_001321072 875 Hs.533013 NM_000071 ENSG00000160200 CBS HIP4 cystathionine-beta-synthase protein-coding nan 0.674 1.036 0.103 0.122 0.175 0.065 0.170 0.322 0.021 0.107 0.062 0.056 0.067 0.158 0.184 0.122 0.079 0.189 0.043 0.028 0.031 0.090 0.090 0.107 0.062 0.036 0.100 0.055 0.009 0.063 0.198 0.129 0.463 0.039 0.070 0.022 0.087 0.081 0.011 0.079 0.125 0.041 0.021 0.024 0.069 0.286 0.233 0.077 0.087 0.007 0.098 0.184 0.115 0.037 0.107 0.055 0.056 0.031 0.073 0.046 0.054 0.084 0.105 0.014 0.018 0.016 0.916 1.221 4.522 7.535 0.452 0.501 nan 0.111 0.397 0.451 0.489 nan 0.368 0.483 0.510 0.316 0.344 0.482 0.109 0.124 0.384 0.741 0.617 0.466 9744 chr6 64223835 64254557 + 0 NA Intergenic Intergenic -42721 NM_003463 7803 Hs.227777 NM_003463 ENSG00000112245 PTP4A1 HH72|PRL-1|PRL1|PTP(CAAX1)|PTPCAAX1 protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 protein-coding nan 0.816 0.531 0.075 0.181 0.036 0.202 0.155 0.229 0.137 0.481 0.406 0.012 0.069 0.054 0.304 0.132 0.080 0.429 0.223 3.891 0.013 0.096 0.134 0.089 0.272 0.123 0.036 0.159 0.061 0.431 1.334 0.883 0.344 0.167 1.921 0.034 0.042 0.119 0.069 0.230 0.144 0.051 0.020 0.310 0.255 0.318 0.115 1.686 0.066 1.427 2.338 0.304 0.192 1.256 0.089 0.664 0.429 0.016 0.294 0.179 0.383 0.041 0.049 0.537 0.071 0.053 0.302 0.220 0.202 0.457 0.213 0.295 0.155 0.074 0.224 0.217 0.122 0.205 0.259 0.265 0.336 0.139 0.080 0.170 0.099 0.170 0.143 0.254 0.273 0.334 1059 chr1 205460739 205479532 + 0 NA Intergenic Intergenic -3549 NM_212503 5129 Hs.445402 NM_002596 ENSG00000117266 CDK18 PCTAIRE|PCTAIRE3|PCTK3 cyclin dependent kinase 18 protein-coding 1.678 1.666 2.235 0.320 0.920 0.436 0.497 1.084 2.442 0.142 0.148 0.448 0.049 0.047 1.324 1.536 1.926 0.523 0.534 0.273 0.044 0.111 0.702 0.690 0.954 0.453 0.266 0.184 0.334 0.259 0.308 1.472 0.406 3.379 0.240 0.129 0.827 0.231 0.124 0.069 0.800 0.143 0.103 0.092 0.461 0.275 0.492 0.171 0.408 0.163 0.426 0.426 1.536 0.474 0.118 0.954 0.318 0.095 0.436 0.388 0.784 0.211 0.253 0.322 0.179 0.123 0.057 0.878 1.976 0.770 1.448 1.959 1.894 4.292 0.861 nan nan 0.883 1.319 2.524 2.347 1.238 1.020 0.464 0.679 1.971 1.738 1.077 2.440 2.382 1.105 2683 chr12 53357847 53375877 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -23212 NM_001256293 3856 Hs.533782 NM_002273 ENSG00000170421 KRT8 CARD2|CK-8|CK8|CYK8|K2C8|K8|KO keratin 8 protein-coding nan 0.837 0.569 0.503 0.132 0.317 0.620 0.239 0.431 1.564 0.316 0.230 5.456 0.122 0.612 0.329 0.302 0.368 0.466 0.220 0.144 0.015 0.164 0.142 0.445 0.450 0.230 0.254 0.219 0.404 0.428 1.831 0.419 0.995 0.235 1.754 0.058 0.066 0.088 0.052 0.133 1.096 0.154 0.082 0.260 0.319 3.988 0.293 4.590 0.475 0.392 1.244 0.329 0.634 0.408 0.445 0.560 2.663 0.324 0.787 0.118 1.273 0.071 0.021 0.353 0.042 0.028 nan 0.740 0.442 0.963 0.769 nan 1.122 0.491 0.421 0.499 0.373 nan 1.043 nan 0.535 0.370 0.488 0.454 0.290 0.502 0.113 0.221 1.211 0.645 11284 chr8 128734377 128989254 + 0 NA intron (NR_003367, intron 1 of 8) intron (NR_003367, intron 1 of 8) 53607 NR_031609 100302185 NR_031609 ENSG00000283710 MIR1204 hsa-mir-1204 microRNA 1204 ncRNA nan nan nan 1.479 0.361 0.268 2.758 0.320 0.645 1.000 1.707 36.933 0.270 0.215 0.079 0.080 0.907 0.190 1.504 0.634 2.361 0.315 0.349 0.219 0.085 1.566 1.231 0.944 1.157 0.832 2.090 4.300 0.822 nan 0.940 9.790 0.079 0.510 0.099 1.486 0.097 3.330 2.631 1.090 0.883 1.231 1.521 2.331 2.181 2.514 6.728 2.600 0.080 2.135 8.163 0.085 0.795 1.236 3.102 5.079 0.560 11.535 0.206 3.930 0.871 1.496 1.102 4.983 5.570 0.888 1.648 0.573 0.550 1.043 0.379 nan nan 6.420 8.292 2.212 2.310 30.086 22.735 0.351 0.608 0.238 0.321 4.638 7.670 0.283 0.359 6698 chr2 229042393 229046969 + 0 NA intron (NM_030623, intron 1 of 10) intron (NM_030623, intron 1 of 10) 1680 NM_030623 80309 Hs.436306 NM_030623 ENSG00000153820 SPHKAP SKIP SPHK1 interactor, AKAP domain containing protein-coding nan 0.525 0.603 0.031 0.057 0.024 0.015 0.512 1.159 0.014 0.091 0.020 0.027 0.108 1.244 0.084 0.050 0.138 0.029 0.138 0.005 4.677 0.016 0.144 0.058 0.061 0.129 0.092 15.712 0.032 0.046 0.021 0.045 0.052 0.026 0.061 0.017 0.017 0.021 0.109 0.089 0.015 0.029 0.084 0.031 0.050 4.677 0.018 0.332 0.022 0.016 0.021 0.026 0.017 0.025 0.011 0.307 0.142 0.173 0.160 9.877 9.400 0.087 0.032 0.407 0.374 0.258 0.385 0.422 nan 0.328 0.168 0.069 0.132 0.063 0.044 0.159 nan 0.545 0.488 8603 chr4 155479381 155527694 + 0 NA TTS (NM_000508) TTS (NM_000508) 8381 NM_021871 2243 Hs.351593 NM_000508 ENSG00000171560 FGA Fib2 fibrinogen alpha chain protein-coding nan 0.634 0.532 0.214 0.069 0.019 0.197 0.092 0.202 0.054 0.067 0.044 0.010 0.046 0.017 0.064 0.102 0.077 0.127 0.055 3.880 0.006 0.061 0.073 0.035 0.030 0.014 0.012 0.065 0.065 0.149 0.910 0.155 0.131 0.118 1.075 0.014 0.068 0.078 0.022 0.019 0.076 0.014 0.013 0.045 0.024 0.066 0.120 0.854 0.033 0.466 1.600 0.064 0.075 0.015 0.035 0.160 0.443 0.014 0.012 0.027 0.100 0.049 0.074 0.025 0.017 0.012 0.238 0.205 0.528 0.293 0.141 0.190 0.104 0.040 0.141 0.147 0.106 0.169 0.181 0.179 0.238 0.056 0.151 0.228 0.159 0.353 0.160 0.216 0.309 0.271 5206 chr18 22928889 22932723 + 0 NA intron (NM_001308225, intron 1 of 6) CpG 1408 NM_015461 25925 Hs.116935 NM_015461 ENSG00000198795 ZNF521 EHZF|Evi3 zinc finger protein 521 protein-coding 5.655 0.809 3.337 0.129 0.396 4.595 0.167 0.375 0.497 0.083 0.396 0.072 4.119 13.185 3.743 0.367 0.055 0.699 0.562 0.435 0.144 0.133 0.172 0.172 0.056 0.169 0.114 0.140 8.482 0.110 0.027 0.866 0.283 0.045 0.717 0.021 0.550 0.566 0.327 0.028 0.020 0.050 0.275 0.127 0.259 0.144 0.089 13.185 0.056 0.435 0.020 0.044 1.503 0.631 0.426 0.083 0.102 2.747 0.202 0.053 0.054 0.749 1.134 0.403 nan 13.269 9.794 1.069 0.374 1.011 1.271 2.207 3.050 1.185 2.299 3.333 5.410 0.537 1.323 3.778 2.004 0.915 1.266 3.439 2.615 10615 chr7 115337269 115374997 + 0 NA Intergenic Intergenic -134638 NR_145801 109623459 NR_145801 ENSG00000202377 SNORA25B - small nucleolar RNA, H/ACA box 25B snoRNA nan 0.720 0.885 0.121 0.484 0.050 0.040 0.242 0.529 0.015 0.103 0.110 0.028 0.034 0.532 0.906 0.197 0.123 0.115 0.020 0.021 0.022 0.433 0.441 0.638 0.009 0.002 0.002 0.103 0.025 0.171 0.373 0.289 0.947 0.019 0.057 2.815 0.095 0.171 0.022 0.238 0.044 0.011 0.006 0.029 0.016 0.094 0.095 0.041 0.052 0.031 0.073 0.906 0.058 0.052 0.638 0.029 0.090 0.057 0.025 0.430 0.028 0.168 0.140 0.022 0.008 0.016 0.436 0.316 0.517 0.622 0.301 0.413 0.186 0.113 0.301 0.265 0.641 0.754 0.907 1.469 0.453 0.213 0.263 0.556 6.987 9.532 0.514 1.250 1.033 0.598 7057 chr20 53238601 53251694 + 0 NA intron (NM_018431, intron 6 of 7) intron (NM_018431, intron 6 of 7) 152890 NM_177959 55816 Hs.473133 NM_018431 ENSG00000101134 DOK5 C20orf180|IRS-6|IRS6 docking protein 5 protein-coding 1.239 0.939 0.745 0.194 0.094 0.021 0.033 0.134 0.166 0.051 0.083 0.078 0.047 0.026 0.180 0.024 0.125 0.095 0.016 0.044 0.032 0.012 0.127 0.064 0.021 0.028 0.034 0.119 0.062 0.175 0.149 0.304 0.044 0.067 0.068 0.025 0.134 0.009 0.441 0.134 0.032 0.024 0.016 0.048 0.104 0.313 0.068 0.032 0.036 0.051 0.024 0.027 0.028 0.064 0.037 0.032 0.564 0.063 0.013 0.047 3.693 0.836 0.034 0.022 0.012 6.209 nan 2.604 1.371 0.216 0.245 0.153 0.124 1.743 1.664 1.076 1.717 0.310 0.360 2.766 2.055 2.970 4.858 0.122 0.089 0.763 1.300 0.197 0.307 3349 chr13 111556287 111573044 + 0 NA intron (NM_001286721, intron 1 of 4) intron (NM_001286721, intron 1 of 4) 2789 NR_104586 55608 Hs.525163 NM_017664 ENSG00000088448 ANKRD10 - ankyrin repeat domain 10 protein-coding 2.266 nan 2.366 3.038 3.052 2.485 2.189 1.224 2.487 0.616 1.862 0.570 1.095 0.633 3.836 2.598 1.140 0.134 4.187 1.620 0.893 0.903 0.699 0.389 1.892 0.944 1.117 0.527 0.733 0.753 2.071 2.690 1.129 3.770 0.809 1.173 0.688 1.261 0.090 0.767 2.958 5.676 1.705 0.866 0.732 0.453 1.814 1.138 1.513 1.331 1.293 0.891 2.598 5.885 0.906 1.892 0.613 1.153 0.417 1.779 1.520 1.157 1.312 0.616 1.414 1.055 0.817 4.897 4.886 5.484 10.228 3.302 3.235 4.260 1.559 3.388 3.268 0.527 0.634 3.111 4.784 2.501 2.925 2.402 5.060 2.825 3.317 2.894 2.623 0.408 0.311 3644 chr14 66387172 66411155 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 461343 NR_030355 693210 NR_030355 ENSG00000207781 MIR625 MIRN625|hsa-mir-625 microRNA 625 ncRNA nan nan 0.735 0.060 0.236 0.292 0.025 1.364 2.588 0.010 0.030 0.042 0.018 0.012 0.404 0.561 0.141 0.148 0.070 0.040 0.027 0.029 0.145 0.113 0.360 0.091 0.033 0.006 0.108 0.009 0.119 0.757 0.137 0.746 0.102 0.065 0.071 0.051 0.109 0.022 0.172 0.078 0.025 0.019 0.055 0.061 0.084 0.114 0.063 0.033 0.089 0.103 0.561 0.036 0.019 0.360 0.077 0.045 0.085 0.072 0.092 0.059 0.069 0.071 0.064 0.005 0.006 0.467 0.465 0.528 0.490 0.749 0.806 1.795 0.685 nan 0.486 0.243 0.456 0.885 nan 0.630 0.245 0.182 0.358 0.284 0.265 0.132 0.213 3.790 1.953 9980 chr6 143262983 143269989 + 0 NA promoter-TSS (NM_006734) promoter-TSS (NM_006734) -148 NM_006734 3097 Hs.510172 NM_006734 ENSG00000010818 HIVEP2 HIV-EP2|MBP-2|MIBP1|MRD43|SHN2|ZAS2|ZNF40B human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 2 protein-coding nan 4.560 nan 2.747 2.834 7.560 1.974 0.161 0.482 2.292 2.861 2.551 3.365 1.577 3.090 2.668 5.698 0.219 3.136 0.919 5.173 5.945 1.392 0.458 4.273 1.730 1.858 2.479 4.988 0.962 7.311 9.168 4.099 12.573 0.980 0.835 0.040 7.190 0.244 0.962 3.395 3.421 5.785 2.755 2.341 1.960 3.370 2.330 2.951 9.692 0.959 2.316 2.668 7.141 3.024 4.273 1.116 2.363 0.945 4.787 3.663 1.500 2.594 0.463 1.818 3.337 2.065 5.365 8.873 8.273 13.278 4.487 2.505 0.961 0.225 8.327 8.304 2.221 2.814 1.705 4.435 1.967 2.922 2.518 5.609 0.151 0.232 0.622 1.203 0.094 0.188 2019 chr11 65812808 65821107 + 0 NA promoter-TSS (NM_033036) promoter-TSS (NM_033036) -306 NM_033036 89792 Hs.208343 NM_033036 ENSG00000175229 GAL3ST3 GAL3ST-3|GAL3ST2 galactose-3-O-sulfotransferase 3 protein-coding nan 2.356 2.163 1.565 2.883 5.091 1.441 1.624 3.743 0.585 1.746 1.031 1.009 1.196 3.259 2.488 0.938 0.324 1.297 0.540 1.591 0.537 0.937 0.575 3.412 1.224 0.873 0.967 1.039 0.711 2.278 3.582 1.470 4.147 1.088 1.078 0.253 1.646 0.121 0.796 1.648 4.025 1.648 0.746 2.087 0.611 2.210 1.797 2.021 2.131 0.590 1.923 2.488 1.364 2.076 3.412 1.111 1.533 0.913 1.917 1.469 0.901 2.313 1.030 1.043 0.583 0.420 4.870 4.135 2.810 3.533 8.278 8.192 4.440 1.896 3.656 3.885 2.538 3.521 4.349 5.223 3.749 3.392 2.730 3.956 1.540 2.197 2.202 3.469 1.929 0.951 6179 chr2 69995183 70011062 + 0 NA intron (NM_001320700, intron 1 of 12) AluSx1|SINE|Alu 34016 NM_001320700 307 Hs.422986 NM_001153 ENSG00000196975 ANXA4 ANX4|HEL-S-274|P32.5|PAP-II|PIG28|PP4-X|ZAP36 annexin A4 protein-coding nan nan nan 0.938 0.940 0.049 0.811 0.350 0.600 0.336 0.446 1.146 1.032 0.259 0.269 0.875 0.996 0.212 0.537 0.514 0.131 0.017 0.148 0.110 0.414 3.077 2.181 0.194 0.598 0.411 0.874 3.580 1.125 1.780 0.681 0.310 0.144 0.166 0.115 0.364 0.331 0.368 0.110 0.112 1.128 1.157 0.572 1.561 5.163 0.469 3.433 1.016 0.875 0.699 1.219 0.414 0.762 0.480 0.193 0.170 0.121 0.831 4.184 0.375 0.488 0.207 0.248 0.612 0.662 1.442 2.327 0.468 0.599 nan 0.314 4.017 4.129 1.337 1.742 1.982 1.529 0.384 0.252 2.312 3.802 0.708 0.846 0.433 1.004 0.469 0.413 11650 chr9 95182891 95195922 + 0 NA intron (NM_001012267, intron 5 of 7) L1MC1|LINE|L1 -2570 NM_005014 4958 Hs.94070 NM_005014 ENSG00000127083 OMD OSAD|SLRR2C osteomodulin protein-coding 1.171 nan 1.911 0.151 0.432 0.042 0.050 1.946 3.853 0.037 0.184 0.106 0.005 0.124 0.108 0.443 2.018 0.381 0.137 0.029 0.005 0.032 0.764 0.495 0.734 0.080 0.022 0.042 0.074 0.016 0.092 0.113 0.093 0.237 0.033 0.095 1.536 0.075 0.091 0.085 0.097 0.037 0.048 0.008 0.036 0.162 0.107 0.062 0.109 0.030 0.141 0.443 0.082 0.036 0.734 0.013 0.522 0.059 0.350 0.067 0.085 1.009 0.024 0.018 0.008 0.516 0.929 0.487 nan 1.571 2.542 2.990 0.986 0.167 0.176 0.433 0.657 1.352 1.702 5.430 3.449 0.150 0.316 3.238 4.489 0.647 1.800 2.112 1.025 9989 chr6 145046853 145099522 + 0 NA intron (NM_007124, intron 55 of 73) intron (NM_007124, intron 55 of 73) 346396 NR_132778 106635530 NR_132778 SNORA98 - small nucleolar RNA, H/ACA box 98 snoRNA nan 0.999 nan 0.062 0.288 0.025 0.159 4.756 8.799 0.084 0.090 0.063 0.068 0.042 0.148 0.416 0.189 0.055 0.179 0.068 0.058 0.029 0.801 0.643 1.765 0.054 0.019 0.036 0.076 0.020 0.112 0.338 0.127 0.391 0.086 0.061 0.900 0.040 0.135 0.020 0.077 0.060 0.023 0.025 0.041 0.058 0.119 0.058 0.058 0.119 0.090 0.126 0.416 0.086 0.053 1.765 0.044 0.030 0.105 0.027 0.214 0.082 0.049 0.119 0.037 0.026 0.018 0.350 0.297 2.386 2.014 1.160 1.560 3.713 1.133 0.255 0.294 0.097 0.160 0.111 0.118 0.878 0.480 0.158 0.251 2.348 4.083 0.270 0.480 2.988 1.347 361 chr1 46917061 46933279 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL -9794 NR_121680 101929651 Hs.638707 NR_121680 ENSG00000224863 LINC01398 - long intergenic non-protein coding RNA 1398 ncRNA nan 0.859 nan 0.126 0.142 0.155 0.193 0.268 0.712 0.006 0.105 0.154 0.046 0.024 0.197 0.419 0.138 0.089 0.150 0.106 0.026 0.026 0.385 0.187 1.410 0.073 0.058 0.084 0.080 0.058 0.163 0.387 0.081 0.857 0.063 0.086 0.046 0.227 0.113 0.044 0.109 0.154 0.093 0.104 0.013 0.071 0.095 0.111 0.195 0.125 0.048 0.102 0.419 0.132 0.043 1.410 0.049 0.075 0.085 0.292 0.113 0.069 0.066 0.072 0.024 0.036 0.014 0.295 0.454 0.312 0.341 4.206 4.457 0.551 0.186 0.453 0.529 0.207 nan nan 1.156 0.867 0.829 0.352 nan 0.161 0.152 0.489 1.254 0.471 0.502 202 chr1 28448317 28463985 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -41003 NM_001282560 2140 Hs.185774 NM_001990 ENSG00000158161 EYA3 - EYA transcriptional coactivator and phosphatase 3 protein-coding 0.871 0.727 nan 0.390 0.201 0.046 2.898 0.143 0.270 0.104 0.116 0.160 0.024 0.039 0.124 0.164 0.119 0.196 1.487 1.471 0.113 0.009 0.063 0.099 0.071 1.382 0.987 0.061 1.981 1.525 0.455 1.928 1.053 0.248 1.223 0.105 0.024 0.110 0.132 0.189 0.025 0.285 0.173 0.130 2.575 0.568 0.702 0.439 0.234 0.119 0.045 0.845 0.164 0.661 0.106 0.071 0.209 0.126 0.019 0.145 0.026 0.341 0.277 0.198 0.172 0.110 0.078 0.356 0.396 0.618 0.469 0.454 0.542 0.185 0.085 0.437 0.385 0.235 0.482 0.466 0.629 0.369 0.141 0.345 0.523 0.057 0.097 0.372 1.487 0.387 0.426 3282 chr13 99645022 99663680 + 0 NA intron (NM_001130049, intron 1 of 32) intron (NM_001130049, intron 1 of 32) -24013 NM_001130050 23348 Hs.596105 NM_015296 ENSG00000088387 DOCK9 ZIZ1|ZIZIMIN1 dedicator of cytokinesis 9 protein-coding 0.915 4.115 1.292 0.070 0.221 3.084 0.134 1.071 2.011 0.056 0.179 0.133 0.176 0.048 0.380 0.690 0.475 0.082 0.662 0.252 0.051 0.037 0.117 0.103 0.388 0.104 0.046 0.008 0.047 0.062 0.949 2.883 0.503 0.802 0.127 0.076 0.132 0.041 0.082 0.038 0.247 0.155 0.077 0.071 0.072 0.173 0.216 0.100 0.079 0.069 0.021 0.057 0.690 0.467 0.124 0.388 0.046 0.145 0.120 0.050 0.294 0.085 0.064 0.299 0.087 0.022 0.003 0.639 0.630 0.498 0.663 0.520 0.552 2.008 0.727 0.113 0.162 0.332 nan 1.542 1.521 0.708 0.476 0.307 0.428 0.624 0.544 0.622 nan 0.499 0.377 8542 chr4 129519692 129526389 + 0 NA Intergenic Intergenic 173869 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 1.225 3.187 nan 0.939 3.505 2.016 2.459 0.650 1.089 0.071 0.908 2.951 0.028 0.583 0.265 0.347 0.884 0.057 1.107 0.878 0.086 1.001 0.269 0.517 1.307 0.758 0.044 0.661 1.065 1.325 3.570 1.315 3.758 1.682 6.188 0.287 0.069 0.087 1.872 0.084 0.154 0.143 0.080 0.225 0.470 0.172 3.488 1.912 0.500 5.157 1.735 0.347 0.642 0.992 0.517 0.565 0.054 0.114 0.043 2.599 1.105 0.119 0.118 0.365 0.103 0.030 0.311 0.168 0.472 0.784 0.412 0.512 0.338 0.039 0.162 0.174 0.490 0.786 3.075 2.675 0.260 0.240 0.209 0.379 1.427 2.099 0.145 0.492 1.390 0.729 11657 chr9 96564505 96591070 + 0 NA Intergenic LTR33A_|LTR|ERVL -3852 NR_036254 100422927 NR_036254 ENSG00000265347 MIR4291 - microRNA 4291 ncRNA 0.858 nan 0.763 0.059 3.243 0.521 0.239 3.059 5.747 0.111 0.049 0.009 0.887 0.588 0.400 0.062 0.037 0.103 0.014 0.025 0.021 0.440 0.183 3.912 0.351 0.138 0.050 0.123 0.024 0.874 3.862 0.069 1.409 0.061 0.053 0.192 0.050 0.050 0.095 0.102 0.044 0.018 0.053 0.052 0.076 0.094 0.102 0.070 0.044 0.095 0.400 0.083 0.025 3.912 0.051 0.081 0.051 0.088 1.426 0.053 0.053 0.060 0.014 0.024 0.023 0.202 0.184 0.139 nan 4.478 4.835 3.655 0.827 0.198 0.291 0.088 0.224 5.154 4.224 1.655 1.556 0.194 0.266 1.095 1.146 0.218 0.282 2.604 1.314 1984 chr11 62646949 62652255 + 0 NA intron (NM_001012662, intron 5 of 11) intron (NM_001012662, intron 5 of 11) 431 NR_037193 6520 Hs.502769 NM_002394 ENSG00000168003 SLC3A2 4F2|4F2HC|4T2HC|CD98|CD98HC|MDU1|NACAE solute carrier family 3 member 2 protein-coding nan 4.189 3.545 6.658 6.061 6.988 4.909 4.638 8.774 2.310 5.306 3.370 4.562 1.549 6.962 5.659 4.718 0.242 3.106 1.002 3.836 4.050 2.726 1.078 5.404 2.385 2.770 2.458 3.620 2.718 8.195 11.544 6.422 16.581 2.947 4.706 1.697 6.675 0.266 1.952 6.571 7.671 6.430 3.024 2.568 3.963 6.990 8.661 5.789 5.468 3.256 3.281 5.659 4.385 3.334 5.404 2.556 2.056 1.186 3.693 1.864 3.153 3.190 1.186 3.286 4.259 3.043 5.928 6.041 7.165 11.290 7.841 6.347 7.605 5.216 10.985 11.153 4.168 5.285 6.924 9.428 2.913 3.526 6.673 11.274 8.106 10.659 2.883 7.111 2.340 0.935 9648 chr6 42258304 42272446 + 0 NA intron (NM_033502, intron 4 of 17) L1MEd|LINE|L1 -79742 NM_018141 55173 Hs.380887 NM_018141 ENSG00000048544 MRPS10 MRP-S10|PNAS-122 mitochondrial ribosomal protein S10 protein-coding 1.131 0.835 0.923 0.455 0.130 0.047 4.236 0.135 0.297 0.346 0.176 0.602 0.009 0.063 0.152 0.351 0.277 0.182 1.917 0.824 0.495 0.078 0.111 0.087 0.254 1.731 0.885 0.052 0.235 1.599 0.155 0.948 0.178 0.344 1.024 0.084 0.067 0.107 0.115 0.167 0.040 0.130 0.111 0.138 1.089 0.557 0.956 0.847 0.298 0.710 0.686 1.054 0.351 1.378 2.111 0.254 0.361 1.031 0.037 0.174 0.043 0.593 0.049 0.355 0.161 0.033 0.022 0.470 0.423 0.317 0.600 0.352 0.481 0.666 0.356 0.388 0.417 0.567 0.732 0.620 nan 0.513 0.433 0.227 0.308 0.208 0.275 0.461 0.876 0.670 0.561 7491 chr22 50907021 50924652 + 0 NA Intergenic Intergenic -2336 NM_002972 6305 Hs.589924 NM_002972 ENSG00000100241 SBF1 CMT4B3|DENND7A|MTMR5 SET binding factor 1 protein-coding 1.910 1.030 nan 1.937 0.714 1.622 0.906 1.105 2.159 0.260 1.022 0.701 0.085 0.122 0.866 1.301 0.366 0.090 0.821 0.252 0.275 0.150 0.452 0.206 1.431 0.284 0.217 0.317 0.913 0.251 3.749 7.559 2.270 2.330 0.532 0.408 0.179 0.968 0.110 0.228 0.536 0.590 0.295 0.247 0.534 0.393 1.963 0.176 0.997 0.860 0.406 0.862 1.301 0.948 0.344 1.431 0.437 0.427 0.258 1.449 0.862 0.413 0.332 0.105 0.558 0.065 0.040 1.620 2.811 1.076 1.633 2.861 2.751 1.131 0.430 2.410 2.267 0.807 1.450 1.322 1.915 1.712 1.658 0.984 1.419 0.731 1.044 0.342 0.698 1.091 0.720 5558 chr19 14604727 14633329 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 9646 NM_001300914 3337 Hs.515210 NM_006145 ENSG00000132002 DNAJB1 HSPF1|Hdj1|Hsp40|RSPH16B|Sis1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B1 protein-coding 1.944 1.444 1.612 2.288 0.810 0.637 3.331 0.632 1.323 1.878 1.644 0.703 2.106 0.321 0.687 0.928 0.567 0.180 3.435 1.231 0.950 0.417 0.462 0.324 0.944 1.553 1.314 1.381 4.343 1.682 4.021 nan 3.637 1.736 1.180 1.982 0.206 0.879 0.105 1.043 0.280 2.594 0.816 0.553 2.053 1.630 4.101 2.069 2.799 2.544 0.754 1.804 0.928 5.273 3.252 0.944 1.036 3.070 0.335 1.558 0.645 2.917 0.235 0.908 1.153 1.302 1.077 0.679 1.072 1.238 2.032 1.658 1.715 2.221 0.794 1.941 1.877 0.892 1.449 1.382 1.926 1.517 1.094 0.835 1.608 0.731 1.017 1.583 3.097 1.275 0.697 307 chr1 40767952 40774540 + 0 NA intron (NM_001852, intron 21 of 31) MIR3|SINE|MIR 11693 NM_001852 1298 Hs.418012 NM_001852 ENSG00000049089 COL9A2 DJ39G22.4|EDM2|MED|STL5 collagen type IX alpha 2 chain protein-coding 10.792 0.680 nan 0.044 1.618 0.194 1.409 0.319 0.790 0.029 0.083 0.212 0.029 0.016 0.108 0.481 0.230 0.074 0.370 0.172 0.125 0.021 0.260 0.251 0.255 0.052 0.066 0.188 0.092 0.145 0.112 0.637 0.345 0.568 0.066 0.337 0.029 0.166 0.070 15.656 0.166 0.073 0.059 0.033 0.805 2.086 0.149 0.100 0.119 0.656 0.481 1.009 0.082 0.255 0.111 1.512 0.220 0.186 0.097 0.157 0.076 0.121 0.046 0.009 0.008 0.404 0.494 0.284 0.427 1.797 1.361 0.370 0.205 0.600 0.531 0.515 nan nan 1.702 0.880 1.108 0.367 nan 0.395 0.519 0.369 0.728 2.046 1.362 3472 chr14 34480823 34491310 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -65782 NM_022073 112399 Hs.135507 NM_022073 ENSG00000129521 EGLN3 HIFP4H3|HIFPH3|PHD3 egl-9 family hypoxia inducible factor 3 protein-coding 1.545 0.929 0.846 0.082 0.202 6.771 0.278 0.475 1.239 0.036 0.095 0.113 0.041 0.077 2.136 0.521 0.144 0.223 0.333 0.090 0.035 0.060 0.186 0.239 0.229 0.097 0.022 0.071 0.055 0.576 4.790 0.176 0.463 0.072 0.087 0.036 0.120 0.144 0.033 0.060 0.090 0.023 0.022 0.156 0.117 0.102 0.221 0.124 0.062 0.060 0.127 0.521 0.130 0.061 0.239 0.058 0.032 0.092 0.098 0.473 0.055 1.422 0.992 0.050 0.016 0.010 0.320 0.398 0.229 0.416 0.693 0.684 0.100 0.052 0.443 0.438 0.439 0.633 0.957 0.822 1.657 1.545 0.992 1.827 0.072 0.179 1.039 2.672 0.407 0.509 8333 chr4 40475972 40487307 + 0 NA intron (NM_001098634, intron 2 of 6) AluJb|SINE|Alu 22497 NR_039966 100616274 NR_039966 ENSG00000263642 MIR4802 - microRNA 4802 ncRNA 0.815 nan nan 0.486 1.144 0.526 0.398 2.629 5.292 0.049 0.774 0.385 0.110 0.462 1.834 0.223 0.102 0.122 0.215 0.117 0.089 0.024 0.292 0.283 1.117 0.853 0.373 0.027 0.097 0.056 0.618 1.914 0.352 1.193 0.229 0.322 0.076 0.086 0.078 0.100 0.092 0.122 0.016 0.014 0.241 0.169 0.264 0.114 0.719 0.070 0.451 0.609 0.223 0.170 0.138 1.117 0.469 0.455 0.017 0.052 0.098 0.171 0.685 0.785 0.033 0.024 0.004 0.463 0.241 0.796 1.108 0.589 0.730 0.345 0.128 0.426 0.415 0.160 0.225 2.596 3.206 0.535 0.211 0.575 0.643 0.513 0.565 0.578 2.590 1.216 1.226 8630 chr4 169913029 169948016 + 0 NA intron (NM_032783, intron 1 of 4) intron (NM_032783, intron 1 of 4) 946 NM_032783 84869 Hs.659311 NM_032783 ENSG00000145439 CBR4 SDR45C1 carbonyl reductase 4 protein-coding nan nan nan 0.612 0.688 0.136 0.496 0.500 0.864 0.183 0.511 0.448 0.237 0.192 0.366 0.308 0.405 0.101 0.415 0.128 0.327 0.127 0.174 0.148 0.859 0.302 0.275 0.110 0.540 0.241 0.510 0.858 0.354 1.064 0.289 0.374 0.117 0.311 0.084 0.188 0.482 0.322 0.212 0.120 0.244 0.261 0.424 0.517 0.351 0.273 0.466 0.323 0.308 0.353 0.451 0.859 0.230 0.303 0.119 0.167 0.226 0.318 0.208 0.454 0.434 0.063 0.042 0.580 0.640 2.549 5.715 0.795 0.738 0.821 0.418 1.656 1.692 0.800 0.998 0.808 1.093 0.954 0.924 0.434 0.799 0.529 0.492 1.026 1.841 0.814 0.514 6229 chr2 87744377 87760693 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2411 NR_024205 112597 Hs.652166 NR_024204 ENSG00000222041 CYTOR C2orf59|LINC00152|NCRNA00152 cytoskeleton regulator RNA ncRNA nan 1.126 nan 3.578 0.275 0.244 4.162 0.118 0.320 1.462 4.378 4.715 0.598 0.098 0.066 0.871 2.079 0.216 2.451 1.023 3.825 1.861 0.107 0.162 0.306 2.787 3.311 1.143 3.378 1.482 1.608 2.846 1.650 0.421 2.122 3.283 0.029 2.539 0.135 1.943 0.039 5.974 5.378 2.162 2.281 2.004 2.328 5.817 2.036 3.011 1.285 1.533 0.871 3.474 3.308 0.306 1.205 0.620 0.078 2.861 1.014 1.778 0.079 0.060 5.777 4.990 4.955 0.667 0.691 0.957 2.943 0.362 0.416 0.337 0.090 2.322 2.481 0.377 0.576 0.368 0.376 0.294 0.120 0.382 0.354 0.274 0.526 0.180 0.266 0.183 0.268 5836 chr1_gl000191_random 46049 51260 + 0 NA intron (NM_006625, intron 1 of 5) intron (NM_006625, intron 1 of 5) 1627 NM_001191006 10772 Hs.3530 NM_006625 ENSG00000188529 SRSF10 FUSIP1|FUSIP2|NSSR|PPP1R149|SFRS13|SFRS13A|SRp38|SRrp40|TASR|TASR1|TASR2 serine and arginine rich splicing factor 10 protein-coding nan nan 3.910 3.124 4.292 3.987 1.683 2.126 4.568 1.076 2.140 1.818 1.763 1.581 3.077 4.303 1.753 0.063 2.274 1.174 2.026 1.997 1.989 0.944 1.860 1.447 2.312 0.914 2.860 1.243 2.186 4.888 2.299 6.359 1.536 3.340 0.716 2.169 0.049 0.545 2.147 2.744 2.622 1.083 1.498 1.806 1.817 2.735 0.937 1.484 0.944 1.058 4.303 2.762 3.048 1.860 1.010 0.826 1.568 2.006 1.402 1.856 1.671 1.930 2.107 0.751 0.450 3.550 2.842 4.676 6.758 10.955 11.901 4.004 3.151 10.531 10.977 4.886 7.006 6.583 12.760 5.952 6.765 4.043 6.146 2.599 2.803 6.859 5.297 2.631 1.207 10305 chr7 36426088 36436289 + 0 NA intron (NM_018685, intron 1 of 23) intron (NM_018685, intron 1 of 23) -1454 NM_001100425 23366 Hs.6224 NM_015314 ENSG00000164542 KIAA0895 - KIAA0895 protein-coding 3.895 2.247 2.745 9.151 1.514 1.383 1.593 0.953 2.205 3.782 2.827 1.150 3.355 0.558 1.637 1.304 1.591 0.366 2.451 1.042 3.495 1.204 1.092 0.609 3.529 3.518 3.291 1.125 4.234 1.453 1.452 3.314 1.996 5.042 2.614 1.998 0.867 2.957 0.209 1.231 1.275 7.461 1.627 0.703 2.071 2.061 3.399 6.380 1.859 2.669 0.974 3.570 1.304 3.287 5.121 3.529 0.985 0.655 0.487 3.299 1.265 4.021 4.877 1.049 4.549 3.382 3.026 3.446 4.278 5.442 6.659 3.912 nan 4.294 1.484 5.840 5.690 2.948 nan nan nan 2.435 2.563 3.431 5.423 3.516 4.360 2.405 nan 2.403 1.296 154 chr1 22643264 22652286 + 0 NA Intergenic Intergenic 55043 NR_039613 100616433 NR_039613 ENSG00000266564 MIR4418 - microRNA 4418 ncRNA 1.326 0.996 nan 0.108 0.265 0.111 0.039 0.426 1.009 0.021 0.064 0.072 0.007 0.068 0.525 5.874 0.055 0.036 0.047 0.022 0.013 0.031 0.585 0.772 0.292 0.023 0.031 0.040 0.068 0.044 0.232 0.116 1.596 0.036 0.055 1.065 0.056 0.088 2.667 0.108 0.042 0.009 0.012 0.051 0.074 0.199 0.102 0.089 0.026 0.030 5.874 0.075 0.079 0.292 0.027 0.118 0.483 0.103 0.136 0.009 0.704 0.248 0.006 0.004 6.033 7.069 0.189 0.199 1.861 1.790 1.828 1.576 0.384 0.341 1.077 1.461 0.616 0.938 0.896 0.860 0.560 0.818 2.261 2.248 0.745 1.369 0.752 0.800 1463 chr10 47745789 47759009 + 0 NA exon (NM_001278924, exon 3 of 9) exon (NM_001278924, exon 3 of 9) 5549 NM_001098845 728113 Hs.705389 NM_001630 ENSG00000264230 ANXA8L1 ANXA8|ANXA8L2|VAC-beta|bA145E20.2 annexin A8 like 1 protein-coding 0.373 nan 0.296 1.839 0.040 0.017 2.318 0.109 0.144 0.719 1.283 1.024 0.173 0.062 0.067 0.048 0.086 0.046 0.369 0.402 0.076 0.021 0.031 0.067 1.130 1.169 0.122 0.876 1.874 0.104 0.111 0.183 0.063 0.066 0.041 0.029 0.057 0.048 0.189 0.042 6.686 2.894 1.268 1.534 1.314 2.515 1.057 0.960 0.340 0.035 1.471 0.048 0.292 0.502 0.067 0.998 0.277 0.030 0.442 0.023 0.870 0.038 0.055 2.017 0.518 0.298 0.440 0.766 0.462 1.009 0.121 0.102 0.191 0.092 0.247 0.230 0.098 0.127 0.132 0.116 0.159 0.104 0.211 0.279 0.025 0.050 0.133 0.162 0.116 0.212 6796 chr20 2081401 2085997 + 0 NA exon (NM_080836, exon 2 of 4) exon (NM_080836, exon 2 of 4) 1171 NM_080836 140901 Hs.100057 NM_080836 ENSG00000125834 STK35 CLIK1|STK35L1 serine/threonine kinase 35 protein-coding 5.667 8.075 4.317 4.232 8.507 3.790 2.675 2.732 6.518 2.487 6.494 2.456 2.360 3.361 8.811 5.463 3.732 0.400 4.226 1.629 2.810 6.039 2.241 1.314 6.607 3.250 5.115 3.638 2.381 2.044 6.885 8.991 4.603 13.572 3.034 5.151 1.900 4.576 0.115 1.796 2.261 5.890 6.769 2.691 3.528 2.884 4.607 5.480 8.608 5.921 2.606 4.722 5.463 4.931 3.146 6.607 3.325 5.056 2.031 6.727 5.505 5.500 3.660 2.042 2.682 4.036 2.963 15.386 15.989 6.873 10.338 12.366 13.716 11.942 8.586 14.874 15.851 6.464 7.952 13.232 18.792 13.102 13.301 10.593 16.072 9.205 9.120 8.260 6.103 2.127 1.367 5320 chr18 47044920 47059307 + 0 NA Intergenic MER4C|LTR|ERV1 -33178 NM_001199345 6139 Hs.293653 NM_000985 ENSG00000265681 RPL17 L17|PD-1|RPL23 ribosomal protein L17 protein-coding nan 0.892 0.760 0.310 0.236 0.152 0.495 0.242 0.315 0.013 0.098 0.328 0.017 0.079 0.110 3.967 0.214 0.100 0.104 0.014 0.053 0.038 0.077 0.064 0.366 0.082 0.030 0.082 0.034 0.044 0.111 0.267 0.118 0.527 0.153 0.272 0.033 0.023 0.100 0.032 0.940 0.083 0.050 0.037 0.076 0.071 0.360 0.097 0.141 0.079 0.051 0.208 3.967 0.054 0.058 0.366 0.076 0.029 0.626 0.125 0.064 0.175 0.296 0.086 0.047 0.024 0.014 0.499 0.638 0.357 0.730 1.099 1.073 2.674 0.609 0.294 0.250 0.247 0.412 0.589 0.577 1.293 1.077 0.821 0.921 0.183 0.261 0.313 nan 1.159 1.171 5699 chr19 42688541 42726333 + 0 NA intron (NR_073051, intron 3 of 4) L2c|LINE|L2 14507 NM_001270615 162989 Hs.515432 NM_133328 ENSG00000160570 DEDD2 FLAME-3|FLAME3 death effector domain containing 2 protein-coding 1.273 1.494 1.285 1.414 0.914 0.810 1.618 0.585 0.985 0.484 1.628 1.049 0.133 0.635 0.943 0.616 0.326 0.170 2.187 1.084 0.414 0.196 0.532 0.289 0.710 1.034 0.953 0.782 1.050 0.725 1.592 nan 0.978 1.668 0.805 0.392 0.141 0.484 0.106 1.043 0.293 1.089 0.710 0.329 1.487 0.727 1.092 0.669 1.506 3.064 0.612 0.809 0.616 1.718 0.337 0.710 1.084 1.127 0.342 0.698 0.448 0.274 0.358 0.407 0.613 0.282 0.169 0.636 0.777 0.846 1.409 1.450 1.558 2.482 0.910 1.875 1.994 0.728 1.350 1.798 2.404 0.974 0.680 0.771 1.519 0.724 1.082 0.888 1.736 1.251 0.778 2801 chr12 77977409 78007067 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -232831 NM_001024383 89795 Hs.655301 NM_014903 ENSG00000067798 NAV3 POMFIL1|STEERIN3|unc53H3 neuron navigator 3 protein-coding nan 0.774 0.633 0.080 0.132 0.088 0.019 0.136 0.309 0.003 0.052 0.068 0.012 0.044 0.181 0.164 0.211 0.130 0.068 0.032 0.041 0.009 0.330 0.244 0.107 0.021 0.010 0.013 0.052 0.004 0.071 0.056 0.048 0.320 0.040 0.072 0.016 0.026 0.085 0.016 0.027 0.046 0.015 0.016 0.030 0.026 0.094 0.102 0.030 0.077 0.055 0.045 0.164 0.041 0.040 0.107 0.029 0.034 0.150 0.022 0.146 0.016 0.063 0.338 0.026 0.019 0.009 0.330 0.208 0.170 0.244 0.538 0.604 0.233 0.114 0.277 0.298 4.451 5.031 nan 0.493 0.786 0.538 0.123 0.192 0.098 0.139 0.738 1.221 nan 0.895 6730 chr2 235064263 235079059 + 0 NA Intergenic Intergenic 112315 NM_006944 6694 Hs.444488 NM_006944 ENSG00000072080 SPP2 SPP-24|SPP24 secreted phosphoprotein 2 protein-coding 0.766 nan 0.757 0.219 0.199 0.767 2.601 1.265 2.661 0.154 0.089 0.292 2.080 0.176 0.144 1.935 0.062 0.044 0.676 0.669 0.066 0.028 0.084 0.088 0.278 0.851 0.406 0.085 0.169 0.480 0.429 2.010 2.146 3.094 1.057 0.134 0.007 0.052 0.095 0.668 0.661 0.352 0.041 0.053 0.275 0.577 0.533 0.161 1.101 0.463 0.209 0.118 1.935 0.981 0.660 0.278 0.083 1.099 0.066 0.596 0.373 0.543 0.093 0.474 0.314 0.078 0.024 0.446 0.225 0.360 0.744 0.600 0.621 0.550 0.125 0.316 0.273 0.256 0.461 0.658 nan 0.715 0.547 0.258 0.303 0.143 0.202 0.804 1.621 0.463 0.406 681 chr1 149898066 149915040 + 0 NA intron (NM_001145862, intron 5 of 16) intron (NM_001145862, intron 5 of 16) 1713 NM_181873 10903 Hs.425144 NM_006697 ENSG00000014914 MTMR11 CRA myotubularin related protein 11 protein-coding 2.204 nan 1.994 2.312 1.016 1.425 3.818 0.784 1.544 1.383 1.918 1.943 1.226 1.064 1.859 2.500 1.442 0.379 2.963 1.552 3.005 0.621 1.134 0.589 1.388 2.518 2.235 1.212 2.303 1.320 6.678 11.577 2.310 5.511 2.032 3.777 0.360 1.397 0.147 2.225 0.675 2.236 1.771 0.767 2.032 1.680 1.948 2.003 2.884 2.098 5.127 5.262 2.500 2.911 3.451 1.388 1.479 2.719 0.411 3.765 1.729 2.567 0.952 0.846 1.287 1.469 0.924 1.579 1.576 3.008 4.786 2.224 2.587 2.553 1.017 2.030 2.112 2.701 3.306 2.172 2.993 1.659 1.324 1.863 2.697 1.460 1.981 1.641 3.141 1.288 0.676 8765 chr5 11441349 11454548 + 0 NA intron (NM_001288715, intron 2 of 20) LTR78|LTR|ERV1 141081 NM_001288715 1501 Hs.314543 NM_001332 ENSG00000169862 CTNND2 GT24|NPRAP catenin delta 2 protein-coding nan nan nan 0.049 0.100 0.008 0.059 0.134 0.152 0.022 0.053 0.042 0.009 0.045 0.081 0.029 0.175 0.133 0.096 0.043 0.021 0.130 0.297 0.081 0.010 0.005 0.006 0.112 0.008 0.145 0.111 0.147 nan 0.098 0.021 0.033 0.126 0.009 0.030 0.105 0.046 0.012 0.042 0.052 0.124 0.007 0.037 0.037 0.030 0.040 0.029 0.065 0.031 0.081 0.019 0.067 0.067 0.022 0.030 0.047 0.030 0.038 0.026 0.011 0.391 0.170 0.230 0.319 0.239 0.346 0.087 0.100 0.097 0.109 nan 4.197 0.215 0.204 0.738 0.333 0.174 0.272 0.089 0.107 0.186 nan 0.365 0.461 9611 chr6 36772487 36808540 + 0 NA intron (NM_020939, intron 2 of 20) MIRc|SINE|MIR 16707 NM_020939 57699 Hs.372129 NM_020939 ENSG00000124772 CPNE5 COPN5|CPN5 copine 5 protein-coding nan 0.826 nan 0.127 0.226 2.388 0.927 0.191 0.442 0.035 0.209 0.114 0.014 0.061 0.801 1.215 0.260 0.184 0.374 0.152 0.056 0.031 0.135 0.181 0.308 0.376 0.224 0.070 0.480 0.347 0.231 1.018 1.148 0.951 0.178 0.070 0.082 0.218 0.087 0.164 0.183 0.215 0.072 0.056 0.175 0.276 0.147 0.265 0.140 0.217 0.231 0.196 1.215 0.467 0.134 0.308 0.078 0.064 0.193 0.387 0.072 0.466 0.129 0.373 0.124 0.029 0.015 0.636 0.760 0.284 nan nan 0.871 1.074 0.353 0.501 0.521 0.639 1.084 0.681 1.021 0.687 0.420 0.397 0.496 0.399 0.461 0.528 1.095 0.853 0.605 8222 chr4 1720945 1731434 + 0 NA intron (NM_006342, intron 3 of 15) AluY|SINE|Alu 2972 NM_006342 10460 Hs.104019 NM_006342 ENSG00000013810 TACC3 ERIC-1|ERIC1 transforming acidic coiled-coil containing protein 3 protein-coding 2.330 1.633 nan 4.396 3.074 1.355 3.315 1.378 2.379 0.787 3.436 1.390 0.958 1.047 3.148 2.207 0.994 0.245 7.684 2.294 2.462 0.894 2.127 0.961 2.420 1.497 1.763 2.205 4.841 1.536 2.611 4.957 3.166 3.505 3.165 2.914 0.481 1.738 0.085 1.594 1.924 5.900 3.725 1.693 2.144 2.649 3.989 1.803 2.910 4.758 2.715 1.523 2.207 9.688 4.565 2.420 1.406 1.031 0.161 3.586 0.751 2.763 0.935 1.126 2.184 1.664 0.931 2.579 3.172 3.447 4.754 3.368 3.047 nan 1.341 3.612 3.938 1.110 1.672 3.349 4.867 2.663 3.210 1.369 3.205 1.408 1.268 1.339 2.098 nan 0.851 10078 chr6 166669636 166682777 + 0 NA Intergenic AluSx4|SINE|Alu 25749 NR_125862 101929297 Hs.434661 NR_125862 ENSG00000233365 LOC101929297 - uncharacterized LOC101929297 ncRNA 0.645 nan 0.720 0.121 0.140 0.041 3.054 0.042 0.275 0.014 0.078 0.035 0.014 0.031 0.034 0.107 0.055 0.073 1.712 1.340 0.029 0.010 0.024 0.074 0.038 2.075 1.084 0.028 1.414 0.641 0.513 2.098 0.511 0.200 0.769 0.049 0.028 0.050 0.100 0.206 0.018 0.161 0.050 0.065 2.921 0.819 0.051 0.084 0.056 0.091 0.018 1.127 0.107 0.995 0.021 0.038 0.102 0.095 0.022 0.075 0.031 0.536 0.007 0.009 0.597 0.013 0.023 0.437 0.229 0.337 0.594 0.348 0.383 0.198 0.129 0.148 0.133 0.100 0.138 0.200 0.232 nan 0.187 0.162 0.212 0.055 0.115 0.118 0.211 0.216 0.273 8863 chr5 36870905 36881467 + 0 NA promoter-TSS (NM_015384) promoter-TSS (NM_015384) 610 NR_046262 646719 Hs.355684 NR_046262 NIPBL-DT NIPBL-AS|NIPBL-AS1 NIPBL divergent transcript ncRNA 2.995 3.251 nan 2.132 6.841 1.165 2.258 1.220 2.604 1.640 2.563 1.808 1.244 1.611 3.379 2.657 5.041 0.365 2.579 0.899 1.486 2.518 3.293 2.084 3.755 1.860 2.056 1.200 3.420 1.386 4.784 6.422 3.722 8.793 1.271 1.883 0.912 2.415 0.129 1.679 2.098 2.974 2.713 1.107 1.218 1.541 3.763 1.202 1.942 3.159 3.138 2.518 2.657 2.509 2.187 3.755 1.806 2.153 1.149 5.462 2.734 3.099 3.731 2.334 1.346 1.778 1.060 4.060 4.384 3.850 5.416 7.654 7.354 3.907 2.088 9.323 9.491 5.391 5.974 5.107 7.296 12.846 10.306 5.726 10.701 3.013 3.663 5.539 5.561 2.671 1.353 8373 chr4 53813933 53826661 + 0 NA intron (NM_152540, intron 5 of 8) intron (NM_152540, intron 5 of 8) 91802 NM_023940 65997 Hs.8035 NM_023940 ENSG00000128045 RASL11B - RAS like family 11 member B protein-coding nan 0.617 1.594 0.091 0.939 0.853 0.119 0.163 0.405 0.053 0.091 0.182 0.022 0.047 0.422 1.443 0.198 0.089 0.063 0.013 0.011 0.492 0.307 0.367 0.031 0.023 0.017 0.106 0.063 0.099 0.072 0.505 0.012 0.037 0.966 0.026 0.066 0.009 0.714 0.138 0.014 0.043 0.073 0.114 0.126 0.045 0.034 0.038 0.057 1.443 0.056 0.029 0.367 0.029 0.013 0.144 0.045 0.312 0.068 0.140 0.196 0.018 0.005 0.004 0.436 0.629 0.334 0.503 1.430 1.161 7.500 2.196 0.480 0.352 1.093 1.475 2.002 1.757 0.590 0.706 0.230 0.425 2.122 2.817 0.458 0.661 3.216 1.793 11165 chr8 102213406 102221227 + 0 NA intron (NM_001267708, intron 1 of 5) intron (NM_001267708, intron 1 of 5) 644 NM_001042510 51123 Hs.374485 NM_016096 ENSG00000120963 ZNF706 HSPC038|PNAS-106|PNAS-113 zinc finger protein 706 protein-coding 7.708 nan 10.177 1.697 7.067 5.430 2.857 3.909 7.850 2.204 4.005 2.437 2.158 2.843 5.970 2.713 3.633 0.472 2.751 0.702 2.129 1.275 1.792 0.881 8.072 2.382 3.162 1.451 3.949 1.656 3.910 4.764 2.353 24.199 1.137 1.531 2.145 1.475 0.131 0.819 2.841 2.849 3.964 1.814 1.436 2.333 3.146 4.147 3.102 4.708 3.202 2.024 2.713 4.915 1.865 8.072 1.176 2.368 0.983 2.578 3.051 2.222 1.242 1.680 1.881 1.677 1.363 3.267 3.257 4.020 6.541 10.926 8.608 nan 4.220 12.445 12.582 4.096 nan 14.897 20.038 nan 3.710 1.927 4.561 7.746 7.888 5.179 nan 4.062 2.149 1029 chr1 203329632 203339042 + 0 NA Intergenic L1ME3A|LINE|L1 -13780 NR_103757 2331 Hs.519168 NM_002023 ENSG00000122176 FMOD FM|SLRR2E fibromodulin protein-coding 1.382 1.168 2.323 0.075 1.371 0.190 0.068 0.482 1.248 0.031 0.136 0.083 0.020 0.010 1.100 2.351 0.200 0.137 0.066 0.020 0.020 3.021 1.370 5.748 0.060 0.015 0.040 0.108 0.011 0.102 0.173 0.126 1.337 0.031 0.063 0.302 0.035 0.073 0.012 0.158 0.058 0.025 0.016 0.046 0.041 0.068 0.085 0.078 0.060 0.042 0.091 2.351 0.065 0.038 5.748 0.117 0.044 1.015 0.056 0.379 0.021 0.085 0.302 0.073 0.018 0.008 0.573 1.385 0.330 0.509 5.613 5.749 5.060 1.735 nan nan 1.041 1.574 1.376 1.118 0.482 0.492 0.447 0.594 1.350 0.879 0.414 1.007 4.773 2.171 3062 chr12 133262147 133272763 + 0 NA intron (NM_018663, intron 2 of 4) intron (NM_018663, intron 2 of 4) 3263 NM_018663 5827 Hs.430299 NM_018663 ENSG00000176894 PXMP2 PMP22 peroxisomal membrane protein 2 protein-coding 2.741 2.125 1.709 2.268 1.491 1.241 1.130 0.895 1.995 0.567 1.384 0.680 0.541 0.805 1.807 2.534 0.979 0.318 1.034 0.144 0.941 1.424 1.423 0.664 2.367 0.727 0.896 1.642 1.509 0.149 1.229 2.854 1.161 3.726 0.220 1.589 0.996 1.606 0.160 0.188 8.190 1.416 1.590 0.964 0.343 0.426 1.348 0.638 2.296 2.168 3.137 1.020 2.534 2.281 1.683 2.367 0.852 0.593 0.531 3.658 1.166 0.578 0.498 0.525 0.575 0.537 0.470 1.992 1.747 3.265 4.077 3.856 3.954 2.780 1.619 3.736 3.743 1.509 2.261 nan 4.992 2.352 3.177 2.139 3.358 2.705 3.459 3.530 2.041 1.571 0.980 5 chr1 931445 938358 + 0 NA intron (NM_001142467, intron 2 of 2) CpG 651 NM_001142467 57801 Hs.154029 NM_021170 ENSG00000188290 HES4 bHLHb42 hes family bHLH transcription factor 4 protein-coding 5.964 nan 8.361 5.377 2.500 5.177 1.294 1.138 1.838 0.720 3.086 0.922 2.355 1.854 0.784 1.936 3.916 0.617 3.377 0.769 2.110 2.601 0.532 0.071 0.135 1.206 1.650 1.759 4.330 0.717 3.846 nan 3.524 6.008 1.037 1.592 0.347 8.744 0.195 0.292 21.402 3.049 2.460 1.097 1.398 1.213 2.357 0.574 3.046 5.445 3.549 3.280 1.936 9.523 3.286 0.135 1.239 2.825 1.598 10.740 0.220 1.299 0.498 0.302 1.692 0.866 0.516 3.842 5.237 6.848 11.925 1.497 0.967 2.209 1.437 5.319 5.348 4.408 nan nan 10.730 nan 1.203 2.070 2.106 2.214 1.787 0.432 1.001 0.428 0.288 2715 chr12 57844315 57856796 + 0 NA exon (NM_031479, exon 2 of 2) exon (NM_031479, exon 2 of 2) 1481 NM_031479 83729 Hs.632713 NM_031479 ENSG00000139269 INHBE - inhibin subunit beta E protein-coding nan 1.839 2.412 0.935 1.959 1.521 0.518 0.912 1.499 0.207 0.969 3.089 0.229 0.512 2.583 1.520 1.236 0.130 0.371 0.199 1.271 3.523 1.546 0.264 0.580 0.610 0.433 1.129 0.331 0.245 3.174 5.588 0.521 1.559 0.269 0.933 0.434 2.547 0.130 0.235 1.865 0.484 0.351 0.262 0.500 0.222 0.375 1.491 4.438 1.686 0.669 0.502 1.520 0.411 0.858 0.580 0.293 0.168 1.045 2.363 0.934 0.349 0.905 2.564 0.837 0.102 0.032 nan 1.972 0.899 1.335 1.274 nan 3.319 1.128 6.259 6.814 0.950 nan 5.402 nan 3.930 5.003 2.115 2.025 2.646 4.421 2.947 9.114 1.746 0.998 2105 chr11 74985846 74992149 + 0 NA intron (NM_004041, intron 8 of 15) Plat_L3|LINE|CR1 37047 NM_001195528 100507050 Hs.577323 NM_001195528 ENSG00000261594 TPBGL - trophoblast glycoprotein like protein-coding nan 2.657 0.908 0.081 2.794 8.830 0.198 0.434 1.035 0.061 0.185 0.114 0.059 0.476 4.956 0.528 0.107 0.037 0.362 0.030 0.040 0.023 0.274 0.102 5.237 0.071 0.051 0.124 0.082 0.165 nan 0.091 2.539 0.093 0.076 0.198 0.121 0.108 0.037 0.612 0.402 0.038 0.050 0.052 0.144 0.137 0.211 0.210 0.084 0.037 0.221 0.528 0.128 0.671 5.237 0.077 0.224 1.045 0.605 0.129 0.153 0.134 0.969 0.036 0.042 0.032 0.780 0.871 0.230 0.455 8.299 9.205 2.888 0.723 0.983 1.108 0.527 1.037 9.012 7.999 2.752 2.703 0.454 0.756 0.930 0.506 0.559 1.571 1.558 1.173 3292 chr13 100880260 100888670 + 0 NA intron (NM_000282, intron 7 of 23) L2a|LINE|L2 143196 NM_001352606 5095 Hs.80741 NM_000282 ENSG00000175198 PCCA - propionyl-CoA carboxylase subunit alpha protein-coding 0.940 1.810 1.169 0.042 1.089 0.207 0.135 0.164 0.351 0.058 0.176 0.120 0.022 0.036 0.442 1.110 0.361 0.095 0.410 0.181 0.218 0.985 0.451 0.441 0.207 0.252 0.043 0.018 0.032 0.075 0.199 0.434 0.068 0.933 0.086 0.141 1.969 0.127 0.060 0.126 0.373 0.193 0.044 0.037 0.351 0.055 0.210 0.072 0.277 0.110 1.110 0.062 1.110 0.383 0.116 0.207 0.102 0.070 0.206 0.069 0.278 0.157 0.070 0.134 0.203 0.320 0.309 0.725 0.431 0.285 0.313 0.753 0.901 2.081 0.465 0.186 0.177 0.571 nan 0.541 0.514 0.723 0.615 0.180 0.297 7.008 9.187 0.491 nan 0.631 0.299 3455 chr14 31723980 31744091 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -57306 NM_015382 25831 Hs.708017 NM_015382 ENSG00000092148 HECTD1 EULIR HECT domain E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding 1.177 0.818 0.845 0.954 0.246 0.146 2.396 0.192 0.402 0.181 0.166 0.151 0.040 0.184 0.122 0.187 0.755 0.392 1.884 0.801 0.070 0.036 0.055 0.102 0.143 0.565 0.259 0.070 2.132 1.000 4.487 8.087 1.053 1.004 1.086 0.144 0.031 0.027 0.110 0.352 0.079 0.109 0.091 0.047 0.633 1.177 0.498 0.610 0.589 0.104 1.126 1.499 0.187 1.721 0.232 0.143 0.531 0.595 0.024 0.231 0.151 0.599 0.058 0.024 0.256 0.043 0.028 0.253 0.251 0.332 0.764 0.318 0.358 0.364 0.134 0.244 0.258 0.373 0.637 0.379 0.506 0.495 0.235 0.182 0.258 0.186 0.567 0.198 0.295 0.412 0.499 554 chr1 100270234 100291492 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -34777 NM_000642 178 Hs.904 NM_000028 ENSG00000162688 AGL GDE amylo-alpha-1, 6-glucosidase, 4-alpha-glucanotransferase protein-coding 1.281 nan nan 0.115 0.162 0.084 0.157 0.083 0.276 0.045 0.090 0.181 0.023 0.052 0.089 0.159 0.187 0.090 0.154 0.018 0.030 0.013 0.121 0.095 0.073 0.117 0.037 0.042 0.054 0.025 0.128 0.380 0.103 0.446 0.096 0.061 0.035 0.077 0.119 0.045 0.048 0.140 0.028 0.030 0.077 0.069 0.138 0.180 0.096 0.113 0.067 0.132 0.159 0.214 0.213 0.073 0.103 0.039 0.042 0.046 0.124 0.037 0.060 1.400 0.022 0.035 0.007 0.307 0.267 0.326 0.420 0.408 nan 0.310 0.164 0.492 0.517 0.441 0.756 nan nan 0.574 0.425 0.164 0.278 0.106 0.120 1.211 nan 0.578 0.667 1957 chr11 59375008 59385329 + 0 NA intron (NM_002556, intron 1 of 13) intron (NM_002556, intron 1 of 13) 3449 NM_002556 5007 Hs.597091 NM_002556 ENSG00000110048 OSBP OSBP1 oxysterol binding protein protein-coding 1.607 1.514 1.540 1.533 2.058 1.084 0.873 1.761 3.425 0.638 1.281 0.565 0.618 1.998 2.126 0.868 0.789 0.189 0.910 0.296 0.927 0.471 1.139 0.514 3.281 0.495 0.654 0.833 0.844 0.322 0.936 1.286 1.172 2.483 0.326 0.510 0.340 0.999 0.108 0.261 1.430 1.413 1.062 0.615 0.417 0.624 1.451 1.018 1.097 1.439 0.726 0.572 0.868 1.424 0.759 3.281 0.485 0.419 0.471 1.078 0.511 0.726 8.325 0.615 0.649 0.384 0.204 2.647 2.882 2.039 2.981 4.627 4.541 4.808 1.714 5.267 5.341 1.853 2.124 2.497 3.403 1.953 1.369 5.911 9.160 2.189 2.933 1.067 1.862 1.560 0.952 9606 chr6 36509834 36532111 + 0 NA Intergenic MLT2C2|LTR|ERVL -5679 NM_007271 11329 Hs.409578 NM_007271 ENSG00000112079 STK38 NDR|NDR1 serine/threonine kinase 38 protein-coding nan 1.055 nan 0.653 0.720 0.356 0.923 0.290 0.661 0.219 0.606 0.612 0.082 0.193 0.458 0.910 0.579 0.180 0.701 0.120 0.499 0.460 0.359 0.169 0.897 0.634 0.473 0.270 0.388 0.323 0.608 1.678 1.189 1.706 0.270 0.304 0.334 0.400 0.133 0.243 0.513 0.377 0.532 0.279 0.331 0.293 0.777 0.805 0.759 1.029 0.237 1.162 0.910 0.547 0.598 0.897 0.279 0.862 0.852 0.662 0.274 0.435 3.810 0.382 0.264 0.375 0.201 1.546 1.725 2.163 nan nan 1.256 1.436 0.430 3.584 3.618 0.687 1.096 1.444 1.843 1.180 0.814 2.777 5.105 1.068 1.203 0.780 1.454 1.245 0.901 5894 chr2 9518632 9530681 + 0 NA intron (NM_001135191, intron 20 of 26) MER21A|LTR|ERVL 38133 NM_001319068 9270 Hs.467662 NM_004763 ENSG00000119185 ITGB1BP1 ICAP-1A|ICAP-1B|ICAP-1alpha|ICAP1|ICAP1A|ICAP1B integrin subunit beta 1 binding protein 1 protein-coding 1.447 0.598 1.689 1.074 0.160 0.093 3.130 0.161 0.311 0.069 1.390 0.774 0.010 0.042 0.211 0.309 0.430 0.133 2.299 1.614 0.136 0.034 0.129 0.129 0.134 0.956 0.640 0.122 1.137 1.248 1.445 2.959 0.938 0.508 1.347 0.169 0.008 0.047 0.088 0.995 0.532 1.139 0.832 0.378 1.235 1.152 1.466 0.262 1.344 0.307 3.222 1.323 0.309 2.757 0.246 0.134 1.146 0.207 0.342 0.150 0.193 2.915 0.016 0.403 1.646 0.131 0.098 0.289 0.359 0.324 0.605 0.435 0.496 0.428 0.230 0.192 0.277 0.827 1.296 0.407 0.611 0.641 0.503 0.204 0.257 0.075 0.100 0.934 2.630 0.440 0.488 552 chr1 100034574 100040902 + 0 NA Intergenic Intergenic -73693 NM_017734 54873 Hs.483993 NM_017734 ENSG00000099260 PALMD C1orf11|PALML palmdelphin protein-coding 1.072 nan nan 0.091 0.086 1.034 0.034 0.137 0.191 0.096 0.102 0.034 0.147 0.109 0.225 0.127 0.068 0.030 0.025 0.037 0.170 0.011 0.023 0.011 0.044 0.074 0.159 0.335 0.444 0.046 0.093 0.030 0.093 0.115 0.019 0.025 0.144 0.009 0.012 0.017 0.012 0.068 0.078 0.090 0.036 0.149 0.072 0.109 0.044 0.102 0.170 0.038 0.013 0.093 0.064 0.016 0.013 0.081 0.895 0.012 0.009 0.016 1.028 0.594 7.532 4.821 0.510 nan 0.134 0.094 0.946 1.251 1.028 1.327 nan nan 0.495 0.331 0.395 0.408 0.191 0.095 0.729 nan 0.572 0.597 10031 chr6 154885831 154900559 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -61402 NM_173515 154043 Hs.16064 NM_173515 ENSG00000153721 CNKSR3 CNK3|CNK3/IPCEF1|MAGI1 CNKSR family member 3 protein-coding nan 0.865 0.751 0.049 3.025 0.112 0.072 0.379 0.716 0.033 0.058 0.097 1.589 0.181 0.201 0.112 0.077 0.105 0.013 0.013 0.801 0.366 0.390 0.075 0.025 0.060 0.065 0.014 0.196 nan 0.288 0.912 0.040 0.033 0.104 0.044 0.133 0.016 0.064 0.069 0.050 0.027 0.030 0.057 0.046 0.088 0.072 0.092 0.048 0.058 0.201 0.049 0.094 0.390 0.066 0.112 0.040 1.520 0.065 0.047 0.058 0.077 0.016 0.007 0.354 0.244 0.329 0.514 0.428 nan 2.108 1.389 0.268 0.299 0.090 0.198 7.878 8.917 0.614 0.355 0.118 0.188 0.464 1.040 0.283 nan 1.033 0.602 11637 chr9 92794600 92817777 + 0 NA Intergenic Intergenic -2407 NR_038882 286370 Hs.407589 NR_038882 ENSG00000227555 MIR4290HG - MIR4290 host gene ncRNA 0.814 nan 1.337 0.036 4.596 0.942 1.073 2.014 3.897 0.016 0.101 0.056 0.011 0.399 1.030 1.638 0.057 0.062 0.516 0.204 0.016 0.012 1.419 0.620 1.830 0.547 0.405 0.037 0.418 0.082 0.674 2.009 0.536 2.999 0.409 0.078 0.500 0.019 0.095 0.346 0.331 0.088 0.071 0.054 0.104 0.355 0.033 0.121 0.218 0.046 0.575 0.420 1.638 0.433 0.786 1.830 0.090 0.116 0.344 0.037 0.892 0.233 0.068 0.170 0.023 0.025 0.018 0.376 0.475 1.273 nan 2.241 1.889 4.111 1.874 0.151 0.093 0.558 0.717 4.609 4.573 0.250 0.155 0.149 0.217 1.632 2.470 0.283 0.634 2.709 1.226 4006 chr15 65595902 65597562 + 0 NA Intergenic Intergenic -17551 NM_001316944 54956 Hs.30634 NM_017851 ENSG00000138617 PARP16 ARTD15|C15orf30|pART15 poly(ADP-ribose) polymerase family member 16 protein-coding 4.099 4.752 nan 4.926 3.533 2.351 2.476 1.404 3.757 1.757 7.048 4.689 8.905 1.412 3.083 4.776 4.473 0.288 3.898 2.452 7.074 4.054 2.505 1.728 3.055 2.398 3.159 1.519 2.745 3.468 7.806 11.946 3.271 13.039 2.779 7.034 0.889 6.512 0.208 2.617 2.249 4.488 3.097 1.489 4.473 1.714 3.106 6.149 6.983 4.123 5.448 5.894 4.776 3.197 8.587 3.055 5.239 4.449 1.023 3.533 4.163 3.908 4.274 0.894 3.065 3.188 2.644 14.746 12.838 9.084 14.462 8.608 7.968 8.113 12.480 16.472 18.204 7.554 8.392 7.690 14.876 15.407 13.232 12.853 12.978 11.529 11.856 12.594 7.732 4.273 2.507 3766 chr14 92334289 92342822 + 0 NA intron (NM_006329, intron 10 of 10) MIRc|SINE|MIR -4675 NM_001128596 123036 Hs.510262 NM_152332 ENSG00000165929 TC2N C14orf47|C2CD1|MTAC2D1|Tac2-N tandem C2 domains, nuclear protein-coding 0.812 1.894 nan 1.111 0.166 2.132 0.422 0.150 0.282 0.011 0.072 0.033 0.080 0.024 0.312 0.153 0.199 0.244 0.210 0.244 0.059 0.016 0.350 0.240 0.098 2.008 1.496 0.616 1.576 2.434 10.883 2.891 0.969 0.413 3.491 0.022 0.038 0.100 0.083 0.028 0.356 1.898 1.243 3.341 1.284 0.193 0.120 4.256 0.075 3.981 10.409 0.153 0.058 0.011 0.098 2.721 2.341 0.088 0.036 0.367 0.070 0.043 0.502 0.020 0.367 0.289 0.759 1.833 0.494 0.517 0.060 0.022 0.597 0.755 0.150 0.329 1.222 1.164 0.537 0.154 0.149 0.255 0.083 0.136 0.154 0.247 nan 0.823 9105 chr5 106206891 106213004 + 0 NA intron (NR_104671, intron 2 of 3) HERVL18-int|LTR|ERVL 136768 NR_104671 102467213 Hs.570923 NR_104671 ENSG00000251027 LINC01950 - long intergenic non-protein coding RNA 1950 ncRNA 1.051 1.062 0.682 1.449 0.116 0.018 0.138 1.547 3.325 0.016 0.143 0.195 0.041 0.129 0.117 0.399 0.060 0.106 0.255 0.371 0.043 1.491 0.665 0.471 0.994 0.555 0.059 0.114 1.430 0.190 0.241 0.472 0.263 0.166 0.229 0.718 0.053 0.115 0.077 0.090 0.040 0.038 0.018 0.013 0.090 0.689 0.186 0.046 0.296 0.365 0.399 0.504 0.471 1.219 0.120 0.095 0.588 0.091 0.032 0.013 0.028 0.009 0.171 0.122 2.734 4.609 0.295 0.284 0.485 0.078 0.227 0.198 0.542 0.703 0.993 0.552 0.429 0.188 0.040 0.108 6.028 7.950 0.181 0.306 1.495 1.108 74 chr1 9647752 9663804 + 0 NA intron (NM_001010866, intron 1 of 5) intron (NM_001010866, intron 1 of 5) 6846 NM_001010866 199953 Hs.632365 NM_001010866 ENSG00000188807 TMEM201 Ima1|NET5|SAMP1 transmembrane protein 201 protein-coding 1.813 nan 1.675 0.497 7.491 0.566 0.265 0.550 1.002 0.112 0.731 0.308 0.039 0.292 2.081 0.876 0.402 0.181 0.737 0.153 0.109 0.250 0.714 0.256 0.478 0.156 0.172 0.425 0.330 0.066 0.337 nan 0.338 1.943 0.110 0.372 0.143 0.431 0.088 0.080 0.308 0.440 0.356 0.253 0.190 0.117 0.246 0.393 0.370 0.777 0.333 0.257 0.876 0.766 0.557 0.478 0.206 0.191 0.510 1.084 0.551 0.201 0.480 0.702 0.103 0.133 0.085 0.995 1.895 1.005 1.433 2.575 2.245 1.723 0.459 1.200 1.045 1.067 nan nan 5.060 nan 2.330 0.510 1.227 0.586 0.445 1.962 3.081 0.922 0.591 11161 chr8 102061566 102066404 + 0 NA promoter-TSS (NR_033962) promoter-TSS (NR_033962) -297 NR_033962 441374 Hs.652045 NR_033962 ENSG00000248599 FLJ42969 - uncharacterized LOC441374 ncRNA 1.892 nan nan 1.491 1.348 1.454 4.005 0.718 1.392 3.595 2.357 1.202 7.390 0.103 0.797 2.113 1.632 0.165 0.910 0.741 0.390 0.271 0.137 0.939 0.939 0.373 0.653 0.553 1.373 2.169 4.964 2.316 6.071 1.631 0.542 0.190 0.067 0.093 0.487 0.447 0.431 2.053 0.918 1.269 0.569 2.563 0.369 0.811 0.463 3.851 1.829 2.113 1.561 0.288 0.939 1.064 2.143 0.295 0.465 0.636 0.880 2.024 0.150 1.333 0.564 0.239 1.239 2.008 2.975 6.934 2.073 1.935 nan 0.785 1.195 1.256 0.923 nan 6.807 6.595 nan 0.750 2.119 3.617 0.827 1.785 0.577 nan 1.482 0.851 5676 chr19 41075331 41083877 + 0 NA intron (NM_020971, intron 35 of 35) AluSp|SINE|Alu -3153 NM_138392 92799 Hs.26506 NM_138392 ENSG00000160410 SHKBP1 PP203|Sb1 SH3KBP1 binding protein 1 protein-coding 2.139 1.292 1.813 1.408 0.915 1.009 0.867 0.547 1.340 0.648 1.975 1.021 0.268 0.341 1.341 0.616 0.489 0.170 1.706 0.727 0.966 0.323 0.475 0.242 0.716 1.124 0.803 1.977 1.262 0.359 1.290 nan 0.883 8.769 0.496 0.711 0.089 1.983 0.147 0.526 0.390 1.920 0.782 0.473 0.718 0.224 0.754 0.881 3.189 4.498 0.720 0.602 0.616 1.708 0.516 0.716 0.301 0.791 0.478 2.342 0.914 0.222 0.278 0.908 0.596 0.526 0.429 0.847 0.917 1.291 1.781 1.871 1.289 2.224 0.788 1.588 1.766 1.443 1.912 1.987 2.924 1.869 1.157 0.622 0.798 0.632 0.525 1.452 2.800 1.455 0.820 299 chr1 40465962 40473313 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -36100 NM_001350479 10487 Hs.370581 NM_006367 ENSG00000131236 CAP1 CAP|CAP1-PEN cyclase associated actin cytoskeleton regulatory protein 1 protein-coding 11.105 1.067 nan 0.115 1.125 0.093 0.170 0.112 0.123 0.020 0.063 0.061 0.017 0.027 0.143 5.089 0.154 0.114 0.076 0.077 0.017 0.019 0.170 0.134 0.309 0.084 0.020 0.020 0.167 0.029 0.054 0.433 0.118 0.286 0.040 0.063 0.027 0.015 0.136 0.031 8.399 0.113 0.037 0.011 0.059 0.016 0.183 0.085 0.064 0.131 0.011 0.071 5.089 0.081 0.102 0.309 0.075 0.237 0.212 0.047 0.056 0.043 0.027 2.057 0.016 0.007 0.275 0.324 0.227 0.257 0.348 0.512 0.268 0.174 0.269 0.219 0.846 nan nan 0.921 0.646 0.601 0.186 nan 0.070 0.042 1.769 7.294 0.817 0.731 2024 chr11 66137404 66140842 + 0 NA non-coding (NR_125343, exon 1 of 12) non-coding (NR_125343, exon 1 of 12) 168 NM_001532 3177 Hs.569017 NM_001532 ENSG00000174669 SLC29A2 DER12|ENT2|HNP36 solute carrier family 29 member 2 protein-coding nan 5.868 2.875 5.230 7.642 5.254 3.999 2.544 4.258 1.639 2.654 4.164 6.800 2.948 5.933 4.059 1.773 1.071 3.852 1.117 6.271 4.353 3.150 1.752 6.195 1.882 1.742 2.347 4.371 2.534 4.724 7.732 6.265 9.322 4.076 3.902 2.084 2.940 0.090 0.892 4.616 6.764 4.733 2.562 4.682 3.042 7.711 0.691 3.735 3.787 8.906 6.131 4.059 4.574 8.122 6.195 3.419 5.636 1.511 8.142 4.751 2.448 4.953 3.713 1.787 0.201 0.133 8.309 8.713 3.301 4.852 9.522 6.879 9.336 3.675 5.421 5.811 4.789 6.058 9.402 13.080 6.127 8.162 2.506 7.469 11.120 8.286 5.171 7.356 4.248 2.300 8557 chr4 139807470 139842401 + 0 NA intron (NR_133945, intron 2 of 2) MIR|SINE|MIR 108865 NR_133945 105377448 Hs.200280 NR_133945 ENSG00000250195 LOC105377448 - uncharacterized LOC105377448 ncRNA nan nan 1.249 0.110 3.644 4.327 0.356 2.582 4.997 0.035 0.163 0.457 0.041 0.724 3.122 0.347 0.152 0.107 0.251 0.163 0.033 0.040 2.913 1.334 7.638 0.292 0.113 0.025 0.120 0.126 0.406 1.585 0.113 6.286 0.390 0.142 0.575 0.043 0.080 0.079 0.233 0.105 0.028 0.025 0.114 0.059 0.162 0.132 0.659 0.075 0.689 0.440 0.347 0.384 0.034 7.638 0.201 1.017 0.147 0.050 1.134 0.118 1.373 0.874 0.125 0.015 0.004 0.232 0.140 0.674 1.920 2.958 3.342 5.865 4.005 0.181 0.177 0.360 0.563 2.418 4.174 0.522 0.332 0.957 1.437 2.595 1.964 0.860 nan 2.522 1.274 5952 chr2 23291646 23317329 + 0 NA Intergenic L1M4b|LINE|L1 -303811 NM_052920 114818 Hs.130593 NM_025067 ENSG00000119771 KLHL29 KBTBD9 kelch like family member 29 protein-coding 0.647 0.529 0.597 0.042 0.307 0.037 0.047 0.226 0.418 0.004 0.063 0.022 0.034 0.047 0.112 0.276 0.090 0.063 0.050 0.037 0.029 0.005 0.672 0.374 0.373 0.008 0.011 0.015 0.090 0.008 0.091 0.072 0.072 0.736 0.023 0.065 0.190 0.030 0.106 0.005 0.074 0.108 0.014 0.010 0.021 0.036 0.075 0.062 0.051 0.019 0.018 0.028 0.276 0.086 0.029 0.373 0.014 0.032 0.072 0.023 0.300 0.031 0.050 0.067 0.023 0.016 0.018 0.349 0.312 0.228 0.452 0.634 0.619 3.501 0.768 0.406 0.399 0.313 0.533 0.729 nan 0.363 0.200 0.148 0.243 1.113 0.854 0.212 0.245 1.405 0.862 7643 chr3 64325076 64342458 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -122636 NM_198859 166336 Hs.148105 NM_198859 ENSG00000163637 PRICKLE2 EPM5 prickle planar cell polarity protein 2 protein-coding 1.510 nan 1.146 0.484 0.141 0.186 1.456 0.139 0.208 0.105 0.258 0.358 0.028 0.035 0.066 0.148 0.074 0.055 0.670 0.770 0.022 0.227 0.166 0.138 0.482 0.232 0.025 0.670 1.358 0.192 0.679 0.573 0.303 0.839 0.049 0.148 0.037 0.072 0.939 0.073 0.106 0.201 0.215 0.904 0.350 0.293 7.456 0.176 0.151 0.445 1.105 0.148 0.367 0.077 0.138 0.324 0.105 0.380 0.067 0.070 0.503 0.040 0.219 0.599 0.272 0.214 0.195 0.148 0.468 0.759 0.292 0.333 0.759 0.235 0.132 0.133 1.875 2.498 0.293 0.423 0.889 0.587 0.133 0.192 0.419 0.616 0.400 nan 0.592 0.436 8819 chr5 27471043 27475875 + 0 NA intron (NR_038848, intron 1 of 4) MER61-int|LTR|ERV1 1060 NR_038848 643401 Hs.533212 NR_038848 ENSG00000250337 PURPL LINC01021 p53 upregulated regulator of p53 levels ncRNA 0.752 1.198 1.150 0.642 0.300 0.034 0.087 0.099 0.166 0.080 0.161 0.173 0.039 0.037 0.160 0.217 0.092 0.176 0.079 0.003 2.467 1.894 0.123 0.086 0.060 0.062 0.181 0.087 0.116 0.507 0.322 0.470 0.061 1.885 0.022 0.085 0.019 0.012 0.016 0.045 0.016 0.241 0.020 2.501 4.193 0.070 0.160 0.177 1.247 0.123 2.424 0.068 0.039 0.597 0.085 5.029 0.020 0.128 0.032 2.335 2.540 0.297 0.155 0.221 0.368 0.472 0.488 0.212 0.100 0.130 0.104 nan 10.215 0.251 0.244 0.622 0.402 0.113 0.125 0.061 0.158 0.703 1.095 nan 0.636 6580 chr2 201674371 201679303 + 0 NA promoter-TSS (NR_110275) promoter-TSS (NR_110275) 56 NR_110275 101927795 Hs.567870 NR_110275 ENSG00000230408 LOC101927795 - uncharacterized LOC101927795 ncRNA 3.997 4.045 3.400 3.884 3.949 1.737 5.794 1.759 3.371 1.937 5.201 2.312 0.965 2.541 1.572 2.521 2.532 0.194 5.931 1.378 3.672 3.429 1.607 0.716 2.979 4.343 5.835 2.482 7.391 2.356 5.542 8.347 4.692 7.531 3.223 5.933 0.233 2.924 0.131 2.496 1.173 7.209 5.866 2.715 4.102 3.319 5.201 4.303 4.440 4.256 2.308 4.426 2.521 5.092 9.018 2.979 1.624 5.093 0.981 5.537 2.660 2.771 1.284 1.251 5.118 2.436 1.982 4.397 4.823 5.739 8.193 5.502 5.836 3.991 2.987 12.280 13.642 2.667 3.658 6.945 9.249 5.674 6.746 3.846 5.821 2.403 2.855 5.060 4.930 1.838 0.958 1350 chr10 14782618 14791735 + 0 NA intron (NM_001282695, intron 1 of 5) L1PA10|LINE|L1 29720 NM_031453 83641 Hs.446315 NM_031453 ENSG00000065809 FAM107B C10orf45|HITS family with sequence similarity 107 member B protein-coding nan 0.591 0.618 0.228 0.152 0.012 0.107 0.175 0.259 0.011 0.157 0.670 0.021 0.078 0.154 0.148 0.154 0.058 0.062 0.208 0.030 0.017 0.054 0.180 0.030 0.024 0.080 0.077 0.079 0.123 0.069 0.335 1.107 0.027 0.092 0.047 0.013 0.026 0.040 0.040 0.039 0.083 0.021 0.465 0.055 3.935 0.027 2.454 7.397 0.154 0.094 0.041 0.180 3.477 3.130 0.053 0.108 0.033 0.035 0.033 0.027 0.033 0.038 0.033 0.378 0.235 0.153 0.218 0.274 0.226 0.605 0.317 0.150 0.194 0.220 0.376 0.219 0.187 0.187 0.094 0.104 0.095 0.027 0.084 0.114 0.233 0.648 0.331 7333 chr22 24176504 24192111 + 0 NA Intergenic Intergenic -3108 NM_001002862 91319 Hs.593679 NM_198440 ENSG00000099958 DERL3 C22orf14|IZP6|LLN2|derlin-3 derlin 3 protein-coding 1.760 nan 1.953 0.178 0.514 0.230 0.152 0.250 0.637 0.022 0.228 0.844 0.019 0.151 0.702 0.600 0.212 0.083 0.420 0.117 0.075 0.080 0.362 0.131 0.649 0.089 0.042 0.470 0.226 0.054 0.158 nan 0.221 2.492 0.103 0.122 0.134 0.251 0.054 0.083 0.168 0.224 0.094 0.065 0.092 0.015 0.082 0.160 0.259 0.671 0.264 0.267 0.600 0.752 0.179 0.649 0.055 0.143 0.337 0.502 1.180 0.141 0.209 0.499 0.074 0.026 0.010 1.460 1.900 0.649 0.949 0.957 0.958 1.641 1.264 0.655 0.720 0.899 1.300 1.194 2.507 1.088 0.921 0.736 0.771 0.741 1.328 0.821 1.781 2.941 1.589 10589 chr7 107572240 107604704 + 0 NA intron (NM_002291, intron 24 of 33) AluSz|SINE|Alu 55332 NM_002291 3912 Hs.650585 NM_002291 ENSG00000091136 LAMB1 CLM|LIS5 laminin subunit beta 1 protein-coding nan 0.550 1.022 0.541 0.148 0.075 0.233 0.148 0.250 1.177 0.572 1.633 0.731 0.040 0.186 0.241 1.669 0.293 0.131 0.041 3.020 0.021 0.206 0.185 0.177 0.081 0.027 0.299 0.134 0.055 0.092 0.110 0.650 0.406 0.112 1.525 0.077 0.080 0.178 0.069 0.091 1.115 0.060 0.036 0.088 0.114 0.710 0.289 0.547 0.133 0.543 0.282 0.241 0.106 0.262 0.177 0.173 0.919 0.088 1.393 0.101 1.348 0.073 0.130 0.355 0.742 1.145 0.455 0.380 1.437 4.133 0.428 0.438 0.531 0.229 0.198 0.183 0.404 0.673 0.223 0.247 0.352 0.235 0.272 0.413 0.211 0.314 0.318 nan 1.442 0.885 7739 chr3 111707637 111732565 + 0 NA intron (NM_001008272, intron 3 of 4) intron (NM_001008272, intron 3 of 4) 2094 NM_001008273 29114 Hs.169330 NM_013259 ENSG00000144834 TAGLN3 NP22|NP24|NP25 transgelin 3 protein-coding 1.655 nan 1.001 0.110 0.728 0.394 0.467 1.491 2.932 0.004 0.092 0.160 0.018 0.032 0.883 0.566 0.727 0.201 0.110 0.381 0.033 0.006 0.712 0.427 3.443 0.248 0.064 0.056 0.307 0.343 0.078 0.276 0.106 1.819 0.134 0.064 0.273 0.054 0.069 0.026 1.783 0.176 0.044 0.036 0.451 0.088 0.166 0.136 0.093 0.170 0.032 0.147 0.566 0.081 0.055 3.443 0.039 0.049 0.319 0.138 0.341 0.114 0.174 0.726 0.144 0.016 0.010 0.571 0.605 0.406 0.694 3.675 nan 3.481 1.454 0.336 0.309 nan 0.729 0.726 0.890 2.387 2.245 0.255 0.506 0.800 0.944 1.012 1.865 1.847 0.921 1240 chr1 243507666 243518932 + 0 NA intron (NM_001350248, intron 13 of 18) intron (NM_001350248, intron 13 of 18) 3821 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 1.190 nan 0.120 0.233 0.035 0.166 0.156 0.429 0.026 0.159 0.195 0.023 0.027 0.039 0.239 0.491 0.108 0.094 0.034 0.017 0.049 0.168 0.239 0.218 0.283 0.077 0.098 0.085 0.037 0.093 0.087 0.069 0.350 0.026 0.121 0.060 0.393 0.110 0.021 0.212 0.066 0.021 0.079 0.041 0.255 0.213 0.072 0.070 0.014 0.144 0.239 0.045 0.070 0.218 0.033 0.095 0.234 0.057 0.136 0.077 0.079 0.187 0.040 0.020 0.028 0.529 0.443 1.278 1.048 0.608 0.769 0.412 0.144 0.366 0.401 4.060 4.270 0.333 0.298 1.901 0.999 0.133 0.217 0.117 0.148 0.537 0.886 0.514 0.445 10749 chr7 151423470 151456625 + 0 NA intron (NM_001040633, intron 3 of 15) intron (NM_001040633, intron 3 of 15) -6647 NM_001304527 51422 Hs.647072 NM_016203 ENSG00000106617 PRKAG2 AAKG|AAKG2|CMH6|H91620p|WPWS protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit gamma 2 protein-coding 0.899 0.782 nan 1.007 0.204 0.653 1.526 0.131 0.363 0.327 1.093 1.656 0.035 0.052 0.629 0.865 0.674 0.151 1.075 0.846 1.103 0.054 0.250 0.209 0.249 1.365 0.766 2.141 1.130 1.237 0.227 0.817 1.107 0.805 0.463 2.860 0.315 3.229 0.214 0.544 0.091 2.161 1.522 0.797 0.596 0.501 0.594 2.477 1.743 1.878 2.185 1.251 0.865 2.408 0.808 0.249 0.262 0.479 0.246 2.165 0.067 0.922 0.232 0.029 0.993 1.538 0.859 0.497 0.791 0.427 0.953 0.686 0.542 0.838 0.169 0.265 0.336 0.424 0.696 0.369 0.523 0.654 0.568 0.539 0.601 1.136 1.945 0.095 0.248 1.000 0.766 2815 chr12 80327209 80332584 + 0 NA promoter-TSS (NM_001143885) promoter-TSS (NM_001143885) -661 NM_001244990 4659 Hs.49582 NM_002480 ENSG00000058272 PPP1R12A M130|MBS|MYPT1 protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A protein-coding 4.550 3.352 2.498 5.543 3.992 3.456 2.864 2.773 4.203 1.373 3.318 3.074 2.871 1.799 4.135 3.123 5.503 0.600 3.018 1.103 1.908 1.921 2.433 1.179 3.833 3.166 3.958 1.822 4.877 1.999 5.513 6.368 3.286 10.600 2.433 2.926 1.492 3.269 0.096 2.114 2.052 3.633 3.299 1.772 2.154 2.756 3.445 4.824 4.028 4.254 1.563 2.842 3.123 3.663 4.375 3.833 1.961 2.801 1.141 3.934 2.153 2.578 1.838 1.751 1.931 2.320 1.719 4.159 5.244 10.238 8.781 10.625 9.071 8.707 3.618 11.330 12.314 4.418 5.204 7.336 10.751 5.247 6.103 3.000 5.663 5.413 5.581 4.186 5.724 3.544 1.747 8276 chr4 15146558 15153681 + 0 NA intron (NR_125911, intron 2 of 5) intron (NR_125911, intron 2 of 5) 145821 NM_001177381 132864 Hs.656937 NM_182485 ENSG00000137449 CPEB2 CPE-BP2|CPEB-2|hCPEB-2 cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 protein-coding nan nan nan 0.051 4.189 0.023 2.056 0.427 0.883 0.200 1.065 1.299 0.026 0.476 0.702 0.515 0.158 0.404 0.239 0.308 0.039 0.987 0.397 0.675 1.031 0.709 0.402 0.085 0.236 0.287 1.047 0.120 0.719 0.861 3.177 0.148 0.080 0.496 0.515 0.606 0.237 0.195 0.139 0.075 0.646 1.396 1.779 0.108 1.475 1.061 0.702 0.631 0.415 0.675 1.580 0.834 0.056 0.173 1.384 0.198 0.014 0.132 0.308 0.097 0.036 0.627 0.452 0.692 1.529 0.672 0.663 11.263 1.535 2.675 2.648 0.477 0.410 1.407 1.429 0.889 0.459 0.111 0.186 0.778 1.849 0.555 0.634 nan 1.002 10155 chr7 8006856 8013980 + 0 NA intron (NM_138426, intron 1 of 7) intron (NM_138426, intron 1 of 7) -2035 NR_110018 100505921 Hs.634989 NR_110018 LOC100505921 - uncharacterized LOC100505921 ncRNA 5.768 2.339 4.573 4.185 3.158 3.537 0.697 1.706 3.662 0.643 2.165 2.312 0.305 0.954 3.290 2.048 0.784 0.083 0.889 0.256 0.178 0.466 2.950 1.169 7.417 1.030 0.874 0.517 4.275 1.320 2.433 nan 4.578 nan 0.432 1.438 1.438 1.610 0.183 0.859 2.957 1.010 0.650 0.483 1.226 1.679 2.670 0.854 0.948 2.912 1.348 1.303 2.048 2.532 4.001 7.417 1.839 1.765 0.382 2.603 2.492 2.105 2.243 2.386 0.716 0.283 0.157 5.553 6.843 3.112 nan 14.267 11.002 5.624 1.867 5.912 5.906 3.676 5.012 nan 5.935 3.281 3.728 2.140 5.270 5.054 4.757 5.868 6.389 2.869 1.449 3355 chr13 112223729 112231624 + 0 NA Intergenic Intergenic -20680 NR_135814 105370369 NR_135814 ENSG00000215881 LINC02337 - long intergenic non-protein coding RNA 2337 ncRNA 0.724 nan 0.836 0.018 2.918 1.185 0.044 0.445 0.736 0.068 0.023 0.012 0.715 3.662 0.019 0.082 0.107 0.008 0.017 0.375 0.187 1.751 0.042 0.040 0.061 0.099 0.054 1.929 0.062 0.534 0.014 0.107 5.053 0.200 0.015 0.020 0.059 0.070 0.089 0.009 0.017 3.662 0.072 0.012 1.751 0.083 0.024 0.015 0.624 0.017 0.163 0.031 0.020 0.015 0.446 0.102 0.084 0.161 3.184 3.066 4.624 1.603 0.042 0.022 0.021 0.073 4.920 6.991 1.706 1.893 0.325 0.356 3.144 2.808 0.103 0.108 0.796 0.342 1976 chr11 62301028 62330232 + 0 NA Intergenic Intergenic -1298 NM_001620 79026 Hs.502756 NM_001620 ENSG00000124942 AHNAK AHNAKRS|PM227 AHNAK nucleoprotein protein-coding nan 1.027 1.008 3.196 0.600 1.962 4.591 0.220 0.564 1.569 3.541 2.936 1.604 0.369 0.717 1.858 1.233 0.288 2.172 1.239 2.909 0.323 0.689 0.201 0.598 2.151 2.272 1.810 2.312 1.687 1.719 2.954 1.687 1.207 3.141 2.423 0.254 2.023 0.139 1.482 0.120 5.740 6.303 2.421 1.869 1.432 2.983 8.983 3.705 3.762 0.837 1.559 1.858 3.359 4.683 0.598 1.076 1.115 0.096 3.259 0.167 2.938 2.763 0.453 4.349 3.769 2.643 0.970 1.304 0.608 1.268 1.147 1.246 2.257 0.840 1.164 1.256 0.505 0.972 2.636 2.682 0.903 0.853 2.200 4.101 1.442 1.177 0.848 1.661 0.714 0.602 7568 chr3 38173134 38183537 + 0 NA intron (NM_001130410, intron 1 of 9) CpG-18366 398 NR_024024 30 Hs.643487 NM_001607 ENSG00000060971 ACAA1 ACAA|PTHIO|THIO acetyl-CoA acyltransferase 1 protein-coding 1.479 1.895 2.138 1.793 0.662 0.602 2.458 0.355 0.894 1.476 1.576 1.471 0.356 0.472 1.099 0.554 1.327 0.124 2.208 0.765 0.509 0.119 0.647 0.347 0.968 0.638 0.688 0.261 3.928 2.644 1.833 2.522 1.565 2.520 1.113 0.692 0.129 0.877 0.081 0.553 0.465 1.596 1.480 0.914 1.972 2.044 1.557 1.048 1.955 0.848 0.735 1.680 0.554 1.932 0.914 0.968 1.127 1.059 0.296 1.888 1.452 1.009 0.248 0.181 1.258 0.260 0.200 1.578 1.723 2.314 3.751 2.268 1.911 2.465 0.637 1.751 1.787 0.540 nan 1.919 3.161 1.940 1.797 0.839 1.533 0.651 0.716 1.064 0.962 1.081 0.571 817 chr1 161085464 161089548 + 0 NA promoter-TSS (NM_001185094) promoter-TSS (NM_001185094) -356 NM_001185092 4817 Hs.146406 NM_005600 ENSG00000158793 NIT1 - nitrilase 1 protein-coding 3.992 nan 3.512 4.120 3.219 1.666 4.685 1.377 2.926 1.565 3.609 3.466 1.000 2.887 4.072 3.011 2.916 0.277 5.793 2.795 6.528 2.304 2.550 1.360 2.605 3.227 2.531 1.850 3.307 2.353 7.322 9.059 3.581 8.193 3.411 4.825 0.441 3.136 0.187 5.231 1.164 6.408 4.822 2.251 4.818 1.788 2.979 4.388 3.426 4.157 2.367 2.800 3.011 7.455 5.938 2.605 3.063 1.375 0.423 11.363 2.544 5.856 2.028 1.771 2.145 2.508 1.583 3.300 3.110 5.290 8.051 6.103 nan 6.090 1.867 5.549 5.591 4.073 5.585 5.235 8.316 3.065 3.404 3.535 7.025 3.803 4.673 4.554 5.986 2.650 1.502 10913 chr8 38642092 38657474 + 0 NA intron (NM_001352788, intron 2 of 13) intron (NM_001352788, intron 2 of 13) 4159 NM_001352798 6867 Hs.279245 NM_006283 ENSG00000147526 TACC1 Ga55 transforming acidic coiled-coil containing protein 1 protein-coding 1.446 1.671 nan 4.093 2.182 3.251 0.784 0.437 0.741 0.232 0.531 0.962 1.156 0.476 1.243 0.963 0.817 0.105 0.247 0.099 0.533 0.623 0.437 0.227 1.629 0.780 0.494 0.329 0.286 1.423 0.601 1.043 1.620 8.743 0.618 0.227 0.082 0.726 0.125 0.446 0.114 0.502 0.612 0.410 0.497 0.543 1.153 0.768 1.217 0.800 0.204 0.867 0.963 0.387 0.174 1.629 0.398 0.761 0.199 0.675 0.732 0.398 0.495 0.170 1.677 0.217 0.075 0.972 0.986 1.612 3.396 5.618 5.903 1.818 0.741 1.229 1.293 1.586 2.094 2.918 2.541 1.150 0.912 0.402 0.777 0.515 0.806 0.598 0.933 2.788 1.665 2751 chr12 65014751 65034986 + 0 NA intron (NM_178169, intron 1 of 4) intron (NM_178169, intron 1 of 4) -8483 NR_037515 100500856 NR_037515 ENSG00000266016 MIR548Z - microRNA 548z ncRNA 0.902 0.664 0.719 2.680 0.251 0.027 1.574 0.175 0.277 0.412 0.754 0.762 1.154 0.271 0.117 0.184 1.046 0.269 1.009 0.476 0.261 0.021 0.197 0.290 0.191 1.469 0.915 0.375 1.162 0.945 0.924 1.992 1.596 0.700 0.504 0.908 0.112 0.060 0.083 0.876 0.193 0.899 0.762 0.250 1.063 7.759 1.708 2.878 1.855 0.870 1.633 1.851 0.184 0.761 3.376 0.191 0.574 1.299 0.077 0.645 0.225 0.887 0.088 0.141 0.416 0.615 0.865 0.364 0.286 0.883 2.276 0.418 nan 0.788 0.204 0.382 0.385 0.986 1.454 1.071 1.191 0.341 0.260 0.240 0.376 0.495 0.731 0.267 0.518 1.352 0.800 3470 chr14 34302083 34324923 + 0 NA Intergenic Intergenic 106529 NM_001308103 112399 Hs.135507 NM_022073 ENSG00000129521 EGLN3 HIFP4H3|HIFPH3|PHD3 egl-9 family hypoxia inducible factor 3 protein-coding 1.555 0.740 0.992 0.078 0.261 0.111 0.093 0.134 0.348 0.108 0.058 0.160 0.038 0.026 0.250 0.281 0.261 0.196 0.167 0.062 0.025 0.025 0.083 0.134 0.236 0.045 0.040 0.019 0.095 0.028 0.433 3.104 0.259 0.478 0.084 0.060 0.029 0.071 0.111 0.016 0.115 0.089 0.032 0.024 0.057 0.074 0.155 0.118 0.157 0.035 0.045 0.156 0.281 0.102 0.081 0.236 0.112 0.047 0.237 0.078 0.192 0.170 3.987 0.071 0.193 0.010 0.005 1.266 1.943 1.598 1.520 0.459 0.450 0.098 0.060 1.736 1.855 0.798 1.166 0.518 0.580 1.037 0.817 2.522 4.523 0.091 0.101 0.236 0.559 0.690 0.610 10756 chr7 153077817 153089717 + 0 NA Intergenic Intergenic 25552 NR_125776 103724390 Hs.614280 NR_125776 ENSG00000234722 LINC01287 TCONS_l2_00027522 long intergenic non-protein coding RNA 1287 ncRNA 0.579 0.547 nan 0.057 0.022 0.033 0.024 1.369 2.664 0.051 0.025 0.016 0.008 0.028 1.994 0.101 0.173 0.016 0.016 0.367 0.180 0.161 0.006 0.018 0.006 0.062 0.061 0.045 0.138 0.411 0.025 0.059 0.057 0.046 0.129 0.020 0.132 0.015 0.007 0.009 0.046 0.076 0.143 0.088 0.030 0.080 0.022 1.994 0.018 0.002 0.161 0.055 0.032 0.034 0.026 0.032 0.016 0.021 0.019 0.015 0.009 0.429 0.365 0.315 0.499 1.129 1.502 8.040 1.860 0.073 0.078 0.142 0.269 0.106 0.095 0.270 0.111 0.142 0.133 0.148 0.135 0.089 0.163 1.440 0.986 10323 chr7 41917340 41929640 + 0 NA Intergenic Intergenic -180784 NM_002192 3624 Hs.28792 NM_002192 ENSG00000122641 INHBA EDF|FRP inhibin subunit beta A protein-coding 0.654 0.693 nan 0.095 0.021 0.018 3.009 0.070 0.130 0.023 1.023 0.053 0.024 0.043 0.105 0.390 0.133 0.165 0.278 0.061 0.011 0.039 0.059 0.048 0.011 0.032 0.036 0.099 0.412 0.096 0.208 0.122 0.293 0.059 0.077 0.071 0.113 0.644 0.040 0.111 0.181 0.076 0.675 0.048 0.205 8.355 0.046 0.055 0.046 0.114 0.105 0.069 0.888 0.048 0.039 0.074 0.032 0.090 0.132 0.464 0.065 0.030 1.522 0.042 0.041 0.409 0.158 0.241 0.337 0.151 0.183 0.116 0.058 0.419 0.490 0.153 0.274 0.124 0.169 0.271 0.087 0.148 0.107 0.080 0.073 0.082 0.205 0.175 0.255 11759 chr9 124718557 124740399 + 0 NA intron (NM_001139442, intron 6 of 8) intron (NM_001139442, intron 6 of 8) 126407 NM_001139442 158135 Hs.438937 NM_194252 ENSG00000175764 TTLL11 C9orf20|bA244O19.1 tubulin tyrosine ligase like 11 protein-coding nan nan 1.050 1.924 0.207 0.281 3.102 0.198 0.276 0.297 0.107 0.210 0.637 0.055 0.085 0.369 0.135 0.163 3.323 1.735 0.023 0.013 0.136 0.123 0.104 2.239 1.588 0.074 2.923 2.270 1.853 3.987 3.211 nan 0.952 0.066 0.053 0.045 0.065 1.357 0.086 0.586 0.080 0.103 2.950 3.133 0.368 0.279 0.145 0.354 0.743 1.859 0.369 2.988 4.179 0.104 0.457 1.175 0.040 0.124 0.047 0.603 0.045 0.147 0.321 0.021 0.009 0.233 0.195 0.257 0.389 0.315 0.408 0.546 0.127 0.317 0.423 0.244 nan 0.298 0.426 0.567 0.259 0.129 0.173 0.145 0.202 0.239 0.399 nan 0.569 10234 chr7 23961879 23979468 + 0 NA Intergenic Intergenic 220728 NM_001260504 56164 Hs.309767 NM_031414 ENSG00000196335 STK31 SGK396|TDRD8 serine/threonine kinase 31 protein-coding 1.030 0.892 0.878 0.134 0.080 0.057 0.020 0.211 0.301 0.016 0.089 0.042 0.024 0.017 0.099 0.340 0.145 0.071 0.060 0.011 0.057 0.008 0.118 0.194 0.232 0.036 0.021 0.025 0.108 0.030 0.110 0.181 0.129 0.372 0.033 0.074 0.044 0.086 0.119 0.067 0.510 0.168 0.041 0.018 0.031 0.046 0.242 0.149 0.037 0.045 0.036 0.038 0.340 0.061 0.116 0.232 0.028 0.061 0.050 0.172 0.052 0.061 0.034 0.099 0.040 0.007 0.012 0.430 0.223 0.290 nan 0.397 0.583 5.888 2.276 0.205 0.248 0.202 0.404 0.338 0.400 0.462 0.193 0.118 0.204 0.238 0.404 0.123 nan 1.383 0.944 7518 chr3 13030313 13037500 + 0 NA intron (NM_001134382, intron 1 of 14) intron (NM_001134382, intron 1 of 14) -5370 NM_001330619 9922 Hs.475506 NM_014869 ENSG00000144711 IQSEC1 ARF-GEP100|ARFGEP100|BRAG2|GEP100 IQ motif and Sec7 domain 1 protein-coding nan 1.037 1.246 0.976 0.182 0.047 0.550 0.022 0.369 2.166 1.174 0.688 0.104 0.377 0.635 0.373 0.094 0.023 1.926 0.580 0.148 0.020 0.262 0.114 0.340 0.395 0.215 0.521 0.725 0.411 0.722 1.362 0.422 1.251 0.406 0.141 0.081 0.697 0.116 0.247 0.112 0.833 0.739 0.641 0.213 0.256 1.625 0.304 1.418 1.904 5.182 1.441 0.373 1.914 0.410 0.340 0.817 0.506 0.541 2.544 0.088 0.938 0.037 0.735 0.413 0.216 0.071 2.647 2.862 0.991 1.660 0.618 0.695 1.042 0.350 0.529 0.631 0.231 0.546 1.091 1.419 2.655 2.287 0.490 0.723 0.306 0.429 1.303 3.116 0.642 0.316 10506 chr7 93992178 94007342 + 0 NA intron (NR_147206, intron 5 of 5) intron (NR_147206, intron 5 of 5) 21744 NR_147206 101927525 Hs.571263 NR_147206 COL1A2-AS1 TCONS_00013888|lncRNA8975-1 COL1A2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.677 nan 0.047 0.095 0.144 0.089 0.168 0.312 0.006 0.174 3.888 0.019 0.107 0.193 4.668 0.466 0.064 0.038 0.045 0.403 0.114 0.135 0.126 0.023 0.019 0.049 0.117 0.014 0.074 0.176 0.154 0.171 0.048 0.741 0.063 0.118 0.158 0.077 0.036 0.117 0.016 0.015 0.065 0.031 0.089 4.053 0.161 0.258 0.037 0.066 0.193 0.049 0.122 0.126 0.032 0.044 0.142 0.050 0.094 0.656 0.074 0.389 0.490 0.027 0.007 0.301 0.240 0.273 0.214 0.374 0.427 0.205 0.091 0.230 0.222 0.997 1.145 0.263 0.312 0.554 0.384 0.131 0.306 0.258 0.325 0.828 nan 1.229 0.866 8779 chr5 14282996 14303788 + 0 NA intron (NM_007118, intron 6 of 56) intron (NM_007118, intron 6 of 56) 149581 NM_007118 7204 Hs.130031 NM_007118 ENSG00000038382 TRIO ARHGEF23|MEBAS|MRD44|tgat trio Rho guanine nucleotide exchange factor protein-coding nan nan nan 0.209 0.381 0.054 0.571 0.185 0.319 0.400 0.266 0.292 0.051 0.033 0.192 0.154 0.895 0.219 0.853 0.228 0.128 0.020 0.939 0.442 0.254 0.307 0.099 0.120 0.204 0.055 0.196 0.357 0.172 nan 0.070 0.306 0.032 0.177 0.162 0.113 0.103 0.180 0.130 0.109 0.055 0.117 0.306 0.146 0.164 0.254 0.061 0.114 0.154 0.447 0.165 0.254 0.111 0.116 0.251 0.131 0.150 0.238 0.047 1.911 0.087 0.049 0.032 0.389 0.435 0.331 0.521 0.937 1.007 0.318 0.147 0.216 0.206 nan 3.816 0.565 0.695 1.253 1.367 0.237 0.393 0.121 0.196 1.440 nan 2.810 1.555 11601 chr9 81215589 81228002 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 309804 NM_021154 29968 Hs.494261 NM_021154 ENSG00000135069 PSAT1 EPIP|NLS2|PSA|PSAT|PSATD phosphoserine aminotransferase 1 protein-coding 1.075 0.882 0.904 0.140 0.752 0.139 0.058 2.948 5.314 0.077 0.108 0.195 0.015 0.024 1.141 4.391 0.096 0.091 0.048 0.015 0.145 1.773 0.530 0.236 2.617 0.178 0.070 0.331 0.104 0.042 0.123 0.215 0.051 1.244 0.059 0.336 0.107 0.113 0.078 0.019 0.272 0.257 0.101 0.076 0.025 0.050 0.055 0.153 0.479 0.081 0.038 0.076 4.391 0.029 0.022 2.617 0.018 0.082 0.564 0.074 0.066 0.051 0.101 0.336 0.067 0.200 0.041 0.306 0.272 0.281 0.275 3.930 4.282 5.637 1.636 0.113 0.108 0.249 0.257 1.771 1.547 0.378 0.269 0.166 0.230 0.890 0.500 0.492 1.080 1.070 0.824 10668 chr7 131221481 131231747 + 0 NA intron (NM_001018111, intron 1 of 8) intron (NM_001018111, intron 1 of 8) 14762 NM_005397 5420 Hs.744213 NM_005397 ENSG00000128567 PODXL Gp200|PC|PCLP|PCLP-1 podocalyxin like protein-coding nan nan nan 0.680 0.198 0.059 1.102 0.124 0.257 0.480 0.271 0.621 1.214 0.077 0.315 0.280 0.464 0.141 0.703 0.518 0.048 0.054 0.151 0.251 0.128 4.094 3.566 0.146 0.697 0.717 0.775 2.203 0.211 0.466 0.085 0.095 0.129 0.123 0.126 0.289 0.377 3.728 0.432 0.252 0.773 0.505 1.508 0.526 0.497 0.248 0.054 0.194 0.280 1.947 0.117 0.128 0.316 0.660 0.327 0.279 0.291 0.589 0.058 0.235 1.431 0.135 0.044 0.489 0.575 0.404 0.801 0.537 0.621 nan 0.336 0.579 0.428 0.216 nan 0.740 1.029 nan 0.865 0.395 0.380 0.735 0.630 0.730 1.522 1.363 nan 8534 chr4 124519106 124524168 + 0 NA Intergenic Intergenic -49509 NR_027105 285419 Hs.535763 NR_027105 ENSG00000249464 LINC01091 - long intergenic non-protein coding RNA 1091 ncRNA 0.702 0.784 nan 0.271 0.450 0.033 0.224 0.884 1.465 0.092 0.274 1.543 0.049 0.135 0.035 0.465 0.896 0.158 0.120 0.484 0.027 0.307 0.098 0.571 0.244 0.045 0.136 0.262 1.004 4.465 2.200 0.841 0.519 0.037 0.149 0.042 0.063 0.303 0.139 0.073 0.025 0.037 0.186 0.228 0.283 0.157 0.535 0.072 0.326 0.339 0.465 0.098 0.062 0.571 0.336 0.179 0.035 0.106 0.140 0.045 2.166 0.145 0.106 0.002 2.960 2.444 9.007 10.893 0.355 0.425 3.107 1.083 2.818 2.656 0.132 0.131 0.434 0.447 0.253 0.091 2.739 2.534 1.466 1.744 0.271 0.429 0.593 0.495 4719 chr17 35764668 35768703 + 0 NA promoter-TSS (NM_001291918) promoter-TSS (NM_001291918) 217 NM_198834 31 Hs.160556 NM_000664 ENSG00000278540 ACACA ACAC|ACACAD|ACC|ACC1|ACCA acetyl-CoA carboxylase alpha protein-coding 6.345 4.628 3.733 11.442 2.737 3.941 3.676 3.941 6.851 2.373 5.542 1.827 0.401 1.166 3.139 4.238 2.192 0.316 4.314 1.409 8.199 3.088 3.224 1.697 4.850 3.069 3.523 2.942 5.195 1.781 1.936 4.659 2.619 9.114 1.220 5.527 1.385 3.597 0.153 2.190 2.343 6.981 4.413 2.185 3.201 1.975 3.218 5.176 6.742 3.671 3.310 3.719 4.238 6.457 4.490 4.850 2.088 3.943 1.011 7.377 3.163 3.404 2.306 2.874 2.060 3.278 2.039 5.083 5.684 4.532 6.708 nan 6.233 7.654 2.617 12.056 11.661 4.504 5.480 7.556 11.877 9.515 10.260 4.007 6.622 5.727 4.825 7.240 7.424 3.413 1.767 673 chr1 148547923 148558254 + 0 NA intron (NR_104217, intron 2 of 17).3 AluSx1|SINE|Alu -5100 NM_001170755 284565 Hs.523572 NM_173638 ENSG00000266338 NBPF15 AB14|AG3|NBPF16 NBPF member 15 protein-coding 2.195 nan 1.882 1.479 1.253 0.824 1.413 0.775 1.478 0.697 1.706 1.072 0.421 1.177 2.142 1.521 1.613 0.250 1.949 0.902 1.565 1.613 0.699 0.666 1.329 1.223 1.633 1.327 1.349 0.729 5.809 5.717 1.399 8.965 0.998 2.149 0.398 1.745 0.154 1.906 0.292 3.494 3.172 1.502 1.099 0.767 1.572 2.581 2.045 2.334 1.035 2.079 1.521 1.965 2.308 1.329 1.164 1.266 0.409 4.453 3.443 1.600 1.366 1.008 1.121 1.634 0.922 1.217 1.364 1.623 2.517 2.437 2.063 1.758 0.496 1.530 1.645 2.612 3.256 1.495 1.834 1.555 1.605 1.805 3.414 1.071 0.953 1.954 2.878 1.562 0.926 3322 chr13 107024410 107032338 + 0 NA promoter-TSS (NR_034119) promoter-TSS (NR_034119) -537 NR_034119 728192 Hs.559194 NR_034119 LINC00460 - long intergenic non-protein coding RNA 460 ncRNA 0.832 0.941 0.942 0.681 0.146 0.308 1.948 0.446 0.959 0.027 0.277 1.568 0.008 0.038 0.203 0.485 0.058 0.020 4.658 5.693 0.016 0.017 0.139 0.091 1.118 1.680 0.968 0.019 1.161 1.782 2.520 6.992 0.705 0.673 1.822 0.060 0.118 0.041 0.048 1.874 0.771 1.851 0.526 0.344 1.445 0.397 0.249 0.830 0.082 1.066 0.070 0.184 0.485 1.626 0.187 1.118 0.281 0.080 0.313 0.110 0.459 1.404 0.088 0.729 2.430 0.109 0.141 1.517 3.156 0.290 0.666 2.156 2.174 0.143 0.069 0.136 0.126 0.369 nan 2.060 1.378 3.212 3.655 0.190 0.483 1.203 1.007 0.903 nan 0.320 0.218 4204 chr16 4333085 4378910 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -8765 NM_001318918 84662 Hs.592087 NM_032575 ENSG00000126603 GLIS2 NKL|NPHP7 GLIS family zinc finger 2 protein-coding 1.137 nan 1.765 2.493 0.962 1.395 2.238 0.565 0.977 0.734 2.261 0.936 0.165 0.353 0.886 0.843 0.632 0.349 1.332 0.633 1.679 0.332 0.278 0.239 1.348 1.759 1.631 1.311 1.640 0.779 1.622 3.443 0.839 2.190 0.567 1.155 0.082 1.657 0.093 0.293 0.278 1.448 1.158 0.565 0.813 0.721 0.543 1.422 2.996 1.995 1.134 2.639 0.843 2.222 2.087 1.348 0.270 0.508 0.106 1.894 0.366 0.737 0.423 0.311 0.799 0.599 0.387 0.920 1.701 0.306 0.545 1.818 1.692 nan 0.632 1.679 1.591 0.477 nan 1.310 1.971 0.939 0.741 0.502 0.926 0.353 0.366 0.732 1.242 1.012 0.597 11037 chr8 70741434 70750042 + 0 NA promoter-TSS (NM_001146009) promoter-TSS (NM_001146009) -113 NM_001146008 81796 Hs.152460 NM_030958 ENSG00000137571 SLCO5A1 OATP-J|OATP-RP4|OATP5A1|OATPJ|OATPRP4|SLC21A15 solute carrier organic anion transporter family member 5A1 protein-coding 2.114 2.988 1.829 0.108 1.957 0.125 0.124 0.952 2.272 0.021 0.165 0.138 0.029 0.325 4.216 2.287 0.302 0.168 0.827 0.507 0.029 1.859 0.671 0.549 0.264 0.033 0.025 0.614 0.036 0.915 1.195 0.979 10.733 0.372 0.405 1.775 0.241 0.051 0.138 1.910 0.054 0.210 0.244 0.240 0.459 0.033 0.521 0.605 0.545 1.038 0.054 2.287 0.997 0.065 0.549 0.171 0.038 0.224 0.302 0.660 0.478 0.729 0.391 0.062 0.769 0.652 0.336 0.255 1.879 2.767 6.011 4.553 5.098 2.789 5.430 6.015 2.622 3.472 0.386 0.890 1.789 2.227 1.115 2.207 6.584 7.017 1.683 1.186 5.008 2.818 9965 chr6 138798106 138831362 + 0 NA intron (NM_001144060, intron 2 of 7) intron (NM_001144060, intron 2 of 7) 5845 NM_001144060 57224 Hs.652741 NM_020464 ENSG00000135540 NHSL1 C6orf63 NHS like 1 protein-coding 1.336 1.107 1.270 0.151 0.536 0.202 0.075 0.231 0.456 0.324 0.074 0.100 0.097 0.196 0.605 0.496 0.086 0.113 0.149 0.075 0.040 0.059 0.136 0.136 0.353 0.087 0.030 0.029 0.061 0.022 0.094 0.305 0.151 0.603 0.035 0.505 0.156 0.147 0.141 0.017 1.359 0.083 0.033 0.026 0.072 0.092 0.243 0.063 0.737 0.142 0.088 0.499 0.496 0.049 0.054 0.353 0.063 0.181 0.068 0.023 0.040 0.062 0.405 1.699 0.023 0.033 0.026 0.483 0.377 1.447 5.565 0.852 0.860 nan 0.703 0.327 0.309 0.834 1.169 0.589 0.818 1.009 0.730 0.351 0.723 0.802 1.116 2.159 nan 0.843 0.601 1947 chr11 57191463 57211301 + 0 NA Intergenic MamRep605|Unknown|Unknown -6329 NM_017611 29015 Hs.99962 NM_014096 ENSG00000134802 SLC43A3 EEG1|FOAP-13|PRO1659|SEEEG-1 solute carrier family 43 member 3 protein-coding 0.894 0.890 0.624 1.541 0.377 1.576 2.130 0.275 0.552 0.145 0.864 0.391 0.012 1.112 0.067 0.709 0.930 0.131 0.405 0.383 0.031 0.021 0.148 0.121 0.293 1.232 0.932 0.041 0.689 1.474 0.236 1.448 2.311 0.563 0.022 0.063 0.053 0.098 0.136 0.601 1.046 0.697 0.394 0.184 2.655 0.224 2.219 0.917 1.824 0.050 0.067 2.109 0.709 0.101 0.131 0.293 0.021 0.066 0.084 0.102 0.047 0.944 0.115 0.181 1.884 0.064 0.028 0.482 0.392 0.900 1.649 0.344 0.385 2.004 0.840 0.384 0.318 1.247 1.958 2.427 1.641 0.413 0.344 0.244 0.349 0.396 0.326 0.559 1.104 0.599 0.481 2366 chr11 129235316 129251022 + 0 NA Intergenic CpG -2712 NM_003658 8538 Hs.591944 NM_003658 ENSG00000043039 BARX2 - BARX homeobox 2 protein-coding 0.525 1.102 0.655 2.037 0.279 0.784 0.941 0.214 0.511 0.825 0.070 0.070 5.023 0.019 0.101 0.188 0.039 0.041 0.466 0.277 0.040 0.009 0.080 0.194 0.312 0.093 0.023 0.200 0.174 0.759 0.478 1.370 0.809 0.598 0.694 0.021 0.236 0.125 0.496 0.025 0.271 0.276 0.159 0.243 0.118 0.963 0.303 0.093 0.933 0.889 1.292 0.188 0.617 0.213 0.312 0.312 1.139 0.025 0.592 0.265 0.518 0.131 0.055 0.039 0.055 0.026 0.411 0.442 0.379 0.976 0.393 0.434 0.149 0.123 0.383 0.417 0.096 0.278 1.290 1.729 0.426 0.193 0.631 1.020 0.092 0.148 0.104 nan 0.510 0.416 1347 chr10 14569865 14587680 + 0 NA intron (NM_031453, intron 2 of 4) intron (NM_031453, intron 2 of 4) 1769 NM_001320740 83641 Hs.446315 NM_031453 ENSG00000065809 FAM107B C10orf45|HITS family with sequence similarity 107 member B protein-coding nan 0.686 0.658 0.239 0.144 0.022 0.474 0.180 0.361 0.032 0.073 0.242 0.022 0.017 0.070 0.087 0.237 0.108 0.419 0.160 2.653 0.054 0.114 0.071 0.483 0.363 0.162 0.066 0.258 0.090 0.139 0.497 0.225 0.263 0.172 0.076 0.016 0.045 0.086 0.128 0.081 0.124 0.051 0.044 0.425 0.110 0.212 0.085 0.838 0.024 1.038 0.520 0.087 0.352 0.025 0.483 0.184 0.603 0.022 0.206 0.040 0.311 0.051 0.083 0.057 0.042 0.018 0.366 0.348 0.319 0.734 0.386 0.387 1.007 0.384 0.138 0.127 0.338 0.665 0.248 0.355 0.151 0.094 0.195 0.245 0.080 0.111 0.187 0.348 0.609 0.464 11228 chr8 118159016 118171250 + 0 NA intron (NM_173851, intron 2 of 7) intron (NM_173851, intron 2 of 7) 17796 NM_001172814 169026 Hs.532270 NM_173851 ENSG00000164756 SLC30A8 ZNT8|ZnT-8 solute carrier family 30 member 8 protein-coding nan nan 0.952 0.035 0.707 8.174 0.062 0.145 0.343 0.015 0.169 0.075 0.015 0.151 0.131 0.313 0.115 0.210 0.101 0.026 1.413 0.230 0.145 0.137 0.006 0.006 0.012 0.094 0.026 0.134 0.352 0.122 1.436 0.047 0.101 0.477 0.027 0.062 0.029 0.155 0.087 0.035 0.019 0.018 0.044 0.089 0.215 0.040 0.052 0.039 0.054 0.313 0.041 0.015 0.137 0.010 0.081 0.052 0.033 0.019 0.016 0.131 0.025 0.017 0.017 0.255 0.119 0.140 0.243 0.782 0.972 nan 0.847 0.653 nan 0.268 nan 1.046 1.734 0.437 0.181 0.122 0.198 1.234 0.802 0.284 0.612 0.958 0.876 8812 chr5 22344751 22356186 + 0 NA intron (NM_004061, intron 3 of 14) intron (NM_004061, intron 3 of 14) -136559 NM_001317228 1010 Hs.113684 NM_004061 ENSG00000154162 CDH12 CDHB cadherin 12 protein-coding 0.724 1.140 1.856 0.045 0.288 0.044 0.037 0.070 0.115 0.017 0.076 0.048 0.019 0.018 0.132 0.202 0.202 0.294 0.239 0.066 0.017 0.012 0.219 0.261 0.210 0.039 0.112 0.009 0.127 0.128 0.128 0.388 0.077 0.101 0.277 0.037 0.084 0.020 0.140 0.088 0.005 0.011 0.019 0.034 0.099 0.017 0.043 0.002 0.021 0.024 0.202 0.119 0.016 0.210 0.003 0.021 0.094 0.015 0.142 0.069 0.017 0.054 0.007 0.015 0.013 0.413 0.230 0.244 0.375 0.521 0.741 0.128 0.089 0.117 0.106 nan 4.693 0.325 0.304 0.884 0.528 0.112 0.156 0.479 0.515 0.244 0.518 nan 0.710 25 chr1 1670098 1679600 + 0 NA intron (NM_182838, intron 1 of 5) AluSp|SINE|Alu 2589 NM_182838 9906 Hs.655255 NM_182838 ENSG00000215790 SLC35E2A SLC35E2 solute carrier family 35 member E2A protein-coding 2.920 nan 3.416 1.923 3.821 3.360 1.886 1.586 3.292 0.965 3.020 1.239 1.493 1.847 3.563 1.791 1.603 0.544 2.052 0.599 2.019 2.477 1.178 0.789 1.700 1.216 1.387 1.357 2.431 0.575 2.162 nan 1.409 5.588 0.714 1.628 0.561 3.099 0.228 0.595 0.734 2.375 2.896 1.403 0.860 1.249 2.133 2.539 2.125 2.635 1.236 1.687 1.791 3.685 2.206 1.700 1.671 1.324 1.391 3.717 1.600 1.421 1.211 1.676 1.330 1.249 0.898 3.773 4.070 3.082 4.358 6.574 6.386 2.749 1.857 7.674 7.941 3.243 nan 10.616 12.056 nan 3.466 2.092 3.043 2.001 2.268 4.594 4.048 1.820 0.982 1504 chr10 71196490 71235936 + 0 NA intron (NM_001351263, intron 1 of 5) LTR56|LTR|ERV1 4990 NM_001351263 23555 Hs.499941 NM_012339 ENSG00000099282 TSPAN15 2700063A19Rik|NET-7|NET7|TM4SF15 tetraspanin 15 protein-coding 0.975 nan 1.685 1.317 0.163 0.120 3.601 0.292 0.556 0.406 0.532 0.770 0.359 0.314 0.180 0.100 0.201 0.137 2.863 1.530 0.163 0.035 0.309 0.168 0.452 2.561 2.203 0.180 2.816 1.784 0.819 2.684 1.234 0.707 0.571 1.449 0.195 0.052 0.065 0.325 0.200 1.097 0.391 0.227 2.443 1.382 2.671 0.168 2.797 0.390 0.627 2.569 0.100 2.514 0.668 0.452 1.105 1.742 0.185 0.580 0.100 1.856 0.090 0.508 0.488 0.101 0.072 0.692 0.970 0.565 1.010 0.486 0.511 1.348 0.336 0.281 0.324 0.459 0.893 1.224 nan 0.925 1.036 0.195 0.354 0.656 0.852 0.315 nan 0.530 0.406 3350 chr13 111602257 111625595 + 0 NA Intergenic MER41-int|LTR|ERV1 -4448 NR_126378 104355135 Hs.649708 NR_126378 LINC00431 - long intergenic non-protein coding RNA 431 ncRNA 1.152 nan 1.210 2.122 0.177 0.141 4.240 0.130 0.292 0.205 0.546 0.918 0.021 0.078 0.133 2.780 0.177 0.062 3.120 2.129 0.043 0.018 0.074 0.067 0.224 1.514 1.225 0.256 0.229 1.235 0.211 1.664 0.121 0.367 2.230 0.458 0.028 0.042 0.091 1.089 0.091 3.052 1.055 0.551 1.346 0.856 0.549 1.272 0.319 0.595 0.798 0.235 2.780 5.312 0.071 0.224 0.152 0.781 0.020 0.083 0.749 1.632 0.056 0.021 0.144 0.582 0.691 0.464 0.272 0.575 1.991 0.520 0.615 0.778 0.174 0.111 0.092 0.035 0.097 0.433 0.532 0.283 0.101 0.218 0.239 0.152 0.570 0.147 0.183 0.364 0.268 3971 chr15 58530669 58563842 + 0 NA Intergenic Intergenic 116860 NM_001320635 366 Hs.104624 NM_020980 ENSG00000103569 AQP9 AQP-9|HsT17287|SSC1|T17287 aquaporin 9 protein-coding 0.728 1.821 2.621 0.163 1.714 1.644 0.152 2.262 4.584 0.627 0.080 0.231 0.038 0.160 1.856 0.210 0.158 0.078 0.131 0.063 0.028 0.021 0.700 0.220 3.357 0.439 0.209 0.045 0.100 0.111 0.176 0.831 0.388 2.986 0.062 0.084 0.206 0.029 0.084 0.029 1.281 0.214 0.029 0.019 0.114 0.063 0.619 0.192 0.354 0.077 0.036 0.268 0.210 0.082 0.067 3.357 0.103 1.976 0.076 0.087 0.142 0.161 1.074 0.167 0.052 0.021 0.012 0.451 0.543 0.290 0.605 3.695 3.336 0.362 0.137 0.558 0.502 0.252 0.428 3.421 3.348 1.682 1.660 1.186 1.647 1.071 1.323 0.319 0.763 0.804 0.629 1253 chr1 244208062 244230466 + 0 NA 3' UTR (NM_006352, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_006352, exon 1 of 1) 2757 NM_006352 10472 Hs.69997 NM_006352 ENSG00000179456 ZBTB18 C2H2-171|MRD22|RP58|TAZ-1|ZNF238 zinc finger and BTB domain containing 18 protein-coding nan 1.782 nan 0.786 1.942 0.196 0.339 0.944 1.623 0.290 0.780 0.317 0.134 0.179 0.514 1.083 3.672 0.337 0.465 0.085 0.054 0.383 1.087 0.467 1.977 0.548 0.581 0.494 0.563 0.174 0.194 0.403 0.743 2.019 0.117 0.267 0.655 0.368 0.101 0.169 1.822 0.787 0.959 0.477 0.233 0.161 1.539 0.571 1.071 0.932 1.051 0.252 1.083 0.738 0.236 1.977 0.115 0.311 0.561 0.639 1.275 0.391 0.470 0.868 0.380 0.298 0.200 0.765 1.155 2.320 1.873 4.839 4.125 2.713 0.668 1.102 1.125 5.213 6.767 1.402 1.860 7.308 9.684 0.383 1.202 2.881 2.475 4.177 6.140 1.167 0.833 7850 chr3 134192336 134208038 + 0 NA intron (NM_015391, intron 2 of 2) L2c|LINE|L2 -4379 NM_001042384 80254 Hs.443301 NM_025180 ENSG00000182923 CEP63 SCKL6 centrosomal protein 63 protein-coding 3.939 nan nan 2.885 1.745 1.577 2.196 1.522 2.757 0.698 1.522 0.941 0.574 0.699 1.875 2.108 2.683 0.397 1.318 0.666 2.412 0.760 2.271 0.944 2.263 1.075 1.010 1.035 1.806 0.980 1.731 2.424 1.627 2.759 0.810 1.172 0.210 1.137 0.099 0.901 1.460 5.274 3.200 1.169 1.000 0.581 0.905 2.924 0.975 3.482 0.743 1.236 2.108 1.589 2.717 2.263 0.376 0.706 0.651 2.898 1.153 1.784 1.192 1.040 1.645 2.428 2.287 2.460 2.291 4.076 7.033 4.744 4.046 5.709 3.171 8.276 8.834 3.195 4.218 2.541 4.496 nan 4.298 1.649 2.477 1.402 1.497 3.066 2.955 2.009 1.159 5469 chr19 1153688 1195935 + 0 NA promoter-TSS (NM_014963) promoter-TSS (NM_014963) -529 NM_014963 22904 Hs.408708 NM_014963 ENSG00000064932 SBNO2 KIAA0963|SNO|STNO strawberry notch homolog 2 protein-coding 0.970 0.808 2.912 1.616 0.424 0.299 3.100 0.251 0.584 0.985 2.502 0.986 0.951 0.233 0.651 0.549 0.740 0.233 4.178 1.818 3.046 0.210 0.179 0.166 1.009 4.262 5.356 1.720 3.970 2.067 3.134 6.585 3.502 1.122 1.187 2.191 0.090 0.358 0.078 1.046 0.123 12.135 4.854 1.849 5.302 1.943 1.790 3.717 3.563 2.611 1.672 2.363 0.549 4.576 2.475 1.009 1.289 1.030 0.347 4.275 0.319 3.052 0.171 0.129 1.380 0.553 0.328 1.240 1.617 0.866 1.555 1.055 0.977 0.907 0.295 1.501 1.513 0.652 1.074 0.721 nan 0.971 0.804 0.482 0.632 0.484 0.540 0.330 0.520 0.887 0.577 11856 chr9 139079370 139100723 + 0 NA intron (NM_178138, intron 5 of 5) intron (NM_178138, intron 5 of 5) 4973 NM_014564 8022 Hs.148427 NM_014564 ENSG00000107187 LHX3 CPHD3|LIM3|M2-LHX3 LIM homeobox 3 protein-coding nan 0.737 0.746 0.020 0.252 0.559 0.063 0.229 0.464 0.026 0.091 0.098 0.003 0.005 0.264 0.642 0.087 0.075 0.096 0.009 0.078 0.102 0.054 0.185 0.068 0.049 0.072 0.065 0.216 0.782 0.065 0.767 0.014 0.071 0.099 0.139 0.053 6.768 0.171 0.051 0.011 0.010 0.057 0.092 0.117 0.108 0.083 0.037 0.053 0.642 0.112 0.022 0.185 0.046 0.063 0.317 0.348 0.033 0.073 0.065 0.075 0.021 0.016 0.004 0.237 0.290 0.137 0.137 0.555 0.675 nan 0.258 0.051 0.069 0.085 0.225 0.365 0.427 0.940 0.846 0.364 0.309 0.434 0.470 0.733 1.279 0.276 0.253 11794 chr9 130888588 130903396 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 5184 NR_024425 389791 Hs.632678 NM_001013652 ENSG00000232850 PTGES2-AS1 - PTGES2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan 1.730 3.158 1.599 2.250 0.823 1.019 0.957 1.654 0.478 1.662 0.825 0.532 2.917 0.928 1.169 0.540 0.152 2.252 0.898 0.591 0.656 1.045 0.555 1.434 0.804 0.949 0.902 1.454 0.343 2.114 2.689 0.876 3.234 0.621 1.177 0.643 1.019 0.089 0.342 0.417 2.330 1.628 0.822 1.040 0.780 1.681 1.234 1.711 1.778 0.897 1.612 1.169 1.734 0.899 1.434 0.637 1.795 1.691 1.850 1.624 1.052 0.353 0.635 0.629 1.224 0.567 1.432 1.468 1.534 2.458 2.379 2.688 nan 1.315 2.876 2.877 1.109 1.682 2.966 3.594 5.967 5.795 1.025 1.553 2.252 2.363 1.634 1.841 2.916 1.349 5941 chr2 19806063 19818678 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -253998 NM_145260 130497 Hs.123933 NM_145260 ENSG00000143867 OSR1 ODD odd-skipped related transciption factor 1 protein-coding 0.693 0.526 0.960 0.293 0.440 0.045 1.081 0.110 0.224 0.038 0.960 3.789 0.020 0.437 0.133 0.478 0.254 0.130 0.522 0.736 0.114 0.137 0.182 0.086 1.359 0.871 0.018 0.161 0.041 0.057 0.245 0.079 0.828 0.081 0.257 0.022 0.044 0.135 0.533 0.076 0.401 0.110 0.087 0.225 0.169 2.429 7.637 0.471 0.034 0.218 0.158 0.478 0.327 0.069 0.086 0.379 0.080 0.147 0.074 0.032 0.801 0.023 0.078 0.193 7.034 8.392 0.417 0.208 0.179 0.288 0.309 0.247 7.330 2.675 0.243 0.227 0.130 0.250 1.773 nan 1.302 1.175 0.132 0.200 0.117 0.072 0.370 nan 0.529 0.476 10445 chr7 77164593 77170161 + 0 NA promoter-TSS (NM_001131008) promoter-TSS (NM_001131008) 25 NM_001131008 5782 Hs.61812 NM_002835 ENSG00000127947 PTPN12 PTP-PEST|PTPG1 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 12 protein-coding nan 2.203 2.897 3.930 3.480 2.888 6.289 2.082 3.729 2.901 5.870 4.903 1.551 1.358 4.558 2.495 5.665 0.582 4.678 1.636 7.687 3.254 2.395 1.442 3.397 1.663 2.781 2.956 9.922 3.008 5.573 8.123 9.903 8.501 2.670 7.411 1.773 6.827 0.260 2.383 2.440 15.360 6.064 1.982 3.569 4.157 5.636 9.805 7.780 5.059 3.263 3.699 2.495 4.831 5.269 3.397 4.440 2.818 1.103 8.614 1.930 6.529 2.005 1.072 5.041 4.127 2.800 3.446 4.867 4.030 nan 6.268 5.211 5.114 1.316 7.271 7.048 1.175 nan 3.520 nan 4.287 5.105 1.667 4.729 4.108 4.022 3.840 4.812 2.783 1.440 9877 chr6 122199460 122225322 + 0 NA Intergenic MamSINE1|SINE|tRNA 455668 NM_000165 2697 Hs.74471 NM_000165 ENSG00000152661 GJA1 AVSD3|CMDR|CX43|EKVP|EKVP3|GJAL|HLHS1|HSS|ODDD|PPKCA gap junction protein alpha 1 protein-coding 1.023 0.790 0.779 0.062 0.119 0.032 0.058 0.074 0.190 0.022 0.122 0.404 0.012 0.086 0.431 0.180 0.068 0.102 0.015 0.046 7.481 0.054 0.064 0.023 0.005 0.006 0.020 0.068 0.008 0.091 0.372 0.235 0.210 0.063 0.085 0.203 0.218 0.132 0.051 0.046 0.032 0.007 0.018 0.034 0.015 0.164 0.081 0.066 0.080 0.018 0.072 0.431 0.085 0.018 0.023 0.062 0.023 0.018 0.025 0.028 0.034 0.023 0.167 0.024 0.023 0.017 0.298 0.187 0.257 0.284 0.174 0.230 0.264 0.152 0.243 0.230 0.095 0.185 0.328 0.322 0.586 0.380 0.142 0.167 1.378 1.942 0.316 0.479 0.250 0.349 6654 chr2 219175581 219194324 + 0 NA intron (NM_015488, intron 2 of 9) intron (NM_015488, intron 2 of 9) -2950 NM_022572 25953 Hs.98475 NM_015488 ENSG00000127838 PNKD BRP17|DYT8|FKSG19|FPD1|KIPP1184|MR-1|MR1|PDC|PKND1|PNKD1|TAHCCP2 paroxysmal nonkinesigenic dyskinesia protein-coding nan 0.859 nan 0.242 0.338 0.211 0.296 0.231 0.480 0.163 1.328 0.408 0.696 0.032 0.259 0.437 0.649 0.146 0.971 0.302 0.696 0.363 0.151 0.134 0.275 0.818 0.614 0.691 0.256 0.202 0.411 1.132 3.749 1.730 0.218 2.224 0.025 0.577 0.100 0.166 0.127 1.558 0.515 0.267 0.180 0.606 1.558 0.181 2.707 0.728 0.214 3.448 0.437 0.553 0.365 0.275 2.027 1.672 0.190 1.481 0.271 0.250 0.196 0.253 0.463 0.077 0.046 0.512 0.777 0.528 1.617 0.598 0.446 0.618 0.201 0.745 0.703 0.341 0.624 1.496 nan 0.791 0.681 0.320 0.497 0.130 0.126 0.629 0.935 0.367 0.322 3932 chr15 44717786 44721955 + 0 NA 5' UTR (NM_016396, exon 1 of 13) 5' UTR (NM_016396, exon 1 of 13) 291 NM_016396 51496 Hs.497967 NM_016396 ENSG00000137770 CTDSPL2 HSPC058|HSPC129 CTD small phosphatase like 2 protein-coding 5.227 3.637 nan 2.029 4.760 3.301 4.461 4.401 8.251 1.930 4.410 3.196 1.568 1.438 4.646 4.121 5.231 0.701 3.527 1.242 4.770 1.870 3.542 2.049 6.402 2.530 2.971 2.071 3.002 1.334 3.745 8.378 2.693 10.608 2.288 4.545 2.365 5.280 0.165 1.682 2.428 2.849 3.510 1.589 3.108 1.470 3.096 5.613 2.676 4.462 2.396 3.596 4.121 5.232 6.378 6.402 1.792 2.086 2.082 4.015 2.911 3.164 3.301 2.809 5.034 2.315 1.870 7.815 6.917 11.222 15.670 11.584 10.585 9.200 4.854 11.953 11.967 5.707 nan 7.974 13.804 18.517 17.380 5.616 10.577 11.723 13.876 11.649 9.618 4.533 2.176 11760 chr9 124940842 124965232 + 0 NA intron (NM_001286828, intron 3 of 3) intron (NM_001286828, intron 3 of 3) 30850 NM_198469 254956 Hs.71428 NM_198469 ENSG00000185681 MORN5 C9orf113|C9orf18 MORN repeat containing 5 protein-coding nan nan 0.643 0.059 0.716 2.671 0.258 2.650 4.840 0.011 0.096 0.123 0.018 0.024 1.110 0.215 0.092 0.093 0.217 0.156 0.031 0.034 0.168 0.177 0.952 0.077 0.051 0.061 0.152 0.108 1.183 3.962 0.269 nan 0.327 0.094 0.027 0.058 0.100 0.058 0.107 0.144 0.057 0.055 0.067 0.089 0.091 0.225 0.170 0.087 0.330 0.176 0.215 0.274 0.180 0.952 0.190 0.045 0.064 0.073 0.403 0.151 0.049 0.030 0.087 0.052 0.074 0.300 0.583 0.227 0.345 1.510 1.526 0.933 0.450 0.446 0.442 0.109 nan 0.471 0.671 0.613 0.454 0.258 0.310 0.303 0.261 0.177 0.259 nan 1.149 11546 chr9 38062631 38075943 + 0 NA promoter-TSS (NM_003028) promoter-TSS (NM_003028) -77 NM_003028 6461 Hs.521482 NM_003028 ENSG00000107338 SHB bA3J10.2 SH2 domain containing adaptor protein B protein-coding 1.339 nan 4.501 0.921 1.213 2.129 2.987 0.638 1.148 0.568 2.130 1.514 0.850 0.413 0.963 1.098 1.235 0.193 2.888 0.827 0.792 0.197 0.854 0.480 0.992 1.689 1.472 1.145 2.037 0.848 4.959 7.505 1.188 4.065 1.640 0.917 0.739 0.570 0.063 0.875 2.163 1.891 2.659 1.323 1.550 1.182 1.864 1.110 3.041 4.673 1.361 2.568 1.098 3.556 1.001 0.992 1.125 1.420 0.148 5.546 0.897 0.812 0.357 0.874 2.286 1.533 1.112 0.938 1.762 2.213 3.548 1.707 1.303 3.681 0.960 1.162 1.252 1.187 1.728 1.295 1.729 1.548 1.722 0.641 1.861 1.786 2.021 1.136 2.212 2.207 1.350 8024 chr3 173514553 173521022 + 0 NA intron (NM_014932, intron 3 of 6) intron (NM_014932, intron 3 of 6) 120799 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 1.151 1.325 0.840 0.167 0.136 0.051 0.054 0.529 1.257 0.088 0.029 0.045 0.069 0.151 0.133 0.025 0.113 0.040 0.021 0.268 0.468 0.112 0.026 0.011 0.023 0.127 0.017 0.071 0.046 0.116 0.149 0.053 0.278 0.084 0.096 0.073 0.014 0.009 0.023 0.022 0.059 0.047 0.063 0.024 0.151 0.055 0.029 0.112 0.038 0.039 0.046 0.024 0.106 0.079 0.012 0.027 0.008 2.216 1.280 9.078 1.634 0.328 0.278 0.798 0.356 8.433 9.092 3.880 3.746 0.357 0.324 0.773 0.281 0.459 0.713 1.865 2.351 0.536 0.770 0.416 0.340 1730 chr10 135088016 135094461 + 0 NA promoter-TSS (NM_001164490) promoter-TSS (NM_001164490) -831 NM_001164489 101 Hs.501574 NM_001109 ENSG00000151651 ADAM8 CD156|CD156a|MS2 ADAM metallopeptidase domain 8 protein-coding 0.455 0.434 0.888 2.453 0.327 0.139 5.188 0.177 0.519 0.134 1.450 1.254 0.953 0.124 0.342 0.080 0.130 0.025 4.378 2.580 1.820 0.085 0.049 0.037 0.214 1.508 1.323 0.150 0.908 1.619 2.196 4.922 3.395 0.317 1.679 0.425 0.015 0.069 0.052 1.887 0.048 5.977 0.392 0.156 2.134 0.457 1.758 0.475 0.213 0.774 0.024 2.697 0.080 6.307 0.517 0.214 1.064 0.986 0.372 0.095 0.977 0.015 0.057 4.248 0.259 0.102 0.281 0.341 0.244 0.658 0.402 0.323 0.613 0.184 0.174 0.085 0.052 0.136 0.321 0.614 0.094 0.061 0.102 0.162 0.092 0.093 0.152 0.128 0.215 0.133 46 chr1 6278756 6282848 + 0 NA TTS (NM_012405) TTS (NM_012405) 14613 NM_207396 388591 Hs.716549 NM_173795 ENSG00000158286 RNF207 C1orf188 ring finger protein 207 protein-coding 1.187 nan 0.958 1.680 0.407 6.886 1.965 0.245 0.348 1.812 0.277 0.359 6.794 1.187 3.872 0.157 0.165 0.117 3.246 1.264 0.471 0.034 0.270 0.175 0.296 0.356 0.187 0.036 1.773 1.243 0.389 nan 0.515 0.755 0.712 0.170 0.047 0.257 0.142 0.088 0.055 0.198 0.113 0.170 1.675 0.620 2.301 0.100 0.151 0.395 0.157 1.289 0.157 3.632 0.149 0.296 0.987 3.294 0.235 0.379 0.075 0.146 0.048 0.466 0.075 0.056 0.012 0.476 0.680 0.345 0.804 1.727 2.863 0.339 0.242 2.091 1.948 0.485 nan 2.802 4.037 nan 0.372 0.390 0.395 0.051 0.111 0.763 1.647 3.089 1.581 3623 chr14 62393048 62399328 + 0 NA Intergenic Intergenic -66353 NM_031914 83851 Hs.404139 NM_031914 ENSG00000139973 SYT16 CHR14SYT|SYT14L|Strep14|syt14r|yt14r synaptotagmin 16 protein-coding nan nan 0.700 2.220 0.138 0.027 0.343 0.179 0.271 1.298 0.100 0.014 4.466 0.031 0.115 0.353 0.119 0.127 2.219 0.738 0.186 0.098 0.106 0.172 0.089 0.033 0.036 3.320 0.186 0.255 0.311 3.372 0.379 1.615 0.043 0.150 0.156 0.148 0.283 0.090 1.762 0.210 0.193 1.967 2.568 3.059 0.405 0.065 0.078 0.147 0.071 0.353 2.237 0.059 0.172 0.544 1.144 0.245 0.149 1.867 0.032 0.312 0.435 0.028 0.017 0.186 0.111 0.478 1.625 0.492 0.718 1.497 0.373 nan 0.367 0.233 0.236 0.242 nan 3.018 2.318 0.139 0.233 0.439 0.414 0.261 0.546 0.622 0.505 1316 chr10 10581641 10586391 + 0 NA intron (NM_001326317, intron 1 of 14) intron (NM_001326317, intron 1 of 14) 79538 NM_001326321 10659 Hs.309288 NM_006561 ENSG00000048740 CELF2 BRUNOL3|CELF-2|CUG-BP2|CUGBP2|ETR-3|ETR3|NAPOR CUGBP Elav-like family member 2 protein-coding nan 0.597 0.457 0.031 0.110 0.011 0.121 0.102 0.126 0.058 0.022 0.074 0.217 0.079 0.101 0.045 0.040 0.102 0.069 0.041 0.014 0.013 0.072 0.051 0.153 0.076 0.273 0.056 0.046 0.144 0.051 0.039 0.038 0.048 0.070 0.016 0.061 0.127 0.120 0.046 0.016 0.014 0.217 0.075 0.041 0.034 0.041 0.049 0.043 0.017 0.229 0.051 0.011 2.920 3.053 10.443 6.722 0.201 0.304 0.463 0.304 0.642 0.638 0.563 0.978 0.108 0.146 0.183 0.062 0.416 0.755 0.027 0.045 0.232 0.336 0.077 0.140 2630 chr12 46380432 46387133 + 0 NA intron (NM_004719, intron 1 of 14) CpG 619 NM_004719 9169 Hs.210367 NM_004719 ENSG00000139218 SCAF11 CASP11|SFRS2IP|SIP1|SRRP129|SRSF2IP SR-related CTD associated factor 11 protein-coding 4.525 nan 3.153 3.131 4.626 3.102 2.919 2.128 3.691 1.671 2.877 1.473 6.864 2.169 4.867 3.394 3.021 0.337 4.949 2.208 3.668 2.931 2.320 1.205 3.627 2.816 3.607 2.345 4.794 2.045 5.183 6.884 4.827 4.284 1.996 4.170 1.721 4.523 0.153 1.914 2.174 4.271 4.242 1.976 2.678 3.026 4.140 5.655 4.732 8.471 3.228 3.661 3.394 6.742 4.574 3.627 1.570 3.542 0.684 5.236 2.726 2.448 2.081 3.396 2.424 2.802 1.801 5.552 6.806 6.290 7.842 7.689 6.351 8.044 2.725 10.661 11.265 2.773 3.658 6.352 10.086 4.678 5.764 2.555 6.297 7.346 6.402 3.943 4.361 3.365 2.108 2373 chr11 130180894 130194323 + 0 NA intron (NR_148980, intron 1 of 6) L1M2|LINE|L1 2720 NR_148980 646383 Hs.155288 NM_001039787 LOC646383 - uncharacterized LOC646383 ncRNA 1.174 nan 1.200 0.865 1.437 0.940 0.693 0.823 1.531 0.526 0.891 0.440 2.327 0.281 1.386 0.754 0.222 0.024 0.949 0.183 0.789 0.392 0.778 0.544 1.452 0.935 0.875 0.617 1.154 0.943 0.727 1.118 0.428 nan 0.414 0.312 0.403 1.064 0.130 0.291 1.021 1.941 0.943 0.517 1.529 0.971 1.139 0.670 0.928 1.066 0.657 1.314 0.754 1.000 1.534 1.452 0.856 0.720 0.101 0.985 0.584 0.720 3.432 0.581 0.578 0.309 0.193 3.679 3.930 1.323 1.695 1.760 1.824 1.961 0.702 2.608 2.707 1.081 1.536 1.837 2.379 2.014 2.230 4.195 6.362 1.461 1.318 1.505 2.247 1.283 0.816 10023 chr6 152677644 152703433 + 0 NA intron (NM_182961, intron 60 of 145) intron (NM_182961, intron 60 of 145) -11127 NR_120501 100505475 Hs.571203 NR_120501 SYNE1-AS1 - SYNE1 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.960 1.054 0.298 0.102 0.020 0.213 0.181 0.194 0.093 0.210 0.308 0.060 0.089 0.059 0.112 0.360 0.118 0.230 0.110 0.658 0.500 0.061 0.067 0.028 0.371 0.232 0.238 0.269 0.151 0.313 nan 0.374 0.238 0.136 0.286 0.011 0.336 0.113 0.202 0.055 0.175 0.084 0.070 0.339 0.277 0.120 0.253 0.322 0.569 0.156 0.239 0.112 0.249 0.470 0.028 0.072 0.042 0.004 0.194 0.225 0.055 0.019 0.906 0.138 0.259 0.188 0.333 0.175 0.478 0.851 0.209 nan 0.383 0.177 0.212 0.185 0.077 0.138 0.243 0.256 1.603 1.283 0.095 0.125 0.071 0.097 1.744 nan 0.226 0.281 8560 chr4 140647769 140663136 + 0 NA intron (NM_018717, intron 3 of 5) intron (NM_018717, intron 3 of 5) 68530 NM_002413 4258 Hs.81874 NM_002413 ENSG00000085871 MGST2 GST2|MGST-II microsomal glutathione S-transferase 2 protein-coding 1.496 1.172 1.769 0.061 1.524 0.856 0.252 1.732 2.939 0.031 0.449 0.347 0.020 0.545 1.306 0.559 0.513 0.143 0.149 0.025 0.050 0.027 1.222 0.784 3.689 0.429 0.226 0.048 0.182 0.205 0.277 0.790 0.170 1.563 0.048 0.169 0.384 0.033 0.080 0.153 0.943 0.084 0.027 0.051 0.171 0.034 0.138 0.188 0.196 0.129 0.098 0.173 0.559 0.119 0.036 3.689 0.071 0.108 0.378 0.004 0.468 0.061 0.275 0.633 0.055 0.004 0.003 0.394 0.397 0.264 0.533 3.149 3.162 2.386 0.819 0.185 0.229 1.729 2.040 1.875 2.340 1.306 1.551 0.455 0.730 1.301 1.332 1.736 2.614 1.973 1.279 6259 chr2 97592458 97601793 + 0 NA intron (NM_001122646, intron 8 of 16) intron (NM_001122646, intron 8 of 16) 12282 NR_110209 101927053 Hs.677537 NR_110209 LOC101927053 - uncharacterized LOC101927053 ncRNA 1.832 0.864 1.987 0.039 1.135 5.415 0.227 0.361 0.849 0.021 0.075 0.080 0.007 0.043 1.993 0.451 0.071 0.123 0.137 0.020 0.027 0.041 3.283 1.501 2.779 0.165 0.055 0.047 0.155 0.057 0.411 2.213 0.358 5.707 0.110 0.081 0.469 0.082 0.103 0.025 0.137 0.197 0.058 0.059 0.023 0.089 0.299 0.235 0.113 0.055 0.034 0.293 0.451 0.151 0.060 2.779 0.013 0.115 0.740 0.234 1.523 0.102 0.465 0.671 0.033 0.043 0.022 1.593 1.636 0.343 0.768 5.549 4.060 3.018 0.672 1.081 1.282 2.325 2.872 2.907 2.705 0.750 0.823 0.587 1.093 1.396 1.212 1.065 1.678 1.401 0.865 4163 chr16 110023 155768 + 0 NA intron (NM_001015052, intron 2 of 3) intron (NM_001015052, intron 2 of 3) 4726 NM_001015052 4350 Hs.459596 NM_002434 ENSG00000103152 MPG AAG|ADPG|APNG|CRA36.1|MDG|Mid1|PIG11|PIG16|anpg N-methylpurine DNA glycosylase protein-coding 1.029 nan 0.981 0.802 1.201 4.820 1.049 0.249 0.395 0.683 1.413 0.570 0.156 0.733 0.927 0.422 0.329 0.109 1.005 0.387 0.932 0.194 0.410 0.232 0.388 0.676 0.613 0.891 1.056 0.260 1.620 2.970 0.610 2.886 0.419 1.011 0.066 0.581 0.074 0.505 0.066 0.606 0.676 0.340 0.475 0.430 0.714 0.514 0.993 0.756 0.296 0.893 0.422 1.103 0.980 0.388 0.404 0.682 0.129 0.634 0.511 0.445 0.067 0.165 0.654 0.514 0.324 0.601 0.928 0.336 0.553 0.832 0.902 nan 0.498 0.768 0.788 0.443 nan 1.707 1.774 0.590 0.426 0.364 0.374 0.353 0.397 0.350 0.602 0.968 0.560 6992 chr20 44043778 44051182 + 0 NA intron (NR_047692, intron 2 of 10) intron (NR_047692, intron 2 of 10) 2773 NR_047695 51604 Hs.437388 NM_015937 ENSG00000124155 PIGT CGI-06|MCAHS3|NDAP|PNH2 phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class T protein-coding nan 4.863 1.847 1.925 4.193 0.285 1.036 2.156 4.013 0.580 1.126 0.588 0.168 0.997 0.406 0.745 0.862 0.109 0.996 0.614 0.836 0.544 1.592 0.834 4.638 0.680 0.684 0.507 0.869 0.328 0.957 1.762 0.992 4.451 1.125 0.839 0.450 1.008 0.119 1.404 2.170 1.390 0.751 0.337 1.242 0.474 1.148 0.525 0.891 0.884 0.844 0.868 0.745 1.961 2.803 4.638 0.954 0.996 0.496 1.618 2.412 1.272 7.211 0.466 1.597 0.420 0.256 6.227 11.353 1.615 2.306 1.943 2.178 nan 3.764 3.389 3.575 1.433 2.252 4.909 6.416 nan 1.416 7.326 9.752 1.933 1.428 0.992 1.572 1.709 1.087 5659 chr19 39520156 39525983 + 0 NA intron (NM_178820, intron 1 of 5) CpG-13681 167 NM_178820 126433 Hs.187461 NM_178820 ENSG00000161243 FBXO27 FBG5|Fbx27 F-box protein 27 protein-coding 1.105 2.088 1.157 2.478 3.724 0.928 0.587 0.274 0.425 2.450 3.179 0.303 0.467 0.039 0.016 0.177 0.051 0.222 2.177 0.522 4.436 0.238 0.136 0.112 0.164 0.564 0.409 1.758 1.736 0.362 0.713 1.126 2.865 8.502 0.424 0.343 0.033 1.294 0.133 0.689 0.040 4.321 2.043 1.765 0.018 0.411 2.351 0.809 3.419 7.974 0.568 0.616 0.177 2.764 1.717 0.164 0.631 0.482 0.432 3.785 0.122 0.742 0.544 0.405 0.237 0.267 0.167 0.698 0.829 1.017 1.533 0.545 0.466 4.355 1.271 0.367 0.430 0.246 0.373 2.982 3.279 nan 0.339 0.885 1.392 0.222 0.241 1.015 2.848 1.101 0.942 3505 chr14 37113452 37162463 + 0 NA intron (NM_006194, intron 4 of 4) intron (NM_006194, intron 4 of 4) 11184 NM_006194 5083 Hs.132576 NM_006194 ENSG00000198807 PAX9 STHAG3 paired box 9 protein-coding 1.451 0.878 1.324 0.288 1.241 12.228 0.611 0.320 0.649 0.177 0.054 0.361 0.637 0.652 4.858 0.299 0.152 0.154 0.688 0.248 0.040 0.220 0.276 0.204 0.613 0.583 0.385 0.136 0.900 0.291 2.446 5.675 0.571 14.494 0.646 0.221 0.842 0.107 0.102 0.243 0.154 0.113 0.043 0.038 0.477 0.372 0.084 0.175 0.266 0.113 0.398 0.420 0.299 0.582 0.846 0.613 0.254 0.247 0.089 0.646 0.813 0.223 0.367 0.076 0.053 0.022 0.016 0.315 0.350 0.374 0.498 7.933 7.556 0.861 0.306 0.483 0.464 0.540 0.770 4.457 5.188 0.883 0.652 0.517 0.728 2.051 2.061 0.061 0.163 1.294 0.675 6878 chr20 20509131 20554997 + 0 NA intron (NM_020343, intron 23 of 39) intron (NM_020343, intron 23 of 39) 161202 NM_020343 57186 Hs.472285 NM_020343 ENSG00000188559 RALGAPA2 AS250|C20orf74|bA287B20.1|dJ1049G11|dJ1049G11.4|p220 Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 2 protein-coding 1.833 1.458 nan 0.051 0.425 0.137 0.200 2.045 3.504 0.175 0.123 0.036 0.023 0.399 0.313 0.285 0.149 0.077 0.097 0.079 0.010 0.033 0.751 0.505 1.675 0.041 0.028 0.019 0.098 0.124 0.093 0.158 0.437 0.678 0.364 0.178 1.674 0.047 0.067 0.008 0.581 0.062 0.021 0.019 0.074 0.157 0.408 0.116 0.087 0.043 0.019 0.189 0.285 0.083 0.022 1.675 0.088 0.314 1.987 0.025 0.613 0.076 0.239 0.341 0.022 0.018 0.001 1.165 1.372 0.296 0.540 1.296 1.578 4.108 1.087 0.283 0.286 3.964 4.610 2.008 2.246 5.160 4.321 0.445 0.716 3.236 5.075 0.480 1.134 1.780 0.891 11447 chr9 11647011 11653447 + 0 NA Intergenic Intergenic 1037023 NR_110696 101929428 Hs.434446 NR_110696 ENSG00000226717 PTPRD-AS2 - PTPRD antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan nan 0.641 0.011 1.171 0.089 1.142 2.209 0.038 0.059 0.039 0.046 0.399 0.083 0.167 0.033 0.029 0.009 1.023 0.361 1.298 0.011 0.075 0.075 0.023 0.043 0.418 0.023 0.033 0.060 0.051 0.137 0.087 0.014 0.009 0.031 0.062 0.013 0.011 0.011 0.399 0.026 1.298 0.013 0.044 0.205 0.121 0.019 0.012 0.027 0.194 0.200 0.148 0.148 0.261 0.280 5.912 4.190 0.152 0.081 0.825 1.047 3.050 2.077 0.438 0.178 0.137 0.236 0.685 0.804 0.143 0.177 6.382 2.952 5813 chr19 55758528 55775478 + 0 NA intron (NM_014931, intron 1 of 23) intron (NM_014931, intron 1 of 23) 3035 NM_014931 22870 Hs.515610 NM_014931 ENSG00000105063 PPP6R1 KIAA1115|PP6R1|SAP190|SAPS1 protein phosphatase 6 regulatory subunit 1 protein-coding 1.953 1.944 3.247 1.864 3.201 2.012 1.685 1.561 2.688 0.621 1.940 1.253 0.417 0.579 1.812 1.367 0.732 0.237 1.814 0.516 1.194 0.718 1.366 0.675 1.982 0.740 0.562 1.594 1.133 0.460 1.586 3.867 1.343 1.789 0.909 0.971 0.348 1.267 0.144 0.840 0.941 1.718 0.917 0.489 3.104 1.027 1.650 0.877 2.300 1.385 0.875 0.589 1.367 2.066 1.273 1.982 0.714 1.462 0.569 1.775 0.869 1.500 1.079 0.861 0.924 0.639 0.459 2.956 3.902 1.562 2.495 2.954 2.932 5.147 1.852 1.611 1.778 1.633 2.183 5.361 6.824 2.540 2.060 1.800 3.028 1.637 1.855 1.490 2.428 3.398 1.655 1254 chr1 244325275 244329953 + 0 NA Intergenic Intergenic 111107 NM_006352 10472 Hs.69997 NM_006352 ENSG00000179456 ZBTB18 C2H2-171|MRD22|RP58|TAZ-1|ZNF238 zinc finger and BTB domain containing 18 protein-coding nan 0.964 nan 1.807 0.243 0.024 3.486 0.307 0.511 0.718 2.248 3.167 0.222 0.021 0.134 1.010 1.201 0.242 1.552 0.784 1.391 0.029 0.166 0.180 0.167 3.880 3.010 1.394 2.453 2.032 0.156 0.455 0.952 0.309 1.032 0.817 0.046 0.123 2.016 0.084 8.405 11.528 4.947 3.012 0.852 2.170 4.267 0.713 2.504 0.085 0.695 1.010 1.191 2.631 0.167 0.445 0.582 0.167 2.706 0.076 1.911 0.021 0.092 1.974 6.705 6.167 0.294 0.172 0.555 1.291 1.742 2.018 0.764 0.269 0.307 0.320 0.567 0.946 0.420 0.588 0.601 0.472 0.088 0.114 0.123 0.185 0.346 0.646 0.572 0.617 6839 chr20 10681050 10702075 + 0 NA Intergenic Intergenic -36868 NM_000214 182 Hs.224012 NM_000214 ENSG00000101384 JAG1 AGS|AGS1|AHD|AWS|CD339|HJ1|JAGL1 jagged 1 protein-coding 0.667 nan 1.326 2.921 0.298 0.013 0.716 0.145 0.258 0.009 0.149 0.085 0.133 0.169 0.303 0.444 0.155 0.432 0.388 0.168 0.007 0.157 0.088 0.120 0.056 0.021 0.004 0.078 0.506 0.357 1.327 0.464 0.506 1.568 1.011 0.043 0.057 0.080 0.442 0.303 0.162 0.080 0.089 0.166 0.186 0.299 0.105 2.040 0.041 1.422 0.653 0.303 0.255 0.459 0.120 0.409 0.251 0.107 0.036 0.102 0.606 0.039 0.088 1.066 0.011 0.021 0.600 0.363 0.280 0.485 0.369 0.445 2.088 0.541 0.241 0.202 0.710 1.120 0.513 0.505 0.569 0.288 0.178 0.253 0.353 1.073 0.278 0.469 0.669 0.628 1642 chr10 111825708 111844402 + 0 NA intron (NM_016824, intron 1 of 14) intron (NM_016824, intron 1 of 14) -66916 NR_038943 100505933 Hs.604103 NR_038943 ADD3-AS1 - ADD3 antisense RNA 1 ncRNA 0.763 nan 0.727 0.447 0.065 0.451 0.678 0.223 0.527 0.328 1.348 4.383 1.013 0.086 0.116 0.095 2.704 0.129 0.446 0.204 0.075 0.052 0.083 0.079 0.160 0.467 0.236 0.320 0.603 0.267 0.714 1.434 0.677 0.256 0.459 2.513 0.025 0.127 0.112 0.713 0.118 0.123 0.080 0.039 0.659 0.146 0.294 0.428 0.436 0.077 0.029 0.064 0.095 0.160 0.070 0.160 1.288 0.053 0.026 0.047 0.054 0.304 0.053 0.179 0.147 0.007 0.005 0.298 0.164 0.494 1.055 0.140 0.163 0.700 0.220 0.172 0.138 0.637 0.775 0.287 0.403 0.253 0.111 0.144 0.204 0.173 0.173 0.424 0.838 0.341 0.340 3712 chr14 77767189 77788931 + 0 NA intron (NM_013382, intron 2 of 20) L1MB7|LINE|L1 9165 NM_013382 29954 Hs.132989 NM_013382 ENSG00000009830 POMT2 LGMD2N|MDDGA2|MDDGB2|MDDGC2 protein O-mannosyltransferase 2 protein-coding 3.455 2.537 2.213 0.993 2.600 2.156 0.724 0.733 1.289 0.250 0.707 0.852 0.633 0.685 1.610 2.205 1.540 0.396 0.395 0.254 2.176 0.447 0.629 0.275 1.738 1.316 1.115 0.371 1.155 0.580 1.639 3.428 1.738 3.935 0.928 0.755 0.512 0.943 0.151 0.636 1.021 0.832 0.779 0.392 0.436 1.351 1.388 1.118 1.019 1.772 0.843 1.367 2.205 0.537 1.030 1.738 0.462 1.266 0.534 1.271 0.679 1.684 0.333 1.371 1.157 0.467 0.455 1.156 1.578 1.433 2.276 2.453 2.194 1.899 0.914 2.855 3.076 1.701 2.447 3.181 nan 2.968 2.958 0.703 1.025 2.300 3.089 2.174 5.204 2.570 nan 4622 chr17 17254563 17268722 + 0 NA Intergenic Intergenic 54962 NM_020201 56953 Hs.513977 NM_020201 ENSG00000205309 NT5M dNT-2|dNT2|mdN 5',3'-nucleotidase, mitochondrial protein-coding 1.418 0.804 1.070 0.076 0.699 1.106 0.321 0.425 0.859 0.013 0.093 0.104 0.032 0.955 0.625 0.369 0.074 0.057 0.127 0.042 0.333 0.049 0.378 0.204 1.150 0.205 0.081 0.052 0.072 0.095 0.624 3.397 0.294 0.553 0.092 0.117 0.020 0.056 0.084 0.075 0.045 0.130 0.077 0.055 0.054 0.142 0.062 0.113 0.304 0.080 0.156 0.482 0.369 0.237 0.353 1.150 0.248 0.561 0.276 0.271 2.981 0.173 0.048 0.738 0.054 0.024 0.016 0.512 0.686 0.328 nan 1.376 1.312 1.317 0.473 0.257 0.314 0.535 0.971 3.093 2.978 nan 1.866 0.297 0.308 0.264 0.264 0.935 2.234 0.835 0.513 892 chr1 175060782 175066968 + 0 NA intron (NM_022093, intron 7 of 18) intron (NM_022093, intron 7 of 18) 26881 NM_022093 63923 Hs.156369 NM_022093 ENSG00000120332 TNN TN-W tenascin N protein-coding nan nan nan 0.174 0.071 0.027 0.051 0.280 0.277 0.016 0.049 0.090 0.017 0.067 0.278 0.085 0.156 0.035 0.018 0.022 0.252 0.230 0.096 0.033 0.023 0.036 0.022 0.028 0.069 0.087 0.057 0.283 0.103 0.030 0.052 0.135 0.039 0.074 0.010 0.025 0.052 0.062 0.077 0.173 0.105 0.034 0.054 0.278 0.112 0.015 0.096 0.020 0.040 0.048 0.083 0.058 2.196 0.178 0.013 0.009 0.008 4.707 3.623 10.080 1.987 nan 0.436 0.565 0.217 2.619 2.596 0.212 0.540 0.270 0.305 0.334 0.150 2.607 4.011 0.368 0.245 0.340 nan 0.711 0.790 11535 chr9 36398615 36401990 + 0 NA promoter-TSS (NM_194329) promoter-TSS (NM_194329) -6 NM_194329 152006 Hs.333503 NM_022781 ENSG00000137075 RNF38 - ring finger protein 38 protein-coding 6.356 10.999 6.701 1.645 6.289 6.004 1.919 3.572 6.527 1.579 3.674 0.957 1.561 0.710 4.591 3.105 2.633 0.241 3.017 0.543 1.146 1.269 5.211 1.746 5.661 2.021 2.396 1.559 3.425 0.799 5.173 6.233 5.870 13.872 0.640 1.044 1.497 2.914 0.121 0.799 5.052 2.948 1.878 1.178 1.252 1.913 2.640 1.976 4.056 4.959 0.908 2.660 3.105 4.388 4.029 5.661 0.768 2.682 0.458 7.823 1.551 1.507 2.458 1.431 0.998 2.242 1.523 7.562 6.912 8.822 10.527 15.343 13.930 15.393 11.137 14.844 15.726 5.842 6.881 8.506 15.819 9.723 10.651 5.818 6.993 9.527 12.066 8.444 4.463 7.708 4.088 6363 chr2 133023020 133030647 + 0 NA Intergenic MER39B|LTR|ERV1 -11291 NR_152415 554226 Hs.380689 NM_001358416 ENSG00000163046 ANKRD30BL ANKRD30BP3|NCRNA00164 ankyrin repeat domain 30B like protein-coding nan 8.393 nan 0.423 0.574 1.779 0.689 0.438 1.333 0.062 0.528 0.675 0.090 0.264 0.326 10.272 0.555 1.543 0.513 0.322 0.171 0.255 0.386 0.411 0.893 0.381 0.192 0.219 0.338 0.055 0.630 1.871 0.562 3.079 0.269 0.761 0.117 0.326 0.323 0.171 0.387 0.560 0.324 0.265 0.158 0.402 0.349 0.661 0.666 0.392 0.238 0.356 10.272 0.810 0.161 0.893 0.342 0.281 0.179 1.588 0.800 0.416 1.139 0.163 0.168 0.076 0.061 3.894 3.392 8.145 13.451 6.863 7.003 1.407 0.333 2.500 2.637 1.723 3.247 3.508 nan 3.995 1.723 4.076 6.069 0.775 0.908 0.969 1.561 2.835 3.079 7630 chr3 58973891 58987367 + 0 NA intron (NR_147235, intron 4 of 6) intron (NR_147235, intron 4 of 6) 55129 NM_001351533 200844 Hs.368434 NM_198463 ENSG00000163689 C3orf67 - chromosome 3 open reading frame 67 protein-coding 0.710 0.902 nan 0.784 0.078 0.181 0.998 0.048 0.192 0.021 0.285 0.607 0.013 0.010 0.158 0.171 0.145 0.093 0.463 0.619 0.019 0.020 0.082 0.123 0.213 0.616 0.403 0.016 1.701 2.231 0.820 1.951 0.127 0.259 0.856 0.063 0.021 0.074 0.085 0.800 0.107 0.116 0.157 0.174 0.905 0.295 0.186 1.206 0.079 0.539 0.083 0.200 0.171 0.478 0.496 0.213 0.353 0.024 0.107 0.034 0.075 0.304 0.074 1.101 0.296 0.026 0.015 0.243 0.163 0.229 0.377 0.394 0.519 0.331 0.158 0.133 0.118 0.456 0.508 0.399 0.310 nan 0.255 0.118 0.218 0.195 0.268 0.789 1.758 0.557 0.521 546 chr1 98486521 98525093 + 0 NA intron (NR_046105, intron 3 of 4) intron (NR_046105, intron 3 of 4) 5100 NR_039604 100616452 NR_039604 ENSG00000284247 MIR2682 mir-2682 microRNA 2682 ncRNA nan nan 0.774 2.274 0.084 0.038 0.108 1.258 2.283 0.348 0.233 1.617 0.040 0.081 0.064 0.614 1.821 0.167 0.268 0.088 0.561 0.029 0.330 0.329 0.059 0.197 0.188 0.836 0.627 0.410 0.181 0.348 0.209 0.952 0.182 0.080 0.143 1.488 0.122 0.194 0.082 0.422 0.114 0.103 0.113 0.104 0.222 1.138 0.549 0.565 0.047 0.067 0.614 0.159 0.250 0.059 0.025 0.037 0.217 0.292 0.195 0.253 0.033 0.061 1.197 0.022 0.013 0.342 0.251 0.245 0.325 0.617 nan 0.308 0.138 0.211 0.219 6.468 nan 0.443 0.504 nan 1.170 0.202 0.280 0.374 0.321 0.307 0.566 0.773 0.504 11099 chr8 90891267 90918003 + 0 NA Intergenic L1MA3|LINE|L1 -9461 NM_004337 734 Hs.436445 NM_004337 ENSG00000164823 OSGIN2 C8orf1|hT41 oxidative stress induced growth inhibitor family member 2 protein-coding nan 1.179 1.243 0.729 0.957 0.637 0.963 0.414 0.851 0.706 1.039 1.973 1.074 0.330 0.571 0.575 1.303 0.187 1.245 0.517 7.710 0.445 0.189 0.114 0.671 0.437 0.343 0.658 0.994 0.331 0.665 0.895 1.518 1.762 0.722 5.144 0.153 0.486 0.087 0.219 0.499 0.483 0.564 0.360 0.550 0.201 1.234 0.498 3.429 1.219 0.865 1.642 0.575 2.410 0.640 0.671 0.777 0.655 0.098 1.281 0.633 0.766 0.326 0.223 0.221 0.123 0.050 0.817 0.891 1.320 nan 1.285 1.089 1.136 0.396 2.087 2.113 0.596 0.947 4.076 4.545 0.672 0.545 0.558 1.204 0.805 0.751 0.573 0.859 0.667 0.561 8758 chr5 10653030 10657734 + 0 NA 3' UTR (NM_001164440, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001164440, exon 4 of 4) 90947 NM_001164440 651746 Hs.26039 NM_001164440 ENSG00000164236 ANKRD33B - ankyrin repeat domain 33B protein-coding nan nan 2.661 0.091 0.445 0.274 8.421 0.195 0.184 0.053 0.034 0.196 0.027 0.087 0.283 0.271 0.393 0.173 5.216 4.480 0.051 0.202 0.174 0.231 0.102 0.046 0.139 0.199 0.470 0.824 1.465 0.105 nan 2.357 0.057 0.020 0.046 0.190 0.124 0.034 0.336 4.832 1.960 0.047 1.468 0.495 0.174 0.208 0.255 0.108 0.466 0.271 4.615 5.247 0.231 0.368 0.123 0.164 0.099 0.692 2.430 0.062 0.131 0.791 0.049 0.033 0.275 0.368 0.309 0.378 0.921 0.836 0.484 0.107 0.127 0.209 nan 1.808 0.236 0.297 0.592 0.504 0.268 0.395 0.205 0.259 0.226 nan 0.932 0.753 537 chr1 95233994 95241774 + 0 NA intron (NR_104131, intron 1 of 4) intron (NR_104131, intron 1 of 4) -26428 NR_039620 100616321 NR_039620 ENSG00000263526 MIR378G - microRNA 378g ncRNA nan nan 1.123 2.759 0.239 0.058 1.860 0.062 0.377 0.209 0.107 0.485 0.255 0.322 0.202 0.244 0.260 0.084 5.649 2.888 0.183 0.018 0.100 0.044 0.107 2.179 1.463 0.066 2.147 2.616 1.187 5.546 2.239 0.422 1.353 0.098 0.036 0.069 0.101 0.167 0.093 0.621 0.177 0.197 4.401 1.934 1.535 3.325 0.220 0.091 0.639 3.450 0.244 6.922 0.190 0.107 0.952 0.592 0.021 0.067 0.053 0.164 0.038 0.145 1.025 0.037 0.022 0.304 0.200 0.233 0.752 0.437 nan 0.153 0.086 0.268 0.267 0.307 nan 0.945 1.623 nan 0.119 0.132 0.294 0.033 0.091 0.307 0.456 0.449 0.640 11156 chr8 101732105 101735801 + 0 NA 5' UTR (NM_002568, exon 1 of 15) 5' UTR (NM_002568, exon 1 of 15) 362 NM_002568 26986 Hs.387804 NM_002568 ENSG00000070756 PABPC1 PAB1|PABP|PABP1|PABPC2|PABPL1 poly(A) binding protein cytoplasmic 1 protein-coding 9.551 nan nan 3.510 9.036 2.538 6.646 3.598 7.962 4.807 6.709 3.150 2.108 3.032 6.037 3.111 4.137 0.653 6.867 1.441 6.009 2.621 1.961 0.942 6.748 3.202 4.417 4.586 8.829 3.601 10.948 13.844 4.945 17.947 3.214 3.881 1.697 4.450 0.133 2.446 2.676 5.658 9.125 4.489 3.989 2.261 7.538 7.332 6.056 10.086 3.178 6.969 3.111 11.018 5.795 6.748 3.192 5.981 1.051 6.914 4.961 4.703 2.754 1.800 2.286 4.505 3.694 5.855 5.857 5.790 8.815 9.056 8.482 9.850 5.859 18.422 19.879 3.812 nan 12.220 17.356 nan 9.627 3.900 8.676 7.711 7.335 8.228 6.813 3.537 1.680 7794 chr3 123302451 123306420 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329787) promoter-TSS (NM_001329787) 75 NR_121654 100506826 Hs.556600 NR_038266 ENSG00000239523 MYLK-AS1 - MYLK antisense RNA 1 ncRNA 9.506 nan 4.501 3.676 6.128 6.502 5.313 3.555 7.386 2.674 3.301 2.066 3.846 1.234 5.635 2.811 3.579 0.203 3.161 1.334 4.156 2.167 4.505 2.015 5.712 2.682 2.739 2.169 5.785 2.362 5.439 7.180 5.523 12.173 1.509 3.452 0.744 3.445 0.085 1.639 3.455 5.501 3.358 2.185 2.935 1.902 3.895 2.515 5.107 4.064 2.616 4.227 2.811 3.992 4.919 5.712 1.724 3.041 2.317 5.554 2.248 3.548 2.319 2.177 2.813 2.274 1.612 9.156 7.591 7.221 12.470 8.966 6.944 17.629 8.577 16.620 17.599 8.544 nan 5.875 9.715 14.676 17.255 5.731 6.477 4.663 5.214 9.347 7.157 4.415 2.662 6636 chr2 216540895 216579906 + 0 NA intron (NR_037195, intron 5 of 9) intron (NR_037195, intron 5 of 9) -22366 NR_132383 105373869 Hs.152812 NR_132383 LINC01614 LCAL4 long intergenic non-protein coding RNA 1614 ncRNA nan 0.919 nan 0.191 0.206 0.030 1.417 0.111 0.322 0.029 0.502 2.585 0.051 0.031 0.219 0.243 1.192 0.160 0.420 0.578 0.063 0.011 0.088 0.080 0.278 2.047 1.117 0.023 1.098 1.572 0.396 1.613 2.193 0.788 0.451 2.196 0.007 0.042 0.132 1.190 0.055 0.109 0.071 0.054 0.948 0.725 0.662 3.002 0.820 0.070 0.057 0.316 0.243 0.336 1.075 0.278 0.076 0.064 0.058 0.042 0.078 0.425 0.030 0.036 0.203 0.040 0.022 0.337 0.197 0.472 1.005 0.336 0.353 0.213 0.107 0.249 0.277 0.247 0.383 0.572 nan 0.399 0.186 0.175 0.191 0.050 0.056 0.310 0.595 0.323 0.336 10761 chr7 154789324 154797104 + 0 NA intron (NM_007349, intron 1 of 20) AluSq|SINE|Alu 1468 NM_007349 22976 Hs.443881 NM_007349 ENSG00000157212 PAXIP1 CAGF28|CAGF29|PACIP1|PAXIP1L|PTIP|TNRC2 PAX interacting protein 1 protein-coding 2.811 2.205 nan 3.660 2.562 3.238 1.197 1.875 3.232 0.896 2.068 1.398 0.854 1.464 4.833 3.253 1.829 0.350 1.101 0.342 1.136 1.798 1.972 0.940 5.707 1.541 2.212 2.465 4.660 0.598 2.889 4.171 5.296 4.305 0.357 2.518 1.424 2.941 0.145 0.609 1.651 3.691 2.168 1.022 1.293 1.820 3.400 2.182 3.369 3.604 1.579 2.286 3.253 1.330 2.209 5.707 1.246 3.242 0.958 5.336 1.960 1.803 1.804 0.826 1.001 1.221 0.895 4.285 4.547 2.996 3.802 4.591 5.310 4.321 3.012 3.777 3.842 2.014 2.620 3.943 6.083 3.943 4.180 4.550 7.841 4.507 3.956 3.411 2.717 2.815 1.570 9002 chr5 72494528 72513007 + 0 NA Intergenic L1PA7|LINE|L1 -5979 NR_134291 340090 Hs.434311 NR_134291 LOC340090 - uncharacterized LOC340090 ncRNA 1.010 nan 1.955 0.454 1.105 0.832 1.463 0.780 1.675 0.078 0.156 0.260 0.158 0.356 2.932 0.798 0.134 0.026 0.298 0.177 0.114 0.045 0.629 0.338 2.709 1.037 1.009 0.290 0.590 1.036 0.689 3.314 0.233 5.097 0.293 0.157 0.610 0.200 0.128 0.244 0.147 0.633 0.464 0.257 0.525 0.093 0.297 0.433 0.361 0.780 0.410 0.090 0.798 0.335 0.678 2.709 0.515 0.130 0.042 0.532 0.368 0.289 0.573 0.091 0.216 0.327 0.246 0.344 0.305 0.444 0.515 2.484 2.094 nan 3.021 0.202 0.179 0.351 nan 1.784 2.395 0.878 0.903 0.506 0.956 2.442 2.477 0.295 0.447 1.592 0.719 11767 chr9 127013039 127040125 + 0 NA intron (NM_001166168, intron 1 of 9) intron (NM_001166168, intron 1 of 9) -3135 NR_149024 613206 Hs.197071 NM_001033016 ENSG00000235204 LOC613206 - uncharacterized LOC613206 ncRNA nan nan 2.646 1.432 1.402 0.793 2.812 0.298 0.607 1.023 1.185 1.395 0.499 0.029 0.108 0.578 0.669 0.108 2.699 0.909 0.878 0.092 0.469 0.351 0.672 2.978 2.864 0.962 2.964 0.900 1.771 4.852 2.599 nan 1.649 1.160 0.092 0.268 0.078 0.994 0.229 2.312 3.029 1.266 1.497 1.885 0.767 4.143 1.914 2.140 0.506 1.317 0.578 3.486 3.324 0.672 0.437 0.675 0.079 0.980 0.273 1.838 0.260 0.206 1.476 2.584 1.987 3.299 3.390 0.342 0.590 1.636 1.363 0.976 0.329 1.614 1.578 0.748 nan 1.794 2.385 1.574 1.704 0.607 0.929 0.747 0.778 0.578 0.549 nan 1.314 9801 chr6 90176486 90185138 + 0 NA intron (NM_014942, intron 1 of 15) intron (NM_014942, intron 1 of 15) 37915 NM_001242809 22881 Hs.702213 NM_014942 ENSG00000135299 ANKRD6 - ankyrin repeat domain 6 protein-coding nan 0.894 nan 0.109 0.379 0.076 0.197 0.129 0.338 0.069 0.046 0.216 5.241 0.023 0.210 0.444 0.122 0.111 0.102 0.022 0.083 0.187 0.185 0.670 0.198 0.089 0.136 0.105 0.122 0.066 0.194 0.129 0.390 0.017 0.129 0.054 0.111 0.137 0.016 0.173 0.047 0.188 0.126 0.114 0.095 0.066 0.388 0.113 0.293 0.037 0.084 0.444 0.098 0.056 0.670 0.028 0.057 0.034 0.027 0.058 0.164 0.011 0.071 0.035 0.073 0.006 0.475 0.334 0.273 0.498 0.609 0.709 nan 0.303 0.303 0.357 0.323 nan 0.507 0.462 nan 0.281 0.264 0.331 0.492 0.603 0.315 0.681 0.670 0.397 4072 chr15 74809567 74836402 + 0 NA Intergenic Intergenic -10534 NM_001307939 10620 Hs.647642 NM_006465 ENSG00000179361 ARID3B BDP|DRIL2 AT-rich interaction domain 3B protein-coding 0.920 0.949 1.754 1.467 0.317 0.222 3.587 0.502 0.796 0.203 0.357 0.980 2.283 0.164 0.445 0.699 0.356 0.222 1.630 0.866 1.847 0.545 0.357 0.208 0.698 1.237 0.893 0.346 0.902 1.693 0.488 1.027 0.454 1.072 2.142 0.398 0.068 0.475 0.109 0.544 0.307 1.093 0.379 0.270 1.464 1.573 0.683 0.489 0.325 0.759 0.196 0.743 0.699 2.211 1.736 0.698 0.259 1.519 0.170 0.611 0.216 1.178 0.246 0.364 0.896 0.350 0.147 0.807 0.760 0.883 1.102 0.936 0.789 1.200 0.456 0.767 0.822 0.541 0.847 0.748 0.989 1.416 1.279 0.524 0.820 0.329 0.401 0.619 1.265 0.500 0.369 11452 chr9 13159651 13170218 + 0 NA intron (NM_001330637, intron 22 of 46) intron (NM_001330637, intron 22 of 46) 114629 NM_001261406 8777 Hs.169378 NM_003829 ENSG00000107186 MPDZ HYC2|MUPP1 multiple PDZ domain crumbs cell polarity complex component protein-coding nan nan 0.943 0.041 0.210 1.686 0.067 0.367 0.765 0.009 0.044 0.097 0.018 0.316 1.286 0.133 0.106 0.105 0.018 0.018 0.026 0.726 0.649 3.222 0.013 0.007 0.007 0.070 0.020 0.069 0.058 0.040 0.538 0.014 0.052 0.532 0.093 0.110 0.011 0.309 0.017 0.023 0.007 0.011 0.014 0.110 0.085 0.023 0.071 0.006 1.286 0.048 0.032 3.222 0.011 0.063 0.138 0.016 0.578 0.038 0.072 0.022 0.005 0.142 0.203 0.233 0.312 2.117 1.974 9.455 3.842 0.130 0.162 1.659 2.089 0.704 0.749 0.363 0.266 0.217 0.217 4.455 3.232 0.222 0.413 6.595 2.817 1833 chr11 19092795 19113577 + 0 NA Intergenic Intergenic -20958 NM_054030 117194 Hs.350566 NM_054030 ENSG00000183695 MRGPRX2 MGRG3|MRGX2 MAS related GPR family member X2 protein-coding 0.563 nan 1.213 0.940 0.579 0.048 1.083 0.136 0.299 0.239 0.135 0.278 0.301 0.086 0.177 0.111 0.467 0.110 1.085 0.913 0.027 0.020 0.265 0.155 0.281 0.558 0.226 0.049 0.224 2.204 0.449 2.930 1.273 0.827 0.091 0.057 0.023 0.047 0.091 0.427 0.027 0.364 0.084 0.067 1.934 0.114 1.841 0.149 0.098 0.023 0.100 0.649 0.111 1.099 0.044 0.281 0.696 0.521 0.028 0.056 0.036 0.354 0.086 0.034 0.297 0.017 0.015 nan 3.406 0.470 1.163 1.131 0.903 1.875 0.918 0.877 0.954 0.315 nan 0.743 0.924 0.399 0.278 0.444 0.556 0.154 0.230 0.116 0.170 0.761 nan 3298 chr13 101820269 101834234 + 0 NA intron (NM_001350748, intron 15 of 44) intron (NM_001350748, intron 15 of 44) -230633 NR_047015 100874161 Hs.143791 NR_047015 LINC00411 - long intergenic non-protein coding RNA 411 ncRNA 0.708 0.915 0.516 0.020 0.089 5.775 0.056 0.172 0.308 0.007 0.112 0.066 0.031 0.029 0.333 0.602 0.037 0.150 0.310 0.067 0.027 0.056 0.075 0.077 0.057 0.047 0.034 0.016 0.080 0.257 0.031 0.286 0.042 0.063 0.035 0.024 0.089 0.559 0.145 0.021 0.009 0.023 0.055 0.172 0.122 0.050 0.041 0.045 0.039 0.602 0.067 0.032 0.077 0.040 0.041 0.136 0.038 0.043 0.034 0.064 0.389 0.049 0.008 0.007 0.710 0.429 0.354 0.564 0.421 0.481 0.419 0.202 0.099 0.107 0.206 nan 0.171 0.217 0.769 0.549 0.116 0.147 0.069 0.105 0.804 nan 0.168 0.176 3119 chr13 36337454 36345844 + 0 NA Intergenic Intergenic 69785 NR_132115 100507114 Hs.236298 NR_132115 ENSG00000236036 LINC00445 - long intergenic non-protein coding RNA 445 ncRNA 2.076 1.263 2.266 0.034 0.084 0.132 0.034 0.171 0.087 0.081 0.037 0.011 1.688 0.023 0.170 0.277 0.134 0.091 0.125 0.023 0.016 0.130 0.126 0.142 0.049 0.026 0.009 0.033 0.013 0.069 0.339 0.069 0.386 0.035 0.123 0.442 0.026 0.073 0.037 0.974 0.110 0.021 0.021 0.013 0.027 0.180 0.236 0.039 0.017 0.038 0.056 0.277 0.462 0.011 0.142 0.044 0.099 0.684 0.042 0.375 0.026 0.058 3.676 0.570 0.036 0.030 0.643 0.581 0.190 0.273 0.558 0.699 0.620 0.240 0.169 0.149 3.579 3.859 0.285 0.273 2.459 3.560 0.282 0.416 1.330 1.041 3.359 12.679 0.541 0.363 11611 chr9 85915242 85930150 + 0 NA intron (NM_001244959, intron 10 of 14) L1MB7|LINE|L1 24180 NM_001244961 257019 Hs.127535 NM_174938 ENSG00000172159 FRMD3 4.1O|EPB41L4O|EPB41LO|P410 FERM domain containing 3 protein-coding 1.184 0.886 0.988 0.063 0.373 0.420 0.130 0.194 0.471 0.026 0.073 0.297 0.008 0.020 0.061 0.326 0.759 0.065 0.136 0.039 0.006 0.748 0.331 0.404 0.070 0.019 0.020 0.088 0.040 0.098 0.261 0.067 0.648 0.078 0.102 0.373 0.036 0.067 0.016 0.107 0.093 0.029 0.026 0.035 0.029 0.117 0.106 0.079 0.043 0.076 0.112 0.326 0.102 0.019 0.404 0.102 0.072 1.176 0.023 0.062 0.035 0.014 0.116 0.026 0.027 0.014 0.218 0.175 0.174 0.128 0.758 0.918 1.599 0.599 0.139 0.092 1.527 1.814 0.681 0.791 0.172 0.092 0.106 0.238 1.343 1.101 0.267 0.386 3.359 1.603 4874 chr17 55480907 55504483 + 0 NA intron (NM_170721, intron 5 of 9) intron (NM_170721, intron 5 of 9) 108263 NR_110808 101927557 Hs.639984 NR_110808 ENSG00000266100 LOC101927557 - uncharacterized LOC101927557 ncRNA 1.783 1.785 1.669 0.342 2.624 0.593 0.592 2.489 4.615 0.029 0.119 0.353 0.111 0.691 1.041 1.416 0.153 0.048 0.443 0.266 0.026 0.023 1.034 0.565 2.352 0.379 0.132 0.044 0.082 0.089 0.926 3.573 0.768 1.505 0.292 0.191 0.931 0.055 0.112 0.199 1.104 0.146 0.036 0.027 0.301 0.314 0.562 0.243 0.768 0.210 0.347 0.514 1.416 0.406 0.050 2.352 0.353 0.926 0.427 0.069 1.184 0.265 0.709 2.010 0.051 0.051 0.036 1.732 2.620 3.489 4.740 2.470 2.675 3.915 1.244 nan 1.712 1.441 1.779 nan nan 0.813 0.547 0.588 1.281 3.197 4.640 1.512 3.315 2.353 1.252 9070 chr5 93291912 93303644 + 0 NA intron (NM_001163417, intron 4 of 9) intron (NM_001163417, intron 4 of 9) 149626 NM_001163417 83989 Hs.600086 NM_032042 ENSG00000113391 FAM172A C5orf21 family with sequence similarity 172 member A protein-coding nan 13.390 0.577 0.085 0.135 0.052 0.087 0.231 0.256 0.040 0.139 0.008 0.068 0.068 0.169 0.131 0.194 0.041 0.056 0.017 0.054 0.022 0.066 0.056 0.041 0.006 0.108 0.074 0.036 0.222 0.569 0.110 0.187 0.025 0.085 0.111 0.056 0.116 0.020 0.046 0.008 0.016 0.027 0.009 0.027 0.112 0.026 0.014 0.047 0.020 0.063 0.131 0.018 0.047 0.061 0.042 0.015 0.154 0.048 0.033 0.127 0.013 0.029 0.013 0.190 0.114 0.138 0.309 0.237 0.267 1.352 0.594 0.234 0.246 0.438 0.620 1.063 1.365 0.386 0.168 0.113 0.109 0.355 0.626 0.254 nan 0.361 0.269 7152 chr21 24939092 24956593 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -190686 NR_040254 266917 Hs.145622 NR_040254 ENSG00000228592 D21S2088E - D21S2088E ncRNA 0.757 0.791 0.707 0.032 0.066 0.008 0.004 0.211 0.339 0.006 0.027 0.021 0.007 0.006 0.036 0.459 0.060 0.092 0.067 0.011 0.003 0.012 0.144 0.065 0.065 0.007 0.013 0.046 0.012 0.069 0.053 0.048 0.328 0.017 0.031 0.474 0.020 0.077 0.007 0.204 0.016 0.010 0.013 0.025 0.017 0.044 0.026 0.009 0.016 0.004 0.023 0.459 0.044 0.021 0.065 0.035 0.006 0.022 0.020 0.098 0.018 0.045 0.100 0.009 0.020 0.009 0.411 0.245 0.176 0.323 0.268 0.362 0.447 0.240 0.095 0.085 0.921 1.171 0.210 0.224 0.761 0.277 0.133 0.159 2.173 1.869 0.375 nan 6.671 3.040 3566 chr14 56260008 56272213 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -2718 NR_026797 645687 Hs.569345 NR_026796 LINC00520 C14orf34 long intergenic non-protein coding RNA 520 ncRNA nan nan 0.769 0.461 0.416 0.041 0.553 0.080 0.280 0.016 0.051 0.190 0.036 0.792 0.145 1.264 0.104 0.142 0.667 0.403 0.073 0.012 0.323 0.168 0.166 0.733 0.308 0.293 0.687 0.636 3.335 2.513 0.444 0.716 0.558 0.156 0.035 0.127 0.279 0.085 0.077 0.074 0.096 1.050 1.205 0.616 0.320 0.687 0.035 0.675 3.638 1.264 0.530 0.056 0.166 1.582 0.712 0.040 0.105 0.914 0.506 0.065 0.112 0.093 0.028 0.034 0.338 0.268 0.385 1.445 0.374 0.376 3.063 0.746 0.624 0.707 0.143 0.263 0.638 0.608 0.531 0.310 0.162 0.295 0.785 1.409 0.187 0.273 nan 0.695 529 chr1 94690365 94738166 + 0 NA promoter-TSS (NM_001328664) promoter-TSS (NM_001328664) -949 NM_001328664 9411 Hs.483238 NM_004815 ENSG00000137962 ARHGAP29 PARG1 Rho GTPase activating protein 29 protein-coding nan nan 1.948 2.608 0.330 0.085 2.071 0.107 0.244 0.690 0.380 0.695 0.056 1.831 0.165 0.192 0.980 0.172 2.265 1.138 0.412 0.023 0.097 0.078 0.100 1.196 0.878 0.029 1.877 1.475 0.319 0.847 0.539 0.815 1.377 0.208 0.050 0.059 0.129 0.423 0.060 0.956 0.194 0.100 1.214 0.459 5.399 0.276 0.231 0.331 0.188 0.642 0.192 1.744 3.674 0.100 0.090 0.213 0.016 0.360 0.305 1.244 0.039 0.085 0.632 0.994 0.990 0.278 0.143 0.220 0.368 0.489 nan 0.137 0.087 0.286 0.328 0.319 nan 1.037 1.029 nan 0.210 0.167 0.252 0.283 0.577 0.254 0.524 0.655 0.567 3556 chr14 54945191 54957759 + 0 NA intron (NM_004124, intron 1 of 6) L1M2|LINE|L1 4269 NM_004124 2764 Hs.151413 NM_004124 ENSG00000197045 GMFB GMF glia maturation factor beta protein-coding nan nan 2.942 2.162 1.622 0.988 1.330 0.587 1.257 0.724 1.063 0.847 2.521 0.526 0.978 1.546 1.678 0.321 1.863 0.408 3.370 0.737 0.686 0.307 1.286 1.378 1.430 0.428 3.352 1.084 1.623 2.368 3.386 2.217 1.118 1.198 0.310 1.835 0.179 0.595 0.976 1.341 1.461 0.627 0.706 1.173 2.535 1.352 1.684 1.085 0.624 2.156 1.546 1.474 1.493 1.286 0.806 1.183 0.317 1.802 0.771 1.109 0.464 1.064 1.421 0.619 0.385 1.184 1.538 1.786 3.049 2.313 2.276 2.565 0.834 4.101 4.419 1.726 2.059 2.234 2.691 4.278 3.471 0.874 1.764 1.522 1.613 1.669 2.869 nan 0.782 4309 chr16 28830732 28837228 + 0 NA promoter-TSS (NM_148415) promoter-TSS (NM_148415) -389 NM_017492 11273 Hs.460499 NM_007245 ENSG00000168488 ATXN2L A2D|A2LG|A2LP|A2RP ataxin 2 like protein-coding 5.192 3.473 nan 7.130 8.261 6.001 2.814 3.354 7.211 1.814 8.476 3.129 2.373 8.665 4.139 5.680 3.194 0.347 4.291 1.108 6.591 3.652 1.666 0.742 6.144 3.689 5.054 3.633 6.039 0.813 5.511 6.984 4.237 12.986 1.644 5.499 2.282 5.462 0.161 1.197 4.052 6.063 4.145 1.523 2.995 2.970 6.146 4.365 5.393 5.567 2.929 5.191 5.680 5.333 5.176 6.144 2.090 2.267 1.883 6.301 3.499 3.535 2.533 1.809 2.410 2.924 1.503 4.587 4.901 5.019 7.015 7.701 7.293 nan 5.018 15.220 15.928 3.226 4.486 9.928 13.623 8.257 8.950 5.093 7.886 7.727 9.047 4.792 6.714 3.158 1.540 987 chr1 193276057 193283771 + 0 NA intron (NR_125789, intron 1 of 3) intron (NR_125789, intron 1 of 3) 6039 NR_125789 101929184 Hs.146728 NR_125789 ENSG00000232077 LINC01031 TCONS_00000361 long intergenic non-protein coding RNA 1031 ncRNA 0.950 nan 3.352 0.134 3.141 0.044 0.137 0.505 1.394 0.012 0.120 0.169 0.008 3.304 0.139 0.131 0.193 0.041 0.163 0.049 0.008 0.018 2.011 0.763 2.420 0.093 0.037 0.028 0.053 0.054 0.270 1.348 0.283 1.176 0.095 0.104 0.221 0.071 0.112 0.207 0.071 0.023 0.038 0.042 0.050 0.088 0.150 0.075 0.055 0.041 0.060 0.131 0.130 2.420 0.079 0.021 0.036 1.842 0.020 0.051 0.175 0.049 0.022 0.780 0.575 0.663 0.740 2.611 2.606 11.424 4.894 0.695 0.696 0.674 nan 5.756 3.938 0.348 0.202 0.254 0.554 1.930 1.828 0.424 0.886 5.153 2.203 11750 chr9 120157123 120179970 + 0 NA intron (NM_014010, intron 1 of 21) L2a|LINE|L2 8771 NM_014010 23245 Hs.601562 NM_014010 ENSG00000148219 ASTN2 bA67K19.1 astrotactin 2 protein-coding nan nan 2.616 0.038 2.119 3.931 0.018 0.589 1.146 0.029 0.054 0.056 0.001 0.031 0.599 0.665 0.048 0.043 0.056 0.008 0.014 0.006 0.261 0.147 3.172 0.006 0.016 0.030 0.071 0.005 0.053 0.101 0.060 nan 0.013 0.055 0.625 0.029 0.085 0.036 1.724 0.072 0.026 0.010 0.014 0.040 0.039 0.087 0.053 0.022 0.035 0.029 0.665 0.066 3.172 0.027 0.535 0.928 0.033 0.266 0.052 2.351 0.653 0.007 0.018 0.009 1.161 1.543 0.153 0.265 4.236 2.890 2.002 0.419 3.021 2.975 0.784 nan 2.338 2.076 1.403 1.172 1.360 3.421 1.403 1.287 0.761 1.982 nan 0.760 11225 chr8 117455977 117468926 + 0 NA Intergenic Intergenic -125154 NR_046215 100859921 Hs.552281 NR_046215 ENSG00000249917 LINC00536 - long intergenic non-protein coding RNA 536 ncRNA nan nan 0.961 0.382 0.273 0.073 2.526 0.174 0.270 1.624 0.259 1.616 2.512 0.144 0.104 0.088 0.398 0.254 2.007 0.958 0.093 0.107 0.122 0.134 0.101 1.975 1.223 0.239 2.936 1.723 1.536 4.025 2.359 0.893 1.723 0.248 0.022 0.058 0.067 0.804 0.012 0.452 0.237 0.185 1.749 1.218 0.766 1.136 0.390 0.290 0.299 1.975 0.088 1.905 0.085 0.101 0.311 2.127 0.225 0.548 0.372 0.077 0.076 0.275 0.022 0.023 0.288 0.141 0.540 0.934 0.425 0.604 nan 0.121 1.113 nan 0.558 nan 1.104 0.858 0.581 0.325 0.175 0.285 0.145 0.168 0.340 0.558 0.712 0.617 7544 chr3 23985847 23989843 + 0 NA intron (NM_001145425, intron 1 of 7) CpG 233 NM_001145425 9975 Hs.37288 NM_005126 ENSG00000174738 NR1D2 BD73|EAR-1R|REVERBB|REVERBbeta|RVR nuclear receptor subfamily 1 group D member 2 protein-coding 4.343 4.663 5.175 2.999 3.548 1.836 2.751 1.522 2.351 2.447 5.458 3.290 1.934 1.230 3.133 1.282 4.402 0.642 3.236 0.852 1.914 0.970 1.881 0.695 2.247 1.332 1.391 1.945 6.134 1.299 2.729 4.828 2.043 6.286 0.576 5.043 0.810 1.733 0.055 1.108 2.570 2.281 3.588 2.145 1.157 1.193 1.901 4.589 5.049 3.582 1.949 2.557 1.282 8.703 4.087 2.247 1.739 1.806 0.535 3.226 2.711 2.659 1.203 1.327 1.753 5.354 4.492 2.544 3.203 7.230 10.048 7.332 6.134 5.908 3.382 7.075 6.645 2.126 2.679 4.424 8.566 nan 8.141 2.993 4.930 4.057 3.816 4.786 4.645 1.913 1.012 1150 chr1 224072793 224079391 + 0 NA Intergenic Intergenic -42418 NM_005426 7159 Hs.523968 NM_005426 ENSG00000143514 TP53BP2 53BP2|ASPP2|BBP|P53BP2|PPP1R13A tumor protein p53 binding protein 2 protein-coding 1.231 nan 1.173 0.603 0.242 0.219 1.613 0.219 0.448 0.145 0.613 0.670 0.028 0.045 0.363 2.143 0.178 0.144 0.800 1.061 0.057 0.021 0.451 0.158 0.646 1.408 0.833 0.045 1.707 1.727 0.239 1.091 0.244 2.503 0.578 0.664 0.344 0.081 0.154 0.217 0.420 2.379 2.727 1.207 4.486 0.939 0.641 1.650 0.170 0.926 0.192 0.465 2.143 1.186 0.713 0.646 0.259 0.234 0.058 1.305 0.343 0.717 0.090 0.534 0.180 0.122 0.118 0.543 0.330 0.476 0.591 1.082 nan 2.983 0.876 0.792 0.723 0.225 0.469 1.281 1.431 0.302 0.117 0.141 0.162 1.270 1.517 0.755 2.397 1.024 0.581 5635 chr19 36756711 36800862 + 0 NA Intergenic Intergenic -23459 NR_029389 100134317 Hs.466550 NR_029389 LOC100134317 - uncharacterized LOC100134317 ncRNA 0.537 0.888 0.832 0.156 0.712 0.084 0.133 0.238 0.387 0.165 5.242 0.251 0.297 0.421 0.448 1.017 0.182 0.244 1.235 0.444 0.100 1.152 0.135 0.198 0.217 0.142 0.323 0.234 0.240 0.019 0.373 1.091 0.241 1.958 1.377 0.251 0.209 0.700 0.368 0.022 0.168 4.921 3.482 2.355 0.020 0.396 0.158 0.883 0.249 2.256 0.062 0.082 1.017 1.401 0.033 0.217 0.155 0.112 0.438 0.154 0.172 0.215 0.090 0.108 0.056 0.063 0.030 1.400 1.780 0.477 0.680 1.158 1.115 0.365 0.223 1.823 1.669 0.345 0.705 2.156 4.057 nan 0.364 0.471 0.427 0.218 0.296 0.312 0.418 0.672 0.668 10469 chr7 81942265 81979550 + 0 NA intron (NM_000722, intron 3 of 38) intron (NM_000722, intron 3 of 38) 112215 NM_000722 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 1.232 0.898 1.038 0.037 0.206 1.067 0.033 0.576 1.062 0.003 0.072 0.141 0.013 0.073 0.252 0.684 0.233 0.130 0.057 0.010 0.022 0.018 0.650 0.480 0.255 0.008 0.010 0.104 0.014 0.088 0.105 0.143 0.669 0.028 0.078 0.486 0.122 0.140 0.022 0.294 0.067 0.016 0.011 0.018 0.020 0.111 0.096 0.096 0.114 0.023 0.040 0.684 0.023 0.065 0.255 0.056 0.051 0.169 0.034 0.060 0.019 0.103 0.507 0.043 0.028 0.012 1.002 0.985 0.745 0.248 0.675 0.783 2.175 0.722 0.183 0.157 3.107 3.283 0.618 0.733 2.133 1.440 0.316 0.529 1.423 1.861 1.132 nan 0.735 0.573 4122 chr15 88286085 88308944 + 0 NA Intergenic Intergenic 177354 NR_026869 145978 Hs.350808 NM_152454 ENSG00000259527 LINC00052 NCRNA00052|TMEM83 long intergenic non-protein coding RNA 52 ncRNA 0.450 nan 0.666 0.095 0.042 0.117 0.034 0.126 0.295 0.055 0.689 0.400 0.071 0.220 0.117 0.134 0.079 0.050 0.051 0.418 0.018 0.032 0.091 1.231 0.003 0.006 0.048 0.216 0.054 0.049 0.050 0.630 0.025 0.142 0.008 0.038 0.067 0.056 0.246 4.015 0.027 0.017 0.182 0.021 0.080 1.832 0.107 0.022 0.021 0.035 0.134 0.028 0.016 1.231 0.026 0.246 0.034 0.115 0.129 0.117 0.052 0.021 0.245 0.025 0.020 0.747 0.465 6.442 4.889 0.607 0.631 0.159 0.069 0.056 0.046 0.284 0.427 2.695 2.197 0.476 0.247 0.181 0.255 0.047 0.033 0.119 0.185 1.329 0.680 8164 chr3 193489294 193516256 + 0 NA Intergenic Intergenic 59023 NR_146718 105374285 Hs.552531 NR_146718 LINC02038 - long intergenic non-protein coding RNA 2038 ncRNA nan 1.769 0.865 1.497 0.659 1.455 1.946 0.383 0.653 0.507 0.110 0.273 0.299 0.097 0.161 0.421 0.258 0.136 0.702 0.612 0.028 0.021 0.262 0.207 0.336 0.484 0.166 0.109 0.418 1.338 1.047 nan 0.745 nan 0.710 0.080 0.067 0.076 0.111 0.157 0.345 0.328 0.304 0.200 0.405 0.389 2.339 0.182 0.302 0.163 0.182 1.169 0.421 1.459 0.188 0.336 0.389 1.035 0.197 0.415 0.210 0.234 0.217 0.155 0.338 0.051 0.033 0.747 0.930 1.091 5.476 0.408 0.506 1.699 0.811 0.481 0.523 0.375 0.645 1.296 1.269 0.708 0.326 0.832 0.804 0.355 0.502 0.410 0.552 1.142 0.699 4314 chr16 29814712 29841700 + 0 NA exon (NM_024516, exon 1 of 3) exon (NM_024516, exon 1 of 3) 678 NM_024516 79447 Hs.702841 NM_024516 ENSG00000280789 PAGR1 C16orf53|GAS|PA1 PAXIP1 associated glutamate rich protein 1 protein-coding 3.730 1.962 nan 3.789 3.253 3.366 2.867 1.623 3.176 1.055 5.425 2.560 0.876 4.200 2.455 3.338 1.078 0.191 3.038 1.133 3.689 1.336 0.830 0.541 3.239 2.944 3.641 2.166 4.415 0.982 2.831 5.961 3.395 8.417 1.712 3.602 1.489 2.816 0.112 1.665 2.213 5.251 2.531 1.176 3.864 2.595 3.006 2.582 5.058 5.190 2.754 3.519 3.338 2.585 6.247 3.239 1.781 1.081 1.894 5.341 2.216 3.559 2.360 2.086 2.274 2.367 1.536 2.585 3.400 1.933 2.913 3.731 3.377 nan 2.510 4.384 4.497 3.354 4.235 5.150 7.025 5.506 5.219 2.360 4.248 3.532 4.298 3.424 6.083 1.923 0.869 10224 chr7 22465240 22492926 + 0 NA intron (NM_001164460, intron 4 of 4) BLACKJACK|DNA|hAT-Blackjack 60818 NM_001164460 256227 Hs.729825 NM_207342 ENSG00000105889 STEAP1B - STEAP family member 1B protein-coding 1.333 2.496 1.544 1.204 0.756 0.112 0.515 0.197 0.389 0.208 0.118 0.255 0.067 0.992 0.455 0.289 0.237 0.081 0.256 0.130 0.036 0.010 0.555 0.227 1.842 0.299 0.097 0.032 0.194 0.559 1.699 6.390 2.788 2.823 0.090 0.113 0.100 0.043 0.166 0.047 0.066 0.242 0.048 0.017 0.488 0.327 0.488 0.177 0.071 0.185 0.065 0.399 0.289 0.294 0.094 1.842 0.120 0.159 0.061 0.070 0.614 0.111 0.067 0.251 0.110 0.027 0.013 0.574 0.593 0.939 nan 0.538 0.745 1.621 0.495 0.399 0.413 0.922 1.234 2.206 1.717 0.501 0.316 0.211 0.417 0.431 1.124 0.407 nan 1.468 0.797 8489 chr4 102266064 102280447 + 0 NA Intergenic Intergenic 4321 NR_033874 90024 Hs.534513 NR_033874 ENSG00000254531 FLJ20021 - uncharacterized LOC90024 ncRNA 2.003 nan nan 2.085 1.852 0.319 3.636 0.983 1.458 1.553 2.128 1.694 0.220 0.471 1.338 0.835 0.833 0.090 1.999 0.961 0.170 0.259 0.814 0.481 1.247 1.537 1.352 0.728 3.171 2.373 1.074 1.870 1.453 3.292 2.622 0.664 0.541 0.639 0.070 1.948 1.313 2.232 1.061 0.687 1.969 1.063 1.169 4.183 1.817 1.695 1.295 1.584 0.835 1.911 0.893 1.247 0.925 0.799 0.384 0.954 0.790 2.618 0.475 0.390 1.961 0.685 0.351 0.767 1.429 1.617 nan 2.145 1.442 1.184 0.328 1.387 1.460 1.718 nan 1.238 2.212 1.567 2.227 0.381 1.092 1.733 1.777 1.253 nan 1.065 0.719 5959 chr2 24297613 24308593 + 0 NA intron (NM_147184, intron 4 of 5) AluSx|SINE|Alu 3359 NR_111929 375190 Hs.710370 NM_198553 ENSG00000219626 FAM228B - family with sequence similarity 228 member B protein-coding 2.381 1.458 2.290 1.599 2.121 4.544 1.932 0.703 1.442 0.778 2.278 1.348 0.604 1.227 1.505 1.141 1.340 0.220 2.500 1.209 2.718 0.806 1.133 0.556 2.245 1.228 1.305 1.162 3.637 1.000 6.297 7.954 2.164 4.883 1.316 1.673 0.065 3.631 0.167 1.284 0.725 2.920 1.490 0.758 2.088 1.059 1.873 1.692 3.416 1.868 1.322 1.767 1.141 2.378 1.867 2.245 1.359 1.303 0.594 2.947 1.627 1.184 0.839 0.902 1.703 0.986 0.689 2.665 2.905 3.207 4.391 5.010 4.099 5.439 1.900 11.228 12.262 1.288 1.996 8.322 nan 2.863 3.067 1.656 2.647 0.690 0.562 1.999 2.937 2.285 1.227 2390 chr11 134815340 134823299 + 0 NA Intergenic MLT1G3|LTR|ERVL-MaLR -35927 NR_135050 100507548 Hs.639995 NR_135050 LOC100507548 - uncharacterized LOC100507548 ncRNA 0.562 nan 0.419 0.186 0.077 1.151 2.736 0.181 0.236 0.226 1.074 3.401 0.011 0.136 0.239 0.096 0.013 0.156 0.073 0.959 0.018 0.059 0.082 0.045 3.699 3.719 0.018 0.133 0.215 0.259 0.478 0.709 nan 0.115 0.305 0.068 0.086 1.306 0.834 0.553 0.350 1.263 0.623 0.054 1.516 0.041 0.151 3.099 1.395 0.239 0.089 8.364 0.045 0.613 0.218 0.024 0.191 0.012 2.644 1.596 0.031 2.450 0.376 0.317 0.832 0.976 0.150 0.201 0.139 0.253 0.155 0.090 0.198 0.110 0.148 0.352 0.373 0.471 0.398 0.279 1.627 2.287 0.072 0.104 0.062 0.160 0.229 0.293 10795 chr8 5921695 5936353 + 0 NA Intergenic Intergenic 335045 NR_040040 100287015 Hs.156928 NR_040040 ENSG00000246089 LOC100287015 - uncharacterized LOC100287015 ncRNA 0.428 2.601 0.507 0.034 1.899 6.883 0.029 0.164 0.534 0.006 0.030 0.025 0.008 1.178 2.473 1.741 0.081 0.044 0.015 0.013 0.004 0.902 0.385 8.798 0.005 0.078 0.007 0.033 0.023 0.034 1.661 0.030 0.036 0.039 0.038 0.088 0.008 0.049 0.038 0.012 0.005 0.007 0.015 0.040 0.178 0.061 0.020 0.005 0.040 1.741 0.023 8.798 0.025 0.036 0.007 0.016 0.298 0.027 0.020 0.100 0.010 0.012 0.322 0.149 0.204 0.204 8.751 11.055 6.114 1.879 0.133 0.155 0.249 0.405 2.144 2.423 nan 0.210 0.076 0.055 0.069 0.052 0.236 0.404 4.661 2.439 10816 chr8 11720187 11736733 + 0 NA Intergenic Intergenic -2801 NM_147782 1508 Hs.520898 NM_001908 ENSG00000164733 CTSB APPS|CPSB cathepsin B protein-coding 0.837 1.111 nan 0.814 0.198 0.244 2.524 0.311 0.734 0.352 1.241 1.001 0.119 0.237 0.493 0.529 0.521 0.185 1.275 0.667 0.935 0.310 0.198 0.274 1.396 1.239 1.350 0.436 2.005 1.128 0.881 1.834 0.528 0.674 0.556 1.034 0.066 0.982 0.128 0.378 0.095 2.888 1.695 0.950 1.885 0.446 0.531 4.465 2.813 1.876 0.870 1.532 0.529 1.683 4.138 1.396 1.105 0.278 0.142 1.529 0.711 1.382 0.161 0.314 0.773 0.370 0.265 0.938 1.376 0.914 1.413 2.125 nan 1.370 0.460 1.576 1.539 0.398 0.689 0.627 0.800 0.913 0.749 0.471 0.759 0.367 0.283 0.749 1.264 1.087 0.709 2580 chr12 28281529 28286593 + 0 NA Intergenic Intergenic -59299 NM_001352082 55297 Hs.653125 NM_018318 ENSG00000123106 CCDC91 HSD8|p56 coiled-coil domain containing 91 protein-coding nan nan nan 0.677 0.259 0.138 1.695 0.032 0.182 0.019 1.522 2.435 0.037 0.040 0.070 0.127 0.266 0.063 2.745 2.253 0.024 0.158 0.149 0.047 1.063 0.385 0.014 2.318 1.551 1.380 1.791 1.047 0.139 1.245 0.330 0.019 0.130 0.140 7.487 0.093 1.089 0.723 0.462 0.757 0.776 0.208 2.633 0.151 0.674 0.032 0.235 0.127 1.452 0.645 0.047 0.362 0.048 0.096 0.034 0.159 0.370 0.058 0.079 3.609 0.010 0.160 0.148 0.202 0.400 0.439 0.407 0.171 0.129 0.296 0.466 0.392 0.554 0.166 0.226 0.274 0.154 0.110 0.286 0.050 0.068 0.284 0.395 0.288 0.344 7292 chr22 18286839 18292925 + 0 NA intron (NM_015241, intron 29 of 31) intron (NM_015241, intron 29 of 31) 29826 NR_103718 200298 Hs.517397 NR_103718 ENSG00000269220 LINC00528 C22orf37 long intergenic non-protein coding RNA 528 ncRNA 0.698 nan 0.491 0.139 1.031 0.085 0.012 0.079 0.351 0.170 0.046 1.264 0.081 2.058 0.259 0.111 0.054 0.153 0.032 0.063 0.023 0.413 0.447 5.735 0.112 0.033 1.394 0.113 0.100 nan 0.126 0.266 0.052 0.015 0.106 0.118 0.039 0.053 0.121 0.058 0.018 0.037 0.084 0.105 0.181 0.101 0.069 0.015 0.037 0.259 0.192 0.030 5.735 0.027 0.127 0.105 0.435 0.157 0.115 0.138 0.063 0.019 0.671 1.177 0.327 0.440 3.929 3.430 0.243 0.059 0.650 0.600 0.247 0.486 3.073 2.575 0.283 0.242 0.313 0.601 0.340 0.238 0.164 0.360 7.093 3.028 4900 chr17 60546918 60562759 + 0 NA Intergenic Intergenic -1291 NM_001330418 11011 Hs.445078 NM_006852 ENSG00000146872 TLK2 HsHPK|PKU-ALPHA tousled like kinase 2 protein-coding 3.081 nan 2.941 1.320 1.798 0.672 1.734 2.074 3.219 0.833 2.410 0.975 0.529 0.834 1.701 2.155 1.369 0.447 2.366 0.597 1.221 1.181 1.533 0.710 3.802 1.117 1.497 1.456 2.450 0.560 3.424 4.326 2.371 3.901 0.710 1.491 0.751 2.005 0.150 0.623 1.549 1.721 1.151 0.719 0.938 1.059 1.498 1.268 3.273 2.149 1.316 1.993 2.155 3.179 1.126 3.802 0.841 1.560 0.626 2.800 1.477 1.447 1.075 1.094 1.278 0.738 0.420 3.444 3.416 2.821 4.356 3.584 3.446 3.643 2.117 7.883 8.119 1.566 nan 4.461 6.814 3.824 4.115 2.230 4.356 2.906 3.791 3.431 3.526 1.322 0.850 5125 chr18 3831563 3848303 + 0 NA intron (NM_004746, intron 4 of 12) intron (NM_004746, intron 4 of 12) 5425 NM_001003809 9229 Hs.594640 NM_004746 ENSG00000170579 DLGAP1 DAP-1|DAP-1-ALPHA|DAP-1-BETA|DAP1|DLGAP1A|DLGAP1B|GKAP|SAPAP1 DLG associated protein 1 protein-coding 0.957 1.013 0.915 0.057 0.136 2.607 0.046 0.124 0.285 0.006 0.066 0.044 0.011 0.082 0.884 0.490 0.115 0.133 0.086 0.023 0.060 0.008 0.177 0.102 4.222 0.029 0.013 0.044 0.068 0.019 0.094 0.181 0.101 nan 0.009 0.103 0.034 0.091 0.103 0.014 0.138 0.066 0.029 0.018 0.039 0.014 0.107 0.101 0.047 0.047 0.052 0.103 0.490 0.064 0.039 4.222 0.102 0.084 0.064 0.136 0.024 0.028 0.107 0.155 0.022 0.003 0.596 0.416 0.221 0.217 2.254 2.990 nan 0.193 0.449 0.377 1.240 nan 1.038 0.977 nan 0.364 0.231 0.331 0.329 0.300 0.261 nan nan 0.535 247 chr1 35051035 35064130 + 0 NA Intergenic Intergenic 77713 NR_030278 693137 NR_030278 ENSG00000207941 MIR552 MIRN552|hsa-mir-552 microRNA 552 ncRNA 0.731 nan 0.847 0.147 0.658 6.273 0.065 0.467 0.941 0.042 0.043 0.195 0.316 3.191 1.509 0.083 0.147 0.048 0.024 0.606 0.393 1.142 0.033 0.023 0.072 0.008 0.177 1.271 0.190 9.609 0.100 0.041 0.043 0.069 0.110 0.009 0.109 0.142 0.042 0.108 0.101 0.063 0.146 0.031 0.038 0.260 0.036 1.509 0.054 0.043 1.142 0.037 0.019 0.200 0.071 0.125 0.012 0.075 0.484 0.011 0.022 0.023 0.232 0.189 0.143 0.164 3.127 2.731 nan 0.092 0.143 0.140 0.165 0.375 6.439 14.496 nan 0.383 0.158 0.227 0.045 0.065 0.447 0.700 2.888 nan 1340 chr10 14031834 14037243 + 0 NA intron (NM_018027, intron 2 of 24) intron (NM_018027, intron 2 of 24) 15994 NM_001318336 55691 Hs.330463 NM_018027 ENSG00000151474 FRMD4A CCAFCA|FRMD4|bA295P9.4 FERM domain containing 4A protein-coding nan 1.855 0.507 0.013 0.216 0.041 0.259 0.156 0.201 0.862 2.151 0.023 0.049 0.360 6.248 0.768 0.039 0.072 0.103 0.261 0.092 0.155 0.257 0.066 0.028 0.162 0.038 0.036 0.641 0.052 2.332 0.027 0.070 0.107 0.059 0.081 0.503 0.058 0.265 0.157 0.102 0.040 0.097 0.349 0.469 0.166 0.589 0.043 0.074 0.360 0.047 0.113 0.155 0.067 0.140 0.036 0.139 0.558 0.073 0.185 0.359 0.021 0.010 2.927 3.359 8.130 7.132 0.442 0.441 1.706 0.603 0.315 0.186 0.588 0.899 0.529 0.470 0.144 0.122 0.193 0.205 0.281 0.325 0.181 0.340 0.751 0.482 8469 chr4 89024569 89032632 + 0 NA intron (NM_001348988, intron 10 of 16) intron (NM_001348988, intron 10 of 16) 51411 NM_001348986 9429 Hs.480218 NM_004827 ENSG00000118777 ABCG2 ABC15|ABCP|BCRP|BCRP1|BMDP|CD338|CDw338|EST157481|GOUT1|MRX|MXR|MXR-1|MXR1|UAQTL1 ATP binding cassette subfamily G member 2 (Junior blood group) protein-coding 0.683 0.760 2.025 0.090 0.131 0.031 2.374 0.120 0.214 0.214 0.918 2.182 0.023 0.024 0.076 0.126 0.149 0.209 0.816 0.258 0.243 0.051 0.151 0.070 0.089 2.318 1.875 0.045 0.729 0.483 0.757 1.780 1.202 0.295 1.761 6.727 0.054 0.107 0.220 0.079 0.619 0.331 0.156 0.311 0.801 0.419 2.696 2.930 0.052 0.089 2.789 0.126 0.302 7.209 0.089 1.627 1.785 0.012 0.130 0.125 0.718 0.038 0.041 0.140 0.012 0.306 0.186 0.404 0.841 0.224 0.240 0.093 0.045 0.303 0.276 0.126 nan 0.450 0.462 0.269 0.193 0.158 0.205 0.072 0.080 0.154 nan 0.400 0.451 4389 chr16 57924685 57930441 + 0 NA intron (NM_001297, intron 31 of 32) AluSx|SINE|Alu 77457 NM_001135639 1258 Hs.147062 NM_001297 ENSG00000070729 CNGB1 CNCG2|CNCG3L|CNCG4|CNG4|CNGB1B|GAR1|GARP|GARP2|RCNC2|RCNCb|RCNCbeta|RP45 cyclic nucleotide gated channel beta 1 protein-coding nan nan nan 2.357 0.247 0.310 2.630 0.111 0.209 0.418 3.055 0.377 0.692 0.071 0.229 0.241 0.338 0.252 4.621 2.387 4.805 0.024 0.136 0.069 0.372 4.224 4.145 0.039 1.360 3.076 0.473 1.638 2.343 0.320 0.989 1.588 0.017 0.057 0.055 0.328 0.029 8.134 9.529 3.622 12.938 0.347 2.638 3.674 3.628 0.064 0.124 3.718 0.241 2.849 0.059 0.372 0.817 1.627 0.033 0.524 0.035 0.170 0.043 0.468 0.380 0.089 0.446 0.242 0.592 1.858 0.345 0.286 0.253 0.084 0.217 0.297 0.089 nan nan nan nan 0.291 0.104 0.092 0.088 0.045 0.496 nan nan 0.510 289 chr1 39718240 39752659 + 0 NA intron (NM_012090, intron 5 of 92) intron (NM_012090, intron 5 of 92) -139727 NM_015038 643314 Hs.658760 NM_015038 ENSG00000127603 KIAA0754 - KIAA0754 protein-coding 14.548 nan 1.488 0.142 3.783 1.629 0.265 0.317 0.587 0.039 0.165 0.170 0.042 0.997 1.223 0.439 0.849 0.154 0.206 0.077 0.146 0.028 1.236 0.640 1.275 0.235 0.090 0.062 0.112 0.052 0.215 0.719 0.157 1.217 0.038 0.316 0.125 0.336 0.145 0.103 0.055 0.197 0.063 0.048 0.048 0.054 0.166 0.148 0.158 0.203 0.053 0.093 0.439 0.147 0.231 1.275 0.060 0.080 0.130 0.093 0.778 0.135 0.109 0.449 0.107 0.080 0.052 0.327 0.342 0.323 0.450 2.380 2.413 nan 0.653 0.429 0.365 1.342 1.934 9.744 9.132 nan 0.968 0.491 0.594 0.634 0.696 1.032 3.291 2.396 nan 8844 chr5 33438499 33443892 + 0 NA exon (NM_152295, exon 1 of 19) exon (NM_152295, exon 1 of 19) 313 NR_047677 6897 Hs.481860 NM_152295 ENSG00000113407 TARS ThrRS threonyl-tRNA synthetase protein-coding 3.722 3.155 nan 3.046 10.357 2.315 5.311 1.519 2.896 2.464 3.372 4.035 1.059 2.061 3.426 2.854 6.665 0.387 9.568 3.399 3.801 4.185 4.532 1.975 4.891 2.521 2.338 1.404 4.902 2.486 10.080 11.827 6.788 10.235 2.826 5.372 1.075 4.639 0.181 2.103 2.209 3.963 7.907 3.643 2.525 3.041 5.332 2.275 2.987 3.735 3.166 2.060 2.854 8.164 4.846 4.891 2.671 2.377 1.348 4.174 3.252 4.582 2.660 1.627 2.287 3.438 2.490 4.836 5.631 6.720 8.792 6.456 5.661 7.186 2.611 14.184 15.151 6.470 8.587 8.050 11.318 10.758 11.650 4.231 8.528 6.805 6.451 3.401 5.112 4.600 2.508 4739 chr17 37350722 37366819 + 0 NA intron (NM_000981, intron 3 of 5) intron (NM_000981, intron 3 of 5) 2194 NM_001330200 6143 Hs.381061 NM_000981 ENSG00000108298 RPL19 L19 ribosomal protein L19 protein-coding nan 2.431 1.422 6.034 1.275 3.821 2.284 1.450 2.925 0.698 2.503 0.906 0.505 0.585 1.488 2.815 1.344 0.219 1.622 0.718 2.286 1.327 1.285 0.696 2.000 1.541 1.383 1.145 1.830 1.010 1.142 1.899 1.288 5.012 0.762 2.728 0.528 1.712 0.081 1.189 0.832 2.374 1.546 0.748 1.463 0.960 1.548 2.107 2.590 1.377 1.041 1.619 2.815 1.575 1.510 2.000 1.252 0.871 1.324 3.025 1.644 1.413 0.859 1.076 1.171 0.977 0.631 3.225 3.394 2.540 3.377 nan 4.405 3.887 2.443 6.756 7.434 1.989 2.722 4.149 5.271 nan 4.389 2.560 3.151 2.708 3.540 3.058 3.534 2.120 1.136 2119 chr11 76770407 76802649 + 0 NA intron (NM_004055, intron 1 of 12) MIRc|SINE|MIR 8536 NM_004055 726 Hs.248153 NM_004055 ENSG00000149260 CAPN5 ADNIV|HTRA3|VRNI|nCL-3 calpain 5 protein-coding nan 0.699 0.734 0.192 0.426 0.344 0.822 0.151 0.415 0.054 0.499 0.284 0.027 0.117 0.342 0.200 0.237 0.096 0.514 0.296 0.114 0.068 0.120 0.105 0.423 0.519 0.321 0.174 0.110 0.082 0.637 nan 0.379 1.190 0.394 0.075 0.027 0.266 0.115 0.275 0.244 0.797 0.229 0.217 0.094 0.223 0.484 0.483 0.531 0.415 0.163 0.228 0.200 0.325 0.605 0.423 0.261 0.262 0.159 0.779 0.393 0.507 0.273 0.153 0.149 0.048 0.032 0.670 0.784 0.384 0.504 0.992 1.012 0.913 0.309 4.411 4.622 1.101 1.778 2.264 2.450 0.496 0.377 0.604 0.762 0.244 0.289 0.396 0.593 0.887 0.589 11513 chr9 33143539 33173483 + 0 NA intron (NM_001497, intron 1 of 5) intron (NM_001497, intron 1 of 5) -8435 NR_108110 101929639 Hs.545818 NR_108108 ENSG00000233554 B4GALT1-AS1 - B4GALT1 antisense RNA 1 ncRNA 1.278 nan 1.902 1.761 0.630 1.189 2.528 0.272 0.537 1.960 2.871 1.777 2.639 0.128 0.132 0.547 1.992 0.220 2.530 1.039 2.204 0.148 0.430 0.256 0.759 2.494 2.289 1.298 1.752 0.876 4.390 6.538 3.934 4.772 0.996 2.064 0.279 0.423 0.079 0.691 0.463 4.371 1.079 0.555 1.684 2.056 1.218 1.526 2.464 1.050 1.550 2.591 0.547 2.386 1.965 0.759 1.320 2.097 0.117 0.940 0.238 1.278 0.211 0.372 1.534 0.604 0.347 0.373 0.527 0.907 2.278 0.927 0.992 1.808 0.638 0.452 0.470 0.959 1.464 1.497 1.650 0.941 0.767 0.687 0.920 1.189 1.213 0.780 2.326 2.151 1.365 7592 chr3 49054512 49061426 + 0 NA promoter-TSS (NR_029948) promoter-TSS (NR_029948) 61 NM_199074 25915 Hs.31387 NM_199069 ENSG00000178057 NDUFAF3 2P1|C3orf60|E3-3 NADH:ubiquinone oxidoreductase complex assembly factor 3 protein-coding 4.952 nan nan 4.190 5.024 4.805 2.946 2.088 3.340 2.132 6.012 1.753 1.532 2.741 5.457 1.923 1.832 0.397 4.836 1.516 6.049 1.586 1.789 1.135 3.796 1.798 2.062 1.831 6.121 1.815 5.230 6.281 3.014 12.667 2.713 3.713 1.586 4.489 0.178 2.113 3.253 6.565 5.654 3.100 2.594 1.532 5.022 2.227 5.216 7.909 2.439 3.346 1.923 7.141 4.985 3.796 1.591 2.079 0.831 9.942 4.450 4.281 3.405 1.651 2.911 2.320 1.237 3.841 4.303 5.358 8.304 7.640 6.605 7.295 2.807 8.919 8.815 2.177 3.088 6.019 8.523 4.956 5.825 4.433 7.225 5.377 4.815 4.437 3.646 2.450 1.563 9471 chr6 18386921 18406670 + 0 NA intron (NM_182757, intron 1 of 7) intron (NM_182757, intron 1 of 7) 9214 NM_182757 255488 Hs.148741 NM_182757 ENSG00000137393 RNF144B IBRDC2|PIR2|bA528A10.3|p53RFP ring finger protein 144B protein-coding 1.059 nan 0.980 0.524 0.375 0.307 0.403 0.268 0.546 0.135 0.861 0.085 0.604 0.112 0.265 0.261 0.826 0.106 0.661 0.241 0.356 0.042 0.308 0.220 0.779 0.676 0.398 0.127 0.659 0.359 0.891 1.355 2.092 1.284 0.540 0.165 0.115 0.055 0.097 0.233 0.097 0.185 0.203 0.177 0.550 0.137 0.847 0.138 0.157 0.215 0.212 0.594 0.261 0.612 0.485 0.779 0.185 0.915 0.093 0.121 0.360 0.092 0.332 0.181 0.230 0.020 0.008 0.924 1.162 5.180 5.473 0.971 0.916 0.665 0.211 0.364 0.361 0.444 0.809 0.767 0.589 0.491 0.306 0.459 0.752 0.534 0.669 0.355 0.796 0.958 0.750 147 chr1 21615812 21637857 + 0 NA TTS (NR_038404) TTS (NR_038404) 7051 NR_038404 100506801 Hs.663049 NR_038404 ENSG00000231105 LOC100506801 - uncharacterized LOC100506801 ncRNA 1.693 0.946 nan 0.700 0.353 0.409 1.461 0.382 0.752 0.186 0.538 0.936 0.193 0.074 0.192 0.702 0.315 0.066 2.049 1.127 0.442 0.133 0.200 0.119 0.266 0.956 0.506 0.416 0.637 0.748 1.122 2.470 0.360 1.314 0.643 2.262 0.069 0.528 0.119 0.349 0.208 0.616 0.475 0.342 0.629 0.219 0.294 0.349 0.658 1.456 0.088 0.177 0.702 1.820 2.038 0.266 0.450 0.165 0.546 1.092 0.230 0.523 0.125 0.443 0.639 0.227 0.168 0.487 0.651 0.501 0.593 1.269 1.324 0.774 0.253 0.889 0.771 0.901 1.733 0.942 1.354 0.433 0.330 0.315 0.440 0.232 0.445 0.732 1.464 0.738 0.573 1249 chr1 243865348 243904228 + 0 NA intron (NM_001206729, intron 2 of 13) MER39|LTR|ERV1 121796 NM_181690 10000 Hs.498292 NM_005465 ENSG00000117020 AKT3 MPPH|MPPH2|PKB-GAMMA|PKBG|PRKBG|RAC-PK-gamma|RAC-gamma|STK-2 AKT serine/threonine kinase 3 protein-coding nan 1.444 nan 0.635 2.407 0.039 0.155 1.923 3.411 0.066 0.179 0.176 0.025 0.035 0.151 0.979 0.280 0.129 0.153 0.039 0.031 0.025 0.465 0.396 2.202 0.030 0.017 0.409 0.059 0.166 0.050 0.044 0.096 0.586 0.034 0.237 0.988 0.396 0.101 0.009 0.810 0.125 0.513 0.272 0.056 0.026 0.250 0.292 0.061 0.068 0.043 0.053 0.979 0.046 0.026 2.202 0.053 0.059 0.473 0.059 0.385 0.162 0.912 0.670 0.140 0.030 0.012 1.264 0.762 0.452 0.565 2.199 3.522 1.280 0.529 0.407 0.347 5.110 5.333 1.010 1.306 4.701 3.273 0.340 0.792 2.540 3.655 1.478 2.606 1.014 0.674 6846 chr20 12151961 12162339 + 0 NA Intergenic L1M6|LINE|L1 258637 NM_014962 22903 Hs.709366 NM_014962 ENSG00000132640 BTBD3 dJ742J24.1 BTB domain containing 3 protein-coding 1.253 nan 0.873 0.353 0.404 2.762 0.061 0.664 1.298 0.009 0.075 0.045 0.024 0.250 2.160 0.325 0.115 0.031 0.072 0.019 0.019 0.013 1.268 0.660 0.649 0.007 0.021 0.059 0.046 0.122 0.088 3.187 0.238 0.037 1.258 0.010 0.090 0.542 0.359 0.080 0.017 0.008 0.043 0.022 0.055 0.145 0.102 0.013 0.205 0.013 0.325 0.035 0.024 0.649 0.012 0.103 0.018 0.006 1.288 0.122 0.640 0.246 0.015 0.022 0.010 0.894 1.274 0.695 1.998 0.772 0.777 5.204 1.567 0.618 0.581 0.783 0.960 0.912 0.916 0.577 0.326 0.320 0.641 6.520 6.276 0.354 0.615 2.932 1.460 5211 chr18 24256341 24283767 + 0 NA intron (NR_024259, intron 1 of 1) intron (NR_024259, intron 1 of 1) 13548 NR_024259 728606 Hs.170599 NR_024259 ENSG00000265369 PCAT18 LINC01092 prostate cancer associated transcript 18 (non-protein coding) ncRNA 0.706 0.895 0.753 0.055 0.128 0.016 0.071 0.085 0.216 0.003 0.068 0.349 0.009 0.052 0.026 1.047 0.070 0.083 0.015 0.028 0.024 0.025 0.108 0.122 0.083 0.012 0.005 0.008 0.043 0.056 0.284 0.062 0.440 0.011 0.090 0.007 0.028 0.079 0.013 0.078 0.118 0.026 0.011 0.023 0.040 0.028 0.102 0.148 0.023 0.213 0.359 1.047 0.016 0.024 0.083 0.020 0.069 0.021 0.134 0.055 0.040 2.687 0.054 0.049 0.015 0.009 1.576 1.827 2.652 nan 0.352 0.571 0.254 0.178 5.587 5.586 0.080 0.161 0.257 0.235 0.317 0.125 2.142 3.431 0.132 0.144 0.289 0.608 0.983 1.048 1142 chr1 222592576 222596718 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 126797 NM_024746 79802 Hs.665660 NM_024746 ENSG00000143512 HHIPL2 KIAA1822L HHIP like 2 protein-coding 0.976 nan 0.866 0.087 0.221 0.792 0.104 0.271 0.282 0.038 0.022 0.024 0.066 0.125 0.115 0.040 0.127 0.023 0.034 0.040 0.112 0.086 0.118 0.018 0.017 0.096 0.129 0.136 0.455 0.036 0.131 0.052 0.072 0.058 0.000 0.044 0.003 0.069 0.122 0.033 0.050 0.019 0.016 0.125 0.053 0.022 0.086 0.118 0.028 0.041 0.039 0.144 0.092 0.042 0.037 3.255 2.133 13.608 1.189 0.394 nan 0.161 0.116 11.062 11.224 0.259 0.274 0.245 0.307 0.286 0.123 0.505 1.109 0.110 0.148 0.124 0.315 0.592 0.619 10791 chr8 3740496 3754792 + 0 NA intron (NM_033225, intron 5 of 69) intron (NM_033225, intron 5 of 69) 1104684 NM_033225 64478 Hs.571466 NM_033225 ENSG00000183117 CSMD1 PPP1R24 CUB and Sushi multiple domains 1 protein-coding 0.439 0.610 0.429 0.031 0.061 0.292 0.015 2.025 4.103 0.043 0.026 0.004 0.056 0.100 0.192 0.094 0.045 0.008 0.013 0.019 9.902 5.315 0.058 0.005 0.010 0.029 0.006 0.017 0.030 0.070 0.011 0.053 0.040 0.038 0.130 0.032 0.013 0.011 0.008 0.016 0.061 0.042 0.023 0.010 0.023 0.192 0.025 0.058 0.008 0.017 0.012 0.219 0.028 0.041 0.035 0.005 0.004 0.369 0.240 0.154 0.263 0.663 0.672 0.199 0.106 0.206 0.216 0.120 0.118 1.023 0.827 nan 0.216 0.089 0.180 0.194 0.161 0.255 0.326 3.098 1.294 5267 chr18 37776391 37782593 + 0 NA Intergenic Intergenic 133242 NR_110791 101927900 Hs.385522 NR_110791 ENSG00000261715 LINC01477 - long intergenic non-protein coding RNA 1477 ncRNA nan 1.829 0.737 0.046 0.936 0.090 0.156 0.411 0.050 0.014 0.020 0.016 0.103 1.965 0.061 0.035 0.023 0.153 0.171 0.900 0.010 0.050 0.065 0.048 0.102 0.515 0.061 0.015 0.017 0.057 0.139 0.030 0.049 0.013 0.052 0.037 0.069 0.097 0.039 0.022 0.055 1.965 0.035 0.011 0.900 0.016 0.032 0.032 0.020 0.019 0.008 0.356 0.139 0.182 0.181 1.474 1.213 11.589 4.575 0.096 0.071 0.330 0.445 nan 0.482 0.299 0.120 0.102 0.053 0.443 0.350 0.171 0.323 1.709 0.989 4708 chr17 33306697 33308931 + 0 NA intron (NM_013975, intron 1 of 19) CpG 297 NM_013975 3980 Hs.100299 NM_002311 ENSG00000005156 LIG3 LIG2 DNA ligase 3 protein-coding 10.276 4.549 5.468 6.940 4.540 4.679 3.811 6.076 9.104 2.778 9.208 2.971 1.167 1.601 6.513 10.621 6.567 0.938 9.345 1.606 13.414 5.840 5.248 2.331 8.197 3.314 6.501 5.687 7.795 2.505 5.905 6.592 6.801 12.744 1.836 9.234 3.444 8.278 0.200 2.554 3.912 9.977 5.683 2.238 4.099 2.709 4.355 9.074 9.954 4.710 5.090 5.584 10.621 15.103 5.033 8.197 3.365 6.957 3.001 10.714 4.030 5.813 3.643 4.484 3.046 4.989 3.139 9.967 10.052 9.943 15.048 nan 10.351 12.626 7.951 25.743 26.895 5.562 7.871 14.015 23.792 8.884 11.071 7.204 13.882 14.674 17.329 11.520 8.602 5.925 3.372 1291 chr10 3492700 3551109 + 0 NA intron (NR_131187, intron 1 of 1) intron (NR_131187, intron 1 of 1) 23126 NR_155746 101927880 NR_155745 LOC101927880 - uncharacterized LOC101927880 ncRNA 0.386 0.980 0.593 0.543 0.159 0.011 0.870 0.255 0.506 0.274 0.466 0.856 0.243 0.024 0.094 0.755 2.733 0.371 0.868 0.603 1.098 0.036 0.126 0.079 0.279 1.021 0.730 0.597 0.636 0.362 0.231 0.791 0.865 0.388 0.329 0.637 0.042 5.474 0.179 0.690 0.032 1.248 0.195 0.140 0.833 0.219 0.364 0.881 0.636 0.241 0.366 1.037 0.755 2.054 0.129 0.279 0.350 0.625 0.024 2.179 0.026 0.690 0.037 0.034 1.153 0.763 0.610 0.699 0.737 1.364 3.978 0.229 0.344 2.025 1.299 0.147 0.167 0.112 0.197 0.370 0.579 0.131 0.058 0.150 0.213 0.200 0.417 0.126 0.179 0.497 0.405 2095 chr11 73357687 73366679 + 0 NA intron (NM_001130034, intron 3 of 7) AluJb|SINE|Alu 2448 NM_001130036 58473 Hs.445489 NM_021200 ENSG00000021300 PLEKHB1 KPL1|PHR1|PHRET1 pleckstrin homology domain containing B1 protein-coding nan 0.975 0.952 0.489 0.498 0.476 0.165 0.338 0.881 0.011 0.100 0.092 0.034 0.045 0.385 0.398 0.139 0.053 0.077 0.084 0.028 0.031 0.104 0.102 0.947 0.067 0.073 0.165 0.120 0.035 0.154 nan 0.111 0.751 0.106 0.094 0.116 0.170 0.098 0.066 0.196 0.148 0.042 0.079 0.062 0.111 0.139 0.256 0.119 0.158 0.039 0.156 0.398 0.245 0.057 0.947 0.040 0.101 0.065 0.366 0.159 0.071 2.336 0.470 0.033 0.020 0.006 8.656 8.708 2.571 3.105 1.716 1.532 4.205 0.599 8.032 8.731 0.647 1.097 2.849 3.908 0.466 0.202 4.046 7.782 1.211 1.248 0.821 2.048 1.026 0.702 5584 chr19 18833609 18850433 + 0 NA intron (NM_001098482, intron 1 of 14) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 47596 NM_001098482 23373 Hs.371096 NM_015321 ENSG00000105662 CRTC1 MECT1|TORC-1|TORC1|WAMTP1 CREB regulated transcription coactivator 1 protein-coding 1.835 1.343 2.607 0.064 0.204 1.100 0.124 0.191 0.355 0.023 0.106 0.141 0.011 0.619 0.308 0.233 0.101 0.147 0.114 0.034 0.067 0.033 0.139 0.127 0.405 0.115 0.078 0.137 0.052 0.006 0.176 nan 0.126 0.423 0.052 0.083 0.023 0.052 0.048 0.007 0.119 0.077 0.069 0.041 0.032 0.051 0.158 0.107 0.160 0.115 0.046 0.059 0.233 0.179 0.017 0.405 0.037 0.025 0.264 0.186 0.271 0.095 0.054 2.060 0.018 0.014 0.009 0.715 1.180 0.254 0.342 0.975 0.965 0.650 0.338 0.524 0.637 0.556 1.058 1.394 1.659 1.776 1.583 0.271 0.300 0.144 0.179 2.323 7.070 0.710 0.433 2599 chr12 31739765 31747136 + 0 NA promoter-TSS (NM_001308339) promoter-TSS (NM_001308339) -74 NM_001308339 160518 Hs.118166 NM_144973 ENSG00000170456 DENND5B - DENN domain containing 5B protein-coding 3.520 nan 3.360 1.229 3.405 1.653 0.910 0.783 1.429 1.143 5.388 1.201 0.195 0.530 2.002 2.148 0.630 0.089 2.623 0.720 5.132 1.338 1.211 0.558 2.823 1.530 2.036 2.341 2.139 0.372 0.882 1.472 0.807 4.191 0.328 1.063 2.944 1.946 0.168 1.089 2.232 4.598 2.906 1.254 0.118 0.688 0.536 3.216 5.696 6.188 2.088 2.558 2.148 4.218 1.682 2.823 0.250 0.538 0.476 9.828 3.469 1.071 0.375 0.923 3.980 0.938 0.576 2.460 2.721 1.726 2.410 5.209 4.395 2.425 0.761 3.527 3.201 1.519 2.128 0.853 1.918 2.677 3.075 0.913 2.311 9.416 9.637 3.122 2.369 1.182 0.853 2601 chr12 31876209 31928611 + 0 NA Intergenic LTR8|LTR|ERV1 -20302 NM_001278412 196394 Hs.585084 NM_001113402 ENSG00000151743 AMN1 - antagonist of mitotic exit network 1 homolog protein-coding 1.514 nan 1.513 1.545 2.254 0.321 2.865 0.586 1.063 0.383 1.450 2.836 0.314 0.176 0.623 1.716 0.234 0.086 3.340 2.279 1.328 0.108 0.407 0.319 0.989 1.596 1.185 0.178 1.909 1.073 1.760 3.716 1.260 1.694 1.635 1.238 0.874 0.374 0.117 1.266 1.212 2.459 2.472 1.186 1.454 1.286 0.544 1.693 1.570 3.259 0.637 1.176 1.716 4.078 1.066 0.989 0.838 0.704 0.250 1.486 1.641 1.443 0.390 0.169 2.924 0.514 0.477 0.797 0.695 0.588 1.623 1.409 1.100 2.322 0.613 2.758 2.896 0.605 0.928 0.854 1.079 0.610 0.393 0.585 0.669 5.555 12.229 0.465 0.943 1.127 0.754 6759 chr2 238598151 238644777 + 0 NA intron (NM_001137551, intron 2 of 11) L4|LINE|RTE 20657 NM_001137553 9208 Hs.471779 NM_004735 ENSG00000124831 LRRFIP1 FLAP-1|FLAP1|FLIIAP1|GCF-2|GCF2|HUFI-1|TRIP LRR binding FLII interacting protein 1 protein-coding 1.116 nan 2.367 1.016 2.142 0.567 1.705 0.572 1.223 0.209 0.946 0.835 0.137 0.549 0.592 1.105 0.508 0.138 1.366 0.582 0.178 0.106 1.143 0.544 1.648 1.109 0.822 0.417 0.741 0.348 0.575 1.189 0.434 1.518 0.482 1.077 0.378 0.270 0.108 0.518 0.357 1.385 0.535 0.303 0.812 0.354 1.091 0.380 0.953 0.834 0.533 0.852 1.105 1.720 1.781 1.648 0.323 0.421 0.085 1.387 1.024 0.841 0.350 0.180 1.073 0.763 0.546 0.979 1.298 0.554 1.063 0.844 0.777 2.311 0.821 0.674 0.626 0.841 1.131 2.964 nan 0.644 0.428 0.743 1.150 1.497 2.297 0.633 1.317 1.221 0.674 5551 chr19 13943337 13977625 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -12396 NR_146095 342977 Hs.127982 NM_001098622 ENSG00000187556 NANOS3 NANOS1L|NOS3|ZC2HC12C nanos C2HC-type zinc finger 3 protein-coding 3.331 2.368 2.396 5.389 1.049 1.128 3.694 1.233 2.082 2.433 3.328 2.997 2.586 0.796 0.437 3.356 2.696 0.592 3.477 1.536 7.809 2.726 1.328 0.389 2.939 4.144 5.265 3.772 3.969 1.751 3.364 nan 1.997 2.482 1.833 4.799 0.762 5.567 0.185 1.598 0.374 7.679 5.445 2.089 2.355 2.486 3.967 10.265 4.954 8.599 2.902 3.287 3.356 6.662 3.414 2.939 1.614 4.570 0.721 8.258 2.788 4.929 0.297 0.494 3.251 2.896 1.932 1.033 2.152 1.984 4.124 2.385 2.230 3.886 2.680 1.825 1.825 1.825 2.407 3.135 5.479 1.516 1.150 0.455 0.601 3.775 3.727 1.622 2.222 1.817 1.326 5346 chr18 52753612 52771460 + 0 NA Intergenic Intergenic 29001 NR_110743 101927229 Hs.638474 NR_110743 ENSG00000267013 LINC01929 - long intergenic non-protein coding RNA 1929 ncRNA nan 0.849 0.666 0.265 0.065 0.052 0.172 0.045 0.234 0.069 0.416 1.174 0.087 0.050 0.100 1.250 0.117 0.082 0.231 0.138 0.159 0.008 0.044 0.045 0.082 3.078 2.963 0.021 0.316 0.390 0.353 1.353 0.812 0.258 0.443 0.072 0.085 0.097 0.054 0.092 0.109 0.098 0.030 0.039 1.262 0.741 0.448 0.119 0.497 0.047 0.563 0.145 1.250 0.251 0.016 0.082 0.329 0.055 0.039 0.055 0.057 0.225 0.033 0.063 0.321 0.558 0.562 0.461 0.228 0.224 0.339 0.503 0.655 0.274 0.202 0.486 0.574 0.338 0.492 1.374 1.396 0.345 0.128 0.147 0.233 0.291 0.283 0.215 0.377 nan 1.464 1052 chr1 204606432 204621875 + 0 NA intron (NM_201630, intron 1 of 1) intron (NM_201630, intron 1 of 1) 40328 NM_006338 10446 Hs.26312 NM_006338 ENSG00000170382 LRRN2 FIGLER7|GAC1|LRANK1|LRRN5 leucine rich repeat neuronal 2 protein-coding 1.563 2.208 2.776 0.084 0.627 2.357 0.453 1.947 3.706 0.043 0.173 0.580 0.024 0.071 0.676 2.169 0.202 0.062 0.040 0.025 0.163 0.027 0.473 0.278 0.507 0.354 0.169 0.111 0.057 0.027 0.073 0.198 0.179 3.811 0.057 2.631 0.199 0.099 0.113 0.030 0.132 0.162 0.074 0.066 0.118 0.073 0.120 0.194 0.363 0.042 0.209 0.414 2.169 0.083 0.048 0.507 0.419 0.145 0.108 0.118 1.074 0.071 0.199 0.811 0.035 0.075 0.049 0.655 0.670 0.662 0.993 2.169 2.188 1.686 0.262 nan nan 1.416 2.098 2.113 1.857 0.754 0.472 0.315 0.466 0.674 1.499 1.448 4.007 1.422 0.878 10780 chr7 158592329 158667352 + 0 NA Intergenic Intergenic -2096 NM_001350914 55112 Hs.389945 NM_018051 ENSG00000126870 WDR60 FAP163|SRPS6|SRTD8 WD repeat domain 60 protein-coding 1.262 0.731 nan 1.247 0.558 0.405 1.200 0.483 0.888 0.956 1.033 0.899 1.451 0.185 2.550 0.383 0.648 0.202 0.776 0.225 0.365 0.214 0.407 0.305 0.854 1.732 1.543 0.594 2.018 0.612 0.896 1.869 2.858 1.933 0.546 0.838 0.135 0.632 0.181 0.619 0.211 1.648 0.406 0.249 1.008 1.449 2.439 1.151 1.141 0.811 0.737 1.233 0.383 1.098 1.620 0.854 0.424 1.648 0.128 1.215 0.337 1.221 0.177 0.285 0.568 0.662 0.622 0.835 0.982 0.736 1.510 1.299 1.320 1.053 0.434 0.486 0.536 0.516 0.726 2.393 2.519 0.685 0.671 0.539 0.815 0.744 0.696 0.664 1.034 1.090 0.772 10906 chr8 37886741 37899147 + 0 NA intron (NM_004095, intron 1 of 2) AluSq|SINE|Alu 4924 NM_004095 1978 Hs.411641 NM_004095 ENSG00000187840 EIF4EBP1 4E-BP1|4EBP1|BP-1|PHAS-I eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 1 protein-coding 2.387 1.346 nan 5.925 7.128 1.063 2.420 0.841 1.583 0.507 0.804 1.258 0.295 0.888 2.714 1.991 1.592 0.170 1.235 0.383 0.856 2.545 2.039 0.988 1.886 1.059 0.867 0.422 1.370 1.162 0.972 2.245 1.660 3.059 2.415 0.853 0.552 2.452 0.164 0.628 0.551 2.782 2.384 1.381 1.196 1.151 1.919 2.070 1.371 1.562 0.783 3.001 1.991 1.321 0.808 1.886 1.284 1.465 0.485 1.719 1.095 1.167 1.350 1.611 0.649 0.585 0.397 4.102 3.617 1.835 3.133 3.795 3.522 4.171 1.474 7.574 7.922 1.935 2.801 3.251 4.166 3.743 4.375 1.842 2.824 3.193 3.094 3.098 4.193 2.917 1.769 5471 chr19 1235883 1277358 + 0 NA intron (NM_177401, intron 7 of 7) intron (NM_177401, intron 7 of 7) 8068 NM_177401 90007 Hs.465529 NM_177401 ENSG00000167470 MIDN - midnolin protein-coding 3.113 2.453 3.799 3.173 2.457 2.691 2.050 1.829 3.569 1.051 3.605 1.815 1.265 1.680 3.392 3.212 1.586 0.248 3.043 0.893 4.774 2.346 1.561 0.796 2.903 2.214 3.212 2.666 4.467 0.842 6.611 8.889 4.929 6.190 1.236 3.582 0.802 4.068 0.113 1.411 1.188 6.858 4.215 1.850 3.029 1.811 2.119 4.766 3.891 7.887 3.656 2.639 3.212 4.661 4.099 2.903 1.752 3.169 0.860 9.155 2.707 2.963 1.525 0.727 2.237 2.457 1.466 2.774 3.682 3.004 4.717 4.882 4.366 2.595 1.407 4.697 4.673 2.240 3.413 2.523 nan 3.182 2.934 1.588 2.630 2.935 2.661 2.004 2.267 2.445 1.299 5661 chr19 39615754 39618637 + 0 NA intron (NM_001014832, intron 1 of 8) MIR|SINE|MIR 775 NM_001014832 10298 Hs.20447 NM_005884 ENSG00000130669 PAK4 - p21 (RAC1) activated kinase 4 protein-coding 2.468 1.937 2.676 3.327 5.261 1.476 2.159 1.781 3.093 2.325 3.508 2.064 0.673 1.123 2.838 2.230 1.113 0.111 4.749 1.402 3.572 1.007 1.141 0.661 2.332 1.704 1.796 3.315 2.353 1.140 2.987 4.975 2.482 17.592 2.020 2.352 0.591 3.905 0.117 2.018 0.691 5.638 9.887 6.413 1.706 1.194 2.903 2.379 11.291 8.491 3.582 2.683 2.230 3.443 2.637 2.332 2.046 2.662 1.428 5.206 2.345 1.158 2.439 1.045 1.204 1.390 0.934 2.381 3.252 2.572 3.796 4.451 3.412 4.331 1.932 7.845 7.420 1.824 2.383 3.926 4.730 nan 3.169 3.337 5.352 2.278 2.502 1.831 3.472 3.172 0.912 974 chr1 188783117 188794220 + 0 NA Intergenic Intergenic 1375908 NR_132374 106144535 Hs.568709 NR_132374 LINC01037 - long intergenic non-protein coding RNA 1037 ncRNA nan nan 0.932 0.091 0.081 0.086 0.044 0.129 0.263 0.061 0.235 0.011 0.019 0.089 0.286 0.176 0.145 0.075 0.069 0.023 0.008 0.367 0.396 0.517 0.087 0.007 0.013 0.080 0.028 0.065 0.077 0.107 0.250 0.013 9.208 0.161 0.051 0.095 0.016 0.156 0.033 0.016 0.021 0.010 0.027 0.061 0.063 0.048 0.019 0.071 0.102 0.286 0.037 0.008 0.517 0.030 0.037 0.071 0.036 0.129 0.029 0.133 0.045 0.021 0.016 0.004 0.490 0.378 0.301 0.522 0.929 nan 1.743 0.450 nan 0.396 1.149 1.295 0.701 0.561 14.107 12.025 0.441 0.716 1.057 0.617 0.351 nan 0.827 0.516 2629 chr12 46359265 46370083 + 0 NA intron (NM_004719, intron 1 of 14) intron (NM_004719, intron 1 of 14) 19727 NM_004719 9169 Hs.210367 NM_004719 ENSG00000139218 SCAF11 CASP11|SFRS2IP|SIP1|SRRP129|SRSF2IP SR-related CTD associated factor 11 protein-coding 0.951 nan 0.803 0.126 0.208 0.057 0.124 0.184 0.225 0.018 0.142 0.093 2.916 0.028 0.074 0.118 0.478 0.309 0.140 0.046 0.456 0.013 0.131 0.212 0.189 0.064 0.026 0.293 0.074 0.040 0.093 0.179 0.091 0.143 0.030 0.109 0.041 0.251 0.104 0.011 0.118 0.085 0.050 0.044 0.066 0.035 0.098 0.249 0.166 0.302 0.029 0.134 0.118 0.072 0.091 0.189 0.022 0.100 0.054 0.107 0.066 0.051 0.056 0.162 0.043 0.080 0.009 0.426 0.305 0.261 0.466 0.260 0.471 0.343 0.181 0.494 0.420 0.276 0.552 0.354 0.375 0.386 0.217 0.160 0.257 0.123 0.150 0.264 0.734 0.307 0.193 8016 chr3 172459419 172471593 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2969 NM_001349103 1894 Hs.518299 NM_018098 ENSG00000114346 ECT2 ARHGEF31 epithelial cell transforming 2 protein-coding 2.348 1.975 1.459 5.706 1.732 0.991 4.396 1.146 2.105 0.337 1.121 1.532 1.014 1.032 0.681 0.661 1.932 0.369 1.237 0.716 5.134 0.239 1.109 0.769 1.430 4.628 4.368 1.504 4.053 2.655 0.748 2.203 2.765 2.120 1.177 2.747 0.749 1.970 0.111 1.678 0.716 3.681 4.063 1.860 2.787 1.711 2.512 2.589 3.531 2.490 1.480 3.401 0.661 2.018 5.920 1.430 1.027 0.693 0.295 0.838 0.657 1.660 0.953 1.047 2.130 2.671 2.809 1.344 1.358 2.273 3.498 2.604 2.502 7.252 3.101 4.132 4.176 1.796 2.293 2.237 2.791 2.579 2.370 0.549 1.185 2.407 2.922 2.426 2.505 1.246 0.767 1668 chr10 119998241 120035706 + 0 NA Intergenic Intergenic 84866 NM_001134672 63877 Hs.105575 NM_022063 ENSG00000165669 FAM204A C10orf84|bA319I23.1 family with sequence similarity 204 member A protein-coding 0.946 nan 0.627 0.017 0.080 0.013 0.057 0.308 0.520 0.010 0.076 0.054 0.021 0.043 0.064 0.246 0.100 0.086 0.046 0.025 0.026 0.108 0.148 0.070 0.017 0.019 0.026 0.062 0.006 0.054 0.066 0.066 0.317 0.023 0.052 1.147 0.041 0.067 0.019 0.698 0.128 0.021 0.015 0.038 0.039 0.059 0.053 0.087 0.025 0.015 0.036 0.246 0.053 0.017 0.070 0.042 0.042 0.080 0.031 0.032 0.038 0.074 0.033 0.014 0.011 0.004 0.362 0.327 0.362 0.291 0.163 0.173 1.824 0.480 0.078 0.094 0.225 0.409 0.166 0.184 0.254 0.127 0.125 0.215 2.602 2.814 0.119 0.170 0.510 0.391 8368 chr4 49633150 49637904 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite 646868 NM_001286791 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 18.507 21.768 19.088 1.985 6.928 0.962 1.899 5.995 10.142 1.450 3.230 4.705 0.885 5.214 7.409 8.517 2.810 18.849 2.563 0.040 0.674 3.708 4.196 10.407 2.610 0.435 2.412 0.681 5.744 0.068 5.898 2.302 4.600 12.818 0.154 4.692 2.745 2.554 10.025 0.123 2.099 4.602 2.942 1.347 0.090 6.872 3.863 7.904 3.065 1.828 1.011 2.673 8.517 3.078 1.631 2.610 2.003 2.170 2.247 0.770 1.930 1.943 1.647 3.078 1.848 1.950 1.489 11.299 4.738 4.882 5.797 10.282 16.403 5.124 3.754 7.153 7.017 10.631 14.246 7.217 6.788 15.220 3.926 4.000 7.037 3.932 7.674 5.172 8.952 5.492 8.093 9427 chr6 10510057 10534463 + 0 NA intron (NM_145649, intron 1 of 4) AluSx|SINE|Alu 692 NM_145649 2651 Hs.519884 NM_001491 ENSG00000111846 GCNT2 CCAT|CTRCT13|GCNT2C|GCNT5|IGNT|II|NACGT1|NAGCT1|ULG3|bA360O19.2|bA421M1.1 glucosaminyl (N-acetyl) transferase 2 (I blood group) protein-coding 0.936 nan 0.838 0.953 0.582 0.068 1.838 0.276 0.649 0.333 0.525 1.056 2.972 0.213 0.171 0.493 0.154 0.172 1.853 0.660 1.807 0.063 0.350 0.218 0.656 2.995 2.658 0.196 0.886 0.565 0.314 0.729 1.689 0.245 0.696 2.131 0.116 0.463 0.114 0.378 0.184 6.360 3.556 1.645 1.174 0.559 1.333 2.679 1.601 4.973 1.007 1.257 0.493 2.696 4.298 0.656 0.732 0.341 0.024 0.365 0.188 1.177 0.508 0.111 0.543 0.359 0.224 1.143 1.443 4.803 6.165 0.443 0.573 1.377 0.302 1.621 1.698 0.373 0.540 0.492 0.621 0.459 0.242 0.875 0.971 0.929 1.265 0.218 0.366 0.921 0.599 6278 chr2 101722219 101752765 + 0 NA intron (NM_001102426, intron 1 of 19) intron (NM_001102426, intron 1 of 19) 30417 NM_001102426 11138 Hs.442657 NM_007063 ENSG00000204634 TBC1D8 AD3|GRAMD8|HBLP1|TBC1D8A|VRP TBC1 domain family member 8 protein-coding 1.037 nan 1.749 0.443 1.919 0.632 1.914 0.351 0.678 0.716 0.267 1.646 0.098 0.979 0.214 0.254 0.737 0.126 0.885 0.347 4.781 0.032 0.645 0.463 1.772 1.270 0.733 0.303 0.925 0.499 1.481 4.172 0.987 2.031 1.136 2.163 0.172 0.074 0.084 0.916 0.081 3.427 0.207 0.110 0.407 0.962 1.593 0.573 2.962 0.289 1.605 1.497 0.254 1.339 1.824 1.772 0.457 1.730 0.150 1.631 0.736 1.164 0.681 0.754 1.507 0.371 0.328 0.329 0.329 0.326 0.809 1.350 1.344 2.758 0.792 0.321 0.343 0.344 0.545 3.366 3.820 0.669 0.457 0.463 0.856 0.789 1.209 1.367 2.722 1.272 0.741 636 chr1 121478358 121485670 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 221104 NR_003955 647121 Hs.697682 NR_003955 ENSG00000231752 EMBP1 - embigin pseudogene 1 pseudo 21.715 26.642 22.733 23.143 28.322 12.517 22.924 39.511 37.825 14.772 23.035 27.466 10.293 18.767 23.989 37.981 26.878 58.318 31.651 25.094 20.150 20.974 36.359 28.356 27.188 20.617 18.849 14.904 23.770 26.330 26.908 15.618 24.707 32.386 30.936 19.712 11.442 26.009 17.836 29.721 15.371 31.049 15.442 14.290 25.733 21.692 34.864 35.582 20.285 18.466 20.277 23.475 37.981 19.472 27.843 27.188 33.062 27.317 9.803 19.513 22.347 19.044 21.390 20.123 16.389 13.641 11.222 26.988 19.011 20.807 25.896 22.299 24.565 13.395 15.628 17.791 20.052 19.426 18.630 18.596 15.114 26.275 16.458 25.087 25.464 10.636 13.642 20.922 19.438 19.329 21.525 11247 chr8 122812009 122827328 + 0 NA Intergenic Intergenic -166038 NM_005328 3037 Hs.159226 NM_005328 ENSG00000170961 HAS2 - hyaluronan synthase 2 protein-coding nan nan nan 0.844 0.140 0.040 1.991 0.165 0.241 0.037 0.233 1.753 0.433 0.073 0.082 0.115 0.390 0.102 1.267 1.042 0.894 0.027 0.052 0.048 0.070 0.609 0.434 0.043 2.041 1.390 0.543 1.717 0.420 nan 0.761 0.109 0.012 0.043 0.072 0.554 0.005 0.397 0.481 0.361 3.020 0.615 0.425 2.045 0.871 0.513 0.401 1.370 0.115 1.557 0.851 0.070 1.045 0.584 0.171 0.059 0.516 0.039 0.040 0.462 0.906 0.883 0.211 0.158 0.383 1.240 0.270 0.310 0.149 0.126 nan nan 0.324 0.478 0.113 0.112 0.295 0.147 0.114 0.199 0.044 0.095 0.118 0.178 0.242 0.306 10437 chr7 75918640 75949370 + 0 NA TTS (NM_001540) TTS (NM_001540) 2130 NM_001540 3315 Hs.520973 NM_001540 ENSG00000106211 HSPB1 CMT2F|HEL-S-102|HMN2B|HS.76067|HSP27|HSP28|Hsp25|SRP27 heat shock protein family B (small) member 1 protein-coding nan 1.709 2.025 0.917 1.379 1.838 2.339 1.134 2.226 2.473 2.063 2.203 0.572 0.673 2.537 1.461 1.575 0.760 1.998 0.987 2.025 0.248 1.407 0.975 1.370 0.881 0.824 0.856 3.340 0.947 1.652 4.387 3.970 3.653 1.094 2.534 0.480 2.246 0.179 0.893 0.847 2.309 0.630 0.340 1.182 1.251 1.929 2.404 3.399 3.493 1.685 1.923 1.461 3.265 2.357 1.370 1.111 1.593 0.560 3.330 1.089 2.387 0.332 0.518 1.691 2.374 1.729 0.898 1.379 1.228 nan 2.141 2.137 3.605 1.205 0.355 0.340 1.012 nan 2.030 nan 2.325 1.928 1.068 1.817 1.956 1.914 1.778 3.268 2.815 1.325 5799 chr19 51852426 51872383 + 0 NA intron (NM_001985, intron 1 of 5) AluSz|SINE|Alu -4308 NM_001014763 2109 Hs.348531 NM_001985 ENSG00000105379 ETFB FP585|MADD electron transfer flavoprotein subunit beta protein-coding 0.824 0.963 1.136 1.204 0.566 0.629 2.047 0.639 1.294 0.796 2.880 5.076 0.183 1.149 0.103 1.128 0.342 0.185 1.076 0.598 1.464 0.493 0.214 0.145 0.789 0.649 0.701 0.011 1.124 0.464 1.164 1.935 0.781 0.193 1.108 3.109 0.043 1.366 0.129 0.107 0.325 0.735 0.807 0.390 0.033 0.865 1.294 0.132 4.332 1.138 1.119 1.698 1.128 1.321 0.538 0.789 0.983 1.270 0.363 1.726 0.851 1.239 0.423 0.725 1.260 0.528 0.306 0.220 0.132 0.972 1.446 0.199 0.247 0.220 0.079 1.863 2.002 1.195 1.736 0.126 0.158 0.240 0.113 0.900 1.428 0.085 0.097 1.668 2.731 1.582 0.907 117 chr1 17017776 17044859 + 0 NA intron (NR_026567, intron 4 of 10) intron (NR_026567, intron 4 of 10) 15335 NR_026567 284729 Hs.548239 NR_026567 ENSG00000268869 ESPNP dJ1182A14.1 espin pseudogene pseudo 4.121 1.474 nan 0.516 3.229 6.983 0.329 1.104 2.202 0.081 0.179 0.200 0.455 0.254 2.004 1.201 0.066 0.095 0.456 0.140 0.075 0.148 0.359 0.244 0.835 0.066 0.062 0.330 0.259 0.094 0.985 2.836 0.144 4.072 0.367 0.067 0.243 0.311 0.228 0.027 0.277 0.102 0.096 0.101 0.040 0.150 0.341 0.239 0.400 0.606 0.067 0.146 1.201 0.538 0.099 0.835 0.155 0.185 1.695 0.857 0.571 0.129 1.822 0.879 0.132 0.038 0.011 2.628 3.762 0.901 1.416 5.337 4.606 3.475 1.122 6.165 nan 1.370 nan 3.262 4.791 nan 2.668 3.143 4.066 1.381 1.054 1.619 3.511 2.349 1.336 2207 chr11 102321533 102366963 + 0 NA intron (NR_135076, intron 1 of 2) LTR8|LTR|ERV1 6262 NR_135076 102723838 Hs.738066 NR_135076 ENSG00000255482 LOC102723838 - uncharacterized LOC102723838 ncRNA 1.043 1.408 1.088 0.641 0.732 0.587 0.755 0.602 1.261 0.467 0.535 0.544 0.247 0.232 0.438 0.512 0.246 0.057 0.524 0.217 0.473 0.207 0.566 0.366 0.664 0.558 0.345 0.296 0.549 0.362 1.320 4.162 2.146 2.227 1.106 2.148 0.267 0.873 0.143 0.302 0.356 1.217 0.494 0.289 1.312 0.477 1.231 0.658 0.687 0.680 1.189 2.674 0.512 0.423 0.807 0.664 0.698 1.279 0.079 0.657 0.447 0.304 0.662 0.563 0.642 0.190 0.143 1.144 1.381 1.186 1.914 2.012 1.622 1.218 0.435 2.735 2.874 0.738 1.112 1.646 2.007 1.103 1.169 0.932 2.003 1.230 1.138 0.843 1.761 1.464 0.954 9996 chr6 147473045 147484490 + 0 NA intron (NR_034115, intron 3 of 10) intron (NR_034115, intron 3 of 10) -1294 NR_132442 106182249 Hs.575390 NR_132442 ENSG00000196634 LUADT1 - lung adenocarcinoma associated transcript 1 ncRNA nan 1.639 nan 0.043 1.298 0.034 0.325 0.727 1.454 0.150 0.255 0.964 0.346 1.117 0.111 0.163 0.084 0.116 0.037 0.909 0.283 0.805 0.397 0.127 0.045 0.137 0.158 1.296 4.955 0.337 0.799 0.272 0.052 0.342 0.019 0.121 0.134 0.077 0.088 0.016 0.040 0.412 0.067 0.111 0.070 0.092 0.088 0.022 0.354 1.117 0.031 0.081 0.805 0.071 0.095 0.035 1.931 0.104 0.104 0.205 0.127 0.005 0.005 0.416 0.291 0.169 0.337 0.429 0.531 4.592 2.096 0.255 0.294 0.199 0.336 0.638 0.491 0.595 0.282 0.315 0.393 1.588 2.644 0.222 0.405 4.924 2.371 3754 chr14 90841582 90851414 + 0 NA Intergenic MLT1A1|LTR|ERVL-MaLR -16829 NM_006888 801 Hs.282410 NM_006888 ENSG00000198668 CALM1 CALML2|CAMI|CPVT4|DD132|LQT14|PHKD|caM calmodulin 1 protein-coding 6.267 3.128 nan 1.576 3.898 3.965 1.182 1.399 2.281 0.719 1.576 0.927 0.981 1.167 5.213 3.408 1.703 0.214 0.613 0.500 1.333 0.676 1.728 0.935 3.839 1.874 1.997 0.381 1.304 0.804 2.206 4.020 2.429 5.801 0.846 1.385 0.824 1.456 0.118 1.318 1.640 0.947 1.947 0.886 1.333 1.022 1.134 3.007 1.786 2.580 1.218 2.281 3.408 1.168 2.048 3.839 1.245 1.279 1.182 1.596 1.955 2.339 2.498 0.841 2.654 0.515 0.299 4.744 5.207 1.423 1.729 8.208 6.187 6.876 3.892 6.999 7.322 3.572 4.668 5.014 8.778 5.812 6.013 3.177 3.637 4.554 3.639 3.440 2.800 nan 2.555 7215 chr21 40157733 40193129 + 0 NA Intergenic Intergenic -1800 NM_001256295 2114 Hs.644231 NM_005239 ENSG00000157557 ETS2 ETS2IT1 ETS proto-oncogene 2, transcription factor protein-coding nan 0.806 2.363 3.411 1.813 0.327 1.461 0.449 1.067 0.784 0.787 0.742 0.789 1.087 1.677 0.937 0.615 0.106 1.141 0.810 0.098 0.090 0.704 0.367 2.195 1.177 0.865 0.345 1.090 0.767 1.201 3.149 1.562 3.526 1.256 0.175 0.183 0.083 0.085 0.360 0.185 1.066 0.565 0.335 0.914 0.744 1.269 0.751 1.418 0.333 2.448 3.350 0.937 1.697 1.602 2.195 1.779 3.439 0.388 0.364 1.712 1.112 1.444 0.153 0.573 0.441 0.458 1.072 1.251 0.697 1.081 2.251 2.305 nan 0.695 0.311 0.328 0.579 nan 4.665 5.123 1.076 0.948 1.738 2.520 0.801 0.729 0.504 0.640 2.682 1.353 5283 chr18 40612881 40617220 + 0 NA intron (NM_001272077, intron 1 of 5) intron (NM_001272077, intron 1 of 5) 80607 NM_001272077 6014 Hs.464985 NM_002930 ENSG00000152214 RIT2 RIBA|RIN|ROC2 Ras like without CAAX 2 protein-coding nan 0.702 0.737 0.084 0.651 0.013 0.065 0.323 0.308 0.044 0.073 6.208 0.551 0.081 0.279 0.086 0.037 0.463 0.175 0.005 0.142 0.095 0.248 0.017 0.032 0.648 1.798 1.418 0.552 0.067 0.109 0.025 0.036 0.233 0.040 0.015 0.018 0.025 0.071 0.962 0.023 0.051 0.030 0.279 0.296 0.022 0.248 0.788 0.268 0.090 0.142 0.023 0.558 0.233 0.416 0.734 0.417 0.580 1.286 0.475 0.150 0.078 0.343 0.452 3.679 2.570 0.384 0.216 0.074 0.123 0.539 1.038 0.144 nan 1.182 1.068 9407 chr6 5554529 5570431 + 0 NA intron (NM_006567, intron 5 of 6) intron (NM_006567, intron 5 of 6) -104172 NR_125846 101927972 Hs.668417 NR_125846 ENSG00000269985 LOC101927972 - uncharacterized LOC101927972 ncRNA 1.380 0.979 1.277 0.050 0.160 0.038 0.350 0.151 0.234 0.073 0.065 0.140 0.074 0.032 0.055 0.124 0.324 0.131 0.308 0.180 0.020 0.061 0.068 0.083 0.368 0.221 0.043 0.023 0.077 0.157 0.213 0.826 0.292 0.102 0.193 0.047 0.042 0.099 0.133 0.052 0.060 0.077 0.019 0.024 0.083 0.065 0.109 0.169 0.041 0.146 0.010 0.143 0.124 0.153 0.128 0.368 0.031 0.141 0.048 0.066 0.134 0.096 0.050 1.351 0.038 0.004 0.006 0.328 0.300 0.682 0.714 0.354 0.374 0.268 0.079 0.334 0.279 0.551 0.741 0.257 0.222 1.062 0.826 0.128 0.198 0.097 0.119 2.179 6.356 0.664 0.470 5460 chr19 505850 525303 + 0 NA intron (NM_033513, intron 1 of 1) AluSc|SINE|Alu 8079 NM_033513 91978 Hs.369613 NM_033513 ENSG00000141933 TPGS1 C19orf20|GTRGEO22|PGs1 tubulin polyglutamylase complex subunit 1 protein-coding 1.526 2.392 1.535 0.496 1.872 3.103 0.527 3.418 6.107 0.157 1.499 0.439 0.477 1.150 3.100 2.633 0.383 0.100 0.956 0.497 0.699 0.642 1.176 0.599 3.653 0.598 0.644 0.871 1.018 0.326 1.042 1.804 0.604 4.783 0.234 0.787 0.804 0.996 0.080 0.224 0.970 1.579 0.676 0.417 0.920 0.220 0.480 1.021 0.833 2.183 0.605 0.396 2.633 1.198 1.082 3.653 0.458 0.277 0.549 2.261 3.080 1.013 0.363 0.394 0.475 0.963 0.664 1.486 1.629 0.956 1.579 5.051 4.564 2.996 1.426 1.749 1.999 1.248 1.922 3.525 nan 2.183 2.345 0.790 1.164 3.398 3.463 1.218 1.305 3.217 1.498 8290 chr4 24261423 24270548 + 0 NA intron (NR_148983, intron 1 of 15) intron (NR_148983, intron 1 of 15) 208467 NR_148981 10891 Hs.527078 NM_013261 ENSG00000109819 PPARGC1A LEM6|PGC-1(alpha)|PGC-1alpha|PGC-1v|PGC1|PGC1A|PPARGC1 PPARG coactivator 1 alpha protein-coding 0.689 0.433 nan 0.256 0.098 0.012 0.164 0.087 0.227 0.116 0.332 0.010 3.882 0.033 0.195 0.169 0.319 0.071 0.069 0.021 0.014 0.085 0.164 0.004 0.008 0.008 0.016 0.111 0.035 0.059 0.107 0.304 0.434 0.111 0.154 0.021 0.059 0.051 0.090 0.043 0.171 0.033 0.024 0.059 0.074 0.341 0.062 0.061 0.069 0.138 0.169 0.047 0.025 0.004 0.767 0.054 0.024 0.013 0.044 0.025 0.021 0.201 0.168 0.221 0.078 0.311 0.248 2.144 5.847 0.233 0.256 0.104 0.088 0.222 0.240 0.329 0.358 0.182 0.175 0.358 0.166 0.069 0.256 0.027 0.066 0.237 0.685 nan 0.676 8658 chr4 182855988 182924272 + 0 NA Intergenic HAL1-3A_ME|LINE|L1 -139004 NR_147188 105377573 Hs.333288 NR_147188 ENSG00000251336 TEMN3-AS1 - TENM3 antisense transcript 1 ncRNA nan 0.687 nan 0.977 0.044 0.087 0.162 0.242 0.503 0.058 0.113 0.112 0.016 0.091 0.321 0.159 0.075 0.046 0.068 0.061 0.011 0.008 0.080 0.078 0.140 0.139 0.052 0.017 0.071 0.020 0.062 0.045 0.073 0.183 0.145 0.138 0.092 6.368 0.182 0.059 0.168 0.042 0.027 0.029 0.094 0.018 0.037 0.615 0.048 0.032 0.010 0.015 0.159 0.062 0.011 0.140 0.013 0.029 0.004 0.031 0.006 0.160 0.016 0.074 0.188 0.016 0.004 0.179 0.114 0.197 0.315 0.287 0.329 1.354 0.448 0.127 0.125 0.090 0.147 0.915 0.556 0.292 0.152 0.076 0.139 0.352 0.481 0.086 0.139 0.550 0.363 4586 chr17 8358706 8374490 + 0 NA intron (NM_030808, intron 8 of 8) intron (NM_030808, intron 8 of 8) 27428 NM_030808 81565 Hs.372123 NM_030808 ENSG00000166579 NDEL1 EOPA|MITAP1|NDE1L1|NDE2|NUDEL nudE neurodevelopment protein 1 like 1 protein-coding 0.918 0.543 1.671 0.064 0.077 0.126 0.076 2.958 5.563 0.020 0.124 0.082 0.043 0.038 3.376 0.170 0.179 0.017 0.170 0.024 0.032 0.018 0.259 0.161 1.641 0.043 0.041 0.071 0.088 0.072 0.116 0.122 0.311 0.028 0.116 0.018 0.179 0.138 0.826 0.159 0.015 0.025 0.049 0.113 0.122 0.121 0.170 0.139 0.040 0.076 0.170 0.110 0.101 1.641 0.047 0.021 0.180 0.108 0.343 0.074 0.020 0.230 0.026 0.033 0.029 0.532 0.653 0.456 0.591 2.243 2.391 0.760 0.268 0.221 0.251 0.598 0.823 2.473 1.399 0.220 0.143 0.197 0.347 0.122 0.117 0.436 0.916 0.478 0.326 7572 chr3 42065306 42094862 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -48608 NM_001349245 22906 Hs.535711 NM_014965 ENSG00000182606 TRAK1 MILT1|OIP106 trafficking kinesin protein 1 protein-coding 1.648 nan nan 0.376 0.335 0.202 0.771 0.120 0.299 0.226 0.616 0.829 0.145 0.176 0.141 0.899 1.542 0.195 0.535 0.353 0.557 0.023 0.229 0.245 0.270 0.472 0.201 0.421 0.718 0.458 0.326 0.830 0.223 0.718 0.228 0.217 0.234 0.158 0.075 0.107 0.433 0.181 0.251 0.213 0.258 0.291 0.088 0.506 0.284 0.249 0.117 0.277 0.899 0.716 0.932 0.270 0.109 0.050 0.275 0.072 0.460 1.066 0.101 0.967 0.222 0.037 0.020 0.445 0.645 0.475 0.866 0.640 0.636 1.728 0.742 0.279 0.308 1.561 2.015 1.327 1.840 2.410 1.988 0.231 0.285 0.849 0.903 1.612 4.249 0.900 0.592 2179 chr11 93469908 93479282 + 0 NA promoter-TSS (NM_001351988) promoter-TSS (NM_001351988) 108 NM_024116 79101 Hs.355750 NM_024116 ENSG00000166012 TAF1D JOSD3|RAFI41|TAF(I)41|TAFI41 TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit D protein-coding 1.943 nan 1.480 2.161 2.608 1.874 2.070 1.300 2.628 0.897 2.535 1.673 1.277 2.522 2.099 1.774 0.563 0.119 2.371 0.668 2.007 0.949 1.445 0.771 2.473 1.720 1.755 1.158 1.818 1.253 2.952 2.904 2.210 5.222 1.388 2.596 0.632 2.846 0.179 1.221 1.298 6.185 3.530 1.636 3.402 2.010 6.708 3.113 2.351 1.934 1.680 2.470 1.774 2.133 5.226 2.473 1.774 1.943 0.599 1.857 1.474 2.715 2.250 2.050 1.425 1.726 1.240 10.239 9.677 3.896 nan 4.936 5.096 5.227 2.752 13.864 14.357 3.596 4.376 5.122 6.801 5.345 5.744 4.746 7.514 3.747 4.401 5.523 nan 2.663 1.420 2172 chr11 92417047 92441824 + 0 NA intron (NM_001008781, intron 2 of 24) intron (NM_001008781, intron 2 of 24) 219359 NR_135091 105369431 Hs.532389 NR_135091 LOC105369431 - uncharacterized LOC105369431 ncRNA 0.846 nan 0.663 0.067 0.360 0.924 0.032 0.111 0.323 0.254 0.092 0.056 0.027 0.042 0.241 0.499 0.163 0.058 0.070 0.008 0.030 0.115 0.122 0.256 0.031 0.029 0.012 0.052 0.025 0.049 0.032 0.225 1.320 0.012 0.062 0.622 0.042 0.144 0.005 0.112 0.182 0.019 0.022 0.035 0.055 0.051 0.404 0.049 0.040 0.013 0.043 0.499 0.052 0.045 0.256 0.020 0.045 0.062 0.012 0.195 0.026 0.761 0.099 0.107 0.009 0.008 1.397 1.406 1.091 nan 0.616 0.758 0.563 0.154 1.766 1.804 1.027 1.356 1.575 1.504 0.341 0.264 0.904 1.368 2.222 2.310 0.280 nan 1.018 0.633 10394 chr7 64963620 64980662 + 0 NA Intergenic Intergenic 133429 NM_007139 168374 Hs.9521 NM_007139 ENSG00000146757 ZNF92 HEL-203|HPF12|HTF12|TF12 zinc finger protein 92 protein-coding nan nan nan 0.096 0.901 0.098 0.050 0.225 0.362 0.018 0.104 0.178 0.036 0.053 0.368 0.256 0.206 0.199 0.205 0.014 0.026 0.310 0.396 0.293 0.780 0.061 0.042 0.100 0.127 0.017 4.123 7.671 0.752 0.814 0.249 0.067 0.112 0.452 0.272 0.035 0.944 0.140 0.078 0.059 0.058 0.107 0.112 0.141 0.119 0.391 0.060 0.077 0.256 0.235 0.037 0.780 0.044 0.137 0.034 0.214 0.703 0.069 0.104 0.175 0.048 0.034 0.021 0.584 0.555 0.378 0.617 1.137 1.268 1.086 0.376 0.980 1.040 0.199 0.371 0.430 0.523 0.551 0.265 0.370 0.662 0.315 0.755 0.352 0.537 1.119 0.694 10126 chr7 2593296 2602399 + 0 NA promoter-TSS (NM_152558) promoter-TSS (NM_152558) -759 NM_001287502 23288 Hs.520627 NM_152558 ENSG00000106012 IQCE 1700028P05Rik|PAPA7 IQ motif containing E protein-coding 3.498 3.319 7.230 6.109 2.518 2.035 1.301 1.561 2.652 1.880 3.627 4.177 1.797 1.549 2.602 2.349 1.538 0.561 1.941 0.855 2.416 3.365 1.553 0.998 5.639 1.782 2.520 2.763 3.263 0.787 3.447 nan 4.966 nan 0.946 2.600 0.975 4.084 0.147 1.165 1.580 5.909 2.039 1.036 1.471 1.945 2.690 2.999 3.459 5.259 1.798 2.759 2.349 2.610 3.038 5.639 2.301 3.470 0.524 4.695 2.991 2.115 1.296 1.392 1.773 1.778 1.158 4.415 4.775 3.102 nan 4.620 4.968 nan 2.538 5.169 5.201 2.727 3.287 nan 5.398 2.075 1.819 3.013 4.494 3.086 3.335 3.309 3.687 1.944 1.005 7577 chr3 44924423 44937368 + 0 NA intron (NM_003241, intron 3 of 13) intron (NM_003241, intron 3 of 13) 14797 NM_003241 7047 Hs.438265 NM_003241 ENSG00000163810 TGM4 TGP|hTGP transglutaminase 4 protein-coding 0.412 nan nan 1.802 0.108 0.137 1.864 0.129 0.213 0.118 1.153 1.799 0.024 0.043 0.083 0.506 0.401 0.211 1.375 1.161 0.658 0.030 0.048 0.057 0.139 0.680 0.504 0.035 2.569 2.376 0.394 0.771 0.190 0.480 1.541 0.131 0.015 0.017 0.092 0.524 0.049 3.116 4.122 1.888 1.604 1.018 0.346 1.157 0.208 0.582 0.037 0.227 0.506 1.984 3.364 0.139 0.238 0.070 0.128 0.165 0.129 1.946 0.016 0.038 0.692 1.396 0.768 0.210 0.137 0.350 1.072 0.395 0.505 0.281 0.106 0.147 0.159 0.131 0.288 0.159 0.214 0.455 0.257 0.187 0.209 0.145 0.311 0.125 0.177 0.270 0.392 6646 chr2 217543530 217566945 + 0 NA intron (NM_000599, intron 1 of 3) intron (NM_000599, intron 1 of 3) 5035 NM_000599 3488 Hs.607212 NM_000599 ENSG00000115461 IGFBP5 IBP5 insulin like growth factor binding protein 5 protein-coding nan 1.876 nan 0.464 2.782 2.654 0.185 1.574 3.133 0.184 0.116 0.129 0.090 0.158 1.519 1.164 0.628 0.145 0.101 0.032 0.068 0.012 1.385 0.920 3.768 0.126 0.087 0.044 0.191 0.018 0.237 0.930 0.230 5.318 0.038 0.124 0.647 0.092 0.086 0.247 1.189 0.153 0.102 0.086 0.112 0.046 0.202 0.150 0.285 0.088 0.253 0.355 1.164 0.064 0.123 3.768 0.089 0.594 0.305 0.526 1.136 0.239 0.068 0.749 0.289 0.039 0.019 0.348 0.197 0.462 1.293 5.011 4.173 2.669 0.845 0.280 0.335 2.461 2.897 5.583 nan 0.836 0.804 0.229 0.380 1.975 1.525 1.038 2.045 1.584 0.783 10205 chr7 17629789 17692535 + 0 NA Intergenic Intergenic -62629 NR_110013 101927630 Hs.583400 NR_110013 ENSG00000236039 LOC101927630 - uncharacterized LOC101927630 ncRNA nan 1.052 nan 0.239 0.086 0.035 0.303 0.125 0.230 0.200 0.353 0.425 0.048 0.062 0.118 0.293 1.215 0.216 0.262 0.215 0.245 0.011 0.126 0.152 0.063 1.627 0.740 0.052 0.529 0.225 1.908 4.694 2.814 0.389 0.365 0.229 0.035 0.068 0.147 0.336 0.026 0.236 0.098 0.068 0.296 0.439 0.318 0.461 0.243 0.044 0.597 1.212 0.293 0.270 0.109 0.063 0.534 0.524 0.020 0.154 0.131 0.825 0.028 0.112 0.187 0.029 0.018 nan 0.225 0.447 1.398 0.292 0.390 0.477 0.134 0.220 0.231 0.201 0.314 0.267 0.278 0.242 0.105 0.104 0.152 0.192 0.313 0.318 0.640 0.365 0.463 5333 chr18 47994885 48013795 + 0 NA Intergenic Intergenic -82144 NM_001292039 5596 Hs.433728 NM_002747 ENSG00000141639 MAPK4 ERK-4|ERK4|PRKM4|p63-MAPK|p63MAPK mitogen-activated protein kinase 4 protein-coding nan 1.490 0.961 0.060 0.329 1.926 0.007 0.178 0.312 0.064 0.054 0.016 0.032 0.859 0.376 0.024 0.037 0.044 0.010 0.038 0.274 0.133 0.285 0.008 0.020 0.057 0.022 0.034 0.054 0.049 0.498 0.008 0.046 0.414 0.031 0.082 0.006 0.080 0.068 0.043 0.016 0.025 0.066 0.080 0.022 0.034 0.059 0.058 0.376 0.026 0.034 0.285 0.006 0.026 0.015 0.053 0.027 0.017 0.336 0.078 0.019 0.006 0.013 0.588 0.554 0.187 0.314 0.712 0.831 9.447 3.631 0.129 0.111 0.523 0.622 1.635 0.896 0.409 0.228 0.362 0.598 2.230 1.561 0.195 nan 5.410 3.089 5229 chr18 29066127 29079967 + 0 NA Intergenic (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -4920 NM_001943 1829 Hs.412597 NM_001943 ENSG00000046604 DSG2 CDHF5|HDGC desmoglein 2 protein-coding 1.018 1.167 1.513 2.168 0.669 0.060 2.144 0.144 0.305 0.989 0.299 0.581 0.532 0.473 0.071 0.783 0.033 0.106 1.370 0.694 0.191 0.020 0.386 0.308 0.268 0.773 0.538 0.246 2.166 2.099 1.292 2.190 0.015 1.939 1.180 0.392 0.021 0.078 0.104 0.256 0.299 0.621 1.631 0.964 3.556 2.356 1.259 0.340 0.959 0.527 0.778 1.464 0.783 1.130 0.382 0.268 0.921 0.333 0.147 1.084 0.284 0.849 0.350 0.267 0.419 0.031 0.007 1.175 1.433 1.931 nan 1.450 1.340 0.508 0.135 1.545 1.498 0.084 0.145 2.737 4.273 1.326 1.358 0.471 0.916 0.164 0.334 0.563 0.827 0.843 0.909 6620 chr2 210333499 210345993 + 0 NA intron (NM_001039538, intron 1 of 14) intron (NM_001039538, intron 1 of 14) 50975 NM_001039538 4133 Hs.368281 NM_002374 ENSG00000078018 MAP2 MAP2A|MAP2B|MAP2C microtubule associated protein 2 protein-coding nan 2.255 nan 0.193 0.837 1.598 0.555 0.300 0.588 0.260 0.647 1.121 0.843 0.049 0.120 1.240 1.962 0.154 0.263 0.076 2.112 0.011 0.571 0.285 1.293 0.465 0.428 0.353 0.329 0.335 0.565 0.896 1.688 0.257 2.565 0.497 0.990 0.082 0.246 1.477 0.435 0.029 0.024 0.122 0.086 0.177 0.252 0.241 0.289 0.083 0.945 1.240 0.206 0.206 1.293 0.665 0.112 0.155 0.083 1.016 0.252 0.086 0.387 0.195 0.028 0.008 0.459 0.410 1.703 2.216 0.775 1.168 1.260 0.513 0.572 0.571 4.405 4.679 1.839 nan 2.092 1.260 0.172 0.300 1.688 4.014 0.490 0.845 0.844 0.407 2178 chr11 93006376 93023189 + 0 NA Intergenic L1MA4A|LINE|L1 -49101 NM_181645 159989 Hs.436625 NM_181645 ENSG00000165325 DEUP1 CCDC67 deuterosome assembly protein 1 protein-coding 0.677 nan 0.591 0.021 0.270 4.221 0.042 0.096 0.266 0.012 0.050 0.038 0.037 0.147 0.391 0.167 0.071 0.048 0.105 0.022 0.011 0.001 0.397 0.212 0.334 0.012 0.004 0.017 0.036 0.411 2.381 0.067 2.318 0.120 0.045 0.407 0.067 0.105 0.123 0.137 0.014 0.014 0.019 0.032 0.063 0.157 0.005 0.017 0.009 0.075 0.167 0.042 0.038 0.334 0.094 0.034 0.012 0.028 0.265 0.033 0.141 0.118 0.014 0.017 0.012 0.673 0.434 0.222 nan 0.867 0.848 0.183 0.064 0.363 0.480 0.232 0.400 1.014 2.250 0.284 0.147 0.229 0.364 0.933 1.352 0.224 nan 0.717 0.481 8050 chr3 177237922 177247136 + 0 NA intron (NR_047568, intron 1 of 3) intron (NR_047568, intron 1 of 3) 82820 NR_047568 100505566 Hs.581170 NR_047568 LINC00578 - long intergenic non-protein coding RNA 578 ncRNA 1.364 1.984 1.251 1.658 0.976 0.242 0.635 0.539 1.178 0.134 0.747 1.142 1.845 2.127 0.213 0.340 4.999 0.367 0.728 0.451 0.075 0.113 0.425 0.232 0.746 3.483 1.848 0.021 0.691 1.040 2.881 8.210 12.190 0.992 1.843 0.065 0.051 0.070 0.086 0.167 0.553 0.139 0.255 0.170 1.025 0.510 1.489 0.130 0.557 0.085 0.188 2.112 0.340 0.832 0.187 0.746 1.184 1.325 0.031 0.134 0.198 0.172 0.215 0.427 0.124 0.019 0.017 0.369 0.296 1.151 3.327 0.496 0.600 6.508 3.061 0.192 0.234 0.557 0.834 3.077 1.882 0.686 0.276 0.205 0.469 0.361 0.516 0.472 1.193 1.794 0.977 7889 chr3 143312975 143319422 + 0 NA intron (NM_173653, intron 6 of 15) LTR18B|LTR|ERVL 251175 NM_173653 285195 Hs.302257 NM_173653 ENSG00000181804 SLC9A9 AUTS16|NHE9 solute carrier family 9 member A9 protein-coding 0.973 nan nan 0.085 0.194 0.045 0.109 0.941 1.637 0.074 0.132 0.128 0.038 0.137 0.042 0.599 0.219 0.080 0.132 0.058 0.029 0.148 0.159 0.074 0.032 0.011 0.035 0.073 0.087 0.289 0.219 0.230 0.068 0.075 0.029 0.033 0.099 0.560 0.130 0.057 0.038 0.034 0.072 0.094 0.200 0.164 0.055 0.087 0.280 0.599 0.054 0.051 0.074 0.170 0.039 0.090 0.081 0.016 0.012 0.044 0.171 0.023 0.045 0.008 0.391 0.804 0.463 0.496 0.561 0.458 nan 5.061 0.345 0.251 0.630 nan 0.260 nan nan 0.334 0.110 0.185 0.741 0.678 0.241 0.430 0.463 0.599 290 chr1 39849956 39884011 + 0 NA intron (NM_012090, intron 52 of 92) intron (NM_012090, intron 52 of 92) -8193 NM_015038 643314 Hs.658760 NM_015038 ENSG00000127603 KIAA0754 - KIAA0754 protein-coding 10.657 nan 1.320 3.271 2.431 0.347 2.749 0.409 0.736 0.598 1.292 1.680 0.504 0.807 0.292 0.680 1.592 0.342 1.831 0.881 2.473 0.204 0.826 0.418 1.255 1.277 0.938 1.097 2.369 0.904 1.024 1.731 0.707 1.101 0.675 0.178 0.073 0.671 0.147 0.554 0.261 2.469 1.467 0.648 1.562 0.588 1.200 1.445 0.923 2.873 1.497 0.296 0.680 1.194 1.420 1.255 0.438 0.182 0.088 0.565 0.146 0.974 1.190 0.315 1.493 7.439 7.760 0.809 0.866 0.737 1.240 1.556 1.607 nan 0.372 1.156 1.083 1.055 1.563 6.332 6.988 nan 0.468 1.376 2.200 0.234 0.277 0.755 1.379 1.107 nan 8294 chr4 24965515 24976097 + 0 NA intron (NM_173463, intron 1 of 12) HERVL18-int|LTR|ERVL 11020 NM_173463 91050 Hs.106432 NM_173463 ENSG00000181982 CCDC149 - coiled-coil domain containing 149 protein-coding 0.676 0.708 nan 0.149 0.465 0.982 0.301 0.197 0.207 0.037 0.052 0.293 0.028 1.455 0.138 0.077 0.093 0.087 0.054 0.131 0.026 0.119 0.079 0.090 0.817 0.441 0.007 0.182 0.040 0.151 0.794 0.622 0.435 0.185 0.148 0.027 0.011 0.073 0.098 0.030 0.125 0.068 0.037 0.084 0.051 0.591 0.186 0.274 0.068 0.961 1.740 0.138 0.149 0.027 0.090 2.419 0.333 0.028 0.081 0.215 0.082 0.114 0.048 0.063 0.044 0.005 0.320 0.240 0.172 0.276 0.350 0.316 1.374 0.093 0.241 0.324 0.171 0.237 0.851 0.692 0.398 0.221 0.150 0.303 0.387 0.783 0.132 0.225 nan 1.023 10312 chr7 37703366 37715829 + 0 NA Intergenic Intergenic -13781 NM_001329993 353345 Hs.563492 NM_181791 ENSG00000187037 GPR141 PGR13 G protein-coupled receptor 141 protein-coding 0.873 0.898 1.017 0.070 0.049 0.009 0.073 0.160 0.151 0.040 0.082 0.045 0.015 0.040 0.079 0.116 0.090 0.013 0.050 0.015 0.030 0.110 0.166 0.086 0.017 0.017 0.104 0.232 0.956 0.181 0.319 0.012 6.868 0.015 0.026 0.147 0.013 0.103 0.015 0.018 0.055 0.100 0.128 1.545 0.080 3.066 4.231 0.116 0.046 0.044 0.086 1.322 0.166 0.054 0.046 0.041 0.038 0.024 0.020 0.036 0.023 0.021 0.549 0.234 0.481 0.450 0.264 nan 0.121 0.059 0.254 0.296 0.237 nan nan nan 0.396 0.241 0.125 0.276 0.064 0.089 0.167 nan 0.298 0.315 712 chr1 151479599 151490628 + 0 NA intron (NM_020770, intron 1 of 20) intron (NM_020770, intron 1 of 20) 1251 NM_020770 57530 Hs.591464 NM_020770 ENSG00000143375 CGN - cingulin protein-coding nan nan 3.300 4.570 2.544 0.894 3.721 0.328 0.575 1.861 0.551 0.292 6.335 3.691 0.784 0.936 0.498 0.250 4.992 2.285 0.940 0.413 0.331 0.313 1.313 0.372 0.125 0.540 3.811 4.459 32.905 40.677 4.268 5.486 3.074 0.232 0.103 0.923 0.111 0.416 0.487 0.643 0.737 0.435 5.225 3.856 2.667 0.304 1.067 1.076 5.846 8.207 0.936 7.771 0.665 1.313 2.339 4.269 0.318 1.116 0.604 0.567 4.956 0.522 0.220 0.329 0.115 3.065 3.037 1.806 3.938 2.569 nan 2.665 0.852 4.301 4.435 0.949 1.322 5.396 6.327 1.249 1.338 3.663 5.738 1.150 1.060 1.404 1.997 1.250 0.734 5706 chr19 43372587 43413420 + 0 NA Intergenic Intergenic -9029 NM_001330524 5669 Hs.709192 NM_006905 ENSG00000231924 PSG1 B1G1|CD66f|DHFRP2|FL-NCA-1/2|PBG1|PS-beta-C/D|PS-beta-G-1|PSBG-1|PSBG1|PSG95|PSGGA|PSGIIA|SP1 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 1 protein-coding 0.566 0.856 0.626 1.478 0.064 0.011 1.865 0.114 0.137 0.994 0.601 0.156 0.228 0.061 0.072 0.110 0.181 0.114 1.717 1.268 0.791 0.020 0.042 0.064 0.085 1.696 1.388 3.359 1.666 1.153 0.601 nan 1.027 0.233 0.709 0.051 0.032 0.050 0.105 0.292 0.031 0.623 0.406 0.273 0.216 0.981 0.509 0.022 0.948 0.082 0.450 0.370 0.110 3.220 0.151 0.085 0.657 1.130 0.031 0.164 0.040 0.774 0.119 0.046 0.170 1.127 1.166 0.414 0.327 1.998 1.481 0.182 0.271 0.204 0.093 0.192 0.200 0.159 0.348 0.173 0.185 0.023 0.005 0.259 0.338 0.057 0.105 0.102 0.199 0.276 0.373 6339 chr2 121667658 121674749 + 0 NA intron (NM_005270, intron 1 of 12) intron (NM_005270, intron 1 of 12) 116336 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 1.000 nan nan 2.919 0.050 0.089 3.125 0.148 0.231 0.136 3.114 0.924 0.121 0.392 1.399 0.138 0.059 0.187 0.882 0.060 0.022 0.080 0.034 4.784 4.988 0.498 1.951 1.982 0.195 0.963 0.251 0.406 0.020 3.489 0.014 0.031 0.046 1.641 0.034 5.525 2.048 1.178 2.603 0.943 0.162 9.294 5.983 0.179 0.401 2.116 0.392 0.081 0.433 0.034 1.333 0.236 0.180 0.566 0.599 0.070 0.041 0.431 5.691 3.694 0.510 0.638 0.277 0.395 0.324 0.310 0.150 0.058 0.538 0.613 0.375 0.585 0.536 0.610 0.291 0.251 0.242 0.301 0.040 0.064 0.321 0.363 0.296 0.385 2560 chr12 26386228 26410664 + 0 NA Intergenic Intergenic 49940 NM_005086 8082 Hs.183428 NM_005086 ENSG00000123096 SSPN DAGA5|KRAG|NSPN|SPN1|SPN2 sarcospan protein-coding nan nan nan 1.542 0.215 0.034 0.271 0.125 0.136 0.442 0.317 3.028 0.010 0.032 0.053 0.042 0.253 0.073 0.336 0.223 0.044 0.006 0.065 0.127 0.039 0.129 0.044 0.012 0.270 0.138 0.228 0.742 0.208 0.258 0.257 0.082 0.019 0.049 0.149 0.638 0.062 0.149 0.096 0.105 0.390 0.153 2.255 0.796 0.233 0.171 0.049 0.405 0.042 0.307 0.099 0.039 0.537 0.796 0.072 0.240 0.062 0.129 0.065 0.185 1.562 0.024 0.014 0.190 0.182 0.296 0.626 0.278 0.329 0.173 0.113 0.335 0.349 0.885 1.084 0.286 0.316 0.440 0.238 0.156 0.233 0.031 0.046 0.294 0.591 0.206 0.258 9861 chr6 117760133 117774224 + 0 NA Intergenic Intergenic -20160 NM_002944 6098 Hs.1041 NM_002944 ENSG00000047936 ROS1 MCF3|ROS|c-ros-1 ROS proto-oncogene 1, receptor tyrosine kinase protein-coding nan 0.682 nan 1.937 0.129 0.027 0.419 0.136 0.163 0.758 2.191 3.255 0.412 0.014 0.069 0.168 0.579 0.136 1.939 1.024 3.572 0.039 0.135 0.104 0.026 1.719 1.206 0.077 1.070 0.262 0.835 0.966 1.794 0.396 0.486 0.149 0.085 0.138 0.251 0.055 6.588 0.234 0.129 2.034 0.153 1.045 0.888 0.594 0.150 0.151 2.588 0.168 0.785 0.203 0.026 1.030 0.152 0.021 0.227 0.036 0.309 0.028 0.044 2.208 0.106 0.094 0.649 0.434 1.657 2.691 0.210 nan nan 0.335 0.250 0.293 0.153 nan 0.249 0.205 0.463 0.228 0.178 0.250 0.033 0.057 0.171 nan 0.685 0.479 8637 chr4 174130088 174140190 + 0 NA intron (NM_017423, intron 1 of 11) intron (NM_017423, intron 1 of 11) -44336 NR_134241 101930370 Hs.563191 NR_134241 ENSG00000245213 LOC101930370 - uncharacterized LOC101930370 ncRNA nan nan 0.580 2.109 1.226 0.071 1.585 0.793 1.413 2.096 0.232 1.003 3.108 0.060 0.053 0.460 0.226 0.174 1.066 0.430 0.179 0.031 0.058 0.379 0.654 0.459 0.060 0.506 0.622 0.364 0.796 0.389 0.414 1.024 0.348 0.397 0.107 0.096 1.091 0.189 1.220 0.383 0.239 0.233 0.174 0.499 1.527 0.161 0.148 0.333 1.278 0.460 1.084 1.328 0.379 0.097 0.533 0.241 0.023 0.646 2.496 0.088 0.074 1.081 0.885 0.753 0.182 0.228 0.614 nan 0.253 0.268 0.609 0.240 0.130 0.098 0.683 1.090 0.926 1.029 1.115 0.858 0.101 0.125 2.355 3.400 0.134 0.303 0.297 0.297 5764 chr19 48342395 48372481 + 0 NA Intergenic MER90a|LTR|ERV1 32216 NM_003167 6822 Hs.515835 NM_003167 ENSG00000105398 SULT2A1 DHEA-ST|DHEAS|HST|ST2|ST2A1|ST2A3|STD|hSTa sulfotransferase family 2A member 1 protein-coding 1.029 0.757 0.997 0.098 0.070 0.020 0.207 0.186 0.339 0.022 0.070 0.108 0.014 0.044 0.091 0.146 0.083 0.187 0.074 0.019 0.034 0.047 0.053 0.088 0.112 0.095 0.063 0.024 0.097 0.011 0.107 nan 0.079 0.193 0.054 0.124 0.029 0.189 0.113 0.008 0.013 0.171 0.042 0.039 0.040 0.096 0.135 0.127 0.290 0.162 0.083 0.113 0.146 0.085 0.068 0.112 0.077 0.109 0.026 0.205 0.030 0.134 0.026 2.468 0.022 0.036 0.028 0.169 0.171 0.149 0.183 0.276 0.305 0.304 0.145 0.247 0.225 0.176 0.329 0.164 0.203 1.304 0.775 0.142 0.169 0.080 0.117 1.480 6.205 0.330 0.450 11370 chr8 143472146 143495052 + 0 NA intron (NM_001291931, intron 1 of 10) intron (NM_001291931, intron 1 of 10) 1011 NM_001291931 203062 Hs.370931 NM_145003 ENSG00000171045 TSNARE1 - t-SNARE domain containing 1 protein-coding 1.712 0.903 nan 0.445 0.941 4.983 0.247 0.468 0.790 0.169 0.436 0.194 0.046 0.419 0.962 0.571 0.111 0.091 0.522 0.099 0.247 0.412 0.240 0.154 1.507 0.239 0.158 0.248 0.435 0.115 0.527 0.934 0.380 2.738 0.205 0.155 0.187 0.304 0.056 0.159 0.243 0.438 0.395 0.206 0.086 0.104 0.419 0.350 0.874 0.691 0.310 0.278 0.571 0.628 0.173 1.507 0.069 0.444 0.476 0.872 0.737 0.107 0.453 0.184 0.053 0.148 0.065 1.302 1.831 0.488 0.659 nan 3.335 nan 0.421 1.093 0.980 0.562 0.876 1.335 1.998 0.800 0.745 0.902 1.352 0.970 1.048 0.525 0.598 0.920 0.736 10330 chr7 44185917 44204197 + 0 NA intron (NM_000162, intron 1 of 9) MIRb|SINE|MIR 3824 NM_033507 2645 Hs.1270 NM_000162 ENSG00000106633 GCK FGQTL3|GK|GLK|HHF3|HK4|HKIV|HXKP|LGLK|MODY2 glucokinase protein-coding 3.092 1.248 nan 0.105 0.309 0.534 0.436 0.079 0.182 0.024 0.298 0.065 0.347 0.066 0.219 0.385 0.164 0.088 0.262 0.135 0.028 0.030 0.161 0.129 0.170 0.314 0.162 0.088 0.254 0.079 0.154 0.476 0.789 0.358 0.233 0.089 0.073 0.110 0.136 0.103 1.595 0.146 0.036 0.043 0.048 0.130 0.329 0.425 0.138 0.144 0.035 0.154 0.385 0.272 0.036 0.170 0.087 0.058 0.571 0.137 0.273 0.492 0.107 1.512 0.168 0.065 0.011 0.642 0.577 0.239 0.390 0.542 0.527 0.837 0.234 0.473 0.414 0.346 0.702 0.762 1.096 3.291 4.005 0.377 0.436 0.463 0.326 1.649 3.027 1.194 0.612 10295 chr7 32928989 32933830 + 0 NA promoter-TSS (NM_015483) promoter-TSS (NM_015483) 59 NM_015483 25948 Hs.372541 NM_015483 ENSG00000170852 KBTBD2 BKLHD1 kelch repeat and BTB domain containing 2 protein-coding 8.166 5.415 7.456 8.336 6.905 4.834 2.630 2.886 6.101 3.441 6.949 2.670 3.117 2.958 5.294 4.347 5.482 0.633 4.538 0.939 6.378 7.388 3.159 1.310 8.934 4.074 5.183 3.480 9.117 1.830 7.940 10.548 11.292 13.712 1.538 4.966 1.920 12.303 0.241 2.773 5.621 7.705 4.775 1.937 2.583 3.782 7.962 8.843 5.958 6.854 4.503 4.647 4.347 5.253 8.206 8.934 3.072 2.343 1.498 10.400 6.168 4.500 3.937 3.589 3.877 2.934 2.113 10.709 13.226 10.237 12.643 11.186 9.829 9.166 4.004 22.950 22.472 4.549 nan nan nan 7.927 7.500 3.922 8.356 7.759 8.751 7.811 9.225 2.717 1.620 7948 chr3 158478390 158495641 + 0 NA Intergenic Intergenic -32700 NR_110328 64747 Hs.58663 NM_022736 ENSG00000118855 MFSD1 SMAP4 major facilitator superfamily domain containing 1 protein-coding nan 0.879 0.809 3.551 0.134 0.061 0.808 0.093 0.375 0.338 0.177 1.452 0.018 0.052 0.070 0.142 0.230 0.158 0.159 0.056 0.464 0.008 0.211 0.178 0.132 0.136 0.063 0.060 0.120 0.080 0.085 0.161 0.127 0.161 0.348 0.141 0.010 0.069 0.087 0.102 0.105 0.166 0.377 0.136 0.627 0.044 2.432 0.152 1.123 0.120 0.019 3.101 0.142 0.062 0.088 0.132 0.113 1.780 0.050 0.057 0.035 0.143 0.109 0.106 0.653 0.017 0.009 0.405 0.541 0.894 5.767 0.397 0.548 0.514 0.254 0.322 0.280 0.504 nan 0.687 0.618 0.595 0.343 0.272 0.447 0.032 0.047 0.326 0.510 0.578 0.511 4529 chr17 497577 513280 + 0 NA intron (NM_001128159, intron 11 of 21) L2c|LINE|L2 112668 NM_001128159 55275 Hs.461819 NM_018289 ENSG00000141252 VPS53 HCCS1|PCH2E|hVps53L|pp13624 VPS53, GARP complex subunit protein-coding 1.430 1.293 1.292 0.493 0.152 0.096 0.923 0.174 0.302 0.681 0.119 0.709 0.087 0.094 0.424 0.203 0.106 0.051 0.500 0.218 0.148 0.168 0.199 0.063 0.103 0.215 0.174 0.318 0.473 0.228 0.522 1.620 0.143 0.259 0.037 3.532 0.065 0.063 0.115 0.052 0.075 0.164 0.055 0.054 0.514 2.358 0.102 0.181 0.742 0.266 0.049 0.119 0.203 1.439 0.178 0.103 0.086 0.205 0.162 0.306 0.077 0.393 0.044 4.829 0.025 0.048 0.020 0.250 0.325 0.294 0.416 0.371 0.376 1.534 0.351 0.353 0.410 1.050 1.693 0.187 0.263 0.622 0.552 0.141 0.266 0.074 0.094 2.618 8.855 0.311 0.300 8131 chr3 187924894 187939462 + 0 NA intron (NM_005578, intron 1 of 10) AluSx|SINE|Alu 1457 NM_005578 4026 Hs.720220 NM_005578 ENSG00000145012 LPP - LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma protein-coding 1.045 1.473 0.753 0.530 0.175 0.208 0.476 0.211 0.550 0.020 0.245 0.257 0.004 0.192 0.132 0.309 0.476 0.231 1.378 0.458 0.238 0.009 0.086 0.178 0.230 5.385 4.526 0.120 1.485 1.186 0.321 1.927 0.724 0.355 0.110 0.128 0.013 0.052 0.059 0.560 0.171 0.196 0.073 0.053 3.650 2.092 0.225 0.262 1.285 0.166 0.266 0.738 0.309 0.919 0.134 0.230 0.075 0.148 0.047 0.076 0.049 0.222 0.034 0.110 0.088 0.145 0.032 0.293 0.295 0.427 0.617 0.404 0.399 0.362 0.180 0.471 0.498 0.578 1.049 0.942 0.705 0.715 0.402 0.190 0.252 0.128 0.169 0.107 0.217 0.237 0.308 6040 chr2 40633512 40652377 + 0 NA intron (NM_001351488, intron 2 of 8) AluSx|SINE|Alu 14500 NM_001112800 6546 Hs.31961 NM_021097 ENSG00000183023 SLC8A1 NCX1 solute carrier family 8 member A1 protein-coding 1.160 nan 1.130 0.184 0.103 0.041 0.577 0.196 0.379 0.213 0.134 0.187 0.003 0.016 0.824 0.112 0.169 0.060 0.162 0.131 0.068 0.022 0.125 0.160 0.166 0.059 0.015 0.133 0.112 0.112 0.137 nan 0.066 0.292 0.341 0.049 0.020 0.063 0.120 0.112 0.055 0.141 0.045 0.061 0.098 0.053 0.318 0.214 0.047 0.216 0.029 0.039 0.112 0.068 0.030 0.166 0.078 0.061 0.025 0.153 0.011 0.080 0.037 1.583 0.145 0.061 0.038 0.332 0.250 0.179 0.292 nan 0.401 0.446 0.199 0.284 0.290 0.761 0.926 0.483 0.418 0.455 0.239 0.135 0.189 0.078 0.117 2.252 6.907 nan 0.452 8480 chr4 94748555 94758308 + 0 NA Intergenic Intergenic 3353 NM_005172 474 Hs.532680 NM_005172 ENSG00000172238 ATOH1 ATH1|HATH1|MATH-1|bHLHa14 atonal bHLH transcription factor 1 protein-coding 0.343 0.466 0.366 0.176 0.268 0.247 0.210 0.149 0.329 0.010 0.040 0.056 0.080 0.074 0.273 0.062 0.042 0.142 0.019 0.026 0.115 0.065 0.012 0.014 0.036 0.068 0.225 0.124 0.086 0.105 0.095 0.758 0.089 0.067 0.044 0.034 0.054 0.036 7.349 0.125 0.050 0.047 0.048 0.063 0.029 0.248 0.100 0.183 0.065 0.020 0.273 0.131 0.019 0.012 0.025 0.034 0.020 0.131 0.052 0.024 0.022 0.025 0.008 0.495 0.608 0.323 0.588 0.419 0.327 0.121 0.019 0.308 0.392 0.121 0.190 0.343 0.345 0.373 0.216 0.137 0.230 0.085 0.156 0.083 0.155 0.138 0.202 2593 chr12 31252322 31274294 + 0 NA Intergenic Intergenic -36527 NR_038927 100506660 Hs.586774 NR_038927 ENSG00000245614 DDX11-AS1 CONCR DDX11 antisense RNA 1 ncRNA 1.895 nan 1.994 0.354 4.041 3.396 0.751 0.328 0.835 0.022 0.605 0.193 0.023 0.155 3.181 0.877 0.168 0.052 1.406 0.630 0.032 0.031 1.671 0.663 3.414 0.485 0.457 0.047 0.593 0.268 1.072 2.257 0.882 2.442 0.534 0.083 2.852 0.133 0.108 0.366 1.232 0.139 0.181 0.153 0.175 0.537 0.326 0.305 0.830 1.547 0.391 1.005 0.877 1.188 0.438 3.414 0.445 0.154 0.411 0.908 2.366 0.101 0.495 0.485 1.260 0.110 0.046 0.511 0.757 1.054 1.555 8.430 7.069 2.746 0.968 2.064 2.196 0.316 0.432 4.753 5.000 2.828 3.217 0.729 1.259 7.686 5.866 0.588 1.145 3.279 1.725 10540 chr7 98922449 98929993 + 0 NA intron (NM_001190996, intron 1 of 9) MIRb|SINE|MIR 2725 NM_006409 10552 Hs.124126 NM_006409 ENSG00000241685 ARPC1A Arc40|HEL-68|HEL-S-307|SOP2Hs|SOP2L actin related protein 2/3 complex subunit 1A protein-coding nan 1.748 nan 2.963 1.929 0.959 4.406 1.097 2.395 0.961 3.167 2.928 0.932 0.797 1.985 2.377 1.570 0.236 3.206 1.407 0.864 0.846 1.521 0.745 2.183 1.751 1.613 1.255 5.269 1.789 2.546 4.631 3.354 2.870 1.610 3.107 0.456 3.139 0.226 1.498 1.015 4.157 2.572 1.130 3.075 1.918 3.986 5.539 2.486 5.106 0.984 2.300 2.377 2.448 4.207 2.183 2.740 4.296 0.502 2.668 0.740 2.638 0.853 1.051 1.785 1.206 0.890 2.723 2.945 2.674 4.084 3.181 3.438 3.669 1.687 4.861 4.875 2.479 3.069 2.277 3.451 3.475 2.485 2.696 4.657 2.533 3.365 2.327 nan 2.718 1.730 6070 chr2 45392280 45411924 + 0 NA intron (NR_033831, intron 5 of 5) intron (NR_033831, intron 5 of 5) 79978 NR_033831 400952 Hs.468368 NR_033831 ENSG00000205054 LINC01121 UNQ6975 long intergenic non-protein coding RNA 1121 ncRNA 0.904 nan 1.059 1.344 0.787 0.153 0.434 0.177 0.290 0.020 2.658 1.603 0.009 0.830 0.186 0.268 2.608 0.262 0.092 0.058 0.045 0.042 0.344 0.243 1.189 0.950 0.686 0.056 0.109 0.043 0.713 nan 0.714 5.892 0.045 0.110 0.044 0.124 0.107 0.150 0.124 0.171 0.248 0.127 0.592 0.086 3.071 0.384 0.759 0.177 0.847 0.242 0.268 0.107 0.464 1.189 1.331 0.109 0.124 0.504 2.621 0.569 0.105 0.076 1.630 0.023 0.026 0.664 0.694 0.288 0.831 nan 1.102 1.211 0.345 1.408 1.520 1.245 2.224 2.378 2.786 0.565 0.449 0.467 0.442 0.474 0.249 0.310 nan nan 0.806 8943 chr5 59105927 59120811 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 4 of 17) intron (NM_001349241, intron 4 of 17) -48931 NM_001197218 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 1.206 0.113 0.047 0.063 0.029 0.118 0.345 0.007 0.052 0.695 0.017 0.041 0.145 0.184 0.220 0.043 0.156 0.026 0.034 0.019 0.084 0.055 0.072 0.032 0.021 0.031 0.118 0.014 0.169 0.237 0.109 0.315 0.071 1.412 0.038 0.066 0.135 0.008 0.079 0.049 0.061 0.037 0.044 0.047 0.161 0.061 0.345 0.029 0.258 0.090 0.184 0.077 0.037 0.072 0.054 0.033 0.064 0.144 0.048 0.013 0.182 0.010 0.022 0.024 0.197 0.130 0.329 0.295 0.294 0.358 nan 0.133 0.149 0.161 3.745 3.835 0.453 0.280 nan 0.301 0.095 0.135 0.194 0.322 0.262 0.627 0.405 0.389 5670 chr19 40314109 40337877 + 0 NA intron (NM_001436, intron 7 of 8) AluSc|SINE|Alu -1120 NM_004714 9149 Hs.130988 NM_004714 ENSG00000105204 DYRK1B AOMS3|MIRK dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 1B protein-coding 2.416 1.190 2.856 1.054 4.027 0.928 0.464 1.085 1.556 0.458 1.248 1.034 0.250 0.588 1.483 0.840 0.429 0.102 1.275 0.383 0.854 0.166 1.119 0.655 1.269 0.645 0.544 1.189 0.669 0.215 0.838 nan 0.582 5.794 0.289 0.383 0.361 1.208 0.108 0.526 0.416 0.883 0.511 0.347 0.479 0.186 0.443 0.432 1.673 2.838 0.521 0.269 0.840 1.363 0.707 1.269 0.537 0.460 0.383 1.014 2.000 0.196 0.904 0.668 0.378 0.355 0.201 2.219 2.470 1.683 2.421 3.022 2.834 4.514 1.795 4.572 4.874 1.630 2.145 2.175 3.701 4.685 4.327 1.544 2.480 1.971 2.437 2.547 2.747 2.581 1.383 10608 chr7 114283499 114304076 + 0 NA TTS (NR_037439) TTS (NR_037439) 387 NR_037439 100500896 NR_037439 ENSG00000272230 MIR3666 - microRNA 3666 ncRNA nan 0.729 1.096 0.080 0.427 3.643 0.052 0.627 0.948 0.106 0.121 0.006 0.040 5.532 0.298 0.212 0.079 0.103 0.028 0.012 0.047 0.838 0.619 3.168 0.017 0.014 0.061 0.129 0.005 0.082 0.145 0.175 2.522 0.021 0.092 0.362 0.100 0.147 0.006 0.147 0.053 0.009 0.004 0.031 0.015 0.089 0.064 0.071 0.079 0.038 0.075 0.298 0.038 0.058 3.168 0.006 0.197 0.260 0.037 0.265 0.035 0.058 0.234 0.007 0.006 0.003 0.504 0.312 0.479 0.368 1.724 1.741 5.234 3.204 0.264 0.237 2.023 2.216 1.279 2.022 0.711 0.366 0.185 0.302 1.180 2.339 0.594 1.103 0.921 0.698 2920 chr12 106192002 106225650 + 0 NA Intergenic MLT1H|LTR|ERVL-MaLR 108274 NR_110111 101929110 Hs.145944 NR_110108 ENSG00000257859 CASC18 - cancer susceptibility 18 (non-protein coding) ncRNA 0.777 1.093 nan 0.138 1.677 1.107 0.088 0.716 1.341 0.023 0.086 0.194 0.285 0.313 0.336 0.434 0.488 0.128 0.035 0.006 0.047 0.008 0.410 0.251 4.111 0.022 0.030 0.075 0.069 0.016 0.117 0.114 0.077 1.261 0.017 0.088 0.076 0.043 0.150 0.035 0.684 0.107 0.025 0.035 0.041 0.055 0.131 0.232 0.090 0.029 0.066 0.039 0.434 0.027 0.041 4.111 0.007 0.067 0.035 0.060 0.171 0.019 0.086 0.243 0.061 0.027 0.006 0.367 0.277 0.178 0.257 2.076 3.374 1.367 0.286 0.358 0.428 0.384 0.656 1.939 1.596 0.562 0.277 0.264 0.342 0.303 0.426 0.248 0.454 1.137 0.735 6305 chr2 111198834 111223689 + 0 NA intron (NR_038099, intron 5 of 8).2 AluY|SINE|Alu 19391 NR_027467 96626 Hs.535619 NM_033514 ENSG00000256977 LIMS3 PINCH-3 LIM zinc finger domain containing 3 protein-coding 0.803 nan 0.890 1.327 0.310 0.029 1.276 0.249 0.379 0.408 0.343 1.317 0.068 1.165 0.068 0.333 0.615 0.167 0.476 0.437 0.361 0.033 0.101 0.158 0.082 0.335 0.208 0.157 1.824 2.005 0.138 0.249 0.799 nan 0.071 0.133 0.046 0.065 0.097 0.229 0.130 0.384 0.401 0.216 1.172 1.122 2.522 0.413 0.150 0.286 0.217 0.402 0.333 0.285 0.134 0.082 0.430 0.522 0.055 0.346 0.817 0.394 0.056 0.050 0.144 1.101 0.811 0.326 0.218 0.211 0.574 0.595 nan 0.618 0.218 0.305 0.335 0.345 0.601 2.616 2.846 0.336 0.136 0.172 0.275 0.088 0.146 0.196 0.355 1.120 0.648 9003 chr5 72560139 72625265 + 0 NA Intergenic Intergenic -41031 NR_146627 105379033 Hs.145178 NR_146627 LINC02230 - long intergenic non-protein coding RNA 2230 ncRNA 0.978 nan 2.031 0.207 0.168 0.311 1.634 0.180 0.367 0.040 0.229 0.608 0.947 0.020 0.180 0.470 0.135 0.071 0.641 0.411 0.031 0.017 0.058 0.081 0.217 2.128 1.280 0.050 0.394 1.220 1.060 4.062 0.655 0.534 0.567 0.107 0.028 0.076 0.113 0.195 0.055 0.745 0.246 0.177 0.455 0.154 0.216 1.080 0.178 0.439 0.502 0.078 0.470 0.892 0.278 0.217 0.895 0.083 0.183 0.166 0.143 0.273 0.064 0.105 0.574 1.084 1.064 0.232 0.211 0.251 0.427 0.271 0.300 nan 0.307 0.132 0.141 0.443 nan 0.353 0.398 1.310 1.183 0.170 0.229 0.139 0.164 0.256 0.528 0.291 0.273 9258 chr5 148439379 148444480 + 0 NA promoter-TSS (NR_122044) promoter-TSS (NR_122044) 808 NM_024577 79628 Hs.483784 NM_024577 ENSG00000169247 SH3TC2 CMT4C|MNMN SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 protein-coding nan 0.689 0.554 3.743 0.051 1.460 0.195 0.257 1.866 0.521 2.889 0.281 0.097 0.086 0.050 0.122 0.031 0.866 0.855 0.933 0.093 0.126 0.071 4.866 4.598 0.234 0.753 1.999 0.107 0.487 0.240 0.723 2.124 0.971 0.037 0.043 0.089 4.854 0.015 3.488 2.552 1.363 1.454 0.556 5.664 4.408 0.957 4.032 0.526 1.558 0.050 0.416 0.326 0.071 1.577 1.238 0.058 0.963 0.060 1.862 0.116 0.074 1.390 4.711 5.173 0.412 0.705 1.348 4.464 0.274 0.289 0.094 0.066 0.080 0.110 0.210 0.335 0.353 0.288 0.400 0.194 0.404 0.613 0.081 0.178 0.161 0.213 0.279 0.342 2038 chr11 67182382 67197347 + 0 NA intron (NM_001166222, intron 9 of 9) AluSz|SINE|Alu -6071 NM_003952 6199 Hs.534345 NM_003952 ENSG00000175634 RPS6KB2 KLS|P70-beta|P70-beta-1|P70-beta-2|S6K-beta2|S6K2|S6KB|S6KI(2)|S6Kbeta|SRK|STK14B|p70(S6K)-beta|p70S6Kb ribosomal protein S6 kinase B2 protein-coding nan 1.497 1.597 0.933 1.615 1.115 1.021 0.732 1.409 0.373 1.196 2.507 0.186 0.535 0.855 1.274 0.490 0.210 0.867 0.491 0.606 0.195 0.522 0.281 1.429 0.708 0.526 0.668 0.697 0.369 1.302 2.637 1.314 2.833 0.508 0.746 0.218 1.149 0.092 0.260 0.473 1.232 0.601 0.412 0.823 0.437 1.081 0.628 1.578 1.357 2.049 1.302 1.274 1.336 1.379 1.429 0.644 0.943 0.463 5.513 1.253 1.318 0.442 0.334 0.479 0.162 0.058 2.677 3.095 1.469 2.104 3.061 2.790 4.407 1.646 2.337 2.644 1.253 1.776 2.858 3.655 1.306 1.519 1.369 1.874 1.432 1.584 1.290 1.379 1.512 0.855 11608 chr9 84301667 84306278 + 0 NA promoter-TSS (NR_109772) promoter-TSS (NR_109772) 478 NM_001303104 7088 Hs.197320 NM_005077 ENSG00000196781 TLE1 ESG|ESG1|GRG1 transducin like enhancer of split 1 protein-coding 3.753 3.991 7.443 5.018 6.232 1.107 5.324 1.972 4.188 2.325 4.140 0.909 0.401 1.532 1.424 2.491 2.139 0.140 5.330 1.575 0.868 5.621 3.208 1.246 3.678 3.655 4.288 1.645 8.264 2.560 4.941 7.058 4.062 9.716 2.466 0.340 3.812 1.738 0.026 0.893 2.869 5.641 1.347 1.081 2.125 3.345 5.144 2.844 5.880 5.488 3.299 5.330 2.491 7.379 1.226 3.678 1.878 3.322 0.732 5.170 1.958 3.793 2.113 0.905 2.471 1.790 1.289 0.977 1.990 8.756 13.127 6.173 3.904 1.823 0.510 5.735 5.554 2.382 3.263 3.228 6.964 0.710 0.870 2.027 5.252 8.684 7.079 1.740 4.138 1.810 1.022 1159 chr1 225792400 225820741 + 0 NA intron (NM_001008493, intron 1 of 14) intron (NM_001008493, intron 1 of 14) 34275 NM_001008493 55740 Hs.497893 NM_018212 ENSG00000154380 ENAH ENA|MENA|NDPP1 ENAH, actin regulator protein-coding 1.685 nan 2.188 0.201 0.347 0.105 0.475 0.362 0.515 0.269 0.253 0.357 0.139 0.025 0.140 0.253 0.684 0.248 0.208 0.053 0.139 0.064 0.238 0.300 0.211 0.704 0.282 0.251 0.228 0.100 0.352 1.578 0.340 0.436 0.098 0.349 0.035 0.483 0.133 0.041 0.364 0.154 0.035 0.049 0.147 0.213 0.342 0.136 0.465 0.116 0.092 0.442 0.253 0.420 0.061 0.211 0.108 0.117 0.089 0.077 0.072 0.302 0.094 1.024 0.048 0.037 0.020 0.483 0.403 0.770 1.561 0.476 nan 0.678 0.261 1.134 1.167 0.950 1.329 1.192 1.185 1.457 1.214 0.230 0.279 0.227 0.242 1.885 5.208 0.494 0.356 4512 chr16 88845999 88852705 + 0 NA intron (NM_001142864, intron 1 of 50) MER5B|DNA|hAT-Charlie 2276 NM_001142864 9780 Hs.377001 NM_001142864 ENSG00000103335 PIEZO1 DHS|FAM38A|LMPH3|Mib piezo type mechanosensitive ion channel component 1 protein-coding nan 1.282 2.123 6.290 0.287 1.136 2.584 0.600 0.674 1.136 6.244 3.102 0.499 1.008 0.518 1.664 1.946 0.297 5.165 1.387 4.063 1.234 0.175 0.082 0.145 2.961 3.329 2.974 3.279 1.071 1.118 1.991 2.194 0.732 1.653 1.881 0.058 2.601 0.096 1.213 0.044 8.018 10.878 4.845 1.387 1.291 3.574 2.310 4.509 7.773 1.392 2.418 1.664 5.748 3.085 0.145 0.753 3.014 0.507 4.258 0.090 2.245 0.546 0.742 2.598 1.365 0.590 1.492 2.077 2.007 3.838 0.717 0.417 0.547 0.149 3.665 3.519 0.149 0.437 0.362 0.530 2.100 2.562 1.288 2.325 0.214 0.225 1.645 2.158 0.394 0.424 8614 chr4 160183399 160237338 + 0 NA intron (NM_001351728, intron 1 of 24) L2a|LINE|L2 21370 NM_014247 9693 Hs.744884 NM_014247 ENSG00000109756 RAPGEF2 CNrasGEF|NRAPGEP|PDZ-GEF1|PDZGEF1|RA-GEF|RA-GEF-1|Rap-GEP|nRap GEP Rap guanine nucleotide exchange factor 2 protein-coding nan nan nan 0.510 0.148 0.012 0.216 0.147 0.282 0.092 0.169 0.377 0.096 0.043 0.048 0.065 0.759 0.099 0.137 0.046 0.015 0.010 0.064 0.088 0.111 0.227 0.053 0.076 0.209 0.153 0.109 0.419 0.099 0.265 0.200 2.069 0.023 1.505 0.116 0.105 0.102 0.058 0.022 0.013 0.127 0.061 0.116 0.126 0.113 0.043 0.209 0.106 0.065 0.087 0.043 0.111 0.082 0.092 0.031 0.021 0.115 0.111 0.079 0.054 0.055 0.011 0.012 0.197 0.162 0.317 0.418 0.180 0.236 0.229 0.096 0.207 0.213 0.316 0.491 0.393 0.434 0.389 0.176 0.156 0.274 0.083 0.111 0.237 0.408 0.285 0.266 6238 chr2 90371537 90376960 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 1262364 NR_039635 100616399 NR_039635 ENSG00000265510 MIR4436A mir-4436a microRNA 4436a ncRNA 7.879 10.219 8.783 0.860 1.364 0.668 0.210 2.361 3.916 0.088 1.292 1.178 0.300 1.496 0.491 0.706 1.624 7.112 1.233 0.248 0.313 0.726 1.134 3.332 0.839 0.114 0.560 0.163 1.043 0.039 1.378 0.342 1.382 4.416 0.374 1.613 0.541 0.699 4.332 0.021 0.568 2.943 0.628 0.258 0.148 1.123 0.707 4.348 0.315 0.424 0.507 0.527 0.706 0.906 0.422 0.839 0.322 0.745 0.395 0.303 0.506 0.685 1.057 0.887 0.337 0.356 0.281 4.464 1.510 1.011 1.141 2.727 3.432 1.204 1.238 1.705 1.750 3.260 4.289 3.496 3.409 3.981 0.983 1.671 3.122 0.627 1.329 2.196 3.687 1.572 2.302 3110 chr13 31618105 31624024 + 0 NA Intergenic Intergenic 114230 NM_001353390 122046 Hs.124463 NM_152325 ENSG00000175664 TEX26 C13orf26 testis expressed 26 protein-coding 0.971 2.636 0.840 0.811 1.219 1.577 2.951 0.163 0.391 0.370 0.885 0.897 0.051 1.908 0.434 0.692 0.330 0.106 2.055 0.941 0.903 0.870 0.369 0.182 1.433 1.390 0.261 0.722 1.033 4.144 8.232 1.742 3.289 1.701 1.202 0.371 0.072 1.834 0.454 4.107 6.966 2.937 0.940 0.867 1.091 2.888 1.568 1.625 2.016 1.398 0.692 1.539 4.141 0.182 1.057 0.622 0.065 3.015 1.292 1.324 0.384 0.479 2.317 1.859 1.765 1.131 1.563 0.649 1.069 1.585 1.364 1.925 0.235 0.296 0.376 0.384 0.621 2.830 3.505 2.767 1.956 0.852 1.234 2.006 2.609 1.115 1.720 1.232 0.645 8125 chr3 186779535 186784103 + 0 NA intron (NM_173216, intron 5 of 7) intron (NM_173216, intron 5 of 7) 25316 NM_001353916 6480 Hs.207459 NM_003032 ENSG00000073849 ST6GAL1 SIAT1|ST6GalI|ST6N ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1 protein-coding 1.851 1.518 1.253 1.526 0.206 0.136 5.042 0.141 0.343 0.611 1.635 0.101 1.427 0.045 0.171 0.173 0.082 0.035 2.982 1.663 0.083 0.069 0.147 0.053 6.458 7.079 0.033 5.113 3.884 3.878 7.054 5.888 2.469 4.338 0.179 0.070 0.145 0.464 0.219 0.080 0.343 0.203 5.587 5.993 6.754 0.178 0.303 0.123 0.296 3.695 0.173 3.876 0.200 0.053 1.605 4.077 0.062 0.146 1.500 0.044 4.236 1.470 0.038 0.022 0.523 0.613 0.418 0.586 0.430 0.464 0.283 0.149 0.366 0.426 0.188 0.321 1.460 1.583 2.575 2.147 0.360 0.321 0.090 0.048 2.171 6.553 0.104 0.419 2332 chr11 122924669 122944107 + 0 NA Intergenic Intergenic -1345 NM_153201 3312 Hs.180414 NM_006597 ENSG00000109971 HSPA8 HEL-33|HEL-S-72p|HSC54|HSC70|HSC71|HSP71|HSP73|HSPA10|LAP-1|LAP1|NIP71 heat shock protein family A (Hsp70) member 8 protein-coding 1.681 2.411 1.759 0.996 2.612 4.282 1.739 2.072 4.202 0.859 2.038 1.401 2.149 0.711 2.719 2.454 1.477 0.226 1.187 0.713 1.794 0.899 2.148 1.114 3.006 1.447 1.964 1.021 1.683 0.912 1.769 2.435 0.866 5.662 1.122 2.214 0.822 2.450 0.125 1.104 1.502 4.901 2.847 1.297 2.215 1.417 2.567 2.545 1.133 1.784 0.914 1.877 2.454 1.240 2.940 3.006 1.399 1.661 0.390 1.434 1.076 1.774 4.229 1.089 1.682 1.176 1.009 4.285 3.969 3.013 4.052 4.585 5.095 4.537 2.876 7.304 7.920 3.411 4.015 3.155 4.010 4.233 4.149 8.405 9.991 3.161 3.976 2.708 nan 2.068 1.294 10784 chr7_gl000195_random 136692 144408 + 0 NA Intergenic L1M3a|LINE|L1 -53815 NM_001242480 389831 Hs.743984 NM_001242480 ENSG00000276256 LOC389831 - uncharacterized LOC389831 protein-coding nan nan nan 1.942 2.235 2.178 1.898 1.077 2.157 0.136 3.344 2.072 0.419 1.055 1.419 2.219 1.446 0.283 0.876 0.418 1.880 2.764 1.994 1.286 3.846 0.833 0.768 1.351 2.625 1.917 1.336 nan 0.580 6.588 0.247 3.494 1.068 2.039 0.154 1.285 3.167 4.792 nan nan 0.835 1.827 1.136 1.150 2.286 2.703 2.139 1.749 2.219 0.783 0.385 3.846 1.582 0.516 1.689 0.687 1.614 2.318 1.935 1.301 1.807 1.546 1.029 3.938 2.858 4.532 6.406 5.176 nan 3.628 1.507 5.731 6.011 3.914 4.802 1.635 2.609 9.463 7.688 3.464 5.293 3.797 4.385 4.204 3.528 2.216 nan 4644 chr17 19630065 19666604 + 0 NA exon (NM_001135168, exon 1 of 10) exon (NM_001135168, exon 1 of 10) 438 NM_001135168 218 Hs.531682 NM_000691 ENSG00000108602 ALDH3A1 ALDH3|ALDHIII aldehyde dehydrogenase 3 family member A1 protein-coding 1.193 1.462 1.030 0.120 0.890 0.444 1.966 0.456 0.806 0.427 0.905 1.529 0.042 0.453 0.161 0.424 0.693 0.128 0.572 0.368 0.704 0.019 0.159 0.103 0.239 2.060 2.461 0.078 0.569 0.351 0.479 2.210 0.480 1.213 0.654 6.147 0.068 0.062 0.036 0.332 0.071 1.347 1.555 0.641 0.729 0.313 2.286 3.159 6.359 0.519 0.492 1.355 0.424 0.599 1.556 0.239 2.168 0.857 0.163 0.526 1.319 0.664 0.049 0.074 0.722 0.381 0.378 0.570 0.753 0.293 nan 0.712 0.704 1.494 0.293 0.434 0.427 0.410 0.630 1.661 2.006 nan 0.523 0.327 0.354 0.498 1.197 0.308 0.535 0.231 0.196 6973 chr20 36878882 36916000 + 0 NA intron (NR_104170, intron 1 of 1) AluSq2|SINE|Alu -8267 NR_145960 85449 Hs.472690 NM_001029864 ENSG00000149633 KIAA1755 - KIAA1755 protein-coding 1.870 1.056 0.724 1.155 0.213 0.028 0.366 0.117 0.259 0.101 0.147 0.578 0.022 0.054 0.084 0.344 0.466 0.170 0.232 0.235 0.155 0.026 0.075 0.074 0.115 0.187 0.096 0.047 0.162 0.187 0.126 nan 0.244 0.344 0.286 0.090 0.023 0.058 0.129 0.228 0.062 0.240 0.186 0.109 0.224 0.124 0.158 1.249 0.094 0.182 0.106 0.217 0.344 0.137 0.197 0.115 0.106 0.078 0.134 0.178 0.046 0.398 0.067 2.535 0.260 0.060 0.038 0.821 0.923 0.201 0.184 0.309 nan 1.587 0.433 0.321 0.365 0.176 0.320 0.315 0.348 5.613 5.440 0.237 0.346 0.097 0.082 1.832 nan 0.264 0.264 6354 chr2 129135848 129144352 + 0 NA Intergenic Intergenic -63929 NM_004807 9394 Hs.512841 NM_004807 ENSG00000136720 HS6ST1 HH15|HS6ST heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 1 protein-coding 0.927 nan nan 0.127 0.207 0.412 0.166 0.207 0.311 0.011 0.063 0.053 0.047 0.232 1.769 0.151 0.040 0.014 0.004 0.037 0.065 0.334 0.303 0.167 0.041 0.001 0.137 0.087 0.013 0.057 0.522 0.116 1.032 0.035 0.101 0.033 0.015 0.068 0.103 0.127 0.050 0.001 0.072 0.079 0.151 0.312 0.059 0.018 0.079 1.769 0.069 0.014 0.167 0.015 0.068 0.113 0.175 0.084 0.049 0.035 0.389 0.037 0.034 0.018 0.492 0.543 0.223 0.390 1.601 1.277 8.809 3.241 0.320 0.392 0.259 0.385 1.535 2.115 0.491 0.231 0.426 0.248 0.725 0.814 0.850 1.033 0.748 0.696 1024 chr1 202873617 202897477 + 0 NA intron (NM_001303051, intron 4 of 11) AluSx1|SINE|Alu 10853 NM_021633 59349 Hs.706793 NM_021633 ENSG00000117153 KLHL12 C3IP1|DKIR kelch like family member 12 protein-coding 1.657 1.627 1.548 0.457 0.521 0.268 0.448 2.682 4.922 0.183 0.496 0.372 0.347 0.112 0.972 0.521 0.481 0.203 0.377 0.149 0.271 0.413 1.886 1.174 0.674 0.448 0.481 0.241 0.494 0.212 0.451 0.770 0.648 1.255 0.208 0.564 0.311 0.545 0.141 0.093 0.106 0.408 0.346 0.255 0.456 0.300 0.561 0.601 0.481 0.287 0.331 0.385 0.521 0.374 0.413 0.674 0.225 0.284 0.140 0.389 0.246 0.278 0.091 0.395 0.207 0.244 0.185 1.034 0.989 1.392 2.180 1.448 1.626 3.068 1.287 nan nan 1.119 1.542 1.225 1.436 0.878 0.665 0.395 0.532 1.749 2.553 1.095 1.664 3.766 1.541 9900 chr6 125511723 125525543 + 0 NA intron (NR_149043, intron 1 of 3) LTR83|LTR|ERVL 330 NR_149043 100126584 Hs.640031 NR_149043 LOC100126584 - uncharacterized LOC100126584 ncRNA 0.953 0.845 1.001 0.214 0.172 0.256 1.472 0.104 0.252 2.377 1.023 2.653 0.117 0.073 0.096 0.211 2.264 0.139 0.750 0.426 0.673 0.100 0.138 0.148 0.095 1.573 1.022 0.016 0.084 0.137 0.467 1.136 0.348 0.636 0.553 6.124 0.594 0.165 0.096 0.198 0.012 0.261 0.189 0.108 0.988 0.095 2.771 0.514 1.198 0.245 1.450 1.864 0.211 0.458 3.966 0.095 1.277 0.660 0.035 0.081 0.444 1.304 0.022 0.240 0.143 0.033 0.018 0.391 0.272 0.587 1.369 0.355 0.430 1.634 0.421 0.570 0.492 0.620 0.927 0.259 0.214 0.650 0.285 0.097 0.129 2.516 4.140 0.478 1.399 0.680 0.562 2867 chr12 94466724 94476809 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -70733 NM_005761 10154 Hs.584845 NM_005761 ENSG00000136040 PLXNC1 CD232|PLXN-C1|VESPR plexin C1 protein-coding 1.101 0.702 0.739 0.071 0.106 0.104 0.113 0.095 0.209 0.010 0.093 0.119 0.049 0.040 0.122 0.232 0.538 0.175 0.056 0.019 0.044 0.041 0.125 0.164 0.287 0.089 0.022 0.026 0.073 0.050 0.342 0.105 nan 0.043 0.081 0.140 0.066 0.086 0.186 0.064 0.030 0.016 0.043 0.054 0.106 0.215 0.162 0.014 0.047 0.190 0.232 0.049 0.028 0.287 0.024 0.124 0.618 0.178 0.030 0.134 0.064 0.340 0.045 0.011 0.016 0.279 0.249 0.209 0.388 3.074 3.499 0.630 0.264 0.289 0.253 4.712 5.249 0.311 nan 0.738 0.713 0.252 0.251 0.168 0.131 0.897 1.912 0.883 0.913 9434 chr6 11761767 11799909 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -1558 NM_032744 84830 Hs.126409 NM_032744 ENSG00000111863 ADTRP AIG1L|C6orf105|dJ413H6.1 androgen dependent TFPI regulating protein protein-coding 0.852 nan 0.657 0.611 0.131 0.012 0.782 0.168 0.358 0.225 0.374 1.591 1.033 0.060 0.256 0.312 0.884 0.165 0.681 0.617 0.234 0.017 0.140 0.107 0.079 1.730 1.201 0.079 0.339 1.306 0.327 0.931 0.455 0.139 0.590 0.264 0.032 0.026 0.097 0.427 0.052 2.860 1.949 0.742 0.738 10.825 1.800 1.995 0.414 1.025 0.313 1.153 0.312 0.570 0.087 0.079 0.294 0.160 0.008 0.226 0.083 0.817 0.080 0.106 0.771 0.165 0.141 0.457 0.426 1.677 4.229 0.375 0.424 0.133 0.079 0.276 0.274 0.269 0.494 0.103 0.117 0.352 0.156 0.239 0.349 0.089 0.162 0.243 0.471 0.555 0.513 2871 chr12 95590143 95615623 + 0 NA exon (NM_018351, exon 2 of 21) exon (NM_018351, exon 2 of 21) 8357 NM_018351 55785 Hs.506381 NM_018351 ENSG00000180263 FGD6 ZFYVE24 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 6 protein-coding 1.905 1.439 1.831 3.827 0.773 1.191 2.666 0.509 0.921 1.455 2.915 1.461 0.702 0.451 1.216 0.693 1.361 0.213 2.454 1.251 4.481 0.337 0.584 0.475 1.188 3.315 2.526 0.817 2.433 1.808 3.193 4.602 1.568 nan 1.160 2.967 0.341 0.805 0.138 1.495 0.482 4.381 2.665 1.331 2.717 1.783 3.062 2.498 3.725 2.175 0.533 2.722 0.693 1.701 4.028 1.188 1.558 2.331 0.339 1.179 0.682 1.118 0.537 0.459 0.933 0.477 0.287 1.219 1.203 2.208 3.235 3.364 3.090 1.536 0.624 2.191 2.303 2.213 nan 1.912 nan 2.141 2.158 0.786 1.481 1.763 1.840 1.451 1.797 2.118 1.258 7842 chr3 133190412 133198255 + 0 NA TTS (NM_003571) TTS (NM_003571) 15657 NR_135276 85003 Hs.659202 NR_135276 ENSG00000249993 BFSP2-AS1 - BFSP2 antisense RNA 1 ncRNA 1.698 nan nan 0.240 1.433 6.813 0.555 4.807 10.000 0.459 0.157 0.082 0.207 0.166 5.258 0.718 0.359 0.164 0.129 0.105 0.066 0.018 0.944 0.537 0.497 0.158 0.092 0.142 0.464 0.224 0.266 2.257 0.224 4.838 0.167 0.177 0.255 0.042 0.056 0.075 0.140 0.199 0.038 0.019 0.369 0.460 0.136 0.068 0.114 0.081 2.840 0.248 0.718 0.989 0.092 0.497 0.047 1.312 1.857 0.089 3.172 0.252 0.051 0.962 0.010 0.007 0.020 0.367 0.181 0.647 2.588 0.692 0.956 5.122 1.192 0.696 0.727 1.598 1.795 6.407 5.198 nan 1.751 0.192 0.272 0.720 1.409 0.984 3.165 1.821 1.053 10333 chr7 44412506 44427141 + 0 NA Intergenic Intergenic -54593 NM_172078 816 Hs.351887 NM_001220 ENSG00000058404 CAMK2B CAM2|CAMK2|CAMKB|MRD54 calcium/calmodulin dependent protein kinase II beta protein-coding 1.025 0.906 nan 1.614 0.382 0.090 0.330 0.196 0.248 0.019 1.418 0.100 0.015 0.096 0.170 0.272 0.163 0.031 0.108 0.013 0.074 0.066 0.152 0.074 0.147 0.734 0.359 0.116 0.756 1.424 0.202 0.397 0.222 0.384 0.162 0.164 0.032 0.059 0.130 0.841 0.093 0.382 0.206 0.132 0.030 0.073 0.336 10.404 0.145 0.198 0.032 0.099 0.272 0.135 0.051 0.147 0.017 0.068 0.033 0.135 0.146 0.087 0.014 0.118 0.511 2.075 1.989 0.497 0.400 0.219 0.373 0.553 0.549 0.700 0.299 0.236 0.208 0.254 0.500 1.017 1.064 0.347 0.217 0.227 0.262 0.133 0.142 0.284 0.347 1.417 0.784 8269 chr4 13545054 13551469 + 0 NA non-coding (NR_015450, exon 1 of 1) non-coding (NR_015450, exon 1 of 1) 1187 NR_015450 285548 Hs.529284 NR_015450 LINC01096 - long intergenic non-protein coding RNA 1096 ncRNA nan nan nan 0.505 1.280 0.969 0.574 0.102 0.158 0.044 0.627 0.073 0.481 0.123 0.817 1.108 0.146 0.075 1.484 0.451 0.019 0.172 1.275 0.699 0.448 0.294 0.125 0.597 0.085 0.213 0.513 0.672 0.103 9.884 0.460 0.145 0.371 0.424 0.095 1.014 1.524 0.546 0.328 0.184 0.152 0.030 0.245 2.518 0.820 7.234 2.011 0.156 1.108 1.339 0.808 0.448 0.328 0.194 0.953 0.476 0.062 0.558 0.271 0.084 0.350 0.142 0.394 0.460 2.287 3.604 1.965 1.344 2.231 0.442 0.460 0.572 0.905 1.036 1.652 2.371 1.429 1.593 0.470 1.193 1.717 1.096 0.154 0.804 nan 0.626 13 chr1 1232952 1251121 + 0 NA intron (NM_030649, intron 1 of 23) intron (NM_030649, intron 1 of 23) 1233 NM_030649 116983 Hs.535257 NM_030649 ENSG00000131584 ACAP3 CENTB5 ArfGAP with coiled-coil, ankyrin repeat and PH domains 3 protein-coding 2.787 nan 7.821 1.398 2.336 1.737 0.821 0.696 1.592 0.242 2.572 0.654 0.520 1.475 2.801 0.981 0.636 0.080 1.492 0.282 0.600 0.564 1.138 0.501 1.266 0.784 0.819 1.086 0.968 0.237 1.326 nan 0.911 3.083 0.827 1.701 0.297 0.823 0.078 0.215 0.989 0.633 0.703 0.390 0.420 0.261 0.790 0.557 1.210 1.705 0.600 0.659 0.981 1.502 0.947 1.266 0.483 0.554 1.293 1.831 1.680 0.489 0.662 1.993 0.821 0.285 0.136 2.722 4.484 1.213 2.009 4.211 3.676 1.256 0.641 4.248 4.110 3.353 nan nan 11.324 nan 2.899 1.347 2.002 1.088 1.185 4.102 6.114 1.105 0.654 3953 chr15 51649582 51673846 + 0 NA intron (NM_181789, intron 1 of 9) intron (NM_181789, intron 1 of 9) -7729 NM_001330297 342035 Hs.526441 NM_181789 ENSG00000186417 GLDN CLOM|COLM|CRG-L2|CRGL2|LCCS11|UNC-112 gliomedin protein-coding 0.833 1.274 1.510 0.064 0.109 0.037 0.516 3.460 6.634 0.016 0.185 1.006 0.010 0.074 0.085 0.231 0.176 0.119 0.109 0.044 0.043 0.017 0.533 0.398 1.025 1.397 0.996 0.021 0.067 0.031 0.909 4.242 0.207 0.360 0.377 0.175 0.615 0.022 0.096 0.287 0.245 0.071 0.208 0.053 0.103 0.038 0.047 0.161 0.640 0.025 0.042 1.295 0.231 0.076 0.077 1.025 0.291 0.187 0.028 0.052 0.247 0.360 2.766 0.438 0.236 0.019 0.006 0.516 0.365 2.646 1.291 0.295 0.298 2.735 1.364 0.227 0.292 0.322 0.517 0.308 0.301 0.579 0.208 1.891 2.712 2.151 2.693 0.375 0.978 1.303 0.890 11422 chr9 4507434 4519863 + 0 NA intron (NM_004170, intron 1 of 11) L1ME1|LINE|L1 23221 NM_004170 6505 Hs.444915 NM_004170 ENSG00000106688 SLC1A1 DCBXA|EAAC1|EAAT3|SCZD18 solute carrier family 1 member 1 protein-coding 0.580 1.459 0.832 0.685 0.096 0.004 0.565 0.161 0.321 0.008 0.030 0.225 0.012 0.057 0.259 0.152 0.155 0.219 0.137 0.048 0.153 0.089 0.067 0.017 0.006 0.041 0.049 0.067 0.091 0.418 0.034 0.292 0.282 0.044 0.023 0.018 0.093 0.051 0.067 0.070 0.049 0.017 0.204 0.224 0.168 0.098 0.081 2.754 0.185 0.259 0.172 0.067 0.067 0.030 0.067 0.047 0.023 0.016 0.006 0.071 0.039 0.019 0.102 0.036 0.215 0.147 0.273 0.457 0.331 0.313 0.485 0.216 0.301 0.344 0.963 1.623 0.181 0.240 0.347 0.181 0.188 0.251 0.101 0.119 0.171 nan 0.919 0.988 9811 chr6 99271468 99296397 + 0 NA exon (NM_005604, exon 1 of 1) exon (NM_005604, exon 1 of 1) 1352 NM_005604 5454 Hs.182505 NM_005604 ENSG00000184486 POU3F2 BRN2|N-Oct3|OCT7|OTF-7|OTF7|POUF3|brn-2|oct-7 POU class 3 homeobox 2 protein-coding nan 1.873 nan 0.052 3.327 0.405 0.075 2.367 4.449 0.008 0.038 0.041 0.046 0.411 2.364 1.293 0.123 0.058 0.122 0.045 0.013 0.144 1.129 0.786 1.723 0.089 0.032 0.020 0.128 0.047 0.359 0.729 0.284 6.888 0.070 0.042 0.149 0.139 0.099 0.209 0.248 0.193 0.176 0.109 0.022 0.034 0.070 0.154 0.067 1.415 0.165 0.035 1.293 0.093 0.030 1.723 0.017 0.027 0.019 0.297 1.093 0.051 0.944 0.486 0.104 0.074 0.055 1.413 2.094 0.997 1.201 2.139 1.412 nan 1.149 0.939 0.932 1.166 nan 1.494 2.717 nan 2.461 0.909 2.435 0.929 0.603 0.673 1.081 1.120 0.706 7942 chr3 156793619 156818773 + 0 NA non-coding (NR_135546, exon 3 of 3) non-coding (NR_135546, exon 3 of 3) -1474 NR_034008 100498859 Hs.633655 NR_034008 ENSG00000241135 LINC00881 - long intergenic non-protein coding RNA 881 ncRNA nan 1.819 1.192 3.121 1.094 1.179 6.748 1.007 1.994 0.307 0.689 0.994 0.198 0.741 1.461 1.512 1.194 0.185 1.710 1.405 0.491 0.275 0.793 0.463 0.952 2.500 2.128 0.397 4.119 3.058 0.879 2.682 1.299 1.335 1.160 0.499 0.189 0.393 0.087 0.830 0.416 1.742 0.677 0.322 4.378 2.391 1.567 2.238 0.660 0.959 0.840 0.662 1.512 1.164 1.783 0.952 0.359 0.332 0.300 1.837 0.613 0.845 1.713 0.958 1.209 0.430 0.382 1.347 2.151 1.934 2.497 2.315 2.144 3.341 1.704 1.444 1.498 1.549 nan 2.141 2.669 2.242 2.149 1.090 1.844 0.676 0.534 1.291 1.900 1.348 0.936 7599 chr3 50346020 50359880 + 0 NA Intergenic Intergenic -3138 NM_153281 3373 Hs.75619 NM_033159 ENSG00000114378 HYAL1 HYAL-1|LUCA1|MPS9|NAT6 hyaluronoglucosaminidase 1 protein-coding 1.568 2.487 nan 1.613 1.164 1.130 2.643 0.405 0.605 1.147 1.346 0.487 1.952 0.931 1.407 0.702 0.679 0.150 3.006 1.491 1.157 0.699 0.343 0.260 0.639 0.904 0.868 0.516 3.151 1.211 2.813 5.999 1.707 2.434 2.000 0.771 0.275 1.406 0.098 0.564 0.403 1.010 1.020 0.568 1.148 1.029 1.463 0.617 1.408 1.359 0.679 1.915 0.702 3.929 0.847 0.639 1.086 1.458 0.344 1.545 0.970 1.278 0.464 0.418 1.025 0.511 0.411 1.222 1.424 1.457 2.385 1.733 1.813 1.312 0.879 2.041 2.114 0.764 1.129 2.117 2.645 nan 0.133 1.438 2.056 0.747 0.898 1.413 1.819 0.771 0.377 1514 chr10 73003096 73031529 + 0 NA intron (NM_170744, intron 1 of 16) intron (NM_170744, intron 1 of 16) -39327 NR_038453 728978 Hs.646725 NR_038453 ENSG00000237512 UNC5B-AS1 - UNC5B antisense RNA 1 ncRNA 1.159 nan 2.109 0.176 0.306 1.425 0.461 2.895 5.215 0.438 0.140 0.376 0.013 0.088 1.191 0.376 0.619 0.045 0.082 0.053 0.049 0.160 0.551 0.152 0.534 0.114 0.061 0.041 0.077 0.052 1.002 3.188 0.092 1.481 0.062 0.066 0.402 0.152 0.076 0.085 0.602 0.128 0.053 0.062 0.108 0.046 1.315 0.084 0.294 0.065 0.025 0.487 0.376 0.068 0.039 0.534 0.588 0.912 0.520 0.155 0.253 0.425 1.590 0.086 0.029 0.039 0.021 4.485 5.198 1.907 1.190 0.517 0.536 1.277 0.581 1.174 1.242 0.802 1.253 1.472 nan 0.355 0.352 2.128 2.712 1.321 1.705 0.343 nan 1.671 0.813 4906 chr17 61509239 61531086 + 0 NA intron (NM_001915, intron 1 of 5) intron (NM_001915, intron 1 of 5) -1955 NM_001017917 1534 Hs.355264 NM_001915 ENSG00000008283 CYB561 CYB561A1|FRRS2 cytochrome b561 protein-coding 1.970 nan 2.689 1.025 2.456 1.829 2.103 1.042 1.944 0.821 2.396 1.613 0.466 0.946 2.092 0.660 0.898 0.169 1.452 0.539 0.555 0.241 1.279 0.618 2.016 1.656 1.827 0.587 2.097 1.012 2.314 4.020 0.869 2.577 0.786 0.705 0.265 0.332 0.098 0.761 1.010 1.388 0.499 0.222 0.971 0.559 1.111 0.295 1.232 0.780 0.937 1.424 0.660 2.476 0.313 2.016 0.706 0.995 0.925 1.855 1.217 2.722 0.538 0.440 2.433 0.340 0.190 3.386 3.435 1.246 2.163 1.514 1.400 3.863 1.966 2.924 3.010 0.955 nan 5.267 7.344 1.243 1.135 1.388 1.671 1.612 1.654 1.154 2.735 1.346 0.897 1647 chr10 112284112 112297127 + 0 NA Intergenic Intergenic 32994 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 0.847 nan 0.811 0.746 0.121 0.069 4.146 0.136 0.374 0.286 1.515 0.471 0.014 0.669 0.069 0.249 0.499 0.160 1.063 0.915 0.413 0.032 0.102 0.051 0.110 0.848 0.541 1.044 1.582 1.901 0.614 1.661 0.179 0.667 0.523 0.677 0.014 0.042 0.072 1.049 0.062 3.881 3.247 1.210 1.092 0.390 0.681 1.084 2.096 3.610 0.061 0.468 0.249 0.670 1.591 0.110 0.386 0.108 0.097 0.717 0.099 0.819 0.053 0.190 0.588 0.058 0.047 0.279 0.207 0.259 0.349 0.196 0.149 0.309 0.148 0.172 0.195 0.193 0.359 0.233 0.270 0.382 0.272 0.213 0.212 0.070 0.089 0.250 0.744 0.267 0.345 9844 chr6 110662977 110682970 + 0 NA intron (NM_001354594, intron 1 of 3) intron (NM_001354594, intron 1 of 3) 6502 NM_001354594 728464 Hs.634429 NM_001123364 ENSG00000053328 METTL24 C6orf186 methyltransferase like 24 protein-coding nan 0.858 nan 0.039 0.607 0.332 0.035 0.169 0.261 0.040 0.082 0.065 0.035 0.584 0.491 0.122 0.096 0.102 0.009 0.021 0.368 0.155 1.198 0.021 0.004 0.015 0.041 0.117 0.161 0.071 0.439 0.037 0.025 0.176 0.093 0.122 0.012 3.400 0.074 0.021 0.016 0.027 0.096 0.075 0.086 0.078 0.067 0.033 0.491 0.083 0.019 1.198 0.031 0.025 0.602 0.058 0.046 0.028 5.869 0.408 0.018 0.023 0.005 0.853 0.756 0.422 0.352 0.639 nan nan 0.619 0.811 0.716 0.313 nan 0.328 0.411 1.451 1.394 3.404 5.411 0.908 0.978 1.069 nan 0.565 0.495 9192 chr5 136626586 136644785 + 0 NA intron (NM_004598, intron 2 of 10) L1MEf|LINE|L1 171799 NR_134246 105379192 Hs.124611 NR_134246 LOC105379192 - uncharacterized LOC105379192 ncRNA 0.825 0.901 nan 0.068 0.433 0.949 0.295 0.466 0.822 0.031 0.090 0.053 0.024 0.049 0.216 0.140 0.216 0.088 0.065 0.031 0.035 0.111 0.065 1.303 0.237 0.084 0.024 0.083 0.023 0.071 0.078 0.074 2.206 0.008 0.146 0.493 0.048 0.130 0.065 0.227 0.071 0.033 0.034 0.079 0.057 0.079 0.157 0.094 0.023 0.017 0.102 0.140 0.031 0.020 1.303 0.049 0.127 0.383 0.059 0.782 0.119 0.158 0.287 0.151 0.047 0.051 0.257 0.307 0.205 0.224 1.438 1.168 1.728 0.232 0.249 0.282 1.993 2.632 2.822 2.667 0.560 0.346 0.291 0.408 2.395 3.406 0.361 1.348 1.034 0.560 597 chr1 113495508 113503195 + 0 NA promoter-TSS (NM_001166496) promoter-TSS (NM_001166496) 314 NR_103743 100506392 Hs.418285 NR_103743 ENSG00000226419 SLC16A1-AS1 - SLC16A1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.750 2.223 2.578 1.405 1.168 0.092 1.039 2.320 1.099 1.859 2.406 0.735 0.485 1.465 2.606 2.004 0.357 1.930 0.742 1.626 1.856 1.307 0.902 0.653 1.525 1.339 1.997 1.649 0.812 0.105 0.217 0.101 4.605 0.134 2.222 0.368 3.543 0.140 0.230 2.624 5.112 2.800 1.350 0.877 0.945 3.710 2.175 2.140 3.266 1.253 3.113 2.606 1.616 4.218 0.653 0.445 0.172 1.366 6.488 1.163 1.575 1.827 3.405 0.030 2.549 1.498 2.058 2.422 1.563 2.400 3.227 nan 4.498 1.247 6.932 7.280 5.150 6.403 2.899 4.898 6.602 8.097 2.141 4.882 2.049 1.115 5.136 8.302 2.283 1.650 11393 chr8 145128182 145139118 + 0 NA exon (NM_019037, exon 1 of 3) exon (NM_019037, exon 1 of 3) 128 NM_019037 54512 Hs.632041 NM_019037 ENSG00000178896 EXOSC4 RRP41|RRP41A|Rrp41p|SKI6|Ski6p|hRrp41p|p12A exosome component 4 protein-coding 4.171 2.082 nan 3.787 3.457 1.627 2.625 1.684 3.445 1.479 3.447 1.499 0.486 1.136 2.273 2.312 1.766 0.385 2.862 0.865 1.987 2.385 0.774 0.375 4.446 1.280 1.456 1.518 2.672 1.069 3.577 5.028 1.722 6.968 1.692 1.798 0.324 1.380 0.084 1.143 0.807 2.533 3.137 1.833 1.729 0.692 3.859 2.718 2.732 3.665 1.466 1.796 2.312 2.402 1.309 4.446 0.950 1.740 0.827 4.488 3.962 1.040 1.023 0.793 1.257 1.490 0.942 3.479 3.736 5.533 5.392 nan 5.275 nan 1.230 7.564 7.598 2.139 2.895 2.322 3.184 2.438 2.910 2.547 4.512 2.057 2.109 2.151 3.267 1.982 1.087 4372 chr16 56311266 56353347 + 0 NA intron (NM_020988, intron 3 of 8) intron (NM_020988, intron 3 of 8) 52874 NR_037499 100500891 NR_037499 ENSG00000265281 MIR3935 - microRNA 3935 ncRNA nan nan nan 0.258 1.740 0.127 0.104 0.844 1.709 0.059 0.088 0.086 0.018 0.159 0.129 0.552 0.070 0.034 0.228 0.144 0.088 0.026 0.362 0.185 2.345 0.190 0.089 0.063 0.139 0.020 0.260 0.870 0.105 0.978 0.201 0.068 0.062 0.046 0.071 0.025 0.183 0.127 0.062 0.046 0.076 0.057 0.248 0.123 0.078 0.064 0.040 0.147 0.552 0.232 0.042 2.345 0.070 0.095 0.341 0.108 0.271 0.234 0.028 0.156 0.024 0.021 0.013 0.354 0.352 0.083 0.126 0.823 1.031 0.816 0.225 0.281 0.317 0.437 nan nan nan nan 0.586 0.158 0.203 0.204 0.266 0.289 nan nan 1.088 11451 chr9 13044718 13054291 + 0 NA Intergenic Intergenic -76872 NR_132976 106635615 NR_132976 SNORD137 - small nucleolar RNA, C/D box 137 snoRNA nan nan 0.909 0.044 0.127 0.232 0.037 0.117 0.219 0.029 0.048 0.125 0.007 0.110 3.445 0.094 0.034 0.033 0.038 0.015 0.457 0.262 0.216 0.037 0.038 0.022 0.042 0.082 0.067 1.376 0.061 2.369 0.011 0.089 0.012 0.575 0.020 0.019 0.008 0.012 0.024 0.071 0.073 0.068 0.044 0.017 3.445 0.059 0.030 0.216 0.038 0.121 0.051 0.012 0.043 0.016 0.041 0.127 0.024 0.006 0.011 0.206 0.179 0.230 0.328 0.389 0.425 8.880 2.525 0.137 0.124 0.785 1.055 0.485 0.365 0.428 0.283 0.099 0.208 7.710 7.307 0.136 0.367 4.316 1.927 11968 chrX 109244940 109259598 + 0 NA intron (NM_001353850, intron 2 of 7) Plat_L3|LINE|CR1 5927 NM_001353850 84187 Hs.496572 NM_017698 ENSG00000157600 TMEM164 bB360B22.3 transmembrane protein 164 protein-coding nan nan nan 0.688 0.994 1.149 0.383 1.165 2.024 0.243 0.807 0.381 0.051 0.272 0.789 0.969 0.174 0.044 0.978 0.181 0.417 0.330 1.902 0.912 1.103 0.457 0.533 0.354 0.515 0.087 0.729 1.533 4.496 2.890 0.179 0.422 0.611 0.933 0.181 0.065 0.651 1.151 0.313 0.149 0.143 0.453 1.392 0.412 1.266 0.530 0.317 0.755 0.969 0.786 0.309 1.103 0.217 0.967 0.291 1.321 0.536 0.275 0.395 0.849 0.176 0.063 0.035 0.818 1.287 0.707 0.809 2.276 2.077 2.010 0.831 0.958 1.024 1.064 1.508 1.957 2.678 1.905 1.893 0.499 1.209 1.577 1.384 1.282 3.307 0.987 0.553 6603 chr2 207022090 207026060 + 0 NA promoter-TSS (NM_001199984) promoter-TSS (NM_001199984) -157 NM_001199984 4719 Hs.471207 NM_005006 ENSG00000023228 NDUFS1 CI-75Kd|CI-75k|PRO1304 NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1 protein-coding 6.916 nan 5.269 4.810 7.281 3.723 6.594 3.310 5.812 2.078 4.194 3.695 1.660 2.125 2.864 5.801 2.801 0.534 5.719 2.143 5.044 2.793 2.941 1.417 5.480 3.942 4.482 2.927 4.421 1.637 6.525 7.659 4.657 11.575 2.489 7.824 1.302 4.583 0.103 2.315 2.453 4.779 6.099 2.807 3.058 2.216 3.905 3.333 3.387 4.663 3.675 2.504 5.801 4.876 5.084 5.480 2.211 2.345 2.820 6.509 3.381 3.560 2.345 3.672 3.908 3.431 2.128 7.075 5.069 8.611 10.942 7.414 6.410 7.195 3.723 25.504 26.503 6.450 7.733 9.756 18.068 11.811 12.418 5.653 10.073 5.021 6.084 11.804 9.777 3.721 2.168 8834 chr5 32272872 32288623 + 0 NA intron (NM_001040446, intron 1 of 15) intron (NM_001040446, intron 1 of 15) 32367 NM_001040446 54545 Hs.481836 NM_019061 ENSG00000150712 MTMR12 3-PAP|PIP3AP myotubularin related protein 12 protein-coding 0.758 1.929 nan 0.302 1.012 0.166 0.408 0.284 0.631 0.420 0.206 0.278 0.220 0.538 0.377 0.356 0.600 0.286 1.491 0.509 0.055 0.044 0.568 0.342 1.441 0.231 0.076 0.100 0.161 0.134 0.543 2.250 0.673 1.128 0.157 0.112 0.188 0.200 0.110 0.030 0.125 0.102 0.103 0.069 0.110 0.175 0.244 0.051 0.284 0.208 0.120 0.231 0.356 0.997 0.213 1.441 0.140 0.221 0.130 0.142 0.104 0.273 1.605 0.251 0.024 0.026 0.026 3.834 5.581 2.986 2.199 0.806 1.091 1.547 0.504 0.515 0.580 0.875 1.225 1.364 1.545 2.501 2.302 2.484 3.356 0.740 0.849 0.300 0.941 1.204 0.794 7013 chr20 46471955 46488371 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -64803 NM_198596 55959 Hs.162016 NM_018837 ENSG00000196562 SULF2 HSULF-2 sulfatase 2 protein-coding nan nan 1.001 0.232 0.061 0.213 0.107 0.054 0.237 0.035 0.069 0.051 0.023 0.030 0.158 0.898 0.330 0.156 0.091 0.024 0.058 0.025 0.086 0.076 0.270 0.441 0.155 0.027 0.087 0.019 0.093 0.240 0.141 2.487 0.018 0.128 0.052 0.050 0.080 0.008 0.161 0.152 0.041 0.038 0.026 0.075 4.120 0.177 0.114 0.040 0.048 0.303 0.898 0.083 0.015 0.270 0.262 0.045 1.844 0.200 0.018 0.378 0.071 0.098 0.412 0.011 0.012 0.433 0.254 0.290 0.501 0.853 0.883 nan 0.084 0.149 0.192 1.838 2.599 0.138 0.195 nan 2.275 0.273 0.360 0.112 0.260 0.391 0.584 0.159 0.279 4867 chr17 54987172 54995025 + 0 NA exon (NM_005082, exon 1 of 9) exon (NM_005082, exon 1 of 9) 311 NM_005082 7706 Hs.528952 NM_005082 ENSG00000121060 TRIM25 EFP|RNF147|Z147|ZNF147 tripartite motif containing 25 protein-coding 2.247 1.965 2.043 3.365 1.592 0.742 5.967 1.381 2.390 1.546 4.656 3.539 2.254 0.280 1.566 1.187 2.489 0.390 4.496 2.243 2.237 0.510 1.440 0.813 1.767 3.459 3.457 1.233 5.253 2.575 6.055 7.526 3.530 4.739 2.004 3.552 0.281 2.432 0.129 3.112 0.752 11.541 3.825 1.454 5.669 3.989 3.701 7.609 4.452 5.752 2.399 2.525 1.187 3.818 4.342 1.767 1.795 2.988 0.271 2.540 0.891 6.540 1.052 1.263 1.840 2.391 1.259 2.830 3.636 1.964 3.421 3.411 2.576 3.314 0.846 nan 4.869 1.662 2.387 nan nan 1.760 2.193 1.774 3.594 2.123 1.696 1.594 1.959 2.012 1.059 242 chr1 33615961 33621311 + 0 NA intron (NM_018207, intron 4 of 4) intron (NM_018207, intron 4 of 4) 23515 NM_001330483 55223 Hs.656006 NM_018207 ENSG00000116525 TRIM62 DEAR1 tripartite motif containing 62 protein-coding 3.953 nan 8.487 0.192 1.839 0.516 0.518 1.255 2.988 0.159 0.233 0.346 0.012 0.039 0.503 0.622 0.169 0.209 0.138 0.070 0.082 0.051 0.319 0.294 5.288 0.089 0.054 0.137 0.098 0.006 0.180 2.605 0.415 1.190 0.146 0.061 0.161 0.239 0.104 6.050 0.178 0.045 0.029 0.042 0.028 1.430 0.242 0.107 0.247 0.059 0.757 0.622 0.159 0.087 5.288 0.202 1.663 0.743 0.174 0.121 0.040 0.429 4.309 0.028 0.032 0.053 2.206 3.407 0.286 0.438 5.244 4.213 nan 0.082 0.564 0.569 1.325 2.083 1.588 1.776 nan 7.350 0.811 1.306 0.692 0.844 3.741 9.749 1.617 nan 11116 chr8 95446279 95451505 + 0 NA exon (NM_001256141, exon 1 of 2) exon (NM_001256141, exon 1 of 2) 288 NM_001205263 25788 Hs.30561 NM_006550 ENSG00000197275 RAD54B RDH54 RAD54 homolog B protein-coding 2.848 1.265 1.676 0.399 0.375 0.086 0.405 1.252 2.410 0.216 1.424 0.972 0.095 0.497 0.224 1.370 1.567 0.186 0.771 0.216 2.170 0.053 0.714 0.367 2.373 0.372 0.152 0.269 0.144 0.180 0.101 0.134 0.555 0.605 0.488 1.184 0.169 0.510 0.077 0.816 0.198 0.089 0.069 0.090 0.084 0.130 0.448 0.686 1.515 0.504 1.171 2.256 1.370 0.340 0.170 2.373 0.897 0.570 0.074 0.123 0.503 0.517 1.978 2.420 0.103 0.254 0.309 1.955 2.478 9.643 11.251 0.910 0.980 2.924 1.280 1.526 1.452 2.357 2.137 1.085 0.848 3.058 2.133 1.786 4.424 0.715 1.130 3.874 8.239 0.991 0.649 32 chr1 2456386 2481270 + 0 NA Intergenic Intergenic -7144 NM_001010926 388585 Hs.57971 NM_001010926 ENSG00000197921 HES5 bHLHb38 hes family bHLH transcription factor 5 protein-coding 1.817 nan 1.756 1.300 1.704 5.634 0.765 0.575 0.988 0.389 0.683 0.292 0.157 1.590 1.737 0.617 0.467 0.169 0.766 0.369 0.783 0.323 0.619 0.248 0.525 0.388 0.389 0.679 1.121 0.575 2.801 nan 1.180 4.393 0.511 0.618 0.277 1.046 0.087 0.451 1.718 0.803 1.061 0.587 0.755 0.758 0.627 0.298 0.926 1.512 0.493 1.245 0.617 1.486 1.219 0.525 0.600 0.892 0.687 3.308 0.699 0.396 0.598 0.412 0.511 0.120 0.080 1.565 2.717 0.782 1.060 2.208 1.745 1.645 0.495 1.276 1.348 0.854 nan nan 5.309 nan 1.011 0.854 1.043 1.172 1.017 1.046 1.626 0.575 0.419 443 chr1 67026337 67032275 + 0 NA intron (NM_032291, intron 1 of 24) intron (NM_032291, intron 1 of 24) 29667 NM_001350217 84251 Hs.132121 NM_032291 ENSG00000118473 SGIP1 - SH3 domain GRB2 like endophilin interacting protein 1 protein-coding 1.110 0.893 nan 0.247 0.193 0.075 1.625 0.190 0.489 0.243 0.607 1.931 0.021 0.051 0.359 0.129 2.702 0.110 1.248 0.605 8.778 0.023 0.187 0.110 0.202 0.093 0.012 0.828 0.713 0.957 1.023 2.350 0.108 0.819 1.195 0.724 0.076 0.098 1.438 4.484 5.220 1.735 0.622 0.309 0.260 9.584 0.123 1.616 1.575 0.484 0.129 0.574 2.341 0.202 0.146 0.335 0.065 2.107 0.067 0.302 0.099 0.193 1.291 0.136 0.077 0.308 0.208 0.252 0.795 0.517 0.462 0.106 0.059 0.306 0.334 nan nan 0.483 nan 0.404 0.133 0.200 0.304 0.086 0.169 0.509 1.261 0.787 0.727 5611 chr19 33781376 33794821 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu 5372 NM_001287424 1050 Hs.76171 NM_004364 ENSG00000245848 CEBPA C/EBP-alpha|CEBP CCAAT enhancer binding protein alpha protein-coding 0.800 1.192 0.904 0.150 0.510 0.730 0.579 0.198 0.374 0.491 2.547 1.266 0.126 0.044 0.456 0.228 0.122 0.071 0.632 0.615 0.198 0.360 0.110 0.080 0.135 1.173 0.799 0.453 0.217 0.243 1.060 3.401 1.657 9.086 0.044 1.123 0.022 0.927 0.098 0.164 0.053 0.679 0.767 0.586 0.115 0.223 1.519 0.257 3.350 1.399 0.601 0.708 0.228 0.571 0.076 0.135 1.303 0.437 0.353 1.384 0.279 0.485 1.138 0.074 0.090 0.218 0.087 1.085 1.424 4.140 5.632 0.431 0.370 0.776 0.124 0.430 0.401 0.323 0.801 0.148 0.224 nan 0.929 1.973 2.541 0.214 0.338 0.258 0.297 0.369 0.422 7338 chr22 24584369 24612196 + 0 NA Intergenic LTR38C|LTR|ERV1 20838 NM_019601 56241 Hs.131819 NM_019601 ENSG00000099994 SUSD2 BK65A6.2 sushi domain containing 2 protein-coding 0.784 nan 1.248 2.467 0.142 0.062 3.105 0.104 0.260 0.685 0.918 0.698 0.828 0.058 0.098 0.228 0.793 0.253 2.105 0.701 3.484 0.049 0.073 0.080 0.100 0.840 0.680 0.169 1.911 2.386 1.923 nan 6.111 0.348 1.302 0.808 0.058 0.050 0.078 0.691 0.040 1.772 1.140 0.497 1.527 1.226 1.423 0.837 1.843 0.235 0.595 1.993 0.228 4.666 3.095 0.100 1.028 1.467 0.056 1.108 0.069 1.752 0.011 0.528 1.191 1.674 1.705 0.393 0.366 0.219 0.350 0.295 0.311 0.435 0.131 0.326 0.376 0.224 0.445 0.693 0.733 0.676 0.564 0.211 0.183 0.126 0.214 0.586 1.314 0.907 0.830 2234 chr11 109997812 110005918 + 0 NA intron (NM_033390, intron 1 of 5) intron (NM_033390, intron 1 of 5) 37778 NM_033390 85463 Hs.376289 NM_033390 ENSG00000149289 ZC3H12C MCPIP3 zinc finger CCCH-type containing 12C protein-coding 1.018 1.390 3.944 0.106 3.073 0.501 0.150 1.919 3.532 0.149 0.217 0.492 0.047 0.025 0.198 1.623 0.175 0.039 0.105 0.023 0.038 0.011 3.351 1.551 2.499 0.119 0.027 0.304 0.051 0.049 0.020 0.116 0.082 5.209 0.037 0.111 1.326 0.275 0.114 0.044 3.478 0.113 0.037 0.010 0.107 0.029 0.515 0.182 0.131 0.038 0.016 0.385 1.623 0.045 0.239 2.499 0.121 0.142 0.516 0.009 1.344 0.209 0.098 0.061 0.019 0.021 0.013 13.466 11.515 0.680 1.194 10.814 9.776 9.227 5.771 0.259 0.272 3.962 4.192 2.596 4.971 4.407 5.016 0.571 0.746 9.390 11.364 0.284 0.489 4.658 2.060 7938 chr3 156319274 156349511 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -57813 NM_015508 25976 Hs.744050 NM_015508 ENSG00000163659 TIPARP ARTD14|PARP7|pART14 TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase protein-coding nan 1.162 0.702 1.204 0.865 0.197 3.233 0.338 0.767 0.446 0.309 0.407 2.148 0.060 0.350 0.481 0.249 0.112 1.722 0.948 0.132 0.018 0.346 0.292 0.383 2.990 2.325 0.182 3.044 2.628 0.479 0.854 2.546 0.471 0.536 0.160 0.072 0.148 0.085 0.721 0.132 0.283 0.257 0.221 2.999 1.107 1.045 1.046 0.148 0.225 0.195 0.480 0.481 1.642 4.271 0.383 0.174 0.083 0.179 0.411 0.357 0.783 0.042 0.125 0.325 0.686 0.437 0.308 0.289 0.327 0.774 0.398 0.559 2.812 0.486 0.292 0.297 0.313 nan 1.329 1.263 0.645 0.399 0.165 0.229 0.875 1.425 0.260 0.386 1.058 0.759 5252 chr18 32617793 32623983 + 0 NA promoter-TSS (NM_014268) promoter-TSS (NM_014268) -436 NM_001256420 10982 Hs.532824 NM_014268 ENSG00000166974 MAPRE2 CSCSC2|EB1|EB2|RP1 microtubule associated protein RP/EB family member 2 protein-coding nan 2.289 2.225 0.558 3.250 1.237 0.274 1.694 3.545 0.061 1.065 1.726 0.079 0.872 1.123 3.192 0.542 0.068 0.255 0.091 0.255 0.469 1.046 0.661 3.205 0.369 0.153 0.404 0.097 0.136 0.350 0.605 0.070 5.254 0.260 0.653 1.121 0.589 0.110 0.304 0.808 0.432 0.157 0.227 0.194 0.062 0.266 0.551 0.736 0.864 0.511 0.353 3.192 0.356 0.343 3.205 0.196 0.053 0.644 0.523 2.446 0.408 0.672 0.444 0.393 0.121 0.080 3.133 3.779 1.483 2.765 7.402 6.207 9.570 5.128 1.027 1.256 1.496 1.903 nan 10.365 2.616 2.871 0.605 1.678 4.230 3.951 1.924 2.392 6.978 4.043 7449 chr22 43004608 43017624 + 0 NA promoter-TSS (NM_001278657) promoter-TSS (NM_001278657) -135 NR_029422 267010 Hs.574857 NR_029422 ENSG00000276027 RNU12 RNU12-1|RNU12L|RNU12P|dJ222E13.7 RNA, U12 small nuclear snRNA 2.310 nan 1.489 2.309 1.087 0.849 1.044 1.145 2.048 1.045 2.455 0.941 0.814 0.532 0.967 2.868 0.909 0.187 1.685 0.539 2.371 0.903 0.746 0.287 2.123 0.862 0.928 0.741 1.648 0.658 1.997 3.186 1.448 2.699 0.583 1.152 0.497 2.322 0.134 0.768 0.898 1.907 1.304 0.581 0.797 0.601 2.020 1.352 1.322 1.903 0.999 1.657 2.868 2.021 1.372 2.123 0.605 1.184 0.536 1.683 1.131 1.943 0.583 0.529 0.979 0.712 0.563 2.953 3.234 3.095 4.917 3.661 3.736 5.322 3.970 4.095 4.406 2.256 nan 3.050 4.240 nan 3.992 2.208 2.803 2.553 2.988 2.823 2.178 1.271 0.853 10040 chr6 156656600 156671895 + 0 NA Intergenic Intergenic -35637 NR_145751 109617011 NR_145751 ENSG00000212295 SNORD28B - small nucleolar RNA, C/D box 28B snoRNA nan 0.542 0.757 0.071 3.569 1.515 0.065 0.252 0.588 0.041 0.042 0.008 0.092 0.580 0.346 0.083 0.031 0.028 0.012 0.028 0.287 0.281 2.097 0.013 0.014 0.054 0.027 0.079 nan 0.078 2.572 0.009 0.045 0.231 0.049 0.110 0.017 0.083 0.084 0.024 0.015 0.021 0.040 0.050 0.176 0.037 0.037 0.020 0.004 0.346 0.079 0.012 2.097 0.028 0.086 0.195 0.030 0.611 0.010 0.045 0.069 0.015 0.023 0.007 0.412 0.356 0.179 0.225 1.772 nan 6.051 1.561 0.243 0.259 0.077 0.160 1.865 2.324 1.776 1.796 0.167 0.219 1.398 0.971 0.157 nan 0.856 0.522 11748 chr9 118914816 118926271 + 0 NA intron (NM_002581, intron 1 of 21) intron (NM_002581, intron 1 of 21) 4472 NM_002581 5069 Hs.643599 NM_002581 ENSG00000182752 PAPPA ASBABP2|DIPLA1|IGFBP-4ase|PAPA|PAPP-A|PAPPA1 pappalysin 1 protein-coding 0.477 0.529 nan 0.132 0.161 0.064 0.049 0.454 0.797 0.158 1.519 2.045 0.021 0.018 0.063 0.559 1.095 0.059 0.350 0.199 2.108 0.177 0.117 0.163 0.185 0.076 0.076 0.350 0.055 0.133 nan 0.110 1.171 0.124 2.504 0.125 0.780 0.071 0.057 0.070 1.552 0.282 0.183 0.038 0.040 0.327 0.841 5.262 0.348 2.799 3.488 0.559 0.137 0.016 0.163 0.282 0.058 0.976 1.015 0.421 0.241 0.077 0.096 0.368 0.669 0.576 0.255 1.026 0.223 0.330 0.682 0.634 0.223 0.068 0.724 0.734 0.095 0.201 0.448 nan 1.393 1.576 0.391 0.473 0.318 0.681 0.091 0.331 nan 0.474 10407 chr7 69287863 69336358 + 0 NA intron (NM_001127231, intron 1 of 17) intron (NM_001127231, intron 1 of 17) 248205 NM_001127231 26053 Hs.21631 NM_015570 ENSG00000158321 AUTS2 FBRSL2|MRD26 AUTS2, activator of transcription and developmental regulator protein-coding nan nan nan 0.025 0.072 0.230 0.029 1.495 2.993 0.010 0.056 0.041 0.010 0.029 0.221 0.819 0.347 0.096 0.046 0.004 0.018 0.026 1.186 0.761 1.018 0.013 0.011 0.011 0.101 0.004 0.111 0.513 0.168 0.523 0.003 0.084 1.265 0.090 0.157 0.005 0.081 0.068 0.004 0.008 0.011 0.028 0.062 0.142 0.059 0.045 0.008 0.040 0.819 0.031 0.011 1.018 0.007 0.057 0.224 0.018 0.117 0.047 0.122 0.254 0.080 0.019 0.011 0.607 0.481 0.460 0.560 0.666 0.797 2.590 0.987 0.121 0.127 0.568 0.754 0.568 0.432 0.519 0.382 0.319 0.456 3.403 3.998 0.504 1.190 3.214 1.498 6721 chr2 234307324 234339222 + 0 NA intron (NM_003648, intron 2 of 28) intron (NM_003648, intron 2 of 28) 26473 NM_003648 8527 Hs.471675 NM_003648 ENSG00000077044 DGKD DGKdelta|dgkd-2 diacylglycerol kinase delta protein-coding 0.842 nan 1.062 1.067 0.269 0.174 4.325 0.367 0.672 0.314 1.549 1.864 0.155 0.338 0.072 0.553 0.558 0.106 2.359 0.988 2.162 0.013 0.202 0.216 0.170 2.575 2.443 0.414 2.873 1.138 2.303 3.800 1.332 0.651 1.398 1.832 0.030 0.080 0.103 1.419 0.103 2.379 0.753 0.350 1.649 1.949 0.843 1.178 4.631 1.490 1.061 2.130 0.553 3.489 4.134 0.170 0.882 0.462 0.052 1.819 0.563 1.778 0.071 0.202 1.920 0.753 0.582 0.448 0.422 0.548 1.483 0.339 0.343 0.485 0.130 0.489 0.428 0.391 0.733 0.652 nan 0.368 0.291 0.234 0.326 0.177 0.238 0.387 1.003 0.343 0.198 11111 chr8 94503919 94510433 + 0 NA intron (NR_033858, intron 7 of 10) (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 205485 NR_033858 642924 Hs.434882 NR_033858 ENSG00000246662 LINC00535 - long intergenic non-protein coding RNA 535 ncRNA nan 2.225 8.261 0.066 3.850 2.417 0.091 1.220 2.140 0.015 0.085 0.014 0.038 0.079 0.121 0.179 0.324 0.076 0.049 0.029 0.039 0.241 0.195 0.258 0.010 0.055 0.012 0.053 0.194 0.617 0.118 1.038 0.113 0.023 2.015 0.224 0.115 0.010 0.099 0.113 0.036 0.017 0.119 0.031 0.139 0.075 0.053 0.206 0.103 0.179 0.095 0.258 0.077 0.036 3.338 0.073 0.031 0.076 0.034 0.009 0.015 0.233 0.066 0.165 nan 0.395 0.498 0.145 0.074 0.152 0.184 0.472 0.766 1.447 1.833 1.664 1.281 0.098 0.206 7.342 7.680 0.227 0.378 0.738 0.543 6854 chr20 14962821 14974388 + 0 NA intron (NM_001351663, intron 5 of 17) intron (NM_001351663, intron 5 of 17) -58440 NR_037841 100379174 Hs.407533 NR_037841 ENSG00000235914 MACROD2-AS1 BA318C17.1|NCRNA00186 MACROD2 antisense RNA 1 ncRNA 0.760 nan 0.707 0.164 0.122 0.019 0.073 0.125 0.237 0.124 0.169 0.111 0.067 0.894 0.046 0.178 1.858 0.198 0.082 0.033 4.054 0.123 0.113 0.176 1.772 1.153 0.259 0.163 0.230 0.709 3.325 0.389 0.155 0.435 0.064 0.028 0.092 0.316 0.062 0.136 0.037 0.040 2.229 0.971 0.374 0.103 2.667 0.006 2.147 2.656 0.178 0.074 0.008 0.176 2.436 1.433 0.021 0.051 0.122 0.068 0.010 0.119 0.106 0.015 0.005 0.620 0.306 0.408 3.095 0.257 0.355 0.424 0.150 0.183 0.239 0.484 0.678 0.237 0.195 0.439 0.231 0.164 0.248 0.219 0.370 0.245 0.406 0.504 0.461 4391 chr16 58661923 58665383 + 0 NA non-coding (NR_049763, exon 1 of 50) non-coding (NR_049763, exon 1 of 50) 137 NM_206999 23019 Hs.460923 NM_016284 ENSG00000125107 CNOT1 AD-005|CDC39|NOT1|NOT1H CCR4-NOT transcription complex subunit 1 protein-coding nan nan nan 4.840 7.910 2.325 4.200 3.271 6.289 2.583 5.573 2.716 2.188 3.043 3.333 6.591 3.104 0.549 3.995 1.271 5.438 3.239 2.002 0.698 4.693 3.469 4.007 2.676 5.495 1.520 3.341 5.957 4.330 8.766 3.455 7.402 0.964 3.609 0.120 2.735 3.188 8.976 6.483 3.013 8.729 2.472 5.555 3.393 5.542 5.305 2.682 5.228 6.591 6.016 4.087 4.693 2.265 2.405 1.403 4.213 3.120 3.715 1.592 1.644 1.979 2.130 1.653 6.790 5.306 4.813 6.961 7.602 6.531 6.243 4.206 19.089 20.750 3.380 nan nan nan nan 10.888 3.116 5.937 3.944 5.275 7.877 nan nan 1.828 11295 chr8 130693509 130726884 + 0 NA Intergenic Intergenic -17711 NR_130917 137196 Hs.679457 NR_130917 ENSG00000229140 CCDC26 RAM CCDC26 long non-coding RNA ncRNA nan 0.635 0.703 4.310 0.123 0.028 4.596 0.163 0.287 0.338 0.635 1.959 0.133 0.048 0.051 0.089 0.851 0.142 1.168 1.000 0.573 0.293 0.037 0.052 0.072 2.315 1.636 0.088 2.477 4.074 0.335 1.473 0.872 0.498 0.935 0.070 0.017 0.055 0.091 1.210 0.052 0.801 4.038 1.893 2.431 4.343 1.384 2.694 0.820 1.967 0.979 0.251 0.089 0.714 1.149 0.072 0.253 0.250 0.018 1.877 0.091 0.877 0.024 0.115 0.822 3.958 5.347 0.284 0.119 0.248 0.374 0.439 0.531 0.188 0.084 nan 1.060 0.284 0.439 0.207 0.214 0.359 0.190 0.121 0.197 0.098 0.103 0.215 0.412 0.333 0.393 3519 chr14 39900024 39903444 + 0 NA promoter-TSS (NM_203301) promoter-TSS (NM_203301) -30 NM_203301 254170 Hs.146632 NM_203301 ENSG00000165355 FBXO33 BMND12|Fbx33|c14_5247 F-box protein 33 protein-coding 7.387 3.912 nan 4.122 7.289 4.511 1.998 2.297 5.417 1.144 2.692 1.654 5.660 2.184 5.001 3.148 5.578 0.282 3.682 1.052 3.867 2.869 1.946 0.893 4.797 2.596 2.716 1.554 4.322 1.386 16.873 20.373 5.032 10.719 1.348 2.302 1.119 4.239 0.209 1.891 2.799 2.933 3.525 1.450 2.404 2.667 1.999 3.544 4.260 3.216 3.018 3.353 3.148 9.314 6.909 4.797 1.570 2.366 1.082 5.155 3.375 3.205 0.953 1.606 2.436 1.566 1.121 3.120 4.460 6.594 10.322 11.083 9.440 9.208 6.059 13.074 12.964 6.085 6.385 9.149 13.071 8.800 9.908 4.033 6.983 7.282 7.188 4.078 5.439 3.598 1.818 846 chr1 164654500 164709535 + 0 NA intron (NM_001353131, intron 2 of 7) intron (NM_001353131, intron 2 of 7) 61861 NR_038072 100505795 Hs.661039 NR_038072 ENSG00000233693 LOC100505795 - uncharacterized LOC100505795 ncRNA 1.350 nan 1.380 0.088 0.283 0.094 0.282 0.207 0.427 0.024 0.679 0.447 0.054 0.550 0.374 0.675 0.467 0.096 0.305 0.287 0.024 0.015 0.256 0.247 0.394 0.233 0.133 0.017 0.180 0.034 0.087 0.259 0.177 0.505 0.037 3.220 0.078 0.048 0.108 0.131 0.816 0.139 0.094 0.044 0.200 0.181 0.309 0.118 0.856 0.038 0.169 0.632 0.675 0.123 0.030 0.394 0.739 0.271 0.071 0.054 0.189 0.491 0.126 0.353 0.036 0.025 0.014 0.619 0.723 0.883 2.507 0.529 nan 1.346 0.489 0.191 0.233 2.779 3.369 0.917 nan 0.492 0.342 0.532 0.589 0.460 0.489 0.602 0.989 1.173 0.814 7080 chr20 57635563 57642225 + 0 NA Intergenic Intergenic -20993 NM_016045 51012 Hs.656865 NM_016045 ENSG00000101166 PRELID3B C20orf45|SLMO2|dJ543J19.5 PRELI domain containing 3B protein-coding 1.269 1.388 0.800 0.108 0.145 0.110 0.105 0.123 0.565 0.028 0.106 0.027 0.009 0.112 0.176 0.331 0.121 0.141 0.206 0.141 0.037 0.728 0.332 0.294 0.215 0.031 0.022 0.705 0.285 0.096 0.205 0.345 0.147 0.654 0.154 8.612 1.879 3.977 0.195 0.125 0.024 0.807 0.073 0.094 0.050 0.127 0.245 0.164 0.244 0.491 0.119 0.200 0.331 0.309 0.056 0.215 0.385 0.807 0.250 3.172 4.005 0.119 0.050 0.036 0.045 0.026 0.038 0.576 nan 0.126 0.129 0.471 0.557 6.404 1.296 0.197 0.132 0.772 1.115 0.134 0.202 2.430 2.327 0.203 0.199 6.008 7.967 0.364 0.626 3.568 1.325 7311 chr22 20209604 20259378 + 0 NA intron (NM_023004, intron 1 of 1) intron (NM_023004, intron 1 of 1) 2243 NR_031618 100302118 NR_031618 ENSG00000221039 MIR1286 MIRN1286|hsa-mir-1286|mir-1286 microRNA 1286 ncRNA 1.860 nan 1.240 0.109 0.204 0.585 0.066 0.212 0.447 0.035 0.276 0.080 0.126 0.074 0.165 0.713 0.083 0.058 0.304 0.106 0.065 0.022 0.176 0.126 0.254 0.097 0.052 0.358 0.210 0.038 0.309 nan 0.361 0.786 0.065 0.078 0.142 0.114 0.066 0.038 0.162 0.155 0.050 0.031 0.031 0.046 0.053 0.097 0.207 0.130 0.161 0.197 0.713 0.275 0.084 0.254 0.022 0.102 0.557 0.280 0.182 0.113 0.267 0.524 0.051 0.030 0.013 2.288 3.750 0.503 0.578 0.655 0.563 1.423 0.499 1.161 1.216 1.024 1.395 0.690 1.099 1.612 1.906 0.700 0.785 0.607 0.525 0.838 1.624 1.829 1.170 3484 chr14 35585288 35595688 + 0 NA intron (NM_017917, intron 1 of 12) AluSx4|SINE|Alu -1039 NM_014672 9692 Hs.458487 NM_014672 ENSG00000100890 KIAA0391 MRPP3|PRORP KIAA0391 protein-coding 4.380 2.066 2.502 2.025 3.735 4.557 2.045 1.149 2.250 0.688 2.035 2.048 5.420 0.947 2.193 1.376 3.330 0.681 2.337 0.763 3.350 1.474 0.756 0.528 2.602 2.248 2.473 0.765 2.870 1.401 14.872 16.969 3.478 5.120 1.519 2.558 0.689 3.248 0.173 1.425 1.646 1.863 2.867 1.132 2.523 2.023 1.278 2.402 2.458 2.049 1.591 1.824 1.376 2.990 5.705 2.602 1.320 1.240 0.792 3.127 2.106 2.076 0.843 0.947 2.049 1.312 0.896 2.351 2.313 3.579 5.277 4.204 3.699 2.929 2.024 9.500 10.095 4.122 4.860 5.863 7.590 5.615 5.208 2.010 2.849 4.093 4.177 2.606 2.478 2.357 1.542 7636 chr3 62569260 62577276 + 0 NA intron (NM_183394, intron 7 of 27) intron (NM_183394, intron 7 of 27) -214078 NM_018008 55079 Hs.241523 NM_018008 ENSG00000153266 FEZF2 FEZ|FEZL|FKSG36|TOF|ZFP312|ZNF312 FEZ family zinc finger 2 protein-coding 1.062 nan 1.400 0.197 0.120 0.047 2.487 0.100 0.170 0.024 0.301 0.116 0.062 0.013 0.189 0.165 0.131 0.081 0.650 0.667 0.024 0.101 0.073 0.104 0.341 0.126 0.236 3.785 0.184 0.732 0.101 0.258 1.433 0.080 0.047 0.041 0.044 0.765 0.118 0.023 0.112 0.156 0.533 0.276 0.072 9.073 0.051 0.115 0.041 0.165 0.620 0.276 0.104 0.031 0.457 0.051 0.025 0.247 0.012 0.124 1.224 0.366 0.397 0.170 0.321 0.261 0.236 0.340 0.335 0.252 0.098 0.088 0.107 2.196 2.451 0.168 0.202 0.582 0.452 0.227 0.297 0.069 0.127 0.211 nan 0.373 0.294 1296 chr10 4355339 4432245 + 0 NA Intergenic MER34A1|LTR|ERV1 -32646 NR_108055 100507059 Hs.158438 NR_108054 ENSG00000224382 LINC00703 - long intergenic non-protein coding RNA 703 ncRNA 0.371 0.721 0.492 0.163 0.081 0.006 0.266 0.122 0.236 0.038 0.110 0.877 0.098 0.070 0.082 0.216 0.838 0.173 0.226 0.103 0.476 4.744 0.076 0.071 0.101 0.235 0.103 0.065 0.248 0.177 0.186 0.317 0.196 0.191 0.148 0.056 0.007 1.227 0.115 0.157 0.015 0.112 0.035 0.042 0.180 0.060 0.173 0.162 0.158 0.103 0.454 0.465 0.216 0.204 0.387 0.101 0.288 0.168 0.011 0.285 0.054 0.243 0.034 0.015 0.128 0.037 0.029 0.424 0.331 0.346 0.701 0.180 0.239 0.211 0.140 0.119 0.138 0.529 0.754 0.252 0.237 0.157 0.058 0.146 0.161 0.039 0.072 0.100 0.115 0.273 0.277 8550 chr4 136129266 136201221 + 0 NA Intergenic MLT1H2|LTR|ERVL-MaLR -120529 NR_147187 105377439 Hs.570727 NR_147187 LINC02485 - long intergenic non-protein coding RNA 2485 ncRNA nan nan 0.541 0.063 0.116 0.012 0.050 0.137 0.161 0.005 0.069 0.158 0.026 0.015 0.022 4.657 2.071 0.239 0.059 0.021 0.654 0.012 0.054 0.085 0.098 0.034 0.013 0.021 0.052 0.034 0.039 0.049 0.035 0.158 0.052 0.038 0.036 0.038 0.078 0.016 0.048 0.041 0.017 0.009 0.044 0.018 0.068 0.100 0.037 0.018 0.019 0.013 4.657 0.032 0.014 0.098 0.015 0.024 0.019 0.007 0.013 0.024 0.039 0.170 0.086 0.012 0.007 0.196 0.142 0.150 0.337 0.178 0.224 0.183 0.077 0.117 0.123 0.310 0.365 0.179 0.203 0.734 0.436 0.104 0.173 0.170 0.167 0.316 nan 0.098 0.087 1553 chr10 80205972 80234036 + 0 NA Intergenic Intergenic 192919 NR_073447 414243 Hs.55047 NR_073447 ENSG00000230417 LINC00595 C10orf101 long intergenic non-protein coding RNA 595 ncRNA 0.829 1.050 1.328 0.069 0.447 1.499 0.459 0.665 1.243 0.026 0.178 0.478 0.013 0.206 0.281 0.399 0.101 0.086 0.079 0.054 0.025 0.025 0.362 0.107 3.957 0.482 0.170 0.031 0.156 0.060 0.199 0.963 0.169 1.041 0.062 0.104 0.030 0.050 0.053 0.435 0.260 0.131 0.119 0.061 0.226 0.181 0.107 0.094 0.214 0.044 0.124 0.471 0.399 0.165 1.419 3.957 0.144 0.169 0.421 0.102 0.180 0.297 0.480 0.314 0.205 0.092 0.054 1.130 1.734 0.587 0.619 1.081 1.107 3.155 1.187 0.344 0.431 0.600 0.745 2.526 2.289 0.515 0.401 0.456 0.666 0.121 0.165 0.363 1.274 0.660 0.447 9113 chr5 108077773 108090427 + 0 NA promoter-TSS (NR_146155) promoter-TSS (NR_146155) -528 NR_146155 2241 Hs.107418 NM_005246 ENSG00000151422 FER PPP1R74|TYK3|p94-Fer FER tyrosine kinase protein-coding 1.455 1.461 1.118 1.109 0.493 0.414 1.131 0.621 1.065 0.630 1.364 1.134 4.526 0.127 0.702 0.879 1.345 0.183 1.110 0.495 0.548 0.218 0.261 0.240 0.057 0.927 1.072 0.952 1.051 0.838 1.190 1.335 1.323 2.027 0.599 1.279 0.141 4.874 0.229 0.382 0.421 1.149 1.364 0.543 0.942 0.626 0.855 1.209 1.254 1.246 0.588 0.951 0.879 1.616 1.010 0.057 0.793 0.430 0.129 1.299 0.640 1.302 0.234 0.304 0.767 0.583 0.382 0.557 0.756 1.348 2.451 1.362 1.165 0.395 0.158 1.166 1.042 2.301 2.525 1.002 1.251 1.368 1.274 0.388 0.992 0.924 0.524 1.037 1.341 0.648 0.481 6445 chr2 162270306 162282723 + 0 NA intron (NM_006593, intron 4 of 5) intron (NM_006593, intron 4 of 5) 3909 NM_006593 10716 Hs.210862 NM_006593 ENSG00000136535 TBR1 TBR-1|TES-56 T-box, brain 1 protein-coding 0.978 5.639 nan 0.257 0.628 0.040 0.294 0.297 0.531 0.023 0.119 0.127 0.105 0.073 0.086 0.282 0.120 0.013 0.275 0.117 0.046 0.011 0.205 0.205 0.414 0.234 0.181 0.102 0.567 0.083 0.267 0.665 0.197 1.098 0.047 0.082 0.027 0.174 0.063 0.104 0.336 0.238 0.131 0.113 0.061 0.043 0.062 0.155 0.367 0.546 0.242 0.092 0.282 0.168 0.082 0.414 0.127 0.086 0.062 0.502 0.432 0.051 0.085 1.716 0.067 0.081 0.012 0.455 0.307 0.532 0.739 0.822 0.848 1.204 0.526 0.607 0.586 0.340 0.583 0.270 0.285 0.847 0.855 0.310 0.418 0.215 0.187 0.644 1.090 0.812 0.482 2161 chr11 88068495 88072089 + 0 NA intron (NM_001114173, intron 1 of 3) intron (NM_001114173, intron 1 of 3) 663 NM_001114173 1075 Hs.128065 NM_001814 ENSG00000109861 CTSC CPPI|DPP-I|DPP1|DPPI|HMS|JP|JPD|PALS|PDON1|PLS cathepsin C protein-coding 2.098 1.220 2.093 4.124 1.741 0.138 2.691 0.489 0.420 0.507 3.593 4.345 0.312 0.838 0.424 0.139 1.472 0.089 3.064 0.876 1.350 0.346 2.009 1.084 0.499 3.446 2.733 1.391 2.286 1.518 2.472 4.481 4.499 2.929 3.630 5.472 1.705 0.663 0.162 2.105 1.189 9.504 3.955 2.229 3.944 1.660 3.828 6.276 2.725 3.548 3.426 5.203 0.139 2.160 5.645 0.499 1.565 1.397 0.264 1.699 2.211 3.474 2.201 2.066 1.337 0.673 0.396 12.300 16.501 1.310 1.786 0.208 0.292 0.266 0.054 13.740 14.449 4.669 5.501 5.742 7.645 2.829 3.565 3.044 6.607 9.437 7.468 4.229 4.924 3.766 2.021 7114 chr20 62494683 62506838 + 0 NA exon (NM_001243895, exon 2 of 6) exon (NM_001243895, exon 2 of 6) 4179 NM_001243892 7165 Hs.473296 NM_003288 ENSG00000101150 TPD52L2 D54|TPD54 tumor protein D52 like 2 protein-coding 2.085 2.725 3.301 2.947 2.395 1.782 1.843 0.725 1.703 1.415 3.154 0.973 0.699 1.389 1.707 1.481 0.742 0.372 2.044 0.919 3.566 0.753 0.942 0.486 1.907 1.025 1.212 1.051 2.801 1.245 3.714 5.000 3.322 3.442 1.601 1.602 0.180 2.136 0.210 1.919 1.038 6.781 5.671 2.493 2.278 1.220 3.067 3.793 1.845 2.058 2.522 1.942 1.481 2.298 3.840 1.907 1.455 1.614 1.045 4.267 1.696 1.661 0.643 0.519 2.256 1.033 0.757 2.744 nan 1.698 2.338 2.862 2.627 3.037 1.115 7.392 7.744 1.625 2.832 2.853 3.488 1.934 2.039 1.662 2.859 0.986 1.296 1.064 1.718 2.022 1.141 1303 chr10 5110360 5124513 + 0 NA intron (NM_001253908, intron 1 of 8) LTR49|LTR|ERV1 -19132 NM_001253909 8644 Hs.78183 NM_003739 ENSG00000196139 AKR1C3 DD3|DDX|HA1753|HAKRB|HAKRe|HSD17B5|PGFS|hluPGFS aldo-keto reductase family 1 member C3 protein-coding 0.519 1.176 0.819 0.466 0.730 0.032 0.276 0.216 0.385 0.054 0.858 4.128 0.128 0.076 0.587 2.215 0.206 0.359 0.267 2.778 0.019 0.090 0.058 0.356 2.909 2.244 0.031 0.073 0.135 0.218 0.462 0.330 0.567 0.124 9.123 0.020 0.076 0.090 0.117 0.509 0.052 0.076 0.044 0.100 0.070 4.179 0.860 5.178 0.015 2.925 5.501 0.587 0.137 0.065 0.356 3.254 1.061 0.062 0.082 0.951 0.599 0.463 0.147 0.043 0.037 0.025 0.426 0.193 0.450 1.110 0.333 0.290 4.431 0.333 1.077 0.974 0.204 0.247 1.046 0.691 0.465 0.253 0.354 0.382 0.204 0.398 0.435 0.902 0.176 0.235 5950 chr2 21021432 21025640 + 0 NA promoter-TSS (NR_104233) promoter-TSS (NR_104233) -646 NM_001282719 60526 Hs.187823 NM_021925 ENSG00000118961 LDAH C2orf43|hLDAH lipid droplet associated hydrolase protein-coding 3.675 1.962 3.776 2.312 4.471 2.372 2.343 1.791 2.879 0.993 1.972 1.328 6.193 1.203 1.103 2.444 2.036 0.431 1.799 0.942 1.801 0.167 3.054 1.127 1.184 1.081 1.169 1.468 2.991 0.608 4.391 6.569 3.300 8.826 1.346 3.103 0.318 1.701 0.156 1.365 1.031 0.568 1.860 0.869 1.658 0.728 3.129 1.094 2.972 2.418 2.458 1.731 2.444 3.357 2.910 1.184 1.504 2.371 1.452 1.356 1.868 1.780 0.729 0.058 0.852 0.999 0.746 0.519 0.746 1.933 5.489 5.220 4.350 8.567 4.167 12.727 13.399 3.539 4.207 7.650 nan 5.588 5.349 2.260 3.920 2.994 2.899 0.073 0.130 3.943 2.278 3494 chr14 36487249 36494462 + 0 NA Intergenic Intergenic -48778 NR_073454 101101773 Hs.640678 NR_073454 ENSG00000257585 LINC00609 - long intergenic non-protein coding RNA 609 ncRNA 1.478 0.981 0.818 0.069 0.155 0.325 0.159 2.221 4.113 0.013 0.129 0.086 0.038 0.112 0.164 0.320 0.217 0.045 0.127 0.026 0.009 0.477 0.342 0.332 0.027 0.010 0.076 0.015 0.780 1.774 0.156 0.700 0.081 0.052 3.589 0.075 0.088 0.017 0.044 0.038 0.017 0.060 0.085 0.054 0.124 0.056 0.029 0.066 0.026 0.320 0.089 0.095 0.332 0.052 0.023 0.054 0.072 0.071 0.066 0.097 0.034 0.021 0.007 0.299 0.159 0.185 0.221 1.501 1.498 0.880 0.375 0.294 0.213 0.733 0.907 0.455 0.459 0.740 0.391 0.155 0.145 9.360 12.282 0.176 0.335 2.874 1.223 7999 chr3 170994419 171010549 + 0 NA intron (NM_001161561, intron 2 of 31) intron (NM_001161561, intron 2 of 31) 175713 NM_001161564 23043 Hs.34024 NM_015028 ENSG00000154310 TNIK MRT54 TRAF2 and NCK interacting kinase protein-coding 1.022 1.378 0.780 0.234 0.185 0.099 0.171 0.229 0.373 0.024 0.386 0.784 0.023 0.050 0.131 0.227 2.560 0.255 0.242 0.164 0.008 0.025 0.156 0.219 0.030 0.141 0.069 0.041 0.131 0.039 0.133 0.396 0.309 0.231 0.073 0.040 0.018 0.054 0.100 0.036 0.197 0.046 0.069 0.053 0.042 0.033 0.281 0.186 0.040 0.237 0.108 0.374 0.227 0.147 0.086 0.030 0.046 0.061 0.067 0.025 0.013 0.672 0.037 0.153 0.147 0.039 0.041 0.304 0.206 0.258 0.386 0.297 0.347 0.252 0.150 0.257 0.239 3.118 3.759 0.694 1.038 0.794 0.498 0.165 0.294 0.062 0.095 0.238 0.334 0.445 0.547 7432 chr22 39847867 39871901 + 0 NA intron (NM_002409, intron 1 of 1) AluJr|SINE|Alu 6559 NM_002409 4248 Hs.276808 NM_002409 ENSG00000128268 MGAT3 GNT-III|GNT3 mannosyl (beta-1,4-)-glycoprotein beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase protein-coding 1.342 nan 0.618 0.742 0.333 1.766 0.071 0.258 0.624 0.441 0.328 0.246 0.732 0.058 0.885 0.788 0.075 0.095 0.124 0.039 0.055 0.190 0.130 0.068 0.930 0.020 0.047 0.125 0.074 0.066 0.155 0.728 0.101 0.708 0.037 0.054 0.035 0.939 0.110 0.020 0.204 0.201 0.053 0.033 0.027 0.067 0.337 0.124 0.657 0.275 0.020 0.070 0.788 0.253 0.045 0.930 0.072 0.148 0.662 0.631 0.161 0.125 0.715 0.211 0.060 0.024 0.006 2.065 2.921 0.350 0.401 1.312 1.227 0.609 0.287 0.197 0.226 0.608 nan 0.768 1.204 nan 0.910 0.653 1.240 0.261 0.194 0.803 1.615 0.663 0.432 3510 chr14 37435056 37459242 + 0 NA intron (NM_030631, intron 1 of 9) MARNA|DNA|TcMar-Mariner -25553 NR_039725 100616280 NR_039725 ENSG00000266327 MIR4503 - microRNA 4503 ncRNA 1.180 0.859 0.899 1.650 0.213 0.365 1.100 0.076 0.237 0.115 0.117 0.808 0.044 0.097 0.161 0.096 0.213 0.141 1.164 0.541 0.045 0.029 0.071 0.077 0.079 2.792 1.687 0.024 1.934 1.596 3.935 10.593 1.817 0.344 1.719 1.163 0.056 0.057 0.147 0.408 0.109 0.070 0.075 0.055 3.526 1.601 0.294 0.248 0.659 0.020 0.151 1.739 0.096 0.649 0.620 0.079 1.010 0.461 0.016 0.080 0.236 0.730 0.090 0.334 0.124 0.012 0.006 0.244 0.170 1.008 0.729 0.312 0.409 0.310 0.118 0.384 0.330 0.290 0.410 1.103 0.707 0.545 0.272 0.163 0.246 0.249 0.457 0.146 0.185 0.410 0.380 15 chr1 1306563 1319224 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2075 NM_017900 54998 Hs.632515 NM_017900 ENSG00000175756 AURKAIP1 AIP|AKIP|MRP-S38 aurora kinase A interacting protein 1 protein-coding 2.283 nan 3.213 1.213 2.932 2.741 0.759 0.723 1.612 0.226 1.716 0.751 0.472 1.706 2.286 0.584 0.774 0.265 1.857 0.703 2.338 0.557 0.781 0.524 0.634 0.699 0.794 0.982 1.043 0.241 1.735 nan 0.973 2.677 0.695 0.987 0.127 0.932 0.180 0.344 0.445 1.177 0.934 0.441 0.783 0.435 1.355 0.809 1.144 2.309 0.529 0.842 0.584 3.242 1.366 0.634 0.755 0.838 0.492 2.275 0.904 0.747 0.428 0.714 0.629 0.273 0.197 1.559 1.899 1.734 2.949 2.798 2.465 2.129 0.953 4.125 4.421 1.304 nan nan 7.560 nan 1.471 1.115 1.804 0.859 0.988 2.253 2.853 1.209 0.693 10994 chr8 62145785 62151774 + 0 NA Intergenic Intergenic -51746 NM_173519 157807 Hs.591874 NM_173519 ENSG00000177182 CLVS1 C6orf212L|CRALBPL|RLBP1L1 clavesin 1 protein-coding 4.772 0.645 1.632 0.036 0.199 0.027 0.012 0.070 0.371 0.066 0.030 0.031 0.049 0.134 0.215 0.013 0.027 0.125 0.031 0.010 0.023 0.026 0.116 0.481 0.035 0.049 0.013 0.070 0.017 0.081 0.154 0.107 0.480 0.062 0.054 0.223 0.037 0.033 0.079 0.291 0.200 0.040 0.103 0.123 0.048 0.169 0.068 0.064 0.052 0.075 0.215 0.131 0.046 0.481 0.144 0.084 9.458 0.077 0.085 0.013 0.083 0.083 0.038 0.019 0.017 0.319 0.400 0.195 0.330 1.363 1.427 0.474 0.245 0.032 0.055 1.152 nan 0.116 0.149 nan 1.210 0.252 0.302 0.823 0.733 0.288 0.742 2.650 1.696 4624 chr17 17301124 17354433 + 0 NA Intergenic MER52A|LTR|ERV1 -52522 NM_018019 55090 Hs.244595 NM_018019 ENSG00000141026 MED9 MED25 mediator complex subunit 9 protein-coding 1.590 1.276 1.273 0.079 1.507 0.690 0.927 0.396 0.782 0.020 0.145 0.391 0.046 1.588 0.604 0.480 0.144 0.057 0.370 0.174 1.239 0.021 0.550 0.195 1.975 0.662 0.483 0.047 0.199 0.231 1.444 3.716 1.502 0.860 0.560 0.425 0.128 0.063 0.077 0.332 0.103 0.195 0.207 0.100 0.318 0.401 0.134 0.163 0.809 0.146 1.281 1.123 0.480 0.744 0.706 1.975 0.832 0.784 0.330 0.169 5.007 0.549 0.039 1.255 0.440 0.078 0.040 0.463 0.729 0.411 nan 2.745 3.195 2.388 0.792 0.194 0.206 0.869 1.406 2.919 2.837 nan 1.896 0.197 0.177 0.617 0.856 1.061 3.410 1.401 0.814 7255 chr21 45230116 45236575 + 0 NA promoter-TSS (NR_026961) promoter-TSS (NR_026961) -897 NR_026961 284837 Hs.592159 NM_194310 ENSG00000215458 AATBC - apoptosis associated transcript in bladder cancer ncRNA nan 2.750 3.035 0.135 0.558 7.040 0.327 0.496 0.701 0.075 0.081 0.185 0.029 0.126 1.278 0.653 0.105 0.168 0.341 0.117 0.040 0.086 0.171 0.114 0.771 0.364 0.233 0.181 0.458 0.293 1.034 3.267 0.714 11.274 0.318 0.243 0.506 0.066 0.032 0.461 0.232 0.268 0.046 0.114 0.269 0.163 0.163 0.154 0.289 0.177 0.024 0.206 0.653 0.245 0.130 0.771 0.209 0.104 2.386 0.316 0.316 0.120 0.214 0.250 0.047 0.080 0.023 0.678 0.997 0.508 0.721 1.681 1.338 nan 0.222 0.456 0.381 0.765 nan 1.922 3.600 1.235 1.345 1.015 0.893 2.618 2.112 0.438 1.091 2.557 1.232 2236 chr11 110155540 110184126 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2396 NM_002906 5962 Hs.263671 NM_002906 ENSG00000137710 RDX DFNB24 radixin protein-coding 1.061 1.309 1.089 0.651 1.656 1.007 1.112 0.348 0.547 0.769 1.424 1.436 1.573 0.091 0.824 1.150 0.337 0.107 1.109 0.331 0.618 0.199 0.754 0.501 1.563 0.869 0.680 0.405 0.644 0.312 0.615 1.191 0.589 2.094 0.297 1.483 0.634 0.796 0.139 0.311 1.919 2.567 0.733 0.441 0.570 0.386 3.569 1.389 1.067 0.865 0.345 2.609 1.150 1.096 1.135 1.563 1.476 1.711 0.383 0.584 0.406 0.637 0.928 0.142 0.548 0.115 0.053 6.809 nan 1.389 2.013 2.644 2.560 1.587 0.650 1.425 1.448 2.001 nan 1.484 2.118 1.338 1.120 1.898 3.241 2.204 2.661 0.787 0.946 1.071 0.657 11486 chr9 21542851 21620761 + 0 NA Intergenic Intergenic -22009 NR_027054 554202 Hs.458096 NR_027054 MIR31HG LncHIFCAR|hsa-lnc-31 MIR31 host gene ncRNA 0.546 nan nan 3.342 0.072 0.024 2.119 0.095 0.207 0.510 0.021 1.668 0.026 0.043 0.060 0.162 1.302 0.131 1.271 0.731 1.674 0.009 0.102 0.104 0.071 0.008 0.001 0.084 0.391 0.309 0.522 0.934 0.055 0.243 0.455 2.569 0.006 5.115 0.171 0.133 0.017 0.297 0.228 0.141 2.156 1.265 0.970 0.003 2.051 0.666 0.592 0.002 0.162 0.549 1.642 0.071 1.066 0.005 0.011 0.270 0.035 0.772 0.045 0.057 0.580 0.285 0.343 0.174 0.087 0.501 0.716 0.409 0.477 0.213 0.123 0.079 0.071 0.179 0.361 0.119 0.152 0.413 0.227 0.146 0.211 0.081 0.119 0.131 0.183 0.702 0.728 9671 chr6 44621300 44643576 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -112820 NR_134609 105375075 Hs.123393 NR_134609 LOC105375075 - uncharacterized LOC105375075 ncRNA 1.087 0.879 0.957 0.935 0.068 0.375 0.568 0.108 0.281 0.622 0.253 1.206 0.133 0.027 0.104 0.752 1.354 0.105 0.252 0.102 0.057 0.050 0.084 0.133 0.096 0.050 0.033 0.043 0.067 0.053 0.192 0.926 0.265 0.407 0.968 0.038 0.034 0.098 0.115 0.393 0.057 0.093 0.114 0.067 0.024 0.196 0.168 0.220 0.077 0.077 0.159 0.096 0.752 0.231 0.025 0.096 0.060 0.086 0.040 0.129 0.222 0.237 0.097 0.928 0.325 1.921 0.683 0.477 0.445 1.730 7.940 0.329 0.416 0.162 0.077 0.368 0.378 0.165 0.288 0.531 nan 0.419 0.235 0.348 0.532 0.125 0.139 0.784 1.862 0.641 0.462 8768 chr5 11897386 11910776 + 0 NA promoter-TSS (NM_001332) promoter-TSS (NM_001332) 74 NR_109988 1501 Hs.314543 NM_001332 ENSG00000169862 CTNND2 GT24|NPRAP catenin delta 2 protein-coding nan nan nan 0.200 0.249 0.029 0.058 0.084 0.194 0.072 0.105 0.041 0.005 0.075 0.106 0.412 0.134 0.155 0.087 0.024 0.011 0.424 0.478 0.071 0.010 0.005 0.033 0.060 0.032 0.147 0.171 0.133 nan 0.022 0.035 0.077 0.025 0.089 0.061 0.030 0.075 0.031 0.012 0.016 0.028 0.065 0.061 0.064 1.335 0.065 0.412 0.079 0.002 0.071 0.027 0.055 0.305 0.099 0.038 0.035 0.311 0.022 0.022 0.008 0.753 0.915 0.541 0.809 0.311 0.393 0.142 0.097 0.297 0.273 nan 8.083 0.281 0.479 1.728 1.770 0.565 1.101 0.254 0.150 0.059 nan 0.681 0.566 1506 chr10 71389207 71404329 + 0 NA Intergenic Intergenic 6765 NM_145306 219738 Hs.522992 NM_145306 ENSG00000171224 FAM241B C10orf35 family with sequence similarity 241 member B protein-coding 0.986 nan 6.293 0.524 0.226 0.197 0.245 0.329 0.745 0.056 0.200 0.164 0.074 0.183 0.275 0.377 0.099 0.053 0.265 0.213 0.313 0.137 0.407 0.284 0.786 0.194 0.200 0.314 0.275 0.852 0.391 0.694 0.295 1.045 0.116 0.121 0.019 0.325 0.048 0.051 0.163 0.480 0.611 0.274 0.146 0.106 0.350 0.099 0.622 0.459 0.198 0.353 0.377 0.245 0.324 0.786 0.219 0.219 0.153 0.607 0.188 0.204 0.085 0.146 0.074 0.114 0.069 0.767 0.829 0.865 1.146 2.100 2.020 0.900 0.286 0.475 0.495 0.354 0.503 1.170 nan 0.375 0.272 0.440 0.661 0.235 0.218 0.434 nan 0.463 0.496 7141 chr21 19060432 19068609 + 0 NA Intergenic Intergenic -79252 NM_001130914 10950 Hs.473420 NM_006806 ENSG00000154640 BTG3 ANA|ANA/BTG3|APRO4|TOB5|TOB55|TOFA BTG anti-proliferation factor 3 protein-coding 1.168 1.485 nan 0.494 0.582 4.984 0.518 0.333 0.677 1.080 0.123 0.011 5.960 0.098 0.210 2.120 0.017 0.020 0.221 0.209 0.038 0.017 0.270 0.132 0.366 1.572 1.591 0.089 0.142 0.154 0.780 3.308 0.847 5.873 0.536 0.288 1.249 0.013 0.105 0.101 0.059 0.293 0.074 0.058 0.133 0.612 0.847 0.206 0.617 0.313 0.106 2.031 2.120 0.480 0.137 0.366 0.181 0.172 0.107 0.198 0.025 0.788 0.060 0.476 0.930 0.007 0.006 0.524 0.488 0.940 2.218 0.328 0.337 0.518 0.189 6.427 7.001 1.260 1.309 0.089 0.172 0.761 0.439 0.201 0.139 5.041 5.885 0.589 1.498 2.098 1.335 4026 chr15 68493493 68527375 + 0 NA intron (NM_017882, intron 2 of 6) intron (NM_017882, intron 2 of 6) 11646 NM_017882 54982 Hs.584921 NM_017882 ENSG00000128973 CLN6 CLN4A|HsT18960|nclf CLN6, transmembrane ER protein protein-coding 1.235 1.060 nan 0.412 0.420 0.233 0.336 0.282 0.687 0.169 0.519 0.350 0.242 0.145 0.643 0.542 0.493 0.138 0.378 0.145 0.280 0.388 0.341 0.251 0.619 0.267 0.255 0.385 0.295 0.128 0.456 1.330 0.275 1.099 0.156 0.495 0.096 0.352 0.085 0.076 0.249 0.508 0.319 0.188 0.344 0.160 0.227 0.477 0.882 0.623 0.300 0.471 0.542 0.521 0.388 0.619 0.412 0.259 0.404 0.589 0.274 0.247 0.398 1.168 0.207 0.184 0.093 1.328 1.291 1.016 1.217 0.782 0.750 nan 0.402 1.123 1.019 1.025 1.504 0.635 0.961 2.058 2.448 0.843 1.392 0.475 0.452 1.706 4.018 0.640 0.462 7205 chr21 38378133 38384202 + 0 NA intron (NM_001317777, intron 2 of 2) intron (NM_001317777, intron 2 of 2) 2304 NM_018962 53820 Hs.254560 NM_018962 ENSG00000183145 RIPPLY3 DSCR6 ripply transcriptional repressor 3 protein-coding 1.652 2.425 1.666 0.202 1.773 2.237 0.254 2.267 4.462 0.190 0.191 0.198 0.021 0.084 3.314 1.343 0.237 0.186 0.278 0.093 0.063 0.023 0.775 0.583 8.803 0.500 0.238 0.508 0.172 0.278 0.450 1.658 0.300 7.847 0.192 0.251 3.705 0.440 0.073 0.176 1.428 0.186 0.155 0.206 0.126 0.087 0.111 0.289 0.630 0.669 0.401 0.317 1.343 0.407 0.409 8.803 0.217 0.064 0.113 0.575 0.568 0.127 0.508 0.148 0.063 0.047 0.009 0.724 1.040 1.171 1.511 10.397 9.106 4.362 1.219 0.835 0.987 0.504 0.917 1.643 2.733 1.358 1.268 1.078 1.298 9.495 11.229 0.306 1.184 nan 1.759 6312 chr2 112455149 112465167 + 0 NA Intergenic Intergenic 68553 NR_039929 100616165 NR_039929 ENSG00000266063 MIR4771-2 - microRNA 4771-2 ncRNA 1.233 nan 0.960 1.726 0.475 2.939 3.870 0.187 0.476 0.459 1.161 4.142 0.112 0.071 0.143 1.914 1.366 0.146 4.260 2.777 2.999 0.028 0.391 0.207 0.293 1.737 1.022 0.528 3.799 1.895 2.065 5.430 2.135 nan 2.067 3.292 0.048 0.065 0.100 2.129 0.158 3.679 0.849 0.573 1.631 3.064 1.688 3.975 1.806 2.302 2.150 3.004 1.914 8.532 6.520 0.293 2.246 0.961 0.301 1.623 0.569 4.261 0.336 0.097 2.163 1.572 1.498 0.520 0.510 1.901 7.042 0.924 nan 3.452 0.782 0.886 0.910 0.561 1.149 2.899 3.009 0.627 0.547 0.503 0.819 0.338 0.882 0.298 0.323 1.313 0.885 11715 chr9 112864234 112875549 + 0 NA intron (NM_001004065, intron 1 of 3) AluSx1|SINE|Alu -17890 NM_001136562 11217 Hs.591908 NM_001004065 ENSG00000241978 AKAP2 AKAP-2|AKAPKL|MISP2|PRKA2 A-kinase anchoring protein 2 protein-coding 0.856 0.857 nan 0.037 0.343 0.538 0.376 0.128 0.340 0.693 0.227 0.198 4.734 0.070 0.284 0.160 0.404 0.100 0.333 0.100 0.195 0.013 0.162 0.073 0.195 0.263 0.067 0.076 0.135 0.047 0.078 nan 0.124 0.547 0.026 0.105 0.210 0.057 0.079 0.042 0.077 0.229 0.043 0.020 0.077 0.114 0.377 0.159 0.079 0.134 0.007 0.197 0.160 0.322 0.106 0.195 0.032 0.937 0.418 0.117 0.052 0.201 0.026 0.239 0.034 0.025 0.018 0.147 0.081 0.277 0.390 0.893 1.083 0.338 0.136 0.273 0.298 0.574 1.059 0.535 nan 1.682 1.589 0.102 0.176 0.301 0.546 0.152 0.249 nan 0.465 6522 chr2 181843470 181848918 + 0 NA 5' UTR (NM_001278554, exon 1 of 6) 5' UTR (NM_001278554, exon 1 of 6) 343 NM_001278554 10477 Hs.470804 NM_006357 ENSG00000170035 UBE2E3 UBCH9|UbcM2 ubiquitin conjugating enzyme E2 E3 protein-coding 3.620 2.220 4.603 3.059 3.645 1.894 5.651 2.413 3.463 0.440 1.735 2.197 0.379 0.603 0.664 2.702 1.570 0.150 3.768 0.796 1.122 0.788 1.770 0.929 3.525 1.992 1.436 1.383 6.641 2.180 3.928 5.331 3.221 5.740 4.141 1.303 0.859 1.666 0.092 2.341 0.962 2.654 3.210 1.831 1.561 2.084 4.826 3.703 3.183 3.507 1.451 2.489 2.702 3.453 2.737 3.525 0.999 1.637 0.450 3.397 1.839 2.333 0.581 0.551 6.353 1.120 0.723 2.970 3.266 4.383 6.091 5.322 5.187 4.942 1.990 13.894 13.746 nan 4.265 6.380 9.826 3.271 3.392 1.209 3.199 3.836 3.526 2.301 nan 1.856 1.412 859 chr1 167759329 167774052 + 0 NA Intergenic Intergenic 75503 NM_001146191 9019 Hs.493919 NM_003953 ENSG00000197965 MPZL1 MPZL1b|PZR|PZR1b|PZRa|PZRb myelin protein zero like 1 protein-coding 1.066 nan 1.573 0.190 0.095 0.026 0.348 0.280 0.275 0.696 0.352 0.502 0.017 0.068 0.206 0.369 1.726 0.400 0.263 0.282 3.672 0.028 0.296 0.244 0.106 1.442 0.910 0.814 0.115 0.122 0.142 0.367 0.327 0.547 0.082 0.751 0.032 0.192 0.113 0.080 0.055 0.913 0.194 0.127 0.977 0.103 1.539 0.269 1.042 0.275 0.374 2.043 0.369 0.135 0.132 0.106 0.206 0.141 0.099 0.809 0.062 0.349 0.116 0.261 0.150 0.142 0.079 0.400 0.310 0.395 0.595 0.551 nan 0.486 0.201 0.163 0.159 0.604 1.020 0.356 nan 0.519 0.274 0.398 0.613 0.139 0.238 0.728 1.301 0.893 0.653 10934 chr8 43092234 43097682 + 0 NA Intergenic SAR|Satellite|Satellite -52627 NM_001002920 340441 Hs.531579 NM_001002920 ENSG00000188877 POTEA A26A1|CT104.3|POTE-8|POTE8 POTE ankyrin domain family member A protein-coding 18.865 18.456 16.489 3.149 5.947 1.788 0.390 8.563 12.390 0.667 5.298 0.710 1.831 4.616 3.948 3.898 8.860 22.028 3.140 1.029 2.189 4.852 8.179 3.832 0.038 0.225 0.027 5.097 0.027 4.851 2.005 4.473 6.917 0.082 0.489 1.643 2.781 10.022 0.044 1.428 0.761 0.310 0.287 0.020 0.680 5.309 0.661 0.269 0.602 0.828 1.399 3.898 0.743 1.701 3.832 1.144 1.820 0.548 0.075 1.133 1.971 6.149 3.607 1.386 1.490 0.939 15.529 10.092 0.923 4.139 12.326 19.015 8.520 8.615 9.256 10.417 12.649 10.932 10.327 9.811 21.665 9.046 16.963 18.157 3.308 6.805 10.463 11.164 11.486 9.908 8578 chr4 146855567 146862463 + 0 NA intron (NM_178835, intron 1 of 14) CpG 1097 NM_001306215 152485 Hs.133916 NM_178835 ENSG00000151612 ZNF827 - zinc finger protein 827 protein-coding 4.494 2.099 3.438 5.253 3.435 1.193 3.837 1.257 2.365 2.627 4.997 6.079 0.529 1.147 3.286 2.262 1.922 0.212 2.576 0.911 2.251 4.878 2.754 1.099 4.388 1.841 2.715 1.517 5.088 1.712 2.530 4.148 2.383 7.731 2.719 2.860 1.147 4.567 0.119 2.021 3.196 4.983 2.718 1.311 1.325 2.207 2.413 4.647 2.857 3.198 2.669 1.576 2.262 2.397 0.226 4.388 1.263 2.183 0.794 3.015 3.078 2.197 2.653 3.174 2.229 2.054 1.492 2.963 5.330 3.923 4.405 5.730 5.090 5.162 1.395 3.274 3.148 2.502 3.557 4.779 5.658 6.636 8.283 2.784 6.852 3.905 2.355 5.100 6.056 2.188 0.987 4284 chr16 20909127 20926817 + 0 NA intron (NR_126516, intron 2 of 3) intron (NR_126516, intron 2 of 3) 5546 NM_001302835 57149 Hs.745012 NM_020424 ENSG00000102897 LYRM1 A211C6.1 LYR motif containing 1 protein-coding 1.901 1.210 nan 2.168 2.181 0.731 1.884 0.891 1.583 1.975 2.367 2.081 1.043 1.245 0.593 1.285 1.946 0.310 2.177 1.190 2.011 0.454 0.744 0.356 1.511 3.902 3.655 1.276 4.226 1.393 3.002 4.867 3.265 2.577 0.868 1.297 0.184 0.640 0.113 1.194 0.512 3.106 1.724 0.843 4.746 1.650 2.839 2.155 1.337 1.366 1.428 2.606 1.285 2.597 1.417 1.511 0.936 0.657 0.508 1.276 0.806 3.379 0.626 1.144 1.200 1.162 0.668 2.881 2.212 1.578 1.944 2.006 2.165 nan 2.004 4.231 4.566 1.318 1.798 6.342 7.030 2.572 2.218 1.855 2.596 1.315 1.058 1.690 3.004 1.653 1.109 4507 chr16 87942630 87949542 + 0 NA intron (NM_001739, intron 2 of 6) MamRep605|Unknown|Unknown 24026 NM_001739 763 Hs.177446 NM_001739 ENSG00000174990 CA5A CA5|CA5AD|CAV|CAVA|GS1-21A4.1 carbonic anhydrase 5A protein-coding nan 0.909 1.686 0.206 0.915 0.319 0.099 2.422 4.579 0.027 0.124 0.216 0.009 1.103 0.473 1.244 0.077 0.046 0.185 0.064 0.151 0.997 0.533 1.990 0.061 0.063 0.086 0.175 0.100 0.981 0.126 1.385 0.042 0.087 0.042 0.109 0.079 0.034 0.813 0.283 0.096 0.033 0.047 0.083 0.070 0.231 0.255 0.469 0.991 0.434 1.244 0.137 0.200 1.990 0.054 0.635 0.526 0.181 6.343 0.065 0.071 0.089 0.025 0.017 0.008 0.369 0.522 0.253 0.509 3.722 3.012 3.516 2.939 0.508 0.555 0.653 0.952 1.777 1.794 0.883 0.622 0.396 0.420 0.964 1.194 0.327 0.779 3.137 1.627 2890 chr12 98735408 98755213 + 0 NA Intergenic Intergenic 105613 NR_033801 121456 Hs.620643 NR_033801 ENSG00000227825 SLC9A7P1 - solute carrier family 9 member 7 pseudogene 1 pseudo 0.952 0.880 0.725 0.484 0.093 0.068 0.272 0.211 0.346 0.058 0.274 0.371 0.016 0.035 0.102 1.680 0.198 0.157 0.520 0.327 0.022 0.042 0.198 0.191 0.272 0.368 0.204 0.048 0.623 0.103 0.108 0.175 0.069 nan 0.170 0.084 0.077 0.066 0.130 0.125 0.044 0.735 0.119 0.071 0.579 0.449 0.073 0.273 0.140 0.101 0.032 0.057 1.680 0.130 0.028 0.272 0.037 0.063 0.015 0.047 0.260 0.024 0.065 0.155 0.069 0.111 0.072 0.384 0.235 0.430 0.680 0.525 0.621 5.735 1.849 0.269 0.193 0.630 nan 0.333 nan 0.368 0.192 0.192 0.195 0.512 0.539 0.273 0.607 2.095 1.157 11960 chrX 99688144 99706102 + 0 NA Intergenic Intergenic -31852 NM_001105243 57526 Hs.4993 NM_020766 ENSG00000165194 PCDH19 EFMR|EIEE9 protocadherin 19 protein-coding 0.474 0.623 0.779 0.120 0.068 0.006 0.584 0.103 0.174 0.117 0.057 0.010 0.003 0.022 0.088 0.155 0.037 0.107 2.932 0.828 0.036 0.152 0.191 0.013 0.019 0.036 0.013 0.049 0.059 0.054 0.172 1.285 0.203 0.471 0.053 0.036 0.079 0.125 0.052 0.065 0.135 0.044 0.026 0.097 0.051 0.430 0.105 0.018 0.012 0.009 0.034 0.155 2.300 0.026 0.013 0.020 0.055 0.055 0.011 0.725 0.005 0.103 0.004 0.008 0.006 0.158 0.164 0.141 0.187 0.122 0.145 0.129 0.041 0.206 0.187 0.107 0.128 0.204 0.236 0.457 0.246 0.072 0.113 0.084 0.104 0.103 0.176 0.032 0.076 9677 chr6 45572239 45600802 + 0 NA Intergenic Intergenic 196206 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.680 0.979 0.862 0.274 0.153 0.086 0.907 0.275 0.676 0.161 1.637 1.674 0.028 0.048 0.062 0.286 1.276 0.214 0.303 0.186 0.047 0.024 0.120 0.128 0.223 0.266 0.086 0.013 0.105 0.159 0.228 1.316 0.419 0.454 1.051 0.138 0.010 0.042 0.134 0.219 0.074 0.193 0.188 0.103 0.091 0.137 0.529 2.075 0.051 0.205 0.061 0.334 0.286 0.203 0.042 0.223 0.148 0.139 0.007 0.082 0.057 0.579 1.624 0.450 1.577 2.035 2.282 1.903 1.246 3.218 7.945 0.302 0.311 0.120 0.073 1.331 1.325 0.139 0.248 0.561 nan 0.535 0.304 2.210 2.902 0.091 0.116 0.455 1.237 0.737 0.641 3967 chr15 57587995 57620512 + 0 NA Intergenic MamRep434|DNA|TcMar-Tigger -7083 NR_120337 101928611 Hs.569495 NR_120337 LINC01413 - long intergenic non-protein coding RNA 1413 ncRNA 1.001 0.964 1.365 0.161 1.731 0.839 0.203 2.984 6.118 0.012 0.213 0.687 0.015 0.321 1.967 0.726 0.320 0.107 0.374 0.204 0.051 0.038 0.459 0.359 3.565 0.226 0.128 0.145 0.124 0.107 0.392 1.649 0.158 6.560 0.188 0.907 0.774 0.130 0.072 0.062 1.159 0.105 0.063 0.055 0.159 0.129 0.068 0.213 1.049 0.305 0.134 0.376 0.726 0.294 0.253 3.565 0.158 0.077 0.964 0.228 0.775 0.195 2.636 0.284 0.109 0.025 0.019 0.800 1.262 1.413 0.934 3.525 3.347 4.552 1.519 0.366 0.443 0.433 0.732 4.301 4.895 3.302 3.043 1.262 2.276 2.923 2.602 0.456 1.039 2.270 1.011 135 chr1 19658029 19696789 + 0 NA intron (NM_001206541, intron 7 of 8) intron (NM_001206541, intron 7 of 8) 38669 NM_001040125 54896 Hs.647620 NM_017765 ENSG00000040487 PQLC2 - PQ loop repeat containing 2 protein-coding 1.046 1.024 nan 0.214 2.130 1.549 1.006 0.207 0.345 0.032 0.162 0.106 0.022 0.676 1.733 0.346 0.145 0.079 0.572 0.181 0.068 0.061 0.097 0.079 0.176 0.075 0.056 0.114 0.107 0.101 0.098 0.288 0.146 4.619 0.569 0.060 0.106 0.151 0.115 0.009 0.097 0.129 0.057 0.036 0.047 0.091 0.112 0.111 0.129 0.203 0.016 0.043 0.346 0.611 0.079 0.176 0.054 0.052 0.223 0.181 0.495 0.085 0.048 0.175 0.037 0.019 0.005 0.346 0.393 0.391 0.590 1.210 1.458 1.035 0.234 0.440 nan 0.702 nan 2.800 2.828 nan 0.327 0.213 0.225 0.259 0.377 0.390 0.743 0.693 0.407 9597 chr6 35144505 35155090 + 0 NA Intergenic Intergenic -32042 NM_001303136 222663 Hs.12923 NM_152753 ENSG00000146197 SCUBE3 CEGF3 signal peptide, CUB domain and EGF like domain containing 3 protein-coding nan 0.785 nan 0.483 0.220 0.074 5.176 0.106 0.333 1.049 0.268 0.872 0.298 0.066 0.067 0.556 0.809 0.061 2.063 1.091 0.102 0.026 0.060 0.086 0.398 2.365 2.107 0.043 0.871 3.300 0.417 1.089 2.958 0.749 2.185 0.283 0.081 0.041 0.108 0.622 0.151 1.807 0.513 0.304 0.865 1.615 0.927 0.695 0.784 2.032 1.344 1.619 0.556 1.710 2.448 0.398 0.254 1.897 0.100 0.577 0.048 0.716 0.093 0.129 0.386 0.082 0.048 0.317 0.340 0.272 nan nan 0.452 0.845 0.194 0.636 0.702 0.206 0.419 0.630 0.610 0.474 0.149 0.370 0.432 0.414 0.518 0.316 0.493 0.605 0.567 3344 chr13 111041099 111066366 + 0 NA intron (NM_001846, intron 4 of 47) intron (NM_001846, intron 4 of 47) 60427 NR_107040 102465872 NR_107040 ENSG00000276765 MIR8073 hsa-mir-8073 microRNA 8073 ncRNA 0.480 nan 0.558 0.205 0.185 0.139 0.386 0.127 0.171 0.079 0.284 3.981 0.054 0.032 0.120 0.189 0.795 0.071 0.175 0.128 0.047 0.022 0.075 0.078 0.080 0.287 0.107 0.048 0.029 0.105 0.093 0.229 0.050 0.329 0.040 0.695 0.019 0.077 0.069 0.098 0.060 1.408 0.229 0.232 0.035 0.052 0.301 3.193 0.212 0.020 0.265 0.113 0.189 0.119 0.026 0.080 0.102 0.403 0.008 0.135 0.050 0.273 0.056 0.128 1.051 0.611 0.427 0.503 0.225 0.447 0.976 0.362 0.409 0.297 0.117 0.183 0.166 0.035 0.087 0.443 0.438 0.263 0.091 0.152 0.289 0.141 0.200 0.183 0.274 0.129 0.182 4687 chr17 29814130 29828290 + 0 NA intron (NM_001346748, intron 1 of 12) MIR|SINE|MIR 6191 NM_001346747 84440 Hs.406788 NM_032932 ENSG00000131242 RAB11FIP4 FIP4-Rab11|RAB11-FIP4 RAB11 family interacting protein 4 protein-coding nan nan nan 1.082 0.558 3.312 0.835 0.539 0.994 0.595 0.243 0.085 0.222 0.162 0.635 0.271 0.147 0.130 2.603 1.272 0.067 0.079 0.239 0.151 0.678 0.449 0.210 0.215 1.312 0.894 0.675 1.546 0.565 2.170 0.722 0.120 0.087 0.375 0.114 0.075 0.306 0.213 0.068 0.071 1.046 0.443 1.599 0.205 0.529 0.168 0.223 0.601 0.271 3.575 0.046 0.678 0.363 0.580 0.420 0.599 0.527 0.101 1.222 0.218 0.016 0.073 0.036 2.457 4.371 1.043 1.869 1.203 0.992 1.638 0.680 1.653 1.717 0.626 1.136 1.856 2.800 2.059 2.001 2.338 3.009 0.627 0.469 0.555 nan 1.323 0.782 6489 chr2 174264846 174318502 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 72113 NM_145810 83879 Hs.470654 NM_031942 ENSG00000144354 CDCA7 ICF3|JPO1 cell division cycle associated 7 protein-coding 1.792 0.966 1.202 0.122 0.180 0.117 0.161 0.167 0.323 0.028 0.118 0.634 0.015 0.031 0.053 0.404 0.222 0.072 0.246 0.148 0.179 0.021 0.088 0.105 0.207 0.059 0.045 0.053 0.090 0.035 0.109 0.313 0.142 0.412 0.202 0.148 0.025 0.664 0.104 0.044 0.224 0.162 0.062 0.065 0.217 0.047 0.225 0.138 0.230 0.097 0.064 0.241 0.404 0.106 0.152 0.207 0.070 0.091 0.274 0.254 0.079 0.151 0.071 2.773 0.064 0.030 0.013 0.510 0.481 0.294 0.352 0.267 0.322 0.249 0.108 0.359 0.363 1.538 1.891 0.791 1.003 3.086 2.722 0.232 0.370 0.059 0.091 2.148 6.994 0.395 0.371 145 chr1 21344611 21350354 + 0 NA intron (NM_001198803, intron 4 of 12) intron (NM_001198803, intron 4 of 12) -32557 NR_031657 100302155 NR_031657 ENSG00000221808 MIR1256 MIRN1256|hsa-mir-1256 microRNA 1256 ncRNA 1.917 2.819 nan 1.028 5.609 2.234 0.938 2.226 3.749 0.991 0.926 2.215 1.144 1.002 2.544 1.298 2.943 0.197 1.826 0.833 4.116 0.146 3.110 1.251 1.046 1.626 1.051 0.606 1.484 0.695 2.036 4.658 1.799 2.463 0.628 1.665 0.590 0.229 0.135 0.433 1.144 1.042 0.498 0.468 1.372 0.831 1.225 1.171 1.749 1.512 1.835 1.766 1.298 1.602 3.931 1.046 0.585 3.606 0.557 0.910 2.842 0.788 0.653 0.952 0.500 0.398 0.434 0.460 0.785 2.248 6.724 2.845 3.250 5.142 5.221 7.301 7.706 2.641 2.913 12.230 17.448 1.234 0.855 0.745 0.782 3.166 6.287 1.416 3.658 2.644 1.207 10419 chr7 73494001 73520670 + 0 NA promoter-TSS (NM_001204426) promoter-TSS (NM_001204426) -151 NM_001204426 3984 Hs.647035 NM_002314 ENSG00000106683 LIMK1 LIMK|LIMK-1 LIM domain kinase 1 protein-coding nan 1.069 0.860 1.021 0.491 1.894 3.962 0.676 1.027 1.385 1.611 2.554 0.033 0.211 0.800 0.749 1.013 0.357 2.781 1.509 0.519 0.166 0.659 0.266 0.472 0.727 0.739 0.757 4.520 0.997 1.032 1.983 3.511 1.139 1.860 0.815 0.102 0.703 0.145 1.631 0.270 2.776 0.962 0.418 1.579 2.162 1.288 2.039 1.334 3.402 0.361 0.958 0.749 3.392 2.563 0.472 0.791 0.911 0.299 0.649 0.354 2.394 0.196 0.153 2.018 0.739 0.455 1.402 2.069 0.875 nan 1.050 0.968 1.399 0.431 0.620 0.619 0.364 nan 1.211 nan 0.725 0.637 0.661 0.657 0.438 0.486 0.518 0.605 1.362 0.869 2674 chr12 52207550 52222250 + 0 NA exon (NM_001013690, exon 2 of 2) exon (NM_001013690, exon 2 of 2) 10801 NM_001013690 401720 Hs.648218 NM_001013690 ENSG00000261308 FIGNL2 - fidgetin like 2 protein-coding nan 1.710 0.793 0.291 0.736 1.280 0.197 0.774 1.409 0.498 1.032 0.201 0.539 0.108 1.552 1.699 0.653 0.165 0.373 0.051 1.403 0.490 1.152 0.582 2.891 1.107 0.973 0.790 1.702 0.271 2.022 3.469 0.158 3.102 0.178 0.149 0.453 0.982 0.076 0.323 0.824 0.908 0.102 0.127 0.125 0.490 0.024 0.868 2.064 2.920 0.349 0.384 1.699 0.164 0.225 2.891 0.273 0.743 0.576 4.391 1.369 0.226 0.577 0.412 0.241 0.129 0.062 nan 3.016 0.713 1.036 5.690 nan 3.746 1.347 0.510 0.499 0.945 nan 3.360 nan 1.882 2.183 1.268 2.537 2.152 1.912 0.773 1.148 2.039 1.205 1131 chr1 218827680 218856822 + 0 NA intron (NR_031644, intron 3 of 6) intron (NR_031644, intron 3 of 6) 158814 NR_146760 440714 Hs.146774 NR_146760 ENSG00000228208 C1orf143 - chromosome 1 open reading frame 143 (putative) ncRNA 1.246 1.071 1.454 0.954 0.189 0.021 3.901 0.209 0.345 0.247 0.700 2.705 0.117 0.024 0.052 0.343 0.611 0.152 1.530 1.119 0.224 0.841 0.123 0.145 0.082 5.008 3.438 0.590 1.768 2.480 0.340 0.730 0.670 nan 1.361 0.553 0.088 0.108 0.101 0.991 0.066 0.591 0.286 0.208 3.232 1.140 0.325 2.086 0.578 0.418 0.049 0.996 0.343 0.822 1.917 0.082 0.489 0.122 0.027 0.300 0.146 1.553 0.024 0.103 1.690 3.708 4.635 0.345 0.206 1.190 4.013 0.386 0.442 nan 0.085 0.304 0.269 0.115 nan 0.379 0.377 0.536 0.344 0.077 0.133 0.435 0.982 0.306 0.684 0.925 0.726 8472 chr4 90195010 90207254 + 0 NA intron (NM_198281, intron 1 of 1) L2|LINE|L2 28029 NM_198281 285513 Hs.100912 NM_198281 ENSG00000185477 GPRIN3 GRIN3 GPRIN family member 3 protein-coding 0.614 0.597 1.152 0.483 0.193 0.031 0.134 0.092 0.196 0.015 0.173 0.203 0.020 0.123 0.073 0.135 0.125 0.066 0.121 0.078 3.039 0.011 0.090 0.088 0.108 0.011 0.006 0.146 0.117 0.087 0.111 0.305 0.056 0.220 0.096 6.302 0.247 0.027 0.082 0.009 0.098 0.142 0.031 0.045 0.161 0.025 0.040 0.120 2.597 0.052 1.177 0.448 0.135 0.076 0.015 0.108 1.918 2.081 0.008 0.042 0.781 0.019 0.016 0.131 0.012 0.014 0.008 0.284 0.118 0.255 0.296 0.218 0.188 0.394 0.115 0.364 0.332 0.239 0.417 0.542 0.658 0.399 0.281 0.097 0.150 0.997 1.540 0.238 0.593 0.361 0.278 1876 chr11 32193415 32211071 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -36785 NR_132770 106635521 NR_132770 SNORA88 - small nucleolar RNA, H/ACA box 88 snoRNA 0.773 0.742 nan 0.073 0.110 0.025 0.048 0.911 2.183 0.016 0.177 0.037 0.023 0.050 0.288 0.110 0.145 0.090 0.022 0.029 0.016 0.098 0.154 0.068 0.047 0.014 0.033 0.067 0.018 0.063 0.133 0.089 0.308 0.025 0.123 0.070 0.063 0.114 0.033 0.063 0.146 0.060 0.044 0.025 0.043 0.090 0.292 0.092 0.052 0.035 0.031 0.288 0.065 0.074 0.068 0.028 0.028 0.313 0.082 0.023 0.045 0.070 0.066 0.095 0.038 0.012 0.489 0.292 0.563 0.736 0.285 0.350 0.277 0.132 0.294 0.313 3.928 3.856 0.133 0.133 0.447 0.226 0.288 0.486 0.232 0.261 0.228 nan 0.951 0.662 1759 chr11 2398560 2416068 + 0 NA intron (NM_004356, intron 1 of 7) L1ME2z|LINE|L1 -8092 NR_108080 101927682 Hs.675920 NR_108080 ENSG00000238184 CD81-AS1 - CD81 antisense RNA 1 ncRNA 1.454 0.900 1.506 0.422 0.226 0.108 0.433 0.367 0.614 0.076 0.534 0.281 0.025 0.040 0.051 1.352 0.452 0.128 0.713 0.162 0.253 0.291 0.271 0.154 0.783 0.225 0.245 0.581 0.170 0.091 0.362 0.910 0.477 1.659 0.158 0.273 0.119 0.462 0.058 0.094 0.167 0.485 0.457 0.384 0.169 0.096 0.405 0.156 0.853 0.936 0.177 0.373 1.352 1.192 0.397 0.783 0.175 0.309 0.323 0.982 0.580 0.685 5.993 0.156 0.052 0.010 0.015 2.452 3.440 0.965 1.421 0.487 0.464 0.756 0.386 2.403 2.391 0.540 0.875 0.505 1.187 0.673 0.737 5.624 7.110 0.471 0.427 0.459 0.462 0.419 0.377 7916 chr3 150314339 150322994 + 0 NA Intergenic HERVH-int|LTR|ERV1 -2384 NM_016275 51714 Hs.369052 NM_016275 ENSG00000198843 SELENOT SELT selenoprotein T protein-coding nan 2.179 2.224 7.328 2.567 1.458 7.336 1.884 3.107 1.192 1.759 2.879 1.061 0.496 1.637 1.938 2.323 0.277 2.585 1.077 1.196 0.656 2.098 1.068 2.543 1.271 1.049 0.900 4.290 2.134 1.356 1.925 1.612 2.779 1.105 1.463 0.177 1.165 0.073 0.559 1.465 2.795 2.525 1.218 2.544 1.423 2.745 0.690 1.571 4.589 0.711 1.555 1.938 2.020 2.142 2.543 0.989 1.480 0.717 1.953 0.918 2.241 1.267 1.487 1.177 1.603 1.481 2.741 2.462 3.670 5.371 3.684 3.663 5.928 3.062 5.937 6.409 3.632 nan 3.020 4.468 7.673 6.503 2.611 4.552 1.237 1.381 2.894 3.489 1.988 1.296 9489 chr6 20919909 20941103 + 0 NA intron (NM_017774, intron 9 of 15) intron (NM_017774, intron 9 of 15) 395818 NM_017774 54901 Hs.657604 NM_017774 ENSG00000145996 CDKAL1 - CDK5 regulatory subunit associated protein 1 like 1 protein-coding 1.231 1.221 nan 0.151 0.771 1.560 0.140 1.360 2.655 0.010 0.129 0.170 0.026 0.099 0.340 0.682 0.296 0.103 0.129 0.027 0.190 0.026 0.347 0.332 1.086 0.184 0.045 0.010 0.080 0.045 0.156 0.586 0.399 nan 0.117 0.071 0.474 0.087 0.121 0.018 0.214 0.105 0.014 0.007 0.062 0.073 0.178 0.061 0.124 0.057 0.075 0.124 0.682 0.071 0.087 1.086 0.025 0.104 0.064 0.076 0.053 0.078 0.084 0.348 0.036 0.030 0.036 0.468 0.277 1.515 nan 0.411 0.661 nan 0.499 0.450 0.474 0.991 1.072 1.059 0.866 0.764 0.463 0.172 0.331 1.433 2.439 0.516 1.391 0.793 0.459 8208 chr3 197451215 197464965 + 0 NA intron (NM_001145642, intron 1 of 20) SVA_D|Other|Other 5707 NM_001346873 9711 Hs.478868 NM_014687 ENSG00000145016 RUBCN KIAA0226|RUBICON|SCAR15 RUN and cysteine rich domain containing beclin 1 interacting protein protein-coding nan 1.995 1.438 0.616 0.974 0.663 1.609 0.440 0.913 0.187 0.625 0.489 0.236 0.261 0.718 0.988 0.937 0.223 0.597 0.160 0.477 0.161 0.477 0.297 0.808 2.189 1.378 0.837 0.800 0.754 0.955 nan 0.433 nan 0.320 0.219 0.111 0.465 0.098 0.306 0.599 0.928 0.919 0.477 0.608 1.078 0.975 0.647 0.416 1.350 0.296 0.720 0.988 2.180 0.861 0.808 0.302 0.481 2.073 0.731 0.288 0.912 0.419 1.039 0.354 0.243 0.155 0.767 0.873 0.831 1.333 1.432 1.431 2.178 0.721 1.547 1.504 2.746 3.474 2.116 2.877 8.534 8.568 0.837 1.481 0.572 0.600 1.488 2.631 0.972 0.600 6952 chr20 34453438 34478340 + 0 NA intron (NM_016436, intron 9 of 17) intron (NM_016436, intron 9 of 17) 76659 NM_033630 51282 Hs.584909 NM_016558 ENSG00000171222 SCAND1 RAZ1|SDP1 SCAN domain containing 1 protein-coding 1.057 1.354 1.836 0.843 0.332 0.069 1.077 0.148 0.271 1.238 1.560 4.138 0.025 0.085 0.153 0.209 1.612 0.562 0.659 0.250 6.637 0.039 0.082 0.084 0.140 0.853 0.589 1.794 0.708 0.375 0.407 nan 0.666 0.405 0.183 5.383 0.046 0.266 0.129 0.521 0.158 3.822 0.654 0.288 0.381 0.541 0.630 0.641 0.686 0.864 0.076 0.782 0.209 1.232 0.263 0.140 0.880 2.265 0.183 7.438 0.057 1.051 0.127 0.274 1.572 0.504 0.323 0.655 0.716 1.048 3.146 0.369 nan 0.854 0.322 0.578 0.596 0.697 1.115 0.486 0.684 1.104 0.782 0.336 0.522 0.144 0.220 0.558 nan 0.405 0.306 9226 chr5 141878097 141890603 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 116570 NM_001257212 2246 Hs.483635 NM_000800 ENSG00000113578 FGF1 AFGF|ECGF|ECGF-beta|ECGFA|ECGFB|FGF-1|FGF-alpha|FGFA|GLIO703|HBGF-1|HBGF1 fibroblast growth factor 1 protein-coding nan 0.956 0.562 0.517 0.099 0.022 1.487 0.179 0.379 0.023 0.250 0.250 0.030 0.161 0.150 0.302 0.097 0.090 0.126 0.105 0.082 0.011 0.138 0.045 0.163 0.294 0.097 0.041 0.120 1.155 0.683 1.764 0.729 0.512 0.655 0.129 0.038 0.065 0.082 0.351 0.057 0.174 0.058 0.080 0.175 0.240 0.799 0.208 0.215 0.160 2.675 1.069 0.302 0.087 0.214 0.163 0.370 0.148 0.008 0.139 0.081 0.088 0.039 0.150 0.184 0.060 0.012 0.125 0.086 0.183 0.300 0.301 0.244 0.250 0.068 0.224 0.295 0.323 0.597 0.348 0.246 0.519 0.114 0.185 0.180 0.108 0.170 0.207 0.485 0.498 0.451 8183 chr3 195380766 195393835 + 0 NA intron (NR_003265, intron 1 of 14) intron (NR_003265, intron 1 of 14) 2390 NR_003265 727956 Hs.596261 NR_003265 ENSG00000242086 SDHAP2 SDHAL2|SDHALP2 succinate dehydrogenase complex flavoprotein subunit A pseudogene 2 pseudo nan 2.963 2.903 1.236 1.663 1.248 1.251 1.302 2.807 1.024 1.407 0.922 0.681 0.420 1.880 1.129 0.971 0.223 0.962 0.382 0.668 0.815 1.150 0.838 0.786 1.218 1.507 1.462 1.601 0.841 2.583 nan 1.537 nan 0.789 0.747 0.387 0.944 0.093 0.578 0.876 1.993 1.902 1.231 1.200 0.585 2.061 0.770 1.473 1.746 0.562 0.954 1.129 0.901 0.862 0.786 0.784 0.360 0.521 1.482 0.434 0.683 7.085 1.287 0.350 0.423 0.260 1.374 1.861 1.983 2.716 2.710 2.672 2.315 1.171 4.932 4.790 2.291 2.952 2.953 4.192 2.193 2.214 7.280 11.225 1.023 0.969 2.540 3.132 1.674 1.024 7315 chr22 20918663 20926116 + 0 NA intron (NM_001003891, intron 7 of 17) AluJb|SINE|Alu 60054 NM_001293237 51586 Hs.517421 NM_015889 ENSG00000099917 MED15 ARC105|CAG7A|CTG7A|PCQAP|TIG-1|TIG1|TNRC7 mediator complex subunit 15 protein-coding 0.662 nan 0.552 2.925 0.130 0.164 2.097 0.087 0.135 3.428 2.138 0.408 14.812 0.041 0.175 0.104 0.943 0.541 2.538 1.183 1.719 0.037 0.084 0.034 0.161 0.912 0.831 2.182 3.257 3.681 0.372 nan 4.208 0.272 1.748 0.087 0.025 0.117 0.083 0.333 0.042 1.347 0.391 0.147 0.658 1.187 2.033 1.932 0.360 0.292 0.078 0.842 0.104 7.793 0.082 0.161 0.738 3.466 0.084 0.176 0.069 1.470 0.027 0.018 1.122 1.091 0.787 0.453 0.622 0.548 1.100 0.316 0.386 0.256 0.117 0.393 0.392 0.490 0.782 0.193 0.346 0.407 0.283 0.184 0.169 0.069 0.061 0.151 0.413 0.820 0.477 4605 chr17 15365944 15374769 + 0 NA intron (NM_001204477, intron 1 of 3) intron (NM_001204477, intron 1 of 3) 569 NM_001204477 284040 Hs.164595 NM_173622 ENSG00000239704 CDRT4 - CMT1A duplicated region transcript 4 protein-coding 1.047 0.456 0.591 0.049 0.109 0.006 0.101 0.254 0.249 0.014 0.134 0.105 0.240 0.035 0.020 0.058 0.489 0.092 0.070 0.042 0.036 0.039 0.131 0.165 0.057 0.091 0.077 0.012 0.055 0.246 0.166 0.263 0.050 0.054 0.011 0.013 0.047 0.054 0.018 0.186 0.069 0.009 0.054 0.096 0.066 0.135 0.277 0.072 0.018 0.037 0.058 0.096 0.135 0.131 0.042 0.065 0.092 3.225 0.330 0.025 0.098 0.181 0.176 0.097 0.371 0.320 0.252 nan 0.247 0.334 0.152 0.076 0.178 0.218 0.166 0.362 0.261 0.349 nan 0.138 0.099 0.147 0.010 0.027 0.191 0.374 0.818 0.497 6430 chr2 158111982 158122008 + 0 NA intron (NM_014568, intron 1 of 9) intron (NM_014568, intron 1 of 9) 2885 NM_001329868 11227 Hs.269027 NM_014568 ENSG00000136542 GALNT5 GALNAC-T5|GALNACT5 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 5 protein-coding nan 0.778 nan 5.213 0.379 0.022 5.053 0.192 0.557 0.010 0.125 2.044 0.161 0.190 0.125 0.509 0.950 0.098 0.483 0.792 0.044 0.031 0.118 0.236 2.387 1.987 0.051 3.075 2.951 1.516 3.675 1.373 0.943 1.008 0.587 0.028 0.076 0.788 0.269 0.119 0.066 0.039 3.820 3.549 0.087 0.647 1.169 0.259 1.470 0.680 0.509 0.534 3.897 0.236 0.942 0.181 0.594 0.109 0.345 0.831 0.020 0.112 1.866 0.040 0.015 0.372 0.203 0.221 0.515 0.321 0.347 0.799 0.320 0.231 0.341 3.872 3.787 0.457 0.398 1.118 0.995 0.126 0.236 0.076 0.180 0.319 0.395 0.444 0.402 3026 chr12 123734719 123743948 + 0 NA intron (NM_152269, intron 2 of 2) AluSx|SINE|Alu 13468 NM_001270434 8099 Hs.433201 NM_004642 ENSG00000111328 CDK2AP1 DOC1|DORC1|ST19|doc-1|p12DOC-1 cyclin dependent kinase 2 associated protein 1 protein-coding 2.517 0.933 2.632 1.095 1.278 1.020 1.823 0.453 0.647 0.125 0.565 0.725 0.618 0.126 1.033 0.386 0.143 0.156 0.902 0.391 0.382 0.075 0.219 0.199 1.618 1.500 1.344 0.328 0.294 0.443 0.978 2.455 0.475 0.908 0.595 1.496 0.966 0.317 0.108 0.205 3.053 0.273 0.242 0.142 0.850 0.689 1.765 0.173 3.102 0.502 0.867 1.521 0.386 0.878 0.269 1.618 1.228 0.541 1.418 0.289 0.495 0.268 0.332 2.308 0.519 0.037 0.027 1.539 2.147 0.825 1.750 1.030 1.213 nan 0.366 2.351 2.377 4.269 5.554 4.803 6.030 3.557 3.634 0.766 1.145 2.345 2.878 2.721 6.717 1.265 0.515 11777 chr9 128639084 128683624 + 0 NA intron (NR_024123, intron 2 of 6) intron (NR_024123, intron 2 of 6) 150876 NM_001134778 5090 Hs.428027 NM_006195 ENSG00000167081 PBX3 - PBX homeobox 3 protein-coding nan nan 1.003 0.062 1.430 0.281 0.072 0.702 1.421 0.023 0.144 0.187 0.039 0.358 0.431 0.388 0.371 0.102 0.191 0.064 0.021 0.047 1.049 0.766 0.693 0.070 0.031 0.060 0.084 0.014 0.243 0.624 0.114 nan 0.048 0.080 0.396 0.149 0.084 0.045 0.263 0.087 0.036 0.026 0.039 0.021 0.128 0.106 0.088 0.346 0.021 0.088 0.388 0.174 0.100 0.693 0.042 0.090 0.188 0.018 1.563 0.191 0.047 0.693 0.024 0.034 0.023 0.311 0.240 0.361 0.465 0.862 1.064 2.100 0.897 0.342 0.331 0.933 nan 1.692 2.354 2.581 1.862 0.164 0.230 2.362 3.012 1.241 2.101 nan 0.769 1528 chr10 75645425 75680434 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -7930 NM_002658 5328 Hs.77274 NM_002658 ENSG00000122861 PLAU ATF|BDPLT5|QPD|UPA|URK|u-PA plasminogen activator, urokinase protein-coding 0.774 nan 1.364 3.089 0.228 0.334 6.880 0.215 0.394 1.719 2.392 3.347 0.191 0.037 0.108 0.250 1.384 0.453 4.167 2.377 0.849 0.075 0.126 0.070 0.359 2.831 3.019 0.143 5.676 3.574 2.698 4.544 1.563 2.648 1.966 1.049 0.025 0.087 0.079 2.181 0.068 8.481 5.211 1.976 4.065 2.493 3.228 3.744 1.762 3.834 0.593 1.973 0.250 4.680 5.069 0.359 1.513 1.636 0.149 2.017 0.337 2.502 0.139 0.053 2.908 1.826 1.416 0.450 0.575 0.689 2.097 0.390 0.477 1.136 0.319 0.269 0.312 0.378 0.606 1.282 nan 0.222 0.138 0.322 0.456 0.158 0.152 0.185 nan 0.756 0.517 6919 chr20 30742093 30746669 + 0 NA intron (NM_014742, intron 13 of 17) MER2|DNA|TcMar-Tigger 33782 NR_002781 128854 Hs.647447 NR_002781 ENSG00000235217 TSPY26P TSPYL3|bA392M18.1 testis specific protein, Y-linked 26, pseudogene pseudo 1.620 1.131 0.906 0.534 0.310 2.393 0.477 0.105 0.192 0.063 0.616 0.174 0.173 0.155 0.085 1.280 0.352 0.494 0.256 0.269 0.060 0.474 0.272 0.211 0.328 0.275 0.144 0.284 0.275 0.176 nan 0.140 0.607 0.136 0.260 0.042 0.141 0.058 0.285 0.018 2.712 0.329 0.239 0.627 0.112 0.136 0.282 0.150 0.668 6.469 0.172 0.085 0.351 0.273 0.211 0.133 0.061 0.384 0.140 0.340 0.435 0.191 0.136 0.076 0.033 0.585 1.368 0.351 0.563 1.573 nan 0.986 0.426 0.351 0.349 0.457 0.854 1.768 1.321 0.694 0.528 0.421 0.475 0.128 0.173 0.351 nan 1.113 0.648 11129 chr8 97553307 97567731 + 0 NA intron (NM_002998, intron 1 of 4) intron (NM_002998, intron 1 of 4) 54637 NM_002998 6383 Hs.1501 NM_002998 ENSG00000169439 SDC2 CD362|HSPG|HSPG1|SYND2 syndecan 2 protein-coding nan 0.975 1.275 0.025 0.710 0.038 0.263 0.334 0.575 0.027 0.103 0.020 0.039 0.061 4.359 1.074 0.407 0.185 0.029 0.013 0.035 0.010 0.076 0.070 0.324 0.096 0.025 0.020 0.057 0.022 0.104 0.176 0.211 3.612 0.050 0.033 0.033 2.841 0.101 0.024 0.189 0.051 0.025 0.011 0.015 0.021 0.073 0.195 0.034 0.035 0.017 0.056 1.074 0.065 0.032 0.324 0.017 0.057 0.149 0.020 0.049 0.065 0.041 1.759 0.031 0.028 0.021 0.334 0.167 0.325 nan 2.670 2.765 1.204 0.466 0.367 0.411 0.196 0.416 1.029 0.893 1.479 1.206 0.214 0.335 0.418 0.870 1.468 3.764 0.360 0.369 7615 chr3 54985064 55010997 + 0 NA intron (NM_001304389, intron 1 of 2) intron (NM_001304389, intron 1 of 2) 3085 NM_001304389 57408 Hs.591668 NM_020678 ENSG00000144771 LRTM1 HT017 leucine rich repeats and transmembrane domains 1 protein-coding 0.761 0.693 nan 0.028 0.136 0.088 0.041 0.136 0.260 0.152 0.090 0.346 0.026 0.024 0.062 0.237 0.171 0.044 0.049 0.007 0.007 0.011 0.114 0.048 0.128 0.005 0.019 0.020 0.061 0.008 0.053 0.118 0.183 0.286 0.123 0.065 0.040 0.033 0.064 0.114 0.110 0.057 0.037 0.030 0.004 0.020 0.159 0.598 0.088 0.022 0.082 0.048 0.237 0.049 0.064 0.128 0.024 0.041 0.101 0.041 0.059 0.064 0.019 0.129 0.038 5.621 6.473 0.237 0.211 0.319 0.694 0.316 0.406 1.102 0.257 0.125 0.154 0.164 0.233 0.498 0.440 nan 0.305 0.160 0.211 0.167 0.337 0.176 0.504 0.546 0.415 6456 chr2 164627423 164635353 + 0 NA Intergenic Intergenic -38871 NM_001321825 55137 Hs.593650 NM_018086 ENSG00000182263 FIGN - fidgetin, microtubule severing factor protein-coding 1.012 0.833 nan 2.206 0.134 0.029 2.277 0.161 0.394 1.386 0.492 0.696 0.066 0.062 0.033 0.360 0.170 0.061 2.513 1.387 2.549 0.099 0.228 0.051 0.418 0.192 0.113 2.426 2.116 0.108 0.185 0.579 0.268 1.224 0.272 0.212 0.199 0.086 0.194 0.010 3.234 2.767 1.850 2.207 1.703 0.610 0.754 0.133 0.368 0.090 0.522 0.360 1.046 0.189 0.051 0.479 0.866 0.660 0.122 1.230 0.013 0.118 0.373 0.465 0.469 0.235 0.176 0.214 0.353 0.173 0.268 0.086 0.045 0.153 0.160 0.504 0.769 0.192 0.257 0.285 0.150 0.090 0.177 0.911 0.999 0.227 0.485 0.527 0.293 3064 chr12 133334620 133345412 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR -1542 NM_015114 23141 Hs.654628 NM_015114 ENSG00000176915 ANKLE2 KIAA0692|LEMD7|Lem4|MCPH16 ankyrin repeat and LEM domain containing 2 protein-coding 2.150 1.813 1.468 5.481 1.617 1.324 2.471 1.277 2.144 0.628 3.329 2.005 1.223 0.528 1.825 1.652 1.363 0.415 2.639 0.844 2.677 0.910 1.045 0.699 2.048 2.157 2.936 1.548 3.184 1.043 1.997 3.610 2.028 2.912 0.935 1.843 0.555 1.861 0.126 0.545 9.421 2.611 2.201 1.171 1.900 1.180 2.435 2.516 2.481 2.426 1.002 1.353 1.652 3.974 1.695 2.048 1.022 0.707 0.529 2.903 1.121 1.157 0.670 0.664 1.027 1.939 1.114 1.872 2.309 3.554 5.089 4.035 3.991 2.777 2.187 5.028 4.452 1.553 2.229 nan 6.164 2.777 2.828 1.740 3.225 2.311 2.789 3.255 2.658 1.946 1.092 509 chr1 90436806 90465977 + 0 NA Intergenic Intergenic 9134 NR_002830 492303 Hs.550796 NR_002830 GEMIN8P4 - gem nuclear organelle associated protein 8 pseudogene 4 pseudo nan nan 2.242 0.553 0.782 0.572 0.381 0.500 0.954 0.933 0.583 1.202 0.673 0.340 0.766 0.833 0.763 0.254 0.804 0.358 0.309 0.218 0.311 0.196 0.878 0.910 0.764 0.305 0.420 0.133 0.455 1.053 0.481 1.598 0.277 0.697 0.268 0.568 0.121 0.101 0.680 1.118 0.376 0.171 0.503 0.373 3.858 0.982 0.983 0.504 0.175 1.155 0.833 0.850 0.675 0.878 0.278 0.512 0.394 0.436 0.373 0.284 0.251 1.179 0.195 0.166 0.119 1.093 1.048 1.592 2.498 1.919 nan 1.650 0.770 1.944 2.043 1.757 nan 2.189 2.942 nan 2.450 0.685 1.267 1.085 1.278 1.573 3.905 1.081 0.713 3708 chr14 77584032 77596248 + 0 NA Intergenic Intergenic 17994 NM_174976 283576 Hs.525485 NM_174976 ENSG00000177108 ZDHHC22 C14orf59 zinc finger DHHC-type containing 22 protein-coding 2.899 1.916 3.049 0.164 0.966 6.457 0.309 0.460 0.753 0.079 0.204 0.159 0.214 0.114 2.050 0.410 0.170 0.080 0.061 0.062 0.057 0.057 1.141 0.617 1.117 0.175 0.071 0.080 0.350 0.099 0.246 0.741 0.302 4.036 0.204 0.102 0.727 0.267 0.115 0.106 0.337 0.180 0.079 0.070 0.125 0.163 0.428 0.171 0.400 0.438 0.186 0.410 0.410 0.111 0.105 1.117 0.381 0.244 0.814 0.580 0.598 0.121 1.710 0.213 0.043 2.198 1.622 0.701 1.182 0.211 0.265 2.081 2.188 0.467 0.243 0.359 0.375 2.444 2.933 2.547 nan 3.683 3.640 1.266 1.762 2.065 1.879 0.363 0.733 3.686 nan 1015 chr1 201716575 201740135 + 0 NA intron (NM_001167738, intron 1 of 26) intron (NM_001167738, intron 1 of 26) 19392 NM_001167738 89796 Hs.585374 NM_020443 ENSG00000134369 NAV1 POMFIL3|STEERIN1|UNC53H1 neuron navigator 1 protein-coding 1.571 1.190 1.238 0.079 0.176 0.085 0.224 0.314 0.569 0.180 0.730 0.765 0.008 0.038 0.550 0.368 2.176 0.600 0.125 0.064 0.294 0.023 0.301 0.333 0.496 0.844 0.385 0.048 0.136 0.094 0.085 0.188 0.103 0.468 0.131 0.157 0.675 0.106 0.142 0.025 0.225 0.988 0.403 0.258 0.111 0.111 0.266 0.993 0.152 0.121 0.116 0.330 0.368 0.054 0.261 0.496 0.037 0.105 0.117 0.151 0.069 0.306 0.050 0.148 0.154 0.213 0.064 0.721 1.561 0.532 0.758 0.839 1.007 0.613 0.290 nan nan 3.438 4.371 0.747 0.787 0.609 0.419 0.146 0.316 1.496 1.113 0.407 0.804 0.639 0.586 7450 chr22 43187218 43197041 + 0 NA TTS (NM_001142293) TTS (NM_001142293) 61279 NM_001142293 26286 Hs.685225 NM_014570 ENSG00000242247 ARFGAP3 ARFGAP1 ADP ribosylation factor GTPase activating protein 3 protein-coding 1.154 nan 0.976 0.155 0.836 0.088 0.124 0.192 0.420 0.020 0.182 0.141 0.012 0.697 0.196 0.679 0.191 0.180 0.193 0.059 0.051 0.188 0.135 0.305 0.050 0.032 0.067 0.129 0.021 0.211 1.436 0.150 0.361 0.075 0.129 0.137 0.103 0.104 0.012 0.173 0.113 0.043 0.015 0.054 0.213 0.164 0.174 0.060 0.055 0.217 0.679 0.170 0.094 0.305 0.126 2.705 0.090 2.622 0.120 0.061 0.189 0.047 0.018 0.010 0.726 0.802 0.244 0.420 0.671 0.682 1.442 0.631 0.311 0.197 0.639 nan 2.976 2.788 nan 1.386 0.287 0.208 0.679 0.782 0.460 0.820 1.245 0.546 976 chr1 188847225 188890021 + 0 NA Intergenic L1PA4|LINE|L1 1455863 NR_132374 106144535 Hs.568709 NR_132374 LINC01037 - long intergenic non-protein coding RNA 1037 ncRNA nan nan 0.819 0.098 0.108 0.029 0.038 0.139 0.223 0.011 0.098 0.119 0.038 0.028 0.104 0.171 0.185 0.162 0.094 0.040 0.027 0.010 0.139 0.199 0.156 0.044 0.020 0.009 0.070 0.022 0.072 0.077 0.067 0.256 0.014 8.461 0.022 0.028 0.110 0.006 0.061 0.043 0.018 0.017 0.033 0.014 0.082 0.061 0.021 0.017 0.015 0.037 0.171 0.055 0.020 0.156 0.034 0.035 0.037 0.027 0.031 0.013 0.123 0.052 0.025 0.017 0.017 0.453 0.323 0.365 0.453 0.338 nan 0.265 0.146 nan 0.376 0.416 0.645 0.308 0.348 0.574 0.239 0.433 0.555 0.098 0.135 0.403 nan 0.363 0.331 11041 chr8 71574697 71583418 + 0 NA intron (NM_016027, intron 1 of 6) L2b|LINE|L2 2390 NM_016027 51110 Hs.118554 NM_016027 ENSG00000147592 LACTB2 CGI-83 lactamase beta 2 protein-coding 2.155 1.579 2.076 0.813 1.766 1.105 0.848 0.441 0.717 0.493 0.930 0.673 2.388 0.452 0.908 0.511 1.022 0.277 2.680 0.636 0.975 0.508 0.594 0.349 0.727 2.909 2.871 0.567 5.434 1.397 1.441 2.372 5.542 2.018 0.721 0.417 0.261 0.654 0.091 0.271 0.653 0.746 1.036 0.712 3.202 1.983 0.574 1.290 1.585 2.689 0.950 1.312 0.511 2.096 0.841 0.727 0.629 0.303 0.179 0.434 0.665 1.080 0.407 0.411 0.349 0.866 0.590 0.748 0.899 1.877 2.600 2.172 1.825 2.530 1.215 2.652 2.726 2.038 2.462 1.018 1.490 1.450 1.136 0.883 1.246 1.290 1.618 1.515 1.839 2.651 1.464 8147 chr3 190056287 190065424 + 0 NA Intergenic L1MA9|LINE|L1 -20620 NM_021101 9076 Hs.439060 NM_021101 ENSG00000163347 CLDN1 CLD1|ILVASC|SEMP1 claudin 1 protein-coding nan 1.171 0.620 1.151 0.159 0.024 0.839 0.122 0.312 0.785 1.357 0.946 0.819 0.021 0.048 0.099 2.711 0.088 0.545 0.291 4.596 0.015 0.155 0.160 0.053 3.995 3.438 0.535 2.893 2.073 1.285 nan 1.201 nan 0.678 2.511 0.011 0.277 0.058 0.611 0.043 5.330 4.112 1.716 3.314 0.648 2.492 1.908 1.332 0.356 1.629 1.985 0.099 0.351 1.009 0.053 0.602 0.192 0.021 1.187 0.092 1.097 0.144 0.105 0.548 1.588 1.616 0.326 0.323 3.442 5.465 0.202 0.380 0.802 0.270 0.303 0.411 0.186 0.363 0.378 0.393 0.796 0.286 0.087 0.391 0.073 0.077 0.190 0.403 0.244 0.286 6910 chr20 30100687 30105606 + 0 NA intron (NM_178580, intron 1 of 12) intron (NM_178580, intron 1 of 12) 933 NM_178582 81502 Hs.373741 NM_030789 ENSG00000101294 HM13 H13|IMP1|IMPAS|IMPAS-1|MSTP086|PSENL3|PSL3|SPP|SPPL1 histocompatibility minor 13 protein-coding 2.043 2.588 2.327 3.034 1.485 1.375 1.178 0.811 1.324 1.666 2.446 10.579 0.416 1.074 0.957 2.347 2.032 0.334 2.197 0.925 3.010 0.632 0.962 0.482 0.951 2.526 2.477 1.458 1.167 0.601 2.052 nan 1.951 2.490 1.235 1.357 0.388 1.153 0.109 0.622 0.932 1.873 1.581 1.018 0.754 0.980 2.136 10.362 2.477 4.780 1.828 2.012 2.347 3.151 1.259 0.951 0.916 1.963 0.534 2.857 2.574 1.240 0.401 0.774 1.409 0.925 0.612 2.529 2.597 2.304 3.333 1.957 nan 8.237 2.520 2.500 2.554 2.661 3.193 2.475 3.584 3.461 3.540 1.883 3.319 1.683 2.826 2.114 nan 1.012 0.701 6174 chr2 68448044 68481851 + 0 NA intron (NM_000945, intron 1 of 5) intron (NM_000945, intron 1 of 5) 14704 NM_000945 5534 Hs.280604 NM_000945 ENSG00000221823 PPP3R1 CALNB1|CNB|CNB1 protein phosphatase 3 regulatory subunit B, alpha protein-coding 1.989 1.139 nan 0.886 0.936 0.573 0.793 0.579 1.168 0.372 0.887 0.786 0.279 0.338 1.004 0.827 0.878 0.122 1.116 0.282 0.503 0.623 0.477 0.265 0.949 0.893 0.905 0.478 0.882 0.180 1.155 1.500 0.864 2.119 0.177 1.106 0.175 0.818 0.144 0.342 0.444 0.954 0.765 0.410 0.384 0.403 0.856 1.082 1.055 0.796 0.778 0.625 0.827 1.330 0.682 0.949 0.433 0.514 0.176 1.141 0.481 0.447 0.459 1.246 0.473 0.385 0.267 0.944 1.045 1.398 1.478 1.797 1.728 nan 0.689 2.862 2.881 0.994 1.387 1.526 2.603 1.794 1.549 0.859 1.583 0.607 0.836 2.814 5.380 0.663 0.336 3589 chr14 58705723 58715006 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 -1159 NR_038123 5684 Hs.558799 NM_002788 ENSG00000100567 PSMA3 HC8|PSC3 proteasome subunit alpha 3 protein-coding nan nan 2.191 2.347 3.156 2.426 0.951 1.450 2.502 0.571 1.463 1.597 1.418 0.638 2.181 1.542 1.720 0.279 2.382 0.457 2.965 0.524 0.913 0.575 1.807 2.121 1.856 0.304 2.403 1.124 2.446 2.407 3.447 4.130 1.290 3.194 0.463 1.964 0.153 0.907 1.414 1.194 1.634 0.690 2.227 1.305 2.486 1.730 1.651 1.416 2.802 2.063 1.542 2.315 3.559 1.807 1.140 0.991 0.482 1.700 1.258 3.236 1.371 0.992 1.577 0.608 0.520 2.989 2.897 3.308 4.578 3.293 3.285 3.187 1.482 12.204 12.862 2.414 3.233 4.337 7.349 6.925 5.498 2.167 3.898 3.561 4.812 3.710 3.980 nan 1.329 11415 chr9 3464182 3482210 + 0 NA intron (NM_001282116, intron 1 of 16) intron (NM_001282116, intron 1 of 16) 16291 NM_001282117 5991 Hs.136829 NM_002919 ENSG00000080298 RFX3 - regulatory factor X3 protein-coding 0.942 1.806 1.520 0.191 0.165 0.064 0.132 0.291 0.808 0.021 0.073 0.072 0.024 0.027 0.140 0.405 0.348 0.125 0.322 0.074 1.286 0.007 0.733 0.661 0.222 0.099 0.024 0.016 0.114 0.018 0.039 0.119 0.090 0.434 0.423 0.268 0.628 0.216 0.082 0.046 0.086 0.092 0.047 0.017 0.072 0.043 0.085 0.106 0.131 0.084 0.376 0.218 0.405 0.229 0.046 0.222 0.217 0.078 0.048 0.048 0.191 0.329 0.155 0.062 0.138 0.054 0.025 0.393 0.340 1.325 2.163 0.475 0.566 1.722 0.531 0.331 0.298 3.462 4.240 0.389 0.386 0.466 0.198 0.225 0.451 2.422 3.627 0.382 nan 1.380 0.856 2265 chr11 113003352 113020711 + 0 NA intron (NM_000615, intron 2 of 18) Charlie7|DNA|hAT-Charlie 132592 NR_034101 100288346 Hs.661826 NR_034101 ENSG00000227487 NCAM1-AS1 - NCAM1 antisense RNA1 ncRNA 1.066 0.837 0.574 0.038 0.310 0.083 0.025 0.249 0.453 0.011 0.166 0.045 0.036 0.012 0.240 0.837 0.056 0.028 0.018 0.022 0.008 1.508 0.886 0.669 0.052 0.012 0.017 0.075 0.024 0.036 0.062 0.045 0.594 0.042 0.046 0.225 0.031 0.094 0.966 0.162 0.017 0.009 0.031 0.056 0.143 0.196 0.038 0.033 0.009 0.058 0.837 0.029 0.021 0.669 0.071 0.028 0.693 0.010 0.322 0.032 0.961 0.218 0.053 0.030 0.012 8.595 nan 2.375 1.589 1.560 1.604 4.647 1.642 0.496 0.496 1.019 nan 0.600 0.945 1.145 0.747 1.842 2.552 1.353 2.074 0.359 0.844 2.206 1.311 11735 chr9 116380939 116389330 + 0 NA Intergenic Intergenic 28700 NM_001276262 5998 Hs.494875 NM_017790 ENSG00000138835 RGS3 C2PA|RGP3 regulator of G protein signaling 3 protein-coding 1.259 1.232 nan 1.257 0.159 0.129 3.182 0.508 1.228 0.137 0.374 3.881 0.015 0.021 0.094 1.447 6.390 0.287 1.304 1.707 0.031 0.033 0.274 0.081 0.979 1.032 0.508 0.490 0.785 0.507 0.134 nan 0.219 1.045 0.887 0.173 0.180 0.049 0.046 0.928 0.057 7.609 6.832 2.543 0.593 0.606 0.474 18.039 0.494 5.020 0.066 0.166 1.447 1.390 0.299 0.979 0.160 0.098 0.284 0.278 0.642 3.456 0.036 0.370 2.008 7.687 6.843 0.654 0.902 0.600 2.486 0.517 0.648 2.468 1.243 0.482 0.401 0.321 0.594 0.322 nan 0.759 0.407 0.229 0.270 0.924 1.171 0.397 1.020 nan 0.719 8601 chr4 154404292 154420811 + 0 NA intron (NM_015196, intron 3 of 34) intron (NM_015196, intron 3 of 34) 25053 NM_001131007 23240 Hs.732450 NM_015196 ENSG00000121210 TMEM131L KIAA0922 transmembrane 131 like protein-coding nan 1.156 0.675 0.475 0.327 0.118 1.301 0.253 0.695 0.307 0.147 0.178 1.163 0.061 0.182 0.428 0.677 0.182 1.306 0.614 0.306 0.056 0.219 0.161 0.754 0.685 0.350 0.134 1.576 0.550 0.255 0.687 0.226 0.267 0.815 0.098 0.116 0.066 0.079 0.072 0.136 0.094 0.296 0.222 0.534 0.634 0.405 0.212 0.138 0.129 0.057 0.207 0.428 1.460 0.123 0.754 0.148 0.456 0.035 0.091 0.037 0.912 0.270 0.023 0.065 0.049 0.012 0.767 0.779 4.069 5.891 0.464 0.446 0.571 0.172 0.382 0.479 0.533 0.778 0.708 0.953 0.295 0.121 0.798 1.146 0.600 0.768 0.198 0.494 0.861 0.610 11505 chr9 31254683 31285594 + 0 NA Intergenic Intergenic 111350 NR_135134 101929620 Hs.547175 NR_135134 ENSG00000260720 LINC01243 - long intergenic non-protein coding RNA 1243 ncRNA 0.736 nan 0.711 0.158 0.197 0.016 0.073 0.152 0.290 0.056 0.040 0.095 0.128 0.019 0.034 0.372 0.099 0.079 0.168 0.147 0.014 0.045 0.358 0.274 0.106 0.103 0.028 0.002 0.234 0.065 0.081 0.287 0.104 0.363 0.161 0.057 0.185 0.045 0.089 0.008 0.222 0.036 0.010 0.013 0.092 0.060 0.093 0.058 0.026 0.055 0.026 0.060 0.372 0.120 0.012 0.106 0.083 0.027 0.016 0.004 0.157 0.023 0.048 0.028 0.008 0.022 0.011 0.202 0.144 0.207 0.480 0.314 0.428 8.373 5.452 0.158 0.146 0.611 0.668 0.250 0.306 0.405 0.138 0.118 0.172 1.117 1.703 0.151 0.217 1.314 0.815 2129 chr11 78126553 78132246 + 0 NA promoter-TSS (NM_080491) promoter-TSS (NM_080491) -531 NM_080491 9846 Hs.429434 NM_012296 ENSG00000033327 GAB2 - GRB2 associated binding protein 2 protein-coding nan 2.980 3.225 1.220 3.436 6.039 1.230 3.187 6.328 0.118 1.397 1.202 0.718 3.368 6.427 2.011 2.168 0.336 0.940 0.462 0.088 1.047 3.774 1.454 4.955 2.125 2.028 2.753 1.915 0.688 2.447 nan 1.326 9.230 0.303 0.310 1.273 9.671 0.269 0.990 2.671 3.413 1.416 1.068 1.634 1.135 2.007 1.316 2.530 2.451 7.500 1.361 2.011 1.755 0.801 4.955 1.011 0.787 0.850 1.567 3.050 0.357 5.018 0.888 0.227 0.799 0.428 8.019 10.039 6.652 6.578 12.631 10.058 7.391 3.601 13.049 13.451 2.325 3.066 4.163 6.556 1.346 1.286 3.388 7.394 6.528 5.945 3.223 5.148 2.566 1.360 8524 chr4 118301348 118310971 + 0 NA Intergenic Intergenic 24351 NR_147153 105377390 Hs.368206 NR_147152 ENSG00000228358 LINC02263 - long intergenic non-protein coding RNA 2263 ncRNA 0.528 0.770 0.439 0.157 0.168 0.023 0.081 0.100 0.114 0.010 0.049 0.074 0.007 0.011 0.018 0.067 0.073 0.100 0.034 0.020 0.032 0.075 0.061 0.037 0.008 0.008 0.072 0.033 0.071 0.046 0.029 0.147 0.075 0.016 0.023 0.067 0.038 0.008 0.034 0.031 0.060 0.062 0.017 0.014 0.025 0.027 0.067 0.015 0.049 0.037 0.076 0.034 0.041 0.037 0.013 0.016 0.006 0.011 0.196 0.139 0.120 0.205 0.142 0.161 0.046 0.054 0.131 0.098 5.048 5.294 0.200 0.230 0.561 0.423 0.141 0.105 0.048 0.048 0.205 0.336 0.122 0.171 723 chr1 151998229 152028399 + 0 NA Intergenic Intergenic -3803 NM_005620 6282 Hs.417004 NM_005620 ENSG00000163191 S100A11 HEL-S-43|MLN70|S100C S100 calcium binding protein A11 protein-coding nan nan 2.345 2.653 0.090 3.201 2.517 2.567 5.240 1.238 1.589 1.862 1.816 0.297 1.271 0.330 1.582 0.276 2.174 1.213 2.674 0.083 0.166 0.181 0.192 2.102 2.135 0.636 2.150 1.248 16.497 26.947 2.601 0.547 1.605 3.763 0.513 0.452 0.153 1.446 0.461 3.500 1.844 0.767 2.170 1.597 2.558 2.265 2.350 1.382 6.765 6.324 0.330 2.162 2.103 0.192 1.937 4.428 0.758 4.311 1.209 2.338 1.042 0.127 1.299 1.693 1.744 0.342 0.203 0.443 1.153 0.315 nan 0.247 0.074 0.199 0.189 0.499 0.817 2.389 2.887 0.516 0.382 0.953 1.551 2.450 2.498 0.425 0.954 0.276 0.436 3597 chr14 59821484 59833442 + 0 NA intron (NM_014992, intron 21 of 24) intron (NM_014992, intron 21 of 24) 97304 NM_014992 23002 Hs.19156 NM_014992 ENSG00000100592 DAAM1 - dishevelled associated activator of morphogenesis 1 protein-coding nan nan 0.996 0.920 2.038 1.281 1.612 0.323 0.597 1.181 1.467 2.423 0.016 0.304 0.157 0.365 1.792 0.365 2.379 0.709 0.184 0.309 0.146 0.570 3.242 1.838 0.043 5.221 2.079 1.415 2.517 2.873 3.477 1.770 0.194 0.032 0.100 0.122 0.788 0.438 2.159 0.511 0.294 2.706 1.502 3.578 1.420 0.713 0.089 0.073 1.373 0.365 0.820 2.400 0.570 1.669 0.802 0.146 0.133 0.458 4.714 2.058 0.136 1.286 0.019 0.021 0.804 0.714 1.406 1.443 0.931 1.080 0.217 0.102 nan 1.237 1.476 1.666 4.193 nan 1.223 1.105 1.226 2.410 0.578 0.397 0.269 0.482 1.788 1.031 9378 chr6 291205 347081 + 0 NA intron (NR_104473, intron 3 of 5) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 27086 NM_001286555 56940 Hs.29106 NM_020185 ENSG00000112679 DUSP22 JKAP|JSP-1|JSP1|LMW-DSP2|LMWDSP2|MKP-x|MKPX|VHX dual specificity phosphatase 22 protein-coding 1.287 0.984 1.317 0.185 1.572 1.139 0.225 0.566 1.166 0.067 0.471 0.262 0.149 0.136 2.624 0.425 0.282 0.156 0.436 0.095 0.249 0.291 1.354 0.705 2.138 0.346 0.309 0.161 0.248 0.077 0.702 0.887 0.619 1.367 0.084 4.563 0.186 0.488 0.104 0.076 0.164 0.602 0.379 0.182 0.129 0.128 0.254 0.508 0.307 0.585 0.248 0.505 0.425 0.405 0.326 2.138 0.183 0.256 0.111 0.595 0.339 0.306 0.166 0.135 0.284 0.098 0.061 1.072 1.242 0.683 1.087 0.983 1.002 2.770 1.019 1.306 1.289 0.438 0.780 1.149 1.455 0.784 0.505 0.469 0.683 1.054 0.775 0.396 0.491 1.965 1.222 11428 chr9 5829747 5853150 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -8367 NM_024896 79956 Hs.591078 NM_024896 ENSG00000099219 ERMP1 FXNA|KIAA1815|bA207C16.3 endoplasmic reticulum metallopeptidase 1 protein-coding 0.922 3.318 1.433 0.750 0.796 0.212 1.577 0.240 0.520 1.425 0.183 0.439 0.058 0.218 0.312 0.684 0.320 0.121 0.689 0.373 1.011 0.041 0.612 0.331 0.471 0.845 0.535 0.192 0.562 0.218 0.636 1.893 1.149 1.185 0.991 1.170 0.122 0.222 0.068 0.202 0.268 0.222 0.266 0.153 0.996 0.332 3.160 0.231 1.746 0.345 1.625 0.648 0.684 0.640 0.337 0.471 0.878 0.812 0.190 0.227 1.159 0.515 0.141 0.095 0.532 0.106 0.087 0.447 0.537 0.767 0.922 0.962 0.956 4.386 1.020 1.044 1.079 0.889 1.344 1.195 1.082 0.648 0.556 0.302 0.611 1.180 1.397 0.507 nan 2.004 1.380 6941 chr20 32697773 32701851 + 0 NA intron (NM_003908, intron 1 of 8) CpG 350 NM_003908 8894 Hs.429180 NM_003908 ENSG00000125977 EIF2S2 EIF2|EIF2B|EIF2beta|PPP1R67|eIF-2-beta eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta protein-coding 4.452 6.100 3.884 9.645 8.294 4.314 2.855 2.670 5.832 3.969 6.983 4.855 1.567 2.872 5.513 4.177 6.720 0.307 6.829 1.951 4.582 5.921 2.283 1.467 4.966 2.883 2.820 2.924 5.748 2.071 7.921 nan 6.708 11.336 2.792 4.956 1.469 7.774 0.201 3.005 3.416 7.524 5.906 2.758 3.530 2.592 5.506 14.738 5.117 6.034 3.170 3.922 4.177 7.954 4.830 4.966 4.567 3.760 1.698 6.729 3.055 3.824 1.705 3.522 4.909 2.819 1.950 10.309 10.545 6.429 11.171 5.669 nan 12.498 5.448 13.717 14.476 5.138 6.032 8.410 11.753 9.306 9.508 5.904 11.191 6.063 7.450 6.802 9.806 2.256 0.968 1040 chr1 203829402 203835979 + 0 NA intron (NM_003094, intron 2 of 4) AluSc|SINE|Alu 1712 NM_001328637 6635 Hs.334612 NM_003094 ENSG00000182004 SNRPE HYPT11|SME|Sm-E|snRNP-E small nuclear ribonucleoprotein polypeptide E protein-coding 4.655 2.730 3.709 2.477 3.081 1.554 1.664 1.535 3.529 0.921 1.870 1.597 0.292 0.485 1.796 3.169 1.333 0.544 1.353 0.635 1.229 1.036 1.823 0.826 2.512 1.878 1.939 0.915 1.393 0.838 1.841 2.523 1.350 3.825 1.021 2.104 0.526 2.254 0.148 0.359 0.821 2.309 2.051 1.111 2.419 0.955 1.919 1.335 1.473 1.097 0.909 1.053 3.169 1.747 1.460 2.512 1.258 0.789 0.666 1.527 1.411 1.608 1.464 1.141 1.239 1.179 0.939 4.478 3.969 7.677 9.968 6.860 6.609 5.015 2.031 nan nan 4.390 5.810 5.304 7.335 4.956 5.385 2.140 3.142 3.956 5.095 4.379 5.557 3.222 1.869 8232 chr4 3653407 3666018 + 0 NA Intergenic Intergenic 19870 NR_034136 100133461 Hs.554274 NR_034136 ENSG00000250632 LINC02171 - long intergenic non-protein coding RNA 2171 ncRNA 0.580 1.403 nan 0.091 1.626 0.028 0.038 0.217 0.043 0.022 0.025 0.743 2.089 0.609 0.078 0.059 0.058 0.010 0.044 0.329 0.158 0.082 0.061 0.028 0.046 0.049 0.006 0.189 1.411 0.050 2.970 0.081 0.781 0.008 0.067 0.048 0.019 0.182 0.102 0.053 0.031 0.009 0.074 0.031 0.190 0.148 0.095 0.127 0.032 0.609 0.062 0.015 0.082 0.010 0.072 0.153 0.078 0.242 0.020 0.323 0.091 0.006 0.021 0.012 4.266 5.724 0.216 0.377 3.250 2.391 nan 0.124 0.160 0.114 0.032 0.151 2.787 2.654 0.549 0.432 0.699 0.864 0.163 0.151 0.088 0.143 nan 0.831 5766 chr19 48421033 48463194 + 0 NA promoter-TSS (NR_024218) promoter-TSS (NR_024218) -685 NR_024218 100170219 Hs.560634 NR_024218 SNAR-C4 - small ILF3/NF90-associated RNA C4 snRNA 1.582 1.487 1.617 0.247 0.277 0.074 0.129 0.533 0.871 0.108 0.186 0.257 0.026 0.486 0.166 0.503 0.182 0.309 0.191 0.049 0.043 0.076 0.150 0.268 0.173 0.048 0.055 0.132 0.195 0.020 0.184 nan 0.234 0.524 0.231 0.532 0.095 12.007 0.790 0.044 0.109 0.354 0.177 0.146 0.049 0.154 0.236 0.343 0.575 0.310 0.167 0.079 0.503 0.170 0.084 0.173 0.119 0.283 0.124 0.600 0.344 0.185 0.077 0.280 0.039 0.078 0.037 0.551 0.379 0.255 0.254 0.547 0.659 1.118 0.377 0.537 0.496 0.584 0.955 0.573 0.628 1.054 0.365 0.341 0.455 0.193 0.360 0.759 1.589 0.681 0.742 2182 chr11 94319157 94323552 + 0 NA intron (NM_152431, intron 7 of 19) L1PA10|LINE|L1 20880 NM_152431 143689 Hs.660188 NM_152431 ENSG00000134627 PIWIL4 HIWI2|MIWI2 piwi like RNA-mediated gene silencing 4 protein-coding 0.629 nan 0.672 0.083 0.161 0.038 0.065 0.148 0.230 0.474 0.087 0.106 7.811 0.090 0.101 0.214 0.035 0.038 0.316 0.345 0.044 0.072 0.074 0.399 0.125 0.066 0.033 0.093 0.049 0.018 0.090 0.501 0.307 0.023 0.108 0.049 0.079 0.126 0.265 0.055 0.124 0.298 0.954 0.143 0.110 0.074 0.377 0.104 0.214 0.858 0.085 0.399 0.360 0.132 0.023 0.043 0.073 0.270 0.113 0.011 0.776 0.646 3.345 4.421 0.690 0.868 0.383 0.316 0.447 0.569 0.480 0.698 0.418 0.565 1.464 1.875 0.449 0.598 0.856 0.426 0.556 nan 0.553 0.629 6328 chr2 114731729 114739519 + 0 NA non-coding (NR_034130, exon 1 of 1) non-coding (NR_034130, exon 1 of 1) -1522 NR_034128 440900 Hs.662205 NR_034128 ENSG00000234199 LINC01191 VIN|lnc-ACTR3 long intergenic non-protein coding RNA 1191 ncRNA 2.025 nan 1.024 2.541 0.204 0.028 0.477 0.166 0.270 0.210 0.148 0.108 0.024 0.353 0.050 0.547 0.116 0.084 0.498 0.268 0.056 0.036 0.082 0.173 0.092 0.116 0.028 0.001 0.131 0.338 0.124 0.196 0.109 nan 0.580 0.114 0.095 0.069 0.081 0.559 0.132 0.224 0.061 0.005 0.014 0.069 0.294 0.283 0.136 0.154 0.031 0.066 0.547 0.749 0.086 0.092 0.016 0.061 1.104 0.119 0.259 0.189 0.038 0.760 0.513 2.868 2.053 1.815 2.492 5.236 12.460 0.679 nan 1.382 0.341 0.432 0.405 0.674 1.111 0.308 0.492 0.806 0.897 0.214 0.346 0.324 0.765 0.762 1.746 0.670 0.574 5988 chr2 28014758 28033854 + 0 NA intron (NM_001287580, intron 8 of 8) MER106A|DNA|hAT-Charlie 29722 NM_145330 9553 Hs.515879 NM_004891 ENSG00000243147 MRPL33 C2orf1|L33mt|MRP-L33|RPL33L mitochondrial ribosomal protein L33 protein-coding 0.742 0.559 0.899 1.528 0.165 0.073 3.145 0.142 0.391 0.553 2.908 2.398 1.008 0.036 0.223 0.252 0.498 0.109 2.910 1.262 2.680 0.037 0.115 0.116 0.088 2.536 2.218 1.883 1.849 1.872 0.469 1.009 0.862 0.478 1.340 1.288 0.020 0.120 0.130 2.143 0.091 6.660 2.367 1.014 2.735 1.012 0.928 1.419 0.422 1.352 0.415 0.465 0.252 3.766 2.402 0.088 0.255 0.330 0.020 3.510 0.080 3.075 0.051 0.181 2.062 2.727 2.392 0.283 0.286 0.639 2.491 0.379 0.446 0.625 0.260 0.483 0.522 0.404 0.779 0.352 nan 0.432 0.231 0.210 0.245 0.052 0.075 0.215 0.532 0.452 0.553 152 chr1 22248599 22264661 + 0 NA intron (NM_005529, intron 1 of 96) L2a|LINE|L2 7160 NM_001291860 3339 Hs.562227 NM_005529 ENSG00000142798 HSPG2 HSPG|PLC|PRCAN|SJA|SJS|SJS1 heparan sulfate proteoglycan 2 protein-coding 1.470 1.032 nan 4.791 0.931 1.128 1.762 0.306 0.728 1.429 3.117 0.559 2.230 0.289 0.823 0.558 0.667 0.190 1.974 0.697 0.926 0.333 0.384 0.223 0.492 1.760 1.670 3.156 2.883 1.244 1.263 3.876 0.768 1.322 0.565 0.764 0.066 0.776 0.105 0.522 0.262 2.757 1.079 0.782 1.848 0.319 0.691 0.724 2.892 1.803 0.206 1.062 0.558 2.338 0.678 0.492 1.077 1.590 0.338 1.698 0.183 0.478 0.117 0.195 0.353 0.539 0.250 0.711 0.991 0.547 1.055 1.711 1.732 0.850 0.303 1.070 1.046 0.799 1.559 1.715 2.138 0.691 0.628 0.389 0.445 0.243 0.231 0.831 1.109 0.840 0.695 10939 chr8 48870757 48875338 + 0 NA promoter-TSS (NM_006904) promoter-TSS (NM_006904) 284 NM_005914 4173 Hs.460184 NM_005914 ENSG00000104738 MCM4 CDC21|CDC54|IMD54|NKCD|NKGCD|P1-CDC21|hCdc21 minichromosome maintenance complex component 4 protein-coding 9.987 nan 6.076 1.911 6.304 4.918 2.526 3.571 7.419 1.317 4.692 2.079 1.081 1.620 5.406 5.580 2.998 0.559 3.605 1.280 3.023 1.784 3.462 1.329 6.735 2.783 3.120 2.329 5.813 1.400 2.738 7.557 1.840 13.851 2.614 3.895 1.888 4.595 0.173 1.868 3.407 4.392 5.522 3.225 4.165 1.482 2.565 4.125 3.655 6.838 2.579 1.830 5.580 5.735 5.247 6.735 2.294 1.469 0.483 8.178 5.240 2.244 2.355 3.052 1.722 1.647 0.887 8.268 6.738 8.619 12.092 13.563 12.905 9.806 8.267 6.790 6.685 5.309 6.524 9.787 17.740 9.802 12.146 6.603 9.923 8.529 11.542 10.481 7.901 6.265 3.043 11465 chr9 14421654 14439791 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -31740 NM_001190738 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.052 0.020 0.295 1.121 0.181 0.228 0.387 0.021 0.098 0.239 0.410 0.016 0.108 1.113 0.535 0.044 0.088 0.062 0.036 0.023 0.730 0.594 0.566 0.045 0.048 0.028 0.122 0.046 0.097 0.419 0.344 2.234 0.148 0.041 0.090 0.070 0.074 0.104 0.048 0.025 0.040 0.025 0.072 0.115 0.075 0.623 0.067 0.096 0.082 0.040 1.113 0.076 0.411 0.566 0.027 0.129 0.082 0.065 0.335 0.103 0.109 0.705 0.154 0.016 0.014 0.249 0.304 2.949 6.184 0.826 0.925 1.237 0.382 0.128 0.166 31.837 36.362 0.384 0.401 0.483 0.215 0.290 0.600 0.697 0.663 0.638 2.768 2.443 1.517 2931 chr12 108694739 108709341 + 0 NA intron (NM_001142344, intron 1 of 2) MIRb|SINE|MIR 12399 NM_001142345 1240 Hs.197143 NM_004072 ENSG00000174600 CMKLR1 CHEMERINR|ChemR23|DEZ|RVER1 chemerin chemokine-like receptor 1 protein-coding 0.873 0.637 nan 0.543 0.030 0.026 0.265 0.120 0.206 0.013 0.042 0.771 0.166 0.020 0.164 0.423 1.793 0.330 0.058 0.022 0.019 0.043 0.078 0.041 0.127 0.065 0.045 0.061 0.021 0.064 0.115 0.099 0.326 0.020 0.056 0.013 0.111 0.114 2.295 0.070 4.032 0.166 0.048 0.117 0.095 0.076 11.421 0.496 0.049 0.033 0.046 0.423 0.058 0.095 0.041 0.150 0.222 0.039 0.094 0.041 0.161 0.027 0.362 0.098 0.043 0.011 0.355 0.346 0.174 0.219 0.242 0.272 0.216 0.074 0.146 0.148 0.306 0.577 0.152 0.183 0.875 0.595 0.224 0.270 0.095 0.128 0.639 1.423 0.292 0.524 10617 chr7 115849581 115873929 + 0 NA intron (NM_015641, intron 1 of 6) intron (NM_015641, intron 1 of 6) -1250 NM_152829 26136 Hs.592286 NM_015641 ENSG00000135269 TES TESS|TESS-2 testin LIM domain protein protein-coding nan 0.783 1.153 2.193 0.567 0.189 1.295 0.290 0.531 0.427 1.614 3.207 1.304 0.176 0.349 0.101 3.419 0.153 1.378 0.392 1.720 0.017 0.368 0.363 0.475 0.664 0.392 0.316 1.939 0.649 0.743 1.233 1.316 0.938 0.696 1.320 0.047 5.368 0.247 0.626 0.225 1.761 0.498 0.295 0.730 0.544 0.901 0.685 0.730 0.647 0.458 1.089 0.101 1.673 2.679 0.475 0.436 0.997 0.048 0.558 0.329 1.581 0.228 0.072 0.552 0.161 0.110 1.246 1.298 1.809 3.172 0.188 0.222 0.173 0.076 2.185 2.234 0.289 0.439 0.683 0.989 0.514 0.371 0.594 1.132 0.553 0.788 0.148 0.257 0.997 0.908 862 chr1 168643208 168650762 + 0 NA Intergenic Intergenic 51457 NM_001937 1805 Hs.80552 NM_001937 ENSG00000143196 DPT TRAMP dermatopontin protein-coding 0.955 nan 1.139 0.105 0.052 0.022 0.086 0.166 0.276 0.072 0.219 0.066 0.095 0.350 0.169 0.086 0.137 0.002 0.033 0.018 0.165 0.156 0.095 0.019 0.010 0.090 0.074 0.256 0.047 0.298 0.038 0.099 0.014 0.066 0.106 0.136 0.049 0.016 0.010 0.044 0.030 0.101 0.105 0.011 0.028 0.052 0.034 0.350 0.111 0.024 0.095 0.049 0.035 0.052 0.023 0.043 0.032 0.052 0.130 0.030 0.053 0.007 0.938 0.568 8.274 3.045 0.388 nan 0.751 0.285 0.951 0.964 0.774 1.065 0.338 nan 0.367 0.217 0.340 0.599 0.066 0.101 0.379 0.732 0.511 0.370 1419 chr10 30969836 30992162 + 0 NA promoter-TSS (NR_036438) promoter-TSS (NR_036438) -204 NR_036438 645954 Hs.408581 NR_036438 SVILP1 - supervillin pseudogene 1 pseudo 0.545 0.645 0.553 0.386 0.043 0.052 0.746 0.121 0.308 0.257 0.282 2.916 0.006 0.018 0.140 0.125 0.685 0.209 0.319 0.400 1.171 0.043 0.105 0.146 0.137 1.640 1.063 0.188 0.136 0.190 0.090 0.659 0.054 0.228 0.452 1.121 0.009 0.044 0.081 0.702 0.046 0.140 0.207 0.150 0.485 0.282 0.115 1.050 0.695 0.226 2.210 1.377 0.125 0.499 0.349 0.137 1.079 0.776 0.026 0.632 0.077 0.745 0.013 0.044 1.009 0.578 0.677 0.219 0.209 0.269 nan 0.416 0.411 0.243 0.081 0.242 0.234 0.407 0.536 0.289 0.343 0.160 0.079 0.097 0.133 0.035 0.083 0.202 0.331 0.410 0.419 341 chr1 44454020 44466474 + 0 NA intron (NM_152499, intron 5 of 8) AluY|SINE|Alu 2728 NM_001349129 149473 Hs.632394 NM_152499 ENSG00000159214 CCDC24 - coiled-coil domain containing 24 protein-coding nan 1.897 nan 0.663 2.352 1.678 0.515 0.465 1.235 0.293 0.769 0.585 0.254 0.723 1.812 0.662 0.454 0.039 1.070 0.275 0.742 0.223 0.263 0.275 1.141 0.466 0.302 0.519 0.548 0.111 0.814 1.680 0.812 3.420 0.212 0.220 0.099 0.738 0.115 0.208 0.205 1.305 0.400 0.244 0.520 0.536 1.202 0.435 0.769 0.792 0.140 0.446 0.662 0.942 0.751 1.141 0.238 0.811 0.346 1.864 0.830 0.329 0.667 0.412 0.294 0.222 0.103 0.880 1.645 0.744 1.114 1.955 1.898 2.936 0.965 1.411 1.322 0.996 nan nan 12.555 1.027 0.853 1.082 nan 0.816 0.451 0.674 1.238 2.543 1.270 6232 chr2 88314527 88325308 + 0 NA Intergenic Intergenic -34608 NM_001024457 400966 Hs.728970 NM_001024457 ENSG00000187627 RGPD1 RGP1|RGPD2|RanBP2L2 RANBP2-like and GRIP domain containing 1 protein-coding nan 1.102 nan 0.789 1.282 0.564 1.043 0.357 0.812 0.363 0.801 0.625 0.362 0.249 0.181 0.723 0.236 0.196 1.216 0.652 0.535 0.064 0.498 0.304 1.449 0.775 0.783 0.289 0.962 0.187 2.258 2.996 0.870 1.801 0.624 1.043 0.088 1.070 0.123 0.624 0.305 1.399 0.756 0.397 0.720 0.435 0.778 0.759 1.716 1.021 0.928 0.682 0.723 1.280 1.043 1.449 0.419 0.543 0.354 2.109 0.095 0.673 1.148 1.159 0.418 0.609 0.514 3.393 3.785 2.396 2.587 2.164 2.431 2.789 1.965 8.980 9.556 0.220 0.468 0.197 0.216 2.620 2.445 3.415 3.641 0.659 0.460 3.613 3.665 1.431 1.011 3586 chr14 58424892 58456809 + 0 NA Intergenic MLT1H1|LTR|ERVL-MaLR -108258 NM_001352011 341880 Hs.28280 NM_001080455 ENSG00000151812 SLC35F4 C14orf36|c14_5373 solute carrier family 35 member F4 protein-coding nan nan 2.126 0.060 0.269 1.501 0.046 0.729 1.534 0.055 0.029 0.008 0.041 0.957 1.331 0.085 0.060 0.092 0.012 0.047 0.013 0.079 0.098 0.476 0.011 0.028 0.009 0.083 0.007 0.086 0.107 0.120 0.301 0.023 0.055 0.030 0.041 0.110 0.011 0.097 0.108 0.021 0.022 0.181 0.089 0.052 0.157 0.069 0.036 0.049 0.043 1.331 0.071 0.054 0.476 0.015 0.039 0.235 0.119 0.391 0.069 0.062 3.678 0.024 0.018 0.011 0.329 0.251 0.321 0.360 0.630 0.568 0.152 0.113 0.397 0.427 0.148 0.290 0.477 0.442 0.943 0.727 0.202 0.302 0.062 0.095 4.451 9.376 nan 0.668 2189 chr11 95245015 95262818 + 0 NA Intergenic Intergenic 269038 NM_144664 143684 Hs.288304 NM_144664 ENSG00000077458 FAM76B - family with sequence similarity 76 member B protein-coding 0.776 nan 0.709 0.035 0.069 0.098 0.199 0.206 0.259 0.011 0.096 0.170 0.014 0.028 0.065 0.801 0.099 0.046 0.154 0.123 0.018 0.008 0.168 0.183 0.047 0.019 0.008 0.004 0.099 0.100 0.221 0.717 0.186 0.613 0.140 0.355 0.413 0.055 0.122 0.165 0.164 0.151 0.024 0.013 0.065 0.140 0.078 0.248 0.121 0.056 0.062 0.120 0.801 0.172 0.076 0.047 0.068 0.141 0.125 0.039 0.058 0.044 0.074 0.195 0.017 0.010 0.009 0.604 0.386 0.312 nan 0.483 0.502 0.124 0.079 0.535 0.478 3.995 4.351 0.196 0.206 0.431 0.281 0.292 0.295 1.347 1.963 0.254 nan 1.124 0.754 2287 chr11 116239031 116261793 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -259727 NR_135069 101929011 Hs.733911 NR_135069 ENSG00000237937 LOC101929011 - uncharacterized LOC101929011 ncRNA 0.871 0.952 0.734 0.009 0.255 0.936 0.055 0.218 0.428 0.013 0.086 0.077 0.014 0.039 0.113 1.015 0.030 0.050 0.022 0.017 0.014 0.018 0.332 0.317 0.536 0.006 0.022 0.013 0.048 0.009 0.068 0.141 0.034 1.338 0.038 0.031 0.136 0.033 0.101 0.011 0.123 0.211 0.058 0.021 0.010 0.077 0.114 0.208 0.046 0.028 0.010 0.070 1.015 0.025 0.024 0.536 0.016 0.029 0.098 0.041 0.053 0.028 0.587 2.903 0.013 0.015 0.002 0.307 nan 0.070 0.118 0.490 0.514 4.177 1.289 0.117 0.162 0.970 nan 0.717 0.863 1.231 0.795 0.542 0.793 0.527 0.487 1.048 4.203 2.915 1.434 8157 chr3 192121083 192128798 + 0 NA intron (NM_004113, intron 2 of 5) intron (NM_004113, intron 2 of 5) 1898 NM_021032 2257 Hs.390250 NM_004113 ENSG00000114279 FGF12 EIEE47|FGF12B|FHF1 fibroblast growth factor 12 protein-coding nan 1.576 0.935 0.878 0.203 0.014 0.056 0.278 0.592 0.285 0.102 0.059 0.048 0.054 0.084 0.468 0.076 0.328 0.173 0.326 0.018 0.264 0.254 0.544 0.018 0.009 0.009 0.079 0.028 0.408 nan 0.036 nan 0.583 0.256 0.606 0.111 0.137 0.122 1.399 0.031 0.020 0.014 0.029 0.187 0.539 0.422 2.903 0.183 0.113 0.468 0.194 0.012 0.544 1.039 0.278 0.353 0.931 0.122 1.176 0.010 0.007 0.020 1.061 0.724 0.222 0.219 1.864 1.370 2.697 1.135 4.899 5.272 5.714 7.163 0.479 0.899 2.246 2.492 0.474 0.790 1.343 0.894 3.004 4.558 0.700 0.737 11391 chr8 145043990 145051949 + 0 NA promoter-TSS (NM_201378) promoter-TSS (NM_201378) -272 NM_201378 5339 Hs.434248 NM_000445 ENSG00000178209 PLEC EBS1|EBSMD|EBSND|EBSO|EBSOG|EBSPA|HD1|LGMD2Q|PCN|PLEC1|PLEC1b|PLTN plectin protein-coding 2.474 1.244 nan 6.218 2.115 1.315 2.268 0.875 1.899 2.716 4.945 1.452 0.265 1.123 2.205 1.427 1.102 0.165 2.694 0.815 1.347 0.714 0.352 0.144 1.965 1.766 1.620 1.414 2.765 1.187 3.128 4.686 1.638 5.270 1.778 0.849 0.036 1.256 0.097 1.294 0.189 2.759 1.872 1.326 1.826 0.270 2.684 2.539 3.790 4.789 1.466 1.378 1.427 2.624 1.298 1.965 0.693 2.549 0.404 3.724 1.579 0.350 0.524 0.414 1.131 0.716 0.340 1.292 2.168 1.759 2.285 nan 3.658 nan 0.619 1.834 1.949 1.001 1.448 1.351 2.036 0.999 1.018 1.088 1.885 0.595 0.473 1.130 2.063 1.157 0.544 10521 chr7 95827299 95852552 + 0 NA intron (NR_027662, intron 3 of 16) intron (NR_027662, intron 3 of 16) 9143 NR_030322 693176 NR_030322 ENSG00000208025 MIR591 MIRN591|hsa-mir-591 microRNA 591 ncRNA nan 0.646 nan 0.100 0.151 0.060 0.203 0.386 0.701 0.129 0.149 0.197 0.037 0.040 0.161 0.310 0.160 0.159 0.147 0.045 0.085 0.077 0.236 0.207 0.327 0.057 0.029 0.041 0.160 0.025 0.070 0.143 0.172 0.311 0.042 0.162 0.185 0.137 0.163 0.047 0.162 0.202 0.017 0.026 0.065 0.095 0.262 0.161 0.138 0.171 0.062 0.140 0.310 0.070 0.195 0.327 0.232 0.121 0.074 0.064 0.064 0.185 0.097 0.153 0.060 0.032 0.042 0.536 0.349 3.306 3.739 0.311 0.439 0.844 0.292 0.348 0.327 0.938 1.277 0.274 0.265 0.449 0.270 0.229 0.365 0.739 0.974 0.349 nan 0.986 0.675 9018 chr5 74859729 74865783 + 0 NA intron (NM_001345921, intron 2 of 13) intron (NM_001345921, intron 2 of 13) -44545 NM_001276713 728780 Hs.370455 NM_001271529 ENSG00000189045 ANKDD1B - ankyrin repeat and death domain containing 1B protein-coding 0.794 nan 0.703 2.891 0.095 0.016 5.535 0.105 0.267 0.394 1.649 2.189 0.389 0.089 0.525 0.293 0.053 3.541 2.221 0.528 0.046 0.079 0.070 0.059 2.845 2.662 1.084 4.775 4.026 0.415 1.445 1.132 0.297 2.624 1.554 0.016 0.072 0.161 1.896 0.079 2.970 1.615 0.768 3.214 2.383 0.207 0.578 1.264 0.479 0.208 0.319 0.525 3.144 6.831 0.059 0.356 0.330 0.016 0.560 0.068 2.710 0.050 0.123 2.666 2.309 1.895 0.248 0.089 0.471 1.338 0.163 0.123 nan 0.088 0.091 0.173 0.521 nan 0.300 0.205 0.377 0.194 0.040 0.131 0.150 0.208 0.306 0.643 0.242 0.275 8134 chr3 188662403 188674895 + 0 NA Intergenic Intergenic -3221 NR_046873 100874043 Hs.616287 NR_046873 ENSG00000234076 TPRG1-AS1 - TPRG1 antisense RNA 1 ncRNA 1.634 2.050 0.886 2.659 0.532 2.471 3.119 2.089 3.533 0.129 1.171 2.399 0.244 0.202 1.849 0.787 0.857 0.154 1.429 0.792 0.418 0.011 0.718 0.334 2.041 3.148 2.323 0.397 2.323 1.468 0.504 2.411 0.566 3.259 1.323 2.664 0.076 0.261 0.060 1.246 0.431 1.107 0.656 0.386 2.172 0.468 0.564 2.419 1.655 2.779 1.441 1.951 0.787 0.897 0.834 2.041 0.577 0.678 0.419 0.084 0.833 1.455 0.357 0.049 1.506 1.623 1.545 0.467 0.500 1.726 2.780 4.921 3.886 1.285 0.280 1.077 1.202 1.502 2.207 1.687 1.916 1.174 1.080 0.452 0.782 0.718 0.657 0.193 0.275 3.625 1.714 10479 chr7 83713725 83723635 + 0 NA intron (NM_006080, intron 4 of 16) intron (NM_006080, intron 4 of 16) 105537 NM_006080 10371 Hs.252451 NM_006080 ENSG00000075213 SEMA3A COLL1|HH16|Hsema-I|Hsema-III|SEMA1|SEMAD|SEMAIII|SEMAL|SemD|coll-1 semaphorin 3A protein-coding 0.960 0.747 0.729 0.348 0.124 0.033 0.396 0.065 0.197 0.111 0.111 1.133 0.582 0.051 0.153 0.169 0.344 0.114 0.489 0.213 2.892 3.253 0.134 0.148 0.056 0.035 0.006 0.149 0.510 0.074 3.133 3.216 6.286 0.170 0.691 1.750 0.038 0.065 0.189 0.524 0.129 0.176 0.006 0.186 0.352 0.106 0.101 0.484 0.102 0.071 0.058 0.169 0.337 0.395 0.056 0.938 0.142 0.020 0.052 0.010 0.750 0.140 0.074 0.107 0.012 0.025 0.422 0.377 0.197 0.285 0.314 0.438 0.132 0.061 0.331 0.272 2.691 2.582 0.512 0.628 0.587 0.157 0.273 0.376 0.218 0.281 0.349 nan 0.562 0.493 10400 chr7 66308118 66315844 + 0 NA promoter-TSS (NR_135738) promoter-TSS (NR_135738) -456 NR_135738 101929580 Hs.571342 NR_135738 GTF2IP23 - general transcription factor IIi pseudogene 23 pseudo nan nan nan 0.932 2.889 0.784 1.382 1.617 2.155 0.431 1.683 1.588 0.217 2.572 1.959 2.919 1.244 0.296 1.002 0.792 0.579 0.311 2.942 1.319 3.239 0.536 0.358 0.611 2.085 0.470 2.921 3.529 3.089 2.959 0.568 0.935 0.370 1.569 0.112 0.503 1.000 1.295 0.576 0.473 0.843 0.719 1.135 0.994 1.253 3.608 0.745 0.801 2.919 2.582 0.979 3.239 0.696 0.866 0.590 1.170 2.586 1.551 0.581 0.546 0.502 0.745 0.408 3.481 3.812 2.716 4.292 4.877 4.221 9.673 5.092 4.927 5.050 1.769 2.192 4.506 5.494 2.281 2.385 1.408 2.310 4.041 3.544 2.071 2.613 6.235 3.001 10028 chr6 154549046 154571525 + 0 NA intron (NM_001130699, intron 6 of 12) intron (NM_001130699, intron 6 of 12) 90930 NM_001130699 26034 Hs.146100 NM_015553 ENSG00000074706 IPCEF1 PIP3-E interaction protein for cytohesin exchange factors 1 protein-coding nan 1.227 0.568 0.054 0.136 0.017 0.260 0.157 0.367 0.009 0.069 0.285 0.008 0.031 0.130 0.387 0.133 0.079 0.113 0.068 0.051 0.006 0.035 0.084 0.207 0.173 0.093 0.040 0.057 0.019 0.884 nan 0.218 0.260 0.119 0.144 0.013 0.049 0.127 0.032 0.059 0.094 0.057 0.035 0.043 0.089 0.017 0.081 0.033 0.098 0.017 0.042 0.387 0.102 0.331 0.207 0.125 0.051 0.009 0.028 0.065 0.046 0.013 0.081 0.024 0.018 0.011 0.420 0.232 10.084 9.213 0.751 nan 0.890 0.307 3.075 3.066 0.095 0.170 0.385 0.423 0.777 0.585 0.149 0.282 0.138 0.114 0.179 nan 0.305 0.291 5850 chr2 2287972 2303123 + 0 NA intron (NM_015025, intron 1 of 24) intron (NM_015025, intron 1 of 24) -27457 NR_024468 730811 Hs.629472 NR_024468 ENSG00000225619 MYT1L-AS1 - MYT1L antisense RNA 1 ncRNA 0.596 0.738 0.601 0.028 0.147 4.227 0.050 0.295 0.493 0.025 0.038 0.067 0.004 0.047 0.404 0.430 0.069 0.054 0.042 0.025 0.016 0.018 0.433 0.321 0.649 0.005 0.014 0.015 0.049 0.085 0.149 0.014 1.995 0.010 0.081 0.070 0.050 0.107 0.016 0.134 0.147 0.024 0.010 0.029 0.041 0.038 0.112 0.081 0.023 0.026 0.044 0.430 0.042 0.024 0.649 0.008 0.071 0.258 0.038 0.323 0.052 0.084 0.017 0.015 0.053 0.017 0.391 0.546 0.343 0.367 0.731 0.869 0.995 0.380 0.237 0.174 0.778 1.045 1.086 1.113 0.693 0.465 0.320 0.360 0.390 0.447 0.572 1.060 1.353 0.798 7902 chr3 149046336 149071600 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -7420 NM_138786 116441 Hs.22026 NM_138786 ENSG00000163762 TM4SF18 L6D transmembrane 4 L six family member 18 protein-coding 0.989 nan nan 2.494 1.439 0.096 3.770 0.420 0.771 0.554 0.554 2.515 0.113 0.741 0.217 0.255 0.671 0.196 1.014 0.656 1.829 1.591 0.985 0.810 1.149 3.388 2.563 0.489 2.066 2.427 0.840 1.786 1.483 0.700 1.505 1.747 0.162 0.039 0.077 1.708 0.047 2.279 1.802 0.886 2.349 1.612 0.721 3.296 2.607 1.530 0.854 1.745 0.255 0.446 4.362 1.149 0.296 1.248 0.019 1.424 1.517 1.456 0.067 0.157 1.541 1.299 1.536 0.264 0.236 0.403 0.788 0.790 1.021 nan 1.544 0.268 0.228 0.237 nan 1.908 nan nan 0.258 0.241 0.327 0.811 0.997 0.332 0.566 1.654 1.151 7198 chr21 36624609 36631440 + 0 NA Intergenic Intergenic -206429 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 1.395 1.074 1.845 3.243 1.384 2.447 2.593 0.667 1.368 2.389 0.281 1.663 4.791 0.063 8.169 0.749 3.477 0.282 2.873 1.860 0.573 0.416 0.216 3.034 1.607 0.877 0.075 1.710 1.646 2.197 2.389 3.072 4.811 1.717 2.074 0.041 0.031 0.067 1.775 0.046 1.106 0.301 0.172 2.133 1.547 1.909 1.520 0.155 1.251 1.573 2.421 0.749 1.602 3.398 3.034 1.395 2.690 0.674 1.176 1.491 0.087 0.036 1.068 0.540 0.430 0.423 0.417 0.879 2.795 3.122 2.613 3.018 0.845 0.338 0.502 0.145 0.231 6.776 5.570 1.038 0.792 0.116 0.265 0.356 0.258 0.201 0.277 nan 1.312 6975 chr20 38149751 38155273 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -299121 NR_027124 339568 Hs.434319 NR_027124 ENSG00000230324 LINC01734 - long intergenic non-protein coding RNA 1734 ncRNA 0.580 3.007 0.525 0.106 0.249 0.051 0.051 0.349 0.685 0.053 0.035 0.083 0.054 0.111 0.096 0.040 0.088 0.039 0.020 0.029 0.104 0.013 0.030 0.013 0.087 0.019 0.072 nan 0.089 0.653 0.089 0.019 0.084 0.022 0.075 0.179 0.011 0.043 0.454 0.055 0.102 0.126 0.015 0.038 5.197 0.438 0.096 0.039 0.017 0.164 0.194 0.141 0.074 0.037 0.129 0.035 0.069 0.026 0.010 0.009 0.594 0.550 0.188 0.222 0.199 nan 0.158 0.054 0.205 0.204 1.418 1.836 0.459 0.412 0.261 0.199 0.115 0.194 0.022 0.028 0.101 nan 0.620 0.437 10132 chr7 3556390 3566054 + 0 NA intron (NM_152744, intron 1 of 44) intron (NM_152744, intron 1 of 44) 220142 NM_152744 221935 Hs.653013 NM_152744 ENSG00000146555 SDK1 - sidekick cell adhesion molecule 1 protein-coding 1.454 1.015 1.584 0.141 0.607 0.038 0.022 0.465 0.942 0.030 0.103 0.398 0.019 2.022 0.075 0.177 0.102 0.084 0.088 0.020 0.039 1.982 1.027 1.083 0.042 0.007 0.008 0.063 0.011 0.106 nan 0.214 nan 0.060 0.531 0.078 0.139 0.377 0.104 0.008 0.024 0.129 0.155 0.034 0.037 0.089 0.177 0.066 0.058 1.083 0.013 0.026 0.841 0.060 0.727 0.042 0.113 0.128 0.008 0.006 0.005 0.705 0.401 0.296 nan 0.893 1.021 7.573 3.759 0.319 0.324 0.195 0.176 nan 2.165 0.569 0.329 0.324 0.438 2.208 3.174 0.155 0.199 2.042 1.144 9344 chr5 172875500 172889011 + 0 NA Intergenic MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR 107797 NR_107023 102465862 NR_107023 ENSG00000274994 MIR8056 hsa-mir-8056 microRNA 8056 ncRNA 0.465 0.527 0.565 0.868 0.065 0.016 6.123 0.048 0.097 0.100 2.360 2.275 0.027 0.035 0.053 0.076 1.270 0.131 2.320 1.515 2.819 0.020 0.064 0.036 0.071 7.200 7.088 0.076 2.820 4.766 2.844 4.856 0.408 0.281 2.056 7.141 0.028 0.064 0.117 5.338 0.023 4.792 3.433 1.650 5.925 2.004 2.683 15.189 0.277 0.468 3.239 1.032 0.076 2.018 6.990 0.071 1.692 0.717 0.022 0.235 0.363 2.834 0.029 0.018 2.601 2.911 3.306 0.164 0.103 0.270 nan 0.214 0.162 0.058 0.045 0.097 0.085 0.205 nan 0.156 0.181 0.267 0.158 0.100 0.141 0.086 0.127 0.092 0.131 0.203 0.268 4824 chr17 45907629 45916771 + 0 NA intron (NM_033413, intron 3 of 7) L3b|LINE|CR1 3207 NM_033413 90506 Hs.130767 NM_033413 ENSG00000141294 LRRC46 - leucine rich repeat containing 46 protein-coding 1.318 1.015 nan 0.771 0.777 0.303 2.296 0.614 1.124 0.272 0.877 0.823 0.246 0.075 0.338 0.683 0.558 0.105 0.874 0.312 0.598 0.593 0.479 0.344 0.452 0.537 0.334 0.560 0.363 0.843 1.170 nan 0.647 2.132 0.390 0.527 0.095 0.907 0.120 2.288 0.219 4.329 2.751 1.435 0.542 0.205 0.832 4.440 0.926 1.101 0.596 0.466 0.683 0.838 0.527 0.452 0.348 0.480 0.236 1.154 0.499 0.563 0.305 0.327 1.478 0.455 0.334 1.233 1.087 0.819 1.341 1.477 nan 2.203 0.753 1.880 1.805 0.810 1.292 2.775 nan 1.831 1.435 0.862 1.165 0.661 0.865 1.131 1.682 0.875 0.492 309 chr1 41090445 41129816 + 0 NA intron (NM_014747, intron 2 of 7) L2b|LINE|L2 21194 NM_014747 9783 Hs.654808 NM_014747 ENSG00000117016 RIMS3 NIM3|RIM3 regulating synaptic membrane exocytosis 3 protein-coding 12.410 0.675 nan 0.093 0.129 0.755 0.190 0.286 0.640 0.042 0.091 0.079 0.009 0.060 0.396 15.194 0.133 0.140 0.267 0.275 0.044 0.088 0.263 0.187 0.782 0.097 0.038 0.097 0.089 0.102 0.225 0.818 0.223 0.675 0.056 0.037 0.043 0.113 0.129 0.042 0.496 0.195 0.046 0.037 0.064 0.117 0.125 0.183 0.117 0.100 0.070 0.146 15.194 0.152 0.121 0.782 0.053 0.074 0.138 0.148 0.131 0.093 0.341 0.387 0.027 0.357 0.463 0.576 0.940 0.196 0.328 1.901 1.578 0.575 0.202 0.369 0.383 0.519 nan nan 1.231 0.552 0.453 0.820 nan 0.287 0.269 0.655 1.538 1.716 1.115 11501 chr9 27116819 27127241 + 0 NA intron (NM_001290078, intron 1 of 20) intron (NM_001290078, intron 1 of 20) 12891 NM_000459 7010 Hs.89640 NM_000459 ENSG00000120156 TEK CD202B|GLC3E|TIE-2|TIE2|VMCM|VMCM1 TEK receptor tyrosine kinase protein-coding 0.735 nan nan 0.104 0.485 0.024 1.585 0.416 0.720 0.272 0.165 0.088 0.006 0.028 0.042 0.454 0.270 0.171 0.478 0.871 0.029 0.013 1.327 0.371 0.257 0.654 0.442 0.051 0.063 0.264 0.529 1.669 0.122 1.011 0.856 0.060 0.136 0.177 0.059 0.429 0.398 0.070 0.081 0.068 0.241 0.059 0.121 0.809 0.227 0.082 0.187 0.360 0.454 0.262 0.026 0.257 0.444 0.024 0.033 0.479 0.128 0.086 0.295 0.116 0.028 0.020 0.148 0.149 0.224 0.367 0.423 0.274 2.422 1.131 0.153 0.132 0.803 1.308 0.260 0.312 0.426 0.155 0.080 0.161 0.921 0.961 0.286 0.565 3.915 2.370 8672 chr4 187111443 187114374 + 0 NA promoter-TSS (NR_046264) promoter-TSS (NR_046264) 234 NM_207352 285440 Hs.587231 NM_207352 ENSG00000145476 CYP4V2 BCD|CYP4AH1 cytochrome P450 family 4 subfamily V member 2 protein-coding nan 3.645 nan 6.209 2.039 2.370 3.629 2.967 5.952 0.793 6.643 2.234 0.340 0.983 6.782 2.098 1.177 0.275 2.392 0.970 6.879 5.961 1.304 0.716 3.714 2.297 2.391 2.227 3.967 2.230 4.745 5.707 2.389 8.845 1.743 2.687 4.297 0.084 3.509 0.379 1.287 11.347 5.081 2.714 0.525 0.884 8.426 3.999 4.436 4.312 3.156 2.098 3.457 4.206 3.714 2.119 1.920 0.693 3.539 3.346 1.559 1.786 1.350 3.691 1.584 0.606 1.068 2.484 3.433 4.987 3.938 3.961 5.720 2.112 5.270 5.602 0.074 0.107 7.198 10.032 4.769 6.071 2.901 5.664 0.073 0.087 0.921 0.875 0.224 0.159 7485 chr22 49478832 49508147 + 0 NA Intergenic Intergenic 230907 NR_038944 100128946 Hs.535676 NR_038944 ENSG00000205632 LINC01310 WI2-81516E3.1 long intergenic non-protein coding RNA 1310 ncRNA 0.697 0.315 nan 0.068 0.024 0.589 0.046 0.694 1.628 0.010 0.047 0.044 0.006 1.178 0.219 0.109 0.056 0.060 0.029 0.013 0.026 0.005 0.712 0.311 2.870 0.006 0.013 0.008 0.068 0.004 0.137 0.896 0.067 0.919 0.020 0.134 0.181 0.026 0.097 0.008 0.118 0.072 0.041 0.021 0.011 0.029 0.063 0.082 0.105 0.034 0.056 0.137 0.109 0.032 0.036 2.870 0.004 0.082 0.574 0.042 0.840 0.016 0.024 0.026 0.013 0.014 0.004 0.214 0.121 0.120 0.137 2.061 2.059 2.650 0.759 0.102 0.109 0.093 0.218 5.888 6.249 0.650 0.430 0.144 0.149 0.660 1.040 0.053 0.110 1.727 1.084 10351 chr7 47708139 47721237 + 0 NA Intergenic Intergenic 19846 NM_001123065 401335 Hs.520816 NM_001123065 C7orf65 - chromosome 7 open reading frame 65 protein-coding 0.971 0.764 nan 0.602 0.121 0.017 1.730 0.108 0.222 0.648 2.049 1.082 0.043 0.045 0.075 0.344 0.526 0.170 0.911 0.371 0.181 0.021 0.084 0.115 0.331 3.427 2.408 0.366 2.019 0.562 0.414 1.697 0.469 0.513 0.614 1.753 0.066 0.362 0.145 0.423 0.061 2.580 0.160 0.090 0.541 0.476 2.660 2.571 0.934 0.082 0.485 2.046 0.344 0.824 0.318 0.331 0.634 0.646 0.081 0.615 0.124 2.178 0.038 0.056 0.994 0.057 0.023 0.801 0.926 0.548 2.205 0.333 0.407 0.951 0.374 0.166 0.157 0.155 0.313 0.430 0.757 0.258 0.112 0.157 0.198 0.302 0.296 0.132 0.253 0.538 0.562 9404 chr6 4076446 4089222 + 0 NA intron (NR_104464, intron 1 of 5) MER39B|LTR|ERV1 -3377 NM_173563 222826 Hs.657342 NM_173563 ENSG00000145975 FAM217A C6orf146 family with sequence similarity 217 member A protein-coding 1.223 0.705 0.938 0.056 0.116 0.022 0.097 0.545 0.879 0.013 0.117 0.086 0.034 0.055 0.077 0.734 0.119 0.181 0.163 0.044 0.058 0.033 0.405 0.212 0.179 0.076 0.033 0.006 0.032 0.100 0.352 0.106 0.164 0.023 0.075 0.119 0.085 0.114 0.009 0.555 0.148 0.028 0.012 0.009 0.037 0.068 0.224 0.134 0.195 0.062 0.071 0.734 0.134 0.100 0.179 0.019 0.058 0.023 0.055 0.080 0.075 0.070 0.204 0.047 0.014 0.004 0.997 0.776 0.251 0.315 0.330 0.483 2.170 0.710 0.460 0.458 0.251 0.502 0.170 0.237 0.412 0.204 0.258 0.375 1.044 0.892 0.505 1.193 4.049 1.833 824 chr1 161733846 161737101 + 0 NA promoter-TSS (NM_007348) promoter-TSS (NM_007348) -561 NM_007348 22926 Hs.492740 NM_007348 ENSG00000118217 ATF6 ACHM7|ATF6A activating transcription factor 6 protein-coding 5.738 4.163 4.546 3.385 4.353 0.956 1.672 1.226 3.243 1.176 3.378 3.537 1.148 2.775 6.236 1.214 5.387 0.348 2.348 1.101 1.577 1.682 3.079 1.668 3.173 2.111 1.308 0.886 1.895 1.209 4.187 4.973 2.668 6.825 1.812 2.682 0.873 6.143 0.341 2.544 2.690 2.590 2.310 0.614 2.273 0.761 4.355 1.816 3.138 2.325 1.577 2.557 1.214 3.722 4.667 3.173 2.063 1.172 1.010 4.975 3.534 3.447 6.697 1.936 0.802 1.557 0.811 4.548 6.243 9.153 12.338 4.910 nan 4.348 1.652 13.177 13.715 5.181 5.803 8.413 nan 7.328 6.467 18.086 12.219 5.669 8.756 6.108 8.892 3.991 2.297 6369 chr2 134898377 134919347 + 0 NA Intergenic Intergenic 24166 NR_037450 100500878 NR_037450 ENSG00000263813 MIR3679 mir-3679 microRNA 3679 ncRNA nan 0.648 nan 0.628 0.185 0.067 0.750 0.103 0.309 0.009 0.256 0.211 0.036 0.054 0.064 0.287 0.204 0.038 0.210 0.180 0.110 0.033 0.067 0.107 0.212 0.226 0.100 0.088 0.101 0.346 0.117 0.473 0.071 0.420 0.063 0.116 0.018 0.042 0.065 0.045 0.171 0.323 0.618 0.284 0.529 0.168 0.097 0.133 0.159 0.182 0.030 0.173 0.287 0.106 0.098 0.212 0.134 0.055 0.403 0.106 0.048 0.184 0.188 1.763 0.312 0.033 0.036 1.749 1.700 0.877 0.719 0.259 0.272 0.634 0.236 0.406 0.330 0.792 1.081 0.464 nan 1.390 1.319 0.566 0.678 0.132 0.156 1.650 4.706 0.339 0.338 4747 chr17 37924368 37959165 + 0 NA intron (NM_001284514, intron 6 of 8) intron (NM_001284514, intron 6 of 8) -7288 NM_001284516 22806 Hs.371680 NM_012481 ENSG00000161405 IKZF3 AIO|AIOLOS|ZNFN1A3 IKAROS family zinc finger 3 protein-coding nan 1.167 0.627 9.656 0.156 3.151 0.418 0.744 1.504 0.030 0.177 0.037 1.088 0.034 0.841 0.505 0.095 0.118 0.265 0.201 0.060 0.024 0.226 0.239 1.025 0.101 0.037 0.047 0.364 0.255 0.334 0.792 1.071 1.246 0.088 0.081 0.090 0.031 0.085 0.044 0.391 0.122 0.026 0.016 0.079 0.260 0.273 0.167 0.073 0.039 0.077 0.064 0.505 0.344 0.042 1.025 0.162 0.172 0.111 0.059 0.023 0.300 0.189 0.177 0.028 0.024 0.028 0.522 0.657 0.240 0.577 nan 0.886 0.374 0.178 0.673 0.710 0.193 0.341 1.541 1.170 nan 0.170 0.429 0.624 0.458 0.590 0.322 0.513 1.034 0.779 1148 chr1 223947098 223965682 + 0 NA intron (NM_001748, intron 16 of 20) L1PA3|LINE|L1 56271 NM_001748 824 Hs.350899 NM_001748 ENSG00000162909 CAPN2 CANP2|CANPL2|CANPml|mCANP calpain 2 protein-coding 1.318 nan 1.005 0.781 3.319 0.078 2.165 0.363 0.720 0.274 1.017 1.670 0.238 0.971 0.187 0.457 0.311 0.125 1.212 0.748 0.250 0.037 1.257 0.471 0.110 2.609 2.222 0.151 1.545 0.940 1.531 2.235 1.824 0.986 0.747 0.728 0.292 0.111 0.102 0.707 0.090 0.829 0.755 0.316 0.863 0.861 0.776 1.265 0.504 0.794 0.280 0.532 0.457 0.934 3.298 0.110 0.500 0.263 0.037 0.304 0.257 2.340 0.032 0.232 0.928 1.215 1.529 0.478 0.560 0.784 1.042 0.575 nan 6.065 1.963 0.553 0.607 0.322 0.563 1.470 1.173 0.318 0.220 0.142 0.181 1.025 1.022 0.497 1.143 2.238 1.026 254 chr1 36101410 36108890 + 0 NA intron (NM_001199779, intron 1 of 5) intron (NM_001199779, intron 1 of 5) 2002 NM_001199779 5690 Hs.471441 NM_002794 ENSG00000126067 PSMB2 HC7-I proteasome subunit beta 2 protein-coding 3.731 nan 5.266 3.239 5.343 2.482 3.406 1.546 2.677 0.920 3.512 2.273 2.049 0.655 2.341 1.688 2.002 0.454 2.657 0.709 2.331 0.424 3.131 2.040 4.744 1.601 1.636 0.852 2.459 0.916 1.735 3.020 1.833 5.335 1.292 2.464 0.280 2.291 0.252 1.043 0.858 3.720 1.643 0.807 2.233 0.649 2.785 2.701 1.395 2.094 1.216 1.628 1.688 2.580 4.547 4.744 1.062 0.948 0.872 1.882 0.919 1.721 1.896 0.778 1.018 1.642 0.785 2.628 2.368 4.177 5.731 4.831 4.986 nan 1.120 7.496 7.501 2.729 3.730 11.575 17.691 nan 3.473 2.688 4.749 2.007 2.616 3.536 3.806 3.029 nan 2386 chr11 133985098 133997650 + 0 NA intron (NM_032801, intron 1 of 8) intron (NM_032801, intron 1 of 8) 29884 NR_145790 109623486 NR_145790 SNORD153 - small nucleolar RNA, C/D box 153 snoRNA 0.677 nan 0.533 0.040 0.133 0.143 0.068 0.293 0.388 0.015 0.597 0.043 0.005 0.016 0.615 0.199 0.041 0.013 0.059 0.022 0.436 0.309 0.487 0.033 0.017 0.064 0.044 0.000 0.045 0.047 0.077 nan 0.239 0.008 0.095 0.149 0.132 0.327 0.168 0.048 0.112 0.017 0.049 0.054 0.168 0.084 0.147 0.006 0.053 0.199 0.063 0.037 0.487 0.033 0.200 0.051 0.106 0.037 3.213 0.119 0.018 0.009 0.008 6.427 8.449 1.170 1.490 0.861 0.782 0.689 0.254 0.129 0.136 1.840 2.835 0.756 0.672 0.481 0.334 2.960 6.032 0.159 0.141 0.305 0.646 0.582 0.512 11049 chr8 73654365 73661921 + 0 NA intron (NR_110656, intron 1 of 2) MER77B|LTR|ERVL 13863 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.890 1.016 3.426 0.067 1.343 0.472 0.056 0.722 1.382 0.082 0.060 0.008 0.291 7.138 0.170 0.139 0.021 0.097 0.026 0.017 0.036 1.319 0.422 1.416 0.009 0.046 0.052 0.103 0.108 8.017 0.058 0.042 1.872 0.087 0.073 0.016 0.116 0.100 0.032 0.010 0.021 0.051 0.169 0.054 0.096 0.041 0.080 0.170 0.024 1.416 0.032 0.034 0.008 0.640 0.021 7.712 0.277 0.010 0.023 1.930 2.891 4.958 4.455 1.310 1.336 6.243 1.802 5.653 5.909 1.232 1.536 1.306 1.713 0.445 0.233 3.243 5.528 6.354 8.827 0.435 0.974 2.130 1.308 1321 chr10 11862002 11869333 + 0 NA intron (NM_153256, intron 1 of 3) CpG 270 NM_153256 254427 Hs.435775 NM_153256 ENSG00000148426 PROSER2 C10orf47 proline and serine rich 2 protein-coding nan 0.853 1.805 0.971 0.215 0.076 1.689 0.111 0.247 0.442 0.764 0.717 0.310 0.027 0.050 0.138 0.123 0.170 1.559 0.666 0.216 0.113 0.063 0.096 0.311 1.294 1.113 1.339 2.099 1.437 0.804 1.297 0.816 0.452 0.501 0.269 0.013 0.497 0.077 0.161 0.022 0.261 5.951 2.512 1.867 0.420 3.724 0.438 2.386 0.682 0.410 2.375 0.138 1.247 0.988 0.311 1.056 0.887 0.027 1.103 0.027 0.927 0.067 0.050 0.342 0.746 0.686 0.329 0.229 0.847 1.836 0.201 0.376 1.913 0.414 0.362 0.366 0.178 0.280 0.263 0.363 0.376 0.468 0.332 0.486 0.115 0.189 0.084 0.196 0.189 0.208 11313 chr8 133540707 133547811 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 29467 NR_026684 93668 Hs.545218 NR_026684 ENSG00000253521 HPYR1 HPRG1|LINC00027|NCRNA00027 Helicobacter pylori responsive 1 (non-protein coding) ncRNA nan 0.541 0.692 7.966 0.124 0.031 0.147 0.227 0.170 0.014 0.131 0.052 0.078 0.057 0.063 0.075 0.064 0.034 0.045 0.009 0.039 0.092 0.047 0.133 0.126 0.061 0.010 0.124 0.015 0.067 0.117 0.140 0.648 0.030 0.014 0.015 0.126 0.105 0.221 0.085 0.055 0.906 4.254 0.040 0.282 0.138 0.020 0.018 0.075 0.077 0.026 0.133 0.093 0.056 0.040 0.042 0.041 0.052 0.011 0.049 0.022 0.306 0.219 2.637 1.456 0.329 0.435 0.150 0.110 nan 0.913 0.116 0.256 1.004 1.201 0.285 0.159 0.230 0.372 0.167 0.148 0.226 0.313 0.196 0.369 4214 chr16 6994218 7046070 + 0 NA intron (NM_001142334, intron 1 of 13) AluJo|SINE|Alu 196334 NM_001142334 54715 Hs.459842 NM_018723 ENSG00000078328 RBFOX1 2BP1|A2BP1|FOX-1|FOX1|HRNBP1 RNA binding fox-1 homolog 1 protein-coding 0.923 nan 0.666 0.054 0.051 0.110 0.044 0.090 0.186 0.007 0.052 0.036 0.002 0.019 0.073 0.083 0.056 0.093 0.039 0.015 0.019 0.011 0.051 0.106 0.035 0.007 0.017 0.011 0.060 0.068 0.075 0.048 0.216 0.011 0.052 0.022 0.032 0.073 0.496 0.064 0.013 0.012 0.015 0.045 0.039 0.097 0.049 0.026 0.011 0.045 0.083 0.034 0.020 0.035 0.002 0.039 0.113 0.026 0.029 0.011 0.023 1.321 0.015 0.017 0.003 0.271 0.171 0.041 0.041 0.105 0.150 nan 0.103 0.089 0.113 0.119 nan 0.086 0.119 0.236 0.079 0.093 0.127 0.077 0.079 1.162 4.303 0.515 0.462 3945 chr15 47963097 47970847 + 0 NA intron (NM_001198999, intron 4 of 19) intron (NM_001198999, intron 4 of 19) -42592 NM_001358351 80031 Hs.511265 NM_020858 ENSG00000137872 SEMA6D - semaphorin 6D protein-coding 1.401 1.122 nan 0.028 2.036 0.050 0.153 2.069 4.651 0.072 0.023 0.008 0.450 0.469 0.280 0.059 0.047 0.067 0.008 0.937 0.475 6.448 0.013 0.009 0.083 0.093 0.126 0.054 3.653 0.067 0.077 1.018 0.014 0.065 0.031 0.567 0.024 0.014 0.010 0.037 0.136 0.017 0.028 0.060 0.280 0.064 6.448 0.031 0.011 0.352 0.023 1.259 0.082 0.025 1.536 0.040 0.006 0.235 0.130 0.111 0.187 1.482 1.236 5.439 1.724 0.110 0.134 1.168 nan 2.722 2.846 0.985 0.823 0.122 0.180 2.946 3.744 0.969 3.451 3.022 1.355 7457 chr22 44565697 44577246 + 0 NA intron (NM_001137605, intron 1 of 13) intron (NM_001137605, intron 1 of 13) 2635 NM_001137605 64098 Hs.658995 NM_022141 ENSG00000138964 PARVG - parvin gamma protein-coding 0.778 nan 0.490 0.072 1.006 0.131 0.066 0.180 0.322 0.025 0.067 0.080 0.016 0.042 0.935 0.556 0.123 0.055 0.055 0.033 0.044 0.024 0.690 0.166 5.410 0.098 0.012 0.016 0.042 0.064 0.283 0.073 1.658 0.026 0.033 0.042 0.084 0.065 0.046 0.109 0.115 0.016 0.019 0.063 0.053 0.092 0.079 0.050 0.023 0.034 0.065 0.556 0.019 0.109 5.410 0.042 0.065 0.084 0.067 0.175 0.082 0.017 0.063 0.006 0.045 0.019 0.310 0.374 0.355 0.660 1.751 1.326 2.735 1.244 0.414 0.500 0.146 nan 2.577 2.855 nan 0.195 0.142 0.258 0.296 0.276 0.225 0.382 0.545 0.477 6615 chr2 208540369 208552960 + 0 NA Intergenic Intergenic 19510 NR_135567 102724714 Hs.443475 NR_135566 ENSG00000224137 LINC01857 - long intergenic non-protein coding RNA 1857 ncRNA 0.849 nan 0.727 0.212 0.125 0.049 1.540 0.165 0.257 0.342 0.918 1.422 0.088 0.063 0.092 0.142 1.391 0.631 0.762 0.376 3.275 0.099 0.088 0.124 0.085 0.479 0.213 0.187 0.434 0.159 0.391 1.293 0.922 0.313 0.442 3.952 0.038 0.052 0.077 0.214 0.057 0.614 0.273 0.103 0.658 0.592 0.750 0.168 1.576 0.223 1.712 0.940 0.142 0.870 3.758 0.085 0.578 1.634 0.016 0.794 0.129 0.992 0.039 0.098 0.326 0.056 0.031 0.289 0.163 0.284 0.610 0.230 0.275 0.162 0.071 0.449 0.485 0.364 0.479 0.305 0.490 0.373 0.192 0.164 0.188 0.087 0.149 0.319 0.496 0.398 0.276 8179 chr3 194857812 194934093 + 0 NA intron (NM_152531, intron 2 of 3) intron (NM_152531, intron 2 of 3) 27352 NR_102711 101410543 Hs.658170 NR_102710 ENSG00000230266 XXYLT1-AS2 - XXYLT1 antisense RNA 2 ncRNA nan 1.038 0.953 0.646 0.941 0.854 0.674 0.528 0.943 0.025 0.143 0.694 0.014 0.072 0.450 0.258 1.011 0.296 0.663 0.495 0.032 0.033 0.378 0.247 1.086 1.635 1.215 0.090 0.747 0.338 3.130 nan 0.159 nan 0.205 0.119 0.041 0.061 0.077 0.196 0.453 0.215 1.017 0.489 0.576 0.238 0.219 0.639 0.161 0.299 0.027 0.253 0.258 0.671 0.096 1.086 0.226 0.063 0.257 0.117 0.309 0.209 0.362 0.243 0.293 0.446 0.642 0.355 0.421 0.509 0.944 1.071 1.208 1.648 0.510 0.598 0.655 1.501 1.938 1.112 1.314 0.845 0.608 0.519 0.747 0.198 0.216 0.421 0.715 1.145 0.750 6496 chr2 175862687 175871491 + 0 NA intron (NR_038133, intron 1 of 11) intron (NR_038133, intron 1 of 11) 2892 NM_001822 1123 Hs.380138 NM_001822 ENSG00000128656 CHN1 ARHGAP2|CHN|DURS2|NC|RHOGAP2 chimerin 1 protein-coding 3.395 1.990 2.567 0.124 2.104 2.654 0.098 0.752 1.565 0.288 0.842 0.975 0.536 0.477 1.234 2.456 1.113 0.394 0.287 0.214 2.279 1.217 0.767 0.682 1.764 0.117 0.050 0.488 0.242 0.047 1.015 1.474 0.636 3.603 0.198 0.847 0.637 1.232 0.082 0.175 1.508 1.895 0.807 0.433 0.134 0.026 0.196 0.233 1.359 1.742 0.671 0.449 2.456 0.364 0.094 1.764 0.055 0.141 0.938 1.977 0.688 0.135 0.839 1.426 0.777 0.421 0.213 2.749 3.023 1.238 1.608 2.419 1.877 2.430 0.797 2.688 2.513 2.497 3.082 5.735 9.994 2.095 1.896 1.486 3.182 2.342 2.165 4.191 4.073 1.250 0.758 3570 chr14 56796928 56809732 + 0 NA Intergenic Intergenic -177719 NR_135241 101927690 Hs.385477 NR_135241 ENSG00000258803 LOC101927690 - uncharacterized LOC101927690 ncRNA 3.226 nan 2.498 0.141 2.055 0.157 0.603 0.303 0.749 0.015 0.171 1.043 0.024 2.077 0.270 0.709 0.611 0.101 0.860 0.281 0.154 0.281 0.230 1.382 2.724 1.064 0.017 0.869 0.174 1.424 4.540 1.559 0.510 0.444 5.085 0.081 0.059 0.121 0.965 0.130 0.202 0.202 0.171 0.691 0.789 0.189 0.655 0.509 0.112 0.979 1.454 0.709 0.531 1.054 1.382 1.169 0.168 0.197 0.209 4.157 0.381 0.148 1.370 0.369 0.027 0.004 0.510 0.600 1.024 1.045 1.618 1.342 1.758 0.314 1.583 1.710 0.186 0.409 4.798 4.768 1.800 1.391 0.616 0.639 0.425 1.281 1.614 4.320 nan 0.992 9083 chr5 95578595 95596900 + 0 NA intron (NR_130776, intron 1 of 4) intron (NR_130776, intron 1 of 4) 172905 NR_030309 693168 NR_030309 ENSG00000207578 MIR583 MIRN583|hsa-mir-583 microRNA 583 ncRNA nan 1.117 0.855 0.466 0.067 0.036 1.143 0.168 0.300 0.616 1.442 1.774 0.085 0.082 0.124 0.088 1.254 0.151 0.595 0.447 1.004 0.015 0.068 0.052 0.020 1.907 0.804 0.101 0.471 0.615 0.224 1.034 0.359 0.217 1.059 1.905 0.062 0.018 0.133 0.335 0.040 0.364 0.119 0.071 0.755 0.159 0.684 1.507 0.375 0.094 0.766 3.435 0.088 0.129 0.275 0.020 0.359 0.464 0.054 0.090 0.193 0.709 0.109 0.322 2.099 0.027 0.017 0.222 0.117 0.301 0.536 0.236 0.218 0.131 0.052 0.150 0.144 0.897 1.287 0.372 0.338 0.608 0.250 0.124 0.196 0.481 0.901 0.236 nan 0.425 0.334 851 chr1 165561733 165568916 + 0 NA Intergenic Intergenic -13932 NR_026744 400794 Hs.374847 NR_026744 ENSG00000237463 LOC400794 - uncharacterized LOC400794 ncRNA 2.155 nan 1.998 0.803 1.001 0.689 0.485 0.446 1.196 0.080 0.563 0.739 0.199 0.410 1.347 1.601 0.653 0.158 0.560 0.342 0.552 0.154 1.188 0.471 0.655 0.563 0.422 0.400 0.664 0.427 0.403 0.870 0.580 4.165 0.266 0.390 1.179 0.892 0.172 0.853 0.189 1.172 0.857 0.402 0.945 0.426 0.486 0.499 0.469 0.781 0.907 0.632 1.601 0.762 0.905 0.655 0.477 0.346 0.186 0.690 0.546 0.420 0.838 0.564 0.159 0.890 0.575 1.236 1.344 1.150 1.476 2.582 nan 1.914 1.344 0.530 0.508 1.350 1.417 2.035 nan 1.396 1.651 2.112 2.496 4.574 7.710 3.258 3.963 1.037 0.685 2296 chr11 117414517 117434152 + 0 NA intron (NM_020693, intron 3 of 32) L1MB3|LINE|L1 225763 NM_014956 22897 Hs.504009 NM_014956 ENSG00000110274 CEP164 NPHP15 centrosomal protein 164 protein-coding 0.576 0.679 0.566 0.055 0.116 5.493 0.047 0.229 0.333 0.034 0.083 0.057 0.022 0.025 0.381 0.462 0.038 0.016 0.043 0.019 0.012 0.217 0.160 0.416 0.015 0.011 0.030 0.056 0.066 0.149 0.029 0.572 0.030 0.028 0.044 0.059 0.083 0.006 0.447 0.235 0.052 0.048 0.022 0.055 0.078 0.215 0.070 0.032 0.044 0.071 0.462 0.043 0.042 0.416 0.043 0.071 0.078 0.068 0.062 0.040 1.235 0.308 0.027 0.012 0.013 1.600 nan 0.208 0.214 0.920 0.964 0.973 0.440 0.244 0.253 0.659 nan 0.883 0.800 0.448 0.323 1.501 2.169 0.282 0.191 0.366 0.693 0.708 0.580 4964 chr17 71630127 71647539 + 0 NA intron (NM_001144952, intron 1 of 44) MIR3|SINE|MIR 1394 NM_001144952 54549 Hs.435719 NM_019064 ENSG00000069188 SDK2 - sidekick cell adhesion molecule 2 protein-coding 1.103 1.104 2.015 0.049 2.424 0.341 0.057 1.995 3.367 0.292 0.086 0.037 0.011 0.190 1.196 2.242 0.103 0.111 0.078 0.022 0.064 1.567 0.844 1.661 0.071 0.025 0.038 0.062 0.006 0.257 0.363 0.102 7.403 0.009 0.074 0.048 0.388 0.098 0.048 0.570 0.078 0.052 0.094 0.021 0.044 0.039 0.189 0.566 0.047 0.009 0.047 2.242 0.066 0.016 1.661 0.035 0.081 0.111 0.854 0.762 0.009 0.057 0.432 0.022 0.013 0.018 1.022 1.494 0.267 0.420 2.881 2.897 1.726 0.614 0.167 0.203 nan 0.740 1.882 2.045 1.122 0.816 0.325 0.584 0.482 0.347 0.770 1.982 nan 1.170 1811 chr11 12843540 12870266 + 0 NA intron (NM_021961, intron 3 of 12) (TTGG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 154192 NR_038904 100506305 Hs.153408 NR_038904 ENSG00000251381 LINC00958 - long intergenic non-protein coding RNA 958 ncRNA 1.318 nan 1.884 0.511 1.996 3.901 0.551 1.440 2.745 0.082 0.516 0.604 0.386 0.559 4.138 2.538 1.753 0.181 0.716 0.198 0.160 0.139 1.678 0.944 3.382 0.300 0.171 0.196 0.242 0.094 0.322 1.455 0.321 4.524 0.229 0.363 1.538 0.248 0.110 0.155 0.499 0.124 0.098 0.070 0.229 0.179 0.301 0.495 0.807 0.274 0.293 0.228 2.538 0.579 0.148 3.382 0.134 0.164 0.230 0.105 0.381 0.381 3.159 0.853 0.495 0.069 0.048 nan 3.873 2.078 2.459 4.023 4.210 4.736 1.627 1.069 1.159 2.219 nan 2.577 3.552 1.077 1.018 1.499 3.037 4.068 4.579 1.117 3.896 2.814 nan 5427 chr18 72599418 72618668 + 0 NA intron (NM_017757, intron 6 of 7) intron (NM_017757, intron 6 of 7) 266124 NM_001146190 55628 Hs.536490 NM_017757 ENSG00000215421 ZNF407 - zinc finger protein 407 protein-coding nan nan 0.904 0.097 0.264 0.043 0.188 0.583 1.085 0.020 0.189 0.205 0.016 0.100 0.262 1.058 0.088 0.092 0.039 0.029 0.013 0.017 3.213 1.389 1.731 0.112 0.019 0.016 0.056 0.049 0.077 0.318 0.048 4.680 0.175 0.134 0.339 0.056 0.080 0.119 0.260 0.086 0.006 0.008 0.062 0.036 0.270 0.042 0.059 0.066 0.016 0.142 1.058 0.030 0.091 1.731 0.044 0.030 0.025 0.034 0.943 0.099 2.806 0.090 0.417 0.012 0.008 0.596 0.546 0.838 0.793 0.984 nan 1.307 0.417 0.446 0.439 0.336 0.566 3.491 nan 0.535 0.204 1.620 2.652 2.293 3.371 0.245 0.444 1.362 0.788 4412 chr16 67299497 67314550 + 0 NA TTS (NR_136664) TTS (NR_136664) -5037 NM_001129727 25894 Hs.188781 NM_015432 ENSG00000196155 PLEKHG4 ARHGEF44|PRTPHN1|SCA4 pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G4 protein-coding nan nan 1.543 0.622 0.298 0.294 2.689 0.502 1.105 0.521 1.904 3.217 0.066 0.301 0.419 0.499 0.724 0.128 3.117 2.053 2.984 0.037 0.198 0.143 0.848 5.377 6.453 0.873 2.147 0.741 0.576 1.291 0.871 0.747 1.223 0.984 0.089 0.455 0.097 2.191 0.148 4.183 1.596 0.828 1.175 1.145 0.935 1.051 1.103 2.914 0.524 1.491 0.499 3.494 3.501 0.848 0.543 0.435 0.240 1.557 0.586 3.663 0.183 0.567 0.724 0.237 0.121 0.989 1.251 0.486 0.836 0.967 1.074 1.235 0.462 2.434 2.337 0.960 nan 1.234 1.901 1.723 1.793 0.695 0.996 0.428 0.390 1.228 1.523 1.025 0.705 9975 chr6 141784525 141788987 + 0 NA Intergenic Intergenic 623180 NM_002511 4829 Hs.552106 NM_002511 ENSG00000135577 NMBR BB1|BB1R|NMB-R neuromedin B receptor protein-coding nan 3.834 nan 0.209 4.358 2.636 0.353 2.505 4.824 0.412 0.298 1.911 1.274 0.379 1.680 3.518 0.740 0.073 0.427 0.214 0.438 0.031 1.887 0.844 5.778 0.674 0.126 0.033 0.142 0.762 0.946 4.424 0.735 6.089 1.151 0.414 0.215 0.080 0.088 0.186 0.358 0.231 0.078 0.175 0.329 0.197 0.032 0.091 0.145 0.035 0.064 3.518 0.625 0.104 5.778 0.038 0.629 0.039 0.682 0.444 0.051 0.027 1.884 0.052 0.444 0.599 0.221 1.063 4.554 7.721 8.030 11.843 0.394 0.482 1.832 2.176 4.487 11.118 7.529 7.100 0.159 0.181 0.985 0.711 0.608 0.543 2.410 1.549 94 chr1 12597458 12618461 + 0 NA Intergenic Intergenic 31092 NR_106788 102466722 NR_106788 ENSG00000276830 MIR6730 hsa-mir-6730 microRNA 6730 ncRNA 1.563 0.739 nan 0.573 0.373 0.024 0.611 0.221 0.309 0.671 0.476 3.354 0.021 0.062 0.077 0.345 0.583 0.221 0.297 0.144 0.170 0.146 0.089 0.051 0.068 0.257 0.113 0.235 0.091 0.090 0.110 0.419 0.308 0.338 0.293 1.071 0.032 0.134 0.076 0.134 0.068 1.431 0.238 0.116 0.176 0.179 0.535 0.427 1.275 0.558 0.224 0.793 0.345 0.285 0.663 0.068 0.135 2.262 0.162 0.364 0.053 0.151 0.052 0.142 0.254 0.186 0.104 0.327 0.371 0.425 1.672 0.598 0.592 0.378 0.101 0.321 nan 0.396 nan 0.489 0.699 nan 0.301 0.220 0.201 0.244 0.248 0.318 0.499 0.216 0.295 10000 chr6 147860932 147893398 + 0 NA intron (NM_001030060, intron 1 of 1) Charlie1a|DNA|hAT-Charlie 47337 NM_001030060 389432 Hs.567973 NM_001030060 ENSG00000203727 SAMD5 dJ875H10.1 sterile alpha motif domain containing 5 protein-coding nan 0.702 nan 0.035 0.073 0.020 0.053 0.084 0.177 0.003 0.055 0.096 0.006 0.040 0.065 0.126 0.349 0.110 0.075 0.006 0.025 0.003 0.070 0.092 0.060 0.038 0.040 0.043 0.036 0.003 0.063 0.096 0.056 0.189 0.009 0.136 0.018 0.027 0.116 0.007 0.022 0.057 0.037 0.026 0.013 0.033 0.072 0.093 0.078 0.074 0.012 0.065 0.126 0.042 0.008 0.060 0.045 0.056 0.054 0.039 0.041 0.017 0.848 0.138 0.016 0.018 0.011 0.539 0.278 4.311 6.650 0.255 0.293 0.690 0.311 0.353 0.414 0.280 0.438 0.196 0.196 1.032 0.572 0.646 1.225 0.087 0.102 0.249 0.427 0.236 0.334 568 chr1 107897589 107923334 + 0 NA intron (NM_001312688, intron 3 of 7) AluSc5|SINE|Alu 219770 NM_001113228 22854 Hs.133046 NM_014917 ENSG00000162631 NTNG1 Lmnt1 netrin G1 protein-coding 1.117 nan nan 0.075 0.245 0.105 0.019 0.181 0.379 0.004 0.043 0.060 0.029 0.059 0.069 0.502 0.134 0.105 0.146 0.022 0.027 0.005 0.127 0.079 0.042 0.016 0.006 0.020 0.046 0.012 0.078 0.066 0.054 0.391 0.034 0.052 0.156 0.046 0.138 0.009 0.156 0.065 0.009 0.006 0.013 0.024 0.128 0.066 0.025 0.014 0.021 0.069 0.502 0.072 0.036 0.042 0.023 0.045 0.053 0.045 0.044 0.009 0.035 0.278 0.021 0.036 0.016 0.329 0.190 0.241 0.385 0.537 nan 2.476 0.873 0.236 0.238 6.699 7.194 nan nan 0.391 0.186 0.155 0.246 0.756 0.649 0.574 nan 0.497 0.518 2668 chr12 51609791 51621194 + 0 NA Intergenic Intergenic -3953 NM_001330422 5463 Hs.555886 NM_002702 ENSG00000184271 POU6F1 BRN5|MPOU|TCFB1 POU class 6 homeobox 1 protein-coding nan 1.820 1.531 0.683 0.890 0.523 0.469 0.604 1.241 0.218 0.718 0.742 0.161 0.307 1.958 1.141 0.816 0.217 1.243 0.547 1.839 0.766 1.267 0.749 1.668 1.163 1.116 1.177 1.263 0.417 1.016 1.715 0.875 2.430 0.244 1.385 0.383 1.257 0.103 0.425 1.019 0.429 1.196 0.523 0.519 0.271 0.345 1.411 2.319 2.738 1.292 0.830 1.141 1.444 6.743 1.668 0.559 0.705 0.521 1.966 1.131 1.027 2.702 0.653 0.412 0.444 0.245 nan 6.815 1.873 2.223 3.399 nan 2.988 1.069 4.815 5.013 1.629 nan 2.162 nan 2.530 2.687 1.801 3.341 2.185 1.705 1.620 2.013 1.784 1.245 2863 chr12 93983676 93990789 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 20930 NM_001270471 8835 Hs.485572 NM_003877 ENSG00000120833 SOCS2 CIS2|Cish2|SOCS-2|SSI-2|SSI2|STATI2 suppressor of cytokine signaling 2 protein-coding 0.906 0.828 0.598 0.375 0.099 0.664 0.200 0.155 0.148 0.041 0.315 0.644 0.008 0.028 0.126 0.449 6.745 0.766 0.268 0.242 2.049 0.312 0.242 0.240 0.286 0.137 0.070 0.342 0.083 0.015 0.114 0.155 0.328 nan 0.297 0.682 0.468 0.228 0.107 0.466 0.023 0.186 0.133 0.153 0.076 0.109 0.256 0.743 0.800 0.570 1.006 0.161 0.449 0.330 0.108 0.286 0.222 0.306 0.353 1.195 0.029 0.356 0.088 0.068 0.164 0.154 0.113 0.441 0.385 0.515 0.853 1.038 0.785 1.790 0.465 0.486 0.546 10.235 11.335 0.475 nan 0.406 0.241 0.314 0.401 0.447 0.627 0.301 0.415 2.325 1.445 8404 chr4 64481520 64494897 + 0 NA Intergenic Intergenic 786970 NM_001010874 253017 Hs.227752 NM_001010874 ENSG00000205678 TECRL CPVT3|GPSN2L|SRD5A2L2|TERL trans-2,3-enoyl-CoA reductase like protein-coding nan nan 0.723 0.049 0.295 0.013 0.032 0.335 0.645 0.061 0.034 0.038 0.073 0.239 0.094 0.048 0.095 0.085 0.014 0.177 0.112 0.404 0.011 0.011 0.017 0.061 0.008 0.024 0.057 0.022 0.694 0.011 0.026 0.172 0.032 0.124 0.009 0.173 0.048 0.012 0.006 0.016 0.028 0.065 0.037 0.061 0.016 0.053 0.005 0.239 0.054 0.028 0.404 0.037 0.013 0.239 0.013 0.088 0.030 0.030 0.148 0.011 0.013 0.007 0.806 1.529 0.169 0.312 0.125 0.205 8.478 3.442 0.201 0.145 3.877 3.926 2.126 2.543 2.524 2.065 0.089 0.164 1.143 1.620 0.312 0.355 0.174 0.094 10197 chr7 16884621 16889506 + 0 NA Intergenic Intergenic 34550 NM_176813 155465 Hs.100686 NM_176813 ENSG00000173467 AGR3 AG-3|AG3|BCMP11|HAG3|PDIA18|hAG-3 anterior gradient 3, protein disulphide isomerase family member protein-coding nan 2.595 nan 0.442 0.252 0.033 0.276 0.119 0.409 1.914 0.241 0.287 9.908 0.104 0.420 0.683 0.247 0.065 0.367 0.141 0.246 0.195 0.251 0.778 2.632 2.049 0.076 0.113 0.195 2.870 6.888 5.466 0.773 0.924 12.774 0.415 0.022 0.119 0.168 0.799 0.094 0.282 0.129 0.358 0.299 4.891 0.167 2.621 0.043 3.363 4.170 0.683 0.620 0.817 0.778 1.432 4.446 0.099 0.107 0.379 0.711 0.387 0.194 1.913 0.071 0.021 nan 0.124 0.271 0.635 1.388 1.305 2.321 0.536 0.361 0.520 0.364 0.793 0.503 0.516 0.201 0.111 0.180 0.661 1.626 1.456 0.392 0.740 0.787 0.701 6474 chr2 169866309 169873416 + 0 NA exon (NM_003742, exon 5 of 28) exon (NM_003742, exon 5 of 28) 17972 NM_003742 8647 Hs.158316 NM_003742 ENSG00000073734 ABCB11 ABC16|BRIC2|BSEP|PFIC-2|PFIC2|PGY4|SPGP ATP binding cassette subfamily B member 11 protein-coding 0.673 0.724 nan 2.721 0.098 0.011 1.487 0.113 0.298 0.027 0.138 1.141 0.017 0.015 0.038 0.078 0.260 0.091 2.604 1.786 0.054 0.145 0.115 0.017 0.592 0.193 0.042 1.780 0.967 1.882 4.376 2.367 0.424 2.072 0.241 0.013 0.076 0.058 0.350 0.023 0.090 0.152 0.066 5.680 1.166 0.444 0.281 0.263 0.080 0.367 1.116 0.078 0.293 1.921 0.017 2.465 0.269 0.057 0.042 0.403 0.069 0.070 0.932 0.008 0.214 0.174 0.248 0.704 0.240 0.277 0.133 0.045 0.244 0.351 0.152 0.265 0.216 0.264 0.332 0.202 0.154 0.206 0.025 0.111 0.278 0.364 0.322 0.347 4334 chr16 31468793 31472629 + 0 NA 5' UTR (NM_001105247, exon 1 of 6) 5' UTR (NM_001105247, exon 1 of 6) 394 NM_024742 79798 Hs.732945 NM_024742 ENSG00000140691 ARMC5 AIMAH2 armadillo repeat containing 5 protein-coding 5.538 2.777 4.318 7.265 7.128 4.504 2.912 3.477 5.843 1.694 7.655 2.999 1.544 4.194 3.438 4.345 2.801 0.297 4.148 1.502 4.848 2.823 1.879 0.524 5.004 2.247 3.506 2.889 4.468 1.112 4.843 6.220 4.626 14.125 1.842 6.228 1.241 3.862 0.078 1.571 2.438 6.425 4.519 1.503 4.517 3.015 5.242 3.823 5.610 6.632 4.378 4.704 4.345 5.086 5.131 5.004 1.825 2.868 1.630 6.839 4.490 4.185 1.646 1.477 3.268 4.358 2.075 5.264 5.441 4.759 7.380 5.615 4.489 12.966 5.839 11.884 12.770 4.918 5.993 11.060 15.697 7.465 8.107 3.899 5.865 6.357 6.714 3.826 5.832 3.807 1.835 11124 chr8 96121654 96129207 + 0 NA intron (NR_148913, intron 9 of 10) intron (NR_148913, intron 9 of 10) -20519 NM_024613 79666 Hs.29724 NM_024613 ENSG00000175895 PLEKHF2 EAPF|PHAFIN2|ZFYVE18 pleckstrin homology and FYVE domain containing 2 protein-coding nan 2.219 4.974 0.380 0.653 0.438 2.050 1.655 2.976 0.139 0.381 0.745 0.032 4.161 0.154 0.475 0.610 0.106 0.770 0.453 0.108 0.018 0.790 0.370 0.349 2.011 1.387 0.049 0.225 0.239 0.224 0.775 0.524 2.304 1.491 0.343 2.319 0.030 0.081 0.094 0.166 0.194 0.048 0.062 1.021 3.052 0.445 0.237 1.255 0.213 4.476 2.740 0.475 0.349 0.055 0.349 0.527 2.837 0.117 0.039 0.886 1.149 0.087 0.319 0.358 0.030 0.298 0.258 0.968 nan 0.660 0.834 5.750 1.017 0.228 0.351 4.051 4.871 2.442 2.797 0.812 0.701 0.316 0.394 8.036 7.319 0.389 0.796 1.395 0.886 8945 chr5 59181108 59202030 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 4 of 17) intron (NM_001349241, intron 4 of 17) -1948 NM_001104631 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 0.676 0.059 0.080 0.024 0.017 0.137 0.297 0.004 0.048 0.146 0.029 0.014 0.072 0.157 0.092 0.069 0.059 0.009 0.033 0.013 0.082 0.107 0.063 0.040 0.007 0.010 0.052 0.055 0.079 0.068 0.678 0.008 0.023 0.146 0.078 0.111 0.006 0.052 0.057 0.029 0.004 0.049 0.041 0.115 0.053 0.054 0.045 0.026 0.032 0.157 0.027 0.013 0.063 0.036 0.024 0.005 0.022 0.019 0.033 0.014 0.082 0.015 0.025 0.012 0.157 0.137 0.140 0.131 0.419 0.386 nan 0.095 0.078 0.088 5.337 5.405 0.250 0.203 nan 0.210 0.053 0.094 0.221 0.219 0.244 0.391 0.244 0.308 5086 chr17 79934185 79942558 + 0 NA intron (NM_024083, intron 2 of 15) intron (NM_024083, intron 2 of 15) 2945 NM_001251888 79058 Hs.298351 NM_024083 ENSG00000169696 ASPSCR1 ASPCR1|ASPL|ASPS|RCC17|TUG|UBXD9|UBXN9 ASPSCR1, UBX domain containing tether for SLC2A4 protein-coding 2.973 2.265 2.843 1.570 3.034 1.138 1.754 1.225 2.423 0.603 2.036 1.015 1.890 1.153 2.217 3.297 1.984 0.483 2.247 0.452 4.349 1.261 1.292 0.739 2.115 1.066 0.997 1.497 2.507 0.974 2.758 4.372 4.007 5.090 0.611 1.537 0.432 1.465 0.186 0.621 1.026 12.187 1.125 0.569 1.333 1.413 1.223 1.730 3.109 2.696 1.153 2.344 3.297 3.178 1.515 2.115 0.950 9.622 0.755 3.496 2.902 0.714 0.473 0.840 0.773 0.757 0.563 5.098 3.924 2.684 4.601 3.602 3.064 4.509 2.103 6.110 6.468 nan 3.196 5.008 7.809 4.665 4.439 1.511 2.493 2.434 3.313 3.014 2.559 nan 1.487 10527 chr7 96327096 96340318 + 0 NA intron (NM_001349700, intron 1 of 4) intron (NM_001349700, intron 1 of 4) 5365 NM_001349700 7979 Hs.489201 NM_006304 ENSG00000127922 SEM1 C7orf76|DSS1|ECD|SHFD1|SHFM1|SHSF1|Shfdg1 SEM1, 26S proteasome complex subunit protein-coding nan 1.054 nan 0.588 0.952 0.463 0.467 0.813 2.063 0.311 0.609 0.587 0.240 0.272 0.370 0.557 0.486 0.088 0.600 0.201 0.343 0.178 1.179 0.773 0.982 0.231 0.186 0.334 0.795 0.175 0.615 0.779 1.272 1.710 0.255 0.811 0.818 0.773 0.185 0.161 0.516 0.697 0.384 0.177 0.314 0.231 0.839 0.506 0.474 0.993 0.374 0.554 0.557 0.593 0.701 0.982 0.462 0.507 0.205 0.515 0.300 0.413 0.292 0.400 0.224 0.266 0.157 1.225 1.112 1.807 2.602 1.437 1.344 2.366 1.103 2.627 2.716 1.256 1.461 1.470 2.285 1.377 1.068 0.937 1.519 4.047 5.719 1.378 nan 1.909 0.977 10007 chr6 148743510 148770225 + 0 NA intron (NM_001346505, intron 2 of 19) L1MC5|LINE|L1 -72404 NM_001346508 23328 Hs.193133 NM_015278 ENSG00000111961 SASH1 SH3D6A|dJ323M4.1 SAM and SH3 domain containing 1 protein-coding nan 0.809 nan 0.178 0.074 0.040 1.058 0.084 0.214 0.563 0.215 0.172 0.052 0.075 0.105 0.347 0.255 0.109 0.470 0.140 0.352 0.047 0.338 0.165 0.072 0.588 0.360 0.220 0.323 0.376 0.283 0.660 0.323 0.333 0.192 0.178 0.193 0.094 0.120 0.521 0.245 0.595 3.817 1.517 0.598 0.175 0.568 0.879 0.088 0.637 0.101 0.381 0.347 0.561 1.040 0.072 0.514 0.331 0.097 0.234 2.707 0.133 0.477 0.223 0.152 0.138 0.074 0.469 0.341 0.375 0.700 0.390 0.367 1.376 0.421 0.283 0.244 0.120 0.253 2.081 2.554 0.817 0.446 0.267 0.550 0.643 0.709 0.327 0.743 1.004 0.542 200 chr1 27880634 27905389 + 0 NA intron (NM_001029882, intron 1 of 6) intron (NM_001029882, intron 1 of 6) 36994 NM_001029882 27245 Hs.469280 NM_001029882 ENSG00000126705 AHDC1 MRD25 AT-hook DNA binding motif containing 1 protein-coding 2.464 1.440 nan 1.904 2.230 2.370 1.902 0.306 0.618 1.127 2.543 0.314 1.033 0.637 0.679 3.117 0.873 0.137 2.890 0.725 1.003 0.162 0.272 0.176 0.450 1.543 1.324 1.113 1.777 0.691 2.183 8.879 2.416 0.968 1.625 0.375 0.123 1.487 0.109 0.489 0.256 1.423 0.599 0.277 1.054 1.331 0.479 0.423 1.378 1.196 0.628 0.722 3.117 3.138 1.921 0.450 0.414 0.956 0.904 1.359 0.504 0.969 0.220 0.483 0.316 0.133 0.084 1.362 1.973 0.782 1.125 1.997 2.194 0.811 0.387 1.284 1.141 1.996 2.587 2.984 4.030 1.041 0.826 0.835 0.913 0.441 0.495 1.485 2.323 1.055 0.683 9537 chr6 28848321 28866587 + 0 NA Intergenic Intergenic -6853 NR_104117 414760 Hs.211005 NR_104117 ENSG00000224157 HCG14 dJ111M5.4 HLA complex group 14 (non-protein coding) ncRNA 2.198 1.529 nan 0.959 1.807 0.870 0.749 0.870 1.782 0.293 1.321 0.740 0.727 0.587 1.162 1.252 0.943 0.434 1.302 0.399 1.386 1.336 0.729 0.404 1.504 0.876 1.028 0.237 0.698 0.375 1.326 1.427 1.164 nan 0.449 1.087 0.280 1.634 0.154 0.331 0.717 1.649 0.900 0.368 0.364 0.571 1.128 0.624 1.010 1.965 1.066 0.834 1.252 1.761 1.532 1.504 0.410 0.639 0.198 1.365 0.757 1.174 0.715 0.825 0.559 0.415 0.369 1.687 2.088 0.789 nan 2.619 2.536 nan 1.712 3.458 3.615 1.796 1.954 2.328 3.488 2.870 2.485 1.060 1.379 2.330 2.453 2.549 3.128 1.594 0.993 1352 chr10 14994222 15003839 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -2324 NR_147060 644890 Hs.257249 NM_001080836 ENSG00000197889 MEIG1 SPATA39|bA2K17.3 meiosis/spermiogenesis associated 1 protein-coding nan 2.859 3.090 2.603 4.639 1.794 2.088 2.586 4.574 0.766 3.942 2.374 0.425 0.574 2.169 1.183 3.400 0.889 2.595 1.098 4.113 2.207 1.191 0.755 3.765 1.568 1.734 1.232 3.107 1.437 1.801 3.156 1.683 6.772 0.929 2.038 0.384 2.878 0.114 1.558 1.340 1.554 2.913 1.238 2.439 0.700 2.114 1.923 2.988 1.984 1.921 2.779 1.183 3.105 2.146 3.765 1.176 1.621 0.425 4.124 1.629 2.367 1.011 1.041 2.627 1.891 1.195 5.075 5.837 3.636 5.606 5.196 3.809 11.902 5.014 5.322 5.802 2.803 3.213 5.735 8.928 2.520 2.559 1.328 2.358 3.017 2.812 2.955 3.135 2.180 1.103 8387 chr4 56184461 56230002 + 0 NA Intergenic HERVIP10FH-int|LTR|ERV1 -5157 NM_024592 79644 Hs.39311 NM_024592 ENSG00000128039 SRD5A3 CDG1P|CDG1Q|KRIZI|SRD5A2L|SRD5A2L1 steroid 5 alpha-reductase 3 protein-coding nan 0.821 0.604 0.376 0.461 0.172 0.982 0.265 0.485 0.529 0.378 0.799 0.123 0.094 0.285 0.356 0.314 0.145 0.877 0.356 0.209 0.146 0.188 0.232 0.326 0.583 0.456 0.154 0.759 0.443 1.437 4.178 2.066 0.622 0.701 0.417 0.058 0.238 0.099 0.325 0.134 0.394 0.235 0.123 1.663 0.820 0.568 0.597 0.340 0.282 0.227 1.377 0.356 0.458 0.548 0.326 0.344 2.281 0.058 0.507 0.295 0.296 0.145 0.130 0.192 0.062 0.039 0.565 0.614 0.645 1.614 0.481 0.493 0.566 0.179 0.958 0.961 0.730 1.029 1.237 1.367 0.660 0.576 0.320 0.563 0.300 0.425 0.360 0.517 1.545 1.450 1621 chr10 103198203 103229226 + 0 NA intron (NM_001256856, intron 2 of 13) MER58A|DNA|hAT-Charlie 99924 NM_033637 8945 Hs.643802 NM_003939 ENSG00000166167 BTRC BETA-TRCP|FBW1A|FBXW1|FBXW1A|FWD1|bTrCP|bTrCP1|betaTrCP beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan nan 1.050 0.051 0.177 0.033 0.083 0.274 0.408 0.012 0.090 0.087 0.008 0.055 0.282 1.315 0.110 0.083 0.089 0.006 0.026 0.027 0.182 0.186 0.291 0.029 0.019 0.047 0.070 0.020 0.075 0.123 0.072 0.452 0.009 0.054 0.548 0.070 0.096 0.007 0.254 0.078 0.025 0.025 0.021 0.023 0.148 0.039 0.060 0.048 0.033 0.066 1.315 0.044 0.099 0.291 0.047 0.042 0.010 0.035 0.049 0.051 0.041 1.939 0.029 0.024 0.012 0.311 0.308 0.244 0.347 0.542 0.802 0.837 0.252 0.158 0.170 2.252 nan 0.634 0.787 0.428 0.258 0.112 0.211 1.649 2.014 2.255 nan 1.093 0.541 11510 chr9 32549592 32554243 + 0 NA promoter-TSS (NR_146061) promoter-TSS (NR_146061) 202 NM_001349119 100129250 Hs.664395 NM_001349118 ENSG00000235453 SMIM27 C9orf133|TOPORS-AS1 small integral membrane protein 27 protein-coding 4.745 8.350 3.542 3.213 6.030 3.988 2.887 3.256 5.092 1.538 3.416 2.012 1.216 0.189 2.610 2.911 2.906 0.206 3.618 1.142 2.065 1.848 2.965 1.498 4.000 2.606 2.008 2.512 2.933 0.590 4.651 5.433 5.561 15.803 1.067 2.496 1.127 3.129 0.100 1.114 3.324 3.827 4.027 1.561 2.068 1.564 2.631 2.985 3.360 3.253 1.303 2.478 2.911 4.186 3.718 4.000 1.113 0.391 0.356 1.987 1.268 1.900 1.940 1.454 1.508 2.130 1.408 3.222 3.644 12.309 12.181 9.906 7.788 9.065 5.191 10.565 11.215 5.724 6.754 5.403 7.900 7.083 7.643 2.515 5.215 5.862 7.213 4.664 4.496 4.862 2.584 9236 chr5 143705737 143720901 + 0 NA intron (NM_020768, intron 3 of 3) MLT1H2|LTR|ERVL-MaLR 162882 NM_020768 57528 Hs.7093 NM_020768 ENSG00000183775 KCTD16 - potassium channel tetramerization domain containing 16 protein-coding nan 1.138 0.724 0.050 1.962 0.371 0.023 0.105 0.337 0.006 0.092 0.061 0.012 0.743 0.474 0.251 0.106 0.075 0.064 0.025 0.012 0.009 1.708 1.041 0.480 0.014 0.019 0.005 0.022 0.007 0.053 0.123 0.042 4.476 0.039 0.093 1.214 0.029 0.111 0.008 0.052 0.055 0.032 0.016 0.020 0.081 0.051 0.091 0.054 0.075 0.005 0.052 0.251 0.070 0.025 0.480 0.072 0.033 0.115 0.035 0.676 0.020 0.013 0.115 0.010 0.011 0.007 0.169 0.085 0.215 0.235 1.253 1.232 5.548 1.784 0.034 0.061 2.471 3.071 2.199 2.665 0.432 0.178 0.120 0.152 3.605 4.332 0.234 0.615 2.170 0.842 7681 chr3 88956261 88987500 + 0 NA Intergenic Intergenic -184794 NM_005233 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.710 0.562 0.067 0.061 0.013 0.023 0.046 0.099 0.009 0.060 0.065 0.008 0.033 0.020 0.127 0.050 0.026 0.054 0.012 0.020 0.073 0.092 0.042 0.002 0.012 0.061 0.027 0.062 0.069 0.041 0.156 0.028 0.029 0.015 0.031 0.108 0.008 0.010 0.033 0.012 0.013 0.014 0.012 0.079 0.061 0.016 0.014 0.023 0.017 0.127 0.025 0.024 0.042 0.015 0.020 0.094 0.031 0.035 0.032 0.025 0.239 0.014 0.011 0.012 0.208 0.173 0.437 0.589 0.195 0.260 0.223 0.105 0.139 0.113 7.973 9.250 0.129 0.133 1.395 1.095 0.081 0.130 0.037 0.055 0.357 0.820 0.299 0.371 5945 chr2 20292360 20357800 + 0 NA Intergenic MLT1H2|LTR|ERVL-MaLR -73291 NM_014713 9741 Hs.467807 NM_014713 ENSG00000068697 LAPTM4A HUMORF13|LAPTM4|MBNT|Mtrp lysosomal protein transmembrane 4 alpha protein-coding 0.811 0.590 0.708 0.285 0.168 0.211 0.501 0.182 0.316 0.191 0.216 0.256 0.030 0.057 0.394 0.211 0.232 0.076 0.294 0.197 0.163 0.055 0.125 0.120 0.126 0.427 0.252 0.081 0.310 0.308 1.089 5.909 1.307 1.088 0.407 0.116 0.020 0.089 0.129 0.388 0.070 0.339 0.060 0.055 0.399 0.222 0.461 1.402 0.718 0.171 0.218 0.508 0.211 0.401 0.224 0.126 0.161 0.920 0.064 0.278 0.172 0.257 0.157 0.074 0.656 0.051 0.052 0.311 0.305 0.280 0.530 0.406 0.484 0.876 0.261 0.423 0.449 0.256 0.437 0.878 nan 0.501 0.305 0.324 0.392 0.127 0.178 0.354 0.527 0.723 0.644 5145 chr18 8977610 8984867 + 0 NA Intergenic Intergenic -121390 NM_021074 4729 Hs.464572 NM_021074 ENSG00000178127 NDUFV2 CI-24k NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit V2 protein-coding 1.171 2.111 2.299 0.547 0.195 0.122 0.765 0.176 0.474 0.412 0.192 0.356 0.051 0.054 0.158 0.458 0.267 0.186 0.425 0.367 0.223 0.019 0.066 0.111 0.281 0.370 0.061 0.893 0.082 0.518 0.123 0.385 0.108 nan 0.583 0.631 1.697 0.030 0.138 0.164 0.208 0.305 0.083 0.129 0.564 0.147 0.199 0.220 0.381 0.511 4.793 0.555 0.458 0.264 1.018 0.281 0.100 0.477 0.529 0.763 0.376 0.382 0.095 0.122 0.115 0.079 0.020 0.646 0.730 0.269 0.640 0.631 0.837 nan 0.184 0.354 0.362 2.098 nan 0.545 0.824 nan 2.150 0.253 0.322 6.081 7.014 0.342 nan nan 0.636 7516 chr3 12267757 12273949 + 0 NA Intergenic Intergenic -58131 NM_001354666 5468 Hs.162646 NM_005037 ENSG00000132170 PPARG CIMT1|GLM1|NR1C3|PPARG1|PPARG2|PPARgamma peroxisome proliferator activated receptor gamma protein-coding nan 1.889 0.707 0.372 1.488 0.018 2.429 0.103 0.032 0.106 0.513 1.162 6.456 0.066 0.072 0.103 0.425 0.187 2.031 0.646 0.021 0.202 0.094 0.144 1.483 0.816 0.012 3.282 4.155 1.392 4.195 4.527 1.348 1.132 0.052 0.088 0.081 0.573 0.077 0.119 0.010 1.571 1.445 0.310 0.113 0.251 0.127 0.025 0.827 0.103 4.748 0.098 0.144 0.871 0.924 0.016 0.056 0.927 0.047 0.020 0.605 0.028 0.016 0.244 0.085 0.165 0.423 0.214 0.372 1.784 0.351 0.185 0.107 0.213 0.385 1.419 2.540 0.323 0.127 0.166 0.232 0.198 0.184 0.259 0.407 0.679 0.556 109 chr1 15927858 15962417 + 0 NA intron (NM_032341, intron 1 of 9) intron (NM_032341, intron 1 of 9) 1184 NM_032341 84301 Hs.718857 NM_032341 ENSG00000197312 DDI2 - DNA damage inducible 1 homolog 2 protein-coding 1.562 1.326 nan 0.802 3.281 0.582 0.426 0.376 0.718 0.264 0.830 0.486 0.574 0.254 0.825 0.608 0.461 0.187 0.768 0.203 0.235 0.334 0.524 0.429 0.406 0.388 0.273 0.398 0.665 0.278 0.815 1.613 1.092 2.056 0.351 0.390 0.077 0.621 0.137 0.192 0.220 0.588 0.367 0.234 0.312 0.290 0.588 0.764 0.560 0.974 0.563 0.768 0.608 0.954 0.711 0.406 0.238 0.508 0.158 0.766 0.429 0.402 0.644 1.284 0.314 0.180 0.112 0.714 0.862 0.962 1.519 1.895 1.896 1.232 0.423 1.139 nan 1.240 nan 2.904 4.559 nan 0.921 0.690 1.129 0.411 0.353 1.895 4.159 1.219 0.698 10752 chr7 151586577 151598748 + 0 NA Intergenic Intergenic -18346 NM_016203 51422 Hs.647072 NM_016203 ENSG00000106617 PRKAG2 AAKG|AAKG2|CMH6|H91620p|WPWS protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit gamma 2 protein-coding 0.711 0.470 nan 0.065 0.176 3.085 0.082 0.119 0.339 0.016 0.089 0.091 0.005 0.065 4.299 0.333 0.104 0.062 0.078 0.015 0.005 0.029 0.231 0.141 0.103 0.063 0.012 0.030 0.117 0.026 0.125 0.810 0.215 0.913 0.012 0.078 0.024 0.063 0.120 0.009 0.033 0.152 0.015 0.032 0.036 0.057 0.075 0.090 0.175 0.075 0.032 0.083 0.333 0.153 0.018 0.103 0.020 0.142 0.104 0.149 0.017 0.026 0.163 0.031 0.012 0.024 0.021 0.605 0.924 0.485 0.518 0.454 0.509 0.165 0.075 0.290 0.286 0.394 0.613 0.228 0.387 0.440 0.370 0.394 0.469 0.264 0.469 0.101 0.236 1.043 0.845 5232 chr18 29950797 29972051 + 0 NA intron (NM_022751, intron 2 of 5) intron (NM_022751, intron 2 of 5) 89023 NM_001242409 64762 Hs.444314 NM_022751 ENSG00000141441 GAREM1 C18orf11|FAM59A|GAREM|Gm944 GRB2 associated regulator of MAPK1 subtype 1 protein-coding 1.075 1.366 1.364 0.509 2.089 0.218 0.307 0.574 1.186 0.492 0.149 0.696 0.909 1.082 0.367 0.701 0.176 0.091 0.199 0.092 0.015 0.013 0.470 0.226 0.618 0.163 0.068 0.035 0.189 0.477 1.041 3.418 1.490 2.268 0.414 0.147 0.421 0.026 0.048 0.145 0.090 0.057 0.065 0.033 0.474 0.361 1.183 0.141 0.326 0.084 0.593 1.796 0.701 0.258 0.052 0.618 0.616 0.351 0.165 0.038 1.372 0.138 0.057 0.208 0.060 0.022 0.024 0.443 0.255 0.478 nan 0.709 0.718 2.749 0.658 0.233 0.222 0.428 0.649 4.569 4.172 0.434 0.294 0.086 0.199 2.290 3.863 0.424 0.816 1.648 1.414 4464 chr16 81306603 81313026 + 0 NA intron (NM_017429, intron 7 of 10) MER115|DNA|hAT-Tip100 37518 NM_017429 53630 Hs.212172 NM_017429 ENSG00000135697 BCO1 BCDO|BCDO1|BCMO|BCMO1|BCO beta-carotene oxygenase 1 protein-coding nan 0.435 0.477 0.459 0.078 0.018 0.452 0.202 0.231 2.768 0.060 0.143 0.366 0.047 0.093 0.380 0.047 0.192 0.313 0.066 0.088 0.043 0.025 0.050 0.172 0.097 0.089 0.115 0.106 0.147 0.125 1.367 0.783 0.265 0.316 0.067 0.015 0.068 0.030 0.029 0.209 0.173 0.093 0.024 0.033 0.691 2.265 0.139 0.304 0.081 0.024 2.184 0.380 0.767 0.042 0.172 0.838 7.821 0.030 0.099 0.032 0.073 0.046 0.038 0.057 0.036 0.024 0.316 0.267 0.281 0.547 0.254 0.272 0.428 0.226 0.445 0.454 0.122 0.168 0.337 0.311 0.403 0.301 0.151 0.130 0.045 0.079 0.291 0.330 0.290 0.393 11661 chr9 97542489 97592680 + 0 NA intron (NM_032823, intron 5 of 14) intron (NM_032823, intron 5 of 14) -4660 NR_031755 100313780 NR_031755 ENSG00000252153 MIR2278 mir-2278 microRNA 2278 ncRNA 0.819 nan 0.858 1.270 0.297 0.464 1.367 0.604 1.209 0.257 0.551 1.791 0.562 0.056 0.153 0.342 0.631 0.145 0.660 0.252 0.212 0.019 0.291 0.186 0.749 3.671 2.414 0.079 1.575 0.402 0.697 3.602 1.187 0.586 0.789 1.775 0.121 0.078 0.093 0.719 0.114 0.226 0.221 0.146 1.049 1.048 1.795 0.203 2.654 0.127 0.260 1.062 0.342 0.545 0.965 0.749 0.176 1.276 0.099 0.088 0.358 0.585 0.855 0.123 0.242 0.046 0.030 0.342 0.570 2.030 nan 0.488 0.681 0.484 0.207 0.224 0.257 0.448 0.627 1.061 1.021 0.847 0.608 0.870 1.048 0.585 0.800 0.399 0.866 1.384 0.870 11140 chr8 98088526 98109244 + 0 NA intron (NM_016134, intron 7 of 7) intron (NM_016134, intron 7 of 7) 191291 NM_033512 85453 Hs.173094 NM_033512 ENSG00000180543 TSPYL5 - TSPY like 5 protein-coding 5.385 3.145 5.797 0.028 0.207 0.032 0.570 0.127 0.392 0.203 0.655 0.165 0.009 0.077 0.085 0.139 0.747 0.140 0.051 0.018 0.055 0.031 0.067 0.184 0.371 0.105 0.011 0.210 0.050 0.124 0.252 0.291 0.468 0.199 0.054 0.042 0.026 0.078 0.161 0.038 0.472 0.038 0.008 0.048 0.026 0.079 0.290 0.028 0.086 0.038 0.048 0.139 0.062 0.031 0.184 0.035 0.048 0.043 0.028 0.015 0.573 0.057 3.437 0.383 0.103 0.056 0.211 0.112 0.446 nan 0.461 0.522 0.391 0.200 0.218 0.225 0.215 0.406 0.781 0.742 0.444 0.251 0.153 0.261 0.082 0.123 5.626 11.179 0.215 0.340 9214 chr5 139673108 139683975 + 0 NA intron (NM_002622, intron 2 of 3) AluSq2|SINE|Alu 4148 NM_002622 5201 Hs.483564 NM_002622 ENSG00000113068 PFDN1 PDF|PFD1 prefoldin subunit 1 protein-coding 1.209 1.278 nan 1.033 0.481 0.159 1.400 0.383 0.736 0.466 1.807 1.108 4.310 0.211 0.342 0.294 0.610 0.090 0.770 0.228 0.602 0.166 0.218 0.225 0.726 2.249 1.766 1.191 1.242 1.165 1.113 1.336 0.812 1.622 0.470 0.678 0.106 1.074 0.131 0.403 0.145 1.085 0.766 0.478 1.789 0.997 0.957 0.689 0.767 0.939 0.581 0.923 0.294 1.424 5.645 0.726 0.587 0.403 0.216 0.605 0.823 0.918 0.636 0.332 0.627 0.445 0.314 1.226 0.907 1.843 2.926 0.963 1.030 1.249 0.525 2.902 3.215 1.278 1.452 1.030 1.284 2.024 1.208 1.408 2.299 0.791 1.157 1.170 1.681 0.837 0.469 2651 chr12 49636963 49641432 + 0 NA intron (NM_001303114, intron 1 of 3) AluJr|SINE|Alu 17488 NM_001303114 84790 Hs.652390 NM_032704 ENSG00000167553 TUBA1C TUBA6|bcm948 tubulin alpha 1c protein-coding 0.971 nan 0.647 0.086 0.098 0.221 0.309 0.182 0.597 0.245 0.694 8.672 0.165 0.190 1.290 0.542 0.164 0.150 0.128 0.031 0.075 0.157 0.027 0.336 0.143 0.888 0.122 0.055 0.406 0.191 0.112 0.099 0.156 0.043 0.188 0.055 0.026 0.124 0.121 0.087 0.068 0.104 0.215 0.510 0.273 0.208 0.052 0.163 0.190 0.127 0.104 0.027 0.054 0.241 0.130 0.682 0.068 0.230 0.112 0.140 0.221 0.155 0.080 0.463 0.480 0.620 1.194 0.696 0.755 0.778 0.348 0.264 0.358 0.399 0.740 0.440 0.531 0.511 0.188 0.306 0.264 0.123 0.147 0.514 0.986 0.890 0.539 7526 chr3 15670653 15691730 + 0 NA intron (NM_000060, intron 2 of 3) LTR37B|LTR|ERV1 37715 NM_001281725 686 Hs.444197 NM_000060 ENSG00000169814 BTD - biotinidase protein-coding nan 0.772 0.656 0.130 0.087 0.037 2.562 0.099 0.176 0.593 2.091 3.892 0.015 0.057 0.094 0.153 1.642 0.130 0.768 0.683 1.361 0.053 0.074 0.108 0.108 1.689 1.544 1.153 0.188 1.835 0.050 0.326 0.110 0.277 0.804 5.180 0.013 0.041 0.089 1.355 0.064 6.884 8.819 3.553 0.821 0.367 0.951 9.812 1.375 1.210 0.741 0.834 0.153 0.548 1.955 0.108 0.238 0.147 0.036 3.134 0.067 4.088 0.061 0.081 4.142 1.445 0.925 0.277 0.258 0.648 1.834 0.305 0.310 0.495 0.286 0.201 0.162 0.207 0.309 0.300 0.304 0.335 0.191 0.240 0.300 0.104 0.141 0.266 0.467 0.349 0.203 7476 chr22 46956696 46984988 + 0 NA Intergenic Intergenic -37775 NM_014246 9620 Hs.252387 NM_014246 ENSG00000075275 CELSR1 ADGRC1|CDHF9|FMI2|HFMI2|ME2 cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 protein-coding 1.029 1.027 nan 0.870 0.518 1.180 0.626 0.301 0.734 0.088 0.325 0.204 0.018 0.627 0.114 0.606 0.130 0.091 0.781 0.363 0.127 0.113 0.231 0.126 1.059 0.232 0.146 0.190 1.077 0.193 1.538 4.442 1.264 1.016 0.496 0.208 0.053 0.373 0.124 0.163 0.191 0.310 0.156 0.168 0.282 0.420 1.367 0.206 1.027 0.384 1.249 1.061 0.606 0.841 0.646 1.059 0.441 1.231 0.329 0.699 0.937 0.266 0.159 0.140 0.098 0.092 0.054 1.033 1.578 0.682 0.851 1.322 1.226 1.197 0.404 1.407 1.436 0.493 0.795 1.184 1.642 1.296 1.331 0.546 0.760 0.380 0.492 0.456 0.675 1.023 0.686 10087 chr6 169414235 169420903 + 0 NA Intergenic L1PA15|LINE|L1 18169 NR_134622 101929460 Hs.355225 NR_134622 ENSG00000229720 LOC101929460 - uncharacterized LOC101929460 ncRNA 0.603 nan 0.995 0.032 1.140 0.009 0.011 0.146 0.329 0.011 0.028 0.016 0.208 0.492 0.090 0.049 0.016 0.028 0.028 0.120 0.076 0.373 0.052 0.054 0.011 0.020 0.016 0.109 0.073 0.064 0.600 0.065 0.040 0.066 0.158 0.018 0.036 0.113 0.036 0.023 0.011 0.058 0.075 0.061 0.042 0.031 0.492 0.053 0.014 0.373 0.050 0.044 0.001 0.035 0.044 0.018 0.025 0.043 0.047 0.397 0.258 0.258 0.258 0.815 0.680 10.004 2.763 0.132 0.116 0.092 0.154 1.057 0.680 nan 0.088 0.214 0.218 0.102 0.118 0.112 0.189 0.785 0.498 2764 chr12 67191340 67219354 + 0 NA Intergenic Intergenic -132422 NM_021150 23426 Hs.505946 NM_021150 ENSG00000155974 GRIP1 FRASRS3|GRIP glutamate receptor interacting protein 1 protein-coding 0.852 1.356 0.733 0.140 0.395 0.214 0.013 0.581 1.211 0.279 0.095 0.095 0.013 0.031 0.190 0.872 0.094 0.057 0.121 0.014 0.011 1.636 0.779 1.144 0.012 0.010 0.005 0.082 0.011 0.078 0.077 0.153 1.584 0.226 0.068 0.292 0.054 0.086 0.025 0.691 0.094 0.017 0.017 0.044 0.025 0.419 0.187 0.064 0.053 0.044 0.170 0.872 0.097 0.044 1.144 0.092 0.411 0.122 0.043 0.441 0.034 0.110 0.082 0.008 0.182 0.325 0.494 0.404 0.326 0.962 1.572 nan 6.924 2.551 0.278 0.276 1.700 2.081 1.764 1.404 1.051 0.842 0.341 0.430 1.305 1.497 0.324 0.623 2.484 1.366 6437 chr2 160368432 160375723 + 0 NA intron (NM_001329858, intron 2 of 36) intron (NM_001329858, intron 2 of 36) -99728 NR_110588 643072 Hs.632541 NR_110587 LOC643072 - uncharacterized LOC643072 ncRNA 1.641 2.310 nan 1.020 2.480 1.285 0.283 3.772 7.683 0.118 0.289 0.242 0.153 1.154 0.755 0.621 0.812 0.068 0.887 0.337 0.107 0.019 2.238 1.528 0.943 0.304 0.129 0.031 0.687 0.390 0.865 1.156 1.224 1.446 0.369 0.532 0.079 0.090 0.055 0.423 0.098 0.139 0.074 0.032 0.762 0.357 0.952 0.109 0.156 0.108 0.249 0.302 0.621 0.235 0.290 0.943 0.151 0.158 0.092 0.024 0.319 0.271 0.870 1.586 0.231 0.014 1.011 1.406 1.823 2.691 2.070 2.940 3.667 2.779 1.729 1.794 1.231 1.276 3.142 4.934 2.771 2.005 1.305 1.653 1.369 2.894 2.871 6.165 1.973 0.973 2797 chr12 76175396 76181038 + 0 NA Intergenic MamGypLTR1a|LTR|Gypsy 247339 NM_007350 22822 Hs.602085 NM_007350 ENSG00000139289 PHLDA1 DT1P1B11|PHRIP|TDAG51 pleckstrin homology like domain family A member 1 protein-coding nan 1.146 0.984 0.309 0.576 1.568 1.356 0.256 0.265 0.061 0.361 2.028 0.011 2.403 0.428 0.392 1.705 0.123 0.363 0.328 0.121 0.050 0.929 0.367 0.541 0.609 0.268 0.132 0.811 0.570 0.623 2.744 0.382 1.639 0.331 0.124 0.202 0.096 0.066 0.864 0.069 0.457 0.518 0.233 0.374 0.636 1.456 0.500 0.549 1.374 0.128 0.626 0.392 0.103 2.002 0.541 1.022 0.215 0.516 0.966 4.955 0.582 0.094 0.130 1.055 0.051 0.119 0.452 0.285 0.139 0.463 1.530 1.890 0.971 0.270 0.235 0.315 3.154 2.975 nan 2.444 0.395 0.272 0.166 0.268 0.630 0.528 0.262 0.381 nan 1.655 10184 chr7 14926046 14947924 + 0 NA intron (NM_001350711, intron 1 of 24) intron (NM_001350711, intron 1 of 24) 5565 NM_001350721 1607 Hs.567255 NM_004080 ENSG00000136267 DGKB DAGK2|DGK|DGK-BETA diacylglycerol kinase beta protein-coding nan 1.536 nan 0.190 0.932 0.797 0.016 1.004 1.608 0.004 0.199 0.076 0.014 0.018 0.772 0.921 0.121 0.119 0.101 0.026 0.012 0.177 1.776 1.367 1.671 0.051 0.017 0.020 0.158 0.020 0.074 0.116 0.107 8.659 0.027 0.164 1.076 0.064 0.119 0.054 0.279 0.064 0.017 0.003 0.055 0.028 0.139 0.112 0.036 0.019 0.019 0.028 0.921 0.059 0.038 1.671 0.044 0.026 0.121 0.063 0.626 0.033 0.028 0.101 0.039 0.011 0.012 nan 0.394 0.216 0.326 3.596 3.631 3.429 1.054 0.350 0.415 3.443 3.651 1.232 1.302 0.574 0.318 0.094 0.100 4.831 5.248 0.938 1.976 1.622 0.842 5869 chr2 5825078 5839018 + 0 NA promoter-TSS (NR_110580) promoter-TSS (NR_110580) -751 NM_003108 6664 Hs.432638 NM_003108 ENSG00000176887 SOX11 MRD27 SRY-box 11 protein-coding 4.252 1.835 0.762 0.010 0.060 3.408 0.026 2.662 5.404 0.007 0.039 0.225 0.009 0.689 6.053 3.193 0.048 0.127 0.060 0.001 0.005 0.030 2.644 1.674 2.027 0.016 0.006 1.722 0.183 1.162 2.105 1.687 14.521 0.032 0.092 0.198 0.055 0.089 4.892 0.086 0.039 0.005 0.012 0.044 0.060 0.147 0.070 0.041 0.046 0.038 3.193 0.026 0.007 2.027 0.026 0.029 1.488 1.246 3.124 0.029 0.234 2.228 0.033 0.008 0.004 3.905 5.334 0.287 0.683 9.781 7.305 6.340 2.594 0.036 0.039 0.930 1.508 4.899 8.866 5.349 7.062 0.618 0.943 0.583 0.298 3.932 3.794 0.106 0.126 5177 chr18 18648802 18660078 + 0 NA intron (NM_005406, intron 1 of 32) L2b|LINE|L2 37372 NM_005406 6093 Hs.306307 NM_005406 ENSG00000067900 ROCK1 P160ROCK|ROCK-I Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1 protein-coding 1.372 1.524 1.131 0.268 0.209 0.115 0.369 0.256 0.320 0.118 0.117 0.327 3.294 0.027 0.087 0.289 0.246 0.156 0.460 0.134 0.033 0.075 0.125 0.130 0.191 0.067 0.065 0.052 0.363 0.251 1.299 2.916 1.915 0.583 0.118 0.058 0.017 0.172 0.084 0.011 0.112 0.057 0.038 0.056 0.360 0.465 1.011 0.044 0.128 0.120 0.042 0.135 0.289 0.570 0.042 0.191 0.044 1.247 0.018 0.072 0.036 0.084 0.044 0.355 0.068 0.010 0.023 0.344 0.483 0.794 3.109 0.463 0.580 0.938 0.329 0.393 0.435 0.122 0.140 0.232 0.266 0.380 0.169 0.134 0.143 0.235 0.188 0.936 1.668 0.131 0.153 1556 chr10 80663539 80698100 + 0 NA Intergenic MADE2|DNA|TcMar-Mariner 146386 NR_024429 283050 Hs.309176 NR_015429 ENSG00000224596 ZMIZ1-AS1 - ZMIZ1 antisense RNA 1 ncRNA 0.817 0.977 1.255 0.148 0.539 3.104 0.343 0.790 1.450 0.055 0.370 0.446 0.018 0.061 0.509 0.459 0.159 0.042 0.104 0.115 0.016 0.016 0.082 0.072 2.148 0.132 0.058 0.027 0.075 0.037 0.077 0.252 0.061 2.110 0.207 0.123 0.064 0.046 0.063 0.127 0.213 0.147 0.053 0.027 0.032 0.033 1.220 0.219 0.247 0.146 0.021 0.516 0.459 0.085 0.062 2.148 0.129 0.393 0.292 0.077 0.308 0.175 0.654 0.162 0.064 0.025 0.021 3.131 3.434 5.103 3.124 1.476 1.407 3.422 0.993 2.211 2.396 0.350 0.530 1.888 2.201 0.454 0.520 1.191 1.950 0.326 0.307 0.372 0.674 0.683 0.533 8750 chr5 9945954 9960033 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -49057 NR_027112 285692 Hs.651487 NR_027112 ENSG00000249781 LINC02112 - long intergenic non-protein coding RNA 2112 ncRNA 0.576 0.948 1.416 0.152 0.106 0.550 0.498 0.113 0.171 0.014 0.101 0.094 0.004 0.014 0.151 0.018 0.243 0.115 0.301 0.081 0.040 0.010 0.279 0.200 0.025 0.143 0.051 0.006 0.428 0.426 0.894 3.536 5.590 1.503 0.590 0.076 0.047 0.015 0.098 0.059 0.036 0.112 0.030 0.028 0.154 0.093 0.328 0.114 0.110 0.061 0.028 0.185 0.018 0.409 0.025 0.052 0.089 0.064 0.050 0.051 0.061 0.078 0.122 0.055 0.029 0.018 0.421 0.257 0.150 nan 0.455 0.491 0.115 0.074 0.044 0.058 0.329 0.630 nan 0.383 nan 0.289 0.180 0.225 0.203 0.164 0.303 0.664 0.655 nan 11811 chr9 132217034 132272666 + 0 NA Intergenic CpG -6089 NR_038955 100506190 Hs.529860 NR_038955 LINC00963 MetaLnc9 long intergenic non-protein coding RNA 963 ncRNA nan 2.273 2.774 1.686 1.436 2.296 1.626 0.917 1.853 1.508 3.287 2.150 0.836 0.773 1.082 3.903 1.798 0.338 3.373 1.780 2.675 0.427 0.962 0.480 3.447 2.392 2.718 2.136 3.518 0.746 5.366 9.644 2.376 2.642 2.488 7.083 0.627 2.216 0.112 0.885 0.507 4.775 0.773 0.414 1.096 1.756 2.231 2.903 7.211 6.121 2.786 4.958 3.903 4.054 0.857 3.447 1.379 5.373 1.841 5.459 3.216 3.428 0.808 0.612 1.832 2.370 1.757 1.154 1.932 1.736 3.843 3.140 3.070 nan 0.074 0.711 0.708 1.494 1.974 3.460 5.063 2.828 2.734 1.003 1.208 1.934 1.846 1.267 2.490 0.905 0.630 4800 chr17 42400583 42405705 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321240) promoter-TSS (NM_001321240) -906 NM_001321240 51629 Hs.744880 NM_016016 ENSG00000013306 SLC25A39 CGI-69|CGI69 solute carrier family 25 member 39 protein-coding 2.185 3.770 nan 5.270 3.133 1.642 3.783 1.660 3.124 1.376 4.272 1.928 1.478 1.305 5.467 1.582 1.083 0.314 4.834 1.957 3.866 2.154 1.997 0.831 1.668 2.742 3.287 1.365 3.853 1.711 4.916 7.887 2.084 6.555 1.226 5.802 0.797 3.076 0.215 1.962 0.748 6.521 2.244 1.278 2.430 2.125 2.708 2.285 5.398 3.473 6.968 4.080 1.582 6.690 3.023 1.668 2.140 2.297 1.178 10.065 5.268 3.127 0.896 1.426 0.934 2.057 1.461 1.625 1.842 2.806 4.228 2.227 nan 5.174 0.992 3.418 3.055 1.375 1.675 2.903 nan 3.081 3.906 1.421 3.117 5.223 4.461 2.850 3.621 1.303 0.997 3682 chr14 73392016 73397677 + 0 NA intron (NM_181340, intron 1 of 12) intron (NM_181340, intron 1 of 12) 1806 NM_001352447 26094 Hs.331491 NM_015604 ENSG00000119599 DCAF4 WDR21|WDR21A DDB1 and CUL4 associated factor 4 protein-coding 3.618 1.193 2.928 0.972 1.481 1.227 1.087 0.489 0.588 0.604 0.517 0.586 0.415 0.162 1.901 0.611 1.492 0.425 0.655 0.229 1.027 0.170 0.528 0.288 1.163 1.825 1.634 0.497 1.976 0.856 1.199 1.491 1.917 2.811 0.609 0.630 0.185 0.864 0.086 0.479 0.434 0.765 1.408 0.819 0.885 0.828 0.866 1.610 1.099 9.966 1.212 2.448 0.611 1.104 1.031 1.163 0.718 1.314 0.989 2.738 0.789 2.299 0.542 0.631 1.317 0.671 0.494 1.415 1.204 1.896 2.829 1.600 1.362 2.471 0.668 14.798 14.932 1.019 2.042 1.804 nan 2.345 2.646 0.730 0.957 2.542 1.898 2.290 1.626 2.528 nan 8595 chr4 153584283 153590972 + 0 NA intron (NM_152680, intron 1 of 6) intron (NM_152680, intron 1 of 6) 13690 NM_152680 201799 Hs.518900 NM_152680 ENSG00000170006 TMEM154 - transmembrane protein 154 protein-coding nan 0.966 0.799 0.107 0.327 0.112 0.167 0.315 0.043 0.074 0.027 0.029 0.053 0.126 0.068 0.024 0.112 0.010 0.021 0.128 0.028 0.260 0.021 0.011 0.033 0.031 0.016 0.141 0.241 0.148 0.163 0.072 0.119 0.028 0.016 0.072 0.018 4.862 0.102 0.009 0.017 0.011 0.187 0.089 0.049 0.011 0.046 0.081 0.126 0.033 0.260 0.056 0.013 0.028 0.009 0.057 0.011 0.073 0.092 0.073 0.009 0.007 0.332 0.140 0.333 0.350 0.245 0.360 0.156 0.036 0.177 0.140 0.076 0.214 0.270 0.257 0.540 0.514 0.214 0.314 0.162 0.288 0.178 0.337 0.358 0.373 4593 chr17 9715134 9750315 + 0 NA intron (NM_004246, intron 1 of 12) L1ME4a|LINE|L1 3856 NM_004246 9340 Hs.248202 NM_004246 ENSG00000065325 GLP2R - glucagon like peptide 2 receptor protein-coding 0.531 0.553 0.452 0.352 0.047 0.014 0.696 0.118 0.185 0.165 0.573 0.484 0.005 0.046 0.018 0.073 0.045 0.087 0.057 0.016 0.440 0.016 0.022 0.051 0.034 0.693 0.482 0.058 0.054 0.399 0.213 0.460 0.142 0.159 0.017 9.683 0.014 0.040 0.107 0.017 0.014 0.882 0.245 0.164 0.512 0.207 0.360 0.185 1.029 0.091 0.020 2.141 0.073 0.061 0.024 0.034 0.334 0.151 0.179 0.100 0.057 1.412 0.033 0.052 0.231 0.249 0.143 0.326 0.188 0.243 0.589 0.182 0.225 0.123 0.064 0.054 0.084 0.104 0.224 0.162 0.166 1.616 1.432 0.136 0.174 0.045 0.033 0.356 0.695 0.093 0.083 7160 chr21 28328244 28339956 + 0 NA intron (NM_007038, intron 1 of 7) intron (NM_007038, intron 1 of 7) 5339 NM_007038 11096 Hs.58324 NM_007038 ENSG00000154736 ADAMTS5 ADAM-TS 11|ADAM-TS 5|ADAM-TS5|ADAMTS-11|ADAMTS-5|ADAMTS11|ADMP-2 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 5 protein-coding 2.642 0.614 0.929 0.018 0.068 0.009 0.060 0.096 0.149 0.073 0.162 0.064 0.042 0.046 0.065 0.624 0.082 0.026 0.017 0.016 0.804 0.041 0.082 0.020 0.006 0.012 0.062 0.024 0.009 0.021 0.048 0.071 0.313 0.012 0.042 0.025 0.075 0.088 0.073 0.307 0.114 0.041 0.007 0.019 0.020 0.033 0.234 0.021 0.054 0.013 0.012 0.065 0.024 0.023 0.020 0.021 0.035 0.067 0.136 0.078 0.020 0.025 0.063 0.033 0.015 0.307 0.296 0.375 0.510 0.162 0.231 0.070 0.067 0.221 0.306 2.083 3.084 0.138 0.147 0.789 0.659 0.081 0.126 0.079 0.075 0.130 nan 3.225 1.876 7320 chr22 21353891 21358615 + 0 NA promoter-TSS (NR_027052) promoter-TSS (NR_027052) 42 NR_027052 439931 Hs.517430 NR_027051 ENSG00000230513 THAP7-AS1 - THAP7 antisense RNA 1 ncRNA 5.480 3.639 9.232 6.504 4.621 3.686 2.816 3.495 6.597 1.669 9.035 2.158 9.014 1.570 5.057 6.139 2.777 0.327 5.935 2.363 4.787 1.585 2.698 1.340 6.715 1.639 2.099 6.850 8.779 2.742 6.870 nan 5.875 7.707 2.140 4.090 1.073 4.212 0.098 1.471 2.835 4.834 3.149 1.596 2.428 1.408 2.852 5.392 2.878 5.024 3.320 3.710 6.139 6.259 3.849 6.715 2.150 3.353 2.086 5.441 3.697 3.706 1.668 1.866 2.025 1.971 1.176 4.145 5.249 6.582 9.672 9.937 8.496 5.918 2.715 9.124 8.673 8.269 9.409 6.199 9.578 7.630 9.876 3.356 5.906 4.690 4.213 5.503 5.765 6.770 3.177 5049 chr17 77738041 77754122 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -5896 NM_005189 84733 Hs.368410 NM_005189 ENSG00000173894 CBX2 CDCA6|M33|SRXY5 chromobox 2 protein-coding 2.091 1.573 1.701 0.356 1.353 0.860 1.927 0.833 2.065 0.202 0.797 2.366 0.077 0.258 1.509 1.801 0.183 0.179 0.375 0.118 0.221 1.437 0.681 0.448 1.287 2.445 2.808 0.192 0.283 0.033 0.965 2.870 0.627 3.896 0.218 9.441 0.119 1.152 0.143 0.176 1.083 0.759 0.463 0.307 0.225 0.090 1.308 0.514 2.764 0.425 0.734 4.715 1.801 0.427 0.414 1.287 1.396 3.043 0.630 1.337 1.324 0.309 0.385 0.346 0.385 0.125 0.082 1.549 1.563 0.915 1.374 2.544 2.368 1.103 0.325 0.814 0.825 nan 1.891 1.741 2.181 2.083 1.953 0.543 1.145 0.752 0.696 0.845 1.372 nan 0.459 1766 chr11 4113407 4117947 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318064) promoter-TSS (NM_001318064) -238 NM_001318064 6240 Hs.445705 NM_001033 ENSG00000167325 RRM1 R1|RIR1|RR1 ribonucleotide reductase catalytic subunit M1 protein-coding 4.618 6.483 3.817 2.748 3.120 6.152 4.427 2.546 5.008 0.676 3.095 1.586 0.739 0.949 4.503 3.467 2.436 0.214 2.301 1.089 2.686 1.034 3.180 1.154 8.504 1.967 1.905 1.525 1.825 1.343 2.656 7.226 2.347 10.464 0.902 3.483 1.737 1.834 0.098 0.904 1.874 4.389 4.185 2.262 1.891 1.021 1.659 2.947 2.564 2.143 1.650 1.801 3.467 5.069 3.342 8.504 1.115 1.224 0.966 2.546 2.194 2.234 2.128 1.451 2.568 1.954 1.030 9.469 7.582 7.189 10.299 13.326 13.130 10.106 8.442 13.250 13.943 5.398 6.945 5.912 9.390 6.983 6.972 5.846 8.569 8.118 10.145 4.370 3.731 3.509 1.999 7806 chr3 125036529 125045329 + 0 NA intron (NM_001348436, intron 3 of 8) AluY|SINE|Alu 35195 NM_001348433 7707 Hs.592591 NM_021964 ENSG00000163848 ZNF148 BERF-1|BFCOL1|GDACCF|HT-BETA|ZBP-89|ZFP148|pHZ-52 zinc finger protein 148 protein-coding 1.125 nan 1.107 0.852 0.189 0.442 0.235 0.200 0.392 0.076 0.098 0.106 0.014 0.018 0.141 0.189 0.901 0.293 0.192 0.003 0.036 0.064 0.231 0.314 0.287 0.150 0.075 0.075 0.118 0.073 0.127 0.153 0.112 0.272 0.250 0.080 0.054 0.024 0.093 0.094 0.640 0.031 0.014 0.009 0.074 0.034 0.121 0.079 0.037 0.185 0.107 0.172 0.189 0.090 0.085 0.287 0.027 0.066 0.034 0.072 0.023 0.169 0.079 0.180 0.043 0.033 0.041 0.401 0.375 0.398 0.826 0.650 0.850 0.616 0.322 0.401 0.361 4.971 nan 0.287 0.370 1.386 0.929 0.215 0.378 0.163 0.182 0.648 1.473 0.356 0.340 11025 chr8 67417888 67463815 + 0 NA Intergenic BLACKJACK|DNA|hAT-Blackjack 35360 NM_152765 254778 Hs.268869 NM_152765 ENSG00000169085 VXN C8orf46 vexin protein-coding 2.624 1.237 1.014 0.736 0.458 0.229 6.586 0.266 0.397 0.462 1.981 2.657 0.506 0.060 0.269 0.430 2.023 0.262 3.956 2.170 2.233 0.003 0.234 0.169 0.417 3.310 3.053 1.221 2.834 2.448 0.327 1.027 1.639 0.915 2.311 0.313 0.668 0.054 0.061 2.271 0.880 3.135 1.436 0.733 2.605 4.227 0.290 5.184 0.313 3.958 0.777 0.405 0.430 3.434 5.381 0.417 0.326 0.240 0.129 2.044 0.433 3.826 0.203 0.342 1.757 3.902 3.246 0.585 0.737 0.885 1.652 1.268 1.221 1.536 0.472 0.162 0.179 1.722 nan 0.251 0.284 nan 1.193 0.353 0.530 1.881 2.046 0.752 1.341 1.550 0.999 7840 chr3 133088815 133104191 + 0 NA intron (NM_001282865, intron 2 of 3) intron (NM_001282865, intron 2 of 3) -22336 NM_003571 8419 Hs.659862 NM_003571 ENSG00000170819 BFSP2 CP47|CP49|CTRCT12|LIFL-L|PHAKOSIN beaded filament structural protein 2 protein-coding 0.986 nan nan 0.105 0.132 0.065 0.586 0.251 0.635 0.031 0.055 0.078 0.019 0.046 0.126 0.369 0.321 0.137 0.199 0.260 0.008 0.194 0.125 0.327 0.014 0.005 0.072 0.487 0.047 0.262 1.104 0.308 0.299 0.241 0.042 0.025 0.014 0.089 0.085 0.093 0.096 0.032 0.010 0.126 0.085 0.050 0.123 0.058 0.055 0.015 0.118 0.369 0.237 0.051 0.327 0.084 0.043 0.089 0.085 0.020 0.031 0.026 0.546 0.020 0.026 0.023 1.089 1.059 9.372 5.063 0.809 0.827 1.164 0.447 1.985 2.181 0.645 1.204 0.222 0.377 nan 0.618 0.190 0.426 0.076 0.182 0.596 1.383 1.052 0.720 3982 chr15 59621299 59649504 + 0 NA intron (NM_004998, intron 1 of 27) L1MA3|LINE|L1 29670 NM_004998 4643 Hs.654506 NM_004998 ENSG00000157483 MYO1E FSGS6|HuncM-IC|MYO1C myosin IE protein-coding 0.717 0.840 0.714 0.871 0.157 0.071 0.561 0.194 0.289 0.271 0.433 0.551 0.013 0.039 0.167 0.186 0.411 0.120 0.519 0.282 0.623 0.020 0.111 0.123 0.323 0.766 0.413 0.093 0.314 0.537 0.189 1.102 0.174 0.517 0.244 0.746 0.183 0.053 0.077 0.189 0.076 0.354 0.105 0.092 0.547 0.434 0.329 0.322 1.346 0.215 0.386 0.679 0.186 0.442 0.428 0.323 0.581 0.220 0.090 0.099 0.033 0.355 4.299 0.087 0.087 1.428 1.365 0.601 0.787 0.614 0.719 0.299 0.383 0.698 0.219 0.211 0.220 0.122 0.205 1.096 1.074 0.445 0.235 2.887 3.432 0.802 1.284 0.107 0.220 0.178 0.264 8639 chr4 175181183 175208413 + 0 NA intron (NM_012180, intron 1 of 5) L1MC4|LINE|L1 -10030 NM_001040157 80817 Hs.555989 NM_030633 ENSG00000164118 CEP44 KIAA1712|PS1TP3 centrosomal protein 44 protein-coding nan nan 1.188 0.614 1.164 0.253 0.523 0.561 0.911 0.183 0.678 0.316 0.245 0.181 0.351 0.273 0.618 0.077 0.529 0.195 0.302 1.100 0.881 0.404 0.791 0.330 0.377 0.095 0.643 0.349 0.654 1.186 0.523 1.261 0.370 0.420 0.241 0.482 0.070 0.290 0.695 0.250 0.334 0.104 0.337 0.326 0.379 0.973 0.422 0.371 0.592 0.379 0.273 0.712 0.591 0.791 0.198 0.286 0.415 0.224 0.216 0.437 0.302 0.493 0.294 0.217 0.159 0.902 0.787 1.439 nan 1.503 1.865 5.189 2.867 1.566 1.654 1.114 1.302 1.327 1.694 4.170 3.418 0.718 1.146 1.721 1.777 1.435 1.816 0.706 0.447 5841 chr2 690174 695687 + 0 NA Intergenic Intergenic -15462 NM_152834 129787 Hs.6729 NM_152834 ENSG00000151353 TMEM18 lncND transmembrane protein 18 protein-coding 0.578 0.439 0.628 0.064 0.063 0.122 0.076 0.123 0.402 0.018 0.027 0.084 0.054 0.258 0.165 0.106 0.116 0.075 0.034 0.114 1.774 0.196 0.216 0.131 0.012 0.024 0.013 0.099 0.038 0.116 0.137 0.115 0.789 0.057 0.058 0.129 0.043 0.033 0.011 0.014 0.040 0.027 0.077 0.447 0.103 0.054 0.047 0.155 0.165 0.064 0.033 0.131 0.090 0.096 0.069 0.095 4.953 0.043 0.036 0.014 0.543 0.424 0.373 0.180 0.264 0.478 0.778 0.824 0.154 0.087 0.229 0.248 0.201 0.362 0.478 0.551 0.351 0.156 0.202 0.273 0.054 0.055 0.116 0.219 0.611 0.512 2072 chr11 70698173 70710561 + 0 NA intron (NM_012309, intron 8 of 22) intron (NM_012309, intron 8 of 22) -4528 NR_073536 220070 Hs.326766 NM_145308 ENSG00000171671 SHANK2-AS3 C11orf76 SHANK2 antisense RNA 3 ncRNA nan 1.279 0.710 0.064 0.043 6.770 0.074 1.008 1.623 0.023 0.050 0.015 0.010 0.041 2.849 1.090 0.049 0.078 0.077 0.015 0.031 0.988 0.445 2.541 0.039 0.029 0.006 0.078 0.017 0.111 nan 0.093 3.718 0.047 0.047 1.093 0.035 0.084 0.045 0.223 0.034 0.013 0.035 0.050 0.104 0.233 0.076 0.017 0.032 0.102 1.090 0.034 0.022 2.541 0.030 0.026 0.094 0.263 0.065 0.076 0.120 0.049 0.017 0.019 0.004 0.992 1.373 0.219 0.283 2.510 3.212 4.053 1.348 0.388 0.442 0.381 0.619 5.189 4.357 0.251 0.181 0.410 0.425 3.244 2.348 0.145 0.279 3.091 1.582 5647 chr19 38523655 38575770 + 0 NA intron (NM_015073, intron 2 of 21) AluJb|SINE|Alu -104024 NR_145800 109623473 NR_145800 SNORD152 - small nucleolar RNA, C/D box 152 snoRNA 1.916 1.440 4.008 0.142 3.490 1.075 0.655 0.295 0.559 0.227 0.250 0.242 0.315 1.407 1.762 0.299 0.195 0.133 0.662 0.244 0.110 0.056 0.538 0.294 1.017 0.475 0.288 0.080 0.150 0.186 0.450 1.606 0.513 2.424 0.257 0.199 0.360 0.112 0.141 0.285 0.362 0.305 1.008 0.577 0.270 0.204 0.427 0.281 0.848 1.236 0.208 0.508 0.299 0.887 0.243 1.017 0.216 0.767 0.662 0.094 2.603 0.132 0.123 1.742 0.291 0.061 0.047 0.402 0.683 0.374 0.667 1.050 0.948 4.159 1.244 1.096 1.149 0.644 1.139 4.505 4.514 nan 3.937 0.440 0.541 1.188 1.636 1.296 4.029 1.787 0.983 9189 chr5 134868635 134883280 + 0 NA Intergenic Intergenic -4318 NM_006161 4762 Hs.248149 NM_006161 ENSG00000181965 NEUROG1 AKA|Math4C|NEUROD3|bHLHa6|ngn1 neurogenin 1 protein-coding 1.617 0.961 nan 0.044 0.132 0.129 0.101 0.131 0.341 0.013 0.079 0.151 0.013 0.014 1.264 0.378 0.055 0.011 0.065 0.029 0.009 0.043 0.062 0.606 0.260 0.154 0.042 0.045 0.164 0.168 0.077 0.746 0.031 0.096 0.020 0.081 0.104 0.040 0.302 0.092 0.057 0.027 0.023 0.052 0.072 0.164 0.100 0.073 0.048 0.128 0.378 0.047 0.031 0.606 0.025 0.038 0.153 0.429 0.028 0.038 0.048 3.897 0.016 0.037 0.007 0.371 0.308 0.406 0.558 0.734 0.974 0.788 0.285 0.203 0.297 0.523 0.846 0.156 0.174 3.609 3.132 0.272 0.252 0.248 0.143 3.457 7.025 0.248 0.321 8590 chr4 151300026 151312094 + 0 NA intron (NM_006726, intron 48 of 57) intron (NM_006726, intron 48 of 57) -194181 NR_149035 729558 Hs.647978 NR_149035 ENSG00000249690 LOC729558 - uncharacterized LOC729558 ncRNA nan 0.877 0.564 0.092 0.134 0.569 0.074 0.225 0.241 0.049 0.152 4.974 0.025 0.017 0.126 0.193 0.294 0.079 0.140 0.236 0.035 0.065 0.141 0.171 0.080 0.035 0.025 0.051 0.009 0.081 0.151 0.119 0.242 0.073 0.170 0.063 0.036 0.094 0.058 0.079 0.092 0.015 0.013 0.054 0.013 0.137 0.173 0.101 0.093 0.020 0.104 0.193 0.112 0.046 0.171 0.031 0.048 0.012 0.043 0.008 0.282 0.049 0.278 0.184 0.019 0.008 0.374 0.320 2.598 3.257 0.275 0.410 0.194 0.120 0.182 0.136 1.037 1.256 0.271 0.265 0.562 0.241 0.099 0.242 0.290 0.241 0.374 1.099 0.253 0.216 8094 chr3 182508821 182513537 + 0 NA promoter-TSS (NM_014616) promoter-TSS (NM_014616) -112 NM_014616 23200 Hs.478429 NM_014616 ENSG00000058063 ATP11B ATPIF|ATPIR ATPase phospholipid transporting 11B (putative) protein-coding 3.354 3.109 3.161 7.005 2.943 0.742 2.723 1.732 2.920 1.496 1.952 2.052 5.129 0.996 1.828 1.532 3.347 0.271 2.993 0.885 0.977 0.678 2.037 0.959 3.586 4.355 4.155 1.904 2.876 1.222 2.515 2.871 2.096 7.298 1.055 1.127 0.181 1.856 0.051 0.852 2.778 3.720 3.293 1.990 1.189 0.358 5.748 1.470 1.461 3.785 1.023 3.136 1.532 4.738 2.205 3.586 0.829 1.604 0.705 1.273 1.758 2.441 0.558 2.412 1.325 0.794 0.507 2.720 3.501 3.872 6.528 5.097 3.924 14.463 4.424 5.726 5.707 2.478 3.285 4.366 6.508 6.460 7.552 1.360 3.321 2.213 1.791 5.641 5.872 2.331 1.341 3121 chr13 36557834 36571139 + 0 NA intron (NM_004734, intron 3 of 17) intron (NM_004734, intron 3 of 17) -134488 NM_001195416 9201 Hs.507755 NM_004734 ENSG00000133083 DCLK1 CL1|CLICK1|DCAMKL1|DCDC3A|DCLK doublecortin like kinase 1 protein-coding 0.832 1.546 0.771 0.066 0.324 0.259 0.080 0.431 1.034 0.230 0.092 0.727 0.005 0.038 0.369 0.485 0.381 0.084 0.119 0.028 0.010 0.031 2.298 1.073 2.314 0.026 0.011 0.005 0.036 0.008 0.204 0.517 0.069 1.618 0.066 0.114 0.560 0.041 0.064 0.262 0.138 0.064 0.064 0.025 0.046 0.087 0.112 0.031 0.049 0.042 1.092 0.485 0.060 0.042 2.314 0.431 0.131 0.044 0.062 0.910 0.065 0.074 0.075 0.149 0.026 0.004 0.641 0.567 0.210 0.505 1.939 1.784 3.830 1.956 0.139 0.119 0.421 0.664 1.469 1.422 0.434 0.349 0.259 0.450 2.845 2.406 0.240 0.398 1.630 0.989 3507 chr14 37322035 37329086 + 0 NA intron (NM_030631, intron 2 of 9) intron (NM_030631, intron 2 of 9) 96036 NR_039725 100616280 NR_039725 ENSG00000266327 MIR4503 - microRNA 4503 ncRNA 1.263 0.834 0.922 0.102 6.246 0.574 0.152 0.159 0.281 0.107 0.106 0.035 4.788 0.217 0.128 0.158 0.137 0.121 0.107 0.027 0.020 0.935 0.458 1.022 0.059 0.041 0.010 0.107 0.015 12.963 38.076 2.675 3.154 0.470 0.076 0.418 0.070 0.079 0.067 0.067 0.033 0.077 0.498 0.136 0.154 0.127 0.031 0.033 1.711 0.128 0.172 0.077 1.022 1.220 0.424 0.027 0.050 4.518 0.123 0.113 0.053 0.011 0.016 0.209 0.190 0.196 0.361 0.481 0.769 2.928 0.646 0.248 0.248 0.301 0.485 7.120 8.322 0.494 0.220 0.195 0.292 1.145 1.336 0.123 0.210 1.325 0.956 11097 chr8 89309366 89316286 + 0 NA intron (NM_005941, intron 1 of 9) Tigger7|DNA|TcMar-Tigger 26891 NM_005941 4325 Hs.492187 NM_005941 ENSG00000156103 MMP16 C8orf57|MMP-X2|MT-MMP2|MT-MMP3|MT3-MMP matrix metallopeptidase 16 protein-coding 1.159 nan nan 0.129 0.293 0.210 0.030 0.163 0.529 0.014 0.405 2.138 0.026 0.072 0.189 0.129 0.571 0.014 0.260 0.247 0.027 0.067 0.012 0.103 0.020 0.010 0.127 0.049 0.181 0.067 0.109 0.071 0.410 0.190 3.751 0.014 0.048 0.099 0.338 0.002 0.225 0.216 0.100 0.031 0.011 0.111 2.865 0.094 0.319 0.045 0.066 0.129 0.071 0.103 0.205 0.035 0.014 0.042 0.098 0.599 2.429 0.124 0.638 0.017 3.321 5.028 6.610 7.474 0.365 0.341 0.615 0.191 12.829 12.689 1.000 1.416 nan 1.001 0.393 0.169 5.428 6.086 0.337 0.398 0.152 0.365 0.434 0.395 9311 chr5 162883939 162890826 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329991) promoter-TSS (NM_001329991) -135 NM_012485 3161 Hs.740467 NM_012484 ENSG00000072571 HMMR CD168|IHABP|RHAMM hyaluronan mediated motility receptor protein-coding nan 3.760 2.388 3.992 3.693 2.983 3.887 3.493 5.822 1.422 4.465 3.681 1.812 1.091 4.755 1.392 2.087 0.582 2.631 0.905 2.896 1.229 2.167 1.522 5.667 3.147 3.535 1.863 2.696 2.301 2.707 4.091 2.402 12.108 1.378 6.667 1.754 5.995 0.260 2.623 2.753 4.078 4.501 2.231 4.453 1.745 3.653 3.493 2.920 4.287 2.865 2.969 1.392 3.122 6.217 5.667 2.254 1.372 0.802 2.802 2.693 3.068 1.827 2.719 4.065 4.616 3.381 4.172 4.220 7.249 10.862 8.085 6.571 6.440 2.901 8.288 8.482 6.186 6.308 6.344 9.189 9.333 10.058 1.984 3.830 8.291 9.624 6.679 7.035 2.274 1.268 5733 chr19 45922212 45934859 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -1358 NM_001166049 2067 Hs.435981 NM_001983 ENSG00000012061 ERCC1 COFS4|RAD10|UV20 ERCC excision repair 1, endonuclease non-catalytic subunit protein-coding 2.008 1.249 1.841 3.440 0.874 0.833 3.402 0.774 1.110 1.322 2.698 3.238 0.364 0.873 1.534 0.758 1.600 0.354 2.335 0.836 3.437 0.831 0.534 0.334 1.095 1.921 1.937 0.676 2.556 1.264 2.217 nan 2.513 1.836 1.214 1.867 0.210 2.870 0.174 1.855 0.602 5.027 4.866 1.739 1.429 0.847 2.719 4.075 3.110 10.832 2.708 1.737 0.758 2.879 1.303 1.095 1.419 1.469 0.461 3.425 0.689 0.546 0.547 0.830 1.762 3.174 3.058 1.156 1.415 1.068 1.797 1.913 1.863 2.509 0.937 3.442 3.755 1.694 2.459 2.952 3.321 1.735 1.493 0.853 1.081 1.651 1.748 1.341 2.719 1.670 0.989 3427 chr14 29359508 29372224 + 0 NA Intergenic Intergenic -110873 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.347 0.971 0.839 0.062 0.255 0.061 0.039 0.102 0.279 0.047 0.065 0.025 0.047 0.098 0.251 0.200 0.078 0.082 0.015 0.050 0.086 0.099 0.180 0.033 0.022 0.006 0.064 0.008 0.256 0.893 0.128 0.307 0.038 0.063 0.833 0.034 0.109 0.200 0.036 0.019 0.017 0.036 0.046 0.040 0.019 0.038 0.019 0.026 0.251 0.077 0.079 0.180 0.020 0.032 0.038 0.018 0.103 0.031 0.023 0.254 0.024 0.023 0.190 0.179 0.138 0.168 0.467 0.618 0.624 0.194 0.121 0.156 0.731 1.045 0.462 0.450 0.642 0.232 0.171 0.213 4.211 5.560 0.530 1.287 0.633 0.479 2624 chr12 44770164 44782877 + 0 NA intron (NM_032256, intron 7 of 7) intron (NM_032256, intron 7 of 7) 492924 NM_001145109 4753 Hs.505326 NM_006159 ENSG00000184613 NELL2 NRP2 neural EGFL like 2 protein-coding 1.496 nan 1.277 0.057 0.090 0.013 0.045 0.088 0.404 0.023 0.067 0.055 0.010 0.039 0.315 0.212 0.099 0.063 0.115 0.010 0.033 1.854 0.810 0.452 0.005 0.006 0.011 0.065 0.008 0.076 0.199 0.138 0.109 0.072 0.407 0.016 0.105 0.005 0.019 0.073 0.009 0.012 0.026 0.024 0.098 0.154 0.051 0.139 0.019 0.026 0.212 0.073 0.030 0.452 0.087 0.426 0.027 0.151 0.081 0.071 2.628 0.006 0.023 0.031 0.360 0.369 0.205 0.285 0.313 0.292 2.760 1.328 0.262 0.262 0.847 1.099 0.236 0.266 2.416 3.090 0.106 0.215 1.198 1.401 3.044 7.105 2.454 1.234 10846 chr8 22445294 22463871 + 0 NA 3' UTR (NM_176871, exon 10 of 10) 3' UTR (NM_176871, exon 10 of 10) -2532 NM_173686 541565 Hs.743508 NM_173686 ENSG00000241852 C8orf58 - chromosome 8 open reading frame 58 protein-coding nan 1.315 nan 2.292 0.512 0.653 1.348 0.768 1.806 0.998 2.450 1.839 1.540 0.529 0.460 1.776 1.357 0.155 1.051 0.388 3.842 0.703 0.879 0.383 1.140 1.952 2.299 2.180 1.081 1.033 0.999 1.480 0.886 0.829 1.714 1.524 0.256 2.164 0.120 0.560 0.317 4.614 4.930 1.711 1.278 0.445 1.627 3.854 3.187 2.866 0.438 1.544 1.776 1.457 0.579 1.140 1.170 0.553 0.286 4.609 1.084 1.290 0.213 0.456 3.208 2.611 1.683 1.457 1.991 2.011 3.340 nan 3.307 nan 1.050 0.819 0.845 0.712 1.196 1.301 1.860 1.557 1.873 0.617 0.837 1.495 1.363 1.272 1.664 nan nan 7553 chr3 29722521 29740190 + 0 NA intron (NM_001003792, intron 4 of 13) FLAM_C|SINE|Alu 244292 NR_046556 100873977 Hs.581453 NR_046556 ENSG00000235593 RBMS3-AS1 - RBMS3 antisense RNA 1 ncRNA 0.488 0.781 0.542 1.009 0.200 0.051 1.230 0.054 0.102 0.675 2.404 3.078 2.380 0.045 0.050 0.123 1.719 0.157 0.925 0.351 2.408 0.141 0.080 0.081 0.092 1.702 0.959 0.283 1.232 1.423 0.513 0.565 0.918 0.184 0.919 4.059 0.027 3.525 0.142 0.577 0.055 0.881 0.836 0.659 1.064 0.274 0.250 1.574 0.327 0.326 0.036 0.335 0.123 0.506 1.898 0.092 0.457 0.071 0.033 0.274 0.115 1.346 0.039 0.105 1.919 0.847 0.695 0.195 0.162 0.719 2.463 0.237 0.249 0.146 0.048 0.139 0.162 0.367 0.655 0.200 0.224 nan 0.263 0.099 0.187 0.100 0.200 0.302 0.580 0.363 0.349 5805 chr19 54480662 54547917 + 0 NA intron (NM_145814, intron 3 of 3) L1MA5|LINE|L1 18747 NM_145814 59285 Hs.631560 NM_031897 ENSG00000130433 CACNG6 - calcium voltage-gated channel auxiliary subunit gamma 6 protein-coding 0.552 0.667 0.502 6.693 0.059 0.146 0.612 0.129 0.230 0.076 1.511 2.272 0.142 0.040 0.044 0.081 0.083 0.115 0.480 0.265 2.048 0.088 0.063 0.081 0.089 0.323 0.267 0.072 0.440 0.221 0.111 0.350 0.179 0.183 0.145 0.953 0.026 0.509 0.104 0.138 0.028 1.286 1.678 0.708 0.027 0.187 1.872 0.512 4.493 1.127 0.056 0.474 0.081 0.376 0.958 0.089 0.040 0.151 0.023 1.346 0.045 0.744 0.191 0.043 0.405 1.581 1.104 0.180 0.130 0.167 0.200 0.215 0.237 0.187 0.081 0.171 0.155 0.197 0.313 0.130 0.141 0.309 0.117 0.513 0.676 0.068 0.112 0.129 0.219 0.343 0.353 1157 chr1 225627521 225670357 + 0 NA Intergenic Intergenic -32382 NM_194442 3930 Hs.435166 NM_002296 ENSG00000143815 LBR DHCR14B|LMN2R|PHA|TDRD18 lamin B receptor protein-coding 1.605 nan 2.043 1.313 0.731 0.641 2.085 0.927 1.805 0.111 0.318 0.846 0.035 0.173 0.230 0.688 0.355 0.196 0.919 0.624 0.049 0.068 0.665 0.640 1.189 0.850 0.351 0.121 0.381 0.472 0.792 3.710 0.263 1.834 0.843 0.638 0.234 0.121 0.111 0.083 0.388 0.292 0.143 0.095 0.745 0.834 0.922 0.627 0.851 0.206 0.610 1.005 0.688 1.191 0.305 1.189 0.694 0.313 0.208 0.134 1.123 1.013 0.102 0.141 0.391 0.358 0.433 0.707 0.891 0.579 1.033 2.106 nan 1.839 0.643 0.754 0.812 0.368 0.620 2.184 1.846 0.795 0.786 0.237 0.329 1.342 0.912 0.511 0.911 1.778 0.932 1470 chr10 50757871 50762077 + 0 NA Intergenic Intergenic -12390 NM_001277059 2074 Hs.49063 NM_000124 ENSG00000225830 ERCC6 ARMD5|CKN2|COFS|COFS1|CSB|CSB-PGBD3|POF11|RAD26|UVSS1 ERCC excision repair 6, chromatin remodeling factor protein-coding 0.572 nan 0.491 0.488 0.100 0.013 2.107 0.114 0.240 1.810 0.223 0.045 4.794 0.023 0.021 0.060 0.089 0.023 0.980 0.403 6.452 0.033 0.110 0.079 0.028 0.630 0.208 1.369 0.960 1.814 0.116 0.210 1.388 0.249 0.525 0.956 0.023 0.089 0.196 0.036 23.889 9.408 3.446 0.648 0.475 6.437 0.285 0.101 0.235 0.110 0.457 0.060 1.315 0.874 0.028 0.260 0.646 0.023 6.137 5.530 0.094 0.088 0.763 0.027 0.033 0.249 0.191 0.222 0.560 0.130 0.203 0.168 0.101 0.277 0.189 0.157 0.288 0.215 0.271 0.143 0.059 0.094 0.221 0.048 0.061 0.134 0.270 0.304 0.343 5790 chr19 50304673 50333237 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2388 NM_001171937 80199 Hs.288800 NM_025129 ENSG00000010361 FUZ CPLANE3|FY|NTD fuzzy planar cell polarity protein protein-coding 2.508 1.445 1.598 0.819 3.015 2.818 0.410 2.529 4.418 0.432 2.070 0.976 0.057 1.225 6.181 1.239 0.640 0.202 0.821 0.292 1.175 0.606 0.902 0.517 4.073 0.324 0.296 0.370 0.646 0.203 0.680 1.417 0.832 3.657 0.460 0.386 0.326 1.770 0.149 0.211 1.521 1.046 0.372 0.202 0.443 0.217 0.909 0.401 1.376 1.370 0.909 0.475 1.239 1.113 0.185 4.073 0.339 0.873 0.574 1.121 1.009 0.405 1.043 1.989 0.324 0.355 0.178 1.862 3.054 1.103 1.999 6.867 6.595 5.657 3.022 4.933 5.205 2.225 2.897 5.547 8.041 2.982 2.924 1.454 1.947 1.966 1.596 4.480 5.610 3.289 1.825 5330 chr18 47806263 47815512 + 0 NA exon (NM_001101654, exon 9 of 15) exon (NM_001101654, exon 9 of 15) -2743 NM_001204141 4152 Hs.405610 NM_002384 ENSG00000141644 MBD1 CXXC3|PCM1|RFT methyl-CpG binding domain protein 1 protein-coding nan 2.008 2.900 1.882 3.395 1.986 2.007 1.698 2.710 0.475 1.899 0.898 0.456 1.856 2.125 4.064 0.909 0.139 0.973 0.530 4.317 0.625 1.053 0.489 3.288 0.931 0.738 1.379 0.645 0.848 1.408 2.259 1.236 5.941 0.630 1.132 0.843 1.220 0.097 0.587 1.889 1.856 2.958 1.577 1.169 0.541 2.284 1.071 1.417 2.040 0.935 2.128 4.064 1.171 0.590 3.288 1.111 0.474 0.589 2.092 1.628 0.882 1.520 1.029 1.152 0.529 0.434 3.340 3.874 3.651 5.038 6.633 5.962 8.312 3.438 3.965 4.150 1.394 1.832 3.294 3.515 2.827 2.476 2.165 3.414 4.389 6.062 1.822 nan 5.146 2.453 6986 chr20 42793571 42817466 + 0 NA TTS (NM_175913) TTS (NM_175913) 10700 NM_175913 57158 Hs.441737 NM_020433 ENSG00000149596 JPH2 CMH17|JP-2|JP2 junctophilin 2 protein-coding nan nan 0.724 0.982 0.120 0.033 0.080 0.128 0.236 1.977 0.676 0.119 0.023 0.046 0.082 0.130 2.785 0.352 0.138 0.048 0.430 0.029 0.079 0.133 0.079 0.101 0.051 0.256 0.099 0.150 0.123 0.379 0.152 0.475 0.043 0.777 0.004 0.089 0.112 0.079 0.047 2.606 0.343 0.219 0.138 0.061 3.269 0.957 0.484 0.108 0.059 0.640 0.130 0.112 0.065 0.079 0.319 0.319 0.044 0.861 0.051 0.716 0.123 0.031 0.458 2.079 1.612 0.508 0.368 0.220 0.497 0.330 0.353 nan 0.317 0.331 0.410 0.194 0.370 0.343 0.435 nan 0.195 0.369 0.474 0.054 0.053 0.158 0.332 0.216 0.323 7464 chr22 45996227 46010096 + 0 NA Intergenic MER21C|LTR|ERVL -1634 NR_131244 100506737 Hs.517692 NR_131244 ENSG00000238120 LINC01589 TCONS_00029353 long intergenic non-protein coding RNA 1589 ncRNA 1.104 nan 0.702 1.399 0.140 0.412 1.193 0.335 0.573 0.235 3.211 0.880 0.065 0.022 0.288 0.504 0.293 0.151 1.239 0.939 3.568 0.020 0.154 0.071 0.570 2.522 2.459 0.070 0.687 1.335 0.260 1.388 0.246 0.927 0.863 0.311 0.028 0.071 0.106 0.628 0.103 1.657 0.478 0.208 1.695 1.034 0.591 10.413 3.394 0.387 0.398 1.069 0.504 0.996 0.567 0.570 0.502 0.390 0.349 0.085 0.154 0.685 0.450 0.161 1.218 3.899 2.966 0.560 0.941 0.396 0.995 0.752 0.620 0.362 0.123 0.650 0.666 0.221 nan 1.325 1.445 nan 0.760 0.400 0.536 0.194 0.311 0.121 0.185 0.546 0.564 4835 chr17 46945338 46951690 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -21634 NM_001002027 516 Hs.80986 NM_005175 ENSG00000159199 ATP5MC1 ATP5A|ATP5G|ATP5G1 ATP synthase membrane subunit c locus 1 protein-coding 1.566 1.299 nan 0.160 0.096 0.026 0.279 0.455 0.435 0.159 0.174 0.048 2.807 0.125 0.162 0.080 0.025 0.165 0.030 0.059 0.022 0.172 0.159 0.113 0.368 0.171 0.093 0.096 0.133 0.267 nan 0.122 0.457 0.092 0.088 0.086 0.171 0.025 0.202 0.189 0.067 0.025 0.430 0.377 0.122 0.208 6.287 0.146 1.767 0.073 0.162 0.112 0.036 0.113 0.135 0.052 0.016 0.166 0.191 0.075 0.031 7.231 0.016 0.027 0.016 0.408 0.363 0.200 0.357 0.422 nan 0.763 0.144 0.470 0.394 0.226 0.359 0.734 nan 2.806 2.997 0.225 0.176 0.325 0.279 2.707 7.690 0.541 0.601 10167 chr7 11819706 11834850 + 0 NA intron (NM_015204, intron 1 of 26) L1MC|LINE|L1 44546 NM_015204 221981 Hs.120855 NM_015204 ENSG00000005108 THSD7A - thrombospondin type 1 domain containing 7A protein-coding nan 1.013 nan 0.372 0.092 0.022 0.168 0.380 0.678 1.256 0.106 0.311 0.427 0.033 0.289 0.173 0.119 0.107 0.105 0.012 5.381 0.018 0.062 0.067 0.127 0.009 0.019 0.010 0.117 0.064 0.118 0.173 2.084 0.349 0.146 0.075 0.057 0.057 0.172 0.070 0.121 0.055 0.030 0.010 0.050 0.015 0.737 0.040 1.511 0.033 0.125 0.100 0.173 0.066 0.024 0.127 0.114 1.521 0.020 0.039 0.074 0.047 0.288 0.151 0.030 0.023 0.003 nan 0.357 0.149 0.273 0.384 0.501 0.212 0.061 0.366 0.397 1.253 1.409 0.360 0.359 0.547 0.213 0.240 0.676 0.241 0.314 0.328 0.592 0.375 0.319 6829 chr20 8131057 8143876 + 0 NA intron (NM_182734, intron 2 of 32) MIRb|SINE|MIR 24554 NM_015192 23236 Hs.431173 NM_015192 ENSG00000182621 PLCB1 EIEE12|PI-PLC|PLC-154|PLC-I|PLC-beta-1|PLC154|PLCB1A|PLCB1B phospholipase C beta 1 protein-coding 0.829 1.879 0.705 0.039 0.457 0.056 0.033 0.261 0.349 0.099 0.244 0.010 0.266 0.139 0.299 0.681 0.102 0.185 0.147 0.144 0.517 0.301 0.965 0.048 0.068 0.011 0.122 0.017 1.602 2.952 1.180 2.508 0.892 0.279 0.536 0.013 0.092 0.238 0.038 0.064 0.023 0.024 0.119 0.217 0.038 0.102 0.234 0.066 0.117 0.491 0.299 0.214 0.738 0.965 0.258 0.253 0.086 0.045 0.334 0.320 0.047 0.078 0.035 0.081 0.118 0.668 0.692 0.436 0.477 0.377 0.439 2.727 0.782 0.265 0.247 1.889 2.504 1.164 1.276 0.701 0.318 0.137 0.334 2.206 4.871 0.285 0.424 0.581 0.557 2100 chr11 73845082 73860902 + 0 NA intron (NM_001286577, intron 3 of 32) AluJo|SINE|Alu 29072 NM_001286577 26005 Hs.557938 NM_015531 ENSG00000168014 C2CD3 OFD14 C2 calcium dependent domain containing 3 protein-coding nan 1.219 1.094 0.478 0.294 0.179 1.593 0.154 0.398 0.826 0.951 1.445 2.990 0.196 0.172 0.286 0.791 0.222 0.901 0.239 2.195 0.053 0.228 0.088 0.175 2.678 2.169 2.004 1.227 1.651 0.682 nan 1.532 0.502 1.345 1.730 0.176 0.401 0.132 0.736 0.294 1.008 2.473 0.997 0.782 1.456 1.556 0.842 1.929 0.521 1.685 1.189 0.286 1.204 2.577 0.175 0.379 1.788 0.012 0.770 0.449 1.510 0.119 0.184 0.779 3.093 2.613 0.553 0.570 0.867 2.669 0.473 0.615 0.765 0.222 0.938 0.834 0.971 1.744 0.825 0.597 0.608 0.301 0.341 0.543 0.627 2.632 0.402 1.070 0.563 0.467 1006 chr1 200858898 200868926 + 0 NA promoter-TSS (NM_001142569) promoter-TSS (NM_001142569) -37 NM_001142569 55765 Hs.518997 NM_018265 ENSG00000163362 INAVA C1orf106 innate immunity activator protein-coding 1.900 1.579 2.331 7.613 0.156 0.349 2.818 0.175 0.331 0.692 0.808 0.452 5.426 0.019 0.072 0.294 0.394 0.044 1.878 1.182 2.974 0.042 0.215 0.089 0.167 4.432 4.568 0.769 3.363 3.021 4.728 8.129 1.586 0.307 1.314 0.230 0.038 0.919 0.112 0.386 0.135 5.408 0.595 0.318 5.031 4.920 3.678 0.349 9.255 0.212 1.227 2.387 0.294 1.219 0.093 0.167 3.531 2.734 0.039 0.856 0.091 0.124 0.069 0.089 0.358 0.465 0.238 0.630 0.728 5.715 9.536 0.535 0.499 1.767 0.619 nan nan 0.326 0.653 0.763 0.864 1.213 1.099 0.498 0.568 0.167 0.162 0.462 0.619 0.666 0.559 7025 chr20 48166207 48233745 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -15269 NM_000961 5740 Hs.302085 NM_000961 ENSG00000124212 PTGIS CYP8|CYP8A1|PGIS|PTGI prostaglandin I2 synthase protein-coding nan nan 1.048 0.419 0.165 0.040 0.446 0.162 0.290 0.772 0.227 1.935 0.120 0.190 0.165 0.213 0.234 0.179 0.142 0.050 0.135 0.039 0.132 0.092 0.180 0.293 0.157 0.098 0.105 0.093 0.122 0.359 0.395 0.412 0.199 0.275 0.020 0.170 0.127 0.101 0.100 1.221 0.115 0.100 0.213 0.204 4.499 3.348 1.309 0.124 0.069 0.387 0.213 0.145 0.777 0.180 0.284 0.204 0.168 0.505 0.146 0.450 0.064 0.086 0.564 1.095 1.248 0.510 0.389 0.233 0.343 0.538 0.578 nan 0.264 0.430 0.516 0.351 0.639 0.493 0.621 nan 1.147 0.332 0.410 0.143 0.128 0.283 0.451 0.946 0.731 5773 chr19 49041857 49079272 + 0 NA intron (NM_177973, intron 1 of 6) AluSq2|SINE|Alu 5135 NM_177973 6820 Hs.369331 NM_004605 ENSG00000088002 SULT2B1 ARCI14|HSST2 sulfotransferase family 2B member 1 protein-coding 0.953 0.898 1.194 0.368 0.203 0.179 0.941 0.497 1.042 1.229 1.080 0.561 0.182 0.158 0.707 0.147 0.234 0.275 1.381 0.757 0.211 0.071 0.208 0.154 0.684 0.393 0.312 0.146 0.672 0.363 0.892 nan 1.029 0.778 0.512 1.179 0.038 0.291 0.103 0.123 0.068 1.726 0.297 0.167 0.315 0.246 0.987 0.196 5.037 0.724 0.246 0.895 0.147 1.935 0.701 0.684 0.737 0.796 0.139 0.829 0.052 0.572 0.146 0.153 0.091 0.109 0.071 0.224 0.168 0.237 0.533 0.883 0.791 1.202 0.282 0.542 0.568 0.719 1.030 1.604 1.779 1.041 0.630 0.328 0.412 0.343 0.488 0.465 1.165 1.026 0.706 3813 chr14 101939775 101949377 + 0 NA Intergenic Intergenic 36163 NR_135240 100507277 Hs.123543 NR_135240 ENSG00000259082 LINC02314 - long intergenic non-protein coding RNA 2314 ncRNA 1.171 0.734 0.407 3.279 0.090 1.434 0.890 0.164 0.405 0.058 0.107 0.057 0.013 0.137 1.648 7.890 0.125 0.107 0.062 0.039 5.981 0.014 0.066 0.112 0.163 3.934 3.439 1.308 0.109 2.196 5.199 2.075 0.634 0.031 1.638 0.079 0.085 0.073 0.025 6.006 0.415 0.114 2.785 1.084 7.607 0.865 6.499 0.067 1.324 4.107 7.890 0.007 0.010 0.163 1.174 0.785 0.254 0.491 0.032 1.437 0.020 0.014 2.992 0.018 0.011 0.264 0.138 0.249 0.392 0.815 0.905 0.111 0.068 0.039 0.081 0.135 0.234 1.819 2.289 0.546 0.268 0.174 0.165 0.066 0.116 0.140 0.273 0.349 0.333 11868 chr9 139938400 139953606 + 0 NA exon (NM_001246, exon 3 of 9) exon (NM_001246, exon 3 of 9) 2500 NM_203468 954 Hs.123036 NM_001246 ENSG00000054179 ENTPD2 CD39L1|NTPDase-2 ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2 protein-coding nan 3.044 2.204 0.447 5.789 2.562 0.227 0.589 1.251 0.168 0.258 0.177 0.020 1.496 1.080 1.059 0.134 0.176 0.266 0.162 0.058 0.136 1.099 0.500 1.399 0.349 0.302 0.537 0.531 0.180 1.112 2.142 0.311 5.923 0.174 0.360 0.632 0.256 0.063 0.077 0.238 0.698 0.276 0.215 0.172 0.116 0.475 0.131 2.053 0.801 0.286 1.141 1.059 0.320 0.268 1.399 0.307 0.856 0.715 1.611 1.303 0.145 0.268 0.228 0.118 0.160 0.143 0.683 1.076 0.816 1.272 4.775 4.547 nan 0.642 0.107 0.126 0.551 0.772 3.488 4.506 1.991 1.913 0.423 0.646 1.775 1.204 0.615 1.141 1.837 0.959 996 chr1 198120333 198131617 + 0 NA promoter-TSS (NM_133494) promoter-TSS (NM_133494) -133 NM_133494 140609 Hs.24119 NM_133494 ENSG00000151414 NEK7 - NIMA related kinase 7 protein-coding 2.788 nan 2.700 6.749 1.691 0.047 1.391 1.230 2.089 1.279 2.373 3.026 0.698 0.460 1.000 1.877 2.297 0.271 1.507 0.302 1.463 1.133 1.208 0.779 1.443 1.541 1.647 1.547 1.523 0.821 1.842 2.390 2.164 4.619 1.048 4.083 0.582 2.741 0.176 0.546 1.179 1.773 1.385 0.581 1.489 0.839 2.148 1.710 2.110 1.695 1.211 1.350 1.877 1.629 1.654 1.443 0.780 1.023 0.398 1.432 1.224 1.163 0.404 1.345 1.316 0.975 0.599 1.453 2.224 5.153 7.222 3.828 3.207 2.841 1.010 5.139 5.394 2.718 nan 2.814 3.527 2.539 2.213 0.450 1.244 2.960 2.484 2.434 3.840 1.456 0.880 8632 chr4 170035362 170132867 + 0 NA intron (NM_020870, intron 2 of 11) intron (NM_020870, intron 2 of 11) 108135 NM_020870 57630 Hs.301804 NM_020870 ENSG00000154447 SH3RF1 POSH|RNF142|SH3MD2 SH3 domain containing ring finger 1 protein-coding nan nan 0.658 0.599 0.227 0.036 0.385 0.158 0.370 0.092 0.236 0.219 0.267 0.084 0.077 0.084 0.445 0.094 0.282 0.108 0.216 0.010 0.077 0.094 0.174 0.228 0.100 0.030 0.253 0.163 0.237 0.666 0.336 0.273 0.219 0.086 0.040 0.051 0.089 0.088 0.232 0.135 0.099 0.072 0.183 0.156 0.177 0.245 0.211 0.089 0.124 0.153 0.084 0.176 0.179 0.174 0.079 0.239 0.017 0.029 0.053 0.153 0.124 0.208 0.097 0.036 0.013 0.271 0.223 3.149 nan 0.211 0.246 0.166 0.073 0.292 0.286 0.404 0.546 0.429 0.447 0.335 0.182 0.244 0.357 0.113 0.159 0.399 1.064 0.441 0.377 4596 chr17 10010171 10024596 + 0 NA intron (NM_201433, intron 1 of 13) AluJb|SINE|Alu -77319 NM_201432 8522 Hs.462214 NM_003644 ENSG00000007237 GAS7 - growth arrest specific 7 protein-coding 0.885 0.899 0.774 0.066 0.042 0.059 0.360 0.057 0.120 0.066 0.049 0.049 0.035 0.058 0.079 0.031 0.083 0.036 0.022 0.010 0.011 0.046 0.058 0.249 0.182 0.010 0.028 0.044 1.363 3.794 0.314 0.176 0.020 0.100 0.020 0.043 0.141 0.237 0.056 0.103 0.037 0.043 0.031 0.166 0.040 0.110 0.288 0.020 0.016 0.674 0.079 0.045 0.047 0.058 0.595 0.131 0.060 0.261 0.049 0.443 0.418 0.608 0.259 0.020 0.014 1.398 2.583 2.221 nan 0.154 0.201 0.112 0.068 0.082 0.068 0.120 0.194 0.153 0.184 nan 0.765 0.419 0.706 0.044 0.018 0.403 0.763 0.086 0.114 1840 chr11 19989003 20065280 + 0 NA intron (NM_001111018, intron 11 of 37) intron (NM_001111018, intron 11 of 37) -16961 NM_001111019 89797 Hs.64341 NM_145117 ENSG00000166833 NAV2 HELAD1|POMFIL2|RAINB1|STEERIN2|UNC53H2 neuron navigator 2 protein-coding 0.789 nan 1.252 0.376 1.424 0.581 0.868 1.979 3.583 0.053 0.233 0.310 0.350 0.917 0.446 0.914 0.672 0.109 0.304 0.132 0.103 0.005 0.659 0.285 0.611 0.250 0.130 0.057 0.132 0.116 1.755 4.094 0.711 2.043 0.190 0.631 0.289 0.027 0.071 0.087 0.277 0.151 0.081 0.051 0.158 0.111 0.310 0.347 0.353 0.075 1.556 1.196 0.914 0.402 0.167 0.611 0.379 1.012 0.066 0.071 1.340 0.181 1.558 0.044 0.175 0.199 0.157 nan 0.828 0.408 0.869 0.970 0.955 2.635 0.667 0.329 0.343 1.314 nan 2.287 1.899 0.518 0.341 1.060 1.855 1.125 1.260 0.112 0.186 2.054 nan 3656 chr14 69004582 69079606 + 0 NA intron (NM_001321818, intron 10 of 10) MIRb|SINE|MIR 53410 NR_135816 100996664 NR_135816 LOC100996664 - uncharacterized LOC100996664 ncRNA 1.800 0.945 0.979 0.788 0.210 0.335 1.195 0.150 0.231 0.212 0.481 1.597 0.190 0.057 0.133 0.694 0.873 0.185 0.321 0.453 0.099 0.035 0.065 0.088 0.156 2.353 1.559 0.089 0.647 1.527 2.546 5.954 3.805 0.706 0.921 0.446 0.034 0.152 0.112 1.678 0.120 1.563 0.759 0.433 0.845 0.770 2.519 1.896 0.762 0.537 0.087 1.000 0.694 0.261 0.783 0.156 0.507 1.263 0.059 0.201 0.219 1.121 0.057 0.348 1.738 0.975 1.134 0.271 0.219 0.260 0.617 0.360 0.394 0.176 0.075 0.448 0.451 0.191 0.407 0.744 nan 1.224 1.019 0.214 0.279 0.127 0.147 0.416 1.129 0.744 nan 2069 chr11 70340547 70353570 + 0 NA intron (NM_012309, intron 16 of 22) intron (NM_012309, intron 16 of 22) 102446 NM_138565 2017 Hs.596164 NM_005231 ENSG00000085733 CTTN EMS1 cortactin protein-coding nan 1.053 1.635 0.068 0.027 2.764 0.229 0.369 0.894 0.037 0.059 0.042 0.030 2.770 1.707 0.075 0.024 0.098 0.087 0.053 0.602 0.322 2.932 0.071 0.056 0.041 0.047 0.008 0.092 nan 0.146 3.926 0.045 0.049 0.210 0.075 0.078 0.009 0.030 0.276 0.055 0.046 0.025 0.064 0.066 0.195 0.135 0.050 0.012 0.127 1.707 0.190 0.153 2.932 0.029 0.171 0.968 0.251 0.413 0.170 0.283 0.285 0.017 0.013 0.004 1.988 3.921 0.256 0.518 11.024 9.281 2.621 0.625 0.690 0.716 0.439 0.885 5.622 5.908 0.973 1.561 0.792 1.180 1.103 0.796 0.425 0.643 2.775 2.094 11725 chr9 114901413 114915684 + 0 NA intron (NM_001282640, intron 3 of 17) L1MB7|LINE|L1 29029 NM_022486 64420 Hs.494827 NM_022486 ENSG00000106868 SUSD1 - sushi domain containing 1 protein-coding 0.631 0.690 nan 0.116 0.211 0.043 6.711 0.168 0.369 0.053 0.507 0.200 0.013 0.069 0.044 0.133 0.146 0.247 1.583 0.915 0.040 0.010 0.044 0.110 0.147 0.668 0.260 0.051 0.800 1.288 0.315 nan 0.178 0.549 1.326 0.211 0.064 0.029 0.048 0.372 0.038 0.156 0.186 0.110 1.665 0.440 0.656 0.169 1.272 0.114 0.793 1.416 0.133 0.484 0.728 0.147 0.548 0.226 0.027 0.180 0.017 0.662 0.025 0.122 0.843 0.178 0.092 0.214 0.210 0.591 0.674 0.345 0.371 0.266 0.102 0.304 0.231 0.395 0.507 0.410 nan 0.553 0.271 0.072 0.133 0.126 0.176 0.216 0.583 nan 0.404 629 chr1 119674127 119686480 + 0 NA intron (NM_201263, intron 1 of 5) intron (NM_201263, intron 1 of 5) -2716 NR_125975 101929147 Hs.697821 NR_125974 ENSG00000231365 LOC101929147 - uncharacterized LOC101929147 ncRNA nan 2.021 2.412 1.171 2.173 1.410 0.659 1.141 1.601 0.257 0.773 0.913 0.212 0.913 1.429 1.407 0.989 0.224 0.848 0.384 0.450 0.427 0.749 0.426 1.737 0.584 0.455 0.431 1.471 0.777 0.900 1.537 0.785 4.275 0.569 0.705 0.276 1.458 0.138 0.786 1.368 1.810 0.640 0.302 0.612 0.561 1.648 0.744 0.426 0.618 0.403 0.720 1.407 0.926 1.808 1.737 0.298 0.471 0.490 1.498 1.070 0.744 0.784 1.377 0.418 0.847 0.629 1.735 2.010 2.284 3.119 3.984 nan 4.271 3.131 5.486 5.754 5.968 6.757 3.856 5.712 3.542 3.579 1.760 2.131 2.475 2.107 4.037 5.312 2.635 1.704 9024 chr5 77162408 77190957 + 0 NA Intergenic MLT1I|LTR|ERVL-MaLR -3798 NR_105012 101929154 Hs.252895 NR_105012 LOC101929154 - uncharacterized LOC101929154 ncRNA 0.969 nan 0.714 0.074 0.410 0.060 0.780 0.935 1.846 0.187 0.247 0.297 0.022 0.017 5.634 0.516 0.098 0.101 0.347 0.210 0.049 0.020 0.127 0.108 0.215 0.426 0.222 0.077 0.146 0.063 0.062 0.246 0.069 0.798 0.225 0.305 0.161 0.068 0.101 0.264 0.059 0.648 0.135 0.131 0.197 0.088 0.128 0.402 0.291 0.348 0.116 0.315 0.516 0.144 0.950 0.215 0.117 0.064 0.068 0.696 0.047 0.930 0.017 1.393 0.240 0.258 0.302 0.201 0.149 0.275 0.454 1.620 1.823 nan 0.265 0.114 0.135 0.505 nan 0.411 0.422 0.511 0.244 0.119 0.131 0.837 0.828 0.771 1.725 0.256 0.258 372 chr1 50556639 50589954 + 0 NA intron (NM_001144775, intron 1 of 6) intron (NM_001144775, intron 1 of 6) -1296 NM_001324212 1996 Hs.213050 NM_021952 ENSG00000162374 ELAVL4 HUD|PNEM ELAV like RNA binding protein 4 protein-coding 2.730 1.243 1.322 0.063 1.718 0.883 0.026 0.866 1.730 0.006 0.069 0.075 0.009 0.162 2.000 1.445 0.087 0.091 0.067 0.017 0.013 0.004 2.023 1.415 3.873 0.004 0.017 0.011 0.049 0.012 0.168 nan 0.059 4.303 0.035 0.042 0.561 0.065 0.117 0.003 2.388 0.081 0.016 0.005 0.019 0.039 0.055 0.111 0.020 0.030 0.020 0.208 1.445 0.036 0.029 3.873 0.133 0.090 0.642 0.025 0.440 0.021 0.163 0.975 0.015 0.021 0.003 0.352 0.343 0.197 0.185 6.483 6.483 3.844 1.790 0.214 0.218 2.834 3.156 2.283 3.681 6.620 7.836 0.250 0.390 2.050 2.288 2.572 nan 2.003 1.296 4525 chr16 90054259 90067899 + 0 NA intron (NR_003228, intron 10 of 12) intron (NR_003228, intron 10 of 12) 15450 NM_024043 79007 Hs.301394 NM_024043 ENSG00000003249 DBNDD1 - dysbindin domain containing 1 protein-coding nan nan nan 0.247 0.595 0.257 0.681 0.306 0.780 0.587 1.179 2.135 0.091 0.299 0.305 1.433 0.325 0.070 0.575 0.125 2.582 1.746 0.173 0.118 0.492 1.152 1.580 1.159 0.224 0.023 0.223 0.395 0.186 0.580 0.171 3.109 0.091 0.795 0.090 0.070 0.476 3.108 0.468 0.256 0.056 0.180 1.156 0.539 2.535 0.855 1.084 1.605 1.433 2.421 0.645 0.492 0.960 0.534 0.532 1.581 0.957 0.839 0.102 0.164 0.155 0.334 0.164 nan 0.756 1.593 2.506 0.716 0.691 5.578 0.780 nan 6.791 0.464 nan 0.618 1.306 nan 0.637 0.426 0.378 1.414 6.179 2.185 1.090 nan 0.765 11242 chr8 120924269 120933755 + 0 NA intron (NM_001283012, intron 1 of 6) LTR64|LTR|ERV1 43117 NM_022783 64798 Hs.112981 NM_022783 ENSG00000155792 DEPTOR DEP.6|DEPDC6 DEP domain containing MTOR interacting protein protein-coding nan nan nan 0.084 0.497 1.058 0.164 0.678 1.465 0.061 0.099 0.371 1.117 2.416 2.416 0.832 0.418 0.068 0.324 0.040 0.046 0.088 0.763 0.428 2.404 0.169 0.076 0.048 0.158 0.100 3.699 7.873 2.083 nan 0.216 0.091 0.648 0.091 0.092 0.012 0.042 0.097 0.032 0.081 0.317 0.164 0.200 0.326 0.090 0.514 0.477 0.832 2.457 0.186 2.404 0.462 0.115 0.021 0.116 1.970 0.129 0.063 2.399 0.016 0.006 0.360 0.222 0.202 0.309 1.503 1.700 5.561 2.943 nan nan 0.228 0.353 1.180 0.587 0.543 0.325 0.371 0.421 2.614 3.327 1.889 4.537 1.451 0.970 1661 chr10 115825407 115835862 + 0 NA Intergenic Intergenic 26828 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.485 nan 0.557 0.103 0.068 0.043 0.221 0.284 0.432 0.101 0.155 0.113 0.022 0.039 0.233 0.086 0.476 0.199 0.130 0.018 0.030 0.027 0.230 0.117 0.080 0.185 0.035 0.171 0.090 0.081 0.054 0.447 0.183 0.290 0.007 0.088 0.028 0.002 0.088 0.078 0.058 0.150 0.029 0.037 0.105 0.146 0.065 0.151 0.095 0.116 0.030 0.161 0.086 0.092 0.222 0.080 0.105 0.091 0.155 0.231 0.073 0.114 0.082 0.055 0.006 0.005 0.623 0.469 7.788 2.719 0.115 0.089 0.912 0.232 0.224 0.227 0.199 0.318 0.520 0.533 0.167 0.112 0.174 0.257 0.109 0.086 0.131 0.116 0.608 0.415 7357 chr22 27453050 27457973 + 0 NA intron (NM_001318329, intron 1 of 1) intron (NM_001318329, intron 1 of 1) 969 NM_001318329 284898 Hs.350813 NM_001318329 LOC284898 - uncharacterized LOC284898 protein-coding nan 0.460 0.465 0.132 0.090 0.086 0.258 0.707 0.019 0.063 0.099 0.063 0.108 0.310 0.138 0.110 0.021 0.065 0.065 0.133 0.218 0.070 0.015 0.015 0.138 0.097 nan 0.096 0.525 0.029 0.021 0.018 0.023 0.074 0.145 0.056 0.024 0.016 0.022 0.031 0.209 0.101 0.116 0.028 0.079 0.125 0.310 0.092 0.057 0.218 0.046 0.067 0.039 0.023 0.114 0.965 0.025 0.015 0.021 0.011 3.207 4.816 9.032 nan 0.288 0.244 0.317 0.146 1.818 1.926 0.446 nan 0.303 0.351 0.289 0.158 1.034 1.976 0.073 0.114 0.050 nan 0.429 0.907 3041 chr12 127335161 127355421 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 13945 NR_033970 440117 Hs.127100 NR_033970 ENSG00000249873 LINC02372 - long intergenic non-protein coding RNA 2372 ncRNA 0.714 0.680 0.577 0.046 0.084 0.030 0.050 0.063 0.193 0.005 0.109 0.095 0.015 0.065 0.039 0.272 0.047 0.112 0.043 0.019 0.021 0.109 0.160 0.065 0.054 0.029 0.015 0.064 0.005 0.084 0.084 0.060 0.254 0.007 0.069 0.010 0.037 0.146 0.009 0.016 0.061 0.018 0.004 0.011 0.030 0.085 0.079 0.042 0.049 0.022 0.023 0.272 0.032 0.007 0.065 0.018 0.012 0.028 0.024 0.055 0.016 0.020 1.317 0.011 0.009 0.003 0.345 0.190 0.124 0.226 0.268 0.370 nan 0.077 0.239 0.211 0.161 0.221 0.488 0.425 0.371 0.151 0.129 0.141 0.063 0.084 1.577 4.737 0.539 0.553 11316 chr8 134296361 134316805 + 0 NA intron (NM_001258433, intron 1 of 14) MIRb|SINE|MIR 2964 NM_001258433 10397 Hs.372914 NM_006096 ENSG00000104419 NDRG1 CAP43|CMT4D|DRG-1|DRG1|GC4|HMSNL|NDR1|NMSL|PROXY1|RIT42|RTP|TARG1|TDD5 N-myc downstream regulated 1 protein-coding nan 1.243 3.391 0.284 2.644 1.613 2.668 0.504 0.946 0.856 1.460 0.945 0.045 0.953 0.778 0.390 0.441 0.092 1.636 0.814 0.441 0.258 0.323 0.174 0.801 1.566 1.433 0.399 1.180 0.919 0.944 4.108 1.031 5.095 1.612 0.484 0.046 0.238 0.078 0.787 0.179 1.926 1.075 0.601 1.910 0.384 1.391 2.164 2.096 0.101 0.645 2.055 0.390 2.541 1.226 0.801 0.451 1.943 0.357 1.648 1.500 0.482 0.184 0.899 0.649 1.172 0.916 0.557 1.085 0.522 0.815 1.299 1.205 4.056 1.071 nan 2.640 0.367 0.734 2.052 2.071 0.859 1.138 0.474 0.812 0.534 0.374 0.784 1.874 1.005 0.777 7351 chr22 26429637 26483857 + 0 NA Intergenic (CATA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -108693 NM_001184773 23544 Hs.194766 NM_021115 ENSG00000100095 SEZ6L - seizure related 6 homolog like protein-coding nan 1.086 0.525 0.053 0.426 0.152 0.039 0.985 1.692 0.009 0.050 0.053 0.006 0.035 0.216 0.501 0.060 0.080 0.054 0.007 0.016 0.010 0.231 0.131 0.798 0.017 0.015 0.032 0.077 0.002 0.076 nan 0.121 2.483 0.024 0.057 0.173 0.030 0.066 0.009 0.142 0.075 0.019 0.010 0.010 0.024 0.060 0.087 0.030 0.037 0.010 0.041 0.501 0.044 0.024 0.798 0.027 0.049 0.244 0.039 0.069 0.021 0.104 0.062 0.010 0.013 0.007 0.292 0.242 0.087 nan 0.848 0.814 2.823 1.079 0.124 0.107 1.173 nan 0.663 1.096 0.730 0.452 0.174 0.238 0.568 0.700 0.214 nan 2.838 1.734 5137 chr18 7997610 8009957 + 0 NA intron (NM_001105244, intron 7 of 32) intron (NM_001105244, intron 7 of 32) 363249 NR_024419 100192426 Hs.666655 NR_024419 ENSG00000266149 LOC100192426 - uncharacterized LOC100192426 ncRNA 0.825 0.779 0.797 0.088 0.038 0.026 0.069 0.247 0.448 0.023 0.070 0.052 0.129 0.116 0.468 0.091 0.156 0.127 0.015 0.087 0.214 0.167 0.368 0.146 0.017 0.042 0.121 0.103 0.084 0.277 0.285 nan 0.024 0.096 0.279 0.059 0.108 0.019 0.038 0.105 0.030 0.013 0.026 0.038 0.165 0.129 0.257 0.034 0.097 0.209 0.468 0.116 0.105 0.368 0.089 0.115 0.015 0.033 0.074 0.038 0.072 0.250 0.022 0.005 0.031 0.918 1.295 0.357 0.420 0.559 0.765 nan 3.097 0.245 0.308 0.084 nan 1.008 1.007 nan 0.120 0.168 0.357 1.619 0.689 0.340 nan nan 1.048 8380 chr4 54871989 54885626 + 0 NA intron (NM_012110, intron 5 of 5) intron (NM_012110, intron 5 of 5) -25358 NR_027153 402176 Hs.452943 NM_001011538 RPL21P44 RPL21_17_477 ribosomal protein L21 pseudogene 44 pseudo nan 0.607 0.484 0.097 0.242 0.020 0.021 0.224 0.413 0.014 0.155 0.109 0.399 0.044 0.244 0.797 0.188 0.023 0.063 0.056 0.046 0.010 1.347 0.803 0.333 0.025 0.021 0.084 0.015 0.060 0.086 0.119 0.208 0.022 0.031 0.116 0.073 0.051 0.026 0.116 0.047 0.010 0.012 0.072 0.069 0.176 0.118 0.030 0.026 0.039 0.058 0.797 0.027 0.102 0.333 0.045 0.042 0.007 0.026 0.278 0.052 0.052 0.036 0.021 0.007 0.457 0.445 0.717 1.047 0.219 0.359 8.579 4.194 0.368 0.272 0.495 0.757 1.746 1.745 0.413 0.154 0.335 0.436 0.911 0.586 0.177 0.402 1.886 1.123 1160 chr1 225836901 225846573 + 0 NA promoter-TSS (NM_018212) promoter-TSS (NM_018212) -892 NM_018212 55740 Hs.497893 NM_018212 ENSG00000154380 ENAH ENA|MENA|NDPP1 ENAH, actin regulator protein-coding 6.696 nan 4.729 2.058 5.313 2.995 2.498 2.241 4.840 1.656 4.745 5.922 1.575 0.778 2.183 4.807 5.785 1.110 2.315 0.787 4.692 2.250 3.368 1.510 5.236 5.667 6.278 2.384 2.838 1.190 2.557 4.426 3.159 6.514 0.846 6.361 1.103 7.771 0.338 1.024 2.888 7.451 0.823 0.572 2.060 0.839 3.796 1.888 3.670 2.381 2.257 2.302 4.807 3.332 1.934 5.236 0.935 1.325 1.106 3.578 1.915 4.911 1.367 2.325 1.166 1.040 0.421 4.661 5.151 6.442 10.468 8.614 nan 7.007 3.859 10.887 10.855 1.772 2.457 6.036 9.276 4.510 4.995 1.961 3.610 4.531 3.652 6.719 6.260 2.381 1.244 10021 chr6 151770667 151778616 + 0 NA intron (NM_001286562, intron 1 of 3) intron (NM_001286562, intron 1 of 3) 1248 NM_001286562 79624 Hs.15929 NM_024573 ENSG00000146476 ARMT1 C6orf211 acidic residue methyltransferase 1 protein-coding nan 2.926 2.190 0.905 2.484 0.906 1.339 1.070 1.625 0.577 1.549 1.172 0.554 0.405 1.580 2.107 1.270 0.204 1.252 0.596 0.668 0.688 0.768 0.307 1.702 1.454 1.307 0.810 1.624 0.784 2.963 nan 1.621 3.655 0.534 1.103 0.308 1.777 0.166 0.669 0.686 1.093 1.538 1.031 1.648 1.821 1.471 1.205 1.328 3.608 0.691 1.206 2.107 2.173 1.226 1.702 0.723 0.835 0.379 2.394 1.471 1.151 1.022 3.530 0.967 1.130 0.849 3.069 3.198 2.827 3.703 2.825 nan 5.389 1.819 3.424 3.099 1.399 2.024 2.503 3.679 5.721 6.363 1.628 3.598 1.870 1.962 8.063 10.200 1.615 0.605 9453 chr6 15242374 15250271 + 0 NA 5' UTR (NM_004973, exon 1 of 18) 5' UTR (NM_004973, exon 1 of 18) 116 NM_004973 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 5.048 nan 4.090 2.401 4.027 1.179 1.149 1.420 2.411 1.433 2.960 2.032 1.363 0.745 4.463 3.348 1.812 0.468 3.169 0.601 1.690 2.765 1.277 0.623 5.170 1.693 1.723 0.925 1.797 0.905 3.225 3.576 3.395 2.878 1.238 1.341 0.955 2.923 0.190 1.112 2.571 4.241 2.080 1.047 0.858 0.939 4.290 1.821 2.660 3.981 1.601 2.373 3.348 4.847 2.771 5.170 1.054 2.119 1.454 4.675 1.662 1.754 2.104 2.644 1.966 0.992 0.988 2.200 4.052 10.610 10.197 5.449 4.439 4.338 1.493 5.918 5.479 2.817 3.606 3.704 5.126 8.520 11.446 2.014 4.739 3.752 3.158 3.632 6.076 1.566 0.947 869 chr1 170553448 170565291 + 0 NA Intergenic Intergenic -57619 NR_125958 101928650 Hs.676662 NR_125958 LOC101928650 - uncharacterized LOC101928650 ncRNA nan nan nan 0.049 0.111 0.033 0.071 0.081 0.213 0.008 0.092 0.126 0.021 0.008 0.334 0.386 6.761 0.186 0.099 0.032 0.063 3.419 0.132 0.223 0.121 0.047 0.018 0.025 0.040 0.009 0.089 0.127 0.155 0.353 0.088 0.109 0.016 0.073 0.104 0.007 0.062 0.010 0.083 0.049 0.227 0.076 0.055 0.026 0.051 0.386 0.066 0.039 0.121 0.031 0.210 0.041 0.539 0.503 0.040 0.109 0.178 0.007 0.019 0.013 0.370 0.271 0.575 1.074 nan 0.689 0.146 0.101 0.082 0.059 8.792 10.353 0.327 0.320 0.846 0.830 0.324 0.517 0.127 0.173 0.397 nan 0.339 0.506 5513 chr19 6048034 6076000 + 0 NA intron (NM_000635, intron 1 of 17) AluJb|SINE|Alu 48647 NM_000635 5990 Hs.465709 NM_000635 ENSG00000087903 RFX2 - regulatory factor X2 protein-coding 2.252 2.283 0.897 0.113 1.571 0.515 0.851 1.802 3.387 0.106 0.493 2.186 0.020 0.761 0.551 1.038 0.453 0.104 0.212 0.108 0.061 0.030 1.629 0.801 3.885 0.732 0.428 0.121 0.362 0.140 0.245 1.325 0.245 3.995 0.376 0.166 0.224 0.058 0.079 0.085 0.023 0.144 0.084 0.060 0.210 0.451 0.250 0.167 0.576 0.081 0.882 0.107 1.038 1.278 0.204 3.885 0.048 0.615 0.446 0.242 1.437 0.733 0.014 0.088 0.280 0.350 0.224 0.262 0.185 0.256 0.609 2.451 3.045 1.042 1.562 0.231 0.267 2.036 2.960 3.043 nan 1.062 0.757 0.123 0.212 1.685 0.997 0.190 0.207 3.667 2.277 5886 chr2 8815496 8834221 + 0 NA TTS (NM_002166) TTS (NM_002166) 2745 NM_002166 3398 Hs.180919 NM_002166 ENSG00000115738 ID2 GIG8|ID2A|ID2H|bHLHb26 inhibitor of DNA binding 2 protein-coding 2.517 1.848 2.855 3.398 5.861 4.369 0.952 2.594 4.950 0.377 1.480 0.699 2.469 1.820 6.655 3.914 2.345 0.122 0.751 0.375 2.760 1.836 3.456 1.570 8.722 0.622 0.660 1.642 1.016 0.681 0.578 2.188 0.624 16.146 0.320 3.578 0.595 6.108 0.167 1.677 4.049 1.309 0.486 0.350 0.514 0.817 0.119 0.346 5.347 2.495 4.804 2.732 3.914 1.162 1.232 8.722 1.866 3.120 1.935 3.948 3.334 0.747 2.733 0.509 0.581 2.682 2.404 3.193 3.195 9.680 12.404 10.667 9.349 7.578 3.521 5.678 5.292 3.568 4.269 4.669 5.515 3.247 3.858 2.505 5.213 2.379 2.356 2.438 2.553 2.671 1.476 5035 chr17 76303694 76342565 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 33031 NM_003955 9021 Hs.527973 NM_003955 ENSG00000184557 SOCS3 ATOD4|CIS3|Cish3|SOCS-3|SSI-3|SSI3 suppressor of cytokine signaling 3 protein-coding 1.512 1.511 0.920 2.904 0.258 0.102 4.767 0.388 0.807 0.195 2.668 1.725 0.052 0.088 0.295 1.293 0.570 0.223 2.937 1.989 0.585 0.178 0.283 0.182 0.348 1.960 1.868 0.406 2.759 2.707 1.429 4.357 0.703 0.818 1.691 6.451 0.071 0.418 0.121 2.082 0.171 2.290 0.715 0.379 3.716 0.778 1.411 3.194 4.045 1.640 0.539 2.890 1.293 3.117 1.368 0.348 1.123 0.564 0.141 1.518 0.818 0.896 0.051 0.126 3.008 0.664 0.398 1.009 1.240 0.336 0.674 0.673 0.761 1.746 0.506 0.820 0.837 nan 0.712 1.051 1.699 0.970 0.625 0.399 0.424 0.437 0.620 0.452 0.941 nan 0.615 4114 chr15 85561834 85595793 + 0 NA intron (NM_173454, intron 1 of 20) intron (NM_173454, intron 1 of 20) 53608 NM_173454 5151 Hs.9333 NM_002605 ENSG00000073417 PDE8A HsT19550 phosphodiesterase 8A protein-coding 0.835 nan 1.132 0.212 0.102 0.033 0.727 0.161 0.294 0.068 0.544 0.581 0.155 0.796 0.081 0.125 0.298 0.122 0.477 0.179 4.009 0.070 0.128 0.140 0.106 0.453 0.242 0.478 0.287 0.454 2.865 5.905 1.178 0.335 0.491 0.679 0.036 0.113 0.091 0.464 0.045 0.231 0.109 0.081 0.319 0.210 0.427 0.389 2.066 0.188 1.044 1.939 0.125 0.412 0.419 0.106 1.035 0.392 0.048 0.351 0.200 0.250 0.087 0.171 0.941 0.027 0.030 0.369 0.327 0.270 0.512 0.240 0.319 0.504 0.173 0.169 0.147 0.419 0.646 0.516 0.489 0.701 0.378 0.198 0.319 0.113 0.305 0.769 2.648 0.418 0.335 5134 chr18 7899622 7906377 + 0 NA intron (NM_001105244, intron 3 of 32) intron (NM_001105244, intron 3 of 32) 335685 NM_001105244 5797 Hs.49774 NM_002845 ENSG00000173482 PTPRM PTPRL1|R-PTP-MU|RPTPM|RPTPU|hR-PTPu protein tyrosine phosphatase, receptor type M protein-coding 0.764 0.746 0.804 0.032 0.077 0.033 0.137 0.118 0.194 0.097 0.068 0.097 0.019 0.118 0.040 0.096 0.076 0.047 0.205 0.139 0.197 0.020 0.095 0.087 0.101 0.183 0.053 0.054 0.080 0.172 0.055 0.195 0.128 nan 0.109 5.543 0.041 0.064 0.086 0.122 0.048 0.177 0.027 0.012 0.016 0.045 0.292 0.251 3.061 0.042 3.873 3.258 0.096 0.021 0.027 0.101 1.271 0.860 0.057 0.060 0.030 0.070 0.029 0.128 0.034 0.437 0.283 0.234 0.319 0.394 0.552 nan 0.349 0.277 0.247 0.135 nan 0.592 0.403 nan 0.124 0.103 0.164 0.159 0.230 0.227 nan nan 0.749 8986 chr5 71159847 71189040 + 0 NA Intergenic L1MA5A|LINE|L1 159453 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 1.100 nan 1.394 0.143 0.096 0.136 0.417 0.510 1.253 0.052 0.109 0.114 0.034 0.052 0.762 0.406 0.223 0.121 0.171 0.110 0.066 0.005 0.101 0.115 0.082 0.458 0.152 0.061 0.121 0.210 0.179 0.648 0.106 0.796 0.160 0.096 1.005 0.067 0.121 0.044 0.094 0.069 0.064 0.048 0.128 0.074 0.152 0.079 0.363 0.076 0.360 0.414 0.406 0.132 0.423 0.082 0.105 0.213 0.129 0.068 0.133 0.133 0.170 1.538 0.031 0.036 0.017 0.191 0.188 0.229 0.268 0.275 0.334 nan 0.745 0.127 0.136 0.591 nan 0.570 0.579 1.109 0.732 0.114 0.250 3.698 4.439 0.818 2.662 0.902 0.560 4888 chr17 57574936 57593615 + 0 NA intron (NR_110813, intron 1 of 2) MIR|SINE|MIR 19943 NR_110813 101927728 Hs.569720 NR_110813 ENSG00000265313 LINC01476 - long intergenic non-protein coding RNA 1476 ncRNA 1.404 1.451 1.422 0.104 0.268 0.060 0.267 0.318 0.499 0.154 0.403 0.109 0.334 0.033 0.216 0.849 0.221 0.129 0.238 0.132 0.176 0.045 0.330 0.283 0.161 0.526 0.240 0.144 0.248 0.215 0.275 1.169 0.654 0.755 0.094 0.118 0.917 0.110 0.102 0.278 0.370 0.108 0.045 0.040 0.169 0.286 0.185 0.237 0.202 0.842 0.280 0.167 0.849 0.521 0.070 0.161 0.073 0.084 0.482 0.132 0.071 0.338 0.121 1.473 0.044 0.028 0.016 0.614 0.602 0.280 0.521 0.477 0.547 0.978 0.292 nan 0.488 1.557 2.331 nan nan 1.952 1.126 0.277 0.405 2.743 2.569 2.408 5.639 0.748 0.598 1697 chr10 125256168 125286880 + 0 NA Intergenic Intergenic -154347 NM_153442 2849 Hs.12751 NM_153442 ENSG00000154478 GPR26 - G protein-coupled receptor 26 protein-coding nan 0.451 0.813 0.043 0.074 0.031 0.073 0.347 0.644 0.015 0.055 0.063 0.002 0.029 0.101 0.209 0.091 0.042 0.014 0.006 0.037 0.036 0.046 0.067 0.176 0.029 0.016 0.021 0.066 0.003 0.069 0.068 0.048 0.508 0.024 0.046 0.025 0.069 0.008 0.102 0.091 0.030 0.013 0.004 0.037 0.037 0.055 0.085 0.018 0.016 0.043 0.209 0.026 0.030 0.176 0.040 0.040 0.041 0.045 0.017 0.033 2.635 0.040 0.012 0.624 0.437 2.313 2.076 4.046 3.622 0.158 0.191 1.070 0.453 0.204 0.223 0.076 0.183 0.269 0.413 0.151 0.093 2.251 3.187 0.049 0.059 0.109 0.175 0.454 0.375 3828 chr14 104022713 104037006 + 0 NA promoter-TSS (NM_001015048) promoter-TSS (NM_001015048) 565 NM_001302653 84334 Hs.598441 NM_032374 ENSG00000256053 APOPT1 APOP|APOP1|C14orf153 apoptogenic 1, mitochondrial protein-coding 3.198 1.729 2.131 1.441 2.338 1.539 0.831 0.906 1.808 0.548 1.074 0.479 1.071 0.611 1.609 2.951 1.340 0.274 0.865 0.239 1.755 0.785 1.430 0.950 1.955 1.373 1.480 0.491 1.375 0.506 2.101 2.699 2.476 3.639 0.738 1.055 0.768 1.233 0.140 0.521 1.206 1.587 1.494 0.776 0.748 0.983 2.979 1.036 1.304 2.911 0.535 1.879 2.951 1.029 1.222 1.955 0.754 1.163 0.332 1.338 0.582 1.082 0.444 0.303 1.408 1.265 0.940 1.596 1.705 1.909 3.104 3.037 3.401 5.651 2.378 2.163 1.921 1.521 2.221 2.605 3.762 2.758 2.495 1.372 2.066 3.313 3.730 1.036 1.543 3.232 1.642 7542 chr3 21516959 21526769 + 0 NA intron (NM_024697, intron 4 of 7) AluSx1|SINE|Alu -62417 NR_046731 100874216 Hs.661720 NR_046731 ENSG00000225542 ZNF385D-AS1 - ZNF385D antisense RNA 1 ncRNA 0.524 0.715 0.573 0.260 0.027 0.006 0.022 0.033 0.113 0.030 0.039 0.104 0.010 0.045 0.025 0.361 0.066 0.065 0.019 0.048 0.065 0.011 0.015 0.056 0.008 0.015 0.040 0.161 0.030 0.042 0.020 0.074 0.047 0.032 0.028 0.018 0.024 0.022 0.082 0.033 0.087 0.024 0.033 0.025 0.043 0.019 0.019 0.047 0.031 0.080 0.010 0.051 0.046 0.006 0.005 0.227 0.119 5.612 4.950 0.144 0.111 0.101 0.049 0.184 0.176 0.640 0.805 0.254 0.171 nan 0.172 0.121 0.244 0.035 0.062 0.201 0.256 0.230 0.195 6159 chr2 64429045 64443158 + 0 NA Intergenic Intergenic -3482 NR_033837 150992 Hs.272318 NR_033837 ENSG00000230923 LINC00309 NCRNA00309 long intergenic non-protein coding RNA 309 ncRNA 1.525 0.801 nan 1.557 0.298 0.146 0.704 0.393 0.542 0.338 0.144 2.702 1.423 0.064 0.164 0.172 0.670 0.125 2.776 1.035 0.075 0.008 0.354 0.206 0.356 1.221 0.655 0.042 1.499 0.732 2.630 4.106 3.451 1.130 0.880 0.081 0.074 0.123 0.104 0.242 0.128 0.287 0.125 0.089 1.107 1.488 1.864 0.191 0.230 0.076 0.050 0.468 0.172 3.689 0.485 0.356 0.666 0.592 0.068 0.116 0.146 0.297 0.190 0.155 0.159 0.008 0.017 0.449 0.472 2.120 4.742 0.516 0.661 nan 1.083 0.525 0.524 0.395 0.565 1.474 2.713 0.273 0.201 0.417 0.880 0.403 0.531 0.377 0.875 1.620 1.417 7390 chr22 33955403 33974150 + 0 NA intron (NM_133642, intron 5 of 14) intron (NM_133642, intron 5 of 14) -132121 NR_039921 100616295 NR_039921 ENSG00000266012 MIR4764 - microRNA 4764 ncRNA nan 0.529 0.722 0.038 0.225 0.032 0.032 0.205 0.356 0.005 0.066 0.054 0.007 0.545 1.924 3.180 0.080 0.052 0.056 0.010 0.010 0.008 0.083 0.062 0.239 0.004 0.011 0.004 0.068 0.094 nan 0.041 4.231 0.024 0.041 0.021 0.023 0.071 0.019 0.119 0.084 0.019 0.021 0.020 0.096 0.059 0.702 0.023 0.122 0.384 3.180 0.027 0.025 0.239 0.007 0.057 0.010 0.029 0.054 0.038 0.068 0.379 0.008 0.009 0.011 0.304 0.306 0.179 nan 0.292 0.336 2.340 1.100 0.088 0.109 0.139 nan 2.390 4.104 0.331 0.256 0.185 0.176 0.047 0.081 0.413 nan 0.558 0.494 9301 chr5 158632309 158640588 + 0 NA 5' UTR (NM_001199383, exon 1 of 11) 5' UTR (NM_001199383, exon 1 of 11) 115 NM_001199383 153830 Hs.349306 NM_144726 ENSG00000145860 RNF145 - ring finger protein 145 protein-coding 4.023 nan 2.099 2.420 2.081 1.008 2.320 1.782 3.546 2.706 3.102 2.371 1.417 0.254 3.089 1.356 2.206 0.183 3.218 0.871 1.759 1.321 1.815 0.889 1.896 3.318 3.739 1.892 2.673 1.912 7.054 9.193 5.083 4.103 1.531 4.880 1.545 2.229 0.121 2.507 2.054 4.814 3.285 1.612 4.161 1.717 2.443 5.129 5.612 3.983 3.404 4.971 1.356 3.066 3.524 1.896 3.050 2.376 0.952 4.429 1.534 3.058 1.496 3.517 2.988 2.323 1.019 2.543 2.885 7.305 10.739 3.262 2.770 2.560 0.834 2.093 2.255 3.158 3.997 1.934 2.634 7.651 8.731 1.730 3.263 5.663 5.739 4.645 8.132 1.754 1.119 991 chr1 196567661 196579826 + 0 NA intron (NR_146057, intron 1 of 26) intron (NR_146057, intron 1 of 26) 3963 NM_001287819 343450 Hs.657046 NM_198503 ENSG00000162687 KCNT2 EIEE57|KCa4.2|SLICK|SLO2.1 potassium sodium-activated channel subfamily T member 2 protein-coding 1.497 nan 1.206 0.333 0.712 0.009 0.134 1.358 2.362 0.016 0.406 0.377 0.025 0.163 0.865 0.862 0.134 0.448 0.171 0.020 0.160 0.102 0.138 0.955 0.142 0.048 0.311 0.038 0.112 0.305 0.122 1.476 0.266 0.484 0.372 0.134 0.019 0.026 0.099 0.044 0.032 0.135 0.006 0.083 0.140 0.549 0.457 0.084 0.032 0.865 0.137 0.007 0.955 0.070 0.082 0.096 0.341 1.073 0.020 0.008 1.995 0.037 0.024 0.006 0.526 0.388 0.287 0.372 4.424 3.775 2.069 1.317 0.815 0.944 0.634 nan 2.278 2.781 1.658 1.768 0.098 0.141 3.003 2.539 4.190 7.261 1.420 0.836 9107 chr5 106752358 106769469 + 0 NA intron (NM_001962, intron 2 of 4) intron (NM_001962, intron 2 of 4) 245683 NM_001962 1946 Hs.288741 NM_001962 ENSG00000184349 EFNA5 AF1|EFL5|EPLG7|GLC1M|LERK7|RAGS ephrin A5 protein-coding 0.855 1.164 0.695 1.345 0.082 0.033 1.038 0.268 0.534 0.508 1.589 3.689 0.040 0.035 0.115 0.155 0.169 0.141 0.416 0.187 3.452 0.024 0.055 0.106 0.021 1.537 0.628 0.427 0.410 0.649 0.188 0.649 0.219 0.294 0.411 5.174 0.116 0.139 0.132 0.261 0.153 0.830 0.394 0.292 0.691 0.161 0.868 0.532 0.801 0.212 0.251 0.619 0.155 0.205 0.081 0.021 0.307 0.536 0.040 0.742 0.091 0.920 0.104 0.072 1.074 0.242 0.206 0.202 0.157 0.686 1.236 0.397 0.393 0.353 0.144 0.142 0.121 1.619 2.072 0.259 0.308 0.371 0.186 0.148 0.163 0.864 1.200 0.277 0.373 0.337 0.381 9446 chr6 13709285 13713619 + 0 NA exon (NM_005493, exon 1 of 14) exon (NM_005493, exon 1 of 14) 344 NM_005493 10048 Hs.708182 NM_005493 ENSG00000010017 RANBP9 BPM-L|BPM90|RANBPM|RanBP7 RAN binding protein 9 protein-coding 8.447 nan 6.735 2.563 6.406 2.477 3.047 3.103 5.742 1.232 4.550 2.169 2.428 1.781 5.505 6.027 4.847 0.311 5.563 1.128 3.352 2.842 2.458 1.278 8.787 3.105 3.342 1.469 3.763 1.844 6.158 6.671 8.381 3.255 1.101 2.107 1.235 3.077 0.105 0.710 4.434 4.506 4.074 2.166 1.977 1.414 6.103 2.019 2.803 6.246 1.761 4.042 6.027 10.150 3.575 8.787 1.895 4.682 1.058 5.369 3.377 2.500 3.204 2.279 2.319 1.191 0.796 7.258 10.468 6.908 8.378 11.044 9.672 8.794 3.226 13.874 13.904 4.438 5.379 8.489 11.880 6.850 8.256 4.012 9.939 5.420 4.682 7.965 7.163 3.192 1.819 4773 chr17 39966485 39970775 + 0 NA promoter-TSS (NM_021939) promoter-TSS (NM_021939) -179 NM_006455 10609 Hs.446459 NM_006455 ENSG00000141696 P3H4 LEPREL4|NO55|NOL55|SC65 prolyl 3-hydroxylase family member 4 (non-enzymatic) protein-coding nan 2.686 2.653 2.243 1.230 2.521 4.095 0.971 1.525 1.136 7.385 3.205 0.331 2.131 2.219 3.385 2.408 0.412 1.940 0.616 11.144 5.492 1.892 1.273 3.037 0.671 0.520 4.704 4.848 2.049 2.560 3.400 2.065 3.227 2.335 7.905 0.598 4.479 0.148 1.840 2.904 1.223 0.544 0.544 3.774 1.935 4.230 1.001 8.373 5.503 5.595 4.851 3.385 1.551 5.169 3.037 0.913 1.337 0.619 11.435 3.819 2.774 1.704 2.336 1.175 3.221 1.540 3.832 4.214 2.550 3.888 nan 3.071 6.542 1.972 1.909 1.822 0.828 1.534 8.836 10.140 5.917 6.471 2.184 3.954 3.129 1.663 3.319 5.592 2.225 1.382 8507 chr4 112909577 112928740 + 0 NA Intergenic Intergenic -147395 NM_152400 132720 Hs.23439 NM_152400 ENSG00000174749 FAM241A C4orf32 family with sequence similarity 241 member A protein-coding 0.817 0.771 0.974 0.064 0.100 0.015 0.281 0.109 0.179 0.125 0.069 0.212 0.243 0.021 0.067 0.277 0.085 0.034 0.110 0.030 0.056 0.022 0.098 0.080 0.081 0.204 0.083 0.011 0.160 0.077 0.072 0.165 0.096 0.310 0.122 0.252 0.109 0.017 0.088 0.140 0.045 0.077 0.032 0.016 0.177 0.040 0.126 0.146 0.127 0.059 0.066 0.103 0.277 0.048 0.015 0.081 0.167 0.030 0.030 0.018 0.021 0.041 0.062 1.648 0.028 0.009 0.011 0.187 0.129 0.249 0.286 0.125 0.202 0.103 0.088 0.125 0.112 0.334 0.497 0.216 0.190 1.034 0.950 0.166 0.262 0.482 0.360 1.320 5.512 0.146 0.256 3535 chr14 50372436 50382908 + 0 NA Intergenic L1PA17|LINE|L1 17936 NM_001663 382 Hs.525330 NM_001663 ENSG00000165527 ARF6 - ADP ribosylation factor 6 protein-coding nan nan 0.748 1.088 0.205 0.204 4.393 0.156 0.389 0.817 0.819 2.448 1.078 0.057 0.162 1.206 0.667 0.338 3.142 1.286 0.623 0.090 0.089 0.127 6.290 5.779 0.126 1.605 1.611 1.571 4.053 2.676 1.119 3.257 0.926 0.045 0.034 0.139 2.235 0.126 1.031 1.515 0.833 2.487 1.963 0.938 2.850 1.192 1.197 0.219 2.218 1.206 3.716 4.615 0.127 0.925 0.700 0.047 0.472 0.077 2.256 0.096 0.120 2.865 0.467 0.466 0.328 0.179 0.298 0.688 0.390 0.358 0.335 0.184 0.292 0.358 0.296 0.501 0.980 0.844 0.624 0.243 0.191 0.220 0.343 0.469 0.255 0.601 nan 0.688 2348 chr11 126666607 126702110 + 0 NA intron (NM_032531, intron 1 of 16) L1PA11|LINE|L1 -126284 NR_046986 100874251 Hs.319053 NR_046986 ENSG00000254960 KIRREL3-AS2 - KIRREL3 antisense RNA 2 ncRNA 0.644 1.226 0.740 0.043 1.433 0.781 0.036 0.253 0.679 0.011 0.033 0.044 0.023 0.022 0.685 0.617 0.040 0.058 0.053 0.037 0.008 0.548 0.281 1.652 0.010 0.031 0.068 0.083 0.015 0.055 0.064 0.044 2.081 0.021 0.047 0.051 0.051 0.092 0.377 0.152 0.173 0.032 0.018 0.025 0.050 0.052 0.160 0.062 0.040 1.378 0.039 0.617 0.024 0.023 1.652 0.017 0.063 0.136 0.017 0.042 0.016 0.466 0.195 0.256 0.010 0.010 0.635 0.595 0.181 0.273 1.938 2.368 2.036 0.524 0.126 0.128 0.195 0.372 2.209 2.083 0.458 0.283 0.645 1.024 0.319 0.388 0.351 nan 2.463 1.416 615 chr1 116913912 116962366 + 0 NA intron (NM_000701, intron 13 of 22) intron (NM_000701, intron 13 of 22) 12147 NM_001160234 476 Hs.371889 NM_000701 ENSG00000163399 ATP1A1 - ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 1 protein-coding nan 1.372 1.349 0.923 0.788 1.362 0.456 0.430 0.756 0.416 0.494 0.521 0.215 0.714 1.117 0.759 0.861 0.146 0.610 0.152 0.374 0.298 0.245 0.169 0.745 0.463 0.362 0.312 0.523 0.185 0.628 1.146 0.781 1.982 0.291 0.515 0.103 0.491 0.111 0.680 0.723 0.685 0.349 0.203 0.417 0.271 1.712 0.557 0.558 0.503 0.411 1.001 0.759 0.952 0.959 0.745 0.243 0.193 0.345 1.255 0.371 0.434 0.868 0.394 0.376 0.214 0.114 0.984 1.215 3.381 5.722 1.559 nan 1.242 0.544 0.983 0.950 1.298 1.769 1.356 1.794 1.500 1.582 1.450 2.830 0.369 0.315 0.940 1.762 1.022 0.640 2246 chr11 111423535 111436162 + 0 NA intron (NM_178834, intron 6 of 6) Charlie4a|DNA|hAT-Charlie 18615 NM_178834 143903 Hs.503831 NM_178834 ENSG00000204381 LAYN - layilin protein-coding 0.738 0.705 0.569 2.646 0.139 0.082 4.558 0.102 0.313 0.221 0.536 0.590 0.182 0.008 0.128 0.224 0.446 0.127 1.992 1.283 0.447 0.108 0.136 0.150 0.223 0.415 0.160 0.105 3.588 3.103 0.085 0.441 0.311 0.408 2.353 0.564 0.037 0.351 0.147 1.267 0.118 0.307 0.870 0.389 2.547 1.262 0.795 4.243 0.084 0.152 0.050 0.094 0.224 1.541 0.924 0.223 0.273 0.090 0.084 0.193 0.113 0.463 0.408 0.107 0.992 5.277 4.877 4.117 nan 0.598 1.196 0.498 0.632 0.388 0.186 0.529 0.483 0.549 nan 0.469 0.472 0.330 0.216 0.855 1.206 0.116 0.193 0.288 0.735 0.471 0.535 476 chr1 79295168 79307679 + 0 NA Intergenic Intergenic 171072 NM_022159 64123 Hs.132314 NM_022159 ENSG00000162618 ADGRL4 ELTD1|ETL|KPG_003 adhesion G protein-coupled receptor L4 protein-coding nan 0.829 0.902 1.050 0.182 0.009 2.607 0.154 0.161 0.091 1.069 1.914 0.036 0.104 0.007 1.018 4.877 0.308 2.786 2.118 0.993 0.022 0.050 0.065 0.048 1.847 1.601 0.076 2.308 1.994 2.653 4.415 1.323 0.913 2.476 0.314 0.008 0.966 0.122 2.256 0.142 0.828 1.037 0.541 2.872 1.885 0.118 6.387 0.052 0.455 1.391 0.495 1.018 0.576 1.094 0.048 0.293 0.043 0.308 0.033 0.714 0.032 0.119 0.947 0.404 0.363 0.321 0.253 0.286 0.494 0.450 nan 0.210 0.122 0.232 0.241 1.184 nan 0.775 0.823 0.549 0.242 0.097 0.197 0.037 0.052 0.350 0.682 0.308 0.409 1198 chr1 232453808 232472678 + 0 NA Intergenic Intergenic 188111 NM_020808 57568 Hs.745009 NM_020808 ENSG00000116991 SIPA1L2 SPAL2 signal induced proliferation associated 1 like 2 protein-coding 1.133 2.675 1.210 0.054 1.219 4.395 0.124 0.331 0.548 0.010 0.150 0.089 0.026 0.037 0.312 0.430 0.132 0.122 0.095 0.030 0.024 0.022 0.199 0.188 0.368 0.088 0.042 0.031 0.116 0.162 1.098 0.264 2.375 0.054 0.103 0.080 0.046 0.077 0.013 0.257 0.127 0.035 0.028 0.017 0.082 0.026 0.149 0.082 0.041 0.075 0.175 0.430 0.424 0.035 0.368 0.084 0.118 0.379 0.047 0.403 0.189 0.162 0.248 0.024 0.031 0.008 0.391 0.262 0.918 3.539 0.980 0.853 nan 0.432 0.140 0.148 1.034 1.393 nan 1.118 0.552 0.350 0.172 0.291 0.274 0.204 0.397 0.907 nan 0.681 1626 chr10 104152424 104183017 + 0 NA intron (NM_001270966, intron 11 of 17) intron (NM_001270966, intron 11 of 17) 1321 NR_073110 5662 Hs.154658 NM_002779 ENSG00000059915 PSD EFA6|EFA6A|PSD1|TYL pleckstrin and Sec7 domain containing protein-coding nan nan 1.289 0.596 1.221 0.983 0.680 1.052 2.106 0.492 1.825 0.640 0.476 1.162 1.450 0.923 0.775 0.111 0.867 0.304 1.912 0.471 0.774 0.395 2.103 0.446 0.468 0.783 0.968 0.389 1.138 1.257 0.654 2.874 0.166 0.838 0.346 0.927 0.077 0.313 0.726 2.332 1.412 0.697 0.946 0.319 0.531 0.344 1.352 1.522 0.547 0.856 0.923 1.329 1.168 2.103 0.649 0.668 0.505 3.770 1.257 0.458 0.564 1.016 0.433 0.472 0.233 1.829 2.441 1.377 2.242 4.096 3.305 3.435 1.478 0.837 0.747 0.971 nan 3.606 5.099 1.113 1.251 0.691 1.071 1.243 1.059 1.652 nan 1.134 0.658 9336 chr5 171967972 171998766 + 0 NA TTS (NR_146726) TTS (NR_146726) 2648 NR_146726 105377728 Hs.131465 NR_146726 LINC01944 CTB-54I1.1 long intergenic non-protein coding RNA 1944 ncRNA 0.662 0.733 1.034 0.047 0.514 1.885 0.071 0.720 1.527 0.019 0.086 0.080 0.020 0.118 1.419 0.225 0.206 0.127 0.069 0.035 0.009 0.270 0.229 3.674 0.076 0.054 0.041 0.117 0.017 0.107 0.480 0.089 1.793 0.009 0.067 0.057 0.080 0.100 0.008 0.553 0.072 0.047 0.025 0.032 0.054 0.078 0.221 0.130 0.067 0.067 0.075 0.225 0.088 0.027 3.674 0.028 0.038 0.307 0.076 1.258 0.056 0.048 0.064 0.030 0.052 0.036 0.431 0.801 0.479 nan 3.435 3.422 1.776 0.605 0.317 0.328 0.332 nan 3.363 2.533 3.961 3.688 0.329 0.357 0.352 0.226 0.213 0.306 1.410 0.749 11349 chr8 142135472 142149027 + 0 NA intron (NM_014957, intron 1 of 22) intron (NM_014957, intron 1 of 22) 3538 NR_148197 22898 Hs.18166 NM_014957 ENSG00000105339 DENND3 - DENN domain containing 3 protein-coding 3.131 1.202 nan 4.159 0.975 0.884 3.875 0.639 1.641 1.105 2.598 1.295 0.649 0.210 0.734 0.990 1.395 0.439 2.739 1.230 1.780 0.663 0.334 0.123 1.942 2.393 2.631 0.555 3.538 2.983 0.989 2.199 1.001 2.695 1.463 1.834 0.181 0.488 0.062 1.846 0.421 4.037 3.188 1.340 3.233 1.518 1.702 2.914 3.509 3.040 2.125 1.656 0.990 6.033 2.526 1.942 0.799 2.006 0.437 1.012 0.738 0.641 0.758 0.233 0.628 1.602 1.068 1.206 1.681 0.879 1.691 nan 2.269 nan 0.843 2.401 2.519 0.747 1.011 1.819 2.796 1.026 0.837 1.690 2.200 0.949 1.226 0.901 1.073 1.138 0.689 8648 chr4 182280082 182320188 + 0 NA Intergenic Intergenic -113953 NR_149139 101928679 Hs.149643 NR_149139 LINC02500 - long intergenic non-protein coding RNA 2500 ncRNA nan 0.767 nan 0.043 0.033 0.074 0.051 1.104 2.052 0.076 0.023 0.003 0.013 0.674 0.109 0.084 0.080 0.045 0.014 0.013 0.083 1.408 0.704 0.101 0.009 0.018 0.004 0.056 0.013 0.034 0.023 0.054 0.136 0.033 0.034 1.048 0.074 0.093 0.009 0.172 0.007 0.020 0.014 0.024 0.010 0.036 0.108 0.026 0.016 0.016 0.020 0.109 0.034 0.002 0.101 0.003 0.023 0.005 0.015 0.013 0.012 0.034 0.025 0.010 0.013 0.002 0.187 0.155 0.234 0.265 0.246 0.323 8.985 4.973 0.161 0.139 0.087 0.154 0.275 0.257 0.271 0.152 0.129 0.207 3.905 4.586 0.074 0.134 0.367 0.336 7566 chr3 35710312 35725453 + 0 NA intron (NM_016300, intron 1 of 19) intron (NM_016300, intron 1 of 19) -3231 NM_001267618 10777 Hs.475902 NM_016300 ENSG00000172995 ARPP21 ARPP-21|R3HDM3|RCS|TARPP cAMP regulated phosphoprotein 21 protein-coding 0.894 0.931 0.627 0.068 0.087 0.048 0.024 0.053 0.073 0.112 0.121 0.012 0.013 0.076 0.110 0.128 0.106 0.062 0.021 0.009 0.063 0.125 0.016 0.005 0.074 0.007 0.075 0.023 0.046 0.253 0.019 0.064 0.012 0.036 0.110 0.047 0.084 0.055 0.024 0.005 0.007 0.020 0.070 0.078 0.055 0.019 0.036 0.036 0.110 0.056 0.006 0.016 0.008 0.017 0.096 0.011 0.174 0.011 0.045 0.171 0.020 0.004 0.010 0.441 0.351 0.342 0.181 0.284 0.362 0.059 0.071 0.158 0.127 2.701 nan 0.241 0.236 2.977 2.109 0.178 0.214 0.025 0.040 0.315 0.886 0.347 0.304 2141 chr11 82753018 82785178 + 0 NA intron (NM_014488, intron 1 of 5) intron (NM_014488, intron 1 of 5) 13406 NM_001286061 27314 Hs.40758 NM_014488 ENSG00000137502 RAB30 - RAB30, member RAS oncogene family protein-coding 1.238 1.486 1.144 0.552 1.788 0.721 1.284 0.482 0.773 0.199 0.777 1.146 0.338 1.593 0.659 0.542 1.226 0.155 0.528 0.259 0.638 0.125 2.043 0.852 0.756 1.049 0.751 0.251 0.484 0.412 1.338 3.022 0.471 2.171 0.734 0.498 1.224 0.539 0.139 0.400 0.244 0.809 0.560 0.350 0.990 0.542 0.690 0.705 0.680 0.349 1.276 0.861 0.542 0.520 0.666 0.756 0.266 0.468 0.115 0.336 1.255 0.992 0.173 0.449 0.523 0.172 0.107 1.232 1.014 1.106 1.638 1.419 1.139 5.990 2.580 2.976 3.221 1.458 1.944 4.103 4.573 1.471 1.287 0.775 1.001 3.837 5.791 1.057 1.811 2.352 1.222 6146 chr2 60075533 60080515 + 0 NA Intergenic LTR13|LTR|ERVK 532147 NR_132991 106660609 Hs.565545 NR_132991 ENSG00000223929 MIR4432HG - MIR4432 host gene ncRNA 0.559 0.469 nan 0.043 0.162 0.043 0.014 0.155 0.227 0.019 0.078 0.075 0.013 0.039 0.144 0.180 0.000 0.066 0.085 0.050 0.137 0.133 0.048 0.014 0.006 0.095 0.049 0.072 0.040 0.188 0.088 0.018 0.084 0.079 0.058 0.100 0.024 0.045 0.062 0.019 0.132 0.098 0.014 0.047 0.027 0.180 0.058 0.019 0.048 0.054 0.099 0.057 0.059 0.040 0.016 0.021 0.026 0.016 0.035 0.020 1.063 1.611 9.579 2.605 0.330 0.420 nan 0.096 0.171 0.230 0.192 0.316 0.305 0.232 0.303 0.177 0.284 0.252 0.109 0.040 0.172 0.280 0.693 0.539 7705 chr3 101227498 101233030 + 0 NA intron (NM_001077203, intron 1 of 22) intron (NM_001077203, intron 1 of 22) 1821 NM_001282801 57337 Hs.529551 NM_020654 ENSG00000138468 SENP7 - SUMO specific peptidase 7 protein-coding nan nan 2.075 1.782 3.271 1.871 2.512 1.952 3.858 1.466 1.636 0.951 6.205 1.273 1.607 1.965 3.391 0.405 2.219 0.858 2.332 2.125 1.457 0.974 4.283 1.560 1.766 1.924 2.490 0.818 3.171 3.991 2.744 5.735 1.178 1.614 0.517 2.712 0.132 0.711 1.849 3.992 3.722 1.366 1.082 1.490 2.956 2.582 2.348 2.193 0.951 1.664 1.965 2.545 2.259 4.283 0.753 1.274 1.006 2.778 1.850 2.554 1.821 1.729 1.462 1.551 0.962 1.727 2.240 0.224 0.683 5.592 4.311 5.410 2.163 6.129 6.711 1.872 2.842 4.102 5.743 5.447 4.499 1.566 2.340 2.080 2.095 2.369 3.563 2.156 1.301 2854 chr12 92456401 92479668 + 0 NA intron (NR_046160, intron 1 of 5) intron (NR_046160, intron 1 of 5) 67455 NR_046159 256021 Hs.651357 NM_001256373 ENSG00000257242 LINC01619 C12orf79 long intergenic non-protein coding RNA 1619 ncRNA 0.953 0.989 0.854 0.977 0.622 0.292 0.815 0.213 0.275 0.102 0.375 1.401 0.290 0.214 0.157 0.290 1.348 0.262 0.314 0.350 4.097 0.012 0.202 0.164 0.144 1.139 0.681 0.101 0.446 0.746 0.242 0.862 0.299 nan 0.352 2.115 0.148 0.047 0.106 0.359 0.129 0.666 0.067 0.074 0.628 0.508 0.479 1.394 2.945 0.296 1.834 2.970 0.290 0.489 2.225 0.144 0.942 2.218 0.093 0.346 0.284 0.389 2.555 0.106 0.444 0.050 0.024 0.779 0.957 2.828 3.687 0.579 0.740 1.503 0.573 1.035 1.016 1.021 nan 0.729 nan 0.466 0.332 0.974 1.724 0.600 1.105 0.318 0.599 1.141 0.827 7140 chr21 18979529 18986248 + 0 NA intron (NM_001130914, intron 1 of 5) intron (NM_001130914, intron 1 of 5) -1116 NR_149073 110806272 Hs.607138 NR_149073 ENSG00000280594 BTG3-AS1 ASBEL BTG3 antisense RNA 1 ncRNA 4.529 2.917 nan 1.848 2.882 4.595 0.940 1.712 3.439 0.894 1.523 2.071 0.373 4.372 3.102 0.022 0.834 0.168 1.472 1.093 1.437 0.579 3.674 1.361 1.325 1.618 1.214 0.718 1.765 3.051 2.017 15.132 0.538 1.256 1.601 2.802 0.130 1.015 2.126 1.619 1.732 0.801 1.494 2.618 1.049 1.533 2.144 2.377 0.858 1.123 3.102 1.124 2.463 3.674 0.256 0.724 0.346 3.425 0.015 1.044 0.368 1.155 0.790 1.123 0.650 1.690 2.797 3.744 6.385 5.700 4.329 2.383 1.166 6.729 6.722 4.642 5.609 0.944 2.213 4.715 5.586 1.129 2.377 7.880 7.866 4.046 4.098 1.814 1.240 6202 chr2 75814019 75842107 + 0 NA Intergenic Intergenic -31215 NM_032181 84141 Hs.302346 NM_032181 ENSG00000115363 EVA1A FAM176A|TMEM166 eva-1 homolog A, regulator of programmed cell death protein-coding nan nan 0.696 0.083 0.254 0.028 3.006 0.325 0.638 3.121 0.108 0.062 0.113 0.146 0.079 0.388 1.120 0.143 3.103 1.770 0.408 0.010 0.101 0.129 0.221 1.173 0.735 0.016 1.392 1.227 0.230 0.808 0.737 0.709 1.926 0.065 0.074 0.054 0.104 0.887 0.065 0.565 0.088 0.061 0.349 0.476 0.603 4.606 0.160 0.028 0.318 0.317 0.388 1.486 1.223 0.221 0.083 0.637 0.024 0.198 0.338 1.096 0.893 0.083 0.970 4.388 3.801 0.481 0.531 1.245 2.062 0.492 0.601 1.064 0.423 0.292 0.255 0.499 0.985 0.903 0.980 0.422 0.173 0.283 0.730 0.407 0.496 0.169 0.329 nan 0.857 6122 chr2 53816116 53916962 + 0 NA Intergenic Intergenic -128381 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 10.166 nan 9.728 0.082 0.187 0.111 0.373 0.169 0.216 0.016 0.115 0.040 0.021 0.144 0.106 0.227 0.219 0.085 0.148 0.058 0.033 0.022 0.095 0.140 0.149 0.274 0.119 0.023 0.176 0.183 0.160 0.417 0.161 0.388 0.095 0.061 1.996 0.059 0.136 0.050 0.084 0.136 0.037 0.019 0.090 0.109 0.135 0.144 0.075 0.056 0.031 0.116 0.227 0.128 0.151 0.149 0.048 0.105 0.064 0.050 0.503 0.154 0.576 0.167 0.041 0.024 0.013 0.387 0.269 0.362 0.302 0.379 0.438 0.254 0.109 0.405 0.387 0.526 0.793 0.498 0.462 0.439 0.242 0.533 0.701 12.050 10.087 0.347 0.697 0.396 0.366 1781 chr11 9378498 9388897 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -22472 NM_006391 10527 Hs.744911 NM_006391 ENSG00000205339 IPO7 Imp7|RANBP7 importin 7 protein-coding 1.570 2.625 1.856 2.514 2.354 1.397 4.776 0.755 1.541 1.341 1.416 1.734 3.123 0.748 0.937 1.725 1.052 0.392 2.043 0.822 3.120 1.318 0.485 0.546 2.049 1.821 1.783 1.707 1.773 1.777 2.864 5.593 3.724 2.496 0.645 3.322 0.247 1.438 0.140 0.905 0.260 4.082 3.832 1.606 1.345 1.011 3.288 2.734 2.872 2.161 1.409 2.348 1.725 4.278 3.382 2.049 1.537 3.581 0.571 4.491 0.790 1.290 0.891 0.967 1.761 1.495 1.122 2.355 2.153 2.650 4.788 1.870 2.219 3.568 1.520 5.139 5.408 1.721 2.242 3.059 4.115 1.796 1.395 1.910 2.179 1.415 2.115 2.234 3.134 1.599 0.917 7506 chr3 9436201 9448337 + 0 NA intron (NM_001080517, intron 1 of 22) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 2885 NM_001292043 55209 Hs.288164 NM_018187 ENSG00000168137 SETD5 - SET domain containing 5 protein-coding 3.450 2.975 4.289 2.311 2.381 2.448 1.784 1.353 3.031 1.544 3.312 2.206 1.908 1.817 2.308 1.600 2.568 0.266 3.073 0.780 2.881 1.530 1.896 1.030 1.769 1.157 1.423 0.832 3.898 1.274 3.835 5.232 2.035 6.824 1.044 2.920 0.867 3.251 0.096 0.899 2.736 3.927 3.626 1.535 1.056 1.163 1.923 2.870 3.287 3.008 1.283 1.739 1.600 3.500 1.847 1.769 1.674 1.064 0.722 2.667 1.716 2.410 1.946 1.753 2.656 1.609 1.134 2.916 3.605 4.929 7.524 5.046 4.806 5.278 2.442 11.110 10.971 2.704 2.920 4.567 8.047 10.859 8.956 3.273 4.901 3.595 5.177 5.256 6.453 1.879 1.027 7109 chr20 62159689 62180416 + 0 NA Intergenic Intergenic -1329 NM_001256358 5753 Hs.51133 NM_005975 ENSG00000101213 PTK6 BRK protein tyrosine kinase 6 protein-coding 0.948 1.550 1.389 2.239 0.525 0.987 0.887 0.178 0.708 1.134 0.552 0.231 0.039 0.233 0.209 0.154 0.091 0.078 1.098 0.496 0.973 0.054 0.369 0.190 0.312 0.514 0.446 0.336 1.005 0.590 3.265 7.929 0.825 1.246 1.341 0.555 0.064 0.330 0.067 0.653 0.025 1.871 0.654 0.462 0.904 0.492 1.870 1.055 1.034 0.537 1.250 1.299 0.154 1.328 1.214 0.312 2.138 2.161 0.211 1.957 0.673 0.437 0.086 0.048 0.345 0.179 0.094 0.854 nan 0.240 0.293 0.911 0.796 3.582 0.734 0.786 0.915 0.293 0.711 0.258 0.345 0.622 0.465 0.548 0.482 0.360 0.340 0.204 0.268 1.435 0.815 2157 chr11 86428634 86460789 + 0 NA Intergenic L1M4|LINE|L1 -57390 NM_001293180 11098 Hs.25338 NM_007173 ENSG00000150687 PRSS23 SIG13|SPUVE|ZSIG13 serine protease 23 protein-coding 0.600 1.046 0.509 1.042 0.217 0.044 5.699 0.195 0.272 0.837 1.655 3.531 0.264 0.090 0.142 0.704 0.347 0.090 2.825 1.416 1.575 0.013 0.093 0.095 0.048 3.543 3.243 0.469 0.986 2.557 0.591 1.495 0.474 0.495 3.647 2.617 0.048 0.072 0.112 2.273 0.074 5.260 1.838 0.944 3.633 2.429 1.931 6.497 1.433 1.641 0.668 2.328 0.704 3.698 7.990 0.048 1.996 1.205 0.024 0.734 0.092 3.311 0.037 0.114 1.892 1.560 0.718 0.544 0.330 0.999 4.427 0.289 0.384 0.250 0.107 0.504 0.478 0.220 0.421 0.356 0.392 0.334 0.185 0.163 0.238 0.152 0.291 0.259 0.535 0.431 0.493 7085 chr20 58670622 58693293 + 0 NA Intergenic Intergenic 19216 NR_109918 729296 Hs.534781 NR_109916 LOC729296 - uncharacterized LOC729296 ncRNA 0.818 0.905 0.453 0.057 0.089 0.935 0.041 0.261 0.534 0.042 0.090 0.033 0.017 0.053 2.386 0.114 0.093 0.164 0.047 0.008 0.046 0.012 0.063 0.083 0.185 0.064 0.037 0.013 0.101 0.009 0.096 0.099 1.113 0.287 0.081 0.017 0.058 0.094 0.021 0.169 0.051 0.031 0.072 0.042 0.086 0.203 0.047 0.028 0.024 0.027 0.114 0.085 0.045 0.185 0.032 0.039 0.182 0.110 0.284 0.035 0.246 0.131 0.027 0.020 0.004 2.565 nan 0.204 0.332 0.384 0.468 0.344 0.134 0.585 0.629 0.206 0.363 0.295 0.327 0.961 1.043 0.575 0.520 0.043 0.066 0.159 0.307 0.639 0.642 3046 chr12 128798670 128805377 + 0 NA intron (NM_001136103, intron 1 of 8) intron (NM_001136103, intron 1 of 8) 23386 NR_037406 100500817 NR_037406 ENSG00000265635 MIR3612 - microRNA 3612 ncRNA 1.358 0.577 0.677 0.065 0.052 0.582 0.263 0.763 0.043 0.058 0.041 0.037 0.020 0.066 1.072 0.034 0.048 0.047 0.017 0.021 0.140 0.209 0.089 0.021 0.033 0.022 0.050 0.032 0.047 0.022 0.074 0.232 0.044 0.031 1.520 0.021 0.096 0.018 0.024 0.055 0.018 0.023 0.034 0.029 0.060 0.061 0.022 0.012 0.029 1.072 0.021 0.041 0.089 0.037 0.040 0.026 0.031 0.048 0.825 0.168 0.045 0.069 0.007 4.824 4.514 12.866 9.907 0.479 0.588 nan 0.182 0.199 0.128 0.092 0.195 0.392 0.437 0.475 0.197 2.054 3.066 4.246 4.693 0.244 0.486 0.911 0.780 6761 chr2 239046008 239085703 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -1794 NM_001291832 151176 Hs.24951 NM_152521 ENSG00000178752 ERFE C1QTNF15|CTRP15|FAM132B erythroferrone protein-coding 1.066 nan 2.243 0.334 0.952 0.766 1.048 0.169 0.358 0.080 0.499 0.280 0.026 0.235 0.081 0.276 0.153 0.056 0.585 0.320 0.144 0.094 0.181 0.116 0.299 0.532 0.364 0.141 0.511 0.317 1.450 4.323 1.102 1.472 0.324 0.289 0.026 0.235 0.103 0.110 0.106 0.269 0.328 0.212 0.541 0.169 0.596 0.453 0.630 0.411 0.163 0.671 0.276 0.459 0.371 0.299 0.444 0.174 0.081 0.626 1.027 0.265 0.169 0.215 0.142 0.284 0.102 0.570 0.831 0.381 0.591 0.471 0.538 0.822 0.330 0.527 0.581 0.484 0.814 1.470 nan 0.661 0.540 0.600 0.719 0.175 0.194 0.495 0.845 0.534 0.398 575 chr1 109674726 109683886 + 0 NA intron (NM_001284352, intron 1 of 20) intron (NM_001284352, intron 1 of 20) 22721 NM_001267048 57535 Hs.708190 NM_020775 ENSG00000116299 KIAA1324 EIG121 KIAA1324 protein-coding 1.214 nan nan 0.181 1.477 0.383 0.093 0.380 0.654 0.021 0.108 0.081 0.023 1.497 0.668 0.442 0.442 0.072 0.069 0.050 0.496 0.161 1.589 0.135 0.055 0.057 0.089 0.053 0.349 0.069 0.568 0.032 0.071 0.051 0.144 0.129 0.078 0.171 0.059 0.017 0.059 0.116 0.241 0.206 0.356 0.125 0.411 1.196 0.442 0.066 0.081 1.589 0.053 0.090 0.185 0.237 0.101 0.044 1.038 0.175 0.049 0.034 0.023 0.463 0.568 0.243 0.355 1.379 nan 8.812 2.772 0.424 0.438 2.094 2.493 nan nan 0.378 0.268 1.021 1.028 0.436 0.496 0.498 nan 1.985 0.939 8186 chr3 195596272 195605524 + 0 NA intron (NM_001010938, intron 9 of 14) CpG 8368 NR_106887 102465977 NR_106887 ENSG00000276489 MIR6829 hsa-mir-6829 microRNA 6829 ncRNA nan 0.556 0.554 1.583 0.180 0.084 2.714 0.162 0.327 0.279 0.691 0.489 0.027 0.044 0.076 0.220 0.097 0.036 2.384 1.087 0.257 0.048 0.323 0.162 0.090 1.009 0.707 0.684 2.743 2.283 0.493 nan 0.115 nan 0.410 0.181 0.041 0.094 0.067 0.178 0.153 1.189 0.303 0.195 2.924 0.992 2.314 0.172 0.458 0.382 0.026 0.454 0.220 1.357 0.269 0.090 0.827 0.369 0.043 0.302 1.330 0.043 0.117 0.033 0.349 0.194 0.361 0.392 0.287 0.505 0.398 0.635 0.310 0.119 0.833 0.928 0.172 0.496 0.241 0.362 0.623 0.455 0.377 0.347 0.127 0.138 0.316 0.415 0.312 0.210 1835 chr11 19494448 19498977 + 0 NA intron (NM_001111018, intron 1 of 37) intron (NM_001111018, intron 1 of 37) 32064 NR_049725 100874012 Hs.434602 NR_049725 ENSG00000255043 NAV2-AS5 - NAV2 antisense RNA 5 ncRNA 0.782 nan 1.738 0.070 0.255 0.098 0.207 0.324 0.372 0.177 0.082 0.014 0.138 0.169 0.080 0.024 0.025 0.030 0.209 0.148 0.978 0.031 0.016 0.034 0.130 0.036 0.247 0.078 1.396 0.071 0.043 0.024 0.108 0.713 0.206 0.028 0.035 0.024 0.033 0.085 0.156 0.126 0.031 0.087 0.169 0.127 0.978 0.019 0.105 0.055 0.023 0.035 2.433 0.135 0.017 0.031 nan 13.309 3.458 1.322 1.785 1.792 1.426 0.398 0.547 0.572 0.403 nan 0.134 0.351 0.360 0.229 3.246 4.737 0.114 0.179 0.252 0.243 0.959 nan 10809 chr8 10904798 10924166 + 0 NA intron (NM_173683, intron 1 of 2) intron (NM_173683, intron 1 of 2) 10117 NR_134308 101929269 Hs.680442 NR_134308 ENSG00000254839 LOC101929269 - uncharacterized LOC101929269 ncRNA 0.791 0.759 nan 0.127 0.845 0.324 0.031 0.911 1.740 0.044 0.019 0.010 0.063 0.293 0.676 0.071 0.058 0.022 0.046 0.014 0.792 0.340 4.464 0.042 0.041 0.035 0.043 0.025 0.051 0.024 0.610 1.135 0.029 0.106 0.078 0.012 0.024 0.086 0.034 0.020 0.017 0.032 0.025 0.189 0.105 0.051 0.084 0.063 0.676 0.059 4.464 0.047 0.066 0.211 0.206 2.182 0.110 0.067 0.263 0.342 0.287 0.173 0.590 0.894 0.130 0.156 3.018 nan 1.705 0.404 0.186 0.231 0.106 0.221 2.184 2.436 1.160 0.985 0.190 0.279 0.126 0.133 0.842 1.219 3.116 1.527 9912 chr6 129671170 129686873 + 0 NA intron (NM_000426, intron 32 of 64) intron (NM_000426, intron 32 of 64) 352349 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.742 0.798 0.706 0.046 0.146 0.014 0.030 0.103 0.165 0.019 0.044 0.100 0.004 0.019 1.021 0.368 0.086 0.072 0.108 0.024 0.026 0.072 0.105 0.106 0.031 0.004 0.014 0.057 0.013 0.062 0.121 0.073 0.229 0.019 0.054 0.006 0.042 0.123 0.026 0.041 0.029 0.020 0.070 0.059 0.202 0.095 0.031 0.086 0.191 0.035 0.368 0.036 0.041 0.106 0.148 0.032 0.030 0.067 0.026 0.025 0.095 0.079 0.024 0.026 0.010 0.433 0.448 0.555 0.471 0.188 0.263 7.351 1.250 0.343 0.296 0.344 0.395 0.467 0.627 0.720 0.226 0.224 0.329 0.070 0.110 0.213 0.427 0.443 0.495 6549 chr2 191454912 191474566 + 0 NA Intergenic Intergenic -48882 NM_001321313 4664 Hs.107474 NM_005966 ENSG00000138386 NAB1 - NGFI-A binding protein 1 protein-coding 0.871 nan 0.759 0.751 0.169 0.045 1.036 0.106 0.321 0.295 0.336 1.051 0.019 0.070 0.086 0.163 0.312 0.074 0.538 0.472 0.054 0.014 0.111 0.127 0.268 0.075 0.026 0.228 0.059 0.390 0.069 0.435 0.072 0.416 0.492 1.282 0.029 0.292 0.091 0.129 0.076 2.778 2.600 0.983 0.090 0.042 0.314 1.075 0.713 1.058 0.008 0.104 0.163 0.222 0.075 0.268 0.298 0.105 0.149 0.199 0.052 0.101 5.267 0.118 0.824 0.817 0.655 0.758 0.985 0.338 0.381 0.306 0.324 0.275 0.096 0.741 0.739 0.424 0.726 0.524 0.473 0.351 0.163 2.604 3.750 0.160 0.200 0.256 0.409 0.401 0.402 5523 chr19 9148320 9173161 + 0 NA Intergenic Intergenic -43181 NM_001004456 125963 Hs.553577 NM_001004456 ENSG00000170929 OR1M1 OR19-5|OR19-6 olfactory receptor family 1 subfamily M member 1 protein-coding 0.579 1.210 0.626 0.317 0.087 0.026 2.152 0.090 0.231 0.720 0.065 0.104 0.884 0.048 0.058 0.450 0.069 0.220 1.237 0.584 0.025 0.045 0.063 0.075 0.058 2.470 1.832 0.038 0.116 0.820 0.204 1.825 0.900 0.250 0.494 0.872 0.027 0.070 0.086 0.009 0.026 0.240 0.046 0.035 1.323 3.443 1.512 0.236 2.873 0.155 0.309 1.256 0.450 2.383 0.089 0.058 0.960 0.770 0.075 0.512 0.110 2.739 0.012 0.325 0.316 0.053 0.016 0.164 0.131 0.229 0.890 0.248 0.232 0.089 0.056 0.148 0.135 0.129 0.295 0.158 nan 0.333 0.111 0.077 0.104 0.064 0.126 0.795 2.633 0.287 0.411 4886 chr17 57228025 57239260 + 0 NA promoter-TSS (NM_001100595) promoter-TSS (NM_001100595) 782 NM_018304 55771 Hs.631750 NM_018304 ENSG00000068489 PRR11 - proline rich 11 protein-coding 4.965 2.935 2.528 3.443 3.627 2.395 4.574 2.669 5.289 1.393 3.805 2.133 3.183 0.490 3.019 2.614 2.314 0.493 4.058 1.276 3.471 1.592 2.728 1.363 2.912 2.654 2.640 1.437 3.882 1.567 2.456 5.933 2.127 8.289 1.705 3.114 1.460 5.788 0.245 2.095 2.078 4.174 2.941 1.238 2.338 1.738 2.001 5.029 2.208 3.661 1.418 2.125 2.614 3.471 4.047 2.912 0.729 0.854 1.006 2.876 1.175 4.127 1.816 1.909 2.716 2.824 1.932 6.590 5.466 5.220 7.459 6.501 5.940 5.609 3.128 nan 11.062 4.103 5.176 nan nan 10.482 9.274 3.095 5.024 6.036 7.576 6.806 6.340 2.505 1.416 7126 chr21 11094051 11114867 + 0 NA Intergenic L1PA15-16|LINE|L1 -5522 NM_001187 574 Hs.545789 NM_001187 BAGE BAGE1|CT2.1 B melanoma antigen protein-coding 1.476 0.939 nan 0.147 1.714 0.073 0.132 0.454 0.787 0.023 1.056 0.061 0.058 0.172 0.722 0.590 0.508 0.292 0.117 0.009 0.100 0.134 0.393 0.363 0.753 0.027 0.065 0.043 0.422 0.058 0.572 0.404 0.229 0.873 0.493 0.176 0.078 0.125 0.247 0.045 0.167 0.346 0.089 0.094 0.032 0.124 0.277 0.241 0.196 0.124 0.110 0.188 0.590 0.123 0.040 0.753 0.042 0.386 0.037 0.056 0.165 0.061 0.052 0.344 0.133 0.044 0.019 0.699 0.447 0.490 0.662 0.508 0.649 2.743 1.146 0.314 0.362 1.595 2.394 5.189 5.540 1.102 0.390 0.317 0.358 0.164 0.221 0.940 1.111 3.531 2.159 9721 chr6 53381177 53400554 + 0 NA intron (NM_001197115, intron 1 of 14) intron (NM_001197115, intron 1 of 14) 19062 NM_001197115 2729 Hs.654465 NM_001498 ENSG00000001084 GCLC GCL|GCS|GLCL|GLCLC glutamate-cysteine ligase catalytic subunit protein-coding 1.269 1.079 nan 0.136 0.457 0.067 2.984 0.155 0.203 0.020 0.498 0.285 0.019 0.033 0.136 0.257 0.282 0.143 0.700 0.304 0.231 0.047 0.299 0.202 0.581 1.350 0.674 0.042 0.388 0.447 0.143 0.392 0.629 0.359 0.069 0.364 0.040 0.100 0.086 0.195 0.062 0.153 0.135 0.165 0.590 0.245 0.465 0.205 0.698 0.169 0.076 0.319 0.257 0.213 3.493 0.581 0.177 0.313 0.041 0.108 0.079 0.102 0.107 0.267 0.067 0.015 0.015 1.045 1.229 0.529 0.942 0.497 0.563 0.657 0.278 1.256 1.162 0.491 0.759 1.236 1.386 0.482 0.253 0.360 0.550 0.361 0.321 0.573 1.379 1.333 0.983 11769 chr9 127176570 127214164 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -17615 NM_002799 5695 Hs.213470 NM_002799 ENSG00000136930 PSMB7 Z proteasome subunit beta 7 protein-coding nan nan 2.840 0.218 1.456 1.113 0.408 0.346 0.618 0.099 0.198 0.295 0.063 0.069 0.180 0.433 0.137 0.128 0.453 0.251 0.109 0.048 1.202 0.550 0.786 0.168 0.169 0.214 0.314 0.137 0.242 0.526 0.172 nan 0.165 0.362 0.091 0.204 0.098 0.082 0.108 0.426 0.336 0.157 0.201 0.133 0.280 0.326 0.295 0.374 0.116 0.248 0.433 0.312 0.166 0.786 0.157 0.135 0.299 0.310 0.266 0.286 0.245 0.131 0.078 0.147 0.105 0.638 0.822 0.570 0.806 0.912 1.027 1.227 0.431 0.913 1.176 0.400 nan 0.995 1.823 1.061 0.774 0.324 0.588 0.819 0.676 0.604 0.601 nan 1.411 6848 chr20 12570340 12580920 + 0 NA Intergenic MLT1J2|LTR|ERVL-MaLR 341981 NR_109872 102606466 Hs.602196 NR_109872 LOC102606466 - uncharacterized LOC102606466 ncRNA 0.850 nan 0.818 0.068 1.516 0.717 0.064 1.243 1.451 0.018 0.094 0.035 0.258 0.476 0.885 0.216 0.043 0.197 0.030 0.012 0.013 0.842 0.292 1.254 0.019 0.007 0.007 0.052 0.124 0.554 0.059 0.942 0.014 0.310 0.468 0.041 0.080 0.033 0.188 0.058 0.023 0.010 0.029 0.101 0.170 0.054 0.020 0.030 0.012 0.216 0.053 0.009 1.254 0.104 0.062 0.066 0.017 0.369 0.045 1.252 0.306 0.015 0.011 0.010 3.145 1.973 0.626 0.319 2.100 2.393 7.261 2.073 1.050 0.900 0.519 0.711 3.183 3.759 0.509 0.333 1.082 2.291 2.277 2.338 0.305 0.830 1.479 1.056 7062 chr20 55175987 55184680 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -24025 NM_003222 7022 Hs.473152 NM_003222 ENSG00000087510 TFAP2C AP2-GAMMA|ERF1|TFAP2G|hAP-2g transcription factor AP-2 gamma protein-coding 0.679 0.938 0.514 0.677 0.041 0.032 1.041 0.073 0.174 1.298 0.072 0.075 4.189 0.037 0.101 0.118 0.120 0.206 0.351 0.108 2.214 0.016 0.018 0.106 0.257 0.076 0.061 1.322 0.787 0.770 2.230 1.297 0.356 0.867 0.092 0.022 0.037 0.129 0.014 0.036 0.488 0.069 0.063 0.871 2.056 3.110 0.148 0.500 0.032 2.639 2.370 0.118 1.091 0.106 0.986 3.137 0.357 0.047 0.443 0.045 0.056 0.114 0.020 0.012 0.573 nan 0.330 0.619 0.185 0.206 0.172 0.068 0.239 0.217 0.189 0.264 0.139 0.156 0.312 0.139 0.285 0.404 0.039 0.039 0.121 0.297 0.205 0.407 10741 chr7 150753923 150761324 + 0 NA intron (NM_003040, intron 1 of 22) intron (NM_003040, intron 1 of 22) 966 NM_003040 6522 Hs.647069 NM_003040 ENSG00000164889 SLC4A2 AE2|BND3L|EPB3L1|HKB3|NBND3 solute carrier family 4 member 2 protein-coding 2.924 1.337 nan 4.484 0.986 1.465 3.015 1.061 1.924 2.929 5.354 4.801 0.729 3.021 4.965 1.351 1.897 0.328 6.190 2.768 5.383 2.166 1.122 0.595 3.339 3.084 3.534 3.570 9.888 2.466 3.484 4.625 4.903 6.341 2.593 8.708 0.296 7.177 0.161 2.744 0.898 4.429 4.215 1.890 4.309 3.802 4.193 3.459 7.345 5.608 4.629 3.543 1.351 4.209 4.893 3.339 1.828 3.488 0.786 9.118 2.358 4.994 2.158 2.434 2.867 4.582 2.259 3.177 4.945 3.375 4.397 3.555 3.650 3.261 0.956 3.598 3.910 2.632 3.701 2.336 2.674 1.919 1.895 1.675 2.979 1.577 1.752 3.133 7.373 2.462 1.157 1038 chr1 203741196 203747256 + 0 NA 3' UTR (NM_001136190, exon 5 of 5) 3' UTR (NM_001136190, exon 5 of 5) 5460 NM_001282878 54900 Hs.272794 NM_017773 ENSG00000122188 LAX1 LAX lymphocyte transmembrane adaptor 1 protein-coding 1.287 1.032 1.083 0.094 0.066 0.018 0.152 0.158 0.382 0.105 0.173 0.043 0.203 0.190 0.274 0.133 0.069 0.053 0.181 0.258 0.223 0.024 0.083 0.062 0.068 0.081 0.241 0.117 0.407 0.050 0.066 0.048 0.107 0.122 0.019 0.091 0.119 0.037 0.039 0.091 0.039 0.123 0.100 0.215 0.034 0.078 0.131 0.190 0.035 0.015 0.223 0.115 0.083 0.064 0.067 0.050 0.052 0.976 0.198 0.026 0.029 0.016 3.359 3.652 9.142 5.269 0.411 0.491 0.543 0.330 nan nan 0.763 1.171 0.427 0.428 0.358 0.192 1.119 1.319 0.225 0.247 0.315 0.734 0.667 0.453 2363 chr11 129058616 129063160 + 0 NA intron (NM_001142685, intron 1 of 21) intron (NM_001142685, intron 1 of 21) 1205 NM_001142685 9743 Hs.440379 NM_014715 ENSG00000134909 ARHGAP32 GC-GAP|GRIT|PX-RICS|RICS|p200RhoGAP|p250GAP Rho GTPase activating protein 32 protein-coding 0.813 1.230 0.960 2.468 0.311 0.106 1.088 0.367 0.510 3.784 0.152 0.282 8.474 0.089 0.329 0.262 0.151 0.034 1.730 0.667 0.014 0.618 0.470 0.608 0.754 0.381 0.144 2.273 1.648 2.660 4.444 2.305 1.600 0.545 3.364 0.082 1.684 0.166 0.524 0.018 1.778 0.119 0.188 3.418 2.508 4.959 0.219 0.903 0.218 1.037 2.356 0.262 1.340 0.122 0.608 1.313 3.501 0.042 0.039 0.044 0.280 0.271 0.055 0.017 0.038 0.506 0.484 0.701 2.105 0.349 0.837 1.202 0.331 0.412 0.334 0.600 0.810 1.594 1.434 0.417 0.194 0.441 1.034 0.785 0.963 0.285 nan 0.194 0.303 9570 chr6 32860604 32864606 + 0 NA non-coding (NR_037177, exon 1 of 2) non-coding (NR_037177, exon 1 of 2) 652 NR_037177 100294145 Hs.559456 NR_037177 LOC100294145 - uncharacterized LOC100294145 ncRNA nan 4.004 nan 3.198 5.511 8.339 2.387 2.656 5.303 0.573 3.173 0.924 1.209 1.874 5.312 3.318 1.738 0.281 2.115 0.852 2.541 1.352 2.362 1.047 12.113 1.598 1.614 0.759 1.553 0.787 3.486 4.817 3.218 13.760 1.131 0.861 2.053 2.132 0.127 0.968 3.533 2.789 2.434 1.494 1.033 1.133 1.831 1.726 4.215 2.636 4.434 1.938 3.318 2.075 2.520 12.113 0.858 1.306 3.570 4.150 2.404 1.102 2.204 1.226 0.933 0.485 0.300 4.863 6.592 6.026 nan nan 11.172 5.842 2.340 4.748 5.691 4.495 5.024 5.225 5.664 8.318 7.589 3.174 5.279 6.193 7.296 1.339 2.672 3.651 1.608 3088 chr13 25860021 25877812 + 0 NA Intergenic FRAM|SINE|Alu -6750 NM_014089 9818 Hs.507537 NM_014089 ENSG00000139496 NUP58 NUP45|NUPL1|PRO2463 nucleoporin 58 protein-coding 2.065 1.637 1.642 0.835 1.479 0.634 0.650 0.406 0.969 0.163 0.944 0.301 0.077 0.263 0.665 0.696 1.035 0.072 0.867 0.305 0.408 0.195 0.457 0.292 1.783 0.283 0.175 0.351 0.383 0.275 1.196 1.520 0.374 2.194 0.347 0.578 0.144 0.585 0.072 0.387 0.590 0.755 0.972 0.440 0.479 0.192 0.844 0.949 0.531 0.731 0.382 0.453 0.696 1.062 0.726 1.783 0.310 0.516 0.333 0.994 0.618 0.355 0.675 1.599 0.811 0.447 0.267 2.630 2.642 2.414 nan 3.445 3.240 2.716 1.289 1.608 1.436 1.521 1.703 1.655 2.248 5.505 5.899 1.625 2.569 0.727 0.837 2.851 5.769 2.197 1.415 5910 chr2 11675686 11685360 + 0 NA TTS (NR_039627) TTS (NR_039627) 280 NR_039627 100616469 NR_039627 ENSG00000264010 MIR4429 mir-4429 microRNA 4429 ncRNA 0.842 1.176 2.064 0.074 3.526 3.090 0.159 0.314 0.677 0.020 0.064 0.115 0.006 0.467 1.521 0.423 0.083 0.099 0.153 0.019 0.039 0.014 1.800 0.774 3.873 0.015 0.015 0.053 0.077 0.133 0.404 0.334 4.327 0.015 0.067 0.729 0.124 0.092 0.049 0.403 0.163 0.031 0.024 0.033 0.055 0.109 0.093 0.122 0.080 0.065 0.133 0.423 0.125 0.068 3.873 0.076 0.051 0.093 0.091 0.609 0.074 0.051 0.165 0.088 0.018 0.005 0.549 0.747 0.248 0.280 4.735 4.914 5.280 1.590 0.227 0.171 0.170 0.323 10.757 nan 0.381 0.387 0.287 0.405 2.602 2.229 0.408 nan 3.522 1.866 1777 chr11 8735040 8756007 + 0 NA intron (NM_139157, intron 3 of 18) intron (NM_139157, intron 3 of 18) 38537 NR_002977 677826 Hs.745552 NR_002977 ENSG00000212607 SNORA3B ACA3-2|SNORA45|SNORA45B small nucleolar RNA, H/ACA box 3B snoRNA 0.809 0.919 1.135 1.030 0.243 0.091 3.955 0.085 0.305 0.556 0.976 1.252 0.207 0.053 0.099 0.226 0.991 0.184 1.895 0.960 0.046 0.033 0.067 0.081 0.560 1.262 0.967 0.399 0.781 1.803 2.161 6.879 1.560 1.569 0.643 0.123 0.050 0.079 0.062 0.905 0.105 0.857 0.742 0.557 1.275 1.212 2.071 0.887 0.141 0.369 0.064 1.332 0.226 1.191 2.126 0.560 0.776 0.643 0.106 0.208 0.024 1.347 0.169 0.313 1.360 0.390 0.186 0.636 0.609 0.341 0.878 0.524 0.626 0.711 0.280 0.730 0.834 0.611 1.035 0.574 0.550 0.419 0.283 0.523 0.851 0.199 0.298 0.320 1.144 0.434 0.425 10566 chr7 102064020 102075985 + 0 NA Intergenic Intergenic -3975 NM_001126340 80228 Hs.363308 NM_032831 ENSG00000160991 ORAI2 C7orf19|CBCIP2|MEM142B|TMEM142B ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 protein-coding nan 0.941 2.162 0.391 0.690 0.506 0.569 0.217 0.816 0.528 0.730 0.425 0.676 0.235 1.867 1.407 0.499 0.149 0.530 0.189 0.194 0.625 0.445 0.305 0.704 0.192 0.121 0.915 0.546 0.168 0.604 1.553 1.196 1.633 0.146 0.325 0.300 1.327 0.155 0.414 1.686 0.871 0.374 0.229 0.200 0.264 0.339 0.666 1.031 2.068 0.606 0.441 1.407 0.886 0.495 0.704 0.203 0.341 0.202 1.351 0.541 0.429 3.221 0.218 0.143 0.472 0.190 3.369 5.561 0.760 1.242 1.319 1.347 1.703 0.643 0.571 0.663 0.664 1.053 0.934 1.356 1.431 1.477 2.416 3.502 1.444 1.280 1.275 nan 1.697 0.974 354 chr1 45978796 45994620 + 0 NA intron (NM_001202431, intron 1 of 5) intron (NM_001202431, intron 1 of 5) 902 NM_002574 5052 Hs.180909 NM_002574 ENSG00000117450 PRDX1 MSP23|NKEF-A|NKEFA|PAG|PAGA|PAGB|PRX1|PRXI|TDPX2 peroxiredoxin 1 protein-coding nan 1.857 nan 2.156 1.838 0.848 2.221 1.014 1.678 1.015 2.049 2.226 2.416 0.363 1.276 1.618 1.067 0.300 1.363 0.611 2.337 0.846 1.151 0.926 1.066 2.313 2.284 0.804 1.114 0.667 1.541 3.728 1.170 2.730 0.730 5.491 0.493 1.871 0.162 0.425 1.147 2.481 1.057 0.637 0.970 1.126 2.531 2.230 2.849 1.565 0.816 2.317 1.618 1.989 1.544 1.066 0.998 1.928 1.014 1.650 0.908 1.114 0.700 1.850 0.237 0.775 0.547 2.036 2.515 2.425 4.157 3.782 3.653 3.108 0.756 5.937 5.845 2.211 nan nan 5.199 2.351 2.328 2.360 nan 2.328 2.986 3.122 4.460 1.738 1.194 3878 chr15 29032785 29044032 + 0 NA intron (NR_037599, intron 3 of 13) MIR|SINE|MIR 3428 NR_037599 646278 Hs.590143 NR_037599 PDCD6IPP2 - PDCD6IP pseudogene 2 pseudo nan 0.989 nan 0.070 0.804 2.367 0.095 0.240 0.313 0.017 0.104 1.041 0.011 3.346 1.053 0.275 0.109 0.030 0.131 0.017 0.038 0.024 0.642 0.411 0.707 0.050 0.058 0.046 0.055 0.047 0.108 0.213 0.072 2.450 0.013 0.061 0.026 0.087 0.098 0.021 0.063 0.071 0.065 0.048 0.019 0.030 0.052 0.191 0.123 0.297 0.042 0.059 0.275 0.054 0.059 0.707 0.054 0.059 0.035 0.113 2.797 0.085 0.226 0.263 0.040 0.020 0.018 0.444 0.459 0.282 0.408 1.688 1.650 0.163 0.075 1.203 1.209 0.388 0.594 4.437 6.505 nan 2.925 0.371 0.582 0.119 0.137 0.490 0.597 3.283 1.428 10915 chr8 38841690 38865158 + 0 NA intron (NM_001024380, intron 1 of 3) intron (NM_001024380, intron 1 of 3) 617 NM_031940 83877 Hs.7471 NM_031940 ENSG00000169490 TM2D2 BLP1 TM2 domain containing 2 protein-coding 1.252 1.127 nan 9.442 2.165 0.294 2.050 0.411 0.853 0.679 1.519 1.735 4.052 0.186 0.458 0.628 1.375 0.232 1.175 0.493 1.470 0.566 0.353 0.271 0.612 2.328 2.702 0.609 2.537 2.113 0.871 1.004 2.622 1.900 1.346 2.089 0.117 1.739 0.133 0.905 0.163 3.251 3.121 1.213 2.065 1.067 2.053 2.506 1.644 1.122 0.515 0.810 0.628 1.141 1.597 0.612 0.953 1.102 0.071 0.993 0.671 2.119 0.130 0.358 2.262 1.112 1.226 1.257 1.235 1.451 2.875 2.127 1.829 1.455 0.616 1.901 1.820 0.977 1.430 0.823 1.172 1.200 1.190 0.379 0.757 0.868 1.099 1.105 1.317 1.366 0.759 1064 chr1 205885826 205922855 + 0 NA intron (NM_052934, intron 2 of 20) intron (NM_052934, intron 2 of 20) 8248 NM_134325 115019 Hs.164073 NM_052934 ENSG00000174502 SLC26A9 - solute carrier family 26 member 9 protein-coding 0.893 1.888 0.948 0.188 0.318 2.914 0.881 0.368 0.705 0.088 0.985 0.507 0.037 0.081 3.631 0.508 0.210 0.113 1.069 0.950 0.038 0.034 0.550 0.399 2.248 1.355 0.822 0.080 0.222 1.321 1.051 6.136 2.067 1.490 0.245 3.058 0.131 0.056 0.106 0.261 0.081 0.293 0.164 0.110 2.401 0.504 0.521 0.432 0.541 0.080 0.128 0.507 0.508 1.471 0.110 2.248 1.180 0.125 0.271 0.106 0.066 0.163 1.269 0.054 0.143 0.059 0.016 0.727 0.878 0.601 0.945 2.365 3.096 0.817 0.325 nan nan 0.203 0.390 1.600 2.078 0.376 0.265 0.657 1.038 0.416 0.436 0.260 0.368 1.605 0.892 11762 chr9 126042256 126048477 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -14511 NM_001171137 55342 Hs.287659 NM_018387 ENSG00000165209 STRBP HEL162|ILF3L|SPNR|p74 spermatid perinuclear RNA binding protein protein-coding nan nan 0.652 0.059 0.283 0.061 0.262 0.388 0.291 0.046 0.038 0.134 0.010 0.017 0.085 0.451 0.058 0.104 0.153 0.030 0.031 0.637 0.161 0.133 0.178 0.058 0.012 0.195 0.034 0.260 0.689 0.197 nan 0.211 0.104 0.031 0.035 0.065 0.019 0.038 0.119 0.058 0.038 0.052 0.074 0.109 0.177 0.065 0.056 0.546 0.139 0.451 0.114 0.163 0.133 0.071 0.026 0.015 0.066 4.800 0.087 0.079 0.160 0.086 0.083 0.065 0.242 0.340 0.299 0.295 0.311 0.457 2.702 0.879 0.339 0.314 0.308 nan 0.387 0.500 0.452 0.269 0.152 0.191 0.462 0.558 0.163 0.378 nan 1.903 11208 chr8 110141765 110149386 + 0 NA Intergenic Intergenic 45922 NM_003301 7201 Hs.3022 NM_003301 ENSG00000174417 TRHR TRH-R thyrotropin releasing hormone receptor protein-coding nan nan 1.114 0.066 0.239 0.036 0.047 0.105 0.344 0.017 0.092 0.085 0.032 0.066 0.326 0.297 0.152 0.064 0.042 0.049 0.033 0.041 0.140 0.063 0.019 0.098 0.027 0.111 0.120 0.085 0.576 0.038 0.120 0.037 0.015 0.114 0.030 0.092 0.090 0.008 0.021 0.015 0.030 0.114 0.131 0.075 0.065 0.093 0.086 0.297 0.075 0.024 0.063 0.032 0.032 0.008 0.053 0.010 0.219 0.049 0.040 0.015 0.006 0.679 0.279 1.720 0.781 0.650 0.492 nan 0.452 19.097 nan 3.798 5.594 0.986 1.006 0.458 0.186 0.272 0.437 0.175 0.145 0.171 0.367 0.493 0.497 10622 chr7 116267445 116275267 + 0 NA Intergenic Intergenic -16482 NR_120506 100996266 Hs.552122 NR_120506 LINC01510 - long intergenic non-protein coding RNA 1510 ncRNA nan 0.583 0.806 0.838 0.125 0.115 1.210 0.143 0.257 0.612 0.377 1.681 0.008 0.039 0.424 0.139 2.000 0.185 0.689 0.771 1.214 0.099 0.144 0.123 0.664 0.295 0.160 2.118 0.497 0.195 0.541 0.350 0.356 0.261 2.232 0.074 0.272 0.158 0.665 0.102 0.435 0.115 0.090 2.011 0.430 0.160 2.482 1.592 0.103 4.899 1.640 0.139 0.345 0.089 0.123 0.895 0.266 0.062 0.882 0.288 0.797 0.063 0.046 0.213 0.074 0.052 0.356 0.274 0.269 0.342 0.195 0.250 0.192 0.086 0.236 0.221 0.467 0.602 0.266 0.259 0.374 0.155 0.248 0.530 0.922 0.867 0.175 0.360 0.583 0.665 7165 chr21 30584752 30611062 + 0 NA intron (NR_027072, intron 1 of 1) intron (NR_027072, intron 1 of 1) 32092 NR_027072 193629 Hs.720711 NM_138968 ENSG00000215533 LINC00189 C21orf109|NCRNA00189 long intergenic non-protein coding RNA 189 ncRNA 1.352 0.915 2.269 0.356 0.401 0.027 0.515 0.207 0.409 0.175 0.327 1.457 0.044 0.046 0.040 0.159 0.191 0.073 0.471 0.433 0.073 0.047 0.114 0.082 0.227 0.291 0.094 0.028 0.221 0.225 1.314 2.540 0.492 1.339 0.217 0.102 0.059 0.025 0.067 0.104 0.014 0.372 0.524 0.326 0.599 0.192 0.515 0.350 0.309 0.335 0.015 1.239 0.159 0.112 0.068 0.227 0.288 0.538 0.044 0.064 0.120 0.120 0.187 1.105 0.269 0.013 0.006 0.398 0.300 0.317 0.879 0.414 0.452 0.486 0.146 0.200 0.189 0.661 1.071 1.067 0.501 1.350 0.915 0.362 0.482 0.318 0.568 1.483 4.862 nan 0.876 7761 chr3 114858906 114868323 + 0 NA intron (NM_001348800, intron 1 of 11) intron (NM_001348800, intron 1 of 11) 2513 NM_001348803 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 4.463 nan 2.808 1.192 2.201 2.993 0.883 2.095 4.044 0.374 0.956 1.143 1.175 1.006 2.183 2.067 2.727 0.176 1.045 0.281 1.059 1.725 1.895 0.780 3.207 1.201 1.236 1.339 1.920 0.418 1.461 2.269 0.697 3.465 0.389 0.777 0.436 1.687 0.120 0.414 1.329 1.963 1.173 0.653 0.661 0.382 0.655 1.138 1.779 1.720 0.872 1.137 2.067 1.424 1.168 3.207 0.299 0.368 0.959 2.167 1.432 0.654 1.304 2.481 0.710 0.752 0.442 2.416 3.650 4.177 4.690 5.360 nan 5.160 2.648 4.436 5.047 nan 5.709 2.065 3.585 7.116 7.826 1.166 2.354 2.013 1.688 2.975 4.502 1.758 1.216 4225 chr16 11226207 11228954 + 0 NA intron (NM_015226, intron 21 of 22) intron (NM_015226, intron 21 of 22) 122459 NM_003745 8651 Hs.50640 NM_003745 ENSG00000185338 SOCS1 CIS1|CISH1|JAB|SOCS-1|SSI-1|SSI1|TIP-3|TIP3 suppressor of cytokine signaling 1 protein-coding 0.922 1.139 nan 0.482 0.465 0.298 4.538 0.150 0.234 1.417 2.078 1.614 11.170 0.107 0.258 0.182 1.794 0.293 0.854 1.429 2.597 0.171 0.178 0.391 3.590 2.885 0.216 0.815 0.296 0.345 0.752 2.579 0.635 1.395 0.722 0.160 0.139 1.570 0.029 13.565 1.957 0.847 1.224 1.393 0.655 4.619 0.270 1.432 3.807 0.343 0.182 1.249 1.639 0.391 1.258 0.183 1.723 2.426 0.036 0.135 2.857 6.274 6.965 0.275 0.173 0.632 2.289 0.286 0.457 0.691 0.380 0.469 0.282 0.506 0.932 0.430 0.614 nan 0.427 0.348 0.313 0.220 0.388 0.294 0.509 1.069 0.603 10857 chr8 23620057 23642924 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -67379 NM_001136271 137814 Hs.532654 NM_001136271 ENSG00000180053 NKX2-6 CSX2|CTHM|NKX2F|NKX4-2 NK2 homeobox 6 protein-coding nan 0.884 nan 0.136 0.046 0.012 0.170 0.098 0.172 0.008 0.147 0.169 0.008 0.066 0.062 0.280 0.056 0.085 0.060 0.054 0.061 0.012 0.068 0.075 0.047 0.194 0.037 0.014 0.051 0.054 0.045 0.173 0.053 0.085 0.045 0.051 0.007 0.067 0.106 0.029 0.055 0.284 0.107 0.127 0.172 0.030 0.080 0.189 0.080 0.183 0.028 0.120 0.280 0.028 0.056 0.047 0.043 0.051 0.004 0.235 2.050 0.080 0.038 1.979 0.093 0.017 0.024 0.357 0.246 0.166 0.248 nan 0.473 nan 0.098 0.053 0.056 0.099 0.159 0.266 0.258 4.257 3.932 0.163 0.166 0.098 0.147 1.287 4.642 nan nan 2734 chr12 59574798 59586430 + 0 NA Intergenic Intergenic -266295 NM_153377 121227 Hs.253736 NM_153377 ENSG00000139263 LRIG3 LIG3 leucine rich repeats and immunoglobulin like domains 3 protein-coding nan 0.746 0.633 0.095 0.128 0.015 0.067 0.014 0.233 0.016 0.047 0.111 0.011 0.035 0.046 0.098 0.136 0.062 0.124 0.066 0.038 0.195 0.221 0.073 0.030 0.025 0.026 0.189 0.082 0.083 0.288 0.118 0.347 0.133 0.101 0.040 0.018 0.093 0.084 0.071 0.015 0.006 0.075 0.039 0.132 0.120 0.042 0.018 0.020 0.050 0.098 0.086 0.040 0.073 0.043 0.030 0.087 0.017 0.076 0.074 0.007 0.020 0.013 nan 0.266 0.132 0.277 0.291 nan 9.068 2.458 0.259 0.287 0.293 nan 0.405 nan 0.389 0.135 0.183 0.233 0.140 0.183 0.149 0.212 0.508 0.618 1217 chr1 234996257 235080365 + 0 NA Intergenic Zaphod|DNA|hAT-Tip100 61435 NR_125945 101927851 Hs.520684 NR_125945 ENSG00000238005 LOC101927851 - uncharacterized LOC101927851 ncRNA 1.518 1.978 2.168 0.271 0.642 0.740 1.458 0.449 0.787 0.049 0.763 1.606 0.058 0.155 0.383 0.776 0.514 0.153 0.523 0.432 0.182 0.072 0.657 0.347 1.204 1.638 0.857 0.082 0.549 0.664 0.987 4.293 2.153 1.054 0.580 0.348 0.110 0.076 0.114 0.220 0.247 0.177 0.162 0.089 1.169 0.481 1.809 0.911 1.059 0.268 0.375 1.446 0.776 0.540 0.744 1.204 0.297 0.379 0.122 0.253 0.315 0.444 0.274 0.388 0.195 0.155 0.119 0.544 0.770 0.641 1.505 1.338 1.394 nan 0.327 0.372 0.399 0.757 1.138 nan 1.569 0.484 0.346 0.263 0.402 0.384 0.522 0.512 1.289 nan 0.873 3240 chr13 86313964 86347935 + 0 NA Intergenic L4|LINE|RTE 42534 NM_032229 84189 Hs.525105 NM_032229 ENSG00000184564 SLITRK6 DFNMYP SLIT and NTRK like family member 6 protein-coding nan nan 0.499 0.053 0.294 0.015 0.069 0.132 0.237 0.028 0.124 0.101 0.006 0.024 0.061 0.295 0.154 0.072 0.062 0.022 0.054 0.012 2.786 1.969 0.060 0.016 0.013 0.017 0.050 0.012 0.159 0.480 0.054 0.312 0.048 0.046 0.037 0.045 0.088 0.024 0.137 0.125 0.020 0.014 0.029 0.020 0.062 0.061 0.055 0.015 0.019 0.047 0.295 0.028 0.011 0.060 0.039 0.064 0.003 0.031 0.704 0.049 0.077 0.029 0.029 0.015 0.534 0.338 0.245 0.398 0.579 0.648 2.200 1.261 0.110 0.109 0.040 0.076 0.945 1.005 0.415 0.166 0.186 0.286 0.265 0.217 0.289 0.481 0.171 0.116 11065 chr8 77577389 77622684 + 0 NA intron (NM_024721, intron 1 of 10) intron (NM_024721, intron 1 of 10) -4526 NR_024360 100192378 Hs.596420 NR_024360 ENSG00000253661 ZFHX4-AS1 - ZFHX4 antisense RNA 1 ncRNA 1.269 0.657 0.976 0.331 0.276 0.169 0.171 0.198 0.322 0.027 0.102 1.013 1.549 0.042 1.604 1.059 1.959 0.234 1.401 0.495 0.120 1.126 0.352 0.208 0.064 0.172 0.083 0.321 0.166 0.246 0.950 2.184 0.145 0.311 0.097 0.146 0.901 3.839 0.120 0.135 0.032 0.177 0.025 0.029 0.707 0.112 0.053 0.298 0.196 1.390 0.063 0.042 1.059 1.003 0.029 0.064 0.052 0.086 0.011 0.170 0.549 0.166 0.420 0.131 0.018 0.018 0.011 1.172 0.945 4.511 4.778 1.764 1.706 0.605 0.187 5.730 5.817 1.033 1.343 0.377 0.437 1.122 0.819 0.609 1.718 3.709 3.529 0.365 0.711 1.033 0.660 2750 chr12 65001455 65006737 + 0 NA promoter-TSS (NR_040718) promoter-TSS (NR_040718) -197 NR_040718 283349 Hs.643605 NM_178169 ENSG00000153179 RASSF3 RASSF5 Ras association domain family member 3 protein-coding 2.683 1.725 2.434 6.888 1.926 0.296 2.644 0.728 1.700 1.966 3.645 3.805 1.530 1.402 0.879 1.823 3.599 0.302 3.297 1.327 1.697 2.283 1.776 1.637 2.347 3.153 3.165 1.963 3.638 2.590 4.532 5.249 4.663 7.731 2.224 6.104 2.761 2.574 0.127 2.136 2.463 3.906 4.758 1.933 3.255 21.212 4.886 7.455 7.269 6.144 3.512 5.481 1.823 2.519 6.384 2.347 2.270 3.886 0.569 7.002 3.997 2.392 0.898 1.119 1.635 1.395 1.233 1.492 2.716 2.609 4.929 4.465 nan 6.294 1.610 2.212 2.715 2.208 3.166 7.114 8.493 2.102 2.836 1.154 2.786 6.763 6.239 1.468 1.804 3.027 1.595 4165 chr16 375239 381862 + 0 NA intron (NM_181050, intron 2 of 9) AluSp|SINE|Alu 24126 NM_003502 8312 Hs.592082 NM_003502 ENSG00000103126 AXIN1 AXIN|PPP1R49 axin 1 protein-coding 0.949 nan 1.153 1.300 2.524 0.168 2.741 0.122 0.302 0.275 0.816 0.724 0.009 0.695 0.221 0.318 0.572 0.365 1.598 0.517 1.332 0.073 0.461 0.188 0.156 1.868 1.512 0.339 3.278 0.634 3.318 6.911 2.447 0.961 0.507 1.173 0.133 0.217 0.074 0.766 0.083 1.092 0.416 0.219 0.831 2.224 1.094 0.347 3.782 0.885 4.814 3.485 0.318 3.120 2.613 0.156 0.495 2.164 0.014 0.149 1.425 1.318 0.085 0.080 0.133 0.356 0.239 0.308 0.402 0.289 0.333 0.297 0.370 nan 1.504 0.550 0.447 0.268 nan 0.950 1.400 0.423 0.256 0.257 0.207 1.420 1.500 0.327 0.471 2.071 1.139 9588 chr6 34452185 34464083 + 0 NA intron (NM_020804, intron 1 of 9) AluJo|SINE|Alu 24296 NM_020804 29993 Hs.520087 NM_020804 ENSG00000124507 PACSIN1 SDPI protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 1 protein-coding nan 0.975 nan 0.237 0.361 0.164 0.679 0.426 0.909 0.008 0.155 0.093 0.011 0.085 0.188 1.174 0.146 0.101 0.704 0.412 0.058 0.012 1.465 0.619 0.385 0.128 0.054 0.038 0.268 0.427 0.345 2.351 0.296 0.637 0.191 0.130 0.394 0.113 0.106 0.039 0.140 0.093 0.050 0.026 0.366 0.317 0.365 0.193 0.137 0.024 0.044 0.241 1.174 0.620 0.072 0.385 0.098 0.119 0.068 0.192 0.795 0.133 0.016 0.351 0.025 0.013 0.009 0.468 0.450 0.206 nan nan 0.713 4.505 1.215 0.335 0.403 0.518 0.804 1.981 3.174 0.757 0.576 0.176 0.251 1.218 1.645 1.105 1.753 3.092 1.627 8218 chr4 1238822 1244983 + 0 NA intron (NM_001012614, intron 1 of 9) CpG 1006 NM_001328 1487 Hs.208597 NM_001328 ENSG00000159692 CTBP1 BARS|HADDTS C-terminal binding protein 1 protein-coding 4.807 2.539 nan 5.614 5.191 2.759 2.680 2.888 5.516 1.939 5.549 1.572 3.641 2.714 5.460 5.233 1.754 0.207 8.458 1.447 2.302 2.184 3.510 1.322 4.794 2.197 3.540 3.885 6.672 1.921 5.433 7.519 5.383 5.743 2.404 3.383 0.663 3.519 0.095 1.913 4.103 6.382 4.695 2.340 2.256 2.489 4.315 5.239 3.885 7.972 3.355 2.514 5.233 9.763 4.054 4.794 1.850 2.819 0.709 6.227 1.569 2.039 1.494 1.675 2.481 2.056 1.130 6.526 7.389 5.850 9.264 6.598 6.249 nan 2.817 10.640 10.269 2.515 3.443 4.190 7.641 5.312 6.022 4.787 7.935 3.250 3.223 3.748 2.678 nan 1.685 1850 chr11 22683371 22695026 + 0 NA promoter-TSS (NM_177553) promoter-TSS (NM_177553) -456 NM_177553 2620 Hs.711297 NM_005256 ENSG00000148935 GAS2 GAS-2 growth arrest specific 2 protein-coding 1.097 0.982 0.775 0.254 0.198 0.671 0.031 0.055 0.154 0.008 0.047 0.010 0.086 0.390 0.635 0.615 0.125 0.118 0.016 0.011 0.024 0.255 0.170 0.215 0.012 0.045 0.009 0.048 0.034 0.116 0.933 0.012 0.125 1.755 0.074 0.077 0.051 0.136 0.055 0.021 0.060 0.028 0.039 0.058 0.232 0.133 0.484 0.045 0.635 0.086 0.024 0.215 0.042 0.021 1.352 0.025 0.217 0.027 0.247 0.105 0.013 0.015 0.578 0.539 0.179 0.229 1.353 1.150 0.182 0.089 0.300 0.355 5.906 6.222 0.289 0.370 1.430 1.695 0.449 0.661 3.898 3.724 0.184 0.269 0.880 0.736 10396 chr7 65951611 65971923 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 3089 NR_134571 100289098 Hs.662276 NR_134570 ENSG00000237310 GS1-124K5.4 - uncharacterized LOC100289098 ncRNA nan nan nan 0.377 1.173 0.268 0.718 0.467 0.957 0.127 0.679 0.783 0.182 0.761 0.855 1.027 0.613 0.166 0.518 0.196 0.812 0.224 1.056 0.699 1.407 0.699 0.570 0.318 0.633 0.227 0.959 1.371 1.180 1.588 0.187 0.554 0.202 0.727 0.180 0.232 0.464 0.609 0.395 0.251 0.365 0.280 0.480 0.549 0.746 1.355 0.574 0.454 1.027 0.782 0.563 1.407 0.434 0.272 0.333 0.556 1.108 0.638 0.312 0.206 0.251 0.282 0.204 1.460 1.427 1.103 1.559 1.576 1.538 3.937 2.034 2.174 2.330 0.904 1.075 1.696 2.183 1.310 1.127 0.838 1.200 1.291 1.349 0.965 1.197 3.085 1.490 1964 chr11 61270066 61284843 + 0 NA 3' UTR (NM_001145077, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_001145077, exon 1 of 1) 1182 NM_001145077 390205 Hs.441122 NM_001145077 ENSG00000204950 LRRC10B - leucine rich repeat containing 10B protein-coding nan 1.556 3.901 0.108 1.601 0.879 0.296 0.325 0.566 0.013 0.168 0.109 0.092 0.176 1.090 0.460 0.111 0.108 0.386 0.141 0.047 0.037 0.290 0.128 0.402 0.064 0.016 0.109 0.194 0.157 0.479 2.570 0.216 2.284 0.336 0.135 0.088 0.161 0.096 0.056 1.582 0.142 0.053 0.021 0.030 0.060 0.527 0.160 0.190 0.129 0.032 0.085 0.460 0.550 0.050 0.402 0.033 0.089 0.634 0.425 1.142 0.146 2.012 0.121 0.067 0.012 0.014 4.200 6.227 0.521 0.799 2.517 2.294 2.371 0.741 1.227 1.197 0.469 0.888 5.668 6.583 0.788 0.591 2.807 3.504 0.771 0.740 0.618 0.763 0.893 0.643 3396 chr14 23234924 23236868 + 0 NA exon (NM_005015, exon 1 of 10) exon (NM_005015, exon 1 of 10) 165 NM_005015 5018 Hs.151134 NM_005015 ENSG00000155463 OXA1L OXA1 OXA1L, mitochondrial inner membrane protein protein-coding 7.282 4.076 5.408 5.558 6.806 6.374 5.325 3.200 4.198 1.124 3.389 4.763 1.208 2.416 4.078 4.020 5.293 0.582 2.859 1.229 7.062 3.482 1.660 1.150 4.396 4.383 4.876 1.140 4.866 3.219 9.132 15.820 4.225 9.934 4.212 7.507 0.476 5.583 0.066 3.738 2.586 4.002 3.689 1.531 6.242 3.384 4.016 4.860 5.353 4.661 5.961 5.112 4.020 3.034 8.137 4.396 3.896 2.475 11.191 7.838 4.038 3.328 2.327 3.507 4.425 4.091 3.165 4.124 3.947 7.853 12.145 6.968 6.270 11.663 5.834 16.846 17.993 9.614 11.354 6.210 nan 24.048 25.466 8.621 9.194 6.543 8.905 7.069 6.440 5.610 2.909 11756 chr9 123677507 123699888 + 0 NA intron (NM_005658, intron 1 of 7) intron (NM_005658, intron 1 of 7) 476 NM_005658 7185 Hs.531251 NM_005658 ENSG00000056558 TRAF1 EBI6|MGC:10353 TNF receptor associated factor 1 protein-coding nan nan 1.335 0.309 0.743 1.005 1.241 0.393 0.722 0.077 0.985 1.430 0.020 0.246 0.244 0.297 0.798 0.130 1.229 1.268 0.168 0.018 0.375 0.203 0.616 1.288 1.022 0.413 1.315 0.357 0.573 1.599 0.632 nan 0.679 0.521 0.103 0.388 0.082 0.644 0.138 2.611 0.660 0.410 0.876 0.281 0.377 0.884 0.883 3.274 0.421 0.939 0.297 0.788 1.747 0.616 0.224 0.304 0.249 1.445 0.880 0.800 0.071 2.301 0.326 0.039 0.046 0.360 0.571 0.346 0.762 1.055 1.368 0.720 0.283 0.644 0.742 1.127 nan 1.334 1.514 1.441 1.230 0.362 0.518 0.594 0.524 1.778 5.741 nan 0.799 4768 chr17 39652642 39708033 + 0 NA intron (NM_002276, intron 5 of 5) intron (NM_002276, intron 5 of 5) 4304 NM_002276 3880 Hs.654568 NM_002276 ENSG00000171345 KRT19 CK19|K19|K1CS keratin 19 protein-coding nan 2.333 2.144 4.201 0.398 1.571 2.880 0.692 1.344 1.207 0.411 0.584 0.516 0.193 0.530 0.213 0.112 0.110 2.910 1.540 0.077 0.017 1.055 0.502 0.962 2.003 1.725 0.088 1.806 1.731 1.703 4.837 2.631 4.123 1.462 1.269 0.449 0.041 0.059 1.360 0.617 3.128 0.404 0.234 2.373 1.727 3.775 1.621 1.551 0.887 0.241 1.881 0.213 4.323 1.546 0.962 1.301 3.431 0.421 0.649 0.082 1.537 0.141 0.042 0.342 1.043 0.959 0.436 0.486 0.918 2.137 nan 0.991 3.131 0.650 0.882 0.924 0.378 0.732 0.935 1.286 nan 0.276 0.507 0.586 1.453 1.556 0.152 0.195 1.298 0.786 1004 chr1 200320741 200365197 + 0 NA promoter-TSS (NR_040064) promoter-TSS (NR_040064) -49 NR_040064 554279 Hs.434694 NR_040064 ENSG00000203721 LINC00862 C1orf98|SMIM16 long intergenic non-protein coding RNA 862 ncRNA 1.001 1.227 1.108 0.159 0.200 0.038 0.743 0.300 0.622 0.331 0.692 1.670 0.008 0.032 0.073 0.267 0.564 0.258 0.265 0.124 2.091 0.024 0.156 0.156 0.151 1.379 0.567 0.086 0.232 0.342 0.400 1.649 1.444 0.400 0.398 1.608 0.036 0.056 0.121 0.125 0.059 0.925 0.382 0.242 0.441 0.214 0.726 0.742 1.476 0.151 0.599 1.589 0.267 0.111 0.262 0.151 0.358 0.367 0.050 0.256 0.096 0.442 0.398 0.205 0.372 0.052 0.051 0.425 0.373 1.697 1.187 0.661 0.733 0.343 0.137 nan nan 0.343 0.620 1.239 1.093 0.291 0.152 0.251 0.554 0.206 0.285 0.378 1.066 0.601 0.608 8898 chr5 51105344 51110450 + 0 NA Intergenic Intergenic -195968 NR_147166 105378960 Hs.639310 NR_147166 ENSG00000248789 LINC02118 - long intergenic non-protein coding RNA 2118 ncRNA nan nan 0.787 1.405 0.070 0.152 0.236 0.222 0.315 0.281 0.091 0.025 0.078 0.088 0.200 0.087 0.062 0.104 0.037 0.135 0.028 0.080 0.175 0.187 0.028 0.014 0.686 0.529 1.696 1.727 2.634 0.412 0.594 0.062 0.018 0.127 0.053 0.146 2.565 0.431 0.100 0.060 0.769 0.060 0.415 0.269 0.016 0.077 0.349 0.169 0.200 0.042 0.091 0.187 0.048 0.062 0.037 0.068 0.080 0.047 0.020 0.024 0.045 0.034 0.010 0.382 0.258 8.448 5.773 0.395 0.630 nan 0.472 0.119 0.136 0.263 0.322 0.154 0.139 nan 0.370 0.101 0.078 0.228 0.498 0.169 0.174 0.295 0.389 6574 chr2 201164005 201186461 + 0 NA intron (NM_001282744, intron 1 of 12) intron (NM_001282744, intron 1 of 12) 1560 NM_001282744 26010 Hs.120323 NM_015535 ENSG00000196141 SPATS2L DNAPTP6|SGNP spermatogenesis associated serine rich 2 like protein-coding 1.111 nan 1.709 2.804 0.470 1.418 3.950 0.556 0.837 0.373 1.231 1.616 1.438 0.468 1.222 0.843 0.850 0.129 3.079 1.063 0.304 0.179 0.217 0.158 0.577 1.859 1.738 0.472 2.591 1.336 3.769 5.720 2.934 4.211 1.426 0.963 0.025 0.433 0.105 0.943 0.572 1.137 0.953 0.438 1.515 1.647 2.135 0.874 1.849 1.477 0.612 0.840 0.843 2.181 6.041 0.577 0.587 0.760 0.099 1.191 0.404 0.970 2.241 0.737 1.649 0.618 0.467 1.987 2.814 2.473 3.445 0.604 0.525 0.705 0.228 3.516 3.331 0.173 0.302 0.596 0.709 1.016 1.085 2.043 3.816 0.108 0.102 1.225 2.492 0.284 0.343 1013 chr1 201560709 201576130 + 0 NA Intergenic Intergenic -49031 NM_020443 89796 Hs.585374 NM_020443 ENSG00000134369 NAV1 POMFIL3|STEERIN1|UNC53H1 neuron navigator 1 protein-coding 1.455 4.155 1.365 0.260 0.376 1.244 0.521 1.247 2.553 0.025 0.526 4.080 0.008 0.734 0.665 2.201 0.415 0.094 0.370 0.270 0.717 0.027 0.360 0.270 0.272 2.691 1.589 0.077 0.345 0.329 0.440 3.283 0.455 2.642 0.258 0.099 0.493 0.028 0.063 0.452 0.108 0.107 0.039 0.056 0.736 0.275 0.118 0.378 0.563 0.097 4.638 2.916 2.201 0.504 1.595 0.272 0.358 0.500 0.188 0.105 4.888 0.441 0.090 0.204 0.308 0.015 0.016 0.848 1.390 0.533 0.789 1.474 1.553 2.285 1.038 nan nan 0.994 1.785 3.083 5.360 0.755 0.665 0.287 0.347 2.096 2.498 0.494 0.741 2.188 1.441 11565 chr9 67015005 67029312 + 0 NA intron (NR_046175, intron 3 of 3).2 intron (NR_046175, intron 3 of 3).2 8033 NR_136299 101929583 Hs.404758 NR_136299 LOC101929583 - methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 1 like pseudogene pseudo 0.778 1.962 1.040 2.412 0.147 0.050 2.855 0.146 0.245 0.127 0.219 2.037 0.017 0.188 0.057 1.101 0.105 0.046 1.484 0.953 0.101 0.088 0.186 0.126 0.100 2.184 1.862 0.123 1.241 0.580 1.590 2.838 0.069 0.586 1.587 0.207 0.192 0.050 0.074 1.064 0.073 2.977 4.534 2.448 0.687 0.858 0.363 3.609 0.405 2.616 0.049 0.141 1.101 1.307 0.613 0.100 1.131 0.127 0.088 0.272 0.233 0.934 0.111 0.171 0.642 3.979 5.591 0.418 0.193 0.341 0.548 0.360 0.450 0.372 0.160 0.355 0.285 0.406 0.770 0.181 0.198 0.549 0.273 0.270 0.494 0.679 1.786 0.333 0.399 0.673 0.762 8853 chr5 34606821 34612047 + 0 NA Intergenic Intergenic -46999 NM_015577 26064 Hs.431400 NM_015577 ENSG00000039560 RAI14 NORPEG|RAI13 retinoic acid induced 14 protein-coding 0.897 1.194 nan 1.088 0.345 0.150 3.334 0.061 0.553 1.535 2.361 5.379 0.075 0.085 0.416 4.287 0.871 4.063 3.658 0.328 0.079 0.123 0.283 0.092 1.589 0.803 0.072 2.641 1.698 2.414 5.455 3.719 0.385 2.969 0.357 0.191 0.061 0.125 2.300 0.031 3.332 2.287 1.552 1.482 1.573 1.881 2.049 0.327 0.832 1.025 0.992 0.416 1.710 1.103 0.092 0.944 0.697 0.038 0.592 0.215 2.400 0.057 0.093 0.974 1.895 1.007 0.428 0.316 0.515 1.603 0.431 0.343 0.538 0.092 0.293 0.272 0.884 1.444 0.492 0.470 0.674 0.328 0.256 0.338 0.457 1.229 0.142 0.580 1.619 0.958 5688 chr19 41854386 41860889 + 0 NA intron (NM_000660, intron 1 of 6) intron (NM_000660, intron 1 of 6) 2151 NM_000660 7040 Hs.645227 NM_000660 ENSG00000105329 TGFB1 CED|DPD1|LAP|TGFB|TGFbeta transforming growth factor beta 1 protein-coding 1.291 0.725 1.041 3.234 0.391 0.342 1.277 0.397 0.601 0.456 4.293 3.750 0.085 0.480 0.055 0.373 1.448 0.148 1.266 0.498 1.008 1.792 0.121 0.139 0.493 1.507 1.865 3.836 1.368 0.551 1.886 nan 2.260 0.883 0.606 1.381 0.117 3.251 0.111 1.685 0.197 3.076 3.198 1.309 1.304 0.200 1.143 0.769 5.079 10.217 0.387 0.282 0.373 0.971 0.967 0.493 0.252 0.280 0.090 5.029 0.703 0.343 0.015 0.700 1.726 1.328 0.678 0.363 0.305 0.285 0.620 1.073 0.801 1.770 0.370 2.203 2.179 0.356 0.498 1.026 1.320 1.593 1.102 0.415 0.412 0.397 0.515 0.848 1.977 0.753 0.614 1693 chr10 124757719 124793806 + 0 NA intron (NM_001609, intron 1 of 10) MER57A1|LTR|ERV1 7333 NM_001330174 36 Hs.81934 NM_001609 ENSG00000196177 ACADSB 2-MEBCAD|ACAD7|SBCAD acyl-CoA dehydrogenase short/branched chain protein-coding nan 0.764 0.881 0.169 0.284 0.067 0.167 0.351 0.686 0.045 0.372 0.256 0.040 0.122 0.219 0.192 0.278 0.125 0.228 0.079 0.066 0.180 0.183 0.123 0.492 0.151 0.102 0.161 0.282 0.093 0.302 0.318 0.240 0.725 0.056 0.177 0.026 0.211 0.096 0.059 0.169 0.278 0.191 0.091 0.233 0.070 0.237 0.117 0.316 0.295 0.120 0.308 0.192 0.269 0.546 0.492 0.159 0.085 0.078 0.218 0.233 0.181 3.086 0.439 0.090 0.080 0.033 2.875 2.594 4.559 4.978 0.373 0.392 1.041 0.601 0.754 0.761 0.416 0.642 1.045 1.348 0.462 0.394 2.331 3.765 0.137 0.203 0.763 1.366 0.621 0.502 316 chr1 41818863 41886059 + 0 NA Intergenic Intergenic -11120 NR_135817 101929901 NR_135817 ENSG00000229901 LOC101929901 - uncharacterized LOC101929901 ncRNA 16.807 1.448 nan 0.384 0.793 6.489 0.465 1.549 2.989 0.348 0.564 0.263 0.274 0.568 2.714 1.849 0.849 0.196 0.443 0.101 0.139 0.072 1.850 0.999 2.316 0.196 0.181 0.274 0.313 0.150 0.628 2.233 0.705 3.500 0.280 0.083 0.518 0.251 0.088 0.105 1.305 0.380 0.162 0.119 0.097 0.449 0.608 0.156 0.363 0.340 0.147 0.200 1.849 0.592 0.179 2.316 0.080 1.076 0.999 0.844 0.742 0.168 1.584 0.827 0.199 0.152 0.072 1.121 2.301 0.724 1.471 4.737 4.562 1.370 0.499 1.534 1.509 2.463 nan nan 7.791 2.145 1.875 1.388 nan 1.160 0.851 1.246 2.685 1.569 0.865 4549 chr17 2905770 2910581 + 0 NA intron (NM_001100398, intron 13 of 23) intron (NM_001100398, intron 13 of 23) -38986 NR_110818 101927911 Hs.626373 NR_110818 ENSG00000262884 LOC101927911 - uncharacterized LOC101927911 ncRNA 2.834 1.360 1.524 1.137 0.686 2.001 1.209 0.830 2.398 2.164 0.342 0.903 0.915 1.223 1.313 1.868 0.170 0.068 2.735 1.142 2.583 0.030 0.397 0.225 1.769 0.444 0.290 1.585 2.469 0.918 3.805 6.527 7.289 1.921 1.017 1.176 0.163 0.045 0.061 0.720 0.214 2.049 0.496 0.291 1.451 4.697 0.458 0.127 3.655 3.700 0.855 1.122 1.868 7.778 3.720 1.769 1.744 3.446 2.905 1.278 5.105 2.932 0.556 1.161 0.186 0.178 0.150 1.166 2.917 1.674 4.235 2.093 1.763 1.756 0.356 1.472 1.339 1.213 1.934 2.167 2.918 2.647 2.359 0.665 1.081 0.561 0.791 1.441 3.281 0.828 0.572 1806 chr11 12397673 12413892 + 0 NA intron (NM_018222, intron 1 of 12) intron (NM_018222, intron 1 of 12) 6664 NM_018222 55742 Hs.432914 NM_018222 ENSG00000197702 PARVA CH-ILKBP|MXRA2 parvin alpha protein-coding 1.398 nan 0.852 0.510 0.458 0.410 0.768 0.266 0.465 0.176 0.993 0.468 0.138 0.236 0.300 0.456 1.076 0.111 0.502 0.141 0.199 0.051 0.251 0.223 4.166 0.595 0.570 0.975 0.649 0.260 0.690 1.410 0.488 0.732 0.090 0.328 0.316 0.412 0.081 0.197 0.215 0.933 1.446 0.602 0.329 0.193 0.385 0.985 0.909 0.790 0.413 0.531 0.456 0.830 0.639 4.166 0.164 0.364 0.163 0.809 0.006 0.463 0.220 0.107 0.414 0.509 0.320 nan 1.072 1.361 2.044 1.412 1.487 1.854 0.632 2.538 2.369 0.543 nan 1.098 1.516 0.867 0.857 0.745 1.080 1.059 0.873 0.439 0.660 1.862 nan 4013 chr15 66794341 66798603 + 0 NA promoter-TSS (NR_002441) promoter-TSS (NR_002441) 721 NM_000968 6124 Hs.186350 NM_000968 ENSG00000174444 RPL4 L4 ribosomal protein L4 protein-coding 4.808 3.690 4.719 5.590 4.370 1.559 4.547 3.051 6.305 2.507 4.988 5.443 3.634 2.901 1.774 2.963 3.474 0.187 3.852 1.694 5.466 4.781 2.698 1.341 4.191 3.169 3.487 1.962 2.738 3.089 7.208 9.016 3.660 10.683 3.254 9.001 1.070 4.886 0.075 2.236 1.121 6.225 5.721 2.541 4.729 2.198 3.852 5.024 4.679 4.544 4.263 5.509 2.963 4.563 5.133 4.191 4.624 2.981 2.000 3.880 4.708 4.012 2.136 2.650 2.551 3.319 2.811 9.006 8.252 8.502 11.605 5.438 6.591 nan 5.229 13.075 14.977 6.277 8.301 8.623 11.718 18.701 18.237 6.996 10.970 7.321 10.483 9.775 8.943 4.065 1.665 11941 chrX 45601616 45676733 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -32644 NR_029636 407007 NR_029636 ENSG00000207725 MIR222 MIRN222|miRNA222|mir-222 microRNA 222 ncRNA 0.615 0.733 nan 1.558 0.038 0.063 1.021 0.083 0.139 0.231 1.316 0.988 0.293 0.027 0.030 0.048 1.000 0.099 1.313 0.462 0.456 0.013 0.178 0.141 0.036 1.279 1.061 0.366 1.197 1.252 0.215 0.390 0.479 0.226 0.489 0.777 0.032 2.470 0.085 0.815 0.013 2.619 0.869 0.446 0.902 0.552 0.311 1.587 0.495 1.028 0.158 0.373 0.048 0.793 1.051 0.036 0.213 0.110 0.012 0.349 0.028 1.056 0.019 0.224 1.261 2.055 2.648 0.095 0.039 1.327 3.202 0.158 0.228 0.803 0.306 0.117 0.116 0.084 0.149 0.204 0.237 0.488 0.401 0.083 0.091 0.124 0.130 0.291 0.719 0.567 0.345 9392 chr6 3063281 3070470 + 0 NA intron (NM_001354931, intron 1 of 9) L1MC2|LINE|L1 -1857 NM_001354930 8737 Hs.519842 NM_003804 ENSG00000137275 RIPK1 RIP|RIP-1|RIP1 receptor interacting serine/threonine kinase 1 protein-coding 3.640 3.320 3.129 1.019 3.247 1.614 1.221 1.504 3.226 0.451 3.232 1.381 1.138 0.933 4.686 2.376 2.382 0.513 2.990 0.748 2.622 1.722 1.440 0.557 4.731 1.693 1.890 0.969 1.687 1.114 4.492 5.899 3.359 2.632 1.118 1.321 0.755 3.731 0.167 0.721 1.377 4.620 3.084 1.376 1.348 0.746 1.432 2.669 3.048 7.487 2.006 1.794 2.376 5.050 3.033 4.731 1.020 1.670 0.595 4.551 2.082 1.945 0.966 1.070 1.813 0.561 0.295 4.114 4.686 3.898 5.230 5.153 3.880 4.383 1.360 7.300 7.205 2.100 2.729 2.950 4.813 2.957 3.279 1.536 3.544 3.280 3.782 2.517 3.308 1.804 1.135 7369 chr22 29104548 29112506 + 0 NA intron (NM_001349956, intron 4 of 13) intron (NM_001349956, intron 4 of 13) 29295 NM_001349956 11200 Hs.291363 NM_007194 ENSG00000183765 CHEK2 CDS1|CHK2|HuCds1|LFS2|PP1425|RAD53|hCds1 checkpoint kinase 2 protein-coding nan 0.606 0.576 0.170 0.110 0.035 1.375 0.080 0.363 0.973 1.409 2.208 1.157 0.039 0.034 0.146 2.274 0.162 1.411 0.925 6.459 0.178 0.072 0.143 1.922 1.627 0.558 2.743 0.428 1.080 nan 1.339 0.239 0.641 3.653 0.061 0.122 0.129 1.051 0.100 1.393 1.041 0.498 1.284 0.347 0.268 2.196 0.899 0.973 2.035 0.650 0.146 1.050 5.756 0.143 0.262 0.062 0.025 0.875 0.051 2.588 0.062 0.108 1.034 0.839 0.906 0.280 0.294 0.311 nan 0.304 0.333 0.372 0.131 0.510 0.462 0.585 nan 0.398 0.298 0.514 0.377 0.119 0.198 0.158 0.272 0.295 nan 1.044 0.694 6765 chr2 239400875 239423429 + 0 NA Intergenic Intergenic 51988 NR_037809 151171 Hs.652076 NR_037809 ENSG00000225493 LINC01107 - long intergenic non-protein coding RNA 1107 ncRNA 0.945 nan 0.792 0.860 0.393 0.287 0.185 2.161 4.210 0.013 0.093 0.065 0.003 0.053 0.051 0.633 0.027 0.007 0.240 0.042 0.028 0.031 0.444 0.316 6.380 0.055 0.042 0.019 0.058 0.014 0.093 0.327 0.092 3.644 0.032 0.097 0.097 0.091 0.080 0.026 0.797 0.114 0.052 0.038 0.034 0.047 0.119 0.138 0.206 0.078 0.032 0.124 0.633 0.119 0.061 6.380 0.021 0.123 0.094 0.131 0.121 0.066 0.111 0.027 0.091 0.015 0.014 1.676 1.826 0.910 0.612 2.701 2.918 2.235 0.647 0.257 0.231 0.355 0.655 0.672 nan 0.361 0.366 0.671 0.611 0.334 0.288 0.123 0.178 0.501 0.380 1370 chr10 18895999 18906803 + 0 NA intron (NM_182543, intron 5 of 10) intron (NM_182543, intron 5 of 10) 39165 NM_001351117 221078 Hs.396175 NM_182543 ENSG00000241058 NSUN6 4933414E04Rik|ARL5B-AS1|NOPD1 NOP2/Sun RNA methyltransferase family member 6 protein-coding nan 1.006 0.816 0.306 0.721 0.067 1.222 0.222 0.457 0.824 2.604 2.752 0.040 0.461 0.057 0.119 0.903 0.373 1.227 0.856 0.605 0.026 0.232 0.173 0.397 1.361 0.708 0.048 0.704 0.614 1.037 2.040 0.624 0.731 0.892 1.603 0.026 0.059 0.083 1.126 0.073 0.323 0.480 0.216 0.675 0.769 0.495 0.137 1.673 0.085 0.525 1.322 0.119 0.773 1.441 0.397 1.330 1.047 0.073 0.048 1.240 1.329 0.018 0.140 1.026 0.042 0.042 0.430 0.450 0.288 0.487 0.240 0.304 6.388 2.900 0.244 0.183 1.012 1.451 1.704 1.537 0.248 0.186 0.136 0.164 0.217 0.365 0.348 0.879 0.618 0.366 4251 chr16 14456008 14474068 + 0 NA promoter-TSS (NR_131191) promoter-TSS (NR_131191) -915 NR_131191 105447648 Hs.554151 NR_131191 ENSG00000260009 LINC02130 - long intergenic non-protein coding RNA 2130 ncRNA 1.124 0.484 nan 0.430 0.104 0.058 0.973 0.186 0.466 1.501 1.345 0.659 0.068 0.038 0.157 0.298 0.190 0.117 0.744 0.462 0.208 0.062 0.041 0.063 0.191 0.643 0.312 0.166 0.354 0.175 0.323 1.667 0.231 0.309 0.870 0.723 0.032 0.030 0.057 0.052 0.274 1.181 0.220 0.178 0.404 0.166 2.317 3.928 1.984 0.110 0.172 2.193 0.298 0.320 0.069 0.191 0.229 1.123 0.467 0.163 0.096 0.311 0.042 0.098 0.607 0.654 0.514 0.395 0.386 0.195 0.229 0.298 0.325 0.878 0.318 0.480 0.601 0.606 0.810 0.259 0.396 nan 0.640 0.270 0.324 0.149 0.230 0.272 0.732 0.667 0.546 4809 chr17 43318574 43328882 + 0 NA intron (NM_005892, intron 25 of 26) intron (NM_005892, intron 25 of 26) -1564 NR_110325 100133991 Hs.668927 NR_024434 ENSG00000267278 MAP3K14-AS1 - MAP3K14 antisense RNA 1 ncRNA 1.849 2.455 nan 2.647 1.960 2.104 1.040 1.730 2.693 0.576 1.616 0.471 3.257 0.609 1.959 0.989 0.210 0.015 1.940 0.627 4.854 0.739 0.883 0.574 1.655 0.416 0.422 1.514 1.283 0.520 2.794 nan 1.998 5.133 0.551 1.088 0.238 2.502 0.138 0.354 0.725 1.387 0.491 0.235 1.325 0.756 1.553 0.237 5.608 1.578 1.066 1.470 0.989 2.483 0.567 1.655 1.396 1.081 0.660 8.407 1.964 0.337 0.609 0.465 0.457 0.114 0.093 2.881 4.081 1.379 2.100 3.563 nan 3.874 1.368 3.501 3.372 0.869 1.117 3.835 nan 2.088 2.160 1.371 1.974 1.264 1.022 1.202 1.752 1.037 0.684 7256 chr21 45281076 45288840 + 0 NA promoter-TSS (NM_020132) promoter-TSS (NM_020132) -158 NM_020132 56894 Hs.248785 NM_020132 ENSG00000160216 AGPAT3 LPAAT-GAMMA1|LPAAT3 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 3 protein-coding nan 2.046 5.534 1.659 0.929 5.147 1.564 1.222 2.748 0.320 1.427 0.999 1.464 1.381 5.821 2.739 0.788 0.268 1.046 0.103 1.363 1.268 1.903 0.666 5.192 0.991 1.274 2.107 0.610 0.281 2.394 3.599 1.663 4.369 0.093 1.061 0.907 1.344 0.089 0.289 2.044 2.395 1.724 0.994 1.617 1.222 2.159 1.124 2.202 3.088 1.190 1.660 2.739 0.964 1.891 5.192 1.107 1.023 0.691 2.006 0.854 0.427 1.557 0.830 0.040 0.423 0.328 2.250 3.260 2.325 3.288 4.468 4.064 nan 0.780 1.172 0.789 1.406 nan 4.196 6.230 2.662 2.787 2.049 3.914 3.950 2.154 2.241 2.438 3.382 1.770 2649 chr12 49521813 49528048 + 0 NA intron (NM_006082, intron 1 of 3) CpG 374 NM_006082 10376 Hs.524390 NM_006082 ENSG00000123416 TUBA1B K-ALPHA-1 tubulin alpha 1b protein-coding 5.439 nan 3.769 3.105 5.153 5.943 2.679 3.452 6.607 1.588 2.684 1.771 2.975 2.108 6.071 4.288 3.186 0.398 4.325 1.586 4.244 2.426 4.021 2.205 6.242 2.490 3.421 1.868 3.174 1.740 3.371 5.163 4.869 5.177 2.332 5.561 1.953 3.854 0.174 1.753 2.573 4.507 4.258 2.092 2.026 1.871 3.335 6.479 3.983 4.909 2.999 3.283 4.288 5.075 5.953 6.242 1.219 2.668 1.851 5.968 2.681 3.426 3.045 2.823 2.281 3.733 2.812 6.736 6.944 7.478 8.624 14.411 12.905 10.813 6.873 11.939 12.123 5.349 7.422 8.025 11.415 8.528 9.364 3.607 6.717 7.742 8.720 6.524 9.564 5.235 2.394 3668 chr14 70302638 70317834 + 0 NA Intergenic Intergenic 31759 NR_149012 100506358 NR_149012 LOC100506358 - uncharacterized LOC100506358 ncRNA 2.475 0.921 0.830 0.072 1.106 0.069 0.047 1.096 2.204 0.006 0.098 0.043 0.037 0.443 0.293 1.753 0.153 0.192 0.026 0.075 0.018 1.709 0.932 0.530 0.037 0.042 0.029 0.086 0.026 0.068 0.273 0.144 0.841 0.106 2.323 0.029 0.085 2.401 0.079 0.071 0.021 0.018 0.080 0.082 0.124 0.118 0.076 0.254 0.462 1.753 0.040 0.042 0.530 0.099 0.527 0.071 0.069 0.642 0.093 0.162 0.422 0.020 0.019 0.003 0.297 0.124 0.181 0.189 0.925 0.868 4.159 1.754 0.251 0.239 0.680 1.113 1.134 nan 1.273 1.148 0.271 0.380 5.909 6.530 0.343 1.077 3.310 nan 9733 chr6 56571324 56601584 + 0 NA intron (NM_183380, intron 2 of 93) intron (NM_183380, intron 2 of 93) -78760 NM_001723 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.270 1.178 nan 1.587 0.273 0.059 4.279 0.101 0.210 0.733 0.522 1.569 0.819 0.102 0.094 0.383 0.714 0.127 2.673 0.908 2.376 2.176 0.148 0.152 0.091 1.658 1.042 0.324 1.307 1.866 0.906 1.348 2.371 0.387 1.502 0.269 0.078 0.819 0.128 1.980 0.068 2.171 0.859 0.364 1.195 1.395 0.572 1.053 0.401 0.904 0.324 0.504 0.383 2.409 6.309 0.091 0.271 0.954 0.026 0.880 0.024 1.685 0.069 1.262 2.170 2.939 2.974 0.437 0.269 0.406 0.668 0.319 0.367 0.528 0.209 0.305 0.324 1.313 2.035 0.685 0.675 1.299 0.732 0.176 0.277 0.270 0.569 1.675 3.752 0.596 0.596 3804 chr14 100787750 100817450 + 0 NA intron (NM_173701, intron 10 of 10) AluY|SINE|Alu 12926 NM_001350877 283600 Hs.108268 NM_207117 ENSG00000140107 SLC25A47 C14orf68|HDMCP|HMFN1655 solute carrier family 25 member 47 protein-coding 1.776 1.164 0.917 0.136 1.608 0.599 0.256 0.285 0.550 0.023 0.152 0.115 0.046 0.184 2.850 0.807 0.259 0.162 0.212 0.089 0.115 0.121 0.567 0.426 0.312 0.728 0.547 0.105 0.399 0.149 0.190 0.752 0.295 0.657 0.085 0.130 0.259 0.091 0.084 0.155 0.271 0.304 0.092 0.092 0.132 0.267 0.036 0.387 0.264 0.459 0.120 0.368 0.807 0.220 0.093 0.312 0.086 0.103 0.545 0.184 0.967 0.341 0.036 0.505 0.101 0.033 0.044 0.411 0.527 0.289 0.691 1.922 1.834 2.665 0.708 0.200 0.235 0.335 0.627 2.952 3.209 1.250 1.046 0.318 0.337 1.321 0.870 0.599 1.329 2.793 1.425 9829 chr6 107147527 107153629 + 0 NA Intergenic Intergenic 7218 NR_149100 105377926 Hs.635821 NR_149100 ENSG00000229654 LINC02526 - long intergenic non-protein coding RNA 2526 ncRNA 0.916 nan nan 0.093 5.438 2.588 0.012 3.149 6.509 0.016 0.100 0.114 0.010 1.934 4.291 0.464 0.086 0.026 0.157 0.012 0.021 0.046 1.422 0.522 4.442 0.181 0.063 0.012 0.045 0.018 0.266 1.596 0.186 5.544 0.071 0.185 0.327 0.018 0.183 0.105 0.108 0.029 0.039 0.179 0.049 0.123 0.105 0.240 0.034 0.167 0.163 0.464 0.093 0.046 4.442 0.060 0.068 0.186 0.068 2.512 0.013 0.568 0.100 0.013 0.009 0.009 8.907 7.867 0.262 0.270 3.051 nan 12.655 6.569 0.161 0.213 0.334 0.472 7.409 6.735 nan 0.249 0.468 0.709 3.177 2.343 0.192 0.279 2.656 1.409 5483 chr19 2234214 2238866 + 0 NA promoter-TSS (NM_018049) promoter-TSS (NM_018049) -188 NM_018049 55111 Hs.501353 NM_018049 ENSG00000104886 PLEKHJ1 GNRPX pleckstrin homology domain containing J1 protein-coding 5.963 4.706 6.099 3.574 9.826 7.128 3.182 4.330 9.300 0.948 4.175 2.245 1.883 1.614 10.305 6.815 2.486 0.588 4.738 1.516 4.925 2.940 3.408 1.683 8.705 3.104 4.239 4.057 5.117 1.627 4.748 6.855 4.378 16.848 1.332 4.208 2.312 4.408 0.123 1.713 2.557 7.747 3.881 1.802 4.717 1.945 2.796 4.715 3.932 6.821 5.060 2.487 6.815 5.776 4.049 8.705 1.606 2.508 2.289 8.924 4.175 4.134 1.594 1.465 2.344 4.819 3.563 7.423 6.601 8.251 10.136 10.748 9.210 7.187 2.908 14.947 15.188 5.871 8.022 6.836 10.681 8.707 9.314 3.839 6.073 8.598 11.496 4.759 4.964 4.807 2.833 3259 chr13 95358389 95367327 + 0 NA 3' UTR (NM_007084, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_007084, exon 1 of 1) 1939 NM_007084 11166 Hs.187577 NM_007084 ENSG00000125285 SOX21 SOX25 SRY-box 21 protein-coding 0.836 3.950 1.860 0.063 4.910 0.043 1.732 0.703 1.661 0.010 0.044 0.042 0.042 0.012 0.506 2.593 0.133 0.055 4.322 1.569 0.531 0.031 0.331 0.296 2.387 0.193 0.089 0.045 0.053 0.036 2.125 3.483 0.236 16.277 0.393 0.067 0.011 1.114 0.106 0.199 0.470 0.269 0.141 0.148 0.293 0.040 0.111 1.266 0.359 1.299 0.867 2.593 3.409 2.005 2.387 0.834 0.554 0.065 0.701 0.387 0.227 0.055 0.056 0.035 0.026 0.011 0.346 0.180 0.201 0.318 5.191 3.129 1.768 1.014 0.098 0.111 0.069 0.117 0.458 1.555 0.502 0.390 0.295 0.281 0.487 0.460 0.379 0.725 0.940 0.530 3443 chr14 30388816 30400145 + 0 NA intron (NM_001330069, intron 1 of 18) intron (NM_001330069, intron 1 of 18) 1822 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 2.224 1.140 1.393 0.378 0.950 0.588 0.333 0.595 0.900 0.025 0.335 0.601 0.049 0.310 0.353 0.643 2.135 0.286 0.500 0.150 0.346 0.354 0.321 0.436 1.183 0.318 0.204 0.280 0.262 0.047 10.899 20.763 0.539 2.977 0.155 0.545 0.320 1.072 0.111 0.136 0.510 0.366 0.037 0.062 0.115 0.048 0.112 0.271 0.841 0.752 0.362 0.189 0.643 0.530 0.130 1.183 0.184 0.139 0.180 0.913 1.066 0.168 0.087 0.109 0.175 0.061 0.013 0.288 0.303 0.754 1.224 2.176 1.786 1.944 0.776 0.497 0.567 4.393 4.855 0.899 1.308 1.957 1.739 0.163 0.480 1.249 1.387 0.349 0.503 1.010 0.636 2437 chr12 6419018 6456173 + 0 NA TTS (NM_001346092) TTS (NM_001346092) 13688 NR_144351 7132 Hs.279594 NM_001065 ENSG00000067182 TNFRSF1A CD120a|FPF|TBP1|TNF-R|TNF-R-I|TNF-R55|TNFAR|TNFR1|TNFR55|TNFR60|p55|p55-R|p60 TNF receptor superfamily member 1A protein-coding 0.989 nan nan 2.392 0.546 0.234 2.549 0.246 0.590 1.262 2.027 2.231 0.480 0.685 0.491 1.031 0.580 0.100 2.929 1.300 1.827 0.254 0.174 0.116 0.464 2.382 2.590 0.805 4.106 1.805 3.908 7.428 3.950 0.802 0.936 4.550 0.098 0.161 0.112 1.236 0.307 3.269 2.588 0.951 1.920 2.698 2.666 5.423 6.260 4.714 1.236 2.340 1.031 2.625 2.990 0.464 1.339 2.309 0.692 4.931 0.536 1.593 0.602 0.632 0.908 2.469 1.743 0.355 0.485 1.494 2.791 nan 1.246 1.315 0.563 2.574 2.814 0.554 0.938 1.688 2.344 0.783 0.627 0.872 1.063 0.544 0.793 1.280 nan 0.616 0.490 3573 chr14 57072403 57080591 + 0 NA intron (NM_017799, intron 6 of 15) intron (NM_017799, intron 6 of 15) 29986 NM_017799 54916 Hs.497253 NM_017799 ENSG00000070269 TMEM260 C14orf101|SHDRA transmembrane protein 260 protein-coding nan nan 1.845 0.042 1.700 1.344 0.034 2.524 4.284 0.046 0.057 0.090 0.015 0.037 1.706 0.395 0.184 0.098 0.115 0.023 0.054 0.076 0.406 0.223 1.026 0.043 0.018 0.018 0.124 1.353 1.622 0.420 0.707 0.035 0.086 0.102 0.199 0.113 1.116 0.079 0.050 0.019 0.053 0.009 0.152 0.051 0.122 0.060 0.093 0.056 0.395 0.062 0.066 1.026 0.045 0.031 0.071 0.093 0.117 0.064 0.606 1.151 0.066 0.021 0.019 0.945 0.636 0.336 0.399 0.627 0.615 0.760 0.457 16.429 17.394 0.393 0.590 2.498 0.579 1.344 0.830 2.371 1.900 0.360 1.106 1.605 9.416 nan 0.479 10731 chr7 148821938 148826095 + 0 NA promoter-TSS (NM_001001661) promoter-TSS (NM_001001661) 508 NM_020781 57541 Hs.632032 NM_020781 ENSG00000197024 ZNF398 P51|P71|ZER6 zinc finger protein 398 protein-coding 7.056 2.209 4.955 6.673 5.285 5.396 3.433 2.471 6.362 2.645 5.553 4.582 2.133 3.509 7.892 5.769 4.952 1.045 6.284 2.080 5.745 4.267 2.632 1.380 10.719 3.601 4.675 3.383 9.624 2.367 6.357 8.211 12.030 11.629 2.619 6.780 1.205 9.177 0.324 2.496 2.687 5.935 4.937 1.829 3.123 4.572 5.784 6.203 6.318 6.731 3.545 4.396 5.769 5.317 7.030 10.719 1.345 6.082 1.818 11.574 3.909 4.906 2.705 2.084 3.343 3.338 1.909 7.411 8.967 6.955 10.760 9.134 7.535 8.933 3.386 11.506 12.225 5.350 6.408 5.908 7.801 5.965 6.647 4.701 9.221 6.305 5.310 5.099 7.139 5.468 nan 3131 chr13 40695749 40710388 + 0 NA Intergenic Intergenic -52878 NR_046870 100874127 Hs.578028 NR_046870 ENSG00000230710 LINC00332 NCRNA00332 long intergenic non-protein coding RNA 332 ncRNA 0.772 0.632 0.611 0.055 0.061 0.146 0.078 0.088 0.149 0.086 0.177 0.021 0.088 0.060 0.176 0.160 0.049 0.130 0.078 0.035 0.009 0.053 0.068 0.262 0.015 0.019 0.020 0.041 0.036 0.116 0.257 0.030 0.162 0.090 0.535 0.013 0.059 0.083 0.008 0.049 0.100 0.060 0.032 0.041 0.042 0.132 0.089 0.256 0.024 1.045 0.350 0.176 0.049 0.012 0.262 0.443 0.254 0.119 0.036 0.056 0.043 0.048 0.102 0.047 0.020 0.004 0.722 0.416 0.197 0.190 0.368 0.451 0.166 0.125 0.148 0.110 2.900 2.934 0.092 0.100 0.528 0.335 0.182 0.286 0.040 0.063 0.341 0.808 0.150 0.201 6899 chr20 24962482 24976271 + 0 NA intron (NM_020531, intron 1 of 8) intron (NM_020531, intron 1 of 8) 4049 NM_020531 57136 Hs.472330 NM_020531 ENSG00000101474 APMAP BSCv|C20orf3 adipocyte plasma membrane associated protein protein-coding 1.677 2.350 nan 0.234 1.112 1.453 0.604 0.533 0.886 0.408 0.798 0.727 0.153 0.621 0.465 0.860 0.842 0.036 0.753 0.259 0.841 0.252 0.441 0.234 1.021 0.407 0.288 0.382 0.212 0.261 0.884 1.266 1.265 4.236 0.711 0.704 0.938 0.432 0.073 0.481 0.115 0.542 0.541 0.265 0.403 0.190 0.958 0.602 0.974 0.640 0.444 0.444 0.860 1.079 1.053 1.021 0.353 0.627 0.555 0.692 1.287 0.750 0.481 0.465 0.693 0.326 0.217 1.836 2.039 1.149 1.894 1.997 1.897 2.298 0.738 1.184 1.323 1.560 2.027 3.737 3.863 2.511 2.065 1.000 1.714 2.511 4.205 0.976 1.627 2.157 0.999 9758 chr6 71955182 71963956 + 0 NA Intergenic Intergenic -38576 NM_024576 79627 Hs.648434 NM_024576 ENSG00000119900 OGFRL1 dJ331H24.1 opioid growth factor receptor like 1 protein-coding nan nan 0.708 0.602 0.179 0.064 0.362 0.073 0.202 0.207 2.073 0.321 0.199 0.080 0.065 0.303 0.870 0.164 0.335 0.130 6.932 0.016 0.083 0.124 0.122 1.280 0.693 0.235 0.576 0.580 3.111 2.527 3.712 0.322 0.500 0.987 0.022 0.172 0.107 0.214 0.125 1.230 1.652 0.775 0.933 0.132 0.295 0.749 0.074 0.097 0.027 0.015 0.303 0.210 0.031 0.122 0.126 0.038 0.090 0.736 0.063 0.190 0.072 0.057 0.555 0.144 0.075 0.560 0.612 0.319 0.392 0.211 0.205 0.184 0.119 0.368 0.301 1.072 1.395 0.294 0.312 0.618 0.375 0.261 0.278 0.376 0.432 0.190 0.550 0.240 0.326 6263 chr2 98609587 98616345 + 0 NA promoter-TSS (NM_015348) promoter-TSS (NM_015348) -612 NM_015348 23505 Hs.469376 NM_015348 ENSG00000075568 TMEM131 CC28|PRO1048|RW1|YR-23 transmembrane protein 131 protein-coding 3.414 2.228 3.186 1.812 5.051 2.501 1.679 1.300 2.734 0.948 2.087 2.061 0.329 0.929 2.425 3.461 1.218 0.212 1.603 0.505 3.843 2.809 1.483 0.748 6.912 1.470 2.078 1.382 2.831 0.656 1.906 2.708 2.626 6.900 0.846 1.503 0.367 1.900 0.089 1.954 1.485 3.330 2.105 0.900 0.807 0.981 3.476 1.937 2.831 2.332 0.979 1.441 3.461 1.573 2.623 6.912 0.743 2.029 0.688 5.954 1.935 1.452 1.456 0.972 1.450 1.040 0.564 3.567 4.172 3.837 4.300 7.406 7.557 6.761 2.601 6.688 7.248 1.704 2.296 8.367 9.528 3.529 3.518 2.067 3.820 2.720 1.723 3.901 3.412 1.781 1.148 4254 chr16 15067195 15077832 + 0 NA intron (NM_001285449, intron 1 of 16) AluJb|SINE|Alu 3693 NM_001285450 23042 Hs.370781 NM_015027 ENSG00000179889 PDXDC1 LP8165 pyridoxal dependent decarboxylase domain containing 1 protein-coding 2.209 2.807 nan 4.001 4.235 1.825 1.795 3.131 5.938 2.229 2.428 0.819 2.123 6.657 2.348 1.959 1.746 0.306 2.670 0.962 0.867 0.796 2.832 1.486 3.554 1.537 2.258 1.428 2.642 0.575 4.454 5.235 2.526 5.991 1.224 0.902 1.096 1.191 0.148 0.445 1.492 1.663 0.928 0.714 2.009 1.170 1.775 1.036 2.396 1.485 2.243 4.004 1.959 2.980 1.733 3.554 1.425 1.719 1.051 1.720 1.289 1.405 5.156 0.719 0.595 0.325 0.206 3.295 3.573 2.397 3.128 4.038 4.774 6.955 3.021 7.867 8.231 1.824 2.247 3.593 5.276 nan 3.281 5.081 7.639 3.886 3.765 2.225 2.816 2.335 1.189 5437 chr18 74549834 74574697 + 0 NA intron (NM_001306089, intron 2 of 30) intron (NM_001306089, intron 2 of 30) 26149 NM_007345 7776 Hs.719137 NM_007345 ENSG00000130856 ZNF236 ZNF236A|ZNF236B zinc finger protein 236 protein-coding nan nan 0.704 0.257 0.189 0.107 0.143 0.299 0.681 0.031 0.084 0.179 0.018 0.120 0.157 0.385 0.118 0.129 0.098 0.015 0.059 0.028 0.163 0.168 4.131 0.098 0.042 0.122 0.041 0.030 0.042 0.132 0.085 0.447 0.030 0.095 0.104 0.119 0.098 0.024 0.143 0.082 0.019 0.039 0.062 0.034 0.217 0.085 0.464 0.221 0.044 0.118 0.385 0.046 0.034 4.131 0.015 0.020 0.020 0.068 0.033 0.115 0.052 0.096 0.132 0.028 0.006 0.428 0.395 1.315 0.847 0.726 nan 0.951 0.364 0.522 0.519 0.330 0.479 1.174 nan 0.435 0.243 0.166 0.325 0.193 0.255 0.232 0.479 0.716 0.461 7188 chr21 35813760 35837217 + 0 NA intron (NM_001270404, intron 1 of 1) L4|LINE|RTE 2619 NM_001127670 3753 Hs.121495 NM_000219 ENSG00000180509 KCNE1 ISK|JLNS|JLNS2|LQT2/5|LQT5|MinK potassium voltage-gated channel subfamily E regulatory subunit 1 protein-coding 0.727 0.569 0.727 0.073 0.163 3.520 0.052 0.140 0.288 0.012 0.079 0.366 0.021 0.017 1.213 0.608 0.121 0.048 0.085 0.032 0.027 0.012 0.167 0.144 0.251 0.030 0.028 0.051 0.058 0.027 0.072 0.173 0.070 1.016 0.037 0.048 0.032 0.027 0.042 0.050 0.064 0.086 0.061 0.057 0.047 0.033 0.083 0.182 0.087 0.076 0.037 0.048 0.608 0.061 0.035 0.251 0.026 0.060 0.090 0.060 0.067 0.030 0.031 0.060 0.089 0.064 0.017 0.393 0.316 0.289 0.399 0.873 0.890 0.984 0.381 0.242 0.320 0.160 0.343 0.830 0.887 0.479 0.257 0.189 0.208 0.226 0.252 0.195 0.324 nan 0.664 2485 chr12 12027650 12040683 + 0 NA intron (NM_001987, intron 5 of 7) AluJr|SINE|Alu -189712 NM_138723 79370 Hs.210343 NM_030766 ENSG00000121380 BCL2L14 BCLG BCL2 like 14 protein-coding 0.933 1.512 2.300 2.460 4.538 0.222 1.812 0.423 1.094 0.299 0.844 0.171 0.233 3.541 0.252 0.727 0.167 0.061 2.587 1.499 0.117 0.021 1.827 0.904 2.605 0.559 0.338 0.034 2.462 1.821 0.969 3.099 1.866 3.083 1.190 0.048 0.200 0.067 0.105 0.190 0.030 1.202 0.041 0.030 2.322 2.960 1.860 0.314 0.756 0.130 0.462 0.706 0.727 2.501 0.107 2.605 0.528 1.170 0.216 0.191 0.591 0.800 0.152 0.124 0.530 0.031 0.036 0.329 0.577 0.832 3.219 nan 1.883 8.401 2.275 1.044 1.196 0.533 0.888 5.053 4.556 0.390 0.290 0.393 0.672 0.667 0.964 0.439 0.648 1.687 0.791 10365 chr7 55010595 55016220 + 0 NA Intergenic Intergenic -73307 NM_001346898 1956 Hs.488293 NM_005228 ENSG00000146648 EGFR ERBB|ERBB1|HER1|NISBD2|PIG61|mENA epidermal growth factor receptor protein-coding nan 0.955 0.678 0.354 0.120 0.049 0.280 0.085 0.125 3.274 0.055 0.181 11.295 0.102 0.064 0.115 0.585 0.284 0.150 0.109 0.085 0.029 0.064 0.355 0.218 0.039 0.193 0.037 0.238 0.707 4.482 0.456 0.155 0.029 0.016 0.521 0.128 0.018 0.021 0.059 0.233 1.049 0.126 0.043 0.052 0.056 0.911 0.115 0.147 0.167 0.064 0.174 3.186 0.051 0.061 0.073 0.098 0.105 0.022 0.119 0.031 0.340 0.259 1.152 1.044 0.308 0.331 0.116 0.127 0.080 0.121 0.246 0.341 0.350 0.370 0.374 0.279 0.136 0.121 0.065 0.063 0.134 0.182 0.265 0.276 795 chr1 156864000 156871190 + 0 NA intron (NM_001080471, intron 1 of 22) intron (NM_001080471, intron 1 of 22) 4072 NM_001080471 375033 Hs.142003 NM_207369 ENSG00000187800 PEAR1 JEDI|MEGF12 platelet endothelial aggregation receptor 1 protein-coding nan nan 0.791 0.329 0.124 0.286 2.996 0.136 0.221 0.332 1.257 1.987 0.129 0.308 0.427 0.322 0.254 0.573 0.633 1.333 0.019 0.101 0.091 0.168 2.451 1.925 0.705 0.492 1.461 0.056 0.231 0.078 0.304 0.526 0.619 0.013 0.182 0.081 2.087 0.022 5.998 13.183 5.344 0.850 0.453 1.260 4.828 0.770 2.204 0.032 0.385 0.427 0.271 1.416 0.168 0.205 0.217 0.107 1.131 0.112 1.754 0.109 0.017 0.158 10.629 8.959 0.578 0.715 0.711 0.635 0.633 nan 0.535 0.217 0.186 0.165 0.272 0.687 0.288 0.569 0.347 0.245 0.795 0.621 0.126 0.159 0.348 0.564 0.533 0.410 8794 chr5 16879157 16920185 + 0 NA intron (NM_012334, intron 1 of 40) AluSq|SINE|Alu 36714 NM_012334 4651 Hs.481720 NM_012334 ENSG00000145555 MYO10 - myosin X protein-coding nan nan nan 0.556 0.497 0.184 1.106 0.094 0.147 0.800 0.658 1.778 0.298 0.263 0.193 0.319 2.413 0.604 2.442 0.990 0.129 0.027 0.226 0.222 0.239 1.285 0.689 0.086 0.663 0.707 1.590 4.782 0.921 nan 0.563 2.671 0.009 0.040 0.096 0.438 0.241 0.380 0.313 0.202 0.474 0.733 0.597 0.395 2.745 0.267 1.256 0.573 0.319 2.638 0.435 0.239 1.304 1.302 0.095 0.129 0.122 1.045 1.686 0.309 0.574 0.407 0.291 0.602 0.306 1.343 1.815 0.518 0.498 1.595 0.439 0.149 0.133 nan 2.463 1.673 1.391 0.687 0.365 1.436 2.423 0.132 0.162 0.593 nan 0.490 0.565 4853 chr17 48905044 48919555 + 0 NA promoter-TSS (NM_175575) promoter-TSS (NM_175575) 288 NM_001330341 124857 Hs.211475 NM_175575 ENSG00000173714 WFIKKN2 GASP-1|WFDC20B|WFIKKNRP|hGASP-1 WAP, follistatin/kazal, immunoglobulin, kunitz and netrin domain containing 2 protein-coding 2.711 0.991 nan 0.147 0.141 0.082 0.224 0.252 0.420 0.012 0.140 0.114 0.017 0.021 0.103 0.546 0.128 0.066 0.142 0.046 0.024 0.077 0.125 0.170 0.145 0.115 0.039 0.087 0.083 0.018 0.066 nan 0.186 0.387 0.014 0.118 0.040 0.149 0.107 0.016 1.319 0.246 0.045 0.049 0.052 0.075 0.176 0.151 0.395 0.199 0.065 0.155 0.546 0.113 0.039 0.145 0.042 0.111 0.387 0.245 0.325 0.056 0.061 2.808 0.005 0.017 0.010 0.602 0.633 0.278 0.392 0.768 nan 1.281 0.367 0.858 1.015 1.950 2.459 0.456 nan 1.578 1.533 0.394 0.462 0.369 0.366 2.298 7.602 0.627 0.534 944 chr1 183984672 184009704 + 0 NA intron (NM_001303421, intron 1 of 11) intron (NM_001303421, intron 1 of 11) 9716 NM_001303420 23127 Hs.387995 NM_015101 ENSG00000198756 COLGALT2 C1orf17|ColGalT 2|GLT25D2 collagen beta(1-O)galactosyltransferase 2 protein-coding nan nan 1.795 0.256 0.190 0.060 0.045 0.128 0.254 0.103 0.088 0.228 0.457 0.024 0.153 0.819 0.782 0.232 0.133 0.031 0.015 0.006 0.172 0.228 0.082 0.308 0.138 0.219 0.084 0.029 0.144 0.244 0.148 0.617 0.059 0.078 0.533 1.322 0.136 0.066 0.204 0.062 0.106 0.118 0.036 0.034 0.077 0.200 0.107 0.465 0.063 0.062 0.819 0.125 0.048 0.082 0.064 0.040 0.121 0.172 0.033 0.044 0.432 0.188 0.049 0.232 0.249 1.270 1.434 0.614 1.016 0.680 nan 0.282 0.115 nan 0.495 6.440 7.929 0.418 0.378 1.281 1.181 0.736 1.259 2.164 1.509 0.668 nan 0.599 0.598 7955 chr3 159843668 159854397 + 0 NA intron (NR_108088, intron 3 of 9) intron (NR_108088, intron 3 of 9) 75847 NR_108088 101928376 Hs.565865 NR_108088 ENSG00000244040 IL12A-AS1 - IL12A antisense RNA 1 ncRNA nan 0.997 1.078 1.188 0.099 0.200 5.490 0.149 0.322 0.062 0.335 2.086 0.034 0.022 0.091 0.251 1.081 0.227 0.532 1.309 0.188 0.026 0.029 0.177 0.045 1.100 0.540 0.069 1.066 0.403 1.499 3.543 0.496 0.209 1.536 0.242 0.017 0.040 0.088 0.483 0.107 0.728 0.106 0.058 1.049 0.051 0.432 1.647 0.478 0.191 0.795 1.747 0.251 0.258 0.103 0.045 0.886 0.070 0.011 0.185 0.159 0.163 0.046 0.121 0.650 0.016 0.010 0.375 0.220 0.267 0.392 0.324 0.343 2.436 0.381 0.150 0.206 0.199 nan 0.269 0.302 0.665 0.360 0.171 0.180 0.107 0.259 0.464 0.691 0.387 0.506 5304 chr18 43976988 43995552 + 0 NA intron (NM_001256758, intron 1 of 5) intron (NM_001256758, intron 1 of 5) 72083 NM_001256758 494470 Hs.501114 NM_152470 ENSG00000141622 RNF165 ARKL2|RNF111L2 ring finger protein 165 protein-coding nan 1.356 1.255 0.062 0.815 4.266 0.122 0.260 0.520 0.005 0.128 0.149 0.003 0.043 1.265 1.309 0.340 0.104 0.022 0.027 0.015 0.161 0.137 0.452 0.190 0.109 0.080 0.070 0.048 0.099 0.310 0.126 2.690 0.008 0.055 0.097 0.053 0.079 0.032 0.256 0.095 0.029 0.025 0.047 0.013 0.173 0.139 0.083 0.038 0.051 0.093 1.309 0.057 0.060 0.452 0.039 0.009 0.241 0.087 0.049 0.081 0.964 0.307 0.037 0.009 0.003 0.485 0.766 0.253 0.418 1.333 1.287 1.725 0.572 0.169 0.169 0.406 0.727 1.048 0.951 0.713 0.735 0.315 0.626 0.330 0.510 0.354 nan 2.172 1.401 1113 chr1 214278712 214285286 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 120155 NM_002763 5629 Hs.741808 NM_002763 ENSG00000117707 PROX1 - prospero homeobox 1 protein-coding 1.328 1.056 1.065 0.098 0.106 0.068 0.272 0.399 0.571 0.035 0.506 0.010 0.016 0.013 0.433 0.181 0.170 0.032 0.028 0.021 0.323 0.182 0.385 0.440 0.221 0.011 0.048 0.031 0.127 0.339 0.065 nan 0.023 0.138 0.015 0.065 0.126 0.029 0.690 0.084 0.046 0.012 0.072 0.035 0.176 0.303 0.074 0.021 0.191 0.040 0.433 0.087 0.014 0.385 0.039 0.031 0.071 0.092 0.100 0.111 0.354 0.046 0.026 0.024 1.444 2.025 8.101 4.658 0.643 0.712 nan 0.428 0.592 0.559 0.685 nan 0.761 0.650 0.343 0.198 0.647 0.639 0.143 0.161 0.402 1.211 1.240 0.860 3405 chr14 23820866 23837151 + 0 NA exon (NM_005864, exon 4 of 6) exon (NM_005864, exon 4 of 6) 5834 NM_001277174 10278 Hs.24587 NM_005864 ENSG00000100842 EFS CAS3|CASS3|EFS1|EFS2|HEFS|SIN embryonal Fyn-associated substrate protein-coding nan 3.505 4.302 0.059 0.269 4.087 0.127 0.720 1.422 0.099 0.076 0.046 0.110 0.037 0.049 2.361 0.139 0.119 0.046 0.080 0.068 0.048 0.147 0.059 0.089 0.036 0.105 0.100 0.168 0.261 1.319 0.165 0.740 0.018 0.072 0.029 0.278 0.091 0.058 3.006 0.068 0.058 0.076 0.013 0.088 0.041 0.184 0.272 0.118 0.130 0.049 2.361 0.069 0.034 0.059 0.037 0.188 0.464 0.577 0.063 0.048 0.212 5.598 0.014 0.032 0.006 0.163 0.198 2.916 3.871 4.170 3.635 0.574 0.160 0.217 0.254 1.976 2.698 0.176 nan 4.399 4.577 0.568 0.698 0.164 0.186 6.075 8.199 0.442 0.400 4470 chr16 82659704 82679265 + 0 NA intron (NM_001220489, intron 1 of 12) MSTA|LTR|ERVL-MaLR 9085 NM_001257 1012 Hs.654386 NM_001257 ENSG00000140945 CDH13 CDHH|P105 cadherin 13 protein-coding nan 0.470 1.095 0.052 0.537 0.009 0.087 0.589 0.869 0.010 0.860 4.809 0.003 1.086 0.064 0.944 0.499 0.092 0.081 0.019 0.061 0.225 0.089 2.324 0.430 0.241 0.023 0.092 0.021 0.062 0.122 0.065 0.433 0.074 4.874 0.049 0.033 0.085 0.103 0.102 0.085 0.327 0.240 0.195 0.078 0.069 0.466 0.054 0.232 0.030 0.051 0.944 0.054 0.052 2.324 0.019 0.042 0.040 0.063 0.031 0.676 0.111 0.063 0.199 0.015 0.015 0.259 0.132 0.211 0.762 0.593 0.600 0.060 0.070 0.724 0.689 0.067 0.202 1.154 0.931 0.588 0.337 0.182 0.367 0.273 0.263 0.235 0.526 0.242 0.318 957 chr1 185820611 185835339 + 0 NA intron (NM_031935, intron 2 of 106) intron (NM_031935, intron 2 of 106) 124292 NM_031935 83872 Hs.58877 NM_031935 ENSG00000143341 HMCN1 ARMD1|FBLN6|FIBL-6|FIBL6 hemicentin 1 protein-coding nan nan 0.845 0.134 0.090 0.015 0.275 0.120 0.178 0.007 0.264 4.049 0.038 0.040 0.115 0.139 0.760 0.185 0.225 0.078 0.344 0.019 0.075 0.118 0.057 0.165 0.054 0.005 0.193 0.107 0.114 0.361 0.240 0.383 0.337 6.110 0.032 0.074 0.114 0.072 0.054 0.138 0.058 0.058 0.059 0.072 0.177 0.408 0.077 0.044 0.021 0.117 0.139 0.117 0.784 0.057 0.340 0.040 0.020 0.100 0.041 0.220 0.095 0.050 0.208 0.012 0.010 0.606 0.389 0.535 1.160 0.374 nan 0.129 0.057 nan 0.454 0.633 0.988 0.286 0.310 0.370 0.198 0.340 0.539 0.098 0.231 0.330 nan 0.217 0.245 11476 chr9 16611427 16734099 + 0 NA intron (NM_001317940, intron 2 of 5) intron (NM_001317940, intron 2 of 5) -54049 NR_151723 111216284 Hs.609218 NR_151723 ENSG00000234779 BNC2-AS1 - BNC2 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.864 0.121 0.206 0.036 0.142 0.145 0.265 0.063 0.056 0.624 0.018 0.016 0.121 0.496 0.780 0.124 0.288 0.160 0.868 0.132 0.102 0.147 0.043 0.234 0.129 0.124 0.050 0.013 0.046 0.037 0.123 0.618 0.265 0.765 0.613 2.911 0.120 0.081 0.145 0.191 0.168 0.078 0.152 0.070 0.239 0.837 0.358 0.352 0.179 0.043 0.496 0.116 0.173 0.043 0.029 0.035 0.216 0.213 0.088 0.300 1.764 0.103 0.363 0.538 0.584 0.236 0.164 0.340 0.537 0.826 0.847 0.151 0.105 0.138 0.135 4.327 4.873 0.107 0.122 0.448 0.265 1.206 1.972 1.572 1.961 0.227 0.431 0.807 0.852 9560 chr6 31525275 31530007 + 0 NA non-coding (NR_149045, exon 2 of 2) non-coding (NR_149045, exon 2 of 2) -12235 NM_001159740 4049 Hs.36 NM_000595 ENSG00000226979 LTA LT|TNFB|TNFSF1|TNLG1E lymphotoxin alpha protein-coding nan 0.577 nan 0.413 0.207 0.059 2.850 0.273 0.127 3.204 0.967 0.040 0.022 0.097 0.213 0.583 1.068 0.898 1.143 0.146 0.067 0.176 0.123 0.336 0.197 0.077 0.231 2.095 0.118 0.155 0.145 0.301 0.217 0.338 0.182 0.120 1.528 0.034 6.303 11.549 4.126 0.715 0.120 0.061 1.178 0.196 3.438 0.067 0.099 0.213 0.347 0.110 0.123 0.052 0.070 0.083 1.746 1.572 0.021 0.288 0.483 0.097 0.065 0.358 0.276 0.304 nan nan 0.416 0.312 0.148 0.337 0.367 0.235 0.458 0.464 0.478 0.396 0.208 0.306 0.293 0.112 0.122 0.387 0.951 0.312 0.189 3996 chr15 63367686 63373290 + 0 NA Intergenic Intergenic -28902 NR_147233 111064646 Hs.602995 NR_147233 TPM1-AS TPM1-AS1 TPM1 antisense RNA ncRNA 1.095 1.206 nan 0.116 0.034 0.065 0.213 0.199 0.284 0.035 0.274 0.254 0.011 0.088 0.095 0.412 1.071 0.057 0.179 0.197 0.223 0.099 0.140 0.111 0.084 1.401 0.599 0.111 0.079 1.111 0.106 0.611 0.385 0.491 0.230 0.107 0.051 0.014 0.065 0.326 0.056 0.182 0.043 0.172 0.082 0.069 3.235 1.950 0.170 0.225 0.412 0.624 0.198 0.084 0.022 0.100 0.191 0.129 0.339 0.269 0.248 0.218 0.055 0.474 0.670 0.490 0.305 8.484 1.467 0.347 0.322 nan 0.195 1.011 1.085 0.395 0.913 0.189 0.317 0.804 0.583 0.552 1.097 0.183 0.202 0.525 1.540 0.348 0.312 5185 chr18 19836077 19856264 + 0 NA Intergenic Intergenic 96772 NM_005257 2627 Hs.514746 NM_005257 ENSG00000141448 GATA6 - GATA binding protein 6 protein-coding 0.530 0.714 0.724 0.086 0.161 0.019 0.099 0.295 0.462 0.014 0.051 0.303 0.015 0.054 0.044 0.273 0.082 0.064 0.046 0.028 0.022 0.027 0.078 0.077 0.077 0.058 0.004 0.048 0.057 0.026 0.091 0.395 0.065 0.275 0.022 0.085 0.019 0.022 0.095 0.017 0.031 0.105 0.069 0.041 0.044 0.023 0.067 0.104 0.165 0.078 0.164 0.221 0.273 0.121 0.120 0.077 0.048 0.156 0.019 0.063 0.025 0.055 0.054 0.067 0.034 0.011 0.005 0.401 0.269 0.247 0.485 0.268 0.312 4.133 1.222 0.281 0.294 0.078 0.177 0.093 0.085 0.375 0.169 0.205 0.196 0.096 0.191 0.208 0.517 0.379 0.421 4543 chr17 2285912 2342983 + 0 NA intron (NR_028335, intron 2 of 2) L3|LINE|CR1 4283 NR_028335 284009 Hs.632244 NM_001025459 LOC284009 - uncharacterized LOC284009 ncRNA 2.277 1.594 1.526 0.733 1.148 2.489 1.279 0.965 1.815 0.412 1.114 0.852 0.362 0.638 2.164 1.886 0.621 0.166 1.614 0.781 1.120 0.861 0.731 0.267 2.067 0.805 0.992 0.675 1.491 0.508 1.383 2.507 1.410 3.624 0.359 1.665 0.233 1.078 0.087 0.509 0.673 1.541 0.574 0.252 1.048 1.122 1.006 1.084 2.458 1.900 0.613 0.929 1.886 3.225 4.171 2.067 0.872 0.474 0.573 1.738 1.236 1.495 0.230 1.848 0.747 0.543 0.358 1.604 1.615 1.447 2.496 3.758 3.585 2.677 1.849 2.846 2.951 1.026 1.578 2.756 4.567 1.446 1.356 0.447 0.599 0.907 1.020 2.289 4.826 1.152 0.696 10959 chr8 54567774 54573186 + 0 NA Intergenic Intergenic -133955 NR_149032 100507516 Hs.597483 NR_149032 LOC100507516 - uncharacterized LOC100507516 ncRNA 5.494 nan 2.025 0.185 2.920 1.258 0.130 4.927 8.976 0.036 0.156 0.463 0.057 0.148 2.997 8.287 0.765 0.029 0.448 0.247 0.035 2.856 1.135 9.612 0.331 0.081 0.027 0.075 0.403 0.964 0.065 10.726 1.492 0.120 1.699 0.195 0.138 1.917 0.051 0.121 0.174 0.120 0.057 0.106 0.276 0.629 0.106 0.087 0.111 8.287 0.766 0.068 9.612 0.156 0.045 0.806 0.299 4.443 0.030 1.705 1.320 0.013 0.011 0.028 0.885 2.112 1.394 2.154 14.065 13.014 6.247 3.464 7.546 7.257 0.209 nan 5.197 9.047 2.747 2.544 1.394 2.642 6.573 5.858 3.438 4.637 5.434 2.996 10216 chr7 20366153 20383465 + 0 NA intron (NM_002214, intron 1 of 13) intron (NM_002214, intron 1 of 13) -3424 NR_110119 101927811 Hs.285724 NR_110119 ENSG00000271133 LOC101927811 - uncharacterized LOC101927811 ncRNA 1.377 1.414 3.074 9.588 1.519 1.273 0.475 0.992 1.907 3.038 1.698 0.818 0.822 1.327 0.319 0.965 0.117 0.085 1.228 0.458 0.828 0.008 0.643 0.652 1.142 0.260 0.163 0.441 2.366 0.808 0.692 1.157 2.658 6.679 0.937 2.925 0.290 3.207 0.221 0.205 0.606 1.205 0.040 0.023 0.582 0.634 2.037 1.310 0.856 0.505 1.769 1.460 0.965 2.021 0.059 1.142 0.536 0.517 0.045 0.964 0.640 0.278 0.234 0.221 1.121 0.572 0.324 4.348 5.010 6.317 nan 3.712 2.441 3.256 2.075 3.437 3.452 3.377 4.008 2.746 5.352 0.602 0.683 0.723 1.398 1.513 1.230 0.970 nan 0.752 0.725 5242 chr18 31354832 31365820 + 0 NA Intergenic Intergenic 201785 NM_030632 80816 Hs.464876 NM_030632 ENSG00000141431 ASXL3 BRPS|KIAA1713 additional sex combs like 3, transcriptional regulator protein-coding nan 0.972 1.000 0.060 1.984 0.126 0.019 0.555 1.112 0.050 0.051 0.001 0.073 1.359 0.501 0.041 0.059 0.038 0.012 0.013 0.686 0.499 10.215 0.004 0.007 0.018 0.010 0.080 0.080 0.683 0.040 0.059 0.921 0.038 0.083 0.101 0.035 0.005 0.007 0.020 0.007 0.053 0.134 0.015 0.072 0.028 0.011 0.501 0.026 10.215 0.007 0.053 0.032 0.176 0.029 0.027 0.532 0.021 0.005 0.265 0.244 0.169 0.232 8.019 9.793 2.004 0.589 0.138 0.127 0.409 0.605 nan 1.919 0.945 0.697 0.087 0.102 3.398 3.411 1.084 2.547 3.130 1.923 8465 chr4 85602892 85614654 + 0 NA intron (NM_014991, intron 62 of 67) intron (NM_014991, intron 62 of 67) 104716 NM_001263 1040 Hs.654899 NM_001263 ENSG00000163624 CDS1 CDS CDP-diacylglycerol synthase 1 protein-coding 0.689 0.476 0.513 0.293 0.093 1.394 2.088 1.062 2.041 0.531 0.416 1.740 0.067 0.017 0.272 0.274 0.218 0.057 1.190 0.753 0.125 0.035 0.067 0.060 0.256 1.111 0.479 0.056 0.632 0.907 0.377 0.843 0.556 0.226 1.111 0.088 0.008 0.028 0.104 1.152 0.175 0.885 0.072 0.060 0.502 0.541 0.313 6.749 0.095 0.212 0.071 0.233 0.274 0.652 2.803 0.256 0.210 0.091 0.042 0.131 0.051 0.825 0.017 0.282 0.856 0.338 0.376 0.345 0.298 0.499 0.971 0.521 0.343 0.134 0.067 0.431 0.426 0.285 nan 0.465 0.408 0.257 0.135 0.127 0.152 0.138 0.114 0.289 nan 0.566 0.392 502 chr1 88169707 88185568 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -340299 NR_038324 100505768 Hs.125247 NR_038324 ENSG00000227290 LINC01364 - long intergenic non-protein coding RNA 1364 ncRNA 1.070 nan nan 0.152 0.135 0.091 0.031 0.116 0.321 0.169 0.063 0.109 4.918 0.044 0.118 0.339 0.094 0.091 0.114 0.036 0.040 0.009 0.041 0.093 0.090 0.075 0.045 0.024 0.051 0.020 0.050 0.056 0.067 0.628 0.018 0.034 0.036 0.069 0.098 0.008 0.050 0.094 0.011 0.005 0.041 0.044 0.103 0.107 0.123 0.045 0.035 0.077 0.339 0.049 0.041 0.090 0.047 0.026 0.006 0.026 0.032 0.027 0.031 0.243 0.019 0.029 0.010 0.376 0.179 0.396 1.604 0.471 0.520 0.123 0.095 0.352 0.303 0.579 0.812 0.549 0.650 0.375 0.173 0.159 0.275 0.203 0.212 0.294 0.800 0.623 0.575 314 chr1 41383325 41386533 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -56911 NM_133467 163732 Hs.355820 NM_133467 ENSG00000179862 CITED4 - Cbp/p300 interacting transactivator with Glu/Asp rich carboxy-terminal domain 4 protein-coding 21.239 0.721 nan 2.198 0.461 0.036 0.407 0.764 1.033 0.119 0.119 0.084 0.020 0.030 0.027 0.051 0.233 0.178 0.033 0.235 0.179 0.044 0.244 0.185 0.925 0.109 0.046 0.136 0.021 0.094 0.099 0.412 0.089 0.638 0.389 0.131 0.118 0.198 0.071 0.111 1.361 0.416 0.150 0.049 0.093 0.145 1.350 0.289 0.296 0.413 1.294 0.283 0.051 0.069 0.029 0.925 0.191 3.369 0.120 0.271 0.062 0.090 6.625 0.079 0.024 0.036 0.015 9.200 10.583 2.645 3.132 0.459 0.468 2.331 0.788 2.330 2.123 0.444 nan nan 1.684 0.321 0.258 12.209 16.526 0.598 0.989 0.364 0.398 0.577 0.440 1796 chr11 11574117 11611972 + 0 NA intron (NM_198516, intron 1 of 10) L3|LINE|CR1 50517 NM_198516 374378 Hs.655152 NM_198516 ENSG00000110328 GALNT18 GALNACT18|GALNT15|GALNTL4|GalNAc-T15|GalNAc-T18 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 18 protein-coding 0.791 nan 1.439 0.055 0.123 2.541 1.067 0.187 0.399 0.008 0.078 0.278 0.047 0.532 0.211 0.508 0.075 0.106 0.792 0.386 0.022 0.022 0.557 0.398 0.863 1.279 0.749 0.047 0.349 0.411 0.154 0.699 0.610 0.638 0.233 0.065 0.066 0.023 0.084 0.418 0.052 0.174 0.080 0.047 0.630 0.359 0.064 0.176 0.161 0.131 0.066 0.258 0.508 0.602 2.337 0.863 0.181 0.070 0.087 0.066 0.161 0.447 0.070 0.092 0.660 0.023 0.020 nan 0.501 0.259 0.363 1.739 1.705 0.631 0.294 0.612 0.629 0.883 nan 0.632 0.491 0.511 0.409 0.277 0.325 0.351 0.373 0.248 0.291 0.948 nan 3385 chr14 21148646 21153802 + 0 NA Intergenic CpG -1112 NM_001145 283 Hs.283749 NM_001145 ENSG00000214274 ANG ALS9|HEL168|RAA1|RNASE4|RNASE5 angiogenin protein-coding 5.499 2.136 8.255 4.912 0.271 1.209 2.609 0.748 1.055 0.758 2.257 2.802 1.902 3.827 1.626 0.796 2.207 0.371 4.254 1.320 8.719 7.281 0.756 0.565 0.279 3.066 3.133 1.329 4.019 1.489 7.443 9.349 7.758 2.522 2.041 5.272 0.037 7.170 0.176 0.642 0.155 5.198 2.566 1.098 2.247 2.469 1.769 4.089 9.110 5.239 4.875 4.040 0.796 4.260 5.997 0.279 2.001 1.577 1.894 8.375 3.197 4.963 0.985 1.104 3.403 1.977 1.410 0.197 0.635 1.064 1.209 0.174 0.303 4.362 0.668 2.184 2.138 4.640 7.102 1.851 nan 7.964 7.387 0.958 2.065 0.555 1.246 1.542 3.590 0.416 0.357 11844 chr9 137492495 137496280 + 0 NA Intergenic Intergenic -39264 NM_001278074 1289 Hs.210283 NM_000093 ENSG00000130635 COL5A1 EDSC|EDSCL1 collagen type V alpha 1 chain protein-coding nan 0.573 0.454 0.168 0.046 0.103 1.174 0.137 0.053 1.266 3.753 3.753 0.024 0.082 0.305 0.267 0.047 0.348 0.117 0.083 0.086 0.032 0.681 0.625 0.038 0.160 0.111 0.086 0.206 0.025 0.518 0.038 0.014 0.028 0.034 0.032 0.042 6.053 9.595 3.612 0.028 0.083 0.558 0.159 0.136 0.057 0.041 0.118 0.082 0.076 0.219 0.032 0.041 0.154 0.078 0.104 0.057 2.408 0.034 4.674 11.535 9.538 0.139 0.071 0.082 0.227 0.188 0.263 nan 0.064 0.071 0.029 0.097 0.138 0.119 0.228 0.475 0.193 0.166 0.170 0.022 0.131 0.175 0.200 0.193 0.286 6248 chr2 95957257 95977369 + 0 NA intron (NM_013434, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR 4241 NM_013434 30818 Hs.437376 NM_013434 ENSG00000115041 KCNIP3 CSEN|DREAM|KCHIP3 potassium voltage-gated channel interacting protein 3 protein-coding 1.382 2.286 4.871 0.065 0.831 5.545 0.444 0.294 0.701 0.019 0.090 0.151 0.012 0.035 1.598 1.952 0.064 0.040 0.336 0.131 0.028 0.021 0.735 0.477 1.378 0.183 0.076 0.011 0.125 0.058 0.260 1.720 0.244 6.563 0.138 0.075 0.309 0.032 0.057 0.036 0.071 0.237 0.051 0.020 0.049 0.118 0.402 0.206 0.186 0.081 2.783 0.711 1.952 0.397 0.032 1.378 0.091 0.137 1.516 0.194 0.602 0.412 0.799 0.234 0.113 0.034 0.022 1.454 2.696 0.421 0.554 2.152 1.950 2.253 0.588 1.489 1.446 0.290 0.461 0.510 0.663 0.754 0.891 1.043 1.240 0.893 0.677 0.606 0.948 0.928 0.547 2998 chr12 120104865 120118668 + 0 NA intron (NM_006253, intron 2 of 6) intron (NM_006253, intron 2 of 6) 6005 NM_006253 5564 Hs.741184 NM_006253 ENSG00000111725 PRKAB1 AMPK|HAMPKb protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit beta 1 protein-coding 1.620 2.090 2.691 1.791 1.348 0.897 2.642 0.589 1.032 0.276 0.625 0.522 1.539 0.665 1.402 1.156 0.525 0.151 2.070 0.796 1.301 0.210 0.794 0.513 1.028 2.021 2.333 0.458 3.389 0.957 6.469 8.387 5.011 2.505 1.206 0.700 0.837 0.763 0.161 0.600 0.289 0.588 0.958 0.513 1.994 4.532 0.991 0.563 0.940 0.776 0.755 5.438 1.156 1.986 1.464 1.028 2.542 2.171 0.324 0.958 0.524 0.557 0.938 0.340 0.309 0.480 0.451 1.255 1.189 1.360 1.789 2.202 2.285 nan 1.036 1.581 1.685 1.258 1.983 2.821 3.772 1.581 1.561 1.428 1.971 2.756 4.296 0.845 1.160 1.855 0.944 5921 chr2 15682584 15706420 + 0 NA intron (NM_015909, intron 3 of 51) intron (NM_015909, intron 3 of 51) 6970 NR_052013 51594 Hs.467759 NM_015909 ENSG00000151779 NBAS ILFS2|NAG|SOPH neuroblastoma amplified sequence protein-coding 1.134 1.023 1.056 0.327 0.732 0.393 0.327 0.235 0.437 0.123 0.406 0.498 0.057 0.143 0.537 0.242 0.304 0.088 0.329 0.087 0.087 0.099 0.395 0.304 0.285 0.143 0.104 0.188 0.206 0.131 0.573 0.818 0.293 2.023 0.176 0.440 0.044 0.454 0.131 0.252 0.230 0.381 0.377 0.236 0.257 0.097 0.278 0.457 0.478 0.495 0.380 0.278 0.242 0.281 0.663 0.285 0.128 0.192 0.261 0.302 0.618 0.280 23.937 0.310 0.271 0.114 0.087 0.818 1.142 0.676 0.789 0.967 0.835 2.265 0.586 0.538 0.548 0.900 1.120 1.251 nan 1.096 0.947 28.065 35.452 0.249 0.206 1.158 nan 0.746 0.625 2058 chr11 69448803 69472217 + 0 NA intron (NM_053056, intron 3 of 4) intron (NM_053056, intron 3 of 4) 4637 NM_053056 595 Hs.523852 NM_053056 ENSG00000110092 CCND1 BCL1|D11S287E|PRAD1|U21B31 cyclin D1 protein-coding nan 0.878 1.361 3.030 0.343 0.140 3.318 0.178 0.395 1.068 2.184 1.602 2.462 2.992 0.071 0.257 0.092 0.069 1.349 0.493 0.754 1.166 0.187 0.104 0.399 1.236 1.471 1.503 3.824 2.072 23.728 31.019 5.227 1.116 2.165 1.950 0.174 2.600 0.147 1.804 0.064 5.819 3.019 1.448 1.931 2.183 4.138 4.486 3.230 2.546 8.307 4.674 0.257 2.417 4.510 0.399 2.429 3.142 0.303 10.641 2.040 1.646 0.428 0.042 2.605 1.355 1.004 1.915 2.187 0.601 1.059 0.698 0.621 0.782 0.345 6.507 6.459 0.213 0.435 0.366 0.553 2.940 4.099 1.390 1.824 0.751 0.577 0.117 0.135 0.660 0.502 11457 chr9 13932604 13983382 + 0 NA Intergenic (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 30023 NR_038194 100113404 Hs.149786 NR_038194 ENSG00000205636 LINC00583 C9orf146 long intergenic non-protein coding RNA 583 ncRNA nan nan 0.854 0.077 0.229 4.466 0.220 0.716 1.288 0.006 0.074 0.405 0.043 0.033 0.131 0.395 0.190 0.083 0.117 0.045 0.036 0.014 0.290 0.275 0.431 0.108 0.024 0.009 0.122 0.037 0.130 0.687 0.301 0.815 0.115 0.133 0.298 0.047 0.084 0.093 0.107 0.027 0.031 0.025 0.095 0.054 0.112 0.246 0.083 0.104 0.072 0.034 0.395 0.053 0.337 0.431 0.032 0.034 0.015 0.023 0.070 0.064 0.051 0.051 0.121 0.053 0.045 0.224 0.131 1.031 1.768 0.600 0.736 1.570 0.644 0.118 0.115 4.128 6.005 0.792 0.712 0.366 0.164 0.155 0.212 1.092 0.890 0.200 0.358 1.547 1.118 9553 chr6 30897905 30903105 + 0 NA promoter-TSS (NM_205854) promoter-TSS (NM_205854) -553 NM_205854 389376 Hs.211267 NM_205854 ENSG00000196260 SFTA2 GSGL541|SFTPG|SP-G|UNQ541 surfactant associated 2 protein-coding nan 0.661 nan 4.920 0.101 0.021 2.256 0.061 0.361 0.037 0.060 0.080 0.012 0.038 0.104 0.174 0.163 0.029 0.598 0.146 0.073 0.156 0.064 0.069 0.853 0.393 0.042 1.441 5.754 0.123 1.837 7.724 0.559 0.056 0.042 0.019 0.116 0.089 0.159 0.081 0.026 2.961 5.941 0.240 0.223 0.293 0.122 0.121 0.598 0.174 0.218 0.090 0.069 0.259 0.121 0.088 0.112 0.039 0.127 0.095 0.049 0.043 0.361 0.319 0.148 nan nan 0.248 0.259 0.163 0.404 0.408 0.249 0.315 0.285 0.303 0.264 0.107 0.207 0.266 0.079 0.133 0.166 0.247 0.297 0.329 5859 chr2 3423640 3440947 + 0 NA intron (NM_016030, intron 5 of 11) intron (NM_016030, intron 5 of 11) 48847 NM_016030 51112 Hs.252713 NM_016030 ENSG00000171853 TRAPPC12 CGI-87|PEBAS|TTC-15|TTC15 trafficking protein particle complex 12 protein-coding 0.873 0.542 1.076 0.095 0.489 0.272 0.127 0.324 0.572 0.017 0.130 0.054 0.033 0.427 4.458 0.348 0.126 0.037 0.147 0.025 0.032 0.350 0.162 0.815 0.036 0.008 0.119 0.055 0.018 0.139 0.125 0.090 0.617 0.038 0.085 0.010 0.101 0.113 0.027 0.257 0.166 0.042 0.027 0.013 0.040 0.133 0.159 0.118 0.072 0.097 0.097 0.348 0.065 0.069 0.815 0.083 0.086 0.442 0.090 3.639 0.101 0.091 0.344 0.058 0.047 0.018 0.397 0.546 0.371 0.405 1.294 1.067 0.805 0.224 0.165 0.198 0.468 0.774 5.299 4.146 0.422 0.254 0.229 0.376 0.082 0.076 0.705 1.389 1.820 0.989 5534 chr19 11483638 11495831 + 0 NA intron (NM_000121, intron 6 of 7) AluJo|SINE|Alu 4351 NM_175871 126074 Hs.631619 NM_175871 ENSG00000173928 SWSAP1 C19orf39|SWS1AP1|ZSWIM7AP1 SWIM-type zinc finger 7 associated protein 1 protein-coding 2.172 2.091 2.042 1.287 2.170 2.463 1.069 1.233 2.170 0.635 1.436 0.840 0.827 1.299 2.124 1.777 0.671 0.215 1.575 0.794 2.050 0.648 1.029 0.402 1.492 0.910 0.758 1.215 1.343 0.456 1.820 nan 1.727 2.311 0.804 1.084 0.274 1.975 0.128 0.675 0.560 2.234 0.709 0.430 0.724 1.024 2.219 1.392 1.777 4.525 2.049 1.011 1.777 2.679 1.070 1.492 0.430 0.816 0.450 3.996 1.798 2.805 0.470 0.366 0.854 0.727 0.396 1.631 2.009 1.496 2.162 3.700 3.444 6.999 2.211 1.617 1.826 1.818 2.598 4.241 5.418 3.109 2.357 0.734 1.154 1.797 1.856 1.055 2.036 2.506 1.256 7372 chr22 29490612 29507011 + 0 NA intron (NM_001039570, intron 3 of 8) intron (NM_001039570, intron 3 of 8) 29745 NM_001039570 83999 Hs.229335 NM_032045 ENSG00000183762 KREMEN1 ECTD13|KREMEN|KRM1 kringle containing transmembrane protein 1 protein-coding nan 0.611 0.798 0.077 0.209 0.054 0.053 0.136 0.282 0.029 0.115 0.090 0.057 0.148 0.129 0.461 0.190 0.099 0.116 0.057 0.019 0.017 0.038 0.079 0.415 0.050 0.035 0.027 0.095 0.007 0.255 nan 0.519 0.256 0.009 0.042 0.336 0.066 0.070 0.073 0.090 0.052 0.038 0.054 0.033 0.160 0.141 0.099 0.056 0.081 0.154 0.461 0.117 0.047 0.415 0.060 0.254 0.793 0.078 0.056 0.159 0.061 0.602 0.042 0.014 0.019 0.554 0.434 6.898 nan 0.427 0.468 0.381 0.140 0.411 0.385 1.870 nan 0.927 0.808 1.400 0.802 0.145 0.349 0.810 0.881 0.714 nan 1.113 0.892 5317 chr18 46514880 46525808 + 0 NA Intergenic Intergenic -29729 NR_148999 100129878 Hs.437704 NR_148999 ENSG00000264269 LOC100129878 - uncharacterized LOC100129878 ncRNA nan 1.388 1.211 1.024 0.232 0.184 2.340 0.176 0.526 1.381 2.129 2.922 0.074 0.119 0.106 2.592 0.438 0.058 0.880 0.712 0.119 0.088 0.143 0.073 0.855 1.691 0.974 0.568 0.508 0.869 1.319 3.149 0.459 0.988 2.286 0.912 0.087 0.138 0.043 0.703 0.225 2.424 2.278 0.992 1.838 0.896 2.871 1.531 1.856 1.392 0.809 2.205 2.592 2.020 0.625 0.855 0.536 1.002 0.161 0.920 0.140 2.284 0.181 0.113 0.732 0.992 0.790 0.665 0.833 1.139 3.978 0.817 0.880 2.000 1.301 0.294 0.204 0.455 0.904 0.331 0.761 0.416 0.261 0.478 0.559 0.860 1.204 0.291 nan 1.625 1.427 6463 chr2 166317030 166333739 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172173) promoter-TSS (NM_001172173) -773 NM_001172173 80034 Hs.470479 NM_024969 ENSG00000178662 CSRNP3 FAM130A2|PPP1R73|TAIP-2|TAIP2 cysteine and serine rich nuclear protein 3 protein-coding 1.694 1.070 nan 0.122 0.359 0.030 0.067 0.347 0.563 0.012 0.199 0.122 0.007 0.023 0.208 2.029 0.377 0.116 0.260 0.114 0.030 1.926 0.612 0.553 0.303 0.012 0.013 0.004 0.061 0.064 0.113 0.056 0.402 0.044 0.431 0.006 0.059 0.093 0.028 0.281 0.048 0.018 0.009 0.001 0.018 0.075 0.096 0.034 0.081 0.137 0.049 2.029 0.051 0.033 0.303 0.059 0.078 0.296 0.032 0.364 0.029 0.139 1.786 0.046 0.021 0.012 2.019 1.471 2.256 1.500 1.102 1.346 3.231 1.138 0.387 0.412 4.437 5.035 0.646 0.748 6.889 6.743 0.309 0.475 0.010 0.009 4.017 6.769 0.788 0.522 5878 chr2 7191465 7199085 + 0 NA intron (NM_001349181, intron 8 of 9) L2c|LINE|L2 22736 NR_110252 101929452 NR_110252 ENSG00000223884 LOC101929452 - uncharacterized LOC101929452 ncRNA 0.773 0.883 0.857 0.075 0.699 0.636 0.052 0.212 0.462 0.061 0.086 0.025 0.066 6.897 0.236 0.113 0.064 0.028 0.016 0.434 0.230 2.340 0.018 0.019 0.045 0.053 0.271 0.079 1.029 0.049 0.025 0.071 0.088 0.210 0.223 0.055 0.020 0.051 0.024 0.184 0.043 0.036 0.042 0.034 0.236 0.068 0.012 2.340 0.016 0.021 0.555 0.038 0.190 0.021 0.182 0.129 0.020 0.008 0.006 0.794 1.316 0.272 0.157 2.439 2.224 2.720 0.698 0.182 0.244 0.420 0.574 2.247 2.532 0.707 0.538 0.293 0.556 0.149 0.114 0.300 0.408 3.623 1.560 3328 chr13 108460021 108501232 + 0 NA intron (NR_046848, intron 1 of 1) intron (NR_046848, intron 1 of 1) 7180 NR_046848 100874375 Hs.653972 NR_046848 FAM155A-IT1 - FAM155A intronic transcript 1 ncRNA 0.818 1.102 0.670 0.068 0.278 0.180 0.288 0.233 0.582 0.007 0.050 0.027 0.018 0.022 3.064 0.504 0.034 0.078 0.617 0.322 0.008 0.017 0.179 0.159 0.495 0.223 0.084 0.044 0.154 0.321 0.138 0.326 0.052 1.379 0.064 0.574 0.018 0.056 0.088 0.135 0.151 0.552 0.021 0.015 0.409 0.153 0.338 0.128 0.016 0.052 0.203 0.024 0.504 0.298 0.016 0.495 0.009 0.052 0.009 0.013 0.272 0.023 0.043 0.171 0.133 0.021 0.009 0.666 0.478 0.166 0.262 0.903 0.866 0.142 0.122 0.071 0.066 0.316 nan 1.334 1.466 0.477 0.193 0.077 0.220 0.162 0.200 0.292 nan 0.256 0.198 2005 chr11 65041642 65049007 + 0 NA intron (NM_002689, intron 5 of 17) intron (NM_002689, intron 5 of 17) 16001 NM_002689 23649 Hs.201897 NM_002689 ENSG00000014138 POLA2 - DNA polymerase alpha 2, accessory subunit protein-coding nan 0.945 1.164 1.118 0.203 0.091 1.552 0.217 0.574 0.075 1.440 1.542 0.665 0.246 0.086 1.841 0.411 0.109 1.273 0.772 0.300 0.038 0.214 0.124 0.359 0.966 0.446 1.754 0.572 1.595 0.207 0.275 0.347 0.369 0.575 0.249 1.106 0.286 0.130 0.905 1.066 2.138 5.665 2.228 1.239 0.344 0.852 1.114 0.630 1.002 0.011 0.364 1.841 0.582 1.821 0.359 0.508 0.057 0.159 0.418 0.040 0.700 0.736 0.540 0.824 1.699 1.009 0.476 0.668 0.559 1.060 0.774 1.046 1.403 0.488 0.639 0.532 0.623 0.863 0.473 0.560 0.524 0.280 0.516 0.736 1.487 2.360 0.703 2.854 0.374 0.276 11830 chr9 136371835 136403096 + 0 NA intron (NM_001080483, intron 1 of 4) intron (NM_001080483, intron 1 of 4) 2603 NM_001080483 389827 Hs.512467 NM_001080483 ENSG00000187616 MYMK MYOMAKER|TMEM226|TMEM8C myomaker, myoblast fusion factor protein-coding nan 1.359 4.271 0.064 1.801 2.867 0.186 0.252 0.441 0.025 0.257 0.080 0.026 0.097 0.420 1.039 0.104 0.088 0.089 0.055 0.017 0.005 1.153 0.611 2.054 0.280 0.148 0.092 0.122 0.067 0.124 0.429 0.070 2.085 0.103 0.085 0.585 0.049 0.056 0.151 0.035 1.267 0.069 0.069 0.035 0.119 0.071 0.121 0.188 0.061 0.029 0.066 1.039 0.193 0.295 2.054 0.051 0.073 0.247 0.163 0.857 0.783 0.054 0.061 0.029 0.175 0.090 0.241 0.554 0.153 0.232 3.226 3.579 nan 0.225 0.135 0.164 0.096 0.185 2.662 2.909 1.477 1.456 0.337 0.327 1.664 0.941 0.354 0.492 1.795 0.961 7226 chr21 42426867 42441251 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 85932 NR_024100 284835 Hs.106234 NR_024100 ENSG00000226496 LINC00323 C21orf130|NCRNA00323|PRED42 long intergenic non-protein coding RNA 323 ncRNA nan 0.789 1.404 0.023 0.050 0.421 0.069 0.717 1.201 0.055 0.095 0.026 0.035 0.188 0.461 0.061 0.034 0.022 0.035 0.019 0.229 0.160 0.703 0.010 0.030 0.010 0.065 0.056 0.188 0.074 2.775 0.010 0.059 0.914 0.033 0.056 0.025 0.072 0.223 0.021 0.030 0.015 0.022 0.088 0.104 0.051 0.044 0.049 0.018 0.461 0.013 0.046 0.703 0.025 0.146 0.020 0.049 0.042 0.011 0.048 0.057 0.016 0.016 0.014 0.427 0.299 0.255 0.532 0.736 0.764 nan 0.728 0.106 0.079 0.320 nan 0.319 0.438 0.523 0.308 0.301 0.239 3.371 3.913 0.221 0.384 2.723 1.446 2828 chr12 83252551 83275571 + 0 NA intron (NM_001320322, intron 2 of 5) intron (NM_001320322, intron 2 of 5) 183127 NM_001320321 160335 Hs.577775 NM_152588 ENSG00000179104 TMTC2 IBDBP1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 2 protein-coding 1.027 0.808 0.680 0.116 0.086 0.017 0.044 0.307 0.479 0.013 0.068 0.093 0.003 0.026 0.093 0.786 1.265 0.217 0.081 0.057 0.027 0.060 0.116 0.176 0.120 0.018 0.013 0.019 0.068 0.009 0.070 0.098 0.089 0.325 0.019 0.089 0.127 0.071 0.091 0.015 0.407 0.048 0.010 0.020 0.033 0.017 0.088 0.131 0.046 0.077 0.031 0.040 0.786 0.065 0.113 0.120 0.048 0.040 0.827 0.035 0.057 0.030 0.043 0.133 0.020 0.021 0.007 0.431 0.309 0.387 0.324 0.539 0.586 0.255 0.120 1.086 1.173 5.054 5.847 0.578 0.615 0.560 0.316 0.132 0.202 0.806 0.599 0.393 0.674 0.613 0.630 831 chr1 162656609 162668792 + 0 NA intron (NM_001354983, intron 2 of 17) L1ME3A|LINE|L1 60529 NM_001014796 4921 Hs.275757 NM_006182 ENSG00000162733 DDR2 MIG20a|NTRKR3|TKT|TYRO10 discoidin domain receptor tyrosine kinase 2 protein-coding 2.127 nan 2.631 0.197 0.497 0.366 1.893 0.435 0.629 0.704 0.173 0.603 0.102 0.420 1.423 0.766 1.799 0.187 0.793 0.903 0.737 0.012 0.521 0.501 1.278 0.891 0.435 0.108 1.035 0.871 0.206 0.948 1.131 1.077 1.104 0.230 0.188 0.063 0.105 1.436 0.678 1.734 0.326 0.134 1.210 0.668 0.518 1.583 0.373 1.004 1.478 1.252 0.766 0.363 1.008 1.278 0.663 0.861 0.669 1.543 0.778 2.674 0.342 1.529 0.681 0.529 0.702 0.399 0.592 0.484 0.797 1.492 nan 0.591 0.267 0.245 0.281 4.027 4.637 1.803 nan 1.389 1.145 0.395 0.913 0.764 0.715 1.632 5.382 1.106 0.771 5879 chr2 7233231 7252689 + 0 NA Intergenic T-rich|Low_complexity|Low_complexity -24949 NR_110252 101929452 NR_110252 ENSG00000223884 LOC101929452 - uncharacterized LOC101929452 ncRNA 0.872 0.808 0.975 0.088 0.329 0.196 0.073 0.173 0.364 0.005 0.061 0.047 0.016 0.098 3.307 0.329 0.131 0.108 0.044 0.039 0.036 0.381 0.278 0.566 0.007 0.011 0.030 0.105 0.053 0.133 0.429 0.129 0.770 0.030 0.083 0.019 0.100 0.123 0.006 0.143 0.109 0.043 0.008 0.035 0.059 0.060 0.128 0.071 0.040 0.041 0.046 0.329 0.041 0.019 0.566 0.050 0.072 0.194 0.096 0.193 0.044 0.046 0.229 0.020 0.030 0.011 0.370 0.380 0.462 0.562 0.934 0.976 1.195 0.462 0.232 0.272 0.727 1.097 1.544 1.624 1.232 1.258 0.256 0.309 0.312 0.291 0.330 0.638 1.455 1.064 5013 chr17 74862448 74871193 + 0 NA intron (NM_144677, intron 1 of 16) intron (NM_144677, intron 1 of 16) -1909 NM_198955 146664 Hs.144531 NM_144677 ENSG00000167889 MGAT5B GnT-IX|GnT-VB mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,6-N-acetyl-glucosaminyltransferase, isozyme B protein-coding 1.763 1.365 0.966 1.195 0.394 2.165 3.436 0.810 1.792 2.260 3.823 0.296 0.099 0.068 0.336 1.668 0.211 0.073 2.555 1.844 3.497 0.032 0.695 0.397 0.699 1.233 0.800 1.291 3.510 0.906 0.588 1.959 0.387 2.953 1.944 0.321 0.271 0.336 0.111 1.998 0.072 6.164 0.392 0.190 0.287 0.992 0.551 5.638 2.997 2.584 5.417 1.274 1.668 3.438 1.059 0.699 0.421 2.537 0.155 2.556 0.278 2.505 0.316 0.057 0.711 2.963 1.862 1.933 2.275 0.824 1.124 1.696 1.495 2.156 0.896 1.852 1.758 nan 1.525 1.065 1.900 2.242 2.151 1.185 2.722 1.247 1.265 0.547 0.779 nan 0.637 5507 chr19 5577411 5598232 + 0 NA intron (NM_014649, intron 19 of 20) CpG-12677 -19776 NR_027064 257000 Hs.515575 NM_153375 ENSG00000223573 TINCR LINC00036|NCRNA00036|PLAC2|onco-lncRNA-16 TINCR ubiquitin domain containing ncRNA 0.663 0.949 1.638 0.072 2.346 3.142 0.141 1.062 1.983 0.144 0.078 0.055 0.018 0.682 0.353 1.354 0.072 0.085 0.122 0.060 0.054 0.060 0.241 0.214 2.347 0.054 0.063 0.089 0.059 0.020 0.185 0.227 0.148 0.911 0.028 0.069 0.082 0.083 0.071 0.006 0.083 0.113 0.029 0.041 0.074 0.048 0.065 0.192 0.129 0.160 0.072 0.196 1.354 0.161 0.045 2.347 0.077 0.259 0.084 0.185 0.561 0.121 0.043 0.067 0.033 0.027 0.022 0.643 0.630 0.504 0.479 0.853 0.922 1.478 0.410 0.579 0.565 0.509 0.824 9.590 nan 0.545 0.385 0.243 0.324 0.414 0.346 0.157 0.302 1.404 0.796 1960 chr11 60520264 60537245 + 0 NA intron (NM_152717, intron 1 of 5) intron (NM_152717, intron 1 of 5) 4414 NR_103481 219995 Hs.207465 NM_152717 ENSG00000166961 MS4A15 - membrane spanning 4-domains A15 protein-coding nan 0.754 0.582 0.068 0.232 0.033 0.075 0.767 1.732 0.011 0.055 0.070 0.601 0.065 0.066 0.121 0.105 0.133 0.085 0.048 0.024 0.799 0.622 2.167 0.038 0.025 0.022 0.054 0.093 0.114 0.349 0.319 0.424 0.035 0.082 0.419 0.096 0.122 0.022 0.024 0.173 0.032 0.023 0.038 0.060 0.063 0.190 0.096 0.054 0.028 0.062 0.121 0.046 0.028 2.167 0.036 0.073 0.023 0.091 0.039 0.051 0.041 0.051 0.041 0.017 0.003 0.361 0.262 0.174 0.255 0.558 0.555 6.444 2.590 0.347 0.367 0.224 0.438 0.191 0.264 0.305 0.147 0.182 0.231 1.567 1.195 0.099 0.143 3.562 1.928 8303 chr4 25906448 25931656 + 0 NA intron (NM_001145432, intron 1 of 2) intron (NM_001145432, intron 1 of 2) 3238 NM_001145432 389203 Hs.479386 NM_001145432 ENSG00000250317 SMIM20 C4orf52|MITRAC7|PNX small integral membrane protein 20 protein-coding 1.277 0.787 nan 0.277 1.300 0.484 0.895 0.554 1.069 0.057 0.642 0.713 0.067 0.257 0.610 0.671 0.808 0.133 0.619 0.323 0.232 0.055 0.672 0.357 0.924 0.543 0.307 0.210 0.442 0.173 0.267 0.620 0.292 1.109 0.371 0.890 0.328 0.287 0.058 0.276 0.344 0.494 0.318 0.195 0.199 0.229 0.504 0.603 0.349 0.917 0.886 0.395 0.671 0.563 0.743 0.924 0.335 0.191 0.180 0.300 0.459 0.432 0.090 0.618 0.191 0.219 0.213 0.428 0.375 0.908 1.147 0.638 0.653 4.395 1.047 1.344 1.391 0.882 1.199 1.104 1.266 2.679 2.768 0.176 0.319 1.454 1.902 1.211 2.153 nan 1.257 5762 chr19 48298577 48306282 + 0 NA Intergenic Intergenic 4432 NM_198479 284355 Hs.629812 NM_198479 ENSG00000178928 TPRX1 TPRX tetrapeptide repeat homeobox 1 protein-coding 1.091 0.771 1.144 0.150 0.113 0.032 0.065 0.265 0.344 0.013 0.112 0.120 0.024 0.026 0.035 0.100 0.078 0.126 0.111 0.024 0.028 0.050 0.142 0.031 0.062 0.027 0.038 0.009 0.052 0.041 0.104 nan 0.116 0.218 0.057 0.070 0.038 0.107 0.146 0.016 0.042 0.197 0.039 0.029 0.028 0.060 0.113 0.130 0.148 0.046 0.041 0.052 0.100 0.065 0.048 0.062 0.032 0.032 0.103 0.034 0.072 0.064 5.119 0.030 0.007 0.229 0.160 0.222 0.308 0.334 0.460 0.355 0.165 0.274 0.229 0.242 0.459 0.212 0.229 0.881 0.456 0.215 0.203 0.114 0.052 2.809 10.668 0.367 0.482 4753 chr17 38293963 38298373 + 0 NA promoter-TSS (NM_007359) promoter-TSS (NM_007359) -339 NM_007359 22794 Hs.743287 NM_007359 ENSG00000108349 CASC3 BTZ|MLN51 cancer susceptibility 3 protein-coding nan 3.131 2.162 17.701 1.540 2.973 2.422 2.774 4.519 0.805 4.085 1.122 7.027 0.998 3.054 2.153 2.437 0.472 3.343 1.029 3.729 1.769 2.596 1.557 3.734 2.116 1.996 1.921 2.201 0.839 1.705 2.911 2.201 6.299 1.063 3.699 0.325 2.405 0.064 1.831 2.352 3.527 2.081 0.917 1.800 0.838 1.775 2.422 4.366 2.719 2.487 1.650 2.153 4.557 2.249 3.734 1.582 2.235 0.682 3.834 1.819 1.987 1.098 1.506 1.646 1.972 1.701 4.119 4.251 3.836 6.445 nan 5.129 5.293 2.657 14.071 15.628 3.152 4.559 4.523 7.338 nan 5.767 2.880 3.784 2.034 2.262 5.059 5.787 3.046 1.721 1206 chr1 233835518 233858884 + 0 NA Intergenic Intergenic 87303 NR_039625 100616390 NR_039625 ENSG00000265744 MIR4427 - microRNA 4427 ncRNA 1.222 2.896 2.339 0.526 0.433 1.668 0.354 0.356 0.605 0.045 0.120 0.086 0.013 0.071 0.164 1.657 0.112 0.076 0.379 0.341 0.024 0.012 0.483 0.489 0.057 0.868 0.499 0.012 0.307 0.099 0.321 1.082 0.088 0.478 0.251 0.074 0.163 0.066 0.085 0.061 0.153 0.138 0.031 0.027 1.239 0.420 0.715 0.150 0.222 0.027 0.540 0.432 1.657 0.305 0.072 0.057 0.273 0.305 0.096 0.038 0.261 0.517 0.009 0.183 0.026 0.025 0.013 0.478 0.434 0.424 0.816 0.716 0.787 nan 0.083 0.141 0.127 0.497 0.795 nan 5.698 0.949 0.701 0.064 0.097 0.879 0.868 0.385 0.901 nan 1.223 9204 chr5 138506339 138534077 + 0 NA intron (NM_022464, intron 1 of 9) AluJr|SINE|Alu 13857 NM_022464 64374 Hs.483521 NM_022464 ENSG00000120725 SIL1 BAP|MSS|ULG5 SIL1 nucleotide exchange factor protein-coding 1.177 1.685 nan 0.329 0.678 1.099 0.444 0.346 0.697 0.080 0.401 0.512 0.206 0.181 1.884 0.524 0.421 0.180 0.365 0.135 0.222 0.149 0.332 0.191 0.652 0.419 0.351 0.226 0.229 0.166 0.507 1.197 0.363 3.416 0.107 0.447 0.248 0.449 0.141 0.079 0.275 0.230 0.304 0.213 0.365 0.220 0.390 0.302 0.379 0.432 0.285 0.512 0.524 0.373 0.439 0.652 0.243 0.209 0.287 0.256 0.526 0.358 0.331 0.929 0.185 0.190 0.110 0.439 0.426 0.953 1.389 1.339 1.441 0.980 0.349 0.902 0.895 1.101 1.475 1.491 1.713 0.959 0.817 0.890 1.194 1.269 1.480 1.220 3.719 0.957 0.529 11432 chr9 6546720 6559678 + 0 NA intron (NM_000170, intron 20 of 24) intron (NM_000170, intron 20 of 24) 92493 NM_000170 2731 Hs.584238 NM_000170 ENSG00000178445 GLDC GCE|GCSP|HYGN1 glycine decarboxylase protein-coding 1.019 4.798 0.982 0.112 1.789 0.214 0.810 0.260 0.518 0.026 0.091 0.114 0.019 0.039 1.095 2.323 0.115 0.097 0.209 0.088 0.233 0.011 0.471 0.260 0.582 0.424 0.101 0.022 0.168 0.092 0.075 0.271 0.206 2.260 0.312 0.069 0.492 0.032 0.056 0.218 0.296 0.085 0.052 0.065 0.384 0.073 0.128 0.148 0.107 0.585 0.031 0.036 2.323 0.098 0.758 0.582 0.058 0.020 0.025 0.108 1.498 0.025 0.023 0.191 0.158 0.027 0.035 0.291 0.215 0.296 0.403 0.998 1.009 8.217 2.760 0.122 0.180 0.781 1.331 1.570 2.097 1.626 1.603 0.159 0.302 2.746 2.460 0.442 nan 2.796 1.558 11009 chr8 64509772 64520922 + 0 NA Intergenic Intergenic 136940 NR_125825 102724612 Hs.97639 NR_125825 ENSG00000253894 LOC102724612 - uncharacterized LOC102724612 ncRNA 0.991 0.629 0.700 0.031 0.072 0.029 0.019 0.122 0.198 0.097 0.041 0.055 0.176 0.068 0.074 0.101 0.057 0.023 0.074 0.403 0.420 0.086 0.007 0.013 0.036 0.080 0.044 0.070 0.549 0.013 0.033 0.101 0.010 0.082 0.043 0.022 0.041 0.038 0.021 0.049 0.009 0.026 0.062 0.037 0.076 0.021 0.024 0.068 0.058 0.086 0.015 0.017 0.026 0.073 0.014 0.290 0.343 0.007 0.021 0.014 0.734 1.155 0.305 0.236 0.327 0.406 6.400 2.721 0.140 0.123 0.209 nan 0.126 0.105 nan 0.832 0.592 0.939 0.922 0.827 0.331 0.592 1.956 0.877 1027 chr1 203095708 203157645 + 0 NA intron (NM_000674, intron 3 of 3) MSTD-int|LTR|ERVL-MaLR 18266 NM_004997 4608 Hs.927 NM_004997 ENSG00000133055 MYBPH - myosin binding protein H protein-coding 1.357 1.368 1.345 0.060 0.220 0.136 1.793 0.593 1.190 0.119 0.259 0.143 0.041 0.036 0.305 0.608 0.129 0.089 1.260 0.834 0.080 0.038 0.422 0.250 1.778 3.066 2.611 0.107 0.558 0.571 1.129 4.124 1.285 1.125 0.333 0.102 0.029 0.100 0.093 0.417 0.195 1.931 0.054 0.056 1.192 0.744 1.072 0.656 0.184 0.056 0.150 0.900 0.608 0.633 2.252 1.778 0.132 0.349 0.134 1.045 0.136 0.882 0.190 0.364 0.144 2.473 2.529 1.208 1.913 1.352 1.424 1.556 1.974 1.427 0.365 nan nan 0.599 1.009 0.550 0.683 0.479 0.197 0.371 0.477 0.218 0.222 0.902 2.443 0.902 0.653 423 chr1 61541519 61559863 + 0 NA intron (NM_001134673, intron 1 of 10) intron (NM_001134673, intron 1 of 10) 2711 NM_001134673 4774 Hs.740757 NM_005595 ENSG00000162599 NFIA BRMUTD|CTF|NF-I/A|NF1-A|NFI-A|NFI-L nuclear factor I A protein-coding 3.680 2.990 nan 1.639 0.922 2.296 1.570 0.844 1.698 0.464 1.337 1.248 0.854 0.773 1.543 0.662 2.614 0.281 1.433 0.434 2.227 2.298 1.483 0.825 0.862 1.002 0.993 0.681 1.347 0.110 1.891 3.787 2.439 5.360 0.651 3.108 0.541 1.699 0.172 0.379 1.511 0.827 0.526 0.310 1.095 0.813 2.108 1.133 1.664 1.799 1.562 0.935 0.662 1.466 3.313 0.862 0.640 1.848 0.752 2.160 1.668 0.601 0.602 0.466 0.606 0.279 0.225 0.935 1.631 2.228 3.234 2.070 1.860 0.206 0.142 0.860 0.908 nan nan 2.619 nan 2.420 2.635 0.321 0.945 2.409 2.293 0.879 1.689 3.397 1.787 1953 chr11 58335619 58352093 + 0 NA promoter-TSS (NM_004811) promoter-TSS (NM_004811) -466 NM_004811 9404 Hs.125474 NM_004811 ENSG00000110031 LPXN LDPL leupaxin protein-coding 2.257 2.157 2.122 2.654 2.971 2.512 2.377 2.056 2.971 1.151 2.689 7.625 1.264 2.581 2.130 1.595 2.648 0.177 1.953 0.963 2.485 1.641 1.478 0.742 2.070 2.366 2.791 1.092 2.234 1.101 2.862 3.603 1.986 5.309 1.119 1.425 0.807 2.157 0.145 1.543 1.188 3.492 2.642 1.108 1.669 1.401 3.184 4.741 1.896 2.338 3.227 1.737 1.595 2.091 1.927 2.070 1.158 0.818 0.369 1.573 0.851 2.780 1.505 0.998 3.363 1.633 1.341 3.629 3.605 3.448 5.131 5.456 5.311 4.166 3.102 7.072 7.639 3.250 3.902 3.770 6.095 4.469 4.065 2.706 3.995 4.128 5.503 2.828 2.816 2.498 1.337 2757 chr12 65949012 65964901 + 0 NA intron (NR_120434, intron 4 of 4) intron (NR_120434, intron 4 of 4) -5865 NR_135033 105369187 Hs.738044 NR_135033 ENSG00000250748 LOC105369187 - uncharacterized LOC105369187 ncRNA 0.725 0.484 0.595 0.483 0.077 0.006 1.814 0.131 0.177 0.018 1.585 6.950 0.121 0.038 0.050 0.072 0.694 0.080 0.179 0.228 0.204 0.221 0.079 0.097 0.030 0.096 0.028 0.009 0.275 1.261 0.265 0.993 1.784 0.184 1.363 0.572 0.177 0.104 1.450 0.018 0.334 0.208 0.122 0.372 0.145 0.091 0.729 0.128 0.680 0.040 0.087 0.072 0.107 0.565 0.030 0.107 0.091 0.024 0.267 0.025 0.278 0.057 0.294 1.238 0.098 0.077 0.264 0.149 0.384 1.502 0.361 nan 0.163 0.094 0.154 0.148 0.225 0.341 0.250 0.275 0.459 0.204 0.154 0.178 0.037 0.042 0.449 1.300 0.296 0.501 10982 chr8 61324557 61331452 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -1627 NR_103854 100505532 Hs.720321 NR_103854 LINC01301 - long intergenic non-protein coding RNA 1301 ncRNA 1.313 1.155 1.484 0.125 1.945 0.032 0.125 0.326 0.547 0.082 0.124 0.134 0.018 0.568 0.130 4.172 0.086 0.072 0.307 0.138 0.037 0.476 0.192 0.814 0.049 0.021 0.140 0.188 0.091 0.082 0.404 0.145 1.256 0.106 0.102 0.330 0.016 0.061 0.151 0.012 0.079 0.108 0.080 0.095 0.121 0.101 0.218 0.142 0.320 0.069 0.115 4.172 0.237 0.134 0.814 0.161 0.230 0.105 0.127 4.141 0.012 0.050 0.090 0.025 0.043 0.339 0.307 0.555 0.851 1.170 1.053 2.306 0.553 0.181 0.119 0.427 nan 1.114 0.806 nan 0.481 0.344 0.703 1.941 1.533 0.260 0.392 2.164 1.282 5983 chr2 27539091 27547688 + 0 NA intron (NM_002437, intron 2 of 7) AluSc8|SINE|Alu 2580 NM_002437 4358 Hs.75659 NM_002437 ENSG00000115204 MPV17 MTDPS6|SYM1 MPV17, mitochondrial inner membrane protein protein-coding 2.605 1.551 3.207 1.682 1.764 1.075 3.864 0.967 1.743 1.140 2.005 1.711 0.440 0.922 1.157 1.652 1.736 0.225 2.950 1.386 4.446 0.853 1.196 0.552 1.727 1.489 1.452 0.894 4.243 1.655 7.176 9.951 4.562 4.730 2.111 2.675 0.156 1.755 0.144 1.909 0.797 4.050 2.270 1.108 2.409 4.253 1.443 1.658 2.314 3.774 3.192 2.908 1.652 8.137 6.306 1.727 1.268 1.590 0.922 3.375 2.653 4.850 0.449 1.120 1.590 2.150 1.683 1.913 2.192 2.781 3.955 2.380 2.594 3.587 1.320 8.145 8.896 2.200 3.227 3.443 nan 2.548 2.146 1.674 2.571 1.443 1.794 2.034 3.454 2.930 1.594 4823 chr17 45725574 45729410 + 0 NA 5' UTR (NM_002265, exon 1 of 22) 5' UTR (NM_002265, exon 1 of 22) 288 NM_002265 3837 Hs.532793 NM_002265 ENSG00000108424 KPNB1 IMB1|IPO1|IPOB|Impnb|NTF97 karyopherin subunit beta 1 protein-coding 5.659 4.371 nan 8.262 8.190 4.256 7.185 5.621 9.478 3.257 7.439 4.993 10.591 2.210 4.052 5.838 3.092 0.584 6.915 3.066 6.938 5.317 3.688 1.998 5.417 3.762 5.008 4.103 6.562 2.290 9.159 13.511 7.928 13.581 2.553 7.846 2.312 8.359 0.234 3.418 2.880 12.365 14.064 5.991 4.626 3.121 6.303 9.606 7.312 7.287 3.984 3.229 5.838 5.897 5.298 5.417 3.894 2.547 3.091 9.818 4.575 4.299 2.972 4.819 3.222 5.206 2.967 5.139 5.413 5.432 6.725 9.673 nan 8.985 3.938 17.401 18.007 4.448 6.244 10.790 13.814 13.881 12.180 3.395 7.294 7.599 7.655 7.609 10.418 4.429 1.672 1222 chr1 235665524 235669831 + 0 NA 5' UTR (NM_152490, exon 1 of 12) 5' UTR (NM_152490, exon 1 of 12) 104 NM_001277155 148789 Hs.498143 NM_152490 ENSG00000162885 B3GALNT2 B3GalNAc-T2|MDDGA11 beta-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase 2 protein-coding 10.903 6.330 7.834 5.256 8.809 3.633 3.985 3.874 6.029 1.418 5.145 3.482 1.809 0.936 2.744 5.670 4.669 1.141 3.986 1.617 3.205 4.025 3.814 2.094 6.297 3.953 4.768 2.570 4.366 2.077 4.760 6.056 4.937 11.014 1.688 6.157 0.777 4.544 0.171 1.306 3.337 4.794 5.517 2.917 3.398 2.707 3.961 5.417 4.452 3.723 4.951 4.903 5.670 6.937 3.856 6.297 2.869 2.165 1.359 5.006 3.068 5.391 1.100 2.477 2.532 3.262 2.231 8.559 9.121 11.911 19.664 12.105 9.634 11.628 5.123 18.981 20.298 4.887 6.852 nan 12.642 8.253 9.912 2.694 4.835 4.570 5.999 11.331 10.806 4.406 2.556 11908 chrX 9968847 9989500 + 0 NA Intergenic Intergenic -4622 NM_015691 55841 Hs.527524 NM_015691 ENSG00000047644 WWC3 BM042 WWC family member 3 protein-coding 1.205 1.178 0.961 0.656 0.437 0.141 1.017 0.163 0.322 0.380 0.651 2.985 1.014 0.107 0.190 0.423 2.145 0.181 1.162 0.326 0.290 0.289 0.123 0.456 1.284 1.214 0.615 0.934 0.726 0.635 0.938 1.657 0.978 0.154 0.601 0.107 0.419 0.063 0.461 0.246 0.707 1.288 0.612 0.454 0.491 1.291 0.474 1.610 0.382 0.285 1.348 0.423 1.285 0.268 0.456 0.323 0.976 0.136 0.109 0.231 1.353 0.177 0.083 0.504 1.023 0.675 0.256 0.233 1.611 2.170 0.902 0.688 1.087 0.417 0.077 0.048 0.236 0.420 0.884 1.316 0.897 0.782 0.366 0.600 0.423 0.410 0.294 0.349 0.507 0.387 11954 chrX 69696108 69707604 + 0 NA intron (NM_020730, intron 4 of 13) intron (NM_020730, intron 4 of 13) -26012 NR_109801 100873930 Hs.571699 NR_046586 ENSG00000231651 DLG3-AS1 - DLG3 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.027 0.750 0.673 0.741 1.920 0.932 2.068 0.025 0.115 1.185 0.022 0.027 0.285 0.366 0.086 0.021 0.704 0.535 0.007 0.024 1.106 0.437 0.722 1.121 0.815 0.025 0.406 0.375 0.810 1.932 0.606 9.917 1.104 0.513 0.257 0.056 0.073 0.447 0.262 0.168 0.078 0.034 0.703 1.702 0.276 0.598 0.595 0.143 0.626 1.198 0.366 0.709 0.137 0.722 0.212 1.027 0.100 0.084 0.115 0.439 1.009 2.308 0.297 0.576 0.487 1.627 1.444 1.774 3.418 0.547 0.810 1.864 0.576 0.535 0.530 0.767 1.182 1.756 2.238 2.650 2.332 1.149 2.125 1.603 1.720 2.614 5.218 0.720 0.512 7011 chr20 46409121 46429872 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -4136 NM_198596 55959 Hs.162016 NM_018837 ENSG00000196562 SULF2 HSULF-2 sulfatase 2 protein-coding nan nan 0.645 0.838 0.084 0.777 0.264 0.138 0.229 0.212 0.076 0.186 0.009 0.034 0.278 0.891 1.086 0.433 0.025 0.037 0.048 0.020 0.089 0.103 0.752 0.630 0.401 0.036 0.085 0.005 0.296 1.278 0.133 7.617 0.028 0.126 0.273 0.116 0.103 0.040 0.236 0.155 0.058 0.074 0.016 0.059 6.037 0.149 0.302 0.099 0.597 1.171 0.891 0.072 0.031 0.752 0.401 0.202 0.849 0.987 0.161 1.630 0.062 0.092 1.279 0.153 0.066 0.442 0.449 0.558 1.345 2.332 2.556 nan 0.117 0.204 0.194 1.082 1.652 0.133 0.170 nan 0.898 0.377 0.443 0.674 0.859 0.297 0.501 0.252 0.253 9854 chr6 112564239 112577226 + 0 NA intron (NR_121193, intron 2 of 2) intron (NR_121193, intron 2 of 2) 5185 NM_001105206 3910 Hs.654572 NM_002290 ENSG00000112769 LAMA4 CMD1JJ|LAMA3|LAMA4*-1 laminin subunit alpha 4 protein-coding nan 0.921 nan 1.124 0.321 0.266 0.443 0.247 0.537 0.073 0.365 1.829 0.014 0.002 0.139 0.494 3.748 0.542 0.445 0.247 0.029 0.128 0.159 0.089 0.535 0.639 0.374 0.233 0.209 0.643 0.217 0.847 0.322 1.335 0.090 0.046 0.023 0.291 0.102 0.227 0.189 0.668 0.009 0.054 0.349 0.089 5.131 0.354 0.079 0.575 0.080 0.133 0.494 0.192 0.029 0.535 0.141 0.065 0.045 0.112 0.420 0.082 0.106 0.038 0.498 0.009 0.016 1.560 1.185 5.621 4.311 0.793 nan nan 0.597 0.411 0.466 0.142 nan 0.180 0.199 0.671 0.495 0.342 0.715 0.065 0.073 0.200 nan 0.316 0.343 9740 chr6 57158884 57168061 + 0 NA Intergenic Intergenic -16131 NM_001282488 5558 Hs.654580 NM_000947 ENSG00000146143 PRIM2 PRIM2A|p58 DNA primase subunit 2 protein-coding 0.951 0.849 nan 0.039 0.203 0.815 0.079 0.191 0.186 0.118 0.123 0.020 0.123 0.139 0.985 0.299 0.127 0.030 0.030 0.085 0.118 0.221 0.023 0.060 0.011 0.052 0.167 0.474 0.411 0.053 0.021 0.035 0.122 0.013 0.018 0.070 0.013 0.043 0.012 0.017 0.094 0.110 0.009 0.075 0.009 0.058 0.139 0.095 0.071 0.221 0.053 0.080 0.032 0.051 0.045 0.069 0.021 0.046 0.025 0.019 0.017 0.335 0.257 0.174 0.243 0.304 0.302 0.233 0.066 0.217 0.290 5.182 4.832 0.744 0.699 0.696 0.342 0.120 0.150 0.064 0.106 0.336 0.466 0.365 0.442 422 chr1 61349841 61383755 + 0 NA Intergenic MER113B|DNA|hAT-Charlie 69650 NR_110617 100996570 Hs.46616 NR_110617 ENSG00000237928 NFIA-AS2 - NFIA antisense RNA 2 ncRNA 2.363 0.832 nan 0.203 0.220 0.244 0.088 0.281 0.475 0.017 0.072 0.062 0.009 0.032 0.139 0.729 0.337 0.115 0.109 0.017 0.034 0.008 0.139 0.122 0.318 0.029 0.015 0.022 0.041 0.019 0.071 0.177 0.076 1.140 0.013 0.069 0.160 0.023 0.099 0.007 0.240 0.138 0.032 0.014 0.028 0.049 0.097 0.306 0.034 0.026 0.030 0.033 0.729 0.067 0.049 0.318 0.040 0.080 1.353 0.039 0.162 0.026 0.032 0.208 0.029 0.024 0.014 0.509 0.385 0.275 0.355 0.782 0.821 0.135 0.069 0.308 0.352 nan nan 0.775 nan 2.611 2.913 0.188 0.260 0.710 0.472 0.436 1.124 1.186 0.896 9885 chr6 123093922 123122653 + 0 NA Intergenic MER4B|LTR|ERV1 -1907 NM_001286138 10924 Hs.486357 NM_006714 ENSG00000172594 SMPDL3A ASM3A|ASML3a|yR36GH4.1 sphingomyelin phosphodiesterase acid like 3A protein-coding 1.801 1.472 1.641 0.164 0.492 1.232 0.476 0.843 1.404 0.054 0.224 0.361 0.163 0.453 4.391 0.726 0.125 0.056 0.316 0.204 0.383 1.003 0.328 0.193 1.166 0.395 0.361 0.085 0.262 0.194 0.506 0.791 0.352 2.608 0.238 0.112 0.844 0.455 0.141 0.263 0.237 0.252 0.434 0.209 0.538 0.381 0.564 0.533 0.346 1.381 0.291 0.169 0.726 0.369 1.602 1.166 0.166 0.647 0.185 0.221 0.314 0.225 0.148 0.473 0.148 0.269 0.218 0.311 0.204 0.704 1.057 4.161 3.531 2.662 1.169 0.796 0.783 0.993 1.275 0.731 1.027 1.418 1.193 0.226 0.599 2.755 2.823 0.804 1.334 0.645 0.519 905 chr1 178984749 179015231 + 0 NA intron (NM_001324311, intron 1 of 7) intron (NM_001324311, intron 1 of 7) 4731 NM_001324311 9917 Hs.5737 NM_014864 ENSG00000116199 FAM20B gxk1 FAM20B, glycosaminoglycan xylosylkinase protein-coding nan nan nan 1.145 0.984 0.433 2.017 0.536 1.079 0.416 1.213 2.301 0.263 0.129 2.328 1.007 1.011 0.286 1.535 0.962 0.326 0.428 0.533 0.317 0.817 1.192 0.912 0.411 0.835 0.453 0.666 1.761 0.524 1.612 0.653 3.788 0.199 0.703 0.116 0.205 0.421 0.516 0.516 0.295 0.500 0.607 1.580 0.536 1.435 0.589 0.649 0.956 1.007 2.129 1.186 0.817 0.383 0.795 0.314 0.598 0.554 0.539 1.514 0.803 0.398 2.111 2.172 1.442 1.874 1.822 3.127 nan 1.589 1.632 0.740 2.406 2.445 1.081 1.554 1.782 2.241 1.343 1.489 2.233 3.734 1.228 1.067 1.792 nan 1.403 0.999 3308 chr13 103041044 103055520 + 0 NA TTS (NR_036487) TTS (NR_036487) 1354 NR_036487 283481 Hs.646604 NR_036487 ENSG00000272143 FGF14-AS2 - FGF14 antisense RNA 2 ncRNA 1.385 1.211 1.091 0.135 1.869 2.743 0.069 0.865 1.581 0.007 0.667 0.557 0.020 0.166 1.427 2.855 0.113 0.067 0.165 0.052 0.119 0.010 0.412 0.234 1.850 0.243 0.095 0.025 0.080 0.066 0.432 0.714 0.058 15.049 0.130 0.300 1.834 0.352 0.096 0.341 1.344 0.159 0.179 0.124 0.045 0.021 0.087 0.118 0.315 0.642 0.076 0.137 2.855 0.124 0.009 1.850 0.227 0.102 0.270 0.720 1.059 0.011 0.034 0.444 0.253 0.008 1.953 2.214 0.223 0.273 3.056 2.553 3.588 1.450 0.536 0.385 1.019 nan 1.579 2.980 1.415 1.577 0.352 0.414 6.937 9.991 1.829 nan 0.449 0.286 9093 chr5 97495677 97502396 + 0 NA Intergenic L1MA7|LINE|L1 -2093 NR_146477 105379098 Hs.566306 NR_146477 LINC01846 - long intergenic non-protein coding RNA 1846 ncRNA nan 1.050 0.475 0.080 0.051 0.076 0.145 0.184 0.116 0.138 0.028 0.015 0.210 0.210 0.112 0.088 0.108 0.019 0.069 0.072 0.053 0.073 0.033 0.040 0.032 0.059 0.065 0.062 0.151 0.080 0.040 0.099 0.048 0.160 0.018 0.072 0.111 0.018 0.056 0.063 0.023 0.094 0.015 0.048 0.033 0.025 0.010 0.210 0.021 0.013 0.053 0.036 0.024 0.044 0.043 0.045 0.015 0.015 0.074 0.034 0.017 0.007 0.239 0.191 9.682 2.471 0.113 0.137 0.071 0.045 0.157 0.127 0.321 0.401 0.146 0.196 0.460 0.187 0.023 0.138 0.617 0.255 0.184 nan 0.146 0.186 6400 chr2 143725704 143747731 + 0 NA intron (NM_001032998, intron 8 of 11) intron (NM_001032998, intron 8 of 11) 101522 NM_001199241 8942 Hs.470126 NM_003937 ENSG00000115919 KYNU KYNUU|VCRL2 kynureninase protein-coding 0.686 nan 0.703 0.321 0.100 0.007 0.710 0.095 0.185 0.380 0.312 0.526 0.073 0.026 0.032 0.146 0.297 0.088 0.764 0.448 1.400 0.006 0.078 0.090 0.071 0.371 0.108 0.004 0.244 0.379 0.710 2.637 1.166 0.638 0.577 2.216 0.008 0.025 0.077 0.226 0.047 0.280 0.011 0.046 0.387 0.133 1.589 0.150 0.444 0.107 0.268 0.569 0.146 0.152 0.032 0.071 0.334 1.231 0.013 0.235 0.037 0.212 0.090 0.062 0.342 0.019 0.008 1.757 0.719 13.596 9.630 0.218 0.286 0.102 0.057 0.906 0.927 0.418 0.689 0.250 0.289 0.414 0.153 0.343 0.410 0.029 0.044 0.305 0.488 0.209 0.308 8049 chr3 177156858 177202730 + 0 NA intron (NR_047568, intron 1 of 3) intron (NR_047568, intron 1 of 3) 20085 NR_047568 100505566 Hs.581170 NR_047568 LINC00578 - long intergenic non-protein coding RNA 578 ncRNA 1.261 1.766 1.056 0.492 0.275 0.074 1.197 0.454 0.853 0.589 1.604 1.564 0.466 0.349 0.100 0.487 1.396 0.356 0.614 0.335 0.497 0.507 0.199 0.229 0.298 3.071 1.679 0.074 1.590 0.650 0.510 2.043 2.820 0.475 0.651 0.397 0.029 0.113 0.138 0.144 0.257 0.880 0.084 0.066 0.857 0.605 1.468 0.209 0.267 0.243 0.123 1.147 0.487 0.399 0.821 0.298 0.515 0.554 0.070 0.253 0.254 0.592 0.089 0.214 0.306 0.506 0.661 0.298 0.208 1.222 4.842 0.433 0.484 1.175 0.392 0.233 0.267 0.716 1.025 0.669 0.555 0.726 0.303 0.139 0.248 0.227 0.276 0.366 0.851 0.737 0.583 302 chr1 40556742 40576341 + 0 NA Intergenic Intergenic -3399 NM_000310 5538 Hs.3873 NM_000310 ENSG00000131238 PPT1 CLN1|INCL|PPT palmitoyl-protein thioesterase 1 protein-coding 8.929 0.983 nan 0.562 2.145 0.234 1.545 0.327 0.358 0.668 0.245 0.268 2.963 0.091 0.254 18.731 0.164 0.205 0.604 0.407 0.225 0.142 0.218 0.323 0.898 0.100 0.085 0.131 0.763 0.505 0.668 2.182 1.482 0.905 0.614 0.718 0.063 0.376 0.129 0.060 1.872 0.329 0.277 0.125 0.390 1.496 3.684 0.281 0.183 0.329 0.237 0.594 18.731 0.820 0.529 0.898 0.355 5.676 0.098 0.339 0.223 0.082 0.375 0.198 0.129 0.118 0.100 0.587 0.581 0.534 1.045 1.199 1.177 0.671 0.233 0.744 0.800 0.739 nan nan 2.854 0.885 0.645 0.607 nan 0.183 0.252 0.644 0.911 9.665 8.620 1451 chr10 42661358 42667615 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 199007 NR_024380 441666 Hs.255729 NR_024380 ENSG00000215146 LOC441666 - zinc finger protein 91 pseudogene pseudo 3.586 nan 3.213 0.342 0.760 0.256 0.158 0.903 1.300 0.199 0.466 0.470 0.030 0.751 0.476 0.976 0.672 6.739 0.199 0.020 0.645 0.651 2.035 0.446 0.044 0.433 0.083 0.505 0.088 0.173 0.646 2.030 0.046 0.813 0.526 0.467 2.096 0.265 0.694 0.190 0.106 0.035 0.929 0.199 1.477 0.190 0.147 0.032 0.223 0.976 0.306 0.168 0.446 0.213 0.174 0.062 0.114 0.276 0.480 0.549 0.535 0.256 0.175 0.142 0.628 0.351 0.258 0.336 0.614 1.053 0.329 0.242 0.571 0.479 0.637 0.942 0.570 0.623 1.066 0.220 0.202 0.635 0.188 0.380 0.382 0.849 0.236 0.401 6732 chr2 235148501 235170516 + 0 NA Intergenic Intergenic 200162 NM_006944 6694 Hs.444488 NM_006944 ENSG00000072080 SPP2 SPP-24|SPP24 secreted phosphoprotein 2 protein-coding 0.707 nan 0.699 3.766 0.119 0.208 6.228 0.364 0.696 1.436 0.656 2.815 0.253 0.580 0.057 0.864 0.582 0.044 3.519 2.019 1.744 0.013 0.100 0.145 0.147 2.276 1.493 0.144 1.575 2.372 0.834 2.594 2.662 1.106 4.827 0.581 0.021 0.040 0.097 4.040 0.050 6.339 0.525 0.393 0.829 1.565 2.906 10.404 1.986 3.051 1.448 0.480 0.864 2.266 2.037 0.147 0.478 0.358 0.084 3.552 0.305 3.820 0.031 0.068 4.667 4.385 4.050 0.329 0.217 0.401 0.807 0.372 0.423 0.416 0.164 0.252 0.274 0.416 0.681 0.640 nan 0.366 0.214 0.163 0.213 0.065 0.111 0.220 0.396 0.504 0.415 9839 chr6 109264001 109272138 + 0 NA intron (NM_001286609, intron 11 of 16) Tigger15a|DNA|TcMar-Tigger -22763 NR_104137 101929716 NR_104137 ARMC2-AS1 - ARMC2 antisense RNA 1 ncRNA 3.419 nan nan 0.044 0.166 0.469 0.033 0.137 0.269 0.077 0.137 0.008 0.012 0.469 0.218 0.111 0.079 0.078 0.015 0.027 0.269 0.131 0.599 0.025 0.063 0.029 0.247 1.284 3.104 0.469 0.071 0.093 2.000 0.040 0.103 0.015 0.080 0.057 0.063 0.077 0.027 0.128 1.137 0.086 0.050 0.141 0.010 0.919 0.218 0.114 0.599 0.309 0.237 0.314 0.072 4.078 0.018 3.721 0.124 0.075 0.014 0.020 0.524 0.468 0.413 1.615 0.357 nan 1.232 0.632 0.248 0.308 5.629 5.784 2.194 3.855 nan 0.511 1.045 1.801 5.728 6.314 0.517 0.851 0.446 0.467 2452 chr12 7044915 7057225 + 0 NA 3' UTR (NM_001940, exon 10 of 10) 3' UTR (NM_001940, exon 10 of 10) -1531 NM_001301836 113246 Hs.405913 NM_138425 ENSG00000111678 C12orf57 C10|GRCC10 chromosome 12 open reading frame 57 protein-coding 3.278 nan nan 2.861 9.118 4.167 1.077 2.758 5.260 0.669 1.983 0.985 0.953 1.947 3.323 2.766 0.572 0.052 2.062 0.585 3.117 0.957 2.993 1.343 3.492 1.396 1.202 0.652 2.284 0.744 3.942 7.078 2.243 9.426 0.687 1.367 0.868 2.675 0.129 0.567 3.909 1.870 1.035 0.438 1.563 1.161 2.682 2.369 4.016 3.532 0.980 1.505 2.766 2.204 1.745 3.492 1.164 1.329 7.934 5.807 1.156 1.115 1.857 1.780 0.522 1.001 0.708 3.239 4.529 4.380 5.676 nan 10.289 12.320 7.099 8.060 8.590 3.631 4.196 4.957 7.116 4.779 5.369 4.253 5.512 4.805 4.524 5.078 nan 1.855 1.029 11935 chrX 40942888 40955844 + 0 NA intron (NM_001039590, intron 1 of 44) AluJb|SINE|Alu 4478 NM_001039591 8239 Hs.77578 NM_004652 ENSG00000124486 USP9X DFFRX|FAF|FAM|MRX99|MRXS99F ubiquitin specific peptidase 9, X-linked protein-coding 3.062 2.838 nan 1.422 2.243 1.140 0.701 1.121 1.779 0.649 1.216 0.604 0.722 0.517 1.641 1.432 1.785 0.262 1.970 0.484 0.838 1.509 1.473 0.686 1.773 0.888 1.111 0.973 1.408 0.815 1.076 1.386 1.516 4.598 0.620 1.764 0.639 1.104 0.058 0.392 1.614 4.054 2.276 1.071 0.893 1.081 0.865 0.971 1.837 1.476 0.683 1.535 1.432 3.520 0.802 1.773 0.630 0.671 0.654 1.264 0.943 1.406 1.536 1.402 0.586 0.800 0.476 1.238 1.367 3.352 5.014 5.130 4.653 3.069 1.976 10.144 10.412 1.827 2.189 3.621 6.406 6.364 6.485 2.561 3.719 2.362 2.557 4.425 4.319 1.256 0.733 10067 chr6 162147503 162159763 + 0 NA intron (NM_013987, intron 6 of 10) intron (NM_013987, intron 6 of 10) 261624 NR_134594 105378098 Hs.691066 NR_134593 LOC105378098 - uncharacterized LOC105378098 ncRNA 0.782 nan 0.656 0.053 0.575 0.013 0.035 0.183 0.331 0.008 0.038 0.017 0.015 0.065 0.051 0.386 0.127 0.104 0.015 0.031 0.205 0.122 0.390 0.006 0.024 0.012 0.033 0.066 0.075 0.057 0.255 0.047 0.274 0.036 0.130 0.009 0.007 0.067 0.034 0.019 0.009 0.037 0.032 0.057 0.040 0.029 0.022 0.386 0.012 0.007 0.390 0.030 0.020 0.033 0.050 0.013 0.018 0.022 0.019 0.008 0.443 0.316 0.181 0.218 0.585 0.635 5.934 2.253 0.200 0.179 0.077 0.137 1.328 0.444 nan 0.182 0.129 0.215 1.660 1.684 0.111 0.222 0.370 0.331 5400 chr18 60980993 60991008 + 0 NA 5' UTR (NM_000657, exon 2 of 2) 5' UTR (NM_000657, exon 2 of 2) 613 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 1.719 1.789 5.385 0.527 5.576 3.926 0.205 1.618 3.510 0.087 0.801 0.646 0.031 1.801 2.787 2.756 0.437 0.032 0.074 0.038 0.112 0.042 1.211 0.609 4.103 0.470 0.369 0.515 0.216 0.095 0.362 0.845 0.149 13.329 0.044 1.838 0.872 0.498 0.088 0.188 1.160 0.993 0.356 0.195 0.175 0.060 0.729 0.856 0.748 0.767 0.473 0.147 2.756 0.113 0.307 4.103 0.209 0.049 0.427 1.659 2.288 0.325 2.387 0.126 0.211 0.230 0.103 2.747 3.351 6.746 5.834 8.712 7.065 7.579 2.888 16.553 16.359 0.606 nan 8.176 8.734 1.782 1.824 2.593 5.538 4.449 4.564 0.499 0.386 6.217 3.237 3152 chr13 49156620 49170816 + 0 NA Intergenic LTR26E|LTR|ERV1 -8681 NR_051983 100129597 Hs.175225 NR_051983 ENSG00000233610 LINC00462 - long intergenic non-protein coding RNA 462 ncRNA 0.750 nan nan 2.166 0.174 0.043 0.130 0.079 0.120 0.027 0.082 0.603 0.026 0.092 0.069 0.172 0.173 0.113 0.028 0.066 0.077 0.123 0.051 0.039 0.015 0.031 0.068 0.008 0.125 0.220 0.043 0.117 0.206 0.103 0.027 0.069 0.078 0.123 0.056 0.202 0.025 0.038 0.015 0.044 0.047 0.172 0.069 0.091 0.022 0.080 0.172 0.005 0.033 0.051 0.052 0.721 0.034 0.093 0.028 0.126 0.126 0.453 0.257 0.016 0.018 5.542 8.658 2.167 1.636 0.364 0.422 nan 0.139 0.734 0.799 0.136 0.253 0.115 0.144 0.438 0.284 0.311 0.511 0.114 0.068 0.798 nan 0.291 0.211 11019 chr8 66176893 66190104 + 0 NA Intergenic Intergenic -90923 NR_038901 552859 Hs.156997 NR_038901 ENSG00000280725 LINC00251 C8orf25|NCRNA00251 long intergenic non-protein coding RNA 251 ncRNA 1.332 0.639 0.586 0.056 0.180 0.055 0.060 0.159 0.205 0.014 0.054 0.028 0.014 0.023 0.054 0.141 0.063 0.086 0.195 0.038 0.014 0.021 0.111 0.088 0.277 0.027 0.011 0.073 0.060 0.159 0.096 0.274 0.044 0.038 0.014 0.008 0.100 0.036 0.084 0.023 0.029 0.016 0.035 0.058 0.190 0.086 0.075 0.012 0.025 0.141 0.080 0.021 0.277 0.009 0.034 0.065 0.022 0.015 0.018 0.038 0.094 0.022 0.025 0.296 0.106 0.301 0.239 0.506 0.605 0.133 0.041 0.116 0.124 4.153 nan 0.099 0.164 nan 0.578 0.080 0.185 0.070 0.099 0.414 0.887 0.687 0.733 8438 chr4 77635865 77660019 + 0 NA intron (NM_020859, intron 3 of 10) intron (NM_020859, intron 3 of 10) 151238 NR_039655 100616254 NR_039655 ENSG00000283682 MIR548AH - microRNA 548ah ncRNA 0.696 0.608 0.782 0.905 0.283 0.037 0.432 0.259 0.443 0.266 0.106 0.062 0.129 0.054 0.177 0.279 0.450 0.093 0.254 0.089 0.071 0.017 0.162 0.113 0.288 0.241 0.042 0.170 0.345 0.217 0.373 1.234 0.389 0.481 0.217 0.055 0.012 0.333 0.073 0.108 0.065 0.127 0.022 0.019 0.211 0.231 0.210 0.255 0.182 0.056 0.023 0.259 0.279 0.226 0.193 0.288 0.112 0.330 0.004 0.070 0.059 0.151 0.090 0.093 0.069 0.019 0.011 0.436 0.474 1.363 4.650 0.578 0.680 1.227 0.387 0.332 0.371 0.219 0.346 0.929 0.873 0.350 0.169 0.224 0.323 0.171 0.158 0.165 0.310 0.684 0.493 8996 chr5 71795774 71812025 + 0 NA promoter-TSS (NM_152625) promoter-TSS (NM_152625) -650 NM_152625 167465 Hs.224794 NM_152625 ENSG00000178175 ZNF366 DC-SCRIPT|DCSCRIPT zinc finger protein 366 protein-coding 0.705 nan 0.551 0.128 0.055 0.068 2.051 0.168 0.246 0.059 0.714 4.092 0.019 0.024 0.104 0.136 0.228 0.099 0.578 0.706 0.024 0.008 0.018 0.067 0.090 3.545 1.952 0.073 0.537 1.491 0.388 1.742 0.335 0.426 1.016 0.321 0.023 0.060 0.122 1.725 0.043 0.114 0.171 0.096 0.608 0.149 1.149 0.264 0.165 0.031 0.058 0.321 0.136 0.440 0.216 0.090 0.150 0.118 0.059 0.039 0.056 0.618 0.036 0.068 0.715 0.020 0.022 0.211 0.139 0.214 0.333 0.238 0.257 nan 0.068 0.128 0.170 0.684 nan 0.211 0.229 0.343 0.209 0.122 0.176 0.077 0.111 0.190 0.401 0.301 0.281 6000 chr2 28972794 28978854 + 0 NA intron (NM_002709, intron 1 of 7) intron (NM_002709, intron 1 of 7) 1198 NM_002709 5500 Hs.702907 NM_002709 ENSG00000213639 PPP1CB HEL-S-80p|NSLH2|PP-1B|PP1B|PP1beta|PPP1CD protein phosphatase 1 catalytic subunit beta protein-coding 5.731 4.004 4.817 4.766 6.368 5.064 4.479 2.726 4.814 1.876 5.688 3.135 1.677 1.962 5.686 5.249 3.067 0.292 5.688 1.422 4.062 2.689 4.800 1.792 5.799 1.967 2.206 2.140 5.096 1.840 7.403 9.995 4.052 15.451 2.497 4.575 0.958 4.318 0.125 2.410 3.523 6.358 3.587 1.681 2.777 2.667 5.862 5.526 5.294 3.490 6.713 3.444 5.249 8.073 5.250 5.799 3.022 3.370 2.196 4.390 3.587 3.840 2.169 3.349 3.374 2.905 2.733 4.817 5.129 6.100 9.049 9.202 9.262 9.309 6.236 12.997 13.419 3.922 4.531 8.031 nan 6.417 7.050 3.954 6.989 4.383 5.002 8.420 8.353 3.765 2.108 3366 chr13 113717167 113721800 + 0 NA intron (NM_001320815, intron 7 of 30) intron (NM_001320815, intron 7 of 30) -40619 NR_051961 2155 Hs.36989 NM_000131 ENSG00000057593 F7 SPCA coagulation factor VII protein-coding 0.535 nan 0.490 0.139 0.227 3.757 2.811 0.069 0.236 0.102 0.332 0.027 2.054 1.075 0.163 0.034 3.134 2.495 0.048 0.068 0.050 0.234 2.318 2.899 0.063 0.290 1.773 1.147 5.024 0.275 0.220 0.916 0.247 0.042 0.047 0.045 0.050 0.234 0.164 0.326 0.117 0.728 0.544 0.189 2.842 0.070 0.019 3.620 1.013 1.075 11.121 0.119 0.234 2.877 0.018 0.074 0.106 0.034 0.663 0.042 1.799 0.006 0.440 0.271 0.208 0.303 0.555 0.434 0.446 0.165 0.107 0.189 0.012 0.020 0.262 0.340 0.184 0.158 0.187 0.284 0.199 0.196 0.100 0.168 0.127 0.085 9346 chr5 173189126 173196514 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -19608 NR_108027 101928136 Hs.449267 NR_108027 ENSG00000253686 LINC01484 - long intergenic non-protein coding RNA 1484 ncRNA 1.145 1.367 0.827 0.740 0.144 0.095 1.448 0.217 0.207 0.529 0.939 1.698 0.017 0.080 0.133 0.329 0.772 0.086 0.143 0.128 0.988 0.101 0.112 0.361 2.467 2.053 0.092 1.355 0.600 1.544 3.804 1.206 0.455 0.014 2.741 0.103 0.098 1.230 0.073 0.325 1.006 0.720 0.818 0.486 1.019 2.961 2.471 0.546 4.355 2.607 0.329 0.040 0.550 0.361 2.292 1.091 0.274 0.150 1.038 0.746 0.725 0.150 0.842 1.551 1.425 0.457 0.625 0.346 nan 0.331 0.286 0.786 0.218 0.228 0.185 0.331 nan 0.900 0.695 0.635 0.379 0.818 0.935 0.219 0.252 0.411 1.000 0.560 0.464 7908 chr3 149452503 149456006 + 0 NA Intergenic Intergenic -11679 NM_001348362 25937 Hs.477921 NM_015472 ENSG00000018408 WWTR1 TAZ WW domain containing transcription regulator 1 protein-coding 1.540 nan nan 3.469 0.202 0.048 0.851 0.137 0.401 2.515 0.421 0.211 8.557 0.113 0.076 0.143 1.787 0.275 1.544 0.380 0.917 0.127 0.324 0.068 1.931 1.029 0.107 3.053 1.224 0.709 0.537 3.325 0.224 0.777 0.150 0.078 0.167 0.023 0.026 0.034 0.045 1.688 0.597 0.609 0.076 0.070 0.082 0.045 0.616 0.143 1.193 2.507 0.068 0.280 0.541 0.057 1.191 0.056 0.211 0.346 0.014 0.014 0.382 0.230 2.099 10.496 0.431 0.447 nan 0.281 0.353 0.460 0.471 nan 0.415 nan nan 0.302 0.294 0.356 0.084 0.028 0.360 1.299 0.487 0.432 7418 chr22 38677871 38717490 + 0 NA intron (NM_152221, intron 4 of 10) AluSx|SINE|Alu 15733 NM_152221 1454 Hs.474833 NM_001894 ENSG00000213923 CSNK1E CKIepsilon|HCKIE casein kinase 1 epsilon protein-coding 1.375 nan 1.043 1.234 0.687 0.483 1.596 0.421 0.842 1.224 2.851 0.608 0.402 0.328 0.427 0.813 0.455 0.099 1.644 0.654 3.293 0.165 0.368 0.217 0.908 0.570 0.580 0.314 1.016 0.451 1.545 3.554 0.891 1.193 0.413 0.686 0.255 0.817 0.124 0.515 0.164 2.670 0.914 0.512 0.705 0.614 3.006 0.702 1.124 0.830 0.737 1.065 0.813 4.266 1.251 0.908 1.658 3.317 0.230 1.224 0.603 0.949 0.221 0.267 1.518 0.334 0.233 1.116 1.396 1.544 2.362 1.474 1.465 1.760 0.621 0.843 0.888 0.724 nan 1.803 2.481 nan 2.048 0.483 0.756 1.026 1.153 0.838 1.068 0.649 0.493 10547 chr7 99677408 99689026 + 0 NA Intergenic Intergenic -3046 NM_001278287 7551 Hs.435302 NM_017715 ENSG00000166526 ZNF3 A8-51|HF.12|KOX25|PP838|Zfp113 zinc finger protein 3 protein-coding nan 1.759 nan 1.393 2.776 1.352 2.789 1.783 3.333 0.511 2.349 2.160 0.231 1.830 2.437 1.737 1.243 0.209 1.688 0.865 1.330 1.027 2.615 1.356 2.720 0.639 0.512 1.137 3.241 1.205 1.980 3.262 3.412 2.975 1.130 2.322 0.814 2.745 0.240 1.326 0.743 5.798 5.013 1.996 1.569 1.218 1.877 2.784 1.594 4.989 1.522 1.377 1.737 2.222 1.983 2.720 1.368 1.533 0.871 2.911 1.178 1.440 1.297 0.521 0.823 4.355 3.287 4.444 4.538 3.901 5.625 4.444 4.456 6.054 3.762 5.898 6.671 2.399 3.748 3.017 4.449 4.625 4.702 3.595 5.133 4.533 5.137 2.736 nan 4.547 2.479 8959 chr5 66645614 66651564 + 0 NA Intergenic Intergenic -155972 NM_005582 4064 Hs.87205 NM_005582 ENSG00000134061 CD180 LY64|Ly78|RP105 CD180 molecule protein-coding 2.338 1.381 0.759 0.070 0.146 1.020 0.059 1.311 2.763 0.078 0.156 0.069 0.660 0.422 0.989 0.107 0.053 0.032 0.021 1.016 0.655 0.345 0.854 0.117 0.044 0.012 0.120 0.018 0.041 0.161 0.121 1.133 0.090 1.383 0.036 0.097 0.020 0.053 0.139 0.012 0.013 0.068 0.039 0.043 0.118 0.068 0.024 0.133 0.093 0.422 0.109 0.027 0.854 0.124 0.035 0.275 0.010 0.340 0.040 1.953 0.082 0.076 0.010 0.015 1.825 2.264 8.610 4.823 0.446 0.520 1.037 0.244 0.257 0.397 2.416 2.604 1.267 0.862 0.359 0.273 1.571 2.321 5.482 5.408 0.208 0.351 1.429 1.087 1468 chr10 49585098 49610457 + 0 NA intron (NM_001323302, intron 3 of 13) L2a|LINE|L2 -11878 NM_001278548 5599 Hs.138211 NM_002750 ENSG00000107643 MAPK8 JNK|JNK-46|JNK1|JNK1A2|JNK21B1/2|PRKM8|SAPK1|SAPK1c mitogen-activated protein kinase 8 protein-coding 0.620 nan 0.650 0.506 0.148 0.176 0.350 0.121 0.229 0.141 0.169 0.261 2.961 0.047 0.142 0.060 0.124 0.063 0.178 0.127 0.045 0.005 0.068 0.076 0.078 0.053 0.037 0.035 0.123 0.128 0.048 0.165 0.078 0.251 0.140 0.071 0.011 0.043 0.080 0.284 0.075 0.113 0.036 0.028 0.120 0.049 0.183 0.116 0.116 0.120 0.028 0.050 0.060 0.076 0.242 0.078 0.126 0.125 0.033 0.043 0.052 0.163 0.027 0.112 0.219 0.043 0.048 0.338 0.320 0.307 0.756 0.185 0.259 0.296 0.154 0.298 0.367 0.301 0.463 0.435 0.455 0.262 0.150 0.075 0.160 0.064 0.084 0.290 0.453 0.288 0.257 3184 chr13 62588816 62610178 + 0 NA intron (NR_046995, intron 1 of 1) intron (NR_046995, intron 1 of 1) 4184 NR_046995 100874143 Hs.552684 NR_046995 ENSG00000229578 LINC00358 - long intergenic non-protein coding RNA 358 ncRNA nan 1.272 nan 0.044 0.047 0.049 0.021 1.242 2.559 0.005 0.040 0.013 0.017 0.048 0.037 1.337 0.049 0.054 0.026 0.009 0.006 0.006 0.062 0.086 0.192 0.026 0.003 0.025 0.005 0.060 0.137 0.062 0.275 0.021 0.041 0.152 0.025 0.096 0.011 0.135 0.069 0.014 0.007 0.010 0.007 0.045 0.065 0.019 0.020 0.029 0.028 1.337 0.003 0.004 0.192 0.031 0.366 0.005 0.006 0.037 0.015 0.065 0.035 0.014 0.005 0.010 0.528 0.391 0.160 0.321 0.289 0.377 1.367 0.549 0.128 0.125 0.190 0.233 0.119 0.112 0.304 0.143 0.101 0.223 0.749 0.557 0.390 0.654 0.141 0.093 1726 chr10 134329902 134333894 + 0 NA Intergenic Intergenic -19385 NM_005539 3632 Hs.523360 NM_005539 ENSG00000068383 INPP5A 5PTASE inositol polyphosphate-5-phosphatase A protein-coding 0.516 0.855 1.093 1.114 0.065 0.407 1.218 0.362 0.646 1.887 0.942 3.391 0.375 1.242 0.252 2.194 0.252 2.936 1.337 1.147 0.045 0.196 0.060 0.401 1.443 0.570 3.255 4.440 0.891 3.045 5.311 1.423 0.245 1.225 0.658 0.024 0.082 0.134 0.297 0.039 5.813 0.272 0.252 0.819 0.618 1.477 0.125 2.737 2.865 3.367 0.942 0.252 9.497 3.092 0.401 0.197 2.369 0.218 1.411 0.226 1.181 1.416 0.032 0.341 0.635 0.292 0.668 0.734 0.453 1.293 0.398 0.284 0.407 0.075 0.164 0.172 0.042 0.188 0.162 0.098 0.077 0.115 0.838 1.362 0.093 0.203 0.109 0.091 0.347 0.290 10695 chr7 138791122 138797199 + 0 NA 5' UTR (NM_024625, exon 1 of 9) 5' UTR (NM_024625, exon 1 of 9) 305 NM_020119 56829 Hs.133512 NM_020119 ENSG00000105939 ZC3HAV1 ARTD13|FLB6421|PARP13|ZAP|ZC3H2|ZC3HDC2 zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 protein-coding nan nan nan 2.123 2.141 2.646 3.377 1.284 2.393 2.449 3.035 3.627 0.224 1.047 3.588 0.865 2.891 0.450 3.363 1.528 3.601 0.633 1.288 0.983 3.411 2.967 3.564 2.018 6.784 1.786 1.771 3.815 5.345 5.309 1.680 5.478 0.405 3.814 0.162 1.931 0.313 5.987 3.608 1.577 3.624 3.728 2.832 4.504 4.433 3.450 2.503 3.153 0.865 3.188 6.523 3.411 1.452 2.020 0.223 3.285 1.992 5.237 1.016 0.548 1.875 1.564 0.667 0.902 1.334 2.165 3.198 3.217 2.875 nan 1.356 4.434 4.153 0.885 nan 2.751 4.322 nan 2.143 1.926 3.090 2.922 2.610 2.003 3.133 3.102 nan 7061 chr20 54453566 54459837 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 123827 NM_080617 140689 Hs.126141 NM_080617 ENSG00000054803 CBLN4 CBLNL1 cerebellin 4 precursor protein-coding 0.509 0.931 0.855 0.058 0.070 0.009 0.056 0.102 0.177 0.015 0.062 0.029 0.010 0.127 0.111 0.102 0.164 0.103 0.070 0.099 0.068 0.019 0.022 0.011 0.012 0.143 0.034 0.068 0.072 0.070 0.261 0.023 0.051 0.034 0.106 0.037 0.063 0.104 0.010 0.012 0.018 0.024 0.081 0.096 0.065 0.046 5.391 0.065 0.102 0.034 0.028 0.019 0.053 0.019 0.049 0.013 0.045 0.020 0.036 0.013 0.017 0.594 nan 0.161 0.160 0.124 0.213 0.108 0.093 0.177 0.131 0.279 0.170 0.126 0.160 0.313 0.117 0.177 0.173 0.058 0.064 0.168 0.325 0.213 0.274 1494 chr10 63990188 64006877 + 0 NA 3' UTR (NM_001282941, exon 5 of 5) 3' UTR (NM_001282941, exon 5 of 5) 30090 NM_145307 219790 Hs.58559 NM_145307 ENSG00000182010 RTKN2 PLEKHK1|bA531F24.1 rhotekin 2 protein-coding 0.705 nan 0.701 0.660 0.064 0.027 0.306 0.163 0.318 0.702 1.443 1.262 0.055 0.018 0.048 0.074 3.583 0.300 0.300 0.125 3.224 0.050 0.104 0.060 0.116 0.490 0.228 0.004 0.340 0.093 0.649 0.620 0.440 0.210 0.377 0.727 0.029 0.180 0.130 0.250 0.081 0.077 0.098 0.078 0.218 0.139 0.765 0.397 0.234 0.056 0.097 0.452 0.074 0.077 0.362 0.116 0.292 0.296 0.029 0.060 0.079 0.960 0.018 0.045 0.641 0.168 0.049 0.352 0.250 1.061 2.864 0.265 0.373 0.535 0.250 0.356 0.327 0.457 0.582 0.434 0.330 0.272 0.093 0.129 0.212 0.094 0.254 0.185 nan 0.548 0.325 8573 chr4 143468246 143490307 + 0 NA intron (NM_003866, intron 2 of 26) intron (NM_003866, intron 2 of 26) 288412 NM_003866 8821 Hs.176376 NM_003866 ENSG00000109452 INPP4B - inositol polyphosphate-4-phosphatase type II B protein-coding 0.621 1.231 0.649 1.949 0.837 0.008 1.421 0.196 0.612 1.108 0.292 1.631 1.137 0.064 0.105 0.070 0.123 0.088 1.312 0.927 0.094 0.258 0.264 0.063 1.398 0.019 0.026 0.090 1.104 0.946 0.990 2.076 0.880 1.526 1.372 0.044 0.047 0.167 0.094 0.225 0.099 0.364 0.033 0.021 1.241 1.516 1.140 0.182 0.173 0.332 0.036 0.220 0.070 0.761 0.021 1.398 0.250 0.288 0.009 0.021 0.101 0.366 0.032 0.155 0.097 0.013 0.007 0.320 0.311 1.973 5.169 0.570 0.622 0.144 0.037 0.149 0.162 0.768 1.077 1.856 2.201 0.300 0.103 0.115 0.213 0.300 0.350 0.286 0.663 0.731 0.491 10536 chr7 98719962 98727780 + 0 NA intron (NM_181349, intron 1 of 17) intron (NM_181349, intron 1 of 17) 17872 NM_020429 57154 Hs.189329 NM_020429 ENSG00000198742 SMURF1 - SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding nan 0.902 nan 2.152 0.890 0.052 3.061 0.328 0.563 1.194 0.511 0.445 0.087 0.089 0.284 0.164 0.191 0.133 0.727 0.195 0.025 0.018 0.506 0.320 0.382 0.262 0.093 0.177 4.673 2.378 0.996 2.932 5.039 1.157 0.392 1.443 0.024 0.139 0.191 0.409 0.081 0.247 0.131 0.070 3.562 3.332 1.219 0.164 0.577 0.390 0.293 1.319 0.164 2.145 6.340 0.382 0.845 0.958 0.076 0.108 0.247 0.490 0.076 0.137 0.361 0.052 0.026 1.450 1.724 0.231 0.464 0.633 0.542 0.468 0.108 0.407 0.506 0.462 0.683 0.618 1.165 0.513 0.302 0.287 0.313 0.190 0.142 0.311 nan 1.549 1.056 9328 chr5 169599431 169613668 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 19596 NR_108022 100507267 Hs.634846 NR_108022 LINC01187 CTB-27N1.1|KIDR long intergenic non-protein coding RNA 1187 ncRNA nan 0.587 0.555 0.056 0.062 0.012 0.324 0.070 0.130 0.603 0.089 0.261 0.069 0.039 0.062 0.066 0.116 0.068 0.060 0.458 0.010 0.056 0.034 0.029 0.676 0.244 0.301 0.203 0.057 0.097 0.129 0.458 0.010 0.164 0.053 0.054 0.117 0.083 0.022 3.485 0.077 0.143 0.313 0.071 1.419 0.213 0.297 0.400 0.392 0.057 0.066 0.040 0.587 0.029 0.206 0.639 0.039 0.705 0.353 0.056 0.026 0.075 0.053 0.025 0.344 0.211 11.178 5.367 0.234 0.265 0.086 0.013 0.740 0.804 0.110 0.210 0.233 0.352 0.474 0.295 0.210 0.334 0.174 0.227 0.088 0.161 0.883 0.422 7008 chr20 46059812 46064536 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -21286 NR_146496 102723442 NR_146494 LINC01754 - long intergenic non-protein coding RNA 1754 ncRNA nan nan 0.592 3.734 0.149 0.024 2.932 0.101 0.218 3.358 1.318 0.975 0.117 0.022 0.075 0.111 0.140 0.137 4.879 2.604 0.267 0.029 0.126 0.138 0.252 1.215 0.796 0.077 3.835 1.508 1.526 3.074 5.838 0.283 2.358 1.168 0.040 0.046 0.141 1.357 0.124 0.952 0.154 0.215 2.359 2.899 8.046 5.467 2.875 0.814 1.634 4.702 0.111 8.061 4.412 0.252 2.686 1.222 0.478 0.022 3.248 0.127 0.080 1.241 0.027 0.011 0.555 0.686 0.683 0.358 0.411 0.511 nan 0.293 0.447 0.489 0.369 0.562 0.408 0.335 nan 0.302 0.410 0.403 0.070 0.075 0.285 0.445 0.478 0.383 6132 chr2 55458065 55461994 + 0 NA promoter-TSS (NM_001353787) promoter-TSS (NM_001353787) 215 NM_001177413 6233 Hs.311640 NM_002954 ENSG00000143947 RPS27A CEP80|HEL112|S27A|UBA80|UBC|UBCEP1|UBCEP80 ribosomal protein S27a protein-coding 5.781 nan 4.009 4.480 6.560 4.105 7.362 3.598 6.093 2.484 4.923 2.437 2.135 2.907 4.229 4.657 2.965 0.122 6.579 3.416 4.916 3.030 4.698 2.120 6.454 3.991 4.949 2.360 5.705 2.456 9.081 10.647 4.915 12.364 3.572 6.886 0.899 6.187 0.176 2.991 2.171 10.231 7.155 3.110 5.231 3.473 10.079 5.716 6.387 4.403 5.779 5.009 4.657 5.344 6.413 6.454 3.390 3.708 1.785 7.430 4.475 4.107 2.742 3.628 3.828 3.210 2.426 8.456 8.002 9.850 13.629 9.524 11.011 7.999 4.722 22.082 23.877 4.784 6.748 13.256 16.045 12.676 11.729 4.883 8.755 4.561 5.528 9.681 9.520 4.046 2.213 1906 chr11 36167097 36172935 + 0 NA intron (NM_001304263, intron 3 of 4) intron (NM_001304263, intron 3 of 4) -70565 NR_135064 101928510 Hs.675857 NR_135064 LOC101928510 - uncharacterized LOC101928510 ncRNA 0.785 1.603 nan 1.245 0.659 0.225 5.739 0.137 0.328 0.988 0.834 1.035 0.814 0.085 0.245 2.398 1.102 0.223 1.586 1.091 3.811 0.085 0.060 0.140 0.329 2.060 1.606 1.362 1.852 3.070 0.766 1.411 0.712 1.306 0.507 0.551 0.075 0.057 0.164 1.819 0.082 6.914 6.819 2.912 1.872 2.350 1.772 2.398 1.045 2.645 1.399 0.340 2.398 3.352 5.981 0.329 0.169 0.999 0.385 3.378 0.205 2.981 0.085 0.535 1.530 2.685 2.704 0.443 0.633 1.232 3.529 0.651 0.666 1.371 0.478 0.372 0.441 1.169 1.719 0.562 0.943 0.749 0.933 0.312 0.346 0.357 1.394 0.408 nan 0.889 0.572 9245 chr5 146699167 146717331 + 0 NA intron (NM_001287740, intron 5 of 13) intron (NM_001287740, intron 5 of 13) 93670 NM_145001 202374 Hs.585069 NM_145001 ENSG00000169302 STK32A YANK1 serine/threonine kinase 32A protein-coding nan 1.553 0.514 0.127 0.930 0.216 0.299 1.468 2.896 0.016 0.069 0.079 0.007 0.045 0.430 0.162 0.139 0.054 0.146 0.042 0.021 0.621 0.194 4.146 0.285 0.077 0.008 0.079 0.035 0.080 0.299 0.136 1.382 0.077 0.088 0.052 0.042 0.130 0.032 0.803 0.030 0.003 0.009 0.262 0.051 0.079 0.087 0.058 0.059 0.005 0.037 0.162 0.065 0.225 4.146 0.080 0.023 0.053 0.016 0.124 0.060 0.011 0.061 0.008 0.016 0.020 0.216 0.145 0.176 0.238 2.355 2.880 1.600 0.614 0.086 0.071 0.627 0.970 1.793 1.462 0.768 0.701 0.110 0.196 0.407 0.270 0.195 0.363 1.785 1.001 8042 chr3 176346312 176353346 + 0 NA intron (NR_109968, intron 2 of 2) L2|LINE|L2 3491 NR_109968 100505547 Hs.253350 NR_109968 ENSG00000223715 LINC01208 - long intergenic non-protein coding RNA 1208 ncRNA 1.015 1.158 0.726 0.155 0.112 0.054 0.040 0.291 0.448 0.014 0.083 0.053 0.070 0.028 0.089 0.083 0.164 0.159 0.046 0.027 0.054 0.120 0.180 0.102 0.010 0.010 0.021 0.068 0.068 0.099 0.168 0.266 0.015 0.030 0.027 0.077 0.145 0.056 0.066 0.009 0.046 0.075 0.138 0.105 0.012 0.020 0.011 0.059 0.083 0.030 0.013 0.102 0.069 0.048 0.029 0.073 0.068 8.760 0.088 0.016 0.014 3.318 3.785 11.762 3.038 0.322 0.396 2.195 0.882 2.592 2.564 0.563 0.873 0.341 0.363 0.616 0.251 5.452 8.552 0.065 0.178 0.353 0.587 0.217 0.187 3235 chr13 86092151 86121406 + 0 NA intron (NR_046989, intron 1 of 3) MIRc|SINE|MIR 169040 NR_046989 100874137 Hs.742643 NR_046989 ENSG00000226317 LINC00351 - long intergenic non-protein coding RNA 351 ncRNA nan nan 0.658 0.052 0.505 0.017 0.070 0.143 0.372 0.089 0.104 0.130 0.076 0.137 0.076 0.196 0.783 0.039 0.043 0.006 0.787 0.071 0.684 0.735 0.135 0.031 0.015 0.080 0.031 0.029 0.375 1.328 0.133 0.817 0.179 0.061 0.042 0.044 0.099 0.024 0.320 0.193 0.010 0.008 0.019 0.021 0.059 0.072 0.036 0.019 0.024 0.080 0.196 0.015 0.019 0.135 0.059 0.052 0.188 0.725 0.081 0.153 0.034 0.034 0.010 0.003 0.682 0.511 0.701 0.612 0.428 0.498 2.907 1.392 0.199 0.169 0.053 0.088 1.445 1.960 0.478 0.386 0.273 0.504 0.258 0.427 0.340 0.500 0.203 0.141 5430 chr18 73915375 73933213 + 0 NA intron (NR_146507, intron 2 of 3) intron (NR_146507, intron 2 of 3) 2829 NR_146507 105372207 Hs.303880 NR_146507 LINC01893 - long intergenic non-protein coding RNA 1893 ncRNA nan nan 0.689 0.051 3.478 0.022 0.075 2.750 5.516 0.005 0.040 0.062 0.004 0.017 0.535 1.405 0.063 0.063 0.018 0.014 0.031 3.155 2.026 6.275 0.050 0.012 0.024 0.038 0.006 0.032 0.085 0.016 1.532 0.008 0.067 0.656 0.030 0.086 0.047 0.476 0.067 0.007 0.017 0.177 0.030 0.086 0.101 0.041 0.024 0.009 0.015 1.405 0.016 6.275 0.028 0.009 0.011 0.049 0.103 0.018 0.033 0.069 0.052 0.006 0.017 0.572 0.767 0.686 1.028 4.458 nan 15.410 6.388 0.308 0.361 0.083 0.147 5.629 nan 0.501 0.314 0.173 0.238 4.316 4.130 0.183 0.311 3.002 1.473 5052 chr17 77862217 77910795 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL -6650 NR_110851 101928738 Hs.399280 NR_110851 ENSG00000262188 LINC01978 - long intergenic non-protein coding RNA 1978 ncRNA 0.926 1.199 0.843 0.818 0.339 0.538 0.721 0.410 0.820 0.173 0.266 0.292 0.041 0.084 0.606 0.481 0.193 0.137 0.279 0.125 0.117 0.070 0.107 0.114 0.271 0.484 0.228 0.079 0.114 0.093 0.707 3.975 0.216 1.257 0.331 0.786 0.031 0.125 0.116 0.122 0.122 0.163 0.050 0.050 0.182 0.076 0.188 0.226 1.012 0.056 0.146 0.586 0.481 0.427 0.086 0.271 0.345 0.858 0.194 0.224 0.510 0.086 0.110 0.103 0.080 0.019 0.018 0.907 1.214 0.334 0.918 1.175 1.128 1.191 0.349 0.879 0.929 nan 0.619 0.850 0.978 0.756 0.354 0.500 0.584 0.261 0.373 0.290 0.494 nan 0.473 8787 chr5 14957051 14962041 + 0 NA Intergenic Intergenic -87652 NM_054027 56172 Hs.156727 NM_054027 ENSG00000154122 ANKH ANK|CCAL2|CMDJ|CPPDD|HANK|MANK|SLC62A1 ANKH inorganic pyrophosphate transport regulator protein-coding nan nan nan 0.100 0.354 0.034 0.201 0.406 0.139 0.433 0.013 0.062 0.213 0.212 0.342 0.192 0.234 0.521 0.055 0.019 0.083 0.096 0.152 0.029 0.015 0.164 0.126 1.374 5.304 0.455 nan 0.145 0.504 0.064 0.129 0.048 0.016 0.110 0.097 0.124 0.004 0.187 0.193 0.059 1.592 0.042 5.767 2.208 0.212 0.156 0.213 0.096 1.048 1.280 0.117 0.095 0.244 0.095 0.080 0.098 0.019 0.012 0.031 0.367 0.215 0.302 0.332 0.392 0.491 0.278 0.073 0.111 0.178 nan 1.214 0.528 0.494 0.654 0.353 0.140 0.240 0.118 0.106 0.227 nan 1.199 0.937 4435 chr16 70715066 70761118 + 0 NA intron (NM_001351157, intron 13 of 17) intron (NM_001351157, intron 13 of 17) -18138 NM_138383 92154 Hs.432387 NM_138383 ENSG00000132613 MTSS1L ABBA|ABBA-1|ABBA1 MTSS1L, I-BAR domain containing protein-coding 2.441 0.733 nan 0.323 1.005 2.056 1.673 0.240 0.426 2.058 2.548 0.536 0.302 0.354 0.604 2.066 1.448 0.245 2.605 1.379 0.483 0.150 0.470 0.222 0.395 1.807 1.495 0.986 0.784 0.380 1.206 3.535 2.709 0.702 1.666 0.408 0.130 0.129 0.073 0.368 0.242 3.236 0.955 0.561 0.386 0.921 1.004 0.143 1.298 0.343 0.235 1.813 2.066 3.611 1.362 0.395 0.305 1.166 0.735 0.540 3.367 1.409 0.148 0.233 0.411 0.511 0.264 0.531 1.000 0.423 0.743 1.092 1.041 0.697 0.254 1.144 1.165 0.842 1.342 2.010 2.675 1.204 1.643 0.391 0.604 0.824 0.735 0.587 0.859 1.815 1.046 10932 chr8 42744357 42756160 + 0 NA intron (NR_027669, intron 1 of 5) AluJo|SINE|Alu 1160 NR_039679 100616115 NR_039679 ENSG00000284062 MIR4469 mir-4469 microRNA 4469 ncRNA 2.192 nan 2.103 2.556 1.954 0.996 1.088 1.204 2.328 0.461 1.139 1.034 3.721 0.679 3.349 1.409 1.080 0.156 1.312 0.564 0.605 1.260 0.756 0.418 2.283 1.305 1.189 2.143 0.987 1.261 1.161 2.028 4.924 3.525 0.583 0.790 0.711 1.912 0.125 0.591 0.667 2.288 1.981 1.196 1.311 0.482 1.804 1.686 2.128 1.724 0.768 0.819 1.409 2.153 0.447 2.283 1.062 2.029 0.353 1.912 1.470 0.819 0.320 0.783 0.772 2.051 2.467 2.172 2.786 2.402 3.673 3.810 3.552 2.803 0.820 4.638 4.380 1.562 2.038 1.678 2.619 2.052 2.084 0.786 2.116 3.818 3.396 1.964 2.470 2.502 1.338 2327 chr11 121964364 121976320 + 0 NA TTS (NR_029671) TTS (NR_029671) 210 NR_029671 406911 NR_029671 ENSG00000207971 MIR125B1 MIRN125B1|mir-125b-1 microRNA 125b-1 ncRNA 1.476 0.766 3.774 0.084 0.037 6.526 0.271 0.107 0.200 0.008 1.219 0.323 0.015 0.033 4.820 0.256 2.219 0.149 0.256 0.079 0.225 0.012 2.008 2.829 0.050 0.289 0.088 0.026 0.112 0.096 0.083 0.172 0.041 8.717 0.183 0.067 0.349 0.878 0.126 0.169 0.034 0.320 0.055 0.072 0.125 0.070 0.209 1.769 0.087 1.996 0.020 0.091 0.256 0.121 0.380 0.050 0.081 0.064 0.167 0.017 0.201 0.075 0.023 0.190 0.058 0.017 0.354 0.142 0.054 0.114 1.036 1.018 0.116 0.106 0.268 0.280 0.162 0.293 0.176 0.144 0.349 0.128 0.251 0.387 1.313 1.255 0.072 nan 0.564 0.441 6384 chr2 139699887 139722855 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 56477 NR_033658 647012 Hs.639411 NR_033658 YY1P2 - YY1 transcription factor pseudogene 2 pseudo nan 0.532 nan 0.126 0.245 0.009 2.335 0.230 0.376 0.016 0.691 1.191 0.062 0.052 0.027 0.829 0.435 0.051 2.901 2.326 1.156 0.031 0.157 0.117 0.238 0.006 0.016 0.019 1.377 1.473 0.963 2.100 0.101 0.273 1.265 0.091 0.092 0.033 0.073 1.229 0.072 1.121 0.132 0.075 1.678 0.882 0.146 0.137 0.039 0.171 0.017 0.294 0.829 0.844 0.060 0.238 0.144 0.051 0.055 0.288 0.027 0.631 0.038 0.182 3.656 0.034 0.020 0.220 0.154 0.222 0.643 0.309 0.349 1.805 0.409 0.095 0.085 0.453 0.676 0.387 nan 0.339 0.205 0.118 0.198 0.578 0.717 0.366 0.873 0.437 0.312 3179 chr13 60253165 60310245 + 0 NA intron (NM_001042517, intron 27 of 27) intron (NM_001042517, intron 27 of 27) -305147 NR_046539 100874195 Hs.664101 NR_046539 ENSG00000227528 DIAPH3-AS1 - DIAPH3 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.133 nan 0.053 0.086 0.041 0.056 0.101 0.190 0.012 0.094 0.058 0.015 0.032 0.106 0.291 0.179 0.070 0.037 0.010 0.019 0.024 0.066 0.085 0.141 0.029 0.013 0.016 0.035 0.015 0.073 0.137 0.059 0.389 0.028 0.061 0.100 0.040 0.097 0.002 0.394 0.099 0.018 0.012 0.023 0.019 0.119 0.079 0.060 0.038 0.043 0.043 0.291 0.026 0.031 0.141 0.024 0.033 0.092 0.014 0.029 0.037 0.070 0.278 0.030 0.017 0.008 0.567 0.307 0.153 0.340 0.494 0.547 3.830 1.401 0.129 0.134 0.196 0.242 0.215 0.198 0.404 0.168 0.227 0.310 0.606 0.674 1.089 3.090 0.202 0.188 3189 chr13 67702809 67722430 + 0 NA intron (NM_203487, intron 2 of 4) MER51B|LTR|ERV1 91849 NM_001318373 5101 Hs.654709 NM_020403 ENSG00000184226 PCDH9 - protocadherin 9 protein-coding nan 1.295 nan 0.044 0.105 0.014 0.029 0.049 0.207 0.010 0.063 0.180 0.086 0.327 0.967 0.091 0.124 0.049 0.010 0.020 0.479 0.128 0.185 0.184 0.067 0.015 0.007 0.028 0.005 0.074 0.134 0.065 0.707 0.060 0.120 0.791 0.067 0.066 0.012 0.331 0.103 0.031 0.004 0.017 0.016 0.063 0.046 0.718 0.019 0.064 0.058 0.967 0.011 0.037 0.184 0.025 0.068 0.312 0.029 0.047 0.008 0.050 0.156 0.019 0.015 0.003 0.552 0.394 0.171 0.179 0.602 0.654 0.438 0.183 0.133 0.107 0.710 1.018 0.556 0.637 0.677 0.396 0.125 0.244 2.501 3.291 0.445 0.800 0.205 0.187 3569 chr14 56657361 56675574 + 0 NA intron (NM_021255, intron 2 of 5) intron (NM_021255, intron 2 of 5) 81374 NM_021255 57161 Hs.657926 NM_021255 ENSG00000139946 PELI2 - pellino E3 ubiquitin protein ligase family member 2 protein-coding nan nan 2.558 0.095 0.540 0.961 0.086 0.792 1.206 0.005 0.072 0.614 0.014 0.255 0.557 0.511 1.424 0.097 0.295 0.115 0.062 0.008 0.553 0.304 0.664 0.600 0.218 0.016 0.127 0.006 0.819 3.411 0.771 0.708 0.008 3.070 0.219 0.047 0.127 0.226 0.126 0.071 0.057 0.040 0.024 0.231 0.061 0.264 0.295 0.043 0.268 0.603 0.511 0.221 0.035 0.664 0.355 0.032 0.095 0.083 1.717 0.161 0.109 1.557 0.033 0.013 0.003 0.440 0.601 0.420 0.650 0.934 0.869 1.176 0.343 1.738 1.768 0.112 0.283 2.261 2.067 1.627 1.573 0.354 0.601 1.012 2.098 2.687 9.589 nan 0.820 11643 chr9 93631895 93658995 + 0 NA intron (NM_003177, intron 11 of 13) L1M2|LINE|L1 55743 NM_001174167 6850 Hs.371720 NM_003177 ENSG00000165025 SYK p72-Syk spleen associated tyrosine kinase protein-coding 0.662 nan 0.910 0.038 1.517 0.046 0.092 0.195 0.407 0.010 0.118 0.136 0.005 0.070 0.665 0.236 0.064 0.066 0.207 0.035 0.009 0.015 0.335 0.300 0.393 0.051 0.032 0.029 0.115 0.012 0.117 0.272 0.109 0.662 0.027 0.077 0.088 0.060 0.088 0.004 0.054 0.071 0.027 0.023 0.024 0.062 0.125 0.100 0.069 0.045 0.026 0.094 0.236 0.088 0.045 0.393 0.018 0.045 0.051 0.045 0.363 0.038 0.032 0.027 0.022 0.017 0.017 0.254 0.181 0.317 nan 1.131 1.315 1.705 0.549 0.168 0.150 0.152 0.293 3.752 3.968 0.604 0.296 0.211 0.184 0.529 0.539 0.219 0.361 1.119 0.711 7286 chr22 16848753 16862640 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 218004 NM_014406 150160 Hs.128342 NM_014406 ENSG00000198445 CCT8L2 CESK1 chaperonin containing TCP1 subunit 8 like 2 protein-coding 5.001 nan 4.453 0.365 0.614 0.202 0.213 0.831 1.245 0.125 0.469 0.529 0.045 0.832 0.506 0.931 0.797 7.732 0.417 0.041 0.041 0.642 0.891 2.136 0.439 0.064 0.406 0.104 0.642 0.023 0.221 nan 0.723 2.340 0.031 0.994 0.428 0.399 2.377 0.050 0.256 0.829 0.326 0.209 0.048 0.968 0.140 1.341 0.240 0.195 0.136 0.406 0.931 0.383 0.213 0.439 0.264 0.302 0.162 0.151 0.212 0.472 0.755 0.635 0.186 0.158 0.089 1.444 0.543 0.408 0.516 0.979 1.741 0.568 0.613 0.719 0.711 1.318 1.634 1.018 1.129 1.776 0.408 0.551 1.301 0.411 0.704 0.955 1.523 0.330 0.670 9172 chr5 131823541 131837060 + 0 NA Intergenic Intergenic -3835 NM_002198 3659 Hs.436061 NM_002198 ENSG00000125347 IRF1 IRF-1|MAR interferon regulatory factor 1 protein-coding 1.563 2.417 nan 2.635 1.028 1.268 2.899 0.795 1.773 1.766 4.110 3.407 2.298 1.107 1.986 0.350 3.160 0.283 3.387 1.438 4.410 0.083 0.712 0.275 1.472 2.971 2.943 1.531 2.316 1.760 2.359 5.116 2.703 3.348 1.776 2.237 0.289 2.747 0.090 1.334 0.339 4.915 3.018 1.353 4.118 2.550 2.154 4.799 4.309 3.501 2.231 2.999 0.350 3.009 3.191 1.472 1.631 1.969 0.163 3.397 1.498 1.749 1.033 0.200 2.277 3.012 1.903 0.893 1.809 2.587 4.886 1.650 1.480 2.649 0.786 3.809 3.687 0.882 1.432 2.584 5.504 1.000 0.891 0.779 1.093 1.458 1.313 0.467 0.785 1.124 0.655 6152 chr2 61985511 61992572 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 92237 NR_037710 84140 Hs.440466 NM_032180 ENSG00000170264 FAM161A RP28 FAM161A, centrosomal protein protein-coding 2.578 1.489 nan 2.042 2.941 0.969 2.450 1.065 2.780 1.133 2.356 3.690 0.660 0.740 2.327 2.844 0.845 0.091 2.906 0.868 1.546 1.394 1.892 0.743 1.721 2.169 1.720 0.970 2.895 1.280 3.542 4.127 2.379 7.073 1.718 2.390 0.216 3.474 0.189 0.917 1.085 2.716 1.581 0.729 1.132 0.652 3.093 6.933 2.386 2.549 5.007 1.899 2.844 4.406 3.657 1.721 0.936 1.046 0.678 2.993 1.447 2.814 1.037 1.335 0.767 1.166 0.851 2.206 2.432 3.422 4.961 3.531 2.965 nan 3.496 8.533 9.047 2.284 2.702 4.672 7.303 2.376 2.490 1.484 2.252 1.759 1.656 3.010 4.024 2.732 1.691 11579 chr9 73177465 73231941 + 0 NA intron (NM_001007471, intron 21 of 24) intron (NM_001007471, intron 21 of 24) -175130 NM_001206 687 Hs.150557 NM_001206 ENSG00000119138 KLF9 BTEB|BTEB1 Kruppel like factor 9 protein-coding nan nan nan 0.111 0.160 0.073 0.114 0.156 0.246 0.018 0.107 0.435 0.014 0.024 0.113 0.229 0.602 0.109 0.130 0.025 0.020 0.023 0.124 0.134 0.413 0.085 0.031 0.035 0.085 0.045 0.119 0.414 0.116 0.490 0.059 0.070 0.021 0.044 0.081 0.050 0.078 0.107 0.105 0.055 0.024 0.058 0.083 0.105 0.067 0.061 0.023 0.090 0.229 0.114 0.015 0.413 0.018 0.044 0.087 0.057 0.095 0.040 0.092 0.389 0.097 0.020 0.025 0.337 0.384 3.643 nan 0.482 nan 0.120 0.071 0.280 0.313 0.320 0.491 0.372 0.350 0.416 0.341 0.184 0.339 0.125 0.164 0.510 1.177 0.724 0.589 6977 chr20 40268205 40287329 + 0 NA Intergenic Intergenic -30634 NM_032221 84181 Hs.740645 NM_032221 ENSG00000124177 CHD6 CHD-6|CHD5|RIGB chromodomain helicase DNA binding protein 6 protein-coding nan nan 1.973 0.126 5.568 1.791 0.368 2.325 4.144 0.025 0.196 0.735 0.026 1.838 2.602 0.948 0.122 0.193 0.110 0.060 0.056 0.022 1.806 0.862 6.181 0.470 0.346 0.069 0.071 0.022 0.631 1.789 1.334 8.531 0.137 1.374 0.252 0.045 0.108 0.109 0.401 0.216 0.063 0.016 0.086 0.076 0.393 0.152 0.375 0.044 0.012 0.624 0.948 0.160 0.068 6.181 0.615 0.859 0.269 0.094 2.533 0.042 3.805 0.535 0.039 0.021 0.011 4.721 5.127 0.961 0.717 5.167 5.768 nan 4.449 4.931 5.186 0.767 1.127 10.557 12.364 nan 1.617 2.678 4.932 0.982 0.642 0.759 1.851 2.134 1.403 1593 chr10 95135375 95147654 + 0 NA intron (NM_013451, intron 19 of 53) AluSz|SINE|Alu 100560 NM_133337 26509 Hs.602086 NM_013451 ENSG00000138119 MYOF FER1L3 myoferlin protein-coding 0.768 1.062 1.607 1.365 0.158 0.066 3.355 0.157 0.251 1.739 1.450 0.715 0.277 0.024 0.158 0.185 1.597 0.367 1.910 1.283 3.777 0.034 0.038 0.092 0.107 1.120 0.870 0.317 2.373 1.209 0.367 0.816 0.623 0.504 1.495 1.110 0.070 0.053 0.070 1.182 0.064 5.712 1.006 0.633 1.976 0.645 1.370 1.175 0.757 0.812 0.481 1.218 0.185 1.358 1.802 0.107 0.737 1.557 0.055 0.683 0.091 2.323 0.040 0.050 2.373 0.502 0.408 0.282 0.337 0.546 1.514 0.266 0.291 0.773 0.225 0.172 0.189 0.465 0.678 nan 0.617 0.243 0.115 0.058 0.125 0.284 0.458 0.225 0.261 0.370 0.331 10534 chr7 97904517 97918061 + 0 NA intron (NM_015379, intron 1 of 2) CpG 310 NM_001159491 25798 Hs.567438 NM_015379 ENSG00000164713 BRI3 I3 brain protein I3 protein-coding nan 1.079 nan 3.003 1.332 1.193 4.204 1.029 1.638 1.761 3.297 1.096 0.517 0.597 1.762 1.397 2.141 0.261 2.702 1.071 4.108 1.013 1.699 0.642 1.831 2.062 2.861 2.082 9.241 2.125 2.659 4.319 9.923 2.628 1.311 2.293 0.183 1.512 0.137 1.698 0.711 8.410 4.384 1.674 3.154 3.121 3.680 3.413 2.826 4.107 3.959 4.190 1.397 3.116 4.561 1.831 3.205 2.854 0.387 3.043 0.595 3.493 0.970 0.303 1.088 1.399 1.042 1.694 2.406 1.619 2.233 2.343 1.969 2.116 0.651 2.647 2.742 0.956 1.305 2.066 2.649 1.027 0.859 1.428 2.462 0.902 1.047 1.046 nan 1.887 1.136 705 chr1 151159104 151181097 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330689) promoter-TSS (NM_001330689) -920 NM_001330689 8394 Hs.655131 NM_003557 ENSG00000143398 PIP5K1A - phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type 1 alpha protein-coding nan nan 2.263 3.393 1.011 0.615 3.275 0.505 1.165 1.464 2.597 2.153 2.553 0.760 1.541 1.558 2.046 0.740 3.081 1.034 3.795 0.812 1.030 0.601 1.502 2.908 3.168 1.361 2.157 1.765 14.849 17.548 1.451 6.084 1.649 3.462 0.308 3.291 0.259 1.346 0.722 5.492 4.048 1.490 1.929 1.157 2.629 2.095 2.120 2.401 5.296 6.604 1.558 5.501 2.758 1.502 1.369 3.675 0.364 3.786 1.598 3.501 1.502 0.849 1.575 2.318 1.646 1.748 1.751 3.015 5.248 3.121 nan 3.205 0.970 4.156 4.362 1.503 2.140 2.128 3.437 2.228 1.657 2.832 4.395 1.719 1.995 1.716 3.476 1.399 0.751 6291 chr2 105944333 105961892 + 0 NA promoter-TSS (NM_024093) promoter-TSS (NM_024093) -704 NM_024093 79074 Hs.549577 NM_024093 ENSG00000135974 C2orf49 asw chromosome 2 open reading frame 49 protein-coding 2.205 nan 1.873 1.382 1.751 0.918 1.120 0.988 1.776 0.430 1.032 1.960 0.214 0.775 0.675 1.707 0.834 0.101 0.919 0.324 1.578 0.805 1.036 0.468 1.621 0.944 1.048 1.001 1.421 0.367 1.140 1.862 1.085 2.970 0.582 1.505 0.201 0.908 0.090 0.580 0.503 1.691 1.298 0.662 0.789 0.696 1.673 0.907 1.600 1.504 0.697 1.195 1.707 1.543 1.559 1.621 0.589 1.115 0.488 1.829 1.152 0.679 0.525 0.806 0.621 0.755 0.415 2.323 2.092 2.654 3.704 4.205 4.077 4.645 2.579 5.273 5.394 1.957 2.503 3.845 5.374 2.873 2.891 1.681 2.623 1.534 1.357 2.864 2.325 1.455 0.956 4763 chr17 39055587 39117552 + 0 NA intron (NM_015515, intron 3 of 8) L1MC5|LINE|L1 7326 NM_001282433 25984 Hs.9029 NM_015515 ENSG00000108244 KRT23 CK23|HAIK1|K23 keratin 23 protein-coding nan 1.329 0.876 7.675 0.054 0.102 0.850 0.391 0.769 0.299 0.210 0.052 0.157 0.045 0.133 0.224 0.169 0.111 1.060 0.590 0.062 0.011 0.359 0.150 0.660 1.376 0.810 0.034 1.458 1.585 0.743 1.915 1.941 0.788 0.755 0.096 0.065 0.026 0.080 0.530 0.377 0.747 0.222 0.188 1.834 1.621 2.006 0.981 1.369 0.047 0.950 0.993 0.224 1.289 0.107 0.660 0.651 1.420 0.046 0.228 0.025 0.265 0.054 0.034 0.173 1.720 1.910 0.323 0.272 0.986 1.680 nan 0.526 0.504 0.143 0.545 0.518 0.159 0.261 0.885 0.943 nan 0.116 0.234 0.243 0.316 0.514 0.145 0.242 0.644 0.551 1720 chr10 132956156 132965609 + 0 NA intron (NM_174937, intron 6 of 11) intron (NM_174937, intron 6 of 11) 67401 NR_120623 101927489 Hs.659317 NR_120623 ENSG00000230098 TCERG1L-AS1 - TCERG1L antisense RNA 1 ncRNA 0.503 1.107 0.797 0.048 0.430 0.301 0.045 4.832 8.535 0.099 0.019 0.006 0.010 0.373 0.531 0.095 0.041 0.136 0.232 0.271 1.952 0.038 0.057 0.011 0.059 0.083 0.037 0.614 0.015 0.057 0.110 0.034 0.072 0.050 0.117 0.025 0.023 0.016 0.040 0.063 0.034 0.022 0.034 0.531 0.081 0.029 1.952 0.061 0.155 0.033 0.043 0.008 0.032 0.013 0.008 0.005 0.256 0.129 0.028 0.120 0.430 0.512 0.949 0.315 0.088 0.064 0.035 0.127 1.545 1.686 0.155 0.125 0.194 0.259 0.283 0.294 0.045 0.086 1.709 0.723 5786 chr19 49989991 49993930 + 0 NA intron (NM_001270491, intron 1 of 6) AluSx1|SINE|Alu 1095 NR_026712 728658 Hs.645344 NR_026712 ENSG00000236552 RPL13AP5 RPL13A_8_1086|bA196N24.2 ribosomal protein L13a pseudogene 5 pseudo 6.568 3.210 4.710 6.406 3.743 2.630 4.784 4.548 8.405 3.355 6.484 5.869 0.832 2.855 3.779 3.859 2.269 0.285 3.853 1.463 4.026 2.161 2.580 1.754 5.436 1.850 1.964 1.816 4.382 1.666 5.378 nan 4.995 7.053 2.186 9.745 0.534 7.232 0.328 2.006 1.912 8.522 6.249 3.241 5.030 1.586 11.849 3.242 6.381 4.273 6.032 3.749 3.859 3.480 3.434 5.436 5.243 5.369 1.304 7.059 2.196 3.747 2.212 4.216 1.994 2.869 2.525 7.035 6.928 8.243 10.418 7.789 8.488 14.133 7.080 18.507 18.764 5.892 9.405 10.187 10.813 14.559 16.635 4.858 9.392 5.060 7.347 20.902 12.401 5.047 3.237 4471 chr16 82682258 82694763 + 0 NA intron (NM_001220488, intron 2 of 14) MIR|SINE|MIR 28111 NM_001257 1012 Hs.654386 NM_001257 ENSG00000140945 CDH13 CDHH|P105 cadherin 13 protein-coding nan 0.540 0.692 0.068 0.331 0.018 0.620 0.572 1.331 0.023 2.018 5.803 0.015 1.226 0.099 0.543 2.070 0.029 0.034 0.016 0.512 0.011 0.109 0.055 0.401 1.003 0.601 0.041 0.396 0.076 0.263 0.640 0.046 0.221 0.233 3.201 0.023 0.012 0.095 0.198 0.163 0.131 1.344 0.797 0.349 0.245 0.089 0.687 0.098 0.423 0.088 0.079 0.543 0.058 0.328 0.401 0.010 0.079 0.093 0.041 1.261 0.048 0.079 0.448 0.189 0.069 0.285 0.102 0.124 0.439 0.313 0.373 0.103 0.050 0.316 0.284 0.124 0.161 1.971 0.844 0.494 0.208 0.114 0.158 0.093 0.181 0.305 0.742 0.208 0.259 912 chr1 180235767 180272281 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -10208 NR_037642 100527964 Hs.496545 NR_037642 ENSG00000230124 LHX4-AS1 - LHX4 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.413 0.115 0.174 0.052 0.111 0.168 0.324 0.029 0.142 0.167 0.022 0.038 0.258 0.267 0.273 0.127 0.168 0.062 0.050 0.059 0.159 0.183 0.320 0.121 0.044 0.057 0.078 0.046 0.121 0.279 0.095 0.379 0.044 0.447 0.015 0.122 0.123 0.016 0.141 0.088 0.022 0.015 0.080 0.061 0.135 0.104 0.448 0.045 0.072 0.380 0.267 0.084 0.086 0.320 0.237 0.081 0.072 0.044 0.056 0.067 0.114 1.199 0.012 0.028 0.012 0.577 0.534 0.598 0.706 0.541 nan 0.335 0.180 nan 0.492 0.834 1.094 0.484 0.472 0.747 0.473 0.582 0.702 0.128 0.148 1.129 nan 0.797 0.606 8678 chr4 188084977 188090200 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -35552 NR_147159 105377600 Hs.641158 NR_147159 LINC02374 - long intergenic non-protein coding RNA 2374 ncRNA nan 0.513 nan 0.082 0.119 0.032 0.067 0.062 0.128 0.055 0.113 0.018 0.024 0.020 0.055 0.073 0.043 0.032 0.040 0.036 0.012 0.090 0.109 0.114 0.052 0.042 0.028 0.066 0.039 0.077 0.091 0.047 0.273 0.028 0.031 0.074 0.041 0.047 0.015 0.069 0.030 0.041 0.071 0.248 0.047 0.013 0.052 0.073 0.013 0.035 0.114 0.031 0.045 0.118 0.015 0.343 0.048 0.044 0.021 0.019 2.104 1.341 10.966 2.698 0.146 0.321 0.120 0.055 0.744 0.959 0.151 0.117 0.295 0.260 0.254 0.103 0.485 0.787 0.136 0.193 0.060 0.134 0.126 0.130 1432 chr10 34709298 34723510 + 0 NA intron (NM_001184790, intron 4 of 22) MER11B|LTR|ERVK 387849 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.590 0.851 0.969 0.350 0.061 0.012 0.281 0.359 0.555 0.630 0.237 0.290 0.039 0.036 0.076 0.169 3.283 0.408 0.926 0.334 6.342 0.029 0.176 0.118 0.484 0.229 0.121 0.088 0.142 0.052 0.468 1.193 0.129 1.011 0.235 0.075 0.027 0.087 0.074 0.033 0.062 0.044 0.013 0.038 0.098 1.011 0.133 0.116 4.316 0.060 2.108 2.252 0.169 0.699 1.102 0.484 0.412 0.415 0.021 0.083 0.083 0.079 0.011 0.148 0.027 0.044 0.017 0.365 0.294 0.599 nan 0.408 0.401 1.025 0.310 1.353 1.163 0.584 0.763 1.003 0.916 0.187 0.106 0.073 0.166 0.101 0.106 0.277 0.695 0.551 0.404 1930 chr11 46347317 46391741 + 0 NA intron (NM_001199268, intron 1 of 29) CpG 573 NM_001199266 8525 Hs.502461 NM_003646 ENSG00000149091 DGKZ DAGK5|DAGK6|DGK-ZETA|hDGKzeta diacylglycerol kinase zeta protein-coding nan 1.442 3.073 0.281 1.600 1.793 0.706 0.440 0.817 0.163 0.981 0.237 0.028 0.126 0.836 1.503 0.227 0.091 0.489 0.252 0.066 0.103 0.722 0.486 0.687 0.320 0.234 0.356 0.207 0.238 0.601 1.723 0.465 4.700 0.277 0.171 0.908 0.317 0.126 0.212 0.836 0.406 0.469 0.352 0.190 0.173 1.145 0.232 0.495 0.326 0.586 0.384 1.503 0.660 0.263 0.687 0.168 0.172 0.801 0.401 0.558 0.528 3.505 0.120 0.224 0.097 0.054 3.288 4.733 0.633 0.936 1.888 1.797 1.994 0.786 1.533 1.491 0.564 1.010 0.587 0.798 1.139 0.940 2.793 4.557 2.118 2.229 0.368 nan 1.293 0.738 8930 chr5 57553107 57565360 + 0 NA Intergenic L1PA16|LINE|L1 -141065 NR_104669 101928569 Hs.319708 NR_104669 LINC02101 - long intergenic non-protein coding RNA 2101 ncRNA nan nan 0.890 0.229 0.058 0.027 1.733 0.078 0.269 0.616 1.900 1.211 0.298 0.016 0.065 0.167 1.155 0.065 1.555 0.938 1.712 0.051 0.048 0.039 3.001 2.307 0.270 0.983 1.172 0.102 0.374 0.273 0.236 0.918 5.260 2.584 0.134 0.463 0.072 1.808 1.910 1.014 1.069 0.187 2.158 3.301 0.791 0.376 0.194 1.089 0.167 0.458 0.794 0.039 2.158 0.522 0.603 0.049 0.766 0.008 0.050 0.539 1.043 0.705 0.197 0.102 0.651 2.002 0.121 0.167 nan 0.064 0.136 0.149 0.210 0.316 0.156 0.108 nan 0.156 0.065 0.091 0.096 0.184 0.233 0.407 0.239 0.333 10385 chr7 57925778 57929435 + 0 NA Intergenic Intergenic 417723 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 3.574 0.766 0.098 0.089 0.007 0.077 0.209 0.259 0.070 0.021 0.149 0.082 0.110 0.048 0.528 0.160 0.048 0.073 0.033 0.510 0.202 5.334 0.057 0.000 0.020 0.093 0.419 0.596 0.228 1.203 0.087 3.736 0.245 0.033 0.128 0.101 0.017 0.029 0.138 0.079 0.145 0.111 0.097 0.088 0.017 0.528 0.250 0.026 5.334 0.007 0.307 0.052 0.541 0.071 0.047 0.273 0.026 0.016 0.008 11.307 15.416 0.117 0.202 0.302 0.275 0.938 0.362 0.216 0.220 0.183 0.370 0.373 0.379 0.881 0.864 1.432 2.630 0.126 0.227 0.523 0.507 0.214 0.148 11700 chr9 111294791 111316807 + 0 NA Intergenic Intergenic 312476 NM_006686 10880 Hs.534390 NM_006686 ENSG00000148156 ACTL7B Tact1 actin like 7B protein-coding 0.619 1.279 nan 1.028 0.213 0.129 4.095 0.203 0.724 0.152 0.208 0.922 0.101 0.005 0.133 0.380 0.612 0.080 2.481 1.948 0.092 0.114 0.083 0.154 1.084 0.600 0.024 1.007 1.553 0.362 nan 0.726 0.994 2.109 0.480 0.031 0.039 0.075 0.697 0.076 0.816 0.243 0.166 2.402 0.999 0.545 4.747 0.418 0.271 0.251 0.396 0.380 2.109 0.126 0.154 0.617 1.504 0.084 0.162 0.078 0.768 0.041 0.089 0.322 0.021 0.018 0.187 0.113 0.729 1.998 0.287 0.372 0.704 0.227 0.301 0.309 0.078 0.191 0.360 nan 0.590 0.296 0.130 0.119 0.364 0.541 0.182 0.281 nan 0.499 9465 chr6 17719958 17723922 + 0 NA Intergenic Intergenic 14666 NR_134618 105374952 Hs.718703 NR_134616 ENSG00000272269 LOC105374952 - uncharacterized LOC105374952 ncRNA 0.870 nan 0.881 0.127 0.249 0.028 0.282 0.203 0.432 0.215 0.194 0.117 10.064 0.334 0.223 0.112 0.161 0.167 0.048 0.042 0.084 0.079 0.106 0.665 0.104 0.093 0.073 0.086 0.026 0.129 0.142 0.538 0.704 0.122 0.064 0.027 0.073 0.739 0.152 0.061 0.073 0.032 2.359 0.051 0.082 0.213 0.020 0.016 0.223 0.465 0.023 0.665 0.031 1.037 0.561 0.143 0.191 0.079 0.099 0.061 0.015 0.039 0.343 0.549 0.272 0.739 0.727 0.739 0.356 0.171 0.430 0.575 0.486 0.650 0.271 0.406 0.544 0.230 0.195 0.270 0.154 0.121 0.234 0.802 0.459 0.587 5851 chr2 2321284 2338416 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329847) promoter-TSS (NM_001329847) 93 NM_001329847 23040 Hs.434418 NM_015025 ENSG00000186487 MYT1L MRD39|NZF1|ZC2H2C2|ZC2HC4B|myT1-L myelin transcription factor 1 like protein-coding 0.736 1.235 0.606 0.054 0.258 6.881 0.029 3.606 6.848 0.006 0.037 0.021 0.007 0.046 0.406 3.911 0.083 0.075 0.044 0.019 0.021 4.952 2.703 6.345 0.004 0.011 0.043 0.082 0.040 0.046 22.148 0.033 0.035 1.128 0.038 0.098 0.007 1.207 0.086 0.014 0.018 0.019 0.049 0.049 0.099 0.057 0.016 0.023 0.012 3.911 0.044 0.016 6.345 0.038 2.624 0.045 2.835 0.041 1.028 0.080 0.009 0.020 0.006 3.735 5.806 0.143 0.120 12.578 11.806 7.053 5.021 0.121 0.107 5.504 6.387 5.916 7.583 7.938 9.625 0.829 1.561 5.496 4.501 2.395 2.660 5.305 2.823 923 chr1 182053116 182093826 + 0 NA Intergenic L1MEg|LINE|L1 -42624 NM_001009992 127665 Hs.684328 NM_001009992 ENSG00000179930 ZNF648 - zinc finger protein 648 protein-coding nan nan 1.021 0.562 0.126 0.031 0.083 0.122 0.233 0.443 0.067 0.080 0.611 0.030 0.187 0.292 0.140 0.198 0.131 0.014 0.527 0.024 0.134 0.177 0.030 0.258 0.127 0.053 0.102 0.016 0.162 0.680 0.257 0.481 0.340 0.087 0.021 0.053 0.117 0.053 0.103 0.082 0.041 0.027 0.056 0.066 0.499 0.154 0.224 0.030 0.446 0.385 0.292 0.217 0.403 0.030 0.457 1.553 0.110 0.050 0.034 0.038 0.617 0.099 0.095 0.031 0.020 1.464 1.298 5.785 6.550 0.522 nan 0.154 0.084 nan 0.824 0.246 0.493 0.309 0.293 0.365 0.210 1.897 1.968 0.094 0.118 0.272 nan 0.389 0.423 8739 chr5 6896143 6904354 + 0 NA Intergenic Intergenic -72214 NR_036242 100422999 NR_036242 ENSG00000283420 MIR4278 - microRNA 4278 ncRNA 1.726 1.070 7.085 0.087 5.134 0.068 0.048 0.599 0.953 0.011 0.075 0.090 1.504 0.130 0.078 0.182 0.194 0.114 0.023 0.043 0.017 1.822 1.323 3.484 0.025 0.019 0.009 0.124 0.086 0.046 0.136 3.319 0.035 0.052 0.927 0.053 0.116 0.015 0.804 0.134 0.044 0.038 0.027 0.047 0.058 0.092 0.310 0.008 0.941 0.041 0.078 0.165 0.057 3.484 0.029 0.041 0.132 0.068 0.184 0.039 0.156 1.196 0.018 0.042 0.012 0.608 0.726 0.129 nan 8.897 10.213 0.211 0.096 0.051 0.034 3.331 3.551 nan 0.380 nan 0.747 0.174 0.158 2.446 3.154 1.444 2.769 4.209 nan 2051 chr11 68592585 68615732 + 0 NA intron (NM_001031847, intron 1 of 18) AluSx|SINE|Alu 5241 NM_001876 1374 Hs.503043 NM_001876 ENSG00000110090 CPT1A CPT1|CPT1-L|L-CPT1 carnitine palmitoyltransferase 1A protein-coding nan 1.486 1.046 0.679 1.129 0.557 0.936 0.380 0.883 0.578 1.532 0.880 0.485 0.576 0.087 0.697 0.476 0.201 0.660 0.246 1.360 0.359 0.237 0.133 1.240 0.985 0.801 0.777 0.188 0.410 0.761 1.698 0.933 4.524 0.335 0.679 0.033 1.448 0.138 0.370 0.862 1.926 0.561 0.364 0.680 0.337 1.004 0.860 1.568 0.919 2.376 1.263 0.697 0.776 1.497 1.240 0.688 1.139 0.182 2.643 1.431 0.719 1.721 0.058 0.513 0.119 0.070 3.198 2.952 0.998 1.666 1.626 1.723 1.395 0.400 4.011 4.028 0.550 0.860 2.563 5.346 0.766 0.508 2.254 3.754 0.194 0.342 0.424 0.543 1.177 0.782 5382 chr18 56881936 56899650 + 0 NA intron (NM_001012512, intron 1 of 2) intron (NM_001012512, intron 1 of 2) 3393 NM_001012512 2922 Hs.153444 NM_002091 ENSG00000134443 GRP BN|GRP-10|preproGRP|proGRP gastrin releasing peptide protein-coding nan 1.212 0.744 0.060 3.502 0.351 0.032 0.136 0.265 0.079 0.041 0.004 0.106 0.181 0.312 0.027 0.018 0.012 0.011 0.033 0.273 0.224 4.127 0.019 0.012 0.004 0.031 0.036 0.020 0.028 6.385 0.008 0.055 0.385 0.025 0.060 0.020 0.081 0.129 0.017 0.009 0.025 0.029 0.082 0.064 0.061 0.032 0.013 0.011 0.312 0.028 4.127 0.007 0.010 0.044 0.082 1.021 0.031 0.022 0.035 0.021 0.020 0.006 0.370 0.191 0.167 0.216 7.474 8.687 2.316 0.612 0.363 0.366 0.124 0.199 5.960 4.539 0.335 0.200 0.133 0.170 1.458 0.798 0.178 0.344 nan 2.022 4968 chr17 71777461 71825230 + 0 NA intron (NR_027146, intron 2 of 3) intron (NR_027146, intron 2 of 3) 18384 NR_040020 400620 Hs.348644 NR_040020 ENSG00000234721 LINC02092 - long intergenic non-protein coding RNA 2092 ncRNA 1.139 1.487 1.169 0.051 0.354 0.433 0.190 3.962 7.736 0.024 0.089 0.078 0.010 0.325 0.945 1.817 0.116 0.141 0.059 0.016 0.022 0.020 0.989 0.407 3.122 0.443 0.220 0.008 0.074 0.009 0.409 2.095 0.771 1.953 0.034 0.094 0.077 0.068 0.104 0.042 0.407 0.091 0.020 0.016 0.055 0.088 0.068 0.180 1.326 0.040 0.058 0.725 1.817 0.068 0.253 3.122 0.184 0.132 0.063 0.073 0.344 0.136 1.697 0.148 0.064 0.033 0.012 1.783 2.672 0.672 0.567 2.706 3.085 2.191 0.598 0.136 0.169 nan 0.736 2.181 1.771 0.881 0.419 1.068 2.053 0.655 0.449 0.579 1.408 nan 1.127 11568 chr9 68407290 68419738 + 0 NA non-coding (NR_146626, exon 2 of 2) non-coding (NR_146626, exon 2 of 2) -1794 NR_039689 100616194 NR_039689 ENSG00000266017 MIR4477B - microRNA 4477b ncRNA 4.213 6.662 4.132 1.052 1.647 0.630 0.345 0.885 2.170 0.575 1.434 0.689 0.259 0.178 0.411 1.023 0.637 0.501 1.359 0.599 0.234 0.089 0.745 0.920 1.662 0.349 0.295 0.639 0.620 0.136 1.078 1.192 0.532 2.962 0.294 0.672 0.417 3.844 0.604 0.321 0.529 0.994 0.220 0.118 0.219 0.804 0.753 0.996 0.608 2.936 0.495 0.352 1.023 1.106 0.223 1.662 0.430 0.443 0.359 0.519 0.940 0.338 0.945 1.733 0.256 0.130 0.078 2.576 2.651 1.447 2.091 2.781 3.012 7.585 2.367 4.988 4.890 2.222 3.365 1.751 2.225 3.702 2.089 2.538 3.672 1.723 1.785 2.755 4.658 3.599 3.220 9080 chr5 95168201 95181315 + 0 NA Intergenic Intergenic -13178 NR_026936 202299 Hs.8373 NM_175616 ENSG00000236882 LINC01554 C5orf27|FIS long intergenic non-protein coding RNA 1554 ncRNA nan 1.326 0.616 0.812 0.155 0.051 0.980 0.159 0.220 0.227 1.057 1.059 0.278 0.160 0.089 0.117 0.523 0.087 0.599 0.288 0.803 0.021 0.132 0.154 0.064 3.818 3.026 0.352 1.420 2.071 0.718 2.146 2.052 0.457 0.391 4.457 0.037 0.350 0.153 0.618 0.073 0.583 0.592 0.438 1.458 0.373 0.925 0.651 2.463 0.419 2.165 4.849 0.117 0.549 1.358 0.064 1.425 0.858 0.022 0.378 0.376 0.590 0.060 0.028 0.447 0.145 0.067 0.323 0.377 1.376 1.004 0.265 0.244 0.485 0.135 0.314 0.352 0.325 0.616 0.546 0.573 0.439 0.289 0.170 0.298 0.140 0.254 0.109 nan 0.481 0.461 8034 chr3 174253797 174270064 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 -315181 NM_207015 254827 Hs.565848 NM_207015 ENSG00000177694 NAALADL2 - N-acetylated alpha-linked acidic dipeptidase like 2 protein-coding 1.137 1.090 0.893 0.177 0.155 0.060 0.074 0.306 0.603 0.120 0.017 0.019 0.056 0.067 0.126 0.251 0.089 0.058 0.024 0.061 0.017 1.795 1.247 0.176 0.008 0.014 0.013 0.062 0.046 0.094 0.078 0.113 0.244 0.009 0.043 0.765 0.033 0.092 0.007 0.073 0.045 0.015 0.010 0.020 0.009 0.133 0.081 0.030 0.139 0.019 0.066 0.126 0.093 0.012 0.176 0.030 0.027 0.036 0.021 0.118 0.039 0.061 0.113 0.038 0.021 0.013 0.502 0.458 0.269 0.313 0.463 0.488 3.792 1.550 0.389 0.360 0.969 1.356 0.408 0.345 0.763 0.323 0.200 0.163 3.873 3.502 0.285 0.544 1.474 0.863 10502 chr7 92665522 92685214 + 0 NA Intergenic Intergenic 71968 NM_001193307 54809 Hs.65641 NM_017654 ENSG00000205413 SAMD9 C7orf5|DRIF1|MIRAGE|NFTC|OEF1|OEF2 sterile alpha motif domain containing 9 protein-coding nan 0.595 nan 0.146 0.111 0.038 0.126 0.098 0.207 0.063 0.146 0.207 0.016 0.025 0.082 0.316 0.137 0.123 0.209 0.115 0.032 0.014 0.103 0.088 0.104 0.021 0.015 0.056 0.097 0.053 0.102 0.227 0.195 0.229 0.300 0.264 0.005 4.695 0.239 0.096 0.036 2.732 0.147 0.091 0.056 0.031 0.112 1.287 0.161 0.693 0.100 0.054 0.316 0.164 0.039 0.104 0.303 0.320 0.060 0.331 0.057 0.044 0.060 0.081 0.913 0.044 0.026 0.369 0.229 0.305 0.430 0.210 0.290 0.613 0.182 0.469 0.436 0.222 0.381 0.281 0.272 0.501 0.252 0.281 0.348 0.057 0.112 0.378 nan 0.448 0.569 6089 chr2 47399313 47502482 + 0 NA intron (NR_110207, intron 1 of 2) AluJb|SINE|Alu -46822 NM_001305625 805 Hs.468442 NM_001743 ENSG00000143933 CALM2 CAMII|LQT15|PHKD|PHKD2|caM calmodulin 2 protein-coding 1.633 nan 1.353 0.662 0.529 1.075 1.714 0.554 0.981 0.178 0.692 0.735 0.184 0.180 1.312 0.565 0.326 0.108 0.818 0.492 0.656 0.234 0.477 0.265 0.670 0.804 0.654 0.277 1.410 0.937 3.297 nan 1.781 1.501 0.665 1.213 0.100 0.364 0.109 0.620 0.474 1.873 0.695 0.370 0.985 0.582 1.547 0.739 1.277 0.737 0.506 0.876 0.565 1.177 1.913 0.670 0.430 0.418 0.292 0.942 0.279 0.640 0.661 1.016 0.704 0.416 0.291 1.393 1.750 0.714 1.042 nan 1.081 1.734 0.588 1.469 1.537 0.958 1.287 1.294 1.590 1.792 1.582 0.668 1.195 0.481 0.564 1.536 nan nan 0.841 2404 chr12 1904647 1911201 + 0 NA intron (NM_172364, intron 34 of 37) intron (NM_172364, intron 34 of 37) -21509 NM_001163926 654429 Hs.585579 NM_001039029 ENSG00000166159 LRTM2 - leucine rich repeats and transmembrane domains 2 protein-coding 1.381 nan nan 0.825 1.210 0.085 0.326 0.122 0.369 0.073 0.875 0.606 0.028 0.169 0.321 0.527 0.284 0.102 1.002 0.289 0.071 0.064 0.239 0.114 0.466 0.518 0.296 0.083 1.632 0.578 1.619 3.459 0.360 0.828 0.267 0.170 0.058 0.232 0.100 0.178 0.352 0.182 0.172 0.096 0.536 0.129 0.178 0.411 0.911 0.610 0.574 0.935 0.527 0.675 0.294 0.466 0.131 0.627 2.751 3.614 0.092 0.229 0.724 0.472 0.151 0.053 0.016 0.350 0.508 0.312 0.528 nan 1.093 1.587 0.388 1.346 1.704 1.116 1.870 0.350 0.596 0.729 0.570 1.085 1.452 0.530 0.307 0.630 nan 0.533 0.346 2611 chr12 32831188 32869582 + 0 NA intron (NM_001330380, intron 1 of 18) intron (NM_001330380, intron 1 of 18) 18251 NM_001278466 10059 Hs.556296 NM_005690 ENSG00000087470 DNM1L DLP1|DRP1|DVLP|DYMPLE|EMPF|EMPF1|HDYNIV|OPA5 dynamin 1 like protein-coding 1.391 nan 1.109 0.471 1.158 0.195 0.282 0.288 0.624 0.085 0.633 0.256 0.076 0.148 0.411 0.421 0.139 0.113 0.644 0.189 0.191 0.130 0.384 0.374 0.545 0.243 0.214 0.130 0.276 0.120 0.330 0.408 0.330 0.902 0.133 0.192 0.047 0.336 0.146 0.144 0.493 0.422 0.333 0.177 0.135 0.126 0.516 0.662 0.470 0.754 0.135 0.208 0.421 0.527 0.387 0.545 0.117 0.142 0.170 0.527 0.299 0.241 0.201 1.533 0.420 0.113 0.082 0.915 0.938 0.774 0.933 1.332 1.360 1.316 0.523 1.493 1.522 0.941 1.222 0.685 0.850 0.689 0.603 0.435 0.751 0.272 0.288 1.664 4.732 0.833 0.527 4425 chr16 69372319 69375220 + 0 NA promoter-TSS (NM_032382) promoter-TSS (NM_032382) -243 NM_032382 84342 Hs.130849 NM_032382 ENSG00000272617 COG8 CDG2H|DOR1 component of oligomeric golgi complex 8 protein-coding nan nan 3.467 4.650 6.117 1.418 2.825 1.838 3.597 2.186 6.132 3.989 0.471 3.076 1.293 4.052 2.285 0.332 4.918 2.012 5.119 2.485 1.561 0.764 2.889 3.303 3.638 2.950 4.179 1.451 3.026 3.589 3.453 4.274 3.626 3.012 0.264 3.136 0.078 1.788 1.724 5.098 9.022 5.224 3.117 2.023 4.430 2.262 4.734 4.547 3.407 4.404 4.052 5.989 6.117 2.889 2.396 2.510 1.506 5.372 5.087 3.457 0.766 1.408 1.553 1.751 0.989 5.752 3.993 3.568 5.961 5.124 5.263 5.612 1.917 9.693 9.763 3.614 nan 4.848 7.498 8.515 9.414 2.575 5.516 2.663 2.893 5.098 5.814 4.429 2.481 65 chr1 8873587 8891075 + 0 NA Intergenic Intergenic -4632 NM_001042681 473 Hs.463041 NM_012102 ENSG00000142599 RERE ARG|ARP|ATN1L|DNB1|NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein-coding 2.551 nan 3.279 1.240 7.838 2.555 0.794 1.121 1.935 0.846 1.208 1.206 0.830 1.633 3.475 1.662 1.422 0.304 1.223 0.458 0.972 0.873 1.118 0.666 1.336 0.625 0.440 0.583 0.943 0.284 1.633 nan 1.626 4.033 0.633 1.297 0.423 1.436 0.131 0.379 0.650 0.868 0.703 0.424 0.307 0.471 0.705 0.636 0.922 1.321 0.729 0.885 1.662 1.289 1.725 1.336 0.493 0.748 0.580 1.468 1.488 0.600 1.700 1.378 0.488 0.214 0.116 1.841 2.562 1.346 2.225 6.598 7.071 3.564 0.989 3.329 3.415 2.309 nan nan 11.305 nan 3.806 2.005 3.127 1.560 1.710 2.734 4.790 1.988 0.991 7343 chr22 25215678 25224928 + 0 NA intron (NM_001039948, intron 2 of 25) intron (NM_001039948, intron 2 of 25) 18115 NM_133454 129049 Hs.474397 NM_133454 ENSG00000167037 SGSM1 RUTBC2 small G protein signaling modulator 1 protein-coding 0.763 nan 0.715 0.093 0.316 0.151 0.054 0.873 1.570 0.041 0.077 0.067 0.007 0.562 0.270 0.264 0.073 0.053 0.129 0.023 0.030 0.594 0.256 1.240 0.054 0.016 0.080 0.101 0.161 nan 0.232 1.292 0.016 0.081 0.156 0.059 0.074 0.017 0.137 0.033 0.017 0.012 0.041 0.083 0.115 0.461 0.084 0.848 0.215 0.264 0.092 0.010 1.240 0.078 0.107 0.230 0.069 0.888 0.051 0.097 0.027 0.027 0.023 0.277 0.395 0.215 0.256 0.513 0.549 2.412 0.793 0.184 0.334 0.196 0.443 0.947 1.011 0.383 0.298 0.299 0.276 1.227 1.460 0.104 0.195 4.497 2.047 6887 chr20 21583255 21604345 + 0 NA intron (NR_109880, intron 2 of 3) L1ME3C|LINE|L1 43138 NR_109880 101929625 Hs.542413 NR_109880 LINC01727 - long intergenic non-protein coding RNA 1727 ncRNA 0.825 1.102 nan 0.069 0.557 0.037 0.084 0.692 1.327 0.009 0.087 0.022 0.006 0.035 0.046 0.121 0.100 0.085 0.010 0.009 0.006 0.013 0.663 0.468 1.368 0.036 0.020 0.011 0.058 0.005 0.119 0.095 0.131 1.934 0.041 0.095 0.131 0.026 0.064 0.061 0.004 0.066 0.028 0.019 0.093 0.033 0.077 0.130 0.108 0.027 0.060 0.038 0.121 0.023 0.024 1.368 0.122 0.189 0.176 0.022 1.489 0.023 0.047 0.041 0.022 0.036 0.017 0.546 0.537 0.177 0.242 1.917 1.957 3.613 0.923 0.199 0.214 0.203 0.405 0.374 0.704 0.504 0.233 0.216 0.309 0.751 0.653 0.188 0.230 3.274 1.495 5249 chr18 31895233 31905416 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -96809 NM_001198548 8715 Hs.514795 NM_003787 ENSG00000101746 NOL4 CT125|HRIHFB2255|NOLP nucleolar protein 4 protein-coding nan 0.920 0.802 0.042 0.530 0.072 0.049 0.219 0.321 0.037 0.028 0.012 0.196 0.210 0.828 0.081 0.032 0.093 0.019 0.022 0.041 0.549 0.259 0.429 0.007 0.014 0.015 0.081 0.030 0.032 0.100 0.054 0.662 0.021 0.287 0.042 0.100 0.218 0.063 0.036 0.027 0.054 0.015 0.066 0.134 0.046 0.049 0.047 0.012 0.828 0.035 0.009 0.429 0.060 0.009 0.151 0.010 0.160 0.016 0.029 0.111 0.022 0.005 0.474 0.501 0.443 0.509 0.831 1.164 1.906 0.735 0.171 0.112 0.430 0.637 nan 0.778 0.418 0.188 0.236 0.265 2.150 1.874 0.176 0.412 6.109 3.125 11481 chr9 18605577 18613716 + 0 NA intron (NM_001040272, intron 4 of 28) intron (NM_001040272, intron 4 of 28) 36342 NR_036107 100422869 NR_036107 ENSG00000264638 MIR3152 - microRNA 3152 ncRNA nan 4.877 2.595 0.088 1.337 0.055 0.199 1.300 2.120 0.011 0.019 1.282 0.053 0.036 0.155 0.739 0.688 0.159 0.103 0.070 0.023 0.997 0.329 1.068 0.212 0.045 0.027 0.029 0.013 0.024 0.062 0.850 0.036 0.220 1.614 0.074 0.048 0.938 0.069 0.022 0.093 0.028 0.024 0.196 0.040 0.141 0.739 0.079 0.023 1.068 0.076 0.031 0.071 0.007 0.838 0.185 0.012 0.211 0.046 0.021 0.006 0.231 0.114 0.296 0.697 1.555 1.365 4.422 1.438 0.061 0.075 0.424 0.610 0.548 0.728 0.309 0.186 0.162 0.221 6.560 8.183 0.212 0.396 2.569 1.582 9358 chr5 175609460 175622957 + 0 NA intron (NR_036494, intron 1 of 25) intron (NR_036494, intron 1 of 25) 10090 NR_036494 643201 Hs.390285 NR_036494 ENSG00000248596 LOC643201 - centrosomal protein 192kDa pseudogene pseudo 1.688 2.621 1.228 0.053 0.158 1.212 0.122 0.306 0.669 0.043 0.123 0.108 1.011 2.547 0.525 0.078 0.095 0.039 0.028 0.019 0.021 0.201 0.245 1.498 0.122 0.080 0.147 0.111 0.031 0.083 0.272 0.062 1.200 0.044 0.124 0.587 0.032 0.083 0.197 0.054 0.051 0.121 0.155 0.024 0.043 0.078 0.245 0.151 0.076 0.035 0.049 0.525 0.061 0.068 1.498 0.009 0.061 0.414 0.090 1.232 0.047 4.369 0.082 0.062 0.046 0.011 0.331 0.872 0.418 nan 0.804 0.601 1.501 0.395 0.380 0.413 0.972 nan 1.625 1.674 0.488 0.470 2.360 3.491 3.944 5.902 0.137 0.246 0.898 0.539 6093 chr2 48266150 48278122 + 0 NA Intergenic Intergenic -139204 NM_001190274 80204 Hs.352677 NM_012167 ENSG00000138081 FBXO11 FBX11|PRMT9|UBR6|UG063H01|VIT1 F-box protein 11 protein-coding 1.117 nan 0.982 0.073 0.088 0.078 0.077 0.153 0.236 0.065 0.024 0.015 0.025 0.120 0.153 0.125 0.081 0.061 0.066 0.032 0.035 0.105 0.097 0.060 0.012 0.018 0.018 0.079 0.087 nan 0.094 0.243 0.024 0.037 0.008 0.081 0.141 0.020 0.026 0.038 0.030 0.039 0.021 0.064 0.137 0.100 0.109 0.054 0.013 0.056 0.153 0.060 0.054 0.060 0.020 0.060 0.048 0.068 0.042 0.047 0.033 3.250 0.013 0.029 0.015 0.293 0.188 0.198 0.344 nan 0.395 0.165 0.061 0.380 0.404 0.389 0.504 0.223 0.282 1.736 1.277 0.132 0.220 0.045 0.055 3.911 8.812 nan 0.411 2742 chr12 64293523 64317035 + 0 NA intron (NM_001346201, intron 1 of 21) intron (NM_001346201, intron 1 of 21) 66746 NM_020762 57522 Hs.210751 NM_020762 ENSG00000196935 SRGAP1 ARHGAP13|NMTC2 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1 protein-coding 0.903 0.897 0.774 1.397 0.210 0.199 0.915 1.479 2.741 0.685 1.263 2.335 0.531 0.230 0.284 0.372 0.582 0.178 0.790 0.338 2.816 0.041 0.791 0.623 0.489 1.314 0.820 0.740 0.263 0.525 0.423 1.148 0.438 0.808 0.416 0.682 0.528 1.464 0.105 0.219 0.408 3.229 1.474 0.533 1.026 0.762 2.297 3.010 2.299 0.888 1.816 3.311 0.372 0.581 2.391 0.489 1.222 4.123 0.078 0.931 0.575 1.320 0.580 0.187 0.756 2.351 2.887 0.569 0.824 1.215 3.786 0.406 nan 1.119 0.548 0.431 0.538 1.483 1.736 1.405 1.300 0.676 0.387 0.360 0.549 2.213 2.890 0.161 0.427 1.008 0.754 5909 chr2 11510017 11531903 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -13147 NR_047499 100874055 Hs.102428 NR_047499 ENSG00000224177 LINC00570 ncRNA-a5 long intergenic non-protein coding RNA 570 ncRNA 1.203 0.616 0.821 0.277 0.153 0.163 1.300 0.243 0.278 0.044 0.416 0.867 0.201 0.691 0.292 0.305 0.910 0.300 0.377 0.226 0.153 0.089 0.179 0.164 0.193 0.771 0.407 0.287 0.631 0.476 1.847 5.920 2.088 0.932 0.947 0.230 0.009 0.099 0.144 1.100 0.134 0.699 0.226 0.166 0.507 0.475 0.239 0.947 1.100 0.362 1.648 1.392 0.305 0.716 1.055 0.193 0.333 0.290 0.402 0.318 0.696 0.550 0.082 0.137 0.416 0.453 0.362 0.337 0.284 0.772 2.561 0.465 0.551 0.830 0.291 0.160 0.131 0.464 0.781 0.762 nan 1.207 0.943 0.241 0.336 0.092 0.133 0.264 nan 1.003 0.669 10017 chr6 151175711 151188937 + 0 NA Intergenic HERVK-int|LTR|ERVK -4491 NR_146719 25902 Hs.591343 NM_015440 ENSG00000120254 MTHFD1L FTHFSDC1|MTC1THFS|dJ292B18.2 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 1 like protein-coding nan 1.384 1.971 1.205 1.514 0.807 1.010 0.652 1.494 1.595 1.111 1.374 0.259 0.234 0.678 2.141 1.019 0.196 1.666 0.387 2.394 1.059 0.561 0.215 1.420 1.027 1.123 0.947 1.905 0.719 2.200 nan 1.542 2.619 0.419 1.047 0.158 2.875 0.149 0.746 0.691 1.490 2.311 0.989 1.174 0.893 0.844 0.606 2.109 2.962 0.435 0.689 2.141 1.861 1.012 1.420 1.091 0.638 0.310 5.361 0.881 1.157 0.331 0.702 1.008 1.215 0.831 1.975 2.209 3.431 8.460 1.630 nan 4.632 1.995 3.578 3.716 0.180 0.355 2.018 3.202 2.217 2.466 0.867 1.848 0.942 0.682 2.046 nan 0.602 0.435 5528 chr19 10757619 10771167 + 0 NA promoter-TSS (NM_012218) promoter-TSS (NM_012218) 155 NR_024333 147727 Hs.631616 NR_024333 ENSG00000267100 ILF3-DT ILF3-AS1 ILF3 divergent tranacript ncRNA 3.844 2.149 3.887 1.521 2.743 3.625 1.220 2.050 3.800 0.926 1.512 1.066 1.978 0.812 1.773 3.507 1.165 0.272 2.011 0.628 1.658 1.349 1.729 0.628 2.910 1.471 1.909 1.348 3.070 0.554 2.458 nan 1.910 6.140 0.528 1.732 0.993 1.657 0.101 0.609 1.205 2.376 2.422 1.303 1.460 1.332 2.473 2.461 1.683 2.406 1.376 1.106 3.507 3.083 0.907 2.910 0.966 0.971 1.246 2.496 1.402 3.079 0.636 1.216 0.996 0.846 0.630 4.137 3.996 4.295 5.667 6.619 6.210 6.252 3.016 7.721 8.139 2.658 3.856 5.354 7.413 7.105 8.329 1.812 3.488 4.338 4.815 4.705 3.534 2.583 1.770 1199 chr1 232667876 232705255 + 0 NA Intergenic Intergenic -35211 NM_020808 57568 Hs.745009 NM_020808 ENSG00000116991 SIPA1L2 SPAL2 signal induced proliferation associated 1 like 2 protein-coding 1.416 1.704 2.793 0.071 0.958 0.433 0.084 0.403 0.813 0.064 0.234 0.440 0.073 0.077 0.330 0.922 0.845 0.159 0.165 0.066 0.159 0.022 1.057 0.392 0.760 0.074 0.046 0.018 0.078 0.008 0.156 0.763 0.568 0.618 0.106 0.280 0.451 0.049 0.089 0.035 0.325 0.151 0.074 0.040 0.056 0.061 0.134 0.279 0.139 0.029 0.053 0.183 0.922 0.187 0.017 0.760 0.124 0.136 0.491 0.054 0.220 0.372 0.816 0.218 0.118 0.034 0.022 0.475 0.328 1.203 2.251 0.661 0.859 nan 1.164 0.231 0.282 1.767 2.427 nan 2.227 0.974 0.989 0.314 0.669 1.330 2.058 0.443 0.781 nan 0.964 2084 chr11 72431747 72506235 + 0 NA intron (NM_006645, intron 4 of 6) intron (NM_006645, intron 4 of 6) -5557 NM_001040118 116985 Hs.503165 NM_015242 ENSG00000186635 ARAP1 CENTD2 ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 1 protein-coding nan 1.388 1.308 0.332 1.363 1.548 1.034 0.713 1.369 0.108 0.849 0.382 0.439 1.175 1.665 0.433 0.331 0.108 0.682 0.284 0.438 0.091 0.376 0.191 1.148 0.663 0.448 0.424 0.210 0.318 2.037 nan 0.976 2.031 0.444 0.294 0.298 0.443 0.114 0.248 0.399 1.618 0.898 0.453 0.675 0.593 1.534 0.599 0.960 0.677 0.630 2.415 0.433 0.947 0.811 1.148 0.689 1.797 0.224 1.276 0.748 0.348 0.600 0.294 0.516 0.240 0.180 1.263 2.253 0.776 1.079 1.878 1.942 2.211 0.982 2.312 2.459 0.750 1.185 3.455 3.864 1.035 1.005 1.221 1.751 1.150 1.212 0.590 1.364 1.164 0.704 2473 chr12 10763038 10773272 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -1947 NM_018048 55110 Hs.104650 NM_018048 ENSG00000111196 MAGOHB MGN2|mago|magoh mago homolog B, exon junction complex core component protein-coding 2.392 1.321 1.794 1.684 4.836 1.357 1.407 0.815 1.498 0.748 1.470 5.334 0.459 0.781 1.124 1.011 0.530 0.016 1.062 0.614 1.481 0.271 1.103 0.675 1.392 1.690 1.520 0.318 1.368 1.009 1.670 2.569 1.466 3.539 0.341 2.742 0.131 1.357 0.116 0.773 0.333 1.693 1.404 0.587 1.254 0.807 1.579 8.299 1.524 2.506 0.424 0.743 1.011 1.406 1.248 1.392 0.966 0.841 0.266 2.132 0.436 1.076 0.567 0.821 0.507 0.720 0.417 1.321 1.424 2.712 4.495 nan 3.614 6.218 3.397 8.468 8.557 1.638 2.044 3.178 5.222 2.264 2.147 1.662 2.385 1.129 1.413 3.586 2.820 1.830 0.842 10875 chr8 29408480 29415707 + 0 NA Intergenic Charlie19a|DNA|hAT-Charlie 193532 NR_026765 619351 Hs.566911 NR_026765 ENSG00000251191 LINC00589 C8orf75|TSLNC8 long intergenic non-protein coding RNA 589 ncRNA nan 1.740 nan 1.943 0.097 0.496 1.414 1.159 2.382 0.345 1.238 1.127 0.129 0.832 0.172 0.370 0.114 0.044 1.080 0.674 6.076 0.087 0.777 1.534 0.489 0.010 0.961 2.404 1.481 4.494 0.694 0.628 2.205 0.610 0.026 0.030 0.140 0.413 0.033 1.606 0.148 0.149 0.861 0.639 2.068 0.223 2.627 0.010 4.468 3.693 0.370 1.057 0.039 0.777 2.753 2.585 0.194 1.586 0.831 0.653 0.477 0.154 2.700 0.064 0.028 1.819 2.525 2.025 5.421 nan 1.044 nan 1.432 0.278 0.266 0.083 0.197 1.926 1.533 2.202 1.766 1.002 1.058 0.239 0.417 0.461 0.921 nan nan 656 chr1 145573749 145577849 + 0 NA promoter-TSS (NM_006099) promoter-TSS (NM_006099) -189 NM_006099 10401 Hs.435761 NM_006099 ENSG00000131788 PIAS3 ZMIZ5 protein inhibitor of activated STAT 3 protein-coding 3.620 nan 3.091 1.784 2.483 1.286 1.763 0.821 1.592 1.030 2.448 1.670 0.388 1.290 4.948 2.565 2.116 0.078 2.749 0.892 2.517 2.246 1.940 0.806 3.261 1.300 1.198 1.791 1.014 0.541 6.152 9.697 3.087 18.862 1.539 1.608 0.763 3.177 0.149 2.053 1.838 1.802 1.720 1.008 1.185 0.485 1.391 1.807 2.482 2.459 0.690 3.647 2.565 1.959 1.993 3.261 0.862 1.516 0.423 5.634 2.322 1.694 0.872 1.173 1.105 1.081 0.510 1.244 1.769 2.943 3.546 5.618 4.589 4.454 1.130 1.618 2.119 2.193 3.103 3.911 4.976 1.629 1.848 1.544 2.861 2.820 2.117 2.449 4.376 2.172 1.067 2921 chr12 106467233 106486390 + 0 NA intron (NM_014840, intron 4 of 6) intron (NM_014840, intron 4 of 6) 57000 NM_014840 9891 Hs.524692 NM_014840 ENSG00000074590 NUAK1 ARK5 NUAK family kinase 1 protein-coding 0.830 0.731 nan 0.368 0.318 0.160 0.769 0.241 0.442 0.049 0.528 3.119 0.366 0.115 0.139 0.340 1.524 0.212 0.093 0.099 0.350 0.099 0.114 0.524 0.307 0.109 1.200 0.089 0.121 0.084 0.180 0.135 0.389 0.152 0.165 0.020 0.114 0.098 0.296 0.120 0.544 0.255 0.188 0.062 0.106 0.135 0.858 0.603 0.179 0.190 0.194 0.340 0.105 0.116 0.524 0.032 0.112 0.036 0.200 0.095 0.264 0.031 0.123 0.493 0.818 0.583 0.268 0.170 0.333 1.032 0.516 0.700 0.161 0.115 0.302 0.366 0.432 0.787 0.467 0.518 0.330 0.146 0.170 0.234 0.123 0.158 0.349 0.436 0.514 0.455 4726 chr17 36410138 36419005 + 0 NA Intergenic Intergenic -1315 NR_036750 440434 Hs.443837 NR_036750 ENSG00000274487 LOC440434 - aminopeptidase puromycin sensitive pseudogene pseudo nan 2.450 2.045 5.806 1.902 1.808 2.019 1.829 3.072 1.722 2.181 0.997 1.861 0.442 2.184 1.995 1.674 0.518 4.787 1.468 1.814 1.875 1.363 0.847 2.418 2.047 3.101 2.015 3.564 1.228 1.792 2.910 2.201 5.167 0.763 1.771 0.804 1.565 0.165 0.705 1.523 3.942 2.664 1.511 2.444 1.660 2.231 2.126 2.652 2.316 1.749 1.276 1.995 4.628 1.244 2.418 1.055 1.677 0.847 2.946 1.214 1.956 0.923 2.224 1.072 0.948 0.488 2.373 2.670 2.040 2.505 nan 2.820 3.709 1.495 9.908 9.618 1.769 1.900 3.970 6.237 nan 3.046 1.015 1.905 1.716 1.859 3.838 5.705 1.551 0.783 3468 chr14 33691142 33721614 + 0 NA intron (NM_173159, intron 3 of 11) intron (NM_173159, intron 3 of 11) 297919 NM_173159 64067 Hs.657892 NM_022123 ENSG00000151322 NPAS3 MOP6|PASD6|bHLHe12 neuronal PAS domain protein 3 protein-coding 1.213 0.735 0.910 0.076 0.140 0.036 0.023 0.115 0.229 0.003 0.056 0.060 0.030 0.036 0.120 0.177 0.162 0.127 0.135 0.037 0.019 0.005 0.072 0.107 0.172 0.016 0.021 0.003 0.091 0.011 0.215 0.367 0.104 0.367 0.029 0.037 0.015 2.831 0.131 0.019 0.122 0.039 0.022 0.013 0.028 0.058 0.066 0.095 0.036 0.019 0.008 0.046 0.177 0.166 0.055 0.172 0.027 0.019 0.017 0.060 0.049 0.029 0.086 0.032 0.021 0.002 0.211 0.166 0.154 0.324 0.312 0.415 0.135 0.075 0.205 0.202 0.189 0.260 0.312 0.323 0.550 0.274 0.145 0.244 0.060 0.098 0.328 0.581 0.439 0.474 10519 chr7 95743422 95784118 + 0 NA intron (NM_014251, intron 14 of 17) intron (NM_014251, intron 14 of 17) 85298 NR_030322 693176 NR_030322 ENSG00000208025 MIR591 MIRN591|hsa-mir-591 microRNA 591 ncRNA nan 0.778 nan 0.094 0.187 0.241 0.098 0.592 1.160 0.037 0.129 0.100 0.061 0.044 0.123 0.557 0.152 0.072 0.091 0.019 0.037 0.050 0.705 0.569 1.314 0.024 0.012 0.032 0.142 0.018 0.090 0.119 0.504 1.297 0.050 0.079 0.975 0.085 0.168 0.003 0.217 0.079 0.016 0.008 0.062 0.076 0.201 0.138 0.094 0.108 0.066 0.236 0.557 0.086 0.108 1.314 0.117 0.198 0.052 0.046 0.043 0.070 0.650 0.074 0.045 0.045 0.019 0.949 1.201 7.457 7.950 0.435 0.537 2.537 0.665 0.357 0.296 0.596 0.832 0.268 0.245 0.391 0.191 0.703 1.101 2.155 2.801 0.305 nan 1.967 0.960 435 chr1 65632512 65645323 + 0 NA intron (NM_001330616, intron 1 of 4) intron (NM_001330616, intron 1 of 4) 24231 NM_001330616 205 Hs.10862 NM_013410 ENSG00000162433 AK4 AK 4|AK3|AK3L1|AK3L2 adenylate kinase 4 protein-coding 1.942 0.935 nan 1.166 0.240 0.022 2.504 0.180 0.338 0.527 0.316 1.407 1.020 0.063 0.072 0.201 0.265 0.173 1.447 0.460 0.453 0.065 0.147 0.179 0.257 0.347 0.085 0.277 0.138 0.641 0.075 0.178 0.467 0.440 0.658 0.086 0.015 0.101 0.099 0.600 1.458 3.076 0.083 0.042 1.381 0.240 0.734 0.218 0.090 1.375 0.043 0.257 0.201 0.330 0.607 0.257 0.212 0.131 0.461 0.716 0.087 1.785 0.122 0.907 1.274 0.369 0.214 0.442 0.496 0.736 2.587 0.658 0.788 0.595 0.207 0.590 0.590 nan nan 0.799 nan 1.060 0.997 0.349 0.614 0.086 0.091 1.058 3.636 0.699 0.621 10652 chr7 129249997 129255867 + 0 NA intron (NM_005011, intron 1 of 10) intron (NM_005011, intron 1 of 10) 1389 NM_001293164 4899 Hs.654363 NM_005011 ENSG00000106459 NRF1 ALPHA-PAL nuclear respiratory factor 1 protein-coding 5.456 1.849 3.321 2.987 2.920 2.676 1.651 1.817 3.697 1.025 2.773 1.846 0.676 1.232 3.397 4.832 2.538 0.209 3.332 0.905 2.155 1.748 2.770 1.275 7.281 2.480 2.747 2.264 4.299 0.823 3.377 4.096 5.568 4.881 0.748 2.996 0.714 4.574 0.154 0.946 2.367 3.478 2.255 1.298 1.227 1.934 3.085 2.151 3.632 4.153 1.884 2.339 4.832 4.264 3.077 7.281 1.023 3.086 1.137 6.530 1.985 1.772 1.377 0.890 1.130 1.403 0.951 6.330 5.356 8.139 9.079 7.428 7.292 6.639 2.948 11.069 10.548 3.646 4.607 3.903 7.228 6.458 6.628 5.613 9.558 4.817 4.497 6.084 5.130 3.565 2.266 9321 chr5 168450458 168455571 + 0 NA intron (NR_109897, intron 1 of 4) intron (NR_109897, intron 1 of 4) 12782 NR_109897 728095 Hs.145601 NR_109897 LOC728095 - uncharacterized LOC728095 ncRNA nan 0.603 0.720 0.043 0.086 0.044 0.124 0.064 0.080 0.249 0.109 0.024 0.040 0.139 0.200 0.031 0.038 0.054 0.063 0.078 0.068 0.029 0.114 0.032 0.057 0.082 0.238 0.074 0.037 0.021 0.100 0.260 0.047 0.023 0.015 0.063 0.029 0.025 0.253 0.143 0.027 0.031 0.130 0.139 0.014 0.048 0.016 0.019 0.045 0.039 0.563 0.696 0.075 0.014 0.747 0.367 8.158 1.469 0.212 0.321 0.047 0.037 0.099 0.080 0.101 0.273 0.359 0.292 0.580 0.163 0.929 0.855 0.105 0.050 1.186 2.943 0.058 0.196 3195 chr13 70483862 70498509 + 0 NA intron (NM_020866, intron 4 of 10) (TATATG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -190160 NR_002717 6315 Hs.676453 NR_002717 ATXN8OS KLHL1AS|NCRNA00003|SCA8 ATXN8 opposite strand (non-protein coding) ncRNA nan 1.006 0.830 0.020 0.036 0.572 0.005 0.219 0.294 0.081 0.051 0.025 0.027 0.208 1.286 0.060 0.065 0.080 0.009 0.096 0.104 0.122 0.014 0.034 0.009 0.023 0.015 0.043 0.092 0.075 0.379 0.037 0.105 0.037 0.103 0.008 0.342 0.076 0.016 0.005 0.096 0.106 0.022 0.014 0.011 0.018 1.286 0.039 0.013 0.122 0.025 0.034 0.086 0.016 0.042 0.022 0.040 0.172 0.020 0.004 0.003 0.552 0.431 0.187 0.258 0.643 0.877 nan 1.494 0.138 0.131 0.160 0.217 0.212 0.165 nan 0.347 0.120 0.208 0.459 0.355 1.254 nan 0.213 0.147 8903 chr5 51546429 51569647 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 254173 NR_147166 105378960 Hs.639310 NR_147166 ENSG00000248789 LINC02118 - long intergenic non-protein coding RNA 2118 ncRNA nan nan 0.691 0.067 0.174 6.129 0.182 4.795 9.118 0.008 0.040 0.040 0.019 0.013 0.786 2.775 0.099 0.111 0.047 0.032 0.019 0.011 0.856 0.799 2.260 0.033 0.022 0.010 0.071 0.232 0.067 0.143 0.149 0.826 0.031 0.047 0.534 0.052 0.112 0.066 0.109 0.016 0.016 0.007 0.160 0.020 0.067 0.103 0.049 0.037 0.027 0.043 2.775 0.044 0.044 2.260 0.032 0.004 0.013 0.017 0.035 0.014 0.004 0.175 0.020 0.032 0.013 0.182 0.086 0.300 0.270 7.200 8.296 nan 1.427 0.075 0.113 0.566 0.685 0.417 0.561 nan 0.392 0.100 0.104 2.374 2.750 0.511 1.452 4.987 2.169 1482 chr10 60934878 60940473 + 0 NA intron (NM_001143774, intron 1 of 4) intron (NM_001143774, intron 1 of 4) 448 NM_001143774 84457 Hs.499704 NM_032439 ENSG00000165443 PHYHIPL - phytanoyl-CoA 2-hydroxylase interacting protein like protein-coding 1.067 nan 0.700 0.078 3.423 2.097 0.038 2.685 5.134 0.136 0.113 0.033 0.134 0.663 2.104 2.036 0.835 0.030 0.018 0.067 0.339 0.049 2.119 1.082 2.953 0.012 0.013 0.080 0.025 0.019 0.130 0.446 0.180 8.296 0.026 0.039 1.664 0.098 0.086 0.021 3.405 0.049 0.042 0.120 0.072 0.407 0.502 0.057 0.011 2.036 0.075 0.050 2.953 0.022 0.029 0.017 0.083 1.365 0.042 0.018 1.805 0.006 0.021 0.009 6.852 8.320 0.586 0.727 6.976 5.794 7.631 3.052 0.274 0.454 4.393 5.636 3.866 6.124 4.004 5.147 0.032 0.165 9.324 8.127 8.864 7.190 2.221 1.381 885 chr1 173833237 173840280 + 0 NA promoter-TSS (NR_003942) promoter-TSS (NR_003942) 125 NR_002579 619498 NR_002579 SNORD74 SNORD74A|U74|Z18 small nucleolar RNA, C/D box 74 snoRNA nan nan nan 3.260 2.536 1.492 3.087 1.259 2.787 1.515 2.437 2.391 1.176 0.681 3.587 1.836 2.437 0.388 3.564 1.487 1.257 2.047 2.450 1.179 2.535 2.705 2.751 1.925 2.706 2.322 3.864 4.011 3.496 5.764 2.176 6.283 0.567 4.483 0.200 0.974 1.053 3.469 3.875 1.620 4.251 1.730 4.065 1.877 2.378 2.625 2.328 3.011 1.836 3.360 4.357 2.535 1.421 2.125 0.982 2.505 1.651 2.081 1.756 2.150 1.101 1.742 1.237 3.543 3.825 5.850 9.227 nan 3.876 5.363 2.371 6.797 6.772 3.258 4.413 6.085 6.278 4.634 5.167 3.398 5.884 2.837 2.812 10.012 nan 2.986 1.458 1412 chr10 29885637 29926445 + 0 NA intron (NM_001323600, intron 3 of 36) MER34A|LTR|ERV1 -14766 NR_030634 100126327 NR_030634 ENSG00000216035 MIR938 MIRN938|hsa-mir-938 microRNA 938 ncRNA 0.735 1.316 1.568 0.969 0.094 0.090 1.007 2.235 4.174 0.257 0.532 0.516 1.094 0.030 0.347 0.259 1.737 0.325 1.038 0.660 1.426 0.017 0.154 0.176 1.285 0.198 0.071 0.202 0.783 0.406 0.878 2.025 1.166 1.372 0.354 0.284 0.035 0.062 0.085 0.451 0.186 0.388 0.109 0.082 1.088 0.971 0.545 0.248 0.427 0.469 0.201 0.334 0.259 1.105 1.001 1.285 0.624 0.964 0.097 0.525 0.122 0.325 0.076 0.027 0.172 0.128 0.068 0.280 0.251 0.646 2.000 0.606 0.660 1.375 0.370 0.327 0.327 0.848 1.206 0.669 0.861 0.190 0.129 0.146 0.248 0.352 0.393 0.232 0.421 0.883 0.475 11985 chrX 131606427 131627356 + 0 NA intron (NM_001170704, intron 1 of 8) intron (NM_001170704, intron 1 of 8) 7105 NM_001170704 55796 Hs.105134 NM_018388 ENSG00000076770 MBNL3 CHCR|MBLX|MBLX39|MBXL muscleblind like splicing regulator 3 protein-coding 1.852 2.992 1.823 1.628 2.497 0.705 0.732 2.517 5.283 0.141 0.373 0.238 0.098 0.773 0.927 1.498 0.071 0.054 0.331 0.181 0.018 0.410 0.705 0.436 2.593 0.439 0.343 0.039 0.903 0.272 1.070 1.870 0.411 1.755 0.406 0.072 0.095 0.016 0.036 0.344 1.289 0.348 0.245 0.138 0.725 0.539 1.041 0.788 0.062 0.391 0.315 0.527 1.498 0.511 0.022 2.593 0.328 0.720 0.181 0.523 0.680 0.015 0.974 0.272 0.341 0.006 0.005 3.026 3.474 2.478 2.593 7.567 6.190 3.162 1.198 1.828 1.776 0.144 0.199 3.232 4.213 1.870 2.123 1.264 1.970 0.325 0.464 0.337 0.279 2.013 1.073 5075 chr17 79336742 79404136 + 0 NA Intergenic CpG -3082 NM_001291324 57597 Hs.514580 NM_024696 ENSG00000266074 BAHCC1 BAHD2 BAH domain and coiled-coil containing 1 protein-coding 1.692 2.888 2.147 0.378 1.627 2.550 1.606 1.028 1.858 0.422 2.931 1.184 0.273 1.493 2.345 2.950 2.049 0.426 1.691 0.833 2.260 1.185 0.293 0.169 2.336 2.189 2.842 0.751 0.999 0.616 3.143 5.971 1.448 4.784 1.108 1.762 0.285 1.130 0.102 1.080 0.769 1.982 1.183 0.591 1.428 0.679 0.951 2.025 2.913 2.817 0.615 0.459 2.950 2.049 1.228 2.336 0.249 1.185 0.400 1.913 2.631 0.875 1.030 0.115 1.953 0.583 0.398 3.626 3.980 1.955 3.199 4.254 3.385 2.044 0.708 1.738 1.813 nan 1.682 1.966 2.835 2.029 1.666 1.687 2.610 1.014 1.046 0.265 0.495 nan 0.710 228 chr1 32385835 32430268 + 0 NA Intergenic Intergenic -4063 NM_080391 8073 Hs.470477 NM_003479 ENSG00000184007 PTP4A2 HH13|HH7-2|HU-PP-1|OV-1|PRL-2|PRL2|PTP4A|PTPCAAX2|ptp-IV1a|ptp-IV1b protein tyrosine phosphatase type IVA, member 2 protein-coding 1.428 nan 1.189 2.444 0.888 0.368 1.560 0.213 0.492 1.107 2.264 2.209 1.598 0.297 0.376 0.526 0.672 0.205 1.309 0.767 0.622 0.412 0.499 0.417 0.847 2.276 2.230 2.053 1.345 0.991 0.840 1.987 1.096 1.232 0.395 4.578 0.086 1.361 0.160 0.404 0.283 5.753 1.190 0.549 1.749 0.534 4.737 2.431 3.733 2.728 0.909 1.608 0.526 0.979 1.816 0.847 0.922 1.300 0.162 4.033 0.661 1.110 0.210 0.238 0.714 0.319 0.258 0.745 0.964 1.695 1.682 0.873 1.096 nan 0.302 1.239 1.278 0.993 1.474 0.693 0.907 nan 0.641 0.510 0.831 0.286 0.395 0.929 1.512 0.683 nan 10684 chr7 135335747 135349563 + 0 NA Intergenic Intergenic -4566 NM_001130929 647087 Hs.200022 NM_001130929 ENSG00000243317 STMP1 C7orf73|PL-5283 short transmembrane mitochondrial protein 1 protein-coding nan nan nan 0.835 1.194 0.327 0.733 0.506 1.215 0.305 1.058 1.071 0.143 0.332 1.069 1.331 0.897 0.279 0.973 0.467 0.530 0.281 1.221 0.633 2.217 0.513 0.617 0.479 1.350 0.267 0.465 0.870 1.135 1.461 0.275 1.173 0.206 1.082 0.111 0.392 0.404 0.914 0.592 0.253 0.603 0.362 1.168 1.418 0.911 0.997 0.446 0.648 1.331 1.084 0.814 2.217 0.367 0.528 0.274 1.442 1.033 0.961 0.398 0.505 0.441 0.300 0.122 1.926 1.759 1.458 2.121 1.662 1.493 9.107 3.734 1.621 1.700 1.284 nan 2.100 2.317 nan 1.691 1.094 1.827 1.464 1.480 1.279 2.205 3.239 nan 3783 chr14 95909108 95945434 + 0 NA intron (NM_152592, intron 3 of 16) intron (NM_152592, intron 3 of 16) 14902 NM_152592 161176 Hs.41502 NM_024633 ENSG00000176438 SYNE3 C14orf139|C14orf49|KASH3|LINC00341|NCRNA00341|NET53|Nesp3 spectrin repeat containing nuclear envelope family member 3 protein-coding 1.107 1.219 nan 0.116 3.462 2.696 0.234 0.856 1.661 0.013 0.081 0.133 0.021 0.486 0.382 0.769 0.212 0.116 0.058 0.042 0.052 0.019 0.334 0.293 2.668 0.300 0.117 0.026 0.105 0.061 0.082 0.238 0.177 4.439 0.008 0.082 0.120 0.072 0.099 0.141 0.094 0.101 0.041 0.040 0.024 0.116 0.212 0.250 0.347 0.270 0.041 0.211 0.769 0.045 0.069 2.668 0.087 0.064 0.125 0.079 0.190 0.137 0.496 0.082 0.109 0.029 0.034 1.019 1.398 0.215 0.271 3.731 3.996 2.345 0.618 0.681 0.670 0.347 0.710 2.054 1.617 0.600 0.448 0.708 0.897 0.682 0.767 0.325 0.500 nan 0.857 7772 chr3 116086225 116099058 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 1 of 8) intron (NM_001318915, intron 1 of 8) 13770 NR_109998 101926903 Hs.26479 NR_109998 ENSG00000240922 LSAMP-AS1 - LSAMP antisense RNA 1 ncRNA 1.135 nan 0.677 0.060 0.055 0.043 0.022 0.276 0.482 0.063 0.029 0.024 0.055 0.076 0.240 0.104 0.101 0.033 0.020 0.033 0.441 0.342 0.159 0.022 0.091 0.008 0.031 0.083 0.005 0.120 0.034 0.025 0.067 0.144 0.066 0.123 0.065 0.009 0.006 0.017 0.035 0.047 0.025 0.017 0.006 0.016 0.240 0.029 0.028 0.159 0.019 0.026 0.126 0.013 0.016 0.031 0.044 0.212 0.004 0.008 0.251 0.201 0.266 0.343 0.252 nan 0.369 0.231 0.281 0.311 nan 4.812 0.228 0.221 0.890 0.609 0.087 0.180 0.245 0.255 0.313 0.434 0.759 0.482 10824 chr8 17267367 17273511 + 0 NA intron (NM_004686, intron 1 of 13) intron (NM_004686, intron 1 of 13) 601 NM_004686 9108 Hs.625674 NM_004686 ENSG00000003987 MTMR7 - myotubularin related protein 7 protein-coding 1.442 2.209 nan 0.046 2.897 2.190 0.081 3.175 6.132 0.176 0.045 0.040 0.095 1.579 1.463 0.049 0.105 0.086 0.031 0.020 0.022 2.636 1.480 6.519 0.048 0.087 0.157 0.321 0.046 1.794 0.168 1.378 0.070 0.126 0.008 1.939 0.158 0.059 0.013 0.047 0.025 0.108 0.163 0.066 0.081 0.068 0.043 1.463 0.141 0.005 6.519 0.031 0.067 0.440 0.218 3.256 0.013 3.743 5.460 6.683 0.323 0.229 14.697 13.412 7.966 3.018 8.271 8.635 0.396 0.693 4.986 6.233 3.654 4.199 4.110 5.881 5.566 4.569 0.804 1.301 3.885 1.857 829 chr1 162598668 162608741 + 0 NA intron (NM_001014796, intron 1 of 18) MIRb|SINE|MIR 1533 NM_001014796 4921 Hs.275757 NM_006182 ENSG00000162733 DDR2 MIG20a|NTRKR3|TKT|TYRO10 discoidin domain receptor tyrosine kinase 2 protein-coding 1.385 nan 1.311 0.115 0.081 0.023 0.172 0.144 0.353 0.028 0.100 2.536 0.128 0.278 0.266 4.760 0.336 0.136 0.019 0.037 0.068 0.140 0.224 0.237 0.089 0.050 0.116 0.075 0.052 0.080 0.176 0.113 0.306 0.014 0.074 0.019 0.095 0.094 0.118 0.095 0.076 0.054 0.008 0.055 0.046 0.096 0.070 0.057 0.095 0.079 0.130 0.266 0.101 0.064 0.237 0.036 0.075 0.067 0.068 0.010 0.155 0.167 2.145 0.037 0.044 0.025 0.444 0.261 0.321 0.664 0.404 nan 0.229 0.108 0.200 0.131 4.752 5.704 0.343 nan 0.423 0.223 0.332 0.497 0.348 0.347 0.647 1.786 0.724 0.582 11607 chr9 84235254 84246140 + 0 NA intron (NM_005077, intron 8 of 19) intron (NM_005077, intron 8 of 19) 63753 NM_001303104 7088 Hs.197320 NM_005077 ENSG00000196781 TLE1 ESG|ESG1|GRG1 transducin like enhancer of split 1 protein-coding 0.895 1.015 1.245 0.133 0.516 0.036 0.855 0.502 1.280 0.008 0.259 0.144 0.035 0.037 0.195 0.923 0.144 0.045 0.205 0.262 0.029 0.039 0.560 0.435 0.366 0.177 0.060 0.076 0.282 0.280 0.171 0.390 0.122 0.289 0.402 0.060 0.830 0.061 0.089 0.277 0.161 0.061 0.029 0.071 0.134 0.413 0.166 0.217 0.244 0.189 0.464 0.923 0.230 0.136 0.366 0.061 0.145 0.204 0.090 0.127 0.227 0.337 0.079 0.154 0.058 0.024 0.174 0.323 1.315 1.778 0.554 0.591 0.476 0.206 0.270 0.196 0.449 0.561 0.507 0.560 0.222 0.107 0.385 0.664 2.954 4.959 0.329 0.590 1.878 0.934 9502 chr6 22826127 22830000 + 0 NA Intergenic Intergenic -109910 NR_134613 105374972 Hs.484889 NR_134613 LOC105374972 - uncharacterized LOC105374972 ncRNA 1.366 1.285 nan 7.769 0.823 0.488 0.544 0.133 0.392 0.198 0.746 3.072 7.058 0.573 0.096 1.420 2.268 0.380 2.754 1.463 4.930 0.036 0.473 0.128 0.872 2.740 1.770 0.056 2.795 3.199 5.277 4.438 6.524 nan 1.605 0.345 0.268 5.906 0.157 0.496 0.134 1.575 0.950 0.443 3.543 2.292 2.517 2.372 0.357 0.279 1.465 1.619 1.420 2.104 0.318 0.872 1.424 1.519 0.225 0.487 0.658 0.359 0.192 1.588 0.535 0.458 0.553 0.520 3.270 10.832 0.960 1.131 nan 0.255 0.656 0.759 0.820 1.222 1.769 1.357 1.129 0.432 0.450 1.186 1.378 2.207 0.515 1.703 0.892 0.519 1521 chr10 73883695 73910589 + 0 NA intron (NM_001198798, intron 7 of 9) AluSx3|SINE|Alu -48352 NM_001134434 9806 Hs.523009 NM_014767 ENSG00000107742 SPOCK2 testican-2 SPARC (osteonectin), cwcv and kazal like domains proteoglycan 2 protein-coding 0.701 nan 0.700 0.222 0.084 0.052 0.302 0.161 0.312 0.099 0.234 0.182 0.030 0.041 0.066 0.090 0.164 0.089 0.133 0.032 2.076 0.036 0.070 0.086 0.107 0.084 0.030 0.285 0.162 0.106 0.111 0.333 0.068 0.208 0.038 1.591 0.020 0.145 0.093 0.040 0.068 0.124 0.036 0.040 0.069 0.063 0.326 0.078 0.716 0.102 0.111 0.193 0.090 0.149 0.174 0.107 0.107 0.582 0.025 0.466 0.015 0.097 0.033 0.092 0.068 0.066 0.047 0.356 0.353 0.254 0.433 0.316 0.375 0.516 0.218 0.215 0.274 0.294 0.475 0.467 nan 0.285 0.161 0.186 0.237 0.098 0.142 0.262 nan 0.410 0.338 5029 chr17 76063633 76069769 + 0 NA intron (NM_018996, intron 6 of 20) intron (NM_018996, intron 6 of 20) 41179 NR_040071 100131096 Hs.635442 NR_040071 ENSG00000204282 TNRC6C-AS1 - TNRC6C antisense RNA 1 ncRNA 1.057 1.002 0.904 0.011 0.117 0.045 0.092 0.262 0.506 0.127 0.104 0.031 0.049 0.127 0.334 0.186 0.116 0.111 0.061 0.021 0.023 0.050 0.137 0.150 0.033 0.012 0.025 0.112 0.034 0.144 0.256 0.161 0.483 0.072 0.113 0.031 0.077 0.158 0.142 0.180 0.010 0.013 0.020 0.074 0.078 0.222 0.172 0.107 0.121 0.077 0.334 0.097 0.045 0.150 0.059 0.067 0.031 0.028 5.353 0.025 0.129 0.200 0.074 0.037 0.008 0.523 0.733 0.275 0.490 0.491 0.661 0.475 0.244 0.369 0.340 nan 1.014 0.400 0.452 1.071 0.553 0.517 0.754 0.039 0.148 0.401 1.091 nan 0.399 1862 chr11 27945667 27959403 + 0 NA Intergenic MER41-int|LTR|ERV1 -125827 NR_030341 693195 NR_030341 ENSG00000207874 MIR610 MIRN610|hsa-mir-610 microRNA 610 ncRNA 0.781 0.836 0.745 0.881 0.077 0.012 4.543 0.105 0.198 0.363 0.247 1.449 0.416 0.044 0.091 0.159 0.157 0.128 3.628 1.134 0.110 0.010 0.034 0.097 0.059 0.619 0.268 1.145 0.351 2.266 0.873 1.268 0.515 0.380 0.787 0.157 0.007 0.024 0.106 1.687 0.040 1.295 1.606 0.793 0.159 1.666 0.157 4.983 0.196 1.675 0.109 0.186 0.159 2.057 1.446 0.059 0.604 0.088 0.007 0.428 0.037 2.212 0.029 0.199 2.303 1.406 1.279 0.437 0.223 0.215 0.529 0.226 0.275 0.119 0.099 0.280 0.227 0.351 0.654 0.094 0.125 0.348 0.140 0.166 0.181 0.065 0.103 0.436 1.073 0.365 0.368 2352 chr11 126973474 126978702 + 0 NA Intergenic Intergenic 39191 NR_120578 101929473 Hs.737523 NR_120578 ENSG00000255087 LOC101929473 - uncharacterized LOC101929473 ncRNA 1.057 4.185 2.174 0.111 4.658 6.778 0.057 4.803 9.608 0.017 0.068 0.038 6.097 7.088 0.005 0.031 0.021 0.037 0.536 0.289 8.867 0.105 0.013 0.028 0.067 0.040 0.075 0.076 0.082 11.739 0.029 0.052 1.729 0.085 0.085 0.023 1.441 0.163 0.057 0.021 0.112 0.096 0.036 0.016 0.038 7.088 0.082 0.071 8.867 0.031 0.596 0.031 4.265 0.322 0.058 0.011 0.010 1.776 2.300 0.157 0.390 13.047 12.102 9.861 2.432 0.158 0.116 0.184 0.353 10.526 10.076 3.319 3.350 2.420 4.241 6.284 4.672 0.378 nan 4.265 2.472 5420 chr18 68513020 68520371 + 0 NA Intergenic Intergenic -198602 NM_001278515 220158 Hs.448217 NM_178506 GTSCR1 - Gilles de la Tourette syndrome chromosome region, candidate 1 protein-coding 0.484 0.663 0.606 0.030 0.286 0.083 0.019 0.088 0.292 0.074 0.026 0.027 0.084 0.327 0.031 0.110 0.044 0.026 0.427 0.256 2.689 0.028 0.030 0.030 0.045 0.015 0.044 0.027 0.057 0.292 0.029 0.025 0.123 0.011 0.025 0.008 0.011 0.030 0.010 0.052 0.040 0.011 0.019 0.018 0.327 0.020 0.013 2.689 0.022 0.047 0.097 0.050 0.067 0.016 0.014 0.320 0.146 0.232 0.312 1.203 0.963 0.552 0.146 0.466 nan 0.093 nan 0.411 0.495 0.261 0.108 0.119 0.157 0.160 0.240 0.160 0.223 5.426 2.676 9383 chr6 1669351 1694988 + 0 NA intron (NM_001500, intron 9 of 10) AluJo|SINE|Alu 71488 NM_001453 2296 Hs.348883 NM_001453 ENSG00000054598 FOXC1 ARA|ASGD3|FKHL7|FREAC-3|FREAC3|IGDA|IHG1|IRID1|RIEG3 forkhead box C1 protein-coding 1.009 0.957 1.463 0.216 0.846 0.055 0.541 0.366 0.565 0.052 0.045 0.196 0.777 0.109 0.106 0.329 1.044 0.164 0.215 0.037 0.037 0.038 0.365 0.178 0.319 0.362 0.173 0.032 0.210 0.119 1.328 3.225 2.072 0.219 0.436 0.072 0.018 0.063 0.114 0.055 0.136 0.140 0.021 0.012 0.158 0.137 0.300 0.192 0.092 0.080 0.037 0.112 0.329 0.342 0.072 0.319 0.143 0.279 0.170 0.184 0.435 0.290 0.078 0.077 0.098 0.016 0.010 0.473 0.342 2.062 4.421 0.521 0.485 0.330 0.177 0.455 0.427 0.675 1.062 0.513 0.805 0.470 0.332 0.207 0.301 0.223 0.245 0.258 0.383 1.056 0.597 9047 chr5 87834087 87855918 + 0 NA intron (NR_152235, intron 2 of 3) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -110095 NR_105021 102546226 Hs.535810 NR_105021 ENSG00000250156 LINC02060 - long intergenic non-protein coding RNA 2060 ncRNA 0.911 1.339 0.798 0.087 0.077 0.010 0.029 0.088 0.184 0.009 0.103 0.055 0.014 0.019 0.086 0.071 0.107 0.147 0.067 0.002 0.028 0.032 0.065 0.091 0.016 0.013 0.017 0.003 0.072 0.005 0.082 0.109 0.075 0.273 0.027 0.058 3.653 0.055 0.120 0.016 0.059 0.031 0.003 0.015 0.010 0.088 0.037 0.030 0.042 0.025 0.028 0.071 0.032 0.027 0.016 0.062 0.012 0.009 0.016 0.070 0.015 0.269 0.097 0.014 0.021 0.007 0.656 0.658 2.455 1.620 0.178 0.196 0.100 0.077 0.153 0.151 0.997 1.009 0.181 0.214 0.472 0.242 0.267 0.676 10.847 15.671 0.232 nan 0.326 0.264 1082 chr1 208400818 208418932 + 0 NA intron (NM_025179, intron 1 of 31) intron (NM_025179, intron 1 of 31) 7790 NM_025179 5362 Hs.497626 NM_025179 ENSG00000076356 PLXNA2 OCT|PLXN2 plexin A2 protein-coding 1.437 3.282 0.998 0.111 3.498 3.941 0.884 2.361 4.858 0.194 0.538 0.257 0.137 1.008 1.463 1.477 1.263 0.274 0.055 0.021 0.020 0.766 0.482 4.022 2.202 1.288 0.044 0.538 0.710 0.636 1.606 1.927 6.168 0.056 1.009 0.259 0.083 0.080 0.515 1.143 1.039 0.324 0.292 0.589 0.452 0.771 0.409 1.032 0.035 0.438 1.025 1.477 0.073 0.261 4.022 0.371 0.452 0.131 0.178 0.635 0.329 0.770 0.122 0.580 0.051 0.011 1.597 2.476 0.837 1.346 3.991 3.378 3.631 0.968 nan nan 0.865 1.581 3.328 3.813 0.547 0.392 0.721 1.044 1.006 0.859 0.407 0.949 1.746 0.993 121 chr1 17503109 17579041 + 0 NA intron (NM_013358, intron 1 of 15) intron (NM_013358, intron 1 of 15) 9454 NM_013358 29943 Hs.412941 NM_013358 ENSG00000142623 PADI1 HPAD10|PAD1|PDI|PDI1 peptidyl arginine deiminase 1 protein-coding 0.893 1.440 nan 2.487 0.056 0.085 1.933 0.148 0.237 1.294 0.462 0.787 0.026 0.068 0.093 0.333 0.244 0.079 1.461 0.924 0.994 0.024 0.101 0.121 0.024 1.547 1.097 0.220 0.935 0.968 1.851 5.288 0.940 0.491 1.795 0.077 0.034 0.083 0.104 0.475 0.033 1.009 0.942 0.512 1.296 1.033 1.567 2.607 0.456 0.302 1.333 1.321 0.333 1.614 0.096 0.024 0.703 1.028 0.156 0.356 0.058 0.723 0.131 0.041 1.249 1.109 1.141 0.310 0.410 0.216 0.381 0.503 0.522 1.106 0.273 0.231 nan 0.173 nan 0.328 0.617 nan 0.240 0.293 0.422 0.161 0.351 0.148 0.248 0.481 0.485 1066 chr1 206276764 206296195 + 0 NA intron (NM_001007544, intron 1 of 5) Harlequin-int|LTR|ERV1 2168 NM_001007544 440712 Hs.662248 NM_001007544 ENSG00000263961 RHEX C1orf186 regulator of hemoglobinization and erythroid cell expansion protein-coding 0.832 1.261 1.029 6.982 0.113 0.057 0.105 0.248 0.379 0.056 0.152 0.109 0.045 0.031 0.228 0.229 0.182 0.133 0.233 0.176 0.055 0.078 0.129 0.217 0.136 0.638 0.332 0.056 0.113 0.141 0.079 0.443 0.157 0.349 0.056 0.113 0.030 0.088 0.143 0.012 0.070 0.093 0.050 0.044 1.403 0.152 0.054 0.307 0.214 0.069 0.043 0.089 0.229 0.219 0.026 0.136 0.026 0.068 0.065 0.073 0.047 0.033 0.031 0.102 0.059 0.024 0.021 0.334 0.269 0.388 0.646 0.405 0.487 0.371 0.235 nan nan 0.242 0.399 0.437 0.573 0.456 0.170 0.105 0.141 0.109 0.138 0.176 0.315 0.527 0.514 9179 chr5 133351785 133375232 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -22684 NM_003374 7416 Hs.519320 NM_003374 ENSG00000213585 VDAC1 PORIN|VDAC-1 voltage dependent anion channel 1 protein-coding 0.795 0.626 nan 0.153 0.079 0.024 0.275 0.150 0.222 0.172 0.294 0.777 0.267 0.064 0.046 0.033 0.086 0.144 0.137 0.073 0.054 0.029 0.085 0.081 0.119 0.372 0.164 0.069 0.093 0.153 0.199 1.065 0.494 0.303 0.136 0.125 0.029 0.079 0.120 0.035 0.040 0.264 0.173 0.163 0.247 0.120 4.147 0.294 0.572 0.170 0.087 0.553 0.033 0.114 0.083 0.119 0.553 0.751 0.112 0.215 0.043 0.222 0.055 0.192 0.097 0.157 0.056 0.326 0.316 0.444 1.602 0.301 0.362 0.420 0.100 0.456 0.478 0.437 0.795 0.345 0.342 0.675 0.290 0.234 0.307 0.187 0.215 0.378 0.759 0.293 0.385 487 chr1 85738835 85746125 + 0 NA non-coding (NR_045484, exon 1 of 2) non-coding (NR_045484, exon 1 of 2) 107 NM_003921 8915 Hs.193516 NM_003921 ENSG00000142867 BCL10 CARMEN|CIPER|CLAP|IMD37|c-E10|mE10 B cell CLL/lymphoma 10 protein-coding 3.103 nan nan 3.315 2.093 1.440 3.138 0.939 2.329 0.815 3.651 2.384 1.199 1.355 1.201 1.436 1.935 0.345 4.894 2.496 1.028 0.670 0.577 0.245 1.557 2.491 2.927 1.058 5.882 2.707 3.287 5.209 1.807 4.960 1.839 0.933 0.144 2.426 0.159 1.335 0.969 3.766 1.781 0.730 4.257 4.315 3.602 2.413 1.820 3.651 1.374 3.614 1.436 7.456 5.805 1.557 0.722 0.861 0.508 2.057 0.989 1.899 1.018 0.594 1.833 1.264 1.054 1.562 2.530 2.542 4.837 3.392 2.816 4.643 1.935 5.325 6.112 2.499 3.185 5.929 7.828 2.116 2.363 1.241 2.210 1.158 0.996 1.344 2.881 1.885 0.784 3175 chr13 53310621 53338450 + 0 NA Intergenic Intergenic -10588 NM_001011705 11061 Hs.421391 NM_007015 ENSG00000136110 CNMD BRICD3|CHM-I|CHM1|LECT1|MYETS1 chondromodulin protein-coding 0.902 nan nan 0.081 0.095 1.190 0.033 0.057 0.225 0.010 0.059 0.027 0.044 0.051 0.517 0.161 0.062 0.058 0.034 0.027 0.012 0.010 0.271 0.162 0.320 0.013 0.018 0.024 0.027 0.008 0.102 0.323 0.046 0.706 0.051 0.206 0.039 0.078 0.021 0.125 0.189 0.034 0.025 0.024 0.044 0.045 0.136 0.047 0.031 0.054 0.033 0.161 0.065 0.020 0.320 0.021 0.047 0.123 0.042 0.175 0.020 0.183 0.483 0.008 0.017 0.020 0.950 0.502 0.459 0.441 0.562 0.701 6.213 1.777 0.115 0.145 0.545 0.987 0.666 0.652 1.061 0.997 0.482 0.689 1.156 0.928 1.019 nan 0.703 0.390 10514 chr7 95114187 95134849 + 0 NA intron (NM_145872, intron 1 of 2) L4|LINE|RTE 9305 NM_145872 51666 Hs.602765 NM_016116 ENSG00000005981 ASB4 ASB-4 ankyrin repeat and SOCS box containing 4 protein-coding nan 0.688 nan 0.059 0.097 0.022 0.761 0.315 0.607 0.051 0.239 0.249 0.227 0.088 0.126 0.229 0.105 0.163 1.471 0.858 1.167 0.527 0.160 0.224 1.242 0.027 0.018 0.015 0.530 0.526 1.545 4.494 1.310 0.364 1.179 0.684 0.041 0.062 0.164 0.497 0.069 0.147 0.026 0.019 0.131 0.628 0.112 0.285 0.768 0.079 2.406 0.151 0.229 0.903 0.183 1.242 0.283 0.168 0.023 0.819 0.383 1.192 0.109 0.072 0.709 8.353 9.759 0.362 0.231 0.239 0.430 0.554 0.708 0.770 0.343 0.325 0.349 0.267 0.391 0.290 0.307 2.143 2.240 0.280 0.410 0.158 0.133 0.445 nan 0.876 0.769 4819 chr17 44655185 44672106 + 0 NA Intergenic Intergenic -4390 NM_006178 4905 Hs.431279 NM_006178 ENSG00000073969 NSF SEC18|SKD2 N-ethylmaleimide sensitive factor, vesicle fusing ATPase protein-coding 3.231 2.741 nan 2.379 1.506 0.859 2.613 2.150 4.153 2.003 1.426 1.766 1.048 0.449 2.979 1.028 0.468 0.243 0.946 0.447 0.599 0.451 1.612 0.892 3.110 1.280 1.457 0.845 0.706 0.663 2.111 nan 1.196 3.799 0.760 1.965 1.276 0.944 0.111 0.390 0.764 2.298 0.694 0.336 1.047 0.567 3.954 0.986 1.454 2.887 1.166 2.392 1.028 0.981 1.186 3.110 2.046 1.473 0.500 2.451 2.178 0.533 1.052 1.186 0.667 0.739 0.434 1.741 1.543 2.679 3.250 1.537 nan 2.880 0.839 12.840 12.884 1.807 2.481 2.321 nan 3.657 3.391 1.647 2.638 4.020 5.467 3.314 4.392 3.156 1.658 3604 chr14 60739095 60745813 + 0 NA intron (NM_177951, intron 2 of 3) AluJr|SINE|Alu 26488 NM_021003 5494 Hs.130036 NM_021003 ENSG00000100614 PPM1A PP2C-ALPHA|PP2CA|PP2Calpha protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1A protein-coding nan nan 0.735 0.160 0.197 0.041 0.053 0.144 0.390 0.014 0.105 0.149 6.823 0.031 0.184 0.132 0.234 0.025 0.172 0.056 0.047 0.122 0.107 0.041 0.017 0.001 0.103 0.192 0.202 1.217 0.476 0.022 0.096 0.028 0.177 0.122 0.053 0.060 0.041 0.008 0.058 0.049 0.027 0.200 0.081 0.097 0.060 0.047 0.146 0.132 0.107 0.068 0.107 0.088 0.085 0.015 0.035 0.046 0.188 0.249 0.197 0.105 0.017 0.007 0.367 0.320 0.658 1.116 0.316 0.384 0.380 0.199 nan 0.716 0.566 0.681 0.494 nan 0.625 0.256 0.364 0.583 0.193 0.262 0.229 1.038 0.261 0.309 11039 chr8 71313494 71317374 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321713) promoter-TSS (NM_001321713) 56 NM_001321712 10499 Hs.446678 NM_006540 ENSG00000140396 NCOA2 GRIP1|KAT13C|NCoA-2|SRC2|TIF2|bHLHe75 nuclear receptor coactivator 2 protein-coding 9.742 3.588 5.589 3.325 7.252 4.215 3.595 3.188 6.341 3.936 5.265 3.011 4.206 4.765 9.386 5.366 5.033 0.620 6.706 1.712 7.381 5.508 3.659 1.581 9.309 2.866 4.216 4.278 6.778 1.066 9.216 11.190 9.503 20.045 1.843 2.971 4.291 6.069 0.138 1.941 6.896 6.078 7.906 3.763 2.161 1.916 2.859 6.282 11.082 16.917 4.858 7.761 5.366 6.195 5.295 9.309 2.681 2.500 0.706 4.083 6.561 2.863 3.952 2.957 2.768 3.428 2.085 3.117 7.213 4.382 6.188 15.582 12.204 7.144 2.997 12.380 11.956 4.634 5.722 5.676 7.519 3.710 5.119 3.182 9.752 8.300 6.295 4.995 7.334 5.263 2.581 3081 chr13 22649048 22660378 + 0 NA Intergenic Intergenic -129711 NR_103810 100506622 Hs.255773 NR_103810 ENSG00000276476 LINC00540 - long intergenic non-protein coding RNA 540 ncRNA 0.639 0.825 0.615 0.049 0.784 2.081 0.038 0.335 0.584 0.063 0.024 0.005 0.026 0.282 0.193 0.158 0.135 0.057 0.034 0.025 0.279 0.145 1.966 0.006 0.036 0.019 0.071 0.215 0.025 0.858 0.013 0.053 0.234 0.209 0.073 0.314 0.054 0.021 0.028 0.020 0.035 0.035 0.080 0.029 0.052 0.007 0.006 0.193 0.066 0.017 1.966 0.054 0.057 0.026 0.887 0.021 0.166 0.009 0.020 0.004 0.508 0.442 0.235 nan 1.809 1.410 0.091 0.037 0.122 0.140 0.368 0.507 2.603 1.171 0.368 0.160 0.242 0.502 0.819 0.491 0.153 0.216 5.543 2.525 11406 chr9 1791878 1799111 + 0 NA Intergenic Intergenic -219725 NM_001289397 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 0.882 1.669 0.735 0.030 0.073 0.036 0.078 0.111 0.349 0.013 0.008 0.012 0.009 3.595 0.316 0.124 0.068 0.044 0.088 0.080 0.116 0.010 0.010 0.029 0.033 0.047 0.029 0.273 0.030 0.015 0.109 0.025 0.025 0.033 0.031 0.055 0.045 0.010 0.011 0.036 0.316 0.030 0.025 0.116 0.034 0.023 0.174 0.028 0.408 0.018 0.016 0.014 2.120 1.135 10.846 0.914 0.268 0.538 0.186 0.091 6.178 6.101 2.694 3.826 0.154 0.176 3.712 3.327 0.264 1.594 0.067 0.056 0.043 nan 0.705 0.895 4792 chr17 41515612 41536852 + 0 NA intron (NR_146952, intron 1 of 1) intron (NR_146952, intron 1 of 1) 4058 NR_031751 100313779 NR_031751 ENSG00000284344 MIR2117 - microRNA 2117 ncRNA 1.760 2.761 nan 0.148 0.248 0.044 0.808 0.279 0.604 0.829 0.355 0.308 0.059 0.052 0.235 0.463 0.216 0.157 0.373 0.170 0.059 0.052 0.198 0.182 0.120 0.665 0.334 0.063 0.151 0.148 1.483 nan 0.349 0.410 0.468 2.284 1.068 0.107 0.095 0.038 0.184 0.662 0.037 0.057 0.098 0.540 0.168 0.279 3.044 0.090 0.326 1.112 0.463 0.764 0.109 0.120 0.737 0.396 0.580 0.150 0.086 0.413 0.107 0.951 0.119 0.136 0.150 0.309 0.298 0.202 0.322 0.334 nan 0.276 0.121 0.454 0.483 1.021 1.386 0.217 nan 1.749 1.402 0.269 0.253 2.680 2.713 0.623 2.838 1.006 0.628 3099 chr13 27578404 27592224 + 0 NA Intergenic Intergenic -114356 NR_046547 100874070 Hs.524923 NR_046547 USP12-AS1 - USP12 antisense RNA 1 ncRNA 1.017 0.886 1.401 0.083 0.814 0.486 0.505 0.147 0.205 0.014 0.188 0.133 0.018 0.305 0.845 0.381 0.109 0.128 0.245 0.203 0.028 0.014 0.149 0.209 1.387 0.227 0.109 0.158 0.074 0.122 0.110 0.464 0.087 1.061 0.202 0.250 0.034 0.039 0.062 0.162 0.249 0.093 0.144 0.117 0.228 0.084 0.174 0.224 0.577 0.023 0.195 0.143 0.381 0.088 0.418 1.387 0.071 0.240 0.302 0.164 0.919 0.479 0.523 0.204 0.137 0.021 0.011 1.540 2.910 0.235 nan 3.322 2.653 2.767 0.731 0.191 0.187 0.970 1.331 2.599 3.061 5.211 6.069 0.627 1.105 0.194 0.099 0.401 0.663 1.050 0.653 6751 chr2 237720024 237738140 + 0 NA Intergenic MamGypLTR2b|LTR|Gypsy 235728 NR_135202 93463 Hs.652810 NR_135202 ENSG00000124835 LOC93463 - uncharacterized LOC93463 ncRNA 1.156 nan 2.961 0.060 0.851 6.996 0.243 0.134 0.374 0.021 0.145 0.206 0.014 0.044 0.119 0.255 0.046 0.035 0.046 0.021 0.017 0.015 0.061 0.054 0.313 0.192 0.056 0.004 0.090 0.148 1.331 0.756 2.854 0.129 0.086 0.026 0.042 0.097 0.006 0.077 0.072 0.036 0.026 0.042 0.089 0.272 0.133 0.115 0.040 0.226 0.529 0.255 0.021 0.046 0.313 0.096 0.436 0.150 0.045 0.469 0.105 0.290 0.028 0.080 0.016 0.006 0.924 0.924 0.184 0.773 0.918 0.994 0.157 0.086 0.509 0.541 0.646 0.977 1.080 nan 1.115 0.736 0.347 0.571 0.082 0.162 0.279 0.361 0.170 0.209 5115 chr18 3024823 3063577 + 0 NA Intergenic MER2|DNA|TcMar-Tigger -32255 NM_014646 9663 Hs.132342 NM_014646 ENSG00000101577 LPIN2 - lipin 2 protein-coding 1.089 1.466 1.085 0.233 0.360 0.305 1.002 0.278 0.440 0.124 0.128 0.085 0.171 0.334 0.227 0.096 0.178 0.186 0.791 0.381 0.050 0.014 0.122 0.136 0.702 0.640 0.391 0.085 0.379 0.387 2.027 4.628 1.806 nan 0.532 0.124 0.037 0.101 0.116 0.197 0.049 0.213 0.080 0.052 0.482 0.473 0.443 0.231 0.811 0.229 0.102 1.046 0.096 1.088 0.191 0.702 0.383 0.425 0.045 0.189 0.345 0.172 0.039 0.507 0.028 0.016 0.009 0.462 0.399 0.644 0.774 0.635 0.723 nan 0.469 0.308 0.300 0.261 nan 0.905 0.797 nan 0.194 0.145 0.198 0.237 0.267 0.635 nan nan 0.750 3634 chr14 65005636 65019444 + 0 NA Intergenic Intergenic -4080 NM_172365 145376 Hs.144696 NM_172365 ENSG00000165807 PPP1R36 C14orf50 protein phosphatase 1 regulatory subunit 36 protein-coding nan nan 7.864 1.137 2.478 0.745 0.650 1.327 2.424 0.552 0.578 0.798 0.801 0.482 1.455 0.567 0.434 0.260 0.422 0.252 0.767 0.041 0.611 0.438 1.890 1.058 1.212 0.462 1.727 0.689 0.680 2.212 1.118 1.455 0.582 0.463 1.282 1.255 0.194 0.256 2.706 1.024 0.780 0.447 0.622 0.326 1.118 1.352 1.442 1.071 0.652 1.143 0.567 0.625 0.382 1.890 0.330 0.732 0.971 1.992 1.344 1.751 0.631 0.195 1.006 0.362 0.203 1.211 1.170 0.331 0.344 2.886 2.409 2.616 0.669 nan 5.229 0.397 0.695 4.121 nan 2.949 2.497 0.993 1.133 5.039 5.621 0.332 0.788 2.611 1.366 3760 chr14 91575353 91586916 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286471) promoter-TSS (NM_001286471) 90 NM_001286471 80017 Hs.309849 NM_024952 ENSG00000133943 DGLUCY C14orf159 D-glutamate cyclase protein-coding 2.699 1.979 nan 1.648 1.870 2.818 1.498 0.850 1.440 0.394 1.037 1.379 4.228 0.034 2.469 2.429 1.789 0.360 0.159 0.116 0.082 0.265 0.095 0.120 0.942 3.482 3.290 0.401 1.532 0.872 0.323 2.313 2.150 1.594 1.442 0.564 1.331 1.307 0.139 1.043 4.401 0.072 1.371 0.692 1.238 1.482 0.375 1.814 0.901 2.993 1.684 2.731 2.429 0.267 2.470 0.942 1.130 0.651 0.590 0.262 0.395 1.293 0.884 0.566 2.769 0.771 0.585 1.147 1.799 2.562 3.904 1.755 1.957 3.683 0.955 1.437 1.614 2.495 3.067 2.070 2.836 2.554 3.336 1.171 1.489 4.128 4.763 0.903 1.346 nan 1.556 9539 chr6 28907112 28922581 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 3285 NR_103538 729583 Hs.453549 NR_103538 LINC01556 C6orf100|dJ25J6.5 long intergenic non-protein coding RNA 1556 ncRNA 1.810 1.226 nan 1.075 0.728 0.816 2.959 0.300 0.702 0.222 1.399 0.786 0.855 0.254 0.650 0.566 0.551 0.105 2.598 1.114 1.538 0.547 0.534 0.277 0.830 1.754 1.071 0.186 1.009 0.851 2.744 4.053 1.310 nan 1.233 0.686 0.118 1.725 0.132 0.441 0.195 1.429 0.609 0.320 1.178 0.627 2.220 0.310 1.810 3.604 1.041 1.585 0.566 1.877 5.355 0.830 0.569 0.589 0.113 1.804 0.772 0.770 0.307 0.368 0.237 0.086 0.039 0.391 0.518 0.200 nan 0.424 0.328 nan 0.682 1.379 1.539 1.088 1.433 1.230 1.283 1.880 1.261 0.566 0.966 0.993 1.287 0.862 2.307 1.001 0.551 2278 chr11 115110096 115141737 + 0 NA intron (NM_001098517, intron 1 of 8) intron (NM_001098517, intron 1 of 8) -78380 NR_135108 105369509 Hs.736064 NR_135108 LOC105369509 - uncharacterized LOC105369509 ncRNA 0.904 1.164 0.782 0.029 0.754 0.186 0.047 1.838 3.509 0.015 0.111 0.040 2.132 0.041 1.539 0.436 0.047 0.051 0.036 0.006 0.070 0.018 1.355 0.906 1.715 0.055 0.023 0.037 0.078 0.027 0.068 0.240 0.058 0.836 0.011 0.036 0.466 0.058 0.126 0.019 0.541 0.143 0.040 0.015 0.031 0.044 0.116 0.177 0.056 0.023 0.022 0.051 0.436 0.045 0.051 1.715 0.042 0.063 0.179 0.039 0.492 0.058 3.225 0.736 0.044 0.076 0.040 1.337 nan 0.284 0.443 1.703 1.799 2.944 1.967 0.129 0.131 1.873 nan 1.641 2.496 0.584 0.327 2.103 3.151 1.535 2.485 0.607 1.606 2.041 1.113 4152 chr15 96804446 96818101 + 0 NA intron (NR_102743, intron 7 of 7) intron (NR_102743, intron 7 of 7) -57884 NM_001145155 7026 Hs.347991 NM_021005 ENSG00000185551 NR2F2 ARP1|CHTD4|COUPTF2|COUPTFB|COUPTFII|NF-E3|NR2F1|SVP40|TFCOUP2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 protein-coding nan nan nan 3.707 0.070 0.004 1.684 0.035 0.111 0.545 0.272 2.207 1.286 0.051 0.083 0.195 0.509 0.094 0.537 0.446 0.507 0.070 0.158 0.114 0.474 0.195 0.836 1.450 2.412 0.106 0.515 0.789 0.355 0.654 0.120 0.014 0.032 0.069 0.360 0.122 1.481 1.081 0.525 1.876 0.956 2.636 3.643 0.687 0.418 3.520 1.140 0.195 0.226 0.027 0.114 0.907 0.659 0.014 0.624 0.030 0.970 0.240 0.090 1.331 4.318 4.573 0.238 0.204 0.902 2.258 0.176 0.250 nan 0.063 0.255 0.231 0.099 0.164 0.192 0.155 nan 0.221 0.192 0.346 0.039 0.062 0.242 nan 0.274 0.328 11586 chr9 75188720 75207947 + 0 NA intron (NM_138691, intron 2 of 23) intron (NM_138691, intron 2 of 23) 61616 NM_138691 117531 Hs.670211 NM_138691 ENSG00000165091 TMC1 DFNA36|DFNB11|DFNB7 transmembrane channel like 1 protein-coding nan nan nan 0.625 0.083 0.015 4.156 0.116 0.307 1.695 0.482 2.820 0.258 0.073 0.097 0.272 1.480 0.325 2.281 1.388 0.683 0.036 0.074 0.086 0.175 3.285 2.406 0.222 0.845 0.681 1.596 4.662 1.507 0.256 1.130 0.650 0.025 0.209 0.075 0.503 0.041 1.441 0.107 0.097 1.059 1.180 2.563 1.999 3.217 0.442 1.008 2.474 0.272 1.297 0.292 0.175 1.188 2.646 0.026 1.180 0.090 0.839 0.031 0.283 0.331 0.054 0.047 0.291 0.308 1.889 nan 0.458 nan 0.078 0.063 0.316 0.378 1.005 1.456 0.489 0.558 0.215 0.080 0.103 0.208 0.237 0.261 0.409 0.949 0.802 0.691 9945 chr6 135816755 135820709 + 0 NA promoter-TSS (NR_026805) promoter-TSS (NR_026805) 171 NM_017651 54806 Hs.386684 NM_017651 ENSG00000135541 AHI1 AHI-1|JBTS3|ORF1|dJ71N10.1 Abelson helper integration site 1 protein-coding 7.129 4.885 3.270 2.174 9.098 5.424 2.332 3.607 6.252 0.775 4.038 3.845 1.804 1.289 4.745 7.387 3.873 0.085 2.324 1.106 4.240 4.101 2.103 0.663 6.742 2.182 2.397 1.799 2.328 0.852 5.992 7.429 3.106 10.624 1.297 4.428 1.835 5.682 0.198 1.493 1.422 5.348 4.766 2.009 3.203 1.283 6.506 3.481 2.964 5.729 1.459 3.214 7.387 3.953 3.261 6.742 1.665 2.514 1.909 3.144 3.881 2.949 1.455 0.745 2.144 3.670 3.381 6.462 6.592 7.298 10.495 10.213 9.500 15.337 12.816 9.848 9.971 4.714 5.527 8.120 12.415 4.900 4.659 2.087 3.924 11.640 13.002 4.628 nan 3.623 2.301 4639 chr17 19013173 19017209 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -15591 NM_001129778 400581 Hs.647426 NM_001129778 ENSG00000189152 GRAPL - GRB2 related adaptor protein like protein-coding 5.171 3.882 3.282 2.320 5.083 3.598 4.406 8.082 14.009 2.056 2.633 1.617 3.994 1.936 6.739 9.989 2.193 0.408 3.458 1.687 2.893 5.567 2.533 1.160 7.881 1.956 2.611 2.150 3.191 1.657 4.458 7.651 4.318 13.877 2.927 4.404 1.502 10.182 0.338 1.649 4.161 5.316 5.915 3.161 2.083 3.336 4.361 2.578 8.175 6.085 2.646 3.960 9.989 5.977 10.444 7.881 4.237 2.567 2.789 4.653 5.710 4.310 1.663 2.545 4.999 1.527 1.260 11.877 13.312 6.651 nan 21.526 17.784 8.676 9.883 11.521 11.628 4.709 4.970 14.762 21.404 nan 13.124 6.464 7.713 6.349 6.149 9.977 10.035 2.477 1.162 7912 chr3 150060165 150070345 + 0 NA Intergenic Intergenic -23721 NR_110187 101928022 Hs.555199 NR_110186 LINC01214 - long intergenic non-protein coding RNA 1214 ncRNA nan 1.070 1.019 2.030 0.234 0.033 5.010 0.222 0.470 3.339 0.509 1.100 0.889 0.040 0.087 0.210 1.344 0.185 2.954 1.742 0.600 0.979 0.154 0.187 0.067 1.981 0.931 0.072 3.468 3.678 0.958 2.547 2.746 0.333 2.459 0.366 0.009 0.053 0.164 0.521 0.093 0.408 0.616 0.329 2.574 3.871 1.867 1.082 0.488 0.819 0.163 2.172 0.210 1.634 2.478 0.067 0.650 2.313 0.029 0.285 0.050 2.352 0.107 0.182 0.830 0.735 0.458 0.427 0.163 0.460 1.702 0.354 0.394 0.756 0.501 0.220 0.243 1.006 nan 0.453 0.405 0.743 0.293 0.311 0.312 0.071 0.153 0.285 0.542 0.527 0.666 6413 chr2 149912378 149960057 + 0 NA intron (NM_001317004, intron 1 of 6) intron (NM_001317004, intron 1 of 6) 2181 NM_001317004 130576 Hs.357567 NM_177964 ENSG00000150556 LYPD6B CT116|LYPD7 LY6/PLAUR domain containing 6B protein-coding 0.834 nan 2.720 0.095 0.154 0.034 0.092 0.175 0.305 0.257 2.337 2.238 0.191 0.044 0.028 0.440 0.235 0.109 0.149 0.060 0.017 0.006 0.089 0.124 0.236 0.019 0.015 0.034 0.074 0.013 0.073 0.254 0.091 0.461 0.040 0.077 0.060 0.038 0.081 0.528 0.150 0.083 0.061 0.046 0.018 0.047 0.978 0.692 0.058 0.084 0.051 0.318 0.440 0.068 0.031 0.236 0.028 0.161 0.092 0.313 0.028 0.022 0.097 0.061 1.342 0.018 0.016 0.380 0.292 1.036 3.363 0.330 0.337 0.275 0.095 0.279 0.246 0.260 0.425 0.440 0.390 0.360 0.215 0.139 0.250 0.214 0.304 0.186 0.251 0.461 0.400 11939 chrX 45478329 45485056 + 0 NA Intergenic Intergenic -108885 NR_102268 392452 Hs.745266 NR_102268 LOC392452 - mitochondrial fission factor pseudogene pseudo 0.536 0.788 nan 0.203 0.007 0.034 1.152 0.047 0.104 0.084 0.277 0.508 0.028 0.030 0.053 0.019 1.957 0.358 1.212 0.309 0.227 0.020 0.429 0.282 0.018 4.059 4.750 0.077 1.059 1.823 0.034 0.162 0.484 0.305 0.758 0.129 0.014 0.048 0.054 0.666 4.097 0.262 0.152 1.496 0.504 0.058 5.461 0.194 0.474 0.888 0.293 0.019 0.485 0.151 0.018 0.359 0.443 0.163 0.022 2.675 0.015 0.038 0.553 0.043 0.007 0.088 0.016 0.675 1.925 0.098 0.214 0.561 0.092 0.141 0.146 0.089 0.226 0.119 0.113 0.321 0.092 0.106 0.137 0.335 0.466 0.154 0.197 0.821 0.499 11022 chr8 67022822 67047297 + 0 NA Intergenic MER4D1|LTR|ERV1 -4219 NM_184085 84675 Hs.85524 NM_033058 ENSG00000147573 TRIM55 MURF-2|RNF29|muRF2 tripartite motif containing 55 protein-coding 2.528 0.980 1.058 0.614 0.799 0.155 4.463 0.269 0.425 1.138 1.965 1.226 0.388 0.103 1.195 0.501 1.434 0.224 2.665 1.795 6.659 0.136 0.313 0.215 0.170 2.900 2.507 0.824 4.680 2.726 1.109 2.136 1.523 3.137 2.616 0.608 0.086 0.223 0.059 1.914 0.173 4.181 2.027 0.936 2.506 3.414 1.562 8.960 3.184 6.927 1.224 1.065 0.501 2.855 3.851 0.170 0.740 0.253 0.083 3.691 0.756 3.353 0.430 0.298 2.186 5.293 5.626 0.373 0.436 0.426 1.072 1.070 1.039 1.464 0.414 0.413 0.404 0.840 nan 0.282 0.412 nan 2.386 0.756 1.364 0.642 0.572 0.754 1.024 0.862 0.765 5407 chr18 64735585 64750178 + 0 NA Intergenic Intergenic -5940 NR_049809 100847002 NR_049809 ENSG00000263354 MIR5011 - microRNA 5011 ncRNA 0.985 1.136 0.826 0.070 0.235 0.092 0.024 0.276 0.304 0.020 0.101 0.026 0.026 0.122 0.066 0.650 0.071 0.055 0.050 0.026 0.013 0.296 0.332 0.041 0.024 0.005 0.005 0.042 0.014 0.100 0.435 0.103 0.398 0.030 0.047 0.464 0.074 0.080 0.024 0.234 0.038 0.016 0.037 0.042 0.099 0.055 0.033 0.005 0.043 0.009 0.650 0.068 0.006 0.041 0.017 0.017 0.086 0.032 0.118 0.033 0.041 0.406 0.005 0.004 0.007 0.453 0.405 0.912 0.537 0.464 0.539 3.219 0.987 1.834 nan 0.748 nan 1.464 1.021 0.612 0.323 0.174 0.255 2.616 4.372 0.561 1.195 2.930 1.461 7757 chr3 114361925 114370900 + 0 NA intron (NM_001348803, intron 6 of 13) MIRb|SINE|MIR -22620 NM_001164346 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.020 nan 0.684 2.706 0.146 0.167 0.452 0.197 0.491 0.138 0.648 0.055 0.067 0.060 0.212 1.659 0.214 1.652 0.592 0.640 0.105 0.193 0.118 0.533 0.194 0.008 3.275 2.058 0.659 0.546 0.265 0.157 1.457 0.090 0.011 0.119 0.116 0.221 0.107 0.113 0.114 0.191 2.179 0.303 0.145 0.168 0.073 0.024 0.062 0.096 0.212 0.674 0.171 0.118 0.274 0.019 0.022 0.019 0.009 0.345 0.055 0.082 0.034 2.949 4.307 0.443 0.223 6.590 4.544 0.346 nan 0.470 0.274 0.305 0.270 nan 1.454 0.265 0.235 0.707 0.254 0.071 0.243 0.070 0.091 0.262 0.273 0.478 0.476 1532 chr10 75982528 75999450 + 0 NA intron (NM_001123, intron 3 of 10) Kanga2_a|DNA|TcMar-Tc2 54742 NM_001202449 132 Hs.656586 NM_001123 ENSG00000156110 ADK AK adenosine kinase protein-coding 0.650 nan 0.695 0.562 0.151 0.039 1.753 0.162 0.339 0.606 0.443 0.420 0.089 0.071 0.068 0.069 0.439 0.209 2.279 0.996 1.457 0.048 0.074 0.143 0.150 1.618 1.123 0.052 2.483 1.060 0.665 0.907 1.466 0.242 0.413 0.182 0.045 0.051 0.082 0.421 0.095 0.518 0.483 0.244 1.262 0.816 0.667 0.225 0.168 0.475 0.112 1.020 0.069 1.378 2.006 0.150 0.513 0.092 0.046 0.072 0.036 1.589 0.058 0.146 0.133 1.304 1.407 0.330 0.266 0.383 0.990 0.274 0.350 0.385 0.239 0.191 0.277 0.470 0.649 0.506 nan 0.195 0.117 0.126 0.207 0.092 0.098 0.407 nan 0.413 0.352 4246 chr16 14164066 14172339 + 0 NA intron (NM_014048, intron 1 of 16) intron (NM_014048, intron 1 of 16) 3031 NM_001308142 57496 Hs.49143 NM_014048 ENSG00000186260 MKL2 MRTF-B|MRTFB|NPD001 MKL1/myocardin like 2 protein-coding 2.084 1.550 nan 2.407 2.978 1.293 1.698 1.412 2.188 1.603 1.750 0.617 0.374 0.847 0.984 1.561 1.024 0.201 1.842 0.389 0.424 0.318 0.930 0.335 2.871 1.248 1.224 0.994 1.812 0.405 3.027 4.841 1.417 5.391 0.615 0.908 0.391 0.838 0.096 0.372 0.761 1.389 0.516 0.395 1.293 1.208 1.653 0.506 2.017 1.024 1.050 2.447 1.561 1.553 1.352 2.871 0.653 1.610 0.445 1.744 1.056 0.726 1.436 0.427 0.478 0.195 0.135 1.999 3.005 1.292 1.788 2.735 3.181 5.274 2.436 14.020 14.362 1.448 1.998 4.589 6.984 nan 2.424 2.400 4.519 2.528 2.267 1.939 1.906 1.851 1.045 7386 chr22 32012039 32027446 + 0 NA exon (NM_178022, exon 3 of 8) exon (NM_178022, exon 3 of 8) -2225 NR_106959 102465666 NR_106959 ENSG00000284082 MIR7109 hsa-mir-7109 microRNA 7109 ncRNA nan 1.105 1.140 0.915 1.268 2.290 0.331 0.708 1.587 0.037 0.444 0.304 0.016 0.478 3.481 1.586 0.373 0.032 0.527 0.231 0.323 0.063 0.888 0.449 3.054 0.186 0.160 0.387 0.508 0.157 0.660 nan 0.465 1.642 0.162 2.391 0.297 0.292 0.049 0.146 0.319 0.954 0.662 0.331 0.350 0.144 0.589 0.278 0.671 0.245 0.280 0.434 1.586 0.641 0.426 3.054 0.131 1.692 0.354 0.389 0.676 0.704 0.459 0.284 0.189 0.075 0.040 1.506 2.180 0.446 nan 3.073 2.796 1.812 0.606 1.116 1.199 0.706 nan 2.177 2.443 0.882 0.884 1.856 2.113 1.338 1.525 0.683 nan 1.464 0.800 10148 chr7 6482018 6494853 + 0 NA promoter-TSS (NM_001142936) promoter-TSS (NM_001142936) -792 NM_139179 221955 Hs.487498 NM_139179 ENSG00000164535 DAGLB DAGLBETA|KCCR13L diacylglycerol lipase beta protein-coding 1.912 1.413 2.300 2.909 0.475 0.506 2.325 0.478 0.967 1.037 2.746 1.431 0.676 0.219 0.921 1.088 0.910 0.463 1.275 0.457 2.189 0.417 0.468 0.482 1.137 2.422 2.493 1.158 3.344 1.085 1.510 nan 2.169 nan 0.615 2.467 0.282 1.523 0.193 0.992 0.584 11.090 4.612 2.006 1.068 1.931 1.425 1.777 1.598 2.067 0.591 1.519 1.088 3.304 3.337 1.137 1.407 0.961 0.333 1.674 0.555 2.676 0.322 0.480 1.149 2.573 1.943 1.416 1.653 1.562 nan 1.864 1.613 nan 0.850 2.610 2.759 1.220 1.626 nan 2.075 0.996 0.849 0.977 1.794 1.265 1.754 1.467 1.853 0.617 0.380 9577 chr6 33574965 33602236 + 0 NA promoter-TSS (NM_002224) promoter-TSS (NM_002224) -556 NM_002224 3710 Hs.65758 NM_002224 ENSG00000096433 ITPR3 IP3R|IP3R3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3 protein-coding nan 1.550 nan 1.561 0.548 1.624 2.615 0.700 1.424 0.238 1.394 0.647 0.103 1.241 1.190 0.659 0.377 0.136 1.147 0.511 0.226 0.102 0.294 0.374 2.974 1.949 1.750 0.336 1.238 0.957 1.174 2.408 1.171 2.401 0.588 1.215 0.370 0.653 0.124 0.258 0.231 3.413 0.680 0.495 0.725 0.591 1.258 6.887 1.135 1.518 1.628 1.375 0.659 1.051 0.911 2.974 0.839 0.608 0.203 1.422 0.176 1.336 0.048 0.209 0.580 1.101 0.802 0.300 0.474 1.288 nan nan 2.565 1.672 0.518 0.293 0.343 0.506 0.968 2.346 2.701 0.661 0.483 0.212 0.319 0.967 1.126 0.594 0.949 1.091 0.592 7036 chr20 49107000 49130270 + 0 NA Intergenic Intergenic -8223 NM_002827 5770 Hs.417549 NM_002827 ENSG00000196396 PTPN1 PTP1B protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 protein-coding nan nan 1.173 1.087 1.139 0.385 1.374 0.337 0.664 1.306 1.074 0.854 0.247 0.212 0.812 0.731 0.630 0.138 1.024 0.725 1.042 0.256 0.304 0.212 0.802 1.807 1.276 0.892 1.124 0.969 0.381 1.067 0.937 2.552 0.870 0.528 0.070 0.509 0.123 0.768 0.432 9.743 0.854 0.519 0.794 0.493 1.037 4.146 0.736 0.824 0.472 0.800 0.731 1.522 0.824 0.802 0.516 0.869 0.362 2.919 0.347 1.125 0.181 0.198 1.232 1.710 1.694 1.452 1.310 0.922 1.463 1.525 1.556 nan 0.736 1.401 1.475 1.092 1.574 1.880 2.481 nan 1.189 0.818 1.146 0.440 0.355 1.055 1.384 1.833 1.039 5518 chr19 7552999 7571056 + 0 NA promoter-TSS (NM_198534) promoter-TSS (NM_198534) -418 NM_198534 374877 Hs.631862 NM_198534 ENSG00000198723 TEX45 C19orf45 testis expressed 45 protein-coding 1.044 0.934 1.446 0.278 1.073 1.053 0.394 0.511 1.104 0.137 0.278 0.345 0.144 0.473 0.379 0.303 0.149 0.089 0.560 0.289 0.282 0.362 0.425 0.257 1.229 0.350 0.224 0.468 0.620 0.227 0.423 0.833 0.274 1.723 0.108 0.239 0.058 0.626 0.092 0.150 0.287 0.537 0.201 0.180 0.103 0.230 0.970 0.269 0.762 0.845 0.477 0.519 0.303 0.687 0.585 1.229 0.257 0.609 0.373 0.890 0.634 0.352 0.083 0.242 0.266 0.141 0.084 1.341 1.378 0.710 1.199 1.798 1.647 2.400 0.725 1.013 1.008 0.222 0.415 2.033 nan 0.988 0.831 0.589 0.537 0.635 0.571 0.442 1.115 2.093 1.260 11201 chr8 107447070 107463529 + 0 NA intron (NM_001198533, intron 2 of 16) L1PA8A|LINE|L1 -4853 NM_001198532 55074 Hs.127286 NM_018002 ENSG00000164830 OXR1 Nbla00307|TLDC3 oxidation resistance 1 protein-coding 1.293 nan nan 0.504 0.303 0.047 0.138 0.318 0.616 0.035 0.137 0.249 0.028 0.043 0.066 0.285 0.431 0.109 0.193 0.082 0.034 0.025 0.199 0.144 2.604 0.017 0.022 0.022 0.146 0.041 0.069 0.273 0.117 0.623 0.112 0.044 0.023 0.026 0.083 0.029 0.142 0.079 0.044 0.038 0.120 0.032 0.076 0.141 0.040 0.065 0.461 0.072 0.285 0.078 0.083 2.604 0.029 0.045 0.035 0.022 0.371 0.073 0.060 2.001 0.009 0.031 0.323 0.280 0.463 0.739 0.354 0.394 nan 1.119 0.739 0.650 0.783 nan 3.980 nan nan 0.363 0.169 0.306 0.056 0.070 2.251 5.551 0.411 0.473 10270 chr7 29228247 29249313 + 0 NA non-coding (NR_120522, exon 3 of 3) non-coding (NR_120522, exon 3 of 3) 1423 NM_001293072 1124 Hs.654611 NM_004067 ENSG00000106069 CHN2 ARHGAP3|BCH|CHN2-3|RHOGAP3 chimerin 2 protein-coding 2.669 2.704 4.903 0.345 2.540 1.197 0.020 0.818 1.673 0.022 0.066 0.093 0.027 1.111 1.069 0.572 0.148 0.100 0.126 0.063 0.036 2.068 1.257 1.685 0.248 0.064 0.011 0.165 0.035 0.523 1.103 0.993 5.739 0.021 0.120 1.158 0.056 0.156 0.050 2.282 0.114 0.071 0.074 0.021 0.117 0.558 0.259 0.131 0.300 0.108 0.254 0.572 0.176 0.269 1.685 0.106 0.086 0.214 0.171 0.861 0.109 4.322 0.083 0.079 0.016 0.024 3.727 4.465 0.626 nan 1.821 1.504 3.922 1.546 13.187 13.308 0.149 0.250 2.226 2.964 0.378 0.210 4.023 8.281 4.177 4.463 0.244 nan 2.746 1.386 7931 chr3 154825978 154835934 + 0 NA intron (NM_000902, intron 3 of 22) L2c|LINE|L2 33156 NM_001354643 4311 Hs.307734 NM_000902 ENSG00000196549 MME CALLA|CD10|CMT2T|NEP|SCA43|SFE membrane metalloendopeptidase protein-coding nan 0.877 0.609 0.145 0.226 0.016 0.107 0.097 0.310 0.010 0.101 0.037 0.044 0.031 0.045 0.143 0.348 0.180 0.065 0.076 0.013 0.028 0.095 0.205 0.084 0.041 0.036 0.095 0.110 0.095 0.113 0.286 0.228 0.175 0.177 0.032 0.010 0.054 0.088 0.032 0.101 0.052 0.008 0.022 0.046 0.070 0.106 0.041 0.150 0.008 0.041 0.143 0.064 0.009 0.084 0.050 0.034 0.075 0.031 0.024 0.208 0.037 0.054 0.567 0.668 0.875 0.901 10.353 6.135 0.227 0.336 0.186 0.133 0.304 0.245 0.219 nan 0.187 0.203 0.492 0.180 0.319 0.734 0.039 0.056 0.164 0.242 0.205 0.228 6608 chr2 208173076 208185117 + 0 NA Intergenic Intergenic -44948 NR_031633 100302130 NR_031633 ENSG00000221628 MIR1302-4 MIRN1302-4|hsa-mir-1302-4 microRNA 1302-4 ncRNA 1.161 nan 1.230 0.006 0.679 1.009 0.967 2.838 4.910 0.031 0.362 0.282 0.217 0.613 0.768 0.219 0.013 0.587 0.645 0.052 0.046 0.181 0.098 1.240 0.754 0.360 0.031 0.411 0.333 1.023 2.582 1.182 1.294 0.498 0.144 0.483 0.036 0.122 0.423 0.518 0.180 0.070 0.059 0.311 0.224 0.158 0.398 0.126 0.305 0.316 0.311 0.768 0.151 0.357 1.240 0.070 0.062 0.686 0.175 0.885 0.439 0.066 0.174 0.107 0.062 0.055 0.465 0.437 0.289 0.344 0.298 0.254 0.267 0.089 1.104 1.344 3.911 4.182 0.845 0.517 0.834 0.713 0.203 0.204 1.483 2.389 0.453 1.014 0.289 0.274 6214 chr2 85631369 85680742 + 0 NA intron (NM_201594, intron 6 of 20) L2a|LINE|L2 10001 NM_201594 284948 Hs.209542 NM_198482 ENSG00000152292 SH2D6 - SH2 domain containing 6 protein-coding nan 1.155 nan 0.874 1.332 2.839 2.456 0.788 1.818 0.792 1.401 2.284 0.152 0.715 0.638 1.617 1.371 0.372 1.043 0.613 0.418 0.441 0.734 0.294 0.972 1.730 1.317 0.323 0.506 0.436 1.780 4.770 0.692 2.419 0.674 2.074 0.309 0.718 0.121 0.806 0.428 1.534 0.592 0.311 0.745 0.408 1.180 2.439 3.610 1.205 1.980 2.155 1.617 0.608 1.509 0.972 1.157 0.658 0.991 1.039 1.969 0.984 2.534 1.028 1.994 0.726 0.711 2.196 3.117 1.682 1.968 1.860 1.698 2.632 1.003 2.931 3.051 1.517 2.202 2.744 2.805 2.092 2.231 2.072 3.237 0.956 1.033 1.421 4.044 2.375 1.357 6185 chr2 70519545 70533237 + 0 NA intron (NM_032822, intron 2 of 2) intron (NM_032822, intron 2 of 2) 2786 NM_001329752 84908 Hs.516077 NM_032822 ENSG00000035141 FAM136A - family with sequence similarity 136 member A protein-coding nan nan 3.333 1.674 2.142 1.489 1.623 1.169 2.426 0.951 1.677 1.334 0.385 0.645 2.200 1.990 0.987 0.280 1.838 0.766 2.459 1.082 0.732 0.517 1.826 1.353 1.317 0.937 1.747 0.630 2.189 3.329 1.534 6.010 1.156 2.478 0.180 2.287 0.175 0.818 0.760 2.617 1.844 0.809 1.245 0.743 1.279 1.531 2.343 2.549 1.745 1.419 1.990 2.951 2.353 1.826 1.224 1.796 0.724 3.074 1.538 1.144 0.657 0.887 1.317 1.211 0.886 2.594 2.437 3.644 5.074 4.296 3.691 4.523 2.426 6.803 7.145 2.771 3.594 4.046 6.166 3.753 3.581 1.891 2.755 1.496 1.757 3.754 3.525 nan 0.887 4233 chr16 11835167 11848976 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 -5337 NM_001324024 51061 Hs.313847 NM_015914 ENSG00000153066 TXNDC11 EFP1 thioredoxin domain containing 11 protein-coding 1.602 1.148 nan 1.325 2.195 0.756 1.032 0.592 1.103 0.750 1.664 0.826 1.925 3.461 0.800 0.657 0.637 0.267 1.087 0.343 1.454 0.230 0.744 0.355 1.211 1.043 1.186 1.193 1.245 0.244 1.600 2.526 0.978 2.654 0.371 1.867 0.326 0.719 0.101 0.188 0.504 1.554 0.770 0.406 0.845 0.515 0.865 0.614 2.284 1.270 1.822 1.803 0.657 1.804 1.091 1.211 0.513 0.793 0.345 1.277 1.116 0.872 0.731 0.852 0.438 0.357 0.221 0.795 1.229 0.662 1.327 1.432 1.368 3.181 1.253 2.837 2.753 1.138 1.749 2.061 3.102 nan 2.023 1.185 1.635 1.762 2.177 1.326 2.017 1.913 0.812 4532 chr17 975797 999720 + 0 NA intron (NM_021962, intron 4 of 22) intron (NM_021962, intron 4 of 22) -5372 NM_001282149 29 Hs.159306 NM_001092 ENSG00000159842 ABR MDB ABR, RhoGEF and GTPase activating protein protein-coding 1.787 1.578 1.161 0.384 1.054 2.875 0.734 1.288 2.383 0.087 0.257 0.371 0.016 1.502 1.989 2.670 0.130 0.081 0.605 0.247 0.084 0.043 1.619 0.715 1.599 0.201 0.181 0.080 0.537 0.133 0.961 2.495 0.702 2.869 0.271 0.260 0.378 0.082 0.069 0.226 0.156 0.670 0.111 0.060 0.288 0.757 0.490 0.314 0.567 0.995 0.444 0.429 2.670 1.329 1.324 1.599 0.445 0.415 0.496 0.430 2.643 1.103 2.038 0.277 0.333 0.052 0.024 1.752 2.462 0.853 1.814 2.911 2.575 2.645 1.656 1.214 1.232 0.771 1.196 3.459 4.802 0.684 0.564 1.638 2.066 1.166 1.108 0.630 1.035 1.875 0.837 4238 chr16 12318589 12358541 + 0 NA intron (NM_032167, intron 14 of 20) intron (NM_032167, intron 14 of 20) 267974 NM_032167 92017 Hs.458401 NM_032167 ENSG00000048471 SNX29 A-388D4.1|RUNDC2A sorting nexin 29 protein-coding 1.105 0.878 nan 0.083 1.816 0.704 0.223 2.719 5.295 0.019 0.100 0.157 0.063 0.305 0.967 0.270 0.158 0.077 0.095 0.019 0.029 0.024 0.315 0.124 3.048 0.075 0.047 0.044 0.097 0.043 0.111 0.367 0.339 7.022 0.026 0.093 0.074 0.062 0.076 0.015 0.213 0.135 0.033 0.008 0.041 0.127 0.104 0.142 0.126 0.039 0.099 0.111 0.270 0.104 0.080 3.048 0.024 0.069 0.204 0.062 0.832 0.113 3.126 0.146 0.025 0.023 0.020 1.258 0.821 0.175 0.163 0.863 0.956 3.678 1.164 1.772 1.778 0.778 1.493 2.871 2.800 nan 0.400 2.138 2.957 0.441 0.564 0.279 0.449 3.209 1.309 9529 chr6 27017453 27053668 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -47475 NR_026776 100270746 Hs.590428 NR_026776 LOC100270746 - uncharacterized LOC100270746 ncRNA 0.784 0.769 nan 0.103 1.757 0.012 0.069 0.257 0.482 0.018 0.097 0.061 0.031 0.158 0.318 0.145 0.116 0.071 0.100 0.037 0.094 0.035 1.319 0.631 1.656 0.032 0.022 0.024 0.079 0.012 0.126 0.093 0.258 nan 0.051 0.092 0.161 0.087 0.147 0.016 0.032 0.138 0.035 0.039 0.030 0.040 0.141 0.066 0.072 0.175 0.061 0.180 0.145 0.078 0.039 1.656 0.038 0.053 0.021 0.071 0.699 0.044 0.117 0.143 0.017 0.006 0.006 0.971 0.826 0.861 nan 0.625 0.732 nan 3.543 0.523 0.524 0.350 0.519 2.209 2.222 0.385 0.174 0.384 0.564 1.317 1.835 0.293 0.637 2.716 1.234 4346 chr16 47489885 47502508 + 0 NA intron (NM_000293, intron 1 of 30) intron (NM_000293, intron 1 of 30) 986 NM_001031835 5257 Hs.78060 NM_000293 ENSG00000102893 PHKB - phosphorylase kinase regulatory subunit beta protein-coding 1.564 1.197 2.938 1.899 1.740 0.528 1.020 0.621 1.281 1.155 1.922 0.504 0.980 0.333 0.802 2.051 1.057 0.244 1.179 0.468 2.220 0.747 0.596 0.261 1.260 1.722 2.417 0.919 2.336 0.559 0.800 1.175 2.092 1.845 0.959 2.217 0.152 0.903 0.093 1.011 0.918 2.234 2.199 1.014 1.744 1.250 1.846 1.196 1.695 0.982 1.132 2.012 2.051 1.665 2.046 1.260 0.999 1.016 0.262 0.816 0.796 1.411 1.373 0.713 0.908 0.671 0.437 4.385 4.051 1.791 1.739 1.829 1.924 1.375 0.931 15.869 16.165 1.129 1.567 2.357 3.321 2.215 1.741 1.808 3.396 0.726 0.726 1.274 1.628 1.143 0.847 7170 chr21 32877811 32906778 + 0 NA intron (NM_001353691, intron 1 of 29) L1MB3|LINE|L1 39106 NM_001353692 7074 Hs.517228 NM_003253 ENSG00000156299 TIAM1 TIAM-1 T cell lymphoma invasion and metastasis 1 protein-coding 1.423 1.541 2.503 0.065 0.852 0.697 0.331 0.518 1.018 0.181 0.037 0.061 0.028 0.051 1.082 0.903 0.067 0.089 0.275 0.065 0.057 0.048 0.308 0.303 1.106 0.076 0.035 0.021 0.152 0.077 0.213 0.801 0.259 6.044 0.187 0.159 0.866 0.039 0.084 0.098 0.150 0.466 0.033 0.016 0.056 0.100 0.352 0.145 0.194 0.221 0.068 0.141 0.903 0.237 0.507 1.106 0.051 0.231 0.385 0.210 0.292 0.337 0.510 0.240 0.050 0.018 0.009 0.553 0.492 0.492 0.947 1.708 1.628 1.643 0.357 0.429 0.436 2.224 2.995 1.534 1.649 1.574 1.375 0.459 0.742 2.346 3.345 0.446 0.918 nan 1.367 8166 chr3 193652868 193667238 + 0 NA Intergenic Intergenic 51974 NR_027764 100128023 Hs.730112 NR_027764 DPPA2P3 - developmental pluripotency associated 2 pseudogene 3 pseudo nan 2.882 1.171 0.498 2.718 0.308 1.119 0.847 1.462 0.021 0.178 0.091 0.013 0.055 0.191 0.260 0.156 0.146 0.213 0.239 0.030 0.019 1.098 0.568 0.492 1.541 0.881 0.016 0.165 0.251 0.561 4.752 0.191 nan 0.354 0.048 0.628 0.045 0.058 0.041 0.167 0.193 0.082 0.032 0.099 0.108 0.423 0.158 0.226 0.110 0.028 0.683 0.260 0.434 0.106 0.492 0.366 0.374 0.036 0.125 0.156 0.115 0.400 0.227 0.081 0.004 0.025 0.666 1.039 0.241 0.501 0.543 0.498 11.359 4.409 0.412 0.461 0.318 0.522 2.143 2.445 0.536 0.396 0.725 1.059 2.751 3.030 0.329 0.455 2.853 1.255 5022 chr17 75398662 75474321 + 0 NA intron (NM_001293696, intron 1 of 9) AluSx1|SINE|Alu -10122 NM_001113496 10801 Hs.440932 NM_006640 ENSG00000184640 SEPT9 AF17q25|MSF|MSF1|NAPB|PNUTL4|SINT1|SeptD1 septin 9 protein-coding 1.675 1.518 1.765 0.777 0.368 0.896 1.467 0.544 1.036 0.345 1.199 0.526 0.016 0.142 0.268 0.640 1.692 0.253 1.046 0.366 0.216 0.113 0.359 0.278 1.045 0.825 0.537 0.241 0.321 0.249 2.597 7.052 1.189 3.025 0.561 0.574 0.108 0.277 0.096 0.419 0.455 0.336 0.137 0.086 0.398 0.511 0.126 0.352 1.505 0.464 0.098 0.318 0.640 1.086 0.192 1.045 0.185 0.316 0.428 0.321 0.332 0.317 0.257 0.448 1.446 0.235 0.106 1.557 2.112 0.680 1.198 2.020 1.920 1.022 0.327 0.963 1.011 nan 3.641 2.527 2.321 2.520 2.262 0.661 0.998 0.454 0.574 0.844 1.951 nan 0.510 5259 chr18 34829177 34850639 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 10 of 12) intron (NM_001025087, intron 10 of 12) -14515 NR_134588 105372068 Hs.569903 NR_134588 ENSG00000267202 LOC105372068 - uncharacterized LOC105372068 ncRNA nan 0.746 1.525 0.251 0.244 0.108 0.056 0.149 0.285 0.036 0.120 0.034 0.061 0.081 0.237 0.558 0.042 0.045 0.098 0.009 0.006 0.039 0.069 0.081 0.681 0.094 0.068 0.042 0.107 0.074 0.312 0.431 0.013 1.692 0.075 0.035 0.114 0.116 0.061 0.022 0.248 0.091 0.017 0.018 0.020 0.043 0.072 0.074 0.182 0.212 0.059 0.328 0.558 0.123 0.026 0.681 0.063 0.058 0.223 0.265 0.033 0.026 0.208 0.086 0.011 0.013 0.007 3.958 4.207 0.300 0.243 0.850 0.829 2.074 0.741 0.429 0.413 0.338 0.523 nan 2.311 0.677 0.725 0.890 1.101 0.488 0.464 0.288 0.377 1.611 1.372 5398 chr18 60842707 60885650 + 0 NA intron (NM_000633, intron 2 of 2) intron (NM_000633, intron 2 of 2) 122435 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.866 1.105 1.727 0.067 2.034 3.213 0.028 0.855 1.475 0.002 0.094 0.093 0.007 0.872 1.186 0.445 0.126 0.068 0.020 0.023 0.029 0.541 0.240 0.851 0.036 0.020 0.049 0.058 0.012 0.057 0.265 0.048 4.893 0.017 0.134 0.258 0.063 0.072 0.006 0.385 0.077 0.011 0.005 0.013 0.030 0.137 0.071 0.072 0.046 0.057 0.027 0.445 0.025 0.017 0.851 0.008 0.106 0.061 1.159 0.041 2.252 0.069 0.021 0.013 0.011 0.976 1.162 2.122 2.220 1.581 1.720 3.889 1.449 1.629 nan 0.203 nan 5.161 4.826 0.357 0.167 1.750 2.625 1.028 1.885 0.131 0.188 5.050 2.814 1925 chr11 45937731 45957264 + 0 NA intron (NM_001300722, intron 7 of 14) intron (NM_001300722, intron 7 of 14) 3270 NM_001300721 120071 Hs.86543 NM_152312 ENSG00000165905 LARGE2 GYLTL1B|PP5656 LARGE xylosyl- and glucuronyltransferase 2 protein-coding nan 2.000 1.631 0.909 2.417 1.472 0.592 0.648 1.446 0.161 0.662 0.396 1.037 1.626 2.363 0.964 0.325 0.082 0.814 0.340 0.204 0.317 1.569 1.028 1.859 0.372 0.241 0.626 0.510 0.298 1.444 1.794 1.547 2.897 0.151 0.377 0.209 0.631 0.096 0.145 0.583 1.005 0.605 0.368 0.285 0.244 0.799 0.519 0.966 0.970 0.357 0.283 0.964 0.906 0.489 1.859 0.157 0.317 0.423 1.071 1.406 0.429 0.930 0.353 0.447 0.233 0.177 3.599 4.019 1.604 2.235 4.455 3.875 5.135 1.403 2.055 2.040 0.992 1.294 1.624 1.924 1.366 1.216 1.632 2.527 1.179 1.154 1.257 nan 2.115 1.181 2574 chr12 27903287 27908343 + 0 NA intron (NM_001190864, intron 6 of 6) HY1|scRNA|scRNA 18700 NM_001146221 100287284 NM_001146221 ENSG00000205693 MANSC4 - MANSC domain containing 4 protein-coding nan nan nan 0.521 0.766 0.154 2.157 0.948 1.216 0.471 1.301 0.676 0.012 0.693 0.185 2.676 0.059 0.032 0.760 0.487 0.200 0.054 0.174 0.195 0.753 0.453 0.344 0.102 0.228 0.380 0.383 0.887 0.320 0.622 0.235 0.905 0.453 0.156 0.097 0.468 0.536 0.327 0.048 0.092 0.324 0.515 0.460 0.315 1.755 0.566 0.173 1.001 2.676 0.763 0.295 0.753 0.798 0.380 10.882 0.447 0.263 0.093 0.137 0.316 0.267 0.080 0.010 0.215 0.222 0.776 1.737 0.584 0.721 3.083 0.423 0.993 0.943 0.586 0.887 3.352 4.045 0.404 0.283 0.204 0.370 2.471 3.643 0.516 1.114 1.412 0.807 2916 chr12 105181567 105199452 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 161588 NM_001352170 84102 Hs.577463 NM_032148 ENSG00000136052 SLC41A2 SLC41A1-L1 solute carrier family 41 member 2 protein-coding 0.787 0.803 nan 0.187 0.173 0.081 0.123 0.170 0.308 0.005 0.223 0.474 0.030 0.039 0.149 0.165 0.474 0.116 0.179 0.116 0.053 0.023 0.141 0.172 0.154 0.155 0.064 0.111 0.046 0.041 0.121 0.172 0.076 0.293 0.073 0.150 0.031 0.079 0.157 0.046 0.049 0.108 0.020 0.016 0.073 0.086 0.134 0.141 0.157 0.080 0.467 0.232 0.165 0.120 0.025 0.154 0.109 0.065 0.205 0.068 0.102 0.155 0.060 0.100 0.058 0.013 0.017 0.360 0.363 0.168 0.303 0.420 0.547 0.176 0.095 0.238 0.278 3.503 3.390 0.451 0.439 0.452 0.219 0.182 0.192 0.053 0.113 0.184 0.384 0.707 0.585 3126 chr13 39552152 39561825 + 0 NA intron (NM_001144033, intron 1 of 7) PRIMA4_LTR|LTR|ERV1 8008 NM_145286 161003 Hs.327794 NM_145286 ENSG00000133115 STOML3 Epb7.2l|SRO stomatin like 3 protein-coding 0.638 1.116 1.449 0.037 0.429 0.070 0.036 0.283 0.374 0.020 0.113 0.018 0.007 0.041 0.128 1.439 0.100 0.116 0.098 0.013 0.684 0.150 0.235 0.015 0.014 0.008 0.042 0.011 0.042 0.121 0.018 0.829 0.050 0.474 0.104 0.058 0.309 0.057 0.010 0.016 0.023 0.002 0.060 0.082 0.034 0.022 0.024 0.048 1.439 0.061 0.038 0.235 0.051 0.034 0.019 0.536 0.008 0.050 0.089 0.024 0.030 0.011 0.483 0.566 0.105 0.205 0.304 0.384 9.801 5.030 0.144 0.126 0.333 0.519 0.115 0.150 0.362 0.208 0.375 0.369 3.019 3.539 0.319 0.458 2.470 1.251 9421 chr6 9130940 9142958 + 0 NA Intergenic Intergenic 484507 NR_004855 728655 Hs.214343 NR_004855 HULC HCCAT1|LINC00078|NCRNA00078 hepatocellular carcinoma up-regulated long non-coding RNA ncRNA 1.355 1.814 1.710 0.042 0.599 1.089 0.274 0.749 1.255 0.016 0.132 0.239 0.067 0.999 0.845 0.188 0.080 0.079 0.048 0.051 0.011 0.662 0.457 2.102 0.367 0.235 0.025 0.125 0.009 0.194 1.185 1.063 1.438 0.293 0.550 1.039 0.090 0.104 0.165 0.205 0.085 0.040 0.019 0.073 0.048 0.159 0.076 0.060 0.974 0.488 0.845 0.065 0.483 2.102 0.092 0.062 0.309 0.301 0.753 0.662 0.025 0.091 0.114 0.024 0.004 0.426 0.357 0.185 0.320 1.743 1.531 2.983 0.839 0.216 0.205 0.151 0.252 0.217 0.210 0.420 0.204 0.087 0.151 4.679 6.753 0.210 0.375 1.238 0.676 1544 chr10 79149956 79190430 + 0 NA intron (NM_001014797, intron 1 of 28) intron (NM_001014797, intron 1 of 28) 59563 NR_126365 101929286 Hs.568867 NR_126365 KCNMA1-AS3 - KCNMA1 antisense RNA 3 ncRNA 1.072 nan 1.424 0.408 1.339 0.122 2.312 0.325 0.608 0.169 0.548 0.874 0.009 0.164 0.733 0.182 0.139 0.028 0.254 0.332 0.161 0.010 0.622 0.283 0.960 0.875 0.440 0.095 0.579 0.867 0.475 2.525 0.748 4.563 0.265 0.121 0.356 0.035 0.081 0.965 0.404 2.147 0.645 0.377 0.877 0.227 0.267 1.394 0.171 0.675 0.280 0.154 0.182 0.242 2.155 0.960 0.106 0.154 0.184 0.583 0.278 0.422 0.611 0.491 0.747 0.999 0.763 0.419 0.521 0.240 0.384 0.546 0.645 2.379 0.802 0.165 0.184 0.757 1.092 3.674 nan 0.437 0.348 0.421 0.633 1.077 1.118 0.427 nan 1.246 0.744 1616 chr10 102651975 102673649 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -9514 NM_001136123 55719 Hs.447458 NM_018121 ENSG00000119906 SLF2 C10orf6|FAM178A SMC5-SMC6 complex localization factor 2 protein-coding nan nan 1.282 0.302 0.508 0.239 0.568 0.445 1.013 0.201 0.794 0.486 0.141 0.295 0.583 0.414 0.548 0.125 0.479 0.163 0.394 0.832 0.214 0.166 0.941 0.265 0.281 0.362 0.447 0.224 0.387 0.710 0.287 1.660 0.138 0.306 0.113 0.628 0.084 0.192 0.249 0.811 0.539 0.299 0.319 0.198 0.308 0.373 0.655 0.482 0.307 0.256 0.414 0.345 0.540 0.941 0.203 0.358 0.107 0.556 0.574 0.360 1.053 0.557 0.336 0.697 0.622 3.331 3.981 2.154 1.484 0.928 0.985 1.771 0.700 0.461 0.450 0.624 nan 1.309 1.847 0.512 0.525 0.931 1.267 0.418 0.522 1.101 nan 0.739 0.581 8962 chr5 67714996 67761282 + 0 NA Intergenic Intergenic 149743 NM_001242466 5295 Hs.132225 NM_181504 ENSG00000145675 PIK3R1 AGM7|GRB1|IMD36|p85|p85-ALPHA phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1 protein-coding 0.740 1.716 0.593 0.631 0.112 0.195 0.652 0.127 0.254 0.280 0.143 0.550 0.211 0.054 0.157 0.303 0.193 0.069 0.861 0.480 0.015 0.021 0.065 0.085 0.078 0.619 0.214 0.058 0.479 0.670 1.050 2.966 1.425 0.695 0.783 0.083 0.027 0.042 0.119 0.092 0.046 0.390 0.242 0.141 0.417 0.332 0.464 0.179 0.238 0.120 0.272 0.996 0.303 0.692 0.234 0.078 0.403 0.341 0.040 0.074 0.040 0.149 0.064 0.207 0.215 0.045 0.029 0.269 0.232 1.537 2.874 0.273 0.301 0.158 0.088 0.180 0.181 0.477 0.662 0.348 0.369 0.597 0.388 0.132 0.206 0.171 0.310 0.231 0.698 0.414 0.448 7749 chr3 112876331 112897329 + 0 NA promoter-TSS (NR_110823) promoter-TSS (NR_110823) -252 NR_110823 101929717 Hs.638426 NR_110823 ENSG00000243795 LINC02044 - long intergenic non-protein coding RNA 2044 ncRNA 1.923 nan 1.147 0.041 0.299 0.417 0.118 0.282 0.633 0.210 0.071 0.347 1.216 0.053 0.120 1.745 2.135 0.246 0.076 0.036 0.024 0.007 0.322 0.353 1.752 0.062 0.035 0.018 0.058 0.005 0.072 0.223 0.078 1.694 0.028 0.058 0.363 0.057 0.067 0.017 0.103 0.132 0.032 0.022 0.042 0.058 0.046 0.079 0.079 0.313 0.015 0.099 1.745 0.054 0.035 1.752 0.017 0.055 0.411 0.064 0.126 0.041 0.090 0.254 0.031 0.022 0.007 0.747 1.194 3.262 4.158 1.206 nan 0.337 0.147 0.306 0.344 nan 4.971 0.578 0.708 0.816 0.405 0.181 0.319 0.923 0.692 0.444 0.789 1.010 0.623 4694 chr17 30675927 30680038 + 0 NA TTS (NR_030362) TTS (NR_030362) 825 NM_001032293 7756 Hs.500775 NM_003457 ENSG00000010244 ZNF207 BuGZ|hBuGZ zinc finger protein 207 protein-coding nan 4.237 3.624 3.427 3.352 4.023 3.732 4.501 7.337 2.435 5.632 1.849 1.422 1.493 2.848 3.928 4.358 0.492 7.093 2.237 5.084 2.407 1.720 1.016 5.876 3.347 4.036 1.735 4.127 2.054 2.634 4.255 3.425 9.692 2.348 4.424 1.023 9.829 0.350 2.667 2.517 5.783 3.460 1.392 4.223 1.286 4.419 4.979 4.068 2.442 2.449 3.909 3.928 7.351 3.198 5.876 2.113 2.519 1.750 4.136 2.169 3.296 2.055 2.520 1.835 2.758 2.395 10.463 8.161 10.372 13.928 nan 9.353 10.740 5.817 21.701 23.299 6.083 7.365 8.975 13.090 16.014 15.949 6.399 9.536 7.292 10.710 12.892 10.569 4.399 2.421 396 chr1 55514773 55534285 + 0 NA intron (NM_174936, intron 9 of 11) intron (NM_174936, intron 9 of 11) 18634 NR_110451 255738 Hs.18844 NM_174936 ENSG00000169174 PCSK9 FH3|HCHOLA3|LDLCQ1|NARC-1|NARC1|PC9 proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 protein-coding 1.602 1.930 4.229 0.085 0.138 1.040 0.120 0.123 0.282 0.108 0.152 0.147 0.022 0.036 0.173 0.249 0.160 0.082 0.179 0.049 0.071 0.028 0.153 0.159 0.092 0.075 0.048 0.068 0.095 0.027 0.062 nan 0.154 5.894 0.098 0.082 0.103 0.096 0.101 0.012 0.106 0.195 0.034 0.016 0.062 0.076 0.183 0.114 0.210 0.063 0.037 0.161 0.249 0.181 0.067 0.092 0.050 0.073 0.339 0.151 0.241 0.045 0.055 0.267 0.020 0.025 0.015 0.311 0.331 0.245 0.469 0.689 0.791 0.542 0.158 0.445 0.450 0.442 1.018 0.442 0.804 1.270 1.526 0.265 0.277 0.348 0.324 0.408 nan 1.013 0.690 482 chr1 84762848 84771187 + 0 NA promoter-TSS (NM_001134663) promoter-TSS (NM_001134663) -272 NM_001134663 148418 Hs.591445 NM_001010971 ENSG00000203943 SAMD13 HSD-41|HSD-42 sterile alpha motif domain containing 13 protein-coding 3.395 nan nan 2.667 2.692 1.460 2.310 0.725 1.389 0.299 2.118 3.153 0.455 1.757 2.972 2.138 3.763 0.174 1.587 0.827 4.431 1.927 1.952 1.452 2.922 0.249 0.112 0.485 1.001 0.593 2.375 5.030 1.005 13.886 1.671 5.503 1.044 1.425 0.098 0.682 1.107 0.595 0.442 0.337 0.642 1.075 0.651 1.427 2.087 2.208 1.050 1.361 2.138 1.141 1.442 2.922 0.982 0.845 0.280 2.892 2.200 0.449 4.746 1.070 0.714 0.138 0.117 1.363 2.639 2.346 3.537 4.263 3.834 5.897 1.853 2.733 3.011 7.702 8.305 5.833 7.475 2.865 3.167 3.289 5.755 5.271 4.259 2.158 3.500 3.392 1.545 7865 chr3 138632062 138642915 + 0 NA Intergenic Intergenic 25374 NR_121649 103344930 Hs.195033 NR_121649 ENSG00000244578 LINC01391 - long intergenic non-protein coding RNA 1391 ncRNA 1.461 nan nan 0.983 0.536 0.399 3.767 0.473 0.901 1.401 0.659 1.348 0.075 0.315 0.124 0.284 0.755 0.177 1.080 0.715 0.920 0.217 0.326 0.244 0.309 2.272 1.829 0.409 1.711 0.904 1.184 1.960 2.161 1.176 1.099 0.679 0.106 0.471 0.107 1.025 0.229 1.628 0.754 0.515 1.146 1.435 1.100 1.872 0.906 1.746 0.378 2.119 0.284 1.269 4.845 0.309 0.441 0.841 0.239 1.514 0.159 2.262 0.333 0.126 1.157 0.488 0.441 0.305 0.480 0.793 1.363 0.997 0.988 1.358 0.416 0.780 0.874 0.904 1.373 0.473 0.795 nan 1.192 0.564 0.837 0.338 0.276 0.448 0.801 0.401 0.491 8237 chr4 5747281 5763194 + 0 NA intron (NM_153717, intron 9 of 20) intron (NM_153717, intron 9 of 20) 42313 NM_001306090 2121 Hs.646899 NM_014556 ENSG00000072840 EVC DWF-1|EVC1|EVCL EvC ciliary complex subunit 1 protein-coding 0.644 0.405 nan 0.362 0.165 0.049 1.972 0.081 0.185 0.036 0.776 0.164 0.050 0.013 0.224 0.306 0.669 0.092 1.102 1.262 0.095 0.026 0.109 0.073 0.120 0.709 0.632 0.292 0.367 0.348 0.107 0.141 0.035 0.211 0.037 0.013 0.016 0.081 0.048 0.519 0.116 3.540 4.900 2.130 0.221 0.372 0.153 10.980 0.123 3.199 1.542 0.190 0.306 0.664 0.331 0.120 0.108 0.147 0.036 0.380 0.006 0.430 0.025 0.290 0.205 0.677 0.723 0.427 0.368 0.241 0.512 0.295 0.275 nan 0.132 0.400 0.415 0.202 0.275 0.202 0.282 0.957 0.864 0.259 0.353 0.056 0.082 0.494 1.495 nan 0.474 7429 chr22 39631625 39641772 + 0 NA intron (NM_002608, intron 1 of 6) L2a|LINE|L2 216 NM_033016 5155 Hs.1976 NM_002608 ENSG00000100311 PDGFB IBGC5|PDGF-2|PDGF2|SIS|SSV|c-sis platelet derived growth factor subunit B protein-coding 1.033 nan 0.805 5.645 1.272 1.608 0.608 0.742 1.496 2.877 0.230 0.309 0.830 1.593 0.289 0.504 0.242 0.031 2.925 0.988 0.125 0.082 0.290 0.178 2.648 0.265 0.079 0.406 1.071 0.372 2.547 3.965 2.970 1.945 0.731 0.064 0.132 0.954 0.102 0.070 0.023 1.331 0.147 0.202 0.134 0.759 7.428 0.226 1.444 1.968 0.280 1.777 0.504 3.613 0.519 2.648 0.433 4.930 0.242 1.275 0.645 0.733 1.405 0.038 0.097 0.238 0.096 2.385 4.396 0.859 1.852 0.968 0.846 1.837 0.477 0.342 0.282 0.209 nan 3.046 4.647 nan 0.341 1.140 1.913 0.598 0.851 0.202 0.200 0.808 0.598 499 chr1 87617072 87622643 + 0 NA intron (NR_026989, intron 2 of 2) intron (NR_026989, intron 2 of 2) 22248 NR_026985 339524 Hs.306423 NM_207357 ENSG00000267272 LINC01140 - long intergenic non-protein coding RNA 1140 ncRNA 2.130 nan nan 0.410 0.412 0.109 0.116 0.375 0.381 0.052 0.290 0.237 0.011 0.036 0.110 0.507 0.148 0.143 0.151 0.136 0.025 0.337 0.060 1.168 0.101 0.051 0.053 0.073 0.019 0.216 0.722 0.064 0.556 0.104 0.069 0.171 0.073 0.073 0.021 0.284 0.142 0.075 0.042 0.124 0.069 0.397 0.225 0.015 0.052 0.162 0.507 0.308 0.133 1.168 0.016 0.030 0.063 0.040 0.028 7.298 0.647 0.060 0.031 0.009 4.089 5.269 9.344 11.099 0.454 0.476 0.429 0.154 0.901 0.965 0.342 0.696 1.571 1.964 0.457 0.288 5.676 9.987 1.817 2.171 0.568 1.249 0.511 0.593 3432 chr14 29646012 29655736 + 0 NA Intergenic Intergenic -395881 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.127 0.855 0.732 0.037 0.245 0.038 0.073 0.099 0.348 0.010 0.064 0.065 0.019 0.028 0.128 0.224 0.240 0.115 0.150 0.058 0.020 0.014 0.129 0.127 0.185 0.106 0.029 0.015 0.133 0.011 0.112 0.184 0.095 0.343 0.061 0.065 0.056 0.164 0.012 0.123 0.047 0.031 0.032 0.012 0.008 0.079 0.083 0.025 0.030 0.016 0.014 0.224 0.073 0.048 0.185 0.038 0.030 0.047 0.073 0.074 0.021 0.150 0.039 0.024 0.242 0.123 0.207 0.186 0.377 0.460 0.500 0.155 0.126 0.097 7.910 8.696 0.344 0.340 0.672 0.280 0.074 0.163 0.150 0.169 0.223 0.466 0.595 0.531 10454 chr7 80388678 80414368 + 0 NA intron (NM_001350121, intron 13 of 18) intron (NM_001350121, intron 13 of 18) 125554 NM_001289908 948 Hs.120949 NM_000072 ENSG00000135218 CD36 BDPLT10|CHDS7|FAT|GP3B|GP4|GPIV|PASIV|SCARB3 CD36 molecule protein-coding 1.133 0.857 1.000 0.159 0.127 0.306 0.189 0.137 0.258 0.182 0.375 0.455 0.027 0.058 0.197 0.927 0.808 0.177 0.127 0.059 1.492 0.094 0.242 0.223 0.077 0.070 0.029 0.627 0.171 0.033 0.075 0.135 0.192 0.417 0.082 0.271 1.148 0.321 0.173 0.044 0.040 0.342 0.033 0.015 0.060 0.049 0.176 0.211 0.253 0.211 0.139 0.165 0.927 0.053 0.101 0.077 0.137 0.245 0.051 0.398 0.190 0.702 0.334 0.221 0.271 0.073 0.075 0.437 0.313 0.368 0.514 0.317 0.428 0.155 0.083 0.211 0.224 0.550 0.804 0.496 0.577 0.530 0.337 0.310 0.701 3.630 3.878 0.662 nan 0.667 0.603 4556 chr17 4701984 4711852 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -3478 NM_001243108 5338 Hs.104519 NM_002663 ENSG00000129219 PLD2 PLD1C phospholipase D2 protein-coding 1.475 0.725 1.139 0.335 0.470 0.459 0.338 0.406 0.693 0.422 0.426 0.402 0.081 0.557 0.450 0.824 0.342 0.133 0.672 0.175 0.489 0.211 0.160 0.153 0.636 0.177 0.139 0.359 0.331 0.086 0.414 0.926 0.783 1.487 0.118 0.405 0.049 0.824 0.169 0.119 0.128 0.921 0.372 0.294 0.222 0.390 0.717 0.254 1.444 0.907 0.200 0.373 0.824 0.742 0.864 0.636 0.183 0.715 0.512 1.636 5.148 0.329 0.122 0.203 0.231 0.169 0.100 0.969 1.271 1.090 1.618 1.219 1.150 1.397 0.359 0.863 0.899 0.619 1.137 3.272 3.713 0.694 0.596 0.300 0.423 0.260 0.247 0.840 1.157 0.502 0.234 6783 chr20 326487 366315 + 0 NA Intergenic Intergenic -14872 NM_021158 57761 Hs.516826 NM_021158 ENSG00000101255 TRIB3 C20orf97|NIPK|SINK|SKIP3|TRB3 tribbles pseudokinase 3 protein-coding 1.827 2.302 1.522 0.664 1.742 1.026 1.026 1.168 2.262 1.267 2.172 1.423 0.337 0.606 2.372 1.148 1.391 0.246 1.317 0.447 0.785 3.712 0.600 0.312 1.182 1.320 1.274 0.639 0.367 1.032 5.988 10.556 2.320 3.397 0.959 4.983 0.255 1.380 0.104 0.398 1.327 1.080 0.727 0.394 0.907 0.792 2.124 0.725 3.800 1.414 2.595 3.954 1.148 1.548 0.851 1.182 1.766 3.504 0.864 1.077 2.215 1.766 1.287 0.897 0.477 0.651 0.279 2.300 3.542 1.010 1.336 1.591 1.504 3.015 0.936 2.956 2.920 1.075 1.557 2.009 2.197 2.572 2.689 2.710 3.107 0.863 1.273 1.315 3.518 0.571 0.370 1047 chr1 204287918 204322003 + 0 NA intron (NM_014935, intron 1 of 22) intron (NM_014935, intron 1 of 22) 24097 NM_014935 22874 Hs.253146 NM_014935 ENSG00000143850 PLEKHA6 PEPP-3|PEPP3 pleckstrin homology domain containing A6 protein-coding 1.730 1.754 1.276 0.162 0.442 0.185 0.525 0.297 0.684 0.039 0.169 0.259 0.043 0.058 1.577 0.689 0.252 0.151 0.345 0.244 0.092 0.037 0.217 0.199 0.444 0.944 0.512 0.065 0.220 0.426 0.309 1.279 0.395 0.600 0.159 0.221 0.014 0.061 0.109 0.024 0.093 0.225 0.083 0.045 0.575 0.370 0.581 0.336 1.294 0.040 0.238 0.867 0.689 0.213 0.027 0.444 0.465 0.950 0.332 0.093 0.348 0.181 0.189 0.521 0.093 0.022 0.009 1.028 1.708 0.701 1.123 0.850 0.922 1.352 0.583 nan nan 3.631 4.149 0.951 1.034 2.831 2.406 0.320 0.478 0.141 0.120 0.631 1.849 0.382 0.366 3856 chr14 106195086 106222327 + 0 NA Intergenic Intergenic -69562 NR_046211 2003 Hs.744419 NR_046211 ELK2AP ELK2|ELK2.1|ELK2P1 ELK2A, member of ETS oncogene family, pseudogene pseudo 1.209 0.651 3.253 0.066 0.070 3.370 0.044 0.106 0.189 0.011 0.049 0.027 0.018 0.058 0.059 0.139 0.071 0.116 0.019 0.021 0.066 0.052 0.076 0.053 0.010 0.038 0.006 0.052 0.008 0.101 0.351 0.135 0.284 0.016 0.094 0.087 0.056 0.080 0.008 0.058 0.058 0.053 0.026 0.012 0.090 0.022 0.154 0.088 0.087 0.006 0.103 0.139 0.044 0.037 0.053 0.045 0.057 0.393 0.051 0.022 0.029 0.051 0.018 0.045 0.023 0.007 0.403 0.433 0.104 0.126 0.293 0.239 0.295 0.130 0.061 0.082 0.158 0.333 0.119 0.138 0.437 0.483 0.331 0.331 0.241 0.310 0.043 0.092 0.067 0.094 10263 chr7 27928283 27942757 + 0 NA intron (NM_175061, intron 2 of 4) intron (NM_175061, intron 2 of 4) 155806 NM_006024 8887 Hs.34576 NM_006024 ENSG00000106052 TAX1BP1 CALCOCO3|T6BP|TXBP151 Tax1 binding protein 1 protein-coding 1.315 1.021 1.043 1.036 0.125 0.275 0.612 0.145 0.282 0.164 0.200 0.531 0.488 0.087 0.132 0.221 1.143 0.205 0.546 0.236 0.061 0.019 0.098 0.129 0.223 0.744 0.279 0.103 0.708 0.823 0.483 3.306 5.823 0.275 0.711 0.175 0.017 0.075 0.153 0.456 0.082 0.134 0.058 0.032 1.137 1.041 0.924 1.269 0.114 0.103 0.043 0.284 0.221 0.601 0.116 0.223 0.359 0.074 0.040 0.052 0.049 0.398 0.048 0.188 0.316 0.080 0.049 0.515 0.462 0.310 nan 0.365 0.437 0.292 0.161 0.433 0.422 0.352 0.627 0.359 0.467 0.367 0.185 0.164 0.254 0.105 0.135 0.437 nan 0.569 0.530 10482 chr7 84152751 84168396 + 0 NA Intergenic Intergenic -1219 NR_110080 101927378 Hs.539042 NR_110079 ENSG00000235139 LOC101927378 - uncharacterized LOC101927378 ncRNA 0.883 0.672 0.771 0.145 0.166 0.024 0.377 0.153 0.128 0.274 0.089 0.672 0.380 0.039 0.045 0.132 0.525 0.083 0.250 0.072 3.060 0.088 0.150 0.137 0.008 0.026 0.009 0.067 0.671 0.276 0.227 0.812 1.112 0.169 0.300 1.947 0.018 0.062 0.181 0.058 0.025 0.655 0.019 0.050 0.104 0.458 0.221 0.115 0.458 0.125 0.976 0.119 0.132 0.425 0.155 0.008 0.768 0.408 0.055 0.297 0.032 0.612 0.070 0.079 0.204 0.030 0.022 0.340 0.309 0.328 1.206 0.255 0.353 0.150 0.077 0.232 0.229 0.681 0.835 0.286 0.266 0.412 0.162 0.177 0.281 0.091 0.123 0.369 nan 0.426 0.477 8877 chr5 41881762 41892898 + 0 NA Intergenic MER4B-int|LTR|ERV1 -16539 NM_000436 5019 Hs.278277 NM_000436 ENSG00000083720 OXCT1 OXCT|SCOT 3-oxoacid CoA-transferase 1 protein-coding 0.576 1.014 1.046 0.083 0.245 0.010 0.148 0.029 0.178 0.069 0.115 0.011 0.082 0.133 0.023 0.267 0.286 0.274 0.017 0.183 0.050 0.128 0.149 0.086 0.043 0.013 0.033 0.122 0.028 0.565 1.008 5.157 0.399 0.117 0.063 0.109 0.126 0.032 0.028 0.049 0.027 0.014 0.029 0.041 0.208 0.047 0.073 0.070 0.664 0.108 0.023 0.167 0.067 0.086 0.066 0.030 0.017 0.068 0.073 0.064 0.058 0.011 0.055 0.016 0.022 0.322 0.207 0.278 0.270 0.338 0.372 0.319 0.223 0.133 0.154 0.338 0.548 0.224 0.239 0.472 0.172 0.185 0.238 0.105 0.111 0.112 0.165 0.546 0.636 3228 chr13 80228879 80256807 + 0 NA Intergenic Intergenic 101981 NR_125772 103724388 Hs.434862 NR_125772 ENSG00000227676 LINC01068 - long intergenic non-protein coding RNA 1068 ncRNA nan nan 0.607 0.052 0.204 0.018 0.106 0.183 0.380 0.017 0.100 0.125 0.027 0.180 0.071 0.349 0.232 0.064 0.057 0.040 4.460 0.080 0.073 0.141 0.038 0.026 0.011 0.054 0.053 0.083 0.275 0.367 0.272 0.047 0.048 0.034 0.027 0.069 0.026 0.169 0.238 0.034 0.022 0.016 0.030 0.153 0.090 0.082 0.115 0.065 0.027 0.349 0.033 0.038 0.141 0.017 0.080 0.003 0.098 0.254 0.054 0.071 0.040 0.038 0.464 0.629 0.512 0.315 0.221 0.433 0.299 0.321 0.641 0.183 0.106 0.107 0.065 0.099 0.230 0.162 0.338 0.107 0.212 0.303 0.099 0.096 0.192 0.299 0.198 0.215 909 chr1 179922683 179927122 + 0 NA intron (NM_014810, intron 1 of 37) intron (NM_014810, intron 1 of 37) 994 NM_014810 9857 Hs.413045 NM_014810 ENSG00000135837 CEP350 CAP350|GM133 centrosomal protein 350 protein-coding nan nan nan 2.624 3.321 1.649 1.967 1.739 2.465 0.773 2.850 1.972 0.737 0.609 5.734 2.721 4.220 0.286 4.387 1.579 1.438 1.070 2.075 1.126 3.757 1.974 1.938 1.767 2.314 1.134 2.447 3.746 2.835 7.391 1.634 2.432 0.411 2.915 0.105 0.826 2.406 2.348 1.963 0.771 2.725 0.911 2.838 1.800 2.645 2.397 2.126 2.202 2.721 3.754 2.938 3.757 1.831 1.436 0.678 2.463 1.845 1.276 4.495 1.446 1.139 1.937 1.260 6.440 6.909 7.961 11.494 nan 8.066 5.573 2.023 13.011 14.269 5.057 6.140 4.495 6.745 4.839 4.990 9.169 15.812 3.968 4.150 5.890 6.299 2.734 1.541 5996 chr2 28802969 28811914 + 0 NA intron (NM_001170585, intron 24 of 56) intron (NM_001170585, intron 24 of 56) 18217 NR_138141 151056 Hs.444933 NM_153021 ENSG00000163803 PLB1 PLB|PLB/LIP phospholipase B1 protein-coding 0.841 0.582 0.694 1.491 0.189 0.068 4.809 0.018 0.230 0.181 1.937 2.882 0.079 0.132 1.464 0.402 0.208 1.957 1.709 0.248 0.062 0.450 0.082 0.093 1.629 1.712 0.468 2.258 1.741 0.619 2.277 0.239 0.667 2.234 2.819 0.053 0.067 0.139 2.124 0.097 5.400 1.714 0.933 1.754 1.391 1.042 7.930 1.292 1.509 5.369 0.945 1.464 1.903 3.853 0.093 0.657 0.539 0.212 0.600 0.909 3.596 0.045 0.102 2.692 1.758 1.945 0.266 0.301 0.316 0.612 0.456 0.404 1.716 0.608 0.656 0.520 0.585 0.959 0.841 nan 0.491 0.214 0.254 0.258 0.332 0.722 0.372 0.485 0.521 0.637 9708 chr6 52147544 52158314 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -3250 NM_001270472 4172 Hs.179565 NM_002388 ENSG00000112118 MCM3 HCC5|P1-MCM3|P1.h|RLFB minichromosome maintenance complex component 3 protein-coding 3.378 1.342 nan 0.874 1.871 1.271 1.262 1.116 2.346 0.123 0.803 0.667 0.142 0.335 0.570 1.974 1.485 0.180 0.864 0.165 1.089 0.399 1.200 0.579 1.912 0.619 0.456 0.123 0.547 0.363 0.552 1.265 0.871 2.889 0.477 0.907 0.838 1.018 0.146 0.723 0.398 1.488 0.767 0.368 0.483 0.248 0.800 1.349 0.476 0.933 1.307 0.398 1.974 1.038 2.677 1.912 0.330 0.401 0.486 1.016 1.262 0.440 0.523 1.030 0.493 0.221 0.255 2.385 1.966 1.629 2.126 2.252 2.396 3.330 1.558 2.475 2.764 1.988 2.611 5.063 7.426 4.552 4.371 1.460 2.017 3.851 4.941 3.566 3.971 2.441 1.379 1124 chr1 217249346 217264337 + 0 NA intron (NM_001350122, intron 1 of 9) MIR3|SINE|MIR -5139 NM_001350125 2104 Hs.444225 NM_001438 ENSG00000196482 ESRRG ERR-gamma|ERR3|ERRg|ERRgamma|NR3B3 estrogen related receptor gamma protein-coding 0.879 2.156 1.555 0.154 2.893 0.019 0.189 0.449 0.931 0.013 0.278 0.412 0.029 0.080 0.160 0.571 0.352 0.195 0.245 0.114 0.025 0.796 1.705 0.880 0.824 0.037 0.029 0.019 0.058 0.014 0.081 0.625 0.076 nan 0.294 0.155 0.517 0.050 0.083 0.094 0.122 0.098 0.165 0.125 0.041 0.036 0.090 0.384 0.212 0.483 1.255 0.341 0.571 0.241 0.031 0.824 0.066 0.061 0.052 0.182 2.643 0.042 2.085 0.082 0.229 0.019 0.010 0.965 1.820 0.728 0.999 1.690 1.864 nan 1.122 0.555 0.559 0.605 nan 2.958 2.384 0.685 0.584 1.151 2.405 2.271 1.656 0.238 0.346 2.756 1.471 2618 chr12 39296917 39301232 + 0 NA intron (NM_153634, intron 1 of 19) intron (NM_153634, intron 1 of 19) 346 NM_153634 144402 Hs.40910 NM_153634 ENSG00000139117 CPNE8 - copine 8 protein-coding 1.266 2.054 1.069 3.292 0.041 3.459 0.234 1.371 2.381 2.438 2.108 1.110 1.137 2.823 0.375 4.137 2.099 3.986 0.362 0.367 0.083 3.031 3.128 2.426 4.732 1.828 3.201 4.800 2.835 1.406 2.201 4.524 5.073 0.120 1.640 5.103 6.348 2.710 2.554 1.485 2.160 7.991 5.277 12.889 2.215 3.238 1.137 4.400 4.602 0.083 1.215 1.943 9.437 2.556 2.848 3.266 1.460 1.177 0.439 0.223 0.120 0.706 0.781 0.167 0.312 0.265 0.113 0.627 0.715 0.441 0.541 0.119 0.198 1.268 1.397 0.018 0.122 0.009 0.024 7.820 9.494 0.173 0.297 2981 chr12 117513764 117590367 + 0 NA intron (NR_120464, intron 2 of 2) MER5B|DNA|hAT-Charlie 14793 NR_120464 101928244 Hs.742266 NR_120464 TESC-AS1 - TESC antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan nan 1.377 0.838 0.374 3.811 0.138 0.339 0.598 0.010 0.424 0.057 0.020 0.388 2.449 0.403 0.113 0.107 0.083 0.022 0.046 0.036 0.160 0.154 0.327 0.311 0.218 0.072 0.096 0.070 0.194 0.866 0.157 1.756 0.028 1.318 0.103 0.117 0.124 0.080 0.175 0.262 0.105 0.077 0.094 0.053 0.073 0.217 3.039 0.096 0.727 1.719 0.403 0.069 0.048 0.327 0.697 0.139 0.355 0.272 0.346 0.046 0.069 0.081 0.069 0.074 0.046 0.521 0.704 0.204 0.324 nan nan nan 0.336 0.701 0.670 1.009 1.405 nan nan 0.654 0.503 0.260 0.305 0.541 0.662 0.319 0.582 nan 1.208 4266 chr16 18265339 18288289 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 149705 NM_001282507 101059938 Hs.634612 NM_001282507 ENSG00000214967 NPIPA7 - nuclear pore complex interacting protein family member A7 protein-coding 0.714 0.732 nan 0.081 0.504 0.089 0.031 0.126 0.286 0.096 0.097 0.057 0.008 0.078 0.101 0.378 0.093 0.106 0.038 0.017 0.020 0.012 0.062 0.089 0.086 0.012 0.019 0.051 0.068 0.018 0.185 0.776 0.074 3.729 0.013 0.077 0.050 0.065 0.091 0.010 0.097 0.095 0.010 0.017 0.010 0.030 0.080 0.135 0.053 0.106 0.059 0.090 0.378 0.047 0.032 0.086 0.016 0.188 0.065 0.058 0.089 0.035 0.013 0.103 0.023 0.018 0.004 0.325 0.234 0.156 0.108 0.319 0.436 0.236 0.152 0.178 0.137 0.221 0.341 2.062 2.327 nan 0.328 0.142 0.192 0.137 0.204 0.178 0.324 0.752 0.536 8317 chr4 38008859 38018766 + 0 NA intron (NM_015173, intron 2 of 19) intron (NM_015173, intron 2 of 19) 51756 NM_006607 10744 Hs.668806 NM_006607 ENSG00000250254 PTTG2 - pituitary tumor-transforming 2 protein-coding 0.858 0.628 0.849 0.051 0.497 0.113 0.494 0.081 0.281 0.108 0.125 0.083 0.006 0.050 0.262 0.348 0.219 0.146 0.192 0.078 0.006 3.186 1.046 0.096 0.063 0.044 0.073 0.082 0.032 0.082 0.180 0.069 1.176 0.088 0.064 0.238 0.066 0.073 0.161 0.176 0.043 0.032 0.033 0.046 0.203 0.151 0.066 0.260 0.190 0.074 0.348 0.161 0.197 0.096 0.037 0.063 0.117 0.058 0.020 0.112 0.120 0.236 0.023 0.151 0.064 0.448 0.320 0.968 3.392 0.372 0.369 2.768 1.320 0.180 0.247 1.111 1.545 0.562 0.712 0.975 0.640 0.257 0.387 0.712 0.903 0.394 0.764 4.045 2.094 10010 chr6 149552787 149557463 + 0 NA intron (NM_001292035, intron 2 of 6) L3|LINE|CR1 16065 NR_125861 23118 Hs.269775 NM_015093 ENSG00000055208 TAB2 CHTD2|MAP3K7IP2|TAB-2 TGF-beta activated kinase 1 (MAP3K7) binding protein 2 protein-coding nan 2.861 nan 1.509 0.794 0.035 4.179 0.034 0.162 0.062 4.027 5.134 0.053 0.065 0.133 4.592 1.537 0.240 3.937 1.991 0.296 0.059 0.102 0.053 0.072 3.607 2.592 0.062 3.780 2.645 5.834 12.968 5.484 0.694 3.309 4.728 0.041 0.138 0.094 3.966 0.050 3.076 1.318 0.934 4.051 6.129 2.045 0.491 0.836 0.973 1.258 0.885 4.592 3.845 7.566 0.072 2.218 0.373 0.084 0.748 1.235 2.999 0.016 0.174 5.340 2.217 1.922 0.457 0.284 0.472 1.370 0.408 0.539 2.703 0.581 0.254 0.176 0.122 0.166 0.878 1.079 0.757 0.424 0.090 0.260 0.274 0.097 0.211 0.316 0.904 0.520 5618 chr19 35079320 35090960 + 0 NA exon (NM_001025591, exon 2 of 3) exon (NM_001025591, exon 2 of 3) 350 NM_001025591 284402 Hs.656990 NM_001025591 ENSG00000205209 SCGB2B2 SCGB4A2|SCGBL secretoglobin family 2B member 2 protein-coding 0.627 0.542 1.124 0.193 0.476 0.057 0.174 0.042 0.183 0.008 0.093 0.080 0.016 0.060 0.062 0.130 0.086 0.112 0.178 0.114 0.030 0.024 0.067 0.115 0.051 0.065 0.031 0.054 0.069 0.064 0.077 0.234 0.057 0.787 0.012 0.041 0.025 0.019 0.069 0.025 0.006 0.127 0.092 0.051 0.066 0.072 0.135 0.095 0.151 0.133 0.034 0.086 0.130 0.158 0.008 0.051 0.148 0.036 0.003 0.045 0.283 0.020 0.059 0.043 0.007 0.025 0.004 0.247 0.194 0.238 0.285 0.411 0.300 0.285 0.114 0.289 0.311 0.308 0.424 0.149 0.187 nan 0.211 0.279 0.317 0.112 0.127 0.112 0.169 3.316 1.705 11256 chr8 124623029 124629795 + 0 NA Intergenic Intergenic 38778 NM_001081675 340359 Hs.450252 NM_001081675 ENSG00000175946 KLHL38 C8ORFK36 kelch like family member 38 protein-coding nan nan nan 0.239 0.770 0.106 0.799 0.379 0.692 0.070 0.268 0.406 0.036 0.177 1.141 0.146 0.368 0.121 0.751 1.506 0.066 0.041 0.253 0.072 0.285 1.222 0.673 0.032 0.369 4.167 0.302 1.173 0.477 nan 0.449 0.254 0.159 0.048 0.063 0.053 0.046 0.205 0.107 0.035 3.316 0.156 0.193 0.392 0.548 0.102 0.279 1.065 0.146 0.411 0.282 0.285 0.091 0.900 0.052 0.215 0.120 0.211 0.030 0.143 0.068 0.077 0.045 0.280 0.152 0.196 0.211 0.759 0.769 1.364 0.276 nan nan 0.200 0.399 2.248 1.254 0.293 0.154 0.223 0.344 0.736 1.058 0.308 0.349 1.654 1.120 7490 chr22 50707456 50766384 + 0 NA intron (NM_012401, intron 1 of 36) intron (NM_012401, intron 1 of 36) 9081 NM_012401 23654 Hs.3989 NM_012401 ENSG00000196576 PLXNB2 MM1|Nbla00445|PLEXB2|dJ402G11.3 plexin B2 protein-coding 1.489 1.016 nan 3.123 0.545 0.759 1.189 0.640 1.147 1.225 2.041 0.375 0.931 0.603 0.287 1.723 0.510 0.143 2.084 0.742 0.806 0.308 0.292 0.206 1.235 0.739 0.809 0.745 3.291 0.925 4.648 7.720 5.598 1.484 1.101 0.695 0.314 1.394 0.093 0.552 0.253 1.989 0.971 0.421 1.183 1.012 2.569 0.504 1.762 1.093 0.616 1.313 1.723 1.896 0.514 1.235 0.870 2.570 0.276 1.466 1.548 0.548 0.228 0.126 0.832 0.403 0.258 0.807 1.297 0.981 2.189 1.398 1.346 0.844 0.364 0.921 0.983 0.868 1.356 2.119 2.742 1.148 1.000 0.505 0.720 0.948 1.055 0.506 0.580 0.944 0.560 450 chr1 68173467 68205182 + 0 NA intron (NM_018841, intron 2 of 3) MIR|SINE|MIR 38464 NM_001924 1647 Hs.80409 NM_001924 ENSG00000116717 GADD45A DDIT1|GADD45 growth arrest and DNA damage inducible alpha protein-coding 1.728 1.102 nan 0.496 0.549 0.663 1.583 0.419 0.684 0.153 0.744 1.196 0.032 1.551 0.877 1.820 1.293 0.248 1.305 1.045 0.149 0.031 0.895 0.482 0.612 0.773 0.419 0.192 0.718 0.666 0.774 3.697 0.257 1.399 0.728 0.149 0.352 0.109 0.101 0.916 0.193 0.226 0.118 0.086 1.158 0.558 0.328 0.503 0.703 0.775 1.497 0.624 1.820 1.037 0.373 0.612 0.471 0.288 0.172 0.164 0.871 0.366 0.157 0.441 0.366 0.118 0.065 0.474 0.560 3.234 2.206 0.822 0.805 3.446 1.346 0.313 0.292 nan nan 2.071 nan 0.449 0.309 0.235 0.458 1.059 1.062 0.674 2.194 2.240 1.270 11538 chr9 36934716 36941941 + 0 NA intron (NR_104000, intron 6 of 9) intron (NR_104000, intron 6 of 9) -44800 NR_039687 100616456 NR_039687 ENSG00000265368 MIR4476 mir-4476 microRNA 4476 ncRNA 1.172 nan 3.009 0.089 0.072 0.046 0.558 0.553 1.041 0.011 0.042 0.102 0.017 0.014 0.171 0.442 0.112 0.067 0.088 0.027 0.009 0.038 1.532 0.811 1.060 0.170 0.071 0.124 0.048 0.088 0.096 0.618 0.147 0.427 0.061 0.059 3.459 0.076 0.120 0.033 0.177 0.102 0.067 0.054 0.106 0.032 0.053 0.125 0.214 0.126 0.031 0.166 0.442 0.089 0.091 1.060 0.084 0.103 0.034 0.294 0.014 0.088 0.111 0.512 0.018 0.032 0.007 0.192 0.317 0.192 0.324 0.862 1.391 3.135 0.960 0.145 0.189 0.641 1.061 0.282 0.666 0.435 0.278 0.291 0.510 7.710 8.172 0.580 1.972 0.910 0.756 7496 chr3 4851481 4881331 + 0 NA intron (NM_001168272, intron 59 of 60) intron (NM_001168272, intron 59 of 60) -73132 NR_004428 100126791 Hs.663059 NR_004428 ENSG00000235947 EGOT EGO|NCRNA00190 eosinophil granule ontogeny transcript (non-protein coding) ncRNA 0.729 1.198 0.626 0.298 0.038 0.097 2.223 0.086 0.161 0.599 0.943 2.546 0.010 0.090 0.107 0.169 0.278 0.097 1.310 1.136 0.062 0.019 0.090 0.038 0.012 0.976 0.838 0.052 2.268 1.346 3.093 6.680 1.953 0.757 1.411 1.897 0.038 0.076 0.065 0.400 0.048 0.414 0.325 0.207 0.566 0.537 0.532 0.773 0.740 0.100 0.039 1.013 0.169 1.312 0.312 0.012 0.735 0.111 0.022 0.172 0.234 0.278 0.051 0.303 0.455 0.118 0.048 0.198 0.204 0.442 0.842 0.448 0.432 0.073 0.052 0.356 0.302 0.220 0.370 0.326 0.342 0.481 0.411 0.200 0.193 0.131 0.193 0.530 1.225 0.263 0.235 7196 chr21 36506513 36526586 + 0 NA Intergenic Intergenic -94954 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 0.614 0.584 0.772 4.675 0.117 0.073 2.295 0.160 0.329 0.375 0.071 1.218 0.068 0.026 0.181 0.352 0.152 0.121 0.559 0.283 0.104 0.014 0.024 0.053 0.234 0.390 0.224 0.067 0.853 1.909 0.217 0.453 0.612 0.534 1.763 0.053 0.009 0.005 0.080 0.906 0.024 0.657 0.201 0.144 0.392 0.489 1.808 0.299 0.126 0.878 0.047 0.470 0.352 0.387 0.391 0.234 0.415 0.317 0.024 0.072 0.025 0.531 0.084 0.024 1.120 1.194 1.057 0.713 0.997 4.331 12.417 0.381 0.536 0.391 0.102 0.301 0.342 0.172 0.270 0.438 0.420 0.407 0.157 0.221 0.376 0.083 0.095 0.169 0.224 nan 0.658 4951 chr17 70437506 70469167 + 0 NA intron (NR_036488, intron 1 of 3) AluSx1|SINE|Alu 114384 NR_135222 146795 Hs.651743 NR_135222 ENSG00000264026 LINC02003 - long intergenic non-protein coding RNA 2003 ncRNA 1.019 0.870 0.755 1.180 0.374 0.127 1.440 0.510 1.103 1.047 0.240 0.916 0.010 0.104 0.193 0.331 0.127 0.143 0.952 0.533 0.189 0.009 0.290 0.212 0.620 0.607 0.347 0.007 0.471 0.437 0.994 3.610 0.317 0.816 0.657 1.961 0.063 0.038 0.106 0.361 0.133 0.955 0.099 0.069 0.490 0.286 0.749 0.262 4.920 0.251 0.200 0.661 0.331 2.897 0.155 0.620 0.549 1.591 0.269 0.284 0.084 0.584 0.468 0.066 0.903 0.053 0.053 1.256 1.739 1.015 2.064 0.397 0.466 0.714 0.263 0.273 0.289 nan 0.926 1.017 1.479 0.792 0.481 0.842 1.381 0.273 0.322 0.144 0.234 nan 0.492 1405 chr10 28820315 28824358 + 0 NA promoter-TSS (NM_100486) promoter-TSS (NM_100486) -85 NM_016628 51322 Hs.743224 NM_016628 ENSG00000095787 WAC BM-016|DESSH|PRO1741|Wwp4 WW domain containing adaptor with coiled-coil protein-coding 6.027 5.594 7.190 6.975 3.248 3.138 3.431 5.672 10.847 3.218 8.679 3.491 2.828 1.486 4.444 4.224 10.030 0.757 5.936 1.218 7.296 8.372 2.778 1.188 9.144 2.552 4.630 5.691 6.320 2.010 5.321 6.343 5.072 11.317 1.123 4.167 1.567 5.729 0.124 2.984 3.443 4.291 9.435 3.827 3.260 4.440 4.213 6.125 8.174 5.357 4.409 6.377 4.224 8.273 4.104 9.144 3.870 5.299 0.915 8.054 3.615 4.219 2.043 3.950 3.557 5.055 3.347 8.458 9.117 12.139 15.847 12.379 11.810 9.628 8.161 22.810 23.242 5.054 6.680 8.753 17.088 7.160 8.181 6.556 9.727 5.196 5.747 11.401 7.700 2.985 1.472 11992 chrX 149856407 149873711 + 0 NA intron (NR_148676, intron 1 of 16) MLT1K|LTR|ERVL-MaLR 3222 NR_148676 8776 Hs.347187 NM_003828 ENSG00000063601 MTMR1 - myotubularin related protein 1 protein-coding nan 1.311 1.812 4.150 0.482 0.823 2.204 0.428 0.877 0.432 0.463 0.401 0.961 0.593 1.061 1.162 0.418 0.100 0.665 0.285 0.544 0.152 0.336 0.299 0.894 0.384 0.300 0.403 0.991 0.531 0.734 1.294 0.602 1.265 0.514 0.257 0.133 0.203 0.028 0.164 0.367 1.787 0.724 0.265 0.539 0.848 1.834 0.919 0.470 0.905 0.170 0.558 1.162 1.256 0.507 0.894 0.235 0.575 0.167 0.822 0.935 0.736 0.172 0.572 0.858 0.712 0.555 0.612 0.720 1.248 1.999 1.716 1.441 2.191 0.879 2.115 2.000 0.772 1.028 1.102 1.220 1.733 1.762 0.380 0.664 0.779 0.610 1.063 2.022 1.325 0.787 9507 chr6 24650014 24670395 + 0 NA intron (NM_016614, intron 2 of 6) MLT1H1|LTR|ERVL-MaLR 6911 NM_016614 51567 Hs.403010 NM_016614 ENSG00000111802 TDP2 AD022|EAP2|EAPII|TTRAP|dJ30M3.3|hTDP2 tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 protein-coding 1.741 1.211 nan 0.892 1.285 0.359 0.508 0.523 0.935 0.137 2.338 1.462 0.222 0.668 0.673 1.000 0.612 0.229 1.292 0.520 5.839 0.402 0.549 0.358 1.187 2.019 1.715 0.271 0.437 0.314 0.762 1.020 1.044 nan 0.654 4.099 0.160 0.855 0.098 0.278 0.392 0.905 0.815 0.472 0.289 0.210 2.119 0.920 1.750 1.151 1.364 2.147 1.000 1.506 0.969 1.187 1.818 0.477 0.123 0.772 0.494 0.797 0.297 0.347 0.352 0.175 0.124 1.926 1.667 1.534 nan 1.847 1.814 nan 0.526 1.554 1.706 1.176 1.496 1.561 2.121 1.079 0.840 0.540 1.180 1.051 0.911 0.834 1.544 1.265 0.835 8652 chr4 182468887 182493386 + 0 NA Intergenic Intergenic 269990 NR_147188 105377573 Hs.333288 NR_147188 ENSG00000251336 TEMN3-AS1 - TENM3 antisense transcript 1 ncRNA nan 0.692 nan 0.403 0.038 0.037 0.307 0.432 0.801 0.012 0.083 0.330 0.020 0.193 0.112 0.120 0.075 0.063 0.125 0.031 0.023 0.023 0.220 0.073 0.111 0.003 0.009 0.009 0.042 0.013 0.083 0.059 0.038 0.117 0.138 0.303 0.046 0.151 0.082 0.125 0.077 0.252 0.233 0.146 0.063 0.026 0.028 1.847 0.030 0.076 0.003 0.024 0.120 0.064 0.111 0.010 0.064 0.016 0.031 0.120 0.054 0.020 0.030 0.167 0.162 0.183 0.182 0.112 0.204 0.276 0.256 0.355 3.888 1.195 0.146 0.129 0.084 0.175 0.342 0.280 0.379 0.180 0.106 0.124 0.326 0.459 0.075 0.135 0.470 0.443 4442 chr16 72457581 72466582 + 0 NA intron (NR_126330, intron 6 of 13) intron (NR_126330, intron 6 of 13) 236827 NR_126330 101927957 Hs.637253 NR_126330 ENSG00000261008 LINC01572 - long intergenic non-protein coding RNA 1572 ncRNA 1.554 0.616 nan 0.096 0.117 0.032 0.055 0.234 0.274 0.011 0.103 0.102 0.054 0.019 0.099 0.033 0.035 0.128 0.063 0.036 0.015 0.087 0.092 0.519 0.016 0.016 0.025 0.054 0.027 0.108 0.100 7.124 0.036 0.021 0.048 0.079 0.026 0.031 0.014 0.026 0.008 0.089 0.121 0.063 0.064 0.044 0.047 0.099 0.111 0.041 0.519 0.014 0.027 0.237 0.045 0.011 0.078 1.027 0.069 0.034 0.006 0.006 7.711 9.699 0.656 0.488 0.217 0.304 0.158 0.061 24.617 25.526 0.223 0.418 0.170 0.263 0.458 0.220 0.689 1.712 0.348 0.303 0.099 0.216 1.167 0.806 7328 chr22 23620403 23629279 + 0 NA intron (NM_021574, intron 8 of 21) intron (NM_021574, intron 8 of 21) 19887 NR_033408 26226 Hs.729589 NR_033408 ENSG00000230701 FBXW4P1 FBW3|FBXW3|SHFM3P1 F-box and WD repeat domain containing 4 pseudogene 1 pseudo 0.668 nan 0.811 1.071 0.258 1.584 1.876 0.109 0.318 0.022 0.588 0.187 0.021 0.078 0.112 0.217 0.221 0.072 1.118 0.790 0.107 0.047 0.088 0.124 0.277 0.835 0.724 0.195 4.353 1.502 1.651 nan 1.074 1.451 0.429 2.265 0.032 0.122 0.062 0.517 0.072 0.674 0.346 0.253 1.157 0.500 0.326 0.131 0.303 0.129 0.009 1.026 0.217 3.909 0.805 0.277 0.410 0.149 0.348 0.110 0.115 0.531 0.067 0.140 0.755 0.052 0.011 0.324 0.462 0.361 0.697 0.777 1.087 0.239 0.131 0.514 0.487 0.803 1.247 0.856 0.682 0.516 0.464 0.224 0.185 0.085 0.162 0.246 0.492 1.217 0.740 5161 chr18 11977898 11983212 + 0 NA promoter-TSS (NM_014214) promoter-TSS (NM_014214) -872 NM_014214 3613 Hs.743311 NM_014214 ENSG00000141401 IMPA2 - inositol monophosphatase 2 protein-coding 4.843 2.845 2.468 1.749 3.863 1.124 1.893 0.485 1.058 1.030 5.198 1.812 0.129 2.007 1.907 0.456 1.119 0.634 3.507 1.146 1.443 1.477 0.441 0.389 1.642 2.070 2.472 1.373 1.980 0.710 1.816 4.509 3.959 3.841 2.069 3.215 0.036 2.738 0.152 0.842 0.956 5.009 2.356 1.344 1.150 0.842 1.735 1.044 3.812 3.017 2.854 2.562 0.456 6.623 3.075 1.642 0.805 1.561 0.548 5.002 1.591 2.704 0.351 0.743 0.454 0.390 0.208 0.960 0.856 2.738 4.166 5.122 2.981 7.389 2.351 4.282 3.936 1.481 1.950 5.015 8.952 2.595 3.573 0.418 1.106 0.452 0.398 3.946 3.339 1.705 1.159 5822 chr19 56109576 56118492 + 0 NA exon (NM_153219, exon 2 of 2) exon (NM_153219, exon 2 of 2) 2328 NM_153219 147807 Hs.440291 NM_153219 ENSG00000171443 ZNF524 - zinc finger protein 524 protein-coding 4.631 3.041 5.140 5.375 4.653 5.180 2.116 4.659 9.176 2.087 5.102 2.735 2.359 2.628 6.168 4.989 2.774 0.399 3.373 1.013 3.673 2.994 1.982 0.778 5.161 1.309 1.711 4.547 3.769 0.992 3.672 7.085 5.520 8.254 1.478 3.146 1.364 5.586 0.207 1.948 3.496 7.134 3.498 1.399 4.065 2.336 3.762 2.300 6.413 3.314 3.884 2.160 4.989 3.985 2.842 5.161 2.278 3.717 1.665 5.285 2.457 3.766 2.793 2.823 2.279 2.630 1.727 7.912 7.483 4.684 6.185 8.820 8.337 8.583 6.079 6.462 7.111 3.917 5.150 7.529 11.397 8.648 7.186 4.564 5.160 5.417 5.769 5.313 6.302 4.209 1.892 1729 chr10 135069689 135078143 + 0 NA Intergenic Intergenic -12527 NR_108079 101927671 Hs.741766 NR_108078 ENSG00000166917 MIR202HG - MIR202 host gene ncRNA 0.811 0.847 2.240 1.517 0.658 1.171 5.330 0.642 1.395 0.555 3.368 2.618 0.109 0.342 1.430 0.105 0.400 0.076 5.092 2.860 5.131 1.162 0.463 0.159 1.784 2.611 3.598 1.409 6.108 2.571 3.075 7.699 1.172 1.363 1.489 2.685 0.166 1.098 0.100 2.590 0.169 6.310 2.507 1.301 2.713 0.597 0.746 3.201 2.698 2.986 0.866 5.254 0.105 5.876 5.817 1.784 3.984 0.736 0.503 5.454 1.618 2.860 0.140 0.189 3.555 1.199 1.141 0.517 0.776 0.607 1.063 1.018 0.849 2.618 0.744 0.548 0.661 0.343 0.581 1.688 3.319 0.469 0.645 0.244 0.246 0.573 0.398 0.335 0.423 0.954 0.583 6674 chr2 223517742 223522355 + 0 NA intron (NM_005687, intron 1 of 16) intron (NM_005687, intron 1 of 16) 1026 NM_005687 10056 Hs.471452 NM_005687 ENSG00000116120 FARSB FARSLB|FRSB|HSPC173|PheHB|PheRS phenylalanyl-tRNA synthetase subunit beta protein-coding nan 3.667 3.958 3.620 5.793 3.356 4.533 3.283 6.972 0.998 2.426 2.745 1.130 1.285 2.253 6.181 2.823 0.278 3.075 1.188 2.878 1.743 3.596 2.196 6.726 3.105 2.775 1.372 3.337 0.890 5.032 6.875 3.415 nan 1.934 4.704 0.993 3.491 0.252 1.465 1.714 3.013 2.995 1.183 2.840 2.162 6.775 2.546 2.123 2.735 1.679 1.538 6.181 3.941 5.609 6.726 1.143 1.740 1.758 3.381 2.224 2.983 2.384 2.621 2.338 2.188 1.663 10.239 7.649 8.647 11.101 8.376 8.940 6.905 5.763 16.925 18.038 5.271 6.520 9.506 15.874 10.809 10.293 8.489 9.296 5.328 7.393 7.515 nan 4.221 2.285 9163 chr5 125673751 125726137 + 0 NA intron (NM_001146319, intron 1 of 13) MIR|SINE|MIR 4156 NM_001146319 65983 Hs.363558 NM_023927 ENSG00000155324 GRAMD2B GRAMD3|NS3TP2 GRAM domain containing 2B protein-coding nan 0.885 0.900 0.428 0.097 0.021 0.907 0.110 0.263 0.497 0.677 2.346 0.150 0.174 0.103 0.120 0.906 0.111 0.949 0.459 1.887 0.023 0.128 0.138 0.080 3.760 2.816 0.132 1.017 1.416 1.076 4.000 2.845 0.970 0.413 0.075 0.191 0.118 0.144 0.539 0.079 1.166 0.100 0.080 3.102 0.732 0.767 0.254 0.129 0.083 0.290 1.061 0.120 0.645 0.143 0.080 0.587 0.112 0.019 0.177 0.106 0.793 0.234 0.068 0.595 1.037 0.883 0.249 0.150 0.490 nan 0.203 0.303 0.377 0.114 0.359 0.385 0.231 0.371 0.280 0.280 0.349 0.175 0.151 0.235 0.661 0.731 0.205 0.446 0.428 0.352 9641 chr6 41421113 41428474 + 0 NA Intergenic Intergenic -45389 NR_120347 103106903 Hs.563396 NR_120347 ENSG00000226917 LINC01276 - long intergenic non-protein coding RNA 1276 ncRNA 1.829 1.232 1.405 0.078 1.574 0.173 0.193 1.155 2.575 0.013 0.179 0.099 0.519 0.701 1.002 0.131 0.111 0.089 0.026 0.017 0.957 0.322 6.815 0.066 0.010 0.031 0.040 0.088 0.754 0.089 1.640 0.080 0.101 0.786 0.059 0.078 0.016 0.151 0.100 0.041 0.011 0.030 0.021 0.052 0.238 0.188 0.029 0.074 0.154 1.002 0.096 0.076 6.815 0.049 0.103 0.074 0.139 0.844 0.086 0.633 0.055 0.040 0.016 0.007 0.705 0.957 0.288 0.585 4.798 4.952 5.936 3.742 0.397 0.397 0.112 0.264 7.037 8.421 0.507 0.282 0.506 1.191 3.127 1.798 0.202 0.575 3.211 2.021 8453 chr4 82601251 82624865 + 0 NA Intergenic Intergenic -219976 NM_152545 153020 Hs.591696 NM_152545 ENSG00000138670 RASGEF1B GPIG4 RasGEF domain family member 1B protein-coding 0.830 0.611 0.722 0.073 0.153 0.113 0.075 2.005 3.873 0.020 0.033 0.090 0.024 0.051 0.215 0.326 0.082 0.082 0.058 0.032 0.008 0.046 0.073 0.173 0.021 0.003 0.012 0.069 0.035 0.053 0.078 0.584 0.022 0.064 0.432 0.032 0.089 0.010 0.688 0.136 0.008 0.003 0.042 0.027 0.061 0.175 0.131 0.024 0.023 0.121 0.326 0.054 0.019 0.173 0.042 0.091 0.021 0.034 0.460 0.013 0.021 0.162 0.010 0.020 0.004 0.306 0.175 0.258 0.243 0.450 0.459 5.423 1.741 0.265 0.259 0.382 nan 0.815 0.460 1.040 0.871 0.067 0.141 1.294 1.307 0.288 nan 0.754 0.508 3202 chr13 72356916 72378951 + 0 NA intron (NM_004392, intron 2 of 7) AluJo|SINE|Alu 73397 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.080 1.144 0.033 0.084 0.028 0.032 0.288 0.514 0.004 0.053 0.046 0.009 0.022 0.144 0.905 0.051 0.103 0.058 0.005 0.038 0.092 0.113 0.136 0.009 0.013 0.003 0.037 0.019 0.092 0.070 0.026 0.333 0.026 0.076 0.225 0.039 0.077 0.011 0.237 0.042 0.008 0.018 0.015 0.014 0.100 0.091 0.015 0.019 0.039 0.017 0.905 0.003 0.025 0.136 0.033 0.045 0.392 0.021 0.023 0.007 0.081 1.335 0.024 0.013 0.004 0.671 0.688 0.199 0.341 1.328 1.802 nan 0.151 0.110 0.122 0.686 0.838 0.252 0.256 nan 1.537 0.229 0.382 0.489 0.917 2.642 nan 0.188 0.188 6550 chr2 191501709 191522204 + 0 NA Intergenic Intergenic -1665 NM_001321313 4664 Hs.107474 NM_005966 ENSG00000138386 NAB1 - NGFI-A binding protein 1 protein-coding 2.155 nan 1.765 0.802 1.233 1.685 0.674 0.713 1.322 0.625 1.330 0.514 0.509 0.215 0.619 0.924 1.227 0.149 0.747 0.222 1.281 0.710 0.657 0.456 1.817 0.456 0.345 0.831 0.584 0.232 0.726 1.845 0.566 5.424 0.385 0.694 0.458 2.007 0.122 0.261 0.446 3.489 0.797 0.439 0.362 0.255 0.685 0.594 2.218 1.061 0.301 0.548 0.924 0.580 0.563 1.817 0.274 0.468 0.266 1.461 0.890 0.259 4.718 0.372 0.666 0.216 0.122 2.599 3.076 2.768 3.075 2.911 2.548 1.545 0.603 2.818 2.655 3.152 3.887 1.952 2.855 1.222 1.289 3.866 7.738 1.687 2.026 1.146 1.277 0.988 0.633 356 chr1 46148134 46155592 + 0 NA intron (NM_021639, intron 1 of 12) CpG 439 NM_021639 60313 Hs.238432 NM_021639 ENSG00000159592 GPBP1L1 SP192 GC-rich promoter binding protein 1 like 1 protein-coding nan 2.874 nan 4.574 5.469 4.190 3.582 2.308 4.714 2.124 3.568 3.031 2.017 2.488 4.496 2.586 3.740 0.470 2.991 0.940 3.428 2.097 3.456 1.636 2.124 1.921 2.202 1.629 3.229 1.720 4.858 7.083 3.469 12.159 2.266 2.934 0.664 4.169 0.131 1.407 2.426 5.305 3.039 1.447 2.837 3.349 3.965 2.885 2.816 3.637 2.058 2.059 2.586 4.818 4.848 2.124 1.464 2.779 1.442 4.723 2.095 2.391 4.566 2.308 1.844 2.389 1.447 5.335 4.973 6.102 9.463 9.080 7.913 5.736 2.484 19.002 20.792 5.154 nan nan 14.665 4.797 5.153 5.711 nan 3.172 4.451 5.962 7.612 3.526 1.739 2396 chr12 655154 663687 + 0 NA intron (NM_173593, intron 10 of 19) intron (NM_173593, intron 10 of 19) 36232 NR_134624 105369595 Hs.504422 NR_134624 LOC105369595 - uncharacterized LOC105369595 ncRNA 1.161 nan nan 0.116 0.348 0.105 0.151 0.282 0.424 0.034 0.064 0.087 0.034 0.389 0.232 0.230 0.151 0.126 0.133 0.030 0.032 0.130 0.143 0.237 0.187 0.069 0.094 0.146 0.075 0.131 0.346 0.184 0.431 0.034 0.088 0.011 0.127 0.110 0.014 5.625 0.086 0.043 0.037 0.064 0.089 0.170 0.267 0.296 0.392 0.057 0.110 0.232 0.246 0.139 0.237 0.058 0.129 1.387 0.336 0.083 0.019 0.082 0.086 0.027 0.027 0.024 0.231 0.357 0.359 0.552 nan 1.240 0.879 0.338 0.542 0.588 0.661 1.017 0.414 0.664 0.593 0.341 0.559 0.451 0.326 0.520 0.421 nan 1.222 0.676 5377 chr18 56609517 56640653 + 0 NA intron (NR_148459, intron 9 of 11) AluSz6|SINE|Alu -77826 NR_024021 390858 Hs.716280 NR_024021 OACYLP ACYL3P O-acyltransferase like, pseudogene pseudo nan 1.076 1.345 0.168 0.250 0.186 0.179 0.141 0.422 0.028 0.189 0.369 0.022 0.052 0.378 0.304 0.354 0.116 0.068 0.006 0.097 0.022 0.188 0.174 0.482 0.374 0.184 0.068 0.069 0.014 0.057 0.141 0.048 0.421 0.066 0.085 0.073 0.084 0.087 0.019 0.383 0.078 0.017 0.027 0.102 0.061 0.158 0.122 1.186 0.071 0.659 0.098 0.304 0.044 0.062 0.482 0.064 0.030 0.128 0.057 0.069 0.116 0.057 1.995 0.136 0.011 0.661 0.521 0.722 0.655 0.733 0.899 0.888 0.374 1.444 1.345 0.644 0.965 0.858 0.958 2.017 2.019 0.182 0.318 0.323 0.365 1.164 4.368 nan 1.124 4325 chr16 30619880 30632242 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -3965 NR_073481 115509 Hs.454685 NM_138447 ENSG00000156853 ZNF689 TIPUH1 zinc finger protein 689 protein-coding 2.135 1.451 3.396 1.580 2.098 1.804 0.631 0.791 1.296 0.379 1.452 0.775 0.135 2.275 0.879 1.622 0.600 0.117 0.675 0.323 1.336 0.482 0.620 0.309 2.283 0.755 0.899 0.921 0.817 0.246 1.218 1.858 0.880 3.708 0.643 1.316 0.237 1.078 0.111 0.352 0.894 1.187 0.892 0.453 0.979 0.536 1.001 0.965 1.525 2.394 1.304 1.141 1.622 0.595 1.400 2.283 0.544 0.476 0.551 1.633 1.557 0.920 0.555 0.511 0.966 0.606 0.464 2.077 1.750 1.224 1.808 2.128 2.146 6.532 2.492 2.746 2.842 1.925 2.393 3.454 4.642 3.004 2.637 1.537 1.913 2.002 2.064 1.556 1.416 1.772 1.021 807 chr1 159905919 159917453 + 0 NA intron (NM_020789, intron 3 of 20) intron (NM_020789, intron 3 of 20) 3700 NM_020789 57549 Hs.591472 NM_020789 ENSG00000085552 IGSF9 FP18798|IGSF9A|Nrt1 immunoglobulin superfamily member 9 protein-coding nan nan 2.481 0.524 1.203 7.914 1.312 4.250 7.765 0.625 0.273 0.300 0.370 0.087 1.060 1.811 0.137 0.178 1.170 0.426 0.263 0.024 0.587 0.706 3.474 0.186 0.064 0.332 0.896 0.954 0.715 2.148 1.356 11.057 0.925 0.094 2.811 0.329 0.076 0.489 0.361 0.225 0.115 0.054 0.488 0.499 0.852 0.176 0.553 0.215 0.055 1.147 1.811 1.165 0.172 3.474 1.265 1.049 1.031 2.117 0.096 0.453 1.291 0.699 0.086 0.055 0.021 1.742 2.140 1.821 2.713 10.119 nan 0.976 0.282 1.335 1.359 1.247 1.762 4.074 5.365 0.839 0.932 1.730 3.339 5.869 6.283 2.034 5.746 1.579 1.023 3897 chr15 33418233 33448012 + 0 NA intron (NM_001277313, intron 4 of 20) L1M5|LINE|L1 53812 NM_001277314 342184 Hs.657649 NM_198500 ENSG00000248905 FMN1 FMN|LD formin 1 protein-coding 0.794 nan nan 0.053 0.201 0.349 0.328 0.108 0.217 0.084 0.153 0.826 0.025 0.186 1.803 0.691 0.521 0.118 0.189 0.057 0.038 0.009 0.115 0.158 0.025 0.116 0.056 0.027 0.159 0.183 0.289 1.702 0.234 0.482 0.210 0.124 0.121 0.029 0.090 0.123 0.016 0.068 0.092 0.042 0.142 0.051 0.139 1.313 0.292 0.165 0.122 0.145 0.691 0.098 0.167 0.025 0.255 0.050 0.100 0.218 0.461 0.119 1.483 0.050 0.648 0.678 0.389 0.365 0.242 0.253 0.709 0.336 0.391 0.095 0.050 0.162 0.125 0.160 0.261 1.427 1.361 0.566 0.180 1.398 2.361 0.514 0.727 0.285 0.515 0.890 0.612 9751 chr6 69342543 69368606 + 0 NA intron (NM_001704, intron 3 of 31) AluSq2|SINE|Alu 9942 NM_001704 577 Hs.13261 NM_001704 ENSG00000135298 ADGRB3 BAI3 adhesion G protein-coupled receptor B3 protein-coding nan 1.341 0.696 0.202 1.481 1.662 0.144 0.394 0.809 0.004 0.110 0.249 0.017 0.056 1.631 0.626 0.109 0.105 0.118 0.073 0.018 0.256 0.547 0.368 0.124 0.024 0.020 0.017 0.057 0.056 0.266 0.537 0.078 2.535 0.112 1.764 0.154 0.084 0.131 0.063 0.413 0.067 0.046 0.036 0.054 0.029 0.088 0.149 0.047 0.250 0.139 0.015 0.626 0.140 0.036 0.124 0.014 0.044 0.142 0.161 0.353 0.030 0.152 0.151 0.044 0.020 0.002 0.907 1.003 0.523 0.723 2.844 2.811 0.225 0.114 1.361 1.316 3.494 4.050 1.375 1.467 1.861 1.507 0.181 0.579 1.333 0.793 0.457 0.873 0.616 0.408 2040 chr11 67230166 67251367 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -4018 NM_025124 80194 Hs.288761 NM_025124 ENSG00000172663 TMEM134 - transmembrane protein 134 protein-coding nan 1.562 1.983 1.591 1.791 0.833 1.677 0.666 1.354 0.581 1.482 2.524 0.577 1.191 1.243 1.244 0.382 0.145 1.858 0.636 1.849 0.312 0.494 0.312 1.791 0.989 0.759 0.696 1.366 0.975 2.769 5.627 2.108 2.661 1.095 0.822 0.188 1.035 0.132 0.539 0.718 3.172 1.065 0.639 1.450 1.198 2.488 0.998 2.244 1.469 2.111 2.307 1.244 2.146 2.033 1.791 1.195 1.844 0.586 6.060 1.888 3.008 0.523 0.531 0.526 0.266 0.184 2.120 2.745 1.563 2.244 3.117 3.019 3.908 1.657 2.301 2.289 1.257 1.657 2.909 3.530 1.276 1.161 1.176 1.600 0.929 0.985 1.005 1.654 1.345 0.745 2678 chr12 52532692 52651559 + 0 NA Intergenic Intergenic -6341 NM_001081492 144501 Hs.140978 NM_182507 ENSG00000167767 KRT80 KB20 keratin 80 protein-coding nan 1.954 1.033 2.517 0.682 0.862 3.882 0.439 0.883 1.394 2.309 1.759 0.645 0.621 0.488 1.930 0.713 0.118 2.385 1.157 1.120 0.030 1.188 0.538 1.464 2.336 2.170 1.227 3.200 2.488 2.912 6.462 2.484 3.510 2.116 3.776 0.420 0.073 0.056 1.089 0.418 4.239 1.613 0.764 2.394 2.127 2.641 3.860 4.910 2.066 0.814 3.243 1.930 3.155 3.165 1.464 1.370 4.523 0.625 1.741 0.770 1.875 0.185 0.089 1.243 1.420 1.101 nan 0.930 1.743 3.543 2.071 nan 3.638 1.092 0.560 0.602 0.701 nan 2.533 nan 0.710 0.577 0.591 0.658 1.616 1.498 0.459 0.869 1.773 1.080 9850 chr6 111967747 112017945 + 0 NA intron (NM_153047, intron 10 of 10) intron (NM_153047, intron 10 of 10) 48419 NM_153047 2534 Hs.390567 NM_002037 ENSG00000010810 FYN SLK|SYN|p59-FYN FYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase protein-coding nan 0.960 nan 0.109 0.552 1.039 0.083 0.224 0.438 0.009 0.084 0.121 0.011 0.035 1.844 0.437 0.354 0.109 0.095 0.027 0.039 0.025 0.174 0.123 1.135 0.205 0.098 0.028 0.069 0.017 0.083 0.263 0.089 2.289 0.035 0.053 0.047 0.063 0.124 0.019 0.217 0.111 0.030 0.030 0.024 0.099 0.144 0.066 0.138 0.111 0.056 0.056 0.437 0.094 0.032 1.135 0.049 0.038 0.258 0.046 0.042 0.046 0.137 0.903 0.035 0.023 0.009 0.443 0.379 0.363 0.496 1.565 nan nan 0.272 0.349 0.374 0.428 nan 0.388 0.440 1.007 0.777 0.240 0.402 0.141 0.253 1.205 nan 0.472 0.331 11678 chr9 101190233 101207781 + 0 NA intron (NM_005458, intron 7 of 18) intron (NM_005458, intron 7 of 18) -181004 NM_018421 55357 Hs.371016 NM_018421 ENSG00000095383 TBC1D2 PARIS-1|PARIS1|TBC1D2A TBC1 domain family member 2 protein-coding 1.007 0.700 0.955 0.045 0.076 0.013 0.124 0.336 0.539 0.011 0.037 0.073 0.011 0.011 0.040 0.189 0.080 0.100 0.145 0.075 0.014 0.008 0.081 0.138 0.055 0.081 0.020 0.021 0.092 0.006 0.245 1.003 0.108 0.330 0.033 0.072 0.032 0.086 0.063 0.047 0.041 0.078 0.027 0.040 0.081 0.057 0.137 0.125 0.070 0.061 0.018 0.053 0.189 0.097 0.010 0.055 0.063 0.043 0.143 0.046 0.040 0.050 0.034 1.894 0.017 0.020 0.014 0.168 0.109 0.177 0.205 0.395 0.412 0.449 0.155 0.155 0.148 0.262 0.398 0.297 nan 2.335 2.056 0.158 0.159 0.248 0.297 1.471 5.283 nan 0.424 5979 chr2 26929130 26950471 + 0 NA intron (NM_002246, intron 1 of 1) MER58A|DNA|hAT-Charlie 24219 NM_002246 3777 Hs.24040 NM_002246 ENSG00000171303 KCNK3 K2p3.1|OAT1|PPH4|TASK|TASK-1|TBAK1 potassium two pore domain channel subfamily K member 3 protein-coding 1.205 1.044 1.933 0.095 0.564 2.755 1.083 0.150 0.477 1.241 1.255 1.409 0.015 0.501 0.813 0.345 0.277 0.037 1.239 0.887 0.988 0.026 0.575 0.274 0.294 0.659 0.522 0.164 0.091 0.015 0.415 1.461 0.526 1.977 0.759 3.972 0.227 0.153 0.104 0.454 0.233 4.694 0.144 0.099 0.461 0.085 0.521 1.338 5.043 2.065 4.278 2.261 0.345 0.987 1.643 0.294 0.991 0.714 0.414 0.449 2.303 1.553 0.041 0.236 0.411 0.381 0.464 0.578 1.085 0.251 0.429 0.745 0.759 0.709 0.288 0.483 0.490 1.383 1.820 2.097 nan 0.922 0.821 0.390 0.412 0.615 0.667 0.618 1.059 1.542 0.819 5560 chr19 15384619 15412662 + 0 NA intron (NM_001330384, intron 1 of 11) AluSx4|SINE|Alu -7378 NM_058243 23476 Hs.187763 NM_014299 ENSG00000141867 BRD4 CAP|HUNK1|HUNKI|MCAP bromodomain containing 4 protein-coding 2.376 1.729 2.747 0.256 1.279 1.198 0.218 1.658 3.106 0.314 0.222 0.290 0.210 0.099 0.545 0.468 0.857 0.159 0.340 0.080 0.836 0.470 0.576 0.212 0.867 0.307 0.141 0.139 0.182 0.083 1.943 nan 0.258 1.755 0.031 1.023 0.101 0.456 0.095 0.101 0.845 0.161 0.103 0.031 0.078 0.085 0.275 0.178 0.614 0.312 0.660 0.146 0.468 0.310 0.100 0.867 0.148 0.169 0.249 0.326 1.057 0.281 0.386 0.739 0.098 0.050 0.022 1.602 1.932 0.874 1.693 0.980 0.912 2.226 0.825 1.410 1.566 0.513 0.978 2.340 1.919 2.745 2.323 2.262 2.154 0.782 1.841 1.676 5.707 1.569 1.067 4379 chr16 57030520 57036395 + 0 NA intron (NM_001330552, intron 1 of 47) intron (NM_001330552, intron 1 of 47) 10060 NM_001330552 84166 Hs.528836 NM_032206 ENSG00000140853 NLRC5 CLR16.1|NOD27|NOD4 NLR family CARD domain containing 5 protein-coding nan nan nan 0.404 0.196 0.028 1.227 0.110 0.224 0.016 2.267 0.735 0.051 0.136 0.364 0.646 0.054 3.044 2.281 0.279 0.095 0.026 0.085 0.070 4.193 4.651 0.176 2.760 0.362 0.083 0.074 0.167 0.265 1.369 0.381 0.033 0.092 0.046 1.033 0.053 2.707 0.320 0.226 6.930 0.612 0.476 2.835 0.180 0.725 0.080 0.205 0.364 2.096 1.849 0.070 0.021 0.056 0.158 0.017 1.400 0.033 0.063 0.244 0.118 0.174 0.619 0.585 0.179 0.336 0.338 0.257 0.275 0.112 0.391 0.443 0.123 nan nan nan nan 0.288 0.122 0.157 0.049 0.060 0.067 nan nan 0.437 10624 chr7 116370024 116376652 + 0 NA intron (NM_000245, intron 3 of 20) intron (NM_000245, intron 3 of 20) 60894 NM_001324401 4233 Hs.132966 NM_000245 ENSG00000105976 MET AUTS9|DFNB97|HGFR|RCCP2|c-Met MET proto-oncogene, receptor tyrosine kinase protein-coding nan 0.552 0.747 0.422 0.304 0.424 0.792 0.097 0.150 0.058 0.220 0.295 0.019 0.060 0.243 0.096 0.352 0.080 0.263 0.042 0.406 0.143 0.267 0.090 0.311 0.163 0.081 0.428 0.216 0.122 0.371 0.305 0.345 0.159 0.146 0.044 0.213 0.184 0.240 0.023 0.154 0.039 0.047 0.292 0.415 0.146 0.196 0.489 0.159 0.122 0.238 0.096 0.098 0.344 0.090 0.055 0.178 0.014 0.137 0.046 0.204 0.077 0.149 0.114 0.017 0.015 1.292 0.770 13.659 6.671 0.224 0.294 0.240 0.110 0.590 0.524 0.279 0.430 0.625 0.748 0.394 0.142 0.345 0.942 0.220 0.236 0.188 0.258 0.603 0.775 9712 chr6 52402693 52418029 + 0 NA intron (NM_012288, intron 1 of 10) intron (NM_012288, intron 1 of 10) 31501 NM_012288 9697 Hs.520182 NM_012288 ENSG00000065308 TRAM2 - translocation associated membrane protein 2 protein-coding 1.360 1.124 nan 0.352 0.303 0.406 0.945 0.240 0.565 0.580 0.872 1.026 0.176 0.541 0.104 0.561 2.682 0.209 0.397 0.099 0.450 0.027 0.102 0.069 0.517 0.980 0.474 0.309 0.263 0.415 0.146 0.484 0.302 0.443 0.286 0.350 0.057 0.177 0.129 0.624 0.139 2.790 4.683 1.898 0.522 0.086 0.246 2.079 0.549 0.839 0.062 0.287 0.561 0.293 0.414 0.517 0.072 0.341 0.044 0.200 0.145 0.325 0.375 0.357 3.493 3.487 3.166 1.444 2.212 2.432 3.056 0.816 0.889 2.782 0.534 1.359 1.304 0.361 0.696 1.687 1.749 1.314 1.144 0.490 0.686 0.324 0.537 0.865 2.160 0.436 0.434 8350 chr4 41874258 41887474 + 0 NA TTS (NR_104143) TTS (NR_104143) 3762 NR_104143 101927074 Hs.611425 NR_104143 ENSG00000245870 LINC00682 - long intergenic non-protein coding RNA 682 ncRNA 1.103 nan nan 0.103 0.167 0.111 0.094 0.049 0.146 0.007 0.173 0.083 0.024 0.023 0.961 0.251 0.090 0.151 0.409 0.101 0.020 0.286 0.136 0.100 0.062 0.022 0.198 0.123 0.048 0.116 0.345 0.172 1.035 0.044 0.088 0.057 0.066 0.036 8.768 0.161 0.050 0.012 0.041 0.049 0.130 0.128 0.407 0.096 0.490 0.157 0.251 0.260 0.056 0.100 0.343 1.455 0.073 0.203 0.038 0.020 0.030 2.411 0.004 0.024 0.319 0.185 0.182 0.280 0.618 0.469 0.180 0.082 0.132 0.130 0.162 0.242 0.248 0.255 1.093 0.761 0.174 0.296 0.035 0.035 2.011 3.646 0.802 0.638 1050 chr1 204532492 204548796 + 0 NA Intergenic LTR37A|LTR|ERV1 55137 NM_001278517 4194 Hs.497492 NM_002393 ENSG00000198625 MDM4 HDMX|MDMX|MRP1 MDM4, p53 regulator protein-coding 1.284 1.635 4.185 0.273 0.243 0.433 3.082 0.597 1.054 0.198 0.139 0.119 0.073 0.062 0.496 0.487 0.202 0.119 0.478 0.593 0.058 0.051 0.184 0.262 0.568 0.241 0.084 0.050 0.216 0.571 0.133 0.312 0.195 1.884 0.732 0.153 0.121 0.086 0.114 0.036 0.053 0.142 0.037 0.015 0.522 0.136 0.244 0.158 0.130 0.073 1.157 1.068 0.487 0.241 0.147 0.568 0.120 1.868 0.071 0.105 0.404 0.368 0.248 0.722 0.056 0.071 0.068 0.895 0.846 8.724 4.627 1.267 1.339 1.335 0.415 nan nan 0.766 1.182 1.459 1.271 0.623 0.416 0.633 0.720 0.577 0.560 1.055 3.827 0.869 0.598 7290 chr22 17928472 17934088 + 0 NA intron (NM_001290046, intron 1 of 18) AluSz|SINE|Alu -25348 NM_001290047 27443 Hs.231895 NM_031413 ENSG00000099954 CECR2 - CECR2, histone acetyl-lysine reader protein-coding 0.687 nan 0.614 0.127 0.072 0.030 0.077 0.172 0.176 0.016 0.028 0.085 5.766 0.052 0.144 0.202 0.094 0.172 0.037 0.011 0.050 0.055 0.043 0.106 0.046 0.013 0.013 0.096 0.037 0.114 nan 0.148 0.212 0.030 0.034 0.057 0.065 0.021 0.098 0.049 0.021 0.045 0.039 0.073 0.085 0.147 0.043 0.050 0.014 0.113 0.202 0.063 0.016 0.106 0.022 0.074 0.042 0.073 0.100 0.035 0.045 0.048 0.021 0.019 0.324 0.352 0.170 0.516 0.307 0.290 0.284 0.086 0.297 0.235 0.312 0.523 0.411 0.435 0.308 0.228 0.084 0.147 0.089 0.122 0.179 0.587 0.859 0.615 9937 chr6 134903968 134907730 + 0 NA Intergenic Intergenic -44706 NR_125855 101928304 Hs.555076 NR_125855 LOC101928304 - uncharacterized LOC101928304 ncRNA 0.753 1.335 0.866 0.019 1.709 0.059 0.180 0.322 0.756 0.021 0.074 0.094 0.710 0.121 0.131 0.056 0.052 0.067 0.465 0.130 0.322 0.056 0.019 0.259 0.037 0.107 0.213 0.094 1.339 0.060 0.492 0.051 1.956 0.196 0.085 0.096 0.036 0.021 0.020 0.076 0.079 0.355 0.146 0.071 0.710 0.093 0.025 0.322 0.064 0.087 0.129 0.369 0.271 0.105 0.036 0.164 0.040 0.471 0.456 0.475 0.745 0.521 0.565 11.504 13.009 0.205 0.251 0.196 0.283 0.873 1.273 0.514 0.223 0.165 0.157 0.337 0.237 0.426 nan 1.204 0.994 6928 chr20 31324535 31352731 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -6819 NM_053041 149951 Hs.408427 NM_053041 ENSG00000149600 COMMD7 C20orf92|dJ1085F17.3 COMM domain containing 7 protein-coding 1.517 1.972 1.265 1.049 1.079 0.621 1.726 0.307 0.584 0.482 1.291 1.297 1.377 0.483 0.820 0.578 0.601 0.222 1.432 0.842 0.555 0.354 0.823 0.486 1.134 2.323 1.835 0.565 1.448 0.986 1.015 nan 0.878 2.177 0.756 0.606 0.129 0.535 0.128 0.694 0.346 0.694 0.852 0.497 1.037 1.247 0.821 1.464 1.721 1.660 1.006 1.120 0.578 2.491 1.720 1.134 0.172 0.728 0.141 1.105 0.475 1.314 0.190 0.184 0.744 0.233 0.080 0.935 1.228 0.945 1.161 1.198 nan 4.610 1.219 1.417 1.551 0.695 1.113 2.037 2.353 1.169 0.944 0.496 0.986 1.019 1.116 0.624 nan 0.829 0.517 4054 chr15 72036570 72047358 + 0 NA intron (NM_001286429, intron 8 of 11) MER5A1|DNA|hAT-Charlie -58086 NR_120346 101929173 Hs.680593 NR_120346 THSD4-AS2 - THSD4 antisense RNA 2 ncRNA 0.664 1.011 0.701 1.445 0.271 0.112 2.417 0.134 0.224 0.116 1.242 2.013 0.017 0.046 0.356 0.107 0.360 0.044 2.246 1.246 5.914 0.010 0.117 0.127 0.762 1.389 0.799 0.048 2.104 1.917 2.221 4.182 1.098 0.367 1.537 2.778 0.033 0.114 1.887 0.040 2.032 0.264 0.152 1.559 2.128 0.483 1.515 3.781 0.228 2.852 2.259 0.107 3.258 2.918 0.762 0.765 1.401 0.023 0.279 0.188 2.145 0.027 0.069 1.192 1.855 1.659 0.276 0.253 0.433 0.623 0.877 0.746 0.338 0.106 0.477 0.468 0.127 0.303 2.561 2.198 0.998 0.845 0.199 0.271 0.066 0.082 0.278 0.477 0.749 0.584 10838 chr8 20390336 20404142 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 75198 NR_145737 109616983 NR_145737 SNORD3F - small nucleolar RNA, C/D box 3F snoRNA nan 1.415 nan 0.042 0.039 1.555 0.031 0.429 0.822 0.034 0.019 0.014 0.160 0.136 0.352 0.059 0.035 0.046 0.027 0.020 0.298 0.217 0.028 0.026 0.005 0.044 0.008 0.116 0.106 0.026 0.669 0.050 0.048 0.016 0.125 0.009 0.080 0.077 0.022 0.006 0.016 0.017 0.042 0.096 0.065 0.034 0.092 0.029 0.352 0.010 0.020 0.028 0.018 0.029 0.169 0.043 0.090 0.011 0.008 0.011 0.447 0.552 0.113 0.149 nan 1.285 nan 0.464 0.120 0.140 0.250 0.354 1.065 1.167 0.397 0.296 0.229 0.210 0.295 0.329 0.170 0.291 nan nan 6162 chr2 64992339 64999396 + 0 NA Intergenic (TCCC)n|Simple_repeat|Simple_repeat 94898 NR_110224 101927438 Hs.580313 NR_110224 ENSG00000234572 LINC01800 - long intergenic non-protein coding RNA 1800 ncRNA 2.650 1.786 nan 2.073 1.453 1.598 3.214 0.636 1.443 0.991 2.486 6.411 0.992 0.412 4.887 1.958 2.923 0.296 2.443 0.801 1.464 0.528 1.518 0.599 1.457 3.081 3.096 0.975 3.816 1.614 1.921 3.247 1.367 4.191 1.759 0.791 0.053 4.222 0.181 1.871 0.697 1.940 1.142 0.520 1.992 3.350 2.345 3.370 2.211 2.004 0.835 0.557 1.958 3.473 7.927 1.457 0.349 1.081 0.524 1.675 1.967 2.140 0.825 0.139 1.209 1.836 1.467 1.816 2.342 2.089 3.412 3.282 2.629 nan 2.921 1.788 1.946 0.730 1.209 4.293 5.985 1.666 1.354 1.141 1.933 0.751 0.540 1.692 1.839 2.900 1.762 7587 chr3 48506302 48515448 + 0 NA exon (NM_001272065, exon 5 of 6) exon (NM_001272065, exon 5 of 6) 3246 NM_033629 11277 Hs.707026 NM_007248 ENSG00000213689 TREX1 AGS1|CRV|DRN3|HERNS three prime repair exonuclease 1 protein-coding 3.027 nan nan 2.047 1.106 1.491 2.112 0.716 1.335 1.548 3.728 1.784 1.380 1.827 1.838 1.534 3.507 0.737 2.552 1.105 3.290 0.858 1.414 0.523 0.190 1.317 1.653 1.190 2.443 1.004 2.121 4.579 1.046 0.275 1.532 3.926 0.238 1.428 0.082 1.265 0.052 3.186 3.728 1.562 1.300 1.606 2.454 2.869 3.196 2.911 1.839 1.586 1.534 4.482 1.910 0.190 1.834 1.326 0.275 2.155 2.067 2.722 0.864 0.908 1.800 2.676 2.050 0.899 0.874 3.547 6.182 2.479 2.339 4.717 2.372 0.586 0.631 0.874 1.403 3.363 6.323 2.124 2.130 1.805 1.685 1.552 2.023 2.138 2.805 2.232 1.190 1031 chr1 203442378 203451477 + 0 NA intron (NM_002725, intron 1 of 2) intron (NM_002725, intron 1 of 2) 2044 NM_201348 5549 Hs.632481 NM_002725 ENSG00000188783 PRELP MST161|MSTP161|SLRR2A proline and arginine rich end leucine rich repeat protein protein-coding 2.012 1.283 3.987 0.124 0.242 0.028 0.241 0.390 0.663 0.083 0.434 0.132 0.034 0.045 0.528 1.195 0.157 0.230 0.197 0.074 0.047 0.016 0.433 0.283 1.001 0.237 0.077 0.145 0.334 0.164 0.123 0.312 0.132 0.963 0.096 0.084 0.845 0.118 0.187 0.091 0.141 0.646 1.174 0.668 0.725 0.051 0.205 0.460 0.268 0.101 0.079 0.196 1.195 0.078 0.081 1.001 0.147 0.037 0.457 0.275 0.034 0.078 0.088 0.235 0.641 0.120 0.073 0.732 1.121 0.450 0.881 1.294 1.388 1.921 0.658 nan nan 5.135 5.787 1.218 1.379 0.523 0.309 0.322 0.488 1.855 1.087 0.510 1.596 1.450 0.876 8882 chr5 43120139 43123266 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330717) promoter-TSS (NM_001330717) 4 NM_001330713 7690 Hs.535804 NM_003432 ENSG00000172262 ZNF131 ZBTB35|pHZ-10 zinc finger protein 131 protein-coding 5.927 5.706 10.392 5.050 14.645 3.063 6.064 2.863 4.935 3.950 5.099 4.289 2.419 3.208 9.155 5.771 7.195 1.282 12.499 3.956 5.007 5.643 5.432 2.978 6.437 5.415 6.771 3.624 9.276 2.703 12.789 16.533 9.792 15.419 2.386 5.598 0.917 6.359 0.108 2.672 2.525 5.503 7.624 4.091 2.975 3.950 7.893 2.683 5.987 7.937 6.521 5.247 5.771 21.382 6.798 6.437 3.740 4.820 3.223 14.879 6.126 6.728 3.808 2.824 2.369 4.463 3.194 7.892 7.690 6.817 9.293 11.600 8.328 10.578 5.721 16.420 17.262 8.777 10.330 11.211 15.917 11.693 12.849 6.206 10.203 7.945 6.482 5.619 5.712 5.672 2.913 5623 chr19 35737639 35744873 + 0 NA exon (NM_205835, exon 2 of 8) exon (NM_205835, exon 2 of 8) 1697 NM_205834 51599 Hs.466507 NM_015925 ENSG00000105699 LSR ILDR3|LISCH7 lipolysis stimulated lipoprotein receptor protein-coding 1.253 2.800 3.564 6.424 7.756 3.158 1.699 2.302 3.721 1.873 0.539 0.013 5.438 2.123 3.467 0.493 0.073 0.133 4.118 1.528 3.386 1.841 1.102 0.670 3.196 1.003 0.870 1.533 3.173 1.181 3.719 5.685 3.880 14.933 1.561 0.036 1.062 3.806 0.172 0.115 0.819 4.130 4.195 1.834 2.326 1.678 2.947 0.140 0.529 2.935 2.289 1.615 0.493 5.909 0.787 3.196 2.604 3.368 0.479 1.762 0.057 0.960 1.964 0.048 0.744 0.024 0.042 2.955 4.645 4.104 6.501 6.285 6.859 5.614 3.847 9.600 10.391 0.165 0.249 6.685 7.484 nan 0.115 5.823 8.566 3.428 3.172 0.171 0.201 2.851 1.802 2942 chr12 110144432 110177122 + 0 NA intron (NM_032829, intron 1 of 2) intron (NM_032829, intron 1 of 2) 8590 NM_032829 84915 Hs.661785 NM_032829 ENSG00000139438 FAM222A C12orf34 family with sequence similarity 222 member A protein-coding nan nan 1.281 0.160 0.474 0.185 0.191 0.632 1.295 0.038 0.099 0.102 0.042 0.329 0.833 1.322 0.154 0.072 0.201 0.058 0.063 0.174 0.699 0.501 0.494 0.076 0.061 0.149 0.135 0.026 0.125 0.377 0.193 1.283 0.067 0.131 0.185 0.206 0.098 0.025 1.340 0.153 0.074 0.048 0.043 0.112 0.138 0.241 0.291 0.212 0.261 0.273 1.322 0.221 0.215 0.494 0.072 0.116 0.586 0.294 0.639 0.080 2.836 0.738 0.035 0.086 0.061 1.600 2.005 0.526 0.773 nan nan nan 0.513 1.273 1.294 0.229 0.392 nan nan 1.806 1.387 2.270 3.393 0.681 0.825 0.998 1.726 nan 0.863 10328 chr7 43673504 43707204 + 0 NA intron (NM_001321205, intron 1 of 3) L4|LINE|RTE 67662 NM_004760 9263 Hs.709489 NM_004760 ENSG00000164543 STK17A DRAK1 serine/threonine kinase 17a protein-coding 2.655 1.536 nan 3.293 0.376 0.878 4.136 0.348 0.656 0.721 2.280 2.007 0.096 0.188 0.097 0.537 2.209 0.220 1.606 0.872 2.578 0.041 0.297 0.194 0.531 4.107 3.511 0.124 2.781 0.990 1.102 1.866 4.136 0.889 1.439 0.764 0.268 0.154 0.158 1.809 0.134 2.504 0.481 0.238 1.455 1.165 1.457 3.767 0.599 1.315 0.285 0.745 0.537 1.578 4.444 0.531 0.591 0.172 0.239 0.399 0.494 2.519 0.132 0.787 2.409 2.073 2.096 1.148 1.689 0.694 1.114 0.434 0.526 0.474 0.177 0.485 0.504 1.028 1.780 0.441 0.601 0.370 0.246 0.342 0.537 0.930 1.538 1.119 2.982 0.440 0.385 454 chr1 68566509 68578415 + 0 NA intron (NR_040077, intron 6 of 9) intron (NR_040077, intron 6 of 9) -55148 NM_004675 9077 Hs.194695 NM_004675 ENSG00000162595 DIRAS3 ARHI|NOEY2 DIRAS family GTPase 3 protein-coding 1.138 0.753 nan 0.058 0.158 0.019 0.193 0.222 0.703 0.008 0.110 0.566 0.010 0.050 0.090 2.577 0.239 0.121 0.131 0.079 0.036 0.023 0.212 0.138 0.563 0.076 0.031 0.025 0.080 0.019 0.059 0.131 0.083 0.968 0.144 0.085 0.168 0.037 0.094 0.181 0.072 0.090 0.056 0.026 0.043 0.051 0.135 0.184 0.048 0.336 0.013 0.036 2.577 0.090 0.109 0.563 0.040 0.021 0.033 0.073 0.077 0.133 0.059 0.222 0.065 0.039 0.009 0.387 0.248 0.366 0.409 0.468 0.518 7.533 3.700 0.368 0.391 nan nan 0.390 nan 0.472 0.266 0.188 0.256 0.844 0.921 0.429 0.764 0.845 0.721 4845 chr17 48249202 48301837 + 0 NA intron (NM_000088, intron 7 of 50) intron (NM_000088, intron 7 of 50) 3481 NM_000088 1277 Hs.172928 NM_000088 ENSG00000108821 COL1A1 EDSARTH1|EDSC|OI1|OI2|OI3|OI4 collagen type I alpha 1 chain protein-coding 0.929 0.779 nan 0.574 0.066 0.071 2.001 0.223 0.420 0.065 2.282 3.563 0.240 0.038 0.096 0.188 1.786 0.324 0.902 0.641 0.316 0.070 0.101 0.108 0.091 1.360 1.002 0.178 1.156 0.946 1.226 nan 1.575 0.533 0.549 0.431 0.045 0.164 0.090 1.097 0.045 1.561 0.286 0.178 1.220 1.066 0.299 3.862 0.989 0.322 0.200 0.452 0.188 1.600 0.291 0.091 0.258 0.250 0.341 0.845 0.085 0.675 0.050 0.113 1.442 1.477 0.933 0.527 0.595 0.373 0.597 0.547 nan 0.563 0.164 0.566 0.661 0.315 0.566 0.579 nan 0.861 0.738 0.406 0.412 0.267 0.322 0.264 0.399 0.329 0.351 11319 chr8 135279892 135302299 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -319219 NR_002438 594840 Hs.626298 NR_002438 ENSG00000248492 ZFAT-AS1 NCRNA00070|SAS-ZFAT|ZFAT-AS|ZFATAS ZFAT antisense RNA 1 ncRNA nan 0.725 1.376 0.089 1.051 0.127 0.076 1.367 2.201 0.012 0.077 0.042 0.008 0.026 0.131 0.232 0.087 0.045 0.057 0.030 0.037 0.332 0.195 0.368 0.006 0.010 0.017 0.106 0.019 0.057 0.134 0.085 1.362 0.026 0.055 0.264 0.020 0.078 0.005 0.333 0.133 0.057 0.014 0.049 0.156 0.081 0.133 0.087 0.064 0.017 0.018 0.232 0.057 0.012 0.368 0.011 0.062 0.031 0.039 0.172 0.035 0.022 0.021 0.039 0.007 0.286 0.177 0.224 0.268 0.576 0.725 10.430 2.196 nan 0.541 0.117 0.224 0.339 0.779 0.337 0.188 0.148 0.246 1.048 0.704 0.141 0.218 2.406 1.192 10411 chr7 70158284 70186858 + 0 NA intron (NM_001127231, intron 6 of 17) intron (NM_001127231, intron 6 of 17) -424952 NM_022479 64409 Hs.488591 NM_022479 ENSG00000185274 GALNT17 GALNACT17|GALNT16|GALNT20|GALNTL3|GalNAc-T17|GalNAc-T19|GalNAc-T5L|WBSCR17 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 17 protein-coding nan 1.823 2.595 0.060 0.083 0.583 0.092 0.981 1.468 0.579 0.107 0.104 0.245 0.063 1.334 1.651 1.132 0.230 0.156 0.066 0.029 0.078 1.165 0.597 2.437 0.327 0.201 0.021 0.228 0.015 1.189 2.778 4.317 2.666 0.177 0.892 0.421 0.157 0.140 1.285 0.084 0.025 0.040 0.042 0.056 0.030 0.178 0.273 0.047 0.017 0.038 1.651 0.048 0.016 2.437 0.305 0.098 0.431 0.155 0.167 0.257 0.692 0.251 0.576 0.060 0.081 1.776 1.580 1.225 nan 3.390 3.296 2.560 0.722 1.177 1.024 1.102 nan 1.345 nan 2.044 2.470 1.198 2.578 2.346 3.214 1.328 1.526 1.877 1.288 8242 chr4 6749077 6759454 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -30194 NM_014743 9778 Hs.79276 NM_014743 ENSG00000170871 KIAA0232 - KIAA0232 protein-coding 0.877 2.355 nan 0.364 2.286 0.274 2.552 0.077 0.162 0.728 0.508 0.383 0.116 0.075 0.397 0.221 0.204 0.155 1.776 1.085 0.043 0.066 0.493 0.244 0.277 1.547 1.569 0.143 0.254 0.415 1.196 4.152 0.623 1.492 2.348 0.471 0.137 0.132 0.066 0.192 0.076 0.137 0.098 0.023 0.570 1.362 2.936 0.528 2.917 0.178 0.102 2.793 0.221 4.069 0.424 0.277 0.626 3.679 0.047 0.198 0.530 0.972 0.095 0.202 0.057 0.028 0.005 0.452 0.491 0.536 1.091 0.495 0.427 nan 0.278 0.905 0.977 0.270 0.450 1.422 1.770 0.651 0.554 0.286 0.292 0.227 0.281 0.416 0.680 nan 0.979 634 chr1 120632205 120665977 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -36774 NM_024408 4853 Hs.487360 NM_024408 ENSG00000134250 NOTCH2 AGS2|HJCYS|hN2 notch 2 protein-coding 1.710 1.660 1.899 0.298 0.356 0.038 0.737 0.237 0.445 0.011 0.391 0.698 0.030 0.353 0.270 0.197 0.293 0.191 0.277 0.211 0.050 0.072 0.249 0.299 0.276 0.328 0.103 0.091 0.298 0.825 0.839 5.076 0.501 1.465 0.399 0.119 0.175 0.099 0.167 0.193 0.141 0.346 0.272 0.289 0.729 0.500 0.319 0.547 0.250 0.124 0.064 0.969 0.197 0.158 0.173 0.276 0.214 0.142 0.032 0.221 0.463 0.394 0.220 0.328 0.182 0.092 0.054 0.541 0.351 0.435 0.706 0.599 0.746 0.226 0.109 0.615 0.688 0.299 0.557 1.457 1.907 0.517 0.228 0.460 0.697 0.523 0.574 0.676 1.797 1.106 0.859 5455 chr18 77700694 77736408 + 0 NA Intergenic Intergenic -6031 NM_001136180 440498 Hs.191582 NM_001136180 ENSG00000226742 HSBP1L1 - heat shock factor binding protein 1 like 1 protein-coding nan nan 1.210 0.671 0.192 0.554 1.144 0.360 0.844 0.363 0.771 0.360 0.671 0.236 0.710 0.866 0.210 0.077 0.527 0.136 0.341 0.194 0.353 0.255 0.905 0.678 0.541 0.635 0.614 0.804 0.375 0.871 0.887 1.590 0.172 0.399 0.121 0.599 0.089 0.214 0.413 0.671 0.277 0.118 0.822 0.682 0.739 0.156 0.675 0.642 0.356 0.659 0.866 1.164 0.267 0.905 0.209 0.211 0.093 1.230 0.265 0.436 2.025 0.481 0.155 0.184 0.115 2.543 3.126 2.219 2.369 1.527 nan 1.840 0.713 1.451 1.348 0.386 0.601 0.940 nan 0.571 0.591 1.191 2.304 0.598 0.577 0.744 1.329 0.796 0.495 6700 chr2 231529021 231563564 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 18952 NR_040038 151475 Hs.528154 NR_040038 ENSG00000226125 LINC01907 - long intergenic non-protein coding RNA 1907 ncRNA 0.849 nan 0.704 1.004 0.086 0.048 3.162 0.148 0.225 0.695 0.152 0.772 0.664 0.043 0.109 0.415 0.073 0.061 5.650 3.502 0.533 0.040 0.073 0.082 0.076 2.453 1.906 0.055 1.933 2.079 0.726 2.427 0.652 0.353 1.621 0.077 0.025 0.050 0.119 0.885 0.101 5.518 0.277 0.176 2.730 1.441 1.163 0.515 0.321 0.366 0.779 1.024 0.415 2.484 0.504 0.076 0.124 1.395 0.059 0.346 0.135 1.847 0.032 0.115 0.755 0.901 0.849 0.373 0.211 0.290 0.721 0.277 0.286 0.117 0.081 0.316 0.329 0.126 0.268 0.759 nan 0.746 0.635 0.149 0.225 0.039 0.037 0.290 0.508 0.286 0.321 2551 chr12 25536991 25542262 + 0 NA Intergenic Intergenic -135761 NM_033360 3845 Hs.505033 NM_004985 ENSG00000133703 KRAS C-K-RAS|CFC2|K-RAS2A|K-RAS2B|K-RAS4A|K-RAS4B|K-Ras|KI-RAS|KRAS1|KRAS2|NS|NS3|RALD|RASK2|c-Ki-ras2 KRAS proto-oncogene, GTPase protein-coding nan nan nan 1.432 2.949 0.338 1.791 0.697 1.212 1.093 4.406 2.832 0.613 0.826 1.243 2.020 1.393 0.066 2.608 1.081 5.484 1.393 1.866 0.768 1.202 1.689 1.822 1.154 3.189 1.475 1.699 3.709 3.942 8.373 2.835 2.792 0.254 5.840 0.205 16.961 0.981 1.958 1.710 0.740 0.972 0.494 0.677 10.148 5.158 4.577 1.497 0.683 2.020 7.040 0.981 1.202 0.830 1.376 0.200 10.641 3.389 1.274 0.583 1.460 5.372 0.732 0.395 1.565 1.695 7.320 9.899 1.290 0.813 3.531 2.771 18.885 20.375 1.147 1.493 2.970 5.644 2.688 2.103 0.930 2.190 1.445 2.227 4.024 4.886 2.875 1.747 11752 chr9 121402455 121416577 + 0 NA Intergenic MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR -32433 NR_151725 111216287 NR_151725 LINC02578 - long intergenic non-protein coding RNA 2578 ncRNA nan nan 0.588 0.387 0.156 0.024 2.123 0.168 0.256 0.297 0.362 0.228 0.127 0.028 0.056 0.174 0.058 0.065 2.830 1.427 0.036 0.077 0.070 0.118 1.927 1.151 5.032 1.661 0.899 1.608 0.558 nan 1.690 0.050 0.020 0.023 0.045 0.183 0.055 0.079 0.043 0.022 1.740 1.970 0.235 0.770 0.035 0.020 0.140 0.084 0.174 1.019 0.249 0.118 0.113 0.012 0.007 0.013 0.044 1.464 0.014 0.009 0.043 0.069 0.050 0.197 0.090 0.168 0.356 0.316 0.272 0.061 0.042 0.122 0.113 0.127 nan 0.239 0.295 0.430 0.151 0.078 0.061 0.103 0.146 0.096 0.173 nan 0.609 3324 chr13 107151196 107189209 + 0 NA intron (NM_004093, intron 1 of 4) intron (NM_004093, intron 1 of 4) 17186 NM_004093 1948 Hs.149239 NM_004093 ENSG00000125266 EFNB2 EPLG5|HTKL|Htk-L|LERK5 ephrin B2 protein-coding 1.196 0.946 0.806 0.726 0.292 0.066 0.942 0.380 0.677 0.008 1.122 0.778 0.721 0.079 0.355 1.004 0.101 0.064 2.579 1.134 0.023 0.011 0.143 0.121 0.576 1.143 0.843 0.019 0.248 0.349 1.473 2.816 0.612 1.381 0.591 0.290 0.177 0.057 0.093 0.394 0.432 0.868 0.091 0.078 0.379 0.362 1.723 0.550 0.111 0.294 0.052 0.082 1.004 1.696 0.168 0.576 0.286 0.203 0.175 0.092 0.250 0.562 0.551 0.475 1.372 0.017 0.021 1.972 1.629 2.810 4.315 1.450 1.151 0.369 0.170 3.366 3.397 0.929 nan 0.971 1.035 0.586 0.558 0.644 1.799 1.295 0.871 1.345 nan 0.251 0.215 3741 chr14 85046737 85055046 + 0 NA Intergenic L1PA16|LINE|L1 -687385 NR_145983 26843 NR_145983 SNORD3P3 RNU3P3|U3|U3.5|u3.7 small nucleolar RNA, C/D box 3 pseudogene 3 snoRNA nan 0.718 0.594 0.043 0.232 0.060 0.034 0.291 0.217 0.067 0.045 0.088 0.096 0.303 0.146 0.174 0.040 0.023 0.015 0.034 0.114 0.149 0.416 0.008 0.091 0.069 0.189 0.162 0.312 0.038 0.057 0.027 0.148 0.077 0.011 0.007 0.028 0.013 0.046 0.035 0.120 0.029 0.043 0.029 0.047 0.303 0.034 0.011 0.416 0.118 0.039 0.141 0.049 0.025 0.093 0.095 0.029 0.091 0.007 0.360 0.239 8.801 2.930 0.335 0.479 0.562 0.156 0.368 0.436 0.257 0.228 0.771 0.762 0.490 0.240 0.145 0.282 0.120 0.139 0.194 0.226 0.949 0.883 5577 chr19 18153090 18161380 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 38258 NM_001286826 27106 Hs.515249 NM_015683 ENSG00000105643 ARRDC2 CLONE24945|PP2703 arrestin domain containing 2 protein-coding 4.587 1.650 2.449 0.408 0.464 0.448 1.211 0.251 0.411 0.519 0.818 0.833 0.037 0.143 0.278 0.298 0.272 0.370 0.384 0.320 0.196 0.050 0.209 0.272 0.231 0.805 0.594 0.117 0.337 1.194 0.328 nan 0.428 0.521 0.510 0.197 0.324 0.104 0.106 0.356 0.095 0.878 0.241 0.151 1.517 0.583 0.546 0.529 0.837 0.347 0.038 0.460 0.298 0.353 0.078 0.231 0.223 0.269 2.035 0.432 1.007 0.999 0.060 4.688 1.038 0.049 0.061 0.264 0.188 0.308 0.772 0.850 0.832 0.674 0.241 0.230 0.198 3.286 4.436 2.987 4.089 8.250 7.998 0.250 0.209 1.011 1.728 4.071 9.341 2.036 1.073 4813 chr17 43501050 43526698 + 0 NA non-coding (NR_027774, exon 11 of 11).2 non-coding (NR_027774, exon 11 of 11).2 -3592 NM_174919 201176 Hs.205326 NM_174919 ENSG00000159314 ARHGAP27 CAMGAP1|PP905|SH3D20|SH3P20 Rho GTPase activating protein 27 protein-coding 1.194 1.170 nan 2.836 0.567 0.230 2.017 0.438 0.776 0.945 0.527 0.392 0.578 0.117 0.436 0.260 0.158 0.100 1.691 0.755 0.578 0.071 0.240 0.264 0.511 1.748 1.904 0.606 0.711 0.884 1.934 nan 1.532 1.618 0.873 0.383 0.033 0.567 0.135 0.836 0.156 1.506 0.736 0.378 1.723 0.590 1.795 0.956 1.708 1.483 0.610 2.341 0.260 2.892 0.750 0.511 0.753 2.102 0.237 1.731 0.428 0.509 0.243 0.198 0.804 0.294 0.256 1.049 1.698 0.660 1.179 0.831 nan 1.111 0.360 1.662 1.781 0.375 0.708 1.243 nan 1.044 0.876 0.737 0.835 0.269 0.308 0.416 0.983 0.497 0.375 8822 chr5 28394189 28410228 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -114436 NR_134265 105374698 Hs.124461 NR_134265 ENSG00000249785 LINC02103 - long intergenic non-protein coding RNA 2103 ncRNA 0.538 1.026 1.107 0.121 0.311 0.035 0.600 0.080 0.171 0.991 0.095 0.201 3.018 0.088 0.039 1.179 0.194 0.160 2.764 1.465 0.461 1.250 0.156 0.270 0.127 0.599 0.193 0.161 0.279 0.256 0.350 1.035 1.563 0.505 0.618 0.114 0.018 0.054 0.122 0.111 0.015 1.242 0.034 0.024 0.213 0.418 0.106 0.132 0.013 0.064 0.042 1.179 4.361 0.373 0.127 0.170 0.123 1.014 0.076 0.676 0.049 0.031 0.119 0.032 0.016 0.875 0.445 1.018 2.999 0.442 0.413 0.546 0.126 0.224 0.162 nan 1.815 0.265 0.294 0.623 0.177 0.099 0.193 0.141 0.098 0.178 0.395 nan 0.347 6657 chr2 219743207 219763997 + 0 NA intron (NM_025216, intron 2 of 3) intron (NM_025216, intron 2 of 3) 8347 NM_025216 80326 Hs.121540 NM_025216 ENSG00000135925 WNT10A OODD|SSPS|STHAG4 Wnt family member 10A protein-coding nan 0.910 nan 2.169 0.122 0.485 1.229 0.185 0.477 0.097 1.069 0.178 2.886 0.386 0.108 1.496 0.120 0.046 1.237 0.743 0.045 0.020 0.192 0.220 0.438 0.263 0.120 0.181 0.160 1.169 0.621 0.703 0.317 2.893 0.688 0.142 0.138 2.499 0.136 0.097 0.940 2.725 0.168 0.176 0.884 1.362 1.566 0.269 0.243 1.039 0.079 0.150 1.496 1.749 0.103 0.438 0.147 0.119 0.313 2.239 0.726 0.308 0.242 0.380 0.580 0.091 0.042 2.197 4.704 0.456 1.066 0.729 0.584 0.685 0.127 0.248 0.241 0.466 0.620 0.618 nan 0.987 0.800 0.487 0.852 0.415 0.387 0.833 1.952 0.536 0.423 325 chr1 43242742 43287178 + 0 NA 3' UTR (NM_001354602, exon 6 of 6) 3' UTR (NM_001354602, exon 6 of 6) 14257 NM_001354602 100129924 Hs.720780 NM_001242750 ENSG00000274386 TMEM269 - transmembrane protein 269 protein-coding nan 1.062 nan 0.233 0.439 0.372 0.215 0.257 0.513 0.075 0.359 0.279 0.123 0.154 0.289 0.318 0.437 0.087 0.252 0.085 0.168 0.234 0.341 0.246 0.679 0.189 0.156 0.189 0.265 0.055 0.246 0.513 0.229 1.173 0.073 0.295 0.043 0.326 0.102 0.051 0.205 0.452 0.194 0.081 0.067 0.252 0.305 0.325 0.350 0.337 0.085 0.157 0.318 0.240 0.296 0.679 0.083 0.239 0.114 0.358 0.146 0.160 0.277 1.816 0.157 0.178 0.111 0.631 0.624 0.537 0.726 1.456 1.523 0.636 0.284 1.093 1.079 0.720 nan nan 1.144 1.621 1.315 0.726 nan 0.219 0.262 1.186 4.037 0.723 0.523 7263 chr21 45788549 45801451 + 0 NA intron (NM_001320351, intron 5 of 30) AluJb|SINE|Alu 21516 NM_003307 7226 Hs.369759 NM_003307 ENSG00000142185 TRPM2 EREG1|KNP3|LTRPC2|LTrpC-2|NUDT9H|NUDT9L1|TRPC7 transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 protein-coding nan 0.551 0.841 0.038 0.075 4.257 0.061 0.174 0.399 0.008 0.066 0.028 0.015 0.070 0.669 0.204 0.058 0.075 0.147 0.058 0.044 0.011 0.098 0.063 0.169 0.027 0.011 0.063 0.084 0.016 0.137 0.460 0.049 1.379 0.023 0.053 0.022 0.075 0.049 0.009 0.059 0.151 0.058 0.006 0.017 0.036 0.052 0.178 0.088 0.209 0.514 0.088 0.204 0.226 0.057 0.169 0.065 0.057 0.149 0.072 0.173 0.043 0.092 0.088 0.006 0.022 0.008 0.341 0.180 0.204 0.249 0.961 0.796 nan 0.242 0.218 0.238 0.113 nan 0.162 0.280 0.614 0.379 0.222 0.342 0.179 0.240 0.105 0.231 0.828 0.591 5198 chr18 21435966 21471407 + 0 NA intron (NM_000227, intron 1 of 37) intron (NM_000227, intron 1 of 37) 702 NM_000227 3909 Hs.436367 NM_000227 ENSG00000053747 LAMA3 BM600|E170|LAMNA|LOCS laminin subunit alpha 3 protein-coding 1.037 1.362 0.951 0.829 0.556 0.141 0.900 0.257 0.535 0.196 0.254 0.342 0.012 0.178 0.124 1.359 0.275 0.195 0.541 0.450 0.016 0.016 0.326 0.281 0.841 0.058 0.034 0.077 0.188 0.744 0.182 0.614 0.174 3.098 0.621 0.088 0.684 0.049 0.089 0.268 0.074 0.093 0.095 0.102 0.281 0.139 0.437 0.258 0.181 0.136 0.071 0.293 1.359 0.290 0.068 0.841 0.244 0.336 0.096 0.078 1.303 0.076 0.277 0.153 0.380 0.020 0.021 0.492 0.472 1.841 nan 0.941 1.137 6.742 2.135 0.181 0.183 1.425 1.773 1.570 1.001 0.461 0.260 0.247 0.413 2.565 2.595 0.303 0.549 3.509 1.957 1233 chr1 241411580 241440283 + 0 NA intron (NM_002924, intron 2 of 17) intron (NM_002924, intron 2 of 17) 93195 NM_001350116 6000 Hs.655739 NM_002924 ENSG00000182901 RGS7 - regulator of G protein signaling 7 protein-coding nan 1.578 nan 0.076 1.483 0.027 0.107 0.468 0.958 0.025 0.088 0.070 0.028 0.147 0.052 0.383 0.115 0.158 0.062 0.026 0.016 0.010 0.259 0.224 0.854 0.017 0.028 0.010 0.053 0.004 0.131 0.858 0.128 0.625 0.020 0.101 0.030 0.036 0.100 0.004 0.066 0.134 0.025 0.016 0.057 0.040 0.064 0.167 0.057 0.025 0.022 0.064 0.383 0.063 0.010 0.854 0.098 0.046 0.021 0.024 0.399 0.157 0.007 0.103 0.040 0.016 0.018 0.314 0.162 0.494 0.473 0.520 0.591 4.920 1.945 0.124 0.104 0.133 0.251 0.708 1.074 0.399 0.219 0.061 0.113 0.244 0.195 0.398 0.811 1.072 0.619 7563 chr3 32459171 32465430 + 0 NA intron (NM_181472, intron 1 of 3) intron (NM_181472, intron 1 of 3) 29137 NM_181472 112616 Hs.440494 NM_138410 ENSG00000153551 CMTM7 CKLFSF7 CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 7 protein-coding 1.109 2.000 2.517 6.615 0.225 0.093 4.650 0.154 0.316 1.144 0.262 0.986 0.020 0.048 0.113 0.294 1.159 0.025 5.538 2.318 0.100 0.089 0.074 0.092 0.191 0.488 0.231 0.071 6.078 4.697 1.454 3.262 1.517 0.944 3.844 0.134 0.015 0.086 0.080 2.204 1.778 2.489 1.899 0.961 2.436 2.600 3.851 1.735 0.332 2.645 0.554 0.722 0.294 4.735 1.049 0.191 1.322 0.619 0.234 0.112 0.255 4.911 0.315 0.079 2.228 5.799 6.915 2.705 4.566 0.986 2.486 0.333 0.413 0.544 0.191 0.869 0.751 0.297 nan 1.580 1.489 1.331 1.362 0.942 1.354 0.073 0.136 0.367 0.837 0.694 0.447 1162 chr1 225932473 225968281 + 0 NA Intergenic Intergenic -15138 NM_003133 6726 Hs.511425 NM_003133 ENSG00000143742 SRP9 ALURBP signal recognition particle 9 protein-coding 3.822 nan 3.757 0.840 2.090 1.465 0.605 1.930 3.493 0.354 0.841 6.185 0.208 0.255 0.780 1.814 2.561 0.806 0.439 0.206 0.498 0.216 1.539 0.746 1.836 3.510 2.725 0.230 0.792 0.366 0.744 1.874 0.825 2.059 0.301 0.933 0.263 0.922 0.157 0.327 2.148 1.029 0.391 0.180 0.687 0.556 1.271 0.968 1.175 0.581 0.416 0.653 1.814 0.543 0.525 1.836 0.360 0.450 0.783 0.380 0.765 1.452 1.752 0.791 0.282 0.419 0.291 2.296 2.358 2.746 4.937 2.930 nan 3.009 1.189 4.224 4.447 1.116 1.733 3.474 3.383 2.512 2.543 1.367 2.201 1.768 1.865 2.038 3.408 2.909 1.538 211 chr1 29527159 29585846 + 0 NA intron (NM_001349714, intron 1 of 10) MIRb|SINE|MIR 968 NM_001349715 51102 Hs.183646 NM_016011 ENSG00000116353 MECR CGI-63|DYTOABG|ETR1|FASN2B|NRBF1 mitochondrial trans-2-enoyl-CoA reductase protein-coding 1.491 0.874 nan 1.341 0.412 0.309 0.365 0.271 0.487 0.394 0.662 0.679 0.889 0.088 0.336 0.404 0.222 0.110 0.304 0.084 0.155 0.057 0.227 0.175 0.498 0.327 0.242 0.168 0.412 0.256 0.546 1.391 0.933 1.339 0.750 0.190 0.105 0.255 0.109 0.078 0.134 0.265 0.126 0.080 0.335 0.213 0.640 0.231 0.598 0.312 0.298 0.507 0.404 0.448 0.241 0.498 0.402 0.473 0.235 0.384 0.378 0.206 0.106 0.667 0.499 0.100 0.074 0.509 0.634 0.886 2.102 1.143 1.279 0.669 0.225 0.533 0.619 0.700 1.215 0.612 0.810 0.797 0.704 0.431 0.614 0.451 0.458 1.245 2.914 0.920 0.584 2831 chr12 84976629 84984319 + 0 NA Intergenic Intergenic 326134 NM_018057 55117 Hs.44424 NM_018057 ENSG00000072041 SLC6A15 NTT73|SBAT1|V7-3|hv7-3 solute carrier family 6 member 15 protein-coding 0.798 0.803 0.580 0.061 0.104 0.007 0.018 0.146 0.286 0.013 0.080 0.012 0.024 0.013 0.065 0.084 0.292 0.166 0.096 0.017 0.018 0.123 0.135 0.016 0.063 0.027 0.052 0.044 0.071 0.344 0.058 0.054 0.025 0.042 0.135 0.040 0.012 0.014 0.067 0.042 0.021 0.036 0.018 0.084 0.019 0.012 0.016 0.054 0.011 0.025 0.053 0.031 0.052 0.179 0.020 0.015 0.006 0.301 0.214 0.227 0.166 0.401 0.488 0.171 0.049 0.280 0.332 5.855 6.675 0.380 0.312 0.434 0.171 0.152 0.201 0.159 0.103 0.611 1.474 0.575 0.526 6188 chr2 70817121 70847397 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -51112 NM_003236 7039 Hs.170009 NM_003236 ENSG00000163235 TGFA TFGA transforming growth factor alpha protein-coding nan nan 0.677 0.267 0.178 0.099 1.515 0.141 0.315 0.776 0.201 0.310 0.008 0.040 0.186 0.232 0.084 0.095 0.713 0.404 0.049 0.027 0.069 0.052 0.106 0.147 0.036 0.034 0.194 0.603 1.145 4.907 0.277 0.559 1.331 0.145 0.003 0.032 0.118 1.525 0.032 0.529 0.144 0.093 0.361 0.137 0.317 0.185 0.234 0.863 0.107 0.128 0.232 0.855 0.024 0.106 0.332 0.049 0.042 0.262 0.241 0.207 0.063 0.082 0.895 0.200 0.188 0.393 0.226 0.195 0.317 0.523 0.536 0.348 0.145 0.310 0.308 0.209 0.392 1.467 1.558 0.389 0.191 0.197 0.287 0.047 0.086 0.335 0.562 nan 0.664 7192 chr21 36056051 36066983 + 0 NA intron (NM_053277, intron 1 of 5) intron (NM_053277, intron 1 of 5) 20055 NM_053277 54102 Hs.473695 NM_053277 ENSG00000159212 CLIC6 CLIC1L chloride intracellular channel 6 protein-coding 0.807 1.176 1.585 0.337 1.212 6.034 0.085 1.699 2.825 0.017 0.064 0.051 0.580 0.083 6.764 0.891 0.139 0.044 0.145 0.052 0.006 0.013 1.154 0.651 3.651 0.038 0.048 0.019 0.163 0.173 0.978 3.544 3.132 2.454 0.202 0.059 1.599 0.010 0.080 0.076 0.247 0.149 0.043 0.029 0.189 0.275 0.564 0.193 0.123 0.051 0.081 0.234 0.891 0.287 0.030 3.651 0.317 0.182 0.071 0.064 1.049 0.028 0.090 0.057 0.014 0.011 0.010 0.480 0.518 0.389 0.951 3.001 3.709 4.201 1.851 0.376 0.399 0.191 0.299 4.335 5.561 0.416 0.229 0.267 0.300 5.891 7.070 0.130 0.330 nan 1.550 3315 chr13 105754411 105759264 + 0 NA Intergenic Intergenic -361379 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.670 0.934 0.565 0.015 0.073 0.044 0.029 0.006 0.163 0.064 0.019 0.021 0.110 0.169 0.063 0.153 0.039 0.065 0.083 0.114 0.037 0.015 0.014 0.022 0.081 0.114 0.058 0.322 0.033 0.020 0.022 0.049 0.017 0.133 0.012 0.046 0.048 0.115 0.041 0.017 0.169 0.072 0.019 0.114 0.051 0.035 0.080 0.011 0.033 0.062 0.076 0.024 1.209 0.618 9.956 4.018 0.362 0.430 0.216 0.162 3.870 3.673 0.250 nan 0.304 0.337 0.386 0.218 0.099 0.206 0.050 0.104 0.381 nan 0.077 0.112 5404 chr18 63415273 63430834 + 0 NA intron (NM_001362438, intron 1 of 11) intron (NM_001362438, intron 1 of 11) 5238 NM_001362438 1005 Hs.541003 NM_004361 ENSG00000081138 CDH7 CDH7L1 cadherin 7 protein-coding 0.830 0.785 0.711 0.057 0.868 0.247 0.164 0.166 0.330 0.024 0.146 0.619 0.048 1.766 0.097 2.414 0.055 0.011 0.095 0.024 0.020 0.035 0.513 0.396 0.038 0.161 0.078 0.009 0.039 0.163 0.176 0.304 0.099 1.600 0.038 1.403 0.510 0.070 0.111 0.120 0.234 0.118 0.012 0.015 0.119 0.024 0.136 0.121 0.178 0.055 0.172 0.025 2.414 0.106 0.038 0.024 0.022 0.436 0.049 1.349 0.070 0.031 0.183 0.058 0.016 0.392 0.252 0.268 0.401 1.668 1.189 5.168 1.858 0.491 nan 2.542 nan 3.310 3.777 0.676 0.665 0.102 0.184 3.325 1.515 0.367 0.375 3.906 1.927 4946 chr17 69418500 69436050 + 0 NA Intergenic Intergenic -228955 NR_104152 101928165 Hs.407613 NR_104152 ENSG00000260785 CASC17 LINC00600 cancer susceptibility 17 (non-protein coding) ncRNA 0.901 nan 0.521 0.890 0.404 0.278 2.868 3.322 6.101 0.131 0.608 1.113 0.004 0.053 1.081 0.433 0.277 0.083 1.411 0.982 0.534 0.008 0.491 0.389 2.422 0.244 0.099 0.025 0.981 1.344 0.760 1.593 0.723 3.780 3.102 0.092 0.318 0.074 0.134 0.695 0.045 0.499 0.169 0.146 1.388 0.594 0.891 2.051 0.132 0.137 1.422 0.682 0.433 0.653 0.303 2.422 0.455 0.442 0.100 0.199 0.086 1.364 0.129 0.028 3.156 1.413 1.484 0.522 0.410 0.317 0.981 1.660 1.839 2.510 0.828 0.245 0.234 0.658 nan 0.706 0.700 0.722 0.329 0.183 0.398 1.074 2.161 0.131 0.194 0.943 0.607 11883 chrGL000195.1 29551 34182 + 0 NA NA NA NA NA 389 chr1 54134753 54154441 + 0 NA intron (NM_147193, intron 1 of 9) intron (NM_147193, intron 1 of 9) 55280 NM_147193 148979 Hs.306691 NM_147193 ENSG00000174332 GLIS1 - GLIS family zinc finger 1 protein-coding 1.215 0.542 0.879 0.080 0.148 0.070 0.152 0.173 0.409 0.010 0.075 0.153 0.013 0.015 0.109 0.294 0.260 0.090 0.069 0.029 0.048 0.063 0.079 0.111 0.117 0.082 0.037 0.109 0.042 0.011 0.053 nan 0.094 0.379 0.030 0.096 0.029 0.110 0.109 0.012 0.126 0.269 0.046 0.020 0.022 0.053 0.068 0.141 0.037 0.032 0.028 0.041 0.294 0.141 0.042 0.117 0.019 0.078 0.639 0.119 0.061 0.048 0.066 0.275 0.019 0.910 0.461 0.352 0.461 0.315 0.619 0.787 0.847 0.716 0.276 0.329 0.422 3.841 4.488 0.423 0.596 1.852 2.758 0.272 0.327 0.126 0.137 0.531 nan 0.403 0.498 3525 chr14 46357472 46364879 + 0 NA Intergenic LTR18B|LTR|ERVL -172187 NR_102701 100506412 Hs.207545 NR_102699 ENSG00000258700 LINC00871 - long intergenic non-protein coding RNA 871 ncRNA nan 2.477 nan 0.106 3.676 2.107 0.249 2.727 4.740 0.073 0.091 1.508 0.120 3.075 4.331 0.125 0.065 0.327 0.083 0.051 0.019 0.274 0.310 7.977 0.843 0.314 0.029 0.479 0.175 0.824 2.071 0.419 5.565 0.060 0.073 0.826 0.015 0.065 0.048 3.503 0.087 0.008 0.010 0.296 0.146 0.039 0.161 0.132 0.061 0.032 0.072 4.331 0.275 0.038 7.977 0.067 0.113 0.026 0.087 0.481 0.021 0.081 0.034 0.041 0.016 0.014 0.395 0.393 0.277 0.536 8.065 7.882 5.198 2.301 1.228 1.312 0.218 0.364 3.576 4.385 0.459 0.324 0.175 0.287 4.614 4.718 0.220 0.359 2.328 1.598 3207 chr13 73890876 73947759 + 0 NA Intergenic L1MEe|LINE|L1 -219064 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.524 0.623 1.559 0.131 0.139 0.332 0.222 0.477 0.107 0.116 0.499 0.047 0.041 0.567 1.109 0.113 0.085 0.177 0.151 0.051 0.010 0.039 0.024 0.130 0.888 0.416 0.060 0.251 0.544 1.213 4.494 0.494 1.023 0.291 0.072 0.018 0.055 0.097 0.042 0.157 0.172 0.034 0.033 0.807 0.436 0.900 0.246 0.500 0.033 1.232 0.889 1.109 0.078 0.018 0.130 1.047 0.512 0.024 0.039 0.017 0.035 0.094 0.082 0.130 0.012 0.003 0.454 0.284 0.866 2.306 0.309 0.384 nan 0.188 0.168 0.186 0.055 0.112 0.376 0.385 nan 0.130 0.196 0.365 0.129 0.179 0.391 nan 0.177 0.200 10081 chr6 168422947 168439288 + 0 NA intron (NM_030615, intron 2 of 8) C-rich|Low_complexity|Low_complexity 12564 NM_005355 3834 Hs.150013 NM_005355 ENSG00000125337 KIF25 KNSL3 kinesin family member 25 protein-coding 0.950 nan 1.329 0.132 0.194 0.067 2.488 0.157 0.257 0.046 1.141 0.369 0.027 0.031 0.164 0.219 0.146 0.088 1.790 1.056 0.193 0.053 0.048 0.085 0.509 4.943 4.135 0.009 1.170 0.566 0.337 2.377 0.637 0.723 0.465 0.106 0.006 0.422 0.114 0.303 0.364 3.288 0.727 0.242 1.374 0.787 0.056 0.605 0.249 1.084 0.376 0.387 0.219 2.255 1.617 0.509 0.124 0.146 0.082 1.216 0.031 1.543 0.169 0.023 0.679 0.228 0.115 0.568 0.536 1.132 2.820 1.183 1.026 0.222 0.211 0.143 0.124 0.111 0.203 0.575 0.666 nan 0.411 0.586 0.837 0.116 0.114 0.103 0.176 0.295 0.222 6649 chr2 217967662 217972143 + 0 NA Intergenic Intergenic -177554 NR_133642 105373877 NR_133642 DIRC3-AS1 - DIRC3 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.007 nan 3.778 0.196 0.109 4.802 0.248 0.329 1.486 1.234 2.227 0.461 0.078 0.275 0.252 0.036 0.042 0.491 0.214 0.057 0.302 2.557 2.294 0.132 2.573 2.703 0.489 0.751 0.785 0.497 0.196 1.039 0.022 0.050 0.134 2.138 0.285 5.059 8.520 3.170 3.914 1.664 1.918 2.895 0.291 0.492 0.060 0.907 0.275 0.064 0.724 0.302 0.900 0.720 0.417 0.036 1.462 0.164 2.689 0.951 0.653 0.371 0.260 0.368 0.782 0.315 0.612 0.785 0.186 0.306 0.294 0.401 0.817 0.577 nan 0.309 0.246 0.105 0.126 0.103 0.099 0.319 0.849 0.738 0.297 7023 chr20 47431159 47449608 + 0 NA intron (NM_020820, intron 1 of 39) MIR|SINE|MIR 4037 NM_020820 57580 Hs.153310 NM_020820 ENSG00000124126 PREX1 P-REX1 phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate dependent Rac exchange factor 1 protein-coding nan nan 0.720 0.118 0.096 0.117 0.169 0.130 0.224 0.119 2.395 0.747 0.027 0.049 0.421 0.924 0.757 0.096 0.029 0.052 0.059 0.270 0.147 0.172 0.052 0.448 0.184 0.291 0.097 0.024 0.048 0.090 0.126 0.985 0.024 0.243 0.057 0.311 0.087 1.459 0.431 0.807 0.320 0.257 0.047 0.054 0.490 1.409 0.941 0.139 0.086 0.498 0.924 0.050 0.020 0.052 0.158 0.435 0.674 1.091 0.033 0.147 1.036 0.836 0.395 0.339 0.291 2.817 4.589 0.585 0.713 0.495 0.492 nan 0.614 0.675 0.686 0.690 1.118 0.274 0.478 nan 3.990 1.464 2.051 0.315 0.272 1.236 2.306 0.728 0.698 966 chr1 186827515 186847037 + 0 NA intron (NM_024420, intron 2 of 17) AluSx|SINE|Alu 39244 NM_001311193 5321 Hs.497200 NM_024420 ENSG00000116711 PLA2G4A PLA2G4|cPLA2|cPLA2-alpha phospholipase A2 group IVA protein-coding nan nan 0.998 0.135 0.100 0.011 0.051 0.049 0.129 0.015 0.124 0.364 0.010 0.011 0.106 0.151 0.204 0.247 0.114 0.039 0.057 0.007 0.124 0.196 0.037 0.018 0.026 0.011 0.084 0.037 0.090 0.417 0.139 0.298 0.045 0.327 0.029 0.028 0.133 0.030 0.016 0.076 0.022 0.012 0.078 0.035 0.099 0.056 0.284 0.022 0.024 0.252 0.151 0.059 0.047 0.037 0.075 0.035 0.005 0.018 0.017 0.032 8.105 0.157 0.031 0.015 0.021 3.272 4.072 11.388 8.616 0.350 nan 0.142 0.099 nan 4.390 0.643 0.771 0.269 0.263 0.382 0.193 5.433 10.180 0.096 0.093 0.466 nan 0.266 0.381 2216 chr11 104836266 104841403 + 0 NA intron (NM_001225, intron 1 of 8) intron (NM_001225, intron 1 of 8) 491 NM_001225 837 Hs.138378 NM_001225 ENSG00000196954 CASP4 ICE(rel)II|ICEREL-II|ICH-2|Mih1|Mih1/TX|TX caspase 4 protein-coding 0.338 1.917 0.500 1.629 2.034 0.120 2.447 0.593 1.608 3.539 2.503 2.980 4.782 0.139 0.711 0.148 2.025 0.062 2.506 0.814 0.332 1.156 0.325 2.012 3.865 3.426 0.847 3.166 2.095 1.772 2.406 2.466 5.807 1.129 2.822 0.038 0.110 0.181 1.014 0.031 6.617 3.812 1.717 5.866 2.048 5.208 4.688 0.430 1.663 2.539 3.701 0.148 1.067 0.395 2.012 2.714 2.122 0.150 1.204 2.533 0.156 0.048 1.510 0.168 0.090 3.692 4.186 2.452 5.819 2.408 2.271 8.279 3.409 6.418 7.190 0.368 0.706 3.343 4.185 0.261 0.189 0.407 0.702 0.330 0.421 0.203 0.241 1.661 1.185 2314 chr11 119453874 119471541 + 0 NA Intergenic MER41B|LTR|ERV1 136728 NM_203286 5818 Hs.334846 NM_002855 ENSG00000110400 NECTIN1 CD111|CLPED1|ED4|HIgR|HV1S|HVEC|OFC7|PRR|PRR1|PVRL1|PVRR|PVRR1|SK-12|nectin-1 nectin cell adhesion molecule 1 protein-coding 0.787 0.884 0.584 0.445 0.089 0.358 2.255 0.199 0.408 0.027 0.558 1.037 0.028 0.028 0.257 0.601 0.042 0.080 0.396 0.870 0.037 0.008 0.213 0.203 0.461 1.981 1.453 0.034 3.214 3.278 0.168 0.262 0.289 1.337 0.053 0.097 0.177 0.142 0.096 1.228 0.217 0.286 0.439 0.310 5.495 0.961 1.639 4.423 0.120 0.158 0.058 0.402 0.601 0.500 1.307 0.461 0.546 0.150 0.134 0.181 0.190 2.037 0.857 0.119 1.281 0.081 0.033 0.598 nan 0.476 1.289 0.762 0.730 2.371 0.598 0.533 0.575 0.219 nan 0.433 0.668 0.379 0.275 1.181 1.480 0.955 1.131 0.301 0.531 1.034 0.708 218 chr1 31267556 31298204 + 0 NA Intergenic LTR85a|LTR|Gypsy? -14619 NR_146732 105378622 Hs.209284 NR_146732 ENSG00000223382 LINC01778 - long intergenic non-protein coding RNA 1778 ncRNA 1.337 nan 0.934 0.335 0.169 1.338 2.473 0.403 0.679 0.191 0.651 0.990 0.158 0.098 0.296 1.868 0.528 0.175 1.416 1.067 0.097 0.054 0.193 0.148 0.667 1.386 0.985 0.212 1.134 0.746 0.969 4.033 1.449 1.204 0.760 0.496 0.050 0.153 0.107 1.088 0.039 0.484 0.317 0.230 0.253 0.645 0.224 0.565 0.222 0.773 0.421 0.426 1.868 2.100 2.094 0.667 0.076 0.196 0.265 0.345 0.173 1.043 0.103 0.167 0.465 0.212 0.152 0.569 0.871 0.865 1.419 1.057 1.004 nan 0.214 0.530 0.598 1.131 1.681 0.336 0.541 nan 0.390 0.485 0.466 0.265 0.361 0.496 0.945 0.818 nan 5918 chr2 15177376 15192883 + 0 NA Intergenic Intergenic 412322 NM_145175 151354 Hs.260855 NM_145175 ENSG00000162981 FAM84A NSE1|PP11517 family with sequence similarity 84 member A protein-coding 0.995 0.986 2.062 0.093 1.043 1.002 0.065 0.227 0.309 0.101 0.078 0.012 0.053 0.460 0.909 0.041 0.042 0.041 0.012 0.023 0.018 0.434 0.197 0.146 0.004 0.019 0.014 0.070 0.014 0.093 0.304 0.063 4.037 0.028 0.080 0.195 0.021 0.114 0.582 0.177 0.020 0.021 0.054 0.050 0.154 0.094 0.037 0.122 0.181 0.909 0.064 0.160 0.146 0.071 0.085 1.312 0.056 2.679 0.015 0.090 0.262 0.219 0.011 0.016 0.355 0.291 0.211 0.251 0.879 0.853 5.001 0.855 0.179 0.157 0.792 1.203 2.617 nan 1.109 1.254 0.236 0.303 0.534 0.453 0.463 nan 1.381 0.894 2345 chr11 126201651 126266016 + 0 NA intron (NM_001348396, intron 2 of 11) intron (NM_001348396, intron 2 of 11) 8044 NM_001348397 6484 Hs.591947 NM_006278 ENSG00000110080 ST3GAL4 CGS23|NANTA3|SAT3|SIAT4|SIAT4C|ST-4|ST3GalA.2|ST3GalIV|STZ|gal-NAc6S ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 4 protein-coding 0.962 1.723 1.011 0.188 0.681 0.569 1.278 0.254 0.529 1.640 1.578 1.273 0.309 0.056 0.236 0.574 0.148 0.063 1.302 0.517 0.837 0.116 0.225 0.232 0.370 1.553 1.185 0.383 0.172 0.246 2.026 5.763 0.370 5.346 0.954 0.691 0.138 0.330 0.097 0.225 0.211 4.325 0.455 0.249 0.699 0.309 2.245 0.391 0.740 0.486 1.582 4.209 0.574 1.163 0.395 0.370 1.887 8.572 0.209 0.518 0.256 0.523 0.375 0.385 0.354 0.081 0.041 1.224 2.021 0.740 1.210 0.767 0.757 1.571 0.483 0.771 0.865 1.394 1.928 1.238 1.479 0.874 0.893 1.161 1.411 0.711 0.812 0.645 nan 0.836 0.624 6902 chr20 25250824 25264119 + 0 NA intron (NM_002862, intron 6 of 19) intron (NM_002862, intron 6 of 19) 28765 NM_002862 5834 Hs.368157 NM_002862 ENSG00000100994 PYGB GPBB glycogen phosphorylase B protein-coding 0.967 1.717 nan 0.049 0.891 3.320 0.261 0.084 0.270 0.035 0.169 0.049 0.019 0.248 2.017 0.202 0.158 0.073 0.215 0.071 0.071 0.052 0.741 0.383 0.472 0.095 0.044 0.127 0.061 0.008 0.109 0.204 0.183 0.837 0.087 0.116 0.137 0.041 0.052 0.085 0.097 0.045 0.024 0.016 0.075 0.116 0.134 0.300 0.170 0.029 0.076 0.202 0.194 0.136 0.472 0.028 0.051 0.235 0.088 3.301 0.154 0.277 0.168 0.069 0.017 0.004 0.728 0.969 0.316 0.489 1.117 0.787 2.587 0.571 0.320 0.348 1.430 2.044 5.264 4.543 1.156 1.164 0.729 1.075 0.313 0.520 0.242 0.561 2.295 1.356 3124 chr13 37571745 37577027 + 0 NA promoter-TSS (NM_013338) promoter-TSS (NM_013338) -292 NM_181503 11340 Hs.294041 NM_181503 ENSG00000120699 EXOSC8 CIP3|EAP2|OIP2|PCH1C|RRP43|Rrp43p|bA421P11.3|p9 exosome component 8 protein-coding 6.593 5.052 6.135 3.699 5.424 5.466 2.641 2.275 4.253 0.853 4.365 2.326 1.519 2.088 5.513 3.308 3.312 0.700 3.690 1.395 1.599 2.309 2.019 1.637 8.589 1.824 2.009 1.085 1.583 1.577 6.888 9.594 2.419 10.351 1.354 4.640 1.172 4.666 0.188 1.501 3.120 4.530 5.741 2.112 2.089 1.609 4.306 3.999 3.098 3.171 2.994 2.430 3.308 4.699 4.010 8.589 2.013 2.975 0.918 3.819 3.109 1.815 3.746 4.143 3.020 2.508 1.710 14.203 13.937 5.664 6.957 16.107 14.289 11.508 6.306 11.673 12.900 6.443 8.218 8.308 13.616 10.725 13.109 7.493 13.292 7.115 7.724 15.022 13.129 3.376 1.964 5261 chr18 35011435 35033716 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 2 of 12) intron (NM_001025087, intron 2 of 12) 23892 NR_132967 106635546 NR_132967 SNORA111 - small nucleolar RNA, H/ACA box 111 snoRNA nan 0.986 0.848 0.039 0.211 0.649 0.066 0.713 1.314 0.017 0.111 0.103 0.036 0.179 0.242 1.637 0.034 0.021 0.040 0.014 0.012 0.498 0.313 0.817 0.013 0.018 0.030 0.033 0.033 0.072 0.084 0.013 0.411 0.033 0.047 0.655 0.057 0.056 0.005 0.309 0.104 0.054 0.011 0.021 0.021 0.022 0.086 0.062 0.026 0.014 1.791 1.637 0.025 0.013 0.817 0.286 0.030 0.481 0.065 0.136 0.117 0.125 0.182 0.122 0.007 0.013 0.857 1.772 0.284 0.460 2.025 2.132 3.046 1.120 0.097 0.112 0.843 1.116 nan 1.257 0.912 0.983 0.257 0.364 1.902 1.375 0.462 0.684 3.551 2.303 10244 chr7 25884999 25912911 + 0 NA Intergenic Intergenic 90651 NR_029597 406940 NR_029597 ENSG00000199085 MIR148A MIRN148|MIRN148A|hsa-mir-148|mir-148a microRNA 148a ncRNA 6.018 1.114 6.296 0.619 1.099 0.407 0.146 0.265 0.454 0.079 0.276 0.251 5.389 0.507 1.146 0.665 2.269 0.151 0.061 0.020 0.637 0.779 0.478 0.340 0.759 0.694 0.485 0.232 0.558 0.053 0.755 1.299 0.441 1.723 0.042 0.172 0.182 0.191 0.167 0.427 1.243 0.503 0.097 0.053 0.114 0.240 0.230 2.173 0.338 0.196 2.302 0.101 0.665 0.039 0.136 0.759 0.219 0.552 0.590 0.931 1.082 0.674 1.692 1.098 0.074 0.481 0.278 3.488 3.475 1.402 nan 2.363 1.905 4.486 1.996 2.579 2.612 2.729 3.651 2.862 4.140 5.543 4.634 1.405 2.166 1.017 0.849 2.088 nan 1.157 0.574 5473 chr19 1393928 1417160 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2024 NM_170711 26528 Hs.222510 NM_018959 ENSG00000071626 DAZAP1 - DAZ associated protein 1 protein-coding 1.485 1.717 2.890 1.206 1.124 0.750 1.041 0.676 1.344 0.255 1.297 0.552 0.872 0.385 1.694 1.548 0.563 0.096 1.718 0.384 0.951 0.734 0.881 0.361 2.045 0.709 0.798 1.133 1.576 0.408 1.614 3.167 2.093 4.049 0.434 1.120 0.415 0.989 0.077 0.289 0.478 1.790 1.452 0.741 1.329 0.566 0.954 1.344 1.255 2.036 0.987 1.003 1.548 2.249 1.092 2.045 0.541 1.739 0.455 4.283 0.916 1.193 0.944 0.575 0.662 0.731 0.429 1.633 1.859 1.895 3.162 2.151 2.203 1.215 0.403 2.742 2.574 1.602 2.167 1.145 nan 2.164 2.083 1.603 2.512 1.289 1.524 1.169 1.342 1.305 0.673 2567 chr12 27154738 27177188 + 0 NA intron (NM_016551, intron 1 of 11) intron (NM_016551, intron 1 of 11) 1376 NM_016551 51768 Hs.438641 NM_016551 ENSG00000064115 TM7SF3 - transmembrane 7 superfamily member 3 protein-coding nan nan nan 1.086 2.455 0.976 0.834 0.367 0.939 0.242 1.035 1.315 0.121 0.366 0.728 0.486 0.294 0.072 1.167 0.447 0.333 0.160 0.969 0.602 2.342 0.444 0.328 0.325 1.077 0.452 0.835 1.372 0.812 2.427 0.254 0.387 0.098 0.797 0.117 2.419 1.073 0.529 0.360 0.205 0.612 0.230 0.790 1.305 0.928 1.254 0.407 0.451 0.486 1.254 0.961 2.342 0.382 0.340 0.334 1.355 0.873 0.310 0.247 1.049 1.325 0.208 0.197 0.875 0.959 1.484 2.273 2.928 2.776 4.566 2.053 3.205 3.556 1.217 1.708 2.383 2.902 2.317 1.749 0.822 1.549 0.648 0.712 1.990 4.013 1.054 0.638 4321 chr16 30401130 30421103 + 0 NA 3' UTR (NM_152652, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_152652, exon 2 of 2) 4376 NM_152652 197407 Hs.513501 NM_152652 ENSG00000180035 ZNF48 ZNF553 zinc finger protein 48 protein-coding 2.937 1.485 1.773 2.068 3.118 1.971 0.783 1.185 2.375 0.329 2.623 0.963 0.159 1.560 0.647 2.900 0.470 0.265 0.989 0.305 1.221 0.562 0.431 0.285 2.608 0.662 0.678 1.184 1.055 0.263 1.039 1.998 0.733 5.713 0.505 1.488 0.640 2.056 0.112 0.359 0.804 1.341 1.084 0.531 0.803 0.585 1.457 1.613 1.735 2.580 1.162 1.214 2.900 1.218 1.122 2.608 0.331 0.706 0.857 2.245 1.589 0.766 0.425 0.471 0.837 0.711 0.405 1.818 2.128 2.045 2.696 3.195 3.124 6.407 1.905 2.217 2.185 1.177 1.950 5.435 7.691 2.660 2.849 0.911 1.732 2.905 2.616 1.981 2.137 1.906 0.920 10274 chr7 29504031 29526306 + 0 NA intron (NM_004067, intron 6 of 12) L1MB5|LINE|L1 -4160 NM_001293076 1124 Hs.654611 NM_004067 ENSG00000106069 CHN2 ARHGAP3|BCH|CHN2-3|RHOGAP3 chimerin 2 protein-coding 1.907 1.188 2.362 0.129 0.520 0.110 0.044 0.381 0.776 0.013 0.134 0.078 0.005 0.127 0.203 0.424 0.114 0.135 0.091 0.034 0.017 0.012 0.528 0.219 0.631 0.190 0.055 0.030 0.125 0.009 0.235 0.949 0.516 0.962 0.013 0.066 0.039 0.070 0.145 0.032 0.585 0.141 0.022 0.025 0.019 0.059 0.134 0.148 0.212 0.044 0.055 0.809 0.424 0.048 0.037 0.631 0.044 0.082 0.131 0.068 0.306 0.057 0.280 3.029 0.041 0.023 0.011 0.861 1.593 0.249 nan 0.520 0.550 0.851 0.302 0.714 0.792 0.167 0.315 0.503 0.612 0.587 0.397 0.349 0.708 0.353 0.562 2.146 nan 0.846 0.713 9692 chr6 47664086 47670568 + 0 NA intron (NM_153838, intron 1 of 9) intron (NM_153838, intron 1 of 9) 1046 NM_001347855 221393 Hs.150131 NM_153838 ENSG00000153294 ADGRF4 GPR115|PGR18 adhesion G protein-coupled receptor F4 protein-coding 0.907 0.964 0.696 1.081 0.405 0.017 3.214 0.236 0.358 0.985 0.155 0.215 0.038 0.030 0.028 0.647 0.151 0.101 1.948 1.141 0.019 0.352 0.077 0.138 1.232 0.637 0.022 1.481 2.145 2.584 3.955 2.224 0.647 1.711 0.639 0.147 0.067 0.117 0.384 0.074 0.114 0.083 0.024 1.674 1.907 3.373 0.184 0.515 0.090 6.042 1.369 0.647 0.853 0.072 0.138 0.601 1.343 0.164 0.027 0.079 0.735 0.107 0.137 1.142 0.008 0.668 1.101 0.608 0.499 0.235 0.304 1.972 0.602 0.283 0.289 1.082 1.421 0.740 nan 0.357 0.310 0.209 0.413 0.888 1.719 0.296 0.650 0.673 0.663 9219 chr5 141217968 141258865 + 0 NA intron (NM_032420, intron 3 of 4) intron (NM_032420, intron 3 of 4) 7351 NM_001278615 5097 Hs.79769 NM_002587 ENSG00000156453 PCDH1 PC42|PCDH42 protocadherin 1 protein-coding nan 1.650 0.871 2.195 0.879 1.228 1.535 0.862 1.746 1.196 0.494 0.316 0.460 0.518 1.280 0.767 0.559 0.110 1.162 0.659 0.557 0.316 0.263 0.158 1.759 0.968 0.962 0.319 1.003 0.703 2.402 4.155 1.387 2.653 0.978 0.371 0.055 0.712 0.095 0.467 0.291 0.620 0.393 0.220 0.806 0.921 1.779 0.488 1.058 0.586 0.434 1.444 0.767 1.424 0.473 1.759 0.738 1.237 0.289 0.922 0.522 0.410 0.777 0.127 0.534 0.315 0.180 1.424 1.603 0.978 1.834 2.074 1.745 1.139 0.440 0.930 1.045 0.591 0.936 3.169 4.035 0.825 0.675 1.126 1.871 0.269 0.236 0.324 0.748 0.830 0.578 6052 chr2 43130039 43160306 + 0 NA Intergenic Intergenic 121510 NR_110585 102723854 Hs.570165 NR_110585 ENSG00000231826 LINC01819 - long intergenic non-protein coding RNA 1819 ncRNA 3.566 nan 4.104 0.312 1.349 0.300 0.214 1.388 2.806 0.060 0.094 0.286 0.010 0.096 0.694 1.258 0.785 0.151 0.255 0.183 0.069 0.055 0.878 0.447 1.700 0.472 0.175 0.281 0.068 0.045 0.096 nan 0.106 0.935 0.035 0.212 0.735 0.089 0.095 0.028 0.251 0.118 0.165 0.138 0.165 0.152 0.249 0.341 0.558 0.122 0.077 0.239 1.258 0.184 0.055 1.700 0.135 0.177 0.483 0.528 1.262 0.268 0.425 1.337 0.061 0.069 0.027 0.357 0.287 0.290 0.684 nan 4.190 1.031 0.424 0.516 0.597 0.662 1.097 1.269 2.175 1.189 1.092 0.450 0.700 1.799 1.467 1.595 nan nan 0.815 3289 chr13 100552744 100569043 + 0 NA non-coding (NR_104592, exon 10 of 10) non-coding (NR_104592, exon 10 of 10) 48526 NR_120421 101927437 Hs.619936 NR_120421 LOC101927437 - uncharacterized LOC101927437 ncRNA 1.046 3.403 2.546 0.053 3.048 0.297 0.070 0.118 0.331 0.006 0.061 0.017 0.023 0.049 1.352 2.720 0.166 0.078 0.178 0.035 0.028 0.485 1.300 1.096 0.205 0.030 0.022 0.038 0.067 0.013 0.129 0.152 0.105 2.260 0.009 0.063 1.146 0.081 0.061 0.022 0.204 0.132 0.029 0.052 0.026 0.047 0.065 0.142 0.140 0.065 0.589 0.033 2.720 0.245 0.034 0.205 0.023 0.066 0.336 0.132 1.023 0.126 0.018 0.046 0.045 0.021 0.009 0.768 0.527 0.369 0.344 0.881 1.147 4.440 1.117 0.165 0.247 0.868 nan 1.487 1.383 0.586 0.306 0.225 0.321 3.558 4.185 0.239 nan 1.447 0.578 9100 chr5 102980504 102992807 + 0 NA Intergenic Intergenic -88153 NM_031438 83594 Hs.434289 NM_031438 ENSG00000112874 NUDT12 - nudix hydrolase 12 protein-coding 0.819 2.399 0.607 0.064 2.744 0.991 0.038 3.864 7.549 0.069 0.217 0.020 0.073 3.044 0.157 0.092 0.086 0.068 0.015 0.015 0.011 0.242 0.139 0.195 0.023 0.012 0.030 0.039 0.022 0.065 0.179 0.127 1.474 0.024 0.065 0.101 0.027 0.101 0.127 0.067 0.024 0.026 0.045 0.012 0.084 0.090 0.066 0.054 0.032 0.059 0.157 0.017 0.015 0.195 0.050 0.061 0.032 0.019 0.262 0.025 0.017 0.157 0.016 0.019 0.012 0.232 0.138 0.209 0.228 1.028 1.494 0.870 0.137 0.087 0.125 0.388 0.514 2.419 2.446 0.784 0.523 0.079 0.123 0.945 0.544 0.314 1.288 1.041 0.584 11945 chrX 48896049 48901073 + 0 NA intron (NM_006521, intron 1 of 9) AluSc|SINE|Alu 2482 NM_001282142 7030 Hs.730740 NM_006521 ENSG00000068323 TFE3 RCCP2|RCCX1|TFEA|bHLHe33 transcription factor binding to IGHM enhancer 3 protein-coding 2.002 2.284 nan 1.261 1.473 1.222 2.487 0.706 0.793 0.915 4.851 3.315 0.971 0.355 0.370 2.268 1.962 0.544 2.590 0.793 2.393 1.119 0.623 0.396 1.064 3.272 4.999 2.100 2.981 1.702 1.616 2.289 3.312 3.504 1.929 9.003 0.113 1.973 0.067 1.310 1.202 15.523 9.463 3.747 2.442 2.055 2.154 4.495 5.181 3.736 1.249 3.485 2.268 3.001 1.768 1.064 1.791 0.988 0.755 2.707 1.697 3.396 0.436 0.858 2.310 3.496 2.469 0.834 0.704 2.148 3.968 1.991 1.494 2.564 0.879 3.873 4.673 1.287 2.032 3.598 4.373 2.120 2.001 0.965 1.600 1.229 1.882 2.236 4.763 0.777 0.506 8487 chr4 100254595 100262138 + 0 NA intron (NM_000669, intron 8 of 8) MIRb|SINE|MIR -15767 NM_001286650 125 Hs.4 NM_000668 ENSG00000196616 ADH1B ADH2|HEL-S-117 alcohol dehydrogenase 1B (class I), beta polypeptide protein-coding 0.496 nan nan 0.057 0.093 0.022 0.047 0.106 0.131 0.052 0.048 0.008 0.027 0.059 0.017 0.088 0.171 0.127 0.025 0.025 0.018 0.020 0.066 0.064 0.021 0.048 0.037 0.014 0.022 0.054 0.087 0.155 0.019 0.058 0.038 0.044 0.066 0.053 0.024 0.008 0.042 0.015 0.011 0.039 0.067 0.065 0.009 0.021 0.008 0.017 0.019 0.024 0.064 0.032 0.043 0.008 0.014 0.032 0.066 0.017 0.020 0.031 0.007 0.764 0.199 6.604 nan 0.152 0.167 0.026 0.016 6.409 6.147 0.151 nan 0.142 0.200 0.368 0.155 0.169 0.202 0.078 0.045 0.165 nan 0.115 0.166 2188 chr11 95031260 95073218 + 0 NA Intergenic Intergenic -86534 NM_001271594 143686 Hs.120633 NM_144665 ENSG00000149212 SESN3 SEST3 sestrin 3 protein-coding 1.016 nan 1.234 0.043 0.079 0.674 0.156 0.225 0.479 0.014 0.110 0.125 0.029 0.065 0.253 0.420 0.048 0.065 0.112 0.022 0.028 0.036 0.135 0.132 0.074 0.074 0.042 0.042 0.073 0.025 0.077 0.347 0.151 1.139 0.062 0.451 0.204 0.067 0.083 0.047 0.203 0.224 0.040 0.022 0.029 0.121 0.076 0.292 0.132 0.061 0.036 0.161 0.420 0.120 0.037 0.074 0.146 0.148 0.409 0.062 0.116 0.032 0.603 0.913 0.036 0.052 0.060 0.672 0.521 0.742 nan 0.607 0.835 0.144 0.074 0.576 0.599 1.710 2.054 0.344 0.320 1.011 0.831 0.947 1.383 0.545 0.592 0.915 nan 0.723 0.614 10181 chr7 14256989 14296127 + 0 NA intron (NM_001350718, intron 22 of 24) intron (NM_001350718, intron 22 of 24) -245508 NM_001163148 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.038 nan 0.289 0.142 0.052 0.044 0.274 0.524 0.178 0.109 0.104 0.013 0.039 0.096 0.212 0.171 0.095 0.046 0.029 0.034 0.021 0.245 0.217 0.337 0.018 0.013 0.009 0.106 0.068 0.076 0.100 0.150 0.443 0.056 0.075 0.061 0.053 0.154 0.030 0.087 0.087 0.014 0.008 0.017 0.018 0.138 0.128 0.035 0.022 0.035 0.032 0.212 0.029 0.048 0.337 0.062 0.021 0.017 0.027 0.073 0.032 0.023 0.038 0.049 0.018 0.009 nan 0.300 6.138 5.955 0.485 0.664 0.654 0.309 0.339 0.373 0.776 1.001 0.390 0.413 0.433 0.159 0.103 0.165 0.258 0.399 0.224 0.299 0.478 0.402 1778 chr11 8883713 8893488 + 0 NA intron (NM_005418, intron 2 of 22) intron (NM_005418, intron 2 of 22) 43898 NM_005418 6764 Hs.117715 NM_005418 ENSG00000166444 ST5 DENND2B|HTS1|p126 suppression of tumorigenicity 5 protein-coding 1.305 1.710 2.295 0.391 0.567 1.021 1.655 0.326 0.610 0.766 0.823 0.651 0.166 0.112 0.654 0.472 1.601 0.262 2.080 0.821 0.117 1.864 0.200 0.231 0.399 2.555 2.648 1.100 0.604 0.364 2.149 5.343 5.453 1.824 0.165 1.301 0.292 2.354 0.108 0.379 0.146 0.896 0.882 0.487 1.421 1.051 1.196 1.073 1.031 0.809 1.133 0.613 0.472 1.784 2.565 0.399 0.612 0.304 0.229 0.989 0.673 2.030 0.320 0.345 0.503 0.247 0.140 0.522 0.818 1.576 1.947 1.160 1.028 0.903 0.311 0.852 0.966 1.471 2.013 0.589 0.932 0.839 0.962 0.612 1.303 0.587 0.484 0.501 0.905 0.886 0.720 8422 chr4 74122269 74126497 + 0 NA exon (NM_032217, exon 1 of 34) exon (NM_032217, exon 1 of 34) 132 NM_198889 26057 Hs.601206 NM_015574 ENSG00000132466 ANKRD17 GTAR|MASK2|NY-BR-16 ankyrin repeat domain 17 protein-coding 6.080 3.036 3.951 5.026 7.525 2.910 4.658 3.027 6.041 2.665 5.156 2.992 1.812 1.937 6.317 4.543 3.835 0.380 3.114 1.439 3.081 2.260 1.579 0.923 5.930 2.882 3.181 3.591 4.989 1.897 5.810 7.118 4.605 8.481 3.232 4.237 0.945 4.239 0.151 2.692 3.734 8.470 4.044 1.774 2.698 2.535 2.920 4.582 4.050 3.815 2.596 2.952 4.543 6.129 4.146 5.930 2.430 3.688 0.900 4.781 3.968 2.771 1.243 1.896 2.561 1.498 1.177 8.282 9.449 9.202 12.403 8.688 7.177 10.031 5.468 23.944 24.379 3.968 4.951 13.530 19.641 11.642 13.120 3.126 6.260 4.557 5.266 7.640 6.568 2.958 1.588 2339 chr11 124931920 124951572 + 0 NA intron (NM_001145290, intron 1 of 17) intron (NM_001145290, intron 1 of 17) 8733 NM_198277 219855 Hs.352661 NM_198277 ENSG00000134955 SLC37A2 pp11662 solute carrier family 37 member 2 protein-coding 0.469 0.594 0.417 0.469 0.126 0.085 2.570 0.134 0.295 0.186 1.011 0.089 0.029 0.010 0.055 0.190 0.067 0.033 0.528 0.434 0.019 0.007 0.093 0.102 0.073 0.669 0.395 0.086 0.649 1.415 0.382 1.275 0.189 0.526 0.516 0.088 0.010 0.112 0.085 0.912 0.073 1.506 0.233 0.175 2.496 0.187 1.241 1.091 0.157 0.380 0.090 0.562 0.190 0.239 0.084 0.073 0.725 0.114 0.030 0.241 0.063 0.359 0.088 0.086 0.508 0.012 0.017 0.444 0.489 0.241 0.403 0.372 0.323 1.354 0.252 0.447 0.490 0.285 0.557 0.151 0.157 0.345 0.262 0.659 0.770 0.106 0.099 0.125 nan 0.398 0.445 9124 chr5 114493995 114507920 + 0 NA intron (NM_018700, intron 1 of 9) THE1D-int|LTR|ERVL-MaLR 4703 NM_001300759 55521 Hs.519514 NM_018700 ENSG00000152503 TRIM36 ANPH|HAPRIN|RBCC728|RNF98 tripartite motif containing 36 protein-coding 1.164 1.687 1.227 0.324 1.463 0.467 0.235 0.599 1.051 0.150 0.288 0.184 0.097 0.102 1.354 0.497 0.585 0.105 0.242 0.109 0.063 0.228 0.418 0.369 0.860 0.274 0.181 0.285 0.225 0.182 0.357 0.361 0.383 2.509 0.116 0.187 0.288 0.530 0.119 0.202 0.343 0.463 0.469 0.353 0.368 0.016 0.188 0.530 0.450 0.913 0.164 0.130 0.497 0.338 0.160 0.860 0.057 0.131 0.223 0.614 1.072 0.111 0.894 0.054 0.261 0.120 0.062 1.448 1.881 1.689 1.963 2.015 1.531 8.125 2.409 1.026 0.973 1.185 nan 1.519 2.282 0.779 0.940 0.868 1.808 1.974 1.488 0.263 0.315 0.826 0.584 6865 chr20 18035932 18041097 + 0 NA promoter-TSS (NM_021220) promoter-TSS (NM_021220) 12 NM_021220 58495 Hs.661013 NM_021220 ENSG00000125850 OVOL2 CHED|CHED1|CHED2|EUROIMAGE566589|PPCD1|ZNF339 ovo like zinc finger 2 protein-coding 1.808 5.681 3.923 1.448 6.881 4.214 1.812 3.414 6.858 1.128 0.178 0.054 2.639 1.884 4.513 1.772 0.058 0.032 1.493 0.294 0.025 2.579 1.744 8.242 0.375 0.266 0.057 1.933 1.258 2.600 2.873 2.488 11.953 1.863 0.073 3.456 0.191 0.122 0.114 2.039 0.089 0.116 0.271 1.628 1.704 2.184 0.155 1.118 0.319 0.214 3.096 1.772 1.785 0.090 8.242 2.561 2.540 0.505 1.431 0.676 0.197 8.061 0.055 0.089 0.067 0.030 2.404 4.950 3.249 3.798 13.407 10.538 6.996 1.421 7.747 7.234 0.099 0.374 4.498 5.539 1.310 1.520 3.205 7.836 9.158 6.686 0.204 0.557 2.909 1.736 10603 chr7 111800109 111821175 + 0 NA intron (NM_014705, intron 1 of 51) Tigger15a|DNA|TcMar-Tigger 35820 NM_014705 9732 Hs.654652 NM_014705 ENSG00000128512 DOCK4 - dedicator of cytokinesis 4 protein-coding nan 0.882 1.058 0.088 0.262 0.226 0.081 0.518 1.082 0.023 0.509 0.676 0.029 0.034 0.157 0.932 0.128 0.061 0.076 0.063 0.154 0.026 0.597 0.551 0.995 0.079 0.048 0.016 0.110 0.030 0.305 0.686 0.180 0.534 0.187 0.391 0.380 0.062 0.104 0.028 0.064 0.127 0.069 0.058 0.010 0.054 0.133 0.162 0.240 0.073 0.412 0.201 0.932 0.057 0.211 0.995 0.081 0.074 0.124 0.056 0.126 0.217 0.052 0.585 0.120 0.014 0.012 0.407 0.410 0.260 0.390 0.758 0.873 2.601 0.789 0.211 0.264 2.230 2.857 0.484 0.485 1.317 0.937 0.170 0.390 1.567 2.576 0.789 2.585 1.645 1.135 10254 chr7 26691396 26713791 + 0 NA Intergenic Intergenic 23889 NM_001302625 285941 Hs.413394 NM_001145531 C7orf71 - chromosome 7 open reading frame 71 protein-coding 2.501 1.280 3.405 0.438 2.722 0.875 0.117 0.760 1.514 0.013 0.083 0.062 0.083 0.130 1.117 1.706 0.174 0.115 0.065 0.017 0.017 0.068 1.425 1.005 0.214 0.262 0.107 0.020 0.148 0.028 0.143 0.221 1.390 0.987 0.066 0.104 1.394 0.117 0.179 0.083 0.867 0.095 0.032 0.028 0.161 0.058 0.903 0.085 0.051 0.035 0.112 0.079 1.706 0.057 0.103 0.214 0.038 0.073 0.347 0.026 0.115 0.242 0.136 0.442 0.044 0.008 0.011 0.880 0.800 0.539 nan 2.104 2.340 5.716 2.429 0.461 0.467 1.462 1.946 2.177 2.103 1.419 1.202 0.409 0.457 4.189 5.273 0.520 nan 2.341 1.116 8783 chr5 14663143 14671109 + 0 NA intron (NM_138348, intron 1 of 6) intron (NM_138348, intron 1 of 6) 2372 NM_138348 90268 Hs.406335 NM_138348 ENSG00000154124 OTULIN AIPDS|FAM105B|GUM OTU deubiquitinase with linear linkage specificity protein-coding nan nan nan 1.284 4.089 0.720 2.361 0.937 1.342 0.958 1.478 1.214 0.234 0.634 1.420 1.254 2.760 0.348 4.625 1.361 1.188 0.312 1.359 0.796 2.067 1.571 1.229 1.128 2.774 0.968 2.955 4.945 3.063 nan 1.177 1.262 0.357 1.378 0.123 0.923 0.647 1.722 2.895 1.859 1.412 0.768 1.179 1.080 1.576 2.520 1.696 1.196 1.254 8.267 1.646 2.067 0.928 2.092 0.414 2.057 1.666 1.694 0.278 0.402 0.831 1.160 0.689 1.922 2.358 2.569 3.350 3.394 2.638 2.722 1.041 1.442 1.294 nan 4.375 3.050 4.159 2.725 2.546 0.784 1.856 2.235 1.812 0.981 nan 2.322 1.590 8385 chr4 55794708 55814108 + 0 NA Intergenic Intergenic 187354 NM_002253 3791 Hs.479756 NM_002253 ENSG00000128052 KDR CD309|FLK1|VEGFR|VEGFR2 kinase insert domain receptor protein-coding nan 0.560 0.532 0.197 0.286 0.184 0.158 0.215 0.488 0.056 0.236 0.003 0.129 0.339 0.152 0.090 0.099 0.170 0.108 0.010 0.022 0.227 0.175 0.888 0.018 0.015 0.023 0.090 0.044 0.116 1.355 0.329 0.965 0.226 0.052 0.034 0.028 0.069 0.018 0.008 0.139 0.063 0.032 0.045 0.039 0.025 0.204 0.030 0.018 0.020 0.322 0.152 0.084 0.038 0.888 0.082 0.047 0.030 0.057 0.602 0.037 0.030 0.147 0.012 0.006 0.003 0.397 0.310 0.247 0.334 1.108 1.395 0.229 0.137 0.234 0.216 0.214 0.341 4.152 3.644 0.473 0.197 0.119 0.271 0.067 0.081 0.156 0.154 4.918 2.756 5986 chr2 27923553 27962328 + 0 NA Intergenic Intergenic -4341 NR_135200 100129995 Hs.515878 NR_135200 ENSG00000205334 LINC01460 - long intergenic non-protein coding RNA 1460 ncRNA 0.963 0.820 1.264 0.703 0.300 0.180 3.133 0.338 0.598 1.109 1.825 1.332 0.038 0.190 0.190 0.680 0.502 0.186 3.734 2.068 0.927 0.029 0.207 0.210 0.274 2.249 2.058 0.406 3.783 1.259 3.352 5.769 0.985 0.990 1.836 0.955 0.079 0.253 0.114 1.547 0.113 2.405 0.220 0.137 5.316 1.236 4.447 1.328 2.245 0.812 1.978 0.685 0.680 1.993 3.569 0.274 0.533 0.501 0.283 3.029 0.410 2.050 0.083 0.093 0.576 1.503 1.595 0.335 0.454 0.482 1.187 0.624 0.671 2.049 0.701 1.064 1.132 0.520 0.897 0.851 nan 0.681 0.449 0.400 0.475 0.379 0.498 0.267 0.383 0.654 0.562 160 chr1 23340403 23348418 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1531 NM_015013 23028 Hs.591518 NM_015013 ENSG00000004487 KDM1A AOF2|BHC110|CPRF|KDM1|LSD1 lysine demethylase 1A protein-coding 5.435 2.038 nan 2.162 4.223 2.429 1.173 1.400 2.523 0.643 1.901 1.433 0.462 0.621 2.438 2.527 1.061 0.241 1.998 0.307 0.916 0.951 1.975 0.809 1.541 0.829 0.848 0.886 1.238 0.511 1.716 2.762 1.403 4.917 0.627 0.850 0.358 1.775 0.188 0.444 1.460 1.483 0.840 0.591 0.874 0.410 3.828 0.950 1.117 1.778 0.805 1.026 2.527 2.295 1.924 1.541 0.687 0.828 0.836 1.929 1.123 0.794 1.740 1.554 0.541 0.359 0.158 3.634 3.940 2.507 3.721 6.087 5.150 4.011 1.512 8.136 7.625 4.106 5.846 4.116 8.846 6.514 8.986 3.012 5.503 2.203 1.957 6.934 5.421 2.339 1.585 7177 chr21 34119608 34145423 + 0 NA intron (NR_027873, intron 5 of 17) intron (NR_027873, intron 5 of 17) 11654 NR_027873 94104 Hs.644004 NM_013329 ENSG00000159086 PAXBP1 BM020|C21orf66|FSAP105|GCFC|GCFC1 PAX3 and PAX7 binding protein 1 protein-coding 1.910 1.244 2.065 0.503 0.809 0.558 0.301 0.515 1.013 0.200 0.396 0.296 0.390 0.165 0.882 0.625 0.483 0.094 0.665 0.108 0.325 0.442 0.368 0.183 0.859 0.304 0.237 0.328 0.379 0.128 0.580 1.071 0.675 2.131 0.227 0.381 0.180 0.516 0.104 0.193 0.466 0.545 0.319 0.180 0.275 0.165 0.679 0.474 0.393 0.607 0.584 0.375 0.625 0.612 0.591 0.859 0.199 0.253 0.340 0.494 0.474 0.328 0.483 0.822 0.196 0.232 0.154 1.628 1.470 1.771 2.517 1.903 1.927 1.980 0.668 2.430 2.453 1.486 1.861 1.621 2.555 3.116 2.885 0.994 1.827 1.118 1.096 2.091 4.055 nan 0.966 98 chr1 14567695 14571908 + 0 NA Intergenic Intergenic 176668 NR_149058 105376762 Hs.568591 NR_149058 KAZN-AS1 - KAZN antisense RNA 1 ncRNA 0.467 0.712 nan 0.150 0.039 0.033 0.189 0.569 0.074 0.045 0.023 0.043 0.062 0.033 0.227 0.030 0.110 0.020 0.142 0.096 0.075 0.057 0.116 0.272 0.036 0.072 0.052 0.093 0.065 0.019 0.018 0.023 0.095 0.039 0.034 0.019 0.005 0.062 0.002 0.088 0.142 0.063 0.050 0.049 0.019 3.594 0.030 0.018 0.027 6.609 8.553 10.466 8.078 0.403 0.495 0.481 0.112 4.907 nan 0.108 nan 0.981 0.822 nan 0.250 6.724 5.926 0.049 0.037 0.273 0.393 0.665 0.553 7459 chr22 44974075 44996716 + 0 NA Intergenic MLT1I|LTR|ERVL-MaLR 20175 NR_028409 388910 Hs.332685 NM_001012986 ENSG00000187012 LINC00207 NCRNA00207 long intergenic non-protein coding RNA 207 ncRNA 1.758 nan 0.391 0.061 1.408 1.065 0.254 0.265 0.465 0.029 0.085 0.063 0.006 0.018 1.711 1.664 0.073 0.078 0.098 0.159 0.028 0.019 0.387 0.186 1.386 0.296 0.118 0.026 0.063 0.014 0.116 0.527 0.106 2.185 0.039 0.151 0.109 0.071 0.099 0.021 0.250 0.102 0.043 0.015 0.072 0.027 0.232 0.138 0.111 0.025 0.024 0.182 1.664 0.094 0.062 1.386 0.087 0.069 1.709 0.096 4.963 0.102 0.183 0.031 0.037 0.013 0.004 0.396 0.540 0.154 0.167 2.117 1.679 3.918 2.156 0.380 0.338 0.115 nan 1.300 2.957 nan 2.943 0.287 0.381 0.552 0.397 0.305 0.324 1.974 1.361 1278 chr10 547036 566795 + 0 NA intron (NM_014974, intron 1 of 36) intron (NM_014974, intron 1 of 36) -117589 NR_147612 101930421 Hs.654707 NR_147612 ENSG00000225140 LOC101930421 - uncharacterized LOC101930421 ncRNA 0.563 0.854 1.117 0.128 0.464 1.284 0.129 0.727 1.354 0.010 0.063 0.102 0.016 0.107 2.886 0.323 0.173 0.187 0.145 0.047 0.019 0.049 0.191 0.109 1.483 0.235 0.110 0.108 0.160 0.058 0.088 0.309 0.150 3.979 0.029 0.058 0.048 0.105 0.058 0.096 0.137 0.056 0.052 0.020 0.116 0.070 0.028 0.108 0.135 0.072 0.102 0.193 0.323 0.105 0.225 1.483 0.073 0.071 0.158 0.136 0.775 0.133 0.318 0.094 0.027 0.023 0.014 0.421 0.638 0.259 0.522 1.060 0.985 2.360 0.825 0.207 0.234 0.520 0.787 2.261 3.171 0.347 0.187 0.304 0.637 0.381 0.346 0.237 0.195 0.293 0.198 2901 chr12 103693052 103757606 + 0 NA intron (NM_198521, intron 4 of 5) intron (NM_198521, intron 4 of 5) 164459 NR_103526 374470 Hs.534649 NM_198521 ENSG00000179088 C12orf42 - chromosome 12 open reading frame 42 protein-coding 0.775 1.357 nan 0.071 1.080 2.694 0.042 0.433 0.938 0.004 0.060 0.043 0.016 0.082 0.919 0.962 0.112 0.105 0.050 0.009 0.023 0.013 0.408 0.295 0.901 0.009 0.017 0.011 0.065 0.010 0.076 0.277 0.079 1.184 0.018 0.064 0.069 0.047 0.122 0.005 0.115 0.067 0.017 0.015 0.015 0.027 0.048 0.198 0.062 0.032 0.012 0.053 0.962 0.050 0.015 0.901 0.038 0.036 0.033 0.023 0.124 0.022 0.041 0.059 0.011 0.020 0.013 0.276 0.108 0.191 0.206 0.856 0.916 4.054 1.402 0.152 0.135 0.272 0.457 1.209 0.929 0.533 0.248 0.107 0.141 0.412 0.470 0.224 0.351 1.426 0.836 2434 chr12 6274650 6278919 + 0 NA Intergenic Intergenic -32089 NM_001330312 928 Hs.114286 NM_001769 ENSG00000010278 CD9 BTCC-1|DRAP-27|MIC3|MRP-1|TSPAN-29|TSPAN29 CD9 molecule protein-coding 0.451 nan nan 1.459 0.184 2.242 0.126 0.250 0.045 1.289 3.994 0.017 0.073 0.248 0.449 0.140 0.155 1.016 0.759 0.206 0.167 0.151 0.130 2.187 1.878 0.119 2.894 1.997 0.481 1.413 0.486 0.578 0.378 0.056 0.023 0.128 0.111 1.243 0.038 3.167 1.679 1.096 1.731 0.415 2.980 16.782 0.286 3.738 0.112 0.639 0.449 0.566 0.974 0.130 0.373 0.269 0.067 1.075 0.024 1.965 0.047 0.030 0.533 0.593 0.322 0.261 0.523 0.437 0.680 nan 0.732 0.794 0.263 0.434 0.533 0.912 1.222 0.231 0.220 0.343 0.127 0.308 0.311 0.097 0.225 0.167 nan 0.227 0.215 1381 chr10 22604827 22615738 + 0 NA 5' UTR (NM_005180, exon 1 of 10) 5' UTR (NM_005180, exon 1 of 10) 143 NM_005180 648 Hs.380403 NM_005180 ENSG00000168283 BMI1 FLVI2/BMI1|PCGF4|RNF51|flvi-2/bmi-1 BMI1 proto-oncogene, polycomb ring finger protein-coding 2.220 1.652 3.315 1.849 3.887 0.588 1.067 1.482 3.242 0.436 2.576 1.891 0.521 0.581 1.535 1.014 2.311 0.256 1.843 0.687 1.358 2.923 0.687 0.454 3.483 0.650 0.618 1.544 1.526 1.074 2.087 3.372 1.855 4.926 0.604 1.314 0.165 2.345 0.115 1.473 0.983 0.940 3.136 1.830 1.597 0.832 1.067 1.645 2.501 2.210 2.038 2.812 1.014 2.260 4.424 3.483 1.368 2.177 0.484 3.079 1.933 1.705 0.690 0.762 5.181 1.760 1.600 4.175 4.465 3.173 4.384 4.634 3.978 5.131 1.716 3.783 3.588 2.340 3.107 2.584 3.940 1.358 1.867 1.535 2.877 1.580 1.136 1.832 1.869 1.479 0.863 3735 chr14 81420784 81443808 + 0 NA intron (NM_000369, intron 1 of 9) intron (NM_000369, intron 1 of 9) 10427 NM_000369 7253 Hs.160411 NM_000369 ENSG00000165409 TSHR CHNG1|LGR3|hTSHR-I thyroid stimulating hormone receptor protein-coding nan 0.774 1.638 0.097 0.142 0.387 0.037 0.655 1.224 0.062 0.094 0.048 0.021 0.026 0.298 0.290 2.037 0.293 0.050 0.025 0.041 0.028 0.265 0.243 0.140 0.069 0.028 0.022 0.104 0.037 0.087 0.127 0.148 0.675 0.038 0.082 1.824 0.099 0.113 0.021 0.180 0.056 0.026 0.024 0.033 0.066 0.239 0.126 0.106 0.213 0.034 0.055 0.290 0.035 0.061 0.140 0.047 0.047 1.276 0.147 0.096 0.085 0.047 0.257 0.098 0.011 0.011 0.293 0.337 0.240 0.376 1.266 1.220 0.191 0.071 0.586 0.572 0.887 1.457 0.440 0.479 2.822 2.349 0.156 0.259 4.374 6.239 0.715 1.473 2.182 1.336 3732 chr14 80853387 80861898 + 0 NA intron (NR_038355, intron 5 of 8) intron (NR_038355, intron 5 of 8) -160245 NM_000793 1734 Hs.202354 NM_000793 ENSG00000211448 DIO2 5DII|D2|DIOII|SelY|TXDI2 iodothyronine deiodinase 2 protein-coding nan 0.701 0.808 4.547 0.190 0.143 1.532 0.138 0.324 1.280 0.940 1.686 3.964 0.011 0.123 0.292 0.909 0.220 0.556 0.539 0.539 0.037 0.185 0.057 2.899 1.928 0.257 4.773 2.652 0.200 0.359 1.925 0.537 2.834 0.127 0.034 0.051 0.111 0.819 0.112 2.101 0.425 0.200 0.771 1.541 1.583 1.436 0.072 0.099 0.018 0.543 0.292 0.418 0.119 0.057 0.072 0.572 0.043 0.173 0.095 5.738 0.046 0.087 5.437 0.514 0.263 0.440 0.221 0.877 2.459 0.492 0.563 0.367 0.085 0.333 0.430 0.193 0.531 0.281 0.309 0.523 0.216 0.139 0.261 0.184 0.239 0.166 0.349 1.282 1.243 4921 chr17 62924128 62937547 + 0 NA Intergenic Intergenic -15228 NM_001303255 374819 Hs.551962 NM_199340 ENSG00000176809 LRRC37A3 LRRC37|LRRC37A leucine rich repeat containing 37 member A3 protein-coding 1.082 nan 1.001 0.851 0.189 0.102 3.254 0.236 0.485 0.500 0.308 0.811 0.163 0.030 0.179 0.198 0.221 0.191 0.724 0.735 0.200 0.052 0.129 0.178 0.090 2.346 1.557 0.121 1.784 2.210 0.334 1.072 0.305 0.349 0.869 0.761 0.036 0.128 0.105 0.360 0.082 0.358 0.239 0.110 1.356 1.843 2.062 0.181 0.908 0.270 0.080 0.293 0.198 1.162 0.635 0.090 0.208 0.301 0.079 0.186 0.089 1.465 0.064 0.417 1.171 0.172 0.162 0.629 0.537 0.379 0.709 0.358 0.473 0.880 0.228 1.374 1.427 0.410 nan 0.609 0.773 1.200 0.721 0.278 0.369 0.166 0.301 0.521 1.065 0.703 0.528 8063 chr3 178518396 178528398 + 0 NA intron (NR_126561, intron 2 of 5) MER5A1|DNA|hAT-Charlie 54796 NR_126560 104797538 Hs.478363 NR_126560 KCNMB2-AS1 - KCNMB2 antisense RNA 1 ncRNA 2.136 2.076 2.018 0.094 0.493 0.050 0.085 1.432 2.807 0.010 0.123 0.064 0.049 0.119 0.239 0.257 0.135 0.065 0.106 0.038 0.064 3.046 2.024 0.730 0.014 0.022 0.015 0.089 0.025 0.056 0.142 0.199 0.931 0.044 0.082 1.651 0.022 0.060 0.012 0.429 0.090 0.012 0.007 0.054 0.046 0.203 0.059 0.024 0.028 0.023 0.046 0.257 0.068 0.084 0.730 0.050 0.072 0.263 0.006 1.552 0.039 0.069 0.138 0.008 0.035 0.005 0.437 0.252 0.351 0.458 0.906 1.055 3.328 1.176 0.302 0.295 0.768 1.187 1.664 2.984 1.080 0.672 0.087 0.224 4.480 4.768 0.491 0.976 3.128 1.520 586 chr1 111292155 111307570 + 0 NA Intergenic Intergenic -82207 NM_002232 3738 Hs.169948 NM_002232 ENSG00000177272 KCNA3 HGK5|HLK3|HPCN3|HUKIII|KV1.3|MK3|PCN3 potassium voltage-gated channel subfamily A member 3 protein-coding nan 0.751 0.823 0.047 0.438 0.018 0.050 0.104 0.179 0.006 0.041 0.077 0.024 0.071 0.195 0.360 0.081 0.073 0.068 0.025 0.008 0.009 0.212 0.108 0.045 0.018 0.010 0.024 0.066 0.047 0.077 0.144 0.569 0.019 0.071 0.066 0.061 0.126 0.040 0.129 0.094 0.012 0.005 0.036 0.025 0.094 0.110 0.021 0.032 0.005 0.108 0.360 0.028 0.072 0.045 0.024 0.021 0.208 0.057 0.138 0.025 0.097 0.097 0.025 0.045 0.016 0.388 0.469 0.087 0.169 0.600 nan 0.199 0.091 0.116 0.108 0.921 1.120 1.275 1.210 1.148 1.042 0.251 0.280 0.126 0.251 0.384 1.062 2.594 1.210 7828 chr3 129216519 129227547 + 0 NA intron (NM_052989, intron 20 of 29) intron (NM_052989, intron 20 of 29) -25449 NM_000539 6010 Hs.247565 NM_000539 ENSG00000163914 RHO CSNBAD1|OPN2|RP4 rhodopsin protein-coding 1.668 nan 1.454 0.163 0.767 1.453 0.269 0.172 0.304 0.035 0.135 0.108 0.016 0.028 1.137 0.453 0.325 0.178 0.091 0.017 0.028 0.012 1.277 0.795 0.570 0.091 0.086 0.059 0.100 0.048 0.126 0.393 0.157 0.613 0.039 0.083 0.043 0.076 0.088 0.064 0.083 0.108 0.077 0.064 0.030 0.055 0.210 0.099 0.455 0.143 0.007 0.479 0.453 0.103 0.050 0.570 0.066 0.045 1.990 0.153 1.930 0.122 0.089 0.279 0.048 0.052 0.043 0.452 0.572 0.306 0.466 2.987 3.162 1.911 0.852 0.464 0.507 1.477 nan 1.316 1.595 2.240 2.251 0.247 0.423 0.201 0.127 0.645 1.263 3.224 1.598 11071 chr8 80695003 80715187 + 0 NA intron (NR_125410, intron 3 of 3) L1MA4|LINE|L1 24718 NR_125410 101927067 Hs.144030 NR_125410 ENSG00000272138 LINC01607 - long intergenic non-protein coding RNA 1607 ncRNA 2.000 nan nan 0.193 0.795 0.369 2.908 0.486 0.911 0.038 0.581 0.983 0.233 0.267 0.498 0.699 0.783 0.152 2.229 1.344 0.162 0.028 0.217 0.180 1.199 1.389 0.885 0.222 1.480 1.259 2.304 5.641 0.631 0.920 2.434 0.580 0.170 0.384 0.090 0.906 0.453 0.552 0.454 0.342 0.756 0.780 1.294 3.209 0.956 1.968 1.107 4.674 0.699 2.223 2.343 1.199 1.236 2.842 0.101 0.179 0.799 0.766 0.251 0.461 0.225 0.060 0.063 0.694 0.699 0.806 0.802 1.173 1.148 0.769 0.194 1.066 1.129 0.402 0.687 nan 2.320 1.206 1.058 0.624 0.907 1.024 1.618 0.894 1.688 1.336 1.101 7920 chr3 151764785 151780585 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -126722 NR_110202 101928142 Hs.680207 NR_110202 AADACL2-AS1 - AADACL2 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.015 0.624 0.220 0.261 0.021 0.337 0.249 0.357 0.012 0.100 0.146 0.247 0.064 0.067 0.113 0.246 0.122 0.107 0.012 0.229 0.009 0.209 0.209 0.068 0.366 0.142 0.041 0.319 0.160 0.548 1.505 3.314 0.134 0.304 0.065 0.023 0.069 0.111 0.052 0.071 0.069 0.027 0.005 0.082 0.069 0.172 0.076 0.180 0.085 0.064 0.088 0.113 0.222 0.169 0.068 0.101 0.961 0.012 0.111 0.045 0.085 0.056 0.056 0.048 0.015 0.006 0.298 0.262 0.203 0.419 0.443 0.602 3.132 1.453 0.248 0.272 0.266 nan 0.255 0.362 0.686 0.322 0.294 0.416 0.105 0.102 0.397 0.477 0.345 0.355 410 chr1 59590521 59623894 + 0 NA intron (NR_027120, intron 1 of 2) intron (NR_027120, intron 1 of 2) 5272 NR_027120 729467 Hs.662291 NR_027120 ENSG00000224609 HSD52 - uncharacterized LOC729467 ncRNA 0.994 0.759 0.982 0.257 0.156 0.038 3.576 0.125 0.319 0.223 0.930 1.685 0.030 0.054 0.099 0.339 0.377 0.077 2.058 1.331 0.392 0.029 0.099 0.122 0.330 1.360 1.032 0.128 0.931 0.877 0.202 nan 0.170 0.402 0.868 0.137 0.011 0.052 0.088 0.877 0.078 6.501 3.114 1.380 0.937 1.046 1.356 8.011 0.646 1.086 0.853 0.575 0.339 1.012 3.431 0.330 0.370 0.418 0.058 0.747 0.191 0.584 0.044 0.141 0.920 2.286 1.989 0.368 0.236 0.328 0.357 0.607 0.727 0.478 0.223 0.392 0.438 0.747 1.307 0.745 0.761 0.377 0.211 0.178 0.262 0.092 0.121 0.338 nan 0.480 0.437 8855 chr5 34708837 34719870 + 0 NA intron (NM_001145525, intron 4 of 19) intron (NM_001145525, intron 4 of 19) 26689 NM_001145523 26064 Hs.431400 NM_015577 ENSG00000039560 RAI14 NORPEG|RAI13 retinoic acid induced 14 protein-coding 0.784 1.106 nan 0.448 0.198 0.025 0.576 0.189 0.222 0.468 0.492 0.483 0.056 0.081 0.048 0.213 3.981 0.337 0.549 0.284 0.335 0.171 0.201 0.142 0.144 0.046 0.247 0.160 0.536 0.100 0.506 0.527 0.379 0.423 0.103 0.053 0.147 0.098 1.323 0.100 1.647 3.713 1.848 0.217 0.091 1.497 2.788 0.255 1.131 0.157 0.129 0.213 0.385 0.772 0.142 0.077 0.067 0.053 0.285 0.028 0.165 0.081 0.079 1.806 6.104 5.922 0.362 0.342 0.247 0.592 0.461 0.479 0.161 0.125 0.235 0.261 0.548 0.943 0.467 0.481 0.548 0.368 0.190 0.333 0.118 0.200 0.203 0.462 0.592 0.602 8763 chr5 11376894 11403185 + 0 NA intron (NM_001288715, intron 5 of 20) Tigger4b|DNA|TcMar-Tigger 198990 NM_001288715 1501 Hs.314543 NM_001332 ENSG00000169862 CTNND2 GT24|NPRAP catenin delta 2 protein-coding nan nan nan 0.066 0.117 0.059 0.051 0.093 0.168 0.007 0.073 0.081 0.014 0.035 0.115 0.298 0.199 0.177 0.109 0.036 0.017 0.011 0.421 0.341 0.069 0.008 0.025 0.003 0.114 0.032 0.130 0.111 0.118 nan 0.028 0.158 0.134 0.050 0.126 0.040 0.012 0.062 0.066 0.062 0.125 0.072 0.107 0.011 0.056 0.043 0.081 0.036 0.298 0.103 0.004 0.069 0.014 0.093 0.321 0.071 0.065 0.033 0.132 0.047 0.003 0.022 0.016 0.618 0.599 0.504 0.911 0.244 0.348 0.161 0.093 0.459 0.435 nan 4.000 0.249 0.245 1.115 0.983 0.390 0.623 0.405 0.275 0.246 nan 0.585 0.608 3193 chr13 69794278 69799129 + 0 NA intron (NR_125752, intron 1 of 3) HERV17-int|LTR|ERV1 225 NR_125752 103689913 Hs.585628 NR_125752 LINC00383 LINC00401 long intergenic non-protein coding RNA 383 ncRNA nan 0.693 0.539 0.029 3.618 0.011 0.117 0.178 0.331 0.020 0.050 0.037 0.043 1.395 0.246 0.126 0.066 0.030 0.039 0.021 0.064 0.085 0.271 0.028 0.014 0.030 0.029 0.045 0.153 0.064 0.191 0.031 0.061 0.063 0.047 0.129 0.133 0.025 0.016 0.031 0.119 0.061 0.050 0.029 0.249 0.014 0.246 0.074 0.271 0.126 1.281 0.082 0.012 0.020 0.032 0.083 0.051 0.016 0.012 0.485 0.340 0.436 0.227 0.278 0.323 18.656 8.637 0.172 0.191 0.103 0.241 0.183 0.226 nan 0.130 0.133 0.176 0.085 0.051 0.282 nan 0.179 0.152 10707 chr7 139757839 139764238 + 0 NA intron (NR_130117, intron 1 of 10) MLT1J1|LTR|ERVL-MaLR 2483 NM_022750 64761 Hs.12646 NM_022750 ENSG00000059378 PARP12 ARTD12|MST109|MSTP109|ZC3H1|ZC3HDC1 poly(ADP-ribose) polymerase family member 12 protein-coding nan nan nan 3.407 1.374 3.579 2.440 0.626 1.520 1.570 1.357 2.046 0.720 0.331 2.431 1.378 2.099 0.299 2.745 1.616 0.640 0.283 1.531 0.745 7.062 1.750 1.246 1.485 5.413 1.084 1.244 2.727 2.302 4.915 1.748 0.537 0.134 1.652 0.100 0.572 0.494 1.698 0.979 0.579 2.591 2.675 1.042 0.779 1.724 2.717 0.958 1.215 1.378 2.265 3.249 7.062 0.653 1.105 0.137 3.093 0.398 1.745 0.496 0.097 2.907 0.589 0.459 1.345 1.239 2.960 5.008 3.189 3.100 nan 1.091 5.614 5.721 0.171 nan 2.012 3.993 nan 1.181 2.598 2.832 1.149 1.302 0.476 0.444 3.038 nan 3019 chr12 122903915 122908813 + 0 NA intron (NM_198240, intron 1 of 23) intron (NM_198240, intron 1 of 23) 752 NM_001247997 6249 Hs.524809 NM_002956 ENSG00000130779 CLIP1 CLIP|CLIP-170|CLIP170|CYLN1|RSN CAP-Gly domain containing linker protein 1 protein-coding 5.195 3.383 2.948 8.712 3.071 2.027 5.175 1.619 3.256 2.744 4.732 4.638 5.564 1.429 4.775 3.420 3.167 0.276 4.491 1.525 6.828 2.607 2.047 0.928 6.079 4.911 6.590 2.891 10.608 1.882 6.514 8.434 5.646 9.341 1.794 10.162 0.621 5.933 0.197 1.702 1.998 6.568 6.525 2.522 3.402 3.183 5.389 4.005 10.940 7.610 4.684 4.864 3.420 7.473 7.560 6.079 2.321 3.651 1.171 7.272 3.028 3.304 1.187 1.007 2.338 4.141 2.776 5.293 5.830 7.729 12.838 7.352 6.410 nan 3.261 7.006 7.162 1.943 3.228 7.215 10.786 5.919 5.537 2.882 5.507 4.496 3.751 3.444 3.260 2.234 1.295 6286 chr2 102841275 102847020 + 0 NA intron (NM_001351448, intron 6 of 8) intron (NM_001351448, intron 6 of 8) 40373 NM_001351446 8808 Hs.659863 NM_003854 ENSG00000115598 IL1RL2 IL-1Rrp2|IL-36R|IL1R-rp2|IL1RRP2 interleukin 1 receptor like 2 protein-coding 0.535 nan 0.652 0.963 0.046 0.040 2.418 0.129 0.137 0.851 1.265 3.358 0.086 0.039 0.821 1.378 0.028 0.531 0.693 0.371 0.024 0.083 0.085 0.042 1.727 1.158 0.038 1.196 0.475 0.520 2.791 1.608 1.765 0.866 10.929 0.057 0.103 1.345 0.014 1.592 0.786 0.514 0.863 0.720 1.124 2.292 2.262 0.776 5.230 3.189 0.821 1.491 2.964 0.042 1.129 1.048 0.033 0.448 0.830 1.524 0.119 0.064 1.203 0.221 0.141 0.305 0.206 0.342 0.934 0.707 0.520 0.116 0.071 0.493 0.515 0.193 0.301 2.053 2.890 0.282 0.120 0.125 0.240 0.038 0.041 0.123 0.222 0.154 0.164 1185 chr1 230860273 230897963 + 0 NA Intergenic Intergenic -4012 NM_001319676 10753 Hs.498021 NM_006615 ENSG00000135773 CAPN9 GC36|nCL-4 calpain 9 protein-coding 2.200 1.098 3.566 0.069 2.656 0.284 1.700 1.625 3.008 0.020 0.133 0.152 0.023 0.758 0.751 0.426 0.098 0.116 0.682 0.417 0.027 0.039 0.667 0.271 1.654 1.262 0.855 0.039 1.180 0.473 1.179 3.476 0.804 0.926 0.608 0.477 0.569 0.056 0.092 0.066 0.633 0.122 0.051 0.021 0.649 0.661 0.220 0.146 0.138 0.030 2.877 1.890 0.426 0.817 0.679 1.654 0.744 1.425 1.155 0.043 2.159 0.451 0.683 0.128 0.018 0.018 0.013 0.563 0.512 0.649 0.841 1.408 1.516 nan 0.614 0.917 0.903 0.914 1.368 nan 4.160 2.005 1.968 0.366 0.685 2.857 2.074 0.362 0.552 nan 1.669 4637 chr17 18883085 18897132 + 0 NA intron (NM_001039999, intron 3 of 5) intron (NM_001039999, intron 3 of 5) 17952 NM_001039999 644815 Hs.710727 NM_001039999 ENSG00000188522 FAM83G PAWS1 family with sequence similarity 83 member G protein-coding 2.096 0.601 2.923 0.549 0.366 0.123 1.396 0.183 0.535 0.130 0.209 0.314 0.018 0.535 0.206 0.685 0.218 0.057 0.296 0.176 0.526 0.201 0.141 0.135 0.646 0.530 0.180 0.203 0.030 0.138 0.682 0.153 1.351 0.552 0.518 0.048 0.200 0.122 0.101 0.080 0.541 0.352 0.171 0.271 0.329 0.294 0.314 1.033 1.139 0.880 0.203 0.685 0.311 1.260 0.135 0.104 0.170 2.484 0.614 0.141 0.688 0.043 0.468 0.126 0.221 0.210 0.470 0.910 0.681 nan 0.689 0.745 3.955 1.062 0.333 0.322 1.370 1.889 1.687 1.929 nan 5.208 0.226 0.244 0.560 0.883 0.638 0.665 0.432 0.321 11683 chr9 103187408 103194580 + 0 NA promoter-TSS (NM_001198806) promoter-TSS (NM_001198806) -802 NM_001198806 91283 Hs.530272 NM_080655 ENSG00000066697 MSANTD3 C9orf30|L8 Myb/SANT DNA binding domain containing 3 protein-coding 2.256 1.236 2.153 2.004 3.056 0.852 6.431 1.153 1.891 0.600 2.848 3.672 0.381 0.291 0.973 2.019 2.666 0.293 4.060 1.957 2.696 0.445 0.823 0.448 2.606 3.826 4.750 2.376 4.174 1.494 1.658 2.156 0.913 4.717 2.259 8.571 0.224 1.626 0.093 1.591 1.063 9.174 9.476 3.296 2.102 1.240 1.760 7.975 3.712 5.651 1.920 2.566 2.019 2.916 4.831 2.606 0.803 1.335 0.785 4.318 1.778 4.383 0.828 0.609 3.326 6.542 6.306 2.477 2.295 3.438 4.736 4.790 4.237 2.477 0.733 2.146 2.287 1.870 2.479 4.702 nan 4.183 4.388 1.423 2.156 1.784 1.910 2.013 1.311 nan 1.305 11521 chr9 33790745 33820195 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 9911 NM_002771 5646 Hs.654513 NM_002771 ENSG00000010438 PRSS3 MTG|PRSS4|T9|TRY3|TRY4 serine protease 3 protein-coding 1.633 nan 1.524 1.253 1.491 3.116 1.835 1.008 2.011 0.579 1.299 1.082 0.376 0.408 2.105 1.091 0.674 0.214 0.931 0.321 0.805 0.593 1.080 0.583 1.629 1.423 1.358 1.235 0.995 0.262 1.990 4.131 1.578 3.544 0.665 1.521 0.500 0.763 0.080 0.550 0.826 1.282 1.090 0.491 0.722 1.045 0.871 1.304 1.877 0.999 0.584 1.776 1.091 0.887 1.115 1.629 0.494 0.814 0.191 1.065 0.554 0.715 0.388 0.435 0.772 0.708 0.385 0.770 0.756 1.321 1.970 2.396 2.386 4.386 1.770 1.626 1.558 1.058 1.675 2.071 2.474 1.821 1.685 1.236 1.766 1.687 2.265 1.211 1.321 2.742 1.726 9565 chr6 31758755 31765596 + 0 NA intron (NM_006295, intron 2 of 29) intron (NM_006295, intron 2 of 29) 1537 NM_006295 7407 Hs.520026 NM_006295 ENSG00000204394 VARS G7A|NDMSCA|VARS1|VARS2 valyl-tRNA synthetase protein-coding nan 1.855 nan 5.076 2.741 1.387 6.849 1.596 2.503 1.143 3.504 2.469 1.150 1.821 2.592 7.502 2.394 0.394 5.429 1.497 4.439 3.518 1.839 0.772 5.149 2.660 3.200 1.270 2.236 1.897 4.443 5.083 3.088 2.977 1.905 3.546 1.067 3.691 0.193 1.175 1.287 7.392 5.124 2.307 2.635 2.467 3.812 3.866 2.603 6.972 2.873 2.886 7.502 6.464 6.595 5.149 1.773 2.016 1.808 7.514 2.091 4.119 0.790 2.260 2.301 2.896 2.079 5.513 4.755 3.547 nan nan 5.377 4.792 2.789 10.115 10.584 2.935 4.360 7.075 8.838 5.278 4.778 3.124 4.936 4.614 5.045 3.979 5.417 3.199 1.512 9009 chr5 73268951 73298410 + 0 NA Intergenic Intergenic 174337 NM_001244364 64283 Hs.482521 NM_001080479 ENSG00000214944 ARHGEF28 RGNEF|RIP2|p190RHOGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 28 protein-coding 1.361 nan 1.017 0.073 0.116 0.437 0.132 0.326 0.457 0.020 0.116 0.075 0.019 0.028 0.100 0.300 0.092 0.148 0.121 0.090 0.035 0.009 0.175 0.120 0.204 0.072 0.027 0.030 0.072 0.065 0.096 0.581 0.299 0.457 0.124 0.079 0.145 1.492 0.162 0.024 0.166 0.084 0.033 0.024 0.053 0.063 0.140 0.085 0.113 0.076 0.061 0.124 0.300 0.101 0.066 0.204 0.058 0.067 0.317 0.093 0.049 0.064 0.013 2.381 0.038 0.033 0.021 0.222 0.144 0.304 0.525 0.347 0.371 nan 1.117 0.119 0.142 2.705 nan 0.276 0.287 0.880 0.730 0.067 0.134 1.001 0.774 1.024 4.343 0.534 0.438 7522 chr3 14177717 14188203 + 0 NA intron (NM_024334, intron 11 of 11) intron (NM_024334, intron 11 of 11) 16520 NM_024334 79188 Hs.517817 NM_024334 ENSG00000170876 TMEM43 ARVC5|ARVD5|EDMD7|LUMA transmembrane protein 43 protein-coding nan 1.858 1.300 1.026 0.822 1.457 2.302 0.107 0.334 0.675 0.999 1.300 0.065 0.727 0.518 1.080 0.723 0.091 1.346 0.811 0.823 0.079 0.195 0.122 0.944 0.859 0.833 0.358 3.712 1.057 0.322 1.403 0.345 1.203 1.249 0.728 0.018 0.213 0.070 1.084 0.114 1.405 0.887 0.416 1.087 1.548 0.757 1.604 0.591 0.759 0.127 0.104 1.080 1.663 1.699 0.944 0.147 0.287 0.102 0.327 0.639 2.249 0.028 0.071 0.950 2.603 2.243 0.278 0.348 0.849 2.005 1.395 1.731 0.388 0.207 0.519 0.450 0.702 1.125 2.292 5.037 1.257 1.530 0.212 0.278 0.064 0.106 0.280 0.430 0.676 0.666 1741 chr11 736107 750009 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -4374 NM_006755 6888 Hs.438678 NM_006755 ENSG00000177156 TALDO1 TAL|TAL-H|TALDOR|TALH transaldolase 1 protein-coding 1.295 1.758 1.863 1.469 0.715 0.382 2.122 0.481 1.093 0.453 2.310 1.300 2.345 0.233 1.117 0.838 0.631 0.303 1.691 0.601 0.806 0.335 0.754 0.416 2.030 1.436 1.957 0.693 1.233 0.730 1.540 2.620 1.578 2.097 0.368 2.399 0.226 0.530 0.066 0.357 0.321 1.510 1.836 0.863 0.817 0.431 2.530 2.479 1.995 0.824 0.934 1.472 0.838 1.946 1.316 2.030 1.014 2.336 0.183 1.144 0.659 0.597 0.613 0.321 0.630 0.244 0.120 4.839 5.758 1.700 2.667 2.274 2.509 2.119 0.748 2.755 2.756 1.007 1.547 1.586 2.822 1.245 1.085 1.713 2.792 0.729 0.964 0.668 1.068 1.035 0.655 1130 chr1 218756945 218767947 + 0 NA intron (NR_031644, intron 2 of 6) intron (NR_031644, intron 2 of 6) 79009 NR_146760 440714 Hs.146774 NR_146760 ENSG00000228208 C1orf143 - chromosome 1 open reading frame 143 (putative) ncRNA 1.143 1.096 0.922 1.499 0.172 0.015 3.898 0.195 0.321 0.767 1.887 3.719 0.006 0.081 0.065 0.439 0.230 0.107 1.680 1.547 0.092 0.151 0.143 0.126 0.022 1.671 0.674 0.280 0.779 3.048 0.196 0.484 0.452 nan 1.970 1.311 0.035 0.029 0.088 0.873 0.079 2.698 0.275 0.142 1.361 0.696 0.304 1.588 0.975 0.474 0.959 1.349 0.439 1.339 0.371 0.022 1.073 0.660 0.009 0.148 0.224 2.061 0.045 0.060 2.102 0.094 0.083 0.429 0.239 1.350 5.488 0.389 0.433 nan 0.203 0.357 0.448 0.168 nan 0.324 0.305 0.334 0.163 0.058 0.146 0.080 0.154 0.257 0.428 0.417 0.486 189 chr1 27012315 27034937 + 0 NA exon (NM_006015, exon 1 of 20) exon (NM_006015, exon 1 of 20) 1102 NM_139135 8289 Hs.468972 NM_006015 ENSG00000117713 ARID1A B120|BAF250|BAF250a|BM029|C1orf4|CSS2|ELD|MRD14|OSA1|P270|SMARCF1|hELD|hOSA1 AT-rich interaction domain 1A protein-coding 4.693 2.826 nan 3.474 4.864 3.037 2.450 1.756 3.219 1.756 3.303 2.358 3.632 1.613 3.536 2.808 1.809 0.178 2.622 0.688 3.952 3.584 1.266 0.592 1.719 1.697 1.863 2.353 3.517 1.184 3.899 6.786 3.175 5.919 1.294 2.661 0.577 5.322 0.183 0.927 1.978 5.444 2.307 1.108 2.311 1.382 2.358 2.594 2.653 3.683 1.493 2.054 2.808 3.088 6.914 1.719 1.196 2.627 1.104 4.984 1.297 1.661 2.682 2.049 2.140 1.250 0.814 3.417 3.498 3.742 5.205 7.187 6.347 3.524 1.351 9.075 9.346 4.080 5.308 4.082 5.985 4.370 4.923 2.925 5.214 2.658 2.571 4.633 5.707 1.970 1.132 6216 chr2 85758458 85779398 + 0 NA intron (NM_005911, intron 4 of 8) intron (NM_005911, intron 4 of 8) 2827 NM_005911 4144 Hs.516157 NM_005911 ENSG00000168906 MAT2A MATA2|MATII|SAMS2 methionine adenosyltransferase 2A protein-coding nan 1.761 nan 1.807 2.410 2.748 2.050 1.752 3.698 1.109 3.004 3.128 0.888 0.912 2.948 2.879 1.376 0.162 2.152 0.771 1.945 1.621 1.508 0.861 2.525 1.862 2.215 0.933 1.874 0.695 2.918 4.323 1.848 5.552 1.142 2.346 0.387 2.585 0.147 1.578 1.616 4.439 2.422 1.122 1.381 1.363 2.277 5.277 3.266 2.511 2.684 2.491 2.879 1.928 2.656 2.525 1.940 1.687 0.866 2.997 1.415 1.769 1.764 1.964 2.033 1.873 1.555 4.050 3.904 3.041 4.055 5.263 5.385 4.336 2.310 6.590 6.969 2.289 3.437 4.620 5.518 4.655 5.285 3.530 5.752 1.943 1.840 4.218 5.071 3.153 1.816 4918 chr17 62645290 62737897 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -33207 NM_022739 64750 Hs.515011 NM_022739 ENSG00000108854 SMURF2 - SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2 protein-coding 1.041 nan 0.858 1.031 0.363 0.087 6.254 0.330 0.611 0.461 1.129 1.199 0.553 0.176 0.376 0.294 0.756 0.328 2.728 1.235 1.169 0.202 0.242 0.189 0.319 2.263 1.941 0.408 2.351 2.516 2.061 4.611 1.983 0.647 1.271 0.237 0.052 0.238 0.126 2.767 0.305 4.541 2.770 1.085 3.699 2.097 1.409 2.663 0.979 2.699 0.210 0.527 0.294 3.288 2.997 0.319 0.221 0.400 0.079 2.233 0.129 1.016 0.168 0.139 2.802 2.256 1.852 0.628 0.610 0.534 0.825 0.632 0.661 0.799 0.333 1.006 1.033 0.292 nan 0.847 1.096 0.775 0.502 0.343 0.553 0.255 0.270 0.452 0.771 0.587 0.489 2330 chr11 122523674 122564155 + 0 NA intron (NM_032873, intron 1 of 13) intron (NM_032873, intron 1 of 13) 17516 NM_032873 84959 Hs.444075 NM_032873 ENSG00000154127 UBASH3B STS-1|STS1|TULA-2|TULA2|p70 ubiquitin associated and SH3 domain containing B protein-coding 0.948 1.749 1.593 0.585 0.065 0.164 0.212 0.091 0.243 0.731 0.476 0.766 0.179 0.032 0.246 0.762 0.069 0.075 0.067 0.023 2.711 0.031 0.137 0.172 0.331 0.757 0.428 0.250 0.915 0.308 0.207 0.736 0.150 1.086 0.137 0.186 0.052 0.304 0.093 0.489 1.436 1.654 0.395 0.241 0.695 0.361 3.093 0.275 0.998 0.552 0.389 1.398 0.762 0.065 2.209 0.331 0.151 0.288 0.557 0.609 0.027 1.050 0.134 0.015 0.865 0.275 0.226 0.304 0.155 0.494 0.823 0.648 0.625 0.180 0.090 0.556 0.563 1.830 2.604 0.138 0.147 0.630 0.510 0.401 0.641 0.417 0.281 0.075 nan 1.587 0.967 2849 chr12 89695709 89789549 + 0 NA 3' UTR (NM_001946, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001946, exon 3 of 3) 4007 NM_001946 1848 Hs.298654 NM_001946 ENSG00000139318 DUSP6 HH19|MKP3|PYST1 dual specificity phosphatase 6 protein-coding 1.156 1.599 1.019 0.782 0.567 0.411 1.434 0.253 0.456 0.124 0.804 0.586 0.696 1.189 0.168 0.569 1.455 0.199 0.881 0.350 0.486 2.587 0.236 0.185 0.278 0.881 0.706 0.374 1.943 1.077 5.450 8.864 3.381 2.070 0.614 0.309 0.063 3.108 0.160 1.093 0.036 0.782 0.884 0.331 0.581 0.903 0.944 1.481 1.035 0.839 0.704 1.037 0.569 0.960 1.321 0.278 0.643 0.434 0.042 1.115 0.772 0.222 0.041 0.095 0.851 0.338 0.307 0.716 0.677 0.796 1.051 0.762 0.657 1.790 0.517 0.580 0.552 0.663 1.062 1.366 1.284 0.445 0.232 0.202 0.304 0.328 0.375 0.173 0.260 1.286 1.055 11143 chr8 98559084 98573649 + 0 NA Intergenic MER20|DNA|hAT-Charlie -90041 NM_178812 92140 Hs.377155 NM_178812 ENSG00000147649 MTDH 3D3|AEG-1|AEG1|LYRIC|LYRIC/3D3 metadherin protein-coding nan 0.840 1.110 0.025 0.168 0.053 0.187 0.153 0.374 0.013 0.084 0.057 0.034 0.048 0.098 0.169 0.311 0.088 0.079 0.013 0.039 0.010 0.044 0.075 0.272 0.071 0.020 0.059 0.167 0.059 0.089 0.198 0.086 0.767 0.040 0.060 0.007 0.069 0.069 0.056 0.065 0.125 0.075 0.038 0.083 0.026 0.060 0.219 0.129 0.382 0.152 0.138 0.169 0.078 0.063 0.272 0.067 0.113 0.020 0.072 0.210 0.206 0.108 0.149 0.047 0.130 0.107 0.337 0.150 3.219 nan 0.598 0.784 1.147 0.330 0.492 0.596 6.891 8.631 0.733 0.862 0.549 0.243 0.255 0.460 0.137 0.233 0.319 0.705 0.561 0.524 7548 chr3 25462523 25517300 + 0 NA intron (NM_000965, intron 1 of 7) intron (NM_000965, intron 1 of 7) -9890 NM_001290217 5915 Hs.543218 NM_000965 ENSG00000077092 RARB HAP|MCOPS12|NR1B2|RARbeta1|RRB2 retinoic acid receptor beta protein-coding 0.839 0.921 0.613 1.320 0.052 0.038 0.244 0.123 0.220 0.107 0.112 1.775 0.389 0.026 0.039 0.152 0.615 0.138 0.391 0.142 1.548 0.570 0.122 0.176 0.033 0.088 0.020 0.097 0.398 0.378 0.098 0.130 0.425 0.215 0.515 1.132 0.364 1.298 0.086 0.030 0.134 0.137 0.072 0.066 0.046 0.074 0.136 0.710 1.295 0.290 0.172 0.751 0.152 0.306 0.307 0.033 0.468 0.585 0.035 0.144 0.103 0.069 0.034 0.057 0.130 1.087 1.425 0.170 0.137 1.354 4.919 0.311 0.342 0.080 0.060 0.158 0.176 0.719 0.958 0.179 0.201 nan 0.392 0.156 0.235 1.383 1.668 0.120 0.214 0.353 0.367 480 chr1 82254225 82304846 + 0 NA intron (NM_001350698, intron 1 of 22) intron (NM_001350698, intron 1 of 22) 12913 NM_001350698 23266 Hs.24212 NM_012302 ENSG00000117114 ADGRL2 CIRL2|CL2|LEC1|LPHH1|LPHN2 adhesion G protein-coupled receptor L2 protein-coding 1.513 nan nan 1.273 0.268 0.229 0.070 0.302 0.690 0.416 0.199 0.579 0.234 0.266 0.156 0.238 1.362 0.169 0.272 0.108 0.940 0.227 0.426 0.338 0.198 0.016 0.010 0.012 0.196 0.037 0.394 0.814 0.278 1.745 0.215 0.317 0.008 2.888 0.134 0.236 0.429 0.157 0.100 0.065 0.192 0.035 0.438 0.342 0.367 0.540 0.513 0.398 0.238 0.252 0.106 0.198 0.486 0.070 0.129 0.548 0.414 0.018 0.047 0.247 0.133 0.018 0.010 0.382 0.312 0.308 0.467 1.440 1.152 0.575 0.189 0.469 0.485 2.238 2.910 0.815 1.089 0.917 0.791 0.187 0.353 0.049 0.067 0.543 0.804 0.590 0.404 6169 chr2 66652543 66665696 + 0 NA non-coding (NR_046438, exon 2 of 4) non-coding (NR_046438, exon 2 of 4) 1483 NR_046438 730198 Hs.526753 NR_046438 MEIS1-AS3 - MEIS1 antisense RNA 3 ncRNA 3.209 1.090 nan 1.149 1.992 2.511 0.491 2.146 4.828 0.713 0.548 2.632 0.443 0.510 2.866 2.401 1.539 0.220 0.999 0.463 0.288 0.190 1.438 1.105 2.272 1.101 0.799 0.224 0.459 0.088 2.154 4.191 1.959 7.681 0.900 0.357 0.992 1.158 0.118 0.842 1.099 0.540 0.770 0.558 0.606 0.355 0.785 0.799 0.978 0.940 1.738 1.260 2.401 0.707 1.512 2.272 1.175 1.111 0.543 1.612 2.316 0.445 0.594 1.641 0.522 0.293 0.138 1.276 2.096 3.701 5.144 4.809 4.273 nan 1.678 2.062 1.937 1.606 2.193 4.661 5.926 1.865 2.010 0.498 1.864 3.386 2.447 2.593 3.570 1.043 0.549 107 chr1 15809501 15819789 + 0 NA intron (NM_015849, intron 7 of 7) AluJr|SINE|Alu 12049 NM_015849 51032 Hs.631871 NM_015849 ENSG00000215704 CELA2B ELA2B chymotrypsin like elastase family member 2B protein-coding 1.085 0.715 nan 0.096 3.102 0.892 0.104 0.250 0.293 0.009 0.121 0.062 0.006 0.160 1.010 0.213 0.115 0.032 0.133 0.022 0.080 0.076 0.065 0.316 0.074 0.035 0.078 0.076 0.020 0.125 0.317 0.083 1.282 0.057 0.083 0.009 0.103 0.098 0.054 0.107 0.035 0.025 0.021 0.045 0.047 0.194 0.071 0.083 0.077 0.120 0.213 0.092 0.064 0.316 0.024 0.024 0.095 0.062 0.327 0.052 0.029 0.205 0.022 0.028 0.005 0.692 0.932 0.287 0.288 7.205 5.362 1.590 0.550 0.357 nan 0.362 nan 4.494 5.449 nan 0.723 0.230 0.305 0.083 0.049 0.499 1.230 0.736 0.625 87 chr1 11104821 11134911 + 0 NA exon (NM_003132, exon 1 of 8) exon (NM_003132, exon 1 of 8) 225 NM_003132 6723 Hs.76244 NM_003132 ENSG00000116649 SRM PAPT|SPDSY|SPS1|SRML1 spermidine synthase protein-coding 1.330 1.341 nan 0.472 5.853 1.503 0.341 0.486 0.903 0.177 0.487 0.389 0.064 0.290 1.110 1.558 0.347 0.101 0.322 0.126 0.243 0.304 0.537 0.242 0.457 0.248 0.230 0.370 0.403 0.105 0.410 0.757 0.387 2.938 0.180 0.461 0.494 0.498 0.131 0.157 0.075 0.403 0.391 0.207 0.362 0.161 0.284 0.395 0.371 0.604 0.280 0.248 1.558 0.283 0.517 0.457 0.199 0.227 0.188 0.793 0.574 0.307 0.124 0.571 0.134 0.122 0.057 0.811 0.954 0.562 0.833 5.209 5.046 2.297 0.621 0.955 nan 0.913 nan 6.085 6.489 nan 1.194 0.448 0.627 1.184 1.528 1.131 1.876 1.696 0.933 2385 chr11 133901874 133921911 + 0 NA TTS (NR_027276) TTS (NR_027276) 9725 NR_027276 100128239 Hs.423734 NR_027276 ENSG00000204241 LOC100128239 - uncharacterized LOC100128239 ncRNA 1.286 nan 1.589 0.072 0.498 2.007 0.237 0.687 1.300 0.134 0.907 0.081 0.205 0.104 2.800 1.529 0.030 0.056 0.053 0.147 0.014 1.556 0.866 1.121 0.772 0.412 0.360 0.456 0.058 0.174 0.560 0.129 nan 0.022 0.181 0.180 0.744 0.099 0.307 0.318 0.174 0.127 0.089 0.158 0.077 0.058 0.135 0.221 0.347 0.179 0.100 1.529 0.054 0.086 1.121 0.024 0.233 0.443 1.334 3.214 0.509 1.326 0.733 0.160 0.017 0.023 1.231 2.324 0.389 0.635 1.610 1.593 2.557 0.684 0.116 0.095 1.754 2.265 2.226 3.289 2.131 1.937 3.063 4.399 1.369 1.035 1.017 2.047 2.675 1.532 4339 chr16 33886375 33900752 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 321719 NR_130772 104644205 Hs.742548 NR_130771 ENPP7P13 DUNQU1 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 7 pseudogene 13 pseudo 5.347 5.968 5.001 0.316 0.828 0.174 0.186 0.842 1.455 0.179 0.523 0.531 0.056 0.716 0.522 0.862 0.675 5.760 0.359 0.040 0.075 0.578 0.490 1.685 0.408 0.058 0.260 0.115 0.568 0.389 0.441 0.696 2.074 0.051 0.800 0.558 0.294 1.892 0.017 0.305 0.785 0.398 0.201 0.011 0.853 0.220 1.060 0.307 0.202 0.086 0.424 0.862 0.340 0.174 0.408 0.336 0.263 0.156 0.126 0.212 0.345 0.442 0.483 0.174 0.132 0.128 1.983 0.764 0.674 0.866 1.390 2.295 0.682 0.482 0.940 0.868 1.506 2.180 1.206 1.247 2.517 0.610 0.947 1.530 0.559 1.056 0.865 1.659 0.672 0.881 3796 chr14 100007614 100048501 + 0 NA intron (NM_001144995, intron 1 of 5) intron (NM_001144995, intron 1 of 5) 42670 NM_001144995 317762 Hs.709288 NM_001144995 ENSG00000205476 CCDC85C - coiled-coil domain containing 85C protein-coding 1.464 1.521 3.310 2.092 1.299 4.628 1.080 0.165 0.346 0.925 0.440 0.225 1.167 0.981 0.724 1.282 0.592 0.210 0.411 0.157 0.770 0.092 0.839 0.571 0.436 0.439 0.259 0.528 0.274 0.960 1.162 2.281 0.980 3.130 0.551 0.073 0.395 0.419 0.099 0.058 0.292 1.122 1.636 0.692 0.670 0.763 0.386 0.209 0.518 0.642 0.048 0.872 1.282 0.520 0.120 0.436 0.634 0.557 0.210 0.477 0.261 0.316 0.118 0.426 1.776 0.332 0.080 0.632 1.193 0.377 0.988 2.240 1.765 1.415 0.329 0.360 0.358 1.127 1.838 2.743 3.436 1.325 1.556 0.610 0.627 1.212 1.208 0.619 1.856 1.666 1.058 221 chr1 31856207 31867969 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -15953 NM_001320996 2170 Hs.576372 NM_004102 ENSG00000121769 FABP3 FABP11|H-FABP|M-FABP|MDGI|O-FABP fatty acid binding protein 3 protein-coding 1.550 nan 1.187 0.332 0.372 0.169 0.468 0.164 0.413 0.537 0.175 0.344 6.336 0.153 0.411 0.391 0.141 0.068 0.488 0.307 0.075 0.072 0.137 0.199 0.533 0.808 0.449 0.082 0.433 0.708 1.929 3.422 0.709 0.906 0.136 0.100 0.036 0.072 0.118 0.014 0.140 0.573 0.103 0.090 0.356 0.125 0.570 0.157 0.189 0.163 0.150 0.227 0.391 1.592 0.242 0.533 0.100 0.770 0.403 0.287 0.098 0.135 0.025 1.189 0.013 0.311 0.321 0.327 0.405 0.448 0.655 0.855 1.029 nan 0.242 0.437 0.489 1.021 1.391 0.645 0.925 nan 0.957 0.381 0.414 0.202 0.466 1.004 2.991 0.513 nan 3147 chr13 45368812 45396939 + 0 NA intron (NR_038433, intron 1 of 2) intron (NR_038433, intron 1 of 2) 891 NR_038433 144817 Hs.585616 NR_038433 ENSG00000235097 LINC00330 NCRNA00330 long intergenic non-protein coding RNA 330 ncRNA 0.790 1.161 0.726 0.282 0.162 0.223 0.651 0.075 0.128 0.238 0.457 1.201 0.040 0.164 0.184 0.150 0.231 0.066 0.488 0.384 0.060 0.044 0.200 0.133 0.234 1.323 0.787 0.078 0.212 0.532 1.126 4.369 0.604 0.303 0.759 0.220 0.139 0.060 0.080 1.233 0.102 1.128 0.197 0.123 0.621 0.362 1.198 1.486 0.243 0.287 0.601 0.746 0.150 0.412 0.151 0.234 0.309 0.135 0.042 0.112 0.050 0.536 0.239 0.082 1.646 0.104 0.101 0.503 0.248 0.114 0.276 0.459 0.487 1.304 0.368 0.169 0.149 0.297 0.567 0.216 0.218 0.412 0.189 0.302 0.375 0.820 0.972 0.281 0.449 0.830 0.541 4486 chr16 85278587 85328940 + 0 NA Intergenic Intergenic -12801 NR_038859 197196 Hs.679002 NM_153238 ENSG00000179219 LINC00311 NCRNA00311|TMEM148 long intergenic non-protein coding RNA 311 ncRNA nan 0.670 2.111 0.058 0.383 0.462 0.142 0.239 0.370 0.013 0.121 0.174 0.010 0.070 0.166 2.013 0.150 0.080 0.151 0.064 0.050 0.099 0.082 0.097 0.506 0.077 0.051 0.119 0.087 0.015 0.063 0.170 0.075 0.671 0.023 0.066 0.066 0.071 0.092 0.010 0.076 0.155 0.076 0.050 0.028 0.055 0.110 0.149 0.134 0.136 0.038 0.084 2.013 0.166 0.059 0.506 0.012 0.072 1.406 0.147 0.129 0.095 0.051 0.399 0.023 0.026 0.009 0.929 1.643 0.237 0.341 0.817 0.839 0.880 0.306 0.278 0.333 0.951 1.365 0.718 1.007 3.110 3.241 0.293 0.310 0.319 0.346 0.702 1.258 0.897 0.562 417 chr1 60431648 60453359 + 0 NA Intergenic Intergenic -50033 NM_000775 1573 Hs.152096 NM_000775 ENSG00000134716 CYP2J2 CPJ2|CYPIIJ2 cytochrome P450 family 2 subfamily J member 2 protein-coding 1.864 0.749 nan 0.079 0.273 0.414 0.095 0.289 0.482 0.009 0.064 0.063 0.012 0.028 0.123 0.174 0.146 0.089 0.131 0.026 0.029 0.013 0.471 0.238 0.316 0.009 0.027 0.020 0.069 0.015 0.093 0.232 0.097 0.774 0.053 0.049 0.097 0.076 0.084 0.038 0.135 0.153 0.031 0.011 0.020 0.056 0.072 0.110 0.052 0.069 0.022 0.031 0.174 0.115 0.068 0.316 0.008 0.080 0.444 0.059 0.985 0.007 0.055 0.436 0.014 0.029 0.014 0.317 0.279 0.303 0.464 0.973 1.116 3.489 1.224 0.304 0.295 nan nan 1.114 nan 1.273 1.569 0.277 0.346 0.608 0.309 0.386 0.661 3.100 1.803 7172 chr21 33232924 33250531 + 0 NA Intergenic Intergenic -3901 NM_014586 30811 Hs.109437 NM_014586 ENSG00000142149 HUNK - hormonally up-regulated Neu-associated kinase protein-coding 2.670 1.150 4.445 0.144 0.922 0.797 0.094 0.708 1.394 0.147 0.058 0.031 0.059 0.024 1.831 1.296 0.063 0.081 0.066 0.011 0.068 0.040 0.176 0.188 0.843 0.133 0.086 0.025 0.235 0.012 0.232 0.800 0.394 6.518 0.046 0.135 0.611 0.091 0.113 1.439 0.139 0.141 0.107 0.062 0.073 0.049 0.188 0.643 0.101 0.453 0.049 1.296 0.067 0.040 0.843 0.028 0.342 0.308 0.698 0.138 0.025 0.242 0.371 0.030 0.428 0.298 1.323 1.978 1.545 2.026 2.748 2.361 0.457 0.147 0.409 0.429 1.022 1.594 3.742 4.688 2.786 3.380 0.565 1.120 0.319 0.221 0.992 1.345 nan 0.717 5772 chr19 48988425 49006254 + 0 NA exon (NM_001080434, exon 13 of 16) exon (NM_001080434, exon 13 of 16) 19107 NM_001080434 114783 Hs.207426 NM_001080434 ENSG00000142235 LMTK3 LMR3|PPP1R101|TYKLM3 lemur tyrosine kinase 3 protein-coding 0.836 0.984 1.304 1.494 0.374 0.219 1.739 0.794 1.642 1.731 1.846 0.543 0.131 0.219 1.222 0.306 0.210 0.173 2.328 0.996 0.883 0.039 0.167 0.121 0.443 0.728 0.724 0.157 1.201 0.859 0.768 nan 1.509 1.480 1.054 0.811 0.032 0.688 0.123 0.312 0.067 2.321 1.385 0.702 1.162 0.501 3.035 0.471 2.718 1.302 1.186 1.707 0.306 2.748 0.724 0.443 0.585 2.718 0.261 1.513 0.107 1.115 0.088 0.103 0.940 0.352 0.210 0.238 0.238 0.854 1.496 0.966 0.837 1.484 0.489 0.511 0.636 0.729 1.130 0.539 0.635 0.645 0.320 0.365 0.409 0.396 0.498 0.372 0.725 0.950 0.707 8975 chr5 69676693 69705535 + 0 NA intron (NR_027386, intron 3 of 5).2 L1ME3A|LINE|L1 -20083 NR_033417 653238 Hs.607501 NM_001098729 GTF2H2B - general transcription factor IIH subunit 2B (pseudogene) pseudo 1.151 2.608 0.891 0.459 1.189 0.324 0.411 0.427 0.807 0.175 0.304 0.202 0.381 1.182 1.190 0.746 0.251 0.072 0.370 0.086 0.172 0.394 2.704 1.869 0.754 0.230 0.338 0.227 0.447 0.157 0.438 1.169 0.637 2.635 0.328 0.307 3.833 0.479 0.145 0.094 0.823 0.431 0.357 0.217 0.212 0.297 0.328 0.071 0.203 0.356 0.359 0.247 0.746 0.383 0.516 0.754 0.297 0.553 0.604 0.361 0.631 0.294 0.415 0.227 0.168 0.110 0.104 1.244 1.239 1.241 1.716 2.023 1.886 4.080 2.379 1.475 1.257 3.188 3.322 1.985 2.835 1.351 1.199 0.237 0.652 5.507 7.733 0.453 0.533 4.920 2.520 7056 chr20 52824001 52825887 + 0 NA intron (NM_002623, intron 1 of 3) CpG 442 NM_002623 5203 Hs.91161 NM_002623 ENSG00000101132 PFDN4 C1|PFD4 prefoldin subunit 4 protein-coding 8.021 6.710 6.995 10.977 7.919 3.623 3.562 3.461 6.467 6.155 7.810 3.873 4.277 3.831 5.626 4.919 5.729 0.338 6.024 1.008 11.940 7.449 2.673 1.302 8.862 3.834 5.856 5.350 7.401 1.949 10.050 12.189 7.922 10.788 4.254 6.846 0.648 8.443 0.140 4.562 2.451 12.876 13.756 6.224 3.625 4.517 9.405 16.131 9.277 7.726 4.162 5.994 4.919 6.590 3.827 8.862 5.217 7.892 2.974 13.237 5.601 6.578 3.120 6.657 7.379 5.675 5.188 19.253 17.548 10.960 17.746 11.299 13.224 13.109 11.187 21.405 24.057 8.415 8.639 10.938 17.067 18.228 18.175 16.618 21.385 5.080 4.227 16.224 11.362 4.994 3.447 4547 chr17 2785621 2816140 + 0 NA intron (NM_001100398, intron 2 of 23) AluSz|SINE|Alu 68309 NR_110818 101927911 Hs.626373 NR_110818 ENSG00000262884 LOC101927911 - uncharacterized LOC101927911 ncRNA 1.782 0.921 1.514 0.128 0.433 0.979 0.243 0.294 0.591 0.053 0.067 0.102 0.047 1.273 1.152 0.687 0.041 0.115 0.205 0.199 0.233 0.023 0.262 0.116 2.675 0.084 0.033 0.289 0.124 0.041 0.126 0.401 0.247 0.415 0.106 0.137 0.086 0.068 0.078 0.031 0.450 0.229 0.045 0.033 0.060 0.395 0.158 0.121 0.589 0.230 0.080 0.080 0.687 0.632 0.154 2.675 0.144 0.136 1.121 0.186 0.905 0.326 0.564 0.655 0.035 0.047 0.033 0.515 0.628 0.235 0.461 1.791 2.406 2.863 0.670 1.906 1.988 1.124 1.533 2.583 3.436 2.889 2.843 0.447 0.423 0.364 0.400 1.366 2.835 1.266 0.692 9413 chr6 6878180 6888591 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -224445 NM_001168344 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 0.938 0.839 1.489 0.103 0.411 0.086 0.293 0.265 0.339 0.203 0.189 0.096 0.018 0.039 0.630 0.234 0.102 0.096 0.290 0.418 0.049 0.136 0.102 0.934 0.998 0.644 0.009 0.131 0.131 0.332 2.686 0.129 0.429 0.223 1.322 0.018 0.083 0.110 0.022 0.200 0.115 0.058 0.030 1.081 0.264 0.444 0.140 0.680 0.066 0.133 5.029 0.234 0.317 0.084 0.934 1.272 0.720 0.038 0.133 4.478 0.174 0.493 0.153 0.014 0.039 1.264 2.249 0.452 0.433 0.467 0.531 0.885 0.470 0.623 0.534 0.274 0.388 1.701 1.437 0.489 0.222 0.690 0.820 0.177 0.239 0.394 0.616 0.507 0.540 1530 chr10 75829743 75841554 + 0 NA intron (NM_014000, intron 6 of 21) intron (NM_014000, intron 6 of 21) 74901 NM_001320264 26985 Hs.500104 NM_012095 ENSG00000185009 AP3M1 - adaptor related protein complex 3 subunit mu 1 protein-coding 0.571 nan 0.603 4.705 0.096 0.033 0.798 0.130 0.288 0.209 0.834 1.339 0.032 0.017 0.091 0.097 1.240 0.095 0.951 0.435 1.515 0.059 0.054 0.053 0.172 0.984 0.571 0.113 0.812 0.687 0.164 0.201 0.126 0.216 0.383 0.167 0.024 0.074 0.105 0.867 0.082 0.507 0.311 0.290 0.794 1.012 0.660 0.755 0.352 0.664 0.564 0.191 0.097 0.151 1.042 0.172 0.281 0.063 0.123 0.022 1.251 0.167 0.088 0.878 0.341 0.173 1.412 1.411 0.738 0.692 0.356 0.365 0.513 0.192 0.229 0.181 0.441 0.634 0.483 nan 0.195 0.073 0.270 0.505 0.060 0.097 0.189 nan 0.569 0.363 5246 chr18 31732106 31741575 + 0 NA intron (NM_001353233, intron 1 of 11) L2a|LINE|L2 65594 NM_001353235 8715 Hs.514795 NM_003787 ENSG00000101746 NOL4 CT125|HRIHFB2255|NOLP nucleolar protein 4 protein-coding nan 1.096 0.880 0.084 4.467 2.354 0.052 0.795 1.696 0.170 0.049 0.091 0.096 1.165 2.648 0.133 0.099 0.020 0.020 0.029 2.207 1.130 6.651 0.014 0.077 0.021 0.067 0.076 0.051 0.022 5.006 0.074 0.091 2.317 0.391 0.050 0.013 0.244 0.078 0.063 0.049 0.138 0.015 0.061 0.202 0.017 0.189 0.092 0.021 2.648 0.022 0.020 6.651 0.039 0.017 0.278 0.006 2.162 0.016 0.314 0.119 0.055 0.333 0.236 0.308 0.370 8.607 8.955 7.286 3.903 0.180 0.202 0.699 0.991 nan 8.133 2.658 2.470 0.413 0.713 6.844 9.741 0.332 0.805 3.361 2.458 2504 chr12 14507387 14511748 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -8999 NM_018179 55729 Hs.504856 NM_018179 ENSG00000171681 ATF7IP AM|ATF-IP|MCAF|MCAF1|p621 activating transcription factor 7 interacting protein protein-coding 0.683 0.809 0.740 0.581 0.520 0.115 1.105 0.098 0.159 0.022 0.097 0.042 0.028 0.176 0.143 0.327 0.068 0.683 0.389 0.078 0.033 0.057 0.073 0.166 2.031 1.364 0.051 1.058 2.152 0.590 3.624 1.047 0.340 0.470 0.092 0.064 0.125 0.109 0.154 0.085 0.014 0.827 7.919 0.110 0.504 0.653 0.886 0.055 0.090 0.327 1.431 0.126 0.166 0.039 0.130 0.113 0.244 0.199 0.063 0.057 0.018 0.012 0.191 0.098 0.170 0.297 nan 0.337 0.325 0.040 0.193 0.229 0.171 0.416 0.390 0.264 0.398 0.275 0.092 0.197 0.045 0.044 0.319 0.797 0.265 0.235 6980 chr20 41375341 41381275 + 0 NA intron (NM_007050, intron 6 of 30) intron (NM_007050, intron 6 of 30) 64185 NR_110004 101927159 Hs.570383 NR_110004 ENSG00000229042 LOC101927159 - uncharacterized LOC101927159 ncRNA nan nan 0.474 0.074 0.118 0.215 0.036 0.084 0.089 0.016 0.025 0.048 0.034 0.120 0.131 0.150 0.109 0.108 0.043 0.080 0.069 0.081 0.012 0.024 0.046 0.053 0.072 0.117 0.567 0.024 0.036 0.004 0.005 0.097 0.020 0.084 0.198 0.010 0.056 0.026 0.098 0.118 0.024 0.026 0.023 0.131 0.060 0.045 0.081 0.051 0.020 0.017 0.093 1.210 0.247 0.038 0.019 4.267 3.669 10.142 4.249 0.219 0.316 nan 0.112 0.187 0.176 0.240 0.369 2.437 1.527 nan 0.330 1.676 3.114 0.021 0.076 0.424 0.496 0.601 0.420 5912 chr2 11968234 11974608 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 5691 NR_036226 100422996 NR_036226 ENSG00000265172 MIR4262 - microRNA 4262 ncRNA 0.800 1.395 1.327 1.094 1.340 0.260 4.496 0.250 0.391 0.405 1.991 3.357 0.496 0.188 0.347 1.859 2.084 0.151 2.492 1.098 2.799 0.022 0.247 0.127 0.395 1.140 1.066 0.208 2.666 1.090 6.210 13.325 4.778 4.088 2.485 4.431 0.029 0.119 0.148 4.379 0.198 5.084 1.324 0.747 2.123 1.337 2.870 3.827 0.971 3.203 3.077 1.867 1.859 2.670 5.636 0.395 1.667 0.233 0.121 3.806 2.561 2.586 0.032 0.058 3.602 2.340 2.604 0.407 0.674 0.545 1.133 0.928 0.893 0.871 0.247 0.129 0.197 0.650 1.159 3.520 nan 0.478 0.293 0.245 0.144 0.223 0.297 0.212 nan 1.150 0.682 2952 chr12 110989939 111030942 + 0 NA intron (NM_139283, intron 1 of 5) intron (NM_139283, intron 1 of 5) 10624 NM_139283 160760 Hs.13854 NM_139283 ENSG00000196850 PPTC7 TA-PP2C|TAPP2C PTC7 protein phosphatase homolog protein-coding nan nan 0.818 1.284 0.357 0.111 1.575 0.267 0.441 0.651 0.506 0.729 0.192 0.122 0.452 0.459 0.670 0.137 1.635 0.537 0.491 0.128 0.267 0.224 0.481 2.590 1.958 0.682 1.023 0.811 1.270 3.128 1.184 0.813 0.809 0.432 0.061 0.275 0.143 0.346 0.120 0.463 0.368 0.210 1.333 1.362 0.670 0.562 0.787 0.582 1.218 0.941 0.459 2.543 0.558 0.481 0.424 1.516 0.076 0.554 0.234 1.018 0.137 0.243 0.294 0.090 0.036 0.534 0.531 0.569 0.947 nan nan nan 0.323 0.858 0.815 0.718 0.963 nan nan 0.685 0.595 0.393 0.758 0.447 0.400 0.588 0.880 nan 0.746 8285 chr4 20970710 20988116 + 0 NA intron (NM_147182, intron 2 of 8) intron (NM_147182, intron 2 of 8) -95080 NM_025221 80333 Hs.655705 NM_025221 ENSG00000185774 KCNIP4 CALP|KCHIP4 potassium voltage-gated channel interacting protein 4 protein-coding 0.505 0.449 nan 0.067 0.030 0.170 0.062 0.046 0.086 0.076 0.026 0.007 0.023 0.221 0.081 0.060 0.025 0.109 0.011 0.018 0.108 0.096 0.048 0.025 0.021 0.067 0.031 0.069 0.082 0.073 0.256 0.029 0.028 0.006 0.075 0.073 0.014 0.086 0.116 0.035 0.009 0.038 0.022 0.057 0.144 0.014 0.036 0.009 0.015 0.081 0.058 0.037 0.048 0.042 0.038 0.037 0.012 0.004 0.017 0.043 0.022 0.017 0.006 0.523 0.403 0.205 0.258 0.228 0.226 0.149 0.115 8.792 8.630 0.102 0.142 0.197 0.199 0.372 0.200 0.101 0.164 0.063 0.035 0.174 0.327 nan 0.568 10267 chr7 28991935 29002611 + 0 NA exon (NM_014817, exon 3 of 3) exon (NM_014817, exon 3 of 3) 756 NM_014817 9865 Hs.744120 NM_014817 ENSG00000255690 TRIL - TLR4 interactor with leucine rich repeats protein-coding 3.640 2.260 8.983 0.970 0.553 0.703 0.033 0.326 0.559 0.198 0.064 0.365 0.204 0.161 0.452 0.535 0.443 0.137 0.179 0.142 0.018 0.052 0.197 0.258 0.544 0.271 0.101 0.014 0.543 0.010 1.499 4.409 5.492 1.537 0.014 0.187 0.401 0.061 0.116 0.189 0.317 0.129 0.051 0.088 0.041 0.116 0.307 0.189 0.214 0.487 0.287 1.155 0.535 0.579 0.154 0.544 0.194 0.186 0.156 0.567 0.328 0.111 0.418 0.069 0.129 0.011 0.010 0.706 0.972 0.406 nan 1.170 0.810 2.534 0.588 2.347 2.400 0.106 0.274 0.567 1.016 0.332 0.162 0.953 1.716 2.178 2.059 0.133 nan 0.859 0.711 9491 chr6 21019748 21047076 + 0 NA intron (NM_017774, intron 11 of 15) intron (NM_017774, intron 11 of 15) 478711 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.261 1.766 nan 0.966 1.779 0.636 0.665 1.249 2.924 0.174 0.309 0.724 0.061 0.177 0.415 0.378 0.939 0.112 1.349 0.590 0.215 0.071 0.735 0.585 1.688 1.121 0.630 0.013 0.854 0.786 2.350 3.071 2.588 nan 0.760 0.071 0.457 0.087 0.090 0.414 0.107 0.115 0.111 0.037 0.845 0.743 0.199 0.105 0.048 0.128 0.339 0.138 0.378 1.419 1.104 1.688 0.284 0.434 0.071 0.050 0.256 0.656 0.074 0.290 0.382 0.266 0.335 0.493 0.320 0.957 nan 0.762 0.887 nan 0.637 0.707 0.709 1.372 1.534 1.980 2.371 0.780 0.508 0.184 0.313 1.354 2.301 0.457 1.309 0.725 0.543 3724 chr14 79024557 79039054 + 0 NA intron (NM_004796, intron 1 of 16) intron (NM_004796, intron 1 of 16) 161731 NM_004796 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 1.468 0.674 0.072 0.152 1.244 0.024 0.342 0.708 0.026 0.064 0.026 0.017 0.119 0.440 0.477 0.056 0.078 0.007 0.013 0.051 0.019 0.463 0.107 0.173 0.014 0.015 0.020 0.139 0.015 0.080 0.118 0.195 0.849 0.050 0.093 0.112 0.022 0.105 0.008 0.282 0.076 0.038 0.016 0.008 0.048 0.033 0.167 0.073 0.069 0.033 0.023 0.477 0.022 0.045 0.173 0.008 0.062 0.120 0.064 0.070 0.064 0.048 0.060 0.041 0.017 0.011 0.355 0.230 0.095 0.181 0.676 0.861 0.715 0.281 0.189 0.182 0.430 0.694 0.926 0.869 1.244 1.111 0.131 0.167 0.500 0.508 0.205 0.388 3.362 2.082 8879 chr5 42977895 43022120 + 0 NA Intergenic Intergenic -6572 NR_104643 643977 Hs.535791 NR_104643 FLJ32255 - uncharacterized LOC643977 ncRNA 1.260 3.481 1.628 1.976 5.654 1.864 3.423 0.697 1.287 0.825 1.490 2.902 0.495 0.805 4.900 0.774 2.496 0.527 0.798 0.489 3.571 1.137 1.067 0.798 1.572 5.662 6.388 0.520 1.432 1.331 3.371 6.047 5.233 7.858 1.065 3.646 0.034 1.379 0.129 1.523 0.406 2.078 2.322 0.865 2.264 1.941 1.799 3.213 3.128 2.240 1.679 2.339 0.774 1.155 7.996 1.572 1.384 0.896 1.056 2.270 2.588 2.923 0.993 0.191 1.700 4.223 4.634 0.268 0.223 0.803 1.318 3.534 2.676 0.789 0.210 0.423 0.398 1.060 1.332 1.349 1.628 1.164 0.867 0.937 1.678 0.176 0.200 0.406 0.746 0.501 0.439 1440 chr10 36777193 36789851 + 0 NA Intergenic Intergenic -631263 NM_052997 91074 Hs.373787 NM_052997 ENSG00000148513 ANKRD30A NY-BR-1 ankyrin repeat domain 30A protein-coding 0.560 0.810 0.697 0.051 0.019 0.004 0.202 0.203 0.403 0.069 0.043 0.058 0.043 0.024 0.057 0.670 0.238 0.101 0.033 0.075 0.284 0.022 0.061 0.063 0.047 0.005 0.012 0.023 0.038 0.077 0.200 0.056 0.186 1.755 0.008 0.199 0.114 0.187 0.100 0.073 0.024 0.019 0.025 0.030 0.046 5.322 0.553 0.061 0.019 0.053 0.670 0.028 0.059 0.047 0.033 0.055 0.081 0.065 0.031 0.031 0.077 0.241 0.018 0.016 0.186 0.120 0.614 nan 0.245 0.304 0.099 0.056 0.198 0.241 1.060 1.674 0.084 0.126 0.316 0.128 0.075 0.100 0.036 0.032 0.119 0.197 0.461 0.429 381 chr1 52519918 52523698 + 0 NA promoter-TSS (NR_046405) promoter-TSS (NR_046405) 35 NR_046406 51060 Hs.476033 NM_015913 ENSG00000117862 TXNDC12 AG1|AGR1|ERP16|ERP18|ERP19|PDIA16|TLP19|hAG-1|hTLP19 thioredoxin domain containing 12 protein-coding 9.908 4.125 7.486 7.762 11.166 8.183 4.674 4.776 9.600 1.709 6.253 4.080 1.383 4.778 8.484 7.059 6.311 0.382 7.835 2.195 4.793 7.139 6.575 2.586 3.774 1.995 2.137 2.965 5.009 2.264 9.306 13.265 5.385 20.242 2.458 3.636 0.733 10.479 0.288 1.719 5.670 8.721 5.113 1.948 3.859 4.487 5.698 3.835 4.582 5.934 3.179 3.497 7.059 8.456 8.298 3.774 2.778 4.586 2.449 7.394 3.925 2.065 3.964 4.712 2.611 4.112 2.445 8.845 8.050 8.259 12.365 15.992 11.942 13.879 7.646 20.808 22.752 8.692 10.450 12.282 19.161 8.463 11.138 4.849 9.377 5.579 5.614 9.123 13.690 5.254 3.152 11495 chr9 22369362 22382405 + 0 NA Intergenic Intergenic -70957 NM_022160 63951 Hs.371976 NM_022160 ENSG00000176399 DMRTA1 DMO|DMRT4 DMRT like family A1 protein-coding 1.478 nan nan 0.046 0.303 0.020 0.067 0.098 0.207 0.030 0.006 0.044 0.008 0.054 0.788 0.116 0.047 0.073 0.005 0.660 0.271 0.046 0.006 0.022 0.005 0.008 0.025 0.068 0.331 0.025 1.382 0.033 0.085 0.009 0.581 0.050 0.009 0.006 0.034 0.047 0.066 0.008 0.056 0.049 0.012 0.020 0.788 0.033 0.014 0.046 0.141 0.013 0.676 0.023 0.360 0.012 0.004 0.114 0.107 0.194 0.563 0.355 0.421 3.111 0.972 0.071 0.062 2.737 3.099 0.093 0.109 2.488 2.110 0.130 0.208 4.378 5.402 0.472 0.887 5.893 2.496 5020 chr17 75310329 75330832 + 0 NA intron (NM_006640, intron 1 of 10) intron (NM_006640, intron 1 of 10) 4983 NM_006640 10801 Hs.440932 NM_006640 ENSG00000184640 SEPT9 AF17q25|MSF|MSF1|NAPB|PNUTL4|SINT1|SeptD1 septin 9 protein-coding 1.320 1.719 1.113 1.744 0.245 0.477 4.530 0.305 0.520 1.551 2.768 2.290 0.112 0.098 0.151 0.532 4.540 0.542 2.628 1.189 2.063 0.101 0.298 0.188 0.555 1.921 1.700 0.754 3.457 1.877 5.134 8.956 3.167 2.020 2.766 4.493 0.037 0.170 0.081 2.538 0.143 3.828 2.192 0.912 2.393 1.423 1.290 4.638 3.512 2.886 0.862 1.210 0.532 5.161 2.004 0.555 1.027 1.720 0.227 2.349 0.179 3.075 0.265 0.199 4.410 3.702 2.254 1.463 1.745 0.671 1.552 0.699 0.817 0.652 0.302 0.658 0.735 nan 1.525 1.019 1.359 1.210 0.930 0.754 1.007 0.213 0.401 0.395 0.759 nan 0.490 1814 chr11 13158531 13165536 + 0 NA Intergenic Intergenic 131063 NM_001080521 644943 Hs.134650 NM_001080521 ENSG00000189431 RASSF10 - Ras association domain family member 10 protein-coding 0.943 nan 0.629 4.450 0.407 2.457 2.158 0.254 0.471 0.082 0.443 2.004 2.481 1.338 0.662 0.211 0.062 0.402 0.531 2.788 0.068 0.142 1.064 2.029 1.279 0.185 0.670 5.415 0.424 3.039 4.709 1.315 0.583 0.036 0.095 0.064 0.089 1.663 0.545 1.797 0.165 0.078 1.995 2.592 0.182 1.038 2.107 0.135 5.099 1.856 0.662 0.473 0.123 1.064 0.383 0.277 0.041 0.198 0.015 0.439 2.630 0.017 0.546 2.747 2.080 nan 1.775 0.459 1.248 1.143 0.868 0.444 0.237 0.604 0.616 0.240 nan 0.783 0.587 0.478 0.430 1.190 0.886 0.612 0.568 0.193 0.233 1.137 nan 10737 chr7 150495799 150512959 + 0 NA Intergenic L1MEd|LINE|L1 -5931 NM_014020 28959 Hs.647090 NM_014020 ENSG00000106565 TMEM176B LR8|MS4B2 transmembrane protein 176B protein-coding 0.796 0.776 nan 0.066 2.487 0.141 0.037 0.453 0.805 0.005 0.095 0.070 0.015 0.430 1.085 0.132 0.131 0.172 0.117 0.044 0.007 0.008 1.396 0.692 1.675 0.068 0.050 0.030 0.087 0.024 0.117 0.187 0.170 0.638 0.034 0.047 1.298 0.046 0.128 0.023 0.087 0.046 0.027 0.026 0.170 0.135 0.191 0.100 0.033 0.018 0.030 0.132 0.092 0.021 1.675 0.036 0.121 0.040 0.054 0.064 0.032 0.023 0.073 0.009 0.023 0.006 0.389 0.413 0.850 0.457 0.825 1.046 5.988 1.429 0.149 0.135 0.115 0.242 1.296 1.381 0.414 0.250 0.241 0.303 3.559 2.552 0.223 0.623 1.680 0.979 5896 chr2 9768823 9786439 + 0 NA Intergenic Intergenic -6447 NM_006826 10971 Hs.74405 NM_006826 ENSG00000134308 YWHAQ 14-3-3|1C5|HS1 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein theta protein-coding 1.911 1.492 1.941 0.940 1.370 1.023 1.907 0.829 1.587 0.402 1.435 1.445 0.316 0.327 2.558 1.789 0.821 0.209 1.175 0.560 0.718 0.959 1.012 0.465 2.248 0.558 0.572 0.703 1.493 0.557 1.508 3.553 1.162 5.775 1.393 0.998 0.281 1.182 0.129 1.715 0.834 2.327 0.717 0.420 0.672 0.836 1.085 1.779 1.694 1.969 1.495 0.890 1.789 1.792 1.421 2.248 0.532 0.797 0.639 1.268 1.134 1.251 0.728 0.701 0.828 1.159 0.952 1.696 1.930 2.158 3.264 2.761 2.673 2.682 1.371 1.653 1.637 1.022 1.500 3.470 4.499 2.050 2.175 1.325 2.416 1.056 1.208 1.941 1.838 1.776 1.050 7715 chr3 105079860 105092071 + 0 NA 5' UTR (NM_001243283, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_001243283, exon 1 of 3) 408 NM_001243280 214 Hs.591293 NM_001627 ENSG00000170017 ALCAM CD166|MEMD activated leukocyte cell adhesion molecule protein-coding nan nan 1.997 3.417 1.005 2.323 3.874 2.359 4.442 0.210 1.361 1.411 1.470 1.216 3.458 1.086 1.392 0.157 2.590 0.836 1.887 0.873 3.197 1.664 2.645 2.184 2.283 0.581 7.621 3.596 4.564 6.709 3.195 8.952 2.193 1.808 1.376 0.281 0.076 1.167 0.163 6.493 3.382 1.482 3.911 2.657 2.383 4.100 2.367 0.326 1.421 1.738 1.086 2.350 1.840 2.645 1.471 0.597 0.269 1.275 1.420 2.451 3.800 0.314 2.745 0.759 0.356 2.918 3.775 4.213 5.868 3.667 2.429 11.547 4.794 4.267 4.237 1.467 1.887 1.651 2.572 4.303 4.251 3.490 7.782 4.574 3.548 0.465 0.848 2.055 1.177 2966 chr12 114424043 114450508 + 0 NA Intergenic LTR16A1|LTR|ERVL -33099 NM_001146699 9904 Hs.7482 NM_016196 ENSG00000122965 RBM19 Mrd1 RNA binding motif protein 19 protein-coding nan nan 0.408 0.071 0.503 0.359 0.041 0.564 1.091 0.007 0.047 0.052 0.014 0.050 0.812 0.203 0.080 0.036 0.024 0.007 0.014 0.005 0.445 0.202 1.946 0.029 0.024 0.031 0.032 0.055 0.077 0.076 0.553 0.017 0.082 0.158 0.041 0.108 0.024 0.090 0.046 0.026 0.008 0.043 0.062 0.234 0.092 0.049 0.015 0.053 0.203 0.032 0.028 1.946 0.009 0.053 0.048 0.060 1.134 0.009 0.198 0.033 0.014 0.035 0.009 0.237 0.148 0.182 0.144 nan nan nan 1.047 0.305 0.317 0.141 0.321 nan nan 0.240 0.107 0.380 0.296 0.964 0.483 0.110 0.174 nan 1.800 5694 chr19 42494792 42504132 + 0 NA Intergenic Intergenic -1034 NM_152296 478 Hs.515427 NM_152296 ENSG00000105409 ATP1A3 AHC2|ATP1A1|CAPOS|DYT12|RDP ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 3 protein-coding 3.351 1.202 0.922 0.116 0.358 0.329 0.196 0.880 1.561 0.070 0.175 0.116 0.013 0.278 1.289 3.058 0.080 0.226 0.081 0.058 0.088 0.383 0.274 1.424 0.163 0.093 0.243 0.356 0.028 0.198 nan 0.237 1.258 0.059 0.225 0.438 0.089 0.064 0.297 0.194 0.077 0.058 0.076 0.049 0.051 0.171 0.407 0.614 0.902 0.059 3.058 0.122 0.069 1.424 0.039 0.089 1.806 0.856 2.947 0.009 1.102 2.231 0.025 0.043 0.027 1.105 1.604 0.119 0.239 2.554 1.920 3.204 0.665 0.235 0.275 1.159 1.965 0.916 1.222 7.407 8.100 1.923 2.137 1.134 1.091 3.896 8.061 1.103 0.744 7424 chr22 39265391 39279573 + 0 NA Intergenic MER4A|LTR|ERV1 -4143 NM_001303494 23466 Hs.592201 NM_014292 ENSG00000183741 CBX6 - chromobox 6 protein-coding 2.161 nan 1.031 1.742 2.690 1.696 0.390 1.612 3.108 0.351 1.224 0.761 0.523 0.974 2.430 3.162 0.897 0.192 0.723 0.484 1.983 1.441 0.574 0.244 6.927 0.258 0.189 0.614 1.467 0.415 1.796 2.250 1.705 6.396 0.340 0.715 1.006 2.296 0.151 0.400 0.402 0.688 0.817 0.401 0.308 0.643 1.377 0.745 1.424 1.501 1.159 0.348 3.162 1.061 1.151 6.927 0.164 0.800 0.885 2.229 1.291 0.664 0.607 0.313 0.413 0.445 0.243 1.521 1.724 1.138 1.774 4.946 4.953 3.940 2.638 0.440 0.500 1.264 nan 3.510 6.225 nan 2.424 1.124 1.637 2.985 3.786 0.770 1.133 1.316 0.742 4330 chr16 30932830 30936797 + 0 NA promoter-TSS (NR_024348) promoter-TSS (NR_024348) -223 NR_024348 283932 Hs.711535 NM_175901 ENSG00000260852 FBXL19-AS1 NCRNA00095 FBXL19 antisense RNA 1 ncRNA 4.621 2.050 3.525 4.419 4.364 3.370 2.545 2.500 5.211 2.430 5.341 2.309 1.860 3.912 2.891 3.583 1.345 0.040 2.897 1.305 3.623 2.470 1.348 0.712 5.107 1.923 1.971 3.865 2.772 0.740 4.220 6.625 3.746 17.448 1.324 3.839 0.602 4.442 0.069 1.011 1.809 4.830 3.909 1.998 2.502 2.397 3.787 2.519 5.286 6.260 3.492 4.619 3.583 2.127 4.606 5.107 1.256 2.498 2.015 7.018 3.404 2.390 2.510 1.934 2.124 1.872 1.232 6.841 6.718 4.955 5.629 6.501 6.150 9.148 6.615 15.282 16.466 3.626 4.408 9.686 13.277 7.110 7.192 3.830 5.435 4.584 5.613 5.360 5.367 2.786 1.609 5385 chr18 57347775 57372695 + 0 NA intron (NM_133459, intron 2 of 10) (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 4409 NM_133459 147372 Hs.34333 NM_133459 ENSG00000183287 CCBE1 HKLLS1 collagen and calcium binding EGF domains 1 protein-coding nan 0.713 3.131 0.339 0.149 0.027 0.279 0.282 0.544 0.026 0.279 0.078 0.007 0.056 0.342 0.632 0.116 0.110 0.183 0.144 0.025 0.017 0.164 0.124 0.081 0.072 0.009 0.018 0.262 0.541 0.125 0.197 0.099 0.581 0.029 0.035 1.232 0.048 0.058 0.062 0.137 0.127 0.019 0.031 0.924 0.352 0.284 0.695 0.058 0.060 0.019 0.031 0.632 0.109 0.528 0.081 0.040 0.023 0.132 0.245 0.073 0.540 0.028 0.045 0.271 0.014 0.011 0.392 0.169 0.387 0.557 0.802 0.814 0.333 0.160 0.501 0.515 0.093 0.186 0.773 0.817 0.465 0.333 0.102 0.189 4.377 4.583 0.131 0.234 nan 1.550 10893 chr8 33453458 33458824 + 0 NA promoter-TSS (NM_001305116) promoter-TSS (NM_001305116) -826 NM_001305116 78986 Hs.8719 NM_024025 ENSG00000133878 DUSP26 DSP-4|DUSP24|LDP-4|MKP-8|MKP8|NATA1|NEAP|SKRP3 dual specificity phosphatase 26 protein-coding 1.846 3.076 nan 0.589 2.951 4.274 0.132 0.721 2.119 0.018 0.098 0.085 0.012 0.057 4.142 5.555 0.097 0.061 0.044 0.046 2.983 1.405 3.991 0.077 0.067 0.014 0.101 0.038 0.242 0.309 0.106 5.364 0.027 0.072 0.745 0.042 0.132 0.044 1.064 0.104 0.079 0.132 0.044 0.055 0.196 0.519 0.066 0.058 0.074 5.555 0.041 3.991 0.057 0.015 2.043 0.303 1.693 0.074 1.144 0.563 0.042 1.035 2.123 1.537 1.837 13.777 12.677 8.229 2.976 0.300 0.451 1.644 2.103 3.580 4.049 6.977 10.248 1.522 2.157 4.809 2.410 0.842 1.711 7.754 4.741 11966 chrX 107654336 107686501 + 0 NA intron (NM_001287759, intron 2 of 43) intron (NM_001287759, intron 2 of 43) 11242 NM_001287760 1288 Hs.145586 NM_001847 ENSG00000197565 COL4A6 CXDELq22.3|DELXq22.3|DFNX6 collagen type IV alpha 6 chain protein-coding nan nan nan 0.163 0.221 0.050 0.053 0.221 0.371 0.066 0.687 0.438 0.067 0.034 0.064 0.104 0.175 0.044 0.185 0.082 0.279 0.026 0.960 0.507 0.016 0.125 0.081 0.169 0.049 0.020 0.103 0.177 0.084 1.112 0.014 1.200 0.222 0.276 0.165 0.029 0.007 0.340 0.067 0.024 0.010 0.084 0.284 0.140 0.445 0.056 0.044 0.501 0.104 0.087 0.011 0.016 0.298 0.059 0.012 0.346 0.013 0.054 0.021 0.246 0.137 0.005 0.003 0.284 0.191 0.296 0.288 0.128 0.153 3.103 1.216 0.672 0.659 0.953 1.145 0.265 0.259 0.423 0.214 0.121 0.143 0.868 1.093 0.091 0.181 0.774 0.308 773 chr1 155615751 155623696 + 0 NA Intergenic Intergenic 29323 NR_132762 106633810 NR_132762 SCARNA26A - small Cajal body-specific RNA 26A ncRNA nan nan 1.165 0.742 0.336 2.245 5.643 0.302 0.553 1.312 1.494 1.353 1.586 0.163 1.096 0.947 1.931 0.444 4.264 1.784 1.746 0.035 0.234 0.252 0.755 3.211 3.010 0.318 2.060 2.931 1.399 5.421 3.326 7.576 3.400 4.529 0.036 0.083 0.127 1.731 0.240 0.953 1.466 0.868 2.472 2.652 1.720 1.398 1.152 1.008 0.476 1.508 0.947 9.392 5.941 0.755 0.862 2.034 0.381 0.840 0.395 2.993 0.249 0.223 1.343 1.558 0.980 0.959 1.670 0.979 2.367 1.311 nan 1.944 0.485 0.242 0.254 2.444 3.035 0.791 0.955 0.946 0.482 0.777 1.193 0.425 0.508 0.460 0.911 1.021 0.747 1247 chr1 243715833 243743873 + 0 NA intron (NM_001206729, intron 9 of 13) intron (NM_001206729, intron 9 of 13) 220375 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 1.243 nan 0.116 0.242 0.030 0.067 0.291 0.526 0.010 0.116 0.063 0.009 0.025 0.047 0.202 0.191 0.126 0.119 0.014 0.023 0.039 0.296 0.296 0.303 0.030 0.008 0.029 0.092 0.138 0.066 0.054 0.068 0.270 0.047 0.960 0.340 0.075 0.092 0.013 0.090 0.062 0.024 0.015 0.055 0.024 0.193 0.078 0.055 0.050 0.014 0.083 0.202 0.045 0.014 0.303 0.035 0.045 0.237 0.012 0.040 0.047 0.025 0.237 0.014 0.016 0.020 0.434 0.298 0.372 0.431 0.589 0.888 0.508 0.251 0.367 0.356 6.691 6.186 0.271 0.272 1.314 0.840 0.106 0.175 1.129 1.548 0.578 1.222 0.457 0.394 11014 chr8 65571118 65620227 + 0 NA intron (NM_004820, intron 1 of 5) L2a|LINE|L2 -101223 NR_152770 401463 Hs.651960 NR_015374 ENSG00000254102 LOC401463 - uncharacterized LOC401463 ncRNA 1.346 0.664 0.612 0.039 0.098 0.011 0.042 0.160 0.326 0.012 0.080 0.034 0.139 0.043 0.071 0.138 0.130 0.136 0.122 0.015 0.021 0.020 0.100 0.113 0.217 0.014 0.021 0.022 0.096 0.029 0.098 0.135 0.091 0.285 0.060 0.031 0.281 0.028 0.073 0.012 0.127 0.056 0.017 0.016 0.036 0.030 0.045 0.126 0.061 0.078 0.014 0.030 0.138 0.106 0.021 0.217 0.017 0.047 0.014 0.027 0.076 0.055 0.036 0.111 0.011 0.025 0.011 0.255 0.125 0.202 0.282 0.642 0.825 3.738 1.543 0.118 0.124 1.152 nan 0.105 0.138 nan 0.269 0.121 0.206 0.949 0.838 0.302 0.505 1.085 0.807 1576 chr10 88514618 88518360 + 0 NA promoter-TSS (NM_004329) promoter-TSS (NM_004329) 93 NM_004329 657 Hs.524477 NM_004329 ENSG00000107779 BMPR1A 10q23del|ACVRLK3|ALK3|CD292|SKR5 bone morphogenetic protein receptor type 1A protein-coding 6.810 3.243 5.219 2.573 3.023 3.846 3.374 3.490 6.051 2.122 8.177 3.721 4.777 2.489 3.168 3.351 6.133 0.685 5.624 1.419 4.805 5.370 2.151 0.764 6.903 2.478 3.155 5.918 6.207 2.110 4.450 5.382 3.110 8.842 1.535 5.560 0.920 5.946 0.107 1.887 2.940 8.319 6.417 2.606 2.385 1.559 3.883 2.506 7.001 5.812 3.244 4.473 3.351 7.826 6.028 6.903 2.614 3.315 1.303 5.911 2.030 4.779 2.061 2.299 2.691 3.801 2.429 6.786 8.266 12.258 13.702 9.069 7.123 10.744 6.551 8.245 7.802 5.227 6.905 8.562 12.848 4.859 5.994 2.761 5.701 4.434 3.844 8.393 7.283 2.788 1.771 3448 chr14 30967712 30972602 + 0 NA intron (NR_151720, intron 3 of 3) intron (NR_151720, intron 3 of 3) -58172 NM_001308097 55632 Hs.509008 NM_017769 ENSG00000092140 G2E3 KIAA1333|PHF7B G2/M-phase specific E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 1.427 1.651 0.720 0.045 0.340 1.399 0.043 0.375 0.574 0.001 0.078 0.048 0.021 1.228 2.739 0.124 0.163 0.088 0.039 0.052 1.963 1.003 1.883 0.066 0.113 0.155 0.184 0.527 0.082 0.066 0.753 0.044 0.216 0.070 0.094 0.025 0.022 0.046 0.039 0.082 0.033 0.001 0.016 0.096 2.739 0.072 0.019 1.883 0.005 0.011 0.012 0.021 0.042 0.061 0.051 0.047 0.186 0.154 0.675 0.367 2.636 2.777 7.103 10.742 0.282 0.270 1.399 2.133 0.341 0.542 0.942 0.286 0.145 0.147 4.326 2.044 0.380 0.387 1.632 1.528 7133 chr21 16642824 16652836 + 0 NA Intergenic Intergenic -210704 NM_003489 8204 Hs.155017 NM_003489 ENSG00000180530 NRIP1 RIP140 nuclear receptor interacting protein 1 protein-coding 0.867 0.687 nan 0.476 0.061 0.054 0.128 0.064 0.180 0.890 0.093 7.533 0.040 0.027 0.140 0.008 0.832 0.147 0.069 0.014 0.089 0.068 0.036 0.014 0.021 0.029 0.108 0.470 0.250 0.851 1.563 0.281 1.081 0.059 0.019 0.037 0.082 0.012 0.294 0.037 0.060 0.024 0.500 0.242 0.513 0.178 0.155 0.043 0.063 0.670 0.140 0.420 0.044 0.036 0.086 0.842 0.009 0.029 0.071 0.069 0.025 0.008 0.017 0.467 0.495 0.331 0.432 0.212 0.298 0.068 0.048 0.138 0.104 0.237 0.267 0.184 0.237 0.601 0.264 0.191 0.197 0.117 0.120 0.235 0.267 0.569 0.578 8842 chr5 33145753 33154782 + 0 NA Intergenic Intergenic -79574 NR_147008 105374716 Hs.582475 NR_147008 ENSG00000251443 LINC02160 - long intergenic non-protein coding RNA 2160 ncRNA 0.518 1.009 nan 0.582 0.128 0.025 3.224 0.125 0.246 0.796 0.657 1.236 1.038 0.098 0.069 0.099 2.345 0.307 4.094 2.910 3.508 0.015 0.226 0.243 0.053 1.003 0.882 0.066 2.416 1.734 1.595 2.662 2.870 0.389 2.519 1.962 0.031 0.012 0.091 0.690 0.044 1.186 0.872 0.603 2.418 1.043 0.532 0.941 0.239 0.062 0.583 1.126 0.099 1.770 0.327 0.053 1.410 1.982 0.011 0.231 0.056 2.346 0.022 0.276 0.016 0.023 0.551 0.249 0.165 0.366 0.254 0.369 0.119 0.066 0.093 0.170 0.307 0.376 0.257 0.247 0.508 0.120 0.124 0.227 0.074 0.118 0.093 0.163 0.210 0.348 6136 chr2 56267230 56278626 + 0 NA intron (NR_126406, intron 1 of 2) intron (NR_126406, intron 1 of 2) 1533 NR_126406 104355290 Hs.580331 NR_126406 MIR217HG MIR216AHG|MIR216BHG MIR217 host gene ncRNA 1.192 nan 2.177 0.063 0.323 0.024 0.093 0.197 0.238 0.017 0.130 0.049 0.020 0.070 2.639 1.362 0.099 0.042 0.093 0.051 0.039 0.025 3.623 2.145 0.428 0.036 0.013 0.045 0.036 0.106 0.198 0.107 6.390 0.025 0.096 0.616 0.029 0.127 0.031 0.108 0.097 0.032 0.007 0.019 0.027 0.051 0.113 0.050 0.038 0.021 0.093 1.362 0.050 0.016 0.428 0.064 0.049 0.068 0.056 0.046 0.013 0.069 0.739 0.038 0.020 0.022 0.406 0.278 0.208 0.321 2.488 3.040 5.316 2.461 0.292 0.253 0.742 1.047 0.741 0.615 0.540 0.349 0.162 0.290 2.786 2.402 0.908 2.390 2.545 0.999 5091 chr17 80476470 80495443 + 0 NA intron (NM_004514, intron 1 of 8) AluJr|SINE|Alu 8362 NM_004514 3607 Hs.591140 NM_004514 ENSG00000141568 FOXK2 ILF|ILF-1|ILF1 forkhead box K2 protein-coding 1.754 1.711 1.481 0.890 1.201 0.417 1.943 0.666 1.392 0.786 1.571 0.567 1.393 0.378 0.963 1.427 1.149 0.444 2.393 0.628 0.364 0.520 1.022 0.594 1.458 0.980 0.844 0.787 1.118 0.283 2.114 nan 1.400 2.332 0.812 1.154 0.211 1.139 0.150 0.680 0.572 1.173 0.643 0.361 0.642 0.567 0.645 0.808 1.604 1.870 0.553 1.289 1.427 3.717 2.157 1.458 0.439 0.502 0.235 1.318 0.872 0.950 0.636 0.488 0.452 0.230 0.131 1.842 nan 1.416 2.350 nan 2.097 1.688 0.735 2.166 2.034 1.544 2.159 2.112 4.001 0.773 0.798 1.133 2.344 1.195 1.297 1.670 1.703 1.210 0.873 11136 chr8 97938995 97958453 + 0 NA intron (NM_016134, intron 4 of 7) intron (NM_016134, intron 4 of 7) 291269 NM_016134 10404 Hs.156178 NM_016134 ENSG00000104324 CPQ LDP|PGCP carboxypeptidase Q protein-coding 7.164 3.938 8.231 0.030 0.240 0.037 0.095 0.256 0.449 0.079 0.121 0.019 0.032 0.047 0.124 0.444 1.167 0.058 0.081 0.039 0.046 0.021 0.008 0.060 0.971 0.028 0.030 0.023 0.060 0.022 0.070 0.058 0.112 0.909 0.007 0.077 0.191 0.079 0.087 0.042 0.135 0.047 0.009 0.016 0.040 0.024 0.147 0.154 0.038 0.098 0.020 0.049 0.444 0.063 0.029 0.971 0.013 0.069 0.185 0.012 0.062 0.098 0.101 8.040 0.039 0.064 0.003 0.651 0.372 3.746 nan 1.076 1.114 1.585 0.515 0.369 0.381 0.464 0.790 0.804 0.906 0.635 0.553 0.243 0.384 0.552 0.679 7.011 14.233 0.278 0.330 7441 chr22 41679787 41699000 + 0 NA intron (NM_001317930, intron 1 of 15) AluJb|SINE|Alu -7138 NM_002883 5905 Hs.183800 NM_002883 ENSG00000100401 RANGAP1 Fug1|RANGAP|SD Ran GTPase activating protein 1 protein-coding 1.903 nan 2.381 3.454 1.465 0.594 3.414 0.850 1.527 0.835 2.838 1.528 1.044 0.798 1.542 1.405 1.135 0.276 1.627 0.676 4.435 0.560 0.749 0.479 2.492 1.246 1.307 1.417 4.082 2.012 2.854 5.530 1.491 3.435 1.107 1.542 0.453 4.003 0.236 1.076 0.731 6.650 4.975 1.909 1.602 1.083 3.347 1.849 1.564 2.757 2.066 2.139 1.405 2.608 3.731 2.492 0.713 1.336 0.692 4.872 2.570 2.559 0.426 1.379 1.732 0.937 0.515 1.953 2.059 2.337 3.815 2.390 2.188 2.421 1.082 2.018 2.031 1.406 nan 2.493 3.990 nan 2.680 1.122 1.855 1.763 2.463 2.046 2.897 1.616 0.945 10943 chr8 49533905 49551790 + 0 NA intron (NR_105002, intron 2 of 3) L1MC3|LINE|L1 9884 NR_105004 101929217 Hs.547790 NR_105004 ENSG00000253455 LOC101929217 - uncharacterized LOC101929217 ncRNA 1.052 nan 0.653 0.351 0.049 0.018 2.924 0.081 0.134 0.327 0.446 0.704 0.021 0.039 0.060 0.336 0.133 0.107 1.083 0.809 0.102 0.008 0.078 0.093 0.067 1.672 1.197 0.037 1.307 1.912 0.706 0.702 0.080 0.439 1.716 0.064 0.043 0.030 0.121 0.576 0.076 1.091 1.789 0.859 1.615 0.881 0.602 0.664 0.097 0.128 0.088 0.343 0.336 1.007 0.186 0.067 0.356 0.408 0.044 0.369 0.167 0.773 0.039 0.071 1.197 0.818 0.624 0.289 0.240 0.524 0.964 0.431 0.464 0.438 0.138 0.104 0.120 0.309 0.496 0.112 0.121 0.403 0.191 0.104 0.250 0.198 0.216 0.207 0.280 0.924 0.769 6776 chr2 242125910 242136720 + 0 NA intron (NM_001001666, intron 3 of 3) L1MB3|LINE|L1 3391 NM_001001666 50636 Hs.163909 NM_001001666 ENSG00000146205 ANO7 D-TMPP|DTMPP|IPCA-5|IPCA5|NGEP|PCANAP5|PCANAP5L|TMEM16G anoctamin 7 protein-coding 0.788 nan 0.601 0.060 0.122 0.048 0.442 0.149 0.349 0.017 0.029 0.063 0.011 0.028 0.047 0.375 0.042 0.090 0.136 0.052 0.023 0.040 0.053 0.091 0.141 0.122 0.053 0.047 0.069 0.010 0.125 0.774 0.106 0.451 0.027 0.064 0.009 0.030 0.109 0.011 0.052 0.048 0.053 0.029 0.029 0.021 0.089 0.101 0.238 0.077 0.014 0.254 0.375 0.157 0.078 0.141 0.011 0.276 0.018 0.160 0.076 0.037 0.825 0.018 0.014 0.017 0.014 4.250 6.168 3.626 1.172 0.428 0.383 0.775 0.219 0.990 1.180 0.211 0.341 0.416 0.614 0.308 0.208 1.685 2.439 0.089 0.098 0.259 0.316 0.303 0.308 6064 chr2 44469391 44476264 + 0 NA Intergenic LTR24B|LTR|ERV1 -29770 NM_000341 6519 Hs.112916 NM_000341 ENSG00000138079 SLC3A1 ATR1|CSNU1|D2H|NBAT|RBAT solute carrier family 3 member 1 protein-coding 0.964 nan 0.891 0.998 0.245 0.202 0.123 0.746 1.427 0.013 0.124 0.279 0.099 0.233 0.206 0.242 0.624 0.067 0.152 0.027 0.743 0.274 0.265 0.732 0.070 0.020 0.276 0.158 0.047 0.129 nan 0.135 0.869 0.050 0.109 0.042 0.173 0.127 0.137 0.439 0.081 0.045 0.068 0.127 0.456 0.206 0.189 0.771 0.042 4.855 0.106 0.242 0.131 0.229 0.732 0.108 0.095 0.028 0.161 0.077 0.070 0.376 0.107 0.056 0.042 0.022 0.247 0.305 1.449 3.245 nan 1.522 2.865 1.746 2.459 2.363 0.433 0.644 0.879 0.996 0.936 0.345 0.368 0.560 0.556 0.677 0.279 nan nan 0.449 6255 chr2 96713122 96738744 + 0 NA Intergenic Intergenic -24211 NM_001321531 150763 Hs.348629 NM_207328 ENSG00000186281 GPAT2 CT123 glycerol-3-phosphate acyltransferase 2, mitochondrial protein-coding 0.997 0.568 1.009 0.115 0.553 0.415 0.346 0.250 0.395 0.011 0.200 0.268 0.010 0.035 0.311 0.595 0.076 0.056 0.160 0.126 0.049 0.038 1.411 0.764 1.112 0.244 0.110 0.098 0.110 0.066 0.160 0.531 0.097 1.355 0.126 0.138 0.436 0.055 0.095 0.097 0.330 0.228 0.092 0.070 0.076 0.096 0.241 0.218 0.278 0.066 0.093 0.216 0.595 0.153 0.034 1.112 0.128 0.064 0.570 0.335 0.420 0.290 0.054 0.193 0.107 0.021 0.014 1.110 1.230 0.302 0.407 1.996 1.814 3.700 0.888 0.470 0.528 0.266 0.445 0.253 0.310 0.737 1.098 0.433 0.379 1.286 0.974 0.537 0.824 1.543 0.898 10991 chr8 61943173 61975301 + 0 NA Intergenic L1PA3|LINE|L1 -78930 NR_034003 100130298 Hs.636194 NR_034003 LOC100130298 - hCG1816373-like ncRNA 1.849 0.840 1.552 0.029 1.119 0.038 0.419 0.349 0.680 0.018 0.221 0.282 0.029 0.295 0.252 0.295 0.061 0.070 0.474 0.331 0.031 0.018 0.674 0.258 1.000 0.129 0.069 0.028 0.234 0.256 0.236 0.994 0.193 1.302 0.372 0.038 0.326 0.027 0.087 0.144 0.259 0.045 0.041 0.019 0.239 0.421 0.190 0.340 0.059 0.082 0.373 0.257 0.295 0.611 0.015 1.000 0.297 0.152 2.476 0.040 0.943 0.086 0.073 0.480 0.239 0.013 0.009 0.375 0.315 0.203 0.242 0.638 0.900 3.613 1.120 0.111 0.105 0.535 nan 2.262 2.237 nan 0.549 0.269 0.389 1.605 1.499 0.631 1.845 1.618 1.106 7162 chr21 30384375 30398391 + 0 NA intron (NM_001320724, intron 1 of 5) CpG 302 NM_016940 10069 Hs.713123 NM_016940 ENSG00000156253 RWDD2B C21orf6|GL011 RWD domain containing 2B protein-coding 2.863 1.829 2.811 1.189 1.855 1.069 1.354 0.949 1.780 0.511 1.492 1.074 0.990 0.530 1.646 1.553 1.150 0.371 1.471 0.540 1.468 1.012 0.650 0.412 1.758 0.982 1.073 0.913 0.895 0.616 1.777 2.558 1.438 4.935 0.646 1.386 0.381 1.687 0.136 0.764 0.694 1.330 1.396 0.527 0.975 0.517 1.670 2.549 1.182 2.529 0.805 1.104 1.553 2.279 2.477 1.758 0.474 1.007 0.536 1.455 1.144 0.815 0.728 0.965 0.716 0.620 0.406 2.885 2.964 2.225 3.486 2.475 2.179 2.388 1.089 4.627 5.047 2.562 3.264 3.289 4.410 5.122 5.144 1.667 2.383 2.538 2.929 2.526 3.320 nan 1.587 6250 chr2 96190892 96194999 + 0 NA Intergenic CpG -42466 NM_001164464 653192 Hs.723811 NM_001164464 ENSG00000144010 TRIM43B - tripartite motif containing 43B protein-coding 2.178 3.722 4.654 5.283 0.257 1.598 3.793 1.404 3.086 1.398 1.209 1.680 0.557 0.241 3.122 1.583 0.615 0.353 6.464 2.642 2.901 0.373 2.649 1.596 2.300 2.836 4.563 0.891 9.483 2.237 6.226 7.914 7.149 8.910 3.727 0.316 0.368 2.530 0.140 3.246 1.409 7.257 3.768 1.577 2.826 1.922 4.068 4.248 0.694 0.209 1.298 1.325 1.583 6.781 4.328 2.300 0.741 1.470 0.307 6.376 0.025 1.978 1.279 1.428 2.826 4.815 4.773 7.069 7.955 0.180 0.233 4.737 4.620 7.261 2.530 7.195 7.197 1.012 1.862 0.324 0.155 5.578 7.005 3.299 5.954 2.425 1.511 2.762 2.819 1.442 0.853 5271 chr18 38843654 38856913 + 0 NA Intergenic Intergenic 250358 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 0.770 0.686 0.027 0.154 0.104 4.267 7.662 0.047 0.174 0.024 0.083 0.327 0.562 0.046 0.085 0.014 0.014 0.042 0.531 0.368 0.561 0.005 0.034 0.036 0.016 0.055 0.051 0.048 0.301 0.011 0.049 0.169 0.034 0.064 0.009 0.276 0.068 0.018 0.006 0.058 0.023 0.029 0.038 0.037 0.032 0.018 0.035 0.562 0.026 0.035 0.561 0.055 0.012 0.044 0.032 0.336 0.042 0.022 0.019 0.011 0.004 0.577 0.393 0.333 0.293 1.087 1.066 6.289 2.549 0.102 0.117 0.539 0.593 nan 0.904 0.325 0.177 0.101 0.205 1.449 1.004 0.312 0.540 1.270 1.199 8395 chr4 57071925 57085712 + 0 NA intron (NM_020722, intron 2 of 10) MER57A-int|LTR|ERV1 42457 NM_020722 57482 Hs.596667 NM_020722 ENSG00000109265 KIAA1211 - KIAA1211 protein-coding nan 0.517 0.560 0.090 0.181 0.020 0.105 0.209 0.398 0.014 0.039 0.193 0.031 0.014 0.106 0.225 0.081 0.058 0.180 0.164 0.032 0.238 0.160 0.087 0.065 0.032 0.048 0.059 0.030 0.053 0.109 0.060 0.206 0.042 0.071 0.138 0.039 0.093 0.017 0.224 0.113 0.030 0.017 0.024 0.039 0.035 0.194 0.057 0.042 0.023 0.033 0.225 0.149 0.100 0.087 0.045 0.030 0.056 0.064 0.130 0.017 0.076 0.100 0.016 0.008 0.015 0.346 0.304 0.238 0.319 0.248 0.236 2.051 1.151 0.290 0.249 0.791 1.077 0.368 0.468 0.377 0.144 0.143 0.286 0.564 0.942 0.256 0.543 4.466 2.478 1911 chr11 43559610 43580852 + 0 NA Intergenic Intergenic -10975 NR_031577 100313777 NR_031577 ENSG00000211568 MIR670 hsa-mir-670 microRNA 670 ncRNA nan 1.045 0.634 0.082 0.075 0.042 0.079 0.161 0.271 0.023 0.059 0.044 0.023 0.241 0.084 0.080 0.114 0.076 0.070 0.035 0.015 0.013 0.199 0.195 0.112 0.013 0.007 0.143 0.160 0.054 0.091 0.109 0.067 0.514 0.021 0.034 0.027 0.123 0.104 0.033 0.083 0.106 0.031 0.041 0.031 0.036 0.032 0.155 0.146 0.052 0.123 0.028 0.080 0.219 0.029 0.112 0.116 0.027 0.041 0.086 0.518 0.011 0.050 0.261 0.033 0.027 0.012 0.357 0.207 0.241 0.295 0.386 0.410 4.004 2.145 0.256 0.302 0.815 1.040 0.180 0.227 0.258 0.090 0.205 0.311 0.222 0.293 0.307 nan 0.780 0.669 6021 chr2 37872711 37918090 + 0 NA intron (NM_001270436, intron 1 of 1) intron (NM_001270436, intron 1 of 1) 3942 NM_006449 10602 Hs.369574 NM_006449 ENSG00000163171 CDC42EP3 BORG2|CEP3|UB1 CDC42 effector protein 3 protein-coding 1.523 nan nan 0.681 0.566 0.431 2.292 0.350 0.786 0.390 1.185 1.635 0.511 0.329 0.308 0.651 0.884 0.118 2.987 0.981 0.204 0.115 1.030 0.637 1.171 1.512 1.127 0.557 1.922 0.800 2.245 nan 3.271 2.389 1.154 0.358 0.308 0.129 0.127 4.098 0.676 1.258 0.459 0.253 1.091 0.662 1.080 1.658 0.743 1.073 0.426 0.832 0.651 2.993 1.792 1.171 0.648 0.831 0.176 0.655 1.357 1.227 0.450 0.390 1.442 1.487 1.703 0.871 0.920 0.745 1.307 1.271 1.228 2.065 0.676 1.794 nan 1.895 2.631 1.395 1.662 nan 0.988 0.590 1.183 1.021 1.576 0.541 1.244 1.365 0.847 2856 chr12 92526964 92542131 + 0 NA 3' UTR (NM_001731, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_001731, exon 2 of 2) 942 NR_046159 256021 Hs.651357 NM_001256373 ENSG00000257242 LINC01619 C12orf79 long intergenic non-protein coding RNA 1619 ncRNA 3.077 2.443 2.213 6.207 3.785 2.050 1.776 0.873 2.197 0.681 1.902 2.180 0.391 2.597 3.079 1.281 3.567 0.391 1.612 0.838 1.660 0.374 1.622 0.916 2.031 2.331 1.941 0.185 2.692 1.216 3.870 4.678 1.857 nan 1.563 1.007 0.771 0.956 0.124 1.807 1.610 1.932 0.556 0.421 1.114 1.159 2.618 2.972 2.944 2.476 1.973 2.708 1.281 1.691 5.280 2.031 0.856 2.018 0.464 1.210 1.485 1.282 3.679 1.270 1.638 0.566 0.475 2.715 3.732 4.018 4.713 6.814 6.495 4.829 1.992 12.620 12.184 3.361 nan 3.414 nan 6.515 6.595 4.183 7.112 2.933 2.864 1.977 3.134 2.343 1.259 11354 chr8 142273869 142303390 + 0 NA Intergenic Intergenic -23901 NM_001286646 57210 Hs.372492 NM_001080431 ENSG00000022567 SLC45A4 - solute carrier family 45 member 4 protein-coding 1.529 0.889 nan 0.765 0.365 3.704 1.370 0.223 0.545 0.033 0.162 0.120 0.060 0.138 1.526 0.312 0.229 0.130 0.550 0.309 0.098 0.066 0.069 0.061 0.316 0.328 0.129 0.065 0.396 0.324 0.671 3.373 0.319 1.577 0.124 0.149 0.032 0.066 0.089 0.024 0.091 0.165 0.053 0.037 1.083 0.156 0.841 0.256 1.359 0.188 0.182 0.371 0.312 0.725 0.149 0.316 0.253 0.529 0.189 0.182 0.554 0.151 0.159 0.309 0.023 0.080 0.039 0.473 0.529 0.330 0.637 nan 1.139 nan 0.243 0.666 0.755 0.322 0.629 4.702 5.561 1.408 1.288 0.579 0.822 0.172 0.181 0.445 0.695 1.065 0.835 2199 chr11 100547356 100565021 + 0 NA non-coding (NR_133571, exon 2 of 2) non-coding (NR_133571, exon 2 of 2) -1783 NM_152432 143872 Hs.44004 NM_032021 ENSG00000165895 ARHGAP42 AD031|GRAF3|TMEM133 Rho GTPase activating protein 42 protein-coding 1.042 1.068 0.846 0.663 0.060 0.029 1.910 0.300 0.532 0.259 0.629 1.553 0.383 0.039 0.060 0.332 0.498 0.110 1.603 0.623 0.199 0.016 0.256 0.186 0.028 0.779 0.474 0.239 1.260 1.177 0.755 1.178 0.969 1.182 0.852 0.308 0.076 0.086 0.076 0.241 0.414 1.638 0.359 0.220 1.110 1.267 1.491 0.505 0.839 0.057 0.227 2.229 0.332 1.786 0.063 0.028 1.158 3.965 0.089 0.379 0.812 0.759 0.045 0.509 0.357 0.055 0.043 0.441 0.375 0.599 1.497 0.642 0.560 0.105 0.083 1.714 1.771 4.232 4.744 0.152 0.180 0.592 0.287 0.153 0.312 0.459 0.445 0.632 1.615 1.731 0.979 9256 chr5 148327731 148372948 + 0 NA Intergenic Intergenic 92398 NM_024577 79628 Hs.483784 NM_024577 ENSG00000169247 SH3TC2 CMT4C|MNMN SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 protein-coding nan 0.770 0.732 0.781 0.041 0.009 5.070 0.212 0.331 0.547 0.763 0.968 0.122 0.038 0.248 0.122 0.865 0.113 1.741 1.434 0.276 0.012 0.111 0.101 0.079 5.155 3.581 0.088 0.862 2.678 0.248 1.060 0.385 1.031 1.455 0.265 0.311 0.036 0.105 1.165 0.017 2.510 2.265 1.255 5.807 1.315 1.221 1.443 0.141 0.698 0.250 0.854 0.122 1.623 2.581 0.079 0.509 0.753 0.030 0.140 0.238 1.298 0.050 0.082 0.881 0.582 0.390 0.221 0.222 0.472 1.219 0.268 0.324 0.121 0.068 0.079 0.084 0.448 0.737 0.274 0.309 0.385 0.203 0.205 0.224 1.302 1.767 0.246 0.386 0.526 0.435 7667 chr3 77568943 77585889 + 0 NA intron (NM_001290039, intron 7 of 26) intron (NM_001290039, intron 7 of 26) 430253 NM_001128929 6092 Hs.13305 NM_002942 ENSG00000185008 ROBO2 SAX3 roundabout guidance receptor 2 protein-coding 0.947 0.634 0.636 0.013 0.133 0.587 0.047 0.474 1.114 0.011 0.036 0.014 0.074 0.035 0.099 0.038 0.334 0.048 0.455 0.179 0.022 0.082 0.174 0.091 0.008 0.004 0.153 0.195 0.080 0.098 0.075 0.198 0.203 0.022 0.252 0.051 0.085 0.028 0.230 0.032 0.018 0.009 0.322 0.009 0.076 0.088 0.043 0.025 0.032 0.004 0.038 0.164 0.114 0.091 0.044 0.235 0.021 0.096 0.219 0.023 0.101 0.022 0.010 0.015 0.175 0.139 0.219 nan 0.440 0.897 0.447 0.153 0.084 0.084 5.143 5.032 0.861 0.716 0.917 0.622 0.098 0.109 0.568 0.596 0.244 nan 0.514 0.410 8358 chr4 48328455 48344936 + 0 NA Intergenic Intergenic -6918 NM_020846 57606 Hs.479677 NM_020846 ENSG00000109171 SLAIN2 KIAA1458 SLAIN motif family member 2 protein-coding 1.337 nan nan 0.985 1.332 0.377 1.347 0.604 1.085 0.365 2.036 1.053 1.680 0.448 0.994 0.861 1.998 0.195 1.600 0.541 0.270 0.379 0.520 0.427 1.030 0.992 0.719 0.671 1.266 0.576 1.483 2.404 1.778 1.545 1.383 0.469 0.081 0.695 0.077 0.764 0.614 3.619 0.799 0.407 0.737 1.146 1.602 1.799 0.676 1.679 0.806 1.023 0.861 2.660 0.804 1.030 0.549 1.208 0.111 1.024 0.327 2.106 0.354 0.270 1.573 0.539 0.335 1.390 1.383 1.597 2.904 1.358 1.121 1.567 0.719 2.511 2.560 1.029 1.440 1.334 1.798 1.364 1.175 0.598 1.284 0.491 0.496 0.749 1.294 0.966 0.648 5004 chr17 74246114 74276594 + 0 NA promoter-TSS (NM_182565) promoter-TSS (NM_182565) 68 NM_182565 283991 Hs.744981 NM_182565 ENSG00000185262 UBALD2 FAM100B UBA like domain containing 2 protein-coding 1.890 1.375 2.234 1.353 1.829 0.637 1.389 0.818 1.505 0.414 1.077 0.598 0.165 0.454 1.542 0.884 0.824 0.177 1.411 0.522 0.428 0.282 0.933 0.344 1.477 0.763 0.531 0.414 1.028 0.817 2.338 6.872 2.130 2.457 0.989 0.308 0.216 0.413 0.094 0.466 0.678 1.054 0.482 0.281 0.804 0.655 1.083 1.416 1.279 1.390 0.678 1.742 0.884 1.963 0.546 1.477 0.784 0.790 0.237 1.320 0.916 0.593 0.299 0.427 0.261 0.444 0.384 1.755 2.426 1.273 1.995 1.939 1.946 1.344 0.550 1.777 1.648 nan 1.254 2.902 3.149 1.984 1.754 0.682 1.195 0.790 1.117 1.011 1.248 nan 0.685 6585 chr2 201976739 202023951 + 0 NA intron (NR_147246, intron 3 of 10) intron (NR_147246, intron 3 of 10) 2657 NM_001202518 8837 Hs.390736 NM_003879 ENSG00000003402 CFLAR CASH|CASP8AP1|CLARP|Casper|FLAME|FLAME-1|FLAME1|FLIP|I-FLICE|MRIT|c-FLIP|c-FLIPL|c-FLIPR|c-FLIPS CASP8 and FADD like apoptosis regulator protein-coding 2.043 nan 2.296 2.991 0.731 0.831 4.354 0.410 0.778 0.737 1.818 1.990 1.109 0.269 0.446 0.538 0.999 0.221 3.502 1.654 12.594 0.774 0.332 0.228 0.697 4.774 5.491 1.417 4.594 2.601 2.195 3.437 3.471 2.027 1.366 2.417 0.109 0.850 0.100 1.659 0.975 6.093 3.347 1.372 3.569 3.480 1.622 1.723 2.492 1.939 0.932 0.920 0.538 3.184 5.858 0.697 0.731 0.703 0.130 1.805 0.318 1.595 0.373 1.011 1.856 2.681 2.359 0.817 0.994 2.525 5.596 0.880 0.837 0.854 0.309 2.295 2.373 1.300 1.793 1.224 1.566 0.498 0.252 0.864 1.223 0.564 0.541 1.039 2.435 0.656 0.474 6352 chr2 129026537 129051500 + 0 NA intron (NM_004807, intron 1 of 1) MLT1J|LTR|ERVL-MaLR 37153 NM_004807 9394 Hs.512841 NM_004807 ENSG00000136720 HS6ST1 HH15|HS6ST heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 1 protein-coding 1.160 nan nan 0.066 0.266 0.156 0.137 0.155 0.282 0.065 0.274 0.117 0.007 0.044 0.154 0.282 0.076 0.059 0.263 0.076 0.084 0.017 0.081 0.150 0.120 0.166 0.092 0.130 0.082 0.013 0.338 2.248 0.442 0.535 0.145 0.119 0.023 0.052 0.060 0.019 0.140 0.127 0.051 0.019 0.022 0.073 0.170 0.116 0.314 0.109 0.006 0.364 0.282 0.188 0.048 0.120 0.103 0.339 0.468 0.184 0.310 0.235 0.052 0.104 0.049 0.021 0.016 0.411 0.623 0.313 0.517 0.435 0.466 0.689 0.224 0.485 0.533 0.562 0.800 0.854 0.973 0.991 1.084 0.362 0.395 0.142 0.154 0.410 0.777 0.821 0.498 3002 chr12 120659961 120704679 + 0 NA intron (NM_001080855, intron 1 of 11) AluY|SINE|Alu 5644 NM_025157 5829 Hs.446336 NM_002859 ENSG00000089159 PXN - paxillin protein-coding 1.294 1.482 1.785 3.251 0.577 0.383 4.760 0.251 0.495 2.029 2.681 2.406 3.417 0.602 0.907 1.484 1.719 0.317 3.567 1.660 3.186 0.165 0.337 0.234 0.434 2.557 2.802 1.940 2.902 1.996 2.761 4.163 1.790 0.866 1.536 2.086 0.429 0.319 0.129 1.632 0.210 4.328 3.612 1.473 2.285 1.926 0.889 4.200 2.318 3.842 1.114 1.502 1.484 3.286 3.959 0.434 1.435 2.759 0.636 6.195 0.273 1.970 0.132 0.374 2.561 2.171 1.644 0.404 0.684 0.621 1.416 1.185 1.313 nan 0.561 0.658 0.720 1.075 1.706 1.356 1.866 0.748 0.772 0.474 0.604 1.542 1.725 0.534 1.132 1.776 1.093 6710 chr2 233248611 233253426 + 0 NA non-coding (NR_028501, exon 1 of 1) non-coding (NR_028501, exon 1 of 1) 736 NR_028501 347694 Hs.452575 NR_028501 ENSG00000244280 ECEL1P2 ECEL2 endothelin converting enzyme like 1 pseudogene 2 pseudo 0.495 nan 0.437 0.566 0.100 0.057 2.676 0.102 0.187 1.153 0.061 0.664 7.955 0.024 0.107 0.324 0.101 0.255 0.039 0.065 0.057 0.047 0.034 0.025 0.202 0.074 0.978 0.169 0.636 0.403 0.538 1.111 0.550 0.304 0.090 0.068 0.110 0.123 0.033 0.077 0.243 0.114 0.090 0.467 2.991 0.105 0.270 0.059 0.080 0.209 0.107 0.961 0.057 0.025 0.072 2.235 0.072 0.265 0.020 0.041 0.141 0.556 0.149 0.280 0.197 0.230 1.279 0.225 0.205 0.231 0.025 0.258 0.195 0.095 0.136 0.446 nan 0.213 0.133 0.245 0.108 0.044 0.047 0.089 0.188 0.229 0.098 8692 chr5 261355 275593 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 3165 NR_104613 102467073 Hs.368328 NR_104613 HRAT5 - heart tissue-associated transcript 5 ncRNA 1.207 1.690 2.656 1.064 1.863 0.735 2.127 0.509 1.257 1.426 1.607 1.426 0.283 0.528 1.111 0.970 1.190 0.441 3.352 0.801 1.400 0.961 0.929 0.623 1.667 1.600 1.592 0.946 2.594 0.484 2.304 3.560 2.405 2.756 0.549 2.206 0.186 0.964 0.169 0.598 0.329 2.104 2.862 1.529 0.606 0.823 2.923 1.256 1.046 1.391 1.045 4.407 0.970 7.275 1.142 1.667 0.996 1.255 0.375 0.680 0.842 1.406 0.307 0.204 0.364 0.570 0.298 1.212 1.496 1.222 nan 2.404 2.529 1.915 0.594 0.840 0.883 1.471 2.185 nan 3.522 nan 1.401 0.652 1.204 0.870 1.078 0.435 0.746 1.649 nan 8415 chr4 70183166 70190266 + 0 NA Intergenic MER52A|LTR|ERV1 40499 NM_053039 54490 Hs.653154 NM_053039 ENSG00000135226 UGT2B28 - UDP glucuronosyltransferase family 2 member B28 protein-coding 0.392 0.824 0.530 0.235 1.197 0.118 0.050 0.316 0.854 0.026 0.022 0.456 0.139 0.414 0.180 0.056 0.022 0.089 0.080 0.019 0.290 0.232 0.709 0.010 0.010 0.086 0.074 0.068 0.612 0.111 0.019 0.104 0.052 0.015 0.041 0.382 0.117 0.022 0.031 0.065 0.068 0.268 0.172 0.029 0.100 0.094 0.180 0.060 0.013 0.709 0.052 0.094 0.016 0.143 0.034 0.099 0.022 0.008 0.007 0.365 0.325 0.022 0.018 1.469 1.464 6.455 1.042 1.370 1.479 0.143 0.144 8.254 5.330 0.408 0.173 0.135 0.162 0.371 0.197 0.079 0.166 5.411 2.683 7396 chr22 35978266 35991753 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR 28375 NM_005368 4151 Hs.517586 NM_005368 ENSG00000198125 MB PVALB|myoglobgin myoglobin protein-coding nan 0.864 1.005 1.149 0.085 0.107 1.778 0.189 0.415 1.638 4.706 0.856 0.382 0.036 0.059 0.571 0.195 0.095 2.843 1.775 3.672 0.020 0.072 0.050 0.169 1.584 1.216 0.436 2.920 0.726 1.762 nan 1.016 0.476 1.625 1.425 0.035 0.129 0.074 0.324 0.064 5.905 1.210 0.785 1.704 0.786 7.877 0.208 1.922 0.380 0.281 2.095 0.571 2.492 2.327 0.169 0.282 1.462 0.036 6.696 0.367 3.340 0.058 0.026 0.420 0.068 0.056 0.437 0.504 0.454 nan 0.501 0.464 0.534 0.205 0.292 0.309 0.277 nan 0.381 0.465 0.668 0.472 0.384 0.377 0.355 0.549 0.253 nan 0.629 0.504 4173 chr16 1115746 1142345 + 0 NA promoter-TSS (NR_027242) promoter-TSS (NR_027242) 264 NM_001053 6755 Hs.449840 NM_001053 ENSG00000162009 SSTR5 SS-5-R somatostatin receptor 5 protein-coding 0.598 nan 1.038 0.096 0.077 2.293 0.110 0.131 0.403 0.007 0.091 0.076 0.002 1.948 0.100 0.145 0.062 0.061 0.071 0.057 0.021 0.016 0.084 0.058 1.461 0.972 1.022 0.058 0.049 1.023 4.785 0.082 0.856 0.197 0.674 0.075 0.069 0.063 0.080 0.015 0.079 0.116 0.059 0.041 0.103 0.029 0.116 2.320 0.064 0.780 0.164 0.145 0.177 0.077 1.461 0.106 0.060 0.096 0.155 1.413 0.161 0.022 0.023 0.023 0.067 0.040 0.191 0.157 0.081 0.101 0.374 0.261 nan 0.111 0.141 0.130 0.095 nan 0.136 0.104 0.365 0.193 0.113 0.100 0.537 0.467 0.058 0.108 1.421 0.613 6084 chr2 47098940 47118239 + 0 NA Intergenic Intergenic 34418 NM_139279 90411 Hs.662152 NM_139279 ENSG00000180398 MCFD2 F5F8D|F5F8D2|LMAN1IP|SDNSF multiple coagulation factor deficiency 2 protein-coding 0.986 nan 0.908 0.296 0.132 0.066 1.024 0.139 0.264 0.296 0.691 0.904 0.025 0.024 0.162 0.424 0.352 0.142 0.259 0.328 4.564 0.007 0.221 0.135 0.099 0.656 0.199 0.161 0.578 0.516 0.185 nan 0.147 0.524 0.543 0.400 0.029 0.101 0.107 1.232 0.078 7.132 0.157 0.152 0.469 0.170 0.400 3.908 2.268 0.301 2.328 1.046 0.424 0.299 0.859 0.099 0.165 0.753 0.134 1.403 0.158 0.755 0.046 0.039 0.734 1.110 1.100 0.314 0.286 0.282 0.499 nan 0.431 0.667 0.200 0.611 0.795 0.481 0.797 0.432 0.482 0.720 0.579 0.283 0.289 0.069 0.140 0.292 nan nan 0.550 6427 chr2 157185329 157209168 + 0 NA non-coding (NR_147695, exon 1 of 1) non-coding (NR_147695, exon 1 of 1) 1384 NR_147695 440918 Hs.641142 NR_147695 FLJ46875 - uncharacterized LOC440918 ncRNA nan 2.431 nan 2.253 2.703 1.930 1.328 2.176 3.791 0.463 2.175 1.332 0.455 1.775 1.134 2.095 1.647 0.235 1.653 0.685 4.943 1.343 1.460 0.788 2.085 1.165 1.359 1.074 2.487 0.784 3.189 5.273 2.723 8.567 0.982 3.838 0.485 1.285 0.094 0.584 1.182 1.836 1.374 0.564 1.752 1.241 0.658 0.919 2.872 2.940 2.078 3.817 2.095 3.095 2.328 2.085 1.822 2.085 0.661 3.908 2.027 0.791 0.445 1.713 1.041 0.486 0.301 1.952 2.593 4.090 4.956 2.263 1.766 2.790 1.297 5.154 5.683 3.583 3.721 2.634 3.557 1.102 1.111 0.674 1.263 2.862 2.286 2.382 4.212 0.865 0.685 1646 chr10 112255208 112262416 + 0 NA intron (NM_004419, intron 1 of 3) intron (NM_004419, intron 1 of 3) 1187 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 1.820 nan 5.738 2.819 0.340 0.062 5.090 0.319 0.648 1.270 6.086 2.962 0.034 1.925 0.258 0.920 2.374 0.302 2.862 1.229 2.234 0.441 0.130 0.138 0.184 2.341 2.686 1.941 6.012 2.186 3.143 3.284 1.137 2.095 1.385 3.049 0.013 0.826 0.125 1.818 0.065 7.975 6.719 2.279 2.635 1.082 3.350 2.282 5.557 5.328 2.248 3.361 0.920 4.357 6.998 0.184 1.720 0.709 0.243 2.584 1.064 2.143 0.302 3.466 2.232 1.997 1.608 0.321 0.484 1.320 1.947 0.329 0.242 0.909 0.211 0.535 0.621 0.641 0.971 0.300 0.298 3.134 3.603 0.583 0.907 0.111 0.353 3.087 5.690 0.547 0.437 9161 chr5 124804509 124828293 + 0 NA Intergenic Intergenic -12553 NR_109887 101927460 Hs.407582 NR_109887 ENSG00000260192 LINC02240 - long intergenic non-protein coding RNA 2240 ncRNA nan 1.377 0.881 0.440 0.229 0.651 1.316 0.877 1.338 0.237 0.488 2.737 0.253 0.607 0.320 0.216 0.679 0.142 0.713 0.454 0.027 0.103 0.293 0.211 0.519 0.822 0.585 0.013 0.424 0.186 0.853 2.770 1.730 1.019 0.422 0.590 0.608 4.030 0.197 0.520 0.203 0.649 0.076 0.046 0.912 0.157 0.254 1.152 0.175 0.505 0.860 0.439 0.216 0.291 0.866 0.519 0.592 0.531 0.049 0.362 0.612 0.798 0.029 1.553 1.003 0.047 0.030 0.238 0.172 0.599 nan 0.873 0.899 1.430 0.380 0.334 0.321 0.576 0.916 0.647 0.671 0.981 0.682 0.073 0.175 1.879 1.954 1.591 5.414 0.625 0.298 3010 chr12 122062035 122074664 + 0 NA intron (NM_032790, intron 1 of 1) AluSq|SINE|Alu 3894 NM_032790 84876 Hs.55148 NM_032790 ORAI1 CRACM1|IMD9|ORAT1|TAM2|TMEM142A ORAI calcium release-activated calcium modulator 1 protein-coding 1.854 3.022 1.833 1.555 3.627 2.814 3.724 0.363 0.782 0.641 1.368 1.695 0.558 0.408 6.516 1.502 0.567 0.242 1.786 0.782 1.250 0.593 0.685 0.476 0.809 1.474 1.092 0.969 1.197 0.667 1.678 3.949 1.161 6.816 1.578 1.354 0.898 1.267 0.128 0.617 0.419 3.684 3.471 1.589 1.002 1.149 1.022 1.424 2.209 3.297 1.855 1.483 1.502 2.711 2.839 0.809 0.530 0.438 0.455 3.517 1.640 1.684 0.455 1.104 1.324 0.743 0.494 1.209 1.353 1.538 2.456 1.376 1.349 nan 1.575 1.668 1.674 1.112 1.692 5.428 8.130 1.821 1.434 0.916 1.166 2.852 3.414 1.908 4.507 3.900 1.760 11417 chr9 3730802 3751822 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 73226 NR_121586 101929302 Hs.122828 NR_121586 ENSG00000232104 RFX3-AS1 CVAT7 RFX3 antisense RNA 1 ncRNA 0.677 1.703 0.728 0.646 0.117 0.106 0.877 0.068 0.256 0.141 0.237 0.160 0.024 0.010 0.152 0.497 0.211 0.076 0.650 0.677 0.452 0.164 0.215 0.097 0.382 0.161 0.018 0.333 0.206 0.084 0.473 0.189 0.413 0.886 0.212 0.027 2.577 0.132 0.956 0.121 0.083 0.077 0.067 0.750 0.266 0.493 0.248 0.201 0.260 0.318 0.468 0.497 0.353 0.123 0.097 0.139 0.379 0.055 0.102 0.208 0.340 0.062 0.030 0.575 0.548 0.326 0.228 0.151 2.759 8.718 0.361 0.401 0.271 0.108 0.249 0.298 0.876 1.392 0.305 0.354 0.414 0.169 0.243 0.323 0.148 0.189 0.123 nan 0.766 0.885 4286 chr16 21565542 21572210 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -37111 NR_002594 387254 Hs.448808 NR_002594 SLC7A5P2 IMAA|MMAA solute carrier family 7 member 5 pseudogene 2 pseudo 2.356 1.182 nan 0.303 0.674 0.215 0.373 1.732 2.708 0.071 0.228 0.237 0.075 0.627 0.067 0.990 0.167 0.120 0.168 0.227 0.057 0.103 1.623 0.521 0.883 0.259 0.079 0.355 0.254 0.174 0.231 1.552 0.202 1.660 0.198 0.296 0.087 0.260 0.194 0.105 0.429 0.208 0.171 0.082 0.510 0.091 0.289 0.226 0.404 0.382 0.894 0.618 0.990 0.317 0.293 0.883 0.105 0.226 0.454 0.445 1.690 0.238 0.059 0.102 0.034 0.104 0.068 0.538 0.320 0.537 0.768 1.814 2.217 nan 2.596 1.066 1.121 0.629 1.126 1.770 2.035 0.927 0.544 0.382 0.333 0.616 1.372 0.571 0.920 6.352 3.196 3690 chr14 74951441 74962601 + 0 NA intron (NM_006432, intron 1 of 4) intron (NM_006432, intron 1 of 4) 3063 NM_006432 10577 Hs.433222 NM_006432 ENSG00000119655 NPC2 EDDM1|HE1 NPC intracellular cholesterol transporter 2 protein-coding 1.986 1.286 1.458 1.090 1.475 0.704 2.009 0.509 0.899 0.189 1.420 2.039 0.189 0.133 1.688 1.136 2.195 0.173 1.025 0.390 0.836 0.335 0.209 0.199 0.613 2.162 1.267 0.310 5.638 1.317 3.159 4.034 6.602 3.603 1.245 0.371 0.230 0.766 0.092 0.827 0.564 0.958 1.039 0.572 1.829 1.623 3.322 0.672 0.824 1.748 0.466 0.642 1.136 0.774 5.830 0.613 0.344 0.362 0.297 1.348 0.318 1.504 0.270 0.412 2.335 0.557 0.370 0.956 0.837 1.463 2.335 1.250 1.199 1.461 0.627 2.352 2.621 0.707 1.035 1.149 nan 1.510 1.062 0.726 0.929 0.767 0.735 0.686 1.531 1.413 nan 10449 chr7 77456778 77468310 + 0 NA intron (NM_001127360, intron 1 of 8) intron (NM_001127360, intron 1 of 8) -6903 NM_001127359 57157 Hs.203965 NM_020432 ENSG00000006576 PHTF2 - putative homeodomain transcription factor 2 protein-coding nan 0.730 0.879 0.397 0.199 0.896 0.795 0.336 0.460 0.610 0.222 1.954 2.264 0.087 1.012 0.085 0.383 0.119 0.385 0.082 0.088 0.012 1.793 0.985 0.597 0.222 0.120 0.828 0.237 0.392 1.222 3.293 4.641 0.541 0.126 2.442 0.370 0.190 0.170 0.072 0.253 0.731 0.235 0.142 0.350 1.083 0.475 0.165 1.133 0.302 0.034 1.297 0.085 0.478 0.241 0.597 1.668 2.465 0.016 0.227 0.413 0.363 0.367 0.112 0.066 0.025 0.018 0.396 0.372 0.891 nan 0.861 1.017 2.578 1.281 0.271 0.231 0.306 nan 1.714 nan 0.498 0.254 0.521 0.781 1.977 2.282 0.519 1.228 0.861 0.672 744 chr1 153945838 153952209 + 0 NA intron (NM_006694, intron 3 of 4) intron (NM_006694, intron 3 of 4) 1428 NM_006694 10899 Hs.6396 NM_006694 ENSG00000143543 JTB HJTB|HSPC222|PAR|hJT jumping translocation breakpoint protein-coding nan nan 2.868 2.004 2.319 1.540 1.214 0.982 1.823 0.465 1.976 2.080 0.399 1.869 4.617 2.969 1.407 0.452 1.838 0.716 1.137 1.045 2.168 1.320 2.772 1.068 1.130 1.062 1.296 0.780 22.693 20.672 2.707 8.990 1.493 3.199 0.583 2.124 0.137 0.997 1.573 2.143 1.665 1.344 1.954 0.475 1.686 0.481 2.186 2.418 7.509 5.029 2.969 1.749 2.125 2.772 2.037 3.107 0.946 5.495 3.030 1.685 1.705 1.156 0.606 0.578 0.401 3.380 3.552 3.416 4.992 5.301 nan 4.277 1.821 4.461 4.591 3.272 4.383 3.410 5.108 3.880 4.061 3.600 6.235 3.079 2.830 4.730 4.973 2.275 1.163 7810 chr3 126625000 126636906 + 0 NA intron (NM_032343, intron 5 of 7) intron (NM_032343, intron 5 of 7) -76484 NM_032242 5361 Hs.432329 NM_032242 ENSG00000114554 PLXNA1 NOV|NOVP|PLEXIN-A1|PLXN1 plexin A1 protein-coding 1.045 nan 1.788 1.677 0.634 0.491 6.029 0.215 0.432 0.057 0.644 3.403 0.026 0.059 0.149 0.297 1.173 0.136 2.568 1.716 0.132 0.127 0.619 0.386 0.322 2.687 2.288 0.255 1.842 1.954 1.716 5.405 2.355 0.428 1.794 0.257 0.145 0.036 0.053 3.099 0.399 3.277 2.517 1.068 2.076 1.248 0.760 2.053 0.274 2.906 0.020 1.279 0.297 1.982 3.132 0.322 1.065 0.111 0.458 2.191 0.271 1.153 0.059 0.135 1.853 1.233 1.161 0.349 0.459 0.391 0.748 0.892 0.808 0.893 0.316 0.440 0.457 0.698 nan 0.623 0.872 1.210 1.397 0.261 0.275 0.905 0.838 0.379 0.744 1.541 1.010 9041 chr5 86441443 86454303 + 0 NA intron (NR_105018, intron 2 of 3) intron (NR_105018, intron 2 of 3) 31908 NR_105018 101929380 NR_105018 LOC101929380 - uncharacterized LOC101929380 ncRNA 0.672 1.206 0.566 0.634 0.048 0.013 3.344 0.174 0.170 0.082 1.138 1.094 0.006 0.046 0.048 0.019 0.162 0.093 0.740 0.678 0.064 0.065 0.089 0.009 2.027 0.828 0.030 0.826 2.644 0.100 0.441 0.124 0.231 1.445 0.221 0.007 0.025 0.117 1.345 0.439 0.299 0.089 0.066 1.129 0.137 0.205 0.849 0.063 0.762 0.067 0.383 0.019 0.291 1.048 0.009 0.646 0.069 0.006 0.104 0.024 0.608 0.023 0.144 1.644 0.040 0.039 0.127 0.104 0.192 0.339 0.120 0.127 0.058 0.048 0.102 0.106 0.512 0.745 0.215 0.214 0.763 0.538 0.049 0.120 0.078 0.131 0.302 nan 0.148 0.205 7068 chr20 56142335 56153279 + 0 NA Intergenic Intergenic 11670 NM_002591 5105 Hs.1872 NM_002591 ENSG00000124253 PCK1 PCKDC|PEPCK-C|PEPCK1|PEPCKC phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 protein-coding 1.672 1.762 0.688 0.090 0.088 0.048 0.033 0.397 0.805 0.018 0.108 0.046 0.011 0.055 0.098 1.391 0.111 0.087 0.067 0.075 0.051 0.208 0.165 0.098 0.005 0.020 0.007 0.088 0.112 0.191 0.154 0.259 0.027 0.079 0.044 0.108 0.092 0.000 0.051 0.163 0.044 0.021 0.020 0.035 0.071 0.146 0.123 0.052 0.050 0.183 1.391 0.045 0.008 0.098 0.034 0.098 0.035 0.095 0.065 0.058 2.389 0.080 0.021 0.026 0.009 1.012 nan 0.581 1.300 0.199 0.286 9.097 2.588 0.257 0.190 0.189 0.299 0.116 0.148 0.382 0.124 1.209 1.563 0.209 0.354 0.228 0.277 0.833 0.643 5485 chr19 2454488 2480221 + 0 NA Intergenic LTR8A|LTR|ERV1 -5171 NR_134931 101928602 Hs.541407 NR_134931 ENSG00000267201 LINC01775 - long intergenic non-protein coding RNA 1775 ncRNA 1.236 1.350 1.681 1.902 0.741 0.855 2.015 0.452 1.002 0.414 1.804 1.182 0.308 0.291 1.750 0.845 0.812 0.344 1.592 0.530 2.091 0.738 0.384 0.256 1.497 1.845 1.997 1.564 1.489 0.558 1.091 2.490 1.354 3.476 0.564 1.498 0.370 2.224 0.116 0.569 0.194 3.162 1.613 0.766 2.037 0.490 1.191 3.234 2.392 3.490 1.464 1.921 0.845 2.495 2.152 1.497 0.843 1.260 0.309 5.696 0.615 2.551 0.200 0.186 0.842 2.229 1.434 0.528 0.586 1.119 1.703 1.301 1.237 1.221 0.276 0.944 0.857 0.691 1.096 0.599 nan 1.367 1.426 0.385 0.653 1.197 1.370 0.642 0.766 1.237 0.941 4562 chr17 6397164 6407499 + 0 NA intron (NM_001165966, intron 3 of 18) intron (NM_001165966, intron 3 of 18) 54596 NM_019013 54478 Hs.592116 NM_019013 ENSG00000129195 PIMREG CATS|FAM64A|RCS1 PICALM interacting mitotic regulator protein-coding 0.954 0.502 0.919 0.146 0.079 0.032 1.331 0.263 0.617 0.019 0.070 0.099 0.009 0.332 0.793 0.095 0.046 0.302 0.202 0.037 0.077 0.096 0.488 0.243 0.078 0.036 0.645 0.492 0.046 0.258 0.144 0.214 0.222 0.047 0.019 0.116 0.176 0.023 0.054 0.152 0.029 0.015 1.226 0.587 0.147 0.153 0.167 0.042 0.008 0.064 0.793 0.284 1.485 0.488 0.117 0.056 0.186 0.103 0.165 0.325 1.052 0.564 0.015 0.022 3.293 6.338 0.257 0.336 0.511 0.514 0.775 0.241 0.238 0.206 0.497 0.665 0.190 0.339 0.619 0.512 0.606 0.949 0.105 0.165 0.722 1.387 0.544 0.462 287 chr1 39489580 39498907 + 0 NA intron (NM_004552, intron 1 of 2) intron (NM_004552, intron 1 of 2) 2276 NM_001184979 4725 Hs.632385 NM_004552 ENSG00000168653 NDUFS5 CI-15k|CI15K NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5 protein-coding 14.234 nan 1.691 0.988 4.775 0.478 1.496 0.982 1.286 0.411 1.095 1.075 0.453 0.548 1.157 1.430 1.207 0.378 0.947 0.366 1.181 0.684 0.704 0.658 2.976 0.789 0.733 0.697 0.912 0.430 0.965 1.601 0.865 3.222 0.470 1.039 0.165 1.326 0.160 0.343 0.931 1.522 0.899 0.468 0.608 0.331 1.327 1.079 0.911 1.509 0.603 0.695 1.430 1.607 1.430 2.976 0.524 0.896 0.377 1.591 0.760 0.756 0.987 0.928 0.424 0.858 0.784 1.191 1.354 2.904 4.084 4.156 3.073 nan 1.166 4.439 4.845 2.081 2.928 12.888 13.639 nan 3.384 1.747 2.783 1.462 1.344 3.325 3.295 35.781 25.148 4914 chr17 62291112 62309640 + 0 NA intron (NM_018469, intron 1 of 11) intron (NM_018469, intron 1 of 11) 7740 NM_001288733 55852 Hs.175414 NM_018469 ENSG00000136478 TEX2 HT008|TMEM96 testis expressed 2 protein-coding 1.519 nan 1.309 0.102 0.294 0.750 0.162 0.276 0.498 0.541 0.172 0.335 0.017 0.209 0.403 0.214 0.294 0.113 0.182 0.051 0.112 0.019 0.193 0.170 0.336 0.049 0.047 0.116 0.091 0.017 0.144 0.339 0.214 0.512 0.016 0.106 0.155 0.065 0.138 0.019 0.170 0.199 0.042 0.025 0.059 0.066 0.238 0.151 0.136 0.087 0.030 0.195 0.214 0.124 0.045 0.336 0.073 0.096 0.138 0.153 0.214 0.269 0.112 0.906 0.065 0.041 0.019 0.574 0.608 0.417 0.610 0.425 0.552 1.195 0.423 0.716 0.721 0.925 nan 1.437 1.546 4.460 4.232 0.348 0.482 0.544 0.466 0.861 2.918 0.768 0.686 932 chr1 182987548 183010551 + 0 NA intron (NM_002293, intron 1 of 27) intron (NM_002293, intron 1 of 27) 6454 NM_002293 3915 Hs.609663 NM_002293 ENSG00000135862 LAMC1 LAMB2 laminin subunit gamma 1 protein-coding nan nan 1.849 1.791 0.724 0.149 1.581 0.711 1.169 0.543 1.513 1.350 1.013 0.242 0.755 2.514 2.873 0.391 2.206 0.793 1.287 3.766 0.812 0.367 0.265 1.671 1.650 0.978 1.694 1.036 1.241 1.750 1.452 2.677 1.125 3.333 0.333 0.967 0.124 0.529 1.594 1.859 1.313 0.567 1.669 0.734 1.286 2.210 1.440 1.122 1.142 1.020 2.514 2.774 2.096 0.265 0.890 0.699 0.283 1.048 0.626 1.121 0.592 0.361 0.862 3.679 4.219 1.422 1.969 2.844 5.445 2.007 nan 2.049 0.613 nan 3.368 1.610 2.184 1.620 2.125 1.430 1.456 1.012 2.409 1.414 2.484 1.082 nan 1.106 0.785 2595 chr12 31450023 31480673 + 0 NA intron (NM_021238, intron 1 of 6) L1ME3|LINE|L1 -11902 NR_026806 79857 Hs.534485 NM_024799 ENSG00000177340 FLJ13224 - uncharacterized LOC79857 ncRNA 3.261 nan 2.576 1.240 3.257 1.148 0.838 0.749 1.558 0.311 1.820 0.727 0.341 0.388 1.414 1.398 0.081 0.078 1.874 0.498 0.578 0.556 1.557 0.733 1.929 0.476 0.354 0.345 0.913 0.447 1.360 2.174 0.971 3.036 0.463 0.490 1.922 1.093 0.127 0.760 2.093 1.442 1.249 0.675 0.702 0.677 1.264 0.779 1.572 1.612 0.562 1.865 1.398 2.695 0.564 1.929 0.363 0.502 0.548 2.128 1.755 0.647 0.655 1.583 1.068 0.817 0.624 2.105 2.283 2.716 4.287 4.049 3.649 3.282 1.373 6.195 6.462 1.199 1.623 1.707 2.843 2.741 3.226 1.123 2.298 7.342 7.863 3.870 5.733 1.563 1.123 3908 chr15 38497802 38522283 + 0 NA Intergenic Intergenic -35010 NM_152594 161742 Hs.525781 NM_152594 ENSG00000166068 SPRED1 NFLS|PPP1R147|hSpred1|spred-1 sprouty related EVH1 domain containing 1 protein-coding 0.720 nan nan 0.068 0.065 0.018 1.834 0.079 0.150 0.031 0.264 0.207 0.076 0.069 0.256 0.141 0.256 0.086 0.545 0.388 0.046 0.075 0.168 0.168 0.034 0.305 0.151 0.009 0.340 0.241 2.189 5.489 1.231 0.469 1.070 0.362 0.031 0.013 0.074 0.857 0.062 0.093 0.020 0.025 0.249 0.163 0.160 0.157 0.492 0.101 0.280 0.909 0.141 0.576 0.834 0.034 0.422 0.041 0.008 0.074 0.191 0.277 0.084 0.081 1.482 0.016 0.013 0.269 0.270 1.394 2.044 0.270 0.274 0.258 0.081 0.124 0.125 0.278 0.449 0.361 0.257 0.774 0.528 0.208 0.383 0.096 0.111 0.239 0.308 0.381 0.465 3858 chr14 106318900 106334441 + 0 NA promoter-TSS (NR_130466).2 promoter-TSS (NR_130466).2 -86 NR_130468 100616374 NR_130468 ENSG00000265612 MIR4539 - microRNA 4539 ncRNA 1.607 0.394 1.187 0.047 0.064 5.843 0.023 0.093 0.181 0.012 0.040 0.036 0.004 0.026 0.068 0.115 0.066 0.092 0.041 0.025 0.036 0.071 0.053 0.054 0.009 0.023 0.033 0.097 0.072 0.205 0.123 0.247 0.019 0.053 0.117 0.056 0.069 0.048 0.079 0.031 0.030 0.058 0.031 0.140 0.079 0.037 0.015 0.082 0.115 0.023 0.030 0.054 0.039 0.032 1.755 0.046 0.013 0.010 0.038 0.024 0.025 0.007 0.003 0.327 0.350 0.119 0.090 0.207 0.265 0.624 0.128 0.048 0.062 0.111 0.308 0.108 0.173 1.803 2.399 0.426 0.297 0.750 1.206 0.035 0.075 0.042 0.099 8927 chr5 57026549 57042545 + 0 NA Intergenic Intergenic 88060 NR_104668 101928505 Hs.119998 NR_104668 LOC101928505 - uncharacterized LOC101928505 ncRNA nan nan 0.737 0.636 0.045 0.024 2.241 0.110 0.190 0.089 0.612 3.762 0.016 0.056 0.138 0.136 0.178 0.120 1.155 0.901 0.337 0.049 0.062 0.015 0.630 0.279 0.074 0.950 1.978 0.188 0.259 0.199 0.219 1.463 0.117 0.012 1.675 0.146 0.862 0.035 1.208 0.905 0.672 1.517 0.559 1.511 1.481 0.178 0.559 0.054 0.213 0.136 0.267 0.366 0.015 0.315 0.171 0.018 0.129 0.019 0.820 0.013 0.212 0.122 0.421 0.534 0.183 0.128 1.621 0.910 0.157 0.168 nan 0.095 0.112 0.130 0.316 0.358 0.149 0.143 nan 0.145 0.075 0.125 0.105 0.130 0.277 0.747 0.360 0.383 515 chr1 93460107 93486991 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR -46470 NM_001252270 388650 Hs.180946 NM_001006605 ENSG00000154511 FAM69A - family with sequence similarity 69 member A protein-coding nan nan 0.878 0.125 0.095 0.036 0.163 0.161 0.243 0.273 0.090 1.560 0.962 0.045 0.089 0.167 0.998 0.186 0.362 0.092 0.030 0.026 0.093 0.070 0.152 0.368 0.141 0.022 0.313 0.070 0.206 0.898 0.534 0.345 0.526 0.097 0.017 0.085 0.105 0.026 0.185 0.103 0.099 0.040 0.275 0.263 3.350 0.149 0.145 0.063 0.042 0.934 0.167 0.343 0.058 0.152 0.136 0.158 0.014 0.057 0.046 0.061 0.044 0.161 0.058 0.036 0.008 0.326 0.270 0.318 0.524 0.376 nan 0.404 0.202 0.326 0.249 0.690 nan 0.556 0.601 nan 0.236 0.180 0.234 0.057 0.069 0.471 0.961 0.424 0.487 11278 chr8 127544281 127594646 + 0 NA exon (NM_174911, exon 2 of 2) exon (NM_174911, exon 2 of 2) 1248 NM_174911 157638 Hs.741352 NM_174911 ENSG00000168672 FAM84B BCMP101|NSE2 family with sequence similarity 84 member B protein-coding nan nan nan 1.865 1.388 0.160 3.233 0.388 0.792 2.091 0.149 0.061 1.610 0.318 0.532 0.353 0.159 0.106 2.389 1.105 2.214 0.019 0.306 0.197 1.862 1.595 1.318 0.223 3.446 1.591 2.280 5.507 3.316 nan 1.758 0.048 0.209 0.133 0.070 3.037 0.136 6.291 0.198 0.139 2.405 5.710 2.090 0.220 0.668 0.092 2.828 6.123 0.353 4.480 9.455 1.862 0.375 4.858 0.049 0.998 0.200 1.038 0.169 0.291 0.068 0.083 0.039 0.353 0.390 1.278 3.827 2.868 2.947 1.662 0.672 nan nan 6.399 9.518 1.179 1.469 0.503 0.512 0.386 0.609 0.666 0.513 0.414 0.818 0.823 0.700 10555 chr7 100462377 100476173 + 0 NA exon (NM_003302, exon 7 of 9) exon (NM_003302, exon 7 of 9) -3426 NM_001128854 51593 Hs.111801 NM_015908 ENSG00000087087 SRRT ARS2|ASR2|serrate serrate, RNA effector molecule protein-coding nan 1.176 2.034 2.501 2.787 2.951 3.420 1.151 2.479 1.057 1.350 2.509 0.924 1.281 1.791 2.043 2.361 0.455 2.680 1.181 1.359 0.773 1.223 0.690 1.754 1.333 1.775 0.818 4.629 0.770 2.826 5.331 8.140 2.857 0.997 4.141 0.469 2.035 0.157 1.430 1.199 4.828 3.433 1.577 2.415 1.683 2.137 1.421 2.715 4.335 1.851 2.197 2.043 3.626 2.380 1.754 2.233 0.863 1.389 2.291 0.953 4.250 1.010 0.885 3.113 3.206 2.271 2.627 2.372 4.081 5.947 3.946 4.160 2.914 2.421 4.122 4.327 1.859 2.517 2.102 3.423 3.241 3.347 2.238 2.966 2.023 2.609 2.458 nan 2.285 1.393 2761 chr12 66205913 66359179 + 0 NA intron (NM_003483, intron 3 of 4) AluY|SINE|Alu -6599 NM_001292024 100129940 Hs.685856 NM_001292023 ENSG00000197301 LOC100129940 - uncharacterized LOC100129940 protein-coding 0.671 0.575 0.568 1.008 0.117 0.013 0.782 0.083 0.184 0.017 0.897 1.958 0.221 0.362 0.061 0.093 0.299 0.085 0.682 0.339 1.008 1.914 0.072 0.111 0.045 0.535 0.342 0.022 0.771 0.584 0.564 1.354 0.581 0.259 0.403 0.086 0.014 6.566 0.187 0.633 0.019 0.797 0.373 0.179 0.561 0.501 0.583 1.849 0.684 1.600 0.428 0.093 0.093 0.473 2.653 0.045 0.178 0.079 0.015 0.503 0.030 0.445 0.091 0.340 0.665 1.735 1.994 0.284 0.225 1.013 2.789 0.359 nan 0.122 0.067 0.145 0.136 0.187 0.299 0.317 0.371 0.469 0.313 0.169 0.324 0.037 0.045 0.527 0.975 0.231 0.370 4871 chr17 55160652 55176405 + 0 NA intron (NM_001242902, intron 2 of 11) intron (NM_001242902, intron 2 of 11) 5393 NM_001242902 8165 Hs.463506 NM_003488 ENSG00000121057 AKAP1 AKAP|AKAP121|AKAP149|AKAP84|D-AKAP1|PPP1R43|PRKA1|SAKAP84|TDRD17 A-kinase anchoring protein 1 protein-coding 2.077 2.047 2.306 0.803 1.986 1.009 1.072 1.224 2.717 0.376 1.125 0.860 0.456 0.358 2.876 1.445 0.893 0.211 1.471 0.470 0.538 0.547 1.171 0.627 2.206 0.780 0.684 0.582 1.094 0.391 2.566 4.520 1.231 5.883 0.362 0.959 0.429 0.909 0.121 0.426 0.872 1.153 0.562 0.319 0.881 0.700 1.302 0.959 1.731 1.507 1.034 1.175 1.445 1.743 0.783 2.206 0.706 1.020 0.344 1.618 0.786 0.891 0.728 0.736 0.356 0.490 0.284 2.619 3.576 1.896 3.112 2.809 2.236 2.952 1.260 nan 3.928 1.619 2.178 nan nan 2.726 2.625 1.413 2.538 2.023 1.845 1.693 2.450 1.848 1.120 1107 chr1 212808034 212813990 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 13223 NM_153606 149647 Hs.129293 NM_153606 ENSG00000162771 FAM71A GARI-L4 family with sequence similarity 71 member A protein-coding 1.942 1.786 2.123 0.097 0.987 0.483 0.250 0.513 0.916 0.065 0.405 0.699 0.041 0.350 0.135 0.962 1.865 0.161 0.331 0.217 0.073 0.046 1.108 0.559 0.894 0.128 0.151 0.012 0.147 0.209 0.108 0.320 0.119 nan 0.074 0.117 0.193 0.073 0.113 0.357 0.013 0.124 0.148 0.122 1.359 0.473 0.098 0.399 0.128 0.141 0.053 0.135 0.962 0.107 0.047 0.894 0.082 0.056 0.359 0.079 2.219 0.294 0.114 0.627 0.344 0.029 0.008 0.469 0.324 13.725 3.953 2.282 1.629 nan 0.407 3.219 3.349 1.207 nan 5.020 2.870 0.896 1.070 0.133 0.267 1.056 1.327 0.869 2.553 2.267 1.517 2996 chr12 119870677 119887335 + 0 NA intron (NM_178499, intron 2 of 13) intron (NM_178499, intron 2 of 13) 106489 NM_178499 160777 Hs.98188 NM_178499 ENSG00000183273 CCDC60 - coiled-coil domain containing 60 protein-coding nan nan 0.500 0.094 0.068 0.030 0.088 0.304 0.718 0.023 0.050 0.049 0.015 0.630 0.150 0.780 0.068 0.077 0.076 0.023 0.019 0.281 0.124 0.293 0.012 0.031 0.013 0.081 0.006 0.058 0.080 0.084 0.900 0.044 0.051 0.029 0.051 0.097 0.035 0.052 0.088 0.032 0.019 0.013 0.060 0.052 0.241 0.117 0.034 0.177 0.027 0.780 0.039 0.022 0.293 0.008 0.117 0.161 0.071 1.414 0.033 0.006 0.081 0.055 0.041 0.046 0.240 0.187 0.175 0.130 nan nan nan 0.668 0.124 0.097 0.509 0.720 nan nan 0.549 0.300 0.152 0.132 0.165 0.277 0.228 0.272 nan 1.799 10124 chr7 2387255 2399294 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -1200 NM_001037283 8662 Hs.371001 NM_003751 ENSG00000106263 EIF3B EIF3-ETA|EIF3-P110|EIF3-P116|EIF3S9|PRT1 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B protein-coding 4.355 2.518 4.165 4.127 2.871 2.180 1.795 2.041 3.225 1.663 3.577 5.596 1.548 1.773 2.357 3.545 2.244 0.296 2.054 0.820 2.350 3.069 1.526 0.872 5.033 2.394 3.351 1.847 4.149 1.113 4.232 nan 4.669 nan 1.240 3.400 0.955 3.403 0.237 1.658 1.729 5.285 2.405 1.231 1.809 2.257 3.694 3.523 2.975 4.273 1.641 2.477 3.545 2.728 3.415 5.033 2.451 2.725 1.048 4.052 2.453 3.329 1.429 2.092 2.201 1.912 1.678 6.820 6.543 4.491 nan 5.717 7.491 nan 4.334 9.625 10.382 3.486 3.931 nan 9.258 4.740 4.848 6.293 8.198 4.048 5.186 6.242 4.970 2.092 1.303 3499 chr14 36779730 36793045 + 0 NA intron (NM_001144891, intron 1 of 8) intron (NM_001144891, intron 1 of 8) 3495 NM_016586 51562 Hs.368647 NM_016586 ENSG00000151332 MBIP - MAP3K12 binding inhibitory protein 1 protein-coding 2.415 5.158 1.200 1.044 4.484 7.677 1.397 1.094 2.349 0.208 0.356 0.519 1.210 1.094 5.220 1.760 0.754 0.133 1.124 0.270 0.260 0.167 1.764 0.799 1.216 0.860 0.657 0.044 3.638 0.784 10.842 15.002 2.202 9.330 0.744 0.242 0.272 0.457 0.097 0.761 0.460 0.222 0.344 0.286 1.481 0.681 0.549 0.405 0.391 0.256 0.278 0.345 1.760 0.984 3.549 1.216 0.258 0.237 0.211 0.451 0.937 0.843 0.194 0.279 0.360 0.147 0.076 0.534 0.508 1.412 1.780 3.752 3.772 1.385 0.702 2.409 2.447 1.721 2.105 3.747 4.455 2.998 2.211 0.584 0.957 1.138 1.759 1.127 1.469 2.205 0.868 3838 chr14 104826589 104866723 + 0 NA Intergenic MLT1A|LTR|ERVL-MaLR 156735 NR_146611 145195 Hs.534297 NR_146611 ENSG00000258913 C14orf144 - chromosome 14 open reading frame 144 (putative) ncRNA 0.885 0.689 0.442 0.066 0.480 5.701 0.043 0.116 0.178 0.010 0.062 0.023 0.009 1.007 0.201 0.137 0.113 0.080 0.032 0.005 0.046 0.028 0.153 0.148 0.125 0.076 0.036 0.025 0.063 0.003 0.194 0.860 0.102 4.127 0.025 0.066 0.076 0.051 0.088 0.009 0.018 0.104 0.041 0.035 0.008 0.071 0.048 0.120 0.081 0.066 0.078 0.137 0.037 0.018 0.125 0.043 0.052 0.140 0.058 0.276 0.030 0.533 0.145 0.032 0.009 0.004 0.514 0.755 0.154 0.211 2.499 2.815 0.258 0.105 0.062 0.054 1.822 2.052 1.638 2.017 0.951 0.803 0.886 1.167 0.243 0.325 0.265 0.350 1.679 1.039 9266 chr5 149314938 149321748 + 0 NA intron (NM_000440, intron 1 of 21) MER53|DNA|hAT -5803 NR_110534 644762 Hs.730366 NR_110534 LOC644762 - mitochondrial fission factor pseudogene pseudo nan 2.864 0.724 3.687 0.209 0.127 3.170 0.757 1.361 3.595 3.889 1.138 0.164 0.078 0.760 0.171 0.650 0.048 1.194 0.809 4.181 0.020 0.114 0.198 1.215 4.144 3.467 0.541 1.228 1.614 0.450 0.912 1.170 1.553 1.330 6.981 0.223 0.031 0.132 1.345 0.035 6.115 2.961 1.367 2.670 1.034 1.289 4.241 1.317 0.263 5.605 2.118 0.171 0.488 1.233 1.215 1.378 2.189 0.014 0.597 0.326 2.203 0.029 0.768 2.056 0.406 0.230 0.241 0.128 0.391 0.906 0.320 0.356 1.480 0.244 0.182 0.191 0.286 0.390 2.108 2.161 0.658 0.285 0.234 0.241 0.895 1.010 0.673 2.056 1.026 0.541 6614 chr2 208475204 208505978 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330135) promoter-TSS (NM_001330135) 186 NM_001330133 151194 Hs.664764 NM_145280 ENSG00000144401 METTL21A FAM119A|HCA557b|HSPA-KMT methyltransferase like 21A protein-coding 1.340 nan 1.226 0.649 0.768 0.524 2.050 0.687 1.114 0.786 1.286 0.914 0.454 0.281 0.588 0.722 0.672 0.152 1.724 0.896 2.985 0.554 0.423 0.382 1.061 0.647 0.514 0.771 0.957 0.453 0.933 2.026 1.264 1.761 0.807 4.871 0.185 0.705 0.079 0.395 0.371 1.227 1.406 0.577 0.637 0.737 1.427 1.026 2.183 1.665 0.949 1.203 0.722 2.519 1.874 1.061 1.022 1.264 0.211 2.075 0.757 0.876 0.324 0.848 0.652 1.449 1.083 0.834 0.864 0.831 1.372 1.136 1.052 1.234 0.456 2.583 2.745 0.910 1.308 1.745 2.178 1.058 1.018 0.503 0.991 0.733 0.654 1.650 2.653 0.690 0.555 5370 chr18 55644480 55655570 + 0 NA Intergenic LTR81B|LTR|Gypsy -61585 NM_015277 23327 Hs.185677 NM_015277 ENSG00000049759 NEDD4L NEDD4-2|NEDD4.2|PVNH7|RSP5|hNEDD4-2 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 1.122 0.943 0.116 0.276 1.910 0.115 1.318 2.160 0.017 0.042 0.109 0.027 0.072 5.803 1.824 0.081 0.044 0.106 0.052 0.030 0.098 0.074 3.632 0.035 0.035 0.046 0.067 0.201 0.123 1.247 1.016 1.010 0.052 0.092 0.555 0.049 0.126 0.042 0.604 0.100 0.022 0.059 0.062 0.112 0.109 0.222 0.033 0.086 0.103 1.824 0.038 0.033 3.632 0.134 0.059 0.156 0.037 0.147 0.057 1.392 0.167 0.035 0.016 0.009 0.563 0.639 0.533 0.781 2.630 3.165 9.675 4.102 1.023 1.133 0.274 0.398 4.359 3.874 0.441 0.318 0.436 1.305 2.145 2.735 0.349 0.691 nan 2.033 4104 chr15 81017325 81021533 + 0 NA intron (NM_021214, intron 1 of 2) intron (NM_021214, intron 1 of 2) 31777 NM_021214 58489 Hs.459072 NM_021214 ENSG00000136379 ABHD17C FAM108C1 abhydrolase domain containing 17C protein-coding 0.574 nan 0.567 0.460 0.242 0.013 0.150 0.153 0.148 0.136 0.075 0.139 10.651 0.048 0.083 0.136 0.283 0.115 0.153 0.091 0.090 0.132 0.218 0.110 0.114 0.197 0.084 0.083 0.097 0.044 0.169 0.544 0.466 0.277 0.036 0.089 0.063 0.065 0.028 0.112 0.175 0.057 0.019 0.026 0.091 0.458 0.210 0.264 0.068 0.193 0.357 0.136 0.641 0.058 0.114 0.407 0.352 0.001 0.099 0.048 0.073 0.050 0.089 0.024 0.307 0.286 0.238 0.564 0.291 0.258 0.242 0.074 0.164 0.158 0.791 0.883 0.281 0.233 0.353 0.242 0.170 0.221 0.070 0.037 0.235 0.336 0.275 0.237 8052 chr3 177517606 177556549 + 0 NA intron (NR_110826, intron 1 of 2) AluSz|SINE|Alu 2424 NR_110826 102724550 Hs.570526 NR_110826 ENSG00000231574 LINC02015 KCCAT211 long intergenic non-protein coding RNA 2015 ncRNA 1.471 1.736 1.038 0.647 0.928 0.236 1.125 1.246 2.464 0.567 1.629 2.288 0.034 0.250 0.330 0.569 1.461 0.220 0.614 0.509 0.544 2.005 0.706 0.380 1.344 4.822 2.865 0.070 1.080 0.791 0.553 1.712 1.900 1.645 1.078 0.823 0.181 0.086 0.123 0.312 0.537 1.335 0.260 0.212 1.477 0.187 1.676 0.107 0.769 0.280 0.562 2.403 0.569 0.269 1.214 1.344 0.575 0.565 0.035 0.525 0.334 0.979 0.061 0.622 0.710 0.041 0.031 0.596 0.687 0.755 1.538 1.374 1.303 5.459 2.975 0.264 0.286 0.928 1.285 1.233 1.082 0.776 0.400 0.165 0.280 0.968 0.862 0.977 2.780 1.656 1.089 7301 chr22 19465004 19468836 + 0 NA promoter-TSS (NM_003504) promoter-TSS (NM_003504) -182 NM_005659 7353 Hs.474213 NM_005659 ENSG00000070010 UFD1 UFD1L ubiquitin recognition factor in ER associated degradation 1 protein-coding 5.102 nan 3.972 5.700 4.037 1.861 1.791 3.196 5.666 1.761 4.151 2.644 8.101 1.568 2.530 3.373 4.890 0.380 4.861 1.534 4.053 2.356 2.859 0.972 4.599 1.518 2.256 2.223 5.783 2.558 6.232 nan 4.773 8.020 2.332 4.141 1.689 3.941 0.090 1.511 1.754 4.999 4.259 1.727 2.591 2.303 2.659 3.352 2.310 3.906 2.771 3.673 3.373 6.192 3.469 4.599 2.272 3.412 1.427 3.827 2.812 3.703 1.239 1.388 2.507 1.412 0.886 8.730 7.006 8.115 11.295 7.397 8.687 7.404 7.266 16.447 17.457 5.570 7.083 8.183 12.089 9.929 9.837 5.932 7.801 8.172 11.845 7.649 4.915 6.493 3.990 5652 chr19 38877490 38883192 + 0 NA promoter-TSS (NR_073032) promoter-TSS (NR_073032) -499 NM_001042522 399473 Hs.196011 NM_001039616 ENSG00000188766 SPRED3 Eve-3|spred-3 sprouty related EVH1 domain containing 3 protein-coding 1.121 1.525 1.208 1.196 1.722 0.943 2.378 1.131 1.980 0.266 3.075 1.129 0.348 0.618 2.567 1.075 0.548 0.085 2.941 1.396 0.438 0.558 0.410 0.146 0.503 1.162 1.140 2.805 0.751 0.370 1.786 2.956 0.917 14.464 1.077 0.114 0.182 3.463 0.137 2.167 0.222 3.655 9.327 4.046 0.478 1.020 0.471 0.052 2.882 11.101 0.290 0.394 1.075 3.045 2.574 0.503 0.087 0.290 0.294 2.437 1.802 0.737 0.070 0.172 1.479 0.504 0.343 0.428 0.456 1.065 1.363 2.738 1.637 3.216 1.365 0.858 0.977 0.841 1.013 1.907 3.558 nan 0.474 0.423 0.452 0.350 0.441 0.426 1.001 1.206 0.590 10339 chr7 45905055 45930417 + 0 NA Intergenic MSTA-int|LTR|ERVL-MaLR -10282 NM_000596 3484 Hs.642938 NM_000596 ENSG00000146678 IGFBP1 AFBP|IBP1|IGF-BP25|PP12|hIGFBP-1 insulin like growth factor binding protein 1 protein-coding 0.812 0.940 nan 0.981 0.059 0.063 5.015 0.108 0.191 0.027 0.160 0.283 0.015 0.055 0.067 0.192 0.119 0.114 0.255 0.299 0.150 0.011 0.087 0.147 0.047 2.228 1.415 0.063 2.579 1.088 0.218 0.659 0.248 0.405 0.563 0.079 0.019 0.064 0.163 0.611 0.056 3.335 2.316 0.980 0.774 0.539 1.181 1.074 0.847 0.152 0.334 0.192 0.192 0.113 10.867 0.047 0.077 0.533 0.031 0.119 0.085 0.626 0.031 0.103 0.220 0.136 0.163 0.409 0.242 0.195 0.270 0.329 0.384 0.593 0.230 0.134 0.148 0.176 0.321 0.170 0.192 0.429 0.315 0.113 0.165 0.129 0.124 0.193 0.368 0.652 0.597 9515 chr6 25980514 25994833 + 0 NA TTS (NM_006355) TTS (NM_006355) 24756 NM_006355 10475 Hs.584851 NM_006355 ENSG00000112343 TRIM38 RNF15|RORET tripartite motif containing 38 protein-coding 1.520 1.501 nan 0.652 1.949 0.326 0.358 0.410 0.563 0.245 0.680 0.688 0.385 0.913 0.862 0.591 0.979 0.225 0.837 0.383 1.108 0.727 0.591 0.431 1.404 0.644 0.599 0.258 0.344 0.332 0.640 0.780 0.920 nan 0.419 0.756 0.192 1.081 0.107 0.378 0.465 1.248 0.712 0.380 0.305 0.086 0.660 0.572 0.864 1.358 0.694 0.437 0.591 0.674 0.847 1.404 0.324 0.290 0.129 1.303 1.058 0.779 0.589 0.753 0.160 0.088 0.071 1.697 1.935 0.545 nan 1.626 1.296 nan 1.870 1.401 1.525 0.976 1.221 3.995 4.567 0.893 0.715 0.584 1.016 1.555 1.145 1.054 2.222 1.730 1.104 3958 chr15 52576696 52589767 + 0 NA intron (NM_018728, intron 1 of 40) MIRb|SINE|MIR 4764 NM_018728 55930 Hs.487036 NM_018728 ENSG00000128833 MYO5C - myosin VC protein-coding 0.951 1.730 3.428 1.035 0.304 0.263 2.376 0.355 1.130 0.059 0.095 0.203 1.774 0.297 0.143 0.500 0.346 0.087 2.277 0.865 1.029 0.021 0.606 0.309 0.843 2.822 3.120 0.253 1.852 1.790 2.870 5.918 2.244 1.404 1.209 0.817 0.051 0.072 0.053 0.544 0.357 0.492 0.301 0.218 2.381 1.703 0.766 0.228 4.410 0.305 0.703 2.372 0.500 4.597 3.521 0.843 2.498 5.261 0.216 0.165 0.507 0.442 0.820 0.143 0.833 0.022 0.004 0.938 1.556 0.958 1.969 1.699 1.555 1.367 0.407 1.468 1.563 0.522 0.865 1.114 1.337 0.937 0.952 0.954 1.846 0.248 0.288 0.412 0.646 0.856 0.573 11331 chr8 139223745 139258186 + 0 NA intron (NM_015912, intron 7 of 19) intron (NM_015912, intron 7 of 19) -145177 NM_001354876 401478 Hs.654931 NM_001354876 LOC401478 - uncharacterized LOC401478 protein-coding nan 0.748 1.255 0.063 0.107 0.027 0.039 0.168 0.232 0.011 0.067 0.040 0.023 0.040 0.111 0.142 0.089 0.094 0.056 0.005 0.018 0.004 0.081 0.068 0.049 0.004 0.015 0.015 0.071 0.012 0.082 0.047 0.064 0.478 0.026 0.030 0.022 0.041 0.088 0.014 0.097 0.094 0.016 0.009 0.026 0.036 0.061 0.153 0.064 0.056 0.023 0.034 0.142 0.060 0.016 0.049 0.011 0.029 0.034 0.031 0.118 0.016 0.055 1.375 0.020 0.025 0.013 0.357 0.333 0.122 0.115 0.412 0.493 0.828 0.493 nan 0.164 0.306 0.487 0.153 0.207 0.591 0.327 0.272 0.291 0.121 0.151 0.977 3.641 0.630 0.529 8311 chr4 34762629 34803107 + 0 NA Intergenic THE1D-int|LTR|ERVL-MaLR -511499 NR_147184 105374394 Hs.570782 NR_147183 ENSG00000248685 LINC02484 - long intergenic non-protein coding RNA 2484 ncRNA 0.375 0.479 0.437 0.045 0.096 0.004 0.076 0.078 0.168 0.024 0.070 0.043 0.011 0.042 0.062 0.057 0.028 0.047 0.083 0.005 0.008 3.083 0.069 0.114 0.078 0.012 0.011 0.024 0.052 0.005 0.040 0.057 0.031 0.197 0.009 0.028 0.019 0.019 0.031 0.015 0.064 0.052 0.016 0.012 0.017 0.009 0.062 0.076 0.064 0.019 0.015 0.008 0.057 0.035 0.016 0.078 0.003 0.051 0.012 0.047 0.030 0.020 0.022 0.012 0.005 0.021 0.011 0.264 0.171 0.429 0.663 0.107 0.189 0.268 0.103 0.114 0.105 0.565 0.785 0.299 0.266 0.370 0.147 0.098 0.123 0.084 0.098 0.063 0.072 0.634 0.546 11490 chr9 22002693 22014039 + 0 NA intron (NM_004936, intron 1 of 1) intron (NM_004936, intron 1 of 1) 946 NM_004936 1030 Hs.72901 NM_004936 ENSG00000147883 CDKN2B CDK4I|INK4B|MTS2|P15|TP15|p15INK4b cyclin dependent kinase inhibitor 2B protein-coding 1.118 nan nan 0.807 1.063 0.347 0.556 0.526 1.242 0.007 0.261 0.542 0.089 4.180 0.766 1.009 0.173 0.757 0.234 0.367 0.354 0.583 0.423 1.245 0.006 0.317 0.569 0.241 2.872 0.425 0.168 2.235 0.095 2.856 0.382 0.218 0.165 0.316 0.178 1.224 0.009 1.672 0.313 0.766 0.760 0.224 1.245 0.011 0.007 0.068 0.344 0.420 0.315 0.513 0.296 0.682 0.004 0.533 0.701 1.195 2.364 2.340 2.244 1.497 0.518 0.710 0.629 1.665 2.273 1.164 1.481 1.778 1.482 0.921 1.922 0.979 0.932 1.012 1.381 1.719 0.986 3831 chr14 104159208 104183352 + 0 NA intron (NM_005432, intron 6 of 9) intron (NM_005432, intron 6 of 9) 10543 NM_001100119 7517 Hs.592325 NM_005432 ENSG00000126215 XRCC3 CMM6 X-ray repair cross complementing 3 protein-coding 2.727 1.016 4.205 0.616 1.088 0.674 0.861 0.398 0.665 0.242 0.401 0.269 0.152 0.190 0.752 1.135 0.458 0.113 0.437 0.110 0.522 0.345 0.510 0.368 0.853 0.498 0.408 0.398 0.586 0.225 0.673 1.422 1.220 1.408 0.210 0.824 0.166 0.567 0.107 0.195 0.349 0.713 1.147 0.651 0.189 0.304 1.583 0.332 0.676 1.638 0.240 1.316 1.135 0.579 0.585 0.853 1.016 0.483 0.149 0.817 0.278 0.521 0.237 0.245 0.604 0.231 0.141 0.915 1.182 1.180 1.571 1.914 1.973 2.025 0.830 0.729 0.703 1.389 2.185 1.368 2.083 1.589 1.604 0.710 1.210 0.781 0.948 0.904 0.775 1.282 0.827 2192 chr11 95635417 95669299 + 0 NA intron (NM_001243571, intron 1 of 17) intron (NM_001243571, intron 1 of 17) 5013 NM_001243571 8898 Hs.181326 NM_016156 ENSG00000087053 MTMR2 CMT4B|CMT4B1 myotubularin related protein 2 protein-coding 0.993 nan 0.804 0.441 0.579 0.265 0.713 0.209 0.441 0.399 1.116 0.946 0.183 0.151 0.170 0.412 0.291 0.067 0.554 0.219 0.843 0.204 0.393 0.304 0.392 0.586 0.562 0.206 0.458 0.280 0.342 0.680 0.441 0.988 0.423 0.927 0.124 0.446 0.160 0.251 0.225 1.102 1.060 0.476 0.744 0.353 2.383 0.810 0.300 0.427 0.286 0.976 0.412 0.353 0.845 0.392 0.568 0.431 0.096 0.237 0.291 0.570 0.449 0.331 0.441 0.158 0.106 2.345 2.134 1.005 nan 1.105 1.106 1.762 0.623 11.770 12.267 1.477 1.777 0.758 0.840 1.340 1.179 1.041 1.573 0.767 1.068 0.921 nan 1.144 0.754 4655 chr17 25563862 25587574 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 45304 NR_039748 100616277 NR_039748 ENSG00000263583 MIR4522 - microRNA 4522 ncRNA nan nan nan 0.253 0.118 0.129 0.383 0.210 0.571 0.426 0.431 0.135 0.434 0.067 0.138 0.145 0.295 0.128 0.268 0.179 0.080 0.029 0.112 0.063 0.126 0.593 0.280 0.069 0.491 0.681 2.581 5.866 2.820 0.786 0.890 0.852 0.040 0.114 0.134 0.134 0.060 0.217 0.185 0.125 0.740 0.644 0.485 1.241 0.714 0.133 0.622 1.857 0.145 0.727 0.234 0.126 0.843 1.778 0.074 0.281 0.209 0.310 0.088 0.120 0.132 0.041 0.024 0.451 0.381 0.564 0.892 0.327 0.399 0.618 0.211 0.454 0.473 0.235 0.359 0.874 0.779 0.667 0.380 0.291 0.407 0.086 0.160 0.343 nan 0.540 0.474 7729 chr3 109642241 109649989 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 324440 NR_039647 100616129 NR_039647 ENSG00000265956 MIR4445 - microRNA 4445 ncRNA nan nan 0.574 4.889 0.057 0.029 6.738 0.206 0.309 0.450 0.367 1.957 0.212 0.025 0.058 0.398 0.398 0.104 3.056 1.859 0.946 0.215 0.098 0.085 0.327 4.327 3.419 0.599 2.712 2.531 0.448 1.534 0.235 0.278 2.581 2.243 0.070 1.969 0.010 2.509 0.676 0.433 3.065 1.570 0.799 2.605 0.357 1.241 0.133 0.395 0.398 1.617 1.748 0.327 0.740 0.053 1.732 0.039 2.536 0.013 0.080 1.833 0.884 0.928 0.353 0.298 0.763 1.226 0.246 0.321 0.266 0.220 0.228 0.285 0.199 0.204 0.144 0.191 0.741 0.326 0.065 0.154 0.032 0.027 0.333 0.560 0.387 0.398 1995 chr11 64000636 64020500 + 0 NA intron (NM_004470, intron 2 of 5) intron (NM_004470, intron 2 of 5) 980 NM_057092 2286 Hs.227729 NM_004470 ENSG00000173486 FKBP2 FKBP-13|PPIase FK506 binding protein 2 protein-coding nan 2.630 1.924 3.792 4.779 2.926 2.501 1.626 2.988 1.534 3.657 1.724 0.959 4.964 3.417 2.449 1.135 0.195 2.849 0.878 3.975 1.896 2.433 0.906 4.048 1.667 1.854 2.057 2.078 1.026 5.009 8.041 2.956 9.422 2.257 2.084 0.832 3.371 0.123 1.275 1.801 5.951 4.086 1.890 1.721 2.248 3.527 3.227 4.121 3.925 2.205 1.999 2.449 3.497 2.315 4.048 1.382 2.035 0.878 5.774 2.959 1.797 1.991 1.071 2.764 1.294 0.700 3.231 5.236 2.604 4.154 4.806 4.561 5.722 2.178 5.688 5.950 2.114 3.202 7.330 9.245 2.712 2.727 1.854 3.561 3.399 3.590 1.747 2.951 2.415 1.188 333 chr1 43902045 43908565 + 0 NA exon (NM_015284, exon 49 of 71) exon (NM_015284, exon 49 of 71) -8905 NR_106793 102465440 NR_106793 ENSG00000274975 MIR6735 hsa-mir-6735 microRNA 6735 ncRNA nan 0.569 nan 0.200 1.540 1.207 0.109 0.938 1.776 0.198 0.213 0.073 1.381 2.632 0.221 0.127 0.111 0.186 0.024 0.125 0.065 1.593 0.399 1.746 0.053 0.043 0.297 0.041 0.032 0.131 0.565 0.125 0.972 0.109 0.057 0.131 0.126 0.036 0.212 0.237 0.114 0.060 0.034 0.044 0.094 0.213 0.112 0.183 0.013 0.092 0.221 0.135 0.043 1.746 0.010 0.038 0.136 0.522 1.404 0.121 0.227 0.378 0.060 0.026 0.042 0.453 0.555 0.325 0.860 5.932 5.117 0.254 0.101 0.271 0.292 0.379 nan 15.115 11.473 0.453 0.417 0.937 nan 0.052 0.085 0.369 1.256 2.213 1.251 6686 chr2 226321824 226336548 + 0 NA intron (NM_020864, intron 2 of 5) intron (NM_020864, intron 2 of 5) 63584 NM_020864 57624 Hs.224409 NM_020864 ENSG00000144460 NYAP2 KIAA1486 neuronal tyrosine-phosphorylated phosphoinositide-3-kinase adaptor 2 protein-coding nan 0.864 0.719 0.848 0.255 0.101 0.534 2.276 4.122 0.046 0.094 0.131 0.021 0.017 0.098 0.254 0.150 0.194 0.762 0.373 0.205 0.019 0.333 0.270 0.557 0.211 0.064 0.035 0.463 0.243 0.371 1.603 1.107 nan 0.453 0.092 0.201 0.155 0.080 0.143 0.171 0.078 0.050 0.021 0.282 0.379 0.261 0.214 0.044 0.052 0.005 0.141 0.254 0.208 0.032 0.557 0.411 0.057 0.019 0.036 0.512 0.059 0.035 0.025 0.036 0.027 0.014 0.544 0.558 0.354 0.373 0.568 0.545 0.734 0.276 0.358 0.424 1.049 1.234 0.709 nan 0.555 0.353 0.172 0.202 1.274 2.099 0.164 nan 0.827 0.692 6944 chr20 33286327 33299081 + 0 NA intron (NM_001329431, intron 1 of 4) intron (NM_001329431, intron 1 of 4) 158 NM_001329431 58476 Hs.516994 NM_021202 ENSG00000078804 TP53INP2 C20orf110|DOR|PIG-U|PIGU|PINH|dJ1181N3.1 tumor protein p53 inducible nuclear protein 2 protein-coding 3.649 4.547 2.783 1.263 2.074 1.678 0.402 1.444 2.588 0.658 1.331 1.267 0.371 1.754 3.743 1.104 1.356 0.252 1.384 0.579 2.373 0.685 1.298 0.477 2.588 0.655 0.354 0.855 0.597 0.389 2.098 nan 2.197 7.026 0.753 0.683 0.345 1.571 0.133 0.538 0.491 1.864 0.652 0.470 0.351 0.459 0.425 0.695 1.551 3.818 2.233 1.890 1.104 4.519 0.994 2.588 0.625 1.977 0.778 3.613 1.789 0.531 0.604 1.693 1.007 0.420 0.172 3.192 4.605 3.436 4.815 2.917 nan 4.113 2.083 6.667 7.240 2.194 2.537 3.749 5.336 6.153 5.662 1.055 1.832 2.265 1.864 2.427 nan 1.029 0.678 5972 chr2 25829866 25844763 + 0 NA intron (NM_033147, intron 4 of 19) L1MD|LINE|L1 35777 NM_001256308 1838 Hs.307720 NM_021907 ENSG00000138101 DTNB - dystrobrevin beta protein-coding 1.039 1.331 0.888 0.411 0.602 0.173 0.148 0.528 1.024 0.038 0.162 1.122 0.107 0.182 0.247 1.589 0.598 0.225 0.227 0.077 1.559 0.046 1.804 0.887 1.483 0.107 0.049 0.059 0.287 0.028 0.815 2.465 0.918 0.953 0.266 0.127 0.736 0.043 0.147 0.056 0.226 0.136 0.012 0.037 0.227 0.150 0.278 0.121 0.251 0.120 0.562 0.364 1.589 0.243 1.853 1.483 0.140 0.555 0.228 0.067 0.687 0.244 0.073 0.249 0.071 0.039 0.020 0.394 0.337 0.818 0.801 1.358 1.825 6.251 2.737 1.261 1.207 0.826 1.149 1.096 nan 0.523 0.270 0.309 0.406 1.861 1.781 0.426 0.851 3.154 1.381 6525 chr2 182531956 182562726 + 0 NA Intergenic Intergenic -1949 NR_146176 4760 Hs.574626 NM_002500 ENSG00000162992 NEUROD1 BETA2|BHF-1|MODY6|NEUROD|bHLHa3 neuronal differentiation 1 protein-coding 4.182 1.010 1.768 0.077 0.319 0.483 0.071 0.286 0.488 0.009 0.070 0.057 0.008 0.113 0.047 0.354 0.106 0.068 0.092 0.056 0.016 0.005 0.198 0.212 0.451 0.022 0.012 0.010 0.062 0.025 0.060 0.124 0.068 0.682 0.038 0.087 0.176 0.025 0.071 0.073 0.314 0.102 0.024 0.013 0.021 0.037 0.119 0.072 0.085 0.137 0.015 0.026 0.354 0.065 0.015 0.451 0.012 0.032 0.850 0.070 0.063 0.023 0.052 2.490 0.030 0.026 0.011 0.304 0.248 0.159 0.136 0.320 0.445 1.817 0.822 0.251 0.266 nan 7.067 0.884 1.114 11.325 15.320 0.111 0.247 0.663 0.628 3.952 nan 0.415 0.334 7778 chr3 117149345 117170756 + 0 NA Intergenic Intergenic 249722 NR_146652 105374057 Hs.518179 NR_146652 ENSG00000241213 LINC02024 - long intergenic non-protein coding RNA 2024 ncRNA 0.831 nan 0.805 0.037 0.318 0.294 0.037 0.336 0.606 0.011 0.047 0.006 0.186 0.268 0.266 0.097 0.105 0.084 0.018 0.007 0.256 0.193 0.196 0.010 0.014 0.077 0.082 0.082 0.098 0.285 0.021 0.048 0.017 3.643 0.093 0.005 0.090 0.090 0.022 0.037 0.029 0.031 0.042 0.049 0.010 0.018 0.040 0.266 0.023 0.039 0.196 0.023 0.035 0.022 0.054 0.712 0.045 0.032 0.264 0.010 0.019 0.014 0.499 0.366 0.300 0.273 0.368 nan 2.386 0.582 0.291 0.324 nan 0.743 1.204 0.793 0.894 0.419 0.122 0.171 0.115 0.106 0.570 1.422 1.385 0.856 11114 chr8 94913976 94957075 + 0 NA exon (NM_018444, exon 2 of 2) exon (NM_018444, exon 2 of 2) 6246 NM_001161781 54704 Hs.22265 NM_018444 ENSG00000164951 PDP1 PDH|PDP|PDPC|PPM2A|PPM2C pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 1 protein-coding nan 1.161 1.271 0.410 0.741 0.623 1.674 0.264 0.593 0.462 0.932 1.730 0.068 0.114 0.450 1.438 0.807 0.179 2.980 1.253 1.495 0.087 0.176 0.117 0.697 1.251 0.810 0.707 1.153 0.818 1.246 2.110 1.813 2.847 1.087 0.123 0.170 2.511 0.125 0.408 0.231 1.494 0.662 0.415 1.387 0.366 1.168 1.437 0.459 2.554 0.570 1.244 1.438 2.152 0.341 0.697 0.394 0.168 0.077 0.457 0.380 1.457 0.077 0.146 0.439 0.673 0.587 0.388 0.406 0.703 nan 2.056 1.608 1.745 0.513 0.503 0.461 0.657 0.953 2.604 2.899 0.660 0.596 0.227 0.421 0.856 0.917 0.573 0.984 1.036 0.729 4427 chr16 69562228 69568353 + 0 NA Intergenic MER33|DNA|hAT-Charlie 34481 NR_031719 100302119 NR_031719 ENSG00000223109 MIR1538 MIRN1538|hsa-mir-1538 microRNA 1538 ncRNA nan nan 0.692 2.152 0.141 0.028 3.116 0.137 0.295 2.133 1.928 2.794 0.193 0.075 0.086 0.959 1.139 0.391 2.007 0.960 7.538 1.800 0.025 0.095 0.079 2.912 1.988 2.607 1.169 0.827 0.738 0.960 0.595 0.242 2.187 2.387 0.077 6.542 0.290 1.291 0.039 5.558 8.902 3.667 1.106 1.774 2.293 4.791 4.074 2.835 1.663 2.771 0.959 3.112 4.810 0.079 0.640 0.610 0.157 3.852 0.346 2.393 0.032 0.088 1.629 1.927 1.262 0.232 0.210 0.260 0.738 0.223 0.311 0.514 0.218 0.361 0.325 0.505 nan 0.183 0.312 0.531 0.305 0.131 0.169 0.143 0.298 0.476 0.621 0.683 0.427 4451 chr16 75267098 75307552 + 0 NA intron (NM_001170720, intron 1 of 7) intron (NM_001170720, intron 1 of 7) -1771 NM_014567 9564 Hs.479747 NM_014567 ENSG00000050820 BCAR1 CAS|CAS1|CASS1|CRKAS|P130Cas BCAR1, Cas family scaffold protein protein-coding 1.704 0.993 nan 1.209 0.675 0.776 1.468 0.277 0.766 1.480 3.785 2.095 0.172 0.848 0.474 1.301 1.314 0.255 3.074 1.031 3.794 0.250 0.287 0.144 0.965 1.940 1.993 1.356 1.486 0.427 0.961 1.621 1.191 1.670 1.364 0.702 0.104 0.433 0.072 1.110 0.394 3.254 3.770 1.800 0.755 1.080 1.077 2.529 2.107 4.056 1.114 1.168 1.301 3.692 2.354 0.965 0.506 0.744 0.948 2.143 0.763 1.428 0.180 0.158 1.299 1.490 0.903 1.247 1.942 0.784 1.391 1.355 1.302 0.868 0.374 1.675 1.619 1.610 2.195 1.137 1.823 2.309 2.329 0.587 0.802 0.398 0.416 0.732 1.036 1.295 0.650 10650 chr7 128165342 128174368 + 0 NA Intergenic Intergenic 53072 NM_018396 55798 Hs.433213 NM_018396 ENSG00000165055 METTL2B METL|METTL2|METTL2A|PSENIP1 methyltransferase like 2B protein-coding 3.802 2.216 3.354 2.498 2.468 1.660 1.650 1.797 3.628 1.311 3.369 1.763 1.196 1.409 3.176 3.249 2.290 0.390 3.971 0.947 2.206 2.293 2.381 1.044 6.453 1.013 2.085 2.595 5.865 0.745 2.723 4.498 5.352 4.692 0.535 2.368 1.026 3.942 0.204 0.697 2.259 3.722 2.121 1.053 1.306 2.279 2.236 2.217 4.286 3.393 1.951 3.231 3.249 4.875 2.691 6.453 1.263 4.386 0.905 4.990 2.103 1.766 1.370 1.369 1.088 1.079 0.698 4.629 4.832 4.641 6.485 5.713 5.647 5.248 4.135 10.056 10.398 2.396 3.286 3.355 6.640 4.393 4.987 3.968 7.971 3.255 4.342 4.900 4.509 2.344 1.306 7483 chr22 49312432 49328225 + 0 NA Intergenic MLT2B4|LTR|ERVL 57746 NR_038944 100128946 Hs.535676 NR_038944 ENSG00000205632 LINC01310 WI2-81516E3.1 long intergenic non-protein coding RNA 1310 ncRNA 1.364 0.414 nan 0.066 0.056 4.147 0.009 0.194 0.312 0.012 0.064 0.046 0.165 0.311 0.065 0.047 0.041 0.060 0.012 0.016 0.017 0.139 0.078 1.115 0.004 0.014 0.009 0.061 0.007 0.084 0.093 0.090 3.011 0.010 0.024 0.108 0.062 0.123 0.008 0.010 0.050 0.019 0.010 0.019 0.092 0.082 0.041 0.023 0.030 0.030 0.065 0.050 0.012 1.115 0.008 0.036 1.909 0.052 4.813 0.015 0.226 0.031 0.019 0.004 0.007 0.197 0.119 0.124 0.129 1.888 1.873 4.574 1.547 0.076 0.132 0.477 0.711 3.511 3.394 5.098 5.894 0.203 0.370 1.522 1.340 0.055 0.153 3.382 1.496 3901 chr15 36716443 36726816 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -150175 NM_001321756 84529 Hs.48348 NM_032499 ENSG00000186073 C15orf41 HH114 chromosome 15 open reading frame 41 protein-coding 0.752 nan nan 0.060 0.035 0.032 4.187 0.091 0.310 0.101 0.985 4.267 0.024 0.029 0.136 0.431 0.318 0.087 4.380 2.806 0.213 0.040 0.089 0.112 0.057 1.373 0.715 0.014 1.021 0.774 0.171 0.273 0.047 0.207 1.199 6.988 0.026 2.818 0.105 1.204 0.038 0.845 0.279 0.135 2.502 0.581 0.978 0.954 0.314 0.206 0.128 0.321 0.431 0.545 1.022 0.057 0.516 0.216 0.047 0.214 0.020 3.040 0.047 0.095 2.334 1.022 1.019 0.471 0.186 0.242 0.669 0.183 0.289 0.159 0.087 0.157 0.063 0.751 0.810 0.190 0.211 0.518 0.260 0.183 0.216 0.125 0.423 0.325 0.542 0.268 0.337 11282 chr8 128037636 128642985 + 0 NA intron (NR_117099, intron 2 of 3) intron (NR_117099, intron 2 of 3) -72334 NR_109834 101805488 Hs.745578 NR_109834 ENSG00000280997 CCAT2 LINC00873|NCCP1 colon cancer associated transcript 2 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 0.677 0.267 0.068 0.323 0.470 0.909 0.127 0.251 0.466 0.051 0.126 0.178 0.080 0.205 0.101 0.180 0.090 0.282 0.029 0.064 0.074 0.092 0.207 0.098 0.017 0.249 0.355 0.131 0.362 0.210 nan 0.156 0.080 0.072 0.502 0.100 0.133 0.067 0.226 0.202 0.129 0.463 0.511 0.732 0.376 0.437 0.055 0.161 1.727 0.080 0.221 0.119 0.092 0.415 0.293 0.566 0.097 0.090 1.116 0.094 10.257 0.105 0.224 0.108 0.645 0.554 0.654 0.939 0.461 0.548 0.736 0.271 nan nan 9.157 13.181 1.053 1.028 18.215 10.825 0.196 0.295 0.183 0.184 10.461 19.811 0.513 0.465 11035 chr8 70497356 70519203 + 0 NA intron (NR_132437, intron 1 of 16) intron (NR_132437, intron 1 of 16) 3144 NR_132437 23213 Hs.409602 NM_015170 ENSG00000137573 SULF1 SULF-1 sulfatase 1 protein-coding 1.053 0.889 1.070 0.039 0.250 0.025 0.055 0.161 0.258 0.076 0.038 0.012 1.134 0.082 0.250 0.216 0.096 0.198 0.017 0.041 0.013 0.389 0.334 0.110 0.292 0.138 0.010 0.143 0.015 0.174 0.717 0.396 0.837 0.054 0.069 0.122 0.039 0.067 0.022 0.123 0.056 0.033 0.025 0.079 0.010 0.057 0.346 0.105 0.062 0.033 0.055 0.250 0.075 0.025 0.110 0.045 0.022 0.049 0.035 0.121 0.070 0.032 0.266 0.017 0.024 0.023 0.249 0.101 0.275 0.388 0.573 0.596 1.232 0.431 0.250 0.242 0.330 0.618 0.253 0.253 0.436 0.235 0.164 0.249 0.681 0.776 0.406 0.912 4.273 1.830 9496 chr6 21583993 21616701 + 0 NA Intergenic Intergenic 6375 NM_003107 6659 Hs.643910 NM_003107 ENSG00000124766 SOX4 EVI16 SRY-box 4 protein-coding 3.444 2.823 nan 2.553 4.276 3.906 0.786 2.036 3.534 0.508 0.972 0.817 1.237 1.450 2.994 2.964 2.082 0.307 1.484 0.436 2.144 1.413 1.811 0.939 5.653 1.243 1.698 0.209 1.644 0.688 2.827 3.918 3.605 nan 1.037 0.472 1.359 3.628 0.147 0.647 2.194 0.531 0.409 0.256 0.621 1.094 1.306 0.568 1.180 1.883 0.786 1.316 2.964 2.144 0.689 5.653 0.711 1.104 0.966 1.758 1.553 0.738 2.940 0.884 1.007 0.696 0.703 3.116 3.961 4.902 nan 7.221 5.862 nan 1.535 10.732 10.737 2.343 3.126 4.433 5.210 3.881 4.617 2.789 6.312 4.684 3.813 1.925 2.488 1.871 1.093 1582 chr10 91936957 91969158 + 0 NA Intergenic Intergenic -235927 NR_110655 101926924 Hs.500498 NR_110655 ENSG00000226159 LINC01375 - long intergenic non-protein coding RNA 1375 ncRNA 0.480 0.712 0.607 0.022 0.054 0.067 0.117 0.085 0.152 0.458 0.304 3.605 0.012 0.012 0.033 0.107 0.763 0.065 0.129 0.218 0.028 0.017 0.073 0.084 0.038 0.004 0.013 0.005 0.074 0.010 0.095 0.183 0.035 0.266 0.068 0.196 0.017 0.040 0.074 0.099 0.020 0.375 0.201 0.083 0.054 0.014 0.081 0.217 0.046 0.035 0.007 0.062 0.107 0.065 0.026 0.038 0.110 0.036 0.009 0.060 0.025 0.286 0.031 0.054 0.567 0.020 0.008 0.243 0.152 0.340 0.849 0.145 0.199 0.168 0.091 0.113 0.113 0.387 0.592 nan 0.251 0.156 0.113 0.077 0.133 0.033 0.047 0.165 0.238 0.457 0.413 9284 chr5 154127118 154139705 + 0 NA intron (NM_015315, intron 1 of 18) intron (NM_015315, intron 1 of 18) 40949 NM_015315 23367 Hs.292078 NM_015315 ENSG00000155506 LARP1 LARP La ribonucleoprotein domain family member 1 protein-coding 2.995 nan 2.390 2.962 1.265 0.949 2.629 1.274 2.488 1.221 2.605 1.435 1.602 0.645 2.664 1.646 1.963 0.214 2.135 0.631 2.576 1.498 1.234 0.625 2.614 2.085 2.970 2.224 2.293 0.997 3.480 4.239 2.230 4.196 0.777 3.168 1.091 2.893 0.139 1.395 1.855 3.257 2.932 1.233 2.156 1.365 2.333 2.827 3.079 3.950 2.180 2.644 1.646 2.667 2.967 2.614 1.896 1.485 0.856 3.553 1.644 1.925 1.445 1.836 1.487 1.963 1.161 1.949 1.949 2.579 3.775 2.233 2.213 2.692 1.067 3.979 3.607 2.325 3.011 2.109 2.849 6.563 7.850 2.467 4.620 3.974 3.412 3.497 3.308 1.161 0.650 2842 chr12 88182556 88201872 + 0 NA intron (NR_149056, intron 3 of 3) L2b|LINE|L2 -13726 NR_033410 400058 Hs.572212 NR_033410 MKRN9P MKRN5|MKRN9|MKRNP6|RNF65|ZNF127L3 makorin ring finger protein 9, pseudogene pseudo 0.690 0.831 0.557 0.312 0.163 0.017 0.080 0.190 0.337 0.189 0.121 0.350 0.047 0.109 0.041 0.099 1.560 0.350 0.110 0.055 4.280 0.007 0.194 0.160 0.062 0.278 0.100 0.709 0.084 0.044 0.142 0.376 0.088 0.484 0.258 0.159 0.040 0.073 0.096 0.030 0.045 0.048 0.050 0.053 0.119 0.080 0.085 0.099 0.253 0.033 0.070 0.173 0.099 0.063 0.167 0.062 0.317 0.092 0.025 0.063 0.084 0.102 0.054 0.039 0.047 0.033 0.021 0.282 0.188 0.244 0.343 0.264 0.374 0.538 0.193 0.270 0.239 2.425 2.699 0.365 0.407 0.516 0.363 0.090 0.211 0.197 0.177 0.233 0.222 0.746 0.595 2900 chr12 103650750 103677878 + 0 NA intron (NR_103526, intron 6 of 10) (TTTTTA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 118694 NR_126333 101929058 Hs.171310 NR_126333 ENSG00000257860 LOC101929058 - uncharacterized LOC101929058 ncRNA 0.777 1.697 nan 0.073 3.960 5.666 0.070 2.762 5.271 0.007 0.049 0.034 0.121 1.546 1.495 1.572 0.099 0.119 0.067 0.007 0.024 0.010 3.087 1.202 2.180 0.008 0.016 0.006 0.066 0.004 0.124 1.237 0.168 7.289 0.022 0.059 0.235 0.032 0.122 0.013 0.032 0.041 0.096 0.075 0.017 0.020 0.069 0.144 0.056 0.055 0.006 0.034 1.572 0.045 0.048 2.180 0.059 0.049 0.104 0.030 1.623 0.026 0.025 0.059 0.017 0.023 0.013 0.303 0.144 0.150 0.244 2.060 2.391 4.640 2.026 0.150 0.139 0.230 0.387 3.669 3.829 0.435 0.160 0.102 0.198 1.588 1.191 0.211 0.342 4.459 1.966 7981 chr3 168821978 168837975 + 0 NA intron (NM_001105077, intron 9 of 16) intron (NM_001105077, intron 9 of 16) 34117 NM_001105077 2122 Hs.744090 NM_004991 ENSG00000085276 MECOM AML1-EVI-1|EVI1|KMT8E|MDS1|MDS1-EVI1|PRDM3|RUSAT2 MDS1 and EVI1 complex locus protein-coding 1.267 1.150 0.909 3.866 0.149 0.021 2.305 0.292 0.413 0.012 0.330 1.817 0.517 0.032 0.056 0.177 1.567 0.233 1.143 0.627 0.086 0.217 0.203 0.089 0.425 0.122 0.014 1.586 2.746 0.095 0.159 1.124 0.146 1.649 0.143 0.024 0.056 0.083 0.996 0.019 0.189 0.527 0.342 1.548 0.875 0.196 1.960 0.017 0.772 0.059 0.018 0.177 0.518 2.205 0.089 0.214 0.026 0.006 0.027 0.045 1.401 0.037 0.228 0.948 0.459 0.445 0.311 0.218 3.742 3.837 0.326 0.394 0.206 0.140 0.208 0.227 0.450 0.711 nan 0.327 nan 0.243 0.124 0.223 0.451 0.498 0.293 0.516 0.543 0.447 11182 chr8 103815410 103824363 + 0 NA non-coding (NR_149020, exon 1 of 2) non-coding (NR_149020, exon 1 of 2) 836 NR_149020 401472 NR_149020 GASAL1 GASL1 growth arrest associated lncRNA 1 ncRNA 5.448 nan nan 2.474 4.388 3.565 6.567 3.034 4.692 5.711 6.780 4.425 5.800 2.560 2.220 3.644 4.906 0.810 5.108 2.737 11.709 2.590 1.715 0.797 5.079 3.563 4.286 3.999 5.369 4.206 3.570 6.044 2.902 9.396 3.868 8.435 1.661 4.347 0.086 4.462 1.715 5.546 11.806 4.220 2.991 9.277 3.315 8.646 9.409 10.361 3.088 4.665 3.644 9.159 7.108 5.079 1.031 5.226 0.324 8.781 10.851 3.582 2.001 1.504 4.051 5.615 4.106 1.715 2.704 3.993 7.141 6.057 4.713 nan 2.787 9.294 9.383 2.276 nan 5.514 nan nan 2.667 2.017 3.183 3.930 3.861 2.537 nan 2.689 1.112 2283 chr11 115780603 115812921 + 0 NA Intergenic Intergenic -165844 NR_034148 283143 Hs.130499 NR_034148 LINC00900 - long intergenic non-protein coding RNA 900 ncRNA 0.682 0.811 0.734 0.116 0.337 1.088 0.053 0.516 0.882 0.023 0.065 0.054 0.023 0.198 0.228 0.391 0.028 0.055 0.039 0.024 0.010 0.017 0.496 0.319 2.013 0.211 0.109 0.018 0.157 0.026 0.113 0.839 0.035 0.927 0.009 0.042 0.146 0.047 0.107 0.463 0.430 0.187 0.026 0.009 0.290 0.217 0.093 0.184 0.030 0.029 0.010 0.045 0.391 0.024 0.037 2.013 0.023 0.048 0.410 0.056 0.148 0.109 0.107 0.373 0.470 0.036 0.016 0.744 nan 0.220 0.503 2.195 2.309 1.986 0.449 0.117 0.120 0.683 nan 3.570 2.366 0.693 0.483 0.520 0.616 0.583 0.576 0.327 0.763 1.714 1.005 2603 chr12 32107205 32116277 + 0 NA promoter-TSS (NM_018169) promoter-TSS (NM_018169) -612 NM_018169 55196 Hs.445129 NM_018169 ENSG00000174718 KIAA1551 C12orf35|GET|UTA2-1 KIAA1551 protein-coding 2.009 nan 1.864 1.152 2.568 0.528 1.395 0.902 0.830 0.272 2.175 1.502 0.241 0.318 0.846 0.982 0.372 0.141 7.693 3.217 0.847 0.216 0.451 0.440 1.510 1.203 1.122 0.502 1.460 0.430 1.056 1.845 1.085 3.077 2.704 0.958 1.353 1.635 0.118 0.693 1.243 1.062 1.840 1.018 0.684 0.524 1.139 1.902 2.466 3.042 0.824 0.550 0.982 8.318 1.136 1.510 0.350 0.592 0.290 2.489 0.736 2.071 0.472 0.261 2.108 0.444 0.280 1.538 1.380 1.501 2.611 2.955 2.413 2.080 0.829 3.655 3.593 1.284 1.833 1.359 2.080 1.213 1.352 0.663 1.531 6.033 8.916 1.189 1.213 0.962 0.764 9644 chr6 41883866 41890794 + 0 NA intron (NM_001305457, intron 1 of 3) intron (NM_001305457, intron 1 of 3) 1351 NM_001305456 9477 Hs.278434 NM_004275 ENSG00000124641 MED20 PRO0213|SRB2|TRFP mediator complex subunit 20 protein-coding 4.278 2.015 2.388 3.015 3.121 1.359 7.106 1.366 2.608 0.774 2.470 3.876 0.766 0.866 1.217 2.490 2.049 0.231 2.227 0.940 5.010 1.186 0.859 0.371 2.615 4.317 4.338 1.739 2.070 1.583 2.184 2.973 2.257 4.404 1.137 5.235 0.455 1.928 0.163 1.375 0.799 3.502 6.908 3.029 1.679 1.265 3.291 6.979 2.350 3.478 1.304 1.380 2.490 4.821 5.327 2.615 1.340 1.204 0.711 2.876 1.156 3.482 0.574 1.497 1.741 5.727 4.675 4.555 3.381 3.815 6.565 3.908 3.278 7.846 4.151 8.911 9.674 2.785 3.626 6.040 nan 4.982 5.193 1.873 3.331 3.185 4.226 5.318 4.878 2.290 1.722 4955 chr17 70767985 70787236 + 0 NA intron (NM_001352693, intron 6 of 9) AluY|SINE|Alu -140999 NR_033876 400619 Hs.447555 NR_033876 ENSG00000227036 LINC00511 LCAL5|onco-lncRNA-12 long intergenic non-protein coding RNA 511 ncRNA 1.225 0.919 1.171 0.079 0.352 0.081 0.129 0.257 0.477 0.110 0.110 0.029 0.046 0.149 0.571 0.109 0.092 0.114 0.039 0.027 0.029 0.216 0.147 0.192 0.057 0.045 0.027 0.070 0.011 0.088 0.419 0.136 0.552 0.061 0.139 1.389 0.056 0.148 0.043 1.002 0.138 0.037 0.024 0.023 0.024 0.145 0.150 0.172 0.055 0.033 0.087 0.571 0.126 0.029 0.192 0.063 0.107 0.649 0.066 0.099 0.049 0.041 0.743 0.023 0.023 0.024 0.498 0.507 0.259 0.379 0.499 0.530 1.285 0.315 0.275 0.277 nan 1.331 0.658 1.126 2.989 2.782 0.149 0.269 3.110 4.032 0.668 1.467 nan 0.538 2695 chr12 54548793 54568560 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 24065 NM_001351248 23583 Hs.632721 NM_014311 ENSG00000123415 SMUG1 FDG|HMUDG|UNG3 single-strand-selective monofunctional uracil-DNA glycosylase 1 protein-coding nan 1.058 2.175 0.123 0.148 0.789 0.130 0.317 0.561 0.034 0.154 0.274 0.028 0.313 4.685 0.667 0.194 0.097 0.086 0.029 0.016 0.049 0.254 0.254 0.920 0.105 0.044 0.138 0.066 0.011 0.142 0.661 0.094 4.402 0.029 0.115 1.387 0.094 0.063 0.041 0.056 0.186 0.030 0.016 0.060 0.050 0.049 0.227 0.156 0.124 0.044 0.144 0.667 0.063 0.050 0.920 0.080 0.100 0.978 0.206 0.339 0.077 5.762 1.224 0.015 0.026 0.013 nan 6.887 1.063 1.471 1.130 nan 1.501 0.675 0.922 1.025 1.535 nan 2.898 nan 1.646 1.769 2.864 4.569 3.107 2.488 1.445 3.598 1.543 1.159 11563 chr9 66691312 66709746 + 0 NA Intergenic HERVIP10F-int|LTR|ERV1 -146618 NR_122077 403323 Hs.646340 NM_203449 LOC403323 - uncharacterized LOC403323 ncRNA 0.501 1.004 0.549 3.264 0.096 0.027 2.545 0.101 0.152 0.031 0.089 0.154 0.030 0.043 0.033 0.118 0.065 0.079 2.385 1.079 0.024 0.324 0.093 0.120 0.072 0.948 0.964 0.028 4.590 0.944 0.249 0.452 0.172 0.254 0.887 0.055 0.077 0.018 0.059 0.576 0.026 0.270 0.334 0.232 2.946 2.361 0.105 0.263 0.053 0.535 0.026 0.073 0.118 1.037 0.035 0.072 0.431 0.054 0.015 0.026 0.016 1.163 0.027 0.033 0.647 2.903 3.319 0.254 0.150 0.231 0.419 0.401 0.470 0.098 0.105 0.179 0.159 0.110 0.310 0.161 0.158 0.302 0.085 0.167 0.231 0.100 0.191 0.167 0.191 0.391 0.441 1238 chr1 242398751 242409740 + 0 NA intron (NM_152666, intron 5 of 10) intron (NM_152666, intron 5 of 10) 208539 NM_001195811 200150 Hs.672452 NM_152666 ENSG00000180287 PLD5 PLDC phospholipase D family member 5 protein-coding nan 1.215 nan 0.123 0.105 0.020 0.084 0.306 0.542 0.079 0.050 0.011 0.072 0.016 1.443 0.035 0.131 0.077 0.017 0.035 0.025 0.572 0.480 0.087 0.073 0.046 0.007 0.074 0.048 0.396 1.537 4.049 1.984 0.093 0.101 0.312 0.030 0.108 0.031 0.108 0.126 0.017 0.007 0.040 0.049 0.097 0.181 1.614 0.039 4.715 1.330 1.443 0.054 0.017 0.087 0.044 0.091 0.035 0.016 0.013 0.050 0.034 0.075 0.010 0.301 0.132 0.887 1.026 0.492 0.611 1.316 0.426 0.178 0.175 3.782 4.616 0.219 0.222 0.550 0.406 0.072 0.133 1.581 1.765 0.175 0.341 0.483 0.628 11846 chr9 137961397 137985281 + 0 NA intron (NM_014279, intron 1 of 5) intron (NM_014279, intron 1 of 5) -5767 NM_001282612 10439 Hs.522484 NM_006334 ENSG00000130558 OLFM1 AMY|NOE1|NOELIN1|OlfA olfactomedin 1 protein-coding nan 1.226 0.901 0.042 0.059 3.237 0.036 0.302 0.500 0.113 0.039 0.062 0.021 0.292 0.096 0.071 0.060 0.057 0.008 0.040 0.081 0.052 0.055 0.050 0.186 0.091 0.009 0.158 0.004 0.296 0.688 0.048 3.468 0.031 0.106 0.070 0.200 0.053 0.044 0.003 0.162 0.089 0.072 0.005 0.068 0.040 0.125 0.174 0.068 0.158 0.075 0.096 0.060 0.015 0.050 0.020 0.087 1.064 1.027 0.323 0.067 0.095 0.189 0.102 0.012 0.013 0.326 0.500 0.076 0.085 0.153 0.256 nan 0.038 0.059 0.041 1.019 1.469 0.143 0.143 3.021 4.559 0.285 0.519 0.339 0.376 0.635 1.106 0.158 0.264 10661 chr7 129983336 130023307 + 0 NA exon (NM_001127441, exon 11 of 14) exon (NM_001127441, exon 11 of 14) 3647 NR_133928 105375504 Hs.436058 NR_133928 LOC105375504 - uncharacterized LOC105375504 ncRNA nan nan nan 0.535 1.145 7.562 0.479 2.178 3.884 0.439 1.600 2.609 0.260 0.280 4.487 3.721 1.698 0.265 0.603 0.403 0.710 0.031 1.770 1.024 6.472 0.719 0.469 0.086 0.582 0.551 0.418 0.963 1.289 3.646 0.497 1.728 0.888 0.120 0.150 0.593 1.229 2.164 0.380 0.203 0.308 0.548 0.673 0.758 0.104 0.227 0.071 0.328 3.721 0.730 0.056 6.472 0.275 0.234 0.552 0.425 1.979 1.068 0.281 0.124 1.294 1.320 0.853 0.677 0.799 0.387 1.456 6.669 7.622 nan 1.798 0.395 0.392 0.747 nan 2.582 3.133 nan 1.639 0.352 0.585 2.118 1.937 0.435 0.747 3.645 nan 1559 chr10 80885767 80925145 + 0 NA intron (NM_020338, intron 3 of 24) intron (NM_020338, intron 3 of 24) 76664 NM_020338 57178 Hs.193118 NM_020338 ENSG00000108175 ZMIZ1 MIZ|RAI17|TRAFIP10|ZIMP10 zinc finger MIZ-type containing 1 protein-coding 1.066 0.776 1.078 1.868 0.304 0.135 3.454 0.228 0.397 0.337 4.152 2.280 0.057 0.283 0.143 0.435 0.595 0.086 1.775 1.184 0.754 0.095 0.135 0.091 0.336 1.326 1.097 0.633 1.500 0.996 0.734 2.016 0.254 0.518 0.732 1.244 0.068 0.163 0.058 1.032 0.118 1.901 1.643 0.842 1.107 0.691 0.863 1.538 2.745 1.086 0.297 1.086 0.435 2.133 2.213 0.336 0.893 0.570 0.153 0.248 0.361 1.460 0.073 0.383 1.654 1.387 0.840 0.461 0.804 1.270 2.523 0.530 0.567 1.071 0.286 0.428 0.352 0.730 1.136 1.351 1.912 0.370 0.339 0.352 0.485 0.145 0.248 0.690 1.869 0.648 0.436 1793 chr11 10913528 10931686 + 0 NA Intergenic Intergenic 42843 NR_034137 729013 Hs.726427 NR_034137 ENSG00000247271 ZBED5-AS1 - ZBED5 antisense RNA 1 ncRNA 0.934 nan 1.197 1.719 0.461 0.795 3.097 0.230 0.425 0.650 1.252 1.520 2.018 0.128 0.411 0.754 1.212 0.205 1.456 1.056 0.815 0.015 0.130 0.151 0.401 1.704 1.684 0.061 1.337 1.321 2.284 6.773 3.167 3.783 1.052 1.240 0.100 0.065 0.080 1.013 0.044 3.405 0.516 0.248 1.023 1.209 1.918 1.998 1.222 0.542 0.344 1.704 0.754 1.978 3.445 0.401 1.174 1.474 0.091 0.471 0.194 1.875 0.436 0.191 2.029 0.657 0.697 nan 0.628 2.203 7.226 0.631 0.664 0.483 0.174 0.404 0.503 1.310 nan 0.630 0.720 1.117 1.238 0.479 0.810 0.341 0.425 0.313 0.845 0.653 nan 7 chr1 993332 1016719 + 0 NA Intergenic CpG 4662 NM_001205252 401934 Hs.568137 NM_001205252 ENSG00000237330 RNF223 - ring finger protein 223 protein-coding 0.720 nan 1.389 3.443 0.255 0.675 1.085 0.321 0.615 0.459 1.319 0.271 0.511 0.575 1.075 0.219 0.469 0.097 2.644 0.902 0.229 0.200 0.229 0.113 0.159 0.717 0.808 0.957 2.329 0.668 2.006 nan 1.426 1.569 2.032 0.395 0.033 0.694 0.089 0.237 0.743 0.872 0.989 0.587 1.345 0.935 1.858 0.324 1.379 2.213 1.246 1.613 0.219 4.643 1.598 0.159 0.869 2.587 0.249 2.004 0.286 0.751 0.787 0.074 0.260 0.177 0.087 2.784 4.470 0.925 1.348 1.310 1.053 1.355 0.354 10.155 10.309 0.258 nan nan 4.314 nan 0.239 1.517 2.361 0.208 0.225 0.188 0.305 0.372 0.328 1701 chr10 126327215 126365300 + 0 NA intron (NM_014661, intron 4 of 4) intron (NM_014661, intron 4 of 4) -46340 NR_120631 101927944 Hs.437448 NR_120630 FAM53B-AS1 - FAM53B antisense RNA 1 ncRNA nan 0.679 1.481 0.075 0.343 2.724 0.252 0.510 1.023 0.015 0.691 0.346 0.002 0.086 1.845 0.262 0.116 0.051 0.163 0.089 0.058 0.044 0.283 0.229 0.422 0.106 0.079 0.134 0.094 0.014 0.072 0.297 0.095 1.075 0.050 0.111 0.087 0.062 0.055 0.015 0.095 0.126 0.059 0.049 0.031 0.060 0.128 0.100 0.189 0.089 0.033 0.141 0.262 0.163 0.088 0.422 0.132 0.044 0.116 0.126 0.501 0.166 0.060 0.091 0.038 0.017 0.011 0.373 0.534 0.418 0.692 0.423 0.388 1.330 0.422 0.423 0.415 0.331 0.517 2.475 2.746 0.300 0.454 0.289 0.337 0.348 0.291 0.246 0.308 1.017 0.596 7157 chr21 27759469 27765920 + 0 NA Intergenic Intergenic -3260 NR_135516 100996571 Hs.570432 NR_135515 ENSG00000197934 CYYR1-AS1 - cysteine and tyrosine rich 1 antisense RNA 1 ncRNA 1.641 0.986 2.933 0.889 0.194 0.035 0.693 0.074 0.204 0.534 0.097 0.028 0.406 0.047 0.041 0.329 0.045 0.074 1.460 0.952 4.182 0.098 0.089 1.004 0.758 0.137 0.833 1.000 0.548 0.716 1.136 0.485 0.792 0.175 0.291 0.099 0.333 0.108 3.510 0.583 0.376 1.443 0.321 1.337 0.588 0.278 0.066 4.364 1.176 0.329 0.789 1.367 0.258 1.601 0.330 0.715 0.063 0.503 0.062 0.097 0.595 0.420 0.466 0.360 0.200 1.456 6.520 0.337 0.331 0.122 0.047 0.222 0.219 2.043 2.512 0.184 0.112 3.008 2.858 0.085 0.166 2.135 3.739 0.231 nan 0.807 0.607 5027 chr17 75795218 75800448 + 0 NA Intergenic Intergenic -73192 NR_104134 100132174 Hs.640110 NR_104134 ENSG00000267790 LINC01987 - long intergenic non-protein coding RNA 1987 ncRNA 4.012 1.408 1.344 0.008 0.017 2.453 0.040 0.494 1.382 0.037 0.105 0.068 0.037 2.118 3.924 0.186 0.030 0.141 0.012 0.301 0.250 2.978 0.041 0.013 0.056 0.080 0.094 0.615 0.081 4.223 0.079 0.081 0.061 0.103 0.023 0.152 0.088 0.011 0.015 0.021 0.066 0.036 0.172 0.052 0.054 0.034 0.012 3.924 0.096 2.978 0.047 3.381 0.086 0.096 0.015 2.120 1.200 0.076 0.022 0.010 1.445 2.544 0.216 0.281 5.995 6.734 0.323 0.156 0.297 0.370 nan 3.604 1.292 2.296 9.733 12.068 0.729 1.178 0.194 0.162 4.567 8.482 nan 0.891 6491 chr2 175109185 175114876 + 0 NA intron (NM_001328688, intron 1 of 10) AluSz6|SINE|Alu 1368 NM_001328688 29789 Hs.157351 NM_013341 ENSG00000138430 OLA1 DOC45|GBP45|GTBP9|GTPBP9|PTD004 Obg like ATPase 1 protein-coding 3.675 1.907 3.283 2.424 2.151 1.350 1.865 1.775 2.618 0.384 1.653 1.545 0.479 0.772 0.904 2.715 1.370 0.141 2.773 0.801 1.573 0.679 1.239 0.891 2.385 1.411 1.496 1.714 2.825 1.134 2.152 3.245 1.238 4.838 1.088 2.104 0.116 1.467 0.150 0.885 0.690 3.309 3.106 1.454 1.192 0.994 4.772 0.866 1.925 2.590 0.721 1.661 2.715 2.152 2.780 2.385 1.180 0.927 0.978 2.847 0.821 1.834 0.889 1.551 0.705 1.700 1.056 2.700 2.534 3.153 4.593 2.905 2.514 3.099 1.298 6.450 6.229 3.715 4.281 10.798 16.847 3.851 4.625 1.797 2.877 1.170 0.990 4.499 4.153 1.866 0.981 1937 chr11 47535256 47548220 + 0 NA intron (NM_001330272, intron 1 of 15) intron (NM_001330272, intron 1 of 15) 3802 NM_001172639 10658 Hs.595333 NM_006560 ENSG00000149187 CELF1 BRUNOL2|CUG-BP|CUGBP|CUGBP1|EDEN-BP|NAB50|NAPOR|hNab50 CUGBP Elav-like family member 1 protein-coding nan 1.673 1.013 0.719 0.326 0.181 1.499 0.298 0.709 0.121 0.538 0.899 0.756 0.070 0.296 0.585 0.707 0.180 0.951 0.258 0.231 0.107 0.511 0.334 0.338 0.990 0.536 0.306 0.725 0.510 0.590 1.410 0.911 0.669 0.238 0.599 0.264 0.266 0.116 0.309 0.141 0.656 0.617 0.346 0.482 0.564 0.695 1.118 0.589 0.987 0.233 0.262 0.585 0.966 2.279 0.338 0.137 0.083 0.606 0.146 0.094 1.261 0.183 0.229 0.555 0.168 0.162 0.672 1.079 0.405 0.707 1.147 1.365 0.939 0.343 0.930 1.026 4.520 5.482 0.340 0.751 1.904 1.599 0.443 0.738 0.922 1.454 0.643 nan 0.980 0.673 5542 chr19 13075481 13088920 + 0 NA intron (NM_152654, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu 1768 NM_152654 199699 Hs.331981 NM_152654 ENSG00000179284 DAND5 CER2|CERL2|CKTSF1B3|COCO|CRL2|DANTE|GREM3|SP1 DAN domain BMP antagonist family member 5 protein-coding 2.361 0.957 8.372 0.258 0.486 1.214 0.367 0.429 1.085 0.263 0.264 0.220 0.250 0.112 0.362 0.540 0.722 0.622 0.280 0.099 0.435 0.185 0.398 0.215 1.000 0.201 0.199 0.333 0.336 0.172 0.398 nan 0.311 0.692 0.119 0.268 0.478 0.630 0.108 0.115 0.271 0.625 0.292 0.139 0.227 0.166 0.315 0.320 0.539 0.856 0.218 0.404 0.540 0.290 0.297 1.000 0.136 0.261 0.941 0.763 0.574 0.809 0.060 1.406 0.141 0.081 0.022 0.627 1.292 1.061 1.534 2.224 2.062 2.049 0.638 0.523 0.633 3.524 3.868 1.151 1.532 5.260 5.385 0.449 0.554 1.763 1.955 1.120 2.212 2.861 1.349 4274 chr16 19391597 19410843 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -20641 NM_001308161 79838 Hs.115838 NM_024780 ENSG00000103534 TMC5 - transmembrane channel like 5 protein-coding 0.746 2.078 nan 0.826 1.937 1.800 2.203 0.512 0.864 1.054 0.137 0.039 2.227 0.275 0.127 0.286 0.071 0.089 1.500 0.867 0.040 0.007 0.485 0.167 0.698 1.739 1.285 0.042 2.436 1.010 1.773 4.558 2.005 1.315 0.960 0.064 0.084 0.031 0.085 0.092 0.116 0.198 0.066 0.053 3.625 1.911 3.012 0.109 0.835 0.057 0.328 2.591 0.286 1.583 0.639 0.698 0.543 2.066 0.075 0.064 0.148 0.633 0.052 0.123 0.201 0.042 0.032 0.287 0.151 0.414 1.222 0.453 0.527 2.619 0.667 0.139 0.135 0.129 0.243 11.601 12.988 nan 0.170 0.152 0.234 0.569 0.801 0.363 0.458 0.483 0.503 5556 chr19 14245967 14252306 + 0 NA intron (NR_045214, intron 1 of 2) AluJr|SINE|Alu 1172 NR_045214 100507373 Hs.720437 NR_045214 ENSG00000267169 LOC100507373 - uncharacterized LOC100507373 ncRNA 3.665 3.442 3.296 1.844 2.464 3.042 1.566 1.622 2.573 3.576 1.861 0.942 6.576 0.858 1.887 1.753 1.592 0.481 2.424 0.751 1.522 1.155 1.546 0.432 2.535 1.730 1.900 1.574 3.500 0.837 1.498 nan 1.794 4.833 0.669 1.144 1.616 1.801 0.103 0.631 0.840 12.155 2.407 1.385 1.688 0.774 3.470 2.988 1.392 2.957 2.024 1.434 1.753 2.652 2.193 2.535 0.964 1.083 0.707 2.679 1.362 2.230 0.638 1.299 1.611 1.130 0.499 1.549 2.068 3.300 4.461 4.014 3.645 5.449 2.349 5.133 5.489 2.165 3.435 3.842 6.386 4.144 4.464 1.252 1.649 4.683 5.910 1.973 3.385 2.344 1.309 5154 chr18 10069779 10095681 + 0 NA Intergenic Intergenic 168775 NM_194434 9218 Hs.165195 NM_003574 ENSG00000101558 VAPA VAP-33|VAP-A|VAP33|hVAP-33 VAMP associated protein A protein-coding 1.105 0.816 1.130 0.080 0.150 0.034 0.127 0.136 0.251 0.011 0.130 0.195 0.015 0.046 0.162 0.074 0.139 0.130 0.180 0.066 0.022 0.021 0.054 0.099 0.305 0.099 0.022 0.026 0.063 0.017 0.148 1.053 0.362 0.337 0.213 0.077 0.088 0.039 0.111 0.032 0.109 0.136 0.037 0.033 0.026 0.039 0.447 0.204 0.148 0.060 1.835 0.620 0.074 0.153 0.031 0.305 0.226 0.497 0.112 0.063 0.035 0.061 0.092 0.239 0.062 0.200 0.214 0.414 0.342 0.210 0.316 0.444 0.481 4.818 1.519 0.199 0.221 0.441 0.690 0.413 0.439 0.763 0.749 0.159 0.231 0.387 0.517 0.304 0.484 0.897 0.706 182 chr1 26250789 26282997 + 0 NA Intergenic Intergenic -33525 NM_203399 3925 Hs.209983 NM_005563 ENSG00000117632 STMN1 C1orf215|LAP18|Lag|OP18|PP17|PP19|PR22|SMN stathmin 1 protein-coding 2.095 1.034 nan 0.094 0.391 0.215 0.073 0.149 0.375 0.024 0.116 0.075 0.023 0.072 0.113 0.527 0.095 0.100 0.111 0.029 0.043 0.039 0.263 0.177 0.245 0.062 0.022 0.059 0.047 0.075 0.072 0.291 0.075 0.456 0.018 0.067 0.073 0.106 0.101 0.013 0.222 0.123 0.041 0.045 0.041 0.047 0.075 0.164 0.111 0.112 0.020 0.089 0.527 0.084 0.072 0.245 0.042 0.036 0.190 0.140 0.138 0.037 0.110 0.783 0.027 0.020 0.016 0.472 0.536 0.234 0.278 0.995 1.029 2.258 0.647 0.412 0.399 1.450 2.213 0.537 0.625 2.028 1.855 0.333 0.402 0.443 0.418 1.300 4.246 1.245 0.768 9490 chr6 20948062 20963273 + 0 NA exon (NM_017774, exon 10 of 16) exon (NM_017774, exon 10 of 16) 420979 NM_017774 54901 Hs.657604 NM_017774 ENSG00000145996 CDKAL1 - CDK5 regulatory subunit associated protein 1 like 1 protein-coding 1.347 1.515 nan 0.151 3.509 0.921 0.177 2.263 4.700 0.012 0.131 0.115 0.012 0.079 0.528 1.766 0.227 0.123 0.120 0.050 0.071 0.082 0.954 0.977 3.046 0.164 0.062 0.005 0.058 0.156 0.293 0.728 0.170 nan 0.106 0.053 0.815 0.057 0.096 0.023 0.170 0.284 0.261 0.175 0.064 0.056 0.222 0.138 0.080 0.089 0.021 0.059 1.766 0.111 0.107 3.046 0.024 0.054 0.180 0.065 0.240 0.116 0.078 0.650 0.080 0.011 0.024 0.578 0.579 0.610 nan 1.762 2.086 nan 1.746 2.147 2.372 1.256 1.369 2.138 2.013 1.049 0.657 0.266 0.391 2.783 4.247 0.724 2.307 0.794 0.632 6681 chr2 224659142 224671372 + 0 NA intron (NM_001039569, intron 1 of 4) AluJr|SINE|Alu 37062 NR_110906 130340 Hs.632555 NM_178814 ENSG00000152056 AP1S3 PSORS15 adaptor related protein complex 1 subunit sigma 3 protein-coding nan 0.634 1.075 3.096 0.228 0.059 5.491 0.197 0.469 0.164 0.235 0.595 0.359 0.040 0.087 0.519 0.613 0.224 2.226 0.864 0.495 0.023 0.220 0.155 0.274 1.091 0.538 0.137 2.313 1.777 0.507 1.002 1.692 nan 1.905 0.954 0.016 0.080 0.134 0.328 0.091 0.099 0.054 0.064 1.625 1.736 2.342 0.098 1.264 0.302 0.258 1.074 0.519 2.437 2.938 0.274 0.839 1.205 0.008 0.652 0.190 1.523 0.089 0.152 1.005 0.028 0.021 0.476 0.373 1.870 4.296 0.262 0.419 0.415 0.127 0.381 0.306 0.607 0.984 0.548 nan 0.531 0.324 0.236 0.394 0.133 0.193 0.453 nan 0.601 0.414 3809 chr14 101104281 101195744 + 0 NA Intergenic Intergenic 26407 NR_024096 283601 Hs.379802 NM_001007560 ENSG00000196273 LINC00523 C14orf70 long intergenic non-protein coding RNA 523 ncRNA 1.479 1.292 0.930 0.220 0.226 1.979 1.225 0.632 1.304 0.021 0.166 0.144 0.014 0.921 0.581 1.960 0.125 0.086 0.117 0.077 0.057 0.035 0.282 0.214 0.890 1.304 1.033 0.075 0.343 0.183 0.918 3.960 0.481 4.248 0.252 0.275 0.223 0.075 0.099 0.655 1.010 0.708 0.396 0.202 0.115 0.352 0.083 1.008 0.254 1.044 0.313 0.880 1.960 0.151 1.695 0.890 0.182 0.679 0.914 0.566 1.619 0.510 0.155 0.057 0.431 0.460 0.370 0.179 0.126 0.162 0.201 1.465 1.500 1.084 0.394 0.073 0.079 0.283 0.471 2.064 2.313 2.193 2.069 0.325 0.389 0.970 0.851 0.236 0.439 1.406 0.811 10493 chr7 90206772 90235484 + 0 NA Intergenic Intergenic -4548 NM_001287135 5218 Hs.258576 NM_012395 ENSG00000058091 CDK14 PFTAIRE1|PFTK1 cyclin dependent kinase 14 protein-coding nan 0.835 nan 2.785 0.317 0.407 0.329 0.346 0.784 0.224 0.785 0.861 0.396 0.105 0.412 0.534 1.424 0.226 0.358 0.158 0.070 0.077 0.598 0.474 0.685 0.127 0.098 0.044 1.153 0.268 0.170 0.325 0.174 1.220 0.204 0.187 0.173 0.379 0.177 0.225 0.440 0.609 0.163 0.128 0.284 0.037 0.100 1.059 0.111 0.749 0.105 0.065 0.534 0.241 0.909 0.685 0.481 0.050 0.276 0.269 0.394 0.327 1.345 0.082 0.242 0.062 0.054 1.613 1.665 0.992 0.998 1.276 1.119 0.928 0.323 5.543 5.615 1.069 1.497 0.752 0.806 0.709 0.664 1.046 2.543 0.649 0.482 0.509 nan 1.097 0.915 6380 chr2 138643540 138653834 + 0 NA intron (NR_120402, intron 2 of 2) HERV16-int|LTR|ERVL 36815 NR_120402 101928273 Hs.560928 NR_120402 LOC101928273 - uncharacterized LOC101928273 ncRNA nan 0.579 nan 0.070 0.416 0.213 0.069 0.136 0.315 0.009 0.083 0.054 0.012 0.039 0.077 0.276 0.094 0.063 0.113 0.055 0.018 0.027 0.169 0.183 0.703 0.021 0.007 0.043 0.086 0.037 0.314 0.126 0.499 0.014 0.053 0.222 0.059 0.011 0.192 0.090 0.052 0.030 0.010 0.037 0.084 0.097 0.055 0.069 0.015 0.091 0.276 0.062 0.036 0.703 0.008 0.169 0.085 0.019 0.069 0.049 0.281 0.008 0.011 0.015 0.350 0.247 0.213 0.309 0.696 0.539 8.460 4.405 0.136 0.118 0.911 1.370 0.665 nan 0.687 0.692 0.202 0.245 0.447 0.444 0.382 1.173 0.630 0.468 10056 chr6 159195235 159241385 + 0 NA intron (NM_001111077, intron 2 of 13) intron (NM_001111077, intron 2 of 13) -20701 NR_102425 101409257 Hs.571207 NR_102425 EZR-AS1 - EZR antisense RNA 1 ncRNA nan 1.019 2.165 3.888 0.847 0.656 1.251 0.361 0.602 0.407 0.458 0.425 0.678 0.117 0.364 0.851 0.419 0.091 1.376 0.312 0.298 0.162 0.313 0.187 0.714 0.447 0.421 0.258 0.764 0.288 1.635 nan 1.480 1.707 0.267 0.427 0.161 0.557 0.108 0.273 0.488 0.518 0.943 0.480 0.469 0.453 2.406 0.295 0.659 1.364 0.142 0.501 0.851 1.798 0.508 0.714 0.679 0.661 0.831 0.507 0.265 0.279 0.327 0.402 0.538 0.730 0.437 0.992 1.420 1.091 2.126 1.408 nan 1.981 0.872 2.533 2.508 0.973 1.300 0.880 1.290 2.792 2.171 0.448 0.932 0.619 0.833 0.533 nan 0.899 0.534 6371 chr2 135355659 135408086 + 0 NA intron (NM_030923, intron 2 of 7) L1PA13|LINE|L1 94699 NM_030923 81615 Hs.369471 NM_030923 ENSG00000152128 TMEM163 DC29|SV31 transmembrane protein 163 protein-coding nan 2.989 nan 0.050 0.254 0.028 0.058 0.107 0.210 0.018 0.090 0.041 0.008 0.258 0.098 0.120 0.080 0.080 0.110 0.033 0.019 0.037 0.115 0.113 0.087 0.076 0.040 0.009 0.054 0.010 0.054 0.099 0.073 0.387 0.011 0.066 2.129 0.029 0.081 0.018 0.048 0.053 0.030 0.018 0.023 0.035 0.079 0.111 0.072 0.056 0.022 0.053 0.120 0.057 0.020 0.087 0.021 0.024 0.382 0.033 0.178 0.032 0.036 0.063 0.048 0.020 0.008 0.268 0.156 0.181 0.196 0.218 0.301 0.611 0.251 0.105 0.091 0.197 0.329 0.916 nan 0.559 0.451 0.125 0.199 10.096 9.894 0.199 0.272 0.493 0.394 10768 chr7 156791723 156816644 + 0 NA promoter-TSS (NM_005515) promoter-TSS (NM_005515) 632 NR_038835 645249 Hs.224879 NR_038835 ENSG00000243479 MNX1-AS1 CCAT5 MNX1 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.777 0.878 nan 0.898 1.981 1.626 0.161 2.431 4.601 0.077 0.131 0.103 0.080 2.081 1.555 1.084 0.070 0.158 0.034 0.015 0.212 0.211 1.147 0.510 2.023 0.259 0.148 0.388 0.380 0.313 0.565 1.154 0.902 1.220 0.006 0.160 0.160 0.900 0.130 0.138 0.697 1.306 0.346 0.237 0.167 0.074 0.402 0.252 1.248 0.660 1.045 1.312 1.084 0.052 0.126 2.023 0.298 0.187 0.259 1.187 0.485 0.095 2.700 0.049 0.092 0.414 0.233 3.515 5.092 1.112 1.415 2.293 2.148 2.155 0.714 0.110 0.111 0.361 0.730 3.688 4.325 1.171 1.506 4.342 6.051 0.967 0.869 0.127 0.208 1.624 1.011 10043 chr6 157541317 157559345 + 0 NA Intergenic Intergenic 194960 NM_018452 729515 Hs.157212 NM_018452 ENSG00000215712 TMEM242 BM033|C6orf35 transmembrane protein 242 protein-coding nan 1.343 1.611 0.191 3.406 2.973 0.225 1.317 2.659 0.042 0.090 0.264 0.089 0.304 1.854 2.330 0.207 0.098 0.234 0.084 0.066 0.031 0.694 0.351 4.016 0.184 0.072 0.078 0.286 0.128 0.650 nan 0.510 3.712 0.146 0.122 0.873 0.109 0.088 0.085 1.047 0.204 0.120 0.069 0.168 0.203 0.223 0.083 0.285 0.492 0.074 0.296 2.330 0.300 0.051 4.016 0.159 0.356 0.729 0.591 2.953 0.061 0.627 0.157 0.043 0.022 0.022 1.060 1.228 0.425 0.698 3.673 nan 7.177 4.163 1.718 1.768 0.269 0.432 4.883 4.840 1.384 1.136 0.782 1.197 2.904 2.506 0.581 nan 1.402 0.658 11841 chr9 137230761 137252075 + 0 NA intron (NM_002957, intron 1 of 9) intron (NM_002957, intron 1 of 9) 23109 NM_002957 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 0.564 1.157 0.129 0.083 0.816 0.436 0.167 0.339 1.472 0.333 0.100 0.241 0.038 0.025 0.370 0.397 0.113 0.555 0.125 0.041 0.065 0.037 0.061 0.185 0.324 0.165 0.152 0.099 0.010 0.462 2.129 0.362 1.614 0.302 0.335 0.054 0.131 0.035 0.015 0.011 0.188 0.079 0.041 0.072 0.129 2.561 0.159 0.474 0.047 0.026 0.643 0.370 0.570 0.057 0.185 0.556 2.129 0.959 0.187 0.110 0.207 0.117 0.035 0.027 0.038 0.021 0.697 1.353 0.265 0.595 0.620 0.553 nan 0.043 0.231 0.315 0.649 0.972 0.218 0.203 3.235 3.776 0.695 0.626 0.359 0.377 0.303 0.263 0.414 0.440 11263 chr8 125239716 125293707 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -7072 NR_125420 101927588 Hs.617072 NR_125420 ENSG00000214803 LOC101927588 - uncharacterized LOC101927588 ncRNA nan nan nan 0.229 0.405 0.803 0.700 0.523 0.916 0.029 0.332 0.473 0.018 0.609 0.713 0.542 0.218 0.132 0.499 0.467 0.166 0.036 0.143 0.120 0.503 0.255 0.093 0.087 0.276 0.168 0.538 3.760 0.263 nan 0.786 0.313 0.168 0.040 0.078 0.199 0.087 0.151 0.226 0.186 0.190 0.092 0.225 0.306 1.030 0.106 0.658 1.399 0.542 0.651 0.372 0.503 0.195 1.239 0.124 0.057 0.261 0.379 0.240 0.269 0.173 0.040 0.029 0.652 1.170 0.402 0.682 0.687 0.805 1.626 0.722 nan nan 0.178 0.323 0.674 1.020 0.391 0.206 0.445 0.598 0.620 0.805 0.445 0.995 0.673 0.608 8868 chr5 39057253 39081087 + 0 NA intron (NM_152756, intron 2 of 37) MIRb|SINE|MIR 5340 NM_001285440 253260 Hs.407926 NM_152756 ENSG00000164327 RICTOR AVO3|PIA|hAVO3 RPTOR independent companion of MTOR complex 2 protein-coding 1.100 1.400 nan 1.000 2.470 0.209 0.906 0.269 0.499 0.472 1.008 1.681 0.227 0.674 0.403 0.452 2.185 0.272 2.358 0.718 1.656 0.849 1.022 0.601 1.015 0.709 0.691 0.402 1.520 0.594 2.069 2.529 2.223 1.547 0.713 1.500 0.120 0.860 0.137 0.594 0.496 0.839 0.781 0.486 0.612 1.040 2.147 0.461 1.643 1.101 0.939 2.513 0.452 2.695 1.081 1.015 1.220 1.144 0.196 1.806 1.355 1.752 0.403 0.311 0.399 0.389 0.273 1.621 1.601 1.503 1.854 1.638 1.599 1.320 0.632 14.709 14.801 1.618 2.029 2.362 3.110 2.292 2.182 1.064 1.960 0.669 0.656 0.910 1.105 0.809 0.702 815 chr1 161007584 161017068 + 0 NA intron (NM_207005, intron 4 of 10) intron (NM_207005, intron 4 of 10) 2401 NM_001276373 7391 Hs.414880 NM_007122 ENSG00000158773 USF1 FCHL|FCHL1|HYPLIP1|MLTF|MLTFI|UEF|bHLHb11 upstream transcription factor 1 protein-coding 2.997 nan 4.105 2.601 2.310 2.810 2.306 0.997 2.119 0.764 1.665 1.235 1.536 2.857 3.845 2.775 1.360 0.169 2.199 0.961 3.779 0.745 1.884 0.975 3.452 2.067 2.090 0.866 2.132 1.402 3.154 5.061 2.918 7.152 1.954 2.161 0.442 1.998 0.134 2.079 1.080 1.924 1.468 0.814 2.464 1.370 2.163 1.361 1.622 2.191 1.231 1.521 2.775 2.269 1.650 3.452 1.405 0.988 0.789 4.399 1.555 1.787 1.428 0.822 0.919 0.814 0.681 3.541 3.927 5.117 7.550 6.076 nan 5.030 2.542 3.656 3.854 2.869 3.578 4.041 nan 2.722 2.778 3.658 5.056 2.136 2.580 3.133 3.790 2.579 1.351 3486 chr14 35759719 35764602 + 0 NA intron (NM_001282232, intron 1 of 6) intron (NM_001282232, intron 1 of 6) 637 NM_002791 5687 Hs.446260 NM_002791 ENSG00000100902 PSMA6 IOTA|PROS27|p27K proteasome subunit alpha 6 protein-coding 5.589 3.250 2.412 3.777 4.411 6.339 5.759 1.942 3.556 1.938 3.124 4.124 9.847 0.798 3.608 2.093 2.971 0.826 6.239 1.925 2.519 1.588 1.916 1.409 4.739 3.624 4.204 0.784 4.813 2.328 20.860 28.438 4.755 10.098 2.392 4.300 1.448 3.710 0.211 2.109 2.935 4.189 3.026 1.423 4.409 2.302 2.668 4.042 4.077 2.577 3.093 2.679 2.093 4.069 6.466 4.739 2.343 1.513 1.112 3.601 2.826 3.300 1.358 1.716 1.499 0.991 0.396 3.034 3.760 5.793 7.756 6.456 6.054 6.692 2.780 19.215 19.902 3.607 4.594 7.907 12.523 7.146 6.922 2.655 5.009 5.559 6.302 4.166 4.122 3.215 1.515 167 chr1 24115493 24128389 + 0 NA TTS (NM_001127621) TTS (NM_001127621) 4119 NM_001127621 2582 Hs.632380 NM_000403 ENSG00000117308 GALE SDR1E1 UDP-galactose-4-epimerase protein-coding 2.368 1.870 nan 3.323 2.227 1.139 2.044 0.694 1.455 1.320 2.988 1.728 0.439 2.009 1.340 1.165 1.166 0.112 3.131 0.772 4.560 0.645 0.852 0.469 0.687 1.714 2.045 1.549 3.221 1.151 4.631 7.280 4.128 4.313 1.971 1.922 0.103 1.940 0.111 1.483 0.601 4.537 2.970 1.282 1.898 1.227 1.725 2.504 2.102 2.674 1.958 1.636 1.165 3.532 4.244 0.687 1.342 1.558 0.660 3.985 1.550 1.744 0.345 0.584 1.933 0.979 0.879 1.236 1.629 2.183 3.142 3.292 3.371 2.011 0.519 2.845 2.676 2.198 3.188 3.244 4.365 1.222 0.998 1.054 1.839 0.614 0.754 1.174 2.065 1.556 0.652 11605 chr9 81869199 81892211 + 0 NA Intergenic Intergenic -120124 NR_109771 101927450 Hs.738041 NR_109771 ENSG00000260995 LOC101927450 - uncharacterized LOC101927450 ncRNA 0.724 0.775 1.031 0.072 0.565 0.041 0.075 0.624 1.372 0.029 0.081 0.065 0.008 0.130 0.069 0.848 0.147 0.050 0.032 0.028 0.024 0.699 0.199 0.464 0.033 0.025 0.067 0.092 0.009 0.105 0.203 0.049 0.477 0.013 0.080 0.618 0.160 0.078 0.010 0.051 0.064 0.058 0.023 0.010 0.050 0.056 0.113 0.142 0.080 0.010 0.024 0.848 0.037 0.004 0.464 0.011 0.022 0.127 0.058 0.022 0.024 0.030 0.038 0.033 0.018 0.020 0.278 0.306 0.257 0.285 0.691 0.726 5.259 1.837 0.115 0.117 0.097 0.152 0.727 0.684 0.198 0.098 0.121 0.139 2.597 2.424 0.187 0.248 1.443 0.846 9631 chr6 39895613 39902302 + 0 NA intron (NM_001358530, intron 1 of 10) intron (NM_001358530, intron 1 of 10) 3005 NM_001358534 4337 Hs.357128 NM_005942 ENSG00000124615 MOCS1 MIG11|MOCOD|MOCS1A|MOCS1B molybdenum cofactor synthesis 1 protein-coding nan 0.835 nan 0.089 0.497 0.103 0.073 0.386 0.651 0.413 0.056 5.003 0.103 0.245 0.095 1.137 0.359 0.047 0.056 0.049 0.144 0.236 0.145 0.077 0.283 0.172 0.121 0.060 0.145 0.398 0.180 1.928 0.120 0.043 0.043 0.083 0.054 0.048 0.218 0.217 0.223 0.047 0.072 0.610 0.140 0.984 0.328 0.019 0.095 0.063 0.610 0.077 0.131 0.074 0.437 0.453 0.361 0.048 0.916 0.012 0.017 0.008 0.730 1.133 0.760 nan nan 1.468 0.798 0.216 0.964 0.785 0.796 1.126 1.195 1.522 1.148 1.299 0.358 0.510 0.099 0.104 1.207 3.620 0.748 0.653 11271 chr8 126175533 126197707 + 0 NA intron (NR_146192, intron 5 of 5) intron (NR_146192, intron 5 of 5) 82555 NM_001349485 286053 Hs.388297 NM_173685 ENSG00000156831 NSMCE2 C8orf36|MMS21|NSE2|ZMIZ7 NSE2 (MMS21) homolog, SMC5-SMC6 complex SUMO ligase protein-coding nan nan nan 0.856 0.303 0.035 0.972 0.317 0.456 0.525 0.426 0.602 0.024 0.062 0.148 0.289 0.701 0.135 0.587 0.534 0.133 0.056 0.071 0.094 0.227 0.863 0.351 0.059 0.790 0.289 0.591 2.205 1.069 nan 0.797 0.109 0.039 0.082 0.081 0.176 0.118 0.143 0.038 0.025 1.098 0.346 0.513 0.293 0.445 0.121 0.156 1.369 0.289 0.288 0.349 0.227 0.156 0.216 0.035 0.049 0.119 0.411 0.107 1.700 0.055 0.028 0.016 0.355 0.249 0.539 1.220 0.613 0.717 0.650 0.285 nan nan 0.455 0.619 0.273 0.341 0.717 0.375 0.255 0.395 0.338 0.983 1.286 5.167 0.386 0.486 8126 chr3 186990746 186995194 + 0 NA intron (NR_033519, intron 1 of 9) intron (NR_033519, intron 1 of 9) -16090 NR_135551 101929130 NR_135551 ENSG00000283175 LOC101929130 - uncharacterized LOC101929130 ncRNA 1.069 0.969 0.611 0.113 0.079 0.026 0.060 0.144 0.439 0.035 0.186 0.059 0.485 0.120 0.036 0.024 0.042 0.014 0.129 0.093 0.055 0.114 0.016 0.078 0.139 0.024 0.073 0.336 0.110 0.554 0.063 0.101 0.022 0.048 0.110 0.037 0.021 0.013 0.120 0.052 0.022 0.082 0.110 0.031 0.036 0.090 0.485 0.112 0.009 0.055 0.027 0.021 0.104 4.895 0.029 0.017 0.013 8.466 8.491 13.450 11.609 0.344 0.378 0.185 0.096 0.554 0.392 0.052 0.230 0.314 0.233 3.337 3.513 5.983 7.731 0.038 0.044 0.209 0.256 0.105 0.279 11238 chr8 120186344 120193319 + 0 NA Intergenic Intergenic -30779 NM_052886 114569 Hs.201083 NM_052886 ENSG00000147676 MAL2 - mal, T cell differentiation protein 2 (gene/pseudogene) protein-coding nan nan nan 2.284 0.314 0.289 1.517 0.138 0.373 0.330 0.343 0.218 0.018 0.172 0.183 0.111 0.139 0.160 1.626 0.787 0.018 0.005 0.045 0.091 0.052 0.615 0.260 0.031 4.754 5.673 4.547 5.945 4.418 nan 2.369 0.138 0.014 0.031 0.051 0.135 0.069 0.067 0.137 0.034 4.134 1.680 1.699 0.216 0.023 0.051 0.714 1.306 0.111 2.797 0.052 1.179 0.390 0.125 0.176 0.073 0.091 0.014 0.249 0.277 0.041 0.022 0.260 0.113 0.332 0.831 0.609 0.703 0.854 0.258 nan nan 0.440 0.625 0.709 0.645 0.687 0.382 0.186 0.193 0.112 0.141 0.260 0.479 1.492 0.925 9118 chr5 111089156 111101016 + 0 NA intron (NM_001142474, intron 2 of 3) intron (NM_001142474, intron 2 of 3) -1171 NM_001142476 9315 Hs.36053 NM_004772 ENSG00000134986 NREP C5orf13|D4S114|P311|PRO1873|PTZ17|SEZ17 neuronal regeneration related protein protein-coding 3.072 2.130 2.376 0.732 1.284 2.310 0.447 1.459 2.659 0.492 1.001 1.757 0.424 0.346 2.268 1.114 2.016 0.162 1.018 0.446 1.295 1.016 0.953 0.626 1.552 0.716 0.697 0.386 0.549 0.150 0.991 1.805 1.662 3.646 0.603 1.092 0.635 1.397 0.114 0.449 1.113 0.872 0.488 0.315 0.558 0.500 0.097 1.330 1.222 1.256 1.097 0.822 1.114 1.179 1.191 1.552 0.599 0.098 0.285 1.352 1.131 0.911 1.903 1.472 0.531 0.456 0.313 2.008 2.070 11.214 7.101 4.722 4.383 3.636 1.581 4.166 4.130 2.985 nan 2.853 4.604 2.873 3.122 1.849 4.213 2.968 1.923 3.414 3.587 1.440 0.768 6442 chr2 161124426 161129886 + 0 NA intron (NR_103775, intron 1 of 1) intron (NR_103775, intron 1 of 1) 1250 NR_103775 100505984 Hs.729532 NR_103775 ENSG00000285373 LINC02478 - long intergenic non-protein coding RNA 2478 ncRNA 2.122 2.388 nan 3.815 0.839 0.153 5.182 0.266 0.474 0.296 1.808 2.514 4.378 1.565 0.341 0.675 2.132 0.177 4.361 2.114 0.201 0.058 0.152 0.242 5.752 7.328 0.619 7.119 3.053 0.816 2.203 1.661 3.376 0.525 1.080 0.035 0.696 0.110 3.261 0.145 0.926 0.666 0.273 5.169 4.282 0.500 6.384 2.855 2.517 0.174 0.631 0.675 3.088 0.157 0.242 0.470 0.561 0.409 0.322 0.479 2.498 0.254 0.459 0.720 1.993 1.005 0.495 0.455 0.548 1.671 1.392 1.056 0.303 0.110 0.710 1.018 1.431 1.671 1.213 2.107 1.693 1.537 0.728 1.041 0.030 0.100 0.989 1.423 0.815 0.781 5743 chr19 46690360 46716499 + 0 NA intron (NR_135234, intron 1 of 2) AluJb|SINE|Alu 2890 NR_135234 645553 Hs.613068 NR_135234 IGFL2-AS1 - IGFL2 antisense RNA 1 ncRNA 0.595 1.352 0.596 0.109 0.213 0.034 0.058 0.116 0.280 3.211 0.572 0.275 0.440 0.077 0.115 0.832 0.611 0.283 0.069 0.022 0.399 0.011 0.066 0.101 0.374 0.070 0.028 0.084 0.107 0.098 2.640 nan 0.889 0.586 0.100 1.316 0.010 0.081 0.115 0.081 0.027 0.401 0.230 0.117 0.121 0.109 2.869 0.084 1.117 0.036 0.463 0.529 0.832 0.096 0.021 0.374 1.441 1.427 0.022 0.536 0.058 0.212 0.034 0.066 0.241 0.075 0.027 0.728 0.651 0.299 0.604 0.520 0.674 0.966 0.268 0.234 0.222 0.194 0.429 0.350 0.479 0.281 0.090 0.227 0.259 0.050 0.112 0.254 0.595 0.888 0.696 3564 chr14 56044392 56079255 + 0 NA intron (NM_001079521, intron 1 of 43) intron (NM_001079521, intron 1 of 43) 14898 NM_001079522 3895 Hs.509414 NM_004986 ENSG00000126777 KTN1 CG1|KNT|MU-RMS-40.19 kinectin 1 protein-coding nan nan 1.435 0.987 0.950 0.324 0.689 0.295 0.599 0.475 0.760 1.164 0.354 0.350 0.556 0.901 1.003 0.162 1.481 0.283 3.291 0.171 0.266 0.192 0.547 2.102 1.577 0.385 0.845 0.320 0.797 1.491 0.927 1.228 0.592 0.845 0.416 0.685 0.135 0.378 0.545 1.075 0.720 0.364 0.496 0.501 1.090 1.015 0.874 0.733 0.619 1.522 0.901 1.205 1.552 0.547 0.530 0.387 0.142 1.658 0.509 1.338 0.283 0.477 0.861 0.276 0.194 0.711 0.719 1.160 2.631 0.839 0.837 1.308 0.470 4.692 4.637 1.034 1.541 2.102 2.486 1.506 1.379 0.578 1.171 1.757 2.714 1.086 1.613 nan 0.500 11341 chr8 140882901 140895329 + 0 NA intron (NM_001321646, intron 20 of 21) intron (NM_001321646, intron 20 of 21) -173816 NM_001282534 51305 Hs.493037 NM_001282534 ENSG00000169427 KCNK9 K2p9.1|KT3.2|TASK-3|TASK3 potassium two pore domain channel subfamily K member 9 protein-coding 1.758 1.025 nan 0.168 0.755 6.322 1.347 0.271 0.437 0.015 0.133 0.098 0.005 1.890 1.136 0.289 0.079 0.110 0.162 0.154 0.025 0.022 0.101 0.041 0.835 0.388 0.163 0.035 0.342 0.170 0.304 1.413 0.242 2.838 0.635 0.052 0.031 0.017 0.065 0.350 0.071 0.104 0.034 0.031 0.236 0.123 0.117 0.301 0.165 0.097 0.051 0.102 0.289 0.189 0.650 0.835 0.089 0.161 0.172 0.094 4.530 0.241 0.048 0.100 0.024 0.056 0.058 0.278 0.307 0.153 0.238 nan 1.241 nan 0.556 0.381 0.372 0.569 0.850 2.344 1.912 0.331 0.358 0.276 0.431 0.131 0.156 0.188 0.259 0.759 0.649 5933 chr2 16878107 16958379 + 0 NA Intergenic Intergenic -71109 NM_030797 81553 Hs.467769 NM_030797 ENSG00000197872 FAM49A - family with sequence similarity 49 member A protein-coding 0.576 0.441 0.532 0.041 0.082 0.039 0.053 0.144 0.210 0.073 0.061 0.061 0.010 0.022 0.173 0.168 0.065 0.044 0.030 0.005 0.032 0.007 0.125 0.121 0.048 0.003 0.012 0.009 0.067 0.012 0.099 0.126 0.065 0.587 0.027 0.067 0.016 0.024 0.095 0.028 0.048 0.114 0.016 0.014 0.063 0.037 0.122 0.132 0.067 0.029 0.064 0.172 0.168 0.033 0.039 0.048 0.117 0.046 0.022 0.034 0.061 0.039 15.317 0.054 0.017 0.025 0.011 0.940 0.859 1.012 0.670 0.274 0.309 0.580 0.293 0.482 0.502 0.227 0.370 0.322 nan 0.446 0.208 14.956 17.269 0.047 0.073 0.259 nan 0.381 0.467 4971 chr17 72128677 72162133 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -54390 NM_000999 6169 Hs.380953 NM_000999 ENSG00000172809 RPL38 L38 ribosomal protein L38 protein-coding 1.161 0.862 1.113 0.043 0.120 0.073 0.087 0.259 0.417 0.014 0.102 0.041 0.019 0.045 0.141 0.269 0.112 0.144 0.057 0.011 0.030 0.021 0.114 0.162 0.136 0.029 0.034 0.021 0.080 0.019 0.166 0.445 0.127 0.495 0.031 0.091 0.032 0.034 0.111 0.021 0.134 0.129 0.029 0.007 0.023 0.032 0.069 0.155 0.102 0.021 0.023 0.082 0.269 0.085 0.022 0.136 0.048 0.223 0.214 0.050 0.348 0.024 0.272 1.568 0.016 0.017 0.011 2.437 2.854 1.914 0.700 0.485 0.558 0.434 0.152 0.069 0.079 nan 0.533 0.836 0.779 1.548 1.235 0.634 1.002 0.128 0.189 1.227 4.365 nan 0.511 11329 chr8 138759724 138767204 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 332324 NM_001354876 401478 Hs.654931 NM_001354876 LOC401478 - uncharacterized LOC401478 protein-coding nan 0.668 1.239 0.105 0.141 0.827 0.067 0.107 0.226 0.010 0.037 0.049 0.025 0.229 0.136 1.210 0.106 0.021 0.055 0.025 0.016 0.357 0.174 2.747 0.009 0.010 0.063 0.216 0.773 0.076 18.239 0.058 0.070 1.515 0.085 0.126 0.064 0.111 0.016 0.031 0.059 0.070 0.077 0.132 0.056 0.047 0.042 0.012 1.210 0.055 2.747 0.032 0.068 0.011 0.064 0.840 0.025 0.013 0.082 0.021 0.008 0.007 0.289 0.179 0.136 0.222 1.351 1.425 2.148 1.201 nan 0.089 0.297 0.640 0.787 1.056 0.329 0.171 0.169 0.114 4.655 4.995 0.561 1.052 1.370 0.819 9314 chr5 163338085 163344920 + 0 NA Intergenic Intergenic 408968 NM_013283 27430 Hs.54642 NM_013283 ENSG00000038274 MAT2B MAT-II|MATIIbeta|Nbla02999|SDR23E1|TGR methionine adenosyltransferase 2B protein-coding nan 0.813 1.392 0.032 0.038 0.008 0.072 0.234 0.382 0.069 0.175 0.137 0.029 0.039 0.693 0.433 0.023 0.125 0.138 0.019 0.093 0.035 0.070 0.031 0.098 0.071 0.022 0.062 0.199 0.079 2.875 0.032 0.114 0.138 2.577 0.040 0.009 0.011 0.048 0.023 0.042 0.177 0.048 0.031 0.011 0.010 0.693 0.036 0.041 0.070 0.035 0.024 1.254 0.026 0.045 0.429 2.353 0.306 0.424 0.032 0.008 0.584 0.552 0.540 1.939 0.124 0.171 0.086 0.018 0.074 0.048 0.440 0.595 0.092 0.153 2.185 2.998 1.641 1.857 7.961 8.005 0.445 1.647 0.448 0.517 8119 chr3 185675506 185680200 + 0 NA non-coding (NR_151491, exon 1 of 4) non-coding (NR_151491, exon 1 of 4) 121 NR_151491 344887 Hs.128803 NR_033752 ENSG00000171658 NMRAL2P NMRAL1P1 NmrA like redox sensor 2, pseudogene pseudo 1.069 1.228 0.678 2.371 0.370 0.083 3.911 0.379 0.487 0.245 3.256 6.102 0.067 0.086 2.574 0.928 0.544 0.349 0.653 0.282 3.589 0.059 0.195 0.207 0.025 9.018 10.797 0.125 2.590 0.967 0.871 3.117 1.248 0.788 0.310 9.085 0.019 0.068 0.101 0.481 3.230 0.528 0.552 0.149 0.627 1.009 5.964 5.595 3.802 0.182 0.033 4.963 0.928 1.115 0.086 0.025 3.890 1.251 0.064 0.024 0.216 0.305 0.036 0.106 1.042 0.172 0.153 0.388 0.271 0.544 2.592 0.784 0.496 0.698 0.143 1.463 1.832 0.257 0.602 2.902 4.923 0.513 0.187 0.135 0.170 0.161 0.809 0.348 0.563 0.371 0.514 1174 chr1 228268752 228276265 + 0 NA intron (NM_001024227, intron 1 of 4) intron (NM_001024227, intron 1 of 4) 1657 NM_001024228 375 Hs.286221 NM_001658 ENSG00000143761 ARF1 - ADP ribosylation factor 1 protein-coding 4.441 nan 5.172 3.898 3.745 2.064 2.684 2.518 4.771 1.299 5.347 2.341 1.100 1.059 2.584 3.692 2.634 0.363 3.041 0.882 2.256 1.575 3.200 1.179 3.299 2.984 3.236 2.259 3.986 1.906 4.417 6.017 3.839 5.474 1.223 4.609 0.530 2.494 0.147 0.852 2.249 5.670 4.383 2.023 3.402 1.535 3.893 2.811 4.094 3.245 2.700 3.269 3.692 5.039 2.042 3.299 2.117 2.065 0.529 4.331 1.707 2.944 0.565 1.428 1.685 1.625 1.022 3.699 3.793 6.810 10.212 6.080 nan 4.724 2.652 11.582 12.035 2.348 3.120 3.552 6.275 4.377 4.860 1.702 3.480 3.347 4.619 5.547 4.754 1.888 1.205 10965 chr8 55060713 55071492 + 0 NA Intergenic Intergenic 18321 NM_014175 29088 Hs.18349 NM_014175 ENSG00000137547 MRPL15 HSPC145|L15mt|MRP-L15|MRP-L7|RPML7 mitochondrial ribosomal protein L15 protein-coding 1.168 nan 0.695 1.138 0.218 0.025 1.704 0.252 0.277 0.107 0.559 1.207 0.011 0.185 0.182 0.177 0.099 0.192 4.664 2.402 2.289 0.013 0.145 0.092 0.123 0.835 0.680 0.062 2.285 2.113 0.418 0.833 0.138 0.315 1.327 0.092 0.026 0.144 0.122 1.197 0.101 1.146 3.670 1.555 4.422 1.140 0.804 3.083 0.282 3.058 0.118 0.164 0.177 2.107 4.094 0.123 0.181 0.053 0.063 0.371 0.236 1.977 0.038 1.180 0.629 0.267 0.301 0.479 0.359 1.147 1.057 0.556 0.560 0.523 0.168 0.221 0.237 0.277 nan 0.697 0.475 0.816 0.478 0.212 0.276 0.137 0.235 0.599 1.972 0.587 0.593 510 chr1 91485377 91489490 + 0 NA promoter-TSS (NM_016620) promoter-TSS (NM_016620) -368 NM_016620 84146 Hs.173001 NM_016620 ENSG00000122482 ZNF644 BM-005|MYP21|NatF|ZEP-2 zinc finger protein 644 protein-coding 7.773 nan 5.739 4.756 5.713 5.409 3.524 4.086 6.403 1.508 2.843 2.065 3.621 1.952 3.377 5.639 3.525 0.278 5.099 1.337 4.563 3.230 1.450 0.928 5.694 1.751 2.751 2.507 5.127 1.596 3.553 7.045 4.727 10.938 2.116 2.364 0.718 4.840 0.210 1.519 4.913 6.130 3.743 1.687 1.761 4.608 6.188 4.267 3.129 4.643 1.433 3.499 5.639 6.732 8.347 5.694 1.459 0.905 1.649 4.614 2.371 2.064 1.850 3.083 2.091 2.437 1.665 5.313 6.198 8.219 10.572 10.406 nan 8.188 5.390 15.819 16.276 6.660 nan 14.725 19.508 nan 5.121 5.869 8.305 3.672 3.444 10.213 9.372 3.832 2.031 8338 chr4 40838396 40859522 + 0 NA intron (NM_001166051, intron 1 of 6) intron (NM_001166051, intron 1 of 6) 10213 NM_001166051 323 Hs.479602 NM_004307 ENSG00000163697 APBB2 FE65L|FE65L1 amyloid beta precursor protein binding family B member 2 protein-coding 0.994 nan nan 0.098 0.793 0.170 0.263 0.302 0.640 0.045 0.147 0.065 0.023 0.105 0.203 1.271 0.177 0.069 0.189 0.055 0.027 0.015 2.545 1.095 0.967 0.056 0.048 0.143 0.077 0.035 0.212 0.736 0.161 0.890 0.166 0.081 0.523 0.085 0.105 0.068 0.259 0.160 0.202 0.126 0.062 0.130 0.164 0.261 0.100 0.296 0.059 0.113 1.271 0.248 0.140 0.967 0.100 0.784 0.097 0.206 0.178 0.082 3.614 0.244 0.011 0.098 0.082 2.292 2.702 5.541 5.189 0.857 0.702 3.318 1.025 0.540 0.582 0.208 0.308 1.388 1.898 0.844 0.885 3.277 3.614 1.775 1.762 0.528 0.751 3.153 1.622 393 chr1 54868689 54878153 + 0 NA Intergenic Intergenic -1353 NM_018070 23648 Hs.476706 NM_018070 ENSG00000157216 SSBP3 CSDP|SSDP|SSDP1 single stranded DNA binding protein 3 protein-coding 3.165 1.549 4.765 0.805 1.996 2.080 1.716 0.831 1.448 0.892 2.362 1.453 1.425 1.062 2.701 3.570 0.661 0.238 3.798 1.380 1.229 1.975 0.862 0.513 1.633 1.095 0.776 1.968 1.343 0.701 1.670 nan 1.330 5.634 0.964 1.361 0.512 3.566 0.130 0.635 2.030 2.296 0.529 0.348 1.189 1.889 1.046 1.416 2.365 2.368 0.791 1.438 3.570 3.000 0.542 1.633 0.751 1.805 1.277 3.380 1.520 0.899 1.906 2.246 1.056 0.438 0.225 1.107 1.871 1.371 2.531 4.153 4.356 1.444 0.409 1.486 1.358 1.676 2.565 4.290 4.732 2.854 3.391 1.097 2.530 0.955 0.717 2.771 nan 1.337 0.942 10754 chr7 152368311 152380706 + 0 NA Intergenic AluSx4|SINE|Alu -1258 NM_005431 7516 Hs.647093 NM_005431 ENSG00000196584 XRCC2 FANCU X-ray repair cross complementing 2 protein-coding 2.281 1.065 nan 0.812 1.101 1.267 0.735 0.492 1.035 0.293 0.905 0.628 0.296 0.194 0.876 0.813 0.575 0.234 0.948 0.459 0.541 0.425 0.923 0.541 0.994 0.609 0.315 0.451 1.177 0.414 0.533 1.320 2.759 1.510 0.403 0.942 0.912 1.179 0.205 0.256 0.507 1.278 0.637 0.340 0.633 0.502 0.986 0.668 0.780 0.802 0.475 0.645 0.813 1.350 0.827 0.994 0.467 0.689 0.525 1.309 0.549 0.665 0.497 0.540 0.203 0.395 0.226 1.912 1.491 1.742 2.174 1.605 1.226 4.047 1.893 2.198 2.162 1.454 1.763 1.355 2.300 2.249 2.015 1.352 1.758 2.860 4.187 2.461 2.270 2.812 1.574 6482 chr2 172855637 172865102 + 0 NA Intergenic Intergenic -4435 NR_136276 254042 Hs.298250 NM_199227 ENSG00000172878 METAP1D MAP 1D|MAP1D|MetAP 1D|Metap1l methionyl aminopeptidase type 1D, mitochondrial protein-coding 1.337 0.976 1.510 0.410 2.281 0.210 0.326 2.739 5.516 0.203 0.344 0.354 0.056 0.152 0.450 0.877 0.328 0.116 0.499 0.239 0.302 0.356 0.734 0.402 1.282 0.380 0.230 0.253 0.374 0.101 0.409 0.863 0.323 1.959 0.257 0.488 0.158 0.683 0.084 0.233 0.160 0.516 0.221 0.187 0.245 0.161 1.226 0.233 0.655 0.690 0.329 0.405 0.877 0.461 0.659 1.282 0.209 0.292 0.248 1.321 0.188 0.313 0.179 0.329 0.172 0.147 0.095 1.501 1.287 0.848 1.403 1.961 1.734 4.922 1.474 1.558 1.735 1.093 1.624 2.198 3.010 1.491 1.493 0.842 1.185 1.514 1.226 1.667 1.514 2.559 1.171 9051 chr5 88075136 88084518 + 0 NA intron (NM_001193350, intron 3 of 10) intron (NM_001193350, intron 3 of 10) 39917 NM_001193349 4208 Hs.649965 NM_002397 ENSG00000081189 MEF2C C5DELq14.3|DEL5q14.3 myocyte enhancer factor 2C protein-coding 0.687 1.435 0.595 1.079 0.169 0.077 0.394 0.240 0.203 0.132 0.141 1.181 0.687 0.053 0.370 0.327 1.550 0.051 0.303 0.263 0.431 0.200 0.178 0.102 1.169 0.556 0.031 0.696 0.653 0.618 1.691 0.981 1.040 0.405 0.703 0.010 0.569 0.115 0.263 0.009 0.716 0.090 0.059 0.733 0.538 0.337 0.541 0.252 1.029 0.201 0.069 0.327 0.771 0.375 0.102 0.118 0.594 0.031 0.291 0.076 0.295 2.322 0.130 0.163 0.104 0.206 0.530 0.635 7.076 10.710 0.459 0.339 0.531 0.256 0.266 0.334 1.912 2.059 0.414 0.436 0.310 0.148 1.016 2.092 0.126 0.267 0.243 nan 0.416 0.308 8271 chr4 13886934 13896175 + 0 NA intron (NR_121681, intron 3 of 3) L1MC5|LINE|L1 -222038 NR_033931 152742 Hs.135435 NR_033931 ENSG00000248698 LINC01085 - long intergenic non-protein coding RNA 1085 ncRNA nan nan nan 0.517 0.133 0.006 5.510 0.035 0.087 0.136 0.620 0.588 0.181 0.011 0.048 0.374 0.621 0.123 1.644 1.378 0.629 0.015 0.117 0.135 0.093 1.482 1.057 0.765 1.719 0.086 0.437 0.458 0.128 1.806 0.611 0.041 0.012 0.099 1.777 0.026 3.366 0.151 0.143 0.940 0.885 1.784 5.963 0.758 0.053 1.231 0.877 0.374 1.981 1.050 0.093 0.422 0.287 0.145 1.306 0.043 0.040 2.145 0.561 0.523 0.345 0.175 0.270 0.442 0.150 0.212 0.231 0.087 0.177 0.166 0.105 0.215 0.118 0.127 0.371 0.108 0.118 0.171 0.023 0.061 0.155 0.169 nan 0.525 5892 chr2 9366296 9393053 + 0 NA intron (NM_001135191, intron 1 of 26) MIR|SINE|MIR 32780 NM_003887 8853 Hs.555902 NM_003887 ENSG00000151693 ASAP2 AMAP2|CENTB3|DDEF2|PAG3|PAP|Pap-alpha|SHAG1 ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat and PH domain 2 protein-coding 1.263 0.520 1.610 2.275 0.194 0.094 2.250 0.167 0.323 0.962 1.330 2.740 0.040 0.060 0.284 0.333 0.385 0.072 1.483 0.820 1.261 0.026 0.182 0.173 0.234 0.574 0.345 0.677 0.709 0.936 0.563 1.101 0.271 0.595 0.776 1.827 0.061 0.127 0.133 1.467 0.263 9.508 4.174 1.621 0.661 0.392 1.682 3.405 0.717 3.199 0.134 0.477 0.333 1.159 1.762 0.234 1.315 0.473 0.327 1.246 0.312 1.568 0.932 0.252 3.090 2.639 2.143 1.647 2.061 0.502 1.046 0.636 0.612 0.669 0.172 0.238 0.217 0.617 1.108 0.522 0.507 1.115 0.885 1.186 1.578 0.236 0.323 0.704 1.608 0.693 0.562 8586 chr4 150967502 151004483 + 0 NA Intergenic Intergenic -13434 NM_001040260 166614 Hs.591683 NM_152619 ENSG00000170390 DCLK2 CL2|CLICK-II|CLICK2|CLIK2|DCAMKL2|DCDC3|DCDC3B|DCK2 doublecortin like kinase 2 protein-coding nan 0.887 0.516 0.088 0.636 0.380 0.117 0.339 0.652 0.176 0.657 6.128 0.014 0.095 0.356 0.238 0.842 0.141 0.100 0.010 1.103 0.082 0.238 0.157 0.557 0.325 0.223 0.312 0.092 0.023 0.094 0.234 0.115 1.216 0.087 2.547 0.023 0.185 0.087 0.051 0.326 0.393 0.029 0.017 0.027 0.025 0.094 0.334 0.498 0.275 0.232 0.056 0.238 0.081 0.247 0.557 0.023 0.379 0.060 0.238 0.212 0.148 0.045 0.050 0.087 0.039 0.029 0.574 0.562 1.147 1.099 1.107 0.998 0.759 0.314 0.688 0.632 0.787 1.119 0.675 1.050 0.409 0.318 0.219 0.374 0.179 0.129 0.356 0.534 0.430 0.433 658 chr1 145967209 145970888 + 0 NA intron (NR_104217, intron 2 of 17).2 intron (NR_104217, intron 2 of 17).2 -10772 NR_146087 728920 NR_146087 PDE4DIPP1 PDE4DIP1 phosphodiesterase 4D interacting protein pseudogene 1 pseudo 1.615 5.950 2.290 1.782 4.828 2.183 2.703 1.222 1.483 1.302 2.415 2.569 0.184 3.763 6.801 3.553 1.225 0.392 4.167 1.390 1.146 0.934 2.558 1.336 4.360 3.383 5.852 1.626 2.082 1.063 15.270 16.174 3.216 6.544 2.266 5.156 0.283 4.007 0.167 3.951 0.845 2.982 4.316 2.373 2.603 2.177 3.479 1.947 3.666 2.279 2.261 5.676 3.553 7.383 1.109 4.360 5.480 4.371 0.983 4.688 4.382 3.071 4.968 0.231 0.287 2.160 1.773 8.426 8.938 0.312 0.559 5.543 5.517 5.511 3.750 6.170 6.740 2.443 2.998 5.078 7.318 3.873 3.097 14.249 15.304 3.224 4.672 4.878 2.642 2.933 1.778 3262 chr13 95866417 95910289 + 0 NA intron (NM_001301829, intron 3 of 29) intron (NM_001301829, intron 3 of 29) 25755 NR_145733 109616987 NR_145733 SNORD13G - small nucleolar RNA, C/D box 13G snoRNA 1.126 1.034 1.022 0.232 0.069 0.031 0.385 0.194 0.287 0.035 0.301 0.195 0.034 0.018 0.085 0.468 0.072 0.073 0.207 0.134 0.344 0.009 0.108 0.103 0.164 0.101 0.045 0.049 0.081 0.174 1.398 5.574 0.944 0.267 0.090 0.091 0.015 0.052 0.076 0.129 0.186 1.076 0.881 0.345 0.174 0.094 1.102 0.143 0.421 0.236 0.209 0.054 0.468 0.290 0.321 0.164 0.068 0.561 0.246 0.098 0.056 0.475 0.086 1.117 0.151 0.745 0.678 0.690 0.617 0.423 1.090 0.358 0.380 0.438 0.175 0.171 0.170 0.166 0.222 0.339 0.375 1.301 0.898 0.245 0.387 0.070 0.086 0.758 2.187 0.156 0.174 10463 chr7 81673525 81682535 + 0 NA intron (NM_000722, intron 10 of 38) intron (NM_000722, intron 10 of 38) 39537 NR_110077 101927356 Hs.571348 NR_110076 ENSG00000223770 LOC101927356 - uncharacterized LOC101927356 ncRNA 1.180 1.043 1.676 0.040 0.308 1.213 0.293 2.353 4.948 0.077 0.296 0.090 0.171 0.790 0.265 0.036 0.228 0.084 0.485 0.534 0.661 0.478 0.684 0.008 0.280 0.128 0.124 0.258 0.111 1.162 0.583 4.060 1.887 0.162 0.143 0.150 0.237 0.059 0.013 0.009 0.060 0.034 0.139 0.147 1.329 0.097 0.236 0.301 0.790 0.107 0.164 0.684 0.123 0.256 0.056 0.593 0.474 0.097 0.044 0.632 0.270 0.038 0.045 2.321 2.034 0.746 0.360 0.534 0.838 2.382 0.826 0.220 0.251 1.287 1.685 1.108 1.127 0.642 0.294 0.273 0.372 6.721 9.443 1.527 4.695 1.343 0.757 274 chr1 37934944 37983921 + 0 NA non-coding (NR_073090, exon 9 of 9) non-coding (NR_073090, exon 9 of 9) 7163 NR_049844 100847010 NR_049844 ENSG00000263675 MIR5581 - microRNA 5581 ncRNA 1.455 nan 1.854 2.489 1.731 0.561 2.281 0.308 0.721 0.610 2.582 0.989 0.461 0.618 0.467 0.687 0.919 0.211 1.541 0.599 1.698 0.240 0.749 0.403 1.442 0.972 1.030 0.580 1.207 0.729 1.767 3.093 1.898 1.433 0.992 1.647 0.134 0.643 0.171 0.455 0.209 3.887 1.244 0.544 1.519 0.766 1.496 1.855 1.654 1.415 0.581 1.156 0.687 1.161 1.337 1.442 0.632 0.724 0.340 1.024 0.719 0.556 0.420 0.486 1.226 0.421 0.265 0.830 1.299 1.232 1.851 1.341 1.382 nan 0.487 1.373 1.403 1.486 2.052 7.926 7.886 nan 0.933 1.122 1.906 0.567 0.598 0.945 1.935 1.359 nan 4786 chr17 41139686 41152927 + 0 NA 3' UTR (NM_001321381, exon 6 of 6) 3' UTR (NM_001321381, exon 6 of 6) -3984 NM_001349921 6155 Hs.514196 NM_000988 ENSG00000131469 RPL27 DBA16|L27 ribosomal protein L27 protein-coding 2.123 1.726 nan 1.438 1.070 0.381 3.003 0.861 1.753 0.585 1.489 0.484 0.174 0.386 0.379 0.773 0.934 0.207 2.194 0.925 0.909 0.460 0.786 0.426 1.008 1.634 1.554 0.599 1.552 1.065 0.772 nan 1.401 2.028 1.349 1.850 0.152 0.739 0.098 1.123 0.390 2.587 1.284 0.585 1.710 1.782 1.778 0.777 1.523 0.756 1.425 2.105 0.773 1.847 3.519 1.008 1.041 1.180 0.340 1.658 0.737 1.908 0.247 0.720 0.948 0.605 0.489 1.717 1.975 2.028 2.936 2.492 nan 2.440 1.328 5.265 5.362 1.294 1.752 2.398 nan 3.100 3.577 1.312 1.957 2.001 1.640 2.337 3.749 1.475 0.720 877 chr1 172344152 172371647 + 0 NA exon (NM_001350206, exon 20 of 21) exon (NM_001350206, exon 20 of 21) -31929 NM_139240 92346 Hs.517991 NM_139240 ENSG00000180999 C1orf105 - chromosome 1 open reading frame 105 protein-coding nan nan nan 0.437 0.148 0.036 0.522 0.185 0.256 0.258 0.484 1.309 0.018 0.025 0.153 0.368 1.324 0.129 0.261 0.255 0.954 4.926 0.182 0.201 0.074 0.607 0.223 0.094 0.210 0.188 0.295 0.658 0.244 0.513 0.798 0.969 0.056 0.118 0.107 0.356 0.072 0.164 0.042 0.042 0.288 0.101 0.085 1.255 0.403 0.220 0.192 0.235 0.368 0.174 0.262 0.074 0.076 0.144 0.032 0.116 0.191 0.157 0.318 0.179 0.386 0.061 0.037 0.441 0.374 1.951 3.224 nan 0.550 0.546 0.228 0.369 0.388 1.308 1.682 0.591 0.494 0.396 0.156 0.600 1.039 0.359 0.412 0.386 nan 0.734 0.607 7612 chr3 54451831 54473331 + 0 NA intron (NM_018398, intron 4 of 37) intron (NM_018398, intron 4 of 37) 211303 NR_027122 790952 Hs.720658 NR_027122 ENSG00000265992 ESRG HESRG embryonic stem cell related (non-protein coding) ncRNA 0.755 1.845 nan 0.017 1.245 0.667 0.033 1.750 3.630 0.044 0.040 0.367 0.012 0.027 1.245 0.687 0.523 0.060 0.059 0.009 0.006 0.664 0.288 2.544 0.023 0.016 0.017 0.067 0.024 0.041 0.065 0.049 2.549 0.027 2.017 0.475 0.045 0.087 0.028 0.657 0.088 0.028 0.018 0.010 0.021 0.040 0.088 0.049 0.033 0.082 0.050 0.687 0.036 0.026 2.544 0.023 0.100 0.108 0.016 0.166 0.040 2.198 0.162 0.025 0.029 0.007 0.275 0.327 1.161 4.817 3.904 4.290 5.345 1.426 0.126 0.144 0.225 0.395 0.668 0.768 nan 0.271 1.000 1.752 1.554 1.268 0.299 0.974 1.596 0.750 1508 chr10 71619214 71636053 + 0 NA intron (NM_080798, intron 3 of 34) intron (NM_080798, intron 3 of 34) 65989 NM_080805 1305 Hs.695934 NM_005203 ENSG00000197467 COL13A1 CMS19|COLXIIIA1 collagen type XIII alpha 1 chain protein-coding 0.603 nan 1.008 0.136 0.032 0.043 5.571 0.152 0.218 0.101 0.684 0.520 0.004 0.053 0.576 0.121 0.097 0.907 0.730 0.046 0.025 0.129 0.048 0.100 1.568 1.211 0.052 0.878 1.481 0.163 0.713 0.067 0.257 0.853 0.074 0.016 0.033 0.070 2.918 0.086 3.081 0.136 0.133 0.387 0.086 1.952 0.143 0.169 0.781 0.037 0.099 0.121 0.625 4.900 0.100 0.037 0.085 0.110 0.157 0.018 1.833 0.258 0.022 2.087 6.339 5.664 0.789 0.902 0.218 0.356 0.280 0.299 0.606 0.219 0.216 0.219 0.168 0.301 0.515 nan 0.217 0.200 0.530 0.558 0.048 0.057 0.117 nan 0.405 0.327 10551 chr7 100136726 100147103 + 0 NA intron (NM_006076, intron 1 of 11) intron (NM_006076, intron 1 of 11) 5080 NM_006076 3268 Hs.521083 NM_006076 ENSG00000106351 AGFG2 HRBL|RABR ArfGAP with FG repeats 2 protein-coding nan 0.776 0.967 2.193 1.582 0.224 3.341 0.683 1.289 2.081 1.629 2.306 0.975 2.753 0.501 2.396 1.294 0.216 2.263 0.896 0.649 0.279 2.272 1.012 2.194 1.217 0.805 0.829 3.305 1.581 1.804 3.101 4.130 0.980 0.918 0.419 0.627 0.745 0.152 0.632 0.114 4.893 1.910 0.910 3.192 2.660 3.839 0.733 2.189 1.624 2.226 3.455 2.396 1.323 6.741 2.194 1.675 0.488 0.553 0.669 0.655 3.179 0.124 0.048 1.086 3.139 3.382 1.910 3.429 0.724 1.128 1.561 1.822 2.015 0.782 0.502 0.633 0.949 1.309 0.626 0.730 0.791 0.816 0.926 1.057 2.692 2.362 0.689 nan 2.921 1.597 1771 chr11 6623388 6629515 + 0 NA intron (NM_001278442, intron 2 of 11) L2c|LINE|L2 1411 NM_001014795 3611 Hs.706355 NM_004517 ENSG00000166333 ILK HEL-S-28|ILK-1|ILK-2|P59|p59ILK integrin linked kinase protein-coding 1.679 2.117 1.744 2.522 1.585 1.231 4.061 0.759 1.673 0.404 3.881 2.198 0.567 1.037 1.788 2.095 2.857 0.316 2.469 0.900 3.978 0.723 1.355 0.685 3.322 2.118 1.937 1.801 1.517 1.585 2.495 3.425 2.572 4.487 0.932 1.324 0.369 1.557 0.079 1.225 0.557 5.692 6.532 3.168 1.496 0.873 1.633 4.625 2.267 2.392 2.098 1.272 2.095 2.689 4.571 3.322 1.151 1.096 0.269 2.644 0.852 2.124 1.145 1.050 2.921 2.241 1.733 3.210 4.107 3.658 4.896 3.800 4.001 2.860 1.054 5.627 5.686 2.984 3.473 2.136 2.975 2.132 1.952 2.462 4.923 1.953 2.150 1.099 3.343 2.798 1.176 1128 chr1 218632081 218638838 + 0 NA intron (NR_031644, intron 2 of 6) intron (NR_031644, intron 2 of 6) 19491 NR_125715 103611157 Hs.133379 NR_125715 ENSG00000281453 TGFB2-OT1 - TGFB2 overlapping transcript 1 ncRNA 1.157 1.173 1.857 0.832 0.338 0.033 3.034 0.143 0.445 0.790 2.126 5.000 0.175 0.045 0.094 0.700 2.547 0.405 0.841 0.585 2.112 0.321 0.161 0.084 0.125 6.857 6.415 0.469 1.017 1.303 0.121 0.455 0.482 nan 0.846 1.502 0.055 0.114 0.101 0.549 0.233 2.398 0.882 0.536 2.349 0.645 0.665 5.197 1.147 0.809 0.491 1.588 0.700 0.867 2.531 0.125 0.199 1.042 0.044 1.218 0.105 3.339 0.029 0.165 1.972 0.703 0.438 0.254 0.322 1.176 4.718 0.526 0.600 nan 0.268 0.315 0.402 0.277 nan 0.390 0.482 0.382 0.213 0.122 0.094 0.217 0.321 0.218 0.372 0.703 0.443 9324 chr5 169120121 169136075 + 0 NA intron (NM_004946, intron 13 of 51) LTR54|LTR|ERV1 63847 NM_004946 1794 Hs.586174 NM_004946 ENSG00000134516 DOCK2 IMD40 dedicator of cytokinesis 2 protein-coding nan 0.495 1.154 0.421 0.056 0.014 3.148 0.070 0.115 0.132 0.677 2.108 0.043 0.031 0.072 0.220 0.449 0.030 0.139 0.381 0.644 0.049 0.041 0.038 3.460 2.324 0.320 0.550 0.243 0.101 0.095 0.057 0.521 0.561 0.173 0.102 0.034 0.078 2.554 0.049 5.568 0.233 0.191 0.745 0.216 0.418 15.360 0.102 1.322 0.885 0.101 0.220 0.044 0.111 0.038 0.129 0.078 0.111 0.515 0.095 0.924 0.031 0.117 1.578 4.829 4.112 0.241 0.269 0.570 0.915 0.210 0.209 0.101 0.043 0.181 0.177 0.152 0.334 0.219 0.298 0.421 0.259 0.254 0.251 0.347 0.786 0.149 0.230 0.492 0.389 7407 chr22 37762132 37784489 + 0 NA intron (NM_052906, intron 2 of 2) MIR3|SINE|MIR -22431 NR_110515 100506271 Hs.220558 NR_110515 ENSG00000237862 LOC100506271 - uncharacterized LOC100506271 ncRNA 1.303 nan 0.396 0.122 0.032 0.506 0.332 0.251 0.558 0.026 0.141 0.090 0.031 0.407 0.337 0.093 0.065 0.140 0.042 0.048 0.031 0.042 0.054 0.155 0.142 0.067 0.029 0.067 0.056 0.259 1.746 0.234 0.352 0.089 0.055 0.021 0.106 0.084 0.005 0.742 0.112 0.041 0.031 0.023 0.086 0.279 0.121 0.160 0.138 0.049 0.196 0.337 0.204 0.112 0.155 0.044 0.075 0.655 0.148 0.049 0.162 2.867 0.017 0.085 0.008 0.009 3.089 4.577 0.191 0.231 0.633 0.613 0.169 0.079 0.508 0.569 0.132 nan 0.132 0.154 nan 1.166 2.198 3.132 0.164 0.258 0.158 0.210 0.386 0.278 5297 chr18 43015973 43047277 + 0 NA intron (NR_110899, intron 6 of 7) intron (NR_110899, intron 6 of 7) 55376 NR_110899 101927980 Hs.591058 NR_110899 SLC14A2-AS1 - SLC14A2 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.086 0.924 0.076 0.268 0.705 0.043 0.128 0.304 0.018 0.045 0.032 0.014 0.058 0.608 0.838 0.094 0.066 0.027 0.006 0.020 0.005 0.422 0.283 0.172 0.011 0.014 0.023 0.054 0.010 0.054 0.056 0.043 1.421 0.019 0.050 0.109 0.052 0.068 0.008 0.098 0.065 0.029 0.003 0.052 0.025 0.059 0.080 0.032 0.022 0.013 0.039 0.838 0.037 0.012 0.172 0.027 0.022 0.115 0.026 1.003 0.026 0.076 0.114 0.012 0.004 0.006 0.459 0.255 0.176 0.305 1.696 1.616 0.321 0.164 0.071 0.071 0.440 0.865 0.292 0.366 1.338 1.543 0.102 0.138 0.273 0.319 0.139 nan 4.769 2.831 8718 chr5 2794218 2803155 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 46441 NR_122125 153571 Hs.148486 NM_178569 ENSG00000186493 C5orf38 CEI|IRX2NB chromosome 5 open reading frame 38 protein-coding 0.420 0.804 0.852 0.081 0.158 0.742 0.112 0.884 1.739 0.043 0.068 0.093 0.026 0.582 0.478 0.338 0.172 0.127 0.147 0.043 0.043 0.080 0.145 6.146 0.016 0.008 0.449 0.072 0.208 0.400 0.264 0.649 0.016 0.326 0.018 0.115 0.027 0.398 0.072 0.021 0.035 0.228 0.034 0.108 0.210 0.018 0.008 0.017 0.111 0.338 0.127 0.031 6.146 0.027 0.166 0.229 0.006 0.034 0.053 0.089 0.009 0.019 0.017 0.321 0.209 0.222 nan 5.778 7.305 0.111 0.095 0.082 0.030 0.202 0.287 nan 0.168 nan 2.185 0.181 0.229 0.076 0.124 0.125 0.163 0.219 nan 8323 chr4 39026213 39056934 + 0 NA Intergenic Intergenic -4878 NM_001007075 51088 Hs.272251 NM_015990 ENSG00000109790 KLHL5 - kelch like family member 5 protein-coding 0.913 0.618 0.684 1.088 0.391 0.016 5.411 0.216 0.505 0.174 1.999 1.797 0.959 0.144 0.174 0.225 1.529 0.178 3.341 1.315 1.594 0.979 0.239 0.191 0.199 2.718 2.541 1.495 2.472 1.774 6.047 7.031 3.229 0.626 2.315 3.165 0.009 1.410 0.146 1.451 0.122 1.620 0.834 0.453 1.062 2.315 2.740 1.929 2.459 3.027 0.400 1.701 0.225 3.733 7.443 0.199 0.701 0.332 0.035 2.312 0.093 0.579 0.052 0.265 1.512 0.159 0.100 0.343 0.180 0.747 1.909 0.360 0.430 0.208 0.091 0.479 0.447 0.583 0.895 0.624 0.788 0.592 0.449 0.121 0.245 0.030 0.065 1.039 1.955 0.944 0.931 4737 chr17 37006394 37011194 + 0 NA promoter-TSS (NR_145761) promoter-TSS (NR_145761) 454 NR_002576 619505 Hs.738742 NR_002576 ENSG00000199293 SNORA21 ACA21 small nucleolar RNA, H/ACA box 21 snoRNA nan 2.797 2.573 7.861 2.033 1.671 3.720 2.471 5.399 1.990 4.553 1.274 0.803 0.792 1.419 2.413 1.788 0.334 3.552 1.489 3.374 1.312 2.213 0.749 3.293 2.335 2.113 1.812 2.282 1.652 2.119 2.696 2.052 5.674 1.248 4.355 0.413 2.668 0.186 2.043 1.438 5.127 2.730 1.409 2.883 1.815 4.060 3.625 3.017 2.019 1.620 2.340 2.413 4.172 2.708 3.293 1.595 2.035 1.133 3.435 1.462 2.821 1.081 1.736 1.127 1.663 1.326 4.232 3.959 5.777 8.545 nan 5.306 7.422 3.599 18.563 20.631 3.207 3.985 6.702 11.289 nan 8.827 2.429 4.013 6.393 7.343 6.178 6.682 3.862 1.834 3515 chr14 38572611 38579603 + 0 NA Intergenic HERV17-int|LTR|ERV1 -101097 NM_001049 6751 Hs.248160 NM_001049 ENSG00000139874 SSTR1 SRIF-2|SS-1-R|SS1-R|SS1R somatostatin receptor 1 protein-coding 0.873 0.695 0.669 0.093 0.153 0.050 0.133 0.139 0.300 0.750 0.046 0.180 0.080 0.043 0.088 0.163 0.131 0.023 0.076 0.045 0.108 0.095 0.136 0.029 0.021 0.116 0.185 0.375 0.091 0.313 0.067 0.092 0.015 0.119 0.034 0.057 0.106 0.087 0.049 0.011 0.707 0.075 0.060 0.072 0.011 0.513 0.163 0.083 0.094 0.136 0.035 6.392 0.014 0.049 0.057 0.087 0.014 0.017 0.043 0.288 0.123 0.232 0.312 0.296 0.354 0.181 0.035 0.261 0.152 0.514 0.708 0.292 0.282 0.453 0.181 0.076 0.142 0.146 0.180 0.089 0.221 0.399 0.475 4074 chr15 75015893 75031044 + 0 NA Intergenic Intergenic -5517 NM_000499 1543 Hs.72912 NM_000499 ENSG00000140465 CYP1A1 AHH|AHRR|CP11|CYP1|CYPIA1|P1-450|P450-C|P450DX cytochrome P450 family 1 subfamily A member 1 protein-coding 0.557 0.999 0.521 0.162 0.245 0.307 0.324 0.180 0.504 0.208 0.196 0.305 0.159 0.093 0.745 0.483 0.137 0.126 0.134 0.149 0.511 0.073 0.249 0.141 0.213 0.320 0.114 0.315 0.172 0.076 0.602 3.135 0.376 7.152 0.187 0.310 0.025 0.215 0.086 0.101 0.052 0.274 0.151 0.119 0.014 0.258 0.095 0.257 0.306 0.494 0.231 0.167 0.483 0.384 0.239 0.213 0.040 0.104 0.180 0.306 0.242 0.142 0.039 0.074 0.055 0.046 0.023 0.364 0.337 0.960 2.165 0.745 0.784 1.016 0.287 0.144 0.160 0.144 0.292 0.700 0.810 0.892 0.650 0.289 0.342 0.088 0.127 0.229 0.476 0.796 0.468 8916 chr5 55640786 55657052 + 0 NA Intergenic Intergenic -119733 NM_024669 79722 Hs.436214 NM_024669 ENSG00000164512 ANKRD55 - ankyrin repeat domain 55 protein-coding nan nan 0.674 0.883 0.114 0.030 0.922 0.137 0.203 0.751 0.504 0.640 0.008 0.012 0.158 0.222 0.196 0.050 0.267 0.280 0.817 0.008 0.058 0.098 0.059 0.547 0.132 0.045 0.218 1.310 0.246 0.771 0.473 0.280 0.717 0.381 0.024 0.046 0.138 0.376 0.059 0.402 0.170 0.157 0.460 0.265 1.566 0.622 1.796 0.116 0.335 0.418 0.222 0.249 0.057 0.059 0.166 0.259 0.048 1.473 0.056 0.514 0.016 0.146 0.525 1.923 2.427 0.267 0.145 1.365 8.386 0.216 0.265 nan 0.181 0.077 0.132 0.328 0.355 0.170 0.183 nan 0.150 0.073 0.098 0.173 0.296 0.209 0.510 0.385 0.340 5586 chr19 19474931 19499653 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -9320 NM_001300946 54815 Hs.118964 NM_017660 ENSG00000167491 GATAD2A p66alpha GATA zinc finger domain containing 2A protein-coding 1.933 1.976 2.034 1.031 1.123 0.765 0.936 0.453 0.745 1.080 0.887 0.599 0.940 0.366 0.692 0.580 0.637 0.474 2.066 0.772 0.343 0.129 0.326 0.240 1.552 1.889 1.304 0.556 1.753 0.998 1.687 nan 1.747 2.036 0.550 1.085 0.269 0.597 0.098 0.226 0.255 0.750 1.446 0.752 1.026 1.041 1.772 0.328 1.324 0.846 0.644 2.061 0.580 3.010 0.801 1.552 1.062 1.586 0.170 0.875 0.886 1.638 0.299 0.321 0.564 0.142 0.084 0.925 1.174 1.118 1.806 1.394 1.223 3.089 1.421 1.813 1.863 0.971 1.415 2.504 3.737 1.178 1.067 0.484 0.825 1.402 1.729 1.135 1.910 1.445 0.867 1724 chr10 134132690 134151844 + 0 NA TTS (NM_001318882) TTS (NM_001318882) 3112 NM_001318880 282974 Hs.469002 NM_173575 ENSG00000165752 STK32C PKE|YANK3 serine/threonine kinase 32C protein-coding 1.058 1.022 1.051 1.080 0.512 0.377 3.437 0.720 1.464 0.618 4.683 2.636 0.169 0.576 0.681 0.598 0.565 0.188 2.307 0.777 1.972 0.615 0.198 0.228 1.055 1.240 1.043 0.776 0.711 0.451 0.428 0.900 0.436 1.379 0.483 3.635 0.154 0.901 0.140 0.428 0.275 2.659 1.308 0.607 0.796 0.418 0.852 1.402 2.071 1.393 0.884 2.441 0.598 2.263 3.108 1.055 1.335 0.268 0.203 1.104 1.460 2.031 0.294 0.252 1.144 0.658 0.402 0.621 0.639 1.041 1.624 0.769 0.775 1.440 0.466 0.569 0.633 0.583 0.803 1.761 1.994 0.409 0.429 0.540 0.776 0.520 0.619 0.476 0.699 0.706 0.495 8849 chr5 34230873 34266096 + 0 NA Intergenic Intergenic -3655 NR_146599 114899 Hs.171929 NM_030945 ENSG00000082196 C1QTNF3 C1ATNF3|CORCS|CORS|CORS-26|CORS26|CTRP3 C1q and TNF related 3 protein-coding 1.109 2.479 nan 0.461 2.986 0.594 0.617 0.548 1.120 0.308 0.418 0.489 0.288 1.024 1.205 0.941 1.077 0.205 0.922 0.420 0.648 0.539 2.256 1.586 2.394 0.417 0.392 0.168 0.658 0.340 1.596 2.859 1.409 9.067 0.607 0.334 2.127 0.395 0.165 0.443 1.126 0.421 0.429 0.234 0.409 0.565 0.562 0.187 0.312 0.471 0.599 0.255 0.941 0.777 0.972 2.394 0.274 1.156 0.756 0.708 1.243 0.672 0.912 0.319 0.216 0.173 0.146 1.217 1.132 1.351 2.311 3.221 3.076 3.722 1.791 1.837 1.871 5.652 5.693 2.448 3.725 5.148 4.140 0.646 1.419 3.550 4.682 0.668 0.993 2.771 1.315 7452 chr22 43314389 43412574 + 0 NA intron (NM_001349969, intron 1 of 11) Charlie18a|DNA|hAT-Charlie -7139 NM_001349970 11252 Hs.162877 NM_007229 ENSG00000100266 PACSIN2 SDPII protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 2 protein-coding 1.013 nan 0.839 1.861 0.290 0.208 1.424 0.232 0.445 0.488 1.167 1.061 0.827 0.157 0.396 0.731 0.415 0.126 1.380 0.650 0.194 0.079 0.274 0.163 0.345 0.753 0.504 0.157 1.218 0.640 2.104 5.372 1.629 0.693 1.026 0.372 0.122 0.301 0.130 0.527 0.127 0.362 0.327 0.181 0.711 0.755 1.132 0.224 0.917 0.363 1.203 1.257 0.731 2.293 1.026 0.345 0.453 0.784 0.384 0.232 0.235 0.996 0.084 0.380 0.726 0.079 0.042 0.543 0.825 0.547 0.683 0.546 0.552 0.633 0.210 0.257 0.290 0.723 nan 0.681 0.901 nan 0.636 0.299 0.381 0.519 0.882 0.632 1.791 0.621 0.419 6835 chr20 10408694 10418238 + 0 NA promoter-TSS (NM_018848) promoter-TSS (NM_018848) -893 NM_018848 8195 Hs.472119 NM_018848 ENSG00000125863 MKKS BBS6|HMCS|KMS|MKS McKusick-Kaufman syndrome protein-coding 3.634 nan 2.411 1.478 3.851 1.649 1.434 1.310 2.262 0.913 4.513 1.171 0.573 2.882 3.234 1.738 2.895 0.522 2.029 1.034 1.302 1.308 1.773 0.887 2.585 1.391 1.245 0.980 0.718 0.838 2.535 3.283 2.232 6.983 1.342 3.536 0.648 1.904 0.102 0.620 1.103 1.959 2.008 0.768 1.704 0.996 2.049 1.982 3.350 2.568 1.934 1.249 1.738 1.500 1.957 2.585 1.661 1.745 1.373 2.041 3.091 3.234 1.887 1.257 2.632 2.295 2.207 8.282 6.556 2.936 4.485 5.616 4.284 8.738 3.744 7.671 7.512 4.562 5.309 6.441 9.577 6.265 6.853 2.080 3.959 4.073 4.847 4.840 4.788 2.279 1.567 3965 chr15 56656523 56665619 + 0 NA intron (NM_001286449, intron 2 of 12) L1MEe|LINE|L1 3449 NM_198524 374618 Hs.511476 NM_198524 ENSG00000151575 TEX9 - testis expressed 9 protein-coding 1.899 1.387 1.435 0.448 0.733 0.374 0.132 0.512 1.156 0.168 0.446 0.486 0.013 0.098 0.313 0.957 0.544 0.053 0.386 0.146 0.076 0.214 1.056 1.103 0.793 0.265 0.150 0.210 0.285 0.162 0.533 1.067 1.682 3.370 0.257 0.196 3.106 0.582 0.097 0.169 0.356 0.223 0.099 0.078 0.374 0.093 0.318 0.419 0.618 0.536 0.313 0.285 0.957 0.205 0.743 0.793 0.310 0.218 0.397 0.360 0.711 0.165 0.333 0.198 0.227 0.158 0.078 0.575 0.779 1.321 2.147 1.312 1.617 4.231 1.418 0.608 0.718 3.037 3.747 1.536 1.775 3.963 3.437 0.759 1.176 12.458 9.992 0.646 0.788 1.218 0.535 4056 chr15 72458824 72481239 + 0 NA intron (NM_001012642, intron 1 of 11) L1ME2|LINE|L1 20105 NM_001012642 196996 Hs.596332 NM_001012642 ENSG00000175318 GRAMD2A GRAMD2 GRAM domain containing 2A protein-coding 0.658 1.428 0.723 0.175 0.211 0.092 0.203 0.178 0.351 1.592 0.182 0.073 2.083 0.085 0.144 0.239 0.360 0.209 0.170 0.034 0.045 0.019 0.097 0.146 0.383 0.432 0.207 0.329 0.124 0.221 0.214 1.398 3.046 0.511 0.221 0.235 0.026 0.053 0.072 0.068 0.032 0.205 0.040 0.042 0.209 0.079 2.800 0.164 1.344 0.080 0.056 2.840 0.239 0.339 0.053 0.383 0.306 2.734 0.026 0.114 0.063 0.085 0.084 0.056 0.061 0.008 0.018 0.327 0.218 0.295 0.548 0.384 0.437 0.545 0.173 0.218 0.229 0.198 0.373 0.817 0.781 0.598 0.321 0.318 0.341 0.116 0.126 0.215 0.336 0.493 0.378 5127 chr18 5283942 5300165 + 0 NA exon (NM_001243704, exon 4 of 4) exon (NM_001243704, exon 4 of 4) 3648 NM_001243702 7541 Hs.592340 NM_003409 ENSG00000198081 ZBTB14 ZF5|ZFP-161|ZFP-5|ZFP161|ZNF478 zinc finger and BTB domain containing 14 protein-coding 1.702 1.876 2.186 0.939 2.856 2.518 0.430 0.882 1.862 0.519 1.155 0.406 0.523 1.245 1.719 0.807 0.920 0.150 1.165 0.211 0.799 0.590 1.138 0.605 2.040 0.431 0.628 0.600 1.232 0.254 1.017 1.720 1.474 nan 0.380 1.485 0.875 1.700 0.127 0.240 1.097 1.358 0.989 0.445 0.262 0.417 0.666 1.031 0.969 1.606 0.676 0.941 0.807 1.451 0.615 2.040 0.315 1.032 0.437 2.386 1.171 0.439 0.368 0.206 0.567 0.231 0.144 1.579 2.628 2.177 2.399 5.046 4.070 nan 1.990 2.081 1.948 1.000 nan 7.825 9.485 nan 2.544 0.862 1.653 3.823 3.052 0.781 nan nan 1.423 250 chr1 35448978 35453320 + 0 NA promoter-TSS (NM_001195156) promoter-TSS (NM_001195156) -201 NM_001195156 100506144 Hs.533986 NM_001195156 ENSG00000243749 TMEM35B ZMYM6NB transmembrane protein 35B protein-coding 2.985 nan 2.214 3.248 2.189 0.963 3.770 0.848 1.635 1.123 2.554 2.048 0.528 0.020 0.290 2.021 2.541 0.338 1.344 0.305 1.960 2.090 1.367 0.819 4.380 1.845 2.362 1.370 1.517 0.749 1.349 2.875 0.926 3.482 0.810 1.634 0.154 2.856 0.140 1.140 0.546 3.694 2.609 1.206 1.104 0.751 1.158 2.978 2.218 3.841 0.183 0.916 2.021 0.588 3.236 4.380 9.020 0.859 0.158 3.514 1.007 0.822 0.390 1.056 1.893 1.432 0.949 0.918 1.195 0.285 0.446 3.702 3.488 nan 0.874 0.972 1.054 2.942 4.431 7.162 10.154 nan 0.792 1.602 2.386 1.045 0.846 2.104 3.243 1.823 nan 2148 chr11 85426248 85439139 + 0 NA intron (NM_032943, intron 8 of 18) L2a|LINE|L2 -2300 NM_206930 54843 Hs.369520 NM_032379 ENSG00000137501 SYTL2 CHR11SYT|EXO4|PPP1R151|SGA72M|SLP2|SLP2A synaptotagmin like 2 protein-coding 0.570 0.743 0.447 0.237 0.082 0.018 2.041 0.075 0.186 0.898 0.254 1.435 0.019 0.046 0.076 0.169 0.504 0.049 0.616 0.515 0.594 0.011 0.061 0.090 0.065 0.961 0.336 0.035 0.818 1.254 0.219 1.009 0.390 0.288 1.668 2.044 0.022 0.370 0.112 0.944 0.074 0.908 0.797 0.597 3.629 0.492 0.672 4.409 0.846 0.765 0.079 1.344 0.169 0.205 4.822 0.065 0.504 1.133 0.044 0.108 0.039 0.937 0.107 0.058 0.301 1.139 1.196 0.388 0.262 0.801 0.493 0.267 0.334 0.179 0.136 0.407 0.498 0.192 0.344 0.284 0.354 0.329 0.136 0.201 0.364 0.074 0.157 0.129 0.295 0.360 0.440 8699 chr5 756179 763832 + 0 NA intron (NM_001351303, intron 1 of 10) intron (NM_001351303, intron 1 of 10) 7029 NM_001351303 653082 NM_001351303 ENSG00000206077 ZDHHC11B DHHC-11B zinc finger DHHC-type containing 11B protein-coding 2.198 1.054 1.597 0.060 0.921 0.254 0.371 0.856 1.985 0.020 0.081 0.060 0.008 0.090 0.201 0.819 0.390 0.373 0.399 0.098 0.017 0.056 0.302 0.186 1.776 0.099 0.108 0.116 0.168 0.055 0.271 0.824 0.130 0.486 0.459 0.135 0.013 0.029 0.094 0.094 0.108 0.181 0.092 0.160 0.210 0.182 0.574 0.079 0.072 0.422 0.819 0.676 0.024 1.776 0.064 1.364 0.544 0.038 0.040 0.109 0.065 0.010 0.015 0.014 0.754 1.486 0.563 nan 1.426 1.256 1.177 0.642 0.128 0.079 0.589 1.207 nan 12.586 nan 2.649 0.494 0.503 0.201 0.220 0.073 0.114 1.386 nan 6019 chr2 37786512 37802056 + 0 NA Intergenic Intergenic 105058 NM_006449 10602 Hs.369574 NM_006449 ENSG00000163171 CDC42EP3 BORG2|CEP3|UB1 CDC42 effector protein 3 protein-coding 0.862 nan nan 0.546 0.219 0.057 1.782 0.197 0.341 0.122 0.576 2.146 0.028 0.032 0.120 0.651 0.601 0.239 0.996 1.317 0.099 0.027 0.244 0.300 0.299 1.037 0.651 0.081 1.139 0.727 0.428 nan 0.193 0.374 1.099 0.775 0.061 0.090 0.129 2.707 0.072 2.434 2.309 0.919 0.854 0.648 0.367 3.675 0.147 1.930 0.264 0.269 0.651 0.441 0.820 0.299 0.426 0.064 0.038 0.436 0.744 2.157 0.682 0.096 2.501 5.149 7.317 0.504 0.480 0.475 0.748 0.371 0.443 1.207 0.814 0.837 nan 0.802 1.412 1.021 0.913 nan 0.224 0.475 1.193 0.180 0.485 0.261 0.485 0.817 0.634 11027 chr8 67834748 67839723 + 0 NA intron (NR_152600, intron 1 of 3) intron (NR_152600, intron 1 of 3) 541 NR_002599 641638 Hs.372680 NR_002599 ENSG00000245910 SNHG6 HBII-276HG|NCRNA00058|U87HG small nucleolar RNA host gene 6 ncRNA 5.078 2.998 2.615 1.672 4.969 1.825 4.634 2.836 4.706 0.961 3.225 2.561 0.997 0.838 5.179 2.552 2.200 0.711 4.907 2.196 2.491 1.369 2.748 1.565 4.819 2.171 1.671 1.831 4.072 1.532 2.833 4.961 1.514 10.148 2.286 4.371 1.400 2.420 0.123 1.527 1.862 3.613 5.815 3.108 2.194 5.457 2.641 4.349 3.321 8.941 2.848 1.505 2.552 3.999 6.154 4.819 2.001 1.048 0.293 2.979 4.182 3.915 1.738 2.224 1.054 3.160 2.617 3.564 3.118 3.792 5.179 9.817 7.861 9.458 3.480 4.438 4.406 3.088 4.139 4.895 6.041 nan 5.685 3.756 6.242 8.768 8.605 4.690 4.327 4.758 2.700 2959 chr12 112807862 112825866 + 0 NA intron (NM_001109662, intron 1 of 75) intron (NM_001109662, intron 1 of 75) 3032 NM_001109662 283450 Hs.530943 NM_173813 ENSG00000173064 HECTD4 C12ord51|C12orf51|HEEL|POTAGE HECT domain E3 ubiquitin protein ligase 4 protein-coding nan nan 1.237 0.910 0.829 0.598 0.807 0.391 0.780 0.230 0.673 0.307 1.869 0.217 1.069 0.640 0.320 0.167 0.759 0.230 0.402 0.303 0.539 0.413 1.295 0.418 0.266 0.569 0.683 0.283 0.925 1.501 0.694 2.039 0.306 0.539 0.206 0.763 0.154 0.151 0.482 0.419 0.411 0.395 0.237 0.259 0.776 0.555 0.938 1.127 0.415 0.668 0.640 0.873 0.577 1.295 0.279 0.540 0.156 1.024 0.652 0.332 0.506 0.422 0.134 0.237 0.096 0.929 1.005 0.973 1.436 nan nan nan 0.786 2.934 3.014 1.268 1.590 nan nan 1.313 1.015 0.991 1.642 0.845 1.031 0.790 1.500 nan 1.012 9923 chr6 133003835 133011669 + 0 NA intron (NM_004666, intron 5 of 6) HAL1|LINE|L1 27442 NM_004666 8876 Hs.12114 NM_004666 ENSG00000112299 VNN1 HDLCQ8|Tiff66 vanin 1 protein-coding 0.583 0.698 0.672 0.325 0.033 0.020 0.301 0.082 0.323 0.012 0.050 0.094 0.008 0.063 0.148 0.067 0.629 0.437 0.025 0.035 0.140 0.054 0.034 0.382 0.162 0.216 0.511 0.081 0.326 0.036 0.173 0.038 0.049 0.103 0.127 0.089 0.030 0.873 0.346 0.386 5.768 0.217 0.241 0.152 0.187 0.172 0.333 0.148 0.091 0.036 0.034 0.732 0.063 0.110 0.026 0.013 0.043 0.010 0.007 0.013 0.342 0.226 0.311 0.993 0.190 0.222 nan 0.203 0.254 0.322 0.036 0.167 0.101 0.077 0.521 0.212 0.071 0.143 0.124 0.141 0.228 nan 0.406 0.289 130 chr1 19032360 19059398 + 0 NA intron (NM_001135254, intron 7 of 8) intron (NM_001135254, intron 7 of 8) 88379 NM_002584 5081 Hs.113253 NM_002584 ENSG00000009709 PAX7 HUP1|PAX7B|RMS2 paired box 7 protein-coding 0.847 0.740 nan 0.075 0.072 0.039 0.094 0.106 0.241 0.007 0.057 0.082 0.016 0.056 0.141 0.081 0.086 0.060 0.059 0.007 0.012 0.011 0.058 0.076 0.053 0.166 0.045 0.043 0.063 0.008 0.152 1.745 0.124 0.343 0.035 0.115 0.007 0.098 0.084 0.096 0.041 0.092 0.033 0.006 0.028 0.037 0.066 0.178 0.105 0.044 0.020 0.064 0.081 0.069 0.226 0.053 0.014 0.040 0.266 0.145 0.034 0.044 0.022 2.117 0.033 0.023 0.004 0.205 0.181 0.110 0.123 0.338 0.423 0.080 0.048 0.244 nan 0.151 nan 0.147 0.168 nan 0.424 0.183 0.239 0.037 0.063 1.477 5.463 0.272 0.310 8893 chr5 49961412 49966691 + 0 NA intron (NM_024615, intron 2 of 25) intron (NM_024615, intron 2 of 25) 671 NM_001331028 79668 Hs.369581 NM_024615 ENSG00000151883 PARP8 ARTD16|pART16 poly(ADP-ribose) polymerase family member 8 protein-coding 2.287 7.535 2.105 4.968 0.603 4.440 3.659 0.397 0.416 0.123 2.593 6.193 2.127 2.204 10.413 2.671 0.723 0.245 2.490 0.790 3.090 3.994 2.043 0.864 1.956 2.585 2.395 2.583 3.461 2.458 7.830 10.896 7.690 14.292 2.103 1.455 0.484 7.300 0.188 2.051 1.116 2.076 5.163 2.481 3.599 1.123 1.963 3.563 1.141 4.374 2.378 3.894 2.671 4.245 3.289 1.956 2.682 3.151 3.087 3.386 1.077 6.274 0.583 0.930 0.262 0.096 1.594 2.459 6.925 9.797 6.126 5.196 10.656 4.772 7.992 7.163 0.165 0.356 1.816 3.851 3.188 4.843 8.896 13.349 0.733 0.724 0.385 0.454 2.395 1.667 1373 chr10 20601873 20612299 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -233813 NR_039822 100616383 NR_039822 ENSG00000265372 MIR4675 - microRNA 4675 ncRNA 0.447 0.564 0.468 0.035 0.149 0.005 0.021 0.154 0.161 0.103 0.054 0.029 0.017 0.024 0.128 0.142 0.081 0.018 0.012 0.065 0.063 0.069 0.007 0.046 0.008 0.047 0.027 0.118 0.042 0.026 0.073 0.098 0.030 0.036 0.027 0.008 0.011 0.044 0.065 0.089 0.039 0.016 0.039 0.076 0.024 0.054 0.009 0.069 0.024 0.024 0.044 0.029 0.007 0.028 0.036 0.007 0.028 0.020 0.369 0.262 0.271 0.319 0.141 0.149 9.893 5.297 0.130 0.084 0.322 0.535 0.182 0.213 0.132 0.103 0.091 0.125 0.079 0.112 0.161 0.169 0.148 0.206 53 chr1 7305508 7345852 + 0 NA intron (NM_001349608, intron 4 of 21) MER33|DNA|hAT-Charlie 124134 NR_146200 102725193 Hs.666120 NR_146199 ENSG00000237728 LOC102725193 - uncharacterized LOC102725193 ncRNA 0.955 nan 1.135 0.704 3.883 0.788 0.707 0.410 0.983 0.012 0.139 0.460 0.029 0.364 0.604 1.659 0.141 0.118 0.026 0.014 0.080 0.024 0.294 0.203 0.616 0.718 0.474 0.143 0.091 0.018 0.152 nan 0.070 4.126 0.014 0.522 0.214 0.048 0.115 0.207 0.228 0.400 0.130 0.085 0.402 0.302 0.062 1.172 0.735 0.597 0.608 0.405 1.659 0.062 0.326 0.616 0.841 0.447 0.207 0.491 0.795 0.394 0.343 0.059 0.271 0.103 0.104 0.284 0.269 0.121 0.156 1.208 1.260 2.811 1.182 0.175 0.147 0.181 nan nan 6.405 nan 0.200 0.405 0.569 1.099 1.127 0.278 0.458 1.589 0.871 11154 chr8 101316865 101326968 + 0 NA promoter-TSS (NM_001353838) promoter-TSS (NM_001353838) -167 NM_001353838 25897 Hs.292882 NM_015435 ENSG00000034677 RNF19A RNF19 ring finger protein 19A, RBR E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 5.356 nan nan 1.835 4.899 6.452 1.378 5.145 9.127 1.403 2.393 1.266 1.701 2.127 4.149 2.597 2.970 0.397 2.591 0.638 1.659 0.508 1.151 0.615 7.606 1.730 1.614 1.189 3.353 1.834 4.354 5.655 2.866 14.330 1.610 1.605 0.483 1.082 0.126 0.860 2.948 1.712 1.981 1.149 1.564 0.527 1.989 1.892 2.446 2.741 3.243 4.549 2.597 4.075 1.531 7.606 1.163 2.621 0.365 1.541 3.004 1.679 2.639 1.990 0.824 1.208 0.744 2.993 3.836 3.377 4.983 10.832 10.915 nan 2.447 7.175 7.612 2.355 nan 6.291 nan nan 3.528 2.612 6.048 2.453 2.404 5.136 nan 2.974 1.371 2925 chr12 106838209 106842232 + 0 NA intron (NM_001160708, intron 19 of 27) (A)n|Simple_repeat|Simple_repeat 88360 NM_001160708 55703 Hs.62696 NM_018082 ENSG00000013503 POLR3B C128|HLD8|INMAP|RPC2 RNA polymerase III subunit B protein-coding 0.916 0.875 nan 0.196 2.850 0.068 0.143 3.918 8.267 0.024 0.136 0.090 0.030 0.024 0.883 0.544 0.112 0.079 0.055 0.047 0.020 0.035 2.137 0.723 2.174 0.034 0.036 0.036 0.042 0.027 0.039 0.079 0.017 0.936 0.132 0.424 0.168 0.131 0.058 0.468 0.092 0.015 0.110 0.063 0.143 0.260 0.020 0.039 0.058 0.077 0.544 0.018 0.091 2.174 0.042 0.058 3.226 0.097 2.206 0.090 0.030 0.025 0.325 0.360 0.438 0.572 3.917 2.623 13.283 12.955 0.537 0.402 0.515 0.744 0.428 0.823 0.331 0.133 2.146 3.204 3.125 3.801 0.293 0.534 5.982 3.049 5591 chr19 28891690 28898569 + 0 NA Intergenic Charlie15a|DNA|hAT-Charlie -202466 NR_135636 102724908 NR_135636 ENSG00000266976 LOC102724908 - uncharacterized LOC102724908 ncRNA nan 1.532 0.571 0.042 0.088 0.231 0.073 0.396 0.714 0.056 0.054 0.058 0.091 0.131 0.108 0.070 0.031 0.028 0.023 0.119 0.052 0.010 0.021 0.059 0.070 0.098 0.080 11.980 0.063 0.047 0.078 0.128 0.023 0.081 0.035 0.033 0.012 0.131 0.198 0.184 0.041 0.011 0.030 0.131 0.072 0.027 0.052 0.024 0.215 0.067 0.131 0.058 0.100 0.472 0.107 0.025 0.298 0.133 0.147 0.242 0.204 0.212 0.155 0.061 0.062 0.077 0.149 0.230 0.113 0.158 0.358 0.106 0.204 0.410 0.074 0.101 0.330 0.393 1.985 1.379 5329 chr18 47734845 47746906 + 0 NA Intergenic Intergenic -19424 NM_001080467 4645 Hs.720076 NM_001080467 ENSG00000167306 MYO5B - myosin VB protein-coding nan 0.750 0.659 0.048 0.138 0.028 0.098 0.053 0.177 0.082 0.031 0.010 0.058 0.117 0.447 0.067 0.026 0.054 0.016 0.036 0.011 0.039 0.034 0.129 0.034 0.006 0.012 0.067 0.035 0.060 0.085 0.058 0.277 0.036 0.045 0.008 0.036 0.084 0.010 0.040 0.084 0.060 0.013 0.048 0.039 0.095 0.116 0.081 0.024 0.013 0.082 0.447 0.041 0.003 0.129 0.073 0.021 0.008 0.044 0.051 0.053 2.486 0.061 0.019 0.010 0.017 3.555 5.170 1.562 0.564 0.562 0.612 0.379 0.158 3.425 3.462 0.188 0.218 0.192 0.211 0.328 0.223 1.897 3.390 0.213 0.533 0.175 nan 1.366 1.261 4966 chr17 71712822 71722599 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -16283 NM_001278587 100134391 Hs.694655 NM_001278587 LOC100134391 - uncharacterized LOC100134391 protein-coding 1.359 1.182 3.785 0.051 1.557 2.032 0.080 0.689 0.877 0.119 0.083 0.889 1.987 0.864 0.132 0.197 0.097 0.020 0.028 0.028 0.611 0.549 2.271 0.070 0.037 0.015 0.030 0.011 0.083 0.249 0.130 4.325 0.015 0.077 0.115 0.067 0.074 0.244 0.185 0.049 0.008 0.033 0.023 0.020 0.232 0.224 0.029 0.008 0.055 0.864 0.058 0.014 2.271 0.038 0.059 0.088 1.847 0.040 0.193 0.100 0.039 0.047 0.016 3.237 3.775 0.250 0.355 4.305 4.626 1.870 0.570 0.141 0.117 nan 0.744 9.961 7.053 1.443 0.787 0.390 0.620 0.777 0.569 0.487 0.854 nan 1.370 7284 chr22 16049870 16086093 + 0 NA Intergenic MER65C|LTR|ERV1 -89098 NR_133911 106480334 Hs.643607 NR_133911 ENSG00000232775 BMS1P22 - BMS1, ribosome biogenesis factor pseudogene 22 pseudo 0.694 nan 0.543 0.050 0.068 0.014 0.068 0.101 0.241 0.018 0.056 0.058 0.033 0.050 0.053 0.151 0.134 0.116 0.474 0.142 0.037 0.027 0.035 0.100 0.053 0.009 0.015 0.036 0.095 0.102 4.898 nan 0.125 0.292 0.185 0.077 0.047 0.045 0.072 0.010 0.046 0.140 0.079 0.060 0.196 0.184 0.074 0.157 0.117 0.020 0.013 0.027 0.151 1.084 0.031 0.053 0.030 0.041 0.114 0.034 0.048 0.100 0.134 0.038 0.183 0.033 0.013 0.342 0.344 0.254 0.388 0.156 0.187 0.150 0.092 0.249 0.203 0.172 0.293 0.186 0.235 0.468 0.139 0.228 0.282 0.061 0.069 0.099 0.175 0.346 0.448 6724 chr2 234594828 234625384 + 0 NA intron (NM_001072, intron 1 of 4) L1P1|LINE|L1 8594 NM_001072 54578 Hs.554822 NM_001072 ENSG00000167165 UGT1A6 GNT1|HLUGP|HLUGP1|UDPGT|UDPGT 1-6|UGT1|UGT1A6S|UGT1F UDP glucuronosyltransferase family 1 member A6 protein-coding 0.738 nan 0.806 2.950 0.117 0.080 0.164 0.118 0.248 0.041 0.503 4.680 0.012 0.032 0.053 0.173 0.126 0.052 0.117 0.050 0.449 0.041 0.103 0.101 0.060 3.221 2.275 0.026 0.091 0.041 0.044 0.184 0.249 0.337 0.048 10.229 0.016 0.037 0.110 0.073 0.141 0.085 0.190 0.078 0.054 0.045 7.745 0.213 5.214 0.044 1.089 4.250 0.173 0.058 0.058 0.060 1.557 0.611 0.016 0.072 0.050 0.278 0.018 0.073 0.115 1.524 1.070 0.431 0.267 0.554 1.850 0.200 0.263 0.112 0.052 0.617 0.714 0.554 0.669 0.386 nan 0.383 0.165 0.244 0.264 0.038 0.170 0.344 0.671 0.497 0.387 7581 chr3 46120474 46169826 + 0 NA Intergenic Intergenic -76171 NM_005283 2829 Hs.128375 NM_005283 ENSG00000173578 XCR1 CCXCR1|GPR5 X-C motif chemokine receptor 1 protein-coding 0.553 nan nan 0.488 0.114 0.046 0.462 0.071 0.096 1.727 0.096 0.109 0.138 0.064 0.061 0.125 1.179 0.102 0.729 0.553 0.117 0.011 0.057 0.095 0.027 0.123 0.045 0.024 0.927 0.568 0.210 0.677 0.835 0.282 0.986 1.106 0.004 0.031 0.069 0.171 0.023 0.755 0.325 0.208 0.323 0.432 2.684 2.176 0.068 0.052 0.126 0.357 0.125 0.730 0.056 0.027 0.253 0.743 0.020 0.120 0.039 0.560 0.030 0.040 0.293 0.082 0.057 0.188 0.119 0.400 1.440 0.241 0.283 0.133 0.050 0.139 0.153 0.128 0.212 0.240 0.264 0.309 0.172 0.154 0.170 0.041 0.039 0.114 0.172 0.391 0.355 5905 chr2 10585824 10601605 + 0 NA intron (NR_110597, intron 3 of 4) intron (NR_110597, intron 3 of 4) 3860 NR_110597 101929715 Hs.634550 NR_110597 LOC101929715 - uncharacterized LOC101929715 ncRNA 2.332 1.217 4.672 1.310 1.314 0.879 1.704 0.950 1.641 0.171 1.394 1.114 0.324 1.072 2.425 1.427 0.544 0.163 0.939 0.552 2.262 0.711 0.975 0.474 2.216 0.580 0.519 0.912 1.743 0.401 1.789 4.598 0.793 3.001 0.364 1.819 0.215 1.897 0.117 0.747 1.375 1.774 1.814 1.013 1.061 0.461 0.748 0.711 2.819 2.512 2.029 1.583 1.427 1.904 3.005 2.216 1.000 1.143 0.815 2.826 3.629 1.013 0.568 1.078 0.389 0.668 0.413 1.875 1.786 1.588 2.745 4.139 3.574 4.865 1.918 1.790 1.710 1.412 2.220 3.428 nan 2.095 2.845 1.354 2.934 1.605 1.596 3.354 nan 1.525 1.026 4517 chr16 89300211 89315903 + 0 NA Intergenic Intergenic 23946 NM_182531 197320 Hs.647385 NM_182531 ENSG00000170100 ZNF778 - zinc finger protein 778 protein-coding nan 1.191 1.357 0.581 1.050 0.251 0.847 0.480 1.159 0.299 1.444 1.164 0.198 0.658 0.528 1.076 0.452 0.215 2.407 0.725 1.640 0.486 0.269 0.205 1.117 1.674 1.739 0.503 2.034 0.383 0.774 1.888 1.210 1.559 0.846 0.689 0.072 0.880 0.100 0.302 0.251 1.647 1.945 0.922 0.605 0.692 0.892 0.673 1.173 2.149 0.559 0.800 1.076 3.611 1.406 1.117 0.375 0.422 0.456 1.719 1.099 1.012 0.247 0.732 0.252 0.217 0.181 0.879 0.967 0.748 1.153 1.116 0.957 1.986 0.542 1.716 1.669 0.716 1.030 1.125 1.522 1.914 1.734 0.485 0.611 0.635 0.550 1.245 1.961 1.114 0.627 2392 chr12 87919 94603 + 0 NA TTS (NR_130745) TTS (NR_130745) 17536 NR_130745 100288778 Hs.459573 NR_130745 ENSG00000226210 LOC100288778 - WASH complex subunit 1 pseudogene pseudo 1.569 nan nan 0.278 0.840 10.530 0.594 0.289 0.730 0.402 0.546 0.330 0.981 0.464 2.850 5.986 0.183 0.137 1.356 0.343 0.048 0.220 1.842 0.867 0.660 0.425 0.307 0.243 0.602 0.489 2.747 5.198 1.248 5.076 0.218 0.324 0.770 0.592 0.136 0.195 0.256 0.302 0.094 0.107 0.981 0.242 0.317 0.270 0.524 1.247 0.160 1.377 5.986 1.174 0.070 0.660 0.689 0.180 1.551 0.362 1.620 0.330 0.088 0.279 0.182 0.043 0.012 0.447 0.893 0.430 0.867 nan 3.951 1.286 0.334 1.392 1.360 1.471 2.128 0.754 0.666 0.881 1.007 0.479 0.447 1.112 0.898 0.451 nan 3.864 1.863 8526 chr4 118698345 118706661 + 0 NA Intergenic Intergenic -53053 NR_147154 105377391 Hs.148448 NR_147154 ENSG00000229565 LINC02264 - long intergenic non-protein coding RNA 2264 ncRNA 0.493 0.735 0.731 0.088 0.074 0.101 0.264 0.235 0.012 0.047 0.077 0.008 0.024 0.097 0.015 0.172 0.038 0.212 0.136 0.015 0.017 0.205 0.095 0.043 0.008 0.097 0.025 0.048 0.023 0.023 0.230 0.017 0.148 0.146 0.039 0.062 0.014 0.029 0.056 0.014 0.013 0.009 0.116 0.024 0.039 0.042 0.019 0.016 0.015 0.043 0.043 0.157 0.020 0.011 0.007 0.012 0.010 0.012 0.015 0.009 0.014 0.006 0.172 0.110 0.147 0.258 0.170 0.268 0.171 0.037 0.157 0.146 5.825 5.465 0.243 0.180 0.595 0.223 0.086 0.199 1.042 1.223 0.276 0.685 0.113 0.198 3313 chr13 105675855 105691679 + 0 NA Intergenic Intergenic -434449 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.692 0.791 0.706 0.032 0.109 0.043 0.035 0.111 0.285 0.012 0.084 0.052 0.038 0.078 0.315 0.038 0.095 0.161 0.060 0.008 0.009 0.107 0.085 0.140 0.030 0.014 0.005 0.017 0.013 0.091 0.068 0.027 0.311 0.037 0.031 0.012 0.007 0.101 0.007 0.135 0.090 0.027 0.010 0.014 0.014 0.091 0.032 0.021 0.023 0.035 0.017 0.315 0.045 0.012 0.140 0.015 0.031 0.049 0.026 0.026 0.015 0.119 0.031 0.014 0.018 0.010 2.249 1.150 5.124 1.134 0.349 0.439 0.134 0.138 27.208 27.151 0.369 nan 0.286 0.321 0.427 0.169 0.334 0.533 0.049 0.060 0.294 nan 0.177 0.200 1824 chr11 16759180 16761495 + 0 NA exon (NM_014267, exon 1 of 5) exon (NM_014267, exon 1 of 5) 189 NM_014267 10944 Hs.368226 NM_014267 ENSG00000110696 C11orf58 IMAGE145052|SMAP chromosome 11 open reading frame 58 protein-coding 7.658 6.899 7.176 4.901 10.880 6.041 5.262 5.618 10.357 0.985 4.758 3.664 1.910 2.796 7.247 7.548 3.806 0.230 3.481 1.047 3.243 2.456 4.032 1.565 13.514 3.895 4.278 2.993 3.346 2.505 8.913 10.492 6.198 19.301 1.583 4.428 1.467 4.861 0.083 2.689 2.611 8.572 3.936 1.703 3.042 2.459 5.204 4.538 5.949 3.521 3.278 3.337 7.548 4.521 5.014 13.514 2.633 3.341 1.345 3.792 1.791 3.574 3.688 2.110 3.144 2.485 1.971 18.384 15.381 17.600 22.950 23.628 23.111 15.154 14.169 31.847 35.487 11.036 12.265 11.882 22.311 18.162 18.435 12.295 15.465 12.034 15.025 12.524 8.167 8.119 5.174 4135 chr15 91352393 91363718 + 0 NA intron (NM_000057, intron 21 of 21) intron (NM_000057, intron 21 of 21) -53767 NM_002569 5045 Hs.513153 NM_002569 ENSG00000140564 FURIN FUR|PACE|PCSK3|SPC1 furin, paired basic amino acid cleaving enzyme protein-coding nan nan nan 0.108 0.202 0.269 0.114 0.283 0.461 0.051 0.142 0.238 0.033 0.035 0.874 0.520 0.133 0.099 0.095 0.033 0.044 0.049 0.502 0.338 1.080 0.068 0.058 0.156 0.066 0.009 0.151 0.418 0.068 1.502 0.077 0.095 0.051 0.067 0.073 0.031 0.313 0.089 0.016 0.041 0.010 0.047 0.197 0.158 0.211 0.108 0.028 0.306 0.520 0.069 0.041 1.080 0.141 0.124 0.537 0.092 0.167 0.129 2.719 0.381 0.034 0.005 0.014 5.012 6.178 1.310 1.008 3.037 3.093 nan 0.174 2.061 2.060 0.470 0.757 0.486 0.719 nan 3.186 4.184 5.497 0.273 0.236 0.734 nan 1.819 0.989 5633 chr19 36656168 36682237 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -25431 NM_001864 1346 Hs.421621 NM_001864 ENSG00000161281 COX7A1 COX7A|COX7AH|COX7AM cytochrome c oxidase subunit 7A1 protein-coding 1.094 0.857 0.801 0.131 1.019 0.135 0.373 0.418 0.838 0.054 0.336 0.230 0.579 0.131 0.129 0.287 0.187 0.278 0.383 0.204 1.018 0.043 0.190 0.198 2.256 0.120 0.055 0.088 0.092 0.121 0.372 0.081 2.300 0.123 0.184 0.033 3.149 0.263 0.027 0.532 0.404 2.905 1.297 0.038 0.071 0.118 0.166 0.273 2.784 0.031 0.057 0.287 1.197 0.088 2.256 0.042 0.101 0.084 0.107 0.113 0.112 0.140 0.605 0.069 1.801 1.687 0.447 0.558 1.764 1.831 0.893 0.904 2.848 1.031 0.664 0.689 0.375 0.664 0.376 0.557 nan 1.033 0.496 0.625 0.261 0.220 0.850 1.806 1.761 1.022 10647 chr7 126884104 126895063 + 0 NA intron (NM_001127323, intron 1 of 10) intron (NM_001127323, intron 1 of 10) 2845 NM_001127323 2918 Hs.449625 NM_000845 ENSG00000179603 GRM8 GLUR8|GPRC1H|MGLUR8|mGlu8 glutamate metabotropic receptor 8 protein-coding 1.162 1.343 1.251 0.276 0.625 5.109 0.032 1.080 1.321 0.009 0.200 0.227 0.040 0.394 2.734 0.573 0.122 0.133 0.183 0.104 0.006 0.013 0.280 0.301 0.619 0.207 0.099 0.047 0.236 0.048 0.163 0.320 0.207 3.339 0.040 0.109 0.435 0.079 0.152 0.279 0.881 0.471 0.241 0.143 0.010 0.070 0.062 0.862 0.230 0.751 0.200 0.055 0.573 0.225 0.178 0.619 0.034 0.127 0.673 0.589 0.921 0.022 0.036 0.068 0.069 0.037 0.024 0.322 0.228 2.008 2.712 2.674 1.637 0.574 0.210 0.690 0.703 0.393 0.766 1.641 2.880 3.035 3.270 0.180 0.236 0.625 0.473 0.411 0.720 1.151 0.869 3916 chr15 40628702 40637914 + 0 NA promoter-TSS (NM_207380) promoter-TSS (NM_207380) -140 NM_207380 388115 Hs.32433 NM_207380 ENSG00000188549 CCDC9B C15orf52 coiled-coil domain containing 9B protein-coding 1.643 0.944 nan 3.353 0.155 1.659 6.206 0.391 0.843 2.318 4.195 4.555 0.209 1.214 0.697 1.080 3.103 0.297 3.374 2.079 1.122 0.071 0.372 0.326 1.671 1.774 1.886 0.427 4.397 2.627 5.387 8.694 4.100 2.342 4.556 3.808 0.052 0.094 0.085 3.456 0.285 6.768 6.287 2.221 2.780 0.626 4.477 13.203 1.494 3.339 0.060 2.555 1.080 4.486 1.729 1.671 1.568 2.421 1.032 3.460 1.255 4.252 1.056 0.322 11.048 8.430 6.818 1.678 2.563 0.991 2.983 1.138 1.335 0.672 0.291 1.106 1.154 1.038 nan 2.439 2.460 1.876 1.443 1.298 1.888 0.265 0.254 0.759 1.176 0.918 0.560 10015 chr6 150811089 150815077 + 0 NA Intergenic Intergenic -107918 NR_138136 57480 Hs.189781 NM_001029884 ENSG00000120278 PLEKHG1 ARHGEF41 pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G1 protein-coding nan 0.789 0.596 4.183 0.153 0.069 5.992 0.082 0.275 0.310 0.116 1.029 0.016 0.102 0.146 0.497 0.037 0.120 4.937 3.185 0.047 0.077 0.060 0.228 3.664 3.720 0.036 4.417 2.677 7.209 15.916 3.837 0.353 3.745 0.054 0.054 0.125 2.426 0.392 0.107 0.097 6.589 6.592 4.963 0.702 0.102 0.054 0.495 3.040 0.497 5.006 0.046 0.228 0.919 0.477 0.049 0.205 0.007 1.291 0.025 2.268 0.087 0.127 0.342 0.269 0.342 1.086 0.372 nan 1.077 0.318 0.235 0.415 0.085 0.166 0.235 0.294 0.581 0.208 0.120 0.148 0.044 0.162 0.108 nan 0.092 0.198 9986 chr6 144903575 144910200 + 0 NA intron (NM_007124, intron 50 of 73) intron (NM_007124, intron 50 of 73) 180096 NR_132778 106635530 NR_132778 SNORA98 - small nucleolar RNA, H/ACA box 98 snoRNA nan 1.095 nan 0.032 0.277 0.039 0.098 0.315 0.801 0.029 0.127 0.027 0.038 0.075 0.175 0.487 0.442 0.024 0.123 0.143 0.076 0.021 0.886 0.641 1.599 0.052 0.011 0.077 0.052 0.032 0.121 0.249 0.149 0.783 0.044 0.107 1.852 0.122 0.120 0.035 0.042 0.019 0.024 0.203 0.046 0.012 0.248 0.047 0.079 0.487 0.053 0.043 1.599 0.074 0.037 0.015 0.017 0.046 0.131 0.044 0.111 0.034 0.009 0.023 0.534 0.437 7.712 4.918 2.384 3.327 2.493 0.868 0.313 0.355 0.137 0.174 0.161 0.200 1.166 0.593 0.312 0.379 6.774 7.328 0.268 0.584 2.162 0.808 276 chr1 38057610 38062997 + 0 NA intron (NM_013285, intron 1 of 15) AluSx1|SINE|Alu 1283 NM_001323624 29889 Hs.75528 NM_013285 ENSG00000134697 GNL2 HUMAUANTIG|NGP1|Ngp-1|Nog2|Nug2 G protein nucleolar 2 protein-coding 2.301 nan 1.735 1.561 3.482 0.850 1.881 0.564 1.012 0.481 1.154 0.963 0.151 0.647 0.753 1.199 1.282 0.148 0.754 0.530 0.539 0.650 1.386 0.704 1.939 0.774 0.576 0.546 1.007 0.312 1.091 1.567 1.048 3.234 0.354 0.758 0.178 2.040 0.221 0.461 0.444 1.383 0.983 0.436 0.852 0.318 0.894 0.863 0.710 1.250 0.365 0.419 1.199 1.363 1.152 1.939 0.544 0.720 0.381 1.337 0.716 0.586 0.990 0.666 0.567 0.577 0.319 1.163 1.319 1.729 2.839 2.746 3.312 nan 0.693 3.417 3.803 2.910 3.802 12.746 15.376 nan 1.988 2.360 4.042 1.168 1.186 2.169 3.325 1.932 nan 6514 chr2 179268154 179280401 + 0 NA intron (NR_031666, intron 3 of 4) BLACKJACK|DNA|hAT-Blackjack -4109 NR_110204 101927027 Hs.715694 NR_110204 ENSG00000223960 LOC101927027 - uncharacterized LOC101927027 ncRNA 2.554 1.596 1.677 0.509 1.190 1.063 1.665 0.785 1.424 0.412 1.305 0.943 0.193 0.081 0.156 1.765 0.961 0.237 0.910 0.495 1.348 0.520 0.703 0.505 1.477 0.797 0.715 0.470 0.810 0.369 1.097 1.506 0.413 2.965 0.651 1.359 0.287 0.721 0.127 0.834 0.376 1.553 0.937 0.526 0.536 0.263 1.005 1.575 1.050 1.187 0.419 0.418 1.765 0.848 1.675 1.477 0.264 0.141 0.309 1.500 1.755 0.841 0.445 1.073 1.100 0.598 0.287 0.627 0.719 1.575 2.154 1.387 1.216 2.688 1.161 1.068 1.098 1.962 2.164 6.769 8.315 2.370 2.407 0.668 1.110 1.947 2.161 2.563 3.037 1.697 0.992 6006 chr2 31225402 31237010 + 0 NA intron (NM_024572, intron 1 of 14) AluJr|SINE|Alu 121300 NM_001253827 79623 Hs.468058 NM_024572 ENSG00000158089 GALNT14 GALNT15|GalNac-T10|GalNac-T14 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 14 protein-coding 0.886 nan nan 0.072 0.030 0.024 0.127 0.229 0.329 0.008 0.099 0.246 0.005 0.043 0.100 0.548 0.084 0.083 0.064 0.033 0.024 0.096 0.085 0.072 0.090 0.075 0.050 0.057 0.018 0.090 nan 0.064 8.384 0.025 0.091 0.008 0.037 0.107 0.030 0.073 0.205 0.021 0.027 0.010 0.059 0.183 0.141 0.148 0.066 0.041 0.101 0.548 0.062 0.024 0.072 0.073 0.072 0.319 0.105 0.009 0.048 0.082 0.021 0.053 0.010 0.017 0.556 0.578 0.402 0.439 0.291 0.382 0.213 0.057 0.923 nan 0.292 0.447 0.592 0.915 nan 0.391 0.209 0.501 0.047 0.109 0.212 0.550 0.650 0.511 6376 chr2 137133356 137146527 + 0 NA Intergenic Intergenic -264216 NM_001348059 7852 Hs.593413 NM_003467 ENSG00000121966 CXCR4 CD184|D2S201E|FB22|HM89|HSY3RR|LAP-3|LAP3|LCR1|LESTR|NPY3R|NPYR|NPYRL|NPYY3R|WHIM|WHIMS C-X-C motif chemokine receptor 4 protein-coding nan 0.780 nan 0.060 0.388 0.913 0.078 0.353 0.560 0.007 0.078 0.119 0.005 0.029 0.142 0.429 0.106 0.049 0.087 0.043 0.030 0.021 0.190 0.150 0.344 0.027 0.015 0.028 0.056 0.046 0.053 0.170 0.076 1.192 0.099 0.094 0.082 0.073 0.043 0.161 0.029 0.018 0.033 0.058 0.032 0.112 0.152 0.087 0.035 0.041 0.429 0.055 0.021 0.344 0.042 0.037 0.309 0.194 0.208 0.082 0.052 0.142 0.058 0.041 0.009 0.386 0.302 0.416 0.520 0.691 0.665 2.277 1.005 0.115 0.158 4.405 4.423 1.298 nan 1.208 1.428 0.284 0.387 0.502 0.970 0.254 0.610 0.851 0.512 2465 chr12 8825972 8852124 + 0 NA intron (NM_001352267, intron 1 of 5) intron (NM_001352267, intron 1 of 5) 4775 NM_001352267 57494 Hs.504670 NM_020734 ENSG00000166532 RIMKLB FAM80B|NAAGS|NAAGS-I ribosomal modification protein rimK like family member B protein-coding 1.359 nan nan 0.336 0.840 1.085 0.073 0.483 1.026 0.724 0.054 0.148 1.299 0.203 1.249 0.599 0.037 0.045 0.183 0.051 0.444 0.536 0.481 0.280 0.989 0.249 0.160 0.635 0.379 0.069 0.441 0.936 0.235 3.107 0.011 0.266 0.065 1.025 0.133 0.136 0.024 0.743 0.468 0.227 0.029 0.105 0.239 0.668 1.055 1.207 1.639 0.132 0.599 0.210 0.226 0.989 0.224 0.328 0.071 1.549 0.046 0.061 1.357 0.335 0.053 0.046 0.023 0.627 0.846 1.050 1.381 nan 1.620 1.399 0.536 1.510 1.585 1.005 1.320 1.500 2.315 0.678 0.570 1.017 1.501 0.216 0.160 0.721 nan 0.530 0.411 11894 chrUn_gl000216 9 15792 + 0 NA NA (CATTC)n|Satellite|Satellite NA NA nan 10.326 nan 0.956 2.945 0.552 0.882 2.531 nan 0.405 1.746 1.894 0.165 2.073 2.951 nan 1.723 10.154 1.053 0.164 1.467 1.524 4.824 1.350 0.149 0.842 0.294 2.454 0.013 0.756 0.668 2.028 6.357 0.018 2.048 1.281 0.947 4.435 0.015 0.740 2.045 1.028 0.568 0.014 3.042 0.661 3.699 1.331 0.757 0.330 1.174 nan 1.078 0.857 1.350 0.719 1.032 0.618 0.393 0.779 0.900 0.997 1.448 0.637 0.732 0.613 3.306 1.200 1.146 1.407 2.881 4.921 1.158 0.836 1.619 1.452 nan 4.443 1.700 1.815 nan 0.955 1.169 2.024 0.802 1.746 1.452 2.788 1.021 1.543 3523 chr14 45426498 45437497 + 0 NA promoter-TSS (NM_017658) promoter-TSS (NM_017658) 604 NM_015091 23116 Hs.371078 NM_015091 ENSG00000198718 TOGARAM1 FAM179B|KIAA0423 TOG array regulator of axonemal microtubules 1 protein-coding nan 1.727 nan 1.351 2.991 2.106 0.687 1.106 2.157 0.412 0.965 1.470 0.354 0.569 2.165 1.181 1.341 0.146 1.068 0.292 0.794 0.480 1.086 0.821 1.545 0.894 0.494 0.279 1.202 0.548 1.366 1.846 2.367 5.066 0.481 0.875 0.416 0.975 0.105 0.569 1.751 0.997 0.862 0.574 0.830 0.417 1.700 0.791 1.330 1.376 0.749 1.029 1.181 0.563 2.355 1.545 0.667 0.617 0.756 1.047 1.202 1.164 1.261 0.743 0.794 0.492 0.246 2.328 2.655 1.180 1.691 2.563 2.264 4.343 1.691 3.101 3.418 3.397 3.720 2.847 4.032 7.510 7.204 1.814 3.404 2.979 2.672 2.164 3.352 1.534 1.052 10638 chr7 121564385 121586449 + 0 NA intron (NM_002851, intron 2 of 29) intron (NM_002851, intron 2 of 29) 62258 NM_002851 5803 Hs.489824 NM_002851 ENSG00000106278 PTPRZ1 HPTPZ|HPTPzeta|PTP-ZETA|PTP18|PTPRZ|PTPZ|R-PTP-zeta-2|RPTPB|RPTPbeta|phosphacan protein tyrosine phosphatase, receptor type Z1 protein-coding 0.920 0.704 0.904 0.126 0.298 0.033 0.074 3.693 7.186 0.034 0.077 0.068 0.017 0.037 0.096 0.096 0.127 0.152 0.086 0.044 0.023 0.019 0.598 0.403 2.765 0.003 0.010 0.027 0.092 0.029 0.073 0.172 0.235 0.547 0.027 0.054 0.751 0.034 0.169 0.011 0.598 0.461 0.022 0.031 0.054 0.014 0.106 0.145 0.033 0.110 0.018 0.047 0.096 0.064 0.034 2.765 0.072 0.056 0.014 0.054 0.119 0.036 0.093 0.106 0.041 0.016 0.016 0.443 0.241 0.232 0.344 0.659 0.694 5.266 1.849 0.254 0.252 0.726 0.973 0.182 0.204 0.382 0.195 0.140 0.342 3.386 3.168 0.407 1.043 3.233 1.398 3868 chr15 22100088 22110575 + 0 NA Intergenic L1MA8|LINE|L1 -22190 NM_207355 102724631 Hs.722659 NM_207355 ENSG00000278522 POTEB3 POTE-15|POTEB POTE ankyrin domain family member B3 protein-coding nan 0.903 nan 0.007 0.084 0.021 0.034 0.229 0.381 0.037 0.021 0.044 0.006 0.105 0.034 0.123 0.071 0.147 0.071 0.091 0.040 0.042 0.088 0.046 0.020 0.021 0.052 0.020 0.087 0.042 0.108 0.469 0.014 0.148 0.055 0.010 0.102 0.015 0.035 0.006 0.007 0.011 0.014 0.156 0.152 0.031 0.007 0.008 0.032 0.123 0.020 0.035 0.046 0.058 0.031 0.047 0.006 0.039 0.053 0.123 0.012 0.030 0.011 0.009 0.910 0.515 5.979 1.953 0.124 0.181 0.222 0.136 0.526 0.514 0.259 0.354 0.220 0.220 nan 0.268 0.274 0.574 0.081 0.107 0.118 0.210 0.418 0.424 9183 chr5 133836407 133881385 + 0 NA Intergenic Intergenic -1170 NM_001308143 23338 Hs.732155 NM_015288 ENSG00000043143 JADE2 JADE-2|PHF15 jade family PHD finger 2 protein-coding 1.587 1.192 nan 1.996 0.555 0.774 3.398 0.668 1.307 1.286 1.776 1.517 0.247 0.810 2.040 0.339 1.006 0.208 2.401 1.221 2.078 0.666 0.244 0.147 0.527 1.803 1.831 1.289 1.691 1.582 4.054 7.368 2.829 3.134 1.578 1.370 0.125 1.723 0.133 0.997 0.213 2.757 1.984 0.836 1.381 2.024 1.640 1.332 2.947 5.260 1.724 1.819 0.339 2.938 1.324 0.527 1.480 0.764 0.248 1.697 0.866 0.950 0.784 1.278 1.427 2.683 1.623 0.472 0.836 0.944 1.446 1.047 0.976 1.517 0.398 0.722 0.827 0.777 1.181 4.198 3.897 1.913 2.035 0.914 1.252 0.718 0.658 1.115 3.168 0.908 0.544 9072 chr5 93571473 93597562 + 0 NA intron (NM_001145678, intron 20 of 20) intron (NM_001145678, intron 20 of 20) -137113 NM_001163418 83989 Hs.600086 NM_032042 ENSG00000113391 FAM172A C5orf21 family with sequence similarity 172 member A protein-coding nan 1.321 0.679 0.134 0.098 0.032 0.109 0.104 0.277 0.042 0.110 0.052 0.024 0.035 0.067 0.223 0.685 0.150 0.085 0.058 0.894 0.016 0.018 0.064 0.005 0.018 0.021 0.989 0.156 0.080 0.096 0.201 0.122 0.237 0.230 0.273 0.029 4.519 0.104 0.059 0.024 0.042 0.033 0.024 0.046 0.023 0.103 0.073 0.046 0.030 0.024 0.056 0.223 0.030 0.021 0.005 0.047 0.022 0.012 0.038 0.117 0.079 0.038 0.052 0.053 2.127 2.323 0.218 0.108 0.204 0.298 0.207 0.243 0.211 0.095 0.126 0.117 0.298 0.424 0.249 0.235 0.361 0.139 0.100 0.120 0.102 0.164 0.245 nan 0.337 0.378 8686 chr4_gl000193_random 1383 9278 + 0 NA Intergenic Intergenic 83045 NR_038377 441058 Hs.130535 NR_038377 LINC01667 - long intergenic non-protein coding RNA 1667 ncRNA nan 1.030 1.122 0.171 0.074 0.035 0.099 0.164 0.508 0.049 0.408 0.099 0.121 0.025 0.126 0.441 0.104 0.040 0.067 0.024 0.107 0.080 0.208 0.045 0.009 0.055 0.037 0.266 0.027 0.374 0.074 0.348 0.482 0.056 0.068 0.084 0.136 0.266 0.051 0.140 0.030 0.049 0.041 0.058 0.158 0.352 0.047 0.027 0.021 0.059 0.441 0.098 0.011 0.045 0.046 0.094 0.018 0.026 0.094 0.387 0.073 0.029 0.017 0.007 2.711 2.108 13.714 13.373 0.447 0.671 0.175 0.084 0.781 0.724 0.194 nan 0.012 0.042 0.515 0.146 0.843 1.907 0.144 0.091 0.226 0.324 0.267 0.521 4124 chr15 89629656 89678013 + 0 NA intron (NM_007011, intron 5 of 14) intron (NM_007011, intron 5 of 14) 22453 NM_152924 11057 Hs.122337 NM_007011 ENSG00000140526 ABHD2 HS1-2|LABH2|PHPS1-2 abhydrolase domain containing 2 protein-coding 1.227 nan 1.668 1.385 1.219 0.356 1.903 0.482 1.101 0.166 0.943 1.779 0.041 1.108 0.564 0.773 1.316 0.124 1.143 0.767 0.581 0.109 2.163 1.226 2.198 1.592 1.073 0.338 1.377 1.373 1.506 2.975 0.955 1.136 1.302 1.197 0.378 0.158 0.068 0.597 0.147 0.819 0.400 0.269 1.264 0.881 1.884 1.807 1.478 0.805 0.581 2.127 0.773 1.544 1.510 2.198 1.665 3.888 0.209 0.251 1.150 0.370 1.238 0.362 1.939 0.643 0.480 1.377 1.773 1.394 1.144 1.500 1.720 3.210 1.918 0.521 0.479 0.922 1.332 2.495 3.727 1.131 0.991 1.224 1.780 1.335 2.131 0.460 0.993 1.758 0.874 9272 chr5 150283399 150285608 + 0 NA promoter-TSS (NM_052860) promoter-TSS (NM_052860) 42 NM_001172832 91975 Hs.134885 NM_052860 ENSG00000145908 ZNF300 - zinc finger protein 300 protein-coding 1.157 nan 1.037 1.335 3.743 2.913 3.073 1.888 3.549 0.347 1.231 2.096 0.079 1.720 2.069 0.144 3.389 1.458 0.029 0.846 0.190 3.520 0.856 0.948 0.033 0.719 0.036 0.090 1.163 0.555 1.725 0.026 0.254 5.353 0.104 0.106 0.473 0.054 3.465 1.546 2.191 2.411 0.815 1.621 4.391 0.962 0.065 4.358 4.950 3.520 0.185 1.928 1.183 2.638 0.448 1.728 0.138 4.245 4.466 1.158 1.142 0.141 0.115 5.765 6.520 12.280 8.083 12.612 13.588 4.833 6.234 15.607 24.283 12.051 11.884 3.232 4.409 5.361 5.951 6.267 4.574 5.152 3.353 4936 chr17 65401848 65448269 + 0 NA intron (NM_012417, intron 1 of 8) AluSx|SINE|Alu -42547 NR_037517 100500895 NR_037517 ENSG00000207688 MIR548AA2 - microRNA 548aa-2 ncRNA 1.011 nan 0.786 0.226 0.144 0.026 2.178 0.293 0.450 0.094 0.440 0.715 0.017 0.261 0.118 0.265 0.289 0.199 1.027 0.655 1.720 0.045 0.166 0.162 0.434 0.466 0.228 0.070 0.580 0.358 2.218 7.143 0.632 0.305 0.748 0.384 0.047 0.085 0.111 0.638 0.079 0.329 0.195 0.157 0.705 0.876 0.170 0.367 0.468 2.122 0.422 1.349 0.265 1.064 3.274 0.434 0.366 0.364 0.048 0.400 0.619 0.441 0.066 0.163 0.223 0.344 0.346 0.483 0.358 0.367 0.458 0.302 0.359 1.388 0.508 0.336 0.340 0.459 nan 0.440 0.495 0.516 0.205 0.234 0.317 0.151 0.176 0.303 0.597 0.549 0.537 4985 chr17 73099038 73139666 + 0 NA intron (NM_024585, intron 2 of 2) AluSx3|SINE|Alu 8538 NM_001252377 30833 Hs.67201 NM_014595 ENSG00000125458 NT5C DNT|DNT1|HEL74|P5N2|PN-I|PN-II|UMPH2|cdN|dNT-1 5', 3'-nucleotidase, cytosolic protein-coding 1.570 1.547 1.316 1.196 1.297 0.438 2.547 0.620 1.271 0.397 1.877 1.101 0.146 0.732 0.701 0.779 0.606 0.286 1.333 0.609 0.946 0.280 0.436 0.291 0.834 1.810 1.709 0.560 1.134 0.956 2.529 4.829 0.982 2.156 1.388 3.168 0.123 0.843 0.141 0.925 0.395 1.822 1.101 0.520 1.167 0.574 1.058 1.465 4.226 1.246 0.658 1.298 0.779 1.844 1.418 0.834 1.016 0.922 0.428 1.263 1.465 0.956 0.309 0.617 1.003 0.405 0.232 1.268 1.672 1.040 1.749 1.311 1.296 2.011 0.672 0.731 0.696 nan 1.715 1.994 2.474 2.496 2.313 0.715 1.180 0.663 0.861 0.966 1.910 nan 0.525 10818 chr8 12793561 12813872 + 0 NA intron (NM_020844, intron 1 of 4) intron (NM_020844, intron 1 of 4) 533 NM_020844 57604 Hs.202521 NM_020844 ENSG00000250305 TRMT9B C8orf79|KIAA1456|TRM9L|hTRM9L tRNA methyltransferase 9B (putative) protein-coding 2.084 2.493 nan 0.078 1.630 0.030 0.024 2.926 5.323 0.095 0.047 0.045 0.012 0.020 0.890 0.782 0.072 0.087 0.052 0.019 0.032 0.014 2.615 1.764 3.219 0.096 0.071 0.036 0.203 0.021 0.055 0.094 0.052 2.582 0.014 0.181 1.576 0.043 0.125 0.047 0.254 0.100 0.264 0.138 0.043 0.034 0.019 0.118 0.193 0.237 0.601 0.039 0.782 0.049 0.009 3.219 0.024 0.118 0.273 0.413 0.055 0.024 0.029 0.366 0.014 0.082 0.042 1.150 1.423 2.085 3.970 1.659 nan 4.500 2.589 1.600 1.547 4.081 4.324 0.123 0.132 1.271 1.195 0.152 0.301 6.544 5.692 0.880 1.288 5.059 2.880 2986 chr12 118402856 118408877 + 0 NA intron (NM_173598, intron 1 of 19) intron (NM_173598, intron 1 of 19) 162 NM_173598 283455 Hs.375836 NM_173598 ENSG00000171435 KSR2 - kinase suppressor of ras 2 protein-coding nan nan 1.514 1.592 2.802 3.160 0.384 1.627 2.584 0.222 0.130 0.030 0.597 0.890 7.629 2.630 0.124 0.054 0.032 0.217 0.346 2.204 1.162 5.581 0.470 0.434 0.099 1.267 0.296 0.735 1.272 0.432 6.719 0.122 0.107 0.360 0.850 0.085 0.175 3.251 0.244 0.330 0.232 0.343 0.571 1.316 0.500 0.352 0.598 0.118 0.044 2.630 0.035 0.062 5.581 0.566 0.535 0.924 0.397 1.505 0.012 0.931 0.021 0.650 0.653 2.152 3.289 2.020 2.761 nan 11.797 nan 2.335 3.737 3.938 0.120 0.214 8.193 nan 1.870 2.447 1.576 3.162 2.097 1.322 0.163 0.210 nan 2.063 9425 chr6 10380240 10390169 + 0 NA Intergenic CpG -19531 NR_145448 109729173 NR_145448 ENSG00000285278 TFAP2A-AS2 HIPSTR TFAP2A antisense RNA 2 ncRNA 0.921 nan 0.938 0.333 0.976 0.090 0.394 0.612 1.400 0.146 0.136 0.429 0.376 0.061 0.233 0.293 0.085 0.048 0.332 0.267 0.305 0.029 0.887 0.456 0.835 0.707 0.315 0.209 0.055 0.011 0.105 0.333 0.351 0.358 0.060 0.331 0.988 0.054 0.099 0.096 1.876 0.672 0.026 0.087 0.132 0.131 0.184 0.200 0.704 0.189 0.229 0.112 0.293 0.389 0.154 0.835 0.024 0.542 0.020 4.935 0.366 0.134 2.509 0.049 0.031 0.006 4.284 4.160 8.094 7.382 0.555 0.452 3.213 0.833 1.882 1.976 0.154 0.376 0.112 0.114 0.443 0.203 1.739 3.803 5.412 5.926 0.242 0.421 0.573 0.566 4865 chr17 54552978 54585099 + 0 NA Intergenic Intergenic -102022 NM_005450 9241 Hs.248201 NM_005450 ENSG00000183691 NOG SYM1|SYNS1|SYNS1A noggin protein-coding 0.841 0.813 1.032 0.063 0.079 0.025 0.062 0.110 0.304 0.009 0.082 0.056 0.013 0.022 0.104 0.179 0.107 0.136 0.056 0.012 0.032 0.004 0.087 0.150 0.052 0.076 0.034 0.020 0.061 0.013 0.480 3.683 0.181 0.301 0.027 0.066 0.018 0.051 0.100 0.026 0.082 0.114 0.015 0.017 0.031 0.046 0.081 0.162 0.071 0.039 0.027 0.041 0.179 0.037 0.049 0.052 0.038 0.039 0.042 0.032 0.041 0.050 0.022 0.153 0.014 0.030 0.013 0.422 0.205 0.231 0.343 0.325 0.395 0.133 0.086 nan 0.265 0.332 0.548 nan nan 0.769 0.479 0.136 0.210 0.071 0.102 0.315 0.487 0.192 0.361 3558 chr14 55114630 55127510 + 0 NA intron (NM_015589, intron 1 of 11) intron (NM_015589, intron 1 of 11) 86740 NM_015589 23034 Hs.98259 NM_015589 ENSG00000020577 SAMD4A SAMD4|SMAUG|SMAUG1|SMG|SMGA sterile alpha motif domain containing 4A protein-coding nan nan 0.753 0.724 0.151 0.025 1.986 0.088 0.207 0.846 1.256 1.024 4.372 0.039 0.055 0.278 2.412 0.188 2.125 0.943 6.444 0.011 0.060 0.107 0.061 4.108 3.834 0.519 2.310 2.476 0.587 2.609 1.768 0.369 1.880 2.199 0.051 0.371 0.118 1.341 0.012 3.180 3.192 1.192 2.292 1.944 1.738 3.881 0.607 1.185 0.221 1.756 0.278 2.411 3.058 0.061 0.601 0.636 0.015 1.482 0.024 2.442 0.031 0.048 2.616 4.267 4.463 0.265 0.138 1.007 5.368 0.344 0.398 0.201 0.073 0.388 0.346 0.111 0.264 0.321 0.334 0.564 0.233 0.174 0.211 0.227 0.467 0.064 0.160 nan 0.515 3294 chr13 101089757 101096965 + 0 NA intron (NM_001352611, intron 19 of 21) intron (NM_001352611, intron 19 of 21) 39908 NR_047686 100885777 Hs.662554 NR_047686 PCCA-AS1 - PCCA antisense RNA 1 ncRNA 0.900 1.639 1.290 0.518 0.147 0.505 0.137 0.166 0.592 0.213 0.140 0.142 0.170 0.055 0.354 2.478 0.362 0.102 0.324 0.026 0.525 1.820 1.221 1.075 0.366 0.872 0.556 0.192 0.128 0.316 0.244 0.513 0.116 0.552 0.117 0.099 2.134 0.237 0.096 0.049 0.108 0.229 0.243 0.258 0.166 0.095 0.365 0.111 0.576 0.138 0.327 0.092 2.478 0.202 0.090 0.366 0.103 0.081 0.215 0.319 0.127 0.142 0.481 0.068 0.126 2.925 2.725 0.587 0.566 0.261 0.336 0.442 0.624 7.261 2.586 0.217 0.207 0.302 nan 0.360 0.311 0.411 0.187 0.508 0.895 10.289 13.296 0.378 nan 0.310 0.170 8020 chr3 173300926 173310252 + 0 NA intron (NM_014932, intron 2 of 6) intron (NM_014932, intron 2 of 6) 189351 NM_014932 22871 Hs.478289 NM_014932 ENSG00000169760 NLGN1 NL1 neuroligin 1 protein-coding 0.940 2.318 0.740 0.296 0.214 0.860 0.151 0.890 1.942 0.041 0.087 0.019 0.054 0.032 0.038 0.305 0.162 0.069 0.249 0.183 0.034 1.898 1.463 0.282 0.044 0.023 0.040 0.095 0.036 0.097 0.100 0.127 1.178 0.063 0.040 0.683 0.175 0.054 0.012 0.034 0.049 0.026 0.023 0.033 0.105 0.064 0.035 0.525 0.084 0.043 0.305 0.130 0.059 0.282 0.130 0.010 0.140 0.443 0.025 0.033 0.120 0.008 0.012 0.005 1.031 0.794 0.255 0.253 1.655 1.555 0.554 0.273 0.305 0.219 8.167 8.258 0.443 0.604 0.916 0.960 0.162 0.181 3.528 4.106 0.278 0.378 2.002 1.035 4307 chr16 28619975 28643190 + 0 NA intron (NM_177536, intron 1 of 5) intron (NM_177536, intron 1 of 5) 3325 NM_177536 6817 Hs.567342 NM_001055 ENSG00000196502 SULT1A1 HAST1/HAST2|P-PST|PST|ST1A1|ST1A3|STP|STP1|TSPST1 sulfotransferase family 1A member 1 protein-coding 0.840 1.327 nan 0.564 0.952 0.275 0.454 0.332 0.695 0.429 0.804 0.346 0.026 0.533 0.390 0.259 0.103 0.132 0.196 0.065 0.176 0.054 0.445 0.335 0.597 0.478 0.343 0.404 0.143 0.077 0.124 0.661 0.660 0.807 0.071 0.819 0.049 0.080 0.081 0.041 0.091 0.365 0.073 0.064 0.178 0.109 1.510 0.189 0.345 0.067 0.730 2.073 0.259 0.240 0.486 0.597 0.368 0.189 0.247 0.816 0.528 0.132 0.225 0.283 0.163 0.030 0.024 0.521 0.559 0.360 0.612 0.961 0.905 nan 1.028 0.770 0.763 0.188 0.346 1.828 2.707 0.672 0.634 0.586 0.728 0.503 0.382 0.364 0.856 0.834 0.607 2586 chr12 30904074 30910048 + 0 NA promoter-TSS (NR_135046) promoter-TSS (NR_135046) 387 NM_001206856 65981 Hs.234355 NM_023925 ENSG00000110888 CAPRIN2 C1QDC1|EEG-1|EEG1|RNG140 caprin family member 2 protein-coding 2.613 nan 2.872 1.876 4.097 1.302 1.678 1.206 1.810 0.273 2.925 3.046 0.363 0.772 1.577 0.986 0.374 0.109 1.819 0.572 0.275 0.518 1.183 0.571 1.689 0.944 0.760 0.693 1.007 0.950 0.991 1.528 1.094 5.513 0.463 0.771 3.179 1.866 0.163 0.774 1.411 1.726 2.424 1.307 0.471 0.478 1.719 2.790 2.793 4.420 1.370 0.849 0.986 1.898 1.358 1.689 0.265 0.483 0.866 3.933 4.323 0.663 0.498 0.519 5.679 1.280 0.638 1.296 1.689 1.965 2.448 4.887 4.563 5.089 1.634 2.832 2.826 1.511 2.387 2.967 3.822 1.635 1.869 0.821 1.489 11.919 11.269 1.441 2.344 2.761 1.537 11971 chrX 114814079 114831317 + 0 NA intron (NM_005032, intron 1 of 15) Charlie1a|DNA|hAT-Charlie -5121 NM_001136025 5358 Hs.496622 NM_005032 ENSG00000102024 PLS3 BMND18|T-plastin plastin 3 protein-coding 0.617 0.624 0.718 1.380 0.101 0.394 0.571 0.158 0.358 0.432 0.096 0.546 2.362 0.029 0.041 0.124 0.440 0.112 0.699 0.374 0.872 0.016 0.172 0.280 0.090 0.717 0.393 0.085 1.396 0.752 1.401 2.203 0.745 0.556 0.340 0.153 0.049 0.334 0.218 0.332 0.106 0.635 0.186 0.135 0.864 0.716 0.693 0.198 0.406 0.129 0.059 0.651 0.124 0.929 2.150 0.090 0.227 0.464 0.144 0.015 0.448 0.046 0.111 0.163 0.010 0.006 0.244 0.152 0.264 0.615 0.386 0.349 0.303 0.108 0.240 0.167 0.214 0.385 0.386 0.538 0.359 0.210 0.111 0.223 0.108 0.188 0.306 0.627 0.224 0.185 9079 chr5 95152404 95161018 + 0 NA intron (NM_001243658, intron 1 of 2) AluSq2|SINE|Alu 1866 NM_001243659 2745 Hs.28988 NM_002064 ENSG00000173221 GLRX GRX|GRX1 glutaredoxin protein-coding nan 1.298 1.055 0.580 0.125 0.295 1.726 0.422 0.656 0.058 2.277 1.786 0.217 0.302 0.431 0.364 1.258 0.132 1.461 0.558 0.945 0.049 0.198 0.079 0.153 4.165 3.687 0.984 1.658 2.982 2.512 3.258 2.540 1.167 0.593 3.663 0.155 0.189 0.131 1.003 0.073 1.709 1.470 0.725 1.896 0.740 1.442 1.056 3.216 1.242 2.727 2.954 0.364 1.478 3.332 0.153 1.512 0.566 0.102 0.612 0.884 0.944 0.445 0.057 1.359 1.163 0.873 0.459 1.043 1.063 1.428 1.050 0.801 1.909 0.403 0.312 0.351 0.643 0.994 0.992 0.868 1.140 1.219 0.292 0.861 1.141 1.555 0.339 nan 1.115 0.609 1184 chr1 230400605 230444221 + 0 NA Intergenic Intergenic 139261 NM_001258311 79605 Hs.520463 NM_024554 ENSG00000177614 PGBD5 - piggyBac transposable element derived 5 protein-coding 1.132 2.919 1.803 0.139 1.668 0.463 0.260 1.457 2.907 0.022 0.179 0.123 0.009 0.392 1.410 0.732 0.213 0.103 0.339 0.217 0.036 0.045 0.966 0.581 2.008 0.188 0.092 0.075 0.126 0.074 0.152 0.729 0.134 3.481 0.075 0.102 0.194 0.045 0.110 0.073 0.181 0.132 0.071 0.048 0.194 0.134 0.126 0.204 0.136 0.046 0.094 0.126 0.732 0.202 0.081 2.008 0.054 0.058 0.156 0.055 1.118 0.142 0.103 0.094 0.072 0.056 0.014 0.466 0.747 0.421 0.933 3.146 3.227 nan 1.141 0.395 0.470 0.498 0.767 nan 2.433 0.686 0.660 0.263 0.373 0.962 0.812 0.358 0.572 nan 1.071 9085 chr5 95826583 95836904 + 0 NA intron (NR_130776, intron 4 of 4) intron (NR_130776, intron 4 of 4) -62758 NM_000439 5122 Hs.78977 NM_000439 ENSG00000175426 PCSK1 BMIQ12|NEC1|PC1|PC3|SPC3 proprotein convertase subtilisin/kexin type 1 protein-coding nan 1.079 0.567 0.077 0.093 0.030 0.041 0.093 0.252 0.177 0.106 0.036 0.006 0.049 0.073 0.298 0.060 0.142 0.081 0.037 0.537 0.061 0.141 0.012 0.020 0.042 0.028 0.040 0.010 0.140 0.135 0.103 0.212 0.014 2.193 0.027 0.053 0.097 0.023 0.031 0.375 0.058 0.015 0.031 0.015 0.074 0.068 1.384 0.042 3.614 0.722 0.298 0.041 0.012 0.307 0.429 0.428 0.225 0.038 0.009 0.048 0.029 0.022 0.025 0.247 0.073 0.097 0.163 0.247 0.273 0.116 0.042 0.131 0.111 0.613 0.726 0.231 0.227 0.399 0.151 0.060 0.121 0.092 0.185 0.107 nan 0.488 0.275 8295 chr4 25154374 25163681 + 0 NA intron (NM_016955, intron 2 of 10) MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR 3177 NM_016955 51091 Hs.253305 NM_016955 ENSG00000109618 SEPSECS LP|PCH2D|SLA|SLA/LP Sep (O-phosphoserine) tRNA:Sec (selenocysteine) tRNA synthase protein-coding 1.886 1.097 nan 1.270 2.964 0.949 1.672 1.005 1.811 0.500 1.617 0.809 1.417 1.599 2.200 1.531 1.324 0.189 2.039 0.776 1.365 0.520 2.271 1.251 3.349 0.849 0.970 0.716 1.221 0.490 0.950 1.647 0.874 3.087 0.926 1.115 0.225 1.379 0.124 0.725 1.033 2.319 1.956 0.830 1.096 0.702 1.627 2.032 0.752 2.995 1.063 0.703 1.531 1.946 2.299 3.349 0.778 0.813 0.188 1.307 0.632 1.243 1.365 0.518 0.642 0.603 0.355 3.252 4.011 3.658 5.203 3.591 4.053 2.807 1.029 5.179 5.299 2.192 2.293 2.284 3.881 2.266 2.085 1.597 2.329 1.422 1.533 1.281 1.890 nan 1.897 7796 chr3 123467908 123478878 + 0 NA intron (NM_053027, intron 4 of 32) intron (NM_053027, intron 4 of 32) 64902 NR_046629 100873940 Hs.667316 NR_046629 ENSG00000250174 MYLK-AS2 - MYLK antisense RNA 2 ncRNA 1.156 nan 1.106 0.799 0.121 0.260 2.754 0.058 0.474 0.174 0.903 0.638 0.055 0.065 0.074 3.714 0.237 0.607 0.518 2.224 0.026 0.272 0.243 0.346 4.318 3.579 1.809 1.187 3.082 0.131 0.526 0.219 0.323 0.372 0.060 0.009 0.020 0.060 1.152 0.022 2.207 0.556 0.575 1.529 1.342 0.578 3.670 3.785 0.194 2.375 1.214 0.074 0.248 0.471 0.346 0.056 0.105 0.020 0.201 0.082 1.792 0.152 0.179 0.214 1.732 0.990 0.676 0.795 0.531 0.914 0.402 0.384 1.284 0.422 0.435 0.352 0.462 nan 0.728 0.435 0.724 0.389 0.290 0.224 0.053 0.139 0.279 0.586 0.274 0.410 6046 chr2 42310781 42376187 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -52994 NM_001145076 27436 Hs.713173 NM_019063 ENSG00000143924 EML4 C2orf2|ELP120|EMAP-4|EMAPL4|ROPP120 echinoderm microtubule associated protein like 4 protein-coding 1.186 nan 1.010 0.421 0.180 0.227 1.179 0.147 0.332 0.261 0.407 0.765 0.899 0.424 0.153 0.329 1.089 0.258 0.764 0.377 0.111 0.133 0.172 0.164 0.185 1.548 0.986 0.429 0.740 0.332 2.921 nan 1.378 0.552 0.432 2.013 0.037 0.128 0.118 0.433 0.162 0.154 0.297 0.191 0.907 0.524 0.672 0.744 1.876 0.786 1.467 0.784 0.329 0.584 0.956 0.185 0.198 0.355 0.207 2.396 0.469 0.322 0.050 0.331 0.962 0.601 0.518 0.433 0.400 0.268 0.504 nan 0.535 1.790 0.585 0.455 0.479 0.329 0.669 1.271 0.920 1.144 0.903 0.250 0.260 0.225 0.188 0.496 nan nan 0.720 9857 chr6 113905496 113921819 + 0 NA Intergenic Arthur1C|DNA|hAT-Tip100 57620 NR_125844 101927686 Hs.402044 NR_125844 ENSG00000230943 LINC02541 - long intergenic non-protein coding RNA 2541 ncRNA nan 1.630 nan 0.080 1.340 0.328 0.108 2.571 4.291 0.035 0.067 0.274 0.015 0.455 0.229 1.613 0.899 0.236 0.148 0.082 0.112 0.034 0.157 0.110 1.175 0.076 0.022 0.004 0.095 0.059 0.339 2.092 0.276 1.424 0.233 0.042 0.181 0.259 0.127 0.072 0.576 0.166 0.037 0.019 0.061 0.090 0.402 0.101 0.130 0.164 0.062 0.081 1.613 0.197 0.062 1.175 0.045 0.905 0.264 0.064 0.224 0.093 0.428 0.122 0.042 0.074 0.041 0.480 0.437 0.449 1.285 2.907 nan nan 1.242 0.239 0.246 1.144 nan 0.693 0.586 0.532 0.322 0.191 0.417 0.789 0.662 0.309 nan 0.637 0.509 7944 chr3 156873109 156884837 + 0 NA promoter-TSS (NM_001308185) promoter-TSS (NM_001308185) -424 NM_020307 57018 Hs.4859 NM_020307 ENSG00000163660 CCNL1 ANIA6A|BM-001|PRO1073|ania-6a cyclin L1 protein-coding nan 3.566 2.338 5.162 4.076 2.207 2.434 2.265 3.883 0.762 1.727 1.070 2.169 1.646 2.870 2.580 4.728 0.252 1.831 0.534 1.995 0.933 2.391 1.070 2.465 1.753 2.258 1.118 3.440 1.419 2.229 2.428 3.362 3.993 0.911 1.214 0.326 1.953 0.117 0.696 2.342 4.303 2.160 1.022 1.757 1.266 2.647 2.284 2.048 2.758 0.893 1.687 2.580 2.649 2.257 2.465 0.854 1.131 0.702 3.097 1.076 1.298 0.942 1.905 1.111 1.110 1.060 2.417 2.545 3.604 5.961 5.376 4.582 7.100 5.389 7.827 7.893 2.996 nan 4.334 6.266 5.873 5.984 1.364 3.243 2.126 2.103 4.114 4.434 2.284 1.281 9803 chr6 90528316 90540744 + 0 NA Intergenic L1MC5|LINE|L1 -5017 NM_014611 23195 Hs.529948 NM_014611 ENSG00000112159 MDN1 Rea1 midasin AAA ATPase 1 protein-coding nan 2.049 nan 1.225 3.147 1.936 1.426 1.027 2.049 0.542 1.221 1.390 2.557 0.280 1.328 2.504 1.158 0.340 1.657 0.821 0.836 0.781 1.155 0.550 2.855 1.126 0.776 0.487 1.178 0.442 1.974 3.566 1.401 4.520 0.498 1.046 0.670 1.815 0.176 0.444 0.902 1.180 1.868 0.881 1.279 0.918 1.291 0.529 1.116 2.801 0.780 0.754 2.504 2.342 2.285 2.855 0.591 0.549 0.591 1.622 1.210 1.150 0.844 0.755 0.679 0.733 0.350 3.068 3.561 3.056 4.037 3.987 3.214 nan 1.771 4.818 5.159 1.794 nan 2.318 3.909 nan 4.443 1.936 2.995 3.317 3.691 2.399 2.975 1.513 0.716 7590 chr3 48692579 48702852 + 0 NA exon (NM_001407, exon 1 of 35) exon (NM_001407, exon 1 of 35) 2633 NM_001407 1951 Hs.631926 NM_001407 ENSG00000008300 CELSR3 ADGRC3|CDHF11|EGFL1|FMI1|HFMI1|MEGF2|RESDA1 cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 3 protein-coding 1.487 nan nan 1.133 1.351 0.960 0.733 0.671 1.146 0.416 1.617 0.849 0.755 1.189 1.929 1.657 1.020 0.109 1.398 0.761 1.615 0.757 1.044 0.300 1.525 0.619 0.757 1.082 3.560 0.795 1.449 3.139 0.707 3.840 0.624 1.134 0.242 1.882 0.084 0.138 1.266 1.728 0.400 0.257 0.629 0.433 0.637 0.925 1.537 1.983 0.472 0.837 1.657 3.818 1.037 1.525 0.575 0.799 0.464 2.506 1.374 1.313 0.589 0.568 1.212 0.482 0.447 2.898 2.256 1.069 2.007 2.794 1.998 2.669 2.100 1.462 1.613 0.598 0.741 2.490 4.193 1.129 1.135 1.674 1.593 2.001 1.716 1.532 1.781 1.315 0.746 8597 chr4 154063210 154090823 + 0 NA intron (NM_001130067, intron 1 of 11) intron (NM_001130067, intron 1 of 11) 2746 NM_001130067 23321 Hs.435711 NM_015271 ENSG00000109654 TRIM2 CMT2R|RNF86 tripartite motif containing 2 protein-coding nan 1.475 1.509 0.652 0.759 0.994 0.369 0.382 0.842 0.333 0.378 0.459 0.454 0.125 1.066 0.710 0.970 0.158 0.375 0.082 0.710 0.070 0.239 0.182 1.593 0.319 0.290 0.096 0.471 0.331 0.891 1.273 1.150 2.082 0.481 0.718 0.266 0.917 0.087 0.197 0.323 0.246 0.068 0.053 0.261 0.236 0.230 0.289 0.416 0.123 0.560 0.246 0.710 0.392 0.376 1.593 0.151 0.087 0.191 0.307 0.301 0.120 0.608 0.085 0.332 0.022 0.032 0.648 0.668 2.666 6.139 1.907 1.377 0.841 0.242 0.408 0.397 0.356 0.621 0.854 1.114 1.134 1.025 0.894 1.247 1.091 0.999 0.354 0.687 0.587 0.423 5603 chr19 31138839 31162605 + 0 NA intron (NM_001352260, intron 5 of 5) MSTA|LTR|ERVL-MaLR 287422 NM_001352260 9745 Hs.378901 NM_014717 ENSG00000198597 ZNF536 - zinc finger protein 536 protein-coding 1.241 0.907 2.082 0.066 0.166 3.194 0.027 1.462 2.843 0.012 0.085 0.050 0.050 0.034 0.146 0.372 0.152 0.150 0.085 0.016 0.021 0.006 0.066 0.102 0.375 0.009 0.006 0.025 0.094 0.009 0.128 0.092 0.104 0.386 0.018 0.036 0.020 0.064 0.111 0.005 0.066 0.074 0.054 0.033 0.023 0.023 0.049 0.117 0.130 0.069 0.040 0.014 0.372 0.072 0.004 0.375 0.021 0.080 0.313 0.081 0.047 0.020 0.126 0.270 0.109 0.010 0.004 0.411 0.402 0.368 0.554 0.251 0.234 0.221 0.084 0.132 0.110 0.433 0.841 0.164 0.123 nan 0.105 0.794 0.740 0.037 0.082 0.514 1.808 0.582 0.461 8829 chr5 31045571 31050838 + 0 NA Intergenic Intergenic -145558 NM_001362435 1004 Hs.124776 NM_004932 ENSG00000113361 CDH6 CAD6|KCAD cadherin 6 protein-coding 0.733 1.124 nan 0.412 0.200 0.059 0.182 0.182 0.007 0.043 0.161 0.331 0.085 2.882 0.099 0.168 0.532 0.251 0.026 1.462 0.800 0.045 0.040 0.013 0.014 0.255 0.358 0.207 0.308 0.210 8.873 0.139 0.028 2.763 0.143 0.100 0.104 0.023 0.236 0.045 0.110 0.091 0.042 0.051 2.882 0.136 0.045 0.045 0.048 0.033 0.365 0.029 0.253 0.033 0.349 0.351 0.161 0.242 0.235 0.368 5.423 1.651 0.115 0.094 0.555 0.712 0.390 0.339 0.549 0.150 0.151 0.204 6.421 11.198 0.426 1.107 0.566 0.403 8618 chr4 166392586 166400202 + 0 NA intron (NM_001873, intron 3 of 8) MER50-int|LTR|ERV1 89000 NR_030304 693163 NR_030304 ENSG00000207559 MIR578 MIRN578|hsa-mir-578 microRNA 578 ncRNA nan nan nan 0.498 0.139 0.052 0.413 0.132 0.256 0.551 0.410 0.149 0.016 0.040 0.081 0.016 0.109 0.084 0.650 0.323 0.033 0.082 0.077 0.111 0.091 0.029 0.019 0.143 0.387 1.313 4.153 0.572 0.336 1.151 0.042 0.012 0.087 0.084 0.062 0.145 0.084 0.039 0.030 0.115 0.062 0.153 0.121 0.043 0.027 0.134 1.982 0.016 1.097 0.024 0.111 0.947 5.699 0.012 0.008 0.094 0.114 0.027 0.080 0.112 0.008 0.013 0.239 0.092 0.644 0.956 0.108 0.274 0.177 0.087 0.151 0.087 0.385 0.613 0.233 0.272 0.378 0.198 0.124 0.232 0.069 0.114 0.094 0.366 0.277 0.253 8756 chr5 10583238 10608458 + 0 NA intron (NM_001164440, intron 1 of 3) intron (NM_001164440, intron 1 of 3) 31413 NM_001164440 651746 Hs.26039 NM_001164440 ENSG00000164236 ANKRD33B - ankyrin repeat domain 33B protein-coding nan nan nan 0.346 0.595 0.082 1.930 0.334 0.826 0.397 0.436 1.373 0.027 0.056 1.948 0.472 1.319 0.312 1.739 1.246 0.452 0.022 0.351 0.319 0.697 1.008 0.565 0.421 0.933 0.763 0.250 1.105 0.300 nan 0.492 0.809 0.155 0.116 0.085 0.277 0.124 1.164 1.394 0.725 0.649 0.615 0.345 0.364 0.876 0.910 0.369 0.500 0.472 2.398 1.660 0.697 0.276 0.470 0.479 0.443 0.512 1.103 0.636 0.393 0.181 0.265 0.173 1.002 1.190 1.017 1.907 1.304 1.399 0.243 0.097 0.421 0.453 nan 3.255 0.858 0.967 2.758 2.467 0.725 1.026 1.297 1.278 0.609 nan 0.978 0.799 7977 chr3 168331771 168355217 + 0 NA intron (NR_021485, intron 4 of 15) intron (NR_021485, intron 4 of 15) 73852 NR_030294 693136 NR_030294 ENSG00000207717 MIR551B MIRN551B|mir-551b microRNA 551b ncRNA 1.038 1.073 0.852 0.160 0.105 0.017 0.079 0.158 0.282 0.004 0.067 0.082 0.029 0.038 0.080 0.420 0.236 0.193 0.054 0.024 0.038 0.024 0.335 0.226 0.071 0.022 0.013 0.099 0.027 0.061 0.075 0.172 0.169 0.031 0.035 0.298 0.174 0.096 0.179 0.047 0.015 0.010 0.042 0.013 0.139 0.116 0.042 0.040 0.054 0.034 0.420 0.040 0.043 0.071 0.032 0.022 0.002 0.035 0.024 0.030 0.159 0.019 0.027 0.006 0.328 0.200 0.290 0.326 0.408 0.543 3.590 1.357 0.251 0.252 1.178 1.474 nan 0.379 nan 0.474 0.183 0.237 1.050 1.333 0.401 0.797 0.920 0.707 11703 chr9 111603656 111611588 + 0 NA Intergenic Intergenic 10653 NM_006686 10880 Hs.534390 NM_006686 ENSG00000148156 ACTL7B Tact1 actin like 7B protein-coding 1.740 1.827 nan 0.143 0.384 1.290 0.268 0.428 0.513 0.012 0.072 0.064 0.040 0.450 0.312 0.142 0.101 0.227 0.099 0.053 0.256 0.225 0.755 0.034 0.013 0.074 0.076 0.066 0.049 nan 0.107 1.846 0.147 0.087 1.731 0.027 0.065 0.034 0.617 0.157 0.054 0.020 0.041 0.048 0.122 0.057 0.092 0.107 0.049 0.126 0.312 0.150 0.755 0.046 0.115 0.378 0.058 0.124 0.070 0.025 1.340 0.087 0.013 0.160 0.096 0.355 0.491 1.187 1.180 5.601 1.370 0.236 0.255 0.089 0.333 0.615 nan 2.585 3.277 0.111 0.114 5.845 6.543 1.064 2.589 nan 2.330 11085 chr8 82103060 82109057 + 0 NA Intergenic Intergenic -81755 NM_018440 55824 Hs.266175 NM_018440 ENSG00000076641 PAG1 CBP|PAG phosphoprotein membrane anchor with glycosphingolipid microdomains 1 protein-coding 0.983 nan nan 0.036 0.174 0.159 1.520 0.160 0.470 1.003 0.833 0.917 0.052 0.034 0.030 0.200 1.676 0.075 1.150 0.583 1.223 0.053 0.084 0.060 1.785 1.000 0.112 0.927 1.493 1.206 5.143 2.384 1.266 3.266 0.206 0.031 0.036 0.103 0.671 0.027 0.123 0.040 0.026 1.545 7.745 0.513 0.534 0.435 0.138 5.524 3.011 0.200 1.086 1.210 0.060 0.386 0.657 0.022 0.058 0.303 0.643 0.033 0.146 1.236 0.058 0.077 0.306 0.233 0.313 0.765 0.358 0.483 0.154 0.060 0.180 0.174 0.722 0.898 nan 0.564 0.337 0.212 0.112 0.169 0.162 0.126 0.181 0.537 0.617 0.480 9243 chr5 146246180 146259250 + 0 NA intron (NM_181678, intron 2 of 10) L2c|LINE|L2 5633 NM_001271948 5521 Hs.627618 NM_181674 ENSG00000156475 PPP2R2B B55BETA|PP2AB55BETA|PP2ABBETA|PP2APR55B|PP2APR55BETA|PR2AB55BETA|PR2ABBETA|PR2APR55BETA|PR52B|PR55-BETA|PR55BETA|SCA12 protein phosphatase 2 regulatory subunit Bbeta protein-coding nan 1.141 0.756 0.049 0.146 0.483 0.114 0.258 0.453 0.007 0.321 0.204 0.014 0.744 0.265 0.063 0.050 0.081 0.043 0.020 0.107 0.049 0.542 0.863 0.558 0.034 0.020 0.016 0.079 0.086 0.087 1.922 0.074 0.084 0.094 0.074 0.097 0.207 0.080 0.113 0.032 0.048 0.051 0.024 0.044 0.109 0.044 0.071 0.030 0.031 0.265 0.054 0.057 0.542 0.084 0.045 0.311 0.048 0.341 0.112 0.031 0.160 0.169 0.128 0.059 0.310 0.136 0.344 0.424 0.657 0.608 1.123 0.269 0.036 0.055 3.264 3.947 0.368 0.457 0.680 0.687 0.127 0.177 0.212 0.227 0.274 0.636 0.950 0.592 8994 chr5 71674739 71685575 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 63963 NM_001284404 79810 Hs.126906 NM_024754 ENSG00000049883 PTCD2 - pentatricopeptide repeat domain 2 protein-coding 0.926 nan 0.770 0.143 0.137 0.077 0.987 0.221 0.396 0.401 0.641 1.595 0.012 0.027 0.074 0.322 0.537 0.135 0.407 0.484 0.145 0.087 0.103 0.065 2.951 1.225 0.094 0.488 1.291 0.150 0.744 0.307 0.368 0.517 0.585 0.011 0.040 0.106 0.566 0.095 1.980 2.264 1.575 0.565 0.139 0.631 0.643 0.106 0.046 0.183 0.677 0.322 0.314 0.086 0.065 0.273 0.076 0.182 0.064 0.075 1.024 0.041 0.100 0.476 1.526 1.163 0.262 0.134 0.249 0.533 0.176 0.220 nan 0.055 0.090 0.152 0.646 nan 0.467 0.320 0.396 0.196 0.087 0.141 0.137 0.393 0.314 0.697 0.508 0.461 10050 chr6 158422795 158494093 + 0 NA intron (NM_001178088, intron 3 of 25) AluY|SINE|Alu 20364 NM_001178088 8871 Hs.434494 NM_003898 ENSG00000078269 SYNJ2 INPP5H synaptojanin 2 protein-coding nan 0.953 1.086 0.737 0.333 1.419 2.778 0.321 0.557 0.243 0.957 2.328 0.056 0.142 0.174 1.073 0.872 0.126 2.132 1.607 0.170 0.020 0.182 0.091 0.371 1.880 1.750 0.224 0.864 0.415 0.445 nan 0.564 0.994 0.873 0.371 0.149 0.101 0.109 1.019 0.131 1.405 1.488 0.682 1.512 1.006 0.628 1.172 1.155 1.338 0.091 0.751 1.073 1.904 1.972 0.371 0.360 0.905 0.173 0.690 0.268 0.843 0.067 0.257 1.226 3.268 3.751 0.741 1.159 1.588 3.940 0.606 nan 1.694 0.500 0.599 0.700 0.371 0.722 0.865 1.153 0.684 0.472 0.303 0.411 0.646 1.561 0.446 nan 0.512 0.426 9902 chr6 126109951 126166864 + 0 NA intron (NM_001199621, intron 2 of 14) L1MD2|LINE|L1 1597 NR_126386 104355145 Hs.590370 NR_126386 ENSG00000232131 NCOA7-AS1 - NCOA7 antisense RNA 1 ncRNA 1.569 1.099 1.110 0.166 0.790 1.677 0.340 1.545 3.075 0.170 0.448 1.286 0.402 0.114 1.505 0.773 1.349 0.189 0.372 0.097 0.547 0.379 0.303 0.212 0.681 0.416 0.251 0.130 0.315 0.089 0.317 0.679 0.437 1.208 0.075 0.997 0.742 0.419 0.125 0.104 0.224 0.603 0.225 0.124 0.304 0.199 0.909 0.140 0.554 0.623 0.089 0.309 0.773 0.210 0.530 0.681 0.131 0.242 0.281 0.519 0.314 0.176 0.822 0.295 0.160 0.101 0.050 1.176 1.495 0.566 1.427 1.301 1.292 2.058 0.906 0.802 0.850 0.862 1.071 0.718 0.908 1.110 0.958 0.678 1.044 2.330 2.375 0.516 0.952 0.747 0.518 5047 chr17 77630699 77647037 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 42190 NR_039893 100616170 NR_039893 ENSG00000266665 MIR4739 mir-4739 microRNA 4739 ncRNA 0.932 0.831 0.901 0.062 0.080 0.771 0.344 0.316 0.333 0.105 0.104 0.075 0.304 0.080 3.016 0.424 0.110 0.098 0.078 0.035 0.017 0.114 0.079 0.066 0.042 0.035 0.044 0.091 0.052 0.370 1.191 0.412 1.649 0.044 0.071 0.017 0.052 0.102 0.014 0.048 0.113 0.034 0.014 0.047 0.066 0.041 0.160 0.309 0.043 0.024 0.465 0.424 0.079 0.017 0.066 0.471 0.375 0.697 0.095 0.088 0.043 0.072 0.166 0.028 0.025 0.012 0.366 0.248 0.117 0.133 1.035 0.781 0.102 0.077 0.173 0.160 nan 3.136 0.171 0.215 2.678 3.198 0.189 0.273 0.094 0.104 0.319 0.740 nan 0.467 2869 chr12 94754489 94762964 + 0 NA intron (NM_001042399, intron 10 of 15) L1MC4a|LINE|L1 95038 NM_016122 51134 Hs.279209 NM_016122 ENSG00000173588 CEP83 CCDC41|NPHP18|NY-REN-58 centrosomal protein 83 protein-coding 0.743 0.830 0.571 0.196 0.070 0.023 0.017 0.042 0.345 0.128 0.090 0.022 0.024 0.063 0.130 0.240 0.277 0.051 0.037 0.094 0.217 0.084 0.024 0.009 0.034 0.050 0.012 0.084 0.097 0.082 nan 0.018 0.075 0.023 0.064 0.090 0.028 0.047 0.022 0.014 0.019 0.023 0.027 0.174 0.118 0.038 0.059 0.037 0.063 0.130 0.042 0.076 0.084 0.029 0.048 0.022 0.038 0.059 0.039 0.058 0.087 0.027 0.041 0.006 0.322 0.196 8.307 1.851 0.342 0.472 0.177 0.073 0.230 0.247 0.448 nan 0.294 nan 0.297 0.144 0.132 0.203 0.133 0.123 0.275 0.455 0.488 0.375 10435 chr7 75584242 75589461 + 0 NA intron (NM_000941, intron 2 of 15) intron (NM_000941, intron 2 of 15) 13750 NR_002955 677801 Hs.689708 NR_002955 ENSG00000201643 SNORA14A ACA14a small nucleolar RNA, H/ACA box 14A snoRNA nan 0.467 1.466 0.178 0.086 0.160 1.497 0.031 0.258 2.602 0.264 0.606 7.686 0.062 0.361 0.125 0.257 0.282 0.839 0.254 0.097 0.026 0.243 0.251 0.047 0.119 0.068 0.197 0.156 0.080 0.186 0.424 3.818 0.376 0.667 0.230 0.036 0.062 0.167 0.107 0.111 0.403 0.270 0.047 3.329 1.321 0.181 2.118 0.244 0.060 2.016 0.125 1.938 0.106 0.047 0.023 6.395 0.018 0.179 0.059 0.406 0.152 0.052 0.088 0.676 0.504 0.378 0.429 0.278 nan 0.510 0.615 0.663 0.243 0.210 0.197 0.218 nan 0.407 nan 0.390 0.171 0.594 0.592 0.183 0.233 0.239 0.706 0.568 0.483 9473 chr6 18465379 18470233 + 0 NA 3' UTR (NM_182757, exon 8 of 8) 3' UTR (NM_182757, exon 8 of 8) -55172 NR_149116 105374956 Hs.561599 NR_149116 MIR548A1HG - MIR548A1 host gene ncRNA 1.030 nan 1.236 0.089 0.547 0.118 0.060 0.132 0.455 0.077 0.096 0.056 0.042 0.082 0.079 0.157 0.202 0.167 0.022 0.105 0.029 2.001 0.834 0.497 0.057 0.030 0.030 0.057 0.022 0.079 0.132 0.074 2.538 0.074 0.530 0.044 0.160 0.065 0.114 0.019 0.022 0.016 0.124 0.080 0.017 0.045 0.082 0.157 0.081 0.039 0.497 0.103 0.061 0.042 0.032 0.062 0.154 0.016 0.024 0.541 0.321 8.859 4.838 0.628 0.841 1.200 0.299 0.342 0.194 0.881 1.301 0.270 0.257 0.386 0.270 0.151 0.325 2.695 2.716 0.256 0.725 3.048 1.562 7555 chr3 30180440 30191543 + 0 NA Intergenic Intergenic -210344 NR_046556 100873977 Hs.581453 NR_046556 ENSG00000235593 RBMS3-AS1 - RBMS3 antisense RNA 1 ncRNA 0.659 0.659 0.960 0.052 0.080 0.045 0.090 0.115 0.162 0.190 0.113 0.232 0.006 0.070 0.037 0.081 0.536 0.029 0.086 0.028 0.361 0.057 0.127 0.076 0.068 0.013 0.007 0.055 0.010 0.036 0.223 0.051 0.256 0.066 0.058 0.026 0.049 0.098 0.032 0.058 0.075 0.041 0.028 0.019 0.028 0.090 0.095 0.171 0.097 0.028 0.048 0.081 0.127 0.025 0.076 0.133 0.068 0.087 0.052 0.054 0.050 0.036 0.033 0.069 0.016 0.023 0.242 0.160 0.513 0.637 0.162 0.221 0.686 0.202 0.109 0.080 4.304 nan 0.231 0.224 0.413 0.315 0.071 0.182 0.255 0.338 0.151 0.197 0.569 0.396 4220 chr16 9154109 9175600 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -20683 NM_014117 29035 Hs.221497 NM_014117 ENSG00000182831 C16orf72 PRO0149 chromosome 16 open reading frame 72 protein-coding 0.744 nan 0.548 0.366 0.170 0.636 3.789 0.462 0.903 0.227 1.333 2.791 0.020 0.041 1.679 0.530 0.170 0.161 1.017 0.840 0.755 0.151 0.316 0.145 0.387 2.161 1.674 0.422 1.398 0.504 0.530 2.088 0.379 0.582 0.900 1.597 0.047 0.141 0.079 0.718 0.286 1.127 0.836 0.496 1.329 0.909 1.115 2.066 0.349 2.076 0.301 1.272 0.530 0.552 3.084 0.387 0.508 0.151 0.113 0.878 0.116 1.114 0.110 0.045 0.777 1.332 0.880 0.328 0.308 0.210 0.611 0.236 0.283 nan 0.767 0.293 0.327 0.376 nan 0.410 0.555 0.455 0.224 0.299 0.483 0.218 0.571 0.379 0.582 0.683 0.544 10543 chr7 99062099 99071777 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -3114 NM_001003714 9551 Hs.521056 NM_004889 ENSG00000241468 ATP5MF ATP5J2|ATP5JL ATP synthase membrane subunit f protein-coding nan 1.579 nan 1.174 2.600 1.506 2.624 1.288 2.724 1.008 2.260 2.020 0.860 0.765 2.484 2.582 1.095 0.673 1.985 0.817 1.605 1.261 1.487 1.216 2.498 0.866 0.629 1.401 3.065 0.914 1.721 3.743 3.256 3.721 1.029 2.869 0.562 3.355 0.271 1.215 0.951 3.009 1.775 0.972 1.676 1.021 2.529 2.444 2.557 4.841 1.932 2.281 2.582 2.206 2.772 2.498 1.819 1.765 0.973 4.059 1.343 2.357 1.433 0.957 0.816 2.366 1.705 3.874 4.301 2.578 4.249 3.189 2.990 5.661 2.094 6.595 6.909 2.161 3.432 2.849 3.907 4.167 3.858 3.079 4.381 3.455 4.664 3.803 nan 3.689 1.705 10488 chr7 89159639 89167153 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -585318 NR_003551 442523 Hs.406964 NR_003551 ENSG00000235436 DPY19L2P4 - DPY19L2 pseudogene 4 pseudo 0.589 0.511 0.666 0.039 0.084 0.015 0.019 0.127 0.172 0.012 0.051 0.110 0.017 0.028 0.048 0.153 0.098 0.131 0.043 0.025 0.008 0.042 0.055 0.079 0.010 0.100 0.014 0.106 0.058 0.099 0.137 0.019 0.051 0.029 0.122 0.053 0.049 0.014 0.020 0.039 0.079 0.033 0.029 0.017 0.153 0.028 0.025 0.079 0.048 0.037 0.016 0.043 0.147 0.017 0.041 0.008 0.007 1.214 0.518 10.291 1.013 0.216 0.327 0.104 0.065 1.157 1.175 0.273 0.291 0.148 0.155 0.368 0.155 0.432 1.024 0.084 0.088 0.166 nan 0.493 0.599 6511 chr2 178457395 178471803 + 0 NA Intergenic Intergenic 19095 NM_152275 92104 Hs.128384 NM_152275 ENSG00000197557 TTC30A IFT70A tetratricopeptide repeat domain 30A protein-coding 1.266 0.744 2.051 0.080 0.121 0.065 0.133 0.111 0.277 0.020 0.092 0.138 0.145 0.114 0.318 0.136 0.044 0.156 0.052 0.026 0.019 0.087 0.149 0.166 0.043 0.005 0.062 0.063 0.029 0.117 0.203 0.112 0.337 0.041 0.062 0.052 0.053 0.082 0.017 0.110 0.139 0.042 0.027 0.007 0.048 0.147 0.181 0.085 0.079 0.038 0.051 0.318 0.069 0.045 0.166 0.026 0.046 0.598 0.060 0.091 0.050 0.062 0.298 0.037 0.024 0.004 0.621 1.126 1.535 3.604 0.344 0.346 0.713 0.227 0.333 0.276 4.561 5.648 0.357 0.435 0.875 0.907 0.330 0.468 0.265 0.267 0.817 1.560 0.507 0.427 939 chr1 183498035 183506156 + 0 NA intron (NM_001350221, intron 10 of 24) intron (NM_001350221, intron 10 of 24) 57644 NM_001190794 4688 Hs.587558 NM_000433 ENSG00000116701 NCF2 NCF-2|NOXA2|P67-PHOX|P67PHOX neutrophil cytosolic factor 2 protein-coding nan nan 1.230 0.142 0.172 0.041 0.061 0.177 0.300 0.024 0.229 0.091 0.046 0.025 0.151 0.137 0.423 0.158 0.313 0.015 0.017 0.210 0.203 0.088 0.093 0.041 0.009 0.122 0.013 0.130 0.127 0.158 0.316 0.036 0.151 0.116 0.143 0.171 0.016 0.077 0.034 0.007 0.093 0.009 0.189 0.061 0.060 0.033 0.058 0.112 0.137 0.043 0.126 0.088 0.015 0.113 0.072 0.007 0.025 0.087 0.444 0.168 0.074 0.007 0.006 0.661 0.701 10.427 2.495 0.466 nan 0.443 0.252 nan 0.663 0.862 1.254 0.425 0.378 0.534 0.270 0.997 1.844 0.177 0.293 0.466 nan 0.556 0.530 5222 chr18 25780252 25788560 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -26996 NM_001792 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.648 0.645 0.737 0.900 0.138 0.027 1.155 0.135 0.197 0.046 1.368 6.748 0.067 0.060 0.108 0.325 0.110 0.059 0.226 0.077 0.023 0.017 0.115 0.108 0.201 0.159 0.053 0.027 0.402 0.458 0.079 0.044 0.262 0.316 0.046 0.023 0.026 0.084 0.114 0.029 0.665 0.261 0.242 0.629 0.037 0.129 0.214 0.088 0.077 0.029 0.023 0.325 0.093 0.033 0.201 0.117 0.040 0.043 0.091 0.124 0.573 0.002 0.104 0.820 0.035 0.030 0.369 0.226 0.242 nan 0.474 0.566 0.247 0.089 0.100 0.115 0.226 0.354 0.541 0.522 0.579 0.364 0.054 0.085 0.090 0.108 0.186 0.238 0.781 0.909 4095 chr15 79278103 79298616 + 0 NA intron (NM_153815, intron 6 of 13) L2b|LINE|L2 9643 NM_153815 5923 Hs.459035 NM_002891 ENSG00000058335 RASGRF1 CDC25|CDC25L|GNRP|GRF1|GRF55|H-GRF55|PP13187|ras-GRF1 Ras protein specific guanine nucleotide releasing factor 1 protein-coding 0.552 0.547 0.663 1.488 0.142 0.079 1.565 0.094 0.216 0.285 0.181 0.184 0.027 0.079 0.079 0.169 0.186 0.094 0.888 0.833 0.068 0.027 0.120 0.097 0.059 1.974 1.234 0.195 1.742 1.480 1.211 3.277 3.146 0.466 0.249 0.060 0.048 0.064 0.592 0.035 0.506 0.527 0.335 1.919 1.517 1.216 4.758 0.364 0.233 0.139 0.915 0.169 0.587 0.349 0.059 0.430 0.420 0.042 0.338 0.094 0.518 0.043 0.054 0.290 1.291 2.363 0.401 0.459 0.358 0.854 0.293 0.337 0.640 0.210 0.220 0.210 0.153 0.305 0.278 0.380 0.533 0.329 0.254 0.275 0.064 0.077 0.332 0.347 0.413 0.339 1670 chr10 120778570 120791633 + 0 NA Intergenic Intergenic -4127 NM_199461 340719 Hs.591918 NM_199461 ENSG00000188613 NANOS1 EC_Rep1a|NOS-1|NOS1|SPGF12|ZC2HC12A nanos C2HC-type zinc finger 1 protein-coding nan 1.250 3.676 0.404 0.851 0.269 3.689 0.603 1.241 0.290 0.818 0.305 0.127 0.321 0.243 0.491 0.280 0.149 1.237 0.473 0.106 0.096 0.312 0.251 0.777 1.191 0.695 0.638 3.960 1.385 0.561 1.306 0.763 1.303 0.944 0.181 0.159 0.308 0.082 0.444 0.464 2.246 0.974 0.599 1.112 0.564 1.301 0.247 0.848 0.879 0.091 0.471 0.491 2.506 3.862 0.777 0.252 0.239 0.147 0.806 0.561 2.450 0.067 0.329 0.573 0.101 0.046 0.732 1.128 0.667 0.829 0.580 0.558 1.473 0.449 0.334 0.300 0.562 0.889 1.711 1.971 0.495 0.621 0.237 0.487 0.630 0.337 0.621 1.133 0.778 0.495 2010 chr11 65306913 65345883 + 0 NA promoter-TSS (NM_001164266) promoter-TSS (NM_001164266) -699 NM_021070 4054 Hs.289019 NM_021070 ENSG00000168056 LTBP3 DASS|GPHYSD3|LTBP-3|LTBP2|STHAG6|pp6425 latent transforming growth factor beta binding protein 3 protein-coding nan 1.642 1.490 1.608 1.345 1.752 2.564 0.783 1.522 0.746 2.654 1.896 0.583 2.103 1.740 1.390 0.742 0.159 2.899 1.174 1.772 0.966 0.925 0.494 2.120 1.204 1.036 1.978 2.032 0.965 5.295 8.316 3.009 2.752 2.905 1.102 0.234 2.090 0.123 1.305 0.544 8.826 1.569 0.860 1.691 1.743 2.853 1.890 2.719 3.689 0.669 2.314 1.390 2.796 2.933 2.120 0.912 1.945 0.544 3.147 0.883 1.040 0.692 0.321 2.152 0.923 0.741 1.704 3.033 1.606 2.603 3.018 3.111 2.639 0.786 1.879 2.025 1.313 2.160 3.515 3.996 1.265 0.971 1.187 1.922 1.029 1.105 0.694 1.449 1.669 0.821 6170 chr2 66758934 66789978 + 0 NA intron (NM_002398, intron 8 of 12) intron (NM_002398, intron 8 of 12) -26706 NR_110156 100507073 Hs.667940 NR_110156 ENSG00000232046 LINC01798 - long intergenic non-protein coding RNA 1798 ncRNA 1.065 0.755 nan 0.062 0.150 0.066 0.054 1.668 3.422 0.009 0.097 0.371 0.168 0.071 0.138 1.196 0.216 0.103 0.174 0.031 0.018 0.031 0.448 0.308 0.570 0.065 0.030 0.012 0.063 0.003 0.566 1.175 1.005 0.895 0.353 0.067 0.260 0.063 0.118 0.015 0.079 0.083 0.026 0.025 0.025 0.060 0.158 0.090 0.074 0.053 0.403 0.282 1.196 0.073 0.075 0.570 0.047 0.077 0.032 0.041 0.592 0.041 0.143 0.323 0.084 0.020 0.010 0.412 0.330 0.518 0.625 0.440 0.596 nan 0.965 0.350 0.344 0.433 0.626 0.538 0.620 0.500 0.218 0.228 0.443 0.914 1.086 0.524 1.326 0.982 0.498 3342 chr13 110657653 110671683 + 0 NA Intergenic Intergenic -40964 NR_126387 104355146 Hs.508690 NR_126387 ENSG00000231428 LINC00396 - long intergenic non-protein coding RNA 396 ncRNA 0.669 nan 0.936 0.591 1.499 1.459 2.968 0.321 0.437 0.327 2.597 2.239 1.145 0.115 0.726 0.148 0.181 0.092 3.327 1.897 0.522 0.202 0.094 0.844 3.974 2.639 0.456 0.532 1.941 0.703 2.448 0.643 1.561 1.053 0.096 0.023 0.100 0.091 1.739 0.136 7.685 0.796 0.449 2.559 1.239 1.369 1.202 0.749 0.025 0.749 1.254 0.148 4.293 0.054 0.844 0.339 0.171 0.021 0.120 0.352 1.139 0.084 0.062 2.167 2.942 1.718 0.499 0.273 0.521 2.186 0.705 0.895 2.207 0.794 0.145 0.173 0.047 0.081 1.584 1.701 0.275 0.122 0.338 0.495 0.098 0.113 0.209 0.262 0.404 0.211 9767 chr6 74157672 74173293 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3439 NM_138441 115004 Hs.658405 NM_138441 ENSG00000164430 CGAS C6orf150|MB21D1|h-cGAS cyclic GMP-AMP synthase protein-coding nan nan 2.044 1.832 2.876 2.010 2.487 0.636 0.899 0.403 2.406 1.313 0.515 0.398 0.607 1.196 1.328 0.477 1.984 0.658 1.754 1.839 0.520 0.304 1.274 1.298 1.513 0.571 1.280 1.081 1.794 3.430 0.886 2.126 1.141 1.567 0.205 4.246 0.240 0.478 0.666 2.754 2.929 1.352 1.704 0.696 2.372 1.490 1.630 6.686 0.799 0.688 1.196 1.985 2.543 1.274 0.360 0.419 0.224 5.252 0.503 1.316 0.335 0.281 1.188 1.571 1.143 1.668 1.727 1.496 2.201 1.457 1.394 2.950 1.245 6.247 5.973 0.833 0.953 2.369 3.845 1.961 1.705 1.192 1.560 1.477 1.610 1.004 1.036 0.651 0.478 1537 chr10 77466105 77477215 + 0 NA promoter-TSS (NR_132791) promoter-TSS (NR_132791) -553 NR_132791 105378367 Hs.464836 NR_132791 LOC105378367 - uncharacterized LOC105378367 ncRNA 0.817 nan 0.532 0.074 0.095 0.070 0.051 0.809 1.362 0.009 0.127 0.132 0.177 0.152 0.197 0.155 0.088 0.019 0.017 0.028 0.038 0.142 0.073 0.483 0.037 0.025 0.020 0.032 0.051 0.224 0.070 0.366 0.014 0.039 0.060 0.049 0.064 0.032 0.079 0.067 0.032 0.049 0.049 0.014 0.113 0.081 0.037 0.026 0.035 0.060 0.197 0.032 0.049 0.483 0.045 0.052 0.026 0.026 0.329 0.057 5.719 0.022 0.014 0.016 0.019 5.252 7.183 3.073 1.316 0.366 0.502 1.832 0.603 0.238 0.303 0.190 0.327 0.657 nan 0.373 0.199 3.499 5.196 0.544 0.254 0.195 nan 0.554 0.445 894 chr1 175829808 175842624 + 0 NA Intergenic Intergenic -10263 NR_125964 101928751 NR_125964 ENSG00000224718 LINC01657 - long intergenic non-protein coding RNA 1657 ncRNA nan nan nan 0.048 0.055 0.025 0.044 0.176 0.227 0.022 0.061 0.065 0.014 0.015 0.194 0.268 0.111 0.042 0.108 0.015 0.015 0.011 0.106 0.143 0.075 0.022 0.038 0.035 0.056 0.008 0.075 0.084 0.076 0.355 0.034 0.102 0.045 0.051 0.053 0.018 0.099 0.144 0.038 0.018 0.026 0.043 0.067 0.105 0.044 0.068 0.018 0.042 0.268 0.078 0.050 0.075 0.019 0.032 0.112 0.023 0.063 0.043 7.302 0.124 0.012 0.018 0.028 5.438 6.500 7.775 7.004 nan 0.853 0.479 0.235 0.544 0.624 0.248 0.404 0.322 0.422 0.375 0.221 5.876 11.294 0.071 0.095 0.346 nan 0.713 0.672 1298 chr10 4692360 4770974 + 0 NA Intergenic Intergenic -11405 NR_024475 100216001 Hs.634869 NR_024475 ENSG00000231298 MANCR LINC00704 mitotically associated long non coding RNA ncRNA 0.383 0.768 0.739 2.406 0.174 0.011 2.431 0.174 0.320 0.514 0.151 2.075 0.095 0.036 0.086 0.338 0.963 0.200 1.834 0.931 1.367 1.497 0.128 0.075 0.268 2.401 1.943 0.078 1.238 1.210 0.563 0.665 0.541 0.428 1.259 0.287 0.011 3.124 0.163 2.352 0.016 0.441 0.325 0.190 2.277 0.386 0.240 3.260 0.568 0.703 0.581 1.824 0.338 0.912 2.794 0.268 0.721 0.391 0.067 0.932 0.053 1.536 0.144 0.048 0.769 1.774 1.793 0.402 0.288 1.891 5.427 0.280 0.343 0.268 0.157 0.162 0.189 0.530 0.796 0.276 0.353 0.160 0.062 0.176 0.263 0.054 0.112 0.109 0.189 0.358 0.333 3425 chr14 29205825 29273466 + 0 NA TTS (NM_005249) TTS (NM_005249) -2265 NR_026732 387978 Hs.633254 NR_026731 ENSG00000186960 LINC01551 C14orf23|c14_5148 long intergenic non-protein coding RNA 1551 ncRNA 1.126 0.995 0.752 0.082 0.640 0.563 0.130 1.713 3.151 0.004 0.630 1.295 0.374 0.035 3.744 2.948 2.551 0.214 0.855 0.308 0.124 0.010 0.589 0.434 3.640 0.111 0.036 0.010 0.070 0.045 2.903 5.475 0.106 5.637 0.101 0.148 1.137 0.282 0.116 0.049 3.881 0.227 0.156 0.097 0.088 0.045 0.065 0.127 0.077 0.607 0.069 0.050 2.948 0.813 0.031 3.640 0.065 0.076 0.276 0.076 0.126 0.081 0.069 0.820 0.030 0.014 0.009 0.312 0.234 0.209 0.244 7.142 6.754 3.570 1.186 0.203 0.189 5.581 7.589 1.464 2.012 3.555 4.048 0.129 0.207 5.265 4.414 2.687 2.433 3.515 1.939 140 chr1 20474286 20527564 + 0 NA intron (NM_001316722, intron 2 of 4) intron (NM_001316722, intron 2 of 4) 2932 NM_001316722 391013 Hs.512512 NM_001105572 ENSG00000187980 PLA2G2C - phospholipase A2 group IIC protein-coding 0.828 0.738 nan 0.581 0.076 0.056 0.257 0.202 0.412 0.274 0.065 0.082 0.020 0.085 0.138 0.332 0.076 0.069 0.462 0.256 0.039 0.031 0.070 0.074 0.041 0.361 0.301 0.054 1.658 0.435 0.700 3.989 0.527 0.667 0.751 0.042 0.008 0.067 0.091 0.100 0.030 0.103 0.025 0.019 0.750 0.499 1.065 0.129 0.243 0.062 1.034 1.583 0.332 0.262 0.419 0.041 0.133 1.697 0.143 0.243 0.061 0.188 0.017 0.051 0.087 0.029 0.024 0.306 0.283 0.138 0.215 0.521 0.456 0.213 0.096 0.133 0.156 0.175 0.437 1.138 1.586 0.437 0.305 0.107 0.122 0.070 0.072 0.231 0.358 0.683 0.624 11249 chr8 123685594 123716205 + 0 NA intron (NR_126348, intron 2 of 3) intron (NR_126348, intron 2 of 3) 5446 NR_126348 104266958 Hs.575540 NR_126348 ENSG00000253819 LINC01151 - long intergenic non-protein coding RNA 1151 ncRNA nan nan nan 0.778 0.277 0.457 0.600 0.142 0.305 0.337 0.268 1.682 0.468 0.056 0.134 0.321 0.274 0.100 0.640 0.285 0.039 0.027 0.098 0.130 0.078 0.691 0.366 0.053 1.108 1.027 0.498 1.572 0.658 nan 0.372 0.200 0.648 0.039 0.077 0.042 0.044 0.209 0.166 0.130 0.915 0.392 1.177 0.193 0.335 0.074 0.092 0.595 0.321 1.321 0.045 0.078 0.036 0.219 0.818 0.065 0.829 1.437 0.055 0.198 0.107 0.041 0.022 0.267 0.185 0.411 1.279 0.569 0.629 1.133 0.303 nan nan 1.699 2.047 0.619 0.511 1.295 1.333 0.200 0.335 1.828 2.872 0.406 0.728 1.158 0.673 4950 chr17 70377253 70429646 + 0 NA intron (NR_152515, intron 2 of 2) intron (NR_152515, intron 2 of 2) 64497 NR_135222 146795 Hs.651743 NR_135222 ENSG00000264026 LINC02003 - long intergenic non-protein coding RNA 2003 ncRNA 1.246 1.081 0.775 1.914 0.727 0.434 4.563 1.107 2.385 0.597 0.312 2.570 0.004 0.401 0.264 1.005 0.526 0.126 2.334 1.770 0.671 0.018 0.264 0.236 0.854 1.067 0.682 0.020 1.487 1.445 2.032 5.053 0.719 1.196 1.680 1.959 0.200 0.040 0.088 2.838 0.235 2.228 0.972 0.450 1.739 0.580 1.191 1.729 2.049 2.020 0.333 0.884 1.005 3.235 1.510 0.854 0.618 0.990 0.455 0.398 0.168 1.008 0.891 0.059 2.461 0.613 0.615 1.158 1.783 1.399 2.713 0.754 0.764 1.375 0.509 0.741 0.888 nan 1.459 1.528 2.122 1.235 0.822 0.724 1.351 0.846 1.028 0.225 0.396 nan 0.581 7468 chr22 46279572 46331820 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu 67312 NM_058238 7477 Hs.512714 NM_058238 ENSG00000188064 WNT7B - Wnt family member 7B protein-coding 0.688 0.816 nan 1.615 0.199 1.070 1.554 0.220 0.406 0.737 0.379 0.511 0.010 0.033 0.075 0.334 0.196 0.080 1.189 0.652 0.379 0.016 0.129 0.061 0.282 0.414 0.309 0.049 1.041 0.418 1.091 4.343 2.385 1.448 0.877 0.076 0.107 0.106 0.071 0.209 0.048 0.282 0.364 0.213 0.552 0.500 0.672 0.130 0.494 0.096 0.506 1.648 0.334 1.336 0.411 0.282 0.319 2.379 0.065 0.264 0.285 0.362 0.057 0.021 0.284 0.026 0.015 0.292 0.312 0.284 0.701 0.866 0.771 0.504 0.207 0.515 0.494 0.140 0.306 0.990 1.383 0.602 0.463 0.263 0.297 0.364 0.504 0.072 0.128 0.870 0.597 5393 chr18 60036346 60045601 + 0 NA intron (NM_003839, intron 9 of 9) intron (NM_003839, intron 9 of 9) 48453 NM_001270951 8792 Hs.204044 NM_003839 ENSG00000141655 TNFRSF11A CD265|FEO|LOH18CR1|ODFR|OFE|OPTB7|OSTS|PDB2|RANK|TRANCER TNF receptor superfamily member 11a protein-coding 0.904 0.778 0.688 0.136 0.753 0.348 0.115 0.501 0.977 0.021 0.145 0.100 0.053 1.018 0.692 0.145 0.070 0.046 0.075 0.030 0.473 0.376 0.536 0.133 0.055 0.082 0.074 0.080 0.022 0.116 0.046 0.577 0.031 0.081 0.143 0.058 0.061 0.029 0.078 0.149 0.006 0.017 0.096 0.041 0.115 0.076 0.113 0.131 0.017 0.065 0.692 0.040 0.020 0.536 0.066 0.027 0.252 0.111 0.154 0.057 0.149 0.214 0.009 0.019 0.017 0.421 0.320 0.400 0.474 2.122 2.595 2.039 0.834 0.660 nan 1.385 nan 0.590 0.921 0.731 0.413 0.130 0.318 0.955 0.867 0.277 0.376 7.123 4.176 985 chr1 193019417 193032848 + 0 NA TTS (NR_135615) TTS (NR_135615) 413 NR_135615 107397392 NR_135615 ENSG00000238754 SCARNA18B - small Cajal body-specific RNA 18B ncRNA 3.532 nan 2.876 1.900 1.594 1.157 1.400 0.774 1.733 0.405 1.581 1.701 0.420 0.355 2.171 1.804 1.384 0.277 2.695 1.131 0.902 1.424 2.254 1.147 1.934 1.105 0.872 0.657 1.365 0.853 1.355 1.862 1.302 3.445 0.840 2.811 0.340 1.372 0.117 0.370 0.880 1.133 1.446 0.832 1.424 0.585 1.611 0.783 1.308 1.064 0.882 1.312 1.804 3.327 1.369 1.934 0.747 0.655 0.367 1.034 1.234 0.934 0.346 1.417 0.551 0.806 0.558 2.857 3.169 5.795 6.683 4.956 4.362 3.633 1.458 12.523 12.539 3.634 nan 2.853 4.727 3.720 4.504 0.754 1.649 2.635 2.510 5.452 5.591 1.982 1.105 754 chr1 154697958 154725541 + 0 NA intron (NM_001204087, intron 3 of 8) L1ME3D|LINE|L1 -111293 NM_001025107 103 Hs.12341 NM_001111 ENSG00000160710 ADAR ADAR1|AGS6|DRADA|DSH|DSRAD|G1P1|IFI-4|IFI4|K88DSRBP|P136 adenosine deaminase, RNA specific protein-coding nan nan 2.178 0.076 0.261 0.961 0.596 0.697 1.062 0.014 0.109 1.266 0.009 0.154 2.093 2.123 0.092 0.076 0.130 0.096 0.096 0.030 0.393 0.197 0.299 1.797 1.748 0.035 0.081 0.077 0.289 1.068 0.162 3.561 0.106 3.837 0.062 0.065 0.097 0.391 0.101 0.234 0.260 0.124 0.265 0.117 0.115 0.149 0.248 0.036 0.713 1.569 2.123 0.127 0.087 0.299 1.007 0.150 0.211 0.290 0.589 0.185 0.193 0.086 0.202 0.019 0.020 0.630 0.899 0.391 0.723 1.996 nan 2.189 0.670 0.201 0.186 0.513 0.937 2.813 3.894 0.788 0.613 0.830 1.081 0.503 0.881 0.475 0.797 0.978 0.790 8248 chr4 7648470 7655431 + 0 NA intron (NM_020777, intron 4 of 26) MIRb|SINE|MIR -103867 NR_026892 84740 Hs.663029 NM_032654 ENSG00000272620 AFAP1-AS1 AFAP1-AS|AFAP1AS AFAP1 antisense RNA 1 ncRNA 0.560 0.336 nan 0.041 0.088 0.072 0.986 0.070 0.168 0.014 2.600 0.253 0.063 0.028 0.127 0.471 0.031 0.116 0.454 0.503 0.020 0.189 0.048 0.157 0.716 0.509 0.031 0.078 0.015 1.199 2.288 0.214 0.221 0.566 0.023 0.031 0.043 3.003 0.046 1.263 0.415 0.280 0.342 0.077 0.224 0.230 0.199 3.153 0.262 0.087 0.471 0.517 0.224 0.157 0.195 0.060 0.128 0.108 0.014 0.833 0.015 0.199 1.089 1.287 1.029 0.301 0.233 0.105 0.264 0.467 0.328 nan 0.085 0.107 0.126 0.048 0.207 0.245 0.420 0.527 0.495 0.171 0.374 0.050 0.044 0.224 0.376 nan 0.442 10793 chr8 5461525 5472891 + 0 NA Intergenic Intergenic -614880 NM_033225 64478 Hs.571466 NM_033225 ENSG00000183117 CSMD1 PPP1R24 CUB and Sushi multiple domains 1 protein-coding 0.428 0.662 0.390 0.040 0.573 0.235 0.044 0.049 0.176 0.034 0.033 0.061 0.717 0.158 0.046 0.059 0.008 0.011 0.070 0.096 1.974 0.006 0.026 0.018 0.051 0.056 0.037 0.402 0.005 0.008 0.057 0.116 0.065 0.027 0.009 0.027 0.008 0.115 0.043 0.019 0.014 0.558 0.158 0.038 0.008 1.974 0.073 0.022 0.009 0.005 0.009 0.021 0.009 0.022 0.047 0.030 0.004 0.247 0.146 0.191 0.312 7.565 7.499 0.131 0.075 0.132 0.175 0.139 0.203 1.547 1.690 nan 0.142 0.070 0.087 0.066 0.058 0.122 0.152 1.399 1.032 10797 chr8 6638242 6659309 + 0 NA Intergenic Intergenic -44301 NR_045217 100652791 Hs.369771 NR_045217 ENSG00000245857 GS1-24F4.2 - uncharacterized LOC100652791 ncRNA 0.561 0.933 0.569 0.072 0.287 4.138 0.098 1.946 4.045 0.009 0.063 0.214 0.009 0.043 0.477 3.317 0.451 0.103 0.050 0.029 0.007 0.170 0.155 5.405 0.142 0.068 0.017 0.118 0.021 0.027 0.086 0.061 0.743 0.014 0.078 0.009 0.052 0.090 0.033 0.034 0.117 0.048 0.036 0.047 0.033 0.023 0.214 0.131 0.054 0.063 0.035 3.317 0.037 0.101 5.405 0.098 0.036 0.009 0.144 1.281 0.128 0.042 0.148 0.051 0.025 0.007 0.335 0.232 0.246 0.327 2.153 2.482 1.755 0.451 0.326 0.364 0.177 0.393 0.884 0.719 nan 0.298 0.127 0.215 0.189 0.274 0.331 0.639 3.089 1.641 4147 chr15 93439407 93474393 + 0 NA intron (NM_001042572, intron 2 of 12) AluJr|SINE|Alu 9271 NR_036136 100422995 NR_036136 ENSG00000284324 MIR3175 mir-3175 microRNA 3175 ncRNA nan nan nan 2.162 1.329 0.856 1.568 0.988 1.953 0.863 1.757 1.627 1.212 0.731 1.786 1.072 1.851 0.185 2.093 0.910 1.955 1.105 1.226 0.813 1.462 1.626 1.184 0.441 2.477 1.083 2.412 2.982 1.582 3.328 1.067 1.845 0.248 1.578 0.121 0.554 1.466 1.390 0.759 0.394 2.027 0.735 2.678 1.469 1.957 0.980 1.133 2.804 1.072 1.508 2.975 1.462 1.637 2.236 0.269 0.692 0.705 1.278 1.920 0.633 1.644 0.603 0.546 2.227 2.236 3.185 5.497 2.584 2.512 nan 2.525 7.903 8.013 2.568 3.073 3.184 4.621 nan 4.077 2.196 3.122 1.853 2.529 2.600 nan 1.361 0.821 6223 chr2 86260868 86268303 + 0 NA intron (NM_015425, intron 27 of 33) intron (NM_015425, intron 27 of 33) 68693 NM_015425 25885 Hs.531818 NM_015425 ENSG00000068654 POLR1A A190|AFDCIN|RPA1|RPA194|RPO1-4|RPO14 RNA polymerase I subunit A protein-coding nan 0.673 nan 0.173 3.034 3.746 0.289 1.653 3.803 0.052 0.271 0.395 0.016 0.579 1.437 1.720 1.022 0.152 0.115 0.025 0.289 0.075 1.892 0.908 3.444 0.364 0.215 0.128 0.083 0.100 0.215 0.729 0.388 7.449 0.078 0.265 0.383 0.132 0.121 0.235 2.093 0.222 0.138 0.083 0.043 0.053 0.194 0.155 1.645 0.327 1.623 0.250 1.720 0.296 0.137 3.444 0.520 0.097 1.868 0.321 1.046 0.086 0.398 0.132 0.214 0.046 0.020 0.272 0.807 0.328 0.677 8.984 9.555 2.761 1.006 0.572 0.630 1.527 2.017 6.650 6.240 3.560 3.932 0.416 0.672 1.510 2.092 0.218 0.527 1.856 0.992 4355 chr16 49777364 49790807 + 0 NA intron (NM_015069, intron 2 of 7) intron (NM_015069, intron 2 of 7) 72564 NM_015069 23090 Hs.443715 NM_015069 ENSG00000102935 ZNF423 Ebfaz|JBTS19|NPHP14|OAZ|Roaz|ZFP423|Zfp104|hOAZ zinc finger protein 423 protein-coding 0.836 1.087 0.881 0.081 0.059 0.008 0.053 0.168 0.307 0.022 0.098 0.048 0.045 0.086 4.241 0.079 0.059 0.040 0.006 0.007 0.051 0.023 0.073 0.054 0.031 0.034 0.061 0.098 0.083 0.077 0.027 0.171 0.054 0.056 0.127 0.041 0.063 0.017 0.065 0.105 0.072 0.047 0.053 0.051 0.087 0.096 0.135 0.042 0.053 0.064 4.241 0.032 0.035 0.054 0.045 0.062 0.988 0.056 0.053 0.305 0.031 0.064 0.136 0.036 0.008 0.210 0.200 0.063 0.081 0.295 0.363 0.765 0.279 0.135 0.132 0.547 0.978 0.209 0.340 1.089 1.209 0.144 0.157 0.604 0.540 0.322 0.555 1.079 0.802 6713 chr2 233364180 233392028 + 0 NA Intergenic Intergenic -7069 NM_001195129 646960 Hs.570310 NM_001195129 ENSG00000237412 PRSS56 MCOP6 serine protease 56 protein-coding 1.461 nan 1.256 0.072 0.141 0.186 0.150 0.264 0.543 0.014 0.067 0.073 0.002 0.028 0.051 1.194 0.024 0.035 0.090 0.047 0.044 0.030 0.134 0.112 0.112 0.080 0.042 0.213 0.074 0.015 0.170 0.439 0.084 0.705 0.031 0.345 0.017 0.117 0.090 0.017 0.031 0.113 0.048 0.033 0.035 0.063 0.066 0.097 0.387 0.087 1.426 0.485 1.194 0.098 0.040 0.112 0.057 0.351 0.090 1.081 3.386 0.060 0.039 1.009 0.013 0.001 0.018 0.392 0.348 0.269 0.342 0.641 0.450 0.426 0.122 0.687 0.699 0.107 0.277 0.443 nan 0.623 0.594 0.310 0.314 0.112 0.218 1.160 4.554 0.308 0.272 8953 chr5 65103891 65110631 + 0 NA intron (NM_020726, intron 11 of 12) AluJb|SINE|Alu 89238 NM_020726 57486 Hs.247460 NM_020726 ENSG00000123213 NLN AGTBP|EP24.16|MEP|MOP neurolysin protein-coding 0.595 1.033 0.589 2.929 0.116 0.047 2.665 0.218 0.290 0.014 1.217 1.857 0.027 0.045 0.159 0.248 0.586 0.081 1.559 0.943 0.123 0.070 0.072 0.077 1.000 0.428 0.090 2.749 4.279 0.109 0.146 0.221 0.192 0.952 0.097 0.042 0.056 0.073 0.157 0.036 0.438 0.179 0.070 0.870 0.817 3.609 0.104 0.205 0.119 0.012 0.922 0.248 0.648 0.151 0.077 1.563 0.159 0.060 0.045 1.338 0.161 0.036 0.328 0.068 0.030 0.150 0.253 0.323 0.833 0.219 0.316 0.339 0.142 0.198 0.274 1.092 1.399 0.234 0.200 0.367 0.170 0.176 0.208 0.148 0.118 0.220 0.443 0.261 0.274 10226 chr7 22598644 22634804 + 0 NA Intergenic Intergenic 13768 NR_038393 100506178 Hs.668122 NR_038393 ENSG00000232759 LOC100506178 - uncharacterized LOC100506178 ncRNA 0.943 0.985 0.957 4.290 0.290 0.023 1.268 0.302 0.579 2.586 8.196 1.889 0.811 0.125 0.073 0.170 1.888 0.169 1.417 0.834 6.577 0.033 0.173 0.225 0.224 2.626 2.038 0.202 0.873 1.736 2.048 4.589 3.794 0.407 0.711 2.575 0.043 0.063 0.145 1.309 0.075 10.659 1.798 0.789 1.872 0.845 1.599 0.383 0.299 0.742 0.148 0.471 0.170 2.105 4.162 0.224 0.611 1.121 0.054 1.296 0.202 1.059 0.038 0.058 1.761 0.068 0.049 0.436 0.255 0.782 nan 0.610 0.624 0.629 0.229 0.260 0.294 0.200 0.376 0.696 0.892 0.353 0.224 0.125 0.205 0.194 0.195 0.179 nan 0.921 0.703 8467 chr4 87973739 87997040 + 0 NA intron (NM_001313959, intron 3 of 19) intron (NM_001313959, intron 3 of 19) 57236 NM_005935 4299 Hs.480190 NM_005935 ENSG00000172493 AFF1 AF4|MLLT2|PBM1 AF4/FMR2 family member 1 protein-coding 1.541 0.931 1.218 0.090 1.072 1.212 0.337 1.029 2.116 0.020 0.229 0.257 0.115 0.189 2.548 0.694 0.313 0.096 0.155 0.008 0.060 0.018 0.601 0.375 0.858 0.157 0.059 0.095 0.079 0.068 0.277 1.005 0.176 2.430 0.282 0.046 0.352 0.061 0.057 0.086 0.105 0.099 0.028 0.017 0.047 0.073 0.119 0.245 0.154 0.098 0.034 0.098 0.694 0.115 0.032 0.858 0.084 0.139 0.355 0.045 1.205 0.074 0.707 2.237 0.066 0.037 0.019 0.756 1.139 0.760 1.344 2.491 2.318 0.175 0.101 0.311 0.286 1.798 nan 2.570 3.213 2.586 2.306 0.642 1.081 1.241 1.536 1.493 nan 1.028 0.675 6365 chr2 133171408 133198294 + 0 NA intron (NM_001508, intron 1 of 1) AluY|SINE|Alu 10704 NM_001508 2863 Hs.432395 NM_001508 ENSG00000183840 GPR39 - G protein-coupled receptor 39 protein-coding nan 0.825 nan 2.040 0.383 2.340 2.431 0.900 1.641 0.419 1.082 0.527 0.326 0.271 0.512 0.495 0.089 0.096 1.673 1.042 1.848 0.010 0.133 0.117 0.181 1.422 1.045 0.102 1.465 1.002 0.478 0.661 1.178 3.210 1.311 0.175 0.023 0.057 0.063 1.178 0.038 2.062 1.166 0.517 1.367 1.171 2.480 2.729 1.172 2.626 0.434 0.737 0.495 1.966 1.950 0.181 0.464 0.522 0.014 1.501 0.669 0.822 0.125 0.096 1.387 0.413 0.251 0.376 0.254 0.285 0.668 1.547 1.138 0.246 0.087 0.132 0.143 0.147 0.229 1.607 nan 0.370 0.221 0.229 0.344 0.038 0.038 0.239 0.358 0.927 0.585 8150 chr3 191012037 191020915 + 0 NA intron (NM_198152, intron 4 of 8) MSTA-int|LTR|ERVL-MaLR -30398 NM_178335 152137 Hs.478682 NM_174908 ENSG00000152492 CCDC50 C3orf6|DFNA44|YMER coiled-coil domain containing 50 protein-coding nan 0.922 0.705 0.129 0.184 0.031 0.088 0.221 0.475 0.022 0.036 0.052 0.049 0.023 0.111 0.174 0.216 0.127 0.089 0.014 0.016 0.227 0.231 0.013 0.047 0.047 0.033 0.077 0.035 0.055 nan 0.047 nan 0.016 0.049 0.053 0.099 0.063 0.601 0.103 0.014 0.027 0.037 0.017 0.239 0.169 0.046 0.137 0.027 0.063 0.174 0.039 0.063 0.013 0.027 0.085 0.011 0.046 0.046 0.056 0.749 0.056 0.017 0.012 0.017 1.647 1.023 12.466 3.650 0.363 0.344 0.461 0.141 0.463 0.479 0.196 0.236 0.376 0.599 0.628 0.296 0.958 1.457 0.161 0.218 0.271 0.389 0.524 0.685 10747 chr7 151244123 151251960 + 0 NA Intergenic Intergenic -31031 NM_005614 6009 Hs.283521 NM_005614 ENSG00000106615 RHEB RHEB2 Ras homolog, mTORC1 binding protein-coding 0.905 2.249 nan 0.239 2.540 1.988 0.567 0.592 0.721 0.195 0.150 0.365 0.024 0.307 1.554 0.331 0.134 0.061 0.649 0.453 0.081 0.035 0.636 0.486 2.823 0.644 0.221 0.047 0.842 0.514 1.537 6.567 7.054 4.293 0.354 0.144 0.045 0.128 0.173 0.179 0.101 0.188 0.109 0.030 0.252 1.494 0.485 0.186 0.505 0.163 1.957 1.846 0.331 1.300 0.083 2.823 0.323 0.284 0.063 0.205 1.122 0.178 0.215 0.124 0.196 0.069 0.030 0.456 0.575 0.383 0.549 1.031 1.130 0.445 0.163 0.637 0.531 0.346 0.546 7.043 10.328 0.464 0.228 0.536 0.747 0.181 0.307 0.182 0.243 1.656 1.358 9653 chr6 42652196 42694935 + 0 NA intron (NM_000322, intron 1 of 2) AluSc|SINE|Alu 16793 NM_000322 5961 Hs.654489 NM_000322 ENSG00000112619 PRPH2 AOFMD|AVMD|CACD2|DS|MDBS1|PRPH|RDS|RP7|TSPAN22|rd2 peripherin 2 protein-coding 1.160 0.972 1.114 0.137 0.378 0.170 0.709 0.227 0.379 0.040 0.171 0.193 0.017 0.045 0.689 0.232 0.276 0.125 0.373 0.194 0.126 0.061 0.116 0.104 0.278 0.128 0.066 0.046 0.336 0.264 0.158 0.471 0.379 0.434 0.144 0.085 0.029 0.201 0.133 0.105 0.089 0.209 0.137 0.126 0.165 0.191 0.160 0.325 0.149 0.216 0.133 0.074 0.232 0.654 0.600 0.278 0.066 0.062 0.052 0.164 0.285 0.262 0.058 1.749 0.124 0.190 0.178 0.424 0.436 0.290 0.404 0.484 0.532 1.343 0.479 0.492 0.546 0.360 0.632 0.986 nan 1.166 0.829 0.217 0.313 0.180 0.218 1.084 3.677 0.557 0.495 698 chr1 150889247 150900929 + 0 NA Intergenic MLT1I|LTR|ERVL-MaLR -3727 NM_012432 9869 Hs.643565 NM_012432 ENSG00000143379 SETDB1 ESET|H3-K9-HMTase4|KG1T|KMT1E|TDRD21 SET domain bifurcated 1 protein-coding nan nan 1.477 0.687 0.894 0.948 1.814 0.481 0.915 0.449 1.153 1.211 0.972 0.914 1.065 1.614 0.820 0.343 1.741 0.764 0.809 0.856 0.629 0.580 0.965 0.971 0.901 0.525 0.539 0.387 9.719 12.863 0.791 4.781 0.927 1.577 0.400 2.358 0.215 0.748 0.480 1.514 1.089 0.520 0.851 0.328 1.006 1.028 0.794 1.734 1.980 1.960 1.614 1.543 1.090 0.965 0.397 1.299 0.245 2.561 1.973 1.302 1.765 0.550 0.469 0.572 0.362 1.560 1.484 1.515 2.339 2.086 nan 1.661 0.695 3.756 4.062 1.615 2.073 3.908 5.219 1.790 1.216 1.917 2.880 1.712 2.109 1.432 2.557 1.572 0.661 7122 chr21 10449818 10456867 + 0 NA Intergenic Intergenic -484748 NR_038328 100132288 Hs.487562 NM_174948 ENSG00000188681 TEKT4P2 MAFIPL|TEKT4P tektin 4 pseudogene 2 pseudo 1.016 1.061 nan 0.152 0.125 0.016 0.030 0.136 0.328 0.027 0.277 0.027 0.087 0.042 0.077 0.233 0.140 0.161 0.053 0.027 0.089 0.039 0.044 0.232 0.034 0.039 0.020 0.318 0.019 0.323 0.048 0.192 0.250 0.021 0.054 0.040 0.079 0.214 0.116 0.071 0.026 0.033 0.031 0.227 0.179 0.070 0.023 0.037 0.034 0.076 0.233 0.041 0.013 0.034 0.070 0.104 0.017 0.028 0.071 0.113 0.085 0.022 0.033 0.022 0.529 0.387 9.298 4.998 0.357 0.412 0.170 0.059 0.394 0.249 0.287 0.436 0.074 0.110 0.694 0.201 0.325 0.660 0.115 0.135 0.321 0.688 0.289 0.425 6226 chr2 86857146 86862440 + 0 NA intron (NM_001198954, intron 2 of 7) AluSz|SINE|Alu -8793 NM_005667 7844 Hs.469199 NM_005667 ENSG00000239305 RNF103 HKF-1|KF-1|KF1|ZFP-103|ZFP103 ring finger protein 103 protein-coding nan 0.984 nan 0.123 0.228 0.083 0.085 0.150 0.262 0.203 0.275 0.029 0.095 0.151 0.488 0.128 0.287 0.069 0.052 0.120 0.223 0.149 0.091 0.014 0.071 0.089 0.040 0.061 0.382 0.188 0.379 0.055 0.097 0.670 0.144 0.083 0.022 0.173 0.011 0.044 0.073 0.164 0.121 4.600 0.113 5.310 4.337 0.488 0.081 0.098 0.149 0.215 7.540 0.348 0.163 0.438 0.139 0.019 0.469 0.024 0.020 0.296 0.385 0.237 0.305 0.438 0.378 1.435 0.225 0.282 0.357 3.080 3.848 0.201 0.303 0.843 0.839 0.106 0.337 1.495 1.790 0.510 1.197 1.382 1.224 524 chr1 94368620 94376437 + 0 NA intron (NM_002061, intron 1 of 6) intron (NM_002061, intron 1 of 6) 2626 NM_002061 2730 Hs.315562 NM_002061 ENSG00000023909 GCLM GLCLR glutamate-cysteine ligase modifier subunit protein-coding nan nan 1.971 1.352 1.122 0.554 1.144 0.563 0.878 0.609 1.977 1.746 0.342 3.398 0.994 0.966 0.880 0.123 2.086 0.435 2.918 0.444 0.459 0.237 1.194 1.681 1.925 1.458 1.480 0.297 1.236 1.760 0.921 2.688 0.356 2.408 0.184 1.213 0.125 0.363 0.690 3.259 1.766 0.809 0.678 0.572 7.236 1.135 2.166 1.450 1.271 3.415 0.966 1.904 5.325 1.194 0.917 0.679 0.149 1.822 0.936 0.536 0.404 0.961 0.630 1.166 0.793 1.101 1.366 1.460 2.442 1.984 nan 2.674 0.816 2.821 2.793 1.672 nan 3.206 5.237 nan 2.035 0.935 1.746 0.806 1.040 2.162 2.620 1.236 0.862 9185 chr5 134359533 134376034 + 0 NA intron (NM_002653, intron 1 of 2) intron (NM_002653, intron 1 of 2) -1187 NM_001277348 100996485 NM_001277348 C5orf66 - chromosome 5 open reading frame 66 protein-coding 1.577 1.492 nan 0.218 0.517 1.098 1.685 0.554 1.052 0.404 0.784 0.867 0.013 0.857 0.281 0.611 0.136 0.019 0.972 0.412 0.062 0.218 0.247 0.096 2.212 2.898 3.503 1.371 0.932 0.473 1.278 2.490 0.284 2.912 0.473 2.170 0.093 0.632 0.098 0.420 0.334 0.180 1.417 0.738 2.873 0.371 1.524 2.579 1.612 0.384 1.109 2.357 0.611 0.406 1.643 2.212 1.620 0.607 0.192 0.543 1.039 0.780 0.174 1.028 0.568 0.883 0.606 1.583 2.466 1.223 2.131 1.372 1.050 1.188 0.439 1.091 1.167 0.558 1.006 1.356 1.569 1.571 1.928 0.465 0.883 0.382 0.310 1.851 2.105 0.182 0.157 2176 chr11 92790429 92823996 + 0 NA Intergenic LTR39|LTR|ERV1 104423 NM_005959 4544 Hs.569039 NM_005959 ENSG00000134640 MTNR1B FGQTL2|MEL-1B-R|MT2 melatonin receptor 1B protein-coding 0.700 nan 0.563 0.041 0.317 4.698 0.124 1.807 3.455 0.023 0.091 0.359 0.013 0.062 0.334 0.433 0.078 0.033 0.086 0.028 0.045 0.008 0.093 0.137 0.218 0.179 0.073 0.031 0.094 0.028 0.072 0.146 0.059 11.178 0.074 0.366 0.168 0.045 0.110 0.039 0.076 0.198 0.023 0.028 0.141 0.046 0.129 0.513 0.129 0.036 0.049 0.232 0.433 0.057 0.178 0.218 0.255 0.032 0.017 0.047 0.423 0.042 0.104 0.081 0.052 0.010 0.017 0.848 0.591 0.236 nan 0.524 0.715 0.378 0.093 0.585 0.577 2.596 2.991 0.792 0.518 0.379 0.166 0.281 0.428 0.992 1.463 0.176 nan 1.302 0.786 10928 chr8 42107111 42159871 + 0 NA intron (NM_001242778, intron 2 of 20) AluSx|SINE|Alu 4671 NR_033818 3551 Hs.597664 NM_001556 ENSG00000104365 IKBKB IKK-beta|IKK2|IKKB|IMD15|NFKBIKB inhibitor of nuclear factor kappa B kinase subunit beta protein-coding 0.813 nan 1.156 1.046 0.363 0.140 1.254 0.167 0.402 0.040 0.412 0.977 0.080 0.278 0.517 0.315 0.371 0.174 3.842 1.873 0.151 0.234 0.283 0.170 0.299 2.855 2.585 0.531 1.465 1.388 1.330 4.028 3.365 0.739 1.174 0.250 0.101 0.300 0.121 0.513 0.095 2.744 1.571 0.750 2.326 0.257 0.843 1.008 0.464 0.384 0.105 0.696 0.315 2.236 2.048 0.299 0.885 0.325 0.051 0.336 0.462 0.463 0.069 0.132 0.908 0.799 0.704 0.513 0.478 0.659 1.018 1.024 1.017 1.301 0.471 0.681 0.757 0.583 0.945 0.519 0.714 0.631 0.447 0.211 0.285 0.584 0.552 0.483 0.858 0.966 0.765 9689 chr6 47371327 47389558 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 -65083 NM_012120 23607 Hs.485518 NM_012120 ENSG00000198087 CD2AP CMS CD2 associated protein protein-coding 0.925 1.057 0.702 2.647 0.213 0.048 0.567 0.176 0.309 0.089 0.171 0.535 0.106 0.265 0.039 0.177 0.436 0.099 0.216 0.146 0.485 0.023 0.207 0.203 0.138 1.797 1.047 0.044 1.125 2.470 0.458 1.092 1.415 0.454 0.487 0.162 0.078 0.175 0.142 0.418 0.070 0.112 0.077 0.034 2.923 2.377 0.619 0.568 0.959 0.296 1.373 1.200 0.177 0.200 0.046 0.138 0.887 0.628 0.037 0.096 0.448 0.138 0.059 0.081 0.226 0.047 0.025 0.421 0.312 0.456 1.230 0.227 0.352 0.890 0.275 0.389 0.403 0.200 0.367 0.631 nan 0.342 0.116 0.200 0.169 0.274 0.365 0.296 0.524 0.653 0.534 7235 chr21 43527597 43546945 + 0 NA intron (NM_001004416, intron 14 of 22) L1MB7|LINE|L1 -8627 NR_027243 150147 Hs.558646 NM_152507 ENSG00000184385 UMODL1-AS1 C21orf128 UMODL1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.444 3.925 0.078 0.126 1.307 0.200 0.266 0.706 0.030 0.092 0.215 0.032 0.130 1.281 0.556 0.089 0.100 0.120 0.154 0.043 0.028 0.229 0.196 1.089 0.260 0.115 0.087 0.077 0.054 0.200 2.022 0.546 4.628 0.181 0.084 0.359 0.046 0.059 0.103 0.045 0.081 0.041 0.032 0.062 0.058 0.264 0.313 0.149 0.113 0.254 0.355 0.556 0.273 0.742 1.089 0.089 0.406 0.214 0.189 0.315 0.293 0.296 0.052 0.040 0.027 0.013 0.736 0.915 0.676 1.057 0.732 0.779 nan 0.441 0.844 0.926 0.508 nan 0.678 1.159 0.670 0.578 0.935 1.086 1.610 1.517 0.335 0.423 2.017 1.193 2714 chr12 57613590 57639891 + 0 NA intron (NM_005412, intron 7 of 11) intron (NM_005412, intron 7 of 11) 2591 NR_048562 6472 Hs.741179 NM_005412 ENSG00000182199 SHMT2 GLYA|HEL-S-51e|SHMT serine hydroxymethyltransferase 2 protein-coding nan 1.968 2.000 0.761 2.554 1.655 0.472 1.422 2.847 0.199 0.745 0.519 0.213 0.870 3.813 2.846 1.346 0.122 0.547 0.252 0.186 0.316 1.194 0.424 1.726 0.407 0.277 0.345 0.670 0.209 1.960 3.812 0.542 4.407 0.318 0.773 0.775 0.573 0.078 0.225 0.685 0.427 0.465 0.329 0.398 0.319 0.640 1.647 0.746 0.995 0.906 0.518 2.846 0.509 0.548 1.726 0.332 0.296 1.091 1.093 1.566 0.455 4.083 1.495 0.212 0.425 0.187 nan 8.526 3.080 2.595 4.224 nan 3.895 1.258 7.653 7.900 1.331 nan 4.199 nan 2.427 2.407 3.047 6.500 2.281 2.578 2.185 5.201 2.382 1.377 10978 chr8 59852162 59876623 + 0 NA intron (NM_014729, intron 2 of 8) intron (NM_014729, intron 2 of 8) 167375 NM_014729 9760 Hs.491805 NM_014729 ENSG00000198846 TOX TOX1 thymocyte selection associated high mobility group box protein-coding 1.779 nan 1.257 0.094 0.451 0.277 0.059 1.447 2.496 0.062 0.120 0.137 0.015 0.225 0.337 0.289 0.218 0.072 0.120 0.023 0.018 0.011 0.436 0.298 0.788 0.407 0.153 0.003 0.151 0.030 0.058 0.436 0.121 0.812 0.084 0.035 0.657 0.063 0.073 0.014 1.074 0.045 0.039 0.019 0.138 0.088 0.063 0.139 0.063 0.088 0.042 0.022 0.289 0.081 0.012 0.788 0.075 0.031 0.067 0.036 0.311 0.036 0.032 0.070 0.039 0.016 0.010 0.295 0.215 0.239 0.346 1.206 1.265 0.962 0.357 0.079 0.059 1.852 nan 0.552 0.642 0.437 0.193 0.087 0.113 2.138 2.918 0.153 0.273 2.728 1.210 4380 chr16 57218031 57235393 + 0 NA intron (NM_001305163, intron 1 of 14) AluJb|SINE|Alu 6516 NM_001305163 89970 Hs.460885 NM_133368 ENSG00000159579 RSPRY1 SEMDFA ring finger and SPRY domain containing 1 protein-coding nan nan nan 1.706 2.339 0.595 3.316 0.815 1.373 0.877 2.937 1.416 0.476 1.241 0.928 2.146 1.079 0.180 1.564 0.502 5.767 0.576 0.805 0.417 1.605 2.104 1.746 1.470 2.187 0.791 1.264 2.069 1.471 2.092 1.618 2.356 0.279 1.282 0.118 1.039 0.544 2.803 5.455 2.361 2.743 1.702 1.425 1.962 1.518 2.018 1.011 1.393 2.146 2.751 5.631 1.605 0.339 0.592 0.562 1.213 1.106 2.542 1.183 0.413 1.389 1.529 1.250 2.361 2.073 1.326 1.691 2.335 2.297 2.430 1.174 2.559 2.528 1.547 nan nan nan nan 3.364 1.517 2.657 0.773 1.434 1.398 nan nan 0.974 10904 chr8 37698115 37708374 + 0 NA intron (NM_018310, intron 3 of 3) FRAM|SINE|Alu 4187 NM_018310 55290 Hs.709301 NM_018310 ENSG00000104221 BRF2 BRFU|TFIIIB50 BRF2, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit protein-coding 1.707 2.406 nan 3.564 7.353 1.308 0.988 0.864 1.582 0.158 0.932 0.922 0.708 0.771 1.687 1.746 1.041 0.202 0.578 0.185 0.731 0.928 1.168 0.728 3.722 1.396 1.158 0.342 1.182 0.576 1.241 1.619 1.663 2.847 0.776 1.006 0.268 1.171 0.095 0.426 0.372 1.563 1.110 0.643 0.858 0.450 0.942 0.804 1.021 0.929 0.531 0.590 1.746 0.691 0.364 3.722 1.211 0.520 0.282 0.793 1.100 0.711 0.907 0.607 0.446 0.122 0.124 2.326 2.967 2.345 3.721 4.413 4.762 3.381 1.106 3.795 3.888 0.919 1.257 2.414 3.477 1.767 1.671 1.327 2.314 1.885 1.726 1.482 1.561 2.071 1.136 3418 chr14 26673218 26689626 + 0 NA Intergenic Intergenic 385538 NM_006491 4857 Hs.31588 NM_002515 ENSG00000139910 NOVA1 Nova-1 NOVA alternative splicing regulator 1 protein-coding nan 0.639 1.376 0.026 0.275 0.051 0.099 0.070 0.115 0.001 0.029 0.079 0.008 0.048 0.149 0.178 0.137 0.119 0.077 0.023 0.038 0.001 0.221 0.172 0.194 0.004 0.018 0.004 0.062 0.026 0.084 0.116 0.104 0.278 0.027 0.072 0.017 0.060 0.115 0.014 0.049 0.050 0.011 0.005 0.047 0.038 0.082 0.085 0.050 0.048 0.029 0.028 0.178 0.044 0.006 0.194 0.067 0.020 0.023 0.011 0.210 0.029 0.037 0.067 0.019 0.021 0.006 0.180 0.065 0.256 0.375 0.266 0.343 0.469 0.179 0.208 0.182 4.203 4.836 0.721 nan 0.933 0.536 0.073 0.139 0.118 0.097 0.199 0.319 0.423 0.357 598 chr1 113741743 113749344 + 0 NA intron (NR_038846, intron 1 of 2) AluSp|SINE|Alu 3332 NR_038846 643441 Hs.124895 NR_038846 LOC643441 - uncharacterized LOC643441 ncRNA nan 0.818 0.860 0.123 0.105 1.911 0.261 0.105 0.358 0.849 0.032 0.024 3.708 0.357 0.997 0.114 0.132 0.106 0.537 0.050 0.033 0.032 0.032 0.036 0.278 0.084 0.010 0.347 0.044 0.714 2.292 4.401 2.228 0.827 0.043 0.085 0.086 0.156 0.088 0.085 0.016 0.031 0.357 0.886 0.997 0.104 0.129 0.060 0.176 1.917 0.114 0.851 0.025 0.036 0.057 1.699 0.167 0.107 0.135 0.093 0.144 0.083 0.010 0.045 0.020 0.172 0.240 0.165 0.282 0.990 nan 0.221 0.142 0.296 0.232 1.178 1.271 0.644 0.728 0.486 0.304 0.221 0.351 0.298 0.423 0.303 0.577 0.507 0.500 8498 chr4 106195776 106200828 + 0 NA 3' UTR (NM_001127208, exon 11 of 11) 3' UTR (NM_001127208, exon 11 of 11) 75736 NR_126420 104384744 Hs.624109 NR_126420 TET2-AS1 - TET2 antisense RNA 1 ncRNA 0.694 nan nan 0.149 0.785 0.133 0.083 0.539 1.232 0.135 0.089 0.019 0.544 0.251 0.193 0.128 0.063 0.037 0.031 0.313 0.134 0.982 0.014 0.015 0.030 0.067 0.048 0.077 0.108 0.577 0.030 0.067 0.169 0.128 0.058 0.203 0.073 0.060 0.016 0.022 0.057 0.118 0.032 0.083 0.032 0.040 0.251 0.056 0.019 0.982 0.050 0.039 0.026 0.080 0.032 0.019 0.072 0.030 0.023 0.002 0.297 0.202 8.327 nan 1.387 1.309 0.243 0.012 0.224 0.209 0.349 nan 1.071 1.591 0.946 0.759 0.140 0.315 0.780 1.414 0.248 nan 1.025 0.573 780 chr1 156039343 156105466 + 0 NA intron (NM_001282625, intron 3 of 12) intron (NM_001282625, intron 3 of 12) -12057 NM_170707 4000 Hs.594444 NM_005572 ENSG00000160789 LMNA CDCD1|CDDC|CMD1A|CMT2B1|EMD2|FPL|FPLD|FPLD2|HGPS|IDC|LDP1|LFP|LGMD1B|LMN1|LMNC|LMNL1|MADA|PRO1 lamin A/C protein-coding nan nan 2.574 2.440 0.694 1.130 3.149 0.670 1.241 1.473 2.259 2.816 1.127 0.956 2.193 3.334 1.690 0.477 2.928 1.483 3.661 0.388 0.849 0.499 1.988 2.741 2.722 1.042 2.135 1.638 2.607 5.987 2.898 9.830 2.811 4.342 0.314 1.138 0.133 3.510 1.250 3.160 2.074 0.910 2.032 1.710 1.812 2.807 2.980 2.804 1.050 1.903 3.334 4.154 3.368 1.988 1.688 2.092 0.828 5.267 2.087 2.610 1.149 0.970 1.568 1.961 1.391 1.547 2.542 2.768 5.750 2.619 nan 1.640 0.765 1.108 1.220 1.799 2.636 2.572 4.630 1.320 1.163 1.498 2.441 1.432 1.445 1.986 4.544 1.313 0.832 7470 chr22 46390780 46416520 + 0 NA non-coding (NR_027240, exon 1 of 1) non-coding (NR_027240, exon 1 of 1) 1154 NR_027240 730668 Hs.640071 NR_027240 ENSG00000280424 LOC730668 - dynein heavy chain -like pseudogene pseudo 3.094 3.314 nan 1.451 5.232 3.022 1.309 0.635 1.003 0.746 2.663 0.894 0.272 0.505 0.608 0.892 1.684 0.443 1.342 0.693 1.050 0.232 3.199 1.269 3.729 0.784 0.862 0.231 2.469 0.447 1.268 3.475 3.148 5.523 0.916 1.568 2.736 0.781 0.146 0.719 0.643 1.786 1.385 0.550 0.716 0.413 2.295 0.661 1.480 1.247 0.934 2.581 0.892 1.741 1.447 3.729 0.466 1.237 0.898 1.701 7.207 1.749 0.400 0.057 0.925 0.257 0.185 2.169 3.232 1.173 1.685 3.948 3.777 5.479 1.550 1.856 2.101 2.875 3.521 2.061 3.596 2.236 2.517 0.853 1.170 5.691 6.693 0.365 0.394 4.133 1.829 3547 chr14 51998309 52033783 + 0 NA intron (NR_047477, intron 2 of 3) intron (NR_047477, intron 2 of 3) 50624 NR_051990 100874185 Hs.578226 NR_047477 ENSG00000258537 FRMD6-AS2 - FRMD6 antisense RNA 2 ncRNA nan nan 1.613 1.253 0.308 1.334 1.126 0.115 0.266 0.674 0.534 1.508 0.047 0.229 0.128 0.483 1.056 0.142 1.009 0.436 3.260 0.016 0.072 0.100 0.094 0.739 0.261 0.077 0.783 2.314 1.219 3.317 3.167 0.783 1.816 0.765 0.286 0.055 0.135 0.496 0.093 3.498 2.059 0.954 0.996 0.777 1.178 3.110 0.129 0.505 0.592 1.459 0.483 0.835 1.144 0.094 0.649 0.741 0.163 0.350 0.266 0.572 0.031 0.108 2.524 1.047 0.917 0.284 0.209 0.334 0.787 0.469 0.482 0.187 0.082 0.359 0.364 0.999 1.587 0.755 0.627 0.746 0.395 0.133 0.195 0.895 1.058 0.265 0.483 nan 0.357 5331 chr18 47922890 47937638 + 0 NA Intergenic HERVS71-int|LTR|ERV1 28872 NM_145060 220134 Hs.134726 NM_145060 ENSG00000154839 SKA1 C18orf24 spindle and kinetochore associated complex subunit 1 protein-coding nan 1.990 1.207 0.102 0.894 0.121 0.174 0.282 0.354 0.013 0.074 0.069 0.021 0.183 0.237 2.023 0.060 0.045 0.029 0.013 0.021 0.029 0.128 0.113 0.471 0.043 0.025 0.030 0.045 0.057 0.041 0.162 0.074 1.044 0.010 0.044 0.674 0.007 0.097 0.024 0.184 0.087 0.057 0.055 0.029 0.047 0.116 0.081 0.127 0.048 0.160 0.176 2.023 0.092 0.038 0.471 0.100 0.011 0.085 0.073 0.055 0.032 0.040 0.445 0.020 0.020 0.010 0.348 0.337 0.234 0.435 1.199 1.102 5.852 2.314 0.138 0.138 0.165 0.336 0.643 1.555 0.348 0.189 0.276 0.284 2.901 2.318 0.510 nan 3.499 2.453 3490 chr14 36276015 36280424 + 0 NA non-coding (NR_104269, exon 1 of 43) non-coding (NR_104269, exon 1 of 43) 131 NR_104269 26134 Hs.113150 NR_104269 ENSG00000229419 RALGAPA1P1 GARNL2|GARNL2P|RALGAPA1P|bA235C23.1 Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 1 pseudogene 1 pseudo 4.377 1.986 2.247 1.780 2.768 1.938 1.862 0.801 2.162 0.560 0.869 0.943 2.200 1.983 2.108 1.222 1.731 0.109 1.875 0.735 1.489 2.049 0.654 0.495 2.539 0.985 1.099 0.664 1.918 0.624 19.317 16.041 2.790 5.121 1.222 1.159 0.388 1.720 0.165 0.775 1.692 1.570 1.811 0.815 0.993 0.972 0.765 0.997 1.947 1.686 1.177 1.573 1.222 2.065 3.324 2.539 0.944 0.807 0.790 2.564 1.594 0.933 0.644 0.710 1.001 0.562 0.509 1.415 1.732 2.177 3.474 3.665 3.489 3.228 1.526 4.549 4.664 2.549 3.174 4.282 6.457 4.718 4.436 1.561 2.173 1.699 1.959 1.534 1.787 1.487 1.005 240 chr1 33336429 33360124 + 0 NA Intergenic Intergenic -3822 NM_002143 3208 Hs.632391 NM_002143 ENSG00000121905 HPCA BDR2|DYT2 hippocalcin protein-coding 3.407 nan 1.972 0.127 0.639 0.366 0.171 0.450 0.854 0.029 0.254 0.156 0.034 0.072 0.345 0.547 0.059 0.102 0.211 0.056 0.084 0.012 0.173 0.193 1.157 0.109 0.036 0.138 0.340 0.045 0.257 0.613 0.203 1.546 0.167 0.052 0.726 0.521 0.126 0.045 1.151 0.125 0.066 0.042 0.074 0.087 0.093 0.152 0.264 0.567 0.060 0.075 0.547 0.196 0.106 1.157 0.051 0.091 1.437 0.474 0.107 0.091 1.076 2.902 0.097 0.051 0.015 1.591 2.181 0.305 0.274 2.931 3.008 nan 0.234 0.435 0.441 0.900 1.506 0.749 1.147 nan 3.209 1.635 1.967 1.176 0.954 2.497 6.653 0.614 nan 11726 chr9 114924719 114944362 + 0 NA intron (NM_001282640, intron 1 of 17) intron (NM_001282640, intron 1 of 17) 3037 NM_022486 64420 Hs.494827 NM_022486 ENSG00000106868 SUSD1 - sushi domain containing 1 protein-coding 1.200 1.134 nan 1.160 0.964 0.408 6.002 0.344 0.878 0.881 0.779 0.621 0.133 0.168 0.157 0.509 0.715 0.213 1.690 0.895 0.019 0.021 0.431 0.283 1.499 0.891 0.664 0.543 2.177 1.408 1.618 nan 1.087 1.576 1.237 0.389 0.100 0.171 0.084 0.222 0.173 0.459 0.522 0.284 0.749 1.439 2.559 0.226 1.722 0.867 0.491 2.188 0.509 2.382 0.387 1.499 1.027 1.326 0.202 0.754 0.651 0.542 0.106 0.392 0.430 1.190 1.171 0.371 0.463 1.054 1.851 1.741 1.557 1.025 0.449 1.533 1.733 0.492 0.711 1.561 nan 1.708 1.403 0.330 0.472 0.947 0.715 0.873 0.968 nan 0.866 5462 chr19 749779 755591 + 0 NA intron (NR_135168, intron 1 of 3) intron (NR_135168, intron 1 of 3) 1572 NR_135168 126353 Hs.439180 NM_173481 ENSG00000099812 MISP C19orf21|MISP1 mitotic spindle positioning protein-coding 0.681 1.575 1.254 3.687 0.120 2.412 3.546 0.883 1.557 1.075 1.567 1.145 8.032 1.010 1.594 0.736 0.539 0.248 3.006 1.251 10.050 0.192 0.869 0.427 2.623 4.556 6.750 0.370 1.890 2.253 5.360 6.740 2.308 1.327 1.421 7.800 0.179 0.151 0.080 0.811 0.190 17.218 2.625 1.107 3.714 3.448 3.120 6.555 8.150 2.512 3.975 4.035 0.736 5.868 5.379 2.623 2.641 2.821 1.078 1.567 0.626 3.382 0.443 2.700 8.766 7.082 0.902 1.184 0.520 0.974 2.814 2.833 0.997 0.165 0.383 0.429 0.173 0.429 1.174 nan 0.511 0.245 0.533 0.925 0.825 0.564 0.119 0.278 1.582 0.911 2209 chr11 102468058 102489189 + 0 NA intron (NM_004771, intron 5 of 9) intron (NM_004771, intron 5 of 9) 17440 NM_004771 9313 Hs.591946 NM_004771 ENSG00000137674 MMP20 AI2A2|MMP-20 matrix metallopeptidase 20 protein-coding 0.533 0.788 0.485 1.048 0.088 0.026 1.582 0.206 0.332 0.298 0.624 2.021 0.020 0.043 0.101 0.466 0.250 0.046 1.110 0.917 1.328 0.149 0.168 0.040 1.875 1.372 0.049 0.881 1.727 0.393 1.226 0.439 0.480 1.894 5.504 0.014 0.879 0.139 1.390 0.115 4.530 0.272 0.166 2.069 1.191 1.078 4.956 1.263 1.222 0.886 0.858 0.466 0.681 1.933 0.040 0.689 0.505 0.009 1.099 0.048 0.898 0.080 0.076 1.233 2.957 3.149 0.488 0.511 3.235 5.285 0.460 0.475 0.171 0.065 0.579 0.610 0.202 0.301 0.233 0.265 0.328 0.134 0.405 0.465 0.084 0.135 0.138 0.216 0.331 0.468 230 chr1 32525364 32540126 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -4887 NM_001319677 55116 Hs.25544 NM_018056 ENSG00000121775 TMEM39B - transmembrane protein 39B protein-coding 2.552 nan 2.120 1.065 3.174 2.354 0.747 1.107 2.226 0.440 1.636 0.678 1.525 1.076 2.346 2.533 0.990 0.343 0.710 0.140 0.752 0.293 1.535 0.629 5.621 0.526 0.401 0.410 0.658 0.349 1.206 2.108 1.501 4.976 0.504 0.726 0.219 0.898 0.121 0.493 1.970 1.410 0.591 0.305 0.530 0.156 0.789 0.758 0.640 1.169 0.304 0.515 2.533 0.715 1.751 5.621 0.297 0.381 0.668 1.179 0.876 0.476 0.824 0.671 0.756 0.433 0.300 2.303 2.638 1.440 2.080 5.460 5.120 nan 0.675 2.457 2.573 2.414 3.153 1.792 2.804 nan 2.499 1.032 1.690 0.909 0.959 1.467 2.688 1.752 nan 11618 chr9 88962947 88977815 + 0 NA promoter-TSS (NM_024617) promoter-TSS (NM_024617) -979 NM_001185059 79670 Hs.597057 NM_024617 ENSG00000083223 TUT7 PAPD6|TENT3B|ZCCHC6 terminal uridylyl transferase 7 protein-coding 0.879 1.179 1.141 0.989 1.491 0.248 1.694 0.193 0.572 0.758 0.852 0.713 0.280 0.240 0.252 0.396 0.831 0.043 1.075 0.519 0.428 0.242 0.496 0.362 0.668 0.861 0.690 0.481 1.429 0.301 1.194 1.350 0.659 1.223 0.508 0.635 0.139 0.416 0.077 0.483 0.212 0.807 1.067 0.609 0.601 0.382 1.453 0.958 0.827 1.233 0.327 0.735 0.396 1.365 0.584 0.668 0.508 0.618 0.217 0.730 0.352 0.768 0.220 0.235 0.323 0.383 0.246 0.743 0.581 6.013 6.930 1.149 1.188 0.969 0.380 1.215 1.269 0.629 0.848 1.369 1.702 0.569 0.425 0.457 0.852 0.779 0.937 0.606 0.897 1.015 0.580 115 chr1 16928066 16957216 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -2541 NM_017940 55672 Hs.467587 NM_017940 ENSG00000219481 NBPF1 AB13|AB14|AB23|AD2|NBG|NBPF NBPF member 1 protein-coding 4.458 2.798 nan 0.562 1.308 4.632 1.273 0.842 1.624 0.207 1.612 1.023 0.129 0.347 1.863 1.288 0.429 0.286 0.822 0.215 0.354 0.471 0.820 0.702 0.628 0.412 0.246 1.149 0.669 0.172 0.689 1.198 0.831 4.258 0.342 0.476 0.180 1.194 0.407 0.433 0.345 0.713 0.457 0.281 0.346 0.228 0.669 0.853 1.391 1.233 0.635 0.695 1.288 0.496 1.025 0.628 0.789 0.641 0.821 1.679 0.642 0.489 0.419 0.742 0.395 0.167 0.077 2.172 2.878 1.477 2.244 4.395 4.998 2.234 0.743 3.016 nan 3.027 nan 3.254 4.261 nan 1.252 1.390 1.997 0.903 1.072 1.974 3.795 6.538 3.514 2374 chr11 130497843 130509210 + 0 NA Intergenic Intergenic -33104 NR_107019 102466873 NR_107019 ENSG00000274999 MIR8052 hsa-mir-8052 microRNA 8052 ncRNA 0.750 nan 0.852 0.486 0.325 0.056 6.234 0.084 0.115 0.017 0.512 3.806 0.049 0.502 0.039 1.188 0.138 0.042 1.769 1.371 0.561 1.616 0.787 0.038 3.222 2.267 0.032 2.515 1.140 0.503 2.077 0.281 nan 3.225 0.237 0.126 0.068 0.122 1.554 0.362 0.649 0.292 0.241 3.167 1.207 2.429 2.918 1.678 0.177 0.945 4.095 1.188 1.257 8.467 0.038 0.388 0.615 0.086 0.148 2.445 2.843 0.061 0.303 3.097 0.263 0.232 0.383 0.273 0.117 0.272 1.062 1.069 0.161 0.057 0.136 0.119 0.347 0.774 0.138 0.149 0.788 0.640 0.291 0.425 0.739 0.699 0.344 0.662 2.556 1.412 9400 chr6 3796900 3814732 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -43784 NM_012135 26240 Hs.140944 NM_012135 ENSG00000145945 FAM50B D6S2654E|X5L family with sequence similarity 50 member B protein-coding 0.956 0.860 0.926 0.872 0.238 0.137 1.319 0.153 0.297 0.395 1.009 1.635 0.086 0.051 0.380 0.509 1.112 0.354 0.361 0.298 0.704 0.102 0.217 0.097 0.510 2.917 1.931 0.289 0.716 1.024 0.333 0.758 0.530 0.232 0.720 0.385 0.032 0.067 0.097 0.510 0.068 0.920 0.534 0.575 0.350 0.385 0.347 5.801 0.542 1.261 0.234 0.227 0.509 0.784 2.319 0.510 0.157 1.101 0.083 0.379 0.102 0.969 0.057 0.084 0.546 0.404 0.353 0.569 0.522 0.330 0.628 0.577 0.548 0.387 0.119 0.372 0.383 0.385 0.682 0.497 0.450 0.433 0.258 0.202 0.218 0.184 0.124 0.218 0.292 0.921 0.807 5882 chr2 8584163 8599983 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -123524 NR_152741 339789 Hs.565619 NR_034135 ENSG00000236790 LINC00299 C2orf46|NCRNA00299 long intergenic non-protein coding RNA 299 ncRNA 0.738 0.637 0.812 0.286 0.933 0.388 0.139 0.823 1.565 0.006 0.054 0.059 1.501 0.347 0.634 0.080 0.030 0.034 0.016 0.035 0.187 0.156 2.385 0.009 0.052 0.071 0.013 0.117 0.225 0.041 2.297 0.028 0.103 0.108 0.082 0.137 0.089 0.055 0.170 0.308 0.193 0.030 0.063 0.064 0.101 0.262 0.082 0.238 0.261 0.634 0.045 0.018 2.385 0.156 0.100 0.281 0.084 0.552 0.020 0.187 0.086 0.109 0.164 0.209 0.392 0.334 0.343 0.895 0.997 1.306 5.003 2.306 0.194 0.223 0.472 0.580 1.428 1.774 0.871 0.638 0.341 0.501 0.391 0.462 0.260 0.446 0.765 0.553 11030 chr8 68371902 68376240 + 0 NA intron (NR_136224, intron 2 of 4) intron (NR_136224, intron 2 of 4) 118002 NR_136223 102724708 Hs.636330 NR_136223 LOC102724708 - uncharacterized LOC102724708 ncRNA 1.229 1.327 0.813 3.382 0.423 0.038 1.005 0.149 0.209 0.951 0.150 0.064 1.882 0.045 0.904 0.544 0.129 0.110 1.341 0.174 0.103 0.095 0.037 0.097 0.305 0.064 0.108 0.152 0.313 0.218 4.952 4.617 2.483 1.604 2.360 0.150 0.044 0.040 0.027 0.162 0.148 0.028 0.327 6.414 0.318 0.229 0.094 0.131 0.145 0.812 0.544 3.402 1.613 0.305 0.142 0.970 0.044 0.174 0.046 1.088 0.090 2.246 0.036 0.027 0.317 0.099 1.333 0.824 0.359 0.532 0.119 0.070 0.104 0.083 0.170 nan 0.191 0.250 nan 0.845 0.130 0.382 0.078 0.163 1.525 4.003 0.640 0.573 10103 chr7 555966 562794 + 0 NA promoter-TSS (NR_033963) promoter-TSS (NR_033963) 101 NM_002607 5154 Hs.535898 NM_002607 ENSG00000197461 PDGFA PDGF-A|PDGF1 platelet derived growth factor subunit A protein-coding 2.062 1.029 2.164 3.378 0.309 3.538 1.007 0.587 1.123 2.046 5.158 2.881 0.310 2.428 0.026 0.544 0.089 0.118 0.575 0.225 0.120 0.933 0.207 0.159 0.945 2.507 2.346 1.057 5.320 1.042 1.897 1.823 3.106 nan 0.598 0.833 0.040 3.415 0.113 0.689 0.618 9.055 2.202 1.361 0.721 0.898 3.046 1.187 4.364 0.421 1.151 1.911 0.544 1.061 0.499 0.945 1.050 2.069 0.380 5.564 0.905 0.311 0.072 0.018 2.329 0.652 0.297 0.739 1.533 0.330 nan 2.471 1.912 nan 0.259 0.634 0.509 0.068 0.125 nan 0.565 0.884 0.816 0.245 0.263 0.184 0.181 0.081 0.035 0.189 0.233 7606 chr3 52309972 52323197 + 0 NA Intergenic MER84|LTR|ERV1 -3925 NM_025222 80335 Hs.194110 NM_025222 ENSG00000164091 WDR82 MST107|MSTP107|PRO2730|PRO34047|SWD2|TMEM113|WDR82A WD repeat domain 82 protein-coding 3.276 3.294 nan 2.732 1.768 2.372 1.698 1.007 1.671 1.410 2.855 1.828 0.698 2.744 1.454 1.344 1.922 0.657 2.013 0.717 4.175 1.195 1.126 0.573 2.519 0.973 1.152 1.601 2.749 1.166 2.537 3.836 1.360 5.767 1.003 1.825 0.614 2.260 0.129 0.668 1.294 2.719 4.049 1.887 1.285 1.118 2.404 2.046 3.779 4.127 2.079 1.406 1.344 2.703 1.898 2.519 0.851 1.132 0.519 3.047 2.009 2.188 1.032 0.982 1.458 1.677 1.066 2.280 2.257 4.304 6.633 4.215 3.917 5.076 2.562 4.641 4.992 2.075 2.860 3.559 5.419 nan 4.174 2.447 3.336 3.153 3.916 2.696 2.869 2.234 1.129 2319 chr11 120104111 120188472 + 0 NA intron (NM_014352, intron 3 of 12) intron (NM_014352, intron 3 of 12) -9650 NR_038829 649133 Hs.568902 NR_038829 ENSG00000259541 LOC649133 - uncharacterized LOC649133 ncRNA 0.495 0.670 0.477 0.109 0.076 0.095 0.351 0.138 0.266 0.070 0.072 0.096 0.049 0.031 0.113 0.380 0.037 0.046 0.192 0.157 0.034 0.025 0.076 0.131 0.088 0.244 0.102 0.053 0.270 0.193 0.197 0.854 0.159 1.070 0.033 0.050 0.026 0.062 0.095 0.092 0.039 0.295 0.088 0.064 0.570 0.295 0.536 0.245 0.086 0.092 0.019 0.695 0.380 0.180 0.066 0.088 0.247 0.872 0.043 0.103 0.031 0.335 5.561 0.058 0.059 0.055 0.039 3.779 5.130 4.918 4.114 0.355 0.455 0.294 0.150 5.204 5.202 0.194 0.423 0.200 0.209 0.393 0.241 4.032 7.728 0.115 0.134 0.159 nan 0.584 0.570 9994 chr6 147223788 147238675 + 0 NA intron (NR_034115, intron 7 of 10) intron (NR_034115, intron 7 of 10) -106271 NR_003954 729176 Hs.486708 NR_003954 KATNBL1P6 - katanin regulatory subunit B1 like 1 pseudogene 6 pseudo nan 1.121 nan 0.389 0.171 0.015 1.381 0.215 0.379 0.879 1.323 4.595 0.025 0.125 0.144 1.267 1.431 0.118 1.036 0.750 0.973 0.009 0.209 0.109 0.248 2.027 1.728 0.978 0.852 0.494 0.839 1.667 0.652 0.434 0.634 2.577 0.038 0.052 0.098 1.037 0.085 2.382 1.766 0.721 1.502 1.138 1.167 3.075 0.812 1.867 0.734 1.117 1.267 1.151 2.330 0.248 0.793 0.156 1.103 1.083 1.579 0.073 0.226 0.952 1.667 1.943 0.352 0.296 0.494 1.630 0.278 0.353 1.492 0.431 0.290 0.320 0.446 0.726 0.364 0.315 0.588 0.235 0.233 0.275 0.214 0.274 0.451 0.919 0.684 0.502 1072 chr1 207062693 207084624 + 0 NA exon (NM_006850, exon 4 of 7) exon (NM_006850, exon 4 of 7) 2870 NM_006850 11009 Hs.58831 NM_006850 ENSG00000162892 IL24 C49A|FISP|IL10B|MDA7|MOB5|ST16 interleukin 24 protein-coding 1.131 3.441 1.785 0.196 1.060 1.239 1.838 0.409 0.745 0.163 1.111 1.349 0.175 0.350 1.652 0.659 1.128 0.120 1.010 0.639 0.200 0.025 0.649 0.282 1.173 3.330 2.087 0.246 2.997 1.154 0.807 3.701 1.149 1.811 1.135 0.140 0.356 0.069 0.082 0.350 0.180 6.828 0.612 0.284 3.204 1.239 0.167 0.866 0.563 0.045 0.796 1.168 0.659 1.285 0.157 1.173 0.406 0.594 0.453 0.243 0.430 1.243 0.204 0.107 1.006 0.467 0.296 0.622 0.717 0.916 1.308 2.230 1.968 2.367 0.890 nan nan 0.582 1.014 2.517 3.170 1.039 0.729 0.397 0.480 1.800 1.378 0.191 0.357 1.320 0.892 9846 chr6 110939520 110955320 + 0 NA intron (NM_001300960, intron 7 of 11) intron (NM_001300960, intron 7 of 11) -149576 NM_033125 85413 Hs.520319 NM_033125 ENSG00000004809 SLC22A16 CT2|FLIPT2|HEL-S-18|OAT6|OCT6|OKB1|dJ261K5.1 solute carrier family 22 member 16 protein-coding nan 0.846 nan 0.101 0.671 0.117 0.087 0.597 1.300 0.038 0.113 0.187 0.031 0.032 0.509 0.415 0.209 0.066 0.067 0.036 0.036 0.028 0.227 0.193 3.796 0.031 0.019 0.048 0.052 0.020 0.138 0.155 0.104 0.389 0.065 0.041 0.049 0.080 0.134 0.060 1.033 0.061 0.047 0.020 0.041 0.040 0.244 0.064 0.065 0.156 0.035 0.055 0.415 0.076 0.035 3.796 0.070 0.063 0.196 0.055 0.070 0.205 0.138 0.204 0.063 0.033 0.006 0.479 0.570 0.385 0.535 2.478 nan nan 0.688 3.245 3.507 0.268 nan 0.436 0.372 0.983 0.713 0.205 0.486 0.412 0.681 0.309 nan 0.581 0.385 6035 chr2 40163765 40178501 + 0 NA intron (NR_038441, intron 2 of 4) intron (NR_038441, intron 2 of 4) 26359 NR_038441 100128590 Hs.744988 NR_038441 ENSG00000227028 SLC8A1-AS1 - SLC8A1 antisense RNA 1 ncRNA 1.022 nan 1.016 0.068 0.172 0.056 0.231 0.148 0.210 0.007 0.127 0.025 0.017 0.007 0.182 0.147 0.133 0.022 0.796 0.705 0.013 0.096 0.142 0.049 0.005 0.010 0.104 0.295 0.195 0.180 nan 0.164 0.316 0.744 0.058 0.026 0.037 0.127 0.466 0.038 0.182 0.017 0.021 0.141 0.069 0.092 4.952 0.033 0.129 0.021 0.054 0.147 0.115 0.050 0.049 0.084 0.034 0.027 0.032 0.034 0.038 0.041 0.387 0.114 0.031 0.021 0.258 0.196 0.181 0.220 nan 0.404 0.332 0.156 0.242 0.315 0.301 0.587 0.193 0.334 0.373 0.129 0.130 0.229 0.056 0.065 0.486 nan nan 0.497 1394 chr10 25303896 25307505 + 0 NA promoter-TSS (NR_072992) promoter-TSS (NR_072992) 192 NM_024838 79896 Hs.645274 NM_024838 ENSG00000185875 THNSL1 TSH1 threonine synthase like 1 protein-coding 4.043 2.929 4.013 3.238 6.606 2.308 1.337 2.977 6.729 1.136 4.479 3.070 1.607 0.551 3.420 2.985 3.763 0.090 2.336 1.094 2.773 2.879 1.293 0.756 3.454 1.642 2.263 1.169 2.892 0.909 1.586 1.476 2.037 8.531 0.893 2.648 0.943 3.789 0.120 1.718 1.451 1.658 2.286 0.922 1.975 1.337 2.104 2.880 3.133 1.731 2.228 2.966 2.985 2.414 2.282 3.454 2.031 2.127 0.677 2.630 1.570 2.130 1.698 1.852 1.251 1.867 1.221 4.743 5.903 2.943 5.449 7.607 6.390 16.478 9.598 5.342 5.899 5.427 6.943 6.941 12.016 3.278 4.345 1.487 2.275 5.065 3.219 7.799 6.518 3.328 2.461 2772 chr12 68713476 68771010 + 0 NA Intergenic Intergenic -16049 NM_020128 56890 Hs.655702 NM_017440 ENSG00000111554 MDM1 - Mdm1 nuclear protein protein-coding 0.925 1.645 0.942 0.271 0.541 1.031 0.089 2.100 4.213 0.048 0.208 0.374 0.043 0.100 2.285 5.293 0.354 0.120 0.205 0.093 0.056 0.048 0.411 0.347 1.559 0.177 0.105 0.120 0.164 0.051 0.165 0.334 0.163 2.704 0.041 0.397 0.203 0.106 0.091 0.111 2.168 0.241 0.158 0.112 0.112 0.076 0.233 0.357 0.885 0.375 0.190 0.156 5.293 0.144 0.143 1.559 0.114 0.097 0.627 0.470 0.199 0.140 0.094 0.188 0.131 0.077 0.056 0.691 0.634 0.821 0.837 4.936 nan 2.471 0.713 0.792 0.826 2.053 2.749 0.866 1.037 0.913 0.694 0.368 0.384 0.749 0.872 0.492 0.780 3.324 1.606 8872 chr5 39706858 39749136 + 0 NA Intergenic Charlie2b|DNA|hAT-Charlie 207464 NR_104632 101926940 Hs.436359 NR_104632 ENSG00000271334 LINC02104 - long intergenic non-protein coding RNA 2104 ncRNA 0.569 0.995 nan 0.063 0.123 0.017 0.214 0.073 0.190 0.027 0.107 0.195 0.034 0.339 0.055 0.199 0.357 0.160 0.321 0.089 0.085 5.640 0.108 0.207 0.043 0.056 0.017 0.030 0.131 0.062 0.151 0.364 0.232 0.304 0.145 0.527 0.022 0.038 0.105 0.045 0.024 0.072 0.036 0.028 0.031 0.063 0.217 0.125 0.158 0.062 0.315 0.197 0.199 0.148 0.050 0.043 0.052 0.341 0.009 0.110 0.379 0.119 0.056 0.047 0.043 0.029 0.020 0.358 0.170 0.248 0.551 0.207 0.331 0.113 0.072 0.264 0.241 0.277 0.437 0.229 0.247 0.465 0.132 0.162 0.226 0.062 0.090 0.137 0.250 0.195 0.310 4878 chr17 55732030 55759833 + 0 NA intron (NM_138962, intron 11 of 13) intron (NM_138962, intron 11 of 13) -60158 NR_110807 101927539 Hs.680439 NR_110807 ENSG00000263499 LOC101927539 - uncharacterized LOC101927539 ncRNA 1.727 1.701 1.117 0.285 0.728 2.416 0.268 1.676 3.226 0.007 0.340 0.412 0.007 0.086 1.858 1.242 0.162 0.075 0.181 0.082 0.011 0.040 0.725 0.561 1.183 0.152 0.086 0.133 0.113 0.046 0.251 0.748 0.132 1.372 0.142 0.434 0.318 0.055 0.105 0.102 1.232 0.149 0.043 0.011 0.087 0.149 0.129 0.263 0.211 0.220 0.458 0.187 1.242 0.221 0.044 1.183 0.051 0.092 0.563 0.109 0.584 0.178 3.858 1.210 0.044 0.015 0.017 6.546 7.234 3.454 2.899 2.129 1.926 3.275 1.586 nan 3.853 1.132 1.484 nan nan 1.561 1.524 2.510 5.017 1.282 1.307 1.303 2.669 1.703 1.038 1277 chr10 405373 421721 + 0 NA intron (NM_014974, intron 18 of 36) L1MC|LINE|L1 -85521 NR_106988 0.612 0.719 0.919 0.067 2.030 0.752 0.069 0.421 0.794 0.012 0.085 0.217 0.042 0.019 1.637 0.779 0.275 0.148 0.124 0.046 0.050 0.025 0.153 0.106 1.818 0.072 0.040 0.079 0.058 0.020 0.030 0.120 0.081 4.511 0.036 0.057 0.525 0.073 0.055 0.029 1.130 0.067 0.044 0.021 0.007 0.033 0.023 0.079 0.367 0.082 0.033 0.257 0.779 0.092 0.079 1.818 0.044 0.086 0.150 0.096 0.186 0.092 0.164 0.127 0.053 0.025 0.025 0.433 0.486 1.351 2.735 1.512 1.691 4.750 1.451 0.188 0.129 0.437 0.638 0.816 1.254 0.168 0.201 0.209 0.386 1.667 1.555 0.202 0.274 0.192 0.152 11217 chr8 114192274 114215926 + 0 NA intron (NM_198123, intron 3 of 70) L1PA16|LINE|L1 185282 NM_198124 114788 Hs.91381 NM_052900 ENSG00000164796 CSMD3 - CUB and Sushi multiple domains 3 protein-coding nan nan 0.951 0.036 0.115 0.009 0.027 0.129 0.195 0.008 0.088 0.031 0.013 0.080 0.093 0.044 0.098 0.136 0.094 0.016 0.017 0.352 0.256 0.086 0.003 0.006 0.013 0.077 0.022 0.068 0.066 0.069 0.570 0.037 0.043 0.632 0.036 0.080 0.015 0.067 0.039 0.015 0.010 0.014 0.019 0.090 0.055 0.028 0.030 0.003 0.034 0.044 0.087 0.019 0.086 0.016 0.050 0.008 0.007 0.099 0.010 0.033 0.047 0.016 0.012 0.017 0.374 0.402 0.063 0.086 0.334 0.393 nan 1.105 0.660 nan 1.118 nan 0.249 0.253 0.420 0.170 0.166 0.187 2.039 2.437 0.298 0.514 0.526 0.413 7570 chr3 40291530 40297920 + 0 NA intron (NM_015460, intron 16 of 16) intron (NM_015460, intron 16 of 16) -56448 NM_005875 10289 Hs.315230 NM_005875 ENSG00000114784 EIF1B GC20 eukaryotic translation initiation factor 1B protein-coding 0.547 nan nan 0.049 0.081 0.017 0.011 0.175 0.138 0.083 0.015 0.019 0.046 0.111 0.060 0.081 0.083 0.010 0.022 0.048 0.118 0.075 0.034 0.024 0.042 0.016 0.037 0.068 0.043 0.197 0.068 0.015 0.071 0.100 0.025 0.029 0.009 0.025 0.017 0.024 0.030 0.140 0.038 0.012 0.060 0.052 0.029 0.075 0.082 0.013 0.019 0.016 0.021 8.877 0.039 0.071 0.009 0.008 0.440 0.521 4.203 1.524 0.283 0.306 0.173 0.048 0.160 0.191 0.181 0.239 0.196 0.190 0.373 0.132 7.327 10.096 0.027 0.048 0.038 0.280 0.361 0.418 10786 chr8 1770887 1817308 + 0 NA intron (NM_014629, intron 2 of 28) intron (NM_014629, intron 2 of 28) 21955 NM_014629 9639 Hs.98594 NM_014629 ENSG00000104728 ARHGEF10 GEF10|SNCV Rho guanine nucleotide exchange factor 10 protein-coding 0.699 0.760 0.572 0.203 0.862 0.336 0.348 0.407 0.735 0.060 0.190 0.199 0.013 0.059 0.437 0.399 0.272 0.062 0.002 0.008 0.128 0.113 0.417 0.346 7.502 0.161 0.175 0.166 0.391 0.144 0.128 0.329 0.136 0.149 0.079 0.178 0.102 0.486 0.124 0.043 0.015 0.088 0.208 0.114 0.163 0.131 0.099 0.229 0.407 0.271 0.149 0.105 0.399 0.005 0.241 7.502 0.142 0.123 0.065 0.440 0.201 0.193 0.121 0.162 0.205 0.135 0.054 0.536 0.801 0.634 0.834 3.356 3.233 2.668 1.062 0.587 0.602 0.198 0.324 0.338 0.473 nan 0.423 0.312 0.442 0.638 0.568 0.315 0.511 0.819 0.622 10207 chr7 18051529 18061086 + 0 NA Intergenic Intergenic 11179 NM_175886 221823 Hs.169284 NM_175886 ENSG00000229937 PRPS1L1 PRPS1|PRPS3|PRPSL|PRS-III phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1-like 1 protein-coding nan 1.113 nan 3.024 0.060 0.080 1.013 0.169 0.176 0.040 0.246 1.155 0.026 0.051 0.065 0.268 0.353 0.068 0.918 0.677 0.040 0.014 0.081 0.093 0.062 1.839 1.241 0.008 3.392 2.918 1.032 4.075 1.884 0.389 0.793 0.235 0.030 0.078 0.124 1.186 0.066 0.281 0.334 0.352 2.936 1.419 0.221 0.304 0.542 0.082 0.023 0.401 0.268 0.326 0.106 0.062 0.846 0.129 0.013 0.133 0.058 0.307 0.021 0.064 0.177 0.054 0.031 nan 0.163 0.273 0.501 0.257 0.403 0.381 0.129 0.141 0.209 0.208 0.274 0.254 0.300 0.229 0.107 0.041 0.100 0.130 0.429 0.181 0.310 0.312 0.369 7597 chr3 50159171 50213837 + 0 NA intron (NR_135301, intron 1 of 3) AluSz|SINE|Alu -5974 NM_001318798 6405 Hs.32981 NM_004186 ENSG00000001617 SEMA3F SEMA-IV|SEMA4|SEMAK semaphorin 3F protein-coding 1.395 1.212 nan 0.148 0.133 1.111 0.313 0.173 0.336 0.276 0.970 0.158 0.026 0.294 0.434 0.608 0.645 0.147 0.141 0.062 0.059 0.051 0.108 0.082 0.361 0.053 0.032 0.119 0.104 0.128 3.095 5.948 0.089 0.731 0.124 0.088 0.063 0.289 0.059 0.030 0.593 0.130 0.262 0.186 0.110 0.128 0.166 0.139 0.280 0.137 0.026 0.136 0.608 0.233 0.059 0.361 0.235 0.161 0.379 0.296 0.109 0.591 0.319 3.011 0.185 0.032 0.015 0.449 0.597 0.438 0.599 0.749 0.696 0.739 0.277 0.337 0.298 0.373 0.661 0.739 1.239 nan 1.389 0.485 0.722 0.217 0.243 1.669 5.158 0.410 0.344 5889 chr2 9209064 9218139 + 0 NA Intergenic Intergenic -69722 NR_135600 129642 Hs.467634 NM_138799 ENSG00000143797 MBOAT2 LPAAT|LPCAT4|LPEAT|LPLAT 2|OACT2 membrane bound O-acyltransferase domain containing 2 protein-coding 0.840 0.643 0.876 0.593 0.598 0.081 5.440 0.212 0.371 0.074 0.119 0.365 0.027 0.044 0.245 0.659 0.086 0.036 1.108 0.942 0.062 0.015 0.362 0.228 0.541 1.730 1.444 0.041 1.783 2.146 2.269 7.015 0.754 0.504 2.224 0.113 0.041 0.036 0.132 1.131 0.252 1.635 0.311 0.232 2.156 1.347 0.796 0.529 0.197 0.517 0.519 1.175 0.659 1.091 1.630 0.541 1.042 1.069 0.032 0.091 0.190 1.102 0.028 0.152 0.417 0.557 0.871 0.323 0.197 0.180 0.316 0.516 0.640 2.572 1.271 0.154 0.152 0.211 0.421 0.816 0.713 0.417 0.222 0.165 0.249 0.358 0.927 0.241 0.430 0.572 0.624 2562 chr12 26469011 26473626 + 0 NA Intergenic Intergenic 122812 NM_005086 8082 Hs.183428 NM_005086 ENSG00000123096 SSPN DAGA5|KRAG|NSPN|SPN1|SPN2 sarcospan protein-coding nan nan nan 0.249 0.305 0.023 1.459 0.209 0.260 0.021 1.237 2.085 0.026 0.006 0.117 0.110 0.700 2.432 2.077 0.039 0.042 0.108 0.121 0.026 1.070 0.410 0.016 1.317 0.507 0.314 0.400 0.321 0.222 1.652 0.162 0.021 0.046 0.122 6.119 0.620 0.157 0.051 0.401 1.065 0.438 7.111 0.109 0.641 1.605 0.390 0.110 1.112 0.166 0.026 0.132 0.230 0.042 0.472 0.177 1.167 0.055 3.379 0.112 0.098 0.266 0.105 0.303 0.448 0.224 0.367 0.298 0.040 0.472 0.323 0.234 0.491 0.185 0.297 0.241 0.165 0.107 0.202 0.083 0.156 0.199 0.351 0.332 0.362 3951 chr15 51315104 51318584 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -12841 NR_146310 109729174 NR_146310 ENSG00000259240 MIR4713HG - MIR4713 host gene ncRNA 1.381 0.897 2.754 0.105 0.172 0.080 0.244 0.181 0.257 0.056 0.134 0.009 0.025 0.154 0.862 0.460 0.092 0.054 0.037 0.044 0.153 0.104 0.060 0.063 0.117 0.093 0.159 0.122 0.565 0.042 0.070 0.054 0.063 0.078 0.046 0.089 0.035 0.126 0.068 0.042 0.057 0.187 0.081 0.098 0.154 0.020 0.054 0.104 0.179 0.024 3.621 0.555 0.058 0.058 0.143 0.033 0.346 0.200 0.292 0.238 0.250 0.226 0.196 0.072 0.090 0.246 7.396 8.358 0.153 0.245 4.293 5.990 0.068 0.114 0.192 0.277 0.216 0.397 1.102 1.171 3094 chr13 27085403 27119927 + 0 NA Intergenic Intergenic -29175 NM_006646 10810 Hs.618732 NM_006646 ENSG00000132970 WASF3 Brush-1|SCAR3|WAVE3 WAS protein family member 3 protein-coding 1.128 0.874 1.611 0.031 0.201 0.018 0.029 0.099 0.180 0.003 0.077 0.016 0.011 0.168 0.067 0.122 0.114 0.125 0.034 0.039 0.024 0.020 0.182 0.125 0.322 0.018 0.010 0.019 0.042 0.009 0.082 0.081 0.037 0.257 0.013 0.070 0.022 0.047 0.072 0.014 0.154 0.082 0.028 0.036 0.013 0.036 0.045 0.110 0.040 0.039 0.080 0.019 0.122 0.048 0.011 0.322 0.025 0.055 0.104 0.029 0.059 0.018 0.441 1.744 0.028 0.020 0.013 1.677 1.607 0.273 nan 0.420 0.469 1.356 0.278 0.074 0.077 0.898 1.327 0.220 0.269 3.291 3.342 0.773 0.996 0.123 0.238 2.445 7.150 1.026 0.814 8900 chr5 51323074 51344310 + 0 NA intron (NR_147166, intron 3 of 3) intron (NR_147166, intron 3 of 3) 29827 NR_147166 105378960 Hs.639310 NR_147166 ENSG00000248789 LINC02118 - long intergenic non-protein coding RNA 2118 ncRNA nan nan 0.760 0.063 1.473 6.844 0.010 2.933 5.632 0.066 0.030 0.006 0.033 3.136 5.926 0.094 0.053 0.055 0.012 0.013 1.968 1.510 2.871 0.003 0.003 0.007 0.074 0.025 0.071 0.062 0.100 2.524 0.028 0.033 0.714 0.086 0.123 0.205 0.039 0.006 0.007 0.021 0.011 0.074 0.056 0.012 0.023 0.011 0.022 5.926 0.031 0.026 2.871 0.034 0.016 0.005 0.008 0.036 0.018 0.042 0.053 0.004 0.014 0.014 0.172 0.091 0.291 0.282 6.049 7.783 nan 1.696 0.076 0.065 0.615 0.745 0.755 0.943 nan 0.230 0.066 0.060 1.985 2.199 0.231 0.392 4.354 1.534 9813 chr6 100725422 100753859 + 0 NA Intergenic Charlie8|DNA|hAT-Charlie 171911 NM_005068 6492 Hs.520293 NM_005068 ENSG00000112246 SIM1 bHLHe14 SIM bHLH transcription factor 1 protein-coding 0.936 nan nan 0.920 0.101 0.010 1.551 0.157 0.350 0.205 0.211 2.380 0.017 0.042 0.069 0.670 0.376 0.119 0.995 0.480 1.689 0.029 0.067 0.114 0.139 1.268 0.734 0.069 0.913 0.657 0.727 1.969 1.580 0.337 0.897 0.601 0.064 0.069 0.103 0.706 0.045 1.098 0.726 0.394 1.341 1.392 1.015 0.390 0.652 0.407 0.534 0.587 0.670 0.490 0.693 0.139 0.576 0.278 0.010 0.690 0.128 1.479 0.038 0.160 0.687 0.851 1.031 0.418 0.316 0.396 0.565 0.437 nan 0.585 0.197 0.400 0.343 0.368 0.518 0.225 0.263 nan 0.379 0.159 0.225 0.361 0.432 0.384 0.911 0.483 0.435 9742 chr6 58773148 58780357 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr -489028 NR_132996 106660612 Hs.561539 NR_125727 ENSG00000215190 LINC00680 - long intergenic non-protein coding RNA 680 ncRNA 37.036 34.894 nan 12.508 23.836 6.768 24.785 28.673 43.776 2.799 17.940 16.939 4.688 9.404 15.410 18.046 40.068 74.892 12.216 2.739 19.171 4.419 22.826 28.307 28.564 12.811 9.366 3.463 21.214 7.081 23.452 14.302 27.022 57.093 8.292 13.541 6.565 18.783 30.995 16.153 11.462 36.571 8.646 4.803 7.949 16.035 27.059 55.964 10.479 16.542 9.703 9.385 18.046 9.818 26.185 28.564 11.155 17.570 3.801 16.628 7.636 10.958 9.931 10.232 6.957 9.434 6.006 37.280 21.598 30.345 40.440 40.862 46.006 13.885 11.690 28.540 28.949 25.185 30.142 30.260 26.094 49.832 24.174 17.700 27.855 14.445 20.138 23.847 28.778 16.588 22.110 9870 chr6 119393748 119401340 + 0 NA intron (NM_001288576, intron 1 of 15) intron (NM_001288576, intron 1 of 15) 2268 NM_024581 79632 Hs.443789 NM_024581 ENSG00000111879 FAM184A C6orf60 family with sequence similarity 184 member A protein-coding nan 1.633 nan 0.894 1.546 0.805 0.244 0.592 1.040 0.050 0.368 0.364 0.057 0.264 0.935 1.534 0.371 0.085 0.723 0.224 0.249 0.739 0.678 0.199 0.591 0.210 0.067 0.196 0.623 0.014 1.685 3.352 0.903 3.766 0.135 0.154 0.501 1.152 0.113 0.171 4.609 0.484 0.246 0.256 0.813 0.193 0.633 0.093 0.214 2.472 0.146 0.124 1.534 1.159 0.914 0.591 0.338 0.152 0.245 0.918 0.974 0.741 0.570 0.041 0.129 0.054 2.575 3.591 0.168 0.185 2.424 nan nan 1.653 2.486 2.552 1.283 nan 1.227 2.696 2.850 3.507 1.367 3.287 3.462 3.119 2.297 nan 1.392 0.917 1865 chr11 30602926 30620356 + 0 NA Intergenic Intergenic -3711 NM_001145399 744 Hs.289795 NM_001584 ENSG00000066382 MPPED2 239FB|C11orf8 metallophosphoesterase domain containing 2 protein-coding 0.652 0.878 nan 0.054 0.081 0.381 0.032 0.145 0.159 0.006 0.040 0.031 0.011 0.041 1.808 0.382 0.109 0.028 0.027 0.011 0.048 0.091 0.100 0.041 0.004 0.008 0.008 0.055 0.103 0.133 0.065 0.414 0.025 0.035 2.597 0.106 0.092 0.014 2.534 0.139 0.097 0.057 0.025 0.099 0.063 0.105 0.077 0.018 0.027 0.382 0.028 0.027 0.041 0.017 0.033 0.011 0.114 0.006 0.031 0.920 0.085 0.013 0.010 0.006 0.622 0.742 0.791 0.971 0.238 0.346 0.252 0.125 0.154 0.229 0.221 0.358 0.118 0.097 0.877 0.704 1.146 2.131 6.404 6.106 0.461 nan 0.196 0.313 8018 chr3 172629942 172644866 + 0 NA intron (NM_031955, intron 8 of 10) intron (NM_031955, intron 8 of 10) 168662 NM_001349099 1894 Hs.518299 NM_018098 ENSG00000114346 ECT2 ARHGEF31 epithelial cell transforming 2 protein-coding 1.009 1.628 0.807 0.354 0.283 0.223 0.081 1.201 2.484 0.006 0.104 2.013 0.075 0.898 0.060 1.674 0.224 0.064 0.124 0.038 0.046 0.009 0.775 0.534 0.830 0.033 0.029 0.015 0.146 0.007 0.098 0.102 0.143 0.292 0.019 0.169 0.949 0.044 0.094 0.165 0.189 0.087 0.040 0.015 0.066 0.030 0.123 0.100 0.076 0.099 0.090 0.040 1.674 0.063 0.037 0.830 0.025 0.044 0.054 0.041 0.068 0.080 0.073 0.021 0.015 0.017 0.365 0.322 0.401 0.833 0.671 0.722 10.671 5.539 0.213 0.294 0.447 0.752 0.528 0.484 0.606 0.282 0.138 0.314 2.846 3.596 0.266 0.341 1.806 1.020 1783 chr11 9583567 9601141 + 0 NA Intergenic Intergenic -2874 NM_003390 7465 Hs.249441 NM_003390 ENSG00000166483 WEE1 WEE1A|WEE1hu WEE1 G2 checkpoint kinase protein-coding 2.300 4.894 2.749 4.534 3.847 2.751 4.024 1.214 2.471 1.138 3.293 2.724 3.789 1.234 3.026 3.800 1.965 0.264 3.569 1.318 1.718 0.829 1.812 0.758 4.455 2.125 1.932 1.514 2.682 1.494 3.521 7.825 4.188 10.202 1.892 1.550 1.365 3.101 0.129 1.007 1.136 4.554 2.598 1.419 1.605 1.661 3.249 4.468 3.654 2.208 1.328 2.499 3.800 7.513 3.124 4.455 0.862 4.202 0.155 2.877 0.762 2.280 2.220 1.082 1.658 1.304 1.233 2.913 3.267 4.128 11.192 4.130 4.159 4.181 4.042 4.350 4.149 2.122 2.790 3.215 6.942 2.653 2.562 1.871 4.609 3.922 5.834 2.752 3.613 1.835 1.057 4642 chr17 19394466 19412311 + 0 NA Intergenic Intergenic -33779 NM_018242 55244 Hs.232054 NM_018242 ENSG00000142494 SLC47A1 MATE1 solute carrier family 47 member 1 protein-coding 1.934 1.226 2.220 0.129 0.391 0.240 0.288 0.663 1.393 0.198 0.389 0.222 0.210 0.166 0.514 0.324 0.214 0.172 0.433 0.157 0.230 0.225 0.156 0.162 0.204 0.186 0.154 0.141 0.297 0.030 0.368 0.710 0.411 1.487 0.114 0.280 0.053 0.999 0.177 0.106 0.303 0.530 0.406 0.197 0.091 0.161 0.420 0.292 1.299 0.905 0.102 0.210 0.324 0.671 0.585 0.204 0.199 0.224 0.248 1.026 0.666 0.328 0.207 3.647 0.167 0.197 0.097 0.598 1.087 0.372 nan 1.071 0.960 1.096 0.282 0.420 0.436 0.557 0.897 1.343 2.129 nan 1.375 0.337 0.612 0.274 0.287 2.892 7.124 0.233 0.163 4181 chr16 2052661 2110766 + 0 NA intron (NM_001130012, intron 2 of 6) intron (NM_001130012, intron 2 of 6) -1552 NM_001252073 9351 Hs.440896 NM_004785 ENSG00000065054 SLC9A3R2 E3KARP|NHE3RF2|NHERF-2|NHERF2|OCTS2|SIP-1|SIP1|TKA-1 SLC9A3 regulator 2 protein-coding 1.432 nan 1.796 1.874 2.189 2.566 2.598 0.408 0.862 0.234 2.844 0.628 0.081 1.103 5.115 0.882 0.377 0.157 1.597 0.625 0.471 0.205 0.960 0.465 1.238 1.332 1.457 0.694 1.954 0.391 5.414 9.442 1.164 2.735 1.250 1.233 0.157 0.606 0.102 0.827 0.453 1.670 0.514 0.316 1.134 1.822 0.811 0.421 3.066 0.812 0.695 2.430 0.882 2.802 1.420 1.238 0.581 0.881 0.523 1.211 0.812 0.833 0.327 0.600 1.773 0.277 0.170 1.088 1.379 0.441 0.696 1.589 1.575 nan 0.715 1.807 1.769 0.769 nan 2.900 3.377 1.516 1.678 0.610 0.859 0.972 0.957 1.232 1.840 1.604 0.942 4126 chr15 90291666 90330267 + 0 NA Intergenic Intergenic -8623 NM_001039958 145873 Hs.37311 NM_001039958 ENSG00000188095 MESP2 SCDO2|bHLHc6 mesoderm posterior bHLH transcription factor 2 protein-coding nan nan nan 1.483 0.233 0.154 1.087 0.233 0.512 0.546 0.445 0.476 0.137 0.086 0.428 0.627 0.303 0.192 0.479 0.314 0.568 0.135 0.347 0.200 0.654 0.451 0.262 0.484 0.249 0.485 0.353 0.937 0.381 1.059 0.216 0.293 0.020 0.166 0.070 0.034 0.604 0.843 0.197 0.151 1.427 0.230 3.383 0.671 1.175 0.620 0.304 0.968 0.627 0.272 0.184 0.654 0.661 1.871 0.222 0.849 0.355 0.399 0.128 0.192 0.219 0.107 0.052 0.608 0.730 0.579 0.999 0.867 0.823 nan 0.425 0.878 0.808 0.540 0.826 0.510 0.740 nan 0.973 0.579 0.666 0.258 0.162 0.549 nan 0.444 0.355 9541 chr6 29756601 29761239 + 0 NA promoter-TSS (NR_132323).8 promoter-TSS (NR_132323).8 -763 NR_132323 352962 Hs.60856 NM_001207043 ENSG00000181126 HLA-V HLA-75|dJ377H14.4 major histocompatibility complex, class I, V (pseudogene) pseudo 0.814 0.758 nan 3.670 0.072 2.813 0.034 0.247 3.364 0.219 0.120 5.050 0.447 0.076 0.165 0.290 0.051 6.770 2.327 2.847 0.030 0.068 0.174 0.026 3.544 4.161 0.310 5.736 4.606 1.548 1.761 0.475 nan 6.860 0.163 0.327 0.112 0.364 0.035 1.144 0.858 0.519 4.335 4.381 6.012 0.436 0.316 1.310 1.324 3.674 0.165 6.501 4.171 0.026 1.059 0.447 0.042 1.117 0.834 0.042 0.348 1.493 0.074 0.021 0.366 0.278 0.489 nan 0.233 0.249 nan 0.231 0.257 0.226 3.374 4.215 0.130 0.149 0.179 0.126 0.214 0.216 0.225 0.226 0.430 1.318 0.436 0.462 5090 chr17 80396552 80422064 + 0 NA promoter-TSS (NM_001193654) promoter-TSS (NM_001193654) -601 NR_036516 79415 Hs.163113 NM_001033046 ENSG00000178927 CYBC1 C17orf62|Eros cytochrome b-245 chaperone 1 protein-coding 2.034 2.137 1.553 0.689 2.007 1.308 1.370 1.629 3.275 0.289 1.571 0.444 0.368 0.780 2.282 1.465 1.141 0.232 1.555 0.633 0.316 0.326 1.112 0.523 3.224 0.826 0.697 0.731 1.119 0.447 1.686 nan 1.494 3.725 0.727 0.722 0.272 1.093 0.126 0.449 0.575 0.994 0.580 0.309 1.082 0.415 0.488 0.912 1.337 1.069 0.651 1.371 1.465 1.908 0.894 3.224 0.489 0.618 0.363 1.413 1.753 0.571 0.376 0.577 0.649 0.296 0.173 2.785 nan 1.384 2.175 nan 3.478 3.250 1.350 2.443 2.522 1.299 1.867 3.083 6.381 0.806 0.946 1.097 1.752 1.418 1.541 1.464 1.828 1.615 0.987 3800 chr14 100606225 100626343 + 0 NA intron (NM_206918, intron 1 of 2) intron (NM_206918, intron 1 of 2) 9728 NM_206918 123099 Hs.159643 NM_206918 ENSG00000168350 DEGS2 C14orf66|DES2|FADS8 delta 4-desaturase, sphingolipid 2 protein-coding 1.380 2.445 1.481 0.158 0.532 5.326 0.085 0.250 0.417 0.146 0.095 0.073 0.119 0.289 0.860 0.304 0.223 0.219 0.089 0.028 0.063 0.048 0.264 0.142 0.472 0.159 0.100 0.044 0.071 0.021 0.180 1.098 0.452 1.415 0.036 0.117 0.047 0.111 0.076 0.018 0.093 0.081 0.059 0.027 0.065 0.099 0.196 0.119 0.388 0.213 0.051 0.341 0.304 0.051 0.042 0.472 0.067 0.374 0.139 0.149 0.076 0.119 0.754 0.066 0.045 0.023 0.008 0.428 0.726 0.269 0.498 1.358 1.102 0.583 0.157 0.186 0.223 0.467 0.788 0.735 1.267 0.585 0.472 0.798 1.034 0.279 0.276 0.160 0.181 0.828 0.537 6538 chr2 187556426 187585767 + 0 NA intron (NM_177454, intron 1 of 7) intron (NM_177454, intron 1 of 7) 12307 NM_177454 165215 Hs.28872 NM_177454 ENSG00000144369 FAM171B KIAA1946 family with sequence similarity 171 member B protein-coding 1.446 1.170 1.691 0.235 0.656 0.029 0.252 0.366 0.661 0.045 0.219 0.220 0.015 0.143 0.169 1.198 0.394 0.087 0.252 0.104 0.092 0.647 0.522 0.413 0.327 0.051 0.032 0.158 0.112 0.068 0.110 0.232 0.180 1.509 0.134 0.123 0.587 0.502 0.079 0.080 0.182 0.110 0.092 0.050 0.037 0.037 0.132 0.137 0.217 0.295 0.083 0.091 1.198 0.153 0.057 0.327 0.029 0.039 0.249 0.197 0.457 0.087 0.164 0.164 0.201 0.065 0.045 0.551 0.659 0.382 0.549 0.857 0.767 3.174 1.115 0.752 0.777 nan 2.077 0.819 0.995 0.735 0.679 0.249 0.604 1.896 2.302 0.837 nan 0.641 0.432 11120 chr8 95903804 95913691 + 0 NA intron (NM_001354524, intron 1 of 11) CpG-25869 751 NM_001354514 137682 Hs.435500 NM_152416 ENSG00000156170 NDUFAF6 C8orf38 NADH:ubiquinone oxidoreductase complex assembly factor 6 protein-coding nan 3.030 4.505 0.839 6.443 5.321 1.132 2.953 5.950 0.397 1.571 0.643 0.475 1.060 5.324 2.351 1.848 0.264 1.544 0.442 0.192 0.659 1.313 0.600 5.499 0.938 0.885 0.701 1.529 0.585 0.680 2.435 1.176 14.751 0.520 0.629 1.676 1.161 0.079 0.323 2.982 1.886 1.770 1.130 0.574 0.641 1.087 1.720 0.790 1.867 1.077 0.820 2.351 2.292 1.355 5.499 0.446 0.897 0.436 0.963 2.439 0.579 1.294 1.189 0.458 0.652 0.365 3.659 3.336 3.769 nan 8.751 8.199 4.463 2.988 3.379 3.673 3.570 4.671 11.022 14.948 4.977 5.203 1.861 3.685 5.641 6.650 3.550 3.096 3.114 1.635 8616 chr4 166153596 166163527 + 0 NA intron (NM_001331024, intron 3 of 13) intron (NM_001331024, intron 3 of 13) 27390 NM_001161522 11275 Hs.388668 NM_007246 ENSG00000109466 KLHL2 ABP-KELCH|MAV|MAYVEN kelch like family member 2 protein-coding nan 3.511 nan 0.022 1.754 0.976 0.114 0.546 1.012 0.038 0.157 0.046 0.006 0.122 0.144 0.169 0.405 0.067 0.202 0.038 0.013 0.014 0.664 0.398 2.082 0.091 0.040 0.029 0.116 0.054 0.091 0.202 0.148 1.655 0.171 0.075 1.552 0.054 0.094 0.012 0.562 0.061 0.024 0.025 0.099 0.063 0.107 0.080 0.098 0.036 0.017 0.089 0.169 0.078 0.074 2.082 0.124 0.309 0.886 0.035 1.194 0.098 7.223 0.151 0.023 0.007 0.005 1.985 2.020 6.811 4.042 2.509 2.900 4.641 1.553 0.239 0.168 1.409 2.031 1.100 1.310 3.121 2.286 2.577 4.245 3.538 5.647 0.318 0.577 2.424 1.274 8988 chr5 71216635 71242259 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -173648 NM_005909 4131 Hs.335079 NM_005909 ENSG00000131711 MAP1B FUTSCH|MAP5|PPP1R102 microtubule associated protein 1B protein-coding 0.949 nan 1.852 0.620 0.447 0.470 1.986 1.483 2.668 0.168 0.539 0.878 0.014 0.467 0.529 1.416 0.430 0.088 0.751 0.623 0.099 0.005 0.527 0.356 0.145 3.096 2.340 0.046 1.009 0.879 1.704 3.444 0.970 1.864 0.856 0.446 0.999 0.075 0.100 0.623 0.132 0.130 0.159 0.085 1.054 0.683 1.047 0.155 1.204 0.063 1.569 1.516 1.416 0.690 2.180 0.145 1.387 0.431 0.095 0.052 0.427 0.561 0.047 0.376 0.254 0.064 0.076 0.221 0.140 0.220 0.515 0.692 0.728 nan 1.911 0.125 0.133 0.473 nan 1.797 1.609 1.245 1.089 0.099 0.219 4.165 4.756 0.392 1.025 1.409 0.782 10682 chr7 134549558 134555291 + 0 NA intron (NM_033138, intron 2 of 14) intron (NM_033138, intron 2 of 14) -23727 NM_033139 800 Hs.490203 NM_004342 ENSG00000122786 CALD1 CDM|H-CAD|HCAD|L-CAD|LCAD|NAG22 caldesmon 1 protein-coding nan nan nan 0.050 0.463 0.010 0.086 0.084 0.158 0.151 0.194 0.021 0.017 0.186 0.022 1.496 0.060 0.164 0.033 0.022 0.072 0.136 0.183 0.021 0.036 0.332 0.155 0.085 0.144 0.186 0.269 0.025 0.079 0.113 0.148 0.063 0.014 0.098 0.032 0.013 0.056 0.119 0.270 0.416 0.142 0.125 0.027 0.128 0.022 0.040 0.033 0.021 0.043 0.071 0.018 0.091 0.097 0.062 2.856 0.042 0.013 0.040 0.009 1.408 0.843 4.302 1.854 0.633 0.753 nan 0.025 0.363 0.391 0.317 nan 0.707 0.753 nan 0.205 7.444 6.437 0.088 0.096 0.268 0.564 1.044 nan 8839 chr5 32709159 32715883 + 0 NA exon (NM_001204375, exon 1 of 8) exon (NM_001204375, exon 1 of 8) 1083 NM_001204375 4883 Hs.13528 NM_000908 ENSG00000113389 NPR3 ANP-C|ANPR-C|ANPRC|C5orf23|GUCY2B|NPR-C|NPRC natriuretic peptide receptor 3 protein-coding 0.318 0.693 nan 0.307 0.166 0.016 0.940 0.095 0.202 0.752 0.164 1.820 0.892 0.015 0.040 0.065 5.033 0.959 0.821 0.397 1.404 0.042 0.172 0.205 0.089 0.635 0.355 0.110 1.510 0.611 1.693 3.125 0.910 0.836 2.224 3.655 0.024 0.091 0.074 0.215 0.023 0.465 0.279 0.278 0.097 0.068 0.115 0.332 1.474 0.267 7.259 1.290 0.065 2.162 0.102 0.089 2.790 0.997 0.302 0.203 0.405 0.031 0.037 0.068 0.034 0.007 0.436 0.201 2.564 9.464 0.373 0.417 0.066 0.057 0.259 0.170 0.211 0.258 0.187 0.195 0.419 0.204 0.215 0.402 0.090 0.076 0.064 0.103 0.143 0.257 4584 chr17 8149028 8154438 + 0 NA promoter-TSS (NR_046431) promoter-TSS (NR_046431) -320 NM_025099 80169 Hs.156055 NM_025099 ENSG00000178971 CTC1 AAF-132|AAF132|C17orf68|CRMCC|tmp494178 CST telomere replication complex component 1 protein-coding 7.440 3.343 3.774 1.980 4.055 2.048 2.740 2.312 5.122 1.683 2.279 2.444 2.373 2.184 3.283 4.520 1.275 0.717 3.599 1.085 4.374 1.898 2.169 1.052 5.729 1.252 1.458 1.169 3.026 0.835 4.611 6.745 4.232 7.813 1.675 5.884 0.997 2.124 0.130 0.784 1.119 9.060 4.150 1.570 2.783 3.290 1.936 1.624 5.873 5.218 2.148 1.624 4.520 8.259 9.505 5.729 2.083 2.164 2.068 6.960 3.942 5.448 0.898 3.914 1.507 2.491 1.777 6.654 5.948 5.780 8.535 9.502 6.179 14.483 6.661 12.734 12.949 4.206 5.858 9.087 13.859 4.509 5.543 1.867 2.792 7.164 6.000 9.736 12.099 1.744 0.936 1036 chr1 203594694 203606373 + 0 NA intron (NM_001001396, intron 1 of 21) intron (NM_001001396, intron 1 of 21) 4618 NM_001684 493 Hs.343522 NM_001684 ENSG00000058668 ATP2B4 ATP2B2|MXRA1|PMCA4|PMCA4b|PMCA4x ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 4 protein-coding 2.118 3.119 2.561 0.264 0.308 2.244 1.880 0.475 1.140 0.614 2.366 1.991 0.217 0.033 3.307 2.146 1.235 0.238 1.675 0.567 0.281 0.069 0.794 0.395 1.381 2.565 2.061 0.366 1.963 1.257 1.458 3.568 1.084 2.933 0.964 0.967 0.643 1.589 0.119 0.745 0.489 0.429 0.279 0.181 2.450 0.775 1.813 2.239 1.080 0.938 1.052 2.459 2.146 1.620 1.689 1.381 0.566 0.306 0.248 0.862 0.070 0.796 1.114 0.506 1.069 0.345 0.143 1.128 2.459 2.554 3.594 2.233 2.231 3.169 1.032 nan nan 1.166 1.603 1.721 2.765 1.388 0.893 0.767 1.519 1.876 1.531 1.034 2.344 1.181 0.854 10116 chr7 1541672 1586702 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -6181 NM_002360 7975 Hs.520612 NM_002360 ENSG00000198517 MAFK NFE2U|P18 MAF bZIP transcription factor K protein-coding 1.359 1.564 2.589 2.987 0.555 0.400 1.164 0.719 1.491 1.056 1.831 4.176 0.533 0.713 0.899 0.946 0.675 0.254 1.042 0.442 3.993 0.203 0.587 0.380 2.021 1.518 1.271 1.608 2.366 0.562 2.227 nan 2.812 nan 0.695 6.140 0.186 1.345 0.173 0.620 0.413 3.511 1.053 0.518 0.696 0.938 1.068 0.832 5.984 2.459 2.375 3.661 0.946 4.052 3.092 2.021 1.560 3.745 0.538 5.653 1.813 1.052 0.308 0.220 0.988 0.547 0.272 1.023 1.214 0.736 nan 1.695 1.626 nan 0.407 1.120 1.117 0.475 0.795 nan 2.524 0.630 0.491 0.537 0.824 0.894 0.933 0.549 0.834 1.064 0.559 9298 chr5 158293971 158310489 + 0 NA intron (NM_182708, intron 5 of 14) intron (NM_182708, intron 5 of 14) 224540 NM_001324101 1879 Hs.573143 NM_024007 ENSG00000164330 EBF1 COE1|EBF|O/E-1|OLF1 early B cell factor 1 protein-coding 0.968 nan 2.008 0.018 0.028 1.276 0.068 0.456 0.883 0.023 0.080 0.313 0.023 0.006 3.220 0.341 0.824 0.175 0.064 0.011 0.054 0.006 0.076 0.105 0.225 0.322 0.061 0.027 0.049 0.006 0.086 0.098 0.061 0.373 0.044 1.174 0.035 0.053 0.112 0.258 3.417 0.089 0.026 0.014 0.191 0.032 0.082 0.677 0.332 0.047 0.335 0.234 0.341 0.073 0.050 0.225 0.066 0.060 0.135 0.042 0.036 0.014 0.817 0.254 0.014 0.035 0.012 0.846 0.735 0.354 0.323 1.499 1.445 0.091 0.064 0.056 0.075 1.010 1.360 0.076 0.135 1.482 1.232 0.712 1.260 0.169 0.118 0.307 0.733 0.965 0.506 3492 chr14 36342505 36354686 + 0 NA Intergenic MER90|LTR|ERV1 52998 NM_032352 84312 Hs.525299 NM_032352 ENSG00000100916 BRMS1L BRMS1 breast cancer metastasis-suppressor 1 like protein-coding 1.175 0.848 0.722 0.354 0.093 0.236 2.713 0.145 0.313 0.024 0.225 0.482 0.098 0.123 0.210 0.115 0.587 0.182 0.674 0.249 0.052 0.011 0.117 0.127 0.177 0.856 0.481 0.030 1.376 0.729 4.776 10.327 0.666 0.540 1.379 0.224 0.100 0.054 0.123 0.243 0.131 0.113 0.106 0.094 1.110 0.813 0.150 0.130 0.368 0.064 0.266 1.073 0.115 0.854 0.593 0.177 0.584 1.268 0.040 0.300 0.167 0.325 0.016 0.060 0.187 0.033 0.012 0.284 0.207 0.329 0.535 0.460 0.553 0.309 0.098 0.369 0.335 1.677 2.307 0.713 0.732 0.836 0.416 0.201 0.301 0.340 0.498 0.289 0.432 0.954 0.508 1265 chr1 245965591 245978002 + 0 NA intron (NM_022743, intron 10 of 11) intron (NM_022743, intron 10 of 11) -573977 NR_151721 111216275 Hs.663694 NR_151721 ENSG00000232192 KIF26B-AS1 - KIF26B antisense RNA 1 ncRNA nan 3.278 nan 0.157 0.613 1.580 0.756 1.156 2.409 0.022 0.100 0.111 0.014 0.169 1.960 0.628 0.239 0.207 0.231 0.091 0.010 0.078 0.603 0.477 0.868 1.376 0.883 0.024 1.385 0.505 0.085 0.284 0.917 2.235 0.012 0.180 0.046 0.069 0.107 0.171 0.123 0.155 0.074 0.038 1.405 0.297 0.062 0.136 0.075 0.052 0.045 0.131 0.628 0.124 0.074 0.868 0.109 0.042 0.650 0.066 0.115 0.094 4.111 0.460 0.049 0.043 0.012 1.759 2.128 3.027 2.113 0.996 1.009 7.855 1.962 2.243 2.188 0.513 0.820 2.125 3.127 1.926 2.225 1.821 2.638 0.432 0.399 0.613 1.290 0.735 0.738 2065 chr11 70086353 70098366 + 0 NA Intergenic Intergenic -24447 NR_045286 8500 Hs.530749 NM_003626 ENSG00000131626 PPFIA1 LIP.1|LIP1|LIPRIN PTPRF interacting protein alpha 1 protein-coding nan 0.773 1.169 0.078 0.118 0.061 4.272 0.066 0.268 0.128 0.488 0.116 0.101 0.058 0.160 0.722 0.112 0.082 1.854 1.709 0.031 0.012 0.037 0.056 0.090 1.028 0.736 0.090 1.077 2.086 0.678 3.368 0.363 0.386 0.377 0.069 0.024 0.079 0.098 0.265 0.047 0.280 0.206 0.111 2.836 1.173 1.872 0.849 0.129 0.084 2.010 2.471 0.722 1.313 0.289 0.090 0.072 1.091 0.073 0.300 0.059 3.557 0.114 0.052 0.051 0.034 0.008 0.446 0.518 0.256 0.283 0.698 0.721 0.733 0.242 0.852 0.859 0.197 0.465 0.164 0.206 0.333 0.258 0.278 0.359 0.194 0.234 0.124 0.252 0.974 0.674 4150 chr15 94951862 94962187 + 0 NA intron (NM_001159643, intron 16 of 19) intron (NM_001159643, intron 16 of 19) 57860 NM_001159644 55784 Hs.33368 NM_018349 ENSG00000140563 MCTP2 - multiple C2 and transmembrane domain containing 2 protein-coding nan nan nan 0.060 0.026 0.022 0.069 0.467 1.263 0.107 0.076 0.012 0.043 0.383 4.973 0.079 0.079 0.052 0.024 2.402 1.619 4.051 0.027 0.014 0.008 0.059 0.010 0.062 0.142 0.048 0.658 0.071 0.068 1.640 0.021 0.085 0.023 0.254 0.054 0.023 0.008 0.038 0.093 0.058 0.016 0.020 0.046 0.052 4.973 0.049 0.063 4.051 0.012 0.104 0.017 0.039 0.023 0.164 0.023 0.015 0.006 0.368 0.385 0.412 0.395 3.954 4.498 nan 0.681 0.308 0.280 0.740 0.985 0.143 0.205 nan 0.314 0.277 0.468 3.198 3.676 0.139 nan 2.639 1.030 544 chr1 97735880 97745829 + 0 NA intron (NR_046590, intron 2 of 4) L2b|LINE|L2 179375 NR_046590 100873932 Hs.682651 NR_046590 ENSG00000232878 DPYD-AS1 - DPYD antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.695 1.738 0.080 0.034 1.479 0.243 0.506 0.185 0.199 2.204 0.062 0.704 0.063 0.162 0.817 0.112 3.846 1.509 0.063 0.014 0.110 0.091 0.067 1.736 1.045 0.031 2.832 1.024 4.574 8.947 2.437 0.334 2.088 0.080 0.010 0.088 0.165 0.825 0.084 0.177 0.145 0.070 2.286 2.522 1.288 0.222 0.218 0.086 0.714 2.260 0.162 0.562 0.295 0.067 0.553 0.100 0.023 0.123 1.542 0.040 0.115 0.228 0.029 0.010 0.238 0.231 0.224 0.479 0.280 nan 0.146 0.081 0.251 0.221 0.807 nan 0.523 0.437 nan 0.168 0.127 0.247 0.088 0.072 0.285 0.376 0.366 0.455 8832 chr5 32221304 32235221 + 0 NA 3' UTR (NM_001294344, exon 14 of 14) 3' UTR (NM_001294344, exon 14 of 14) -53837 NM_022130 64083 Hs.408909 NM_022130 ENSG00000113384 GOLPH3 GOPP1|GPP34|MIDAS|Vps74 golgi phosphoprotein 3 protein-coding 0.920 1.181 nan 0.360 0.379 0.059 0.940 0.161 0.254 2.280 0.575 0.266 0.297 0.129 0.114 0.114 0.996 0.371 1.873 0.640 0.182 0.060 0.312 0.220 0.215 0.490 0.225 0.634 0.645 0.805 0.465 1.844 1.129 0.617 0.168 0.207 0.095 0.155 0.098 0.119 0.080 0.107 0.136 0.085 0.506 0.506 1.227 0.057 2.220 0.132 2.150 1.352 0.114 2.771 0.106 0.215 0.538 4.102 0.056 0.185 0.144 0.448 0.071 0.597 0.011 0.108 0.062 0.459 0.681 0.409 0.722 0.564 0.582 0.535 0.211 0.303 0.336 0.693 1.270 0.446 0.551 0.814 0.502 0.333 0.457 0.318 0.364 0.509 1.455 0.664 0.604 4696 chr17 30917279 30943339 + 0 NA intron (NM_001303279, intron 21 of 21) intron (NM_001303279, intron 21 of 21) 116204 NM_003885 8851 Hs.500015 NM_003885 ENSG00000176749 CDK5R1 CDK5P35|CDK5R|NCK5A|p23|p25|p35|p35nck5a cyclin dependent kinase 5 regulatory subunit 1 protein-coding nan 1.036 1.343 0.088 0.204 0.113 0.106 0.520 0.901 0.014 0.093 0.039 0.007 0.023 0.148 0.212 0.092 0.100 0.263 0.058 0.034 0.005 0.132 0.158 0.523 0.039 0.028 0.029 0.123 0.032 0.055 0.116 0.101 0.393 0.011 0.080 0.077 0.083 0.131 0.023 0.344 0.081 0.021 0.084 0.042 0.126 0.189 0.107 0.030 0.024 0.100 0.212 0.169 0.021 0.523 0.052 0.038 0.262 0.039 0.071 0.049 0.068 0.902 0.026 0.018 0.019 0.454 0.389 0.206 0.306 nan 1.750 0.625 0.211 0.280 0.316 1.872 2.179 0.581 0.822 nan 2.399 0.217 0.237 0.242 0.289 1.047 3.480 1.263 0.685 4370 chr16 55784105 55790136 + 0 NA Intergenic MLT1A|LTR|ERVL-MaLR -7391 NR_003276 51716 Hs.721645 NM_016280 ENSG00000228695 CES1P1 CES1A2|CES1A3|CES4|CESR|PCE-3 carboxylesterase 1 pseudogene 1 pseudo nan nan nan 0.682 0.020 0.037 1.677 0.186 0.300 0.795 1.650 0.214 0.369 0.016 0.061 0.148 0.213 3.800 2.801 2.239 0.078 0.122 0.020 0.922 1.037 0.036 0.322 0.034 0.601 3.134 0.138 0.342 1.044 2.132 0.032 0.036 0.077 0.408 0.026 7.909 2.886 1.239 4.377 0.191 2.033 0.209 2.832 0.981 3.744 8.147 0.148 1.640 2.579 0.020 2.190 1.493 0.114 1.080 0.051 1.923 0.032 0.040 0.087 0.010 0.008 0.315 0.151 0.345 0.349 0.180 0.274 0.131 0.020 0.237 0.219 0.113 nan nan nan nan 0.179 0.053 0.090 0.097 0.342 0.123 nan nan 0.275 4527 chr17 183758 209725 + 0 NA intron (NM_001190412, intron 1 of 8) L1MC2|LINE|L1 5892 NM_001190413 9501 Hs.651925 NM_006987 ENSG00000181031 RPH3AL NOC2 rabphilin 3A like (without C2 domains) protein-coding 1.229 0.617 0.892 0.555 1.002 2.933 0.975 1.699 3.424 0.301 1.193 0.147 0.009 2.823 2.541 0.541 0.061 0.067 1.313 0.526 0.036 0.021 0.711 0.144 3.055 0.781 0.754 0.040 0.949 0.386 1.326 4.021 1.392 0.789 0.513 6.895 0.014 0.071 0.068 0.711 0.028 0.125 0.126 0.069 1.097 1.621 0.089 0.102 7.446 0.107 1.598 1.566 0.541 1.039 1.494 3.055 1.088 0.372 0.494 0.160 3.339 1.017 0.434 0.889 0.354 0.018 0.012 0.265 0.132 0.375 0.563 3.944 3.845 0.604 0.200 1.276 1.222 0.134 0.204 3.417 4.422 1.168 1.072 0.463 0.579 0.041 0.055 1.589 2.419 0.819 0.644 9331 chr5 169820688 169829247 + 0 NA intron (NR_109899, intron 1 of 2) MER4B|LTR|ERV1 -8286 NM_004137 3779 Hs.484099 NM_004137 ENSG00000145936 KCNMB1 BKbeta1|K(VCA)beta|SLO-BETA|hbeta1|hslo-beta|k(VCA)beta-1|slo-beta-1 potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 1 protein-coding nan 0.818 0.544 0.076 0.092 0.027 0.067 0.075 0.141 0.022 0.063 0.044 0.340 0.012 0.083 0.199 0.117 0.057 0.013 0.036 0.055 0.087 0.104 0.040 0.020 0.018 0.083 0.013 0.068 0.069 0.070 1.004 0.053 0.012 0.013 0.138 0.014 0.523 0.054 0.018 0.055 0.043 0.018 0.078 0.221 0.048 0.017 0.055 0.048 0.199 0.042 0.032 0.104 0.058 0.077 0.102 0.054 0.012 0.036 2.658 0.072 0.089 0.020 0.006 2.855 2.907 11.415 4.581 0.389 0.449 0.103 0.058 1.107 1.186 0.141 0.290 0.294 0.376 0.359 0.165 1.582 3.444 0.079 0.139 0.123 0.177 0.358 0.474 4634 chr17 18159406 18166140 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256264) promoter-TSS (NM_001256264) -543 NM_002018 2314 Hs.513984 NM_002018 ENSG00000177731 FLII FLI|FLIL|Fli1 FLII, actin remodeling protein protein-coding 2.477 2.322 2.799 6.702 1.800 0.990 5.168 1.887 3.273 1.843 3.220 1.114 5.653 1.505 2.001 1.694 1.397 0.215 5.403 1.929 5.806 1.174 0.724 0.315 2.275 1.880 2.921 1.698 5.421 2.244 4.553 4.774 6.081 5.255 3.104 2.527 0.171 3.306 0.130 1.242 1.016 14.487 12.498 5.035 5.794 6.311 5.319 2.268 5.210 7.765 2.741 2.513 1.694 10.121 5.868 2.275 1.613 2.316 0.765 7.758 3.900 3.934 0.809 0.880 2.411 4.806 2.679 1.872 3.454 3.979 nan 4.297 3.821 5.112 1.928 3.407 3.228 1.743 2.590 4.697 6.053 nan 1.925 0.978 2.136 0.697 0.764 1.627 2.665 1.038 0.429 1196 chr1 232117320 232125888 + 0 NA intron (NM_001012957, intron 10 of 12) intron (NM_001012957, intron 10 of 12) 60024 NR_126441 104472714 NR_126441 ENSG00000226758 DISC1-IT1 - DISC1 intronic transcript 1 ncRNA 1.062 1.555 1.326 0.075 0.347 0.091 0.100 0.207 0.611 0.008 0.089 1.303 0.025 0.072 0.843 0.169 0.077 0.160 0.022 0.160 0.183 0.307 0.041 0.025 0.009 0.055 0.071 0.316 0.106 0.784 0.068 0.138 0.045 0.038 0.127 0.038 0.175 0.119 0.028 0.027 0.063 0.043 0.117 0.174 0.076 0.017 1.161 0.502 0.843 0.074 0.043 0.307 0.071 0.167 0.057 0.041 0.213 0.046 0.219 0.130 0.081 0.013 0.012 0.384 0.332 4.005 11.162 0.533 0.567 nan 1.287 0.248 0.352 0.366 0.708 nan 0.418 0.358 0.192 0.178 0.232 0.149 0.123 0.313 0.527 nan 0.602 11978 chrX 122910532 122971256 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -52768 NM_001204401 331 Hs.356076 NM_001167 ENSG00000101966 XIAP API3|BIRC4|IAP-3|ILP1|MIHA|XLP2|hIAP-3|hIAP3 X-linked inhibitor of apoptosis protein-coding 0.662 nan 0.700 0.177 0.244 0.251 0.990 0.415 0.804 0.065 0.202 0.587 0.180 0.207 0.119 0.435 0.125 0.175 0.418 0.337 0.051 0.034 0.259 0.249 0.126 0.469 0.228 0.058 0.119 0.367 1.833 6.277 0.454 0.475 0.335 0.108 0.107 0.029 0.054 0.107 0.060 0.149 0.077 0.066 0.240 1.066 0.404 0.127 1.556 0.146 0.208 0.346 0.435 0.556 0.108 0.126 0.219 0.323 0.058 0.156 0.207 0.216 0.102 0.126 0.043 0.032 0.038 0.211 0.145 0.176 0.330 0.289 0.303 1.524 0.574 0.224 0.232 0.286 0.451 1.257 1.313 0.505 0.345 0.125 0.185 0.521 0.625 0.394 0.982 0.321 0.213 8259 chr4 8546730 8575266 + 0 NA Intergenic Intergenic -20966 NR_045511 27201 Hs.740355 NM_080819 ENSG00000155269 GPR78 - G protein-coupled receptor 78 protein-coding 0.459 0.437 nan 0.138 0.065 0.033 1.139 0.063 0.092 0.186 0.153 0.032 0.206 0.028 0.045 0.183 0.055 0.127 1.109 0.982 0.046 0.024 0.077 0.113 0.067 0.302 0.233 0.049 0.143 0.247 0.095 0.297 0.110 0.242 0.498 0.024 0.010 0.053 0.065 0.079 0.089 0.350 0.194 0.112 0.180 0.219 2.667 0.172 0.074 0.058 0.025 0.500 0.183 0.445 0.449 0.067 0.180 1.881 0.089 0.092 0.028 0.191 0.021 0.056 0.069 0.020 0.016 0.287 0.192 0.181 0.324 0.203 0.248 nan 0.082 0.122 0.140 0.057 0.167 0.117 0.155 0.376 0.159 0.170 0.255 0.058 0.076 0.081 0.141 nan 0.337 7927 chr3 153330678 153360883 + 0 NA intron (NR_146713, intron 3 of 6) intron (NR_146713, intron 3 of 6) 134535 NR_146713 105374165 Hs.637991 NR_146713 LINC02006 - long intergenic non-protein coding RNA 2006 ncRNA nan 0.974 0.781 0.151 0.122 0.024 0.118 0.101 0.217 0.003 0.091 0.052 0.008 0.040 0.059 0.284 0.127 0.107 0.088 0.025 0.023 0.005 0.146 0.225 0.036 0.021 0.014 0.029 0.117 0.119 0.093 0.160 0.129 0.131 0.049 0.109 0.394 0.025 0.090 0.016 0.131 0.064 0.030 0.023 0.044 0.023 0.151 0.083 0.100 0.099 0.031 0.098 0.284 0.047 0.052 0.036 0.174 0.027 0.010 0.069 0.037 0.018 0.039 2.052 0.020 0.021 0.022 0.308 0.208 0.259 0.301 0.246 0.325 0.292 0.171 0.266 0.253 0.181 nan 0.164 0.199 0.973 0.700 0.123 0.228 1.447 1.749 1.380 5.343 0.235 0.282 7050 chr20 51099927 51111714 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie -131557 NR_110038 101927700 Hs.434465 NR_110038 ENSG00000234948 LINC01524 - long intergenic non-protein coding RNA 1524 ncRNA 0.832 1.109 0.543 0.140 0.162 0.019 0.066 0.122 0.202 0.231 0.317 0.095 5.519 0.042 0.165 0.421 0.183 0.054 1.241 1.037 0.145 0.014 0.185 0.142 0.389 0.017 0.012 0.050 1.310 0.054 1.846 2.444 0.424 0.563 0.570 0.463 0.024 0.073 0.117 0.532 0.101 0.852 0.046 0.033 0.317 0.150 0.252 0.237 0.062 0.049 0.014 0.085 0.421 3.301 0.038 0.389 0.324 0.049 0.002 0.044 0.112 0.127 0.033 0.467 0.374 0.010 0.021 0.452 nan 0.516 1.533 0.203 0.243 0.141 0.077 0.315 0.311 0.195 0.364 0.459 0.501 0.752 0.444 0.168 0.182 0.043 0.082 0.501 1.063 0.683 0.668 11430 chr9 6218942 6229639 + 0 NA intron (NM_001199640, intron 1 of 6) intron (NM_001199640, intron 1 of 6) 8504 NM_001199640 90865 Hs.731660 NM_033439 ENSG00000137033 IL33 C9orf26|DVS27|IL1F11|NF-HEV|NFEHEV interleukin 33 protein-coding 0.589 1.584 0.594 0.154 0.171 0.010 0.039 0.149 0.216 0.027 0.042 0.034 0.017 0.028 0.050 0.192 1.648 0.256 0.079 0.123 0.024 0.110 0.188 0.199 0.026 0.057 0.020 0.052 0.122 0.079 0.313 0.068 0.066 0.030 0.078 0.022 0.023 0.060 0.039 0.021 0.135 0.058 0.135 0.108 0.076 0.021 0.029 0.106 0.192 0.033 0.013 0.199 0.103 0.046 0.010 0.011 0.019 0.022 0.084 0.046 0.045 0.011 0.499 0.512 5.992 1.169 0.286 0.319 0.321 0.160 0.333 0.376 0.327 0.651 0.153 0.287 0.360 0.160 0.206 0.360 0.108 0.123 0.132 nan 1.294 1.179 239 chr1 33279072 33285712 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256121) promoter-TSS (NM_001256121) -651 NM_001256121 64766 Hs.440880 NM_022753 ENSG00000116497 S100PBP S100PBPR S100P binding protein protein-coding 6.788 nan 6.470 5.656 12.292 7.484 3.241 3.029 5.238 2.004 4.496 3.808 1.718 2.099 5.999 5.345 3.564 0.193 4.449 1.463 3.847 5.113 4.787 2.249 10.724 2.170 2.578 2.519 4.682 1.574 6.648 10.995 4.095 10.826 2.624 3.663 1.078 6.413 0.234 1.658 4.499 6.296 3.662 1.894 2.541 1.803 3.507 4.546 2.909 5.247 2.137 2.112 5.345 4.144 7.329 10.724 1.679 1.272 1.342 5.577 2.673 2.510 3.190 3.721 2.200 3.304 2.022 5.247 5.753 5.873 8.440 11.674 11.129 nan 2.722 13.461 14.238 5.507 7.048 4.765 6.418 nan 6.405 4.468 6.899 4.108 4.231 5.239 9.255 3.231 nan 10807 chr8 10255222 10269645 + 0 NA intron (NM_001135670, intron 4 of 4) intron (NM_001135670, intron 4 of 4) -69642 NR_120604 101929191 Hs.595262 NR_120604 ENSG00000253641 LINCR-0001 - uncharacterized LINCR-0001 ncRNA 1.076 0.775 5.160 0.020 0.243 0.055 0.019 0.242 0.650 0.013 0.016 0.019 0.252 0.745 0.312 0.156 0.113 0.015 0.030 0.019 0.435 0.217 3.790 0.029 0.015 0.047 0.015 0.028 0.059 0.019 0.084 0.038 0.184 0.091 0.066 0.617 0.070 0.009 0.027 0.008 0.005 0.033 0.090 0.056 0.044 0.022 0.023 0.312 0.035 0.013 3.790 0.017 0.023 0.360 0.024 0.324 0.016 1.261 1.653 0.016 0.012 0.896 1.518 0.696 0.584 3.826 nan 0.185 0.063 1.602 1.502 0.333 0.600 1.715 1.719 2.888 4.113 0.521 0.788 0.809 0.865 1.432 3.326 2.944 1.514 2635 chr12 47468426 47502894 + 0 NA intron (NM_138371, intron 1 of 3) L1ME3A|LINE|L1 -11926 NM_001143668 347902 Hs.121520 NM_181847 ENSG00000139211 AMIGO2 ALI1|AMIGO-2|DEGA adhesion molecule with Ig like domain 2 protein-coding 0.939 nan 0.848 3.314 2.445 0.066 2.713 1.188 2.441 1.333 1.715 2.516 0.033 1.281 0.152 0.134 1.664 0.173 1.570 0.705 4.970 0.016 0.205 0.193 1.840 2.846 2.758 0.984 3.604 2.393 3.992 4.141 3.533 2.566 1.750 1.753 0.209 0.314 0.093 1.944 0.113 4.591 0.413 0.276 1.108 2.110 1.821 6.555 4.325 2.412 3.052 2.932 0.134 1.449 0.153 1.840 1.259 1.708 0.023 0.674 2.656 0.812 0.089 0.072 2.112 0.127 0.067 0.372 0.297 0.378 0.922 0.300 0.312 1.924 0.657 0.590 0.557 0.133 0.204 4.417 3.711 0.507 0.397 0.262 0.293 1.069 1.391 0.158 0.282 0.877 0.615 10349 chr7 47567413 47652118 + 0 NA intron (NM_022748, intron 1 of 30) AluSq2|SINE|Alu 11977 NM_022748 64759 Hs.520814 NM_022748 ENSG00000136205 TNS3 TEM6|TENS1 tensin 3 protein-coding 1.379 1.086 nan 1.555 0.408 0.015 2.168 0.098 0.241 2.365 3.126 0.711 4.960 0.381 0.053 0.356 0.997 0.296 1.911 0.755 3.609 0.036 0.461 0.190 0.854 2.551 2.179 1.563 0.942 0.640 1.477 3.487 0.993 0.448 0.794 1.506 0.137 5.822 0.294 0.524 0.040 3.777 0.191 0.105 1.427 1.304 3.150 1.219 5.819 0.214 0.900 1.699 0.356 1.709 0.590 0.854 0.683 1.528 0.141 1.327 0.448 1.144 0.050 0.042 2.616 0.269 0.229 0.447 0.370 1.613 7.150 0.764 0.854 1.118 0.328 0.224 0.198 0.134 0.281 0.786 1.105 0.389 0.264 0.154 0.208 0.653 0.616 0.162 0.228 0.956 0.687 8625 chr4 168918719 168934045 + 0 NA Intergenic (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -87306 NM_007193 11199 Hs.188401 NM_007193 ENSG00000109511 ANXA10 ANX14 annexin A10 protein-coding nan nan nan 0.121 0.132 0.066 1.516 3.576 0.080 0.072 0.008 0.027 0.023 0.067 0.101 0.134 0.070 0.012 0.017 0.082 0.091 0.155 0.013 0.014 0.057 0.048 0.073 0.111 0.065 0.197 0.019 0.028 0.029 0.074 0.008 0.228 0.036 0.016 0.005 0.071 0.025 0.089 0.131 0.032 0.027 0.010 0.043 0.067 0.041 0.025 0.155 0.072 0.022 0.012 0.011 0.040 0.045 0.048 0.025 0.008 0.003 0.201 0.179 0.256 0.349 0.184 0.197 0.092 0.036 0.165 0.140 0.155 0.180 0.217 0.210 0.300 0.117 0.146 0.221 0.041 0.081 0.135 0.188 0.304 0.224 269 chr1 37420703 37438654 + 0 NA intron (NM_000831, intron 1 of 15) intron (NM_000831, intron 1 of 15) 70166 NM_000831 2899 Hs.128848 NM_000831 ENSG00000163873 GRIK3 EAA5|GLR7|GLUR7|GluK3|GluR7a glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 protein-coding 0.989 nan 1.128 0.030 0.170 0.641 0.039 1.185 2.414 0.016 0.052 0.026 0.017 0.039 0.411 1.375 0.075 0.072 0.024 0.010 0.030 0.014 0.585 0.379 5.598 0.015 0.020 0.025 0.030 0.006 0.056 0.092 0.067 2.985 0.024 0.033 0.432 0.058 0.081 0.007 0.182 0.131 0.024 0.006 0.026 0.027 0.146 0.036 0.029 0.009 0.026 1.375 0.050 0.016 5.598 0.027 0.033 0.433 0.091 0.260 0.027 0.066 0.344 0.013 0.016 0.003 0.293 0.250 0.048 0.115 3.275 3.044 nan 0.756 0.162 0.110 1.274 2.022 12.546 11.584 nan 1.018 0.702 0.500 1.421 1.320 0.692 1.370 1.960 nan 363 chr1 47231403 47236778 + 0 NA Intergenic Intergenic -30580 NM_001319162 1580 Hs.436317 NM_000779 ENSG00000142973 CYP4B1 CYPIVB1|P-450HP cytochrome P450 family 4 subfamily B member 1 protein-coding nan 1.203 nan 0.120 0.247 1.036 0.278 0.180 0.205 0.036 0.101 0.035 2.197 0.133 0.131 0.055 0.061 0.421 0.106 0.046 0.026 0.089 0.110 0.155 0.232 0.188 0.097 0.102 0.254 1.686 1.814 0.672 0.379 0.090 0.017 0.120 0.068 0.045 0.075 0.188 0.015 0.122 0.550 0.234 0.074 0.045 0.040 0.087 0.663 0.131 1.339 0.069 0.155 0.046 8.049 0.108 0.086 0.074 0.109 0.091 0.043 0.032 0.009 0.346 0.235 0.107 0.273 0.455 0.721 0.097 0.100 0.308 0.329 0.247 nan nan 1.021 0.490 0.109 0.104 nan 0.079 0.038 0.426 0.666 0.216 0.318 7961 chr3 164070094 164104680 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -198043 NR_031665 100302148 NR_031665 ENSG00000221251 MIR1263 MIRN1263|hsa-mir-1263 microRNA 1263 ncRNA 1.099 1.218 0.830 0.108 0.153 0.018 0.082 0.167 0.344 0.014 0.090 0.067 0.020 0.032 0.052 0.130 0.209 0.153 0.070 0.027 0.036 0.004 0.167 0.173 0.159 0.026 0.017 0.034 0.102 0.018 0.068 0.045 0.106 0.172 0.055 0.030 0.036 0.025 0.067 0.007 0.027 0.056 0.016 0.020 0.041 0.020 0.112 0.112 0.024 0.020 0.018 0.034 0.130 0.027 0.021 0.159 0.018 0.026 0.045 0.010 0.024 0.025 0.037 0.527 0.011 0.018 0.007 0.306 0.175 0.163 0.206 0.269 0.398 0.471 0.207 0.269 0.264 5.600 5.892 nan 0.358 nan 0.633 0.110 0.190 0.087 0.108 0.648 1.448 0.437 0.342 4264 chr16 17394225 17413447 + 0 NA intron (NM_022166, intron 2 of 11) intron (NM_022166, intron 2 of 11) 160902 NM_022166 64131 Hs.22907 NM_022166 ENSG00000103489 XYLT1 DBQD2|PXYLT1|XT-I|XT1|XTI|XYLTI|xylT-I xylosyltransferase 1 protein-coding 1.076 0.819 nan 0.217 0.101 0.318 0.037 0.173 0.283 0.163 0.074 0.043 0.045 0.057 0.074 0.355 0.082 0.092 0.054 0.010 0.010 0.021 0.113 0.081 0.043 0.007 0.018 0.019 0.137 0.022 0.729 2.885 0.182 3.260 0.015 0.174 0.019 0.034 0.059 0.006 0.400 0.072 0.016 0.024 0.029 0.390 0.065 0.093 0.106 0.029 0.012 2.351 0.355 0.019 0.019 0.043 0.294 0.967 0.119 0.021 0.079 0.033 0.031 0.772 0.023 0.018 0.008 0.318 0.249 0.127 0.434 0.292 0.346 0.166 0.069 0.106 0.083 0.429 0.755 1.925 2.282 nan 0.330 0.119 0.160 0.071 0.116 0.350 0.800 0.677 0.559 4573 chr17 7460460 7466498 + 0 NA exon (NM_003808, exon 4 of 6) exon (NM_003808, exon 4 of 6) -1830 NM_015670 26168 Hs.513926 NM_015670 ENSG00000161956 SENP3 SMT3IP1|SSP3|Ulp1 SUMO specific peptidase 3 protein-coding 3.396 2.292 2.220 2.462 2.258 4.755 3.360 1.726 2.689 1.534 1.680 1.450 0.909 2.704 1.161 2.988 1.313 0.106 3.499 1.244 3.666 0.688 1.427 0.757 3.984 0.916 0.926 0.763 2.402 0.719 4.127 7.207 6.947 4.396 1.010 3.647 0.368 6.321 0.372 0.916 0.534 5.951 2.157 1.235 2.222 3.290 1.990 1.282 3.620 3.141 3.081 2.901 2.988 4.219 5.184 3.984 2.563 1.288 0.996 5.137 4.999 3.030 0.558 1.598 1.530 1.197 0.649 4.043 4.817 2.937 4.505 4.251 3.902 5.876 2.176 4.618 4.588 2.126 3.082 6.971 8.219 1.588 1.835 1.674 2.142 1.979 2.079 2.555 3.897 2.094 0.890 4140 chr15 92395238 92412053 + 0 NA intron (NR_135775, intron 1 of 10) MIRc|SINE|MIR 6115 NR_135775 28232 Hs.311187 NM_013272 ENSG00000176463 SLCO3A1 OATP-D|OATP-RP3|OATP3A1|OATPD|OATPRP3|SLC21A11 solute carrier organic anion transporter family member 3A1 protein-coding nan nan nan 2.275 0.944 0.596 1.999 0.398 0.784 1.013 2.054 2.218 0.007 0.225 0.700 1.398 0.657 0.144 0.019 0.138 0.025 0.401 0.343 1.070 1.622 1.559 0.084 3.469 1.432 0.632 1.447 1.149 2.896 1.382 0.177 0.491 0.354 0.096 0.714 0.797 1.012 0.169 0.116 1.937 0.651 1.936 0.321 1.446 0.029 0.056 0.581 1.398 0.039 0.061 1.070 0.431 0.236 0.319 0.796 0.432 1.498 0.518 0.109 0.552 0.655 0.454 1.038 1.617 2.048 2.049 1.988 2.103 nan 1.043 5.704 5.780 1.707 2.488 1.333 1.813 nan 4.710 0.643 0.880 1.255 1.382 0.169 nan 0.567 0.378 10281 chr7 30588324 30604880 + 0 NA intron (NR_038889, intron 5 of 6) L2b|LINE|L2 20793 NR_038889 401320 Hs.561708 NR_038889 LOC401320 - uncharacterized LOC401320 ncRNA 1.868 3.875 2.315 0.541 0.396 0.582 0.665 0.522 0.967 0.427 0.296 0.222 0.071 0.134 0.632 6.098 0.450 0.078 0.556 0.367 0.057 0.042 0.965 0.570 1.806 0.582 0.320 0.062 0.339 0.453 1.598 4.921 1.363 6.650 0.966 0.461 0.735 0.132 0.197 0.276 1.048 0.999 0.121 0.076 0.350 0.462 0.839 0.628 0.226 0.156 1.629 0.929 6.098 0.612 0.187 1.806 0.392 0.115 0.319 0.122 0.289 0.879 0.387 0.199 0.851 0.504 0.342 0.803 0.833 1.379 1.938 1.242 nan 6.271 3.894 0.696 0.772 0.957 nan nan nan 0.608 0.453 0.439 0.812 2.901 3.565 0.410 nan 2.260 1.504 11424 chr9 5443622 5460515 + 0 NA intron (NM_014143, intron 1 of 6) AluSx1|SINE|Alu 1565 NM_001267706 29126 Hs.521989 NM_014143 ENSG00000120217 CD274 B7-H|B7H1|PD-L1|PDCD1L1|PDCD1LG1|PDL1 CD274 molecule protein-coding 0.684 2.130 0.910 2.068 0.249 0.151 4.251 0.237 0.411 0.334 0.582 0.274 0.102 0.059 0.153 0.244 0.344 0.085 2.980 1.691 0.385 0.194 0.183 0.233 1.819 1.383 0.108 3.786 0.915 1.117 1.120 1.324 0.876 2.239 0.541 0.011 0.096 0.086 1.516 0.047 0.114 0.568 0.281 4.926 2.484 1.208 0.398 0.333 0.364 0.883 0.872 0.244 1.033 1.376 0.233 0.451 0.193 0.064 0.072 0.175 0.749 0.065 0.051 1.522 0.167 0.063 0.221 0.143 1.049 1.210 0.529 0.652 0.446 0.156 0.738 0.772 0.364 0.588 0.518 0.511 0.495 0.250 0.278 0.365 0.112 0.129 0.253 nan 1.214 1.182 11244 chr8 121814782 121826904 + 0 NA intron (NM_021021, intron 1 of 6) MIRc|SINE|MIR 3466 NM_021021 6641 Hs.46701 NM_021021 ENSG00000172164 SNTB1 59-DAP|A1B|BSYN2|DAPA1B|SNT2|SNT2B1|TIP-43 syntrophin beta 1 protein-coding nan nan nan 1.502 0.497 6.374 0.218 0.199 0.467 0.016 0.785 0.734 0.527 2.017 0.262 0.282 1.490 0.160 0.640 0.313 0.977 0.023 0.128 0.080 0.771 0.779 0.491 0.013 1.881 1.013 6.123 7.498 3.193 nan 0.563 0.208 0.008 0.394 0.080 0.665 0.007 0.076 0.136 0.186 1.295 0.338 0.104 4.281 0.806 0.930 1.924 1.154 0.282 1.096 0.011 0.771 0.424 0.062 0.024 0.548 0.204 0.097 0.113 0.062 0.132 1.723 1.483 0.470 0.574 1.117 2.039 0.880 0.996 1.345 0.277 nan nan 0.248 0.442 2.277 2.877 0.463 0.432 0.360 0.856 0.132 0.211 0.190 0.876 0.372 0.398 4876 chr17 55535776 55555461 + 0 NA intron (NM_170721, intron 5 of 9) AluY|SINE|Alu 55340 NR_110808 101927557 Hs.639984 NR_110808 ENSG00000266100 LOC101927557 - uncharacterized LOC101927557 ncRNA 1.720 1.292 1.423 0.574 0.382 1.419 0.496 1.276 2.216 0.029 0.190 0.229 0.028 0.091 0.716 1.034 0.375 0.066 0.344 0.272 0.033 0.056 0.220 0.179 0.725 0.195 0.110 0.114 0.097 0.538 0.197 1.239 0.111 1.453 0.111 0.138 0.509 0.081 0.099 0.048 0.497 0.164 0.126 0.075 0.094 0.062 0.113 0.198 0.715 0.168 1.203 0.937 1.034 0.150 0.083 0.725 0.043 0.498 0.367 0.093 0.839 0.617 0.160 3.593 0.065 0.038 0.028 0.770 0.865 0.680 0.969 0.915 1.172 1.158 0.326 nan 0.670 0.836 1.195 nan nan 1.317 1.113 0.407 0.658 1.516 1.911 1.572 5.004 0.873 0.687 1449 chr10 42526943 42546574 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 326735 NR_024380 441666 Hs.255729 NR_024380 ENSG00000215146 LOC441666 - zinc finger protein 91 pseudogene pseudo 23.566 27.195 24.940 4.905 9.812 2.143 12.470 10.081 17.176 3.168 7.203 11.455 2.772 7.615 4.865 11.599 11.106 35.597 6.541 2.679 9.576 9.480 8.175 13.190 6.899 7.572 6.083 2.970 7.987 5.341 10.858 9.366 7.213 16.071 4.429 10.556 2.727 5.005 10.289 7.342 3.447 10.368 4.299 3.711 4.716 6.349 14.813 14.134 6.030 4.768 4.945 9.874 11.599 4.055 7.391 6.899 8.872 8.165 2.614 7.345 4.508 5.091 3.989 3.029 3.419 3.424 2.618 22.342 13.119 19.903 27.200 18.594 21.328 11.421 8.620 18.664 18.166 12.805 15.595 15.097 12.589 22.891 9.805 12.127 17.635 4.772 7.401 12.211 14.234 7.529 10.313 7855 chr3 134944268 134959528 + 0 NA intron (NM_004441, intron 12 of 15) THE1C-int|LTR|ERVL-MaLR 437799 NM_004441 2047 Hs.116092 NM_004441 ENSG00000154928 EPHB1 ELK|EPHT2|Hek6|NET EPH receptor B1 protein-coding 0.934 nan nan 0.070 0.305 1.654 0.143 2.174 4.390 0.012 0.060 0.072 0.008 0.079 0.472 0.722 0.116 0.063 0.028 0.008 0.009 0.215 0.178 0.232 0.004 0.015 0.005 0.085 0.014 0.085 0.329 0.093 1.334 0.010 0.045 0.118 0.021 0.067 0.031 0.182 0.078 0.020 0.021 0.057 0.035 0.060 0.129 0.027 0.033 0.026 0.722 0.040 0.121 0.232 0.024 0.021 0.256 0.046 0.053 0.025 0.524 0.058 0.015 0.023 0.007 0.633 0.468 0.642 0.815 1.053 1.075 5.974 1.782 0.279 0.278 0.243 0.383 1.532 1.051 nan 0.265 0.969 1.275 0.275 0.342 0.132 0.272 0.224 0.287 9046 chr5 87774727 87814573 + 0 NA Intergenic LTR16D2|LTR|ERVL -59743 NR_105021 102546226 Hs.535810 NR_105021 ENSG00000250156 LINC02060 - long intergenic non-protein coding RNA 2060 ncRNA 0.844 1.249 0.832 0.072 0.054 0.018 0.092 0.108 0.209 0.012 0.173 0.166 0.017 0.023 0.171 0.053 0.438 0.103 0.068 0.014 0.046 0.014 0.150 0.148 0.030 0.153 0.051 0.013 0.063 0.024 0.095 0.152 0.063 0.358 0.037 0.162 2.299 0.047 0.133 0.050 0.198 0.067 0.034 0.028 0.049 0.029 0.080 0.142 0.055 0.114 0.044 0.027 0.053 0.039 0.027 0.030 0.046 0.031 0.029 0.025 0.119 0.034 0.032 0.174 0.015 0.020 0.017 0.201 0.168 0.331 0.404 0.137 0.177 0.107 0.051 0.110 0.132 1.052 1.259 0.243 0.242 0.517 0.314 0.097 0.192 5.546 7.563 0.218 nan 0.449 0.340 7847 chr3 134066740 134102224 + 0 NA intron (NM_001278683, intron 5 of 9) intron (NM_001278683, intron 5 of 9) 2222 NR_106885 102466744 NR_106885 ENSG00000277723 MIR6827 hsa-mir-6827 microRNA 6827 ncRNA 1.383 nan nan 5.262 0.176 0.216 3.164 0.243 0.544 2.082 1.922 0.983 1.547 0.079 0.111 0.437 2.343 0.340 1.615 0.748 3.405 0.313 0.147 0.194 1.201 2.276 2.520 2.563 2.853 2.060 1.258 2.115 4.678 0.654 0.777 1.042 0.011 1.368 0.088 0.795 0.510 6.350 2.887 1.226 1.537 1.220 2.494 1.888 2.402 2.950 1.173 2.689 0.437 2.556 1.497 1.201 1.126 3.147 0.150 4.988 0.080 1.774 0.153 0.411 1.693 2.261 1.614 0.804 1.290 2.996 5.826 2.408 2.576 0.880 0.291 0.493 0.517 0.841 1.363 0.618 0.808 nan 0.969 0.415 0.605 0.061 0.090 0.867 1.537 0.464 0.448 2873 chr12 96016249 96048384 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -10715 NR_077225 100132594 Hs.676211 NR_077225 ENSG00000257150 PGAM1P5 - phosphoglycerate mutase 1 pseudogene 5 pseudo 0.763 0.900 0.663 2.828 0.124 0.059 0.882 0.129 0.294 1.682 0.179 1.059 0.753 0.131 0.094 0.271 3.189 0.479 0.590 0.283 0.432 0.021 0.269 0.247 0.473 0.667 0.340 0.131 0.190 0.329 0.325 0.814 0.407 nan 0.444 0.501 0.033 0.084 0.137 0.060 0.035 0.582 0.184 0.117 0.268 0.181 1.502 0.316 1.502 0.237 0.499 1.507 0.271 0.691 0.199 0.473 0.528 2.076 0.021 0.160 0.238 0.641 0.028 0.211 0.138 0.306 0.135 0.252 0.227 1.689 5.994 0.636 0.731 0.353 0.125 0.315 0.309 0.389 nan 0.354 nan 0.383 0.176 0.137 0.200 0.131 0.209 0.383 0.690 0.949 0.849 6757 chr2 238336166 238347224 + 0 NA Intergenic Intergenic -18845 NM_057166 1293 Hs.233240 NM_004369 ENSG00000163359 COL6A3 BTHLM1|DYT27|UCMD1 collagen type VI alpha 3 chain protein-coding 0.846 nan 0.652 0.509 0.644 1.087 4.647 0.665 1.186 0.009 0.921 1.469 0.019 1.183 0.197 0.082 0.058 0.856 1.082 0.031 0.012 0.014 0.082 0.126 1.475 0.888 0.040 1.122 0.971 0.168 0.566 0.140 1.123 1.915 0.049 0.110 0.040 0.093 1.684 0.134 3.737 0.087 0.073 0.394 0.314 0.673 6.826 0.125 0.160 0.078 0.467 0.197 0.420 0.495 0.126 0.206 0.585 0.017 0.131 0.072 1.098 0.018 0.033 5.731 0.026 0.001 0.319 0.237 0.167 0.240 0.452 0.403 1.956 0.542 0.100 0.172 0.241 0.288 1.080 nan 0.398 0.255 0.188 0.214 0.467 0.399 0.156 0.187 1.846 1.070 8663 chr4 184358800 184366976 + 0 NA Intergenic Intergenic -2856 NM_017632 55602 Hs.592508 NM_017632 ENSG00000168564 CDKN2AIP CARF CDKN2A interacting protein protein-coding nan 3.760 nan 3.030 2.436 1.667 3.122 1.409 3.566 2.277 2.539 1.033 1.296 0.829 2.171 2.124 1.662 0.216 3.089 1.273 1.782 1.945 1.221 0.526 4.377 2.161 2.220 0.648 3.367 2.295 3.553 4.714 3.087 4.022 1.584 1.734 0.445 2.084 0.095 1.114 2.026 1.299 3.374 1.860 2.754 1.642 1.618 3.297 1.846 1.566 1.560 1.314 2.124 4.729 5.845 4.377 1.536 2.429 0.632 1.232 1.093 3.569 0.838 0.743 1.230 0.762 0.597 3.370 2.897 4.351 7.151 4.819 4.028 6.872 3.627 4.531 4.167 1.230 1.386 4.012 6.318 3.290 4.009 2.187 3.129 2.509 2.367 2.491 2.405 1.789 1.010 1314 chr10 10353673 10360585 + 0 NA Intergenic Intergenic 147183 NR_120637 101928322 Hs.576789 NR_120637 ENSG00000270111 LOC101928322 - uncharacterized LOC101928322 ncRNA nan 0.600 0.879 0.011 0.088 0.008 0.069 0.202 0.044 0.041 0.144 0.026 0.074 0.466 0.093 0.078 0.027 0.144 0.138 0.083 0.035 0.021 0.011 0.059 0.015 0.078 0.031 0.245 0.063 0.093 0.040 0.015 0.084 0.017 0.127 0.013 0.031 0.012 0.069 0.058 0.059 0.021 0.469 0.087 0.074 0.032 0.013 0.035 0.335 0.036 0.014 0.017 0.015 0.142 0.044 0.022 0.025 0.007 0.981 0.745 9.843 5.790 0.166 0.192 0.347 0.165 0.270 0.216 0.405 0.549 0.121 0.188 0.144 0.063 0.299 0.462 0.031 0.036 0.253 0.331 0.084 0.160 2748 chr12 64797487 64800136 + 0 NA intron (NM_007235, intron 1 of 24) CpG 683 NM_007235 11260 Hs.85951 NM_007235 ENSG00000184575 XPOT XPO3 exportin for tRNA protein-coding 7.772 3.408 5.317 8.857 9.582 4.664 3.990 6.652 9.733 2.216 5.705 6.328 2.624 1.849 11.466 8.466 6.364 0.797 5.378 1.875 4.843 9.027 3.729 2.306 9.742 3.928 4.408 4.877 6.571 2.726 12.369 13.651 5.320 14.379 2.721 7.452 2.702 6.938 0.307 2.859 7.412 5.570 7.712 3.077 4.087 3.337 4.810 13.176 7.647 8.698 5.005 4.961 8.466 6.301 8.170 9.742 4.686 4.763 2.599 10.883 4.996 3.522 3.607 4.286 2.580 5.424 4.114 9.001 10.566 6.582 10.717 13.005 nan 12.249 6.294 27.514 27.206 6.305 7.661 16.440 21.478 13.063 17.283 14.464 19.387 12.144 12.547 12.634 11.807 6.138 3.475 1798 chr11 11982561 12021242 + 0 NA intron (NM_001018057, intron 3 of 6) MamRep605|Unknown|Unknown 28285 NM_001018057 27122 Hs.292156 NM_013253 ENSG00000050165 DKK3 REIC|RIG dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 3 protein-coding 1.041 nan 3.062 0.178 0.180 0.117 2.899 0.149 0.238 0.064 0.857 0.959 0.011 0.054 0.164 0.467 1.080 0.096 0.423 0.351 0.106 0.007 0.153 0.103 0.359 2.026 1.542 0.499 0.600 1.429 0.262 0.899 0.149 0.414 0.577 0.189 0.185 0.040 0.072 1.094 0.123 2.080 1.820 0.873 0.691 0.326 0.127 2.937 0.493 0.835 0.311 0.523 0.467 0.355 2.112 0.359 0.152 0.103 0.107 0.241 0.071 1.024 0.054 0.035 2.969 0.442 0.328 nan 1.425 0.355 0.518 0.645 0.737 0.607 0.261 0.518 0.591 0.944 nan 0.259 0.294 0.770 0.866 0.337 0.423 0.575 0.841 0.210 0.315 0.827 nan 5102 chr18 266486 269746 + 0 NA promoter-TSS (NM_005131) promoter-TSS (NM_005131) -57 NM_005131 9984 Hs.712543 NM_005131 ENSG00000079134 THOC1 HPR1|P84|P84N5 THO complex 1 protein-coding 6.683 4.070 4.318 4.130 5.881 2.745 2.479 2.016 3.593 1.584 3.788 4.025 0.838 3.374 1.885 2.299 2.115 0.222 4.249 1.925 3.181 1.064 2.215 1.057 16.020 1.902 1.906 2.176 3.460 1.685 4.774 5.246 4.065 nan 1.659 2.374 1.220 3.914 0.260 1.413 1.629 5.616 5.641 2.343 2.235 1.626 3.016 3.460 2.746 4.670 2.531 3.025 2.299 6.701 4.540 16.020 1.614 3.073 1.607 7.130 2.552 2.056 0.876 1.873 1.385 1.216 0.669 6.268 6.239 7.448 11.397 14.101 10.360 12.888 6.147 19.001 21.891 2.439 nan 8.557 13.026 nan 6.607 2.356 4.085 8.002 7.210 4.782 nan nan 3.237 2535 chr12 22559033 22591237 + 0 NA Intergenic L1PA13|LINE|L1 -87487 NM_003034 6489 Hs.408614 NM_003034 ENSG00000111728 ST8SIA1 GD3S|SIAT8|SIAT8-A|SIAT8A|ST8SiaI ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2,8-sialyltransferase 1 protein-coding nan nan nan 0.151 0.180 0.116 1.080 0.089 0.127 0.573 0.119 1.098 0.223 0.054 0.041 0.067 0.255 0.066 0.890 0.512 0.031 0.078 0.122 0.089 0.892 0.589 0.009 0.151 0.329 0.290 1.124 5.698 1.220 0.447 0.057 0.009 0.044 0.091 0.124 0.017 0.040 0.034 0.022 0.403 0.040 0.990 0.290 0.081 0.066 0.120 0.371 0.067 1.647 0.017 0.089 0.190 0.775 0.012 0.041 0.018 0.412 0.045 0.058 0.224 0.011 0.006 0.138 0.092 1.291 2.592 0.234 0.269 0.291 0.167 0.397 0.314 0.268 0.433 0.202 0.244 0.346 0.150 0.108 0.142 0.046 0.058 0.200 0.285 0.169 0.234 11793 chr9 130859417 130863453 + 0 NA intron (NR_049766, intron 1 of 9) intron (NR_049766, intron 1 of 9) 674 NM_052901 114789 Hs.5476 NM_052901 ENSG00000148339 SLC25A25 MCSC|PCSCL|SCAMC-2 solute carrier family 25 member 25 protein-coding nan 2.078 2.863 3.425 1.189 0.682 1.089 0.609 1.265 0.401 2.407 1.368 1.200 0.298 0.549 1.435 2.465 0.119 2.834 0.753 0.487 0.034 1.154 0.379 1.231 1.129 0.922 1.893 2.608 0.856 1.556 3.295 0.876 1.274 1.022 2.908 0.256 0.546 0.092 0.656 0.508 1.547 1.931 0.927 1.054 0.992 1.481 1.387 2.115 0.455 1.742 1.949 1.435 9.941 0.142 1.231 0.519 2.083 0.631 0.576 1.550 1.425 0.049 0.305 0.716 1.655 0.788 0.889 1.074 2.693 6.811 2.076 1.779 nan 0.542 0.660 0.765 0.633 0.895 1.820 3.586 2.321 2.143 0.760 0.526 1.341 1.652 1.038 1.906 2.178 1.601 522 chr1 94309225 94314730 + 0 NA promoter-TSS (NR_030621) promoter-TSS (NR_030621) -411 NR_030621 100126348 NR_030621 ENSG00000211575 MIR760 MIRN760|hsa-mir-760|mir-760 microRNA 760 ncRNA nan nan 5.202 3.773 2.696 3.073 1.313 2.653 5.038 1.632 3.483 2.492 1.399 12.695 3.115 4.493 1.809 0.447 2.744 1.069 4.545 2.593 1.568 0.976 4.535 1.458 1.644 2.411 3.285 0.804 3.488 5.146 2.407 10.499 1.781 3.509 0.569 4.579 0.162 0.814 2.771 10.601 2.534 1.136 1.520 1.635 4.985 2.761 3.648 4.558 2.135 4.569 4.493 4.670 7.456 4.535 1.377 1.840 0.546 6.228 2.160 1.801 1.680 2.696 1.284 2.092 1.200 3.129 4.514 1.788 3.004 9.021 nan 9.342 3.872 8.367 8.794 4.658 nan 11.173 17.476 nan 6.190 1.604 4.356 4.082 2.604 5.967 5.492 3.349 1.957 7817 chr3 127493075 127524294 + 0 NA intron (NM_001003794, intron 2 of 7) intron (NM_001003794, intron 2 of 7) 33041 NM_007283 11343 Hs.277035 NM_007283 ENSG00000074416 MGLL HU-K5|HUK5|MAGL|MGL monoglyceride lipase protein-coding 1.794 nan 1.445 0.334 0.410 3.393 2.543 0.435 0.894 0.083 0.330 0.065 0.030 0.784 1.473 0.330 0.907 0.288 0.987 0.528 0.851 0.035 1.900 0.915 0.518 1.736 0.978 0.197 2.455 1.497 0.449 1.530 0.395 1.464 0.243 0.078 0.207 0.063 0.083 0.503 0.763 0.603 1.449 0.782 1.159 1.143 0.328 0.470 0.680 0.320 0.242 0.799 0.330 0.938 0.325 0.518 0.161 0.638 0.724 0.225 0.442 0.748 0.222 0.241 0.395 0.066 0.011 0.463 0.660 0.207 0.406 1.246 1.040 2.645 0.919 0.355 0.390 2.170 nan 1.618 1.345 2.556 2.105 0.407 0.626 0.531 0.591 0.502 0.880 2.411 1.153 1423 chr10 32633117 32642829 + 0 NA intron (NR_104163, intron 1 of 1) intron (NR_104163, intron 1 of 1) 1681 NR_104163 102031319 Hs.128132 NR_104163 ENSG00000229327 LOC102031319 - uncharacterized LOC102031319 ncRNA 3.292 2.773 3.277 2.726 1.429 2.233 1.802 2.543 4.529 0.946 3.562 1.726 1.528 0.950 2.105 2.214 4.929 0.489 2.405 0.752 3.793 3.296 1.039 0.535 6.046 1.304 2.463 2.050 2.486 1.551 2.526 3.367 2.415 4.774 0.844 1.756 0.577 2.507 0.127 1.416 2.177 1.270 3.664 1.356 1.995 2.061 2.278 2.303 3.386 2.205 2.051 2.262 2.214 3.870 2.168 6.046 2.190 2.734 0.548 2.576 1.760 2.278 1.092 1.456 1.868 1.939 1.702 6.067 5.296 5.618 nan 6.028 6.185 4.250 4.410 9.313 10.155 3.064 3.940 4.501 7.213 3.596 4.067 4.809 5.987 3.188 3.135 5.627 2.799 1.626 1.035 2412 chr12 3202076 3226411 + 0 NA intron (NM_006675, intron 2 of 8) intron (NM_006675, intron 2 of 8) 27722 NM_006675 10867 Hs.504517 NM_006675 ENSG00000011105 TSPAN9 NET-5|NET5|PP1057 tetraspanin 9 protein-coding 1.504 nan nan 0.084 0.251 0.550 0.114 0.125 0.237 0.016 0.158 0.164 0.013 0.062 0.151 0.491 0.622 0.198 0.118 0.039 0.025 0.063 0.162 0.191 0.158 0.083 0.054 0.082 0.084 0.017 0.115 0.253 0.089 1.019 0.024 0.095 0.161 0.092 0.100 0.059 0.229 0.064 0.061 0.036 0.126 0.169 0.330 0.182 0.193 0.029 0.114 0.491 0.108 0.038 0.158 0.026 0.044 0.411 0.260 0.070 0.290 0.033 2.055 0.362 0.026 0.014 0.310 0.323 0.259 0.367 nan 0.627 0.690 0.292 0.318 0.356 0.886 1.460 0.374 0.597 2.260 1.977 0.311 0.280 0.512 0.476 1.916 nan 1.300 0.882 7116 chr20 62579230 62590789 + 0 NA non-coding (NR_027287, exon 1 of 1) non-coding (NR_027287, exon 1 of 1) 272 NR_027287 100113386 Hs.551552 NR_027287 ENSG00000280213 UCKL1-AS1 UCKL1-AS|UCKL1AS|UCKL1OS UCKL1 antisense RNA 1 ncRNA 3.007 3.040 3.981 1.891 3.419 1.734 1.056 1.067 1.908 0.817 2.263 0.653 0.536 1.424 2.904 1.350 0.663 0.208 1.632 0.656 2.498 0.824 0.831 0.459 2.188 0.763 0.849 1.271 1.773 0.647 3.272 4.918 1.890 6.096 0.922 1.691 0.231 1.643 0.119 0.694 1.101 3.362 1.710 1.028 0.815 0.684 2.100 1.144 1.958 3.128 1.193 1.157 1.350 2.144 2.442 2.188 1.220 0.909 1.626 4.965 2.643 1.302 1.990 1.264 0.889 0.623 0.386 4.962 nan 1.462 2.007 3.424 3.404 3.813 1.369 9.666 10.364 2.205 3.515 4.626 6.821 2.598 3.172 1.863 3.325 1.229 1.287 2.034 2.721 2.220 1.391 6917 chr20 30669307 30680535 + 0 NA intron (NM_001172133, intron 10 of 13) intron (NM_001172133, intron 10 of 13) -22388 NM_014742 9777 Hs.654665 NM_014742 ENSG00000101337 TM9SF4 dJ836N17.2 transmembrane 9 superfamily member 4 protein-coding 0.938 0.968 0.666 0.115 0.228 0.025 0.063 0.100 0.249 0.017 0.158 0.024 0.016 0.036 0.127 0.091 0.187 0.143 0.104 0.027 0.039 0.059 0.068 0.053 0.235 0.072 0.039 0.073 0.072 0.010 0.108 nan 0.170 0.521 0.053 0.120 0.034 0.236 0.115 0.030 0.036 0.137 0.049 0.021 0.068 0.068 0.094 0.196 0.123 0.156 0.021 0.071 0.091 0.097 0.016 0.235 0.065 0.058 0.218 0.128 0.051 0.064 0.963 0.073 0.033 0.041 0.018 4.724 4.959 7.362 1.898 0.331 nan 1.355 0.413 0.211 0.240 0.390 0.693 0.337 0.502 0.607 0.364 1.696 3.050 0.149 0.260 0.226 nan 0.355 0.334 2017 chr11 65767594 65771378 + 0 NA promoter-TSS (NM_003860) promoter-TSS (NM_003860) -64 NM_003860 8815 Hs.433759 NM_003860 ENSG00000175334 BANF1 BAF|BCRP1|D14S1460|NGPS barrier to autointegration factor 1 protein-coding nan 2.410 2.157 5.493 6.594 3.296 4.433 3.305 5.207 2.320 5.174 3.042 1.785 2.005 3.688 5.013 2.127 0.381 4.099 1.290 3.969 2.064 1.618 1.187 4.608 3.798 4.529 2.377 3.184 1.918 5.851 7.251 4.370 11.175 2.690 3.807 1.355 4.954 0.082 1.871 2.433 14.583 9.172 4.058 5.109 2.691 6.443 6.327 4.849 4.697 1.812 3.286 5.013 3.386 8.224 4.608 2.256 3.476 1.215 4.988 2.977 3.695 2.802 1.546 3.263 2.232 1.730 5.456 5.746 5.575 7.750 5.732 6.278 5.909 2.354 7.737 8.083 3.937 5.420 6.919 7.686 4.700 5.108 4.179 8.023 3.810 4.620 3.042 4.725 2.850 1.533 10219 chr7 20996066 21006579 + 0 NA intron (NR_126381, intron 2 of 4) intron (NR_126381, intron 2 of 4) 126272 NR_126381 104355138 Hs.650722 NR_126381 ENSG00000232790 LINC01162 - long intergenic non-protein coding RNA 1162 ncRNA 1.392 2.522 2.830 0.117 1.282 0.042 0.222 2.715 4.515 0.067 0.034 0.012 0.114 1.462 0.760 0.086 0.108 0.171 0.018 0.029 0.013 1.282 0.756 1.299 0.013 0.014 0.021 0.240 0.094 2.152 4.330 8.038 2.806 0.293 0.087 2.426 0.082 0.167 0.023 0.175 0.096 0.012 0.014 0.072 0.189 0.502 0.132 0.027 0.061 0.083 0.330 0.760 0.141 0.027 1.299 0.116 0.157 0.083 0.044 0.416 0.106 0.103 0.012 0.107 0.016 0.014 0.691 0.332 0.379 nan 1.253 1.435 2.766 1.656 0.379 0.361 0.530 0.848 0.742 0.771 0.561 0.236 0.432 0.323 5.590 10.704 0.136 nan 1.507 0.663 8565 chr4 140921141 140960833 + 0 NA intron (NM_018717, intron 1 of 5) intron (NM_018717, intron 1 of 5) -108182 NR_147610 101927516 Hs.662570 NR_147610 LOC101927516 - uncharacterized LOC101927516 ncRNA 1.055 1.111 1.127 0.240 1.765 0.383 0.535 1.011 1.986 0.017 0.490 0.945 0.014 0.519 0.199 0.443 0.212 0.106 0.275 0.158 1.320 0.017 0.722 0.345 1.277 1.099 0.683 0.038 0.162 0.246 0.653 1.152 0.385 0.879 0.297 1.737 0.218 0.044 0.091 0.224 0.294 0.051 0.043 0.027 0.148 0.114 0.731 0.213 1.152 0.070 1.197 1.025 0.443 0.154 0.909 1.277 0.549 1.053 0.167 0.044 0.656 0.129 0.372 0.192 0.081 0.012 0.009 0.355 0.398 0.283 0.315 1.476 1.372 3.602 1.088 0.145 0.138 2.861 3.280 1.426 1.818 0.739 0.470 0.464 0.754 1.109 1.600 0.592 1.370 1.324 0.731 4031 chr15 69104212 69115848 + 0 NA intron (NM_006305, intron 1 of 6) CpG 3231 NM_006305 8125 Hs.458747 NM_006305 ENSG00000140350 ANP32A C15orf1|HPPCn|I1PP2A|LANP|MAPM|PHAP1|PHAPI|PP32 acidic nuclear phosphoprotein 32 family member A protein-coding 5.121 3.618 nan 4.949 3.962 3.189 3.014 3.625 6.861 2.257 4.856 2.937 5.788 2.747 5.437 4.963 3.440 0.262 3.411 0.914 5.826 7.001 3.363 1.605 7.511 2.726 4.352 3.190 3.125 1.606 7.036 7.985 3.943 14.531 1.845 4.762 1.336 4.026 0.115 1.432 3.896 6.660 4.159 1.527 2.529 2.292 3.374 5.485 7.564 4.726 4.477 5.776 4.963 3.264 3.545 7.511 3.220 2.459 2.199 5.539 2.963 3.138 3.219 2.860 2.977 2.321 1.220 5.099 5.571 6.866 8.775 7.056 5.419 nan 1.657 8.177 8.017 3.714 4.713 4.406 7.111 12.422 14.537 3.297 7.435 3.784 4.007 6.499 5.863 1.581 1.199 2661 chr12 50593774 50620676 + 0 NA intron (NM_001113546, intron 4 of 10) MIRb|SINE|MIR 9263 NM_001113547 51474 Hs.525419 NM_016357 ENSG00000050405 LIMA1 EPLIN|SREBP3 LIM domain and actin binding 1 protein-coding nan 1.539 1.094 0.389 0.736 0.810 3.101 0.473 0.990 1.476 0.501 0.788 2.977 0.276 1.982 0.749 1.539 0.469 3.126 1.320 0.691 0.208 0.582 0.303 0.853 1.300 0.824 1.839 1.630 1.708 0.541 1.494 1.412 0.378 1.001 1.056 0.093 0.065 0.079 0.325 0.174 1.643 3.124 1.300 0.969 1.948 1.869 1.439 0.523 1.102 0.109 1.616 0.749 2.576 1.062 0.853 0.337 2.828 0.209 1.085 0.312 2.068 0.222 0.330 0.534 2.336 2.389 nan 0.309 3.536 3.954 0.989 nan 2.825 1.290 2.694 2.945 0.862 nan 2.633 nan 0.756 0.496 0.294 0.568 0.576 0.628 0.780 2.004 1.796 1.105 2884 chr12 97843622 97872288 + 0 NA promoter-TSS (NR_024037) promoter-TSS (NR_024037) -843 NR_024037 196475 Hs.652568 NR_024037 ENSG00000255794 RMST LINC00054|NCRMS|NCRNA00054 rhabdomyosarcoma 2 associated transcript (non-protein coding) ncRNA 0.740 0.808 0.537 0.093 0.122 2.011 0.038 0.279 0.601 0.007 0.076 0.032 0.022 0.032 1.748 0.284 0.153 0.101 0.052 0.007 0.011 0.024 2.578 2.454 1.041 0.012 0.008 0.013 0.075 0.004 0.070 0.125 0.050 nan 0.061 0.136 0.256 0.029 0.106 0.020 0.047 0.048 0.008 0.014 0.012 0.021 0.067 0.175 0.025 0.047 0.008 0.067 0.284 0.044 0.026 1.041 0.081 0.078 0.027 0.028 1.297 0.014 0.097 0.074 0.013 0.022 0.009 0.400 0.397 0.296 0.253 1.378 1.333 1.380 0.544 0.201 0.226 1.450 nan 0.773 nan 0.346 0.159 0.180 0.251 1.811 1.304 0.158 0.191 7.417 4.174 10188 chr7 15469872 15474929 + 0 NA intron (NM_001004320, intron 3 of 12) intron (NM_001004320, intron 3 of 12) 129240 NM_001004320 392636 Hs.670634 NM_001004320 ENSG00000187546 AGMO TMEM195 alkylglycerol monooxygenase protein-coding nan 1.518 nan 0.158 1.356 0.011 0.014 1.112 1.748 0.058 0.036 1.324 0.087 0.205 0.162 0.003 0.064 0.038 0.013 0.027 1.738 0.702 0.718 0.068 0.047 0.126 0.167 0.304 0.096 0.565 0.042 0.167 0.031 0.095 0.016 0.046 0.173 0.040 0.015 0.050 0.205 0.028 0.056 0.718 0.048 0.079 0.019 0.012 0.562 0.047 0.026 0.049 0.031 nan 0.227 0.119 0.218 0.612 0.841 10.729 8.564 0.482 0.463 0.527 0.720 4.496 3.009 0.242 0.105 0.097 0.269 3.969 7.754 0.231 0.411 1.481 0.785 3841 chr14 105063858 105072321 + 0 NA intron (NM_001286390, intron 1 of 3) intron (NM_001286390, intron 1 of 3) 3008 NM_001286390 388021 Hs.652298 NM_207379 ENSG00000258986 TMEM179 C14orf90|TMEM179A transmembrane protein 179 protein-coding 2.993 2.833 0.568 0.049 0.665 8.314 0.008 0.928 2.117 0.138 0.011 0.007 0.093 0.357 4.655 0.178 0.090 0.025 0.022 0.022 0.016 1.429 0.745 0.469 0.057 0.060 0.095 0.040 0.013 0.151 0.132 0.082 4.109 0.017 0.339 0.190 0.128 0.120 0.141 0.065 0.071 0.009 0.013 0.045 0.012 0.231 0.038 0.059 0.037 0.094 4.655 0.034 0.011 0.469 0.043 0.048 1.219 0.159 0.228 0.056 0.526 0.029 0.036 0.015 0.012 2.562 3.336 0.622 1.234 10.036 9.113 4.492 2.095 0.055 0.027 1.375 1.667 5.842 8.773 2.248 2.193 1.777 1.878 0.819 0.895 0.119 0.139 2.713 1.660 8748 chr5 9237945 9246121 + 0 NA intron (NM_003966, intron 5 of 22) intron (NM_003966, intron 5 of 22) -188026 NR_039779 100616326 NR_039779 ENSG00000266415 MIR4636 mir-4636 microRNA 4636 ncRNA 0.644 1.134 1.256 0.182 0.148 0.020 0.078 0.059 0.147 0.036 0.057 0.046 0.015 0.049 0.071 0.032 0.192 0.039 0.375 0.275 0.017 0.094 0.142 0.029 0.017 0.002 0.159 0.013 0.108 0.066 0.527 0.460 0.036 0.926 0.024 0.013 0.154 0.030 0.049 0.072 0.022 0.019 0.056 0.046 0.247 0.197 0.030 0.017 0.029 0.172 0.032 0.091 0.011 0.029 0.207 0.131 0.028 0.062 0.175 1.364 0.015 0.009 0.070 0.057 5.034 4.617 5.986 nan 0.403 0.500 0.111 0.073 0.092 0.046 0.292 0.468 nan 0.429 nan 0.312 2.677 3.896 0.065 0.082 0.187 0.408 0.604 nan 1324 chr10 12083592 12085979 + 0 NA promoter-TSS (NM_015542) promoter-TSS (NM_015542) 55 NM_015542 26019 Hs.370689 NM_015542 ENSG00000151461 UPF2 HUPF2|RENT2|smg-3 UPF2, regulator of nonsense mediated mRNA decay protein-coding nan 4.329 5.506 6.475 7.490 3.057 5.053 3.331 7.458 2.799 4.155 4.823 1.955 2.050 4.488 7.274 9.851 0.738 6.105 2.859 9.099 8.933 2.977 0.995 7.268 4.384 6.462 5.771 6.198 3.713 4.739 8.573 4.999 12.435 2.326 5.820 1.446 5.730 0.179 5.078 2.427 4.908 10.431 4.472 4.553 1.670 3.522 8.727 8.374 4.902 4.493 8.096 7.274 6.401 5.023 7.268 5.040 4.270 1.646 9.557 3.274 6.517 2.949 3.270 6.904 6.156 4.201 12.037 11.409 11.499 15.730 9.013 11.306 16.264 12.474 13.112 13.852 6.405 7.356 10.478 17.905 8.117 7.477 8.066 10.208 5.389 6.952 7.906 7.453 3.767 1.634 11483 chr9 19229235 19234111 + 0 NA intron (NR_073201, intron 1 of 31) intron (NR_073201, intron 1 of 31) 910 NM_017925 55667 Hs.249591 NM_017925 ENSG00000137145 DENND4C C9orf55|C9orf55B|RAB10GEF|bA513M16.3 DENN domain containing 4C protein-coding nan 8.383 3.365 3.904 5.167 3.641 2.655 2.037 4.273 1.738 1.556 1.786 2.980 1.866 4.934 2.626 2.058 0.300 4.406 0.896 2.018 2.185 3.670 1.929 4.561 1.399 1.968 1.269 3.577 0.911 2.339 2.867 3.248 13.139 0.930 3.564 1.483 2.401 0.060 0.465 3.850 2.221 2.797 1.296 2.793 2.477 3.117 4.407 4.921 4.189 2.916 1.620 2.626 3.327 2.051 4.561 1.605 2.230 0.561 1.679 2.537 1.184 5.329 1.443 1.550 1.983 1.324 2.828 4.399 5.931 7.848 8.370 6.927 6.178 2.475 4.411 4.497 2.527 3.054 4.260 7.642 5.238 5.781 4.306 10.724 6.338 4.976 2.677 3.895 4.425 2.638 11781 chr9 129986109 130028059 + 0 NA Intergenic Intergenic -18857 NM_001286779 84253 Hs.29304 NM_032293 ENSG00000136895 GARNL3 bA356B19.1 GTPase activating Rap/RanGAP domain like 3 protein-coding nan nan 1.347 0.146 0.422 0.139 0.112 0.252 0.412 0.048 0.245 0.261 0.049 0.103 0.153 0.249 0.159 0.112 0.344 0.095 0.069 0.063 0.187 0.131 0.354 0.162 0.085 0.225 0.310 0.053 0.214 0.486 0.122 nan 0.091 0.188 0.069 0.204 0.095 0.040 0.135 0.293 0.124 0.080 0.060 0.075 0.255 0.179 0.303 0.505 0.105 0.252 0.249 0.402 0.170 0.354 0.099 0.194 0.141 0.306 0.253 0.159 0.048 0.443 0.063 0.062 0.034 0.345 0.340 0.465 0.612 0.726 0.765 nan 0.285 0.708 0.732 0.413 nan 0.683 0.964 1.244 0.863 0.213 0.304 0.287 0.281 1.136 2.520 nan 0.582 10711 chr7 140203495 140218463 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -31610 NM_001291663 23608 Hs.744883 NM_013446 ENSG00000133606 MKRN1 RNF61 makorin ring finger protein 1 protein-coding 1.745 0.711 2.503 0.111 1.164 1.013 0.192 0.171 0.354 0.109 0.067 0.100 0.121 0.120 2.523 1.247 0.217 0.289 0.292 0.067 0.054 0.064 0.921 0.682 3.815 0.199 0.141 0.118 0.182 0.056 0.184 0.520 0.336 1.759 0.175 0.144 1.171 0.188 0.139 0.090 0.979 0.298 0.101 0.052 0.007 0.203 0.431 0.205 0.403 0.126 0.081 0.285 1.247 0.352 0.117 3.815 0.098 0.213 0.150 0.338 0.708 0.287 3.887 0.082 0.070 0.046 0.024 0.416 0.461 0.285 0.621 4.095 4.282 3.144 0.862 1.988 1.885 0.625 0.869 3.476 3.535 1.201 0.912 1.118 2.819 2.485 2.103 0.267 0.674 3.697 nan 8605 chr4 156587569 156600778 + 0 NA intron (NM_000856, intron 3 of 10) L3|LINE|CR1 5358 NM_001130684 2982 Hs.24258 NM_000856 ENSG00000164116 GUCY1A1 GC-SA3|GUC1A3|GUCA3|GUCSA3|GUCY1A3|MYMY6 guanylate cyclase 1 soluble subunit alpha 1 protein-coding nan 3.528 2.144 0.865 0.081 0.004 0.147 0.074 0.137 0.184 0.176 0.497 3.025 0.281 0.020 0.353 2.254 0.172 0.127 0.043 0.019 0.450 0.329 0.269 0.031 0.005 0.022 0.124 0.081 1.343 2.752 2.160 1.650 0.188 0.115 0.036 0.254 0.080 0.027 0.035 0.078 0.142 0.094 0.314 0.023 0.161 0.075 0.123 0.220 0.299 0.040 0.353 0.087 0.021 0.269 0.526 0.025 0.322 0.091 0.017 0.045 1.748 0.058 0.013 0.008 1.131 1.032 0.738 1.181 0.194 0.162 0.105 0.062 0.909 1.061 0.629 0.756 1.165 1.777 0.433 0.333 0.127 0.145 0.118 0.042 1.491 1.288 0.640 0.542 9879 chr6 122271200 122433376 + 0 NA Intergenic Intergenic -368408 NM_001135564 3298 Hs.158195 NM_004506 ENSG00000025156 HSF2 HSF 2|HSTF 2 heat shock transcription factor 2 protein-coding 0.925 0.740 0.648 0.062 0.118 0.023 0.047 0.106 0.175 0.020 0.073 0.133 0.025 0.030 0.058 0.318 0.079 0.066 0.081 0.026 0.045 6.412 0.063 0.077 0.045 0.015 0.016 0.014 0.044 0.015 0.075 0.164 0.105 0.229 0.036 0.048 0.044 0.105 0.122 0.017 0.037 0.053 0.017 0.012 0.054 0.024 0.203 0.073 0.038 0.077 0.010 0.062 0.318 0.043 0.025 0.045 0.030 0.027 0.030 0.024 0.028 0.019 0.031 0.095 0.021 0.017 0.008 0.357 0.209 0.344 0.410 0.200 0.251 0.245 0.162 0.245 0.242 0.109 0.169 0.181 0.200 0.414 0.165 0.093 0.169 0.163 0.193 0.220 0.410 0.295 0.315 11988 chrX 136435382 136454627 + 0 NA Intergenic Intergenic -203282 NM_001330661 7547 Hs.111227 NM_003413 ENSG00000156925 ZIC3 HTX|HTX1|VACTERLX|ZNF203 Zic family member 3 protein-coding 0.455 0.890 1.122 0.061 0.032 0.023 0.015 0.482 1.027 0.005 0.041 0.019 0.013 0.031 0.046 1.264 0.024 0.033 0.011 0.013 0.238 0.115 0.012 0.011 0.004 0.032 0.011 0.025 0.028 0.078 0.229 0.008 0.028 0.005 0.011 0.037 0.018 0.016 0.039 0.003 0.004 0.036 0.080 0.073 0.034 0.015 0.030 1.264 0.015 0.012 0.025 0.029 0.025 0.021 0.047 0.016 0.032 0.008 0.003 0.005 0.251 0.114 0.160 0.288 0.119 0.142 5.856 3.035 0.121 0.117 0.117 0.200 0.106 0.095 0.293 0.121 0.073 0.095 0.024 0.058 0.131 0.245 1.361 0.772 8567 chr4 141050622 141080578 + 0 NA intron (NM_018717, intron 1 of 5) AluJo|SINE|Alu 9633 NM_018717 55534 Hs.586165 NM_018717 ENSG00000196782 MAML3 CAGH3|ERDA3|GDN|MAM-2|MAM2|TNRC3 mastermind like transcriptional coactivator 3 protein-coding 2.118 1.819 2.770 1.920 3.309 1.523 0.954 1.435 2.756 0.029 1.659 1.394 1.070 0.681 1.705 0.774 0.810 0.112 1.078 0.526 1.980 0.755 1.432 0.845 2.701 1.303 1.276 0.431 0.985 0.862 2.718 4.139 1.978 4.249 0.678 1.275 0.863 0.065 0.089 0.564 1.373 0.736 0.477 0.268 0.806 0.619 2.244 0.847 1.707 0.905 1.026 2.213 0.774 0.908 1.074 2.701 1.200 2.126 0.517 0.587 0.769 0.277 0.892 0.968 0.374 0.062 0.047 0.729 1.146 0.835 1.448 3.324 2.440 3.224 0.916 0.781 0.730 1.996 2.471 2.686 3.066 3.082 3.866 0.639 1.389 2.938 3.555 1.923 3.127 1.854 0.937 8371 chr4 53699761 53709671 + 0 NA Intergenic Intergenic -23779 NM_023940 65997 Hs.8035 NM_023940 ENSG00000128045 RASL11B - RAS like family 11 member B protein-coding nan 0.524 0.734 0.442 0.141 0.648 0.285 0.064 0.303 0.472 0.139 0.829 0.148 0.062 0.098 0.466 1.253 0.147 0.095 0.115 0.006 0.133 0.108 0.084 0.091 0.021 0.045 0.095 0.224 0.081 0.338 0.428 0.383 0.196 0.094 0.010 0.025 0.053 0.190 0.091 0.200 0.079 0.048 0.054 0.124 0.245 0.203 0.098 0.051 0.016 0.176 0.466 0.147 0.085 0.084 0.184 0.050 0.423 0.146 0.258 0.169 0.180 0.061 0.100 0.209 0.168 0.442 0.275 0.803 3.081 0.237 0.214 0.654 0.269 0.275 0.254 4.921 5.334 1.178 1.079 0.508 0.376 0.263 0.471 0.117 0.087 0.126 0.153 1.609 1.487 5496 chr19 4122508 4147853 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -11054 NM_030662 5605 Hs.465627 NM_030662 ENSG00000126934 MAP2K2 CFC4|MAPKK2|MEK2|MKK2|PRKMK2 mitogen-activated protein kinase kinase 2 protein-coding 0.936 0.869 1.126 0.872 0.436 0.165 1.902 0.430 0.738 0.324 1.027 1.097 0.747 0.164 0.459 0.706 0.889 0.311 1.084 0.613 0.569 0.251 0.339 0.214 0.719 2.575 2.505 0.968 1.505 0.839 0.432 1.058 0.443 1.266 0.305 2.710 0.107 0.497 0.079 0.415 0.116 2.905 1.792 0.860 0.552 0.523 1.073 0.965 2.308 1.179 0.882 0.706 0.706 0.979 2.250 0.719 0.491 0.434 0.152 1.702 0.376 2.940 0.118 0.184 0.472 1.483 1.688 0.657 0.674 0.872 1.270 1.295 1.323 0.959 0.316 1.284 1.322 0.920 1.450 1.523 nan 1.374 1.082 0.582 0.730 0.456 0.560 0.719 0.889 1.073 0.701 9031 chr5 80251327 80264403 + 0 NA intron (NM_006909, intron 1 of 26) intron (NM_006909, intron 1 of 26) -1139 NR_105015 102524628 Hs.737159 NR_105015 ENSG00000251450 RASGRF2-AS1 - RASGRF2 antisense RNA 1 ncRNA 0.729 2.827 0.719 2.805 0.140 0.017 0.354 0.135 0.301 0.126 0.181 1.644 5.598 0.030 0.035 0.499 0.211 0.024 0.206 0.062 0.039 0.095 0.127 0.147 0.192 0.050 0.017 1.420 0.350 0.319 0.348 0.286 0.443 0.482 0.141 0.029 0.063 0.123 0.501 0.030 0.384 0.102 0.077 0.380 0.706 0.197 0.206 0.268 0.270 1.455 0.057 0.499 0.183 0.046 0.147 0.085 0.046 0.015 0.139 0.101 0.190 0.067 0.189 0.258 0.737 1.249 1.176 1.244 1.230 0.616 0.225 0.284 2.055 0.313 0.406 0.422 0.187 0.316 0.236 0.215 0.582 0.326 0.232 0.498 0.096 0.220 0.337 nan 0.621 0.401 6794 chr20 1545676 1558572 + 0 NA intron (NM_006065, intron 3 of 5) intron (NM_006065, intron 3 of 5) -13781 NM_178460 128646 Hs.729560 NM_178460 ENSG00000125900 SIRPD PTPNS1L2|dJ576H24.4 signal regulatory protein delta protein-coding 0.452 0.726 0.428 0.066 0.074 0.017 0.154 0.136 0.210 0.237 0.091 0.086 0.039 0.055 0.093 0.099 0.025 0.156 0.088 1.349 0.012 0.102 0.074 0.332 0.202 0.017 0.052 0.409 0.169 1.378 0.279 0.300 0.091 1.653 0.007 0.025 0.054 0.827 0.018 7.624 1.447 0.851 3.268 0.120 4.942 0.267 0.341 0.055 1.987 3.462 0.093 0.050 0.172 0.074 1.090 0.602 0.161 0.103 3.782 0.069 0.028 1.795 0.674 0.725 0.495 0.308 0.106 0.250 0.178 0.185 0.164 0.102 0.197 0.204 0.175 0.303 0.210 0.183 0.219 0.098 0.171 0.178 0.062 0.163 0.120 0.159 0.153 0.212 4202 chr16 4287475 4312272 + 0 NA intron (NR_039999, intron 2 of 2) intron (NR_039999, intron 2 of 2) 3917 NR_039999 100507501 Hs.632979 NR_039999 ENSG00000262468 LINC01569 - long intergenic non-protein coding RNA 1569 ncRNA 1.296 nan 1.179 0.338 2.883 1.356 0.254 1.234 2.090 0.069 0.466 0.185 0.040 0.420 1.358 1.376 0.185 0.092 0.299 0.100 0.198 0.101 0.601 0.244 3.086 0.333 0.201 0.203 0.369 0.110 0.384 1.074 0.289 2.216 0.082 0.504 0.084 0.292 0.088 0.014 0.253 0.230 0.156 0.063 0.110 0.170 0.279 0.238 0.502 0.247 0.336 1.112 1.376 0.385 0.348 3.086 0.152 0.165 0.291 0.383 0.607 0.187 3.612 1.043 0.052 0.086 0.062 2.215 2.195 0.619 0.668 3.081 2.840 nan 2.396 2.944 2.742 0.626 nan 3.050 3.795 3.271 3.268 3.172 4.365 0.495 0.378 1.619 2.880 2.488 1.254 9863 chr6 118296232 118317201 + 0 NA intron (NM_001029858, intron 1 of 7) intron (NM_001029858, intron 1 of 7) 78027 NM_001029858 222553 Hs.654841 NM_001029858 ENSG00000196376 SLC35F1 C6orf169|dJ230I3.1 solute carrier family 35 member F1 protein-coding nan 0.776 nan 0.027 0.097 4.516 0.034 0.084 0.149 0.009 0.048 0.031 0.009 0.010 0.089 0.117 0.101 0.061 0.035 0.009 0.021 0.033 0.075 0.067 0.040 0.003 0.017 0.049 0.010 0.076 0.051 0.043 0.324 0.021 0.039 0.023 0.037 0.131 0.006 0.015 0.070 0.037 0.011 0.032 0.026 0.133 0.086 0.027 0.061 0.015 0.025 0.117 0.061 0.026 0.040 0.029 0.032 0.032 0.025 0.019 0.030 0.090 0.024 0.014 0.014 0.492 0.478 0.364 0.437 0.450 nan nan 0.085 0.270 0.245 0.334 nan 0.362 0.332 0.757 0.649 0.136 0.277 0.046 0.060 0.200 nan 0.302 0.348 459 chr1 71692206 71701185 + 0 NA intron (NR_046217, intron 3 of 3) MIRb|SINE|MIR 149688 NR_046217 100852410 Hs.535534 NR_046217 ENSG00000229956 ZRANB2-AS2 - ZRANB2 antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan 0.745 0.944 0.081 0.119 0.117 0.047 0.302 0.709 0.067 0.145 0.022 0.076 0.867 0.132 0.036 0.071 0.021 0.035 0.139 0.145 0.284 0.008 0.016 0.009 0.031 0.036 0.054 0.071 0.087 0.273 0.016 0.079 0.063 0.085 0.124 0.013 0.071 0.082 0.020 0.036 0.051 0.043 0.154 0.027 0.056 0.026 0.008 0.867 0.057 0.041 0.284 0.041 0.065 0.011 0.019 0.011 0.026 0.071 0.165 0.009 0.032 0.012 0.254 0.232 0.443 0.369 0.619 nan 9.587 2.636 0.507 0.595 0.804 nan 0.303 0.390 0.410 0.176 0.255 0.385 0.374 0.394 0.433 1.604 0.499 0.543 3477 chr14 35005360 35031805 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -9639 NM_018453 55837 Hs.433269 NM_018453 ENSG00000129518 EAPP BM036|C14orf11 E2F associated phosphoprotein protein-coding 3.791 2.093 2.206 1.269 2.826 3.048 1.344 0.935 1.924 0.912 1.384 1.344 3.306 1.130 3.655 2.276 2.433 0.747 1.667 0.481 1.004 1.939 0.720 0.537 1.996 1.112 1.795 0.493 1.368 0.677 14.885 19.353 2.006 5.923 0.889 1.879 0.810 1.543 0.149 0.668 2.204 1.616 2.209 1.078 0.894 1.430 0.727 2.022 2.127 1.645 0.827 1.149 2.276 2.798 3.152 1.996 1.321 0.752 0.752 1.909 1.466 1.433 1.092 0.588 1.193 0.640 0.452 2.371 2.525 2.623 4.088 4.569 4.627 2.893 2.730 7.247 7.885 2.487 2.776 3.061 4.471 5.070 4.797 2.884 3.575 2.221 2.657 2.262 2.335 1.912 1.037 9054 chr5 89852489 89860564 + 0 NA intron (NR_003149, intron 1 of 89) intron (NR_003149, intron 1 of 89) 1909 NR_003149 84059 Hs.591777 NM_032119 ENSG00000164199 ADGRV1 FEB4|GPR98|MASS1|USH2B|USH2C|VLGR1|VLGR1b adhesion G protein-coupled receptor V1 protein-coding 2.108 2.680 1.102 0.245 2.411 0.927 0.052 1.589 2.693 0.023 0.504 0.103 0.253 0.233 1.797 0.846 0.100 0.033 0.579 0.163 0.015 0.835 1.376 0.844 0.012 0.087 0.027 0.019 0.049 0.027 1.215 1.810 1.111 2.357 0.058 0.717 1.411 0.040 0.081 0.059 1.346 0.195 0.075 0.070 0.040 0.019 0.181 0.075 0.172 0.034 0.382 1.883 0.846 0.734 0.057 0.012 0.391 0.393 0.264 0.072 1.423 0.038 0.505 2.766 0.021 0.013 1.653 2.012 1.698 1.825 3.219 2.842 3.791 1.019 0.712 0.613 2.313 2.952 3.248 4.743 4.325 4.350 0.415 0.994 7.010 8.528 4.816 nan 1.207 0.800 8816 chr5 23010136 23015746 + 0 NA Intergenic Intergenic -159210 NM_004061 1010 Hs.113684 NM_004061 ENSG00000154162 CDH12 CDHB cadherin 12 protein-coding 0.736 2.254 4.204 0.409 1.342 0.091 0.202 0.199 0.178 0.052 0.292 0.724 0.011 0.035 0.331 0.410 0.226 0.315 1.667 0.879 0.068 0.316 1.729 0.880 0.363 0.422 0.026 0.052 0.265 0.337 0.438 0.732 0.103 4.744 0.785 1.717 1.555 0.078 0.178 0.358 0.071 0.033 0.086 0.139 0.355 0.055 0.146 0.087 0.064 0.857 0.048 0.410 0.497 0.066 0.363 0.240 0.029 0.190 0.041 2.143 0.042 0.036 0.022 0.027 0.072 0.018 0.369 0.394 1.257 2.047 0.523 0.608 0.132 0.068 0.167 0.122 nan 2.935 1.263 1.289 1.346 0.963 0.254 0.135 7.343 9.158 0.221 0.407 nan 1.371 10321 chr7 41134516 41158971 + 0 NA intron (NR_110832, intron 1 of 5) intron (NR_110832, intron 1 of 5) 5541 NR_110832 101928773 Hs.382363 NR_110832 ENSG00000224017 LINC01449 - long intergenic non-protein coding RNA 1449 ncRNA 0.905 1.149 nan 1.071 0.061 0.025 1.229 0.118 0.266 0.874 0.399 0.113 0.025 0.083 0.062 0.090 0.154 0.119 0.778 0.581 0.650 0.034 0.077 0.144 0.029 0.011 0.012 0.043 1.159 0.841 0.243 0.664 0.635 0.268 1.046 0.081 0.051 0.055 0.165 0.357 0.081 3.542 0.145 0.099 0.691 0.467 2.702 0.287 0.033 0.076 0.091 0.423 0.090 0.281 0.043 0.029 0.174 0.800 0.048 0.230 0.125 0.355 0.041 0.121 0.779 0.049 0.037 0.361 0.226 1.242 5.517 0.187 0.264 0.128 0.096 0.315 0.326 0.179 0.316 0.116 0.165 0.368 0.223 0.113 0.135 0.185 0.372 0.267 0.515 0.290 0.278 8950 chr5 60617992 60630264 + 0 NA Intergenic Intergenic -3972 NM_020928 57688 Hs.744939 NM_020928 ENSG00000130449 ZSWIM6 AFND|NEDMAGA zinc finger SWIM-type containing 6 protein-coding 2.965 3.837 1.906 1.976 1.198 0.663 3.582 1.162 2.175 0.717 2.944 1.523 0.172 0.375 2.284 1.371 1.263 0.209 1.823 0.724 0.644 0.442 0.562 0.373 0.497 2.613 2.170 0.851 3.505 1.959 2.728 4.202 2.401 4.293 1.057 1.738 0.376 3.231 0.133 0.699 2.088 1.143 2.176 1.310 2.293 1.117 1.899 1.737 2.716 2.900 1.312 2.329 1.371 4.853 5.542 0.497 1.349 0.706 0.190 1.849 0.813 1.360 0.446 0.458 1.112 2.280 2.471 1.123 1.824 1.942 3.198 2.812 1.822 2.988 1.201 1.743 1.654 1.059 1.559 1.400 2.495 2.008 3.042 0.502 1.485 1.987 1.346 1.533 1.215 0.779 0.501 1753 chr11 1769792 1808212 + 0 NA Intergenic Intergenic -3780 NM_001909 1509 Hs.654447 NM_001909 ENSG00000117984 CTSD CLN10|CPSD|HEL-S-130P cathepsin D protein-coding 0.796 1.171 1.183 1.938 0.201 0.316 4.979 0.242 0.426 0.312 2.466 1.167 0.092 0.120 0.498 0.531 0.379 0.059 1.712 0.775 0.300 0.156 0.090 0.077 0.530 1.361 1.267 0.496 2.290 0.797 1.551 4.602 3.778 1.236 1.567 2.475 0.067 0.189 0.052 1.389 0.033 0.847 0.492 0.324 0.556 0.318 1.379 2.740 1.462 0.332 2.025 0.982 0.531 1.454 1.480 0.530 0.914 0.524 0.056 0.477 0.177 1.317 0.067 0.087 1.877 0.254 0.168 0.761 0.894 0.621 0.941 0.937 0.898 0.976 0.210 0.547 0.605 0.365 0.666 0.383 0.599 0.557 0.454 0.383 0.483 0.472 0.784 0.201 0.292 0.625 0.408 6138 chr2 56352140 56357262 + 0 NA Intergenic Intergenic -37184 NR_135590 101927165 Hs.679803 NR_135590 LINC01813 - long intergenic non-protein coding RNA 1813 ncRNA 0.996 nan 0.992 0.084 0.524 0.087 0.110 1.251 1.945 0.183 0.099 0.012 0.038 3.990 3.613 0.211 0.062 0.167 0.037 0.024 3.152 1.633 5.422 0.028 0.014 0.028 0.026 0.042 0.139 0.358 0.028 2.999 0.028 0.122 0.169 0.063 0.126 1.566 0.181 0.015 0.061 0.043 0.091 0.112 0.104 0.099 0.014 0.031 0.026 3.613 0.154 0.057 5.422 0.025 0.098 0.131 0.125 0.969 0.045 2.893 0.303 0.030 0.034 0.020 2.252 4.197 0.504 0.726 5.671 3.983 13.262 7.854 1.498 1.677 0.621 1.067 1.418 1.642 0.524 0.562 3.255 4.398 1.632 1.658 0.422 1.452 2.716 1.577 9967 chr6 139306875 139312235 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286612) promoter-TSS (NM_001286612) -157 NM_031922 85021 Hs.334603 NM_031922 ENSG00000135597 REPS1 NBIA7|RALBP1 RALBP1 associated Eps domain containing 1 protein-coding 5.040 3.270 4.539 1.372 4.463 1.844 1.801 1.980 3.743 0.678 1.618 1.488 0.396 0.809 1.932 4.000 1.258 0.060 2.380 0.708 1.001 1.523 1.816 0.849 3.721 1.021 1.051 0.594 1.754 0.469 3.568 6.988 2.593 7.539 0.488 2.215 1.939 3.152 0.137 0.701 1.573 1.516 2.764 1.577 1.057 1.521 4.346 0.688 1.838 4.685 0.765 1.974 4.000 3.010 1.090 3.721 1.050 1.396 0.724 1.842 2.596 0.887 0.832 0.762 0.907 0.881 0.523 2.681 3.255 4.366 7.832 6.540 5.334 14.104 5.487 6.268 6.683 2.620 3.014 3.864 6.219 5.968 7.237 2.192 4.860 6.840 6.555 2.795 nan 2.261 0.903 7006 chr20 45880295 45896006 + 0 NA intron (NM_001281784, intron 11 of 20) MIR3|SINE|MIR -59096 NR_024594 100131496 Hs.662547 NR_024594 ENSG00000267882 LOC100131496 - uncharacterized LOC100131496 ncRNA nan nan 1.447 0.352 0.480 0.739 0.127 0.907 1.715 0.060 0.303 0.200 0.031 0.051 3.943 0.311 0.283 0.174 0.283 0.036 0.164 0.115 0.290 0.292 1.763 0.101 0.036 0.113 0.104 0.007 0.056 0.232 0.220 0.512 0.065 0.183 0.031 0.117 0.073 0.068 0.524 0.176 0.081 0.033 0.056 0.059 0.244 0.153 0.329 0.330 0.035 0.119 0.311 0.217 0.048 1.763 0.195 0.111 0.420 0.181 0.045 0.209 0.289 0.370 0.116 0.033 0.019 0.614 0.697 0.411 0.612 2.090 2.094 nan 0.471 0.582 0.652 0.777 1.191 0.958 0.788 nan 0.931 0.489 0.716 0.147 0.158 0.518 1.632 1.283 0.602 8302 chr4 25855779 25868400 + 0 NA intron (NM_001297592, intron 1 of 23) intron (NM_001297592, intron 1 of 23) 2564 NM_015187 23231 Hs.479384 NM_015187 ENSG00000091490 SEL1L3 Sel-1L3 SEL1L family member 3 protein-coding 1.080 1.029 nan 1.925 1.305 0.456 1.368 0.799 1.508 0.022 1.158 0.714 0.109 1.926 0.647 0.790 0.267 0.116 1.349 0.315 0.537 0.088 0.907 0.497 1.736 1.027 0.806 0.250 2.090 0.518 0.621 1.186 0.830 1.588 0.173 0.863 0.181 0.739 0.055 0.121 0.578 0.370 0.307 0.211 0.693 0.465 0.733 0.476 0.839 0.739 3.490 0.716 0.790 0.945 0.708 1.736 0.759 0.198 0.107 0.345 0.164 0.477 0.053 0.138 0.132 0.119 0.064 0.280 0.171 1.231 2.014 1.253 0.961 4.374 1.101 1.628 1.409 0.236 0.414 1.449 1.784 0.930 1.143 0.132 0.311 1.158 1.527 0.564 0.845 nan 0.926 2688 chr12 53684354 53695063 + 0 NA exon (NM_002624, exon 2 of 6) exon (NM_002624, exon 2 of 6) 473 NM_002624 5204 Hs.655327 NM_002624 ENSG00000123349 PFDN5 MM-1|MM1|PFD5 prefoldin subunit 5 protein-coding nan 1.769 1.164 0.828 2.656 1.733 1.590 1.150 1.703 0.526 2.046 1.193 0.382 1.744 2.867 1.264 0.613 0.119 0.990 0.355 2.297 0.713 2.239 1.204 2.963 1.271 1.167 1.021 0.948 0.492 1.705 2.186 0.974 4.154 0.711 2.234 0.259 1.331 0.122 0.786 0.443 2.109 1.498 0.968 0.990 0.574 1.741 0.581 1.752 2.644 1.242 1.194 1.264 1.099 1.702 2.963 0.765 0.971 0.498 2.656 1.409 1.995 0.424 0.404 0.598 0.930 0.474 nan 3.218 1.605 2.832 4.112 nan 4.910 1.501 2.370 2.857 1.630 nan 5.289 nan 1.758 1.402 1.387 1.913 1.512 1.782 1.725 2.152 4.466 2.405 4367 chr16 53955521 53973339 + 0 NA intron (NM_001080432, intron 7 of 8) AluY|SINE|Alu -108875 NR_103838 100505692 Hs.664629 NR_103838 FTO-IT1 - FTO intronic transcript 1 ncRNA nan nan nan 0.076 0.279 3.676 0.075 0.208 0.493 0.033 0.350 0.249 0.021 0.033 0.303 0.395 0.135 0.127 0.096 0.043 0.049 0.025 0.053 0.078 0.609 0.128 0.057 0.037 0.049 0.036 0.113 0.757 0.243 1.385 0.082 0.130 0.203 0.031 0.062 0.013 0.118 0.031 0.081 0.035 0.074 0.052 0.196 0.095 0.091 0.047 0.035 0.260 0.395 0.056 0.047 0.609 0.027 0.084 0.196 0.045 0.451 0.044 0.034 0.089 0.103 0.013 0.006 0.301 0.130 0.127 0.199 0.988 1.182 0.469 0.200 0.290 0.290 0.738 nan nan nan nan 0.348 0.115 0.143 0.550 0.983 0.181 nan nan 0.706 8559 chr4 140161747 140169479 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 35879 NM_032623 84709 Hs.710036 NM_032623 ENSG00000137463 MGARP C4orf49|CESP-1|HUMMR|OSAP mitochondria localized glutamic acid rich protein protein-coding 0.729 0.785 0.594 0.698 0.124 0.072 2.490 0.103 0.215 0.458 0.898 0.681 0.957 0.013 0.138 0.082 2.340 0.569 0.519 0.244 0.537 0.051 0.142 0.102 0.263 1.116 0.807 0.541 3.125 5.629 0.248 1.596 2.448 0.623 0.607 0.149 0.055 0.089 1.112 0.102 2.467 1.236 0.494 2.504 2.463 0.112 0.232 0.284 0.351 0.133 0.102 0.082 2.341 6.416 0.263 0.190 0.032 0.038 0.068 0.039 1.214 0.051 0.090 0.996 0.022 0.009 0.229 0.160 0.366 1.236 0.296 0.382 0.341 0.210 0.156 0.145 0.354 0.795 0.246 0.309 0.327 0.159 0.195 0.324 0.096 0.079 0.329 0.497 0.446 0.276 7655 chr3 71156656 71206578 + 0 NA promoter-TSS (NM_001349343) promoter-TSS (NM_001349343) -261 NM_001349343 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 0.788 0.708 1.015 0.512 0.618 0.057 0.997 0.440 0.715 0.019 1.066 0.608 0.013 0.384 0.230 0.339 0.190 0.026 0.489 0.254 0.091 0.017 0.455 0.234 0.338 0.842 0.517 0.012 0.813 0.492 1.888 3.274 0.425 0.547 0.541 0.257 0.145 0.028 0.072 0.495 0.156 0.206 0.180 0.119 0.931 0.294 0.079 0.507 0.357 0.032 0.879 0.688 0.339 0.447 1.773 0.338 0.616 0.318 0.033 0.071 0.717 0.546 0.303 0.067 0.573 0.021 0.007 0.420 0.553 0.862 nan 0.450 0.487 1.706 0.748 0.144 0.152 0.081 0.166 1.057 1.805 0.570 0.303 0.306 0.618 0.617 0.884 0.177 nan 0.923 0.596 4244 chr16 13122882 13151182 + 0 NA intron (NM_001145204, intron 2 of 4) MLT1J1|LTR|ERVL-MaLR 141555 NM_001145204 729993 Hs.130661 NM_001145204 ENSG00000237515 SHISA9 CKAMP44 shisa family member 9 protein-coding 1.086 0.616 nan 0.048 0.050 0.055 0.043 0.325 0.550 0.024 0.063 0.026 0.002 0.036 0.064 0.100 0.064 0.046 0.073 0.031 0.015 0.055 0.094 0.038 0.010 0.018 0.008 0.065 0.022 0.086 0.061 0.028 0.355 0.017 0.087 0.027 0.039 0.078 0.033 0.095 0.021 0.019 0.019 0.030 0.170 0.137 0.040 0.015 0.017 0.047 0.100 0.030 0.034 0.038 0.013 0.015 0.058 0.014 0.047 0.017 0.042 2.717 0.024 0.020 0.011 0.267 0.200 0.054 0.052 0.167 0.225 0.253 0.115 0.238 0.226 0.766 1.098 0.160 0.187 nan 0.464 0.196 0.300 0.107 0.160 1.822 5.730 0.714 0.537 7641 chr3 64112744 64130656 + 0 NA intron (NM_198859, intron 7 of 7) intron (NM_198859, intron 7 of 7) 32554 NR_046701 100874242 Hs.668874 NR_046701 PRICKLE2-AS2 - PRICKLE2 antisense RNA 2 ncRNA 1.521 nan 1.308 0.073 0.117 0.062 0.107 0.086 0.299 0.234 0.144 0.201 0.017 0.021 0.069 0.214 0.136 0.109 0.094 0.095 0.021 0.008 0.139 0.115 0.089 0.080 0.041 0.008 0.092 0.036 0.045 0.141 0.059 0.272 0.048 0.065 0.139 0.037 0.069 0.047 0.089 0.103 0.050 0.043 0.137 0.030 0.085 0.200 0.131 0.039 0.022 0.096 0.214 0.064 0.119 0.089 0.110 0.014 0.521 0.045 0.290 0.176 0.088 3.258 0.050 0.897 0.734 0.192 0.100 0.295 0.586 0.265 0.342 0.434 0.145 0.085 0.166 0.932 1.122 0.309 0.457 1.473 1.376 0.133 0.280 0.450 0.421 1.256 5.687 0.574 0.416 3107 chr13 31186445 31196063 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321533) promoter-TSS (NM_001321533) 480 NM_001313893 3146 Hs.434102 NM_002128 ENSG00000189403 HMGB1 HMG-1|HMG1|HMG3|SBP-1 high mobility group box 1 protein-coding 2.896 2.264 2.390 1.401 4.419 1.959 1.212 1.275 2.269 0.318 3.187 1.140 0.484 0.617 1.858 1.099 3.590 0.235 1.819 0.612 0.667 0.825 1.040 0.659 2.514 1.089 1.043 0.492 0.687 0.809 3.630 3.525 1.223 5.335 0.987 2.454 0.425 2.258 0.115 1.077 2.177 2.004 1.895 0.904 1.133 0.863 2.638 1.811 1.490 1.211 1.470 1.326 1.099 1.833 2.252 2.514 1.082 0.955 0.456 1.411 1.223 1.031 4.148 2.055 1.567 1.275 1.088 6.127 6.753 3.404 5.085 5.966 5.814 4.455 1.910 5.258 5.004 3.282 3.563 2.828 4.370 11.073 10.598 6.116 14.574 1.821 2.377 6.213 7.597 1.868 0.773 3441 chr14 30329907 30345539 + 0 NA intron (NM_001330069, intron 1 of 18) intron (NM_001330069, intron 1 of 18) 58579 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.352 1.108 0.841 0.078 0.203 0.411 0.085 0.184 0.409 0.075 0.101 0.028 0.025 0.284 0.247 0.862 0.220 0.102 0.012 0.036 0.027 0.161 0.185 0.505 0.031 0.005 0.033 0.082 1.244 5.036 0.090 1.170 0.065 0.068 0.306 0.062 0.161 0.007 0.096 0.076 0.008 0.010 0.049 0.025 0.074 0.116 0.047 0.018 0.055 0.046 0.247 0.083 0.056 0.505 0.046 0.026 0.031 0.011 0.129 0.025 0.059 0.087 0.019 0.011 0.010 0.234 0.137 0.300 0.394 0.871 0.789 0.621 0.259 0.313 0.263 4.089 4.778 0.442 0.630 0.906 0.596 0.169 0.220 0.911 1.401 0.217 0.440 0.524 0.519 404 chr1 57903064 57919406 + 0 NA intron (NM_001353980, intron 4 of 5) intron (NM_001353980, intron 4 of 5) -20642 NM_001353983 1600 Hs.477370 NM_021080 ENSG00000173406 DAB1 SCA37 DAB1, reelin adaptor protein protein-coding 1.107 0.842 1.044 0.053 0.098 0.017 0.026 0.130 0.297 0.018 0.067 0.034 0.023 0.025 0.081 0.180 0.092 0.040 0.039 0.023 0.012 0.039 0.147 0.044 0.009 0.018 0.009 0.038 0.054 nan 0.060 0.290 0.009 0.030 0.012 0.046 0.134 0.022 0.049 0.096 0.022 0.005 0.027 0.037 0.083 0.099 0.025 0.026 0.010 0.021 0.180 0.031 0.017 0.044 0.041 0.047 0.025 0.006 0.024 2.215 0.033 0.014 0.005 0.364 0.177 0.303 0.199 0.408 0.492 0.149 0.053 0.238 0.250 0.197 0.352 0.357 0.370 0.488 0.297 0.146 0.199 0.033 0.046 1.682 6.215 0.482 0.562 10779 chr7 158371968 158381589 + 0 NA intron (NM_130843, intron 1 of 21) intron (NM_130843, intron 1 of 21) 3716 NM_130842 5799 Hs.490789 NM_002847 ENSG00000155093 PTPRN2 IA-2beta|IAR|ICAAR|PTPRP|R-PTP-N2 protein tyrosine phosphatase, receptor type N2 protein-coding 1.414 1.296 nan 0.328 4.830 0.257 0.251 2.246 4.419 0.010 0.075 0.060 0.019 5.052 5.285 0.814 0.050 0.050 0.033 0.039 0.007 0.029 2.730 0.923 5.937 0.383 0.212 0.069 1.198 0.417 0.402 0.739 0.248 6.250 0.085 0.147 0.137 0.095 0.012 0.107 0.143 0.056 0.082 0.716 0.272 0.180 0.121 0.085 0.145 0.033 0.205 0.814 0.060 0.029 5.937 0.396 0.220 0.291 0.250 1.299 0.033 0.195 0.038 0.024 0.012 0.027 0.836 1.166 0.099 0.129 2.510 2.338 6.878 2.546 0.053 0.052 0.491 0.665 6.967 6.364 0.687 0.589 0.756 0.987 1.472 1.505 0.194 0.281 4.290 2.172 8804 chr5 19873432 19886864 + 0 NA intron (NM_001291957, intron 1 of 12) intron (NM_001291957, intron 1 of 12) 6233 NM_001291957 1016 Hs.317632 NM_004934 ENSG00000145526 CDH18 CDH14|CDH14L|CDH24 cadherin 18 protein-coding nan nan nan 0.089 0.257 0.025 0.204 0.107 0.173 0.099 0.155 0.123 0.009 0.081 0.066 0.110 0.321 0.228 0.201 0.119 0.014 0.031 0.317 0.271 0.258 0.031 0.022 0.055 0.176 0.094 0.269 0.593 0.820 nan 0.030 0.040 0.035 0.032 0.106 0.115 0.002 0.034 0.071 0.029 0.025 0.012 0.141 0.056 0.012 0.021 0.240 0.110 0.110 0.064 0.026 0.258 0.057 0.074 0.117 0.297 0.577 0.594 0.044 0.165 0.034 0.026 0.019 0.335 0.204 0.187 0.464 0.430 0.515 0.143 0.085 0.114 0.068 nan 6.561 0.374 0.531 1.420 0.873 0.106 0.178 0.191 0.488 0.341 nan 0.491 0.424 11163 chr8 102137282 102141718 + 0 NA Intergenic MER5A1|DNA|hAT-Charlie 75218 NR_033962 441374 Hs.652045 NR_033962 ENSG00000248599 FLJ42969 - uncharacterized LOC441374 ncRNA 6.370 nan nan 0.815 2.517 4.502 4.012 1.355 2.874 1.771 3.892 2.463 0.403 0.519 2.777 3.415 2.238 0.255 2.449 1.414 1.635 0.094 0.918 0.315 4.990 3.810 4.686 0.897 3.930 1.902 2.192 3.660 1.201 14.747 2.416 1.894 0.766 0.682 0.053 1.862 1.200 4.689 2.159 0.932 1.648 3.102 1.929 3.023 2.498 6.059 6.193 1.446 3.415 3.882 2.818 4.990 0.461 1.679 1.315 1.341 3.315 1.708 0.986 0.055 1.247 0.432 0.187 3.319 3.437 5.001 8.853 5.896 4.815 nan 2.598 6.358 6.393 2.008 nan 7.752 nan nan 1.466 2.071 2.877 5.655 5.046 0.959 nan 2.771 1.306 3861 chr14 106853230 106858845 + 0 NA Intergenic L1PA2|LINE|L1 -82408 NR_027457 338005 Hs.322826 NR_027457 ENSG00000270816 LINC00221 C14orf98|NCRNA00221 long intergenic non-protein coding RNA 221 ncRNA 0.652 0.521 0.417 0.041 0.089 0.010 0.013 0.142 0.201 0.945 0.033 0.022 0.781 0.236 0.470 0.615 0.344 0.149 0.057 0.087 1.281 0.012 0.038 0.014 0.060 0.099 0.132 0.060 0.216 0.939 0.012 0.714 0.039 0.112 0.340 0.311 0.009 0.013 0.019 0.083 0.137 0.071 0.086 0.055 0.015 0.052 0.470 0.037 0.017 1.281 0.043 0.323 0.020 1.490 0.070 0.209 0.028 0.010 0.009 0.467 0.470 0.048 0.091 0.235 0.249 11.661 5.039 1.046 1.055 0.473 0.809 2.398 3.994 0.337 0.096 0.306 0.361 2.730 2.248 0.109 0.081 0.067 0.128 11659 chr9 97479001 97490149 + 0 NA Intergenic Intergenic -4376 NM_001193331 84909 Hs.434253 NM_032823 ENSG00000148120 C9orf3 AOPEP|AP-O|APO|C90RF3|ONPEP chromosome 9 open reading frame 3 protein-coding 1.417 nan 1.129 1.170 1.072 0.305 4.078 0.476 0.906 0.155 0.503 0.560 0.124 0.180 0.456 0.561 0.327 0.241 3.259 2.604 0.193 0.113 0.502 0.270 0.724 1.080 0.685 0.303 1.214 1.464 1.081 2.238 2.180 1.432 2.824 0.493 0.077 0.292 0.096 0.123 0.233 0.628 0.432 0.236 0.658 0.990 1.557 0.295 0.599 0.748 0.324 0.518 0.561 6.535 0.389 0.724 0.209 0.483 0.166 0.563 0.567 0.857 0.098 0.246 0.510 0.217 0.105 0.591 0.608 1.197 nan 1.503 1.342 1.549 0.652 0.803 0.962 0.731 1.007 1.744 2.497 1.528 1.389 0.348 0.559 1.219 1.076 0.787 1.043 1.139 0.701 5649 chr19 38745655 38771935 + 0 NA intron (NM_001166103, intron 1 of 5) intron (NM_001166103, intron 1 of 5) 3697 NM_021102 10653 Hs.31439 NM_021102 ENSG00000167642 SPINT2 DIAR3|HAI-2|HAI2|Kop|PB serine peptidase inhibitor, Kunitz type 2 protein-coding 1.386 1.583 2.314 2.328 1.926 1.083 1.714 0.638 1.164 1.125 0.614 0.375 3.884 0.712 1.252 0.701 0.134 0.122 2.199 0.750 1.610 0.155 0.620 0.374 1.257 1.174 1.095 0.945 1.974 0.606 1.707 3.653 2.726 3.386 0.712 0.145 0.265 0.432 0.162 0.593 0.362 5.171 1.356 0.702 0.917 1.088 1.579 0.237 4.408 1.235 1.079 0.802 0.701 3.294 3.124 1.257 0.582 1.996 0.551 0.813 0.061 0.909 0.606 0.175 0.276 0.064 0.058 0.936 1.150 1.097 1.719 2.220 2.097 2.781 0.940 2.824 2.932 0.441 0.742 1.961 2.680 nan 1.689 1.282 1.980 1.203 1.319 0.565 1.156 1.362 0.888 4383 chr16 57479867 57482650 + 0 NA promoter-TSS (NM_020312) promoter-TSS (NM_020312) -79 NM_020312 57017 Hs.513632 NM_020312 ENSG00000088682 COQ9 C16orf49|COQ10D5 coenzyme Q9 protein-coding nan nan 5.754 3.609 8.083 1.644 3.486 3.556 5.128 2.163 5.223 3.054 0.937 3.904 3.348 8.709 2.535 0.286 3.390 1.339 4.443 2.391 1.544 0.922 9.409 3.048 3.416 4.361 3.638 1.136 2.712 4.069 3.503 9.733 2.569 8.696 0.643 3.635 0.111 2.456 1.755 4.241 7.298 3.922 9.357 1.900 4.091 1.511 5.692 4.858 7.021 6.040 8.709 5.089 5.061 9.409 2.958 2.947 2.442 5.526 5.739 3.687 1.653 1.463 1.296 1.923 1.510 7.473 5.602 5.015 7.259 8.784 9.819 7.877 3.507 10.193 10.586 3.714 nan 9.898 16.762 10.467 10.670 4.369 7.291 4.694 4.226 6.211 5.676 6.514 3.451 11623 chr9 90214322 90232819 + 0 NA intron (NM_004938, intron 3 of 25) L1ME1|LINE|L1 55201 NR_146781 100506897 Hs.656160 NR_146781 ENSG00000236709 DAPK1-IT1 - DAPK1 intronic transcript 1 ncRNA 0.715 nan 0.742 1.343 0.052 0.007 2.833 0.092 0.281 0.564 0.089 0.362 0.044 0.070 0.039 0.048 0.575 0.115 0.130 0.031 0.085 0.037 0.176 0.200 0.363 1.532 0.974 0.130 2.902 0.862 0.137 0.226 1.486 0.448 1.415 0.053 0.031 0.047 0.072 0.326 0.017 0.209 0.871 0.408 1.466 2.046 0.684 0.467 0.406 0.042 0.026 0.163 0.048 0.190 0.020 0.363 0.331 0.044 0.047 0.069 0.038 0.774 0.284 0.563 0.115 0.022 0.022 0.295 0.440 1.178 nan 0.422 0.429 0.119 0.061 0.281 0.258 0.067 0.137 0.179 0.304 0.227 0.147 0.389 0.377 0.134 0.154 0.178 0.203 0.725 0.618 2163 chr11 90178281 90210281 + 0 NA intron (NR_104190, intron 1 of 6) L1MEc|LINE|L1 94744 NR_039711 100616186 NR_039711 ENSG00000266703 MIR4490 - microRNA 4490 ncRNA 0.544 nan 0.442 0.346 0.105 0.080 0.086 0.085 0.179 0.349 0.081 0.051 2.678 0.059 0.070 0.111 0.068 0.051 0.113 0.024 0.247 0.043 0.103 0.089 0.052 0.011 0.013 0.009 0.248 0.513 0.075 0.075 0.315 0.325 0.096 0.039 0.066 0.054 0.113 0.011 0.061 0.101 0.058 0.039 0.327 0.034 0.173 0.141 0.031 0.022 0.015 0.077 0.111 0.080 0.029 0.052 0.022 0.039 0.006 0.008 0.067 0.036 0.080 0.038 0.029 0.023 0.003 0.627 0.491 0.489 nan 0.289 0.394 0.175 0.088 0.422 0.418 0.377 0.530 0.480 0.457 0.381 0.192 0.222 0.335 0.178 0.307 0.170 nan 0.488 0.489 2214 chr11 103791750 103800044 + 0 NA intron (NM_025208, intron 6 of 6) L1PA7|LINE|L1 75263 NR_039842 100616457 NR_039842 ENSG00000264200 MIR4693 - microRNA 4693 ncRNA 0.533 0.670 0.548 0.131 0.143 0.027 0.596 0.019 0.169 1.174 0.104 0.150 3.446 0.065 0.213 0.054 0.612 0.251 0.119 0.246 0.151 0.072 0.108 0.059 0.009 0.915 0.723 0.352 0.375 0.996 0.732 0.768 0.045 0.023 0.103 0.184 0.042 0.053 0.113 0.045 0.037 0.202 0.833 0.418 0.121 0.118 0.059 1.252 0.033 0.213 1.495 0.045 0.072 0.029 0.196 0.042 0.049 0.287 0.072 0.163 0.027 3.937 5.829 0.379 0.242 0.530 2.553 0.218 0.284 0.332 0.157 0.544 0.527 0.689 1.013 0.756 1.029 0.266 0.181 0.221 0.429 0.228 0.219 0.296 0.848 0.507 0.527 10307 chr7 36638781 36679890 + 0 NA intron (NM_001637, intron 9 of 20) intron (NM_001637, intron 9 of 20) -19609 NR_046764 100874264 Hs.690994 NR_046764 ENSG00000230539 AOAH-IT1 - AOAH intronic transcript 1 ncRNA 1.430 0.928 1.538 0.151 0.368 0.080 0.214 1.173 2.192 0.014 0.268 0.134 0.015 0.091 0.369 0.510 0.220 0.070 0.153 0.152 0.044 0.003 0.476 0.281 5.763 0.587 0.210 0.011 0.364 0.116 0.119 0.131 0.145 0.795 0.176 0.216 0.290 0.053 0.147 0.126 0.214 0.298 0.065 0.049 0.207 0.189 0.085 0.267 0.111 0.088 0.092 0.062 0.510 0.111 0.074 5.763 0.092 0.042 0.128 0.163 0.077 0.177 0.053 1.081 0.061 0.035 0.012 0.459 0.371 0.270 0.584 1.935 nan 2.228 1.004 0.291 0.304 0.644 nan nan nan 0.446 0.342 0.149 0.273 0.947 0.758 0.681 nan 1.135 0.823 11127 chr8 97504739 97509627 + 0 NA intron (NM_002998, intron 1 of 4) CpG 1301 NM_002998 6383 Hs.1501 NM_002998 ENSG00000169439 SDC2 CD362|HSPG|HSPG1|SYND2 syndecan 2 protein-coding 8.429 2.781 9.515 0.043 3.133 0.113 0.130 1.083 1.542 0.702 0.419 0.113 0.202 0.104 6.802 1.423 4.501 0.461 0.065 0.026 0.028 0.221 0.048 4.874 1.372 1.227 0.105 0.167 0.066 0.975 0.871 2.577 18.433 1.225 0.123 1.460 5.121 0.084 0.631 1.459 0.132 0.247 0.254 0.023 0.062 0.020 1.242 0.283 0.667 0.386 0.027 1.423 0.029 0.038 4.874 0.050 0.134 0.876 0.651 0.040 0.307 0.302 1.847 0.916 0.565 0.364 0.441 0.307 4.896 nan 18.877 13.910 7.576 1.894 2.753 2.755 0.436 0.998 5.281 6.208 5.177 6.601 0.501 1.214 5.917 4.730 3.306 4.511 0.640 0.753 6566 chr2 197844425 197854799 + 0 NA Intergenic MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR -58157 NM_001321100 80055 Hs.229988 NM_024989 ENSG00000197121 PGAP1 Bst1|ISPD3024|MRT42|SPG67 post-GPI attachment to proteins 1 protein-coding 1.495 nan 1.575 0.315 0.782 1.408 0.890 0.972 1.708 0.109 0.635 1.183 0.006 0.032 1.584 2.896 1.036 0.186 0.725 0.348 0.182 0.013 0.733 0.379 2.008 0.793 0.314 0.169 0.635 0.152 0.219 0.608 0.449 3.309 1.016 2.040 0.541 0.096 0.089 0.763 1.599 0.570 0.075 0.091 0.358 0.194 0.194 0.811 0.288 0.527 0.137 0.206 2.896 0.419 1.203 2.008 0.200 0.118 0.693 0.466 0.284 0.770 2.805 0.462 0.465 0.269 0.329 0.612 0.906 0.751 2.395 3.094 2.888 3.262 2.179 0.568 0.568 4.349 4.736 1.777 2.338 4.364 4.112 1.417 2.504 2.993 4.354 0.841 1.205 0.826 0.524 6907 chr20 26049474 26053968 + 0 NA intron (NR_026713, intron 2 of 4) L2c|LINE|L2 16471 NR_026713 284800 Hs.516956 NM_182583 ENSG00000125804 FAM182A C20orf91|C20orf91A family with sequence similarity 182 member A ncRNA 1.356 1.614 nan 0.190 0.158 0.013 0.064 0.071 0.284 0.022 0.245 0.163 0.056 0.091 0.118 0.369 0.215 0.246 0.070 0.042 0.079 0.093 0.167 0.084 0.106 0.062 0.064 0.098 0.211 0.197 0.207 0.125 0.582 0.163 0.095 0.107 0.110 0.103 0.052 0.072 0.266 0.080 0.070 0.025 0.147 0.193 0.371 0.072 0.080 0.088 0.118 0.369 0.063 0.106 0.107 0.110 0.121 0.077 0.156 0.066 0.088 0.048 0.118 0.051 0.034 3.311 8.417 11.559 2.899 0.575 0.810 0.413 0.200 0.840 0.794 0.461 0.899 0.418 0.664 0.942 0.402 0.702 1.142 0.160 0.190 0.383 0.398 0.518 0.879 6625 chr2 211610007 211622823 + 0 NA Intergenic Intergenic 134120 NR_002763 29034 Hs.658398 NR_002763 ENSG00000280837 CPS1-IT1 CPS1-IT|CPS1IT|CPS1IT1|PRO0132 CPS1 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.040 nan 0.095 0.123 0.031 0.045 0.158 0.407 0.075 0.043 0.029 0.024 0.025 0.332 0.106 0.050 0.099 0.037 0.011 0.048 0.117 0.134 0.007 0.011 0.043 0.025 0.059 0.112 0.065 0.407 0.023 0.071 0.025 0.096 0.028 0.102 0.058 0.023 0.018 0.017 0.024 0.037 0.063 0.093 0.061 0.030 0.020 0.332 0.022 0.007 0.134 0.029 0.037 0.054 0.022 0.090 0.024 0.024 2.645 0.030 0.013 0.008 0.296 0.264 0.241 0.609 0.263 0.313 0.375 0.136 0.378 0.355 0.190 0.274 0.347 nan 1.184 0.632 0.118 0.223 0.065 0.067 2.637 7.307 0.318 0.468 8571 chr4 143315916 143342831 + 0 NA intron (NM_001101669, intron 5 of 25) intron (NM_001101669, intron 5 of 25) 438315 NM_003866 8821 Hs.176376 NM_003866 ENSG00000109452 INPP4B - inositol polyphosphate-4-phosphatase type II B protein-coding 0.757 0.889 0.698 2.700 0.221 0.008 1.187 0.071 0.221 1.032 1.044 1.304 0.124 0.045 0.080 0.043 0.883 0.160 1.165 0.549 0.260 1.055 0.075 0.076 0.236 0.049 0.037 0.505 0.599 1.266 0.888 1.136 0.787 0.329 0.920 0.426 0.025 0.327 0.090 0.396 0.163 2.133 0.796 0.345 1.480 0.460 0.902 0.847 0.508 0.646 0.102 0.489 0.043 0.752 0.014 0.236 0.336 0.316 0.007 0.228 0.087 0.876 0.070 0.279 0.534 0.396 0.180 0.323 0.263 0.798 2.135 0.249 0.339 0.086 0.081 0.147 0.129 0.515 0.696 0.703 0.787 0.439 0.226 0.101 0.167 0.092 0.101 0.499 1.402 0.329 0.321 10443 chr7 76573778 76597244 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -24628 NR_023383 441263 Hs.675888 NR_023383 ENSG00000265479 DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11 PMS2L11 DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11 readthrough, transcribed pseudogene pseudo nan 0.856 0.996 0.897 0.924 0.163 3.301 0.212 0.526 1.277 1.151 1.099 0.351 0.256 0.320 0.431 0.542 0.286 2.765 1.324 0.247 0.177 0.610 0.388 0.565 1.622 2.008 0.317 2.283 0.582 0.454 1.564 1.685 0.907 0.461 0.331 0.932 0.410 0.134 0.358 0.531 5.005 0.782 0.432 1.400 1.254 1.313 1.589 1.806 0.858 0.188 0.624 0.431 2.973 0.241 0.565 1.874 0.176 0.339 0.445 0.169 0.551 0.075 0.142 1.113 1.441 1.078 0.660 0.798 0.486 nan 0.971 0.988 5.673 1.486 0.345 0.291 0.267 nan 0.475 nan 0.616 0.401 0.312 0.451 1.777 2.626 0.431 0.948 3.236 1.676 9134 chr5 120954255 120972705 + 0 NA Intergenic Intergenic -224170 NM_177478 94033 Hs.105324 NM_177478 ENSG00000181867 FTMT MTF ferritin mitochondrial protein-coding nan 0.736 0.496 0.058 0.110 0.003 0.035 0.104 0.217 0.005 0.050 0.124 0.007 0.011 0.024 0.024 0.114 0.026 0.081 0.010 0.014 0.008 0.059 0.067 0.027 0.034 0.008 0.008 0.051 0.017 0.071 0.053 0.061 0.116 0.056 0.044 0.013 0.020 0.108 0.006 0.026 0.070 0.023 0.004 0.047 0.008 0.078 0.087 0.062 0.035 0.043 0.041 0.024 0.050 0.030 0.027 0.007 0.022 0.019 0.048 0.017 0.027 0.064 0.021 0.021 0.016 0.261 0.189 6.662 nan 0.094 0.161 0.110 0.040 0.185 0.132 0.151 0.336 0.260 0.203 0.397 0.176 0.107 0.113 0.107 0.200 0.231 0.453 0.156 0.178 6582 chr2 201752031 201755904 + 0 NA promoter-TSS (NM_130906) promoter-TSS (NM_130906) -83 NM_001142355 60491 Hs.145284 NM_021824 ENSG00000196290 NIF3L1 ALS2CR1|CALS-7|MDS015 NGG1 interacting factor 3 like 1 protein-coding 6.529 6.150 5.058 4.943 5.799 4.597 6.946 2.728 5.799 2.185 4.864 3.101 1.437 2.208 2.409 3.339 2.118 1.067 6.465 2.462 6.380 2.397 2.138 1.335 5.013 3.827 4.975 2.860 7.002 1.835 7.579 11.167 6.285 10.549 2.880 6.384 0.644 4.562 0.162 3.566 2.809 8.037 6.901 2.599 3.800 3.153 5.106 4.829 5.136 5.383 3.078 3.256 3.339 6.607 7.936 5.013 1.808 3.071 1.630 5.816 3.136 4.276 2.750 2.541 4.868 3.816 2.981 5.868 6.015 7.534 10.727 5.219 3.851 7.982 3.271 23.313 25.308 5.020 6.144 9.448 13.707 8.840 10.676 6.413 7.371 4.525 4.890 7.360 9.562 2.444 1.236 1941 chr11 47994360 48059413 + 0 NA intron (NM_001098503, intron 1 of 8) L1MB7|LINE|L1 24776 NM_002843 5795 Hs.318547 NM_002843 ENSG00000149177 PTPRJ CD148|DEP1|HPTPeta|R-PTP-ETA|SCC1 protein tyrosine phosphatase, receptor type J protein-coding nan 2.152 1.302 0.696 0.110 2.174 1.655 0.445 1.003 0.428 1.177 0.815 0.081 0.332 2.226 1.064 0.336 0.178 0.893 0.408 1.720 0.077 0.389 0.245 0.512 1.347 0.970 0.320 0.264 0.406 0.949 2.954 0.817 1.540 0.303 0.919 0.075 0.285 0.156 0.363 0.480 1.136 0.517 0.335 0.379 0.351 0.820 0.879 2.309 0.751 1.544 0.785 1.064 0.808 1.838 0.512 0.254 0.568 0.535 0.340 0.191 0.566 1.926 0.381 0.678 0.272 0.190 2.538 3.034 3.797 5.526 1.114 1.161 1.610 0.444 1.517 1.624 0.959 1.435 2.353 2.494 1.435 1.351 2.195 3.338 0.590 0.596 0.528 nan 1.833 1.031 4008 chr15 66109958 66130744 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -35720 NM_001320835 10260 Hs.654567 NM_005848 ENSG00000174485 DENND4A IRLB|MYCPBP DENN domain containing 4A protein-coding 1.175 1.490 nan 0.150 1.141 0.176 0.245 1.003 1.907 0.120 0.366 0.730 0.358 2.052 0.146 0.296 0.883 0.147 0.209 0.091 1.050 0.087 0.378 0.192 2.097 0.116 0.094 0.098 0.081 0.167 0.612 1.500 0.407 1.070 0.161 0.185 0.279 0.073 0.077 0.249 0.244 0.137 0.068 0.098 0.132 0.092 0.223 0.355 0.795 0.413 0.627 0.891 0.296 0.252 0.468 2.097 0.380 0.251 0.079 0.180 3.742 0.137 0.271 0.143 0.161 0.030 0.025 0.455 0.423 0.430 0.840 2.039 1.934 nan 2.750 0.185 0.216 0.316 0.617 2.963 3.823 1.849 1.336 0.485 0.562 1.021 1.820 0.437 0.935 1.728 0.835 10288 chr7 32067219 32074497 + 0 NA intron (NM_001191058, intron 3 of 18) LTR37A|LTR|ERV1 39616 NM_001191057 5137 Hs.143821 NM_005020 ENSG00000154678 PDE1C Hcam3|cam-PDE 1C|hCam-3 phosphodiesterase 1C protein-coding 1.467 0.968 1.768 0.848 0.179 0.298 0.044 0.114 0.013 0.106 0.038 0.009 0.068 0.110 0.247 0.147 0.065 0.175 0.078 0.020 0.087 0.121 1.483 0.324 0.090 0.120 0.014 0.456 2.437 0.582 0.376 0.351 0.173 0.013 0.015 0.108 0.032 0.314 0.089 0.016 0.011 0.138 0.278 0.083 0.097 0.224 0.029 0.088 0.787 0.247 0.100 0.064 1.483 0.330 0.094 0.094 0.039 0.084 0.120 0.068 0.715 0.031 0.021 0.687 0.391 8.876 6.179 1.061 nan 0.158 0.091 6.035 6.451 1.095 nan nan nan 1.026 0.930 0.113 0.242 0.068 0.132 0.714 nan 0.251 0.394 2826 chr12 82742230 82760695 + 0 NA promoter-TSS (NR_144940) promoter-TSS (NR_144940) 737 NM_014167 29080 Hs.582627 NM_014167 ENSG00000133773 CCDC59 BR22|HSPC128|TAP26 coiled-coil domain containing 59 protein-coding 1.455 1.265 1.165 0.856 0.882 0.494 0.301 0.617 1.094 0.192 0.633 0.429 0.304 0.228 0.698 0.651 0.656 0.157 0.460 0.112 0.285 0.270 0.588 0.432 0.829 0.365 0.372 0.200 0.509 0.233 0.881 1.047 0.521 1.942 0.238 0.562 0.848 0.600 0.087 0.224 0.506 0.514 0.391 0.205 0.343 0.220 0.526 0.499 0.670 0.735 0.280 0.446 0.651 0.582 0.372 0.829 0.299 0.426 0.348 0.463 0.395 0.274 0.321 0.248 0.251 0.243 0.175 1.302 1.538 1.481 1.922 3.081 3.243 2.402 1.180 3.107 3.276 1.611 2.153 2.192 2.783 2.145 2.141 0.923 1.586 2.689 2.747 1.650 1.257 1.565 1.067 9637 chr6 41038070 41043931 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329695) promoter-TSS (NM_001329695) 293 NM_021705 4800 Hs.10441 NM_002505 ENSG00000001167 NFYA CBF-A|CBF-B|HAP2|NF-YA nuclear transcription factor Y subunit alpha protein-coding 6.222 4.438 5.186 4.326 7.667 5.815 5.207 3.311 6.904 1.337 5.510 2.845 2.224 2.714 5.287 6.341 4.080 0.302 4.195 1.069 3.303 3.924 3.138 1.539 8.212 3.931 4.087 1.343 3.247 1.833 5.236 5.856 6.273 11.943 1.825 3.273 1.257 5.389 0.185 1.376 3.530 4.849 5.053 2.266 1.803 1.792 4.569 6.409 3.361 4.598 3.746 3.362 6.341 6.743 5.974 8.212 1.880 2.625 1.638 6.149 3.464 3.892 2.312 3.120 3.025 3.350 2.496 5.664 7.617 5.974 9.456 10.748 9.276 13.777 7.942 16.150 16.807 4.587 5.815 12.844 17.092 7.323 7.872 2.695 5.675 7.057 7.294 7.230 8.634 4.024 1.928 11665 chr9 98075012 98080850 + 0 NA intron (NM_000136, intron 1 of 14) intron (NM_000136, intron 1 of 14) 1605 NM_001243743 2176 Hs.494529 NM_000136 ENSG00000158169 FANCC FA3|FAC|FACC Fanconi anemia complementation group C protein-coding 3.867 3.640 4.083 1.629 6.235 5.179 2.362 2.914 4.594 1.023 2.659 2.358 1.819 0.716 1.749 3.745 1.817 0.246 2.870 0.778 1.545 1.899 1.583 0.975 5.390 2.330 2.281 2.366 3.274 0.883 3.181 5.676 2.246 6.966 1.101 4.006 2.180 4.208 0.156 0.825 2.219 3.753 2.822 1.242 0.692 1.131 3.200 2.299 3.306 3.329 1.410 1.570 3.745 3.695 3.590 5.390 0.914 1.502 1.559 2.307 2.019 2.436 1.490 1.606 1.730 1.691 1.184 3.173 3.422 7.570 10.226 10.218 8.935 4.303 2.404 5.734 5.563 3.593 3.622 6.246 10.245 9.553 9.272 2.018 3.303 9.013 12.065 5.309 4.871 3.452 1.714 9281 chr5 153589349 153603685 + 0 NA intron (NM_198321, intron 1 of 11) intron (NM_198321, intron 1 of 11) 26222 NM_198321 55568 Hs.631797 NM_017540 ENSG00000164574 GALNT10 GALNACT10|PPGALNACT10|PPGANTASE10 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10 protein-coding 0.902 nan 0.983 1.621 0.099 0.140 3.832 0.163 0.296 1.018 1.210 2.304 0.117 0.087 0.056 0.116 0.469 0.068 1.585 0.823 0.419 0.020 0.040 0.116 0.192 2.686 2.178 0.292 1.070 1.861 1.062 2.404 1.242 0.458 1.018 0.106 0.020 0.099 0.097 1.566 0.071 1.253 0.682 0.315 2.640 1.042 1.840 2.458 0.233 0.868 0.100 0.771 0.116 0.778 2.052 0.192 0.357 0.125 0.192 0.081 0.021 1.904 0.062 0.423 1.349 1.047 0.883 0.163 0.112 0.253 0.397 0.293 0.311 0.267 0.101 0.115 0.103 0.415 0.706 0.316 0.403 0.652 0.490 0.161 0.266 0.061 0.116 0.361 0.737 0.418 0.466 6648 chr2 217846238 217854000 + 0 NA Intergenic Intergenic 114624 NR_130782 101928327 Hs.350698 NR_130782 ENSG00000223874 LINC01921 - long intergenic non-protein coding RNA 1921 ncRNA nan 1.196 nan 0.089 2.509 2.377 0.084 1.138 2.157 0.024 0.051 0.059 0.002 0.285 0.379 1.215 0.074 0.145 0.054 0.049 0.067 1.024 0.673 6.984 0.061 0.047 0.009 0.078 0.014 0.041 0.244 0.100 2.703 0.019 0.078 0.209 0.055 0.084 0.114 0.071 0.039 0.010 0.028 0.090 0.037 0.182 0.094 0.055 0.031 0.026 1.215 0.028 6.984 0.047 0.053 0.127 0.015 2.584 0.031 0.076 0.112 0.152 0.013 0.466 0.220 0.185 0.239 4.803 5.240 3.351 1.688 0.281 0.293 0.715 1.014 7.219 nan 0.380 0.166 0.316 0.383 0.705 0.668 0.296 0.320 1.975 0.921 4895 chr17 58668067 58681413 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -2804 NM_003620 8493 Hs.286073 NM_003620 ENSG00000170836 PPM1D IDDGIP|PP2C-DELTA|WIP1 protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1D protein-coding 4.550 2.963 2.659 1.052 3.806 1.424 1.442 1.626 3.382 0.521 2.023 0.958 0.405 0.596 2.562 1.593 1.918 0.324 1.929 0.571 0.951 1.152 1.814 1.163 2.898 0.981 1.058 1.022 1.366 0.758 1.861 4.216 1.297 5.392 0.854 1.568 1.167 1.754 0.151 0.786 1.789 1.200 0.965 0.454 0.952 0.565 1.344 1.514 2.391 2.009 1.099 0.810 1.593 2.138 1.280 2.898 0.564 0.662 0.675 1.970 1.363 1.790 1.270 1.946 1.128 1.178 0.808 4.023 3.769 2.477 3.398 5.108 4.797 4.122 2.008 nan 8.605 2.811 3.274 nan nan 7.065 7.033 2.110 3.861 3.819 4.459 5.284 6.786 2.131 1.120 2132 chr11 78644065 78666335 + 0 NA intron (NM_001098816, intron 6 of 33) MIRc|SINE|MIR -369291 NM_024678 79731 Hs.503389 NM_024678 ENSG00000137513 NARS2 DFNB94|SLM5|asnRS asparaginyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding nan 1.184 0.758 0.203 0.615 0.259 0.071 0.937 1.756 0.022 0.077 0.169 0.042 0.483 0.308 0.623 0.098 0.084 0.028 0.008 0.026 0.019 0.185 0.129 1.455 0.182 0.085 0.014 0.064 0.009 0.200 nan 0.253 0.567 0.080 0.046 0.545 0.069 0.100 0.011 1.704 0.188 0.037 0.021 0.034 0.066 0.152 0.193 0.097 0.026 0.141 0.114 0.623 0.038 0.168 1.455 0.033 0.059 1.520 0.026 0.060 0.049 1.895 0.189 0.028 0.010 0.005 1.624 1.772 0.191 0.321 3.559 3.959 1.894 0.449 1.274 1.278 0.317 0.538 2.521 2.500 1.021 0.770 1.463 2.761 1.664 1.240 0.301 0.825 1.164 0.994 7243 chr21 44072804 44095066 + 0 NA intron (NM_001001575, intron 1 of 14) intron (NM_001001575, intron 1 of 14) 10073 NM_001001572 5152 Hs.473927 NM_002606 ENSG00000160191 PDE9A HSPDE9A2 phosphodiesterase 9A protein-coding nan 0.739 2.555 0.123 0.403 0.258 0.476 0.349 0.598 0.078 0.348 0.074 0.025 0.105 0.132 1.122 0.058 0.088 0.498 0.298 0.068 0.193 0.296 0.199 1.090 0.805 0.617 0.122 0.583 0.293 0.521 1.266 0.590 1.035 0.200 0.056 0.123 0.364 0.097 0.423 0.293 0.202 0.181 0.135 0.166 0.151 0.226 0.166 0.420 0.070 0.216 0.198 1.122 0.823 0.613 1.090 0.261 0.078 0.797 0.439 0.063 0.166 1.208 0.419 0.068 0.078 0.027 2.085 3.345 0.813 0.874 1.407 1.374 nan 0.361 0.866 0.833 0.673 nan 1.267 1.870 1.410 1.642 1.073 1.699 0.764 0.574 0.792 1.154 1.488 0.854 8078 chr3 181402806 181486221 + 0 NA intron (NR_004053, intron 4 of 4) CpG 14801 NM_003106 6657 Hs.518438 NM_003106 ENSG00000181449 SOX2 ANOP3|MCOPS3 SRY-box 2 protein-coding 1.310 5.472 2.103 0.240 1.938 0.078 0.141 1.156 2.268 0.041 0.074 0.029 0.623 0.166 0.242 0.693 0.123 0.156 0.591 0.204 0.038 0.399 1.275 0.712 0.275 0.118 0.045 0.026 0.313 0.068 0.880 2.321 0.796 1.633 0.295 0.390 1.392 5.177 0.168 0.055 1.732 0.104 0.099 0.064 0.269 0.305 0.136 0.168 0.253 0.190 0.183 0.151 0.693 0.345 0.192 0.275 0.269 0.082 0.076 0.115 0.293 0.199 0.045 0.043 0.091 0.043 0.021 0.345 0.368 0.662 0.940 0.832 0.812 8.705 3.739 0.119 0.127 2.748 3.347 1.151 1.610 0.803 0.387 0.177 0.252 5.169 4.303 0.141 0.214 1.613 0.936 6994 chr20 44484743 44509720 + 0 NA intron (NM_080752, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu 11011 NM_080752 140831 Hs.292135 NM_080752 ENSG00000132801 ZSWIM3 C20orf164|PPP1R174 zinc finger SWIM-type containing 3 protein-coding nan nan 1.082 0.838 0.658 0.156 0.964 0.324 0.695 0.123 0.650 0.368 0.067 0.282 0.452 0.468 0.423 0.215 0.835 0.410 0.457 0.160 0.316 0.242 0.636 0.395 0.231 0.165 0.465 0.236 0.330 0.664 0.480 1.246 0.539 0.266 0.096 0.293 0.109 0.401 0.222 0.519 0.292 0.181 0.290 0.477 0.763 0.426 0.431 0.717 0.214 1.105 0.468 0.993 1.554 0.636 0.220 3.896 0.174 0.794 0.523 0.552 0.266 1.314 0.430 0.208 0.073 1.165 1.359 0.570 0.885 0.780 0.873 nan 0.662 0.865 0.913 0.831 1.015 1.316 1.296 nan 0.849 0.627 0.878 0.342 0.280 1.363 4.730 0.544 0.324 5180 chr18 19191367 19194899 + 0 NA intron (NM_001291916, intron 1 of 3) intron (NM_001291916, intron 1 of 3) 903 NM_006938 6632 Hs.464734 NM_006938 ENSG00000167088 SNRPD1 HsT2456|SMD1|SNRPD|Sm-D1 small nuclear ribonucleoprotein D1 polypeptide protein-coding 5.153 3.669 3.160 3.842 6.850 2.972 2.379 3.400 5.414 1.600 3.154 4.910 0.918 2.502 2.310 10.583 2.466 0.230 3.384 1.287 2.684 1.567 2.387 1.354 5.549 1.289 1.514 1.590 2.577 1.194 2.795 5.179 2.495 8.457 1.467 2.878 2.104 3.444 0.180 1.167 2.634 3.750 5.668 2.390 2.918 1.216 2.524 3.817 2.189 4.102 2.693 2.350 10.583 3.658 3.376 5.549 1.595 2.061 1.522 3.347 2.761 2.098 1.351 2.351 1.336 1.288 0.934 7.969 5.824 5.436 9.154 10.021 10.864 15.054 9.881 13.495 13.184 4.025 5.169 6.449 9.514 7.733 9.087 2.957 4.984 11.484 12.664 6.210 4.539 5.875 3.075 10343 chr7 46594041 46610663 + 0 NA Intergenic L1PA7|LINE|L1 134368 NR_134575 730338 Hs.640207 NR_134575 ENSG00000233539 LOC730338 - uncharacterized LOC730338 ncRNA 0.974 0.968 nan 2.665 0.058 0.037 2.294 0.098 0.247 0.523 0.312 0.329 0.019 0.085 0.053 0.108 0.270 0.074 2.506 1.070 0.034 0.008 0.113 0.149 0.058 2.501 1.753 0.018 4.306 1.533 2.121 4.557 0.774 0.323 1.247 1.116 0.034 0.103 0.170 0.149 0.038 0.094 0.123 0.083 2.642 2.570 0.722 0.326 0.446 0.115 0.047 1.110 0.108 1.171 0.123 0.058 1.258 0.647 0.011 0.024 0.122 0.794 0.053 0.159 0.218 0.024 0.009 0.431 0.231 0.526 1.837 0.206 0.313 0.095 0.052 0.150 0.122 0.216 0.403 0.162 0.167 0.375 0.295 0.110 0.125 0.077 0.073 0.322 0.853 0.444 0.418 6115 chr2 53547461 53640896 + 0 NA Intergenic Intergenic -400742 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 5.985 nan 5.654 0.369 0.093 0.223 0.310 0.113 0.129 0.032 0.103 0.054 0.016 0.075 0.097 0.185 0.228 0.100 0.289 0.243 0.025 0.021 0.106 0.139 0.091 0.265 0.132 0.016 0.267 0.294 0.150 0.247 0.089 0.259 0.244 0.148 3.197 0.047 0.133 0.096 0.066 0.180 0.094 0.076 0.193 0.085 0.189 0.352 0.095 0.042 0.033 0.137 0.185 0.111 0.041 0.091 0.178 0.135 0.078 0.059 0.166 0.200 0.055 0.088 0.078 0.035 0.021 0.309 0.158 0.167 0.255 0.295 0.349 0.133 0.077 0.331 0.338 0.603 0.743 0.369 0.328 0.830 0.601 0.109 0.203 14.649 13.502 0.296 0.556 0.297 0.287 3751 chr14 89672102 89700166 + 0 NA intron (NM_001085471, intron 4 of 6) intron (NM_001085471, intron 4 of 6) 197320 NM_005197 1112 Hs.434286 NM_005197 ENSG00000053254 FOXN3 C14orf116|CHES1|PRO1635 forkhead box N3 protein-coding 1.888 1.137 nan 0.046 0.518 0.765 0.142 0.409 0.831 0.014 0.079 0.072 0.022 0.050 0.553 0.511 0.255 0.178 0.049 0.014 0.036 0.005 0.857 0.341 2.300 0.337 0.126 0.018 0.061 0.011 0.152 0.664 0.788 1.486 0.177 0.075 0.303 0.042 0.120 0.029 0.546 0.109 0.030 0.022 0.024 0.080 0.103 0.130 0.099 0.078 0.011 0.091 0.511 0.058 0.056 2.300 0.061 0.285 0.131 0.052 0.083 0.085 0.035 0.073 0.070 0.023 0.015 0.302 0.279 0.264 0.527 1.061 1.231 0.903 0.565 0.407 0.453 2.182 2.811 2.385 3.777 0.767 0.557 0.141 0.322 1.055 0.858 0.207 0.382 nan 1.361 5674 chr19 40915880 40952857 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -2436 NM_013376 29950 Hs.269898 NM_013376 ENSG00000197019 SERTAD1 SEI1|TRIP-Br1|TRIPBR1 SERTA domain containing 1 protein-coding 2.657 1.418 2.510 2.357 1.169 0.816 1.718 0.650 1.134 1.391 2.806 1.926 1.320 0.589 1.370 1.124 1.141 0.352 2.594 1.040 2.502 1.523 0.458 0.355 1.102 1.589 1.676 2.186 1.795 0.654 2.210 nan 1.860 6.416 0.866 1.639 0.286 3.710 0.217 1.194 0.457 3.145 1.663 0.675 1.267 0.915 1.603 1.745 5.462 7.105 1.620 1.373 1.124 3.604 0.841 1.102 0.949 1.860 0.558 2.717 1.498 0.609 0.632 0.614 0.978 1.209 0.855 1.057 1.458 1.611 2.674 1.749 1.597 1.830 0.426 3.618 3.916 1.334 1.909 2.630 3.923 2.757 2.413 1.062 1.457 1.360 1.299 1.557 2.849 1.561 0.870 10500 chr7 92383421 92400620 + 0 NA intron (NM_001259, intron 3 of 7) AluSx3|SINE|Alu 71244 NM_001259 1021 Hs.119882 NM_001259 ENSG00000105810 CDK6 MCPH12|PLSTIRE cyclin dependent kinase 6 protein-coding nan 1.329 nan 1.334 0.318 0.036 1.946 0.581 1.078 0.535 0.753 1.061 0.267 0.189 0.212 1.079 0.891 0.178 0.942 0.605 1.251 0.041 0.584 0.423 0.167 0.449 0.264 0.193 1.910 1.359 0.552 1.052 0.915 0.577 0.916 1.178 0.507 1.162 0.216 0.466 0.529 0.437 0.188 0.152 1.330 1.405 0.494 0.359 0.750 1.305 1.489 1.103 1.079 1.671 0.242 0.167 0.886 0.596 0.261 0.067 0.077 1.195 0.329 0.753 0.861 0.082 0.115 1.116 1.634 0.324 0.673 0.244 0.327 1.280 0.427 1.396 1.379 3.562 3.956 0.961 1.012 5.501 5.062 0.475 0.684 1.717 3.209 0.639 nan 2.753 1.790 550 chr1 99955472 99982263 + 0 NA Intergenic Intergenic -15507 NR_125951 101928270 Hs.576048 NR_125951 ENSG00000224445 LINC01708 - long intergenic non-protein coding RNA 1708 ncRNA nan nan 0.986 0.109 0.065 0.035 0.066 0.120 0.173 0.011 0.049 0.072 0.039 0.056 0.090 0.110 0.167 0.102 0.115 0.042 0.033 0.067 0.029 0.068 0.134 0.036 0.035 0.020 0.043 0.024 0.066 0.406 0.061 0.337 0.049 0.075 0.014 0.069 0.088 0.013 0.033 0.065 0.020 0.012 0.012 0.074 0.122 0.141 0.036 0.037 0.026 0.057 0.110 0.093 0.041 0.134 0.073 0.035 0.164 0.032 0.039 0.035 0.041 2.350 0.014 0.034 0.013 0.327 0.184 0.344 0.395 0.332 nan 0.145 0.078 0.235 0.221 0.448 nan 0.380 0.411 nan 0.870 0.148 0.220 0.055 0.061 1.637 6.801 0.542 0.519 7331 chr22 24107063 24121146 + 0 NA promoter-TSS (NR_133013) promoter-TSS (NR_133013) -902 NM_005940 4320 Hs.143751 NM_005940 ENSG00000099953 MMP11 SL-3|ST3|STMY3 matrix metallopeptidase 11 protein-coding 1.559 nan 1.521 0.808 1.239 0.499 0.880 0.539 1.005 0.408 0.941 1.008 0.092 0.526 1.565 0.806 0.433 0.284 1.146 0.702 0.488 0.304 0.846 0.292 2.401 0.373 0.237 1.278 0.828 0.314 1.096 nan 1.159 4.665 0.343 1.256 0.354 0.757 0.070 0.242 0.913 0.575 0.877 0.687 0.287 0.317 0.646 0.221 1.041 1.979 1.614 0.889 0.806 1.096 1.405 2.401 0.617 0.594 1.133 2.303 1.037 0.728 0.540 0.750 0.321 0.033 0.040 2.372 2.433 1.517 2.022 2.790 2.221 3.552 1.168 2.466 2.749 1.380 2.230 2.109 2.659 2.560 2.626 0.976 1.280 2.115 2.333 1.542 2.381 3.533 1.764 2083 chr11 72336448 72393481 + 0 NA intron (NM_002599, intron 1 of 30) MIR3|SINE|MIR -11460 NM_001143839 5138 Hs.503163 NM_002599 ENSG00000186642 PDE2A CGS-PDE|PDE2A1|PED2A4|cGSPDE phosphodiesterase 2A protein-coding nan 0.572 0.663 0.122 0.255 1.459 0.252 0.250 0.513 0.014 0.179 0.118 0.020 0.062 1.106 0.479 0.080 0.053 0.115 0.038 0.047 0.032 0.127 0.069 0.141 0.113 0.077 0.068 0.129 0.104 0.200 nan 0.097 0.679 0.121 0.073 0.100 0.089 0.077 0.083 0.541 0.499 0.157 0.108 0.071 0.069 0.162 0.217 0.174 0.109 0.142 0.177 0.479 0.112 0.148 0.141 0.075 0.063 0.481 0.593 0.183 0.120 0.439 0.269 0.038 0.152 0.298 2.829 5.250 0.344 0.325 1.064 1.059 0.873 0.331 1.379 1.505 0.966 1.533 1.085 1.178 1.250 1.299 1.105 1.320 0.508 0.652 0.518 1.244 0.464 0.439 9916 chr6 130063663 130074519 + 0 NA Intergenic Intergenic -37721 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.820 1.391 0.764 0.405 0.862 0.026 1.971 0.030 0.195 0.422 0.848 3.927 0.014 0.336 0.860 3.881 0.281 1.301 0.771 0.208 0.013 0.202 0.191 0.044 1.811 1.065 0.034 1.185 0.319 7.278 9.725 2.227 0.624 1.078 0.194 0.044 0.077 0.133 1.074 0.130 0.560 0.144 0.165 1.572 1.001 0.203 0.728 0.142 0.655 0.152 0.232 0.860 0.446 0.878 0.044 0.212 0.038 0.035 0.140 0.980 1.130 0.053 0.171 1.551 0.101 0.019 0.319 0.418 0.228 0.462 0.187 0.282 nan 0.597 0.595 0.525 0.638 0.801 1.672 1.392 1.197 0.526 0.173 0.268 0.187 0.470 0.354 nan 1.027 0.520 10076 chr6 166414704 166424545 + 0 NA Intergenic GC_rich|Low_complexity|Low_complexity -18097 NR_026860 90632 Hs.31917 NR_026860 ENSG00000223414 LINC00473 C6orf176|bA142J11.1 long intergenic non-protein coding RNA 473 ncRNA 0.548 nan 0.904 0.088 0.107 0.034 0.033 0.196 0.626 0.010 3.138 0.075 0.021 0.018 0.323 0.069 0.081 0.021 0.008 1.327 0.042 0.061 0.033 0.291 0.064 0.125 5.613 0.042 0.010 0.147 1.208 0.072 0.276 0.030 16.053 0.018 0.077 0.092 0.144 0.008 0.047 0.288 0.095 0.044 0.048 0.039 0.051 6.602 0.106 2.725 3.961 0.323 0.029 0.010 0.291 1.122 0.453 0.049 3.485 11.229 0.016 0.030 0.025 1.151 0.011 0.010 0.479 0.540 1.039 1.307 1.132 0.886 0.311 0.206 0.084 0.090 0.080 0.122 0.458 0.470 nan 0.344 0.191 0.221 0.056 0.051 0.050 0.176 0.222 0.195 11858 chr9 139218582 139224365 + 0 NA promoter-TSS (NM_015597) promoter-TSS (NM_015597) 306 NR_026964 26102 Hs.561893 NR_026964 ENSG00000262075 DKFZP434A062 - uncharacterized LOC26102 ncRNA nan 1.890 6.866 0.239 0.770 1.784 0.518 0.661 1.511 0.497 1.386 0.446 0.175 1.305 2.369 0.724 0.149 1.048 0.328 0.816 0.838 0.682 0.352 2.087 0.754 0.587 2.243 0.893 0.414 1.302 2.937 0.690 3.660 0.327 0.970 0.442 2.116 0.069 0.407 0.440 1.598 1.326 0.891 0.304 0.438 0.382 0.228 1.646 2.545 0.464 0.423 2.369 2.054 1.484 2.087 0.127 0.344 2.937 3.015 0.643 0.518 0.735 0.814 0.146 0.458 0.254 1.188 2.023 1.785 2.947 5.791 4.970 nan 0.828 1.060 1.298 2.284 3.233 1.552 2.807 8.935 11.100 1.210 2.202 1.890 1.473 2.527 2.833 1.671 1.160 6677 chr2 224400722 224431271 + 0 NA Intergenic L1PA13|LINE|L1 51221 NM_003469 7857 Hs.516726 NM_003469 ENSG00000171951 SCG2 CHGC|EM66|SN|SgII secretogranin II protein-coding nan 1.485 1.460 0.371 1.260 0.536 1.167 1.243 2.260 0.028 0.464 1.675 0.026 0.649 0.394 2.251 0.307 0.089 0.872 0.423 0.155 0.018 1.349 0.538 1.225 1.230 0.616 0.024 0.298 0.328 0.537 1.464 0.199 nan 0.836 1.082 0.599 0.075 0.132 0.317 0.161 0.815 0.103 0.118 0.198 0.309 1.447 0.203 0.594 0.726 0.179 0.370 2.251 0.359 0.079 1.225 0.269 0.127 0.159 1.741 1.629 0.871 0.068 0.126 0.760 0.451 0.390 0.417 0.316 0.510 1.790 0.877 0.874 5.580 2.120 0.436 0.436 1.356 2.036 2.267 nan 0.383 0.169 0.145 0.309 2.840 4.252 0.332 nan 2.000 0.968 1736 chr11 504308 508534 + 0 NA intron (NM_203386, intron 1 of 10) CpG 400 NM_203383 6050 Hs.530687 NM_002939 ENSG00000023191 RNH1 RAI|RNH ribonuclease/angiogenin inhibitor 1 protein-coding 3.566 3.804 3.237 3.674 1.923 1.489 5.158 1.763 2.677 0.917 5.136 2.443 1.713 1.764 5.099 3.230 2.757 0.162 4.681 0.942 2.780 2.928 2.078 0.780 4.780 2.555 4.069 3.864 3.682 1.569 5.565 7.075 4.524 7.835 1.212 2.907 0.736 3.648 0.181 1.908 1.126 6.453 7.254 3.106 1.840 1.658 2.458 4.053 3.872 4.308 3.565 2.383 3.230 9.298 6.133 4.780 2.146 2.302 0.566 7.176 1.621 3.282 1.876 1.457 2.472 2.875 2.021 7.543 7.212 5.151 8.056 6.669 5.462 6.057 3.516 13.226 13.950 4.207 5.819 4.053 6.866 4.379 5.240 4.942 5.202 5.544 6.526 4.023 3.628 3.379 2.182 958 chr1 186151640 186160196 + 0 NA intron (NM_031935, intron 105 of 106) Charlie2a|DNA|hAT-Charlie -109487 NM_001127709 10216 Hs.647723 NM_005807 ENSG00000116690 PRG4 CACP|HAPO|JCAP|MSF|SZP proteoglycan 4 protein-coding nan nan 1.018 1.779 0.094 0.334 2.763 0.112 0.224 0.291 0.546 1.819 0.036 0.161 0.354 2.435 0.130 4.606 4.502 1.040 0.148 0.131 0.070 1.465 0.795 0.053 2.113 2.175 1.182 1.550 0.738 0.739 4.405 1.110 0.011 0.046 0.105 1.178 0.093 4.251 0.310 0.229 1.640 1.628 0.709 2.488 0.086 0.738 0.657 0.419 0.354 1.075 3.489 0.070 0.499 0.186 0.011 0.494 0.058 1.247 0.093 0.061 1.044 0.114 0.161 0.508 0.336 1.014 3.098 0.316 nan 0.152 0.071 nan 0.291 0.648 0.914 0.327 0.243 0.447 0.147 0.333 0.516 0.136 0.157 0.413 nan 0.264 0.329 592 chr1 112932931 112947698 + 0 NA intron (NM_018704, intron 1 of 5) intron (NM_018704, intron 1 of 5) 1514 NM_018704 55917 Hs.744100 NM_018704 ENSG00000143079 CTTNBP2NL - CTTNBP2 N-terminal like protein-coding nan 1.467 1.224 3.496 0.838 0.629 1.601 0.542 1.053 0.589 1.838 1.976 0.395 0.733 0.951 0.693 1.183 0.315 1.680 0.608 2.706 0.375 0.484 0.310 0.922 1.680 1.154 2.397 2.402 1.199 1.958 3.320 1.159 3.795 0.862 1.042 0.084 1.099 0.166 1.029 0.204 4.465 2.346 0.991 2.022 1.413 2.578 2.653 1.494 1.964 0.813 1.849 0.693 1.569 4.500 0.922 0.871 0.617 0.276 4.508 0.749 0.799 0.375 0.415 1.108 0.493 0.384 0.701 1.025 1.259 2.217 1.864 nan 2.988 0.976 1.817 1.937 1.975 2.393 2.156 2.453 0.945 0.647 0.872 1.512 0.543 0.596 0.687 1.784 1.223 0.794 3299 chr13 101853746 101864706 + 0 NA intron (NM_001350748, intron 13 of 44) L1ME4a|LINE|L1 209633 NM_001350748 259232 Hs.525146 NM_052867 ENSG00000102452 NALCN CLIFAHDD|CanIon|IHPRF|IHPRF1|INNFD|VGCNL1|bA430M15.1 sodium leak channel, non-selective protein-coding 0.668 0.983 0.537 0.118 0.095 6.582 0.188 0.197 0.407 0.026 0.233 0.188 0.006 0.009 0.049 0.329 0.089 0.088 0.435 0.410 0.029 0.013 0.070 0.120 0.066 0.513 0.176 0.007 0.200 0.155 0.554 1.569 0.151 0.299 0.173 0.064 0.052 0.020 0.090 0.064 0.159 0.226 0.011 0.050 0.500 0.098 0.418 0.127 0.045 0.019 0.029 0.194 0.329 0.135 0.009 0.066 0.101 0.060 0.018 0.053 0.083 0.092 0.036 0.113 0.122 0.011 0.009 0.790 0.498 0.310 0.480 0.339 0.377 0.395 0.163 0.118 0.136 0.298 nan 0.194 0.258 0.573 0.304 0.153 0.166 0.059 0.060 0.305 nan 0.200 0.177 4420 chr16 68809169 68821586 + 0 NA intron (NM_004360, intron 2 of 15) AluJb|SINE|Alu 38958 NR_106988 nan nan 1.338 0.452 1.820 1.543 0.812 1.000 2.157 0.497 0.349 0.400 0.342 0.393 0.693 0.196 0.251 0.181 1.007 0.625 0.055 0.033 0.519 0.365 0.959 0.335 0.070 0.041 0.569 0.339 0.351 0.815 1.023 2.522 0.555 0.113 0.053 0.071 0.089 0.044 0.154 0.171 0.068 0.038 0.802 0.444 0.477 0.122 0.578 0.046 0.041 0.397 0.196 1.390 0.703 0.959 0.157 0.345 0.218 0.117 0.185 0.206 1.528 0.039 0.137 0.032 0.016 0.990 1.421 0.361 0.664 1.907 1.724 2.367 0.583 1.158 1.244 0.091 nan 2.548 3.813 0.343 0.177 0.934 1.416 0.500 0.322 0.164 0.362 3.277 1.298 10311 chr7 37070065 37073754 + 0 NA intron (NM_001206482, intron 15 of 21) intron (NM_001206482, intron 15 of 21) 34508 NR_104120 100861514 Hs.627775 NR_104120 ENSG00000224101 ELMO1-AS1 - ELMO1 antisense RNA 1 ncRNA 1.764 2.811 1.393 4.482 1.077 0.044 4.716 0.480 1.032 1.246 1.871 3.891 0.386 1.436 0.214 5.021 0.390 0.163 1.575 1.326 2.334 0.152 0.854 0.577 4.601 5.408 4.482 0.438 5.969 3.423 1.379 4.586 5.641 2.441 3.007 1.737 0.415 0.119 0.111 3.648 0.734 5.049 0.807 0.574 3.143 6.784 1.560 9.191 2.824 2.396 1.739 1.356 5.021 3.114 9.765 4.601 1.015 1.648 0.133 2.671 1.127 2.844 0.168 2.213 2.886 2.948 0.621 0.345 1.443 4.051 0.397 nan 4.062 1.486 0.417 0.360 3.233 nan nan nan 0.485 0.218 0.128 0.295 1.429 2.729 0.346 nan 0.998 0.897 10236 chr7 24266355 24278450 + 0 NA Intergenic L1MD2|LINE|L1 -51405 NM_000905 4852 Hs.1832 NM_000905 ENSG00000122585 NPY PYY4 neuropeptide Y protein-coding 0.879 0.845 0.812 0.208 0.142 0.187 0.023 0.119 0.287 0.016 0.077 0.046 0.030 0.042 0.179 0.384 0.086 0.053 0.113 0.026 0.003 0.286 0.163 0.170 0.042 0.018 0.018 0.123 0.014 0.093 0.170 0.105 0.302 0.036 0.097 0.015 0.054 0.157 0.029 0.127 0.091 0.015 0.020 0.070 0.176 0.214 0.040 0.035 0.026 0.042 0.384 0.036 0.008 0.170 0.030 0.048 0.075 0.099 0.075 0.138 0.032 0.113 0.081 0.019 0.004 0.364 0.211 0.411 nan 0.388 0.582 7.232 2.624 0.205 0.219 0.303 0.429 0.441 0.389 0.380 0.311 0.138 0.168 0.238 0.195 0.122 nan 0.538 0.559 1978 chr11 62357870 62372962 + 0 NA intron (NM_001330292, intron 6 of 17) MER91C|DNA|hAT-Tip100 3348 NM_001330292 9219 Hs.173043 NM_004739 ENSG00000149480 MTA2 MTA1L1|PID metastasis associated 1 family member 2 protein-coding nan 2.182 2.088 2.255 3.931 2.420 2.015 1.690 3.362 0.707 3.051 1.311 1.026 1.531 2.744 3.168 1.265 0.181 2.393 0.867 2.565 1.341 1.510 0.621 2.747 1.113 1.023 1.493 1.796 1.078 3.603 5.174 1.543 5.349 1.518 2.011 0.699 2.922 0.140 0.627 1.631 2.696 2.406 1.371 1.105 0.756 2.383 1.987 2.641 2.205 1.153 0.967 3.168 1.964 1.262 2.747 0.975 0.960 1.288 3.043 1.674 1.850 2.150 1.178 1.645 1.235 0.705 6.912 6.762 4.211 5.573 6.176 5.769 4.532 1.818 5.183 5.620 2.978 4.231 4.965 7.521 3.727 4.080 3.332 5.753 3.308 3.591 3.219 4.136 2.504 1.112 10153 chr7 7817877 7850336 + 0 NA intron (NM_001302350, intron 3 of 4) MER4D|LTR|ERV1 -75868 NM_002947 6119 Hs.487540 NM_002947 ENSG00000106399 RPA3 REPA3|RP-A p14 replication protein A3 protein-coding 1.663 1.345 1.532 0.233 0.286 0.094 0.177 0.262 0.606 0.024 0.176 0.612 0.015 0.093 0.076 0.162 0.152 0.124 0.105 0.059 0.060 0.019 0.391 0.186 0.753 0.132 0.078 0.048 0.123 0.146 0.163 nan 0.285 nan 0.099 3.033 0.056 0.110 0.171 0.069 0.117 0.131 0.084 0.057 0.100 0.213 0.469 0.184 0.246 0.063 0.238 0.397 0.162 0.086 0.128 0.753 0.422 0.307 0.069 0.088 0.359 0.148 0.098 1.493 0.040 0.025 0.014 0.583 0.458 0.314 nan 0.573 0.856 nan 0.374 0.492 0.449 1.327 1.669 nan 0.563 0.769 0.509 0.169 0.269 0.387 0.855 1.669 4.377 0.704 0.628 7362 chr22 28268886 28279719 + 0 NA intron (NM_001284277, intron 7 of 10) intron (NM_001284277, intron 7 of 10) 40900 NM_001284278 23760 Hs.705323 NM_012399 ENSG00000180957 PITPNB PI-TP-beta|PtdInsTP|VIB1B phosphatidylinositol transfer protein beta protein-coding nan 0.662 0.643 0.242 0.149 0.113 0.066 0.530 0.954 0.035 0.086 0.129 0.051 0.230 0.231 0.226 0.753 0.236 0.303 0.035 0.082 0.025 0.218 0.188 0.543 0.051 0.022 0.056 0.107 0.010 0.174 nan 0.079 0.435 0.065 0.143 0.062 0.151 0.106 0.033 0.389 0.068 0.039 0.036 0.030 0.064 0.151 0.156 0.549 0.156 0.051 0.229 0.226 0.112 0.111 0.543 0.033 0.198 0.134 0.037 0.075 0.217 0.064 0.137 0.091 0.005 0.415 0.466 0.695 nan 0.921 0.961 0.586 0.245 0.713 0.841 4.056 4.938 0.323 0.389 0.639 0.468 0.271 0.341 0.212 0.270 0.407 nan 2.844 1.487 10231 chr7 23502205 23518570 + 0 NA promoter-TSS (NM_006547) promoter-TSS (NM_006547) -392 NM_006547 10643 Hs.700696 NM_006547 ENSG00000136231 IGF2BP3 CT98|IMP-3|IMP3|KOC|KOC1|VICKZ3 insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 3 protein-coding 6.869 1.463 1.692 10.954 4.708 3.823 2.524 1.951 4.021 4.544 5.439 2.799 6.183 1.423 5.271 2.696 5.083 0.599 3.902 1.518 3.965 4.627 3.942 2.354 6.876 2.467 2.561 2.430 0.394 0.155 4.691 7.010 4.673 9.685 0.134 4.200 2.115 7.557 0.281 2.309 4.901 2.252 3.599 1.377 0.139 3.664 8.721 4.691 4.498 3.098 2.736 0.025 2.696 3.619 7.365 6.876 2.549 2.515 0.378 6.136 3.758 3.014 3.322 3.927 0.020 2.509 1.806 5.046 4.813 0.774 nan 7.111 6.243 8.066 3.732 14.228 14.378 6.153 7.396 6.193 10.757 10.040 11.710 4.688 9.591 7.894 8.858 7.872 nan 3.516 1.546 1640 chr10 110350633 110364904 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -528717 NR_125760 103695365 Hs.648991 NR_125760 ENSG00000229981 LINC01435 TCONS_00018040 long intergenic non-protein coding RNA 1435 ncRNA 0.782 nan 0.821 0.035 0.062 0.024 0.051 0.135 0.264 0.100 0.045 0.226 0.038 0.012 0.036 0.106 0.034 0.044 0.013 0.796 0.010 0.065 0.066 0.025 0.010 0.015 1.961 0.090 0.015 0.254 0.890 0.050 0.168 0.010 0.030 0.020 7.431 0.159 0.031 0.028 0.218 2.239 0.667 0.030 0.087 0.047 0.057 0.040 0.010 0.237 0.018 0.036 0.035 0.013 0.025 0.043 0.023 0.007 0.025 0.018 0.116 0.143 0.208 0.048 0.238 0.307 0.809 0.642 0.492 1.615 0.066 0.068 0.139 0.076 0.064 0.097 0.074 0.148 0.180 0.256 0.123 0.038 0.491 0.508 0.071 0.138 0.357 0.858 0.325 0.237 10477 chr7 83649789 83658510 + 0 NA intron (NM_006080, intron 6 of 16) AluSx1|SINE|Alu 170068 NM_006080 10371 Hs.252451 NM_006080 ENSG00000075213 SEMA3A COLL1|HH16|Hsema-I|Hsema-III|SEMA1|SEMAD|SEMAIII|SEMAL|SemD|coll-1 semaphorin 3A protein-coding 0.955 0.778 1.094 0.543 0.161 0.140 1.061 0.110 0.128 0.985 0.169 3.091 0.236 0.092 0.122 0.112 1.215 0.275 0.398 0.198 5.156 0.127 0.162 0.229 0.027 0.262 0.099 1.066 1.118 0.241 1.620 2.141 2.058 0.215 0.686 0.807 0.022 0.124 0.273 0.256 0.200 2.662 0.055 0.035 0.441 0.342 0.825 0.392 0.989 0.235 1.894 0.145 0.112 0.596 0.123 0.027 0.729 0.636 0.057 1.509 0.070 2.245 0.132 0.085 0.535 0.839 0.514 0.466 0.628 0.487 2.527 0.339 0.298 0.162 0.103 0.301 0.227 1.396 1.967 0.378 0.356 0.347 0.185 0.409 0.472 0.196 0.283 0.307 nan 0.546 0.496 11765 chr9 126760787 126781400 + 0 NA intron (NR_135129, intron 1 of 1) CpG 582 NR_135129 100505588 Hs.547168 NR_135129 ENSG00000236668 LOC100505588 - uncharacterized LOC100505588 ncRNA nan nan 0.608 0.066 4.106 0.800 0.058 0.692 1.400 0.247 0.068 0.066 0.027 0.024 0.118 1.784 0.284 0.071 0.226 0.083 0.082 0.054 2.200 0.959 4.768 0.179 0.098 0.552 0.092 0.010 0.242 1.033 0.132 nan 0.014 0.270 0.106 0.509 0.057 0.074 0.172 0.343 0.291 0.169 0.027 0.022 0.089 0.213 0.569 0.750 0.115 0.156 1.784 0.219 0.297 4.768 0.012 0.181 0.716 1.486 1.522 0.115 0.241 0.123 0.023 0.015 0.360 0.398 0.582 0.673 2.210 1.569 0.986 0.391 0.367 0.507 1.729 nan 1.664 2.462 4.161 4.235 0.643 1.152 0.469 0.421 0.319 0.468 nan 1.345 8512 chr4 116024745 116044416 + 0 NA intron (NM_022569, intron 1 of 13) intron (NM_022569, intron 1 of 13) 452 NM_022569 64579 Hs.591700 NM_022569 ENSG00000138653 NDST4 N-HSST|N-HSST 4|NDST-4|NHSST4 N-deacetylase and N-sulfotransferase 4 protein-coding 0.909 1.431 0.614 0.087 0.638 0.014 0.039 0.221 0.491 0.009 0.091 0.218 0.010 0.041 0.104 0.533 0.129 0.057 0.097 0.019 0.010 1.087 1.614 1.036 2.950 0.007 0.027 0.051 0.011 0.058 0.057 0.061 1.031 0.052 1.718 0.380 0.022 0.079 0.006 0.217 0.024 0.016 0.011 0.064 0.051 0.029 0.036 0.044 0.017 0.533 0.036 0.024 2.950 0.006 0.038 0.074 0.024 1.347 0.016 0.065 0.261 0.012 0.015 0.225 0.177 0.323 0.308 1.107 1.351 1.988 0.486 0.151 0.128 3.568 3.990 1.015 1.106 0.458 0.287 0.234 0.242 1.591 1.404 0.437 0.805 0.972 0.585 8262 chr4 10166544 10189166 + 0 NA Intergenic Intergenic -59197 NM_017491 9948 Hs.128548 NM_005112 ENSG00000071127 WDR1 AIP1|HEL-S-52|NORI-1 WD repeat domain 1 protein-coding nan nan nan 0.067 0.163 0.537 0.088 0.056 0.163 0.004 0.149 2.911 0.077 0.022 0.083 0.243 0.055 0.050 0.111 0.008 0.006 0.012 0.152 0.140 0.116 0.067 0.042 0.020 0.059 0.023 0.037 0.074 0.072 1.195 0.032 0.026 0.017 0.010 0.093 0.193 0.056 0.164 0.291 0.144 0.019 0.057 0.063 0.232 0.054 0.068 0.035 0.040 0.243 0.098 0.954 0.116 0.054 0.033 0.004 0.010 0.036 0.032 0.013 0.027 0.463 0.033 0.016 0.394 0.168 0.302 0.495 0.256 0.290 0.512 0.226 0.358 0.386 0.106 0.167 0.267 0.292 0.303 0.156 0.113 0.161 0.046 0.083 0.121 0.210 nan 0.838 7280 chr21 47392451 47405015 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2930 NM_001848 1291 Hs.474053 NM_001848 ENSG00000142156 COL6A1 BTHLM1|OPLL|UCHMD1 collagen type VI alpha 1 chain protein-coding nan 1.036 1.093 0.356 0.261 0.589 3.539 0.338 0.611 0.038 4.147 1.321 0.010 0.040 0.124 3.772 0.120 0.052 2.328 1.539 0.038 0.088 0.089 0.079 0.247 1.397 1.318 0.228 0.691 0.746 0.735 1.263 0.118 1.989 1.640 2.556 0.031 0.329 0.076 2.880 0.045 1.771 0.583 0.322 0.350 0.170 0.474 2.750 0.402 0.950 0.258 0.303 3.772 2.869 0.183 0.247 0.155 0.332 0.703 1.432 2.111 0.938 0.087 0.099 4.650 0.394 0.210 0.216 0.218 0.981 1.945 1.725 1.234 nan 0.096 0.278 0.171 0.344 nan 0.395 0.559 1.988 1.694 0.239 0.416 0.349 0.743 0.221 0.417 0.651 0.544 2026 chr11 66619208 66637306 + 0 NA TTS (NM_024036) TTS (NM_024036) 3381 NM_024036 78999 Hs.209979 NM_024036 ENSG00000173621 LRFN4 FIGLER6|SALM3|SALM3. leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 4 protein-coding nan 1.346 1.248 1.037 0.841 2.965 0.935 0.398 0.753 0.611 1.550 2.049 0.147 0.300 2.001 0.885 0.429 0.148 0.679 0.262 1.711 0.191 0.596 0.326 2.290 0.658 0.813 0.739 0.527 0.269 0.742 1.351 0.488 1.773 0.380 1.846 0.335 1.229 0.088 0.392 0.593 2.866 1.270 0.505 0.816 0.186 0.866 1.255 1.769 0.923 0.912 1.205 0.885 0.761 2.160 2.290 1.157 0.520 0.506 1.992 1.097 1.185 2.265 0.520 0.946 0.305 0.241 3.641 4.938 1.062 1.598 4.487 4.058 1.597 0.562 1.898 1.906 1.060 1.569 2.978 3.587 1.403 1.599 2.097 4.072 1.493 1.184 1.089 1.854 0.918 0.421 9826 chr6 106806121 106810970 + 0 NA Intergenic CpG -34850 NM_001286111 9474 Hs.486063 NM_004849 ENSG00000057663 ATG5 APG5|APG5-LIKE|APG5L|ASP|SCAR25|hAPG5 autophagy related 5 protein-coding 0.742 nan nan 1.927 0.513 0.070 1.715 0.099 0.479 0.492 0.176 0.056 0.141 0.064 0.346 0.316 0.096 0.034 3.184 0.924 0.012 0.028 0.200 0.141 0.446 0.056 0.030 0.030 0.935 0.597 1.358 2.686 1.506 2.337 1.203 0.245 0.020 0.134 0.101 0.048 0.184 0.039 0.099 0.015 1.641 1.023 1.170 0.187 0.251 0.499 0.016 0.855 0.316 2.843 0.446 0.490 0.322 0.159 0.265 0.104 0.037 0.232 0.071 0.031 0.036 0.032 14.529 19.191 0.573 1.191 1.632 nan 4.255 1.146 1.080 1.298 0.193 0.290 0.861 1.193 nan 0.496 0.772 1.285 0.318 0.361 0.204 0.510 0.798 0.523 8536 chr4 125119269 125131068 + 0 NA Intergenic Intergenic 354421 NR_110838 101927087 Hs.518966 NR_110838 ENSG00000261083 LINC02516 - long intergenic non-protein coding RNA 2516 ncRNA 0.603 0.918 nan 0.536 0.344 0.009 0.228 0.095 0.307 0.468 0.168 2.140 0.005 0.017 0.046 0.076 1.060 0.110 0.253 0.145 0.225 0.117 0.370 0.177 0.051 0.524 0.242 0.006 0.100 0.054 0.611 1.746 1.387 0.205 0.471 0.662 0.025 0.026 0.074 0.316 0.054 0.102 0.077 0.059 0.070 0.535 0.168 0.093 0.172 0.043 4.155 0.678 0.076 0.066 0.024 0.051 0.286 4.076 0.032 1.501 0.026 1.121 0.051 0.032 0.122 0.016 0.004 0.523 0.187 0.246 0.362 0.171 0.248 0.292 0.128 0.126 0.159 0.105 0.213 0.273 0.196 0.256 0.129 0.188 0.202 0.130 0.128 0.277 0.266 0.357 0.276 8887 chr5 43599199 43605816 + 0 NA promoter-TSS (NM_012343) promoter-TSS (NM_012343) -284 NM_012343 23530 Hs.482043 NM_012343 ENSG00000112992 NNT GCCD4 nicotinamide nucleotide transhydrogenase protein-coding 3.044 4.843 6.460 2.852 10.593 2.702 3.475 1.722 4.210 0.086 2.893 2.604 0.376 1.510 8.483 2.341 7.031 0.567 2.957 1.089 0.399 1.195 4.372 1.936 5.166 2.985 3.301 0.937 4.812 1.714 2.915 5.010 2.540 13.195 0.996 2.018 1.124 2.673 0.169 1.602 0.968 0.098 2.784 1.308 1.816 0.897 1.673 0.695 1.095 1.621 9.088 2.287 2.341 3.544 4.923 5.166 1.921 0.199 0.867 0.272 5.398 0.287 2.276 0.952 0.606 1.514 0.983 4.619 5.829 4.495 5.890 9.384 7.490 6.858 2.612 4.689 5.138 6.299 7.302 8.536 13.483 2.907 2.855 3.295 5.958 7.753 7.404 2.220 2.412 4.504 2.450 793 chr1 156708757 156739259 + 0 NA Intergenic Intergenic -1768 NM_001319186 3068 Hs.743948 NM_004494 ENSG00000143321 HDGF HMG1L2 heparin binding growth factor protein-coding nan nan 4.423 3.436 2.572 2.633 2.867 2.113 3.921 1.780 3.698 2.800 1.362 3.550 5.700 4.672 2.966 0.264 4.259 1.407 7.699 2.540 2.770 1.248 3.469 3.242 3.926 2.086 3.428 1.895 3.433 5.763 3.137 4.933 2.968 5.217 1.008 4.425 0.170 2.958 2.535 6.509 4.111 1.710 4.231 1.803 3.190 3.274 4.003 3.119 1.350 2.587 4.672 3.379 3.515 3.469 2.913 1.805 1.082 8.268 2.595 3.846 3.101 2.373 1.998 2.998 1.855 3.556 3.896 4.394 6.551 6.638 nan 4.527 1.957 3.246 3.216 3.296 4.495 4.391 5.842 4.754 4.529 3.888 7.297 3.848 3.706 5.023 7.766 2.393 1.198 1205 chr1 233266578 233281801 + 0 NA intron (NM_014801, intron 20 of 33) intron (NM_014801, intron 20 of 33) 157270 NM_014801 80003 Hs.370605 NM_014801 ENSG00000135749 PCNX2 PCNXL2 pecanex homolog 2 protein-coding 0.952 1.136 0.751 0.114 0.287 0.069 0.159 0.223 0.434 0.006 0.262 0.182 0.016 0.032 0.078 0.202 0.241 0.130 0.140 0.012 0.133 0.019 0.125 0.180 0.101 0.552 0.282 0.034 0.130 0.034 0.116 0.312 0.371 0.281 0.048 0.296 0.030 0.056 0.120 0.015 0.113 0.133 0.042 0.015 0.078 0.057 0.127 0.139 0.310 0.082 0.062 0.333 0.202 0.093 0.067 0.101 0.088 0.071 0.019 0.062 0.040 0.145 0.052 0.164 0.055 0.015 0.021 0.473 0.407 5.507 6.474 0.410 0.486 nan 0.114 0.221 0.257 0.367 0.692 nan 0.491 0.342 0.170 0.109 0.139 0.107 0.164 0.223 0.393 nan 0.504 8814 chr5 22530530 22545841 + 0 NA intron (NM_004061, intron 1 of 14) intron (NM_004061, intron 1 of 14) 315546 NM_004061 1010 Hs.113684 NM_004061 ENSG00000154162 CDH12 CDHB cadherin 12 protein-coding 0.616 1.486 1.781 0.051 1.667 0.022 0.042 0.084 0.185 0.025 0.097 0.078 0.008 0.059 1.330 0.469 0.158 0.137 0.145 0.074 0.045 0.009 0.258 0.358 0.555 0.009 0.024 0.137 0.014 0.178 0.179 0.139 1.709 0.029 0.049 0.174 0.022 0.103 0.063 0.042 0.051 0.005 0.014 0.045 0.120 0.006 0.027 0.037 0.021 0.013 0.469 0.150 0.042 0.555 0.032 0.043 0.374 0.011 0.332 0.036 0.039 0.048 0.025 0.023 0.010 0.396 0.272 0.162 0.308 0.741 0.843 0.150 0.047 0.114 0.095 nan 5.395 1.208 1.343 0.965 0.502 0.084 0.154 0.570 1.119 0.359 0.666 nan 0.931 3674 chr14 71218845 71224339 + 0 NA intron (NM_001284230, intron 3 of 11) intron (NM_001284230, intron 3 of 11) 28577 NM_001284232 4293 Hs.445496 NM_033141 ENSG00000006432 MAP3K9 MEKK9|MLK1|PRKE1 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 protein-coding 1.096 0.763 0.616 2.865 0.175 0.255 3.687 0.156 0.348 1.061 0.181 0.367 0.079 0.182 0.096 0.239 0.260 0.118 0.847 0.519 5.851 0.143 0.088 0.152 4.742 4.161 0.013 4.881 4.590 0.897 1.324 8.309 0.425 2.297 0.118 0.018 0.106 0.116 0.964 0.052 1.660 0.823 0.397 3.538 6.355 2.048 0.257 1.830 0.261 3.477 2.818 0.239 1.572 3.919 0.152 1.334 0.330 0.070 0.425 0.019 1.610 0.036 0.185 2.809 0.671 0.482 0.297 0.196 0.553 1.885 0.329 0.420 0.214 0.056 0.412 0.345 0.390 0.734 0.336 nan 1.503 1.031 0.293 0.315 0.129 0.154 0.304 0.509 0.574 nan 8047 chr3 176996624 177014018 + 0 NA Intergenic LTR78|LTR|ERV1 -6909 NR_047465 100820709 Hs.518409 NR_047465 ENSG00000203645 LINC00501 - long intergenic non-protein coding RNA 501 ncRNA 1.485 1.403 1.723 1.027 2.672 0.453 1.001 0.597 1.144 0.165 0.533 0.350 1.109 0.819 0.444 0.576 0.232 0.295 0.850 0.241 0.076 1.177 1.422 0.680 0.815 1.422 0.992 0.140 1.204 1.689 1.174 4.870 4.041 2.138 0.268 0.550 0.127 0.181 0.144 0.115 0.540 0.233 0.086 0.041 0.503 1.070 0.654 0.161 1.062 0.415 0.064 1.247 0.576 0.965 1.076 0.815 0.494 0.285 0.163 0.337 0.761 0.309 0.057 0.582 0.040 0.199 0.267 0.732 0.722 0.448 0.883 1.065 1.205 3.745 0.982 0.873 0.861 0.682 1.027 3.509 2.688 1.001 0.757 0.132 0.242 0.659 0.961 0.654 2.422 1.650 0.877 6982 chr20 42085143 42088454 + 0 NA intron (NR_034009, intron 1 of 6) CpG 294 NR_034009 6431 Hs.684950 NM_006275 ENSG00000124193 SRSF6 B52|HEL-S-91|SFRS6|SRP55 serine and arginine rich splicing factor 6 protein-coding 7.854 7.384 6.599 10.295 9.136 3.345 2.111 5.322 8.733 3.882 7.253 2.855 2.470 4.329 6.560 5.860 4.939 0.245 5.671 2.346 5.248 5.609 3.720 1.399 6.987 1.756 2.969 2.790 4.680 1.692 4.715 6.831 5.381 17.328 2.752 4.977 0.983 6.723 0.192 3.894 4.838 9.603 5.208 2.372 2.707 1.994 6.079 5.911 6.773 6.495 3.486 4.342 5.860 9.421 6.942 6.987 3.071 5.093 2.351 12.113 3.391 4.239 3.549 3.952 6.259 3.739 2.585 15.751 16.108 8.746 12.017 12.177 12.111 14.708 10.426 16.097 16.729 6.405 7.776 12.773 17.203 nan 16.827 8.890 16.000 6.670 6.705 12.775 9.497 2.512 1.692 3625 chr14 63506630 63514916 + 0 NA intron (NM_172375, intron 1 of 9) intron (NM_172375, intron 1 of 9) 1183 NM_172375 27133 Hs.27043 NM_139318 ENSG00000140015 KCNH5 EAG2|H-EAG2|Kv10.2|hEAG2 potassium voltage-gated channel subfamily H member 5 protein-coding nan nan 0.559 0.050 0.852 0.234 0.017 0.620 1.070 0.038 0.022 0.015 0.564 0.333 0.990 0.162 0.097 0.064 0.046 1.536 0.979 2.776 0.032 0.009 0.049 0.127 0.117 0.105 3.139 0.024 0.165 0.127 5.747 0.175 0.085 2.751 0.022 0.019 0.009 0.054 0.119 0.069 0.108 0.108 0.347 0.067 0.039 0.990 0.043 0.022 2.776 0.044 0.069 0.280 0.134 0.613 0.019 0.012 0.073 0.083 0.007 0.006 0.259 0.170 0.259 0.492 10.301 9.312 5.316 1.872 nan 0.425 0.191 0.281 1.191 nan 0.921 0.571 0.136 0.187 1.845 0.709 0.129 0.213 4.634 2.272 9360 chr5 176156050 176171919 + 0 NA Intergenic Intergenic -6222 NR_108030 102577424 Hs.349025 NR_108030 ENSG00000248859 LINC01574 HI-LNC12 long intergenic non-protein coding RNA 1574 ncRNA 1.284 1.953 1.348 0.045 0.545 0.934 0.138 0.202 0.324 0.006 0.097 0.058 0.020 0.050 0.799 1.291 0.080 0.041 0.080 0.028 0.020 1.078 0.736 1.585 0.083 0.034 0.052 0.111 0.040 0.167 0.492 0.081 4.913 0.018 0.092 0.613 0.144 0.080 0.059 0.156 0.128 0.046 0.025 0.040 0.063 0.109 0.230 0.164 0.075 0.049 0.101 1.291 0.064 0.033 1.585 0.077 0.036 0.458 0.116 0.300 0.074 0.292 0.094 0.021 0.023 0.013 0.372 0.469 0.145 nan 3.751 3.802 0.935 0.310 0.143 0.129 4.235 nan 0.937 1.326 1.541 1.580 0.540 0.521 2.338 1.853 0.491 0.762 0.956 0.654 10164 chr7 11012679 11025313 + 0 NA intron (NR_033435, intron 2 of 15) intron (NR_033435, intron 2 of 15) 5497 NR_033435 9678 Hs.655688 NM_014660 ENSG00000106443 PHF14 - PHD finger protein 14 protein-coding nan 2.035 nan 1.588 1.887 1.704 0.620 1.581 2.628 0.405 1.337 1.268 0.284 0.980 1.318 1.934 0.812 0.155 1.050 0.200 0.255 0.395 0.470 0.230 2.884 0.969 0.954 0.484 1.781 0.373 1.981 2.789 1.917 3.602 0.578 1.487 0.657 1.371 0.208 0.463 1.138 1.642 0.631 0.261 0.923 0.901 1.351 1.424 1.304 1.174 0.689 0.968 1.934 1.316 1.260 2.884 0.551 0.799 0.658 1.013 1.555 1.370 0.853 0.946 0.746 0.246 0.182 nan 3.233 1.949 2.434 3.204 2.663 2.610 1.372 12.989 12.812 2.140 2.712 3.575 5.373 2.411 2.353 0.994 1.833 3.116 3.313 2.875 3.319 1.509 0.943 4728 chr17 36566978 36585898 + 0 NA Intergenic Intergenic -8282 NM_001199417 57636 Hs.374446 NM_020876 ENSG00000275832 ARHGAP23 - Rho GTPase activating protein 23 protein-coding nan 2.310 0.955 1.298 1.200 3.606 0.598 2.868 5.078 0.410 0.491 0.338 0.017 0.835 3.336 1.875 0.600 0.169 0.565 0.191 0.282 1.124 1.797 0.881 3.625 0.407 0.341 0.637 0.330 0.111 1.314 2.629 1.175 4.523 0.116 0.245 0.291 1.255 0.091 0.618 0.941 2.075 0.574 0.384 0.397 0.218 0.413 0.555 0.813 0.873 0.229 0.254 1.875 0.587 0.500 3.625 0.162 0.122 0.779 1.561 1.503 0.253 0.864 1.014 0.052 0.408 0.145 4.357 4.801 0.560 0.853 nan 4.909 4.766 2.268 6.234 6.982 1.078 1.324 5.970 6.184 nan 2.935 2.638 2.787 1.618 1.570 1.994 3.857 2.162 1.066 2091 chr11 72966011 72986881 + 0 NA 5' UTR (NM_001277206, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_001277206, exon 1 of 3) 165 NM_001277206 5031 Hs.16362 NM_004154 ENSG00000171631 P2RY6 P2Y6 pyrimidinergic receptor P2Y6 protein-coding nan 0.758 0.763 0.167 0.126 0.069 2.946 0.179 0.290 0.445 0.227 0.455 0.088 0.081 0.106 0.208 0.463 0.216 3.048 1.399 0.767 0.027 0.056 0.147 0.143 1.407 1.071 0.289 0.154 1.411 1.366 nan 2.682 0.464 0.555 0.333 0.068 0.130 0.115 0.754 0.125 3.748 1.165 0.552 3.818 0.858 3.620 1.712 1.364 0.406 1.878 1.961 0.208 2.247 2.705 0.143 0.200 3.390 0.357 0.920 0.784 1.389 0.033 0.070 0.172 1.109 1.074 0.620 0.557 0.302 0.498 0.667 0.643 1.645 0.253 0.843 0.920 0.512 0.799 1.499 1.752 0.573 0.510 0.345 0.336 0.366 0.675 0.272 0.386 0.762 0.585 3329 chr13 108515083 108522879 + 0 NA 5' UTR (NM_001080396, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_001080396, exon 1 of 3) 479 NM_001080396 728215 Hs.535394 NM_001080396 ENSG00000204442 FAM155A - family with sequence similarity 155 member A protein-coding 1.797 3.496 2.134 0.183 1.767 2.323 0.320 3.200 6.611 0.040 0.024 0.008 1.948 10.813 5.465 0.048 0.082 0.476 0.194 0.008 0.604 2.107 1.164 5.424 0.749 0.898 0.547 0.320 0.512 0.941 1.155 0.018 16.074 0.075 3.666 0.306 0.405 0.091 0.402 2.648 2.798 0.565 0.321 0.546 0.317 0.113 1.025 0.073 1.360 2.004 0.025 5.465 0.568 0.023 5.424 0.048 0.032 0.062 0.232 4.771 0.010 0.050 0.366 0.804 0.044 0.006 1.926 3.805 0.523 0.531 8.688 7.619 0.489 0.190 0.070 0.033 1.273 nan 4.523 6.963 1.568 1.872 0.163 0.333 2.330 1.195 0.291 nan 1.197 0.473 4161 chr15 101661211 101669874 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 126595 NM_014918 22856 Hs.110488 NM_014918 ENSG00000131873 CHSY1 CHSY|CSS1|ChSy-1|TPBS chondroitin sulfate synthase 1 protein-coding 1.120 nan 1.410 0.166 0.582 0.730 1.899 0.240 0.360 0.806 1.393 2.145 0.032 0.093 0.440 2.257 1.857 0.262 0.474 0.485 0.080 0.064 0.552 0.231 1.437 1.774 1.374 0.079 0.055 0.085 0.314 0.901 0.719 nan 1.364 0.099 0.919 0.063 0.088 0.942 0.276 0.635 0.302 0.153 0.967 0.026 0.067 8.185 0.155 0.850 0.018 0.209 2.257 0.402 3.036 1.437 0.042 0.160 0.807 0.126 0.811 2.304 0.068 0.283 6.213 0.419 0.118 0.613 0.747 0.393 0.786 1.241 1.214 0.985 0.265 0.565 0.554 0.453 0.765 0.107 0.102 1.516 1.337 0.422 0.375 3.847 2.485 0.502 1.156 1.108 0.721 1971 chr11 61591931 61604416 + 0 NA intron (NM_004265, intron 1 of 11) intron (NM_004265, intron 1 of 11) 2668 NM_004265 9415 Hs.502745 NM_004265 ENSG00000134824 FADS2 D6D|DES6|FADSD6|LLCDL2|SLL0262|TU13 fatty acid desaturase 2 protein-coding nan 2.539 2.130 0.179 3.826 6.291 0.153 5.253 9.409 0.497 1.373 1.432 0.753 1.151 3.667 3.254 2.436 0.338 2.069 0.593 2.479 0.067 2.394 1.498 4.223 1.008 1.271 0.821 1.367 0.878 0.647 2.542 1.926 5.362 0.093 1.676 1.217 2.757 0.158 0.227 1.704 0.339 0.068 0.031 0.114 0.106 0.147 2.606 2.554 0.160 0.186 1.193 3.254 1.754 1.847 4.223 0.098 0.079 1.363 0.326 1.713 0.349 3.927 1.640 0.598 0.567 0.382 6.242 8.211 2.895 4.050 12.748 10.928 4.691 1.934 3.423 3.721 2.994 3.653 5.122 6.446 4.067 4.722 4.124 8.678 3.110 2.645 2.329 3.509 2.401 1.465 6103 chr2 50850980 50880566 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 5 of 23) intron (NM_001135659, intron 5 of 23) 57627 NR_130470 103504737 NR_130470 ENSG00000216191 MIR8485 hsa-mir-8485 microRNA 8485 ncRNA 0.919 nan 0.807 0.048 0.118 0.043 0.015 0.135 0.299 0.006 0.081 0.006 0.004 0.044 0.117 0.216 0.099 0.055 0.082 0.019 0.019 0.179 0.192 0.222 0.007 0.007 0.015 0.050 0.003 0.079 0.090 0.095 0.405 0.025 0.071 0.075 0.041 0.151 0.008 0.083 0.125 0.012 0.019 0.029 0.005 0.156 0.105 0.039 0.019 0.005 0.020 0.216 0.066 0.022 0.222 0.041 0.019 0.261 0.035 0.045 0.022 0.027 0.137 0.018 0.010 0.014 0.280 0.220 0.165 0.219 0.355 0.433 0.350 0.175 0.292 0.354 2.888 3.603 0.516 0.597 0.576 0.338 0.117 0.240 0.328 0.291 0.423 0.821 0.256 0.282 5939 chr2 18716950 18742919 + 0 NA Intergenic Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 12025 NM_020905 57665 Hs.120319 NM_020905 ENSG00000240857 RDH14 PAN2|SDR7C4 retinol dehydrogenase 14 protein-coding 1.151 0.958 1.411 0.339 2.473 0.225 0.267 0.335 0.755 0.104 0.431 0.272 0.069 0.338 0.651 0.547 0.445 0.118 0.363 0.081 0.448 0.118 0.972 0.622 0.775 0.181 0.190 0.195 0.438 0.097 0.723 1.547 0.678 1.821 0.090 0.475 0.213 0.381 0.107 0.165 2.317 0.666 0.353 0.177 0.198 0.183 0.507 0.401 0.580 0.435 0.416 0.373 0.547 0.300 0.405 0.775 0.117 0.355 0.146 0.479 0.436 0.215 0.107 0.239 0.228 0.135 0.086 0.668 0.672 0.794 1.065 1.111 1.260 1.350 0.672 1.520 1.425 0.857 1.066 4.950 nan 1.116 0.914 0.355 0.611 0.958 1.177 0.893 nan 1.172 0.781 9626 chr6 38224012 38240215 + 0 NA intron (NM_152733, intron 7 of 9) intron (NM_152733, intron 7 of 9) -217259 NR_144472 101929425 Hs.665280 NR_144472 ENSG00000226533 BTBD9-AS1 - BTBD9 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.004 nan 0.208 0.180 0.048 4.841 0.235 0.409 0.048 0.809 1.231 0.023 0.097 0.220 1.983 0.283 0.109 1.812 1.145 0.016 0.017 0.175 0.219 0.373 1.230 0.679 0.031 0.592 0.864 0.457 0.878 0.504 0.559 1.907 0.044 0.554 0.108 0.112 1.520 0.098 0.283 0.249 0.125 0.418 0.299 0.184 2.883 0.136 0.899 0.186 0.476 1.983 0.524 2.058 0.373 0.181 0.239 0.072 0.126 0.025 1.096 0.073 0.130 0.685 0.146 0.189 0.296 0.385 0.224 nan nan 1.140 2.194 0.563 0.315 0.265 0.654 0.969 0.469 0.554 0.470 0.209 0.207 0.394 0.999 0.976 0.317 0.619 0.842 0.604 1226 chr1 236259874 236261496 + 0 NA Intergenic LTR10A|LTR|ERV1 -32204 NM_002508 4811 Hs.356624 NM_002508 ENSG00000116962 NID1 NID nidogen 1 protein-coding 2.260 5.167 11.046 0.853 4.554 4.631 2.923 3.812 6.377 2.178 0.523 2.299 0.231 3.771 0.942 8.125 0.788 0.770 2.379 0.232 0.958 10.150 2.407 0.767 16.000 1.197 1.738 5.978 2.394 1.043 3.813 0.525 2.153 0.223 2.712 0.947 2.598 0.235 0.074 0.538 9.975 1.519 1.348 0.183 3.472 0.413 1.857 3.110 3.364 5.048 3.066 8.125 15.186 0.628 16.000 1.058 1.884 4.313 3.996 5.190 5.151 0.060 0.228 0.424 1.313 0.847 1.157 0.575 3.719 9.603 1.858 1.108 7.519 2.503 3.095 3.883 0.546 0.827 nan 4.181 3.331 1.944 0.295 0.084 3.964 19.808 0.929 1.143 nan 1.329 1949 chr11 57396760 57408414 + 0 NA Intergenic Intergenic -6084 NR_029673 406919 NR_029673 ENSG00000208009 MIR130A MIRN130A|miRNA130A|mir-130a microRNA 130a ncRNA 1.738 1.059 0.692 0.381 0.454 0.596 0.353 0.412 0.732 1.008 1.474 1.376 4.821 0.043 0.122 2.546 0.669 0.109 0.263 0.082 2.120 1.164 0.135 0.094 0.647 0.812 0.826 1.482 0.891 0.672 0.592 1.274 1.289 1.305 0.226 0.660 0.035 2.901 0.099 0.398 0.340 0.180 3.241 1.518 0.441 0.297 0.290 1.082 1.215 1.422 0.068 0.198 2.546 0.056 0.326 0.647 0.209 0.285 0.535 2.450 0.052 0.415 0.262 0.280 0.796 0.624 0.418 0.442 0.366 1.724 2.512 1.822 1.827 1.703 0.618 0.543 0.656 0.934 1.321 1.239 1.416 1.684 1.378 0.602 1.004 0.214 0.260 0.870 3.061 0.878 0.604 1256 chr1 244461897 244469858 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 -50060 NM_001276349 200159 Hs.442703 NM_001012970 ENSG00000173728 C1orf100 - chromosome 1 open reading frame 100 protein-coding nan 1.257 nan 0.926 0.276 0.224 2.094 0.220 0.657 0.469 0.345 0.646 0.117 0.013 0.277 0.364 0.355 0.220 1.368 0.597 0.229 0.052 0.338 0.263 0.481 2.459 1.990 0.236 1.790 1.857 1.153 4.551 4.750 1.207 0.874 0.885 0.048 0.340 0.131 0.223 0.070 0.303 0.432 0.275 2.899 3.013 0.847 0.458 1.072 0.323 7.024 5.302 0.364 1.223 0.291 0.481 1.591 3.739 0.085 0.227 0.154 0.629 0.635 0.031 0.259 0.094 0.019 1.681 2.631 3.249 4.799 0.772 0.968 2.006 0.445 0.731 0.794 0.719 1.445 0.435 0.686 0.594 0.291 0.570 0.757 0.301 0.437 0.380 0.501 0.762 0.631 8203 chr3 197179031 197196712 + 0 NA Intergenic Intergenic 48661 NR_145451 100129516 Hs.635286 NR_145451 LINC02012 - long intergenic non-protein coding RNA 2012 ncRNA nan 1.986 1.083 3.502 0.401 1.948 1.771 0.353 0.938 0.578 0.431 1.330 0.715 0.102 0.456 0.301 1.410 0.337 0.508 0.300 0.110 0.071 0.231 0.194 0.433 5.525 4.527 1.239 0.765 1.346 0.537 nan 0.233 nan 0.431 0.367 0.096 0.319 0.079 0.309 0.207 1.022 1.028 0.695 0.606 0.169 1.102 1.513 0.714 0.801 0.809 0.582 0.301 0.767 0.155 0.433 0.250 0.221 0.207 0.586 0.115 0.828 0.281 0.430 0.503 3.397 1.917 0.584 0.644 0.328 0.519 0.812 0.978 0.464 0.169 1.191 1.309 0.590 0.949 0.537 0.609 1.859 1.571 0.578 0.931 0.592 0.816 0.832 1.979 0.946 0.873 5927 chr2 16197038 16214832 + 0 NA intron (NR_126559, intron 1 of 3) AluSx3|SINE|Alu 15386 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.770 0.410 2.843 0.182 0.393 0.985 0.030 0.095 0.217 0.005 0.055 0.021 0.007 0.030 1.311 0.123 0.047 0.036 0.066 0.011 0.025 0.008 0.062 0.116 0.040 0.010 0.002 0.034 0.006 0.086 0.368 0.108 0.371 0.017 0.084 0.037 0.059 0.116 0.018 0.151 0.020 0.013 0.037 0.034 0.054 0.111 0.173 0.055 0.297 0.223 0.123 0.024 0.010 0.040 0.326 0.084 0.048 0.223 0.022 2.572 0.190 0.022 0.032 0.006 0.318 0.308 0.229 0.399 0.284 0.290 1.231 0.394 0.223 0.143 0.142 0.239 0.539 nan 0.500 0.302 6.739 9.501 0.060 0.042 0.691 nan 0.151 0.212 9616 chr6 37122760 37144238 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -4423 NM_002648 5292 Hs.81170 NM_002648 ENSG00000137193 PIM1 PIM Pim-1 proto-oncogene, serine/threonine kinase protein-coding nan 1.373 nan 1.568 2.213 1.863 0.763 0.547 1.085 0.436 1.515 1.032 0.107 0.582 1.859 2.095 1.472 0.316 0.913 0.281 0.411 0.349 0.729 0.338 2.475 0.778 0.892 0.319 1.588 0.670 0.743 1.473 1.422 4.930 0.476 0.581 0.262 3.525 0.176 0.187 1.478 2.040 0.588 0.360 0.386 0.591 2.357 2.493 1.185 1.613 0.994 0.822 2.095 1.982 0.866 2.475 0.222 0.428 0.440 1.686 0.554 0.630 0.579 0.495 0.211 1.095 0.996 1.633 1.809 1.234 nan nan 2.837 3.717 1.823 1.333 1.468 1.156 1.678 2.694 5.164 2.716 2.854 1.192 1.502 1.208 1.853 1.500 2.408 1.240 0.810 1853 chr11 24393453 24408736 + 0 NA Intergenic L1MA5A|LINE|L1 -117422 NM_001009909 338645 Hs.144138 NM_001009909 ENSG00000187398 LUZP2 KFSP2566|PRO6246 leucine zipper protein 2 protein-coding 0.512 0.871 0.628 0.115 0.080 0.233 0.019 0.074 0.145 0.006 0.087 0.061 0.012 0.006 0.164 0.049 0.079 0.094 0.056 0.025 0.021 0.009 0.093 0.115 0.023 0.009 0.024 0.072 0.125 0.084 0.169 0.087 0.324 0.048 0.099 0.012 0.022 0.101 0.039 0.010 0.096 0.016 0.015 0.014 0.025 0.048 0.085 0.037 0.018 0.048 0.017 0.049 0.028 0.012 0.023 0.008 0.027 0.038 0.034 0.020 0.026 0.078 0.025 0.015 0.019 0.003 0.510 0.291 0.304 0.330 0.241 0.317 0.089 0.052 0.220 0.222 3.418 3.996 0.222 0.222 0.225 0.071 0.137 0.173 0.129 0.158 0.137 0.195 0.484 0.407 9270 chr5 150003448 150025484 + 0 NA intron (NM_001166208, intron 2 of 2) intron (NM_001166208, intron 2 of 2) -5741 NM_007286 11346 Hs.435228 NM_007286 ENSG00000171992 SYNPO - synaptopodin protein-coding nan nan 0.599 0.454 0.084 0.166 2.687 0.247 0.625 1.794 2.840 2.866 0.446 0.054 0.117 0.273 1.470 0.263 1.246 0.834 3.357 0.038 0.071 0.089 0.332 3.092 2.623 0.958 0.532 0.707 0.406 0.688 0.675 1.681 0.728 4.632 0.095 0.207 0.112 1.620 0.252 5.415 0.881 0.400 1.624 0.580 0.471 2.777 3.825 1.411 0.612 0.800 0.273 0.906 2.672 0.332 0.810 1.946 0.507 2.837 0.097 1.508 0.040 0.501 2.613 1.628 0.923 0.198 0.440 0.624 2.050 0.615 0.493 0.579 0.201 0.268 0.257 0.843 1.072 0.367 0.632 1.964 1.872 0.308 0.471 0.260 0.289 0.428 1.163 0.300 0.285 2300 chr11 117660144 117671244 + 0 NA intron (NM_020693, intron 1 of 32) intron (NM_020693, intron 1 of 32) 2282 NM_020693 57453 Hs.659513 NM_020693 ENSG00000177103 DSCAML1 DSCAM2 DS cell adhesion molecule like 1 protein-coding 0.771 1.549 0.587 0.049 0.297 4.204 0.050 0.154 0.365 0.056 0.042 0.016 0.099 0.137 0.367 0.047 0.076 0.051 0.114 0.102 0.830 0.024 0.033 0.020 0.045 0.009 0.145 0.399 0.052 1.056 0.014 0.047 0.067 0.065 0.077 0.021 0.350 0.282 0.049 0.029 0.010 0.103 0.009 0.220 0.352 0.044 0.043 0.201 0.367 0.051 0.033 0.830 0.056 0.150 0.436 0.136 0.038 0.037 4.159 0.223 0.021 0.026 4.006 nan 0.401 0.367 1.422 1.287 1.828 0.496 0.293 0.322 0.608 nan 0.770 0.776 0.484 0.477 4.300 7.926 0.206 0.168 0.278 0.893 0.803 0.662 2480 chr12 11800587 11823235 + 0 NA intron (NM_001987, intron 1 of 7) intron (NM_001987, intron 1 of 7) 9123 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 1.852 1.654 2.264 1.671 4.578 2.010 0.899 1.041 2.075 0.617 1.330 1.708 0.397 1.066 1.704 1.009 0.578 0.067 1.415 0.484 1.224 0.831 1.663 0.843 3.131 1.392 1.490 0.412 1.974 0.546 1.905 5.007 1.556 4.936 0.349 0.594 0.184 1.265 0.138 0.603 0.305 1.432 0.990 0.409 0.934 1.161 1.498 2.442 1.919 2.136 0.691 0.926 1.009 1.794 1.005 3.131 0.329 0.852 0.116 2.725 0.698 0.932 1.125 0.515 0.730 1.320 1.015 1.592 1.984 2.705 4.042 nan 4.204 4.080 1.921 4.696 4.721 1.160 1.731 4.678 7.446 1.999 2.033 1.405 2.355 0.869 0.749 1.168 1.285 1.379 0.784 799 chr1 158968100 158992634 + 0 NA intron (NM_005531, intron 1 of 10) intron (NM_005531, intron 1 of 10) 685 NM_001206567 3428 Hs.380250 NM_005531 ENSG00000163565 IFI16 IFNGIP1|PYHIN2 interferon gamma inducible protein 16 protein-coding nan nan 0.787 0.267 0.050 0.028 0.798 0.235 0.435 0.090 0.379 1.555 0.008 0.086 0.106 0.057 2.376 0.197 1.223 0.521 0.106 0.249 0.194 0.039 3.945 3.203 0.024 2.345 1.077 0.295 0.328 2.486 0.262 0.706 1.127 0.008 0.027 0.118 1.777 0.036 0.750 0.679 0.377 3.373 0.798 0.059 1.351 0.141 0.038 1.173 0.619 0.057 0.296 0.720 0.039 0.384 0.071 0.012 0.100 0.299 2.285 0.061 0.086 0.628 0.026 0.035 0.334 0.191 1.849 4.438 0.259 nan 0.109 0.054 0.077 0.078 0.327 0.445 0.392 0.672 0.246 0.104 0.233 0.309 0.068 0.076 0.202 0.413 1.235 0.802 11635 chr9 92269644 92308761 + 0 NA intron (NR_024280, intron 3 of 5) intron (NR_024280, intron 3 of 5) 34504 NR_024280 100129066 Hs.125947 NR_024280 ENSG00000237372 UNQ6494 - uncharacterized LOC100129066 ncRNA 1.368 nan 5.829 0.052 6.161 3.373 0.132 1.714 3.244 0.049 0.088 0.048 0.008 0.392 3.011 2.083 0.061 0.054 0.212 0.068 0.013 0.012 1.179 0.565 4.894 0.103 0.065 0.019 0.142 0.032 0.577 3.399 0.324 4.341 0.124 0.097 1.132 0.034 0.071 0.036 1.958 0.094 0.028 0.026 0.019 0.094 0.056 0.140 0.181 0.020 0.245 0.293 2.083 0.251 0.083 4.894 0.148 0.065 0.643 0.065 1.420 0.030 0.452 0.477 0.017 0.046 0.021 0.618 1.017 0.369 nan 8.473 7.437 4.206 0.974 0.262 0.285 0.668 1.044 7.765 9.443 1.614 1.817 0.466 0.656 3.152 2.649 1.049 1.938 3.507 1.802 925 chr1 182268123 182308883 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -5307 NR_104175 400799 Hs.634884 NR_104175 ENSG00000228918 LINC01344 GS1-122H1.2 long intergenic non-protein coding RNA 1344 ncRNA nan nan 1.976 0.078 0.388 0.089 0.072 0.165 0.310 0.026 0.089 0.102 0.041 0.042 0.541 0.329 0.133 0.146 0.081 0.018 0.047 0.019 0.184 0.151 0.118 0.113 0.034 0.029 0.073 0.013 0.146 0.968 0.265 1.200 0.039 0.096 0.078 0.035 0.090 0.026 0.400 0.106 0.034 0.021 0.107 0.061 0.265 0.123 0.166 0.030 0.030 0.503 0.329 0.084 0.082 0.118 0.090 0.662 0.187 0.107 0.047 0.045 0.567 1.738 0.039 0.027 0.007 0.693 0.780 2.160 3.873 0.564 nan 0.185 0.096 nan 1.110 1.351 1.805 0.550 0.456 1.210 1.272 1.250 1.479 0.377 0.387 1.417 nan 0.737 0.625 5657 chr19 39419391 39423086 + 0 NA promoter-TSS (NM_033363) promoter-TSS (NM_033363) -110 NM_033362 6183 Hs.411125 NM_021107 ENSG00000128626 MRPS12 MPR-S12|MT-RPS12|RPMS12|RPS12|RPSM12 mitochondrial ribosomal protein S12 protein-coding 4.118 2.675 3.666 4.183 5.703 1.537 2.042 2.040 3.426 2.231 4.177 3.190 0.842 1.242 3.435 2.253 1.096 0.175 3.726 1.589 3.283 0.973 1.190 0.815 1.784 2.495 2.405 3.547 2.589 0.821 3.004 4.355 2.552 15.334 1.296 3.310 0.845 4.218 0.166 2.137 1.156 5.437 11.666 6.332 2.448 1.078 3.263 2.306 6.400 7.727 3.724 2.018 2.253 4.389 2.595 1.784 2.204 3.235 1.030 3.849 2.828 1.772 1.386 2.087 1.147 1.934 1.390 4.543 4.275 4.252 6.431 4.184 4.205 7.018 3.415 10.877 11.981 4.257 4.795 6.110 7.865 nan 6.490 4.656 6.033 4.605 5.504 4.293 5.886 3.257 1.857 11873 chr9 140185940 140211739 + 0 NA Intergenic Intergenic -2136 NM_001004354 441478 Hs.535075 NM_001004354 ENSG00000198435 NRARP - NOTCH regulated ankyrin repeat protein protein-coding 1.607 1.398 1.171 1.207 3.730 0.865 0.474 0.461 0.921 0.134 0.701 0.348 0.198 0.781 0.345 1.346 0.270 0.250 0.572 0.250 0.177 0.278 0.445 0.164 1.577 0.471 0.327 0.919 1.324 0.215 1.379 3.325 0.139 0.916 0.532 0.896 0.335 1.092 0.078 0.149 0.489 0.793 0.321 0.238 0.238 0.231 1.068 0.210 1.420 1.732 1.407 2.480 1.346 1.936 0.439 1.577 0.290 1.673 0.903 3.031 2.987 0.628 0.429 0.134 0.077 0.304 0.211 1.034 1.870 0.762 nan 1.915 nan 2.153 0.577 0.669 0.650 0.255 0.419 3.566 5.974 1.410 1.517 0.753 0.932 1.613 1.791 0.780 0.894 0.717 0.516 7834 chr3 130556754 130573628 + 0 NA Intergenic Intergenic -4178 NM_001199182 27032 Hs.584884 NM_014382 ENSG00000017260 ATP2C1 ATP2C1A|BCPM|HHD|PMR1|SPCA1|hSPCA1 ATPase secretory pathway Ca2+ transporting 1 protein-coding 1.180 nan nan 1.278 1.550 2.306 0.054 0.748 1.727 0.051 0.500 0.645 0.140 0.048 0.916 2.743 0.541 0.181 0.050 0.057 0.025 0.017 0.419 0.320 1.146 0.070 0.034 0.039 0.082 0.025 0.066 0.199 0.425 3.365 0.032 0.262 0.278 0.026 0.067 0.014 1.660 0.814 0.096 0.060 0.059 0.045 0.132 0.177 0.043 0.321 0.009 0.151 2.743 0.038 0.033 1.146 0.044 0.035 0.688 0.259 0.042 0.137 0.699 0.080 0.031 0.017 0.019 1.477 3.047 0.797 1.301 2.504 2.560 2.818 1.047 1.769 1.798 0.592 0.860 3.415 3.722 nan 0.847 0.842 1.046 1.238 0.908 0.254 0.512 4.415 1.771 8155 chr3 191857497 191864501 + 0 NA 3' UTR (NM_004113, exon 6 of 6) 3' UTR (NM_004113, exon 6 of 6) -95420 NR_046596 100873986 Hs.581652 NR_046596 ENSG00000231383 FGF12-AS1 - FGF12 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.950 0.684 0.083 0.177 0.040 0.268 0.360 0.099 0.013 0.127 0.077 0.074 0.139 0.068 0.046 0.036 0.088 0.242 0.068 0.010 0.042 0.087 0.138 nan 0.052 nan 0.041 0.038 0.014 0.032 0.084 0.017 0.068 0.053 0.009 0.022 0.011 0.239 0.043 0.012 0.061 0.019 0.074 0.031 0.013 0.068 0.007 0.036 0.055 0.016 0.011 0.193 0.177 0.008 0.015 0.774 0.352 9.072 1.717 0.295 0.397 0.256 0.180 4.948 5.007 0.639 0.865 0.470 0.353 0.599 0.280 0.340 0.638 0.077 0.152 0.418 0.854 0.486 0.276 2368 chr11 129504930 129516028 + 0 NA Intergenic Intergenic -23315 NR_120582 101929557 Hs.385785 NR_120582 ENSG00000281097 LINC01395 - long intergenic non-protein coding RNA 1395 ncRNA 0.540 1.393 0.561 0.705 0.189 0.105 4.997 0.173 0.499 0.748 0.238 1.386 0.474 0.099 0.222 0.345 0.045 0.029 2.725 2.012 0.148 0.013 0.085 0.173 0.464 2.116 1.095 0.256 1.216 3.330 1.685 5.272 0.707 0.823 3.811 0.311 0.007 0.107 0.143 3.754 0.014 5.273 0.810 0.597 3.026 1.917 1.078 3.446 0.110 2.465 0.306 2.073 0.345 1.784 4.607 0.464 0.852 1.458 0.009 0.799 3.175 3.421 0.184 0.055 0.767 0.410 0.295 0.561 0.395 0.270 0.821 0.318 0.265 0.116 0.080 0.214 0.232 0.138 0.257 1.303 2.048 0.463 0.243 0.609 0.707 0.180 0.251 0.073 nan 0.713 0.442 3357 chr13 112503940 112527467 + 0 NA Intergenic Intergenic -31989 NR_046992 101928616 Hs.528450 NR_046992 LINC00354 - long intergenic non-protein coding RNA 354 ncRNA 0.600 nan 0.584 0.027 2.762 3.076 0.027 2.005 3.887 0.004 0.049 0.016 0.008 0.017 2.982 5.573 0.054 0.068 0.082 0.024 0.008 0.693 0.296 5.997 0.006 0.031 0.013 0.037 0.004 0.110 0.297 0.054 2.937 0.006 0.039 0.218 0.032 0.063 0.020 0.334 0.180 0.034 0.023 0.014 0.029 0.049 0.092 0.045 0.006 0.013 0.014 5.573 0.094 0.024 5.997 0.010 0.031 0.004 0.045 0.082 0.017 0.100 0.015 0.013 0.022 0.015 0.444 0.256 0.136 0.173 5.710 6.279 1.919 0.771 0.049 0.060 0.022 0.060 4.858 6.113 0.187 0.067 0.385 0.389 1.055 0.725 0.103 0.164 0.673 0.407 1955 chr11 59022703 59052793 + 0 NA Intergenic Intergenic -57254 NM_001039396 219972 Hs.744920 NM_001039396 ENSG00000197629 MPEG1 MPG1|MPS1|Mpg-1 macrophage expressed 1 protein-coding 0.523 0.867 0.441 0.414 0.070 0.080 0.078 0.197 0.399 0.157 0.054 0.052 0.540 0.060 0.080 0.123 0.082 0.058 0.082 0.013 0.027 0.018 0.137 0.064 0.183 0.036 0.014 0.049 0.054 0.042 1.188 5.096 2.331 0.406 0.019 0.068 0.006 0.069 0.093 0.016 0.008 0.162 0.054 0.034 0.149 0.444 1.032 0.180 0.105 0.031 0.010 0.362 0.123 0.040 0.018 0.183 0.098 0.138 0.161 0.056 0.047 0.026 0.029 0.295 0.032 0.008 0.003 0.350 0.228 0.310 0.468 0.313 0.334 1.378 0.626 0.145 0.140 0.967 1.367 0.190 0.218 0.193 0.090 0.193 0.218 0.082 0.096 0.182 0.292 0.603 0.565 9977 chr6 142615697 142662629 + 0 NA intron (NM_001032394, intron 2 of 24) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 16107 NM_001032395 57211 Hs.743302 NM_020455 ENSG00000112414 ADGRG6 APG1|DREG|GPR126|LCCS9|PR126|PS1TP2|VIGR adhesion G protein-coupled receptor G6 protein-coding nan 0.725 nan 0.557 0.218 0.236 0.858 0.144 0.278 0.295 0.393 0.162 0.786 0.100 0.205 0.194 0.236 0.110 0.878 0.477 1.316 0.089 0.044 0.093 0.311 0.300 0.266 0.930 0.516 0.372 0.848 1.473 1.130 1.374 0.377 1.036 0.016 4.007 0.164 0.247 0.054 0.450 0.412 0.234 0.756 0.482 0.611 0.057 1.044 0.940 0.067 0.713 0.194 1.097 0.886 0.311 0.522 0.508 0.022 0.625 0.060 0.534 0.072 0.098 0.396 0.188 0.103 1.242 1.120 3.077 4.445 0.427 0.475 0.280 0.151 0.371 0.445 0.116 0.213 0.421 0.491 0.611 0.273 0.227 0.384 0.104 0.127 0.194 0.269 0.194 0.258 8985 chr5 71101715 71110924 + 0 NA Intergenic Intergenic 91329 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 0.939 nan 0.773 0.129 0.104 0.079 0.175 1.152 2.712 0.134 0.456 0.034 0.011 0.117 0.279 0.146 0.105 0.162 0.110 0.007 0.258 0.253 0.078 0.226 0.060 0.016 0.059 0.057 0.061 0.196 0.061 0.532 0.032 0.079 0.423 0.078 0.186 0.025 0.042 0.117 0.052 0.034 0.114 0.050 0.083 0.079 0.085 0.069 0.043 0.088 0.279 0.062 0.401 0.078 0.013 0.054 0.011 0.035 0.210 0.034 0.032 0.223 0.034 0.076 0.031 0.226 0.184 0.189 0.332 0.271 0.307 nan 2.111 0.109 0.095 0.583 nan 0.313 0.285 0.505 0.264 0.130 0.208 2.472 2.608 0.260 0.890 1.167 0.699 6633 chr2 213757511 213786428 + 0 NA Intergenic Intergenic -19012 NR_039935 100616267 NR_039935 ENSG00000266354 MIR4776-1 mir-4776-1 microRNA 4776-1 ncRNA nan 1.416 nan 0.414 0.362 0.015 1.157 0.221 0.443 0.829 0.225 0.144 0.537 0.117 0.104 0.120 0.167 0.062 2.136 0.945 0.061 0.115 0.076 0.158 1.615 0.868 0.015 1.274 0.753 1.997 4.258 2.538 2.008 1.041 0.595 0.073 0.045 0.110 0.144 0.081 0.077 0.036 0.040 2.732 1.179 1.922 0.211 0.543 0.053 0.099 1.252 0.120 1.135 0.019 0.158 1.157 2.422 0.014 0.056 0.071 0.159 0.075 0.047 0.448 0.018 0.009 0.355 0.272 1.125 5.782 0.213 0.270 0.578 0.203 0.217 0.227 0.433 0.682 0.683 nan 0.333 0.151 0.129 0.273 0.308 0.395 0.287 0.535 0.547 0.439 11544 chr9 37666518 37680151 + 0 NA intron (NM_014907, intron 1 of 15) THE1A-int|LTR|ERVL-MaLR 22282 NM_014907 22844 Hs.163990 NM_014907 ENSG00000070601 FRMPD1 FRMD2 FERM and PDZ domain containing 1 protein-coding 1.100 nan 1.145 0.074 0.426 0.376 0.049 0.224 0.508 0.007 0.070 0.061 0.023 0.014 0.358 0.311 0.089 0.082 0.039 0.014 0.289 0.200 1.513 0.051 0.021 0.049 0.040 0.008 0.077 0.172 0.112 1.601 0.011 0.048 0.062 0.040 0.101 0.052 0.085 0.032 0.035 0.016 0.039 0.043 0.077 0.099 0.046 0.029 0.072 0.311 0.064 0.020 1.513 0.009 0.024 0.049 0.107 0.290 0.029 0.044 2.222 0.022 0.038 0.007 0.232 0.244 0.196 0.242 1.549 1.570 1.395 0.346 0.200 0.191 0.326 0.719 1.034 0.925 2.376 1.880 0.196 0.275 0.400 0.459 1.717 4.939 4.533 2.202 5866 chr2 4030068 4037466 + 0 NA Intergenic Intergenic 12016 NR_136322 105373394 Hs.742693 NR_136322 LOC105373394 - uncharacterized LOC105373394 ncRNA 0.573 0.458 0.489 0.128 0.023 0.039 0.108 0.175 0.012 0.052 0.038 0.053 0.142 0.138 0.071 0.022 0.034 0.141 0.019 0.152 0.159 0.048 0.020 0.036 0.076 0.280 0.066 0.403 0.020 0.066 0.026 0.059 0.162 0.016 0.035 0.099 0.016 0.021 0.015 0.052 0.148 0.088 0.029 4.196 0.417 0.138 0.019 0.037 0.048 0.544 0.034 0.026 0.023 0.125 0.021 0.013 0.033 0.135 0.023 0.013 0.278 0.152 0.142 0.192 0.298 0.497 0.379 0.139 0.056 0.060 0.167 0.282 0.508 0.393 0.417 0.140 0.100 0.151 0.034 0.088 0.151 0.287 0.735 0.548 8448 chr4 81483836 81492721 + 0 NA intron (NM_152770, intron 2 of 5) intron (NM_152770, intron 2 of 5) 231404 NM_152770 255119 Hs.527104 NM_152770 ENSG00000197826 CFAP299 C4orf22 cilia and flagella associated protein 299 protein-coding 0.589 0.562 0.591 0.211 0.257 0.573 0.044 0.542 0.889 0.011 0.053 0.032 0.014 0.067 6.267 0.091 0.238 0.054 0.072 0.007 0.158 0.148 0.539 0.008 0.046 0.072 0.037 0.259 0.175 0.679 0.182 0.030 0.043 0.073 0.094 0.066 0.072 0.053 0.020 0.049 0.076 0.101 0.037 0.080 0.018 0.007 0.091 0.032 0.021 0.539 0.026 0.037 0.006 0.012 0.018 0.034 0.043 0.006 0.451 0.248 0.493 0.855 0.917 0.920 4.139 1.767 0.232 0.220 0.107 nan 0.937 0.834 0.337 0.144 0.118 0.202 0.456 0.439 0.161 nan 0.523 0.492 7871 chr3 139737822 139756129 + 0 NA intron (NM_022131, intron 1 of 16) intron (NM_022131, intron 1 of 16) 92948 NM_022131 64084 Hs.158529 NM_022131 ENSG00000158258 CLSTN2 ALC-GAMMA|CDHR13|CS2|CSTN2|alcagamma calsyntenin 2 protein-coding 1.374 nan nan 0.096 0.134 1.255 0.094 0.315 0.566 0.005 0.077 0.055 0.007 0.050 0.331 0.316 0.164 0.218 0.029 0.013 0.232 0.221 0.111 0.007 0.012 0.028 0.074 0.006 0.048 0.086 0.077 0.550 0.016 0.036 0.349 0.024 0.064 0.007 0.195 0.130 0.034 0.008 0.030 0.058 0.051 0.133 0.036 0.015 0.082 0.033 0.316 0.047 0.025 0.111 0.013 0.050 0.425 0.035 0.099 0.015 0.092 0.311 0.012 0.034 0.003 0.300 0.203 0.449 0.392 0.498 0.455 2.123 0.692 0.179 0.214 2.595 3.740 0.220 0.249 nan 1.654 0.272 0.450 0.903 0.920 0.549 1.034 0.583 0.603 2784 chr12 71137296 71151068 + 0 NA intron (NR_073474, intron 1 of 10) intron (NR_073474, intron 1 of 10) 4206 NR_073474 5801 Hs.506076 NM_002849 ENSG00000153233 PTPRR EC-PTP|PCPTP1|PTP-SL|PTPBR7|PTPRQ protein tyrosine phosphatase, receptor type R protein-coding nan 0.817 0.454 4.002 0.077 0.017 0.124 0.070 0.229 0.056 0.141 1.837 0.040 0.050 0.098 0.336 0.179 0.129 0.293 0.096 0.055 0.020 0.128 0.173 0.104 0.100 0.010 0.593 0.401 0.348 0.134 0.503 0.133 0.319 0.367 0.082 0.047 0.087 0.143 0.023 0.034 0.059 0.051 0.072 0.067 0.475 0.135 0.041 0.036 0.426 1.487 0.336 0.115 0.020 0.104 1.563 0.649 0.028 0.046 0.022 0.239 0.049 0.081 0.262 0.008 0.015 0.262 0.109 0.668 2.575 0.278 0.393 0.114 0.080 0.325 0.338 0.424 0.720 nan 0.465 0.347 0.139 0.145 0.235 0.032 0.053 0.152 0.181 nan 0.428 206 chr1 28968287 28976649 + 0 NA intron (NR_146730, intron 1 of 1) AluSz|SINE|Alu -2644 NR_004407 26824 Hs.640266 NR_004407 ENSG00000274978 RNU11 RNU11-1|U11 RNA, U11 small nuclear snRNA 4.288 3.051 nan 3.084 5.982 4.597 2.517 1.606 3.843 1.072 3.542 2.403 1.682 1.699 3.627 3.200 2.033 0.617 2.192 1.024 4.091 1.612 1.835 1.155 1.735 1.911 1.931 1.485 2.666 1.351 3.668 6.947 2.761 7.999 1.346 3.120 0.363 3.300 0.172 0.957 1.347 3.721 2.471 0.971 2.773 1.154 1.888 2.847 2.548 2.888 2.214 1.837 3.200 2.380 3.880 1.735 1.064 1.725 1.054 4.233 1.948 1.902 2.121 2.863 1.775 0.723 0.483 7.100 7.043 5.590 7.890 8.897 8.656 5.862 3.979 11.988 13.068 5.675 6.569 5.502 8.111 7.821 7.841 6.235 6.894 3.259 3.545 6.560 8.521 3.802 2.093 3791 chr14 96732096 96742446 + 0 NA Intergenic Intergenic 14724 NM_000710 623 Hs.525572 NM_000710 ENSG00000100739 BDKRB1 B1BKR|B1R|BDKRB2|BKB1R|BKR1|BRADYB1 bradykinin receptor B1 protein-coding 1.853 0.921 nan 0.111 0.336 0.322 0.192 0.141 0.397 0.009 0.935 0.089 0.026 0.242 0.345 0.446 2.186 0.244 0.061 0.018 0.043 0.013 0.124 0.093 0.798 1.815 0.954 0.028 0.071 0.378 0.625 2.237 0.919 2.845 0.028 0.130 0.189 0.074 0.115 0.604 0.071 0.133 0.670 0.264 0.947 0.155 0.604 0.713 0.974 0.277 0.236 1.638 0.446 0.021 0.036 0.798 0.283 1.181 0.393 0.067 3.215 0.756 0.067 0.095 2.427 0.028 0.020 0.347 0.226 0.278 0.907 1.633 1.600 0.864 0.252 0.583 0.606 0.726 0.952 1.432 1.371 2.467 2.297 0.241 0.334 1.357 1.306 0.150 0.255 nan 0.776 5516 chr19 7174465 7198961 + 0 NA intron (NM_000208, intron 2 of 21) AluSg|SINE|Alu 107600 NM_001079817 3643 Hs.465744 NM_000208 ENSG00000171105 INSR CD220|HHF5 insulin receptor protein-coding 0.989 1.254 1.486 0.080 0.616 0.477 0.070 0.263 0.577 0.070 0.086 0.180 0.073 0.147 0.294 0.290 0.076 0.158 0.272 0.070 0.113 0.261 0.333 0.304 2.861 0.122 0.082 0.168 0.255 0.058 0.225 1.048 0.479 1.142 0.024 0.136 0.031 0.339 0.085 0.029 0.178 0.293 0.132 0.107 0.026 0.178 0.129 0.411 0.390 0.314 0.308 0.079 0.290 0.206 0.145 2.861 0.115 0.217 0.112 0.403 0.283 0.369 0.133 0.342 0.096 0.141 0.073 0.491 0.580 0.414 0.672 2.739 3.790 0.946 0.170 0.144 0.124 0.442 0.751 4.075 nan 1.083 0.817 0.242 0.272 0.095 0.114 0.443 1.094 2.247 0.921 331 chr1 43810993 43841869 + 0 NA exon (NM_001255, exon 8 of 11) exon (NM_001255, exon 8 of 11) 1805 NM_001255 991 Hs.524947 NM_001255 ENSG00000117399 CDC20 CDC20A|bA276H19.3|p55CDC cell division cycle 20 protein-coding nan 1.619 nan 2.510 1.449 1.663 2.729 0.820 1.507 0.768 1.956 1.686 0.618 0.962 1.239 1.167 0.906 0.266 1.730 0.778 1.851 0.525 1.109 0.655 2.586 1.409 1.235 1.377 2.607 1.154 1.119 2.697 1.124 3.588 1.291 1.305 0.216 1.627 0.116 0.694 0.580 3.365 3.837 1.428 1.369 1.616 1.972 2.294 1.544 2.905 0.681 1.054 1.167 1.806 2.898 2.586 0.694 1.393 0.440 3.221 0.949 1.421 1.136 0.826 1.295 2.007 1.758 1.581 2.185 1.924 2.592 3.890 3.588 2.220 0.813 2.573 2.713 1.539 nan nan 9.788 1.436 1.237 1.708 nan 0.860 0.785 1.492 2.770 1.530 0.795 358 chr1 46631633 46655699 + 0 NA intron (NM_005727, intron 1 of 8) L2c|LINE|L2 -1499 NM_001328655 110117498 Hs.655387 NM_001328655 ENSG00000250719 LOC110117498 - uncharacterized LOC110117498 protein-coding nan 2.602 nan 1.333 1.411 2.163 1.617 0.832 1.628 1.077 0.546 0.998 0.404 0.761 0.876 0.351 2.039 0.332 1.394 0.557 0.345 0.071 0.814 0.305 0.957 1.091 0.706 0.299 1.201 1.029 1.837 8.094 2.398 4.597 1.325 0.308 0.512 0.080 0.124 0.391 0.136 1.031 0.761 0.367 1.143 1.992 3.239 2.187 0.330 1.562 0.797 3.155 0.351 1.597 2.126 0.957 1.302 6.043 0.373 0.886 1.003 0.548 0.275 0.185 0.437 0.783 0.756 0.482 0.728 0.405 0.811 1.113 1.313 1.628 0.547 0.796 0.966 1.413 nan nan 3.020 0.671 0.532 0.965 nan 1.686 1.854 0.457 1.180 1.522 1.005 2746 chr12 64563898 64583921 + 0 NA Intergenic MER5A|DNA|hAT-Charlie 42167 NM_001300940 144577 Hs.444671 NM_152440 ENSG00000174206 C12orf66 - chromosome 12 open reading frame 66 protein-coding 0.856 0.761 0.735 0.620 0.199 0.042 2.842 0.329 0.415 0.468 1.054 3.084 0.023 0.020 0.101 0.326 0.447 0.129 1.781 1.356 0.936 0.028 0.203 0.201 0.135 2.302 1.747 0.202 1.425 1.931 0.165 0.309 0.176 0.494 1.261 0.237 0.080 0.092 0.064 1.338 0.146 1.908 2.051 1.024 1.699 1.106 0.733 3.364 0.285 1.861 0.232 0.749 0.326 1.074 2.005 0.135 0.309 0.348 0.049 0.962 0.179 2.611 0.040 0.109 1.262 0.426 0.512 0.370 0.295 0.483 0.681 0.436 nan 0.988 0.304 0.341 0.390 0.600 0.822 0.842 0.981 0.443 0.199 0.174 0.272 0.319 0.481 0.259 0.392 1.465 1.114 3606 chr14 61080488 61133626 + 0 NA TTS (NR_126480) TTS (NR_126480) 1123 NR_126480 104548971 NR_126480 SALRNA1 SAL-RNA1|XLOC_023166 senescence associated long non-coding RNA 1 ncRNA nan nan 1.718 0.382 2.484 4.756 0.392 1.057 1.859 0.133 0.256 0.474 0.359 0.446 5.948 2.643 0.825 0.190 0.313 0.086 0.235 0.517 0.219 0.195 4.532 1.580 1.392 0.114 0.524 0.376 0.935 3.135 1.968 2.441 0.405 0.246 0.133 0.436 0.132 0.223 3.475 0.248 0.431 0.245 1.206 0.181 0.374 1.038 0.509 0.647 0.416 0.286 2.643 0.244 0.186 4.532 0.348 0.469 0.348 0.696 0.444 0.238 1.030 0.097 0.287 0.182 0.145 0.744 0.791 0.777 1.092 8.036 6.987 0.858 0.260 nan 1.877 0.377 0.678 3.375 nan 1.471 1.342 1.004 2.000 0.915 0.806 0.245 0.565 0.988 0.715 6984 chr20 42565122 42594211 + 0 NA intron (NM_001098798, intron 1 of 7) intron (NM_001098798, intron 1 of 7) 5130 NM_001098798 84969 Hs.26608 NM_032883 ENSG00000124191 TOX2 C20orf100|GCX-1|GCX1|dJ1108D11.2|dJ495O3.1 TOX high mobility group box family member 2 protein-coding nan nan 0.454 0.295 1.666 1.224 2.298 1.792 3.251 0.394 1.394 3.167 0.030 0.326 1.031 0.330 1.344 0.199 0.878 0.645 1.582 0.048 0.087 0.089 0.855 1.500 1.113 0.036 0.736 0.311 0.753 1.916 0.732 2.221 1.100 1.280 0.010 0.075 0.096 2.928 0.044 1.845 0.315 0.183 0.462 0.295 3.028 4.676 0.718 0.353 0.633 1.616 0.330 0.762 7.190 0.855 1.166 0.993 0.153 1.408 0.685 2.012 0.289 0.034 5.206 0.883 0.859 1.392 2.013 0.336 0.615 0.881 0.898 nan 0.095 0.896 1.033 0.185 0.345 2.269 2.331 nan 0.248 0.704 0.871 0.085 0.070 0.119 0.160 0.254 0.255 6596 chr2 205188208 205238506 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -197159 NM_152526 117583 Hs.657382 NM_057177 ENSG00000116117 PARD3B ALS2CR19|PAR3B|PAR3L|PAR3beta par-3 family cell polarity regulator beta protein-coding 1.013 nan 1.105 0.213 0.130 0.106 0.765 0.108 0.287 0.051 0.172 0.073 0.198 0.064 0.066 0.219 0.162 0.084 0.224 0.050 0.377 0.088 0.119 0.109 0.299 0.202 0.078 0.219 0.336 0.204 0.096 0.165 0.140 0.370 0.241 0.095 0.110 0.017 0.069 0.115 0.248 0.125 0.050 0.039 0.156 0.029 0.100 0.155 0.093 0.125 0.036 0.041 0.219 0.244 0.351 0.299 0.078 0.069 0.187 0.143 0.036 0.075 0.043 0.212 0.092 0.038 0.018 0.506 0.304 0.657 0.587 0.339 0.394 0.393 0.108 13.152 13.439 0.415 0.725 0.709 0.580 0.876 0.762 0.175 0.258 0.363 0.282 0.457 0.827 0.474 0.356 6965 chr20 36034282 36051541 + 0 NA Intergenic Intergenic 68380 NM_198291 6714 Hs.195659 NM_005417 ENSG00000197122 SRC ASV|SRC1|THC6|c-SRC|p60-Src SRC proto-oncogene, non-receptor tyrosine kinase protein-coding 1.943 1.302 0.935 0.279 0.905 1.379 0.218 0.695 1.205 0.044 0.239 0.493 0.022 0.099 1.006 3.020 0.161 0.119 0.176 0.099 0.058 0.088 0.172 0.123 2.073 0.192 0.072 0.104 0.310 0.104 0.238 nan 0.226 1.723 0.085 0.169 0.078 0.197 0.088 0.148 0.335 0.145 0.064 0.045 0.133 0.081 0.123 0.348 0.347 0.182 0.124 0.126 3.020 0.219 0.314 2.073 0.099 0.122 0.370 0.589 0.259 0.206 0.230 0.231 0.071 0.043 0.027 1.400 1.577 0.423 0.591 5.356 nan 2.121 0.720 0.562 0.677 1.361 2.217 1.119 1.735 2.622 2.743 0.914 0.862 0.449 0.339 0.962 nan 1.339 0.845 5645 chr19 38418332 38459930 + 0 NA intron (NM_015073, intron 1 of 21) AluJb|SINE|Alu 41270 NM_015073 23094 Hs.655502 NM_015073 ENSG00000105738 SIPA1L3 CTRCT45|SPAL3|SPAR3 signal induced proliferation associated 1 like 3 protein-coding 1.285 1.155 4.185 1.003 1.478 1.090 0.412 0.258 0.553 0.295 0.242 0.182 0.664 0.388 0.960 0.557 0.207 0.123 1.021 0.388 0.593 0.053 0.402 0.270 0.574 0.557 0.437 0.095 0.681 0.246 0.660 1.955 0.741 2.554 0.205 0.057 0.140 0.643 0.130 0.456 0.485 1.245 1.236 0.607 0.516 0.519 0.611 0.404 2.832 0.867 0.472 0.396 0.557 0.985 0.510 0.574 0.329 0.655 0.272 0.067 0.276 0.250 0.680 0.278 0.192 0.300 0.293 0.683 0.927 2.418 4.964 0.877 0.901 2.067 0.581 2.105 2.188 0.908 1.499 1.687 1.938 nan 0.822 0.640 0.696 0.680 0.660 0.447 0.997 1.253 0.831 2228 chr11 107708464 107715866 + 0 NA intron (NM_017515, intron 1 of 7) AluSx|SINE|Alu 17749 NM_017515 54733 Hs.524014 NM_017515 ENSG00000110660 SLC35F2 HSNOV1 solute carrier family 35 member F2 protein-coding 0.557 0.730 0.559 1.338 0.106 0.296 4.990 0.215 0.331 2.044 1.886 2.165 2.742 0.054 0.110 0.841 0.645 0.368 2.141 1.099 5.685 0.803 0.464 0.225 0.129 3.576 3.022 1.132 2.859 2.095 2.159 3.632 1.117 0.865 2.531 0.727 3.077 0.243 2.356 0.110 19.792 6.126 2.292 2.792 3.683 5.277 9.673 1.012 4.609 0.639 3.695 0.841 2.916 6.181 0.129 1.296 1.160 0.066 3.758 0.086 4.200 0.056 0.119 3.202 2.118 1.695 1.424 1.471 0.593 1.452 0.434 0.475 0.477 0.157 0.468 0.414 2.508 3.098 0.390 0.522 0.440 0.253 0.470 0.704 0.179 0.151 0.344 0.632 0.663 0.586 2070 chr11 70447800 70511176 + 0 NA intron (NR_046567, intron 2 of 2) intron (NR_046567, intron 2 of 2) 2289 NR_046567 100874198 Hs.656610 NR_046567 ENSG00000226627 SHANK2-AS1 - SHANK2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.648 0.954 0.059 0.046 0.531 0.103 0.210 0.415 0.015 0.066 0.035 0.015 0.036 0.732 0.571 0.071 0.089 0.067 0.015 0.024 0.011 0.209 0.150 0.370 0.033 0.032 0.019 0.079 0.020 0.101 nan 0.128 0.461 0.030 0.050 0.100 0.061 0.096 0.024 0.025 0.225 0.044 0.018 0.031 0.079 0.076 0.220 0.178 0.031 0.030 0.110 0.571 0.056 0.058 0.370 0.058 0.073 0.288 0.266 0.034 0.064 1.958 0.281 0.046 0.026 0.011 3.184 4.383 0.482 1.286 0.860 0.751 0.948 0.308 0.354 0.370 0.462 0.766 0.992 1.367 0.654 0.522 2.238 3.072 0.644 0.544 0.534 1.099 0.977 0.775 11515 chr9 33318040 33331414 + 0 NA intron (NM_001318758, intron 9 of 23) AluY|SINE|Alu 34312 NM_147134 4799 Hs.413074 NM_002504 ENSG00000086102 NFX1 NFX2|TEG-42|Tex42 nuclear transcription factor, X-box binding 1 protein-coding 0.770 nan 0.766 0.550 0.098 0.029 1.505 0.107 0.236 1.499 3.008 2.169 0.135 0.090 0.073 0.197 1.535 0.434 1.196 0.732 0.358 0.010 0.223 0.222 0.109 4.296 4.378 0.232 1.208 0.299 0.168 0.326 1.120 0.303 0.077 2.110 0.036 0.121 0.069 0.325 0.089 0.303 0.280 0.114 1.930 0.190 1.746 2.821 1.591 0.170 0.464 2.854 0.197 0.763 0.425 0.109 0.787 2.030 0.036 0.126 0.038 1.461 0.044 0.133 0.839 0.082 0.053 0.244 0.179 0.532 1.181 0.431 0.417 0.912 0.291 0.153 0.230 0.447 0.724 0.270 0.215 0.332 0.177 0.186 0.297 0.139 0.149 0.311 0.734 1.495 0.852 10841 chr8 21553694 21569848 + 0 NA intron (NM_001495, intron 6 of 8) intron (NM_001495, intron 6 of 8) 84575 NM_001495 2675 Hs.441202 NM_001495 ENSG00000168546 GFRA2 GDNFRB|NRTNR-ALPHA|NTNRA|RETL2|TRNR2 GDNF family receptor alpha 2 protein-coding nan 1.236 nan 0.031 0.043 0.083 0.066 0.099 0.211 0.012 0.054 0.057 0.012 0.031 0.152 0.126 0.094 0.040 0.070 0.016 0.051 0.087 0.059 0.245 0.093 0.032 0.064 0.007 0.065 0.290 0.038 0.124 0.027 0.037 0.029 0.061 0.082 0.022 0.044 0.097 0.026 0.010 0.020 0.102 0.033 0.104 0.216 0.035 0.078 0.048 0.126 0.054 0.034 0.059 0.061 0.037 0.102 0.075 0.038 0.046 0.533 0.033 0.014 0.007 0.003 1.067 1.434 0.102 0.164 nan 0.524 nan 0.083 0.192 0.222 0.109 0.253 0.183 0.262 1.211 1.128 0.777 0.797 0.129 0.175 0.189 0.238 nan nan 7413 chr22 38137306 38151944 + 0 NA intron (NM_138632, intron 1 of 7) L2c|LINE|L2 2384 NM_007032 11078 Hs.533030 NM_007032 ENSG00000100106 TRIOBP DFNB28|HRIHFB2122|TAP68|TARA|dJ37E16.4 TRIO and F-actin binding protein protein-coding 1.859 nan 2.473 2.590 0.552 0.683 3.980 0.646 1.063 2.167 3.382 1.913 0.317 0.386 0.705 1.116 1.233 0.276 4.543 1.871 3.074 0.673 0.310 0.122 1.091 1.048 1.048 0.689 5.793 1.320 4.079 7.041 2.828 2.497 3.002 2.701 0.131 1.823 0.088 1.753 0.499 5.353 2.178 1.078 1.269 1.625 4.279 1.874 3.969 2.502 1.297 2.866 1.116 5.733 4.643 1.091 1.480 3.723 0.617 2.385 0.891 2.289 0.145 0.446 1.931 0.275 0.247 0.986 1.315 1.722 2.924 0.806 0.925 0.897 0.292 1.357 1.383 0.964 nan 1.403 1.948 nan 1.059 0.646 0.803 0.529 0.596 0.763 0.925 1.030 0.613 6843 chr20 11664837 11670578 + 0 NA Intergenic CpG 183656 NR_110635 728450 Hs.560990 NR_110635 ENSG00000228422 LINC00687 C20orf61|dJ1012F16.1 long intergenic non-protein coding RNA 687 ncRNA 0.809 nan 0.759 0.237 0.814 0.038 0.046 0.979 2.511 0.072 0.065 0.033 5.410 0.076 0.243 0.201 0.085 0.055 0.022 1.525 0.742 0.375 0.012 0.013 0.130 0.036 0.041 0.232 0.087 0.325 0.076 0.047 0.267 0.132 0.059 0.204 0.111 0.126 0.031 0.026 0.106 0.167 0.116 0.255 0.047 2.703 0.012 0.243 0.089 0.048 0.375 0.064 0.273 0.355 0.051 6.763 0.028 0.069 0.087 0.013 0.010 0.018 0.810 0.495 0.222 0.278 0.345 0.453 4.227 2.039 0.546 0.826 1.676 2.210 0.317 0.493 0.393 0.198 0.318 0.633 1.592 2.353 0.267 0.749 1.348 0.811 4112 chr15 85451537 85459929 + 0 NA intron (NM_001287761, intron 8 of 14) intron (NM_001287761, intron 8 of 14) 27841 NM_001287761 9154 Hs.459187 NM_004213 ENSG00000156222 SLC28A1 CNT1|HCNT1 solute carrier family 28 member 1 protein-coding 0.923 nan 1.419 1.700 0.335 0.239 1.368 1.122 1.429 3.384 1.313 2.524 1.133 1.002 0.243 1.078 1.536 0.479 1.478 0.630 4.241 0.050 0.260 0.263 0.868 1.360 0.794 0.341 0.205 0.566 0.465 4.255 0.502 1.126 2.022 0.224 0.068 0.051 0.115 0.393 0.527 9.435 0.409 0.214 3.045 0.192 3.127 12.159 3.420 0.514 5.625 3.867 1.078 0.733 0.149 0.868 0.880 1.371 0.208 0.341 4.788 2.963 0.142 0.030 1.436 3.699 3.703 0.420 1.225 0.573 1.642 0.506 0.517 2.550 1.558 0.235 0.191 0.414 0.568 1.374 2.097 0.647 0.536 0.417 0.552 0.390 0.408 0.290 0.310 1.006 0.677 9910 chr6 128755400 128806059 + 0 NA intron (NM_002844, intron 1 of 29) intron (NM_002844, intron 1 of 29) 61090 NM_001291983 5796 Hs.155919 NM_002844 ENSG00000152894 PTPRK R-PTP-kappa protein tyrosine phosphatase, receptor type K protein-coding 1.126 0.814 1.031 0.273 0.159 0.035 0.077 0.277 0.462 0.071 0.108 0.172 0.027 0.037 0.066 0.335 0.212 0.048 0.151 0.053 0.047 0.019 0.155 0.130 0.073 0.064 0.030 0.003 0.092 0.015 0.091 0.239 0.098 0.206 0.023 0.051 0.789 0.066 0.121 0.023 0.119 0.075 0.026 0.022 0.129 0.038 0.304 0.055 0.066 0.076 0.017 0.082 0.335 0.073 0.022 0.073 0.034 0.044 0.073 0.024 0.044 0.086 0.033 0.125 0.051 0.020 0.013 0.381 0.295 0.294 0.578 0.295 0.346 1.374 0.720 0.366 0.338 1.245 1.530 0.383 0.439 1.062 0.617 0.123 0.167 2.384 3.014 0.244 0.372 0.439 0.349 4336 chr16 33191857 33207406 + 0 NA Intergenic Intergenic -5952 NM_001099687 729355 Hs.592038 NM_001099687 ENSG00000261509 TP53TG3B TP53TG3E|TP53TG3F TP53 target 3B protein-coding 0.369 0.425 0.334 0.041 0.123 4.359 0.023 1.433 2.891 0.055 0.324 0.057 0.100 0.164 0.052 0.156 0.116 0.052 0.035 0.028 0.768 0.195 0.124 0.701 0.075 0.106 0.033 0.075 0.014 0.067 0.045 0.060 2.597 0.019 0.092 0.043 0.639 0.095 0.023 0.046 0.426 0.075 0.065 0.014 0.083 0.083 0.785 0.325 0.657 0.051 0.030 0.156 0.036 0.028 0.701 0.023 0.123 0.100 0.041 1.538 0.020 0.038 0.064 0.270 0.300 0.239 0.142 0.127 0.199 0.829 0.726 1.001 0.246 0.265 0.219 0.415 0.527 4.407 4.861 0.359 0.152 0.123 0.179 0.043 0.081 0.076 0.118 0.210 0.249 8665 chr4 184641264 184647027 + 0 NA Intergenic CpG 63725 NM_199053 60684 Hs.443240 NM_021942 ENSG00000168538 TRAPPC11 C4orf41|FOIGR|GRY|LGMD2S trafficking protein particle complex 11 protein-coding nan 2.350 nan 2.189 1.139 2.277 1.058 1.126 2.054 0.419 0.286 0.432 0.235 0.916 1.455 0.334 0.208 0.166 1.657 0.562 0.049 0.760 0.367 8.013 0.456 0.519 0.156 1.287 0.420 0.488 1.173 0.494 2.807 0.733 0.388 0.032 0.225 0.043 0.268 0.621 0.574 0.595 0.461 0.170 0.173 0.433 1.530 0.735 0.486 1.052 0.357 0.334 2.767 0.064 8.013 0.429 0.671 0.034 1.261 0.545 0.370 1.203 0.042 0.265 0.020 0.009 1.383 1.739 3.239 4.355 3.137 2.616 5.169 1.897 1.809 1.828 0.078 0.145 3.980 6.975 0.504 0.553 1.685 2.437 0.195 0.343 0.138 0.354 1.559 0.862 7707 chr3 101417982 101424897 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -9839 NR_002941 285359 Hs.720825 NR_002941 PDCL3P4 - phosducin-like 3 pseudogene 4 pseudo 1.613 nan 1.472 0.429 0.113 0.152 4.736 0.139 0.433 0.028 0.201 0.252 5.751 0.043 0.339 0.241 0.204 0.186 1.126 0.878 0.036 0.100 0.045 0.181 0.208 2.043 1.957 0.095 4.490 4.627 3.588 6.001 4.561 0.458 0.655 0.157 0.054 0.031 0.133 0.053 0.070 0.453 0.795 0.464 3.645 4.582 0.431 0.331 0.447 0.122 0.080 0.809 0.241 3.097 0.280 0.208 1.417 0.167 0.125 0.118 0.043 0.871 0.071 2.150 0.066 0.033 0.028 0.458 0.345 0.400 0.605 0.376 0.464 0.454 0.274 0.322 0.359 0.280 0.519 0.257 0.390 1.180 0.600 0.171 0.328 0.048 0.071 2.350 4.107 0.525 0.483 1312 chr10 6908462 6923256 + 0 NA Intergenic Intergenic 94299 NR_038291 100507127 Hs.498571 NR_038291 ENSG00000238266 LINC00707 - long intergenic non-protein coding RNA 707 ncRNA 0.468 0.574 0.494 0.078 0.071 0.010 0.044 0.086 0.144 0.090 0.044 0.004 0.007 0.102 0.078 0.117 0.109 0.050 0.025 0.025 0.042 0.073 0.048 0.032 0.033 0.015 0.051 0.007 0.045 0.076 0.038 0.167 0.047 0.013 0.044 0.096 0.008 0.032 0.068 0.041 0.032 0.029 0.005 0.026 0.175 0.044 0.020 0.037 0.077 0.078 0.029 0.019 0.048 0.041 0.045 0.006 0.035 0.048 0.133 0.067 0.225 0.015 0.027 0.010 0.454 0.603 0.181 0.250 0.158 0.170 5.858 1.423 0.076 0.131 0.106 0.260 0.092 0.125 0.954 0.622 0.255 0.276 0.017 0.048 0.231 0.543 0.108 0.199 7873 chr3 139839899 139873491 + 0 NA intron (NM_022131, intron 1 of 16) MIRc|SINE|MIR 202668 NM_022131 64084 Hs.158529 NM_022131 ENSG00000158258 CLSTN2 ALC-GAMMA|CDHR13|CS2|CSTN2|alcagamma calsyntenin 2 protein-coding 1.275 nan nan 0.079 0.199 0.512 0.073 0.424 0.618 0.017 0.054 0.044 0.009 0.020 0.116 0.205 0.146 0.148 0.038 0.011 0.017 0.008 0.216 0.212 0.256 0.020 0.015 0.011 0.079 0.076 0.081 0.079 0.237 0.013 0.038 0.048 0.026 0.083 0.010 0.106 0.104 0.033 0.019 0.026 0.037 0.034 0.114 0.034 0.049 0.033 0.057 0.205 0.025 0.025 0.256 0.055 0.044 0.413 0.033 0.061 0.046 0.077 0.578 0.016 0.012 0.015 0.738 0.463 2.554 1.191 0.568 0.619 8.442 2.411 0.213 0.250 3.263 3.964 0.314 0.285 nan 1.780 0.381 0.558 0.293 0.264 1.400 3.713 0.670 0.592 5293 chr18 42471331 42486429 + 0 NA intron (NM_015559, intron 3 of 5) intron (NM_015559, intron 3 of 5) 71251 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 1.128 2.232 0.130 2.242 1.096 0.019 0.436 0.911 0.013 0.067 0.080 0.004 1.037 0.259 0.862 0.125 0.074 0.021 0.025 0.954 0.651 2.677 0.009 0.019 0.024 0.049 0.007 0.048 0.026 0.014 2.274 0.020 0.064 0.777 0.014 0.075 0.047 0.100 0.067 0.012 0.010 0.007 0.040 0.189 0.053 0.081 0.042 0.037 0.264 0.862 0.032 2.677 0.040 0.033 0.309 0.043 1.116 0.031 0.026 0.155 0.051 0.008 0.007 0.382 0.410 0.244 0.473 3.901 4.161 4.265 1.747 0.065 0.065 0.693 0.891 2.229 3.043 0.927 0.833 0.100 0.321 2.338 2.477 0.190 nan 5.168 2.797 7253 chr21 45126090 45162734 + 0 NA intron (NM_003681, intron 1 of 10) intron (NM_003681, intron 1 of 10) 5434 NM_003681 8566 Hs.284491 NM_003681 ENSG00000160209 PDXK C21orf124|C21orf97|HEL-S-1a|PKH|PNK|PRED79 pyridoxal kinase protein-coding nan 1.287 1.709 2.372 0.573 0.629 4.549 0.464 0.853 1.071 0.995 0.590 2.866 0.216 0.898 0.922 0.755 0.181 1.896 0.715 4.155 0.108 0.213 0.203 1.078 1.645 1.620 1.093 1.748 1.049 1.586 3.349 2.384 2.026 0.914 0.699 0.264 0.623 0.073 0.635 0.198 1.474 0.743 0.459 1.494 0.973 2.354 1.597 2.313 0.981 0.801 1.581 0.922 3.096 0.584 1.078 1.449 1.450 0.273 0.640 0.590 0.832 0.238 0.398 0.888 1.664 0.999 1.377 1.742 1.283 2.413 1.360 1.259 nan 0.412 1.443 1.468 0.523 nan 1.233 1.922 1.712 1.721 0.817 1.086 1.347 1.471 0.877 1.318 1.512 1.019 4473 chr16 84001355 84015279 + 0 NA intron (NM_001329748, intron 2 of 11) MIRb|SINE|MIR 6080 NM_001329748 54550 Hs.140950 NM_019065 ENSG00000103154 NECAB2 EFCBP2|stip-2 N-terminal EF-hand calcium binding protein 2 protein-coding nan 0.414 0.987 0.077 0.134 0.097 0.077 0.184 0.347 0.014 0.121 0.044 0.086 0.372 4.008 0.045 0.035 0.131 0.027 0.059 0.080 0.055 0.052 1.255 0.061 0.047 0.117 0.232 0.008 0.087 0.257 0.097 0.403 0.021 0.063 0.032 0.093 0.044 0.017 0.074 0.145 0.056 0.039 0.047 0.067 0.062 0.130 0.155 0.681 0.153 0.043 4.008 0.131 0.164 1.255 0.044 0.020 0.077 0.380 0.029 0.034 0.036 0.170 0.016 0.029 0.004 0.285 0.297 0.096 0.169 0.705 0.657 0.674 0.224 0.263 0.305 0.087 0.145 0.267 0.686 0.900 0.902 0.154 0.273 0.128 0.108 0.445 0.654 0.385 0.392 7100 chr20 61396395 61439834 + 0 NA Intergenic Intergenic -9643 NR_136405 55257 Hs.443260 NM_018270 ENSG00000101189 MRGBP C20orf20|Eaf7|MRG15BP|URCC4 MRG domain binding protein protein-coding 1.488 1.699 1.233 1.024 0.356 3.216 0.570 0.413 0.856 0.546 0.956 0.475 0.191 0.249 1.284 0.756 0.409 0.148 0.674 0.196 1.259 0.457 0.378 0.203 0.849 0.353 0.287 0.656 0.602 0.328 1.450 3.146 0.858 2.874 0.502 1.346 0.094 0.925 0.121 0.541 0.287 1.694 1.164 0.669 0.304 0.232 0.757 0.580 1.263 1.669 1.221 0.932 0.756 0.683 0.919 0.849 0.459 0.595 1.640 3.608 0.983 0.683 0.545 0.530 1.140 0.614 0.397 2.242 nan 0.511 0.798 2.387 2.041 1.172 0.398 1.415 1.443 0.961 1.484 0.737 1.083 3.127 3.564 1.040 1.446 0.471 0.488 0.952 1.774 1.109 0.734 2365 chr11 129182267 129196376 + 0 NA Intergenic Intergenic -36262 NR_145484 399975 NM_207431 LOC399975 - uncharacterized LOC399975 ncRNA 0.876 1.983 3.449 0.385 1.443 0.412 1.953 0.337 0.769 0.223 0.121 0.160 0.312 0.766 0.408 0.229 0.031 0.045 1.175 0.470 0.022 0.020 1.163 0.585 1.402 0.283 0.138 0.153 0.570 1.268 2.057 7.410 1.776 2.860 1.190 0.272 0.472 0.107 0.094 0.033 0.056 0.202 0.063 0.027 0.734 1.536 0.874 0.246 1.230 0.105 0.156 7.023 0.229 1.951 0.131 1.402 2.412 6.928 0.217 0.057 1.580 0.118 1.229 0.189 0.026 0.029 0.007 0.933 1.050 0.392 0.596 0.743 0.806 3.427 1.002 0.616 0.720 0.578 0.941 7.307 7.276 1.548 1.686 1.668 2.134 2.117 1.726 0.270 nan 1.604 1.083 1263 chr1 245395987 245412657 + 0 NA intron (NM_018012, intron 2 of 14) intron (NM_018012, intron 2 of 14) -6503 NR_151721 111216275 Hs.663694 NR_151721 ENSG00000232192 KIF26B-AS1 - KIF26B antisense RNA 1 ncRNA nan 2.424 nan 0.094 0.623 0.033 0.098 0.303 0.587 0.023 0.136 0.094 0.026 0.099 0.235 1.405 0.140 0.097 0.032 0.011 0.019 0.008 0.262 0.185 0.293 0.351 0.212 0.057 0.113 0.019 0.049 0.322 0.110 0.589 0.026 0.079 0.651 0.130 0.097 0.007 0.081 0.186 0.043 0.038 0.059 0.046 0.034 0.162 0.099 0.071 0.082 0.073 1.405 0.043 0.114 0.293 0.015 0.055 0.105 0.049 1.455 0.043 0.053 0.117 0.028 0.017 0.009 0.470 0.328 0.805 1.534 0.789 0.936 4.675 0.887 0.649 0.581 0.108 0.304 1.141 1.203 0.363 0.257 0.198 0.321 1.967 2.114 0.365 0.593 0.274 0.270 10486 chr7 87502858 87507949 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318061) promoter-TSS (NM_001318061) -141 NM_001318061 10926 Hs.485380 NM_006716 ENSG00000006634 DBF4 ASK|CHIF|DBF4A|ZDBF1 DBF4 zinc finger protein-coding 5.277 2.432 3.769 3.574 4.580 4.493 3.573 2.764 5.110 1.575 4.391 2.631 1.521 1.649 5.515 3.666 3.397 0.189 3.284 1.193 2.681 2.427 2.760 1.750 3.822 1.202 1.205 1.988 7.499 1.593 2.618 5.239 6.445 8.273 1.235 3.539 2.059 5.044 0.227 1.424 3.849 5.208 2.831 1.216 3.340 2.243 4.086 3.576 2.843 5.015 3.150 3.177 3.666 3.149 6.295 3.822 2.364 2.534 0.788 4.627 1.732 3.363 3.213 1.873 2.891 3.314 2.198 6.068 6.471 5.504 7.132 6.688 5.437 6.881 3.340 10.061 9.924 4.269 5.206 3.655 5.973 6.332 7.627 4.074 9.212 7.438 7.072 7.267 nan 4.037 2.508 9590 chr6 34553025 34572432 + 0 NA intron (NM_024294, intron 4 of 4) AluJr|SINE|Alu -38618 NM_001252294 25803 Hs.485158 NM_012391 ENSG00000124664 SPDEF PDEF|bA375E1.3 SAM pointed domain containing ETS transcription factor protein-coding nan 1.563 nan 0.175 1.969 0.083 0.415 0.271 0.439 0.039 0.261 0.129 0.019 0.701 0.696 0.488 0.292 0.108 0.283 0.068 0.092 0.035 0.774 0.383 1.279 0.280 0.145 0.065 0.078 0.040 0.092 0.350 0.172 2.874 0.083 0.092 1.647 0.107 0.117 0.079 0.462 0.166 0.053 0.036 0.056 0.059 0.283 0.230 0.256 0.171 0.279 0.209 0.488 0.180 0.196 1.279 0.089 0.133 0.819 0.122 0.588 0.114 0.057 0.326 0.072 0.027 0.026 0.544 0.625 0.396 nan nan 1.447 2.382 0.512 0.515 0.565 1.917 2.647 3.717 3.954 1.440 0.990 0.257 0.447 4.138 4.381 0.683 1.344 2.391 1.384 10210 chr7 18495654 18517443 + 0 NA intron (NM_001204144, intron 3 of 12) intron (NM_001204144, intron 3 of 12) -28785 NM_001321894 9734 Hs.196054 NM_014707 ENSG00000048052 HDAC9 HD7|HD7b|HD9|HDAC|HDAC7|HDAC7B|HDAC9B|HDAC9FL|HDRP|MITR histone deacetylase 9 protein-coding nan 1.708 nan 0.278 0.125 0.056 0.075 0.223 0.269 0.584 0.107 0.110 0.014 0.056 0.200 0.244 0.406 0.125 0.127 0.122 0.130 0.019 0.437 0.328 0.071 0.089 0.033 0.020 0.109 0.029 0.186 0.804 0.555 0.455 0.121 0.107 0.258 0.081 0.170 0.055 0.640 0.405 0.028 0.011 0.107 0.039 0.269 0.243 0.225 0.059 0.190 0.087 0.244 0.052 0.051 0.071 0.034 0.286 0.040 0.222 0.134 0.127 0.088 0.074 0.028 0.021 0.014 nan 0.517 4.570 5.319 0.844 1.034 1.005 0.339 0.248 0.273 1.373 1.545 0.303 0.337 0.338 0.153 0.127 0.235 0.996 1.042 0.352 0.923 0.864 0.628 3811 chr14 101292039 101327316 + 0 NA intron (NR_046471, intron 4 of 5) intron (NR_046471, intron 4 of 5) -9050 NR_030528 768222 NR_030528 ENSG00000211574 MIR770 MIRN770|hsa-mir-770 microRNA 770 ncRNA 1.422 0.938 0.491 0.120 0.059 0.246 0.111 1.518 3.017 0.014 0.045 0.039 0.012 0.137 0.430 1.836 0.111 0.071 0.033 0.052 0.016 0.115 0.109 0.681 0.490 0.392 0.135 0.082 0.015 0.211 1.003 0.242 1.203 0.021 0.080 0.116 0.065 0.100 0.090 2.223 0.115 0.036 0.031 0.009 0.087 0.046 0.111 0.198 0.125 0.047 0.108 1.836 0.043 0.120 0.681 0.049 0.160 0.452 0.331 1.022 0.103 0.011 0.056 0.045 0.016 0.010 0.189 0.099 0.143 0.204 1.522 1.728 0.907 0.393 0.050 0.061 0.149 0.283 1.011 1.411 1.418 1.168 0.123 0.145 0.687 0.597 0.459 0.735 1.004 0.616 7107 chr20 62127520 62141123 + 0 NA Intergenic Intergenic -3653 NM_001958 1917 Hs.433839 NM_001958 ENSG00000101210 EEF1A2 EEF1AL|EF-1-alpha-2|EF1A|EIEE33|HS1|MRD38|STN|STNL eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 2 protein-coding 2.622 2.982 1.344 1.315 0.486 3.765 0.335 1.009 1.924 0.400 0.952 0.222 0.009 0.692 2.798 2.026 0.073 0.083 0.396 0.099 1.111 0.152 0.832 0.278 2.487 0.163 0.175 0.906 0.631 0.093 2.556 4.577 1.081 2.762 0.430 1.340 0.411 1.257 0.098 0.304 4.229 0.335 0.293 0.225 0.073 0.159 0.112 0.242 1.086 1.833 1.380 1.049 2.026 0.489 1.096 2.487 0.514 0.431 2.284 4.586 0.547 0.407 0.673 0.055 0.050 0.042 0.015 4.398 nan 0.264 0.337 3.963 3.770 4.603 2.501 0.555 0.509 1.296 1.892 0.198 0.221 4.939 4.706 0.693 1.111 1.284 1.056 0.402 0.608 2.287 1.344 7462 chr22 45863738 45882558 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -25571 NM_006486 2192 Hs.24601 NM_001996 ENSG00000077942 FBLN1 FBLN|FIBL1 fibulin 1 protein-coding 1.229 nan 0.517 0.130 0.052 0.047 0.287 0.164 0.280 0.733 0.145 0.112 0.194 0.042 0.062 0.740 1.149 0.506 0.118 0.061 0.097 0.015 0.075 0.065 0.117 0.044 0.043 0.094 0.116 0.107 0.081 0.559 0.642 0.363 0.109 0.133 0.076 0.059 0.109 0.150 0.080 0.122 0.029 0.021 0.017 0.049 3.889 0.100 0.264 0.036 0.034 0.364 0.740 0.151 0.031 0.117 0.065 1.396 1.167 0.147 0.043 0.459 0.037 0.052 0.036 0.031 0.011 0.285 0.228 0.430 1.141 0.226 0.301 0.519 0.137 0.306 0.342 0.280 nan 0.268 0.300 nan 0.346 0.197 0.210 0.246 0.279 0.148 0.194 0.370 0.311 6149 chr2 61686521 61699792 + 0 NA intron (NM_014709, intron 1 of 79) L1MA5A|LINE|L1 4693 NM_014709 9736 Hs.644708 NM_014709 ENSG00000115464 USP34 - ubiquitin specific peptidase 34 protein-coding 2.449 1.126 nan 1.426 1.418 1.145 1.669 0.918 1.908 1.109 2.227 2.699 0.569 0.468 2.088 1.792 1.037 0.243 2.847 0.757 3.067 1.617 1.160 0.779 1.819 1.416 1.681 1.311 1.714 0.446 3.189 4.165 1.704 3.576 0.727 2.701 0.203 2.255 0.204 0.908 0.946 3.362 3.825 1.721 0.796 0.745 1.656 1.627 3.331 2.910 1.528 1.435 1.792 3.153 1.472 1.819 1.344 1.089 0.590 3.038 1.145 1.196 0.929 1.026 1.140 1.020 0.706 1.838 2.219 2.610 3.717 2.935 2.808 nan 1.128 6.133 6.263 1.757 2.137 2.684 4.301 2.538 2.562 1.432 2.969 0.970 0.921 2.934 3.137 1.587 0.884 572 chr1 109355817 109360161 + 0 NA TTS (NR_049760) TTS (NR_049760) 41737 NM_152763 254268 Hs.729441 NM_152763 ENSG00000162641 AKNAD1 C1orf62 AKNA domain containing 1 protein-coding 5.331 4.525 3.060 0.410 1.753 1.637 1.342 0.404 0.445 0.539 0.215 1.690 0.058 0.679 2.207 2.569 6.317 0.467 0.630 0.522 0.102 0.322 0.147 3.632 1.247 0.942 0.084 1.140 0.431 0.087 0.387 0.098 0.648 0.724 0.158 0.792 0.125 0.073 0.687 0.385 0.730 0.142 0.143 0.467 0.261 1.400 7.108 0.091 0.544 0.424 0.656 2.569 1.685 0.507 3.632 0.085 0.095 0.771 0.173 1.054 1.759 0.361 0.412 1.527 0.358 0.268 0.752 1.022 0.450 0.998 1.333 nan 9.800 9.842 0.324 0.368 6.109 6.635 nan nan 2.719 2.412 0.272 0.620 7.193 6.850 1.488 3.303 1.417 0.862 3762 chr14 91735105 91753778 + 0 NA exon (NM_001080414, exon 29 of 30) exon (NM_001080414, exon 29 of 30) -24217 NM_001348437 8111 Hs.8882 NM_003485 ENSG00000119714 GPR68 AI2A6|GPR12A|OGR1 G protein-coupled receptor 68 protein-coding 2.228 0.845 nan 0.081 0.393 8.598 0.224 0.147 0.319 0.025 0.095 0.087 0.034 0.151 1.097 0.597 0.145 0.112 0.114 0.112 0.051 0.030 0.285 0.328 0.354 0.148 0.070 0.110 0.069 0.192 0.112 0.307 0.208 0.571 0.078 0.066 0.072 0.104 0.082 0.177 0.184 0.650 0.157 0.091 0.059 0.120 0.087 0.386 0.132 0.376 0.009 0.146 0.597 0.066 0.129 0.354 0.044 0.040 0.155 0.135 0.065 0.231 0.084 0.139 0.643 0.182 0.106 0.318 0.389 0.347 0.547 1.443 1.588 0.618 0.163 0.969 1.026 1.146 1.386 3.377 2.544 0.964 0.909 0.315 0.482 0.270 0.297 0.245 0.601 nan 0.934 8108 chr3 184048615 184055289 + 0 NA intron (NM_198241, intron 32 of 32) L2b|LINE|L2 -1765 NM_001171093 131408 Hs.591307 NM_144635 ENSG00000175182 FAM131A C3orf40|FLAT715|PRO1378 family with sequence similarity 131 member A protein-coding 3.223 2.361 1.574 6.853 1.271 0.932 3.196 1.481 3.220 0.431 1.710 0.799 0.495 0.601 0.694 1.602 0.741 0.240 1.634 0.713 1.713 0.296 1.084 0.561 1.124 1.896 1.600 0.997 3.081 1.835 1.203 1.810 1.255 5.672 1.371 0.885 0.386 0.927 0.108 1.049 1.025 4.443 7.811 2.676 0.819 0.897 0.811 2.011 0.998 3.770 0.252 0.738 1.602 4.116 2.315 1.124 0.382 0.409 0.889 1.370 1.101 1.691 0.178 0.868 2.665 4.061 3.358 0.980 1.285 1.949 3.433 2.540 2.324 3.798 2.352 2.219 2.130 2.049 2.736 2.014 3.579 2.123 1.624 0.450 0.624 1.894 1.923 1.896 2.814 1.149 0.546 5415 chr18 68159521 68174967 + 0 NA Intergenic Intergenic -115417 NR_110764 101060542 Hs.586967 NR_110764 ENSG00000266278 LINC01910 - long intergenic non-protein coding RNA 1910 ncRNA 0.814 0.840 0.599 0.061 0.154 0.050 0.027 0.196 0.244 0.013 0.112 0.113 0.008 0.137 0.046 0.904 0.072 0.052 0.062 0.030 0.029 0.264 0.231 0.605 0.013 0.019 0.015 0.066 0.014 0.046 0.044 0.069 0.349 0.019 0.062 0.123 0.014 0.084 0.008 0.072 0.054 0.008 0.030 0.028 0.015 0.137 0.084 0.047 0.073 0.030 0.047 0.904 0.018 0.006 0.605 0.016 0.027 0.013 0.052 0.206 0.030 0.019 0.104 0.014 0.018 0.007 0.491 0.361 0.227 0.445 0.614 0.630 5.404 2.035 0.379 nan 0.421 nan 0.642 0.508 0.334 0.221 0.242 0.356 1.005 1.123 0.192 0.248 2.084 1.429 3984 chr15 60116864 60122381 + 0 NA Intergenic Intergenic -137889 NM_004330 663 Hs.592515 NM_004330 ENSG00000140299 BNIP2 BNIP-2|NIP2 BCL2 interacting protein 2 protein-coding 0.588 0.898 nan 2.089 0.070 0.019 0.078 0.175 0.188 2.060 0.043 0.050 5.619 0.035 0.063 0.631 0.102 0.058 0.116 0.104 3.588 0.114 0.140 0.087 0.025 0.013 0.159 0.073 0.039 0.088 0.163 0.414 0.411 0.058 0.014 0.090 0.022 0.015 2.324 0.269 0.217 0.040 0.014 1.434 0.105 0.118 0.013 0.002 0.185 0.631 0.079 0.047 0.087 0.054 1.418 0.464 0.019 0.229 0.036 0.044 0.044 0.118 0.046 0.222 0.107 0.138 0.824 0.191 0.253 nan 0.130 0.125 0.051 0.294 0.320 0.335 0.197 0.540 0.203 0.200 0.196 0.131 0.203 0.350 0.565 0.263 0.307 4159 chr15 101297059 101305120 + 0 NA Intergenic MER33|DNA|hAT-Charlie -118808 NM_000693 220 Hs.459538 NM_000693 ENSG00000184254 ALDH1A3 ALDH1A6|ALDH6|MCOP8|RALDH3 aldehyde dehydrogenase 1 family member A3 protein-coding 0.773 nan 0.785 0.165 0.054 0.082 0.597 0.040 0.063 0.071 0.339 2.860 0.036 0.212 0.364 0.291 0.119 0.271 0.519 0.043 0.018 0.222 0.092 0.075 0.344 0.089 0.036 0.557 0.470 0.120 0.702 0.124 nan 0.467 0.939 0.024 0.027 0.071 0.187 0.049 0.517 0.289 0.104 0.164 0.604 0.829 0.234 2.001 0.009 0.010 0.448 0.364 0.248 0.260 0.075 0.076 7.107 0.096 0.589 0.228 0.151 0.062 0.407 0.729 0.071 0.114 0.374 0.234 0.422 0.904 0.177 0.268 0.186 0.122 0.308 0.261 0.158 0.271 0.095 0.087 0.942 0.656 0.227 0.278 0.099 0.151 0.405 1.161 0.343 0.326 5667 chr19 39968497 39976362 + 0 NA intron (NM_001001563, intron 1 of 10) intron (NM_001001563, intron 1 of 10) 1377 NM_001001563 92609 Hs.590956 NM_001001563 ENSG00000105197 TIMM50 MGCA9|TIM50|TIM50L translocase of inner mitochondrial membrane 50 protein-coding 3.116 2.598 3.687 1.821 4.146 1.625 1.415 0.989 1.530 0.804 1.472 1.298 0.566 0.814 3.072 1.528 0.651 0.102 1.905 1.059 0.883 0.565 0.839 0.406 1.581 1.593 1.581 1.361 2.056 1.034 2.043 2.359 1.928 5.916 0.799 1.071 0.301 1.405 0.141 1.231 0.573 1.299 0.736 0.426 1.234 1.007 1.105 0.824 2.231 3.067 1.194 0.501 1.528 4.989 1.552 1.581 0.852 0.886 0.902 1.404 1.394 0.503 0.598 4.689 0.393 0.366 0.219 2.018 1.792 2.679 3.730 2.949 3.327 3.729 1.550 6.508 6.987 1.766 2.892 3.095 4.308 nan 7.702 1.943 2.861 1.676 2.349 5.210 11.229 2.252 1.497 9082 chr5 95418993 95432391 + 0 NA intron (NR_130776, intron 1 of 4) MIR|SINE|MIR 10850 NR_030309 693168 NR_030309 ENSG00000207578 MIR583 MIRN583|hsa-mir-583 microRNA 583 ncRNA nan 1.319 1.135 0.634 0.163 0.023 1.988 0.539 1.114 0.379 0.523 0.971 0.023 0.097 0.097 0.327 0.242 0.048 0.800 1.006 0.336 0.010 0.361 0.113 0.098 2.518 1.360 0.110 0.743 0.825 0.767 2.701 0.778 0.261 0.837 0.326 0.214 0.057 0.105 0.212 0.012 0.323 0.129 0.116 1.315 0.475 0.763 0.127 0.456 0.404 2.656 2.484 0.327 0.251 1.228 0.098 0.727 0.637 0.037 0.105 0.370 0.784 0.038 0.684 0.928 0.026 0.035 0.168 0.104 0.136 0.361 0.655 0.601 0.208 0.068 0.125 0.093 0.699 0.907 0.630 0.507 0.652 0.441 0.112 0.140 1.308 1.072 0.686 nan 0.600 0.458 7029 chr20 48525978 48555984 + 0 NA intron (NR_134564, intron 2 of 2) MIR|SINE|MIR 8622 NR_134564 105372653 Hs.589895 NR_134564 LOC105372653 - uncharacterized LOC105372653 ncRNA nan nan 1.855 1.863 1.378 0.517 0.901 0.637 1.404 0.785 1.552 0.843 0.539 0.942 1.206 0.948 1.416 0.317 0.827 0.310 1.207 0.716 0.726 0.470 1.318 0.710 0.629 0.717 1.017 0.379 1.146 2.000 2.153 2.609 0.560 1.376 0.134 0.983 0.134 0.802 0.512 1.744 0.774 0.483 0.687 0.608 1.948 1.439 1.465 1.238 0.919 0.991 0.948 1.305 0.534 1.318 0.678 1.050 0.572 2.577 0.919 0.722 0.503 1.157 0.709 0.424 0.298 2.197 2.430 1.366 2.322 1.960 1.903 nan 2.045 2.268 2.407 1.355 1.877 2.013 3.357 nan 2.478 1.430 2.067 1.170 1.326 2.719 4.231 1.868 1.412 2549 chr12 25401993 25405630 + 0 NA promoter-TSS (NM_033360) promoter-TSS (NM_033360) 54 NM_004985 3845 Hs.505033 NM_004985 ENSG00000133703 KRAS C-K-RAS|CFC2|K-RAS2A|K-RAS2B|K-RAS4A|K-RAS4B|K-Ras|KI-RAS|KRAS1|KRAS2|NS|NS3|RALD|RASK2|c-Ki-ras2 KRAS proto-oncogene, GTPase protein-coding 3.847 nan 6.140 2.278 6.953 0.761 2.089 0.748 1.971 1.025 3.668 2.314 0.391 1.598 3.262 2.402 0.842 0.090 3.603 1.046 0.850 1.334 2.155 0.995 3.845 1.218 1.111 1.386 2.760 0.802 2.850 3.848 2.770 7.561 1.736 1.360 0.315 2.919 0.143 7.514 3.725 1.366 1.340 1.158 0.947 0.790 1.481 4.228 6.164 5.492 1.144 1.492 2.402 6.331 1.192 3.845 1.117 1.570 0.612 7.815 2.180 0.629 1.006 2.049 3.471 0.507 0.185 1.772 2.079 4.348 7.101 4.952 3.908 4.990 1.686 12.702 12.513 1.552 1.905 4.332 7.324 2.809 3.688 1.589 3.740 1.129 1.144 4.029 5.933 1.610 1.092 10976 chr8 59716345 59725236 + 0 NA exon (NM_014729, exon 8 of 9) exon (NM_014729, exon 8 of 9) -148386 NM_003580 8439 Hs.372000 NM_003580 ENSG00000035681 NSMAF FAN|GRAMD5 neutral sphingomyelinase activation associated factor protein-coding 2.073 nan 2.852 0.299 1.302 1.967 0.266 1.136 1.841 0.096 0.105 0.965 0.035 0.124 1.758 1.571 0.234 0.037 0.191 0.128 0.125 0.811 0.441 6.100 0.662 0.243 0.008 0.161 0.163 0.278 0.749 0.459 2.333 0.264 0.061 0.694 0.305 0.157 0.173 1.793 0.104 0.054 0.088 0.050 0.097 0.097 0.191 0.143 0.441 0.072 0.031 1.571 0.113 0.052 6.100 0.010 0.099 0.078 1.120 0.247 0.023 0.029 0.321 0.032 0.011 0.390 0.526 0.258 0.611 9.776 11.186 2.120 0.839 0.052 0.093 2.332 nan 2.211 2.176 1.178 0.843 0.099 0.178 2.569 3.530 0.191 0.263 4.593 1.713 5947 chr2 20547174 20558069 + 0 NA promoter-TSS (NM_001352920) promoter-TSS (NM_001352920) -432 NM_001352920 23369 Hs.467824 NM_015317 ENSG00000055917 PUM2 PUMH2|PUML2 pumilio RNA binding family member 2 protein-coding 3.817 1.812 3.176 1.739 3.286 4.950 1.675 1.808 3.307 0.982 1.890 1.045 1.178 0.897 4.466 2.731 1.556 0.252 1.537 0.626 2.109 2.388 2.650 1.057 3.486 0.688 0.938 1.255 3.107 0.861 4.712 8.174 3.086 8.878 0.950 2.578 0.860 2.207 0.146 1.301 1.947 3.604 2.007 0.875 1.041 1.181 2.530 2.431 2.294 1.947 2.114 1.411 2.731 2.317 2.428 3.486 1.548 1.161 2.422 2.113 1.861 2.032 1.484 2.783 1.389 1.332 0.813 3.356 2.750 3.742 4.836 5.762 5.628 4.725 2.031 6.834 7.030 4.863 5.783 5.125 nan 4.306 4.359 1.807 3.476 3.839 3.785 6.091 7.325 2.902 1.639 10005 chr6 148250821 148263964 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR -336020 NM_001346505 23328 Hs.193133 NM_015278 ENSG00000111961 SASH1 SH3D6A|dJ323M4.1 SAM and SH3 domain containing 1 protein-coding nan 0.743 nan 0.022 0.121 0.025 0.064 0.109 0.134 0.007 0.066 0.042 0.019 0.090 0.052 0.146 0.273 0.154 0.112 0.058 0.024 0.071 0.063 0.037 0.023 0.011 0.039 0.053 0.064 0.055 0.315 0.097 0.210 0.022 0.074 0.029 0.067 0.098 0.018 0.018 0.082 0.032 0.054 0.095 0.040 0.176 0.099 0.099 0.078 0.006 0.271 0.146 0.066 0.021 0.037 0.242 0.246 0.045 0.004 0.148 0.012 0.060 0.272 0.026 0.008 0.433 0.335 1.735 7.916 0.277 0.358 0.912 0.396 0.257 0.207 0.111 0.249 0.591 0.423 0.683 0.278 0.132 0.262 0.087 0.076 0.308 0.499 0.216 0.388 8924 chr5 56777384 56802032 + 0 NA Intergenic Intergenic -11072 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.700 1.102 0.036 0.533 3.221 0.292 0.467 0.379 0.319 2.856 0.216 0.073 0.091 0.254 0.850 0.058 0.522 0.469 0.062 0.108 0.093 0.015 1.863 1.176 0.053 1.567 2.198 0.310 1.361 1.382 1.481 1.131 0.122 0.031 1.002 0.135 1.020 0.087 0.295 0.293 0.152 1.724 0.704 0.700 0.934 0.235 0.609 0.113 0.265 0.254 0.570 1.441 0.015 0.447 0.087 0.067 0.325 0.041 0.743 0.020 0.095 0.652 1.000 1.221 0.191 0.192 2.558 7.048 0.148 0.178 nan 0.077 0.152 0.136 1.144 1.343 0.258 0.220 nan 0.218 0.077 0.083 0.122 0.168 0.256 0.551 0.534 0.461 6564 chr2 197788035 197793367 + 0 NA intron (NM_001321099, intron 1 of 27) intron (NM_001321099, intron 1 of 27) 753 NM_024989 80055 Hs.229988 NM_024989 ENSG00000197121 PGAP1 Bst1|ISPD3024|MRT42|SPG67 post-GPI attachment to proteins 1 protein-coding 4.787 5.034 3.641 1.425 5.137 6.710 2.968 2.436 5.473 0.504 3.273 1.785 0.499 0.977 3.920 4.795 2.258 0.299 2.753 0.830 1.572 1.250 2.348 1.670 6.828 2.192 2.403 1.405 2.669 0.799 1.795 3.552 2.058 18.635 1.335 3.466 1.619 1.798 0.104 1.199 2.701 3.415 1.664 1.108 0.813 0.756 1.443 2.473 2.136 2.760 1.161 1.299 4.795 2.163 2.515 6.828 0.621 0.559 1.789 2.513 3.067 1.510 3.029 1.819 2.315 1.080 0.550 2.879 4.489 4.177 5.674 14.428 10.356 9.311 4.316 6.673 7.444 4.519 5.747 6.521 11.093 9.409 10.116 2.218 5.894 5.558 5.604 4.991 6.545 2.953 1.596 11723 chr9 114768436 114839065 + 0 NA 3' UTR (NM_022486, exon 17 of 17) 3' UTR (NM_022486, exon 17 of 17) 109370 NR_039814 100616114 NR_039814 ENSG00000266315 MIR4668 mir-4668 microRNA 4668 ncRNA 0.676 0.690 nan 2.868 0.204 0.097 4.523 0.163 0.282 0.416 3.682 2.524 0.401 0.089 0.078 0.151 0.881 0.203 1.018 0.741 0.924 0.016 0.138 0.120 0.131 3.877 2.894 1.529 2.072 1.591 0.450 nan 0.537 0.299 0.834 0.726 0.046 0.771 0.115 1.360 0.054 6.672 3.122 1.424 1.408 1.176 0.970 2.399 0.792 1.618 0.396 0.522 0.151 0.739 0.629 0.131 0.396 0.390 0.027 1.295 0.099 2.388 0.033 0.181 1.037 1.468 1.233 0.177 0.158 0.789 2.682 0.370 0.420 0.219 0.100 0.264 0.300 0.178 0.284 1.146 nan 0.522 0.249 0.120 0.124 0.206 0.269 0.306 0.682 nan 0.537 9891 chr6 124243500 124304948 + 0 NA intron (NM_001040214, intron 1 of 6) L1MA4A|LINE|L1 149233 NM_001040214 154215 Hs.656604 NM_153355 ENSG00000188580 NKAIN2 FAM77B|NKAIP2|TCBA|TCBA1 sodium/potassium transporting ATPase interacting 2 protein-coding 0.759 0.916 1.154 0.035 1.470 3.256 0.050 2.452 4.668 0.006 0.074 0.232 0.020 0.215 1.859 0.248 0.101 0.071 0.085 0.034 0.032 0.025 0.522 0.406 1.498 0.002 0.008 0.002 0.046 0.029 0.107 0.217 0.063 0.806 0.026 0.109 0.547 0.041 0.104 0.006 0.073 0.075 0.016 0.009 0.037 0.030 0.124 0.058 0.025 0.058 0.016 0.040 0.248 0.037 0.022 1.498 0.054 0.026 0.077 0.030 0.502 0.020 0.052 0.042 0.010 0.014 0.005 0.499 0.341 1.247 0.647 1.214 1.512 3.996 0.944 3.108 3.237 0.659 0.799 2.059 1.616 0.409 0.171 0.114 0.207 2.463 3.500 0.168 0.252 0.910 0.559 7275 chr21 46540933 46548945 + 0 NA intron (NM_001346688, intron 1 of 11) AluJb|SINE|Alu -27506 NM_001346687 104 Hs.474018 NM_001112 ENSG00000197381 ADARB1 ADAR2|DRABA2|DRADA2|RED1 adenosine deaminase, RNA specific B1 protein-coding nan 0.950 1.734 0.056 0.343 0.063 0.359 0.160 0.345 0.086 0.245 0.198 0.061 9.076 2.295 0.161 0.160 0.087 0.004 0.056 0.019 0.095 0.045 0.272 0.135 0.116 0.093 0.039 0.081 0.280 0.071 1.943 0.065 0.225 0.712 0.028 0.061 0.071 0.137 0.224 0.118 0.088 0.077 0.067 0.122 0.188 0.117 0.070 0.069 0.078 2.295 0.097 0.058 0.045 0.062 0.010 3.009 0.105 0.431 0.091 0.177 3.405 0.107 0.043 0.012 0.650 0.675 0.313 0.576 0.736 0.977 nan 0.075 0.382 0.391 0.355 nan 0.163 0.155 10.634 8.485 0.399 0.674 3.062 3.909 4.041 8.043 1.112 0.880 1472 chr10 50962565 50971257 + 0 NA intron (NM_001347820, intron 1 of 21) intron (NM_001347820, intron 1 of 21) 3134 NM_001347819 55753 Hs.17860 NM_018245 ENSG00000197444 OGDHL - oxoglutarate dehydrogenase like protein-coding 0.765 nan 0.524 0.082 0.610 0.685 0.065 0.387 0.736 0.043 0.178 0.063 0.161 0.186 0.368 0.091 0.037 0.083 0.029 0.192 0.432 0.258 0.660 0.055 0.025 0.451 0.047 0.025 0.147 0.085 0.099 2.030 0.062 0.098 0.108 0.061 0.041 0.282 0.212 0.214 0.117 0.012 0.009 0.068 0.150 0.075 0.058 0.672 0.054 0.368 0.057 0.128 0.660 0.056 0.057 0.077 0.248 0.653 0.040 0.579 0.197 0.026 0.073 0.099 6.886 8.774 4.050 2.007 1.189 1.237 2.547 0.786 2.298 2.353 0.453 0.912 0.601 0.903 0.764 0.817 1.161 1.650 0.713 0.550 0.414 0.676 1.034 0.678 3684 chr14 73523888 73527374 + 0 NA intron (NM_021239, intron 1 of 18) CpG 410 NM_021239 58517 Hs.531106 NM_021239 ENSG00000119707 RBM25 NET52|RED120|RNPC7|S164|Snu71|fSAP94 RNA binding motif protein 25 protein-coding 10.192 3.465 5.700 4.488 8.296 4.813 3.283 2.897 5.674 1.586 3.046 2.387 3.448 1.490 3.758 7.410 4.860 0.547 1.867 0.704 5.133 1.746 2.248 0.656 6.021 4.580 5.116 1.338 5.286 1.937 5.327 7.258 5.900 10.685 2.013 4.544 0.984 5.459 0.222 1.964 4.252 3.823 3.926 1.696 2.268 2.845 4.193 4.517 3.799 4.919 1.956 4.565 7.410 2.336 4.042 6.021 2.463 1.994 1.496 4.275 1.585 5.881 2.586 4.092 4.547 2.585 1.884 8.798 6.628 8.391 10.846 10.356 9.169 6.750 4.151 26.963 28.256 5.200 6.693 10.468 nan 15.388 16.244 6.009 8.965 6.486 7.200 17.254 12.989 8.381 nan 11290 chr8 129363291 129371409 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 204988 NR_031613 100302281 NR_031613 ENSG00000221261 MIR1208 MIRN1208|hsa-mir-1208 microRNA 1208 ncRNA nan nan nan 0.220 0.119 0.027 0.332 0.118 0.314 0.023 0.231 16.262 0.068 0.089 0.112 0.177 0.025 0.181 0.070 0.031 0.035 0.077 0.062 0.119 0.136 0.009 0.018 0.108 0.105 0.187 0.397 0.069 nan 0.086 0.550 0.024 0.107 0.061 0.044 0.491 0.174 0.022 0.086 0.120 0.047 0.202 0.285 0.341 0.107 0.096 0.133 0.112 0.130 0.114 0.119 0.105 0.050 0.298 0.122 0.189 0.049 0.036 0.075 0.047 0.028 0.001 6.614 8.284 0.637 0.384 0.438 0.566 0.684 0.194 nan nan 1.180 1.660 1.513 1.469 1.478 1.691 0.128 0.182 0.359 0.432 0.205 0.407 0.224 0.262 8401 chr4 60866419 60870288 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -919984 NR_039652 100616450 NR_039652 ENSG00000265829 MIR548AG1 - microRNA 548ag-1 ncRNA nan nan 0.408 0.093 0.045 0.015 0.165 0.156 0.061 8.022 0.027 0.046 0.100 0.038 0.041 0.049 0.016 0.125 0.094 0.019 0.053 0.055 0.020 0.101 0.729 0.117 0.039 0.014 0.025 0.083 0.099 0.072 0.001 0.039 0.050 0.026 0.019 0.100 0.036 0.094 0.026 0.021 0.064 0.020 0.030 0.013 0.253 0.209 0.178 0.132 0.170 0.119 0.091 0.092 0.167 0.188 0.104 0.163 0.254 0.205 0.279 0.132 0.142 0.154 0.077 0.079 0.095 0.214 0.246 0.246 2622 chr12 42372768 42389593 + 0 NA Intergenic Intergenic 157493 NM_001099650 283464 Hs.259347 NM_173601 ENSG00000151233 GXYLT1 GLT8D3 glucoside xylosyltransferase 1 protein-coding 0.745 nan 0.565 0.072 0.206 0.079 0.066 0.238 0.286 0.017 0.074 0.043 0.022 0.031 0.776 0.386 0.134 0.105 0.172 0.056 0.029 0.008 0.179 0.176 0.814 0.035 0.016 0.013 0.085 0.044 0.053 0.208 0.104 0.333 0.035 0.073 0.085 0.070 0.087 0.014 0.051 0.148 0.021 0.025 0.032 0.023 0.074 0.220 1.084 0.093 2.746 0.074 0.386 0.085 0.033 0.814 0.047 0.075 0.090 0.062 0.066 0.019 0.072 0.044 0.018 0.003 0.009 0.423 0.200 0.240 0.477 0.757 0.852 1.497 0.397 0.226 0.220 0.530 0.638 0.629 0.582 0.362 0.141 0.103 0.180 0.310 0.309 0.214 0.394 0.569 0.447 8092 chr3 182309444 182369221 + 0 NA Intergenic MER63A|DNA|hAT-Blackjack -114420 NR_134941 105374244 Hs.130176 NR_134941 ENSG00000244247 LINC01995 - long intergenic non-protein coding RNA 1995 ncRNA 0.961 1.295 0.829 0.462 1.030 0.477 1.195 0.296 0.588 0.154 0.087 0.054 0.427 0.199 0.235 0.214 0.124 0.145 0.493 0.213 0.026 0.019 0.306 0.249 0.210 0.025 0.024 0.017 0.438 0.293 0.953 3.040 1.067 1.308 0.688 0.062 0.159 0.212 0.089 0.034 0.626 0.112 0.033 0.035 0.377 0.209 0.450 0.139 0.068 0.057 0.023 0.420 0.214 0.378 0.034 0.210 0.162 0.181 0.013 0.016 0.283 0.036 0.035 0.122 0.087 0.025 0.008 0.310 0.197 0.186 0.315 0.556 0.637 2.213 0.638 0.171 0.167 0.349 0.646 1.057 1.309 0.630 0.253 0.147 0.190 0.852 0.595 0.179 0.272 0.808 0.596 2799 chr12 76324709 76433427 + 0 NA Intergenic Intergenic 46488 NM_007350 22822 Hs.602085 NM_007350 ENSG00000139289 PHLDA1 DT1P1B11|PHRIP|TDAG51 pleckstrin homology like domain family A member 1 protein-coding nan 1.277 0.748 2.756 0.303 0.044 3.253 0.254 0.527 0.429 1.067 3.351 0.152 0.887 0.139 1.003 0.976 0.205 1.964 1.105 1.518 0.179 0.211 0.187 0.409 1.643 1.305 0.684 2.239 2.070 3.163 6.427 1.920 0.740 1.937 1.743 0.103 0.269 0.086 2.416 0.132 1.945 1.814 0.833 1.426 1.386 2.210 5.742 1.773 3.111 0.820 2.120 1.003 1.345 3.837 0.409 1.660 0.846 0.272 2.155 0.441 0.912 0.081 0.195 2.129 2.397 2.813 0.634 0.558 1.165 1.659 0.877 0.981 1.039 0.311 0.439 0.409 1.026 1.385 nan 1.346 0.919 0.813 0.230 0.348 0.412 0.445 0.321 0.544 nan 0.934 8101 chr3 183346661 183356004 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2079 NM_001349419 54800 Hs.407709 NM_017644 ENSG00000114796 KLHL24 DRE1|EBSSH|KRIP6 kelch like family member 24 protein-coding 3.577 3.212 2.611 1.972 4.159 1.709 0.467 2.164 3.546 0.285 0.829 0.863 0.424 0.761 3.589 1.121 1.676 0.363 1.112 0.426 0.724 0.901 2.472 1.220 2.191 1.258 1.237 0.728 1.224 0.415 1.117 2.307 2.322 9.241 0.546 0.378 0.530 1.025 0.106 0.303 1.861 0.992 1.131 0.601 0.620 0.396 1.237 0.736 0.906 1.877 1.112 1.273 1.121 1.650 1.228 2.191 0.407 0.502 0.917 0.751 1.147 0.835 0.954 1.736 0.350 0.295 0.229 2.478 2.668 3.191 4.893 4.497 3.523 6.537 2.852 6.264 6.754 1.807 2.274 3.779 6.288 5.913 7.198 1.531 2.256 3.408 3.752 4.356 3.279 2.018 1.242 4466 chr16 81475863 81589301 + 0 NA intron (NM_030629, intron 1 of 20) MIR|SINE|MIR 3628 NM_030629 80790 Hs.594095 NM_030629 ENSG00000153815 CMIP TCMIP c-Maf inducing protein protein-coding nan 0.861 0.843 0.655 0.719 0.229 0.866 0.242 0.489 0.916 0.713 0.648 0.077 0.346 0.403 1.220 0.290 0.109 1.389 0.520 4.001 0.104 0.308 0.151 0.775 0.844 0.534 0.834 0.768 0.441 0.547 2.228 0.521 1.262 0.833 0.154 0.036 0.270 0.088 0.338 0.174 0.952 1.923 0.950 0.713 0.389 0.639 0.240 1.602 0.560 0.213 0.332 1.220 1.178 0.709 0.775 0.495 0.377 0.185 0.659 0.224 0.343 0.228 0.133 0.466 0.538 0.399 0.429 0.523 0.320 0.479 0.751 0.792 0.595 0.224 1.681 1.679 0.570 0.858 0.503 0.835 0.924 0.751 0.428 0.560 0.148 0.150 0.298 0.485 0.647 0.537 5601 chr19 30518523 30536762 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 94496 NM_003796 8725 Hs.466391 NM_003796 ENSG00000105176 URI1 C19orf2|NNX3|PPP1R19|RMP|URI URI1, prefoldin like chaperone protein-coding 0.854 0.718 0.809 0.112 0.203 0.139 0.058 0.079 0.210 0.393 0.119 0.114 2.469 0.027 0.078 0.203 0.147 0.123 0.248 0.041 0.024 0.051 0.095 0.141 0.023 0.020 0.020 0.090 0.073 0.083 0.156 0.523 0.032 0.047 0.031 0.071 0.151 0.200 0.303 0.033 0.055 0.012 0.038 0.210 0.115 0.165 0.125 0.056 0.025 0.203 0.125 0.020 0.141 0.061 0.586 0.016 0.057 0.039 0.105 0.038 0.087 0.042 0.013 0.008 0.306 0.212 0.216 0.663 0.221 0.210 0.208 0.128 0.254 0.220 0.440 0.685 0.212 0.258 nan 0.149 0.213 0.320 0.137 0.151 0.239 0.557 0.423 0.379 348 chr1 45089661 45116809 + 0 NA intron (NM_018150, intron 8 of 14) intron (NM_018150, intron 8 of 14) 33493 NR_145816 109623472 NR_145816 SNORD145 - small nucleolar RNA, C/D box 145 snoRNA nan 1.076 nan 0.520 0.879 1.320 0.666 0.502 0.796 0.223 0.569 0.347 0.258 1.113 1.818 1.317 0.605 0.125 0.370 0.168 0.450 0.352 1.157 0.612 0.440 0.281 0.219 0.447 0.441 0.090 0.457 1.268 0.466 1.310 0.188 0.484 0.292 0.552 0.105 0.126 0.640 0.705 0.399 0.164 0.326 0.377 0.540 0.394 0.381 0.576 0.213 0.410 1.317 0.394 1.099 0.440 0.194 0.601 0.922 0.963 1.622 0.312 0.287 1.520 0.163 0.223 0.177 1.142 1.366 1.132 1.585 2.291 2.214 2.260 0.827 1.700 1.804 0.950 nan nan 2.744 1.617 1.556 1.161 nan 1.009 0.898 1.850 3.468 1.357 0.760 11389 chr8 144896314 144915832 + 0 NA intron (NM_001271099, intron 1 of 10) intron (NM_001271099, intron 1 of 10) 5206 NM_001271100 22827 Hs.521924 NM_014281 ENSG00000179950 PUF60 FIR|RoBPI|SIAHBP1|VRJS poly(U) binding splicing factor 60 protein-coding 3.359 1.542 nan 2.140 2.275 3.109 1.169 1.339 2.079 0.831 1.911 0.642 0.912 0.889 1.757 2.110 0.838 0.165 1.576 0.671 1.324 1.315 0.436 0.283 2.388 0.625 0.567 1.000 1.798 0.714 2.247 3.722 1.185 4.869 0.826 0.706 0.287 0.989 0.090 0.453 0.756 1.552 1.418 0.936 0.753 0.600 2.215 1.260 1.937 2.328 0.782 0.751 2.110 3.195 0.831 2.388 0.478 1.133 0.306 2.664 1.391 0.564 0.511 0.948 0.442 0.605 0.326 2.107 3.207 2.147 2.958 nan 4.298 nan 0.956 3.739 3.867 1.051 1.756 1.615 2.295 1.918 1.953 1.694 2.882 1.213 1.393 2.378 2.763 1.530 0.831 6735 chr2 235577634 235604438 + 0 NA promoter-TSS (NR_132376) promoter-TSS (NR_132376) -276 NR_132376 106144537 Hs.580616 NR_132376 ENSG00000280744 LINC01173 - long intergenic non-protein coding RNA 1173 ncRNA 1.112 nan 1.389 0.088 5.056 3.732 2.213 3.838 6.894 0.143 0.982 1.721 0.508 1.105 0.861 1.724 0.584 0.072 0.170 0.077 0.813 0.005 1.979 1.341 9.460 0.679 0.287 0.022 0.089 0.231 0.198 1.058 0.617 6.432 1.027 0.836 0.531 0.064 0.087 0.873 1.493 1.135 0.706 0.509 0.464 0.342 2.049 2.901 0.453 0.364 0.438 0.702 1.724 0.098 1.355 9.460 0.238 0.398 0.137 0.106 0.734 0.740 2.545 0.055 1.116 1.549 1.288 1.138 1.500 0.705 1.801 2.113 2.226 5.886 3.249 0.361 0.283 1.059 1.355 4.235 nan 0.591 0.365 0.868 1.851 1.661 1.552 0.392 0.658 2.733 1.073 10953 chr8 53240382 53267403 + 0 NA intron (NR_148195, intron 2 of 3) intron (NR_148195, intron 2 of 3) 68547 NM_001352834 9705 Hs.655499 NM_014682 ENSG00000147488 ST18 NZF3|ZC2H2C3|ZC2HC10|ZNF387 ST18, C2H2C-type zinc finger protein-coding 1.757 nan 0.780 0.045 3.253 0.041 0.205 1.597 3.213 0.007 0.070 0.058 0.021 1.954 1.651 0.493 0.103 0.035 0.398 0.253 0.061 0.210 1.454 0.576 2.993 0.036 0.029 0.005 0.408 0.027 0.447 2.111 0.314 2.011 0.566 0.412 0.397 0.028 0.118 0.236 0.064 0.085 0.054 0.015 0.315 0.289 0.093 0.108 0.377 0.053 0.791 0.229 0.493 0.323 2.359 2.993 0.231 0.058 0.179 0.026 2.549 0.117 0.802 0.078 0.017 0.013 0.002 0.576 0.717 0.455 0.747 2.672 2.861 4.669 2.418 0.823 0.884 1.360 nan 3.054 3.435 0.847 0.687 0.479 0.904 2.269 2.913 0.197 0.484 4.493 2.181 6190 chr2 71718348 71728295 + 0 NA intron (NM_001130455, intron 3 of 54) intron (NM_001130455, intron 3 of 54) 29489 NM_001130987 8291 Hs.252180 NM_003494 ENSG00000135636 DYSF FER1L1|LGMD2B|MMD1 dysferlin protein-coding nan nan 0.717 0.874 0.088 0.045 1.846 0.140 0.205 0.432 0.351 0.189 0.012 0.081 0.072 0.129 0.139 0.065 1.064 0.893 0.050 0.042 0.062 0.098 0.116 0.508 0.217 0.126 0.712 0.953 0.134 0.591 0.158 0.282 1.613 0.174 0.019 0.076 0.114 0.309 0.039 8.052 5.083 2.111 0.076 0.370 0.476 0.920 0.123 0.185 0.446 0.926 0.129 1.813 0.037 0.116 0.615 0.208 0.010 0.136 0.041 0.674 0.040 0.037 1.235 0.325 0.122 0.342 0.286 0.192 0.327 0.341 0.368 0.428 0.183 0.268 0.340 0.271 0.474 0.260 0.390 0.317 0.177 0.136 0.201 0.072 0.036 0.261 0.304 nan 0.478 7353 chr22 26873597 26881128 + 0 NA intron (NR_073135, intron 2 of 13) intron (NR_073135, intron 2 of 13) -1715 NM_152841 89781 Hs.474436 NM_022081 ENSG00000100099 HPS4 BLOC3S2|LE HPS4, biogenesis of lysosomal organelles complex 3 subunit 2 protein-coding nan 1.398 2.674 2.875 1.745 0.512 0.884 0.948 2.145 0.584 1.341 1.375 0.281 0.254 0.741 1.932 1.116 0.126 1.129 0.416 0.514 0.766 1.821 0.729 2.616 0.774 0.623 1.436 1.698 0.867 2.593 nan 1.929 2.386 0.688 1.072 1.567 1.504 0.077 0.386 2.168 0.944 1.152 0.809 1.180 0.774 1.488 0.755 0.849 1.634 0.828 1.122 1.932 1.798 1.677 2.616 0.796 0.768 1.030 1.347 1.657 0.936 0.984 1.145 1.189 0.437 0.270 3.381 3.056 2.201 nan 3.771 3.603 7.081 2.526 5.920 5.772 3.565 nan 3.393 4.904 5.374 5.221 2.334 3.346 7.136 10.572 2.674 nan 5.995 3.741 4496 chr16 86661889 86670804 + 0 NA Intergenic Intergenic 54231 NM_005250 2300 Hs.533830 NM_005250 ENSG00000176678 FOXL1 FKH6|FKHL11|FREAC7 forkhead box L1 protein-coding nan 0.367 0.417 0.660 0.068 0.013 0.519 0.073 0.258 0.011 0.095 0.764 0.022 0.040 0.101 0.108 0.055 0.095 0.042 0.191 0.053 0.026 0.054 0.409 0.137 0.080 0.614 0.066 0.149 0.065 0.182 0.082 0.115 0.021 0.062 0.085 0.106 0.036 0.129 0.217 0.123 0.516 0.026 0.691 8.031 0.187 0.260 2.586 0.411 0.101 0.024 0.309 0.054 0.468 0.121 0.033 0.072 0.046 0.062 0.011 0.014 1.013 0.032 0.006 0.147 0.151 0.067 0.077 0.183 0.247 0.036 0.026 0.098 0.131 0.051 0.121 0.089 0.082 0.291 0.072 0.105 0.104 0.052 0.085 0.097 0.124 0.124 0.259 1090 chr1 210033610 210074902 + 0 NA Intergenic Intergenic 52944 NM_014388 27042 Hs.194754 NM_014388 ENSG00000117597 UTP25 C1orf107|DEF|DIEXF|DJ434O14.5 UTP25, small subunit processor component protein-coding 1.031 1.688 1.227 2.093 0.191 0.404 0.337 0.402 0.700 0.019 0.183 1.205 0.014 0.017 0.168 0.983 0.859 0.089 0.197 0.179 0.138 0.007 0.254 0.239 0.373 0.771 0.354 0.103 1.785 3.405 0.080 0.131 0.308 nan 0.255 0.131 0.280 0.063 0.094 0.136 0.098 2.525 0.175 0.119 0.829 0.874 0.248 1.926 0.095 0.178 0.327 0.091 0.983 0.140 0.104 0.373 0.119 0.086 0.282 0.200 0.113 0.624 0.048 0.132 0.085 0.561 1.200 0.454 0.371 0.490 0.901 0.732 0.787 nan 0.334 0.310 0.273 1.577 nan 0.461 0.467 0.483 0.278 0.153 0.228 1.429 2.107 0.422 0.952 0.993 0.828 627 chr1 118619637 118646050 + 0 NA intron (NM_206996, intron 10 of 48) intron (NM_206996, intron 10 of 48) 95049 NM_206996 200162 Hs.528821 NM_206996 ENSG00000155761 SPAG17 CT143|PF6 sperm associated antigen 17 protein-coding nan 0.756 0.783 0.113 0.409 0.271 0.048 0.146 0.284 0.212 0.076 0.242 0.070 0.815 0.195 0.247 0.509 0.136 0.068 0.007 0.017 0.026 0.249 0.200 0.335 0.021 0.014 0.031 0.064 0.004 0.145 0.720 0.304 0.556 0.083 0.071 0.210 0.057 0.118 0.018 0.030 0.878 0.034 0.032 0.021 0.055 0.121 0.133 0.030 0.038 0.113 0.226 0.247 0.035 0.045 0.335 0.047 0.677 0.015 0.068 0.553 0.012 0.060 0.037 0.017 0.022 0.014 0.295 0.185 0.304 0.884 0.346 nan 3.811 1.175 0.218 0.202 0.448 0.724 1.523 1.561 0.351 0.161 0.181 0.253 0.879 0.956 0.173 0.272 1.137 0.732 993 chr1 197880872 197887244 + 0 NA intron (NM_001014434, intron 1 of 5) intron (NM_001014434, intron 1 of 5) 2423 NM_001014434 56956 Hs.442578 NM_020204 ENSG00000143355 LHX9 - LIM homeobox 9 protein-coding 3.250 nan 1.515 0.789 0.467 0.036 0.504 0.731 1.140 0.106 0.209 0.727 0.330 2.991 0.457 0.051 0.300 0.030 0.153 1.118 0.926 0.258 0.957 0.513 0.235 0.280 0.358 0.377 0.542 0.851 3.264 0.182 0.775 1.638 0.318 0.099 0.268 1.668 0.288 0.121 0.171 0.162 0.155 0.136 0.471 0.956 0.610 1.981 0.208 2.991 0.078 0.055 0.258 0.134 0.143 0.350 0.489 0.583 0.075 0.109 0.240 0.522 0.081 0.016 0.398 0.500 0.799 1.441 3.855 3.176 0.085 0.067 0.645 0.802 7.009 8.639 0.940 1.098 1.487 1.469 0.304 0.351 4.775 3.374 0.562 1.072 2.042 1.227 1308 chr10 5853048 5859965 + 0 NA promoter-TSS (NM_001494) promoter-TSS (NM_001494) -994 NM_001494 2665 Hs.299055 NM_001494 ENSG00000057608 GDI2 HEL-S-46e|RABGDIB GDP dissociation inhibitor 2 protein-coding 3.404 2.499 4.211 3.008 4.016 1.891 1.827 2.223 4.039 1.050 1.913 2.022 0.519 0.708 2.417 3.214 3.689 0.651 2.607 1.011 3.030 2.906 1.698 0.819 3.817 1.783 2.426 1.935 3.078 1.077 2.353 2.930 2.195 4.560 0.823 2.606 0.524 2.206 0.128 1.246 1.761 1.370 3.702 1.454 1.909 0.887 2.356 2.397 2.907 2.181 2.396 3.256 3.214 3.873 2.212 3.817 1.859 1.665 0.589 4.058 1.645 2.297 1.439 1.785 0.828 1.726 1.244 7.402 6.018 5.300 7.459 4.794 4.840 9.172 5.209 7.521 7.741 3.985 4.785 4.830 8.893 3.151 3.161 3.516 4.997 2.630 3.214 5.452 3.986 2.121 1.338 6204 chr2 77070729 77098141 + 0 NA intron (NR_146416, intron 1 of 1) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -128656 NR_110284 101927907 Hs.382185 NR_110284 ENSG00000234653 LOC101927907 - uncharacterized LOC101927907 ncRNA nan nan 0.560 0.036 0.109 3.130 0.075 0.099 0.172 0.014 0.048 0.026 0.009 0.062 0.058 0.302 0.057 0.047 0.100 0.048 0.027 0.005 0.109 0.182 0.052 0.010 0.018 0.019 0.052 0.008 0.179 0.459 0.059 0.587 0.087 0.054 0.077 0.008 0.089 0.026 0.035 0.041 0.031 0.028 0.040 0.031 0.105 0.109 0.018 0.011 0.026 0.038 0.302 0.068 0.027 0.052 0.036 0.051 0.014 0.025 0.019 0.014 0.054 0.076 0.031 0.042 0.015 0.290 0.174 0.213 0.290 0.380 0.503 0.335 0.155 0.464 0.517 0.236 0.271 0.308 0.336 0.463 0.165 0.142 0.208 0.276 0.212 0.410 0.604 nan 0.525 6844 chr20 11770749 11782143 + 0 NA Intergenic Intergenic 74917 NR_110635 728450 Hs.560990 NR_110635 ENSG00000228422 LINC00687 C20orf61|dJ1012F16.1 long intergenic non-protein coding RNA 687 ncRNA 0.958 nan 0.833 0.082 0.171 0.098 0.056 0.197 0.466 1.530 0.090 0.032 3.976 0.080 0.134 0.437 0.211 0.094 0.150 0.067 0.069 0.205 0.244 0.179 0.018 0.006 0.019 0.072 0.018 0.098 0.376 0.081 0.615 0.128 0.308 0.160 0.047 0.058 0.041 0.146 0.105 0.032 0.013 0.010 0.020 0.490 0.123 0.021 0.032 0.305 0.018 0.437 0.116 0.008 0.179 0.149 2.979 0.017 0.031 0.089 0.049 0.104 0.522 0.013 0.035 0.009 0.593 0.471 0.359 0.855 0.498 0.546 3.227 1.242 0.250 0.195 0.433 0.760 0.366 0.441 0.590 0.269 0.208 0.311 0.812 0.769 0.404 1.720 0.629 0.668 4458 chr16 77780363 77824771 + 0 NA Intergenic MamGypLTR1b|LTR|Gypsy -19894 NM_020927 57687 Hs.461405 NM_020927 ENSG00000171724 VAT1L - vesicle amine transport 1 like protein-coding 1.035 0.702 nan 0.045 0.180 0.027 0.029 0.151 0.263 0.026 0.106 0.213 0.045 0.052 0.275 0.591 0.037 0.062 0.072 0.008 0.064 0.019 0.046 0.063 0.154 0.014 0.026 0.012 0.121 0.026 0.045 0.051 0.187 0.468 0.020 0.043 0.006 0.027 0.076 0.090 0.042 0.137 0.091 0.060 0.017 0.048 0.061 0.106 0.066 0.146 0.073 0.037 0.591 0.067 0.042 0.154 0.011 0.128 0.035 0.131 0.034 0.074 0.024 1.106 0.028 0.067 0.068 0.240 0.238 0.112 0.145 0.247 0.295 0.232 0.094 0.127 0.124 0.070 0.156 0.298 0.292 1.378 1.051 0.127 0.149 0.035 0.027 1.179 4.438 0.516 0.507 5792 chr19 50378297 50382737 + 0 NA promoter-TSS (NM_024682) promoter-TSS (NM_024682) 127 NM_001098632 84335 Hs.515542 NM_032375 ENSG00000204673 AKT1S1 Lobe|PRAS40 AKT1 substrate 1 protein-coding 7.369 4.427 5.594 8.125 6.500 4.935 3.339 6.798 13.338 4.076 8.802 6.293 1.568 4.685 9.060 4.787 4.894 0.328 4.975 2.370 6.697 3.240 2.590 1.128 6.903 2.132 2.989 6.285 5.227 1.848 6.925 8.717 7.652 13.186 3.156 5.230 1.721 8.024 0.215 2.864 3.468 10.701 5.151 2.184 4.436 2.515 7.237 4.651 9.237 5.004 4.829 3.231 4.787 6.970 2.373 6.903 3.837 7.366 2.371 6.799 4.045 3.775 3.237 4.400 4.002 3.621 2.565 8.731 7.337 8.065 13.276 10.112 10.605 11.289 11.066 26.536 29.012 8.132 9.542 11.343 14.508 15.276 14.162 4.145 5.447 7.113 10.081 11.062 10.296 5.435 2.711 1425 chr10 33414516 33437208 + 0 NA Intergenic Intergenic -178569 NM_002211 3688 Hs.643813 NM_002211 ENSG00000150093 ITGB1 CD29|FNRB|GPIIA|MDF2|MSK12|VLA-BETA|VLAB integrin subunit beta 1 protein-coding 0.616 1.046 0.485 1.203 0.046 0.088 3.393 0.106 0.353 0.235 1.423 0.298 0.008 0.048 0.133 0.480 0.823 0.278 1.298 1.144 0.689 0.031 0.076 0.055 0.161 1.651 1.108 0.055 0.851 1.164 0.124 0.509 0.188 0.248 1.205 0.095 0.012 0.053 0.079 1.319 0.079 0.614 0.256 0.153 2.510 1.462 0.357 3.517 1.563 0.241 2.937 2.331 0.480 0.623 1.093 0.161 0.853 0.147 0.052 0.216 0.152 2.275 0.022 0.093 1.168 2.629 2.907 0.317 0.166 0.495 nan 0.230 0.263 0.379 0.134 0.257 0.282 0.124 0.223 0.332 0.508 0.153 0.069 0.125 0.130 0.071 0.219 0.178 0.221 0.384 0.394 4826 chr17 46011942 46102669 + 0 NA intron (NM_001278198, intron 9 of 12) intron (NM_001278198, intron 9 of 12) 8983 NM_001278217 80279 Hs.20157 NM_025197 ENSG00000108465 CDK5RAP3 C53|HSF-27|IC53|LZAP|MST016|OK/SW-cl.114|PP1553 CDK5 regulatory subunit associated protein 3 protein-coding 2.522 2.005 nan 1.344 0.967 1.814 1.652 1.470 2.956 0.195 0.625 0.973 0.524 0.213 1.956 2.200 0.305 0.185 0.689 0.529 0.206 0.162 1.010 0.653 1.719 0.686 0.585 0.272 0.443 0.411 0.524 nan 0.535 3.239 0.439 0.959 1.866 0.271 0.107 0.578 2.495 0.811 0.643 0.429 0.782 0.368 1.343 1.450 1.009 0.926 0.919 0.760 2.200 1.054 0.557 1.719 0.508 1.238 1.046 0.716 0.521 0.638 0.997 2.673 0.350 0.378 0.371 1.313 1.731 0.623 1.089 1.977 nan 3.429 0.972 1.594 1.757 1.687 2.380 3.615 nan 3.214 2.543 1.002 1.603 3.967 4.263 2.071 6.112 2.234 1.143 9970 chr6 139597368 139603755 + 0 NA intron (NM_153235, intron 2 of 9) intron (NM_153235, intron 2 of 9) 12647 NM_153235 167838 Hs.535820 NM_153235 ENSG00000164440 TXLNB C6orf198|LST001|MDP77|dJ522B19.2 taxilin beta protein-coding 0.901 0.657 0.672 0.091 0.204 0.035 0.066 0.151 0.313 0.015 0.061 0.202 0.010 0.035 0.111 0.397 0.061 0.102 0.132 0.030 0.039 0.043 0.198 0.212 0.248 0.098 0.011 0.023 0.065 0.071 0.276 0.145 0.361 0.050 0.045 0.150 0.124 0.019 0.074 0.130 0.019 0.012 0.034 0.059 0.210 0.110 0.064 0.180 0.037 0.082 0.397 0.078 0.015 0.248 0.019 0.026 0.073 0.055 0.064 0.072 0.047 0.116 0.024 0.018 0.016 0.318 0.249 0.281 0.371 0.409 0.437 nan 5.868 0.275 0.187 0.731 0.799 0.221 0.200 0.547 0.216 0.075 0.181 0.432 0.489 0.136 nan 0.426 0.347 10848 chr8 22733104 22744680 + 0 NA intron (NR_125433, intron 2 of 3) intron (NR_125433, intron 2 of 3) 3407 NR_125433 101929237 Hs.677838 NR_125433 ENSG00000248738 LOC101929237 - uncharacterized LOC101929237 ncRNA nan 0.529 nan 0.031 0.031 0.437 0.073 1.512 2.430 0.041 0.065 0.005 0.009 1.104 0.199 0.072 0.056 0.055 0.016 0.022 0.012 0.242 0.156 2.024 0.041 0.006 0.019 0.023 0.022 0.070 0.249 0.049 0.374 0.001 0.058 0.037 0.084 0.010 0.027 0.055 0.062 0.014 0.028 0.027 0.050 0.178 0.105 0.055 0.027 0.047 0.199 0.018 0.024 2.024 0.064 0.021 0.184 0.101 0.086 0.027 0.060 0.032 0.026 0.010 0.360 0.223 0.129 0.231 nan 7.000 nan 0.101 0.235 0.163 0.084 0.145 2.078 1.905 0.353 0.198 0.282 0.192 0.102 0.118 0.128 0.230 nan nan 3083 chr13 23452514 23458939 + 0 NA intron (NR_138043, intron 2 of 2) MER50|LTR|ERV1 16594 NR_033774 646201 Hs.729338 NR_033774 BASP1P1 - brain abundant, membrane attached signal protein 1 pseudogene 1 pseudo 0.544 0.732 0.520 0.079 0.123 0.067 0.050 0.077 0.052 0.073 0.009 0.016 0.070 0.019 0.164 0.025 0.104 0.029 0.098 0.105 0.093 0.036 0.044 0.045 0.106 0.017 0.049 0.435 0.193 0.047 0.016 0.015 0.067 0.062 0.123 0.057 0.038 0.024 0.034 0.024 0.119 0.106 0.076 0.021 0.037 0.030 0.019 0.012 0.011 0.093 0.038 0.097 0.009 0.047 0.075 6.839 0.067 0.011 0.024 0.008 1.359 1.061 14.525 10.833 0.342 0.314 0.072 0.084 0.194 0.071 0.170 0.245 0.281 0.265 0.469 0.186 4.011 8.600 0.046 0.040 0.174 0.253 0.632 0.622 9067 chr5 92953228 92959710 + 0 NA promoter-TSS (NR_031754) promoter-TSS (NR_031754) 25 NR_031754 100313887 NR_031754 ENSG00000284336 MIR2277 mir-2277 microRNA 2277 ncRNA nan 7.666 2.053 1.304 1.086 1.686 0.559 1.228 2.821 0.456 0.337 0.726 0.726 0.496 2.219 4.015 1.128 0.173 1.209 0.321 0.551 0.981 1.107 0.585 0.886 0.846 0.875 1.299 0.745 0.798 2.010 0.905 4.120 0.450 0.432 1.939 7.344 0.188 0.366 0.565 0.866 0.931 0.408 0.607 0.202 0.967 0.399 1.394 1.268 0.572 0.373 4.015 1.184 1.974 0.207 0.267 0.240 1.522 2.035 0.339 0.260 0.553 0.728 0.711 0.384 0.778 1.225 1.541 2.047 2.773 1.746 3.534 2.172 0.150 0.247 2.404 2.823 2.107 5.159 2.157 2.712 0.320 0.439 7.581 7.321 1.518 nan 1.867 1.312 11236 chr8 119848842 119864085 + 0 NA Intergenic Intergenic 107920 NM_002546 4982 Hs.81791 NM_002546 ENSG00000164761 TNFRSF11B OCIF|OPG|PDB5|TR1 TNF receptor superfamily member 11b protein-coding nan nan 0.877 0.345 0.138 0.008 1.293 0.116 0.230 0.150 1.414 0.484 0.024 0.146 0.047 0.076 0.177 0.123 0.849 0.449 0.243 0.062 0.102 0.047 0.598 0.185 0.005 0.815 1.910 0.587 2.850 0.720 0.612 1.754 0.117 0.031 0.050 0.093 0.139 0.025 0.200 0.265 0.250 0.815 0.337 1.014 0.558 0.198 0.047 0.037 0.293 0.076 0.597 0.097 0.047 1.519 0.602 0.013 0.118 0.132 0.632 0.070 0.073 0.545 0.042 0.013 0.257 0.206 0.313 0.581 0.393 0.408 nan 0.231 0.710 nan 0.249 nan 0.273 0.220 0.351 0.135 0.181 0.253 0.132 0.160 0.235 0.384 0.453 0.544 1842 chr11 20472120 20524970 + 0 NA intron (NM_001145167, intron 12 of 14) intron (NM_001145167, intron 12 of 14) 89469 NM_005788 10196 Hs.152337 NM_005788 ENSG00000185238 PRMT3 HRMT1L3 protein arginine methyltransferase 3 protein-coding 0.915 1.322 0.892 0.086 0.472 0.742 0.101 0.863 1.756 0.005 0.135 0.100 0.021 0.053 0.799 0.138 0.147 0.090 0.101 0.014 0.019 0.034 0.493 0.263 0.630 0.053 0.014 0.025 0.047 0.024 0.120 0.188 0.214 0.593 0.014 0.132 0.383 0.037 0.093 0.013 0.101 0.075 0.026 0.021 0.023 0.058 0.164 0.081 0.148 0.060 0.052 0.088 0.138 0.048 0.074 0.630 0.125 0.045 0.018 0.025 0.038 0.086 0.225 1.208 0.019 0.025 0.009 0.585 0.535 0.213 0.318 0.948 1.099 1.271 0.699 0.372 0.357 1.550 1.784 0.877 0.938 0.876 0.653 0.326 0.609 1.384 1.969 0.853 2.999 1.158 0.610 8741 chr5 7518651 7542861 + 0 NA intron (NM_020546, intron 3 of 24) L2b|LINE|L2 134413 NM_020546 108 Hs.481545 NM_020546 ENSG00000078295 ADCY2 AC2|HBAC2 adenylate cyclase 2 protein-coding 0.708 0.888 1.799 0.053 2.476 0.163 0.065 0.225 0.614 0.008 0.099 0.047 0.023 1.870 0.121 0.102 0.130 0.193 0.096 0.016 0.029 0.017 0.272 0.277 0.856 0.006 0.024 0.013 0.126 0.009 0.119 0.069 0.120 1.614 0.024 0.058 0.024 0.040 0.106 0.006 0.048 0.103 0.030 0.019 0.014 0.051 0.114 0.112 0.030 0.018 0.010 0.041 0.102 0.112 0.019 0.856 0.010 0.079 0.080 0.053 0.193 0.029 0.082 0.168 0.019 0.031 0.004 0.388 0.368 0.140 nan 2.295 2.380 0.127 0.087 0.004 0.004 0.272 0.390 nan 4.160 nan 0.616 0.137 0.219 0.081 0.096 0.169 0.289 2.416 nan 2143 chr11 82995257 82998245 + 0 NA 5' UTR (NM_001286117, exon 1 of 9) 5' UTR (NM_001286117, exon 1 of 9) 699 NM_001286117 60492 Hs.368866 NM_021825 ENSG00000137500 CCDC90B MDS011|MDS025 coiled-coil domain containing 90B protein-coding 5.740 3.508 4.054 1.796 6.791 4.788 2.690 2.783 4.464 1.466 3.550 2.812 2.110 1.643 3.893 2.761 3.250 0.213 2.368 1.464 3.139 0.928 2.413 1.069 3.199 2.353 2.454 2.811 2.019 0.863 5.392 6.582 2.913 13.584 2.256 2.985 1.925 6.571 0.174 1.902 2.230 8.632 4.175 1.849 3.518 1.671 5.678 5.002 3.692 3.450 3.476 2.888 2.761 2.938 5.170 3.199 2.986 3.107 0.874 4.070 2.731 2.647 2.971 2.849 2.193 2.332 1.748 8.292 8.742 6.864 7.509 9.783 9.244 12.633 5.943 25.599 27.494 6.273 7.417 7.284 10.045 7.305 6.247 5.936 7.292 9.252 12.495 4.770 5.525 4.658 2.244 9658 chr6 43137297 43143460 + 0 NA intron (NM_001292001, intron 1 of 6) intron (NM_001292001, intron 1 of 6) 250 NM_001292001 6722 Hs.520140 NM_003131 ENSG00000112658 SRF MCM1 serum response factor protein-coding 4.604 1.980 2.266 3.582 3.750 0.957 3.015 1.246 2.133 0.526 3.166 1.869 0.667 1.311 3.213 4.654 3.448 0.260 3.857 0.739 2.228 1.878 1.277 0.892 5.858 2.380 2.402 1.446 2.086 0.839 2.405 2.928 3.463 4.542 0.804 1.151 1.157 2.891 0.101 0.752 1.848 3.720 3.297 1.551 1.557 1.283 2.026 5.083 1.942 4.755 1.812 1.450 4.654 10.848 3.330 5.858 0.636 1.301 1.966 6.075 2.394 2.429 1.083 1.627 1.315 1.598 1.018 3.568 4.700 6.148 8.948 4.537 4.159 7.836 2.383 15.888 16.236 3.119 4.523 6.474 nan 3.304 3.522 1.725 4.877 3.070 2.493 3.446 5.779 2.420 1.149 11067 chr8 77751691 77758768 + 0 NA intron (NM_024721, intron 6 of 10) intron (NM_024721, intron 6 of 10) 123857 NR_130460 100422921 NR_130460 ENSG00000266712 MIR3149 - microRNA 3149 ncRNA 1.331 0.736 1.003 0.031 0.172 0.072 0.040 0.296 0.520 0.014 0.119 0.130 0.044 0.070 0.189 0.218 0.403 0.045 0.076 0.036 0.117 0.378 0.388 0.084 0.055 0.010 0.073 0.067 0.030 0.057 0.083 0.100 0.244 0.021 0.131 1.145 0.185 0.058 0.067 0.066 0.017 0.011 0.047 0.011 0.027 0.071 0.102 0.022 0.037 0.218 0.100 0.013 0.084 0.035 0.023 0.032 0.850 0.044 0.611 0.122 0.010 0.033 0.022 1.871 1.339 10.494 4.010 0.551 0.680 1.144 0.317 16.994 17.418 0.832 1.050 0.421 0.530 0.494 0.243 1.114 2.476 3.839 3.767 0.289 0.645 1.265 0.901 9060 chr5 91438908 91454017 + 0 NA Intergenic Intergenic -767272 NR_138072 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 7.922 0.544 0.048 0.397 0.058 0.038 0.095 0.248 0.006 0.113 0.055 0.012 0.039 0.064 0.736 0.139 0.084 0.101 0.050 0.055 0.072 0.093 0.005 0.024 0.020 0.045 0.007 0.064 0.100 0.079 0.241 0.058 0.057 0.592 0.079 0.111 0.037 0.006 0.016 0.010 0.014 0.010 0.095 0.020 0.070 0.014 0.031 0.040 0.736 0.038 0.055 0.056 0.027 0.007 0.027 0.047 0.037 0.071 0.083 0.015 0.023 0.007 0.203 0.146 0.813 0.636 0.253 0.408 0.272 0.165 0.124 0.152 0.245 0.452 0.216 0.222 0.447 0.133 0.110 0.190 1.468 1.220 0.234 nan 0.268 0.185 3881 chr15 29326573 29340965 + 0 NA intron (NM_001353788, intron 3 of 14) L1MEf|LINE|L1 -28840 NM_001353796 321 Hs.618112 NM_005503 ENSG00000034053 APBA2 D15S1518E|HsT16821|LIN-10|MGC:14091|MINT2|X11-BETA|X11L amyloid beta precursor protein binding family A member 2 protein-coding nan 0.496 nan 0.011 0.030 0.031 0.064 0.068 0.215 0.007 0.072 0.072 0.017 0.056 0.062 1.370 0.068 0.096 0.125 0.053 0.043 0.019 0.207 0.205 0.191 0.069 0.040 0.030 0.033 0.007 0.129 0.178 0.054 0.611 0.086 0.020 0.060 0.083 0.018 0.121 0.050 0.013 0.016 0.008 0.027 0.047 0.117 0.139 0.154 0.022 0.058 1.370 0.040 0.025 0.191 0.009 0.052 0.153 0.050 0.099 0.017 5.241 0.199 0.053 0.012 0.003 5.420 7.362 5.705 2.898 0.276 0.352 0.072 0.025 2.050 2.074 0.576 0.742 0.232 0.301 nan 0.471 3.630 5.657 0.131 0.180 0.493 0.837 0.639 0.572 9451 chr6 14762667 14827104 + 0 NA Intergenic Tigger2a|DNA|TcMar-Tigger -451321 NM_004973 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 1.384 nan 1.100 0.078 0.759 0.151 0.312 0.297 0.526 0.021 0.148 1.040 0.009 0.051 0.346 1.122 0.246 0.105 0.174 0.083 1.493 0.015 0.134 0.112 0.895 0.820 0.567 0.010 0.090 0.114 0.088 0.334 0.114 0.354 0.180 0.888 0.138 0.059 0.073 0.066 0.205 0.175 0.093 0.054 0.078 0.050 0.125 0.436 0.386 0.079 0.037 0.298 1.122 0.123 0.105 0.895 0.234 0.080 0.179 0.084 0.040 0.110 0.318 0.840 0.096 0.021 0.014 0.506 0.547 1.721 2.112 0.794 0.732 0.789 0.323 0.360 0.329 0.647 0.890 0.584 0.592 0.837 0.605 0.482 0.688 0.677 1.050 0.734 3.231 0.654 0.527 10420 chr7 73585841 73590237 + 0 NA promoter-TSS (NM_031992) promoter-TSS (NM_031992) -667 NM_031992 7458 Hs.520943 NM_022170 ENSG00000106682 EIF4H WBSCR1|WSCR1|eIF-4H eukaryotic translation initiation factor 4H protein-coding nan 2.227 4.658 3.040 3.659 3.158 5.497 2.670 4.582 2.584 3.887 3.548 1.219 1.773 4.155 4.487 5.682 0.789 5.143 1.417 3.538 2.176 2.436 1.142 3.754 1.180 1.973 2.907 8.828 2.741 4.090 4.969 6.855 5.621 0.864 6.158 0.716 5.033 0.224 1.473 1.951 5.192 3.747 1.817 3.441 3.283 5.013 3.493 4.518 6.767 3.989 3.894 4.487 7.135 3.862 3.754 2.172 2.821 1.257 4.186 1.890 3.962 1.781 1.513 3.106 2.934 1.944 6.953 6.113 8.750 nan 6.894 7.306 8.154 4.160 7.123 6.866 2.245 nan 6.693 nan 8.969 10.565 3.916 7.513 4.598 5.765 6.861 3.884 4.376 2.430 5318 chr18 46661119 46670168 + 0 NA intron (NM_001353211, intron 14 of 16) HAL1|LINE|L1 -89505 NR_039898 100616420 NR_039898 ENSG00000263849 MIR4744 - microRNA 4744 ncRNA nan 1.057 0.869 0.064 0.150 0.056 0.055 0.229 0.393 0.020 0.121 0.123 0.077 0.079 5.536 0.075 0.106 0.020 0.021 0.028 0.016 0.173 0.081 0.423 0.031 0.024 0.016 0.022 0.062 0.137 0.062 0.276 0.048 0.065 1.265 0.066 0.085 0.013 0.210 0.051 0.027 0.036 0.042 0.180 0.121 0.036 0.024 0.123 0.064 5.536 0.031 0.030 0.423 0.010 0.021 0.013 0.056 0.025 0.066 0.150 0.017 0.006 0.005 0.433 0.340 0.194 0.381 0.658 0.581 9.027 2.998 0.102 0.170 0.362 0.562 0.202 0.142 0.350 0.221 0.131 0.279 4.399 5.526 0.447 nan 1.371 1.012 10584 chr7 106054176 106072395 + 0 NA Intergenic THE1D|LTR|ERVL-MaLR -137647 NM_005746 10135 Hs.489615 NM_005746 ENSG00000105835 NAMPT 1110035O14Rik|PBEF|PBEF1|VF|VISFATIN nicotinamide phosphoribosyltransferase protein-coding nan 1.250 0.854 1.183 0.233 0.507 1.182 0.159 0.353 0.011 1.110 0.328 0.061 0.093 0.405 0.592 2.439 0.115 1.156 0.648 0.070 0.008 0.137 0.147 0.093 2.161 2.163 0.036 3.257 0.737 4.665 6.324 11.294 1.758 0.249 7.381 0.026 0.085 0.104 0.966 0.047 0.383 0.146 0.123 2.013 0.522 1.330 0.891 0.810 0.159 0.363 2.842 0.592 0.437 0.155 0.093 1.231 0.565 0.037 0.071 0.540 0.718 0.093 0.075 0.092 0.047 0.033 0.387 0.326 0.579 1.345 0.372 0.443 0.256 0.108 0.414 0.380 0.581 0.810 0.608 1.054 0.363 0.188 0.553 0.629 0.187 0.208 0.149 nan 0.859 0.825 9362 chr5 176260430 176290818 + 0 NA intron (NM_133369, intron 1 of 14) intron (NM_133369, intron 1 of 14) 38064 NM_133369 90249 Hs.33191 NM_133369 ENSG00000113763 UNC5A UNC5H1 unc-5 netrin receptor A protein-coding 0.874 0.903 0.871 0.066 0.144 0.893 0.107 0.142 0.155 0.050 0.137 0.042 0.010 0.056 0.721 0.641 0.072 0.032 0.073 0.019 0.023 0.023 0.180 0.221 0.460 0.048 0.033 0.051 0.089 0.020 0.127 0.386 0.068 7.692 0.019 0.099 0.069 0.068 0.085 0.004 0.065 0.276 0.063 0.038 0.025 0.051 0.274 0.254 0.088 0.045 0.376 0.060 0.641 0.082 0.027 0.460 0.048 0.046 0.189 0.110 0.488 0.037 0.114 0.101 0.015 0.023 0.014 0.354 0.629 0.134 nan 0.874 0.866 0.638 0.218 0.078 0.099 0.707 nan 1.846 1.885 0.721 0.791 0.274 0.335 0.365 0.452 0.330 0.756 0.569 0.389 11952 chrX 64886875 64899977 + 0 NA intron (NM_002444, intron 1 of 12) AluSp|SINE|Alu 5915 NM_002444 4478 Hs.87752 NM_002444 ENSG00000147065 MSN HEL70|IMD50 moesin protein-coding nan nan 0.785 1.849 0.463 0.385 3.929 0.492 0.898 0.423 1.967 1.625 0.009 0.095 0.027 0.088 1.470 0.185 0.904 0.447 0.990 0.233 1.223 0.714 0.581 2.191 2.590 0.402 2.419 1.303 0.226 0.351 0.582 0.192 0.537 1.890 0.015 0.671 0.083 0.861 0.006 3.582 1.511 0.589 1.657 0.916 0.987 2.366 1.939 2.228 0.171 1.769 0.088 0.283 1.263 0.581 0.528 0.120 0.289 1.304 0.701 1.673 0.015 1.166 1.067 0.497 0.286 0.132 0.086 0.589 1.197 0.170 0.146 0.057 0.026 3.063 3.235 2.450 2.892 2.343 4.055 0.236 0.127 0.092 0.071 0.003 0.069 3.115 3.751 1.508 0.895 10984 chr8 61589706 61595439 + 0 NA intron (NM_017780, intron 1 of 37) CpG 1248 NM_017780 55636 Hs.20395 NM_017780 ENSG00000171316 CHD7 CRG|HH5|IS3|KAL5 chromodomain helicase DNA binding protein 7 protein-coding 12.127 2.635 9.378 1.596 7.443 2.715 1.264 3.551 6.409 1.483 3.298 1.305 0.954 2.182 5.743 5.130 0.066 4.391 0.528 0.857 2.661 2.940 1.455 10.499 1.174 1.113 2.680 2.997 0.754 4.393 6.468 3.585 9.424 0.638 0.569 2.912 3.614 0.062 1.603 4.223 2.766 4.955 2.327 1.141 1.942 1.479 1.964 4.146 6.852 3.249 2.347 5.130 7.358 1.207 10.499 1.479 1.230 1.005 4.222 6.923 1.324 1.605 3.111 1.348 1.015 0.586 2.890 4.278 2.994 3.783 17.849 13.990 6.758 2.272 2.197 1.944 3.754 nan 5.425 8.392 nan 13.910 1.739 6.915 10.140 10.132 9.317 6.376 4.489 2.607 4223 chr16 10262209 10277454 + 0 NA intron (NM_000833, intron 3 of 13) intron (NM_000833, intron 3 of 13) 6093 NM_001134408 2903 Hs.411472 NM_000833 ENSG00000183454 GRIN2A EPND|FESD|GluN2A|LKS|NMDAR2A|NR2A glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2A protein-coding 0.695 0.471 nan 0.630 0.057 1.099 1.050 0.084 0.098 0.069 0.087 0.126 0.008 0.013 0.100 0.067 0.049 0.031 0.056 0.012 0.025 0.015 0.042 0.038 0.023 2.836 2.247 0.014 0.053 0.002 0.090 0.092 0.046 0.236 0.010 0.074 0.013 0.085 0.082 0.015 0.011 0.118 0.004 0.015 0.564 0.066 0.075 0.154 0.043 0.014 0.285 0.039 0.067 0.018 2.514 0.023 0.016 0.076 0.032 0.114 0.032 1.637 0.006 0.130 0.503 0.023 0.010 0.262 0.151 0.034 0.054 0.100 0.156 0.157 0.087 0.076 0.091 0.114 0.212 0.165 0.213 nan 0.537 0.099 0.096 0.052 0.093 0.239 0.385 0.129 0.235 5147 chr18 9091578 9107062 + 0 NA Intergenic LTR9|LTR|ERV1 -3308 NM_021074 4729 Hs.464572 NM_021074 ENSG00000178127 NDUFV2 CI-24k NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit V2 protein-coding 1.534 1.424 1.192 1.190 1.763 0.613 0.903 0.845 1.443 0.493 1.379 0.639 0.469 1.824 0.649 0.539 0.909 0.073 2.199 0.699 1.198 0.393 0.555 0.536 1.453 0.816 0.594 0.517 1.739 0.641 2.262 3.749 1.697 nan 1.136 0.880 0.629 1.187 0.149 0.443 0.611 1.814 1.600 0.740 1.311 0.660 1.473 1.060 2.035 1.257 0.934 4.146 0.539 1.975 0.896 1.453 0.763 3.154 0.307 1.028 0.719 0.818 0.785 0.463 0.673 0.223 0.233 1.844 3.019 1.828 2.732 2.664 2.989 nan 1.305 2.597 2.696 1.084 nan 2.768 4.310 nan 2.531 1.022 1.903 2.099 2.450 0.921 nan nan 1.052 5031 chr17 76121865 76142680 + 0 NA intron (NM_152468, intron 9 of 15) AluJb|SINE|Alu -3764 NM_007267 11322 Hs.632227 NM_007267 ENSG00000141524 TMC6 EV1|EVER1|EVIN1|LAK-4P transmembrane channel like 6 protein-coding 1.302 1.209 1.132 0.972 0.684 0.254 2.647 0.338 0.671 0.673 0.628 0.344 0.660 0.196 0.425 0.516 0.193 0.162 3.025 1.412 0.263 0.300 0.210 0.172 0.517 0.980 0.642 0.318 2.040 1.312 4.228 8.395 3.093 1.903 2.974 0.475 0.050 0.672 0.132 0.886 0.103 0.553 0.281 0.227 2.246 0.634 0.912 0.216 2.257 1.159 0.762 2.008 0.516 4.364 0.457 0.517 0.965 1.848 0.149 1.515 0.885 0.304 0.180 0.100 0.661 1.240 0.916 0.935 1.599 0.578 0.945 0.944 0.937 1.410 0.383 1.015 0.925 nan 0.818 2.032 1.997 1.087 0.776 0.557 0.717 0.305 0.315 0.429 0.609 nan 0.612 10095 chr6 170439115 170476743 + 0 NA Intergenic Intergenic -17937 NR_125878 102724511 Hs.550045 NR_125878 LOC102724511 - uncharacterized LOC102724511 ncRNA nan 0.679 nan 0.082 0.473 2.427 0.121 0.418 0.691 0.019 0.106 0.056 0.081 0.162 0.482 1.934 0.050 0.056 0.141 0.056 0.042 0.044 0.105 0.090 6.112 0.451 0.246 0.012 0.048 0.008 0.233 0.554 0.113 0.591 0.070 0.113 0.056 0.191 0.114 0.013 0.151 0.076 0.071 0.062 0.029 0.047 0.031 0.072 0.138 0.283 0.069 0.490 1.934 0.237 0.101 6.112 0.175 0.158 0.235 0.074 1.472 0.104 0.098 0.043 0.054 0.041 0.012 0.759 1.008 0.523 0.809 nan 3.400 nan 0.980 1.975 2.056 0.079 0.147 nan 1.503 0.546 0.373 0.385 0.441 0.441 0.566 0.223 0.363 0.839 0.497 11206 chr8 109949709 109977211 + 0 NA Intergenic Intergenic -136193 NM_003301 7201 Hs.3022 NM_003301 ENSG00000174417 TRHR TRH-R thyrotropin releasing hormone receptor protein-coding 0.911 nan nan 0.133 0.392 0.196 0.233 0.146 0.275 0.465 0.116 0.047 0.054 0.049 0.587 0.121 0.111 0.138 0.176 0.055 0.060 0.015 0.040 0.077 0.125 0.013 0.016 0.165 0.123 0.169 0.131 0.456 0.394 0.963 0.127 0.042 0.128 0.027 0.095 0.009 0.061 0.100 0.107 0.071 0.103 0.042 0.112 0.138 0.400 0.069 0.040 0.068 0.121 0.073 0.091 0.125 0.423 0.054 0.011 0.038 0.100 0.023 0.064 0.076 0.036 0.021 0.007 0.323 0.217 0.199 0.537 0.435 0.597 nan 2.585 0.611 0.629 0.383 nan 1.248 nan nan 0.161 0.103 0.246 0.377 0.518 0.243 nan 0.239 0.301 10409 chr7 70031554 70062213 + 0 NA intron (NM_001127231, intron 5 of 17) intron (NM_001127231, intron 5 of 17) -550640 NM_022479 64409 Hs.488591 NM_022479 ENSG00000185274 GALNT17 GALNACT17|GALNT16|GALNT20|GALNTL3|GalNAc-T17|GalNAc-T19|GalNAc-T5L|WBSCR17 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 17 protein-coding nan 1.408 1.003 0.033 0.060 0.080 0.336 0.176 0.398 0.018 0.067 0.063 0.032 0.029 0.351 2.895 0.566 0.257 0.041 0.006 0.015 0.036 0.368 0.251 0.343 0.014 0.012 0.019 0.123 0.007 0.174 0.737 0.437 1.699 0.019 0.058 0.645 0.085 0.136 0.019 2.106 0.105 0.031 0.015 0.014 0.050 0.049 0.164 0.125 0.037 0.013 0.038 2.895 0.033 0.018 0.343 0.212 0.062 0.576 0.038 0.053 0.106 0.145 0.113 0.458 0.038 0.015 0.367 0.366 0.349 nan 0.804 0.991 1.240 0.320 0.104 0.129 1.108 nan 0.247 nan 1.357 1.477 0.218 0.425 1.408 1.529 0.518 0.791 1.167 0.807 752 chr1 154528275 154548036 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -2102 NM_000748 1141 Hs.2306 NM_000748 ENSG00000160716 CHRNB2 EFNL3|nAChRB2 cholinergic receptor nicotinic beta 2 subunit protein-coding nan nan 2.015 0.873 1.217 0.814 0.723 0.793 1.525 0.328 0.740 0.625 0.323 1.373 2.175 2.088 0.738 0.122 1.070 0.250 1.106 0.856 1.214 0.711 1.375 0.698 0.766 0.838 0.728 0.335 0.936 1.532 0.945 5.850 0.415 1.273 0.208 0.895 0.117 0.521 0.766 1.303 1.046 0.465 0.814 0.482 0.599 0.573 1.058 0.894 2.989 1.774 2.088 0.907 0.895 1.375 0.551 0.931 0.436 2.988 1.837 0.797 3.088 0.476 0.383 0.528 0.327 2.747 2.888 1.673 2.067 3.469 nan 2.785 0.830 0.828 0.683 2.269 2.824 2.944 3.938 1.730 1.742 3.625 5.524 1.562 1.762 1.493 2.305 1.732 0.831 2899 chr12 103630833 103648495 + 0 NA intron (NR_103526, intron 10 of 10) L2c|LINE|L2 94044 NR_126333 101929058 Hs.171310 NR_126333 ENSG00000257860 LOC101929058 - uncharacterized LOC101929058 ncRNA 0.927 2.103 nan 0.065 5.763 8.054 0.052 2.162 3.793 0.022 0.071 0.052 0.010 3.062 2.595 1.111 0.106 0.137 0.060 0.018 0.016 3.814 1.790 6.739 0.008 0.008 0.072 0.369 2.647 0.449 3.385 0.000 0.046 0.392 0.031 0.094 0.047 0.051 0.078 0.017 0.018 0.025 0.061 0.077 0.142 0.051 0.032 0.022 0.045 1.111 0.065 0.016 6.739 0.104 0.042 0.016 0.020 3.687 0.018 0.028 0.175 0.013 0.016 0.009 0.252 0.161 0.205 0.184 4.044 4.892 5.720 4.245 0.113 0.122 0.229 0.354 7.545 10.079 0.811 0.389 0.095 0.142 1.790 2.374 0.423 0.794 5.045 1.974 3045 chr12 128717664 128736518 + 0 NA Intergenic Intergenic -1960 NR_039720 0.753 0.489 0.731 0.046 0.060 4.940 0.027 0.102 0.261 0.005 0.046 0.019 0.004 0.021 0.094 0.154 0.040 0.069 0.045 0.010 0.023 0.007 0.050 0.149 0.070 0.004 0.031 0.004 0.037 0.012 0.047 0.036 0.060 0.281 0.015 0.054 0.050 0.028 0.093 0.006 0.008 0.064 0.016 0.008 0.028 0.041 0.117 0.056 0.007 0.013 0.039 0.154 0.019 0.015 0.070 0.013 0.013 0.018 0.027 0.017 0.483 0.185 0.016 0.017 0.005 0.417 0.404 0.122 0.189 0.430 0.510 nan 0.041 0.165 0.126 0.114 0.217 0.957 1.806 0.709 0.822 0.582 0.693 0.185 0.193 0.646 1.805 0.538 0.577 9136 chr5 121105712 121121377 + 0 NA Intergenic Intergenic -74106 NM_177478 94033 Hs.105324 NM_177478 ENSG00000181867 FTMT MTF ferritin mitochondrial protein-coding nan 0.706 0.577 0.051 0.079 0.014 0.038 0.082 0.129 0.099 0.095 0.001 0.012 0.028 0.016 0.057 0.149 0.048 0.016 0.009 0.069 0.095 0.046 0.023 0.009 0.068 0.013 0.042 0.012 0.081 0.148 0.037 0.082 0.061 0.021 0.119 0.007 0.041 0.041 0.027 0.015 0.014 0.015 0.136 0.089 0.042 0.027 0.025 0.034 0.016 0.046 0.025 0.046 0.023 0.026 0.013 0.007 0.020 0.030 0.013 0.031 0.015 0.029 0.023 0.217 0.154 9.449 nan 0.143 0.187 0.106 0.073 0.175 0.170 0.140 0.247 0.147 0.176 0.387 0.100 0.061 0.161 0.307 0.566 0.258 0.442 0.156 0.267 379 chr1 52361658 52365829 + 0 NA Intergenic Intergenic -19134 NM_001101662 4898 Hs.584782 NM_002525 ENSG00000078618 NRDC NRD1|hNRD1|hNRD2 nardilysin convertase protein-coding 0.946 0.933 1.150 0.535 0.149 0.133 5.076 0.421 0.667 0.230 3.942 1.289 0.060 0.255 0.245 0.640 0.231 0.861 0.772 4.784 0.033 0.411 0.294 0.086 0.333 0.210 1.949 2.111 3.700 0.167 nan 0.251 0.616 0.594 3.138 0.015 0.078 0.098 0.879 0.169 9.158 9.941 3.065 3.562 1.157 0.331 8.951 0.176 1.407 0.170 0.158 0.245 0.817 0.489 0.086 0.146 0.154 0.068 1.661 0.170 1.482 0.031 0.145 2.048 9.625 7.971 0.299 0.322 0.309 0.339 1.187 1.371 0.886 0.385 0.531 0.827 0.247 0.579 1.028 1.018 0.538 0.213 0.301 0.301 0.121 0.095 0.599 nan 1.301 0.861 9572 chr6 33081960 33094469 + 0 NA intron (NR_001435, intron 2 of 4) HUERS-P3-int|LTR|ERV1 7921 NR_001435 3116 Hs.665450 NR_001435 ENSG00000224557 HLA-DPB2 DP2B|DPB2|DPbeta2|HLA-DP2B major histocompatibility complex, class II, DP beta 2 (pseudogene) pseudo nan 0.745 nan 0.052 0.080 0.044 0.131 0.100 0.248 0.068 0.036 0.015 0.016 0.050 0.108 0.134 0.052 0.101 0.061 0.033 0.076 0.059 0.196 0.044 0.012 0.021 0.051 0.017 0.052 0.315 0.153 0.238 0.035 0.060 0.038 0.070 0.150 0.019 0.147 0.035 0.038 0.009 0.034 0.100 0.129 0.082 0.079 0.063 0.069 0.108 0.080 0.053 0.196 0.039 0.022 0.023 0.092 0.081 0.044 3.492 0.127 0.012 0.023 0.012 6.447 7.989 4.081 nan nan 0.362 0.396 0.163 11.849 12.676 0.201 0.357 0.327 0.365 0.445 0.172 5.069 5.818 0.080 0.138 0.379 1.053 0.471 0.425 7282 chr21 47562539 47567891 + 0 NA intron (NM_206965, intron 10 of 13) intron (NM_206965, intron 10 of 13) -6074 NM_001350598 100861507 Hs.570448 NM_001350598 FTCD-AS1 - FTCD antisense RNA 1 protein-coding nan 0.738 1.246 0.134 0.544 0.250 0.688 0.691 1.188 0.801 0.423 0.023 0.193 0.645 2.571 0.240 0.030 1.073 0.572 0.198 0.104 0.232 0.171 0.259 0.339 0.309 0.427 0.252 0.138 0.378 0.498 0.040 2.099 0.397 0.467 0.036 0.989 0.066 0.619 0.280 0.893 0.203 0.100 0.143 0.101 0.143 1.224 0.669 8.361 0.527 0.237 2.571 1.250 0.591 0.259 0.092 0.077 0.797 6.789 0.531 1.050 0.018 0.486 0.214 0.516 0.409 0.451 0.878 0.911 1.464 1.423 0.929 nan 0.269 2.335 2.382 0.961 nan 0.895 1.324 2.126 1.440 0.274 0.358 0.369 0.808 0.427 1.037 0.947 0.774 3404 chr14 23788327 23793427 + 0 NA promoter-TSS (NM_001360552) promoter-TSS (NM_001360552) 211 NM_001360551 8106 Hs.707712 NM_004643 ENSG00000100836 PABPN1 OPMD|PAB2|PABII|PABP-2|PABP2 poly(A) binding protein nuclear 1 protein-coding 9.867 3.686 5.958 2.938 6.310 4.141 2.592 2.322 3.841 0.823 2.393 1.863 1.058 1.455 3.602 4.543 3.243 0.199 2.658 0.928 4.201 3.066 1.945 1.147 5.183 2.360 2.776 1.407 3.113 1.078 8.197 11.318 4.116 7.108 1.581 4.012 0.921 3.506 0.127 1.599 2.330 3.235 2.323 0.947 1.883 2.145 1.718 3.790 3.808 3.012 2.701 2.391 4.543 3.054 3.547 5.183 1.988 1.458 1.953 5.367 3.434 2.583 1.181 8.191 2.463 1.626 1.072 3.813 3.250 5.953 7.843 6.228 6.342 7.176 3.960 11.368 11.091 4.219 5.603 6.433 nan 12.179 10.775 3.304 6.213 6.018 7.156 17.793 16.113 2.807 1.311 11896 chrUn_gl000216 57969 69448 + 0 NA NA (CATTC)n|Satellite|Satellite NA NA nan 4.367 nan 0.131 0.291 0.091 0.107 0.448 nan 0.074 0.363 0.152 0.065 0.307 0.348 nan 0.331 2.595 0.142 0.033 0.325 0.303 1.066 0.261 0.018 0.059 0.032 0.460 0.028 0.468 0.314 0.432 1.223 0.029 0.462 0.231 0.108 0.728 0.020 0.118 0.256 0.111 0.062 0.064 0.366 0.201 0.634 0.130 0.142 0.034 0.245 nan 0.156 0.096 0.261 0.137 0.138 0.084 0.071 0.116 0.181 0.199 0.373 0.080 0.094 0.053 1.433 0.617 0.482 0.591 1.177 2.068 0.371 0.273 0.424 0.432 nan 1.613 0.600 0.575 nan 0.347 0.505 0.727 0.357 0.745 0.518 1.218 0.292 0.603 5132 chr18 6994592 7007280 + 0 NA intron (NM_005559, intron 30 of 62) intron (NM_005559, intron 30 of 62) 46260 NR_126040 101927188 Hs.680444 NR_126040 ENSG00000265069 LOC101927188 - uncharacterized LOC101927188 ncRNA 0.758 0.851 1.022 0.051 0.062 0.066 0.034 0.072 0.179 0.053 0.069 0.138 0.009 0.031 0.063 0.100 0.106 0.038 0.075 0.035 0.022 0.333 0.308 0.057 0.011 0.011 0.094 0.115 0.008 0.084 0.057 0.123 nan 0.034 0.069 0.219 0.043 0.127 0.047 0.025 0.087 0.019 0.019 0.026 0.012 0.076 0.212 0.026 0.019 0.143 0.053 0.100 0.045 0.029 0.057 0.029 0.058 0.061 0.165 0.027 0.006 0.039 0.120 0.366 0.005 0.008 0.300 0.131 0.238 0.487 0.762 0.829 nan 0.181 0.362 0.321 0.112 nan 0.751 0.920 nan 0.135 0.150 0.237 1.807 1.599 0.192 nan nan 1.872 10360 chr7 52684860 52699012 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -411413 NM_182595 285877 Hs.381970 NM_182595 ENSG00000221900 POM121L12 - POM121 transmembrane nucleoporin like 12 protein-coding nan 1.096 0.866 0.036 0.037 3.992 0.050 0.052 0.150 0.013 0.068 0.026 0.044 0.377 0.051 0.340 0.117 0.080 0.052 0.014 0.025 0.079 0.110 0.093 0.005 0.010 0.026 0.072 0.112 0.138 0.358 0.319 0.021 0.012 0.014 0.039 0.143 0.013 0.032 0.072 0.004 0.011 0.008 0.038 0.102 0.127 0.039 0.016 0.011 0.028 0.340 0.010 0.013 0.093 0.026 0.041 0.037 0.065 0.050 0.049 0.080 0.005 0.012 0.004 0.532 0.389 1.389 0.940 0.429 0.433 0.109 0.093 0.056 0.070 0.123 0.305 1.132 0.902 0.316 0.154 0.062 0.107 0.054 0.099 0.284 0.666 0.271 0.307 9448 chr6 13908855 13932511 + 0 NA Intergenic Intergenic -3994 NM_001165034 221687 Hs.111164 NM_152737 ENSG00000180537 RNF182 - ring finger protein 182 protein-coding 1.811 nan 1.245 0.143 1.401 0.108 0.048 0.374 0.565 0.012 0.079 0.024 0.026 0.048 0.449 0.715 0.390 0.136 0.184 0.056 0.059 0.029 0.390 0.257 1.087 0.032 0.003 0.019 0.049 0.018 0.103 0.142 0.090 0.743 0.025 0.054 1.655 0.188 0.108 0.080 0.888 0.535 0.054 0.043 0.023 0.032 0.110 0.114 0.083 0.508 0.304 0.048 0.715 0.172 0.038 1.087 0.036 0.052 0.329 0.631 0.113 0.137 0.414 0.554 0.055 0.073 0.087 1.280 1.023 1.727 0.989 1.488 1.260 3.571 0.981 0.560 0.563 2.640 3.225 1.715 1.960 0.708 0.499 0.610 0.934 4.408 5.999 0.721 1.992 3.189 1.514 11923 chrX 19687268 19701632 + 0 NA intron (NM_001024666, intron 5 of 16) intron (NM_001024666, intron 5 of 16) -5331 NM_001184960 30011 Hs.726365 NM_031892 ENSG00000147010 SH3KBP1 CD2BP3|CIN85|GIG10|HSB-1|HSB1|MIG18 SH3 domain containing kinase binding protein 1 protein-coding 0.720 nan 0.488 0.425 0.086 0.027 1.935 0.088 0.084 0.534 1.039 1.924 0.004 0.014 0.043 0.188 0.899 0.168 3.017 1.690 0.407 0.010 0.106 0.157 0.041 1.231 0.854 0.039 1.847 1.728 2.129 2.356 0.981 0.247 1.340 3.102 0.013 0.030 0.065 0.715 0.088 3.637 0.993 0.476 1.599 1.643 1.002 0.690 1.061 1.155 0.060 1.199 0.188 2.888 3.120 0.041 0.579 0.641 0.021 0.127 0.050 1.208 0.049 0.155 0.736 1.439 2.128 0.085 0.045 0.223 0.492 0.183 0.261 0.698 0.303 0.216 0.169 0.285 0.389 0.276 0.300 0.344 0.149 0.199 0.212 0.058 0.056 0.302 0.527 0.139 0.194 1894 chr11 34804940 34820665 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -124875 NM_001135024 8050 Hs.502315 NM_003477 ENSG00000110435 PDHX DLDBP|E3BP|OPDX|PDHXD|PDX1|proX pyruvate dehydrogenase complex component X protein-coding 0.595 2.283 nan 0.389 0.201 0.106 0.122 0.592 1.223 0.031 0.490 0.187 0.048 0.281 0.120 0.162 0.143 0.130 0.189 0.036 0.044 0.776 0.342 2.267 0.105 0.037 0.010 0.471 0.035 0.571 2.082 0.362 1.059 0.084 0.384 0.658 0.014 0.122 0.008 0.560 0.115 0.050 0.070 0.048 0.034 0.453 0.125 0.366 0.041 0.287 0.245 0.162 0.095 0.018 2.267 0.168 0.086 0.043 0.093 0.032 0.105 0.075 0.087 0.124 0.033 0.003 0.560 0.525 0.837 0.812 0.598 0.640 6.722 2.587 0.582 0.542 0.202 0.429 0.607 0.527 0.299 0.128 0.207 0.455 1.645 2.329 0.084 nan 1.373 0.867 6260 chr2 98278458 98293853 + 0 NA promoter-TSS (NM_001351368) promoter-TSS (NM_001351368) -51 NM_001351368 728537 Hs.469369 NM_001351368 ENSG00000228486 C2orf92 LINC01125 chromosome 2 open reading frame 92 protein-coding 1.997 1.462 2.522 1.069 1.036 1.265 1.162 0.617 1.233 0.317 1.257 0.891 0.081 0.300 0.986 2.614 0.503 0.084 1.042 0.406 0.995 0.496 1.298 0.745 2.427 0.760 1.019 0.738 1.777 0.460 0.817 1.532 1.109 2.504 0.638 1.099 0.402 0.654 0.096 0.884 0.727 2.872 1.883 0.675 0.781 0.524 1.563 1.756 1.146 1.422 0.670 0.934 2.614 1.760 1.328 2.427 0.247 0.885 0.389 3.018 0.884 0.996 0.506 0.273 1.154 0.917 0.678 2.713 3.979 1.821 2.368 2.061 1.864 8.350 3.918 3.201 3.288 1.297 1.822 1.205 1.978 1.826 2.115 0.942 1.689 2.227 1.749 0.686 0.707 1.282 0.686 535 chr1 95100996 95127319 + 0 NA Intergenic Intergenic 97299 NR_039620 100616321 NR_039620 ENSG00000263526 MIR378G - microRNA 378g ncRNA nan nan 0.898 4.270 0.125 0.046 3.065 0.159 0.252 0.230 0.430 1.678 0.031 0.314 0.081 0.327 0.759 0.104 2.732 0.997 0.208 0.042 0.072 0.051 0.077 3.918 3.527 0.087 2.161 1.683 0.300 0.752 1.542 0.337 1.205 0.080 0.047 0.079 0.109 0.197 0.114 1.734 0.520 0.269 3.863 2.013 4.219 0.829 0.080 0.046 1.794 0.642 0.327 2.480 0.393 0.077 2.203 0.057 0.121 0.062 0.189 0.896 0.087 0.192 1.287 0.333 0.118 0.289 0.227 0.349 1.116 0.465 nan 0.276 0.112 0.298 0.237 0.254 nan 0.502 0.509 nan 0.306 0.198 0.278 0.064 0.089 0.259 0.564 0.554 0.503 3138 chr13 42612853 42624688 + 0 NA intron (NM_001204504, intron 1 of 29) intron (NM_001204504, intron 1 of 29) -4074 NM_178009 160851 Hs.630380 NM_152910 ENSG00000102780 DGKH DGKeta diacylglycerol kinase eta protein-coding 2.674 2.924 1.542 1.947 1.900 2.679 0.805 0.328 0.830 0.627 2.146 0.679 0.393 0.785 2.388 1.059 1.750 0.177 1.994 0.752 1.379 1.208 0.705 0.467 2.775 1.219 1.552 0.952 1.723 0.814 2.326 3.585 0.895 6.543 0.878 0.857 0.532 2.272 0.098 0.762 1.493 3.081 3.149 1.442 1.462 0.989 0.769 2.227 2.277 2.552 1.275 0.954 1.059 2.920 4.223 2.775 0.588 0.894 0.291 3.168 0.884 1.194 0.958 0.294 1.464 0.978 0.488 3.206 3.914 1.520 2.181 4.242 3.169 3.591 1.340 1.387 1.203 2.343 3.235 1.135 1.776 2.389 2.783 1.537 3.853 2.226 1.735 1.357 1.535 1.184 0.765 683 chr1 150037342 150041133 + 0 NA promoter-TSS (NM_001279354) promoter-TSS (NM_001279354) -113 NM_007259 11311 Hs.443750 NM_007259 ENSG00000136631 VPS45 H1|H1VPS45|SCN5|VPS45A|VPS45B|VPS54A|VSP45|VSP45A vacuolar protein sorting 45 homolog protein-coding nan nan 6.694 4.384 4.655 4.066 2.511 3.310 5.694 1.817 2.783 3.241 1.193 2.585 6.236 4.614 5.242 0.042 4.196 1.691 4.003 3.177 4.590 2.088 5.806 2.628 2.050 2.474 2.868 1.374 9.860 13.398 4.166 20.394 2.081 5.654 1.192 5.707 0.125 3.432 2.949 2.724 2.989 0.903 2.967 1.675 3.848 2.412 3.555 2.780 8.416 7.131 4.614 3.582 3.424 5.806 2.685 3.816 1.203 5.095 6.694 4.243 4.450 2.223 1.429 2.709 1.790 7.295 6.797 10.460 13.942 13.313 nan 8.098 3.406 9.633 9.966 9.475 10.529 7.603 11.544 9.220 8.766 7.423 13.114 7.122 6.538 8.320 8.777 4.344 2.240 2260 chr11 112666185 112680760 + 0 NA Intergenic L1MA8|LINE|L1 -158497 NM_181351 4684 Hs.503878 NM_000615 ENSG00000149294 NCAM1 CD56|MSK39|NCAM neural cell adhesion molecule 1 protein-coding 1.239 1.897 0.814 0.066 0.182 0.622 0.077 0.263 0.462 0.007 0.085 0.114 0.021 0.035 0.176 0.683 0.026 0.072 0.035 0.043 0.019 0.367 0.285 0.299 0.010 0.015 0.020 0.050 0.015 0.039 0.053 0.064 0.607 0.059 0.177 0.037 0.105 0.065 0.627 0.157 0.037 0.016 0.067 0.021 0.093 0.225 0.056 0.024 0.054 0.101 0.683 0.049 0.044 0.299 0.185 0.125 0.373 0.020 0.175 0.032 0.700 0.949 0.116 0.039 0.028 5.133 nan 0.395 0.452 1.899 1.708 2.035 0.736 0.555 0.649 1.119 nan 1.557 2.231 1.728 1.428 1.046 1.538 0.639 0.850 0.716 2.335 1.265 0.986 1215 chr1 234834006 234897539 + 0 NA non-coding (NR_038856, exon 3 of 3) non-coding (NR_038856, exon 3 of 3) 5983 NR_038856 100506810 Hs.586634 NR_038856 ENSG00000227630 LINC01132 - long intergenic non-protein coding RNA 1132 ncRNA 3.525 3.752 2.530 0.818 3.647 3.103 1.209 1.969 3.747 0.216 0.876 1.286 0.323 0.703 2.116 3.643 0.870 0.200 0.918 0.576 0.407 0.177 1.929 0.806 3.559 1.009 0.597 0.120 0.823 0.827 0.956 4.163 2.395 6.461 0.763 0.353 0.740 0.138 0.100 0.312 1.380 0.558 0.118 0.080 0.815 0.526 0.842 1.464 1.062 0.709 1.079 1.387 3.643 1.086 0.864 3.559 0.378 0.464 0.854 0.993 1.662 0.719 0.846 1.596 0.324 0.206 0.149 1.477 2.290 1.749 4.096 5.230 5.144 nan 1.753 0.662 0.770 2.600 3.339 nan 3.723 2.729 2.792 0.704 0.931 2.147 2.491 1.244 3.679 nan 1.175 10166 chr7 11736984 11755056 + 0 NA intron (NM_015204, intron 1 of 26) intron (NM_015204, intron 1 of 26) 125804 NM_015204 221981 Hs.120855 NM_015204 ENSG00000005108 THSD7A - thrombospondin type 1 domain containing 7A protein-coding nan 1.043 nan 0.181 0.083 0.012 0.083 0.497 0.993 0.048 0.176 0.321 0.024 0.039 0.640 0.226 0.113 0.108 0.116 0.060 1.225 0.031 0.026 0.042 0.165 0.004 0.004 0.004 0.256 0.070 0.064 0.130 0.397 0.560 0.040 0.114 0.058 0.077 0.142 0.098 0.128 0.030 0.010 0.017 0.121 0.030 0.118 0.071 0.847 0.051 0.463 0.076 0.226 0.039 0.046 0.165 0.067 0.091 0.011 0.032 0.129 0.044 0.082 0.096 0.040 0.032 0.006 nan 0.389 0.197 0.272 0.455 0.557 0.215 0.126 0.407 0.371 3.902 3.908 0.397 0.410 0.229 0.114 0.272 0.390 0.263 0.259 0.259 0.426 0.474 0.459 3886 chr15 31506185 31530273 + 0 NA intron (NM_001243538, intron 2 of 3) LTR12F|LTR|ERV1 4825 NM_001243538 283710 Hs.591097 NM_001243538 LOC283710 - uncharacterized LOC283710 protein-coding 1.132 nan nan 0.057 0.714 1.300 0.190 0.712 1.553 0.032 0.536 0.695 0.020 0.246 1.159 0.896 0.718 0.147 0.057 0.024 1.190 0.086 1.080 0.553 1.810 0.745 0.756 0.070 0.265 0.079 0.845 2.023 0.232 3.995 0.036 0.488 1.116 0.221 0.094 0.291 0.585 0.332 0.416 0.159 0.249 0.068 0.040 0.197 2.898 0.356 0.412 1.129 0.896 0.071 0.386 1.810 0.386 0.165 0.724 0.513 0.862 0.337 0.517 0.324 0.217 0.050 0.025 0.947 1.671 0.706 1.484 1.606 1.777 2.549 0.730 0.629 0.592 0.507 0.715 1.103 1.500 2.146 1.972 0.726 1.017 3.290 3.039 0.445 0.828 0.527 0.395 6176 chr2 68946373 68952369 + 0 NA Intergenic Intergenic -12542 NM_001007231 9938 Hs.531807 NM_014882 ENSG00000163219 ARHGAP25 HEL-S-308|KAIA0053 Rho GTPase activating protein 25 protein-coding 0.819 0.668 nan 0.096 0.073 0.112 1.739 0.166 0.186 0.066 0.154 0.050 0.164 0.337 0.077 0.229 0.251 0.074 0.077 0.125 0.152 1.138 0.702 0.012 0.066 0.052 0.191 0.752 0.069 0.714 0.578 0.115 0.016 0.071 0.176 0.059 0.028 0.122 0.181 0.103 0.201 0.076 0.100 0.283 0.122 0.036 6.551 0.168 0.337 0.460 0.046 0.152 0.471 0.027 0.106 0.050 0.106 0.083 0.040 0.330 0.264 0.185 0.251 0.116 0.643 0.434 0.390 0.477 nan 0.598 0.380 0.389 0.138 0.218 1.035 0.739 0.374 0.178 0.186 0.221 0.043 0.160 0.186 0.373 0.359 0.319 5937 chr2 17794107 17811240 + 0 NA intron (NM_003385, intron 2 of 3) AluSz|SINE|Alu 80866 NM_003385 7447 Hs.444212 NM_003385 ENSG00000163032 VSNL1 HLP3|HPCAL3|HUVISL1|VILIP|VILIP-1 visinin like 1 protein-coding 0.633 0.653 0.622 0.054 0.072 0.470 0.538 0.122 0.202 0.017 0.077 0.097 0.022 0.030 0.078 1.367 0.086 0.054 0.056 0.011 0.052 0.031 0.093 0.148 0.082 0.085 0.034 0.026 0.068 0.006 0.302 1.598 0.183 0.700 0.145 0.088 0.023 0.038 0.096 0.262 0.020 0.233 0.043 0.046 0.268 0.204 0.101 0.348 0.138 0.088 0.055 0.117 1.367 0.054 0.075 0.082 0.271 0.019 0.039 0.079 0.041 0.338 0.161 0.173 0.207 0.020 0.015 0.746 1.114 4.521 8.947 0.218 0.295 0.377 0.092 0.262 0.254 0.829 1.212 0.264 nan 0.507 0.260 0.477 0.512 0.067 0.053 0.179 nan 0.498 0.606 5033 chr17 76221266 76225677 + 0 NA Intergenic Intergenic -3920 NM_001204211 283999 Hs.632228 NM_001145529 ENSG00000204278 TMEM235 ARGM1 transmembrane protein 235 protein-coding 1.594 1.461 6.045 0.141 1.748 0.150 0.480 0.072 0.372 0.044 0.266 0.145 0.272 0.538 1.365 0.170 0.108 0.591 0.320 0.015 0.063 0.836 0.290 0.467 0.285 0.215 0.149 0.107 0.048 0.150 0.803 0.081 0.562 0.102 0.267 0.063 0.133 0.107 0.080 0.160 0.175 0.136 0.087 0.037 0.043 0.204 0.295 0.349 0.053 0.437 1.365 0.590 0.064 0.467 0.149 1.034 0.259 7.067 0.099 0.046 0.282 0.013 0.028 0.675 1.353 0.386 0.451 0.804 0.961 0.697 0.325 0.388 0.501 nan 3.104 2.200 2.386 3.890 4.284 0.363 0.513 0.359 0.627 0.797 1.124 nan 0.639 765 chr1 155188041 155198802 + 0 NA intron (NR_002188, intron 1 of 12) AluJo|SINE|Alu 3904 NR_002188 2630 Hs.719930 NR_002188 ENSG00000160766 GBAP1 GBAP glucosylceramidase beta pseudogene 1 pseudo nan nan 2.509 1.609 2.151 3.156 1.775 1.009 2.486 0.802 2.130 2.113 0.721 1.304 4.676 2.783 2.476 0.749 2.969 1.432 2.632 1.403 1.346 1.018 2.242 3.087 2.627 1.056 2.637 1.446 1.410 4.149 1.711 8.179 1.230 3.075 0.495 2.054 0.160 1.440 1.157 1.678 1.389 0.632 2.375 1.289 2.016 1.512 1.241 1.941 5.834 2.287 2.783 2.120 2.230 2.242 1.015 1.071 0.761 3.526 2.144 3.651 1.775 1.565 1.185 1.515 0.991 2.944 2.496 3.524 5.487 4.285 nan 5.052 2.095 1.602 1.901 2.804 3.492 3.284 5.210 3.404 2.638 3.059 3.890 2.106 2.904 3.442 4.941 2.113 1.080 312 chr1 41325441 41346315 + 0 NA Intergenic Intergenic -7860 NM_133467 163732 Hs.355820 NM_133467 ENSG00000179862 CITED4 - Cbp/p300 interacting transactivator with Glu/Asp rich carboxy-terminal domain 4 protein-coding 15.291 0.859 nan 1.955 0.224 0.085 2.597 0.231 0.534 1.089 0.899 0.999 2.923 0.206 0.166 0.331 1.027 0.257 1.081 0.719 2.437 0.047 0.314 0.180 0.438 1.241 0.675 1.384 1.005 1.430 0.416 1.526 0.730 0.755 1.197 1.840 0.046 0.172 0.123 0.996 0.724 9.061 3.540 1.516 0.771 0.497 1.559 4.739 0.792 2.804 1.891 1.129 0.331 1.327 0.970 0.438 0.717 7.065 0.354 2.338 0.049 0.527 0.147 0.278 0.594 0.494 0.435 0.749 1.002 0.447 0.854 0.915 0.862 0.907 0.369 0.680 0.717 0.592 nan nan 2.195 0.678 0.511 0.576 nan 0.255 0.267 0.735 1.699 0.767 0.616 2521 chr12 16817006 16825803 + 0 NA Intergenic AmnSINE1|SINE|Deu -60256 NR_045014 55885 Hs.504908 NM_018640 ENSG00000048540 LMO3 RBTN3|RBTNL2|RHOM3|Rhom-3 LIM domain only 3 protein-coding 0.769 0.692 0.782 0.098 0.288 0.088 0.080 0.163 0.271 0.045 0.115 0.012 0.133 0.103 0.051 0.133 0.044 0.016 0.072 0.190 0.051 0.016 0.008 0.218 0.059 0.082 0.141 7.821 0.787 0.050 0.037 0.022 0.029 0.145 0.027 0.090 0.021 0.051 0.044 0.044 0.069 0.037 0.032 0.018 0.023 0.103 0.078 0.127 0.051 0.050 0.028 0.022 0.007 0.027 0.067 0.111 0.013 0.208 0.171 0.249 0.292 nan 0.496 0.781 0.381 0.283 0.215 0.191 0.306 0.526 0.556 0.409 0.117 0.136 0.208 0.042 0.085 0.351 0.699 0.317 0.307 7804 chr3 124868910 124884676 + 0 NA intron (NM_024628, intron 5 of 13) L2c|LINE|L2 -6397 NR_049815 100847039 NR_049815 ENSG00000264986 MIR5092 - microRNA 5092 ncRNA 1.052 nan 0.828 0.107 0.079 0.436 0.260 0.143 0.350 0.187 0.131 0.595 0.059 0.038 0.102 0.171 0.321 0.204 0.182 0.025 0.043 0.031 0.123 0.223 0.053 0.471 0.148 0.046 0.103 0.121 0.189 1.226 0.176 0.502 0.074 0.098 0.061 0.084 0.060 0.096 0.175 0.131 0.108 0.250 0.100 0.244 0.158 0.093 0.118 0.065 0.297 0.171 0.072 0.539 0.053 0.046 0.242 0.050 0.145 0.091 0.209 0.088 0.143 0.038 0.047 0.026 0.819 0.813 5.406 5.675 0.394 0.388 1.060 0.334 0.681 0.650 1.295 nan 0.460 0.542 1.422 1.087 0.278 0.464 0.040 0.092 0.397 0.771 0.414 0.444 7167 chr21 30670485 30689447 + 0 NA intron (NR_027655, intron 1 of 7) Tigger7|DNA|TcMar-Tigger 2441 NR_027655 571 Hs.154276 NM_001186 ENSG00000156273 BACH1 BACH-1|BTBD24 BTB domain and CNC homolog 1 protein-coding 2.154 1.080 3.761 0.637 0.844 0.330 0.551 0.338 0.715 0.216 1.231 1.002 2.163 0.147 0.341 0.770 1.121 0.094 0.651 0.188 0.471 0.745 0.491 0.201 0.731 0.665 0.593 0.447 0.432 0.307 0.743 1.219 0.733 2.339 0.183 0.956 0.230 0.402 0.109 0.260 0.259 0.568 0.785 0.368 0.311 0.330 0.784 1.673 0.857 1.200 0.387 0.737 0.770 0.733 0.620 0.731 0.582 0.565 0.127 0.622 0.428 0.275 0.605 0.559 0.174 0.216 0.170 1.593 1.483 1.528 1.869 1.519 1.176 1.264 0.419 1.890 2.025 1.315 2.073 1.123 2.120 1.287 0.909 0.791 1.447 1.354 1.789 1.891 2.458 nan 0.911 1002 chr1 198858615 198908856 + 0 NA intron (NR_040073, intron 1 of 2) MLT2D|LTR|ERVL 22823 NR_040073 100131234 Hs.711077 NR_040073 MIR181A1HG - MIR181A1 host gene ncRNA 0.994 nan 1.402 1.451 0.159 0.020 0.529 0.387 0.672 0.406 0.523 0.774 0.633 0.097 0.053 1.154 1.429 0.180 0.794 0.245 0.603 1.060 1.786 1.172 0.085 0.713 0.471 0.003 0.829 0.484 1.323 1.521 1.549 1.017 0.667 1.170 0.336 0.795 0.132 0.281 0.039 0.055 0.270 0.151 0.958 0.277 0.274 0.647 0.210 0.126 0.368 0.550 1.154 0.257 0.611 0.085 0.427 0.080 0.063 0.126 0.505 0.431 0.253 0.532 0.606 0.484 0.618 0.965 1.059 4.338 8.023 1.198 1.086 0.788 0.269 1.328 1.377 4.562 nan 0.991 0.949 1.659 1.492 0.366 0.709 1.872 2.090 0.932 1.809 0.778 0.512 2435 chr12 6289913 6352330 + 0 NA intron (NM_001769, intron 1 of 7) intron (NM_001769, intron 1 of 7) 11639 NM_001769 928 Hs.114286 NM_001769 ENSG00000010278 CD9 BTCC-1|DRAP-27|MIC3|MRP-1|TSPAN-29|TSPAN29 CD9 molecule protein-coding 0.722 nan nan 0.853 0.761 1.669 1.443 0.152 0.283 0.856 0.284 0.643 0.651 0.177 1.043 0.338 0.221 0.074 1.411 0.599 0.431 0.066 0.151 0.111 0.622 1.026 0.607 0.145 1.198 0.979 1.100 4.105 2.608 1.659 0.586 0.152 0.023 0.275 0.104 0.299 0.223 0.659 0.585 0.304 0.707 1.457 1.511 1.952 0.738 0.962 0.064 0.964 0.338 2.888 0.868 0.622 0.502 1.359 0.163 1.013 0.090 0.390 0.488 0.340 0.138 0.292 0.252 0.623 0.973 0.952 2.161 nan 0.796 1.167 0.448 0.619 0.621 1.869 2.362 1.932 1.741 0.386 0.192 0.751 1.075 0.221 0.232 0.635 nan 0.249 0.245 6187 chr2 70778249 70788699 + 0 NA Intergenic Intergenic -2327 NM_003236 7039 Hs.170009 NM_003236 ENSG00000163235 TGFA TFGA transforming growth factor alpha protein-coding nan nan 2.588 2.236 0.488 0.665 3.952 0.352 0.693 1.305 1.010 0.546 0.006 0.611 1.836 0.282 0.078 0.061 2.521 0.923 0.067 0.026 0.270 0.160 0.309 1.569 1.631 0.189 2.044 1.381 3.577 7.965 1.595 5.674 2.093 0.166 0.027 0.176 0.084 2.423 0.095 1.394 0.698 0.462 1.821 0.575 1.943 0.306 0.748 2.360 0.991 1.122 0.282 3.614 0.098 0.309 1.139 0.649 0.102 1.264 0.739 0.566 3.108 0.135 1.956 0.204 0.108 1.350 2.064 0.528 0.669 1.848 1.311 0.681 0.166 2.090 2.041 0.147 0.326 3.204 3.395 0.648 0.412 1.616 3.375 0.100 0.106 0.538 1.140 nan 0.617 4837 chr17 47037726 47054224 + 0 NA promoter-TSS (NM_004123) promoter-TSS (NM_004123) -20 NM_004123 2695 Hs.1454 NM_004123 ENSG00000159224 GIP - gastric inhibitory polypeptide protein-coding 1.169 0.928 nan 0.761 0.192 0.042 2.256 0.166 0.360 0.515 0.709 1.452 0.026 0.055 0.140 0.172 0.152 0.215 0.977 0.937 0.098 0.303 0.079 0.125 0.080 2.136 1.508 0.179 0.319 0.754 0.503 nan 0.188 0.324 0.549 0.227 0.012 0.145 0.124 0.806 0.019 1.256 0.274 0.221 0.630 0.145 0.561 3.938 4.097 1.213 0.057 0.182 0.172 0.969 0.113 0.080 0.156 0.101 0.305 0.384 0.123 0.985 0.012 3.340 0.298 1.550 1.260 0.277 0.185 0.189 0.248 0.414 nan 0.373 0.114 0.294 0.329 0.203 0.466 0.467 nan 0.918 0.731 0.149 0.160 0.098 0.120 2.121 8.248 0.328 0.428 370 chr1 49677671 49682329 + 0 NA intron (NM_001323575, intron 4 of 12) intron (NM_001323575, intron 4 of 12) -43083 NR_125988 101929721 Hs.639985 NR_125988 ENSG00000230114 LOC101929721 - uncharacterized LOC101929721 ncRNA nan 0.860 nan 0.200 0.169 0.038 0.045 0.308 0.453 0.039 0.042 0.136 0.072 0.118 0.055 0.023 0.041 0.168 0.125 0.179 0.031 0.044 0.040 0.116 0.050 0.203 0.046 0.267 0.034 0.123 0.026 0.090 0.098 0.069 0.034 0.041 0.150 0.010 0.050 0.014 0.072 0.020 0.179 0.079 0.071 0.034 0.338 0.192 0.049 0.011 1.450 1.290 10.461 2.011 0.438 0.519 0.160 0.089 0.677 0.752 0.231 nan nan 0.368 0.388 0.063 0.832 nan 1.278 1.400 0.623 1.332 0.888 0.724 7508 chr3 10010920 10029843 + 0 NA intron (NM_018447, intron 2 of 8) AluSg|SINE|Alu -8196 NR_103821 442075 Hs.690469 NM_001013730 EMC3-AS1 - EMC3 antisense RNA 1 ncRNA 0.967 1.301 0.983 0.654 0.454 0.153 2.486 0.195 0.441 0.521 1.372 2.628 0.229 0.106 0.257 0.406 0.913 0.305 1.187 0.603 3.149 0.132 0.357 0.217 0.303 0.975 0.755 0.188 1.094 0.540 0.689 1.214 0.968 1.161 0.774 3.558 0.120 0.451 0.124 0.797 0.185 0.677 1.290 0.625 0.899 0.433 1.001 0.747 0.788 0.741 0.691 1.389 0.406 1.099 2.894 0.303 0.934 0.455 0.163 0.668 0.479 1.799 0.157 0.308 1.197 0.435 0.311 0.539 0.457 1.215 2.017 0.791 0.857 1.366 0.657 1.770 1.872 0.606 0.844 0.995 1.338 1.176 1.167 0.657 0.909 0.500 1.158 1.113 1.184 1.017 0.562 6391 chr2 142245886 142267785 + 0 NA intron (NM_018557, intron 2 of 90) MIR|SINE|MIR 632435 NM_018557 53353 Hs.656461 NM_018557 ENSG00000168702 LRP1B LRP-1B|LRP-DIT|LRPDIT LDL receptor related protein 1B protein-coding 0.900 nan 0.771 0.046 0.088 0.015 0.049 0.088 0.224 0.004 0.072 0.205 0.003 0.032 0.037 0.070 0.041 0.103 0.096 0.026 0.043 0.006 0.107 0.087 0.098 0.003 0.007 0.006 0.028 0.014 0.055 0.183 0.045 0.250 0.040 0.174 0.047 0.020 0.069 0.011 0.050 0.026 0.019 0.014 0.025 0.039 0.031 0.076 0.152 0.029 0.011 0.152 0.070 0.042 0.025 0.098 0.028 0.061 0.048 0.027 0.028 0.011 0.041 0.113 0.027 0.013 0.011 0.301 0.172 0.286 0.666 0.211 0.306 0.102 0.044 0.122 0.144 2.902 2.536 0.298 0.294 0.434 0.285 0.095 0.148 0.081 0.078 0.357 0.689 0.106 0.137 11775 chr9 128506242 128527260 + 0 NA intron (NR_024123, intron 2 of 6) intron (NR_024123, intron 2 of 6) 6273 NM_001134778 5090 Hs.428027 NM_006195 ENSG00000167081 PBX3 - PBX homeobox 3 protein-coding nan nan 1.547 0.555 2.813 1.611 0.643 1.479 2.813 0.543 1.139 0.380 0.881 0.457 2.501 1.770 0.833 0.154 1.447 0.362 0.285 0.746 1.337 1.000 1.887 0.501 0.616 0.704 1.407 0.161 0.587 1.453 0.585 nan 0.459 0.428 0.829 1.002 0.128 0.299 1.075 0.994 1.297 0.741 0.296 0.220 0.383 1.270 0.914 2.376 0.346 0.475 1.770 1.208 1.276 1.887 0.128 0.766 0.521 1.031 1.507 0.787 0.043 1.532 0.724 2.108 1.938 0.172 0.195 0.568 0.760 3.191 2.805 2.588 1.141 0.862 0.834 1.683 nan 2.561 4.018 5.759 4.564 0.162 0.299 3.019 2.791 3.424 4.684 nan 1.071 10873 chr8 29256273 29263018 + 0 NA Intergenic Intergenic -51378 NM_001394 1846 Hs.417962 NM_001394 ENSG00000120875 DUSP4 HVH2|MKP-2|MKP2|TYP dual specificity phosphatase 4 protein-coding nan 0.733 nan 0.129 0.066 0.050 0.156 0.238 0.329 0.014 0.182 0.850 0.150 0.013 0.494 0.196 0.090 0.079 0.168 0.084 0.017 0.116 0.088 0.838 0.463 0.045 0.030 0.295 0.072 0.585 0.128 0.661 0.022 2.327 0.041 0.016 0.156 0.018 0.023 0.137 0.117 0.067 0.022 0.058 0.133 0.736 0.010 4.129 0.903 0.494 0.042 0.027 0.088 0.275 0.111 0.029 0.180 0.226 0.157 0.045 0.164 0.177 0.009 0.007 0.358 0.398 0.269 0.606 nan 0.415 nan 0.129 0.129 0.155 0.091 0.279 0.261 0.210 0.510 0.214 0.094 0.137 0.110 0.221 0.386 0.613 nan nan 9784 chr6 81249215 81267689 + 0 NA Intergenic Intergenic 442125 NM_001318975 594 Hs.156414 NM_000056 ENSG00000083123 BCKDHB BCKDE1B|BCKDH E1-beta|E1B branched chain keto acid dehydrogenase E1 subunit beta protein-coding 1.131 0.820 nan 1.436 0.216 0.066 1.164 0.156 0.226 0.088 0.367 0.483 0.010 0.011 0.096 0.733 0.391 0.139 0.491 0.417 0.041 7.398 0.102 0.108 0.256 0.782 0.496 0.044 0.427 0.593 0.197 0.925 0.164 0.348 1.586 0.090 0.158 0.082 0.123 0.343 0.159 0.214 0.148 0.147 0.821 0.311 0.146 5.061 0.128 0.212 0.030 0.084 0.733 0.313 0.015 0.256 0.286 0.073 0.021 0.114 0.044 0.278 0.054 0.334 1.646 0.044 0.025 0.477 0.282 0.310 0.397 0.331 0.437 0.120 0.066 0.258 0.265 0.430 0.618 0.242 0.247 0.536 0.303 0.137 0.256 0.748 1.223 0.426 1.045 0.294 0.429 3398 chr14 23338495 23343331 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329226) promoter-TSS (NM_001329226) -13 NM_014045 26020 Hs.525232 NM_014045 ENSG00000197324 LRP10 LRP-10|LRP9|MST087|MSTP087 LDL receptor related protein 10 protein-coding nan 2.078 2.377 3.994 2.154 1.386 3.812 1.293 2.525 0.730 2.578 3.216 2.001 1.865 1.026 0.594 3.976 0.533 4.665 1.097 10.693 1.861 0.418 0.151 1.460 2.521 2.915 1.072 4.666 2.684 11.825 17.079 7.633 4.445 2.364 4.741 0.356 4.189 0.109 1.534 1.778 4.402 2.800 1.292 3.511 3.698 3.024 4.053 7.288 3.138 3.249 5.102 0.594 4.191 5.327 1.460 3.790 2.519 0.800 6.038 2.835 2.842 1.480 0.335 2.847 2.310 1.642 0.388 1.332 3.904 5.382 2.435 1.991 3.073 0.558 4.729 4.753 1.594 2.264 4.512 nan 3.143 2.659 0.968 1.841 1.404 1.861 0.689 1.843 1.570 0.937 567 chr1 107861221 107892457 + 0 NA intron (NM_001312688, intron 3 of 7) intron (NM_001312688, intron 3 of 7) 186148 NM_001113228 22854 Hs.133046 NM_014917 ENSG00000162631 NTNG1 Lmnt1 netrin G1 protein-coding 1.388 nan nan 0.086 0.151 0.108 0.011 0.189 0.287 0.052 0.039 0.008 0.051 0.075 0.325 0.141 0.114 0.116 0.036 0.028 0.014 0.095 0.047 0.046 0.007 0.012 0.010 0.044 0.007 0.046 0.059 0.062 0.400 0.042 0.046 0.034 0.031 0.117 0.008 0.064 0.077 0.004 0.018 0.014 0.017 0.102 0.105 0.010 0.007 0.008 0.049 0.325 0.068 0.055 0.046 0.020 0.024 0.174 0.033 0.029 0.022 0.035 0.403 0.017 0.028 0.009 0.306 0.199 0.269 0.312 0.332 nan 0.633 0.245 0.254 0.233 5.858 6.104 nan nan 0.615 0.367 0.132 0.216 0.144 0.123 0.624 nan 0.353 0.368 6120 chr2 53782745 53807176 + 0 NA Intergenic L1ME3|LINE|L1 -199960 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 6.765 4.052 7.351 0.120 0.196 0.106 0.405 0.137 0.198 0.004 0.113 0.026 0.018 0.119 0.094 0.782 0.141 0.086 0.199 0.124 0.047 0.017 0.124 0.128 0.133 0.391 0.080 0.045 0.128 0.113 0.402 0.847 0.104 0.395 0.101 0.100 2.650 0.049 0.110 0.034 0.301 0.200 0.030 0.042 0.067 0.041 0.220 0.155 0.113 0.060 0.043 0.285 0.782 0.131 0.049 0.133 0.130 0.139 0.385 0.054 0.321 0.071 0.178 2.096 0.044 0.019 0.019 0.384 0.229 0.180 0.257 0.506 0.567 0.423 0.174 0.444 0.455 0.840 1.237 0.479 0.459 0.940 0.682 0.202 0.349 14.529 15.818 2.487 5.722 0.575 0.497 4925 chr17 63686770 63756676 + 0 NA intron (NR_126542, intron 2 of 5) AluSz|SINE|Alu 100938 NM_001037325 201134 Hs.408676 NM_145036 ENSG00000154240 CEP112 CCDC46|MACOCO centrosomal protein 112 protein-coding 0.822 nan 0.582 0.058 0.186 0.027 0.129 0.206 0.421 0.052 0.243 0.123 0.012 0.044 0.094 0.214 0.308 0.147 0.099 0.038 0.176 2.933 0.254 0.200 0.272 0.095 0.041 0.022 0.106 0.045 0.126 0.293 0.109 0.337 0.067 0.102 0.030 0.244 0.135 0.056 0.055 0.084 0.083 0.045 0.100 0.048 0.095 0.313 0.181 0.093 0.048 0.169 0.214 0.066 0.313 0.272 0.093 0.088 0.040 0.061 0.121 0.121 0.024 0.090 0.082 1.640 1.712 0.393 0.218 0.196 0.300 0.376 0.455 0.575 0.235 0.235 0.268 0.145 nan 0.715 0.650 0.484 0.218 0.114 0.160 0.153 0.216 0.229 0.347 0.564 0.500 8170 chr3 194095816 194117793 + 0 NA Intergenic Intergenic 13191 NM_004488 2814 Hs.73734 NM_004488 ENSG00000178732 GP5 CD42d|GPV glycoprotein V platelet protein-coding nan 0.950 0.763 0.136 0.496 0.240 0.107 1.098 1.896 0.004 0.090 0.062 0.017 0.040 1.035 0.405 0.198 0.109 0.106 0.017 0.009 0.013 0.613 0.529 0.715 0.113 0.043 0.072 0.099 0.024 0.143 nan 0.113 nan 0.033 0.059 0.666 0.044 0.079 0.011 0.158 0.129 0.050 0.030 0.044 0.345 0.079 0.120 0.084 0.113 0.018 0.091 0.405 0.091 0.009 0.715 0.033 0.045 0.125 0.082 0.074 0.072 0.675 0.161 0.014 0.011 0.014 0.386 0.300 0.585 0.688 0.734 0.771 2.649 1.097 0.309 0.433 0.311 0.535 1.470 2.158 0.797 0.517 0.567 0.916 2.486 3.147 0.469 1.137 1.297 0.761 4897 chr17 59311436 59345373 + 0 NA intron (NM_001099432, intron 23 of 24) intron (NM_001099432, intron 23 of 24) 116661 NR_136397 101927855 Hs.662123 NR_136397 ENSG00000267131 LOC101927855 - uncharacterized LOC101927855 ncRNA 1.243 0.985 1.005 0.087 0.120 0.162 0.182 0.236 0.404 0.028 0.245 3.287 0.336 0.020 0.147 0.295 1.964 0.489 0.143 0.034 0.032 0.754 0.138 0.115 0.169 0.102 0.055 0.102 0.112 0.065 0.149 0.401 0.121 0.475 0.095 4.449 0.068 0.093 0.112 0.115 0.056 0.101 0.107 0.083 0.058 0.075 0.087 0.258 0.408 0.159 0.112 0.244 0.295 0.109 0.055 0.169 0.123 0.334 0.023 0.068 0.152 0.121 0.097 0.611 0.042 0.032 0.019 0.559 0.487 0.651 1.357 0.362 0.375 0.295 0.175 nan 0.511 0.423 0.664 nan nan 1.017 0.619 0.258 0.430 0.472 0.372 0.581 1.401 0.601 0.587 9883 chr6 122962389 122975662 + 0 NA intron (NM_032471, intron 2 of 3) ERVL-B4-int|LTR|ERVL -4849 NM_001270395 5570 Hs.741340 NM_032471 ENSG00000135549 PKIB PRKACN2 cAMP-dependent protein kinase inhibitor beta protein-coding 1.299 0.897 0.860 0.180 0.179 0.072 0.928 0.242 0.342 0.015 0.113 0.535 0.019 0.077 0.067 0.144 0.085 0.122 0.459 0.317 0.279 0.042 0.447 0.218 0.162 0.011 0.005 0.006 0.355 0.509 0.626 0.972 0.421 0.301 0.623 0.060 0.603 0.049 0.092 0.035 0.309 0.139 0.046 0.018 0.800 0.491 0.660 0.143 0.092 0.086 0.701 0.981 0.144 0.151 1.057 0.162 0.242 0.075 0.180 0.026 0.046 0.307 0.052 0.123 0.098 0.013 0.007 0.378 0.158 0.222 0.466 0.295 0.457 6.175 1.613 0.186 0.178 0.214 0.318 0.163 0.221 1.226 0.632 0.126 0.245 2.194 4.421 0.806 1.418 0.395 0.406 9601 chr6 35686585 35701152 + 0 NA TTS (NR_027117) TTS (NR_027117) 2492 NM_001145775 2289 Hs.407190 NM_004117 ENSG00000096060 FKBP5 AIG6|FKBP51|FKBP54|P54|PPIase|Ptg-10 FK506 binding protein 5 protein-coding nan 3.518 nan 0.455 1.006 2.722 2.494 0.979 1.925 0.138 2.078 1.409 0.034 1.601 1.091 6.483 0.951 0.188 1.311 0.735 1.057 2.351 0.389 0.350 2.769 1.277 1.020 0.948 0.763 1.133 0.872 1.887 1.608 2.751 0.568 1.955 0.191 2.474 0.167 0.810 1.022 1.227 1.126 0.576 0.535 0.387 0.693 1.899 2.050 3.538 1.352 1.050 6.483 2.022 1.946 2.769 0.354 0.076 1.147 3.721 1.092 1.061 1.185 0.297 0.818 0.451 0.276 2.994 3.563 1.363 nan nan 2.624 2.799 0.846 5.803 6.084 1.389 2.221 4.667 6.357 0.750 0.555 1.328 1.925 0.692 0.488 1.013 1.954 0.612 0.563 10474 chr7 82284384 82290979 + 0 NA Intergenic Intergenic -214559 NM_001302890 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 1.126 0.718 3.966 0.032 0.079 0.093 0.021 0.171 0.197 0.014 0.094 0.056 0.019 0.031 0.108 0.241 0.080 0.024 0.064 0.029 0.038 0.308 0.364 0.018 0.021 0.056 0.082 0.025 0.111 0.144 0.233 0.022 0.098 0.028 0.017 0.160 0.059 0.097 0.018 0.012 0.023 0.034 0.103 0.200 0.149 0.048 0.091 0.241 0.070 0.027 0.018 0.092 0.050 0.074 0.062 0.039 0.048 0.045 0.245 0.049 0.025 0.507 0.197 0.143 0.251 0.313 0.346 0.304 0.130 0.175 0.092 7.215 7.701 0.199 0.197 0.519 0.579 0.119 0.219 0.101 0.166 0.787 nan 0.537 0.508 2079 chr11 71789072 71803381 + 0 NA intron (NM_001145308, intron 1 of 6) intron (NM_001145308, intron 1 of 6) -4487 NM_006185 4926 Hs.325978 NM_006185 ENSG00000137497 NUMA1 NMP-22|NUMA nuclear mitotic apparatus protein 1 protein-coding nan 1.637 2.168 0.833 2.466 2.021 0.814 0.951 1.932 0.569 1.088 0.896 0.958 0.742 1.880 2.286 0.651 0.112 0.791 0.211 0.797 0.388 0.803 0.435 1.246 0.833 0.703 0.565 0.497 0.289 0.864 nan 1.027 4.342 0.365 0.604 0.460 1.055 0.139 0.486 1.775 2.329 1.296 0.641 0.759 0.427 1.687 1.536 1.161 1.082 2.404 2.064 2.286 1.201 1.363 1.246 0.496 2.003 0.599 1.944 1.062 0.458 0.458 0.996 0.617 0.591 0.363 2.081 2.420 1.862 2.409 4.118 4.419 5.379 2.177 6.455 6.525 3.680 4.823 4.209 4.664 3.229 2.436 1.013 1.671 2.617 2.981 1.870 3.944 2.110 1.202 2974 chr12 116551625 116573261 + 0 NA intron (NM_015335, intron 2 of 30) intron (NM_015335, intron 2 of 30) 24016 NR_030351 693205 NR_030351 ENSG00000207967 MIR620 MIRN620|hsa-mir-620 microRNA 620 ncRNA nan nan 0.957 0.185 0.311 1.406 0.158 0.199 0.485 0.048 0.261 0.234 0.350 0.060 2.043 1.025 0.637 0.165 0.232 0.044 0.029 0.064 0.441 0.300 0.515 0.123 0.057 0.064 0.191 0.084 0.127 0.524 0.236 0.539 0.062 0.060 0.998 0.281 0.167 0.049 0.124 0.060 0.050 0.044 0.163 0.070 0.200 0.180 0.250 0.086 0.047 0.324 1.025 0.102 0.130 0.515 0.068 0.065 0.081 0.097 0.361 0.107 0.219 0.442 0.025 0.051 0.034 0.430 0.424 0.255 0.424 nan nan nan 0.200 0.520 0.529 2.202 2.881 nan nan 1.112 0.809 0.283 0.445 2.809 4.612 1.048 1.704 nan 0.852 9155 chr5 124295506 124407108 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -21217 NR_109882 101927421 Hs.121305 NR_109882 LOC101927421 - uncharacterized LOC101927421 ncRNA nan 0.933 0.706 0.133 0.116 0.056 0.413 0.261 0.480 0.209 0.171 0.502 0.135 0.254 0.128 0.202 0.378 0.079 0.134 0.092 0.031 0.022 0.125 0.161 0.135 0.263 0.088 0.013 0.072 0.092 0.268 1.724 0.698 0.703 0.275 0.155 0.398 8.129 0.288 0.039 0.110 0.076 0.026 0.031 0.242 0.109 0.134 0.111 0.182 0.133 0.397 0.561 0.202 0.085 0.036 0.135 0.170 0.222 0.056 0.076 0.119 0.139 0.083 0.125 0.255 0.028 0.019 0.382 0.290 0.960 nan 0.274 0.348 0.520 0.201 0.615 0.652 0.673 0.929 0.362 0.300 0.398 0.185 0.153 0.219 1.191 1.551 0.311 0.895 0.378 0.325 5511 chr19 5891154 5913290 + 0 NA intron (NR_034166, intron 1 of 4) AluY|SINE|Alu 1802 NM_175614 126328 Hs.406062 NM_175614 ENSG00000174886 NDUFA11 B14.7|CI-B14.7 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A11 protein-coding 1.780 1.814 3.361 0.544 1.688 0.452 0.451 0.570 0.994 0.099 0.499 0.389 0.207 0.216 0.510 0.625 0.489 0.221 0.735 0.239 0.399 0.313 0.623 0.382 0.775 0.445 0.407 0.521 0.602 0.145 0.668 1.650 0.678 3.008 0.297 0.434 1.264 0.441 0.081 0.195 0.193 0.633 0.405 0.219 0.355 0.164 0.591 0.577 0.565 0.875 0.370 0.365 0.625 1.173 0.419 0.775 0.233 0.393 0.394 0.744 0.842 0.841 0.235 0.252 0.271 0.401 0.225 1.271 1.238 2.460 3.120 2.024 2.123 2.513 0.778 2.832 3.161 1.267 1.809 2.740 nan 2.409 2.500 0.734 1.142 3.373 4.542 1.355 1.530 2.115 1.027 800 chr1 159022260 159029093 + 0 NA TTS (NM_001206567) TTS (NM_001206567) 21015 NM_001348247 9447 Hs.733411 NM_004833 ENSG00000163568 AIM2 PYHIN4 absent in melanoma 2 protein-coding nan nan 0.800 0.106 0.026 0.055 0.193 0.047 0.222 0.028 0.194 0.177 0.018 0.132 0.091 0.075 0.212 0.105 0.093 0.046 0.091 0.084 0.017 0.291 0.095 0.021 0.092 0.015 0.106 0.071 0.147 0.316 0.278 0.148 0.014 0.016 0.134 0.018 0.035 0.082 0.044 0.212 0.057 0.042 0.264 0.024 0.010 0.071 0.563 0.075 0.053 0.041 0.017 0.091 0.108 0.086 0.089 0.220 0.096 0.077 0.115 0.023 0.390 0.283 4.457 13.232 0.281 nan 0.094 0.036 0.041 0.064 0.597 0.912 0.202 0.180 0.276 0.057 0.229 0.309 0.063 0.079 0.218 0.334 0.461 0.487 9338 chr5 172134207 172145629 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -42588 NM_001287812 101928093 Hs.646902 NM_001287812 LOC101928093 - uncharacterized LOC101928093 protein-coding 0.670 0.717 0.708 0.301 0.111 0.029 0.385 0.126 0.230 0.269 0.300 0.236 0.049 0.226 0.157 0.136 0.164 0.126 0.176 0.183 3.390 0.049 0.178 0.088 0.230 0.448 0.151 0.710 0.210 0.378 0.348 1.127 0.217 0.689 0.115 0.788 0.025 0.161 0.119 0.207 0.042 1.214 0.283 0.164 0.468 0.084 0.210 0.490 1.319 0.503 3.563 1.449 0.136 0.405 1.025 0.230 0.746 1.878 0.101 0.781 1.566 0.097 0.056 0.054 0.085 0.172 0.114 0.313 0.250 0.401 nan 0.545 0.487 0.738 0.323 0.288 0.322 0.323 nan 0.434 0.487 0.695 0.538 0.210 0.294 0.147 0.285 0.200 0.316 0.409 0.419 8732 chr5 5331987 5352835 + 0 NA Intergenic L1MC3|LINE|L1 -80375 NM_015325 23379 Hs.449296 NM_015325 ENSG00000164151 ICE1 KIAA0947 interactor of little elongation complex ELL subunit 1 protein-coding 0.459 0.757 0.868 0.055 0.294 0.097 1.069 0.103 0.174 0.078 0.457 3.794 0.024 0.024 0.093 0.450 0.166 0.180 0.117 0.027 0.087 0.020 0.173 0.148 0.110 0.003 0.025 0.011 0.128 0.379 0.331 0.395 0.194 0.399 0.035 1.932 0.023 0.057 0.101 0.034 0.019 0.256 0.869 0.404 0.078 0.326 0.218 0.655 0.563 0.086 0.233 0.930 0.450 0.085 0.115 0.110 0.836 0.271 0.047 0.072 0.151 1.087 0.076 0.116 1.152 0.091 0.051 0.391 0.305 0.348 nan 0.554 0.558 0.147 0.085 0.131 0.103 0.180 0.321 nan 0.206 nan 0.324 0.148 0.263 0.054 0.104 0.258 0.415 1.178 nan 1365 chr10 17155587 17189922 + 0 NA promoter-TSS (NM_001081) promoter-TSS (NM_001081) -938 NM_001081 8029 Hs.166206 NM_001081 ENSG00000107611 CUBN IFCR|MGA1|gp280 cubilin protein-coding nan 0.637 0.579 0.186 0.104 0.023 0.452 0.126 0.198 0.014 0.265 0.823 0.012 0.020 0.044 0.030 0.348 0.122 0.264 0.187 0.059 0.221 0.114 0.114 0.059 0.282 0.143 0.034 0.383 0.194 0.054 0.126 0.092 0.146 0.204 0.069 0.014 0.051 0.093 0.186 0.030 0.059 0.049 0.030 0.193 0.098 0.095 0.167 0.077 0.093 0.041 0.060 0.030 0.226 0.274 0.059 0.050 0.054 0.006 0.141 0.036 0.333 0.248 0.048 0.368 0.164 0.076 0.673 0.643 2.932 5.095 0.224 0.187 0.250 0.135 0.191 0.174 0.622 0.738 0.295 0.344 0.206 0.088 0.224 0.384 0.042 0.056 0.133 0.220 0.373 0.295 10491 chr7 89805828 89813819 + 0 NA intron (NR_110029, intron 2 of 2) intron (NR_110029, intron 2 of 2) 26134 NM_012449 26872 Hs.61635 NM_012449 ENSG00000164647 STEAP1 PRSS24|STEAP STEAP family member 1 protein-coding 0.540 0.608 0.490 1.352 0.100 0.021 3.691 0.140 0.125 0.169 1.399 2.359 0.343 0.037 0.044 0.144 0.808 0.179 2.449 1.307 0.767 1.580 0.139 0.093 0.090 0.789 0.724 0.036 4.591 2.504 3.092 5.215 9.485 0.153 2.357 1.040 0.023 0.067 0.108 2.029 0.020 1.837 0.557 0.309 2.874 1.573 0.773 2.646 0.764 1.196 0.108 0.816 0.144 0.783 2.987 0.090 2.528 0.071 0.004 0.137 1.450 0.050 0.048 1.506 3.056 4.739 0.294 0.189 0.275 0.316 0.192 0.270 0.114 0.105 0.217 0.181 0.135 0.206 0.270 0.179 0.321 0.118 0.084 0.207 0.058 0.058 0.123 nan 0.450 0.553 3613 chr14 61718633 61737069 + 0 NA Intergenic Intergenic 20679 NM_001017970 161291 Hs.146180 NM_001017970 ENSG00000182107 TMEM30B CDC50B transmembrane protein 30B protein-coding nan nan 1.169 0.252 0.467 0.716 0.220 0.243 0.507 0.010 0.149 0.241 0.033 0.085 3.680 1.562 0.968 0.235 0.154 0.031 0.081 0.134 0.170 0.112 0.567 0.278 0.077 0.040 0.571 0.347 0.162 0.455 0.422 1.705 0.250 0.175 0.052 0.129 0.101 0.186 0.120 0.095 0.043 0.051 0.255 0.091 0.305 0.490 0.108 0.147 0.180 0.167 1.562 0.123 0.025 0.567 0.139 0.065 0.090 0.104 0.275 0.164 0.059 0.047 0.738 0.033 0.028 0.312 0.221 0.344 0.420 0.947 1.066 0.438 0.203 nan 0.705 0.319 0.505 1.389 nan 0.864 0.323 0.207 0.321 0.357 0.475 0.256 0.422 0.779 0.656 10726 chr7 145145843 145152794 + 0 NA Intergenic Intergenic -616172 NM_001042482 27010 Hs.660232 NM_022445 ENSG00000196511 TPK1 HTPK1|PP20|THMD5 thiamin pyrophosphokinase 1 protein-coding 0.839 0.509 1.127 0.031 0.314 0.031 0.010 3.042 6.118 0.028 0.084 0.039 0.045 0.043 0.076 0.038 0.082 0.071 0.054 0.027 0.020 1.128 0.908 0.792 0.030 0.021 0.048 0.058 0.034 0.112 0.220 0.032 0.476 0.016 0.106 0.057 0.040 0.009 0.023 0.016 0.033 0.125 0.050 0.023 0.010 0.012 0.027 0.038 0.071 0.040 0.792 0.037 0.034 0.014 0.034 0.057 0.033 0.022 0.392 0.324 0.136 0.191 0.710 0.931 7.492 6.151 0.140 0.070 0.256 0.525 0.252 0.242 0.222 0.111 0.114 0.200 2.446 4.728 0.082 0.198 3.371 nan 11006 chr8 63514634 63520533 + 0 NA intron (NR_130764, intron 3 of 6) MLT1J|LTR|ERVL-MaLR 356082 NM_001304533 286183 Hs.654662 NM_173688 ENSG00000185942 NKAIN3 FAM77D sodium/potassium transporting ATPase interacting 3 protein-coding 0.961 0.769 0.849 0.012 0.149 0.060 0.012 0.108 0.198 0.078 0.061 0.051 0.015 0.752 0.052 0.081 0.089 0.032 0.032 0.106 0.156 0.040 0.012 0.012 0.104 0.040 0.126 0.085 0.538 0.125 0.047 0.145 0.113 0.040 0.047 0.020 0.012 0.026 0.065 0.136 0.028 0.049 0.027 0.129 0.752 0.024 0.016 0.040 0.021 0.028 4.315 0.040 0.059 0.033 0.593 0.012 0.235 0.113 0.244 0.177 0.534 0.829 0.564 0.259 0.055 0.047 0.609 nan 0.157 0.109 nan 1.119 0.142 0.312 0.511 0.423 0.103 0.291 0.898 0.736 7083 chr20 58508818 58524946 + 0 NA intron (NM_022106, intron 1 of 3) intron (NM_022106, intron 1 of 3) 1438 NM_001190827 63939 Hs.54973 NM_022106 ENSG00000196227 FAM217B C20orf177|dJ551D2.5 family with sequence similarity 217 member B protein-coding 2.209 2.803 1.176 2.678 1.595 1.585 0.378 0.674 1.543 1.102 1.472 0.539 1.763 0.411 1.721 0.611 0.934 0.120 1.001 0.320 0.783 0.828 0.684 0.377 1.448 0.612 0.533 0.914 1.812 0.765 1.707 2.402 2.455 1.759 0.593 0.995 0.182 1.840 0.145 0.322 0.433 2.009 1.220 0.613 0.650 0.470 2.031 0.773 1.411 1.696 0.929 0.824 0.611 1.153 0.630 1.448 0.658 1.002 0.277 1.695 1.127 0.844 0.682 0.617 0.481 0.314 0.266 4.721 nan 3.875 3.300 3.239 3.264 3.672 1.176 1.703 1.606 2.360 2.706 2.555 3.748 2.153 1.996 1.016 1.612 0.662 0.475 0.949 1.611 2.834 1.506 7128 chr21 11166775 11175278 + 0 NA Intergenic Intergenic -72089 NM_001187 574 Hs.545789 NM_001187 BAGE BAGE1|CT2.1 B melanoma antigen protein-coding 2.212 1.530 nan 0.158 2.884 0.170 0.037 0.980 2.066 0.281 3.348 0.175 1.741 0.080 5.399 1.734 2.752 0.433 0.182 0.022 0.148 1.436 1.312 0.699 7.972 0.024 0.026 0.554 0.539 0.025 0.402 0.178 0.200 0.767 1.154 0.180 0.023 1.175 0.293 0.195 0.188 2.690 0.191 0.230 0.064 0.081 0.239 0.167 2.824 3.212 1.243 0.723 1.734 0.129 0.163 7.972 0.076 0.966 0.081 1.397 2.495 0.138 0.672 1.254 1.587 0.217 0.138 0.962 0.713 3.841 5.671 1.646 1.823 4.771 2.200 0.719 0.743 7.634 8.570 9.996 11.081 2.777 2.223 0.838 1.405 0.128 0.173 0.999 1.073 6.117 3.485 8727 chr5 4478829 4483136 + 0 NA Intergenic Intergenic -292612 NR_104619 101929153 Hs.385526 NR_104619 ENSG00000249521 LINC02114 - long intergenic non-protein coding RNA 2114 ncRNA 0.487 1.021 0.969 0.034 0.163 0.027 0.081 0.456 0.443 0.022 0.091 0.043 0.015 0.045 0.629 0.119 0.138 0.189 0.098 0.045 0.029 0.146 0.171 0.332 0.034 0.112 0.145 0.067 0.181 3.283 0.067 0.038 0.022 0.026 0.068 0.028 0.019 0.106 0.051 0.018 0.088 0.044 0.069 0.019 0.050 0.055 0.076 0.119 0.101 0.021 0.332 0.038 0.045 0.027 0.494 0.109 0.321 0.017 0.017 1.127 0.872 10.336 3.792 2.211 1.460 0.155 0.049 0.021 0.025 0.130 0.256 nan 1.139 nan 0.455 0.536 0.773 0.057 0.147 0.115 0.157 0.178 nan 1568 chr10 84330882 84348107 + 0 NA intron (NM_001010848, intron 2 of 8) intron (NM_001010848, intron 2 of 8) -346818 NR_120666 101929590 Hs.733268 NR_120666 ENSG00000225738 NRG3-AS1 C10orf100|Em:AC010157.1 NRG3 antisense RNA 1 ncRNA 0.432 0.709 0.511 0.033 0.067 0.013 0.033 0.075 0.174 0.006 0.053 0.054 0.007 0.041 0.036 0.015 0.084 0.037 0.037 0.011 0.014 0.016 0.054 0.062 0.062 0.004 0.079 0.006 0.037 0.014 0.053 0.288 0.076 0.039 0.047 0.087 0.041 0.070 0.010 0.009 0.032 0.004 0.090 0.046 0.033 0.012 0.009 0.031 0.015 0.013 0.014 0.062 0.014 0.029 0.084 0.010 0.012 0.022 0.069 0.014 0.013 0.015 0.009 0.327 0.234 0.299 0.314 0.108 0.162 0.107 0.049 0.076 0.071 2.981 3.264 0.277 0.298 0.226 0.128 0.069 0.093 0.087 0.128 0.247 0.376 0.169 0.211 5040 chr17 76773535 76788866 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2776 NM_004762 9267 Hs.191215 NM_004762 ENSG00000108669 CYTH1 B2-1|CYTOHESIN-1|D17S811E|PSCD1|SEC7 cytohesin 1 protein-coding 2.639 1.825 2.643 0.615 1.142 0.621 1.421 0.696 1.510 0.481 1.190 0.637 1.330 0.274 1.186 0.849 1.550 0.650 1.376 0.347 3.022 0.308 0.604 0.464 1.807 1.202 1.086 0.901 0.624 0.460 1.745 3.587 1.258 3.531 0.468 1.354 0.118 0.919 0.099 0.370 0.459 0.928 0.532 0.362 0.483 0.301 0.315 0.881 1.774 1.263 0.901 1.267 0.849 2.224 1.151 1.807 0.518 0.670 0.265 1.623 1.072 0.381 0.238 2.841 0.439 0.205 0.196 1.395 1.641 1.432 1.846 1.838 1.547 1.718 0.534 1.624 1.542 nan 2.203 1.650 2.631 5.069 4.042 0.610 1.068 0.652 0.794 2.368 6.694 nan 0.854 3399 chr14 23387142 23389412 + 0 NA promoter-TSS (NR_120599) promoter-TSS (NR_120599) 119 NM_001308044 55147 Hs.4997 NM_018107 ENSG00000100461 RBM23 CAPERbeta|PP239|RNPC4 RNA binding motif protein 23 protein-coding 10.766 4.464 4.051 4.951 11.231 6.725 4.495 4.606 8.055 0.884 3.823 3.150 1.713 1.892 5.915 3.624 4.024 1.529 3.255 2.329 4.784 0.061 2.544 1.304 5.121 3.536 4.050 0.850 4.475 1.557 13.486 15.869 7.414 16.961 2.361 4.368 1.457 4.597 0.236 2.171 4.241 5.321 4.156 1.380 3.976 3.735 2.847 4.230 5.988 4.988 3.067 4.116 3.624 6.616 3.967 5.121 2.969 2.121 6.272 5.033 5.439 3.079 1.653 2.237 3.871 2.870 1.899 3.293 3.397 8.959 13.888 11.059 8.502 10.979 8.534 0.343 0.276 7.705 7.745 7.869 11.460 12.594 11.648 5.543 7.610 10.749 11.344 6.855 6.084 4.160 2.586 2844 chr12 88534248 88543042 + 0 NA intron (NM_181783, intron 1 of 13) intron (NM_181783, intron 1 of 13) 2572 NM_181783 160418 Hs.331268 NM_181783 ENSG00000139324 TMTC3 LIS8|SMILE transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 3 protein-coding 1.379 1.902 0.925 1.514 1.151 0.526 0.705 0.657 1.197 0.304 1.248 0.778 0.493 0.249 1.019 4.741 1.197 0.171 0.951 0.195 0.502 0.111 1.247 0.690 1.131 0.809 0.796 0.318 1.164 0.472 0.965 1.403 0.820 4.335 0.616 1.579 0.956 0.863 0.095 0.470 0.363 0.681 0.720 0.390 0.801 0.452 0.964 0.777 0.981 0.854 0.536 0.930 4.741 0.567 1.034 1.131 0.877 0.862 0.309 0.878 0.643 0.369 0.423 0.591 0.451 0.399 0.173 1.382 1.168 1.625 2.211 2.429 2.430 8.680 2.201 4.896 5.050 1.932 2.553 2.364 3.438 1.613 1.598 0.687 1.763 5.660 7.560 1.868 1.671 2.126 1.401 10620 chr7 116055052 116200835 + 0 NA Intergenic Intergenic -11712 NM_001206747 858 Hs.212332 NM_001233 ENSG00000105971 CAV2 CAV caveolin 2 protein-coding nan 0.554 0.688 1.819 0.115 0.040 1.920 0.114 0.186 0.545 0.968 1.502 0.331 0.035 0.159 0.075 1.201 0.170 1.029 0.515 1.096 0.022 0.130 0.168 0.090 0.702 0.473 0.298 1.356 0.801 0.182 0.376 0.532 0.384 0.943 1.512 0.026 8.824 0.304 0.552 0.040 2.936 0.267 0.146 0.839 0.761 0.742 2.708 0.792 0.823 0.299 0.701 0.075 0.811 0.946 0.090 0.277 0.669 0.017 1.069 0.041 1.124 0.097 0.073 0.968 0.383 0.297 0.410 0.263 0.321 0.586 0.179 0.240 0.139 0.073 0.308 0.340 0.632 0.854 0.216 0.265 0.425 0.208 0.250 0.397 0.080 0.110 0.185 0.345 0.526 0.629 6804 chr20 3774978 3802804 + 0 NA promoter-TSS (NR_109859) promoter-TSS (NR_109859) -250 NR_109859 101929125 Hs.744106 NR_109859 ENSG00000275491 LINC01730 - long intergenic non-protein coding RNA 1730 ncRNA 3.018 5.325 4.868 1.709 3.044 3.675 2.709 2.609 5.223 1.488 4.592 2.810 0.368 2.224 4.360 2.580 2.588 0.506 2.430 1.001 2.949 0.598 1.423 0.738 3.111 3.886 4.279 2.147 1.068 1.840 3.904 10.160 4.731 9.390 1.584 5.786 0.870 0.884 0.080 1.901 1.544 4.724 2.941 1.398 2.456 1.568 1.431 5.658 8.818 3.401 2.140 3.101 2.580 2.836 3.214 3.111 1.422 2.603 1.067 3.217 3.007 5.426 1.965 0.914 2.696 1.795 1.416 3.986 6.560 2.301 5.919 5.101 4.760 4.753 1.510 3.778 4.176 2.653 3.412 6.939 7.520 2.521 2.318 1.980 3.557 3.856 4.126 1.995 2.535 3.032 1.440 5230 chr18 29225455 29239573 + 0 NA intron (NM_001330570, intron 2 of 7) intron (NM_001330570, intron 2 of 7) 32172 NM_004775 9331 Hs.591063 NM_004775 ENSG00000118276 B4GALT6 B4Gal-T6|beta4Gal-T6 beta-1,4-galactosyltransferase 6 protein-coding 0.922 0.888 0.948 0.072 0.152 0.024 0.178 0.398 0.729 0.331 0.175 0.517 4.682 0.377 0.492 0.570 0.063 0.114 0.240 0.142 0.238 0.039 0.295 0.106 0.373 0.234 0.099 0.219 0.105 0.041 0.045 0.193 0.100 0.672 0.072 0.175 0.269 0.077 0.084 0.102 0.827 1.193 0.076 0.083 0.105 0.020 0.231 0.118 0.063 0.260 0.106 0.150 0.570 0.061 0.111 0.373 0.061 0.047 0.062 1.497 0.094 0.195 1.348 0.106 0.070 0.020 0.015 0.881 1.498 0.866 nan 1.238 1.321 0.798 0.277 0.240 0.232 0.161 0.179 1.907 2.606 0.519 0.289 1.155 1.464 1.123 2.347 0.259 0.621 2.696 1.919 3575 chr14 57188317 57289452 + 0 NA Intergenic Intergenic 33497 NR_073036 5015 Hs.288655 NM_021728 ENSG00000165588 OTX2 CPHD6|MCOPS5 orthodenticle homeobox 2 protein-coding nan nan 3.068 0.068 0.339 0.035 0.039 0.321 0.591 0.012 0.056 0.040 0.018 0.069 0.164 0.473 0.090 0.093 0.075 0.006 0.041 0.012 0.126 0.147 0.308 0.012 0.029 0.013 0.072 0.017 0.082 0.223 0.106 0.285 0.030 0.061 0.367 0.049 0.112 0.012 0.134 0.089 0.024 0.021 0.026 0.057 0.103 0.133 0.052 0.030 0.123 0.080 0.473 0.069 0.028 0.308 0.039 0.031 0.158 0.090 0.041 0.028 0.114 6.323 0.028 0.023 0.011 0.287 0.232 2.400 2.100 0.462 0.542 0.837 0.320 0.421 0.436 0.137 0.208 0.689 0.608 7.227 6.767 0.229 0.332 0.906 1.283 7.893 15.311 nan 0.630 11882 chrGL000192.1 538873 546451 + 0 NA NA NA NA NA 3031 chr12 124559588 124587433 + 0 NA intron (NM_001347902, intron 2 of 4) intron (NM_001347902, intron 2 of 4) 115748 NM_152437 144348 Hs.524828 NM_152437 ENSG00000179195 ZNF664 ZFOC1|ZNF176 zinc finger protein 664 protein-coding 0.979 0.863 0.741 0.282 0.530 0.056 0.208 0.294 0.411 0.021 0.070 0.086 0.025 0.118 1.202 0.304 0.110 0.081 0.121 0.054 0.020 0.025 0.204 0.174 0.403 0.114 0.062 0.048 0.119 0.057 1.603 5.260 0.785 0.658 0.047 0.070 0.062 0.066 0.095 0.017 0.080 0.129 0.039 0.033 0.398 0.314 0.083 0.167 0.234 0.089 0.028 0.400 0.304 0.241 0.046 0.403 0.403 0.068 0.284 0.095 0.317 0.079 0.238 0.305 0.044 0.021 0.020 0.377 0.442 0.319 0.459 0.696 0.823 nan 0.896 0.281 0.289 0.263 0.413 1.754 2.066 1.540 1.468 0.296 0.395 0.206 0.315 0.477 1.316 1.475 1.004 5775 chr19 49135658 49142642 + 0 NA exon (NM_001352, exon 2 of 4) exon (NM_001352, exon 2 of 4) 1657 NM_001352 1628 Hs.414480 NM_001352 ENSG00000105516 DBP DABP|taxREB302 D-box binding PAR bZIP transcription factor protein-coding 3.724 3.711 4.124 4.382 3.660 4.560 1.925 6.359 12.331 3.483 5.700 3.056 1.609 2.757 10.573 3.893 3.410 0.751 3.433 1.228 3.810 4.997 2.128 0.946 4.329 1.316 1.321 2.014 3.071 1.194 4.845 8.315 5.242 8.512 1.406 1.821 0.916 6.207 0.176 0.843 1.963 5.487 1.277 0.888 1.558 0.625 4.275 1.241 6.174 4.089 4.486 2.755 3.893 5.392 2.705 4.329 1.699 4.069 2.096 4.509 2.509 1.438 3.858 3.573 1.794 1.745 1.776 4.076 5.528 3.685 6.292 5.569 5.158 5.565 2.450 9.531 10.248 5.232 5.782 6.392 9.395 6.056 5.951 4.422 5.705 2.765 2.645 2.206 7.118 3.984 1.637 7075 chr20 56800572 56812722 + 0 NA Intergenic Intergenic -2938 NM_001304369 140731 Hs.266571 NM_080674 ENSG00000124227 ANKRD60 C20orf86|bA196N14.3 ankyrin repeat domain 60 protein-coding 1.689 1.167 0.590 0.162 0.105 1.559 0.258 0.274 0.563 0.055 0.307 0.331 0.036 0.017 0.095 0.217 0.202 0.121 0.077 0.053 0.094 0.012 0.142 0.061 0.247 0.130 0.059 0.132 0.174 0.079 0.161 0.352 0.143 0.639 0.168 0.454 0.031 0.225 0.116 0.261 0.097 0.371 0.123 0.128 0.260 0.012 0.233 0.217 0.134 0.182 2.391 0.120 0.217 0.087 0.200 0.247 0.274 0.253 0.678 0.341 0.390 0.110 0.211 0.092 0.144 0.019 0.004 1.954 nan 0.157 0.151 0.767 0.478 1.462 0.313 0.246 0.300 0.421 0.764 0.194 0.228 1.070 0.792 0.485 0.694 0.349 0.491 0.289 0.549 0.491 0.504 7767 chr3 115738171 115789560 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 2 of 8) intron (NM_001318915, intron 2 of 8) -139892 NR_145779 109623450 NR_145779 SNORD155 - small nucleolar RNA, C/D box 155 snoRNA 1.586 nan 0.713 0.114 0.112 0.090 0.144 0.399 0.763 0.006 0.065 0.154 0.112 0.029 0.078 0.710 0.217 0.153 0.109 0.091 0.014 0.008 0.141 0.156 0.128 0.312 0.109 0.012 0.149 0.008 0.071 0.117 0.036 0.216 0.111 0.090 0.089 0.072 0.041 0.037 1.277 0.131 0.043 0.058 0.032 0.038 0.045 0.507 0.040 0.039 0.035 0.049 0.710 0.058 0.039 0.128 0.029 0.034 0.477 0.024 0.036 0.138 0.148 0.211 0.034 0.021 0.014 0.875 1.112 0.528 0.336 0.365 nan 0.405 0.194 0.384 0.442 nan 4.994 0.258 0.247 1.457 1.331 0.172 0.317 0.323 0.403 0.400 0.978 0.562 0.569 1062 chr1 205609163 205620258 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -12710 NM_021795 2005 Hs.497520 NM_001973 ENSG00000158711 ELK4 SAP1 ELK4, ETS transcription factor protein-coding 1.712 1.495 1.122 0.094 0.204 2.014 0.146 0.360 0.850 0.009 0.114 0.158 0.111 0.027 4.830 0.668 0.285 0.158 0.174 0.035 0.034 0.037 0.254 0.326 0.977 0.088 0.051 0.075 0.062 0.058 0.050 0.315 0.135 0.396 0.026 0.137 0.130 0.058 0.108 0.021 0.335 0.066 0.033 0.027 0.059 0.041 0.187 0.152 0.147 0.052 0.071 0.071 0.668 0.109 0.078 0.977 0.055 0.068 0.745 0.100 0.073 0.024 0.580 0.156 0.021 0.026 0.013 0.483 0.450 0.544 0.713 1.957 1.980 0.585 0.305 nan nan 1.034 1.210 1.009 1.261 1.035 0.872 0.352 0.339 0.353 0.275 0.519 1.282 1.249 0.810 3159 chr13 50693439 50705323 + 0 NA intron (NR_109974, intron 2 of 6) CpG 296 NR_152566 8847 Hs.547964 NR_002612 ENSG00000231607 DLEU2 ALT1|BCMSUN|DLB2|LEU2|LINC00022|MIR15AHG|NCRNA00022|RFP2|RFP2OS|TRIM13OS deleted in lymphocytic leukemia 2 (non-protein coding) ncRNA 4.333 nan nan 2.267 3.758 3.917 1.176 1.144 2.918 0.411 3.248 1.231 1.218 1.474 5.763 1.869 2.885 0.169 2.762 1.272 1.237 2.504 1.955 0.899 5.756 1.457 2.115 0.901 1.220 0.844 3.785 6.521 1.609 4.138 0.541 1.052 1.294 2.585 0.102 0.890 2.665 4.907 2.095 1.339 1.195 0.882 2.061 1.722 2.144 2.409 1.230 1.004 1.869 3.687 2.935 5.756 1.143 1.628 1.644 3.380 1.288 1.137 2.715 2.185 1.873 1.178 0.748 5.757 6.648 2.571 3.672 9.881 8.107 nan 4.057 6.653 6.228 2.913 3.585 4.639 7.580 5.921 6.465 3.297 6.104 4.322 4.878 6.389 nan 0.928 0.470 7392 chr22 35695062 35711760 + 0 NA intron (NM_005488, intron 1 of 14) intron (NM_005488, intron 1 of 14) 7614 NR_024195 10043 Hs.474705 NM_005488 ENSG00000100284 TOM1 - target of myb1 membrane trafficking protein protein-coding nan 2.313 1.164 2.946 0.858 0.410 1.462 0.530 0.771 1.344 1.772 0.936 0.339 0.222 1.056 0.448 0.525 0.126 2.436 1.172 0.833 0.200 0.323 0.183 1.002 0.583 0.520 0.221 1.217 0.386 2.724 nan 1.372 1.555 1.595 0.833 0.582 0.364 0.064 0.239 0.148 0.644 0.435 0.260 1.537 1.076 3.630 0.565 0.921 0.679 4.468 3.048 0.448 3.484 0.397 1.002 1.128 2.132 0.327 0.588 1.107 1.023 0.382 0.213 0.287 0.341 0.198 1.095 1.827 0.778 nan 1.188 1.028 3.680 0.842 1.349 1.374 0.726 nan 2.668 3.628 2.013 1.649 0.604 0.787 3.592 3.958 0.708 nan 1.465 0.895 3112 chr13 34115170 34122344 + 0 NA intron (NM_001243476, intron 3 of 17) intron (NM_001243476, intron 3 of 17) 132215 NM_001243476 90627 Hs.156551 NM_052851 ENSG00000133121 STARD13 ARHGAP37|DLC2|GT650|LINC00464 StAR related lipid transfer domain containing 13 protein-coding 2.814 2.901 2.388 1.539 3.191 4.616 1.346 1.632 3.002 0.614 2.214 1.109 1.530 1.099 2.494 1.495 2.142 0.228 1.971 0.714 1.338 0.308 1.938 1.069 5.355 0.961 0.915 0.321 0.985 1.164 3.180 4.659 1.419 6.154 1.075 2.223 0.712 1.492 0.143 0.837 1.802 1.589 2.279 0.794 1.094 1.018 2.923 2.483 1.284 0.762 0.875 1.114 1.495 1.740 1.551 5.355 0.936 1.815 0.391 1.191 2.293 1.024 3.931 1.543 1.875 0.963 0.836 8.490 8.657 5.124 4.214 9.710 10.755 8.479 6.528 5.423 5.355 5.034 5.224 7.200 10.828 5.081 4.739 4.316 7.629 3.459 4.325 7.165 7.361 2.370 1.129 7836 chr3 132758158 132766595 + 0 NA intron (NM_023943, intron 1 of 5) intron (NM_023943, intron 1 of 5) 5244 NM_023943 66000 Hs.191616 NM_023943 ENSG00000144868 TMEM108 CT124|RTLN transmembrane protein 108 protein-coding 1.012 nan nan 0.121 0.093 0.146 0.135 1.224 2.145 0.053 0.087 0.010 0.205 0.594 0.885 0.228 0.137 0.045 0.042 0.017 0.380 0.264 1.119 0.017 0.035 0.113 0.196 0.486 0.157 0.580 0.075 0.051 0.104 0.039 0.107 0.042 0.066 0.118 0.008 0.019 0.037 0.034 0.071 0.029 0.053 0.010 0.112 0.594 0.051 0.012 1.119 0.073 0.039 0.105 0.064 0.048 0.037 0.070 0.352 0.040 0.015 0.048 0.552 0.542 8.514 5.359 1.025 1.312 1.727 0.781 2.422 2.575 1.347 2.346 0.400 0.620 nan 0.324 0.177 0.263 0.245 0.240 0.537 1.922 1.848 0.961 3169 chr13 52333341 52346291 + 0 NA Intergenic Intergenic 38482 NM_001031719 79758 Hs.266728 NM_024705 ENSG00000102796 DHRS12 SDR40C1 dehydrogenase/reductase 12 protein-coding 0.802 nan nan 0.183 0.433 0.654 0.290 0.086 0.193 0.030 0.362 0.149 0.029 0.504 3.985 0.115 0.351 0.100 0.415 0.282 0.045 0.021 0.085 0.083 0.617 0.129 0.094 0.034 0.156 0.351 0.341 1.312 0.103 0.728 0.180 0.112 0.029 0.041 0.076 0.146 0.183 0.229 0.065 0.030 0.329 0.386 0.090 0.133 0.124 0.104 0.012 0.099 0.115 0.254 0.100 0.617 0.123 0.013 0.075 0.130 0.086 0.085 0.352 0.295 0.052 0.022 0.011 0.545 0.722 0.200 0.359 0.626 0.680 nan 0.278 0.303 0.252 0.324 0.486 1.021 1.210 0.549 0.407 0.561 0.855 0.168 0.197 0.826 nan 0.341 0.263 7381 chr22 30671590 30712085 + 0 NA intron (NM_031937, intron 3 of 8) intron (NM_031937, intron 3 of 8) -6221 NM_001037666 652968 Hs.444950 NM_001037666 ENSG00000239282 CASTOR1 GATSL3 cytosolic arginine sensor for mTORC1 subunit 1 protein-coding nan 0.980 0.894 0.892 0.276 0.662 0.825 0.230 0.356 0.919 1.019 0.495 0.351 0.134 0.139 0.262 0.433 0.124 1.600 0.953 0.318 0.099 0.179 0.085 0.204 0.332 0.200 0.117 0.473 0.325 1.646 nan 1.206 0.778 0.657 0.397 0.024 0.102 0.080 0.403 0.078 0.716 0.231 0.128 0.730 0.277 1.546 0.222 0.619 0.434 0.101 1.165 0.262 1.535 0.328 0.204 0.377 1.016 0.144 0.790 0.920 1.099 0.064 0.119 0.442 0.058 0.043 0.485 0.676 0.420 nan 0.414 0.476 0.663 0.246 0.625 0.657 0.508 nan 1.016 1.199 0.499 0.420 0.285 0.345 0.159 0.235 0.346 nan 1.033 0.804 2609 chr12 32627811 32645376 + 0 NA Intergenic Intergenic -2313 NM_001330374 121512 Hs.117835 NM_139241 ENSG00000139132 FGD4 CMT4H|FRABP|ZFYVE6 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 4 protein-coding 1.556 nan 1.321 0.440 0.330 0.052 0.114 0.101 0.223 0.060 0.175 0.095 0.018 0.074 0.233 0.095 0.046 0.054 0.234 0.064 0.057 0.024 0.108 0.123 0.252 0.146 0.054 0.038 0.116 0.036 0.107 0.173 0.208 0.372 0.017 0.360 0.189 0.067 0.108 0.007 0.234 0.100 0.103 0.044 0.031 0.053 0.219 0.253 0.232 0.182 0.318 0.090 0.095 0.167 0.066 0.252 0.056 0.057 0.105 0.050 0.072 0.054 0.084 0.275 0.069 0.020 0.015 0.596 0.594 0.520 0.773 0.663 0.627 0.588 0.303 0.439 0.475 2.999 3.676 0.349 0.373 0.492 0.236 0.173 0.245 1.037 0.990 0.285 0.777 0.641 0.499 10561 chr7 101456255 101468179 + 0 NA intron (NM_181552, intron 1 of 23) intron (NM_181552, intron 1 of 23) 1335 NM_181552 1523 Hs.191482 NM_001913 ENSG00000257923 CUX1 CASP|CDP|CDP/Cut|CDP1|COY1|CUTL1|CUX|Clox|Cux/CDP|GOLIM6|Nbla10317|p100|p110|p200|p75 cut like homeobox 1 protein-coding nan 0.851 2.092 0.810 0.607 0.375 2.587 0.566 0.819 0.504 1.603 1.780 5.468 0.561 0.807 0.944 0.847 0.120 3.344 1.149 3.590 0.921 0.606 0.396 1.552 0.991 1.056 1.473 3.628 0.566 1.692 3.092 3.447 1.477 0.557 2.278 0.208 1.658 0.179 0.714 0.673 2.273 1.244 0.726 2.227 2.343 0.879 1.190 6.174 4.368 1.931 2.328 0.944 2.748 1.609 1.552 2.009 3.386 0.278 4.083 0.683 1.972 0.536 0.323 0.419 0.512 0.410 1.116 1.428 1.480 2.452 1.418 1.320 1.417 0.626 2.346 2.004 1.034 1.633 1.164 1.801 1.537 1.508 1.276 2.842 1.352 1.371 1.032 nan 1.012 0.798 10403 chr7 66642039 66660455 + 0 NA intron (NR_134540, intron 13 of 14) intron (NR_134540, intron 13 of 14) -71863 NR_039793 100616310 NR_039793 ENSG00000266525 MIR4650-1 - microRNA 4650-1 ncRNA nan nan nan 0.051 0.441 0.052 0.128 0.235 0.624 0.046 0.154 0.239 0.070 0.387 0.204 0.548 2.003 0.497 0.112 0.021 0.024 0.015 0.350 0.334 0.409 0.124 0.055 0.044 0.134 0.029 0.162 0.651 0.205 0.518 0.095 0.140 1.112 0.071 0.173 0.022 0.461 0.085 0.020 0.013 0.055 0.059 0.193 0.149 0.088 0.120 0.025 0.076 0.548 0.085 0.116 0.409 0.073 0.086 0.206 0.066 1.028 0.133 0.495 0.296 0.041 0.038 0.022 1.100 1.495 1.024 0.901 0.543 0.519 8.092 2.978 0.490 0.415 0.948 1.312 1.608 1.876 1.224 1.241 0.418 0.972 3.694 4.561 0.541 1.252 3.532 1.621 6476 chr2 170422444 170443047 + 0 NA Intergenic Intergenic -2314 NM_001322048 79675 Hs.529276 NM_024622 ENSG00000138399 FASTKD1 - FAST kinase domains 1 protein-coding 2.290 1.480 1.705 0.962 1.131 0.741 0.928 0.547 1.233 0.334 0.855 0.561 0.246 0.321 1.064 1.058 0.722 0.205 1.033 0.416 0.602 0.228 0.734 0.509 1.260 0.617 0.647 0.529 0.760 0.368 1.262 1.700 0.888 2.839 0.370 1.102 0.168 0.680 0.106 0.456 0.419 1.309 0.818 0.390 0.529 0.474 0.569 0.599 0.956 0.983 0.501 0.734 1.058 1.508 1.163 1.260 0.316 0.494 0.435 1.385 0.349 0.628 0.542 1.935 0.615 0.439 0.212 1.507 1.342 1.924 2.846 1.712 1.530 1.993 0.930 3.512 3.560 1.758 2.224 1.381 2.080 3.291 3.132 1.147 1.852 1.118 1.167 3.851 6.009 1.087 0.638 10859 chr8 24429112 24436376 + 0 NA Intergenic Intergenic -26613 NR_125808 101929294 Hs.637673 NR_125808 LOC101929294 - uncharacterized LOC101929294 ncRNA nan 0.870 nan 0.060 0.048 0.061 0.010 0.133 0.223 0.043 0.089 0.034 0.027 0.074 0.245 0.061 0.133 0.044 0.052 0.025 0.130 0.090 0.083 0.019 0.023 0.010 0.113 0.090 0.366 0.029 0.152 0.020 0.066 0.080 0.101 0.016 0.029 0.081 0.014 0.022 0.116 0.013 0.146 0.090 0.030 5.051 0.075 0.245 0.056 0.012 0.083 0.219 0.034 0.071 0.016 0.056 0.021 0.027 0.120 0.010 0.016 0.331 0.265 0.138 0.095 nan 0.404 nan 0.056 0.045 0.085 0.158 0.255 0.285 0.246 0.578 0.184 0.131 0.137 0.058 0.150 0.336 0.729 nan nan 445 chr1 67389193 67401513 + 0 NA promoter-TSS (NM_001077704) promoter-TSS (NM_001077704) -573 NM_001077701 57708 Hs.605432 NM_020948 ENSG00000198160 MIER1 ER1|MI-ER1 MIER1 transcriptional regulator protein-coding 4.370 2.017 nan 3.226 2.565 2.453 1.667 1.186 2.486 1.284 3.289 2.252 1.127 1.904 5.091 1.458 2.404 0.314 3.802 1.197 2.641 1.195 2.459 1.188 2.877 1.171 1.006 1.231 4.493 1.300 2.242 3.614 1.555 6.204 1.079 2.813 0.671 3.345 0.177 1.295 1.451 3.176 1.571 0.922 1.987 2.643 2.202 2.251 1.883 2.239 1.748 1.002 1.458 3.623 7.086 2.877 1.070 1.623 0.584 2.347 1.476 2.599 1.388 1.144 1.781 0.825 0.494 2.258 3.681 2.606 4.121 4.888 4.928 3.830 1.607 7.180 6.936 nan nan 5.159 nan 4.546 4.037 2.076 4.283 4.179 3.242 4.374 5.641 2.504 1.140 9675 chr6 45386836 45423105 + 0 NA intron (NM_001024630, intron 4 of 8) intron (NM_001024630, intron 4 of 8) 14656 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.323 0.896 0.789 0.387 0.178 0.422 1.759 0.217 0.405 0.325 2.253 2.256 0.140 0.022 0.149 0.488 2.140 0.256 0.893 0.338 1.274 1.108 0.099 0.145 0.106 1.007 0.448 0.069 0.382 0.498 1.303 2.488 1.244 0.823 1.044 0.363 0.013 0.090 0.126 0.871 0.092 0.358 0.462 0.293 0.318 0.316 0.937 3.800 0.121 1.675 1.189 0.719 0.488 0.482 0.799 0.106 0.362 0.120 0.024 1.215 0.072 1.210 0.881 0.552 2.617 5.917 6.500 0.830 0.620 1.217 3.282 0.380 0.414 0.145 0.075 0.627 0.663 0.125 0.258 0.441 nan 0.513 0.260 0.888 2.147 0.085 0.110 0.636 1.558 0.567 0.507 5363 chr18 55251586 55263097 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -3372 NM_000140 2235 Hs.365365 NM_000140 ENSG00000066926 FECH EPP|FCE ferrochelatase protein-coding nan 1.170 1.626 0.437 0.929 0.276 0.646 0.445 0.708 0.140 0.921 1.167 0.220 0.242 0.418 1.879 0.284 0.042 0.221 0.051 0.854 0.289 0.352 0.149 1.279 0.367 0.446 0.563 0.196 0.229 0.273 0.663 0.235 1.628 0.152 1.597 0.175 0.669 0.051 0.134 0.748 0.911 0.193 0.217 0.294 0.087 1.424 0.356 0.969 0.829 0.350 0.716 1.879 0.279 0.394 1.279 0.639 0.237 0.178 0.928 0.486 0.233 0.243 0.227 0.119 0.118 0.062 1.185 1.498 1.444 2.709 2.230 2.530 6.532 1.413 6.315 6.489 0.683 0.949 1.352 2.267 1.254 1.142 0.776 1.193 1.388 2.258 0.841 0.977 nan 1.812 9919 chr6 131970118 131983849 + 0 NA intron (NR_133007, intron 5 of 23) intron (NR_133007, intron 5 of 23) 18608 NR_133007 5169 Hs.486489 NM_005021 ENSG00000154269 ENPP3 B10|CD203c|NPP3|PD-IBETA|PDNP3 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 3 protein-coding 0.703 0.996 1.251 0.219 0.378 0.028 2.619 0.310 0.515 0.014 0.186 0.147 0.009 2.040 0.039 0.374 0.087 0.117 1.710 0.939 0.037 0.020 0.478 0.185 0.651 0.659 0.261 0.011 1.697 0.616 1.784 7.403 1.927 0.528 1.128 0.051 0.333 0.071 0.128 1.673 0.011 0.094 0.093 0.079 1.850 1.441 0.204 0.110 0.071 0.368 0.695 0.316 0.374 0.563 3.207 0.651 0.250 0.097 0.021 0.059 0.524 1.240 0.015 0.061 0.116 0.038 0.015 0.405 0.285 0.259 0.289 0.331 0.405 nan 1.866 0.273 0.301 0.162 0.300 0.450 0.494 0.596 0.254 0.103 0.237 1.199 1.051 0.229 nan 0.865 0.581 4002 chr15 63755848 63811441 + 0 NA Intergenic Intergenic -13066 NR_046341 9960 Hs.458499 NM_006537 ENSG00000140455 USP3 SIH003|UBP ubiquitin specific peptidase 3 protein-coding 1.448 1.514 nan 0.714 0.720 0.150 1.209 0.346 0.599 0.144 1.045 1.054 0.890 0.452 0.428 0.310 0.800 0.162 0.824 0.506 0.897 0.633 0.775 0.497 0.824 0.721 0.549 0.278 0.669 0.613 2.194 4.185 1.304 1.448 0.846 1.309 0.817 0.373 0.101 0.361 0.178 1.069 0.637 0.299 0.819 0.462 0.672 0.848 3.022 0.420 1.158 2.670 0.310 0.912 0.786 0.824 0.814 1.221 0.213 0.388 0.569 0.658 0.246 0.871 0.349 0.248 0.204 1.593 2.117 1.153 1.959 0.900 0.912 nan 0.642 0.870 0.883 1.262 1.700 2.077 2.810 2.362 1.973 0.673 0.956 2.433 2.716 1.599 3.514 1.186 0.679 11172 chr8 102863126 102869644 + 0 NA intron (NM_001040628, intron 4 of 7) intron (NM_001040628, intron 4 of 7) -62946 NM_032041 83988 Hs.492427 NM_032041 ENSG00000104490 NCALD - neurocalcin delta protein-coding 2.511 nan nan 0.068 3.644 0.843 0.017 0.752 1.710 0.015 0.112 0.058 0.010 0.294 1.188 0.158 0.195 0.049 0.161 0.117 0.039 0.314 0.167 3.296 0.021 0.022 0.011 0.092 0.080 0.342 0.147 1.102 0.040 0.247 0.021 0.095 1.531 0.056 0.056 0.011 0.051 0.151 0.123 0.129 0.075 0.072 0.025 0.081 0.158 0.044 0.052 3.296 0.019 0.038 0.203 0.072 1.109 0.016 0.090 0.135 0.011 0.035 0.250 0.253 0.167 0.169 10.235 9.850 nan 0.487 0.764 0.567 0.416 nan 11.575 12.299 nan 2.035 0.184 0.314 1.326 0.814 0.144 nan 2.872 1.433 3866 chr15 21088974 21099444 + 0 NA Intergenic L1MA8|LINE|L1 -22228 NR_110752 102724631 Hs.722659 NM_207355 ENSG00000278522 POTEB3 POTE-15|POTEB POTE ankyrin domain family member B3 protein-coding nan 0.942 nan 0.014 0.144 0.010 0.027 0.187 0.319 0.027 0.062 0.044 0.012 0.115 0.025 0.123 0.089 0.112 0.041 0.018 0.079 0.053 0.074 0.054 0.023 0.014 0.039 0.010 0.046 0.033 0.055 0.418 0.014 0.150 0.054 0.010 0.084 0.008 0.044 0.023 0.022 0.021 0.023 0.205 0.113 0.054 0.034 0.026 0.123 0.020 0.017 0.023 0.071 0.024 0.027 0.017 0.059 0.236 0.024 0.030 0.011 0.019 0.823 0.357 5.515 2.205 0.172 0.159 0.226 0.120 0.581 0.389 0.321 0.335 0.216 0.194 nan 0.275 0.258 0.691 0.104 0.063 0.125 0.228 0.285 0.395 8544 chr4 129729489 129735152 + 0 NA promoter-TSS (NM_001287442) promoter-TSS (NM_001287442) -105 NM_001287441 79960 Hs.12420 NM_024900 ENSG00000077684 JADE1 PHF17 jade family PHD finger 1 protein-coding 6.685 7.344 nan 5.699 8.577 4.613 3.589 3.274 6.266 1.706 5.575 3.456 1.630 1.530 4.158 3.769 4.049 0.635 2.933 0.624 5.343 4.429 2.270 0.921 6.865 3.014 4.348 2.250 5.854 1.999 2.444 4.264 2.214 10.214 2.032 5.765 1.212 4.916 0.111 2.049 6.156 6.082 4.191 1.819 1.671 1.421 2.012 8.011 5.601 4.325 8.165 2.661 3.769 5.029 5.394 6.865 1.175 1.524 0.774 3.538 2.761 4.113 1.602 2.936 3.301 3.031 2.064 3.060 3.203 5.192 8.158 8.226 5.282 4.445 1.852 7.511 7.581 3.137 3.874 5.685 10.339 8.143 11.578 1.017 3.632 5.126 3.782 7.686 6.405 1.777 1.153 4741 chr17 37718462 37736446 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 36721 NM_006160 4761 Hs.322431 NM_006160 ENSG00000171532 NEUROD2 NDRF|bHLHa1 neuronal differentiation 2 protein-coding nan 1.038 0.706 0.713 0.181 0.121 0.213 0.744 1.443 0.111 0.342 0.073 0.250 0.044 0.510 0.811 0.167 0.133 0.323 0.095 0.230 0.208 0.341 0.166 0.553 0.166 0.165 0.152 0.245 0.041 0.184 0.362 0.278 1.114 0.073 0.179 0.195 0.312 0.082 0.111 0.089 0.244 0.157 0.083 0.085 0.101 0.171 0.509 0.500 0.219 0.250 0.140 0.811 0.397 0.080 0.553 0.116 0.097 0.678 0.662 0.300 0.136 0.116 0.214 0.106 0.077 0.043 2.552 4.734 0.579 0.574 nan 1.201 0.863 0.417 0.839 0.945 1.255 2.135 1.364 2.804 nan 2.009 0.368 0.562 0.619 0.305 0.681 0.924 1.729 0.941 3781 chr14 95621318 95625381 + 0 NA promoter-TSS (NR_015415) promoter-TSS (NR_015415) 410 NM_177438 23405 Hs.87889 NM_030621 ENSG00000100697 DICER1 DCR1|Dicer|Dicer1e|HERNA|K12H4.8-LIKE|MNG1|RMSE2 dicer 1, ribonuclease III protein-coding 9.838 4.083 nan 6.693 7.893 5.739 1.871 3.596 6.298 1.456 2.438 1.744 2.315 1.694 6.891 8.788 4.234 0.592 1.695 0.280 4.846 1.200 2.549 1.460 8.085 4.136 5.396 1.053 4.250 1.429 6.161 7.643 7.298 12.628 1.582 3.148 1.336 3.681 0.092 1.251 4.386 3.812 3.768 2.168 1.821 2.774 2.392 2.536 4.768 7.249 2.033 4.558 8.788 2.261 3.505 8.085 1.569 3.680 1.398 3.448 1.848 3.257 4.239 1.788 4.079 1.474 0.854 6.917 7.423 7.341 11.948 13.323 13.997 5.000 3.114 22.167 23.227 4.849 5.819 7.755 14.753 12.287 13.630 7.269 13.916 7.023 6.201 6.318 4.619 nan 1.956 6763 chr2 239191223 239201885 + 0 NA intron (NM_022817, intron 1 of 22) intron (NM_022817, intron 1 of 22) 653 NM_022817 8864 Hs.58756 NM_003894 ENSG00000132326 PER2 FASPS|FASPS1 period circadian regulator 2 protein-coding 3.627 nan 5.200 1.117 1.322 0.564 1.595 0.890 1.800 0.445 1.128 0.313 0.770 1.350 1.884 1.259 0.486 0.030 1.895 0.571 0.815 0.375 0.971 0.285 4.240 1.511 1.348 0.097 1.263 0.462 5.917 12.525 3.218 2.490 1.602 6.279 0.537 0.530 0.133 0.546 1.470 0.779 0.498 0.359 1.025 1.317 2.077 0.301 6.282 0.722 1.710 3.688 1.259 6.523 0.919 4.240 2.307 4.495 0.295 1.003 2.958 0.488 1.967 0.429 1.820 0.140 0.124 2.277 3.675 2.434 5.646 1.661 1.366 2.321 1.842 3.103 3.262 1.125 1.692 3.910 nan 1.324 1.730 2.555 3.596 3.780 2.770 1.478 1.310 1.412 0.988 9898 chr6 125295603 125337584 + 0 NA intron (NR_104440, intron 1 of 6) L1ME3D|LINE|L1 12083 NR_104440 154214 Hs.12876 NM_152553 ENSG00000146373 RNF217 C6orf172|IBRDC1|OSTL|dJ84N20.1 ring finger protein 217 protein-coding 0.947 1.046 0.958 0.121 0.210 0.269 0.172 0.215 0.300 0.155 0.280 0.758 0.058 0.060 0.135 0.330 0.897 0.122 0.310 0.122 0.263 0.033 0.057 0.114 0.148 0.562 0.265 0.038 0.157 0.085 1.534 3.288 0.296 0.357 0.116 0.496 0.089 0.095 0.113 0.155 0.009 0.206 0.057 0.047 0.243 0.082 0.502 0.143 0.361 0.269 0.030 0.229 0.330 0.092 0.120 0.148 0.591 0.088 0.053 0.036 0.061 0.030 0.038 0.230 0.186 0.025 0.012 0.534 0.404 3.483 2.801 0.358 0.501 2.153 0.887 0.295 0.303 0.286 0.421 0.405 0.314 0.560 0.275 0.072 0.203 0.568 1.250 0.576 2.011 0.346 0.290 7099 chr20 61366642 61377214 + 0 NA intron (NM_002531, intron 1 of 3) intron (NM_002531, intron 1 of 3) 31739 NM_002531 4923 Hs.590869 NM_002531 ENSG00000101188 NTSR1 NTR neurotensin receptor 1 protein-coding 0.890 0.903 1.149 0.814 0.116 6.774 1.119 0.288 0.381 0.036 0.354 0.665 0.028 0.543 0.411 0.099 0.058 0.520 0.558 0.096 0.039 0.120 0.148 0.253 0.110 0.102 0.086 0.078 0.626 0.791 3.216 0.142 0.711 1.549 0.970 0.102 0.059 1.752 0.030 1.645 4.680 1.859 0.155 0.029 0.730 1.646 0.177 3.360 0.037 1.303 0.411 0.582 0.342 0.253 1.434 0.205 0.449 3.589 0.113 0.578 0.145 0.213 3.391 3.988 4.200 1.453 nan 0.104 0.133 1.302 1.074 0.331 0.171 0.367 0.355 0.190 0.538 0.163 0.171 1.160 1.057 1.002 1.209 0.060 0.085 0.415 0.772 0.596 0.718 4603 chr17 14672141 14685782 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -239161 NR_135638 101928475 Hs.638944 NR_135638 ENSG00000232058 LOC101928475 - uncharacterized LOC101928475 ncRNA 0.465 0.430 0.565 0.021 0.020 0.016 0.062 2.256 3.290 0.167 0.033 0.074 0.483 0.022 0.047 0.057 0.027 0.047 0.054 0.041 0.087 0.021 0.023 0.048 0.017 0.005 0.010 0.011 0.095 0.088 0.113 1.356 0.192 0.011 0.126 0.035 0.064 0.083 0.008 0.105 0.237 0.066 0.051 0.088 0.034 0.067 0.059 0.221 0.031 0.058 0.199 0.057 0.031 0.051 0.017 0.072 0.335 0.038 0.052 0.104 0.065 0.028 0.095 0.017 0.015 1.390 1.932 3.354 15.069 0.148 0.203 0.172 0.089 0.276 0.400 0.066 0.155 0.133 0.158 nan 0.093 0.122 0.241 0.046 0.052 0.200 0.305 0.080 0.117 6284 chr2 102678369 102687840 + 0 NA Intergenic L1ME2|LINE|L1 -3732 NM_001320978 3554 Hs.701982 NM_000877 ENSG00000115594 IL1R1 CD121A|D2S1473|IL-1R-alpha|IL1R|IL1RA|P80 interleukin 1 receptor type 1 protein-coding 0.501 nan 0.554 0.717 0.065 0.035 2.540 0.070 0.180 1.785 1.514 6.199 0.013 0.021 0.028 0.338 1.251 0.119 1.851 1.366 1.631 0.029 0.067 0.097 0.063 2.208 1.489 0.085 0.531 0.266 0.462 1.685 4.434 0.448 1.276 11.058 0.010 0.057 0.081 1.684 0.051 3.852 0.669 0.377 1.827 0.781 1.446 2.391 5.221 0.142 4.544 4.202 0.338 1.343 2.752 0.063 1.937 0.847 0.060 0.935 1.068 2.522 0.054 0.013 1.378 0.225 0.235 0.387 0.244 0.382 0.609 0.350 0.484 0.142 0.071 0.359 0.371 0.095 0.270 0.816 0.676 0.245 0.083 0.176 0.366 0.045 0.049 0.118 0.198 0.100 0.251 1858 chr11 27367789 27393018 + 0 NA intron (NM_030771, intron 1 of 5) L2c|LINE|L2 4392 NM_030771 91057 Hs.143733 NM_030771 ENSG00000109881 CCDC34 L15|NY-REN-41|RAMA3 coiled-coil domain containing 34 protein-coding 1.025 1.482 0.990 0.231 0.957 0.591 0.269 0.533 0.936 0.133 0.358 0.398 0.037 0.167 0.569 0.934 1.074 0.194 0.223 0.120 0.252 0.257 1.187 0.656 1.175 0.176 0.089 0.129 0.160 0.159 0.207 0.572 0.444 5.153 0.087 0.274 0.774 0.363 0.096 0.089 0.217 0.365 0.208 0.143 0.099 0.082 0.256 0.318 0.951 0.203 0.216 0.185 0.934 0.195 0.623 1.175 0.068 0.181 0.153 0.166 0.486 0.166 0.141 0.215 0.204 0.075 0.041 1.087 1.049 0.647 1.106 1.655 1.844 2.859 0.965 0.519 0.554 1.160 1.606 1.456 2.011 0.804 0.576 0.442 0.785 2.531 3.980 0.538 0.774 2.254 1.060 6486 chr2 173599470 173616306 + 0 NA intron (NM_007023, intron 1 of 30) intron (NM_007023, intron 1 of 30) -6954 NR_026995 91149 Hs.711021 NR_026995 ENSG00000228016 RAPGEF4-AS1 - RAPGEF4 antisense RNA 1 ncRNA 1.515 1.000 0.788 0.111 1.215 0.159 0.030 0.508 0.959 0.029 0.106 0.104 0.015 0.083 0.776 0.630 0.177 0.086 0.190 0.034 0.015 0.058 1.005 0.486 2.705 0.057 0.017 0.074 0.129 0.031 0.287 0.662 0.097 2.925 0.034 0.182 0.188 0.251 0.089 0.042 0.123 0.206 0.036 0.039 0.026 0.041 0.239 0.108 0.426 0.625 0.315 0.124 0.630 0.160 0.050 2.705 0.019 0.073 0.144 0.506 0.802 0.033 0.204 0.210 0.014 0.014 0.015 1.626 1.486 1.898 1.337 2.267 1.917 3.345 1.115 0.623 0.633 0.740 0.960 5.913 6.001 0.939 0.872 0.392 0.719 1.117 1.001 0.621 0.846 1.492 0.947 718 chr1 151761855 151765251 + 0 NA promoter-TSS (NM_001083965) promoter-TSS (NM_001083965) 328 NR_146293 109729141 Hs.439525 NR_146292 ENSG00000203288 TDRKH-AS1 - TDRKH antisense RNA 1 ncRNA nan nan 6.574 1.878 2.912 1.275 1.721 1.512 2.148 0.649 0.545 0.685 0.422 0.931 4.898 2.371 1.072 0.190 2.868 0.697 0.474 0.451 1.979 1.015 3.168 1.046 0.571 1.369 2.935 1.276 17.546 18.194 1.894 10.290 0.843 0.305 0.366 1.963 0.142 0.846 0.937 2.002 1.121 0.783 1.680 0.498 1.274 0.670 1.496 2.364 5.143 4.959 2.371 2.493 1.658 3.168 0.723 2.584 0.575 2.900 3.398 1.091 3.606 1.236 0.405 0.390 0.194 2.412 3.344 2.269 3.076 9.420 nan 6.644 1.908 2.822 3.096 1.970 2.351 3.033 4.108 2.856 2.572 5.253 10.090 2.380 2.144 3.826 4.912 2.326 1.227 7678 chr3 88003458 88023864 + 0 NA intron (NM_001322208, intron 2 of 2) intron (NM_001322208, intron 2 of 2) -18065 NM_000866 3355 Hs.248136 NM_000866 ENSG00000179097 HTR1F 5-HT-1F|5-HT1F|5HT6|HTR1EL|MR77 5-hydroxytryptamine receptor 1F protein-coding nan 0.674 0.501 0.036 0.060 0.003 0.024 0.031 0.084 0.009 0.054 0.064 0.034 0.053 0.031 0.033 0.024 0.057 0.012 0.012 0.055 0.053 0.035 0.003 0.014 0.058 0.005 0.076 0.079 0.069 0.156 0.065 0.047 0.005 0.032 0.082 0.027 0.040 0.033 0.015 0.016 0.034 0.094 0.049 0.040 0.035 0.011 0.010 0.031 0.039 0.023 0.035 0.018 0.053 0.009 0.037 0.025 0.027 0.097 0.036 0.022 0.017 0.005 0.502 0.352 5.971 0.998 0.220 0.272 0.144 0.090 0.274 0.267 0.100 0.176 0.157 0.179 0.307 0.135 0.120 0.302 0.049 0.057 0.148 0.403 0.318 0.321 6520 chr2 180870298 180888765 + 0 NA Intergenic Intergenic -7751 NM_020943 57703 Hs.311363 NM_020943 ENSG00000163510 CWC22 EIF4GL|NCM|fSAPb CWC22 spliceosome associated protein homolog protein-coding 1.576 1.518 1.282 0.591 1.860 0.820 0.828 0.564 1.068 0.160 0.573 0.750 0.154 0.321 0.245 0.499 1.086 0.095 0.637 0.271 0.432 0.263 0.332 0.251 1.441 0.381 0.301 0.251 0.423 0.189 0.968 1.157 0.739 2.121 0.412 0.542 0.117 0.374 0.081 0.368 0.220 0.664 0.491 0.219 0.460 0.254 0.912 0.763 0.463 0.523 0.270 0.405 0.499 0.522 0.486 1.441 0.366 0.261 0.199 0.524 0.358 0.282 0.200 0.341 0.428 0.147 0.126 1.028 0.783 1.205 1.542 1.571 1.576 1.494 1.191 3.759 4.239 nan 1.151 3.114 3.448 1.418 1.236 0.542 0.891 0.651 0.825 1.110 nan 2.786 1.238 4689 chr17 29920595 29928293 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 22014 NR_029856 100126356 NR_029856 ENSG00000283978 MIR365B MIR365-2|MIRN365-2|hsa-mir-365b|mir-365b microRNA 365b ncRNA nan nan nan 1.707 0.230 0.079 3.446 0.345 0.314 1.226 1.609 1.737 0.024 0.965 0.035 0.151 2.319 0.157 4.074 2.906 1.922 0.072 0.138 0.041 0.147 2.075 1.619 1.252 1.002 2.210 0.137 0.647 0.302 0.834 1.141 1.001 0.013 0.042 0.085 4.758 0.126 4.467 2.780 1.251 2.422 0.568 1.099 13.152 0.925 3.256 0.412 1.177 0.151 1.460 1.339 0.147 0.429 3.572 0.064 2.658 0.650 1.729 0.053 0.282 1.148 2.200 1.911 0.566 0.482 0.194 0.400 0.400 0.533 0.985 0.419 0.487 0.440 0.286 0.542 0.492 0.994 0.960 0.613 0.405 0.466 0.261 0.299 0.281 nan 1.628 0.880 11176 chr8 103422439 103426317 + 0 NA intron (NM_001282873, intron 1 of 58) CpG 539 NM_015902 51366 Hs.492445 NM_015902 ENSG00000104517 UBR5 DD5|EDD|EDD1|HYD ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 5 protein-coding 11.931 nan 9.365 3.274 9.653 4.855 5.426 4.354 8.661 5.224 6.603 3.174 3.797 2.745 6.894 6.521 5.738 0.830 6.271 1.274 5.421 3.551 3.094 1.018 9.659 3.426 4.400 3.515 6.703 2.768 9.060 11.659 5.171 15.374 2.040 3.674 1.942 4.168 0.096 1.647 4.907 5.136 7.407 3.327 2.759 12.906 4.855 7.326 5.787 8.516 2.718 4.502 6.521 7.843 4.603 9.659 1.611 3.334 1.419 5.077 4.496 3.886 4.314 4.025 1.881 2.876 1.407 4.601 4.206 6.539 8.567 16.043 12.222 nan 3.252 22.574 23.043 4.642 5.722 13.114 19.604 nan 11.062 3.495 8.078 6.375 5.558 7.378 nan 3.278 1.559 868 chr1 170499991 170502497 + 0 NA promoter-TSS (NM_152281) promoter-TSS (NM_152281) -19 NR_027397 92344 Hs.183702 NM_152281 ENSG00000120370 GORAB GO|NTKLBP1|SCYL1BP1 golgin, RAB6 interacting protein-coding nan 6.362 6.644 4.635 6.246 3.199 4.915 2.608 5.046 2.548 5.268 6.832 2.157 0.879 8.531 8.911 13.389 2.650 5.845 2.276 4.495 4.394 3.932 2.474 5.400 6.709 8.428 1.857 5.240 2.690 5.336 8.482 5.934 13.351 2.643 6.833 1.034 6.587 0.149 2.033 2.147 6.554 5.913 2.242 3.985 2.818 5.341 10.383 4.432 5.058 3.271 3.397 8.911 6.570 5.826 5.400 1.550 3.097 0.891 4.834 4.218 3.010 4.505 3.130 4.928 2.688 2.617 5.223 4.774 20.355 26.160 15.536 14.866 11.774 5.097 4.852 4.664 8.524 11.189 11.145 16.202 9.476 9.060 6.322 11.605 5.908 6.954 9.945 13.860 5.670 2.205 10538 chr7 98790541 98829416 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -4866 NM_001145715 402569 Hs.253050 NM_001145715 ENSG00000185467 KPNA7 IPOA8 karyopherin subunit alpha 7 protein-coding nan 0.509 nan 2.227 0.262 0.030 4.008 0.211 0.348 0.167 0.271 0.777 0.065 0.067 0.110 0.396 0.120 0.150 0.826 0.707 0.062 0.039 0.177 0.155 0.194 0.825 0.560 0.060 1.846 2.304 0.526 2.312 1.410 0.328 1.305 0.882 0.017 0.092 0.152 0.286 0.210 0.453 0.133 0.098 2.426 2.393 2.110 0.786 1.575 0.549 0.623 2.741 0.396 1.664 1.675 0.194 1.602 2.800 0.088 0.127 0.112 1.213 0.073 0.035 0.390 0.159 0.112 0.361 0.237 0.209 0.429 0.288 0.426 0.615 0.163 0.360 0.384 0.163 0.268 0.177 0.295 0.270 0.125 0.246 0.360 0.148 0.198 0.136 nan 0.691 0.663 5189 chr18 20130417 20145294 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -139977 NM_172241 64693 Hs.406709 NM_022663 ENSG00000212710 CTAGE1 CT21.1|CT21.2|CTAGE|CTAGE-1|CTAGE-2 cutaneous T cell lymphoma-associated antigen 1 protein-coding 0.628 0.781 0.793 1.519 0.224 0.045 1.714 0.021 0.116 0.367 1.611 5.941 0.337 0.084 0.071 0.300 0.488 0.033 1.600 1.008 1.629 0.009 0.116 0.117 0.072 1.165 0.914 0.015 1.947 2.153 0.914 0.796 0.396 0.411 0.903 0.206 0.006 0.116 0.079 0.920 0.048 3.428 0.910 0.503 2.095 0.880 1.299 1.687 0.624 1.980 0.993 1.561 0.300 0.947 2.888 0.072 0.395 0.523 0.013 0.293 0.027 1.350 0.054 0.076 3.200 0.445 0.414 0.365 0.253 0.755 nan 0.349 0.378 0.688 0.199 0.352 0.279 0.103 0.139 0.106 0.118 0.454 0.226 0.235 0.455 0.076 0.131 0.267 0.869 0.463 0.635 2035 chr11 67052991 67059305 + 0 NA promoter-TSS (NM_207354) promoter-TSS (NM_207354) -614 NM_207354 338692 Hs.438673 NM_207354 ENSG00000172932 ANKRD13D - ankyrin repeat domain 13D protein-coding nan 2.392 1.442 2.688 3.308 3.921 2.388 2.568 4.580 1.332 4.060 6.345 0.903 1.832 3.540 2.647 1.459 0.129 2.775 0.404 4.990 1.751 1.114 0.774 3.793 2.005 2.601 2.570 1.446 0.718 3.476 7.531 5.346 7.225 1.647 2.457 0.632 2.848 0.091 1.793 2.074 8.315 3.922 1.556 2.295 1.019 3.348 3.935 4.200 4.259 3.436 3.636 2.647 2.921 3.357 3.793 1.395 2.354 1.048 12.228 3.881 4.374 1.534 0.670 2.696 1.541 0.780 4.011 5.730 2.599 4.478 7.215 5.933 7.409 3.398 2.903 3.331 2.724 3.605 8.291 9.875 2.905 3.394 1.730 3.795 2.888 2.693 1.920 2.258 1.717 1.157 6073 chr2 45870109 45880447 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -3765 NM_005400 5581 Hs.580351 NM_005400 ENSG00000171132 PRKCE PKCE|nPKC-epsilon protein kinase C epsilon protein-coding 2.054 nan 2.051 1.462 0.791 0.854 1.876 0.741 1.372 0.759 2.020 0.696 0.288 0.396 1.633 0.583 2.134 0.188 2.427 0.977 1.282 0.605 0.500 0.286 0.616 0.834 0.687 1.148 2.654 0.552 2.096 nan 1.873 3.739 0.905 0.928 0.037 1.005 0.105 0.614 0.393 1.594 1.585 0.999 1.281 0.864 2.135 1.391 2.913 2.651 2.766 1.777 0.583 2.897 2.207 0.616 0.983 1.209 0.330 3.540 0.323 1.290 0.401 0.047 0.734 0.713 0.397 0.347 0.873 1.303 2.392 nan 1.823 3.499 0.841 1.211 1.335 1.126 1.720 1.288 1.665 1.677 1.769 0.634 1.240 0.134 0.078 0.228 nan nan 0.405 197 chr1 27623436 27636742 + 0 NA intron (NM_001276252, intron 13 of 15) intron (NM_001276252, intron 13 of 15) -18547 NM_032125 84065 Hs.469171 NM_032125 ENSG00000186501 TMEM222 C1orf160 transmembrane protein 222 protein-coding 1.463 2.033 nan 0.137 0.751 7.579 0.769 0.253 0.615 0.112 0.450 0.090 0.047 0.144 2.882 0.738 0.191 0.169 0.333 0.243 0.350 0.083 0.437 0.210 0.190 0.063 0.033 0.133 0.138 0.213 0.091 0.394 0.181 5.263 0.196 0.141 0.143 0.115 0.120 0.220 0.212 0.473 0.050 0.040 0.021 0.248 0.108 0.135 0.104 0.153 0.267 0.124 0.738 1.123 0.079 0.190 0.009 0.087 0.621 0.241 0.496 0.541 0.037 0.539 0.590 0.026 0.004 0.609 1.094 0.301 0.665 2.631 3.057 0.353 0.151 0.496 0.568 2.878 4.163 2.601 3.501 2.070 1.770 0.347 0.485 0.549 0.423 0.917 2.033 1.817 0.817 8719 chr5 3302133 3327430 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 136832 NR_104617 102467074 Hs.575250 NR_104617 ENSG00000249808 LINC01377 - long intergenic non-protein coding RNA 1377 ncRNA 0.373 0.684 0.984 0.472 0.087 0.022 0.044 0.291 0.589 0.148 0.046 0.060 0.008 0.048 0.144 1.311 0.175 0.137 0.100 0.007 0.020 0.038 0.124 0.155 1.867 0.005 0.026 0.015 0.124 0.005 0.123 0.130 0.159 0.757 0.052 0.115 0.015 0.026 0.096 0.271 0.082 0.132 0.087 0.012 0.013 0.064 0.103 0.263 0.055 0.030 0.025 0.154 1.311 0.095 0.018 1.867 0.040 0.282 0.431 0.009 0.069 0.015 0.723 0.029 0.410 0.787 0.626 0.827 1.211 3.121 nan 2.233 1.940 0.112 0.081 0.047 0.050 0.157 0.292 nan 0.136 nan 1.750 0.567 1.091 0.068 0.088 0.083 0.098 0.223 nan 853 chr1 166939856 166951647 + 0 NA intron (NM_001286378, intron 1 of 12) L2c|LINE|L2 932 NM_001286378 84944 Hs.651245 NM_032858 ENSG00000143194 MAEL CT128|SPATA35 maelstrom spermatogenic transposon silencer protein-coding 0.874 nan 1.262 0.209 0.424 0.085 0.083 1.099 2.414 0.008 0.139 0.242 0.011 0.042 2.526 1.283 0.121 0.190 0.197 0.080 0.011 0.023 0.526 0.425 1.277 0.082 0.048 0.081 0.103 0.027 0.157 0.169 0.071 1.701 0.049 0.110 0.049 0.128 0.089 0.080 0.082 0.364 0.164 0.113 0.037 0.046 0.106 0.232 0.235 0.120 0.159 0.069 1.283 0.248 0.028 1.277 0.103 0.049 0.066 0.208 0.063 0.033 0.193 0.096 0.042 0.259 0.116 0.486 0.492 0.568 0.719 6.713 nan 5.988 1.507 0.198 0.192 0.736 1.253 0.843 nan 0.401 0.248 0.517 0.851 0.348 0.278 0.257 0.619 3.307 1.654 4024 chr15 68230297 68247524 + 0 NA Intergenic Intergenic -106527 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 0.745 0.814 nan 0.084 0.163 0.013 0.120 0.158 0.258 0.114 0.107 0.108 4.029 0.012 0.103 0.200 0.129 0.220 0.128 0.033 0.037 0.064 0.063 0.112 0.121 0.092 0.038 0.141 0.092 0.079 0.201 0.480 0.099 0.376 0.260 0.167 0.034 0.051 0.092 0.016 0.053 0.203 0.010 0.032 0.082 0.045 0.262 0.155 1.184 0.080 0.106 0.436 0.200 0.302 0.092 0.121 0.053 0.096 0.048 0.063 0.089 0.152 0.113 0.183 0.145 0.020 0.003 0.365 0.354 0.328 0.614 0.287 0.267 nan 0.108 0.187 0.221 0.399 0.619 0.313 0.281 0.587 0.249 0.262 0.379 0.084 0.087 0.416 1.018 0.437 0.319 5187 chr18 19921346 19932253 + 0 NA Intergenic Intergenic 71079 NM_172241 64693 Hs.406709 NM_022663 ENSG00000212710 CTAGE1 CT21.1|CT21.2|CTAGE|CTAGE-1|CTAGE-2 cutaneous T cell lymphoma-associated antigen 1 protein-coding 0.486 0.563 0.767 1.609 0.081 0.026 1.144 0.148 0.252 0.018 0.472 5.221 0.159 0.027 0.089 0.183 0.129 0.179 0.417 0.350 0.023 0.013 0.071 0.146 0.077 0.315 0.172 0.034 0.828 0.321 0.287 0.818 0.221 0.213 0.617 0.090 0.027 0.099 0.090 0.129 0.036 0.315 0.276 0.243 0.858 0.056 1.212 0.399 0.653 0.314 2.305 1.239 0.183 0.594 0.280 0.077 0.964 0.364 0.017 0.214 0.056 0.464 0.399 0.068 1.148 0.005 0.014 0.585 0.709 1.913 5.397 0.348 0.382 2.272 0.707 0.547 0.621 0.052 0.192 0.076 0.081 0.618 0.503 0.630 0.976 0.065 0.143 0.176 0.544 0.334 0.562 8576 chr4 146653344 146658163 + 0 NA Intergenic Intergenic 54397 NM_001080531 646603 NM_001080531 ENSG00000237136 C4orf51 - chromosome 4 open reading frame 51 protein-coding 2.738 2.963 2.984 7.608 3.145 1.152 5.396 0.841 1.470 3.258 3.959 4.713 2.171 0.576 0.905 1.828 3.543 0.265 2.811 1.362 1.574 0.374 0.540 0.337 1.937 2.816 2.972 0.805 4.755 4.532 0.916 2.139 1.362 3.572 2.646 0.384 0.434 0.855 0.123 1.909 2.341 9.150 7.044 2.740 2.779 3.439 2.959 9.882 0.996 2.339 0.245 0.740 1.828 4.155 0.303 1.937 1.016 2.284 0.320 1.289 0.794 3.244 0.357 2.146 2.241 4.116 3.152 1.034 1.258 7.206 7.795 2.625 2.149 3.255 1.496 1.706 1.627 1.183 1.640 3.754 6.415 3.348 3.404 0.852 1.805 1.479 1.298 3.452 3.441 1.480 0.611 7487 chr22 50322109 50364931 + 0 NA Intergenic Intergenic -10623 NM_001001852 415116 Hs.530381 NM_001001852 ENSG00000198355 PIM3 pim-3 Pim-3 proto-oncogene, serine/threonine kinase protein-coding 1.137 1.256 nan 4.385 0.712 0.707 1.308 0.863 1.826 1.127 2.980 0.529 0.469 0.607 0.448 2.574 0.986 0.138 2.744 0.961 1.767 0.166 0.633 0.299 1.786 0.721 0.828 1.014 4.181 0.934 6.838 13.044 6.220 1.383 1.050 1.183 0.284 1.149 0.111 0.432 0.592 2.068 1.466 0.660 1.330 0.850 1.401 0.770 2.865 1.512 4.526 5.657 2.574 3.626 0.922 1.786 1.729 5.216 0.491 2.667 3.525 0.772 0.544 0.414 0.267 0.605 0.344 1.472 2.581 1.112 2.132 1.828 1.638 1.138 0.433 1.918 1.871 0.319 0.568 2.582 3.777 1.163 1.091 0.754 1.150 1.074 1.353 1.003 1.214 1.600 0.884 6265 chr2 99075936 99083645 + 0 NA intron (NM_001351426, intron 1 of 25) intron (NM_001351426, intron 1 of 25) 17317 NM_001351429 3631 Hs.469386 NM_001566 ENSG00000040933 INPP4A INPP4|TVAS1 inositol polyphosphate-4-phosphatase type I A protein-coding 1.578 1.259 1.985 0.915 1.612 0.476 1.462 0.166 0.450 0.107 0.616 1.379 1.235 0.013 0.690 0.762 0.157 0.084 0.941 0.517 0.180 0.089 0.243 0.191 0.641 0.900 0.672 0.152 0.574 1.268 0.576 2.735 1.338 1.992 1.142 0.244 0.345 0.014 0.091 0.737 0.186 0.167 1.350 0.657 0.979 1.267 0.459 0.257 0.313 0.175 0.010 0.648 0.762 2.810 0.284 0.641 0.485 0.171 0.388 0.211 0.853 0.133 0.104 0.941 0.344 0.067 0.040 0.467 1.009 0.495 0.844 1.445 1.459 10.175 3.462 0.609 0.764 1.383 2.033 2.503 2.419 1.160 0.648 0.361 0.442 1.736 1.441 1.792 2.535 0.978 0.571 4393 chr16 59574239 59580858 + 0 NA Intergenic Intergenic 211547 NR_028471 644649 Hs.250392 NR_028471 APOOP5 - apolipoprotein O pseudogene 5 pseudo nan nan nan 1.306 0.088 0.025 0.397 0.102 0.151 0.015 0.187 0.014 0.009 0.040 0.038 0.034 0.049 0.527 0.058 0.048 0.021 0.023 0.063 0.055 0.021 0.034 0.605 0.113 0.171 0.199 0.127 0.117 0.396 0.270 0.033 0.025 0.011 0.014 0.027 4.784 0.080 0.058 0.060 0.111 0.024 0.027 0.038 0.129 0.057 0.055 0.021 0.035 0.014 0.035 0.015 0.095 0.016 0.019 0.160 0.061 0.023 0.269 0.089 0.071 0.327 0.131 0.198 0.090 0.047 0.291 0.217 0.102 nan nan nan nan 0.088 0.096 0.130 0.026 0.023 0.169 nan nan 0.241 2136 chr11 79850199 79867555 + 0 NA Intergenic Intergenic 614969 NR_120570 101928944 Hs.547927 NR_120570 ENSG00000255178 LOC101928944 - uncharacterized LOC101928944 ncRNA nan 0.639 0.452 0.049 0.081 0.045 0.020 0.139 0.249 0.006 0.062 0.043 0.018 0.046 0.421 0.289 0.052 0.009 0.131 0.011 0.018 0.016 0.154 0.137 0.257 0.008 0.021 0.017 0.138 0.031 0.141 nan 0.089 0.382 0.185 0.036 0.011 0.050 0.122 0.027 0.048 0.176 0.026 0.005 0.117 0.040 0.133 0.144 0.033 0.016 0.077 0.038 0.289 0.069 0.021 0.257 0.074 0.062 0.123 0.013 0.041 0.014 3.720 0.014 0.024 0.020 0.012 2.546 1.222 1.329 0.576 0.462 0.602 0.140 0.122 16.774 18.076 0.186 0.332 0.324 0.369 0.331 0.135 4.081 4.517 0.322 0.338 0.154 0.187 0.701 0.684 11550 chr9 38348800 38401344 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -17589 NM_000692 219 Hs.436219 NM_000692 ENSG00000137124 ALDH1B1 ALDH5|ALDHX aldehyde dehydrogenase 1 family member B1 protein-coding 0.772 nan 1.116 0.107 0.266 0.433 0.160 0.309 0.638 0.059 0.169 0.151 0.033 0.078 0.273 0.871 0.304 0.096 0.503 0.346 0.055 0.040 0.131 0.147 0.208 0.739 0.487 0.121 0.224 0.373 0.231 0.578 0.061 0.966 0.189 0.161 0.080 0.136 0.066 0.058 0.283 0.221 0.203 0.101 0.554 0.118 0.252 0.619 0.338 0.260 0.826 0.215 0.871 0.414 0.053 0.208 0.072 0.091 0.090 0.628 0.129 0.295 0.101 0.156 0.077 0.093 0.055 0.443 0.529 1.084 1.379 0.604 0.679 5.188 1.455 0.346 0.351 0.474 0.830 0.559 0.683 0.572 0.419 0.340 0.542 0.479 0.735 0.281 0.616 1.930 1.204 2685 chr12 53438486 53460842 + 0 NA intron (NM_198316, intron 10 of 28) intron (NM_198316, intron 10 of 28) -1064 NR_106815 102466193 NR_106815 ENSG00000278108 MIR6757 hsa-mir-6757 microRNA 6757 ncRNA nan 1.593 2.543 0.803 1.362 1.626 2.026 0.625 0.959 0.733 3.279 1.272 0.200 2.007 1.297 0.649 1.436 0.212 1.131 0.442 2.596 0.304 0.575 0.447 1.174 1.661 1.534 0.958 0.556 0.652 3.383 5.764 2.171 3.008 0.698 3.201 0.260 0.715 0.059 1.129 0.241 3.472 2.099 0.951 1.093 0.267 0.714 1.176 4.084 2.808 1.324 0.992 0.649 1.355 8.479 1.174 0.672 0.778 0.626 3.309 1.752 1.583 0.304 0.320 1.931 0.459 0.364 nan 2.212 1.712 2.415 2.135 nan 3.779 1.179 1.893 1.964 1.081 nan 5.746 nan 0.875 0.761 0.606 0.975 1.101 0.905 0.663 1.145 2.420 1.182 3517 chr14 39636966 39647006 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -2352 NM_001079537 122553 Hs.13303 NM_177452 ENSG00000182400 TRAPPC6B NEDMEBA|TPC6 trafficking protein particle complex 6B protein-coding nan 2.747 nan 3.169 5.132 4.457 2.243 2.426 4.226 1.265 2.099 3.004 3.857 1.857 4.685 2.402 3.676 0.787 2.703 1.004 3.530 2.478 1.528 0.903 3.686 2.907 3.097 0.797 4.314 1.721 16.250 17.312 4.702 7.747 2.170 3.198 1.172 3.602 0.208 1.658 2.334 3.269 3.425 1.851 2.364 2.656 2.191 3.404 3.195 2.295 2.094 2.367 2.402 4.241 6.732 3.686 2.209 1.644 1.048 3.663 2.351 3.138 1.469 1.280 2.765 1.715 1.042 2.539 2.511 5.236 6.902 7.052 5.960 7.193 3.753 10.926 12.086 4.548 5.979 6.764 10.613 9.653 9.788 2.681 4.107 6.076 6.298 4.612 4.287 3.622 1.664 11717 chr9 113500807 113521209 + 0 NA intron (NM_001166280, intron 8 of 12) intron (NM_001166280, intron 8 of 12) 79957 NM_001166280 4593 Hs.521653 NM_005592 ENSG00000030304 MUSK CMS9|FADS muscle associated receptor tyrosine kinase protein-coding 0.541 1.291 nan 0.360 0.219 1.763 5.687 0.119 0.230 0.544 1.061 2.449 0.030 0.049 0.066 0.294 2.415 0.204 1.712 1.105 1.129 0.734 0.077 0.101 0.082 2.721 1.938 0.152 2.156 1.631 0.409 nan 2.247 0.833 1.402 1.230 0.009 0.037 0.085 0.871 0.109 5.457 0.316 0.268 1.618 0.552 1.316 2.484 0.682 0.752 0.796 2.066 0.294 0.311 1.031 0.082 0.634 0.309 0.005 0.632 0.129 1.296 0.063 0.085 1.130 0.469 0.771 0.196 0.124 0.290 0.420 0.330 0.389 0.072 0.049 0.234 0.235 0.336 0.577 0.507 nan 0.517 0.229 0.067 0.215 0.125 0.160 0.147 0.179 nan 0.338 3028 chr12 123847401 123851691 + 0 NA promoter-TSS (NR_107039) promoter-TSS (NR_107039) -156 NR_107039 102466877 NR_107039 ENSG00000284425 MIR8072 hsa-mir-8072 microRNA 8072 ncRNA 4.664 2.938 2.793 5.261 4.111 2.768 3.658 2.370 4.110 1.786 2.890 3.221 2.219 2.052 5.096 3.151 2.909 0.342 3.225 1.061 5.738 3.329 2.546 1.250 3.509 2.688 3.919 3.921 4.700 1.613 5.841 7.815 3.235 8.304 1.799 6.758 1.254 6.085 0.265 1.956 2.012 4.558 4.953 2.470 2.315 2.250 3.495 4.494 7.267 5.717 3.525 3.437 3.151 5.679 5.050 3.509 2.684 1.730 0.998 7.522 2.959 2.811 1.724 2.386 2.525 3.248 1.525 4.569 5.427 5.689 9.072 6.408 6.074 nan 4.005 15.370 15.796 4.465 5.630 9.813 17.843 5.369 6.088 2.902 5.713 5.328 7.204 7.638 7.554 3.770 1.943 3978 chr15 59037613 59043229 + 0 NA intron (NM_001110, intron 1 of 15) intron (NM_001110, intron 1 of 15) 1756 NM_001110 102 Hs.172028 NM_001110 ENSG00000137845 ADAM10 AD10|AD18|CD156c|CDw156|HsT18717|MADM|RAK|kuz ADAM metallopeptidase domain 10 protein-coding 3.100 3.135 3.166 4.406 2.606 1.685 0.755 1.455 2.874 1.140 2.154 1.791 1.023 0.625 2.733 1.890 2.843 0.170 1.638 0.476 0.595 0.837 1.312 0.914 4.312 1.215 1.582 1.646 1.744 0.749 2.636 3.436 2.015 6.989 0.858 0.914 0.743 2.324 0.113 0.872 1.658 2.002 1.613 0.749 1.048 0.461 2.846 2.801 4.042 2.623 0.941 2.208 1.890 3.142 2.352 4.312 1.640 1.854 0.754 2.650 2.149 1.571 2.221 1.145 1.380 0.913 0.658 2.846 3.775 8.425 8.401 8.010 6.474 3.676 1.026 5.504 5.413 3.163 3.917 3.736 6.406 11.362 12.601 2.886 6.172 3.114 3.433 4.423 4.723 1.515 0.747 1111 chr1 213820706 213855044 + 0 NA Intergenic MLT1M|LTR|ERVL-MaLR -260217 NR_046189 100861504 Hs.742586 NR_046189 LINC00538 PROX1UT|Yiya long intergenic non-protein coding RNA 538 ncRNA 1.073 1.282 1.203 0.046 3.103 0.076 0.052 0.675 1.104 0.011 0.059 0.071 0.013 0.724 0.635 0.254 0.100 0.142 0.034 0.016 0.022 0.004 0.963 0.554 3.085 0.008 0.015 0.017 0.066 0.006 0.097 0.278 0.114 nan 0.034 0.066 0.089 0.042 0.100 0.021 0.081 0.054 0.019 0.020 0.026 0.044 0.114 0.127 0.050 0.021 0.057 0.063 0.254 0.043 0.032 3.085 0.114 0.082 0.051 0.039 0.314 0.043 0.040 0.227 0.048 0.022 0.015 0.437 0.336 0.367 0.468 2.110 2.710 nan 0.727 0.788 0.826 0.289 nan 4.979 3.878 0.561 0.367 0.118 0.175 0.379 0.396 0.393 0.926 1.429 0.807 8500 chr4 106551303 106560083 + 0 NA intron (NM_001242729, intron 4 of 13) intron (NM_001242729, intron 4 of 13) 72945 NR_046840 100874374 Hs.668908 NR_046840 ENSG00000249885 ARHGEF38-IT1 - ARHGEF38 intronic transcript 1 ncRNA 0.624 nan nan 0.164 0.650 0.019 0.170 0.276 0.378 1.272 0.089 0.600 0.165 0.043 0.072 0.233 0.264 0.091 0.330 0.195 0.022 0.338 0.179 0.131 0.232 0.135 0.025 0.017 0.100 0.048 0.275 1.720 1.268 0.906 0.603 0.062 0.033 0.025 0.078 0.074 0.054 0.073 0.014 0.126 0.061 0.261 0.102 0.093 0.073 0.794 1.634 0.233 0.096 0.063 0.232 0.443 2.069 0.011 0.007 0.208 0.180 2.158 0.098 0.043 0.033 0.012 1.060 1.346 6.972 11.711 0.269 0.261 0.140 0.048 0.210 0.196 0.656 nan 0.568 0.512 0.368 0.190 0.612 2.468 0.186 0.224 0.381 nan 0.486 0.333 11459 chr9 14051507 14067509 + 0 NA Intergenic Intergenic 121293 NM_001282787 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 0.934 0.058 0.248 7.513 0.054 0.323 0.532 0.018 0.024 0.130 0.027 0.019 0.239 0.400 0.136 0.080 0.059 0.012 0.177 0.152 1.100 0.017 0.027 0.005 0.021 0.006 0.040 0.339 0.161 1.592 0.073 0.044 0.149 0.034 0.068 0.084 0.040 0.004 0.015 0.014 0.029 0.090 0.111 0.061 0.062 0.030 0.033 0.400 0.049 0.069 1.100 0.023 0.026 0.043 0.029 0.082 0.005 0.104 0.061 0.024 0.025 0.016 0.249 0.085 0.391 0.732 1.546 1.864 0.463 0.294 0.104 0.090 5.571 6.993 0.730 1.256 0.476 0.336 0.208 0.312 0.248 0.233 0.190 0.428 1.148 0.866 3249 chr13 92977195 92985278 + 0 NA intron (NM_004466, intron 7 of 7) intron (NM_004466, intron 7 of 7) 23224 NR_120382 100873970 Hs.567269 NR_120382 GPC5-AS2 - GPC5 antisense RNA 2 ncRNA 1.033 1.035 1.014 0.615 0.035 0.009 0.240 0.494 0.077 0.087 0.046 0.184 0.319 0.268 0.082 0.020 0.039 0.017 0.156 0.103 1.228 0.017 0.009 0.026 0.026 0.060 0.115 0.035 0.286 0.018 0.047 0.105 0.013 0.080 0.029 0.203 0.092 0.015 0.022 0.013 0.047 0.024 0.010 0.045 0.010 0.268 0.035 0.012 1.228 0.057 0.059 0.057 0.534 0.019 0.168 0.010 0.021 0.013 0.516 0.359 0.217 0.205 1.790 2.585 2.343 0.523 0.126 0.136 0.149 0.266 11.151 5.731 1.232 0.857 0.225 0.304 0.555 0.538 0.740 1.601 0.346 0.192 8771 chr5 13177783 13191195 + 0 NA Intergenic Intergenic -151491 NR_147005 105374658 NR_147005 LINC02220 - long intergenic non-protein coding RNA 2220 ncRNA nan nan nan 0.064 0.260 0.024 0.101 0.121 0.178 0.007 0.071 0.063 0.019 0.037 0.106 0.751 0.216 0.099 0.150 0.042 0.038 0.010 0.247 0.221 0.134 0.010 0.005 0.011 0.132 0.008 0.098 0.421 0.175 nan 0.073 0.468 0.033 0.112 0.018 0.036 0.069 0.023 0.023 0.065 0.058 0.115 0.075 0.024 0.023 0.024 0.034 0.751 0.122 0.134 0.036 0.084 0.036 0.017 0.083 0.023 0.074 0.018 0.006 0.026 0.015 0.616 0.555 2.256 1.601 0.308 0.355 0.133 0.091 0.119 0.120 4.903 5.096 0.325 0.362 1.312 1.038 0.166 0.206 1.876 1.526 0.138 nan 1.586 0.965 4608 chr17 15901458 15904486 + 0 NA promoter-TSS (NM_001042698) promoter-TSS (NM_001042698) 34 NM_001042698 125150 Hs.593985 NM_001042697 ENSG00000214941 ZSWIM7 SWS1 zinc finger SWIM-type containing 7 protein-coding 8.970 3.999 4.523 2.846 3.739 2.001 2.557 3.051 7.003 2.176 3.999 1.476 1.101 1.420 3.406 6.604 1.638 0.365 3.767 1.041 4.423 1.787 1.195 0.929 5.060 1.575 1.996 1.482 3.829 1.432 5.033 5.556 5.848 8.786 2.493 4.198 0.346 1.465 0.081 1.358 2.301 9.707 5.068 2.465 2.581 2.992 4.063 3.171 8.167 6.163 2.195 2.339 6.604 6.586 7.581 5.060 1.329 2.731 1.564 8.355 12.419 4.995 1.202 3.292 3.090 3.703 2.629 5.338 6.606 7.436 11.796 9.960 7.407 10.314 3.534 7.727 6.747 3.249 4.538 11.099 15.697 11.608 14.477 2.095 4.082 3.783 2.898 7.538 6.920 2.446 1.420 2238 chr11 110348622 110363862 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 55581 NM_004109 2230 Hs.744 NM_004109 ENSG00000137714 FDX1 ADX|FDX|LOH11CR1D ferredoxin 1 protein-coding 0.998 0.831 0.737 0.038 0.148 2.117 0.168 0.143 0.263 0.025 0.109 0.055 0.019 0.026 0.113 0.902 0.221 0.052 0.124 0.124 0.037 0.133 0.183 0.086 0.050 0.048 0.019 0.083 0.104 0.031 0.170 0.078 0.415 0.048 0.042 1.173 0.057 0.104 0.023 0.403 0.198 0.040 0.015 0.141 0.071 0.151 0.186 0.043 0.028 0.026 0.087 0.902 0.084 0.055 0.086 0.016 0.049 0.197 0.023 0.040 0.197 0.461 0.554 0.055 0.011 0.013 1.584 nan 0.254 0.263 0.640 0.734 1.611 0.333 0.305 0.339 0.520 nan 0.599 0.705 0.514 0.286 0.359 0.665 2.817 3.714 0.450 1.629 0.544 0.447 10936 chr8 48273777 48300936 + 0 NA intron (NM_001352957, intron 5 of 15) AluSx1|SINE|Alu 113886 NM_001352953 23514 Hs.381058 NM_001080394 ENSG00000164808 SPIDR KIAA0146 scaffold protein involved in DNA repair protein-coding 1.179 nan 0.827 0.273 1.167 0.147 0.515 1.069 2.025 0.228 0.694 0.653 0.481 0.055 0.108 0.259 0.733 0.113 0.472 0.237 0.384 0.005 0.169 0.173 3.185 1.688 0.852 0.111 0.605 0.495 5.979 9.256 3.948 0.494 0.739 0.597 0.038 0.139 0.127 0.082 0.943 0.267 0.089 0.057 0.799 0.548 0.338 0.202 1.208 0.181 0.076 0.756 0.259 0.478 0.149 3.185 1.386 0.276 0.040 0.143 0.176 0.302 0.040 0.141 0.056 0.023 0.015 0.288 0.298 0.304 0.660 2.500 2.624 1.130 0.280 0.394 0.348 0.551 0.773 3.160 2.401 0.368 0.193 0.169 0.280 0.177 0.185 0.320 0.508 0.948 0.703 6853 chr20 14498399 14528304 + 0 NA intron (NM_001351663, intron 4 of 17) intron (NM_001351663, intron 4 of 17) -21679 NR_104193 140848 Hs.570367 NR_104193 ENSG00000227927 MACROD2-IT1 C20orf68|NCRNA00227|bA467D7.4 MACROD2 intronic transcript 1 ncRNA 1.120 nan 0.695 0.051 0.158 0.013 0.017 0.124 0.238 0.006 0.090 0.034 0.004 0.043 0.057 0.188 0.214 0.139 0.050 0.026 0.021 0.014 0.078 0.095 0.116 0.021 0.012 0.002 0.059 0.004 0.086 0.282 0.130 0.317 0.056 0.052 0.022 0.037 0.079 0.008 0.057 0.046 0.040 0.026 0.029 0.033 0.065 0.145 0.186 0.024 0.185 0.084 0.188 0.048 0.015 0.116 0.028 0.072 0.468 0.037 0.042 0.026 0.043 0.149 0.028 0.017 0.012 0.595 0.407 0.173 0.280 0.346 0.377 0.387 0.174 0.272 0.266 4.834 4.645 0.427 0.424 0.672 0.371 0.101 0.168 0.136 0.164 0.259 0.662 0.476 0.525 9728 chr6 56104410 56113029 + 0 NA intron (NM_001318751, intron 1 of 30) intron (NM_001318751, intron 1 of 30) 3659 NM_001318751 81578 Hs.47629 NM_030820 ENSG00000124749 COL21A1 COLA1L|FP633 collagen type XXI alpha 1 chain protein-coding 1.481 5.464 nan 0.107 0.624 1.949 0.128 0.055 0.243 0.011 0.094 0.202 0.014 0.034 0.146 0.788 0.431 0.075 0.087 0.022 0.037 0.179 0.255 0.185 0.070 0.272 0.093 0.034 0.165 0.173 0.138 0.722 0.546 5.863 0.102 0.094 0.189 0.088 0.131 0.066 1.422 0.065 0.043 0.018 0.103 0.082 0.122 0.175 0.208 0.174 0.119 0.086 0.788 0.096 0.070 0.085 0.058 0.022 0.149 0.153 0.037 0.023 0.121 0.009 0.013 0.006 0.381 0.261 0.263 0.399 0.435 0.522 4.571 1.310 0.330 0.365 0.782 0.962 2.508 1.880 0.550 0.289 0.267 0.375 1.646 0.987 0.472 1.064 0.978 0.706 1878 chr11 32912034 32918281 + 0 NA intron (NM_001076786, intron 1 of 12) CpG 433 NM_001076786 79832 Hs.369368 NM_024774 ENSG00000060749 QSER1 - glutamine and serine rich 1 protein-coding 5.207 5.939 nan 4.564 6.503 4.415 2.639 2.497 5.307 1.792 4.133 1.552 0.733 0.829 4.437 5.766 2.687 0.282 3.046 0.971 2.881 3.398 3.739 1.598 5.484 1.703 2.700 2.865 3.774 1.313 4.141 6.227 4.024 13.928 0.979 2.813 3.408 5.085 0.197 0.853 2.707 6.988 5.794 2.469 1.723 1.067 4.555 4.736 5.282 4.087 2.752 2.492 5.766 3.620 4.696 5.484 1.275 1.735 3.294 5.394 1.593 2.743 3.789 2.263 2.438 1.991 1.248 11.783 12.561 5.626 6.117 12.893 9.149 5.688 2.682 15.438 14.333 6.067 7.284 4.007 8.385 11.558 12.964 3.981 8.613 11.664 11.026 5.927 nan 3.650 1.713 7269 chr21 46150727 46166635 + 0 NA Intergenic Intergenic -27186 NM_001272037 54084 Hs.660703 NM_144991 ENSG00000175894 TSPEAR C21orf29|DFNB98|TSP-EAR thrombospondin type laminin G domain and EAR repeats protein-coding nan 1.014 2.026 0.055 0.072 0.063 0.136 0.333 0.541 0.018 0.068 0.052 0.012 0.477 0.206 0.305 0.061 0.081 0.040 0.024 0.019 0.009 0.118 0.092 0.202 0.078 0.035 0.041 0.060 0.013 0.116 0.511 0.053 0.663 0.009 0.064 0.174 0.027 0.066 0.007 0.049 0.131 0.034 0.020 0.054 0.024 0.208 0.114 0.022 0.015 0.054 0.305 0.070 0.041 0.202 0.152 0.063 0.159 0.047 2.869 0.045 0.038 0.156 0.014 0.040 0.006 0.337 0.194 0.231 0.199 0.400 0.450 nan 0.301 0.128 0.150 0.156 nan 0.299 0.400 1.050 0.920 0.164 0.159 1.322 0.995 0.396 0.918 3.690 1.854 5686 chr19 41767014 41774733 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321211) promoter-TSS (NM_001321211) -82 NM_001301016 11100 Hs.155218 NM_007040 ENSG00000105323 HNRNPUL1 E1B-AP5|E1BAP5|HNRPUL1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 protein-coding 6.803 4.244 5.887 7.145 6.255 4.881 3.434 4.192 7.323 3.470 7.451 4.031 1.913 2.534 7.034 5.928 2.835 0.663 7.132 2.436 6.278 2.856 2.726 1.196 6.166 3.855 5.862 6.327 6.467 1.571 4.929 nan 5.985 8.090 2.653 4.183 2.295 6.757 0.234 3.634 3.671 10.304 6.468 2.116 3.603 2.990 4.814 6.032 11.095 13.851 3.135 3.073 5.928 9.517 2.209 6.166 3.487 3.671 1.575 6.242 2.809 1.582 3.739 3.015 3.186 3.840 3.044 6.195 6.079 6.908 9.105 11.859 11.169 9.247 6.555 19.085 20.779 5.183 6.418 7.421 12.078 12.438 13.489 9.808 13.600 7.695 9.687 9.920 8.210 4.421 2.233 2388 chr11 134477182 134485902 + 0 NA Intergenic LTR16A|LTR|ERVL -124297 NR_147836 729305 Hs.148365 NR_147836 ENSG00000251226 LOC729305 - uncharacterized LOC729305 ncRNA 0.305 nan 0.525 0.025 0.020 7.276 0.052 0.055 0.149 0.086 0.020 1.650 0.034 0.563 0.163 0.035 0.024 0.022 0.016 0.072 0.075 0.234 0.008 0.041 0.042 0.085 0.081 0.078 0.307 nan 0.017 0.045 0.025 0.041 0.009 0.181 0.034 0.027 0.013 0.045 0.089 0.165 0.075 0.033 0.044 0.045 0.163 0.082 0.032 0.234 0.028 0.066 0.022 0.026 0.018 0.329 0.018 0.013 0.017 0.436 0.374 0.056 0.088 0.414 0.302 0.095 0.102 0.105 0.120 0.125 0.258 0.053 0.130 0.338 0.207 0.715 0.950 0.073 0.064 0.024 0.124 0.276 0.313 11195 chr8 106662888 106681684 + 0 NA intron (NM_012082, intron 5 of 7) intron (NM_012082, intron 5 of 7) 341139 NM_012082 23414 Hs.431009 NM_012082 ENSG00000169946 ZFPM2 DIH3|FOG2|SRXY9|ZC2HC11B|ZNF89B|hFOG-2 zinc finger protein, FOG family member 2 protein-coding 0.924 nan nan 0.057 0.149 0.021 0.084 0.103 0.232 0.010 0.283 0.118 0.007 0.032 0.056 0.075 0.154 0.099 0.119 0.040 0.034 0.014 0.033 0.070 0.038 0.004 0.019 0.012 0.105 0.017 0.158 0.352 0.143 0.466 0.147 0.098 0.024 0.109 0.074 0.053 0.021 0.039 0.029 0.008 0.029 0.020 0.109 0.130 0.030 0.064 0.033 0.039 0.075 0.053 0.071 0.038 0.020 0.035 0.026 0.028 0.011 0.009 0.042 0.138 0.016 0.037 0.017 0.332 0.398 0.446 0.350 0.345 0.438 nan 0.080 0.456 0.432 3.121 nan 0.519 nan nan 0.306 0.211 0.303 0.068 0.072 0.352 nan 0.498 0.429 11043 chr8 72261372 72280988 + 0 NA intron (NM_172059, intron 2 of 17) intron (NM_172059, intron 2 of 17) -2256 NM_172058 2138 Hs.444971 NM_000503 ENSG00000104313 EYA1 BOP|BOR|BOS1|OFC1 EYA transcriptional coactivator and phosphatase 1 protein-coding 4.803 3.398 1.073 0.234 0.910 0.054 0.444 0.261 0.427 0.005 0.103 0.023 0.234 0.036 0.796 2.833 3.767 0.228 0.346 0.165 0.192 0.014 0.268 0.278 0.249 0.060 0.037 0.007 0.142 0.150 0.358 0.848 0.386 0.994 0.590 0.024 1.065 0.038 0.089 0.247 0.663 0.075 0.031 0.051 0.555 0.173 0.266 1.150 0.025 0.384 0.152 0.067 2.833 0.421 2.770 0.249 0.174 0.029 0.311 0.029 0.203 0.115 0.091 2.621 0.326 0.012 0.005 0.722 0.437 0.241 0.304 5.891 5.365 1.978 0.879 6.135 5.892 4.104 4.997 0.428 0.493 7.102 7.072 0.228 0.455 5.569 4.777 5.758 7.374 1.678 0.991 8144 chr3 189652468 189679738 + 0 NA Intergenic Intergenic 118392 NR_030642 100126340 NR_030642 ENSG00000216058 MIR944 MIRN944|hsa-mir-944|mir-944 microRNA 944 ncRNA 1.308 1.271 1.213 0.935 0.129 0.033 2.374 0.887 1.719 0.780 0.142 0.827 0.102 0.033 0.075 0.258 0.419 0.147 1.851 1.172 1.389 0.025 0.247 0.161 0.245 2.331 0.923 0.033 2.235 1.788 3.140 5.587 1.879 0.660 1.706 2.212 0.856 0.040 0.081 0.282 0.527 2.913 0.122 0.119 2.275 2.709 1.555 0.916 0.596 0.481 0.229 1.938 0.258 2.079 1.126 0.245 0.975 0.634 0.057 1.309 0.037 1.526 0.040 0.124 0.209 0.030 0.023 0.355 0.173 0.662 1.911 0.318 0.422 4.981 1.520 0.451 0.481 0.188 0.348 0.921 1.305 0.875 0.449 0.141 0.257 2.420 3.673 0.367 0.663 0.912 0.725 10878 chr8 30168796 30175829 + 0 NA Intergenic Intergenic -69705 NM_001008712 11030 Hs.334587 NM_006867 ENSG00000157110 RBPMS HERMES RNA binding protein, mRNA processing factor protein-coding 0.543 0.726 nan 0.071 0.087 0.055 0.041 0.091 0.234 0.013 0.086 0.314 0.018 0.099 0.101 0.111 0.119 0.137 0.120 0.054 0.055 0.020 0.156 0.036 0.119 0.039 0.051 0.031 0.087 0.090 0.502 0.030 0.519 0.209 0.268 0.027 0.061 0.151 0.074 0.033 0.145 0.018 0.022 0.063 0.022 0.083 0.084 1.149 0.050 4.339 0.257 0.111 0.030 0.052 0.119 0.422 0.045 0.070 0.066 0.325 0.034 0.029 0.103 0.011 0.016 0.532 0.291 0.200 0.379 0.544 0.640 0.165 0.174 0.110 0.157 0.114 0.133 0.270 0.157 0.371 0.215 0.090 0.085 0.048 0.140 0.273 0.336 0.439 0.532 10645 chr7 125202493 125211257 + 0 NA Intergenic L1P3|LINE|L1 -302530 NR_110183 101928254 Hs.571236 NR_110182 ENSG00000219445 LOC101928254 - uncharacterized LOC101928254 ncRNA 1.122 0.617 0.789 0.106 0.050 0.037 0.193 0.195 0.117 1.128 1.342 0.040 0.132 0.093 0.137 0.096 0.043 0.015 0.016 0.746 0.925 0.155 0.016 0.008 0.058 0.012 0.092 0.051 0.073 0.249 0.495 0.171 0.050 0.172 0.082 0.049 0.014 0.009 0.013 0.017 0.078 0.205 0.076 0.337 0.153 0.132 0.016 0.155 0.074 0.114 0.060 0.118 1.451 0.009 0.057 1.157 0.009 0.006 0.285 0.245 0.195 0.315 0.256 0.403 0.130 0.081 0.321 0.298 3.860 4.322 0.233 0.268 10.076 12.294 0.210 0.180 1.050 0.635 2.188 3.018 0.416 0.403 8940 chr5 58956101 58962079 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 4 of 17) AluSx1|SINE|Alu -76766 NM_006203 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 2.597 0.179 0.088 0.119 0.251 0.666 1.365 0.256 0.064 0.858 0.260 0.152 0.030 0.388 0.376 0.195 0.158 3.765 1.317 1.020 0.415 0.206 0.117 0.048 0.222 0.125 0.054 0.859 1.906 0.394 0.374 0.465 0.653 1.096 0.846 0.163 0.114 0.027 0.128 0.032 0.039 0.080 0.077 0.385 0.234 1.053 0.096 2.022 1.053 0.388 0.252 0.026 0.206 0.263 0.540 0.034 0.185 0.286 0.225 0.033 1.041 0.037 0.029 0.209 0.099 0.453 0.652 0.214 0.338 5.738 2.548 0.163 0.202 2.167 2.876 1.167 1.038 nan 0.831 0.145 0.187 4.582 9.172 1.143 3.621 0.938 0.841 1690 chr10 124018624 124029431 + 0 NA Intergenic Intergenic -6784 NM_001318189 118663 Hs.422466 NM_144587 ENSG00000138152 BTBD16 C10orf87 BTB domain containing 16 protein-coding nan 0.723 0.644 0.046 0.079 0.041 0.267 0.338 0.467 0.212 0.560 0.239 2.636 0.066 0.146 0.225 0.521 0.134 0.144 0.035 0.058 0.031 0.043 0.053 0.387 0.116 0.085 0.042 0.138 0.077 0.109 0.365 0.295 0.256 0.095 0.070 0.044 0.080 0.083 0.022 0.036 0.120 0.037 0.015 0.040 0.248 0.398 0.092 0.747 0.150 0.029 0.093 0.225 0.185 0.112 0.387 0.147 0.032 0.009 0.070 0.080 0.211 0.018 0.077 0.063 0.016 0.324 0.264 0.245 0.444 0.315 0.296 0.728 0.264 0.132 0.165 0.302 0.446 0.760 0.665 0.180 0.214 0.191 0.157 0.087 0.094 0.192 0.394 0.450 0.255 2964 chr12 114290190 114342948 + 0 NA intron (NM_016196, intron 21 of 23) intron (NM_016196, intron 21 of 23) 87607 NM_001146698 9904 Hs.7482 NM_016196 ENSG00000122965 RBM19 Mrd1 RNA binding motif protein 19 protein-coding nan nan 0.651 0.072 0.920 0.411 0.348 1.007 1.947 0.020 0.432 0.323 0.025 0.045 2.943 1.540 0.114 0.092 0.128 0.032 0.035 0.018 0.351 0.249 1.494 0.077 0.051 0.095 0.065 0.016 0.095 0.183 0.069 0.847 0.025 1.012 0.090 0.108 0.113 0.025 0.104 0.102 0.092 0.038 0.029 0.079 0.116 0.214 0.206 0.085 0.042 0.137 1.540 0.121 0.077 1.494 0.084 0.066 0.357 0.155 0.884 0.059 0.439 0.231 0.032 0.029 0.014 0.329 0.403 0.209 0.308 nan nan nan 0.639 0.470 0.537 0.340 0.578 nan nan 0.488 0.418 0.359 0.603 0.577 0.492 0.446 1.026 nan 1.286 8224 chr4 1865749 1876446 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2026 NM_001042424 7468 Hs.113876 NM_007331 ENSG00000109685 NSD2 KMT3F|KMT3G|MMSET|REIIBP|TRX5|WHS|WHSC1 nuclear receptor binding SET domain protein 2 protein-coding 3.519 2.183 nan 2.819 5.922 2.533 1.773 2.398 4.462 0.875 2.717 0.841 1.694 2.125 6.002 3.257 1.317 0.226 4.496 0.990 2.087 1.271 3.939 1.433 3.986 1.400 2.167 2.222 4.185 1.152 1.865 4.700 1.728 5.022 1.010 1.406 0.603 1.806 0.103 1.261 2.430 4.842 2.776 1.574 1.422 1.612 1.814 3.532 2.542 4.711 1.658 1.468 3.257 5.770 3.793 3.986 0.884 1.418 0.572 3.294 0.901 0.938 1.077 1.591 1.563 1.659 1.122 3.932 3.884 3.932 4.902 4.486 4.092 8.242 3.645 7.984 7.065 1.433 2.073 7.289 10.803 4.128 4.128 2.069 3.850 3.377 2.997 3.410 3.432 nan 1.662 7090 chr20 60695958 60705200 + 0 NA intron (NM_144703, intron 2 of 8) intron (NM_144703, intron 2 of 8) 3062 NM_144703 149986 Hs.105379 NM_144703 ENSG00000149657 LSM14B C20orf40|FAM61B|FT005|LSM13|RAP55B|bA11M20.3 LSM family member 14B protein-coding 2.611 2.499 2.787 2.665 2.749 2.155 0.842 0.908 1.935 1.117 2.067 0.707 0.709 1.411 2.850 1.870 1.543 0.366 1.678 0.350 2.131 1.469 1.188 0.675 2.126 0.748 0.921 1.714 1.647 0.380 2.990 2.824 2.689 5.854 0.506 1.193 0.620 1.687 0.150 0.715 1.327 3.123 2.121 1.208 0.441 0.806 1.325 1.124 1.930 2.586 1.778 1.324 1.870 1.862 1.004 2.126 0.729 1.215 0.625 4.600 3.125 1.268 0.919 1.071 0.994 1.012 0.571 2.541 nan 1.563 2.070 3.861 3.631 3.700 1.700 5.352 5.392 1.304 1.881 3.749 4.731 2.141 1.800 1.327 2.359 1.177 1.490 1.964 2.478 2.386 1.302 617 chr1 117157327 117190434 + 0 NA intron (NM_001007237, intron 2 of 10) AluY|SINE|Alu 35698 NM_001542 3321 Hs.171057 NM_001542 ENSG00000143061 IGSF3 EWI-3|LCDD|V8 immunoglobulin superfamily member 3 protein-coding nan 1.599 1.192 0.269 0.876 0.985 0.281 0.259 0.376 0.288 0.101 0.098 0.063 0.148 0.410 1.238 0.242 0.117 0.716 0.390 0.097 0.063 0.180 0.161 0.288 0.135 0.053 0.054 0.451 0.232 3.065 8.367 2.916 2.209 0.892 0.078 0.100 0.089 0.143 0.036 0.174 0.254 0.047 0.042 0.406 0.487 2.362 0.160 0.398 0.058 0.783 1.701 1.238 0.699 0.079 0.288 0.495 1.309 0.600 0.146 0.196 0.147 0.063 0.137 0.045 0.028 0.014 0.345 0.320 0.340 0.459 0.873 nan 2.380 0.506 0.378 0.396 0.407 0.722 2.099 2.444 0.803 1.093 0.295 0.382 0.501 0.893 0.305 0.580 1.192 0.939 8840 chr5 32779729 32792496 + 0 NA intron (NM_000908, intron 7 of 7) intron (NM_000908, intron 7 of 7) 74674 NM_001204375 4883 Hs.13528 NM_000908 ENSG00000113389 NPR3 ANP-C|ANPR-C|ANPRC|C5orf23|GUCY2B|NPR-C|NPRC natriuretic peptide receptor 3 protein-coding 0.438 0.804 nan 0.090 0.150 0.022 0.573 0.054 0.163 0.052 0.123 0.161 0.465 0.070 0.042 0.110 3.016 0.494 0.680 0.384 0.586 0.211 0.181 0.150 0.241 0.063 0.028 0.370 0.242 0.216 0.578 0.312 0.301 0.389 0.164 0.015 0.026 0.123 0.238 0.024 0.616 0.046 0.049 0.121 0.107 0.136 0.062 0.147 0.039 0.143 0.177 0.110 0.766 0.137 0.150 0.117 0.194 0.008 0.058 0.071 0.296 0.039 0.019 0.072 0.014 0.012 0.271 0.269 2.196 7.934 0.213 0.422 0.103 0.090 0.103 0.083 0.227 0.411 0.200 0.212 0.424 0.142 0.124 0.241 0.049 0.076 0.096 0.126 0.190 0.418 3943 chr15 47143667 47165086 + 0 NA Intergenic THE1D|LTR|ERVL-MaLR -322027 NM_001198999 80031 Hs.511265 NM_020858 ENSG00000137872 SEMA6D - semaphorin 6D protein-coding 0.728 0.629 nan 0.040 0.164 0.037 0.049 2.383 4.289 0.014 0.054 0.038 0.003 0.023 0.295 0.162 0.081 0.038 0.236 0.125 0.015 0.006 1.070 0.844 0.650 0.003 0.003 0.007 0.067 0.110 0.270 0.088 0.254 0.128 0.076 0.169 0.080 0.068 0.022 0.152 0.009 0.017 0.004 0.041 0.007 0.063 0.079 0.023 0.010 0.004 0.018 0.162 0.075 0.021 0.650 0.029 0.027 0.083 0.028 0.019 0.029 0.059 0.093 0.036 0.011 0.004 0.290 0.195 0.228 0.216 0.419 0.479 1.824 0.926 0.113 0.152 0.209 nan 0.209 0.214 0.715 0.465 0.122 0.160 0.814 0.618 0.359 0.763 0.876 0.617 10850 chr8 22921017 22933812 + 0 NA promoter-TSS (NM_003842) promoter-TSS (NM_003842) -714 NR_027140 8795 Hs.521456 NM_003842 ENSG00000120889 TNFRSF10B CD262|DR5|KILLER|KILLER/DR5|TRAIL-R2|TRAILR2|TRICK2|TRICK2A|TRICK2B|TRICKB|ZTNFR9 TNF receptor superfamily member 10b protein-coding nan 1.299 nan 3.566 0.048 0.095 3.239 0.188 0.210 0.336 2.411 2.234 0.393 1.128 0.091 0.309 1.524 0.087 2.054 0.785 1.264 0.964 0.085 0.078 0.056 2.906 3.074 0.615 2.157 2.309 3.288 5.502 0.788 0.233 2.025 1.534 0.030 2.194 0.120 0.820 0.062 4.504 2.464 1.085 3.010 1.578 1.793 3.487 3.786 2.605 2.163 2.638 0.309 1.856 1.079 0.056 2.021 0.486 0.061 2.239 0.127 1.794 0.262 0.038 2.024 1.044 0.817 0.435 0.574 1.913 3.711 nan 0.604 nan 0.337 1.562 1.579 0.081 0.152 0.601 0.519 0.386 0.302 0.667 0.985 0.197 0.271 0.337 0.543 nan nan 6932 chr20 32042275 32088954 + 0 NA Intergenic Intergenic -12314 NM_001032999 9139 Hs.153934 NM_005093 ENSG00000078699 CBFA2T2 EHT|MTGR1|ZMYND3|p85 CBFA2/RUNX1 translocation partner 2 protein-coding 1.624 2.712 2.901 0.490 2.708 0.960 0.191 1.693 3.346 0.184 0.396 0.277 0.297 0.316 1.262 0.453 0.368 0.240 0.507 0.146 0.165 0.177 0.877 0.530 4.902 0.235 0.216 0.199 0.342 0.117 0.320 nan 0.343 3.463 0.144 0.185 0.519 0.296 0.122 0.078 1.251 0.392 0.211 0.117 0.122 0.249 0.353 0.473 0.401 0.603 0.241 0.306 0.453 0.662 0.277 4.902 0.154 0.372 0.377 0.411 0.501 0.288 0.691 0.663 0.153 0.102 0.051 2.377 3.885 0.620 0.876 2.518 nan 4.816 1.650 1.660 1.706 1.351 2.039 3.601 3.562 2.495 1.987 1.165 1.459 1.520 2.158 1.203 nan 1.294 0.718 5244 chr18 31493879 31508249 + 0 NA intron (NM_001198548, intron 7 of 8) MLT1C-int|LTR|ERVL-MaLR 127512 NM_001198549 8715 Hs.514795 NM_003787 ENSG00000101746 NOL4 CT125|HRIHFB2255|NOLP nucleolar protein 4 protein-coding nan 1.066 0.832 0.045 1.546 0.080 0.060 1.598 3.154 0.007 0.061 0.020 0.030 0.138 0.092 0.950 0.055 0.001 0.044 0.027 0.031 0.048 0.922 0.627 2.081 0.005 0.039 0.029 0.073 0.049 0.020 0.594 0.153 0.026 1.399 0.023 0.070 0.016 0.122 0.064 0.004 0.033 0.054 0.037 0.060 0.146 0.012 0.065 0.037 0.018 0.950 0.026 0.019 2.081 0.008 0.004 0.040 0.016 0.368 0.011 0.027 0.165 0.005 0.002 0.007 0.397 0.291 0.241 0.295 1.222 1.769 6.338 2.834 0.201 0.145 0.380 0.588 nan 5.555 0.384 0.166 0.132 0.246 4.199 5.227 0.199 0.595 2.045 1.438 8470 chr4 89623755 89629344 + 0 NA intron (NM_014606, intron 25 of 25) L1MB8|LINE|L1 -4391 NR_002806 285512 Hs.744957 NR_002806 ENSG00000248019 FAM13A-AS1 FAM13A1OS|FAM13AOS|NCRNA00039 FAM13A antisense RNA 1 ncRNA 0.615 0.584 0.641 0.154 0.219 0.040 0.228 0.171 0.356 0.051 0.251 0.164 0.022 0.091 0.102 0.299 0.340 0.029 0.056 0.045 0.025 0.168 0.118 0.172 0.174 0.077 0.027 0.154 0.096 0.082 0.119 0.303 0.259 0.078 0.462 0.083 0.125 0.126 0.071 0.131 0.043 0.014 0.019 0.042 0.086 0.107 0.146 0.075 0.043 0.083 0.299 0.052 0.050 0.172 0.074 0.126 0.110 0.086 0.160 0.066 0.042 0.021 0.009 0.845 0.391 9.960 2.773 0.390 0.359 0.227 0.077 0.552 0.883 0.386 nan 0.578 0.678 0.425 0.183 0.300 0.498 0.075 0.118 0.177 nan 0.497 0.476 4061 chr15 73659297 73669834 + 0 NA Intergenic Intergenic -2960 NM_005477 10021 Hs.86941 NM_005477 ENSG00000138622 HCN4 SSS2 hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 4 protein-coding 0.945 0.945 0.423 0.040 0.596 2.135 0.060 0.464 0.860 0.009 0.103 0.087 0.035 0.108 4.279 1.283 0.064 0.076 0.108 0.003 0.017 0.066 0.709 0.529 1.945 0.059 0.027 0.150 0.078 0.223 0.201 0.054 4.798 0.028 0.076 0.064 0.256 0.059 0.233 0.315 0.063 0.037 0.020 0.036 0.055 0.173 0.294 0.068 0.053 0.069 1.283 0.074 1.945 0.012 0.056 0.240 0.475 0.202 0.120 0.199 0.104 0.043 0.027 0.024 1.280 1.993 0.157 0.345 1.365 0.899 0.952 0.286 0.117 0.094 0.148 0.246 2.486 2.579 1.489 1.669 0.488 0.995 0.218 0.172 0.431 0.638 0.987 0.628 8206 chr3 197346146 197358847 + 0 NA intron (NR_003266, intron 1 of 7) intron (NR_003266, intron 1 of 7) 2256 NR_003266 220729 Hs.478854 NR_003266 ENSG00000214135 LOC220729 - succinate dehydrogenase complex flavoprotein subunit A pseudogene pseudo nan 1.981 2.082 1.441 1.301 1.003 1.039 1.363 2.636 0.879 1.309 0.656 0.419 0.457 1.574 1.228 1.090 0.279 1.071 0.299 0.438 0.872 0.973 0.798 1.446 1.228 1.416 1.137 1.576 0.437 1.392 nan 1.338 nan 0.423 0.704 0.395 0.796 0.095 0.306 0.969 1.607 2.026 1.327 0.669 0.488 1.682 1.083 1.145 2.065 0.825 1.217 1.228 1.075 1.106 1.446 0.972 0.494 0.477 1.399 0.404 0.634 7.085 0.981 0.506 0.399 0.216 0.941 1.264 1.777 2.523 1.677 2.006 2.559 1.022 4.298 4.530 1.586 2.345 2.364 3.222 2.658 2.471 6.534 9.670 0.992 1.119 1.937 2.831 1.059 0.614 7727 chr3 108474169 108479758 + 0 NA promoter-TSS (NM_032579) promoter-TSS (NM_032579) -833 NM_032579 84666 Hs.307047 NM_032579 ENSG00000163515 RETNLB FIZZ1|FIZZ2|HXCP2|RELM-beta|RELMb|RELMbeta|XCP2 resistin like beta protein-coding nan nan 0.529 0.013 0.555 0.289 0.088 1.375 2.733 0.017 0.084 0.048 0.137 0.223 0.809 0.162 0.193 0.080 0.068 0.030 0.029 0.086 4.645 0.037 0.078 0.039 0.112 0.019 0.088 0.217 0.025 0.472 0.052 0.125 0.035 0.019 0.031 0.021 0.885 0.049 0.021 0.039 0.060 0.103 0.053 0.058 0.064 0.014 0.048 0.809 0.077 0.050 4.645 0.044 0.015 0.051 0.032 0.014 0.018 0.110 0.028 0.031 0.019 0.362 0.116 0.182 0.246 2.206 2.539 18.346 6.336 0.272 0.196 0.092 0.183 3.628 2.260 0.747 0.360 0.100 0.059 0.114 0.171 0.199 0.233 0.750 0.604 7515 chr3 12217212 12237396 + 0 NA TTS (NM_003178) TTS (NM_003178) -26453 NM_003256 7079 Hs.591665 NM_003256 ENSG00000157150 TIMP4 TIMP-4 TIMP metallopeptidase inhibitor 4 protein-coding nan 0.734 0.554 0.421 0.121 2.973 0.100 0.180 0.267 0.831 2.206 0.070 0.050 0.114 0.198 0.685 0.079 0.961 0.718 0.222 0.027 0.108 0.044 0.030 2.562 1.834 0.047 1.690 2.412 0.688 2.087 0.962 0.391 0.862 0.819 0.019 0.054 0.057 1.132 0.125 1.163 0.406 0.321 1.237 0.282 1.009 2.775 0.774 0.211 0.383 1.408 0.198 1.716 1.582 0.030 0.525 0.262 0.072 0.142 0.027 1.477 0.063 0.206 1.625 0.499 0.416 0.249 0.260 0.322 0.645 0.282 0.389 0.423 0.197 0.217 0.207 0.288 0.498 0.290 0.355 0.395 0.261 0.295 0.309 0.081 0.167 0.326 0.685 0.364 0.365 2918 chr12 105708446 105740619 + 0 NA 5' UTR (NM_001145199, exon 1 of 6) 5' UTR (NM_001145199, exon 1 of 6) 118 NM_001145199 387882 Hs.368938 NM_207376 ENSG00000235162 C12orf75 AGD3|OCC-1|OCC1 chromosome 12 open reading frame 75 protein-coding 0.935 1.005 nan 1.652 0.539 1.137 0.094 0.542 0.812 0.074 0.276 0.185 0.336 0.220 2.267 0.395 1.373 0.399 0.088 0.018 0.841 0.074 1.188 0.743 0.736 0.047 0.027 0.268 0.108 0.124 0.122 0.177 0.242 2.053 0.036 0.180 0.635 0.175 0.148 0.132 0.138 0.189 0.229 0.134 0.173 0.269 0.075 0.596 0.782 0.537 1.215 0.092 0.395 0.058 0.052 0.736 0.038 0.103 0.079 0.337 0.148 0.059 0.052 0.116 0.122 0.306 0.142 0.289 0.168 0.411 1.082 0.952 1.091 4.136 1.760 0.330 0.408 0.409 0.649 0.622 0.935 0.456 0.300 0.153 0.307 1.443 1.258 0.291 0.657 1.605 0.983 5704 chr19 43262183 43269063 + 0 NA intron (NM_001130168, intron 1 of 4) LTR8A|LTR|ERV1 4208 NM_001130168 440533 Hs.466843 NM_182707 ENSG00000124467 PSG8 PSG1 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 8 protein-coding 0.569 0.623 0.675 4.917 0.050 0.040 1.241 0.162 0.193 2.405 1.259 0.188 0.271 0.073 0.040 0.075 0.622 0.070 0.897 0.745 0.256 0.020 0.022 0.085 0.017 1.095 1.129 4.886 1.430 0.504 0.187 nan 0.495 0.165 0.382 0.036 0.028 0.031 0.106 0.275 0.023 1.548 0.769 0.540 0.269 0.971 0.407 0.217 0.475 0.083 4.063 0.438 0.075 1.452 0.066 0.017 0.266 2.330 0.015 0.519 0.043 2.019 0.072 0.035 0.334 5.822 5.823 0.182 0.332 1.234 3.341 0.329 0.298 0.356 0.086 0.146 0.235 0.206 0.402 0.125 0.218 0.201 0.050 0.321 0.320 0.048 0.194 0.196 0.253 0.376 0.552 3821 chr14 103556055 103612481 + 0 NA Intergenic MER50|LTR|ERV1 4978 NR_138038 105370683 Hs.252904 NR_138038 ENSG00000259717 LINC00677 C14orf74 long intergenic non-protein coding RNA 677 ncRNA 1.417 0.933 1.322 0.317 0.494 0.768 1.199 0.660 1.250 0.807 1.724 0.618 0.047 0.225 0.731 0.623 1.149 0.255 1.406 0.617 0.177 0.095 0.169 0.155 1.956 1.816 1.585 0.195 0.853 0.723 2.914 5.542 0.751 1.197 1.502 3.067 0.035 0.200 0.074 0.483 0.083 1.644 0.613 0.367 1.230 0.592 4.931 0.176 4.031 0.541 0.172 2.939 0.623 0.836 0.349 1.956 0.593 0.770 0.177 0.403 0.436 1.397 0.939 0.085 0.874 0.053 0.029 1.422 2.246 0.927 1.357 2.224 2.322 0.651 0.203 0.910 0.894 0.166 0.354 2.177 2.408 1.714 1.631 1.201 1.717 0.205 0.194 0.343 0.644 1.272 0.806 6447 chr2 162942105 162950825 + 0 NA Intergenic Intergenic 15098 NR_147697 100131604 NR_147697 LOC100131604 - uncharacterized LOC100131604 ncRNA 1.237 0.976 nan 0.181 0.151 0.013 1.705 0.249 0.242 0.471 0.329 0.333 0.893 0.050 0.433 0.447 0.037 1.741 1.699 0.117 0.018 0.105 0.055 4.262 3.894 0.052 1.248 1.707 0.130 1.288 0.309 0.322 0.555 0.160 0.033 0.037 0.053 0.133 0.092 1.362 0.034 0.026 2.687 2.506 0.189 0.149 0.298 0.115 0.506 0.797 0.433 0.210 0.021 0.055 0.576 0.427 0.121 0.105 1.427 0.022 1.791 0.087 0.007 0.011 0.225 0.130 0.262 0.339 0.193 0.269 1.543 0.268 0.235 0.280 0.759 0.988 0.262 0.220 0.371 0.231 0.157 0.194 0.083 0.103 0.431 1.646 0.396 0.428 8254 chr4 7956432 7989470 + 0 NA intron (NM_001130083, intron 20 of 20) intron (NM_001130083, intron 20 of 20) -31298 NM_001134647 60312 Hs.529369 NM_021638 ENSG00000196526 AFAP1 AFAP|AFAP-110|AFAP110 actin filament associated protein 1 protein-coding 1.067 0.922 nan 1.741 0.573 0.199 4.158 0.092 0.225 1.425 1.102 0.572 3.919 0.049 0.604 0.391 0.433 0.190 3.630 2.343 0.047 0.029 0.232 0.189 0.447 0.952 0.581 0.049 0.300 0.424 1.379 4.246 1.530 1.050 2.160 0.778 0.153 0.046 0.064 1.072 0.368 12.078 0.338 0.205 0.461 0.626 2.680 0.269 0.888 1.512 0.792 1.679 0.391 3.786 0.143 0.447 1.488 2.182 0.168 0.254 0.083 1.576 0.270 0.046 0.563 0.041 0.028 1.340 1.707 4.035 8.216 0.458 0.665 nan 0.384 0.667 0.730 0.373 0.607 1.009 1.135 0.699 0.503 0.764 1.019 0.487 0.540 0.158 0.200 nan 0.565 9823 chr6 106034013 106060256 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -196135 NM_002726 5550 Hs.436564 NM_002726 ENSG00000085377 PREP PE|PEP prolyl endopeptidase protein-coding 1.066 nan nan 0.298 0.144 0.034 0.114 0.159 0.418 0.473 0.149 3.195 0.033 0.027 0.074 0.596 2.573 0.159 0.446 0.411 4.905 0.016 0.066 0.061 0.142 0.124 0.047 0.248 0.057 0.121 0.176 0.996 0.575 0.261 0.251 2.041 0.061 1.401 0.108 0.446 0.037 1.597 0.214 0.134 0.058 0.128 0.460 1.576 1.371 1.074 0.163 0.505 0.596 0.566 0.043 0.142 0.718 0.898 0.011 1.183 0.091 0.190 0.038 0.141 0.608 2.776 2.953 6.430 4.002 0.702 3.814 0.338 nan 0.141 0.069 0.245 0.263 0.253 0.456 0.239 0.231 nan 0.202 0.145 0.222 0.170 0.266 0.219 0.463 0.442 0.399 11832 chr9 136465941 136480923 + 0 NA Intergenic Intergenic -28053 NM_000787 1621 Hs.591890 NM_000787 ENSG00000123454 DBH DBM dopamine beta-hydroxylase protein-coding nan 0.850 1.578 0.067 2.006 5.158 0.038 0.591 0.928 0.006 0.061 0.018 0.020 0.651 0.512 0.075 0.150 0.083 0.025 0.013 0.009 0.631 0.472 1.764 0.043 0.044 0.029 0.064 0.007 0.060 0.256 0.052 0.925 0.029 0.050 0.045 0.044 0.078 0.073 0.147 0.040 0.021 0.022 0.051 0.020 0.135 0.043 0.034 0.021 0.041 0.512 0.038 0.006 1.764 0.028 0.109 0.047 0.796 0.048 0.185 0.049 0.010 0.019 0.003 0.261 0.484 0.101 0.098 2.972 3.253 nan 0.384 0.061 0.084 0.057 0.136 3.805 4.049 2.618 2.858 0.370 0.443 0.306 0.231 0.264 0.462 1.807 0.925 8775 chr5 14022997 14043681 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -88750 NM_001369 1767 Hs.212360 NM_001369 ENSG00000039139 DNAH5 CILD3|DNAHC5|HL1|KTGNR|PCD dynein axonemal heavy chain 5 protein-coding nan nan nan 2.606 0.301 0.048 9.102 0.085 0.244 0.802 1.328 3.350 1.493 0.058 0.128 0.780 1.289 0.220 11.107 7.004 1.761 0.020 0.175 0.180 0.092 5.610 5.685 0.638 5.621 4.450 1.233 3.776 1.499 nan 2.978 2.065 0.033 1.662 0.123 1.935 0.100 7.187 5.268 2.362 3.841 5.018 2.355 3.042 0.940 1.464 0.381 0.880 0.780 10.790 4.198 0.092 0.532 2.489 0.160 2.428 0.142 3.981 0.133 0.018 1.405 2.737 2.339 0.562 0.324 1.289 4.468 0.446 0.503 0.169 0.069 0.160 0.189 nan 1.007 0.636 0.819 0.687 0.363 0.208 0.333 0.124 0.245 0.128 nan 0.888 0.927 6435 chr2 159971093 160014588 + 0 NA intron (NM_001350062, intron 5 of 23) intron (NM_001350062, intron 5 of 23) -50506 NR_106948 102465535 NR_106948 ENSG00000275141 MIR6888 hsa-mir-6888 microRNA 6888 ncRNA nan 0.929 nan 0.330 0.178 0.135 1.211 0.199 0.414 0.059 0.609 1.371 1.149 0.051 0.112 0.371 1.059 0.196 0.904 0.625 0.111 0.030 0.184 0.153 0.265 2.134 1.593 0.115 0.830 0.849 1.114 2.523 1.686 0.522 0.656 2.057 0.044 0.160 0.066 0.594 0.113 0.407 0.236 0.118 0.430 0.746 0.410 0.201 0.258 0.358 0.136 0.429 0.371 1.136 1.416 0.265 0.535 0.216 0.297 0.172 0.095 0.290 0.105 0.448 0.411 0.036 0.018 0.363 0.317 0.587 1.155 0.361 0.458 0.533 0.148 0.427 0.484 1.033 1.453 0.419 0.510 1.429 1.393 0.283 0.450 0.162 0.240 0.558 1.192 0.421 0.406 2267 chr11 113126210 113147209 + 0 NA TTS (NM_001076682) TTS (NM_001076682) 7914 NR_034101 100288346 Hs.661826 NR_034101 ENSG00000227487 NCAM1-AS1 - NCAM1 antisense RNA1 ncRNA 0.724 0.895 0.608 0.031 0.223 0.111 0.120 0.154 0.315 0.005 0.171 0.167 0.059 0.010 0.151 0.280 0.065 0.038 0.059 0.018 0.033 0.007 0.270 0.124 0.114 0.497 0.224 0.042 0.135 0.010 0.079 0.154 0.508 0.441 0.014 0.042 0.173 0.036 0.088 0.148 0.241 0.239 0.035 0.015 0.031 0.066 0.114 0.152 0.084 0.048 0.011 0.118 0.280 0.038 0.035 0.114 0.181 0.060 0.217 0.030 0.328 0.030 0.197 0.230 0.211 0.024 0.005 3.700 nan 0.386 0.414 0.620 0.657 1.076 0.294 0.670 0.619 0.400 nan 1.254 1.301 0.444 0.363 0.641 0.981 0.412 0.717 0.293 0.754 0.748 0.538 2537 chr12 23622349 23628616 + 0 NA Intergenic L1PA15-16|LINE|L1 112064 NM_178010 6660 Hs.434948 NM_006940 ENSG00000134532 SOX5 L-SOX5|L-SOX5B|L-SOX5F|LAMSHF SRY-box 5 protein-coding nan nan nan 0.057 1.104 0.204 2.633 0.102 0.272 0.045 0.109 0.717 0.053 0.206 0.017 0.102 1.401 1.148 0.031 0.023 0.098 0.120 0.496 0.046 0.024 0.529 0.977 2.268 6.280 4.257 0.431 4.153 0.059 0.061 0.071 0.151 0.094 0.038 0.029 0.013 0.344 0.122 0.046 0.260 0.039 0.149 0.025 0.129 0.206 1.821 0.236 0.496 0.740 0.039 0.047 0.037 0.097 0.038 0.047 0.047 0.012 0.018 0.261 0.161 0.261 0.379 0.450 0.679 0.665 0.097 0.566 0.673 0.403 0.701 1.014 0.697 0.266 0.147 0.088 0.189 0.074 0.126 0.297 0.548 0.207 0.266 887 chr1 174127415 174139164 + 0 NA intron (NM_014857, intron 1 of 20) intron (NM_014857, intron 1 of 20) 4737 NM_014857 9910 Hs.585378 NM_014857 ENSG00000152061 RABGAP1L HHL|TBC1D18 RAB GTPase activating protein 1 like protein-coding nan nan nan 1.013 0.890 0.550 0.586 0.326 0.886 0.252 0.576 0.608 0.154 0.170 1.611 0.877 0.987 0.234 1.502 0.419 0.342 0.460 0.791 0.491 1.099 0.435 0.223 1.196 0.585 0.242 0.788 1.090 0.759 2.707 0.514 0.504 0.098 0.978 0.113 0.130 0.479 0.425 0.591 0.411 0.455 0.245 0.627 0.395 0.859 1.230 0.728 0.557 0.877 1.091 0.788 1.099 0.286 0.612 0.223 0.942 0.848 0.269 0.953 0.401 0.208 0.294 0.117 1.836 2.187 2.111 2.960 nan 2.197 2.028 0.618 2.384 2.433 5.202 5.436 1.736 2.315 1.031 1.021 1.142 2.890 0.733 0.514 1.191 nan 1.288 0.933 72 chr1 9444302 9520502 + 0 NA Intergenic Intergenic 6573 NR_104623 100506022 Hs.131775 NR_104622 ENSG00000284693 LOC100506022 - uncharacterized LOC100506022 ncRNA 1.379 nan 1.035 0.228 1.518 0.925 0.667 0.156 0.311 0.184 0.472 1.104 0.047 0.516 0.331 0.243 0.448 0.195 0.451 0.315 0.122 0.060 0.233 0.123 0.063 0.515 0.277 0.137 0.415 0.224 0.315 nan 0.335 0.738 0.542 0.258 0.026 0.152 0.100 0.211 0.209 0.246 0.106 0.082 0.261 0.147 0.378 0.354 0.435 0.299 0.357 0.329 0.243 0.450 0.719 0.063 0.140 0.634 0.341 0.352 0.803 0.312 0.067 0.608 0.111 0.127 0.124 0.375 0.388 0.337 0.552 0.945 0.890 0.150 0.073 0.476 0.557 0.385 nan nan 5.939 nan 1.012 0.246 0.273 0.112 0.098 0.847 2.281 0.479 0.487 3371 chr13 114198013 114208539 + 0 NA intron (NM_001349745, intron 10 of 10) intron (NM_001349745, intron 10 of 10) -35727 NR_026580 7027 Hs.79353 NM_007111 ENSG00000198176 TFDP1 DILC|DP1|DRTF1|Dp-1 transcription factor Dp-1 protein-coding 0.802 nan 0.892 0.053 3.140 0.826 0.110 0.397 0.776 0.018 0.145 0.035 0.006 0.046 5.965 1.382 0.116 0.108 0.381 0.090 0.043 0.039 0.104 0.078 2.220 0.050 0.014 0.119 0.052 0.136 0.268 0.060 1.853 0.014 0.075 0.073 0.061 0.073 0.011 0.256 0.300 0.052 0.020 0.042 0.007 0.216 0.087 0.131 0.079 0.015 0.063 1.382 0.268 0.009 2.220 0.137 0.078 0.156 0.105 0.151 0.084 0.089 0.059 0.016 0.015 0.899 0.952 0.369 0.642 3.658 3.516 1.162 0.359 0.288 0.265 0.082 0.169 2.560 3.323 0.378 0.242 0.503 0.469 0.345 0.361 0.389 0.422 1.071 0.570 7812 chr3 127173570 127181907 + 0 NA Intergenic Intergenic -68225 NR_110147 101927123 Hs.526761 NR_110147 ENSG00000244215 LINC02016 - long intergenic non-protein coding RNA 2016 ncRNA 1.128 nan 0.873 1.328 1.073 7.835 0.326 0.387 0.598 0.012 0.103 0.044 0.007 0.420 0.472 0.585 0.157 0.078 0.051 0.069 0.735 0.283 0.690 0.283 0.164 0.123 1.009 0.391 0.423 0.516 0.132 2.934 0.141 0.019 0.068 0.092 0.047 0.185 0.201 2.200 0.065 0.056 0.537 0.018 0.093 0.108 0.137 0.126 0.019 0.280 0.585 0.154 0.033 0.690 0.030 0.069 0.255 0.475 0.571 0.152 0.118 0.147 0.346 0.022 0.012 0.432 0.392 0.115 0.122 1.976 1.879 1.347 0.315 0.165 0.151 0.384 nan 0.490 0.608 1.041 0.815 0.623 0.724 0.310 0.309 0.446 0.773 0.914 0.559 1682 chr10 123250180 123273658 + 0 NA intron (NM_000141, intron 10 of 17) intron (NM_000141, intron 10 of 17) 28909 NM_001320654 2263 Hs.533683 NM_000141 ENSG00000066468 FGFR2 BBDS|BEK|BFR-1|CD332|CEK3|CFD1|ECT1|JWS|K-SAM|KGFR|TK14|TK25 fibroblast growth factor receptor 2 protein-coding nan 0.553 0.744 0.157 0.056 0.042 0.045 0.119 0.261 0.309 0.079 0.063 0.949 0.026 0.087 0.197 0.526 0.112 0.034 0.019 0.036 0.047 0.053 0.051 0.009 0.009 0.013 0.061 0.013 0.055 0.099 0.070 0.217 0.044 0.073 0.028 0.048 0.079 0.010 0.065 0.115 0.018 0.027 0.033 0.026 0.042 0.098 0.066 0.046 0.024 0.050 0.197 0.067 0.047 0.051 0.021 0.142 0.092 0.040 0.035 0.023 0.038 0.221 0.045 0.793 0.618 0.362 0.296 3.451 7.217 0.123 0.158 0.308 0.158 0.161 0.134 0.575 0.842 0.382 0.395 0.187 0.153 0.134 0.253 0.057 0.078 0.269 0.738 0.074 0.162 2781 chr12 70634505 70643072 + 0 NA intron (NM_001199303, intron 1 of 15) intron (NM_001199303, intron 1 of 15) 1294 NR_037615 4848 Hs.133350 NM_014515 ENSG00000111596 CNOT2 CDC36|HSPC131|NOT2|NOT2H CCR4-NOT transcription complex subunit 2 protein-coding nan 2.463 2.270 3.036 3.444 1.070 0.982 1.983 3.694 0.805 2.400 1.861 0.904 1.435 3.879 3.263 2.860 0.319 1.945 0.684 1.442 1.230 2.382 1.250 3.324 1.454 1.759 1.075 2.834 1.099 4.157 4.725 2.647 6.857 1.417 1.858 0.614 2.085 0.093 0.948 1.507 2.464 1.872 0.919 1.259 1.137 3.013 3.516 2.597 2.687 1.984 2.428 3.263 2.860 3.080 3.324 1.415 1.652 0.803 2.922 1.906 1.054 1.580 1.004 1.204 1.183 0.963 3.666 3.577 6.976 8.098 7.828 7.351 4.802 2.342 15.219 16.241 3.701 4.590 nan 10.072 4.557 4.986 3.327 6.235 2.941 3.325 4.094 3.305 nan 1.356 8479 chr4 91155101 91176017 + 0 NA intron (NM_207491, intron 1 of 7) intron (NM_207491, intron 1 of 7) 9377 NM_207491 401145 Hs.654735 NM_207491 ENSG00000184305 CCSER1 FAM190A coiled-coil serine rich protein 1 protein-coding 0.679 0.739 0.646 0.086 0.117 0.032 0.075 0.431 0.625 0.014 0.071 0.057 0.032 0.034 0.106 0.152 0.075 0.054 0.091 0.018 0.012 0.013 0.112 0.114 0.023 0.003 0.004 0.032 0.040 0.010 0.108 0.250 0.071 0.300 0.070 0.072 0.055 0.047 0.046 0.006 0.084 0.092 0.023 0.011 0.026 0.026 0.069 0.115 0.031 0.088 0.124 0.029 0.152 0.024 0.022 0.023 0.023 0.152 0.018 0.011 0.005 0.019 0.717 0.117 0.015 0.003 0.015 0.543 0.529 3.338 5.210 0.224 0.228 0.058 0.034 0.555 0.521 1.177 1.526 0.331 0.298 0.470 0.287 0.745 1.150 0.426 0.771 0.259 0.589 0.369 0.370 9376 chr5 180642782 180652522 + 0 NA Intergenic Intergenic 1981 NR_039781 100616342 NR_039781 ENSG00000264732 MIR4638 mir-4638 microRNA 4638 ncRNA 2.865 2.177 3.620 1.522 1.330 1.493 1.953 0.711 1.241 1.041 2.809 1.522 0.974 0.906 3.470 0.828 1.306 0.199 1.973 0.853 2.670 1.607 1.116 0.690 1.609 1.840 1.625 1.583 2.300 0.840 2.846 4.162 1.957 10.224 1.108 3.655 0.567 3.431 0.162 1.727 0.981 2.608 2.885 1.310 1.133 0.567 1.750 3.652 4.145 5.704 1.867 1.684 0.828 2.611 3.399 1.609 1.000 1.310 0.447 4.561 1.739 1.583 1.568 0.916 1.537 1.585 0.972 1.330 1.932 1.792 2.426 2.433 2.014 4.257 1.461 2.232 2.504 2.711 3.535 2.559 3.486 4.605 4.001 1.112 1.953 3.545 3.578 2.300 3.537 1.076 0.472 7672 chr3 79113462 79139202 + 0 NA intron (NM_002941, intron 3 of 30) L1MA9|LINE|L1 -57723 NM_133631 6091 Hs.744218 NM_002941 ENSG00000169855 ROBO1 DUTT1|SAX3 roundabout guidance receptor 1 protein-coding 0.636 0.581 0.636 0.019 0.077 0.011 0.016 0.074 0.122 0.004 0.027 0.015 0.019 0.037 0.066 0.074 0.058 0.006 0.071 0.022 0.020 0.049 0.042 0.080 0.107 0.003 0.003 0.077 0.021 0.031 0.077 0.052 0.188 0.034 0.031 0.015 0.047 0.087 0.005 0.052 0.043 0.012 0.033 0.034 0.013 0.063 0.062 0.022 0.014 0.021 0.005 0.074 0.030 0.022 0.107 0.019 0.026 0.015 0.012 0.039 0.024 0.027 0.068 0.015 0.011 0.006 0.208 0.136 0.321 nan 0.304 0.440 0.161 0.089 0.096 0.135 3.803 3.645 0.216 0.264 0.445 0.211 0.076 0.115 0.040 0.069 0.226 nan 0.291 0.290 10196 chr7 16839586 16859183 + 0 NA Intergenic Intergenic -4646 NM_006408 10551 Hs.530009 NM_006408 ENSG00000106541 AGR2 AG-2|AG2|GOB-4|HAG-2|HEL-S-116|HPC8|PDIA17|XAG-2 anterior gradient 2, protein disulphide isomerase family member protein-coding nan 1.861 nan 1.126 0.112 0.054 0.435 0.176 0.360 0.133 0.191 0.181 0.133 0.478 0.168 0.167 0.144 0.111 0.903 0.344 0.045 0.014 0.577 0.484 0.292 1.795 0.838 0.026 1.611 0.355 3.304 6.559 3.766 0.648 1.089 6.707 0.520 0.066 0.165 0.211 0.141 0.099 0.034 0.023 1.002 0.509 1.570 0.223 1.869 0.054 2.707 3.695 0.167 0.972 0.742 0.292 1.009 2.231 0.059 0.077 0.307 0.266 0.036 0.063 0.442 0.007 0.011 nan 0.307 0.650 1.333 0.452 0.527 0.593 0.262 0.349 0.431 0.728 1.182 0.444 0.391 0.276 0.109 0.134 0.262 1.586 1.981 0.328 0.580 1.783 0.852 8234 chr4 4658940 4666865 + 0 NA intron (NR_037888, intron 4 of 5) AluSx|SINE|Alu -3151 NR_145783 109623454 NR_145783 SNORD162 - small nucleolar RNA, C/D box 162 snoRNA 0.672 0.562 nan 0.095 0.135 0.095 1.979 0.081 0.114 0.048 0.500 2.212 0.024 0.063 0.113 0.469 0.131 0.202 0.506 0.572 0.110 0.035 0.157 0.133 0.154 1.722 1.068 0.009 0.048 0.182 0.277 0.650 0.105 0.282 1.017 0.198 0.011 0.014 0.087 1.783 0.097 1.991 0.494 0.294 0.248 0.193 0.438 5.159 0.103 1.994 0.450 0.298 0.469 0.537 5.795 0.154 0.633 0.084 0.037 0.058 0.090 3.451 0.202 2.765 0.719 0.526 0.305 0.378 0.237 0.339 0.270 0.322 nan 0.062 0.374 0.395 0.110 0.198 0.391 0.372 0.255 0.162 0.220 0.293 0.058 0.153 0.216 0.563 nan 0.433 11815 chr9 132948976 132964592 + 0 NA intron (NM_014286, intron 1 of 7) intron (NM_014286, intron 1 of 7) -6088 NM_001128826 23413 Hs.642946 NM_014286 ENSG00000107130 NCS1 FLUP|FREQ neuronal calcium sensor 1 protein-coding nan 1.552 0.981 0.158 0.503 1.673 0.474 0.502 0.811 0.364 0.559 0.391 0.028 0.013 0.600 1.816 0.369 0.257 0.542 0.175 0.125 0.082 0.421 0.323 0.586 0.273 0.204 0.580 0.262 0.080 0.298 0.963 0.201 7.614 0.147 0.556 0.067 0.188 0.071 0.162 0.428 0.353 0.165 0.100 0.126 0.122 0.204 0.134 0.791 0.664 0.205 0.308 1.816 0.698 0.314 0.586 0.102 0.110 1.197 0.479 0.368 0.462 0.209 0.149 0.136 0.430 0.335 0.276 0.357 0.450 1.144 1.894 2.025 nan 0.237 0.392 0.326 0.585 0.920 1.190 1.824 1.188 1.427 0.358 0.562 0.683 0.729 0.482 0.813 0.979 0.640 2257 chr11 112095990 112099528 + 0 NA intron (NM_000317, intron 1 of 5) intron (NM_000317, intron 1 of 5) 671 NM_000317 5805 Hs.503860 NM_000317 ENSG00000150787 PTS PTPS 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase protein-coding 2.460 3.358 2.106 1.970 4.150 3.653 2.295 1.766 4.722 1.240 4.529 1.699 2.654 0.848 3.183 2.718 1.130 0.090 2.625 0.642 3.384 1.180 2.087 0.798 4.733 2.852 3.335 2.624 2.684 0.984 2.782 3.617 1.803 9.017 1.159 2.226 0.615 3.485 0.139 1.431 2.260 8.050 4.295 1.832 2.524 1.432 4.722 3.647 2.462 3.935 1.436 3.347 2.718 3.312 4.999 4.733 1.557 3.794 1.021 3.489 2.321 2.202 3.050 1.019 2.333 1.676 1.350 11.010 15.892 4.098 6.961 8.296 7.421 6.660 2.958 7.425 8.109 5.074 nan 5.407 7.535 4.543 4.495 4.622 10.543 3.904 3.442 2.374 3.902 2.443 1.664 9696 chr6 49305506 49311926 + 0 NA Intergenic MER4A1|LTR|ERV1 122325 NM_000255 4594 Hs.485527 NM_000255 ENSG00000146085 MUT MCM methylmalonyl-CoA mutase protein-coding 0.795 0.894 0.798 0.090 0.961 0.078 0.121 0.275 0.435 0.014 0.059 0.067 0.029 0.048 0.055 0.278 0.071 0.050 0.033 0.010 0.021 0.145 0.090 0.280 0.088 0.023 0.011 0.042 0.017 0.062 0.061 0.109 0.721 0.023 0.051 0.030 0.017 0.095 0.062 0.067 0.019 0.017 0.012 0.063 0.077 0.038 0.044 0.037 0.040 0.278 0.077 0.029 0.280 0.019 0.013 0.015 0.037 0.032 0.012 0.493 0.174 0.024 0.013 0.008 4.768 3.788 8.074 2.037 0.602 0.684 1.327 0.323 8.481 8.752 0.204 0.160 1.414 nan 0.257 0.066 0.656 1.091 0.422 0.536 0.379 0.770 0.443 0.563 3973 chr15 58637776 58657130 + 0 NA Intergenic Intergenic -76722 NM_000236 3990 Hs.654472 NM_000236 ENSG00000166035 LIPC HDLCQ12|HL|HTGL|LIPH lipase C, hepatic type protein-coding 0.675 1.527 0.859 0.091 1.134 0.806 0.114 1.746 3.282 0.039 0.129 0.209 0.285 0.824 0.988 0.240 0.594 0.150 0.124 0.059 0.049 0.021 0.439 0.269 5.064 0.254 0.078 0.034 0.066 0.044 0.628 2.890 0.418 0.596 0.074 0.075 0.069 0.012 0.102 0.025 0.107 0.079 0.040 0.012 0.091 0.072 0.388 0.176 0.484 0.084 0.039 0.211 0.240 0.100 0.123 5.064 0.127 1.215 0.041 0.063 0.089 0.061 0.113 0.102 0.070 0.024 0.016 0.328 0.277 0.569 1.945 2.759 2.600 0.376 0.135 0.207 0.247 0.210 0.405 2.991 3.093 0.660 0.398 0.197 0.322 0.479 0.559 0.257 0.358 0.429 0.457 6454 chr2 164537785 164542607 + 0 NA intron (NM_001321825, intron 1 of 1) MER5B|DNA|hAT-Charlie 52321 NM_018086 55137 Hs.593650 NM_018086 ENSG00000182263 FIGN - fidgetin, microtubule severing factor protein-coding 0.881 0.914 nan 0.238 0.241 0.034 0.724 0.208 0.321 0.060 0.130 0.190 0.104 0.036 0.187 0.158 0.155 0.329 0.237 0.131 0.029 0.302 0.157 0.099 0.403 0.066 0.015 0.282 0.327 0.200 1.619 0.381 0.271 1.028 0.157 0.062 0.111 0.060 0.124 0.032 0.104 0.088 0.128 0.383 0.194 0.119 0.124 0.186 0.134 0.066 0.218 0.187 0.315 0.205 0.099 0.075 0.123 0.060 0.042 0.248 0.062 0.284 0.109 0.048 0.022 1.198 1.235 9.288 4.317 0.156 0.310 0.130 0.039 0.838 0.889 0.599 0.852 0.270 0.336 0.350 0.297 0.359 0.797 0.485 0.840 0.473 1.024 0.500 0.303 2444 chr12 6795699 6802138 + 0 NA promoter-TSS (NM_133476) promoter-TSS (NM_133476) -180 NM_001039920 171017 Hs.103315 NM_133476 ENSG00000126746 ZNF384 CAGH1|CAGH1A|CIZ|ERDA2|NMP4|NP|TNRC1 zinc finger protein 384 protein-coding 3.740 nan nan 3.031 6.465 2.787 1.884 1.995 3.948 1.171 2.668 1.937 0.857 1.911 2.805 3.465 1.155 0.026 1.936 0.767 2.505 1.612 2.153 0.906 3.831 2.066 2.604 1.163 3.003 1.361 3.638 5.711 2.973 7.842 0.862 2.058 0.903 3.792 0.208 1.097 3.868 3.145 2.927 1.017 1.879 1.930 3.743 4.867 3.787 4.469 1.355 1.928 3.465 2.644 2.490 3.831 1.082 1.645 6.851 6.352 1.069 1.016 1.598 1.527 0.944 2.030 1.253 2.636 2.439 4.044 6.280 nan 7.917 10.032 5.481 7.180 7.484 4.398 5.765 4.189 5.255 5.207 4.617 2.730 4.766 3.733 4.899 3.802 nan 1.881 0.767 8623 chr4 167114948 167122125 + 0 NA Intergenic Intergenic 324126 NM_001204760 7092 Hs.106513 NM_012464 ENSG00000038295 TLL1 ASD6|TLL tolloid like 1 protein-coding nan nan nan 0.286 0.148 0.049 0.089 0.181 0.013 0.171 0.128 0.044 0.014 0.037 0.044 0.382 0.179 0.073 0.026 0.028 0.110 0.068 0.185 0.010 0.038 0.101 0.076 0.080 0.212 0.122 0.060 0.013 0.030 0.086 0.088 0.026 0.034 0.011 0.015 0.128 0.080 0.066 0.034 0.030 0.011 0.009 0.044 0.039 0.013 0.185 0.051 0.023 0.032 0.156 0.011 0.107 0.034 0.107 0.272 0.157 10.356 8.936 0.167 0.144 0.225 0.087 0.169 0.312 0.199 0.294 0.195 0.220 0.229 0.117 0.165 0.399 0.035 0.071 0.197 0.138 0.272 0.206 725 chr1 152160760 152165202 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -31277 NM_001122965 126638 Hs.376144 NM_152364 ENSG00000215853 RPTN - repetin protein-coding nan nan 4.332 0.347 0.078 0.025 0.407 0.108 0.314 0.108 0.284 0.893 0.251 0.066 0.083 0.057 0.790 0.251 0.693 0.215 1.159 0.318 0.093 0.027 0.154 0.081 0.047 0.106 0.167 12.926 13.315 1.327 0.723 0.033 0.264 0.534 0.037 0.931 0.018 1.533 0.041 0.052 0.296 0.086 0.131 0.701 1.045 0.110 2.490 0.835 0.057 0.142 0.729 0.027 0.220 0.505 0.393 4.141 1.122 0.903 0.067 0.029 0.172 0.052 0.056 0.294 0.133 0.304 0.229 0.172 nan 0.244 0.139 0.122 0.147 2.464 3.048 0.205 0.214 3.839 4.340 0.320 0.336 0.046 0.137 0.413 0.957 0.323 0.373 3921 chr15 41197920 41235245 + 0 NA Intergenic Intergenic -4949 NM_019074 54567 Hs.511076 NM_019074 ENSG00000128917 DLL4 AOS6|hdelta2 delta like canonical Notch ligand 4 protein-coding 1.744 0.808 nan 0.091 1.784 0.751 0.526 0.901 1.753 0.076 0.497 0.257 0.133 2.270 1.258 1.200 0.325 0.125 0.405 0.097 1.111 0.138 0.816 0.284 2.773 0.276 0.197 0.411 0.305 0.126 1.367 3.060 0.745 1.806 0.201 0.300 0.404 0.332 0.058 0.201 1.178 0.478 1.509 0.650 0.434 0.236 0.213 0.207 0.505 0.879 0.586 1.226 1.200 0.532 0.465 2.773 0.281 0.325 0.659 0.867 1.091 0.235 0.536 0.266 0.289 0.184 0.156 1.324 1.876 0.925 1.345 2.546 2.409 2.364 0.682 0.897 0.975 0.523 nan 3.426 3.788 2.127 2.134 0.756 0.987 1.771 1.656 0.882 1.370 1.920 1.049 4088 chr15 77787614 77808621 + 0 NA Intergenic Intergenic -19820 NR_135692 101929457 Hs.637111 NR_135692 ENSG00000259362 LOC101929457 - uncharacterized LOC101929457 ncRNA 1.034 1.360 1.103 0.707 0.230 0.397 0.088 0.757 1.243 0.118 0.312 0.629 0.139 0.047 0.182 0.408 2.515 0.405 0.143 0.063 0.035 0.024 0.239 0.110 0.462 0.188 0.086 0.067 0.112 0.111 3.315 7.678 0.725 4.676 0.724 0.126 0.073 0.078 0.093 0.135 0.068 0.248 0.075 0.060 0.659 0.055 0.216 0.460 0.209 0.283 0.351 0.366 0.408 0.156 0.022 0.462 0.162 0.078 0.453 0.096 0.124 0.218 2.398 0.287 0.102 0.014 0.019 2.123 2.829 0.820 1.295 0.501 0.512 1.131 0.291 0.269 0.379 0.911 1.487 0.584 0.551 0.591 0.318 2.790 3.744 0.341 0.328 0.438 0.907 0.465 0.371 4290 chr16 22200098 22228764 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 -3161 NM_013302 29904 Hs.498892 NM_013302 ENSG00000103319 EEF2K HSU93850|eEF-2K eukaryotic elongation factor 2 kinase protein-coding 1.657 1.188 nan 0.949 1.204 0.335 0.750 0.512 0.974 0.818 1.341 1.011 0.167 0.472 0.678 0.466 0.591 0.174 0.978 0.397 0.505 0.286 0.480 0.229 0.638 0.959 0.780 0.461 0.814 0.290 0.894 1.738 0.402 2.428 0.491 0.960 0.160 0.498 0.101 0.292 0.308 0.742 0.393 0.223 0.883 0.303 0.679 0.702 1.334 0.822 1.518 1.449 0.466 0.795 1.348 0.638 0.393 0.963 0.346 0.854 0.414 0.938 1.390 1.950 0.470 0.141 0.101 1.644 2.156 0.783 0.895 1.083 0.871 nan 1.398 2.558 2.541 0.979 1.502 2.168 3.496 1.821 1.825 1.211 1.657 0.927 1.373 1.536 4.893 1.035 0.584 10720 chr7 142392658 142409463 + 0 NA Intergenic PABL_B-int|LTR|ERV1 26929 NM_001190487 100463482 NM_001190487 ENSG00000270672 MTRNR2L6 HN6 MT-RNR2 like 6 protein-coding 0.970 0.576 1.332 0.178 0.089 0.286 0.047 0.038 0.185 0.008 0.055 0.196 0.008 0.042 0.122 0.068 0.093 0.125 0.045 0.041 0.017 0.835 0.479 0.100 0.008 0.009 0.018 0.152 0.006 0.091 0.078 0.144 0.793 0.009 0.090 0.102 0.051 0.138 0.114 0.514 0.089 0.007 0.019 0.032 0.036 0.235 0.140 0.029 0.021 0.019 0.039 0.068 0.055 0.033 0.100 0.058 0.040 0.104 0.038 0.052 0.036 0.565 0.172 0.021 0.027 0.323 0.212 0.153 0.215 0.245 0.213 0.199 0.118 0.338 0.364 0.176 0.246 0.091 0.111 1.260 1.285 0.151 0.226 0.279 0.225 0.540 1.903 4.215 nan 10440 chr7 76199088 76220275 + 0 NA intron (NR_029411, intron 2 of 2) (GA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 31023 NR_029411 100133091 Hs.712837 NR_029411 ENSG00000205485 LOC100133091 - uncharacterized LOC100133091 ncRNA nan 0.901 1.114 0.673 0.307 0.091 1.764 0.233 0.287 0.496 0.673 1.643 0.079 0.274 0.184 0.186 1.464 0.186 0.621 0.296 0.862 0.007 0.185 0.259 0.170 0.503 0.251 0.052 1.524 0.483 0.862 1.742 3.255 0.471 0.609 0.627 0.092 0.216 0.161 1.349 0.124 0.588 0.262 0.110 0.786 0.199 0.368 1.264 0.327 1.092 0.376 0.309 0.186 0.421 4.785 0.170 0.407 0.159 0.059 0.286 0.144 0.723 0.079 0.071 0.759 0.391 0.527 0.458 0.506 0.280 nan 0.594 0.781 0.606 0.306 0.255 0.243 0.694 nan 0.747 nan 0.430 0.290 0.257 0.453 0.466 0.780 0.402 0.785 1.178 0.653 5754 chr19 47596166 47635808 + 0 NA intron (NM_015168, intron 1 of 14) CpG-14022 1022 NM_015168 23211 Hs.104661 NM_015168 ENSG00000130749 ZC3H4 C19orf7 zinc finger CCCH-type containing 4 protein-coding 3.195 2.393 2.610 3.769 1.686 2.398 1.860 1.230 2.373 1.714 2.416 2.725 0.435 1.402 3.379 2.047 1.453 0.357 2.084 0.808 1.974 1.230 1.295 0.589 2.597 1.116 1.365 1.953 2.306 0.913 3.336 nan 4.200 2.832 1.117 2.149 0.614 2.107 0.162 0.682 0.977 2.463 1.775 0.745 1.701 1.443 2.292 1.464 2.783 1.619 1.478 1.315 2.047 2.885 1.242 2.597 1.646 2.676 0.686 1.731 0.930 1.032 3.444 1.398 1.010 1.054 0.759 2.704 2.496 2.862 3.965 4.258 4.171 4.083 2.532 7.532 8.302 2.493 3.372 3.080 4.790 2.789 2.500 4.182 5.286 2.377 2.865 3.387 4.082 2.141 1.090 5348 chr18 52980024 52995103 + 0 NA intron (NM_001243228, intron 8 of 19) intron (NM_001243228, intron 8 of 19) 642 NM_001348215 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 1.867 1.301 0.058 0.245 0.265 0.019 0.913 1.833 0.006 0.130 0.547 0.015 0.070 0.387 0.483 2.063 0.106 0.043 0.012 0.017 0.018 1.038 0.769 0.889 0.430 0.268 0.005 0.027 0.043 0.046 0.038 0.364 0.058 0.078 1.420 1.519 0.063 0.047 3.526 0.030 0.005 0.007 0.010 0.253 0.449 0.059 0.008 0.201 0.017 0.483 0.057 0.889 0.005 1.028 0.038 1.045 0.016 0.746 1.371 0.101 0.011 0.013 2.968 3.000 4.535 5.279 5.249 4.990 2.037 0.780 1.419 1.496 2.613 3.138 1.050 1.026 10.404 10.980 0.872 1.424 5.899 6.671 2.815 3.068 7.507 3.500 3252 chr13 93911169 93939476 + 0 NA intron (NM_005708, intron 1 of 8) intron (NM_005708, intron 1 of 8) 46261 NM_005708 10082 Hs.444329 NM_005708 ENSG00000183098 GPC6 OMIMD1 glypican 6 protein-coding 1.204 1.218 1.092 0.023 0.074 0.096 0.387 0.182 0.235 0.017 0.307 0.156 0.015 0.049 0.147 0.430 0.143 0.097 0.307 0.215 0.009 0.005 0.100 0.095 0.125 0.662 0.546 0.019 0.246 0.250 0.498 1.182 0.192 0.332 0.304 0.068 0.229 0.042 0.080 0.287 0.323 0.117 0.015 0.022 0.780 0.505 0.117 0.148 0.193 0.113 0.140 0.058 0.430 0.158 0.036 0.125 0.048 0.023 0.062 0.020 0.065 0.347 0.104 1.138 0.138 0.014 0.004 0.588 0.546 0.386 0.592 0.389 0.481 0.586 0.238 0.124 0.108 0.476 0.469 0.725 0.626 1.143 0.864 0.194 0.381 0.931 1.306 2.168 5.413 0.149 0.162 11449 chr9 12808682 12819978 + 0 NA promoter-TSS (NR_125775) promoter-TSS (NR_125775) 58 NR_125775 101929467 Hs.586443 NR_125775 ENSG00000235448 LURAP1L-AS1 - LURAP1L antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.188 3.351 2.052 0.044 2.174 1.532 2.370 0.557 0.647 1.985 0.376 0.421 0.368 1.379 2.872 0.071 0.692 0.419 1.468 2.305 1.429 0.553 0.848 1.432 1.004 0.085 1.565 0.646 2.443 2.270 1.537 2.915 1.250 4.233 1.666 0.618 0.074 0.705 0.246 0.424 0.723 0.372 1.352 0.999 0.525 1.779 1.378 0.313 2.032 0.470 1.379 0.697 2.370 0.848 1.103 0.434 0.233 0.114 0.863 1.017 0.491 0.100 0.622 0.928 0.961 0.325 0.244 1.545 5.212 0.364 0.554 6.370 3.664 1.997 2.124 6.375 6.582 3.367 4.154 4.104 3.151 0.675 0.602 6.226 10.785 0.345 0.819 2.998 2.194 4048 chr15 71144397 71167758 + 0 NA intron (NM_001284357, intron 1 of 16) LTR88b|LTR|Gypsy? -9473 NM_197958 55323 Hs.416755 NM_018357 ENSG00000166173 LARP6 ACHN La ribonucleoprotein domain family member 6 protein-coding 1.051 1.283 0.597 0.491 0.203 0.045 0.701 0.329 0.776 0.110 0.822 3.613 0.080 0.039 0.142 0.757 1.770 0.111 0.180 0.170 0.205 0.220 0.179 0.139 0.641 0.466 0.183 0.278 0.099 0.412 0.786 1.076 0.225 1.922 0.594 0.385 0.019 0.495 0.095 0.793 0.139 0.493 0.270 0.230 0.079 0.165 0.264 1.892 0.911 1.489 0.243 0.259 0.757 0.315 0.178 0.641 0.105 0.162 0.109 0.545 0.136 0.822 0.055 0.059 0.711 0.363 0.225 0.315 0.191 0.745 1.559 0.723 0.819 0.891 0.455 0.397 0.400 0.244 0.425 0.554 0.784 0.965 0.870 0.496 0.584 0.066 0.117 0.397 0.714 0.552 0.413 5429 chr18 72953939 72990170 + 0 NA intron (NM_001308210, intron 1 of 1) (TGAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 48570 NM_001308210 10194 Hs.284217 NM_005786 ENSG00000179981 TSHZ1 CAA|NY-CO-33|SDCCAG33|TSH1 teashirt zinc finger homeobox 1 protein-coding nan nan 0.901 0.100 0.550 0.215 0.264 0.872 1.491 0.011 0.287 0.352 0.007 0.152 0.397 0.858 0.252 0.049 0.062 0.021 0.021 0.115 1.432 0.839 2.388 0.189 0.092 0.118 0.073 0.073 0.129 0.293 0.104 0.679 0.056 0.180 0.814 0.101 0.101 0.098 0.933 0.083 0.035 0.026 0.103 0.033 0.138 0.148 0.117 0.122 0.048 0.095 0.858 0.041 0.051 2.388 0.047 0.018 0.085 0.069 0.590 0.088 1.135 0.123 0.166 0.025 0.017 1.724 1.807 1.361 2.186 2.158 nan 2.932 0.931 0.586 0.591 0.290 0.414 2.272 nan 6.901 6.696 1.503 2.255 3.514 3.812 0.189 0.251 1.928 1.132 4183 chr16 2194105 2215102 + 0 NA TTS (NM_014353) TTS (NM_014353) 503 NR_002736 26788 NR_002736 ENSG00000206630 SNORD60 RNU60|U60 small nucleolar RNA, C/D box 60 snoRNA 2.101 nan 5.406 2.475 1.619 0.564 2.827 0.759 1.322 0.862 4.481 1.109 0.143 1.047 1.785 0.979 0.420 0.162 2.395 1.046 1.393 0.610 1.121 0.464 0.611 1.606 1.269 1.498 2.094 0.443 3.966 7.198 1.100 3.314 1.494 4.498 0.292 1.834 0.124 1.068 0.890 1.742 1.739 0.888 1.404 1.275 2.613 0.611 2.504 1.547 3.118 3.272 0.979 2.202 1.675 0.611 1.383 1.833 0.714 2.649 1.028 1.916 0.253 1.395 0.682 1.214 0.798 2.743 4.462 0.710 1.007 1.344 1.406 nan 1.634 2.169 2.164 1.410 nan 2.236 2.032 4.047 6.032 0.611 1.132 1.445 1.250 4.504 4.541 1.772 0.949 11440 chr9 8670194 8683382 + 0 NA intron (NM_001040712, intron 1 of 29) AluSp|SINE|Alu 57158 NM_001171025 5789 Hs.446083 NM_002839 ENSG00000153707 PTPRD HPTP|HPTPD|HPTPDELTA|PTPD|RPTPDELTA protein tyrosine phosphatase, receptor type D protein-coding 0.750 1.850 0.780 0.022 0.100 0.450 0.038 0.208 0.380 0.047 0.021 0.005 0.015 0.121 0.341 0.081 0.062 0.101 0.014 0.005 0.010 0.272 0.131 0.163 0.011 0.006 0.017 0.041 0.008 0.018 0.063 0.065 0.327 0.022 0.778 1.201 0.041 0.062 0.017 0.172 0.035 0.018 0.012 0.033 0.026 0.029 0.061 0.049 0.021 0.012 0.015 0.341 0.049 0.021 0.163 0.010 0.019 0.029 0.009 0.062 0.053 0.138 0.018 0.022 0.015 0.218 0.075 0.503 1.569 0.414 0.577 1.980 0.466 0.130 0.146 1.097 1.482 0.375 0.423 0.600 0.228 0.121 0.184 3.497 5.852 0.359 nan 1.309 1.070 11818 chr9 133402891 133427442 + 0 NA Intergenic Charlie15a|DNA|hAT-Charlie 39715 NR_027440 100272217 Hs.601255 NR_027440 LOC100272217 - uncharacterized LOC100272217 ncRNA nan 0.783 0.687 0.062 0.653 3.772 0.460 0.450 0.822 0.062 0.136 0.113 0.030 0.012 2.342 1.392 0.261 0.211 0.383 0.374 0.015 0.045 0.166 0.117 3.712 0.677 0.317 0.051 0.251 0.056 0.170 1.482 0.097 0.999 0.207 0.110 0.090 0.036 0.099 0.091 0.042 0.184 0.059 0.083 0.134 0.162 0.175 0.194 0.140 0.102 0.048 0.343 1.392 0.256 0.090 3.712 0.090 0.054 0.165 0.102 0.132 0.242 0.020 0.150 0.053 0.021 0.023 0.160 0.146 0.131 0.208 8.866 8.504 nan 0.172 0.134 0.143 1.027 1.043 1.903 2.783 1.851 1.859 0.193 0.173 0.314 0.406 0.333 0.688 0.770 0.634 9170 chr5 131744658 131766625 + 0 NA intron (NM_001207001, intron 2 of 3) intron (NM_001207001, intron 2 of 3) 9176 NM_001207001 441108 Hs.658288 NM_001013717 C5orf56 - chromosome 5 open reading frame 56 protein-coding 1.383 2.199 nan 2.255 0.929 2.178 3.061 0.626 1.123 2.622 2.871 4.386 2.577 0.401 2.319 0.326 1.486 0.213 2.293 1.284 1.633 0.126 0.663 0.376 1.069 2.470 2.187 1.081 1.012 1.461 1.067 2.349 2.372 2.350 2.279 0.963 0.151 0.626 0.131 0.997 0.225 2.565 1.251 0.803 3.873 1.826 1.982 4.568 1.650 1.674 2.454 2.542 0.326 1.797 1.571 1.069 1.464 1.144 0.132 1.097 0.999 1.491 1.084 0.151 2.319 2.221 1.607 0.808 1.081 2.112 4.721 1.275 1.471 1.806 0.670 2.696 2.752 0.687 1.157 3.167 4.111 1.098 0.867 1.198 1.582 1.032 1.082 0.355 0.564 1.131 0.894 4011 chr15 66422912 66467406 + 0 NA intron (NM_032445, intron 1 of 22) intron (NM_032445, intron 1 of 22) 100916 NM_032445 84465 Hs.712886 NM_032445 ENSG00000157890 MEGF11 - multiple EGF like domains 11 protein-coding 1.025 1.688 nan 0.068 0.126 0.324 0.046 2.917 5.613 0.009 0.092 0.075 0.019 0.063 1.008 0.644 0.113 0.043 0.038 0.013 0.028 0.031 3.742 1.924 1.915 0.023 0.024 0.058 0.075 0.010 0.056 0.155 0.062 0.589 0.023 0.063 1.841 0.068 0.081 0.100 0.091 0.024 0.016 0.020 0.036 0.052 0.167 0.156 0.062 0.045 0.084 0.644 0.063 0.038 1.915 0.060 0.060 0.635 0.068 3.448 0.021 0.465 0.153 0.019 0.017 0.005 0.506 0.665 0.331 0.521 2.295 1.953 nan 1.915 0.269 0.246 0.705 1.077 2.748 2.314 1.495 1.554 0.740 0.756 4.448 4.117 0.430 0.993 2.957 1.373 1326 chr10 12472486 12479060 + 0 NA intron (NM_001351032, intron 3 of 11) intron (NM_001351032, intron 3 of 11) 44792 NM_001351032 57118 Hs.600547 NM_020397 ENSG00000183049 CAMK1D CKLiK|CaM-K1|CaMKID calcium/calmodulin dependent protein kinase ID protein-coding nan 1.162 0.639 0.057 1.947 1.214 0.332 0.237 0.569 0.085 0.141 0.213 1.691 0.366 0.248 0.102 0.144 0.144 0.114 0.021 0.787 0.652 2.870 0.103 0.045 0.045 0.072 0.099 0.880 0.054 2.754 0.468 0.031 0.189 0.045 0.066 0.018 0.012 0.098 0.064 0.048 0.116 0.638 0.135 0.179 0.067 0.024 0.600 0.366 0.356 0.362 2.870 0.018 0.113 0.115 0.070 1.508 0.097 0.075 0.170 0.046 0.061 0.008 0.253 0.367 0.224 0.283 2.561 2.396 10.964 3.219 0.126 0.168 0.477 0.864 3.237 3.841 0.297 0.162 0.265 0.313 0.835 0.752 0.219 0.427 2.108 1.113 6402 chr2 144100461 144126736 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 226699 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.906 nan 1.052 0.058 0.109 0.070 0.030 0.256 0.342 0.011 0.101 0.063 0.014 0.008 0.031 0.390 0.126 0.091 0.048 0.014 0.020 0.203 0.195 0.583 0.011 0.008 0.011 0.051 0.012 0.063 0.098 0.067 0.327 0.033 0.053 0.007 0.033 0.080 0.289 0.056 0.018 0.012 0.008 0.015 0.103 0.087 0.031 0.054 0.018 0.036 0.390 0.038 0.014 0.583 0.023 0.031 0.026 0.040 0.027 0.018 0.051 0.226 0.041 0.020 0.008 0.370 0.257 0.155 0.252 0.357 0.451 1.004 0.370 0.210 0.204 5.218 5.016 0.301 0.303 0.906 0.663 0.083 0.228 0.051 0.041 0.607 1.367 0.296 0.290 10175 chr7 12806614 12813060 + 0 NA Intergenic Intergenic 82926 NM_005738 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.395 nan 0.501 0.314 0.009 0.549 0.275 0.391 0.281 0.264 1.806 10.176 0.030 0.112 0.535 1.754 0.251 0.147 0.029 0.040 0.302 0.339 0.225 0.779 0.508 0.168 0.023 0.632 0.196 0.252 1.240 2.106 1.609 0.539 0.133 0.030 2.404 0.220 0.054 2.442 0.028 0.023 0.024 0.034 0.118 0.210 0.116 0.316 0.076 0.171 0.440 0.535 0.132 0.072 0.779 0.095 0.180 0.015 0.063 0.552 0.111 0.537 0.056 0.214 0.009 nan 0.486 0.311 1.709 0.874 0.948 0.680 0.274 0.510 0.488 0.381 0.672 0.655 0.619 0.255 0.105 0.372 0.810 0.413 0.445 0.189 0.375 0.378 0.404 3714 chr14 78118719 78149689 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu 40152 NM_006020 8846 Hs.94542 NM_006020 ENSG00000100601 ALKBH1 ABH|ABH1|ALKBH|alkB|hABH alkB homolog 1, histone H2A dioxygenase protein-coding 1.640 1.259 1.205 0.109 0.400 2.842 0.074 0.238 0.419 0.051 0.097 0.104 0.046 0.143 1.714 1.236 0.216 0.182 0.048 0.037 0.028 0.018 0.188 0.153 0.282 0.196 0.125 0.036 0.125 0.082 0.185 0.766 0.260 3.187 0.033 0.115 0.889 0.118 0.135 0.019 1.058 0.077 0.037 0.033 0.061 0.158 0.289 0.191 0.097 0.139 0.033 0.152 1.236 0.087 0.083 0.282 0.052 0.215 0.451 0.136 0.151 0.193 0.037 0.355 0.098 0.019 0.007 0.374 0.302 0.432 0.586 1.811 1.861 0.996 0.275 0.427 0.410 1.189 1.741 0.692 nan 0.855 0.572 0.262 0.298 2.545 2.709 0.538 0.993 2.588 nan 9038 chr5 83581166 83599302 + 0 NA intron (NM_005711, intron 1 of 10) intron (NM_005711, intron 1 of 10) 90451 NM_005711 10085 Hs.482730 NM_005711 ENSG00000164176 EDIL3 DEL1 EGF like repeats and discoidin domains 3 protein-coding 0.680 1.083 0.585 0.147 0.123 0.003 1.113 0.115 0.248 0.016 0.609 2.591 0.038 0.038 0.093 0.219 1.805 0.285 2.189 0.827 3.513 0.008 0.079 0.073 0.026 3.060 2.072 0.098 1.559 1.953 0.125 0.146 0.223 0.261 1.353 2.706 0.095 0.030 0.103 0.392 0.053 0.254 0.161 0.219 0.918 1.261 0.154 0.077 0.108 0.109 0.302 0.356 0.219 1.300 1.988 0.026 0.142 0.132 0.021 0.302 0.079 1.646 0.038 0.410 1.821 0.035 0.014 0.203 0.124 0.324 0.840 0.106 0.142 0.106 0.079 0.130 0.121 0.677 0.897 0.221 0.227 0.582 0.283 0.105 0.128 0.280 0.320 0.392 nan 0.320 0.265 11901 chrUn_gl000220 30147 32073 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 -66019 NR_038958 100507412 Hs.426704 NR_038958 LOC100507412 - uncharacterized LOC100507412 ncRNA 2.547 nan 3.870 7.019 0.823 0.466 1.597 0.497 nan 1.263 0.383 0.096 0.598 0.260 0.421 1.126 0.482 0.215 0.098 0.131 3.039 nan 0.764 0.335 0.174 0.154 0.212 1.700 10.580 1.056 4.152 3.742 1.138 0.449 0.169 0.125 0.435 0.042 0.883 17.410 14.264 0.170 0.989 0.401 0.465 0.654 0.148 0.270 3.111 0.421 0.184 0.143 0.764 1.064 0.392 0.049 0.212 7.598 0.249 0.356 0.450 0.624 0.630 0.526 1.055 0.967 2.823 5.637 0.847 1.034 1.074 0.347 1.541 1.897 0.711 1.365 0.263 0.333 nan 0.698 1.073 1.869 3.513 2.165 0.549 nan 1.585 2.225 11851 chr9 138329292 138354891 + 0 NA Intergenic Intergenic 22004 NR_038969 100506599 Hs.561897 NR_038969 ENSG00000225361 PPP1R26-AS1 - PPP1R26 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.930 1.431 0.092 0.241 4.105 0.411 0.291 0.597 0.053 0.058 0.476 0.005 0.035 1.378 0.141 0.125 0.101 0.120 0.108 0.007 0.032 0.092 0.061 0.510 0.115 0.044 0.034 0.056 0.017 0.248 1.675 0.426 1.838 0.027 0.100 0.044 0.042 0.084 0.028 0.165 0.158 0.094 0.080 0.021 0.075 0.182 0.211 0.073 0.098 0.067 0.133 0.141 0.109 0.041 0.510 0.034 0.097 0.251 0.104 0.040 0.114 0.088 0.020 0.201 0.016 0.020 0.268 0.315 0.084 0.139 0.478 0.460 nan 0.083 0.103 0.100 0.117 0.212 0.212 0.228 0.680 0.420 0.241 0.295 0.259 0.228 0.099 0.136 0.362 0.354 8670 chr4 185721688 185748121 + 0 NA intron (NM_001995, intron 1 of 20) intron (NM_001995, intron 1 of 20) -1491 NM_001286708 2180 Hs.406678 NM_001995 ENSG00000151726 ACSL1 ACS1|FACL1|FACL2|LACS|LACS1|LACS2 acyl-CoA synthetase long chain family member 1 protein-coding nan 1.639 nan 0.496 0.955 0.639 0.091 0.299 0.547 0.219 0.189 0.464 0.197 0.065 1.351 0.212 0.105 0.030 0.440 0.222 0.085 0.037 0.255 0.197 0.969 0.622 0.330 0.200 0.588 0.263 1.788 3.888 1.419 1.816 0.338 0.383 0.018 0.111 0.061 0.135 0.374 0.101 0.333 0.300 0.310 0.297 0.587 0.411 0.413 0.332 0.814 0.532 0.212 0.615 0.116 0.969 0.242 0.527 0.137 0.284 0.399 0.250 0.479 0.295 0.060 0.081 0.054 0.821 1.227 4.030 4.996 0.960 0.806 0.667 0.262 0.287 0.290 0.370 0.630 1.429 1.688 0.986 0.880 0.424 0.646 0.092 0.086 0.737 1.449 0.492 0.487 2637 chr12 47627138 47633353 + 0 NA 3' UTR (NM_001281429, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001281429, exon 3 of 3) -20019 NR_026544 100233209 Hs.657722 NR_026544 ENSG00000247774 PCED1B-AS1 - PCED1B antisense RNA 1 ncRNA 0.892 nan 0.572 0.242 0.100 0.027 5.450 0.208 0.421 0.215 0.402 1.508 0.049 0.109 0.014 0.068 0.236 0.051 2.843 2.078 0.364 0.022 0.152 0.148 0.174 2.702 2.194 0.035 1.491 0.971 0.694 2.042 0.669 0.135 3.670 0.532 0.015 0.067 0.111 1.272 0.051 1.013 0.499 0.338 1.286 0.283 0.521 2.341 1.303 1.275 0.117 1.658 0.068 1.285 0.417 0.174 0.853 0.180 0.016 0.137 0.082 1.032 0.016 0.199 1.204 0.028 0.008 0.560 0.354 0.233 0.363 0.271 0.298 0.165 0.115 0.260 0.295 0.127 0.222 0.388 0.429 0.446 0.156 0.127 0.263 0.123 0.195 0.243 0.512 0.400 0.656 11219 chr8 114374584 114453036 + 0 NA intron (NM_198123, intron 1 of 70) intron (NM_198123, intron 1 of 70) -24428 NM_198124 114788 Hs.91381 NM_052900 ENSG00000164796 CSMD3 - CUB and Sushi multiple domains 3 protein-coding nan nan 1.042 0.050 0.118 0.034 0.045 0.133 0.233 0.005 0.090 0.040 0.021 0.123 0.099 0.081 0.096 0.083 0.080 0.034 0.022 0.139 2.353 1.650 0.098 0.003 0.008 0.048 0.072 0.031 0.087 0.136 0.071 1.629 0.044 0.205 1.158 0.036 0.079 0.024 0.107 0.045 0.018 0.013 0.028 0.013 0.094 0.107 0.045 0.093 0.029 0.044 0.081 0.054 0.021 0.098 0.023 0.046 0.006 0.058 0.380 0.017 0.032 0.150 0.013 0.020 0.008 0.412 0.308 0.053 0.066 0.337 0.459 nan 1.654 0.746 nan 2.064 nan 0.357 0.428 0.774 0.598 0.115 0.219 5.383 6.138 0.581 1.100 0.567 0.462 6234 chr2 89050996 89058190 + 0 NA Intergenic Intergenic -10826 NR_015424 645784 Hs.105323 NR_015424 ENSG00000230006 ANKRD36BP2 - ankyrin repeat domain 36B pseudogene 2 pseudo nan 0.623 nan 0.139 0.291 1.656 0.225 0.513 0.780 0.067 0.087 0.382 0.070 0.238 0.280 0.173 0.089 0.312 0.053 0.074 0.096 0.237 0.193 0.384 0.173 0.180 0.071 0.218 0.116 0.279 0.617 0.260 3.318 0.061 0.241 0.080 0.053 0.087 0.033 0.077 0.282 0.083 0.108 0.045 0.223 0.134 0.389 0.328 0.269 0.066 0.156 0.280 0.340 0.116 0.384 0.069 0.101 0.013 0.241 0.141 0.120 0.168 0.084 0.168 0.136 0.168 0.446 0.522 0.239 0.360 2.144 1.898 0.685 0.343 0.456 0.548 0.394 0.571 0.431 0.244 0.199 0.184 0.311 0.596 0.112 0.141 0.321 0.900 5.447 2.438 6509 chr2 178102182 178132933 + 0 NA intron (NM_001313902, intron 1 of 3) intron (NM_001313902, intron 1 of 3) 3181 NR_036075 100422824 NR_036075 ENSG00000265396 MIR3128 mir-3128 microRNA 3128 ncRNA 2.728 2.332 2.424 2.296 1.812 1.356 2.232 1.142 1.977 1.333 2.420 1.636 1.947 0.657 1.083 1.498 2.237 0.314 3.577 1.337 2.996 1.163 1.114 0.474 1.698 2.179 2.377 0.935 2.838 0.683 5.569 6.789 2.971 3.424 1.031 2.503 0.326 1.794 0.102 1.386 1.019 2.645 1.716 0.712 1.677 1.755 3.930 1.779 3.052 2.011 1.451 2.269 1.498 2.778 4.298 1.698 1.133 1.192 0.657 2.698 0.475 1.972 1.571 0.617 1.687 1.493 1.087 1.542 1.968 3.992 8.441 2.058 1.705 2.228 0.821 3.352 3.402 2.003 2.727 4.289 6.712 2.479 2.863 1.644 3.060 1.402 1.774 1.656 2.328 1.018 0.701 589 chr1 112415033 112438197 + 0 NA intron (NM_172198, intron 2 of 6) MIRb|SINE|MIR -25664 NR_046619 100873995 Hs.535274 NR_046619 ENSG00000237556 KCND3-AS1 - KCND3 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.694 1.157 0.047 0.699 5.129 0.058 0.367 0.579 0.008 0.033 0.044 0.014 0.083 1.680 0.691 0.042 0.084 0.036 0.008 0.036 0.006 0.347 0.148 0.062 0.036 0.019 0.051 0.050 0.009 0.068 0.083 0.063 2.045 0.006 0.063 0.028 0.042 0.090 0.005 0.048 0.132 0.029 0.003 0.010 0.050 0.063 0.152 0.063 0.025 0.017 0.128 0.691 0.046 0.040 0.062 0.016 0.025 0.237 0.108 0.408 0.027 0.211 0.463 0.010 0.008 0.013 0.288 0.341 0.111 0.170 1.908 nan 1.454 0.657 0.154 0.128 1.377 2.245 1.064 1.582 0.455 0.385 0.401 0.577 0.087 0.055 0.529 1.284 2.936 1.604 9864 chr6 118329484 118341000 + 0 NA intron (NM_001029858, intron 1 of 7) MIRb|SINE|MIR -71824 NR_134601 105377967 Hs.692865 NR_134601 LOC105377967 - uncharacterized LOC105377967 ncRNA nan 0.992 nan 0.031 0.117 5.506 0.037 0.091 0.212 0.039 0.032 0.011 0.009 0.153 0.745 0.039 0.084 0.045 0.016 0.022 0.024 0.067 0.084 0.076 0.006 0.012 0.013 0.065 0.009 0.063 0.087 0.055 0.299 0.026 0.070 0.032 0.019 0.111 0.010 0.007 0.064 0.026 0.014 0.028 0.022 0.058 0.069 0.025 0.006 0.745 0.043 0.031 0.076 0.028 0.017 0.025 0.044 0.027 0.095 0.042 0.026 0.015 0.004 0.336 0.379 0.387 0.430 0.474 nan nan 0.095 0.251 0.196 0.230 nan 0.245 0.212 1.982 1.817 0.144 0.261 0.082 0.053 0.215 nan 0.315 0.351 8939 chr5 58831493 58903830 + 0 NA intron (NM_001349242, intron 1 of 16) intron (NM_001349242, intron 1 of 16) 14663 NM_001349242 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 1.204 0.297 0.151 0.361 0.323 0.347 0.581 0.037 0.080 0.676 0.015 0.160 0.086 0.504 0.173 0.122 0.261 0.131 3.202 0.310 0.406 0.304 0.277 0.219 0.093 0.113 0.223 0.075 0.346 1.008 0.489 0.451 0.441 0.658 0.234 0.263 0.137 0.044 0.036 0.344 0.054 0.028 0.091 0.074 0.570 0.140 2.344 0.026 2.561 1.498 0.504 0.205 0.041 0.277 0.350 1.084 0.011 0.084 0.415 0.252 0.023 0.215 0.046 0.021 0.011 0.264 0.164 0.536 0.812 0.287 0.386 nan 1.074 0.491 0.446 1.926 2.100 0.900 1.076 nan 0.185 0.053 0.098 1.174 1.630 0.444 1.197 0.467 0.394 150 chr1 21912958 21920984 + 0 NA Intergenic Intergenic 61377 NM_001145658 5909 Hs.148178 NM_002885 ENSG00000076864 RAP1GAP RAP1GA1|RAP1GAP1|RAP1GAPII|RAPGAP RAP1 GTPase activating protein protein-coding 2.823 0.944 nan 0.169 0.220 0.193 0.389 0.259 0.602 0.053 0.323 0.198 0.016 0.012 0.144 0.654 0.103 0.079 0.210 0.414 0.071 0.069 0.117 0.103 0.060 0.482 0.367 0.200 0.145 0.253 0.170 1.438 0.208 1.479 0.247 0.187 0.111 0.147 0.099 0.193 0.222 0.531 0.177 0.103 0.164 0.077 0.102 0.209 0.315 0.267 0.039 0.149 0.654 0.519 0.465 0.060 0.180 0.143 2.602 0.662 0.031 0.161 0.037 0.487 0.042 0.298 0.143 0.418 0.658 0.218 0.618 1.396 1.663 0.392 0.180 0.237 0.261 1.144 1.931 0.283 0.633 0.952 1.024 0.160 0.231 0.500 0.960 1.493 2.445 0.865 0.530 7900 chr3 149007738 149021400 + 0 NA Intergenic MER72|LTR|ERV1 36690 NM_001184723 116441 Hs.22026 NM_138786 ENSG00000163762 TM4SF18 L6D transmembrane 4 L six family member 18 protein-coding 0.909 nan nan 2.771 0.379 0.041 4.629 0.175 0.342 1.455 0.743 2.194 0.705 0.109 0.026 0.206 0.929 0.249 1.051 0.542 1.057 0.244 0.165 0.186 0.201 3.642 2.408 0.211 3.166 3.165 0.566 1.493 2.711 0.419 1.805 4.931 0.028 0.040 0.085 1.564 0.058 2.185 0.292 0.182 2.357 1.321 1.398 2.613 2.584 1.097 1.813 2.824 0.206 0.936 4.732 0.201 0.576 1.341 0.896 0.421 2.261 0.043 0.190 2.370 0.384 0.335 0.385 0.189 0.234 0.537 0.361 0.344 nan 0.476 0.253 0.289 0.247 nan 0.681 nan nan 0.278 0.181 0.265 0.324 0.289 0.361 0.559 0.662 0.626 7000 chr20 45238907 45256048 + 0 NA intron (NM_001011554, intron 2 of 13) intron (NM_001011554, intron 2 of 13) 32623 NM_001193342 64849 Hs.655498 NM_022829 ENSG00000158296 SLC13A3 NADC3|SDCT2 solute carrier family 13 member 3 protein-coding nan nan 1.055 0.171 0.550 0.049 0.025 0.599 1.022 0.000 0.076 0.033 0.004 0.064 0.169 0.208 0.122 0.152 0.092 0.045 0.034 0.008 0.101 0.115 0.805 0.016 0.012 0.026 0.091 0.006 0.069 0.167 0.144 0.666 0.051 0.070 0.017 0.062 0.123 0.153 0.167 0.028 0.040 0.013 0.053 0.118 0.219 0.066 0.050 0.005 0.043 0.208 0.084 0.060 0.805 0.057 0.058 0.028 0.075 0.083 0.115 0.169 0.196 0.036 0.027 0.009 0.596 0.476 0.242 0.301 0.272 0.427 nan 2.220 0.170 0.158 0.243 0.378 0.917 0.818 nan 0.327 0.247 0.428 0.096 0.099 0.326 0.870 0.389 0.426 245 chr1 33793371 33843349 + 0 NA intron (NR_125978, intron 1 of 2) intron (NR_125978, intron 1 of 2) 2407 NR_125978 101929464 Hs.568627 NR_125978 ENSG00000233246 LOC101929464 - uncharacterized LOC101929464 ncRNA 2.628 nan 4.819 0.961 1.974 2.331 1.897 0.642 1.210 0.331 1.668 1.108 0.068 1.181 1.852 1.380 0.842 0.107 0.889 0.323 1.146 0.152 0.826 0.488 3.650 0.766 0.707 0.386 1.094 0.456 1.394 2.712 1.654 3.577 0.735 0.309 0.195 0.410 0.115 0.702 1.803 1.864 0.877 0.362 0.717 0.353 0.825 2.028 0.616 1.688 0.905 0.611 1.380 0.666 2.226 3.650 0.304 0.265 0.637 0.906 1.028 0.506 0.564 1.305 1.024 1.118 1.307 1.271 1.609 1.524 2.035 5.774 5.722 nan 0.600 1.694 1.688 2.577 3.365 4.265 5.420 nan 3.305 0.865 1.397 0.566 0.621 1.848 4.300 1.382 nan 2511 chr12 15096332 15116595 + 0 NA intron (NM_001175, intron 1 of 5) intron (NM_001175, intron 1 of 5) -2378 NM_001321422 397 Hs.504877 NM_001175 ENSG00000111348 ARHGDIB D4|GDIA2|GDID4|LYGDI|Ly-GDI|RAP1GN1|RhoGDI2 Rho GDP dissociation inhibitor beta protein-coding 1.133 0.931 1.161 0.647 0.356 0.192 2.197 0.198 0.347 0.606 0.300 0.616 0.015 0.483 0.081 0.267 0.292 0.048 2.057 0.797 0.037 0.007 0.140 0.187 0.060 0.458 0.325 0.024 3.545 1.645 2.776 6.582 4.493 0.442 1.191 0.080 0.021 0.102 0.548 0.078 1.059 0.393 0.210 1.595 2.088 2.435 1.695 0.121 0.172 0.074 1.289 0.267 1.484 0.146 0.060 0.346 1.341 0.049 0.190 0.086 0.300 0.035 0.262 0.207 0.026 0.017 0.186 0.127 0.296 1.106 nan 0.627 0.220 0.120 0.257 0.249 0.804 1.172 1.932 0.994 0.405 0.187 0.121 0.199 0.052 0.084 0.503 1.382 0.410 0.439 7203 chr21 38024241 38029656 + 0 NA Intergenic Intergenic -44473 NM_005069 6493 Hs.146186 NM_005069 ENSG00000159263 SIM2 HMC13F06|HMC29C01|SIM|bHLHe15 SIM bHLH transcription factor 2 protein-coding 0.714 0.498 0.843 0.715 0.031 0.230 0.114 0.261 0.454 0.045 0.036 0.097 0.235 0.049 1.041 0.750 0.011 0.025 0.028 0.014 0.155 0.166 0.040 0.013 0.912 0.505 0.236 1.214 0.523 0.353 0.027 0.071 0.018 0.120 0.044 0.071 0.136 0.033 0.057 1.975 0.099 2.158 0.332 0.045 0.039 0.014 1.011 0.235 0.340 0.076 0.155 0.532 0.122 0.018 0.053 0.038 0.015 1.832 0.090 0.042 0.011 9.719 11.159 17.094 8.451 0.316 0.461 0.337 0.078 2.361 2.542 0.185 0.416 0.212 0.318 0.351 0.189 2.746 6.112 0.031 0.056 0.245 0.450 nan 0.644 2546 chr12 25145728 25157637 + 0 NA intron (NM_001321724, intron 1 of 17) intron (NM_001321724, intron 1 of 17) 1186 NM_001321724 645177 Hs.569157 NM_001321724 LOC645177 - uncharacterized LOC645177 protein-coding nan nan nan 0.066 0.176 0.038 0.102 0.082 0.193 0.016 0.073 0.241 0.011 0.011 0.120 0.095 0.494 0.175 0.142 0.032 0.021 0.124 0.069 0.050 0.034 0.012 0.018 0.091 0.009 0.048 0.102 0.123 0.480 0.112 0.046 0.254 0.081 0.123 0.164 0.186 0.069 0.020 0.011 0.027 0.032 0.138 0.343 0.101 0.120 0.026 0.006 0.095 0.107 0.015 0.050 0.020 0.015 0.082 0.186 0.034 0.007 3.413 5.785 0.071 0.019 0.021 0.941 0.751 3.289 1.145 0.242 0.382 0.090 0.121 6.160 6.433 0.510 0.716 0.297 0.309 1.880 1.242 2.089 3.761 0.704 0.692 1.514 5.354 0.429 0.363 11918 chrX 13386735 13422521 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 51268 NR_045260 100133123 Hs.449499 NR_045260 ENSG00000226985 LINC01203 - long intergenic non-protein coding RNA 1203 ncRNA 0.990 nan 1.356 0.507 0.186 0.066 1.203 0.117 0.243 0.211 0.967 3.665 0.192 0.020 0.070 0.396 1.822 0.275 0.881 0.835 0.786 0.023 0.109 0.144 0.722 1.730 1.151 0.227 0.719 0.644 0.125 0.336 0.360 0.973 0.992 0.611 0.287 0.168 0.041 0.449 0.191 1.111 0.381 0.235 0.655 0.589 0.660 1.552 0.416 0.375 0.145 0.401 0.396 0.584 0.721 0.722 0.127 0.298 0.146 0.254 0.570 1.084 0.091 0.626 0.609 0.645 0.674 0.182 0.184 0.300 0.894 0.712 0.647 1.284 0.576 0.296 0.320 1.248 1.512 0.427 0.313 1.027 0.819 0.142 0.237 0.844 0.962 1.189 3.768 0.788 0.467 5943 chr2 20129666 20137967 + 0 NA intron (NM_001006657, intron 22 of 27) (CCA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -32069 NM_001008237 130502 Hs.591547 NM_001008237 ENSG00000183891 TTC32 - tetratricopeptide repeat domain 32 protein-coding 0.810 0.598 0.733 1.422 0.085 0.013 0.915 0.096 0.216 0.035 0.380 0.336 0.172 0.059 0.256 0.121 0.951 0.145 0.347 7.154 0.033 0.094 0.147 0.087 0.445 0.482 0.491 0.900 1.129 0.472 0.760 2.047 0.438 0.369 1.354 0.012 0.275 0.099 0.865 0.097 0.386 1.242 0.460 0.998 0.288 1.247 2.047 0.481 0.280 0.855 0.311 0.121 0.093 1.797 0.087 0.220 0.694 0.036 0.541 0.025 0.294 0.017 0.118 0.955 0.617 0.935 0.314 0.357 0.226 0.251 0.291 0.284 0.270 0.121 0.245 0.308 0.414 0.572 0.466 nan 0.384 0.242 0.234 0.295 0.080 0.074 0.297 0.601 0.486 0.377 8423 chr4 74438665 74490567 + 0 NA intron (NM_177532, intron 2 of 10) intron (NM_177532, intron 2 of 10) 21671 NM_177532 166824 Hs.529677 NM_177532 ENSG00000169435 RASSF6 - Ras association domain family member 6 protein-coding 0.793 0.754 0.794 0.813 1.513 0.194 0.254 2.902 5.476 0.057 0.147 1.125 0.043 0.441 0.959 0.391 0.377 0.112 0.163 0.120 0.072 0.016 0.923 0.530 4.986 0.329 0.137 0.019 0.153 0.102 0.153 0.558 0.242 0.515 0.169 0.349 0.276 0.043 0.081 0.048 0.296 0.105 0.037 0.020 0.139 0.182 0.082 0.707 0.596 0.040 0.352 0.223 0.391 0.095 0.078 4.986 0.306 0.073 0.075 0.060 0.594 0.052 1.964 0.153 0.034 0.042 0.010 2.655 3.126 1.461 1.014 4.105 4.494 3.867 1.419 7.253 7.233 0.127 0.202 6.094 3.340 0.494 0.218 1.165 2.007 1.106 1.673 0.344 0.664 1.891 0.745 11410 chr9 2254048 2270782 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 103959 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 0.897 1.660 0.989 0.065 0.438 1.544 0.106 0.307 0.668 0.012 0.023 0.094 0.037 0.060 1.697 1.596 0.077 0.049 0.156 0.102 0.011 0.008 1.224 0.448 1.540 0.083 0.052 0.025 0.065 0.013 0.044 0.089 0.013 1.676 0.166 0.048 0.086 0.032 0.113 0.085 0.047 0.016 0.018 0.014 0.033 0.046 0.086 0.126 0.088 0.051 0.137 0.059 1.596 0.081 0.022 1.540 0.065 0.035 0.168 0.011 0.127 0.014 0.053 0.052 0.045 1.728 1.821 0.258 0.183 0.216 0.398 0.919 1.116 3.711 1.507 0.233 0.246 1.042 1.736 1.555 1.003 0.437 0.302 0.215 0.272 0.487 0.580 0.248 nan 4.438 2.340 5498 chr19 4388512 4403749 + 0 NA intron (NM_003025, intron 1 of 9) AluSq2|SINE|Alu 4285 NM_001199944 6455 Hs.97616 NM_003025 ENSG00000141985 SH3GL1 CNSA1|EEN|SH3D2B|SH3P8 SH3 domain containing GRB2 like 1, endophilin A2 protein-coding 2.276 1.361 3.378 1.398 1.128 0.807 1.006 0.740 1.743 0.534 1.370 0.736 0.537 0.349 1.477 1.370 0.998 0.227 2.483 0.642 1.059 0.779 0.804 0.490 1.473 0.799 0.843 0.885 1.319 0.462 2.823 5.635 1.990 2.939 0.760 0.938 0.339 0.975 0.067 0.393 0.632 2.093 1.141 0.602 1.032 0.546 0.940 1.447 1.097 2.327 0.743 0.809 1.370 3.396 1.110 1.473 0.445 1.325 0.731 3.324 0.791 1.065 0.265 0.413 0.540 0.633 0.371 1.811 1.833 2.340 4.026 2.998 3.241 2.171 1.169 4.191 4.184 2.236 3.054 3.371 nan 3.751 4.039 1.111 1.904 1.915 2.856 2.426 2.097 1.834 1.018 9308 chr5 160822666 160842917 + 0 NA intron (NM_000813, intron 6 of 9) intron (NM_000813, intron 6 of 9) 142339 NM_021911 2561 Hs.303527 NM_000813 ENSG00000145864 GABRB2 ICEE2 gamma-aminobutyric acid type A receptor beta2 subunit protein-coding nan 0.722 0.914 0.057 0.030 0.254 0.035 0.072 0.220 0.084 0.032 0.021 0.025 0.751 0.081 0.059 0.068 0.071 0.019 0.015 0.055 0.102 0.024 0.004 0.014 0.004 0.047 0.005 0.088 0.218 0.095 0.352 0.029 0.062 0.024 0.048 0.105 0.029 0.024 0.041 0.012 0.049 0.027 0.090 0.104 0.028 0.054 0.019 0.053 0.081 0.028 0.027 0.024 0.012 0.033 0.306 0.012 0.070 0.016 0.015 0.037 0.004 0.023 0.003 0.204 0.105 0.206 0.311 0.181 0.209 0.073 0.061 0.071 0.090 2.989 2.961 0.142 0.166 0.665 0.470 0.113 0.124 0.073 0.084 0.154 0.210 0.533 0.338 6946 chr20 33863557 33873718 + 0 NA intron (NM_181468, intron 2 of 5) intron (NM_181468, intron 2 of 5) -2656 NM_001355004 101410538 Hs.356273 NM_001355003 ENSG00000126005 MMP24OS MMP24-AS1 MMP24 opposite strand protein-coding 2.919 4.158 1.801 4.700 2.147 0.859 1.939 1.090 1.830 1.815 4.065 2.220 0.347 1.644 1.421 1.411 1.713 0.175 3.553 1.351 4.330 0.629 1.052 0.471 2.108 2.060 2.235 1.722 3.412 1.038 2.959 nan 3.782 4.790 1.063 2.245 0.506 2.287 0.129 2.175 0.807 3.666 2.628 1.234 1.974 1.074 2.205 2.530 3.081 5.399 1.313 1.757 1.411 4.932 4.015 2.108 1.666 1.930 0.860 6.698 1.554 3.029 0.768 0.835 4.062 1.924 1.415 3.510 4.907 2.540 4.296 2.272 nan 4.856 1.837 3.975 4.355 1.514 2.277 3.742 4.895 2.479 2.703 1.764 3.342 1.974 1.835 1.637 nan 1.243 0.536 4994 chr17 73715612 73721000 + 0 NA intron (NM_000213, intron 1 of 39) intron (NM_000213, intron 1 of 39) 898 NM_000213 3691 Hs.632226 NM_000213 ENSG00000132470 ITGB4 CD104|GP150 integrin subunit beta 4 protein-coding 0.670 1.936 0.905 5.662 0.262 0.048 4.477 0.161 0.512 1.878 0.901 0.369 1.118 0.056 0.098 0.142 0.215 0.123 5.312 2.272 0.518 0.026 0.029 0.126 0.235 2.753 3.644 0.259 6.502 2.491 5.285 9.656 7.099 0.987 3.967 0.197 1.189 0.113 4.004 0.163 2.765 0.461 0.420 3.140 0.759 2.916 0.183 4.874 1.068 0.219 2.803 0.142 6.368 0.360 0.235 2.931 4.946 0.054 1.101 0.019 1.063 0.073 0.138 1.765 0.278 0.162 0.571 0.792 1.333 2.340 0.634 0.558 0.953 0.291 0.933 1.018 nan 0.358 0.350 0.577 0.657 0.317 0.448 0.573 0.126 0.122 0.159 0.255 nan 0.507 2666 chr12 51317226 51329756 + 0 NA intron (NM_014033, intron 1 of 1) Charlie23a|DNA|hAT-Charlie 4957 NM_014033 25840 Hs.711113 NM_014033 ENSG00000185432 METTL7A AAM-B methyltransferase like 7A protein-coding nan 1.278 0.973 0.318 0.909 0.743 0.690 0.466 0.603 0.627 0.210 1.057 2.489 0.008 0.900 1.023 0.869 0.386 0.396 0.227 0.045 0.111 0.645 0.672 0.883 0.639 0.285 0.075 0.288 0.193 0.333 1.093 0.643 1.357 0.094 0.398 0.637 0.087 0.094 0.189 0.341 0.092 0.100 0.012 0.106 0.069 0.184 0.301 0.412 0.164 1.249 0.564 1.023 0.768 0.089 0.883 0.411 0.086 0.321 0.097 0.550 0.542 0.195 0.615 0.350 0.028 0.015 nan 0.790 0.509 0.959 2.738 nan 2.812 2.441 0.687 0.658 1.796 nan 1.289 nan 1.165 1.007 0.235 0.447 1.594 1.695 1.003 2.202 1.935 1.058 3012 chr12 122145946 122159088 + 0 NA intron (NM_001080825, intron 1 of 11) AluSc|SINE|Alu 1859 NM_001080825 144404 Hs.644504 NM_001080825 ENSG00000188735 TMEM120B - transmembrane protein 120B protein-coding 1.806 1.111 2.810 0.927 0.490 0.304 1.511 0.299 0.676 0.307 0.646 1.100 0.566 0.203 0.976 0.623 1.207 0.377 1.357 0.632 0.836 0.338 0.443 0.293 0.620 0.909 0.694 0.581 0.898 0.587 0.974 1.813 1.148 1.855 0.571 1.066 0.204 0.710 0.114 0.332 0.103 0.848 0.639 0.440 0.798 1.036 0.593 0.430 1.290 1.594 0.839 0.553 0.623 4.962 0.754 0.620 0.726 0.226 0.549 1.243 0.555 0.358 0.098 0.436 0.266 0.437 0.233 0.609 0.942 1.256 2.011 1.226 0.944 nan 0.594 0.937 0.934 1.095 1.891 1.848 2.504 1.744 2.174 0.520 0.820 0.845 1.014 1.536 2.875 1.244 0.901 11557 chr9 45351512 45358281 + 0 NA Intergenic L1M4|LINE|L1 -86989 NR_148348 107984035 Hs.649184 NR_148348 LOC107984035 - uncharacterized LOC107984035 ncRNA 2.931 7.711 5.993 0.957 5.257 4.211 0.170 1.703 3.417 1.137 0.709 0.353 0.165 0.575 2.426 4.524 0.155 0.215 1.716 0.335 0.625 1.793 4.136 3.150 5.230 0.720 1.099 1.211 0.713 0.219 0.652 0.892 0.277 9.814 0.218 0.962 2.392 2.339 0.297 0.836 3.498 4.095 0.464 0.174 0.145 0.565 1.014 0.904 2.045 3.602 0.128 0.049 4.524 1.231 0.452 5.230 0.724 0.820 1.407 1.192 5.567 0.139 3.927 1.710 0.279 0.041 0.045 5.666 7.399 1.317 2.127 8.012 7.022 12.151 7.459 5.320 4.970 7.006 7.935 3.060 4.020 7.276 9.293 4.674 8.808 7.722 5.469 4.355 5.641 5.475 3.316 9342 chr5 172323728 172340125 + 0 NA intron (NM_001031711, intron 3 of 9) intron (NM_001031711, intron 3 of 9) -53806 NM_001317981 51121 Hs.546390 NM_016093 ENSG00000037241 RPL26L1 RPL26P1 ribosomal protein L26 like 1 protein-coding 0.814 1.755 1.621 1.444 0.413 0.292 1.623 0.108 0.177 1.311 1.988 0.215 3.162 0.578 0.261 0.193 0.481 0.128 1.327 0.718 3.491 0.076 0.696 0.159 0.346 1.411 1.218 1.490 3.607 1.947 1.979 2.871 1.526 1.301 0.722 0.772 0.127 0.289 0.094 0.604 0.140 2.772 0.954 0.416 1.961 1.425 0.761 0.427 1.532 0.293 2.943 0.991 0.193 3.652 2.436 0.346 0.529 2.656 0.679 0.295 0.788 1.027 0.024 0.152 0.485 4.139 2.898 0.219 0.312 0.543 nan 0.332 0.343 0.991 0.538 0.270 0.250 0.453 nan 0.968 1.272 0.488 0.347 0.180 0.190 0.786 1.468 0.245 0.447 0.671 0.467 9111 chr5 107139462 107146210 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -136240 NM_001962 1946 Hs.288741 NM_001962 ENSG00000184349 EFNA5 AF1|EFL5|EPLG7|GLC1M|LERK7|RAGS ephrin A5 protein-coding 1.807 1.333 1.052 0.085 0.052 0.148 0.348 1.846 4.459 0.126 0.176 0.030 0.425 3.355 0.138 0.075 0.095 0.029 0.115 0.098 0.088 0.327 0.070 0.086 0.078 0.063 0.158 0.522 0.105 0.450 0.240 0.160 2.217 0.079 0.048 4.920 0.122 0.072 0.035 0.216 0.099 0.266 0.133 0.104 0.070 0.180 3.355 0.074 0.040 0.088 0.126 0.098 0.993 0.052 0.151 0.281 0.088 1.817 0.057 0.044 0.053 0.224 0.334 0.475 0.597 1.530 1.238 4.929 1.080 0.212 0.131 0.934 1.267 0.343 0.412 1.768 2.432 0.116 0.210 6.797 6.395 1.909 4.538 2.495 1.704 1099 chr1 211990889 212013030 + 0 NA intron (NM_001320808, intron 2 of 7) intron (NM_001320808, intron 2 of 7) -1020 NR_135818 102723727 Hs.147656 NR_135818 ENSG00000229258 LOC102723727 - uncharacterized LOC102723727 ncRNA 1.712 1.968 1.635 0.471 1.534 0.940 0.306 0.622 1.196 0.211 0.646 0.435 0.077 0.117 0.618 0.815 0.595 0.199 0.422 0.060 0.345 0.238 1.065 0.461 1.266 0.602 0.459 0.465 0.438 0.095 0.556 1.220 0.773 nan 0.132 0.746 1.534 0.568 0.141 0.048 1.330 0.383 0.477 0.210 0.295 0.115 0.422 0.343 1.993 0.569 0.826 1.327 0.815 0.321 0.376 1.266 0.326 0.719 0.894 0.564 0.669 0.229 0.103 0.516 0.096 0.245 0.106 0.924 1.214 2.268 3.847 2.323 2.219 nan 1.043 2.057 2.096 1.006 nan 1.968 2.093 1.122 0.933 0.274 0.650 4.147 4.799 1.355 3.036 1.335 0.752 3599 chr14 60179695 60202057 + 0 NA intron (NM_021136, intron 3 of 8) intron (NM_021136, intron 3 of 8) -77138 NR_049851 100847088 NR_049851 ENSG00000263629 MIR5586 - microRNA 5586 ncRNA nan nan 2.793 0.051 0.182 0.064 0.038 0.089 0.292 0.004 0.087 0.153 0.028 0.058 0.202 0.703 0.123 0.073 0.047 0.042 0.042 0.006 0.092 0.107 0.177 0.077 0.035 0.083 0.091 0.024 0.090 0.087 0.127 0.415 0.039 0.458 0.030 0.034 0.124 0.005 0.114 0.102 0.022 0.025 0.020 0.058 0.094 0.138 0.051 0.064 0.021 0.065 0.703 0.124 0.029 0.177 0.016 0.037 0.478 0.096 0.146 0.103 0.022 7.455 0.041 0.026 0.005 0.298 0.182 0.184 0.282 0.465 0.506 0.132 0.080 nan 0.377 0.562 0.719 0.465 nan 1.387 1.244 0.181 0.186 0.197 0.296 8.959 12.821 0.674 0.688 5311 chr18 45720381 45764119 + 0 NA intron (NM_001318841, intron 2 of 4) MER4D1|LTR|ERV1 -36422 NM_001350280 84322 Hs.334493 NM_032362 C18orf12 HEIL1|HsT2508 chromosome 18 open reading frame 12 protein-coding nan 2.008 0.803 0.060 1.439 3.772 0.046 0.238 0.484 0.013 0.263 0.054 0.017 1.883 1.218 1.416 0.076 0.056 0.022 0.009 0.016 0.016 0.433 0.134 1.745 0.071 0.031 0.040 0.051 0.010 0.187 1.301 0.110 3.831 0.020 0.044 0.177 0.030 0.068 0.054 0.089 0.088 0.033 0.025 0.035 0.033 0.228 0.080 0.089 0.034 0.103 0.783 1.416 0.021 0.019 1.745 0.050 0.072 0.065 0.065 1.208 0.142 0.066 0.104 0.310 0.013 0.001 0.440 0.476 0.368 0.514 3.931 4.321 3.274 1.433 0.136 0.169 0.195 0.322 4.294 3.184 0.620 0.514 0.196 0.265 0.828 1.199 0.199 nan 4.884 2.564 5083 chr17 79847438 79857775 + 0 NA intron (NM_001289419, intron 3 of 3) AluSp|SINE|Alu 2803 NM_001002249 51529 Hs.534456 NM_016476 ENSG00000141552 ANAPC11 APC11|Apc11p|HSPC214 anaphase promoting complex subunit 11 protein-coding 3.409 2.609 3.570 1.677 2.210 0.862 3.770 2.097 3.632 0.813 3.234 1.946 0.384 0.577 1.258 5.001 1.903 0.576 2.742 1.210 3.657 1.065 1.305 0.529 2.366 0.974 1.171 1.363 1.800 0.725 2.493 4.952 1.886 4.089 1.798 2.834 0.640 1.532 0.178 1.357 2.086 3.040 1.806 0.762 0.944 0.958 1.107 2.937 2.859 3.241 1.159 1.990 5.001 4.513 2.554 2.366 1.329 1.564 0.813 3.595 1.786 1.177 0.696 0.853 3.258 1.718 1.102 2.608 2.728 2.639 3.702 3.269 3.263 2.582 1.598 4.038 4.070 nan 3.057 2.757 4.716 3.929 4.065 1.679 3.697 2.494 2.839 2.638 2.803 nan 0.729 4962 chr17 71487370 71508557 + 0 NA intron (NM_001144952, intron 2 of 44) MIRb|SINE|MIR -11859 NR_135635 101928251 Hs.434726 NR_135635 ENSG00000264985 LOC101928251 - uncharacterized LOC101928251 ncRNA 1.127 0.942 0.973 0.037 0.956 0.465 0.076 0.696 1.264 0.014 0.089 0.078 0.006 0.061 2.637 0.806 0.126 0.145 0.075 0.018 0.024 0.007 0.408 0.312 0.631 0.039 0.027 0.032 0.089 0.035 0.311 3.538 0.083 3.926 0.041 0.079 0.058 0.047 0.094 0.244 0.165 0.023 0.030 0.015 0.055 0.045 0.150 0.106 0.030 0.018 0.065 0.806 0.097 0.018 0.631 0.023 0.055 0.304 0.102 0.456 0.017 0.093 1.015 0.022 0.022 0.007 0.478 0.592 0.820 1.116 1.106 1.214 1.962 0.515 0.437 0.473 nan 0.428 3.641 4.571 1.703 1.588 0.356 0.412 0.372 0.569 1.086 3.628 nan 0.715 34 chr1 3081027 3091074 + 0 NA intron (NM_022114, intron 1 of 16) MIR|SINE|MIR 41511 NR_036215 100422968 NR_036215 ENSG00000283572 MIR4251 - microRNA 4251 ncRNA 1.606 nan 0.955 0.058 0.071 9.298 0.084 1.051 1.972 0.018 0.084 0.194 0.006 0.859 0.063 0.369 0.090 0.016 0.053 0.032 0.027 0.031 0.065 0.072 0.133 0.086 0.029 0.096 0.042 0.112 nan 0.032 0.509 0.041 0.019 0.113 0.073 0.007 0.046 0.024 0.008 0.015 0.022 0.059 0.089 0.007 0.026 0.369 0.057 0.000 0.072 0.024 0.137 0.745 0.123 0.333 0.048 0.148 0.025 0.022 0.006 0.020 0.155 0.092 0.119 0.179 0.294 0.317 0.059 0.054 0.170 0.218 1.295 nan nan 0.136 nan 0.123 0.180 0.191 0.033 0.071 0.079 0.095 0.154 0.168 10141 chr7 5565133 5579385 + 0 NA Intergenic Intergenic -1919 NM_001101 60 Hs.520640 NM_001101 ENSG00000075624 ACTB BRWS1|PS1TP5BP1 actin beta protein-coding 4.439 2.363 3.527 6.742 2.209 3.092 1.360 1.461 2.919 1.332 4.287 1.838 2.086 0.969 1.982 2.815 1.464 0.315 2.265 0.578 3.921 1.894 1.236 0.902 4.573 2.546 3.812 1.665 3.512 1.208 3.644 nan 4.554 nan 0.820 2.366 0.894 4.145 0.205 1.228 1.989 5.484 3.529 1.479 1.633 1.987 4.760 3.156 4.381 2.516 1.422 2.484 2.815 3.489 3.881 4.573 1.685 2.567 1.105 7.312 2.398 2.420 0.763 1.597 2.381 1.778 1.177 2.025 3.741 1.878 nan 4.583 5.411 nan 1.063 7.383 7.929 1.886 2.999 nan 3.074 2.362 2.207 2.042 4.641 2.103 1.679 1.565 3.273 1.076 0.711 2656 chr12 50090664 50101360 + 0 NA intron (NM_175736, intron 1 of 25) AluJo|SINE|Alu 5185 NM_198900 91010 Hs.179838 NM_175736 ENSG00000161791 FMNL3 FHOD3|FRL2|WBP-3|WBP3 formin like 3 protein-coding nan 1.019 1.597 0.507 0.399 0.482 0.249 0.435 0.643 0.115 0.855 0.866 0.191 0.092 0.576 0.466 0.930 0.210 0.393 0.124 0.101 0.406 0.204 0.207 0.582 0.116 0.068 0.714 0.362 0.466 0.220 0.970 0.355 0.330 0.259 0.256 0.168 0.476 0.132 0.938 0.287 3.083 1.833 0.804 0.061 0.149 0.213 13.349 0.604 2.989 0.182 0.247 0.466 0.413 0.453 0.582 0.060 0.179 0.207 1.642 0.154 0.466 0.110 0.971 1.030 0.705 0.396 nan 0.379 0.739 1.137 1.546 nan 1.363 0.450 0.889 0.991 1.083 nan 0.758 nan 1.051 0.747 0.456 0.868 0.552 0.536 1.802 4.070 0.818 0.786 1410 chr10 29418439 29450664 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR -143439 NM_032517 84569 Hs.558572 NM_032517 ENSG00000120563 LYZL1 KAAG648|LYC2|LYZD1|PRO1278|bA534G20.1 lysozyme like 1 protein-coding 0.498 0.575 0.518 0.539 0.077 0.024 0.182 0.129 0.311 0.545 0.338 2.600 0.139 0.012 0.050 0.088 0.529 0.209 0.092 0.029 0.475 0.026 0.058 0.082 0.175 0.786 0.506 0.099 0.333 0.033 0.079 0.263 0.163 0.766 0.023 0.210 0.018 0.017 0.080 0.649 0.037 0.897 0.292 0.188 0.133 0.419 0.177 0.997 0.273 0.080 0.110 0.336 0.088 0.119 0.155 0.175 0.226 1.436 0.018 0.460 0.025 0.680 0.009 0.039 0.431 0.307 0.281 0.226 0.133 0.827 2.120 0.326 0.322 0.264 0.143 0.242 0.280 0.125 0.226 0.211 0.230 0.131 0.083 0.074 0.111 0.116 0.152 0.156 0.210 0.352 0.345 2613 chr12 33135744 33151368 + 0 NA Intergenic LTR16E1|LTR|ERVL -93776 NM_001005242 5318 Hs.164384 NM_004572 ENSG00000057294 PKP2 ARVD9 plakophilin 2 protein-coding 0.582 nan 0.509 0.139 1.117 0.039 0.440 3.736 7.354 0.075 0.071 0.016 0.032 0.075 0.260 0.052 0.030 0.176 0.206 0.016 0.009 0.413 0.178 3.198 0.005 0.018 0.019 0.148 0.007 0.051 0.077 0.068 0.541 0.476 0.034 0.070 0.117 0.007 0.369 0.070 0.031 0.010 0.077 0.064 0.129 0.236 0.104 0.068 0.015 0.052 0.260 0.092 2.555 3.198 0.063 0.101 0.031 0.063 0.052 0.040 0.028 0.079 0.083 0.041 0.026 0.402 0.216 0.292 0.477 2.399 2.372 0.509 0.175 0.350 0.281 0.139 0.319 0.109 0.172 0.419 0.164 0.106 0.159 0.008 0.048 0.151 0.304 2.249 1.302 3056 chr12 132256987 132271820 + 0 NA intron (NM_004592, intron 14 of 17) AluSq2|SINE|Alu -48535 NM_016155 4326 Hs.709245 NM_016155 ENSG00000198598 MMP17 MMP-17|MT4-MMP|MT4MMP|MTMMP4 matrix metallopeptidase 17 protein-coding 0.716 0.657 0.581 0.248 0.118 0.225 3.039 0.145 0.373 0.033 1.207 1.515 0.050 0.033 0.143 0.268 0.344 0.196 0.873 0.308 1.182 0.087 0.179 0.167 0.064 4.100 4.088 0.223 2.475 1.488 0.373 0.744 1.058 0.404 0.799 1.009 0.026 0.088 0.150 2.435 0.057 0.116 1.187 0.347 1.206 1.409 0.636 0.236 0.329 0.163 0.064 0.191 0.268 0.716 0.454 0.064 0.338 0.264 0.032 0.548 0.095 0.647 0.020 0.125 0.939 0.047 0.010 0.315 0.293 0.571 0.826 0.473 0.481 0.337 0.158 0.257 0.208 0.349 0.523 nan 0.429 0.435 0.292 0.171 0.326 0.089 0.129 0.348 0.717 1.766 1.020 2693 chr12 54467431 54482608 + 0 NA intron (NR_026658, intron 1 of 2) intron (NR_026658, intron 1 of 2) 588 NR_026658 100240735 Hs.635297 NR_026658 ENSG00000250654 LOC100240735 - uncharacterized LOC100240735 ncRNA nan 0.811 0.707 0.090 0.046 0.241 0.117 0.138 0.335 0.012 0.107 0.211 0.020 0.053 0.774 0.202 0.085 0.138 0.035 0.033 0.931 0.074 0.158 0.095 0.079 0.039 0.078 0.063 0.007 0.092 0.236 0.089 0.303 0.010 0.100 0.399 0.120 0.062 0.008 0.031 0.102 0.047 0.041 0.036 0.240 0.101 0.337 0.181 0.079 0.087 0.146 0.202 0.099 0.048 0.095 0.107 0.087 0.136 0.142 0.027 0.068 6.956 0.654 0.025 0.034 0.020 nan 9.994 2.911 3.246 0.266 nan 0.170 0.130 1.771 1.704 0.379 nan 0.492 nan 0.367 0.160 5.716 9.477 0.785 0.445 1.104 3.199 0.287 0.419 10518 chr7 95694344 95730588 + 0 NA intron (NM_001278422, intron 15 of 15) intron (NM_001278422, intron 15 of 15) 136602 NR_030322 693176 NR_030322 ENSG00000208025 MIR591 MIRN591|hsa-mir-591 microRNA 591 ncRNA nan 1.122 nan 0.221 0.267 0.168 0.394 2.632 4.894 0.022 0.134 0.109 0.017 0.085 0.147 1.388 0.134 0.121 0.181 0.058 0.061 1.044 4.975 3.069 1.467 0.069 0.008 0.010 0.421 0.180 0.227 0.441 1.296 1.966 0.271 0.072 2.817 0.110 0.141 0.160 0.269 0.084 0.035 0.032 0.118 0.173 0.202 0.243 0.090 0.259 0.094 0.264 1.388 0.190 0.867 1.467 0.260 0.138 0.115 0.058 0.151 0.180 2.403 0.150 0.164 0.046 0.030 1.619 1.312 15.400 19.020 0.661 0.863 4.624 3.093 0.381 0.355 1.124 1.313 0.261 0.322 0.517 0.335 1.806 4.246 11.272 12.255 0.322 nan 8.032 3.827 8495 chr4 105508538 105517692 + 0 NA intron (NR_125926, intron 1 of 9) intron (NR_125926, intron 1 of 9) -97057 NM_025212 80319 Hs.12248 NM_025212 ENSG00000168772 CXXC4 IDAX CXXC finger protein 4 protein-coding 1.306 nan nan 0.102 3.964 0.008 0.062 4.443 9.238 0.011 0.072 0.092 0.007 0.318 1.229 0.432 0.090 0.036 0.068 0.021 0.030 2.444 1.495 4.277 0.015 0.032 0.065 0.026 0.053 0.077 10.309 0.055 0.065 1.441 0.155 0.089 0.226 0.061 0.017 0.024 0.042 0.114 0.151 0.040 0.051 0.432 0.031 0.010 4.277 0.037 0.010 0.025 0.578 0.048 0.973 0.008 0.031 0.338 0.281 0.193 nan 3.420 2.889 2.790 1.385 0.140 0.120 0.738 nan 3.414 5.052 0.704 0.459 0.112 0.203 5.748 4.624 1.914 nan 3.138 1.756 4449 chr16 74450643 74460290 + 0 NA promoter-TSS (NM_001011880) promoter-TSS (NM_001011880) -98 NM_001011880 497190 Hs.454670 NM_001011880 ENSG00000140839 CLEC18B MRCL2 C-type lectin domain family 18 member B protein-coding 1.856 0.885 nan 0.159 0.228 0.104 0.191 0.099 0.265 0.069 0.208 0.162 0.039 0.031 0.083 0.452 0.071 0.200 0.120 0.079 0.097 0.100 0.082 0.068 0.062 0.190 0.099 0.076 0.127 0.011 0.033 0.297 0.090 0.319 0.046 0.078 0.059 0.079 0.083 8.041 0.134 0.100 0.090 0.073 0.136 0.166 0.243 0.165 0.038 0.200 0.452 0.229 0.057 0.062 0.038 0.103 0.203 0.163 0.084 0.075 0.020 0.051 0.025 0.042 0.021 0.693 0.463 0.243 0.327 0.335 0.351 0.530 0.270 0.737 0.788 0.169 0.399 0.496 0.782 0.660 0.489 0.288 0.260 0.069 0.058 0.365 0.402 0.605 0.681 1434 chr10 34824946 34842827 + 0 NA intron (NM_019619, intron 2 of 24) intron (NM_019619, intron 2 of 24) 270367 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.688 1.043 0.703 0.072 0.063 0.056 0.383 0.459 0.852 0.331 0.264 0.671 0.040 0.048 0.111 1.629 0.382 0.092 0.053 0.275 0.046 0.150 0.143 0.261 0.598 0.364 0.540 0.253 0.172 0.108 0.309 0.230 0.259 0.058 0.523 0.107 0.110 0.102 0.575 0.142 0.030 0.051 0.043 0.289 0.218 0.151 0.711 1.231 0.072 0.045 0.218 0.111 0.193 5.381 0.261 0.116 0.074 0.044 0.033 0.051 0.511 0.232 0.145 0.144 0.016 0.014 0.461 0.291 0.898 nan 0.331 0.355 0.979 0.528 8.350 8.616 0.440 0.630 0.675 0.549 0.192 0.074 0.267 0.554 0.305 0.288 0.267 0.473 0.408 0.361 11512 chr9 32692771 32707521 + 0 NA Intergenic LTR78|LTR|ERV1 -64479 NM_153809 138474 Hs.591086 NM_153809 ENSG00000122728 TAF1L TAF(II)210|TAF2A2 TATA-box binding protein associated factor 1 like protein-coding 0.571 nan 0.666 0.126 0.102 0.018 2.614 0.143 0.249 0.246 0.191 0.188 0.013 0.014 0.048 0.130 0.087 0.120 0.258 0.630 0.056 0.009 0.114 0.101 0.063 5.657 4.850 0.030 0.257 2.294 1.809 7.069 1.715 0.398 0.644 0.055 0.020 0.037 0.064 0.968 0.032 0.118 0.365 0.249 0.968 2.843 0.235 0.109 0.077 0.033 1.018 2.306 0.130 0.609 0.291 0.063 0.756 0.203 0.006 0.008 0.076 2.406 0.047 0.260 0.459 0.007 0.024 0.221 0.232 0.176 0.296 0.347 0.367 0.190 0.118 0.144 0.097 0.227 0.345 0.126 0.141 0.460 0.326 0.173 0.213 0.096 0.100 0.259 0.570 0.710 0.894 1547 chr10 79393707 79410343 + 0 NA Intergenic L1MA8|LINE|L1 -4448 NM_001271522 3778 Hs.144795 NM_002247 ENSG00000156113 KCNMA1 BKTM|CADEDS|KCa1.1|MaxiK|PNKD3|SAKCA|SLO|SLO-ALPHA|SLO1|bA205K10.1|hSlo|mSLO1 potassium calcium-activated channel subfamily M alpha 1 protein-coding 0.983 nan 0.854 0.752 1.810 0.284 1.125 0.357 0.889 0.229 0.479 0.617 0.004 0.126 1.126 0.592 0.068 0.049 0.201 0.190 0.068 0.025 0.366 0.152 1.194 0.705 0.626 0.134 0.184 0.083 0.411 0.884 0.279 8.682 0.210 0.074 0.310 0.006 0.051 0.623 0.862 0.476 0.051 0.056 0.140 0.051 0.147 1.288 0.190 1.328 0.610 0.045 0.592 0.067 4.961 1.194 0.022 0.135 0.156 1.598 0.055 0.147 0.495 0.216 0.182 0.457 0.260 0.330 0.449 0.138 0.218 1.566 1.459 3.702 0.933 0.141 0.173 0.376 0.542 2.647 nan 0.606 0.445 0.787 1.329 0.885 0.929 0.361 nan 1.033 0.570 2471 chr12 10539993 10553130 + 0 NA intron (NM_001199805, intron 4 of 12) intron (NM_001199805, intron 4 of 12) -3908 NM_007360 22914 Hs.387787 NM_007360 ENSG00000213809 KLRK1 CD314|D12S2489E|KLR|NKG2-D|NKG2D killer cell lectin like receptor K1 protein-coding 0.918 1.114 0.822 0.201 0.667 0.076 0.431 0.102 0.225 0.850 0.671 3.742 0.681 0.305 0.128 0.068 1.337 0.074 0.427 0.273 6.242 2.747 0.759 0.452 0.020 0.779 0.369 0.389 0.786 0.420 2.428 4.328 1.792 0.441 0.939 0.465 0.007 0.075 0.089 1.058 0.012 3.145 0.170 0.090 0.589 0.355 0.250 1.318 1.134 0.610 0.756 1.623 0.068 0.720 2.288 0.020 0.446 0.402 0.015 4.132 1.036 0.558 0.062 0.043 0.440 0.031 0.039 0.206 0.200 1.339 2.287 nan 0.426 8.277 4.151 0.318 0.407 0.170 0.233 1.053 0.943 0.377 0.086 0.169 0.259 0.070 0.096 0.250 0.365 0.467 0.293 3457 chr14 32403949 32421160 + 0 NA Intergenic Intergenic -1505 NR_146544 105370439 NR_146544 ENSG00000258474 LINC02313 - long intergenic non-protein coding RNA 2313 ncRNA 2.479 0.920 2.030 0.852 0.542 0.052 1.466 0.344 0.778 0.033 0.148 1.408 0.800 0.609 0.186 0.485 1.090 0.290 0.690 0.632 0.040 0.032 0.274 0.196 1.274 1.245 0.633 0.043 0.857 1.200 1.481 6.900 0.221 1.250 0.706 0.533 0.443 0.100 0.080 0.356 0.909 0.332 0.179 0.133 0.697 1.467 0.235 0.834 3.530 0.306 1.179 1.188 0.485 0.813 1.029 1.274 1.405 0.283 0.854 0.217 1.254 0.600 0.144 0.263 0.116 0.054 0.059 0.181 0.156 0.340 0.749 1.235 1.219 2.832 0.763 0.287 0.306 3.958 5.097 0.999 1.175 1.351 1.175 0.203 0.334 1.600 1.823 0.681 1.432 1.219 1.095 11145 chr8 98786527 98792050 + 0 NA intron (NM_018407, intron 1 of 6) intron (NM_018407, intron 1 of 6) 1479 NM_018407 55353 Hs.492314 NM_018407 ENSG00000104341 LAPTM4B LAPTM4beta|LC27 lysosomal protein transmembrane 4 beta protein-coding nan 2.175 8.061 0.926 5.068 0.567 1.472 1.258 2.320 0.727 2.522 2.353 1.192 2.197 1.203 2.043 2.075 0.674 1.498 0.445 1.450 0.727 1.366 0.928 3.487 1.060 1.171 1.524 1.361 0.551 1.994 2.971 1.320 6.023 1.139 1.114 1.772 1.742 0.082 0.623 1.131 1.537 1.931 1.259 1.149 1.138 1.402 0.975 2.617 4.444 2.808 2.774 2.043 1.984 1.842 3.487 0.022 1.210 0.407 2.544 4.232 1.566 0.393 1.319 0.457 0.427 0.201 0.855 0.943 2.293 nan 4.401 2.870 12.453 4.653 4.319 4.511 2.852 4.207 10.441 15.264 2.019 2.489 0.966 1.854 8.337 6.760 5.263 4.130 4.070 3.049 7531 chr3 16925636 16940003 + 0 NA intron (NM_001144382, intron 3 of 7) MIRb|SINE|MIR 6367 NM_001144382 23228 Hs.202010 NM_015184 ENSG00000154822 PLCL2 PLCE2 phospholipase C like 2 protein-coding nan 1.666 1.565 0.151 0.343 0.252 0.278 0.323 0.521 0.192 0.504 1.451 0.026 0.106 1.029 0.457 0.719 0.113 0.685 0.237 0.022 0.349 0.215 0.577 0.267 0.145 0.051 0.795 0.287 0.236 0.477 0.103 1.680 0.132 0.193 0.252 0.113 0.057 0.157 1.149 1.061 0.492 0.365 0.023 0.060 0.550 0.487 1.094 1.074 0.419 0.011 0.457 0.400 0.314 0.577 0.137 0.393 0.489 0.418 0.295 0.006 0.348 0.681 0.470 0.052 0.025 0.369 0.545 0.879 1.422 1.468 1.462 0.300 0.113 0.783 0.734 1.679 1.966 1.014 1.298 6.823 6.162 0.746 1.224 1.122 0.941 0.939 1.694 1.015 0.717 1045 chr1 204218234 204259881 + 0 NA intron (NM_014935, intron 3 of 22) intron (NM_014935, intron 3 of 22) -55837 NM_198447 127845 Hs.532401 NM_198447 ENSG00000174567 GOLT1A CGI-141|GOT1|HMFN1187|YMR292W|hGOT1b golgi transport 1A protein-coding 1.184 1.136 1.087 0.227 0.427 0.446 0.202 0.289 0.600 0.034 0.126 0.268 0.016 0.137 0.530 0.409 0.356 0.086 0.135 0.009 0.253 0.017 0.219 0.197 0.434 0.463 0.269 0.051 0.164 0.048 0.104 0.366 0.238 0.614 0.031 0.164 0.027 0.042 0.114 0.009 0.153 0.144 0.062 0.029 0.092 0.107 0.491 0.305 0.778 0.029 0.717 0.430 0.409 0.091 0.031 0.434 0.094 0.195 0.154 0.135 0.051 0.093 0.731 0.229 0.080 0.028 0.012 2.550 3.477 1.640 1.432 0.909 0.929 1.196 0.518 nan nan 1.355 2.001 0.932 1.253 0.919 0.658 0.692 1.165 0.105 0.104 0.512 0.823 0.633 0.563 11408 chr9 2156104 2162767 + 0 NA intron (NM_001289400, intron 1 of 7) intron (NM_001289400, intron 1 of 7) 979 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 0.730 1.767 0.826 0.482 0.145 0.841 1.244 1.028 1.890 0.927 0.887 0.019 0.015 1.729 0.306 1.528 0.196 0.333 0.058 0.227 0.021 4.300 2.135 2.452 0.923 0.792 0.442 0.293 0.048 0.073 0.044 0.042 0.490 0.023 3.931 0.313 0.244 0.061 0.619 0.118 0.055 1.471 0.583 0.817 0.042 1.157 2.228 0.917 0.342 1.422 0.319 0.306 0.107 0.042 2.452 0.898 0.049 0.132 0.168 0.534 0.203 0.788 0.075 1.396 1.048 0.556 0.812 0.645 3.410 8.174 0.758 0.880 9.606 3.843 0.434 0.488 1.024 1.559 0.642 0.773 2.429 1.813 0.889 1.325 3.344 3.839 0.268 nan 8.279 5.024 9435 chr6 12007289 12014371 + 0 NA Intergenic Intergenic -1894 NM_002114 3096 Hs.567284 NM_002114 ENSG00000095951 HIVEP1 CIRIP|CRYBP1|GAAP|MBP-1|PRDII-BF1|Schnurri-1|ZAS1|ZNF40|ZNF40A human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 1 protein-coding 7.243 nan 5.121 3.497 3.709 1.298 2.114 2.084 3.508 1.923 5.231 3.334 3.641 1.867 3.981 4.704 7.396 0.431 3.135 0.990 4.222 1.661 2.085 0.855 3.794 3.474 4.866 1.549 4.074 2.214 3.764 3.615 8.219 5.715 1.218 2.713 1.400 3.112 0.118 1.084 3.756 8.526 4.946 2.193 1.825 1.142 8.058 3.153 4.379 6.722 3.061 5.231 4.704 7.924 5.105 3.794 1.500 3.521 1.071 7.170 3.115 3.463 2.882 1.877 2.978 1.409 0.633 3.887 7.089 7.005 11.051 6.112 4.218 5.864 2.252 7.503 7.089 2.826 3.366 5.694 10.478 4.295 6.650 1.955 4.620 4.371 3.116 5.602 6.536 2.257 1.342 8365 chr4 49145920 49146890 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 157746 NM_001286791 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 15.363 18.022 16.003 2.981 9.569 0.902 2.109 6.757 11.945 1.378 3.452 4.873 0.641 6.381 10.501 8.344 3.746 20.532 3.376 0.382 4.271 3.366 12.547 3.399 0.273 2.840 0.769 7.578 0.098 2.765 1.762 5.363 15.226 0.288 6.215 3.723 1.988 13.103 2.607 4.785 3.851 2.494 7.039 3.002 9.268 2.865 2.037 1.342 3.096 8.344 2.731 2.015 3.399 1.613 2.308 1.962 0.835 2.097 1.877 2.396 3.005 1.738 1.538 1.267 8.067 2.488 2.884 3.969 7.470 10.785 3.603 2.421 5.011 5.535 7.386 11.667 4.669 4.258 10.406 1.918 2.702 4.202 2.414 5.236 3.560 5.181 4.205 4.853 11577 chr9 72870185 72875676 + 0 NA promoter-TSS (NM_015110) promoter-TSS (NM_015110) 860 NR_039990 100507299 Hs.556816 NR_039990 SMC5-AS1 MAMDC2-AS2 SMC5 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan nan 5.857 5.072 5.842 2.165 4.744 2.811 4.941 1.667 2.047 1.106 1.296 0.968 1.587 2.260 1.582 0.204 4.968 1.418 0.607 0.707 2.341 1.165 3.837 4.965 4.562 1.399 8.158 2.720 2.077 4.046 1.840 9.782 2.080 1.273 0.771 1.828 0.105 0.989 1.495 3.675 2.233 0.925 2.792 1.568 4.536 1.494 1.675 5.038 0.923 1.990 2.260 7.183 1.982 3.837 1.287 1.242 0.726 1.749 2.853 2.258 1.291 0.890 1.631 1.017 0.363 1.489 2.436 6.142 nan 5.949 nan 7.201 3.110 8.904 9.388 3.286 3.964 6.047 8.363 2.023 2.247 1.937 3.132 4.704 4.318 2.741 3.182 4.171 2.003 1069 chr1 206663344 206701374 + 0 NA intron (NM_182663, intron 1 of 5) intron (NM_182663, intron 1 of 5) 1496 NM_182663 83593 Hs.497579 NM_031437 ENSG00000266094 RASSF5 Maxp1|NORE1|NORE1A|NORE1B|RAPL|RASSF3 Ras association domain family member 5 protein-coding 1.063 0.991 3.142 1.002 0.141 0.427 1.336 0.227 0.504 0.324 0.539 0.835 0.020 0.057 1.451 1.109 0.926 0.196 0.552 0.388 0.050 0.037 0.298 0.227 1.013 0.805 0.422 0.074 0.679 0.788 0.671 3.106 0.540 1.291 0.416 0.091 0.033 0.092 0.113 0.160 0.084 0.102 0.198 0.198 0.914 0.232 0.607 0.377 0.230 0.085 0.069 0.772 1.109 0.664 0.102 1.013 0.659 0.414 0.192 0.180 0.123 0.335 0.055 0.176 0.282 0.029 0.017 0.452 0.546 0.474 0.728 1.314 1.441 0.874 0.368 nan nan 0.839 1.269 1.237 1.361 0.475 0.317 0.240 0.271 0.148 0.140 0.492 0.902 0.912 0.651 10259 chr7 27129313 27221106 + 0 NA Intergenic Intergenic -4774 NR_038832 100133311 Hs.610216 NR_038831 ENSG00000254369 HOXA-AS3 HOXA6as HOXA cluster antisense RNA 3 ncRNA 4.131 1.972 1.317 0.809 0.465 1.283 1.467 0.729 1.442 0.590 0.086 1.304 1.135 0.235 1.672 0.569 0.265 0.075 1.644 0.756 1.986 8.362 1.020 0.572 2.239 1.067 0.906 0.578 0.850 0.179 1.182 1.981 0.561 1.232 0.213 2.587 0.949 1.969 0.145 0.344 0.747 2.629 0.643 0.286 0.159 1.145 1.620 1.544 1.796 1.490 0.420 0.519 0.569 1.301 1.277 2.239 0.943 1.015 0.395 1.170 0.105 0.326 2.514 0.178 0.230 3.216 3.439 6.472 9.646 6.344 nan 4.498 3.806 1.562 0.553 1.526 1.560 2.113 3.002 3.905 4.510 1.699 1.765 3.046 6.406 2.416 1.861 0.306 nan 1.600 0.915 1224 chr1 236028580 236047315 + 0 NA intron (NM_001301365, intron 1 of 52) Charlie18a|DNA|hAT-Charlie -7720 NM_000081 1130 Hs.532411 NM_000081 ENSG00000143669 LYST CHS|CHS1 lysosomal trafficking regulator protein-coding 2.540 1.991 3.242 0.461 0.959 0.814 0.746 0.578 1.118 0.113 0.639 1.111 0.026 0.203 0.370 0.686 1.166 0.208 0.492 0.166 0.077 0.163 2.010 0.980 1.108 1.247 0.951 0.190 1.023 0.582 0.508 0.904 0.926 1.628 0.215 0.268 0.407 0.419 0.159 0.196 0.530 0.904 0.221 0.168 0.608 0.189 0.344 1.203 0.503 0.576 1.103 0.790 0.686 0.644 1.823 1.108 0.196 0.318 0.826 0.428 0.565 1.208 0.097 0.171 0.432 0.135 0.106 0.941 1.201 1.287 2.264 2.262 2.005 nan 0.925 1.074 1.027 1.424 1.621 nan 0.933 1.216 1.246 0.340 0.534 2.481 2.461 0.763 1.105 nan 1.401 368 chr1 48986704 48997197 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -54070 NM_019073 54558 Hs.538103 NM_019073 ENSG00000132122 SPATA6 HASH|SRF-1|SRF1 spermatogenesis associated 6 protein-coding nan 2.029 nan 0.062 0.921 2.857 0.020 3.614 6.765 0.009 0.029 0.036 0.024 1.058 0.885 0.667 0.093 0.138 0.020 0.018 0.040 3.002 0.795 3.991 0.014 0.028 0.039 0.223 0.461 0.107 11.126 0.014 0.036 0.935 0.041 0.109 1.835 0.127 0.017 0.007 0.011 0.113 0.082 0.218 0.008 0.014 0.023 0.019 0.667 0.054 0.027 3.991 0.035 0.037 0.389 0.022 1.082 0.015 0.095 0.532 0.015 0.027 0.012 0.300 0.509 0.178 0.244 3.934 3.333 1.660 0.505 0.172 0.182 0.387 nan nan 1.192 0.442 0.330 0.332 nan 3.115 3.582 0.930 3.671 3.033 1.743 5998 chr2 28869717 28919429 + 0 NA Intergenic Intergenic 64498 NR_145832 100505774 Hs.595909 NR_145832 ENSG00000226833 LOC100505774 - uncharacterized LOC100505774 ncRNA 0.922 0.847 0.813 0.446 0.581 0.155 1.486 0.167 0.312 0.157 0.635 0.368 0.024 0.052 0.685 1.249 0.655 0.133 1.155 0.546 0.064 0.022 0.206 0.135 0.169 0.192 0.097 0.076 0.405 0.404 0.397 2.009 0.270 3.645 0.829 0.215 0.086 0.058 0.123 0.231 0.235 1.123 0.117 0.094 0.266 0.429 0.607 0.463 0.288 0.160 1.180 0.267 1.249 1.936 0.366 0.169 0.347 0.545 0.057 0.096 0.500 0.473 0.038 0.176 0.106 0.210 0.245 0.306 0.287 0.319 0.793 0.383 0.407 2.683 0.984 0.439 0.526 0.391 0.620 1.497 nan 0.504 0.339 0.162 0.235 0.401 0.587 0.535 1.328 1.054 0.716 3078 chr13 22456335 22472626 + 0 NA Intergenic (CATA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -12181 NR_047040 100874182 Hs.148951 NR_047040 ENSG00000226722 LINC00424 - long intergenic non-protein coding RNA 424 ncRNA 0.596 0.687 0.802 0.022 0.566 0.520 0.040 0.482 1.112 0.018 0.052 0.034 0.019 0.030 0.284 0.091 0.097 0.078 0.068 0.012 0.016 0.025 0.655 0.278 3.117 0.025 0.010 0.001 0.037 0.044 0.211 0.035 1.079 0.036 0.030 0.029 0.059 0.075 0.099 0.046 0.020 0.039 0.027 0.029 0.035 0.148 0.050 0.031 0.019 0.041 0.091 0.053 0.017 3.117 0.045 0.051 0.006 0.025 0.552 0.010 0.796 0.038 0.014 0.007 0.013 0.991 1.340 0.218 nan 0.816 0.745 0.095 0.060 0.285 0.346 0.299 0.526 2.007 1.937 0.442 0.179 0.519 1.099 0.367 0.321 0.094 0.172 4.535 2.340 6293 chr2 106062557 106074444 + 0 NA Intergenic MLT2B4|LTR|ERVL -13270 NM_201557 2274 Hs.443687 NM_001450 ENSG00000115641 FHL2 AAG11|DRAL|FHL-2|SLIM-3|SLIM3 four and a half LIM domains 2 protein-coding 1.080 nan 1.029 1.248 0.633 0.602 1.712 0.839 1.752 0.731 0.110 1.376 0.047 0.293 0.127 0.097 0.543 0.013 0.694 0.435 4.726 0.024 0.368 0.071 0.115 0.916 0.611 0.037 3.000 1.814 2.469 4.000 1.853 0.697 0.767 0.112 0.008 0.050 0.104 0.516 0.273 1.725 0.076 0.105 2.681 1.034 1.944 0.958 1.010 0.247 1.010 1.275 0.097 0.591 1.215 0.115 0.568 2.935 0.179 2.053 1.204 0.898 0.066 0.376 0.616 0.877 0.546 0.463 0.559 0.372 0.878 0.792 0.798 0.235 0.126 0.457 0.454 0.194 0.434 3.526 1.862 0.424 0.190 0.633 0.357 0.159 0.199 0.451 0.860 0.813 0.595 4705 chr17 32924996 32949416 + 0 NA intron (NM_001304438, intron 1 of 8) L2c|LINE|L2 29438 NM_001304438 124842 Hs.310482 NM_207313 ENSG00000181291 TMEM132E DFNB99 transmembrane protein 132E protein-coding nan 0.672 0.658 0.059 0.022 1.423 0.089 0.526 1.238 0.008 0.076 0.034 0.002 0.016 0.493 1.784 0.079 0.067 0.060 0.014 0.039 0.023 0.080 0.065 0.467 0.044 0.015 0.043 0.063 0.063 0.067 0.089 2.908 0.006 0.058 0.770 0.062 0.097 0.005 0.046 0.151 0.020 0.012 0.018 0.078 0.039 0.147 0.157 0.027 0.239 0.053 1.784 0.091 0.008 0.467 0.070 0.045 1.044 0.109 0.034 0.039 0.315 0.740 0.016 0.031 0.014 1.033 1.959 0.096 0.177 nan 1.722 0.134 0.081 0.133 0.172 0.152 0.291 0.129 0.161 nan 1.730 0.388 0.570 2.204 2.284 1.297 4.319 0.732 0.669 611 chr1 116708742 116716751 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu 58370 NM_152367 126868 Hs.376194 NM_152367 ENSG00000173212 MAB21L3 C1orf161 mab-21 like 3 protein-coding nan 1.417 0.883 0.197 0.207 0.555 0.147 0.199 0.350 0.108 0.184 0.241 0.023 0.899 0.375 0.189 0.158 0.082 0.197 0.071 0.040 0.040 0.177 0.110 1.091 0.189 0.063 0.294 0.330 0.132 0.310 1.093 0.539 0.322 0.146 0.109 0.084 0.162 0.081 0.604 0.071 0.149 0.052 0.058 0.206 0.061 0.907 0.274 0.376 0.026 0.325 0.938 0.189 0.170 0.035 1.091 0.183 0.092 0.096 1.414 0.038 0.070 2.006 0.046 0.095 0.072 0.012 0.633 0.324 14.498 14.197 0.324 nan 2.243 0.605 0.908 1.136 0.287 0.480 0.445 0.346 0.360 0.266 2.373 4.305 0.579 0.634 0.311 0.764 0.775 0.634 1849 chr11 22599995 22609157 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 42811 NM_022725 2188 Hs.632151 NM_022725 ENSG00000183161 FANCF FAF Fanconi anemia complementation group F protein-coding 0.713 1.015 0.644 0.055 0.114 0.055 0.031 0.070 0.155 0.041 0.030 0.020 0.033 0.089 0.154 0.074 0.036 0.035 0.016 0.045 0.034 0.054 0.026 0.008 0.023 0.012 0.062 0.032 0.084 0.321 0.035 0.083 0.012 0.076 0.040 0.030 0.007 0.017 0.012 0.033 0.042 0.043 0.018 0.014 0.154 0.055 0.040 0.026 0.009 0.063 0.013 0.022 0.017 0.086 0.013 0.041 0.038 0.006 0.416 0.428 0.235 0.410 0.355 0.429 0.151 0.105 0.281 0.203 4.793 4.672 0.208 0.219 0.506 0.254 0.181 0.297 0.248 0.166 0.164 0.226 0.409 0.533 849 chr1 165250163 165260126 + 0 NA intron (NM_177398, intron 3 of 8) intron (NM_177398, intron 3 of 8) 70334 NM_001174069 4009 Hs.667312 NM_177398 ENSG00000162761 LMX1A LMX1|LMX1.1 LIM homeobox transcription factor 1 alpha protein-coding 2.387 nan 1.653 0.043 0.524 0.475 0.065 0.410 0.704 0.009 0.047 0.075 0.056 2.743 0.535 2.361 0.104 0.064 0.043 0.019 0.014 2.183 0.849 0.527 0.159 0.072 0.015 0.068 0.021 0.032 0.122 0.086 1.551 0.015 0.108 2.913 0.011 0.100 0.036 0.415 0.074 0.018 0.007 0.033 0.062 0.059 0.215 0.180 0.021 1.031 0.080 2.361 0.049 0.037 0.527 0.073 0.044 0.726 0.006 1.053 0.070 0.253 2.123 0.008 0.023 0.031 0.776 0.668 0.402 1.496 1.386 nan 0.840 0.208 0.136 0.143 0.565 1.041 1.406 nan 4.484 4.573 0.551 0.631 7.644 6.663 1.757 4.577 2.210 1.241 4680 chr17 28442971 28445897 + 0 NA promoter-TSS (NR_036149) promoter-TSS (NR_036149) -256 NR_036149 100423003 NR_036149 ENSG00000284399 MIR3184 - microRNA 3184 ncRNA nan nan nan 3.607 2.630 3.221 4.346 4.064 8.280 1.727 5.178 1.942 1.299 1.087 1.979 4.737 6.912 0.293 6.386 2.527 4.875 2.296 1.662 0.639 5.345 3.213 3.818 2.120 3.844 2.516 6.274 8.293 5.153 9.195 2.579 7.011 1.415 6.490 0.288 3.184 2.689 6.513 3.782 1.175 3.916 1.049 4.040 6.403 4.443 2.729 2.842 3.447 4.737 8.916 4.181 5.345 2.423 2.195 1.623 4.745 2.581 4.986 2.837 3.120 2.666 3.129 2.165 7.177 6.677 12.137 16.296 8.854 8.649 10.072 5.108 21.980 24.281 8.844 9.833 8.955 14.596 19.129 17.084 7.677 11.548 9.383 11.135 11.253 nan 4.559 2.237 492 chr1 86007775 86018759 + 0 NA intron (NM_001134445, intron 1 of 6) intron (NM_001134445, intron 1 of 6) 30779 NM_001134445 23576 Hs.713411 NM_012137 ENSG00000153904 DDAH1 DDAH|DDAH-1|DDAHI|HEL-S-16 dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 protein-coding 1.003 nan nan 0.821 0.096 0.030 1.477 0.160 0.216 0.217 0.386 1.411 0.788 0.091 0.089 0.163 0.581 0.181 0.405 0.241 0.299 0.013 0.042 0.091 0.142 2.224 1.382 0.408 1.390 0.972 0.441 0.623 1.715 0.395 0.759 0.058 0.009 3.329 0.196 0.504 0.042 0.207 0.258 0.121 2.931 0.638 0.832 0.155 0.052 0.261 0.065 0.535 0.163 1.109 3.956 0.142 0.145 0.063 0.026 0.133 0.385 0.045 0.113 1.142 0.058 0.028 0.341 0.182 0.330 0.498 0.377 0.328 0.173 0.094 0.187 0.271 0.312 0.501 0.463 0.472 0.445 0.166 0.120 0.175 0.050 0.051 0.310 0.577 0.391 0.553 2271 chr11 113533612 113537202 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 41688 NR_110047 80975 Hs.46720 NM_030770 ENSG00000166682 TMPRSS5 SPINESIN transmembrane serine protease 5 protein-coding 0.908 3.513 0.662 4.785 1.108 0.093 0.120 0.089 0.335 0.148 1.431 0.035 0.027 0.960 0.605 0.694 0.178 0.016 0.081 0.304 0.115 0.365 0.191 0.020 0.040 0.511 0.090 0.448 0.924 0.158 1.173 0.052 0.134 0.091 0.139 0.132 0.466 0.073 0.050 0.022 0.306 0.945 0.146 0.327 0.181 0.059 0.073 0.605 0.104 0.365 0.067 0.114 0.193 0.065 0.029 0.241 7.332 0.069 0.146 0.080 0.072 2.150 nan 4.333 13.726 0.497 0.425 2.610 0.772 0.343 0.378 0.175 nan 2.125 1.437 1.457 1.203 19.313 14.036 1.017 2.581 0.258 0.759 0.433 0.508 9385 chr6 2102703 2112203 + 0 NA intron (NM_001500, intron 4 of 10) intron (NM_001500, intron 4 of 10) 68772 NM_001253846 2762 Hs.144496 NM_001500 ENSG00000112699 GMDS GMD|SDR3E1 GDP-mannose 4,6-dehydratase protein-coding 1.363 1.159 1.423 0.216 1.096 0.311 0.137 1.847 3.502 0.186 0.139 0.397 0.007 0.073 0.342 0.604 2.030 0.165 0.144 0.060 0.060 0.044 0.329 0.340 0.947 0.091 0.045 0.340 0.083 0.022 0.313 0.447 1.211 0.369 0.092 1.881 0.988 0.137 0.140 3.518 0.092 0.057 0.041 0.082 0.041 0.240 0.153 0.223 0.120 0.619 0.336 0.604 0.054 0.069 0.947 0.214 0.270 0.441 1.224 1.021 0.225 0.084 0.953 0.081 0.030 0.005 0.353 0.260 0.873 1.947 1.182 1.202 3.116 0.909 0.517 0.545 0.635 0.831 1.061 0.980 0.569 0.282 0.192 0.332 2.788 4.141 0.927 1.599 2.169 1.027 3225 chr13 79167507 79184078 + 0 NA exon (NM_006237, exon 2 of 2) exon (NM_006237, exon 2 of 2) 1903 NM_006237 5457 Hs.654522 NM_006237 ENSG00000152192 POU4F1 BRN3A|Oct-T1|RDC-1|brn-3A POU class 4 homeobox 1 protein-coding nan nan 0.680 0.074 0.726 0.396 0.107 0.443 0.618 0.091 0.016 0.112 0.115 0.858 1.152 0.111 0.059 0.152 0.023 0.011 0.009 0.292 0.156 1.040 0.129 0.029 0.031 0.058 0.155 0.233 0.030 1.366 0.089 0.107 0.017 0.052 0.068 0.078 2.400 0.312 0.069 0.043 0.033 0.032 0.064 0.205 0.172 0.199 0.019 0.015 1.152 0.172 0.073 1.040 0.029 0.145 0.093 0.215 0.690 0.009 0.256 0.065 0.023 0.021 0.003 3.090 4.335 0.370 0.454 1.899 1.588 0.929 0.283 0.328 0.371 0.703 0.975 0.477 0.544 1.063 1.177 0.698 1.221 0.281 0.214 0.157 0.459 0.885 0.493 9212 chr5 139485661 139496222 + 0 NA Intergenic Intergenic -2767 NM_005859 5813 Hs.443121 NM_005859 ENSG00000185129 PURA MRD31|PUR-ALPHA|PUR1|PURALPHA purine rich element binding protein A protein-coding 2.851 2.799 nan 1.815 1.778 0.731 1.861 1.317 2.105 1.351 2.458 0.897 1.249 0.717 2.420 1.319 0.855 0.168 2.138 0.647 1.320 1.587 1.298 0.393 3.106 1.581 1.233 1.893 1.714 1.623 3.050 4.319 2.056 4.953 0.718 0.631 0.135 2.817 0.164 1.118 1.389 6.313 5.463 2.080 2.292 0.845 2.379 2.121 2.652 3.323 2.116 1.777 1.319 2.495 6.168 3.106 1.637 1.771 0.740 2.749 3.003 1.206 3.701 1.181 1.975 2.525 1.468 3.994 4.764 3.578 4.256 4.168 3.909 2.471 0.954 5.681 5.801 1.671 2.354 3.035 4.237 4.079 4.328 4.906 9.806 1.286 1.016 3.139 4.185 1.416 0.629 9177 chr5 133177678 133194011 + 0 NA Intergenic L1MC3|LINE|L1 -63524 NR_131252 105664404 Hs.582536 NR_131252 ENSG00000249073 WSPAR LncTCF7|TCONS_00009511 WNT signaling pathway activating non-coding RNA ncRNA 1.471 1.301 nan 0.056 0.075 0.147 0.144 0.079 0.192 0.023 0.090 0.071 0.011 0.024 0.673 0.126 0.065 0.099 0.084 0.070 0.039 0.017 0.096 0.113 0.156 0.811 0.280 0.059 0.054 0.020 0.140 0.827 0.337 0.348 0.125 0.082 0.627 0.053 0.114 0.181 0.135 0.108 0.085 0.024 0.094 0.258 0.165 0.171 0.215 0.044 0.116 0.176 0.126 0.110 0.051 0.156 0.234 0.031 0.411 0.057 0.145 0.078 0.012 2.678 0.116 0.194 0.209 0.245 0.128 0.147 0.285 0.604 0.839 0.295 0.148 0.308 0.323 0.276 0.592 1.258 0.995 0.857 0.700 0.140 0.118 1.452 0.980 1.885 5.432 0.738 0.567 9706 chr6 51352851 51362558 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -128964 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.757 1.560 nan 0.060 0.366 0.017 0.125 0.215 0.413 0.010 0.064 0.067 0.025 4.510 0.110 0.339 0.083 0.132 0.228 0.117 0.019 0.016 0.117 0.287 0.013 0.007 0.105 0.011 0.670 4.035 1.226 1.090 0.090 0.055 0.079 0.056 0.097 0.012 0.098 0.223 0.031 0.191 0.048 0.070 0.099 0.025 0.068 0.048 0.610 0.339 0.199 0.019 0.287 0.693 0.010 0.018 0.094 0.025 0.091 0.114 0.024 0.012 0.011 0.424 0.313 1.003 3.936 0.390 0.403 0.126 0.025 0.325 0.317 0.180 0.242 0.378 0.466 0.231 0.050 0.123 0.281 0.333 0.395 0.173 0.317 0.172 0.187 8032 chr3 174031297 174045418 + 0 NA Intergenic L1PA3|LINE|L1 -399771 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 0.959 1.018 0.734 0.163 0.118 0.043 0.046 0.171 0.342 0.013 0.100 0.046 0.030 0.042 0.019 0.153 2.844 0.267 0.059 0.031 0.137 0.238 0.085 0.005 0.015 0.010 0.107 0.008 0.080 0.104 0.161 0.154 0.036 0.042 0.054 0.041 0.103 0.008 0.034 0.071 0.021 0.027 0.023 0.016 0.075 0.063 0.023 0.090 0.017 0.052 0.153 0.030 0.039 0.085 0.047 0.007 0.004 0.051 0.034 0.035 0.113 0.005 0.016 0.011 0.284 0.247 0.236 0.707 0.307 0.328 0.885 0.342 0.265 0.244 3.457 4.488 0.331 0.318 0.653 0.319 0.099 0.184 0.201 0.265 0.354 0.611 0.422 0.374 8197 chr3 196625108 196626017 + 0 NA intron (NM_152699, intron 2 of 9) AluY|SINE|Alu 30835 NM_152699 205564 Hs.240770 NM_152699 ENSG00000119231 SENP5 - SUMO specific peptidase 5 protein-coding 9.989 9.060 9.279 2.698 5.173 1.804 1.039 5.829 8.546 1.379 3.718 2.921 1.366 6.055 4.188 7.213 5.507 21.581 6.201 5.831 2.149 3.483 7.931 10.356 1.709 0.451 2.140 0.559 3.673 4.065 9.357 nan 4.126 nan 4.821 7.278 3.954 2.512 7.700 3.901 1.938 3.441 0.791 1.029 4.438 4.195 8.706 4.503 1.163 0.597 0.258 2.578 7.213 2.826 1.433 1.709 1.036 2.644 1.050 0.608 1.575 3.488 4.238 4.895 1.341 1.266 0.713 17.052 13.270 13.223 16.219 14.091 15.274 10.934 14.861 12.148 14.005 14.858 12.013 12.282 9.705 16.065 12.327 20.407 17.300 10.652 12.655 16.445 12.567 13.829 14.261 3071 chr13 20172860 20178687 + 0 NA Intergenic Intergenic 14515 NR_046988 100874136 NR_046988 LINC00350 - long intergenic non-protein coding RNA 350 ncRNA 1.857 2.309 1.518 1.559 1.351 0.469 3.330 0.275 0.361 0.375 1.181 0.848 0.404 0.222 0.122 0.681 0.271 0.193 3.444 1.501 0.374 0.499 0.135 0.367 0.349 0.453 0.397 0.782 1.516 1.643 2.817 5.291 0.552 1.320 1.303 1.118 0.099 1.339 0.117 0.224 1.391 0.459 1.347 1.079 1.289 1.979 0.776 0.405 2.785 1.952 1.014 1.193 0.681 6.155 1.317 0.349 0.874 0.921 0.150 2.165 1.138 0.445 0.804 2.516 0.863 0.741 0.425 2.637 3.056 2.965 nan 2.139 1.903 2.235 0.947 2.173 2.040 3.083 3.639 1.395 2.074 4.856 5.316 2.283 3.822 0.631 0.504 6.988 7.534 0.880 0.604 3272 chr13 98527777 98538794 + 0 NA Intergenic MER4B|LTR|ERV1 -72644 NM_002271 3843 Hs.712598 NM_002271 ENSG00000065150 IPO5 IMB3|KPNB3|Pse1|RANBP5|imp5 importin 5 protein-coding 0.689 2.581 0.534 0.177 0.159 6.644 0.381 0.203 0.215 0.078 0.320 0.017 0.036 0.570 0.373 0.110 0.088 0.749 0.741 0.012 0.013 0.063 0.269 0.132 0.112 0.081 0.043 0.316 0.109 1.109 0.083 0.732 0.225 0.044 0.043 0.039 0.095 0.290 0.144 1.210 1.368 0.695 0.604 0.118 0.141 1.251 0.081 0.237 0.036 0.050 0.373 0.530 0.051 0.269 0.044 0.083 0.027 0.133 0.037 0.209 0.952 0.069 0.248 1.730 1.703 0.809 0.563 0.259 0.304 0.360 0.344 1.541 0.341 0.164 0.187 0.231 0.355 0.867 0.965 0.267 0.112 2.053 2.389 0.077 0.115 0.190 0.243 0.193 0.192 11090 chr8 83956743 83964098 + 0 NA Intergenic Intergenic 136081 NR_134295 101927141 Hs.128557 NR_134295 ENSG00000254394 LOC101927141 - uncharacterized LOC101927141 ncRNA 1.045 nan nan 0.010 0.275 0.030 0.039 1.415 3.033 0.063 0.025 0.009 0.263 0.108 0.087 0.181 0.153 0.085 0.124 0.575 0.203 0.406 0.014 0.047 0.015 0.085 0.080 0.030 0.222 0.020 0.029 0.181 0.015 0.089 0.016 0.074 0.018 0.021 0.044 0.031 0.120 0.108 0.288 0.069 0.043 0.036 0.087 0.067 0.052 0.406 0.033 0.033 0.008 2.070 0.054 0.027 0.033 0.021 0.047 0.014 0.330 0.204 0.186 0.130 0.577 0.565 5.646 4.223 0.286 0.242 0.741 0.813 nan 4.505 0.469 0.153 0.226 0.189 1.079 1.135 0.251 0.543 7.400 3.362 8287 chr4 22500047 22518659 + 0 NA intron (NM_145290, intron 1 of 18) intron (NM_145290, intron 1 of 18) 8324 NM_145290 166647 Hs.99195 NM_145290 ENSG00000152990 ADGRA3 GPR125|PGR21|TEM5L adhesion G protein-coupled receptor A3 protein-coding 1.628 0.698 nan 3.370 0.706 0.315 0.851 0.249 0.453 0.827 0.835 0.773 0.581 0.129 0.564 0.573 0.324 0.137 1.207 0.545 0.139 0.202 0.507 0.382 0.319 0.650 0.581 0.568 0.912 0.692 0.298 0.793 0.633 1.912 1.114 0.430 0.092 0.536 0.066 0.529 0.784 1.127 0.668 0.415 0.691 0.570 1.311 0.876 0.582 1.281 0.481 0.372 0.573 1.615 0.641 0.319 0.446 0.333 0.176 0.723 0.201 1.012 0.218 0.540 0.549 0.389 0.285 1.370 1.352 1.077 2.153 0.647 0.632 0.805 0.322 1.888 1.803 0.900 1.455 1.285 2.207 1.330 1.582 0.514 0.738 0.416 0.359 1.153 1.161 nan 0.842 5384 chr18 57277104 57291584 + 0 NA intron (NM_133459, intron 2 of 10) MER5B|DNA|hAT-Charlie 80300 NM_133459 147372 Hs.34333 NM_133459 ENSG00000183287 CCBE1 HKLLS1 collagen and calcium binding EGF domains 1 protein-coding nan 0.666 2.243 0.079 0.205 0.011 0.054 0.210 0.380 0.013 0.128 0.026 0.013 0.076 0.104 0.365 0.562 0.055 0.044 0.009 0.029 0.280 0.189 0.109 0.019 0.020 0.025 0.019 0.044 0.043 0.063 0.044 0.453 0.010 0.046 1.077 0.023 0.079 0.065 0.089 0.012 0.016 0.144 0.053 0.199 0.152 0.020 0.060 0.011 0.028 0.365 0.094 0.031 0.109 0.017 0.018 0.027 0.044 0.035 0.153 0.041 0.069 0.016 0.012 0.003 0.309 0.226 0.308 0.552 0.579 0.572 0.174 0.117 0.453 0.495 0.076 0.149 0.535 0.710 0.409 0.176 0.088 0.147 3.633 3.808 0.226 0.300 nan 2.071 1939 chr11 47868428 47892792 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -10514 NM_001318399 23279 Hs.643526 NM_015231 ENSG00000030066 NUP160 - nucleoporin 160 protein-coding nan 1.856 1.104 0.913 1.222 1.146 0.925 0.529 0.971 0.227 0.714 2.410 0.231 0.229 1.039 0.873 2.018 0.490 0.485 0.249 1.294 0.142 0.554 0.353 0.930 1.185 0.781 0.337 0.389 0.397 0.717 1.480 0.842 2.516 0.366 3.303 0.156 0.756 0.159 0.252 0.238 0.650 0.532 0.375 0.350 0.314 0.747 4.261 2.709 0.568 0.278 0.272 0.873 0.749 1.358 0.930 0.359 0.330 0.224 0.600 0.423 0.590 0.434 0.362 0.420 0.137 0.095 2.591 2.298 1.849 2.687 2.825 2.435 1.911 1.038 2.891 3.195 1.354 1.851 1.754 2.548 1.240 1.192 1.494 2.244 1.062 1.149 1.030 nan 1.108 0.873 10512 chr7 95049562 95074043 + 0 NA intron (NM_000305, intron 1 of 8) intron (NM_000305, intron 1 of 8) 2582 NM_000305 5445 Hs.514420 NM_000305 ENSG00000105854 PON2 - paraoxonase 2 protein-coding nan 0.760 nan 0.370 0.439 0.048 0.473 0.285 0.553 0.164 0.580 0.595 0.169 0.185 0.087 0.329 0.399 0.198 0.878 0.457 1.772 0.514 0.328 0.278 0.601 0.431 0.290 0.355 1.338 0.519 1.142 2.543 2.593 0.681 0.405 0.626 0.097 0.842 0.170 0.251 0.097 0.527 0.160 0.102 1.094 1.371 0.364 0.585 5.131 0.849 0.993 0.813 0.329 0.725 0.404 0.601 0.349 0.869 0.048 0.644 0.270 0.364 0.083 0.192 0.312 0.388 0.326 0.424 0.252 1.189 2.102 0.483 0.644 1.437 0.599 1.066 1.123 0.512 0.704 0.683 0.966 0.799 0.515 0.296 0.403 0.914 0.947 0.507 nan 1.132 0.846 9773 chr6 76503657 76517266 + 0 NA intron (NM_004999, intron 1 of 34) AluSz6|SINE|Alu 51552 NM_004999 4646 Hs.149387 NM_004999 ENSG00000196586 MYO6 DFNA22|DFNB37|Myo6-007|Myo6-008 myosin VI protein-coding nan nan 0.738 0.202 0.116 0.145 1.232 0.083 0.254 0.085 0.116 3.382 0.036 0.164 0.308 0.150 0.142 0.378 0.227 0.023 0.080 0.105 0.201 0.389 0.138 0.011 0.643 0.767 1.184 2.974 1.612 0.374 0.406 0.047 0.014 0.040 0.173 0.198 0.500 0.034 0.027 0.023 1.092 0.927 0.240 0.104 0.060 0.090 0.017 0.069 0.308 0.985 0.598 0.201 0.002 0.128 0.043 0.111 0.018 0.266 0.036 0.090 0.017 0.025 0.023 0.432 0.318 0.386 0.494 0.292 0.521 0.402 0.161 0.326 0.327 0.072 0.206 0.368 0.529 0.467 0.196 0.163 0.264 0.115 0.184 0.286 0.774 0.223 0.286 5054 chr17 77990580 78022993 + 0 NA intron (NM_019020, intron 1 of 11) intron (NM_019020, intron 1 of 11) 2871 NM_019020 125058 Hs.369819 NM_019020 ENSG00000167291 TBC1D16 - TBC1 domain family member 16 protein-coding 2.434 2.222 3.779 0.275 3.320 1.489 0.467 1.055 1.929 0.065 0.618 0.648 0.015 0.724 1.351 1.041 0.912 0.354 0.417 0.175 0.227 0.201 1.470 0.688 2.186 0.491 0.314 0.232 0.178 0.087 0.787 2.222 0.541 6.567 0.312 0.244 0.114 0.569 0.138 0.146 0.309 0.412 0.245 0.149 0.522 0.109 0.208 0.428 0.731 0.418 0.328 0.738 1.041 0.828 0.265 2.186 0.339 0.582 0.430 0.813 1.773 0.319 0.214 0.636 0.291 0.147 0.066 2.071 2.474 0.599 0.841 2.902 2.352 3.480 1.652 1.111 1.141 nan 1.800 5.260 6.272 3.442 2.950 0.722 1.026 1.297 1.026 1.903 2.991 nan 1.263 6090 chr2 47554815 47589814 + 0 NA promoter-TSS (NR_110208) promoter-TSS (NR_110208) -101 NR_110207 101927043 Hs.515976 NR_110207 ENSG00000234690 LOC101927043 - uncharacterized LOC101927043 ncRNA 1.117 nan 1.383 0.731 1.546 3.520 3.218 0.637 1.140 0.388 0.798 0.509 0.478 0.276 2.210 1.018 0.269 0.139 1.933 1.439 0.866 0.263 0.729 0.517 1.350 1.345 1.033 0.120 1.304 1.001 1.355 nan 1.197 5.086 1.399 0.552 0.127 0.489 0.136 1.038 0.452 0.411 0.279 0.144 0.895 1.369 0.760 1.639 1.793 0.205 0.464 1.019 1.018 1.630 1.323 1.350 0.458 0.907 0.377 0.539 0.417 1.233 1.045 0.251 0.187 0.510 0.443 1.988 2.370 0.358 0.547 nan 2.355 2.582 1.054 4.083 4.423 0.338 0.660 5.183 5.618 2.038 1.794 1.374 1.694 0.802 0.779 1.180 nan nan 0.898 5853 chr2 2686880 2705029 + 0 NA Intergenic Intergenic -360869 NM_001303052 23040 Hs.434418 NM_015025 ENSG00000186487 MYT1L MRD39|NZF1|ZC2H2C2|ZC2HC4B|myT1-L myelin transcription factor 1 like protein-coding 0.424 0.486 0.761 0.044 0.213 1.404 0.039 0.648 1.271 0.005 0.074 0.041 0.021 0.038 0.882 0.438 0.045 0.054 0.048 0.010 0.017 0.008 0.344 0.204 2.945 0.016 0.008 0.037 0.012 0.071 0.073 0.047 3.177 0.016 0.054 0.016 0.042 0.103 0.066 0.137 0.027 0.013 0.012 0.026 0.043 0.153 0.085 0.019 0.113 0.052 0.438 0.043 0.024 2.945 0.007 0.064 0.344 0.039 1.533 0.021 0.032 0.028 0.017 0.022 0.003 0.387 0.483 0.231 0.270 3.718 3.930 1.454 0.398 0.165 0.167 0.629 0.928 3.612 2.539 0.540 0.462 0.259 0.253 0.163 0.154 0.188 0.197 1.206 0.820 5784 chr19 49893534 49914549 + 0 NA intron (NM_144688, intron 9 of 19) intron (NM_144688, intron 9 of 19) 12566 NM_144688 147872 Hs.662085 NM_144688 ENSG00000161609 CCDC155 KASH5 coiled-coil domain containing 155 protein-coding 1.734 1.219 3.513 0.106 0.663 3.284 0.146 0.489 0.848 0.023 0.124 0.171 0.153 0.054 2.281 1.083 0.077 0.138 0.256 0.126 0.066 0.048 0.269 0.112 0.193 0.075 0.035 0.119 0.088 0.051 0.337 nan 0.175 0.785 0.083 0.097 0.408 0.182 0.118 0.006 0.312 0.188 0.029 0.034 0.078 0.040 0.147 0.134 0.275 0.381 0.038 0.092 1.083 0.252 0.048 0.193 0.058 0.137 0.841 0.277 0.655 0.132 0.084 0.686 0.043 0.019 0.005 0.326 0.287 0.326 0.378 1.848 1.802 3.045 0.645 0.735 0.797 0.462 0.756 2.405 2.424 3.128 2.670 0.375 0.424 1.508 1.231 1.177 2.889 3.123 1.629 9356 chr5 175247074 175271460 + 0 NA intron (NM_006650, intron 2 of 4) MIRb|SINE|MIR 35657 NM_006650 10814 Hs.193235 NM_006650 ENSG00000145920 CPLX2 921-L|CPX-2|CPX2|Hfb1 complexin 2 protein-coding 1.022 1.208 1.303 0.068 0.213 1.041 0.206 0.106 0.240 0.019 0.159 0.106 0.013 0.037 0.544 0.389 0.055 0.086 0.048 0.023 0.063 0.011 0.520 0.248 0.722 0.195 0.088 0.024 0.065 0.078 0.099 0.092 0.067 2.576 0.012 0.929 0.642 0.066 0.085 0.213 1.036 0.814 1.502 0.751 0.138 0.040 0.433 0.471 1.351 0.101 0.032 0.422 0.389 0.041 0.094 0.722 0.497 0.017 0.610 0.099 0.432 0.467 0.089 0.152 0.366 3.479 3.011 0.299 0.512 0.135 nan 1.989 1.908 1.427 0.249 0.075 0.065 1.450 nan 0.602 0.720 0.650 0.488 0.205 0.302 1.873 2.399 0.574 0.936 0.601 0.414 10750 chr7 151540957 151550243 + 0 NA intron (NM_016203, intron 1 of 15) AluSq|SINE|Alu -28527 NR_038926 100505483 Hs.649054 NR_038926 PRKAG2-AS1 - PRKAG2 antisense RNA 1 ncRNA 0.703 0.362 nan 0.320 0.147 0.278 0.776 0.121 0.242 0.443 0.151 0.269 0.027 0.021 0.172 0.138 0.228 0.070 0.653 0.285 0.020 0.059 0.175 0.085 0.074 0.498 0.193 0.110 0.191 0.283 1.075 3.969 6.057 0.417 0.549 0.150 0.062 0.126 0.157 0.297 0.017 0.218 0.214 0.167 0.371 0.611 0.569 0.172 0.242 0.091 0.354 0.865 0.138 1.768 0.100 0.074 0.066 0.295 0.082 0.244 0.032 0.503 0.016 0.060 0.074 0.037 0.011 0.605 0.433 0.351 0.475 0.439 0.406 0.157 0.071 0.208 0.276 0.482 0.738 0.205 0.296 0.244 0.205 0.426 0.362 0.117 0.141 0.114 0.153 0.802 0.654 67 chr1 9068885 9089013 + 0 NA intron (NM_207420, intron 4 of 11) intron (NM_207420, intron 4 of 11) 7455 NM_207420 155184 Hs.531239 NM_207420 ENSG00000197241 SLC2A7 GLUT-7|GLUT7 solute carrier family 2 member 7 protein-coding 0.803 nan 1.005 0.071 1.374 0.321 0.095 0.096 0.240 0.035 0.046 0.134 0.012 0.263 0.300 0.129 0.096 0.136 0.136 0.075 0.031 0.041 0.140 0.103 0.047 0.069 0.059 0.080 0.094 0.031 0.088 nan 0.088 0.409 0.058 0.071 0.028 0.097 0.121 0.006 0.199 0.171 0.039 0.043 0.016 0.065 0.086 0.168 0.113 0.099 0.023 0.258 0.129 0.155 0.066 0.047 0.074 0.081 0.144 0.698 0.062 0.079 0.079 0.034 0.011 0.013 0.515 0.451 0.298 0.368 1.152 1.101 0.078 0.082 2.256 2.488 0.378 nan nan 7.452 nan 0.249 0.273 0.343 0.057 0.060 0.256 0.347 0.354 0.420 3335 chr13 109981191 109988595 + 0 NA Intergenic Intergenic -68150 NR_126361 104326054 Hs.569298 NR_126361 ENSG00000229792 LINC00399 TCONS_00021596 long intergenic non-protein coding RNA 399 ncRNA 0.934 nan 1.877 0.047 0.991 0.077 0.220 0.353 0.691 1.530 0.099 0.017 2.753 1.844 0.121 0.111 0.065 0.201 0.143 0.031 0.019 0.295 0.123 1.600 0.342 0.058 0.247 0.083 0.156 0.154 0.441 0.076 0.666 0.118 0.389 0.012 0.187 0.122 0.079 0.556 0.150 0.058 0.049 0.018 0.062 0.351 0.149 0.165 0.038 0.117 0.116 0.121 0.191 0.038 1.600 0.016 0.135 0.130 0.039 7.733 0.055 1.822 0.262 0.082 0.035 0.014 1.314 1.507 0.496 0.846 2.743 2.068 0.705 0.645 0.108 0.074 0.040 0.079 3.009 4.622 1.852 2.125 1.166 1.751 0.111 0.109 0.457 0.581 0.619 0.668 3636 chr14 65165445 65194381 + 0 NA intron (NM_001308147, intron 1 of 16) L1MEg|LINE|L1 8787 NM_001308147 26030 Hs.509637 NM_015549 ENSG00000126822 PLEKHG3 ARHGEF43|KIAA0599 pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G3 protein-coding nan nan 2.060 2.147 1.360 1.925 1.970 0.330 0.696 0.870 0.791 0.588 0.133 0.677 0.404 0.698 0.804 0.212 1.615 1.147 0.942 0.125 0.465 0.223 0.971 3.029 2.186 0.298 1.406 1.625 4.027 8.113 3.594 1.913 2.413 0.884 0.303 0.574 0.103 0.479 0.351 1.172 1.055 0.526 1.752 1.494 0.990 1.072 1.768 0.495 0.630 1.788 0.698 1.193 1.562 0.971 1.182 0.675 0.271 1.043 0.836 1.367 0.837 0.563 3.681 1.025 0.739 1.448 1.982 0.586 1.090 1.449 1.366 2.404 0.641 nan 1.356 0.757 0.983 3.324 nan 0.899 0.667 0.911 1.761 1.436 1.782 0.674 1.059 1.497 0.995 3133 chr13 40795508 40811326 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -8778 NR_033877 400123 Hs.577960 NR_033877 ENSG00000215483 LINC00548 - long intergenic non-protein coding RNA 548 ncRNA 1.555 0.839 0.889 0.054 0.191 0.947 0.063 0.071 0.171 0.012 0.071 0.340 0.024 0.050 0.108 0.081 0.094 0.051 0.081 0.012 0.008 0.010 0.073 0.175 0.031 0.023 0.019 0.025 0.013 0.067 0.090 0.045 0.346 0.019 0.115 0.012 0.054 0.063 0.060 0.045 0.105 0.034 0.039 0.048 0.024 0.098 0.115 0.135 0.050 0.058 0.096 0.081 0.089 0.018 0.175 0.046 0.087 0.386 0.026 0.186 0.041 0.087 0.716 0.166 0.018 0.019 0.428 0.363 0.199 0.384 0.302 0.425 0.222 0.070 0.126 0.143 3.561 3.534 0.124 0.087 3.962 3.683 0.241 0.283 0.061 0.063 1.498 3.866 0.159 0.176 7394 chr22 35895907 35923405 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -27696 NM_014310 23551 Hs.474711 NM_014310 ENSG00000100302 RASD2 MGC:4834|Rhes|TEM2 RASD family member 2 protein-coding nan 0.792 1.551 0.100 0.490 0.216 0.150 0.399 0.859 0.048 0.118 0.061 0.011 0.030 0.372 0.596 0.090 0.117 0.098 0.089 0.025 0.010 0.605 0.274 1.586 0.072 0.024 0.035 0.087 0.027 0.099 nan 0.075 0.836 0.048 0.064 0.191 0.095 0.061 0.009 0.631 0.080 0.044 0.029 0.055 0.078 0.144 0.091 0.101 0.056 0.014 0.099 0.596 0.117 0.060 1.586 0.066 0.085 0.149 0.118 0.312 0.072 4.809 0.634 0.019 0.008 0.009 4.944 5.690 4.306 nan 2.144 2.507 1.610 0.590 2.522 2.759 0.278 nan 1.095 1.168 2.351 2.187 4.079 5.436 1.444 1.680 0.574 nan 1.411 0.796 6112 chr2 52009514 52024214 + 0 NA intron (NR_135237, intron 6 of 10) MSTD|LTR|ERVL-MaLR -580922 NR_135239 105374596 NR_135239 ENSG00000225444 LINC01867 - long intergenic non-protein coding RNA 1867 ncRNA 1.094 nan 1.576 0.069 0.408 0.057 0.072 0.109 0.226 0.007 0.069 0.019 0.039 0.145 0.401 0.111 0.033 0.185 0.065 0.043 0.019 0.575 0.381 0.147 0.012 0.010 0.010 0.092 0.028 0.142 0.315 0.043 2.711 0.109 0.073 0.380 0.052 0.087 0.062 0.282 0.094 0.016 0.027 0.049 0.026 0.070 0.095 0.122 0.034 0.033 0.018 0.401 0.070 0.038 0.147 0.058 0.023 0.199 0.095 0.207 0.027 0.033 0.025 0.005 0.012 0.004 0.312 0.212 0.234 0.321 0.426 0.570 6.732 2.684 0.379 0.366 0.681 0.774 0.461 0.389 0.398 0.190 0.063 0.162 1.395 1.334 0.212 0.250 0.481 0.416 327 chr1 43471297 43478995 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -50299 NM_006516 6513 Hs.473721 NM_006516 ENSG00000117394 SLC2A1 CSE|DYT17|DYT18|DYT9|EIG12|GLUT|GLUT-1|GLUT1|GLUT1DS|HTLVR|PED|SDCHCN solute carrier family 2 member 1 protein-coding nan 0.619 nan 0.198 0.181 0.048 0.324 0.094 0.354 0.318 0.101 0.108 6.879 0.092 0.095 0.149 0.126 0.084 0.556 0.418 0.066 0.036 0.141 0.130 0.887 0.108 0.042 0.047 0.114 0.504 0.319 2.368 0.508 0.435 0.285 1.037 0.002 0.070 0.054 0.015 0.136 0.206 0.039 0.030 0.014 0.195 0.643 0.156 0.142 0.073 0.021 0.265 0.149 0.723 0.048 0.887 0.815 1.859 0.051 0.189 0.013 0.035 0.978 0.234 0.020 0.037 0.006 0.763 1.618 0.180 0.365 1.388 1.247 0.514 0.219 0.674 0.747 0.227 nan nan 2.368 0.363 0.242 1.413 nan 0.110 0.104 0.462 1.020 0.304 0.568 10666 chr7 130789022 130798423 + 0 NA intron (NR_109854, intron 1 of 5) intron (NR_109854, intron 1 of 5) 953 NR_109850 378805 Hs.150556 NM_001085379 ENSG00000231721 LINC-PINT LincRNA-Pint|MKLN1-AS1|PINT long intergenic non-protein coding RNA, p53 induced transcript ncRNA nan nan nan 2.566 4.329 0.662 3.309 1.212 2.039 2.110 6.445 5.399 0.567 2.358 5.484 1.807 3.600 0.360 3.767 1.248 4.488 0.428 1.681 0.778 2.587 5.299 7.006 2.819 6.316 1.935 4.907 5.920 4.826 4.903 1.098 7.025 0.556 1.270 0.180 2.060 0.623 9.941 3.680 1.523 2.424 1.724 8.525 7.146 6.701 4.572 5.502 6.055 1.807 4.333 2.949 2.587 2.516 4.467 1.055 4.870 4.327 3.971 1.777 0.831 1.871 1.832 0.881 4.525 7.485 5.027 6.730 3.098 2.516 nan 3.418 5.435 5.654 0.401 nan 4.428 8.304 nan 2.640 1.822 3.074 4.516 4.979 4.515 4.874 4.422 nan 8964 chr5 68429333 68435365 + 0 NA Intergenic Intergenic -24286 NR_145732 109616958 NR_145732 ENSG00000280894 SNORA50D - small nucleolar RNA, H/ACA box 50D snoRNA 0.673 0.963 0.542 0.131 0.115 0.019 0.141 0.136 0.214 0.443 0.163 0.046 0.380 0.038 0.134 0.126 0.100 0.053 0.086 0.031 0.031 0.023 0.043 0.184 0.059 0.055 0.035 0.072 0.055 0.068 0.169 0.151 0.183 0.016 0.136 0.120 0.160 0.019 0.069 0.046 0.013 0.072 0.026 0.446 0.049 0.299 0.151 0.052 0.033 0.126 0.084 0.062 0.059 0.020 0.069 0.036 0.087 0.016 0.087 0.231 0.163 0.012 0.057 0.009 0.380 0.334 8.235 3.178 0.197 0.235 0.233 0.190 0.437 0.383 0.304 0.447 0.219 0.231 0.431 0.141 0.328 0.532 0.178 0.144 0.153 0.429 0.226 0.312 1281 chr10 1280675 1287420 + 0 NA intron (NM_018702, intron 5 of 9) intron (NM_018702, intron 5 of 9) 78339 NR_015376 399706 Hs.721191 NM_001010910 ENSG00000229205 LINC00200 C10orf139|NCRNA00200 long intergenic non-protein coding RNA 200 ncRNA 0.550 0.367 0.965 0.131 1.474 0.212 0.042 0.596 1.396 0.034 0.121 2.346 1.099 1.915 0.186 0.118 0.015 0.026 0.054 0.398 0.290 6.843 0.010 0.028 0.325 0.120 0.016 0.084 0.269 0.105 2.450 0.142 0.029 0.420 0.109 0.095 0.205 0.107 0.057 0.067 0.192 0.278 0.095 0.046 0.255 1.915 0.052 6.843 0.220 1.322 0.613 4.920 0.082 0.278 0.055 0.022 0.034 0.008 0.444 0.680 0.151 0.227 1.547 2.150 3.005 1.251 2.493 3.409 0.183 0.252 2.289 2.062 0.162 0.088 0.331 0.264 0.124 0.082 0.150 0.225 0.298 0.228 12003 chrX 153754202 153777708 + 0 NA intron (NM_000402, intron 2 of 12) L1ME2|LINE|L1 -4500 NM_001321396 8517 Hs.43505 NM_003639 ENSG00000269335 IKBKG AMCBX1|FIP-3|FIP3|Fip3p|IKK-gamma|IKKAP1|IKKG|IMD33|IP|IP1|IP2|IPD2|NEMO|ZC2HC9 inhibitor of nuclear factor kappa B kinase subunit gamma protein-coding 1.209 1.771 2.146 1.601 0.883 0.719 4.140 0.727 1.384 0.544 4.483 1.612 0.381 0.793 1.238 1.007 0.481 0.136 1.220 0.597 3.694 0.289 0.246 0.171 0.555 2.231 2.775 0.400 1.226 0.510 3.080 3.919 2.827 2.194 0.922 5.455 0.114 0.354 0.046 0.577 0.537 2.977 0.570 0.262 0.915 0.703 2.901 2.102 4.191 0.870 0.899 2.486 1.007 1.592 1.388 0.555 1.032 2.622 0.152 1.536 0.945 1.321 0.449 0.342 2.162 0.390 0.237 1.003 1.028 1.276 2.177 1.544 1.385 1.829 0.617 2.472 2.642 0.793 1.308 1.328 1.874 1.180 1.069 1.202 1.516 0.712 1.474 0.781 1.310 0.874 0.444 3214 chr13 74706415 74711375 + 0 NA promoter-TSS (NM_007249) promoter-TSS (NM_007249) -829 NM_007249 11278 Hs.373857 NM_007249 ENSG00000118922 KLF12 AP-2rep|AP2REP|HSPC122 Kruppel like factor 12 protein-coding nan 5.839 5.366 2.103 5.799 5.813 2.514 5.494 9.776 0.096 5.509 2.295 1.046 1.623 9.696 9.750 3.119 0.637 1.082 0.458 1.534 1.429 1.274 0.464 7.331 1.618 1.845 1.443 1.764 1.886 2.743 5.644 0.212 19.603 1.766 1.262 1.905 6.641 0.150 1.546 10.831 8.345 2.641 1.481 0.526 0.032 0.618 5.794 4.267 3.300 1.639 0.066 9.750 1.367 0.505 7.331 0.173 0.249 2.137 3.674 1.864 1.344 4.757 2.396 5.216 1.861 0.975 9.256 13.656 5.547 6.776 18.005 12.755 nan 4.136 4.824 4.484 0.767 0.996 3.750 6.668 nan 11.286 2.499 8.048 6.320 4.011 5.086 nan 1.058 0.837 4554 chr17 4605425 4615322 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2741 NM_001278241 27043 Hs.744899 NM_014389 ENSG00000141456 PELP1 MNAR|P160 proline, glutamate and leucine rich protein 1 protein-coding 3.573 1.747 2.066 1.161 1.171 2.106 1.013 1.279 3.232 0.870 1.285 1.369 0.531 1.300 1.759 2.170 0.522 0.115 2.173 0.822 1.440 0.742 0.914 0.382 2.166 0.580 0.517 1.011 1.672 0.404 1.867 3.514 1.103 2.858 0.740 2.600 0.480 2.279 0.161 0.545 0.888 2.606 1.481 0.812 1.182 1.086 1.575 1.111 3.158 2.206 0.908 1.079 2.170 3.017 4.873 2.166 0.922 1.106 1.328 3.423 2.477 2.370 0.700 1.952 0.468 0.975 0.635 3.559 3.593 2.718 3.894 4.653 3.787 6.219 2.266 4.879 4.899 2.277 3.459 3.982 6.855 4.808 5.078 1.483 2.115 2.203 1.939 4.200 5.239 1.768 1.020 6307 chr2 111655849 111663673 + 0 NA intron (NM_001142807, intron 10 of 17) intron (NM_001142807, intron 10 of 17) 169611 NM_001142807 55289 Hs.253320 NM_018308 ENSG00000153093 ACOXL - acyl-CoA oxidase like protein-coding 0.747 nan 0.720 0.055 0.100 0.035 0.138 0.068 0.322 0.012 0.102 0.035 0.008 0.026 0.328 0.135 0.114 0.002 0.091 0.024 0.073 0.739 0.305 0.169 0.017 0.009 0.019 0.102 0.082 0.226 0.108 nan 0.048 0.220 0.027 0.083 0.061 0.061 0.211 0.031 0.030 0.014 0.099 0.157 0.178 0.073 0.018 0.050 0.135 0.128 0.010 0.169 0.031 0.032 0.038 0.068 0.392 0.050 0.065 0.015 0.010 0.007 0.006 0.327 0.288 0.211 0.304 0.659 nan 10.939 1.989 0.353 0.434 0.182 0.410 0.508 0.545 0.269 0.196 0.139 0.232 1.182 0.674 0.064 0.194 0.949 0.457 1603 chr10 99077877 99097824 + 0 NA Intergenic Intergenic 6608 NM_012083 23401 Hs.140720 NM_012083 ENSG00000181274 FRAT2 FRAT-2 FRAT2, WNT signaling pathway regulator protein-coding 2.014 2.208 2.536 0.537 1.494 0.942 1.192 0.755 1.717 0.485 1.916 1.260 0.410 0.990 1.805 0.879 0.574 0.128 1.005 0.162 0.462 1.321 0.558 0.243 3.279 0.809 0.876 1.095 1.237 0.583 1.242 2.268 0.696 4.101 0.242 1.006 0.291 0.990 0.086 0.378 0.780 1.303 1.264 0.602 0.814 0.486 1.093 0.951 2.688 1.262 1.853 3.254 0.879 2.085 1.999 3.279 0.952 2.176 0.182 1.514 1.556 0.883 0.258 0.306 0.480 0.500 0.360 1.462 2.056 2.864 3.314 2.502 2.650 3.205 2.089 2.058 2.180 0.670 0.948 nan 5.136 1.527 1.875 1.176 1.598 1.494 1.645 1.094 1.351 1.393 0.812 1881 chr11 33276633 33282019 + 0 NA promoter-TSS (NM_001278162) promoter-TSS (NM_001278162) 458 NM_005734 10114 Hs.201918 NM_005734 ENSG00000110422 HIPK3 DYRK6|FIST3|PKY|YAK1 homeodomain interacting protein kinase 3 protein-coding 5.115 4.507 nan 4.888 6.752 3.236 2.996 2.795 5.292 2.220 5.296 1.612 3.836 2.009 5.173 4.588 2.806 0.092 4.540 1.209 3.654 3.500 2.513 0.983 5.441 2.341 3.330 3.033 3.592 2.638 6.911 8.566 6.045 11.633 1.007 3.112 2.250 7.461 0.208 1.936 4.120 10.309 6.098 2.888 2.576 1.661 6.036 5.835 6.650 4.706 3.536 3.494 4.588 5.458 4.022 5.441 2.068 2.659 2.601 5.286 3.068 4.352 1.805 2.839 3.565 1.967 1.424 6.795 7.416 7.699 11.316 11.274 10.024 11.785 4.396 12.826 12.796 6.254 7.740 4.746 9.076 7.194 10.669 4.048 9.572 11.047 9.927 7.682 nan 2.818 1.740 4403 chr16 66539140 66560621 + 0 NA intron (NM_001271935, intron 6 of 7) intron (NM_001271935, intron 6 of 7) 33848 NM_001272050 7084 Hs.512619 NM_004614 ENSG00000166548 TK2 MTDPS2|MTTK|PEOB3|SCA31 thymidine kinase 2, mitochondrial protein-coding nan nan 1.290 1.657 0.460 0.821 2.197 0.183 0.299 2.057 0.710 4.531 0.124 1.076 0.116 0.286 1.211 0.203 2.121 1.508 8.451 0.032 0.226 0.135 0.117 2.047 1.041 0.367 1.799 1.207 0.851 2.092 2.544 0.885 1.710 4.020 0.013 0.050 0.081 1.562 0.070 2.041 1.335 0.652 0.946 1.496 1.068 3.308 1.980 0.999 2.628 2.600 0.286 5.372 1.806 0.117 0.410 1.004 0.126 0.508 0.392 1.212 0.037 0.089 1.677 3.148 3.308 0.908 0.873 0.884 0.625 0.282 0.335 0.985 0.307 0.702 0.840 0.449 nan 0.792 0.827 0.667 0.580 0.221 0.298 0.177 0.334 0.281 0.448 0.945 0.634 11584 chr9 75087833 75096793 + 0 NA Intergenic Intergenic -44404 NM_138691 117531 Hs.670211 NM_138691 ENSG00000165091 TMC1 DFNA36|DFNB11|DFNB7 transmembrane channel like 1 protein-coding nan nan nan 1.020 0.139 0.026 5.339 0.107 0.222 0.646 0.346 1.265 0.652 0.134 0.029 1.248 0.236 0.108 3.420 2.249 1.450 0.047 0.107 0.056 0.107 3.072 2.065 0.238 2.278 1.671 2.120 3.601 1.174 0.217 2.510 0.342 0.053 0.116 0.093 1.022 0.018 3.402 0.869 0.461 0.993 1.315 1.770 1.773 2.462 0.947 0.881 1.576 1.248 2.890 1.190 0.107 0.703 1.094 0.055 1.513 0.069 1.405 0.024 0.193 0.987 3.310 3.770 0.354 0.749 0.486 nan 0.371 nan 0.106 0.054 0.407 0.502 0.350 0.569 1.146 0.916 0.234 0.071 0.097 0.178 0.183 0.512 0.317 0.820 0.517 0.663 5833 chr19 59048406 59058200 + 0 NA promoter-TSS (NM_001316980) promoter-TSS (NM_001316980) -224 NM_001316980 84878 Hs.515662 NM_032792 ENSG00000119574 ZBTB45 ZNF499 zinc finger and BTB domain containing 45 protein-coding 2.904 1.770 2.444 3.501 2.447 1.933 1.498 2.620 5.194 1.080 2.528 1.825 0.628 0.847 2.426 2.992 0.930 0.330 1.942 0.426 1.325 0.778 0.980 0.471 4.277 0.642 0.442 1.408 2.223 0.668 1.655 3.876 2.244 4.119 0.774 1.281 0.743 1.897 0.115 0.503 1.988 3.183 1.190 0.744 0.501 0.846 1.261 1.149 3.200 1.807 1.537 1.103 2.992 2.553 1.078 4.277 0.793 1.683 1.152 3.380 0.858 1.774 1.220 1.466 0.930 0.653 0.383 4.586 6.196 2.197 3.127 5.095 4.723 7.689 3.496 2.502 2.684 1.771 2.571 2.571 4.195 4.230 3.969 2.545 3.860 3.533 3.005 3.585 4.120 2.623 1.389 2049 chr11 67976079 67984324 + 0 NA intron (NM_001300909, intron 1 of 8) CpG 583 NM_016028 51111 Hs.632120 NM_016028 ENSG00000110066 KMT5B CGI-85|CGI85|MRD51|SUV420H1 lysine methyltransferase 5B protein-coding nan 2.117 2.666 2.427 2.824 2.429 1.239 1.744 2.622 0.857 2.581 0.860 1.330 2.420 2.625 2.684 1.035 0.118 2.245 0.416 1.801 1.392 1.252 0.620 4.351 1.128 1.803 2.054 1.515 0.550 3.695 6.777 3.313 6.138 0.601 1.044 0.787 2.750 0.109 0.661 2.085 4.395 2.552 1.504 1.003 1.483 2.538 2.032 4.360 2.551 2.581 3.741 2.684 2.400 2.086 4.351 1.392 3.152 0.600 8.962 3.828 1.841 1.751 0.748 1.381 0.894 0.655 4.990 5.745 3.126 3.726 5.230 5.219 3.961 2.423 9.245 8.826 1.871 2.627 6.410 10.030 3.742 3.478 4.472 7.551 2.910 2.489 2.793 2.196 1.410 0.973 3197 chr13 71347979 71366983 + 0 NA Intergenic Intergenic -231792 NR_047699 100885781 Hs.372660 NR_047699 ENSG00000226846 LINC00348 - long intergenic non-protein coding RNA 348 ncRNA nan 1.187 1.054 0.021 0.227 0.093 0.015 0.186 0.226 0.010 0.074 0.019 0.016 0.032 0.075 0.417 0.079 0.025 0.039 0.010 0.050 0.050 0.095 0.138 0.011 0.012 0.040 0.017 0.076 0.074 0.052 0.333 0.023 0.049 0.200 0.040 0.087 0.019 0.260 0.039 0.008 0.017 0.012 0.076 0.032 0.030 0.020 0.025 0.021 0.417 0.005 0.138 0.058 0.035 0.118 0.018 0.026 0.008 0.088 0.848 0.008 0.006 0.008 0.547 0.353 0.282 0.254 1.101 1.207 nan 2.269 0.122 0.154 2.985 3.280 0.156 0.221 nan 0.890 0.188 0.296 0.633 0.594 1.057 nan 0.195 0.219 11398 chr8 145732236 145736170 + 0 NA promoter-TSS (NR_130120) promoter-TSS (NR_130120) -216 NR_130120 113655 Hs.7678 NM_138431 ENSG00000167700 MFSD3 - major facilitator superfamily domain containing 3 protein-coding 6.853 3.254 nan 10.083 8.988 6.509 4.797 4.179 7.800 2.936 6.276 1.967 2.724 6.010 7.532 3.469 1.351 0.168 7.602 2.732 6.079 4.122 1.552 0.903 9.300 2.357 3.339 3.204 8.332 3.008 10.268 13.765 5.355 8.637 5.095 4.651 1.441 1.996 0.053 2.069 3.324 7.680 3.388 1.940 3.874 2.336 10.077 3.247 6.697 9.347 4.916 5.577 3.469 7.130 3.676 9.300 3.856 6.382 1.659 4.651 4.836 2.617 3.936 2.193 2.305 2.166 1.400 6.700 7.529 4.313 6.701 nan 10.615 nan 2.642 11.870 12.866 2.463 3.205 6.488 8.552 5.512 7.218 9.959 12.558 6.725 5.436 6.072 6.502 4.433 2.040 8336 chr4 40664582 40680462 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -40639 NM_001098634 54502 Hs.518727 NM_019027 ENSG00000163694 RBM47 NET18 RNA binding motif protein 47 protein-coding 1.130 nan nan 1.646 0.396 0.457 4.070 0.567 1.196 0.801 1.130 1.559 0.084 0.129 0.364 0.351 0.122 0.081 2.282 1.240 0.213 0.009 0.443 0.517 0.365 2.147 1.838 0.096 1.933 1.538 1.441 3.554 2.652 0.723 1.368 3.759 0.244 0.034 0.056 0.884 0.115 0.397 0.273 0.206 1.727 1.716 4.462 2.792 2.704 0.186 0.615 2.359 0.351 3.467 2.076 0.365 2.627 4.233 0.042 0.318 0.029 0.860 0.031 1.770 0.479 0.054 0.042 0.416 0.303 0.632 1.444 0.649 0.601 1.980 0.409 0.224 0.286 0.125 0.294 1.427 1.385 0.985 0.411 0.244 0.420 1.023 1.035 0.783 3.001 1.682 1.082 4241 chr16 12591170 12605572 + 0 NA intron (NM_032167, intron 19 of 20) L1MB8|LINE|L1 -215807 NR_039869 100616195 NR_039869 ENSG00000264733 MIR4718 - microRNA 4718 ncRNA 1.022 0.578 nan 0.093 0.497 0.748 0.192 0.555 1.259 0.026 0.092 0.057 0.065 0.472 0.613 0.712 0.073 0.112 0.163 0.013 0.030 0.029 0.411 0.258 2.450 0.101 0.045 0.036 0.094 0.106 0.316 0.059 1.525 0.045 0.090 0.072 0.017 0.056 0.016 0.396 0.127 0.033 0.011 0.068 0.053 0.106 0.146 0.202 0.054 0.088 0.082 0.712 0.075 0.057 2.450 0.043 0.046 0.147 0.024 0.412 0.087 0.199 0.104 0.010 0.024 0.022 0.558 0.603 0.122 0.097 1.187 1.231 3.935 1.339 0.467 0.539 0.840 1.172 2.664 2.843 nan 0.320 0.320 0.399 0.422 0.394 0.242 0.557 2.944 1.734 1558 chr10 80825796 80845609 + 0 NA intron (NM_020338, intron 1 of 24) intron (NM_020338, intron 1 of 24) 6910 NM_020338 57178 Hs.193118 NM_020338 ENSG00000108175 ZMIZ1 MIZ|RAI17|TRAFIP10|ZIMP10 zinc finger MIZ-type containing 1 protein-coding 1.612 1.998 3.437 3.915 0.912 1.439 2.254 0.664 1.360 1.397 3.910 2.879 0.081 0.673 0.866 0.683 1.236 0.171 1.819 0.633 0.339 0.751 0.394 0.293 2.171 1.337 1.167 0.350 1.399 0.341 1.315 2.533 0.906 3.516 0.595 0.918 0.173 0.672 0.077 0.769 1.011 2.469 0.621 0.472 1.361 0.535 2.420 2.452 3.460 1.433 1.083 2.345 0.683 1.256 1.187 2.171 0.984 0.921 0.396 1.155 0.546 2.145 0.998 0.423 0.923 0.295 0.214 2.746 4.250 3.906 4.519 2.340 1.957 1.981 0.675 4.663 4.428 1.039 1.471 2.362 3.064 0.630 0.687 1.162 2.521 0.538 0.507 0.925 1.804 1.270 0.696 10800 chr8 8454954 8495015 + 0 NA Intergenic Intergenic -84682 NM_194284 137075 Hs.183617 NM_194284 ENSG00000253958 CLDN23 CLDNL|hCG1646163 claudin 23 protein-coding 0.746 0.905 0.834 0.366 0.033 0.017 1.008 0.093 0.178 0.237 0.570 0.725 0.167 0.040 0.100 0.374 0.637 0.104 0.332 0.246 0.200 0.010 0.098 0.140 0.075 0.281 0.107 0.705 0.794 1.024 0.229 1.042 0.466 0.155 0.435 0.077 0.057 0.154 0.127 0.339 0.036 1.233 0.074 0.064 0.945 0.470 0.647 0.689 0.732 0.047 0.209 0.589 0.374 0.162 0.023 0.075 0.416 0.310 0.047 0.045 0.071 0.749 0.035 0.132 0.648 0.114 0.084 0.692 0.756 2.315 9.218 0.675 0.705 1.581 0.496 0.351 0.386 0.524 0.784 0.227 0.217 nan 0.248 0.121 0.205 0.393 0.406 0.245 0.528 0.241 0.363 3370 chr13 114143243 114149581 + 0 NA intron (NM_001349745, intron 1 of 10) AluJr|SINE|Alu 1359 NR_146221 55002 Hs.317593 NM_017905 ENSG00000150403 TMCO3 C13orf11 transmembrane and coiled-coil domains 3 protein-coding 3.298 3.931 2.602 1.104 4.853 2.512 3.076 1.743 3.337 0.772 4.212 1.364 0.772 0.349 3.682 5.393 1.657 0.307 7.760 2.599 0.973 0.877 1.261 0.673 3.717 2.223 2.320 1.418 1.612 1.199 3.550 5.440 1.694 6.917 2.090 2.488 1.580 1.751 0.079 1.340 2.401 3.532 2.872 1.443 1.498 0.903 3.288 1.736 2.517 2.537 2.030 2.812 5.393 7.999 3.743 3.717 1.025 3.449 0.756 3.382 2.612 3.031 2.325 0.814 3.057 1.581 0.869 5.641 6.413 4.297 6.931 5.217 4.871 8.917 2.839 1.884 2.089 0.720 1.219 2.946 5.502 2.949 3.308 2.670 5.973 5.643 11.197 2.970 3.668 0.791 0.315 5422 chr18 70926939 70957586 + 0 NA Intergenic Intergenic -10529 NR_034133 400655 Hs.579378 NR_034133 ENSG00000263711 LOC400655 - uncharacterized LOC400655 ncRNA nan nan 0.844 0.117 0.189 0.013 0.299 0.962 1.963 0.016 0.073 0.184 0.174 0.141 0.049 0.479 0.058 0.048 0.103 0.057 0.288 0.091 0.205 0.141 0.273 0.124 0.088 0.120 0.051 0.147 0.400 0.716 0.066 0.259 0.239 0.299 0.159 0.046 0.072 0.027 0.109 0.406 0.018 0.013 0.149 0.178 1.018 0.344 1.033 0.235 0.128 0.041 0.479 0.077 0.012 0.273 0.084 0.116 0.009 0.059 2.488 0.045 0.020 0.149 0.005 0.008 0.005 0.567 0.446 0.181 0.293 0.682 nan 4.390 1.212 0.172 0.130 0.205 0.270 2.867 nan 0.344 0.134 0.096 0.155 1.319 2.277 0.179 0.417 0.475 0.377 5239 chr18 30692020 30716141 + 0 NA intron (NM_001308126, intron 19 of 22) intron (NM_001308126, intron 19 of 22) 315965 NM_001308126 374864 Hs.115461 NM_198995 ENSG00000166960 CCDC178 C18orf34 coiled-coil domain containing 178 protein-coding nan 1.151 0.854 0.125 1.154 0.150 0.024 2.190 4.311 0.008 0.052 0.053 0.023 0.206 0.391 0.874 0.044 0.081 0.061 0.023 0.003 0.023 0.756 0.397 3.720 0.009 0.003 0.039 0.013 0.097 0.190 0.044 0.650 0.037 0.054 0.724 0.039 0.083 0.038 0.506 0.019 0.015 0.010 0.167 0.022 0.048 0.087 0.014 0.070 0.141 0.019 0.874 0.018 0.018 3.720 0.076 0.010 0.048 0.031 0.135 0.023 0.020 0.119 0.044 0.004 0.426 0.269 0.282 0.387 2.253 3.129 2.756 1.427 0.157 0.133 0.110 0.181 nan 5.746 0.425 0.144 0.132 0.173 2.392 2.794 0.272 0.753 5.269 2.682 5794 chr19 50429899 50434334 + 0 NA promoter-TSS (NM_001193646) promoter-TSS (NM_001193646) 157 NM_012068 22809 Hs.9754 NM_012068 ENSG00000169136 ATF5 ATFX|HMFN0395 activating transcription factor 5 protein-coding 7.995 3.655 6.328 6.035 6.097 7.270 3.187 9.602 16.424 2.525 6.182 3.805 1.697 2.779 9.261 5.962 2.631 0.685 4.881 1.389 8.942 2.281 3.492 1.478 6.823 1.830 1.943 4.730 4.869 1.258 4.413 6.521 5.198 8.760 2.517 3.508 2.578 8.611 0.285 1.785 5.573 8.186 4.297 1.699 2.245 2.190 5.511 2.947 6.704 5.553 4.371 2.088 5.962 6.076 1.946 6.823 2.147 3.325 2.705 6.481 3.381 2.938 4.186 4.019 2.312 3.788 2.122 8.091 8.367 6.774 8.896 14.457 12.978 10.653 6.283 20.352 21.398 7.057 8.821 9.900 14.460 11.868 12.940 9.251 13.670 10.421 11.638 8.372 8.998 6.124 3.439 5782 chr19 49540451 49547946 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2904 NM_033043 93659 Hs.172944 NM_033043 ENSG00000189052 CGB5 CGB|HCG|hCGB chorionic gonadotropin subunit beta 5 protein-coding 0.843 0.730 0.880 11.102 0.117 0.052 3.528 0.410 0.470 0.419 0.918 2.151 0.041 0.081 0.143 0.116 0.090 0.056 0.732 1.069 0.042 0.105 0.122 0.090 0.009 0.038 0.286 0.262 1.376 0.247 nan 0.173 0.284 2.652 0.086 0.036 0.131 0.109 0.407 0.043 1.474 0.371 0.195 1.003 0.444 0.462 1.091 0.350 0.391 0.053 0.178 0.116 1.068 0.140 0.090 0.245 0.147 0.104 0.247 0.051 0.967 0.052 0.053 0.749 0.269 0.162 0.316 0.195 0.284 0.355 0.401 0.462 0.919 0.365 0.384 0.508 0.135 0.413 0.217 0.265 0.623 0.404 0.339 0.248 0.125 0.232 0.363 0.546 0.667 0.621 4881 chr17 56060511 56086739 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -8000 NM_001330393 7716 Hs.463569 NM_007146 ENSG00000136451 VEZF1 DB1|ZNF161 vascular endothelial zinc finger 1 protein-coding 3.611 3.408 3.941 1.891 3.689 1.438 2.582 2.558 4.851 0.845 3.257 1.648 1.838 1.037 2.756 2.235 2.303 0.235 2.939 1.140 1.579 1.233 2.480 1.156 3.835 1.675 2.129 1.203 2.376 1.040 5.359 8.174 2.336 7.037 1.155 2.053 1.578 2.134 0.142 2.087 2.273 3.964 1.768 0.743 1.839 1.425 1.647 3.136 3.005 3.891 1.506 1.356 2.235 2.794 1.780 3.835 1.092 1.128 1.123 2.787 1.770 2.282 1.731 2.587 1.469 2.516 2.067 4.254 4.443 3.093 4.303 6.128 5.953 4.599 2.293 nan 7.686 3.072 3.755 nan nan 6.402 5.864 2.448 4.717 4.696 5.698 5.057 6.301 2.335 1.149 11983 chrX 128263142 128281309 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 385257 NM_001282874 6594 Hs.152292 NM_003069 ENSG00000102038 SMARCA1 ISWI|NURF140|SNF2L|SNF2L1|SNF2LB|SNF2LT|SWI|SWI2|hSNF2L SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 1 protein-coding 1.040 nan 1.240 0.080 0.179 0.003 0.031 1.728 3.344 0.011 0.047 0.020 0.176 0.040 0.211 0.035 0.026 0.093 0.011 0.018 0.015 0.707 0.487 0.217 0.008 0.017 0.027 0.029 0.013 0.046 0.059 0.174 0.040 2.341 0.728 0.018 0.037 0.013 0.562 0.076 0.020 0.017 0.024 0.038 0.069 0.093 0.367 0.016 0.381 0.215 0.211 0.024 0.010 0.217 0.020 0.045 0.054 0.003 0.156 0.018 0.005 1.056 0.006 0.003 0.184 0.133 0.273 0.312 0.129 0.210 0.765 0.259 0.109 0.122 0.191 0.338 0.299 0.514 0.560 0.344 0.065 0.103 1.819 1.667 0.653 1.633 1.146 0.637 10387 chr7 61779355 61803048 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 973233 NR_003952 643955 Hs.583308 NR_003952 ENSG00000185037 ZNF733P ZNF733 zinc finger protein 733, pseudogene pseudo nan nan nan 0.322 0.602 0.136 0.156 0.704 1.367 0.101 0.542 0.311 0.077 0.548 0.386 0.647 0.728 5.631 0.370 0.072 0.072 0.409 0.529 1.640 0.334 0.035 0.247 0.065 0.531 0.049 0.397 0.140 0.968 2.063 0.141 0.545 0.290 0.297 1.801 0.040 0.191 0.607 0.239 0.148 0.088 0.700 0.450 1.107 0.210 0.180 0.100 0.242 0.647 0.268 0.176 0.334 0.196 0.267 0.119 0.079 0.231 0.303 0.372 0.349 0.176 0.175 0.107 1.648 0.637 0.392 0.445 1.133 1.833 0.571 0.417 0.861 0.701 1.291 1.840 1.160 1.346 2.274 0.575 0.569 1.275 0.425 0.826 0.875 1.497 0.485 0.728 10452 chr7 80094735 80120060 + 0 NA intron (NM_001102386, intron 4 of 7) AluJb|SINE|Alu 33928 NM_001102386 346562 Hs.335049 NM_001102386 ENSG00000214415 GNAT3 GDCA G protein subunit alpha transducin 3 protein-coding 0.916 0.651 0.835 0.198 0.129 0.086 0.394 0.133 0.392 0.472 0.239 3.123 0.015 0.056 0.080 0.137 0.490 0.159 0.118 0.015 0.107 0.028 0.155 0.176 0.071 0.093 0.031 1.326 0.367 0.406 0.094 0.210 0.372 0.214 0.393 5.909 0.019 0.131 0.191 0.023 0.097 0.080 0.062 0.059 0.052 0.048 0.372 0.221 0.231 0.080 0.115 0.683 0.137 0.053 0.037 0.071 2.253 0.232 0.050 0.127 0.093 0.224 0.055 0.039 0.126 0.029 0.014 0.559 0.295 3.012 5.686 0.281 0.373 0.777 0.231 1.392 1.505 0.777 0.878 0.224 0.202 0.398 0.174 0.164 0.277 0.176 0.344 0.233 nan 0.701 0.647 8117 chr3 185530759 185544838 + 0 NA intron (NM_001007225, intron 2 of 14) intron (NM_001007225, intron 2 of 14) 1121 NM_001291874 10644 Hs.35354 NM_006548 ENSG00000073792 IGF2BP2 IMP-2|IMP2|VICKZ2 insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 2 protein-coding 1.559 1.672 1.203 6.675 0.554 0.095 1.916 0.170 0.449 1.155 2.091 1.268 1.814 0.934 0.150 0.668 0.166 0.112 2.258 0.389 0.737 1.153 0.200 0.139 0.137 0.232 0.097 1.653 4.222 1.245 2.530 3.501 1.854 1.498 0.780 0.096 0.034 2.283 0.140 0.680 0.447 6.309 5.409 2.614 1.582 1.543 3.761 2.863 1.891 3.313 1.121 1.747 0.668 3.636 3.264 0.137 0.679 0.576 0.021 1.131 0.021 1.963 0.535 2.378 1.969 1.309 0.951 2.484 3.124 3.130 3.916 0.807 0.776 0.721 0.261 2.611 2.714 0.968 1.729 1.145 1.868 2.709 2.400 0.987 2.593 0.083 0.132 5.368 4.210 0.146 0.264 6809 chr20 4938795 4960416 + 0 NA intron (NM_005116, intron 2 of 16) AluSg|SINE|Alu 32540 NM_005116 9962 Hs.516866 NM_005116 ENSG00000089057 SLC23A2 NBTL1|SLC23A1|SVCT2|YSPL2 solute carrier family 23 member 2 protein-coding 0.913 1.504 0.789 0.117 0.138 0.189 0.191 0.111 0.223 0.036 0.769 0.501 0.027 0.070 0.296 0.196 0.287 0.157 0.118 0.026 0.035 0.065 0.128 0.138 0.172 0.644 0.427 0.072 0.114 0.102 0.104 0.453 0.290 0.516 0.135 1.676 0.026 0.055 0.090 0.191 0.055 0.119 0.081 0.094 0.035 0.163 0.178 0.421 4.058 0.126 0.785 0.609 0.196 0.132 0.605 0.172 0.153 0.061 0.037 0.043 0.098 1.002 0.079 0.543 0.053 1.012 1.405 0.588 0.633 0.661 1.276 0.426 0.553 0.843 0.280 0.338 0.439 0.901 1.212 0.878 0.943 0.680 0.476 0.278 0.474 0.160 0.171 0.849 2.084 0.510 0.471 4468 chr16 81649846 81708108 + 0 NA intron (NM_198390, intron 3 of 20) intron (NM_198390, intron 3 of 20) -19982 NR_045112 100129617 Hs.657151 NR_045112 LOC100129617 - uncharacterized LOC100129617 ncRNA nan 0.886 1.876 0.113 3.313 0.192 0.442 0.565 1.197 0.208 0.265 0.248 0.014 0.673 0.271 3.122 0.141 0.066 0.782 0.322 0.967 0.055 1.066 0.511 3.242 0.488 0.259 0.151 0.381 0.132 0.153 0.572 0.189 3.868 0.458 0.095 0.259 0.083 0.053 0.114 0.265 0.280 0.168 0.110 0.257 0.096 0.305 0.133 0.720 0.187 0.048 0.699 3.122 0.863 0.213 3.242 0.953 0.189 0.459 0.155 0.928 0.182 0.283 0.112 0.092 0.654 0.441 0.562 0.755 0.257 0.454 3.898 4.637 2.165 0.719 0.851 0.825 1.125 1.439 2.414 2.774 1.226 0.993 0.424 0.638 0.797 0.703 0.282 0.494 2.793 1.324 159 chr1 23303208 23339204 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu 21137 NM_001242521 729059 Hs.236896 NM_001242521 ENSG00000227868 TEX46 C1orf234|TEX# testis expressed 46 protein-coding 0.910 0.756 nan 0.160 0.203 0.067 0.285 0.165 0.322 0.024 0.088 0.188 0.038 0.030 0.082 0.187 0.085 0.180 0.256 0.167 0.026 0.038 0.083 0.140 0.080 0.063 0.038 0.061 0.072 0.103 0.114 0.388 0.085 0.357 0.165 0.073 0.037 0.086 0.102 0.021 0.054 0.233 0.099 0.063 0.030 0.156 3.338 0.210 0.145 0.113 0.028 0.078 0.187 0.353 0.104 0.080 0.064 0.097 0.035 0.123 0.051 0.142 0.036 0.111 0.078 0.027 0.014 0.260 0.183 0.164 0.261 0.525 0.633 0.489 0.168 0.317 0.323 0.347 0.697 0.352 0.404 0.489 0.266 0.165 0.196 0.071 0.110 0.342 0.746 0.414 0.436 747 chr1 154186015 154197368 + 0 NA promoter-TSS (NM_001127320) promoter-TSS (NM_001127320) -957 NM_001127320 9898 Hs.490551 NM_014847 ENSG00000143569 UBAP2L NICE-4|NICE4 ubiquitin associated protein 2 like protein-coding nan nan 3.353 2.041 2.326 1.710 2.098 1.823 2.907 1.007 2.209 2.045 0.934 2.493 3.152 3.613 2.367 0.200 2.824 1.019 3.205 2.382 2.184 1.027 2.498 2.044 2.586 1.788 2.079 1.097 2.803 3.891 2.260 8.427 1.323 3.864 0.679 2.602 0.140 2.140 1.615 3.239 2.945 1.303 2.401 1.045 1.700 2.299 2.492 2.228 6.265 5.555 3.613 3.732 2.605 2.498 2.365 2.834 0.826 5.633 2.840 2.874 2.620 1.350 1.241 2.006 1.251 4.473 3.395 4.757 6.444 5.754 nan 3.626 2.186 8.080 8.991 3.624 4.653 4.017 6.536 4.451 3.795 6.932 9.482 3.023 3.670 4.300 5.069 2.125 1.219 10677 chr7 134040802 134052099 + 0 NA Intergenic MER1A|DNA|hAT-Charlie -44623 NM_032826 84912 Hs.490181 NM_032826 ENSG00000205060 SLC35B4 YEA|YEA4 solute carrier family 35 member B4 protein-coding nan nan nan 0.166 0.163 0.109 2.391 0.128 0.185 0.034 1.540 0.527 0.017 0.036 0.082 0.113 0.131 0.157 1.056 1.278 0.060 0.012 0.109 0.087 0.106 1.472 1.431 0.033 1.435 1.155 1.361 3.457 1.982 0.334 0.568 0.166 0.043 0.069 0.146 0.575 0.099 0.155 0.240 0.173 1.872 0.835 2.335 0.318 2.982 0.076 0.660 3.955 0.113 0.575 0.065 0.106 1.428 3.963 0.102 0.154 0.113 0.447 0.052 0.885 0.626 0.010 0.022 0.506 0.293 0.273 0.350 0.334 0.386 nan 0.154 0.253 0.237 0.285 nan 0.202 0.208 nan 0.460 0.247 0.274 0.060 0.143 0.550 2.199 1.212 nan 1633 chr10 105299974 105355270 + 0 NA intron (NM_004210, intron 1 of 5) MIRb|SINE|MIR -50423 NR_120675 102724341 Hs.599425 NR_120675 ENSG00000235470 NEURL1-AS1 - NEURL1 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.949 0.044 0.570 0.414 0.104 0.364 0.862 0.022 0.266 0.107 0.056 1.452 1.766 0.130 0.099 0.079 0.267 0.082 0.032 0.155 0.264 0.189 1.564 0.074 0.026 0.111 0.097 0.029 0.106 0.350 0.062 0.828 0.028 0.076 0.073 0.194 0.063 0.034 0.564 0.290 0.062 0.040 0.029 0.062 0.157 0.088 0.249 0.247 0.090 0.148 0.130 0.261 0.112 1.564 0.066 0.049 0.110 0.101 1.456 0.165 0.245 0.235 0.029 0.030 0.015 0.794 1.037 0.494 0.443 1.415 1.631 2.167 0.647 0.450 0.483 0.233 nan 8.146 6.117 0.340 0.320 0.440 0.635 0.324 0.312 0.447 nan 1.406 0.720 10367 chr7 55080696 55103844 + 0 NA intron (NM_001346941, intron 1 of 21) intron (NM_001346941, intron 1 of 21) 5545 NM_201284 1956 Hs.488293 NM_005228 ENSG00000146648 EGFR ERBB|ERBB1|HER1|NISBD2|PIG61|mENA epidermal growth factor receptor protein-coding nan 1.161 1.756 2.163 0.145 0.539 1.771 0.362 0.761 1.924 1.127 0.962 1.526 0.626 0.077 0.299 0.996 0.181 0.765 0.236 0.925 0.036 0.122 0.139 0.315 1.512 1.312 0.477 3.420 0.701 1.338 2.055 14.544 1.464 0.442 0.242 0.016 2.989 0.168 0.597 0.051 3.585 1.307 0.607 0.790 3.593 5.232 0.553 1.147 0.812 1.355 0.898 0.299 0.661 2.809 0.315 0.544 1.944 0.071 1.536 0.386 1.245 0.034 0.043 2.092 0.246 0.144 0.327 0.169 2.093 2.020 0.735 0.675 0.150 0.062 0.060 0.038 0.138 0.251 1.034 0.999 0.379 0.235 0.080 0.165 0.075 0.089 0.096 0.183 0.439 0.462 4540 chr17 1616383 1629137 + 0 NA intron (NM_001163673, intron 1 of 9) AluY|SINE|Alu 2943 NM_001163673 124997 Hs.234572 NM_152348 ENSG00000167716 WDR81 CAMRQ2|PPP1R166|SORF-2 WD repeat domain 81 protein-coding 2.839 1.677 1.872 2.060 1.711 1.255 3.044 1.139 2.609 1.745 3.729 6.312 4.174 1.572 1.877 1.720 1.944 0.351 2.669 1.200 5.588 1.718 0.478 0.298 2.450 1.764 2.521 1.870 2.378 1.181 2.939 4.028 3.637 4.212 1.230 6.612 0.345 2.840 0.118 1.693 0.467 6.701 3.978 1.467 2.126 2.518 2.372 8.240 5.953 4.576 2.509 1.623 1.720 4.216 6.331 2.450 2.560 2.589 1.794 7.039 4.039 4.270 0.426 2.807 4.366 4.469 2.984 3.232 2.556 4.291 6.264 2.744 2.074 5.405 2.565 8.395 9.133 1.557 2.090 4.803 7.476 2.655 2.102 0.918 0.971 1.402 2.247 5.684 5.589 1.380 0.621 1942 chr11 48068572 48089751 + 0 NA intron (NM_001098503, intron 1 of 8) intron (NM_001098503, intron 1 of 8) -39173 NR_036119 100423000 NR_036119 ENSG00000263693 MIR3161 - microRNA 3161 ncRNA nan 1.325 1.014 1.939 0.063 0.343 4.936 0.174 0.477 1.412 0.866 0.699 4.390 0.048 0.278 0.556 0.332 0.169 2.301 0.639 1.606 0.045 0.155 0.135 0.158 1.728 1.260 0.678 0.387 1.945 1.689 6.186 3.546 0.994 0.904 0.492 0.040 0.231 0.132 0.747 0.142 0.623 1.434 0.717 1.061 0.790 4.098 2.418 1.133 0.424 0.149 1.323 0.556 2.445 2.149 0.158 0.600 1.559 0.106 0.149 0.053 0.517 0.294 0.204 2.215 5.006 4.920 0.890 0.925 1.228 4.694 0.561 0.612 0.467 0.221 0.603 0.565 0.571 0.973 0.604 0.719 0.440 0.195 0.755 1.192 0.124 0.152 0.411 nan 0.738 0.599 1427 chr10 33480305 33490835 + 0 NA TTS (NM_001024629) TTS (NM_001024629) 138263 NM_001330068 8829 Hs.131704 NM_003873 ENSG00000099250 NRP1 BDCA4|CD304|NP1|NRP|VEGF165R neuropilin 1 protein-coding 0.546 0.705 0.673 0.364 0.075 0.032 0.548 0.147 0.278 0.185 1.356 0.980 0.006 0.256 0.148 0.171 1.365 0.198 0.440 0.144 7.801 0.026 0.123 0.086 0.148 2.033 1.595 0.156 0.315 0.260 0.457 1.094 0.705 0.228 0.348 0.588 0.035 0.052 0.105 1.355 0.127 0.176 0.046 0.031 0.570 1.275 0.191 0.645 2.417 0.109 2.256 1.772 0.171 0.183 1.613 0.148 0.515 0.375 0.048 0.168 0.213 0.545 0.085 0.072 0.715 0.098 0.058 0.373 0.344 0.581 nan 0.475 0.438 0.583 0.219 0.437 0.454 0.128 0.232 0.401 0.407 0.173 0.102 0.152 0.220 0.087 0.187 0.094 0.183 0.482 0.349 9701 chr6 51082588 51087552 + 0 NA Intergenic Intergenic 298631 NM_003221 7021 Hs.33102 NM_003221 ENSG00000008196 TFAP2B AP-2B|AP2-B|PDA2 transcription factor AP-2 beta protein-coding 0.848 0.849 nan 0.057 0.175 0.044 0.159 0.227 0.387 0.032 0.037 0.085 0.035 0.077 0.091 0.096 0.085 0.006 0.062 0.113 0.749 0.043 0.054 0.065 0.254 0.128 0.497 0.177 0.073 0.076 0.033 0.090 0.109 0.092 0.029 0.063 0.019 0.242 0.016 0.100 0.095 0.027 0.077 0.086 0.749 0.144 0.259 0.038 0.035 0.020 0.193 0.371 0.150 0.062 0.012 2.180 1.970 9.790 8.384 0.320 0.426 0.127 0.108 2.363 2.414 0.138 0.323 0.216 0.257 0.109 0.048 0.367 0.913 0.344 0.445 0.348 0.405 0.183 0.292 4217 chr16 7882989 7900253 + 0 NA Intergenic MER5A1|DNA|hAT-Charlie 508870 NM_145893 54715 Hs.459842 NM_018723 ENSG00000078328 RBFOX1 2BP1|A2BP1|FOX-1|FOX1|HRNBP1 RNA binding fox-1 homolog 1 protein-coding 0.636 nan 0.647 0.067 0.069 0.016 0.025 0.111 0.225 0.063 0.038 0.046 0.145 0.052 0.107 0.094 0.025 0.011 0.008 0.498 0.360 0.170 0.004 0.014 0.008 0.075 0.004 0.040 0.072 0.049 0.242 0.053 0.028 0.006 0.099 0.020 0.344 0.028 0.014 0.009 0.013 0.023 0.028 0.087 0.033 0.046 0.018 0.034 0.052 0.033 0.010 0.170 0.038 0.007 0.041 0.024 0.069 0.172 0.013 0.007 0.009 0.584 0.480 0.050 0.054 0.133 0.127 nan 0.240 0.131 0.115 0.137 nan 0.153 0.378 0.572 0.207 0.160 0.245 0.332 0.099 0.390 1.030 2.632 1.041 1484 chr10 62064104 62076923 + 0 NA intron (NM_001204403, intron 2 of 43) intron (NM_001204403, intron 2 of 43) 79229 NM_020987 288 Hs.499725 NM_001149 ENSG00000151150 ANK3 ANKYRIN-G|MRT37 ankyrin 3 protein-coding 0.676 nan 0.618 0.476 0.123 0.004 1.843 0.087 0.384 0.022 0.170 1.566 0.116 0.062 0.189 0.351 0.098 1.728 1.195 0.020 0.033 0.146 0.102 0.037 2.259 1.458 0.023 0.820 0.330 0.409 1.400 0.283 0.212 0.786 0.185 0.037 0.025 0.076 0.941 0.063 0.303 0.226 0.333 2.114 0.394 0.293 0.249 0.070 0.458 0.061 1.089 0.189 0.249 4.432 0.037 0.494 0.181 0.053 0.104 0.071 1.517 0.023 0.106 0.197 0.013 0.024 0.285 0.168 0.548 0.569 0.191 0.187 0.559 0.158 0.594 0.517 0.927 1.133 0.323 0.496 0.332 0.148 0.094 0.166 0.094 0.144 0.251 nan 0.295 0.362 1017 chr1 201970900 202102915 + 0 NA Intergenic ERV3-16A3_I-int|LTR|ERVL -55062 NM_004767 9283 Hs.132049 NM_004767 ENSG00000170075 GPR37L1 ET(B)R-LP-2|ETBR-LP-2|ETBRLP2 G protein-coupled receptor 37 like 1 protein-coding 1.668 3.626 1.855 1.781 2.220 2.107 1.547 1.853 3.584 1.005 0.316 1.255 0.852 0.570 4.140 0.865 0.191 0.185 1.140 0.431 0.472 0.051 1.974 0.924 2.572 1.049 0.661 0.088 1.663 1.460 2.189 7.713 2.285 5.402 0.829 0.528 1.037 0.077 0.109 0.116 0.687 0.291 0.138 0.095 2.264 1.351 2.201 0.258 3.205 0.068 0.901 2.737 0.865 2.619 1.038 2.572 1.206 3.313 0.337 0.134 0.622 0.497 1.598 0.149 0.139 0.045 0.024 1.849 2.812 1.542 3.798 2.274 2.449 3.378 0.848 nan nan 0.446 0.784 4.300 5.305 0.735 0.590 0.953 1.712 2.881 2.672 0.489 1.044 1.678 0.901 2042 chr11 67346564 67361748 + 0 NA TTS (NM_000852) TTS (NM_000852) 3090 NM_000852 2950 Hs.523836 NM_000852 ENSG00000084207 GSTP1 DFN7|FAEES3|GST3|GSTP|HEL-S-22|PI glutathione S-transferase pi 1 protein-coding nan 2.574 0.893 1.188 3.035 1.958 1.279 0.581 1.012 0.076 0.891 2.294 1.651 0.204 0.656 0.195 0.275 0.138 0.583 0.261 0.697 0.392 0.062 0.143 2.328 0.509 0.419 0.072 0.737 0.712 2.794 5.819 1.346 4.776 0.838 0.903 0.182 1.057 0.128 0.311 0.381 0.965 0.999 0.468 1.038 0.951 1.378 0.578 2.033 0.793 1.541 1.781 0.195 0.954 1.372 2.328 1.377 0.839 0.051 3.823 0.742 0.760 2.375 0.686 0.040 0.279 0.180 2.335 2.476 2.047 3.759 3.201 2.830 1.292 0.336 4.064 4.177 0.873 1.376 7.121 8.042 0.484 0.294 2.342 3.270 1.232 1.359 1.570 2.040 0.406 0.423 1057 chr1 205299734 205336998 + 0 NA intron (NM_001271865, intron 2 of 7) intron (NM_001271865, intron 2 of 7) 7762 NM_018203 55220 Hs.10414 NM_018203 ENSG00000162873 KLHDC8A - kelch domain containing 8A protein-coding 2.217 1.939 2.130 0.109 0.251 0.328 0.413 0.672 1.218 0.018 0.133 0.323 0.027 0.019 0.761 1.671 0.168 0.060 0.178 0.267 0.049 0.023 0.566 0.457 0.572 0.606 0.177 0.089 0.150 0.040 0.152 0.803 0.136 1.018 0.163 0.213 0.632 0.155 0.098 0.034 1.032 0.089 0.048 0.023 0.252 0.131 0.111 0.168 0.374 0.046 0.106 0.242 1.671 0.344 0.143 0.572 0.069 0.091 0.319 0.203 0.945 0.058 0.069 1.357 0.026 0.107 0.080 1.016 1.292 0.387 0.790 1.815 1.852 1.498 0.540 nan nan 1.691 2.288 0.763 1.086 1.827 1.425 0.253 0.350 1.691 1.800 2.092 6.062 1.981 1.040 5375 chr18 56448160 56485544 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -14260 NR_146904 105372147 Hs.210837 NR_146904 ENSG00000267593 LINC01926 - long intergenic non-protein coding RNA 1926 ncRNA nan 1.317 0.922 1.077 0.418 0.316 2.532 0.235 0.475 0.296 0.313 1.666 0.241 0.080 0.229 2.440 0.139 0.167 0.445 0.406 1.806 0.022 0.184 0.138 3.168 1.440 1.298 0.158 0.207 0.254 0.295 0.748 0.068 0.858 0.873 0.167 0.353 0.208 0.095 0.057 0.591 0.301 0.130 0.058 0.970 0.691 0.793 0.732 2.998 0.142 1.063 1.196 2.440 0.252 0.716 3.168 0.138 0.207 0.147 0.340 0.115 0.830 0.092 0.228 1.395 0.154 0.087 0.711 0.658 1.743 2.117 1.609 1.720 3.501 1.235 0.691 0.703 0.429 0.642 0.555 0.638 0.670 0.450 0.296 0.363 1.160 1.475 0.430 1.007 nan 1.430 3748 chr14 89290112 89310006 + 0 NA exon (NM_144596, exon 3 of 16) exon (NM_144596, exon 3 of 16) 9562 NM_144596 123016 Hs.303055 NM_144596 ENSG00000165533 TTC8 BBS8|RP51 tetratricopeptide repeat domain 8 protein-coding 2.375 1.155 nan 0.543 1.035 0.856 0.410 0.314 0.628 0.149 0.752 0.636 0.265 0.145 0.702 0.921 0.611 0.139 0.186 0.085 0.614 0.732 0.292 0.181 0.704 0.543 0.478 0.140 0.385 0.287 0.539 0.676 0.621 1.608 0.396 0.670 0.464 0.515 0.156 0.275 0.331 0.430 0.382 0.205 0.226 0.286 0.450 0.451 0.581 0.752 0.277 0.818 0.921 0.117 0.529 0.704 0.313 0.337 0.113 0.291 0.691 0.980 0.194 1.306 1.150 0.194 0.154 1.650 1.805 0.996 1.408 1.447 1.547 2.524 1.001 1.599 1.804 1.260 1.554 1.638 2.230 6.860 5.447 0.638 0.856 1.731 1.539 2.993 5.275 nan 1.104 6785 chr20 630325 649838 + 0 NA Intergenic LTR67B|LTR|ERVL -6067 NM_080725 140809 Hs.516830 NM_080725 ENSG00000271303 SRXN1 C20orf139|Npn3|SRX|SRX1 sulfiredoxin 1 protein-coding 0.992 1.708 0.812 0.464 0.239 0.099 0.379 0.153 0.338 0.231 1.527 1.169 0.207 0.155 0.183 0.367 0.313 0.098 0.514 0.233 1.149 0.839 0.346 0.229 0.104 1.545 1.672 0.746 0.206 0.179 0.660 1.374 0.423 0.625 0.150 4.456 0.029 0.584 0.069 0.223 0.097 1.123 1.215 0.427 0.420 0.264 1.066 0.994 5.174 1.086 0.397 1.291 0.367 0.654 0.777 0.104 1.049 1.476 0.328 1.129 0.541 0.633 0.264 0.216 0.215 0.611 0.370 1.695 2.020 0.731 1.152 0.322 0.370 1.059 0.262 1.776 1.627 0.815 1.134 0.832 0.950 1.394 1.240 0.746 1.261 0.137 0.224 0.962 1.250 0.133 0.222 9816 chr6 101798324 101806638 + 0 NA Intergenic Intergenic -44380 NM_175768 2898 Hs.98262 NM_021956 ENSG00000164418 GRIK2 EAA4|GLR6|GLUK6|GLUR6|GluK2|MRT6 glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 protein-coding 0.841 nan nan 0.052 0.202 0.041 0.085 0.154 0.247 0.074 0.144 0.024 0.108 0.122 0.182 0.098 0.169 0.023 0.095 0.055 0.057 0.008 0.009 0.009 0.033 0.012 0.155 0.212 0.178 0.218 0.036 0.044 0.057 0.039 0.096 0.014 0.039 0.100 0.007 0.009 0.052 0.027 0.081 0.024 0.029 0.069 0.009 0.011 0.122 0.078 0.078 0.057 0.059 0.040 0.011 0.021 0.024 0.047 0.120 0.089 0.054 0.042 0.025 0.694 0.400 7.765 3.294 0.394 nan 0.132 0.113 0.256 0.173 0.357 0.560 0.258 0.311 nan 0.176 0.248 0.300 0.129 0.115 0.315 0.410 0.332 0.362 9500 chr6 22111454 22119902 + 0 NA intron (NR_015410, intron 9 of 11) intron (NR_015410, intron 9 of 11) 31744 NR_034143 729177 Hs.730673 NR_034143 ENSG00000260455 NBAT1 CASC14|NBAT-1 neuroblastoma associated transcript 1 ncRNA 1.090 0.842 nan 0.264 0.366 0.072 0.042 0.133 0.306 0.046 0.163 0.098 0.029 0.084 0.086 0.151 0.282 0.133 0.329 0.180 6.496 0.205 0.069 0.368 0.311 0.086 0.009 0.103 0.225 0.770 1.884 0.260 nan 0.603 1.685 0.101 0.410 0.084 0.028 0.037 0.112 0.007 0.065 0.103 0.045 0.171 0.107 0.578 0.059 0.683 2.026 0.151 0.153 0.368 0.624 0.413 0.126 0.103 1.210 0.095 0.128 0.131 0.069 0.027 0.006 0.595 0.388 0.278 nan 0.469 0.473 nan 0.171 0.357 0.421 0.930 1.623 0.695 0.527 0.537 0.255 0.216 0.548 0.411 0.722 0.367 0.584 0.464 0.386 5815 chr19 55830857 55853462 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -5451 NM_001282011 284417 Hs.382625 NM_001085488 ENSG00000180061 TMEM150B DRAM3|TMEM224|TTN2 transmembrane protein 150B protein-coding 1.864 1.320 2.062 1.432 1.313 1.638 0.828 1.318 2.261 0.393 1.238 0.769 0.231 0.590 2.349 1.216 0.301 0.139 0.800 0.251 0.549 0.375 0.825 0.483 1.771 0.300 0.226 0.779 1.161 0.266 0.560 1.711 1.087 2.116 0.407 0.656 0.468 1.007 0.118 0.208 1.108 0.783 0.487 0.293 0.840 0.703 1.429 0.313 1.843 0.675 0.918 0.642 1.216 1.345 0.593 1.771 0.547 1.274 0.671 1.065 0.717 0.719 0.802 0.557 0.236 0.479 0.243 2.630 3.837 1.413 2.170 3.358 2.946 3.362 1.965 1.298 1.297 1.098 1.584 2.157 3.219 2.080 1.945 1.572 1.755 1.573 1.298 1.537 1.985 1.425 0.931 1923 chr11 45790853 45797637 + 0 NA TTS (NR_027134) TTS (NR_027134) 1262 NR_027134 374387 Hs.632142 NM_199137 ENSG00000205106 DKFZp779M0652 - uncharacterized DKFZp779M0652 ncRNA nan 1.294 0.638 0.170 0.233 0.140 0.125 0.213 0.505 0.014 0.138 0.026 0.082 0.149 0.182 0.208 0.088 0.166 0.126 0.027 0.041 0.115 0.168 0.113 0.101 0.086 0.065 0.112 0.030 0.359 0.442 0.146 1.193 0.086 0.064 0.191 0.105 0.018 0.093 0.156 0.134 0.058 0.068 0.033 0.146 0.177 0.204 0.220 0.128 0.233 0.208 0.063 0.188 0.113 0.037 0.074 0.399 0.127 0.165 0.035 0.335 0.111 0.089 0.051 0.052 1.330 1.239 9.483 5.054 1.185 1.263 0.930 0.217 0.286 0.492 0.411 0.667 0.342 0.441 1.067 0.553 0.457 0.882 0.255 0.363 0.214 nan 0.726 0.715 162 chr1 23666150 23672421 + 0 NA intron (NM_001102398, intron 1 of 10) intron (NM_001102398, intron 1 of 10) 1572 NM_001102398 10236 Hs.373763 NM_005826 ENSG00000125944 HNRNPR HNRPR|hnRNP-R heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R protein-coding 7.113 3.796 nan 4.264 8.580 6.524 2.458 2.989 5.857 1.831 4.447 2.664 2.213 2.104 4.134 5.055 2.402 0.205 3.150 1.058 4.059 3.440 3.422 1.480 2.790 2.555 3.532 2.731 4.086 0.923 3.735 6.987 2.874 10.001 1.163 3.938 0.956 5.280 0.190 1.434 3.711 8.162 3.838 1.539 2.056 1.670 2.607 5.280 3.080 4.034 1.575 2.424 5.055 4.572 5.732 2.790 1.778 2.241 1.629 5.311 1.892 2.916 2.490 3.213 3.291 2.176 1.437 6.497 5.691 6.248 8.253 13.423 12.937 4.661 2.936 14.823 14.902 8.862 10.238 8.301 13.661 8.706 9.475 5.746 9.253 3.945 4.430 11.165 8.850 3.463 1.874 433 chr1 65530439 65535049 + 0 NA intron (NM_001321854, intron 1 of 25) CpG-1205 685 NM_001321853 3716 Hs.207538 NM_002227 ENSG00000162434 JAK1 JAK1A|JAK1B|JTK3 Janus kinase 1 protein-coding 8.997 2.767 9.499 1.346 4.910 3.744 1.179 0.822 1.473 0.392 1.933 2.377 0.778 2.134 5.868 5.903 4.173 0.140 2.146 0.452 1.395 4.812 2.302 1.250 4.736 1.613 1.490 1.422 2.173 0.709 2.640 4.590 2.094 9.053 0.772 0.844 0.618 2.830 0.128 0.740 5.914 3.676 2.367 1.240 1.592 2.529 1.984 2.148 3.284 4.763 1.974 2.344 5.903 1.566 3.991 4.736 1.272 4.168 1.723 5.120 3.306 1.119 5.712 2.495 0.589 1.112 0.677 10.699 12.927 8.885 9.996 15.190 13.026 5.669 1.979 13.739 13.634 nan 7.721 9.418 nan 9.270 10.721 6.386 12.459 2.882 2.225 7.149 7.872 3.273 1.871 880 chr1 172598187 172613591 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -22259 NM_001302746 356 Hs.2007 NM_000639 ENSG00000117560 FASLG ALPS1B|APT1LG1|APTL|CD178|CD95-L|CD95L|FASL|TNFSF6|TNLG1A Fas ligand protein-coding nan nan nan 2.212 0.088 0.051 3.103 0.155 0.206 0.025 0.368 1.800 0.016 0.162 0.268 0.280 0.218 0.156 2.237 1.267 0.086 0.018 0.105 0.155 0.039 1.913 1.252 0.038 1.522 2.825 0.479 2.131 0.967 0.275 2.812 0.087 0.006 0.042 0.101 1.001 0.062 1.618 0.400 0.252 2.622 1.764 0.673 3.028 0.425 0.475 0.887 1.078 0.280 1.685 0.108 0.039 0.326 0.086 0.019 0.030 0.245 0.687 0.250 0.096 2.942 3.340 3.081 0.451 0.401 0.645 1.202 nan 0.482 0.261 0.097 0.235 0.239 0.197 0.317 0.349 0.263 0.354 0.165 0.588 0.886 0.144 0.287 0.252 nan 0.593 0.445 9073 chr5 93802061 93808420 + 0 NA intron (NM_001145678, intron 10 of 20) intron (NM_001145678, intron 10 of 20) 149069 NM_173665 285600 Hs.425123 NM_173665 ENSG00000185261 KIAA0825 C5orf36 KIAA0825 protein-coding nan 6.737 0.694 0.078 0.777 0.157 0.056 0.403 0.872 0.085 0.102 0.049 0.078 0.112 0.330 0.633 0.141 0.128 0.059 0.049 0.175 0.149 0.117 0.065 0.021 1.411 0.094 0.016 0.138 0.403 0.255 0.347 0.068 6.976 0.030 0.034 0.173 0.037 0.088 0.116 0.038 0.037 0.068 0.048 0.133 0.047 0.026 0.087 0.137 0.032 0.330 0.067 0.030 0.020 0.026 0.076 0.502 3.725 0.025 0.203 0.192 0.036 0.008 0.274 0.194 0.251 0.381 0.760 0.789 2.499 0.557 0.145 0.159 1.012 1.000 4.018 5.062 2.498 1.968 0.385 0.536 0.481 0.428 0.319 nan 0.927 0.680 6095 chr2 48665945 48682513 + 0 NA intron (NM_001135629, intron 1 of 21) intron (NM_001135629, intron 1 of 21) 6321 NR_024188 129285 Hs.654619 NM_152994 ENSG00000162869 PPP1R21 CCDC128|KLRAQ1 protein phosphatase 1 regulatory subunit 21 protein-coding 2.050 nan 1.789 0.685 1.595 1.178 0.520 1.034 1.691 0.305 0.674 0.284 0.299 0.246 1.207 0.995 0.663 0.127 0.719 0.271 0.367 0.201 1.011 0.625 2.073 0.479 0.324 0.396 0.607 0.192 0.945 nan 0.698 3.136 0.566 0.350 0.086 0.859 0.159 0.341 0.459 0.610 0.353 0.250 0.396 0.213 1.066 0.460 0.993 0.781 0.405 0.408 0.995 0.815 0.573 2.073 0.170 0.449 0.197 1.159 0.360 0.334 0.377 2.603 0.330 0.212 0.148 1.178 1.561 1.035 2.165 nan 3.370 3.946 2.055 3.223 3.429 1.699 2.059 2.077 3.111 2.348 1.823 0.821 1.295 0.884 0.883 4.456 nan nan 1.010 3461 chr14 32684199 32697929 + 0 NA Intergenic Intergenic -18589 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 1.780 0.915 1.069 0.124 0.483 0.069 0.746 0.280 0.489 0.042 0.116 0.531 4.688 0.131 0.135 0.667 0.912 0.188 0.930 0.558 0.032 0.046 0.502 0.198 0.287 0.434 0.148 0.033 1.166 0.737 1.178 3.606 1.288 0.637 0.170 0.074 0.123 0.102 0.115 0.017 1.373 0.101 0.084 0.063 0.415 1.120 0.172 0.173 0.209 0.068 0.448 0.097 0.667 0.949 0.173 0.287 0.053 0.073 0.289 0.088 0.291 0.477 0.069 1.990 0.061 0.034 0.017 0.272 0.175 0.348 1.367 0.740 1.001 1.351 0.279 0.338 0.400 1.013 1.315 0.826 0.670 5.839 4.548 0.224 0.365 0.729 1.009 2.496 5.959 1.423 0.951 5396 chr18 60733873 60745098 + 0 NA Intergenic Intergenic 247128 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.712 1.362 1.863 0.225 1.383 0.222 0.120 0.185 0.266 0.077 0.069 0.056 0.249 0.108 0.104 0.115 0.054 0.187 0.066 0.113 0.012 0.028 0.147 1.446 0.037 0.007 0.059 0.066 0.010 0.250 0.834 0.149 2.445 0.039 0.225 0.051 0.068 0.135 0.010 0.284 0.074 0.032 0.049 0.030 0.041 0.833 0.162 0.102 0.070 0.120 0.308 0.115 0.039 0.021 1.446 0.032 0.073 0.072 0.199 0.034 0.564 0.033 0.027 0.021 0.018 1.126 0.829 6.706 4.109 1.826 1.246 1.994 0.563 26.624 27.451 0.175 nan 3.197 3.325 0.479 0.235 0.908 1.186 0.311 0.497 0.143 0.238 1.815 1.356 1008 chr1 201121976 201142575 + 0 NA intron (NM_001288564, intron 1 of 5) AluJb|SINE|Alu 8435 NM_001288564 252839 Hs.181444 NM_016456 ENSG00000116857 TMEM9 DERM4|TMEM9A transmembrane protein 9 protein-coding 2.064 2.203 2.131 0.426 0.963 0.554 0.275 1.141 1.836 0.208 0.834 0.485 1.514 0.179 0.630 0.870 0.846 0.124 0.621 0.294 0.317 0.248 0.975 0.421 2.324 0.746 0.516 0.507 0.813 0.321 1.412 2.860 1.000 2.686 0.392 1.850 0.126 1.063 0.110 0.132 0.644 1.019 0.413 0.245 0.591 0.231 0.433 0.267 0.897 0.369 2.564 0.773 0.870 0.849 0.315 2.324 0.494 0.547 0.228 0.673 0.501 0.314 0.288 0.724 0.200 0.168 0.055 2.034 2.513 2.303 3.600 2.849 2.580 3.768 0.845 nan nan 0.783 1.138 2.105 2.657 0.947 1.018 0.444 0.867 0.720 0.954 1.851 4.826 0.837 0.654 4530 chr17 812341 859939 + 0 NA intron (NM_022463, intron 1 of 7) AluSx1|SINE|Alu 23268 NR_135633 101927727 Hs.666198 NR_135633 ENSG00000262003 LOC101927727 - uncharacterized LOC101927727 ncRNA 1.098 0.747 0.947 0.052 0.405 1.084 0.814 0.303 0.644 0.346 0.072 0.284 1.678 0.027 0.677 1.458 0.525 0.300 0.687 0.359 0.197 0.027 0.152 0.124 1.313 0.434 0.351 0.402 0.251 0.297 0.484 1.050 2.795 0.993 0.151 0.339 0.028 0.253 0.078 0.144 0.221 0.815 0.368 0.232 0.060 0.875 0.298 0.262 0.288 0.275 0.028 0.128 1.458 3.395 1.443 1.313 0.340 0.064 0.126 1.627 0.205 1.228 0.048 0.230 0.323 4.106 3.375 0.289 0.157 0.769 2.135 2.266 2.312 0.434 0.212 0.154 0.167 0.208 0.360 0.114 0.129 0.512 0.299 0.183 0.247 0.177 0.193 0.388 0.817 0.778 0.550 9805 chr6 92362524 92366097 + 0 NA intron (NR_104154, intron 2 of 3) intron (NR_104154, intron 2 of 3) 35836 NR_104154 101929083 Hs.586238 NR_104154 CASC6 - cancer susceptibility 6 (non-protein coding) ncRNA nan 0.923 nan 0.041 0.103 0.285 0.118 2.403 3.518 0.023 0.027 0.050 1.601 0.094 0.045 0.030 0.018 0.264 0.366 0.234 0.039 0.020 0.019 0.029 0.077 0.122 0.020 2.894 0.029 0.132 0.059 0.110 0.051 0.017 0.066 0.060 0.046 0.061 0.022 0.037 1.601 0.060 0.234 0.034 0.046 0.016 0.027 0.139 0.016 2.258 0.938 12.972 3.889 0.594 0.606 4.734 2.034 14.141 14.288 1.061 nan 0.196 0.236 nan 0.293 0.178 0.479 1.598 1.201 0.761 1.564 0.590 0.550 11314 chr8 134037853 134051279 + 0 NA intron (NM_003235, intron 41 of 47) intron (NM_003235, intron 41 of 47) 14260 NR_107002 102466865 NR_107002 ENSG00000276961 MIR7848 hsa-mir-7848 microRNA 7848 ncRNA nan 0.809 1.030 0.074 0.117 0.075 0.105 0.143 0.245 0.165 0.610 0.107 0.037 0.059 0.087 0.205 0.083 0.096 0.047 0.014 0.443 0.040 0.056 0.043 0.063 0.082 0.075 0.038 0.066 0.032 0.103 0.176 0.089 0.543 0.043 0.068 0.007 0.043 0.062 0.079 0.047 2.638 0.077 0.064 0.040 0.011 0.352 7.080 0.187 0.042 0.136 0.290 0.205 0.112 0.034 0.063 0.054 0.116 0.036 0.238 0.124 0.207 0.028 0.620 0.278 0.399 0.179 0.268 0.271 0.273 0.310 0.329 0.520 0.135 0.077 nan 1.018 1.193 1.268 0.814 0.864 0.953 0.675 0.244 0.287 0.082 0.088 0.574 1.129 0.336 0.368 3022 chr12 123318670 123386951 + 0 NA intron (NM_024667, intron 3 of 3) intron (NM_024667, intron 3 of 3) 27902 NM_024667 79720 Hs.507162 NM_024667 ENSG00000139722 VPS37B - VPS37B, ESCRT-I subunit protein-coding 1.296 1.402 1.348 2.440 0.632 0.885 1.947 0.287 0.607 0.750 0.401 0.689 1.349 0.198 1.577 1.032 0.265 0.123 1.572 0.583 0.135 0.124 0.597 0.312 0.776 1.395 1.018 0.255 1.470 0.844 2.225 5.071 1.645 1.795 0.941 0.312 0.199 0.332 0.122 0.652 0.367 1.300 0.561 0.305 1.185 1.100 0.861 1.359 0.572 0.844 0.624 0.930 1.032 2.454 2.154 0.776 0.620 0.673 0.302 0.521 0.798 0.708 0.706 0.672 0.612 0.199 0.125 2.176 2.697 1.677 2.941 1.332 1.303 nan 0.532 1.526 1.570 0.905 1.328 2.771 3.481 0.996 0.776 1.036 1.607 1.057 1.190 0.952 1.997 1.134 0.822 7221 chr21 40927192 40941175 + 0 NA Intergenic Intergenic 50566 NR_026543 114041 Hs.375120 NM_153754 ENSG00000184809 B3GALT5-AS1 C21orf88 B3GALT5 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.903 1.429 0.051 0.100 2.309 0.116 0.161 0.523 0.014 0.056 0.078 0.018 0.029 0.130 0.500 0.113 0.080 0.068 0.036 0.020 0.189 0.102 0.409 0.168 0.099 0.032 0.068 0.015 0.064 0.436 0.092 6.115 0.084 0.045 0.075 0.031 0.078 0.041 0.102 0.100 0.028 0.022 0.163 0.055 0.056 0.136 0.035 0.051 0.112 0.029 0.500 0.061 0.007 0.409 0.053 0.054 0.049 0.037 0.117 0.011 0.135 0.192 0.027 0.029 0.007 1.541 2.262 0.724 1.162 0.661 0.734 nan 0.230 0.326 0.297 0.159 nan 0.710 0.660 0.795 0.702 0.334 0.469 0.744 0.638 0.322 0.516 1.952 1.093 4297 chr16 24985623 25011822 + 0 NA intron (NM_001006634, intron 1 of 19) intron (NM_001006634, intron 1 of 19) 27977 NM_001006634 55114 Hs.373793 NM_018054 ENSG00000140750 ARHGAP17 MST066|MST110|MSTP038|MSTP066|MSTP110|NADRIN|PP367|PP4534|RICH-1|RICH1|WBP15 Rho GTPase activating protein 17 protein-coding 0.883 0.591 nan 2.150 0.194 0.050 1.621 0.166 0.229 0.601 1.521 1.577 0.620 0.138 0.068 0.176 0.561 0.141 0.682 0.304 2.657 0.011 0.138 0.170 0.203 1.027 0.529 0.742 0.391 0.338 0.204 0.524 0.245 0.394 0.397 1.667 0.036 0.104 0.087 0.302 0.237 1.434 0.924 0.480 1.014 0.495 0.415 1.023 0.781 0.284 0.267 0.558 0.176 0.575 3.664 0.203 0.178 0.183 0.055 0.543 0.047 1.687 0.121 0.592 0.651 0.232 0.148 0.309 0.287 0.260 0.441 0.283 0.315 nan 0.183 0.372 0.367 0.700 1.118 0.721 0.818 0.589 0.321 0.257 0.376 0.150 0.164 0.783 1.752 0.622 0.561 1401 chr10 27145248 27151035 + 0 NA intron (NM_001178116, intron 1 of 11) intron (NM_001178116, intron 1 of 11) 1875 NM_001012750 10006 Hs.508148 NM_005470 ENSG00000136754 ABI1 ABI-1|ABLBP4|E3B1|NAP1BP|SSH3BP|SSH3BP1 abl interactor 1 protein-coding 1.570 3.064 3.160 2.697 0.631 0.633 1.070 0.856 1.526 0.948 3.127 1.827 1.308 0.174 0.981 0.487 3.859 0.560 2.332 0.398 1.856 1.075 0.895 0.449 2.014 1.377 1.012 1.405 1.954 0.908 1.346 1.521 1.741 3.108 0.581 0.825 0.331 1.615 0.134 0.729 0.904 1.019 2.085 1.123 1.468 1.037 1.284 1.549 2.242 1.678 1.731 1.665 0.487 3.104 11.058 2.014 1.456 0.787 0.226 1.699 0.948 1.543 0.496 0.659 0.910 1.582 0.870 2.149 2.938 3.169 5.214 2.435 2.110 3.440 1.578 3.300 3.670 2.112 2.531 1.851 3.231 1.100 1.086 0.687 1.912 1.074 1.082 1.732 1.924 1.310 0.590 9224 chr5 141729292 141747981 + 0 NA intron (NR_120664, intron 3 of 3) intron (NR_120664, intron 3 of 3) 33778 NR_120664 101926941 Hs.658945 NR_120664 ENSG00000231185 SPRY4-AS1 THCAT68 SPRY4 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.768 1.039 0.547 1.155 0.083 3.742 0.772 1.476 0.265 1.333 1.744 0.192 2.158 0.565 0.794 1.028 0.130 1.187 0.335 4.594 1.358 0.167 0.119 0.493 1.838 1.494 0.867 1.035 0.853 3.785 8.453 2.018 6.603 0.729 3.002 0.041 1.120 0.128 3.639 0.152 1.650 3.090 1.259 0.676 0.561 1.521 3.628 2.442 5.332 3.460 2.488 0.794 1.880 7.308 0.493 1.258 0.455 0.114 5.392 3.174 0.790 0.095 0.165 2.114 7.421 7.195 0.166 0.133 0.863 1.225 0.630 0.590 1.390 0.406 0.880 0.949 0.696 1.130 3.031 3.272 0.575 0.279 0.326 0.524 0.421 0.941 0.287 0.469 0.964 0.642 4305 chr16 27770360 27783516 + 0 NA intron (NM_015202, intron 19 of 27) intron (NM_015202, intron 19 of 27) -46588 NR_147898 100128079 Hs.610277 NR_147898 LOC100128079 - uncharacterized LOC100128079 ncRNA 0.886 0.495 nan 0.703 0.168 0.038 0.141 0.085 0.269 0.275 0.192 0.759 0.005 0.087 0.116 0.313 0.052 0.036 0.116 0.014 0.285 0.010 0.111 0.074 0.123 0.099 0.070 0.072 0.083 0.082 0.048 0.111 0.086 0.345 0.045 0.085 0.059 0.050 0.063 0.054 0.048 3.848 4.065 1.572 0.041 0.047 0.278 1.812 0.093 1.139 0.036 0.084 0.313 0.081 0.070 0.123 0.047 0.025 1.018 0.123 0.069 1.025 0.030 0.160 2.345 5.268 3.794 0.428 0.400 0.192 0.223 0.240 0.249 nan 0.498 0.282 0.323 0.231 0.483 0.373 0.494 1.049 1.337 0.183 0.241 0.207 0.283 0.211 0.381 0.480 0.485 5163 chr18 12306400 12311783 + 0 NA intron (NM_001303526, intron 2 of 2) AluJr|SINE|Alu 1033 NM_001303529 84617 Hs.193491 NM_032525 ENSG00000176014 TUBB6 FPVEPD|HsT1601|TUBB-5 tubulin beta 6 class V protein-coding 2.292 1.444 1.151 0.881 0.453 0.538 1.181 0.566 0.859 1.207 2.800 1.110 0.944 0.111 0.033 0.929 2.057 0.311 2.201 0.667 0.987 1.028 0.538 0.314 0.822 0.927 0.955 3.070 2.388 0.881 0.555 1.323 0.626 2.145 0.790 1.645 0.072 4.250 0.164 0.547 0.074 5.454 7.381 3.352 0.912 0.330 0.161 3.104 2.616 6.540 0.586 0.928 0.929 2.479 1.909 0.822 0.182 0.400 0.237 5.646 0.057 1.351 0.036 0.343 0.781 1.102 0.934 0.329 0.259 0.363 0.645 1.944 1.248 2.537 0.697 1.509 1.396 0.928 1.412 0.431 1.170 0.919 1.201 0.045 0.282 0.251 0.337 1.504 1.452 0.750 0.634 4289 chr16 21963155 21965958 + 0 NA 5' UTR (NM_003366, exon 1 of 14) 5' UTR (NM_003366, exon 1 of 14) 171 NM_003366 7385 Hs.528803 NM_003366 ENSG00000140740 UQCRC2 MC3DN5|QCR2|UQCR2 ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2 protein-coding 5.163 3.236 3.891 7.527 6.922 3.136 3.467 2.757 6.475 3.744 4.702 3.507 3.788 4.144 4.703 3.954 1.820 0.171 3.507 1.285 3.337 2.423 2.225 0.993 4.634 3.699 3.332 2.736 5.205 1.810 9.405 10.168 3.954 17.635 2.245 6.602 1.460 3.373 0.079 1.307 2.094 4.853 3.008 1.571 5.768 4.851 6.019 3.708 5.088 3.138 7.047 5.255 3.954 6.275 5.835 4.634 2.091 3.609 1.723 4.460 1.846 4.089 3.917 2.803 2.312 2.358 2.032 8.678 9.107 6.509 8.571 8.143 8.301 13.188 8.616 22.341 25.549 4.762 5.652 11.581 18.460 13.696 13.441 10.619 14.675 9.790 10.456 10.090 8.461 4.861 2.621 902 chr1 178544282 178551815 + 0 NA Intergenic Intergenic 36117 NR_033186 400798 Hs.668085 NM_207467 ENSG00000213057 C1orf220 - chromosome 1 open reading frame 220 (putative) ncRNA nan nan nan 0.123 0.233 0.080 0.141 0.128 0.292 0.012 0.094 0.180 0.053 0.221 0.741 0.308 0.085 0.169 0.051 0.025 0.018 0.248 0.282 0.111 0.137 0.029 0.069 0.036 0.014 0.064 0.359 0.082 0.567 0.019 0.115 0.026 0.077 0.126 1.059 0.061 0.040 0.010 0.030 0.081 0.114 0.146 0.043 0.019 0.010 0.097 0.741 0.159 0.089 0.111 0.016 0.099 0.116 0.031 0.040 0.072 0.379 0.578 0.010 0.008 0.014 1.505 0.900 5.956 2.109 nan 0.712 1.826 0.663 1.682 1.867 0.246 0.573 0.598 0.599 0.677 0.516 1.263 1.854 0.114 0.081 0.564 nan 0.852 0.575 827 chr1 162341104 162353253 + 0 NA promoter-TSS (NM_182581) promoter-TSS (NM_182581) -534 NM_182581 284680 Hs.97784 NM_182581 ENSG00000171722 SPATA46 C1orf111|HSD20 spermatogenesis associated 46 protein-coding 1.116 nan 1.574 0.861 0.072 0.045 2.561 0.194 0.207 0.258 0.070 0.128 0.061 0.091 0.213 0.401 0.075 0.093 0.863 0.971 0.274 0.023 0.126 0.142 0.180 1.559 1.137 0.139 1.454 1.159 0.292 2.343 0.762 0.337 1.691 0.111 0.034 0.067 0.131 0.156 0.099 0.136 0.059 0.064 2.619 1.573 0.349 0.163 0.809 0.076 0.311 0.749 0.401 1.099 0.410 0.180 2.121 1.599 0.033 0.077 0.067 0.562 0.157 0.152 0.057 0.128 0.079 0.634 0.629 0.407 0.836 0.565 nan 0.343 0.168 0.205 0.211 0.398 0.661 0.232 nan 0.285 0.226 0.427 0.487 0.121 0.156 0.366 0.775 0.514 0.358 266 chr1 37225460 37248982 + 0 NA Intergenic Intergenic 262623 NM_000831 2899 Hs.128848 NM_000831 ENSG00000163873 GRIK3 EAA5|GLR7|GLUR7|GluK3|GluR7a glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 protein-coding 1.424 nan 1.297 0.055 0.190 0.238 0.124 0.449 0.721 0.008 0.040 0.102 0.003 0.183 0.178 0.249 0.074 0.027 0.049 0.043 0.018 0.187 0.190 0.711 0.009 0.012 0.019 0.064 0.013 0.175 1.540 0.191 1.462 0.044 0.125 0.074 0.080 0.010 0.247 0.139 0.020 0.023 0.014 0.046 0.047 0.074 0.059 0.049 0.115 0.894 0.249 0.066 0.016 0.711 0.120 0.142 0.229 0.120 0.186 0.017 0.154 1.963 0.022 0.029 0.019 0.250 0.189 0.099 0.152 0.549 0.611 nan 0.704 0.159 0.139 1.640 2.153 21.645 17.229 nan 0.690 0.581 0.798 0.369 0.773 1.198 4.929 0.958 nan 7770 chr3 115942857 116029692 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 1 of 8) intron (NM_001318915, intron 1 of 8) -92597 NR_109998 101926903 Hs.26479 NR_109998 ENSG00000240922 LSAMP-AS1 - LSAMP antisense RNA 1 ncRNA 1.299 nan 0.817 0.092 0.141 0.067 0.038 0.292 0.681 0.009 0.039 0.034 0.022 0.022 0.086 0.161 0.126 0.124 0.052 0.007 0.010 0.127 0.226 0.194 0.098 0.025 0.024 0.009 0.060 0.006 0.049 0.080 0.047 0.181 0.025 0.049 0.198 0.185 0.076 0.011 0.098 0.060 0.015 0.012 0.014 0.026 0.049 0.100 0.037 0.028 0.011 0.031 0.161 0.038 0.029 0.098 0.020 0.027 0.198 0.018 0.044 0.020 0.055 0.066 0.016 0.019 0.009 0.330 0.295 0.266 0.285 0.295 nan 0.450 0.191 0.251 0.269 nan 5.559 0.187 0.222 1.572 1.095 0.120 0.191 0.681 0.818 0.213 0.346 0.652 0.564 3128 chr13 39664756 39709276 + 0 NA Intergenic Intergenic 74568 NR_073109 387921 Hs.507783 NM_001012754 ENSG00000188811 NHLRC3 - NHL repeat containing 3 protein-coding 1.335 1.178 1.486 0.027 0.379 0.131 0.029 0.122 0.262 0.004 0.046 0.013 0.010 0.038 0.436 0.878 0.084 0.058 0.081 0.038 0.011 0.009 0.394 0.221 1.220 0.011 0.008 0.012 0.051 0.010 0.061 0.116 0.036 0.430 0.033 0.041 0.156 0.059 0.090 0.008 0.038 0.081 0.023 0.025 0.011 0.016 0.076 0.074 0.024 0.035 0.014 0.018 0.878 0.043 0.046 1.220 0.003 0.037 0.019 0.035 0.104 0.016 0.107 1.548 0.014 0.034 0.032 0.943 0.934 0.126 0.156 3.538 3.644 4.390 1.454 0.164 0.141 0.314 0.496 0.702 0.660 0.753 0.391 0.260 0.547 1.043 1.469 1.571 5.274 0.972 0.613 8697 chr5 565221 617871 + 0 NA Intergenic L1MEg|LINE|L1 20779 NR_103444 100996325 Hs.575249 NR_103444 LOC100996325 - uncharacterized LOC100996325 ncRNA 0.662 2.093 1.263 0.242 1.963 1.197 0.335 0.449 0.778 0.089 0.213 0.229 0.092 0.564 0.969 0.570 0.220 0.159 0.921 0.238 0.104 0.208 0.522 0.388 3.308 0.129 0.107 0.119 0.450 0.124 0.684 1.245 0.510 2.952 0.106 0.551 0.088 0.173 0.094 0.076 0.259 0.366 0.431 0.250 0.143 0.198 0.427 0.313 0.215 0.224 0.221 0.680 0.570 1.147 0.262 3.308 0.226 0.089 0.295 0.151 0.382 0.269 0.086 0.042 0.053 0.080 0.039 0.527 0.442 0.369 nan 2.375 2.296 0.940 0.275 0.196 0.214 0.399 0.719 nan 2.508 nan 0.438 0.282 0.413 0.708 0.769 0.129 0.199 2.061 nan 6979 chr20 40919437 40925578 + 0 NA intron (NM_007050, intron 12 of 30) L2|LINE|L2 -391616 NR_110004 101927159 Hs.570383 NR_110004 ENSG00000229042 LOC101927159 - uncharacterized LOC101927159 ncRNA nan nan 0.511 0.139 0.058 0.009 0.079 0.181 0.016 0.051 0.045 0.010 0.022 0.101 0.083 0.086 0.052 0.104 0.031 0.046 0.050 0.054 0.156 0.090 0.044 0.016 0.092 0.296 0.047 0.059 0.018 0.098 0.020 0.039 0.090 0.010 0.026 0.008 0.012 0.063 0.064 0.040 0.057 4.721 0.026 0.083 0.034 0.061 0.156 0.055 0.019 0.017 0.038 0.065 0.277 0.063 0.009 0.025 0.602 0.437 0.190 0.259 0.180 0.160 nan 0.049 0.113 0.160 0.356 0.365 0.404 0.429 nan 0.210 0.119 0.360 0.000 0.082 0.392 1.132 0.441 0.349 1624 chr10 103472041 103477932 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -19934 NM_001323541 6468 Hs.500822 NM_022039 ENSG00000107829 FBXW4 DAC|FBW4|FBWD4|SHFM3|SHSF3 F-box and WD repeat domain containing 4 protein-coding nan nan 1.056 0.096 0.208 0.017 0.097 0.299 0.257 0.016 0.143 0.140 0.042 0.051 0.052 0.109 0.088 0.098 0.246 0.032 0.026 0.047 0.187 0.100 0.666 0.012 0.037 0.075 0.140 0.233 0.740 0.744 0.364 0.076 0.110 0.033 0.073 0.100 0.006 0.053 0.095 0.051 0.013 0.057 0.659 0.034 0.182 0.137 0.033 0.237 0.109 0.196 0.048 0.666 0.157 0.182 0.089 0.092 0.067 0.119 0.041 0.013 0.015 0.022 2.514 1.767 7.969 4.438 0.261 0.360 1.962 0.729 0.458 0.298 0.217 nan 0.631 1.097 0.194 0.099 0.377 0.669 0.313 0.719 0.135 nan 0.796 0.564 7297 chr22 18919992 18928159 + 0 NA promoter-TSS (NM_016335) promoter-TSS (NM_016335) -9 NM_016335 5625 Hs.517352 NM_016335 ENSG00000100033 PRODH HSPOX2|PIG6|POX|PRODH1|PRODH2|TP53I6 proline dehydrogenase 1 protein-coding 1.099 nan 1.318 0.211 0.340 0.366 0.509 0.294 0.619 0.046 0.219 0.102 0.615 0.061 0.586 0.991 0.084 0.020 1.669 0.528 0.062 0.054 0.307 0.224 0.451 0.778 0.619 0.336 0.459 1.009 1.618 6.156 4.197 3.200 1.406 0.098 0.069 0.265 0.058 0.160 0.184 0.158 0.103 0.045 0.817 2.826 0.094 0.189 1.018 0.148 0.694 1.892 0.991 7.401 0.067 0.451 0.210 0.223 0.165 0.627 0.150 0.856 0.169 0.749 0.222 0.007 0.006 1.021 1.336 0.481 0.975 0.705 0.743 0.775 0.245 0.471 0.499 0.374 0.642 0.721 1.149 0.816 0.828 0.396 0.547 0.221 0.277 1.109 2.025 0.748 0.636 4440 chr16 71916379 71931328 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -4458 NM_001270976 9798 Hs.232194 NM_014761 ENSG00000182149 IST1 OLC1 IST1, ESCRT-III associated factor protein-coding 2.845 2.035 nan 2.044 3.337 1.022 1.159 1.781 3.100 1.408 2.281 1.592 0.373 1.690 2.453 2.178 1.169 0.322 2.662 0.762 3.048 1.732 0.973 0.555 2.328 1.541 1.437 1.200 1.771 0.423 1.565 2.165 1.889 5.165 0.739 1.256 0.587 2.619 0.180 0.773 1.401 3.531 3.136 1.423 0.847 1.038 2.043 1.497 2.963 4.758 1.448 2.381 2.178 2.573 1.675 2.328 0.826 1.076 0.920 2.415 1.413 1.110 0.975 0.894 0.946 0.952 0.598 2.408 2.711 2.414 3.199 3.440 3.019 3.524 1.352 6.297 6.525 1.185 1.791 2.564 4.019 3.829 3.890 1.159 2.373 1.696 1.643 2.331 2.720 1.613 0.841 2892 chr12 98811149 98819515 + 0 NA Intergenic HERVL18-int|LTR|ERVL 35591 NR_033801 121456 Hs.620643 NR_033801 ENSG00000227825 SLC9A7P1 - solute carrier family 9 member 7 pseudogene 1 pseudo 1.228 0.807 2.225 1.322 0.105 0.126 0.789 0.211 0.255 0.329 0.677 0.656 3.286 0.047 0.128 0.245 1.648 0.247 0.234 0.023 0.969 0.331 0.187 0.170 0.179 0.911 0.598 0.703 0.392 0.333 0.117 0.333 0.264 nan 0.157 0.241 0.113 0.155 0.117 0.214 0.156 0.258 0.073 0.084 0.391 0.284 0.405 1.533 1.249 0.236 0.085 0.598 0.245 0.526 0.102 0.179 0.481 0.246 0.127 0.300 1.019 0.076 0.047 0.236 0.193 0.076 0.107 0.357 0.250 0.356 1.121 0.646 0.825 0.874 0.247 0.226 0.300 0.502 nan 0.348 nan 0.901 0.777 0.172 0.224 0.429 0.431 0.236 0.354 1.896 0.987 7911 chr3 149914165 149971910 + 0 NA Intergenic ERV3-16A3_I-int|LTR|ERVL -13269 NR_110168 101927992 Hs.534682 NR_110167 ENSG00000244541 LINC01213 - long intergenic non-protein coding RNA 1213 ncRNA 1.455 nan nan 0.288 0.286 0.452 0.865 0.283 0.451 0.300 0.326 1.191 0.156 0.036 0.371 0.769 0.769 0.263 0.370 0.171 0.057 0.060 0.429 0.287 0.154 0.079 0.023 0.097 0.214 0.217 0.161 0.414 0.187 2.823 0.451 0.060 0.178 0.063 0.075 0.327 0.151 0.321 0.079 0.082 0.174 0.140 0.308 0.212 0.094 0.295 0.039 0.522 0.769 0.174 0.186 0.154 0.106 0.280 0.265 0.105 0.290 0.277 0.206 0.159 0.433 0.045 0.028 0.411 0.364 0.671 2.314 0.552 0.609 nan 0.867 0.289 0.324 1.340 nan 0.939 nan nan 1.356 0.468 0.609 0.692 0.705 0.450 0.820 1.933 1.018 1695 chr10 125184870 125191982 + 0 NA Intergenic Intergenic -237445 NM_153442 2849 Hs.12751 NM_153442 ENSG00000154478 GPR26 - G protein-coupled receptor 26 protein-coding nan 0.377 0.467 0.040 0.025 0.015 0.013 0.338 0.702 0.013 0.078 0.026 0.015 0.139 0.326 0.072 0.067 0.045 0.026 0.009 0.019 0.023 0.101 0.235 0.020 0.010 0.010 0.073 0.046 0.104 0.059 0.338 0.083 0.094 0.388 0.143 0.008 0.045 0.055 0.054 0.053 0.069 0.039 0.455 0.048 0.326 0.040 0.235 0.028 0.165 0.016 0.089 0.795 0.052 0.010 0.032 0.014 10.861 11.753 0.471 0.542 0.162 0.259 0.567 0.366 0.161 0.075 0.106 0.125 0.233 0.370 0.292 0.193 0.974 1.524 0.043 0.141 0.079 0.145 0.309 0.385 6950 chr20 34250997 34254318 + 0 NA intron (NM_001198838, intron 1 of 2) CpG 202 NR_037188 8904 Hs.246413 NM_003915 ENSG00000214078 CPNE1 COPN1|CPN1 copine 1 protein-coding 8.827 6.863 5.644 8.627 7.418 3.117 3.300 3.113 6.981 5.043 4.581 6.687 1.643 2.710 4.363 4.517 4.293 0.482 6.561 2.620 6.552 4.004 2.751 1.325 5.764 3.480 3.626 3.670 4.873 1.589 5.801 nan 7.077 12.588 2.505 5.377 0.925 5.564 0.183 3.209 3.962 9.055 5.546 2.847 3.370 3.965 4.778 6.731 5.098 7.280 3.298 4.130 4.517 12.346 6.245 5.764 3.134 4.585 2.086 11.402 3.326 6.537 3.009 3.731 4.769 3.745 2.043 15.702 11.471 9.114 14.290 12.674 12.013 15.588 8.121 20.420 23.432 6.541 7.899 8.706 16.453 12.827 12.108 8.036 11.865 8.119 9.639 10.762 nan 3.001 1.404 2378 chr11 131992666 132032145 + 0 NA intron (NR_147854, intron 1 of 5) intron (NR_147854, intron 1 of 5) -141791 NR_046820 100874281 NR_046820 NTM-IT NTM-IT3 NTM intronic transcript ncRNA 0.478 nan 0.609 0.026 1.938 0.493 0.117 0.844 1.610 0.007 0.074 0.052 0.014 0.015 0.870 0.690 0.025 0.078 0.043 0.014 0.023 1.119 0.829 3.076 0.005 0.026 0.021 0.052 0.003 0.047 0.025 0.050 nan 0.022 0.050 0.373 0.041 0.089 0.021 0.105 0.178 0.024 0.027 0.041 0.052 0.050 0.147 0.023 0.142 0.010 0.184 0.690 0.029 0.028 3.076 0.041 0.103 0.012 0.038 0.269 0.034 0.056 0.066 0.195 0.047 0.039 0.543 0.531 0.182 0.180 3.158 4.005 4.190 1.528 0.155 0.186 0.170 0.263 2.740 2.621 0.352 0.210 0.249 0.309 1.542 1.967 0.138 0.173 2.847 1.634 2983 chr12 118097102 118109091 + 0 NA intron (NM_173598, intron 5 of 19) intron (NM_173598, intron 5 of 19) 302932 NM_173598 283455 Hs.375836 NM_173598 ENSG00000171435 KSR2 - kinase suppressor of ras 2 protein-coding nan nan 0.663 0.068 0.205 8.094 0.065 0.146 0.252 0.008 0.059 0.031 0.058 0.042 0.326 0.448 0.050 0.040 0.044 0.016 0.024 0.079 0.084 0.521 0.149 0.036 0.019 0.051 0.061 0.069 0.053 1.941 0.036 0.064 0.032 0.045 0.138 0.030 0.053 0.092 0.032 0.020 0.019 0.058 0.056 0.274 0.034 0.044 0.046 0.083 0.448 0.024 0.008 0.521 0.041 0.057 0.065 0.024 0.078 0.045 0.025 0.124 0.026 0.125 0.034 0.388 0.212 0.152 0.210 nan nan nan 0.102 0.264 0.331 0.106 0.230 nan nan 0.479 0.211 0.203 0.245 0.134 0.227 0.229 0.241 nan 1.136 6665 chr2 221364052 221379467 + 0 NA Intergenic Intergenic -600473 NR_036228 100422959 NR_036228 ENSG00000266518 MIR4268 - microRNA 4268 ncRNA nan 1.222 0.833 0.215 1.077 3.677 1.514 0.360 0.738 0.134 0.161 0.066 0.273 0.442 0.102 0.307 0.126 0.083 0.345 0.173 0.020 0.009 0.408 0.202 1.144 0.287 0.105 0.038 1.371 0.731 0.324 1.228 1.028 nan 0.656 0.077 0.085 0.021 0.105 0.464 0.049 0.102 0.145 0.131 0.496 0.671 0.314 0.117 0.089 0.032 0.010 0.162 0.307 0.243 0.261 1.144 0.246 0.301 0.045 0.079 0.287 0.430 0.038 0.490 0.808 0.037 0.010 0.394 0.286 0.204 0.417 0.592 0.672 1.777 0.763 0.208 0.255 4.162 4.769 1.188 nan 0.635 0.548 0.160 0.227 0.374 0.388 1.070 nan 0.564 0.473 6086 chr2 47181381 47200387 + 0 NA intron (NM_001288955, intron 3 of 18) intron (NM_001288955, intron 3 of 18) -21890 NM_001171511 90411 Hs.662152 NM_139279 ENSG00000180398 MCFD2 F5F8D|F5F8D2|LMAN1IP|SDNSF multiple coagulation factor deficiency 2 protein-coding 0.912 nan 0.797 1.424 0.138 0.083 2.368 0.152 0.301 1.647 2.727 0.869 0.084 0.052 0.209 0.155 0.960 0.273 1.068 0.590 4.777 0.036 0.118 0.132 0.139 1.847 1.339 0.238 1.195 0.594 0.607 nan 1.207 0.445 1.021 2.654 0.015 0.105 0.129 0.738 0.105 3.834 0.927 0.454 1.087 0.850 2.894 2.306 4.046 0.241 1.057 1.267 0.155 1.194 1.830 0.139 1.512 2.068 0.121 0.475 0.059 2.033 0.068 0.156 1.310 0.638 0.442 0.480 0.450 0.908 1.369 nan 0.491 0.435 0.195 0.602 0.662 0.451 0.630 0.402 0.477 0.509 0.284 0.255 0.385 0.057 0.093 0.304 nan nan 0.428 668 chr1 147804813 147808011 + 0 NA TTS (NR_049810) TTS (NR_049810) 266 NR_049810 100847044 NR_049810 ENSG00000283676 MIR5087 - microRNA 5087 ncRNA 1.267 nan 2.894 1.122 5.697 0.556 2.967 0.250 0.348 1.033 1.651 2.360 0.098 2.830 9.309 0.553 0.230 3.579 2.913 1.472 2.768 3.789 2.110 2.240 2.049 3.406 1.284 2.482 1.761 13.382 18.655 3.965 13.694 1.647 5.694 4.118 0.219 4.712 0.148 2.400 3.920 1.528 2.879 1.654 3.601 0.996 3.721 2.719 2.662 6.542 0.553 5.094 2.363 2.240 4.420 4.574 0.030 6.475 3.787 2.903 4.664 1.508 1.042 1.098 0.745 9.394 12.275 3.988 5.414 5.605 6.274 0.978 0.945 5.652 6.333 1.394 1.878 8.100 8.694 1.135 0.877 14.897 17.523 0.998 2.162 8.289 7.340 1.245 0.892 9953 chr6 137236672 137249885 + 0 NA promoter-TSS (NM_001008783) promoter-TSS (NM_001008783) -101 NM_001008783 340146 Hs.369703 NM_001008783 ENSG00000182747 SLC35D3 FRCL1 solute carrier family 35 member D3 protein-coding 1.429 1.405 0.981 0.146 6.210 0.076 0.060 0.535 0.936 0.007 0.065 0.111 0.018 0.234 0.073 0.486 0.125 0.038 0.203 0.039 0.179 2.465 1.172 0.527 0.052 0.021 0.050 0.078 0.008 0.427 1.122 0.096 1.503 0.011 0.090 0.354 0.199 0.108 0.018 3.221 0.105 0.055 0.076 0.009 0.040 0.145 0.071 0.302 1.122 0.030 0.086 0.486 0.151 0.056 0.527 0.010 0.059 0.059 0.317 0.962 0.024 0.045 0.102 0.011 0.013 0.023 0.377 0.338 0.364 0.654 0.555 0.488 14.488 7.469 0.539 0.592 0.670 0.972 0.626 0.928 0.643 0.688 0.251 0.381 3.360 2.688 0.234 nan 2.227 1.396 9947 chr6 136608658 136617022 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -1851 NM_001077441 9774 Hs.486542 NM_014739 ENSG00000029363 BCLAF1 BTF|bK211L9.1 BCL2 associated transcription factor 1 protein-coding 5.805 3.377 5.124 1.552 5.985 4.363 1.453 2.302 4.799 1.008 2.069 1.964 1.253 1.205 3.135 4.363 2.325 0.097 2.101 0.817 2.386 2.058 1.746 0.793 4.322 1.247 1.574 0.611 1.713 0.530 4.140 5.238 2.686 7.573 0.717 2.585 1.288 2.833 0.125 0.774 1.980 2.365 3.026 1.175 1.277 1.338 4.127 1.755 2.132 4.558 0.812 1.536 4.363 3.207 1.742 4.322 1.169 0.950 0.978 1.899 2.836 1.661 4.993 1.848 1.573 1.804 1.331 8.743 9.694 6.147 7.808 10.066 9.204 nan 9.439 15.676 16.964 3.296 3.896 5.100 8.691 10.004 10.426 6.654 9.164 7.963 7.093 8.254 nan 2.458 1.929 5711 chr19 43694925 43712702 + 0 NA intron (NM_001316339, intron 1 of 4) L1MB1|LINE|L1 6113 NM_001276495 5672 Hs.711363 NM_002780 ENSG00000243137 PSG4 PSBG-4|PSBG-9|PSG9 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 4 protein-coding 0.560 0.594 0.497 3.822 0.030 0.012 0.388 0.092 0.179 1.571 0.434 0.353 0.230 0.079 0.055 0.151 0.372 0.136 0.585 0.385 0.593 0.023 0.070 0.102 0.140 0.568 0.428 4.350 0.207 0.166 0.153 nan 0.618 0.080 0.462 0.031 0.027 0.041 0.115 0.165 0.027 2.432 0.949 0.394 0.049 0.104 0.244 0.269 0.174 0.179 3.853 0.198 0.151 0.698 0.057 0.140 0.161 3.035 0.011 0.620 0.029 1.439 0.028 0.056 0.391 1.957 1.887 0.320 0.305 1.971 2.496 0.239 0.287 0.249 0.129 0.205 0.235 0.167 0.307 0.125 0.188 0.182 0.069 0.311 0.369 0.083 0.108 0.248 0.492 0.420 0.488 910 chr1 180119276 180128537 + 0 NA promoter-TSS (NM_002826) promoter-TSS (NM_002826) -62 NM_002826 5768 Hs.744925 NM_002826 ENSG00000116260 QSOX1 Q6|QSCN6 quiescin sulfhydryl oxidase 1 protein-coding nan nan 3.069 5.840 1.518 0.574 3.281 0.494 0.777 0.547 2.139 1.447 0.023 0.356 1.522 1.845 1.150 0.216 3.828 1.798 0.305 0.390 0.398 0.228 1.644 2.004 1.518 0.721 2.970 3.112 2.393 5.987 2.294 4.130 1.863 0.916 0.135 1.041 0.071 1.301 0.249 2.277 5.526 2.174 6.321 1.357 1.342 1.277 1.423 1.165 1.410 1.165 1.845 2.326 2.322 1.644 0.965 0.607 0.312 1.244 0.777 0.982 1.368 0.580 2.387 0.833 0.379 2.134 2.699 2.618 3.992 3.811 nan 2.206 0.649 nan 3.815 1.594 2.588 2.844 4.044 1.331 1.361 2.715 5.167 0.835 0.995 1.273 nan 0.486 0.446 3463 chr14 32796180 32826492 + 0 NA intron (NM_004274, intron 1 of 13) L2|LINE|L2 12857 NM_004274 9472 Hs.509083 NM_004274 ENSG00000151320 AKAP6 ADAP100|ADAP6|AKAP100|PRKA6|mAKAP A-kinase anchoring protein 6 protein-coding 1.465 1.084 0.715 0.097 0.244 0.065 0.302 0.201 0.234 0.003 0.105 0.272 0.039 0.060 0.151 0.559 0.403 0.187 0.416 0.257 0.037 0.032 0.072 0.100 0.150 0.300 0.103 0.024 0.266 0.112 1.350 5.456 1.059 0.518 0.225 0.144 0.072 0.047 0.088 0.015 0.217 0.052 0.032 0.033 0.094 0.325 0.124 0.110 0.272 0.056 0.297 0.276 0.559 0.216 0.101 0.150 0.101 0.046 0.113 0.124 0.120 0.200 0.059 0.103 0.055 0.032 0.020 0.196 0.140 0.228 0.390 0.350 0.419 0.408 0.123 0.259 0.254 0.569 0.936 0.389 0.485 0.808 0.489 0.160 0.194 0.315 0.432 0.344 0.479 0.603 0.630 7863 chr3 137892152 137915685 + 0 NA Intergenic Intergenic -2172 NM_001282342 25852 Hs.744868 NM_014154 ENSG00000114098 ARMC8 GID5|HSPC056|S863-2|VID28 armadillo repeat containing 8 protein-coding 2.447 nan nan 1.308 1.558 0.953 0.819 0.807 1.432 0.297 0.581 0.420 0.350 0.330 0.865 0.824 0.839 0.246 0.715 0.442 0.250 0.259 0.978 0.676 1.075 0.689 0.616 0.422 0.989 0.413 1.074 1.409 0.834 1.615 0.467 0.563 0.177 0.627 0.086 0.255 0.782 0.997 0.848 0.428 0.566 0.381 0.540 0.585 0.564 1.172 0.539 0.791 0.824 0.830 1.021 1.075 0.346 0.383 0.322 1.034 0.587 0.655 0.528 0.522 0.314 0.308 0.203 1.887 1.972 1.811 2.559 2.643 2.496 4.934 1.849 3.090 3.370 2.144 2.778 1.572 2.122 nan 3.194 1.397 2.351 0.848 0.850 1.616 2.092 1.472 0.857 693 chr1 150573832 150609054 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 10166 NM_207045 2029 Hs.632456 NM_004436 ENSG00000143420 ENSA ARPP-19e endosulfine alpha protein-coding nan nan 1.807 2.003 0.977 0.393 3.198 0.661 1.183 0.467 1.587 1.670 0.304 0.797 1.378 1.761 0.940 0.353 2.284 1.582 2.546 0.260 1.760 0.696 1.084 2.243 1.803 0.429 1.463 1.526 10.802 16.591 1.398 2.944 1.948 1.929 0.211 0.531 0.161 3.173 0.381 3.697 3.148 1.339 2.215 1.099 1.398 2.342 1.754 2.724 4.137 5.430 1.761 2.733 3.942 1.084 1.470 1.840 0.146 4.345 2.547 1.949 0.854 0.670 1.041 1.105 1.230 1.663 1.745 2.232 3.686 2.003 nan 2.360 1.292 2.433 2.655 1.127 1.469 1.691 1.984 1.105 0.735 2.031 2.558 1.243 1.824 1.494 2.387 1.631 0.847 2701 chr12 55384061 55418240 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR -12579 NM_021191 58158 Hs.591024 NM_021191 ENSG00000123307 NEUROD4 ATH-3|ATH3|Atoh3|MATH-3|MATH3|bHLHa4 neuronal differentiation 4 protein-coding nan 0.826 0.973 0.061 0.062 0.002 0.056 0.277 0.551 0.009 0.052 0.019 0.013 0.041 0.180 0.605 0.085 0.062 0.034 0.022 0.019 0.006 0.067 0.105 0.175 0.034 0.017 0.017 0.064 0.015 0.078 0.107 0.078 0.452 0.030 0.054 1.517 0.044 0.075 0.017 0.882 0.054 0.020 0.016 0.019 0.041 0.070 0.217 0.045 0.031 0.018 0.058 0.605 0.036 0.044 0.175 0.040 0.061 0.923 0.034 0.048 0.035 0.035 0.634 0.013 0.019 0.005 nan 0.617 0.157 0.283 0.239 nan 0.213 0.105 0.135 0.133 4.099 nan 0.679 nan 3.708 3.008 0.114 0.179 3.572 4.381 0.868 2.545 0.744 0.687 4601 chr17 13484261 13507138 + 0 NA intron (NM_006042, intron 1 of 1) intron (NM_006042, intron 1 of 1) 9560 NM_006042 9955 Hs.462270 NM_006042 ENSG00000153976 HS3ST3A1 3-OST-3A|3OST3A1 heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 3A1 protein-coding 0.689 0.431 0.646 0.044 0.058 0.005 0.080 0.112 0.167 0.092 3.067 0.515 0.016 0.048 0.024 0.056 0.049 0.042 0.578 0.745 0.077 0.035 0.046 0.031 0.205 0.104 0.029 0.051 0.014 0.099 0.103 0.075 0.112 0.204 1.904 0.008 0.052 0.069 0.158 0.021 0.125 0.047 0.044 0.062 0.047 0.051 0.102 0.195 1.353 0.051 0.029 0.056 0.272 0.036 0.031 0.497 0.084 0.013 0.220 0.137 0.327 0.004 0.076 1.504 0.758 0.651 0.322 0.220 0.485 nan 0.179 0.205 0.142 0.069 0.180 0.201 0.097 0.132 0.153 0.158 nan 0.150 0.094 0.145 0.038 0.058 0.121 0.252 0.141 0.177 8690 chr5 214244 223959 + 0 NA promoter-TSS (NM_145265) promoter-TSS (NM_145265) 763 NM_001294332 6389 Hs.440475 NM_004168 ENSG00000073578 SDHA CMD1GG|FP|PGL5|SDH1|SDH2|SDHF succinate dehydrogenase complex flavoprotein subunit A protein-coding 1.479 2.342 3.727 1.390 3.034 1.115 2.371 1.110 1.809 1.111 1.797 1.604 0.217 0.597 2.171 1.365 2.683 0.265 5.233 1.717 0.817 1.234 1.748 1.088 2.936 2.147 2.168 1.204 2.318 0.817 3.184 4.238 2.274 4.336 0.738 1.441 0.401 1.396 0.178 1.179 0.472 2.446 5.007 2.436 0.998 1.372 2.154 2.390 1.676 2.077 2.238 2.897 1.365 4.193 1.505 2.936 1.473 1.560 0.530 0.781 1.407 2.148 1.457 0.407 0.999 1.014 0.676 3.027 3.103 2.631 nan 3.727 4.394 2.143 0.749 1.690 1.737 3.261 4.185 nan 5.716 nan 3.234 2.551 4.514 1.539 1.978 1.266 1.520 2.265 nan 10261 chr7 27716288 27725200 + 0 NA Intergenic Intergenic -18124 NM_152740 11112 Hs.406758 NM_152740 ENSG00000106049 HIBADH NS5ATP1 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase protein-coding 1.195 1.066 1.214 2.895 0.098 0.082 3.012 0.211 0.159 0.793 1.418 3.124 0.104 0.134 0.079 0.374 2.334 0.433 0.971 0.741 0.686 0.062 0.070 0.185 0.078 4.886 4.632 0.206 3.887 2.042 0.418 1.118 0.586 0.366 2.090 4.459 0.011 0.109 0.185 1.156 0.106 2.491 1.199 0.601 2.161 3.197 1.697 6.210 1.252 0.556 0.176 1.065 0.374 0.986 3.277 0.078 1.318 0.389 0.011 0.337 0.036 3.116 0.055 0.180 2.009 2.085 2.049 0.690 0.464 0.477 nan 0.368 0.400 0.238 0.094 0.393 0.426 0.613 0.831 0.272 0.298 0.342 0.185 0.339 0.230 0.103 0.205 0.433 nan 0.658 0.541 8305 chr4 26218618 26250505 + 0 NA Intergenic Intergenic -86771 NM_203283 3516 Hs.479396 NM_005349 ENSG00000168214 RBPJ AOS3|CBF1|IGKJRB|IGKJRB1|KBF2|RBP-J|RBPJK|RBPSUH|SUH|csl recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region protein-coding 1.222 0.784 nan 0.582 1.330 0.284 2.095 0.456 1.012 0.054 0.153 0.171 0.007 0.374 1.310 0.763 0.108 0.097 1.067 0.767 0.045 0.013 0.851 0.475 2.041 0.296 0.095 0.030 0.314 0.583 0.397 1.521 0.172 1.919 0.340 0.049 0.299 0.037 0.084 0.200 0.119 0.098 0.134 0.086 0.493 0.466 0.311 0.194 0.092 0.155 0.052 0.138 0.763 0.498 0.160 2.041 0.115 0.062 0.158 0.125 1.023 0.487 0.083 0.128 0.193 0.029 0.018 0.308 0.154 0.234 0.387 1.349 1.379 1.541 0.482 0.277 0.238 0.733 0.994 1.552 1.621 1.866 1.769 0.144 0.276 0.749 0.811 0.581 1.123 nan 1.435 2309 chr11 118657633 118669939 + 0 NA Intergenic MER89|LTR|ERV1 -1814 NM_004397 1656 Hs.408461 NM_004397 ENSG00000110367 DDX6 HLR2|P54|RCK DEAD-box helicase 6 protein-coding 2.198 2.022 1.976 1.448 2.940 2.893 2.153 1.774 3.202 0.917 2.543 1.165 2.559 1.088 2.282 2.817 0.746 0.117 2.405 0.707 2.055 1.296 1.604 1.102 4.701 1.649 2.083 1.620 2.377 1.300 2.872 4.077 1.264 5.432 0.924 1.528 0.620 3.235 0.138 1.046 1.994 5.517 3.926 1.737 1.891 1.647 2.701 2.533 2.501 2.974 1.545 2.813 2.817 2.326 2.732 4.701 1.983 2.295 0.654 2.704 1.385 1.685 2.936 1.034 1.622 1.320 0.920 4.398 nan 4.919 6.289 5.199 5.839 4.177 2.736 7.658 8.305 2.696 nan 5.231 7.803 4.696 4.165 6.062 9.108 3.261 3.668 2.703 2.376 2.017 1.390 7341 chr22 24995463 25001134 + 0 NA promoter-TSS (NM_001288833) promoter-TSS (NM_001288833) -826 NM_001288833 2678 Hs.595809 NM_005265 ENSG00000100031 GGT1 CD224|D22S672|D22S732|GGT|GGT 1|GTG gamma-glutamyltransferase 1 protein-coding 0.914 nan 0.855 1.142 0.249 2.021 1.564 0.168 0.426 0.856 0.410 0.588 0.208 0.152 0.428 0.105 0.028 2.251 1.136 0.713 0.110 0.119 0.361 0.917 0.736 1.341 0.600 0.821 0.848 nan 4.822 0.916 0.746 0.987 0.085 0.555 0.075 0.435 0.070 0.259 0.180 0.122 0.924 0.810 0.403 0.084 3.917 0.316 5.146 0.635 0.428 1.365 0.604 0.361 0.949 0.101 0.051 0.814 0.499 0.705 0.209 0.064 0.532 0.030 0.749 1.173 0.339 0.553 0.426 0.496 1.024 0.478 0.617 0.649 0.395 0.716 0.531 0.799 0.900 0.709 0.288 0.315 0.449 0.429 0.240 0.554 0.922 0.999 8235 chr4 4762922 4768631 + 0 NA intron (NR_125892, intron 1 of 2) intron (NR_125892, intron 1 of 2) 2289 NR_125892 101928279 Hs.586152 NR_125892 LOC101928279 - uncharacterized LOC101928279 ncRNA 0.645 0.400 nan 0.452 0.232 0.010 1.862 0.124 0.163 3.068 0.011 0.036 0.125 1.373 0.066 0.028 0.316 1.278 0.024 0.042 0.099 0.140 0.185 0.115 0.014 0.060 0.014 0.070 0.088 0.037 0.250 2.008 0.057 0.033 0.070 2.617 0.194 1.641 1.002 0.569 0.133 0.027 1.433 12.690 0.087 0.025 0.027 0.258 1.373 0.224 0.208 0.140 0.880 0.262 0.101 0.054 0.018 1.185 0.017 0.107 4.036 0.658 0.183 0.305 0.301 0.092 0.367 0.381 0.382 nan 0.119 0.254 0.404 0.126 0.152 0.307 0.364 0.345 0.198 0.428 0.416 0.146 0.539 0.229 0.460 nan 0.552 4348 chr16 48185401 48200319 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -12179 NM_033226 94160 Hs.410111 NM_033226 ENSG00000140798 ABCC12 MRP9 ATP binding cassette subfamily C member 12 protein-coding 0.782 0.619 1.170 0.256 0.193 0.079 3.648 0.331 0.227 0.045 0.345 1.606 0.009 0.060 0.108 0.706 0.158 0.139 0.602 0.643 0.083 0.065 0.137 0.110 0.185 0.645 0.209 0.098 0.138 0.488 0.076 0.560 0.183 0.365 1.460 0.251 0.045 0.057 0.073 1.369 0.063 0.338 0.162 0.142 0.944 0.133 0.384 1.106 0.535 0.166 0.980 1.633 0.706 0.462 0.967 0.185 0.074 0.226 0.143 0.199 0.143 0.741 0.026 0.199 1.042 0.058 0.031 0.354 0.299 0.142 0.200 0.290 0.390 0.255 0.072 0.837 0.890 0.268 0.451 0.411 0.427 0.504 0.365 0.245 0.256 0.088 0.146 0.246 0.689 0.569 0.526 6823 chr20 6554850 6580981 + 0 NA Intergenic Intergenic 148868 NR_146909 105372516 Hs.580741 NR_146909 LINC01713 - long intergenic non-protein coding RNA 1713 ncRNA 0.739 1.126 0.625 0.362 0.136 0.059 0.041 0.147 0.285 0.019 0.246 0.033 0.193 0.057 0.095 0.284 0.171 0.043 0.339 0.152 0.021 0.032 0.083 0.122 0.101 0.005 0.028 0.014 0.110 0.166 0.132 0.232 0.344 0.360 0.419 0.075 0.066 0.034 0.085 0.032 0.027 0.605 0.065 0.033 0.242 0.088 0.207 0.326 0.065 0.035 0.058 0.137 0.284 0.164 0.042 0.101 0.183 0.145 0.038 0.159 0.221 0.063 0.050 0.071 0.029 0.031 0.023 0.490 0.297 3.764 4.166 0.320 0.428 0.829 0.329 0.384 0.427 0.255 0.375 0.552 0.469 0.539 0.262 0.225 0.319 0.345 0.493 0.284 0.518 0.616 0.531 4414 chr16 67589168 67598866 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -2293 NM_001191022 10664 Hs.368367 NM_006565 ENSG00000102974 CTCF MRD21 CCCTC-binding factor protein-coding nan nan 3.268 2.904 4.154 1.608 1.883 1.754 3.642 1.784 3.839 1.773 0.723 1.994 2.376 3.117 1.731 0.358 3.829 1.201 4.939 2.108 1.034 0.507 3.745 1.880 2.539 2.476 2.579 0.555 1.370 3.093 2.777 3.634 1.360 2.975 0.765 2.314 0.102 1.245 1.794 5.604 4.184 2.025 0.984 0.916 2.962 1.720 3.555 2.808 2.062 3.895 3.117 4.422 2.499 3.745 1.225 1.678 1.091 3.119 1.557 1.877 0.839 1.274 1.656 1.462 1.113 4.053 4.184 2.220 2.987 4.692 4.328 3.246 1.912 8.133 8.461 1.843 nan 3.770 5.984 5.009 5.759 1.930 3.701 2.639 2.413 4.315 3.773 2.141 1.124 5065 chr17 78690175 78769284 + 0 NA intron (NM_020761, intron 6 of 33) intron (NM_020761, intron 6 of 33) 49703 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 1.217 1.119 1.226 0.240 1.176 0.794 1.881 0.481 0.975 0.061 1.106 1.196 0.016 0.237 2.747 1.624 0.656 0.144 0.800 0.463 0.846 0.040 0.473 0.370 1.266 1.043 0.682 0.217 0.555 0.416 0.320 1.162 0.209 2.141 0.912 0.614 0.227 0.103 0.112 0.754 0.257 1.316 0.255 0.126 0.594 0.290 0.220 1.820 0.582 0.596 0.209 0.786 1.624 0.609 0.559 1.266 0.149 0.461 0.258 0.282 2.086 0.564 0.730 0.176 1.222 0.301 0.321 0.647 0.867 0.357 0.608 2.764 2.336 1.454 0.410 0.542 0.559 nan 1.897 3.732 3.685 0.871 0.617 0.698 1.055 1.216 1.457 0.478 0.882 nan 0.815 4859 chr17 49229760 49236614 + 0 NA intron (NM_000269, intron 2 of 4) intron (NM_000269, intron 2 of 4) 2267 NM_000269 4830 Hs.463456 NM_000269 ENSG00000239672 NME1 AWD|GAAD|NB|NBS|NDKA|NDPK-A|NDPKA|NM23|NM23-H1 NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 1 protein-coding 3.885 1.644 nan 2.983 1.814 0.826 2.457 1.066 1.861 0.602 2.239 1.935 1.736 0.313 1.285 1.394 1.193 0.117 1.955 0.926 1.029 0.683 1.227 0.893 1.828 1.614 1.369 1.017 1.473 0.547 2.137 nan 1.259 2.481 1.183 3.118 0.415 2.479 0.132 1.113 1.191 2.110 1.212 0.657 1.889 0.699 1.877 2.554 2.021 3.000 1.803 1.008 1.394 2.554 2.013 1.828 0.850 1.036 1.246 2.647 1.356 1.569 1.027 1.936 0.715 0.922 0.698 3.101 3.067 2.131 2.873 4.063 nan 3.885 1.403 7.046 7.411 2.621 3.806 5.154 nan 9.415 10.724 2.121 4.003 3.707 3.370 4.056 6.954 2.661 1.769 6885 chr20 21485893 21518698 + 0 NA Intergenic CpG -7631 NM_002509 4821 Hs.516922 NM_002509 ENSG00000125820 NKX2-2 NKX2.2|NKX2B NK2 homeobox 2 protein-coding 1.253 0.849 nan 0.033 0.177 0.049 0.026 2.099 3.936 0.017 0.080 0.011 0.008 0.076 0.073 0.160 0.113 0.074 0.026 0.011 0.216 0.025 0.913 0.453 1.948 0.151 0.101 0.092 0.056 0.016 0.088 0.125 0.084 1.017 0.040 0.124 0.350 0.062 0.066 0.051 0.266 0.101 0.026 0.024 0.013 0.030 0.047 0.141 0.186 0.235 0.089 0.040 0.160 0.026 0.023 1.948 0.034 0.076 0.857 0.520 2.227 0.032 0.027 0.079 0.025 0.072 0.046 0.702 0.951 0.496 0.668 7.188 7.137 3.944 1.288 0.284 0.233 0.669 1.020 0.292 0.774 2.668 2.575 0.183 0.267 1.461 1.834 0.189 0.274 2.559 1.094 2558 chr12 26303276 26308451 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -27860 NM_030762 79365 Hs.177841 NM_030762 ENSG00000123095 BHLHE41 BHLHB3|DEC2|SHARP1|hDEC2 basic helix-loop-helix family member e41 protein-coding nan nan nan 1.607 0.170 0.011 2.056 0.094 0.254 1.109 6.220 0.024 0.135 0.048 0.800 0.092 1.863 0.878 0.378 0.027 0.150 0.129 0.023 1.725 0.671 0.056 1.948 0.918 0.793 1.965 0.880 0.237 1.449 0.095 0.037 0.055 0.151 6.883 0.062 0.694 0.174 0.121 0.878 0.433 1.915 3.678 0.173 1.102 1.018 0.374 0.048 1.577 3.443 0.023 0.218 0.224 0.461 0.020 0.758 0.577 0.070 3.089 0.612 0.379 0.203 0.252 0.368 0.498 0.265 0.377 0.233 0.081 0.379 0.507 0.357 0.450 0.287 0.401 0.406 0.132 0.681 0.751 0.039 0.039 0.240 0.469 0.142 0.229 11998 chrX 153143169 153177203 + 0 NA Intergenic Intergenic -7799 NR_027419 554 Hs.567240 NM_000054 ENSG00000126895 AVPR2 ADHR|DI1|DIR|DIR3|NDI|V2R arginine vasopressin receptor 2 protein-coding 1.576 0.804 1.181 1.327 0.187 0.668 0.156 0.480 1.013 0.036 0.157 0.035 0.035 0.150 2.095 0.953 0.046 0.052 0.037 0.028 0.024 0.049 0.138 0.104 0.622 0.037 0.038 0.082 0.067 0.040 0.067 0.213 0.060 0.989 0.034 0.251 0.093 0.054 0.054 0.021 0.378 1.028 0.066 0.030 0.032 0.057 0.280 0.638 0.176 0.113 0.016 0.121 0.953 0.078 0.027 0.622 0.025 0.188 0.639 1.239 0.227 0.144 0.338 0.232 0.172 0.034 0.012 1.028 2.133 0.169 0.251 1.313 1.328 0.773 0.252 0.175 0.183 0.341 0.555 0.225 0.353 3.185 3.325 0.448 0.624 0.331 0.382 0.562 1.167 0.469 0.352 10253 chr7 26539029 26601654 + 0 NA intron (NR_148502, intron 4 of 4) intron (NR_148502, intron 4 of 4) 8103 NR_022006 9808 Hs.69749 NM_014769 ENSG00000122548 KIAA0087 - KIAA0087 lncRNA ncRNA 2.055 1.287 2.303 0.910 2.560 0.562 0.529 0.981 2.121 0.041 0.079 0.102 0.015 0.275 0.749 0.527 0.111 0.095 0.057 0.015 0.029 0.033 0.988 0.681 0.440 0.813 0.439 0.019 0.539 0.061 0.103 0.393 0.211 0.543 0.051 0.070 1.059 0.047 0.159 0.215 0.261 0.449 0.046 0.031 0.475 0.103 0.758 0.220 0.072 0.036 0.069 0.096 0.527 0.050 0.061 0.440 0.082 0.057 0.091 0.061 0.394 0.396 0.166 0.805 0.132 0.026 0.012 0.645 0.577 0.290 nan 0.842 0.987 4.922 1.752 0.430 0.418 0.507 0.867 3.093 2.743 0.555 0.304 0.340 0.460 2.917 3.114 0.636 nan 1.639 0.984 10499 chr7 92320505 92362238 + 0 NA intron (NM_001259, intron 4 of 7) AluYk4|SINE|Alu -121663 NR_109929 257415 Hs.18564 NM_152789 ENSG00000234545 FAM133B - family with sequence similarity 133 member B protein-coding nan 0.759 nan 1.552 0.236 0.047 0.564 0.190 0.454 0.204 0.679 0.852 0.182 0.093 0.123 0.268 1.699 0.181 0.472 0.215 0.379 0.159 0.176 0.165 0.077 0.162 0.109 0.113 0.531 0.303 0.090 0.203 0.253 0.258 0.265 0.328 0.041 3.022 0.200 0.432 0.046 0.228 0.288 0.185 0.200 0.219 0.192 0.577 0.421 1.335 0.409 0.188 0.268 0.270 0.027 0.077 0.385 0.110 0.040 0.078 0.140 0.469 0.166 0.170 0.628 2.377 2.711 0.389 0.323 0.489 0.948 0.250 0.278 0.459 0.172 0.901 0.825 0.849 1.159 0.311 0.333 1.050 0.657 0.397 0.559 0.334 0.418 0.432 nan 0.901 0.821 5923 chr2 15812026 15820204 + 0 NA Intergenic Intergenic -14791 NR_110201 101926966 Hs.502835 NR_110201 ENSG00000231031 LINC01804 - long intergenic non-protein coding RNA 1804 ncRNA 0.608 0.523 0.650 0.600 0.248 0.429 1.284 0.138 0.135 0.011 0.125 0.088 0.017 0.028 0.133 0.047 0.052 0.059 0.128 0.047 0.046 0.019 0.072 0.124 0.029 0.303 0.150 0.015 0.382 0.216 0.805 2.983 0.374 1.793 0.018 0.047 0.052 0.028 0.077 0.275 0.049 0.263 0.076 0.086 1.080 0.368 0.048 0.195 0.463 0.131 0.059 0.100 0.047 0.130 0.384 0.029 0.283 0.101 0.024 0.080 0.050 0.064 2.733 0.114 0.385 0.070 0.031 0.305 0.210 0.285 0.654 0.283 0.329 0.236 0.096 0.164 0.102 0.180 0.299 0.332 nan 0.534 0.324 6.863 9.696 0.042 0.039 0.415 nan 0.270 0.399 4851 chr17 48695076 48800781 + 0 NA intron (NM_003786, intron 17 of 30) L2a|LINE|L2 35710 NM_003786 8714 Hs.463421 NM_003786 ENSG00000108846 ABCC3 ABC31|EST90757|MLP2|MOAT-D|MRP3|cMOAT2 ATP binding cassette subfamily C member 3 protein-coding 1.630 1.372 nan 1.022 0.750 0.529 3.597 0.643 1.127 0.597 3.572 2.352 0.394 0.545 0.549 0.646 0.919 0.252 2.364 1.217 2.118 0.209 0.513 0.312 0.634 2.502 2.449 0.384 1.659 1.148 2.276 nan 1.918 1.259 0.962 3.087 0.168 0.516 0.122 1.336 0.330 3.258 1.750 0.841 1.797 1.418 2.218 2.049 5.240 1.866 1.659 2.345 0.646 1.661 1.395 0.634 1.191 1.551 0.353 1.936 1.155 1.154 0.579 0.384 1.038 0.715 0.478 1.245 1.480 0.968 1.340 1.412 nan 1.558 0.819 2.572 2.809 0.853 1.255 2.737 nan 1.845 1.597 0.981 1.316 0.871 1.295 1.228 1.653 0.944 0.685 9505 chr6 23625791 23660845 + 0 NA Intergenic Intergenic -483096 NM_080723 140767 Hs.726270 NM_080723 ENSG00000152954 NRSN1 VMP|p24 neurensin 1 protein-coding 2.458 1.026 nan 0.081 2.369 0.197 0.032 1.321 2.664 0.005 0.057 0.026 0.013 0.051 0.316 1.021 0.080 0.110 0.097 0.027 0.034 0.004 0.328 0.181 4.388 0.053 0.019 0.002 0.066 0.012 0.049 0.081 0.084 nan 0.034 0.054 0.283 0.081 0.111 0.010 0.817 0.079 0.019 0.004 0.028 0.016 0.063 0.063 0.028 0.063 0.011 0.038 1.021 0.065 0.016 4.388 0.035 0.040 0.521 0.032 0.365 0.022 0.050 0.498 0.028 0.010 0.007 0.479 0.312 0.362 nan 4.910 5.764 nan 1.755 0.286 0.224 1.418 1.714 0.295 0.351 1.843 1.300 0.153 0.265 1.064 0.819 0.423 1.378 1.698 1.051 1085 chr1 209001377 209016476 + 0 NA Intergenic Intergenic 106893 NR_146914 105372893 Hs.568720 NR_146914 ENSG00000232812 LINC01717 - long intergenic non-protein coding RNA 1717 ncRNA 0.931 1.259 1.161 0.043 2.767 1.120 0.050 1.241 2.114 0.006 0.088 0.086 0.021 0.244 0.082 3.157 0.070 0.078 0.028 0.012 0.025 0.018 1.890 0.684 1.479 0.028 0.028 0.005 0.027 0.014 0.032 0.064 0.088 2.350 0.010 0.076 0.715 0.022 0.094 1.251 0.115 0.024 0.021 0.058 0.071 0.070 0.166 0.065 0.009 0.016 0.048 3.157 0.028 0.031 1.479 0.016 0.038 0.031 0.599 0.011 0.019 0.033 0.020 0.034 0.007 0.536 0.270 0.309 0.314 2.076 2.060 6.763 2.481 nan nan 1.337 1.684 3.849 4.663 0.344 0.156 0.098 0.106 3.415 3.381 0.339 0.430 3.076 1.578 11617 chr9 87458507 87469451 + 0 NA intron (NM_001018064, intron 11 of 16) intron (NM_001018064, intron 11 of 16) 178687 NM_001018064 4915 Hs.494312 NM_006180 ENSG00000148053 NTRK2 EIEE58|GP145-TrkB|OBHD|TRKB|trk-B neurotrophic receptor tyrosine kinase 2 protein-coding 0.752 1.848 0.748 0.066 0.135 0.066 0.074 0.207 0.138 0.035 0.073 0.017 0.020 0.018 0.016 2.024 0.150 0.147 0.068 0.040 0.013 0.743 0.354 0.077 0.064 0.053 0.137 0.039 0.118 1.027 0.077 1.412 0.173 1.005 0.503 0.020 0.081 0.118 0.014 0.101 0.022 0.007 0.020 0.071 0.088 0.145 0.940 0.026 0.310 0.127 2.024 0.097 0.025 0.077 0.246 0.045 0.144 0.058 0.269 0.187 0.046 0.126 0.014 0.195 0.107 0.233 0.216 0.779 0.739 0.385 0.429 2.537 0.605 0.167 0.106 0.101 0.146 0.371 0.584 0.233 0.175 0.152 0.198 2.243 2.945 0.183 0.259 3.345 1.811 10276 chr7 29644941 29666910 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 50776 NM_001329997 222171 Hs.91109 NM_175887 ENSG00000176532 PRR15 - proline rich 15 protein-coding 1.438 1.303 1.575 0.719 0.381 0.049 0.605 0.249 0.604 0.196 0.198 0.349 0.119 0.128 0.174 0.417 0.154 0.103 0.581 0.531 0.049 0.025 0.543 0.215 0.470 0.709 0.360 0.017 0.752 0.187 0.226 0.593 0.283 0.470 0.473 0.482 0.030 0.079 0.118 0.291 0.112 0.459 0.107 0.074 0.170 0.217 1.196 0.856 0.508 0.108 0.303 0.664 0.417 0.465 0.882 0.470 0.792 0.649 0.053 0.204 0.558 0.708 0.134 0.875 0.218 0.097 0.067 0.628 0.628 0.248 nan 0.381 0.453 4.904 1.994 0.907 1.019 0.241 0.528 0.531 0.575 0.314 0.156 0.467 0.369 0.477 0.715 0.898 nan 1.428 0.769 1714 chr10 129704538 129709452 + 0 NA intron (NM_001323355, intron 1 of 19) intron (NM_001323355, intron 1 of 19) 1670 NM_001316676 5791 Hs.127022 NM_006504 ENSG00000132334 PTPRE HPTPE|PTPE|R-PTP-EPSILON protein tyrosine phosphatase, receptor type E protein-coding nan 1.299 1.297 1.478 0.036 0.022 2.572 0.162 0.279 1.873 4.380 1.259 1.288 0.018 0.207 1.636 0.147 5.189 2.657 0.065 0.028 0.127 0.073 2.505 3.370 0.152 5.904 2.196 5.125 7.858 3.979 1.150 1.243 0.021 0.020 0.065 0.069 0.847 0.030 1.424 0.197 0.143 2.127 1.951 1.489 0.263 0.364 0.378 0.048 1.756 0.207 8.676 2.641 0.073 0.779 2.798 0.059 0.508 2.496 1.380 0.099 0.644 0.492 0.432 0.985 1.420 0.151 0.194 0.581 0.440 0.309 0.111 0.478 0.293 0.023 0.122 0.112 0.151 0.247 0.321 1.744 3.435 0.058 0.031 0.522 0.661 0.280 0.330 8168 chr3 193982453 193994333 + 0 NA Intergenic Intergenic -20451 NR_125403 100505920 Hs.436654 NR_125403 ENSG00000225742 LINC02036 - long intergenic non-protein coding RNA 2036 ncRNA nan 1.425 1.487 0.504 0.163 0.638 1.611 0.271 0.650 0.241 0.134 1.287 0.168 0.151 0.830 1.732 0.479 0.253 0.080 0.079 0.151 0.349 0.236 0.291 3.839 3.842 0.129 0.144 0.070 1.773 7.746 0.114 nan 0.067 0.172 0.186 0.155 0.054 0.020 0.120 0.186 0.311 0.170 0.219 0.052 2.094 0.183 0.452 0.513 0.139 2.067 0.830 0.252 0.083 0.291 0.114 0.147 0.118 0.563 1.474 1.265 0.069 0.467 0.428 0.044 0.030 0.413 0.646 0.409 0.975 0.416 0.393 1.307 0.599 0.680 0.683 0.369 0.749 0.897 0.884 0.742 0.512 0.365 0.321 0.633 0.589 0.478 1.066 0.811 0.530 1403 chr10 27521957 27533191 + 0 NA intron (NM_001042473, intron 2 of 12) intron (NM_001042473, intron 2 of 12) 2234 NM_001352586 91452 Hs.530597 NM_145698 ENSG00000107897 ACBD5 - acyl-CoA binding domain containing 5 protein-coding 2.763 4.424 3.793 2.808 0.923 1.508 1.393 1.916 3.363 0.920 2.909 1.496 1.016 0.567 1.329 1.298 4.382 0.578 2.206 0.943 4.751 1.162 1.600 0.740 2.630 1.447 1.584 1.711 2.002 0.719 1.734 2.059 1.357 4.929 0.781 2.118 0.214 2.019 0.109 1.345 1.434 1.304 3.118 1.354 1.561 1.209 1.364 1.457 4.536 2.030 2.935 1.913 1.298 1.863 2.281 2.630 1.594 1.540 0.855 2.425 1.530 1.805 0.867 0.902 0.990 1.928 1.410 3.766 4.249 4.117 5.319 3.635 2.814 4.418 1.385 4.001 4.259 4.041 5.163 3.056 4.123 3.235 3.309 1.004 1.805 1.399 1.413 1.887 2.793 1.885 1.055 11376 chr8 143837755 143878727 + 0 NA promoter-TSS (NM_001356370) promoter-TSS (NM_001356370) 197 NM_177476 66004 Hs.158665 NM_177457 ENSG00000180155 LYNX1 - Ly6/neurotoxin 1 protein-coding 1.621 0.732 nan 0.511 0.114 1.200 1.649 0.253 0.601 0.891 0.158 0.068 0.097 0.108 0.190 0.175 0.088 0.098 1.249 0.462 0.060 0.118 0.085 0.082 0.166 0.119 0.055 0.120 0.377 0.760 2.062 6.595 0.889 2.614 1.006 0.073 0.018 0.127 0.059 0.049 0.025 0.142 0.058 0.038 0.214 0.795 1.684 0.172 0.605 0.099 0.064 0.240 0.175 1.208 0.034 0.166 0.319 0.818 0.123 0.505 0.184 0.170 0.108 0.049 0.033 0.027 0.016 0.316 0.341 0.157 0.256 nan 1.553 nan 0.122 0.272 0.287 0.219 0.410 0.123 0.110 0.578 0.389 0.485 0.551 0.198 0.237 0.245 0.327 0.676 0.503 9146 chr5 123208952 123212847 + 0 NA Intergenic Intergenic 329788 NM_004384 1456 Hs.129206 NM_004384 ENSG00000151292 CSNK1G3 CKI-gamma 3|CSNK1G3L casein kinase 1 gamma 3 protein-coding nan 2.039 0.894 0.226 0.359 0.330 0.121 2.808 4.758 0.141 1.738 0.048 0.229 0.138 0.276 0.444 0.041 0.081 0.033 6.197 0.262 0.104 1.614 0.373 0.206 0.056 0.088 0.374 2.216 0.108 2.445 0.420 0.704 0.220 0.520 0.147 0.092 0.712 0.032 0.031 0.040 0.060 0.025 0.810 0.275 0.199 2.329 0.308 0.276 0.091 0.046 1.614 0.062 0.021 0.024 0.151 0.809 0.041 0.332 0.785 0.219 0.018 0.013 3.449 2.762 12.421 12.051 1.771 1.425 4.099 2.562 6.551 6.856 1.007 1.512 1.106 1.211 0.478 0.240 1.426 1.743 0.736 0.744 0.677 2.243 0.827 0.420 1497 chr10 65294147 65323141 + 0 NA intron (NM_001001330, intron 1 of 7) intron (NM_001001330, intron 1 of 7) -26809 NM_001322258 221037 Hs.413416 NM_004241 ENSG00000171988 JMJD1C KDM3C|TRIP-8|TRIP8 jumonji domain containing 1C protein-coding 0.946 nan 1.137 1.566 0.098 0.038 1.219 0.194 0.342 0.261 0.459 0.825 0.066 0.034 0.051 0.084 0.810 0.226 0.562 0.287 0.096 0.029 0.206 0.160 0.191 0.595 0.313 0.026 1.133 0.809 0.223 0.499 0.136 0.316 0.319 0.089 0.029 0.088 0.108 0.449 0.047 1.313 0.171 0.100 0.984 0.412 0.724 0.623 0.124 0.154 0.030 0.225 0.084 0.358 0.980 0.191 0.236 0.091 0.339 0.080 0.046 0.737 0.027 0.299 0.698 0.042 0.026 0.432 0.357 1.261 2.855 0.250 0.326 0.421 0.205 0.411 0.393 3.531 3.592 0.417 0.501 0.903 0.695 0.124 0.185 0.118 0.152 0.462 nan 0.430 0.293 497 chr1 87236898 87261999 + 0 NA Intergenic L1MB2|LINE|L1 79195 NM_001206653 51100 Hs.136309 NM_016009 ENSG00000097033 SH3GLB1 Bif-1|CGI-61|PPP1R70|dJ612B15.2 SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 protein-coding 1.111 nan nan 0.406 1.065 1.139 0.517 0.501 0.833 0.065 0.926 3.289 1.353 1.040 0.848 0.443 3.043 0.179 0.362 0.221 0.064 0.028 0.430 0.272 2.184 0.813 0.404 0.091 0.603 0.255 0.720 2.109 0.651 2.752 0.161 1.522 0.183 0.065 0.119 0.131 0.221 0.745 0.384 0.248 0.945 0.415 0.468 0.521 0.425 0.457 0.453 0.302 0.443 0.119 2.218 2.184 0.185 0.026 0.117 0.146 0.716 0.737 0.039 0.133 0.264 0.142 0.187 0.374 0.231 0.237 0.432 2.196 1.960 4.115 1.219 0.407 0.381 1.055 1.549 7.345 6.068 0.678 0.386 0.228 0.221 0.937 0.983 0.384 1.034 2.207 1.193 4236 chr16 12006506 12012015 + 0 NA exon (NM_001130006, exon 1 of 15) exon (NM_001130006, exon 1 of 15) 565 NM_001130006 2935 Hs.528780 NM_002094 ENSG00000103342 GSPT1 551G9.2|ETF3A|GST1|eRF3a G1 to S phase transition 1 protein-coding 3.400 2.881 nan 6.605 5.056 0.643 3.718 0.901 2.186 3.062 4.736 1.772 6.159 2.909 1.828 2.334 1.739 0.150 4.221 1.274 3.136 0.762 2.306 0.931 4.955 3.043 3.515 2.022 4.673 1.178 6.223 9.331 4.000 3.490 1.323 2.333 0.726 1.319 0.071 1.077 1.340 4.413 2.184 1.333 3.180 2.383 5.058 2.232 3.455 2.410 5.454 4.708 2.334 4.812 3.914 4.955 1.435 2.244 0.789 2.961 1.650 4.433 2.176 1.159 1.873 1.484 1.130 2.412 2.389 1.699 2.809 3.062 2.303 8.488 3.303 6.260 6.920 2.510 3.287 3.161 4.968 nan 5.637 2.909 6.276 3.924 4.575 3.144 3.213 3.170 1.857 10465 chr7 81733665 81746578 + 0 NA intron (NM_000722, intron 6 of 38) L2a|LINE|L2 101628 NR_110077 101927356 Hs.571348 NR_110076 ENSG00000223770 LOC101927356 - uncharacterized LOC101927356 ncRNA 1.130 0.800 0.926 0.067 0.258 1.261 0.325 1.645 2.645 0.168 0.618 0.029 0.031 0.326 1.109 0.226 0.075 0.304 0.266 0.084 0.294 0.377 0.405 0.268 0.005 0.028 0.195 0.098 0.056 0.117 0.125 0.415 0.241 0.514 0.672 0.080 0.207 0.450 0.141 0.189 0.042 0.102 0.192 0.030 0.060 0.448 0.353 0.285 0.018 0.052 1.109 0.071 0.287 0.268 0.161 0.058 0.159 0.032 0.158 0.047 0.600 0.147 0.027 0.012 0.532 0.422 0.260 0.252 0.350 0.595 2.157 1.130 0.186 0.181 0.971 1.286 0.424 0.444 0.606 0.343 0.153 0.334 3.258 4.893 1.663 nan 0.544 0.382 4615 chr17 16384827 16396439 + 0 NA intron (NM_001113567, intron 1 of 3) intron (NM_001113567, intron 1 of 3) 4872 NM_001113567 388341 Hs.25425 NM_207387 ENSG00000181350 LRRC75A C17orf76|FAM211A leucine rich repeat containing 75A protein-coding 1.279 1.463 1.624 0.360 2.278 4.160 0.343 0.925 1.808 0.025 0.991 0.363 0.027 1.352 2.931 2.201 0.347 0.041 0.336 0.163 0.054 0.060 1.340 0.828 5.115 0.233 0.093 0.186 0.203 0.091 0.790 2.464 0.736 5.711 0.241 0.127 0.205 0.185 0.043 0.285 0.156 0.336 0.234 0.181 0.347 0.139 0.108 0.136 0.797 0.796 0.258 0.473 2.201 0.378 0.298 5.115 0.465 0.232 1.021 1.092 12.116 0.269 0.490 0.296 0.261 0.084 0.059 1.768 3.496 1.375 nan 6.931 5.713 3.110 0.879 1.009 1.165 1.193 1.576 7.151 7.329 nan 0.840 0.663 1.389 0.933 1.054 0.479 0.563 2.068 0.926 169 chr1 24688756 24703249 + 0 NA intron (NM_178122, intron 6 of 7) L2b|LINE|L2 -43975 NM_001322854 57185 Hs.523442 NM_020448 ENSG00000001461 NIPAL3 DJ462O23.2|NPAL3 NIPA like domain containing 3 protein-coding 0.970 0.686 nan 1.141 0.193 0.100 2.555 0.233 0.383 0.139 0.279 0.679 0.077 0.048 0.161 0.747 0.271 0.133 0.786 0.849 0.103 0.055 0.113 0.136 0.107 0.629 0.280 0.121 0.322 2.277 0.386 1.246 0.627 0.906 0.894 0.547 0.007 0.101 0.122 0.222 0.050 0.178 0.113 0.043 1.401 0.580 0.933 0.180 0.884 0.279 0.376 1.231 0.747 1.356 2.554 0.107 0.592 2.406 0.288 0.382 0.042 0.337 0.082 0.292 0.253 0.083 0.056 0.401 0.391 0.441 1.273 0.802 1.090 0.387 0.108 0.398 0.509 0.312 0.506 0.581 0.779 0.610 0.471 0.280 0.379 0.151 0.260 0.495 1.433 0.423 0.334 6789 chr20 980567 987068 + 0 NA promoter-TSS (NM_001040007) promoter-TSS (NM_001040007) -910 NM_001029871 343637 Hs.444980 NM_001029871 ENSG00000101282 RSPO4 C20orf182|CRISTIN4 R-spondin 4 protein-coding 0.659 0.739 0.533 0.078 0.093 0.171 0.011 0.123 0.225 0.199 0.096 0.028 0.076 0.069 0.178 0.037 0.049 0.128 0.038 0.064 0.073 0.051 0.037 0.064 0.033 0.632 0.049 0.033 0.072 0.143 0.082 1.020 0.022 0.059 0.072 0.083 0.069 0.328 0.122 0.046 0.035 0.050 0.082 0.133 0.169 0.088 0.370 0.036 0.021 0.178 0.099 0.014 0.037 0.037 0.114 0.492 1.564 0.094 0.069 9.405 0.132 0.001 0.009 0.004 12.098 15.023 0.345 0.296 0.277 0.290 0.653 0.245 1.059 1.144 0.154 0.281 0.255 0.305 2.169 1.741 11.449 15.717 0.051 0.103 0.610 0.677 0.280 0.207 2579 chr12 28174057 28189597 + 0 NA Intergenic Tigger16a|DNA|TcMar-Tigger -56911 NM_198965 5744 Hs.591159 NM_002820 ENSG00000087494 PTHLH BDE2|HHM|PLP|PTHR|PTHRP parathyroid hormone like hormone protein-coding nan nan nan 0.316 0.379 0.523 1.976 0.055 0.180 0.067 1.149 3.563 0.020 0.102 0.246 0.298 0.105 0.062 3.107 2.156 0.345 0.182 0.182 0.031 0.909 0.442 0.048 1.243 1.249 1.057 3.214 0.674 0.409 1.852 1.405 0.018 0.035 0.122 7.884 0.127 0.693 0.369 0.246 0.358 0.890 0.433 0.886 0.723 0.532 0.360 0.603 0.298 2.855 0.150 0.031 0.702 0.127 2.239 0.143 0.720 0.579 0.040 0.151 2.909 0.037 0.004 0.168 0.104 0.685 1.622 0.892 0.850 0.363 0.117 0.721 0.767 1.077 1.306 0.588 0.706 1.170 1.111 0.122 0.174 0.122 0.434 0.266 0.493 0.405 0.479 398 chr1 55840205 55852608 + 0 NA Intergenic Intergenic 155092 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.224 0.720 1.682 0.064 0.158 0.193 3.566 0.116 0.225 0.023 0.192 0.563 0.020 0.024 0.044 0.490 0.248 0.109 0.216 0.137 0.295 0.023 0.025 0.101 0.077 0.849 0.205 0.118 0.162 0.581 0.111 nan 0.273 0.938 0.167 0.139 0.071 0.127 0.301 0.090 0.517 0.267 0.320 0.660 0.415 0.163 0.221 0.849 0.280 0.662 0.427 0.490 0.117 0.945 0.077 0.218 0.433 0.210 0.351 0.085 0.434 0.072 0.380 0.361 0.037 0.016 0.316 0.202 0.321 1.032 0.651 0.744 0.178 0.108 0.334 0.419 1.129 1.514 0.734 0.593 0.409 0.225 0.155 0.191 0.037 0.073 0.439 nan 0.690 0.467 7325 chr22 23448047 23461911 + 0 NA intron (NM_002073, intron 2 of 2) intron (NM_002073, intron 2 of 2) 29262 NM_014433 27156 Hs.526920 NM_014433 ENSG00000100218 RSPH14 RTDR1 radial spoke head 14 homolog protein-coding 1.369 nan 2.989 0.107 0.688 1.536 0.083 0.246 0.492 0.141 0.073 0.005 0.405 0.926 1.121 0.092 0.012 0.106 0.041 0.068 0.030 1.132 0.283 1.251 0.038 0.230 0.113 0.081 nan 0.129 1.331 0.042 0.086 0.736 0.071 0.052 0.127 0.073 0.017 0.006 0.008 0.066 0.103 0.080 0.070 0.062 0.011 0.091 1.121 0.165 0.034 1.251 0.009 0.051 0.778 0.159 3.068 0.088 0.100 0.329 0.028 0.025 0.008 0.568 1.167 0.312 0.503 3.729 2.853 2.532 1.249 0.820 0.804 1.101 1.855 1.830 2.888 1.307 1.540 0.334 0.364 2.376 2.775 0.553 0.911 5.772 3.305 3182 chr13 61155933 61160394 + 0 NA Intergenic MER74A|LTR|ERVL -88926 NR_047003 101926930 Hs.578045 NR_047003 LINC00378 - long intergenic non-protein coding RNA 378 ncRNA nan 1.059 nan 0.016 0.019 0.026 0.205 0.072 0.144 0.087 1.157 0.082 1.914 3.341 0.359 6.974 5.007 0.042 0.035 0.214 0.079 0.064 0.339 0.094 0.164 0.581 0.747 0.284 0.432 0.339 0.053 0.027 0.180 0.103 0.027 0.087 0.173 0.223 0.147 0.403 0.128 0.096 0.035 0.150 1.914 5.277 0.041 0.214 0.147 0.109 0.104 0.046 0.942 0.044 0.193 0.298 0.026 0.012 0.644 0.792 0.253 0.581 0.261 0.391 0.514 0.148 0.072 0.102 0.140 0.276 0.101 0.156 0.627 0.393 0.168 0.237 0.116 0.237 0.558 0.583 0.227 0.167 3934 chr15 45369346 45385869 + 0 NA Intergenic Intergenic 28752 NM_014080 50506 Hs.71377 NM_014080 ENSG00000140279 DUOX2 LNOX2|NOXEF2|P138-TOX|TDH6|THOX2 dual oxidase 2 protein-coding 0.863 0.496 nan 0.075 0.043 0.194 0.081 0.164 0.231 0.023 0.169 3.598 0.013 0.078 0.103 0.144 0.145 0.149 0.096 0.058 0.054 0.066 0.160 0.253 0.084 0.026 0.080 0.042 0.082 0.300 0.061 0.233 0.035 0.101 0.052 0.046 0.082 0.057 0.197 0.061 0.081 0.029 0.121 0.037 0.075 0.151 0.141 0.043 0.029 0.139 0.144 0.093 0.011 0.253 0.111 0.050 0.476 0.049 0.031 0.066 0.022 0.092 0.031 0.009 0.320 0.182 0.325 0.356 0.572 0.779 0.783 0.163 0.138 0.189 0.226 nan 0.308 0.301 1.144 0.836 0.258 0.261 0.163 0.193 0.224 0.270 0.789 0.693 955 chr1 185527596 185566308 + 0 NA intron (NR_110793, intron 2 of 3) MER11A|LTR|ERVK 50668 NR_110793 101929093 Hs.535227 NR_110793 ENSG00000228309 LINC01350 GS1-204I12.1 long intergenic non-protein coding RNA 1350 ncRNA nan nan 0.845 0.168 0.231 0.164 0.139 0.294 0.497 0.168 0.094 0.138 0.426 0.068 0.156 0.297 0.195 0.200 0.167 0.088 0.694 0.014 0.354 0.204 0.448 0.028 0.015 0.375 0.101 0.036 0.112 0.285 0.089 0.767 0.419 0.090 0.007 0.503 0.132 0.018 0.102 0.468 0.072 0.018 0.040 0.036 0.074 0.116 0.123 0.040 0.250 0.065 0.297 0.159 0.048 0.448 0.275 0.056 0.057 0.234 0.081 0.014 0.240 0.060 0.047 0.269 0.115 0.818 0.926 2.169 6.732 0.660 nan 0.294 0.181 nan 0.397 0.438 0.649 0.928 1.682 0.378 0.164 0.839 0.863 0.085 0.123 0.287 nan 0.974 0.691 7358 chr22 27519779 27537376 + 0 NA Intergenic GA-rich|Low_complexity|Low_complexity -54901 NM_001318392 105372977 Hs.743180 NM_001318392 LOC105372977 - uncharacterized LOC105372977 protein-coding nan 0.433 0.581 0.724 0.080 0.013 1.096 0.137 0.281 0.044 0.577 2.057 0.011 0.035 0.030 0.353 0.401 0.174 0.037 0.011 0.232 0.045 0.038 0.184 1.011 0.719 0.058 0.523 0.012 0.104 nan 0.052 0.290 0.054 0.526 0.016 0.018 0.099 0.255 0.073 0.034 0.378 0.280 0.352 0.113 0.617 7.191 0.328 0.053 0.108 0.532 0.353 0.076 0.032 0.184 0.222 0.061 0.388 0.055 0.023 1.972 0.017 0.049 2.393 1.139 0.774 0.332 0.450 0.467 nan 0.247 0.243 0.116 0.053 0.472 0.508 1.536 nan 0.164 0.292 0.758 0.584 0.185 0.162 0.079 0.071 0.074 nan 0.515 0.602 1888 chr11 34205907 34216300 + 0 NA intron (NM_145804, intron 3 of 16) AluJb|SINE|Alu 83992 NM_001144030 55226 Hs.577281 NM_024662 ENSG00000135372 NAT10 ALP|Kre33|NET43 N-acetyltransferase 10 protein-coding 1.463 1.325 nan 0.268 0.321 1.445 0.494 0.156 0.357 0.241 0.563 0.266 0.059 0.009 0.176 0.716 0.499 0.108 0.195 0.109 0.104 0.011 0.181 0.149 0.106 0.214 0.029 0.200 0.496 0.112 0.418 0.341 0.308 1.858 0.177 0.111 0.292 0.062 0.088 0.280 0.115 0.239 0.184 0.075 0.137 0.013 0.338 0.386 0.387 0.243 0.114 0.129 0.716 0.183 0.285 0.106 0.106 0.098 2.763 0.201 0.079 0.244 0.114 0.059 0.396 0.382 0.207 0.684 0.604 0.358 0.652 0.384 0.547 0.689 0.310 0.625 0.629 3.071 4.092 0.195 0.353 0.772 1.057 0.591 0.678 0.810 0.675 0.202 nan 0.922 0.705 7692 chr3 97534293 97558647 + 0 NA intron (NM_153605, intron 1 of 21) intron (NM_153605, intron 1 of 21) 5586 NM_153605 131544 Hs.733378 NM_153605 ENSG00000080200 CRYBG3 DKFZp667G2110|vlAKAP crystallin beta-gamma domain containing 3 protein-coding 1.558 1.085 1.768 0.324 0.320 0.199 0.800 0.291 0.625 0.125 0.265 0.170 0.059 0.114 0.903 0.316 0.323 0.092 0.628 0.318 0.031 0.119 0.842 0.496 0.840 0.295 0.201 0.127 1.011 0.383 0.515 0.767 0.424 0.632 0.378 0.135 0.410 0.227 0.101 0.150 0.428 0.417 0.314 0.202 0.821 0.280 0.664 0.413 0.578 0.423 0.305 0.459 0.316 0.496 0.418 0.840 0.156 0.275 0.690 0.489 1.351 0.332 0.076 1.686 0.238 0.073 0.052 0.358 0.216 0.440 0.610 2.611 2.214 0.764 0.238 0.585 0.557 1.914 2.509 0.963 1.246 8.045 7.652 0.135 0.282 1.172 1.352 1.570 2.198 1.228 0.693 3267 chr13 97764920 97779987 + 0 NA Intergenic Intergenic 59423 NR_125725 103625683 Hs.679591 NR_125725 ENSG00000233124 LINC00456 - long intergenic non-protein coding RNA 456 ncRNA 1.197 1.894 1.015 1.087 0.473 0.119 1.022 0.329 0.633 0.164 0.665 0.915 0.004 0.045 0.353 4.306 2.639 0.427 1.281 0.944 0.013 0.018 0.105 0.138 0.645 1.286 0.838 0.044 0.575 0.769 0.798 3.109 1.247 1.787 1.074 0.516 0.145 0.111 0.068 0.540 0.249 0.305 0.080 0.047 0.218 0.586 1.263 0.568 0.232 0.151 0.293 0.200 4.306 0.748 0.220 0.645 0.310 0.555 0.335 0.284 1.972 0.647 0.167 0.546 0.814 0.042 0.027 0.563 0.411 0.720 2.826 0.621 0.756 0.415 0.219 0.122 0.171 0.150 0.344 0.654 1.217 0.895 0.575 0.313 0.506 0.723 0.981 0.972 2.273 0.292 0.282 4119 chr15 86980399 86993987 + 0 NA intron (NM_152336, intron 18 of 24) L1MA5|LINE|L1 -126994 NR_046012 727915 Hs.451281 NR_046012 ENSG00000260125 AGBL1-AS1 - AGBL1 antisense RNA 1 ncRNA 0.753 nan 1.066 0.037 0.071 0.021 0.026 0.035 0.132 0.075 0.040 0.013 0.037 0.054 0.245 0.117 0.106 0.062 0.046 0.010 0.058 0.121 0.015 0.016 0.011 0.078 0.008 0.042 0.076 0.046 0.238 0.032 0.091 0.007 0.040 0.070 0.065 0.054 0.013 0.012 0.024 0.028 0.083 0.155 0.060 0.016 0.023 0.040 0.245 0.031 0.034 0.015 0.027 0.018 0.680 0.013 0.023 0.006 0.030 0.140 0.050 0.013 0.318 0.170 0.175 0.169 0.230 0.229 0.113 0.058 0.065 0.077 0.221 0.378 0.191 0.262 5.461 7.154 0.140 0.280 0.040 0.034 0.368 0.938 0.097 0.196 2647 chr12 49207928 49218479 + 0 NA intron (NM_000725, intron 1 of 12) intron (NM_000725, intron 1 of 12) 949 NM_001206915 784 Hs.250712 NM_000725 ENSG00000167535 CACNB3 CAB3|CACNLB3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 3 protein-coding 2.648 nan 1.538 0.983 0.820 4.504 0.660 1.170 2.013 0.610 0.762 0.662 0.447 0.963 4.879 1.809 0.572 0.199 0.713 0.281 0.459 0.355 0.808 0.578 3.129 0.820 0.657 1.098 0.873 0.438 3.129 5.728 2.189 2.453 0.306 0.934 0.467 1.988 0.063 0.658 0.473 0.764 1.024 0.612 0.740 0.268 0.847 1.765 2.710 2.407 0.786 1.679 1.809 0.530 1.001 3.129 0.367 1.091 0.574 3.662 0.933 0.576 0.536 0.739 0.820 0.315 0.159 2.075 3.458 2.405 3.046 6.619 6.087 4.070 1.337 2.334 2.439 1.477 2.110 6.132 6.468 1.190 1.416 0.811 1.560 2.002 1.199 1.125 2.095 3.049 1.670 190 chr1 27111773 27117058 + 0 NA promoter-TSS (NM_001202554) promoter-TSS (NM_001202554) -39 NM_017837 55650 Hs.259605 NM_017837 ENSG00000060642 PIGV GPI-MT-II|HPMRS1|PIG-V phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class V protein-coding 5.759 3.841 nan 4.714 7.227 4.946 4.445 2.187 5.275 3.078 5.511 3.997 5.416 3.104 3.907 5.083 3.693 0.397 3.464 1.783 7.275 4.822 1.251 0.559 3.645 2.865 3.841 3.560 5.676 2.565 7.067 9.995 5.062 11.461 3.125 5.541 0.453 9.387 0.275 2.612 1.563 6.972 5.405 1.826 2.565 2.523 3.346 6.793 3.681 6.267 1.705 2.247 5.083 3.740 8.972 3.645 1.861 2.817 1.158 7.690 4.255 3.496 3.640 3.242 4.131 4.490 3.009 3.805 4.684 5.261 8.499 10.594 10.482 4.659 2.101 10.055 10.848 5.280 7.231 9.203 12.339 4.984 4.345 3.867 6.800 2.346 3.412 4.826 8.772 4.114 1.913 9775 chr6 76641332 76656963 + 0 NA intron (NM_001282368, intron 13 of 15) L1PA4|LINE|L1 133248 NM_001563 3617 Hs.590893 NM_001563 ENSG00000112706 IMPG1 GP147|IPM150|SPACR|VMD4 interphotoreceptor matrix proteoglycan 1 protein-coding nan nan 2.144 0.059 0.241 0.022 0.113 0.062 0.289 0.006 0.064 0.042 0.020 0.019 0.045 0.441 0.163 0.168 0.128 0.037 0.048 0.009 0.079 0.104 0.153 0.031 0.065 0.019 0.074 0.053 0.129 0.288 0.080 0.396 0.065 0.079 0.510 0.076 0.134 0.023 0.710 0.059 0.039 0.010 0.021 0.068 0.111 0.103 0.068 0.159 0.035 0.034 0.441 0.091 0.053 0.153 0.070 0.026 0.006 0.371 0.137 0.020 0.025 0.079 0.053 0.018 0.010 0.452 0.413 3.040 2.537 0.343 0.353 9.346 2.972 0.267 0.254 0.079 0.148 0.170 0.203 0.329 0.102 0.192 0.296 2.024 1.987 0.194 0.422 0.689 0.575 1808 chr11 12742111 12751546 + 0 NA intron (NM_021961, intron 2 of 12) MIR|SINE|MIR 50859 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 0.914 nan 1.776 2.397 4.146 5.653 2.784 1.213 2.801 0.779 0.794 1.399 4.537 0.984 3.581 2.139 1.043 0.101 2.744 1.043 1.002 0.044 1.747 0.618 6.176 1.186 0.591 0.226 1.698 2.211 3.154 5.674 3.450 4.546 1.194 1.302 0.777 0.115 0.084 0.539 0.837 0.509 0.319 0.207 1.014 1.333 2.087 0.330 2.181 0.336 0.143 1.231 2.139 3.366 0.715 6.176 1.391 2.034 0.258 0.465 0.527 0.750 0.164 0.127 0.657 0.024 0.038 nan 1.006 0.948 3.024 5.051 4.751 6.030 2.514 0.660 0.801 1.802 nan 4.744 5.148 0.364 0.228 0.336 0.619 2.671 3.656 0.347 0.870 2.708 nan 8918 chr5 55960146 55976060 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -66044 NM_001287053 101928448 Hs.208052 NM_001287053 ENSG00000225940 C5orf67 - chromosome 5 open reading frame 67 protein-coding nan nan 1.275 0.294 0.537 0.049 0.165 0.232 0.343 0.108 0.133 0.058 0.027 0.025 0.173 0.264 0.094 0.092 0.272 0.179 0.016 0.009 0.267 0.130 0.135 0.039 0.013 0.055 0.043 0.578 0.187 1.229 0.628 1.407 0.403 0.087 0.042 0.042 0.100 0.037 0.798 0.081 0.023 0.020 0.076 0.101 0.794 0.177 0.159 0.058 0.117 0.549 0.264 0.125 0.012 0.135 0.201 0.161 0.098 0.044 0.019 0.120 0.145 0.132 0.014 0.010 0.259 0.115 3.740 8.726 1.115 0.886 nan 0.849 0.266 0.252 0.185 0.285 0.493 0.366 nan 0.163 0.057 0.075 0.293 0.194 0.149 0.380 0.989 0.788 1739 chr11 690813 701229 + 0 NA promoter-TSS (NM_021008) promoter-TSS (NM_021008) -267 NM_001293634 10522 Hs.243994 NM_021008 ENSG00000177030 DEAF1 MRD24|NUDR|SPN|ZMYND5 DEAF1, transcription factor protein-coding 2.397 2.617 4.353 2.767 2.067 4.515 4.052 1.740 3.052 0.548 3.115 0.856 1.609 2.597 5.454 2.654 1.400 0.187 3.231 0.975 1.228 1.612 1.447 0.829 7.722 1.662 1.948 2.205 2.300 1.509 3.265 6.317 2.641 4.295 0.880 2.719 0.723 1.662 0.070 0.952 1.347 3.727 3.790 1.466 1.063 1.206 1.941 2.330 2.571 1.983 1.370 1.372 2.654 4.184 4.257 7.722 1.291 1.566 0.469 2.694 1.666 1.765 1.161 0.867 1.942 1.310 0.735 4.269 4.715 3.693 5.387 8.285 8.018 3.817 4.058 8.378 8.605 2.521 3.244 7.410 10.859 3.376 3.634 4.164 5.957 2.757 2.844 3.902 2.267 1.966 1.034 601 chr1 114346212 114356897 + 0 NA intron (NM_018364, intron 1 of 6) L1MD2|LINE|L1 3544 NR_130896 54665 Hs.486285 NM_018364 ENSG00000081019 RSBN1 KDM9|ROSBIN round spermatid basic protein 1 protein-coding nan 1.544 1.546 1.503 1.382 1.405 1.032 0.974 1.662 0.349 0.832 0.984 0.222 0.956 2.058 1.189 0.935 0.165 0.983 0.515 0.889 0.429 0.587 0.377 1.445 0.642 0.581 0.561 1.063 0.515 0.919 1.479 0.590 3.994 0.725 0.763 0.251 1.033 0.175 0.411 1.105 1.337 0.700 0.363 0.878 0.404 1.833 1.207 0.731 0.892 0.583 1.456 1.189 0.978 3.960 1.445 0.412 0.362 0.692 2.432 0.676 0.909 1.651 0.797 0.978 0.744 0.501 1.958 1.598 2.058 2.637 3.276 nan 3.862 2.265 5.104 5.071 2.726 3.310 2.098 3.328 2.917 2.740 2.610 3.499 0.961 1.336 2.207 2.965 1.569 0.641 822 chr1 161409162 161443580 + 0 NA Intergenic CpG -48834 NM_021642 2212 Hs.352642 NM_021642 ENSG00000143226 FCGR2A CD32|CD32A|CDw32|FCG2|FCGR2|FCGR2A1|FcGR|IGFR2 Fc fragment of IgG receptor IIa protein-coding 2.748 nan 3.580 0.881 0.632 0.227 1.248 0.839 1.423 0.636 0.604 0.595 0.234 0.700 1.038 1.604 0.468 0.383 3.086 0.787 0.649 0.537 1.213 0.638 0.750 0.772 1.255 1.406 1.795 0.310 1.761 3.209 1.367 3.053 0.663 1.069 0.267 0.692 0.359 0.566 0.235 2.312 1.264 0.835 1.013 0.673 0.749 0.493 5.235 3.840 1.012 1.245 1.604 4.081 1.207 0.750 1.018 0.567 0.447 6.921 0.642 1.604 0.489 0.687 0.035 0.435 0.278 0.930 0.551 0.562 0.763 0.775 nan 2.051 0.439 0.412 0.402 1.265 2.373 0.664 nan 3.053 2.673 1.879 2.582 0.941 1.322 2.051 3.648 0.987 0.782 10545 chr7 99148151 99163480 + 0 NA promoter-TSS (NM_001085368) promoter-TSS (NM_001085368) -230 NM_001085366 79027 Hs.599798 NM_024061 ENSG00000197343 ZNF655 VIK|VIK-1 zinc finger protein 655 protein-coding nan 1.291 nan 0.428 1.758 1.220 4.048 1.361 2.675 0.711 2.168 2.058 0.805 1.055 1.791 2.513 1.693 0.190 1.521 0.766 0.593 0.976 1.821 0.896 1.797 1.300 1.347 1.003 2.914 1.445 1.804 2.485 3.538 3.370 1.604 2.416 0.309 2.686 0.189 1.838 0.997 3.219 2.381 1.072 1.878 2.196 1.206 3.398 2.278 4.549 0.360 1.244 2.513 2.461 4.771 1.797 1.538 1.621 0.475 2.405 1.092 2.730 0.859 0.697 2.373 6.975 6.144 2.964 2.928 4.294 6.070 4.262 4.610 4.009 2.574 8.335 9.196 2.326 3.221 1.875 4.425 4.252 3.803 3.947 5.843 2.506 3.823 3.398 nan 3.001 1.469 9929 chr6 134266551 134279819 + 0 NA promoter-TSS (NM_001253676) promoter-TSS (NM_001253676) -123 NM_001253676 9519 Hs.486507 NM_004865 ENSG00000028839 TBPL1 MGC:8389|MGC:9620|STUD|TLF|TLP|TRF2 TATA-box binding protein like 1 protein-coding 1.846 1.209 4.567 0.944 1.290 0.350 0.414 0.540 1.043 0.116 0.909 1.712 0.121 0.265 1.567 1.667 0.875 0.157 0.485 0.228 1.624 0.815 0.936 0.541 1.155 0.448 0.333 0.290 0.522 0.231 1.077 1.444 0.558 3.574 0.376 0.526 1.522 2.035 0.141 0.502 0.577 0.736 1.057 0.738 0.497 0.156 1.071 0.593 0.816 1.661 0.231 0.495 1.667 0.870 0.529 1.155 0.323 0.362 0.701 0.875 1.405 0.563 0.396 0.577 0.758 0.990 0.737 1.586 1.585 1.321 1.716 3.340 2.679 nan 1.628 1.417 1.531 2.053 2.854 0.901 0.937 4.679 4.689 1.135 1.535 5.206 5.513 1.306 nan 1.894 0.791 9524 chr6 26507764 26524161 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -5972 NR_026790 493812 Hs.272939 NR_026790 ENSG00000228223 HCG11 CTA-14H9.3|bK14H9.3 HLA complex group 11 (non-protein coding) ncRNA 2.677 1.617 nan 1.151 0.460 0.078 0.774 0.519 0.892 0.383 1.547 0.845 0.643 0.184 0.399 0.380 0.534 0.078 1.167 0.358 0.501 0.574 0.421 0.192 0.446 0.625 1.001 0.532 0.899 0.463 1.198 1.497 0.908 nan 0.686 0.587 0.138 1.359 0.127 0.173 0.189 2.136 1.151 0.485 0.634 0.116 1.290 0.346 1.235 1.910 0.447 0.543 0.380 1.080 2.021 0.446 0.457 0.823 0.320 1.998 0.543 0.998 0.218 2.656 0.590 0.309 0.210 1.576 1.277 0.544 nan 1.489 1.485 nan 1.338 1.290 1.338 1.113 1.435 2.955 4.663 1.372 0.974 0.265 0.565 1.417 1.478 3.681 6.085 1.115 0.633 10587 chr7 106407133 106420657 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -91828 NM_001282426 5294 Hs.32942 NM_002649 ENSG00000105851 PIK3CG PI3CG|PI3K|PI3Kgamma|PIK3|p110gamma|p120-PI3K phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma protein-coding nan 0.442 0.690 2.756 0.098 0.021 3.843 0.071 0.296 0.776 0.431 4.389 0.014 0.059 0.130 0.164 1.465 0.161 2.514 1.163 0.356 0.021 0.185 0.075 0.151 2.393 2.391 0.740 6.042 1.792 0.309 0.645 1.209 0.274 2.294 0.415 0.021 0.105 0.145 0.995 0.059 2.358 1.784 0.706 2.191 3.816 0.479 5.141 0.574 1.330 1.690 0.458 0.164 1.400 3.310 0.151 0.426 0.148 0.021 0.578 0.015 3.952 0.051 0.028 0.837 5.910 6.905 0.371 0.191 0.232 0.435 0.239 0.330 1.658 0.498 0.194 0.148 0.372 0.511 0.228 0.225 0.396 0.143 0.188 0.266 0.115 0.193 0.165 nan 1.098 0.750 504 chr1 89115543 89136023 + 0 NA intron (NR_110682, intron 1 of 3) L1MC5|LINE|L1 -24044 NM_001320709 5586 Hs.440833 NM_006256 ENSG00000065243 PKN2 PAK2|PRK2|PRKCL2|PRO2042|Pak-2|STK7 protein kinase N2 protein-coding 1.162 nan nan 0.390 0.098 0.038 0.101 0.117 0.184 0.028 0.072 0.085 0.318 0.054 0.070 0.112 0.183 0.079 0.140 0.009 0.021 0.007 0.038 0.089 0.088 0.024 0.003 0.029 0.073 0.010 0.074 0.265 0.055 0.329 0.043 0.043 0.019 0.053 0.125 0.006 0.052 0.131 0.035 0.015 0.098 0.072 0.212 0.127 0.058 0.081 0.008 0.065 0.112 0.052 0.081 0.088 0.030 0.045 0.019 0.040 0.055 0.039 0.043 1.426 0.018 0.025 0.012 0.269 0.220 0.643 0.540 0.368 0.494 0.183 0.107 0.244 0.267 0.346 0.526 0.862 0.715 0.350 0.180 0.094 0.257 0.055 0.067 1.557 4.964 0.556 0.572 8249 chr4 7749018 7759847 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -1385 NR_026892 84740 Hs.663029 NM_032654 ENSG00000272620 AFAP1-AS1 AFAP1-AS|AFAP1AS AFAP1 antisense RNA 1 ncRNA 0.893 0.406 nan 0.633 0.056 0.062 5.726 0.041 0.084 0.018 0.392 0.077 0.098 0.047 0.147 0.130 0.035 2.870 1.212 0.017 0.044 0.090 0.100 2.255 2.188 0.031 2.354 1.820 0.102 0.212 0.157 0.270 1.500 0.040 0.017 0.035 0.086 2.121 0.103 0.169 0.162 0.057 1.602 1.351 2.102 0.388 0.102 0.167 1.350 0.362 0.130 2.598 1.779 0.100 0.214 0.039 0.044 0.085 0.019 1.700 0.028 0.046 0.754 3.664 3.314 0.369 0.293 0.531 0.824 0.255 0.365 nan 0.084 0.299 0.300 0.143 0.327 0.225 0.219 0.353 0.279 0.223 0.229 0.073 0.061 0.160 0.199 nan 0.431 7190 chr21 35894091 35935094 + 0 NA intron (NM_004414, intron 1 of 3) MLT1G1|LTR|ERVL-MaLR -15284 NM_001331016 1827 Hs.282326 NM_004414 ENSG00000159200 RCAN1 ADAPT78|CSP1|DSC1|DSCR1|MCIP1|RCN1 regulator of calcineurin 1 protein-coding 0.750 0.689 0.867 0.784 0.156 0.575 0.138 0.121 0.273 0.516 0.487 1.463 0.288 0.034 0.413 0.836 0.823 0.118 0.284 0.241 0.357 0.044 0.099 0.083 0.196 0.528 0.348 0.655 0.233 0.651 0.176 0.364 0.314 0.858 0.096 0.258 0.047 0.059 0.086 0.383 0.084 0.605 0.691 0.382 0.959 0.129 0.955 2.218 0.250 0.171 0.228 0.239 0.836 0.330 0.205 0.196 0.152 0.348 0.033 0.292 0.077 0.254 0.058 0.179 0.328 0.694 0.580 1.183 1.049 4.007 5.694 0.462 0.519 1.095 0.382 0.329 0.320 0.184 0.321 0.538 0.556 0.424 0.219 0.371 0.311 0.256 0.342 0.278 0.552 nan 0.693 3177 chr13 59980784 59985615 + 0 NA Intergenic Intergenic -603653 NR_046539 100874195 Hs.664101 NR_046539 ENSG00000227528 DIAPH3-AS1 - DIAPH3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.996 nan 0.047 0.037 0.827 0.089 0.066 0.398 0.080 0.019 0.078 0.020 0.091 0.431 0.047 0.073 0.039 0.065 0.204 0.644 0.546 0.203 0.061 0.056 0.005 0.083 0.506 0.072 1.590 0.031 0.096 0.252 0.104 0.332 0.159 0.037 0.016 0.143 0.017 0.034 0.083 0.049 0.013 0.431 0.029 0.019 0.644 0.034 1.014 0.036 0.146 0.016 0.083 0.481 0.016 0.024 0.706 0.422 9.047 10.898 1.173 1.213 0.829 0.314 0.723 0.710 0.953 1.076 0.174 0.142 0.882 0.761 0.197 0.591 1.896 1.572 1.682 3.793 0.627 0.402 9194 chr5 137666374 137675773 + 0 NA intron (NR_146628, intron 2 of 3) intron (NR_146628, intron 2 of 3) -2151 NM_001135647 51307 Hs.54056 NM_016605 ENSG00000120709 FAM53C C5orf6 family with sequence similarity 53 member C protein-coding 3.446 2.140 nan 1.856 1.652 0.756 2.185 1.920 3.274 0.987 2.460 1.815 0.988 0.735 2.120 1.402 1.801 0.154 1.774 0.760 1.549 1.399 1.133 0.550 3.411 1.779 1.848 1.514 1.132 0.808 2.221 4.149 1.537 6.243 1.068 1.907 0.816 2.608 0.123 0.788 1.090 2.436 2.193 1.182 1.839 1.373 2.494 1.950 2.810 2.935 1.520 1.979 1.402 2.580 2.796 3.411 1.380 1.216 0.871 2.557 1.514 1.816 1.293 1.319 1.589 2.096 1.524 2.242 2.818 3.718 5.195 4.047 4.894 4.235 3.402 8.632 9.227 2.743 3.472 4.079 5.333 4.588 4.228 3.483 4.765 4.448 5.718 3.338 4.506 1.362 0.762 3387 chr14 21559851 21579300 + 0 NA exon (NM_001146683, exon 3 of 8) exon (NM_001146683, exon 3 of 8) -2402 NM_001101672 51222 Hs.250493 NM_016423 ENSG00000165804 ZNF219 ZFP219 zinc finger protein 219 protein-coding nan 1.830 3.098 0.955 2.292 2.978 0.818 1.367 2.290 0.260 0.979 1.126 0.306 0.751 2.383 2.751 1.620 0.197 0.794 0.234 3.876 2.109 0.485 0.319 2.679 0.842 0.958 0.848 0.898 0.522 1.548 3.673 1.495 4.844 0.413 9.219 0.511 2.489 0.138 0.401 1.381 1.516 0.937 0.581 0.522 1.038 0.803 1.362 3.921 1.315 2.357 1.902 2.751 0.825 1.612 2.679 1.382 0.614 2.200 2.618 1.882 1.122 0.870 1.916 0.813 0.619 0.449 2.034 2.113 2.947 4.030 3.962 3.800 3.017 1.692 3.568 3.852 3.416 4.409 2.986 nan 5.294 4.605 1.865 2.717 1.925 1.641 3.147 4.323 1.266 0.829 7617 chr3 55509987 55526157 + 0 NA intron (NM_003392, intron 1 of 4) intron (NM_003392, intron 1 of 4) -2646 NM_001256105 7474 Hs.643085 NM_003392 ENSG00000114251 WNT5A hWNT5A Wnt family member 5A protein-coding 1.298 1.017 nan 0.058 0.651 0.463 0.088 0.446 0.796 0.549 3.203 0.644 0.552 0.043 0.111 0.161 0.518 0.109 0.079 0.071 0.580 0.238 0.201 0.039 0.023 0.109 0.889 0.006 0.627 0.630 1.950 1.693 0.409 2.932 0.087 0.269 0.051 0.834 0.133 0.074 0.531 0.300 0.047 0.090 1.385 6.473 0.403 0.026 0.170 0.998 0.161 0.087 0.813 0.201 0.874 0.478 0.059 0.773 0.182 0.127 0.085 0.382 2.243 2.226 2.266 0.227 0.256 1.142 3.650 0.538 0.573 1.342 0.409 0.410 0.397 0.384 0.588 1.217 1.038 nan 0.321 0.222 0.278 0.275 0.174 0.276 0.586 0.673 0.429 10610 chr7 114766465 114794836 + 0 NA intron (NR_126407, intron 2 of 4) THE1C|LTR|ERVL-MaLR 61638 NR_120521 102724386 Hs.352357 NR_120521 ENSG00000225535 LINC01393 - long intergenic non-protein coding RNA 1393 ncRNA nan 0.605 0.742 0.290 0.132 0.047 0.315 0.170 0.259 0.216 0.164 0.144 0.143 0.035 0.084 0.195 0.157 0.085 0.194 0.081 0.031 0.142 0.100 0.257 0.357 0.084 0.005 0.568 0.134 0.570 2.190 4.849 0.384 0.500 0.093 0.118 0.073 0.149 0.012 0.059 0.068 0.006 0.014 0.261 0.160 0.839 0.113 0.123 0.043 0.064 1.425 0.195 0.174 0.082 0.257 0.307 0.573 0.021 0.026 0.061 0.105 0.056 0.070 0.054 0.012 0.013 0.507 0.288 0.651 1.307 0.167 0.230 0.122 0.084 0.255 0.186 0.382 0.526 0.346 0.354 0.401 0.140 0.129 0.260 0.458 0.468 0.279 0.495 0.402 0.475 11017 chr8 66092516 66109302 + 0 NA Intergenic Intergenic -8334 NR_038901 552859 Hs.156997 NR_038901 ENSG00000280725 LINC00251 C8orf25|NCRNA00251 long intergenic non-protein coding RNA 251 ncRNA 1.592 0.705 0.713 0.039 0.227 0.021 0.037 0.143 0.258 0.011 0.130 0.038 0.015 0.136 0.032 0.143 0.125 0.048 0.075 0.022 0.019 0.008 0.112 0.117 0.284 0.004 0.017 0.013 0.065 0.013 0.095 0.099 0.063 0.321 0.038 0.035 0.056 0.019 0.103 0.028 0.062 0.014 0.037 0.020 0.009 0.057 0.091 0.112 0.062 0.024 0.024 0.143 0.096 0.061 0.284 0.029 0.005 0.006 0.028 0.097 0.047 0.035 0.096 0.014 0.016 0.003 0.270 0.119 0.284 0.273 0.465 0.609 0.114 0.069 0.136 0.130 5.120 nan 0.209 0.227 nan 0.193 0.151 0.239 0.101 0.160 0.366 0.699 0.826 0.663 1966 chr11 61391633 61420333 + 0 NA non-coding (NR_002775, exon 5 of 5) non-coding (NR_002775, exon 5 of 5) 23475 NR_002775 113157 Hs.502733 NR_002775 ENSG00000243742 RPLP0P2 RPLP0L2|RPLP0_3_1146 ribosomal protein lateral stalk subunit P0 pseudogene 2 pseudo nan 0.997 1.010 0.090 0.376 0.369 0.364 0.257 0.434 0.127 0.090 0.070 0.863 0.371 0.718 0.302 0.080 0.129 0.378 0.159 0.041 0.038 0.157 0.139 0.583 0.101 0.041 0.072 0.054 0.264 0.451 1.400 0.341 1.325 0.299 0.064 0.033 0.079 0.111 0.012 0.113 0.111 0.065 0.052 0.072 0.243 0.293 0.231 0.263 0.068 0.027 0.178 0.302 0.728 0.019 0.583 0.120 0.409 0.489 0.158 0.393 0.095 0.124 0.883 0.045 0.020 0.009 1.376 1.422 0.202 0.471 1.191 1.176 0.942 0.405 0.423 0.472 0.394 0.653 4.293 4.831 0.703 0.563 0.698 0.766 0.227 0.257 0.658 2.149 0.870 0.557 1665 chr10 116381931 116415329 + 0 NA intron (NM_001322885, intron 1 of 20) intron (NM_001322885, intron 1 of 20) -6474 NM_001352440 3983 Hs.438236 NM_002313 ENSG00000099204 ABLIM1 ABLIM|LIMAB1|LIMATIN|abLIM-1 actin binding LIM protein 1 protein-coding 0.692 nan 0.662 0.559 0.124 0.092 0.392 0.154 0.373 0.240 0.690 2.167 1.857 0.042 0.059 0.138 1.263 0.231 0.391 0.243 0.549 0.025 0.188 0.142 0.050 0.372 0.201 0.644 0.338 0.287 0.149 0.445 0.297 0.734 0.343 0.257 0.069 0.026 0.089 0.198 0.230 0.601 0.133 0.105 0.436 0.310 0.720 0.751 0.575 0.030 0.205 0.399 0.138 0.556 0.507 0.050 0.209 0.245 0.012 0.235 0.040 0.901 0.033 0.019 0.233 0.174 0.081 0.327 0.223 0.722 3.223 0.122 0.126 1.705 0.412 0.201 0.175 0.429 0.769 0.459 0.482 0.213 0.156 0.157 0.214 0.196 0.203 0.110 0.143 1.130 0.653 8212 chr4 666625 677720 + 0 NA intron (NM_002477, intron 1 of 6) intron (NM_002477, intron 1 of 6) 461 NM_002477 4636 Hs.410970 NM_002477 ENSG00000215375 MYL5 MYLC2 myosin light chain 5 protein-coding 1.477 1.032 nan 1.457 2.473 0.530 0.760 0.831 1.633 0.431 2.430 0.881 0.570 1.136 4.140 1.431 0.553 0.116 3.221 1.266 0.884 0.605 1.071 0.469 1.779 0.693 0.845 0.968 1.188 0.359 2.082 3.777 1.188 2.735 1.647 1.559 0.134 1.145 0.063 0.533 1.645 2.077 1.721 0.994 0.893 0.783 1.482 0.944 1.391 3.192 0.974 0.886 1.431 4.103 1.607 1.779 1.789 1.042 0.350 2.848 0.820 0.866 0.569 0.731 0.393 0.582 0.304 1.709 2.259 1.950 2.763 1.792 1.690 nan 1.695 2.861 3.051 0.707 0.901 1.521 2.387 1.346 1.241 1.500 1.997 0.743 0.542 1.088 1.383 nan 1.405 5446 chr18 76526194 76537044 + 0 NA Intergenic Intergenic -208656 NM_171999 27164 Hs.700557 NM_171999 ENSG00000256463 SALL3 ZNF796 spalt like transcription factor 3 protein-coding nan nan 0.669 0.020 0.428 0.010 0.061 0.103 0.287 0.057 0.033 0.006 6.607 0.042 1.043 0.034 0.044 0.040 0.053 0.617 0.267 1.483 0.006 0.020 0.304 0.031 0.043 0.096 0.053 1.430 0.014 0.033 0.989 0.010 0.071 0.153 0.161 0.022 0.021 0.028 0.063 0.079 0.030 0.063 0.007 0.050 1.043 0.019 1.483 0.031 0.037 0.063 0.014 0.037 0.028 0.007 0.021 0.005 0.261 0.079 0.294 0.461 3.006 nan 5.021 2.355 0.117 0.134 0.068 0.094 3.721 nan 0.206 0.099 0.234 0.162 4.441 6.593 0.040 0.089 0.214 0.332 11718 chr9 113672787 113690304 + 0 NA intron (NM_001351420, intron 5 of 5) MLT1E1|LTR|ERVL-MaLR 117515 NM_001351420 1902 Hs.126667 NM_001401 ENSG00000198121 LPAR1 EDG2|GPR26|Gpcr26|LPA1|Mrec1.3|VZG1|edg-2|rec.1.3|vzg-1 lysophosphatidic acid receptor 1 protein-coding 0.552 0.746 nan 0.169 0.205 0.090 2.728 0.092 0.176 0.072 0.595 1.353 0.014 0.035 0.081 0.074 0.489 0.092 0.552 0.145 0.404 0.379 0.080 0.141 0.089 2.380 1.809 0.219 0.791 0.513 1.419 nan 1.773 0.275 0.929 1.498 0.011 0.037 0.084 0.154 0.073 0.237 0.234 0.129 1.187 0.110 0.720 0.649 1.753 0.131 0.193 3.217 0.074 0.138 0.047 0.089 1.837 0.151 0.005 0.071 0.202 0.355 0.023 0.071 0.874 0.033 0.011 0.139 0.110 0.192 0.313 0.206 0.360 0.076 0.031 0.275 0.270 0.202 0.324 0.363 nan 0.533 0.210 0.068 0.155 0.101 0.081 0.166 0.189 nan 0.318 3873 chr15 26632566 26642803 + 0 NA Intergenic Intergenic 236641 NM_001191321 2562 Hs.302352 NM_000814 ENSG00000166206 GABRB3 ECA5|EIEE43 gamma-aminobutyric acid type A receptor beta3 subunit protein-coding nan 1.024 nan 0.014 0.019 0.413 0.049 0.064 0.214 0.046 0.054 0.024 0.068 0.043 0.232 0.065 0.115 0.051 0.019 0.012 0.040 0.451 0.567 0.268 0.028 0.052 0.010 0.071 0.081 0.049 0.171 0.059 1.460 0.032 0.064 0.055 0.054 0.018 0.015 0.021 0.008 0.146 0.024 0.041 0.043 0.033 0.232 0.041 0.018 0.268 0.035 0.008 0.653 0.022 0.020 0.039 0.050 0.278 0.041 0.039 0.010 0.201 0.101 0.185 0.336 1.840 1.916 0.054 0.035 0.191 0.154 1.111 1.761 0.842 0.879 8.581 7.364 0.131 0.128 3.382 2.114 0.187 0.213 1.383 0.955 11053 chr8 73774781 73809621 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) L1HS|LINE|L1 -128896 NM_017489 7013 Hs.442707 NM_003218 ENSG00000147601 TERF1 PIN2|TRBF1|TRF|TRF1|hTRF1-AS|t-TRF1 telomeric repeat binding factor 1 protein-coding 2.087 1.137 4.790 0.060 2.135 0.329 0.072 0.267 0.585 0.019 0.074 0.056 0.101 0.173 0.535 0.411 0.103 0.074 0.101 0.043 0.012 0.016 0.989 0.471 2.082 0.026 0.021 0.015 0.144 0.006 0.115 0.163 0.110 1.231 0.050 0.048 0.814 0.050 0.082 0.007 0.313 0.105 0.040 0.029 0.022 0.104 0.150 0.141 0.051 0.067 0.059 0.051 0.411 0.087 0.040 2.082 0.070 0.064 0.125 0.017 2.754 0.025 0.097 0.691 0.024 0.048 0.026 0.459 0.523 0.312 0.386 3.988 4.165 3.634 1.191 0.744 0.748 1.122 1.802 2.412 2.548 2.761 2.330 0.251 0.409 2.785 3.106 0.933 3.247 3.975 1.931 8005 chr3 171652261 171686887 + 0 NA Intergenic L1ME2|LINE|L1 -51044 NR_046852 100874219 Hs.730556 NR_046852 ENSG00000234717 TMEM212-AS1 - TMEM212 antisense RNA 1 ncRNA 1.138 1.130 0.801 2.209 0.170 0.056 2.081 0.246 0.431 0.188 0.302 0.664 1.135 0.031 0.079 0.723 0.820 0.226 1.211 0.724 0.224 0.056 0.172 0.216 0.210 1.539 0.924 0.058 2.166 1.333 0.704 1.956 1.935 0.200 0.733 0.301 0.028 0.184 0.093 0.215 0.110 0.208 0.223 0.174 1.561 0.912 2.127 0.271 1.097 0.318 0.426 1.248 0.723 0.484 0.208 0.210 0.439 0.730 0.037 0.071 0.053 0.262 0.558 0.150 0.174 0.023 0.011 0.420 0.510 1.763 3.737 0.327 0.415 0.433 0.173 0.320 0.309 0.545 0.731 0.785 0.493 0.651 0.339 0.510 1.224 0.228 0.362 0.284 0.474 0.563 0.503 2252 chr11 111780415 111811996 + 0 NA intron (NM_080659, intron 2 of 3) intron (NM_080659, intron 2 of 3) -1663 NM_001278542 85458 Hs.655626 NM_033425 ENSG00000150764 DIXDC1 CCD1 DIX domain containing 1 protein-coding 0.968 1.476 0.926 0.210 0.872 1.031 0.253 1.118 2.111 0.094 0.931 0.744 0.431 0.147 1.058 0.732 0.791 0.115 0.299 0.127 0.298 0.197 0.515 0.363 3.168 0.474 0.244 0.251 0.316 0.097 0.339 0.964 0.272 2.089 0.176 1.916 0.252 0.552 0.124 0.160 0.851 0.613 0.160 0.144 0.309 0.276 0.687 0.620 1.000 0.532 1.982 2.297 0.732 0.341 0.592 3.168 0.275 0.369 0.292 0.450 0.761 0.240 1.375 0.509 0.135 0.088 0.034 5.634 nan 1.333 3.022 2.373 2.455 1.909 0.559 1.236 1.293 1.591 nan 2.332 2.583 0.845 0.699 1.528 2.422 1.497 2.204 0.860 1.586 1.333 0.904 5751 chr19 47446246 47481896 + 0 NA intron (NM_004491, intron 2 of 5) L1ME4a|LINE|L1 42138 NM_004491 2909 Hs.509447 NM_004491 ENSG00000160007 ARHGAP35 GRF-1|GRLF1|P190-A|P190A|p190ARhoGAP|p190RhoGAP Rho GTPase activating protein 35 protein-coding 1.243 0.869 1.159 0.481 0.262 0.170 0.701 0.239 0.377 0.294 0.980 3.189 0.037 0.137 0.470 0.391 1.785 0.410 0.223 0.080 0.214 0.035 0.176 0.172 0.356 0.304 0.196 0.608 0.102 0.118 0.119 nan 0.288 0.306 0.106 0.212 0.030 0.183 0.139 1.059 0.211 0.163 0.260 0.102 0.141 0.133 0.384 0.267 0.840 0.210 0.219 0.125 0.391 0.169 0.357 0.356 0.175 0.243 0.092 0.129 0.220 0.268 0.156 0.198 0.611 0.793 0.542 0.377 0.478 0.413 0.938 0.685 0.723 0.709 0.291 0.750 0.753 0.685 1.104 0.957 1.327 0.524 0.334 0.366 0.518 0.189 0.330 0.535 1.346 1.260 0.869 2506 chr12 14817434 14820770 + 0 NA intron (NM_004963, intron 10 of 26) LTR9|LTR|ERV1 30417 NM_004963 2984 Hs.524278 NM_004963 ENSG00000070019 GUCY2C DIAR6|GC-C|GUC2C|MECIL|MUCIL|STAR guanylate cyclase 2C protein-coding 0.678 0.615 0.718 0.075 13.927 0.067 0.064 0.239 0.605 0.058 1.300 0.112 0.018 1.419 0.137 0.346 0.106 0.098 0.078 0.056 0.019 0.041 3.511 2.279 0.216 0.063 0.042 0.045 0.083 2.971 6.859 0.113 5.810 0.177 0.087 0.029 0.108 0.270 0.551 0.220 0.018 0.024 0.032 0.045 0.115 0.300 0.106 0.171 0.053 0.346 0.139 0.028 0.216 0.049 0.106 1.546 0.132 0.076 0.035 0.016 0.341 0.269 0.414 0.654 nan 0.851 19.255 10.170 0.440 0.456 0.216 0.626 11.733 16.533 0.416 0.168 0.235 0.460 0.100 0.121 0.244 0.444 2.464 1.645 9618 chr6 37385382 37393517 + 0 NA Intergenic L1M4c|LINE|L1 -11458 NM_015050 23070 Hs.520102 NM_015050 ENSG00000137200 CMTR1 FTSJD2|KIAA0082|MTr1|hMTr1 cap methyltransferase 1 protein-coding nan 0.775 nan 0.069 0.129 0.020 0.097 0.059 0.207 0.024 0.432 0.034 0.023 0.073 0.066 0.267 0.147 0.256 0.131 0.024 0.023 0.034 0.155 0.140 0.399 0.017 0.026 0.082 0.093 0.026 0.022 0.113 0.116 0.390 0.018 0.153 0.116 0.080 0.106 0.015 0.099 0.170 0.044 0.038 0.013 0.029 0.120 0.419 0.070 0.096 0.544 0.589 0.267 0.066 0.042 0.399 0.045 0.051 0.119 0.050 0.037 0.029 0.122 0.878 0.037 0.028 0.019 1.522 1.382 0.864 nan nan 0.360 7.958 3.128 1.857 1.718 0.655 1.071 2.120 3.520 1.184 1.044 0.138 0.269 0.714 1.024 3.237 3.417 0.539 0.451 8720 chr5 3392531 3396915 + 0 NA Intergenic Intergenic -58207 NR_147000 105374624 Hs.518991 NR_147000 ENSG00000249830 LINC02162 - long intergenic non-protein coding RNA 2162 ncRNA 0.359 0.619 6.143 0.066 0.041 0.012 0.032 0.546 0.587 0.057 0.063 0.029 0.067 1.200 1.522 0.139 0.111 0.015 0.043 0.058 0.063 0.082 0.243 1.758 0.016 0.033 0.033 0.093 0.037 0.045 0.016 0.890 0.073 0.010 0.099 0.096 1.228 0.021 0.014 0.036 0.052 0.044 0.181 0.019 0.064 0.071 0.178 1.522 0.115 0.021 1.758 0.209 2.632 0.003 0.047 0.035 0.905 0.055 0.652 1.009 0.219 nan 9.388 8.685 0.127 0.055 0.030 0.075 0.164 0.218 nan 0.166 nan 18.998 0.633 0.975 0.028 0.115 0.254 0.232 0.181 nan 11741 chr9 117256118 117268626 + 0 NA intron (NM_015404, intron 1 of 11) intron (NM_015404, intron 1 of 11) 3123 NM_001083885 25861 Hs.93836 NM_015404 ENSG00000095397 WHRN CIP98|DFNB31|PDZD7B|USH2D|WI whirlin protein-coding 2.133 2.271 nan 0.109 2.974 7.624 0.308 0.615 1.234 0.418 0.598 0.759 0.059 0.338 1.762 2.920 0.300 0.078 0.667 0.204 0.638 0.388 1.484 0.612 2.778 0.121 0.036 0.908 0.504 0.016 0.461 nan 0.787 9.125 0.316 1.542 0.995 0.969 0.087 0.340 0.069 0.355 0.271 0.250 0.027 0.148 0.461 0.365 0.540 1.955 0.755 0.793 2.920 1.075 1.182 2.778 0.205 0.956 0.937 1.244 1.709 0.560 0.863 0.138 0.122 0.380 0.220 0.283 0.298 0.580 0.977 4.456 4.729 2.480 0.907 0.722 0.726 0.857 1.168 3.976 nan 1.659 1.179 0.775 1.581 3.929 3.070 0.553 0.994 nan 1.640 9326 chr5 169526806 169535200 + 0 NA Intergenic Intergenic -1914 NM_012188 2299 Hs.87236 NM_012188 ENSG00000168269 FOXI1 FKH10|FKHL10|FREAC-6|FREAC6|HFH-3|HFH3 forkhead box I1 protein-coding nan 0.673 0.706 0.069 0.021 0.020 0.270 0.114 0.251 0.213 0.122 0.253 0.022 0.048 0.108 0.046 0.160 0.057 0.013 0.005 0.511 0.076 0.048 0.043 0.405 0.061 0.307 0.112 0.013 0.104 0.143 0.135 0.472 0.090 0.068 0.026 0.067 0.071 0.057 2.343 0.130 0.112 0.162 0.027 0.886 0.186 0.284 0.270 0.346 0.048 0.046 0.051 0.478 0.043 0.043 0.688 0.070 1.034 0.024 0.340 0.118 0.014 0.081 0.055 0.051 0.311 0.355 5.229 3.658 0.508 0.358 0.159 0.050 1.551 1.598 0.101 0.231 0.393 0.682 0.411 0.275 0.206 0.292 0.341 0.361 0.080 0.168 1.991 0.955 11801 chr9 131485126 131498259 + 0 NA TTS (NM_006336) TTS (NM_006336) 4951 NR_046240 100506100 Hs.62946 NR_046240 ENSG00000223478 LOC100506100 - uncharacterized LOC100506100 ncRNA nan 1.224 1.836 0.520 1.335 0.527 0.431 0.432 0.936 0.285 0.648 0.314 0.123 0.153 0.506 0.645 0.490 0.208 1.154 0.202 0.292 0.137 0.440 0.251 0.846 0.475 0.394 0.585 0.681 0.199 0.633 1.708 0.370 2.404 0.324 0.519 0.227 0.503 0.059 0.131 0.562 1.177 0.439 0.246 0.325 0.303 0.478 0.374 0.913 0.909 0.199 0.649 0.645 1.094 0.434 0.846 0.196 0.676 0.962 0.941 0.712 0.580 0.106 0.627 0.371 0.246 0.131 0.768 0.905 1.299 1.614 2.712 2.463 nan 0.441 0.827 0.950 0.789 1.244 1.950 2.706 6.091 6.434 0.464 0.516 1.165 1.258 1.168 2.633 1.380 0.586 6461 chr2 166042351 166077680 + 0 NA intron (NM_001081676, intron 1 of 27) intron (NM_001081676, intron 1 of 27) 562 NM_006922 6328 Hs.435274 NM_006922 ENSG00000153253 SCN3A NAC3|Nav1.3 sodium voltage-gated channel alpha subunit 3 protein-coding 0.785 1.260 nan 0.118 5.265 0.107 0.046 2.265 4.399 0.003 0.087 0.039 0.016 1.547 0.390 0.239 0.097 0.104 0.126 0.038 0.040 0.118 2.626 1.872 4.518 0.008 0.008 0.006 0.064 0.021 0.092 0.100 0.085 1.434 0.019 0.248 0.003 0.049 0.088 0.007 0.146 0.086 0.014 0.013 0.043 0.030 0.030 0.062 0.044 0.046 0.069 0.052 0.239 0.040 0.021 4.518 0.028 0.037 0.089 0.029 0.551 0.047 0.207 0.102 0.015 0.015 0.007 0.606 0.575 0.599 0.432 0.873 1.082 5.065 2.163 0.365 0.447 0.540 0.732 4.067 3.894 0.692 0.399 0.258 0.468 0.023 0.020 0.392 0.768 2.132 1.103 3122 chr13 37101307 37135906 + 0 NA Intergenic Intergenic 112197 NM_003914 8900 Hs.417050 NM_003914 ENSG00000133101 CCNA1 CT146 cyclin A1 protein-coding 0.592 0.931 0.788 0.054 0.190 2.490 0.029 0.099 0.165 0.075 0.027 0.018 0.020 0.891 0.151 0.080 0.042 0.187 0.109 0.013 0.355 0.267 0.332 0.010 0.002 0.006 0.057 0.012 0.077 0.340 0.031 0.981 0.021 0.048 0.033 0.031 0.067 0.116 0.051 0.072 0.087 0.085 0.029 0.036 0.088 0.117 0.035 0.035 0.167 0.027 0.151 0.170 0.294 0.332 0.060 0.038 0.046 1.390 0.016 0.034 0.053 0.052 0.005 0.005 0.681 0.694 0.122 0.133 0.575 0.558 4.654 1.709 0.142 0.133 0.145 0.260 0.413 0.511 0.384 0.255 0.149 0.211 0.186 0.137 0.215 0.277 1.662 0.664 9398 chr6 3608939 3633865 + 0 NA Intergenic Intergenic 130844 NM_183373 221749 Hs.484500 NM_183373 ENSG00000168994 PXDC1 C6orf145 PX domain containing 1 protein-coding 1.031 1.756 1.068 0.045 1.153 0.094 0.071 0.252 0.615 0.145 0.183 0.097 0.012 0.068 0.657 1.322 0.301 0.148 0.310 0.162 0.307 0.006 0.327 0.177 1.234 0.064 0.034 0.080 0.068 0.004 0.204 1.753 0.117 0.572 0.006 0.426 0.103 0.048 0.111 0.010 0.137 0.675 0.109 0.072 0.013 0.033 0.332 0.221 0.203 0.091 0.076 0.251 1.322 0.191 0.033 1.234 0.069 0.268 0.280 0.480 0.086 0.180 0.187 0.266 0.031 0.263 0.214 2.967 3.941 4.520 3.940 1.310 0.990 4.100 1.471 0.488 0.491 0.302 0.588 0.739 1.032 0.518 0.296 0.626 0.760 0.818 1.019 0.528 1.316 2.049 1.153 3368 chr13 113829906 113843247 + 0 NA intron (NM_001353093, intron 9 of 13) intron (NM_001353093, intron 9 of 13) 23608 NM_001256134 8858 Hs.1011 NM_003891 ENSG00000126231 PROZ PZ protein Z, vitamin K dependent plasma glycoprotein protein-coding 0.839 nan 0.783 0.285 0.256 0.150 0.799 0.156 0.323 0.022 0.762 0.418 0.023 0.016 0.268 1.678 0.497 0.157 1.329 0.960 0.480 0.010 0.119 0.135 0.369 1.046 0.911 1.636 0.211 0.375 0.150 0.367 0.036 0.385 0.338 3.229 0.035 0.066 0.095 0.359 0.238 2.498 3.528 1.508 0.214 0.225 0.244 1.280 0.366 0.523 0.531 0.213 1.678 1.390 1.754 0.369 0.091 0.408 0.102 1.417 0.083 0.858 0.104 0.087 1.447 1.749 1.437 0.905 1.208 0.520 1.020 0.564 0.617 0.778 0.381 0.210 0.265 0.107 0.203 0.468 0.666 0.371 0.202 0.450 0.633 0.196 0.356 0.307 0.617 0.161 0.120 10861 chr8 25095234 25118032 + 0 NA intron (NM_001322810, intron 2 of 3) AluJr4|SINE|Alu 64395 NM_001322810 80005 Hs.195403 NM_024940 ENSG00000147459 DOCK5 - dedicator of cytokinesis 5 protein-coding nan 0.962 nan 0.428 0.264 0.086 0.527 0.765 1.336 0.075 0.566 1.486 1.258 2.750 0.283 0.145 0.156 0.070 0.289 0.100 0.888 0.042 0.082 0.097 0.078 0.847 0.461 0.172 0.421 0.278 0.862 1.979 0.497 0.209 0.333 0.180 0.046 0.097 0.120 0.083 0.035 0.214 0.047 0.072 0.393 0.291 0.377 0.153 1.259 0.208 0.055 0.648 0.145 0.775 0.473 0.078 0.593 0.474 0.017 0.222 1.162 0.190 0.031 0.275 0.296 0.311 0.281 0.330 0.270 0.241 0.321 nan 1.485 nan 0.072 0.046 0.053 0.130 0.223 1.989 1.439 0.430 0.155 0.097 0.153 0.317 0.333 0.196 0.300 nan nan 2401 chr12 1580651 1586081 + 0 NA intron (NM_178040, intron 18 of 18) intron (NM_178040, intron 18 of 18) -26291 NR_028415 100292680 Hs.391695 NR_028415 LINC00942 - long intergenic non-protein coding RNA 942 ncRNA 1.083 nan nan 0.342 0.859 0.129 3.879 0.176 0.402 0.494 1.299 6.059 0.481 0.049 0.180 0.327 6.780 1.390 1.499 0.805 4.333 0.026 0.174 0.262 0.355 1.350 0.798 0.095 2.604 2.057 0.756 2.450 0.611 1.643 1.605 0.177 0.065 0.159 0.107 2.398 0.147 10.097 5.972 2.065 0.342 2.897 0.248 22.110 0.135 4.137 0.058 0.148 0.327 2.080 9.700 0.355 0.067 0.168 0.054 2.305 0.328 4.012 0.036 0.235 2.251 8.498 7.504 0.192 0.208 0.300 0.878 nan 1.054 0.783 0.400 0.279 0.371 3.357 4.779 0.490 0.615 0.328 0.199 0.117 0.323 0.400 0.467 0.444 nan 1.158 1.082 3994 chr15 63212272 63239259 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR -109073 NM_001018006 7168 Hs.133892 NM_000366 ENSG00000140416 TPM1 C15orf13|CMD1Y|CMH3|HEL-S-265|HTM-alpha|LVNC9|TMSA tropomyosin 1 protein-coding 0.925 0.677 nan 0.595 0.043 0.012 0.317 0.095 0.157 0.085 0.472 2.097 0.008 0.022 0.053 0.071 0.831 0.167 0.230 0.281 0.245 0.015 0.098 0.150 0.094 0.768 0.458 0.115 0.083 0.215 0.107 0.218 0.123 0.385 0.504 0.092 0.031 0.016 0.073 0.324 0.098 1.286 0.058 0.052 0.387 0.069 0.277 3.484 0.246 0.974 0.079 0.460 0.071 0.176 0.130 0.094 0.118 0.230 0.118 0.145 0.347 0.357 0.058 0.068 0.473 0.023 0.011 0.279 0.234 0.308 0.345 0.204 0.274 nan 0.192 0.127 0.153 0.400 0.815 0.269 0.281 0.703 0.443 0.213 0.275 0.172 0.297 0.247 0.581 0.418 0.384 1516 chr10 73378160 73422064 + 0 NA intron (NM_052836, intron 11 of 12) intron (NM_052836, intron 11 of 12) 79466 NM_001164375 414152 Hs.568788 NM_001164375 ENSG00000214688 C10orf105 - chromosome 10 open reading frame 105 protein-coding 0.702 nan 0.729 0.088 0.026 0.073 0.160 0.157 0.277 0.133 0.115 0.124 0.014 0.027 0.087 0.117 0.078 0.055 0.060 0.048 0.044 0.028 0.107 0.068 0.063 0.151 0.056 0.050 0.079 0.046 0.064 0.237 0.067 0.235 0.010 0.086 0.017 0.044 0.059 0.075 0.073 0.166 0.062 0.044 0.050 0.037 0.290 0.100 0.215 0.045 0.018 0.180 0.117 0.055 0.048 0.063 0.118 0.068 0.196 0.108 0.016 0.131 3.428 0.456 0.017 0.047 0.013 2.828 3.479 0.983 0.705 0.354 0.403 0.669 0.217 2.032 2.183 0.172 0.376 0.386 nan 0.408 0.356 2.345 3.560 0.124 0.192 0.472 nan 0.362 0.341 3733 chr14 81026770 81042192 + 0 NA intron (NM_152446, intron 19 of 23) intron (NM_152446, intron 19 of 23) -337084 NM_000793 1734 Hs.202354 NM_000793 ENSG00000211448 DIO2 5DII|D2|DIOII|SelY|TXDI2 iodothyronine deiodinase 2 protein-coding nan 0.736 0.747 1.401 0.168 0.059 0.540 0.167 0.267 0.520 0.141 0.185 0.014 0.033 0.110 0.198 0.204 0.152 0.150 0.111 0.078 0.018 0.062 0.073 0.093 0.400 0.143 0.029 1.091 0.751 0.181 0.365 1.021 0.274 0.703 0.066 0.006 0.105 0.105 0.030 0.088 0.353 0.074 0.071 0.426 0.959 0.557 0.154 0.069 0.114 0.005 0.406 0.198 0.037 0.098 0.093 0.127 0.770 0.025 0.110 0.013 0.441 0.083 0.186 0.520 0.013 0.010 0.592 0.441 2.984 6.428 0.416 0.527 0.281 0.113 0.620 0.552 0.455 0.671 0.257 0.328 0.751 0.460 0.247 0.348 0.227 0.364 0.244 0.673 1.089 1.092 6779 chr2 242354495 242361637 + 0 NA intron (NM_014808, intron 8 of 26) MER112|DNA|hAT-Charlie -59254 NR_036083 100422942 NR_036083 ENSG00000263752 MIR3133 - microRNA 3133 ncRNA 1.035 nan 1.316 0.170 1.256 0.612 0.168 0.473 0.743 0.013 0.100 0.118 0.265 0.161 0.124 0.043 0.181 0.116 0.080 0.027 0.031 0.308 0.270 7.233 0.068 0.041 0.103 0.029 0.113 0.269 0.070 0.523 0.049 0.081 0.080 0.091 0.112 0.011 0.202 0.017 0.044 0.030 0.042 0.221 0.083 0.148 0.220 0.011 0.103 0.124 0.099 0.103 7.233 0.017 0.081 0.068 0.098 0.528 0.108 0.501 0.086 0.032 0.041 0.010 0.934 1.578 0.360 0.485 1.269 2.038 2.388 0.560 0.708 0.619 0.405 0.651 3.054 3.554 0.346 0.164 1.078 1.755 0.247 0.435 0.234 0.548 0.568 0.513 2053 chr11 69025740 69089833 + 0 NA Intergenic MLT1E3|LTR|ERVL-MaLR -3819 NM_001300923 26579 Hs.523848 NM_138768 ENSG00000172927 MYEOV OCIM myeloma overexpressed protein-coding nan 0.753 0.480 1.842 0.058 0.036 3.019 0.085 0.208 0.424 0.665 1.460 0.232 0.191 0.039 0.191 0.141 0.058 1.359 0.856 1.581 0.024 0.056 0.078 0.039 1.767 1.839 0.382 1.541 1.974 10.467 16.291 2.283 0.369 1.595 1.166 0.019 0.078 0.092 1.333 0.031 5.755 2.981 1.251 2.358 1.286 3.075 4.287 1.625 1.190 1.979 1.726 0.191 2.252 2.770 0.039 0.905 1.623 0.202 2.593 0.236 1.194 0.891 0.023 1.441 1.667 1.609 1.689 1.699 0.271 0.663 0.333 0.358 0.154 0.084 4.691 5.096 0.137 0.231 0.286 0.356 0.683 0.653 1.085 1.319 0.078 0.105 0.082 0.106 0.245 0.298 11394 chr8 145548947 145562876 + 0 NA 3' UTR (NM_031309, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_031309, exon 2 of 2) 4032 NM_031309 83482 Hs.31746 NM_031309 ENSG00000261678 SCRT1 SCRT|ZNF898 scratch family transcriptional repressor 1 protein-coding 3.188 1.509 nan 0.970 2.491 2.972 0.368 1.251 2.111 0.292 0.913 0.425 0.125 1.050 3.283 1.784 0.362 0.116 0.969 0.218 0.425 0.513 0.394 0.191 2.558 0.362 0.254 0.529 0.904 0.371 1.018 1.736 0.485 7.498 0.311 0.317 0.240 0.870 0.047 0.202 0.763 0.832 0.645 0.437 0.346 0.084 0.865 0.429 1.255 1.421 0.561 0.676 1.784 0.814 0.422 2.558 0.228 0.587 0.871 2.190 2.203 0.185 1.132 0.831 0.166 0.236 0.157 1.757 3.001 0.876 1.281 nan 4.283 nan 0.893 1.351 1.262 1.268 1.883 1.062 1.930 2.778 2.851 1.568 3.079 1.309 1.070 1.915 2.622 0.832 0.490 11032 chr8 69662616 69681344 + 0 NA intron (NM_001349477, intron 10 of 12) intron (NM_001349477, intron 10 of 12) 344445 NR_039986 100505718 Hs.122386 NR_039986 ENSG00000253658 LINC01592 - long intergenic non-protein coding RNA 1592 ncRNA 0.892 0.770 0.624 0.222 0.098 0.018 0.460 0.094 0.182 0.021 0.105 0.040 0.331 0.010 0.080 0.197 0.341 0.120 0.556 0.212 0.046 0.126 0.067 0.091 0.064 0.100 0.039 0.126 0.715 0.326 0.190 0.314 0.988 0.202 0.617 0.066 0.031 0.642 0.111 0.157 0.081 0.275 0.177 0.192 0.727 0.033 0.041 5.249 0.252 0.079 0.021 0.160 0.197 0.219 0.020 0.064 0.294 0.097 0.015 0.033 0.042 0.021 0.053 0.126 0.031 0.022 0.205 0.163 0.319 0.366 0.363 0.482 0.380 0.184 0.215 0.223 0.335 nan 0.092 0.097 nan 0.133 0.110 0.187 0.120 0.163 0.331 0.621 0.379 0.441 9756 chr6 71755865 71798332 + 0 NA Intergenic Intergenic -110310 NM_080742 135152 Hs.713609 NM_080742 ENSG00000112309 B3GAT2 GLCATS beta-1,3-glucuronyltransferase 2 protein-coding nan nan 0.665 0.074 0.173 0.032 0.060 0.136 0.220 0.002 0.113 0.079 0.001 0.054 0.081 0.360 0.347 0.137 0.098 0.040 0.024 0.013 0.073 0.122 0.099 0.059 0.024 0.009 0.046 0.012 0.072 0.145 0.080 0.436 0.045 0.049 0.054 0.059 0.134 0.017 0.185 0.050 0.023 0.024 0.054 0.041 0.080 0.096 0.031 0.049 0.034 0.016 0.360 0.046 0.030 0.099 0.014 0.027 0.210 0.069 0.062 0.021 0.071 0.193 0.014 0.026 0.010 0.459 0.290 0.199 0.238 0.188 0.244 0.122 0.090 0.250 0.240 4.030 4.581 0.197 0.199 0.628 0.421 0.144 0.268 0.191 0.165 0.407 1.016 0.421 0.402 4775 chr17 40111190 40126507 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330216) promoter-TSS (NM_001330216) 89 NM_033133 1267 Hs.273621 NM_033133 ENSG00000173786 CNP CNP1 2',3'-cyclic nucleotide 3' phosphodiesterase protein-coding 1.816 1.876 nan 1.081 1.228 0.992 0.992 0.879 1.977 0.418 1.265 0.246 0.260 0.364 1.032 0.919 0.889 0.177 1.253 0.420 1.394 0.461 1.061 0.585 1.269 0.720 0.612 0.727 0.904 0.483 0.643 nan 1.425 2.355 0.630 0.709 0.332 0.623 0.116 0.498 0.716 1.059 0.524 0.402 0.811 0.693 0.905 0.969 1.585 0.615 0.674 0.820 0.919 1.594 0.603 1.269 0.486 1.277 0.368 1.270 0.760 0.485 0.524 0.533 0.353 0.305 0.196 3.453 4.913 2.224 3.065 2.424 nan 2.009 0.712 2.488 2.654 0.861 1.412 2.300 nan 1.907 1.459 1.398 1.922 1.344 1.375 1.306 2.168 1.523 0.745 9599 chr6 35435057 35476736 + 0 NA intron (NM_003214, intron 1 of 12) intron (NM_003214, intron 1 of 12) 8965 NM_003214 7005 Hs.485205 NM_003214 ENSG00000007866 TEAD3 DTEF-1|ETFR-1|TEAD-3|TEAD5|TEF-5|TEF5 TEA domain transcription factor 3 protein-coding nan 1.554 nan 1.562 1.421 1.412 2.128 0.388 0.764 0.939 1.187 0.782 1.217 0.266 0.395 1.494 0.898 0.262 1.794 0.465 0.452 0.549 0.282 0.168 2.490 0.544 0.460 0.434 1.189 0.349 2.429 4.642 1.461 1.699 0.864 0.578 0.110 0.816 0.104 0.338 0.361 0.685 1.214 0.696 0.739 0.846 1.725 0.795 0.661 1.489 0.541 1.434 1.494 2.764 0.765 2.490 0.894 0.940 0.699 1.640 0.586 0.704 1.269 1.559 0.354 0.595 0.378 2.152 2.723 1.583 nan nan 1.381 1.546 0.755 2.649 2.788 1.217 1.790 5.146 6.315 2.101 2.078 1.694 2.771 0.636 0.538 2.329 3.258 0.678 0.558 8896 chr5 50462248 50501263 + 0 NA Intergenic Intergenic -197203 NM_002202 3670 Hs.505 NM_002202 ENSG00000016082 ISL1 ISLET1|Isl-1 ISL LIM homeobox 1 protein-coding nan nan 0.894 0.081 0.138 0.027 0.024 0.214 0.464 0.007 0.073 0.028 0.024 0.023 0.137 0.445 0.075 0.058 0.068 0.005 0.028 0.011 0.415 0.292 0.566 0.009 0.011 0.011 0.049 0.030 0.050 0.042 0.111 0.533 0.026 0.041 2.386 0.067 0.129 0.012 0.398 0.028 0.017 0.018 0.025 0.016 0.086 0.105 0.015 0.028 0.010 0.026 0.445 0.036 0.026 0.566 0.038 0.021 0.388 0.021 0.107 0.022 0.015 0.117 0.020 0.015 0.012 0.226 0.182 0.432 0.585 1.409 2.069 nan 0.932 0.070 0.051 0.168 0.203 0.344 0.473 nan 2.325 0.052 0.114 6.823 8.202 0.318 0.665 0.322 0.304 7043 chr20 49949865 49991776 + 0 NA Intergenic Intergenic 98694 NR_036162 100422889 NR_036162 ENSG00000266761 MIR3194 mir-3194 microRNA 3194 ncRNA nan nan 0.496 0.158 0.061 0.032 0.380 0.131 0.312 0.112 0.486 3.922 0.028 0.036 0.095 0.153 0.438 0.153 0.600 0.524 0.230 0.026 0.067 0.095 0.132 0.182 0.122 0.060 0.296 0.443 0.200 0.347 0.177 0.370 0.398 0.107 0.016 0.101 0.104 0.265 0.051 1.009 0.189 0.110 0.430 0.143 0.563 2.949 0.126 0.500 0.075 0.095 0.153 0.294 1.143 0.132 0.052 0.224 0.096 0.358 0.036 0.316 0.080 0.053 1.164 1.060 1.085 0.514 0.372 0.182 0.348 0.296 0.327 nan 0.113 0.241 0.289 0.207 0.430 0.192 0.285 nan 0.259 0.269 0.319 0.051 0.071 0.160 0.352 0.452 0.527 4904 chr17 61224121 61250322 + 0 NA intron (NM_025185, intron 3 of 24) MLT1A|LTR|ERVL-MaLR 150323 NM_025185 26115 Hs.410889 NM_015623 ENSG00000170921 TANC2 ROLSA|rols tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 2 protein-coding 1.934 nan 1.148 0.310 0.151 0.011 0.092 0.264 0.422 0.035 0.309 0.531 0.026 0.023 0.108 0.293 0.915 0.229 0.132 0.029 0.028 0.016 0.127 0.210 0.224 0.068 0.066 0.025 0.066 0.016 0.123 0.280 0.151 0.339 0.067 0.129 0.047 0.265 0.138 0.045 0.266 0.046 0.011 0.044 0.018 0.174 0.126 0.071 0.090 0.027 0.077 0.293 0.073 0.071 0.224 0.061 0.079 0.295 0.033 0.058 0.360 0.397 2.102 0.067 0.029 0.014 1.698 1.721 2.713 2.359 1.150 1.248 0.326 0.169 2.072 2.155 2.498 nan 0.516 0.649 3.353 2.364 0.570 1.007 0.170 0.148 2.298 5.673 0.659 0.648 172 chr1 25056866 25077249 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -4703 NM_013943 25932 Hs.440544 NM_013943 ENSG00000169504 CLIC4 CLIC4L|H1|MTCLIC|huH1|p64H1 chloride intracellular channel 4 protein-coding 2.290 1.586 nan 0.632 1.537 1.412 0.757 0.850 1.496 0.380 1.172 0.976 0.570 0.212 1.846 1.337 1.121 0.520 0.789 0.214 0.308 0.598 1.255 0.689 0.536 0.673 0.549 0.781 0.632 0.336 0.767 1.596 0.779 3.213 0.266 0.373 0.341 1.098 0.130 0.283 1.090 2.164 0.723 0.390 0.257 0.177 0.491 0.769 0.895 1.530 0.329 0.445 1.337 1.107 0.780 0.536 0.138 0.628 0.379 1.131 1.119 0.500 0.407 2.969 0.456 0.144 0.112 0.996 1.180 1.319 1.958 3.279 2.558 1.772 0.539 1.989 2.055 1.847 2.353 1.848 2.974 1.017 1.040 0.700 1.420 1.267 1.048 3.129 6.127 1.720 0.844 9735 chr6 56654713 56719929 + 0 NA intron (NM_001144770, intron 2 of 94) L1MEc|LINE|L1 21142 NM_183380 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.709 1.163 nan 0.889 0.466 0.410 0.956 0.096 0.231 0.156 0.385 0.529 0.805 0.092 0.564 0.645 1.389 0.200 0.801 0.202 0.322 0.466 0.425 0.293 0.118 0.834 0.599 0.201 0.590 0.429 0.232 0.493 0.486 1.333 0.318 0.168 0.777 0.617 0.136 0.248 0.557 0.459 0.275 0.132 0.270 0.233 0.595 0.168 0.415 0.500 0.114 0.121 0.645 1.073 1.062 0.118 0.128 0.080 0.178 0.256 0.290 0.256 0.091 1.395 0.195 0.604 0.521 0.430 0.360 0.431 0.799 0.690 0.624 1.006 0.421 0.530 0.557 2.043 2.619 1.020 1.264 1.191 1.055 0.205 0.443 2.401 3.772 1.835 4.224 0.811 0.674 7648 chr3 66522334 66551875 + 0 NA intron (NM_015541, intron 1 of 18) intron (NM_015541, intron 1 of 18) 13741 NM_015541 26018 Hs.518055 NM_015541 ENSG00000144749 LRIG1 LIG-1|LIG1 leucine rich repeats and immunoglobulin like domains 1 protein-coding 1.289 nan 2.310 0.163 1.506 0.115 0.089 0.708 1.186 0.029 0.286 0.808 0.023 0.683 0.907 0.341 0.590 0.049 0.065 0.083 0.045 0.042 0.627 0.431 2.148 0.352 0.137 0.043 0.221 0.018 0.786 2.416 0.474 2.406 0.050 0.133 0.583 0.092 0.087 0.159 0.502 0.351 0.219 0.188 0.271 0.078 0.023 0.339 0.276 0.213 0.452 0.594 0.341 0.066 0.044 2.148 0.237 0.260 0.386 0.205 1.776 0.572 1.073 0.325 0.136 0.048 0.019 0.303 0.331 1.247 1.483 1.445 1.347 1.560 0.430 0.179 0.183 0.989 1.237 3.174 3.320 1.514 1.420 0.841 1.532 1.735 2.143 0.550 nan 1.639 1.008 5993 chr2 28490070 28502757 + 0 NA intron (NR_137439, intron 10 of 13) AluSz|SINE|Alu 36913 NR_038319 100505716 Hs.679092 NR_038319 ENSG00000223522 LOC100505716 - uncharacterized LOC100505716 ncRNA 0.887 0.929 0.704 0.823 1.078 0.233 5.117 1.196 2.220 0.822 3.521 4.219 1.236 0.094 0.216 1.414 1.140 0.314 3.965 3.824 1.099 0.065 0.220 0.173 0.594 2.395 2.158 0.612 2.042 1.795 0.836 2.551 0.500 1.016 2.282 5.803 0.045 0.119 0.100 2.907 0.131 6.433 2.318 1.157 2.388 1.463 2.840 5.367 2.268 2.123 2.309 1.653 1.414 2.945 4.874 0.594 1.781 0.730 0.122 1.801 0.625 2.269 0.023 0.177 2.590 3.128 3.314 0.375 0.299 1.241 3.958 0.457 0.686 2.024 0.544 0.573 0.490 0.440 0.812 2.156 nan 0.436 0.293 0.195 0.262 0.141 0.315 0.282 0.538 1.303 1.049 9690 chr6 47440766 47453200 + 0 NA intron (NM_012120, intron 1 of 17) intron (NM_012120, intron 1 of 17) 1458 NM_012120 23607 Hs.485518 NM_012120 ENSG00000198087 CD2AP CMS CD2 associated protein protein-coding 2.424 2.055 2.306 4.206 2.641 0.891 2.096 1.292 2.462 0.523 1.177 0.947 0.692 1.229 1.008 1.883 1.231 0.130 2.639 0.608 1.101 0.880 1.870 0.994 2.273 3.062 2.885 0.468 2.775 1.820 1.764 2.360 2.250 4.407 0.986 0.704 0.883 1.291 0.126 0.988 1.307 1.284 1.678 0.797 3.203 2.702 2.141 1.958 1.532 2.259 1.804 1.857 1.883 2.731 1.157 2.273 0.971 0.966 0.288 1.740 1.510 1.273 1.459 1.140 0.799 0.653 0.388 2.363 2.872 3.214 3.980 3.183 2.986 3.761 2.017 7.176 7.470 1.277 1.670 4.635 nan 1.558 1.567 1.176 3.208 3.385 3.507 2.253 3.375 1.528 1.008 6332 chr2 119579844 119613954 + 0 NA Intergenic Intergenic 8860 NM_001426 2019 Hs.271977 NM_001426 ENSG00000163064 EN1 - engrailed homeobox 1 protein-coding 0.481 nan 0.418 0.173 0.044 0.091 0.037 0.103 0.204 0.106 0.056 0.065 0.016 0.021 0.036 0.088 0.734 0.090 0.096 0.022 0.033 0.057 0.065 0.102 0.060 0.073 0.048 0.024 0.063 0.052 0.095 0.100 0.062 nan 0.039 0.064 0.087 0.102 0.054 0.084 0.042 0.165 0.057 0.018 0.032 0.041 0.093 0.286 0.253 0.152 0.095 0.042 0.088 0.067 0.084 0.060 0.093 0.052 0.015 0.342 0.009 0.136 6.980 0.095 0.056 0.154 0.109 0.239 0.118 0.366 0.478 0.217 nan 0.132 0.085 0.256 0.246 0.101 0.155 0.194 0.222 0.317 0.107 7.609 13.322 0.239 0.145 0.151 0.285 0.108 0.191 8911 chr5 53682133 53688317 + 0 NA intron (NR_126379, intron 1 of 4) THE1B|LTR|ERVL-MaLR -66206 NM_006308 8988 Hs.41707 NM_006308 ENSG00000169271 HSPB3 DHMN2C|HMN2C|HSPL27 heat shock protein family B (small) member 3 protein-coding nan 4.338 1.016 0.059 0.358 0.009 0.059 0.387 0.580 0.204 0.747 0.032 1.858 2.108 1.730 0.130 0.067 0.061 0.050 0.022 0.638 0.251 0.111 0.011 0.008 0.048 0.053 0.042 0.164 0.191 0.166 0.952 0.031 0.045 1.541 0.050 0.121 0.563 0.059 0.043 0.008 0.073 0.146 0.131 0.092 0.344 0.033 2.108 0.087 0.030 0.111 0.020 0.082 2.302 0.009 0.050 0.153 0.143 0.025 0.028 0.008 0.211 0.087 0.579 2.715 0.598 0.765 6.361 2.686 0.146 0.091 3.633 3.596 0.562 0.657 nan 0.723 0.040 0.130 6.594 11.006 0.280 1.013 1.609 0.676 5431 chr18 74161704 74168285 + 0 NA intron (NM_014643, intron 2 of 7) intron (NM_014643, intron 2 of 7) -38614 NR_136504 101927989 Hs.665186 NR_136504 ENSG00000265778 LOC101927989 - uncharacterized LOC101927989 ncRNA nan nan 0.988 0.731 0.574 0.030 0.470 0.388 0.931 0.043 0.294 3.034 0.051 0.445 1.428 1.894 0.046 0.110 0.420 0.231 0.029 0.096 2.215 0.871 3.633 0.714 0.473 0.279 0.055 0.145 0.060 0.160 0.109 0.347 0.067 0.534 0.318 0.197 0.124 0.411 0.361 0.028 0.024 0.732 0.048 0.146 0.525 0.124 0.078 0.061 1.894 0.301 0.042 3.633 0.055 0.050 0.030 0.116 2.318 0.903 1.509 0.808 0.578 0.219 0.131 3.042 2.941 6.617 7.543 1.190 nan 11.139 8.840 1.326 1.420 0.062 0.160 5.065 9.599 2.974 2.348 1.660 2.947 3.749 3.975 4.706 5.140 2.481 1.587 10945 chr8 49782256 49793545 + 0 NA Intergenic L1MD1|LINE|L1 46099 NM_003068 6591 Hs.360174 NM_003068 ENSG00000019549 SNAI2 SLUG|SLUGH|SLUGH1|SNAIL2|WS2D snail family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.617 nan 1.756 0.112 0.039 0.025 0.257 0.063 0.175 0.276 0.430 0.028 0.017 0.063 0.251 0.193 0.102 0.124 0.017 0.045 0.013 1.102 0.351 0.053 0.110 0.013 0.077 0.207 0.141 0.303 0.031 0.564 0.060 0.248 1.326 0.039 0.087 0.105 0.049 0.106 0.032 0.028 0.059 0.028 0.119 0.134 0.096 0.063 0.042 0.081 0.251 0.134 0.032 0.053 0.149 0.058 0.102 0.221 0.134 0.105 0.061 0.100 0.041 0.015 0.004 0.403 0.268 0.232 0.412 0.752 0.634 5.320 2.027 0.201 0.131 0.395 0.726 0.093 0.065 0.464 0.302 0.259 0.407 4.157 4.864 0.223 0.477 2.388 1.167 4252 chr16 14650206 14667156 + 0 NA intron (NM_002582, intron 18 of 23) intron (NM_002582, intron 18 of 23) 65447 NM_001242992 5073 Hs.253197 NM_002582 ENSG00000140694 PARN DAN|DKCB6|PFBMFT4 poly(A)-specific ribonuclease protein-coding 0.954 1.333 nan 0.193 2.649 0.391 0.462 0.265 0.432 0.040 0.516 0.154 0.102 0.231 0.215 0.394 0.298 0.123 0.213 0.045 0.105 0.008 0.407 0.325 0.268 0.392 0.178 0.075 0.097 0.514 2.154 0.543 0.451 0.164 0.407 0.050 0.115 0.083 0.041 0.211 0.152 0.046 0.050 0.276 0.150 0.227 0.211 0.828 0.097 0.135 0.582 0.394 0.093 0.148 0.268 0.245 0.100 0.252 0.082 0.084 0.153 4.187 0.189 0.071 0.017 0.021 0.927 1.311 0.385 0.441 0.350 0.370 6.754 2.410 0.682 0.610 0.483 0.719 1.522 1.608 nan 0.216 1.397 2.417 0.326 0.738 0.292 0.799 1.277 0.717 223 chr1 31943246 31959668 + 0 NA Intergenic Charlie4a|DNA|hAT-Charlie -20382 NR_034112 149086 Hs.729905 NR_034112 ENSG00000260386 LINC01225 - LINC01225 pseudogene pseudo 2.339 nan 1.070 1.392 1.029 1.651 0.843 0.254 0.342 0.311 0.247 0.309 0.007 0.126 0.773 0.524 0.140 0.078 0.435 0.312 0.038 0.017 1.097 0.465 0.720 0.325 0.119 0.050 0.699 0.567 1.585 3.495 2.758 0.715 0.366 0.083 1.171 0.033 0.129 0.015 1.861 1.778 0.536 0.219 0.843 1.227 0.800 0.138 0.257 0.073 2.137 1.743 0.524 0.387 0.050 0.720 1.396 1.041 1.008 0.057 0.418 0.336 0.572 0.211 0.259 0.025 0.044 0.712 1.144 0.310 0.546 1.273 1.274 nan 0.888 0.251 0.260 0.772 0.955 0.857 0.836 nan 2.919 0.265 0.566 3.408 5.716 0.370 0.637 1.104 nan 10152 chr7 7720546 7770730 + 0 NA intron (NM_002947, intron 2 of 7) intron (NM_002947, intron 2 of 7) 12600 NM_002947 6119 Hs.487540 NM_002947 ENSG00000106399 RPA3 REPA3|RP-A p14 replication protein A3 protein-coding 1.753 1.315 1.833 0.435 0.490 1.104 0.319 1.621 3.007 0.034 0.214 0.432 0.042 0.076 0.498 0.260 0.379 0.089 0.294 0.121 0.215 0.025 0.936 0.450 2.348 0.239 0.083 0.044 0.373 0.183 0.372 nan 0.396 nan 0.166 0.214 0.444 0.109 0.157 0.249 0.212 0.084 0.043 0.050 0.243 0.242 0.277 0.162 0.075 0.093 0.206 0.134 0.260 0.190 1.806 2.348 0.249 0.149 0.097 0.051 0.403 0.343 0.120 1.690 0.065 0.033 0.012 0.662 0.479 0.467 nan 1.926 2.293 nan 1.029 0.630 0.610 4.604 4.953 nan 1.012 1.328 0.768 0.261 0.394 2.518 2.690 1.664 4.493 1.018 0.728 1043 chr1 204129557 204145408 + 0 NA Intergenic MER101-int|LTR|ERV1 -2017 NM_000537 5972 Hs.3210 NM_000537 ENSG00000143839 REN HNFJ2 renin protein-coding 0.878 0.981 0.856 0.620 0.105 0.130 1.869 0.259 0.486 0.055 0.131 0.093 0.027 0.053 0.244 0.264 0.113 0.146 0.608 0.455 0.095 0.020 0.168 0.183 0.176 0.315 0.132 0.074 0.525 1.520 0.264 1.156 0.645 0.473 0.647 0.105 0.042 0.051 0.117 0.142 0.035 1.057 0.666 0.609 2.086 0.479 2.725 0.430 0.103 0.081 0.045 0.329 0.264 0.351 0.041 0.176 0.312 0.150 0.049 0.188 0.065 0.135 0.050 0.355 0.168 0.214 0.201 0.540 0.410 0.610 0.657 0.536 0.636 0.543 0.153 nan nan 0.421 0.639 0.398 0.461 0.495 0.265 0.244 0.218 0.120 0.103 0.635 1.903 0.701 0.526 7370 chr22 29187002 29225782 + 0 NA Intergenic AluSx4|SINE|Alu -9832 NM_005080 7494 Hs.437638 NM_005080 ENSG00000100219 XBP1 TREB-5|TREB5|XBP-1|XBP2 X-box binding protein 1 protein-coding nan 1.627 1.409 0.957 0.961 1.026 0.518 1.881 3.614 0.264 0.682 0.967 0.722 1.941 0.743 0.610 0.846 0.191 1.037 0.260 0.744 0.243 0.717 0.352 1.657 0.518 0.510 0.230 0.654 0.299 2.419 nan 1.696 1.574 0.260 0.450 0.414 0.660 0.099 0.152 0.694 0.664 0.504 0.256 0.473 0.216 1.549 0.465 1.683 0.599 2.942 4.376 0.610 1.625 0.530 1.657 0.789 1.761 0.210 0.737 1.708 0.735 0.303 0.385 0.263 0.155 0.086 0.768 0.982 0.900 nan 1.154 0.952 3.043 1.286 3.833 3.966 1.314 nan 3.954 4.299 0.998 0.957 0.833 1.275 2.240 2.865 1.471 nan 3.226 1.512 4999 chr17 73972930 73980188 + 0 NA intron (NR_037709, intron 1 of 9) AluSx1|SINE|Alu -1044 NM_001185039 51 Hs.464137 NM_004035 ENSG00000161533 ACOX1 ACOX|PALMCOX|SCOX acyl-CoA oxidase 1 protein-coding 4.190 2.999 3.386 3.860 3.402 1.978 2.928 2.191 4.209 2.649 3.436 2.347 7.687 1.279 2.315 2.917 2.755 0.728 4.030 1.902 2.330 2.349 1.980 1.131 3.539 2.494 3.030 1.811 2.152 1.384 6.970 8.846 7.996 8.297 2.059 3.389 0.772 3.818 0.171 1.854 1.367 3.860 2.091 1.063 2.493 2.004 4.160 2.714 3.785 3.330 1.815 2.880 2.917 5.206 1.992 3.539 1.709 4.342 0.683 3.193 2.730 1.720 0.963 1.779 1.284 1.793 0.983 5.685 5.657 4.826 7.378 6.069 5.166 5.752 2.518 9.047 9.816 nan 4.929 5.363 8.303 6.671 5.702 2.324 3.463 3.852 4.330 3.702 5.249 nan 1.494 6014 chr2 36677887 36691610 + 0 NA intron (NM_016441, intron 4 of 16) intron (NM_016441, intron 4 of 16) 101378 NM_016441 51232 Hs.699247 NM_016441 ENSG00000150938 CRIM1 CRIM-1|S52 cysteine rich transmembrane BMP regulator 1 protein-coding 0.975 nan nan 1.101 0.070 0.020 2.005 0.084 0.145 0.299 1.120 1.533 0.018 0.095 0.081 0.112 0.909 0.133 0.950 0.650 3.578 0.561 0.057 0.133 0.078 1.749 1.122 1.636 0.973 0.493 0.187 nan 0.379 0.343 0.585 0.992 0.007 0.191 0.112 1.161 0.025 1.920 1.771 0.953 1.073 0.324 0.385 1.292 0.777 0.869 1.645 0.957 0.112 0.750 1.062 0.078 0.677 0.409 0.007 0.730 0.039 1.396 0.068 0.236 1.145 6.610 7.634 0.394 0.326 0.565 1.725 0.279 0.359 0.136 0.076 0.564 nan 0.492 0.831 0.336 0.320 nan 0.196 0.208 0.258 0.036 0.034 0.492 0.992 0.138 0.356 4571 chr17 7252107 7260163 + 0 NA 5' UTR (NM_001002914, exon 1 of 1) 5' UTR (NM_001002914, exon 1 of 1) 927 NM_001002914 147040 Hs.592112 NM_001002914 ENSG00000213859 KCTD11 C17orf36|KCASH1|REN|REN/KCTD11 potassium channel tetramerization domain containing 11 protein-coding 1.340 1.027 0.962 2.212 0.602 0.669 1.428 0.609 0.973 1.651 2.824 1.244 4.629 0.644 0.598 1.129 0.983 0.299 3.318 0.942 5.230 0.997 0.159 0.159 0.644 0.817 1.023 1.882 2.267 0.653 2.952 4.333 3.265 1.931 1.235 2.533 0.047 16.766 0.525 1.039 0.128 5.667 2.880 1.306 1.869 2.185 3.084 2.439 4.176 3.780 1.357 1.818 1.129 4.756 4.688 0.644 1.352 2.319 0.267 6.976 1.811 2.321 0.235 0.293 2.277 3.381 1.848 0.535 1.064 1.530 3.254 2.084 1.599 1.718 0.623 0.583 0.579 0.657 1.257 1.268 1.495 0.723 0.547 0.447 0.888 0.155 0.159 0.587 1.091 0.382 0.322 1852 chr11 24357262 24374318 + 0 NA Intergenic MER61A|LTR|ERV1 -152726 NM_001009909 338645 Hs.144138 NM_001009909 ENSG00000187398 LUZP2 KFSP2566|PRO6246 leucine zipper protein 2 protein-coding 0.467 0.764 0.488 0.084 0.103 0.053 0.021 0.085 0.141 0.006 0.068 0.011 0.022 0.035 0.115 0.037 0.057 0.094 0.072 0.044 0.004 0.144 0.121 0.056 0.004 0.040 0.018 0.066 0.106 0.069 0.319 0.018 0.035 0.034 0.006 0.115 0.007 0.004 0.020 0.004 0.018 0.026 0.009 0.055 0.064 0.014 0.025 0.019 0.016 0.037 0.017 0.012 0.056 0.021 0.015 0.131 0.031 0.012 0.028 0.041 0.052 0.027 0.024 0.012 0.493 0.368 0.327 0.227 0.232 0.344 0.083 0.070 0.181 0.209 3.585 4.376 0.158 0.209 0.182 0.048 0.173 0.210 0.198 0.178 0.083 0.152 0.427 0.341 7737 chr3 111576836 111592757 + 0 NA intron (NM_001134439, intron 1 of 17) intron (NM_001134439, intron 1 of 17) 6228 NM_001134439 90102 Hs.603252 NM_145753 ENSG00000144824 PHLDB2 LL5b|LL5beta pleckstrin homology like domain family B member 2 protein-coding 1.969 nan 2.261 1.167 0.363 0.457 1.437 0.570 1.104 0.735 1.983 2.240 1.043 0.056 0.100 0.282 4.083 0.434 0.911 0.498 0.952 0.026 0.293 0.165 0.615 2.368 1.944 0.302 3.334 1.219 0.911 1.122 0.997 1.414 0.689 0.475 0.084 0.075 0.092 0.360 2.374 4.358 2.510 1.058 1.001 0.408 1.753 0.477 1.135 1.118 0.515 1.474 0.282 0.986 0.860 0.615 0.223 0.130 0.176 2.720 0.390 1.962 0.055 3.792 0.942 2.607 3.080 0.444 0.375 0.918 2.143 2.089 nan 3.317 0.897 0.389 0.542 nan 0.278 0.553 0.704 1.944 1.681 0.163 0.330 0.402 0.403 3.591 7.599 1.342 0.782 5470 chr19 1204718 1217727 + 0 NA intron (NM_000455, intron 1 of 9) AluSp|SINE|Alu 5424 NM_000455 6794 Hs.515005 NM_000455 ENSG00000118046 STK11 LKB1|PJS|hLKB1 serine/threonine kinase 11 protein-coding 1.531 0.919 1.683 0.868 1.100 0.345 2.640 0.419 0.947 0.378 2.644 0.979 0.110 0.943 1.205 0.952 1.342 0.469 1.853 0.829 0.908 0.636 0.652 0.310 1.423 1.401 1.360 1.119 2.531 0.511 1.165 2.543 0.881 1.546 0.881 0.891 0.235 0.783 0.094 0.517 0.353 0.343 2.225 1.248 2.361 0.615 1.202 1.265 1.692 2.849 1.282 0.759 0.952 1.898 2.047 1.423 0.434 0.425 0.233 4.723 1.943 3.182 0.373 0.391 1.256 0.775 0.353 0.939 1.356 1.520 2.417 1.685 1.706 0.804 0.311 1.582 1.532 1.027 1.770 1.246 nan 1.617 1.220 0.673 1.262 0.609 0.836 0.623 1.021 1.230 0.625 7956 chr3 160112744 160123706 + 0 NA promoter-TSS (NM_020800) promoter-TSS (NM_020800) -122 NM_005496 10051 Hs.58992 NM_005496 ENSG00000113810 SMC4 CAP-C|CAPC|SMC-4|SMC4L1 structural maintenance of chromosomes 4 protein-coding 6.120 4.960 2.842 7.726 5.161 4.131 3.673 3.337 5.669 1.907 1.999 1.534 2.891 1.168 3.084 1.884 5.296 0.431 2.409 0.727 2.230 0.974 3.421 1.863 3.487 2.716 3.351 1.184 5.124 1.633 2.123 4.102 4.915 6.181 1.124 1.999 0.730 1.928 0.105 1.691 2.708 5.173 2.904 1.315 2.319 1.321 2.681 3.131 1.879 2.793 1.316 2.820 1.884 2.473 3.642 3.487 0.979 0.847 0.772 3.253 1.389 2.743 1.645 1.777 2.901 1.623 1.237 3.503 3.661 6.278 9.390 7.463 7.498 7.157 5.314 5.892 5.796 5.091 6.222 nan 7.032 11.305 10.038 2.654 5.629 2.897 3.383 4.725 6.029 2.974 1.805 2248 chr11 111651101 111669446 + 0 NA intron (NM_001352420, intron 14 of 15) Looper|DNA|PiggyBac -23104 NM_181699 5519 Hs.269128 NM_002716 ENSG00000137713 PPP2R1B PP2A-Abeta|PR65B protein phosphatase 2 scaffold subunit Abeta protein-coding 0.919 0.831 0.769 0.055 0.243 0.169 0.143 0.148 0.374 0.037 0.212 0.141 0.077 0.011 0.126 0.203 0.130 0.061 0.140 0.042 0.031 0.023 0.163 0.165 0.114 0.203 0.075 0.080 0.041 0.017 0.070 0.138 0.100 0.320 0.032 0.123 0.053 0.065 0.110 0.025 0.109 0.225 0.032 0.043 0.106 0.092 0.593 0.198 0.100 0.074 0.190 0.145 0.203 0.078 0.108 0.114 0.026 0.077 0.200 0.089 0.216 0.100 0.153 0.461 0.059 0.019 0.018 1.691 nan 0.316 0.771 0.612 0.793 0.455 0.222 0.364 0.361 2.380 nan 0.449 0.435 0.577 0.394 0.550 0.811 0.135 0.216 0.470 1.446 0.608 0.520 6130 chr2 55314338 55357090 + 0 NA intron (NM_001321904, intron 1 of 9) intron (NM_001321904, intron 1 of 9) 29253 NM_001321904 57142 Hs.637850 NM_007008 ENSG00000115310 RTN4 ASY|NI220/250|NOGO|NSP|NSP-CL|Nbla00271|Nbla10545|RTN-X|RTN4-A|RTN4-B1|RTN4-B2|RTN4-C reticulon 4 protein-coding 1.772 nan 1.853 0.198 0.822 0.736 1.967 0.695 1.382 0.020 1.316 1.613 0.012 0.133 1.143 0.751 1.282 0.219 0.949 0.528 0.113 0.058 0.509 0.199 0.340 1.413 0.886 0.081 0.756 0.531 1.109 3.397 0.459 1.229 0.475 3.293 0.100 0.127 0.137 0.606 0.609 0.431 0.385 0.297 0.549 0.315 3.168 1.065 1.008 1.019 1.123 1.667 0.751 0.698 0.452 0.340 0.379 0.181 0.607 0.173 1.934 0.536 1.927 1.600 0.690 0.088 0.052 1.987 2.289 0.389 0.528 0.606 0.500 1.729 0.589 0.500 0.524 0.978 1.233 1.384 1.323 3.800 3.098 1.695 2.193 0.457 0.704 1.921 6.114 0.633 0.545 10242 chr7 25761112 25775969 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 221066 NR_029597 406940 NR_029597 ENSG00000199085 MIR148A MIRN148|MIRN148A|hsa-mir-148|mir-148a microRNA 148a ncRNA 2.152 1.026 1.296 0.073 0.172 0.115 0.043 0.196 0.211 0.019 0.083 0.037 0.063 0.040 1.526 0.250 0.926 0.129 0.036 0.021 0.009 0.115 0.125 0.169 0.005 0.020 0.030 0.110 0.007 0.070 0.178 0.134 0.608 0.048 0.742 0.059 0.136 0.008 0.055 0.090 0.012 0.005 0.015 0.072 0.116 0.155 0.011 0.009 0.048 0.018 0.250 0.038 0.047 0.169 0.017 0.050 1.148 0.051 0.095 0.038 0.216 0.157 0.015 0.019 0.021 1.168 1.047 2.171 nan 0.402 0.444 2.822 0.632 9.730 10.500 1.928 2.277 0.666 0.573 2.018 2.082 0.287 0.499 2.404 2.072 0.477 nan 0.697 0.569 11024 chr8 67373163 67392030 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -22895 NM_152765 254778 Hs.268869 NM_152765 ENSG00000169085 VXN C8orf46 vexin protein-coding 1.638 0.957 0.701 0.426 0.670 0.012 3.560 0.172 0.268 0.247 0.373 0.606 0.306 0.053 0.142 0.197 0.241 0.161 1.293 0.719 1.679 0.015 0.116 0.192 0.219 0.531 0.184 1.255 1.959 1.972 0.115 0.300 0.291 0.415 0.814 0.541 0.391 0.088 0.097 0.367 0.110 0.913 0.230 0.265 0.843 1.325 0.252 1.326 0.285 1.185 0.079 0.165 0.197 0.728 1.856 0.219 0.098 0.066 0.015 2.016 0.356 1.187 0.037 0.144 0.646 0.897 0.658 0.377 0.196 0.244 0.378 0.975 1.158 0.477 0.153 0.169 0.143 0.533 nan 0.235 0.290 nan 0.221 0.181 0.277 0.795 0.895 0.494 0.761 2.309 1.261 9642 chr6 41485318 41556863 + 0 NA intron (NM_001012426, intron 1 of 16) intron (NM_001012426, intron 1 of 16) -4731 NR_126415 101060264 Hs.571099 NR_126415 ENSG00000234753 FOXP4-AS1 - FOXP4 antisense RNA 1 ncRNA 1.424 1.094 1.882 0.202 1.783 0.493 1.569 0.542 1.050 0.177 0.613 0.366 0.082 0.900 0.598 0.913 0.332 0.098 0.777 0.329 0.085 0.240 0.355 0.200 1.677 0.534 0.412 0.154 0.257 0.156 1.141 3.157 1.295 1.499 0.566 0.603 0.552 0.297 0.107 0.309 0.252 0.452 0.369 0.194 0.240 0.272 0.324 0.604 0.702 0.488 0.387 0.942 0.913 0.795 1.331 1.677 0.216 0.153 0.292 0.610 0.752 0.437 1.129 0.508 0.384 0.242 0.144 1.040 1.779 0.525 0.746 1.372 1.453 1.914 0.748 0.717 0.749 0.481 0.783 4.706 nan 0.864 0.795 1.083 1.984 1.562 1.545 0.581 1.499 1.731 0.934 4957 chr17 71026229 71046651 + 0 NA intron (NM_001352693, intron 3 of 9) intron (NM_001352693, intron 3 of 9) 52413 NM_001352691 201266 Hs.221127 NM_139177 ENSG00000133195 SLC39A11 C17orf26|ZIP-11|ZIP11 solute carrier family 39 member 11 protein-coding 1.138 0.785 1.142 0.078 0.140 0.071 0.146 0.149 0.418 0.033 0.162 0.184 0.015 0.044 0.100 0.256 1.208 0.260 0.128 0.065 0.025 0.054 0.123 0.133 0.117 0.074 0.039 0.072 0.083 0.020 0.121 0.301 0.093 0.540 0.057 0.112 0.048 0.048 0.099 0.006 0.246 0.117 0.026 0.023 0.032 0.041 0.105 0.193 0.226 0.059 0.019 0.078 0.256 0.151 0.055 0.117 0.071 0.053 0.261 0.082 0.054 0.086 0.059 0.248 0.045 0.023 0.010 0.916 0.998 0.235 0.241 0.331 0.316 0.354 0.205 0.289 0.284 nan 2.559 0.282 0.370 3.462 3.884 0.209 0.270 0.251 0.348 0.524 1.576 nan 0.544 5306 chr18 45100593 45134118 + 0 NA intron (NR_147192, intron 2 of 2) MSTB|LTR|ERVL-MaLR 210488 NR_039753 100616264 NR_039753 ENSG00000266582 MIR4527 - microRNA 4527 ncRNA nan 0.834 0.874 0.049 0.063 0.043 0.034 1.431 2.646 0.006 0.065 0.061 0.015 0.042 0.173 4.984 0.058 0.048 0.019 0.006 0.032 0.029 0.070 0.066 0.472 0.033 0.009 0.016 0.047 0.016 0.113 0.273 0.826 0.667 0.013 0.046 0.375 0.046 0.056 0.025 0.028 0.077 0.033 0.019 0.018 0.028 0.035 0.090 0.049 0.036 0.017 0.042 4.984 0.032 0.019 0.472 0.026 0.022 0.009 0.035 0.015 0.024 0.030 0.296 0.009 0.015 0.009 0.349 0.237 0.301 0.387 1.241 1.341 1.856 0.661 0.124 0.126 0.112 0.215 0.178 0.275 0.416 0.318 0.112 0.142 1.070 1.075 0.292 nan 0.933 0.827 1417 chr10 30721923 30730528 + 0 NA 5' UTR (NM_005204, exon 2 of 9) 5' UTR (NM_005204, exon 2 of 9) 2661 NM_001320961 1326 Hs.432453 NM_005204 ENSG00000107968 MAP3K8 AURA2|COT|EST|ESTF|MEKK8|TPL2|Tpl-2|c-COT mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8 protein-coding 1.261 1.427 1.854 0.625 0.254 0.362 1.634 0.428 1.096 1.627 3.289 2.179 1.144 0.082 0.267 0.474 5.877 0.470 2.949 0.874 0.853 0.678 0.310 0.154 0.305 1.744 1.702 2.021 1.388 0.692 1.080 1.910 1.423 3.845 0.900 2.639 0.011 2.331 0.084 0.493 0.267 0.672 2.665 1.252 1.667 1.421 1.499 1.108 4.543 0.518 2.169 3.435 0.474 3.187 2.183 0.305 1.643 2.851 0.134 3.558 0.095 1.542 0.023 0.202 1.095 1.045 0.585 0.242 0.131 6.062 7.099 1.228 0.938 0.281 0.159 0.540 0.662 0.210 0.331 1.543 2.833 0.295 0.433 0.092 0.168 0.049 0.070 0.425 0.762 0.362 0.326 216 chr1 30346172 30356038 + 0 NA Intergenic Intergenic 159354 NR_110790 101929406 Hs.639413 NR_110790 ENSG00000233399 LINC01648 - long intergenic non-protein coding RNA 1648 ncRNA 0.691 nan 0.495 0.102 2.955 4.106 0.028 1.074 1.662 0.053 0.093 0.006 0.082 3.871 0.170 0.023 0.114 0.011 0.026 0.014 0.956 0.656 6.867 0.043 0.015 0.007 0.069 0.022 0.057 0.074 0.043 8.130 0.027 0.298 0.077 0.125 0.060 0.024 0.112 0.006 0.005 0.022 0.055 0.068 0.131 0.036 0.036 0.008 0.019 0.170 0.058 0.019 6.867 0.041 0.062 0.147 0.047 0.091 0.048 0.030 0.038 0.016 0.035 0.015 0.284 0.222 0.065 0.119 4.918 5.587 nan 0.067 0.120 0.133 0.181 0.414 2.617 2.567 nan 0.203 0.249 0.281 1.245 0.992 0.188 0.227 2.161 nan 7932 chr3 154872698 154880272 + 0 NA intron (NM_000902, intron 16 of 22) intron (NM_000902, intron 16 of 22) 78685 NM_001354643 4311 Hs.307734 NM_000902 ENSG00000196549 MME CALLA|CD10|CMT2T|NEP|SCA43|SFE membrane metalloendopeptidase protein-coding nan 0.999 0.519 0.114 0.152 0.047 0.148 0.306 0.050 0.083 0.061 0.025 0.053 0.060 0.152 0.168 0.084 0.076 0.046 0.227 0.199 0.094 0.065 0.010 0.050 0.168 0.055 0.095 0.133 0.119 0.097 0.058 0.057 0.025 0.014 0.086 0.015 0.127 0.049 0.008 0.030 0.029 0.021 0.139 0.118 0.064 0.056 0.043 0.152 0.009 0.037 0.094 0.022 0.013 0.038 0.053 0.020 0.234 0.033 0.020 0.015 0.007 1.336 1.112 8.616 5.495 0.195 0.372 0.218 0.063 0.388 0.302 0.233 nan 0.160 0.232 0.656 0.263 0.438 0.959 0.028 0.080 0.226 0.230 0.268 0.306 3351 chr13 111765779 111776279 + 0 NA intron (NM_001113512, intron 1 of 17) intron (NM_001113512, intron 1 of 17) -3004 NR_046667 100874238 Hs.569218 NR_046667 ENSG00000235875 ARHGEF7-AS2 - ARHGEF7 antisense RNA 2 ncRNA 2.136 nan 3.346 0.035 1.851 1.288 0.068 0.823 1.312 0.009 0.044 0.053 0.017 0.038 1.839 3.015 0.203 0.061 0.148 0.072 0.012 0.446 0.303 5.649 0.145 0.020 0.007 0.052 0.050 0.116 0.200 0.028 2.670 0.026 0.173 0.145 0.088 0.023 1.978 0.218 0.126 0.141 0.037 0.103 0.194 0.132 0.115 0.037 0.013 3.015 0.176 0.035 5.649 0.035 0.039 0.351 0.130 1.639 0.030 0.370 0.065 0.015 0.027 0.010 0.600 0.392 2.095 1.486 5.933 5.100 1.103 0.409 0.205 0.284 0.048 0.067 4.708 6.312 0.398 0.247 0.930 1.566 0.471 0.584 0.148 0.212 0.659 0.400 7660 chr3 73545745 73578596 + 0 NA intron (NM_015009, intron 3 of 9) intron (NM_015009, intron 3 of 9) -8303 NR_121660 101927296 Hs.662049 NR_121660 LOC101927296 - uncharacterized LOC101927296 ncRNA 0.790 0.586 0.872 0.044 0.235 0.012 0.009 0.572 0.908 0.003 0.028 0.021 0.019 0.521 0.143 0.137 0.046 0.040 0.051 0.006 0.019 0.004 0.589 0.346 0.643 0.004 0.020 0.004 0.055 0.010 0.056 0.135 0.040 0.617 0.018 0.038 0.099 0.026 0.068 0.004 0.147 0.048 0.022 0.019 0.020 0.028 0.015 0.089 0.067 0.009 0.012 0.021 0.137 0.022 0.051 0.643 0.013 0.033 0.009 0.023 0.474 0.024 3.283 0.322 0.009 0.009 0.006 0.875 0.939 4.782 nan 0.387 0.497 1.410 1.320 0.138 0.127 0.470 0.635 0.926 1.169 0.345 0.154 2.325 3.330 0.629 0.723 0.463 nan 1.433 0.683 5116 chr18 3112822 3121422 + 0 NA intron (NM_019856, intron 19 of 36) AluJo|SINE|Alu 102984 NM_019856 8736 Hs.464469 NM_003803 ENSG00000101605 MYOM1 SKELEMIN myomesin 1 protein-coding 0.815 0.811 0.755 0.118 0.123 1.149 0.197 0.105 0.186 0.033 0.099 0.065 1.333 7.347 0.114 0.089 0.182 0.094 0.513 0.375 0.036 0.495 0.201 0.390 0.088 0.017 0.079 0.151 0.347 2.252 6.179 3.516 nan 0.696 0.037 0.034 0.092 0.143 0.027 0.065 0.096 0.056 0.009 1.003 0.429 0.672 0.202 0.369 0.143 0.651 1.904 0.089 0.216 0.043 0.390 0.626 0.331 0.079 0.148 0.581 0.082 0.034 0.173 0.027 0.027 0.363 0.234 0.250 0.411 0.420 0.621 nan 0.383 0.349 0.218 0.158 nan 0.920 0.846 nan 0.159 0.073 0.054 0.194 0.374 0.239 nan nan 0.954 11889 chrGL000220.1 47755 58252 + 0 NA NA NA NA NA 10523 chr7 95923738 95962714 + 0 NA intron (NM_014251, intron 1 of 17) intron (NM_014251, intron 1 of 17) 8233 NM_014251 10165 Hs.489190 NM_014251 ENSG00000004864 SLC25A13 ARALAR2|CITRIN|CTLN2 solute carrier family 25 member 13 protein-coding nan 1.033 nan 0.433 0.504 0.744 1.259 0.790 1.550 0.239 0.402 0.363 0.288 0.169 0.497 0.726 0.561 0.083 0.630 0.312 0.329 0.388 0.450 0.355 0.749 0.179 0.157 0.264 0.869 0.279 0.613 1.454 1.827 1.562 0.315 0.307 0.450 0.542 0.166 0.282 0.621 0.584 0.209 0.124 0.387 0.383 0.429 0.306 0.472 0.787 1.059 0.552 0.726 0.776 3.861 0.749 0.430 0.556 0.317 0.604 0.192 0.594 0.477 0.448 0.289 0.205 0.177 1.153 1.378 6.544 7.721 1.000 0.998 1.621 0.601 1.862 1.937 1.130 1.381 0.763 1.080 0.994 1.128 0.584 1.319 1.710 1.922 0.994 nan 1.300 0.867 1951 chr11 57524452 57569015 + 0 NA intron (NM_001085467, intron 1 of 16) intron (NM_001085467, intron 1 of 16) 17499 NM_001085467 1500 Hs.166011 NM_001331 ENSG00000198561 CTNND1 BCDS2|CAS|CTNND|P120CAS|P120CTN|p120|p120(CAS)|p120(CTN) catenin delta 1 protein-coding 0.958 1.146 0.716 2.236 0.586 0.052 2.548 0.275 0.525 1.811 0.497 2.050 4.024 0.299 0.076 0.291 0.998 0.228 1.815 0.752 1.011 0.091 0.452 0.280 0.502 1.193 0.787 0.326 1.309 1.264 1.970 3.463 4.484 0.596 1.283 0.703 0.111 0.562 0.130 0.489 0.164 0.872 0.595 0.395 1.102 1.687 2.888 0.756 1.634 0.533 0.627 1.428 0.291 1.880 0.913 0.502 1.129 2.061 0.088 0.215 0.025 0.787 0.528 0.221 1.002 0.198 0.225 1.129 1.352 3.093 4.954 1.054 1.134 0.796 0.321 0.385 0.439 1.106 1.544 1.281 1.685 0.851 0.680 0.691 1.181 0.682 0.860 0.578 1.151 0.885 0.641 3600 chr14 60217365 60227075 + 0 NA intron (NM_021136, intron 1 of 8) intron (NM_021136, intron 1 of 8) -108482 NR_049851 100847088 NR_049851 ENSG00000263629 MIR5586 - microRNA 5586 ncRNA nan nan 2.497 0.104 0.225 0.040 0.015 0.247 0.235 0.080 0.667 0.013 0.053 0.138 0.433 0.178 0.100 0.077 0.019 0.071 0.014 0.032 0.066 0.196 0.021 0.044 0.076 0.043 0.116 0.056 0.087 0.246 0.030 0.853 0.049 0.045 0.110 0.012 0.089 0.095 0.032 0.024 0.022 0.040 0.119 0.113 0.025 0.096 0.016 0.062 0.433 0.080 0.048 0.196 0.013 0.026 0.618 0.078 0.065 0.130 0.041 2.618 0.038 0.020 0.010 0.268 0.199 0.277 0.321 0.369 0.496 0.127 0.031 nan 0.355 0.528 0.773 0.422 nan 1.373 1.002 0.131 0.270 0.122 0.188 5.112 10.510 0.437 0.499 5326 chr18 47415093 47439514 + 0 NA intron (NM_001080467, intron 21 of 39) MIRb|SINE|MIR 86910 NR_117096 103091864 Hs.646459 NR_117096 ENSG00000267322 SNHG22 SCARNA17|SCARNA17HG small nucleolar RNA host gene 22 ncRNA nan 1.192 1.067 0.092 1.032 2.480 0.661 0.164 0.277 0.008 0.071 0.047 0.007 0.135 0.345 0.688 0.042 0.059 0.299 0.102 0.026 0.017 0.475 0.249 0.164 0.201 0.051 0.027 0.073 0.225 0.165 0.319 0.170 1.489 0.150 0.068 0.487 0.031 0.099 0.228 0.417 0.098 0.264 0.201 0.139 0.142 0.144 0.106 0.050 0.013 0.093 0.213 0.688 0.222 0.167 0.164 0.055 0.010 0.113 0.055 0.095 0.126 0.032 0.040 0.041 0.745 0.608 0.501 0.553 0.199 0.318 0.696 0.886 1.126 0.288 0.190 0.185 0.257 0.384 0.751 0.878 0.375 0.193 0.236 0.287 1.899 2.760 0.186 nan 3.825 2.216 2766 chr12 67460301 67475234 + 0 NA Intergenic Intergenic 22297 NR_120490 102724421 Hs.135774 NR_120490 ENSG00000257083 LOC102724421 - uncharacterized LOC102724421 ncRNA 0.889 1.198 0.931 1.320 0.671 0.392 0.071 1.450 2.853 0.159 0.193 0.296 0.062 0.134 0.207 1.703 0.076 0.032 0.663 0.140 0.289 0.019 0.481 0.373 1.770 0.181 0.112 0.099 0.872 0.077 0.292 0.318 0.452 1.363 0.438 0.157 0.096 0.552 0.088 0.229 0.261 1.209 0.633 0.408 0.123 0.206 0.880 0.476 1.134 1.058 0.859 0.750 1.703 0.544 0.019 1.770 0.352 0.678 0.111 1.362 0.461 0.571 0.066 0.042 0.087 0.261 0.150 0.377 0.392 0.457 0.857 5.447 nan 2.809 0.726 0.805 0.728 1.104 1.791 0.807 1.110 0.665 0.654 0.265 0.627 0.614 0.572 0.170 0.279 1.737 1.005 9464 chr6 17701093 17708008 + 0 NA intron (NM_005124, intron 1 of 21) intron (NM_005124, intron 1 of 21) -1811 NR_134616 105374952 Hs.718703 NR_134616 ENSG00000272269 LOC105374952 - uncharacterized LOC105374952 ncRNA 6.023 nan 3.951 2.455 3.927 1.663 2.189 1.926 3.211 1.217 4.097 2.214 5.313 0.841 2.020 3.666 5.177 0.681 3.452 0.821 6.963 2.364 1.488 0.913 4.538 3.307 3.476 0.752 1.686 1.152 2.476 3.620 4.179 6.938 1.755 4.120 0.988 2.421 0.098 1.311 2.930 7.405 4.151 1.646 1.700 0.976 3.631 3.235 2.390 5.637 1.324 1.815 3.666 7.307 5.284 4.538 1.274 1.364 1.441 4.853 1.815 2.315 1.057 2.133 1.534 1.141 0.784 4.758 4.743 5.547 7.627 6.402 5.966 5.849 4.054 16.180 16.409 3.898 5.384 4.817 8.774 7.398 7.952 3.119 4.883 7.077 7.303 7.646 6.186 2.602 1.535 7135 chr21 17790562 17797138 + 0 NA intron (NR_136550, intron 1 of 3) intron (NR_136550, intron 1 of 3) 1235 NR_136550 388815 Hs.473394 NR_027790 MIR99AHG C21orf34|C21orf35|LINC00478|MONC mir-99a-let-7c cluster host gene ncRNA 1.939 2.480 9.139 1.852 0.445 2.401 0.110 0.286 0.625 0.424 0.060 4.236 0.151 0.122 0.079 0.124 0.033 0.056 1.776 2.041 1.568 3.533 0.064 0.022 0.011 0.073 0.016 0.238 0.319 2.306 6.303 0.177 2.733 0.043 0.185 0.111 0.118 0.014 0.028 0.046 0.023 0.088 0.023 0.210 0.104 0.768 0.010 0.079 0.023 0.029 3.533 0.524 0.127 0.009 0.301 0.026 0.439 0.291 1.230 3.279 1.418 1.913 0.072 0.072 0.267 0.220 1.649 2.187 0.161 0.142 7.274 5.633 0.146 0.331 0.299 0.160 0.807 1.575 2.991 1.471 5526 chr19 10610985 10629395 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -6136 NM_203500 9817 Hs.465870 NM_012289 ENSG00000079999 KEAP1 INrf2|KLHL19 kelch like ECH associated protein 1 protein-coding 2.659 1.909 1.549 1.199 2.599 2.635 1.272 1.126 2.335 1.162 1.879 1.106 0.980 0.728 1.266 2.136 0.962 0.281 1.215 0.453 3.020 1.414 1.115 0.618 2.653 1.363 2.097 1.765 1.785 0.561 1.314 nan 1.206 4.203 0.495 2.482 0.560 1.921 0.110 0.608 1.034 1.723 1.664 0.609 0.809 0.582 2.473 0.135 2.925 2.848 1.063 0.101 2.136 1.521 0.829 2.653 1.203 1.467 0.871 2.970 1.869 2.580 0.550 1.029 0.762 0.541 0.417 2.608 2.411 2.255 3.597 4.647 4.188 4.136 1.969 5.608 5.972 2.308 2.874 4.267 6.007 4.379 4.171 1.393 1.887 2.431 2.822 2.529 2.107 2.027 1.127 3661 chr14 69543592 69547652 + 0 NA intron (NM_003861, intron 6 of 8) AluSz6|SINE|Alu 73694 NM_001284207 8816 Hs.509780 NM_003861 ENSG00000139990 DCAF5 BCRG2|BCRP2|D14S1461E|WDR22 DDB1 and CUL4 associated factor 5 protein-coding 1.462 0.941 1.084 5.391 0.255 0.038 2.077 0.118 0.354 1.614 0.903 0.386 0.827 0.101 0.178 0.223 1.052 0.314 0.501 0.464 1.344 0.034 0.079 0.090 0.133 1.556 1.086 0.400 0.974 1.913 0.339 0.376 0.384 0.377 1.156 0.133 0.106 0.170 0.292 0.136 1.636 11.838 3.420 1.242 0.940 2.467 0.688 0.361 0.437 0.117 0.741 0.223 0.420 0.646 0.133 0.149 0.223 0.049 0.388 0.025 2.750 0.074 0.123 2.360 1.473 0.352 0.422 0.476 0.862 1.461 0.402 0.343 0.446 0.279 0.642 0.467 0.204 0.663 0.466 nan 0.675 0.343 0.197 0.454 0.157 0.268 0.154 0.621 0.869 nan 10693 chr7 138569967 138579945 + 0 NA intron (NM_020910, intron 10 of 19) intron (NM_020910, intron 10 of 19) 91108 NM_020910 57670 Hs.605380 NM_020910 ENSG00000122778 KIAA1549 - KIAA1549 protein-coding nan nan nan 0.238 0.527 0.108 0.354 1.015 2.063 0.096 1.346 2.616 0.223 0.070 0.367 2.153 0.097 0.161 0.122 0.113 6.167 0.028 0.649 0.256 1.305 0.257 0.080 0.044 0.244 0.170 0.843 3.377 2.788 1.730 1.073 3.320 0.811 0.109 0.191 0.047 0.981 0.268 0.585 0.188 0.065 2.195 0.879 0.300 1.779 0.165 4.253 3.797 2.153 0.464 1.361 1.305 1.282 6.674 0.078 0.220 0.824 0.261 0.089 0.133 0.310 0.092 0.093 0.467 0.557 0.417 0.693 0.803 0.693 nan 0.515 0.450 0.727 0.829 nan 0.485 0.728 nan 0.287 0.253 0.392 4.274 5.550 0.414 1.015 1.353 nan 10065 chr6 161379456 161388705 + 0 NA Intergenic Intergenic -28679 NM_005922 4216 Hs.390428 NM_005922 ENSG00000085511 MAP3K4 MAPKKK4|MEKK 4|MEKK4|MTK1|PRO0412 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 4 protein-coding 1.621 nan 2.034 0.047 0.227 0.042 0.100 0.208 0.260 0.067 0.010 0.007 0.021 0.019 0.921 0.130 0.101 0.057 0.014 0.015 0.085 0.114 0.194 0.015 0.024 0.058 0.011 0.069 0.154 0.031 0.243 0.031 0.052 0.197 0.047 0.141 0.052 0.080 0.026 0.025 0.071 0.034 0.083 0.061 0.062 0.043 0.017 0.153 0.921 0.016 0.194 0.143 0.766 0.019 0.053 0.025 0.042 0.480 0.025 0.037 0.006 0.354 0.174 0.686 2.311 0.347 0.379 0.549 0.144 0.149 0.225 0.498 0.666 0.334 0.396 8.839 8.865 0.223 0.251 0.944 1.306 0.732 1.339 0.465 0.349 1794 chr11 10993462 11004987 + 0 NA Intergenic L1PREC2|LINE|L1 119460 NR_034137 729013 Hs.726427 NR_034137 ENSG00000247271 ZBED5-AS1 - ZBED5 antisense RNA 1 ncRNA 0.960 nan 0.743 0.075 0.137 0.097 0.207 0.243 0.426 0.008 0.120 0.104 0.039 0.215 0.937 0.079 0.098 0.124 0.131 0.017 0.021 0.308 0.155 1.338 0.228 0.112 0.008 0.065 0.009 0.029 0.260 0.116 0.676 0.038 0.209 0.025 0.056 0.105 0.024 0.199 0.112 0.039 0.041 0.057 0.033 0.075 0.070 0.182 0.036 0.035 0.209 0.937 0.078 0.048 1.338 0.117 0.039 0.043 0.057 0.044 0.067 0.093 0.054 0.040 0.025 0.022 nan 0.353 0.452 1.246 0.546 0.502 6.459 3.937 0.372 0.345 0.448 nan 0.210 0.237 0.374 0.247 0.243 0.385 0.425 0.429 0.203 0.435 1.353 nan 10605 chr7 113721790 113731014 + 0 NA promoter-TSS (NR_033766) promoter-TSS (NR_033766) 37 NR_033766 93986 Hs.282787 NM_014491 ENSG00000128573 FOXP2 CAGH44|SPCH1|TNRC10 forkhead box P2 protein-coding nan 0.725 4.823 1.912 2.113 0.060 0.683 0.749 1.734 0.310 3.444 0.053 1.501 6.037 0.887 1.127 0.173 0.463 0.186 0.014 1.427 3.148 1.526 4.722 0.576 0.423 0.390 4.542 0.022 2.752 3.965 2.008 6.517 0.587 0.047 2.985 0.471 0.114 0.398 1.670 0.589 0.157 0.119 1.170 1.358 0.271 1.006 0.369 1.640 4.136 2.666 0.887 0.280 0.302 4.722 1.338 3.512 0.760 1.255 1.709 0.009 0.141 0.657 0.049 0.012 0.011 0.873 0.587 2.086 2.582 0.426 0.512 0.753 0.255 2.996 3.090 3.554 4.667 3.769 8.027 2.888 3.373 0.171 0.515 10.471 9.019 1.842 2.354 1.000 0.591 4755 chr17 38374519 38402516 + 0 NA intron (NM_133264, intron 1 of 7) AluSz|SINE|Alu 12943 NM_133264 147179 Hs.421622 NM_133264 ENSG00000171475 WIPF2 WICH|WIRE WAS/WASL interacting protein family member 2 protein-coding nan 1.472 1.252 2.325 0.323 0.469 0.493 0.461 0.992 0.185 0.478 0.148 0.896 0.128 0.560 0.625 0.608 0.244 0.713 0.288 0.431 0.218 0.387 0.351 0.444 0.560 0.387 0.306 0.540 0.139 0.215 0.560 0.473 1.615 0.162 0.561 0.099 0.391 0.092 0.239 0.297 0.534 0.273 0.156 0.313 0.292 0.368 0.337 0.619 0.346 0.254 0.393 0.625 0.770 0.248 0.444 0.165 0.279 0.252 0.585 0.276 0.361 0.176 0.911 0.212 0.128 0.103 0.778 0.943 0.727 1.138 nan 0.959 1.508 1.220 1.801 1.936 0.971 1.508 1.143 1.740 nan 0.744 0.459 0.701 0.493 0.577 1.792 3.335 0.718 0.613 676 chr1 148927618 148935887 + 0 NA intron (NR_027354, intron 1 of 3) intron (NR_027354, intron 1 of 3) 1347 NR_027354 645166 Hs.744183 NR_027354 LOC645166 - lymphocyte-specific protein 1 pseudogene pseudo 1.858 nan 4.271 0.271 0.342 0.709 6.994 0.427 0.836 0.486 2.950 1.965 0.337 6.209 0.363 0.727 0.377 0.289 2.642 1.652 0.587 1.408 2.868 1.255 0.958 0.625 0.566 1.952 0.715 0.140 0.972 1.692 0.849 4.889 1.307 1.410 0.079 1.663 0.277 1.310 0.191 0.978 8.556 4.248 0.474 8.216 0.617 0.595 2.605 8.019 0.298 0.586 0.727 2.068 6.670 0.958 0.237 0.996 1.092 4.778 4.338 0.510 0.981 0.328 2.433 0.411 0.259 1.064 1.568 0.521 0.891 1.477 1.529 1.270 0.514 0.573 0.519 1.074 1.895 1.149 1.615 1.016 0.727 2.564 3.907 0.594 0.606 0.835 1.361 4.230 2.624 11641 chr9 93087160 93096367 + 0 NA intron (NR_109795, intron 2 of 2) AluSx|SINE|Alu 104008 NR_109795 101927873 Hs.598482 NR_109795 ENSG00000231107 LINC01508 - long intergenic non-protein coding RNA 1508 ncRNA 0.635 nan 0.713 0.333 0.321 0.065 0.311 0.123 0.292 0.602 3.654 0.949 0.021 0.086 1.059 0.064 0.069 0.103 0.021 0.163 0.222 0.146 0.195 5.858 5.222 0.112 0.227 0.045 0.114 0.202 0.091 0.281 0.039 12.175 0.021 3.095 0.129 0.102 0.084 0.088 0.026 0.017 0.152 0.277 1.884 5.512 0.380 0.070 0.181 1.098 1.059 0.117 0.040 0.195 0.958 0.080 0.053 0.057 0.122 0.069 0.011 0.066 0.033 0.044 0.017 0.209 0.186 0.283 nan 0.327 0.384 0.681 0.110 0.219 0.182 0.221 0.328 0.482 0.347 0.197 0.111 0.068 0.143 0.139 0.381 0.241 0.464 0.622 0.477 7653 chr3 69809874 69822564 + 0 NA intron (NM_006722, intron 1 of 9) intron (NM_006722, intron 1 of 9) 3257 NM_006722 4286 Hs.166017 NM_000248 ENSG00000187098 MITF CMM8|COMMAD|MI|WS2|WS2A|bHLHe32 melanogenesis associated transcription factor protein-coding 0.545 nan 0.675 0.325 0.090 0.031 2.054 0.063 0.151 1.196 0.686 1.087 0.186 0.039 0.103 0.051 1.074 0.126 0.772 0.553 4.947 0.011 0.012 0.058 0.019 2.504 2.211 1.103 2.338 2.012 0.314 0.709 0.461 0.223 1.179 0.909 0.023 0.214 0.071 0.352 0.047 0.843 0.342 0.228 2.987 0.598 0.962 0.118 0.363 0.011 0.878 0.768 0.051 0.629 3.771 0.019 0.087 0.737 0.116 0.251 0.048 3.202 0.024 0.088 0.791 0.073 0.024 0.159 0.082 0.618 2.358 0.197 0.240 0.081 0.033 0.119 0.135 0.229 0.443 0.296 0.279 0.322 0.212 0.125 0.202 0.030 0.044 0.179 nan 0.432 0.487 3191 chr13 67871119 67884407 + 0 NA Intergenic Intergenic -68756 NR_130792 100874145 Hs.508194 NR_130792 ENSG00000230040 LINC00364 LncRNA00364 long intergenic non-protein coding RNA 364 ncRNA nan 1.128 nan 0.089 0.065 0.029 0.124 0.037 0.103 0.042 0.053 0.041 0.023 0.046 0.265 0.078 0.073 0.159 0.185 0.019 0.011 0.091 0.049 0.136 0.198 0.054 0.144 0.596 0.067 0.061 0.048 0.305 0.253 0.028 2.350 0.057 0.064 0.009 0.569 0.062 0.011 0.561 0.057 0.195 0.075 0.037 0.038 0.019 0.035 0.265 0.064 0.042 0.136 0.128 0.019 0.205 0.013 0.015 0.006 0.030 0.112 0.023 0.004 0.012 0.593 0.347 0.084 0.153 0.365 0.421 3.365 1.111 0.118 0.062 0.393 0.607 0.216 0.220 0.511 0.404 0.101 0.215 8.700 14.206 0.508 1.064 0.081 0.169 11808 chr9 132081819 132116417 + 0 NA promoter-TSS (NR_120685) promoter-TSS (NR_120685) -84 NR_120685 100506119 Hs.624047 NR_120685 ENSG00000233901 LINC01503 - long intergenic non-protein coding RNA 1503 ncRNA nan 1.025 0.747 0.825 0.545 0.794 1.395 0.326 0.654 0.763 1.357 0.858 0.289 0.170 0.491 1.519 0.697 0.280 1.865 0.962 0.568 0.127 0.183 0.129 2.090 1.429 1.220 0.686 1.892 0.580 1.788 4.336 1.139 0.550 1.150 1.529 0.085 0.685 0.094 0.355 0.060 2.302 1.323 0.557 0.656 1.357 1.271 1.007 3.705 1.869 1.114 2.004 1.519 1.545 0.441 2.090 0.609 1.527 0.470 1.574 0.630 1.462 0.835 0.336 0.824 0.764 0.556 0.817 1.270 1.392 2.322 1.800 1.882 nan 0.060 0.304 0.299 0.216 0.386 1.975 2.645 0.890 0.733 0.685 1.199 0.360 0.487 0.532 0.944 0.447 0.416 11834 chr9 136547129 136581918 + 0 NA intron (NM_001134707, intron 13 of 20) AluSp|SINE|Alu 38956 NM_001134707 1757 Hs.198003 NM_007101 ENSG00000123453 SARDH BPR-2|DMGDHL1|SAR|SARD|SDH sarcosine dehydrogenase protein-coding nan 0.546 1.292 0.454 0.430 2.494 0.149 0.378 0.722 0.017 0.666 0.069 0.069 0.029 0.707 0.358 0.084 0.041 0.106 0.011 0.011 0.020 0.250 0.168 0.971 0.036 0.031 0.064 0.082 0.015 0.139 0.496 0.108 0.928 0.025 0.080 0.082 0.051 0.069 0.017 0.050 0.141 0.097 0.054 0.003 0.059 0.080 0.103 0.101 0.069 0.023 0.049 0.358 0.094 0.032 0.971 0.014 0.116 0.268 0.109 0.753 0.631 0.051 0.139 0.218 0.023 0.013 0.221 0.388 0.129 0.184 5.881 5.625 nan 0.240 0.143 0.141 0.065 0.151 2.166 2.544 3.798 5.468 0.242 0.265 0.282 0.304 0.372 0.858 0.884 0.550 3306 chr13 102973818 102997749 + 0 NA intron (NM_001321941, intron 1 of 5) intron (NM_001321941, intron 1 of 5) -15729 NM_001321936 2259 Hs.508616 NM_004115 ENSG00000102466 FGF14 FGF-14|FHF-4|FHF4|SCA27 fibroblast growth factor 14 protein-coding 0.863 0.919 0.710 0.015 0.721 0.249 0.042 0.255 0.348 0.004 0.052 0.062 0.016 0.030 0.149 0.718 0.072 0.102 0.142 0.024 0.016 0.006 0.073 0.062 0.185 0.006 0.012 0.003 0.046 0.009 0.053 0.074 0.065 0.770 0.025 0.038 0.482 0.027 0.073 0.005 0.162 0.142 0.015 0.007 0.027 0.013 0.088 0.092 0.027 0.027 0.027 0.076 0.718 0.048 0.019 0.185 0.024 0.081 0.022 0.148 0.023 0.017 0.047 0.012 0.012 0.011 0.663 0.312 0.165 0.285 1.072 1.100 0.248 0.122 0.147 0.120 0.453 nan 0.378 0.510 0.335 0.172 0.133 0.180 2.229 4.610 0.381 nan 0.185 0.264 2640 chr12 47966946 47975641 + 0 NA Intergenic Intergenic 128551 NM_001146075 79657 Hs.437855 NM_024604 ENSG00000005175 RPAP3 hSpagh RNA polymerase II associated protein 3 protein-coding 1.073 nan 0.693 0.042 0.253 0.038 0.066 0.461 1.049 0.054 0.046 0.014 0.024 0.072 1.568 0.104 0.073 0.059 0.045 0.016 0.414 0.347 0.269 0.040 0.017 0.017 0.101 0.024 0.038 0.080 0.130 0.294 0.017 0.049 1.261 0.075 0.125 0.028 0.129 0.084 0.007 0.025 0.035 0.056 0.228 0.056 0.060 0.036 0.039 1.568 0.074 0.022 0.269 0.028 0.011 0.020 0.059 0.009 0.070 0.624 0.018 0.013 0.018 0.422 0.406 0.365 0.275 0.653 0.694 3.377 1.095 0.260 0.533 0.141 0.204 0.228 0.227 0.330 0.261 0.145 0.212 2.660 2.792 0.730 1.273 5.250 2.409 9567 chr6 32142810 32147459 + 0 NA intron (NM_032741, intron 1 of 6) intron (NM_032741, intron 1 of 6) 754 NM_032741 10554 Hs.409230 NM_006411 ENSG00000204310 AGPAT1 1-AGPAT1|G15|LPAAT-alpha|LPAATA 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 1 protein-coding nan 3.715 nan 6.065 8.840 7.156 5.293 2.820 4.645 1.130 5.561 3.691 2.386 3.906 5.448 9.355 4.599 0.314 4.252 1.451 5.870 2.700 2.721 1.224 9.001 3.968 3.562 1.471 2.384 1.564 5.237 7.128 4.901 17.423 2.107 4.246 1.521 6.106 0.254 1.892 3.813 6.683 4.183 2.370 1.291 1.448 3.893 8.135 3.918 6.980 4.991 2.189 9.355 4.207 4.013 9.001 1.290 1.982 2.567 6.815 4.146 3.370 3.685 3.547 4.128 2.980 1.909 6.489 8.679 6.202 nan 13.758 11.786 11.926 4.924 14.151 14.378 6.112 6.708 13.785 17.962 10.025 7.315 3.180 5.381 8.682 8.159 6.672 12.843 4.750 2.131 2700 chr12 55325181 55332310 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 38771 NR_147072 9840 Hs.33187 NM_014796 ENSG00000135426 TESPA1 HSPC257|KIAA0748 thymocyte expressed, positive selection associated 1 protein-coding nan 0.745 0.738 1.184 0.160 0.023 5.020 0.135 0.432 0.014 0.583 1.486 0.017 0.027 0.174 0.142 0.135 0.114 1.289 1.089 0.555 0.020 0.087 0.176 0.185 1.743 0.868 0.031 1.534 0.579 2.646 5.868 2.871 0.494 3.716 2.901 0.013 0.031 0.064 1.339 0.033 0.956 1.073 0.654 0.993 0.554 0.325 3.546 0.365 0.178 1.228 4.274 0.142 0.709 1.527 0.185 5.084 2.842 0.056 0.464 0.182 1.044 0.014 0.054 2.446 0.097 0.050 nan 0.226 0.218 0.344 0.194 nan 0.165 0.093 0.117 0.171 0.248 nan 1.284 nan 0.432 0.210 0.122 0.103 0.193 0.255 0.370 0.758 0.685 0.737 9530 chr6 27094170 27117874 + 0 NA TTS (NM_080593) TTS (NM_080593) -1066 NM_003495 8294 Hs.248172 NM_003495 ENSG00000276180 HIST1H4I H4/m|H4FM|H4M histone cluster 1 H4 family member i protein-coding 1.774 2.377 nan 3.562 4.872 1.331 1.795 1.895 3.854 0.773 2.850 1.679 1.447 1.003 3.763 1.480 2.128 0.374 2.429 0.841 2.469 2.418 1.200 0.625 4.500 1.880 1.623 0.578 1.647 0.907 0.502 0.895 2.235 nan 1.513 2.256 1.101 5.961 0.201 1.232 1.957 3.558 2.761 0.998 0.875 0.939 2.720 1.578 2.336 3.943 1.528 1.406 1.480 2.900 4.984 4.500 0.647 0.932 0.768 3.141 1.514 3.429 1.136 0.536 0.571 1.621 1.368 5.006 5.922 4.102 nan 7.519 4.702 nan 5.180 8.444 8.807 3.549 4.264 5.824 7.352 2.517 2.938 1.013 2.024 7.009 6.434 1.059 1.257 2.864 1.504 6877 chr20 20410750 20490662 + 0 NA intron (NM_020343, intron 37 of 39) intron (NM_020343, intron 37 of 39) 101941 NM_002196 3642 Hs.89584 NM_002196 ENSG00000173404 INSM1 IA-1|IA1 INSM transcriptional repressor 1 protein-coding 1.967 1.713 nan 0.043 0.494 0.361 0.115 1.678 3.273 0.011 0.117 0.058 0.012 0.327 0.729 1.218 0.174 0.110 0.048 0.012 0.018 0.031 0.908 0.567 1.243 0.083 0.033 0.021 0.071 0.034 0.105 0.105 0.139 0.766 0.079 0.102 1.705 0.037 0.086 0.012 0.686 0.066 0.023 0.014 0.085 0.036 0.127 0.216 0.120 0.048 0.027 0.047 1.218 0.034 0.036 1.243 0.074 0.098 1.530 0.035 1.155 0.085 0.947 0.492 0.052 0.022 0.012 1.423 1.775 0.614 0.617 0.921 1.017 3.778 1.278 0.308 0.320 3.149 4.293 1.548 1.462 3.920 3.435 0.950 1.535 3.789 4.690 0.641 1.419 1.815 0.924 7034 chr20 48936657 49021325 + 0 NA Intergenic L1PA4|LINE|L1 -41112 NR_109950 101927586 Hs.637665 NR_109950 ENSG00000233077 LINC01271 - long intergenic non-protein coding RNA 1271 ncRNA nan nan 1.011 0.433 0.573 0.463 0.603 0.178 0.375 0.270 1.051 0.787 0.026 0.174 0.174 0.324 0.560 0.154 0.445 0.277 0.574 0.035 0.123 0.136 0.321 0.500 0.241 0.092 0.390 0.386 0.835 3.759 2.140 3.802 0.624 0.567 0.015 0.106 0.095 0.335 0.069 1.063 0.224 0.136 0.832 0.340 1.058 0.537 1.481 0.115 0.785 2.092 0.324 0.387 0.137 0.321 0.499 0.824 0.272 1.167 0.638 0.485 0.125 0.070 0.814 0.038 0.044 0.683 0.750 0.376 1.104 0.502 0.532 nan 0.463 0.481 0.537 0.480 0.860 2.269 2.323 nan 0.624 0.438 0.431 0.121 0.173 0.327 0.475 0.941 0.708 4312 chr16 29469607 29482837 + 0 NA TTS (NR_037608) TTS (NR_037608) 2677 NR_002557 613038 Hs.569585 NR_002557 ENSG00000258130 LOC613038 - SAGA complex associated factor 29 pseudogene pseudo 1.062 0.645 nan 5.405 0.478 0.108 2.184 0.209 0.586 3.913 1.388 0.211 4.384 0.234 0.240 0.428 1.339 0.363 3.392 1.210 0.152 0.136 0.143 0.100 0.479 2.853 4.001 0.278 2.249 0.598 0.620 1.852 0.968 1.488 0.584 1.332 0.123 0.188 0.117 0.188 0.168 1.867 0.187 0.171 3.668 3.093 5.017 0.878 3.637 1.510 0.860 7.154 0.428 3.985 0.447 0.479 2.184 4.941 0.250 0.763 0.206 1.304 0.135 0.261 0.191 0.048 0.038 0.729 0.931 0.687 1.381 0.658 0.729 nan 0.410 0.623 0.668 0.526 0.846 1.293 1.875 1.096 0.731 0.498 0.451 0.245 0.403 0.575 1.323 0.494 0.363 9202 chr5 138378643 138399076 + 0 NA intron (NM_001037633, intron 4 of 10) intron (NM_001037633, intron 4 of 10) 145206 NM_022464 64374 Hs.483521 NM_022464 ENSG00000120725 SIL1 BAP|MSS|ULG5 SIL1 nucleotide exchange factor protein-coding 1.074 2.147 nan 0.130 0.340 1.050 0.376 0.283 0.430 0.019 0.183 0.207 0.025 0.122 0.704 0.287 0.245 0.079 0.062 0.119 0.047 0.020 0.085 0.077 0.422 0.273 0.113 0.080 0.090 0.187 0.243 1.646 0.296 1.340 0.127 0.099 0.248 0.053 0.106 0.023 0.172 0.090 0.047 0.054 0.257 0.299 0.148 0.161 0.112 0.101 0.031 0.474 0.287 0.321 0.147 0.422 0.108 0.095 0.231 0.086 0.134 0.099 0.820 0.875 0.033 0.045 0.018 0.199 0.255 0.357 0.481 0.471 0.606 0.710 0.294 0.283 0.370 1.069 1.481 1.538 1.547 0.683 0.535 0.517 1.127 0.729 0.880 1.015 4.348 0.558 0.412 11297 chr8 130982498 130988397 + 0 NA intron (NM_001353270, intron 1 of 12) L2b|LINE|L2 -33296 NM_001330612 51571 Hs.126941 NM_016623 ENSG00000153310 FAM49B BM-009|L1 family with sequence similarity 49 member B protein-coding nan 0.910 1.018 2.289 0.243 1.079 6.954 0.952 1.629 0.698 2.570 3.346 0.021 0.100 0.256 1.564 0.768 0.192 2.815 1.380 2.968 0.062 0.104 0.099 1.417 3.220 2.143 0.230 1.118 2.126 0.545 2.275 1.766 0.897 3.529 1.532 0.049 0.083 0.093 1.223 0.204 0.984 0.497 0.384 1.103 3.385 1.758 1.065 2.162 0.565 0.186 2.746 1.564 2.897 4.670 1.417 1.054 1.025 0.034 0.118 0.361 0.909 0.100 0.189 1.086 0.075 0.044 0.320 0.265 0.369 0.432 0.722 0.747 1.044 0.306 nan 1.463 0.472 0.697 3.156 2.474 0.643 0.310 0.241 0.371 0.272 0.353 0.305 0.542 0.807 0.715 123 chr1 17864676 17933801 + 0 NA intron (NM_018125, intron 1 of 28) L2b|LINE|L2 -7810 NM_001319837 55160 Hs.443460 NM_018125 ENSG00000074964 ARHGEF10L GrinchGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 10 like protein-coding 1.413 0.892 nan 0.747 0.085 1.020 1.026 0.897 1.476 0.514 0.682 0.615 0.061 1.099 1.753 0.526 1.276 0.205 1.338 0.649 0.196 0.084 0.595 0.235 0.388 1.232 0.935 0.314 0.597 0.422 0.978 4.192 1.258 1.321 0.721 0.128 0.081 0.315 0.116 0.254 0.272 0.234 0.251 0.162 1.054 0.576 0.833 0.369 0.668 0.224 1.426 1.138 0.526 1.213 0.043 0.388 0.431 0.436 0.484 0.399 0.704 0.454 0.980 0.152 0.076 0.094 0.077 1.393 2.469 0.619 1.065 1.910 1.714 1.552 0.595 0.955 nan 0.690 nan 2.112 2.180 nan 0.857 0.826 1.289 0.332 0.307 0.465 1.209 0.639 0.543 11663 chr9 97762567 97821303 + 0 NA intron (NM_032823, intron 11 of 14) intron (NM_032823, intron 11 of 14) -35697 NR_106729 102466518 NR_106729 ENSG00000274115 MIR6081 hsa-mir-6081 microRNA 6081 ncRNA 0.937 nan 1.928 2.800 2.140 2.558 1.438 0.418 0.806 0.324 1.594 0.835 0.090 1.013 0.533 0.661 1.249 0.157 1.054 0.369 0.539 0.052 0.894 0.514 1.449 2.480 2.413 0.188 2.120 0.252 1.688 3.657 1.112 2.348 0.528 1.400 0.162 0.203 0.079 0.588 0.255 0.125 0.117 0.076 0.961 0.480 1.362 0.113 2.903 0.352 1.008 0.976 0.661 1.001 1.967 1.449 0.404 0.587 0.197 0.211 0.908 0.800 1.619 0.158 0.587 0.345 0.252 0.775 0.856 1.494 nan 3.351 2.902 0.819 0.266 0.335 0.375 0.506 0.681 4.119 4.855 0.788 0.435 1.152 1.931 0.812 0.885 0.393 0.683 1.771 0.952 304 chr1 40625548 40629642 + 0 NA intron (NM_012421, intron 1 of 7) CpG 554 NM_012421 6018 Hs.205627 NM_012421 ENSG00000117000 RLF ZN-15L|ZNF292L rearranged L-myc fusion protein-coding 28.302 2.441 nan 2.426 15.549 0.840 3.389 2.272 2.979 1.169 2.714 1.599 1.574 0.758 1.500 69.384 1.882 0.366 2.624 0.741 0.873 0.793 2.411 1.024 5.641 1.319 1.156 0.970 2.024 0.721 2.794 4.573 2.145 4.297 1.465 1.074 0.118 1.984 0.108 0.487 16.497 2.159 1.722 0.919 1.895 2.296 4.015 1.691 1.133 2.270 0.784 1.505 69.384 3.626 2.111 5.641 0.657 2.429 0.595 2.335 0.856 1.146 1.942 1.328 1.491 0.731 0.448 3.690 3.825 4.535 6.203 8.464 7.927 4.347 2.530 10.251 10.949 3.851 nan nan 14.021 4.927 6.152 5.680 nan 1.784 1.877 4.944 5.535 63.995 48.029 11077 chr8 81163215 81172657 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 14312 NR_049894 100847056 NR_049894 ENSG00000265588 MIR5708 - microRNA 5708 ncRNA 1.127 nan nan 0.168 0.497 0.061 4.986 0.265 0.442 0.354 0.131 0.900 0.038 0.073 0.070 0.318 0.249 0.137 2.016 1.339 2.827 0.030 0.066 0.096 0.240 1.180 0.477 0.055 1.771 1.455 1.251 5.237 1.794 0.800 1.640 0.678 0.100 0.046 0.078 0.828 0.126 1.287 0.185 0.206 0.616 4.980 1.593 0.212 0.893 0.756 1.304 3.849 0.318 2.049 5.988 0.240 1.077 1.656 0.032 2.262 0.170 2.029 0.078 0.066 0.114 0.037 0.014 0.341 0.216 0.314 0.457 0.452 0.569 0.542 0.148 0.217 0.312 0.502 0.748 nan 0.754 0.443 0.198 0.272 0.273 0.242 0.837 0.251 0.459 0.820 0.794 9210 chr5 139216650 139230505 + 0 NA 3' UTR (NM_032289, exon 15 of 15) 3' UTR (NM_032289, exon 15 of 15) 48171 NM_032289 84249 Hs.21963 NM_032289 ENSG00000146005 PSD2 EFA6C pleckstrin and Sec7 domain containing 2 protein-coding 0.788 0.802 nan 0.116 0.083 0.083 0.021 0.124 0.312 0.041 0.265 0.167 0.090 0.065 0.129 0.276 0.087 0.024 0.034 0.249 0.010 0.103 0.084 0.522 0.200 0.095 0.283 0.085 0.015 0.289 0.577 0.096 0.722 0.021 0.269 0.047 0.445 0.111 0.077 0.063 0.100 0.088 0.023 0.038 0.034 0.042 0.202 0.300 0.195 0.136 0.046 0.276 0.062 0.027 0.522 0.150 0.251 0.035 0.871 0.047 0.029 2.134 0.054 0.016 0.233 0.165 3.989 5.297 2.915 0.845 0.647 0.479 0.190 0.065 0.596 0.666 0.180 0.408 0.174 0.382 0.531 0.410 2.301 3.123 0.134 0.153 0.152 0.301 0.287 0.258 5828 chr19 57822612 57833344 + 0 NA Intergenic L1PA15|LINE|L1 -3887 NM_213598 125919 Hs.202544 NM_213598 ENSG00000178229 ZNF543 - zinc finger protein 543 protein-coding 2.165 1.373 1.383 1.132 1.742 0.761 0.419 1.179 2.475 0.297 0.939 0.624 0.144 0.340 1.057 1.123 0.567 0.159 0.582 0.283 0.218 0.154 0.509 0.222 1.806 0.353 0.260 0.530 0.593 0.305 0.876 0.982 0.832 1.805 0.367 0.483 0.250 0.798 0.145 0.450 0.472 1.098 0.510 0.284 1.179 0.266 1.200 0.245 0.796 0.651 0.533 0.187 1.123 1.011 0.664 1.806 0.148 0.124 0.245 0.740 0.669 0.590 0.306 0.381 0.234 0.295 0.207 2.654 2.512 2.020 2.313 2.139 2.107 3.683 1.441 1.786 1.649 0.988 1.418 1.703 2.414 2.698 2.397 1.061 1.754 1.624 1.939 1.123 1.540 4.652 1.997 1631 chr10 104985126 105005007 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -10578 NM_001143909 729020 Hs.458437 NM_001143909 ENSG00000235376 RPEL1 - ribulose-5-phosphate-3-epimerase like 1 protein-coding nan nan 0.796 1.033 0.175 0.191 7.387 0.145 0.362 2.396 3.085 3.369 1.645 0.055 0.080 0.233 0.961 0.445 3.369 1.843 2.152 0.035 0.062 0.132 0.144 3.792 4.109 3.209 3.808 2.752 2.856 6.848 1.695 0.679 1.397 3.828 0.024 0.235 0.115 1.283 0.036 4.263 2.927 1.249 3.746 1.982 3.074 2.493 5.746 0.928 1.039 4.017 0.233 4.317 7.082 0.144 2.923 3.654 0.040 0.610 0.169 2.554 0.079 0.150 1.147 2.080 1.771 0.310 0.267 0.433 1.322 0.250 0.257 0.644 0.181 0.175 0.177 0.229 nan 0.737 0.877 0.258 0.120 0.188 0.208 0.066 0.196 0.342 nan 0.359 0.371 2294 chr11 116965704 116970543 + 0 NA intron (NM_025164, intron 1 of 23) intron (NM_025164, intron 1 of 23) 1008 NM_025164 23387 Hs.167451 NM_025164 ENSG00000160584 SIK3 L19|QSK|SIK-3 SIK family kinase 3 protein-coding 2.768 2.940 2.210 1.215 2.879 3.083 1.900 2.780 3.988 1.066 4.118 2.095 0.500 1.341 3.938 3.040 0.827 0.033 1.655 0.313 4.268 1.863 1.981 0.794 3.490 1.132 0.894 3.436 1.713 0.893 2.043 3.951 1.039 7.176 0.512 2.283 0.918 3.333 0.171 0.811 1.996 4.921 2.741 1.450 1.780 1.004 2.740 1.517 2.927 3.847 2.726 3.970 3.040 4.631 2.459 3.490 1.137 3.170 1.179 3.993 3.086 1.704 4.524 0.991 1.324 0.583 0.210 5.427 nan 4.272 6.415 4.932 4.589 7.096 5.835 7.007 6.747 5.305 nan 7.003 9.556 4.833 5.350 8.283 16.095 5.229 5.277 5.430 4.890 2.699 1.828 7679 chr3 88658245 88678708 + 0 NA Intergenic Intergenic -469460 NM_001195308 8545 Hs.444818 NM_003663 ENSG00000163320 CGGBP1 CGGBP|p20-CGGBP CGG triplet repeat binding protein 1 protein-coding nan 0.634 0.843 0.071 0.039 0.003 0.028 0.024 0.097 0.014 0.069 0.028 0.307 0.017 0.056 0.482 0.025 0.016 0.082 0.009 0.016 0.013 0.023 0.117 0.058 0.004 0.011 0.066 0.046 0.145 0.391 0.094 0.154 0.028 0.021 0.005 0.031 0.061 0.017 0.012 0.054 0.012 0.012 0.016 0.023 0.047 0.098 0.020 0.032 0.070 0.023 0.482 0.056 0.018 0.058 0.024 0.010 0.030 0.029 0.031 0.005 0.036 0.011 0.006 0.007 0.141 0.123 0.259 0.453 0.262 0.275 0.156 0.083 0.117 0.112 5.895 5.534 0.125 0.111 0.587 0.388 0.089 0.106 0.029 0.057 0.363 0.649 0.328 0.253 11906 chrX 6140718 6147841 + 0 NA promoter-TSS (NR_136577) promoter-TSS (NR_136577) -120 NR_136577 105373156 Hs.21107 NR_136577 LOC105373156 - uncharacterized LOC105373156 ncRNA 1.822 2.408 0.332 0.030 0.549 0.390 0.010 0.069 0.182 0.014 0.032 0.009 0.124 1.958 0.056 0.046 0.030 0.198 0.175 5.841 0.031 0.019 0.014 0.033 0.007 0.066 3.953 0.020 0.045 0.575 0.639 0.027 0.017 0.747 0.050 0.008 0.015 0.033 0.040 0.050 0.030 0.010 0.022 0.015 1.958 0.019 5.841 0.018 0.128 0.027 0.016 0.541 0.011 1.586 0.033 0.010 0.013 0.412 0.753 1.153 1.164 7.933 5.823 1.119 0.279 0.065 0.062 0.104 0.176 0.701 0.855 2.812 4.540 1.146 3.162 2.609 0.806 0.176 0.270 0.020 0.191 8026 chr3 173628561 173661947 + 0 NA intron (NM_014932, intron 4 of 6) intron (NM_014932, intron 4 of 6) -6668 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 1.005 2.185 0.706 0.134 0.231 0.378 0.224 0.931 1.826 0.008 0.096 0.113 0.030 0.045 0.139 0.428 0.123 0.154 0.079 0.034 0.051 0.013 0.385 0.283 0.225 0.050 0.017 0.027 0.089 0.031 0.097 0.136 0.104 0.395 0.096 0.282 0.398 0.039 0.077 0.046 0.176 0.058 0.031 0.023 0.036 0.014 0.148 0.107 0.032 0.138 0.052 0.058 0.428 0.047 0.033 0.225 0.037 0.037 0.020 0.045 0.110 0.019 0.148 0.138 0.020 0.028 0.017 0.436 0.495 0.433 0.757 0.390 0.443 3.634 1.419 0.620 0.626 3.721 3.797 0.443 0.527 0.844 0.454 0.264 0.445 1.815 2.881 0.461 0.799 0.669 0.516 9391 chr6 3021221 3025828 + 0 NA promoter-TSS (NR_152848) promoter-TSS (NR_152848) -773 NR_152848 101927759 Hs.145597 NR_132750 LOC101927759 - uncharacterized LOC101927759 ncRNA 1.924 2.600 1.121 0.390 0.135 0.048 4.628 1.548 3.189 1.567 4.790 4.597 2.448 0.895 1.600 0.504 6.131 0.941 3.787 1.417 1.055 0.030 0.033 0.017 4.815 4.850 6.011 1.371 1.006 1.845 1.158 5.881 3.221 0.147 2.489 6.880 0.021 4.050 0.188 1.503 0.120 9.393 9.991 3.470 2.292 1.409 2.222 9.324 2.808 8.858 4.232 3.578 0.504 6.561 7.474 4.815 1.997 1.851 0.697 0.281 3.479 2.790 1.320 2.841 3.192 1.850 1.073 4.518 4.269 0.243 0.567 0.321 0.414 2.081 0.172 11.576 12.667 0.959 1.368 4.490 6.144 0.260 0.239 1.464 2.159 0.338 0.674 4.728 6.165 0.445 0.484 839 chr1 163439594 163447920 + 0 NA Intergenic Intergenic -50776 NR_104294 100422212 Hs.556898 NR_104294 LOC100422212 - eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J pseudogene pseudo 1.106 nan 1.567 0.026 3.073 0.640 0.042 2.227 5.189 0.023 0.065 0.078 0.022 3.781 7.370 0.445 0.117 0.115 0.101 0.030 0.083 0.961 0.824 5.079 0.009 0.061 0.092 0.029 0.111 2.395 0.116 0.925 0.063 0.124 0.028 0.201 0.111 0.022 0.013 0.027 0.012 0.087 0.049 0.043 0.029 0.015 0.445 0.060 0.033 5.079 0.074 0.029 0.036 0.007 1.889 0.038 4.488 1.475 0.019 0.513 0.382 0.595 0.371 6.048 nan 4.686 1.882 0.143 0.174 0.415 0.698 3.918 nan 1.771 1.356 1.237 1.242 3.376 3.679 2.442 7.214 1.325 0.776 10926 chr8 41641862 41651188 + 0 NA intron (NM_001142446, intron 1 of 42) intron (NM_001142446, intron 1 of 42) 8615 NM_000037 286 Hs.654438 NM_000037 ENSG00000029534 ANK1 ANK|SPH1|SPH2 ankyrin 1 protein-coding 1.274 nan 1.117 0.663 0.283 0.533 1.627 0.741 1.385 0.162 0.719 1.822 0.013 0.032 3.256 1.504 0.747 0.155 1.042 0.345 0.348 0.060 0.657 0.454 0.972 1.108 0.972 0.157 0.655 0.453 0.619 1.525 0.274 1.185 1.645 1.554 0.224 0.017 0.111 0.832 0.059 14.020 1.910 0.753 0.329 0.652 0.569 2.751 0.992 1.857 1.075 2.233 1.504 1.099 0.976 0.972 0.672 0.397 0.417 3.134 0.447 1.580 0.137 5.276 1.997 0.724 0.738 0.829 1.036 0.215 0.443 1.128 1.390 2.949 0.913 0.285 0.300 0.256 0.582 1.686 1.773 4.029 3.651 0.342 0.397 1.573 1.384 1.334 5.595 2.053 1.351 5175 chr18 14967074 14979688 + 0 NA non-coding (NR_104164, exon 4 of 4) non-coding (NR_104164, exon 4 of 4) -2914 NR_110783 101927642 Hs.711242 NR_110783 ENSG00000264301 LINC01444 - long intergenic non-protein coding RNA 1444 ncRNA 0.364 0.523 0.427 2.361 0.110 0.113 4.809 0.158 0.240 0.159 0.656 3.217 0.036 0.056 0.047 0.159 0.038 5.253 3.422 0.246 0.200 0.013 0.053 0.057 3.144 4.034 0.106 0.393 2.362 1.497 1.354 3.948 0.213 1.161 0.064 0.020 0.025 0.099 2.246 0.057 5.143 0.702 0.426 4.494 0.165 0.718 13.204 0.045 0.768 1.006 0.363 0.047 2.465 6.897 0.057 0.330 0.102 0.039 0.157 0.072 2.420 0.141 0.029 4.125 1.876 1.217 0.457 0.332 1.423 2.746 0.303 0.290 0.162 0.095 0.385 0.432 0.366 0.636 0.064 0.121 0.541 0.523 0.285 0.431 0.123 0.107 0.167 0.183 0.119 0.164 5844 chr2 897886 906074 + 0 NA promoter-TSS (NR_110179) promoter-TSS (NR_110179) -843 NR_110179 101060385 Hs.385965 NR_110179 ENSG00000228799 LINC01939 - long intergenic non-protein coding RNA 1939 ncRNA 0.412 0.399 0.513 0.079 0.029 0.183 0.035 0.136 0.281 0.047 0.034 0.023 0.012 6.013 0.532 0.083 0.059 0.039 0.031 0.066 0.995 0.647 0.702 0.062 0.116 0.026 0.127 0.220 0.183 0.873 0.039 0.035 0.043 0.105 0.039 0.207 0.133 0.067 0.014 0.071 0.036 0.073 0.139 0.079 0.067 0.098 0.532 0.061 0.057 0.702 0.030 0.121 0.335 0.036 0.124 0.048 0.159 0.030 0.028 0.028 0.006 0.408 0.256 0.188 0.242 4.785 4.582 0.173 0.067 0.317 0.416 0.222 0.476 1.813 1.620 0.441 0.179 0.353 0.492 0.302 0.233 0.068 0.197 3.256 1.504 5278 chr18 39733276 39748295 + 0 NA Intergenic Intergenic -25848 NR_046456 284260 Hs.652819 NR_046174 ENSG00000267586 LINC00907 - long intergenic non-protein coding RNA 907 ncRNA nan 1.023 1.387 0.042 0.111 0.033 0.056 0.139 0.321 0.006 0.112 0.074 0.080 0.090 0.401 0.065 0.021 0.028 0.013 0.013 0.009 0.105 0.083 0.080 0.014 0.005 0.019 0.063 0.021 0.043 0.127 0.075 0.395 0.010 0.050 0.128 0.021 0.103 0.024 0.074 0.110 0.016 0.016 0.080 0.010 0.089 0.087 0.011 0.028 0.005 0.036 0.401 0.043 0.019 0.080 0.008 0.017 0.201 0.027 0.068 0.026 0.046 3.737 0.010 0.007 0.439 0.248 0.186 0.234 0.426 0.524 0.601 0.306 0.097 0.098 2.348 2.871 nan 0.514 2.337 2.256 0.064 0.087 0.481 1.500 2.004 6.103 0.769 0.957 1829 chr11 18000502 18015419 + 0 NA intron (NM_012139, intron 8 of 10) intron (NM_012139, intron 8 of 10) 26749 NM_012139 26297 Hs.32470 NM_012139 ENSG00000129158 SERGEF DELGEF|Gnefr secretion regulating guanine nucleotide exchange factor protein-coding 0.701 nan 1.224 0.135 5.852 0.769 0.076 0.174 0.409 0.032 0.089 0.116 0.013 1.054 0.180 0.061 0.130 0.032 0.079 0.013 0.026 0.028 0.991 0.408 0.416 0.032 0.019 0.015 0.059 0.007 0.054 0.083 0.127 0.597 0.072 0.249 0.036 0.076 0.023 0.021 0.071 0.061 0.024 0.044 0.021 0.190 0.134 0.075 0.041 0.043 0.057 0.061 0.071 0.087 0.416 0.008 0.028 0.019 0.046 1.084 0.346 0.066 0.074 0.107 0.031 0.013 nan 1.011 0.339 0.386 1.962 2.277 3.139 1.402 0.225 0.322 0.531 nan 4.745 3.882 0.437 0.238 0.363 0.578 1.587 2.493 0.153 0.507 3.264 nan 5803 chr19 53438120 53450546 + 0 NA intron (NM_001202473, intron 3 of 3) AluJb|SINE|Alu 1514 NR_037805 399669 Hs.745445 NM_203307 ENSG00000213801 ZNF321P ZNF321 zinc finger protein 321, pseudogene pseudo 1.270 1.511 0.648 2.001 1.102 0.448 0.870 0.554 1.147 0.284 0.394 0.390 2.021 0.096 0.434 0.271 0.336 0.090 1.375 0.426 0.070 0.078 0.215 0.170 1.372 1.016 0.879 0.036 0.819 0.274 0.176 0.322 1.452 1.791 0.678 0.199 0.245 0.737 0.117 0.114 0.153 0.488 0.263 0.207 1.125 0.625 0.942 0.499 0.072 0.536 0.380 0.438 0.271 3.819 0.156 1.372 0.020 0.568 0.094 0.244 0.400 0.693 0.215 0.158 0.405 0.158 0.094 0.209 0.134 1.217 2.020 1.091 1.108 4.356 1.180 2.030 2.098 0.135 0.174 0.242 0.147 0.334 0.146 0.568 0.878 1.776 2.040 0.529 1.126 1.143 0.790 3698 chr14 75695879 75710155 + 0 NA Intergenic AluSc5|SINE|Alu -42464 NM_005252 2353 Hs.25647 NM_005252 ENSG00000170345 FOS AP-1|C-FOS|p55 Fos proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 2.050 1.583 1.262 0.584 0.336 0.125 0.754 0.496 1.075 0.106 0.119 0.116 0.074 0.056 1.225 0.709 0.224 0.289 0.367 0.160 0.101 0.077 0.276 0.211 0.628 0.538 0.290 0.056 0.414 1.028 0.458 2.135 0.430 1.348 0.554 0.094 0.066 0.160 0.143 0.454 0.056 0.556 1.017 0.605 0.594 0.406 1.615 0.239 0.810 0.304 0.028 0.579 0.709 0.366 0.110 0.628 0.531 0.366 0.401 0.240 0.185 0.167 0.076 0.565 0.637 0.153 0.129 0.384 0.496 0.343 0.572 1.232 1.099 0.510 0.261 0.564 0.599 0.530 0.944 1.391 nan 1.215 1.032 0.316 0.321 0.518 0.454 0.567 1.141 2.670 nan 8039 chr3 174975993 174994693 + 0 NA intron (NM_207015, intron 4 of 13) MER57D|LTR|ERV1 3542 NR_046713 100874244 Hs.581176 NR_046713 NAALADL2-AS2 - NAALADL2 antisense RNA 2 ncRNA 1.583 1.577 0.849 1.734 0.192 0.261 0.406 1.172 2.431 0.347 0.104 0.144 0.444 0.085 0.370 1.001 0.272 0.106 0.233 0.202 0.205 0.001 0.569 0.612 0.312 0.158 0.035 0.118 0.693 0.547 0.953 1.965 3.277 0.650 1.237 0.097 0.560 0.083 0.092 0.145 0.228 0.069 0.029 0.017 0.585 0.396 0.144 0.141 0.016 0.205 0.082 0.185 1.001 0.121 0.052 0.312 0.052 0.057 0.235 0.208 0.027 0.818 0.037 0.119 0.053 0.009 0.017 0.342 0.221 0.719 2.929 0.994 1.044 1.352 0.419 0.302 0.295 4.934 5.116 0.485 0.468 2.060 1.848 0.098 0.196 3.337 3.518 0.365 0.588 0.401 0.412 5876 chr2 7122946 7130506 + 0 NA intron (NM_001349186, intron 2 of 7) intron (NM_001349186, intron 2 of 7) 53578 NM_001349182 9781 Hs.22146 NM_014746 ENSG00000151692 RNF144A RNF144|UBCE7IP4|hUIP4 ring finger protein 144A protein-coding 1.007 0.877 0.965 0.123 2.674 0.278 0.067 0.792 1.772 0.026 0.072 0.304 0.091 0.442 1.208 0.177 0.129 0.097 0.026 0.024 0.019 1.900 0.863 1.663 0.010 0.058 0.010 0.063 0.014 0.084 0.259 0.085 2.789 0.114 0.339 0.081 0.063 0.094 0.176 0.064 0.031 0.014 0.042 0.051 0.120 0.139 0.038 0.041 0.035 1.208 0.105 0.012 1.663 0.081 0.055 0.050 0.051 0.231 0.042 0.106 0.232 0.020 0.015 0.320 0.418 0.481 0.713 1.950 1.784 13.326 7.647 0.232 0.255 0.708 1.100 0.857 1.293 0.462 0.271 0.304 0.689 1.467 1.473 0.332 0.761 3.549 2.003 10373 chr7 55612847 55641332 + 0 NA intron (NM_001321243, intron 1 of 5) intron (NM_001321243, intron 1 of 5) -5509 NM_001321248 81552 Hs.488307 NM_030796 ENSG00000154978 VOPP1 ECOP|GASP|WBP1L2 VOPP1, WBP1/VOPP1 family member protein-coding nan 1.578 1.904 1.397 0.973 0.844 1.520 0.417 0.881 0.676 0.753 1.922 0.207 0.286 0.542 0.826 0.665 0.194 1.138 0.463 0.229 0.248 0.979 0.649 0.989 1.153 0.734 0.461 1.180 0.517 0.890 1.996 2.754 2.176 0.790 0.367 0.212 0.801 0.173 0.398 0.681 0.803 0.479 0.270 0.544 2.109 5.451 0.952 0.932 0.647 0.512 1.022 0.826 1.078 0.664 0.989 0.537 0.419 0.313 0.741 1.436 1.198 0.596 0.203 0.578 0.499 0.262 1.554 1.774 1.379 2.417 2.306 2.020 1.974 0.539 0.517 0.462 0.940 1.394 1.476 1.970 0.773 0.673 0.897 1.752 1.310 1.591 0.528 0.908 1.527 0.994 1918 chr11 45115956 45124852 + 0 NA intron (NM_001359633, intron 2 of 7) L2c|LINE|L2 4840 NM_001359633 56981 Hs.178715 NM_001256695 ENSG00000019485 PRDM11 PFM8 PR/SET domain 11 protein-coding nan 1.190 0.833 0.024 0.207 0.443 0.473 0.377 0.791 0.022 0.077 0.020 0.027 0.052 0.289 0.816 0.118 0.036 0.072 0.021 0.001 0.015 0.309 0.207 0.210 0.097 0.014 0.025 0.069 0.059 0.177 0.377 0.190 0.922 0.044 0.054 0.054 0.075 0.134 0.115 0.027 0.270 0.043 0.059 0.057 0.074 0.065 0.259 0.122 0.031 0.044 0.163 0.816 0.087 0.167 0.210 0.069 0.138 2.427 0.155 0.099 0.262 0.078 0.055 0.184 0.039 0.017 0.870 1.450 0.240 0.243 0.768 0.795 1.797 0.432 0.083 0.174 1.495 1.864 0.177 0.211 2.304 1.762 0.447 0.384 0.211 0.279 0.300 nan 1.776 0.936 2755 chr12 65881222 65899710 + 0 NA intron (NR_120431, intron 3 of 3) LTR16A|LTR|ERVL 60625 NR_135033 105369187 Hs.738044 NR_135033 ENSG00000250748 LOC105369187 - uncharacterized LOC105369187 ncRNA 0.727 0.516 0.527 0.524 0.056 0.003 0.381 0.112 0.190 0.005 0.413 1.860 0.032 0.029 0.104 0.214 0.078 0.236 0.092 0.120 1.679 0.060 0.164 0.052 0.064 0.024 0.020 0.178 0.395 0.185 0.663 0.722 0.229 0.356 0.084 0.011 0.170 0.111 0.198 0.013 0.141 0.115 0.097 0.218 0.063 0.120 0.529 0.075 0.134 0.025 0.065 0.104 0.085 0.119 0.052 0.071 0.036 0.013 0.097 0.012 0.103 0.032 0.161 0.149 9.793 11.167 0.252 0.134 0.363 1.076 0.268 nan 0.084 0.060 0.148 0.158 0.189 0.247 0.216 0.256 0.357 0.135 0.150 0.212 0.043 0.052 0.303 0.460 0.210 0.332 9837 chr6 108877956 108887198 + 0 NA exon (NM_001455, exon 1 of 3) exon (NM_001455, exon 1 of 3) 508 NM_001455 2309 Hs.220950 NM_001455 ENSG00000118689 FOXO3 AF6q21|FKHRL1|FKHRL1P2|FOXO2|FOXO3A forkhead box O3 protein-coding 5.901 nan nan 3.511 6.444 1.758 2.015 1.957 4.022 0.924 2.678 2.499 0.719 1.004 5.371 4.218 2.817 0.263 3.306 1.013 1.282 3.168 0.921 0.453 3.275 1.472 1.848 0.903 2.832 0.816 2.853 5.059 4.036 7.358 1.387 0.391 2.007 3.022 0.149 0.987 2.808 4.490 2.965 1.714 2.605 1.710 6.166 1.936 2.158 5.481 0.546 1.590 4.218 4.876 2.898 3.275 0.855 1.423 1.076 3.558 2.719 2.279 2.441 2.558 1.679 5.750 5.739 6.567 7.305 4.730 6.287 5.375 nan 4.283 3.515 11.255 10.837 2.298 3.033 2.593 5.102 nan 6.452 2.887 5.452 5.250 5.150 4.961 5.290 1.696 0.893 3237 chr13 86209736 86221973 + 0 NA Intergenic Intergenic 157629 NM_032229 84189 Hs.525105 NM_032229 ENSG00000184564 SLITRK6 DFNMYP SLIT and NTRK like family member 6 protein-coding nan nan 0.504 0.041 0.208 0.027 0.122 0.092 0.159 0.022 0.054 0.059 0.010 0.010 0.051 0.261 0.104 0.066 0.066 0.062 0.041 0.585 0.527 0.108 0.006 0.018 0.039 0.035 0.185 0.728 0.052 0.293 0.156 0.049 0.046 0.026 0.075 0.020 0.143 0.098 0.010 0.006 0.026 0.006 0.024 0.041 0.093 0.030 0.013 0.039 0.261 0.056 0.108 0.030 0.061 0.055 0.075 0.090 0.040 0.034 0.042 0.005 0.008 0.506 0.276 0.202 0.279 0.333 0.304 6.334 2.303 0.118 0.113 0.059 0.081 0.464 0.439 0.283 0.147 0.168 0.244 0.629 0.279 0.291 0.480 0.112 0.103 4487 chr16 85333967 85350420 + 0 NA Intergenic Intergenic -2262 NR_049816 100847022 NR_049816 ENSG00000266307 MIR5093 - microRNA 5093 ncRNA nan 1.077 3.155 0.096 1.145 2.478 0.474 0.340 0.637 0.006 0.204 0.280 0.022 0.116 0.613 2.412 0.204 0.093 0.707 0.333 0.031 0.489 0.143 0.092 0.939 0.227 0.101 0.125 0.107 0.122 0.272 0.836 0.129 1.243 0.124 0.078 0.081 0.178 0.086 0.100 0.097 0.164 0.117 0.094 0.171 0.219 0.287 0.143 0.269 0.638 0.282 0.426 2.412 1.774 0.348 0.939 0.059 0.308 1.182 0.230 1.219 0.213 0.276 1.113 0.097 0.018 0.009 2.775 4.768 0.139 0.337 2.088 1.920 0.672 0.281 0.555 0.541 0.923 1.209 3.641 3.365 4.830 4.168 0.583 0.609 0.252 0.260 0.882 2.298 0.920 0.642 3150 chr13 47192848 47207964 + 0 NA intron (NM_015116, intron 1 of 18) intron (NM_015116, intron 1 of 18) 73110 NM_015116 23143 Hs.507971 NM_015116 ENSG00000136141 LRCH1 CHDC1|NP81 leucine rich repeats and calponin homology domain containing 1 protein-coding 1.269 1.233 1.021 0.066 0.087 0.167 0.052 0.222 0.198 0.041 0.108 0.233 0.041 0.066 0.077 0.025 0.323 0.049 0.154 0.012 0.056 0.037 0.228 0.255 0.055 0.009 0.019 0.029 0.041 0.035 0.069 0.196 0.026 0.265 0.010 0.054 0.057 0.086 0.078 0.016 0.063 0.078 0.095 0.060 0.051 0.046 0.115 0.133 0.281 0.081 0.172 0.096 0.025 0.052 0.043 0.055 0.033 0.060 0.367 0.070 0.047 0.026 0.301 1.517 0.055 0.084 0.045 0.574 0.428 0.262 0.350 0.362 0.465 0.695 0.305 0.198 0.190 2.033 2.519 0.125 0.163 3.666 2.851 0.315 0.601 0.274 0.242 3.133 7.663 0.695 0.536 4678 chr17 27907473 27931760 + 0 NA promoter-TSS (NM_152345) promoter-TSS (NM_152345) -911 NM_152345 124930 Hs.662164 NM_152345 ENSG00000198720 ANKRD13B - ankyrin repeat domain 13B protein-coding nan nan nan 1.106 0.502 2.151 0.514 1.437 2.856 0.228 1.609 0.489 0.061 0.328 1.031 2.249 0.571 0.124 1.126 0.563 0.475 0.988 0.467 0.306 1.488 0.589 0.532 0.951 1.308 0.332 1.614 2.666 0.850 3.812 0.662 2.341 0.472 2.650 0.153 0.430 0.707 2.368 1.030 0.506 0.611 0.197 1.007 0.505 3.537 1.211 0.575 0.568 2.249 1.267 0.994 1.488 0.328 0.424 1.606 3.366 1.092 0.664 1.777 1.855 0.377 0.889 0.534 2.863 3.983 1.340 2.098 2.190 1.899 2.812 0.876 2.231 2.224 1.828 2.670 2.933 4.045 3.912 4.504 1.775 3.688 1.699 1.276 2.119 nan 1.199 0.760 11930 chrX 24893673 24909648 + 0 NA intron (NM_001330360, intron 34 of 36) intron (NM_001330360, intron 34 of 36) 132405 NM_139058 170302 Hs.300304 NM_139058 ENSG00000004848 ARX CT121|EIEE1|ISSX|MRX29|MRX32|MRX33|MRX36|MRX38|MRX43|MRX54|MRX76|MRX87|MRXS1|PRTS aristaless related homeobox protein-coding 0.713 0.837 0.506 0.041 0.160 0.038 0.057 0.171 0.345 0.006 0.034 0.127 0.284 0.043 0.072 0.128 0.109 0.081 0.126 0.012 0.019 0.017 0.366 0.221 0.090 0.278 0.150 0.028 0.039 0.013 0.084 0.114 0.126 0.300 0.178 0.351 0.079 0.149 0.046 0.007 0.055 0.075 0.008 0.015 0.021 0.039 0.084 0.075 0.390 0.098 0.189 0.111 0.128 0.129 0.034 0.090 0.015 0.346 0.031 0.004 0.031 0.055 0.037 0.112 0.029 0.011 0.009 0.089 0.077 0.496 0.797 0.305 0.333 2.532 2.821 0.443 0.358 0.330 0.554 0.391 0.696 0.325 0.233 0.144 0.209 0.740 0.828 0.278 0.632 0.685 0.533 703 chr1 151039821 151045967 + 0 NA promoter-TSS (NM_001323913) promoter-TSS (NM_001323913) -160 NM_001323908 126626 Hs.15671 NM_144618 ENSG00000143458 GABPB2 GABPB-2 GA binding protein transcription factor subunit beta 2 protein-coding nan 6.675 4.182 2.277 1.560 2.908 4.756 3.000 5.187 1.523 3.178 2.427 1.948 3.135 7.662 4.900 2.567 0.917 3.470 1.753 4.359 3.044 3.237 1.845 4.073 4.255 6.133 1.688 2.248 1.627 21.578 29.124 2.344 16.594 2.168 7.104 2.025 4.084 0.188 2.668 2.852 4.933 3.609 1.476 2.047 2.009 2.315 3.218 3.394 2.830 6.717 8.231 4.900 4.055 3.539 4.073 1.678 3.603 1.329 5.859 0.153 4.035 3.996 2.558 2.002 2.007 1.605 5.772 5.842 6.559 9.216 9.038 nan 7.968 4.261 5.583 5.908 4.886 5.399 1.910 2.226 6.232 5.760 7.765 9.346 6.897 7.160 4.943 6.961 2.882 1.330 2729 chr12 58890297 58902676 + 0 NA Intergenic Intergenic -88998 NR_126341 100506869 Hs.290456 NR_126341 ENSG00000258231 LOC100506869 - uncharacterized LOC100506869 ncRNA nan 1.918 0.808 0.194 2.446 0.009 0.165 0.695 1.631 0.124 0.477 0.029 0.164 0.704 0.932 0.399 0.052 0.239 0.122 0.021 0.022 3.050 1.462 2.175 0.129 0.041 0.006 0.096 0.162 0.285 0.880 0.041 2.142 0.679 0.086 1.446 0.026 0.080 0.208 0.167 0.082 0.056 0.113 0.026 0.094 0.147 0.222 0.085 0.029 0.115 0.196 0.932 0.128 0.543 2.175 0.059 0.116 0.421 0.043 0.354 0.239 0.076 0.410 0.175 0.014 0.012 nan 0.888 0.675 0.758 1.807 nan 8.575 5.979 0.312 0.315 0.304 nan 2.498 nan 0.385 0.204 0.167 0.409 4.852 4.752 0.288 0.581 7.020 2.954 3164 chr13 51562815 51577075 + 0 NA intron (NR_003923, intron 16 of 16) intron (NR_003923, intron 16 of 16) 70348 NR_003923 2974 Hs.411573 NM_004129 ENSG00000123201 GUCY1B2 GC-SB2 guanylate cyclase 1 soluble subunit beta 2 (pseudogene) pseudo 1.474 nan nan 0.069 0.190 0.093 0.080 0.162 0.217 0.006 0.076 0.069 0.084 0.368 0.624 0.169 0.035 0.104 0.027 0.018 0.028 0.706 1.066 2.000 0.034 0.031 0.032 0.038 0.007 0.073 0.268 0.070 4.611 0.011 0.045 1.872 0.062 0.040 0.033 1.266 0.213 0.049 0.017 0.015 0.076 0.067 0.153 0.133 0.040 0.011 0.032 0.624 0.070 0.039 2.000 0.017 0.080 1.002 0.061 0.199 0.028 0.110 0.113 0.026 0.016 0.018 1.049 0.845 0.133 0.188 1.213 1.533 nan 1.012 0.180 0.221 4.517 5.149 0.717 0.868 2.596 2.630 0.347 0.555 4.830 5.872 0.572 nan 1.037 0.553 5575 chr19 18106092 18115881 + 0 NA promoter-TSS (NM_001025604) promoter-TSS (NM_001025604) -955 NM_001025604 27106 Hs.515249 NM_015683 ENSG00000105643 ARRDC2 CLONE24945|PP2703 arrestin domain containing 2 protein-coding 2.198 1.500 1.674 0.929 1.112 0.371 1.736 0.525 0.940 0.441 2.204 1.075 0.203 0.429 0.276 0.526 0.223 0.148 0.888 0.599 4.827 0.375 0.303 0.260 0.208 2.417 3.072 1.940 2.073 0.789 1.240 nan 0.587 1.204 0.343 5.405 0.184 0.997 0.061 0.676 0.082 1.909 1.398 0.794 1.048 1.268 1.996 0.900 7.194 3.163 2.329 2.453 0.526 1.470 2.428 0.208 1.836 1.590 0.623 4.363 1.474 1.674 0.021 1.333 0.539 0.371 0.305 0.148 0.181 0.717 1.578 0.769 0.762 0.920 0.269 0.233 0.313 1.275 2.064 2.238 3.194 1.114 1.003 0.235 0.164 1.057 0.837 2.011 4.136 1.114 0.678 9749 chr6 65939222 65945668 + 0 NA intron (NM_001292009, intron 12 of 43) L1MC3|LINE|L1 -68866 NM_001271675 441155 Hs.546686 NM_001271675 LOC441155 - zinc finger CCCH-type domain-containing-like protein-coding nan 0.871 0.723 0.011 0.178 0.034 0.173 0.263 0.092 0.085 0.139 0.056 0.207 0.126 0.025 0.049 0.029 0.039 1.051 0.995 0.018 0.074 0.100 0.128 0.065 0.289 0.045 0.158 1.818 0.051 0.131 0.012 0.072 0.012 0.017 0.012 0.105 0.031 0.013 0.011 0.207 0.022 0.043 0.018 0.113 0.026 0.090 0.018 0.298 0.492 0.039 0.024 0.016 2.880 3.331 2.139 0.385 0.130 0.275 1.708 0.378 0.843 0.813 0.950 0.827 0.320 0.357 0.706 0.427 0.286 0.876 6.355 9.363 0.297 0.456 0.524 0.457 9551 chr6 30836168 30859606 + 0 NA Intergenic Intergenic -2503 NM_001297652 780 Hs.631988 NM_001954 ENSG00000204580 DDR1 CAK|CD167|DDR|EDDR1|HGK2|MCK10|NEP|NTRK4|PTK3|PTK3A|RTK6|TRKE discoidin domain receptor tyrosine kinase 1 protein-coding nan 2.286 nan 2.052 0.979 3.418 1.546 0.759 1.520 0.950 1.215 1.050 1.053 0.481 2.213 4.363 1.000 0.248 1.516 0.573 0.882 0.130 0.382 0.204 2.183 0.941 0.838 0.472 0.974 0.753 1.895 2.876 2.049 3.898 0.907 2.826 0.491 1.155 0.112 0.308 1.433 1.995 0.338 0.263 0.605 0.532 1.751 0.576 1.900 1.739 1.385 1.136 4.363 1.477 0.281 2.183 1.048 1.528 0.662 2.293 1.223 0.704 1.134 0.248 0.763 0.359 0.230 1.947 2.517 4.793 nan nan 2.315 5.109 1.680 1.026 1.077 1.005 1.691 2.172 2.735 1.032 1.317 0.788 1.574 1.658 1.540 0.579 0.851 1.412 0.846 11212 chr8 110590811 110624275 + 0 NA intron (NM_001099747, intron 4 of 7) intron (NM_001099747, intron 4 of 7) 12748 NM_001330596 55638 Hs.390738 NM_017786 ENSG00000147642 SYBU GOLSYN|OCSYN|SNPHL syntabulin protein-coding nan nan 3.639 0.151 0.373 0.174 0.798 0.753 1.394 0.202 0.153 0.388 0.037 0.209 1.017 1.203 0.224 0.127 0.391 0.210 0.127 0.025 0.159 0.122 0.850 0.836 0.351 0.621 0.406 0.161 0.340 1.044 0.274 0.634 0.821 0.459 0.964 0.043 0.066 0.215 0.189 0.076 0.034 0.035 0.124 0.170 0.642 0.172 1.168 0.184 0.677 1.302 1.203 0.312 0.052 0.850 0.110 2.066 0.098 0.180 0.960 0.143 0.039 0.262 0.016 0.476 0.645 0.281 0.208 0.208 0.399 1.019 1.153 nan 1.111 0.673 nan 1.514 nan 1.189 1.245 0.782 0.482 0.183 0.293 2.567 3.982 0.582 1.529 0.721 0.599 7228 chr21 42687394 42696103 + 0 NA intron (NM_206964, intron 1 of 6) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 3087 NM_206964 54097 Hs.473877 NM_058186 ENSG00000183844 FAM3B 2-21|C21orf11|C21orf76|ORF9|PANDER|PRED44 family with sequence similarity 3 member B protein-coding nan 0.814 1.341 0.050 2.262 1.188 0.073 0.448 1.593 0.021 0.056 0.053 0.022 0.219 9.345 0.157 0.110 0.055 0.036 0.041 0.032 0.777 0.371 4.045 0.071 0.008 0.017 0.047 0.049 0.220 0.828 0.309 10.653 0.017 0.031 0.011 0.013 0.054 0.055 0.094 0.026 0.026 0.075 0.035 0.022 0.138 0.065 0.024 0.036 0.184 0.157 0.049 0.032 4.045 0.141 0.189 0.033 0.061 0.395 0.009 6.737 0.040 0.047 1.100 2.208 0.267 0.429 1.563 1.539 nan 1.457 1.169 1.236 0.143 nan 10.457 12.588 0.368 0.180 4.528 8.048 0.776 0.454 0.093 0.175 3.543 1.919 6897 chr20 24442012 24452733 + 0 NA Intergenic Intergenic -2463 NM_024893 79953 Hs.124638 NM_024893 ENSG00000101463 SYNDIG1 C20orf39|DSPC2|IFITMD5|TMEM90B synapse differentiation inducing 1 protein-coding 0.669 1.334 nan 0.027 0.049 0.487 0.045 0.063 0.136 0.036 0.109 0.032 0.034 0.038 0.099 0.109 0.078 0.120 0.076 0.035 0.006 0.104 0.052 0.056 0.047 0.027 0.027 0.051 0.010 0.068 0.077 0.086 5.737 0.014 0.056 0.204 0.053 0.069 0.615 0.028 0.037 0.017 0.015 0.010 0.035 0.116 0.168 0.342 0.026 0.019 0.109 0.100 0.087 0.056 0.079 0.147 3.097 0.239 0.104 0.044 0.802 0.895 0.079 0.027 0.017 3.135 6.918 0.997 0.695 0.198 0.303 0.120 0.070 0.075 0.139 1.919 2.385 0.182 0.254 3.862 4.702 1.140 1.979 0.382 0.529 0.239 0.552 0.993 0.830 3304 chr13 102653904 102667152 + 0 NA intron (NM_001321945, intron 2 of 5) intron (NM_001321945, intron 2 of 5) 37826 NR_039854 100616239 NR_039854 ENSG00000264482 MIR4705 - microRNA 4705 ncRNA 0.994 1.006 0.833 0.043 0.113 0.636 0.038 0.146 0.423 0.105 0.123 0.005 0.007 0.193 0.473 0.099 0.109 0.177 0.114 0.005 0.032 0.119 0.121 0.404 0.026 0.011 0.011 0.031 0.032 0.096 0.157 0.043 7.878 0.033 0.061 0.043 0.017 0.060 0.018 0.086 0.097 0.018 0.018 0.025 0.041 0.094 0.068 0.031 0.022 0.006 0.015 0.473 0.119 0.046 0.404 0.028 0.019 0.073 0.018 0.046 0.024 0.037 0.177 0.011 0.026 0.646 0.373 0.378 0.273 0.439 0.463 0.607 0.221 0.094 0.148 0.376 nan 0.217 0.229 0.532 0.359 0.171 0.201 0.168 0.125 0.724 nan 0.177 0.176 1461 chr10 47079676 47104822 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 5524 NM_001278795 100996758 Hs.524719 NM_001278795 ENSG00000264717 NPY4R2 CH17-360D5.1 neuropeptide Y receptor Y4-2 protein-coding 0.951 nan 1.034 0.436 0.130 0.100 1.440 0.377 0.671 0.049 0.619 0.235 0.020 0.084 0.107 0.096 0.116 0.064 0.169 0.114 0.073 0.022 0.114 0.173 0.148 0.242 0.086 0.059 0.181 0.385 0.118 0.170 0.172 0.269 0.017 0.108 0.031 0.139 0.210 0.052 0.044 1.399 0.106 0.087 0.239 0.140 0.408 0.183 3.745 0.153 0.066 0.407 0.096 0.156 0.664 0.148 0.132 0.378 0.088 0.419 0.024 0.337 0.027 0.147 0.171 0.053 0.042 0.541 0.427 0.448 0.616 0.261 0.239 0.317 0.169 0.662 0.747 0.200 0.420 0.795 0.938 0.518 0.404 0.377 0.426 0.086 0.133 0.259 0.399 0.382 0.512 2487 chr12 12390234 12399878 + 0 NA intron (NM_002336, intron 2 of 22) intron (NM_002336, intron 2 of 22) 24755 NM_002336 4040 Hs.584775 NM_002336 ENSG00000070018 LRP6 ADCAD2|STHAG7 LDL receptor related protein 6 protein-coding 1.114 0.634 1.183 0.164 0.455 0.044 0.037 0.099 0.274 0.010 0.104 0.164 0.019 0.038 0.147 0.198 0.069 0.083 0.185 0.020 0.129 0.167 0.181 0.246 0.158 0.082 0.038 0.078 0.011 0.102 0.355 0.140 0.310 0.045 0.039 0.009 0.212 0.138 0.024 0.082 0.086 0.006 0.016 0.041 0.040 0.212 0.198 0.296 0.182 0.024 0.048 0.198 0.047 0.170 0.246 0.026 0.052 0.010 0.042 0.021 0.067 0.298 0.074 0.008 0.024 0.005 1.390 1.430 9.105 6.039 nan 1.152 0.548 0.319 0.653 0.708 1.030 1.226 0.548 0.493 0.368 0.196 0.692 1.088 0.144 0.167 0.341 0.929 0.223 0.226 3188 chr13 67618006 67646715 + 0 NA intron (NM_203487, intron 2 of 4) intron (NM_203487, intron 2 of 4) 67342 NR_046637 100874087 Hs.606903 NR_046637 ENSG00000233840 PCDH9-AS4 - PCDH9 antisense RNA 4 ncRNA nan 1.234 nan 0.083 0.094 0.017 0.022 0.095 0.147 0.007 0.072 0.202 0.013 0.045 0.062 0.906 0.091 0.042 0.044 0.007 0.018 0.732 0.110 0.119 0.117 0.041 0.013 0.005 0.026 0.019 0.067 0.147 0.043 0.292 0.087 0.105 1.000 0.036 0.083 0.012 0.207 0.099 0.010 0.022 0.011 0.027 0.076 0.070 0.272 0.030 0.036 0.048 0.906 0.030 0.019 0.117 0.004 0.058 0.122 0.028 0.025 0.006 0.052 0.292 0.013 0.012 0.011 0.466 0.343 0.121 0.155 0.358 0.470 0.390 0.223 0.117 0.147 0.444 0.579 0.273 0.276 0.640 0.337 0.135 0.246 3.281 3.667 0.643 1.461 0.142 0.141 7322 chr22 21580920 21617380 + 0 NA intron (NM_001351304, intron 1 of 16) intron (NM_001351304, intron 1 of 16) 33001 NM_001351304 728441 Hs.568255 NM_001351304 ENSG00000133475 GGT2 GGT|GGT 2 gamma-glutamyltransferase 2 protein-coding 0.936 nan 1.060 0.398 0.340 0.277 0.160 0.216 0.453 0.279 0.198 0.082 0.220 0.132 0.213 0.916 0.156 0.155 0.987 0.618 0.076 0.057 0.142 0.119 0.092 0.160 0.099 0.129 0.680 0.295 1.376 nan 5.995 2.308 0.874 0.068 0.050 0.095 0.196 0.036 0.113 0.238 0.034 0.032 0.134 0.496 1.583 0.304 0.583 0.084 0.931 1.840 0.916 1.194 0.071 0.092 1.195 2.973 1.697 0.096 0.163 0.246 0.068 0.153 0.180 0.028 0.020 0.396 0.368 0.338 0.479 0.753 0.841 1.386 0.270 0.650 0.682 0.414 0.667 0.708 0.736 1.355 2.226 0.312 0.411 0.183 0.368 0.299 0.431 2.314 1.835 10481 chr7 83808319 83831230 + 0 NA intron (NM_006080, intron 1 of 16) intron (NM_006080, intron 1 of 16) 4443 NM_006080 10371 Hs.252451 NM_006080 ENSG00000075213 SEMA3A COLL1|HH16|Hsema-I|Hsema-III|SEMA1|SEMAD|SEMAIII|SEMAL|SemD|coll-1 semaphorin 3A protein-coding 1.177 0.990 0.895 1.214 0.135 0.068 0.793 0.149 0.160 0.460 0.095 1.382 0.046 0.079 0.132 0.485 1.648 0.141 0.715 0.216 2.674 1.476 0.157 0.282 0.073 0.080 0.025 0.094 0.862 0.594 2.537 3.667 4.438 0.188 0.758 2.168 0.133 0.400 0.212 0.381 0.073 0.913 0.053 0.044 0.797 0.724 0.207 0.222 0.586 0.444 0.405 0.078 0.485 0.532 1.873 0.073 0.996 0.108 0.134 0.350 0.075 1.187 0.433 0.461 0.391 0.020 0.018 0.882 1.284 0.221 0.384 0.542 0.564 0.130 0.102 0.476 0.437 2.211 2.746 0.466 0.467 1.267 0.823 0.457 1.094 0.551 0.605 1.306 nan 0.572 0.495 9581 chr6 33912831 33927711 + 0 NA Intergenic Intergenic 47557 NR_031681 100302123 NR_031681 ENSG00000221697 MIR1275 MIRN1275|hsa-mir-1275|mir-1275 microRNA 1275 ncRNA nan 1.918 nan 0.088 0.365 4.464 0.109 0.538 0.930 0.030 0.074 0.050 0.033 0.061 3.316 0.446 0.113 0.065 0.085 0.051 0.051 0.019 0.105 0.117 1.522 0.047 0.010 0.015 0.098 0.028 0.082 0.381 0.115 0.581 0.010 0.087 0.378 0.044 0.111 0.008 0.447 0.087 0.049 0.032 0.007 0.042 0.072 0.205 0.107 0.062 0.082 0.071 0.446 0.053 0.031 1.522 0.016 0.082 0.344 0.149 0.096 0.079 1.163 0.682 0.021 0.019 0.007 1.055 0.823 0.270 nan nan 1.123 0.708 0.203 1.362 1.590 0.466 0.787 3.483 4.038 1.418 1.297 1.533 1.504 1.211 1.220 0.635 1.174 0.851 0.578 1691 chr10 124131597 124136516 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330178) promoter-TSS (NM_001330178) -38 NM_001001974 59338 Hs.643512 NM_021622 ENSG00000107679 PLEKHA1 TAPP1 pleckstrin homology domain containing A1 protein-coding nan 4.257 2.642 1.445 1.786 3.755 0.677 3.432 6.310 0.428 2.836 1.584 6.004 1.583 3.249 1.203 1.666 0.131 1.164 0.077 0.127 0.936 1.086 0.652 2.968 0.929 0.747 1.382 1.468 0.342 2.463 2.840 1.620 6.746 0.150 0.962 0.533 1.788 0.061 0.361 0.874 1.820 1.103 0.650 0.516 0.373 1.301 0.674 3.584 1.526 1.571 1.808 1.203 2.029 1.368 2.968 2.143 0.856 0.668 2.044 2.535 0.614 0.726 0.702 0.449 0.339 0.145 2.767 2.839 2.714 4.274 2.905 2.349 6.215 2.426 2.904 2.928 1.908 2.895 4.632 8.272 1.275 1.538 1.276 2.943 2.989 2.878 2.512 2.313 1.569 1.068 5505 chr19 5085808 5105743 + 0 NA intron (NM_015015, intron 9 of 22) intron (NM_015015, intron 9 of 22) 126651 NM_015015 23030 Hs.654816 NM_015015 ENSG00000127663 KDM4B JMJD2B|TDRD14B lysine demethylase 4B protein-coding 0.925 0.960 1.412 0.050 0.284 1.754 0.082 0.366 0.569 0.010 0.094 0.103 0.019 0.035 0.252 3.908 0.169 0.089 0.116 0.010 0.039 0.035 0.498 0.279 0.763 0.113 0.056 0.103 0.038 0.005 0.076 0.181 0.061 0.899 0.022 0.068 0.211 0.049 0.071 0.018 0.374 0.144 0.039 0.012 0.027 0.058 0.038 0.171 0.110 0.095 0.024 0.055 3.908 0.114 0.026 0.763 0.031 0.067 0.394 0.231 2.137 0.107 1.072 0.155 0.027 0.144 0.116 0.807 1.645 0.337 0.737 1.558 1.884 0.748 0.191 0.457 0.418 0.888 1.345 0.862 nan 2.407 1.957 0.724 1.344 1.202 1.445 0.529 0.639 3.129 1.539 2003 chr11 64900411 64903892 + 0 NA promoter-TSS (NM_032431) promoter-TSS (NM_032431) -148 NM_172230 84447 Hs.75859 NM_032431 ENSG00000162298 SYVN1 DER3|HRD1 synoviolin 1 protein-coding nan 4.827 4.598 3.868 7.227 5.793 3.650 3.268 5.266 1.865 5.254 2.380 2.444 5.483 5.109 4.579 2.962 0.279 3.650 1.269 3.758 3.963 2.953 1.117 6.864 2.897 4.862 2.921 3.509 2.391 7.067 9.553 5.232 12.995 3.226 2.353 1.792 5.670 0.170 2.100 2.860 6.642 6.652 2.268 3.832 2.643 7.845 4.952 5.391 4.376 3.579 3.263 4.579 6.160 2.579 6.864 2.338 3.123 1.305 4.404 3.880 3.157 3.800 2.057 3.677 2.349 1.270 9.848 11.479 7.840 11.878 12.141 14.184 11.355 9.269 13.126 15.290 4.662 5.680 10.339 17.142 7.904 8.010 8.608 12.524 7.635 10.057 6.802 5.465 4.824 2.271 3666 chr14 70136003 70188055 + 0 NA intron (NM_014734, intron 2 of 5) intron (NM_014734, intron 2 of 5) -71775 NM_006925 6430 Hs.632326 NM_006925 ENSG00000100650 SRSF5 HRS|SFRS5|SRP40 serine and arginine rich splicing factor 5 protein-coding 2.656 2.480 3.839 0.137 2.376 6.894 0.133 0.865 1.696 0.020 0.273 0.102 0.068 0.242 2.837 1.716 0.504 0.130 0.151 0.095 0.089 0.035 1.239 0.838 1.672 0.654 0.317 0.044 0.150 0.085 0.692 3.196 1.404 2.195 0.093 0.102 1.322 0.113 0.120 0.025 1.564 0.353 0.117 0.074 0.352 0.184 0.192 0.180 0.205 0.142 0.075 0.255 1.716 0.089 0.086 1.672 0.172 0.138 0.248 0.129 0.304 0.231 0.842 1.773 0.114 0.024 0.012 0.537 0.887 0.436 0.649 3.113 3.111 3.988 1.051 0.591 0.628 2.012 2.574 4.551 nan 4.695 4.346 0.663 1.277 3.493 3.848 1.248 3.836 2.667 nan 11412 chr9 2416683 2428170 + 0 NA Intergenic Intergenic -199348 NM_001018056 7436 Hs.370422 NM_003383 ENSG00000147852 VLDLR CAMRQ1|CARMQ1|CHRMQ1|VLDL-R|VLDLRCH very low density lipoprotein receptor protein-coding 0.837 2.275 1.791 0.050 0.372 0.641 0.073 1.194 2.196 0.016 0.054 0.033 0.016 0.018 1.055 1.185 0.171 0.085 0.050 0.016 0.033 0.012 2.525 0.759 0.877 0.012 0.013 0.070 0.036 0.009 0.056 0.236 0.036 3.974 0.077 0.052 0.797 0.068 0.071 0.010 0.069 0.056 0.042 0.034 0.009 0.040 0.075 0.104 0.035 0.031 0.041 0.024 1.185 0.038 0.877 0.021 0.015 0.102 0.025 0.079 0.078 0.054 0.110 0.015 0.009 0.257 0.136 0.203 0.631 0.936 0.987 5.402 2.377 0.271 0.268 1.108 1.652 0.742 1.525 0.477 0.222 0.091 0.184 3.245 3.151 0.210 nan 3.669 2.474 11002 chr8 62603991 62705660 + 0 NA Intergenic Intergenic 27478 NR_039680 100616484 NR_039680 ENSG00000264408 MIR4470 mir-4470 microRNA 4470 ncRNA 1.653 0.907 1.091 0.410 0.364 0.537 2.736 0.238 0.438 0.440 2.516 2.226 0.098 0.232 0.391 0.414 0.737 0.130 2.208 1.153 3.128 0.119 0.305 0.201 0.220 4.331 4.152 0.120 1.448 1.032 1.991 4.564 1.237 1.312 1.339 6.619 0.133 0.069 0.084 1.585 0.184 1.108 0.439 0.232 1.984 1.920 1.953 1.017 3.636 1.482 1.252 4.278 0.414 1.121 0.603 0.220 2.822 0.625 0.603 0.174 0.552 1.240 0.121 0.304 0.684 0.451 0.547 0.384 0.319 0.401 0.621 1.147 1.115 1.232 0.347 0.282 0.295 0.837 nan 0.319 0.419 nan 0.536 0.295 0.513 0.716 0.933 0.593 1.244 1.190 0.884 10882 chr8 31495906 31502722 + 0 NA intron (NM_013962, intron 1 of 4) intron (NM_013962, intron 1 of 4) 2046 NM_013962 3084 Hs.453951 NM_004495 ENSG00000157168 NRG1 ARIA|GGF|GGF2|HGL|HRG|HRG1|HRGA|MST131|MSTP131|NDF|NRG1-IT2|SMDF neuregulin 1 protein-coding 0.528 3.956 nan 0.298 0.694 1.827 0.084 0.097 0.236 0.103 0.379 0.018 2.585 2.029 0.452 0.065 0.119 0.154 0.055 0.046 0.020 0.691 0.481 0.052 0.143 0.043 0.069 0.016 0.366 0.756 0.113 15.565 0.043 0.016 0.184 2.602 0.190 0.121 0.197 0.108 0.009 0.012 0.022 0.042 0.118 0.346 1.098 0.220 0.010 0.452 0.085 0.014 0.052 0.107 0.037 0.128 0.052 1.192 0.035 0.930 0.055 0.011 0.268 0.299 0.164 0.362 1.989 1.388 0.270 0.089 0.186 0.195 0.395 0.534 0.790 0.681 1.107 1.634 1.046 2.954 1.031 1.041 0.162 0.327 2.657 1.349 7661 chr3 73827169 73844071 + 0 NA Intergenic Intergenic -22775 NR_146637 105377165 NR_146637 LINC02005 - long intergenic non-protein coding RNA 2005 ncRNA 0.555 0.576 0.628 0.017 0.067 0.026 0.011 0.124 0.202 0.008 0.046 0.006 0.011 0.047 0.094 0.168 0.071 0.076 0.031 0.011 0.893 0.074 0.102 0.184 0.013 0.013 0.009 0.040 0.006 0.033 0.115 0.023 0.266 0.017 0.248 0.028 0.019 0.062 0.028 0.024 0.268 0.014 0.028 0.006 0.013 0.074 0.311 0.048 0.009 0.005 0.004 0.168 0.047 0.049 0.184 0.029 0.065 0.066 0.019 0.123 0.095 0.014 0.020 0.006 1.504 1.360 10.316 nan 0.280 0.366 0.788 0.239 0.118 0.142 0.502 0.585 0.220 0.263 0.322 0.130 0.816 0.583 0.080 0.126 0.161 nan 0.714 0.482 1801 chr11 12130969 12166260 + 0 NA intron (NM_001346293, intron 2 of 26) intron (NM_001346293, intron 2 of 26) -11323 NM_001282665 9645 Hs.501928 NM_014632 ENSG00000133816 MICAL2 MICAL-2|MICAL2PV1|MICAL2PV2 microtubule associated monooxygenase, calponin and LIM domain containing 2 protein-coding 0.997 nan 2.253 0.958 0.662 0.856 1.477 0.315 0.588 0.057 1.118 1.202 0.181 0.221 2.331 0.375 0.560 0.124 1.127 0.612 0.044 0.039 0.280 0.176 0.860 0.902 0.514 0.278 0.907 0.744 1.696 4.027 1.605 2.208 0.300 0.128 0.371 0.074 0.069 0.262 0.440 0.865 0.354 0.282 0.956 0.620 0.696 0.832 0.566 0.409 0.082 0.493 0.375 0.768 0.679 0.860 0.212 0.320 0.429 0.289 0.196 0.423 0.104 0.334 0.815 0.224 0.248 nan 1.073 0.355 0.495 2.253 2.256 2.560 0.685 0.797 0.854 0.521 nan 1.495 1.411 1.473 1.640 0.663 0.663 1.467 1.660 0.437 1.451 1.121 nan 3074 chr13 20530794 20536573 + 0 NA promoter-TSS (NR_148365) promoter-TSS (NR_148365) -271 NR_148365 7750 Hs.507433 NM_003453 ENSG00000121741 ZMYM2 FIM|MYM|RAMP|SCLL|ZNF198 zinc finger MYM-type containing 2 protein-coding 7.421 5.406 7.071 3.970 9.367 3.905 2.621 2.714 4.910 1.259 4.259 1.693 1.199 3.068 4.576 3.865 6.344 0.587 3.077 0.850 2.959 2.498 3.164 0.969 6.525 0.361 0.650 1.331 2.062 1.115 11.235 12.141 3.508 11.116 1.390 2.742 1.483 2.502 0.096 1.138 7.031 3.280 4.242 1.843 1.115 1.422 1.948 1.951 4.338 4.048 1.888 1.926 3.865 3.300 1.935 6.525 1.063 3.805 1.483 6.072 4.034 2.735 4.056 3.741 1.751 1.066 0.559 11.094 11.611 5.082 nan 24.159 22.718 7.104 3.402 10.353 9.868 3.303 3.845 8.121 12.080 17.726 18.519 6.922 11.652 5.100 4.080 8.558 7.152 4.935 2.655 1178 chr1 228673075 228681003 + 0 NA intron (NM_001010858, intron 2 of 3) AluJr|SINE|Alu 1971 NM_001010858 149603 Hs.356377 NM_001010858 ENSG00000168159 RNF187 RACO-1|RACO1 ring finger protein 187 protein-coding 2.823 nan 8.979 2.376 12.725 10.681 1.566 9.836 17.502 0.930 2.565 1.760 0.851 0.995 7.593 4.252 1.973 0.461 1.778 0.767 1.274 2.135 7.007 2.594 7.428 1.541 1.782 1.897 2.383 0.745 4.253 6.331 1.905 20.310 1.085 2.596 0.962 4.183 0.166 0.597 3.262 2.735 1.837 0.787 1.843 0.949 2.214 2.184 2.617 2.386 3.780 2.062 4.252 1.729 1.514 7.428 1.077 1.743 1.087 3.136 3.425 1.777 1.437 1.340 1.082 1.415 0.833 8.350 11.937 5.578 7.536 13.255 nan 9.305 5.374 17.455 18.676 2.184 2.959 11.415 8.289 3.194 4.811 5.442 6.417 6.145 7.234 3.776 8.000 3.895 1.869 3163 chr13 51482874 51492203 + 0 NA intron (NM_024570, intron 1 of 10) intron (NM_024570, intron 1 of 10) -2690 NR_046552 100874255 Hs.741501 NR_046552 RNASEH2B-AS1 - RNASEH2B antisense RNA 1 ncRNA 3.097 nan nan 1.480 1.722 1.468 0.874 0.601 1.430 0.175 1.941 0.831 0.653 0.719 2.241 0.991 1.451 0.085 1.572 0.998 0.576 0.986 1.044 0.768 3.673 0.515 0.712 0.387 0.653 0.700 2.333 3.970 1.192 5.037 0.550 1.267 0.975 1.026 0.072 0.642 1.826 2.815 1.831 0.710 0.706 0.622 1.384 1.127 1.326 1.074 0.677 1.093 0.991 2.443 2.147 3.673 0.740 1.205 0.927 1.748 0.620 0.628 1.535 1.115 0.887 0.784 0.516 5.227 4.586 1.419 2.123 4.336 4.164 nan 2.402 4.145 4.265 6.378 6.434 2.855 4.491 3.967 4.252 3.400 5.170 3.499 4.117 3.500 nan 0.858 0.532 6459 chr2 165681238 165734420 + 0 NA Intergenic L1MA9|LINE|L1 -9151 NM_001278460 22837 Hs.470457 NM_014900 ENSG00000082438 COBLL1 COBLR1 cordon-bleu WH2 repeat protein like 1 protein-coding 1.511 1.352 nan 0.894 0.347 0.034 0.201 0.405 0.765 0.422 0.179 0.269 1.281 0.253 0.134 0.292 0.271 0.087 0.342 0.097 0.326 0.224 0.473 0.336 0.531 0.099 0.121 0.150 0.410 0.064 0.471 0.970 0.827 1.317 0.179 0.914 0.004 0.163 0.080 0.047 0.254 0.301 0.189 0.124 0.194 0.156 0.183 0.099 0.413 0.500 0.408 0.306 0.292 0.257 0.186 0.531 0.241 0.192 0.227 0.202 0.114 0.114 0.072 1.018 0.065 0.032 0.013 0.524 0.548 0.758 1.143 0.437 0.468 0.810 0.291 0.924 0.986 5.427 5.987 0.509 0.529 1.298 1.246 0.274 0.421 0.006 0.001 1.226 3.358 0.497 0.409 6862 chr20 17812948 17836875 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 118678 NR_003045 692086 Hs.680747 NR_003045 ENSG00000212232 SNORD17 HBI-43 small nucleolar RNA, C/D box 17 snoRNA 0.789 nan 0.635 0.198 0.194 0.123 1.970 0.122 0.279 0.032 1.399 0.845 0.003 0.129 0.119 0.124 2.353 0.411 0.079 0.119 0.355 0.012 0.096 0.104 0.095 0.244 0.148 0.062 0.060 1.183 0.125 0.441 0.234 0.394 0.518 0.379 0.024 0.059 0.072 0.252 0.037 0.714 0.601 0.319 0.597 0.074 0.225 4.115 0.528 0.039 0.221 0.437 0.124 0.152 1.289 0.095 0.226 0.450 0.219 0.245 0.068 1.650 0.108 0.046 1.344 0.665 0.437 1.366 1.436 0.345 0.608 0.434 0.461 0.342 0.163 0.298 0.407 0.353 0.590 2.819 1.864 0.581 0.242 0.270 0.427 0.078 0.135 0.208 0.359 0.517 0.468 458 chr1 70818356 70821754 + 0 NA promoter-TSS (NR_027404) promoter-TSS (NR_027404) 362 NM_030816 81573 Hs.744989 NM_030816 ENSG00000118454 ANKRD13C dJ677H15.3 ankyrin repeat domain 13C protein-coding 6.315 3.064 5.259 5.023 2.806 1.785 4.553 1.633 3.082 1.298 4.098 2.967 0.860 1.689 1.722 3.188 2.758 0.190 4.857 1.640 5.695 1.842 1.659 0.792 4.157 3.352 3.607 2.482 7.409 1.901 4.383 8.267 5.011 8.649 3.629 2.393 0.562 5.188 0.185 1.736 2.549 5.832 3.511 1.720 3.216 6.787 4.384 3.669 2.296 4.321 1.277 2.057 3.188 10.869 5.395 4.157 1.086 2.843 1.312 5.062 1.699 2.906 1.021 1.450 2.079 4.652 2.897 4.219 4.369 7.644 14.357 7.390 7.307 8.998 3.905 12.702 13.032 5.942 7.495 6.678 9.444 5.526 6.854 3.479 6.563 3.508 3.307 7.768 7.068 4.124 2.189 10374 chr7 55753798 55770892 + 0 NA intron (NR_003949, intron 2 of 5) intron (NR_003949, intron 2 of 5) -5192 NR_027339 360132 Hs.446691 NM_182827 ENSG00000176826 FKBP9P1 FKBP9L FK506 binding protein 9 pseudogene 1 pseudo nan 0.927 0.918 0.124 0.828 0.238 0.238 0.566 1.253 0.044 0.127 0.102 0.044 0.356 0.463 0.494 0.218 0.160 0.129 0.041 0.081 0.475 0.330 0.617 0.174 0.157 0.043 0.322 0.454 0.278 0.587 1.424 1.630 0.590 0.052 0.140 0.102 0.144 0.035 0.056 0.149 0.039 0.045 0.204 0.166 4.147 0.198 0.123 0.104 0.051 0.140 0.494 0.109 0.052 0.617 0.186 0.097 0.051 0.078 4.248 0.124 0.260 0.079 1.684 0.152 0.087 3.356 5.428 0.807 0.890 4.127 2.516 5.520 2.209 0.678 0.580 0.401 0.729 2.789 2.340 0.280 0.112 0.955 0.933 0.757 0.757 0.200 0.292 1.106 0.883 7004 chr20 45587490 45611468 + 0 NA intron (NM_172110, intron 1 of 13) L1MC5|LINE|L1 76216 NM_172110 2139 Hs.472877 NM_005244 ENSG00000064655 EYA2 EAB1 EYA transcriptional coactivator and phosphatase 2 protein-coding nan nan 1.444 0.719 0.431 0.411 0.428 1.171 2.149 0.304 0.082 0.057 0.045 0.038 0.202 0.533 0.141 0.080 0.158 0.119 0.779 0.058 0.237 0.113 0.624 0.100 0.056 0.018 0.152 0.009 0.198 0.969 0.325 0.963 0.690 0.137 0.358 0.031 0.109 0.251 0.096 0.151 0.057 0.036 0.248 0.105 0.505 0.199 0.370 0.047 0.023 0.547 0.533 0.133 0.212 0.624 0.087 1.098 1.007 0.087 1.290 0.209 0.202 1.432 1.065 0.037 0.015 1.642 1.858 0.782 0.913 1.147 0.961 nan 0.451 0.758 0.869 1.104 1.529 3.111 1.991 nan 4.329 0.728 0.758 1.295 1.291 2.213 6.169 0.721 0.414 4361 chr16 51583292 51593416 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -208076 NR_110916 101927364 Hs.133120 NR_110916 ENSG00000260057 LINC01571 - long intergenic non-protein coding RNA 1571 ncRNA nan nan nan 0.103 0.229 0.033 0.146 0.142 0.376 0.009 0.329 0.617 0.019 0.079 0.050 1.623 0.059 0.095 0.032 0.125 0.014 0.077 0.064 0.376 0.280 0.085 0.014 0.048 0.011 0.112 0.618 0.056 0.245 0.072 1.514 0.057 0.075 0.061 0.116 0.023 0.762 0.018 0.039 0.022 0.060 0.028 0.100 1.457 0.036 4.296 1.430 1.623 0.042 0.018 0.376 0.255 0.154 0.011 0.372 0.343 0.243 0.019 0.074 0.196 0.028 0.015 0.342 0.279 0.407 0.573 0.436 0.377 0.073 0.047 0.183 0.256 0.063 nan nan nan nan 0.102 0.080 0.148 0.306 0.626 0.317 nan nan 0.556 10097 chr6 170572307 170608270 + 0 NA Intergenic L1MC5|LINE|L1 -4438 NR_126021 285804 Hs.651959 NR_126021 ENSG00000271820 LOC285804 - uncharacterized LOC285804 ncRNA nan 1.260 nan 0.076 2.335 3.725 0.377 1.855 3.649 0.013 0.122 0.105 0.057 0.589 2.957 1.933 0.065 0.042 0.126 0.045 0.014 0.042 0.737 0.461 6.679 0.800 0.531 0.090 0.139 0.050 0.370 0.757 0.159 1.768 0.089 0.102 0.267 0.283 0.078 0.115 1.185 0.087 0.205 0.139 0.164 0.129 0.037 0.127 0.177 0.474 0.236 0.097 1.933 0.255 0.293 6.679 0.105 0.185 0.351 0.440 1.826 0.116 1.674 0.072 0.094 0.086 0.061 1.489 1.713 1.333 1.949 nan 4.732 nan 2.026 2.600 2.510 0.072 0.191 nan 2.792 1.045 0.853 1.609 2.498 1.962 1.916 0.377 0.762 1.767 0.939 5499 chr19 4708590 4727599 + 0 NA intron (NM_139159, intron 3 of 21) intron (NM_139159, intron 3 of 21) 5761 NM_139159 91039 Hs.515081 NM_139159 ENSG00000142002 DPP9 DP9|DPLP9|DPRP-2|DPRP2 dipeptidyl peptidase 9 protein-coding 0.946 0.989 1.116 1.612 0.628 0.536 2.760 0.505 0.728 0.516 1.328 1.368 0.336 0.670 0.806 0.510 0.310 0.143 2.132 0.699 1.570 0.353 0.386 0.265 0.676 1.390 1.543 1.219 4.331 1.226 2.522 3.483 2.381 1.856 1.288 0.396 0.215 0.530 0.084 1.556 0.210 2.649 1.921 0.856 2.963 1.480 0.720 6.244 1.095 3.317 0.477 0.636 0.510 1.735 2.835 0.676 0.451 2.167 0.214 2.140 0.427 2.460 0.135 0.247 2.251 3.911 2.939 0.470 0.715 0.769 1.029 1.086 1.249 1.429 0.418 1.229 1.301 0.952 1.282 2.240 nan 1.556 1.140 0.392 0.638 1.290 1.322 0.584 1.387 0.967 0.403 5521 chr19 8418519 8436186 + 0 NA Intergenic Intergenic -1659 NR_104213 51129 Hs.9613 NM_016109 ENSG00000167772 ANGPTL4 ARP4|FIAF|HARP|HFARP|NL2|PGAR|TGQTL|UNQ171|pp1158 angiopoietin like 4 protein-coding 0.711 1.110 0.953 0.285 0.144 0.111 1.497 0.118 0.313 0.616 1.688 1.447 0.081 0.059 0.086 0.383 0.249 0.246 0.883 0.495 3.442 0.072 0.079 0.107 0.114 1.105 0.765 0.855 0.903 0.809 0.679 2.291 0.536 1.007 0.347 0.945 0.043 0.570 0.093 0.712 0.054 0.960 0.642 0.292 0.889 0.418 0.364 3.489 1.685 3.215 1.372 1.509 0.383 1.612 3.300 0.114 0.338 0.716 0.071 1.968 0.272 0.745 0.057 0.056 0.550 0.838 0.715 0.279 0.299 0.208 0.350 0.606 0.603 0.550 0.183 0.202 0.260 0.290 0.458 0.526 nan 0.680 0.484 0.276 0.287 0.164 0.314 0.171 0.264 0.572 0.444 2507 chr12 14921495 14930861 + 0 NA Intergenic Intergenic -1092 NM_177925 55766 Hs.524280 NM_018267 ENSG00000246705 H2AFJ H2AJ H2A histone family member J protein-coding 2.352 2.098 3.769 5.349 5.477 1.935 2.438 1.456 2.421 1.838 3.240 3.916 1.599 1.725 2.422 1.570 0.690 0.103 3.465 1.437 1.972 2.057 2.959 1.902 2.300 2.452 2.393 0.803 3.891 1.811 4.151 6.826 3.377 6.414 1.369 2.280 0.589 7.919 0.225 1.754 1.152 3.374 2.713 1.084 2.469 2.262 4.628 5.570 4.511 6.430 2.385 1.822 1.570 3.781 3.660 2.300 1.618 1.523 0.196 7.812 0.975 2.284 0.902 1.619 0.640 1.752 1.335 1.325 1.771 2.147 3.389 nan 4.860 8.429 3.493 8.627 8.748 1.222 1.424 4.148 6.290 3.372 4.321 1.059 1.953 3.453 3.165 3.132 4.531 1.941 1.143 9736 chr6 56722558 56742498 + 0 NA intron (NM_001144769, intron 3 of 96) AluSc|SINE|Alu -15814 NM_001144770 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.181 0.951 nan 0.410 0.144 0.064 5.024 0.064 0.172 0.019 1.387 1.625 0.062 0.050 0.058 0.686 1.407 0.209 4.203 2.142 0.390 0.028 0.142 0.123 0.096 3.656 3.175 0.066 1.595 1.444 0.472 0.943 0.803 0.330 1.473 0.417 0.039 0.093 0.098 1.704 0.068 0.896 0.453 0.309 1.716 1.439 0.724 0.280 0.599 0.596 0.067 0.218 0.686 1.576 6.843 0.096 0.245 0.096 0.087 0.091 0.081 0.828 0.025 0.229 0.248 0.040 0.031 0.365 0.253 0.266 0.466 0.283 0.397 0.718 0.202 0.355 0.267 0.645 1.147 0.705 0.741 0.462 0.265 0.116 0.213 0.172 0.332 0.462 1.374 0.540 0.510 11859 chr9 139376092 139379677 + 0 NA promoter-TSS (NM_014866) promoter-TSS (NM_014866) -63 NM_152571 158055 Hs.212613 NM_152571 C9orf163 - chromosome 9 open reading frame 163 protein-coding nan 4.506 9.005 3.423 8.672 5.409 2.217 2.271 4.420 2.318 6.070 3.195 1.912 2.605 3.535 4.263 4.405 0.275 5.755 1.395 3.872 1.851 2.011 0.761 4.886 2.600 4.506 4.275 7.660 1.180 6.938 8.853 5.691 12.177 2.044 4.766 1.326 4.522 0.071 1.034 2.564 14.664 5.461 2.824 1.821 2.543 6.633 2.649 5.381 9.400 4.334 7.043 4.263 11.561 3.126 4.886 1.532 4.995 2.006 8.950 4.723 4.879 1.287 1.303 2.832 3.237 1.544 4.837 3.805 7.870 11.550 11.251 10.977 nan 5.806 11.117 11.637 2.119 2.883 8.180 14.390 8.123 8.704 3.128 4.248 5.964 8.104 6.874 3.837 3.556 1.606 7862 chr3 137715004 137720613 + 0 NA exon (NM_001002026, exon 1 of 5) exon (NM_001002026, exon 1 of 5) 150 NM_001002026 51208 Hs.655324 NM_016369 ENSG00000066405 CLDN18 SFTA5|SFTPJ claudin 18 protein-coding 0.640 nan nan 0.088 1.000 0.039 0.038 0.145 0.321 0.016 0.029 0.065 0.011 0.017 0.062 0.113 0.183 0.087 0.037 0.025 0.170 0.167 0.065 0.012 0.013 0.026 0.074 0.018 0.072 0.053 0.075 0.196 0.029 0.078 0.055 0.100 0.099 0.075 0.042 0.038 0.042 0.051 0.089 0.087 0.063 0.042 0.023 0.113 0.076 0.033 0.065 0.044 0.414 0.051 0.013 0.035 0.047 0.010 0.318 0.160 0.086 0.261 0.256 0.308 12.413 4.365 0.280 0.217 0.357 0.644 0.206 0.287 nan 0.247 0.229 0.297 0.070 0.080 0.133 0.355 0.220 0.332 1630 chr10 104942041 104953953 + 0 NA intron (NM_001351175, intron 1 of 19) AluSx3|SINE|Alu 5066 NM_001351185 22978 Hs.97439 NM_012229 ENSG00000076685 NT5C2 GMP|NT5B|PNT5|SPG45|SPG65|cN-II 5'-nucleotidase, cytosolic II protein-coding nan nan 1.322 1.284 0.967 0.496 2.418 0.554 1.000 0.860 2.227 1.738 2.710 0.411 0.805 0.645 1.281 0.270 2.034 0.310 1.599 0.990 0.395 0.247 1.497 1.789 2.086 2.496 1.624 0.572 2.741 4.155 1.335 2.225 0.539 1.884 0.120 1.039 0.093 0.415 0.408 1.586 2.215 1.029 1.215 0.429 1.357 0.863 2.460 1.785 0.799 2.226 0.645 2.845 3.790 1.497 0.976 1.459 0.171 1.147 0.639 1.030 3.807 0.331 0.563 1.728 1.387 1.394 1.825 1.763 3.128 1.567 1.616 1.517 0.575 1.250 1.260 1.050 nan 1.908 3.539 0.725 0.621 2.880 4.113 0.578 0.646 0.939 nan 0.640 0.447 11824 chr9 135416524 135425440 + 0 NA intron (NM_207417, intron 6 of 6) intron (NM_207417, intron 6 of 6) -37011 NM_020064 56751 Hs.283809 NM_020064 ENSG00000125492 BARHL1 - BarH like homeobox 1 protein-coding nan 0.690 1.286 0.516 0.806 0.275 0.221 0.215 0.598 0.011 0.062 0.021 0.012 0.109 1.484 0.093 0.054 0.130 0.063 0.007 0.014 0.352 0.283 0.831 0.177 0.089 0.098 0.061 0.012 0.278 0.609 0.023 1.001 0.066 1.880 0.049 0.083 0.030 1.477 0.197 0.736 0.310 0.135 0.095 0.086 0.110 0.139 0.182 0.018 0.038 1.484 0.185 0.030 0.831 0.027 0.111 0.980 0.117 0.172 0.107 0.999 0.264 0.068 0.019 0.040 1.227 1.882 0.371 0.557 1.743 1.596 nan 0.095 0.281 0.338 0.790 0.896 0.687 1.235 1.562 1.513 0.910 0.919 6.455 6.060 0.903 1.625 1.428 0.836 3109 chr13 31397028 31448792 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -33789 NR_103813 440132 Hs.729493 NR_103813 ENSG00000236094 LINC00545 - long intergenic non-protein coding RNA 545 ncRNA 1.039 1.152 0.884 0.648 0.507 0.315 1.169 0.071 0.165 0.135 0.166 0.348 0.021 0.043 0.283 0.475 0.368 0.140 0.876 0.648 0.043 0.026 0.137 0.091 0.414 0.250 0.140 0.030 0.176 0.332 0.664 2.158 0.215 0.957 1.046 0.112 0.048 0.090 0.066 0.492 0.181 0.334 0.098 0.060 0.192 0.233 0.227 0.435 0.146 0.133 0.105 0.251 0.475 1.379 0.219 0.414 0.130 0.129 0.122 0.163 0.136 0.472 7.006 0.327 0.452 0.581 0.500 2.854 3.402 0.867 1.246 0.957 1.044 0.357 0.089 0.817 0.817 0.375 0.739 0.619 0.873 2.077 1.650 6.198 7.959 0.246 0.365 0.840 1.622 0.595 0.469 3185 chr13 64647274 64654613 + 0 NA promoter-TSS (NR_145420) promoter-TSS (NR_145420) -799 NR_145420 144766 Hs.719557 NR_145420 ENSG00000227674 LINC00355 - long intergenic non-protein coding RNA 355 ncRNA nan 0.810 nan 0.045 0.227 0.045 0.010 0.091 0.081 0.092 1.188 0.905 0.017 0.042 4.904 0.299 0.276 0.065 0.058 0.026 0.008 0.019 0.043 0.056 0.113 0.084 0.039 0.060 0.028 0.065 0.108 0.629 0.160 0.020 0.669 0.053 0.015 0.064 0.096 4.716 0.016 0.011 0.358 0.177 1.455 0.858 0.011 2.757 2.309 1.065 0.299 0.029 0.088 0.113 0.017 0.920 0.147 0.087 1.759 0.032 0.837 0.067 0.031 0.426 0.271 0.102 0.117 0.156 0.268 10.667 4.559 0.112 0.097 1.445 1.415 0.128 0.128 0.328 0.176 1.229 1.978 0.130 0.122 0.242 0.373 0.120 0.064 4340 chr16 34180352 34197017 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 216078 NR_002837 606551 Hs.646441 NR_002837 UBE2MP1 - ubiquitin conjugating enzyme E2 M pseudogene 1 pseudo 5.676 6.286 5.224 0.219 0.443 0.083 0.089 0.422 0.805 0.110 0.368 0.249 0.059 0.372 0.219 0.607 0.571 4.074 0.197 0.023 0.068 0.349 0.423 1.184 0.259 0.016 0.138 0.053 0.376 0.013 0.260 0.198 0.499 1.582 0.035 0.415 0.253 0.210 1.309 0.028 0.152 0.602 0.170 0.084 0.039 0.439 0.340 0.859 0.156 0.132 0.099 0.249 0.607 0.162 0.100 0.259 0.125 0.249 0.076 0.097 0.122 0.296 0.298 0.275 0.116 0.080 0.077 1.754 0.747 0.433 0.658 1.325 1.954 0.730 0.559 0.948 0.806 1.532 1.904 1.461 1.480 2.482 0.630 0.744 1.543 0.496 0.946 1.040 1.696 0.469 0.766 11345 chr8 141643244 141658026 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -4990 NM_001164623 27161 Hs.660189 NM_012154 ENSG00000123908 AGO2 CASC7|EIF2C2|LINC00980|PPD|Q10 argonaute 2, RISC catalytic component protein-coding 3.086 1.143 nan 2.283 1.667 0.840 2.977 1.140 1.901 0.832 1.918 1.127 0.565 0.482 1.245 1.643 1.625 0.239 1.708 0.462 2.301 1.646 0.393 0.186 2.493 1.222 1.227 1.569 2.181 1.749 1.795 3.181 1.086 3.190 1.351 0.958 0.296 0.991 0.054 1.100 0.896 2.842 3.613 1.690 1.492 0.502 1.102 2.352 2.809 5.632 0.988 1.293 1.643 2.929 1.826 2.493 0.290 1.935 0.322 4.192 1.212 0.683 0.662 0.535 0.968 1.145 0.672 1.234 1.536 1.907 2.496 nan 3.434 nan 0.666 4.720 4.388 0.814 1.323 1.287 2.139 1.762 1.840 1.172 3.000 1.480 1.101 1.645 1.368 0.807 0.631 11015 chr8 65887779 65911568 + 0 NA Intergenic Intergenic -188325 NM_001324112 9420 Hs.657330 NM_004820 ENSG00000172817 CYP7B1 CBAS3|CP7B|SPG5A cytochrome P450 family 7 subfamily B member 1 protein-coding 1.364 0.652 0.780 0.012 0.133 0.017 0.019 0.067 0.314 0.008 0.071 0.050 0.017 0.048 0.047 0.176 0.091 0.135 0.126 0.032 0.027 0.002 0.067 0.097 0.262 0.003 0.021 0.006 0.090 0.005 0.048 0.085 0.095 0.249 0.123 0.054 0.036 0.036 0.082 0.019 0.414 0.059 0.008 0.013 0.041 0.016 0.045 0.101 0.038 0.063 0.013 0.027 0.176 0.060 0.025 0.262 0.036 0.025 0.216 0.022 0.047 0.033 0.083 0.057 0.013 0.015 0.006 0.459 0.396 0.743 0.354 1.003 1.075 0.197 0.114 0.110 0.120 5.626 nan 0.131 0.122 nan 2.071 0.243 0.538 0.232 0.161 0.528 0.861 0.623 0.664 5060 chr17 78414124 78433629 + 0 NA Intergenic Intergenic 26528 NM_002522 4884 Hs.514556 NM_002522 ENSG00000171246 NPTX1 NP1 neuronal pentraxin 1 protein-coding 2.005 1.491 8.243 0.787 1.488 0.351 1.272 1.017 1.847 0.220 1.260 0.555 0.223 0.469 0.822 2.784 0.647 0.190 1.161 0.456 1.369 0.526 0.670 0.398 1.853 0.712 0.840 0.642 1.055 0.450 1.511 2.655 0.823 2.379 1.089 1.015 0.275 0.844 0.105 0.720 1.648 1.270 0.773 0.368 0.720 0.582 0.597 0.963 1.252 1.074 0.521 0.937 2.784 1.553 0.589 1.853 0.809 0.865 0.952 1.499 3.310 0.642 0.362 0.816 0.698 0.567 0.363 3.049 2.996 1.125 1.567 3.213 3.514 2.781 1.361 1.278 1.236 nan 4.206 2.409 3.892 4.659 5.502 1.568 1.779 1.561 1.739 1.992 2.489 nan 1.042 3936 chr15 45471405 45480907 + 0 NA intron (NM_138356, intron 2 of 7) intron (NM_138356, intron 2 of 7) -2751 NM_001301171 90525 Hs.310399 NM_138356 ENSG00000138606 SHF - Src homology 2 domain containing F protein-coding 2.315 0.943 10.330 0.748 0.265 0.801 2.104 0.458 1.011 0.100 0.374 0.472 0.055 0.107 0.296 1.117 0.150 0.070 0.736 0.260 0.338 0.152 0.355 0.358 1.431 0.887 0.665 0.454 0.747 0.597 0.754 3.087 0.263 0.909 0.793 0.522 0.404 0.406 0.080 0.754 2.588 0.103 0.106 0.154 0.971 0.677 0.102 0.116 0.582 0.904 0.124 0.430 1.117 0.708 1.117 1.431 0.258 0.054 1.822 0.747 1.210 0.382 0.370 1.485 0.206 0.048 0.011 0.895 1.883 0.842 1.065 3.143 2.633 1.966 0.513 1.911 2.221 2.249 nan 1.631 1.613 6.586 6.890 0.597 1.104 1.757 2.406 2.444 4.817 1.598 0.947 10376 chr7 56030981 56051244 + 0 NA intron (NM_001483, intron 1 of 9) intron (NM_001483, intron 1 of 9) 8842 NM_001483 2631 Hs.591069 NM_001483 ENSG00000146729 NIPSNAP2 GBAS nipsnap homolog 2 protein-coding nan 1.901 2.407 0.785 1.492 0.484 0.423 0.402 0.848 0.382 0.631 0.692 0.208 0.202 0.344 1.135 0.674 0.199 0.495 0.066 0.346 0.418 0.744 0.488 1.035 0.478 0.428 0.557 0.913 0.083 0.808 1.027 3.695 2.889 0.079 0.187 0.394 0.777 0.155 0.139 0.401 0.688 0.383 0.174 0.177 0.598 1.510 0.651 0.759 0.802 0.540 0.497 1.135 0.543 0.795 1.035 0.363 0.457 0.106 0.957 1.954 0.727 1.429 0.250 0.338 0.313 0.217 1.229 1.447 1.833 2.940 2.151 2.017 4.551 1.839 0.864 0.810 0.956 1.405 2.892 3.594 1.052 0.998 1.155 2.344 2.124 2.512 0.984 0.973 2.480 1.139 350 chr1 45155147 45189197 + 0 NA intron (NM_001145636, intron 6 of 11) intron (NM_001145636, intron 6 of 11) 31778 NM_001145636 339541 Hs.173679 NM_001004307 ENSG00000198520 ARMH1 C1orf228|NCRNA00082|p40 armadillo-like helical domain containing 1 protein-coding nan 0.949 nan 0.224 0.511 0.672 0.725 0.170 0.315 0.042 0.378 0.243 0.268 0.326 0.476 0.303 0.183 0.189 0.648 0.524 0.081 0.086 0.363 0.212 0.137 0.313 0.235 0.132 0.521 0.259 0.701 3.458 0.468 0.607 0.407 0.281 0.028 0.343 0.124 0.174 0.098 0.473 0.202 0.085 0.331 0.437 0.475 0.525 0.400 0.389 0.197 0.715 0.303 0.549 0.521 0.137 0.281 0.880 0.055 0.348 0.215 0.260 0.229 0.301 0.112 0.237 0.202 0.932 0.839 0.551 0.814 0.613 0.757 1.121 0.327 1.122 1.238 0.312 nan nan 1.503 0.849 0.595 1.084 nan 0.128 0.154 0.945 1.334 0.825 0.688 6541 chr2 188402942 188420626 + 0 NA intron (NM_001329241, intron 1 of 8) intron (NM_001329241, intron 1 of 8) 7448 NM_001329240 7035 Hs.516578 NM_006287 ENSG00000003436 TFPI EPI|LACI|TFI|TFPI1 tissue factor pathway inhibitor protein-coding 0.677 0.832 0.694 3.416 0.154 0.019 2.728 0.135 0.194 1.667 0.122 2.245 0.014 0.057 0.020 0.068 3.029 0.373 2.898 1.468 9.415 1.485 0.062 0.093 0.032 2.434 1.665 0.880 2.250 0.607 3.697 4.201 5.842 0.351 2.175 6.641 0.102 0.036 0.082 2.069 0.068 2.862 2.537 1.095 2.814 1.771 0.207 1.391 2.578 0.467 1.543 2.768 0.068 1.307 9.108 0.032 1.275 2.263 0.017 1.237 0.499 2.926 0.157 0.050 3.897 0.629 0.392 0.320 0.222 0.485 0.638 0.120 0.166 0.259 0.140 0.874 0.837 nan 0.644 0.364 0.423 0.521 0.214 0.245 0.364 0.662 1.329 0.221 nan 0.278 0.259 9234 chr5 143603003 143618738 + 0 NA intron (NM_020768, intron 3 of 3) L2a|LINE|L2 60433 NM_020768 57528 Hs.7093 NM_020768 ENSG00000183775 KCTD16 - potassium channel tetramerization domain containing 16 protein-coding nan 0.866 0.895 0.082 0.391 0.010 0.031 0.081 0.249 0.006 0.123 0.135 0.016 0.292 0.085 0.057 0.063 0.031 0.102 0.037 0.028 0.439 0.293 0.114 0.009 0.014 0.010 0.052 0.007 0.077 0.072 0.045 0.576 0.018 0.101 0.188 0.062 0.090 0.035 0.046 0.019 0.010 0.041 0.034 0.134 0.151 0.026 0.041 0.010 0.056 0.057 0.068 0.036 0.114 0.054 0.037 0.099 0.022 0.381 0.050 0.038 0.305 0.010 0.018 0.013 0.188 0.106 0.361 0.223 0.211 0.334 1.102 0.250 0.083 0.112 3.479 3.803 0.801 0.629 0.523 0.429 0.060 0.241 0.793 1.251 0.448 1.194 0.446 0.414 11647 chr9 93948104 93958177 + 0 NA Intergenic Intergenic 71796 NR_135306 100129347 Hs.522287 NR_135306 ENSG00000229694 LINC00484 C9orf73 long intergenic non-protein coding RNA 484 ncRNA 1.354 nan 4.697 1.333 0.897 0.821 4.024 0.241 0.498 0.121 2.184 2.451 1.100 0.180 0.740 0.950 1.278 0.143 2.590 1.259 0.413 0.041 0.179 0.131 0.284 3.051 2.578 0.434 2.659 0.942 1.739 4.735 0.930 0.396 2.716 1.741 0.170 0.043 0.068 1.707 0.516 2.277 0.957 0.536 1.612 0.983 1.290 3.871 2.831 2.714 1.654 2.052 0.950 2.597 2.133 0.284 0.943 0.889 0.601 1.010 0.682 1.443 0.178 0.154 1.796 0.503 0.495 0.354 0.501 0.350 nan 1.345 1.163 0.404 0.164 0.448 0.448 0.074 0.207 1.252 1.958 1.949 1.703 0.661 0.445 1.595 1.530 0.453 0.838 0.542 0.477 11051 chr8 73701453 73715169 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) intron (NM_004770, intron 2 of 2) 64031 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.814 0.967 1.940 0.027 1.750 0.113 0.067 0.233 0.491 0.021 0.079 0.013 0.018 1.479 0.461 0.233 0.115 0.153 0.085 0.041 0.010 1.008 0.478 4.329 0.010 0.026 0.011 0.113 0.105 0.155 0.090 0.922 0.011 0.024 1.168 0.079 0.075 0.010 0.134 0.047 0.048 0.017 0.031 0.039 0.066 0.109 0.042 0.116 0.017 0.060 0.233 0.026 0.034 4.329 0.054 0.057 0.021 1.922 0.040 0.221 0.677 0.002 0.025 0.007 0.388 0.343 1.608 1.217 1.551 2.047 2.937 1.384 0.798 0.782 0.472 0.751 2.189 2.745 0.389 0.224 0.408 0.708 3.677 5.289 1.007 2.895 3.969 2.030 9834 chr6 107770866 107786015 + 0 NA intron (NM_020381, intron 1 of 7) L1MD1|LINE|L1 2339 NM_020381 57107 Hs.745008 NM_020381 ENSG00000164494 PDSS2 C6orf210|COQ10D3|DLP1|bA59I9.3|hDLP1 decaprenyl diphosphate synthase subunit 2 protein-coding 1.461 nan nan 0.569 2.154 0.768 0.383 0.561 1.005 0.157 0.314 0.530 0.587 0.456 0.853 0.814 0.386 0.116 0.726 0.212 0.290 0.475 0.260 0.181 0.854 0.475 0.404 0.175 0.653 0.154 1.350 2.055 0.866 2.012 0.202 0.351 0.265 0.803 0.138 0.227 0.303 0.542 0.625 0.433 0.605 0.412 1.495 0.361 0.623 1.391 0.369 0.408 0.814 0.725 0.715 0.854 0.251 0.493 0.212 0.767 0.804 0.361 0.523 0.391 0.326 0.182 0.098 14.275 16.713 1.227 1.624 1.447 nan 2.957 0.853 1.893 1.828 0.836 1.139 1.290 1.635 nan 0.944 0.874 1.576 1.204 0.988 0.842 1.357 0.731 0.561 1810 chr11 12819156 12838323 + 0 NA intron (NM_021961, intron 3 of 12) intron (NM_021961, intron 3 of 12) 132770 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 1.223 nan 2.449 1.000 1.984 3.496 1.929 1.280 2.620 0.623 0.665 1.082 1.239 0.357 2.883 2.360 0.973 0.082 1.164 0.514 1.134 0.079 1.340 0.674 5.535 0.846 0.407 0.231 0.533 0.484 0.738 2.641 1.485 3.409 0.570 0.193 0.764 0.176 0.066 0.338 0.972 1.419 0.234 0.147 0.687 0.568 1.101 0.247 1.170 0.219 1.074 0.362 2.360 0.992 0.217 5.535 0.428 0.796 0.217 0.452 0.244 1.363 1.814 1.249 0.617 1.851 1.600 nan 1.164 1.653 4.050 3.318 3.466 3.540 1.740 0.921 0.863 1.218 nan 2.799 4.020 0.934 0.894 0.911 2.075 2.779 2.507 1.515 4.439 2.722 nan 6233 chr2 88925686 88928806 + 0 NA promoter-TSS (NM_004836) promoter-TSS (NM_004836) -101 NR_135540 101928403 Hs.434326 NR_135540 ENSG00000234028 LOC101928403 - uncharacterized LOC101928403 ncRNA 7.310 3.656 nan 3.801 3.699 2.617 2.437 1.362 2.590 1.440 5.397 4.724 0.798 1.379 4.997 3.526 3.267 0.569 5.030 0.952 2.226 0.797 2.055 1.051 5.014 2.692 3.256 2.024 4.196 1.003 5.536 6.694 4.032 9.031 1.454 2.831 0.303 2.448 0.093 1.244 2.642 4.312 2.728 1.411 1.976 1.204 3.031 3.470 4.709 4.701 7.003 4.054 3.526 12.243 3.255 5.014 0.699 3.137 0.687 6.966 2.409 2.587 0.978 1.113 3.252 2.473 1.939 3.329 4.967 4.123 8.562 9.912 6.392 10.451 6.745 14.942 15.348 2.951 4.200 5.096 11.621 5.012 6.702 2.108 5.647 2.896 3.217 5.463 7.386 3.078 2.313 11351 chr8 142185001 142219754 + 0 NA intron (NR_148197, intron 21 of 23) intron (NR_148197, intron 21 of 23) 36296 NM_001080431 57210 Hs.372492 NM_001080431 ENSG00000022567 SLC45A4 - solute carrier family 45 member 4 protein-coding 1.521 1.287 nan 0.326 0.618 2.751 0.700 0.272 0.507 0.085 0.227 0.161 0.041 0.447 3.254 0.262 0.198 0.133 0.447 0.196 0.077 0.044 0.122 0.126 0.293 0.263 0.218 0.102 0.219 0.177 0.882 1.740 0.344 1.337 0.202 0.197 0.063 0.093 0.071 0.193 0.144 0.474 0.270 0.180 0.288 0.105 0.405 0.224 2.224 0.603 0.414 0.277 0.262 0.473 0.210 0.293 0.140 0.074 0.165 0.405 0.175 0.102 0.115 0.173 0.074 0.050 0.027 0.342 0.461 0.311 0.396 nan 1.026 nan 0.337 0.727 0.735 0.296 0.529 2.109 3.606 0.680 0.537 0.448 0.683 0.420 0.419 0.323 0.567 0.667 0.480 2754 chr12 65217603 65221491 + 0 NA intron (NM_001330186, intron 1 of 11) intron (NM_001330186, intron 1 of 11) 1195 NM_015279 23329 Hs.192492 NM_015279 ENSG00000111490 TBC1D30 - TBC1 domain family member 30 protein-coding 4.757 0.523 2.306 0.235 6.693 2.756 0.422 1.896 4.950 0.249 0.058 0.264 0.048 0.898 2.424 4.179 0.095 0.125 0.081 0.098 0.049 0.037 3.131 1.785 4.589 0.124 0.091 0.266 0.139 0.070 0.414 0.714 0.054 14.570 0.157 0.123 1.032 0.333 0.063 0.301 2.453 0.047 0.046 0.020 0.194 0.400 0.182 0.307 0.105 0.788 0.041 0.044 4.179 0.330 0.047 4.589 0.172 1.031 0.614 0.652 0.019 3.666 1.692 0.020 0.015 0.026 10.559 9.723 0.054 0.164 16.168 12.311 11.724 3.886 0.481 0.451 4.987 5.932 13.305 25.221 3.663 5.660 4.111 8.752 4.969 4.234 3.180 2.910 6.695 4.826 10633 chr7 120715914 120727684 + 0 NA intron (NM_001105533, intron 4 of 17) intron (NM_001105533, intron 4 of 17) 92354 NM_001105533 79974 Hs.189652 NM_024913 ENSG00000106034 CPED1 C7orf58 cadherin like and PC-esterase domain containing 1 protein-coding 0.842 0.585 0.814 2.273 0.157 0.010 0.615 0.096 0.237 0.122 0.877 3.037 0.031 0.034 0.068 0.119 0.720 0.157 0.634 0.469 0.198 0.072 0.174 0.153 0.051 0.071 0.043 0.306 3.474 1.925 0.155 0.410 0.785 0.247 0.864 0.286 0.024 0.028 0.124 0.271 0.027 0.717 0.279 0.226 0.308 0.222 0.327 1.986 0.045 0.134 0.034 0.096 0.119 0.205 0.031 0.051 0.093 0.090 0.124 0.224 0.841 0.042 0.062 0.303 0.949 0.181 0.434 0.260 0.169 0.292 0.474 0.468 0.341 0.136 0.240 0.290 0.550 0.931 0.308 0.317 0.428 0.268 0.155 0.254 0.084 0.166 0.259 0.413 0.864 0.848 1546 chr10 79253883 79292632 + 0 NA intron (NM_001014797, intron 1 of 28) L2b|LINE|L2 124320 NM_001322837 3778 Hs.144795 NM_002247 ENSG00000156113 KCNMA1 BKTM|CADEDS|KCa1.1|MaxiK|PNKD3|SAKCA|SLO|SLO-ALPHA|SLO1|bA205K10.1|hSlo|mSLO1 potassium calcium-activated channel subfamily M alpha 1 protein-coding 0.844 nan 1.208 1.055 1.261 0.159 3.548 0.269 0.456 0.872 0.810 1.288 0.109 0.202 1.156 0.314 0.218 0.103 1.189 1.275 0.070 0.029 0.084 0.081 0.738 1.171 0.769 0.232 0.698 0.726 0.244 1.056 0.160 1.393 0.713 0.379 0.044 0.034 0.078 1.052 0.140 2.463 0.426 0.280 1.463 0.323 0.556 3.811 0.223 1.177 1.230 0.370 0.314 0.427 5.006 0.738 0.151 0.127 0.189 0.878 0.100 1.297 0.158 0.375 0.842 2.689 2.192 0.334 0.305 0.185 0.325 0.973 0.953 1.699 0.554 0.145 0.170 0.428 0.675 4.360 nan 0.386 0.387 0.357 0.511 0.255 0.539 0.479 nan 0.673 0.525 7627 chr3 58146208 58153211 + 0 NA non-coding (NR_135534, exon 2 of 2) non-coding (NR_135534, exon 2 of 2) 6653 NR_135534 105377105 Hs.613914 NR_135534 ENSG00000244161 FLNB-AS1 - FLNB antisense RNA 1 ncRNA 1.839 2.066 nan 0.474 1.797 0.373 4.010 0.056 0.115 1.081 2.232 1.386 0.869 3.365 0.547 0.382 0.470 0.252 1.106 0.441 2.051 0.079 1.164 0.292 0.171 0.405 0.239 1.296 1.078 0.938 0.159 0.641 0.163 1.176 1.371 2.437 0.832 0.325 0.055 0.590 0.266 1.332 0.915 0.432 1.158 0.280 0.384 0.456 3.339 0.405 0.181 1.026 0.382 1.135 5.117 0.171 0.994 0.238 0.568 0.166 5.078 2.679 0.014 0.081 1.314 0.263 0.122 0.351 0.286 0.332 0.667 0.707 0.838 4.933 1.830 0.255 0.274 0.313 0.656 5.156 5.173 nan 0.311 0.185 0.196 3.042 3.140 0.277 0.564 2.090 1.332 311 chr1 41246597 41272504 + 0 NA intron (NM_172163, intron 1 of 12) L2b|LINE|L2 9866 NM_004700 9132 Hs.473058 NM_004700 ENSG00000117013 KCNQ4 DFNA2|DFNA2A|KV7.4 potassium voltage-gated channel subfamily Q member 4 protein-coding nan 0.625 nan 0.163 0.166 0.056 0.377 0.669 1.256 0.036 0.235 0.219 0.024 0.020 0.175 0.367 0.107 0.050 0.368 0.130 0.042 0.059 0.222 0.195 0.629 0.102 0.047 0.233 0.142 0.195 0.214 0.711 0.188 0.573 0.034 0.090 0.015 0.356 0.092 0.027 0.908 0.174 0.098 0.088 0.182 0.124 0.138 0.157 0.282 0.504 0.122 0.160 0.367 0.214 0.490 0.629 0.099 0.116 0.156 0.666 0.094 0.102 0.727 0.114 0.032 0.040 0.026 3.763 4.842 0.445 0.613 1.116 1.015 0.554 0.202 5.523 5.625 0.706 nan nan 1.328 0.464 0.373 1.916 nan 0.140 0.131 0.566 0.809 0.891 0.639 3256 chr13 95079024 95091223 + 0 NA Intergenic L1MB4|LINE|L1 46813 NM_001129889 1638 Hs.301865 NM_001922 ENSG00000080166 DCT TRP-2|TYRP2 dopachrome tautomerase protein-coding 1.456 1.703 1.304 0.153 1.827 0.052 0.613 0.874 0.008 0.070 0.030 0.010 0.008 1.761 0.829 0.108 0.014 0.103 0.046 0.016 0.040 0.184 0.100 0.481 0.034 0.024 0.018 0.066 0.009 0.098 0.242 0.046 1.689 0.048 0.059 0.454 0.045 0.088 0.010 0.554 0.136 0.020 0.038 0.025 0.032 0.107 0.067 0.041 0.104 0.043 0.829 0.068 0.038 0.481 0.040 0.047 0.183 0.047 0.142 0.010 0.480 1.746 0.031 0.016 0.008 1.739 2.227 0.396 0.594 0.469 0.617 3.310 1.074 0.302 0.257 0.366 0.443 0.958 0.740 0.883 0.792 0.845 1.358 2.111 1.956 2.822 7.829 0.385 0.279 4537 chr17 1453091 1479998 + 0 NA promoter-TSS (NM_006224) promoter-TSS (NM_006224) -434 NM_006224 5306 Hs.429819 NM_006224 ENSG00000174238 PITPNA HEL-S-36|PI-TPalpha|PITPN|VIB1A phosphatidylinositol transfer protein alpha protein-coding 1.437 0.771 1.587 0.241 0.371 0.095 0.379 0.297 0.592 0.145 0.434 0.549 0.319 0.097 0.254 0.709 0.225 0.136 0.435 0.186 0.125 0.149 0.099 0.103 0.448 0.224 0.187 0.301 0.244 0.078 0.420 1.049 0.499 0.694 0.090 0.495 0.081 0.324 0.081 0.075 0.109 0.549 0.223 0.155 0.173 0.296 0.402 0.299 0.886 0.584 0.151 0.468 0.709 0.713 0.739 0.448 0.145 0.242 0.340 0.909 1.099 0.377 0.107 1.077 0.137 0.092 0.046 1.645 1.903 0.732 1.065 1.392 1.304 1.706 0.522 0.915 0.862 0.391 0.857 1.041 1.339 0.618 0.439 0.524 0.687 0.313 0.360 1.831 4.872 0.743 0.500 9208 chr5 139111001 139145996 + 0 NA Intergenic Intergenic -2690 NR_105053 101929696 Hs.147408 NR_105052 ENSG00000249131 PSD2-AS1 - PSD2 antisense RNA 1 ncRNA 3.158 1.044 nan 0.714 0.209 0.412 1.001 0.294 0.543 0.041 0.747 0.538 0.018 0.129 0.315 1.088 0.208 0.120 0.877 0.582 0.071 0.047 0.179 0.137 0.376 0.899 0.594 0.172 0.200 0.208 0.397 1.306 0.276 1.364 0.869 0.604 0.204 0.198 0.106 0.483 0.111 0.282 0.186 0.127 0.177 0.558 0.160 0.352 0.502 0.500 0.172 0.129 1.088 0.869 0.148 0.376 0.132 0.070 0.965 0.416 0.327 0.320 1.360 0.584 0.171 0.092 0.075 1.505 2.439 0.555 0.947 1.113 0.969 0.616 0.166 1.565 1.753 1.569 2.033 0.804 0.974 3.282 3.454 1.493 2.379 0.761 0.610 1.262 2.874 0.613 0.447 8850 chr5 34408405 34415226 + 0 NA Intergenic Intergenic -166986 NR_146599 114899 Hs.171929 NM_030945 ENSG00000082196 C1QTNF3 C1ATNF3|CORCS|CORS|CORS-26|CORS26|CTRP3 C1q and TNF related 3 protein-coding 1.057 1.434 nan 0.083 0.679 0.008 0.208 0.117 0.265 0.014 0.298 0.751 0.028 0.103 0.197 1.367 0.614 0.400 0.169 0.112 0.047 0.061 0.230 0.217 0.450 0.021 0.012 0.032 0.152 0.171 0.275 2.666 0.380 3.389 0.107 0.062 1.074 0.126 0.149 0.209 0.094 0.132 0.131 0.032 0.102 0.213 0.221 0.024 0.097 0.035 0.311 1.367 0.289 0.040 0.450 0.396 0.231 0.070 0.110 0.519 0.047 0.218 0.219 0.176 0.648 0.367 0.408 0.433 0.211 0.532 0.492 0.649 10.398 1.672 0.221 0.299 1.937 2.169 0.854 0.600 1.644 1.547 0.401 0.448 3.263 4.088 0.256 0.607 2.020 1.474 825 chr1 162104383 162116942 + 0 NA intron (NM_014697, intron 1 of 9) L1PA16|LINE|L1 -16235 NR_039798 100616386 NR_039798 ENSG00000266144 MIR4654 mir-4654 microRNA 4654 ncRNA 1.453 nan 1.383 0.431 1.032 0.704 1.649 0.853 1.891 0.785 0.200 0.674 0.721 0.128 1.153 1.447 0.154 0.097 0.984 0.833 0.376 1.122 0.402 0.668 2.082 1.073 0.655 1.394 0.743 0.102 0.459 0.104 3.005 0.945 0.124 0.167 0.070 0.103 0.952 0.074 0.683 0.437 0.315 0.970 0.407 4.827 0.655 0.136 0.266 0.132 0.217 1.447 0.413 1.581 0.668 0.223 0.179 0.387 0.360 0.068 1.920 0.235 0.336 0.188 1.412 1.315 0.546 0.500 0.414 0.756 0.635 nan 3.916 1.081 0.146 0.205 1.600 2.448 0.939 nan 0.773 0.866 0.750 0.987 0.782 0.727 0.594 1.554 1.668 1.001 917 chr1 180878797 180910720 + 0 NA intron (NM_020950, intron 3 of 8) intron (NM_020950, intron 3 of 8) 12445 NM_020950 57710 Hs.734816 NM_020950 ENSG00000135835 KIAA1614 - KIAA1614 protein-coding nan nan 8.403 0.104 0.293 2.109 0.124 0.232 0.316 0.060 0.317 0.098 0.013 0.022 1.245 0.986 0.991 0.242 0.174 0.053 0.030 0.039 0.685 0.397 0.371 0.523 0.526 0.251 0.100 0.066 0.149 0.520 0.131 2.299 0.042 0.125 0.870 0.127 0.090 0.030 0.849 0.237 0.055 0.042 0.078 0.059 0.075 0.229 0.199 0.056 0.115 0.090 0.986 0.152 0.038 0.371 0.108 0.062 0.596 0.376 0.755 0.044 0.221 1.832 0.031 0.029 0.012 1.349 2.521 1.354 2.568 2.185 nan 1.061 0.341 nan 0.608 3.661 5.190 0.635 0.779 2.484 3.353 1.133 1.146 2.233 2.075 2.122 nan 1.645 1.054 3431 chr14 29628420 29638150 + 0 NA Intergenic Intergenic -378292 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.264 0.872 0.686 0.059 0.171 0.057 0.082 0.066 0.097 0.019 0.073 0.115 0.039 0.010 0.118 0.158 0.983 0.201 0.109 0.029 0.038 0.043 0.113 0.060 0.318 0.135 0.015 0.034 0.149 0.564 0.088 0.397 0.060 0.122 0.548 0.034 0.113 0.024 0.183 0.019 0.012 0.016 0.011 0.024 0.020 0.154 0.041 0.029 0.235 0.035 0.158 0.052 0.029 0.318 0.038 0.025 0.069 0.042 0.105 0.082 0.040 0.075 0.016 0.018 0.005 0.216 0.149 0.190 0.216 0.460 0.579 1.574 0.524 0.076 0.176 8.847 9.624 0.421 0.387 0.615 0.291 0.130 0.141 2.059 3.196 0.234 0.580 0.604 0.476 6003 chr2 29926469 29951179 + 0 NA intron (NM_004304, intron 2 of 28) intron (NM_004304, intron 2 of 28) 205653 NM_004304 238 Hs.654469 NM_004304 ENSG00000171094 ALK CD246|NBLST3 ALK receptor tyrosine kinase protein-coding 1.346 0.762 1.232 0.106 0.064 0.133 0.053 0.058 0.137 0.012 0.065 0.051 0.015 0.041 0.076 0.212 0.061 0.083 0.055 0.015 0.036 0.006 0.057 0.092 0.063 0.011 0.027 0.012 0.096 0.013 0.107 0.218 0.083 0.581 0.030 0.067 0.061 0.061 0.091 0.052 0.199 0.131 0.017 0.012 0.035 0.040 0.047 0.148 0.093 0.023 0.192 0.091 0.212 0.035 0.037 0.063 0.030 0.095 0.039 0.049 0.025 0.023 0.368 2.971 0.062 0.037 0.012 0.811 1.084 0.659 0.527 0.249 0.264 0.128 0.058 0.180 0.228 0.609 0.978 0.269 nan 0.682 0.536 0.305 0.380 0.202 0.306 1.042 3.656 0.188 0.265 495 chr1 86309372 86317450 + 0 NA non-coding (NR_146343, exon 39 of 60) non-coding (NR_146343, exon 39 of 60) -139295 NM_017953 54680 Hs.5111 NM_017953 ENSG00000117174 ZNHIT6 BCD1|C1orf181|NY-BR-75 zinc finger HIT-type containing 6 protein-coding 0.867 nan nan 0.285 0.184 0.042 0.210 0.160 0.246 0.035 0.146 0.450 0.054 0.148 0.090 0.112 3.915 0.380 0.355 0.154 6.917 0.017 0.039 0.084 0.059 0.317 0.126 0.155 0.632 0.996 0.921 2.033 3.822 0.401 0.590 0.026 0.012 0.122 0.126 0.456 0.047 0.205 0.045 0.085 0.314 0.953 0.288 0.385 0.181 0.133 0.721 2.247 0.112 0.435 1.144 0.059 0.151 0.152 0.188 0.012 0.233 0.049 0.061 0.235 1.204 1.040 0.381 0.207 0.228 0.624 0.306 0.402 0.107 0.083 0.291 0.279 0.249 0.390 0.786 0.779 0.465 0.212 0.148 0.194 0.152 0.173 0.293 0.383 0.632 0.443 4977 chr17 72751992 72761402 + 0 NA intron (NM_004252, intron 1 of 5) intron (NM_004252, intron 1 of 5) 11945 NR_037409 100500847 NR_037409 ENSG00000284186 MIR3615 mir-3615 microRNA 3615 ncRNA 2.934 2.234 4.247 0.711 0.918 0.219 1.338 0.443 0.720 2.989 0.199 0.817 0.270 0.233 0.475 0.392 0.983 0.281 1.880 1.039 0.127 0.235 0.116 0.133 0.357 1.301 1.039 0.313 0.116 0.123 6.643 14.308 3.465 2.718 1.229 1.089 0.040 0.093 0.113 0.124 1.611 0.221 0.098 0.050 0.741 0.056 0.987 0.275 2.663 0.238 0.092 1.703 0.392 3.021 0.073 0.357 1.157 3.734 0.996 0.394 2.362 0.901 0.767 0.366 0.040 0.080 0.027 1.412 2.311 0.337 0.666 0.713 0.767 0.612 0.326 0.565 0.570 nan 3.484 1.644 2.127 5.554 4.270 1.128 1.660 0.583 0.957 1.001 2.045 nan 0.648 4501 chr16 86978232 86987613 + 0 NA Intergenic Intergenic -108468 NR_126008 440390 Hs.513789 NR_126008 ENSG00000232190 LINC02181 - long intergenic non-protein coding RNA 2181 ncRNA nan 0.368 0.264 0.089 0.037 0.663 0.108 0.183 0.041 0.497 4.082 0.073 0.053 0.038 0.150 0.135 0.087 0.056 0.213 0.010 0.033 0.036 0.063 2.409 1.568 0.032 0.050 0.011 0.130 0.119 0.095 0.233 0.015 0.334 0.003 0.070 0.061 1.549 1.956 3.965 1.784 0.046 0.081 0.164 2.391 0.182 0.069 0.261 0.071 0.150 0.098 2.855 0.063 0.013 0.356 0.093 0.077 0.033 0.794 0.032 0.026 2.090 1.771 1.331 0.175 0.104 0.106 0.157 0.134 0.231 0.042 0.032 0.173 0.125 0.060 0.104 0.108 0.059 0.263 0.144 0.036 0.121 0.035 0.055 0.099 0.132 0.143 0.250 9176 chr5 132572629 132593349 + 0 NA intron (NM_015082, intron 7 of 15) intron (NM_015082, intron 7 of 15) 180409 NR_031621 100302134 NR_031621 ENSG00000221287 MIR1289-2 MIRN1289-2|hsa-mir-1289-2 microRNA 1289-2 ncRNA 1.014 1.300 nan 0.124 0.358 0.400 1.227 0.802 1.574 0.009 0.142 0.543 0.024 0.415 0.128 0.506 0.165 0.038 0.311 0.456 0.040 0.014 0.657 0.269 0.718 0.901 0.512 0.082 0.160 0.075 0.453 2.402 0.471 0.624 1.034 1.243 0.455 0.042 0.101 0.223 0.081 0.187 0.149 0.072 0.292 0.638 0.233 1.694 1.210 0.141 1.322 0.456 0.506 0.609 1.812 0.718 0.129 0.347 0.152 0.143 2.057 1.000 0.112 0.197 0.468 0.489 0.401 0.267 0.387 0.307 0.739 0.568 0.640 2.153 0.650 0.542 0.538 0.170 0.363 1.797 2.262 0.348 0.243 0.321 0.312 2.923 3.213 0.284 0.399 1.632 0.904 3302 chr13 102520448 102529875 + 0 NA intron (NM_001321939, intron 1 of 3) intron (NM_001321939, intron 1 of 3) 43834 NM_004115 2259 Hs.508616 NM_004115 ENSG00000102466 FGF14 FGF-14|FHF-4|FHF4|SCA27 fibroblast growth factor 14 protein-coding 0.683 0.986 0.625 0.046 1.308 0.371 1.347 2.485 0.152 0.229 0.013 0.569 2.234 0.488 0.054 0.051 0.215 0.121 0.007 0.015 0.672 0.449 0.424 0.051 0.007 0.008 0.043 0.191 0.261 0.023 1.805 0.325 0.454 0.040 0.012 0.087 0.301 0.075 0.060 0.025 0.008 0.027 0.008 0.166 0.042 0.026 0.007 0.017 0.042 0.488 0.278 0.089 0.424 0.013 0.044 0.020 0.006 1.513 0.101 0.042 0.066 0.104 0.006 0.032 1.116 0.647 1.947 2.415 0.759 0.837 4.914 4.872 0.715 0.659 0.670 nan 0.732 1.401 0.354 0.129 0.160 0.278 0.437 0.783 0.249 nan 0.798 0.593 8048 chr3 177047513 177082310 + 0 NA Intergenic Intergenic 52681 NR_047465 100820709 Hs.518409 NR_047465 ENSG00000203645 LINC00501 - long intergenic non-protein coding RNA 501 ncRNA 2.182 2.178 1.644 2.284 1.926 0.866 2.131 1.693 3.088 0.574 2.093 2.716 0.284 0.766 0.592 1.375 2.047 0.325 1.244 0.621 1.726 1.619 1.100 0.505 0.814 2.895 2.160 0.470 2.315 1.564 1.125 3.205 3.710 1.282 0.843 2.629 0.370 0.717 0.136 0.642 0.971 3.223 0.937 0.608 1.320 0.766 2.099 1.888 1.214 2.089 0.655 1.697 1.375 1.229 3.065 0.814 0.756 0.499 0.266 2.173 1.098 1.343 0.634 0.862 1.016 0.778 0.829 0.509 0.679 1.786 5.563 0.851 0.880 2.520 1.033 1.099 1.124 1.662 1.934 2.043 1.742 1.767 1.456 0.472 0.773 1.366 1.940 1.148 3.553 1.251 0.815 9126 chr5 114749379 114778456 + 0 NA Intergenic Intergenic 116674 NM_020177 56929 Hs.47367 NM_020177 ENSG00000145780 FEM1C EUROIMAGE686608|EUROIMAGE783647|FEM1A fem-1 homolog C protein-coding 0.727 1.614 0.972 0.284 0.902 0.602 1.577 0.571 1.221 0.066 0.208 0.674 0.030 0.117 0.841 0.393 0.212 0.078 0.866 0.647 0.017 0.009 0.124 0.105 0.070 1.336 0.567 0.028 0.493 1.370 1.473 3.086 1.196 2.382 0.855 0.129 0.307 0.044 0.105 0.340 0.085 0.104 0.108 0.073 0.785 0.608 0.667 0.550 0.230 0.097 0.664 1.025 0.393 0.607 0.898 0.070 0.432 0.291 0.076 0.037 0.596 0.683 0.037 0.145 0.096 0.048 0.051 0.238 0.195 0.319 0.505 0.325 0.372 2.451 0.562 0.087 0.153 0.563 nan 1.161 1.145 0.385 0.205 0.115 0.194 1.612 3.007 0.228 0.510 0.665 0.547 1816 chr11 13348452 13360976 + 0 NA intron (NM_001351821, intron 3 of 19) AluSx|SINE|Alu 55440 NM_001351821 406 Hs.65734 NM_001178 ENSG00000133794 ARNTL BMAL1|BMAL1c|JAP3|MOP3|PASD3|TIC|bHLHe5 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator like protein-coding 0.806 nan 0.847 0.816 2.391 4.585 2.701 0.869 1.483 0.130 1.836 2.805 0.030 0.087 1.703 1.478 1.112 0.115 0.905 0.863 0.494 0.011 0.603 0.320 1.142 1.981 1.945 0.286 0.637 0.766 2.954 6.944 1.398 3.323 1.427 2.653 0.496 0.074 0.083 1.010 0.158 2.204 0.394 0.200 0.791 0.639 0.846 1.386 1.923 0.389 1.055 1.237 1.478 1.469 3.501 1.142 0.924 0.191 0.046 0.265 0.212 0.821 0.142 0.049 1.086 0.625 0.776 nan 0.696 0.758 1.207 2.498 2.592 1.038 0.263 0.608 0.685 0.717 nan 2.007 2.183 0.496 0.320 0.420 0.601 1.802 2.335 0.213 0.448 1.464 nan 9399 chr6 3749227 3753330 + 0 NA intron (NM_183373, intron 1 of 4) CpG 968 NM_183373 221749 Hs.484500 NM_183373 ENSG00000168994 PXDC1 C6orf145 PX domain containing 1 protein-coding 3.975 1.991 5.250 3.772 2.756 0.539 1.628 0.702 1.439 2.280 7.057 2.997 0.694 0.050 5.009 3.555 6.742 0.705 3.216 0.600 4.053 1.587 0.529 0.243 3.953 4.165 6.531 2.112 4.615 1.685 3.272 4.654 7.274 2.064 0.642 0.523 0.070 2.617 0.069 1.408 3.022 12.382 5.097 2.417 1.226 1.337 2.252 6.476 3.843 12.037 5.313 0.552 3.555 3.336 7.047 3.953 0.245 5.219 0.736 8.766 0.075 2.871 0.340 0.108 1.814 1.867 0.951 0.676 0.896 2.562 5.017 1.933 1.358 2.748 0.685 3.255 2.987 1.534 2.524 2.536 3.894 1.620 1.481 0.687 1.471 0.879 0.812 0.382 0.818 1.395 0.994 2460 chr12 8079255 8094559 + 0 NA intron (NM_006931, intron 1 of 9) intron (NM_006931, intron 1 of 9) 1985 NM_006931 6515 Hs.419240 NM_006931 ENSG00000059804 SLC2A3 GLUT3 solute carrier family 2 member 3 protein-coding 0.688 nan nan 0.090 0.115 0.113 0.672 0.225 0.360 1.531 0.118 0.363 2.832 0.013 0.040 0.342 0.137 0.094 0.159 0.037 1.306 0.363 0.061 0.065 0.063 0.417 0.222 0.376 0.153 0.096 0.147 0.468 0.714 0.561 0.038 0.985 0.024 1.889 0.147 0.208 0.058 0.340 0.081 0.062 0.050 0.161 2.003 2.382 1.206 1.575 0.232 0.173 0.342 0.178 1.117 0.063 0.040 0.757 1.247 3.208 0.093 0.578 0.432 0.333 0.382 1.652 1.343 0.664 0.783 0.610 0.570 nan 1.106 0.185 0.105 0.880 0.921 0.484 0.569 0.110 0.138 0.934 0.906 0.465 0.755 0.069 0.096 0.512 nan 0.189 0.255 5174 chr18 14457751 14472857 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 33401 NR_024076 440224 Hs.721675 NR_024076 ENSG00000265766 CXADRP3 - CXADR pseudogene 3 pseudo 0.458 0.472 0.555 0.478 0.081 0.068 0.859 0.159 0.182 0.792 0.129 0.196 0.053 0.139 0.030 0.042 0.060 0.064 2.598 1.181 2.981 0.117 0.011 0.054 0.024 0.546 0.365 0.068 0.392 1.216 0.250 0.446 0.931 0.263 1.142 0.100 0.050 0.128 0.101 0.500 0.042 3.608 0.232 0.160 1.545 0.430 0.248 0.558 0.178 0.164 0.626 0.540 0.042 1.461 1.334 0.024 0.250 0.383 0.083 0.104 0.074 1.260 0.026 0.050 1.263 0.061 0.054 0.329 0.238 0.454 0.826 0.248 0.253 0.245 0.108 0.407 0.344 0.128 0.237 0.100 0.114 0.602 0.859 0.163 0.338 0.064 0.137 0.123 0.158 0.235 0.216 4293 chr16 22594965 22626896 + 0 NA Intergenic Intergenic 53911 NR_003676 653786 Hs.564945 NR_003676 ENSG00000257838 LOC653786 - otoancorin pseudogene pseudo 0.939 0.820 nan 2.427 0.174 0.058 1.724 0.224 0.364 0.054 0.229 0.681 0.072 0.154 0.039 0.942 0.082 0.112 0.412 0.231 0.365 0.013 0.098 0.091 0.107 0.786 0.530 0.085 0.415 0.805 0.222 0.608 0.131 0.475 0.325 2.203 0.036 0.078 0.130 0.226 0.033 0.489 3.590 1.859 2.225 0.977 2.352 2.110 0.326 0.079 2.676 1.289 0.942 0.431 0.928 0.107 0.649 0.261 0.130 0.082 0.061 0.632 0.042 0.140 0.627 0.346 0.285 0.263 0.143 0.165 0.267 0.255 0.322 nan 0.146 0.247 0.206 0.138 0.293 0.572 0.683 0.393 0.146 0.131 0.173 0.106 0.346 0.473 1.481 0.619 0.658 11667 chr9 99175403 99184955 + 0 NA exon (NM_153695, exon 1 of 5) exon (NM_153695, exon 1 of 5) 490 NM_153695 195828 Hs.494557 NM_153695 ENSG00000165244 ZNF367 AFF29|CDC14B|ZFF29 zinc finger protein 367 protein-coding 4.107 nan 4.726 3.478 6.834 2.655 3.267 2.592 4.740 1.229 2.558 2.212 1.718 0.710 2.637 3.493 1.680 0.237 3.682 1.191 2.989 1.205 2.241 0.961 4.929 1.986 2.062 2.958 4.587 1.325 1.792 3.803 1.994 9.322 1.946 2.486 1.922 3.336 0.082 1.208 2.733 7.986 4.236 1.663 1.222 2.078 3.321 3.192 3.393 5.592 2.045 1.878 3.493 7.199 3.678 4.929 0.795 2.339 0.916 4.110 2.518 4.042 1.736 1.057 1.514 4.480 4.344 2.802 3.498 4.466 nan 7.591 6.288 3.785 2.138 4.252 3.960 1.978 2.495 5.125 8.549 6.563 7.278 1.652 3.667 5.834 6.746 3.824 3.714 2.564 1.282 5067 chr17 78826629 78836388 + 0 NA intron (NM_020761, intron 12 of 33) CpG -52076 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 0.946 2.210 1.129 1.705 0.972 1.836 5.334 0.372 0.890 0.528 4.212 2.275 0.115 0.915 1.103 2.299 0.802 0.231 1.687 1.087 2.803 0.033 0.334 0.251 0.464 2.407 2.270 0.681 2.177 0.916 0.481 1.799 0.469 4.633 2.598 1.290 0.009 0.121 0.143 1.902 0.138 6.785 1.181 0.473 1.894 1.083 0.464 7.494 0.735 2.495 0.916 2.436 2.299 1.682 1.393 0.464 0.263 1.415 0.161 2.245 6.115 1.415 0.220 0.140 4.415 1.474 1.261 0.583 0.916 0.817 1.711 1.086 1.114 0.849 0.247 0.353 0.456 nan 1.667 2.848 2.839 0.676 0.480 0.542 0.843 0.238 0.472 0.315 0.469 nan 0.838 2976 chr12 116795139 116824870 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 56119 NR_039683 100616309 NR_039683 ENSG00000264037 MIR4472-2 - microRNA 4472-2 ncRNA nan nan 0.634 0.094 0.623 0.084 0.295 0.135 0.416 0.104 0.235 0.735 0.025 0.259 0.465 0.828 0.899 0.265 0.046 0.019 0.047 0.056 0.142 0.097 1.530 0.318 0.209 0.197 0.062 0.134 0.176 0.948 0.236 0.800 0.103 0.264 0.035 0.102 0.115 0.118 0.040 0.669 0.357 0.205 0.201 0.084 0.243 1.209 6.046 0.145 3.228 1.699 0.828 0.110 0.075 1.530 0.189 0.162 0.065 1.297 0.266 0.393 0.070 0.087 0.195 0.277 0.085 0.396 0.438 1.255 1.636 nan nan nan 0.073 0.862 0.855 1.917 2.460 nan nan 0.546 0.323 0.262 0.256 0.226 0.384 0.312 0.603 nan 0.462 3574 chr14 57168918 57178373 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 98736 NR_073036 5015 Hs.288655 NM_021728 ENSG00000165588 OTX2 CPHD6|MCOPS5 orthodenticle homeobox 2 protein-coding nan nan 2.022 0.046 0.139 0.049 0.037 0.357 0.645 0.010 0.066 0.107 0.020 0.073 0.178 0.407 0.109 0.038 0.064 0.116 0.099 0.490 0.014 0.030 0.024 0.093 0.022 0.053 0.147 0.118 0.385 0.046 0.102 0.081 0.057 0.141 0.211 0.155 0.022 0.017 0.011 0.074 0.173 0.180 0.052 0.030 0.042 0.077 0.407 0.075 0.039 0.490 0.026 0.044 0.051 0.117 0.032 0.073 0.120 0.872 0.031 0.012 0.011 0.236 0.261 14.753 4.594 0.425 0.551 0.836 0.325 0.681 0.918 0.174 0.240 0.369 0.418 0.972 0.461 0.251 0.525 0.173 0.301 1.651 3.645 nan 0.636 3824 chr14 103710979 103728638 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -63813 NR_135269 105378183 Hs.132624 NR_135269 LOC105378183 - uncharacterized LOC105378183 ncRNA 1.004 0.909 1.016 0.325 0.199 0.082 0.367 0.188 0.232 0.449 0.328 0.272 0.618 0.220 0.287 0.434 1.531 0.220 0.238 0.118 0.663 0.087 0.266 0.153 0.316 0.498 0.220 0.185 0.215 0.595 0.324 1.320 0.462 1.143 0.357 0.474 0.032 0.276 0.139 0.193 0.058 0.510 0.605 0.292 0.927 0.402 4.421 0.458 1.989 0.658 0.470 2.007 0.434 0.113 0.343 0.316 0.262 0.652 0.032 0.257 0.092 0.724 0.425 0.056 0.267 0.103 0.063 0.515 0.514 1.340 1.667 1.278 1.276 0.271 0.127 0.322 0.337 0.168 0.365 0.652 1.073 0.814 0.442 0.744 0.984 0.123 0.220 0.256 0.402 0.491 0.599 10526 chr7 96280365 96307392 + 0 NA promoter-TSS (NR_038948) promoter-TSS (NR_038948) -228 NR_038948 7979 Hs.489201 NM_006304 ENSG00000127922 SEM1 C7orf76|DSS1|ECD|SHFD1|SHFM1|SHSF1|Shfdg1 SEM1, 26S proteasome complex subunit protein-coding nan 1.060 nan 0.073 1.059 0.062 0.095 0.629 1.153 0.018 0.162 0.114 0.020 0.070 0.099 0.303 0.181 0.071 0.086 0.007 0.024 0.047 1.114 0.715 0.625 0.010 0.021 0.019 0.117 0.016 0.053 0.115 0.156 0.536 0.055 0.077 1.752 0.092 0.163 0.018 0.556 0.157 0.018 0.022 0.024 0.052 0.146 0.122 0.051 0.077 0.044 0.064 0.303 0.071 0.072 0.625 0.095 0.095 0.410 0.042 0.097 0.055 0.073 1.133 0.037 0.026 0.026 0.406 0.302 0.279 0.571 0.570 0.705 3.719 1.474 0.281 0.253 1.041 1.250 0.633 0.670 0.976 0.891 0.170 0.289 4.695 8.407 0.962 nan 1.474 0.849 3238 chr13 86235353 86251313 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 130150 NM_032229 84189 Hs.525105 NM_032229 ENSG00000184564 SLITRK6 DFNMYP SLIT and NTRK like family member 6 protein-coding nan nan 0.589 0.049 0.239 0.014 0.106 0.176 0.273 0.109 0.164 0.190 0.012 0.056 0.040 0.448 0.141 0.060 0.112 0.071 0.052 0.490 0.713 0.068 0.043 0.018 0.005 0.026 0.006 0.223 0.678 0.126 0.278 0.165 0.317 0.083 0.027 0.076 0.043 0.693 0.135 0.011 0.027 0.010 0.113 0.109 0.026 0.027 0.024 0.100 0.448 0.031 0.012 0.068 0.091 0.057 0.037 0.039 0.152 0.074 0.068 0.046 0.062 0.004 0.003 0.513 0.386 0.276 0.278 0.335 0.388 8.001 3.424 0.158 0.159 0.109 0.108 2.082 1.536 0.423 0.165 0.208 0.361 0.757 0.500 0.362 0.813 0.127 0.126 3421 chr14 27050707 27076466 + 0 NA intron (NM_002515, intron 2 of 4) intron (NM_002515, intron 2 of 4) 3374 NM_006491 4857 Hs.31588 NM_002515 ENSG00000139910 NOVA1 Nova-1 NOVA alternative splicing regulator 1 protein-coding nan 0.869 1.028 0.036 3.024 4.824 0.025 0.316 0.617 0.400 0.400 0.007 0.510 1.171 0.527 0.672 0.156 0.258 0.060 0.059 0.469 0.473 0.296 0.799 0.321 0.311 0.085 0.176 0.037 0.815 1.142 0.483 7.057 0.184 0.370 0.076 0.535 0.141 0.269 0.587 0.218 0.009 0.055 0.045 0.187 0.185 0.626 0.260 0.487 0.319 0.527 0.172 0.036 0.799 0.123 0.055 0.219 0.555 1.332 0.129 0.357 0.228 0.284 0.011 0.006 0.583 0.695 0.173 0.185 2.142 1.881 2.941 0.908 1.018 1.024 3.335 4.218 1.978 nan 4.130 4.124 0.531 1.010 0.263 0.256 0.443 0.879 0.937 0.630 5531 chr19 11028093 11080387 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -14552 NM_024029 78992 Hs.164026 NM_024029 ENSG00000130733 YIPF2 FinGER2 Yip1 domain family member 2 protein-coding 1.777 1.561 2.039 0.682 1.069 1.051 1.008 0.561 0.981 0.490 0.558 0.388 0.774 0.454 0.757 0.861 0.523 0.224 1.303 0.548 0.219 0.384 0.587 0.362 1.485 0.904 0.870 0.901 1.106 0.402 1.413 nan 1.539 2.154 0.381 0.417 0.290 0.718 0.096 0.235 0.434 0.671 0.654 0.374 0.597 0.907 1.456 0.616 0.728 1.197 0.727 0.974 0.861 1.490 0.327 1.485 0.332 0.808 0.356 1.007 0.645 1.578 0.465 0.323 0.370 0.188 0.135 1.267 1.304 1.386 1.991 2.055 2.111 3.126 1.348 2.570 2.772 0.992 1.466 3.580 4.220 2.051 1.647 0.732 1.176 1.141 1.342 1.016 1.511 1.540 0.930 2274 chr11 113944641 113971343 + 0 NA intron (NM_001018011, intron 2 of 6) intron (NM_001018011, intron 2 of 6) 24059 NM_001354752 7704 Hs.591945 NM_006006 ENSG00000109906 ZBTB16 PLZF|ZNF145 zinc finger and BTB domain containing 16 protein-coding 0.565 0.856 0.483 0.027 3.045 0.089 0.053 0.234 0.464 0.011 0.052 0.034 0.021 0.514 0.097 0.782 0.041 0.036 0.040 0.033 0.005 0.302 0.155 0.701 0.039 0.024 0.061 0.056 0.012 0.066 0.227 0.058 0.663 0.005 0.040 0.125 0.053 0.101 0.035 0.065 0.169 0.045 0.032 0.012 0.035 0.058 0.183 0.061 0.030 0.021 0.061 0.782 0.051 0.042 0.701 0.014 0.070 0.066 0.079 0.228 0.027 0.162 0.157 0.014 0.019 0.013 0.677 nan 0.112 0.162 0.880 0.813 0.663 0.180 0.112 0.114 0.286 nan 2.492 2.404 0.377 0.214 0.606 0.735 0.417 0.421 0.227 0.508 1.741 1.013 8173 chr3 194228631 194235939 + 0 NA Intergenic Intergenic 24416 NR_033929 401106 Hs.407087 NR_033929 LINC00884 - long intergenic non-protein coding RNA 884 ncRNA nan 2.203 0.590 0.233 2.550 0.682 0.299 0.352 0.619 0.103 0.065 0.227 0.620 0.215 0.884 0.180 0.432 0.308 0.100 0.077 0.068 0.094 1.139 0.816 1.927 0.336 0.118 0.114 0.083 0.015 0.145 nan 0.458 nan 0.079 0.060 0.285 0.045 0.060 0.868 0.121 0.082 0.043 0.075 0.063 1.373 0.054 0.156 0.346 0.011 0.276 0.180 0.272 0.164 1.927 0.034 0.069 0.160 0.136 0.069 0.170 0.430 0.136 0.062 0.008 0.014 0.333 0.352 0.466 0.502 0.735 0.808 9.391 3.791 0.548 0.491 0.472 0.902 8.313 11.071 0.723 0.376 0.326 0.692 1.122 0.739 0.428 0.676 2.408 1.421 5938 chr2 17969571 17982722 + 0 NA Intergenic Intergenic -21631 NM_001105569 343930 NM_001105569 ENSG00000151379 MSGN1 MSOG|pMsgn1 mesogenin 1 protein-coding 1.150 0.620 0.781 0.060 0.087 0.669 0.134 0.136 0.222 0.015 0.041 0.057 0.005 0.024 0.162 0.437 0.103 0.098 0.048 0.028 0.010 0.430 0.174 0.105 0.021 0.017 0.029 0.107 0.008 0.079 0.190 0.054 0.480 0.044 0.058 0.028 0.069 0.120 0.009 0.267 0.147 0.041 0.029 0.059 0.064 0.087 0.122 0.176 0.054 0.024 0.050 0.437 0.084 0.035 0.105 0.009 0.071 0.346 0.067 0.031 0.055 0.231 0.297 0.056 0.033 0.022 0.397 0.388 0.227 0.490 0.512 0.468 0.710 0.217 0.265 0.332 0.389 0.726 0.499 nan 1.021 0.709 0.228 0.521 0.051 0.100 0.382 nan 3.152 1.817 2002 chr11 64831883 64836769 + 0 NA Intergenic Intergenic -8317 NM_005468 10004 Hs.13967 NM_005468 ENSG00000168060 NAALADL1 I100|NAALADASEL N-acetylated alpha-linked acidic dipeptidase like 1 protein-coding nan 0.565 0.895 0.122 2.678 4.362 0.221 2.395 4.233 0.028 0.237 0.118 0.122 1.644 0.609 0.136 0.163 0.235 0.095 0.218 2.401 0.901 5.842 0.245 0.057 0.138 0.054 0.064 0.136 0.428 0.309 0.950 0.067 0.124 0.352 0.111 0.099 0.025 5.980 0.672 0.121 0.032 0.089 0.032 0.197 0.218 0.424 0.151 0.019 0.122 0.609 0.116 0.019 5.842 0.127 0.017 1.474 0.254 0.069 0.091 0.242 0.176 0.062 0.012 0.021 6.212 8.324 0.318 0.473 13.333 13.768 6.307 1.804 0.676 0.780 0.282 0.640 4.213 5.302 0.396 0.339 0.935 0.923 1.128 0.914 0.496 1.124 0.792 0.810 4591 chr17 9157796 9164999 + 0 NA intron (NM_004853, intron 7 of 7) intron (NM_004853, intron 7 of 7) -78962 NR_110828 101928266 Hs.639880 NR_110828 ENSG00000262966 LOC101928266 - uncharacterized LOC101928266 ncRNA 1.006 0.706 1.447 0.070 0.073 0.218 0.582 0.556 1.034 0.013 0.065 0.141 0.009 0.042 0.073 0.460 0.053 0.085 0.307 0.132 0.070 0.039 0.303 0.130 0.266 0.231 0.150 0.062 0.753 0.248 0.547 2.381 1.073 2.281 0.447 0.104 0.013 0.224 0.154 0.294 0.033 0.153 0.033 0.010 0.328 0.651 0.113 0.159 0.392 0.075 0.044 0.102 0.460 0.187 5.851 0.266 0.085 0.080 0.013 0.178 0.759 0.954 1.903 0.101 0.021 0.016 0.028 2.358 2.945 0.300 0.447 0.553 0.443 2.143 0.382 0.207 0.219 0.272 0.398 0.226 0.384 0.250 0.128 1.659 2.702 0.326 0.147 0.163 0.255 0.860 0.354 5508 chr19 5621622 5628777 + 0 NA intron (NM_002967, intron 1 of 20) intron (NM_002967, intron 1 of 20) 2153 NM_001201338 6294 Hs.728802 NM_002967 ENSG00000160633 SAFB HAP|HET|SAB-B1|SAF-B|SAF-B1|SAFB1 scaffold attachment factor B protein-coding 3.388 2.213 3.233 2.091 3.326 2.905 2.153 2.520 4.181 0.850 2.026 1.854 0.840 1.403 2.264 2.970 1.698 0.113 2.694 0.560 1.979 2.012 1.490 0.871 4.540 1.943 2.062 2.370 2.766 1.069 3.986 4.532 2.412 6.896 0.675 2.171 0.825 2.663 0.130 0.840 1.884 3.324 2.881 1.453 2.712 0.861 1.958 2.344 2.641 2.576 2.468 1.656 2.970 2.950 2.296 4.540 1.917 1.723 1.379 4.074 1.979 2.678 0.946 1.325 1.401 1.972 1.393 3.312 3.380 4.527 6.352 5.537 5.889 3.409 1.614 9.067 9.152 3.982 4.875 5.730 nan 9.686 8.283 1.863 4.048 2.954 4.637 4.101 4.525 2.988 1.666 5873 chr2 6580688 6591037 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -70308 NR_110251 101929390 Hs.434407 NR_110251 ENSG00000227007 LINC01247 - long intergenic non-protein coding RNA 1247 ncRNA 0.994 0.645 1.143 0.070 0.076 0.065 0.089 0.170 0.467 0.076 0.035 0.012 0.029 0.190 0.293 0.043 0.032 0.041 0.018 0.012 0.027 0.166 0.142 0.242 0.035 0.022 0.046 0.010 0.123 0.384 0.047 0.421 0.100 0.088 0.046 0.032 0.160 3.129 0.142 0.023 0.007 0.042 0.030 0.056 0.111 0.014 0.076 0.054 0.293 0.040 0.009 0.242 0.059 1.070 0.034 0.035 0.046 0.029 1.156 0.007 0.022 0.010 0.350 0.602 0.273 0.455 0.587 0.696 0.238 0.090 0.063 0.069 6.500 6.973 0.309 0.321 1.487 1.425 0.076 0.158 0.287 0.121 1.724 4.378 0.211 0.332 1068 chr1 206640713 206647373 + 0 NA intron (NM_014002, intron 1 of 21) intron (NM_014002, intron 1 of 21) 457 NM_001193322 9641 Hs.321045 NM_014002 ENSG00000263528 IKBKE IKK-E|IKK-i|IKKE|IKKI inhibitor of nuclear factor kappa B kinase subunit epsilon protein-coding 1.117 1.773 1.022 1.295 0.313 0.543 2.457 0.289 0.686 0.299 4.865 1.578 1.087 0.045 1.514 0.503 1.166 0.193 2.778 1.544 0.207 0.083 0.261 0.210 0.666 1.591 1.097 0.808 0.970 2.281 0.591 2.000 0.551 1.452 1.108 1.101 0.100 0.681 0.108 0.780 0.134 5.519 3.683 1.454 5.955 1.042 1.113 2.867 2.147 0.447 0.332 1.192 0.503 1.294 0.776 0.666 1.139 0.704 0.147 0.175 0.803 0.618 0.299 0.168 2.110 0.147 0.039 0.799 1.299 1.297 3.270 1.067 1.305 1.622 0.631 nan nan 0.580 1.090 2.055 2.191 0.373 0.341 0.512 0.875 0.301 0.303 0.387 0.697 1.018 0.854 2088 chr11 72744242 72762368 + 0 NA intron (NM_014824, intron 3 of 19) L1MA4A|LINE|L1 99838 NM_014824 9873 Hs.744959 NM_014824 ENSG00000137478 FCHSD2 NWK|SH3MD3 FCH and double SH3 domains 2 protein-coding nan 0.810 0.669 0.114 0.160 0.044 0.051 0.124 0.248 0.011 0.111 0.103 0.017 0.060 0.064 0.137 0.121 0.088 0.070 0.042 0.014 0.204 0.189 0.106 0.031 0.009 0.053 0.075 0.035 0.091 nan 0.117 0.319 0.032 0.048 0.125 0.067 0.166 0.013 0.126 0.146 0.023 0.023 0.087 0.026 0.165 0.150 0.053 0.031 0.104 0.170 0.137 0.087 0.112 0.106 0.101 0.135 0.016 0.054 0.051 0.030 0.098 0.150 0.021 0.016 0.005 2.556 1.971 3.078 1.247 0.336 0.519 0.277 0.168 10.416 11.014 0.450 0.688 0.383 0.402 0.492 0.241 0.297 0.583 0.350 0.525 0.380 0.932 0.479 0.487 8344 chr4 41405476 41464076 + 0 NA intron (NM_001112717, intron 1 of 25) intron (NM_001112717, intron 1 of 25) 72128 NM_001289122 22998 Hs.335163 NM_014988 ENSG00000064042 LIMCH1 LIMCH1A|LMO7B LIM and calponin homology domains 1 protein-coding 0.758 nan nan 0.491 1.324 0.187 0.473 0.219 0.498 0.101 2.002 0.791 0.142 0.730 0.208 0.052 0.707 0.110 0.168 0.097 0.017 0.005 0.304 0.278 0.327 0.305 0.103 0.907 0.097 0.045 0.280 1.144 0.191 0.438 0.135 1.967 0.015 0.047 0.079 0.046 0.102 0.132 0.144 0.100 0.089 0.046 0.347 0.414 0.831 0.036 0.583 0.350 0.052 0.161 0.107 0.327 0.649 0.238 0.027 0.031 0.286 0.051 0.044 0.357 0.189 0.018 0.006 0.680 0.651 3.087 2.334 0.316 0.348 0.131 0.078 0.153 0.151 1.148 1.545 1.402 1.734 1.518 1.261 0.175 0.294 0.045 0.046 0.419 1.006 2.804 1.486 9617 chr6 37273001 37295034 + 0 NA intron (NR_130108, intron 10 of 12) L3|LINE|CR1 -37731 NR_046399 9025 Hs.485278 NM_003958 ENSG00000112130 RNF8 hRNF8 ring finger protein 8 protein-coding nan 1.260 nan 0.204 0.334 0.617 0.713 0.218 0.434 0.224 0.223 0.176 0.236 0.119 0.286 0.679 0.263 0.095 0.295 0.146 0.062 0.114 0.428 0.243 1.489 0.192 0.124 0.036 0.288 0.138 0.120 0.204 0.549 0.954 0.146 0.088 0.191 0.074 0.111 0.096 0.179 0.198 0.129 0.057 0.060 0.080 0.231 0.402 0.096 0.196 0.053 0.079 0.679 0.255 0.340 1.489 0.050 0.034 0.408 0.106 0.237 0.139 0.032 0.395 0.063 0.034 0.023 0.479 0.605 0.377 nan nan 1.178 1.059 0.440 0.441 0.580 3.440 3.784 1.542 2.454 0.937 0.910 0.261 0.373 0.647 0.675 0.614 1.587 1.121 0.678 486 chr1 85688324 85698468 + 0 NA Intergenic L1ME3C|LINE|L1 -26668 NM_032184 84144 Hs.533853 NM_032184 ENSG00000097096 SYDE2 - synapse defective Rho GTPase homolog 2 protein-coding 1.164 nan nan 0.661 4.109 2.520 0.190 0.270 0.480 0.385 0.077 0.102 2.621 0.197 0.772 0.087 0.163 0.064 0.289 0.056 0.013 0.014 0.143 0.132 3.129 0.074 0.028 0.181 0.154 0.104 0.865 1.436 2.408 4.007 0.404 0.042 0.009 2.086 0.141 0.223 0.090 0.024 0.054 0.447 2.184 0.137 0.104 0.076 0.023 1.894 0.087 0.224 0.076 3.129 0.228 1.072 0.028 0.057 0.313 0.031 0.908 0.181 0.023 0.010 0.336 0.447 0.434 1.463 1.979 1.863 3.638 1.428 1.023 1.002 0.419 0.710 8.745 11.739 0.446 0.188 1.355 1.807 0.281 0.228 0.472 0.979 0.990 0.628 2134 chr11 79560686 79584754 + 0 NA Intergenic Intergenic -421025 NM_001098816 26011 Hs.213087 NM_001098816 ENSG00000149256 TENM4 Doc4|ETM5|ODZ4|TNM4|Ten-M4|ten-4 teneurin transmembrane protein 4 protein-coding nan 1.155 0.471 0.066 0.090 0.030 0.065 0.093 0.226 0.008 0.057 0.046 0.082 0.034 1.026 0.134 0.022 0.034 0.074 0.023 0.011 0.011 0.143 0.136 0.889 0.009 0.018 0.009 0.037 0.025 0.104 nan 0.223 0.414 0.182 0.053 0.064 0.049 0.116 0.015 0.092 0.153 0.027 0.010 0.118 0.058 0.060 0.137 0.098 0.021 0.033 0.052 0.134 0.036 0.027 0.889 0.051 0.124 0.040 0.034 0.060 0.026 1.025 0.056 0.016 0.031 0.013 0.547 0.381 0.186 0.354 0.446 0.499 0.115 0.078 9.890 9.749 0.166 0.374 0.427 0.468 0.305 0.178 0.861 1.409 0.289 0.208 0.090 0.173 0.423 0.499 4213 chr16 4984621 5008182 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -9265 NM_002705 5493 Hs.192233 NM_002705 ENSG00000118898 PPL - periplakin protein-coding 1.784 nan 1.054 2.626 1.830 0.982 3.002 0.369 0.906 1.522 1.192 0.850 0.574 1.118 0.226 1.974 1.051 0.224 1.854 0.900 1.190 0.029 0.759 0.380 1.726 1.374 1.189 0.162 2.500 1.152 4.566 5.729 2.173 3.636 1.317 0.948 0.464 0.226 0.089 0.765 0.037 1.832 1.712 0.692 2.215 1.813 1.679 1.387 1.403 1.993 0.503 3.858 1.974 3.823 4.514 1.726 0.727 1.266 0.590 0.581 0.599 1.417 0.097 0.115 0.849 0.736 0.502 0.299 0.483 0.284 0.608 0.874 0.824 nan 1.200 0.515 0.561 1.765 nan 1.636 2.780 1.176 1.144 0.333 0.334 1.597 1.595 0.438 0.815 0.940 0.653 9440 chr6 12572615 12579552 + 0 NA Intergenic Intergenic 9553 NR_149140 101928309 Hs.639414 NR_149140 ENSG00000234015 LINC02530 - long intergenic non-protein coding RNA 2530 ncRNA 0.696 nan 0.594 0.872 0.102 0.954 0.094 0.217 0.355 0.512 1.298 0.123 0.059 0.101 0.149 1.089 0.186 0.822 0.385 1.239 0.091 0.108 0.104 2.370 1.059 0.362 0.806 0.093 0.209 0.276 0.029 0.863 1.547 0.014 0.451 0.104 0.273 0.093 2.685 4.409 2.089 1.210 0.341 0.346 0.489 0.810 0.163 0.091 0.245 0.149 0.341 1.007 0.104 0.307 0.156 0.014 0.502 1.238 0.086 0.053 0.844 0.282 0.155 0.415 0.364 1.243 3.648 0.213 0.478 0.097 0.102 0.160 0.314 0.218 0.647 0.150 0.063 0.368 0.242 0.251 0.208 0.092 0.117 0.153 0.214 0.340 0.315 3239 chr13 86279685 86302422 + 0 NA Intergenic Intergenic 82430 NM_032229 84189 Hs.525105 NM_032229 ENSG00000184564 SLITRK6 DFNMYP SLIT and NTRK like family member 6 protein-coding nan nan 0.615 0.028 0.316 0.012 0.121 0.106 0.258 0.051 0.086 0.033 0.014 0.145 0.027 0.261 0.136 0.078 0.070 0.033 0.044 0.018 0.959 0.684 0.096 0.103 0.035 0.010 0.075 0.019 3.167 3.917 0.522 0.425 0.468 0.022 0.079 0.010 0.097 0.109 0.144 0.101 0.016 0.007 0.054 0.030 0.093 0.049 0.064 0.022 0.083 0.138 0.261 0.038 0.008 0.096 0.027 0.150 0.033 1.036 0.197 0.082 0.038 0.037 0.015 0.509 0.334 0.180 0.268 0.541 0.455 5.862 3.782 0.108 0.154 0.065 0.074 1.375 1.344 0.357 0.145 0.187 0.309 0.593 0.442 0.307 0.491 0.125 0.067 10380 chr7 56145083 56152195 + 0 NA TTS (NM_001130069) TTS (NM_001130069) 12050 NM_001258459 5260 Hs.730821 NM_006213 ENSG00000164776 PHKG1 PHKG phosphorylase kinase catalytic subunit gamma 1 protein-coding nan 2.501 1.873 0.231 2.902 1.486 0.236 0.835 1.442 0.040 0.221 0.168 0.546 0.644 0.391 0.236 0.394 0.247 0.196 0.057 0.090 0.117 1.281 1.073 3.704 0.196 0.113 0.135 0.180 0.015 0.335 0.956 1.749 4.694 0.016 0.090 0.228 0.108 0.137 0.308 0.091 0.034 0.016 0.128 0.621 0.149 0.217 0.135 0.165 0.196 0.236 0.169 0.074 3.704 0.103 0.036 0.361 0.152 7.690 0.401 0.042 0.156 0.064 0.049 0.028 0.552 0.679 0.557 1.017 4.723 4.256 0.882 0.461 0.657 0.567 0.554 0.895 4.004 3.376 0.229 0.216 0.239 0.233 0.589 0.431 0.387 0.758 1.128 0.620 5309 chr18 45522985 45536715 + 0 NA Intergenic Intergenic -72333 NM_001135937 4087 Hs.12253 NM_005901 ENSG00000175387 SMAD2 JV18|JV18-1|MADH2|MADR2|hMAD-2|hSMAD2 SMAD family member 2 protein-coding nan 1.214 1.127 0.220 0.357 0.455 0.108 0.246 0.469 1.003 2.169 0.210 0.009 0.176 0.343 1.607 0.181 0.082 0.062 0.014 7.667 0.066 0.148 0.114 0.734 0.277 0.179 0.299 0.104 0.065 0.141 0.427 0.221 1.706 0.032 6.117 0.178 0.261 0.072 0.138 0.058 5.293 0.854 0.386 0.120 0.072 0.499 0.690 3.462 0.326 1.457 4.101 1.607 0.042 0.088 0.734 2.581 1.664 0.134 2.590 1.402 1.191 0.043 0.292 0.205 1.523 1.245 0.469 0.508 0.399 0.979 1.251 1.258 3.157 0.934 0.390 0.450 0.594 0.873 0.546 0.925 0.523 0.312 0.288 0.283 1.063 1.587 0.469 nan 1.642 1.299 10611 chr7 114888611 114896374 + 0 NA Intergenic MER70C|LTR|ERVL -21083 NR_126407 104355291 NR_126407 ENSG00000233607 LINC01392 - long intergenic non-protein coding RNA 1392 ncRNA nan 0.783 1.197 0.073 0.159 0.027 0.073 0.144 0.233 0.049 0.112 0.132 0.016 0.091 0.081 0.171 0.114 0.103 0.109 0.025 0.018 0.180 0.146 0.267 0.019 0.158 0.068 0.130 0.443 0.382 0.301 0.170 0.104 2.038 0.042 0.171 0.042 0.071 0.012 0.015 0.056 0.068 0.095 0.064 0.063 0.101 0.040 0.059 0.171 0.120 0.120 0.267 0.079 0.130 0.125 0.023 0.092 0.041 0.042 0.112 0.020 0.006 0.303 0.300 0.214 0.621 0.234 0.252 0.117 0.086 0.236 0.212 0.487 0.596 0.339 0.377 0.539 0.317 0.225 0.238 8.766 11.812 0.360 0.846 0.634 0.641 2045 chr11 67571796 67596960 + 0 NA Intergenic Intergenic -11571 NR_024249 645332 Hs.535094 NR_024249 ENSG00000160172 FAM86C2P - family with sequence similarity 86, member A pseudogene pseudo nan 1.111 0.663 0.324 0.675 4.475 0.481 0.249 0.500 0.114 0.396 0.857 0.096 0.159 1.113 1.133 0.146 0.128 0.573 0.190 0.253 0.358 0.223 0.179 1.034 0.233 0.275 0.271 0.357 0.099 0.707 1.528 0.614 1.989 0.309 0.264 0.057 0.396 0.144 0.244 0.181 0.845 0.437 0.214 0.249 0.186 0.451 0.402 0.582 0.410 0.474 0.448 1.133 0.792 0.688 1.034 0.310 0.319 0.240 1.809 0.802 0.458 0.268 0.402 0.236 0.211 0.098 0.801 0.961 0.444 0.761 1.462 1.295 0.358 0.156 1.009 1.108 0.532 0.803 2.217 2.905 0.968 0.731 0.522 0.678 0.269 0.391 1.187 2.127 0.786 0.550 686 chr1 150204591 150210744 + 0 NA promoter-TSS (NM_001136479) promoter-TSS (NM_001136479) -641 NM_001136479 81611 Hs.656466 NM_030920 ENSG00000143401 ANP32E LANP-L|LANPL acidic nuclear phosphoprotein 32 family member E protein-coding 6.256 nan 4.325 4.827 3.086 3.859 4.259 1.532 2.858 1.792 4.016 3.343 1.300 1.649 9.237 4.083 3.744 0.497 4.902 2.327 3.188 2.754 2.558 1.844 4.259 4.372 4.914 2.143 3.503 2.214 3.363 9.992 2.890 20.884 2.948 7.129 0.757 4.371 0.225 4.688 3.310 5.204 4.616 1.825 3.952 0.733 3.699 3.995 6.132 4.196 13.145 12.622 4.083 4.742 4.629 4.259 1.908 2.612 1.280 7.114 4.678 5.004 4.798 2.925 2.851 1.853 1.051 5.327 6.620 7.343 10.962 11.637 nan 7.832 2.688 11.788 12.583 6.020 7.372 4.440 5.759 6.047 7.491 4.872 10.845 4.324 4.319 9.064 8.096 3.019 1.460 3149 chr13 47116373 47162762 + 0 NA intron (NM_015116, intron 1 of 18) MIRc|SINE|MIR 12271 NM_015116 23143 Hs.507971 NM_015116 ENSG00000136141 LRCH1 CHDC1|NP81 leucine rich repeats and calponin homology domain containing 1 protein-coding 1.720 1.377 1.554 0.326 0.233 0.261 0.144 0.145 0.341 0.074 0.448 0.278 0.113 0.222 0.365 0.027 0.797 0.163 0.370 0.127 0.122 0.079 0.325 0.217 0.072 0.068 0.055 0.145 0.123 0.134 0.529 0.980 0.191 1.037 0.196 0.161 0.134 0.255 0.078 0.140 0.131 0.344 0.450 0.275 0.222 0.145 0.297 0.332 0.332 0.304 0.217 0.253 0.027 0.359 0.197 0.072 0.176 0.209 0.138 0.479 0.166 0.119 0.639 1.760 0.238 0.289 0.188 1.173 1.223 0.745 0.737 0.717 0.687 0.860 0.313 0.349 0.350 1.281 1.814 0.252 0.382 2.091 2.284 0.700 1.602 0.433 0.398 2.790 5.874 0.743 0.482 5310 chr18 45642537 45670478 + 0 NA intron (NM_001318841, intron 3 of 4) intron (NM_001318841, intron 3 of 4) 7173 NM_001039360 201501 Hs.515388 NM_001039360 ENSG00000184828 ZBTB7C APM-1|APM1|ZBTB36|ZNF857C zinc finger and BTB domain containing 7C protein-coding nan 2.599 1.056 0.051 1.507 3.794 0.033 0.515 1.116 0.007 0.334 0.036 0.498 0.941 3.137 1.035 0.045 0.080 0.011 0.036 0.010 0.124 0.091 3.968 0.173 0.114 0.044 0.051 0.011 0.690 1.935 0.478 3.802 0.005 0.050 0.338 0.031 0.070 0.021 0.082 0.099 0.181 0.078 0.031 0.028 0.138 0.100 0.189 0.038 0.056 1.688 1.035 0.028 0.007 3.968 0.053 0.420 0.132 0.148 0.247 0.162 0.039 0.482 0.209 0.012 0.004 0.386 0.396 2.029 1.940 2.659 2.920 2.281 0.702 0.198 0.258 0.276 0.505 1.875 1.966 1.253 1.514 0.263 0.295 1.459 1.442 0.417 nan 2.759 1.663 8735 chr5 6448401 6554664 + 0 NA Intergenic (TGGA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 52796 NM_001145161 134111 Hs.126856 NM_001145161 ENSG00000215218 UBE2QL1 - ubiquitin conjugating enzyme E2 Q family like 1 protein-coding 0.526 0.918 1.741 0.062 1.886 0.231 0.088 0.193 0.350 0.014 0.130 0.083 0.007 0.169 1.552 0.173 0.188 0.190 0.153 0.023 0.035 0.033 1.486 0.672 3.748 0.021 0.024 0.023 0.097 0.019 0.116 0.118 0.139 2.091 0.033 0.068 0.057 0.058 0.099 0.013 0.390 0.161 0.057 0.050 0.015 0.076 0.154 0.100 0.066 0.035 0.029 0.047 0.173 0.145 0.016 3.748 0.029 0.074 0.056 0.219 2.020 0.061 0.347 0.049 0.027 0.025 0.013 0.716 0.744 0.873 nan 4.004 4.066 2.686 0.871 0.854 0.904 0.208 0.377 nan 0.684 nan 0.880 0.538 1.138 0.457 0.535 0.294 0.622 3.607 nan 8493 chr4 103745601 103751210 + 0 NA promoter-TSS (NR_131186) promoter-TSS (NR_131186) -65 NM_181892 7323 Hs.518773 NM_003340 ENSG00000109332 UBE2D3 E2(17)KB3|UBC4/5|UBCH5C ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 protein-coding 5.846 nan nan 6.754 8.123 2.994 5.047 4.324 7.243 2.817 6.632 3.403 3.818 2.611 7.636 4.899 4.574 0.203 5.448 1.826 4.893 3.776 2.431 1.026 5.624 3.444 4.698 3.227 7.687 3.562 7.102 8.636 6.580 11.399 3.649 4.735 0.958 6.128 0.151 2.986 4.842 8.998 6.119 2.144 4.441 3.952 4.209 8.069 4.049 4.742 2.662 3.654 4.899 8.137 4.609 5.624 2.885 3.272 0.845 5.920 2.137 3.352 2.276 2.500 3.695 2.721 1.747 6.354 7.176 11.658 nan 9.422 8.458 4.703 2.412 17.749 17.804 3.974 nan 7.332 11.385 10.016 10.207 4.295 8.389 5.592 5.890 9.147 8.156 2.592 1.617 943 chr1 183964108 183979315 + 0 NA intron (NM_001303421, intron 1 of 11) intron (NM_001303421, intron 1 of 11) 35193 NM_001303420 23127 Hs.387995 NM_015101 ENSG00000198756 COLGALT2 C1orf17|ColGalT 2|GLT25D2 collagen beta(1-O)galactosyltransferase 2 protein-coding nan nan 2.287 0.452 0.115 0.042 0.145 0.105 0.234 0.107 0.135 0.334 0.171 0.007 0.177 0.228 0.302 0.083 0.193 0.125 0.025 0.018 0.119 0.186 0.032 0.351 0.086 0.068 0.111 0.180 0.127 0.478 0.250 0.312 0.173 0.163 0.056 0.186 0.121 0.225 0.063 0.085 0.139 0.124 0.101 0.026 0.173 0.418 0.059 0.212 0.124 0.076 0.228 0.146 0.171 0.032 0.177 0.027 0.051 0.027 0.060 0.114 0.065 0.311 0.074 0.428 0.597 0.629 0.523 0.528 0.778 0.353 nan 0.173 0.063 nan 0.343 4.602 5.158 0.409 0.373 0.407 0.221 0.384 0.552 0.214 0.251 0.584 nan 0.511 0.530 1887 chr11 34065389 34079152 + 0 NA promoter-TSS (NM_005898) promoter-TSS (NM_005898) -960 NM_005898 4076 Hs.471818 NM_005898 ENSG00000135387 CAPRIN1 GPIAP1|GPIP137|GRIP137|M11S1|RNG105|p137GPI cell cycle associated protein 1 protein-coding 2.636 3.009 nan 2.546 3.911 3.150 3.266 1.720 2.991 1.407 2.204 2.110 1.086 1.667 4.636 3.052 1.396 0.243 2.488 0.938 1.793 2.064 1.629 0.834 3.841 2.021 2.495 1.656 2.087 1.251 3.334 4.339 3.318 5.783 0.840 2.638 1.016 2.774 0.140 1.140 1.452 4.519 3.594 1.437 1.420 1.258 4.349 6.463 2.928 2.271 1.616 1.530 3.052 2.499 3.156 3.841 1.069 1.616 1.989 2.365 1.408 2.651 2.981 1.132 2.286 1.384 1.161 6.622 6.846 4.764 5.487 7.187 7.074 5.222 2.391 9.370 9.604 2.970 3.938 3.535 5.582 4.912 5.651 4.644 7.287 4.139 4.115 3.826 nan 2.183 1.351 4258 chr16 15763139 15772029 + 0 NA intron (NM_017668, intron 3 of 8) AluJr|SINE|Alu 23501 NM_017668 54820 Hs.655378 NM_017668 ENSG00000072864 NDE1 HOM-TES-87|LIS4|MHAC|NDE|NUDE|NUDE1 nudE neurodevelopment protein 1 protein-coding 0.805 0.595 nan 0.161 3.558 0.170 1.457 2.861 5.374 0.039 0.985 0.889 0.020 0.452 0.389 0.475 1.285 0.250 0.464 0.235 0.745 0.046 0.829 0.411 3.353 1.352 0.871 0.179 0.678 0.059 1.799 4.868 1.207 3.347 0.295 1.458 0.513 0.134 0.080 0.199 0.089 0.352 0.115 0.043 0.258 0.257 0.293 0.237 2.012 0.231 0.292 1.605 0.475 0.586 0.986 3.353 0.304 0.312 0.028 0.094 0.272 0.676 0.101 0.097 0.679 0.298 0.270 0.306 0.455 0.310 0.356 0.925 1.045 4.930 0.630 0.687 0.568 0.314 0.645 10.248 13.134 nan 0.357 0.488 0.591 1.881 2.490 0.232 0.414 1.879 1.004 1585 chr10 92337218 92355426 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -45760 NR_110657 101926942 Hs.382666 NR_110657 ENSG00000236373 LOC101926942 - uncharacterized LOC101926942 ncRNA 0.510 0.637 0.644 0.027 0.063 0.459 0.054 0.140 0.172 0.073 0.099 3.757 0.017 0.087 0.083 0.070 0.214 0.035 0.106 0.104 0.017 0.023 0.112 0.082 0.020 0.028 0.012 0.067 0.017 0.080 0.308 0.031 0.337 0.121 0.069 0.010 0.037 0.083 0.201 0.026 0.268 0.041 0.051 0.024 0.017 0.074 0.181 0.031 0.038 0.051 0.070 0.067 0.031 0.020 0.132 0.046 0.006 0.073 0.039 0.086 0.016 0.036 0.167 0.041 0.028 0.244 0.139 0.293 0.325 0.154 0.258 0.297 0.107 0.116 0.129 0.607 0.692 nan 0.593 0.243 0.097 0.074 0.138 0.033 0.047 0.218 0.540 0.557 0.347 4709 chr17 33387583 33396854 + 0 NA intron (NR_037713, intron 1 of 6) intron (NR_037713, intron 1 of 6) -1459 NM_001017368 117584 Hs.13680 NM_057178 ENSG00000092871 RFFL CARP-2|CARP2|FRING|RIFIFYLIN|RNF189|RNF34L ring finger and FYVE like domain containing E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 1.490 0.886 0.578 0.235 0.912 2.255 0.121 0.425 0.515 1.970 1.165 0.020 0.151 0.325 0.563 1.479 0.315 2.229 1.219 5.737 0.045 0.271 0.143 0.454 2.265 1.729 0.357 1.143 0.625 0.786 1.779 1.232 1.120 0.925 7.280 0.362 0.456 0.185 1.200 0.069 2.843 0.587 0.321 1.305 0.713 0.530 3.723 3.337 0.814 1.029 1.392 0.563 1.645 2.617 0.454 1.575 0.797 0.446 2.144 0.385 1.446 0.151 0.040 0.587 1.155 1.004 1.688 1.398 1.726 2.769 nan 0.418 2.404 0.458 1.857 2.116 0.772 1.238 1.984 2.376 nan 0.180 0.274 0.354 2.074 4.363 0.214 0.345 1.137 0.681 11931 chrX 29677802 29706801 + 0 NA intron (NM_014271, intron 6 of 10) AluJo|SINE|Alu 99906 NR_049877 100847047 NR_049877 ENSG00000264090 MIR4666B - microRNA 4666b ncRNA 0.414 0.643 0.363 0.262 0.055 0.002 0.511 0.088 0.119 0.223 0.454 0.619 0.041 0.007 0.059 0.215 0.046 0.050 0.908 0.444 0.824 0.010 0.075 0.102 0.034 0.505 0.383 0.087 0.665 0.587 0.211 0.224 0.195 0.219 0.412 0.252 0.010 0.015 0.049 0.392 0.030 1.749 0.730 0.284 0.532 0.599 0.226 0.614 0.255 0.504 0.104 0.289 0.215 0.581 0.910 0.034 0.182 0.352 0.010 0.253 0.010 0.885 0.027 0.047 0.353 4.771 6.793 0.117 0.053 0.154 0.307 0.124 0.173 0.073 0.051 0.155 0.159 0.082 0.143 0.170 0.159 0.298 0.154 0.090 0.128 0.032 0.044 0.080 0.159 0.082 0.161 2705 chr12 56508488 56514201 + 0 NA promoter-TSS (NM_001303124) promoter-TSS (NM_001303124) -660 NM_001303124 84872 Hs.632706 NM_032786 ENSG00000135482 ZC3H10 ZC3HDC10 zinc finger CCCH-type containing 10 protein-coding nan 4.273 3.179 5.543 5.928 2.202 5.789 3.317 5.609 1.615 2.999 2.307 2.696 3.207 3.978 4.002 2.387 0.423 3.922 1.655 5.488 2.354 3.033 1.538 5.729 4.387 3.692 1.908 3.685 1.922 7.589 10.569 4.240 11.563 3.148 7.417 1.871 4.141 0.178 2.212 1.527 5.901 5.503 2.317 3.366 2.488 4.507 6.883 4.415 5.522 3.412 4.665 4.002 4.089 5.966 5.729 2.680 4.571 1.567 5.996 3.677 5.796 2.015 2.352 2.168 3.901 2.491 nan 7.753 7.920 11.040 9.455 nan 13.543 7.650 13.160 14.282 6.544 nan 12.057 nan 6.764 8.476 2.972 5.608 11.095 11.346 6.139 7.875 6.367 2.959 4474 chr16 84021800 84036732 + 0 NA intron (NM_001329748, intron 8 of 11) intron (NM_001329748, intron 8 of 11) 27029 NM_001329748 54550 Hs.140950 NM_019065 ENSG00000103154 NECAB2 EFCBP2|stip-2 N-terminal EF-hand calcium binding protein 2 protein-coding nan 0.670 0.675 0.080 0.170 0.294 0.257 0.174 0.330 0.025 0.212 0.160 0.087 0.420 6.291 0.091 0.039 0.178 0.152 0.080 0.028 0.074 0.079 0.442 0.430 0.339 0.060 0.150 0.028 0.185 0.646 0.117 0.712 0.078 0.135 0.102 0.066 0.054 0.103 0.150 0.161 0.084 0.099 0.117 0.052 0.084 0.087 0.231 0.128 1.386 0.357 6.291 0.130 0.073 0.442 0.060 0.060 0.376 0.121 0.137 0.307 0.133 0.108 0.035 0.015 0.007 0.362 0.433 0.188 0.239 0.541 0.589 0.866 0.598 0.276 0.240 0.113 0.167 0.258 0.582 0.366 0.322 0.190 0.225 0.313 0.435 0.219 0.548 0.742 0.572 7098 chr20 61309956 61348734 + 0 NA Intergenic Intergenic -10844 NM_002531 4923 Hs.590869 NM_002531 ENSG00000101188 NTSR1 NTR neurotensin receptor 1 protein-coding 0.947 1.295 0.604 0.201 0.112 3.526 0.477 0.393 0.765 0.034 0.119 0.145 0.019 0.060 0.549 0.593 0.079 0.075 0.213 0.176 0.130 0.021 0.144 0.081 2.414 0.187 0.097 0.052 0.144 0.230 0.463 2.353 0.158 0.880 0.369 0.527 0.017 0.067 0.092 0.410 0.041 0.500 0.766 0.386 0.093 0.099 0.365 0.299 0.195 1.608 0.454 0.701 0.593 0.178 0.561 2.414 0.300 0.321 0.182 3.127 0.418 0.345 1.481 0.084 0.610 0.133 0.122 1.849 nan 0.132 0.284 1.729 1.650 0.401 0.117 0.348 0.350 0.296 0.560 0.152 0.165 1.405 1.379 1.182 1.808 0.091 0.165 0.250 0.367 0.723 0.669 690 chr1 150476395 150492677 + 0 NA intron (NM_004425, intron 7 of 9) intron (NM_004425, intron 7 of 9) -3697 NR_051960 100874054 Hs.576460 NR_051960 ENSG00000228126 FALEC FAL1|LINC00568|ncRNA-a1 focally amplified long non-coding RNA in epithelial cancer ncRNA nan nan 1.470 0.474 0.367 0.284 0.814 0.384 0.712 0.117 0.645 0.850 0.080 0.525 0.840 0.660 0.528 0.296 0.690 0.466 0.487 0.400 0.961 0.688 1.043 0.854 0.448 0.455 0.435 0.400 5.973 15.723 0.761 2.519 0.414 0.772 0.286 0.638 0.115 0.624 0.380 0.588 0.592 0.365 0.468 0.104 0.303 0.411 0.870 0.981 7.203 1.441 0.660 0.584 0.527 1.043 0.434 0.415 0.190 1.332 2.587 0.765 1.325 0.429 0.186 0.538 0.335 0.843 1.089 1.152 1.529 1.805 nan 1.571 0.416 0.857 0.832 0.960 1.491 1.551 1.859 0.816 0.704 1.275 2.186 1.065 1.202 1.132 1.916 1.417 0.685 61 chr1 8619350 8633406 + 0 NA intron (NM_001042681, intron 4 of 22) intron (NM_001042681, intron 4 of 22) -71405 NR_132752 106632271 NR_132752 SNORD128 ZL43 small nucleolar RNA, C/D box 128 snoRNA 1.389 nan 1.426 0.270 0.583 0.096 0.096 0.195 0.449 0.050 0.243 0.871 0.071 0.400 0.189 0.291 0.482 0.069 0.257 0.014 0.639 0.059 0.323 0.301 0.187 0.147 0.025 0.096 0.121 0.030 0.375 nan 0.487 0.587 0.114 0.063 0.027 0.510 0.169 0.017 0.273 0.085 0.026 0.022 0.062 0.027 0.322 0.163 0.216 0.162 0.251 0.170 0.291 0.112 0.334 0.187 0.009 0.194 0.103 0.233 0.145 0.112 0.056 1.355 0.044 0.037 0.040 0.403 0.401 0.424 1.073 0.987 1.291 1.929 0.757 0.870 0.844 1.664 nan nan 4.651 nan 0.966 0.390 0.560 0.095 0.215 2.776 6.545 1.264 0.846 5825 chr19 56882436 56905769 + 0 NA TTS (NM_001320371) TTS (NM_001320371) 10868 NM_144690 147948 Hs.244391 NM_144690 ENSG00000018869 ZNF582 - zinc finger protein 582 protein-coding 0.944 0.704 0.629 0.176 0.214 0.053 0.160 0.350 0.539 0.110 0.401 0.059 0.154 0.021 0.312 0.273 0.080 0.097 1.441 0.332 0.257 0.188 0.127 0.358 0.069 0.118 0.025 0.076 0.123 0.035 0.055 0.100 0.319 1.172 0.094 0.044 1.083 0.164 0.068 0.137 3.542 0.209 0.087 0.061 0.121 0.298 0.085 0.138 0.846 0.061 0.031 0.273 2.014 0.351 0.358 0.036 0.075 0.264 0.057 0.441 0.092 0.101 0.092 6.578 5.673 0.877 0.806 0.125 0.190 0.451 0.585 0.785 0.311 0.379 0.342 0.196 0.259 0.454 0.556 0.781 0.554 0.384 0.540 0.299 0.351 0.353 0.504 0.539 0.377 4475 chr16 84267913 84287380 + 0 NA Intergenic MLT1M|LTR|ERVL-MaLR -4290 NM_172347 93107 Hs.335877 NM_133490 ENSG00000168418 KCNG4 KV6.3|KV6.4 potassium voltage-gated channel modifier subfamily G member 4 protein-coding nan 0.598 0.819 0.081 0.179 0.066 0.468 0.148 0.258 0.015 0.240 0.119 0.022 0.041 0.082 0.317 0.066 0.094 0.218 0.166 0.065 0.016 0.057 0.059 0.183 0.153 0.070 0.045 0.178 0.081 0.054 0.169 0.110 0.232 0.067 0.119 0.015 0.095 0.071 0.053 0.049 0.140 0.073 0.069 0.056 0.145 1.117 0.092 0.168 0.149 0.032 0.153 0.317 0.121 0.663 0.183 0.044 0.038 0.279 0.057 0.033 0.065 0.030 0.762 0.039 0.018 0.008 0.340 0.339 0.173 0.207 0.294 0.356 0.604 0.251 0.239 0.279 0.079 0.191 0.327 0.504 4.459 3.627 0.167 0.204 0.124 0.126 1.270 3.678 0.361 0.462 10691 chr7 137661714 137694104 + 0 NA intron (NM_001253775, intron 1 of 3) intron (NM_001253775, intron 1 of 3) 8938 NM_194071 64764 Hs.490273 NM_194071 ENSG00000182158 CREB3L2 BBF2H7 cAMP responsive element binding protein 3 like 2 protein-coding nan nan nan 1.097 0.157 0.423 0.690 0.188 0.490 0.230 1.294 1.491 0.145 0.130 2.232 0.333 0.703 0.162 1.312 0.659 0.251 0.060 0.803 0.406 0.107 0.791 0.513 0.324 1.163 1.274 1.817 5.445 3.348 1.022 0.491 0.598 0.150 0.298 0.120 0.263 0.336 0.563 0.289 0.157 1.667 1.732 1.117 0.577 0.548 0.434 0.570 1.263 0.333 1.526 0.400 0.107 0.585 2.124 0.155 0.310 0.780 0.695 0.092 0.324 0.304 0.103 0.041 1.131 1.718 0.985 1.388 0.598 0.559 nan 0.970 2.135 2.106 1.015 nan 1.000 1.083 nan 1.310 0.391 0.549 1.011 0.724 0.573 1.185 1.530 nan 7419 chr22 38791157 38804671 + 0 NA Intergenic Intergenic -2983 NR_002821 400927 Hs.720223 NR_002821 TPTEP2 Z98749.2 TPTE pseudogene 2 pseudo 2.386 nan 2.087 1.536 1.615 0.856 0.649 1.048 1.510 0.955 1.112 0.595 0.548 0.340 1.072 1.967 0.803 0.106 1.480 0.239 1.572 0.900 0.571 0.413 1.367 0.678 0.775 0.687 0.992 0.156 1.670 3.362 1.997 4.891 0.421 0.612 0.938 1.522 0.149 0.410 1.681 1.177 1.060 0.560 0.449 0.641 1.607 1.230 1.227 1.103 1.023 1.261 1.967 1.785 0.784 1.367 0.834 0.734 0.680 1.405 0.963 0.829 2.826 0.420 0.607 0.472 0.363 5.332 5.934 3.572 3.296 2.222 1.774 3.459 1.090 1.468 1.556 1.353 nan 2.347 3.863 nan 2.199 1.954 3.992 2.952 2.748 1.382 1.971 1.114 0.672 8321 chr4 38662804 38678393 + 0 NA intron (NM_016531, intron 1 of 5) intron (NM_016531, intron 1 of 5) -4349 NR_026804 79667 Hs.29725 NM_024614 ENSG00000231160 KLF3-AS1 - KLF3 antisense RNA 1 ncRNA 2.670 2.935 3.047 3.878 4.714 0.993 2.609 4.244 7.126 1.437 2.486 1.030 2.608 2.605 3.578 1.981 1.695 0.180 4.112 1.462 3.370 0.959 2.395 1.099 3.918 1.275 1.331 1.236 2.919 0.704 5.662 9.697 3.862 5.944 1.594 2.300 0.660 3.243 0.120 0.849 0.795 4.953 2.640 1.222 2.048 1.264 4.586 2.689 4.023 3.638 2.916 2.074 1.981 4.481 3.329 3.918 2.329 3.770 0.428 2.288 1.211 1.060 1.052 0.182 0.995 1.219 1.148 3.073 4.439 1.753 3.385 3.441 2.914 2.546 1.362 3.339 3.154 2.656 3.658 6.733 5.429 2.031 2.961 1.407 3.054 2.055 2.165 0.214 0.253 2.725 1.591 8201 chr3 197078418 197109086 + 0 NA Intergenic Intergenic -67609 NM_001290983 1739 Hs.292549 NM_004087 ENSG00000075711 DLG1 DLGH1|SAP-97|SAP97|dJ1061C18.1.1|hdlg discs large MAGUK scaffold protein 1 protein-coding nan 1.930 0.950 0.499 0.205 5.694 1.465 0.189 0.419 0.285 0.196 0.498 0.204 0.043 0.420 0.335 1.440 0.419 0.576 0.429 0.037 0.022 0.179 0.150 0.183 2.236 1.494 0.069 0.403 1.292 0.677 nan 0.323 nan 0.691 0.083 0.122 0.067 0.070 0.283 0.202 0.271 0.212 0.097 0.473 0.232 0.201 0.562 0.115 0.194 0.029 0.209 0.335 0.929 0.253 0.183 0.347 0.067 0.057 0.050 0.089 0.534 0.042 0.302 0.489 1.215 0.622 0.291 0.267 0.319 0.571 0.823 0.782 0.411 0.167 0.494 0.603 0.953 1.651 1.149 1.412 1.388 0.858 0.248 0.271 0.278 0.222 0.766 1.755 0.722 0.541 6076 chr2 46106170 46121619 + 0 NA intron (NM_005400, intron 2 of 14) intron (NM_005400, intron 2 of 14) 234851 NM_005400 5581 Hs.580351 NM_005400 ENSG00000171132 PRKCE PKCE|nPKC-epsilon protein kinase C epsilon protein-coding 2.191 nan 1.426 0.088 0.416 2.479 0.231 0.540 0.980 0.019 0.170 0.036 0.016 0.085 4.891 0.398 2.055 0.187 0.313 0.087 0.060 0.036 0.343 0.162 0.521 0.183 0.112 0.067 0.205 0.021 0.124 nan 0.489 1.212 0.076 0.076 0.037 0.056 0.113 0.056 0.180 0.125 0.039 0.029 0.071 0.200 0.194 0.159 0.206 0.124 0.051 0.195 0.398 0.258 0.126 0.521 0.055 0.085 0.989 0.118 0.092 0.134 0.077 1.586 0.046 0.039 0.020 0.345 0.254 0.296 0.388 nan 1.727 3.183 1.399 0.368 0.526 1.693 2.214 2.318 3.629 4.645 4.243 0.266 0.304 0.240 0.189 1.026 nan nan 0.689 5780 chr19 49456925 49474343 + 0 NA TTS (NM_001291428) TTS (NM_001291428) -2932 NM_000146 2512 Hs.433670 NM_000146 ENSG00000087086 FTL LFTD|NBIA3 ferritin light chain protein-coding 2.680 1.345 1.780 2.964 1.960 1.453 1.847 1.022 2.350 0.734 5.174 4.191 0.288 1.458 2.433 1.404 1.021 0.196 1.824 0.710 3.588 1.105 0.451 0.372 1.391 1.748 2.214 0.618 1.672 0.950 1.976 nan 1.700 2.403 0.748 4.839 0.327 1.960 0.107 0.818 0.665 4.593 2.980 1.154 1.460 0.476 4.025 3.822 6.515 2.243 3.061 2.266 1.404 1.465 1.893 1.391 2.601 2.170 0.778 2.928 2.324 1.491 0.551 1.063 2.076 2.579 1.806 1.773 2.049 1.624 2.519 2.932 2.722 3.727 1.302 7.342 7.831 1.856 2.422 3.027 4.554 2.957 3.094 1.140 1.466 1.780 2.533 1.831 3.164 2.314 1.322 10586 chr7 106228945 106242154 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 66085 NM_175884 168455 Hs.29692 NM_175884 ENSG00000253276 CCDC71L C7orf74 coiled-coil domain containing 71 like protein-coding nan 0.916 3.638 0.244 0.852 0.216 0.243 0.279 0.481 0.015 0.065 0.096 0.023 0.340 0.762 0.219 0.220 0.037 0.111 0.029 0.029 0.053 0.989 0.524 1.493 0.032 0.020 0.050 0.171 0.056 0.331 1.095 0.235 0.620 0.143 0.100 0.842 0.065 0.166 0.036 0.237 0.146 0.042 0.075 0.063 0.182 0.251 0.086 0.091 0.096 0.147 0.219 0.070 0.126 1.493 0.064 0.054 0.119 0.099 0.138 0.103 0.142 0.084 0.040 0.022 0.008 0.454 0.303 0.638 0.557 0.868 0.947 5.776 2.345 0.286 0.312 0.351 0.567 2.385 2.659 0.647 0.465 0.297 0.461 4.046 5.913 0.320 nan 2.595 1.678 8993 chr5 71575625 71605203 + 0 NA intron (NM_001286748, intron 4 of 11) L1MC|LINE|L1 25670 NM_001286748 23107 Hs.482491 NM_015084 ENSG00000113048 MRPS27 MRP-S27|S27mt mitochondrial ribosomal protein S27 protein-coding 1.598 nan 1.529 0.457 0.462 1.147 0.375 0.318 0.719 0.135 0.551 1.049 0.166 0.219 0.949 0.586 1.552 0.145 0.450 0.166 0.328 0.233 0.312 0.331 0.624 0.474 0.326 0.201 0.322 0.294 0.579 0.808 0.390 0.751 0.197 0.756 0.430 0.471 0.118 0.133 0.617 0.378 0.192 0.124 0.295 0.127 0.481 0.196 0.416 0.489 0.286 0.418 0.586 0.412 0.879 0.624 0.260 0.318 0.534 0.181 1.385 0.266 0.257 0.701 0.167 0.254 0.153 0.916 0.875 0.811 1.031 2.102 1.711 nan 0.556 0.927 0.838 5.451 nan 1.091 1.254 3.654 3.043 0.453 0.712 1.229 1.691 1.113 2.360 1.438 0.692 2654 chr12 49735649 49742553 + 0 NA Intergenic CpG -1599 NM_001304944 79962 Hs.659300 NM_024902 ENSG00000178401 DNAJC22 wus DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C22 protein-coding 2.677 nan 1.025 0.491 0.694 4.916 1.195 0.768 1.192 0.014 0.306 0.750 0.127 1.143 10.547 0.501 0.570 0.026 0.579 0.110 0.076 0.040 0.389 0.379 0.762 0.552 0.198 0.425 0.297 0.336 1.130 2.146 0.296 0.875 0.297 0.444 1.923 0.379 0.060 0.085 0.081 0.286 0.253 0.136 0.268 0.829 0.122 0.694 2.633 1.160 2.262 0.512 0.501 0.587 0.362 0.762 0.036 0.383 0.253 1.868 2.126 0.321 1.690 0.090 0.218 0.309 0.232 0.690 0.885 1.734 2.215 1.755 1.444 4.048 0.925 1.576 1.464 1.469 1.852 1.458 2.408 1.475 1.399 1.332 1.774 4.675 3.251 0.865 1.819 2.255 1.346 4144 chr15 93176778 93217041 + 0 NA intron (NM_207446, intron 1 of 2) intron (NM_207446, intron 1 of 2) 2122 NM_207446 400451 Hs.27373 NM_207446 ENSG00000185442 FAM174B - family with sequence similarity 174 member B protein-coding nan nan nan 0.300 0.413 0.671 0.084 0.468 1.005 0.235 0.099 0.068 1.245 0.837 3.480 0.720 0.149 0.101 0.039 0.019 0.050 0.026 0.942 0.647 3.199 0.194 0.145 0.128 0.152 0.230 1.358 3.529 1.672 5.588 0.029 0.073 0.202 0.059 0.078 0.023 1.988 0.131 0.082 0.066 0.380 0.183 4.206 0.163 0.584 0.042 0.059 1.957 0.720 0.067 1.108 3.199 0.297 7.196 0.077 0.085 1.274 0.041 0.724 0.570 0.094 0.013 0.013 0.289 0.172 0.474 0.908 1.721 1.686 nan 0.234 0.377 0.399 0.683 1.127 4.594 4.451 nan 1.721 0.649 1.241 0.867 0.905 0.702 nan 1.443 0.863 3627 chr14 64106461 64110181 + 0 NA 5' UTR (NM_001258272, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_001258272, exon 1 of 3) 320 NM_001008726 112840 Hs.655666 NM_080666 ENSG00000140006 WDR89 C14orf150|MSTP050 WD repeat domain 89 protein-coding 6.056 nan 3.059 3.357 6.394 4.109 2.262 2.450 4.248 1.329 2.298 2.570 4.409 1.201 4.656 4.131 2.951 0.314 2.071 0.864 4.615 1.096 1.513 1.055 3.538 2.985 3.008 0.492 4.667 1.328 4.154 5.659 5.572 8.530 1.631 3.082 1.123 4.941 0.198 0.987 3.343 3.835 3.448 2.036 2.162 2.034 5.702 3.075 2.851 3.859 3.046 3.914 4.131 1.990 4.699 3.538 2.069 3.196 1.538 4.442 1.869 6.126 1.724 2.013 4.198 1.586 1.375 5.255 5.373 4.404 6.476 7.113 6.257 5.351 2.656 21.986 24.388 4.459 4.795 7.678 11.056 9.887 9.601 3.024 4.382 7.464 7.610 4.731 5.991 4.131 1.920 8008 chr3 171842016 171895115 + 0 NA intron (NM_022763, intron 3 of 25) L1MA1|LINE|L1 110221 NM_001135095 64778 Hs.744888 NM_022763 ENSG00000075420 FNDC3B FAD104|PRO4979|YVTM2421 fibronectin type III domain containing 3B protein-coding 1.360 1.385 0.926 2.585 0.390 0.105 2.173 0.256 0.489 0.698 1.779 2.091 2.279 0.087 0.087 0.417 1.742 0.206 1.308 0.760 4.673 0.036 0.188 0.227 0.400 1.395 0.869 0.160 1.093 0.719 1.571 2.899 3.503 0.181 0.634 2.346 0.050 0.186 0.083 0.771 0.163 3.300 1.044 0.512 0.989 0.240 2.633 0.725 1.017 0.743 1.157 3.356 0.417 1.034 4.149 0.400 0.954 0.570 0.051 1.114 0.252 1.361 0.095 0.245 0.696 0.167 0.125 0.375 0.247 1.432 2.648 0.420 0.446 0.437 0.172 0.324 0.354 1.338 1.705 1.386 1.453 0.747 0.401 0.332 0.460 0.251 0.398 0.434 0.807 0.678 0.612 5907 chr2 11071928 11078815 + 0 NA Intergenic Intergenic 23308 NM_002236 3754 Hs.23735 NM_002236 ENSG00000162975 KCNF1 IK8|KCNF|KV5.1|kH1 potassium voltage-gated channel modifier subfamily F member 1 protein-coding 0.756 0.700 1.089 0.470 0.760 0.294 5.607 0.139 0.381 0.014 0.552 1.554 0.018 2.683 0.633 0.579 0.096 0.075 0.452 0.639 1.509 0.020 0.295 0.251 0.418 1.415 0.788 0.108 0.688 0.843 1.267 5.453 0.390 2.228 2.431 4.625 0.027 0.016 0.110 4.409 0.047 2.753 0.750 0.575 0.885 0.954 0.993 0.464 4.013 1.764 2.024 1.882 0.579 1.506 3.806 0.418 1.110 2.217 0.126 2.355 0.809 1.736 0.029 0.073 1.444 0.130 0.178 0.246 0.121 0.183 0.435 0.566 0.731 3.139 0.842 0.081 0.095 0.405 0.762 8.614 nan 0.608 0.647 0.216 0.231 0.173 0.583 0.445 nan 1.244 1.062 7466 chr22 46136798 46142858 + 0 NA intron (NM_001167621, intron 8 of 10) intron (NM_001167621, intron 8 of 10) -16576 NR_039919 100616253 NR_039919 ENSG00000264160 MIR4762 - microRNA 4762 ncRNA 0.686 1.333 nan 1.564 0.302 0.055 0.493 0.638 0.783 0.425 1.257 0.244 0.337 0.048 0.087 0.279 0.311 0.053 0.577 0.137 0.355 0.156 0.082 0.216 1.208 1.170 0.008 1.205 0.156 2.425 7.696 10.508 0.361 0.673 0.364 0.031 0.180 0.124 0.330 0.040 0.045 0.126 0.038 0.920 0.152 2.350 0.082 0.537 0.059 1.495 2.912 0.279 0.750 0.214 0.216 0.653 3.761 0.115 0.151 0.920 0.065 0.041 0.302 0.026 0.261 0.266 0.528 0.801 0.279 0.330 0.435 0.152 0.443 0.615 0.384 0.534 1.114 1.097 0.417 0.235 0.197 0.216 0.430 0.533 0.102 0.361 0.542 0.370 3200 chr13 72084907 72102556 + 0 NA intron (NM_004392, intron 3 of 7) intron (NM_004392, intron 3 of 7) 347599 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.110 0.973 0.017 0.046 0.050 0.024 0.452 0.738 0.005 0.048 0.005 0.018 0.028 0.174 0.333 0.071 0.070 0.041 0.011 0.003 0.016 0.116 0.150 0.264 0.008 0.004 0.034 0.006 0.050 0.059 0.022 0.292 0.025 0.049 0.470 0.043 0.091 0.007 4.513 0.068 0.007 0.071 0.028 0.014 0.016 0.013 0.053 0.333 0.025 0.016 0.264 0.014 0.028 1.218 0.007 0.730 0.009 0.118 1.015 0.038 0.006 0.647 0.654 0.211 0.329 1.193 1.348 nan 0.202 0.126 0.140 1.083 1.381 0.376 0.427 nan 6.192 0.193 0.394 1.222 2.471 1.367 nan 0.177 0.111 5443 chr18 75477007 75503803 + 0 NA Intergenic Intergenic 215278 NR_104127 101927715 Hs.385670 NR_104127 LINC01029 - long intergenic non-protein coding RNA 1029 ncRNA nan nan 0.511 0.040 0.096 0.044 0.034 0.761 1.610 0.007 0.053 0.048 0.052 0.420 0.555 0.028 0.053 0.012 0.007 0.005 0.015 0.152 0.127 2.202 0.003 0.008 0.080 0.038 0.004 0.015 0.018 0.045 0.346 0.022 0.046 0.032 0.016 0.075 0.004 0.080 0.079 0.007 0.003 0.016 0.017 0.058 0.093 0.024 0.095 0.005 0.023 0.555 0.026 2.202 0.005 0.015 0.007 0.026 0.038 0.009 0.026 0.028 0.011 0.013 0.004 0.319 0.142 0.234 0.303 2.680 nan 8.901 3.181 0.127 0.183 0.084 0.149 0.654 nan 0.246 0.119 0.095 0.076 0.486 0.396 0.099 0.229 0.791 0.575 5503 chr19 4967923 4990150 + 0 NA intron (NM_015015, intron 1 of 22) AluJr|SINE|Alu 9912 NM_015015 23030 Hs.654816 NM_015015 ENSG00000127663 KDM4B JMJD2B|TDRD14B lysine demethylase 4B protein-coding 1.243 1.797 2.660 0.223 0.547 4.561 0.799 0.687 1.213 0.260 0.450 0.267 0.164 0.090 3.119 0.688 0.366 0.242 0.930 0.242 0.304 0.250 0.565 0.446 1.787 0.798 0.405 0.445 0.510 0.177 0.901 2.028 0.493 3.399 0.256 0.287 0.124 0.313 0.067 0.211 0.399 0.649 0.424 0.263 0.520 0.155 0.236 0.475 0.698 1.130 0.663 0.354 0.688 0.713 0.519 1.787 0.407 0.298 0.252 1.287 0.302 0.585 0.249 0.418 0.430 1.349 0.976 0.884 1.228 0.876 1.241 2.675 3.145 0.834 0.233 1.382 1.384 1.204 2.153 2.974 nan 1.469 1.319 0.572 0.995 0.701 0.647 0.703 0.996 1.787 0.951 5536 chr19 12831523 12839031 + 0 NA promoter-TSS (NM_001136195) promoter-TSS (NM_001136195) -467 NM_001136195 30000 Hs.416049 NM_013433 ENSG00000105576 TNPO2 IPO3|KPNB2B|TRN2 transportin 2 protein-coding 5.964 2.320 3.385 2.191 3.047 3.315 3.092 1.325 2.970 1.639 2.652 2.268 0.719 1.347 1.910 3.620 1.680 0.320 2.772 0.654 3.686 2.818 1.927 0.939 4.020 3.176 3.366 2.046 3.024 0.534 2.410 nan 2.071 1.937 0.764 3.858 1.255 3.464 0.113 1.125 1.225 3.984 3.185 1.667 1.483 1.288 2.946 4.171 1.908 4.721 2.522 1.542 3.620 2.030 2.746 4.020 1.126 0.816 1.424 4.205 1.814 7.162 1.265 3.154 2.289 1.612 0.944 2.600 3.460 4.016 5.712 6.723 5.927 8.051 2.642 7.836 7.921 4.294 6.401 5.318 7.382 7.627 8.912 1.153 2.381 5.025 5.126 7.143 6.771 3.741 1.958 573 chr1 109395735 109409820 + 0 NA Intergenic Intergenic -1913 NR_049760 254268 Hs.729441 NM_152763 ENSG00000162641 AKNAD1 C1orf62 AKNA domain containing 1 protein-coding 1.720 nan nan 0.097 0.069 0.039 0.105 0.171 0.200 0.007 0.078 0.111 0.044 0.085 0.120 0.227 0.233 0.125 0.096 0.013 0.036 0.010 0.056 0.087 1.245 0.140 0.046 0.042 0.067 0.007 0.074 0.372 0.070 0.320 0.086 0.064 0.013 0.046 0.110 0.009 4.017 0.240 0.036 0.022 0.038 0.054 0.309 0.178 0.053 0.098 0.022 0.171 0.227 0.104 0.366 1.245 0.113 0.024 0.318 0.128 0.073 0.051 0.183 2.718 0.074 0.090 0.052 0.312 0.317 0.194 0.213 0.675 nan 0.457 0.215 0.326 0.338 1.425 1.920 nan nan 1.021 0.485 0.205 0.268 0.106 0.094 1.509 nan 0.320 0.365 11592 chr9 78611391 78664976 + 0 NA intron (NM_006200, intron 3 of 20) intron (NM_006200, intron 3 of 20) 132623 NM_001190482 5125 Hs.368542 NM_006200 ENSG00000099139 PCSK5 PC5|PC6|PC6A|SPC6 proprotein convertase subtilisin/kexin type 5 protein-coding nan nan nan 0.062 0.150 0.008 0.085 0.072 0.137 0.018 0.056 0.041 0.025 0.022 0.037 0.133 0.053 0.104 0.063 0.004 0.017 0.013 0.096 0.104 0.056 0.117 0.040 0.008 0.078 0.006 0.063 0.211 0.098 0.283 0.038 0.084 0.007 0.035 0.079 0.013 0.041 0.089 0.024 0.012 0.012 0.029 0.129 0.123 0.082 0.034 0.007 0.037 0.133 0.044 0.010 0.056 0.016 0.059 0.007 0.020 0.035 0.041 1.127 0.113 0.050 0.368 0.277 0.883 0.917 6.297 nan 0.316 nan 0.171 0.093 1.214 1.172 0.092 0.147 0.390 0.377 0.183 0.091 0.787 1.296 0.073 0.126 0.250 0.403 0.297 0.366 2710 chr12 57021546 57032342 + 0 NA intron (NM_001351156, intron 1 of 30) intron (NM_001351156, intron 1 of 30) -2829 NM_001300905 11176 Hs.314263 NM_013449 ENSG00000076108 BAZ2A TIP5|WALp3 bromodomain adjacent to zinc finger domain 2A protein-coding nan 2.606 2.737 3.381 2.770 0.938 2.027 1.782 2.800 1.837 2.249 1.670 2.287 1.910 4.798 2.079 2.784 0.343 2.573 0.737 2.618 2.066 2.371 1.070 2.802 1.775 1.822 1.757 2.357 1.289 4.917 6.377 3.655 6.997 1.326 3.687 0.804 1.839 0.080 1.418 1.240 3.373 3.155 1.400 1.817 1.266 3.112 4.865 4.276 5.709 2.561 2.591 2.079 2.529 3.220 2.802 1.896 2.232 0.929 4.414 2.077 2.088 1.530 3.319 2.254 1.995 0.939 nan 3.892 3.135 4.870 5.323 nan 5.476 1.944 5.590 6.089 2.208 nan 5.492 nan 4.660 4.092 1.434 3.327 2.345 2.534 4.018 8.714 2.770 1.291 1084 chr1 208903886 208912399 + 0 NA Intergenic Intergenic 6109 NR_146914 105372893 Hs.568720 NR_146914 ENSG00000232812 LINC01717 - long intergenic non-protein coding RNA 1717 ncRNA 1.072 1.440 1.949 0.034 0.620 0.444 0.033 1.043 1.751 0.073 0.043 0.036 0.210 1.005 0.070 0.095 0.026 0.017 2.519 0.914 1.253 0.025 0.008 0.009 0.071 0.025 0.048 0.024 0.074 0.893 0.101 0.527 0.013 0.103 0.836 0.064 0.014 0.027 0.038 0.019 0.135 0.111 0.029 0.017 0.019 0.034 1.005 0.051 0.043 1.253 0.039 0.046 0.021 0.872 0.018 0.069 0.189 0.018 0.014 0.012 0.557 0.766 0.253 0.435 4.154 3.797 8.154 2.430 nan nan 1.654 2.161 1.146 0.853 1.019 0.986 0.197 0.324 2.260 2.745 1.624 2.871 3.259 1.696 6824 chr20 6742659 6750369 + 0 NA Intergenic Intergenic -2231 NM_001200 650 Hs.73853 NM_001200 ENSG00000125845 BMP2 BDA2|BMP2A|SSFSC bone morphogenetic protein 2 protein-coding 0.699 1.489 0.618 0.503 0.547 0.252 0.147 0.125 0.257 0.175 1.075 0.131 0.016 0.316 0.139 0.766 0.133 0.083 0.367 0.296 0.106 0.018 0.244 0.267 0.313 0.143 0.036 0.048 0.332 0.398 0.718 0.957 0.389 2.397 0.522 0.097 0.282 0.098 0.054 0.229 0.782 0.955 0.352 0.352 0.517 0.150 0.213 0.507 0.285 0.405 0.909 1.345 0.766 0.425 0.107 0.313 0.637 0.429 0.723 2.583 0.872 0.103 0.064 0.070 0.100 0.125 0.608 0.324 11.264 6.922 1.358 1.463 1.549 0.545 5.333 5.702 0.192 0.219 1.102 1.143 1.204 1.143 0.300 0.556 1.644 1.386 0.085 0.290 0.866 0.523 11691 chr9 109621440 109633749 + 0 NA intron (NM_001347997, intron 1 of 12) intron (NM_001347997, intron 1 of 12) 2216 NM_021224 58499 Hs.370379 NM_021224 ENSG00000148143 ZNF462 Zfp462 zinc finger protein 462 protein-coding 3.323 1.966 2.026 1.374 2.729 1.534 3.595 1.425 2.375 1.533 2.685 1.491 0.389 0.754 1.702 2.778 2.168 0.183 1.522 0.804 0.989 1.426 0.870 2.693 1.936 1.930 0.877 3.916 1.102 1.531 2.584 1.153 8.185 1.212 1.799 1.024 0.758 0.055 1.201 1.063 2.066 4.551 1.827 1.575 1.507 0.251 2.756 1.115 2.776 0.249 0.177 2.778 1.231 0.075 2.693 0.317 0.234 1.629 2.375 0.919 1.336 0.724 1.445 2.385 1.446 0.806 0.213 0.227 1.830 3.503 8.056 6.578 1.650 0.511 0.684 0.648 1.951 2.733 2.440 nan 6.790 7.969 0.964 2.104 2.856 2.333 2.878 3.936 nan 1.392 5324 chr18 47337144 47341535 + 0 NA intron (NM_006111, intron 1 of 9) intron (NM_006111, intron 1 of 9) 912 NM_006111 10449 Hs.200136 NM_006111 ENSG00000167315 ACAA2 DSAEC acetyl-CoA acyltransferase 2 protein-coding nan 4.916 4.168 3.716 6.518 5.070 1.443 2.592 5.326 1.436 4.861 3.544 0.510 1.783 4.140 9.360 1.578 0.109 0.644 0.429 3.151 2.092 1.895 0.636 6.040 1.218 1.146 1.414 0.336 0.334 1.481 2.311 1.028 18.205 0.367 3.763 1.970 3.763 0.147 0.958 3.102 2.663 4.225 1.989 1.071 0.332 2.672 1.412 2.958 3.448 1.404 2.276 9.360 0.756 0.825 6.040 0.750 0.507 2.121 3.555 3.265 1.681 2.297 3.713 2.038 1.680 1.006 5.978 7.651 5.649 9.148 13.266 11.803 14.459 4.744 4.241 4.549 3.803 4.389 5.437 8.596 5.869 6.868 3.435 6.776 8.577 7.871 4.218 nan 6.548 3.510 11831 chr9 136445156 136458821 + 0 NA Intergenic Intergenic -6620 NM_001080515 642968 Hs.173134 NM_001080515 ENSG00000196990 FAM163B C9orf166 family with sequence similarity 163 member B protein-coding nan 0.592 1.171 0.047 3.484 3.459 0.021 0.868 1.819 0.048 0.061 0.014 0.073 1.220 1.621 0.077 0.072 0.062 0.014 0.023 0.031 1.190 0.688 4.819 0.064 0.021 0.048 0.070 0.107 0.222 0.047 1.771 0.022 0.052 0.440 0.008 0.037 0.174 0.101 0.009 0.028 0.016 0.022 0.044 0.102 0.051 0.043 0.010 1.621 0.037 0.025 4.819 0.045 0.066 0.170 0.052 2.404 0.090 0.441 0.072 0.006 0.007 0.345 0.732 0.082 0.169 5.704 6.623 nan 0.400 0.085 0.064 0.063 0.107 4.155 3.367 0.780 0.480 0.306 0.468 1.037 0.857 0.201 0.331 1.459 0.639 638 chr1 143909987 143920815 + 0 NA promoter-TSS (NR_144320) promoter-TSS (NR_144320) -554 NR_144320 728833 Hs.535577 NM_207418 ENSG00000215784 FAM72D GCUD2 family with sequence similarity 72 member D protein-coding 6.104 nan 5.381 4.317 2.192 2.482 3.482 0.811 2.210 2.405 3.626 3.388 0.677 1.285 3.068 3.016 3.169 0.447 3.545 2.067 1.793 6.021 1.398 0.772 2.410 2.410 3.438 2.660 3.791 1.784 2.728 5.560 1.310 10.487 2.529 3.103 1.004 2.779 0.161 2.464 2.100 3.996 5.106 2.951 3.422 1.928 3.183 2.910 2.353 3.950 1.398 3.066 3.016 3.421 5.122 2.410 1.391 1.494 1.401 6.856 4.117 3.091 1.028 1.504 2.151 2.532 1.639 4.080 4.519 6.090 8.522 8.180 6.304 3.753 1.454 6.752 5.975 5.116 7.228 3.797 5.262 4.214 4.303 1.584 3.454 2.133 2.563 5.485 6.748 2.166 1.255 3446 chr14 30728003 30744788 + 0 NA Intergenic Intergenic -291934 NM_001308097 55632 Hs.509008 NM_017769 ENSG00000092140 G2E3 KIAA1333|PHF7B G2/M-phase specific E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 1.333 0.968 0.811 0.055 0.332 0.151 0.152 4.490 8.938 0.012 0.042 0.133 0.007 0.042 0.186 0.971 0.502 0.251 0.095 0.056 0.015 0.025 0.645 0.371 1.030 0.025 0.022 0.009 0.085 0.044 0.143 0.231 0.110 0.459 0.087 0.063 1.788 0.013 0.151 0.085 0.334 0.095 0.014 0.023 0.065 0.032 0.086 0.149 0.049 0.090 0.051 0.052 0.971 0.085 0.270 1.030 0.088 0.035 0.036 0.052 0.157 0.061 0.042 0.051 0.028 0.010 0.012 0.278 0.269 0.292 0.216 1.226 1.273 3.266 1.629 0.305 0.291 2.109 2.213 0.408 0.483 0.963 0.578 0.108 0.233 7.061 7.771 0.255 0.527 1.084 0.615 3218 chr13 77357497 77375467 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu 94058 NM_138444 115207 Hs.644125 NM_138444 ENSG00000178695 KCTD12 C13orf2|PFET1|PFETIN potassium channel tetramerization domain containing 12 protein-coding nan 0.997 1.110 0.028 0.482 0.019 0.062 0.922 1.803 0.082 0.005 0.007 0.343 0.104 0.778 0.136 0.090 0.070 0.021 0.010 0.023 0.359 0.208 0.126 0.035 0.040 0.012 0.072 0.012 0.081 0.320 0.097 0.477 0.048 0.033 0.132 0.018 0.069 0.033 0.142 0.169 0.054 0.087 0.030 0.017 0.097 0.106 0.036 0.016 0.017 0.019 0.778 0.052 0.031 0.126 0.017 0.040 0.141 0.039 0.356 0.013 0.050 0.517 0.080 0.013 0.006 0.693 0.448 0.440 0.550 0.403 0.471 nan 4.093 0.104 0.131 0.178 0.250 0.548 0.952 nan 0.354 0.170 0.334 1.043 0.644 0.845 nan 0.301 0.182 2937 chr12 109241475 109253050 + 0 NA intron (NM_001161330, intron 1 of 13) intron (NM_001161330, intron 1 of 13) 4097 NM_001161330 54434 Hs.199763 NM_018984 ENSG00000084112 SSH1 SSH1L slingshot protein phosphatase 1 protein-coding 1.595 1.370 nan 4.387 0.837 0.560 2.874 0.487 1.126 1.249 2.714 3.134 1.351 0.542 1.105 0.961 2.600 0.445 2.179 0.476 4.864 0.347 0.458 0.276 1.201 3.635 3.775 1.642 2.346 1.429 3.346 5.529 1.960 2.364 1.365 5.537 0.375 1.298 0.179 1.803 0.347 4.898 2.615 1.499 1.857 0.786 1.599 5.958 3.766 5.549 1.064 2.215 0.961 4.068 4.521 1.201 1.716 0.644 0.483 2.438 1.450 1.355 0.284 0.784 1.853 2.899 2.631 1.031 1.498 1.198 2.075 1.856 1.697 3.028 1.432 1.526 1.434 1.271 1.871 1.603 2.518 1.839 1.828 0.638 1.381 1.737 2.242 1.525 2.342 1.688 0.978 661 chr1 146693237 146716282 + 0 NA intron (NM_001348451, intron 2 of 23) SVA_D|Other|Other -7529 NM_001461 2330 Hs.642706 NM_001461 ENSG00000131781 FMO5 - flavin containing monooxygenase 5 protein-coding 1.341 nan 1.521 0.450 1.446 0.299 2.454 0.418 0.745 0.150 0.512 0.515 0.261 1.417 1.355 0.461 0.467 0.168 0.929 0.583 0.389 0.376 0.591 0.366 0.478 2.338 1.544 0.317 0.398 0.626 6.459 16.100 1.268 2.826 0.747 0.612 0.140 0.536 0.122 0.886 0.240 0.436 0.534 0.326 0.805 1.429 0.512 0.372 1.208 0.435 0.509 1.881 0.461 1.561 0.551 0.478 0.542 0.853 0.118 0.924 1.004 0.760 0.823 0.362 0.185 0.310 0.201 1.080 1.071 0.836 1.290 1.783 1.503 1.613 0.547 1.167 1.168 0.764 1.009 1.195 1.477 0.866 0.974 1.539 2.829 0.757 0.590 1.122 2.002 0.852 0.692 3157 chr13 50224730 50246181 + 0 NA intron (NM_032565, intron 3 of 3) intron (NM_032565, intron 3 of 3) 30168 NR_103803 84650 Hs.433278 NM_032565 ENSG00000123179 EBPL EBRP emopamil binding protein like protein-coding 1.208 nan nan 0.087 0.248 0.081 0.142 0.105 0.145 0.013 0.162 0.056 0.017 0.172 0.252 0.180 0.146 0.099 0.147 0.049 0.021 0.026 0.116 0.099 0.242 0.074 0.037 0.049 0.060 0.028 0.117 0.244 0.049 0.180 0.007 0.158 0.031 0.065 0.092 0.038 0.109 0.136 0.073 0.043 0.030 0.036 0.143 0.122 0.133 0.079 0.041 0.136 0.180 0.099 0.065 0.242 0.057 0.062 0.045 0.062 0.080 0.037 0.088 0.951 0.036 0.030 0.007 0.556 0.594 0.181 0.209 0.480 0.604 nan 0.316 0.295 0.300 0.302 0.476 0.615 0.478 0.851 0.619 0.280 0.429 0.144 0.136 1.599 nan 0.299 0.230 2482 chr12 11896486 11912080 + 0 NA intron (NM_001987, intron 1 of 7) intron (NM_001987, intron 1 of 7) 101495 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.825 1.044 1.489 0.724 2.373 1.020 0.104 0.196 0.438 0.031 0.713 1.366 0.026 0.069 0.405 0.256 0.172 0.031 0.138 0.097 0.062 0.044 0.660 0.375 0.817 0.343 0.107 0.010 0.125 0.155 0.092 0.726 0.192 1.661 0.029 0.023 0.037 0.067 0.112 0.060 0.035 0.624 0.303 0.090 0.428 0.108 0.364 0.250 0.168 0.150 0.050 0.047 0.256 0.045 0.065 0.817 0.103 0.201 0.012 0.196 0.078 0.061 0.062 0.158 0.390 0.017 0.007 0.251 0.210 0.548 1.451 nan 1.168 4.642 1.671 0.477 0.484 0.430 0.543 2.120 2.188 0.353 0.198 0.264 0.339 0.234 0.344 0.391 0.614 1.264 0.658 10820 chr8 13208812 13234811 + 0 NA intron (NM_182643, intron 4 of 17) AluSx|SINE|Alu -87518 NM_001348083 10395 Hs.134296 NM_006094 ENSG00000164741 DLC1 ARHGAP7|HP|STARD12|p122-RhoGAP DLC1 Rho GTPase activating protein protein-coding 0.513 0.678 nan 1.782 0.036 0.017 0.846 0.086 0.200 0.203 0.242 0.970 0.017 0.027 0.027 0.054 0.329 0.105 0.174 0.066 0.769 0.110 0.112 0.060 0.013 0.017 0.025 2.229 2.390 0.087 0.092 0.485 0.091 0.034 0.357 0.026 0.216 0.110 0.340 0.031 2.619 3.526 1.697 0.294 0.088 0.721 4.350 0.153 1.357 0.040 0.003 0.054 0.137 0.089 0.060 0.023 0.032 0.011 0.480 0.023 0.537 0.045 0.138 1.310 1.790 2.025 0.537 0.270 0.240 0.375 0.245 nan 0.117 0.068 0.281 0.241 0.304 0.440 0.111 0.094 0.340 0.164 0.073 0.126 0.058 0.080 0.115 0.255 0.349 0.457 1935 chr11 47426569 47431311 + 0 NA non-coding (NR_134854, exon 1 of 11) non-coding (NR_134854, exon 1 of 11) 113 NR_134854 91252 Hs.523664 NM_152264 ENSG00000165915 SLC39A13 EDSSPD3|LZT-Hs9|SCDEDS|ZIP13 solute carrier family 39 member 13 protein-coding nan 2.724 2.496 2.105 2.285 2.008 2.058 1.317 2.500 1.214 2.885 2.207 0.981 0.594 3.080 2.216 1.668 0.250 2.029 0.987 1.649 1.213 1.573 1.007 2.662 1.639 1.575 1.866 1.870 1.195 2.321 4.062 2.758 5.576 0.867 1.492 0.436 2.787 0.121 1.024 0.875 5.925 4.529 1.882 1.628 0.667 2.407 6.152 3.488 3.045 2.766 1.477 2.216 2.522 2.592 2.662 0.956 1.267 1.063 3.068 2.368 2.111 2.248 0.800 2.836 1.664 1.167 6.168 7.634 11.203 9.333 5.478 5.083 5.879 2.257 5.728 6.116 2.669 3.969 1.432 2.381 2.554 2.894 2.600 5.651 2.954 2.588 1.777 nan 2.354 1.205 2719 chr12 58137897 58139896 + 0 NA 5' UTR (NM_005981, exon 1 of 6) 5' UTR (NM_005981, exon 1 of 6) 124 NM_001330169 6302 Hs.632708 NM_005981 ENSG00000135452 TSPAN31 SAS tetraspanin 31 protein-coding 4.771 3.652 4.128 5.128 3.625 1.681 1.805 3.207 5.391 1.526 5.743 7.007 2.514 1.559 3.573 2.356 0.080 3.178 1.872 0.568 0.138 2.740 0.991 3.234 2.320 2.418 2.108 2.937 0.730 5.770 7.916 4.322 12.687 1.909 3.151 1.483 4.150 0.082 1.166 1.267 0.092 4.798 1.999 2.087 15.143 4.031 4.331 5.580 5.733 3.123 4.078 3.573 5.655 1.917 3.234 1.347 1.858 1.217 5.495 4.002 3.905 1.858 2.510 1.717 1.284 0.864 nan 6.223 5.621 8.365 4.417 4.867 10.181 4.484 12.452 13.522 3.938 nan 10.979 11.649 6.131 6.943 3.429 4.333 5.627 7.312 2.979 7.501 6.051 1.850 2690 chr12 53885017 53899551 + 0 NA intron (NM_001193511, intron 1 of 13) intron (NM_001193511, intron 1 of 13) 1160 NM_006301 7786 Hs.713539 NM_006301 ENSG00000139625 MAP3K12 DLK|MEKK12|MUK|ZPK|ZPKP1 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 protein-coding nan 2.235 1.536 0.891 1.711 0.809 1.247 1.147 2.285 0.933 2.754 3.101 1.378 1.084 2.458 2.568 1.350 0.233 1.128 0.405 3.228 1.860 1.118 0.547 2.186 1.677 1.609 2.464 1.059 0.603 2.020 3.921 1.317 6.611 0.723 1.901 0.823 2.606 0.090 1.003 0.707 2.382 1.399 0.658 0.849 0.738 1.905 2.465 3.510 3.586 1.563 1.518 2.568 1.369 1.494 2.186 0.841 1.663 0.909 3.256 1.481 1.942 0.640 0.688 1.144 1.113 0.707 nan 3.708 2.449 3.520 4.414 nan 6.209 2.835 2.900 3.047 1.948 nan 4.173 nan 3.586 3.514 0.916 1.677 3.581 4.170 1.976 3.085 2.916 1.437 2727 chr12 58738640 58753403 + 0 NA Intergenic Intergenic -239463 NR_126341 100506869 Hs.290456 NR_126341 ENSG00000258231 LOC100506869 - uncharacterized LOC100506869 ncRNA nan 0.793 0.668 0.082 1.405 0.019 0.183 0.229 0.362 0.038 0.074 0.374 0.020 0.040 0.060 0.377 0.424 0.121 0.093 0.111 0.043 0.019 0.694 0.484 0.294 0.343 0.053 0.015 0.065 0.078 0.066 0.432 0.087 0.387 0.292 0.073 0.078 0.022 0.089 0.120 0.059 0.078 0.012 0.016 0.081 0.062 0.176 0.280 0.099 0.067 0.084 0.133 0.377 0.057 1.996 0.294 0.016 0.203 0.105 0.059 0.048 0.139 0.053 0.208 0.063 0.070 0.028 nan 0.301 0.279 0.310 0.303 nan 6.746 2.222 0.307 0.347 0.349 nan 0.648 nan 0.420 0.168 0.108 0.295 0.294 0.224 0.248 0.441 2.509 1.349 4046 chr15 70982317 71015019 + 0 NA intron (NM_018003, intron 1 of 18) L1M3|LINE|L1 -4021 NM_001008224 55075 Hs.108049 NM_018003 ENSG00000137831 UACA NUCLING uveal autoantigen with coiled-coil domains and ankyrin repeats protein-coding 0.712 0.826 0.720 0.292 0.132 0.024 0.149 0.132 0.287 0.621 0.174 1.331 0.127 0.024 0.057 0.203 1.282 0.172 0.231 0.058 0.070 0.025 0.084 0.132 0.134 0.076 0.021 0.049 0.084 0.058 0.139 0.328 0.136 0.347 0.085 0.244 0.006 4.497 0.150 0.108 0.056 0.065 0.052 0.064 0.050 0.075 0.201 0.187 0.192 0.268 0.063 0.185 0.203 0.089 0.071 0.134 0.120 0.104 0.056 0.034 0.025 0.264 0.030 0.060 0.140 0.093 0.065 0.312 0.234 0.789 1.093 0.228 0.336 0.452 0.150 0.167 0.167 0.230 0.299 0.283 0.285 0.540 0.196 0.185 0.275 0.031 0.068 0.173 0.304 0.394 0.321 11990 chrX 148583922 148595322 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -2738 NR_104128 3423 Hs.6795 NM_000202 ENSG00000010404 IDS MPS2|SIDS iduronate 2-sulfatase protein-coding nan 1.452 1.044 1.583 0.430 0.453 4.393 0.870 1.537 0.117 0.634 0.794 0.517 0.456 0.288 1.593 0.227 0.057 1.068 0.406 0.372 0.061 0.179 0.143 0.584 1.359 0.811 0.143 1.966 1.060 1.413 2.656 0.795 1.453 1.258 0.510 0.058 0.149 0.022 0.386 0.140 0.671 0.196 0.123 1.339 2.742 2.800 0.264 0.750 0.385 0.146 0.660 1.593 1.701 2.725 0.584 0.279 1.169 0.307 0.434 0.400 0.621 0.077 0.108 0.792 0.273 0.269 0.872 1.046 0.574 0.873 1.572 1.357 3.201 1.274 0.947 1.107 0.823 1.313 1.114 2.326 1.379 1.655 0.286 0.541 0.547 0.436 0.603 0.922 0.369 0.355 8128 chr3 187452789 187469982 + 0 NA intron (NM_001706, intron 1 of 9) intron (NM_001706, intron 1 of 9) 2128 NM_001706 604 Hs.478588 NM_001706 ENSG00000113916 BCL6 BCL5|BCL6A|LAZ3|ZBTB27|ZNF51 B cell CLL/lymphoma 6 protein-coding 2.059 4.043 2.003 2.988 2.366 4.714 2.222 1.217 3.028 1.149 1.818 2.530 1.283 1.464 1.054 1.071 3.665 0.302 2.739 0.916 2.782 0.492 0.606 0.396 1.793 4.660 4.377 0.443 3.300 1.276 2.961 5.607 3.338 10.395 1.598 2.793 0.045 2.156 0.120 1.487 0.734 2.059 1.570 1.087 2.931 1.416 5.543 3.058 1.729 2.510 1.737 2.316 1.071 2.572 3.351 1.793 0.844 1.474 0.185 0.799 1.230 2.057 0.155 0.137 1.435 0.710 0.471 0.597 0.557 3.207 6.615 5.575 4.467 0.586 0.314 3.475 3.799 2.161 3.050 4.880 7.750 2.591 2.122 0.850 1.255 0.306 0.405 0.281 0.412 1.783 1.151 9240 chr5 145704900 145726003 + 0 NA Intergenic Intergenic -3136 NM_002700 5459 Hs.553499 NM_002700 ENSG00000091010 POU4F3 BRN3C|DFNA15|DFNA42|DFNA52 POU class 4 homeobox 3 protein-coding nan 0.731 0.459 0.065 0.116 0.039 0.093 0.152 0.267 0.013 0.075 0.065 0.021 0.019 0.047 0.116 0.074 0.145 0.050 0.027 0.021 0.013 0.089 0.078 0.103 0.041 0.034 0.048 0.068 0.010 0.107 0.090 0.054 0.810 0.007 0.056 0.082 0.052 0.097 0.022 6.483 0.095 0.026 0.017 0.052 0.051 0.064 0.134 0.066 0.097 0.023 0.042 0.116 0.057 0.022 0.103 0.052 0.043 0.069 0.047 0.044 0.023 0.056 0.053 0.011 0.038 0.007 0.186 0.137 0.117 0.112 0.407 0.414 0.334 0.078 0.064 0.070 0.185 0.317 0.219 0.304 0.416 0.262 0.177 0.220 1.160 0.547 0.118 0.190 0.718 0.525 4567 chr17 7135058 7147566 + 0 NA intron (NM_001284517, intron 1 of 4) CpG 937 NM_001284518 79142 Hs.644724 NM_024297 ENSG00000040633 PHF23 hJUNE-1b PHD finger protein 23 protein-coding 4.759 2.146 3.124 1.843 3.240 3.450 2.467 2.545 4.258 1.498 2.855 1.952 1.481 2.408 2.628 3.517 1.909 0.250 4.622 1.579 3.725 3.104 1.165 0.526 4.287 1.481 1.611 1.323 2.351 0.704 4.207 6.114 5.054 7.606 0.702 4.137 0.671 11.101 0.379 1.300 1.742 5.717 2.933 1.495 1.818 3.153 3.055 3.288 4.624 4.348 1.826 2.027 3.517 4.123 5.069 4.287 2.005 1.675 1.774 5.855 3.349 4.656 1.446 3.082 2.294 2.916 1.604 5.297 6.065 4.795 6.400 8.158 7.305 6.047 2.477 8.037 8.547 3.570 4.901 6.920 9.708 3.441 3.409 1.671 3.047 2.858 3.505 7.350 8.799 2.167 0.963 4328 chr16 30750383 30760689 + 0 NA 3' UTR (NM_001256829, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_001256829, exon 3 of 3) 4024 NM_001256829 100862671 Hs.667372 NM_001256829 ENSG00000281991 TMEM265 IFITMD8 transmembrane protein 265 protein-coding 1.473 1.296 1.229 3.564 0.998 1.232 1.466 0.427 1.111 0.762 2.234 0.544 1.697 0.711 0.528 0.497 0.583 0.172 2.172 0.772 1.195 0.306 0.211 0.208 0.785 1.013 0.874 0.971 2.101 0.881 1.865 3.139 2.196 4.437 0.779 0.746 0.111 0.643 0.127 0.394 0.297 2.089 1.610 0.597 1.895 1.946 1.933 0.832 1.738 2.810 0.484 2.339 0.497 3.481 1.102 0.785 0.748 1.091 0.225 1.326 0.723 1.121 0.251 0.216 0.733 0.827 0.549 0.934 1.130 1.420 2.547 0.958 0.971 2.036 0.901 1.953 1.685 0.927 1.307 2.809 3.897 1.179 1.043 0.662 1.169 0.966 1.071 0.661 1.108 0.720 0.503 6676 chr2 223885750 223922641 + 0 NA Intergenic L1HS|LINE|L1 -12453 NM_080671 23704 Hs.348522 NM_080671 ENSG00000152049 KCNE4 MIRP3 potassium voltage-gated channel subfamily E regulatory subunit 4 protein-coding nan 0.873 0.973 0.181 0.224 0.239 0.677 0.213 0.365 0.065 0.754 1.061 0.032 1.151 0.102 0.271 1.139 0.261 0.280 0.216 0.166 0.023 0.218 0.154 0.220 1.750 1.355 0.044 0.085 0.051 0.207 0.977 0.133 nan 0.304 8.341 0.087 0.050 0.124 0.161 0.059 0.161 0.090 0.076 0.131 0.064 0.366 0.861 0.467 0.131 0.148 0.414 0.271 0.114 0.065 0.220 0.259 0.051 0.034 0.250 2.841 0.365 0.043 0.158 1.123 0.022 0.022 0.407 0.235 0.314 0.610 0.237 0.272 2.002 0.400 0.272 0.304 0.661 1.033 1.424 nan 0.375 0.198 0.116 0.249 0.396 0.798 0.380 nan 0.879 0.539 6837 chr20 10500617 10509768 + 0 NA intron (NM_001009608, intron 2 of 7) intron (NM_001009608, intron 2 of 7) 89241 NM_001009608 128710 Hs.668782 NM_001009608 ENSG00000149346 SLX4IP C20orf94|bA204H22.1|bA254M13.1|dJ1099D15.3 SLX4 interacting protein protein-coding 1.319 nan 0.918 0.288 2.285 0.201 1.100 0.369 0.583 0.063 1.034 0.034 0.065 0.622 2.005 0.918 0.282 0.320 0.311 0.125 0.308 0.173 0.301 0.373 0.102 0.056 0.067 0.092 0.281 0.749 0.176 2.204 0.620 2.087 0.052 0.095 0.100 0.122 0.551 0.084 0.278 0.215 0.132 0.135 0.169 0.196 0.597 0.444 0.754 0.273 2.005 0.384 0.547 0.301 0.173 0.105 0.604 0.032 4.444 0.563 0.087 0.179 0.615 0.120 0.082 0.871 1.018 0.561 0.659 0.710 0.547 9.727 2.684 0.272 0.358 2.396 3.752 3.043 5.005 1.355 1.075 0.230 0.356 0.943 1.459 0.422 1.002 1.431 0.973 6709 chr2 232741895 232776707 + 0 NA Intergenic Intergenic -2293 NR_031717 100302126 NR_031717 ENSG00000222246 MIR1471 MIRN1471|hsa-mir-1471 microRNA 1471 ncRNA 0.869 nan 0.956 0.095 0.397 2.660 0.166 0.147 0.209 0.036 0.055 0.120 0.422 0.052 0.263 0.162 0.040 0.083 0.200 0.064 0.045 0.139 0.109 0.123 0.138 0.181 0.089 0.057 0.070 0.042 0.232 1.570 0.461 3.365 0.042 0.115 0.230 0.138 0.123 0.051 0.032 0.201 0.032 0.029 0.038 0.075 0.191 0.129 0.161 0.084 0.034 0.080 0.162 0.166 0.040 0.138 0.092 0.038 0.034 0.226 0.085 0.062 0.020 0.025 0.042 0.035 0.018 0.376 0.204 0.307 0.461 0.294 0.361 0.622 0.161 0.322 0.343 0.154 0.337 5.373 nan 0.391 0.245 0.228 0.228 0.568 0.748 0.239 0.377 1.274 0.722 6097 chr2 50158841 50202123 + 0 NA intron (NM_138735, intron 4 of 5) intron (NM_138735, intron 4 of 5) 20859 NM_001320157 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 1.086 nan 1.112 0.053 0.282 3.766 0.062 0.059 0.130 0.007 0.060 0.019 0.016 0.025 1.131 0.716 0.081 0.081 0.078 0.004 0.021 0.010 0.275 0.231 0.420 0.032 0.013 0.005 0.058 0.025 0.081 0.061 0.052 0.493 0.056 0.063 0.073 0.040 0.104 0.077 0.090 0.088 0.011 0.008 0.046 0.011 0.093 0.150 0.040 0.023 0.057 0.037 0.716 0.035 0.019 0.420 0.026 0.044 0.110 0.182 0.117 0.022 0.087 0.348 0.035 0.024 0.020 0.322 0.220 0.372 0.486 0.673 0.684 1.548 0.522 0.409 0.424 1.335 1.641 0.469 0.461 0.983 0.746 0.169 0.275 0.256 0.305 0.823 1.421 0.697 0.539 9762 chr6 72595359 72648562 + 0 NA intron (NM_001350412, intron 1 of 2) intron (NM_001350412, intron 1 of 2) 25554 NM_001350412 22999 Hs.485729 NM_014989 ENSG00000079841 RIMS1 CORD7|RAB3IP2|RIM|RIM1 regulating synaptic membrane exocytosis 1 protein-coding nan nan 0.534 0.129 0.160 0.032 0.019 0.118 0.177 0.007 0.077 0.038 0.028 0.028 0.061 0.129 0.172 0.104 0.093 0.025 0.020 0.016 0.112 0.129 0.079 0.013 0.012 0.004 0.053 0.024 1.368 4.194 1.204 0.513 0.055 0.036 0.018 0.201 0.141 0.011 0.021 0.078 0.021 0.012 0.427 0.039 0.073 0.075 0.031 0.119 0.012 0.175 0.129 0.056 0.023 0.079 0.028 0.025 0.009 0.128 0.052 0.041 0.038 0.051 0.023 0.014 0.014 0.393 0.369 0.218 0.279 0.238 0.284 0.182 0.101 0.289 0.255 0.145 0.225 0.276 0.326 0.333 0.164 0.122 0.188 0.093 0.097 0.134 0.217 0.360 0.337 6780 chr2 242819278 242848181 + 0 NA intron (NR_110220, intron 2 of 3) intron (NR_110220, intron 2 of 3) 7562 NR_135768 285095 Hs.85890 NR_135766 ENSG00000216921 LOC285095 - uncharacterized LOC285095 ncRNA 1.337 nan 2.622 0.244 1.596 4.877 0.288 0.611 1.055 0.255 0.299 0.079 0.013 0.128 1.053 0.683 0.045 0.028 0.300 0.125 0.065 0.115 0.293 0.154 1.309 0.156 0.077 0.387 0.195 0.018 0.368 1.550 0.139 4.710 0.141 0.220 0.027 0.299 0.102 0.111 0.172 0.183 0.075 0.038 0.053 0.048 0.130 0.090 0.308 0.174 0.055 0.337 0.683 0.429 0.249 1.309 0.034 1.153 0.225 0.908 1.221 0.222 0.186 0.656 0.045 0.010 0.016 0.816 0.860 0.465 0.602 1.355 1.230 1.171 0.287 0.710 0.771 0.437 0.669 3.445 4.973 1.403 1.541 0.490 0.661 0.311 0.344 1.394 1.990 1.299 0.568 3025 chr12 123712236 123728558 + 0 NA intron (NM_001194995, intron 1 of 2) AluSx1|SINE|Alu 2106 NM_001143905 91574 Hs.319128 NM_152269 ENSG00000130921 C12orf65 COXPD7|SPG55 chromosome 12 open reading frame 65 protein-coding 1.830 1.632 1.387 1.245 1.508 1.964 1.149 1.136 1.879 0.462 0.809 0.820 0.484 0.408 2.300 1.083 0.762 0.226 0.849 0.416 0.639 0.596 0.983 0.627 1.806 0.876 0.639 0.727 0.810 0.368 0.985 1.556 0.519 4.438 0.393 0.996 0.492 1.512 0.144 0.541 1.810 1.258 1.206 0.597 0.647 0.268 0.891 0.818 1.465 1.778 0.840 0.603 1.083 0.757 1.416 1.806 0.545 0.330 0.375 1.727 0.907 0.512 1.060 0.865 0.635 0.628 0.322 1.543 1.999 1.364 1.828 3.746 3.477 nan 0.921 3.415 3.649 3.611 4.449 3.029 4.395 2.589 2.176 1.470 2.288 2.385 2.647 2.268 3.425 2.746 1.198 8913 chr5 54515396 54531096 + 0 NA promoter-TSS (NM_001190787) promoter-TSS (NM_001190787) -103 NM_001190787 345643 Hs.394578 NM_001190787 ENSG00000234602 MCIDAS IDAS|MCI|MCIN multiciliate differentiation and DNA synthesis associated cell cycle protein protein-coding nan nan 1.169 0.854 0.912 0.691 1.506 0.296 0.699 0.538 0.607 0.893 0.406 0.346 1.283 1.903 0.646 0.114 1.020 0.756 0.036 0.449 0.375 0.175 0.305 1.437 1.395 1.252 1.109 0.876 1.382 3.107 1.970 4.110 0.630 0.904 1.108 1.821 0.125 0.589 0.481 1.027 0.964 0.730 1.909 0.494 1.313 1.277 1.459 2.056 1.558 2.029 1.903 0.998 1.214 0.305 1.533 0.824 1.134 1.718 0.892 0.435 0.050 0.213 0.154 1.159 0.538 0.245 0.263 1.487 2.284 0.952 0.805 nan 0.719 0.814 0.847 1.480 2.303 1.358 1.439 nan 1.145 0.146 0.349 2.908 2.279 0.217 0.462 0.907 0.555 11404 chr8 146244836 146256223 + 0 NA Intergenic HERVK-int|LTR|ERVK -22244 NR_023392 286101 Hs.367856 NR_023392 ZNF252P ZNF252 zinc finger protein 252, pseudogene pseudo 1.073 1.485 nan 0.162 1.094 0.195 0.083 1.239 2.863 0.067 0.171 0.096 0.027 0.107 1.174 0.369 0.118 0.099 0.157 0.105 0.033 0.026 1.129 0.414 2.563 0.074 0.038 0.039 0.077 0.065 0.207 0.378 0.231 1.138 0.116 0.048 0.050 0.079 0.112 0.042 0.133 0.176 0.069 0.069 0.068 0.051 0.146 0.210 0.114 0.087 0.063 0.029 0.369 0.183 0.024 2.563 0.075 0.065 0.060 0.108 0.375 0.035 0.111 0.205 0.046 0.023 0.031 0.259 0.284 0.323 0.610 nan 4.546 nan 0.386 0.671 0.631 0.218 0.441 0.550 0.722 0.641 0.496 0.575 0.526 0.375 0.452 0.361 0.566 3.246 1.352 2910 chr12 104522864 104533097 + 0 NA intron (NM_006166, intron 2 of 7) intron (NM_006166, intron 2 of 7) 4060 NM_006166 4801 Hs.84928 NM_006166 ENSG00000120837 NFYB CBF-A|CBF-B|HAP3|NF-YB nuclear transcription factor Y subunit beta protein-coding 2.634 2.168 nan 1.632 2.836 1.688 0.853 1.639 3.366 0.674 1.680 0.809 0.577 0.456 1.990 2.400 1.541 0.315 1.375 0.278 0.959 0.768 1.210 0.781 3.497 0.878 1.132 2.246 1.495 0.493 1.273 2.393 1.305 3.399 0.429 1.225 0.521 1.708 0.173 0.277 0.846 1.297 1.467 0.772 0.267 0.500 1.233 1.367 2.039 1.796 0.928 1.496 2.400 1.812 1.478 3.497 0.558 1.154 0.389 2.970 1.220 0.776 0.741 0.976 0.528 1.097 0.581 2.601 2.304 3.080 4.523 4.755 4.508 5.261 1.949 4.278 4.065 2.534 3.513 3.137 4.855 3.694 3.832 1.123 2.788 2.497 1.926 3.816 3.220 4.957 2.053 1991 chr11 63674273 63707513 + 0 NA Intergenic Intergenic -6577 NM_173587 283248 Hs.98788 NM_173587 ENSG00000167771 RCOR2 - REST corepressor 2 protein-coding nan 1.190 1.377 0.396 2.036 2.184 0.729 0.448 0.820 0.293 1.636 1.017 0.383 0.902 0.916 2.101 0.360 0.170 0.467 0.132 0.849 0.765 0.193 0.181 1.062 0.240 0.212 0.524 0.198 0.175 0.506 1.634 0.323 2.205 0.334 1.297 0.777 1.376 0.103 0.163 1.623 1.026 0.473 0.240 0.216 0.249 1.390 0.437 1.450 0.856 1.028 0.388 2.101 0.727 0.428 1.062 0.180 0.282 1.281 1.172 1.540 0.348 0.771 1.972 0.268 0.142 0.073 3.867 5.230 0.748 1.111 3.385 2.992 1.974 0.697 1.525 1.440 1.291 1.835 4.080 4.881 3.526 3.812 1.164 1.747 1.973 1.520 2.217 4.348 0.802 0.574 8369 chr4 49653369 49656060 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite 666055 NM_001286791 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 19.447 23.119 20.400 2.133 5.111 0.872 1.227 4.715 8.403 0.877 3.332 3.145 0.833 4.107 5.805 6.530 2.500 15.691 1.957 0.070 0.568 2.967 2.879 8.378 2.055 0.226 1.321 0.502 4.210 0.184 5.742 2.590 3.212 9.121 0.170 3.812 2.329 1.811 8.609 0.162 1.199 3.641 2.062 0.838 0.040 5.357 2.455 7.273 2.324 1.736 0.578 2.052 6.530 2.077 1.168 2.055 1.706 1.940 1.046 0.619 1.504 1.522 1.806 2.023 0.912 1.180 1.145 12.009 4.348 4.832 5.916 10.025 14.847 4.362 3.439 7.125 6.516 10.833 14.485 6.176 6.760 14.790 3.533 3.690 6.259 3.807 7.465 5.451 8.313 4.733 7.471 927 chr1 182356995 182368755 + 0 NA Intergenic Intergenic -1534 NM_001033044 2752 Hs.132016 NM_002065 ENSG00000135821 GLUL GLNS|GS|PIG43|PIG59 glutamate-ammonia ligase protein-coding nan nan 2.925 1.137 3.630 2.380 0.513 1.159 2.118 0.633 1.235 0.769 0.237 0.640 5.071 2.869 2.166 0.367 0.510 0.065 0.532 0.105 1.631 0.821 1.731 1.211 1.025 0.170 0.878 0.412 1.782 3.668 1.583 7.855 0.545 0.521 0.940 0.754 0.110 0.361 1.685 0.283 1.167 0.728 1.697 0.198 1.711 0.205 1.080 0.649 1.216 2.009 2.869 0.425 1.493 1.731 2.045 2.976 0.684 1.674 1.054 0.186 3.846 1.756 0.358 0.426 0.233 3.470 4.157 6.120 8.851 5.648 nan 2.820 1.260 nan 7.887 2.805 3.417 2.960 4.480 2.761 3.337 5.615 11.153 2.933 2.914 2.809 5.233 1.944 1.067 5475 chr19 1465004 1480619 + 0 NA TTS (NM_152482) TTS (NM_152482) 6417 NM_152482 148223 Hs.532840 NM_152482 ENSG00000119559 C19orf25 - chromosome 19 open reading frame 25 protein-coding 1.171 1.258 1.944 0.506 0.757 0.497 0.935 0.544 1.111 0.147 0.542 0.478 0.123 0.649 1.056 0.879 0.244 0.114 0.725 0.376 0.522 0.240 0.271 0.296 0.672 0.650 0.573 0.624 0.818 0.501 1.206 1.791 0.545 2.238 0.253 0.601 0.140 0.451 0.071 0.212 0.158 2.022 0.604 0.265 0.467 0.284 0.414 0.538 0.615 1.880 1.525 0.442 0.879 1.081 0.662 0.672 0.291 1.096 0.392 4.911 1.093 1.499 0.070 0.261 0.365 0.417 0.288 0.443 0.494 0.940 1.431 0.996 0.942 1.050 0.435 0.683 0.673 0.827 1.343 0.766 nan 2.048 1.704 0.345 0.374 0.771 0.965 0.644 1.081 1.106 0.564 5855 chr2 2878225 2883544 + 0 NA Intergenic Intergenic 248914 NR_110228 101927554 Hs.638446 NR_110228 ENSG00000234423 LINC01250 - long intergenic non-protein coding RNA 1250 ncRNA 0.531 0.513 0.734 0.109 0.081 0.063 0.120 0.222 0.030 0.053 0.024 0.018 0.284 0.335 0.075 0.030 0.039 0.035 0.027 0.238 0.229 0.157 0.057 0.052 0.090 0.129 0.074 0.509 0.055 0.030 0.018 0.072 0.074 0.045 0.059 0.157 0.015 0.020 0.028 0.097 0.079 0.029 0.063 0.335 0.026 0.157 0.023 0.015 0.129 0.044 0.889 0.029 0.037 0.046 0.029 0.011 0.010 0.554 0.592 12.318 4.253 0.598 0.552 0.621 0.270 0.332 0.272 0.332 0.738 0.626 0.767 0.415 0.280 0.357 0.328 0.120 0.083 0.181 0.146 0.669 0.679 9467 chr6 17903756 17910477 + 0 NA intron (NM_022113, intron 2 of 38) intron (NM_022113, intron 2 of 38) 80738 NM_001105568 63971 Hs.94499 NM_022113 ENSG00000137177 KIF13A RBKIN|bA500C11.2 kinesin family member 13A protein-coding 0.980 nan 0.947 0.139 0.129 0.025 1.336 0.100 0.274 1.348 2.181 2.154 0.009 0.107 0.107 0.287 0.817 0.190 1.345 0.596 0.944 0.023 0.051 0.107 5.036 5.508 0.043 0.627 0.847 0.145 0.703 1.319 0.324 0.354 2.702 0.064 0.114 0.389 0.105 1.534 0.683 0.396 1.934 0.599 2.328 2.749 1.344 0.244 0.246 1.714 0.287 0.859 0.276 0.107 1.292 0.281 0.089 0.320 0.046 1.801 0.088 0.348 0.831 0.120 0.090 0.354 0.200 0.340 0.638 0.324 0.419 0.113 0.062 0.323 0.386 1.836 2.108 0.400 0.210 0.408 0.193 0.142 0.209 0.099 0.127 0.412 0.835 0.334 0.531 11743 chr9 117478760 117486299 + 0 NA Intergenic Intergenic -38160 NR_133056 100505478 Hs.200101 NM_001199233 ENSG00000230601 TEX48 - testis expressed 48 protein-coding 0.897 1.871 nan 0.162 1.299 0.858 6.061 0.276 0.759 0.026 0.103 0.598 0.053 0.410 0.203 0.079 0.064 3.677 2.109 0.027 0.475 0.229 1.997 1.273 0.793 0.059 3.662 2.257 2.048 7.703 1.020 2.346 1.165 0.084 0.715 0.052 0.872 1.012 0.159 0.104 0.052 1.045 2.046 0.267 0.105 0.119 0.105 0.084 0.239 0.203 7.262 3.071 1.997 0.372 0.264 1.093 0.046 0.154 1.099 0.324 0.068 0.242 0.015 0.014 0.286 0.469 0.597 1.602 4.002 4.064 1.297 0.383 0.232 0.407 0.127 0.241 2.914 nan 1.235 0.946 0.304 0.722 2.522 2.757 0.229 0.253 nan 0.570 3180 chr13 60834053 60845555 + 0 NA intron (NR_047022, intron 1 of 2) intron (NR_047022, intron 1 of 2) 2434 NR_047022 100874169 Hs.171027 NR_047022 LINC00434 - long intergenic non-protein coding RNA 434 ncRNA nan 2.048 nan 0.018 1.870 0.059 0.037 0.391 0.791 0.054 0.056 0.022 0.164 2.330 0.512 0.123 0.071 0.081 0.016 0.012 0.450 0.183 2.301 0.030 0.025 0.026 0.029 0.092 0.398 0.722 0.061 3.428 0.050 0.089 1.448 0.075 0.087 0.030 0.198 0.162 0.099 0.109 0.038 0.033 0.067 0.125 0.127 0.215 0.095 0.034 0.512 0.087 0.032 2.301 0.021 0.072 0.047 0.208 0.333 0.007 0.284 0.065 0.007 0.015 0.009 0.759 0.591 0.568 0.448 3.260 2.731 5.077 1.631 0.152 0.159 0.077 0.117 1.924 1.862 0.304 0.167 0.400 0.888 6.117 5.385 0.392 0.814 1.321 0.601 10866 chr8 27720128 27737761 + 0 NA 3' UTR (NM_173833, exon 9 of 9) 3' UTR (NM_173833, exon 9 of 9) 14689 NR_036249 100422828 NR_036249 ENSG00000265847 MIR4287 - microRNA 4287 ncRNA nan 0.738 nan 0.162 0.079 0.165 0.614 0.128 0.170 0.033 0.054 0.583 0.007 0.045 0.071 1.039 0.140 0.150 0.140 2.370 0.016 0.062 0.135 0.108 0.694 0.493 0.033 0.043 0.287 0.077 0.454 0.031 0.188 0.615 3.846 0.032 0.074 0.107 0.160 0.023 0.277 0.109 0.080 0.055 0.123 1.213 0.126 5.578 0.053 2.268 1.738 1.039 0.287 0.129 0.108 0.868 0.613 0.022 2.202 0.114 0.574 0.068 0.091 0.172 0.020 0.006 0.512 0.407 0.575 1.852 nan 0.539 nan 0.135 0.177 0.160 0.114 0.166 0.212 0.274 0.434 0.250 0.158 0.225 0.448 1.224 0.242 0.433 nan nan 11387 chr8 144690863 144701874 + 0 NA exon (NM_001317783, exon 7 of 11) exon (NM_001317783, exon 7 of 11) 3281 NM_001317783 7264 Hs.404119 NM_003313 ENSG00000104522 TSTA3 FX|P35B|SDR4E1 tissue specific transplantation antigen P35B protein-coding 3.820 1.687 nan 3.115 2.745 1.650 1.567 1.038 2.083 1.134 2.505 1.408 0.604 1.768 2.670 1.340 0.971 0.257 2.436 0.757 2.594 1.499 0.741 0.389 2.582 1.224 1.232 1.411 2.451 1.208 2.949 4.212 2.108 5.962 1.128 1.596 0.406 1.170 0.072 0.657 0.678 2.901 2.213 1.303 1.610 0.502 3.636 1.814 2.660 3.403 1.416 1.926 1.340 3.321 1.537 2.582 1.099 1.914 1.075 4.179 3.007 0.978 0.486 0.880 0.708 0.884 0.447 1.777 2.049 1.750 2.807 nan 3.694 nan 0.954 4.658 4.878 1.708 2.531 2.198 2.937 2.374 2.862 1.298 1.979 1.804 1.857 2.650 2.951 1.887 1.035 10447 chr7 77349099 77361127 + 0 NA intron (NM_198467, intron 1 of 7) AluSp|SINE|Alu -28451 NR_038361 100505854 Hs.72451 NR_038361 ENSG00000214293 APTR RSBN1L-AS1 Alu-mediated CDKN1A/p21 transcriptional regulator (non-protein coding) ncRNA nan 0.971 3.372 0.107 0.986 0.117 0.212 0.463 0.942 0.031 0.230 0.321 0.082 0.041 0.282 0.574 0.406 0.294 0.200 0.079 0.036 0.103 0.535 0.593 1.189 0.075 0.042 0.141 0.130 0.035 0.202 0.448 0.448 1.194 0.061 0.314 0.436 0.215 0.156 0.010 0.996 0.168 0.055 0.046 0.072 0.128 0.232 0.157 0.325 0.371 0.091 0.132 0.574 0.135 0.131 1.189 0.142 0.126 1.255 0.088 0.084 0.117 0.163 0.893 0.070 0.014 0.017 0.560 0.764 0.422 nan 1.791 1.819 1.282 0.553 0.345 0.344 1.285 nan 1.061 nan 6.547 5.465 0.365 0.600 1.875 2.531 1.896 3.219 0.855 0.732 652 chr1 145420511 145462752 + 0 NA 3' UTR (NM_001313972, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_001313972, exon 7 of 7) 2284 NM_001313972 10628 Hs.533977 NM_006472 ENSG00000265972 TXNIP ARRDC6|EST01027|HHCPA78|THIF|VDUP1 thioredoxin interacting protein protein-coding 1.903 nan 2.203 0.871 1.533 1.880 2.000 0.707 1.450 0.146 0.955 1.323 0.166 1.267 4.286 1.994 1.220 0.283 1.578 1.056 0.143 0.154 1.014 0.616 1.172 2.031 1.416 0.220 1.064 0.753 3.603 12.294 2.201 7.557 1.240 0.988 0.362 0.207 0.132 1.446 0.401 0.417 0.320 0.223 1.706 1.008 1.176 1.438 0.531 0.292 1.001 1.589 1.994 1.551 0.748 1.172 0.938 0.734 0.382 0.388 1.005 1.464 1.122 0.800 0.562 0.280 0.315 0.857 1.407 1.112 1.965 2.679 2.610 2.234 0.613 1.303 1.360 1.347 1.676 2.939 2.656 1.734 1.702 1.286 1.858 1.066 1.231 0.909 2.451 1.390 0.814 7194 chr21 36232564 36265560 + 0 NA intron (NM_001001890, intron 2 of 5) intron (NM_001001890, intron 2 of 5) 11925 NM_001122607 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 1.462 0.890 1.764 2.573 0.609 2.238 3.338 0.491 0.942 1.508 1.660 1.368 3.243 0.097 2.736 1.198 1.124 0.170 2.647 0.959 1.671 0.034 0.186 0.136 1.719 2.320 2.519 0.947 3.033 2.173 4.320 6.885 4.498 2.736 1.512 1.218 0.020 0.132 0.078 1.746 0.247 3.541 1.403 0.611 2.337 1.868 2.581 2.458 1.113 2.382 0.849 2.183 1.198 3.422 3.598 1.719 1.217 2.241 0.221 1.832 0.415 1.444 0.328 0.072 2.179 1.552 1.235 1.260 1.496 3.683 6.756 4.821 4.026 1.163 0.400 4.183 4.214 0.140 0.275 1.783 2.583 0.800 0.760 1.209 1.404 0.307 0.291 0.262 0.287 nan 0.503 8683 chr4 190532736 190536285 + 0 NA Intergenic Intergenic -46250 NR_121679 101928971 Hs.519164 NR_121679 ENSG00000250739 LINC01262 TCONS_l2_00021807 long intergenic non-protein coding RNA 1262 ncRNA 0.500 0.559 nan 0.062 0.147 0.015 0.180 0.236 0.168 0.156 0.052 0.088 0.050 0.072 0.063 0.114 0.128 0.017 0.018 0.045 0.070 0.203 0.040 0.030 0.154 0.030 0.089 0.126 0.061 0.171 0.042 0.076 0.054 0.074 0.023 0.052 0.084 0.022 0.030 0.129 0.121 0.115 0.023 0.008 0.056 0.072 0.059 0.203 0.034 0.049 0.081 0.058 0.026 0.363 0.034 0.064 0.016 2.718 1.968 10.615 11.658 0.306 0.310 0.003 0.018 1.838 1.802 0.106 0.173 0.071 0.112 0.290 0.111 1.359 1.875 0.059 0.086 0.071 0.116 0.286 0.170 9598 chr6 35325940 35371283 + 0 NA intron (NM_001171819, intron 2 of 6) MIRb|SINE|MIR 38276 NM_177435 5467 Hs.696032 NM_006238 ENSG00000112033 PPARD FAAR|NR1C2|NUC1|NUCI|NUCII|PPARB peroxisome proliferator activated receptor delta protein-coding nan 1.039 nan 0.899 0.167 0.270 2.689 0.311 0.661 0.088 0.448 0.555 0.152 0.053 0.424 0.417 2.204 0.316 1.229 0.850 0.145 0.064 0.066 0.136 0.259 0.799 0.349 0.057 1.203 1.705 0.777 2.930 1.638 0.382 0.751 0.095 0.078 0.112 0.123 0.201 0.152 0.298 0.308 0.213 1.383 0.796 0.676 1.160 0.176 0.337 0.147 0.712 0.417 2.320 0.347 0.259 0.400 0.305 0.244 0.264 0.054 0.570 0.199 0.395 0.594 3.304 3.811 0.453 0.449 0.332 nan nan 0.513 0.449 0.191 0.382 0.433 0.485 0.751 0.572 0.741 0.532 0.376 0.284 0.371 0.288 0.218 0.553 1.337 0.390 0.389 7929 chr3 154723921 154752963 + 0 NA Intergenic Intergenic -3471 NM_001354642 4311 Hs.307734 NM_000902 ENSG00000196549 MME CALLA|CD10|CMT2T|NEP|SCA43|SFE membrane metalloendopeptidase protein-coding nan 0.968 0.553 0.161 0.186 0.033 0.088 0.121 0.249 0.175 0.100 0.057 0.064 0.021 0.046 0.132 0.374 0.183 0.106 0.046 0.024 0.122 0.129 0.142 0.062 0.253 0.087 0.697 0.175 0.102 0.081 0.331 0.555 0.192 0.091 0.051 0.010 0.041 0.076 0.016 0.052 0.187 0.025 0.032 0.008 0.037 0.130 0.192 0.056 0.134 0.019 0.028 0.132 0.096 0.032 0.062 0.054 0.048 0.023 0.826 0.014 0.046 0.062 0.059 0.036 0.024 0.005 0.558 0.329 6.456 5.662 0.239 0.342 0.227 0.092 0.520 0.610 0.219 nan 0.191 0.164 0.655 0.292 0.319 0.481 0.043 0.071 0.243 0.397 0.160 0.234 10368 chr7 55111095 55207525 + 0 NA intron (NM_001346941, intron 1 of 21) intron (NM_001346941, intron 1 of 21) -18200 NM_001346900 1956 Hs.488293 NM_005228 ENSG00000146648 EGFR ERBB|ERBB1|HER1|NISBD2|PIG61|mENA epidermal growth factor receptor protein-coding nan 1.394 1.531 2.530 0.098 1.113 3.177 0.301 0.710 1.373 1.004 2.565 0.479 0.213 0.135 0.449 1.816 0.145 0.675 0.364 1.483 0.013 0.114 0.101 0.340 1.723 1.136 0.531 2.177 0.826 0.565 1.427 10.476 1.567 0.767 0.892 0.033 2.826 0.187 0.860 0.036 2.371 1.198 0.487 1.031 4.987 2.144 1.901 0.756 0.691 0.241 0.318 0.449 0.903 5.061 0.340 0.299 0.382 0.083 0.693 0.830 2.754 0.018 0.063 1.862 1.318 1.063 0.370 0.214 2.668 2.027 0.838 0.847 0.105 0.066 0.061 0.056 0.173 0.277 1.230 1.100 0.369 0.261 0.112 0.160 0.122 0.176 0.125 0.176 0.685 0.571 4445 chr16 73465552 73469916 + 0 NA Intergenic Intergenic 47030 NR_038234 100506172 Hs.434230 NR_038234 ENSG00000258779 LINC01568 - long intergenic non-protein coding RNA 1568 ncRNA 0.682 0.764 nan 0.033 0.846 0.371 0.081 0.547 1.112 0.067 0.126 0.067 0.174 0.291 0.073 0.074 0.043 0.087 0.358 0.075 0.225 0.017 0.033 0.032 0.062 0.054 0.048 1.655 0.074 0.109 0.002 0.038 0.026 0.091 0.055 0.042 0.052 0.025 0.035 0.044 0.204 0.056 0.057 0.045 0.291 0.065 0.042 0.225 0.056 0.088 0.026 0.053 3.838 0.093 0.026 5.656 8.848 11.232 7.697 0.764 0.963 0.045 0.029 4.863 5.339 0.364 0.660 0.170 0.334 0.569 0.651 2.572 5.015 0.240 0.186 0.101 0.180 1.752 1.008 7745 chr3 112383167 112413001 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR -38094 NM_199511 151887 Hs.477128 NM_199511 ENSG00000091986 CCDC80 DRO1|SSG1|URB|okuribin coiled-coil domain containing 80 protein-coding 1.274 nan 0.893 0.338 0.204 0.036 1.826 0.294 0.835 0.566 1.281 2.254 0.060 0.061 0.340 0.532 1.870 0.274 1.552 0.619 0.121 0.044 0.271 0.216 1.525 1.777 1.200 0.086 1.885 1.694 0.348 1.851 0.516 1.119 0.838 0.707 0.079 0.047 0.106 0.254 0.130 0.661 0.252 0.173 1.468 2.031 0.817 1.815 0.446 0.229 0.058 0.689 0.532 1.107 1.348 1.525 0.495 0.161 0.068 0.097 0.254 0.551 0.080 0.613 0.343 0.253 0.294 0.580 0.793 0.322 0.513 0.601 nan 1.805 0.728 2.037 2.153 nan 0.395 0.960 1.203 0.768 0.409 0.128 0.216 0.387 0.438 0.669 1.211 0.697 0.698 3851 chr14 105928927 105969235 + 0 NA Intergenic Intergenic -4176 NM_001311 1396 Hs.70327 NM_001311 ENSG00000213145 CRIP1 CRHP|CRIP|CRP-1|CRP1 cysteine rich protein 1 protein-coding 4.330 2.221 5.691 1.555 1.758 6.947 1.450 0.955 1.784 1.371 1.342 0.409 0.724 0.787 1.400 2.680 0.485 0.175 0.899 0.301 2.942 0.711 1.363 0.639 3.768 0.919 0.876 0.866 0.987 0.262 7.693 12.493 8.393 5.811 3.137 1.523 0.738 2.363 0.100 0.859 0.818 1.065 0.543 0.329 0.433 1.279 0.782 0.652 3.069 4.315 0.320 2.104 2.680 1.944 0.892 3.768 0.837 5.467 0.720 2.444 1.188 0.492 0.511 0.114 1.117 0.503 0.247 2.270 4.315 1.048 1.866 4.467 4.144 3.307 2.554 0.681 0.651 1.993 3.038 2.481 5.078 1.581 1.627 0.840 1.480 2.791 1.563 0.700 0.632 0.468 0.283 9197 chr5 137908773 137912890 + 0 NA intron (NM_004134, intron 1 of 16) intron (NM_004134, intron 1 of 16) 487 NM_004134 3313 Hs.184233 NM_004134 ENSG00000113013 HSPA9 CRP40|CSA|EVPLS|GRP-75|GRP75|HEL-S-124m|HSPA9B|MOT|MOT2|MTHSP75|PBP74|SAAN|SIDBA4 heat shock protein family A (Hsp70) member 9 protein-coding 5.795 5.182 nan 4.110 6.390 4.063 5.626 5.732 10.583 2.661 5.669 4.501 6.054 2.190 8.386 3.906 4.663 0.356 3.670 1.699 5.398 5.688 2.306 1.116 8.985 4.988 7.279 3.575 4.073 2.339 10.879 12.110 4.257 15.164 2.504 8.736 2.295 8.492 0.325 2.025 6.006 6.017 7.214 2.779 5.470 3.620 5.432 6.972 5.312 6.997 5.954 4.608 3.906 5.494 7.239 8.985 4.402 3.466 1.265 6.238 5.516 4.418 4.842 3.164 3.469 6.946 4.713 7.091 6.543 11.033 15.376 8.682 9.743 10.568 8.783 23.904 25.907 6.193 7.128 12.334 15.164 11.858 11.768 14.957 18.102 9.713 13.544 9.228 9.211 4.420 2.094 10144 chr7 5786483 5822174 + 0 NA intron (NM_207116, intron 1 of 16) L1MEe|LINE|L1 17033 NM_207111 54476 Hs.487458 NM_019011 ENSG00000011275 RNF216 CAHH|TRIAD3|U7I1|UBCE7IP1|ZIN ring finger protein 216 protein-coding 1.762 1.179 1.626 0.751 0.236 0.116 0.598 0.234 0.430 0.173 1.090 2.213 0.101 0.144 0.243 0.397 0.475 0.263 0.480 0.127 1.804 0.244 0.241 0.252 0.557 2.168 1.890 0.394 0.644 0.112 0.443 nan 0.626 nan 0.205 1.073 0.096 0.416 0.193 0.402 0.253 1.380 0.489 0.308 0.253 0.203 0.446 2.155 0.640 1.893 0.259 0.511 0.397 0.509 2.063 0.557 0.514 0.279 0.088 1.121 0.333 1.206 0.163 0.302 0.653 1.654 1.373 1.572 1.413 1.207 nan 0.853 0.815 nan 0.333 1.337 1.336 2.688 3.618 nan 0.998 0.601 0.435 0.445 0.671 0.526 1.079 0.906 1.375 0.681 0.501 844 chr1 164526305 164539296 + 0 NA intron (NM_001353131, intron 2 of 7) intron (NM_001353131, intron 2 of 7) 3841 NM_001353130 5087 Hs.557097 NM_002585 ENSG00000185630 PBX1 CAKUHED PBX homeobox 1 protein-coding 2.145 nan 2.744 0.442 3.319 1.092 0.289 1.204 2.751 0.368 2.240 0.600 1.866 1.540 3.606 2.284 1.544 0.133 0.808 0.305 0.043 0.672 1.442 1.182 1.679 0.474 0.351 0.017 0.478 0.008 0.210 0.357 0.630 7.820 0.125 2.741 0.602 0.176 0.125 1.026 1.075 0.205 0.204 0.144 0.093 0.249 1.846 0.254 0.990 0.061 1.138 1.125 2.284 0.439 0.007 1.679 2.184 0.603 0.060 0.166 0.829 1.057 0.953 1.724 0.164 0.035 0.016 1.283 2.336 2.368 3.941 5.781 nan 2.441 1.057 0.917 0.846 4.820 5.638 2.257 nan 1.910 1.709 1.091 2.206 2.580 1.991 2.687 3.851 1.826 0.877 4447 chr16 73515453 73520205 + 0 NA Intergenic (T)n|Simple_repeat|Simple_repeat 97125 NR_038234 100506172 Hs.434230 NR_038234 ENSG00000258779 LINC01568 - long intergenic non-protein coding RNA 1568 ncRNA 0.861 0.508 nan 0.076 0.272 0.043 0.144 0.237 0.697 0.020 0.096 0.058 0.042 0.056 0.275 0.032 0.034 0.077 0.041 0.025 0.058 0.165 0.069 0.105 0.014 0.015 0.015 0.071 0.022 0.052 0.040 0.090 0.244 0.032 0.159 0.039 0.023 0.086 0.024 0.100 0.077 0.042 0.046 0.048 0.020 0.084 0.051 0.044 0.017 0.105 0.275 0.104 0.019 0.105 0.054 0.061 0.025 0.063 0.033 0.313 0.127 0.012 3.113 3.645 11.196 7.911 0.392 0.367 0.052 0.088 0.824 1.071 1.155 1.720 0.331 0.315 0.552 0.497 1.196 1.300 0.197 0.187 0.116 0.183 0.934 0.664 10862 chr8 26304191 26324246 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 57265 NM_007257 10687 Hs.591838 NM_007257 ENSG00000240694 PNMA2 MA2|MM2|RGAG2 PNMA family member 2 protein-coding nan 1.395 nan 0.925 0.263 0.939 2.268 0.503 0.776 0.728 1.145 1.649 1.334 0.260 0.586 1.162 0.884 0.257 0.993 0.256 4.872 0.062 0.383 0.191 0.960 2.897 2.811 0.700 2.370 2.678 1.129 2.611 1.179 0.677 1.319 1.061 0.103 0.546 0.103 0.647 0.139 3.680 1.251 0.724 2.171 1.191 1.566 2.313 1.770 1.323 0.666 0.771 1.162 2.550 4.280 0.960 0.850 0.796 0.150 4.449 0.658 2.004 0.297 0.665 2.016 1.933 1.103 0.545 0.800 0.756 1.786 nan 3.424 nan 0.811 0.356 0.362 0.338 0.543 1.291 1.735 1.767 2.015 0.362 0.576 0.206 0.225 0.708 1.371 nan nan 4552 chr17 4149294 4156338 + 0 NA intron (NM_016376, intron 1 of 24) MER58B|DNA|hAT-Charlie 14326 NM_001257999 51479 Hs.696087 NM_016376 ENSG00000185722 ANKFY1 ANKHZN|BTBD23|ZFYVE14 ankyrin repeat and FYVE domain containing 1 protein-coding 1.158 0.677 0.766 0.315 0.067 3.899 0.659 0.284 0.450 0.107 0.121 0.184 0.706 0.054 4.098 0.838 0.193 0.074 0.462 0.430 0.054 0.059 0.133 0.120 0.583 0.339 0.174 0.063 0.927 0.237 0.423 1.131 0.534 0.614 0.082 0.174 0.032 0.035 0.119 0.137 0.176 0.035 0.544 0.545 0.401 0.168 0.321 0.174 0.135 0.241 0.838 1.464 6.110 0.583 0.314 0.246 0.359 0.171 0.082 0.259 0.057 0.262 0.086 0.044 0.022 0.493 0.434 0.363 0.680 1.519 1.586 0.532 0.280 0.777 0.833 0.473 0.930 0.664 0.736 0.513 0.300 0.200 0.459 0.054 0.072 0.600 1.316 0.547 0.371 5767 chr19 48693105 48708855 + 0 NA TTS (NM_199341) TTS (NM_199341) 27031 NM_199341 374920 Hs.664054 NM_199341 ENSG00000185453 ZSWIM9 C19orf68 zinc finger SWIM-type containing 9 protein-coding 1.833 1.466 1.212 0.624 0.994 1.159 0.320 0.813 1.669 0.230 0.558 0.588 0.067 0.241 0.695 1.353 0.437 0.082 0.501 0.201 0.228 0.648 0.636 0.370 0.522 0.189 0.134 0.127 0.584 0.173 0.337 nan 0.548 1.436 0.333 0.444 0.290 1.021 0.136 0.104 0.136 0.686 0.319 0.233 0.270 0.107 0.584 0.296 0.746 0.526 0.566 0.235 1.353 0.357 0.412 0.522 0.101 0.322 0.641 0.478 0.309 0.384 0.402 0.535 0.203 0.168 0.094 1.250 1.696 1.001 1.222 1.987 1.876 4.514 1.736 2.221 2.402 1.963 2.795 1.409 2.050 1.890 1.723 0.797 1.021 2.073 1.862 1.802 2.323 2.505 1.407 272 chr1 37699865 37734541 + 0 NA Intergenic Intergenic 90039 NR_036217 100422898 NR_036217 ENSG00000264698 MIR4255 - microRNA 4255 ncRNA 0.988 nan 1.824 0.031 0.154 3.326 0.090 0.402 0.707 0.006 0.056 0.053 0.016 0.029 0.231 1.055 0.063 0.076 0.043 0.005 0.026 0.016 0.258 0.182 0.183 0.018 0.002 0.025 0.053 0.003 0.063 0.092 0.051 2.923 0.017 0.043 0.339 0.050 0.097 0.003 0.260 0.131 0.019 0.011 0.006 0.047 0.050 0.123 0.063 0.023 0.009 0.040 1.055 0.063 0.027 0.183 0.025 0.022 0.204 0.065 0.152 0.030 0.345 0.097 0.022 0.027 0.010 0.497 0.550 0.103 0.097 0.676 0.755 nan 0.418 0.151 0.151 0.575 0.946 1.809 2.914 nan 0.442 1.054 1.096 0.920 0.979 0.527 1.517 2.173 nan 9583 chr6 33992185 33999529 + 0 NA intron (NM_000841, intron 10 of 10) intron (NM_000841, intron 10 of 10) -28029 NR_031681 100302123 NR_031681 ENSG00000221697 MIR1275 MIRN1275|hsa-mir-1275|mir-1275 microRNA 1275 ncRNA nan 0.846 nan 0.088 0.133 0.189 0.153 0.568 0.836 0.129 0.025 0.025 0.081 0.439 0.485 0.092 0.132 0.100 0.051 0.094 0.094 0.271 0.179 3.936 0.094 0.026 0.051 0.083 0.126 0.812 0.431 0.498 0.060 0.088 0.456 0.059 0.085 0.048 4.571 0.146 0.058 0.011 0.049 0.066 0.162 0.166 0.106 0.107 0.143 0.485 0.157 3.936 0.381 0.147 0.483 0.235 0.086 0.081 1.212 0.010 0.039 0.027 0.606 1.432 0.248 nan nan 0.978 3.410 0.656 0.305 0.487 0.266 0.438 0.700 1.042 1.157 0.844 0.744 0.645 1.484 1.690 1.382 3.123 1.132 0.942 4930 chr17 64535649 64549703 + 0 NA intron (NM_002737, intron 3 of 16) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -129704 NR_110822 101928001 Hs.650730 NR_110822 PRKCA-AS1 - PRKCA antisense RNA 1 ncRNA 0.828 nan 0.834 0.644 0.189 0.034 3.427 0.330 0.588 0.380 2.186 2.440 0.194 0.360 0.155 0.544 0.727 0.267 2.759 1.366 0.429 0.039 0.157 0.105 0.229 1.753 1.047 0.973 0.896 1.245 1.511 4.152 1.874 0.359 2.599 0.277 0.063 0.100 0.115 2.207 0.109 0.794 1.122 0.506 0.916 1.021 0.171 0.566 1.044 0.341 0.208 0.503 0.544 4.868 1.125 0.229 0.070 0.646 0.028 0.158 0.072 2.056 0.056 0.070 1.143 2.528 1.295 0.569 0.794 1.131 3.523 0.353 0.388 0.218 0.107 0.337 0.354 0.379 nan 0.447 0.507 0.558 0.324 0.243 0.294 0.236 0.235 0.177 0.207 0.709 0.589 2518 chr12 16600477 16606315 + 0 NA Intergenic Intergenic 97045 NM_145764 4257 Hs.389700 NM_020300 ENSG00000008394 MGST1 GST12|MGST|MGST-I microsomal glutathione S-transferase 1 protein-coding 1.031 1.785 0.895 0.086 1.137 1.074 0.085 0.236 0.399 0.049 0.014 0.143 0.021 0.151 0.437 0.039 0.112 0.091 0.032 0.021 1.365 0.847 0.185 0.012 0.105 0.037 0.179 0.377 2.259 3.108 0.025 0.055 0.490 0.094 0.134 0.040 0.341 0.110 0.021 0.013 0.097 0.133 0.149 0.137 0.053 0.057 0.437 0.062 0.158 0.185 0.063 0.014 0.020 0.033 0.237 0.254 0.013 0.020 0.017 0.304 0.322 9.937 9.547 nan 0.933 10.064 3.453 0.384 0.339 0.271 0.385 2.679 5.210 0.414 0.211 0.394 0.871 2.610 1.961 0.632 1.269 1.882 1.036 8244 chr4 6910231 6920795 + 0 NA intron (NM_020773, intron 1 of 13) intron (NM_020773, intron 1 of 13) 4018 NM_020773 57533 Hs.518611 NM_020773 ENSG00000132405 TBC1D14 - TBC1 domain family member 14 protein-coding 2.013 1.401 nan 0.905 1.628 0.432 2.756 0.396 0.788 0.290 1.609 0.710 0.546 0.668 1.061 1.599 0.601 0.137 2.497 0.736 0.572 0.434 0.732 0.371 1.688 1.321 1.143 1.209 1.759 0.650 2.479 4.874 2.417 2.008 0.513 0.487 0.228 0.779 0.069 0.716 0.654 1.626 1.183 0.569 1.566 1.219 1.254 1.103 2.491 2.571 6.135 0.873 1.599 3.941 1.325 1.688 1.367 0.980 0.284 1.697 0.352 0.818 0.385 0.594 0.295 0.343 0.241 2.504 3.253 1.792 3.273 1.687 1.560 nan 1.080 3.106 3.225 1.019 1.607 1.997 2.875 2.352 2.551 1.475 1.852 1.434 1.962 1.224 1.323 nan 0.970 9705 chr6 51330251 51346330 + 0 NA Intergenic Intergenic -148378 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.781 1.072 nan 0.023 0.258 0.052 0.362 0.508 0.864 0.010 0.067 0.046 0.016 6.021 0.067 0.268 0.110 0.204 0.283 0.176 0.023 0.009 0.068 0.113 0.347 0.004 0.023 0.005 0.071 0.013 0.941 2.704 0.761 0.554 0.263 0.063 0.064 0.041 0.116 0.007 0.255 0.108 0.011 0.010 0.048 0.047 0.097 0.175 0.010 0.035 0.039 0.370 0.268 0.142 0.017 0.347 0.099 0.499 0.012 0.022 0.038 0.024 0.055 0.131 0.033 0.007 0.010 0.493 0.287 3.342 3.908 0.419 0.579 0.150 0.098 0.729 0.818 0.165 0.274 0.404 0.334 0.281 0.103 0.261 0.327 0.177 0.279 0.328 0.623 0.167 0.282 2376 chr11 130899347 130913894 + 0 NA Intergenic Intergenic -120238 NM_001347925 399979 Hs.444024 NM_014758 ENSG00000120451 SNX19 CHET8 sorting nexin 19 protein-coding 0.463 nan 0.431 0.437 0.060 4.141 2.363 0.550 0.965 0.742 0.271 0.790 0.034 0.042 0.068 0.326 0.051 0.033 0.266 0.170 0.090 0.042 0.107 0.058 0.166 0.110 0.015 0.904 0.399 0.184 0.332 1.053 nan 0.624 0.178 0.033 0.060 0.105 0.349 0.028 0.164 0.104 0.059 1.939 0.402 0.994 2.489 0.044 0.084 0.238 0.671 0.326 0.338 0.278 0.058 0.987 0.283 0.013 0.035 0.055 0.130 0.269 0.061 0.675 0.016 0.003 0.460 0.306 0.168 0.211 0.147 0.223 0.136 0.054 0.098 0.155 0.172 0.286 0.157 0.146 0.514 0.404 0.634 0.704 0.068 0.115 0.132 0.289 0.263 0.433 6010 chr2 33135498 33141975 + 0 NA intron (NR_027099, intron 10 of 10) L2a|LINE|L2 -13458 NR_027097 285045 Hs.434660 NR_027097 ENSG00000230876 LINC00486 - long intergenic non-protein coding RNA 486 ncRNA 3.074 nan nan 0.056 0.082 0.026 0.194 0.198 0.201 0.222 0.051 0.099 0.009 0.199 0.111 0.338 0.114 0.208 0.099 0.029 0.016 0.726 0.048 0.115 0.129 0.160 0.190 0.361 0.094 0.016 0.100 nan 0.097 0.201 0.022 0.155 0.118 0.066 0.093 0.036 0.025 0.397 0.223 0.192 0.034 0.167 0.090 0.253 0.101 0.066 0.049 0.092 0.338 0.145 0.042 0.129 0.095 0.115 0.029 0.089 0.078 0.134 0.046 0.094 0.134 0.089 0.094 4.563 4.471 3.412 3.915 3.614 3.431 2.472 3.299 3.621 nan 2.960 2.954 3.072 2.419 nan 3.146 4.139 3.454 2.560 2.737 3.696 2.927 4.122 3.327 7687 chr3 89521352 89534785 + 0 NA intron (NM_005233, intron 16 of 16) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 371394 NM_182644 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.619 0.627 0.048 0.053 0.013 0.053 0.048 0.170 0.007 0.041 0.047 0.164 0.019 0.020 0.045 0.032 0.031 0.014 0.024 0.036 0.058 0.080 0.107 0.016 0.005 0.051 0.023 0.048 0.215 0.026 0.161 0.022 0.061 0.007 0.056 0.098 0.018 0.006 0.028 0.004 0.006 0.040 0.011 0.032 0.074 0.024 0.016 0.030 0.020 0.042 0.021 0.107 0.001 0.022 0.030 0.029 0.015 0.037 0.011 0.009 0.004 0.151 0.088 6.855 2.308 0.167 0.196 0.591 0.203 0.219 0.193 0.482 0.661 0.107 0.104 0.336 0.143 0.065 0.074 0.038 0.041 0.184 0.317 0.399 0.442 3100 chr13 27824235 27828733 + 0 NA intron (NM_000982, intron 1 of 5) intron (NM_000982, intron 1 of 5) 791 NR_026911 100131205 Hs.126774 NR_026911 ENSG00000220749 RPL21P28 RPL21_8_160 ribosomal protein L21 pseudogene 28 pseudo 4.889 3.275 4.522 3.057 7.970 1.877 3.084 1.884 3.678 0.563 4.440 1.931 1.981 2.102 2.909 2.367 3.564 0.179 3.369 1.292 1.372 1.613 2.124 1.215 5.454 1.978 2.504 0.930 1.389 1.977 6.912 8.173 1.545 7.584 2.308 4.666 0.737 3.202 0.134 1.962 1.637 4.827 6.380 2.941 2.963 2.399 5.096 3.176 2.642 2.157 2.771 2.650 2.367 4.056 5.603 5.454 2.898 3.579 0.717 2.906 3.403 1.757 3.936 4.025 2.544 2.586 2.265 15.070 11.515 9.597 12.744 9.965 11.707 9.718 9.030 12.895 13.742 6.164 7.946 9.409 13.070 18.283 18.540 9.765 14.566 3.970 4.799 17.344 12.361 3.674 2.287 5263 chr18 35139177 35160043 + 0 NA Intergenic Intergenic -3610 NM_020180 56853 Hs.435976 NM_020180 ENSG00000101489 CELF4 BRUNOL4|CELF-4 CUGBP Elav-like family member 4 protein-coding nan 2.041 1.089 0.049 2.168 6.328 0.024 1.109 1.983 0.005 0.075 0.080 0.012 0.592 1.402 4.076 0.022 0.023 0.026 0.027 0.030 0.067 0.916 0.701 3.626 0.059 0.042 0.068 0.059 0.005 0.122 0.208 0.007 3.462 0.093 1.215 0.089 0.042 0.034 1.024 0.044 0.242 0.134 0.031 0.030 0.028 0.225 0.082 0.064 0.053 0.434 4.076 0.037 0.013 3.626 0.099 0.039 0.650 0.225 1.150 0.049 0.214 0.302 0.095 0.028 0.030 1.846 2.300 0.246 0.351 6.205 5.707 4.412 1.680 0.128 0.141 1.460 1.825 nan 3.659 1.743 2.043 0.482 0.698 3.867 3.595 0.631 0.923 4.897 2.453 6172 chr2 67668210 67705483 + 0 NA Intergenic Intergenic 62404 NM_019002 54465 Hs.353022 NM_019002 ENSG00000143971 ETAA1 ETAA16 ETAA1, ATR kinase activator protein-coding 0.904 0.754 nan 0.313 0.248 0.066 0.088 0.499 0.944 0.328 0.101 0.433 0.023 0.134 0.463 0.279 0.122 0.091 0.244 0.209 0.054 0.017 0.597 0.314 0.498 0.028 0.016 0.035 0.074 0.014 0.643 3.903 0.273 0.946 0.157 0.181 0.146 0.034 0.118 0.050 0.154 0.124 0.055 0.034 0.041 0.138 0.101 0.110 0.118 0.037 1.860 0.879 0.279 0.325 0.081 0.498 0.656 1.276 0.062 0.060 1.243 0.053 0.092 0.088 0.031 0.017 0.013 0.392 0.252 1.256 2.134 0.670 0.744 nan 1.908 0.275 0.275 0.395 0.757 0.643 0.714 0.441 0.248 0.164 0.254 0.772 1.366 0.298 0.611 0.692 0.453 7750 chr3 112921625 112941693 + 0 NA intron (NM_001301861, intron 1 of 19) intron (NM_001301861, intron 1 of 19) 315 NM_001301861 91653 Hs.591318 NM_033254 ENSG00000144857 BOC CDON2 BOC cell adhesion associated, oncogene regulated protein-coding 1.981 nan 1.226 0.057 0.442 0.119 0.198 0.280 0.593 0.148 0.172 0.379 0.056 0.036 0.058 1.208 0.920 0.201 0.098 0.032 0.021 0.151 0.212 0.951 0.100 0.058 0.126 0.268 0.037 0.171 0.332 0.103 1.699 0.088 0.069 0.299 0.087 0.081 0.023 0.779 0.101 0.077 0.070 0.016 0.058 0.106 0.175 0.454 0.631 0.118 0.127 1.208 0.121 0.051 0.951 0.049 0.046 0.356 0.339 0.046 0.040 0.040 0.156 0.060 0.075 0.043 0.876 1.678 1.915 3.434 0.895 nan 0.496 0.165 0.295 0.420 nan 5.137 0.491 0.562 0.755 0.630 0.126 0.251 0.660 0.591 0.298 0.598 0.440 0.493 11705 chr9 111859340 111883324 + 0 NA intron (NM_032012, intron 1 of 17) intron (NM_032012, intron 1 of 17) 10893 NM_032012 23731 Hs.308074 NM_032012 ENSG00000106771 TMEM245 C9orf5|CG-2|CG2 transmembrane protein 245 protein-coding 1.093 1.271 nan 1.564 1.087 0.350 2.750 0.477 0.814 1.091 1.783 1.251 1.129 0.134 0.362 0.234 0.916 0.181 2.529 0.873 2.886 0.150 0.389 0.299 0.753 0.905 0.568 1.055 2.170 0.733 1.567 nan 1.924 1.475 0.764 2.492 0.095 0.351 0.109 0.975 0.473 1.954 0.751 0.503 0.647 0.604 2.357 0.951 1.211 1.523 0.942 1.615 0.234 2.430 3.724 0.753 0.679 0.787 0.170 1.104 0.339 1.390 0.178 0.248 1.131 2.574 2.686 0.481 0.473 1.284 2.397 1.389 1.421 1.307 0.419 1.675 1.743 0.936 1.187 1.714 nan 1.811 1.546 0.503 0.807 0.730 1.208 0.965 1.180 nan 0.587 3787 chr14 96543403 96576786 + 0 NA 3' UTR (NM_001252507, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_001252507, exon 2 of 2) 54433 NM_001282463 56967 Hs.6434 NM_020215 ENSG00000227051 C14orf132 C14orf88 chromosome 14 open reading frame 132 protein-coding 1.541 1.412 nan 0.133 2.133 2.425 0.063 0.176 0.350 0.051 0.167 0.096 0.019 1.205 0.326 0.672 0.748 0.169 0.029 0.035 0.017 0.307 0.137 1.208 0.318 0.133 0.013 0.081 0.054 0.552 2.339 1.676 2.106 0.018 0.048 0.315 0.087 0.113 0.029 1.709 0.094 0.095 0.047 0.191 0.081 0.666 0.208 0.677 0.089 1.070 1.877 0.672 0.028 0.035 1.208 0.226 4.192 0.532 0.041 1.938 0.262 0.238 0.287 0.401 0.148 0.123 0.374 0.490 0.203 0.305 1.158 1.188 1.702 0.491 0.662 0.763 1.634 2.073 3.460 2.688 5.170 5.122 0.385 0.476 1.056 1.155 0.537 1.039 nan 0.802 1627 chr10 104208225 104224255 + 0 NA TTS (NR_038937) TTS (NR_038937) -4930 NM_024789 79847 Hs.309069 NM_024789 ENSG00000138111 MFSD13A C10orf77|TMEM180|bA18I14.8 major facilitator superfamily domain containing 13A protein-coding nan nan 2.775 0.855 1.629 2.193 3.067 1.152 2.085 0.417 1.803 0.933 0.263 1.142 2.508 1.148 0.276 0.100 2.248 1.099 0.517 0.511 1.093 0.573 3.335 1.580 1.567 0.469 3.150 1.312 3.946 6.279 1.326 3.262 0.493 0.544 0.255 0.729 0.075 0.463 0.944 1.156 0.824 0.588 2.030 1.543 0.783 0.375 1.120 1.477 0.511 1.286 1.148 3.067 2.320 3.335 0.926 0.818 0.815 1.461 1.236 1.308 1.018 3.074 0.398 0.280 0.208 2.931 2.933 1.496 2.269 3.028 2.884 4.076 1.618 1.262 1.101 1.164 nan 3.924 5.136 2.034 2.466 1.727 2.435 1.583 1.153 3.653 9.190 1.569 0.850 3562 chr14 55795172 55816213 + 0 NA intron (NM_152231, intron 1 of 1) intron (NM_152231, intron 1 of 1) 66820 NM_152231 55030 Hs.525348 NM_017943 ENSG00000178974 FBXO34 CGI-301|Fbx34 F-box protein 34 protein-coding nan nan 1.450 0.440 0.821 0.097 0.147 0.210 0.397 0.326 0.111 0.110 0.189 0.081 0.144 0.219 0.295 0.134 0.713 0.189 0.045 0.007 0.209 0.190 0.250 0.444 0.227 0.038 0.183 0.060 1.297 3.707 1.112 0.406 0.361 0.083 1.189 0.098 0.150 0.045 0.791 0.067 0.037 0.030 0.480 0.710 0.504 0.171 0.418 0.084 0.058 0.980 0.219 0.215 0.095 0.250 0.116 0.613 0.060 0.102 0.208 0.124 0.047 0.541 0.120 0.025 0.002 0.315 0.277 0.514 0.991 0.513 0.563 0.530 0.169 0.662 0.585 0.674 0.836 1.056 1.269 2.982 2.172 0.249 0.373 3.180 2.898 0.634 1.505 nan 0.760 11806 chr9 131922949 131947512 + 0 NA Intergenic Intergenic 5310 NM_203434 389792 Hs.529857 NM_203434 ENSG00000188483 IER5L bA247A12.2 immediate early response 5 like protein-coding nan 1.300 2.557 2.129 1.535 1.806 2.231 0.530 0.918 1.391 3.269 1.789 0.329 0.470 1.016 0.918 1.202 0.346 3.373 1.568 0.921 0.976 0.326 0.194 2.022 1.995 2.528 1.196 3.639 1.103 4.116 6.702 2.322 2.974 1.704 4.215 0.160 1.652 0.082 0.978 0.230 4.052 1.313 0.822 1.000 1.490 3.312 3.756 4.386 3.873 1.654 3.724 0.918 2.344 1.152 2.022 1.677 3.635 0.578 3.164 1.449 2.477 0.386 0.153 1.756 1.315 1.068 0.711 1.334 1.007 1.999 3.131 2.783 nan 0.238 0.479 0.537 0.552 0.942 4.177 5.289 0.911 0.677 0.579 0.935 0.632 0.729 0.522 0.915 0.599 0.452 6145 chr2 58723800 58751412 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -10282 NR_033873 400955 Hs.503210 NR_033873 ENSG00000233723 LINC01122 - long intergenic non-protein coding RNA 1122 ncRNA 1.060 nan 0.925 0.258 0.223 0.047 0.067 0.436 0.679 0.014 0.121 0.130 0.016 0.025 0.483 0.771 0.193 0.099 0.135 0.020 0.032 0.050 0.874 0.536 0.485 0.035 0.013 0.016 0.070 0.008 0.095 0.266 0.088 0.687 0.032 0.167 0.436 0.110 0.101 0.017 0.956 0.164 0.022 0.028 0.051 0.011 0.129 0.116 0.103 0.065 0.053 0.058 0.771 0.051 0.040 0.485 0.075 0.060 0.070 0.131 0.102 0.023 0.075 0.205 0.017 0.025 0.018 0.390 0.348 0.225 0.486 0.780 0.787 4.416 1.694 0.316 0.343 1.874 2.005 1.954 1.232 1.553 1.216 0.167 0.230 1.060 0.674 0.501 1.186 1.105 0.765 11540 chr9 37021923 37038474 + 0 NA intron (NM_001280548, intron 1 of 8) CpG 4278 NM_001280549 5079 Hs.654464 NM_016734 ENSG00000196092 PAX5 ALL3|BSAP paired box 5 protein-coding 1.809 nan 1.021 0.043 1.282 2.557 0.116 0.852 1.839 0.011 0.047 0.115 0.026 0.182 0.728 0.545 0.063 0.106 0.045 0.058 0.023 0.034 1.347 0.801 2.434 0.054 0.026 0.098 0.293 0.135 0.126 0.216 0.137 2.318 0.020 0.056 0.126 0.151 0.065 0.092 0.756 0.083 0.058 0.047 0.046 0.078 0.029 0.114 0.212 0.392 0.138 0.062 0.545 0.083 0.033 2.434 0.030 0.095 0.162 2.367 0.484 0.038 2.481 0.151 0.018 0.031 0.023 2.891 3.644 0.577 0.847 2.529 2.302 6.624 1.972 1.972 1.884 1.499 2.073 2.618 3.366 1.797 1.812 3.983 6.281 1.102 1.119 0.726 1.010 2.874 2.173 700 chr1 150969985 150982440 + 0 NA intron (NM_018379, intron 2 of 10) intron (NM_018379, intron 2 of 10) 3061 NM_001163260 55793 Hs.743952 NM_018379 ENSG00000143409 MINDY1 FAM63A|MINDY-1 MINDY lysine 48 deubiquitinase 1 protein-coding nan nan 3.057 1.799 0.833 1.293 4.009 0.617 1.076 0.445 1.415 1.628 0.260 1.015 2.139 1.006 0.874 0.194 2.027 1.254 1.013 0.752 1.510 0.969 1.635 1.862 1.247 0.590 0.515 0.923 7.485 13.887 1.375 2.987 1.343 1.593 0.216 1.379 0.168 1.235 0.271 1.268 0.890 0.506 2.617 0.345 1.567 0.999 1.580 1.829 4.857 5.216 1.006 1.662 1.464 1.635 1.008 1.730 0.257 1.255 1.991 1.124 2.574 0.885 0.797 2.674 1.862 2.664 4.314 2.665 3.210 3.563 nan 3.187 1.525 3.452 3.427 2.565 3.340 3.002 4.018 1.335 1.113 3.318 5.555 1.457 0.967 2.351 3.836 1.589 1.048 1019 chr1 202203694 202225172 + 0 NA intron (NM_001017404, intron 4 of 15) intron (NM_001017404, intron 4 of 15) 31150 NM_001017404 59352 Hs.497402 NM_021636 ENSG00000133067 LGR6 GPCR|VTS20631 leucine rich repeat containing G protein-coupled receptor 6 protein-coding 1.226 1.304 1.502 0.218 0.146 0.244 0.444 0.790 1.168 0.022 0.230 0.235 0.008 0.037 0.461 0.853 0.227 0.120 0.167 0.106 0.121 0.064 0.409 0.252 0.291 0.368 0.218 0.166 0.221 0.143 0.233 1.006 0.364 0.809 0.144 0.116 1.473 0.120 0.091 0.196 0.222 0.440 0.225 0.135 0.132 0.180 0.170 0.635 0.592 0.312 0.103 0.189 0.853 0.405 0.095 0.291 0.141 0.046 1.016 0.260 0.033 0.148 0.193 0.289 0.566 0.400 0.278 0.485 0.585 0.571 0.971 0.614 0.704 1.235 0.253 nan nan 0.524 0.886 0.452 0.613 1.086 0.869 0.296 0.352 3.087 2.961 0.454 0.815 1.135 0.673 11397 chr8 145702676 145716350 + 0 NA intron (NM_032902, intron 2 of 12) intron (NM_032902, intron 2 of 12) 5779 NM_001329445 84988 Hs.521937 NM_032902 ENSG00000160972 PPP1R16A MYPT3 protein phosphatase 1 regulatory subunit 16A protein-coding 1.744 0.943 nan 1.186 1.405 0.522 0.666 0.489 1.588 0.710 1.238 0.630 0.245 0.574 1.234 1.188 0.350 0.211 1.477 0.376 0.777 0.919 0.252 0.109 1.212 0.411 0.484 0.872 1.097 0.463 1.324 1.758 0.760 3.411 0.667 0.540 0.105 0.601 0.097 0.379 0.915 1.550 1.063 0.673 0.786 0.265 2.094 0.678 1.156 1.736 0.552 0.817 1.188 1.024 0.827 1.212 0.403 0.709 0.240 2.463 0.954 0.394 0.800 0.226 0.256 0.404 0.232 1.133 1.471 1.370 1.944 nan 2.506 nan 0.488 1.649 1.591 0.885 1.396 1.006 1.280 0.915 1.078 5.373 3.819 0.615 0.637 0.793 1.430 1.254 0.536 3369 chr13 113854180 113880280 + 0 NA intron (NM_001008895, intron 2 of 19) L1MEc|LINE|L1 3408 NM_001354940 8451 Hs.339735 NM_003589 ENSG00000139842 CUL4A - cullin 4A protein-coding 1.873 nan 1.832 0.467 2.073 2.161 0.618 0.921 1.691 0.235 1.360 0.403 0.503 0.314 2.897 3.234 0.797 0.173 2.509 0.770 0.589 0.610 0.522 0.262 1.911 0.780 0.872 0.877 0.519 0.227 1.563 2.131 0.630 2.178 0.229 1.640 0.532 0.768 0.098 0.286 2.721 2.569 1.186 0.633 0.481 0.356 1.563 0.825 1.032 1.043 0.868 0.651 3.234 3.394 1.136 1.911 0.557 0.934 0.645 1.434 0.882 0.905 0.775 0.602 0.719 0.516 0.330 3.296 3.221 1.567 2.587 2.773 2.376 2.761 1.225 2.339 2.425 0.387 0.608 2.616 4.177 1.611 2.074 1.681 2.620 2.515 3.045 1.809 1.739 0.488 0.324 6274 chr2 100625779 100636390 + 0 NA intron (NM_001025108, intron 2 of 23) intron (NM_001025108, intron 2 of 23) 90961 NM_001025108 3899 Hs.444414 NM_002285 ENSG00000144218 AFF3 LAF4|MLLT2-like AF4/FMR2 family member 3 protein-coding 0.725 nan 0.549 0.082 0.033 0.026 0.174 0.101 0.192 0.027 0.052 0.576 0.006 0.029 0.126 0.373 1.310 0.243 0.090 0.024 0.026 0.059 0.095 0.045 0.032 0.027 0.526 0.077 0.030 0.428 0.493 0.053 0.507 0.027 0.150 0.018 0.112 0.100 0.268 0.240 0.057 0.044 0.031 0.036 0.071 6.842 0.031 0.073 0.148 0.019 0.373 0.033 0.044 0.045 0.011 0.070 0.271 0.301 0.047 0.036 0.170 0.023 0.072 0.443 0.283 0.294 0.238 0.195 0.348 0.551 0.516 0.814 0.251 0.571 0.566 0.318 0.697 0.364 0.244 0.332 0.199 0.840 0.615 0.136 0.298 0.099 0.220 0.327 0.241 4953 chr17 70553122 70631855 + 0 NA Intergenic L1PREC2|LINE|L1 -3545 NR_137280 100499467 Hs.157726 NR_036488 LINC00673 ERRLR01|HI-LNC75|HILNC75|LUCAIR1|SLNCR|SLNCR1 long intergenic non-protein coding RNA 673 ncRNA 1.032 1.304 0.907 1.795 1.284 0.560 2.378 0.918 1.762 0.211 0.162 0.234 0.031 0.343 1.265 1.403 0.108 0.102 1.631 0.804 0.145 0.025 1.661 0.717 2.109 1.396 1.057 0.046 0.830 0.935 2.074 5.054 1.193 3.854 1.483 0.164 0.236 0.101 0.096 1.367 0.348 0.280 0.113 0.058 1.701 0.772 0.966 0.156 1.525 0.100 1.900 1.176 1.403 1.525 0.648 2.109 0.619 0.179 0.215 0.138 0.813 0.674 0.385 0.045 0.363 0.536 0.407 2.093 2.996 1.817 4.396 2.363 2.186 2.872 1.278 2.423 2.443 nan 0.556 2.343 2.893 0.793 0.639 0.573 1.101 1.306 1.603 0.183 0.300 nan 0.927 5342 chr18 49179929 49195306 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu 269205 NR_040074 100287225 Hs.448920 NR_040074 ENSG00000227115 LINC01630 - long intergenic non-protein coding RNA 1630 ncRNA nan 0.854 0.981 0.023 0.046 0.015 0.032 0.229 0.367 0.006 0.076 0.024 0.020 0.065 0.150 4.845 0.053 0.095 0.021 0.012 0.008 0.018 0.064 0.113 0.070 0.019 0.009 0.058 0.019 0.032 0.022 0.028 1.621 0.019 0.024 0.725 0.028 0.061 0.008 0.078 0.072 0.012 0.005 0.014 0.050 0.067 0.091 0.045 0.050 0.108 0.026 4.845 0.009 0.070 0.024 0.011 1.048 0.025 0.237 0.026 0.026 0.475 0.030 0.011 0.003 0.662 0.667 0.282 0.458 0.988 0.806 5.094 1.104 0.103 0.121 0.760 0.982 1.261 1.803 1.386 1.228 0.186 0.207 2.518 2.538 0.439 nan 2.395 1.706 7614 chr3 54802855 54819664 + 0 NA intron (NM_018398, intron 13 of 37) intron (NM_018398, intron 13 of 37) 124023 NR_046666 100874237 Hs.570583 NR_046666 ENSG00000243715 CACNA2D3-AS1 - CACNA2D3 antisense RNA 1 ncRNA 0.534 0.701 nan 0.035 0.089 0.023 0.017 0.083 0.242 0.079 0.046 0.099 0.011 0.012 0.084 0.176 0.200 0.078 0.044 0.022 0.004 0.017 0.072 0.084 0.057 0.022 0.004 0.076 0.012 0.057 0.061 0.041 0.170 0.009 0.099 0.017 0.032 0.063 0.007 0.047 0.062 0.029 0.005 0.026 0.028 0.057 0.089 0.058 0.021 0.033 0.016 0.176 0.051 0.022 0.057 0.014 0.025 0.034 0.034 0.036 0.024 0.023 0.074 0.005 0.003 0.014 0.164 0.125 1.054 5.895 0.230 0.296 0.410 0.165 0.110 0.109 0.232 0.468 0.166 0.189 nan 0.247 0.081 0.149 0.104 0.126 0.165 0.247 0.473 0.382 6044 chr2 42077840 42100428 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR -15561 NR_033996 388942 Hs.631883 NR_033996 ENSG00000214691 LINC01913 - long intergenic non-protein coding RNA 1913 ncRNA 0.841 nan 0.955 0.437 0.151 0.015 1.503 0.109 0.265 0.078 0.229 0.049 0.022 0.031 0.181 0.185 0.163 0.078 1.003 0.497 0.056 0.018 0.138 0.175 0.136 0.563 0.231 0.039 0.916 0.487 1.737 6.077 1.835 0.350 0.589 0.068 0.025 0.058 0.113 0.366 0.042 0.200 0.032 0.028 1.024 0.771 0.961 0.463 1.672 0.069 0.977 1.491 0.185 0.326 0.258 0.136 0.437 1.501 0.077 0.167 0.120 0.457 0.041 0.170 0.215 0.028 0.015 0.362 0.372 0.176 0.351 nan 0.508 0.633 0.327 0.497 0.537 0.174 0.327 0.453 0.431 0.571 0.276 0.221 0.239 0.064 0.101 0.377 nan nan 0.643 8028 chr3 173805947 173822039 + 0 NA intron (NM_014932, intron 4 of 6) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -175407 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 1.039 1.236 0.744 0.422 0.148 0.073 0.124 0.898 1.361 0.024 0.110 0.085 2.002 0.067 0.082 0.159 0.245 0.075 0.184 0.035 0.321 0.009 0.928 0.677 0.631 0.035 0.014 0.005 0.072 0.079 0.204 0.409 0.404 0.180 0.283 0.130 0.840 0.046 0.087 0.036 0.059 0.063 0.019 0.010 0.081 0.038 0.133 0.409 0.046 0.142 0.035 0.061 0.159 0.066 0.016 0.631 0.136 0.036 0.049 0.051 0.025 0.020 0.065 0.238 0.062 0.014 0.013 0.275 0.290 0.397 0.455 0.354 0.453 3.962 1.037 0.286 0.307 1.983 2.126 0.453 0.415 0.674 0.208 0.134 0.261 4.521 7.129 0.441 0.733 0.385 0.345 9149 chr5 123728672 123750841 + 0 NA intron (NR_125774, intron 3 of 5) intron (NR_125774, intron 3 of 5) 34457 NR_125774 103724389 Hs.582211 NR_125774 LINC01170 - long intergenic non-protein coding RNA 1170 ncRNA nan 1.092 0.744 0.247 0.307 0.149 0.259 0.225 0.518 0.121 0.168 0.288 0.008 0.112 0.212 0.144 0.535 0.150 0.100 0.034 0.034 0.087 0.274 0.175 0.178 0.583 0.177 0.007 0.071 0.005 0.130 0.784 0.272 0.338 0.046 0.081 0.081 0.147 0.129 0.021 0.233 0.062 0.030 0.007 0.098 0.045 0.533 0.097 0.099 0.071 0.067 0.317 0.144 0.096 0.025 0.178 0.060 0.202 0.048 0.042 0.429 0.032 0.490 0.106 0.254 0.036 0.018 1.101 1.037 4.759 5.812 0.421 0.490 4.579 2.010 2.360 2.467 0.532 0.685 0.850 0.651 0.471 0.207 0.413 0.829 0.963 1.061 0.235 0.621 0.516 0.399 10656 chr7 129586848 129601111 + 0 NA Intergenic Intergenic -1179 NM_003344 7328 Hs.643548 NM_003344 ENSG00000186591 UBE2H E2-20K|GID3|UBC8|UBCH|UBCH2 ubiquitin conjugating enzyme E2 H protein-coding 2.208 1.317 2.739 2.931 1.447 0.851 1.499 0.760 1.255 1.545 2.821 2.627 1.671 0.626 0.768 1.105 1.598 0.249 2.865 1.066 1.083 0.707 1.367 0.693 1.731 2.824 2.595 0.584 5.531 1.827 2.208 3.107 4.743 3.102 0.836 2.014 0.453 1.659 0.180 0.727 0.395 5.088 1.314 0.655 2.426 2.368 2.695 2.602 2.588 1.426 1.228 2.082 1.105 3.527 2.025 1.731 1.646 2.940 0.355 3.622 0.719 2.113 1.191 0.612 0.769 0.929 0.785 1.109 1.559 1.833 3.921 1.586 1.863 6.333 2.454 2.190 2.292 0.892 1.222 1.184 2.184 1.756 1.158 0.993 2.301 2.078 2.893 2.371 3.541 2.135 1.227 3638 chr14 65313224 65333098 + 0 NA intron (NM_001355436, intron 1 of 35) intron (NM_001355436, intron 1 of 35) 23440 NM_001355436 6710 Hs.417303 NM_000347 ENSG00000070182 SPTB EL3|HS2|HSPTB1|SPH2 spectrin beta, erythrocytic protein-coding nan nan 1.154 0.085 0.731 3.675 0.108 0.194 0.384 0.015 0.054 0.103 0.040 0.165 2.398 0.367 0.151 0.077 0.090 0.028 0.051 0.021 0.070 0.097 0.235 0.150 0.051 0.034 0.151 0.048 0.418 1.916 0.324 0.662 0.059 0.072 0.058 0.066 0.119 0.048 0.159 0.102 0.064 0.016 0.159 0.166 0.151 0.095 0.099 0.039 0.017 0.105 0.367 0.043 0.221 0.235 0.043 0.046 0.029 0.083 0.398 0.124 0.055 0.075 0.043 0.716 0.825 0.835 0.994 0.304 0.426 0.494 0.564 0.899 0.281 nan 0.561 0.227 0.430 4.828 nan 0.683 0.419 0.267 0.385 0.344 0.589 0.159 0.256 1.251 0.992 11061 chr8 74901845 74905326 + 0 NA promoter-TSS (NM_015364) promoter-TSS (NM_015364) 21 NM_001195797 23643 Hs.726603 NM_015364 ENSG00000154589 LY96 ESOP-1|MD-2|MD2|ly-96 lymphocyte antigen 96 protein-coding 1.328 1.109 0.924 0.082 0.167 0.223 1.643 1.105 2.188 0.054 0.457 1.083 0.198 0.267 0.268 3.015 0.167 2.571 1.088 0.091 0.406 0.259 0.815 3.109 2.638 0.021 3.491 1.271 3.064 7.288 6.183 0.497 0.840 0.314 0.212 0.131 1.341 0.646 0.026 0.225 0.118 2.674 9.127 0.028 4.298 0.234 0.673 3.918 1.648 0.268 1.626 3.359 0.815 0.807 0.095 0.027 0.066 1.697 1.482 0.105 0.212 0.586 0.017 0.029 0.408 0.473 0.388 0.403 1.199 1.181 2.029 0.312 0.262 0.404 0.343 0.716 1.565 0.754 0.359 0.295 0.325 0.422 0.243 0.827 0.284 0.996 3.919 2.333 2081 chr11 71931489 71944279 + 0 NA intron (NM_001567, intron 1 of 27) intron (NM_001567, intron 1 of 27) 2002 NM_001567 3636 Hs.523875 NM_001567 ENSG00000165458 INPPL1 OPSMD|SHIP2 inositol polyphosphate phosphatase like 1 protein-coding nan 2.876 3.490 1.930 5.455 4.508 1.040 3.330 6.600 0.772 2.205 1.139 0.601 1.318 4.840 0.862 0.916 0.176 1.091 0.399 1.803 1.941 3.859 2.028 4.962 1.270 1.303 1.800 1.205 0.570 2.404 nan 1.984 7.871 0.619 1.282 2.130 2.667 0.151 0.636 2.123 3.091 2.463 1.348 1.195 1.037 1.839 2.502 2.597 2.133 2.617 2.370 0.862 1.015 1.541 4.962 0.842 0.997 0.343 4.796 3.474 0.959 1.500 0.316 1.164 0.441 0.219 2.685 4.489 1.957 2.498 5.962 6.358 7.112 2.166 4.220 4.191 1.340 1.953 5.174 6.086 0.985 0.875 1.055 2.333 4.349 3.595 0.744 1.375 2.602 1.279 606 chr1 115720459 115744101 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -100159 NM_001308315 10100 Hs.310458 NM_005725 ENSG00000134198 TSPAN2 NET3|TSN2|TSPAN-2 tetraspanin 2 protein-coding nan 0.804 0.919 0.244 0.056 0.154 2.246 0.155 0.306 0.809 1.053 3.449 0.108 0.151 0.189 0.240 0.412 0.136 0.995 1.005 0.298 0.018 0.086 0.069 0.232 2.946 2.472 0.215 0.238 0.840 0.102 0.171 0.096 0.539 0.718 2.650 0.004 0.041 0.095 0.480 0.044 4.900 0.669 0.369 1.190 0.372 4.399 4.710 0.127 0.339 0.034 1.879 0.240 0.271 0.459 0.232 0.876 0.280 0.078 1.409 0.278 0.436 0.059 0.136 0.493 0.090 0.049 0.241 0.133 0.277 0.547 0.384 nan 0.469 0.185 0.335 0.328 0.173 0.301 0.423 0.442 0.339 0.206 0.201 0.266 0.030 0.047 0.165 0.271 0.742 0.529 11976 chrX 117853709 117865210 + 0 NA Intergenic Intergenic -2100 NM_001560 3597 Hs.496646 NM_001560 ENSG00000131724 IL13RA1 CD213A1|CT19|IL-13Ra|NR4 interleukin 13 receptor subunit alpha 1 protein-coding 1.025 1.153 1.746 1.443 0.715 0.116 1.756 1.074 2.499 0.357 0.637 0.619 0.222 0.437 0.141 0.432 0.578 0.097 0.957 0.418 0.832 0.411 1.161 0.431 0.378 1.138 1.100 1.314 1.374 0.496 1.406 2.806 1.391 1.178 0.989 0.697 0.215 0.566 0.060 0.307 0.063 1.518 0.563 0.283 1.252 1.476 1.421 0.993 1.954 1.034 0.709 1.705 0.432 1.371 1.458 0.378 0.266 0.993 1.419 0.699 1.415 2.886 0.065 0.289 0.085 0.035 3.463 4.649 4.178 2.339 0.198 0.186 1.619 0.388 4.970 5.006 0.172 0.228 1.640 2.695 0.660 0.560 3.307 6.828 0.741 0.690 0.262 0.506 0.545 0.433 8462 chr4 84455271 84496128 + 0 NA intron (NM_001256421, intron 3 of 12) intron (NM_001256421, intron 3 of 12) 18229 NM_032717 84803 Hs.99196 NM_032717 ENSG00000138678 GPAT3 AGPAT 10|AGPAT10|AGPAT8|AGPAT9|HMFN0839|LPAAT-theta|MAG1 glycerol-3-phosphate acyltransferase 3 protein-coding 0.539 0.556 0.481 1.121 0.277 0.132 2.857 0.223 0.502 0.410 1.732 2.068 0.018 0.066 0.168 0.729 0.147 0.059 1.215 0.717 1.712 0.013 0.143 0.111 0.431 1.827 1.450 0.300 0.848 0.595 0.422 0.925 0.487 0.501 1.198 5.853 0.027 0.071 0.082 0.996 0.121 1.542 0.264 0.168 0.787 0.514 1.443 4.399 1.518 0.978 0.500 0.850 0.729 0.951 1.099 0.431 0.783 0.710 0.040 0.267 0.502 0.952 0.041 0.060 1.188 0.211 0.148 0.257 0.221 0.875 2.275 0.398 0.401 0.311 0.049 0.658 0.607 0.140 nan 0.469 0.509 0.304 0.161 0.159 0.209 0.285 0.845 0.176 nan 0.539 0.405 4416 chr16 67949504 67971787 + 0 NA intron (NM_006742, intron 2 of 2) intron (NM_006742, intron 2 of 2) 5133 NM_001907 1506 Hs.654546 NM_001907 ENSG00000141086 CTRL CTRL1 chymotrypsin like protein-coding nan nan 1.674 0.795 2.221 3.090 0.564 0.661 1.159 0.724 1.303 0.966 0.139 1.663 2.556 1.035 0.508 0.146 1.082 0.416 1.069 0.323 0.671 0.333 1.590 0.758 1.028 0.631 0.760 0.137 0.499 0.939 0.665 5.088 0.419 1.313 0.098 0.642 0.087 0.339 0.283 1.259 1.494 0.882 0.475 0.553 0.694 0.842 0.874 1.034 0.912 0.813 1.035 0.812 1.153 1.590 0.181 0.422 0.305 1.060 2.136 0.710 0.283 0.244 0.575 0.335 0.175 1.091 1.485 0.527 0.798 2.983 3.395 1.831 0.642 1.548 1.763 0.607 nan 3.440 4.248 1.153 1.218 0.592 0.917 0.519 0.498 0.666 1.156 2.757 1.468 11109 chr8 93964810 93979440 + 0 NA intron (NM_001171795, intron 1 of 4) L1M6|LINE|L1 5692 NM_001191036 286144 Hs.440643 NM_001171795 ENSG00000205133 TRIQK C8orf83|PRO0845|UPF0599 triple QxxK/R motif containing protein-coding nan 1.643 2.378 0.419 2.319 2.971 0.657 1.565 2.793 0.131 0.673 0.314 0.386 0.482 1.891 0.874 1.220 0.153 0.737 0.325 0.640 0.152 0.495 0.276 4.255 0.594 0.632 0.287 1.093 0.347 1.092 1.701 2.154 10.381 0.838 0.548 0.599 0.407 0.083 0.186 0.937 0.598 0.441 0.306 0.438 0.250 0.514 1.113 0.573 0.898 0.901 1.258 0.874 0.823 0.973 4.255 0.264 1.087 0.285 0.427 0.935 0.788 0.914 0.637 0.342 0.279 0.175 1.093 1.174 1.411 nan 6.041 6.142 2.004 1.074 1.892 1.970 1.562 1.825 3.775 4.882 2.233 2.331 0.816 1.442 2.539 2.371 1.612 2.609 1.565 0.784 1855 chr11 26606043 26622849 + 0 NA intron (NM_001313726, intron 15 of 27) HERV17-int|LTR|ERV1 -20631 NM_001135091 143662 Hs.407152 NM_145650 ENSG00000169550 MUC15 MUC-15|PAS3|PASIII mucin 15, cell surface associated protein-coding 0.609 1.100 0.709 0.038 0.163 0.038 0.135 0.095 0.170 0.063 0.056 0.033 0.070 0.148 0.199 0.062 0.106 0.156 0.045 0.022 0.338 0.196 0.086 0.385 0.037 0.004 0.026 0.086 0.063 0.182 0.629 0.312 0.469 0.140 0.149 0.078 0.052 0.067 0.007 0.033 0.067 0.054 0.014 0.052 0.045 0.057 0.101 0.127 0.864 0.014 0.119 0.199 0.083 0.017 0.385 0.167 0.115 0.487 0.021 0.024 0.014 0.047 0.119 0.014 0.014 0.006 0.563 0.377 0.212 0.411 0.246 0.300 7.906 5.669 0.264 0.272 0.295 0.446 2.986 4.410 0.400 0.225 0.114 0.193 0.434 0.606 0.253 0.404 3.330 2.105 9223 chr5 141695254 141709376 + 0 NA intron (NM_030964, intron 1 of 2) intron (NM_030964, intron 1 of 2) 1667 NM_001293289 81848 Hs.323308 NM_030964 ENSG00000187678 SPRY4 HH17 sprouty RTK signaling antagonist 4 protein-coding nan 1.938 1.458 0.934 0.844 0.110 3.358 0.272 0.835 0.308 3.200 3.181 0.404 1.606 0.102 0.300 1.198 0.080 1.085 0.497 4.412 1.768 0.100 0.047 0.146 1.755 1.803 1.001 1.790 1.388 4.306 7.039 4.101 5.245 0.901 3.892 0.074 2.327 0.104 3.320 0.045 4.079 3.639 1.736 1.183 0.831 3.103 4.511 2.615 5.799 3.060 2.551 0.300 1.571 4.885 0.146 1.040 0.286 0.062 5.672 1.763 1.054 0.042 0.130 2.896 6.032 5.923 0.139 0.122 0.825 1.490 0.627 0.439 1.881 0.628 1.690 1.651 0.902 1.386 1.904 2.508 0.590 0.122 0.168 0.196 0.451 0.937 0.186 0.340 0.415 0.373 432 chr1 65353110 65419980 + 0 NA intron (NM_001321852, intron 1 of 24) intron (NM_001321852, intron 1 of 24) 45707 NM_001321855 3716 Hs.207538 NM_002227 ENSG00000162434 JAK1 JAK1A|JAK1B|JTK3 Janus kinase 1 protein-coding 1.059 0.866 nan 0.365 0.216 0.043 0.558 0.252 0.525 0.317 0.267 0.572 0.344 0.111 0.098 0.224 0.691 0.125 0.782 0.502 1.097 0.031 0.169 0.145 0.188 0.585 0.321 0.364 0.270 0.222 0.297 0.971 0.305 0.628 0.289 0.706 0.029 0.110 0.128 0.062 0.109 0.511 0.232 0.150 0.563 0.580 0.294 0.651 0.695 0.306 0.275 0.698 0.224 0.414 0.560 0.188 0.110 2.028 0.045 0.329 0.069 0.470 3.393 0.089 0.203 0.672 0.641 0.904 0.653 1.244 1.788 0.494 0.588 0.398 0.131 2.163 2.218 nan nan 0.769 nan 0.438 0.253 2.332 3.351 0.129 0.233 0.232 0.434 0.630 0.608 4235 chr16 11920047 11935415 + 0 NA TTS (NM_015659) TTS (NM_015659) -5042 NR_024050 400500 Hs.24611 NR_024049 ENSG00000262117 BCAR4 - breast cancer anti-estrogen resistance 4 (non-protein coding) ncRNA 0.931 0.676 nan 0.122 0.142 0.069 0.245 0.122 0.305 0.256 0.218 0.456 5.153 0.039 0.132 0.113 0.266 0.196 0.186 0.025 0.354 0.027 0.133 0.151 0.080 0.169 0.071 0.101 0.083 0.007 0.126 0.340 0.107 0.378 0.038 0.153 0.056 0.028 0.094 0.053 0.092 0.251 0.067 0.041 0.029 0.035 0.192 0.097 0.185 0.148 0.072 0.152 0.113 0.175 0.114 0.080 0.095 0.043 0.063 0.178 0.040 0.113 0.051 1.421 0.095 0.022 0.017 0.199 0.203 0.217 0.423 0.303 0.369 0.613 0.192 0.398 0.445 0.367 0.621 0.309 0.368 nan 0.580 0.141 0.233 0.323 0.669 1.156 2.516 0.380 0.364 5349 chr18 53013547 53025526 + 0 NA intron (NM_001348219, intron 5 of 18) intron (NM_001348219, intron 5 of 18) -30446 NM_001243234 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 0.857 0.868 0.042 0.096 0.029 0.030 0.227 0.652 0.091 0.100 0.010 0.017 0.142 0.182 0.181 0.058 0.035 0.010 0.117 0.199 0.210 0.035 0.012 0.006 0.006 0.018 0.033 0.033 0.030 0.272 0.002 0.031 0.087 0.296 0.062 0.010 0.080 0.031 0.015 0.007 0.009 0.020 0.109 0.033 0.034 0.042 0.033 0.030 0.182 0.018 0.016 0.210 0.020 0.048 0.005 0.106 0.013 0.058 0.132 0.052 0.024 0.476 0.393 5.349 6.396 0.476 0.758 0.768 0.426 0.648 0.569 1.038 1.142 0.263 0.355 0.720 0.560 0.212 0.276 0.378 0.513 0.264 0.545 nan 1.247 8485 chr4 99484014 99510783 + 0 NA intron (NM_005723, intron 1 of 7) intron (NM_005723, intron 1 of 7) 82414 NM_005723 10098 Hs.118118 NM_005723 ENSG00000168785 TSPAN5 NET-4|NET4|TM4SF9|TSPAN-5 tetraspanin 5 protein-coding 1.475 0.803 2.260 0.160 0.282 0.014 0.378 0.098 0.195 0.086 0.081 0.145 0.394 0.054 0.144 0.287 0.256 0.114 0.143 0.028 0.066 0.010 0.083 0.071 0.054 0.139 0.046 0.049 0.080 0.063 0.365 1.469 0.523 0.949 0.317 0.045 0.146 0.037 0.080 0.040 0.074 0.083 0.023 0.021 0.057 0.204 0.413 0.102 0.098 0.133 0.800 1.429 0.287 0.124 0.208 0.054 0.089 0.642 0.452 0.054 0.316 0.086 0.078 2.512 0.049 0.058 0.057 0.538 0.724 0.601 1.560 0.646 0.646 0.044 0.032 0.163 0.164 1.001 1.314 0.411 0.516 2.547 2.630 0.202 0.260 0.509 0.854 1.993 5.715 0.141 0.218 5713 chr19 43826915 43836009 + 0 NA Intergenic HERVH-int|LTR|ERV1 -21746 NR_026881 23574 Hs.721578 NR_026881 PRG1 - p53-responsive gene 1 ncRNA 0.956 0.920 0.909 0.525 0.116 0.043 0.171 0.105 0.284 0.073 0.110 0.184 0.028 0.095 0.107 0.266 0.130 0.070 0.335 0.230 0.084 0.168 0.085 0.100 0.264 0.720 0.611 0.122 0.075 0.070 0.204 nan 0.233 0.234 0.096 0.148 0.063 0.060 0.119 0.013 0.079 0.182 0.132 0.067 0.404 0.236 9.240 0.258 0.206 0.149 0.137 0.228 0.266 0.493 0.021 0.264 3.760 0.219 0.053 0.096 0.067 0.096 0.098 0.448 0.158 0.082 0.056 0.544 0.472 0.500 0.765 0.210 0.336 0.682 0.362 1.255 1.535 0.199 0.495 0.169 0.203 0.321 0.113 0.437 0.427 0.203 0.242 0.890 3.912 1.109 0.923 9520 chr6 26184805 26212939 + 0 NA promoter-TSS (NM_003522) promoter-TSS (NM_003522) 649 NM_003530 8351 Hs.532144 NM_003530 ENSG00000197409 HIST1H3D H3/b|H3FB histone cluster 1 H3 family member d protein-coding 4.228 1.628 nan 3.310 4.128 1.261 2.054 2.326 4.425 0.972 4.341 1.473 1.533 0.214 4.436 0.795 2.016 0.407 1.575 0.951 0.134 1.917 1.661 1.043 3.454 0.511 0.331 0.397 1.827 0.573 0.067 0.121 2.133 nan 0.199 3.885 0.945 7.104 0.215 1.449 1.590 2.961 0.334 0.169 1.157 1.383 2.564 1.547 1.598 2.856 1.070 0.521 0.795 1.857 2.232 3.454 0.112 0.477 0.842 3.912 1.787 2.587 1.697 2.397 1.596 1.044 0.890 7.056 9.602 5.435 nan 6.101 3.575 15.288 6.344 9.360 9.550 3.009 3.939 5.684 5.960 5.999 7.562 1.326 3.109 7.300 6.033 6.822 6.700 2.115 1.224 10256 chr7 26823733 26834035 + 0 NA intron (NM_001303468, intron 4 of 12) intron (NM_001303468, intron 4 of 12) 68458 NM_001303468 8935 Hs.200770 NM_003930 ENSG00000005020 SKAP2 PRAP|RA70|SAPS|SCAP2|SKAP-HOM|SKAP55R src kinase associated phosphoprotein 2 protein-coding 1.589 1.067 1.425 0.097 0.187 0.027 0.055 0.133 0.316 0.009 0.107 0.072 0.012 0.095 0.103 0.216 0.167 0.108 0.082 0.018 0.018 0.054 0.212 0.175 0.105 0.094 0.032 0.015 0.123 0.010 0.156 0.144 0.233 0.312 0.015 0.099 2.044 0.158 0.165 0.035 0.141 0.045 0.023 0.032 0.030 0.223 0.107 0.032 0.049 0.031 0.096 0.216 0.046 0.107 0.105 0.083 0.017 0.138 0.036 0.030 0.084 0.346 0.049 0.015 0.011 0.024 1.350 1.589 0.905 nan 0.363 0.465 0.659 0.194 0.416 0.390 2.864 3.433 0.373 0.464 0.641 0.386 0.571 0.651 4.297 5.532 0.167 nan 1.199 0.629 5217 chr18 25416992 25428465 + 0 NA Intergenic Intergenic 193821 NM_001308176 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.735 0.986 0.900 1.445 0.300 0.095 1.475 0.097 0.220 0.025 0.235 5.274 0.043 0.061 0.119 0.677 0.110 0.028 0.154 0.067 0.373 0.107 0.079 0.314 0.006 0.025 0.102 0.502 1.187 0.070 0.060 0.019 0.326 0.681 0.046 0.016 0.113 0.673 0.068 1.474 0.688 0.490 0.907 0.060 0.058 0.123 0.035 0.201 0.052 0.029 0.677 0.236 0.040 0.314 0.021 0.007 0.017 0.131 0.159 1.162 0.099 0.129 0.733 0.219 0.095 0.403 0.204 0.255 nan 0.436 0.540 0.305 0.138 0.169 0.135 0.346 0.459 1.039 0.797 0.355 0.137 0.069 0.150 0.109 0.167 0.287 0.446 1.721 1.552 708 chr1 151296392 151302884 + 0 NA intron (NM_002651, intron 1 of 12) intron (NM_002651, intron 1 of 12) 553 NM_001198775 5298 Hs.632465 NM_002651 ENSG00000143393 PI4KB NPIK|PI4K-BETA|PI4K92|PI4KBETA|PI4KIIIBETA|PIK4CB phosphatidylinositol 4-kinase beta protein-coding nan nan 3.632 1.850 2.181 1.613 2.655 1.158 2.654 0.799 2.273 2.030 1.178 1.598 3.794 1.639 2.336 0.194 2.355 1.214 1.931 1.044 1.325 0.913 3.136 2.087 2.088 1.466 1.696 1.299 13.976 18.029 1.603 9.177 1.305 3.025 0.473 2.188 0.172 1.550 0.818 2.596 2.416 1.022 2.001 0.945 1.788 1.971 2.270 2.474 6.256 4.704 1.639 2.263 2.586 3.136 1.642 2.430 0.720 3.874 2.761 2.443 1.764 1.513 1.174 1.863 1.133 3.553 3.841 5.512 7.318 4.200 nan 4.096 2.571 5.724 6.199 1.677 2.418 4.069 6.077 3.241 2.846 5.113 6.307 2.462 2.606 3.920 4.005 1.791 0.887 2415 chr12 3436578 3453917 + 0 NA intron (NR_148995, intron 1 of 11) MER110A|LTR|ERV1 30041 NR_148995 100128253 Hs.447497 NR_148995 LOC100128253 - uncharacterized LOC100128253 ncRNA 1.056 nan nan 0.080 1.184 2.357 0.217 0.176 0.418 0.093 0.052 0.322 0.129 1.007 0.075 0.074 0.046 0.022 0.033 0.024 0.257 0.244 0.510 0.093 0.053 0.025 0.094 0.018 0.120 0.311 0.085 6.156 0.017 0.041 0.033 0.068 0.097 0.091 0.138 0.024 0.009 0.025 0.079 0.044 0.267 0.080 0.083 0.009 0.025 1.007 0.057 0.048 0.510 0.014 0.086 0.095 0.156 0.528 0.037 0.069 0.570 0.008 1.501 2.156 0.286 0.193 0.120 0.121 nan 1.114 2.104 0.633 0.264 0.274 0.238 0.464 1.972 2.176 0.713 0.654 0.319 0.450 0.232 0.287 0.773 nan 1.267 0.745 11146 chr8 98875469 98883947 + 0 NA Intergenic Intergenic -1541 NM_030583 4147 Hs.189445 NM_002380 ENSG00000132561 MATN2 - matrilin 2 protein-coding nan 1.254 3.965 0.099 4.136 0.098 0.415 0.511 1.227 0.225 0.504 0.120 0.066 0.781 0.302 0.375 0.394 0.152 0.194 0.067 0.074 0.049 0.334 0.172 1.443 1.051 0.703 0.380 0.209 0.099 0.446 1.057 0.104 4.390 0.148 0.379 0.517 0.543 0.083 0.137 0.237 0.299 0.142 0.175 0.038 0.045 0.501 0.257 1.434 1.123 0.122 1.717 0.375 0.143 0.107 1.443 0.345 1.104 0.106 0.533 2.994 0.187 0.116 1.218 0.072 0.149 0.059 0.300 0.247 0.679 nan 1.674 1.495 2.200 0.610 0.894 0.851 0.596 0.856 13.742 17.113 2.056 2.666 0.525 0.895 2.336 4.712 1.125 1.954 2.635 1.464 3286 chr13 100307365 100357498 + 0 NA intron (NR_104592, intron 1 of 9) intron (NR_104592, intron 1 of 9) 10794 NR_046526 100874063 Hs.577064 NR_046526 ENSG00000227659 CLYBL-AS2 - CLYBL antisense RNA 2 ncRNA 1.364 2.286 1.586 0.105 1.216 0.271 0.092 0.181 0.352 0.048 0.097 0.084 0.015 0.026 0.284 7.632 0.259 0.164 0.476 0.403 0.018 0.430 0.931 0.673 0.227 0.162 0.131 0.060 0.070 0.025 0.138 0.253 0.062 0.688 0.122 0.201 1.495 0.222 0.092 0.028 0.413 0.198 0.050 0.031 0.033 0.052 0.127 0.108 0.278 0.104 0.393 0.067 7.632 0.289 0.275 0.227 0.049 0.152 0.507 0.144 0.172 0.133 0.061 0.095 0.027 0.097 0.049 0.727 0.499 0.213 0.240 1.214 1.165 2.109 0.641 0.199 0.149 1.057 nan 0.719 0.919 0.958 0.869 0.247 0.329 4.874 5.360 0.419 nan 0.838 0.492 4764 chr17 39163583 39169517 + 0 NA Intergenic MER30|DNA|hAT-Charlie -1184 NM_031958 83896 Hs.307027 NM_031958 ENSG00000212901 KRTAP3-1 KAP3.1|KRTAP3.1 keratin associated protein 3-1 protein-coding nan 0.911 3.822 0.298 0.073 0.344 0.452 1.557 3.396 0.024 0.156 0.147 0.051 0.121 0.091 0.289 0.081 0.358 0.272 0.043 0.024 0.348 0.168 2.091 0.220 0.073 0.061 0.458 0.995 0.230 1.023 2.250 0.599 0.295 0.091 0.048 0.036 0.104 0.059 1.375 0.131 0.075 0.013 0.223 0.369 1.754 0.100 0.323 0.061 0.425 0.361 0.091 0.759 0.046 2.091 0.412 1.267 0.033 0.098 0.120 0.080 0.149 0.061 0.038 0.019 0.026 0.393 0.407 9.695 5.780 nan 3.487 1.231 0.136 2.051 2.066 0.134 0.226 6.249 5.178 nan 0.157 0.281 0.369 0.170 0.183 0.147 0.209 0.917 0.592 1656 chr10 115321998 115329176 + 0 NA intron (NM_004132, intron 1 of 12) L1MC4|LINE|L1 12850 NM_004132 3026 Hs.422542 NM_004132 ENSG00000148702 HABP2 FSAP|HABP|HGFAL|NMTC5|PHBP hyaluronan binding protein 2 protein-coding 0.630 nan 0.818 0.121 2.988 0.239 0.120 0.264 0.350 0.027 0.160 0.050 0.034 0.071 4.036 0.444 0.147 0.089 0.045 0.098 0.038 1.244 0.405 1.051 0.068 0.040 0.030 0.056 0.045 0.123 0.484 0.163 2.647 0.120 0.466 0.065 0.034 0.074 0.053 1.040 0.169 0.059 0.044 0.076 0.027 0.120 0.193 0.059 0.333 0.111 0.444 0.040 0.078 1.051 0.154 0.058 0.173 0.029 0.123 0.124 0.085 0.043 0.008 0.007 0.560 0.553 0.476 0.745 3.297 3.420 10.857 3.606 1.474 1.659 0.094 0.343 8.091 7.351 0.168 0.113 0.199 0.509 0.582 0.483 0.183 0.418 1.444 0.786 9431 chr6 11414002 11436289 + 0 NA Intergenic Intergenic -42564 NR_073131 4739 Hs.37982 NM_006403 ENSG00000111859 NEDD9 CAS-L|CAS2|CASL|CASS2|HEF1 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 9 protein-coding 0.717 nan 0.710 0.576 0.134 0.030 0.578 0.122 0.239 0.184 0.616 1.105 0.537 0.108 0.096 0.373 1.024 0.225 2.706 0.791 0.941 0.025 0.063 0.137 0.103 1.046 0.497 0.067 1.382 0.983 0.340 1.101 1.489 0.205 1.641 1.422 0.017 0.073 0.094 0.208 0.092 0.677 0.216 0.102 0.975 0.582 1.150 0.141 0.995 0.064 0.226 0.831 0.373 1.927 3.429 0.103 0.257 1.235 0.013 0.107 0.036 1.184 0.062 0.055 0.192 0.482 0.373 0.435 0.300 0.660 1.780 0.331 0.330 0.154 0.090 0.260 0.271 0.164 0.309 0.075 0.121 0.468 0.198 0.149 0.210 0.075 0.121 0.280 0.430 0.537 0.575 856 chr1 167142414 167177657 + 0 NA intron (NR_110811, intron 2 of 3) intron (NR_110811, intron 2 of 3) 5007 NR_110811 101928484 Hs.568496 NR_110811 LINC01363 RBSG4 long intergenic non-protein coding RNA 1363 ncRNA 1.404 nan 2.913 0.105 0.156 0.030 1.346 0.168 0.265 0.022 0.128 0.298 0.005 0.028 0.226 0.671 0.122 0.141 0.315 0.439 0.034 0.032 0.166 0.163 0.068 0.206 0.077 0.046 0.079 0.248 0.054 0.197 0.101 0.359 0.447 0.100 0.142 0.055 0.112 0.242 0.051 0.176 0.065 0.058 0.071 0.065 0.283 0.428 0.060 0.066 0.288 0.094 0.671 0.116 0.042 0.068 0.060 0.048 0.187 0.097 0.046 1.154 0.098 3.774 0.093 0.760 0.780 0.530 0.361 0.453 0.454 0.453 nan 0.921 0.251 0.119 0.134 0.598 1.047 0.320 nan 1.621 1.542 0.316 0.475 0.736 1.103 1.730 5.417 0.631 0.535 9217 chr5 140886522 140906206 + 0 NA 3' UTR (NM_001314007, exon 29 of 29) 3' UTR (NM_001314007, exon 29 of 29) 27556 NM_018929 56097 Hs.368160 NM_018929 ENSG00000240764 PCDHGC5 PCDH-GAMMA-C5 protocadherin gamma subfamily C, 5 protein-coding nan 1.041 1.232 0.800 0.130 2.479 0.963 0.115 0.316 0.310 0.521 3.136 0.286 0.017 1.201 1.380 5.143 0.401 0.374 0.231 0.817 0.112 0.183 0.181 1.040 1.245 0.903 0.123 0.577 0.428 0.940 1.493 0.352 1.086 1.099 0.320 0.180 0.750 0.091 1.279 0.375 0.462 0.129 0.095 0.374 0.759 0.305 1.429 0.189 1.523 0.076 0.160 1.380 0.773 0.740 1.040 0.100 0.104 0.534 0.160 0.191 1.039 0.724 0.126 0.907 0.615 0.569 0.790 0.844 2.645 5.585 0.960 0.933 2.178 0.546 0.820 0.817 1.939 2.618 0.426 0.558 1.336 1.065 0.857 0.987 0.737 0.677 0.451 0.834 1.035 0.620 1664 chr10 115998628 116008976 + 0 NA intron (NM_001320804, intron 1 of 13) intron (NM_001320804, intron 1 of 13) 4429 NM_001320804 340706 Hs.197741 NM_198496 ENSG00000165816 VWA2 AMACO|CCSP-2|NET42 von Willebrand factor A domain containing 2 protein-coding 0.514 nan 0.547 0.650 0.443 0.313 1.306 0.200 0.253 0.249 0.120 0.162 0.120 0.127 0.061 0.099 0.109 0.046 0.490 0.324 0.024 0.014 0.294 0.328 0.069 1.283 0.839 0.107 2.913 1.818 0.404 0.858 0.738 0.929 0.112 0.058 0.100 0.053 0.088 0.090 0.199 0.258 0.052 0.083 2.893 1.083 0.883 0.126 0.173 0.076 0.106 0.301 0.099 0.283 0.045 0.069 0.201 0.354 0.096 0.068 0.031 0.126 0.012 0.184 0.022 0.453 0.350 0.356 0.499 0.217 0.233 1.812 0.599 0.723 0.888 0.179 0.238 1.916 2.952 0.188 0.103 0.356 0.502 0.579 0.355 0.091 0.141 0.810 0.602 191 chr1 27174743 27196646 + 0 NA Intergenic Intergenic -3935 NM_006142 2810 Hs.523718 NM_006142 ENSG00000175793 SFN YWHAS stratifin protein-coding 1.814 2.415 nan 2.310 2.164 2.393 2.342 0.954 1.994 1.933 1.532 0.680 0.785 0.644 2.419 1.441 0.595 0.264 2.119 1.011 1.510 0.530 0.577 0.387 0.861 2.187 2.651 0.420 2.802 1.440 1.821 5.423 1.852 5.257 1.740 1.785 0.315 1.074 0.141 0.410 0.311 5.122 1.699 0.701 1.615 1.034 1.838 1.315 1.589 0.873 0.587 1.334 1.441 3.927 2.442 0.861 1.305 1.243 1.191 2.331 0.770 1.405 0.411 0.398 0.859 1.316 0.877 0.738 0.983 1.277 1.923 2.402 2.125 1.920 0.732 2.227 2.381 0.989 1.573 2.599 4.064 1.362 1.309 0.776 1.102 1.223 1.148 0.969 1.793 1.371 0.774 3211 chr13 74165533 74198273 + 0 NA Intergenic Intergenic 43522 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.502 0.689 0.293 0.161 0.460 0.196 0.338 0.662 0.044 0.105 0.083 0.029 0.059 1.363 0.913 0.083 0.123 0.127 0.059 0.027 0.019 0.101 0.110 0.058 0.253 0.113 0.023 0.097 0.107 2.183 7.177 0.674 2.205 0.188 0.067 0.188 0.064 0.085 0.057 0.187 0.189 0.031 0.026 0.383 0.117 0.206 0.162 0.463 0.035 0.173 0.687 0.913 0.061 0.110 0.058 0.414 0.573 0.018 0.027 0.173 0.080 0.088 0.049 0.063 0.004 0.008 0.489 0.225 0.309 0.426 0.417 0.457 nan 0.613 0.109 0.158 0.057 0.110 0.208 0.234 nan 0.133 0.204 0.369 0.526 0.487 0.381 nan 0.288 0.218 4613 chr17 16309573 16313285 + 0 NA Intergenic Intergenic -7427 NM_016113 51393 Hs.279746 NM_016113 ENSG00000187688 TRPV2 VRL|VRL-1|VRL1 transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 protein-coding 2.200 1.525 1.178 0.381 0.475 0.828 0.172 0.733 1.088 0.354 0.525 0.666 0.066 0.028 0.500 1.095 0.662 0.260 0.400 0.054 1.632 0.337 0.170 0.046 0.782 0.244 0.020 0.737 0.056 0.193 1.234 0.321 5.724 0.156 0.445 0.137 2.989 0.083 0.194 0.234 2.734 0.585 0.461 0.117 0.184 0.077 0.068 2.969 3.787 0.209 0.346 1.095 0.346 0.105 0.782 0.065 0.179 0.159 6.407 7.314 0.168 0.081 0.626 0.103 0.062 0.041 0.652 2.049 0.604 nan 1.519 1.523 3.011 0.860 0.528 0.688 0.607 0.956 1.623 2.470 nan 4.135 0.512 0.715 0.567 0.235 1.896 4.584 0.469 0.414 11191 chr8 105283012 105293645 + 0 NA Intergenic LOR1-int|LTR|ERV1 52765 NM_001282882 9699 Hs.655271 NM_014677 ENSG00000176406 RIMS2 OBOE|RAB3IP3|RIM2 regulating synaptic membrane exocytosis 2 protein-coding 0.977 nan nan 0.061 0.898 6.785 0.407 0.379 0.676 0.009 0.088 0.043 0.134 0.038 1.287 0.118 0.146 0.075 0.926 0.302 0.030 0.013 0.050 0.113 0.405 0.006 0.020 0.028 0.128 0.436 0.520 2.297 0.067 4.164 0.890 0.050 0.027 0.030 0.087 0.177 0.222 0.078 0.007 0.134 0.086 0.147 0.198 0.067 0.068 0.007 0.037 0.118 0.868 0.026 0.405 0.127 0.047 0.009 0.032 0.020 0.022 0.055 0.058 0.094 0.011 0.252 0.198 0.268 0.371 0.861 0.875 nan 0.234 0.718 0.637 0.223 nan 6.765 8.156 nan 0.121 0.210 0.263 0.111 0.110 0.231 nan 0.494 0.539 3612 chr14 61659879 61711016 + 0 NA Intergenic Intergenic 63083 NM_001017970 161291 Hs.146180 NM_001017970 ENSG00000182107 TMEM30B CDC50B transmembrane protein 30B protein-coding nan nan 0.954 0.113 0.523 2.997 0.104 0.279 0.552 0.018 0.088 0.128 0.021 0.043 2.893 0.737 0.506 0.161 0.122 0.044 0.058 0.011 0.065 0.123 1.372 0.171 0.041 0.017 0.092 0.039 0.124 0.333 0.314 1.296 0.103 0.103 0.169 0.055 0.122 0.030 0.645 0.114 0.059 0.032 0.047 0.062 0.130 0.236 0.104 0.113 0.023 0.096 0.737 0.097 0.040 1.372 0.043 0.034 0.112 0.090 0.131 0.099 0.277 0.052 0.153 0.020 0.011 0.328 0.245 0.309 0.428 1.270 1.450 0.547 0.182 nan 0.588 0.145 0.295 2.896 nan 0.844 0.403 0.215 0.465 0.631 0.806 0.242 0.386 1.213 0.734 11989 chrX 137064152 137089259 + 0 NA Intergenic Intergenic 428359 NM_003413 7547 Hs.111227 NM_003413 ENSG00000156925 ZIC3 HTX|HTX1|VACTERLX|ZNF203 Zic family member 3 protein-coding 0.439 0.659 0.823 0.029 0.046 0.007 0.024 0.121 0.269 0.056 0.004 0.002 0.040 0.073 0.465 0.053 0.045 0.030 0.015 0.005 0.005 0.122 0.114 0.024 0.003 0.009 0.003 0.046 0.008 0.025 0.034 0.042 0.158 0.012 0.035 0.053 0.017 0.037 0.009 0.070 0.049 0.010 0.003 0.005 0.043 0.077 0.064 0.023 0.034 0.013 0.021 0.465 0.020 0.011 0.024 0.019 0.036 0.018 0.093 0.006 0.189 0.035 0.009 0.014 0.006 0.309 0.400 0.406 0.312 0.155 0.158 3.183 1.031 0.211 0.187 0.106 0.153 0.103 0.112 0.277 0.107 0.212 0.394 0.170 0.137 0.118 0.163 0.577 0.384 11524 chr9 34327015 34337953 + 0 NA intron (NM_001244390, intron 1 of 2) intron (NM_001244390, intron 1 of 2) 2980 NM_001161 318 Hs.493767 NM_001161 ENSG00000164978 NUDT2 APAH1 nudix hydrolase 2 protein-coding 2.212 nan 1.980 0.985 2.223 1.373 1.391 1.302 2.456 0.565 1.707 1.079 0.527 0.595 0.999 1.517 1.325 0.224 1.467 0.539 0.996 0.329 1.173 0.702 2.211 1.301 1.297 1.038 1.174 0.290 1.121 2.623 1.872 5.763 0.708 1.175 0.672 1.001 0.103 0.248 1.116 1.742 1.520 0.709 0.893 0.862 1.128 1.445 1.265 1.760 0.766 1.394 1.517 1.871 2.388 2.211 0.570 0.607 0.356 0.735 0.688 0.925 0.828 0.644 0.571 0.995 0.567 2.205 2.306 8.551 8.506 3.937 3.182 5.425 2.807 2.814 2.822 2.840 3.670 2.232 3.833 2.355 1.959 1.395 1.989 3.266 3.962 2.589 2.576 3.201 1.979 8457 chr4 83347831 83354387 + 0 NA promoter-TSS (NM_021204) promoter-TSS (NM_021204) 269 NM_031372 9987 Hs.527105 NM_005463 ENSG00000152795 HNRNPDL HNRNP|HNRPDL|JKTBP|JKTBP2|LGMD1G|laAUF1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D like protein-coding 5.321 2.498 3.740 4.566 4.718 4.701 3.249 4.140 7.648 1.519 4.227 1.709 1.195 1.571 7.005 5.723 2.601 0.440 3.778 0.932 2.258 2.219 2.540 0.915 7.466 1.649 2.315 2.581 4.795 1.802 4.393 6.224 3.740 8.722 1.893 2.617 1.151 3.985 0.125 1.510 3.774 6.550 3.386 1.448 1.977 1.340 2.320 6.260 2.670 3.575 1.827 1.733 5.723 6.459 2.541 7.466 1.462 1.842 0.993 4.196 3.328 1.722 1.143 1.916 1.870 1.415 1.000 7.359 6.353 8.439 10.681 10.648 8.686 10.294 5.552 15.196 15.494 2.901 nan 10.444 15.315 8.796 11.028 3.036 5.951 6.190 5.402 7.684 nan 2.475 1.547 262 chr1 36830862 36854540 + 0 NA intron (NM_032017, intron 1 of 11) intron (NM_032017, intron 1 of 11) 8827 NM_001282547 83931 Hs.471768 NM_032017 ENSG00000196182 STK40 SHIK|SgK495 serine/threonine kinase 40 protein-coding 2.107 nan 2.122 2.049 2.949 2.298 4.395 0.566 1.106 0.845 1.688 1.710 0.442 1.349 1.609 1.351 2.293 0.394 1.943 0.745 1.937 0.275 1.476 0.597 2.576 0.996 0.757 0.893 1.344 1.018 2.683 5.096 1.777 4.010 1.224 2.016 0.137 1.052 0.119 1.106 1.069 3.444 2.399 0.956 1.003 0.721 1.149 6.104 1.623 3.432 1.023 0.616 1.351 3.365 4.382 2.576 0.664 0.756 0.632 2.361 1.191 1.341 0.473 1.425 1.699 2.442 2.130 1.299 1.676 1.476 2.816 1.685 1.702 nan 1.156 2.575 2.728 2.098 3.184 8.634 10.211 nan 1.865 1.490 2.172 0.692 1.125 2.578 4.338 1.619 nan 1944 chr11 51571921 51591682 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 66519 NM_001004703 119749 Hs.553564 NM_001004703 ENSG00000185926 OR4C46 - olfactory receptor family 4 subfamily C member 46 protein-coding 11.365 12.897 10.795 3.011 5.293 1.423 2.700 6.080 9.434 0.951 5.357 7.403 2.349 5.840 2.739 6.083 4.222 7.976 3.164 1.301 3.840 4.561 6.331 9.251 4.002 1.908 2.414 1.633 4.857 1.957 6.094 1.887 5.336 13.417 2.248 4.695 2.860 5.600 9.605 2.916 2.388 8.452 4.049 2.671 2.779 5.033 9.022 13.544 2.914 2.954 1.316 2.523 6.083 2.462 1.670 4.002 2.513 2.680 2.488 2.218 1.529 3.759 2.941 1.932 2.438 1.327 0.841 10.989 6.555 6.512 8.621 8.340 9.734 3.983 3.403 6.808 6.602 6.818 8.237 6.098 5.308 10.733 4.533 5.570 8.358 3.243 5.043 4.266 5.284 5.024 6.482 9694 chr6 48150670 48164437 + 0 NA Intergenic Intergenic -121128 NM_207499 442213 Hs.659409 NM_207499 ENSG00000244694 PTCHD4 C6orf138|PTCH53|dJ402H5.2 patched domain containing 4 protein-coding 0.803 0.948 0.859 0.042 0.173 0.004 0.073 0.209 0.301 0.021 0.113 0.107 0.005 0.181 0.045 0.298 0.190 0.093 0.108 0.027 0.009 0.010 0.192 0.178 0.113 0.070 0.016 0.005 0.051 0.172 0.069 0.120 0.041 0.377 0.074 0.078 0.386 0.048 0.088 0.041 0.144 0.041 0.009 0.006 0.095 0.017 0.126 0.145 0.012 0.082 0.023 0.033 0.298 0.049 0.040 0.113 0.018 0.036 0.007 0.033 0.192 0.074 0.101 0.107 0.049 0.013 0.018 0.525 0.357 0.907 0.403 0.190 0.334 6.886 7.488 0.517 0.546 0.577 0.774 0.538 nan 0.315 0.086 0.089 0.226 1.228 2.391 0.316 0.368 0.613 0.505 5165 chr18 12548291 12556062 + 0 NA intron (NM_020148, intron 2 of 15) L1MA3|LINE|L1 104555 NM_001128627 56907 Hs.515283 NM_020148 ENSG00000134278 SPIRE1 Spir-1 spire type actin nucleation factor 1 protein-coding 0.732 1.801 0.618 0.579 0.148 2.558 0.735 0.145 0.278 0.382 0.128 0.165 0.008 0.116 0.091 1.242 0.511 0.185 0.285 0.293 0.035 0.102 0.097 0.219 0.507 0.546 0.227 0.176 0.077 0.197 0.747 0.310 2.806 0.321 0.077 0.048 0.014 0.117 0.365 0.062 0.154 0.077 0.030 0.181 0.088 0.156 0.180 0.178 0.146 5.160 1.717 1.242 0.219 0.176 0.219 0.047 0.138 0.075 0.067 0.026 0.343 0.076 0.064 0.049 0.007 0.007 0.381 0.414 0.509 0.480 0.466 0.580 3.398 0.612 2.353 2.485 1.029 1.242 0.190 0.187 0.370 0.234 0.132 0.145 0.335 0.450 0.262 0.589 1.169 0.777 6959 chr20 35722683 35725481 + 0 NA intron (NM_002895, intron 1 of 21) CpG 536 NM_001323282 5933 Hs.207745 NM_002895 ENSG00000080839 RBL1 CP107|PRB1|p107 RB transcriptional corepressor like 1 protein-coding 9.574 9.524 6.456 7.660 11.297 5.608 2.667 3.685 8.726 2.496 4.822 3.858 0.707 2.585 4.884 6.753 3.419 0.459 4.117 1.223 5.069 3.719 3.182 1.733 9.018 1.862 2.120 2.613 3.432 1.425 3.728 8.657 4.115 18.690 2.614 5.857 1.561 4.633 0.163 2.912 4.576 7.766 4.521 2.527 2.965 1.762 2.788 4.631 4.096 4.304 2.514 2.318 6.753 5.698 5.080 9.018 1.540 1.666 1.978 10.431 3.801 3.932 3.611 4.193 4.034 3.663 2.135 15.648 12.266 8.427 11.392 13.013 nan 18.658 15.489 16.169 16.909 7.756 10.622 12.071 20.095 13.839 14.650 9.985 11.395 5.048 6.091 14.055 9.010 3.470 2.360 10458 chr7 81125989 81137140 + 0 NA Intergenic Intergenic 59571 NR_136264 105369146 Hs.730390 NR_136264 LOC105369146 - uncharacterized LOC105369146 ncRNA 0.977 0.822 0.835 0.045 0.124 0.145 0.223 0.189 0.467 0.043 0.235 2.586 0.006 0.009 0.087 0.126 0.763 0.216 0.103 0.051 0.742 1.104 0.521 0.418 0.246 0.200 0.084 0.026 0.140 0.037 0.165 0.550 0.203 0.327 0.182 3.099 0.398 0.426 0.211 0.140 0.122 0.207 0.038 0.035 0.058 0.027 0.194 0.312 1.318 0.070 0.956 0.789 0.126 0.038 0.209 0.246 0.833 0.262 0.267 0.560 1.432 0.170 0.062 0.077 0.137 0.021 0.016 0.530 0.373 0.432 0.572 0.591 0.693 1.044 0.150 0.212 0.191 6.216 5.461 0.581 0.403 0.577 0.269 0.214 0.449 3.026 6.425 0.408 nan 2.040 1.408 11562 chr9 66570781 66589095 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -26027 NR_122077 403323 Hs.646340 NM_203449 LOC403323 - uncharacterized LOC403323 ncRNA 0.715 1.479 1.744 0.141 0.225 0.055 0.101 0.182 0.345 0.145 0.108 0.232 0.035 0.105 0.067 1.728 0.098 0.097 0.273 0.166 0.113 1.597 0.153 0.149 0.134 0.099 0.076 0.153 0.130 0.023 0.130 0.228 0.089 0.712 0.080 0.073 0.161 0.101 0.100 0.096 0.077 0.264 0.154 0.085 0.041 0.054 0.115 0.181 0.353 0.346 0.106 0.066 1.728 0.106 0.060 0.134 0.073 0.149 0.100 0.076 0.357 0.069 0.086 0.109 0.058 0.028 0.017 0.358 0.250 0.658 1.271 0.488 0.626 1.865 0.522 0.534 0.497 3.822 4.529 0.269 0.269 0.500 0.261 0.295 0.496 0.896 1.685 0.255 0.408 1.474 1.255 9206 chr5 138852408 138864614 + 0 NA intron (NM_198282, intron 5 of 7) intron (NM_198282, intron 5 of 7) 3376 NM_001301738 340061 Hs.379754 NM_198282 ENSG00000184584 TMEM173 ERIS|MITA|MPYS|NET23|SAVI|STING|STING-beta|hMITA|hSTING transmembrane protein 173 protein-coding 2.669 1.440 nan 0.474 0.347 1.229 3.404 0.408 0.728 0.768 1.274 1.519 0.340 0.016 4.443 0.282 1.080 0.157 2.042 0.984 0.046 0.023 0.083 0.107 0.856 3.110 3.351 0.152 1.508 0.876 2.082 5.538 2.282 3.344 0.895 0.446 0.313 0.169 0.116 1.052 0.059 1.451 0.231 0.102 2.850 1.057 0.773 1.018 0.260 1.490 0.070 1.089 0.282 1.801 2.858 0.856 0.630 0.168 0.399 0.472 1.183 1.485 1.074 0.278 1.648 0.042 0.042 0.329 0.626 0.818 1.610 1.135 1.197 0.466 0.193 0.507 0.552 0.374 0.726 2.170 2.659 3.658 3.237 0.652 1.019 1.121 0.952 0.418 1.202 0.744 0.542 6109 chr2 51179127 51194489 + 0 NA intron (NM_001330082, intron 2 of 21) L1MB7|LINE|L1 72866 NM_001330093 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 0.948 nan 1.074 0.126 0.218 0.136 0.178 0.573 1.277 0.006 0.065 0.036 0.008 0.144 0.818 0.245 0.122 0.083 0.219 0.074 0.041 0.027 0.915 0.510 0.576 0.004 0.009 0.014 0.273 0.013 0.682 1.674 0.462 0.701 0.415 0.077 0.621 0.048 0.115 0.074 0.052 0.783 0.020 0.010 0.248 0.015 0.069 0.066 0.048 0.023 0.138 0.090 0.245 0.100 0.040 0.576 0.462 0.036 0.120 0.076 0.152 0.081 0.038 0.202 0.005 0.033 0.006 0.357 0.234 0.187 0.523 0.573 0.728 1.225 0.326 0.307 0.345 2.500 3.362 1.164 1.219 0.667 0.322 0.130 0.172 1.374 2.378 0.329 0.727 0.653 0.380 2099 chr11 73777337 73783886 + 0 NA intron (NM_001286577, intron 24 of 32) MIRc|SINE|MIR -60329 NM_022803 7352 Hs.101337 NM_003356 ENSG00000175564 UCP3 SLC25A9 uncoupling protein 3 protein-coding nan 2.900 1.370 0.498 0.438 1.059 1.278 0.352 0.553 0.497 0.203 0.156 5.132 0.077 0.204 0.234 0.295 0.146 0.774 0.204 0.058 0.668 0.301 1.288 0.180 0.088 0.102 0.746 0.655 2.595 nan 5.812 1.777 1.463 0.824 0.948 0.083 0.199 0.260 0.097 0.141 0.093 0.036 0.367 3.305 6.332 0.216 1.044 0.087 0.470 3.659 0.234 1.434 0.889 1.288 1.018 8.064 0.061 0.116 0.144 0.201 0.076 0.038 0.451 0.018 0.024 0.663 0.664 0.590 1.775 1.472 1.646 2.065 0.515 0.723 0.724 1.492 1.750 2.464 2.460 0.330 0.158 0.306 0.517 3.434 3.280 0.312 0.472 1.786 0.966 9504 chr6 23444598 23456570 + 0 NA Intergenic Intergenic -675830 NM_080723 140767 Hs.726270 NM_080723 ENSG00000152954 NRSN1 VMP|p24 neurensin 1 protein-coding 1.498 0.930 nan 0.157 1.020 0.075 0.226 0.327 0.893 0.131 0.116 0.010 0.041 0.119 0.709 0.341 0.108 0.098 0.094 0.041 0.196 0.149 3.496 0.144 0.030 0.019 0.079 0.176 0.129 0.184 0.111 nan 0.279 0.193 0.127 0.395 0.117 0.109 0.066 0.131 0.040 0.020 0.092 0.020 0.048 0.092 0.027 0.088 0.119 0.118 0.709 0.084 0.024 3.496 0.176 0.110 0.275 0.078 0.212 0.026 0.049 0.249 0.228 0.024 0.030 0.594 0.356 0.720 nan 4.613 5.153 nan 0.296 0.364 0.369 1.761 2.023 0.580 0.361 0.960 0.582 0.134 0.240 0.449 0.336 0.451 1.179 1.169 0.763 2476 chr12 10951167 10966147 + 0 NA TTS (NM_023918) TTS (NM_023918) 922 NM_023918 50836 Hs.533755 NM_023918 ENSG00000121314 TAS2R8 T2R8|TRB5 taste 2 receptor member 8 protein-coding 0.748 0.652 0.767 0.087 0.236 0.048 0.009 0.139 0.189 0.019 0.016 0.082 0.026 0.070 0.239 0.040 0.055 0.071 0.013 0.016 0.164 0.153 0.088 0.005 0.014 0.029 0.050 0.007 0.058 0.093 0.113 0.286 0.010 0.036 0.013 0.043 0.127 0.008 0.026 0.053 0.007 0.036 0.115 0.146 0.043 0.057 0.010 0.036 0.239 0.043 0.018 0.088 0.016 0.028 0.023 0.014 0.016 0.040 0.058 0.010 0.023 0.010 0.192 0.165 0.513 0.260 nan 0.433 0.490 0.167 20.824 21.698 0.163 0.252 0.331 0.323 0.278 0.118 0.144 0.217 0.028 0.046 0.189 0.294 0.337 0.209 2988 chr12 118539445 118546390 + 0 NA Intergenic Intergenic -1107 NM_019086 54621 Hs.187624 NM_019086 ENSG00000176834 VSIG10 - V-set and immunoglobulin domain containing 10 protein-coding nan nan 1.647 1.886 1.846 2.568 2.330 1.251 2.297 1.103 2.015 1.006 8.675 0.803 2.998 0.846 1.199 0.369 1.534 0.871 0.369 0.496 0.951 0.422 3.548 1.452 1.482 1.219 2.060 2.233 1.248 2.205 1.171 5.586 1.033 0.816 0.563 1.960 0.127 0.853 0.844 0.942 1.604 0.910 0.757 1.303 1.667 2.447 2.955 2.944 1.034 1.421 0.846 3.862 1.622 3.548 0.743 1.511 0.340 2.342 1.536 0.863 0.642 1.726 0.679 0.738 0.432 1.658 2.677 1.674 3.091 nan nan nan 1.156 1.495 1.471 1.589 2.063 nan nan 1.784 1.694 1.285 2.505 1.935 1.424 2.409 3.793 nan 0.895 1921 chr11 45675561 45687029 + 0 NA intron (NM_003654, intron 1 of 3) intron (NM_003654, intron 1 of 3) 5911 NM_003654 8534 Hs.104576 NM_003654 ENSG00000175264 CHST1 C6ST|GST-1|KS6ST|KSGal6ST|KSST carbohydrate sulfotransferase 1 protein-coding nan 3.465 0.611 0.067 0.618 0.777 0.130 0.260 0.552 0.008 0.358 0.099 0.022 0.053 0.587 1.093 0.058 0.057 0.074 0.033 0.024 0.136 0.187 0.093 0.094 0.012 0.083 0.058 0.009 0.437 1.179 0.106 2.434 0.013 0.057 0.082 0.144 0.091 0.052 0.182 0.116 0.121 0.134 0.040 0.108 0.200 0.191 0.044 0.020 0.040 1.093 0.101 0.073 0.093 0.032 0.029 2.354 0.388 0.257 0.179 0.078 0.206 1.171 0.132 0.079 0.710 0.803 1.314 1.730 1.285 1.159 1.792 0.434 0.104 0.218 0.477 0.942 1.672 1.541 4.176 4.156 0.387 0.790 0.388 0.459 0.551 nan 1.005 0.596 3217 chr13 76328566 76378104 + 0 NA intron (NM_005358, intron 5 of 29) intron (NM_005358, intron 5 of 29) 18538 NM_015842 4008 Hs.207631 NM_005358 ENSG00000136153 LMO7 FBX20|FBXO20|LMO7b|LOMP LIM domain 7 protein-coding nan 1.249 1.342 0.609 0.301 0.050 1.088 0.269 0.555 0.168 0.277 0.368 1.314 0.122 0.138 0.354 1.367 0.186 0.732 0.237 0.228 0.042 0.200 0.124 0.350 1.262 0.804 0.087 0.633 0.996 2.222 3.513 1.078 0.695 0.504 0.143 0.048 0.673 0.102 0.437 0.216 0.224 0.122 0.088 1.140 0.489 0.826 0.272 0.710 0.091 0.314 0.654 0.354 0.310 2.330 0.350 0.788 1.091 0.025 0.038 0.123 0.459 0.101 0.112 0.288 0.057 0.021 0.600 0.429 0.425 0.823 0.680 0.708 nan 0.383 0.196 0.207 0.348 0.452 0.357 0.391 nan 0.182 0.298 0.471 0.321 0.337 0.293 nan 0.332 0.207 6181 chr2 70171475 70177096 + 0 NA Intergenic Intergenic 15112 NM_152792 151516 Hs.516253 NM_152792 ENSG00000244617 ASPRV1 MUNO|SASP|SASPase|Taps aspartic peptidase retroviral like 1 protein-coding nan nan 0.683 0.821 0.084 6.869 0.114 0.215 0.034 0.455 1.535 0.017 0.120 0.177 0.223 0.088 4.420 3.237 1.523 0.008 0.102 0.071 0.183 1.646 1.299 0.156 0.979 1.989 5.363 11.974 1.624 0.378 3.412 0.872 0.017 0.102 1.443 0.372 0.504 0.296 3.679 1.091 2.287 0.766 0.623 0.384 0.323 5.742 0.177 3.102 1.862 0.183 5.245 3.732 0.023 0.279 0.161 1.056 0.035 0.045 2.263 0.360 0.280 0.385 0.555 0.340 0.673 0.679 0.666 0.412 0.159 0.518 0.625 0.293 0.452 0.292 0.383 0.476 0.278 0.461 0.707 0.068 0.098 0.477 0.825 nan 0.382 4923 chr17 63272278 63299332 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 152349 NM_001081955 8787 Hs.664380 NM_003835 ENSG00000108370 RGS9 PERRS|RGS9L regulator of G protein signaling 9 protein-coding 0.731 nan 0.543 0.045 0.136 0.018 0.081 0.172 0.316 0.021 0.087 0.113 0.030 0.040 0.091 0.239 0.125 0.118 0.113 0.035 0.026 0.354 0.092 0.145 0.128 0.077 0.033 0.091 0.088 0.016 0.146 0.308 0.117 0.334 0.081 0.092 0.038 0.080 0.119 0.083 0.106 0.104 0.047 0.017 0.068 0.051 0.106 0.170 0.147 0.069 0.052 0.058 0.239 0.082 0.045 0.128 0.059 0.064 0.046 0.067 0.030 0.063 0.032 0.050 0.045 7.835 9.880 0.401 0.218 0.352 0.351 0.349 0.409 0.566 0.211 0.399 0.447 0.126 nan 0.330 0.428 0.503 0.276 0.147 0.189 0.085 0.123 0.116 0.241 0.384 0.429 11573 chr9 71167202 71171734 + 0 NA Intergenic Intergenic -7950 NR_109769 101927015 Hs.406454 NR_109769 ENSG00000234506 LINC01506 - long intergenic non-protein coding RNA 1506 ncRNA nan nan nan 0.087 0.114 0.013 0.031 0.109 0.197 0.070 0.021 0.014 0.022 0.078 0.129 0.066 0.035 0.046 0.038 0.071 0.070 0.053 0.015 0.017 0.114 0.124 0.501 0.141 0.236 0.091 0.020 0.092 0.053 0.035 0.061 0.053 0.052 0.024 0.035 0.021 0.087 0.054 0.078 0.035 0.339 0.129 0.078 0.021 0.053 0.144 0.040 0.025 0.231 2.100 0.056 0.022 3.209 3.534 12.022 3.935 0.379 nan 0.107 0.175 5.157 4.899 0.559 0.956 0.114 0.184 0.114 0.033 2.229 3.385 0.121 0.090 0.124 0.227 0.412 0.527 8267 chr4 11583886 11645685 + 0 NA Intergenic Intergenic 156307 NR_146995 105374484 Hs.581972 NR_146995 ENSG00000248300 LINC02360 - long intergenic non-protein coding RNA 2360 ncRNA nan nan nan 1.647 0.255 0.008 1.997 0.161 0.276 0.168 0.137 0.194 0.142 0.524 0.177 0.159 0.054 0.081 2.299 1.650 0.029 0.004 0.264 0.251 0.654 1.719 1.112 0.008 1.928 2.045 1.722 5.062 1.442 0.547 2.491 0.022 0.017 0.018 0.075 0.153 0.080 0.124 0.065 0.032 3.041 1.158 1.225 0.216 0.273 0.037 0.511 1.446 0.159 1.333 0.027 0.654 1.016 0.494 0.020 0.020 0.099 0.451 0.056 0.021 0.241 0.023 0.015 0.459 0.330 0.345 0.728 0.368 0.369 0.648 0.381 0.237 0.278 0.391 0.609 1.495 1.923 0.371 0.166 0.168 0.224 0.098 0.096 0.094 0.128 nan 0.770 1901 chr11 35293777 35299441 + 0 NA intron (NM_001195728, intron 10 of 11) MER5A|DNA|hAT-Charlie 112112 NR_145794 109623487 NR_145794 SNORD164 - small nucleolar RNA, C/D box 164 snoRNA 0.664 1.339 nan 0.659 0.380 0.687 0.101 0.452 0.226 0.068 0.587 0.499 0.032 0.090 0.031 0.320 0.516 0.058 0.133 0.167 0.112 0.221 0.262 0.084 0.405 0.320 0.429 0.019 0.383 1.200 0.472 1.377 0.296 0.047 0.116 0.057 0.132 0.167 0.014 0.146 0.092 0.042 0.173 0.135 0.481 0.210 2.155 0.074 4.870 2.443 0.320 0.062 0.065 0.084 1.577 1.669 0.276 0.051 0.126 0.166 0.054 0.156 0.295 0.020 0.020 0.414 0.246 0.512 1.876 0.260 0.334 0.361 0.082 0.271 0.257 0.542 0.891 0.238 0.190 0.310 0.129 0.225 0.323 0.777 0.694 0.154 nan 0.623 0.532 10134 chr7 3938729 3963005 + 0 NA intron (NM_152744, intron 5 of 44) intron (NM_152744, intron 5 of 44) -218450 NM_001079653 221935 Hs.653013 NM_152744 ENSG00000146555 SDK1 - sidekick cell adhesion molecule 1 protein-coding 0.967 1.138 1.099 0.216 0.116 0.053 0.111 0.146 0.426 0.016 0.069 0.340 0.012 0.025 0.137 0.373 0.102 0.092 0.581 0.500 0.054 0.051 0.212 0.171 0.628 0.574 0.268 0.015 0.227 0.022 0.393 nan 0.295 nan 0.012 0.609 0.032 0.121 0.126 0.063 0.088 0.169 0.040 0.042 0.018 0.053 0.198 0.196 0.178 0.050 0.016 0.551 0.373 0.609 0.110 0.628 0.084 0.100 0.076 0.183 0.117 0.198 0.363 0.041 0.006 0.093 0.038 1.894 1.902 5.209 nan 0.530 0.714 nan 0.284 0.510 0.508 0.113 0.151 nan 1.345 0.228 0.132 0.691 0.915 0.180 0.348 0.122 0.156 0.845 0.655 6966 chr20 36141995 36157721 + 0 NA promoter-TSS (NM_001317074) promoter-TSS (NM_001317074) 250 NM_001322802 4826 Hs.504703 NM_005386 ENSG00000053438 NNAT Peg5 neuronatin protein-coding 3.193 2.623 2.922 2.249 3.345 1.327 0.721 1.223 2.342 1.396 1.044 1.929 1.231 0.634 1.645 2.448 1.145 0.123 1.177 0.351 0.831 1.019 0.538 0.373 4.079 0.914 0.934 0.815 0.826 0.464 3.156 nan 3.353 4.136 1.038 1.186 0.136 1.056 0.111 0.784 5.208 2.198 1.321 0.491 0.878 0.666 1.729 1.432 1.072 1.181 0.737 0.944 2.448 1.543 1.051 4.079 1.224 1.153 0.833 1.986 1.082 1.293 0.615 1.749 2.519 0.432 0.430 2.634 2.518 1.727 2.608 3.384 nan 4.034 1.715 3.578 3.959 3.244 4.515 4.334 6.224 4.869 4.255 1.768 2.496 1.028 0.923 2.929 nan 1.250 0.675 10578 chr7 105305042 105332842 + 0 NA intron (NM_001318229, intron 1 of 9) intron (NM_001318229, intron 1 of 9) 667 NM_138495 222255 Hs.745056 NM_020725 ENSG00000146776 ATXN7L1 ATXN7L4 ataxin 7 like 1 protein-coding nan 1.270 1.778 0.108 0.632 3.390 0.239 0.280 0.650 0.017 0.168 0.165 0.020 0.094 1.486 0.454 0.635 0.093 0.087 0.048 0.045 0.015 0.616 0.377 0.397 0.215 0.071 0.058 0.110 0.046 0.088 0.380 0.241 1.429 0.042 0.121 0.131 0.106 0.149 0.085 0.244 0.213 0.039 0.050 0.031 0.047 0.123 0.338 0.167 0.107 0.274 0.153 0.454 0.098 0.100 0.397 0.054 0.168 0.144 0.098 0.356 0.150 0.943 0.329 0.028 0.029 0.018 0.854 0.800 0.744 0.858 1.124 0.892 2.139 0.420 0.317 0.326 0.623 1.148 1.449 1.603 0.727 0.699 0.821 1.298 0.692 0.877 0.807 nan 2.493 1.517 7409 chr22 37857568 37888146 + 0 NA intron (NM_001166343, intron 4 of 6) intron (NM_001166343, intron 4 of 6) 9568 NM_001166343 4242 Hs.517603 NM_002405 ENSG00000100060 MFNG - MFNG O-fucosylpeptide 3-beta-N-acetylglucosaminyltransferase protein-coding 1.679 nan 0.588 0.149 0.070 0.770 0.306 0.157 0.347 0.043 0.154 0.107 0.002 0.098 1.117 0.548 0.124 0.120 0.195 0.130 0.061 0.041 0.087 0.068 0.271 0.181 0.080 0.053 0.151 0.090 0.179 1.020 0.135 0.775 0.140 0.064 0.053 0.117 0.110 0.092 1.575 0.147 0.063 0.028 0.067 0.075 0.162 0.098 0.228 0.158 0.049 0.105 0.548 0.245 0.153 0.271 0.042 0.075 1.661 0.174 0.623 0.166 0.649 0.036 0.054 0.057 0.018 3.230 4.117 0.221 0.279 1.211 0.778 0.469 0.132 0.617 0.671 0.203 nan 0.713 1.067 nan 1.719 1.195 1.509 0.170 0.252 0.285 0.454 0.295 0.335 9460 chr6 16799345 16807862 + 0 NA Intergenic Intergenic -41882 NM_001357857 6310 Hs.434961 NM_000332 ENSG00000124788 ATXN1 ATX1|D6S504E|SCA1 ataxin 1 protein-coding 1.210 nan 0.882 0.055 0.112 0.046 0.183 1.320 3.081 0.045 0.492 1.667 0.014 0.071 0.115 5.373 1.202 0.169 0.199 0.155 0.022 0.016 0.131 0.135 0.441 0.721 0.280 0.123 0.111 0.312 1.038 0.259 0.643 0.154 0.833 1.699 0.042 0.097 0.014 0.196 0.133 0.071 0.074 0.064 0.062 0.159 0.117 0.870 0.048 0.169 0.440 5.373 0.217 0.109 0.441 0.074 0.283 0.035 0.069 0.333 0.177 4.072 1.512 0.146 0.007 0.018 3.416 3.443 1.388 1.209 0.479 0.598 1.423 0.375 0.356 0.357 7.105 6.869 0.146 0.139 3.017 3.083 2.113 2.991 8.833 9.973 2.315 3.273 0.813 0.603 359 chr1 46765938 46776223 + 0 NA intron (NM_001297566, intron 1 of 2) intron (NM_001297566, intron 1 of 2) 1795 NM_006004 7388 Hs.481571 NM_006004 ENSG00000173660 UQCRH QCR6|UQCR8 ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein protein-coding nan 2.512 nan 3.467 2.658 3.020 2.735 1.729 3.479 1.035 4.051 2.598 1.029 1.050 2.961 3.139 2.589 0.408 2.659 1.067 2.802 2.088 1.951 1.101 1.662 1.729 2.285 2.525 3.031 1.026 2.499 3.875 2.282 6.592 1.353 3.548 0.295 2.456 0.208 0.840 1.929 5.383 3.632 1.615 1.813 1.959 3.223 2.361 2.475 3.882 1.410 1.992 3.139 2.436 2.893 1.662 1.505 2.380 1.037 3.856 2.071 1.786 3.437 4.787 0.997 1.949 1.492 4.173 4.368 4.909 6.812 8.782 10.181 3.424 2.514 12.881 13.571 4.505 nan nan 9.119 4.828 4.678 8.956 nan 2.020 2.188 7.502 8.792 2.429 1.317 7502 chr3 8334445 8346409 + 0 NA intron (NR_033378, intron 3 of 3) intron (NR_033378, intron 3 of 3) 202917 NR_033378 100288428 Hs.651576 NR_033378 ENSG00000227110 LMCD1-AS1 - LMCD1 antisense RNA 1 ncRNA 0.740 0.862 0.813 0.085 0.208 0.061 0.095 0.055 0.142 0.060 0.062 0.005 0.113 0.059 0.097 0.137 0.041 0.088 0.032 0.021 0.078 0.073 0.012 0.006 0.012 0.074 0.018 0.074 0.082 0.018 0.246 0.012 0.023 0.016 0.054 0.070 0.020 0.073 0.085 0.015 0.026 0.027 0.032 0.064 0.127 0.034 0.012 0.020 0.045 0.097 0.083 0.017 0.040 0.048 0.024 0.314 0.049 0.025 3.684 0.031 0.005 0.008 0.199 0.166 0.251 0.409 0.260 0.362 0.142 0.084 0.221 0.181 0.081 0.166 0.612 0.568 0.860 0.358 0.147 0.160 0.070 0.070 0.699 2.963 0.302 0.356 1229 chr1 237478131 237488796 + 0 NA intron (NM_001035, intron 2 of 104) L1MEf|LINE|L1 -150956 NR_039626 100616141 NR_039626 ENSG00000266262 MIR4428 - microRNA 4428 ncRNA 3.023 1.141 1.141 0.067 0.117 0.036 0.060 0.090 0.200 0.009 0.102 0.026 0.012 0.010 0.042 0.060 0.106 0.075 0.128 0.054 0.018 0.098 0.171 0.115 0.007 0.007 0.070 0.065 0.030 0.018 0.097 0.268 0.051 0.036 0.011 0.100 0.011 0.008 0.060 0.017 0.007 0.021 0.009 0.045 0.156 0.015 0.022 0.007 0.076 0.060 0.029 0.115 0.047 0.016 1.380 0.011 0.104 0.022 0.038 0.139 0.028 0.005 0.343 0.191 0.272 0.416 0.233 0.308 nan 0.064 0.290 0.191 0.296 0.359 nan 0.219 6.471 5.586 0.081 0.140 0.113 0.160 0.398 0.552 nan 0.311 1001 chr1 198842607 198853343 + 0 NA intron (NR_040073, intron 2 of 2) L2a|LINE|L2 -19693 NR_029626 406995 NR_029626 ENSG00000207759 MIR181A1 MIR213|MIRN181A1|MIRN213|hsa-mir-181a-1|mir-181a-1|mir-213 microRNA 181a-1 ncRNA 0.873 nan 1.677 0.869 0.091 0.010 0.523 0.402 0.690 0.242 0.199 0.539 0.849 0.038 0.099 1.890 1.326 0.180 0.441 0.195 0.486 0.103 1.215 0.915 0.049 0.561 0.369 0.007 0.684 0.373 1.289 1.467 0.594 0.983 0.341 0.488 0.196 0.111 0.131 0.252 0.022 0.197 0.243 0.153 0.939 0.278 0.224 0.510 0.174 0.225 0.479 0.346 1.890 0.137 0.422 0.049 0.237 0.085 0.067 0.119 0.095 0.316 0.010 0.230 0.241 0.139 0.128 0.378 0.292 0.881 1.749 0.701 0.853 0.467 0.158 0.352 0.363 4.176 nan 0.579 0.500 0.498 0.342 0.089 0.155 1.106 2.364 0.502 0.932 0.389 0.372 2608 chr12 32382481 32427643 + 0 NA intron (NM_001003398, intron 2 of 8) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 145321 NM_001354188 636 Hs.505202 NM_001714 ENSG00000151746 BICD1 BICD BICD cargo adaptor 1 protein-coding 1.310 nan 1.175 0.105 0.229 0.057 0.135 0.228 0.363 0.087 0.208 0.128 0.018 0.082 0.307 0.209 0.085 0.097 0.263 0.053 0.054 0.037 0.125 0.136 0.255 0.090 0.058 0.041 0.092 0.028 0.099 0.220 0.105 0.339 0.077 0.083 0.173 0.084 0.128 0.021 0.316 0.100 0.057 0.022 0.044 0.068 0.186 0.194 0.215 0.341 0.079 0.053 0.209 0.129 0.080 0.255 0.043 0.086 0.479 0.191 0.068 0.080 0.057 0.801 0.119 0.036 0.027 0.461 0.331 0.522 0.624 0.564 0.743 0.436 0.207 0.514 0.508 1.341 1.623 0.294 0.270 1.827 1.410 0.184 0.233 0.777 0.902 0.841 3.217 0.498 0.450 2614 chr12 34173070 34178715 + 0 NA intron (NM_032834, intron 1 of 2) intron (NM_032834, intron 1 of 2) 676 NM_032834 84920 Hs.102971 NM_032834 ENSG00000139133 ALG10 ALG10A|DIE2|KCR1 ALG10, alpha-1,2-glucosyltransferase protein-coding 1.920 nan 1.062 1.677 2.232 0.414 1.059 0.569 1.598 0.221 0.221 1.944 0.352 0.267 0.489 0.839 0.715 0.171 1.372 0.672 1.148 0.564 0.445 0.541 1.635 0.611 0.474 0.245 1.034 0.485 0.768 1.459 1.038 2.797 0.728 0.697 0.017 1.534 0.169 0.732 0.636 0.767 1.410 0.827 0.558 0.435 0.681 1.169 1.024 1.421 0.208 0.380 0.839 1.568 12.132 1.635 0.214 0.681 0.344 1.295 0.756 0.884 0.227 0.810 0.720 0.316 0.225 1.327 1.474 1.969 2.510 5.737 4.752 3.676 1.171 4.067 4.460 1.859 2.155 1.700 2.041 3.044 3.054 0.798 1.254 0.083 0.044 2.135 2.693 1.512 0.779 3694 chr14 75417605 75432439 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -2555 NM_001207012 5228 Hs.252820 NM_002632 ENSG00000119630 PGF D12S1900|PGFL|PIGF|PLGF|PlGF-2|SHGC-10760 placental growth factor protein-coding 2.570 1.003 0.940 0.159 0.438 4.177 1.090 0.334 0.682 0.152 0.167 0.017 0.020 0.619 1.398 0.383 0.134 0.129 0.102 0.114 0.019 0.074 0.122 0.674 0.168 0.058 0.104 0.193 0.299 0.217 1.090 0.299 2.589 0.181 0.115 0.096 0.256 0.102 0.128 0.668 0.238 0.121 0.127 0.301 0.149 0.311 0.190 0.582 0.885 0.061 0.219 1.398 0.115 0.470 0.674 0.091 0.122 0.602 0.829 0.466 0.350 0.288 0.098 0.268 0.043 0.024 0.430 0.886 0.439 0.596 1.379 1.211 0.703 0.255 1.015 1.052 1.980 2.621 0.558 nan 1.534 2.368 0.532 0.978 0.346 0.492 0.576 0.849 1.672 nan 225 chr1 32153793 32181371 + 0 NA intron (NM_001856, intron 2 of 70) intron (NM_001856, intron 2 of 70) 2186 NM_001856 1307 Hs.368921 NM_001856 ENSG00000084636 COL16A1 447AA|FP1572 collagen type XVI alpha 1 chain protein-coding 1.120 nan 1.517 0.396 0.314 0.249 0.653 0.245 0.579 0.894 2.472 2.596 0.284 0.164 0.268 0.650 0.437 0.075 0.228 0.146 1.180 0.068 0.232 0.150 0.456 0.340 0.175 0.526 0.156 0.338 0.359 0.676 0.146 1.501 0.376 1.928 0.048 0.365 0.100 0.321 0.101 3.737 0.900 0.466 0.103 0.070 1.105 3.590 1.012 0.565 0.092 0.249 0.650 0.192 0.151 0.456 0.080 0.129 0.322 1.266 0.401 0.562 0.057 0.265 0.632 1.645 1.034 0.564 0.990 0.513 0.849 1.015 1.065 nan 0.288 0.389 0.400 0.708 1.326 0.333 0.509 nan 0.948 0.278 0.398 0.263 0.406 0.654 0.848 0.640 nan 142 chr1 20798549 20825239 + 0 NA 5' UTR (NM_018584, exon 1 of 2) 5' UTR (NM_018584, exon 1 of 2) 834 NM_018584 55450 Hs.731383 NM_018584 ENSG00000162545 CAMK2N1 PRO1489 calcium/calmodulin dependent protein kinase II inhibitor 1 protein-coding 2.111 1.385 nan 4.446 1.706 0.265 2.018 0.727 1.341 1.085 0.138 0.179 0.060 1.773 1.799 1.375 0.361 0.079 1.642 0.681 0.112 0.094 0.646 0.235 0.081 0.593 0.344 0.141 2.230 1.419 1.168 3.013 0.863 2.376 2.687 0.125 0.150 0.300 0.095 0.571 0.093 0.169 0.196 0.164 0.881 0.842 2.289 1.179 3.372 0.413 1.962 1.135 1.375 1.451 1.754 0.081 0.376 1.846 0.523 0.522 0.563 0.641 0.011 0.103 0.745 0.835 0.856 0.710 1.324 0.301 0.441 1.567 1.275 1.978 0.631 0.280 0.302 0.264 0.534 4.084 4.745 1.763 1.926 0.145 0.164 0.677 0.701 0.352 0.634 1.641 1.001 10450 chr7 79714352 79719693 + 0 NA Intergenic Arthur1B|DNA|hAT-Tip100 -47118 NM_002069 2770 Hs.134587 NM_002069 ENSG00000127955 GNAI1 Gi G protein subunit alpha i1 protein-coding nan 0.551 0.818 0.082 0.098 0.060 0.132 0.243 0.169 0.121 0.497 2.061 0.012 0.038 0.133 0.118 1.342 0.424 0.099 0.072 0.166 0.060 0.155 0.045 0.013 0.043 0.155 0.019 0.045 0.083 0.217 0.346 0.055 0.122 0.036 0.016 0.129 0.074 0.035 0.136 0.015 0.041 0.028 0.469 0.169 0.091 0.093 0.029 0.079 0.118 0.068 0.050 0.045 0.181 0.184 0.075 0.036 0.326 0.695 0.464 0.022 0.009 0.852 1.804 11.057 11.036 0.246 0.402 0.104 0.089 0.574 0.633 0.461 nan 0.244 nan 0.314 0.149 0.415 1.135 0.070 0.183 0.362 0.559 0.647 0.781 9007 chr5 73107986 73123060 + 0 NA intron (NM_001244364, intron 1 of 27) intron (NM_001244364, intron 1 of 27) 6180 NM_001244364 64283 Hs.482521 NM_001080479 ENSG00000214944 ARHGEF28 RGNEF|RIP2|p190RHOGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 28 protein-coding 0.966 nan 0.918 4.688 0.515 0.252 0.527 0.372 0.748 0.240 0.822 0.135 0.165 0.033 0.241 0.588 0.368 0.107 0.735 0.300 2.484 0.156 0.115 0.111 1.019 0.438 0.312 0.829 1.683 0.238 1.152 0.888 0.615 0.357 0.135 0.643 0.158 0.136 0.181 0.095 1.143 0.052 0.042 1.205 0.523 0.665 0.104 1.216 0.094 1.002 0.880 0.588 0.344 0.090 0.111 0.121 0.580 0.013 0.189 0.087 0.178 0.057 0.206 0.051 0.103 0.038 0.207 0.166 0.264 0.684 0.270 0.203 nan 0.795 0.103 0.165 0.553 nan 1.262 1.621 0.404 0.257 0.063 0.182 2.243 3.303 0.202 0.618 0.910 0.627 5392 chr18 59992537 60000448 + 0 NA intron (NM_003839, intron 1 of 9) intron (NM_003839, intron 1 of 9) 3972 NM_001270951 8792 Hs.204044 NM_003839 ENSG00000141655 TNFRSF11A CD265|FEO|LOH18CR1|ODFR|OFE|OPTB7|OSTS|PDB2|RANK|TRANCER TNF receptor superfamily member 11a protein-coding nan 1.094 1.082 1.832 1.553 0.171 1.192 0.547 0.728 0.122 0.320 0.801 0.024 0.878 0.596 0.776 0.153 0.060 0.253 0.240 0.032 1.069 0.358 0.781 1.471 0.853 0.083 0.684 0.639 0.549 1.624 0.374 1.769 0.426 0.115 0.383 0.181 0.086 0.435 0.221 0.286 0.220 0.227 2.638 0.552 0.615 0.164 0.697 0.683 0.359 0.766 0.776 0.331 1.973 0.781 0.327 0.089 0.283 0.590 0.320 1.013 0.012 0.248 0.675 0.044 0.019 0.777 0.685 1.044 1.787 2.617 2.373 7.707 1.821 2.210 2.205 1.163 1.506 1.542 2.169 0.931 1.300 0.351 0.548 1.937 2.090 0.437 0.805 nan 3.662 4491 chr16 85740217 85756768 + 0 NA intron (NM_206967, intron 2 of 3) AluY|SINE|Alu -25904 NM_016095 51659 Hs.433180 NM_016095 ENSG00000131153 GINS2 HSPC037|PSF2|Pfs2 GINS complex subunit 2 protein-coding nan 1.236 1.145 0.113 1.550 1.637 0.515 1.807 3.142 0.352 0.351 0.095 0.064 0.131 2.999 8.622 0.100 0.138 0.533 0.155 0.073 0.025 0.298 0.144 3.900 0.197 0.100 0.106 0.109 0.096 0.160 0.629 0.102 2.863 0.230 0.078 0.166 0.070 0.077 0.064 0.167 0.501 0.095 0.052 0.046 0.169 0.279 0.171 0.162 0.189 0.320 0.608 8.622 0.721 0.061 3.900 0.044 0.121 0.555 0.176 1.793 0.372 0.048 0.277 0.083 0.021 0.006 0.572 0.781 0.257 0.449 5.066 5.193 3.261 0.754 0.441 0.356 0.317 0.537 3.671 4.242 2.151 1.799 0.312 0.287 0.850 0.786 0.362 0.851 2.729 1.533 8190 chr3 196000553 196015995 + 0 NA intron (NM_001312673, intron 1 of 8) intron (NM_001312673, intron 1 of 8) 6349 NM_005017 5130 Hs.135997 NM_005017 ENSG00000161217 PCYT1A CCTA|CT|CTA|CTPCT|PCYT1|SMDCRD phosphate cytidylyltransferase 1, choline, alpha protein-coding nan 1.669 0.924 0.980 1.130 1.127 2.351 0.725 1.541 0.500 1.290 1.442 0.388 0.318 0.871 0.923 1.314 0.384 1.715 0.609 0.972 0.261 0.692 0.468 1.187 3.131 2.832 0.873 1.494 0.860 1.724 nan 1.057 nan 0.815 1.748 0.155 0.825 0.087 0.412 0.685 1.204 1.537 0.725 1.103 0.568 2.079 1.133 1.244 1.762 0.578 1.488 0.923 2.304 1.801 1.187 0.716 0.806 0.493 0.901 0.367 1.570 0.507 0.833 0.735 0.433 0.351 1.563 1.536 1.849 3.515 1.569 1.464 2.621 0.899 3.155 3.509 1.412 1.763 2.195 2.678 3.076 2.813 1.066 1.907 1.133 1.253 2.301 2.335 1.133 0.800 8667 chr4 185358015 185398945 + 0 NA intron (NM_002199, intron 1 of 8) intron (NM_002199, intron 1 of 8) 17246 NM_002199 3660 Hs.654566 NM_002199 ENSG00000168310 IRF2 IRF-2 interferon regulatory factor 2 protein-coding nan 1.358 nan 0.663 0.573 0.784 0.826 0.480 0.871 0.340 0.833 0.756 0.212 0.206 1.224 0.643 0.987 0.126 0.637 0.273 0.568 0.375 0.314 0.203 1.053 1.235 1.144 0.347 0.988 0.367 1.313 2.830 1.022 1.531 0.403 0.836 0.053 0.622 0.084 0.544 0.422 0.535 1.226 0.589 0.475 0.413 0.490 1.556 0.607 0.675 0.456 0.490 0.643 0.975 0.690 1.053 0.326 0.407 0.071 0.438 0.318 0.488 1.180 0.203 0.420 0.260 0.140 0.820 0.927 5.461 6.200 1.270 1.172 0.650 0.263 0.866 0.844 0.097 0.138 1.650 2.388 0.748 0.597 1.928 2.614 0.234 0.256 0.446 0.548 0.796 0.531 7202 chr21 37615653 37635971 + 0 NA intron (NM_005128, intron 22 of 36) AluSx|SINE|Alu -66675 NM_001320445 23515 Hs.421150 NM_015358 ENSG00000159256 MORC3 NXP2|ZCW5|ZCWCC3 MORC family CW-type zinc finger 3 protein-coding 1.092 0.702 1.486 0.205 0.095 0.123 0.515 0.222 0.299 0.057 0.089 0.164 0.125 0.059 0.231 0.240 0.214 0.140 0.275 0.177 0.062 0.014 0.131 0.110 0.206 0.800 0.532 0.120 0.273 0.104 0.131 0.334 0.194 0.620 0.101 0.145 0.009 0.118 0.082 0.151 0.247 0.111 0.071 0.073 0.156 0.180 0.137 0.307 0.145 0.232 0.039 0.128 0.240 0.137 0.946 0.206 0.056 0.069 0.081 0.112 0.090 0.168 0.767 0.584 0.079 0.034 0.022 1.937 1.951 2.045 1.274 0.447 0.499 0.313 0.135 7.996 8.476 0.419 0.710 0.471 0.498 1.571 1.100 0.839 1.708 0.163 0.216 0.612 1.249 nan 0.540 3170 chr13 52351926 52397369 + 0 NA intron (NM_001270424, intron 1 of 9) intron (NM_001270424, intron 1 of 9) 3651 NM_001031719 79758 Hs.266728 NM_024705 ENSG00000102796 DHRS12 SDR40C1 dehydrogenase/reductase 12 protein-coding 1.579 nan nan 0.344 0.402 0.881 0.303 0.265 0.550 0.157 0.493 0.257 0.064 0.172 1.999 0.637 0.384 0.075 0.456 0.356 0.211 0.161 0.257 0.145 1.644 0.128 0.095 0.179 0.146 0.116 0.519 1.523 0.171 1.742 0.154 0.535 0.174 0.257 0.071 0.127 0.664 0.677 0.246 0.136 0.187 0.105 0.214 0.255 0.471 0.346 0.621 0.460 0.637 0.579 0.296 1.644 0.193 0.924 1.198 0.556 0.245 0.094 0.310 1.188 0.233 0.108 0.060 1.415 1.845 0.397 0.681 2.404 2.328 nan 0.611 0.867 0.912 0.767 1.036 1.083 1.509 2.454 2.683 0.755 1.099 0.869 0.849 2.047 nan 0.479 0.291 5795 chr19 50594190 50643178 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 2413 NR_024228 100169958 Hs.723094 NR_024228 SNAR-A8 - small ILF3/NF90-associated RNA A8 snRNA 1.811 1.573 1.669 0.393 0.220 0.089 0.088 0.636 1.257 0.109 0.157 0.298 0.033 0.865 0.166 0.374 0.183 0.315 0.302 0.120 0.040 0.096 0.233 0.292 0.163 0.048 0.075 0.127 0.228 0.039 0.222 0.425 0.277 0.510 0.278 0.356 0.113 12.447 0.939 0.034 0.087 0.427 0.165 0.164 0.056 0.218 0.181 0.367 0.746 0.438 0.219 0.142 0.374 0.239 0.049 0.163 0.187 0.215 0.152 0.458 0.356 0.258 0.095 0.270 0.062 0.060 0.035 0.488 0.328 0.278 0.341 0.649 0.915 1.659 0.444 0.712 0.677 0.499 0.894 0.665 0.691 1.240 0.421 0.369 0.523 0.226 0.447 0.628 1.335 0.773 0.833 10537 chr7 98737975 98743004 + 0 NA intron (NM_181349, intron 1 of 17) G-rich|Low_complexity|Low_complexity 1254 NM_020429 57154 Hs.189329 NM_020429 ENSG00000198742 SMURF1 - SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding nan 1.080 nan 4.184 1.911 0.761 3.970 1.431 2.200 1.327 4.498 2.639 0.956 0.427 3.122 1.584 2.038 0.227 3.181 1.059 1.080 1.019 1.824 0.693 2.238 1.356 1.557 2.795 7.933 2.324 2.096 3.896 3.791 3.390 1.833 2.441 0.133 4.698 0.217 1.638 1.290 6.225 2.127 1.129 2.116 3.457 4.321 7.090 4.195 6.942 2.126 3.437 1.584 5.011 2.781 2.238 1.944 3.066 0.580 4.156 1.181 3.385 0.947 0.469 1.985 1.521 0.960 3.111 3.923 2.419 2.734 3.495 2.742 3.236 1.025 4.664 4.056 1.319 1.809 1.853 2.756 1.920 2.498 1.814 3.459 0.898 0.702 1.592 nan 1.998 1.128 5288 chr18 42255320 42264278 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130110) promoter-TSS (NM_001130110) -339 NM_001130110 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 2.544 0.842 1.171 3.367 4.332 0.080 1.571 3.183 0.586 0.162 0.594 0.278 2.269 1.340 9.074 1.480 0.109 0.024 0.225 0.015 1.486 0.889 4.615 0.023 0.032 0.025 0.075 0.035 0.152 0.131 0.047 8.180 0.016 0.583 2.287 0.072 0.057 0.331 3.590 0.041 0.202 0.217 0.034 1.216 0.134 1.345 0.048 1.354 1.376 9.074 0.023 0.010 4.615 0.259 0.248 1.560 0.512 1.700 0.054 1.907 0.551 1.265 0.019 0.011 3.740 4.937 3.429 4.451 9.687 7.684 3.310 1.537 0.103 0.074 1.892 2.595 1.986 3.535 4.722 5.698 1.524 3.794 5.330 4.665 0.697 nan 4.659 2.312 3923 chr15 41540101 41552963 + 0 NA intron (NM_007236, intron 2 of 6) intron (NM_007236, intron 2 of 6) 23095 NM_007236 11261 Hs.406234 NM_007236 ENSG00000187446 CHP1 CHP|SLC9A1BP|Sid470p|p22|p24 calcineurin like EF-hand protein 1 protein-coding 0.768 0.587 nan 0.446 0.075 0.056 1.778 0.062 0.254 2.705 1.135 0.796 2.086 0.063 0.086 0.149 0.180 0.106 0.666 0.308 2.338 0.033 0.086 0.108 0.167 1.866 1.476 0.081 1.291 0.337 0.208 0.442 1.063 0.205 0.428 1.071 0.015 0.079 0.105 0.092 0.111 0.036 0.291 0.188 0.716 0.462 1.594 0.155 1.320 0.216 2.727 3.849 0.149 0.608 1.246 0.167 0.753 0.804 0.038 0.068 0.031 0.809 0.131 0.156 0.197 0.210 0.162 0.320 0.321 0.415 0.712 0.261 0.334 0.268 0.194 0.202 0.190 0.408 nan 0.303 0.314 0.523 0.304 0.268 0.464 0.148 0.117 0.343 0.918 0.430 0.374 3135 chr13 41545085 41616813 + 0 NA intron (NM_172373, intron 1 of 8) intron (NM_172373, intron 1 of 8) 12559 NM_172373 1997 Hs.135646 NM_172373 ENSG00000120690 ELF1 EFTUD1|RIA1 E74 like ETS transcription factor 1 protein-coding 0.885 1.181 0.950 0.530 0.494 0.158 0.539 0.152 0.298 0.106 0.312 0.180 0.582 0.155 0.066 0.081 0.187 0.108 0.655 0.209 0.066 0.008 0.254 0.147 0.654 0.309 0.138 0.052 0.248 0.257 2.293 3.972 0.602 0.808 0.277 0.469 0.036 0.080 0.087 0.176 0.152 0.061 0.091 0.057 0.273 0.308 0.459 0.155 0.227 0.084 0.123 0.462 0.081 0.443 0.248 0.654 0.261 0.361 0.016 0.031 0.106 0.104 0.451 0.161 0.175 0.022 0.015 0.612 0.449 0.598 1.210 0.371 0.551 1.326 0.435 1.095 1.095 0.525 0.699 0.540 0.682 0.444 0.253 0.483 0.787 0.356 0.427 0.442 0.774 0.348 0.404 3730 chr14 80086470 80161913 + 0 NA intron (NM_001105250, intron 2 of 6) intron (NM_001105250, intron 2 of 6) 378509 NR_073546 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 0.701 0.880 0.061 0.060 1.052 0.023 0.132 0.266 0.005 0.057 0.034 0.036 0.022 0.344 0.330 0.162 0.098 0.031 0.020 0.016 0.022 0.059 0.090 0.033 0.005 0.013 0.011 0.062 0.007 0.055 0.100 0.110 0.595 0.023 0.145 0.104 0.042 0.112 0.008 0.131 0.073 0.018 0.011 0.010 0.033 0.079 0.090 0.028 0.048 0.021 0.050 0.330 0.019 0.016 0.033 0.018 0.055 0.161 0.021 0.036 0.042 0.110 0.077 0.054 0.017 0.005 0.608 0.351 0.290 0.565 0.466 0.574 0.088 0.052 7.170 7.568 0.954 1.478 0.301 0.324 0.595 0.277 0.212 0.355 0.375 0.467 0.237 0.365 0.791 0.825 3665 chr14 70098335 70131276 + 0 NA intron (NM_014734, intron 1 of 5) intron (NM_014734, intron 1 of 5) 36495 NM_014734 9766 Hs.440025 NM_014734 ENSG00000100647 SUSD6 DRAGO|KIAA0247 sushi domain containing 6 protein-coding 1.605 1.720 1.973 0.958 1.734 1.369 0.457 1.081 1.807 0.189 0.123 0.283 0.907 0.619 1.278 1.037 0.554 0.142 0.606 0.388 0.111 0.025 1.157 0.636 1.771 1.241 0.530 0.063 1.156 0.461 2.852 6.419 3.115 2.019 0.850 0.113 0.702 0.109 0.117 0.129 0.366 0.113 0.069 0.059 1.063 1.482 0.899 0.177 0.457 0.191 0.898 1.376 1.037 0.488 0.255 1.771 0.553 0.819 0.179 0.111 0.465 0.575 1.199 0.262 0.164 0.016 0.016 0.385 0.452 0.318 0.582 1.421 1.566 2.635 0.867 0.700 0.787 0.978 1.458 2.907 nan 1.682 1.156 0.847 1.160 2.153 2.822 0.543 1.500 2.722 nan 4356 chr16 49887566 49894009 + 0 NA intron (NM_001271620, intron 1 of 7) CpG 1043 NM_001271620 23090 Hs.443715 NM_015069 ENSG00000102935 ZNF423 Ebfaz|JBTS19|NPHP14|OAZ|Roaz|ZFP423|Zfp104|hOAZ zinc finger protein 423 protein-coding 5.283 3.210 6.683 0.247 0.980 0.078 0.197 0.447 0.993 0.218 0.481 0.199 0.029 0.048 0.139 8.093 0.105 0.101 0.066 0.059 5.483 0.073 0.077 0.388 0.451 0.249 0.332 0.346 0.033 0.426 0.836 0.206 0.859 0.045 0.234 0.771 1.331 0.058 0.165 2.248 0.087 1.079 0.992 0.051 0.060 0.030 0.202 1.613 0.233 0.504 0.186 8.093 0.091 0.043 0.388 0.133 0.244 3.188 3.319 0.002 0.185 0.186 0.287 0.155 0.223 0.189 0.305 0.500 0.123 0.281 2.955 2.430 2.400 0.707 0.298 0.196 2.697 4.175 3.208 5.941 6.260 9.668 0.334 0.642 1.859 0.954 1.947 2.986 0.538 0.383 7054 chr20 52681973 52689003 + 0 NA promoter-TSS (NR_039913) promoter-TSS (NR_039913) -464 NR_039913 100616225 NR_039913 ENSG00000265595 MIR4756 - microRNA 4756 ncRNA 0.993 1.116 0.858 1.454 0.138 0.031 2.931 0.070 0.272 1.305 0.211 0.040 0.282 0.043 0.178 0.164 0.151 0.206 1.460 1.022 0.410 0.055 0.067 0.045 0.085 1.118 0.824 0.055 1.297 1.364 0.822 2.965 1.693 0.176 1.537 0.070 0.027 0.145 0.136 1.142 0.034 0.314 0.252 0.193 1.138 1.669 2.412 0.417 2.912 0.061 0.954 3.525 0.164 3.060 1.004 0.085 1.864 8.512 0.042 0.215 0.015 0.585 0.100 0.330 1.061 0.221 0.101 0.821 nan 0.527 0.865 0.327 0.221 0.118 0.111 0.290 0.401 0.234 0.511 0.218 0.264 0.929 0.427 0.363 0.474 0.053 0.029 0.695 1.746 0.305 0.451 11981 chrX 124322717 124340651 + 0 NA Intergenic Intergenic -122036 NM_001195272 100129520 NM_001195272 ENSG00000282815 TEX13C - TEX13 family member C protein-coding 1.394 nan 3.362 0.012 0.268 0.025 0.053 0.116 0.211 0.069 0.056 0.007 0.605 0.020 0.136 0.038 0.036 0.134 0.063 0.014 0.852 0.612 0.039 0.013 0.057 0.041 0.090 0.073 0.032 0.949 0.040 0.129 0.703 0.048 0.038 0.020 0.203 0.270 0.013 0.009 0.018 0.030 0.081 0.134 0.095 0.004 0.070 0.063 0.136 0.116 0.010 0.039 0.068 0.027 0.201 0.034 0.009 0.016 1.473 0.009 0.003 0.263 0.371 0.322 0.270 0.125 0.221 3.723 1.342 0.287 0.253 3.107 3.721 0.477 0.527 0.603 0.638 0.084 0.077 3.026 2.422 0.920 2.610 0.714 0.435 8891 chr5 45015338 45061400 + 0 NA Intergenic Intergenic 229342 NM_016640 10884 Hs.124165 NM_016640 ENSG00000112996 MRPS30 MRP-S30|PAP|PDCD9|S30mt mitochondrial ribosomal protein S30 protein-coding 0.504 0.970 1.104 0.105 0.152 0.011 0.094 0.115 0.168 0.019 0.104 0.233 0.011 0.039 0.079 0.181 0.178 0.161 0.155 0.029 0.039 3.459 0.133 0.193 0.169 0.050 0.019 0.003 0.121 0.025 0.126 0.214 0.112 0.306 0.054 0.070 0.023 0.059 0.122 0.186 0.022 0.038 0.016 0.020 0.026 0.025 0.111 0.139 0.027 0.043 0.040 0.040 0.181 0.113 0.030 0.169 0.011 0.050 0.014 0.033 0.035 0.043 0.038 0.021 0.028 0.019 0.022 0.331 0.197 0.242 0.334 0.208 0.316 0.155 0.086 0.166 0.127 0.701 0.937 0.270 0.307 0.610 0.239 0.170 0.283 0.067 0.072 0.126 0.164 0.195 0.230 4343 chr16 46447655 46456540 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 150912 NR_026556 124149 Hs.97414 NM_001004299 ANKRD26P1 - ankyrin repeat domain 26 pseudogene 1 pseudo 4.782 5.831 4.218 0.265 0.506 0.193 0.151 0.648 1.080 0.173 0.416 0.329 0.021 0.496 0.414 0.819 0.665 5.152 0.267 0.043 0.042 0.328 0.602 1.385 0.297 0.024 0.252 0.042 0.471 0.036 0.171 0.193 0.762 1.931 0.067 0.562 0.277 0.355 1.590 0.013 0.242 0.518 0.211 0.175 0.054 0.527 0.184 0.844 0.216 0.132 0.106 0.219 0.819 0.369 0.144 0.297 0.109 0.290 0.122 0.079 0.171 0.230 0.371 0.473 0.150 0.091 0.089 1.168 0.513 0.248 0.373 0.818 1.457 0.528 0.369 0.559 0.607 0.986 1.331 0.883 1.051 1.547 0.428 0.431 1.077 0.335 0.602 0.570 1.255 0.342 0.507 7041 chr20 49545785 49549011 + 0 NA promoter-TSS (NR_110007) promoter-TSS (NR_110007) -123 NR_110009 101927631 Hs.301898 NR_110007 ENSG00000259456 ADNP-AS1 - ADNP antisense RNA 1 ncRNA 10.624 8.581 9.982 12.621 7.104 4.300 4.812 5.262 9.969 6.748 8.341 2.882 3.058 6.133 6.517 8.308 3.521 0.598 6.019 2.255 9.405 7.100 4.905 1.942 9.916 3.429 5.229 5.103 10.006 2.770 6.776 13.255 12.204 15.768 2.987 9.654 1.203 8.256 0.144 4.091 5.211 9.549 6.323 2.582 3.407 4.664 6.432 4.697 9.752 6.782 5.151 6.422 8.308 10.437 5.130 9.916 5.504 5.102 2.228 11.822 4.906 5.778 4.071 4.150 5.020 3.104 2.473 15.862 15.481 12.280 13.602 14.029 12.465 14.677 10.138 21.032 20.573 8.184 9.514 11.193 19.014 13.759 14.219 9.726 15.729 5.055 3.688 14.543 11.645 5.568 3.836 659 chr1 146551495 146557344 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 73 of 94) intron (NM_001351365, intron 73 of 94) 1884 NR_121645 101447996 NR_121645 RNVU1-8 RNU1-145|vU1.8 RNA, variant U1 small nuclear 8 snRNA 1.165 nan 1.364 0.519 2.708 0.579 0.486 0.643 1.114 0.606 0.681 0.881 0.765 0.906 3.457 1.063 0.755 0.187 1.435 0.845 0.784 0.214 2.064 0.915 2.082 1.475 1.806 0.634 0.715 0.809 0.959 1.913 0.196 5.320 1.114 1.621 0.048 1.282 0.177 0.466 0.170 1.225 0.971 0.373 0.019 0.739 1.020 1.366 1.364 1.184 2.389 1.084 1.063 2.766 0.474 2.082 1.585 1.829 0.183 2.232 2.175 1.067 1.770 0.585 0.026 1.024 0.719 3.823 5.225 0.307 0.327 2.720 2.596 3.146 2.435 4.964 5.533 0.789 1.459 3.388 4.626 1.819 2.189 6.889 7.746 0.058 0.066 3.212 1.993 0.312 0.354 7978 chr3 168424372 168429565 + 0 NA intron (NR_021485, intron 5 of 15) intron (NR_021485, intron 5 of 15) 157326 NR_030294 693136 NR_030294 ENSG00000207717 MIR551B MIRN551B|mir-551b microRNA 551b ncRNA 0.979 0.958 1.157 0.070 0.285 0.010 0.082 0.154 0.253 0.194 0.018 0.024 0.175 0.051 0.841 0.272 0.136 0.054 0.061 0.631 0.421 0.391 0.014 0.127 0.108 0.071 0.110 0.235 0.028 0.021 0.073 0.021 0.086 0.061 0.035 0.015 0.084 0.015 0.113 0.106 0.028 0.062 0.065 0.841 0.027 0.054 0.391 0.047 0.022 0.232 0.045 0.095 0.168 0.022 0.365 0.227 0.176 0.135 0.527 0.621 15.284 5.459 0.206 0.335 1.379 1.630 nan 0.843 nan 0.745 0.193 0.266 1.268 1.816 0.448 0.748 0.461 0.568 11333 chr8 139818653 139835434 + 0 NA intron (NM_152888, intron 7 of 64) MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR 99206 NM_152888 169044 Hs.117169 NM_152888 ENSG00000169436 COL22A1 - collagen type XXII alpha 1 chain protein-coding nan 0.656 0.741 0.184 3.112 0.026 0.084 0.258 0.805 0.006 0.106 0.055 0.025 1.843 0.164 0.181 0.070 0.076 0.050 0.030 0.008 0.609 0.142 3.794 0.004 0.033 0.009 0.084 0.043 0.060 0.051 2.423 0.035 0.068 0.261 0.039 0.064 0.028 0.270 0.166 0.025 0.013 0.030 0.023 0.029 0.136 0.063 0.038 0.033 0.064 0.181 0.047 0.027 3.794 0.029 0.054 0.133 0.038 5.575 0.014 0.035 0.032 0.037 0.024 0.003 0.253 0.211 0.101 0.139 1.771 1.757 6.228 1.715 nan 0.131 0.106 0.221 3.597 2.913 0.385 0.271 0.179 0.227 1.673 2.300 0.172 0.247 1.227 0.800 2774 chr12 69200482 69204083 + 0 NA promoter-TSS (NM_001145340) promoter-TSS (NM_001145340) 330 NM_002392 4193 Hs.484551 NM_002392 ENSG00000135679 MDM2 ACTFS|HDMX|hdm2 MDM2 proto-oncogene protein-coding 6.088 6.671 4.243 5.073 6.888 4.951 2.159 4.978 8.511 2.564 3.258 3.209 4.912 1.887 8.877 9.365 4.156 0.722 3.556 1.056 3.934 3.264 4.165 2.456 8.016 3.067 3.787 2.985 6.979 3.341 6.072 11.884 4.743 18.604 1.605 5.658 1.265 4.012 0.174 2.200 2.370 5.514 5.492 2.143 3.279 2.180 3.323 7.092 8.533 5.769 3.913 4.962 9.365 5.616 5.853 8.016 4.211 3.358 2.480 8.588 4.560 2.110 3.876 1.678 2.142 6.087 4.546 5.189 5.648 10.637 16.226 16.667 nan 11.023 5.310 15.142 15.374 4.826 6.443 14.020 21.668 8.199 10.073 3.019 5.326 6.313 7.040 5.846 5.444 5.255 2.935 6017 chr2 36923538 36930610 + 0 NA intron (NM_001177972, intron 1 of 5) MIR|SINE|MIR 3241 NM_001177971 5212 Hs.137415 NM_053276 ENSG00000205221 VIT VIT1 vitrin protein-coding 0.725 nan nan 0.509 0.088 0.024 0.131 0.159 0.244 0.284 0.078 0.259 4.104 0.082 0.102 0.126 0.469 0.105 0.027 3.045 0.029 0.088 0.026 0.084 0.019 0.031 0.106 0.068 0.123 nan 0.264 0.340 0.021 2.321 0.027 0.154 0.102 0.025 0.045 0.495 0.017 0.033 0.033 0.529 0.179 0.184 0.110 0.067 0.047 0.126 0.151 0.091 0.084 0.017 0.283 0.069 0.656 0.029 0.403 0.042 0.076 0.118 0.016 0.007 0.437 0.543 0.526 2.204 0.256 0.384 0.093 0.070 0.662 nan 0.273 0.330 0.214 0.304 nan 0.188 0.196 0.224 0.048 0.021 0.332 0.537 0.160 0.309 6716 chr2 233841871 233855253 + 0 NA intron (NM_019850, intron 1 of 14) MIR3|SINE|MIR -28762 NR_136325 101928881 Hs.570311 NR_136325 ENSG00000222001 LOC101928881 - uncharacterized LOC101928881 ncRNA 0.533 nan 0.755 0.712 0.177 0.029 6.536 0.245 0.478 1.217 1.140 1.011 0.051 0.075 0.079 0.766 0.077 0.133 2.483 2.010 0.787 0.032 0.095 0.115 0.062 2.112 1.718 0.227 2.540 1.495 0.693 2.686 0.527 1.558 2.767 1.431 0.014 0.065 0.080 2.213 0.006 2.742 0.180 0.105 1.318 1.944 4.054 1.772 1.847 1.071 0.702 1.366 0.766 1.706 3.036 0.062 0.785 0.530 0.029 2.539 0.045 1.431 0.090 0.064 1.617 1.584 1.389 0.496 0.426 0.346 0.838 0.240 0.254 0.251 0.050 0.581 0.663 0.171 0.385 0.597 nan 0.274 0.205 0.259 0.427 0.056 0.087 0.189 0.335 0.421 0.346 6815 chr20 6207410 6212787 + 0 NA Intergenic Intergenic -105907 NM_017671 55612 Hs.472054 NM_017671 ENSG00000101311 FERMT1 C20orf42|DTGCU2|KIND1|UNC112A|URP1 fermitin family member 1 protein-coding 0.844 1.344 0.571 0.053 0.146 0.021 0.012 0.089 0.260 0.043 0.015 0.012 0.054 0.083 0.095 0.113 0.120 0.099 0.047 0.088 0.137 0.066 0.043 0.026 0.019 0.060 0.081 0.107 0.314 0.027 0.091 0.072 0.020 0.044 0.103 0.034 0.007 0.020 0.056 0.036 0.015 0.039 0.029 0.013 0.095 0.079 0.066 0.068 0.061 0.090 0.022 0.076 0.030 0.184 0.062 0.011 0.010 0.657 0.339 8.422 1.342 0.275 0.405 0.388 0.211 3.978 4.269 0.190 0.257 0.345 0.426 1.240 1.177 0.213 0.374 0.071 0.145 0.184 0.238 0.377 0.460 3372 chr13 114299411 114309687 + 0 NA intron (NM_000705, intron 6 of 6) intron (NM_000705, intron 6 of 6) 7964 NM_000705 496 Hs.434202 NM_000705 ENSG00000186009 ATP4B ATP6B ATPase H+/K+ transporting subunit beta protein-coding 1.231 nan 1.157 0.027 1.771 13.784 0.146 0.359 0.536 0.019 0.069 0.036 0.018 0.204 1.071 0.974 0.345 0.016 1.104 0.368 0.049 0.040 1.039 0.475 1.786 0.202 0.162 0.042 0.403 0.113 0.298 1.549 0.255 12.227 0.312 0.082 0.177 0.052 0.058 0.068 0.116 0.252 0.041 0.053 0.327 0.105 0.122 0.138 0.127 0.055 0.146 0.052 0.974 1.097 0.258 1.786 0.071 0.072 0.302 0.046 4.120 0.222 0.048 0.060 0.043 0.073 0.040 0.707 0.824 0.269 0.548 3.109 2.412 2.564 0.997 0.154 0.127 0.392 0.509 1.766 1.569 1.550 1.813 0.248 0.418 1.608 1.170 0.157 0.197 0.786 0.350 9386 chr6 2621423 2635794 + 0 NA intron (NR_131168, intron 2 of 2) MER20|DNA|hAT-Charlie -6126 NR_149118 105374885 NR_149118 LINC02521 - long intergenic non-protein coding RNA 2521 ncRNA 1.086 1.313 1.018 0.180 0.334 0.058 0.995 0.114 0.238 0.066 0.206 1.343 0.039 0.119 0.266 0.764 0.141 0.090 0.897 0.436 0.407 0.083 0.287 0.212 0.307 1.514 0.757 0.092 0.311 0.595 1.649 5.692 0.196 0.369 0.760 8.783 0.007 0.152 0.096 0.151 0.171 1.947 0.361 0.289 0.658 0.123 0.207 0.416 1.537 0.818 2.127 3.211 0.764 0.784 0.385 0.307 1.813 3.061 0.101 1.637 1.396 0.586 0.185 0.101 0.337 0.052 0.029 0.661 0.645 0.690 1.083 0.710 0.719 0.379 0.072 0.921 1.113 0.797 1.192 0.557 0.835 0.572 0.397 0.309 0.575 0.147 0.128 0.255 0.407 0.770 0.611 1485 chr10 62146408 62161238 + 0 NA intron (NM_001204403, intron 2 of 43) intron (NM_001204403, intron 2 of 43) -4081 NM_001320874 288 Hs.499725 NM_001149 ENSG00000151150 ANK3 ANKYRIN-G|MRT37 ankyrin 3 protein-coding 0.851 nan 1.018 0.132 0.364 0.008 0.367 0.272 0.630 0.033 0.203 0.304 0.021 0.132 0.140 0.264 0.130 0.100 0.038 0.043 0.028 0.696 0.400 0.159 0.321 0.083 0.010 0.083 0.036 0.049 0.243 0.076 2.116 0.069 0.525 0.172 0.052 0.080 0.030 0.134 0.149 0.065 0.158 0.151 0.025 0.182 0.101 0.055 0.108 0.037 0.280 0.140 0.091 0.304 0.159 0.132 0.067 0.300 0.074 0.157 0.121 0.007 0.325 0.051 0.035 0.017 0.313 0.242 0.288 0.309 0.437 0.555 0.732 0.541 0.293 0.246 2.156 2.637 0.186 0.473 4.246 5.441 0.122 0.144 0.669 0.443 0.380 nan 1.154 0.790 128 chr1 18603295 18627877 + 0 NA intron (NM_032880, intron 2 of 9) intron (NM_032880, intron 2 of 9) 181346 NM_032880 84966 Hs.212511 NM_032880 ENSG00000117154 IGSF21 - immunoglobin superfamily member 21 protein-coding 1.430 1.108 nan 0.068 0.054 0.873 0.037 0.593 1.108 0.008 0.050 0.077 0.018 0.090 0.956 1.639 0.076 0.053 0.056 0.023 0.033 0.324 0.173 0.503 0.032 0.009 0.030 0.058 0.059 0.160 0.055 0.932 0.012 0.046 0.139 0.073 0.098 0.042 0.075 0.032 0.016 0.027 0.037 0.051 0.143 0.036 0.030 0.035 0.035 1.639 0.047 0.019 0.503 0.035 0.047 1.032 0.059 0.231 0.022 0.293 0.277 0.009 0.012 0.004 1.379 2.118 0.153 0.181 1.584 1.249 0.098 0.049 0.555 nan 0.895 nan 4.178 4.808 nan 0.829 0.454 0.501 0.280 0.237 0.501 0.957 1.096 0.708 8724 chr5 3749246 3756420 + 0 NA Intergenic Intergenic 156665 NM_024337 79192 Hs.424156 NM_024337 ENSG00000170549 IRX1 IRX-5|IRXA1 iroquois homeobox 1 protein-coding 0.367 0.735 0.758 0.030 0.099 0.024 0.119 0.067 0.128 0.013 0.097 0.090 0.026 0.022 0.049 0.123 0.067 0.181 0.044 0.026 0.017 0.020 0.147 0.056 0.010 0.051 0.010 0.199 0.171 0.273 0.137 0.349 0.020 0.105 0.013 0.031 0.119 0.141 0.033 0.030 0.065 0.102 0.083 0.054 0.020 0.124 0.123 0.080 0.013 0.056 0.093 0.081 0.024 0.028 0.068 0.389 0.017 0.024 0.014 3.292 1.638 7.847 nan 0.469 0.541 0.089 0.042 0.020 0.065 0.209 0.236 nan 0.216 nan 0.355 0.628 0.948 0.063 0.041 0.103 0.155 0.160 nan 10662 chr7 130029589 130085776 + 0 NA intron (NM_018718, intron 2 of 10) intron (NM_018718, intron 2 of 10) 23369 NM_001257159 95681 Hs.368315 NM_018718 ENSG00000106477 CEP41 JBTS15|TSGA14 centrosomal protein 41 protein-coding nan nan nan 0.358 0.687 7.101 0.152 2.279 4.094 0.099 0.388 0.647 0.125 0.177 7.141 1.179 0.727 0.215 0.347 0.152 0.220 0.020 2.453 1.256 4.295 0.254 0.204 0.103 0.284 0.058 0.229 0.475 0.473 1.954 0.156 0.395 1.561 0.443 0.190 0.055 0.829 0.290 0.123 0.064 0.140 0.199 0.371 0.247 0.294 0.313 0.126 0.153 1.179 0.331 0.175 4.295 0.133 0.219 0.569 0.369 0.412 0.255 0.235 0.166 0.114 0.103 0.064 1.066 0.973 0.683 0.908 3.196 3.596 nan 1.861 0.867 0.968 1.280 nan 1.397 1.728 nan 2.395 0.671 0.809 3.940 4.817 0.950 1.297 2.885 nan 8848 chr5 34179124 34194846 + 0 NA intron (NR_146599, intron 2 of 11) intron (NR_146599, intron 2 of 11) 57844 NR_146599 114899 Hs.171929 NM_030945 ENSG00000082196 C1QTNF3 C1ATNF3|CORCS|CORS|CORS-26|CORS26|CTRP3 C1q and TNF related 3 protein-coding 3.939 5.105 8.971 0.432 1.651 0.279 0.879 0.688 1.231 0.170 0.651 0.472 0.118 0.498 0.604 0.510 1.655 0.913 1.564 0.383 0.268 1.073 1.588 1.167 1.385 0.464 0.349 0.450 0.525 0.168 1.042 2.394 1.151 2.061 0.361 0.426 0.626 0.495 0.508 0.150 0.999 0.421 0.615 0.525 0.320 0.698 0.561 0.806 0.801 0.582 0.165 0.373 0.510 1.210 0.329 1.385 0.284 0.689 0.563 1.059 0.741 0.306 0.352 0.438 0.124 0.187 0.096 2.157 1.884 1.794 1.881 2.139 2.585 2.273 0.922 1.751 1.796 3.501 4.909 2.603 3.177 2.963 2.133 1.762 2.404 1.324 1.739 0.859 1.966 4.316 3.041 6592 chr2 203971639 203977153 + 0 NA intron (NM_001114132, intron 13 of 54) AluSq2|SINE|Alu 94794 NM_001114132 65065 Hs.648846 NM_198945 ENSG00000144426 NBEAL1 A530083I02Rik|ALS2CR16|ALS2CR17 neurobeachin like 1 protein-coding 0.808 nan 0.599 0.217 0.067 0.080 1.058 0.233 0.255 0.433 0.172 0.100 5.130 0.019 0.098 0.160 0.135 0.176 1.504 0.655 0.138 0.058 0.120 0.022 1.243 1.107 0.053 0.840 0.477 0.527 1.307 0.400 0.413 0.385 0.166 0.017 0.101 0.096 0.043 0.043 0.085 0.033 0.042 0.585 0.387 0.471 0.198 0.207 0.222 0.144 0.160 2.580 0.167 0.022 0.022 0.240 0.073 0.159 0.073 0.050 0.136 0.021 0.009 0.251 0.175 0.225 0.645 0.246 0.203 0.232 0.055 0.422 0.534 0.245 0.468 0.309 0.336 0.382 0.099 0.176 0.168 0.069 0.142 0.350 0.499 0.327 0.213 278 chr1 38255333 38265275 + 0 NA promoter-TSS (NM_152496) promoter-TSS (NM_152496) 530 NM_001113482 149175 Hs.534562 NM_152496 ENSG00000185090 MANEAL - mannosidase endo-alpha like protein-coding 2.582 nan 1.727 0.648 4.643 2.275 0.237 1.246 1.855 0.135 0.143 0.184 0.057 0.895 1.729 2.309 0.106 0.048 0.212 0.019 0.221 0.377 1.469 0.707 6.063 0.354 0.413 0.562 0.388 0.064 0.685 1.836 0.546 3.284 0.147 0.154 0.192 0.936 0.149 0.167 1.030 0.770 0.449 0.212 0.286 0.146 0.651 0.312 0.753 0.924 0.143 0.041 2.309 0.256 0.519 6.063 1.474 0.908 0.527 1.434 1.384 0.151 1.388 1.023 0.092 0.295 0.199 1.964 2.373 0.440 0.500 5.314 4.525 nan 0.758 0.206 0.222 1.835 2.606 15.128 16.761 nan 2.712 3.195 5.166 0.878 0.717 1.805 2.413 1.809 nan 10516 chr7 95597783 95626359 + 0 NA intron (NM_004411, intron 7 of 16) intron (NM_004411, intron 7 of 16) 210253 NM_001135556 1780 Hs.440364 NM_004411 ENSG00000158560 DYNC1I1 DNCI1|DNCIC1 dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 1 protein-coding nan 0.696 nan 0.074 0.149 0.073 0.045 0.111 0.293 0.013 0.071 0.065 0.031 0.024 0.153 0.098 0.117 0.084 0.095 0.008 0.018 4.488 0.121 0.132 0.235 0.015 0.007 0.016 0.116 0.007 0.053 0.188 0.170 0.350 0.026 0.052 0.221 0.057 0.153 0.020 0.078 0.097 0.017 0.016 0.019 0.035 0.085 0.189 0.028 0.030 0.022 0.070 0.098 0.065 0.036 0.235 0.060 0.052 0.027 0.035 0.075 0.028 0.059 0.082 0.022 0.024 0.021 0.422 0.274 0.327 0.355 0.382 0.407 1.398 0.446 0.276 0.246 0.351 0.677 0.329 0.375 0.376 0.236 0.219 0.308 0.852 1.134 0.258 nan 1.597 1.008 5809 chr19 54972654 54985473 + 0 NA intron (NM_145057, intron 2 of 2) intron (NM_145057, intron 2 of 2) -4169 NM_198988 94059 Hs.590976 NM_198988 ENSG00000275183 LENG9 - leukocyte receptor cluster member 9 protein-coding 1.241 1.389 1.515 3.317 1.841 0.292 1.276 0.437 0.665 0.922 2.164 1.162 1.520 1.252 0.488 0.436 0.531 0.139 1.992 0.620 2.169 0.452 0.635 0.223 0.590 0.395 0.662 0.725 3.222 0.617 2.388 4.412 2.271 0.551 0.489 1.339 0.082 1.604 0.088 0.376 0.355 1.581 0.631 0.407 3.324 0.589 2.059 0.257 3.312 1.406 1.870 1.444 0.436 2.509 1.139 0.590 1.069 2.261 0.182 3.685 1.247 2.003 1.672 0.185 0.487 0.409 0.297 2.714 4.063 1.241 1.816 0.752 0.667 1.431 0.447 2.297 2.173 0.938 1.418 0.919 1.489 0.997 0.731 3.663 4.681 0.659 0.799 0.409 0.643 1.822 1.012 10389 chr7 63532082 63550298 + 0 NA 3' UTR (NM_001159522, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001159522, exon 4 of 4) 35390 NM_001159522 442319 Hs.640774 NM_001159522 ENSG00000214652 ZNF727 ZNF727P zinc finger protein 727 protein-coding nan nan nan 0.016 0.063 0.009 0.024 0.088 0.172 0.047 0.020 0.010 0.011 0.069 0.092 0.074 0.080 0.058 0.028 0.015 0.043 0.099 0.040 0.004 0.008 0.004 0.084 0.054 0.016 0.089 0.225 0.048 0.006 0.021 0.060 0.150 0.013 0.091 0.007 0.017 0.020 0.038 0.074 0.237 0.027 0.060 0.009 0.034 0.092 0.051 0.025 0.040 0.020 0.027 0.013 0.033 0.044 0.033 0.028 0.008 8.877 7.831 0.253 0.091 0.076 0.115 0.183 0.223 0.068 0.056 0.077 0.091 0.063 0.118 0.081 0.080 0.240 0.037 0.048 0.086 0.044 0.059 0.047 0.088 0.060 0.095 2626 chr12 45624116 45631488 + 0 NA intron (NM_001025356, intron 1 of 19) intron (NM_001025356, intron 1 of 19) -18013 NR_037144 51054 Hs.233495 NM_015899 ENSG00000134297 PLEKHA8P1 PLEKHA9 pleckstrin homology domain containing A8 pseudogene 1 pseudo 0.928 nan 0.915 2.673 0.238 0.087 2.466 0.218 0.480 2.762 2.253 2.980 8.593 0.027 0.289 0.815 3.045 0.198 3.204 1.586 5.645 0.208 0.234 0.187 0.162 1.984 1.803 0.820 1.892 1.548 1.096 2.210 1.566 0.235 2.306 3.714 0.116 0.338 0.033 1.487 0.109 4.473 5.190 2.140 2.169 1.070 2.891 9.057 1.966 5.944 1.023 1.513 0.815 2.810 8.274 0.162 0.314 2.003 0.013 2.692 0.184 2.555 3.037 0.095 2.419 6.121 6.599 1.163 1.813 2.666 5.866 0.447 0.686 0.514 0.192 1.921 1.962 1.051 1.532 0.472 0.499 0.362 0.127 1.177 2.643 0.166 0.321 0.252 0.574 0.654 0.587 5760 chr19 48216131 48234035 + 0 NA intron (NM_014601, intron 3 of 5) AluSx|SINE|Alu 8482 NM_014601 30846 Hs.744963 NM_014601 ENSG00000024422 EHD2 PAST2 EH domain containing 2 protein-coding 1.082 0.818 1.088 1.667 0.155 0.253 2.965 0.225 0.441 2.592 4.265 1.356 0.469 0.121 0.099 0.225 1.111 0.406 1.101 0.780 2.128 0.147 0.061 0.072 0.180 1.471 1.520 0.685 5.172 1.050 1.853 nan 2.645 0.715 0.743 0.300 0.011 0.830 0.131 0.812 0.071 2.686 0.580 0.299 1.862 1.081 1.385 0.331 3.161 0.856 1.514 1.364 0.225 1.739 2.457 0.180 0.561 0.780 0.300 0.966 0.187 1.346 0.034 0.242 1.662 0.055 0.037 0.198 0.171 0.387 0.680 0.415 0.425 0.936 0.231 0.294 0.318 0.779 1.291 0.251 0.278 1.222 0.900 0.274 0.251 0.112 0.203 0.660 1.274 0.471 0.506 9044 chr5 87062264 87091642 + 0 NA Intergenic Intergenic 119094 NR_149089 111082994 Hs.544037 NR_149089 LINC02488 CTD-2316B1 long intergenic non-protein coding RNA 2488 ncRNA 0.787 1.233 0.691 0.113 0.075 0.007 0.106 0.055 0.229 0.010 0.091 0.075 0.013 0.027 0.090 0.074 0.227 0.060 0.105 0.032 0.024 0.058 0.092 0.025 0.007 0.002 0.005 0.069 0.058 0.070 0.077 0.058 0.252 0.120 0.073 2.933 0.037 0.104 0.028 0.109 0.028 0.006 0.011 0.026 0.026 0.069 0.055 0.022 0.054 0.022 0.016 0.074 0.034 0.066 0.025 0.033 0.020 0.016 0.045 0.048 0.047 0.093 0.013 0.018 0.012 0.171 0.152 0.317 0.303 0.166 0.173 0.178 0.094 0.179 0.192 0.948 1.133 0.251 0.278 0.467 0.190 0.089 0.176 10.283 12.275 0.164 nan 0.554 0.428 11569 chr9 69652561 69664882 + 0 NA intron (NR_136299, intron 3 of 3).2 intron (NR_136299, intron 3 of 3).2 6569 NR_136299 101929583 Hs.404758 NR_136299 LOC101929583 - methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 1 like pseudogene pseudo 0.724 2.062 1.104 2.885 0.149 0.050 3.509 0.181 0.299 0.110 0.258 2.379 0.020 0.246 0.077 0.987 0.074 0.078 1.732 1.433 0.109 0.084 0.241 0.155 0.122 2.387 2.129 0.119 1.304 0.803 1.721 3.161 0.075 0.653 2.348 0.315 0.195 0.092 0.108 1.444 0.090 3.428 5.321 2.685 0.996 1.060 0.485 4.258 0.457 3.081 0.064 0.201 0.987 1.325 0.770 0.122 1.079 0.101 0.143 0.327 0.289 1.089 0.087 0.142 0.747 4.386 6.266 0.288 0.178 0.296 0.587 0.379 0.486 0.313 0.183 0.335 0.366 0.464 0.844 0.194 0.256 0.519 0.368 0.187 0.411 0.867 2.169 0.351 0.408 0.928 0.833 8857 chr5 35854533 35860728 + 0 NA intron (NR_120485, intron 1 of 5) L2a|LINE|L2 679 NR_120485 3575 Hs.591742 NM_002185 ENSG00000168685 IL7R CD127|CDW127|IL-7R-alpha|IL7RA|ILRA interleukin 7 receptor protein-coding 0.618 1.211 nan 0.591 0.084 0.026 3.463 0.104 0.133 1.498 3.634 4.289 0.020 0.049 0.057 1.438 4.078 0.625 8.102 3.953 0.099 0.276 0.264 0.019 0.177 0.100 0.023 1.863 0.623 0.919 2.600 2.713 0.409 3.042 2.082 0.523 0.104 0.117 1.694 0.026 2.276 0.155 0.088 0.866 0.522 0.373 0.839 0.079 0.138 0.266 0.063 1.438 2.882 0.058 0.019 0.337 0.429 0.143 1.810 0.098 5.105 0.047 0.021 1.105 0.028 0.017 0.359 0.187 0.343 0.794 0.311 0.327 0.478 0.156 0.151 0.144 3.055 3.770 0.215 0.285 0.682 0.351 0.213 0.303 2.724 4.236 0.100 0.185 0.233 0.328 7361 chr22 27869095 27877236 + 0 NA Intergenic Intergenic 166553 NR_134581 100507657 Hs.537371 NR_134581 ENSG00000226741 LINC02554 - long intergenic non-protein coding RNA 2554 ncRNA nan 0.384 0.355 6.308 0.704 0.014 3.860 0.494 0.835 1.089 0.423 0.286 0.167 0.037 0.054 2.247 0.182 0.079 0.131 0.093 0.562 0.137 0.060 2.275 0.712 0.388 0.136 6.836 1.594 3.298 nan 2.891 0.392 0.328 0.041 0.011 0.148 0.086 0.538 1.308 1.162 6.057 2.260 1.563 3.365 3.897 3.887 0.220 1.280 0.947 1.458 2.247 0.027 1.182 2.275 0.241 0.774 0.570 0.235 0.074 3.233 0.704 0.045 2.960 4.299 3.147 2.063 2.233 1.000 nan 1.230 0.910 3.725 1.370 1.960 2.093 0.203 nan 1.336 2.395 0.548 0.320 0.847 1.675 0.288 0.418 0.140 nan 0.421 0.633 9941 chr6 135168829 135204830 + 0 NA Intergenic Intergenic 84431 NM_170771 64577 Hs.486520 NM_022568 ENSG00000118514 ALDH8A1 ALDH12|DJ352A20.2 aldehyde dehydrogenase 8 family member A1 protein-coding 0.831 0.757 0.906 0.092 0.259 0.099 0.130 0.093 0.237 0.011 0.080 0.587 0.019 0.052 0.111 0.402 0.179 0.111 0.123 0.063 0.054 0.027 0.236 0.110 0.138 0.102 0.046 0.109 0.072 0.041 0.122 0.517 0.153 0.453 0.053 0.173 0.098 0.760 0.132 0.131 0.069 0.115 0.045 0.026 0.052 0.077 0.174 0.197 0.087 0.508 0.020 0.064 0.402 0.049 0.041 0.138 0.034 0.062 0.128 0.191 0.601 0.103 0.027 0.220 0.036 0.522 0.519 0.408 0.313 0.243 0.340 0.470 0.517 nan 0.843 0.257 0.259 0.335 0.525 0.965 0.902 0.565 0.288 0.142 0.208 1.037 1.531 0.405 nan 0.809 0.488 9081 chr5 95192137 95221149 + 0 NA Intergenic Intergenic 18707 NR_026936 202299 Hs.8373 NM_175616 ENSG00000236882 LINC01554 C5orf27|FIS long intergenic non-protein coding RNA 1554 ncRNA nan 1.064 0.624 0.507 0.402 0.084 1.221 0.205 0.441 0.250 1.180 1.656 0.068 1.118 0.091 0.349 0.480 0.138 0.656 0.465 0.794 0.125 0.077 0.104 2.394 1.780 0.152 1.226 1.333 2.844 6.262 2.207 0.524 0.601 2.744 0.189 0.030 0.109 0.516 0.041 0.766 0.543 0.256 1.131 0.618 0.659 1.040 0.760 0.329 1.665 2.666 0.349 0.516 1.411 0.104 0.917 1.053 0.030 0.147 2.144 0.455 0.157 0.069 1.063 0.038 0.025 0.557 0.678 1.077 1.174 0.441 0.479 1.149 0.287 0.139 0.128 0.489 0.789 1.219 1.127 0.401 0.210 0.208 0.380 1.339 1.239 0.155 nan 0.587 0.550 7967 chr3 166658388 166663655 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 44550 NR_135545 105374194 NR_135545 LOC105374194 inv3q26.1 uncharacterized LOC105374194 ncRNA 0.988 1.196 0.644 0.164 0.202 0.011 0.082 0.121 0.291 0.058 0.071 0.013 0.101 0.144 0.299 0.051 0.036 0.027 0.238 0.391 0.069 0.027 0.014 0.028 0.114 0.041 0.077 0.055 0.108 0.205 0.083 0.052 0.542 0.042 0.029 0.014 0.035 0.011 0.045 0.104 0.044 0.156 0.076 0.031 0.108 0.049 0.144 0.014 0.069 0.016 0.018 0.033 0.046 0.015 0.166 0.015 0.000 0.306 0.166 0.093 0.242 0.494 0.406 10.786 9.958 0.196 0.206 0.782 0.944 nan 0.360 nan 0.512 0.106 0.114 2.346 2.036 0.570 1.032 0.386 0.278 2712 chr12 57411083 57415751 + 0 NA Intergenic LTR49-int|LTR|ERV1 -3073 NR_135165 6866 Hs.9730 NM_013251 ENSG00000166863 TAC3 HH10|NKB|NKNB|PRO1155|ZNEUROK1 tachykinin 3 protein-coding nan 0.784 0.499 0.172 0.190 0.045 0.171 0.283 0.040 0.176 0.101 6.269 0.086 0.114 0.139 0.094 0.033 0.050 0.122 0.030 0.102 0.131 0.180 0.030 0.047 0.062 0.085 0.099 0.174 0.595 0.106 0.320 0.063 0.128 0.081 0.075 0.103 0.050 0.086 0.098 0.052 0.084 0.069 0.050 0.245 0.112 0.192 0.093 0.051 0.170 0.139 0.139 0.180 0.235 0.640 0.042 0.106 0.158 0.085 0.053 0.033 0.037 0.054 nan 0.449 0.353 0.554 0.406 nan 0.472 0.330 0.461 0.509 0.385 nan 0.398 nan 0.560 0.259 0.222 0.324 0.084 0.082 0.192 0.366 0.883 0.700 1426 chr10 33442706 33455488 + 0 NA Intergenic Intergenic 174736 NM_001330068 8829 Hs.131704 NM_003873 ENSG00000099250 NRP1 BDCA4|CD304|NP1|NRP|VEGF165R neuropilin 1 protein-coding 0.550 0.688 0.554 0.800 0.034 0.022 2.746 0.296 0.331 0.015 0.742 0.513 0.047 0.126 0.141 0.409 0.152 0.623 0.442 1.628 0.022 0.134 0.111 0.122 1.596 0.916 0.074 1.926 1.852 0.271 1.286 0.680 0.284 0.575 0.203 0.023 0.060 0.110 2.310 0.231 0.123 0.281 0.174 2.449 1.299 0.219 0.532 1.903 0.100 1.415 1.597 0.141 0.163 1.055 0.122 0.893 0.191 0.038 0.114 0.087 0.701 0.031 0.029 0.584 0.622 0.552 0.386 0.284 0.275 nan 0.365 0.362 0.369 0.126 0.249 0.319 0.120 0.211 0.319 0.286 0.170 0.069 0.128 0.144 0.035 0.137 0.138 0.238 0.429 0.417 1562 chr10 81093644 81109279 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -5759 NM_005729 10105 Hs.381072 NM_005729 ENSG00000108179 PPIF CYP3|CyP-M|Cyp-D|CypD peptidylprolyl isomerase F protein-coding 1.501 1.621 4.090 0.870 2.031 0.856 1.977 0.492 1.121 0.273 2.315 0.883 0.047 0.657 2.537 0.772 0.771 0.174 1.112 0.596 0.439 0.222 1.441 0.478 3.593 0.613 0.624 0.316 0.988 0.744 0.479 1.056 0.437 4.091 0.267 1.280 0.353 0.312 0.064 0.339 0.482 2.541 1.028 0.693 0.720 0.300 1.452 0.815 0.776 0.861 0.658 1.091 0.772 0.887 0.768 3.593 0.818 0.555 0.296 0.999 0.408 0.687 0.496 0.695 0.651 0.543 0.409 1.321 1.465 1.549 2.355 2.864 3.146 6.726 2.379 1.031 1.009 0.701 1.102 4.175 5.745 0.908 1.227 0.698 0.937 1.460 0.984 1.223 1.471 2.352 1.054 7352 chr22 26549663 26569320 + 0 NA Intergenic Intergenic -5949 NM_001184773 23544 Hs.194766 NM_021115 ENSG00000100095 SEZ6L - seizure related 6 homolog like protein-coding nan 1.485 0.478 0.099 0.631 0.118 0.022 1.240 2.163 0.005 0.067 0.005 0.006 0.014 0.307 0.703 0.084 0.042 0.037 0.010 0.028 0.823 0.312 0.557 0.003 0.007 0.037 0.069 0.011 0.061 nan 0.086 4.728 0.037 0.061 0.290 0.022 0.078 0.012 0.179 0.087 0.003 0.012 0.022 0.043 0.069 0.076 0.054 0.033 0.020 0.038 0.703 0.033 0.009 0.557 0.012 0.031 0.214 0.285 0.372 0.044 0.475 0.050 0.023 0.015 0.003 0.333 0.257 0.119 nan 0.818 0.799 2.688 1.022 0.140 0.120 2.309 nan 0.507 0.904 1.670 1.645 0.615 1.152 0.823 0.941 0.452 nan 4.789 2.622 7759 chr3 114606181 114623208 + 0 NA intron (NM_001164343, intron 3 of 11) MIRb|SINE|MIR 4775 NR_121662 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.385 nan 1.866 0.114 0.273 2.251 0.151 1.264 2.482 0.005 0.099 0.173 0.031 0.284 0.265 0.192 0.356 0.121 0.096 0.056 0.041 0.016 1.134 0.700 1.800 0.195 0.098 0.091 0.263 0.099 0.076 0.226 0.042 0.372 0.060 0.017 0.056 0.038 0.111 0.028 0.099 0.086 0.014 0.014 0.096 0.054 0.057 0.099 0.411 0.100 0.623 0.077 0.192 0.046 0.055 1.800 0.050 0.029 0.473 0.041 0.486 0.042 0.076 0.236 0.009 0.028 0.003 0.425 0.410 0.370 0.454 1.491 nan 4.835 2.486 1.124 1.056 nan 4.816 0.924 1.590 2.346 2.071 0.140 0.229 0.640 0.403 0.390 0.888 1.550 1.092 10016 chr6 150948443 151141329 + 0 NA intron (NM_001329803, intron 1 of 13) MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR 2817 NM_001329801 57480 Hs.189781 NM_001029884 ENSG00000120278 PLEKHG1 ARHGEF41 pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G1 protein-coding nan 1.049 0.603 0.101 0.251 0.124 0.070 0.105 0.219 0.075 0.054 0.045 0.291 0.023 0.191 0.897 0.081 0.104 0.229 0.087 0.033 0.022 0.063 0.085 0.299 0.056 0.032 0.040 0.068 0.013 0.287 nan 0.241 0.742 0.104 0.053 0.015 4.069 0.202 0.020 0.050 0.084 0.041 0.026 0.046 0.074 0.144 0.086 0.057 0.071 0.012 0.080 0.897 0.297 0.039 0.299 0.071 0.077 0.085 0.114 0.036 0.040 0.036 0.034 0.016 0.038 0.039 0.365 0.211 1.203 2.664 0.670 nan 1.072 0.406 0.277 0.302 0.094 0.171 0.507 0.514 0.684 0.348 0.147 0.256 0.065 0.101 0.159 nan 0.142 0.198 3647 chr14 67777337 67786963 + 0 NA intron (NM_001256550, intron 9 of 14) AluY|SINE|Alu 44570 NM_015994 51382 Hs.272630 NM_015994 ENSG00000100554 ATP6V1D ATP6M|VATD|VMA8 ATPase H+ transporting V1 subunit D protein-coding nan nan 0.821 0.149 0.193 0.075 0.226 0.100 0.299 0.080 0.129 0.082 3.094 0.084 0.092 0.184 0.202 0.083 0.099 0.020 0.156 0.043 0.061 0.093 0.169 0.157 0.083 0.046 0.135 0.131 0.192 0.582 0.608 0.333 0.167 0.072 0.039 0.061 0.124 0.037 0.094 0.039 0.032 0.041 0.011 0.161 0.195 0.136 0.076 0.096 0.024 0.222 0.184 0.171 0.187 0.169 0.101 0.112 0.020 0.043 0.052 0.302 0.100 0.077 0.127 0.024 0.015 0.335 0.236 0.274 0.688 0.393 0.460 0.172 0.111 nan 0.524 0.352 0.582 0.619 nan 0.584 0.314 0.230 0.287 0.117 0.148 0.316 0.462 0.656 0.493 1557 chr10 80704025 80738396 + 0 NA intron (NR_024431, intron 7 of 9) intron (NR_024431, intron 7 of 9) 105995 NR_024429 283050 Hs.309176 NR_015429 ENSG00000224596 ZMIZ1-AS1 - ZMIZ1 antisense RNA 1 ncRNA 1.414 1.558 1.653 1.729 1.257 1.918 1.537 0.700 1.336 0.311 1.735 1.414 0.052 0.501 0.567 0.904 1.141 0.175 0.813 0.690 0.558 0.242 0.297 0.162 2.278 0.963 0.891 0.129 0.761 0.451 0.561 1.541 0.539 2.427 0.646 1.592 0.089 0.249 0.077 1.254 0.303 1.047 0.493 0.222 0.273 0.311 1.887 1.568 1.890 1.384 0.956 1.310 0.904 0.917 1.257 2.278 0.701 0.366 0.452 0.480 0.726 1.143 0.754 0.404 0.604 0.749 0.651 4.184 5.157 2.694 2.669 1.718 1.615 2.720 1.057 2.591 2.597 0.617 1.007 2.618 3.296 0.852 0.802 1.413 1.606 0.480 0.580 0.755 1.301 0.965 0.585 2281 chr11 115449910 115463293 + 0 NA Intergenic Intergenic -81360 NM_001301043 23705 Hs.370510 NM_014333 ENSG00000182985 CADM1 BL2|IGSF4|IGSF4A|NECL2|Necl-2|RA175|ST17|SYNCAM|TSLC1|sTSLC-1|sgIGSF|synCAM1 cell adhesion molecule 1 protein-coding 0.832 0.800 0.694 0.016 0.677 4.416 0.093 0.742 1.535 0.021 0.064 0.047 0.182 0.067 0.418 0.374 0.045 0.061 0.014 0.014 0.010 0.400 0.249 0.886 0.026 0.032 0.028 0.071 0.134 0.089 0.374 0.095 1.328 0.022 0.077 0.284 0.040 0.115 0.044 0.322 0.173 0.036 0.023 0.057 0.204 0.072 0.215 0.097 0.038 0.018 0.055 0.374 0.059 0.003 0.886 0.063 0.069 0.716 0.061 0.061 0.024 0.599 0.130 0.060 0.013 0.012 0.771 nan 0.329 0.668 4.703 4.486 5.573 1.832 0.074 0.142 0.838 nan 2.127 2.431 0.623 0.387 0.644 1.258 2.065 1.408 0.301 1.185 0.781 0.593 425 chr1 62100016 62118318 + 0 NA Intergenic Intergenic -10747 NR_073400 414927 Hs.123471 NR_073400 MGC34796 - sepiapterin reductase (7,8-dihydrobiopterin:NADP+ oxidoreductase) pseudogene pseudo 1.256 0.860 nan 0.071 0.164 0.271 0.093 0.196 0.279 0.047 0.075 0.090 0.020 0.038 0.096 0.126 0.233 0.107 0.139 0.021 0.069 0.031 0.207 0.144 0.294 0.037 0.004 0.065 0.052 0.011 0.075 0.355 0.427 0.353 0.040 0.088 0.005 0.054 0.131 0.006 0.057 0.090 0.023 0.004 0.047 0.063 1.010 0.141 0.067 0.062 0.026 0.095 0.126 0.120 0.050 0.294 0.027 1.609 0.042 0.091 0.840 0.022 0.027 0.078 0.021 0.003 0.008 0.333 0.376 0.622 0.564 0.483 0.622 0.626 0.156 0.325 0.311 nan nan 1.076 nan 0.652 0.354 0.131 0.336 0.115 0.126 0.245 0.583 3.838 1.934 1486 chr10 62170058 62194795 + 0 NA intron (NM_001204403, intron 2 of 43) intron (NM_001204403, intron 2 of 43) -32684 NM_001320874 288 Hs.499725 NM_001149 ENSG00000151150 ANK3 ANKYRIN-G|MRT37 ankyrin 3 protein-coding 0.673 nan 0.701 0.697 0.131 0.007 0.970 0.155 0.321 0.038 0.466 1.269 0.040 0.028 0.118 0.155 0.791 0.091 0.351 0.474 0.061 0.022 0.075 0.087 0.044 1.406 0.591 0.021 0.289 0.260 0.782 1.528 0.235 0.539 0.751 9.049 0.030 0.062 0.092 0.309 0.074 0.622 0.251 0.167 0.926 0.112 0.263 0.101 0.223 0.129 0.108 1.115 0.155 0.098 0.660 0.044 0.453 0.067 0.236 0.170 0.012 0.631 0.036 0.045 0.386 0.051 0.018 0.336 0.212 0.223 0.504 0.272 0.324 1.168 0.417 0.332 0.322 0.792 1.239 0.270 0.300 1.593 1.921 0.104 0.138 0.148 0.282 0.174 nan 0.567 0.543 6874 chr20 19989356 20000574 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2969 NM_181528 51126 Hs.368783 NM_016100 ENSG00000173418 NAA20 NAT3|NAT3P|NAT5|NAT5P|dJ1002M8.1 N(alpha)-acetyltransferase 20, NatB catalytic subunit protein-coding 2.201 nan 2.740 0.301 1.648 0.308 1.230 0.902 1.697 0.350 1.845 0.700 0.171 0.736 2.712 1.117 0.904 0.271 0.483 0.101 0.498 0.493 1.582 0.796 2.592 1.092 0.786 0.710 0.491 0.271 1.128 2.526 1.368 2.366 0.599 1.570 0.669 0.435 0.053 0.284 0.156 0.780 0.979 0.534 0.664 0.246 1.597 0.757 2.168 1.297 0.480 1.327 1.117 0.413 0.587 2.592 1.672 1.235 0.915 0.963 2.213 0.530 0.274 0.383 0.350 0.272 0.190 1.758 1.863 0.776 1.719 2.117 2.461 7.153 2.547 2.476 2.604 2.438 3.573 3.858 3.362 2.250 2.069 0.892 1.690 2.414 4.024 1.245 1.643 2.173 1.270 10889 chr8 32774857 32784668 + 0 NA Intergenic Intergenic 200491 NM_001322197 3084 Hs.453951 NM_004495 ENSG00000157168 NRG1 ARIA|GGF|GGF2|HGL|HRG|HRG1|HRGA|MST131|MSTP131|NDF|NRG1-IT2|SMDF neuregulin 1 protein-coding 0.707 0.798 nan 5.046 0.133 0.087 0.676 0.065 0.236 0.078 0.190 0.739 0.101 0.092 0.222 1.034 0.214 0.077 0.019 0.090 0.014 0.142 0.077 0.031 1.918 0.968 0.044 0.750 0.506 0.097 0.095 0.160 0.545 0.223 0.523 0.020 0.070 0.124 0.381 0.016 0.084 0.062 0.110 0.184 0.273 0.209 0.554 0.292 0.071 0.056 0.021 0.222 0.072 0.078 0.031 0.286 0.026 0.197 0.059 0.052 0.105 0.010 0.164 0.070 0.100 0.015 0.397 0.109 0.212 0.559 0.536 0.766 0.274 0.142 0.128 0.134 0.476 0.697 0.553 0.453 1.290 0.887 0.131 0.134 0.065 0.118 0.417 0.883 0.673 0.704 2056 chr11 69240205 69266364 + 0 NA Intergenic Intergenic 12845 NM_001319657 102724265 Hs.448669 NM_001319657 LOC102724265 - uncharacterized LOC102724265 protein-coding nan 0.571 0.816 1.459 0.067 0.036 2.991 0.086 0.169 0.491 1.283 0.560 0.569 0.437 0.030 0.189 0.055 0.024 0.441 0.240 0.143 0.021 0.071 0.086 0.023 0.534 0.253 0.479 1.414 1.958 9.149 14.506 3.363 0.357 0.666 0.589 0.018 0.112 0.096 0.834 0.015 2.087 0.546 0.361 1.233 0.367 1.868 1.383 0.491 0.208 0.888 1.184 0.189 0.983 0.198 0.023 0.787 1.929 0.122 0.877 0.066 0.434 0.109 0.033 1.038 0.123 0.068 0.828 0.855 0.230 0.404 0.461 0.434 0.121 0.078 1.208 1.398 0.143 0.264 0.359 0.484 0.721 0.616 0.501 0.476 0.068 0.137 0.109 0.103 0.218 0.279 4987 chr17 73176696 73186345 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2422 NM_006937 6613 Hs.380973 NM_006937 ENSG00000188612 SUMO2 HSMT3|SMT3B|SMT3H2|SUMO3|Smt3A small ubiquitin-like modifier 2 protein-coding 3.370 3.195 2.643 2.044 3.373 1.702 2.727 2.340 4.042 0.798 3.034 1.043 0.911 0.893 2.205 2.364 2.227 0.351 2.977 0.913 1.559 1.408 1.716 0.944 3.188 1.506 1.715 1.646 2.640 1.094 3.712 6.189 2.347 6.332 1.105 2.121 0.830 2.365 0.170 1.005 1.808 2.819 1.695 0.736 1.625 1.047 1.725 2.267 3.012 2.474 1.152 1.586 2.364 3.721 1.431 3.188 0.810 1.365 0.634 3.242 1.589 1.451 0.867 1.417 1.151 0.985 0.530 4.365 3.845 3.917 5.574 3.974 4.401 5.227 2.687 3.863 4.305 nan 3.505 4.250 5.910 6.644 6.488 2.918 4.786 3.192 3.883 4.161 3.364 nan 1.147 6883 chr20 21029927 21035653 + 0 NA Intergenic Intergenic 54209 NR_147212 105372556 Hs.371339 NR_147212 ENSG00000225127 LINC00237 NCRNA00237 long intergenic non-protein coding RNA 237 ncRNA 0.753 1.091 nan 0.037 0.131 0.010 0.050 0.139 0.334 0.033 0.136 0.022 0.052 0.032 0.177 0.093 0.056 0.037 0.034 0.011 0.024 0.136 0.071 0.375 0.037 0.039 0.047 0.091 0.076 0.097 0.328 0.025 0.094 0.051 0.056 0.083 0.145 0.031 0.041 0.039 0.054 0.185 0.119 0.134 0.026 0.046 0.177 0.059 0.016 0.375 0.107 0.057 0.118 0.081 0.053 0.042 1.865 0.130 0.040 0.030 0.009 7.465 7.977 7.691 5.805 0.549 0.665 0.900 0.346 0.260 0.330 0.220 0.405 0.267 0.388 0.527 0.306 4.511 4.387 0.112 0.115 0.229 0.270 1.251 0.833 5223 chr18 26366928 26386098 + 0 NA Intergenic Intergenic -619103 NM_001792 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.591 0.739 0.697 0.516 0.248 0.040 0.575 0.238 0.380 0.005 0.314 5.147 0.007 0.057 0.069 0.731 0.098 0.042 0.225 0.079 0.013 1.444 0.082 0.105 0.175 0.156 0.053 0.011 0.128 0.384 0.101 0.117 0.011 0.256 0.397 0.202 0.020 0.017 0.091 0.153 0.058 1.270 0.327 0.191 0.443 0.104 0.176 0.490 0.089 0.070 0.029 0.097 0.731 0.111 0.010 0.175 0.256 0.009 0.062 0.046 0.016 0.269 0.047 0.043 0.624 0.015 0.330 0.266 0.355 nan 0.554 0.705 0.358 0.227 0.132 0.097 0.221 0.316 0.523 0.539 0.358 0.167 0.074 0.127 0.087 0.141 0.223 0.274 0.915 0.894 10114 chr7 1326483 1331996 + 0 NA Intergenic Intergenic 57221 NM_001080461 340260 NM_001080461 ENSG00000164853 UNCX UNCX4.1 UNC homeobox protein-coding 3.704 0.707 10.823 0.117 0.176 0.404 0.077 0.145 0.490 0.035 0.095 0.546 0.011 0.091 0.045 0.444 0.069 0.019 0.035 0.062 0.100 0.133 0.132 0.348 0.375 0.105 0.093 0.086 0.019 0.189 nan 0.253 nan 0.085 0.070 0.746 0.125 0.021 0.047 0.126 0.045 0.085 0.020 0.082 0.071 0.235 0.207 0.114 0.014 0.119 0.444 0.100 0.067 0.348 0.089 0.061 3.454 2.171 0.186 0.329 0.072 0.089 0.014 0.031 0.009 0.214 0.243 0.096 nan 1.218 0.753 nan 0.101 0.476 0.439 0.285 0.410 nan 0.230 1.214 0.958 0.246 0.334 0.288 0.369 0.106 0.066 0.702 0.363 2876 chr12 96586736 96594879 + 0 NA intron (NM_005230, intron 1 of 4) intron (NM_005230, intron 1 of 4) 2647 NM_005230 2004 Hs.46523 NM_005230 ENSG00000111145 ELK3 ERP|NET|SAP-2|SAP2 ELK3, ETS transcription factor protein-coding 1.882 1.171 2.127 6.534 0.454 0.048 4.191 0.384 0.887 1.735 3.135 2.932 0.107 0.532 0.216 0.890 3.291 0.256 4.431 1.582 1.858 0.476 0.587 0.322 1.250 2.511 2.706 1.401 6.979 3.471 2.798 5.571 3.142 nan 2.409 2.269 0.386 1.389 0.127 2.811 0.078 7.621 8.189 3.066 4.524 3.885 4.114 12.057 2.960 5.641 1.046 2.441 0.890 3.401 7.076 1.250 0.974 0.902 0.120 4.716 0.387 2.216 0.170 0.713 2.816 9.102 10.222 0.475 0.363 0.891 1.616 2.014 1.987 2.290 0.588 1.129 1.366 1.563 nan 1.168 nan 0.907 0.683 0.293 0.667 1.777 1.753 1.236 2.166 1.039 0.957 3428 chr14 29547319 29578596 + 0 NA Intergenic Intergenic -307964 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.427 1.069 0.893 0.037 0.283 0.055 0.080 0.323 0.493 0.012 0.059 0.091 0.024 0.055 0.183 1.157 0.233 0.113 0.138 0.018 0.038 0.009 0.231 0.226 0.517 0.079 0.005 0.007 0.063 0.010 0.283 0.991 0.322 0.487 0.089 0.083 1.575 0.028 0.088 0.011 0.389 0.047 0.012 0.015 0.042 0.020 0.037 0.122 0.021 0.039 0.154 0.032 1.157 0.087 0.018 0.517 0.031 0.024 0.115 0.034 0.100 0.040 0.035 0.429 0.039 0.009 0.010 0.228 0.110 0.147 0.185 0.457 0.641 1.731 0.583 0.133 0.135 4.345 4.816 0.433 0.478 0.908 0.602 0.117 0.146 5.738 6.596 0.904 2.353 0.679 0.542 7426 chr22 39459815 39466789 + 0 NA Intergenic HERVH-int|LTR|ERV1 -9708 NM_001349436 60489 Hs.660143 NM_021822 ENSG00000239713 APOBEC3G A3G|ARCD|ARP-9|ARP9|CEM-15|CEM15|MDS019|bK150C2.7|dJ494G10.1 apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G protein-coding 0.597 nan 0.487 0.134 0.025 0.032 0.112 0.105 0.352 0.715 0.083 0.065 0.682 0.029 0.038 0.128 0.096 0.114 0.182 0.037 0.050 0.022 0.081 0.178 0.050 0.021 0.044 0.024 0.030 0.057 0.315 0.657 0.233 0.062 0.016 0.055 0.088 0.149 0.017 0.022 1.979 0.060 0.023 0.057 0.044 10.225 0.129 0.065 0.062 0.019 0.105 0.128 0.265 0.178 0.017 0.333 0.096 0.100 0.014 0.945 0.042 0.156 1.364 0.099 0.190 0.342 0.235 0.425 2.238 0.369 0.374 0.352 0.168 0.188 0.126 0.156 nan 0.256 0.326 nan 0.188 0.273 0.201 0.083 0.092 0.320 0.609 0.241 0.399 6889 chr20 22346374 22396370 + 0 NA Intergenic Intergenic 29909 NR_027090 284788 Hs.651993 NR_027089 ENSG00000204684 LOC284788 - uncharacterized LOC284788 ncRNA 0.686 1.540 nan 0.233 0.766 0.015 1.270 0.763 1.444 0.055 1.574 0.002 0.024 0.058 0.153 0.504 0.111 0.084 0.620 0.436 0.043 0.030 0.566 0.328 0.419 1.510 0.823 0.010 0.492 0.924 2.563 4.659 2.956 1.772 2.804 0.103 0.748 0.035 0.086 0.605 0.017 0.554 0.078 0.070 1.264 0.231 0.251 0.164 1.342 0.095 0.218 0.065 0.504 0.391 0.163 0.419 0.375 0.078 0.018 0.042 1.682 1.166 0.149 0.028 0.502 0.033 0.018 0.483 0.276 0.170 0.262 0.994 0.977 3.973 1.386 0.109 0.103 0.177 0.280 2.232 1.676 0.326 0.113 0.221 0.373 2.667 3.199 0.103 0.228 1.900 1.028 11046 chr8 73471847 73536022 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) intron (NM_004770, intron 2 of 2) 54308 NM_004770 9312 Hs.661102 NM_004770 ENSG00000182674 KCNB2 KV2.2 potassium voltage-gated channel subfamily B member 2 protein-coding 1.954 0.874 1.190 0.037 0.375 0.134 0.042 0.195 0.437 0.009 0.063 0.039 0.024 0.045 0.353 0.185 0.120 0.118 0.069 0.021 0.025 0.007 0.271 0.160 0.539 0.007 0.010 0.013 0.080 0.012 0.077 0.085 0.094 0.444 0.023 0.033 0.244 0.047 0.087 0.009 0.127 0.063 0.023 0.010 0.010 0.056 0.035 0.090 0.030 0.081 0.018 0.053 0.185 0.061 0.016 0.539 0.030 0.054 0.189 0.010 0.123 0.025 1.540 0.285 0.019 0.014 0.007 1.195 1.371 2.032 0.893 1.110 1.194 0.643 0.275 5.406 5.635 1.831 2.200 0.565 0.664 1.350 1.059 0.889 1.871 0.869 1.149 0.568 1.554 1.227 0.925 8451 chr4 82263709 82278899 + 0 NA Intergenic Intergenic 121778 NM_001300735 153020 Hs.591696 NM_152545 ENSG00000138670 RASGEF1B GPIG4 RasGEF domain family member 1B protein-coding 0.991 0.687 0.923 0.057 0.083 0.154 0.075 0.155 0.260 0.012 0.132 0.140 0.012 0.033 0.159 0.118 0.378 0.096 0.014 0.013 0.021 0.009 0.082 0.067 0.110 0.018 0.009 0.014 0.058 0.021 0.052 0.099 0.046 0.273 0.125 0.060 0.013 0.028 0.071 0.008 0.037 0.104 0.012 0.010 0.021 0.020 0.038 0.200 0.032 0.052 0.011 0.048 0.118 0.038 0.049 0.110 0.048 0.033 0.051 0.034 0.261 0.020 0.026 1.386 0.010 0.008 0.003 0.253 0.148 0.395 0.461 0.264 0.273 0.347 0.231 0.200 0.274 0.470 nan 0.235 0.247 0.918 0.640 0.089 0.087 0.068 0.093 1.880 nan 0.498 0.451 5589 chr19 27731672 27741268 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr -547869 NR_146735 101927151 Hs.567934 NR_110687 ENSG00000267575 LOC101927151 - uncharacterized LOC101927151 ncRNA nan 34.464 34.384 24.292 31.904 10.203 31.006 30.249 44.073 12.655 24.673 31.296 7.365 18.041 19.822 44.474 33.860 90.370 30.876 14.304 20.503 18.706 30.695 37.566 23.568 26.915 21.313 13.268 31.651 23.461 30.556 19.502 28.887 47.264 21.983 24.596 9.766 19.210 25.307 25.860 9.991 33.998 13.397 11.591 19.841 20.873 42.984 38.884 21.090 15.608 18.971 34.153 44.474 18.729 29.425 23.568 30.033 36.161 7.607 28.613 19.028 18.776 16.498 11.462 12.453 12.705 10.650 32.832 21.243 31.373 43.214 26.600 30.104 16.602 13.664 25.352 25.870 20.932 23.505 25.915 21.173 37.270 17.780 23.420 30.562 9.992 14.602 19.531 20.786 15.507 20.601 6490 chr2 174822620 174839596 + 0 NA promoter-TSS (NM_001172712) promoter-TSS (NM_001172712) -678 NM_003111 6670 Hs.531587 NM_003111 ENSG00000172845 SP3 SPR2 Sp3 transcription factor protein-coding 3.651 2.936 3.331 2.480 2.837 3.253 2.381 2.141 3.942 1.148 2.728 0.882 2.586 1.136 1.629 2.887 1.974 0.324 3.300 1.064 2.989 2.308 1.590 0.801 4.188 2.522 3.369 1.525 5.303 1.616 4.466 7.395 4.513 6.261 1.432 2.243 0.631 2.335 0.087 1.215 1.565 4.025 2.508 0.892 2.873 3.844 4.392 1.861 3.376 2.028 1.030 2.333 2.887 3.571 2.387 4.188 0.855 1.414 1.179 3.853 0.832 1.608 1.302 1.380 1.837 1.790 1.686 2.847 2.893 3.138 4.636 4.174 4.092 2.707 1.420 6.469 6.548 2.228 2.917 8.316 11.602 4.181 4.190 2.100 3.836 1.972 1.785 3.515 3.662 1.136 0.711 11907 chrX 8810061 8820418 + 0 NA Intergenic Plat_L3|LINE|CR1 -45815 NM_174951 171482 Hs.382062 NM_174951 ENSG00000183304 FAM9A TEX39A family with sequence similarity 9 member A protein-coding 0.511 0.900 0.416 0.580 0.051 0.011 0.076 0.062 0.110 0.046 0.763 5.138 0.018 0.010 0.052 0.172 0.127 0.109 0.031 0.001 0.047 0.087 0.032 0.834 0.582 0.014 1.136 1.178 0.101 0.344 0.717 0.236 0.021 0.054 0.031 0.061 0.491 0.044 0.312 0.088 0.082 0.977 1.766 1.636 0.926 0.558 0.025 0.243 1.479 0.172 0.014 0.018 0.032 0.154 0.098 0.019 0.033 0.755 0.048 0.074 0.301 0.172 0.053 0.253 0.327 0.289 1.052 0.235 0.270 0.110 0.053 0.074 0.026 0.098 0.157 0.417 0.256 0.336 0.147 0.153 0.178 0.061 0.049 0.111 0.156 0.267 0.364 11023 chr8 67340114 67372172 + 0 NA intron (NM_144650, intron 3 of 13) intron (NM_144650, intron 3 of 13) 11425 NM_144650 137872 Hs.720023 NM_144650 ENSG00000147576 ADHFE1 ADH8|HMFT2263|HOT alcohol dehydrogenase, iron containing 1 protein-coding 1.725 0.891 0.797 0.416 0.761 0.093 1.338 0.214 0.364 0.158 0.786 0.538 0.181 0.111 0.257 0.411 0.522 0.115 0.871 0.498 0.985 0.108 0.263 0.239 0.308 0.569 0.461 0.573 1.149 0.406 0.477 0.636 0.622 0.895 0.446 0.598 0.762 0.271 0.071 0.335 0.174 0.931 0.711 0.467 0.680 0.336 0.497 1.128 0.639 2.624 0.351 0.411 0.411 0.641 0.675 0.308 0.392 0.101 0.085 1.609 0.468 0.747 0.139 0.167 0.480 0.483 0.434 0.468 0.495 0.476 0.725 1.138 1.010 1.566 0.352 0.478 0.438 0.775 nan 0.530 0.746 nan 0.882 0.453 0.813 2.185 2.840 0.434 0.708 1.641 1.042 2782 chr12 70992213 71004541 + 0 NA intron (NM_002837, intron 2 of 31) intron (NM_002837, intron 2 of 31) 5427 NM_002837 5787 Hs.201030 NM_002837 ENSG00000127329 PTPRB HPTP-BETA|HPTPB|PTPB|R-PTP-BETA|VEPTP protein tyrosine phosphatase, receptor type B protein-coding nan 0.782 0.464 4.379 0.284 0.018 0.090 0.163 0.208 0.031 0.196 1.044 0.015 0.016 0.130 0.529 0.455 0.129 0.179 0.107 0.041 0.023 0.178 0.195 0.223 0.276 0.112 0.125 0.259 0.222 0.502 1.340 0.104 1.190 0.273 0.133 0.039 0.062 0.055 0.151 0.114 0.110 0.102 0.126 0.036 0.056 0.119 0.494 0.383 0.376 0.332 0.603 0.529 0.162 0.037 0.223 0.288 0.484 0.016 0.270 0.017 0.052 0.049 0.020 0.216 0.028 0.016 0.307 0.174 0.275 0.345 0.478 0.643 0.173 0.097 0.488 0.572 0.583 0.997 nan 0.717 0.533 0.270 0.193 0.344 0.279 0.269 0.095 0.162 nan 0.567 11580 chr9 74290024 74307360 + 0 NA 3' UTR (NM_001135820, exon 23 of 23) 3' UTR (NM_001135820, exon 23 of 23) 85108 NM_001349784 23670 Hs.494146 NM_013390 ENSG00000135048 CEMIP2 TMEM2 cell migration inducing hyaluronidase 2 protein-coding nan nan nan 1.045 0.168 0.048 0.457 0.148 0.250 1.649 0.313 0.539 2.131 0.040 0.076 0.745 0.501 0.056 2.572 0.846 1.649 0.145 0.124 0.067 2.635 2.003 0.198 2.295 0.595 0.663 1.226 1.770 0.296 0.627 0.230 0.011 0.037 0.088 0.455 0.073 0.502 0.076 0.063 0.729 1.121 1.710 0.198 1.522 0.111 0.292 2.393 0.745 1.012 0.021 0.067 0.350 0.732 0.042 0.288 0.041 0.460 0.058 0.115 0.329 1.605 1.347 0.275 0.207 1.623 nan 0.388 nan 0.139 0.031 0.284 0.347 0.250 0.293 0.440 0.361 0.195 0.102 0.129 0.210 0.129 0.294 0.302 0.656 0.473 0.588 5720 chr19 44171294 44181596 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -1947 NM_001301037 5329 Hs.466871 NM_002659 ENSG00000011422 PLAUR CD87|U-PAR|UPAR|URKR plasminogen activator, urokinase receptor protein-coding 1.293 1.573 0.807 2.886 0.414 0.538 2.116 0.265 0.743 1.652 3.902 2.039 0.314 0.162 0.432 0.622 0.719 0.283 3.467 2.013 1.065 0.134 0.380 0.187 0.396 2.445 2.056 0.456 3.875 1.780 1.888 nan 2.971 1.644 1.348 0.917 0.084 0.442 0.118 1.395 0.088 6.520 1.543 0.854 2.358 1.811 2.588 3.411 3.430 9.059 1.089 2.073 0.622 5.691 1.221 0.396 1.412 1.995 0.264 3.657 0.325 0.918 0.188 0.181 2.764 1.299 1.271 0.574 0.542 1.621 2.623 1.434 1.283 2.718 0.648 1.791 2.045 0.834 1.346 0.501 0.398 0.383 0.244 0.712 0.567 0.839 1.011 0.694 0.602 1.345 1.120 2037 chr11 67111032 67160486 + 0 NA intron (NM_001166212, intron 1 of 2) intron (NM_001166212, intron 1 of 2) 5447 NM_013246 23529 Hs.502977 NM_013246 ENSG00000175505 CLCF1 BSF-3|BSF3|CISS2|CLC|NNT-1|NNT1|NR6 cardiotrophin like cytokine factor 1 protein-coding nan 1.206 1.124 2.071 0.755 0.318 3.951 0.327 0.609 0.893 2.950 5.154 0.154 0.680 0.507 0.623 0.904 0.225 2.591 1.231 2.381 0.463 0.228 0.169 0.686 2.391 2.804 1.058 2.347 1.811 3.448 6.679 2.246 1.457 2.408 2.932 0.134 1.574 0.133 1.134 0.244 8.059 1.446 0.705 3.212 2.313 3.157 3.775 6.500 2.318 3.617 3.515 0.623 2.237 3.691 0.686 1.881 3.579 0.242 5.713 0.856 5.151 0.482 0.679 2.089 1.604 1.142 1.709 2.571 1.214 1.817 1.608 1.553 2.518 0.917 1.692 1.821 0.590 1.007 2.010 2.917 0.846 0.633 1.219 1.517 0.646 1.018 0.888 1.711 0.805 0.563 5044 chr17 77015647 77038846 + 0 NA intron (NR_049769, intron 1 of 3) AluY|SINE|Alu -3135 NM_198593 114897 Hs.201398 NM_030968 ENSG00000173918 C1QTNF1 CTRP1|GIP|ZSIG37 C1q and TNF related 1 protein-coding 1.285 2.352 1.444 0.222 0.278 0.685 0.716 0.401 0.841 0.107 3.053 1.348 0.019 0.835 2.997 0.815 2.255 0.403 0.568 0.580 0.844 0.018 0.495 0.208 0.134 0.915 0.559 0.063 0.451 0.245 1.153 4.171 0.190 1.750 0.164 0.328 0.177 0.121 0.098 0.326 0.047 7.393 0.892 0.398 1.989 0.501 0.448 1.000 1.757 0.180 0.228 1.698 0.815 0.446 0.008 0.134 0.301 0.709 0.167 4.708 0.670 0.606 0.093 0.087 0.648 0.265 0.129 0.644 0.762 0.369 1.034 0.832 0.790 2.525 0.714 0.299 0.268 nan 0.814 0.456 0.669 1.619 1.389 0.275 0.376 0.872 0.913 0.230 0.437 nan 0.793 8297 chr4 25523637 25529230 + 0 NA Intergenic Intergenic 44535 NR_134641 101929161 Hs.125638 NR_134641 LOC101929161 - uncharacterized LOC101929161 ncRNA 0.483 1.409 nan 0.088 0.137 0.415 0.189 0.133 0.215 0.051 0.083 0.032 0.018 0.019 0.335 0.273 0.049 0.224 0.034 0.045 0.018 0.140 0.258 0.128 0.842 0.200 0.086 0.131 0.072 1.071 2.009 0.427 0.106 0.080 0.035 0.089 0.169 0.097 0.065 0.070 1.999 0.055 0.090 0.162 0.897 0.065 5.190 1.011 0.273 0.064 0.033 0.128 0.108 0.604 0.052 0.084 0.018 0.043 0.035 0.027 0.010 0.018 0.338 0.129 0.304 0.341 0.232 0.255 0.587 0.138 0.294 0.279 0.345 0.484 0.467 0.314 0.434 0.221 0.100 0.129 0.066 0.045 0.066 0.179 nan 0.779 532 chr1 94882282 94885961 + 0 NA exon (NM_002858, exon 1 of 23) exon (NM_002858, exon 1 of 23) 188 NM_001122674 5825 Hs.700576 NM_002858 ENSG00000117528 ABCD3 ABC43|CBAS5|PMP70|PXMP1|ZWS2 ATP binding cassette subfamily D member 3 protein-coding 5.087 nan 3.394 3.794 2.960 1.075 1.516 1.002 2.667 1.143 2.227 2.512 0.847 14.609 2.076 1.493 3.249 0.308 2.594 1.189 0.774 1.694 0.559 0.492 3.469 1.448 1.448 1.532 2.653 0.516 2.252 3.700 1.932 7.086 1.191 2.001 0.414 2.871 0.183 0.784 0.755 3.335 1.592 0.820 1.350 1.331 5.670 1.716 2.933 2.860 2.346 3.148 1.493 3.505 3.306 3.469 0.795 0.826 0.264 2.750 1.783 1.307 1.514 1.205 1.137 1.158 0.912 2.735 4.063 5.314 7.480 6.642 nan 5.012 1.642 5.158 4.772 4.633 nan 3.832 6.765 nan 3.988 2.374 5.345 2.126 1.708 4.248 4.904 2.448 1.721 1193 chr1 231661474 231665542 + 0 NA promoter-TSS (NR_028399) promoter-TSS (NR_028399) -891 NR_028395 100303453 Hs.13318 NR_028393 ENSG00000270106 TSNAX-DISC1 - TSNAX-DISC1 readthrough (NMD candidate) ncRNA 4.717 3.641 4.000 2.401 7.351 2.540 2.332 2.730 5.791 0.680 2.181 2.241 0.671 0.905 1.377 4.160 3.090 0.239 1.726 0.507 1.933 1.641 3.262 1.684 3.166 2.365 2.180 1.485 2.200 1.351 2.869 3.901 2.713 6.622 1.115 3.746 0.681 2.529 0.130 0.562 1.894 3.329 2.242 1.377 2.878 1.392 2.654 2.844 3.115 2.115 2.801 2.748 4.160 1.959 1.487 3.166 1.742 1.780 0.658 2.295 1.617 2.925 1.047 1.816 1.190 2.251 1.902 6.032 6.047 10.801 13.228 8.200 9.048 9.369 7.060 10.509 12.391 3.740 5.017 nan 10.162 5.603 4.983 3.797 3.947 4.522 4.430 5.779 5.764 nan 1.893 2455 chr12 7281792 7284104 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329454) promoter-TSS (NM_001329454) -19 NM_014718 9746 Hs.535378 NM_014718 ENSG00000139182 CLSTN3 CDHR14|CSTN3|alcbeta calsyntenin 3 protein-coding 2.839 nan 3.543 3.043 2.964 2.013 0.827 1.315 3.038 0.042 0.840 0.122 0.271 1.417 3.807 1.104 0.403 0.069 1.884 0.648 1.083 0.182 2.046 0.522 3.906 1.019 0.469 0.700 2.009 0.792 3.503 5.624 2.768 9.564 0.063 0.023 0.248 2.168 0.150 0.309 1.611 0.729 0.156 0.170 0.565 0.234 1.713 0.518 0.305 5.676 0.800 0.202 1.104 1.498 0.041 3.906 0.674 0.745 7.285 5.956 1.597 0.238 1.204 0.637 0.253 0.125 0.023 1.451 2.665 3.805 3.806 9.343 7.793 13.361 5.183 5.988 6.184 2.160 3.041 3.287 4.252 2.258 1.994 1.619 3.293 2.903 1.610 1.640 nan 2.118 1.037 3963 chr15 56182148 56210340 + 0 NA intron (NM_001329212, intron 5 of 28) AluSq|SINE|Alu 13085 NM_198400 4734 Hs.1565 NM_006154 ENSG00000069869 NEDD4 NEDD4-1|RPF1 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 0.715 0.842 0.758 0.551 0.096 0.014 0.395 0.120 0.268 0.493 0.787 2.100 0.192 0.043 0.063 0.226 2.074 0.206 0.626 0.302 4.883 0.025 0.132 0.106 0.085 1.867 1.449 0.613 0.913 0.658 0.183 0.389 0.241 0.251 0.414 2.740 0.013 0.119 0.104 0.576 0.039 3.197 0.877 0.472 1.418 0.422 0.123 2.754 1.434 0.426 0.022 0.317 0.226 0.285 1.364 0.085 0.374 0.139 0.028 0.266 0.036 0.216 0.053 0.119 0.360 0.382 0.355 0.278 0.132 0.480 0.913 0.247 0.313 0.108 0.061 0.160 0.170 0.534 0.751 0.285 0.262 0.645 0.277 0.166 0.238 0.109 0.161 0.306 0.616 0.483 0.552 55 chr1 7392464 7403011 + 0 NA intron (NM_001349608, intron 4 of 21) intron (NM_001349608, intron 4 of 21) 52077 NR_146200 102725193 Hs.666120 NR_146199 ENSG00000237728 LOC102725193 - uncharacterized LOC102725193 ncRNA 1.175 nan 1.405 0.089 2.419 2.249 0.047 0.638 1.413 0.036 0.125 0.210 0.012 0.190 1.233 0.480 0.163 0.065 0.040 0.066 0.685 0.328 1.166 0.112 0.062 0.125 0.084 0.077 nan 0.054 8.591 0.205 0.190 0.031 0.079 0.011 1.068 0.078 0.028 0.030 0.041 0.037 0.052 0.204 0.463 0.114 1.580 0.226 0.480 0.055 0.058 1.166 0.088 1.028 0.644 1.039 1.465 0.059 1.768 0.175 0.029 0.016 1.079 1.837 0.255 0.631 2.748 2.467 2.157 0.557 0.227 0.254 0.249 nan nan 6.468 nan 0.701 1.822 2.389 1.144 1.389 0.380 0.740 1.533 1.082 3592 chr14 59156513 59182777 + 0 NA Intergenic Intergenic 64090 NR_046095 51339 Hs.48950 NM_016651 ENSG00000165617 DACT1 DAPPER|DAPPER1|DPR1|FRODO|HDPR1|TBS2|THYEX3 dishevelled binding antagonist of beta catenin 1 protein-coding nan nan 1.867 0.063 0.950 7.694 0.067 0.130 0.333 0.015 0.062 0.161 0.035 0.046 0.708 0.960 0.324 0.177 0.125 0.029 0.038 0.015 0.244 0.296 0.309 0.053 0.024 0.011 0.090 0.004 0.081 0.073 0.122 0.429 0.017 0.058 2.471 0.041 0.116 0.023 0.726 0.099 0.031 0.018 0.075 0.067 0.048 0.167 0.090 0.166 0.025 0.064 0.960 0.079 0.106 0.309 0.024 0.032 0.097 0.070 0.144 0.084 0.048 1.833 0.040 0.013 0.004 0.332 0.211 0.318 0.407 0.810 0.714 2.267 0.877 nan 0.394 0.953 1.339 0.840 nan 1.007 0.432 0.173 0.259 5.226 4.842 0.966 4.131 1.061 0.700 1681 chr10 123031038 123074520 + 0 NA Intergenic Intergenic 238049 NM_001320654 2263 Hs.533683 NM_000141 ENSG00000066468 FGFR2 BBDS|BEK|BFR-1|CD332|CEK3|CFD1|ECT1|JWS|K-SAM|KGFR|TK14|TK25 fibroblast growth factor receptor 2 protein-coding nan 0.724 1.238 0.115 0.034 0.027 0.084 0.123 0.265 0.046 0.086 0.032 0.046 0.014 0.070 0.203 0.282 0.081 0.019 0.013 0.009 0.016 0.061 0.065 0.032 0.002 0.017 0.014 0.045 0.002 0.063 0.144 0.127 0.263 0.084 0.058 0.022 0.030 0.087 0.014 0.053 0.108 0.020 0.005 0.025 0.044 0.051 0.086 0.064 0.024 0.013 0.028 0.203 0.036 0.019 0.032 0.039 0.031 0.116 0.036 0.037 0.022 0.043 0.239 0.049 0.012 0.006 0.329 0.315 4.505 7.973 0.125 0.190 1.043 0.309 0.116 0.125 1.169 1.323 0.430 0.504 0.448 0.521 0.098 0.197 0.112 0.155 0.381 0.851 0.104 0.179 6134 chr2 56063718 56091070 + 0 NA Intergenic MER65-int|LTR|ERV1 73904 NM_001039349 2202 Hs.76224 NM_004105 ENSG00000115380 EFEMP1 DHRD|DRAD|FBLN3|FBNL|FIBL-3|MLVT|MTLV|S1-5 EGF containing fibulin extracellular matrix protein 1 protein-coding 1.103 nan 0.848 0.524 0.322 0.102 2.155 0.152 0.329 0.314 0.923 0.780 0.840 0.047 0.270 0.375 0.617 0.088 0.795 0.375 1.655 0.015 0.201 0.179 0.340 2.568 1.680 0.514 0.961 1.511 1.489 4.149 2.467 0.871 1.176 2.524 0.035 0.067 0.112 0.988 0.075 0.728 0.389 0.217 0.603 1.134 0.673 0.406 0.589 0.023 0.313 1.803 0.375 1.186 1.225 0.340 0.902 0.884 0.007 0.502 0.108 0.355 0.261 0.085 0.584 0.019 0.017 0.269 0.216 0.389 1.309 0.419 0.423 0.211 0.122 0.258 0.228 0.281 0.389 0.502 0.844 0.429 0.202 0.171 0.419 0.285 0.404 0.204 0.454 0.511 0.433 11291 chr8 129437433 129443487 + 0 NA non-coding (NR_121672, exon 3 of 8) non-coding (NR_121672, exon 3 of 8) 136465 NR_121673 101927774 Hs.628730 NR_121672 LINC00824 LINC01263 long intergenic non-protein coding RNA 824 ncRNA nan nan nan 0.716 1.669 0.362 0.929 0.663 1.500 0.204 0.192 69.533 0.076 0.313 2.235 0.107 0.483 0.208 0.031 0.052 0.268 0.128 0.121 0.080 0.581 0.167 0.012 0.325 0.263 1.979 4.382 1.223 nan 0.202 3.498 0.152 0.142 0.060 0.398 1.572 0.427 0.110 0.052 0.135 0.153 2.072 1.091 0.363 0.214 0.794 0.908 0.107 0.258 0.107 0.080 0.383 0.149 0.159 0.141 0.728 0.053 0.049 0.041 0.026 0.057 0.042 0.442 0.798 0.211 0.532 0.605 0.485 5.496 1.243 nan nan 0.948 1.350 14.812 5.615 0.304 0.211 0.352 0.405 0.527 1.829 0.250 0.424 0.477 0.261 6434 chr2 159940885 159961962 + 0 NA intron (NM_001350065, intron 4 of 27) intron (NM_001350065, intron 4 of 27) -91923 NR_106948 102465535 NR_106948 ENSG00000275141 MIR6888 hsa-mir-6888 microRNA 6888 ncRNA nan 1.085 nan 0.345 0.622 0.114 0.683 0.418 0.629 0.086 0.484 1.107 0.435 0.086 0.165 0.464 1.529 0.177 1.359 0.513 0.288 0.040 0.059 0.095 0.300 2.524 1.682 0.069 0.222 0.320 2.451 5.266 2.047 0.676 0.678 0.504 0.018 0.142 0.068 0.223 0.112 0.263 0.466 0.211 0.239 0.313 0.324 0.153 0.308 0.144 0.424 0.713 0.464 1.572 0.202 0.300 0.191 1.132 0.147 0.122 0.216 0.267 0.176 0.406 0.214 0.034 0.012 0.360 0.411 0.712 2.055 0.262 0.377 0.269 0.077 0.333 0.403 1.328 1.416 0.909 0.684 0.435 0.299 0.834 0.716 0.095 0.211 0.546 1.720 0.393 0.306 10574 chr7 104072135 104077274 + 0 NA intron (NM_199000, intron 1 of 2) intron (NM_199000, intron 1 of 2) 105600 NM_199000 375612 Hs.659164 NM_199000 ENSG00000187416 LHFPL3 LHFPL4 LHFPL tetraspan subfamily member 3 protein-coding nan 0.528 0.667 0.042 0.050 0.022 0.097 0.031 0.137 0.152 0.018 0.012 0.050 0.138 0.157 0.117 0.126 0.042 0.029 0.060 0.192 0.152 0.013 0.014 0.065 0.062 0.029 0.154 0.215 0.062 0.038 0.107 0.191 0.023 0.125 0.071 0.036 0.021 0.074 0.056 0.158 0.056 0.015 0.026 0.157 0.014 0.152 0.033 0.011 0.020 0.031 0.114 0.097 0.015 0.011 0.012 1.610 0.548 8.573 2.021 0.211 0.406 0.109 0.116 0.824 0.687 0.097 0.240 0.109 0.295 0.354 0.128 0.642 1.120 0.064 0.078 0.396 nan 0.576 0.604 395 chr1 55430110 55465750 + 0 NA intron (NM_182532, intron 1 of 2) intron (NM_182532, intron 1 of 2) 1593 NM_182532 199964 Hs.663950 NM_182532 ENSG00000143001 TMEM61 - transmembrane protein 61 protein-coding 0.936 2.062 2.272 0.210 2.467 0.222 1.145 0.262 0.410 0.075 0.128 0.063 0.019 1.162 0.190 0.466 0.123 0.084 1.128 0.974 0.035 0.031 0.923 0.316 0.124 0.283 0.099 0.072 0.507 0.371 0.542 nan 0.343 4.658 0.532 0.067 0.243 0.091 0.101 0.136 0.180 0.232 0.089 0.108 0.450 0.251 0.364 0.222 0.231 0.056 0.370 0.512 0.466 0.578 0.121 0.124 0.175 0.453 0.049 0.358 1.981 0.197 0.172 0.104 0.109 0.040 0.027 0.854 1.684 0.427 0.517 1.156 1.071 2.996 0.832 0.761 0.798 0.336 0.621 4.207 3.876 0.503 0.278 0.541 0.609 0.966 0.896 0.234 nan 2.379 1.283 10172 chr7 12634342 12649947 + 0 NA intron (NM_033128, intron 1 of 13) MER11A|LTR|ERVK 12996 NM_033128 85477 Hs.633359 NM_033128 ENSG00000006747 SCIN - scinderin protein-coding nan 1.296 nan 0.137 1.597 0.021 0.170 0.267 0.492 0.024 0.137 0.128 0.016 0.671 0.376 0.090 0.131 0.092 0.253 0.140 0.037 0.026 1.373 0.737 0.955 0.070 0.042 0.029 0.222 0.122 0.328 1.122 0.315 1.042 0.047 0.117 0.051 0.063 0.127 0.023 0.061 0.107 0.023 0.010 0.061 0.064 0.130 0.126 0.047 0.054 0.005 0.065 0.090 0.307 0.038 0.955 0.031 0.175 0.031 0.056 0.871 0.060 0.025 0.123 0.041 0.015 0.003 nan 0.372 0.184 0.220 1.166 1.371 2.279 1.062 0.315 0.369 0.380 0.549 6.460 6.185 0.242 0.145 0.168 0.200 0.346 0.577 0.244 0.475 2.793 1.359 8910 chr5 52766257 52780540 + 0 NA Intergenic Intergenic -2866 NM_006350 10468 Hs.9914 NM_006350 ENSG00000134363 FST FS follistatin protein-coding nan nan 0.683 0.998 1.034 0.105 0.887 0.170 0.347 0.100 0.859 0.609 0.057 5.017 0.224 0.521 1.144 0.193 0.319 0.026 0.013 0.010 0.220 0.108 0.059 0.128 0.045 0.052 1.759 2.003 0.495 0.804 0.789 5.075 0.175 0.392 0.054 0.152 0.114 0.489 0.294 0.090 0.105 0.121 0.599 0.043 0.295 0.370 0.616 0.287 1.045 0.256 0.521 0.215 0.019 0.059 0.564 0.087 0.054 0.205 0.660 0.115 0.035 0.044 0.518 0.048 0.036 0.162 0.132 0.702 1.982 1.163 0.944 nan 0.655 0.087 0.174 0.361 0.493 3.372 2.788 nan 0.186 0.179 0.203 0.491 0.421 0.250 0.459 1.030 0.570 5848 chr2 1708232 1736720 + 0 NA intron (NM_012293, intron 1 of 22) intron (NM_012293, intron 1 of 22) 25843 NM_012293 7837 Hs.332197 NM_012293 ENSG00000130508 PXDN ASGD7|COPOA|D2S448|D2S448E|MG50|PRG2|PXN|VPO peroxidasin protein-coding 0.425 0.680 0.669 0.997 0.055 1.082 1.742 1.195 2.392 0.041 0.062 0.181 0.037 0.035 1.554 0.491 2.561 0.211 0.034 0.007 0.155 0.107 0.995 0.690 2.464 0.409 0.268 0.036 0.725 0.007 0.514 2.345 0.326 1.068 0.169 0.081 0.057 0.126 0.105 0.593 0.033 0.120 0.491 0.194 0.544 0.041 0.544 0.149 0.109 0.661 0.039 0.799 0.491 0.043 0.083 2.464 0.248 0.389 0.651 0.090 3.757 0.199 0.038 0.033 1.078 0.075 0.046 0.196 0.156 0.370 0.875 5.383 4.245 0.889 0.266 0.087 0.088 1.056 1.708 2.782 2.878 0.514 0.402 0.126 0.168 0.304 0.305 0.131 0.176 0.430 0.450 2295 chr11 117326193 117374444 + 0 NA intron (NM_020693, intron 14 of 32) intron (NM_020693, intron 14 of 32) 151747 NM_014956 22897 Hs.504009 NM_014956 ENSG00000110274 CEP164 NPHP15 centrosomal protein 164 protein-coding 0.681 0.781 0.631 0.027 0.493 4.901 0.053 0.408 0.834 0.018 0.061 0.068 0.030 0.452 0.647 0.459 0.037 0.040 0.046 0.008 0.028 0.006 0.677 0.512 1.964 0.042 0.030 0.040 0.071 0.031 0.064 0.148 0.049 1.254 0.018 0.054 0.069 0.078 0.095 0.012 0.389 0.248 0.052 0.034 0.020 0.086 0.073 0.162 0.084 0.036 0.010 0.064 0.459 0.062 0.032 1.964 0.015 0.077 0.233 0.078 0.385 0.042 0.320 0.258 0.020 0.016 0.007 0.524 nan 0.237 0.335 1.798 1.867 2.147 0.609 0.209 0.249 0.469 nan 2.209 1.529 0.747 0.590 1.025 1.370 0.396 0.326 0.361 0.782 1.711 0.884 3584 chr14 58325118 58338334 + 0 NA promoter-TSS (NM_001352013) promoter-TSS (NM_001352013) -9 NM_001352013 341880 Hs.28280 NM_001080455 ENSG00000151812 SLC35F4 C14orf36|c14_5373 solute carrier family 35 member F4 protein-coding nan nan 1.951 0.115 0.138 1.204 0.037 0.228 0.409 0.088 0.024 0.014 0.046 0.136 0.785 0.085 0.012 0.105 0.101 0.069 0.192 0.242 0.182 0.016 0.011 0.103 0.101 0.100 0.122 0.868 0.004 0.041 0.029 0.036 0.103 0.062 0.114 0.059 0.032 0.012 0.255 0.088 0.058 0.357 0.041 0.049 0.036 0.030 0.785 0.102 0.037 0.182 0.082 0.031 0.227 0.255 0.023 0.099 4.526 4.547 0.121 0.035 0.017 1.710 2.211 0.346 0.317 0.309 0.372 0.184 0.074 0.284 0.313 0.146 0.238 0.249 0.258 0.918 0.656 3.514 7.299 0.092 0.105 3.796 8.830 nan 0.760 9016 chr5 73830791 73948683 + 0 NA Intergenic Intergenic -46111 NM_001292004 3074 Hs.69293 NM_000521 ENSG00000049860 HEXB ENC-1AS|HEL-248|HEL-S-111 hexosaminidase subunit beta protein-coding 1.002 nan 1.240 0.658 0.212 0.388 1.175 0.275 0.507 0.362 0.652 0.708 0.342 0.170 0.296 0.449 0.485 0.116 0.648 0.431 0.723 0.020 0.148 0.101 0.224 0.657 0.451 0.121 0.773 1.142 0.634 1.268 1.214 0.696 0.497 0.545 0.213 8.947 0.278 0.386 0.136 0.757 0.676 0.315 0.617 0.507 0.909 0.514 0.582 0.582 0.364 0.576 0.449 0.739 0.836 0.224 0.469 0.323 0.079 0.553 0.160 0.537 0.074 0.429 0.673 0.886 0.543 0.426 0.440 2.213 3.918 0.670 0.567 nan 0.233 0.205 0.205 1.081 nan 0.595 0.596 0.804 0.743 0.162 0.382 0.674 0.731 0.688 1.698 0.603 0.432 1550 chr10 79701375 79711438 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 19836 NR_024585 100128292 Hs.547908 NR_024585 DLG5-AS1 - DLG5 antisense RNA 1 ncRNA 0.756 nan 0.966 2.771 0.070 0.116 5.261 0.143 0.366 2.174 1.103 0.762 0.221 0.014 0.062 0.495 0.728 0.443 2.434 1.298 0.467 0.055 0.077 0.102 0.155 1.961 1.340 0.066 2.023 1.316 1.746 4.561 1.194 0.774 0.958 1.090 0.048 0.087 0.077 0.810 0.145 4.765 2.902 1.225 1.960 0.485 1.681 0.448 0.343 1.064 2.701 3.116 0.495 3.513 1.730 0.155 1.133 0.494 0.107 1.109 0.090 1.954 0.058 0.110 1.360 0.280 0.262 0.345 0.295 0.363 0.810 0.268 0.393 0.780 0.290 0.204 0.213 0.292 0.466 0.525 nan 0.253 0.156 0.237 0.223 0.286 0.417 0.133 nan 0.362 0.313 11621 chr9 90006180 90025088 + 0 NA Intergenic Intergenic -96509 NM_001288731 1612 Hs.380277 NM_004938 ENSG00000196730 DAPK1 DAPK|ROCO3 death associated protein kinase 1 protein-coding 0.523 nan 0.610 1.355 0.074 0.009 0.097 0.097 0.186 0.102 0.062 0.048 0.039 0.181 0.037 0.061 0.265 0.081 0.073 0.010 0.137 0.007 0.217 0.154 0.114 0.088 0.044 0.016 0.140 0.011 0.085 0.089 0.365 0.444 0.100 0.069 0.030 0.046 0.090 0.019 0.008 0.132 0.041 0.058 0.075 0.211 0.911 0.137 1.182 0.059 0.121 0.517 0.061 0.069 0.015 0.114 0.052 0.140 0.016 0.048 0.042 0.146 0.039 0.032 0.030 0.008 0.218 0.167 7.800 nan 0.263 0.265 0.235 0.076 0.713 0.806 0.071 0.143 0.129 0.173 0.147 0.075 0.269 0.336 0.082 0.075 0.085 0.150 1.082 0.697 9954 chr6 137266385 137325216 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 18568 NR_027994 100294720 Hs.520412 NR_027994 ENSG00000225391 NHEG1 - neuroblastoma highly expressed 1 ncRNA 1.040 2.032 2.739 0.041 2.497 0.040 0.196 1.282 2.479 0.013 0.057 0.064 0.008 0.327 0.115 0.495 0.087 0.085 0.077 0.026 0.033 0.233 0.862 0.413 1.246 0.062 0.025 0.006 0.175 0.066 0.452 2.104 0.198 1.960 0.189 0.068 0.542 0.069 0.123 0.054 0.585 0.091 0.056 0.050 0.036 0.193 0.562 0.092 0.125 0.141 0.019 0.409 0.495 0.163 0.035 1.246 0.150 0.080 0.076 0.096 1.091 0.062 0.074 0.164 0.077 0.467 0.869 0.378 0.335 0.242 0.368 0.485 0.524 nan 6.565 0.248 0.257 0.801 1.057 1.367 1.423 0.880 0.668 0.194 0.265 2.243 2.565 0.264 nan 1.892 0.925 7982 chr3 168848775 168870674 + 0 NA intron (NM_001164000, intron 2 of 14) intron (NM_001164000, intron 2 of 14) 4369 NM_001105077 2122 Hs.744090 NM_004991 ENSG00000085276 MECOM AML1-EVI-1|EVI1|KMT8E|MDS1|MDS1-EVI1|PRDM3|RUSAT2 MDS1 and EVI1 complex locus protein-coding 1.710 1.270 1.234 10.860 0.338 0.025 1.239 0.241 0.563 0.009 0.295 1.585 0.223 0.105 0.121 0.264 0.961 0.191 0.574 0.318 0.211 0.380 0.284 0.309 0.360 0.047 0.010 0.146 1.071 0.765 0.262 0.505 1.012 0.527 0.665 0.084 0.082 0.183 0.097 0.388 0.033 0.215 0.928 0.484 1.005 0.382 1.007 1.061 0.071 1.491 0.727 0.069 0.264 0.297 1.870 0.360 0.875 0.062 0.004 0.252 0.142 1.198 0.094 0.561 0.985 0.039 0.012 0.424 0.279 1.329 1.398 0.779 1.036 0.318 0.218 0.514 0.524 0.380 0.675 nan 0.689 nan 0.439 0.217 0.396 0.812 0.580 0.440 0.957 1.086 0.723 2533 chr12 20971186 20986310 + 0 NA intron (NM_001349920, intron 1 of 13) AluSz|SINE|Alu 3271 NM_001349920 28234 Hs.504966 NM_019844 ENSG00000111700 SLCO1B3 HBLRR|LST-2|LST-3TM13|LST3|OATP-8|OATP1B3|OATP8|SLC21A8 solute carrier organic anion transporter family member 1B3 protein-coding nan nan nan 3.559 0.227 0.034 0.672 0.063 0.192 0.146 0.214 0.042 0.012 0.046 0.100 0.127 0.212 0.021 0.076 0.012 1.352 0.037 0.089 0.159 0.119 0.219 0.201 0.111 2.726 0.050 0.233 0.703 0.793 0.348 0.039 0.072 0.013 0.061 0.120 0.008 0.021 0.305 0.087 0.026 0.461 0.496 0.394 0.214 1.317 0.085 0.036 0.269 0.127 0.057 0.040 0.119 0.894 0.022 0.013 0.058 0.041 0.031 0.050 0.115 0.046 3.717 3.715 0.239 0.096 0.306 0.354 0.263 0.329 0.155 0.062 0.359 0.419 0.134 0.284 0.347 0.381 0.269 0.111 0.079 0.128 0.058 0.069 0.221 0.442 0.302 0.321 9187 chr5 134572981 134586765 + 0 NA intron (NR_037895, intron 2 of 3) intron (NR_037895, intron 2 of 3) 3994 NR_037895 340073 Hs.434422 NR_037895 ENSG00000249647 C5orf66-AS2 - C5orf66 antisense RNA 2 ncRNA 0.939 0.741 nan 0.162 0.108 0.073 4.894 0.206 0.401 0.118 1.254 2.220 0.014 0.029 0.156 1.115 0.363 0.035 0.944 1.398 0.027 0.010 0.081 0.049 0.095 4.277 3.355 0.098 0.843 1.604 0.221 0.921 0.534 0.375 0.551 1.436 0.014 0.071 0.109 2.565 0.035 3.506 1.824 1.134 2.821 0.686 0.453 4.861 0.623 0.951 3.004 0.741 1.115 0.589 5.478 0.095 0.641 0.059 0.028 0.492 0.037 1.520 0.063 0.229 2.633 0.787 0.879 0.282 0.238 0.284 0.546 0.312 0.321 0.442 0.228 0.323 0.301 0.322 0.785 0.291 0.341 0.584 0.403 0.206 0.151 0.112 0.117 0.406 1.148 0.222 0.258 7454 chr22 43798559 43811125 + 0 NA intron (NR_146918, intron 3 of 3) intron (NR_146918, intron 3 of 3) -3178 NM_001044370 758 Hs.159538 NM_001044370 ENSG00000186732 MPPED1 239AB|C22orf1|FAM1A metallophosphoesterase domain containing 1 protein-coding 0.883 nan 0.318 0.052 1.022 4.416 0.017 1.023 1.868 0.273 0.019 0.067 0.276 0.065 1.830 0.601 0.070 0.052 0.033 0.015 0.015 0.075 0.074 2.683 0.038 0.012 0.012 0.054 0.017 0.095 0.310 0.066 4.696 0.012 0.034 0.229 0.353 0.099 0.010 0.088 0.131 0.024 0.019 0.026 0.052 0.038 0.119 0.058 0.057 0.019 0.079 0.601 0.057 0.015 2.683 0.130 0.066 0.551 0.109 0.089 0.062 0.275 0.019 0.012 0.009 0.004 0.415 0.543 0.127 0.531 1.195 1.252 0.721 0.271 0.086 0.109 0.685 nan 0.765 0.797 nan 0.936 0.559 0.677 0.997 0.677 0.102 0.131 0.569 0.587 4434 chr16 70555699 70560421 + 0 NA promoter-TSS (NM_001195139) promoter-TSS (NM_001195139) 369 NM_012426 23450 Hs.514435 NM_012426 ENSG00000189091 SF3B3 RSE1|SAP130|SF3b130|STAF130 splicing factor 3b subunit 3 protein-coding 7.528 3.698 nan 4.568 7.809 3.333 4.641 3.296 5.823 3.465 6.031 5.734 0.526 2.922 2.028 5.798 4.033 0.272 6.647 2.721 5.734 2.905 1.961 1.016 3.695 4.492 5.409 2.216 4.794 1.294 2.611 4.939 2.980 6.158 4.589 5.004 0.823 3.026 0.220 3.413 2.248 8.099 9.853 4.090 3.297 2.608 5.147 4.449 3.387 5.390 2.612 4.378 5.798 6.214 6.734 3.695 1.928 2.104 2.502 4.580 4.104 4.192 1.394 2.094 3.067 2.598 2.032 8.638 6.313 7.275 10.326 9.156 9.608 8.384 6.289 17.321 18.722 4.274 5.954 7.725 14.242 15.125 13.465 5.738 7.250 5.389 6.908 9.355 7.514 5.174 2.998 10044 chr6 157613153 157641405 + 0 NA Intergenic Intergenic 118012 NM_018452 729515 Hs.157212 NM_018452 ENSG00000215712 TMEM242 BM033|C6orf35 transmembrane protein 242 protein-coding nan 1.527 1.091 0.115 2.035 3.207 0.083 1.043 2.134 0.020 0.171 0.209 0.007 0.061 1.587 0.979 0.114 0.057 0.147 0.047 0.020 0.015 0.393 0.269 1.821 0.150 0.090 0.018 0.075 0.019 0.114 nan 0.086 1.205 0.021 0.190 0.146 0.061 0.103 0.008 0.143 0.124 0.072 0.044 0.058 0.052 0.075 0.121 0.066 0.084 0.014 0.130 0.979 0.071 0.036 1.821 0.074 0.050 0.130 0.025 2.154 0.016 0.206 0.729 0.008 0.031 0.025 0.405 0.526 0.244 0.331 1.749 nan 2.274 0.754 0.330 0.351 0.297 0.497 1.750 2.056 0.904 0.546 0.334 0.430 0.810 0.708 1.388 nan 1.442 0.690 6038 chr2 40466333 40486308 + 0 NA intron (NM_001351488, intron 2 of 8) intron (NM_001351488, intron 2 of 8) 181124 NM_001112800 6546 Hs.31961 NM_021097 ENSG00000183023 SLC8A1 NCX1 solute carrier family 8 member A1 protein-coding 0.935 nan 1.079 0.124 1.153 0.586 0.142 1.701 3.155 0.062 0.120 0.125 0.011 0.036 1.423 0.973 0.484 0.080 0.100 0.103 0.051 0.691 0.494 2.253 0.031 0.018 0.291 0.068 0.042 0.173 nan 0.171 1.325 0.185 0.103 0.043 0.027 0.161 0.042 0.378 0.115 0.024 0.015 0.032 0.065 0.155 0.217 0.045 0.129 0.035 0.042 0.973 0.166 0.028 2.253 0.031 0.029 0.044 0.246 0.078 0.032 0.052 0.426 0.087 0.026 0.013 0.345 0.290 0.313 0.482 nan 2.173 5.511 3.468 0.289 0.259 1.584 1.693 2.013 3.651 0.512 0.319 0.127 0.296 0.540 0.459 0.669 nan nan 0.836 5965 chr2 25473938 25476093 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320893) promoter-TSS (NM_001320893) -15 NM_001320893 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 8.113 2.470 9.894 4.075 5.937 8.730 2.493 3.251 6.686 0.660 0.493 2.649 3.845 2.133 6.101 6.281 0.585 0.299 5.230 1.721 3.484 0.203 0.263 5.310 1.364 1.784 3.481 6.052 1.458 7.586 12.945 4.346 21.567 1.497 0.059 0.263 5.244 0.122 2.216 3.524 2.695 0.251 0.177 2.634 3.121 3.593 0.349 4.574 6.247 2.303 0.531 6.281 3.708 2.578 5.310 3.306 1.840 6.161 6.437 1.921 0.772 2.542 3.733 1.083 1.362 1.045 8.393 8.713 6.483 7.252 12.479 11.378 9.063 3.643 24.081 25.434 0.155 0.549 11.540 19.354 8.112 9.967 5.194 8.503 2.363 2.031 11.845 8.779 1.935 1.186 3348 chr13 111520818 111527663 + 0 NA Intergenic Intergenic -1585 NR_027701 283487 Hs.245390 NM_178514 ENSG00000255874 LINC00346 C13orf29|NCRNA00346 long intergenic non-protein coding RNA 346 ncRNA 1.177 nan 0.932 0.141 2.006 0.271 1.528 0.165 0.457 0.196 0.719 0.991 0.299 0.058 0.466 2.131 0.779 0.281 3.480 1.303 0.110 0.068 0.060 0.749 1.329 1.242 0.279 0.478 0.169 0.647 2.322 0.187 0.873 1.098 1.060 0.041 0.306 0.123 0.414 0.331 2.620 0.914 0.557 0.274 0.662 1.733 1.574 0.957 1.358 0.923 0.312 2.131 9.646 2.245 0.749 0.368 0.713 0.056 1.154 0.671 1.848 0.190 0.132 1.000 1.414 1.200 0.674 1.030 0.753 1.664 0.629 0.801 8.353 6.601 0.254 0.364 0.158 0.188 0.631 1.068 0.597 0.254 0.585 0.795 1.117 3.655 0.398 0.574 0.243 0.097 1908 chr11 40301430 40315894 + 0 NA intron (NM_001258419, intron 4 of 6) MIR3|SINE|MIR 6018 NR_047674 57689 Hs.745123 NM_020929 ENSG00000148948 LRRC4C NGL-1|NGL1 leucine rich repeat containing 4C protein-coding nan 1.178 0.675 0.164 0.061 0.767 0.044 0.331 0.336 0.006 0.091 0.045 0.051 0.021 0.191 0.097 0.082 0.134 0.094 0.017 0.179 0.087 0.260 0.227 0.041 0.005 0.015 0.080 0.070 0.007 0.101 0.091 0.068 4.171 0.047 0.053 1.440 0.450 0.097 0.098 0.016 0.128 0.117 0.062 0.045 0.032 0.060 0.422 0.073 0.146 0.038 0.019 0.097 0.040 0.019 0.041 0.009 0.011 0.013 0.044 0.315 0.093 0.055 0.188 0.309 0.012 0.018 1.081 1.767 1.615 3.036 0.158 0.229 0.702 0.433 0.122 0.108 0.336 0.555 1.169 1.398 0.198 0.105 0.147 0.186 5.150 4.251 0.264 nan 1.589 0.860 11439 chr9 8071077 8098692 + 0 NA Intergenic L1PA6|LINE|L1 -285078 NM_033428 90871 Hs.7517 NM_033428 ENSG00000137038 DMAC1 C9orf123|TMEM261 distal membrane arm assembly complex 1 protein-coding 0.671 2.304 0.731 0.032 0.192 3.388 0.065 0.186 0.283 0.011 0.037 0.007 0.009 0.007 0.620 1.366 0.082 0.122 0.096 0.034 0.007 0.015 0.267 0.197 0.834 0.005 0.013 0.008 0.047 0.004 0.061 0.037 0.051 0.402 0.026 0.042 0.258 0.016 0.071 0.022 0.179 0.053 0.017 0.009 0.008 0.039 0.039 0.141 0.027 0.013 0.028 0.010 1.366 0.064 0.007 0.834 0.009 0.018 0.035 0.012 0.261 0.017 0.224 0.058 0.011 0.023 0.017 0.240 0.129 0.482 1.156 1.403 1.259 2.537 0.837 0.105 0.106 0.854 1.208 0.526 0.695 0.537 0.424 0.190 0.300 1.144 1.195 0.219 nan 1.020 0.760 4291 chr16 22379316 22387918 + 0 NA intron (NM_001802, intron 1 of 4) intron (NM_001802, intron 1 of 4) 2321 NM_001802 1039 Hs.513430 NM_001802 ENSG00000140743 CDR2 CDR62|Yo cerebellar degeneration related protein 2 protein-coding 1.655 1.525 nan 6.660 1.107 0.647 1.670 0.428 0.941 1.353 2.969 1.622 3.572 0.873 0.636 0.815 1.147 0.148 1.913 0.659 1.304 0.145 0.460 0.318 1.445 2.206 1.852 0.854 3.121 0.867 1.718 2.902 1.416 3.347 0.409 1.233 0.232 0.707 0.124 0.329 0.499 1.916 0.898 0.535 2.281 1.284 2.192 0.618 2.120 1.421 4.135 2.693 0.815 2.909 1.890 1.445 0.653 1.245 0.202 1.439 0.905 1.333 0.351 0.652 0.731 0.341 0.130 1.144 1.035 0.980 1.930 1.206 1.080 3.579 1.208 2.658 2.757 1.129 1.757 3.050 4.334 1.179 1.026 0.735 2.035 1.178 1.642 1.050 1.725 1.429 0.976 6480 chr2 172008917 172018871 + 0 NA intron (NM_001136554, intron 1 of 20) intron (NM_001136554, intron 1 of 20) 3516 NM_012290 9874 Hs.744917 NM_012290 ENSG00000198586 TLK1 PKU-beta tousled like kinase 1 protein-coding 4.040 2.193 3.820 2.098 2.324 2.352 1.863 1.719 3.078 1.266 3.299 1.216 0.786 0.942 1.716 2.204 1.349 0.243 2.743 0.498 2.484 2.594 1.023 0.698 2.936 1.844 2.758 1.492 2.858 0.694 2.491 3.759 2.849 6.007 0.829 2.227 0.975 1.786 0.093 0.982 1.616 3.019 2.272 1.020 0.929 1.491 3.634 1.508 3.096 2.183 1.268 2.094 2.204 2.231 2.079 2.936 0.613 1.350 0.566 4.316 0.744 1.869 1.931 3.325 1.859 0.986 0.434 2.316 3.373 2.638 3.969 3.870 3.357 2.284 0.754 6.663 6.738 3.147 4.259 6.207 9.263 4.410 5.829 2.468 4.743 3.076 2.798 6.899 9.301 1.230 0.822 10912 chr8 38422589 38445828 + 0 NA Intergenic MER41A|LTR|ERV1 24567 NR_003129 286140 Hs.512071 NR_003129 RNF5P1 - ring finger protein 5 pseudogene 1 pseudo 0.647 1.834 nan 0.227 0.510 0.029 0.085 0.251 0.509 0.004 0.107 0.083 0.013 1.021 0.180 0.478 0.131 0.119 0.064 0.041 0.030 0.059 0.514 0.262 0.499 0.053 0.033 0.048 0.126 0.078 0.102 0.140 0.098 0.407 0.044 0.050 0.115 0.061 0.112 0.010 0.113 0.255 0.100 0.047 0.009 0.036 0.104 0.207 0.252 0.081 0.017 0.063 0.478 0.043 0.008 0.499 0.058 0.025 0.330 0.112 0.039 0.047 0.038 0.070 0.023 0.020 0.022 0.465 0.508 0.238 0.346 0.692 0.674 4.486 1.414 0.370 0.353 0.247 0.439 0.793 0.602 0.361 0.201 0.206 0.205 0.779 1.060 0.226 0.324 2.104 1.184 1098 chr1 211901536 211940180 + 0 NA 3' UTR (NM_014873, exon 8 of 8) 3' UTR (NM_014873, exon 8 of 8) 71754 NR_148994 91548 Hs.367839 NR_148994 LOC91548 - uncharacterized LOC91548 ncRNA 1.534 2.210 1.369 0.292 1.715 1.015 0.598 0.371 0.709 0.178 0.222 0.666 0.032 0.063 0.525 0.375 0.449 0.158 0.239 0.152 0.514 0.007 0.467 0.263 0.341 0.691 0.438 0.050 0.223 0.155 0.372 1.040 0.668 nan 0.547 1.338 0.160 0.064 0.122 0.131 0.115 0.367 0.067 0.050 0.214 0.290 0.336 0.182 0.868 0.171 1.103 0.645 0.375 0.285 0.489 0.341 0.259 0.392 0.375 0.374 0.236 0.309 0.144 1.328 0.112 0.155 0.125 0.727 1.114 3.268 6.121 1.197 1.259 nan 0.257 0.489 0.554 0.752 nan 2.861 2.521 0.779 0.541 0.249 0.313 1.179 1.627 1.658 4.785 1.021 0.760 1718 chr10 131748576 131763732 + 0 NA intron (NM_001005463, intron 5 of 15) intron (NM_001005463, intron 5 of 15) 5937 NM_001005463 253738 Hs.591374 NM_001005463 ENSG00000108001 EBF3 COE3|EBF-3|HADDS|O/E-2|OE-2 early B cell factor 3 protein-coding 2.425 0.510 2.009 0.033 0.041 0.632 0.055 3.771 7.822 0.019 0.046 0.030 0.033 0.053 1.800 0.069 0.011 0.056 0.012 0.103 0.049 2.185 0.028 0.010 0.049 0.014 0.048 0.063 0.089 3.429 0.039 0.039 0.169 0.062 0.063 0.008 2.756 0.092 0.024 0.016 0.007 0.035 0.019 0.054 0.135 0.060 0.026 0.048 1.800 0.070 0.073 2.185 0.022 0.903 0.434 0.007 0.042 0.014 0.123 0.015 0.015 0.003 1.104 0.962 0.103 0.080 0.593 0.521 0.089 0.040 0.496 0.428 1.294 2.067 0.108 0.148 0.384 0.408 0.163 0.228 1.001 0.713 0.610 0.454 1.014 0.554 2792 chr12 75939480 75958834 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -43739 NM_007043 11103 Hs.645517 NM_007043 ENSG00000111615 KRR1 HRB2|RIP-1 KRR1, small subunit processome component homolog protein-coding nan 0.999 0.620 0.475 0.174 0.026 0.217 0.220 0.408 0.064 0.093 0.520 0.208 0.098 0.142 0.369 0.450 0.298 0.343 0.088 0.075 0.014 0.254 0.166 0.265 0.086 0.048 0.166 0.186 0.247 0.229 0.957 0.302 2.179 0.217 0.095 0.074 0.074 0.072 0.263 0.099 0.061 0.050 0.041 0.152 0.087 0.270 0.315 0.213 0.290 0.052 0.157 0.369 0.239 0.355 0.265 0.145 0.064 0.086 0.273 0.175 0.040 0.074 0.142 0.197 0.052 0.032 0.357 0.272 0.613 2.215 0.616 0.653 0.413 0.131 0.244 0.266 4.013 3.766 nan 0.842 0.837 0.471 0.208 0.306 0.190 0.190 0.204 0.439 nan 0.848 8082 chr3 181896420 181900583 + 0 NA Intergenic Intergenic 228349 NR_104146 100996490 Hs.606987 NR_104146 ENSG00000242512 LINC01206 - long intergenic non-protein coding RNA 1206 ncRNA 0.975 1.547 0.743 0.293 0.172 0.121 0.205 0.512 0.632 0.075 0.024 8.397 0.047 0.086 0.259 0.144 0.202 0.092 0.031 0.313 0.177 0.332 0.050 0.086 0.148 0.050 1.465 3.487 1.668 1.160 0.384 0.053 0.023 0.342 0.092 0.596 0.066 0.044 0.018 0.309 0.093 0.145 0.186 0.257 0.069 0.023 0.047 0.259 0.414 0.332 0.166 0.036 0.084 0.038 0.149 0.162 0.041 0.025 0.356 0.355 0.671 1.144 0.522 0.420 3.619 1.336 0.089 0.133 0.922 1.535 0.890 0.964 0.692 0.351 0.172 0.401 0.258 0.279 0.165 0.298 0.617 0.593 6748 chr2 237606573 237644272 + 0 NA Intergenic Intergenic 147042 NM_020311 57007 Hs.471751 NM_020311 ENSG00000144476 ACKR3 CMKOR1|CXC-R7|CXCR-7|CXCR7|GPR159|RDC-1|RDC1 atypical chemokine receptor 3 protein-coding 1.156 nan 1.441 0.044 0.407 3.497 0.878 0.222 0.300 0.135 0.266 0.797 0.034 0.032 0.303 0.700 0.115 0.038 0.065 0.008 0.048 0.018 0.042 0.072 0.213 1.052 0.528 0.016 0.078 0.008 0.098 0.365 0.113 0.953 0.156 0.298 0.045 0.058 0.114 0.078 0.067 0.090 0.042 0.017 0.145 0.065 0.582 0.283 0.166 0.025 1.092 0.515 0.700 0.068 0.064 0.213 0.153 0.136 0.113 0.068 0.183 0.273 1.639 0.023 0.161 0.034 0.008 1.136 1.205 0.330 0.676 0.671 0.787 0.129 0.088 0.614 0.609 1.352 1.698 0.703 nan 1.021 0.709 0.986 1.152 0.118 0.099 0.220 0.326 0.139 0.244 11298 chr8 131004531 131014930 + 0 NA intron (NM_001353270, intron 1 of 12) intron (NM_001353270, intron 1 of 12) 10969 NR_049826 100847051 NR_049826 ENSG00000264653 MIR5194 mir-5194 microRNA 5194 ncRNA nan 0.920 0.945 1.943 0.231 0.531 7.102 0.309 0.550 2.063 3.569 2.691 0.262 0.106 0.230 0.553 0.591 0.204 1.463 0.888 5.441 0.171 0.061 0.097 0.350 3.874 3.283 0.733 1.838 2.300 2.876 5.195 5.290 0.749 3.188 5.569 0.027 0.094 0.054 1.430 0.113 1.749 0.570 0.451 1.811 5.303 5.918 0.735 4.995 0.751 1.818 4.396 0.553 4.040 4.884 0.350 0.694 3.710 0.177 0.515 0.493 1.775 0.038 0.276 2.666 0.238 0.121 0.322 0.335 0.345 0.509 0.586 0.557 0.852 0.204 nan 1.757 0.395 0.631 0.866 1.035 0.400 0.270 0.236 0.415 0.245 1.595 0.516 1.276 0.578 0.618 11187 chr8 104227705 104234785 + 0 NA intron (NM_024812, intron 2 of 2) intron (NM_024812, intron 2 of 2) -46877 NR_109954 100499183 Hs.654812 NR_034092 ENSG00000247081 BAALC-AS1 FZD6-DT|lncFZD6 BAALC antisense RNA 1 ncRNA 1.306 nan nan 0.031 0.209 0.024 0.236 0.338 0.494 0.027 0.154 0.143 0.026 0.091 0.113 0.143 0.315 0.113 0.119 0.161 0.009 0.667 0.164 0.239 0.039 0.077 0.021 0.115 0.059 0.094 0.410 0.092 0.583 0.208 0.061 0.226 0.123 0.050 0.111 0.052 0.068 0.022 0.046 0.043 0.243 0.256 0.006 0.040 0.033 0.085 0.143 0.101 0.239 0.068 0.035 0.069 0.023 4.190 0.022 0.389 0.179 0.023 0.016 0.015 0.453 0.487 0.179 0.501 0.672 0.574 12.452 3.491 0.343 0.257 0.637 nan 0.969 nan nan 0.218 0.564 0.711 0.998 1.175 0.395 nan 2.277 1.133 9849 chr6 111860866 111937861 + 0 NA TTS (NR_034110) TTS (NR_034110) -10800 NM_001164283 10758 Hs.561514 NM_147200 ENSG00000056972 TRAF3IP2 ACT1|C6orf2|C6orf4|C6orf5|C6orf6|CANDF8|CIKS|PSORS13 TRAF3 interacting protein 2 protein-coding nan 1.792 nan 0.376 1.541 3.125 0.628 1.054 2.118 0.145 0.878 1.517 0.210 0.111 3.782 1.805 1.661 0.250 0.495 0.256 0.437 0.106 0.773 0.479 3.036 0.661 0.449 0.089 0.452 0.118 0.397 0.962 0.300 6.302 0.260 1.286 0.351 0.188 0.121 0.354 0.439 0.367 0.238 0.157 0.362 0.356 0.769 0.374 0.447 0.464 0.188 0.307 1.805 0.479 0.768 3.036 0.209 0.218 0.573 0.177 0.912 0.526 0.910 0.392 0.517 0.091 0.049 1.043 1.181 1.062 2.516 3.862 nan nan 1.243 0.524 0.548 0.729 nan 0.720 0.777 1.286 1.151 0.706 1.228 1.110 1.228 0.737 nan 1.636 0.835 3003 chr12 120720781 120741519 + 0 NA Intergenic Intergenic -8974 NM_012240 23409 Hs.50861 NM_012240 ENSG00000089163 SIRT4 SIR2L4 sirtuin 4 protein-coding 1.603 1.318 1.414 1.239 1.316 0.788 1.556 0.514 0.992 0.686 1.424 0.918 1.596 0.472 1.437 1.041 0.843 0.334 1.162 0.512 0.935 0.902 0.744 0.438 1.245 0.994 1.130 0.440 1.126 0.820 1.903 3.364 1.198 3.015 0.677 1.484 0.271 1.842 0.176 0.581 0.463 1.204 1.161 0.563 0.683 0.852 1.274 1.241 1.888 1.388 1.237 1.424 1.041 1.583 1.410 1.245 0.991 1.691 0.350 1.826 0.777 0.815 0.748 0.531 0.613 0.961 0.692 2.474 2.628 2.171 3.223 2.860 2.871 nan 2.979 3.870 4.446 1.718 1.986 2.896 3.581 3.068 2.659 2.754 2.945 2.153 2.401 2.540 2.139 1.904 1.207 11518 chr9 33674534 33703546 + 0 NA Intergenic LTR45|LTR|ERV1 -11622 NR_023917 11191 Hs.493716 NR_023917 ENSG00000237984 PTENP1 PTEN-rs|PTEN2|PTENpg1|PTH2|psiPTEN phosphatase and tensin homolog pseudogene 1 pseudo 2.243 nan 1.172 0.092 0.690 0.359 0.076 0.360 0.773 0.098 0.183 0.364 0.015 0.062 0.487 0.942 0.121 0.111 0.117 0.034 0.165 0.249 3.725 1.950 2.317 0.057 0.067 0.275 0.090 0.022 0.291 0.556 0.093 1.160 0.020 0.242 1.384 0.236 0.091 0.102 2.634 0.203 0.143 0.048 0.053 0.047 0.083 0.193 0.516 0.322 0.114 0.150 0.942 0.071 0.080 2.317 0.135 0.108 0.328 0.414 0.459 0.057 0.236 1.432 0.073 0.040 0.015 0.549 0.551 0.230 0.310 1.955 2.048 4.840 2.193 0.639 0.641 0.347 0.527 0.881 1.088 4.320 4.032 0.513 0.739 4.442 4.666 1.753 3.452 4.519 2.268 11168 chr8 102367593 102392255 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -1197 NR_002182 83955 Hs.567608 NM_032031 ENSG00000228224 NACAP1 FKSG17 NACA pseudogene 1 pseudo 1.156 nan nan 0.555 1.568 1.573 4.035 0.785 1.504 1.174 0.634 1.629 1.788 0.438 1.271 0.661 0.280 0.163 1.306 0.754 0.753 0.045 0.445 0.346 3.289 1.649 1.335 0.520 0.792 0.864 1.410 3.780 2.488 4.532 1.518 1.535 0.679 0.039 0.080 0.541 0.228 0.435 0.215 0.141 0.838 0.994 3.482 0.937 1.487 0.101 1.928 3.316 0.661 1.421 1.205 3.289 1.486 2.758 0.044 0.462 1.592 1.125 0.088 0.120 1.454 0.047 0.020 0.271 0.224 0.511 1.000 2.966 3.147 nan 1.025 0.751 0.733 0.560 nan 5.920 nan nan 0.175 0.294 0.459 2.291 2.719 0.240 nan 1.881 1.083 6242 chr2 92267430 92270689 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 139900 NR_027714 440888 Hs.730239 NM_001032412 ACTR3BP2 FKSG73 ACTR3B pseudogene 2 pseudo 20.582 20.592 19.499 2.963 4.743 2.738 1.877 6.399 10.956 1.314 3.369 3.558 2.169 6.847 5.395 7.722 5.817 35.305 4.505 11.293 4.270 4.081 7.143 13.171 3.161 0.655 2.896 0.495 4.245 5.076 19.242 4.219 5.505 16.780 13.325 6.919 3.768 3.749 12.226 5.435 2.136 5.293 2.610 0.958 9.520 7.129 20.096 8.646 2.133 1.256 0.677 3.350 7.722 3.136 1.674 3.161 1.982 3.236 1.221 1.076 1.660 3.737 4.887 5.996 1.173 1.421 0.722 20.265 13.288 11.683 13.796 16.200 19.561 10.780 12.998 12.157 12.805 17.824 16.794 15.006 13.504 20.648 11.277 17.678 20.582 10.125 13.665 17.779 16.955 8.791 11.309 7830 chr3 129306186 129335116 + 0 NA intron (NM_015103, intron 1 of 35) intron (NM_015103, intron 1 of 35) 4931 NM_015103 23129 Hs.301685 NM_015103 ENSG00000004399 PLXND1 PLEXD1 plexin D1 protein-coding 1.687 nan 1.119 3.436 1.106 0.758 1.889 0.377 0.821 1.069 1.797 0.578 0.284 1.756 0.406 1.106 1.454 0.383 0.161 0.013 0.117 0.125 0.569 0.556 1.217 1.897 1.835 0.465 0.215 0.179 1.663 3.214 0.410 1.389 0.161 0.249 0.141 1.129 0.079 0.582 0.299 0.276 0.267 0.175 0.173 0.104 0.308 0.135 1.965 0.526 0.041 0.572 1.106 0.183 0.240 1.217 0.072 0.141 0.600 0.897 1.922 0.380 0.126 0.380 0.230 0.388 0.118 0.446 0.472 0.482 0.697 1.408 1.390 1.714 0.565 0.538 0.545 0.632 nan 4.625 4.558 0.981 0.674 0.362 0.498 0.458 0.494 0.928 1.689 1.106 0.734 9731 chr6 56402087 56422438 + 0 NA intron (NM_183380, intron 52 of 93) intron (NM_183380, intron 52 of 93) 95432 NM_015548 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 2.776 1.927 nan 0.474 0.693 0.671 0.599 0.287 0.748 0.132 0.436 0.295 0.395 0.256 0.965 4.294 1.020 0.143 0.572 0.130 0.396 0.116 1.043 0.593 0.141 0.433 0.202 0.106 0.327 0.222 0.155 0.417 0.456 1.435 0.187 0.595 0.295 0.579 0.140 0.290 0.744 0.329 0.364 0.276 0.289 0.106 0.493 0.334 0.312 0.906 0.806 0.268 4.294 0.773 0.385 0.141 0.133 0.179 0.153 0.363 1.012 0.273 0.297 1.817 0.452 0.741 0.710 1.045 1.192 3.758 3.713 1.573 1.500 4.221 1.682 0.660 0.805 1.816 2.413 2.426 3.281 2.233 1.946 0.616 1.192 1.434 1.893 3.461 5.536 1.676 1.004 2665 chr12 51155806 51184480 + 0 NA intron (NM_005171, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu 12354 NM_005171 466 Hs.648565 NM_005171 ENSG00000123268 ATF1 EWS-ATF1|FUS/ATF-1|TREB36 activating transcription factor 1 protein-coding nan 1.280 0.944 1.031 0.873 0.720 2.325 0.553 0.937 1.112 0.897 0.852 2.377 0.412 1.258 0.940 1.740 0.493 2.070 0.450 2.460 0.870 0.541 0.405 1.005 2.326 2.038 0.882 1.653 1.274 1.296 2.493 1.219 0.701 0.689 1.577 0.378 0.574 0.110 0.828 0.368 1.798 1.414 0.624 0.809 0.986 0.916 1.581 2.331 1.300 0.854 3.361 0.940 3.368 2.777 1.005 1.171 1.240 0.281 1.601 0.559 3.643 0.397 0.495 0.852 0.534 0.396 nan 1.126 1.226 1.917 2.363 nan 2.231 1.060 2.641 2.779 1.071 nan 1.353 nan 1.582 1.372 0.788 1.169 1.588 1.477 1.442 2.312 1.347 0.729 5018 chr17 75242428 75253478 + 0 NA Intergenic L1MDb|LINE|L1 -29539 NM_001113491 10801 Hs.440932 NM_006640 ENSG00000184640 SEPT9 AF17q25|MSF|MSF1|NAPB|PNUTL4|SINT1|SeptD1 septin 9 protein-coding 1.169 1.743 2.264 1.890 0.746 0.885 5.138 0.348 0.766 1.712 2.631 1.106 0.106 0.082 0.276 0.486 0.683 0.233 4.591 1.625 0.335 0.050 0.309 0.272 0.801 1.899 1.878 0.570 4.870 2.435 8.819 11.343 5.884 2.676 2.809 0.247 0.181 0.442 0.077 2.523 0.144 5.994 1.430 0.703 3.257 1.656 1.649 2.237 1.435 2.248 0.336 1.209 0.486 6.267 2.562 0.801 1.031 1.408 0.142 1.920 0.285 1.059 0.104 0.113 1.696 0.526 0.300 0.777 1.013 0.363 0.569 1.296 1.321 1.466 0.577 1.257 1.194 nan 0.891 1.369 1.589 1.459 1.452 0.697 0.864 0.585 0.809 0.459 0.615 nan 0.526 4609 chr17 16115782 16122305 + 0 NA promoter-TSS (NM_006311) promoter-TSS (NM_006311) -169 NM_006311 9611 Hs.462323 NM_006311 ENSG00000141027 NCOR1 N-CoR|N-CoR1|PPP1R109|TRAC1|hN-CoR nuclear receptor corepressor 1 protein-coding 4.843 2.346 3.214 2.069 2.367 1.492 1.905 1.415 3.232 1.405 3.531 2.231 1.370 1.286 1.940 2.687 1.235 0.246 3.424 1.146 3.610 1.489 1.055 0.812 4.284 1.125 1.131 1.380 2.652 0.663 4.214 5.754 3.862 3.972 1.947 3.805 0.526 1.579 0.057 1.100 1.992 6.165 4.298 2.239 2.157 2.283 2.834 3.149 5.291 5.393 1.603 2.523 2.687 3.908 7.532 4.284 2.180 1.908 1.402 6.528 7.508 5.402 1.109 2.406 1.818 2.843 1.494 5.644 5.518 5.456 nan 5.907 5.488 6.794 2.421 5.841 6.217 2.006 2.676 5.649 7.672 nan 8.120 2.039 4.021 2.542 2.464 6.439 6.608 1.686 0.746 7272 chr21 46344300 46354121 + 0 NA promoter-TSS (NM_001127491) promoter-TSS (NM_001127491) -422 NM_001127491 3689 Hs.375957 NM_000211 ENSG00000160255 ITGB2 CD18|LAD|LCAMB|LFA-1|MAC-1|MF17|MFI7 integrin subunit beta 2 protein-coding nan 0.567 0.863 1.483 0.113 0.119 6.756 0.130 0.308 2.870 2.464 0.273 1.515 0.061 0.045 0.166 1.013 0.067 4.402 1.485 4.514 0.057 0.048 0.082 0.085 3.518 3.747 0.113 6.623 3.894 1.752 3.447 3.722 1.045 1.966 0.209 0.010 0.209 0.053 2.428 0.033 7.018 1.068 0.488 7.972 3.920 1.921 0.361 1.583 0.732 0.490 2.384 0.166 3.592 0.844 0.085 0.598 1.652 0.109 1.011 0.102 1.037 0.081 0.012 3.427 1.190 0.584 0.275 0.262 0.670 1.834 0.561 0.503 nan 0.117 0.222 0.246 0.151 nan 0.242 0.149 0.654 0.549 0.419 0.490 0.413 0.400 0.133 0.257 0.503 0.503 1269 chr1 246371336 246385418 + 0 NA intron (NM_022743, intron 5 of 11) intron (NM_022743, intron 5 of 11) 202337 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.357 nan 0.092 8.039 4.265 0.715 0.274 0.783 0.228 1.037 0.013 1.141 0.069 0.344 0.186 0.159 0.194 0.257 0.013 0.020 2.423 1.632 3.310 0.069 0.031 0.099 0.115 0.253 0.069 0.310 0.099 14.815 0.239 0.251 0.256 0.085 0.139 0.135 0.085 0.103 0.013 0.022 0.078 0.027 0.078 0.397 0.127 0.096 0.123 0.204 0.344 0.095 0.059 3.310 0.253 0.059 0.062 0.050 3.277 0.699 0.317 0.134 0.076 0.016 0.011 0.986 1.266 0.316 0.637 5.679 5.745 10.599 3.101 0.448 0.460 0.513 0.735 3.736 4.409 0.472 0.259 0.506 0.768 1.789 1.647 0.447 0.709 1.799 1.075 9593 chr6 34752494 34761073 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3011 NM_017754 54887 Hs.700656 NM_017754 ENSG00000065060 UHRF1BP1 C6orf107|ICBP90|dJ349A12.1 UHRF1 binding protein 1 protein-coding nan 2.331 nan 1.440 3.085 1.576 2.997 1.051 2.085 0.212 1.585 1.486 0.389 0.735 1.801 2.286 1.836 0.394 2.540 0.898 0.811 1.176 0.975 0.581 3.524 1.087 1.078 0.647 1.068 0.810 2.930 4.179 1.851 4.195 0.659 0.766 0.653 1.811 0.140 0.393 2.109 1.224 1.181 0.634 0.671 1.081 1.401 2.158 1.428 2.897 2.542 1.265 2.286 4.399 1.569 3.524 0.749 1.162 0.816 1.744 1.374 1.167 1.068 1.161 0.229 0.481 0.214 3.375 4.159 2.407 nan nan 3.304 3.731 1.392 6.066 6.215 1.489 2.000 5.400 6.963 2.918 3.503 2.249 4.140 3.114 3.012 3.124 4.381 1.675 1.000 11069 chr8 79427039 79430744 + 0 NA intron (NM_181839, intron 1 of 2) intron (NM_181839, intron 1 of 2) 555 NM_006823 5569 Hs.433700 NM_006823 ENSG00000171033 PKIA PRKACN1 cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha protein-coding 7.236 2.310 3.030 0.850 4.623 4.116 0.077 2.639 4.743 1.330 3.042 1.069 1.012 3.141 3.582 1.165 0.172 2.140 1.230 0.220 0.374 1.263 0.709 5.360 0.261 0.158 1.476 0.294 1.391 2.452 4.402 0.133 10.973 1.187 0.962 1.134 1.280 0.054 1.341 1.518 1.169 0.114 0.127 1.087 0.578 0.495 2.101 0.547 4.946 0.986 0.037 3.582 1.889 0.074 5.360 1.695 0.606 0.816 0.814 3.452 0.100 0.456 2.011 1.455 0.093 0.153 4.931 5.902 5.874 6.556 16.679 14.841 9.744 5.687 6.404 7.729 5.691 6.805 4.024 6.616 8.108 9.720 2.597 4.540 6.099 5.811 8.256 7.640 6.190 3.526 1671 chr10 120837788 120841473 + 0 NA intron (NM_003750, intron 1 of 21) CpG 766 NM_003750 8661 Hs.523299 NM_003750 ENSG00000107581 EIF3A EIF3|EIF3S10|P167|TIF32|eIF3-p170|eIF3-theta|p180|p185 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A protein-coding nan 3.726 6.385 3.255 4.188 1.892 4.768 4.242 9.101 1.855 6.945 3.324 2.530 2.225 2.984 2.451 4.506 0.348 6.100 2.033 5.337 4.362 1.724 1.346 6.018 2.886 3.857 3.432 6.824 2.788 5.955 6.900 4.123 7.444 1.242 4.983 0.569 4.748 0.142 1.954 2.148 7.371 5.735 2.330 3.549 1.929 4.695 3.233 5.030 5.014 3.776 4.892 2.451 7.686 6.548 6.018 3.355 1.791 1.204 5.119 3.151 4.527 1.863 1.958 2.220 2.075 1.521 6.511 6.281 12.184 15.999 4.390 4.137 9.227 5.642 12.685 12.976 3.786 4.856 9.225 16.449 5.800 5.915 3.916 6.895 3.552 4.563 8.091 5.959 2.900 1.524 4242 chr16 12638905 12657135 + 0 NA intron (NM_032167, intron 20 of 20) intron (NM_032167, intron 20 of 20) -166158 NR_039869 100616195 NR_039869 ENSG00000264733 MIR4718 - microRNA 4718 ncRNA 0.945 0.624 nan 0.114 0.166 1.255 0.178 0.220 0.420 0.036 0.056 0.101 0.040 0.077 0.571 0.358 0.074 0.070 0.087 0.083 0.027 0.086 0.056 0.246 0.080 0.021 0.012 0.114 0.012 0.083 0.194 0.070 3.186 0.040 0.074 0.042 0.065 0.042 0.082 0.185 0.033 0.017 0.037 0.063 0.148 0.149 0.115 0.031 0.065 0.057 0.358 0.093 0.035 0.246 0.007 0.018 0.363 0.052 0.117 0.101 0.086 0.311 0.029 0.016 0.008 0.416 0.393 0.119 0.129 0.427 0.492 4.558 1.268 0.391 0.378 0.561 0.973 1.334 1.669 nan 0.616 0.362 0.366 0.216 0.382 0.486 0.993 0.974 0.743 8476 chr4 90977442 90986975 + 0 NA Intergenic Intergenic -66476 NM_001145065 401145 Hs.654735 NM_207491 ENSG00000184305 CCSER1 FAM190A coiled-coil serine rich protein 1 protein-coding 0.664 0.642 0.560 0.157 0.110 0.035 0.037 0.203 0.335 0.010 0.040 0.068 0.042 0.093 0.134 0.071 0.135 0.078 0.040 0.027 0.083 0.079 0.038 0.007 0.031 0.036 0.044 0.084 0.277 0.068 0.315 0.030 0.028 0.271 0.056 0.116 0.050 0.084 0.116 0.019 0.008 0.035 0.025 0.041 0.053 0.051 0.022 0.058 0.007 0.134 0.038 0.010 0.038 0.063 0.026 0.020 0.018 0.025 1.060 0.039 0.016 0.016 5.351 4.523 13.310 6.658 0.189 0.345 0.029 0.031 5.332 5.449 0.339 0.516 0.329 0.395 0.404 0.133 2.461 3.410 1.300 1.232 0.201 0.437 0.185 0.259 830 chr1 162624760 162648342 + 0 NA intron (NM_001354983, intron 2 of 17) intron (NM_001354983, intron 2 of 17) 34380 NM_001014796 4921 Hs.275757 NM_006182 ENSG00000162733 DDR2 MIG20a|NTRKR3|TKT|TYRO10 discoidin domain receptor tyrosine kinase 2 protein-coding 1.272 nan 1.267 0.134 0.101 0.046 0.462 0.120 0.280 0.452 0.099 0.199 0.034 0.123 0.173 0.296 1.138 0.184 0.261 0.130 0.074 0.030 0.173 0.189 0.192 0.309 0.092 0.072 0.170 0.188 0.065 0.163 0.113 0.342 0.195 0.143 0.005 0.038 0.127 0.185 0.329 0.180 0.048 0.043 0.232 0.107 0.106 0.187 0.062 0.082 0.193 0.228 0.296 0.094 0.194 0.192 0.076 0.143 0.053 0.103 0.082 0.412 0.097 0.322 0.042 0.031 0.020 0.436 0.286 0.392 0.481 0.497 nan 0.242 0.122 0.144 0.119 3.318 3.944 0.474 nan 0.480 0.319 0.342 0.453 0.091 0.127 0.518 1.241 0.599 0.577 7501 chr3 7244830 7250017 + 0 NA intron (NM_000844, intron 2 of 9) MARNA|DNA|TcMar-Mariner -311719 NR_131906 105376946 Hs.616038 NR_131906 ENSG00000237665 GRM7-AS2 - GRM7 antisense RNA 2 ncRNA 0.458 0.776 0.583 0.417 0.050 0.044 0.205 0.233 0.581 0.092 0.550 0.020 0.035 0.049 0.422 0.031 0.041 0.027 0.121 0.015 0.078 0.119 0.042 0.039 0.040 0.078 0.028 0.013 0.262 0.087 0.070 0.055 0.064 0.051 0.068 0.015 0.035 0.030 0.104 0.019 0.676 0.047 0.542 0.044 0.049 0.042 0.078 0.032 0.022 0.079 0.015 3.859 0.023 0.014 0.013 2.406 2.208 13.563 6.653 0.352 0.418 0.372 0.085 1.386 1.600 0.139 0.215 0.305 0.195 0.318 0.094 3.751 4.283 0.365 0.581 0.120 0.391 0.427 0.421 10694 chr7 138718475 138731896 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -4410 NM_080660 92092 Hs.512833 NM_080660 ENSG00000146858 ZC3HAV1L C7orf39 zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 like protein-coding nan nan nan 1.079 1.758 1.032 0.634 0.853 1.854 0.334 1.203 0.970 0.098 0.835 0.782 0.609 0.199 0.100 0.924 0.269 0.624 0.309 1.845 0.964 3.159 0.687 0.647 0.738 1.303 0.347 0.744 1.682 1.361 1.611 0.487 2.147 1.154 1.551 0.153 0.404 0.597 1.566 0.664 0.423 0.747 0.589 1.715 0.584 1.892 0.863 0.663 1.530 0.609 0.415 0.806 3.159 0.694 1.004 0.538 2.325 1.024 0.584 0.627 0.762 0.484 0.554 0.285 1.554 1.668 1.075 1.661 2.428 2.105 8.237 3.663 2.903 2.900 1.052 nan 3.133 4.486 nan 0.889 1.689 2.260 5.110 5.142 2.005 2.313 2.056 nan 1101 chr1 212083370 212108163 + 0 NA Intergenic Intergenic 91463 NR_135820 102723727 Hs.147656 NR_135818 ENSG00000229258 LOC102723727 - uncharacterized LOC102723727 ncRNA 1.247 1.984 1.646 0.293 0.717 0.768 0.301 0.442 0.842 0.070 0.170 0.275 0.013 0.080 0.444 0.920 0.173 0.104 0.158 0.069 0.135 0.017 0.627 0.404 0.835 1.626 0.810 0.057 0.258 0.258 0.884 4.000 1.618 nan 0.231 2.307 1.512 0.030 0.132 0.185 0.131 0.119 0.056 0.059 1.075 0.500 0.541 0.148 4.814 0.040 1.737 3.894 0.920 0.087 0.041 0.835 1.510 1.713 0.173 0.070 0.739 0.201 0.052 0.151 0.040 0.053 0.076 0.563 0.764 0.540 0.995 1.161 1.320 nan 0.799 0.607 0.673 0.339 nan 2.239 2.218 0.455 0.273 0.135 0.174 3.468 4.012 0.425 0.674 1.459 0.788 11927 chrX 21941339 21978633 + 0 NA intron (NM_004595, intron 1 of 10) AluSg|SINE|Alu 1295 NM_001258423 6611 Hs.724874 NM_004595 ENSG00000102172 SMS MRSR|SPMSY|SRS|SpS spermine synthase protein-coding 0.987 1.234 0.747 0.797 0.759 0.063 0.707 0.534 1.049 0.520 0.726 1.278 0.063 0.064 0.136 0.518 0.682 0.179 1.083 0.438 0.928 0.074 0.303 0.211 1.471 0.668 0.557 0.460 0.831 0.420 0.075 0.248 0.369 0.711 0.339 0.772 0.066 2.083 0.090 0.257 0.475 3.822 1.842 0.917 0.597 0.581 0.532 0.700 0.599 1.454 0.160 0.511 0.518 1.215 0.799 1.471 0.157 0.274 0.047 0.865 0.174 0.866 0.144 0.293 0.509 0.639 0.668 0.317 0.362 0.719 1.398 2.017 1.832 1.130 0.425 0.429 0.427 0.701 1.022 0.636 1.108 1.196 1.136 0.392 0.595 0.421 0.419 0.731 0.928 0.671 0.459 1165 chr1 226185220 226191520 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -1304 NM_152608 163859 Hs.520192 NM_152608 ENSG00000143751 SDE2 C1orf55|dJ671D7.1 SDE2 telomere maintenance homolog protein-coding 3.606 nan 3.651 2.091 3.969 1.733 1.284 3.021 4.908 0.570 1.538 1.915 1.259 0.661 2.311 3.503 1.359 0.170 1.366 0.504 0.946 1.603 4.668 1.730 4.182 1.393 1.190 0.724 1.138 0.931 2.050 3.485 1.429 4.830 0.652 4.268 0.672 2.306 0.111 0.450 0.793 1.614 1.655 0.760 1.533 0.557 1.246 1.183 1.916 1.471 2.516 1.447 3.503 1.899 1.611 4.182 1.052 0.934 1.331 1.581 3.097 1.591 2.162 0.895 0.462 0.484 0.349 7.806 10.285 5.919 7.966 5.002 nan 7.397 4.676 8.862 9.889 3.035 3.727 5.712 7.993 2.665 2.804 1.845 3.196 5.271 5.226 3.765 6.094 4.572 2.468 6471 chr2 169312064 169335419 + 0 NA intron (NM_203463, intron 1 of 9) intron (NM_203463, intron 1 of 9) 10982 NM_001256126 253782 Hs.506829 NM_203463 ENSG00000172292 CERS6 CERS5|LASS6 ceramide synthase 6 protein-coding 1.600 1.275 nan 0.509 0.904 0.541 0.470 0.600 0.836 0.203 0.281 0.308 0.262 0.214 0.565 0.913 0.565 0.158 0.709 0.169 0.307 0.172 0.431 0.342 1.029 0.343 0.245 0.339 0.373 0.145 0.780 2.235 0.687 2.695 0.339 0.348 0.144 0.435 0.084 0.187 0.510 0.409 0.349 0.239 0.283 0.246 0.363 0.264 0.704 0.574 0.260 0.833 0.913 0.444 0.404 1.029 0.110 0.765 0.302 0.805 0.256 0.186 0.878 0.449 0.316 0.096 0.018 1.419 1.784 1.733 2.437 1.234 0.949 1.062 0.435 2.464 2.327 1.350 1.755 0.825 1.098 1.369 1.501 1.295 2.961 0.729 0.534 1.624 3.921 0.554 0.490 9063 chr5 92410449 92417171 + 0 NA Intergenic Intergenic 493239 NR_109825 441094 Hs.457407 NR_015369 ENSG00000237187 NR2F1-AS1 - NR2F1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.200 1.080 3.800 0.079 0.026 2.346 0.167 0.248 1.442 0.660 1.634 1.154 0.137 0.079 0.113 0.373 0.145 1.607 0.678 3.963 0.703 0.091 0.074 1.479 0.894 0.076 2.729 3.956 0.872 1.219 1.571 0.344 2.303 0.128 0.283 0.145 0.153 0.861 0.012 0.946 0.518 0.336 3.212 1.099 1.893 0.149 0.527 0.282 0.584 0.457 0.113 0.754 6.819 0.293 0.085 0.030 0.422 0.346 1.124 0.015 0.350 2.285 4.010 5.121 0.193 0.169 0.280 0.448 0.220 0.336 0.226 0.072 0.098 0.072 0.512 0.934 0.382 0.254 0.522 0.664 0.117 0.173 1.086 0.810 0.212 nan 0.237 0.277 3940 chr15 46085442 46098899 + 0 NA intron (NR_135680, intron 1 of 4) L1MC4a|LINE|L1 94777 NR_135680 105370802 Hs.447522 NR_135680 ENSG00000259200 LOC105370802 - uncharacterized LOC105370802 ncRNA 0.819 1.084 nan 0.051 1.735 0.169 0.074 0.441 0.903 0.014 0.063 0.056 0.012 0.400 0.363 0.417 0.072 0.060 0.070 0.028 0.024 0.011 0.719 0.615 1.335 0.025 0.016 0.011 0.055 0.095 0.145 0.063 1.006 0.011 0.105 1.235 0.082 0.045 0.146 0.041 0.014 0.012 0.025 0.042 0.079 0.149 0.067 0.053 0.035 0.069 0.417 0.106 0.028 1.335 0.063 0.025 0.408 0.023 0.451 0.029 0.191 0.121 0.023 0.017 0.023 0.536 0.392 0.412 0.336 1.782 1.630 7.342 2.292 0.691 0.763 0.160 nan 0.873 1.027 0.955 0.561 0.330 0.356 4.762 5.204 0.419 0.740 1.814 1.185 335 chr1 43931289 43944401 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -18185 NM_001243526 81888 Hs.709864 NM_031207 ENSG00000178922 HYI HT036 hydroxypyruvate isomerase (putative) protein-coding nan 0.896 nan 2.385 0.081 0.207 2.519 0.131 0.246 0.084 2.477 3.430 0.030 0.022 0.089 0.409 0.529 0.123 0.370 0.541 2.204 0.053 0.083 0.185 0.155 1.112 0.599 1.915 2.501 2.858 0.272 1.043 0.092 0.404 0.991 0.440 0.015 0.050 0.084 0.732 0.047 11.081 5.960 2.123 2.274 0.774 0.464 1.986 0.379 1.264 0.229 0.260 0.409 0.554 0.494 0.155 0.132 0.395 0.067 4.789 0.046 1.613 0.078 0.319 3.396 6.193 6.440 0.372 0.349 1.403 7.452 0.515 0.520 0.394 0.125 0.148 0.148 0.216 nan nan 1.472 0.686 0.489 0.310 nan 0.083 0.183 0.442 0.891 0.633 0.487 10938 chr8 48642852 48652623 + 0 NA intron (NM_001080394, intron 19 of 19) intron (NM_001080394, intron 19 of 19) 2989 NM_005195 1052 Hs.440829 NM_005195 ENSG00000221869 CEBPD C/EBP-delta|CELF|CRP3|NF-IL6-beta CCAAT enhancer binding protein delta protein-coding 3.161 nan 2.280 1.366 4.351 3.156 1.574 1.625 2.902 1.370 5.184 1.402 1.855 0.833 1.819 1.752 2.329 0.264 3.404 0.943 3.633 0.470 1.445 0.652 5.256 3.237 4.766 2.060 5.322 1.055 4.563 5.997 3.416 5.371 1.169 1.700 0.864 2.753 0.120 0.929 2.860 2.885 4.590 1.826 3.144 1.632 1.146 1.677 5.129 4.509 4.021 2.498 1.752 2.672 3.341 5.256 1.828 1.042 0.099 3.934 3.464 2.296 0.142 0.264 0.934 0.690 0.642 0.523 0.520 3.913 6.921 8.220 7.065 2.834 0.857 3.780 3.674 1.026 1.528 4.157 7.854 1.052 1.090 0.464 0.813 3.734 2.313 0.584 0.675 2.226 1.427 3531 chr14 50098106 50110000 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2105 NM_001083908 55172 Hs.231761 NM_018139 ENSG00000165506 DNAAF2 C14orf104|CILD10|KTU|PF13 dynein axonemal assembly factor 2 protein-coding nan nan 2.299 2.438 3.648 2.292 1.334 1.402 2.299 0.769 1.619 1.559 0.742 0.997 3.821 2.890 1.068 0.309 2.583 0.718 2.630 0.723 1.042 0.820 2.075 2.055 2.330 0.668 2.970 0.920 2.721 3.064 2.785 4.387 1.493 1.873 0.680 2.222 0.135 1.002 2.093 1.927 2.907 1.337 1.932 1.239 2.435 1.707 2.259 2.964 1.554 1.867 2.890 4.093 2.772 2.075 1.359 1.215 0.711 3.910 1.991 2.541 1.066 1.404 1.402 0.846 0.510 2.718 2.834 1.898 3.128 3.322 3.039 6.370 2.064 5.812 6.031 2.110 2.686 3.777 6.260 5.739 7.714 1.941 3.509 4.572 3.490 3.592 3.866 nan 2.028 9374 chr5 180228794 180246293 + 0 NA promoter-TSS (NM_001114618) promoter-TSS (NM_001114618) -406 NM_001114617 4245 Hs.519818 NM_002406 ENSG00000131446 MGAT1 GLCNAC-TI|GLCT1|GLYT1|GNT-1|GNT-I|GnTI|MGAT mannosyl (alpha-1,3-)-glycoprotein beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase protein-coding 1.973 2.059 2.952 1.647 1.538 1.398 1.223 0.549 1.079 0.785 1.744 1.005 1.635 1.096 2.292 0.604 1.110 0.110 1.327 0.595 1.686 1.069 0.984 0.493 1.753 1.515 1.508 1.232 1.849 1.086 3.645 5.775 3.911 4.659 0.774 1.268 0.400 2.208 0.133 1.126 0.819 1.838 2.381 1.108 1.242 0.940 1.603 1.912 2.163 2.799 1.133 1.249 0.604 1.466 1.451 1.753 0.972 0.965 0.501 1.930 1.467 0.925 1.007 1.483 1.153 1.193 0.784 1.477 1.696 2.012 2.882 2.370 2.324 2.208 1.056 2.015 2.058 1.557 2.234 2.580 3.055 1.735 1.514 1.139 1.601 1.774 1.729 1.814 3.906 1.030 0.581 11173 chr8 103086808 103099742 + 0 NA intron (NM_001040624, intron 1 of 7) MER5A|DNA|hAT-Charlie 43287 NM_001040624 83988 Hs.492427 NM_032041 ENSG00000104490 NCALD - neurocalcin delta protein-coding 1.124 nan nan 0.050 4.818 0.050 0.072 5.878 10.867 0.030 0.106 0.043 0.078 0.258 0.733 0.097 0.087 0.173 0.015 0.041 0.011 0.894 0.479 3.010 0.051 0.008 0.011 0.079 0.017 0.050 0.383 0.100 1.094 0.079 0.060 1.132 0.033 0.065 0.009 0.117 0.092 0.032 0.018 0.017 0.077 0.208 0.214 0.023 0.066 0.012 0.062 0.733 0.138 0.022 3.010 0.029 0.065 0.023 0.032 0.110 0.037 0.053 0.019 0.012 0.022 0.012 0.272 0.228 0.169 0.236 2.057 2.429 7.095 4.022 0.329 0.385 0.286 nan 5.671 nan nan 0.131 0.154 0.237 3.913 3.455 0.147 nan 2.447 1.109 10345 chr7 46821482 46828810 + 0 NA Intergenic Intergenic -88426 NR_134575 730338 Hs.640207 NR_134575 ENSG00000233539 LOC730338 - uncharacterized LOC730338 ncRNA 0.819 1.269 nan 3.054 0.106 0.030 1.755 0.087 0.179 0.234 0.380 0.902 0.017 0.082 0.084 0.157 0.460 0.105 2.472 1.058 0.809 0.064 0.160 0.009 2.806 2.093 0.010 4.019 1.271 2.148 5.973 2.459 0.263 2.113 0.044 0.012 0.133 0.155 1.415 0.033 0.220 0.182 0.117 2.402 1.472 0.538 3.129 0.142 0.089 0.204 1.128 0.157 0.698 5.681 0.009 0.819 0.439 0.013 0.024 0.028 0.951 0.040 0.059 1.575 0.016 0.021 0.417 0.242 0.361 1.012 0.149 0.237 0.086 0.050 0.107 0.165 0.380 0.465 0.156 0.144 0.357 0.131 0.149 0.212 0.046 0.069 0.168 0.271 0.399 0.362 9914 chr6 129917118 129931818 + 0 NA intron (NM_033515, intron 10 of 14) L1PB2|LINE|L1 106902 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.895 0.962 0.693 0.188 0.142 0.011 0.110 0.131 0.247 0.006 0.194 0.517 0.013 0.045 0.066 0.463 0.918 0.102 0.057 0.052 0.811 0.013 0.394 0.241 0.033 0.210 0.059 0.005 0.075 0.043 0.224 0.456 0.207 0.319 0.317 0.899 0.015 0.129 0.055 0.145 0.069 0.033 0.021 0.030 0.049 0.169 0.068 0.160 0.153 0.097 0.028 0.463 0.034 0.212 0.033 0.042 0.020 0.053 0.066 0.192 0.119 0.379 0.160 0.130 0.047 0.059 0.814 0.985 0.471 0.783 0.216 0.228 9.729 3.285 0.854 1.025 0.485 0.699 0.316 0.363 1.507 1.563 0.294 0.578 4.871 6.556 0.353 0.699 1.497 0.618 9778 chr6 77998955 78012302 + 0 NA Intergenic L1MA8|LINE|L1 168111 NM_000863 3351 Hs.123016 NM_000863 ENSG00000135312 HTR1B 5-HT-1B|5-HT-1D-beta|5-HT1B|5-HT1DB|HTR1D2|HTR1DB|S12 5-hydroxytryptamine receptor 1B protein-coding nan nan 0.540 0.610 0.065 0.025 1.049 0.085 0.144 0.043 0.369 0.607 0.219 0.026 0.040 0.096 0.586 0.191 0.261 0.100 5.632 0.021 0.081 0.087 0.072 0.926 0.682 0.183 0.471 0.632 0.144 0.183 0.254 0.265 0.481 1.393 0.014 0.874 0.133 0.629 0.030 2.019 0.351 0.135 0.432 0.254 0.072 0.179 0.220 0.160 0.095 0.094 0.096 0.203 2.892 0.072 0.083 0.067 0.028 2.130 0.046 0.883 0.037 0.019 0.246 1.782 1.663 0.307 0.196 0.690 2.074 0.158 0.250 0.145 0.070 0.178 0.223 0.237 0.359 0.133 0.135 0.308 0.067 0.137 0.216 0.044 0.071 0.084 0.125 0.092 0.130 7691 chr3 96648712 96654391 + 0 NA intron (NM_001080448, intron 2 of 17) MER87B|LTR|ERV1 118126 NM_001278301 285220 Hs.272208 NM_173655 ENSG00000080224 EPHA6 EHK-2|EHK2|EK12|EPA6|HEK12|PRO57066 EPH receptor A6 protein-coding 0.762 0.908 0.665 0.026 0.078 0.010 0.100 0.170 0.306 0.053 0.016 0.033 0.034 0.095 0.133 0.065 0.305 0.075 0.083 0.133 0.126 0.012 0.052 0.036 0.018 0.057 0.102 0.049 0.150 0.026 0.029 0.017 0.019 0.064 0.014 0.113 0.021 0.020 0.237 0.087 0.014 0.014 0.069 0.133 0.036 0.019 0.126 0.021 0.017 0.020 0.035 0.014 0.035 0.525 0.014 0.010 0.231 0.244 0.118 0.191 0.202 0.178 0.496 0.043 0.333 0.367 0.684 1.040 0.214 0.216 11.494 9.317 0.083 0.197 0.126 0.081 0.550 0.953 0.528 0.446 7685 chr3 89145039 89167791 + 0 NA promoter-TSS (NM_005233) promoter-TSS (NM_005233) -259 NM_005233 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.690 0.520 0.577 0.038 0.024 0.041 0.035 0.080 0.013 0.038 0.790 0.027 0.461 0.024 0.141 0.047 0.021 0.200 0.033 0.022 0.420 0.145 0.069 0.158 0.003 0.003 0.003 0.128 0.042 0.299 0.733 0.074 0.391 0.192 0.743 0.008 0.077 0.125 0.057 0.028 0.057 0.011 0.027 0.024 0.017 0.060 0.070 0.018 0.065 0.489 0.024 0.141 0.043 0.016 0.158 0.018 0.004 0.115 0.410 0.034 0.030 0.051 0.030 0.010 0.011 0.275 0.177 1.024 1.011 0.254 0.278 0.712 0.265 0.418 0.348 3.862 4.844 0.136 0.146 0.381 0.198 0.058 0.096 0.054 0.063 0.294 0.586 0.628 0.402 11999 chrX 153188456 153200560 + 0 NA TTS (NM_001256120) TTS (NM_001256120) -2794 NM_001666 393 Hs.701324 NM_001666 ENSG00000089820 ARHGAP4 C1|RGC1|RhoGAP4|SrGAP4|p115 Rho GTPase activating protein 4 protein-coding 2.530 2.783 2.500 2.191 1.726 2.639 1.552 2.965 5.765 0.407 2.149 0.722 0.981 3.181 3.761 3.284 0.554 0.132 0.952 0.188 1.976 1.190 0.908 0.583 2.857 0.703 0.708 0.830 2.226 0.747 1.831 2.895 0.785 5.816 0.446 2.974 0.534 1.560 0.050 0.432 1.905 2.383 1.408 0.607 0.594 0.943 1.477 1.193 1.701 2.843 0.536 0.918 3.284 0.759 0.539 2.857 0.414 1.225 0.695 5.024 1.807 1.123 2.830 0.905 2.490 1.241 0.803 4.494 6.984 2.609 2.909 5.026 4.607 3.756 1.313 3.944 4.166 1.174 1.667 4.473 4.487 3.145 3.500 1.817 4.135 1.593 1.840 1.608 2.927 1.467 0.679 11139 chr8 98034846 98067918 + 0 NA intron (NM_016134, intron 6 of 7) intron (NM_016134, intron 6 of 7) 238794 NM_033512 85453 Hs.173094 NM_033512 ENSG00000180543 TSPYL5 - TSPY like 5 protein-coding nan 2.552 4.273 0.061 0.170 0.025 0.124 0.184 0.307 0.020 0.139 0.033 0.032 0.085 0.149 0.209 0.240 0.160 0.070 0.017 0.021 0.008 0.066 0.105 0.362 0.038 0.022 0.011 0.096 0.006 0.058 0.161 0.094 0.535 0.040 0.057 0.054 0.068 0.094 0.018 0.058 0.086 0.042 0.035 0.023 0.028 0.102 0.133 0.059 0.043 0.014 0.061 0.209 0.054 0.032 0.362 0.041 0.085 0.030 0.030 0.046 0.091 0.063 2.429 0.025 0.057 0.011 0.235 0.136 0.235 nan 0.412 0.591 1.127 0.487 0.264 0.234 0.242 0.388 0.717 0.714 0.427 0.227 0.161 0.234 0.158 0.208 3.560 8.620 0.284 0.363 5756 chr19 47742313 47762051 + 0 NA Intergenic Intergenic -7549 NM_015603 26093 Hs.227782 NM_015603 ENSG00000105321 CCDC9 - coiled-coil domain containing 9 protein-coding 1.969 1.654 1.672 1.284 0.997 0.689 0.978 0.618 1.538 0.952 1.972 1.509 0.688 0.337 0.889 1.429 1.160 0.271 1.474 0.678 0.871 1.008 0.841 0.405 0.959 0.538 0.491 1.394 1.079 0.449 1.295 nan 1.386 2.103 0.602 0.572 0.296 2.472 0.207 0.340 0.345 2.186 1.206 0.521 0.597 0.348 1.487 0.855 2.238 1.533 1.063 0.597 1.429 3.207 1.060 0.959 0.508 0.659 0.371 1.637 0.864 0.725 0.215 0.461 0.755 0.627 0.461 0.902 1.129 1.303 2.707 1.521 1.432 4.353 1.908 3.701 4.044 1.425 2.058 3.195 4.154 1.900 1.574 0.925 0.848 1.509 1.947 1.195 2.718 1.699 0.986 3533 chr14 50315399 50337018 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -5576 NR_145670 378707 NR_145670 ENSG00000278771 RN7SL3 7L30.2|RN7SL631P|RNSRP3 RNA, 7SL, cytoplasmic 3 scRNA nan nan 1.946 2.153 1.996 1.030 1.188 0.778 1.315 0.594 1.036 1.591 1.145 0.404 1.252 1.313 1.420 0.202 1.350 0.499 1.944 0.546 0.493 0.397 1.119 2.302 1.788 0.318 2.081 0.912 2.248 3.167 2.452 4.127 1.128 1.412 0.490 1.733 0.146 1.077 0.643 1.313 1.052 0.594 1.171 0.876 2.110 1.694 1.548 1.444 1.007 1.231 1.313 1.835 2.635 1.119 0.786 0.956 0.329 1.806 0.982 1.965 0.686 0.659 1.273 0.786 0.538 1.585 1.776 2.060 2.975 2.444 2.139 3.553 1.323 4.211 4.467 1.786 2.107 2.559 3.440 3.443 3.030 1.124 2.051 2.832 3.227 1.418 2.806 nan 1.125 4856 chr17 49121061 49126874 + 0 NA exon (NM_001251971, exon 1 of 27) exon (NM_001251971, exon 1 of 27) 362 NM_001251971 9043 Hs.463439 NM_003971 ENSG00000008294 SPAG9 CT89|HLC-6|HLC4|HLC6|JIP-4|JIP4|JLP|PHET|PIG6 sperm associated antigen 9 protein-coding 3.761 1.397 nan 0.212 0.599 0.059 0.145 0.911 1.562 0.033 0.247 0.205 0.038 0.034 0.063 1.186 0.400 0.111 0.265 0.011 3.135 1.974 2.096 0.120 0.077 0.100 0.110 0.054 0.123 nan 0.089 0.414 0.077 0.130 1.002 0.284 0.166 0.102 3.124 0.047 0.019 0.027 0.055 0.079 0.293 0.125 0.146 0.250 0.027 0.147 1.186 0.154 0.095 2.096 0.099 0.056 0.472 0.024 0.157 0.109 0.222 2.784 0.059 0.018 4.541 5.222 3.079 3.365 2.001 nan 4.871 2.047 0.570 0.716 5.847 7.012 2.967 nan 14.146 14.285 0.407 0.516 6.099 6.759 7.209 9.008 4.379 1.982 440 chr1 66749695 66767557 + 0 NA intron (NM_001037341, intron 7 of 16) intron (NM_001037341, intron 7 of 16) -39165 NM_001037339 5142 Hs.198072 NM_002600 ENSG00000184588 PDE4B DPDE4|PDEIVB phosphodiesterase 4B protein-coding 1.145 0.792 nan 0.387 0.084 0.047 0.736 0.194 0.356 0.148 1.106 0.685 0.012 0.781 0.140 0.387 0.240 0.090 0.166 0.296 0.436 0.041 0.080 0.118 0.109 0.535 0.228 0.234 0.128 0.100 0.144 0.680 0.117 0.377 0.458 1.575 0.005 0.055 0.097 0.232 0.071 0.467 0.184 0.065 0.177 0.115 0.126 0.665 1.718 0.213 0.584 2.910 0.387 0.060 0.078 0.109 0.311 3.004 0.049 0.250 0.680 0.277 0.066 0.188 0.380 0.016 0.006 0.339 0.233 4.446 2.710 0.300 0.398 0.148 0.085 0.237 0.261 nan nan 0.455 nan 0.136 0.079 0.196 0.322 0.040 0.051 0.443 0.851 0.680 0.615 11489 chr9 21982690 21998051 + 0 NA intron (NM_058195, intron 1 of 2) intron (NM_058195, intron 1 of 2) 4120 NM_058195 1029 Hs.512599 NM_000077 ENSG00000147889 CDKN2A ARF|CDK4I|CDKN2|CMM2|INK4|INK4A|MLM|MTS-1|MTS1|P14|P14ARF|P16|P16-INK4A|P16INK4|P16INK4A|P19|P19ARF|TP16 cyclin dependent kinase inhibitor 2A protein-coding 3.229 8.233 nan 3.526 3.673 5.477 2.925 2.517 4.759 0.015 0.693 1.154 0.304 5.691 2.734 3.234 0.169 3.190 1.126 1.533 1.112 2.825 1.470 3.725 0.013 0.682 1.890 0.503 0.005 0.003 7.416 0.912 0.003 1.059 2.199 0.116 3.409 1.444 1.976 0.939 1.138 1.586 1.803 0.006 2.012 1.017 2.734 3.437 1.733 3.725 0.570 1.062 1.387 1.054 2.770 0.996 2.240 0.004 2.312 2.936 4.838 8.079 8.164 7.300 6.835 3.914 3.785 3.757 5.082 5.903 4.006 6.665 6.597 6.721 3.376 7.225 4.558 4.743 2.386 2.133 5.046 2.979 9881 chr6 122866444 122876969 + 0 NA intron (NM_001270393, intron 3 of 7) HAL1|LINE|L1 -59671 NM_032471 5570 Hs.741340 NM_032471 ENSG00000135549 PKIB PRKACN2 cAMP-dependent protein kinase inhibitor beta protein-coding 0.932 1.013 0.846 0.047 0.310 0.021 0.013 0.217 0.514 0.028 0.029 0.069 0.012 0.084 0.227 0.193 0.113 0.091 0.101 0.018 0.048 0.013 0.701 0.368 1.209 0.007 0.026 0.154 0.330 0.108 0.297 0.041 0.025 0.273 0.061 0.130 0.022 0.128 0.035 0.041 0.036 0.082 0.077 0.031 0.150 0.058 0.193 0.061 0.018 1.209 0.046 0.055 0.175 0.005 0.941 0.015 0.037 0.094 0.016 0.011 0.418 0.250 0.221 0.206 1.706 2.321 8.365 2.644 0.208 0.170 0.206 0.322 0.396 0.410 0.819 0.601 0.141 0.200 1.362 1.326 0.320 0.818 1.373 0.675 2525 chr12 18608127 18637482 + 0 NA intron (NM_004570, intron 17 of 31) intron (NM_004570, intron 17 of 31) 208330 NM_004570 5288 Hs.22500 NM_004570 ENSG00000139144 PIK3C2G PI3K-C2-gamma|PI3K-C2GAMMA phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase catalytic subunit type 2 gamma protein-coding 0.722 0.665 1.057 0.128 0.224 0.097 0.046 0.148 0.303 0.003 0.203 0.060 0.022 0.020 0.109 0.168 0.258 0.044 0.158 0.091 0.028 0.431 0.134 0.181 0.045 0.019 0.010 0.005 0.185 0.032 0.090 0.158 0.103 0.304 0.059 0.042 0.016 0.032 0.132 0.024 0.379 0.034 0.029 0.016 0.260 0.056 0.073 0.190 0.036 0.062 0.019 0.111 0.168 0.104 0.019 0.045 0.084 0.028 0.010 0.042 0.017 0.049 0.037 0.156 0.008 0.016 0.014 0.256 0.179 0.237 0.320 nan 0.456 3.940 1.297 0.354 0.316 0.669 1.124 0.345 0.396 0.431 0.234 0.103 0.174 0.030 0.062 0.304 0.675 0.403 0.317 9716 chr6 52854637 52861532 + 0 NA intron (NM_001512, intron 2 of 6) L1MC3|LINE|L1 2094 NM_001512 2941 Hs.485557 NM_001512 ENSG00000170899 GSTA4 GSTA4-4|GTA4 glutathione S-transferase alpha 4 protein-coding 4.951 2.655 nan 0.557 1.967 2.409 1.660 0.932 2.118 0.291 1.070 2.252 0.842 0.361 1.734 2.254 2.366 0.327 1.280 0.442 1.045 1.850 2.092 1.292 2.801 1.427 0.829 0.203 0.640 0.258 1.617 2.813 4.998 6.225 0.964 0.846 1.139 2.683 0.125 0.806 1.275 0.869 0.831 0.509 0.751 0.754 0.830 1.711 1.275 1.907 1.827 1.378 2.254 1.477 1.187 2.801 0.782 1.168 0.664 1.284 2.159 1.259 1.618 2.391 0.826 0.685 0.531 8.521 11.834 9.516 7.535 6.289 5.647 7.811 4.017 5.754 6.642 3.785 4.275 9.069 10.408 6.782 7.560 3.750 5.828 5.540 6.494 5.651 5.821 4.175 2.127 11719 chr9 114243300 114247529 + 0 NA intron (NM_001080398, intron 3 of 50) CpG 1611 NM_001080398 23392 Hs.368255 NM_001080398 ENSG00000136813 ECPAS ECM29|KIAA0368 Ecm29 proteasome adaptor and scaffold protein-coding 5.527 3.678 nan 3.713 8.881 4.585 5.623 3.054 5.117 1.646 6.999 2.785 3.603 1.277 3.960 5.848 2.709 0.226 6.243 0.896 3.513 2.132 2.673 1.307 8.357 3.063 4.878 3.515 7.366 0.896 7.026 8.195 5.431 10.759 1.105 6.267 1.109 3.734 0.095 0.886 2.594 7.186 5.794 2.419 1.493 2.591 4.628 3.488 6.975 9.215 2.169 4.971 5.848 7.310 4.189 8.357 1.569 3.118 1.488 7.059 4.971 3.831 1.232 2.494 1.881 2.207 1.372 2.770 2.842 7.127 9.992 11.098 9.253 4.104 1.788 20.721 19.953 2.441 3.138 10.837 20.093 16.827 20.876 1.839 5.258 6.906 5.062 9.830 5.900 nan 2.708 10729 chr7 148523941 148558127 + 0 NA intron (NM_001203249, intron 3 of 18) intron (NM_001203249, intron 3 of 18) 39567 NM_001203249 2146 Hs.444082 NM_004456 ENSG00000106462 EZH2 ENX-1|ENX1|EZH2b|KMT6|KMT6A|WVS|WVS2 enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit protein-coding 1.161 0.737 0.956 0.188 0.167 0.088 0.089 0.220 0.384 0.017 0.200 0.246 0.029 0.058 0.140 0.128 0.221 0.103 0.248 0.094 0.037 0.020 0.302 0.234 0.260 0.144 0.056 0.069 0.133 0.015 0.102 0.216 0.341 0.348 0.043 0.175 0.044 0.200 0.171 0.028 0.146 0.138 0.032 0.032 0.080 0.104 0.284 0.149 0.169 0.188 0.042 0.147 0.128 0.142 0.142 0.260 0.032 0.085 0.060 0.073 0.065 0.143 0.331 0.752 0.046 0.030 0.018 0.660 0.581 0.735 0.766 0.487 0.606 0.410 0.209 1.649 1.612 0.752 0.889 0.466 0.418 0.958 0.450 0.496 0.863 0.176 0.247 1.149 3.303 0.685 nan 1898 chr11 35159723 35174183 + 0 NA intron (NM_001001392, intron 1 of 3) intron (NM_001001392, intron 1 of 3) 6536 NM_001202556 960 Hs.502328 NM_000610 ENSG00000026508 CD44 CDW44|CSPG8|ECMR-III|HCELL|HUTCH-I|IN|LHR|MC56|MDU2|MDU3|MIC4|Pgp1 CD44 molecule (Indian blood group) protein-coding 1.304 2.904 nan 4.046 0.290 1.663 3.072 0.122 0.294 0.985 2.148 1.718 0.043 0.027 0.105 0.661 0.659 0.102 1.262 0.772 0.954 0.034 0.153 0.148 0.025 1.802 1.982 0.081 2.066 1.131 0.873 2.443 2.114 1.486 0.647 0.362 0.277 0.060 0.097 1.054 0.027 7.925 4.516 2.016 0.975 0.384 4.847 3.480 2.152 3.155 0.983 1.465 0.661 0.762 1.907 0.025 0.735 0.623 0.027 1.247 0.047 1.896 0.062 0.087 1.965 1.900 2.098 0.448 0.170 0.587 1.846 0.286 0.250 0.387 0.050 0.625 0.539 0.794 1.093 0.222 0.220 0.530 0.320 0.221 0.352 1.347 1.238 0.388 nan 1.880 1.167 1044 chr1 204164366 204173248 + 0 NA intron (NM_198447, intron 3 of 4) intron (NM_198447, intron 3 of 4) -3188 NM_002256 3814 Hs.95008 NM_002256 ENSG00000170498 KISS1 HH13|KiSS-1 KiSS-1 metastasis suppressor protein-coding 1.041 0.766 1.047 0.775 0.128 0.038 1.357 0.273 0.496 0.045 0.182 0.113 0.028 0.012 0.181 0.437 0.152 0.220 0.486 0.300 0.624 0.031 0.036 0.158 0.270 0.225 0.106 0.487 0.382 1.536 0.245 0.888 0.430 0.396 0.263 0.096 0.032 0.097 0.081 0.198 0.072 5.187 6.811 3.034 1.737 0.275 1.313 0.270 0.247 0.178 0.009 0.330 0.437 0.905 0.042 0.270 0.482 0.178 0.086 0.962 0.058 0.071 0.097 0.110 0.189 1.932 0.786 0.772 0.842 0.680 1.489 0.773 0.906 0.593 0.259 nan nan 0.704 1.269 0.335 0.441 0.484 0.276 0.320 0.383 0.067 0.096 0.365 0.807 0.960 0.685 4668 chr17 27223412 27230069 + 0 NA intron (NM_144683, intron 4 of 4) AluSx|SINE|Alu -1986 NM_001330170 2319 Hs.514038 NM_004475 ENSG00000132589 FLOT2 ECS-1|ECS1|ESA|ESA1|M17S1 flotillin 2 protein-coding nan nan nan 2.118 2.196 2.332 1.508 2.792 5.311 1.396 3.021 0.576 0.306 0.784 2.549 2.510 1.679 0.284 2.667 0.708 1.099 0.980 0.825 0.405 4.635 1.442 1.149 1.984 1.257 0.742 3.311 5.658 2.159 7.139 0.791 1.745 0.315 4.006 0.171 0.744 2.099 4.475 4.128 2.450 1.309 0.298 1.707 0.937 3.391 2.208 2.093 2.261 2.510 2.827 1.760 4.635 1.843 1.513 0.657 3.865 2.691 0.922 2.941 2.037 0.806 0.807 0.354 4.551 5.535 4.140 6.714 6.011 5.578 5.156 2.001 4.158 3.933 2.726 3.774 7.051 12.085 7.699 8.538 3.831 7.416 1.974 1.477 3.422 nan 2.620 1.416 3513 chr14 38008954 38037847 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 40925 NM_004496 3169 Hs.163484 NM_004496 ENSG00000129514 FOXA1 HNF3A|TCF3A forkhead box A1 protein-coding 1.170 4.216 1.095 0.270 0.180 0.046 0.137 0.113 0.191 0.017 0.156 0.297 1.158 0.079 0.462 0.119 0.119 0.178 0.193 0.046 0.031 0.077 0.162 0.094 0.110 0.261 0.100 0.013 0.137 0.091 2.956 6.253 4.598 0.635 0.202 1.353 0.338 0.139 0.121 0.069 0.104 0.041 0.025 0.013 0.090 0.183 0.663 0.080 0.287 0.037 0.544 1.240 0.119 0.245 0.141 0.110 0.212 1.150 0.017 0.040 0.179 0.217 0.058 0.124 0.034 0.010 0.009 0.207 0.152 0.219 0.381 0.307 0.403 0.782 0.248 0.202 0.249 0.773 1.045 0.412 0.474 0.714 0.324 0.131 0.250 1.383 1.483 0.236 0.453 0.596 0.538 5737 chr19 46070923 46090448 + 0 NA intron (NM_025136, intron 1 of 1) intron (NM_025136, intron 1 of 1) 7437 NM_001017989 80207 Hs.466945 NM_025136 ENSG00000125741 OPA3 MGA3 OPA3, outer mitochondrial membrane lipid metabolism regulator protein-coding 1.672 1.093 1.439 2.257 0.634 0.718 2.122 0.514 1.150 1.893 1.364 0.792 0.108 0.440 0.849 0.841 0.629 0.255 1.704 1.032 1.341 0.186 0.306 0.256 0.603 0.786 0.654 0.273 1.101 0.556 0.755 nan 0.819 1.505 0.734 0.466 0.161 1.133 0.139 1.387 0.374 1.231 0.624 0.299 0.703 0.447 2.313 0.522 2.951 4.770 1.650 0.878 0.841 2.228 0.285 0.603 0.496 0.862 0.329 0.940 0.463 0.589 0.413 0.515 0.865 0.822 0.564 1.017 1.069 1.271 1.935 1.440 1.457 1.960 0.828 2.885 3.105 1.395 1.715 1.737 2.239 1.024 0.768 0.713 0.964 0.955 1.100 1.013 2.353 1.383 0.859 8258 chr4 8533279 8542491 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -44079 NR_045511 27201 Hs.740355 NM_080819 ENSG00000155269 GPR78 - G protein-coupled receptor 78 protein-coding 0.498 1.828 nan 1.400 0.087 1.270 4.081 0.053 0.108 1.017 0.755 0.080 3.412 0.022 0.055 0.155 0.138 0.087 4.811 4.585 0.041 0.015 0.096 0.161 0.106 1.622 0.952 0.047 2.939 2.583 1.561 4.392 2.418 4.114 3.526 0.072 0.010 0.071 0.054 0.863 0.078 1.140 0.267 0.256 1.615 3.396 1.930 0.196 0.106 0.123 0.866 1.550 0.155 6.786 3.484 0.106 0.875 2.690 0.032 0.119 0.033 0.705 0.107 0.013 0.109 0.150 0.089 0.295 0.216 1.008 2.496 0.277 0.218 nan 0.084 0.183 0.232 0.064 0.175 0.272 0.181 0.347 0.312 0.415 0.379 0.040 0.088 0.033 0.134 nan 0.484 4029 chr15 68901743 68935376 + 0 NA intron (NM_001190456, intron 1 of 11) intron (NM_001190456, intron 1 of 11) -5768 NM_001190457 10391 Hs.551213 NM_006091 ENSG00000103647 CORO2B CLIPINC coronin 2B protein-coding 1.262 1.697 nan 0.058 0.194 1.081 0.146 0.583 1.273 0.012 0.133 0.134 0.011 0.104 1.195 1.677 0.277 0.057 0.060 0.045 0.051 0.025 0.234 0.171 0.363 0.043 0.026 0.059 0.048 0.009 0.091 0.276 0.067 3.549 0.035 0.089 0.141 0.050 0.090 0.035 0.379 0.154 0.038 0.028 0.023 0.023 0.048 0.170 0.126 0.217 0.028 0.114 1.677 0.071 0.022 0.363 0.090 0.039 0.491 0.102 0.336 0.165 0.817 0.813 0.050 0.034 0.021 1.071 1.705 0.249 0.323 1.471 1.215 nan 0.366 0.290 0.322 1.210 1.541 0.558 0.702 2.577 2.218 0.936 1.369 0.729 0.835 1.085 2.397 0.761 0.552 91 chr1 11967380 11970588 + 0 NA Intergenic Intergenic 17501 NM_138346 90231 Hs.520094 NM_138346 ENSG00000116685 KIAA2013 - KIAA2013 protein-coding 6.049 5.006 6.422 4.486 15.516 8.526 2.696 3.609 5.749 1.625 4.798 3.012 4.937 2.309 9.958 5.946 4.458 1.408 3.704 1.560 2.947 5.711 1.671 1.153 2.237 2.649 3.208 2.420 3.164 1.812 8.215 12.490 3.837 17.990 3.468 4.509 0.684 7.894 0.363 1.760 1.751 5.629 3.603 1.553 2.752 2.247 3.113 4.903 4.926 5.384 3.306 3.018 5.946 4.438 5.468 2.237 3.128 3.531 1.613 4.272 2.052 3.460 3.588 3.587 2.702 4.523 4.322 12.374 12.992 7.607 11.679 23.012 19.166 9.726 11.415 18.769 20.394 7.023 nan 17.364 17.830 14.860 16.096 10.056 11.439 6.569 6.178 13.735 11.881 4.577 2.776 2137 chr11 81559397 81569328 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 37516 NR_036186 100422823 NR_036186 ENSG00000264110 MIR4300 - microRNA 4300 ncRNA 0.689 0.659 0.675 0.036 0.027 0.022 0.071 0.114 0.176 0.009 0.047 0.046 0.006 0.041 0.081 0.283 0.080 0.064 0.055 0.019 0.047 0.165 0.036 0.007 0.007 0.044 0.035 0.010 0.106 0.058 0.036 0.321 0.029 0.043 2.074 0.032 0.106 0.012 0.096 0.075 0.036 0.008 0.066 0.008 0.066 0.121 0.025 0.016 0.020 0.283 0.056 0.036 0.027 0.012 0.071 0.016 0.090 0.074 0.023 0.012 0.470 0.324 0.193 0.173 0.174 0.239 0.198 0.073 0.587 0.450 1.941 1.674 0.304 0.371 0.409 0.127 0.159 0.142 6.575 5.456 0.124 0.313 0.460 0.508 7933 chr3 154999198 155006282 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu 8749 NM_001352129 100507537 Hs.518341 NM_001352129 ENSG00000240045 DWORF - DWARF open reading frame protein-coding nan 1.567 0.983 0.977 1.296 0.032 0.521 0.045 0.240 0.333 0.077 0.104 1.355 0.014 0.075 0.164 0.313 0.227 0.587 0.106 0.009 0.178 0.194 0.102 0.115 0.071 0.073 0.467 1.634 0.489 2.969 7.739 0.282 1.464 0.045 0.015 0.067 0.050 0.042 0.099 0.017 0.044 0.016 0.558 0.307 0.289 0.023 0.102 0.011 0.095 0.164 0.601 0.035 0.102 0.381 0.139 0.106 0.028 0.123 0.084 0.069 0.085 0.016 0.029 0.379 0.250 0.549 1.202 0.360 0.443 0.228 0.161 0.260 0.272 0.160 nan 0.730 0.717 0.520 0.332 0.148 0.288 0.042 0.043 0.220 0.506 0.161 0.360 4116 chr15 85985822 86048605 + 0 NA intron (NM_007200, intron 1 of 36) intron (NM_007200, intron 1 of 36) 93366 NM_006738 11214 Hs.459211 NM_006738 ENSG00000170776 AKAP13 AKAP-13|AKAP-Lbc|ARHGEF13|BRX|HA-3|Ht31|LBC|PRKA13|PROTO-LB|PROTO-LBC|c-lbc|p47 A-kinase anchoring protein 13 protein-coding 1.008 nan 1.003 0.218 0.158 0.057 0.394 0.205 0.457 0.141 0.172 0.386 0.647 0.118 0.085 0.283 0.335 0.143 0.504 0.172 0.148 0.068 0.108 0.152 0.255 0.763 0.411 0.086 0.246 0.191 0.600 1.796 0.199 0.388 0.403 0.247 0.218 0.066 0.078 0.139 0.156 0.134 0.084 0.065 0.343 0.150 0.275 0.225 0.366 0.155 0.104 0.565 0.283 0.577 1.134 0.255 0.288 0.311 0.157 0.065 0.178 0.139 0.893 0.309 0.112 0.465 0.524 0.621 0.615 0.687 1.294 0.306 0.371 0.512 0.134 0.209 0.173 0.525 0.838 0.601 0.816 0.763 0.420 0.713 0.903 0.631 0.894 1.447 3.914 0.604 0.389 467 chr1 77787249 77822727 + 0 NA intron (NM_012093, intron 5 of 13) intron (NM_012093, intron 5 of 13) 56701 NM_012093 26289 Hs.559718 NM_012093 ENSG00000154027 AK5 AK6 adenylate kinase 5 protein-coding nan 0.825 2.153 0.101 0.179 0.022 0.419 0.141 0.229 0.027 0.394 0.442 0.014 0.033 0.050 0.167 0.184 0.157 0.306 0.188 0.057 0.023 0.434 0.290 0.101 0.298 0.158 0.034 0.223 0.106 0.109 0.389 0.102 0.317 0.158 0.912 0.391 0.064 0.115 0.070 0.256 0.120 0.043 0.022 0.199 0.045 0.281 0.706 0.215 0.062 0.367 0.383 0.167 0.178 0.056 0.101 0.157 0.136 0.542 0.030 0.124 0.096 0.051 0.253 0.170 0.233 0.243 0.302 0.243 0.526 0.947 0.430 nan 1.464 0.293 0.257 0.317 3.947 nan 0.702 0.738 1.040 0.730 0.146 0.214 1.209 1.803 0.451 0.779 0.655 0.552 9088 chr5 95971942 96000810 + 0 NA Intergenic Intergenic -11365 NM_001042442 831 Hs.436186 NM_001750 ENSG00000153113 CAST BS-17|PLACK calpastatin protein-coding nan 1.701 1.287 2.028 0.274 0.342 1.933 0.189 0.464 1.525 0.868 0.817 2.825 0.206 0.567 0.258 0.509 0.150 1.337 0.544 0.619 0.220 0.198 0.109 0.154 1.254 1.089 0.312 1.695 1.092 0.949 2.674 2.750 1.475 1.235 5.512 0.279 0.411 0.115 0.698 0.074 0.839 0.390 0.229 0.639 0.663 2.589 0.733 1.907 1.007 0.942 1.974 0.258 2.194 1.802 0.154 0.662 2.897 0.061 0.543 0.352 0.860 0.031 0.086 0.960 0.433 0.228 0.231 0.149 1.837 5.281 0.518 0.372 0.531 0.158 0.489 0.487 0.394 0.690 0.499 0.719 0.520 0.326 0.102 0.161 1.202 1.359 0.244 nan 0.428 0.346 7146 chr21 22448381 22487556 + 0 NA intron (NM_001352595, intron 1 of 14) intron (NM_001352595, intron 1 of 14) -51454 NM_001352597 4685 Hs.473450 NM_004540 ENSG00000154654 NCAM2 NCAM21 neural cell adhesion molecule 2 protein-coding 0.679 0.713 0.718 0.049 0.074 0.132 0.024 0.094 0.182 0.005 0.047 0.130 0.013 0.015 0.045 0.130 0.065 0.068 0.067 0.014 0.010 0.018 0.085 0.073 0.064 0.009 0.006 0.039 0.051 0.008 0.045 0.051 0.070 0.377 0.037 1.508 0.708 0.032 0.085 0.012 0.014 0.023 0.009 0.014 0.036 0.025 0.057 0.098 0.017 0.015 0.024 0.033 0.130 0.022 0.012 0.064 0.003 0.025 0.015 0.018 0.022 0.010 0.020 0.133 0.022 0.012 0.013 0.407 0.311 0.236 0.354 0.291 0.367 0.259 0.117 0.125 0.107 3.315 3.477 0.218 0.296 0.781 0.322 0.091 0.148 2.342 2.943 0.267 nan 0.329 0.325 8001 chr3 171170077 171180706 + 0 NA intron (NM_001161561, intron 1 of 31) intron (NM_001161561, intron 1 of 31) 2806 NM_001161564 23043 Hs.34024 NM_015028 ENSG00000154310 TNIK MRT54 TRAF2 and NCK interacting kinase protein-coding 1.637 3.125 0.974 1.425 0.977 0.916 0.738 0.923 1.655 0.027 1.341 1.257 0.069 0.123 1.698 1.162 1.923 0.364 1.493 0.533 0.160 0.403 0.413 0.377 0.225 0.280 0.190 0.257 0.556 0.324 1.021 1.635 1.983 1.901 0.639 0.134 0.132 0.098 0.315 2.707 0.442 0.284 0.183 0.030 0.066 2.425 0.190 0.574 2.356 0.875 1.000 1.162 0.785 0.686 0.225 0.184 0.101 0.366 0.381 0.076 1.635 0.996 0.464 0.595 0.022 0.024 0.939 1.358 1.817 2.169 2.432 1.986 1.060 0.287 0.843 0.886 4.661 5.908 1.383 2.008 5.830 6.037 1.150 2.327 0.060 0.182 0.454 0.832 1.378 0.937 11198 chr8 107148135 107175020 + 0 NA Intergenic Intergenic -88846 NR_125796 102723356 Hs.571413 NR_125796 ZFPM2-AS1 - ZFPM2 antisense RNA 1 ncRNA 1.069 nan nan 0.046 0.183 0.032 0.153 0.132 0.265 0.014 0.119 0.229 0.014 0.052 0.066 0.248 0.469 0.168 0.157 0.056 0.033 0.025 0.077 0.104 0.603 0.041 0.028 0.036 0.094 0.044 0.128 0.234 0.118 0.711 0.075 0.101 0.021 0.012 0.100 0.009 0.115 0.048 0.031 0.011 0.032 0.029 0.097 0.134 0.062 0.059 0.123 0.057 0.248 0.082 0.096 0.603 0.022 0.034 0.079 0.025 0.053 0.024 0.048 0.103 0.028 0.017 0.008 0.384 0.240 0.250 0.337 0.309 0.411 nan 0.142 0.529 0.543 7.035 nan 1.084 nan nan 0.159 0.177 0.268 0.061 0.107 0.355 nan 0.527 0.507 11177 chr8 103627597 103630900 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie 36944 NR_103760 7071 Hs.435001 NM_005655 ENSG00000155090 KLF10 EGR-alpha|EGRA|TIEG|TIEG1 Kruppel like factor 10 protein-coding 1.180 nan nan 0.022 1.043 0.519 0.094 0.147 0.731 0.288 0.266 0.942 8.627 0.118 0.128 0.534 0.671 0.290 0.544 0.114 0.096 0.142 0.189 0.580 1.523 1.051 0.046 0.063 0.130 0.654 2.755 1.413 1.572 0.388 0.383 0.201 0.132 0.107 0.035 0.024 0.057 0.091 0.048 0.295 0.602 3.228 0.241 2.953 0.133 0.308 3.564 0.534 1.496 0.027 0.580 0.223 1.577 0.035 1.122 0.471 0.030 0.114 0.091 0.031 0.015 0.318 0.287 0.596 1.445 1.033 1.223 nan 0.504 1.072 1.053 0.255 nan 1.508 nan nan 0.133 0.266 0.460 0.848 0.939 0.395 nan 1.274 0.931 9579 chr6 33747153 33766263 + 0 NA exon (NM_181336, exon 1 of 9) exon (NM_181336, exon 1 of 9) 198 NM_001348710 221496 Hs.444845 NM_181336 ENSG00000161904 LEMD2 CTRCT42|NET25|dJ482C21.1 LEM domain containing 2 protein-coding nan 1.894 nan 1.109 1.280 4.522 1.073 0.443 0.981 0.490 1.457 0.769 0.148 0.415 1.194 2.013 0.621 0.109 1.502 0.416 2.400 0.406 0.403 0.175 1.824 0.596 0.688 0.416 0.539 0.220 1.187 1.392 2.110 2.111 0.641 0.547 0.227 0.562 0.110 0.629 0.554 3.431 1.785 0.755 0.234 0.558 0.933 2.026 0.699 2.286 1.572 0.463 2.013 2.632 0.818 1.824 0.410 0.529 0.330 1.951 0.715 1.221 0.213 0.844 0.366 1.751 1.397 1.384 1.510 1.378 nan nan 2.557 1.918 1.036 2.178 2.077 0.864 1.400 3.369 4.312 1.654 1.629 0.905 1.367 0.985 1.259 1.387 2.157 1.320 0.759 563 chr1 107597557 107602303 + 0 NA exon (NM_018137, exon 1 of 1) exon (NM_018137, exon 1 of 1) 663 NM_018137 55170 Hs.26006 NM_018137 ENSG00000198890 PRMT6 HRMT1L6 protein arginine methyltransferase 6 protein-coding 6.389 nan nan 3.765 3.409 4.414 1.303 1.857 3.571 1.095 1.147 1.568 0.639 3.328 1.141 4.649 1.152 0.272 2.313 1.320 1.884 1.136 1.718 0.984 3.477 1.078 0.990 0.663 1.587 0.579 1.948 3.331 1.221 11.551 2.101 1.484 0.644 2.532 0.069 0.820 2.149 1.764 1.704 0.574 2.181 0.847 2.540 1.688 0.034 1.676 1.145 0.072 4.649 2.189 4.031 3.477 1.494 0.053 2.224 3.147 4.171 0.198 0.562 1.874 0.033 0.522 0.374 2.812 3.573 3.439 4.913 6.831 nan 9.870 3.650 5.735 6.088 8.007 10.110 nan nan 6.650 8.137 1.709 3.570 4.104 2.919 6.903 nan 3.920 2.352 11078 chr8 81208622 81214980 + 0 NA Intergenic Intergenic 58177 NR_049894 100847056 NR_049894 ENSG00000265588 MIR5708 - microRNA 5708 ncRNA 1.703 nan nan 0.091 0.302 0.203 4.716 0.177 0.410 1.350 0.390 0.350 0.013 0.126 0.202 1.645 0.259 2.938 1.839 0.456 0.066 0.044 0.150 1.915 1.921 0.069 2.597 1.692 1.373 4.317 2.066 0.936 1.775 0.094 0.060 0.034 0.050 1.252 0.076 0.723 0.113 0.074 0.394 10.364 0.546 0.263 0.189 4.231 1.151 0.456 0.202 4.117 7.281 0.150 0.096 0.507 0.107 3.257 2.132 2.472 0.095 0.040 0.155 0.426 0.186 0.349 0.279 0.403 1.319 0.488 0.593 0.299 0.100 0.218 0.271 0.981 1.520 nan 1.613 0.789 0.392 0.126 0.407 0.326 0.339 0.321 0.468 1.063 0.646 2919 chr12 105836378 105840989 + 0 NA Intergenic LTR37A|LTR|ERV1 114269 NM_001145199 387882 Hs.368938 NM_207376 ENSG00000235162 C12orf75 AGD3|OCC-1|OCC1 chromosome 12 open reading frame 75 protein-coding 0.796 0.852 nan 1.487 0.172 0.061 0.047 0.035 0.261 1.014 0.437 2.406 10.985 0.158 0.092 0.194 2.873 0.280 0.060 0.031 0.067 0.067 0.644 0.030 1.727 0.044 0.022 0.106 0.400 0.060 0.395 12.557 0.119 0.107 0.026 0.031 0.535 0.411 0.373 0.023 0.049 0.317 0.260 0.995 3.555 0.262 0.194 0.030 0.020 0.644 0.185 4.316 0.022 0.353 0.176 0.017 0.107 0.213 0.050 0.062 0.023 0.497 0.382 3.161 8.224 0.349 0.251 0.190 0.095 0.678 0.632 0.342 0.431 1.870 1.400 0.291 0.149 0.189 0.394 0.064 0.112 0.496 0.634 0.502 0.423 3248 chr13 92784967 92792059 + 0 NA intron (NM_004466, intron 6 of 7) intron (NM_004466, intron 6 of 7) 215947 NR_120382 100873970 Hs.567269 NR_120382 GPC5-AS2 - GPC5 antisense RNA 2 ncRNA 0.809 0.885 0.753 0.010 0.099 0.039 0.071 0.090 0.209 0.014 0.094 0.066 0.084 0.133 0.235 0.084 0.069 0.027 0.009 0.019 0.066 0.087 0.203 0.068 0.030 0.010 0.039 0.030 0.603 1.308 0.860 0.307 0.124 0.184 0.026 0.046 0.077 0.050 0.212 0.129 0.034 0.033 0.016 0.011 0.082 0.167 0.239 0.050 4.231 0.712 0.235 0.051 0.013 0.203 0.691 0.027 0.106 0.129 0.116 0.103 0.010 0.032 0.489 0.273 0.140 0.198 0.339 0.327 0.251 0.137 0.192 0.101 0.234 0.255 0.590 0.389 0.504 0.128 0.131 0.174 0.207 0.469 0.433 0.988 0.193 0.103 6915 chr20 30604985 30613352 + 0 NA intron (NM_080625, intron 5 of 8) intron (NM_080625, intron 5 of 8) 10923 NM_080625 140706 Hs.382151 NM_080625 ENSG00000101331 CCM2L C20orf160|dJ310O13.5 CCM2 like scaffold protein protein-coding 2.937 2.410 2.473 0.552 1.601 1.073 0.059 0.471 0.868 0.296 0.148 0.055 0.097 0.358 2.220 0.383 0.080 0.058 0.226 0.045 0.211 0.234 0.666 0.286 0.871 0.041 0.078 0.829 0.288 0.013 0.351 nan 0.340 4.584 0.052 0.100 0.805 0.737 0.163 0.043 1.066 0.548 0.224 0.074 0.039 0.119 0.092 0.278 0.302 0.646 0.122 0.088 0.383 0.279 0.205 0.871 0.146 0.138 1.558 1.743 0.416 0.056 0.543 0.959 0.055 0.069 0.024 3.838 4.836 2.013 1.516 2.350 nan 8.388 2.727 0.861 0.817 1.484 1.824 3.178 4.695 3.513 3.730 1.310 1.710 2.166 2.071 1.892 nan 0.920 0.608 7334 chr22 24230273 24262781 + 0 NA Intergenic Intergenic -5410 NR_038911 284889 Hs.632772 NR_038911 MIF-AS1 MIF-AS MIF antisense RNA 1 ncRNA 2.188 nan 1.700 1.079 0.793 0.992 0.987 0.806 1.319 0.433 0.798 0.832 0.397 0.541 0.750 1.159 0.371 0.147 1.537 0.605 1.452 0.175 0.392 0.228 1.138 0.534 0.516 1.418 1.291 0.297 1.062 nan 1.073 4.548 0.503 1.049 0.367 0.781 0.079 0.430 0.378 0.960 0.592 0.315 0.547 0.441 0.827 1.266 0.751 0.765 0.659 1.007 1.159 2.317 1.010 1.138 0.556 0.507 0.626 1.426 2.265 0.795 0.399 0.869 0.732 0.336 0.248 1.089 1.341 1.259 1.766 1.596 1.532 2.349 0.788 1.979 2.070 1.507 1.991 2.385 2.529 1.947 2.298 0.622 0.988 1.526 1.625 1.360 2.365 2.859 1.623 6851 chr20 14199763 14204123 + 0 NA intron (NM_001351663, intron 3 of 17) MIRb|SINE|MIR 116370 NM_198391 23767 Hs.41296 NM_013281 ENSG00000125848 FLRT3 HH21 fibronectin leucine rich transmembrane protein 3 protein-coding 0.821 nan 0.892 0.150 0.588 0.025 0.800 0.110 0.278 0.231 0.106 0.100 0.067 0.170 0.352 0.173 0.172 0.636 0.392 0.048 0.155 0.057 0.268 0.342 0.331 0.017 0.158 0.554 0.201 1.638 0.309 0.611 1.086 0.740 0.198 0.069 0.026 0.145 0.085 0.181 0.072 0.224 0.122 1.509 0.101 1.808 0.064 0.073 1.454 0.352 0.494 0.021 0.268 1.409 0.641 0.288 0.013 0.210 0.091 1.895 0.148 0.140 0.026 2.061 2.540 12.118 9.833 0.347 0.520 4.409 0.936 22.610 24.308 0.528 0.678 2.185 2.078 0.769 0.408 1.519 3.029 1.848 3.271 0.723 2.343 0.480 0.465 68 chr1 9169428 9190446 + 0 NA intron (NM_024980, intron 1 of 3) intron (NM_024980, intron 1 of 3) 9292 NM_024980 80045 Hs.632367 NM_024980 ENSG00000180758 GPR157 - G protein-coupled receptor 157 protein-coding 0.847 nan 1.192 0.551 1.425 0.154 0.410 0.397 0.797 0.741 0.677 0.413 0.183 1.917 0.185 0.401 0.157 0.161 1.129 0.433 0.423 0.092 0.140 0.137 0.074 0.452 0.217 0.381 0.454 0.286 2.599 nan 0.366 1.413 1.207 0.452 0.022 0.393 0.110 0.106 0.053 0.531 0.286 0.175 0.310 0.414 0.348 0.237 0.846 0.657 1.425 2.248 0.401 1.318 0.475 0.074 1.225 1.843 0.091 0.827 1.829 0.243 0.038 0.047 0.145 0.101 0.041 0.338 0.361 0.523 0.861 0.946 0.907 0.100 0.057 0.721 0.700 0.622 nan nan 3.234 nan 0.355 0.241 0.272 0.088 0.088 0.275 0.445 0.314 0.347 10215 chr7 20251766 20292072 + 0 NA Intergenic Intergenic 14719 NR_134569 100506098 Hs.59203 NR_134567 ENSG00000233834 LOC100506098 - uncharacterized LOC100506098 ncRNA 0.970 1.372 1.088 3.787 0.826 0.824 0.574 0.289 0.458 0.310 0.622 1.931 0.716 1.715 0.095 0.206 0.111 0.093 1.124 0.438 0.209 0.010 0.327 0.225 0.428 0.198 0.104 0.192 2.639 1.527 2.133 4.527 3.168 0.932 0.942 3.749 0.229 0.079 0.181 0.525 0.041 0.117 0.144 0.093 1.631 1.419 1.791 2.976 0.087 0.057 0.069 0.463 0.206 0.904 0.244 0.428 0.649 0.625 0.031 0.091 0.343 0.200 0.341 0.111 1.042 0.121 0.037 1.428 1.152 2.841 nan 0.419 0.462 2.881 1.626 0.603 0.629 0.489 0.739 3.375 3.857 0.352 0.174 0.798 0.925 1.193 1.380 0.316 nan 0.770 0.654 2514 chr12 15833996 15882753 + 0 NA intron (NM_004447, intron 1 of 20) intron (NM_004447, intron 1 of 20) 84136 NM_004447 2059 Hs.591160 NM_004447 ENSG00000151491 EPS8 DFNB102 epidermal growth factor receptor pathway substrate 8 protein-coding 1.045 0.831 0.994 1.133 0.280 0.067 0.447 0.138 0.300 0.050 0.304 2.733 0.035 0.431 0.133 0.136 0.320 0.052 0.479 0.218 0.320 0.037 0.224 0.208 0.106 0.986 0.455 0.024 0.891 0.450 1.294 2.636 1.004 0.349 0.285 0.123 0.023 0.071 0.127 0.225 0.118 0.185 0.090 0.066 1.118 0.747 0.404 1.161 1.376 0.332 0.215 0.329 0.136 0.216 0.686 0.106 0.436 0.153 0.018 0.082 0.025 0.354 0.201 0.392 0.073 0.050 0.032 0.218 0.162 0.377 0.625 nan 0.573 1.058 0.292 0.326 0.313 0.496 0.652 0.388 0.359 0.425 0.187 0.228 0.353 0.149 0.174 0.931 1.969 0.332 0.313 5338 chr18 48302264 48333501 + 0 NA Intergenic Intergenic 28552 NM_001127175 83876 Hs.30495 NM_031939 ENSG00000134042 MRO B29|C18orf3 maestro protein-coding nan 0.901 0.784 0.055 0.132 0.083 0.052 0.169 0.360 0.015 0.057 0.080 0.014 0.048 0.221 1.188 0.096 0.052 0.010 0.024 0.018 0.095 0.110 0.180 0.009 0.016 0.038 0.035 0.017 0.044 0.117 0.055 0.485 0.021 0.066 0.055 0.053 0.064 0.015 0.091 0.085 0.043 0.027 0.031 0.038 0.065 0.064 0.076 0.027 0.067 0.091 1.188 0.025 0.010 0.180 0.016 0.048 0.047 0.086 0.023 0.028 0.234 0.329 0.015 0.011 0.010 0.476 0.449 0.270 0.342 0.616 0.798 3.587 0.730 0.210 0.196 0.194 0.325 0.299 0.283 0.429 0.259 0.257 0.445 0.535 0.711 0.412 nan 1.725 1.381 7209 chr21 38803624 38809722 + 0 NA intron (NM_001347722, intron 2 of 11) intron (NM_001347722, intron 2 of 11) 14072 NM_130438 1859 Hs.368240 NM_001396 ENSG00000157540 DYRK1A DYRK|DYRK1|HP86|MNB|MNBH|MRD7 dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 1A protein-coding 1.426 1.051 1.445 0.069 0.292 0.055 0.059 0.263 0.624 0.016 0.114 0.204 0.081 0.034 0.144 0.064 0.207 0.132 0.264 0.054 0.023 0.077 0.169 0.442 0.071 0.006 0.012 0.048 0.034 0.156 0.212 0.044 0.477 0.104 0.397 0.079 0.018 0.097 0.020 0.130 0.020 0.038 0.095 0.038 0.215 0.116 0.096 0.079 0.038 0.099 0.064 0.143 0.105 0.442 0.127 0.068 0.098 0.019 0.149 0.143 0.601 1.402 0.038 1.368 1.095 0.715 1.419 0.541 0.772 0.454 0.269 0.703 0.992 0.455 0.779 1.356 2.689 10.669 5.858 0.195 0.614 0.908 0.938 3.907 4.482 nan 0.383 5081 chr17 79667174 79681719 + 0 NA 3' UTR (NM_002949, exon 5 of 5) 3' UTR (NM_002949, exon 5 of 5) 4046 NM_002949 6182 Hs.109059 NM_002949 ENSG00000262814 MRPL12 5c5-2|L12mt|MRP-L31/34|MRPL7|MRPL7/L12|RPML12 mitochondrial ribosomal protein L12 protein-coding 3.455 3.221 3.612 2.383 2.973 0.990 2.345 1.810 3.687 0.990 3.585 1.620 0.490 1.499 1.935 3.058 1.370 0.360 3.572 1.073 5.010 0.952 2.340 1.327 2.146 1.339 1.330 1.629 2.214 0.602 2.887 5.077 1.981 4.746 2.022 2.785 1.261 2.072 0.146 1.509 1.170 3.169 1.520 0.901 1.806 0.744 1.534 1.722 2.927 3.800 2.754 2.711 3.058 4.656 1.946 2.146 2.265 1.459 0.702 4.308 2.886 0.996 0.869 1.403 1.571 1.271 0.675 5.294 5.889 3.974 5.289 3.809 3.494 5.993 1.888 4.721 4.673 nan 3.649 3.791 5.431 5.063 6.223 2.490 4.862 4.024 3.788 3.580 4.255 nan 1.187 5934 chr2 17124337 17132172 + 0 NA Intergenic Intergenic -281120 NM_030797 81553 Hs.467769 NM_030797 ENSG00000197872 FAM49A - family with sequence similarity 49 member A protein-coding 0.762 0.481 0.788 0.075 1.982 0.014 0.018 2.741 6.068 0.069 0.024 0.267 0.103 0.403 0.049 0.041 0.014 0.025 2.079 1.073 1.042 0.009 0.009 0.060 0.013 0.083 0.087 0.072 0.688 0.055 0.669 0.027 0.078 0.044 0.438 0.094 0.008 0.014 0.029 0.074 0.108 0.042 0.027 0.010 0.026 0.403 0.073 0.024 1.042 0.031 0.064 0.078 0.010 0.050 0.453 0.010 0.015 0.013 0.326 0.206 11.567 5.086 0.798 0.911 7.728 5.290 0.502 0.439 0.368 0.587 2.211 nan 1.980 1.215 0.182 0.280 2.068 2.614 0.805 nan 2.003 1.257 7164 chr21 30552989 30570419 + 0 NA Intergenic Intergenic -4111 NR_027072 193629 Hs.720711 NM_138968 ENSG00000215533 LINC00189 C21orf109|NCRNA00189 long intergenic non-protein coding RNA 189 ncRNA 1.090 0.712 1.912 1.221 0.162 0.005 1.902 0.119 0.265 0.453 1.253 2.684 0.793 0.017 0.067 0.133 1.804 0.203 1.789 1.138 0.386 0.024 0.126 0.134 0.134 2.233 1.745 0.245 0.696 1.309 0.615 1.166 0.815 0.556 0.512 3.651 0.106 0.037 0.102 0.903 0.031 2.023 2.355 1.094 1.944 0.757 2.409 4.771 1.503 1.503 0.539 4.115 0.133 0.543 0.749 0.134 1.748 1.800 0.051 0.377 0.140 0.800 0.023 0.256 0.664 0.211 0.138 0.414 0.246 0.291 0.538 0.358 0.379 0.460 0.163 0.232 0.236 0.721 1.258 0.384 0.322 0.638 0.334 0.205 0.228 0.634 0.704 0.681 1.374 nan 0.847 10363 chr7 54823877 54828222 + 0 NA promoter-TSS (NR_110040) promoter-TSS (NR_110040) 890 NM_014302 23480 Hs.488282 NM_014302 ENSG00000132432 SEC61G SSS1 Sec61 translocon gamma subunit protein-coding nan 2.708 3.091 4.143 2.233 2.964 2.809 1.257 3.033 1.938 3.542 3.954 1.455 1.567 1.599 3.420 2.708 0.332 2.919 0.961 2.830 0.734 1.145 0.974 2.482 2.856 3.293 1.457 3.318 1.284 4.856 4.483 23.801 5.597 1.345 0.969 0.413 4.172 0.203 1.534 1.507 4.860 1.765 0.897 2.761 8.464 6.943 4.465 3.147 2.700 2.021 3.348 3.420 2.301 5.547 2.482 1.603 1.565 0.807 3.486 3.201 4.398 0.547 1.593 4.266 1.100 0.942 3.672 3.599 4.658 6.223 5.298 4.752 5.470 1.662 1.899 1.616 3.329 4.402 4.975 8.513 4.196 5.225 1.444 3.123 2.774 3.482 3.180 4.753 2.508 1.403 5961 chr2 24618493 24628531 + 0 NA Intergenic Intergenic -40115 NM_006277 50618 Hs.432562 NM_006277 ENSG00000198399 ITSN2 PRO2015|SH3D1B|SH3P18|SWA|SWAP intersectin 2 protein-coding 0.871 0.858 0.723 0.079 2.367 0.097 0.073 0.223 0.455 0.129 0.120 0.099 0.570 1.733 0.097 0.147 0.386 0.115 0.032 0.055 0.954 0.554 0.843 0.035 0.021 0.024 0.123 0.031 0.160 0.349 0.087 3.523 0.113 0.086 0.141 0.152 0.134 0.146 0.036 0.008 0.032 0.069 0.115 0.168 0.195 0.064 0.023 0.073 1.733 0.192 0.076 0.843 0.058 0.048 0.052 0.665 0.080 0.729 0.099 0.060 0.006 0.015 0.924 0.777 0.487 0.590 0.906 1.134 6.751 3.349 0.897 1.053 0.314 0.500 4.772 nan 0.626 0.376 0.836 0.988 0.711 0.876 0.233 0.462 3.607 1.747 10568 chr7 102230350 102257803 + 0 NA intron (NM_001079877, intron 5 of 19) intron (NM_001079877, intron 5 of 19) 13127 NM_001277335 100271927 Hs.530089 NM_001277335 ENSG00000170667 RASA4B - RAS p21 protein activator 4B protein-coding nan 1.622 3.468 0.324 0.667 0.688 2.123 0.660 1.276 0.135 1.362 1.190 0.081 0.521 3.126 2.695 0.418 0.277 1.131 0.848 0.069 0.309 0.862 0.520 1.048 0.611 0.454 0.864 0.885 0.734 1.552 4.317 0.899 2.093 0.513 0.924 0.555 0.795 0.194 1.445 0.415 5.171 0.334 0.287 0.309 0.400 0.515 0.235 1.305 2.008 0.972 0.991 2.695 1.831 0.834 1.048 1.819 0.637 1.005 1.822 1.600 0.454 0.476 0.654 0.519 0.111 0.054 1.342 2.528 0.990 1.280 2.396 2.279 1.942 0.614 1.958 1.923 0.599 0.852 2.747 3.252 2.081 1.923 0.657 0.947 1.277 0.942 1.690 nan 1.827 1.122 3807 chr14 101010857 101018364 + 0 NA intron (NM_001159531, intron 1 of 5) intron (NM_001159531, intron 1 of 5) 19797 NM_001159531 57596 Hs.211751 NM_020836 ENSG00000183092 BEGAIN - brain enriched guanylate kinase associated protein-coding 1.451 0.993 1.066 0.682 0.245 0.193 0.414 0.425 0.616 0.201 0.208 0.454 0.091 0.296 0.447 0.817 0.338 0.086 0.225 0.025 0.598 0.147 0.168 0.069 0.319 1.244 0.643 0.280 1.016 0.380 0.698 3.388 1.224 0.963 0.352 3.176 0.038 0.360 0.081 0.173 0.309 0.843 0.209 0.094 0.653 0.500 0.052 0.141 0.358 0.447 2.928 6.877 0.817 0.085 1.553 0.319 1.300 1.458 0.591 0.953 0.480 1.318 0.341 0.116 0.324 0.031 0.014 0.242 0.179 0.295 0.323 0.640 0.710 0.435 0.265 0.112 0.103 0.610 0.748 0.780 0.886 1.234 1.362 0.641 0.691 0.441 0.702 0.206 0.299 0.811 0.614 10981 chr8 60150740 60191053 + 0 NA Intergenic L1PA6|LINE|L1 139127 NR_149031 100505501 NR_149030 LOC100505501 - uncharacterized LOC100505501 ncRNA 1.039 0.930 0.716 0.089 0.129 0.364 0.387 0.151 0.351 0.036 0.083 0.135 0.009 0.057 0.094 0.193 0.076 0.068 0.451 0.193 0.022 0.007 0.179 0.143 0.119 0.110 0.068 0.006 0.290 0.318 1.096 3.657 2.404 0.334 0.908 0.047 0.038 0.030 0.077 0.256 0.071 0.071 0.074 0.058 0.239 0.977 0.116 0.104 0.032 0.083 0.035 0.048 0.193 0.161 0.016 0.119 0.333 0.033 0.002 0.029 0.287 0.022 0.022 0.055 0.021 0.014 0.014 0.308 0.226 0.264 0.417 0.571 0.630 0.323 0.131 0.059 0.057 0.495 nan 0.201 0.192 nan 0.298 0.129 0.154 0.276 0.347 0.166 0.240 0.903 0.689 10876 chr8 29510824 29533400 + 0 NA Intergenic Intergenic 83513 NR_026765 619351 Hs.566911 NR_026765 ENSG00000251191 LINC00589 C8orf75|TSLNC8 long intergenic non-protein coding RNA 589 ncRNA nan 0.728 nan 1.401 0.066 0.072 2.372 0.176 0.280 0.388 1.025 1.705 0.014 0.067 0.090 0.422 0.166 0.107 1.014 0.734 1.224 0.035 0.062 0.225 2.285 1.522 0.033 0.508 2.125 0.615 1.935 0.509 0.506 2.368 4.867 0.021 0.043 0.070 0.591 0.018 2.450 2.444 1.333 1.731 0.581 1.855 1.003 2.744 0.025 1.718 2.789 0.422 0.688 0.147 0.225 2.548 2.194 0.090 1.307 0.182 0.695 0.026 0.141 3.292 0.099 0.104 0.441 0.318 0.243 0.503 nan 0.521 nan 0.249 0.114 0.102 0.273 0.356 0.320 0.297 0.448 0.191 0.079 0.153 0.190 0.357 0.256 0.567 nan nan 222 chr1 31883155 31919786 + 0 NA intron (NM_178865, intron 6 of 9) intron (NM_178865, intron 6 of 9) 14810 NM_018565 347735 Hs.270655 NM_018565 ENSG00000168528 SERINC2 FKSG84|PRO0899|TDE2|TDE2L serine incorporator 2 protein-coding 1.794 nan 1.326 0.728 0.501 0.539 0.338 0.197 0.445 0.586 0.411 0.229 0.090 0.389 0.331 0.364 0.127 0.083 0.934 0.336 0.134 0.049 0.335 0.225 0.598 0.284 0.158 0.123 0.700 0.371 3.426 3.219 1.509 1.070 0.229 0.081 0.130 0.171 0.125 0.074 0.375 3.182 0.145 0.096 0.647 0.209 0.481 0.211 0.420 0.116 0.277 0.543 0.364 0.855 0.240 0.598 0.361 0.546 0.487 0.306 0.881 0.172 0.043 0.098 0.107 1.168 1.375 0.474 0.702 0.600 0.786 0.956 0.964 nan 0.278 0.518 0.565 0.446 0.767 0.513 0.871 nan 0.957 0.310 0.438 0.347 0.529 0.322 0.532 0.491 nan 3995 chr15 63330166 63352096 + 0 NA non-coding (NR_147233, exon 1 of 2) non-coding (NR_147233, exon 1 of 2) 455 NR_147233 111064646 Hs.602995 NR_147233 TPM1-AS TPM1-AS1 TPM1 antisense RNA ncRNA 1.399 1.248 nan 4.434 0.468 0.595 0.270 0.241 0.595 1.575 1.754 2.292 0.984 0.252 0.490 0.315 2.272 0.366 0.536 0.225 2.969 0.191 0.493 0.266 0.758 1.585 1.441 1.116 0.350 1.054 0.596 0.727 2.186 2.531 0.741 0.414 0.352 0.534 0.065 0.590 0.598 3.522 0.926 0.529 0.368 0.231 2.042 4.834 4.067 2.289 0.335 0.424 0.315 0.871 0.303 0.758 0.395 1.220 1.080 1.558 1.123 0.774 1.023 0.469 0.364 0.736 0.439 0.567 0.678 4.893 7.865 1.394 1.201 nan 0.627 1.260 1.224 0.761 1.300 1.037 1.246 2.323 2.255 1.081 2.901 1.077 1.171 1.029 2.607 0.657 0.469 6322 chr2 113955675 113979235 + 0 NA Intergenic Intergenic -25649 NR_047570 654433 Hs.656660 NR_015377 ENSG00000189223 PAX8-AS1 - PAX8 antisense RNA 1 ncRNA 1.177 nan 1.267 0.430 0.335 0.188 0.576 0.204 0.269 0.194 0.677 0.542 0.016 0.093 0.300 0.402 0.195 0.068 0.426 0.387 0.339 0.059 0.166 0.231 0.285 1.816 1.224 0.328 0.606 0.251 0.272 0.705 0.429 nan 0.502 0.469 0.057 0.120 0.069 0.115 0.030 0.458 0.303 0.221 0.348 0.251 0.480 0.557 3.484 0.439 1.461 1.046 0.402 0.287 0.432 0.285 0.218 0.133 0.164 0.638 0.082 0.969 0.218 0.346 0.174 0.090 0.039 0.440 0.696 0.884 1.614 1.200 nan 0.904 0.322 1.104 1.212 0.628 0.963 0.894 1.314 0.505 0.525 0.554 0.687 0.318 0.218 0.739 1.077 0.534 0.410 2911 chr12 104605462 104623209 + 0 NA intron (NM_001093771, intron 1 of 16) AluSq2|SINE|Alu 4778 NM_001093771 7296 Hs.654922 NM_003330 ENSG00000198431 TXNRD1 GRIM-12|TR|TR1|TRXR1|TXNR thioredoxin reductase 1 protein-coding 0.762 1.625 nan 0.535 0.842 0.360 4.546 0.359 0.487 1.141 3.499 2.901 0.762 0.079 0.167 0.354 0.974 0.427 1.842 0.994 4.991 0.024 0.176 0.145 0.270 4.697 5.192 3.780 1.424 1.116 0.796 2.714 0.532 0.570 0.799 5.299 0.123 7.606 0.334 0.818 0.219 6.094 2.173 1.040 1.551 1.242 3.610 4.683 4.795 1.749 1.670 3.588 0.354 1.573 6.128 0.270 2.054 5.285 0.247 5.170 0.499 1.555 0.067 0.124 1.025 1.295 0.989 0.383 0.272 0.706 2.801 0.370 0.503 1.653 0.281 0.808 0.853 0.663 0.937 1.261 1.655 0.634 0.428 0.354 0.383 0.683 2.205 0.229 0.543 1.132 0.681 10265 chr7 28366146 28371716 + 0 NA intron (NM_182899, intron 1 of 9) intron (NM_182899, intron 1 of 9) 29991 NM_182899 9586 Hs.437075 NM_004904 ENSG00000146592 CREB5 CRE-BPA|CREB-5 cAMP responsive element binding protein 5 protein-coding 1.637 1.890 1.205 0.164 1.243 0.020 0.209 5.049 9.814 0.017 0.113 0.082 0.021 0.318 0.129 0.207 0.824 0.260 0.192 0.135 0.068 3.071 0.632 5.539 0.037 0.052 0.208 0.019 0.261 1.776 0.163 1.628 0.026 0.095 0.822 0.058 0.090 0.065 0.389 0.148 0.011 0.060 0.129 0.141 0.179 0.073 0.057 0.216 0.207 0.204 0.253 5.539 0.199 0.045 0.033 1.034 0.072 0.018 0.244 0.041 0.010 0.018 0.556 0.347 0.193 nan 1.301 1.120 9.879 10.640 0.376 0.342 0.183 0.328 2.810 5.079 0.340 0.098 0.071 0.224 3.384 4.515 0.314 nan 3.471 1.987 3132 chr13 40731868 40757601 + 0 NA Intergenic Intergenic -11212 NR_046870 100874127 Hs.578028 NR_046870 ENSG00000230710 LINC00332 NCRNA00332 long intergenic non-protein coding RNA 332 ncRNA 1.133 0.834 0.905 0.101 0.083 0.171 0.180 0.118 0.158 0.130 0.462 0.010 0.078 0.083 0.122 0.150 0.094 0.145 0.235 0.015 0.021 0.049 0.054 0.223 0.194 0.095 0.023 0.039 0.436 0.125 0.527 0.064 0.415 0.062 1.594 0.011 0.051 0.072 0.102 0.061 0.129 0.077 0.048 0.102 0.092 0.116 0.468 0.162 0.023 0.957 0.580 0.122 0.069 0.057 0.223 0.376 0.274 0.305 0.052 0.039 0.184 0.062 0.698 0.072 0.020 0.026 0.548 0.431 0.157 0.188 0.354 0.417 0.618 0.147 0.107 0.135 2.994 3.169 0.141 0.162 1.746 1.612 0.235 0.222 0.044 0.059 1.205 2.887 0.148 0.242 8313 chr4 35462466 35472685 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 777986 NR_146893 116984 Hs.479451 NM_015230 ENSG00000047365 ARAP2 CENTD1|PARX ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 2 protein-coding 0.459 0.512 0.457 0.077 0.103 0.078 0.094 0.154 0.009 0.068 0.018 0.012 0.078 0.087 0.076 0.059 0.063 0.094 0.037 0.006 0.017 0.078 0.114 0.083 0.013 0.021 0.043 0.060 0.015 0.024 0.067 0.090 0.161 0.014 0.052 0.009 0.003 0.061 0.012 0.062 0.090 0.023 0.011 0.047 0.112 0.028 0.047 0.026 0.076 0.049 0.009 0.083 0.036 0.032 0.045 0.030 0.007 0.020 0.122 0.037 0.028 0.015 0.436 0.161 5.708 7.388 0.203 0.268 0.254 0.094 0.196 0.166 0.349 0.543 0.235 0.228 0.463 0.164 0.124 0.168 0.090 0.104 0.115 0.224 0.322 0.480 1526 chr10 75005205 75023226 + 0 NA TTS (NR_134459) TTS (NR_134459) 1716 NR_134460 414245 Hs.568860 NR_038373 ENSG00000227540 DNAJC9-AS1 C10orf103|bA537A6.3 DNAJC9 antisense RNA 1 ncRNA 2.097 nan 2.058 2.123 1.416 0.761 2.237 0.941 2.158 0.740 2.278 1.509 0.385 0.574 0.907 0.979 1.058 0.161 1.355 0.610 1.194 1.322 0.650 0.382 2.047 1.086 1.011 0.372 2.076 0.868 2.277 3.667 1.000 2.901 0.691 1.627 0.312 1.442 0.090 0.749 0.912 2.509 1.927 0.888 1.219 0.571 2.017 1.268 1.463 1.817 1.052 1.150 0.979 1.602 3.069 2.047 1.201 0.700 0.264 1.359 0.545 1.393 0.519 0.650 0.844 1.825 1.458 2.323 2.194 2.472 3.775 2.343 2.213 3.930 1.893 2.748 2.737 1.456 1.962 3.539 nan 1.548 1.614 1.182 1.950 1.528 1.822 1.972 nan 1.277 0.807 6506 chr2 177753873 177762756 + 0 NA Intergenic Intergenic 255832 NR_110599 102724224 Hs.663125 NR_110599 ENSG00000224577 LINC01117 - long intergenic non-protein coding RNA 1117 ncRNA 0.856 0.838 0.845 0.033 0.834 0.019 0.033 3.852 7.301 0.021 0.049 0.053 0.014 1.888 0.061 0.227 0.101 0.109 0.036 0.022 0.047 0.872 0.280 0.274 0.024 0.024 0.016 0.091 0.012 0.072 0.187 0.080 0.277 0.033 0.043 0.076 0.093 0.027 0.018 0.073 0.020 0.018 0.041 0.131 0.079 0.046 0.048 0.038 0.227 0.047 0.274 0.027 0.047 0.033 0.019 2.550 0.009 0.045 0.093 0.008 0.013 0.006 0.330 0.185 0.115 0.272 0.436 0.488 5.156 4.630 0.285 0.244 0.189 0.353 5.143 4.069 0.284 0.206 0.108 0.210 0.441 0.255 0.386 0.762 1.540 1.058 217 chr1 31207784 31237620 + 0 NA intron (NM_006762, intron 1 of 7) intron (NM_006762, intron 1 of 7) 7981 NM_006762 7805 Hs.371021 NM_006762 ENSG00000162511 LAPTM5 CLAST6 lysosomal protein transmembrane 5 protein-coding 1.831 nan 1.154 0.421 0.125 0.680 0.440 0.626 1.066 0.269 0.494 0.217 0.021 0.067 0.258 0.502 0.145 0.043 0.640 0.599 0.075 0.067 0.148 0.098 0.747 0.501 0.261 0.062 0.200 0.452 0.851 5.034 0.152 0.659 0.657 0.149 0.297 0.136 0.104 0.677 0.090 0.846 0.241 0.186 0.497 0.268 0.458 0.429 0.188 0.294 0.034 0.148 0.502 0.333 0.198 0.747 0.147 0.050 0.787 0.293 1.190 0.303 1.213 0.074 0.585 0.069 0.032 0.426 0.672 0.264 0.421 1.641 1.656 nan 0.193 0.370 0.433 1.319 1.860 1.206 1.585 nan 1.381 1.003 1.367 0.831 0.856 0.435 0.649 0.561 nan 3245 chr13 91785620 91816732 + 0 NA intron (NR_047004, intron 2 of 3) AluSx|SINE|Alu -57483 NR_104057 101930747 Hs.112745 NR_104057 LINC00380 - long intergenic non-protein coding RNA 380 ncRNA 0.782 1.565 1.030 0.108 0.090 0.043 0.132 0.093 0.199 0.083 0.082 0.020 0.215 0.080 0.317 0.106 0.104 0.044 0.018 0.026 0.031 0.369 0.235 0.476 0.027 0.014 0.012 0.044 0.045 0.093 0.238 0.050 0.318 0.089 0.045 0.147 0.038 0.075 0.023 0.054 0.109 0.022 0.007 0.031 0.032 0.119 0.044 0.029 0.041 0.182 0.034 0.317 0.053 0.009 0.476 0.107 0.088 0.018 0.022 0.878 0.005 0.041 0.191 0.022 0.017 0.005 0.547 0.323 0.266 0.565 0.352 0.431 9.656 6.273 0.115 0.107 0.334 0.404 0.623 0.538 0.650 0.240 0.141 0.231 0.973 0.881 0.388 0.763 0.705 0.360 8866 chr5 38591433 38616719 + 0 NA intron (NR_103554, intron 2 of 8) L2a|LINE|L2 -8569 NM_002310 3977 Hs.133421 NM_002310 ENSG00000113594 LIFR CD118|LIF-R|SJS2|STWS|SWS LIF receptor alpha protein-coding 0.627 1.427 nan 0.271 0.442 0.068 1.139 0.102 0.246 0.084 0.335 3.283 0.269 0.047 0.130 0.597 0.430 0.197 1.303 0.863 0.343 0.038 0.161 0.199 0.185 0.891 0.265 0.105 0.396 0.325 0.721 3.300 2.290 0.725 0.901 0.480 0.011 0.047 0.121 0.356 0.066 0.247 0.062 0.059 0.539 0.527 0.278 0.142 0.342 0.143 0.205 0.676 0.597 0.919 0.857 0.185 0.367 0.284 0.306 0.458 0.040 0.881 0.046 0.035 0.284 0.071 0.085 0.410 0.244 0.228 0.385 0.341 0.408 0.134 0.064 0.302 0.310 0.201 0.441 1.071 0.881 0.746 0.357 0.151 0.258 0.053 0.092 0.133 0.293 0.550 0.577 7143 chr21 19271953 19276149 + 0 NA Intergenic Intergenic -15606 NM_001204177 140578 Hs.283725 NM_024944 ENSG00000154645 CHODL C21orf68|MT75|PRED12 chondrolectin protein-coding 0.947 1.831 nan 0.070 0.287 0.260 0.350 0.248 0.288 0.135 0.055 0.545 0.025 0.230 0.927 0.018 0.660 0.225 0.091 0.122 0.127 0.037 0.142 0.933 0.363 0.125 0.016 0.225 1.018 2.521 0.200 17.789 1.093 0.114 0.952 0.077 0.106 0.152 0.075 0.088 0.230 0.092 0.130 0.225 0.184 0.272 0.116 0.154 0.181 1.917 0.927 0.783 0.170 0.142 0.409 0.118 0.695 0.024 0.093 0.023 0.383 0.181 0.055 0.244 0.179 0.737 2.128 0.585 0.567 1.036 0.359 0.647 0.624 0.862 1.215 0.143 0.223 0.637 0.341 0.058 0.140 5.915 6.582 0.736 1.365 1.234 0.805 158 chr1 23150859 23161467 + 0 NA intron (NM_017449, intron 3 of 15) L2b|LINE|L2 33556 NR_036214 100422914 NR_036214 ENSG00000264014 MIR4253 - microRNA 4253 ncRNA 1.183 0.961 nan 5.281 0.107 0.075 4.363 0.317 0.671 1.954 0.912 0.585 0.192 0.066 0.411 0.591 0.175 0.060 3.855 2.415 0.066 0.026 0.177 0.107 0.101 0.823 0.553 0.132 3.181 2.476 2.768 8.939 3.245 0.534 3.344 0.155 0.027 0.204 0.073 0.632 0.171 1.589 0.427 0.189 2.134 2.484 2.439 1.073 0.526 0.968 0.253 2.213 0.591 3.540 0.970 0.101 1.707 2.059 0.404 0.173 0.058 0.839 0.113 0.149 0.358 0.869 0.712 1.075 1.503 0.355 0.594 0.792 0.823 1.413 0.491 1.150 1.071 0.869 1.508 0.446 0.657 0.473 0.288 0.534 0.521 0.112 0.148 0.411 0.805 0.501 0.446 10422 chr7 73683412 73705436 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -9381 NM_032421 7461 Hs.647018 NM_003388 ENSG00000106665 CLIP2 CLIP|CLIP-115|CYLN2|WBSCR3|WBSCR4|WSCR3|WSCR4 CAP-Gly domain containing linker protein 2 protein-coding nan 0.606 0.759 0.785 0.261 0.306 2.517 0.379 0.768 0.499 1.801 2.095 0.031 0.271 0.729 0.558 2.843 1.163 0.535 0.379 0.561 0.107 0.277 0.245 0.506 0.676 0.413 1.358 1.050 0.955 0.353 0.873 0.631 1.285 0.524 2.619 0.047 0.590 0.155 0.816 0.346 2.792 1.476 0.748 0.401 1.066 0.658 4.886 2.447 2.356 1.342 1.075 0.558 1.969 2.302 0.506 0.495 0.626 0.220 2.149 0.316 2.156 0.589 0.073 2.015 0.541 0.420 1.095 1.889 1.883 nan 1.204 1.083 0.801 0.326 0.215 0.209 0.387 nan 1.333 nan 0.755 0.567 0.814 1.152 0.234 0.280 0.182 0.263 1.240 0.937 11335 chr8 139913207 139927460 + 0 NA intron (NM_152888, intron 1 of 64) intron (NM_152888, intron 1 of 64) 5916 NM_152888 169044 Hs.117169 NM_152888 ENSG00000169436 COL22A1 - collagen type XXII alpha 1 chain protein-coding nan 0.575 0.692 0.469 0.801 0.086 0.055 0.258 0.524 0.034 0.169 0.043 0.008 0.120 0.179 0.315 0.074 0.042 0.044 0.040 0.010 0.184 0.081 1.405 0.010 0.041 0.031 0.068 0.007 0.042 0.118 0.079 1.920 0.118 0.076 0.046 0.060 0.008 1.457 0.078 0.038 0.033 0.023 0.043 0.061 0.166 0.109 0.040 0.022 0.131 0.315 0.055 0.026 1.405 0.060 0.094 0.116 0.090 1.457 0.016 0.011 0.052 0.026 0.008 0.012 0.367 0.143 0.135 0.125 4.685 5.496 2.205 0.649 nan 0.147 0.199 0.236 0.800 0.984 0.406 0.182 0.147 0.176 0.548 0.458 0.178 0.281 0.836 0.684 6415 chr2 151244486 151286980 + 0 NA Intergenic Intergenic 78476 NM_001254738 390 Hs.6838 NM_005168 ENSG00000115963 RND3 ARHE|Rho8|RhoE|memB Rho family GTPase 3 protein-coding nan 0.574 nan 0.120 0.102 1.737 0.194 0.170 0.321 0.056 0.142 0.295 0.063 0.021 0.412 0.190 0.211 0.095 0.125 0.067 0.212 0.010 0.096 0.087 0.104 0.085 0.015 0.196 0.075 0.077 0.085 0.446 0.153 0.763 0.103 0.096 0.040 2.075 0.099 0.045 0.147 0.080 0.092 0.060 0.082 0.045 0.070 0.089 0.098 0.107 0.045 0.127 0.190 0.139 0.011 0.104 0.054 0.076 0.051 0.042 0.040 0.053 0.097 0.041 0.061 0.094 0.045 0.568 0.649 0.325 0.508 0.483 0.493 0.579 0.148 0.378 0.348 0.605 0.909 0.380 0.247 1.003 0.817 0.185 0.249 0.133 0.130 0.229 0.354 0.328 0.326 3658 chr14 69240698 69298142 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -6460 NM_001244701 677 Hs.85155 NM_004926 ENSG00000185650 ZFP36L1 BRF1|Berg36|ERF-1|ERF1|RNF162B|TIS11B|cMG1 ZFP36 ring finger protein like 1 protein-coding 2.455 1.621 2.340 3.168 1.107 1.495 1.735 0.237 0.392 0.798 1.585 1.517 2.011 0.987 0.153 0.723 2.169 0.293 0.942 0.581 2.630 1.506 0.165 0.112 0.356 3.857 4.430 0.430 3.683 2.242 3.377 6.536 5.467 1.786 1.685 1.095 0.089 3.228 0.147 2.401 0.246 2.158 2.065 0.923 1.559 2.540 2.481 4.495 2.083 2.808 2.110 2.028 0.723 0.848 1.608 0.356 1.076 1.772 0.178 2.535 0.498 2.775 0.100 0.279 4.318 3.599 3.786 0.379 0.332 2.073 3.927 0.605 0.667 0.811 0.327 4.170 4.268 0.623 0.935 0.958 nan 0.992 0.716 0.435 0.459 0.600 0.647 0.433 0.940 1.095 nan 36 chr1 3235019 3286010 + 0 NA intron (NM_022114, intron 3 of 16) L1MEf|LINE|L1 -110633 NM_014448 27237 Hs.87435 NM_014448 ENSG00000130762 ARHGEF16 GEF16|NBR Rho guanine nucleotide exchange factor 16 protein-coding 1.311 nan 1.041 0.143 0.368 6.609 0.154 0.507 1.028 0.041 0.035 0.067 0.015 0.698 0.517 0.632 0.076 0.082 0.062 0.011 0.021 0.084 0.065 0.047 0.028 0.168 0.076 0.023 0.060 0.010 0.100 nan 0.066 1.415 0.029 0.083 0.017 0.070 0.091 0.019 0.006 0.074 0.033 0.018 0.045 0.051 0.036 0.088 0.148 0.067 0.026 0.065 0.632 0.075 0.066 0.028 0.038 0.096 0.621 0.128 0.267 0.037 0.015 0.022 0.036 0.116 0.101 0.164 0.098 0.108 0.157 0.360 0.373 0.105 0.043 0.164 0.192 0.141 nan nan 0.163 nan 0.151 0.207 0.145 0.082 0.080 0.108 0.119 0.195 0.265 1418 chr10 30822785 30833592 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 90459 NM_183058 119180 Hs.522610 NM_183058 ENSG00000151033 LYZL2 LYZD2 lysozyme like 2 protein-coding 0.570 0.719 0.631 0.068 0.074 0.021 0.303 0.254 0.278 0.018 0.337 0.493 0.014 0.046 0.106 0.120 0.318 0.284 0.162 0.053 0.075 0.026 0.058 0.069 0.071 0.110 0.027 0.096 0.100 0.088 0.089 0.315 0.106 0.479 0.041 4.229 0.017 0.029 0.124 0.011 0.088 0.025 0.040 0.064 0.152 0.128 0.108 0.102 1.397 0.033 6.509 4.529 0.120 0.139 0.007 0.071 0.148 1.030 0.045 0.139 0.028 0.116 0.046 0.045 0.026 0.016 0.019 0.244 0.128 0.217 nan 0.300 0.339 0.197 0.077 0.281 0.291 0.106 0.254 1.540 1.108 0.165 0.123 0.104 0.154 0.050 0.088 0.233 0.507 0.454 0.364 472 chr1 78120296 78151233 + 0 NA intron (NM_001308237, intron 1 of 13) intron (NM_001308237, intron 1 of 13) 12579 NM_015534 26009 Hs.480506 NM_015534 ENSG00000036549 ZZZ3 ATAC1 zinc finger ZZ-type containing 3 protein-coding nan 1.196 1.917 0.805 1.139 1.023 0.674 0.684 1.304 0.298 1.125 0.616 2.036 0.342 0.641 0.708 0.867 0.136 0.983 0.350 0.614 0.423 0.728 0.340 1.014 0.439 0.418 0.460 0.760 0.235 0.737 1.202 0.531 1.819 0.308 0.522 0.197 0.959 0.156 0.232 0.632 0.959 0.468 0.245 0.360 0.528 1.025 1.000 0.492 0.781 0.321 0.408 0.708 1.166 0.944 1.014 0.301 0.608 0.309 0.721 0.423 0.479 0.427 0.920 0.407 0.557 0.435 1.216 1.272 1.876 2.926 2.247 nan 2.625 1.114 2.931 3.173 1.922 nan 3.462 4.724 2.242 1.936 1.186 1.972 1.106 1.129 2.603 3.726 1.213 0.731 1368 chr10 17544709 17559183 + 0 NA Intergenic Intergenic -55560 NM_001004470 338596 Hs.677766 NM_001004470 ENSG00000148488 ST8SIA6 SIA8F|SIAT8-F|SIAT8F|ST8SIA-VI|ST8SiaVI ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2,8-sialyltransferase 6 protein-coding nan 0.576 0.529 0.363 0.063 0.004 3.720 0.122 0.172 0.119 1.135 2.523 0.013 0.007 0.062 0.045 0.709 0.211 0.897 0.406 1.229 0.019 0.054 0.056 0.033 1.498 1.224 0.299 1.464 2.294 0.017 0.080 0.074 0.173 0.192 0.762 0.013 0.026 0.126 1.044 0.050 0.489 2.331 1.147 1.961 0.134 0.309 2.978 0.428 0.374 0.356 0.771 0.045 0.191 4.071 0.033 0.592 0.040 0.595 0.014 1.912 0.048 0.033 1.407 3.836 3.451 0.345 0.166 0.249 0.582 0.171 0.175 0.187 0.095 0.117 0.093 0.187 0.247 0.185 0.233 0.154 0.061 0.109 0.180 0.029 0.041 0.130 0.168 0.221 0.290 8446 chr4 81044455 81061968 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -53213 NM_020226 56978 Hs.373642 NM_020226 ENSG00000152784 PRDM8 EPM10|KMT8D|PFM5 PR/SET domain 8 protein-coding 0.742 0.658 0.840 0.492 0.060 0.019 3.237 0.147 0.274 0.039 0.225 1.622 0.326 0.069 0.074 0.233 0.272 0.073 1.363 0.803 1.661 0.008 0.073 0.058 0.093 1.613 0.810 0.025 1.706 1.883 1.430 3.152 2.204 0.219 1.761 0.606 0.017 0.018 0.069 2.509 0.108 1.005 0.326 0.353 1.572 0.459 0.182 6.023 0.057 0.938 0.573 0.859 0.233 0.386 3.537 0.093 1.020 0.122 0.027 0.562 0.029 0.628 0.034 0.114 1.155 0.243 0.331 0.343 0.138 0.236 0.459 0.191 0.280 0.252 0.108 0.259 0.303 0.394 nan 0.296 0.231 0.339 0.149 0.105 0.123 0.081 0.188 0.255 nan 0.314 0.316 7875 chr3 140049148 140065547 + 0 NA intron (NM_022131, intron 2 of 16) MIRb|SINE|MIR 170284 NR_108084 101927808 Hs.581236 NR_108084 ENSG00000250433 CLSTN2-AS1 - CLSTN2 antisense RNA 1 ncRNA 1.257 nan nan 0.092 0.151 1.133 0.104 0.278 0.513 0.012 0.066 0.073 0.006 0.031 0.243 0.311 0.176 0.098 0.051 0.001 0.019 0.008 0.258 0.225 0.132 0.034 0.017 0.009 0.079 0.007 0.058 0.227 0.086 0.315 0.027 0.045 0.347 0.026 0.057 0.021 0.325 0.140 0.039 0.014 0.014 0.019 0.041 0.152 0.060 0.070 0.019 0.141 0.311 0.039 0.028 0.132 0.015 0.020 1.161 0.029 0.068 0.058 0.055 0.603 0.009 0.021 0.009 0.334 0.237 0.359 0.538 0.666 0.651 8.333 2.057 0.299 0.262 3.326 3.203 0.756 nan nan 2.386 0.198 0.444 0.929 0.912 0.817 2.499 0.719 0.572 132 chr1 19333608 19340349 + 0 NA Intergenic Intergenic -54152 NM_001136265 126917 Hs.466625 NM_001136265 ENSG00000169991 IFFO2 - intermediate filament family orphan 2 protein-coding 0.862 0.633 nan 2.612 0.078 0.149 5.586 0.047 0.163 2.421 3.111 5.548 0.111 0.030 0.499 0.333 0.306 0.167 4.993 2.605 2.887 0.041 0.069 0.101 0.018 3.739 4.098 2.079 4.810 3.588 1.112 3.551 3.507 2.876 4.427 1.983 0.041 0.016 0.084 1.278 0.012 11.128 8.328 2.998 4.534 2.578 3.488 2.850 3.143 3.840 0.434 2.643 0.333 5.008 9.241 0.018 1.615 2.570 0.132 0.683 0.151 4.925 0.044 0.148 3.040 4.740 3.591 0.271 0.215 0.312 0.882 0.493 0.546 0.174 0.072 0.266 nan 0.205 nan 0.292 0.279 nan 0.203 0.164 0.226 0.043 0.047 0.228 0.557 0.999 0.788 711 chr1 151428068 151442222 + 0 NA Intergenic Intergenic -3204 NM_001194938 23126 Hs.489873 NM_015100 ENSG00000143442 POGZ MRD37|WHSUS|ZNF280E|ZNF635|ZNF635m pogo transposable element derived with ZNF domain protein-coding nan nan 2.374 1.151 1.169 1.121 1.290 0.769 1.345 0.796 1.340 0.918 0.621 0.747 1.773 1.902 1.511 0.409 1.109 0.482 2.054 1.029 0.798 0.500 1.581 1.147 1.197 1.104 0.990 0.521 4.411 9.793 0.828 4.940 0.434 1.882 0.318 2.181 0.147 0.828 0.710 2.171 1.210 0.606 0.663 0.352 0.756 1.421 1.692 1.517 2.758 2.185 1.902 1.784 1.030 1.581 0.588 1.101 0.533 2.576 1.102 1.213 1.147 0.589 0.736 0.831 0.500 1.103 1.198 2.621 3.230 2.620 nan 2.000 0.923 2.588 2.303 1.597 2.286 1.834 3.009 2.854 2.205 1.870 3.003 1.237 1.469 2.460 2.474 1.092 0.707 1791 chr11 10827990 10832167 + 0 NA promoter-TSS (NR_120540) promoter-TSS (NR_120540) 504 NM_001418 1982 Hs.183684 NM_001418 ENSG00000110321 EIF4G2 AAG1|DAP5|NAT1|P97 eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2 protein-coding 6.205 6.128 8.871 6.086 11.078 6.616 4.099 3.451 6.838 1.399 6.049 2.808 2.097 3.014 9.133 6.685 4.045 0.229 4.641 1.362 2.570 4.711 4.295 1.640 13.114 3.102 4.491 3.030 4.951 2.591 8.512 9.997 7.907 15.665 1.553 3.483 2.199 6.209 0.179 2.505 4.036 9.883 8.132 3.323 2.741 2.776 5.070 6.358 5.990 3.993 3.330 3.316 6.685 5.217 6.647 13.114 2.178 3.306 1.444 5.502 1.555 4.148 4.703 2.630 4.713 3.708 2.770 nan 14.668 10.428 14.438 20.344 18.921 13.836 7.112 15.991 17.569 7.116 nan 8.200 11.272 12.810 13.765 8.256 17.106 10.668 10.040 9.267 6.891 4.919 nan 5412 chr18 66909717 66916178 + 0 NA Intergenic Intergenic -155337 NM_152721 220164 Hs.278285 NM_152721 ENSG00000206052 DOK6 DOK5L|HsT3226 docking protein 6 protein-coding 0.749 1.135 1.564 0.112 1.482 0.172 0.153 0.148 0.378 0.059 0.043 0.068 0.069 0.139 0.172 0.112 0.189 0.119 0.055 0.011 0.053 0.065 0.088 0.052 0.021 0.422 0.067 0.050 0.045 0.050 0.062 0.015 0.012 0.057 0.019 0.012 0.051 0.024 0.089 0.139 0.025 0.033 0.037 0.042 0.139 0.078 0.029 0.055 0.025 0.045 0.054 0.187 0.012 0.077 0.151 0.011 0.000 0.463 0.341 4.680 3.322 0.465 0.664 11.245 4.399 0.478 nan 0.306 nan 2.474 2.380 0.485 0.166 0.185 0.500 0.373 0.960 0.330 0.980 2.016 1.229 11864 chr9 139733934 139746409 + 0 NA exon (NM_001080482, exon 3 of 3) exon (NM_001080482, exon 3 of 3) -3097 NM_001287342 29085 Hs.409834 NM_014172 ENSG00000054148 PHPT1 CGI-202|HEL-S-132P|HSPC141|PHP|PHP14 phosphohistidine phosphatase 1 protein-coding nan 2.312 3.070 1.430 3.945 2.727 1.230 1.072 2.171 1.264 4.288 1.121 0.303 1.355 2.698 2.299 1.280 0.361 2.631 0.835 1.181 0.920 1.151 0.646 1.629 1.286 1.801 1.664 4.408 1.100 3.905 5.780 1.365 7.366 1.857 2.965 0.632 1.873 0.068 1.017 1.296 3.962 1.285 0.706 0.864 1.268 1.695 1.219 4.065 4.616 1.515 1.882 2.299 2.079 1.453 1.629 1.050 2.685 1.048 5.968 3.111 2.295 0.658 0.960 1.805 1.322 0.647 0.946 2.383 1.670 2.355 3.999 3.909 nan 0.841 1.390 1.332 1.164 1.863 4.672 5.112 2.310 3.051 0.839 1.085 2.142 1.805 1.352 2.674 1.627 0.786 9036 chr5 82111285 82119407 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -20628 NR_039773 100616297 NR_039773 ENSG00000283359 MIR3977 - microRNA 3977 ncRNA 0.785 1.145 0.628 0.080 0.021 0.027 0.109 0.592 1.046 0.148 0.181 0.012 0.144 0.350 0.261 0.020 0.091 0.023 0.046 0.080 0.134 0.088 0.051 0.044 0.036 0.100 0.038 0.059 0.180 0.138 0.252 0.073 0.066 0.094 0.093 0.201 0.029 0.194 0.125 0.008 0.029 0.027 0.038 0.083 0.149 0.060 0.088 0.019 0.091 0.350 0.053 0.034 0.088 0.011 0.012 0.014 0.050 0.049 0.012 0.060 0.073 0.007 0.036 0.721 0.421 9.450 3.469 0.462 0.421 0.077 0.007 0.141 0.161 0.450 0.551 0.206 0.196 0.578 0.300 0.127 0.213 0.964 1.129 0.267 nan 0.419 0.470 2180 chr11 94040331 94046934 + 0 NA Intergenic Intergenic 4829 NM_001199206 390243 Hs.553758 NM_001080486 ENSG00000183560 IZUMO1R FOLR4|Folbp3|JUNO IZUMO1 receptor, JUNO protein-coding 0.545 nan 0.535 0.066 0.094 0.074 0.053 0.073 0.199 0.029 0.119 0.069 0.046 0.080 0.155 0.067 0.024 0.049 0.028 0.071 0.085 0.085 0.021 0.022 0.015 0.052 0.048 0.049 0.090 0.065 0.244 0.049 0.029 0.016 0.070 0.036 0.024 0.251 0.031 0.035 0.102 0.082 0.133 0.185 0.123 0.033 4.845 0.131 0.155 0.033 0.014 0.085 0.018 0.038 0.045 0.027 0.015 0.031 0.075 0.786 0.012 0.003 0.486 0.339 0.294 nan 0.326 0.436 0.124 0.118 0.535 0.579 0.195 0.338 0.223 0.218 1.237 1.315 0.278 0.381 0.059 0.174 0.384 nan 0.245 0.464 8936 chr5 58551695 58575440 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 4 of 17) Plat_L3|LINE|CR1 8378 NM_001197220 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 0.782 0.115 0.044 0.018 0.128 0.189 0.284 0.193 0.039 0.105 0.460 0.017 0.108 0.394 0.129 0.040 0.129 0.032 2.294 0.134 0.079 0.085 0.050 0.064 0.030 0.750 0.097 0.031 0.169 0.433 0.054 0.241 0.018 1.273 0.064 0.289 0.142 0.064 0.034 0.074 0.025 0.036 0.083 0.046 0.105 0.072 1.461 0.078 0.688 1.284 0.394 0.135 0.028 0.050 0.449 5.196 0.008 0.550 0.302 0.076 0.021 0.208 0.010 0.017 0.011 0.229 0.136 0.198 0.415 0.170 0.228 nan 0.163 0.138 0.149 1.883 2.401 0.278 0.231 nan 0.204 0.091 0.095 0.299 0.418 0.251 0.737 0.350 0.383 1428 chr10 33518280 33588593 + 0 NA intron (NR_045259, intron 2 of 15) intron (NR_045259, intron 2 of 15) 70397 NM_001330068 8829 Hs.131704 NM_003873 ENSG00000099250 NRP1 BDCA4|CD304|NP1|NRP|VEGF165R neuropilin 1 protein-coding 0.608 0.798 0.952 0.491 0.081 0.076 1.999 0.201 0.405 0.224 2.224 2.707 0.043 0.134 0.140 0.128 3.354 0.480 1.104 0.515 4.410 0.044 0.100 0.100 0.153 2.066 1.644 0.339 1.146 0.724 1.045 2.225 1.380 0.319 0.780 0.645 0.027 0.035 0.108 1.746 0.085 0.596 0.159 0.093 0.732 1.689 0.745 2.170 1.611 0.170 0.747 1.181 0.128 1.112 3.374 0.153 0.678 0.776 0.065 0.244 0.256 1.596 0.055 0.026 1.796 0.277 0.210 0.334 0.249 0.560 nan 0.363 0.353 0.801 0.214 0.542 0.544 0.120 0.255 0.335 0.443 0.206 0.092 0.123 0.258 0.171 0.468 0.107 0.167 0.342 0.314 2769 chr12 68040363 68048689 + 0 NA intron (NM_006482, intron 2 of 2) intron (NM_006482, intron 2 of 2) 2014 NM_003583 8445 Hs.173135 NM_003583 ENSG00000127334 DYRK2 - dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 protein-coding 4.770 2.371 3.174 4.411 3.186 1.592 0.757 1.749 3.346 1.276 2.363 2.009 0.499 1.982 4.770 3.730 2.114 0.271 1.730 0.651 0.436 0.918 3.214 1.778 3.214 1.995 2.403 2.002 2.920 1.102 2.337 3.117 1.873 9.129 0.985 1.100 1.008 1.144 0.077 0.837 1.749 1.205 1.390 0.871 1.731 1.644 4.158 2.031 4.416 3.580 1.828 2.267 3.730 2.407 1.523 3.214 1.364 2.352 1.089 3.967 1.781 1.094 1.735 0.701 0.759 0.925 0.408 3.035 4.704 3.236 4.601 7.416 nan 6.629 3.760 6.334 6.303 4.782 5.971 5.731 11.145 3.508 5.259 2.711 5.673 3.408 2.531 3.563 2.801 2.960 2.172 7700 chr3 99758690 99767942 + 0 NA intron (NM_001042459, intron 1 of 4) L2b|LINE|L2 -46257 NR_031662 100313938 NR_031662 ENSG00000221369 MIR548G MIRN548G|hsa-mir-548g microRNA 548g ncRNA 1.183 1.096 0.815 2.147 0.189 0.078 1.936 0.283 0.689 0.217 1.445 2.107 0.087 0.063 0.079 0.429 5.980 0.254 0.791 0.369 0.157 0.030 0.456 0.212 0.750 1.011 0.499 0.205 4.464 0.847 0.863 2.387 2.048 0.594 1.833 0.053 0.083 0.799 0.117 1.081 0.056 0.399 0.450 0.177 1.131 0.607 3.108 0.422 0.343 0.272 0.526 0.453 0.429 0.864 0.222 0.750 0.119 0.262 0.093 0.245 0.406 3.714 0.237 0.358 2.078 0.732 0.280 0.326 0.255 6.753 7.231 0.388 0.525 0.721 0.403 0.661 0.611 1.062 1.605 0.531 0.758 0.752 0.483 0.415 0.841 0.537 0.636 0.509 1.061 1.040 0.891 9152 chr5 123955920 124101935 + 0 NA intron (NM_020747, intron 2 of 8) intron (NM_020747, intron 2 of 8) 51878 NM_020747 57507 Hs.266616 NM_020747 ENSG00000168916 ZNF608 NY-REN-36 zinc finger protein 608 protein-coding nan 1.423 1.026 0.625 0.948 0.376 0.916 0.667 1.251 0.346 0.739 1.559 0.953 0.530 0.377 0.606 0.885 0.113 0.524 0.258 0.026 0.275 0.874 0.525 0.262 0.873 0.511 0.036 0.294 0.266 1.127 2.824 0.985 1.072 0.373 0.185 0.789 8.282 0.226 0.322 0.325 0.064 0.130 0.083 0.865 0.439 0.309 0.597 0.364 0.554 0.393 0.360 0.606 0.518 0.263 0.262 0.267 0.134 0.184 0.198 0.585 0.552 1.201 0.416 0.655 0.151 0.094 1.070 1.427 4.770 nan 0.742 0.744 1.894 0.852 2.205 2.149 1.963 2.579 0.735 0.826 1.368 1.114 0.720 1.387 2.626 3.222 0.813 1.756 0.787 0.469 4081 chr15 75741601 75749410 + 0 NA intron (NM_001145357, intron 1 of 20) CpG-8103 -1418 NM_001145358 25942 Hs.513039 NM_015477 ENSG00000169375 SIN3A WITKOS SIN3 transcription regulator family member A protein-coding 4.548 3.663 4.144 4.484 4.166 2.301 2.212 2.419 5.093 1.960 5.156 2.576 3.875 2.344 3.456 3.100 3.646 0.429 4.140 1.237 5.789 6.567 2.385 0.876 4.594 1.897 2.387 3.185 4.846 1.817 6.942 9.962 4.295 16.719 2.219 3.394 0.780 5.013 0.098 1.424 2.468 7.301 3.805 1.620 2.596 1.601 4.015 4.084 7.089 4.671 3.577 4.388 3.100 6.548 3.733 4.594 3.171 2.460 1.851 7.223 3.287 2.761 2.176 1.600 2.402 2.446 1.385 3.817 4.336 5.858 7.334 4.910 3.726 5.354 1.930 7.460 7.411 2.954 3.959 5.319 9.170 6.350 7.534 1.434 3.099 3.004 2.662 4.255 5.646 1.657 0.934 11729 chr9 116056404 116065258 + 0 NA intron (NM_145051, intron 1 of 1) intron (NM_145051, intron 1 of 1) 489 NM_145051 138065 Hs.729641 NM_145051 ENSG00000165188 RNF183 - ring finger protein 183 protein-coding 0.887 3.675 nan 0.081 6.416 5.978 0.246 1.431 2.273 0.032 0.096 0.083 0.007 1.008 4.303 0.188 0.102 0.058 0.210 0.134 0.014 1.826 0.755 6.642 0.039 0.064 0.091 0.091 0.012 0.102 nan 0.054 3.337 0.033 0.064 0.841 0.067 0.058 0.014 0.226 0.114 0.054 0.018 0.038 0.179 0.130 0.148 0.156 0.094 0.026 0.143 0.188 0.131 0.038 6.642 0.082 0.092 0.389 0.072 0.412 0.045 0.055 0.812 0.026 0.026 0.012 0.502 0.968 0.298 0.496 9.662 10.996 5.517 2.248 0.587 0.715 0.135 0.300 9.359 nan 1.025 0.715 0.130 0.359 4.455 3.540 0.859 2.651 nan 1.766 9486 chr6 20431824 20448819 + 0 NA intron (NM_001243076, intron 1 of 6) intron (NM_001243076, intron 1 of 6) 36411 NM_001243076 1871 Hs.269408 NM_001949 ENSG00000112242 E2F3 E2F-3 E2F transcription factor 3 protein-coding 1.608 0.880 nan 0.119 0.386 0.072 0.145 0.245 0.454 0.028 0.166 0.130 0.018 0.053 0.116 0.264 0.343 0.156 0.224 0.078 0.109 0.043 0.378 0.222 0.400 0.185 0.076 0.057 0.064 0.044 0.123 0.121 0.099 nan 0.051 0.117 0.174 0.103 0.113 0.035 0.158 0.124 0.043 0.046 0.071 0.040 0.131 0.083 0.163 0.309 0.005 0.068 0.264 0.098 0.120 0.400 0.014 0.049 0.519 0.084 0.364 0.107 0.076 0.392 0.027 0.018 0.018 0.442 0.339 0.490 nan 0.486 0.714 nan 0.205 0.609 0.616 3.349 4.574 1.107 1.098 0.625 0.452 0.186 0.405 0.939 1.360 0.734 1.319 0.953 0.783 4992 chr17 73628272 73644337 + 0 NA non-coding (NR_028439, exon 1 of 2) non-coding (NR_028439, exon 1 of 2) 3629 NR_028439 643008 Hs.528605 NM_001162995 ENSG00000204323 SMIM5 C17orf109|PP12104 small integral membrane protein 5 protein-coding 1.386 2.317 1.479 2.980 0.888 0.367 1.868 0.339 0.492 0.999 0.393 0.193 0.128 0.985 0.968 0.391 0.209 0.162 2.196 1.015 0.428 0.043 0.342 0.283 0.597 0.554 0.460 0.183 1.035 1.424 4.000 8.725 5.019 2.712 1.427 0.287 0.214 0.156 0.083 0.896 0.453 0.263 0.270 0.176 1.291 1.063 0.564 0.259 2.490 0.297 1.489 1.044 0.391 6.118 0.098 0.597 0.989 4.773 0.249 0.330 0.101 0.627 0.375 0.108 0.052 0.749 0.449 0.653 0.982 0.436 0.768 1.866 1.701 2.201 0.926 0.834 0.852 nan 0.830 3.650 5.913 0.782 0.792 0.496 0.617 1.053 1.095 0.570 0.669 nan 0.997 2279 chr11 115151678 115199827 + 0 NA intron (NM_001098517, intron 1 of 8) intron (NM_001098517, intron 1 of 8) -28544 NR_135108 105369509 Hs.736064 NR_135108 LOC105369509 - uncharacterized LOC105369509 ncRNA 0.837 1.112 0.737 0.036 0.497 0.697 0.035 1.515 2.964 0.014 0.103 0.049 0.162 0.048 1.917 0.387 0.040 0.060 0.035 0.054 0.006 0.806 0.616 0.837 0.053 0.035 0.025 0.071 0.037 0.117 0.380 0.075 0.699 0.030 0.077 0.531 0.038 0.104 0.052 0.369 0.117 0.021 0.023 0.034 0.044 0.112 0.139 0.075 0.022 0.033 0.048 0.387 0.034 0.039 0.837 0.028 0.046 0.338 0.031 0.263 0.052 4.628 0.307 0.041 0.014 0.017 1.165 nan 0.343 0.620 1.347 1.657 1.635 1.117 0.153 0.113 1.688 nan 1.178 1.598 0.720 0.420 4.168 3.732 1.579 2.637 0.603 1.584 1.370 0.884 5696 chr19 42572464 42582054 + 0 NA intron (NM_001330519, intron 1 of 1) intron (NM_001330519, intron 1 of 1) -3031 NM_022752 64763 Hs.13323 NM_022752 ENSG00000105732 ZNF574 FP972 zinc finger protein 574 protein-coding 3.843 2.019 3.338 2.401 1.925 2.476 1.211 2.212 3.647 1.085 2.379 1.616 0.486 1.002 2.685 3.508 1.264 0.334 2.295 0.456 1.456 0.608 0.948 0.414 3.965 1.373 1.718 2.431 2.117 0.603 1.620 nan 3.022 3.245 0.771 1.414 0.729 2.087 0.120 1.393 0.704 2.320 1.490 0.953 1.215 0.778 1.573 1.608 3.512 4.303 1.873 1.067 3.508 2.681 0.680 3.965 1.210 1.654 1.695 2.270 1.537 0.444 2.221 1.726 0.682 0.827 0.548 2.984 2.973 2.509 3.629 4.486 4.369 5.890 3.127 9.491 9.848 3.339 4.248 3.859 6.179 4.994 4.532 4.354 6.117 3.179 3.219 4.940 5.274 2.619 1.440 6126 chr2 54769375 54816844 + 0 NA intron (NM_178313, intron 1 of 30) intron (NM_178313, intron 1 of 30) 7578 NM_178313 6711 Hs.503178 NM_003128 ENSG00000115306 SPTBN1 ELF|HEL102|SPTB2|betaSpII spectrin beta, non-erythrocytic 1 protein-coding 1.199 nan 1.584 4.336 0.971 0.399 2.371 0.649 1.213 0.433 0.957 0.955 1.304 0.895 1.561 0.699 1.045 0.115 1.794 0.803 1.999 0.029 0.748 0.430 1.654 2.056 1.652 0.310 1.817 1.195 2.261 3.613 1.633 1.950 1.105 1.896 0.118 0.131 0.080 1.055 1.082 1.818 0.843 0.380 1.271 1.297 1.867 1.221 2.302 0.522 4.406 1.562 0.699 1.722 2.828 1.654 0.984 0.918 0.242 0.851 0.967 1.010 3.456 0.327 1.703 0.727 0.568 1.526 1.807 2.054 4.480 1.454 1.355 3.175 1.197 3.184 3.275 0.604 0.869 1.854 2.519 1.015 0.795 1.862 3.518 0.903 1.305 0.959 1.672 0.884 0.672 998 chr1 198639655 198655473 + 0 NA intron (NM_080921, intron 2 of 29) intron (NM_080921, intron 2 of 29) 39466 NM_002838 5788 Hs.654514 NM_002838 ENSG00000081237 PTPRC B220|CD45|CD45R|GP180|L-CA|LCA|LY5|T200 protein tyrosine phosphatase, receptor type C protein-coding 0.992 nan 1.225 0.820 0.155 0.028 0.595 0.284 0.398 0.808 0.509 2.270 0.147 0.019 0.352 1.521 1.055 0.121 0.081 0.012 0.342 0.018 0.338 0.363 0.053 0.847 0.342 0.112 0.442 0.785 0.220 0.595 0.627 0.872 0.555 2.709 0.240 0.071 0.110 0.350 0.074 0.006 0.130 0.083 0.138 0.068 0.384 0.094 0.031 0.009 0.095 0.197 1.521 0.190 0.162 0.053 0.246 0.727 0.110 0.096 0.077 0.901 0.094 0.141 0.983 0.120 0.105 0.586 0.690 0.754 1.311 1.189 1.309 0.612 0.221 0.321 0.344 2.917 nan 0.437 0.528 0.573 0.205 0.175 0.247 1.361 1.254 0.580 1.185 0.814 0.701 6792 chr20 1446208 1461953 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -5743 NR_038164 55968 Hs.12865 NM_016143 ENSG00000088833 NSFL1C P47|UBX1|UBXD10|UBXN2C|dJ776F14.1 NSFL1 cofactor protein-coding 1.074 2.310 0.782 1.220 0.696 0.134 0.430 0.306 0.688 0.461 0.675 0.498 0.237 0.182 0.404 0.300 0.338 0.079 0.832 0.733 0.746 0.176 0.339 0.122 0.425 1.512 1.059 0.434 0.642 2.110 0.379 0.643 1.300 1.417 0.315 0.460 0.066 0.261 0.061 0.577 0.096 1.709 0.795 0.453 2.599 1.598 2.676 0.789 1.303 0.504 0.326 1.005 0.300 0.825 0.825 0.425 0.482 0.941 0.229 0.866 0.353 1.070 0.266 0.204 0.184 0.347 0.250 1.630 1.691 0.775 1.279 0.745 0.762 2.145 1.049 3.095 3.193 0.445 0.679 1.103 1.896 0.894 0.767 0.877 1.088 0.524 0.612 0.957 0.569 0.356 0.358 1789 chr11 10607654 10620152 + 0 NA intron (NM_130385, intron 17 of 20) intron (NM_130385, intron 17 of 20) -23538 NM_006691 10894 Hs.655332 NM_006691 ENSG00000133800 LYVE1 CRSBP-1|HAR|LYVE-1|XLKD1 lymphatic vessel endothelial hyaluronan receptor 1 protein-coding 0.741 nan 0.579 1.592 0.177 0.044 0.779 0.167 0.251 0.747 0.170 0.126 0.124 0.024 0.103 0.136 0.221 0.038 1.609 0.960 0.020 0.063 0.065 0.201 0.629 0.197 0.035 0.856 2.302 0.734 2.114 5.485 0.285 0.748 0.055 0.023 0.009 0.093 0.047 0.037 0.413 0.050 0.081 3.445 0.691 1.295 0.919 0.101 0.028 0.021 0.945 0.136 1.560 0.030 0.201 0.603 0.946 0.070 0.033 0.016 0.220 0.071 0.050 0.061 0.014 0.011 nan 0.474 0.381 0.515 0.385 0.478 0.365 0.134 0.305 0.344 0.226 nan 0.209 0.267 0.319 0.185 0.289 0.395 0.091 0.170 0.208 0.324 0.383 nan 4621 chr17 17203360 17210018 + 0 NA promoter-TSS (NM_020201) promoter-TSS (NM_020201) 9 NM_020201 56953 Hs.513977 NM_020201 ENSG00000205309 NT5M dNT-2|dNT2|mdN 5',3'-nucleotidase, mitochondrial protein-coding 2.486 1.790 1.573 0.412 1.894 0.393 0.436 1.011 2.040 0.516 0.676 0.484 0.203 0.346 0.547 1.558 0.455 0.195 0.527 0.085 0.816 0.458 0.657 0.455 1.865 0.447 0.294 0.299 0.452 0.127 0.751 1.867 0.699 2.389 0.220 0.937 0.556 2.328 0.131 0.140 0.511 3.586 1.615 1.113 0.132 0.218 0.477 0.512 3.375 2.936 0.899 0.608 1.558 0.525 4.014 1.865 0.221 0.899 0.716 4.604 6.851 0.695 0.610 1.140 0.366 1.020 0.511 2.313 2.880 1.229 nan 3.060 2.614 2.954 1.315 0.939 1.053 2.193 3.113 3.669 5.492 nan 3.226 0.752 1.444 2.320 2.316 2.259 2.664 1.930 0.853 4831 chr17 46360755 46378685 + 0 NA intron (NM_001075099, intron 4 of 12) intron (NM_001075099, intron 4 of 12) -1989 NR_131239 105371807 Hs.661105 NR_131239 ENSG00000235300 THRA1/BTR - uncharacterized LOC105371807 ncRNA 0.831 1.144 nan 0.708 0.123 0.027 0.241 1.386 2.409 0.134 0.185 0.042 0.785 0.083 0.058 0.085 0.099 0.257 0.158 0.055 2.092 0.871 0.431 0.374 0.185 0.049 0.033 0.376 0.214 0.308 nan 0.226 0.299 0.040 0.069 0.613 0.345 0.136 0.165 0.035 0.144 0.101 0.091 0.561 0.116 0.286 0.251 0.623 0.142 0.138 0.275 0.058 0.095 0.117 0.374 0.137 0.077 0.011 0.045 0.089 0.062 0.098 0.048 0.059 0.048 0.056 1.237 2.976 0.153 0.156 0.433 nan 1.838 0.618 0.442 0.533 0.182 0.259 2.697 nan 0.544 0.207 0.256 0.502 2.376 1.312 0.150 0.274 4.035 2.087 7385 chr22 31736305 31744823 + 0 NA exon (NM_014323, exon 1 of 5) exon (NM_014323, exon 1 of 5) 1685 NM_032050 23598 Hs.731398 NM_014323 ENSG00000100105 PATZ1 MAZR|PATZ|RIAZ|ZBTB19|ZNF278|ZSG|dJ400N23 POZ/BTB and AT hook containing zinc finger 1 protein-coding nan 3.139 6.332 6.446 4.586 3.567 2.057 2.185 5.327 1.044 1.956 0.873 1.323 1.034 2.031 3.732 0.949 0.232 3.586 1.050 2.320 1.660 1.756 1.096 9.737 0.820 0.760 1.123 5.780 1.401 5.613 nan 6.700 9.783 1.840 1.710 0.846 2.481 0.120 0.652 4.650 3.404 2.028 0.888 1.667 2.652 5.585 1.777 2.475 2.349 1.846 4.339 3.732 3.096 1.791 9.737 2.341 3.806 1.197 3.640 2.119 2.749 3.261 1.143 1.454 0.919 0.660 6.572 7.201 4.823 nan 8.921 7.700 3.458 1.256 5.767 5.467 2.887 nan 7.568 11.143 5.384 5.204 3.876 8.755 2.881 2.409 2.354 nan 1.905 0.861 11463 chr9 14298110 14331639 + 0 NA promoter-TSS (NM_005596) promoter-TSS (NM_005596) -829 NM_001190737 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 5.901 1.526 4.464 6.944 1.357 1.076 1.973 0.852 1.256 1.642 0.933 0.497 0.900 2.518 2.117 0.234 1.049 0.248 1.819 1.245 3.687 2.383 3.727 0.499 0.545 0.060 1.475 0.170 1.737 3.054 3.815 14.785 0.581 3.031 1.247 1.943 0.092 0.298 0.931 0.965 1.228 0.502 1.637 0.874 1.176 0.870 2.331 1.456 2.060 1.168 2.518 1.405 3.824 3.727 0.584 0.759 0.396 1.134 1.384 0.887 0.260 0.755 1.068 0.926 0.552 0.750 0.672 3.838 6.703 5.985 4.854 5.147 1.999 1.291 1.337 40.415 42.092 3.055 4.316 0.840 0.840 0.718 1.423 5.639 4.232 3.465 3.817 5.041 2.623 2076 chr11 70950014 70965637 + 0 NA Intergenic Intergenic -21983 NM_012309 22941 Hs.268726 NM_012309 ENSG00000162105 SHANK2 AUTS17|CORTBP1|CTTNBP1|ProSAP1|SHANK|SPANK-3 SH3 and multiple ankyrin repeat domains 2 protein-coding nan 0.930 0.978 2.331 0.045 2.364 0.843 0.919 1.455 0.116 0.054 0.024 0.166 0.045 0.131 0.319 0.043 0.073 0.158 0.036 2.189 0.020 0.075 0.233 0.520 0.556 0.042 0.577 0.346 1.154 nan 2.522 5.609 0.365 0.782 0.030 0.152 0.071 0.098 0.030 0.399 0.139 0.185 0.427 0.422 1.251 0.230 3.905 0.055 3.386 3.598 0.319 0.177 0.047 0.233 0.556 1.382 0.174 4.635 0.033 0.106 0.315 0.065 0.501 0.041 0.010 1.789 3.745 0.360 0.997 1.591 1.110 0.335 0.105 0.754 0.724 0.145 0.268 0.895 1.072 0.382 0.346 0.782 0.939 0.132 0.143 0.174 0.268 0.302 0.271 3947 chr15 48085228 48115581 + 0 NA intron (NR_120336, intron 3 of 4) AluSg|SINE|Alu 38029 NR_120336 101928442 Hs.242804 NR_120336 ENSG00000259572 LINC01491 - long intergenic non-protein coding RNA 1491 ncRNA 0.794 0.809 nan 0.071 0.198 0.140 0.270 0.201 0.346 0.079 0.052 0.139 0.057 0.513 0.201 0.121 0.131 0.142 0.037 0.050 0.005 0.114 0.143 0.227 0.007 0.026 0.049 0.222 0.167 0.222 0.574 0.128 4.246 0.110 0.055 0.066 0.021 0.064 0.046 0.068 0.024 0.050 0.028 0.072 0.035 0.035 0.119 0.024 0.035 0.060 0.068 0.201 0.122 0.030 0.227 0.141 0.054 0.120 0.021 0.197 0.054 0.039 0.299 0.158 0.013 0.008 0.276 0.149 0.187 0.248 0.334 0.420 0.339 0.158 0.115 0.097 0.667 nan 0.621 0.506 0.769 0.466 0.050 0.166 0.297 0.372 0.351 0.848 0.856 0.736 4757 chr17 38458979 38509393 + 0 NA intron (NM_001145301, intron 1 of 8) intron (NM_001145301, intron 1 of 8) 9713 NM_001145301 5914 Hs.654583 NM_000964 ENSG00000131759 RARA NR1B1|RAR retinoic acid receptor alpha protein-coding nan 1.612 0.847 8.247 0.759 1.072 2.423 0.996 1.822 1.698 3.235 0.798 0.137 0.595 0.579 1.207 1.721 0.341 2.156 0.816 3.265 0.546 0.707 0.571 1.470 1.414 1.090 0.741 0.979 0.726 2.654 4.371 3.374 2.602 1.631 1.288 0.175 0.581 0.081 1.807 1.687 1.292 1.060 0.578 2.448 0.721 1.318 0.898 2.589 0.808 0.853 1.739 1.207 2.808 0.936 1.470 0.660 1.959 0.498 1.305 1.767 0.903 0.215 0.559 2.039 0.198 0.133 1.408 2.480 0.973 1.932 nan 2.272 1.087 0.456 1.800 1.886 1.279 1.777 2.762 3.273 nan 1.053 0.576 0.814 0.539 0.538 1.181 2.272 1.584 0.919 6858 chr20 17205942 17210908 + 0 NA intron (NM_001201529, intron 1 of 10) intron (NM_001201529, intron 1 of 10) 828 NM_002594 5126 Hs.315186 NM_002594 ENSG00000125851 PCSK2 NEC 2|NEC-2|NEC2|PC2|SPC2 proprotein convertase subtilisin/kexin type 2 protein-coding 2.181 nan 2.947 0.015 7.889 2.393 0.085 1.974 2.787 0.125 0.057 0.013 1.035 0.448 1.948 0.109 0.066 0.043 0.012 2.201 1.640 7.507 0.028 0.027 0.029 0.042 0.251 0.246 0.100 15.549 0.058 0.047 2.626 0.022 0.062 0.023 1.275 0.149 0.036 0.016 0.022 0.046 0.039 0.229 0.115 0.043 0.031 0.027 1.948 0.030 7.507 0.074 0.057 0.450 0.048 5.137 0.004 0.020 1.571 0.012 0.449 0.238 0.095 0.321 10.561 8.932 11.319 4.281 0.095 0.045 3.830 5.122 3.425 5.035 2.156 2.260 0.111 0.187 6.972 5.944 3.162 5.280 3.510 1.760 6733 chr2 235269060 235282703 + 0 NA Intergenic Intergenic 87358 NR_146988 105373934 Hs.471685 NR_146988 ENSG00000231682 LINC01891 - long intergenic non-protein coding RNA 1891 ncRNA 1.025 nan 1.274 0.190 0.431 1.722 3.335 0.505 0.655 1.293 0.118 0.334 1.771 0.215 0.341 0.956 0.092 0.071 1.765 1.363 0.435 0.162 0.435 0.446 0.658 1.924 1.225 0.103 0.120 0.290 0.665 3.389 2.622 5.011 1.983 1.305 0.489 0.159 0.092 0.885 0.295 0.108 0.124 0.035 0.264 0.930 4.281 0.287 4.429 0.623 0.922 1.326 0.956 1.505 1.151 0.658 0.871 1.979 0.209 0.498 0.706 0.503 0.056 0.054 0.155 1.786 1.836 0.384 0.220 0.216 0.468 0.477 0.575 3.254 0.602 0.257 0.246 1.065 1.526 3.099 nan 0.529 0.287 0.163 0.317 1.430 1.610 0.282 0.445 0.810 0.547 1838 chr11 19834895 19852098 + 0 NA intron (NM_001244963, intron 1 of 39) MIRb|SINE|MIR -61867 NR_039843 100616426 NR_039843 ENSG00000264309 MIR4694 - microRNA 4694 ncRNA 0.748 nan 2.560 0.121 1.494 0.649 0.899 0.234 0.366 0.027 0.064 0.085 0.148 0.611 0.947 0.327 0.331 0.169 0.887 0.386 0.025 0.016 0.174 0.111 0.111 0.494 0.290 0.060 0.182 0.099 0.931 3.204 2.252 5.331 0.102 0.059 0.105 0.025 0.077 0.090 0.732 0.166 0.041 0.018 0.572 0.093 0.151 0.204 0.117 0.100 0.050 0.046 0.327 1.268 0.560 0.111 0.085 0.091 0.310 0.081 0.094 0.366 0.566 0.102 0.053 0.033 0.019 nan 1.363 0.484 0.777 1.208 1.094 0.983 0.375 0.276 0.390 1.216 nan 1.600 2.120 1.248 1.265 0.671 1.311 0.151 0.170 0.144 0.238 1.120 nan 1773 chr11 7613263 7636501 + 0 NA intron (NR_147792, intron 5 of 24) intron (NR_147792, intron 5 of 24) -2083 NM_001256569 8495 Hs.655714 NM_003621 ENSG00000166387 PPFIBP2 Cclp1 PPFIA binding protein 2 protein-coding 0.784 1.677 2.033 0.565 0.317 1.308 0.319 0.117 0.204 0.139 0.098 0.063 0.336 0.270 0.267 0.121 0.678 0.049 0.041 0.049 0.018 0.087 0.092 1.817 0.096 0.060 0.038 0.117 0.554 2.135 4.943 3.638 2.218 0.164 0.041 0.087 0.037 0.081 0.163 0.185 0.226 0.038 0.039 0.528 0.535 0.594 0.137 1.642 0.020 1.787 1.765 0.121 0.030 0.443 1.817 0.828 1.096 0.071 0.054 0.030 0.248 0.389 0.234 0.171 0.050 0.024 0.963 0.928 0.719 3.034 0.511 0.481 0.151 0.140 0.856 0.896 0.438 0.721 1.803 1.839 0.441 0.302 0.550 1.055 0.219 0.134 0.259 0.526 0.163 0.347 3883 chr15 30109672 30115981 + 0 NA promoter-TSS (NM_001355013) promoter-TSS (NM_001355013) 51 NM_001355013 7082 Hs.743990 NM_003257 ENSG00000104067 TJP1 ZO-1 tight junction protein 1 protein-coding 1.846 nan nan 2.165 0.876 0.220 3.135 0.381 0.893 0.982 0.935 1.325 0.946 0.525 0.982 1.623 1.377 0.179 3.276 0.840 2.759 1.274 0.948 0.557 1.683 0.944 1.043 1.161 3.296 2.373 6.384 9.350 2.541 2.778 1.395 1.600 0.595 2.824 0.138 0.914 0.531 1.302 1.873 0.840 2.488 1.939 2.301 2.369 4.171 3.000 1.175 2.766 1.623 7.245 3.344 1.683 2.605 2.185 0.153 2.552 1.486 1.670 0.673 0.482 2.049 1.718 1.604 1.715 2.051 3.138 4.846 1.716 1.620 0.523 0.134 7.631 7.637 1.200 1.444 2.559 5.484 3.062 2.689 1.642 2.787 2.175 2.813 1.562 1.587 1.429 0.741 3166 chr13 51721268 51746044 + 0 NA intron (NR_102431, intron 1 of 4) intron (NR_102431, intron 1 of 4) 12702 NR_102432 647166 Hs.195052 NM_001351589 ENSG00000226792 C13orf42 LINC00371|LINC00372 chromosome 13 open reading frame 42 protein-coding 1.061 nan nan 0.038 0.124 0.018 0.123 0.077 0.144 0.015 0.081 0.108 0.015 0.032 0.097 0.155 0.130 0.059 0.098 0.031 0.015 0.034 0.108 0.081 0.113 0.053 0.041 0.042 0.033 0.017 0.058 0.215 0.097 0.391 0.018 0.366 0.015 0.048 0.061 0.009 0.100 0.195 0.056 0.028 0.004 0.034 0.047 0.254 0.069 0.037 0.057 0.086 0.155 0.055 0.057 0.113 0.060 0.064 0.066 0.061 0.082 0.016 0.073 0.954 0.025 0.028 0.008 0.654 0.464 0.225 0.240 0.447 0.559 nan 0.158 0.186 0.179 0.430 0.517 0.246 0.242 0.693 0.441 0.351 0.411 0.145 0.153 1.010 nan 0.236 0.257 3704 chr14 76929353 76940673 + 0 NA intron (NM_004452, intron 5 of 10) MIR|SINE|MIR 97323 NM_004452 2103 Hs.435845 NM_004452 ENSG00000119715 ESRRB DFNB35|ERR2|ERRb|ESRL2|NR3B2 estrogen related receptor beta protein-coding 1.153 0.688 0.843 0.039 0.966 0.400 0.050 0.085 0.353 0.017 0.083 0.032 0.017 0.045 0.772 0.988 0.182 0.056 0.019 0.056 0.012 0.041 0.103 1.062 0.045 0.046 0.051 0.078 0.019 0.066 0.245 0.200 0.551 0.026 0.066 0.042 0.038 0.097 0.225 0.122 0.067 0.027 0.017 0.054 0.105 0.156 0.103 0.101 0.007 0.078 0.988 0.038 0.033 1.062 0.043 0.037 0.173 0.101 0.106 0.042 0.044 0.340 0.047 0.036 0.009 0.308 0.289 0.170 0.205 5.387 6.072 0.123 0.064 0.432 0.463 0.611 0.968 1.414 nan 1.053 0.582 0.215 0.309 0.163 0.138 0.587 2.001 0.822 nan 7279 chr21 47292828 47310599 + 0 NA intron (NM_001348242, intron 5 of 17) L1MA8|LINE|L1 31838 NM_020528 54039 Hs.474049 NM_020528 ENSG00000183570 PCBP3 ALPHA-CP3|PCBP3-OT1|PCBP3OT poly(rC) binding protein 3 protein-coding nan 0.738 0.946 0.029 0.280 0.083 0.906 0.218 0.552 0.016 0.469 1.393 0.009 0.145 0.261 0.418 0.071 0.081 0.481 0.343 0.032 0.016 0.378 0.136 0.431 0.042 0.024 0.049 0.043 0.023 0.070 0.154 0.095 0.594 0.016 0.170 0.027 0.025 0.085 0.485 0.053 0.980 0.102 0.044 0.013 0.017 0.097 0.516 0.101 1.084 0.080 0.057 0.418 0.330 0.052 0.431 0.076 0.074 0.326 0.189 3.568 0.067 0.088 0.049 1.290 0.016 0.003 0.355 0.106 0.199 0.362 1.347 1.106 nan 0.071 0.127 0.108 0.329 nan 0.265 0.661 1.181 1.231 0.351 0.336 0.491 0.358 0.277 0.370 3.695 2.261 3392 chr14 22916299 22925196 + 0 NA intron (NR_148361, intron 2 of 4) MER113A|DNA|hAT-Charlie -19002 NR_148364 105370401 Hs.435144 NR_148361 LOC105370401 - uncharacterized LOC105370401 ncRNA nan 0.735 4.396 0.259 0.103 0.012 0.949 0.195 0.146 0.033 0.159 0.154 0.014 0.057 0.119 0.229 0.197 0.168 0.668 0.729 0.028 0.017 0.094 0.076 0.234 0.058 0.025 0.082 0.474 0.267 1.915 0.278 0.266 0.295 0.097 0.720 0.073 0.173 0.224 0.143 0.135 0.013 0.018 0.192 0.052 1.500 0.823 0.055 0.047 0.133 0.237 0.229 0.105 0.299 0.076 0.124 0.075 0.137 0.053 0.012 0.249 0.077 0.060 0.173 0.013 0.011 0.174 0.121 0.168 0.244 0.243 0.259 0.116 0.040 0.162 0.161 5.805 6.951 0.168 nan 0.739 0.277 0.134 0.215 1.511 1.885 0.162 0.180 0.248 0.382 6374 chr2 136862301 136902985 + 0 NA Intergenic Intergenic -6918 NM_001348059 7852 Hs.593413 NM_003467 ENSG00000121966 CXCR4 CD184|D2S201E|FB22|HM89|HSY3RR|LAP-3|LAP3|LCR1|LESTR|NPY3R|NPYR|NPYRL|NPYY3R|WHIM|WHIMS C-X-C motif chemokine receptor 4 protein-coding nan 1.062 nan 0.225 0.847 4.462 0.099 0.447 0.851 0.014 0.069 0.159 0.014 0.044 1.171 1.811 0.061 0.075 0.083 0.009 0.023 0.732 0.500 2.529 0.037 0.023 0.040 0.080 0.013 0.077 0.222 0.069 6.402 0.040 0.049 0.441 0.392 0.057 0.035 0.354 0.082 0.073 0.054 0.024 0.051 0.122 0.137 0.078 0.098 0.043 0.043 1.811 0.059 0.025 2.529 0.042 0.033 0.403 0.252 0.367 0.185 0.419 0.157 0.148 0.034 0.017 0.468 0.708 0.412 0.747 2.338 1.636 5.564 1.591 0.159 0.159 1.041 1.369 2.374 nan 1.379 1.693 0.490 1.156 1.953 2.165 0.531 1.110 1.655 0.852 2860 chr12 93467405 93490847 + 0 NA intron (NR_040096, intron 3 of 4) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -89016 NR_120492 102724933 Hs.663947 NR_120492 ENSG00000258171 LINC02412 - long intergenic non-protein coding RNA 2412 ncRNA 0.923 0.951 0.749 0.434 0.124 0.112 1.343 0.110 0.275 0.602 0.172 3.739 2.593 0.194 0.144 0.475 0.242 0.296 0.402 0.299 0.146 0.071 0.175 0.160 0.168 0.450 0.172 0.059 0.365 0.788 0.629 1.765 1.308 nan 1.284 0.134 0.029 0.028 0.122 0.489 0.091 0.354 0.260 0.156 0.246 0.380 0.915 0.318 0.146 0.139 0.286 0.512 0.475 0.331 0.356 0.168 0.940 1.774 0.042 0.088 0.035 0.702 0.076 0.624 0.378 0.074 0.067 0.323 0.194 0.394 0.590 0.482 0.512 0.260 0.102 0.243 0.259 0.432 nan 0.498 nan 0.427 0.249 0.138 0.183 0.324 0.318 0.789 1.845 1.339 0.872 10855 chr8 23307152 23315483 + 0 NA intron (NM_001128930, intron 1 of 12) L1ME4a|LINE|L1 3927 NM_004901 9583 Hs.444389 NM_004901 ENSG00000197217 ENTPD4 LALP70|LAP70|LYSAL1|NTPDase-4|UDPase ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 protein-coding nan 1.703 nan 0.723 1.017 0.594 0.703 0.404 1.056 0.241 0.954 0.834 3.880 0.509 0.918 0.934 0.708 0.096 0.561 0.100 0.334 0.144 0.438 0.268 0.941 1.011 0.737 0.431 0.379 0.369 0.606 1.200 0.313 0.992 0.359 0.424 0.125 0.966 0.174 0.110 0.171 0.616 0.868 0.468 0.621 0.165 0.670 1.274 1.123 0.999 0.423 0.540 0.934 0.846 0.293 0.941 0.286 0.218 0.140 0.969 1.041 0.338 0.624 0.490 0.518 4.010 4.365 2.396 3.032 1.780 3.896 nan 2.620 nan 1.089 1.319 1.114 0.837 1.011 1.449 1.850 1.596 1.473 0.674 1.376 1.179 0.782 1.211 1.887 nan nan 8225 chr4 2413124 2420459 + 0 NA intron (NM_020972, intron 1 of 12) intron (NM_020972, intron 1 of 12) 3579 NM_001172658 57732 Hs.292056 NM_020972 ENSG00000159733 ZFYVE28 LST2|LYST2 zinc finger FYVE-type containing 28 protein-coding 1.026 1.335 nan 0.455 1.683 0.285 4.472 0.218 0.408 0.286 4.095 2.568 0.017 1.234 0.586 0.628 0.417 0.065 1.525 0.750 1.917 0.094 1.070 0.483 0.739 2.340 3.494 0.914 1.434 2.382 2.264 3.522 1.339 1.443 1.734 4.224 0.052 0.542 0.057 2.781 0.075 2.033 3.676 1.736 1.543 1.416 0.454 4.879 2.604 7.431 3.011 0.912 0.628 4.476 8.498 0.739 0.961 0.302 0.360 3.432 1.161 1.356 0.150 0.034 2.544 4.393 3.654 1.024 1.421 0.472 0.792 1.053 1.049 nan 0.564 1.436 1.516 0.184 0.469 3.159 5.273 0.507 0.542 0.630 0.696 0.705 1.513 0.345 0.487 nan 1.501 4253 chr16 14722421 14735784 + 0 NA intron (NM_016561, intron 1 of 7) AluSx1|SINE|Alu 2434 NM_016561 51283 Hs.435556 NM_016561 ENSG00000103429 BFAR BAR|RNF47 bifunctional apoptosis regulator protein-coding 3.037 1.962 nan 2.799 2.640 0.928 2.345 0.839 2.189 1.408 2.634 1.493 1.292 0.846 1.999 1.684 1.279 0.326 2.039 0.806 1.609 0.715 1.574 0.629 1.753 1.445 1.439 1.611 2.018 0.926 2.954 4.530 1.277 4.579 1.017 2.104 0.335 1.640 0.110 0.700 0.915 3.077 1.578 0.719 2.274 1.152 1.836 2.011 2.738 1.930 1.229 1.886 1.684 4.153 2.372 1.753 0.742 1.014 1.005 2.756 0.896 1.679 0.688 2.309 0.898 1.026 0.681 2.310 1.960 1.791 2.827 1.873 1.869 5.726 2.227 6.821 6.652 1.921 2.632 3.588 5.177 nan 1.969 1.413 2.099 1.961 2.619 3.333 4.469 1.814 0.922 6450 chr2 164026059 164071225 + 0 NA Intergenic Intergenic -353385 NM_033272 90134 Hs.657413 NM_033272 ENSG00000184611 KCNH7 ERG3|HERG3|Kv11.3 potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 protein-coding 0.869 0.875 nan 0.078 0.092 0.026 0.079 0.166 0.330 0.131 0.180 0.103 0.010 0.031 0.052 0.111 0.086 0.083 0.189 0.110 0.191 0.113 0.295 0.346 0.053 0.108 0.082 0.024 0.073 0.042 0.126 0.207 0.106 0.307 0.207 0.648 1.219 0.079 0.089 0.051 0.028 0.196 0.031 0.017 0.081 0.025 0.081 0.073 0.110 0.070 0.048 0.321 0.111 0.044 0.014 0.053 0.073 0.080 0.017 0.076 0.052 0.133 0.046 0.104 0.038 0.010 0.010 0.283 0.185 0.235 0.417 0.191 0.318 0.120 0.082 0.250 0.238 0.345 0.565 0.232 0.238 0.433 0.162 0.133 0.231 3.457 3.974 0.286 0.609 0.890 0.446 7412 chr22 37996466 38006373 + 0 NA Intergenic Intergenic -3062 NM_013365 26088 Hs.499158 NM_013365 ENSG00000100083 GGA1 - golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 1 protein-coding 2.057 nan 2.043 3.143 1.810 1.395 1.763 1.318 3.109 1.450 2.316 1.226 1.427 0.708 1.353 1.773 1.035 0.214 2.879 1.168 1.873 0.838 0.701 0.244 2.608 0.682 0.621 0.662 2.819 0.765 3.608 8.568 2.889 4.326 1.273 1.647 0.461 1.759 0.120 0.609 0.664 1.713 1.296 0.681 0.802 0.894 4.125 1.116 1.627 1.359 1.695 2.496 1.773 4.217 1.766 2.608 0.668 2.087 0.961 1.993 1.166 1.279 0.680 0.396 1.339 0.501 0.249 3.099 3.689 3.358 5.033 2.860 2.377 2.870 1.217 2.601 2.772 1.286 nan 3.361 3.973 nan 2.544 1.112 1.669 2.802 2.817 1.038 1.518 1.423 0.707 6741 chr2 235948004 235965178 + 0 NA intron (NM_014521, intron 4 of 5) intron (NM_014521, intron 4 of 5) 95963 NM_014521 23677 Hs.516777 NM_014521 ENSG00000130147 SH3BP4 BOG25|TTP SH3 domain binding protein 4 protein-coding 0.948 nan 1.199 0.460 0.725 0.367 0.743 0.545 1.045 0.127 0.627 0.534 0.022 0.285 0.125 1.558 0.317 0.063 0.313 0.110 0.134 0.024 0.978 0.521 1.195 0.610 0.348 0.086 0.161 0.024 0.149 0.587 0.299 2.059 0.137 0.420 0.106 0.081 0.088 0.075 0.870 0.679 0.183 0.073 0.102 0.160 1.140 0.151 0.307 0.195 1.051 0.570 1.558 0.496 0.346 1.195 0.271 0.761 0.304 0.202 1.044 0.259 0.047 0.108 0.202 0.070 0.056 0.483 0.522 2.425 6.267 0.536 0.710 0.970 0.275 0.391 0.412 1.662 2.064 1.424 nan 0.790 0.634 0.258 0.255 0.789 1.018 0.307 0.627 1.225 0.626 3974 chr15 58729257 58736950 + 0 NA intron (NR_120338, intron 2 of 2) intron (NR_120338, intron 2 of 2) 8928 NM_000236 3990 Hs.654472 NM_000236 ENSG00000166035 LIPC HDLCQ12|HL|HTGL|LIPH lipase C, hepatic type protein-coding 0.975 0.960 1.151 2.205 0.147 0.864 0.334 0.312 0.597 1.954 0.183 3.933 0.355 0.195 0.315 0.222 0.746 0.125 0.512 0.393 1.303 0.018 0.132 0.137 1.314 2.968 2.471 0.249 0.202 2.520 0.617 2.862 2.864 0.675 0.190 0.148 0.050 0.070 0.092 0.125 0.093 0.290 0.938 0.507 2.480 0.837 3.899 2.287 7.211 0.417 1.496 2.200 0.222 0.166 0.817 1.314 1.930 5.967 0.087 0.981 0.086 3.790 0.051 0.999 0.456 2.021 1.840 0.323 0.273 0.482 1.135 0.956 1.320 0.105 0.056 0.265 0.251 0.435 0.697 0.973 0.981 1.231 0.916 0.308 0.541 0.154 0.248 0.834 1.987 0.430 0.398 3409 chr14 24454041 24463522 + 0 NA intron (NM_198083, intron 1 of 7) intron (NM_198083, intron 1 of 7) 754 NM_198083 317749 Hs.647569 NM_198083 ENSG00000187630 DHRS4L2 SDR25C3 dehydrogenase/reductase 4 like 2 protein-coding nan 1.359 3.107 0.236 1.044 0.477 0.252 0.203 0.647 0.417 0.459 0.631 0.091 0.148 0.882 0.419 0.278 0.208 0.234 0.080 0.558 0.058 0.134 0.097 0.833 0.337 0.221 0.077 0.295 0.206 0.127 0.936 0.272 0.796 0.309 0.440 0.252 0.137 0.120 0.237 0.387 0.311 0.190 0.115 0.287 0.114 0.209 0.558 1.060 0.091 0.401 0.700 0.419 0.188 0.615 0.833 0.624 0.018 0.350 0.418 1.872 0.292 0.344 0.169 0.099 0.176 0.080 0.303 0.359 0.448 0.632 0.497 0.554 0.633 0.267 1.150 1.229 6.481 7.615 2.252 nan 1.545 1.758 0.352 0.556 0.538 0.502 0.410 0.824 1.138 0.681 3918 chr15 41055148 41069326 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130448) promoter-TSS (NM_001130448) 78 NM_001130448 643338 Hs.631715 NM_001130448 ENSG00000188277 C15orf62 - chromosome 15 open reading frame 62 protein-coding 1.903 2.338 nan 0.491 0.746 1.910 2.338 1.013 2.087 0.469 0.852 0.636 0.246 0.612 0.515 3.272 0.361 0.098 2.503 1.167 1.969 0.372 0.617 0.323 1.321 1.018 0.986 0.394 0.931 0.466 3.857 7.342 2.474 2.117 1.304 0.337 0.205 0.505 0.053 0.505 0.830 0.564 0.359 0.310 1.635 0.479 0.844 0.231 0.536 1.525 0.364 1.258 3.272 2.956 0.586 1.321 1.515 0.542 0.241 1.239 0.653 0.817 0.541 0.130 1.541 0.102 0.043 1.054 1.745 1.574 3.541 1.734 1.659 1.660 0.352 0.512 0.569 0.720 nan 2.204 3.093 1.990 2.248 0.761 1.150 1.247 1.641 0.497 0.846 1.465 0.790 8098 chr3 183043367 183069350 + 0 NA intron (NM_015078, intron 5 of 29) intron (NM_015078, intron 5 of 29) 85326 NM_032047 84002 Hs.718506 NM_032047 ENSG00000176597 B3GNT5 B3GN-T5|beta3Gn-T5 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 5 protein-coding 0.882 1.071 0.678 0.192 2.251 0.126 1.051 1.634 3.219 0.015 0.164 0.138 0.019 0.370 0.292 0.127 0.188 0.107 0.207 0.073 0.024 0.016 0.656 0.336 2.284 0.269 0.075 0.040 0.623 0.420 0.084 0.257 0.150 1.349 0.377 0.081 0.029 0.041 0.109 0.047 0.107 0.195 0.121 0.090 0.589 0.242 0.272 0.139 0.060 0.118 0.033 0.181 0.127 0.104 0.545 2.284 0.051 0.127 0.027 0.025 0.043 0.285 0.027 0.116 0.285 0.033 0.010 1.370 1.194 0.254 0.305 0.659 0.782 2.281 0.664 0.250 0.242 0.234 0.456 1.782 1.773 0.627 0.330 0.203 0.365 0.156 0.209 0.225 0.357 1.500 0.928 9419 chr6 8322321 8351395 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 98942 NM_001142541 51000 Hs.285847 NM_015948 ENSG00000124786 SLC35B3 C6orf196|CGI-19|PAPST2 solute carrier family 35 member B3 protein-coding 0.752 0.814 0.649 0.030 0.139 0.019 0.046 0.259 0.580 0.084 0.070 0.013 0.025 0.084 0.321 0.106 0.109 0.055 0.020 0.018 0.028 0.336 0.269 0.357 0.007 0.027 0.008 0.041 0.011 0.056 0.175 0.075 0.097 0.025 0.048 0.046 0.049 0.092 0.008 0.041 0.048 0.027 0.027 0.030 0.027 0.050 0.134 0.042 0.049 0.083 0.078 0.321 0.051 0.035 0.357 0.061 0.026 0.020 0.062 0.032 0.022 0.374 0.082 0.013 0.014 0.011 1.959 2.215 0.758 0.772 0.349 0.407 3.724 0.884 0.305 0.355 0.127 0.235 0.270 0.228 0.351 0.150 0.532 0.933 0.559 0.551 0.212 0.281 0.910 0.619 8106 chr3 183950587 183955840 + 0 NA intron (NM_138345, intron 7 of 18) intron (NM_138345, intron 7 of 18) 2009 NM_001320373 90113 Hs.584997 NM_138345 ENSG00000145198 VWA5B2 - von Willebrand factor A domain containing 5B2 protein-coding 3.011 1.525 1.515 0.153 0.363 0.167 0.190 0.275 0.594 0.018 0.207 0.053 0.024 0.208 0.178 0.098 0.089 0.061 0.240 0.143 0.036 0.026 0.700 0.244 0.240 0.240 0.113 0.042 0.155 0.020 0.122 0.444 0.108 1.071 0.032 0.071 0.361 0.041 0.087 0.070 1.769 0.184 0.070 0.015 0.104 0.055 0.246 0.094 0.087 0.107 0.060 0.088 0.098 0.136 0.070 0.240 0.095 0.078 3.409 0.077 0.299 0.076 1.027 0.750 0.052 0.033 1.013 1.121 0.171 0.439 1.605 1.204 1.481 0.576 0.170 0.198 0.474 1.274 0.626 0.870 6.654 7.386 1.325 1.454 1.164 2.426 0.767 0.919 0.833 0.479 5011 chr17 74691968 74707561 + 0 NA intron (NM_001008528, intron 1 of 3) HY4|scRNA|scRNA 5915 NR_130926 439921 Hs.250723 NM_198530 ENSG00000182534 MXRA7 - matrix remodeling associated 7 protein-coding 1.837 1.240 1.147 0.186 0.592 0.756 1.241 0.719 1.428 0.040 1.186 0.732 0.175 0.039 3.651 1.794 0.501 0.103 1.259 0.467 0.649 0.279 0.216 0.185 1.328 0.587 0.439 0.617 0.751 0.282 0.592 1.569 0.383 1.985 0.704 0.319 0.053 0.564 0.104 0.687 0.180 0.264 0.531 0.325 0.601 0.463 0.068 1.146 0.574 1.211 0.126 0.183 1.794 1.286 0.749 1.328 0.133 0.235 0.764 1.175 0.860 0.553 0.486 1.780 0.449 0.592 0.296 1.847 2.843 0.830 1.537 3.554 2.905 1.185 0.407 0.724 0.675 nan 1.539 2.827 4.013 1.809 1.582 0.793 1.249 0.376 0.455 2.506 4.554 nan 0.578 5419 chr18 68467218 68479214 + 0 NA Intergenic THE1B|LTR|ERVL-MaLR -155123 NM_001278515 220158 Hs.448217 NM_178506 GTSCR1 - Gilles de la Tourette syndrome chromosome region, candidate 1 protein-coding 0.596 0.758 0.538 0.078 0.307 0.051 0.035 0.160 0.287 0.008 0.072 0.093 0.028 0.068 0.528 0.055 0.066 0.018 0.021 0.058 0.078 0.213 0.309 0.029 0.018 0.045 0.053 0.033 0.016 0.053 0.324 0.058 0.152 0.036 0.082 0.054 0.069 0.005 0.013 0.038 0.083 0.116 0.027 0.024 0.020 0.017 0.528 0.030 0.038 0.309 0.010 0.008 0.034 0.185 0.027 0.025 0.041 0.032 0.014 0.008 0.356 0.215 0.175 0.300 0.410 0.602 6.385 1.691 0.389 nan 0.090 nan 0.774 0.746 0.273 0.103 0.112 0.173 1.262 2.183 0.113 0.217 1.530 1.333 5442 chr18 75362095 75368562 + 0 NA Intergenic Intergenic 340355 NR_104127 101927715 Hs.385670 NR_104127 LINC01029 - long intergenic non-protein coding RNA 1029 ncRNA nan nan 0.796 0.023 0.068 0.112 0.033 0.074 0.333 0.061 0.029 0.029 0.077 0.138 0.413 0.046 0.050 0.009 0.218 0.215 0.351 0.011 0.011 0.011 0.011 0.013 0.039 0.033 1.003 0.044 0.096 0.036 0.037 0.100 0.028 0.034 0.012 0.044 0.046 0.013 0.071 0.013 0.011 0.413 0.351 0.051 0.075 0.054 0.237 0.025 0.031 0.019 0.024 0.018 0.264 0.344 0.274 0.197 0.939 nan 10.712 2.700 0.366 0.424 0.227 0.276 0.855 nan 0.648 0.410 0.153 0.186 0.143 0.100 0.087 0.096 0.856 0.631 4490 chr16 85533009 85733361 + 0 NA Intergenic Intergenic -11844 NM_001134473 23199 Hs.461647 NM_014615 ENSG00000131149 GSE1 CRHSP24|KIAA0182 Gse1 coiled-coil protein protein-coding nan 1.290 2.583 0.267 1.853 1.231 0.489 0.916 1.641 0.256 1.192 0.588 0.205 0.869 1.068 4.575 0.455 0.103 0.823 0.249 0.832 0.415 0.611 0.353 1.937 0.373 0.344 0.378 0.604 0.108 1.018 2.354 1.273 2.247 0.548 0.594 0.220 0.461 0.076 0.179 1.366 0.926 0.476 0.263 0.261 0.331 0.712 0.410 0.640 1.200 0.554 0.894 4.575 1.520 0.576 1.937 0.264 0.556 0.587 0.829 1.123 0.446 0.764 1.088 0.243 0.104 0.052 1.030 1.330 0.491 0.798 2.696 2.397 1.699 0.553 1.714 1.748 0.773 1.173 2.479 2.693 2.040 1.960 0.714 1.280 0.698 0.680 1.429 2.822 1.406 0.706 5270 chr18 38821665 38829573 + 0 NA Intergenic L1MA4|LINE|L1 275022 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 0.893 0.707 0.018 0.134 0.028 3.337 7.337 0.029 0.069 0.016 0.037 0.225 0.355 0.086 0.027 0.024 0.016 0.593 0.080 0.209 0.076 0.010 0.017 0.071 0.025 0.053 0.236 0.034 0.012 0.116 0.442 0.023 0.008 0.014 0.010 0.077 0.025 0.010 0.026 0.355 0.027 0.076 0.011 0.002 0.025 0.050 0.096 0.018 0.007 0.006 0.318 0.238 0.179 0.241 0.323 0.443 3.850 0.878 0.122 0.148 0.250 0.451 nan 0.331 0.317 0.185 0.092 0.150 0.135 0.243 0.251 0.685 0.947 0.901 8955 chr5 65215742 65229175 + 0 NA promoter-TSS (NM_001253697) promoter-TSS (NM_001253697) 76 NM_001253699 55914 Hs.591774 NM_018695 ENSG00000112851 ERBIN ERBB2IP|HEL-S-78|LAP2 erbb2 interacting protein protein-coding 2.652 3.332 2.004 5.659 3.879 1.048 3.297 1.133 2.166 1.112 2.958 1.210 1.916 0.898 2.574 1.485 2.190 0.312 2.333 0.549 3.386 1.248 0.746 0.342 1.364 2.306 3.603 1.734 4.783 2.571 2.036 3.040 2.149 3.276 0.934 1.183 0.565 2.749 0.165 0.632 1.038 3.366 2.864 1.262 1.426 1.970 3.336 2.933 2.521 2.958 1.405 2.094 1.485 2.486 2.663 1.364 1.385 1.194 0.204 2.322 1.020 1.910 0.757 0.627 1.480 1.865 1.036 1.702 1.965 2.830 4.541 3.106 2.602 3.313 1.245 3.508 3.609 1.562 1.939 2.819 3.728 1.657 1.723 1.117 2.366 2.717 2.466 1.817 2.430 1.014 0.554 729 chr1 153400222 153408213 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 8286 NM_001045479 645922 Hs.647713 NM_001045479 ENSG00000197364 S100A7L2 S100a7b S100 calcium binding protein A7 like 2 protein-coding nan nan 0.883 0.082 0.154 0.076 0.044 4.089 7.218 0.024 0.019 0.040 0.039 0.050 2.843 0.192 0.075 0.123 0.104 0.048 0.052 0.017 2.748 1.802 1.529 0.060 0.054 0.037 0.075 0.013 0.450 0.883 0.106 2.834 0.036 0.061 1.470 0.027 0.087 0.030 0.126 0.030 0.010 0.038 0.029 0.052 0.112 0.041 0.062 0.069 0.224 0.192 0.106 0.058 1.529 0.030 0.185 0.182 0.153 0.345 0.069 0.050 0.029 0.019 0.014 0.012 0.234 0.161 0.141 0.181 4.887 nan 6.027 1.749 0.078 0.135 0.198 0.583 0.254 0.564 0.537 0.436 0.336 0.447 3.457 2.511 0.288 0.440 3.163 1.349 2351 chr11 126918742 126952463 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -1295 NR_120578 101929473 Hs.737523 NR_120578 ENSG00000255087 LOC101929473 - uncharacterized LOC101929473 ncRNA 0.563 1.691 0.872 0.047 0.440 0.110 0.048 0.604 1.198 0.008 0.042 0.041 0.005 0.018 0.363 1.043 0.033 0.014 0.034 0.034 0.008 0.343 0.181 0.430 0.011 0.068 0.042 0.009 0.064 0.041 0.040 0.851 0.018 0.042 0.360 0.029 0.107 0.024 0.091 0.189 0.036 0.016 0.042 0.043 0.083 0.127 0.080 0.032 0.023 0.033 1.043 0.051 0.031 0.430 0.025 0.061 0.044 0.019 0.051 0.028 0.258 0.098 0.036 0.007 0.006 0.665 0.497 0.167 0.248 0.671 0.794 4.154 0.986 0.117 0.130 0.219 0.285 1.378 1.173 0.543 0.455 0.723 0.826 1.592 1.711 0.200 nan 2.701 1.565 2 chr1 814454 819553 + 0 NA Intergenic Intergenic -4821 NR_027055 284593 Hs.449006 NR_027055 ENSG00000230368 FAM41C - family with sequence similarity 41 member C ncRNA 3.348 nan 1.024 0.084 0.221 0.076 0.015 0.219 0.447 0.019 0.151 0.073 0.038 0.121 0.173 0.060 0.178 0.127 0.065 0.037 0.054 0.154 0.066 0.023 0.014 0.030 0.239 0.021 0.033 nan 0.057 0.616 0.029 0.058 0.019 0.044 0.191 0.078 0.054 0.024 0.054 0.045 0.183 0.103 0.016 0.014 0.051 0.060 0.014 0.018 0.023 0.066 0.633 0.013 0.008 0.030 0.264 0.049 0.014 0.010 0.597 0.575 0.187 0.237 0.410 0.634 0.519 0.247 0.650 0.788 9.890 10.481 nan 1.525 nan 0.540 0.724 0.807 0.098 0.165 0.243 0.380 0.853 0.519 4229 chr16 11653212 11658478 + 0 NA intron (NR_024320, intron 1 of 3) AluJo|SINE|Alu 24384 NM_004862 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 1.255 0.709 nan 0.252 0.363 0.366 0.231 0.246 0.419 0.288 0.311 0.122 8.842 0.090 0.159 0.509 0.189 0.185 0.523 0.072 0.538 0.132 0.029 0.092 0.583 0.235 0.146 0.469 0.092 0.081 0.380 1.107 0.108 1.491 0.028 0.522 0.034 0.186 0.086 0.022 0.214 0.219 0.032 0.074 0.064 0.088 0.208 0.087 1.819 0.188 1.698 0.300 0.509 0.231 0.035 0.583 0.046 0.236 0.111 0.210 0.058 0.104 0.075 0.045 0.131 0.131 0.019 0.190 0.306 0.143 0.452 0.571 0.495 0.696 0.378 0.583 0.426 0.617 1.025 0.563 0.930 nan 0.415 0.301 0.344 0.221 0.383 0.187 0.235 0.487 0.486 6319 chr2 113566997 113574188 + 0 NA Intergenic Intergenic 23764 NM_000576 3553 Hs.126256 NM_000576 ENSG00000125538 IL1B IL-1|IL1-BETA|IL1F2 interleukin 1 beta protein-coding 0.621 nan 0.797 0.874 0.037 0.039 3.004 0.155 0.193 0.172 0.500 0.380 0.052 0.042 0.087 0.144 0.293 0.067 2.328 1.524 0.253 0.308 0.067 0.079 0.083 0.904 0.249 0.954 0.114 1.643 0.119 0.470 0.188 nan 0.671 5.636 0.027 0.060 0.078 0.610 0.033 9.365 7.938 3.240 1.445 1.145 0.160 3.907 0.765 0.500 0.022 1.230 0.144 0.682 0.128 0.083 1.772 0.058 0.026 0.896 0.085 0.269 0.014 0.190 0.687 0.080 0.064 0.351 0.246 0.243 0.353 0.371 nan 0.155 0.092 0.245 0.255 0.155 0.336 0.243 0.353 0.341 0.211 0.199 0.248 0.041 0.071 0.240 0.467 0.326 0.273 2125 chr11 77849396 77862141 + 0 NA intron (NR_102280, intron 2 of 3) AluSq4|SINE|Alu 4929 NR_102280 100289388 Hs.628183 NM_203432 ENSG00000246174 KCTD21-AS1 - KCTD21 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.606 1.120 0.704 1.108 0.968 1.042 0.617 1.230 0.301 1.112 0.793 0.147 0.268 1.467 1.042 0.532 0.126 0.757 0.357 0.724 0.174 0.672 0.480 2.633 0.724 0.523 0.504 0.537 0.489 0.872 nan 0.590 2.850 0.691 0.497 0.285 1.368 0.136 0.455 1.072 1.933 1.003 0.546 1.144 0.385 1.725 1.004 0.926 0.740 1.790 1.115 1.042 0.602 1.664 2.633 0.460 0.729 0.372 1.813 0.709 0.556 0.248 0.363 0.626 0.385 0.267 1.701 1.569 1.335 2.003 3.491 4.217 6.040 1.771 4.436 4.669 2.051 2.638 2.412 2.911 1.414 1.097 0.853 1.320 1.751 1.872 0.948 1.269 1.872 1.069 11005 chr8 63458453 63467471 + 0 NA intron (NR_130764, intron 1 of 6) intron (NR_130764, intron 1 of 6) 301461 NM_001304533 286183 Hs.654662 NM_173688 ENSG00000185942 NKAIN3 FAM77D sodium/potassium transporting ATPase interacting 3 protein-coding 0.958 0.705 2.739 0.056 0.128 0.320 0.008 0.071 0.312 0.010 0.077 0.134 0.014 0.022 0.068 2.179 0.077 0.141 0.154 0.022 0.042 0.015 0.782 0.591 0.013 0.008 0.008 0.010 0.030 0.023 0.081 0.177 0.046 2.971 0.032 0.052 1.506 0.108 0.013 0.018 0.051 0.012 0.017 0.012 0.115 0.077 0.036 0.056 0.191 2.179 0.080 0.020 0.013 0.082 0.018 4.114 0.025 0.056 0.077 0.057 0.009 0.026 0.023 0.268 0.161 0.252 0.283 4.046 4.342 2.283 0.876 0.047 0.075 3.682 4.090 0.080 0.108 nan 0.508 0.070 0.182 4.012 3.626 0.239 0.237 3.109 1.796 1231 chr1 239749802 239752771 + 0 NA intron (NM_001347716, intron 3 of 7) intron (NM_001347716, intron 3 of 7) -41087 NM_000740 1131 Hs.7138 NM_000740 ENSG00000133019 CHRM3 EGBRS|HM3|PBS cholinergic receptor muscarinic 3 protein-coding 0.801 1.485 1.602 0.025 0.393 0.037 0.024 0.320 0.371 0.033 0.157 0.032 0.090 1.045 0.073 0.020 0.052 0.230 0.202 0.024 0.023 0.017 0.053 0.130 0.049 0.327 0.049 0.090 0.065 0.111 0.116 0.062 0.074 0.194 0.133 0.055 0.025 0.080 0.090 1.045 0.024 0.202 0.083 0.110 0.067 0.052 0.785 0.116 0.018 5.553 3.695 19.595 4.697 0.264 0.322 nan 0.228 2.921 2.591 0.248 0.535 nan 0.203 0.304 0.150 1.044 2.403 0.058 0.033 0.210 0.325 nan 0.486 11628 chr9 91381445 91399444 + 0 NA Intergenic Intergenic -29624 NR_036252 100423015 NR_036252 ENSG00000265873 MIR4289 - microRNA 4289 ncRNA 0.590 nan 0.643 0.228 0.073 0.015 2.298 0.062 0.186 0.016 0.539 4.020 0.014 0.056 0.030 0.120 0.919 0.099 0.759 0.621 0.074 0.008 0.070 0.087 0.046 0.652 0.358 0.045 0.657 0.773 0.875 1.631 2.752 0.211 1.072 3.324 0.021 0.036 0.085 0.046 0.013 0.194 0.467 0.173 0.570 0.102 1.342 0.312 0.832 0.039 0.044 1.985 0.120 0.641 0.051 0.046 0.686 0.713 0.054 0.068 0.079 0.729 0.022 0.153 1.377 0.020 0.010 0.215 0.253 0.187 nan 0.250 0.231 0.092 0.051 0.107 0.132 0.072 0.207 0.196 0.128 0.201 0.092 0.075 0.131 0.089 0.111 0.154 0.188 0.246 0.249 9450 chr6 14728164 14749934 + 0 NA Intergenic Intergenic -453364 NR_108096 102216342 Hs.563409 NR_108096 ENSG00000226673 LINC01108 LncRNA-ES1 long intergenic non-protein coding RNA 1108 ncRNA 1.162 nan 0.967 1.872 0.307 0.028 3.893 0.184 0.330 0.418 1.259 3.098 0.011 0.045 0.118 1.581 0.364 0.066 2.756 1.839 1.349 0.013 0.029 0.102 0.637 4.109 3.552 0.024 1.954 2.721 1.525 2.663 0.627 0.153 2.624 1.330 0.254 0.055 0.104 2.119 0.380 3.989 2.403 1.096 2.805 1.671 1.429 4.227 0.478 0.554 0.642 1.656 1.581 2.068 2.243 0.637 1.014 0.595 0.156 0.170 0.028 1.662 0.050 0.325 2.491 0.839 1.405 0.429 0.256 0.501 1.033 1.189 1.487 1.524 0.543 0.261 0.298 0.654 0.824 0.563 0.659 0.473 0.245 0.149 0.238 1.053 1.412 0.377 1.296 0.730 0.577 973 chr1 187794695 187849686 + 0 NA Intergenic Arthur1|DNA|hAT-Tip100 409430 NR_132374 106144535 Hs.568709 NR_132374 LINC01037 - long intergenic non-protein coding RNA 1037 ncRNA nan nan 1.073 0.114 0.293 0.428 0.052 0.163 0.320 0.010 0.105 0.094 0.018 0.020 0.784 1.099 0.138 0.108 0.131 0.031 0.026 0.018 0.210 0.215 0.597 0.044 0.027 0.016 0.069 0.044 0.055 0.095 0.075 0.763 0.045 0.219 0.134 0.043 0.119 0.006 0.252 0.052 0.014 0.020 0.032 0.014 0.110 0.081 0.040 0.013 0.034 0.064 1.099 0.058 0.036 0.597 0.071 0.034 0.141 0.016 0.114 0.024 0.090 0.249 0.026 0.019 0.011 0.497 0.267 4.002 4.227 1.358 nan 1.267 0.403 nan 0.543 1.298 1.632 0.833 0.744 0.521 0.349 0.265 0.421 1.118 1.251 0.672 nan 1.042 0.586 2446 chr12 6860628 6889245 + 0 NA promoter-TSS (NM_002824) promoter-TSS (NM_002824) -547 NM_002824 5763 Hs.504613 NM_002824 ENSG00000159335 PTMS ParaT parathymosin protein-coding 2.889 nan nan 0.857 3.588 2.953 0.961 1.364 2.567 0.585 1.174 1.240 0.150 1.343 2.597 2.336 0.564 0.123 0.749 0.309 1.839 0.680 1.288 0.798 2.656 1.096 1.112 1.045 1.158 0.453 1.522 3.285 0.976 5.435 0.490 1.464 1.067 2.880 0.120 0.493 1.894 2.053 0.978 0.426 0.440 0.454 1.159 3.042 2.776 3.851 0.794 0.820 2.336 1.137 1.248 2.656 0.236 0.642 5.618 5.944 0.741 0.889 1.057 2.873 0.528 1.441 0.872 1.173 1.542 1.548 2.280 nan 4.848 6.200 2.675 4.036 4.359 2.870 3.861 2.936 3.152 3.879 3.339 1.410 2.572 2.415 2.094 3.573 nan 1.112 0.527 7904 chr3 149185985 149198339 + 0 NA promoter-TSS (NM_004617) promoter-TSS (NM_004617) -206 NM_004617 7104 Hs.133527 NM_004617 ENSG00000169903 TM4SF4 ILTMP|il-TMP transmembrane 4 L six family member 4 protein-coding 1.006 nan nan 4.937 0.307 0.023 2.116 0.240 0.467 0.543 0.348 1.737 0.056 2.731 0.107 0.289 0.682 0.209 0.432 0.352 0.306 0.113 0.293 0.233 0.262 1.408 0.477 0.225 0.902 2.222 0.780 3.801 2.272 0.453 0.734 0.576 0.031 0.026 0.038 0.497 0.077 0.171 0.117 0.094 2.171 1.618 0.755 0.156 3.847 0.781 2.373 2.263 0.289 0.722 5.738 0.262 0.603 1.075 0.008 0.512 0.907 0.261 0.169 0.090 0.504 0.091 0.033 0.453 0.335 0.352 0.751 0.304 0.481 nan 0.464 0.266 0.360 0.316 nan 1.627 nan nan 0.301 0.329 0.543 0.161 0.211 0.438 0.689 1.214 0.871 11710 chr9 112231394 112242399 + 0 NA intron (NM_001145368, intron 1 of 24) L2c|LINE|L2 -23232 NM_001145370 5774 Hs.436429 NM_002829 ENSG00000070159 PTPN3 PTP-H1|PTPH1 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 3 protein-coding 0.732 1.386 nan 1.329 0.840 0.182 1.130 0.320 0.528 0.242 0.098 0.074 0.367 1.787 0.065 0.267 0.192 0.101 1.179 0.629 3.717 0.025 0.525 0.314 0.404 1.555 0.849 0.073 2.364 0.728 4.991 7.962 6.635 1.043 0.159 0.152 0.235 0.138 0.095 0.441 0.064 1.272 0.089 0.014 1.252 2.108 3.078 0.165 2.109 0.162 3.890 3.014 0.267 0.913 0.051 0.404 0.867 0.785 0.018 0.216 0.229 0.170 0.188 0.065 0.083 0.084 0.114 0.180 0.136 0.441 0.719 0.585 0.763 2.039 0.595 0.981 0.910 0.316 0.523 1.407 nan 0.632 0.475 0.309 0.365 1.250 1.992 0.320 0.609 nan 0.606 10811 chr8 11265184 11289052 + 0 NA intron (NR_026814, intron 3 of 6) AluSc8|SINE|Alu 47158 NM_053279 83648 Hs.124299 NM_053279 ENSG00000154319 FAM167A C8orf13|D8S265 family with sequence similarity 167 member A protein-coding 0.862 0.672 nan 0.076 0.560 4.911 0.235 0.436 0.692 0.088 0.418 0.008 0.080 2.690 0.701 0.085 0.040 0.200 0.119 0.034 0.017 0.152 0.186 0.998 0.360 0.127 0.050 0.117 0.114 0.610 2.532 0.057 2.207 0.024 0.141 0.080 0.141 0.088 0.065 0.007 0.128 0.041 0.039 0.227 0.070 0.052 0.169 0.237 0.096 1.153 1.533 0.701 0.084 0.039 0.998 0.612 0.066 0.281 0.080 2.999 0.084 0.131 0.275 0.081 0.029 0.025 0.395 0.420 0.220 0.419 1.541 nan 0.970 0.331 0.644 0.632 0.774 1.261 1.830 1.507 0.567 0.512 0.360 0.347 0.231 0.206 0.589 1.346 5.016 2.211 1046 chr1 204261333 204284985 + 0 NA intron (NM_014935, intron 1 of 22) intron (NM_014935, intron 1 of 22) 55898 NM_014935 22874 Hs.253146 NM_014935 ENSG00000143850 PLEKHA6 PEPP-3|PEPP3 pleckstrin homology domain containing A6 protein-coding 1.291 1.780 1.839 0.140 0.935 0.821 0.300 0.583 1.106 0.073 0.254 0.663 0.031 0.178 2.714 0.221 0.296 0.094 0.172 0.064 0.423 0.018 0.401 0.299 1.684 0.791 0.342 0.034 0.103 0.343 0.257 0.959 0.358 1.292 0.123 0.411 0.035 0.065 0.105 0.039 0.881 0.327 0.092 0.099 0.334 0.162 1.180 3.214 0.434 0.046 0.473 0.446 0.221 0.148 0.019 1.684 0.114 0.524 0.247 0.216 0.090 0.260 0.222 0.186 0.149 0.019 0.011 1.457 1.809 0.560 0.955 2.105 2.338 1.575 0.782 nan nan 2.353 2.989 1.758 2.507 1.313 0.964 0.473 0.703 0.204 0.196 0.368 0.615 0.759 0.611 5644 chr19 38396241 38401645 + 0 NA intron (NM_015073, intron 1 of 21) MIR|SINE|MIR 1082 NM_015073 23094 Hs.655502 NM_015073 ENSG00000105738 SIPA1L3 CTRCT45|SPAL3|SPAR3 signal induced proliferation associated 1 like 3 protein-coding 3.179 1.890 8.361 2.518 7.002 2.231 0.964 1.245 2.175 1.616 2.205 1.279 1.646 1.035 3.529 1.458 0.900 0.253 2.560 0.455 1.122 0.308 0.935 0.771 2.150 0.766 0.679 1.200 1.273 0.665 1.470 2.098 2.460 11.994 0.778 0.416 0.752 1.614 0.128 0.851 1.261 2.426 7.938 4.199 1.432 0.518 1.511 0.836 5.069 6.296 1.664 0.963 1.458 3.215 1.159 2.150 0.906 1.571 0.810 2.012 2.722 0.717 1.986 1.652 0.874 0.416 0.368 2.007 2.535 2.756 5.906 4.231 3.650 5.823 1.540 5.575 5.386 2.355 3.552 4.588 5.681 nan 5.662 1.762 3.936 2.369 2.489 3.093 5.250 2.359 1.552 7028 chr20 48419711 48450456 + 0 NA intron (NM_001260491, intron 2 of 15) AluSx1|SINE|Alu 5833 NM_001260491 23315 Hs.444202 NM_015266 ENSG00000197818 SLC9A8 NHE-8|NHE8 solute carrier family 9 member A8 protein-coding nan nan 0.989 0.946 1.000 0.219 0.463 0.360 0.620 1.034 1.045 0.494 0.255 0.504 0.482 0.392 1.103 0.220 0.949 0.465 1.135 0.221 0.264 0.186 0.796 0.401 0.374 0.408 0.684 0.330 0.834 2.514 3.608 1.394 0.442 0.842 0.036 0.547 0.099 0.369 0.241 0.963 0.634 0.286 0.574 0.468 3.228 1.160 1.981 0.623 0.438 0.733 0.392 0.764 0.568 0.796 0.794 0.701 0.189 1.219 0.473 0.419 0.460 0.298 1.102 0.347 0.278 1.005 0.946 0.798 1.212 0.860 0.900 nan 0.772 1.941 2.167 0.939 1.284 2.181 2.386 nan 0.825 0.672 0.854 0.262 0.297 0.670 1.066 1.091 0.771 5864 chr2 3696656 3717120 + 0 NA intron (NM_018436, intron 1 of 11) intron (NM_018436, intron 1 of 11) 1102 NM_018436 55821 Hs.97899 NM_018436 ENSG00000151360 ALLC ALC allantoicase protein-coding 1.139 0.922 0.986 0.101 1.177 2.093 1.742 1.057 2.046 0.019 0.129 0.090 0.012 0.107 4.493 2.572 0.054 0.039 0.459 0.314 0.028 0.040 0.756 0.493 2.623 0.031 0.018 0.071 0.286 0.102 0.209 0.749 0.076 3.573 0.179 0.121 0.126 0.079 0.115 0.041 0.648 0.239 0.224 0.126 0.080 0.056 0.092 0.204 0.199 0.150 0.217 0.209 2.572 0.267 0.109 2.623 0.042 0.085 1.013 0.147 3.172 0.546 0.179 0.175 0.052 0.051 0.030 1.536 1.755 0.387 0.666 2.732 2.299 3.145 1.677 0.554 0.661 0.319 0.592 4.187 5.146 1.961 2.234 0.483 0.624 0.921 0.948 0.576 1.172 1.643 1.014 10986 chr8 61797520 61804302 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL 79396 NR_034003 100130298 Hs.636194 NR_034003 LOC100130298 - hCG1816373-like ncRNA 1.153 0.768 0.797 0.048 0.181 0.041 0.179 0.189 0.320 0.093 0.098 0.009 0.043 0.092 0.143 0.078 0.048 0.155 0.112 0.019 0.161 0.123 0.159 0.111 0.011 0.011 0.090 0.032 0.048 0.325 0.070 0.297 0.083 0.079 0.098 0.032 0.102 0.024 0.129 0.150 0.044 0.023 0.059 0.135 0.071 0.163 0.048 0.168 0.088 0.148 0.143 0.074 0.021 0.159 0.071 0.062 5.211 0.017 0.078 0.035 0.028 0.151 0.043 0.040 0.007 0.241 0.190 0.204 0.329 0.394 0.622 0.389 0.158 0.074 0.121 0.361 nan 0.265 0.249 nan 0.200 0.129 0.240 0.140 0.164 0.286 0.554 1.110 0.787 4021 chr15 68049454 68076199 + 0 NA intron (NM_145160, intron 20 of 21) intron (NM_145160, intron 20 of 21) -49216 NM_001258024 390598 Hs.451224 NM_001031807 ENSG00000188779 SKOR1 CORL1|FUSSEL15|LBXCOR1 SKI family transcriptional corepressor 1 protein-coding 0.774 0.766 nan 0.103 0.141 0.037 0.064 0.287 0.401 0.021 0.088 0.117 0.039 0.160 0.099 0.475 0.138 0.088 0.067 0.028 0.028 0.026 0.286 0.190 0.479 0.023 0.016 0.047 0.066 0.024 0.078 0.123 0.087 0.422 0.046 0.091 0.018 0.041 0.083 0.004 0.603 0.076 0.020 0.015 0.033 0.015 0.123 0.116 0.125 0.061 0.054 0.110 0.475 0.069 0.034 0.479 0.069 0.056 0.109 0.031 0.102 0.070 5.198 0.125 0.037 0.017 0.015 1.307 1.602 2.922 0.681 0.689 0.646 nan 0.512 0.454 0.493 0.428 0.696 0.402 0.420 0.768 0.472 1.984 3.531 0.135 0.151 0.305 0.728 0.671 0.501 2857 chr12 92617502 92633681 + 0 NA Intergenic Tigger6a|DNA|TcMar-Tigger 85730 NR_135036 101928617 Hs.434392 NR_135036 LOC101928617 - uncharacterized LOC101928617 ncRNA 1.019 0.890 0.655 0.133 0.061 0.127 0.142 0.168 0.217 0.036 0.116 0.221 0.008 0.067 0.087 0.213 0.263 0.100 0.100 0.070 0.063 0.009 0.107 0.118 0.162 0.073 0.033 0.028 0.297 0.108 0.069 0.347 0.070 nan 0.099 0.113 0.070 0.051 0.109 0.029 0.088 0.134 0.056 0.029 0.048 0.052 0.213 0.175 0.155 0.062 0.048 0.193 0.213 0.098 0.057 0.162 0.164 0.093 0.129 0.032 0.025 0.029 0.061 0.260 0.023 0.025 0.013 0.824 0.511 5.135 1.135 0.479 0.476 0.360 0.131 0.618 0.706 1.546 nan 0.302 nan 1.864 2.027 0.220 0.366 0.099 0.117 0.417 0.895 0.659 0.648 3048 chr12 129546212 129565693 + 0 NA TTS (NM_133448) TTS (NM_133448) -38283 NR_104173 283352 Hs.665667 NR_104172 ENSG00000249196 TMEM132D-AS1 - TMEM132D antisense RNA 1 ncRNA 0.486 0.986 0.484 0.033 0.054 5.048 0.038 0.185 0.411 0.045 0.042 0.006 0.020 5.093 1.009 0.038 0.074 0.022 0.020 0.022 0.273 0.186 1.791 0.011 0.016 0.030 0.053 0.073 0.026 0.058 2.492 0.030 0.036 0.044 0.033 0.090 0.006 0.056 0.061 0.026 0.008 0.028 0.029 0.038 0.174 0.038 0.051 0.020 0.052 1.009 0.033 0.029 1.791 0.044 0.066 0.124 0.027 0.057 0.012 0.096 0.089 0.023 0.013 0.008 0.363 0.289 0.099 0.118 4.242 4.391 nan 0.269 0.522 0.565 0.127 0.184 3.860 3.185 0.979 1.323 0.175 0.242 0.152 0.113 0.184 0.303 1.624 0.948 9657 chr6 43056468 43096465 + 0 NA intron (NM_001270398, intron 1 of 19) L1MC5|LINE|L1 31914 NM_001270398 5754 Hs.90572 NM_002821 ENSG00000112655 PTK7 CCK-4|CCK4 protein tyrosine kinase 7 (inactive) protein-coding 1.604 1.102 2.795 0.319 0.348 1.691 0.493 0.401 0.611 0.537 0.121 0.136 1.082 0.164 1.290 1.352 0.513 0.179 0.396 0.114 0.098 0.204 0.435 0.210 0.608 0.255 0.112 0.118 0.074 0.064 0.152 0.434 1.454 1.514 0.093 0.073 1.144 0.203 0.125 0.074 1.277 0.416 0.211 0.184 0.071 0.131 1.184 1.358 0.116 0.189 0.049 0.312 1.352 0.244 0.064 0.608 0.074 0.694 0.180 0.353 0.124 0.413 1.606 0.350 0.044 0.046 0.015 1.815 2.663 1.070 1.641 0.745 0.762 2.556 0.831 1.128 1.081 1.366 1.849 1.286 nan 0.861 0.617 1.339 1.601 3.503 3.564 0.691 1.396 1.230 0.766 7065 chr20 55600089 55610110 + 0 NA Intergenic Intergenic -183653 NR_110631 102723590 Hs.667674 NR_110631 BMP7-AS1 - BMP7 antisense RNA 1 ncRNA 0.729 1.245 4.176 0.119 0.058 0.052 0.311 0.048 0.210 0.094 0.054 0.175 0.025 0.040 0.068 0.269 0.120 0.116 0.032 0.175 0.078 0.100 0.060 0.119 0.055 0.044 0.088 0.021 0.602 4.599 1.066 0.810 0.151 0.025 0.032 0.084 0.550 0.040 7.437 4.246 1.822 0.021 0.038 0.185 0.448 0.343 0.035 0.347 0.795 0.269 0.050 0.036 0.060 0.074 0.158 0.029 1.159 0.046 1.089 0.109 0.037 1.909 0.692 0.672 0.548 nan 0.208 0.362 0.175 0.183 0.162 0.030 0.196 0.208 0.129 0.308 0.130 0.157 0.317 0.166 0.254 0.320 0.050 0.071 0.147 0.324 0.177 0.459 6394 chr2 142817658 142826409 + 0 NA intron (NM_018557, intron 1 of 90) intron (NM_018557, intron 1 of 90) 67237 NM_018557 53353 Hs.656461 NM_018557 ENSG00000168702 LRP1B LRP-1B|LRP-DIT|LRPDIT LDL receptor related protein 1B protein-coding 0.837 nan 0.753 0.058 0.080 0.013 0.042 0.075 0.208 0.061 0.833 0.014 0.023 0.020 0.422 0.077 0.073 0.072 0.022 0.036 0.145 0.058 0.068 0.047 0.047 0.079 0.040 0.264 0.033 0.049 0.337 0.026 0.077 0.040 0.045 0.042 0.028 0.025 0.009 0.053 0.058 0.009 0.034 0.027 0.054 0.422 0.041 0.011 0.068 0.070 0.018 0.156 0.026 0.046 0.035 0.057 0.017 0.013 0.006 0.379 0.147 2.871 3.254 0.145 0.233 0.131 0.034 0.206 0.179 4.881 4.994 0.262 0.295 0.811 0.348 0.136 0.249 0.456 0.512 0.361 0.513 0.108 0.159 7104 chr20 61786831 61812052 + 0 NA Intergenic Intergenic -10411 NR_029670 406909 NR_029670 ENSG00000207598 MIR124-3 MIRN124-3|MIRN124A3|mir-124-3 microRNA 124-3 ncRNA 0.801 1.002 0.385 0.094 0.167 0.878 0.051 0.255 0.525 0.019 0.117 0.047 0.022 0.037 0.063 0.298 0.086 0.102 0.037 0.048 0.016 0.117 0.070 0.168 0.042 0.023 0.042 0.113 0.011 0.159 0.597 0.130 0.704 0.012 0.077 0.019 0.159 0.084 0.005 0.034 0.179 0.068 0.028 0.009 0.064 0.090 0.068 0.155 0.094 0.270 0.208 0.298 0.089 0.026 0.168 0.039 0.075 0.287 0.773 0.314 0.057 0.566 0.039 0.030 0.030 0.018 6.700 nan 0.082 0.147 0.655 0.577 0.744 0.288 0.367 0.422 0.455 0.704 0.142 0.169 1.074 0.927 1.043 1.263 0.127 0.120 0.157 0.207 0.429 0.458 8136 chr3 188985183 189092765 + 0 NA 3' UTR (NM_198485, exon 6 of 6) 3' UTR (NM_198485, exon 6 of 6) -80591 NR_046722 100874027 Hs.616080 NR_046722 ENSG00000230115 TPRG1-AS2 - TPRG1 antisense RNA 2 ncRNA 1.243 1.592 0.783 0.345 0.308 0.133 2.155 1.700 3.382 0.403 0.152 0.409 0.691 0.073 0.099 0.550 0.999 0.168 1.470 0.635 1.413 0.015 0.251 0.197 0.605 1.914 0.865 0.016 1.577 0.938 2.738 6.457 2.104 0.807 1.086 0.204 0.211 0.024 0.089 0.245 0.128 0.593 0.078 0.065 1.310 1.835 0.845 0.332 0.807 0.162 0.365 2.309 0.550 1.496 0.743 0.605 0.917 0.157 0.092 0.236 0.091 0.701 0.029 0.103 0.098 0.021 0.009 0.324 0.236 0.598 1.937 0.417 0.570 4.839 1.853 0.353 0.324 0.457 0.836 0.822 1.063 0.718 0.350 0.120 0.183 0.873 0.931 0.326 0.570 1.086 0.676 11720 chr9 114359971 114365999 + 0 NA promoter-TSS (NM_001146108) promoter-TSS (NM_001146108) -850 NM_001146109 22949 Hs.584864 NM_012212 ENSG00000106853 PTGR1 LTB4DH|PGR1|ZADH3 prostaglandin reductase 1 protein-coding 1.251 1.374 nan 1.144 0.845 0.715 6.121 0.368 0.544 0.938 7.424 5.719 0.340 0.150 0.300 0.390 0.854 0.563 1.542 0.983 1.648 0.602 0.396 0.125 0.697 6.620 7.774 1.046 4.009 0.857 1.502 nan 1.560 0.608 0.971 16.994 0.126 2.335 0.119 0.867 0.771 2.242 2.086 1.022 1.178 0.559 5.765 4.956 6.519 2.624 1.268 5.539 0.390 0.901 1.406 0.697 2.938 1.579 0.081 1.677 0.101 1.783 0.376 0.248 1.364 0.048 0.052 0.239 0.321 1.279 1.926 1.162 1.101 1.014 0.163 0.589 0.698 0.754 1.073 1.152 nan 1.613 1.732 0.685 1.284 0.913 1.269 0.454 0.602 nan 0.722 7801 chr3 124575444 124608498 + 0 NA intron (NM_001354764, intron 2 of 14) intron (NM_001354764, intron 2 of 14) 14181 NM_002213 3693 Hs.13155 NM_002213 ENSG00000082781 ITGB5 - integrin subunit beta 5 protein-coding 1.191 nan 0.802 1.472 0.155 0.042 2.508 0.180 0.358 0.387 0.579 2.427 0.080 0.282 0.127 0.205 1.183 0.220 0.756 0.402 5.453 0.122 0.137 0.143 0.104 1.261 0.912 0.313 1.835 0.445 2.313 3.389 0.740 0.267 0.641 0.616 0.006 0.184 0.074 0.590 0.081 1.172 0.663 0.392 0.621 0.405 0.804 2.058 3.743 1.742 1.315 1.444 0.205 0.720 3.363 0.104 0.406 1.477 0.048 1.372 0.089 0.561 0.039 0.155 0.578 2.896 3.066 1.761 2.167 1.581 1.170 0.399 0.457 0.905 0.327 0.639 0.688 0.269 nan 0.272 0.343 0.638 0.483 0.216 0.330 0.039 0.052 0.436 0.664 0.350 0.438 7987 chr3 169528530 169532624 + 0 NA promoter-TSS (NM_153353) promoter-TSS (NM_153353) -3 NM_153353 151827 Hs.591289 NM_153353 ENSG00000171757 LRRC34 - leucine rich repeat containing 34 protein-coding 5.152 4.414 2.426 0.492 6.462 6.903 1.251 2.187 5.031 2.662 3.432 0.256 1.395 2.728 2.246 1.002 0.197 1.311 0.746 0.045 0.780 3.299 1.403 6.096 1.479 1.510 0.932 2.959 0.980 0.846 2.132 1.807 3.562 0.214 3.329 1.816 0.426 0.042 0.721 0.816 0.539 0.763 0.457 2.105 0.094 2.137 1.808 0.139 0.157 3.098 0.338 2.246 0.861 2.674 6.096 0.030 0.161 0.875 1.607 2.702 2.184 0.504 3.400 0.978 0.056 0.026 1.513 2.483 0.301 0.184 7.760 7.052 17.538 4.811 0.573 0.673 0.787 0.982 nan 10.645 nan 9.578 1.327 2.491 11.027 7.749 3.938 3.148 4.927 3.001 8547 chr4 132144618 132156891 + 0 NA Intergenic Intergenic -535239 NR_125883 101927305 Hs.507924 NR_125883 SNHG27 - small nucleolar RNA host gene 27 ncRNA nan nan 0.380 0.024 0.129 0.004 0.023 0.157 0.173 0.015 0.051 0.030 0.005 0.025 0.065 0.041 0.055 0.013 0.086 0.005 0.011 0.078 0.068 0.117 0.006 0.006 0.012 0.083 0.017 0.052 0.025 0.075 0.123 0.060 0.034 0.008 0.053 0.067 0.078 0.016 0.027 0.012 0.082 0.016 0.027 0.017 0.020 0.010 0.041 0.029 0.008 0.117 0.050 0.020 0.040 0.032 0.007 0.072 0.010 0.019 0.023 0.004 0.272 0.184 0.125 0.109 0.174 0.254 0.094 0.070 0.075 0.140 5.343 5.844 0.214 0.224 0.255 0.136 0.161 0.247 0.041 0.063 0.151 nan 0.109 0.131 344 chr1 44808554 44822194 + 0 NA intron (NM_001301699, intron 1 of 7) intron (NM_001301699, intron 1 of 7) 5577 NM_001301698 79033 Hs.731413 NM_024066 ENSG00000117419 ERI3 PINT1|PRNPIP ERI1 exoribonuclease family member 3 protein-coding nan 1.096 nan 0.522 0.737 0.315 0.552 0.305 0.652 0.155 0.373 0.459 0.077 0.259 0.617 0.867 0.816 0.178 0.358 0.153 0.319 0.193 0.529 0.496 0.473 0.258 0.154 0.248 0.278 0.078 0.372 0.765 0.309 1.494 0.203 0.248 0.159 0.311 0.121 0.052 0.399 0.541 0.256 0.177 0.160 0.218 0.554 0.198 0.403 0.563 0.270 0.327 0.867 0.502 0.420 0.473 0.171 0.534 0.263 0.735 0.341 0.214 0.398 0.547 0.129 0.152 0.097 0.998 0.889 0.829 1.519 2.082 2.482 1.428 0.623 1.506 1.505 1.100 nan nan 6.725 1.193 1.128 1.221 nan 0.581 0.594 1.409 2.099 1.321 0.799 4682 chr17 29024379 29041802 + 0 NA Intergenic CpG -3536 NR_144395 440423 Hs.628886 NR_024187 SUZ12P1 SUZ12P SUZ12 pseudogene 1 pseudo nan nan nan 0.875 0.930 2.135 1.074 1.501 2.508 0.685 2.111 0.337 0.816 0.482 2.095 2.179 0.946 0.340 2.595 0.560 0.277 1.464 0.813 0.493 2.806 0.893 0.531 1.082 1.063 0.401 2.164 4.670 1.982 3.826 0.513 0.885 0.903 1.922 0.123 0.495 1.779 0.900 0.588 0.315 0.734 0.904 0.829 0.988 2.481 1.292 0.797 0.765 2.179 3.722 0.444 2.806 0.435 0.450 0.653 2.139 0.821 0.654 1.748 2.498 0.489 0.364 0.135 2.153 2.954 1.370 2.235 3.625 3.370 2.961 1.059 1.945 2.067 1.230 1.735 2.825 4.150 3.963 4.349 2.455 4.678 2.294 2.054 3.694 nan 1.423 0.828 7445 chr22 42223790 42243818 + 0 NA intron (NR_103834, intron 1 of 21) AluSp|SINE|Alu 4721 NM_004599 6721 Hs.443258 NM_004599 ENSG00000198911 SREBF2 SREBP-2|SREBP2|bHLHd2 sterol regulatory element binding transcription factor 2 protein-coding 2.159 nan 1.538 2.126 1.533 1.389 1.229 1.266 2.810 0.785 0.755 0.812 0.738 0.805 1.918 2.840 1.181 0.249 1.243 0.339 0.660 0.731 1.139 0.434 3.486 0.692 0.551 0.401 1.259 0.608 1.780 5.996 2.945 2.134 0.344 0.822 0.812 0.844 0.149 0.171 0.836 1.059 0.951 0.490 0.461 0.454 3.041 0.592 1.283 1.360 0.914 2.483 2.840 1.560 1.102 3.486 0.726 1.273 0.516 0.867 1.705 0.786 0.943 1.263 0.438 0.311 0.254 1.981 2.195 2.794 4.054 2.332 1.936 2.561 1.880 3.381 3.656 2.140 nan 2.034 3.332 nan 2.728 1.283 2.187 2.279 2.413 2.098 3.335 1.229 0.727 6577 chr2 201467889 201481433 + 0 NA intron (NM_001159, intron 12 of 34) intron (NM_001159, intron 12 of 34) 23930 NM_001159 316 Hs.406238 NM_001159 ENSG00000138356 AOX1 AO|AOH1 aldehyde oxidase 1 protein-coding 0.675 nan 0.673 0.136 0.131 0.033 1.375 0.131 0.269 0.218 1.492 0.221 0.014 0.067 0.049 0.132 0.269 0.059 0.475 0.294 0.191 0.010 0.069 0.079 0.097 0.544 0.166 0.038 0.446 0.663 0.144 0.299 0.178 0.365 0.472 2.832 0.007 0.047 0.091 0.494 0.036 2.971 2.583 1.117 1.220 0.443 0.778 1.606 0.263 0.419 0.059 0.399 0.132 0.137 0.078 0.097 0.072 0.093 0.057 0.154 0.045 0.355 0.080 0.138 0.943 0.298 0.176 0.333 0.159 0.248 0.422 0.257 0.247 0.208 0.060 0.332 0.327 0.129 0.223 0.325 0.308 0.367 0.186 0.175 0.190 0.064 0.054 0.234 0.567 0.207 0.280 7129 chr21 11185644 11187470 + 0 NA Intergenic HSATI|Satellite|Satellite -87620 NM_001187 574 Hs.545789 NM_001187 BAGE BAGE1|CT2.1 B melanoma antigen protein-coding 6.017 4.982 nan 2.188 0.835 1.284 0.154 0.611 0.846 0.053 5.376 0.151 1.497 0.491 0.549 0.605 2.048 3.520 0.059 0.206 3.164 0.078 0.169 0.614 4.712 0.037 0.234 0.119 6.625 0.115 8.414 0.428 2.313 1.278 15.449 3.015 0.884 1.898 5.320 0.192 0.434 0.404 0.164 0.212 3.643 0.553 5.127 0.604 2.362 0.195 0.130 0.478 0.605 0.158 0.653 4.712 0.069 0.869 0.208 0.189 0.278 0.214 1.733 0.066 0.254 0.189 0.083 1.336 0.814 0.788 1.187 1.351 2.047 1.311 0.454 1.050 0.921 5.724 6.443 6.215 5.571 2.831 0.777 6.405 7.503 3.536 4.536 0.833 1.071 0.633 0.801 11460 chr9 14073980 14113259 + 0 NA intron (NM_005596, intron 8 of 8) intron (NM_005596, intron 8 of 8) 87182 NM_001282787 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.335 0.191 0.566 3.903 0.094 0.323 0.563 0.015 0.092 0.528 0.016 0.046 0.161 0.467 0.488 0.102 0.070 0.010 0.034 0.025 0.454 0.446 0.512 0.074 0.028 0.007 0.045 0.003 0.497 0.762 0.754 1.668 0.176 0.167 0.252 0.069 0.114 0.024 0.156 0.030 0.012 0.010 0.047 0.039 0.091 0.196 0.143 0.056 0.358 0.056 0.467 0.045 0.075 0.512 0.066 0.027 0.015 0.015 0.131 0.030 0.091 0.063 0.200 0.035 0.018 0.209 0.120 2.374 4.086 0.705 0.854 0.929 0.365 0.221 0.157 6.068 7.679 1.417 1.834 0.370 0.181 0.232 0.350 1.209 1.136 0.306 0.799 1.374 0.885 2103 chr11 74458623 74467912 + 0 NA intron (NM_001098638, intron 1 of 5) AluSc|SINE|Alu 3354 NM_001098638 254225 Hs.370145 NM_001098638 ENSG00000166439 RNF169 - ring finger protein 169 protein-coding nan 1.719 1.337 3.671 1.257 0.935 2.289 0.570 1.009 0.772 1.760 0.950 1.251 0.344 0.825 0.993 0.809 0.191 2.729 0.696 1.217 0.463 0.615 0.333 1.740 1.669 1.731 1.005 2.540 1.986 2.186 nan 2.718 2.502 0.912 0.560 0.123 1.228 0.137 0.875 0.928 3.260 2.383 1.417 3.037 1.944 2.479 2.667 1.516 1.690 1.739 1.966 0.993 1.948 4.913 1.740 0.824 1.076 0.115 2.728 1.332 1.342 0.524 0.386 1.225 0.434 0.263 2.146 2.584 2.853 3.377 2.872 2.268 2.561 1.410 8.551 8.777 1.820 2.453 2.834 4.495 1.667 1.535 1.666 2.675 1.046 0.999 1.555 1.619 1.241 0.809 8396 chr4 57251919 57260677 + 0 NA Intergenic LTR40c|LTR|ERVL -2624 NM_001286670 132949 Hs.104347 NM_181806 ENSG00000157426 AASDH ACSF4|LYS2|NRPS1098|NRPS998 aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase protein-coding nan 1.338 1.247 1.065 2.449 0.801 0.826 1.209 2.309 0.395 1.355 1.433 0.866 0.183 1.899 1.095 0.899 0.289 1.055 0.528 0.765 0.239 0.822 0.648 1.661 0.914 0.721 0.352 0.944 0.393 1.263 1.508 1.212 2.705 0.685 1.232 0.328 0.817 0.068 0.419 0.903 1.649 0.876 0.384 0.921 0.411 0.977 1.083 0.680 0.769 0.939 0.631 1.095 1.580 1.330 1.661 0.308 0.624 0.266 1.329 1.772 0.746 0.882 0.623 0.532 0.316 0.187 2.778 2.899 2.322 3.390 2.571 1.658 6.580 2.368 4.623 4.961 2.887 3.357 3.983 5.458 2.851 3.114 1.179 2.387 1.739 1.529 1.726 2.283 7.015 3.627 2949 chr12 110681373 110694147 + 0 NA Intergenic Intergenic -31272 NM_001681 488 Hs.506759 NM_001681 ENSG00000174437 ATP2A2 ATP2B|DAR|DD|SERCA2 ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2 protein-coding nan nan 0.789 1.497 0.180 0.635 1.163 0.113 0.297 0.455 0.121 0.231 0.010 1.052 0.525 0.371 0.343 0.188 0.316 0.148 0.085 0.087 0.173 0.161 0.207 2.025 1.436 0.099 0.294 1.195 0.419 1.303 1.212 0.612 0.184 0.445 0.059 0.082 0.137 0.064 0.094 0.095 0.415 0.238 0.538 1.098 1.189 0.238 6.921 0.134 3.012 1.735 0.371 0.306 0.139 0.207 0.708 0.180 0.283 0.201 0.096 0.259 0.131 0.279 0.050 0.032 0.032 0.292 0.294 0.648 0.897 nan nan nan 0.287 0.403 0.405 0.475 0.845 nan nan 0.565 0.384 0.292 0.276 0.416 0.531 0.542 1.077 nan 0.894 6624 chr2 211403542 211444840 + 0 NA intron (NM_001875, intron 1 of 37) intron (NM_001875, intron 1 of 37) 2868 NM_001875 1373 Hs.149252 NM_001875 ENSG00000021826 CPS1 CPSASE1|PHN carbamoyl-phosphate synthase 1 protein-coding nan 0.860 nan 0.062 0.136 0.020 0.036 0.093 0.244 0.007 0.148 0.083 0.015 0.019 0.049 0.125 0.096 0.058 0.106 0.028 14.094 0.007 0.094 0.106 0.087 0.016 0.014 0.016 0.043 0.008 0.074 0.093 0.074 0.296 0.035 5.035 0.016 0.053 0.109 0.017 0.048 0.051 0.012 0.015 0.031 0.028 0.109 0.053 0.400 0.057 3.254 1.494 0.125 0.062 0.038 0.087 0.550 0.651 0.014 0.350 0.535 0.030 0.050 0.133 0.026 0.022 0.011 0.388 0.274 0.221 0.270 0.217 0.265 0.438 0.143 0.347 0.358 0.159 0.273 0.365 nan 0.346 0.171 0.147 0.226 0.046 0.056 0.321 0.641 0.419 0.382 2224 chr11 107049886 107057923 + 0 NA Intergenic Intergenic -164733 NM_001256424 2977 Hs.24321 NM_000855 ENSG00000152402 GUCY1A2 GC-SA2|GUC1A2 guanylate cyclase 1 soluble subunit alpha 2 protein-coding 0.583 0.694 0.621 0.036 0.097 0.021 0.106 0.063 0.211 0.077 0.035 0.023 0.012 0.088 0.048 0.044 0.091 0.095 0.016 0.018 0.097 0.130 0.030 0.018 0.012 0.028 0.101 0.013 0.050 0.189 0.009 0.251 0.621 0.033 0.012 0.094 0.105 0.015 0.059 0.206 0.015 0.029 0.027 0.052 0.132 0.174 0.051 0.052 0.010 0.050 0.048 0.517 0.032 0.030 0.015 0.073 0.029 0.013 0.186 1.682 0.077 0.132 0.064 0.019 9.188 5.129 2.495 0.969 0.233 0.272 0.089 0.083 1.456 1.512 0.198 0.399 0.181 0.254 0.418 0.163 1.836 2.723 0.089 0.112 0.180 0.347 0.261 0.211 209 chr1 29209644 29256322 + 0 NA intron (NM_001166007, intron 1 of 17) intron (NM_001166007, intron 1 of 17) -8105 NM_001166006 2035 Hs.175437 NM_004437 ENSG00000159023 EPB41 4.1R|EL1|HE erythrocyte membrane protein band 4.1 protein-coding 1.641 1.243 nan 0.489 2.609 0.575 0.395 0.553 1.218 0.072 0.394 0.749 0.084 0.695 0.987 0.581 0.396 0.138 0.469 0.114 0.157 0.181 0.558 0.332 0.500 0.346 0.232 0.289 0.290 0.122 0.445 1.257 0.463 1.479 0.193 0.685 0.147 0.493 0.121 0.086 0.432 0.467 0.175 0.134 0.245 0.089 0.274 0.292 0.530 0.471 0.353 0.410 0.581 0.430 0.465 0.500 0.246 0.213 0.413 0.381 0.608 0.235 0.344 0.677 0.109 0.064 0.035 0.984 1.171 0.825 1.364 1.825 1.792 1.521 0.613 1.695 1.767 1.495 2.082 2.070 2.345 1.824 1.649 1.049 1.268 0.754 1.246 1.580 3.638 1.776 0.860 10581 chr7 105913510 105928992 + 0 NA intron (NM_005746, intron 1 of 10) AluSc8|SINE|Alu 4387 NM_005746 10135 Hs.489615 NM_005746 ENSG00000105835 NAMPT 1110035O14Rik|PBEF|PBEF1|VF|VISFATIN nicotinamide phosphoribosyltransferase protein-coding nan 1.145 1.491 1.988 1.135 0.730 1.754 0.624 1.155 0.420 2.385 1.339 0.280 0.309 1.381 1.140 1.682 0.233 1.643 0.372 0.746 0.456 0.798 0.560 0.875 2.108 2.715 0.779 4.527 0.900 2.736 2.362 6.904 2.487 0.443 6.030 0.369 1.113 0.173 1.251 0.802 1.334 1.316 0.503 1.045 1.038 1.883 2.964 1.521 1.262 1.014 3.453 1.140 1.476 1.496 0.875 2.497 0.829 0.275 1.633 0.723 2.257 0.715 0.364 0.584 1.125 0.844 1.164 1.566 1.136 1.854 1.799 1.699 2.167 1.221 2.226 2.171 1.127 1.643 1.635 3.029 1.851 2.084 0.879 2.051 1.417 1.085 1.259 nan 1.622 1.065 7442 chr22 41761774 41768503 + 0 NA intron (NM_001145398, intron 1 of 3) intron (NM_001145398, intron 1 of 3) 1801 NM_001145398 7008 Hs.181159 NM_003216 ENSG00000167074 TEF - TEF, PAR bZIP transcription factor protein-coding 3.207 nan 2.195 0.323 0.954 0.935 0.605 0.405 0.793 0.029 0.208 0.261 0.082 0.116 3.880 0.749 0.490 0.143 0.239 0.084 0.038 0.020 0.490 0.283 1.013 0.212 0.109 0.078 0.646 0.234 0.341 1.453 0.390 0.760 0.131 0.104 0.126 0.179 0.053 0.123 0.684 0.177 0.018 0.012 0.098 0.034 0.327 0.104 0.212 0.169 0.375 0.203 0.749 0.317 0.138 1.013 0.018 0.124 1.717 0.182 0.662 0.258 0.117 1.509 0.146 0.009 0.007 1.366 1.927 0.656 1.242 2.283 1.909 2.949 0.634 0.658 0.675 1.749 nan 4.857 6.464 10.179 13.976 0.572 0.646 0.586 0.827 1.358 3.264 0.878 0.722 11205 chr8 109257346 109262358 + 0 NA intron (NM_001568, intron 1 of 12) intron (NM_001568, intron 1 of 12) 1107 NM_001568 3646 Hs.405590 NM_001568 ENSG00000104408 EIF3E EIF3-P48|EIF3S6|INT6|eIF3-p46 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E protein-coding 4.138 nan nan 1.530 4.448 0.219 3.051 1.662 3.272 1.777 2.873 1.768 0.968 1.018 1.045 1.717 1.616 0.097 3.004 1.017 1.727 1.494 0.628 0.544 2.924 1.834 1.457 1.058 2.529 1.156 3.578 4.321 1.279 5.878 1.909 2.789 0.381 1.946 0.082 1.319 0.429 1.859 3.227 1.597 1.854 0.772 2.789 2.790 1.993 2.630 1.163 2.236 1.717 2.872 3.113 2.924 0.613 1.476 0.269 1.463 1.749 1.652 0.926 1.901 0.820 1.023 0.712 3.427 3.116 3.334 5.002 2.804 3.085 nan 3.864 18.347 20.061 4.119 nan 7.926 nan nan 4.926 2.364 4.597 3.001 3.506 7.570 5.943 3.096 1.582 5916 chr2 12854053 12862741 + 0 NA 5' UTR (NM_021643, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_021643, exon 1 of 3) 1399 NM_021643 28951 Hs.467751 NM_021643 ENSG00000071575 TRIB2 C5FW|GS3955|TRB2 tribbles pseudokinase 2 protein-coding 1.909 2.378 1.947 0.399 2.118 1.023 2.103 0.481 0.924 0.649 5.879 5.128 0.134 0.262 5.790 1.292 2.280 0.166 2.049 0.935 0.367 2.160 1.228 3.478 2.039 2.395 0.017 1.369 0.548 4.115 6.489 4.391 14.526 2.261 0.240 0.033 0.100 0.078 3.055 1.296 3.511 0.626 0.430 2.815 0.096 6.304 4.217 0.272 0.541 2.260 2.164 1.292 1.293 0.351 3.478 2.750 0.533 1.580 4.280 6.979 2.489 0.114 1.263 5.142 0.404 0.462 3.902 5.575 1.334 2.361 5.328 3.965 0.347 0.119 3.175 2.989 1.419 2.543 8.613 nan 2.541 3.367 0.201 0.241 0.339 0.205 1.468 nan 2.839 1.446 4460 chr16 80061030 80082692 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 242715 NR_104661 101928248 Hs.659802 NR_104660 ENSG00000260876 LINC01229 - long intergenic non-protein coding RNA 1229 ncRNA nan 1.707 0.546 0.201 0.339 3.550 0.128 0.237 0.461 0.106 0.279 0.184 0.011 0.136 1.012 0.171 0.037 0.122 0.076 0.018 0.822 0.006 0.029 0.054 0.078 0.400 0.177 0.010 0.300 0.304 0.283 1.202 0.570 1.401 0.483 0.544 0.022 0.010 0.088 0.190 0.153 0.081 0.403 0.217 0.070 0.226 0.961 0.115 0.409 0.039 0.044 0.865 0.171 0.042 0.086 0.078 0.241 0.149 0.150 0.207 0.048 0.028 0.023 0.331 0.052 0.024 0.259 0.176 0.190 0.492 0.334 0.334 0.098 0.056 0.278 0.342 0.074 0.144 0.778 1.362 0.389 0.182 0.088 0.111 0.052 0.058 0.060 0.134 0.220 0.267 5080 chr17 79619754 79635189 + 0 NA Intergenic Intergenic -3864 NM_002602 5148 Hs.654482 NM_002602 ENSG00000185527 PDE6G PDEG|RP57 phosphodiesterase 6G protein-coding 2.390 1.886 2.017 1.147 1.255 0.506 2.144 0.870 1.459 0.597 1.564 0.959 0.250 0.433 0.904 1.859 0.881 0.254 2.715 1.411 2.425 0.655 0.839 0.579 1.067 1.036 1.044 0.866 1.260 0.559 1.989 3.329 1.718 2.785 0.958 1.855 0.265 1.168 0.106 0.591 0.536 1.694 1.046 0.495 1.131 0.629 1.141 1.075 1.610 1.679 0.633 4.051 1.859 3.992 1.237 1.067 1.174 1.840 0.472 2.559 1.635 0.962 0.552 3.881 0.850 0.683 0.313 3.605 2.805 2.104 3.629 1.651 1.692 2.940 1.100 3.673 3.818 nan 2.102 1.634 2.935 3.401 3.190 1.639 2.354 1.164 1.691 2.559 5.601 nan 0.727 12000 chrX 153230983 153241626 + 0 NA TTS (NR_046608) TTS (NR_046608) 515 NM_005334 3054 Hs.83634 NM_005334 ENSG00000172534 HCFC1 CFF|HCF|HCF-1|HCF1|HFC1|MRX3|PPP1R89|VCAF host cell factor C1 protein-coding 5.075 4.125 5.811 4.667 3.792 4.007 3.823 4.585 9.214 0.987 4.855 1.385 2.689 3.195 9.378 6.320 1.379 0.091 2.124 0.662 3.363 2.604 1.383 0.559 4.580 1.724 2.445 1.493 3.916 0.802 4.568 6.824 5.240 8.689 1.525 4.569 1.152 1.877 0.043 0.897 4.110 5.021 4.098 1.719 1.959 3.120 2.571 3.616 3.412 3.419 0.966 2.493 6.320 3.122 1.809 4.580 1.863 2.607 1.207 5.675 1.830 2.225 2.052 2.610 3.242 2.019 1.410 8.162 8.210 4.513 6.273 10.214 9.679 6.886 5.155 15.622 16.585 2.598 3.462 6.692 9.831 9.043 9.738 4.366 6.228 4.756 5.613 7.942 5.863 2.418 1.419 5683 chr19 41359807 41374755 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -10929 NM_000762 1548 Hs.250615 NM_000762 ENSG00000255974 CYP2A6 CPA6|CYP2A|CYP2A3|CYPIIA6|P450C2A|P450PB cytochrome P450 family 2 subfamily A member 6 protein-coding 0.721 0.798 0.698 0.182 0.093 0.045 0.143 0.108 0.186 0.051 0.738 0.699 0.909 0.047 0.120 0.198 0.100 0.140 0.197 0.081 0.018 0.084 0.110 0.072 0.614 0.190 0.030 0.116 0.084 0.959 nan 3.864 0.174 0.049 0.113 0.019 0.103 0.125 0.016 0.021 0.148 0.133 0.078 0.843 0.721 0.771 0.273 0.574 0.247 0.085 0.960 0.198 0.693 0.031 0.072 0.340 3.167 0.034 0.065 0.055 0.016 0.013 0.034 0.111 0.015 0.024 0.343 0.183 0.138 0.217 0.256 0.225 0.188 0.077 0.260 0.249 0.194 0.411 0.204 0.200 0.327 0.126 0.159 0.195 0.062 0.113 0.115 0.214 0.255 0.530 6658 chr2 219816417 219833803 + 0 NA exon (NM_003936, exon 1 of 1) exon (NM_003936, exon 1 of 1) 760 NM_003936 8941 Hs.158460 NM_003936 ENSG00000171450 CDK5R2 NCK5AI|P39|p39nck5ai cyclin dependent kinase 5 regulatory subunit 2 protein-coding nan 2.683 nan 0.199 2.605 2.736 1.088 1.246 2.446 0.028 0.678 0.410 0.011 1.899 2.071 2.781 0.056 0.080 0.182 0.252 0.061 0.126 1.862 0.837 3.275 0.240 0.096 0.127 0.063 0.116 0.135 0.238 0.147 6.943 0.210 1.404 0.627 0.517 0.101 0.089 1.237 0.175 0.152 0.086 0.214 0.242 0.217 1.263 0.445 0.370 0.018 0.267 2.781 0.102 0.091 3.275 0.257 0.114 1.033 0.681 2.584 0.168 0.875 1.263 0.830 0.056 0.012 2.796 4.500 0.119 0.282 2.982 2.266 4.466 1.372 0.140 0.142 1.581 2.281 5.324 nan 3.267 3.243 1.138 1.821 2.524 2.575 4.352 6.901 1.414 0.873 7821 chr3 128025647 128049705 + 0 NA intron (NM_021937, intron 4 of 6) intron (NM_021937, intron 4 of 6) -144761 NR_037890 285224 Hs.683815 NR_037890 ENSG00000242049 DNAJB8-AS1 - DNAJB8 antisense RNA 1 ncRNA 1.612 nan 1.527 0.133 0.336 0.306 0.215 0.227 0.430 0.004 0.093 0.084 0.013 0.158 0.302 0.214 0.222 0.154 0.110 0.016 0.029 0.058 0.606 0.290 0.552 0.078 0.045 0.089 0.096 0.030 0.127 0.239 0.273 0.374 0.030 0.076 0.083 0.054 0.072 0.010 0.216 0.169 0.035 0.032 0.038 0.058 0.282 0.075 0.115 0.097 0.013 0.219 0.214 0.098 0.054 0.552 0.020 0.179 0.424 0.150 0.055 0.089 0.058 0.175 0.006 0.019 0.008 0.460 0.768 0.336 0.363 0.903 0.888 5.127 1.331 0.454 0.469 0.506 nan 1.557 1.490 1.235 1.681 0.465 0.519 0.470 0.469 0.388 0.635 1.079 0.654 4998 chr17 73891543 73914301 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1741 NM_032478 64978 Hs.442609 NM_032478 ENSG00000204316 MRPL38 HSPC262|L38MT|MRP-L3|MRP-L38|RPML3 mitochondrial ribosomal protein L38 protein-coding 2.074 1.613 1.713 0.808 1.429 0.769 1.900 1.077 1.984 0.577 1.481 0.825 0.579 0.493 2.640 1.104 0.582 0.368 1.883 0.866 0.996 0.610 1.801 1.256 2.122 1.242 1.269 0.792 2.290 1.028 2.504 5.043 1.747 3.992 1.121 1.480 0.569 1.164 0.147 0.612 0.451 1.480 0.781 0.404 1.601 0.936 0.758 0.876 1.869 1.653 0.717 0.945 1.104 4.544 1.098 2.122 0.582 1.459 0.341 2.103 2.172 1.076 0.430 0.753 0.366 0.544 0.340 2.013 2.869 1.173 1.932 3.407 2.796 3.243 1.147 2.258 2.253 nan 1.975 4.143 4.892 2.518 2.515 0.917 1.525 2.641 2.018 2.040 2.579 nan 0.900 10464 chr7 81714281 81727128 + 0 NA intron (NM_000722, intron 6 of 38) intron (NM_000722, intron 6 of 38) 82211 NR_110077 101927356 Hs.571348 NR_110076 ENSG00000223770 LOC101927356 - uncharacterized LOC101927356 ncRNA 1.194 0.782 0.857 0.045 0.104 0.130 0.083 0.786 1.704 0.086 0.116 0.010 0.139 0.189 0.189 0.101 0.050 0.044 0.029 0.021 0.241 0.198 0.183 0.011 0.011 0.106 0.088 0.057 0.137 0.290 0.045 0.128 0.097 0.081 0.162 0.019 0.105 0.050 0.019 0.012 0.042 0.029 0.173 0.077 0.101 0.111 0.019 0.058 0.189 0.022 0.072 0.183 0.047 0.019 0.022 0.018 0.024 0.056 0.232 1.310 0.060 0.009 0.016 0.744 0.643 0.177 0.287 0.383 0.453 0.681 0.354 0.134 0.132 0.840 0.971 0.343 0.362 1.140 0.820 0.216 0.493 0.304 0.361 2.318 7.514 0.514 0.453 6449 chr2 163692851 163697612 + 0 NA promoter-TSS (NM_173162) promoter-TSS (NM_173162) 26 NM_173162 90134 Hs.657413 NM_033272 ENSG00000184611 KCNH7 ERG3|HERG3|Kv11.3 potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 protein-coding 2.965 3.981 nan 0.191 5.512 7.182 0.060 3.913 6.354 0.120 0.042 0.058 0.013 0.467 3.083 1.101 0.161 0.023 0.013 0.029 2.448 1.958 3.863 0.015 0.058 0.022 0.102 0.041 0.075 16.574 0.035 1.475 0.342 0.080 0.049 2.658 0.135 0.041 0.066 0.020 0.084 0.068 0.955 1.101 0.015 0.039 3.863 0.051 0.088 1.308 0.212 1.952 0.050 0.082 0.155 0.015 0.012 0.032 0.412 0.361 1.841 0.901 7.496 5.790 7.699 3.089 5.265 5.346 4.199 4.642 4.394 7.659 1.648 2.468 0.236 0.487 5.531 4.469 0.440 0.888 2.450 1.558 1873 chr11 31775459 31792952 + 0 NA intron (NM_001288726, intron 10 of 11) intron (NM_001288726, intron 10 of 11) 41580 NM_001310161 5080 Hs.270303 NM_000280 ENSG00000007372 PAX6 AN|AN2|ASGD5|D11S812E|FVH1|MGDA|WAGR paired box 6 protein-coding 0.878 0.953 nan 0.066 0.101 0.120 0.053 0.110 0.248 0.022 0.088 0.078 0.028 0.017 0.112 0.388 0.138 0.074 0.043 0.043 0.045 0.024 0.161 0.123 0.062 0.020 0.013 0.039 0.006 0.092 0.083 0.089 0.300 0.033 0.042 0.055 0.068 0.121 0.007 0.158 0.037 0.007 0.027 0.025 0.018 0.176 0.127 0.037 0.029 0.027 0.015 0.388 0.020 0.026 0.062 0.014 0.010 0.079 0.030 0.035 0.041 0.051 0.114 0.043 0.020 0.009 0.490 0.387 0.202 0.243 0.261 0.388 0.294 0.183 0.290 0.263 5.942 6.420 0.140 0.182 0.509 0.220 0.200 0.357 0.299 0.258 0.290 nan 1.022 0.667 10487 chr7 87893318 87942208 + 0 NA intron (NM_024636, intron 1 of 4) AluSp|SINE|Alu 18465 NM_024636 79689 Hs.521008 NM_024636 ENSG00000127954 STEAP4 STAMP2|SchLAH|TIARP|TNFAIP9 STEAP4 metalloreductase protein-coding 0.680 0.591 0.692 0.427 0.118 0.035 0.540 0.072 0.201 0.374 0.118 0.119 0.310 0.027 0.124 0.102 0.301 0.123 0.144 0.148 0.030 0.017 0.099 0.141 0.039 0.041 0.031 0.032 1.818 1.242 1.194 3.155 4.080 0.189 0.135 0.065 0.023 0.055 0.151 0.034 0.023 0.126 0.052 0.046 1.445 0.532 0.774 0.125 0.073 0.103 0.476 1.455 0.102 0.400 0.044 0.039 0.585 2.983 0.028 0.039 0.208 0.144 0.030 0.063 0.034 0.024 0.014 0.379 0.209 0.276 1.291 0.191 0.249 0.129 0.084 0.186 0.228 0.214 0.316 0.246 0.219 0.371 0.169 0.140 0.243 0.087 0.089 0.279 nan 0.868 0.827 3651 chr14 68427810 68446423 + 0 NA intron (NM_002877, intron 7 of 10) intron (NM_002877, intron 7 of 10) 146807 NM_001321815 5890 Hs.172587 NM_002877 ENSG00000182185 RAD51B R51H2|RAD51L1|REC2 RAD51 paralog B protein-coding nan nan 0.931 0.723 0.220 0.138 0.490 0.474 0.565 0.298 0.152 0.293 3.383 0.059 0.105 0.330 0.391 0.145 0.447 0.152 0.182 0.546 0.110 0.120 0.115 0.639 0.221 0.032 1.669 0.656 0.792 2.042 3.082 0.810 1.148 1.110 0.516 0.995 0.162 0.152 0.485 0.054 0.006 0.013 0.440 0.753 0.559 0.139 0.272 0.077 0.030 1.875 0.330 0.333 0.139 0.115 0.525 1.958 0.063 0.100 0.104 0.306 0.159 0.046 0.309 0.015 0.008 0.340 0.185 0.682 3.896 0.299 0.414 0.396 0.136 nan 0.468 0.380 0.562 0.392 nan 0.778 0.340 0.203 0.331 1.820 2.479 0.356 0.757 1.516 1.031 8555 chr4 139636343 139659176 + 0 NA Intergenic Intergenic 286041 NR_133945 105377448 Hs.200280 NR_133945 ENSG00000250195 LOC105377448 - uncharacterized LOC105377448 ncRNA nan nan 0.937 0.079 0.275 3.568 0.068 0.223 0.393 0.004 0.102 0.206 0.003 0.040 0.190 0.178 0.172 0.035 0.181 0.050 0.025 0.012 0.110 0.068 0.257 0.033 0.006 0.003 0.063 0.028 0.096 0.270 0.078 0.641 0.116 0.039 0.195 0.024 0.063 0.041 0.237 0.062 0.018 0.014 0.072 0.013 0.087 0.106 0.021 0.044 0.014 0.043 0.178 0.066 0.016 0.257 0.021 0.032 0.034 0.003 0.026 0.045 0.064 1.502 0.020 0.015 0.007 0.208 0.107 0.158 0.221 0.421 0.492 1.388 0.402 0.104 0.132 1.043 1.148 0.242 0.305 0.829 0.717 0.119 0.255 0.760 0.597 0.766 nan 0.599 0.477 9928 chr6 133747441 133754413 + 0 NA intron (NM_172103, intron 3 of 18) intron (NM_172103, intron 3 of 18) 188290 NM_001301013 2070 Hs.596680 NM_004100 ENSG00000112319 EYA4 CMD1J|DFNA10 EYA transcriptional coactivator and phosphatase 4 protein-coding 0.611 0.704 0.976 1.328 0.098 0.010 0.142 0.532 0.069 0.079 0.093 4.503 0.028 0.317 0.856 0.140 0.101 0.076 0.027 0.146 0.079 0.503 0.175 0.103 0.052 0.021 0.010 0.078 0.106 0.080 0.428 0.092 0.219 0.021 0.078 0.014 0.061 0.116 1.523 0.118 0.034 0.011 0.060 0.181 0.071 0.070 0.096 0.012 0.029 0.856 0.184 0.103 0.035 0.024 0.056 0.050 0.352 0.022 0.042 0.037 0.043 0.008 0.007 0.396 0.567 0.254 0.686 0.683 0.587 nan 1.433 0.791 0.794 0.545 0.868 0.103 0.127 0.649 0.380 0.115 0.259 0.196 0.368 0.125 nan 1.006 0.818 4157 chr15 100650185 100665457 + 0 NA intron (NM_139057, intron 12 of 21) intron (NM_139057, intron 12 of 21) 224389 NM_139057 170691 Hs.513200 NM_139057 ENSG00000140470 ADAMTS17 WMS4 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 17 protein-coding 0.386 nan 0.373 0.232 0.081 0.028 2.555 0.704 0.873 0.061 1.943 0.012 0.020 0.075 0.313 0.068 0.053 0.021 0.013 0.029 0.036 0.431 0.196 0.039 2.931 3.216 0.015 0.188 0.091 0.528 1.878 0.092 nan 0.106 0.081 0.007 0.078 0.766 0.269 0.233 0.163 0.422 0.299 0.101 0.755 0.071 0.051 0.020 0.104 0.313 0.029 1.023 0.039 0.299 0.148 0.057 0.065 0.259 0.206 0.065 0.024 1.902 2.612 2.793 0.380 0.286 0.260 0.371 0.606 0.461 2.535 0.610 0.382 0.358 0.109 0.176 0.075 0.091 0.529 0.528 0.209 0.171 0.146 0.116 0.081 0.087 0.964 0.625 6711 chr2 233283871 233289114 + 0 NA Intergenic Intergenic 14940 NM_031313 251 Hs.333509 NM_031313 ENSG00000163286 ALPG ALPPL|ALPPL2|GCAP alkaline phosphatase, germ cell protein-coding 0.748 nan 0.694 0.314 0.336 1.083 0.591 0.245 0.357 0.036 0.060 0.123 0.546 0.038 0.085 0.144 0.029 4.665 2.864 0.049 0.026 0.123 0.142 0.147 0.320 0.162 0.083 0.154 0.169 0.705 1.664 0.432 1.577 0.444 0.144 0.018 0.413 0.090 0.112 0.076 0.140 0.035 0.058 2.073 0.257 2.130 0.067 0.301 0.136 0.121 0.128 0.144 4.107 0.035 0.147 0.059 0.475 0.119 1.229 0.038 0.106 0.037 0.188 0.030 0.259 0.302 1.128 1.877 0.952 0.663 0.275 0.152 0.273 0.237 0.094 0.111 1.709 nan 0.347 0.289 0.165 0.372 0.049 0.065 0.481 0.510 0.164 0.330 6842 chr20 11227629 11231390 + 0 NA Intergenic Intergenic 24522 NR_038972 339593 Hs.434320 NR_038972 LOC339593 - uncharacterized LOC339593 ncRNA 0.628 nan 0.675 0.114 0.210 0.030 0.112 0.087 0.630 0.076 0.127 0.033 0.028 0.196 0.748 0.251 0.216 0.056 0.022 0.250 0.064 0.329 0.055 0.057 0.037 0.028 0.130 0.211 0.094 0.433 0.194 0.126 0.103 2.911 0.083 0.063 0.188 0.081 0.032 0.021 0.088 0.020 0.154 0.158 0.043 0.058 0.025 0.748 0.078 0.043 0.329 0.064 0.045 0.156 0.054 0.073 0.210 0.098 0.227 0.015 0.014 1.052 1.269 10.969 11.345 0.319 0.476 1.829 0.405 0.194 0.507 2.740 2.740 0.337 0.473 1.166 1.064 0.292 0.795 0.690 0.859 0.243 0.596 1.029 1.152 8062 chr3 178422280 178435669 + 0 NA intron (NM_001278911, intron 1 of 4) MIR|SINE|MIR 149219 NR_126560 104797538 Hs.478363 NR_126560 KCNMB2-AS1 - KCNMB2 antisense RNA 1 ncRNA 2.259 1.483 1.413 0.184 0.567 0.033 0.052 3.008 6.515 0.122 0.155 0.195 0.067 0.236 0.163 0.562 0.216 0.206 0.096 0.033 1.741 0.765 0.849 0.010 0.022 0.016 0.293 0.136 0.210 0.882 1.595 0.913 0.547 0.057 0.347 0.040 0.096 0.070 0.732 0.110 0.058 0.035 0.115 0.230 0.130 0.172 0.055 0.037 0.076 0.055 0.163 0.157 0.075 0.849 0.083 0.049 0.516 0.048 0.114 0.040 0.059 0.287 0.029 0.022 0.004 0.371 0.388 0.249 0.390 0.743 0.809 1.447 0.789 0.516 0.581 0.849 1.396 2.811 4.178 0.965 0.458 0.261 0.386 1.183 1.453 0.453 1.005 0.797 0.758 9332 chr5 169832659 169841512 + 0 NA intron (NR_109899, intron 1 of 2) intron (NR_109899, intron 1 of 2) -20404 NM_004137 3779 Hs.484099 NM_004137 ENSG00000145936 KCNMB1 BKbeta1|K(VCA)beta|SLO-BETA|hbeta1|hslo-beta|k(VCA)beta-1|slo-beta-1 potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 1 protein-coding nan 0.571 0.492 0.024 0.020 0.031 0.056 0.018 0.199 0.010 0.045 0.044 0.014 0.022 0.090 0.204 0.120 0.074 0.012 0.021 0.031 0.144 0.048 0.054 0.035 0.067 0.033 0.076 0.012 0.099 0.085 0.128 0.577 0.066 0.043 0.022 0.062 0.084 0.041 0.314 0.114 0.032 0.035 0.013 0.041 0.066 0.225 0.100 0.055 0.054 0.037 0.204 0.072 0.041 0.054 0.056 0.130 0.205 0.040 0.035 0.031 0.222 0.014 0.017 0.033 0.011 0.989 1.271 5.661 3.652 0.746 0.666 0.274 0.123 0.210 0.220 0.120 0.293 0.218 0.366 0.410 0.412 0.430 0.863 0.211 0.146 0.118 0.129 0.542 0.545 1212 chr1 234719788 234770281 + 0 NA exon (NM_182972, exon 1 of 2) exon (NM_182972, exon 1 of 2) 237 NM_182972 359948 Hs.350268 NM_182972 ENSG00000168264 IRF2BP2 CVID14 interferon regulatory factor 2 binding protein 2 protein-coding 5.096 3.974 5.150 3.266 4.934 2.452 1.802 3.870 7.821 0.860 3.251 2.358 0.717 1.061 2.242 3.611 2.565 0.220 1.674 0.689 1.719 2.077 3.855 2.033 4.911 2.146 2.262 0.684 2.976 1.792 2.868 4.830 3.610 9.308 1.269 2.555 2.232 1.416 0.134 0.856 2.188 2.663 0.998 0.529 2.527 1.664 2.637 6.204 2.891 1.571 3.153 3.575 3.611 2.103 2.779 4.911 1.041 1.453 0.997 2.127 1.644 1.798 1.676 2.772 1.462 2.120 1.858 2.898 4.479 3.844 8.702 7.066 6.393 nan 1.476 4.525 4.479 2.658 3.556 nan 7.036 4.187 4.959 2.161 3.000 6.299 7.541 3.398 6.136 nan 1.305 4791 chr17 41462790 41497820 + 0 NA Intergenic Intergenic 3952 NM_001661 379 Hs.183153 NM_001661 ENSG00000175906 ARL4D ARF4L|ARL6 ADP ribosylation factor like GTPase 4D protein-coding 2.803 2.801 nan 1.271 2.237 1.287 2.669 1.532 2.761 0.841 2.982 1.629 0.304 0.208 1.852 1.092 0.975 0.284 1.810 1.132 0.651 0.253 1.149 0.637 0.929 2.190 1.925 0.722 1.404 0.781 1.978 nan 1.030 3.665 1.589 3.068 0.776 0.989 0.126 1.465 0.725 1.656 0.659 0.388 1.633 0.751 1.683 1.860 3.491 1.316 1.075 1.607 1.092 2.138 1.845 0.929 1.202 0.900 1.156 2.226 0.992 1.224 0.614 2.460 0.999 1.021 0.727 2.167 2.492 1.589 2.377 2.533 nan 1.708 0.759 3.648 3.898 1.655 2.266 0.704 nan 3.230 2.593 1.181 1.518 2.356 2.505 2.744 8.404 2.182 1.309 2253 chr11 111846211 111860131 + 0 NA exon (NM_033425, exon 4 of 17) exon (NM_033425, exon 4 of 17) 5138 NM_033425 85458 Hs.655626 NM_033425 ENSG00000150764 DIXDC1 CCD1 DIX domain containing 1 protein-coding 0.654 0.879 1.164 0.165 0.276 0.096 0.467 0.312 0.386 0.041 0.184 0.138 0.098 0.130 0.128 0.260 0.150 0.077 0.181 0.041 0.086 0.030 0.090 0.241 0.642 0.310 0.104 0.106 0.298 0.310 0.126 0.333 0.459 0.521 0.282 0.103 0.055 0.209 0.114 0.128 0.515 0.243 0.083 0.112 0.191 0.273 0.416 0.244 0.164 0.097 0.149 0.271 0.260 0.278 0.196 0.642 0.061 0.166 0.084 0.058 0.169 0.118 5.632 0.115 0.052 0.025 0.019 4.796 nan 4.848 6.644 1.099 1.368 0.812 0.248 2.351 2.527 0.941 nan 0.653 0.739 0.540 0.391 3.386 6.623 0.240 0.311 0.349 0.616 0.918 0.700 2433 chr12 6176836 6207355 + 0 NA intron (NM_000552, intron 6 of 51) intron (NM_000552, intron 6 of 51) 41746 NM_000552 7450 Hs.440848 NM_000552 ENSG00000110799 VWF F8VWF|VWD von Willebrand factor protein-coding 0.485 nan nan 0.401 1.168 2.004 0.802 0.147 0.429 0.075 0.149 0.982 0.416 0.030 2.281 0.530 0.189 0.080 0.761 0.535 0.146 0.018 0.109 0.121 1.505 0.704 0.299 0.104 1.018 1.198 0.410 2.402 0.975 2.021 0.408 0.118 0.012 0.036 0.105 0.120 0.083 0.263 0.260 0.195 0.322 1.303 0.638 2.608 0.532 0.747 0.163 0.437 0.530 2.276 0.498 1.505 0.306 0.600 0.395 0.345 0.020 0.254 2.655 0.077 0.037 0.253 0.166 1.483 1.929 1.806 1.718 nan 1.334 1.583 0.412 0.476 0.570 0.870 1.117 0.926 1.018 0.293 0.151 1.460 2.029 0.192 0.152 0.213 nan 0.163 0.203 2787 chr12 72055219 72060192 + 0 NA promoter-TSS (NM_144982) promoter-TSS (NM_144982) 28 NM_031435 83591 Hs.245798 NM_031435 ENSG00000173451 THAP2 - THAP domain containing 2 protein-coding nan 2.553 2.837 4.881 3.884 1.162 1.829 2.453 3.964 1.211 3.485 3.349 1.107 1.426 4.848 2.689 2.484 0.208 2.757 1.397 2.344 1.501 2.359 1.444 4.664 1.900 1.909 1.982 3.230 2.041 4.807 4.308 2.527 10.866 2.346 3.742 0.270 3.134 0.135 1.556 2.315 3.423 5.544 2.332 2.901 1.390 3.796 4.087 3.880 4.427 2.933 3.512 2.689 4.752 3.974 4.664 2.211 2.733 1.487 4.487 2.700 1.665 2.985 2.484 1.891 2.015 1.092 5.375 5.903 4.988 7.362 11.015 9.424 8.871 4.591 20.926 22.250 5.827 5.930 nan 13.300 5.566 6.921 4.773 7.778 2.918 2.955 7.238 5.930 nan 2.236 1477 chr10 58769948 58780282 + 0 NA Intergenic HERVL18-int|LTR|ERVL 289204 NR_037490 100500834 NR_037490 ENSG00000264747 MIR3924 - microRNA 3924 ncRNA 0.416 nan 0.946 0.098 0.473 0.630 0.040 0.047 0.261 0.028 0.114 0.044 0.006 0.264 0.061 0.261 0.043 0.047 0.091 0.043 0.034 0.275 0.103 0.081 0.021 0.035 0.078 0.021 0.040 0.329 0.041 1.307 0.028 0.078 0.266 0.059 0.063 0.012 0.016 0.077 0.023 0.008 0.011 0.015 0.148 0.088 0.055 0.028 0.023 0.038 0.261 0.041 0.027 0.081 0.166 0.052 0.017 0.404 0.023 0.057 0.033 0.007 0.022 0.842 0.639 2.276 0.952 0.100 0.188 9.466 1.366 0.227 0.243 0.077 0.111 2.546 1.812 0.214 0.166 0.147 0.162 1.067 1.318 0.152 0.198 0.981 0.555 11507 chr9 31535920 31545269 + 0 NA Intergenic Intergenic -159106 NR_135134 101929620 Hs.547175 NR_135134 ENSG00000260720 LINC01243 - long intergenic non-protein coding RNA 1243 ncRNA 0.887 2.326 0.924 0.132 0.291 0.012 0.068 0.299 0.478 0.034 0.349 0.027 0.021 0.057 0.217 0.064 0.068 0.034 0.019 0.297 0.901 0.559 0.128 0.051 0.015 0.008 0.027 0.011 0.095 0.453 0.156 0.911 0.016 0.068 0.326 0.011 0.093 0.026 0.110 0.059 0.019 0.034 0.035 0.025 0.063 0.085 0.052 0.046 0.025 0.050 0.217 0.038 0.020 0.128 0.079 0.036 0.025 0.163 0.060 0.073 0.137 0.049 0.006 0.016 0.183 0.171 0.230 0.406 0.474 0.474 13.483 9.775 0.159 0.162 1.007 1.202 0.440 0.546 0.433 0.167 0.124 0.134 3.193 1.665 0.357 0.778 0.939 0.789 6954 chr20 35088156 35116429 + 0 NA intron (NM_183006, intron 1 of 6) intron (NM_183006, intron 1 of 6) 12106 NM_183006 22839 Hs.249600 NM_014902 ENSG00000080845 DLGAP4 DAP-4|DAP4|DLP4|SAPAP-4|SAPAP4 DLG associated protein 4 protein-coding 2.033 4.360 2.665 1.193 3.292 3.181 1.043 1.244 2.259 0.823 0.933 1.501 0.253 2.554 5.176 1.530 1.475 0.274 1.220 0.599 0.768 0.300 3.150 1.350 4.545 1.916 1.739 0.747 1.181 0.351 0.594 nan 1.179 5.572 0.499 0.902 0.374 0.476 0.108 0.730 0.822 2.856 1.159 0.576 0.553 0.730 0.545 0.924 1.825 1.903 2.073 0.619 1.530 1.570 1.307 4.545 0.367 0.752 0.575 1.903 1.592 1.608 0.971 0.528 0.833 0.375 0.243 3.114 4.635 1.123 2.021 2.340 nan 5.834 2.702 1.596 1.611 1.415 1.987 5.794 6.955 1.630 1.525 1.399 2.077 1.488 1.523 1.097 nan 1.958 1.030 5777 chr19 49312656 49324347 + 0 NA intron (NM_016246, intron 5 of 8) intron (NM_016246, intron 5 of 8) -4181 NM_001164773 587 Hs.512670 NM_001190 ENSG00000105552 BCAT2 BCAM|BCATM|BCT2|PP18 branched chain amino acid transaminase 2 protein-coding 2.720 1.890 1.514 0.879 2.577 2.069 0.522 1.837 3.606 0.415 1.030 1.035 0.096 0.778 6.649 1.394 1.452 0.398 0.695 0.242 0.433 1.663 1.402 4.190 0.486 0.339 0.208 0.624 0.294 0.772 nan 0.940 2.775 0.338 0.517 0.449 1.076 0.143 0.143 0.837 0.585 0.376 0.312 0.428 0.126 0.979 0.281 1.942 0.734 1.031 0.683 1.394 0.915 0.673 4.190 0.441 0.657 0.721 0.931 0.770 0.545 0.439 0.690 0.274 0.379 0.330 0.991 1.181 1.175 1.528 3.097 3.642 5.905 1.520 2.881 3.298 1.396 2.013 7.562 7.274 2.818 2.915 0.715 1.321 2.492 2.253 1.537 3.587 3.106 1.508 6404 chr2 144183708 144200373 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 305141 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.883 nan 1.366 0.069 0.095 0.029 0.102 0.114 0.246 0.006 0.080 0.334 0.015 0.038 0.016 0.191 1.061 0.122 0.171 0.034 0.023 0.009 0.064 0.151 0.108 0.030 0.008 0.017 0.065 0.060 0.106 0.088 0.081 0.317 0.080 0.148 0.017 0.026 0.076 0.029 0.137 0.050 0.026 0.014 0.027 0.014 0.069 0.078 0.024 0.022 0.019 0.036 0.191 0.032 0.017 0.108 0.052 0.029 0.024 0.122 0.018 0.047 0.065 0.106 0.100 0.007 0.340 0.161 0.297 0.822 0.224 0.278 0.215 0.068 0.232 0.215 3.591 3.853 0.310 0.271 0.385 0.168 0.078 0.170 0.040 0.061 0.356 0.683 0.318 0.352 505 chr1 89227339 89244391 + 0 NA intron (NM_006256, intron 3 of 21) intron (NM_006256, intron 3 of 21) -84978 NR_110682 101927891 Hs.637231 NR_110682 ENSG00000237505 PKN2-AS1 - PKN2 antisense RNA 1 ncRNA 1.010 nan nan 4.112 0.153 0.063 1.335 0.152 0.332 0.156 0.204 0.292 0.513 0.047 0.100 0.226 0.199 0.111 2.229 1.735 0.063 0.033 0.074 0.072 0.063 0.449 0.258 0.173 1.903 1.579 0.630 1.182 0.187 0.334 0.730 0.108 0.005 0.139 0.158 0.097 0.121 0.251 0.181 0.110 1.589 2.222 2.450 0.165 0.210 0.189 0.051 0.566 0.226 1.055 0.352 0.063 0.560 0.068 0.051 0.062 0.030 0.442 0.040 0.174 0.179 0.061 0.039 0.365 0.276 0.432 0.634 0.302 0.372 0.356 0.154 0.447 0.412 0.715 0.920 0.891 0.769 0.339 0.198 0.134 0.214 0.094 0.124 0.442 1.016 0.449 0.364 6310 chr2 112193102 112231410 + 0 NA intron (NR_024373, intron 1 of 1) intron (NR_024373, intron 1 of 1) 40482 NR_136164 541471 Hs.560805 NR_015395 ENSG00000172965 MIR4435-2HG AGD2|LINC00978|MIR4435-1HG|MORRBID|lncRNA-AWPPH MIR4435-2 host gene ncRNA 1.172 nan 0.920 0.486 0.572 0.532 0.765 0.565 0.966 1.379 1.496 1.222 0.186 0.183 0.134 0.975 1.346 0.223 1.025 0.468 1.024 0.738 0.893 0.522 2.516 0.757 0.509 0.520 0.611 0.130 0.649 2.006 1.672 nan 0.313 0.739 0.195 0.657 0.120 0.237 0.126 0.462 0.223 0.161 0.337 0.399 0.968 0.704 0.972 1.101 1.571 1.450 0.975 1.213 0.414 2.516 0.852 0.491 0.116 0.254 0.641 0.488 0.898 0.156 0.799 0.388 0.301 1.636 1.881 2.656 4.416 1.321 nan 0.785 0.325 2.782 2.681 0.488 0.778 1.254 1.466 0.405 0.172 1.258 1.421 0.697 0.673 0.223 0.340 0.688 0.528 7610 chr3 53518071 53542927 + 0 NA intron (NM_000720, intron 1 of 48) intron (NM_000720, intron 1 of 48) 1423 NM_000720 776 Hs.476358 NM_000720 ENSG00000157388 CACNA1D CACH3|CACN4|CACNL1A2|CCHL1A2|Cav1.3|PASNA|SANDD calcium voltage-gated channel subunit alpha1 D protein-coding 0.588 1.099 nan 0.131 0.255 0.139 0.046 0.245 0.365 0.061 0.087 0.031 0.020 1.877 0.387 0.170 0.103 0.058 0.192 0.046 0.025 0.017 0.258 0.222 0.172 0.017 0.003 0.042 0.123 0.004 0.190 0.718 0.232 0.824 0.089 0.037 0.068 0.039 0.064 0.024 0.171 0.081 0.049 0.038 0.017 0.028 0.082 0.139 0.613 0.037 1.988 0.338 0.170 0.118 0.011 0.172 0.039 0.265 0.098 0.136 2.542 0.035 0.395 0.020 0.012 0.030 0.008 0.403 0.466 0.305 0.364 0.838 0.888 0.701 0.258 0.370 0.395 0.093 0.163 0.717 0.778 nan 0.377 0.478 0.732 0.300 0.209 0.104 0.190 0.771 0.480 8069 chr3 179643366 179700921 + 0 NA intron (NM_001256750, intron 1 of 14) intron (NM_001256750, intron 1 of 14) 19865 NM_001349393 51555 Hs.235331 NM_016559 ENSG00000114757 PEX5L PEX5R|PEX5RP|PXR2|PXR2B|TRIP8b peroxisomal biogenesis factor 5 like protein-coding 1.338 1.116 1.235 0.234 1.726 0.312 0.125 0.522 1.087 0.010 0.088 0.127 0.038 0.193 1.149 0.215 0.148 0.130 0.115 0.089 0.008 0.010 2.260 0.948 1.070 0.025 0.028 0.014 0.123 0.020 0.099 0.228 0.073 1.114 0.114 0.176 0.481 0.026 0.090 0.037 0.294 0.078 0.030 0.027 0.047 0.028 0.165 0.130 0.069 0.067 0.016 0.045 0.215 0.058 0.032 1.070 0.047 0.042 0.077 0.029 1.005 0.030 2.094 1.336 0.127 0.016 0.008 0.694 0.697 1.547 1.103 1.155 1.400 6.143 2.490 0.315 0.343 0.227 0.368 3.935 4.084 3.384 2.934 1.531 2.218 0.638 0.710 1.576 5.444 1.482 0.882 670 chr1 147987418 148001836 + 0 NA TTS (NR_104086) TTS (NR_104086) 481 NR_104086 101954277 NR_104086 ENSG00000275538 RNVU1-19 RNU1-126|RNU1-147|RNVU1-13|vU1.13|vU1.19 RNA, variant U1 small nuclear 19 snRNA 1.831 nan 1.473 0.987 2.003 0.791 0.913 0.222 0.389 0.515 1.300 1.640 0.482 1.785 1.968 1.096 0.235 0.122 1.512 0.702 1.406 2.133 1.171 0.856 1.406 0.601 0.876 0.938 0.584 0.597 5.283 7.958 1.191 6.703 1.126 1.191 0.442 1.764 0.180 1.736 0.217 1.297 1.836 0.953 0.681 0.751 1.965 1.256 1.112 1.456 1.371 2.297 1.096 1.651 1.885 1.406 1.907 1.117 0.266 2.206 2.320 0.884 2.635 0.935 0.859 0.911 0.463 1.348 1.802 0.646 0.796 1.801 1.847 1.680 0.819 4.246 4.482 0.840 1.109 4.203 4.952 1.296 1.547 4.638 6.472 1.764 1.383 2.462 4.412 0.567 0.507 2739 chr12 63174249 63193171 + 0 NA intron (NM_020700, intron 3 of 9) intron (NM_020700, intron 3 of 9) 144955 NM_020700 57460 Hs.435479 NM_020700 ENSG00000111110 PPM1H ARHCL1|NERPP-2C|URCC2 protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1H protein-coding 1.197 0.717 1.216 1.147 0.319 0.140 1.965 0.238 0.412 0.253 0.917 3.099 0.035 0.064 0.304 1.050 0.953 0.300 1.376 0.872 0.609 0.066 0.195 0.241 0.266 2.798 2.294 0.140 0.739 0.635 0.875 1.840 0.393 0.618 1.413 4.460 0.040 0.040 0.083 1.415 0.145 2.261 1.340 0.672 1.356 0.434 1.040 13.634 2.956 0.878 0.108 1.029 1.050 0.417 2.632 0.266 0.727 0.184 0.118 0.613 0.155 0.685 1.446 0.245 0.628 4.922 6.182 2.296 2.244 5.271 4.435 0.480 nan 2.649 0.557 0.795 0.913 0.670 1.097 1.009 0.982 0.539 0.396 1.700 2.985 0.245 0.385 0.537 1.075 1.757 1.154 8429 chr4 75542539 75562808 + 0 NA Intergenic MamRep605|Unknown|Unknown 72082 NM_001657 374 Hs.270833 NM_001657 ENSG00000109321 AREG AR|AREGB|CRDGF|SDGF amphiregulin protein-coding 0.553 0.718 0.476 2.997 0.136 0.076 2.951 0.082 0.227 0.179 0.762 1.518 0.003 0.201 0.101 0.247 0.197 0.062 3.401 1.748 1.645 0.034 0.081 0.078 0.059 2.200 1.437 0.036 2.899 3.112 2.160 3.439 2.195 0.258 4.983 0.635 0.005 0.021 0.058 2.180 0.062 1.668 0.125 0.096 2.563 1.901 0.237 0.296 1.277 0.266 0.292 1.452 0.247 2.262 0.809 0.059 1.364 0.504 0.014 0.149 0.055 1.406 0.019 0.056 0.626 0.063 0.047 0.387 0.244 0.572 1.219 0.187 0.212 0.159 0.054 0.224 0.227 0.714 0.878 0.351 0.349 0.312 0.106 0.090 0.157 0.029 0.030 0.147 0.283 0.230 0.348 1094 chr1 211498345 211511492 + 0 NA intron (NM_001033910, intron 1 of 10) intron (NM_001033910, intron 1 of 10) 4770 NM_001033910 7188 Hs.523930 NM_004619 ENSG00000082512 TRAF5 MGC:39780|RNF84 TNF receptor associated factor 5 protein-coding 2.733 2.144 3.702 0.424 0.335 0.063 1.326 0.388 0.930 0.136 0.538 0.888 0.005 0.175 0.041 1.666 0.872 0.159 0.362 0.231 0.182 0.151 0.898 0.415 1.056 0.891 0.573 0.732 0.319 0.481 0.330 0.729 0.302 nan 0.790 0.538 0.320 0.580 0.084 0.153 0.367 0.133 0.408 0.350 0.298 0.455 0.476 0.565 1.370 0.729 0.906 0.802 1.666 0.190 0.478 1.056 0.650 0.133 0.223 0.692 0.602 0.347 1.121 0.671 0.399 0.079 0.008 0.522 0.686 3.226 4.113 1.336 1.232 nan 2.075 1.652 1.642 0.697 nan 1.795 1.797 0.599 0.503 0.943 1.620 2.197 1.989 1.124 2.824 1.437 1.193 11833 chr9 136495937 136533494 + 0 NA intron (NM_000787, intron 6 of 11) intron (NM_000787, intron 6 of 11) 7815 NR_102735 138948 Hs.223858 NR_002783 ENSG00000225756 DBH-AS1 NCRNA00118 DBH antisense RNA 1 ncRNA nan 0.742 3.213 0.044 2.198 3.654 0.042 0.252 0.468 0.005 0.062 0.034 0.020 0.056 0.860 0.600 0.077 0.039 0.104 0.010 0.015 0.011 0.740 0.427 1.119 0.053 0.027 0.022 0.072 0.003 0.083 0.214 0.038 1.460 0.019 0.053 0.059 0.038 0.056 0.010 0.034 0.152 0.037 0.037 0.015 0.053 0.056 0.109 0.156 0.076 0.013 0.039 0.600 0.070 0.022 1.119 0.020 0.069 0.187 0.132 0.360 0.106 0.050 0.036 0.028 0.026 0.016 0.269 0.501 0.140 0.165 4.581 4.664 nan 0.497 0.092 0.093 0.067 0.151 2.771 2.713 1.297 1.146 0.257 0.216 0.442 0.330 0.258 0.456 2.356 1.156 995 chr1 198086185 198098564 + 0 NA Intergenic L4|LINE|RTE -33734 NM_133494 140609 Hs.24119 NM_133494 ENSG00000151414 NEK7 - NIMA related kinase 7 protein-coding 0.804 nan 1.007 5.105 0.092 0.027 0.270 0.078 0.323 0.539 0.151 2.705 0.020 0.048 0.029 0.196 2.000 0.249 0.163 0.184 0.285 0.011 0.201 0.220 0.048 0.341 0.110 0.139 0.242 0.160 0.123 0.267 0.288 0.299 0.873 5.492 0.022 0.062 0.096 0.028 0.070 0.097 0.034 0.025 0.192 0.249 0.600 0.323 0.230 0.118 0.452 0.146 0.196 0.092 0.045 0.048 0.346 0.061 0.028 0.041 0.050 0.064 0.109 0.105 0.051 0.021 0.357 0.285 0.605 0.759 0.343 0.479 0.193 0.093 0.421 0.370 0.572 nan 0.319 0.335 0.371 0.184 0.084 0.130 0.106 0.221 0.357 0.467 0.360 0.436 837 chr1 163330420 163338597 + 0 NA Intergenic Intergenic 42785 NM_145697 83540 Hs.651950 NM_031423 ENSG00000143228 NUF2 CDCA1|CT106|NUF2R NUF2, NDC80 kinetochore complex component protein-coding 0.924 nan 0.935 0.087 0.410 0.041 0.026 0.279 0.492 0.003 0.029 0.055 0.015 0.108 0.274 0.158 0.092 0.138 0.049 0.044 0.023 1.743 0.365 0.394 0.385 0.017 0.035 0.010 0.114 0.079 0.069 0.044 0.568 0.036 0.086 0.122 0.067 0.118 0.068 0.102 0.007 0.029 0.026 0.009 0.082 0.114 0.079 0.021 0.039 0.033 0.158 0.046 0.045 0.385 0.108 0.041 0.012 0.035 0.174 0.060 0.156 0.045 0.014 1.619 1.602 7.091 2.402 0.852 nan 0.981 0.280 0.184 0.175 2.445 2.231 0.476 nan 0.297 0.121 0.675 0.873 0.648 0.476 0.405 0.675 1.444 0.873 7708 chr3 101565522 101588812 + 0 NA intron (NM_001005474, intron 12 of 12) intron (NM_001005474, intron 12 of 12) 8809 NM_031419 64332 Hs.319171 NM_031419 ENSG00000144802 NFKBIZ IKBZ|INAP|MAIL NFKB inhibitor zeta protein-coding nan nan 1.206 1.393 0.600 0.349 1.384 0.686 1.187 0.370 0.753 0.815 0.753 0.667 0.046 0.286 1.641 0.153 0.999 0.210 1.598 0.232 0.289 0.267 0.427 0.923 0.766 0.533 3.367 0.996 3.538 3.937 4.134 1.394 0.395 0.385 0.025 0.596 0.087 0.770 0.218 1.244 0.948 0.372 1.170 1.526 1.164 0.733 1.507 0.723 1.784 1.618 0.286 0.900 1.164 0.427 0.461 1.549 0.045 1.019 0.628 0.666 0.144 0.213 0.492 0.205 0.107 0.458 0.479 1.464 2.257 0.901 0.824 0.969 0.373 1.181 1.160 0.352 0.669 0.895 1.392 1.028 0.825 0.578 0.895 0.155 0.127 0.479 0.756 0.734 0.528 9021 chr5 76069647 76135976 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -11991 NM_005242 2150 Hs.744181 NM_005242 ENSG00000164251 F2RL1 GPR11|PAR2 F2R like trypsin receptor 1 protein-coding 0.607 nan 0.597 1.607 0.105 0.025 2.839 0.138 0.312 0.466 0.125 1.026 0.275 0.042 0.134 1.022 0.314 0.202 0.572 0.254 0.205 0.036 0.085 0.097 0.065 1.389 0.814 0.101 0.964 1.630 0.437 1.243 0.454 0.283 0.737 0.338 0.040 0.080 0.115 1.038 0.031 1.035 0.312 0.181 0.948 0.902 0.775 0.839 1.106 3.822 0.245 0.361 1.022 1.379 1.960 0.065 0.373 0.351 0.038 1.212 0.046 0.956 0.037 0.184 0.716 2.074 2.109 0.182 0.086 0.470 1.259 0.310 0.290 nan 0.064 0.193 0.170 0.142 nan 0.245 0.299 0.405 0.216 0.152 0.192 0.117 0.181 0.242 0.510 0.222 0.259 149 chr1 21894158 21902082 + 0 NA intron (NM_000478, intron 8 of 11) AluY|SINE|Alu 62269 NM_001177520 249 Hs.75431 NM_000478 ENSG00000162551 ALPL AP-TNAP|APTNAP|HOPS|TNALP|TNAP|TNSALP alkaline phosphatase, liver/bone/kidney protein-coding 1.625 1.649 4.298 0.110 0.986 2.401 0.226 0.122 0.459 0.048 0.091 0.467 0.024 0.047 0.394 0.706 0.175 0.162 0.093 0.037 0.064 0.017 0.114 0.221 0.303 0.166 0.046 0.056 0.075 0.171 0.194 0.696 0.147 3.679 0.130 0.062 0.084 0.137 0.113 0.423 0.139 0.165 0.108 0.055 0.057 0.073 0.102 0.153 0.099 0.041 0.079 0.706 0.333 0.023 0.303 0.063 0.063 1.776 0.228 0.206 0.050 0.055 0.315 0.037 0.036 0.051 0.545 0.657 0.316 0.411 1.793 1.418 0.662 0.264 0.481 0.508 0.811 1.465 0.511 0.975 1.228 1.282 0.094 0.234 0.614 0.938 0.712 1.224 1.072 0.807 625 chr1 117900773 117912578 + 0 NA Intergenic Intergenic -3380 NM_006699 10905 Hs.435938 NM_006699 ENSG00000198162 MAN1A2 MAN1B mannosidase alpha class 1A member 2 protein-coding nan 2.075 2.913 2.385 2.234 0.846 0.781 0.853 1.677 0.510 1.238 1.246 0.681 2.158 4.314 1.786 1.486 0.191 1.924 0.454 0.987 1.081 0.691 0.379 2.991 1.528 1.346 1.066 1.580 0.434 2.168 4.275 1.540 4.113 0.520 1.756 0.500 1.967 0.100 0.570 1.123 1.867 1.600 0.783 0.957 0.872 2.678 1.507 1.266 1.208 0.855 1.919 1.786 2.211 2.024 2.991 0.740 0.752 0.556 3.380 1.196 0.876 1.580 1.322 0.709 0.739 0.460 2.042 2.498 2.193 3.951 3.557 nan 4.060 1.775 0.063 0.031 2.314 2.873 3.366 5.039 2.432 2.600 2.865 5.076 2.076 2.414 3.375 3.352 1.916 1.098 6066 chr2 44795403 44809349 + 0 NA intron (NM_024766, intron 3 of 10) AluSz6|SINE|Alu 213333 NM_024766 79823 Hs.468349 NM_024766 ENSG00000143919 CAMKMT C2orf34|CLNMT|CaM KMT|Cam|KMT calmodulin-lysine N-methyltransferase protein-coding 0.906 nan 0.889 0.154 0.089 0.044 0.116 0.220 0.418 0.557 0.256 0.119 0.004 0.051 0.120 0.398 0.394 0.056 0.167 0.122 0.168 0.010 0.192 0.222 0.173 0.040 0.021 0.032 0.077 0.038 0.097 nan 0.083 0.393 0.094 0.070 0.171 0.086 0.121 0.017 0.136 0.653 0.022 0.006 0.063 0.055 2.180 0.135 0.076 0.072 0.045 0.146 0.398 0.042 0.100 0.173 0.166 0.129 0.021 0.125 0.060 0.261 0.043 0.132 0.358 0.004 0.015 0.418 0.294 4.673 6.856 nan 0.532 1.335 0.680 0.421 0.416 0.433 0.651 0.291 0.326 0.466 0.218 0.142 0.304 1.096 0.904 0.372 nan nan 0.591 406 chr1 59217550 59232637 + 0 NA Intergenic MER5A1|DNA|hAT-Charlie 24692 NM_002228 3725 Hs.696684 NM_002228 ENSG00000177606 JUN AP-1|AP1|c-Jun|p39 Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 1.035 1.127 1.710 0.611 0.192 0.181 5.235 0.288 0.489 0.373 1.028 1.875 0.012 0.073 0.097 0.714 0.727 0.157 2.420 1.662 0.348 0.009 0.211 0.114 0.269 2.707 2.333 0.156 3.179 1.877 0.523 nan 1.776 0.693 2.272 0.414 0.076 0.014 0.133 2.458 0.102 2.745 1.092 0.746 2.516 4.162 0.329 7.598 0.243 1.134 0.351 0.671 0.714 1.676 7.843 0.269 0.347 0.284 0.100 0.412 0.282 1.431 0.026 0.065 1.416 0.603 0.588 0.351 0.213 0.285 0.416 0.621 0.861 1.187 0.314 0.288 0.288 1.100 1.777 0.634 0.578 0.393 0.146 0.107 0.220 0.226 0.422 0.226 nan 1.184 0.711 7088 chr20 59138434 59152319 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 5756 NR_039653 100616440 NR_039653 ENSG00000265617 MIR548AG2 - microRNA 548ag-2 ncRNA 0.650 0.908 0.465 0.041 0.075 0.056 0.057 0.583 1.287 0.044 0.027 0.012 0.022 0.276 0.064 0.066 0.069 0.061 0.014 0.014 0.528 0.415 0.060 0.005 0.021 0.021 0.075 0.111 0.053 0.102 0.306 0.021 0.057 0.062 0.039 0.141 0.023 0.127 0.018 0.011 0.044 0.090 0.129 0.035 0.025 0.040 0.034 0.064 0.036 0.040 0.060 0.018 0.118 0.067 0.134 0.023 0.037 0.071 0.022 0.041 0.015 0.880 nan 0.066 0.018 0.298 0.436 1.805 0.786 0.295 0.385 0.463 0.831 0.224 0.252 0.375 0.156 0.190 0.236 0.232 0.280 0.239 0.363 3.311 1.493 9574 chr6 33264982 33268690 + 0 NA TTS (NM_003190).5 TTS (NM_003190).5 329 NM_004761 5863 Hs.509622 NM_004761 ENSG00000237441 RGL2 HKE1.5|KE1.5|RAB2L ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 2 protein-coding 5.909 4.256 nan 5.855 5.943 3.161 5.257 2.463 5.777 2.975 7.024 2.178 3.501 3.562 3.332 4.221 4.404 0.491 7.017 2.449 5.361 5.950 2.408 1.212 6.865 2.987 3.835 1.630 2.617 1.990 8.769 11.935 8.710 14.229 3.210 2.658 1.126 5.608 0.157 1.902 3.131 9.938 9.325 3.453 1.954 2.143 6.039 8.933 4.039 10.138 4.274 5.256 4.221 8.917 5.444 6.865 2.252 4.598 1.279 10.074 3.479 3.276 2.692 2.833 3.302 2.839 1.456 4.997 8.049 5.298 nan nan 6.596 7.114 2.824 13.718 13.967 3.243 4.302 10.398 14.190 7.987 7.458 2.767 5.791 4.711 5.355 4.573 8.142 2.840 1.170 10292 chr7 32323229 32342279 + 0 NA intron (NM_001322059, intron 1 of 17) intron (NM_001322059, intron 1 of 17) 6262 NM_001191058 5137 Hs.143821 NM_005020 ENSG00000154678 PDE1C Hcam3|cam-PDE 1C|hCam-3 phosphodiesterase 1C protein-coding 2.207 1.115 1.600 0.105 0.184 0.168 0.041 0.101 0.246 0.010 0.050 0.043 0.030 0.026 0.052 0.531 0.141 0.076 0.045 0.010 0.033 0.022 0.148 0.169 0.151 0.033 0.038 0.016 0.108 0.212 0.317 0.149 0.687 0.008 0.063 0.010 0.074 0.160 0.062 1.228 0.111 0.029 0.004 0.023 0.060 0.071 0.199 0.111 0.067 0.013 0.040 0.531 0.041 0.019 0.151 0.051 0.039 0.616 0.123 0.112 0.054 0.021 0.540 0.012 0.009 0.486 0.244 0.169 0.324 1.135 nan 0.132 0.082 0.465 0.497 1.594 nan nan nan 3.773 3.434 0.141 0.174 0.079 0.118 0.955 nan 0.798 0.731 4798 chr17 42275165 42278737 + 0 NA Intergenic CpG -1422 NM_001098833 56970 Hs.512651 NM_020218 ENSG00000087152 ATXN7L3 - ataxin 7 like 3 protein-coding 5.047 4.806 nan 9.632 6.836 5.834 6.953 5.850 10.159 4.233 9.959 3.727 3.969 2.761 5.422 5.090 4.429 0.772 8.895 2.070 6.616 4.693 4.509 1.634 6.986 4.808 7.429 6.651 8.949 2.284 12.253 16.446 9.081 17.033 1.687 5.822 1.599 6.208 0.092 2.916 4.032 10.800 5.558 2.667 3.886 4.978 6.461 7.604 11.099 4.985 4.127 5.855 5.090 9.707 4.402 6.986 4.141 5.309 2.708 11.930 5.553 4.139 2.420 2.223 3.907 3.853 2.173 5.196 6.577 5.311 7.254 8.587 nan 6.352 3.062 16.887 17.286 2.536 3.672 8.788 11.525 6.409 6.733 3.258 5.633 4.469 3.991 3.540 5.858 2.455 0.948 19 chr1 1435956 1449496 + 0 NA Intergenic L1M3|LINE|L1 -4797 NM_018188 55210 Hs.23413 NM_018188 ENSG00000197785 ATAD3A HAYOS ATPase family, AAA domain containing 3A protein-coding 2.543 nan 3.047 1.505 3.220 1.361 1.320 0.721 1.485 0.276 1.716 1.007 0.279 0.922 1.657 0.502 0.791 0.179 1.626 0.603 0.987 0.503 1.210 0.377 0.866 0.821 0.827 0.950 2.221 0.546 1.546 nan 1.250 2.476 0.665 1.321 0.134 0.948 0.134 0.495 0.251 1.290 1.200 0.660 0.876 0.346 1.033 0.996 1.011 1.740 1.199 1.104 0.502 2.971 1.369 0.866 0.524 0.837 1.119 2.495 1.144 0.845 0.939 0.877 0.455 0.349 0.218 2.570 2.968 2.675 3.866 3.191 3.022 2.756 1.310 8.105 8.395 1.648 nan nan 12.153 nan 2.052 1.610 2.530 1.227 1.224 3.157 3.338 1.777 1.183 763 chr1 155156817 155166739 + 0 NA exon (NM_001204286, exon 2 of 9) exon (NM_001204286, exon 2 of 9) 928 NM_001204289 4582 Hs.89603 NM_002456 ENSG00000185499 MUC1 ADMCKD|ADMCKD1|CA 15-3|CD227|EMA|H23AG|KL-6|MAM6|MCD|MCKD|MCKD1|MUC-1|MUC-1/SEC|MUC-1/X|MUC1/ZD|PEM|PEMT|PUM mucin 1, cell surface associated protein-coding 4.193 nan 2.234 1.155 2.976 5.618 2.615 2.635 4.841 1.483 2.419 2.041 4.193 11.819 7.216 5.303 1.807 0.534 3.871 1.223 6.678 1.844 1.533 0.746 5.446 5.533 9.574 2.338 6.039 2.038 2.847 8.160 5.384 11.974 1.401 4.061 1.376 5.090 0.222 1.154 2.036 4.486 1.656 0.963 3.736 1.484 1.184 1.606 2.429 2.357 5.048 3.974 5.303 5.080 5.241 5.446 2.811 1.538 1.898 9.889 3.332 4.685 9.023 0.597 1.907 0.697 0.276 3.155 4.955 2.210 3.876 7.026 6.646 3.967 1.515 2.054 2.327 2.270 3.179 6.501 10.751 1.658 1.729 4.950 8.153 5.101 3.457 2.876 2.605 2.415 1.404 8874 chr5 40380037 40388312 + 0 NA Intergenic Intergenic -295858 NM_000958 5734 Hs.199248 NM_000958 ENSG00000171522 PTGER4 EP4|EP4R prostaglandin E receptor 4 protein-coding 0.564 1.004 1.059 0.612 0.174 0.020 3.901 0.124 0.159 0.138 0.162 0.522 0.008 0.060 0.088 0.475 0.192 0.130 6.429 3.318 0.388 0.118 0.057 0.218 0.054 0.046 0.018 0.162 3.916 3.894 0.701 1.351 1.137 0.291 1.939 0.642 0.011 0.075 0.117 0.501 0.029 2.180 0.233 0.188 2.710 0.576 2.053 0.218 0.069 0.073 0.124 0.259 0.475 4.130 5.271 0.054 0.514 0.978 0.035 1.160 0.061 2.952 0.047 0.031 0.734 0.018 0.356 0.148 0.500 1.736 0.298 0.315 0.180 0.088 0.258 0.293 0.207 0.480 0.207 0.211 0.452 0.192 0.124 0.250 0.083 0.136 0.223 0.417 0.172 0.459 3332 chr13 109565724 109573220 + 0 NA intron (NM_001198950, intron 16 of 34) intron (NM_001198950, intron 16 of 34) 250179 NR_047700 100885782 Hs.655942 NR_047700 ENSG00000236242 MYO16-AS1 - MYO16 antisense RNA 1 ncRNA 0.772 nan 0.802 0.470 1.010 0.037 1.392 0.212 0.356 0.127 0.482 1.009 0.239 0.280 0.580 0.239 0.240 0.107 1.846 0.986 0.497 0.018 0.251 0.153 0.239 1.725 1.086 0.147 0.437 0.575 0.795 2.476 0.416 4.185 0.936 6.187 0.782 0.119 0.629 0.297 1.069 0.210 0.178 0.700 0.616 2.494 2.221 1.865 0.019 3.894 3.388 0.239 1.202 0.510 0.239 0.879 5.150 0.039 0.303 1.562 1.094 0.053 0.050 0.426 0.438 0.409 0.718 0.379 1.070 2.842 0.492 0.599 0.831 0.171 0.226 0.231 0.114 0.132 2.133 2.295 0.518 0.281 0.174 0.284 0.836 2.365 0.277 0.406 0.388 0.383 7853 chr3 134651742 134667468 + 0 NA intron (NM_004441, intron 2 of 15) L2a|LINE|L2 145506 NM_004441 2047 Hs.116092 NM_004441 ENSG00000154928 EPHB1 ELK|EPHT2|Hek6|NET EPH receptor B1 protein-coding 1.065 nan nan 0.082 0.247 0.106 0.053 0.386 0.772 0.006 0.048 0.088 0.024 0.045 0.455 0.694 0.108 0.204 0.028 0.012 0.020 0.148 0.113 0.137 0.009 0.009 0.073 0.089 0.275 0.098 0.601 0.037 0.045 0.097 0.014 0.060 0.007 0.058 0.123 0.029 0.030 0.021 0.010 0.049 0.217 0.041 0.037 0.015 0.046 0.694 0.049 0.024 0.137 0.038 0.021 0.080 0.033 0.045 0.039 0.057 0.062 0.010 0.015 0.010 0.228 0.144 0.270 0.267 0.741 0.628 6.065 2.438 0.229 0.246 0.390 0.554 0.340 0.483 nan 0.316 0.156 0.204 0.421 0.417 0.460 0.548 0.245 0.293 5948 chr2 20633438 20649142 + 0 NA Intergenic Charlie5|DNA|hAT-Charlie -5542 NM_004040 388 Hs.502876 NM_004040 ENSG00000143878 RHOB ARH6|ARHB|MST081|MSTP081|RHOH6 ras homolog family member B protein-coding 1.980 1.650 1.391 0.817 0.813 1.417 2.432 0.570 1.264 0.164 1.318 1.347 0.586 0.413 1.737 1.115 0.575 0.215 1.215 0.507 1.412 0.106 2.226 0.867 2.173 0.766 0.671 0.645 1.537 0.996 2.822 6.260 1.358 5.649 1.280 2.512 0.347 0.996 0.169 0.818 0.912 1.341 0.753 0.416 0.272 1.004 1.473 1.116 2.151 1.218 0.887 1.581 1.115 2.055 1.289 2.173 0.611 3.063 0.581 1.115 1.332 1.111 0.200 0.329 0.548 0.326 0.270 0.808 0.950 1.394 2.341 1.678 1.370 2.441 2.078 2.479 2.556 1.533 2.071 1.642 nan 2.186 2.308 0.661 1.270 1.400 1.774 1.517 1.483 2.262 1.175 11378 chr8 144093900 144109201 + 0 NA intron (NM_001127213, intron 1 of 3) intron (NM_001127213, intron 1 of 3) 1648 NM_002346 4061 Hs.521903 NM_002346 ENSG00000160932 LY6E RIG-E|RIGE|SCA-2|SCA2|TSA-1 lymphocyte antigen 6 family member E protein-coding 2.928 1.149 nan 1.491 0.092 1.636 1.384 0.737 1.371 1.812 0.835 1.064 1.598 0.192 0.332 1.061 4.416 0.484 1.015 0.360 0.197 0.715 0.307 0.204 0.149 1.156 0.841 0.566 0.824 0.727 3.207 5.904 5.423 2.941 1.230 0.266 0.180 0.390 0.053 1.064 0.057 1.824 1.076 0.763 0.638 1.160 2.336 1.834 1.931 0.776 0.650 1.005 1.061 1.450 0.248 0.149 0.320 0.702 0.585 2.361 0.173 1.305 0.404 0.284 0.894 0.124 0.068 0.590 0.984 0.223 0.470 nan 1.778 nan 0.181 0.154 0.178 0.841 1.304 0.073 0.081 1.545 2.034 0.996 1.564 1.027 0.688 1.047 1.313 1.256 0.723 9725 chr6 53785127 53795957 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -4238 NR_125842 101927189 Hs.453592 NR_125842 ENSG00000236740 LOC101927189 - uncharacterized LOC101927189 ncRNA 1.125 1.919 nan 0.331 0.588 5.161 0.967 0.186 0.537 0.343 0.167 0.339 1.541 0.038 0.284 1.178 1.504 0.193 0.702 0.296 0.017 0.038 0.071 0.091 1.107 0.515 0.263 0.205 0.326 0.419 0.749 2.738 1.395 2.231 0.366 0.068 0.053 0.050 0.122 0.152 0.673 0.229 0.028 0.014 0.373 0.482 0.812 0.204 0.090 0.118 0.030 0.210 1.178 0.872 0.094 1.107 0.509 0.208 0.467 0.086 0.066 0.210 0.175 0.288 0.105 0.016 0.014 0.451 0.313 0.467 1.682 1.110 0.937 0.296 0.179 0.434 0.522 0.959 1.308 4.805 4.521 0.843 0.304 0.248 0.422 0.175 0.222 0.316 0.877 0.952 0.679 7118 chr20 62666605 62700070 + 0 NA Intergenic Intergenic -2358 NM_018419 54345 Hs.8619 NM_018419 ENSG00000203883 SOX18 HLTRS|HLTS SRY-box 18 protein-coding 1.719 1.738 2.722 0.808 0.459 0.770 1.006 0.321 0.830 0.367 1.537 0.566 0.122 0.611 0.441 0.462 0.323 0.140 0.604 0.313 1.278 0.440 0.274 0.148 0.910 0.706 0.696 0.599 0.583 0.402 1.855 4.151 0.816 1.323 0.852 1.065 0.033 0.854 0.090 0.434 0.148 2.205 0.856 0.571 0.377 0.165 0.899 0.454 1.166 1.335 0.592 1.410 0.462 1.338 1.035 0.910 0.705 0.474 0.647 4.915 1.137 1.160 0.160 0.129 0.483 0.255 0.140 1.143 nan 0.661 0.911 1.263 1.222 1.446 0.475 1.453 1.581 2.094 3.108 0.752 0.915 0.848 0.615 0.691 0.803 0.292 0.267 0.358 0.646 0.986 0.637 1880 chr11 33179201 33184991 + 0 NA intron (NM_001033505, intron 1 of 2) intron (NM_001033505, intron 1 of 2) 941 NM_001033505 1479 Hs.44402 NM_001326 ENSG00000176102 CSTF3 CSTF-77 cleavage stimulation factor subunit 3 protein-coding 3.570 3.391 nan 2.856 3.443 3.586 3.126 1.992 4.090 1.285 2.190 1.975 1.273 0.678 2.337 2.546 1.375 0.247 2.772 1.145 1.329 1.219 2.435 1.328 2.771 1.461 1.301 1.124 1.503 1.364 2.373 4.258 1.904 7.356 1.111 1.994 0.803 4.863 0.299 0.876 1.522 3.834 3.417 1.738 1.804 0.742 3.234 1.936 1.586 2.200 1.390 1.085 2.546 3.617 3.459 2.771 1.014 0.861 1.716 2.213 1.647 1.983 3.849 1.962 1.653 1.213 0.982 6.941 5.950 6.298 8.425 6.681 5.565 7.994 4.245 12.984 12.922 7.712 8.619 4.584 8.562 6.712 5.848 5.476 7.838 5.990 7.878 4.889 nan 3.781 2.004 3389 chr14 21849043 21853545 + 0 NA intron (NM_007192, intron 1 of 25) intron (NM_007192, intron 1 of 25) 1131 NM_007192 11198 Hs.213724 NM_007192 ENSG00000092201 SUPT16H CDC68|FACTP140|SPT16|SPT16/CDC68 SPT16 homolog, facilitates chromatin remodeling subunit protein-coding 9.525 4.108 3.990 4.260 7.832 6.539 3.484 3.342 5.486 0.726 2.372 2.595 1.849 1.603 4.733 4.591 5.424 0.227 2.828 1.520 4.214 3.358 1.807 1.232 4.581 3.107 3.070 0.902 3.449 1.713 4.589 9.879 3.464 9.617 2.957 4.828 1.608 5.874 0.190 0.914 3.679 4.167 3.303 1.228 2.203 2.151 2.105 4.953 2.976 2.505 1.991 2.175 4.591 3.984 4.901 4.581 2.061 1.662 4.921 4.455 3.947 3.390 1.930 1.517 2.816 2.430 1.712 5.363 5.053 9.409 12.753 8.546 9.400 9.220 5.791 13.713 15.071 8.219 10.578 9.491 13.781 18.022 16.504 5.843 8.030 8.206 10.434 5.367 5.383 4.289 2.317 4063 chr15 74212318 74224539 + 0 NA promoter-TSS (NM_005576) promoter-TSS (NM_005576) -371 NM_005576 4016 Hs.65436 NM_005576 ENSG00000129038 LOXL1 LOL|LOXL lysyl oxidase like 1 protein-coding 2.197 1.039 1.006 0.622 0.400 0.787 0.750 0.700 1.119 0.179 0.550 4.179 0.071 0.240 1.131 1.186 2.580 0.265 0.501 0.310 0.170 0.057 0.245 0.195 0.743 1.699 1.654 0.278 1.481 0.336 0.653 1.359 0.318 3.026 0.396 0.458 0.047 0.355 0.061 0.945 1.646 0.828 0.212 0.077 0.367 0.132 1.765 15.091 0.253 3.748 0.148 0.900 1.186 0.398 0.418 0.743 0.380 0.170 1.909 1.426 0.240 0.407 0.876 0.685 1.200 1.237 1.046 2.075 2.904 0.612 0.974 1.194 1.070 1.175 0.303 0.498 0.681 1.605 2.174 1.424 1.922 7.440 8.931 1.223 1.673 0.166 0.143 0.856 2.393 0.802 0.457 4883 chr17 56452252 56496731 + 0 NA intron (NM_017763, intron 2 of 9) intron (NM_017763, intron 2 of 9) 5591 NM_001305545 54894 Hs.584916 NM_017763 ENSG00000108375 RNF43 RNF124|SSPCS|URCC ring finger protein 43 protein-coding 0.994 1.394 1.744 0.073 0.207 0.424 1.021 0.252 0.363 0.228 0.085 0.868 1.180 0.113 0.094 0.463 0.151 0.131 0.779 0.268 2.509 0.019 0.453 0.349 0.220 0.586 0.251 0.035 0.734 0.528 3.113 7.318 1.617 0.525 0.678 0.321 0.021 0.090 0.120 0.248 0.039 0.151 0.098 0.044 1.042 0.450 0.228 0.270 1.193 0.063 1.859 0.898 0.463 0.509 1.042 0.220 1.095 0.157 0.085 0.182 0.032 0.889 1.248 0.120 0.436 1.038 0.886 1.197 1.243 0.413 1.089 0.421 0.481 0.298 0.138 nan 4.250 0.156 0.300 nan nan 1.571 1.185 0.995 1.923 0.117 0.160 0.370 0.813 0.586 0.424 4805 chr17 43119614 43142374 + 0 NA intron (NM_001288654, intron 1 of 4) AluSq|SINE|Alu -1965 NM_001128631 79877 Hs.463148 NM_024819 ENSG00000172992 DCAKD - dephospho-CoA kinase domain containing protein-coding 2.344 2.685 nan 1.783 2.258 2.745 1.965 1.591 3.234 0.954 2.039 1.147 1.309 0.318 1.543 1.799 1.222 0.362 2.049 0.742 1.331 0.610 1.055 0.645 1.729 1.471 1.413 0.894 1.555 0.899 1.751 nan 1.977 4.166 0.643 2.197 0.538 1.640 0.169 1.038 1.048 2.024 1.141 0.585 1.194 0.772 1.528 1.717 2.428 1.968 0.934 1.306 1.799 1.943 1.510 1.729 0.888 1.070 0.866 2.080 1.069 1.415 0.721 1.446 0.940 1.121 0.728 2.583 2.331 2.984 4.722 2.537 nan 2.925 1.887 5.877 6.382 2.034 2.851 3.671 nan 4.118 3.297 1.649 2.440 2.039 2.882 2.653 3.803 1.812 0.922 9181 chr5 133767740 133777665 + 0 NA Intergenic Intergenic -1964 NR_105044 102546229 NR_105044 LOC102546229 - uncharacterized LOC102546229 ncRNA 0.929 3.407 nan 0.738 1.151 0.493 2.252 1.082 2.002 0.309 1.179 0.666 0.037 0.590 2.360 0.442 0.423 0.277 1.772 1.328 0.260 0.056 0.397 0.185 1.142 1.270 0.912 0.066 1.410 1.108 4.028 7.047 2.360 1.623 1.164 0.270 0.039 0.087 0.129 1.020 0.135 0.325 0.540 0.474 0.805 1.035 0.475 0.765 0.643 2.316 0.808 1.100 0.442 5.277 0.866 1.142 0.321 0.099 0.058 0.183 2.797 0.664 0.980 0.550 0.506 0.046 0.031 0.923 1.205 1.725 0.859 1.250 1.045 2.080 1.372 0.925 0.925 0.197 0.549 10.403 11.127 0.761 0.542 1.122 1.219 0.317 0.272 0.726 2.118 1.654 1.336 8420 chr4 72457164 72471813 + 0 NA Intergenic Intergenic 185591 NM_000583 2638 Hs.418497 NM_000583 ENSG00000145321 GC DBP|DBP-maf|DBP/GC|GRD3|Gc-MAF|GcMAF|HEL-S-51|VDB|VDBG|VDBP GC, vitamin D binding protein protein-coding 0.638 0.513 0.918 0.319 1.696 0.323 0.199 0.255 0.280 0.006 0.155 0.586 0.013 0.048 0.689 0.167 0.148 0.044 0.503 0.218 0.122 0.019 0.107 0.084 0.929 0.256 0.054 0.093 0.323 0.150 0.858 0.392 2.702 0.175 0.030 0.019 0.037 0.085 0.024 1.024 0.097 0.029 0.032 0.232 0.237 0.089 0.151 0.167 0.049 0.700 0.211 0.167 0.170 1.811 0.929 0.142 0.089 0.100 0.012 0.500 0.096 0.047 0.051 0.260 0.004 0.007 0.463 0.234 0.235 0.380 1.625 2.325 0.122 0.108 0.212 0.212 3.739 4.272 3.112 3.647 0.536 0.305 0.098 0.204 0.170 0.196 0.131 0.140 0.133 0.169 1998 chr11 64083582 64092230 + 0 NA intron (NM_181651, intron 2 of 4) L2c|LINE|L2 2192 NM_001358516 25824 Hs.502823 NM_012094 ENSG00000126432 PRDX5 ACR1|AOEB166|B166|HEL-S-55|PLP|PMP20|PRDX6|PRXV|SBBI10|prx-V peroxiredoxin 5 protein-coding nan 2.181 3.020 2.021 3.263 2.874 2.729 1.688 3.370 1.512 2.354 1.450 2.001 1.665 2.549 3.594 1.547 0.224 2.286 0.989 2.478 1.957 1.569 0.948 2.547 2.106 2.275 1.735 2.598 1.442 4.944 7.799 4.774 7.432 1.821 1.860 0.469 3.819 0.132 0.908 1.605 3.980 3.799 1.627 1.560 1.853 3.226 2.895 2.693 2.569 1.224 1.094 3.594 5.852 2.059 2.547 2.184 1.237 1.474 3.189 2.017 2.058 1.494 0.942 1.591 1.324 0.779 4.915 7.701 3.991 5.617 5.097 4.764 4.298 2.030 5.859 6.260 2.687 3.862 4.379 5.516 2.957 2.952 4.160 4.954 2.352 2.852 1.439 2.795 1.730 1.052 2930 chr12 107765872 107796501 + 0 NA intron (NM_001347944, intron 1 of 14) L2a|LINE|L2 66821 NM_001347944 121551 Hs.271272 NM_152322 ENSG00000151136 BTBD11 ABTB2B BTB domain containing 11 protein-coding 0.938 0.797 nan 0.090 0.049 0.673 0.982 1.281 2.578 0.041 0.048 0.037 0.016 0.052 0.446 0.886 0.076 0.068 0.917 0.996 0.023 0.018 0.461 0.374 1.524 1.222 0.711 0.029 0.104 0.027 0.050 0.073 0.063 1.133 0.048 0.148 0.192 0.053 0.098 0.546 0.324 0.138 0.053 0.054 0.464 0.434 0.610 0.231 1.286 0.046 0.430 0.676 0.886 0.137 0.109 1.524 0.906 0.325 0.245 0.036 0.047 0.297 0.036 0.096 0.037 0.295 0.486 0.442 0.501 0.237 0.422 0.708 0.825 5.046 1.537 0.402 0.418 0.154 0.292 0.336 0.551 0.377 0.224 0.154 0.177 0.443 0.728 0.289 0.539 1.048 0.832 5387 chr18 57562138 57592105 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu 9929 NM_021127 5366 Hs.96 NM_021127 ENSG00000141682 PMAIP1 APR|NOXA phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 protein-coding nan 1.572 1.144 1.268 1.134 0.955 2.262 0.573 1.056 0.801 0.916 3.000 0.539 0.245 1.000 1.795 1.226 0.248 1.468 0.787 0.140 0.199 0.549 0.292 0.204 1.715 1.606 0.192 1.422 1.456 1.347 2.561 1.303 2.735 0.888 1.292 0.487 0.472 0.049 0.650 0.728 1.457 0.421 0.175 2.062 1.471 3.331 2.642 1.074 0.384 0.256 0.964 1.795 1.376 0.308 0.204 0.970 0.190 0.425 0.628 1.364 1.460 0.561 0.288 0.727 0.797 0.695 0.689 0.714 2.409 3.795 1.816 1.613 6.419 1.792 3.031 3.215 0.761 1.048 3.026 3.747 1.158 1.023 0.479 0.909 2.743 3.717 0.706 1.097 nan 2.093 6545 chr2 190623106 190640064 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -3661 NM_022353 64172 Hs.60772 NM_022353 ENSG00000128694 OSGEPL1 OSGEPL|Qri7 O-sialoglycoprotein endopeptidase like 1 protein-coding 1.800 nan 1.407 0.678 1.123 0.653 0.958 0.681 1.186 0.153 0.599 0.504 0.205 0.276 0.507 0.659 0.401 0.104 0.674 0.224 0.654 0.434 0.416 0.391 0.755 0.545 0.391 0.283 0.724 0.180 0.760 1.298 0.524 2.141 0.293 0.808 0.146 0.692 0.096 0.236 0.458 0.833 0.440 0.210 0.257 0.286 0.399 0.554 0.557 0.467 0.307 0.297 0.659 0.635 0.935 0.755 0.202 0.293 0.149 0.636 0.556 0.590 0.963 2.227 0.459 0.357 0.210 3.113 2.569 1.638 1.677 1.403 1.354 1.366 0.657 8.869 9.209 1.588 1.835 1.779 2.300 3.596 3.326 2.128 2.966 0.829 0.644 2.745 5.742 0.851 0.481 6774 chr2 241831865 241839274 + 0 NA promoter-TSS (NM_001085437) promoter-TSS (NM_001085437) 4 NM_001085437 79919 Hs.193745 NM_024861 ENSG00000172478 C2orf54 - chromosome 2 open reading frame 54 protein-coding 0.774 nan 1.006 1.433 0.476 2.037 5.114 0.304 0.562 1.056 0.190 0.063 0.855 1.018 0.399 0.503 0.021 0.022 3.466 1.261 0.035 0.056 0.212 0.058 0.243 0.656 0.272 0.701 2.986 1.323 2.995 7.253 4.950 1.146 2.130 0.109 0.064 0.162 0.070 0.160 0.011 0.200 0.105 0.051 4.270 1.596 6.904 0.138 0.516 0.125 0.011 1.016 0.503 4.688 0.087 0.243 0.822 3.112 0.053 0.451 1.156 0.328 0.468 0.016 0.162 1.049 0.418 0.848 1.772 0.270 0.481 0.811 0.641 1.943 0.484 0.274 0.295 0.137 0.253 2.547 2.971 0.457 0.608 0.735 0.999 0.277 0.322 0.235 0.212 0.916 0.516 1367 chr10 17427401 17433235 + 0 NA intron (NR_034129, intron 1 of 2) LTR80A|LTR|ERVL 1383 NR_034129 100128098 Hs.530588 NR_034129 ENSG00000204832 ST8SIA6-AS1 - ST8SIA6 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.643 3.356 0.208 8.695 0.029 1.049 1.240 2.540 0.376 0.977 0.783 0.043 0.328 0.152 0.702 0.203 0.055 0.815 0.195 0.065 0.998 0.532 0.183 7.157 0.163 0.038 0.862 0.082 0.162 1.590 4.893 1.655 5.948 0.978 0.075 0.032 0.018 0.109 0.100 0.055 0.863 0.072 0.027 0.205 0.369 0.517 0.081 0.140 0.048 0.189 3.716 0.702 0.857 0.016 7.157 1.110 0.752 1.727 1.772 0.110 2.968 0.081 0.039 0.018 0.442 0.328 1.726 3.006 1.574 1.242 18.312 8.403 0.268 0.250 1.347 1.887 8.741 13.419 0.217 0.034 3.966 4.455 0.244 0.142 0.212 0.287 2.298 1.211 5236 chr18 30379706 30385800 + 0 NA Intergenic Intergenic -29779 NM_020805 57565 Hs.446164 NM_020805 ENSG00000197705 KLHL14 - kelch like family member 14 protein-coding nan 1.032 1.389 0.024 0.103 0.099 0.012 0.079 0.346 0.026 0.107 0.030 0.049 0.087 0.148 0.061 0.027 0.052 0.023 0.156 0.054 0.215 0.024 0.012 0.082 0.018 0.065 0.088 0.057 0.352 0.024 0.036 4.537 0.018 0.148 0.738 0.091 0.010 0.026 0.018 0.037 0.050 0.099 0.040 0.069 0.013 0.033 0.148 0.035 0.015 0.215 0.027 0.112 0.019 0.050 0.026 1.412 0.078 0.013 0.008 2.705 2.978 3.332 1.578 0.629 0.634 1.073 0.610 0.095 0.075 0.176 0.266 nan 1.280 0.247 0.149 0.675 1.468 8.982 14.025 0.276 0.512 0.787 0.835 10765 chr7 155246692 155266245 + 0 NA 3' UTR (NM_001427, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_001427, exon 2 of 2) 5644 NM_001427 2020 Hs.134989 NM_001427 ENSG00000164778 EN2 - engrailed homeobox 2 protein-coding 0.462 0.454 nan 0.199 0.127 1.329 0.058 0.149 0.189 0.039 0.080 0.071 0.038 0.026 0.327 1.050 0.077 0.057 0.060 0.058 0.843 0.135 0.143 0.122 0.249 0.185 0.185 0.367 0.070 0.223 0.308 0.152 0.557 0.037 0.113 0.005 1.140 0.099 0.132 0.057 0.287 0.034 0.016 0.022 0.063 0.059 0.449 0.352 0.311 0.178 0.041 1.050 0.047 0.044 0.122 0.057 0.174 0.229 1.703 0.015 0.162 3.226 0.025 0.046 0.127 0.128 4.385 4.525 1.988 1.886 1.187 1.002 0.189 0.061 0.110 0.102 0.141 0.222 0.128 0.155 0.361 0.239 4.090 7.321 0.097 0.131 0.063 0.161 0.452 0.457 1070 chr1 206717915 206761654 + 0 NA intron (NM_182665, intron 1 of 4) L3b|LINE|CR1 9292 NM_182665 83593 Hs.497579 NM_031437 ENSG00000266094 RASSF5 Maxp1|NORE1|NORE1A|NORE1B|RAPL|RASSF3 Ras association domain family member 5 protein-coding 1.279 1.627 4.266 0.289 0.303 0.419 0.463 0.484 0.916 0.050 0.484 0.303 0.007 0.037 3.622 0.637 0.214 0.092 0.238 0.157 0.016 0.035 1.495 0.639 1.542 0.215 0.123 0.107 0.258 0.237 0.327 1.552 0.632 1.230 0.215 0.106 0.157 0.061 0.091 0.124 0.532 0.090 0.084 0.055 0.593 0.126 0.138 0.175 0.243 0.140 0.110 0.226 0.637 0.215 0.238 1.542 0.064 0.079 0.199 0.120 0.709 0.111 0.470 0.220 0.184 0.031 0.016 1.375 2.069 0.728 0.968 1.441 1.567 1.468 0.493 nan nan 0.596 0.902 2.211 3.060 0.572 0.466 0.464 0.618 0.762 0.512 0.498 0.771 2.526 1.450 7169 chr21 32718902 32730510 + 0 NA intron (NM_001353690, intron 1 of 27) L1MB4|LINE|L1 -8037 NM_001353686 7074 Hs.517228 NM_003253 ENSG00000156299 TIAM1 TIAM-1 T cell lymphoma invasion and metastasis 1 protein-coding 0.942 0.898 1.020 0.503 0.200 0.024 1.815 0.152 0.296 1.217 0.066 0.040 0.048 0.026 0.114 0.486 0.078 0.082 1.539 0.919 0.718 0.024 0.094 0.029 0.250 0.666 0.362 0.013 1.048 0.952 1.466 3.034 1.868 1.044 1.028 0.120 0.058 0.085 0.078 0.752 0.110 3.307 1.424 0.631 0.846 0.639 1.845 0.362 0.077 1.331 0.156 0.862 0.486 1.462 3.879 0.250 0.494 1.987 0.064 1.390 0.083 1.254 0.103 0.099 0.393 1.038 0.920 0.463 0.281 0.267 0.955 0.429 0.415 0.305 0.139 0.300 0.396 0.903 1.166 0.368 0.771 0.498 0.346 0.185 0.242 0.123 0.205 0.307 0.617 nan 0.711 3117 chr13 35291567 35294514 + 0 NA Intergenic Intergenic -78218 NR_047036 100874179 Hs.569253 NR_047036 ENSG00000225179 LINC00457 - long intergenic non-protein coding RNA 457 ncRNA 1.176 0.984 1.052 0.096 0.205 0.035 0.603 1.178 0.051 0.103 0.021 0.331 0.304 0.075 0.253 0.130 0.042 0.554 0.327 0.571 0.024 0.092 0.108 0.109 0.448 0.056 0.243 0.099 0.036 0.260 0.036 0.056 0.525 0.062 0.053 0.036 0.065 0.034 0.006 0.024 0.066 0.304 0.049 0.031 0.571 0.123 0.111 0.020 0.483 0.026 0.033 0.123 0.026 0.035 0.302 0.270 0.179 0.537 0.967 0.821 8.374 13.994 0.037 0.170 0.849 0.771 0.695 0.792 0.379 0.217 0.214 0.402 1.751 3.384 0.610 1.264 1.871 0.816 7992 chr3 170239265 170250584 + 0 NA intron (NM_020949, intron 1 of 7) intron (NM_020949, intron 1 of 7) 58939 NM_020949 57709 Hs.596660 NM_020949 ENSG00000013293 SLC7A14 PPP1R142 solute carrier family 7 member 14 protein-coding 1.775 1.108 1.277 0.152 0.351 1.357 0.327 0.210 0.546 0.017 0.173 0.643 0.033 0.026 1.290 0.181 0.252 0.115 0.113 0.084 0.050 0.049 0.401 0.259 0.247 0.649 0.193 0.033 0.120 0.047 0.093 0.125 0.204 0.458 0.051 0.138 0.109 0.009 0.076 0.031 0.119 0.138 0.063 0.048 0.077 0.030 0.197 0.242 0.108 0.070 0.028 0.106 0.181 0.056 0.033 0.247 0.109 0.044 1.691 0.021 0.134 0.098 0.853 0.139 0.087 0.031 0.005 0.423 0.457 0.544 0.475 0.563 0.720 0.293 0.151 0.274 0.277 4.114 4.671 2.416 2.068 2.025 2.133 0.791 1.260 0.406 0.452 0.689 1.327 1.075 0.808 8591 chr4 151933448 151939916 + 0 NA promoter-TSS (NM_001199282) promoter-TSS (NM_001199282) -33 NM_006726 987 Hs.480938 NM_006726 ENSG00000198589 LRBA BGL|CDC4L|CVID8|LAB300|LBA LPS responsive beige-like anchor protein protein-coding nan 3.791 3.288 3.756 8.449 2.594 3.133 3.588 6.456 1.303 3.020 1.153 1.410 1.093 4.367 1.912 0.905 0.223 2.996 0.881 1.850 1.113 2.121 0.958 8.559 1.707 1.544 0.792 3.796 2.047 3.516 4.560 2.434 9.244 1.887 1.295 0.633 1.934 0.106 1.223 3.799 2.866 1.850 1.024 1.660 1.538 2.446 1.188 2.240 2.024 1.872 1.637 1.912 3.649 2.273 8.559 0.945 1.793 0.597 1.343 1.237 1.822 2.248 1.631 0.997 0.490 0.237 2.604 3.435 4.806 6.305 9.858 7.104 8.285 3.542 6.699 6.523 1.867 2.365 6.907 10.013 3.910 5.122 2.779 5.792 4.329 3.218 3.998 4.904 3.029 1.692 11819 chr9 133530975 133548608 + 0 NA promoter-TSS (NM_021619) promoter-TSS (NM_021619) -190 NM_021619 59335 Hs.495311 NM_021619 ENSG00000130711 PRDM12 HSAN8|PFM9 PR/SET domain 12 protein-coding nan 0.533 0.726 0.033 0.286 0.159 0.333 0.181 0.252 0.016 0.109 0.178 0.007 0.207 0.349 0.091 0.091 0.107 0.065 0.031 0.018 0.090 0.060 0.299 0.199 0.071 0.096 0.092 0.047 0.215 0.462 0.060 0.640 0.074 0.339 0.043 0.088 0.062 0.020 0.091 0.209 0.089 0.053 0.062 0.070 0.115 0.161 0.246 0.135 0.063 0.104 0.349 0.089 0.058 0.299 0.049 0.089 0.520 0.400 0.984 0.108 0.028 0.042 0.013 0.031 0.012 0.182 0.123 0.207 0.244 14.275 12.127 nan 0.176 0.181 0.167 0.757 0.901 0.368 0.450 1.073 0.630 0.141 0.123 0.141 0.346 0.263 0.364 0.360 0.345 4332 chr16 31137368 31160255 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1728 NM_002773 5652 Hs.75799 NM_002773 ENSG00000052344 PRSS8 CAP1|PROSTASIN serine protease 8 protein-coding 0.948 1.417 1.845 3.752 1.034 0.408 0.868 0.286 0.530 0.886 0.995 0.343 1.247 0.268 0.183 0.432 0.278 0.147 1.507 0.695 0.224 0.115 0.144 0.072 0.472 0.515 0.405 0.358 1.644 0.643 2.402 5.825 4.756 1.730 0.543 0.478 0.083 0.184 0.071 0.144 0.156 0.692 0.625 0.300 1.949 1.450 2.333 0.298 0.726 0.570 0.457 3.202 0.432 2.656 0.323 0.472 0.642 2.429 0.246 0.722 0.308 0.322 0.155 0.114 0.183 0.171 0.098 0.485 0.737 0.697 1.326 0.603 0.678 1.555 0.547 0.383 0.498 0.634 0.880 2.064 2.464 0.624 0.450 0.519 0.682 0.388 0.363 0.339 0.768 0.869 0.526 111 chr1 16156970 16185903 + 0 NA intron (NR_024279, intron 1 of 1) intron (NR_024279, intron 1 of 1) -2923 NM_015001 23013 Hs.744843 NM_015001 ENSG00000065526 SPEN HIAA0929|MINT|RBM15C|SHARP spen family transcriptional repressor protein-coding 4.248 2.816 nan 2.644 10.724 4.993 1.447 2.064 4.061 1.171 2.674 1.324 2.892 1.298 3.241 2.797 1.741 0.278 1.827 0.591 2.284 1.706 2.315 1.185 2.068 1.604 1.813 1.472 3.069 1.007 3.021 5.088 2.722 6.349 1.067 1.734 0.651 3.700 0.173 0.817 1.900 2.564 2.053 0.988 1.331 1.105 1.622 2.096 1.992 2.958 1.844 1.707 2.797 2.544 2.452 2.068 0.997 1.270 0.920 2.900 1.672 1.433 2.208 1.913 1.491 0.820 0.613 4.409 3.807 3.614 5.470 7.312 6.159 3.867 1.982 8.211 nan 3.676 nan 8.784 12.731 nan 5.038 2.441 3.878 2.358 3.094 4.535 4.968 2.250 1.225 4776 chr17 40161252 40180530 + 0 NA intron (NM_001001349, intron 1 of 3) L2b|LINE|L2 -1176 NR_029431 7266 Hs.500156 NM_003315 ENSG00000168259 DNAJC7 DJ11|DJC7|TPR2|TTC2 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C7 protein-coding 2.666 2.003 nan 2.298 1.938 1.218 1.591 1.277 2.417 0.754 3.474 0.550 0.273 0.426 1.220 1.550 1.032 0.190 2.517 1.211 2.471 0.888 1.143 0.731 1.435 1.834 1.570 0.704 1.443 1.028 2.234 nan 1.869 3.247 0.846 1.710 0.338 1.178 0.130 1.436 0.945 2.517 1.905 0.875 1.843 1.675 1.608 2.531 2.439 1.329 0.769 1.192 1.550 1.924 1.257 1.435 1.106 0.717 0.491 1.867 0.955 1.433 0.522 0.918 0.568 0.681 0.429 2.086 2.222 2.239 3.250 2.815 nan 3.726 1.668 5.551 5.707 1.751 2.405 2.631 nan 3.979 3.169 1.747 2.666 1.918 2.885 2.643 3.396 1.704 0.892 5038 chr17 76577892 76602744 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -16842 NM_173628 8632 Hs.375975 NM_003727 ENSG00000187775 DNAH17 DNAHL1|DNEL2 dynein axonemal heavy chain 17 protein-coding 1.147 0.762 0.652 0.491 0.180 0.038 1.210 0.245 0.395 0.324 0.910 1.932 0.018 0.040 0.121 0.186 0.447 0.267 1.190 0.755 4.383 0.045 0.114 0.126 0.241 1.220 0.735 0.668 0.255 0.268 3.978 8.639 2.763 0.617 0.887 2.391 0.011 0.060 0.118 0.665 0.401 2.298 0.807 0.370 0.500 0.561 0.477 2.121 2.967 0.481 0.940 2.760 0.186 0.677 0.425 0.241 0.414 0.677 0.432 4.096 0.081 0.199 0.072 0.158 0.702 0.248 0.196 0.789 0.845 0.304 0.410 0.436 0.441 0.684 0.220 0.641 0.645 nan 1.817 0.390 0.476 1.636 1.212 0.358 0.405 0.108 0.157 0.415 1.113 nan 0.554 6206 chr2 78766273 78775448 + 0 NA Intergenic L1MD|LINE|L1 -1797 NR_136312 105374820 Hs.570225 NR_136311 LOC105374820 - uncharacterized LOC105374820 ncRNA nan nan 0.571 0.062 2.546 0.042 0.146 1.608 2.519 0.052 0.127 0.372 0.020 0.022 0.226 0.098 0.253 0.017 0.115 0.021 0.394 0.283 1.759 0.007 0.008 0.008 0.067 0.023 0.088 0.091 0.096 0.246 0.281 0.021 0.084 0.131 0.013 0.018 0.672 0.013 0.017 0.071 0.593 1.681 0.230 0.106 0.039 0.575 0.050 0.098 0.085 0.010 1.759 0.533 0.065 0.442 0.057 1.126 0.009 0.043 0.292 0.017 0.013 0.005 0.437 0.164 0.220 0.208 0.312 0.272 7.580 3.209 0.323 0.202 0.190 0.271 1.601 3.242 0.418 0.183 0.112 0.131 0.037 0.033 0.604 0.944 nan 0.486 5517 chr19 7450956 7465743 + 0 NA Intergenic FLAM_C|SINE|Alu -1650 NM_015318 23370 Hs.465761 NM_015318 ENSG00000104880 ARHGEF18 P114-RhoGEF|RP78 Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 18 protein-coding 1.385 0.995 1.832 1.659 0.669 0.237 2.959 0.478 0.988 0.460 0.538 0.440 2.633 0.318 0.336 0.528 0.364 0.131 2.426 0.749 2.194 0.234 0.258 0.219 0.730 0.904 0.601 1.120 1.104 1.376 1.758 3.252 1.539 2.058 0.978 0.159 0.109 0.527 0.102 0.536 0.316 3.448 2.955 1.289 1.629 1.502 1.721 0.514 1.117 1.262 0.616 1.614 0.528 3.848 2.324 0.730 0.835 1.873 0.195 1.322 0.556 1.694 0.155 0.216 1.631 1.231 0.576 0.700 0.936 1.182 2.011 1.500 1.543 0.901 0.309 0.916 0.950 0.880 1.208 1.447 nan 1.419 1.041 0.488 0.627 0.481 0.569 0.453 1.099 1.011 0.675 3577 chr14 57460922 57479977 + 0 NA Intergenic Intergenic 190573 NR_029385 100309464 Hs.637962 NR_029385 ENSG00000248550 OTX2-AS1 OTX2OS1 OTX2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 2.931 nan 2.395 0.125 0.982 0.041 0.484 0.336 0.549 0.051 0.069 0.024 0.023 0.083 0.095 0.397 0.099 0.094 0.365 0.090 0.063 0.022 0.090 0.150 0.872 0.215 0.136 0.011 0.206 0.105 0.723 1.673 1.494 0.570 0.030 0.423 0.114 0.046 0.119 0.006 0.674 0.068 0.013 0.024 0.137 0.323 1.207 0.099 0.120 0.044 0.066 1.177 0.397 0.337 0.024 0.872 0.449 0.132 0.132 0.067 0.096 0.041 1.474 2.068 0.016 0.036 0.003 0.366 0.248 0.303 0.384 0.502 0.531 1.963 0.435 0.486 0.507 0.132 0.203 1.091 0.997 4.153 4.032 0.724 1.564 0.796 0.773 4.105 11.497 nan 0.567 7808 chr3 126255832 126276286 + 0 NA intron (NR_130715, intron 4 of 5) intron (NR_130715, intron 4 of 5) 11749 NM_152533 152065 Hs.178210 NM_152533 ENSG00000180697 C3orf22 - chromosome 3 open reading frame 22 protein-coding 1.328 nan 1.956 0.110 0.914 0.215 0.270 0.180 0.329 0.019 0.156 0.140 0.024 0.039 0.148 0.175 0.121 0.095 0.036 0.010 0.031 0.027 0.581 0.162 0.117 0.141 0.063 0.187 0.046 0.005 0.059 0.172 0.080 0.587 0.029 0.135 0.111 0.043 0.065 0.052 0.299 0.119 0.086 0.076 0.021 0.041 0.056 0.481 0.076 0.086 0.050 0.149 0.175 0.083 0.158 0.117 0.036 0.036 0.729 0.136 0.049 0.116 0.034 0.061 0.082 0.186 0.052 0.357 0.357 0.166 0.268 0.599 0.612 5.267 1.085 0.354 0.348 0.247 nan 0.434 0.654 2.452 2.176 0.355 0.352 0.960 1.346 0.341 0.402 2.216 1.249 559 chr1 102406363 102443973 + 0 NA intron (NM_058170, intron 1 of 5) intron (NM_058170, intron 1 of 5) 37622 NM_001288823 118427 Hs.484475 NM_058170 ENSG00000118733 OLFM3 NOE3|NOELIN3|OPTIMEDIN olfactomedin 3 protein-coding 0.881 nan nan 0.079 0.107 0.024 0.030 0.076 0.187 0.008 0.058 0.039 0.031 0.043 0.038 0.102 0.107 0.095 0.070 0.020 0.017 0.033 0.066 0.095 0.092 0.004 0.006 0.022 0.056 0.017 0.052 0.185 0.041 0.363 0.023 0.188 0.053 0.052 0.132 0.019 0.049 0.056 0.015 0.006 0.023 0.029 0.079 0.074 0.024 0.017 0.027 0.046 0.102 0.055 0.012 0.092 0.033 0.015 0.011 0.006 0.141 0.025 0.037 0.273 0.016 0.023 0.005 0.312 0.216 0.260 0.413 0.288 nan 0.050 0.027 0.247 0.231 4.845 5.142 nan nan 0.364 0.155 0.107 0.219 0.248 0.340 0.498 nan 0.453 0.415 5679 chr19 41218035 41230691 + 0 NA intron (NM_025194, intron 1 of 6) intron (NM_025194, intron 1 of 6) 1355 NM_025194 80271 Hs.515415 NM_025194 ENSG00000086544 ITPKC IP3-3KC|IP3KC inositol-trisphosphate 3-kinase C protein-coding 3.434 2.839 3.573 5.273 1.309 2.077 2.616 0.940 1.360 2.154 3.835 3.224 1.561 0.683 2.187 2.095 1.439 0.199 5.059 2.082 2.266 1.296 0.893 0.470 1.703 2.578 2.747 2.570 4.184 2.075 3.537 nan 3.754 11.515 1.928 2.778 0.428 4.012 0.150 1.749 0.638 3.521 2.731 1.040 2.640 2.077 2.746 2.456 5.857 10.136 2.244 2.076 2.095 10.030 1.096 1.703 1.909 2.740 1.176 2.783 2.229 0.868 1.706 1.411 1.895 2.198 1.357 1.615 2.291 3.067 5.742 2.904 2.564 4.669 1.792 7.571 8.099 2.409 3.532 3.920 7.618 2.505 2.584 1.891 2.857 2.334 2.294 2.566 4.427 2.242 1.185 7010 chr20 46186469 46211594 + 0 NA intron (NM_001174088, intron 1 of 22) AluJb|SINE|Alu 68430 NM_001174088 8202 Hs.592142 NM_006534 ENSG00000124151 NCOA3 ACTR|AIB-1|AIB1|CAGH16|CTG26|KAT13B|RAC3|SRC-3|SRC3|TNRC14|TNRC16|TRAM-1|bHLHe42|pCIP nuclear receptor coactivator 3 protein-coding nan nan 1.020 0.954 0.243 0.046 0.605 1.072 2.169 0.625 0.386 0.662 0.141 0.084 0.135 0.214 0.770 0.198 1.386 0.545 0.932 0.389 0.499 0.371 0.564 0.326 0.176 0.331 0.646 0.360 0.887 2.419 1.131 0.723 0.546 1.515 0.159 0.121 0.116 0.266 0.158 0.209 0.082 0.059 0.439 0.410 0.950 0.211 0.750 0.223 0.255 0.783 0.214 1.990 0.761 0.564 0.418 0.490 0.080 0.216 0.210 0.487 2.423 0.816 0.383 0.032 0.036 4.885 5.012 2.800 2.323 0.564 0.594 nan 0.496 7.195 7.312 0.836 1.340 2.026 1.757 nan 0.849 2.162 3.377 0.794 0.693 0.802 2.163 0.656 0.426 6579 chr2 201649279 201655317 + 0 NA intron (NR_135012, intron 29 of 30) intron (NR_135012, intron 29 of 30) -23971 NM_014670 9689 Hs.355983 NM_014670 ENSG00000082153 BZW1 BZAP45|Nbla10236 basic leucine zipper and W2 domains 1 protein-coding 0.816 nan 0.646 2.159 0.220 0.238 5.636 0.132 0.268 0.492 2.470 1.313 0.040 0.410 0.249 0.310 0.237 0.106 4.659 3.094 1.334 0.006 0.130 0.148 0.159 4.958 3.888 0.244 4.651 2.858 2.810 5.996 4.678 0.397 2.593 8.322 0.079 0.052 0.105 2.354 0.103 5.483 8.728 3.561 4.628 3.551 3.922 5.746 1.197 0.703 1.778 4.523 0.310 2.190 11.227 0.159 2.378 5.540 0.016 0.831 0.302 2.040 0.097 0.101 3.833 0.025 0.264 0.449 0.291 0.759 0.253 0.263 0.285 0.050 0.527 0.513 0.215 0.286 0.674 0.682 0.453 0.341 0.445 0.508 0.374 0.724 0.239 0.440 0.468 0.388 5655 chr19 39320771 39330528 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -3152 NM_001398 1891 Hs.196176 NM_001398 ENSG00000104823 ECH1 HPXEL enoyl-CoA hydratase 1 protein-coding 2.032 2.505 1.975 2.514 2.639 0.898 2.394 0.802 1.506 2.958 3.028 2.795 0.902 1.430 1.256 0.956 0.728 0.230 1.988 0.899 2.677 0.269 0.628 0.446 1.156 1.227 1.147 1.128 3.200 0.977 4.201 7.845 4.063 8.587 0.612 1.060 0.245 1.365 0.186 1.290 0.727 0.994 0.810 0.473 0.679 1.851 4.159 1.328 4.216 3.585 2.977 2.683 0.956 2.790 0.939 1.156 1.797 7.025 0.406 2.327 1.915 0.891 0.891 0.762 0.679 0.536 0.231 1.278 1.975 1.059 1.925 1.727 1.618 2.911 1.707 3.528 3.748 2.112 2.799 2.710 4.718 nan 1.589 1.458 2.362 1.111 1.290 1.907 2.991 1.852 1.064 7951 chr3 159530646 159547578 + 0 NA intron (NM_001197114, intron 4 of 9) L2|LINE|L2 -18538 NM_001197109 29970 Hs.134665 NM_014575 ENSG00000151967 SCHIP1 SCHIP-1 schwannomin interacting protein 1 protein-coding nan 1.568 1.260 0.691 0.224 0.982 0.513 0.258 0.420 0.660 0.229 0.281 2.096 0.072 0.115 0.358 0.866 0.123 0.227 0.134 0.133 0.024 0.186 0.263 0.466 0.252 0.089 0.129 0.225 0.413 0.312 1.702 1.262 0.658 0.302 0.232 0.231 0.122 0.079 0.203 0.399 0.412 0.105 0.184 0.197 0.148 0.414 0.142 0.458 0.195 0.183 0.399 0.358 0.500 0.105 0.466 0.259 0.747 0.165 0.149 0.297 0.268 0.868 0.095 0.104 0.058 0.024 0.396 0.399 0.683 1.775 0.781 0.843 1.680 0.530 0.130 0.112 1.373 nan 1.053 1.017 0.812 0.466 0.384 0.783 0.674 1.082 0.297 0.517 1.184 0.811 9254 chr5 147541827 147591964 + 0 NA Intergenic L1MD|LINE|L1 -15462 NM_001195290 404203 Hs.334274 NM_205841 ENSG00000178172 SPINK6 BUSI2|UNQ844 serine peptidase inhibitor, Kazal type 6 protein-coding nan 0.761 0.511 0.067 0.098 0.009 0.085 0.109 0.288 0.319 0.102 0.042 0.036 0.016 0.069 0.020 0.107 0.064 0.137 0.102 0.027 0.003 0.053 0.074 0.121 0.019 0.013 0.006 0.077 0.042 0.161 0.642 0.128 0.301 0.109 0.826 0.028 0.035 0.098 0.035 0.022 0.053 0.012 0.014 0.325 0.043 0.125 0.082 0.041 0.026 0.028 0.242 0.020 0.053 0.024 0.121 0.117 0.153 0.017 0.019 0.021 0.030 0.049 0.111 0.029 0.021 0.010 0.233 0.161 12.716 8.770 0.208 0.259 0.412 0.138 0.115 0.140 0.343 0.468 0.377 0.361 0.406 0.184 0.161 0.233 0.096 0.140 0.230 0.472 0.451 0.405 9542 chr6 29890186 29896169 + 0 NA non-coding (NR_001317, exon 1 of 1) non-coding (NR_001317, exon 1 of 1) 1815 NR_001317 80868 Hs.661198 NR_001317 HCG4B HCG4P6|HCGIV-06|HCGIV-6|HCGIV.5|bCX67J3.3|bPG309N1.1|bQB90C11.3 HLA complex group 4B (non-protein coding) ncRNA 1.005 1.406 nan 1.078 0.103 0.554 5.105 0.970 1.370 0.397 3.105 1.071 0.030 0.049 0.054 0.382 0.983 0.195 4.271 1.756 0.096 0.046 0.077 0.027 0.807 3.458 4.180 0.331 3.794 2.643 0.999 2.593 0.190 nan 4.287 0.459 0.016 0.144 0.087 0.848 1.526 0.419 0.209 3.133 1.171 0.242 0.050 0.340 0.693 3.744 0.809 0.382 2.644 8.252 0.807 0.143 0.359 0.033 4.089 0.133 0.266 0.066 0.125 1.590 0.164 0.085 0.644 0.706 0.474 nan 0.835 0.540 nan 0.369 1.118 1.145 0.251 0.420 0.208 0.175 0.406 0.196 0.226 0.184 0.204 0.319 0.134 0.389 0.998 0.887 6777 chr2 242252195 242258153 + 0 NA promoter-TSS (NM_001349314) promoter-TSS (NM_001349314) 83 NM_005336 3069 Hs.471851 NM_005336 ENSG00000115677 HDLBP HBP|PRO2900|VGL high density lipoprotein binding protein protein-coding 5.838 nan 4.337 3.945 4.414 4.565 4.514 2.768 4.782 1.656 4.659 3.070 1.896 1.981 3.284 3.885 1.896 0.277 5.136 1.850 5.724 3.594 2.171 0.963 5.258 3.465 4.798 2.824 4.387 1.382 7.242 8.769 4.751 9.333 1.889 5.298 0.574 4.762 0.153 2.298 1.720 4.684 5.517 2.302 3.435 2.640 6.049 3.986 5.169 4.873 2.824 3.887 3.885 5.049 4.652 5.258 2.073 2.344 0.766 6.263 2.407 3.140 2.895 2.557 3.686 3.092 1.959 7.761 6.896 6.541 9.300 5.788 5.663 5.622 3.593 17.546 19.480 4.312 5.701 6.619 10.874 9.056 8.538 7.002 10.779 3.843 4.485 9.579 7.561 2.138 1.155 6236 chr2 89830305 89861841 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 734189 NR_039635 100616399 NR_039635 ENSG00000265510 MIR4436A mir-4436a microRNA 4436a ncRNA nan 5.828 nan 0.238 0.506 0.138 0.209 0.719 1.230 0.136 0.451 0.301 0.078 0.651 0.528 0.840 0.700 4.934 0.404 0.103 0.090 0.373 0.513 1.704 0.418 0.048 0.228 0.052 0.537 0.023 0.404 0.305 0.681 1.702 0.129 0.685 0.371 0.282 1.685 0.023 0.236 0.677 0.220 0.121 0.058 0.706 0.370 1.209 0.238 0.200 0.120 0.339 0.840 0.330 0.156 0.418 0.210 0.220 0.096 0.094 0.263 0.328 0.352 0.344 0.177 0.206 0.110 2.096 0.899 0.633 0.828 1.675 2.534 0.714 0.658 1.041 0.957 1.493 2.202 1.504 1.530 2.431 0.664 0.842 1.678 0.632 1.066 1.215 1.849 0.698 1.097 8949 chr5 60586193 60611493 + 0 NA Intergenic Intergenic -29257 NM_020928 57688 Hs.744939 NM_020928 ENSG00000130449 ZSWIM6 AFND|NEDMAGA zinc finger SWIM-type containing 6 protein-coding 0.797 1.540 0.794 1.320 0.141 0.027 2.583 0.270 0.485 0.218 1.008 1.192 0.098 0.150 0.102 0.334 0.830 0.090 0.770 0.465 1.302 0.033 0.105 0.088 0.109 2.840 1.762 0.298 2.238 1.569 0.540 2.102 0.620 0.314 0.852 1.753 0.021 0.193 0.126 0.471 0.379 0.557 1.459 0.627 1.224 0.953 0.854 1.108 0.927 0.831 0.836 1.250 0.334 2.327 4.394 0.109 0.763 0.350 0.027 0.110 0.129 1.123 0.082 0.054 0.552 2.955 3.012 0.239 0.174 0.453 0.644 0.343 0.352 1.322 0.575 0.222 0.269 0.294 0.583 0.325 0.327 0.370 0.194 0.132 0.201 0.207 0.272 0.155 0.237 0.363 0.391 580 chr1 110361999 110372576 + 0 NA Intergenic Intergenic -60643 NM_024526 79574 Hs.485352 NM_024526 ENSG00000198758 EPS8L3 EPS8R3 EPS8 like 3 protein-coding nan 0.744 0.800 0.336 0.100 0.130 3.619 0.183 0.290 0.351 2.169 2.548 0.012 0.076 0.122 0.459 0.805 0.171 1.587 1.435 0.210 0.013 0.044 0.048 0.104 3.580 3.572 0.741 0.451 1.172 0.404 1.875 0.243 0.488 0.857 2.184 0.018 0.072 0.080 0.903 0.054 1.089 1.247 0.529 3.174 0.264 5.577 8.269 1.238 0.214 0.254 3.200 0.459 0.744 5.909 0.104 0.555 0.974 0.118 0.378 0.106 2.400 0.038 0.325 0.100 0.245 0.158 0.435 0.390 0.273 0.289 0.448 nan 0.778 0.286 0.460 0.460 0.321 0.722 0.400 0.419 0.512 0.234 0.357 0.340 0.056 0.096 0.347 0.823 0.644 0.571 2800 chr12 77819647 77834789 + 0 NA Intergenic Intergenic -367858 NM_203394 144455 Hs.416375 NM_203394 ENSG00000165891 E2F7 - E2F transcription factor 7 protein-coding nan 0.732 0.581 0.071 0.122 0.073 0.042 0.221 0.357 0.088 0.055 0.011 0.046 0.325 0.085 0.612 0.159 0.063 0.013 0.017 0.009 0.113 0.119 0.063 0.018 0.014 0.010 0.080 0.009 0.043 0.045 0.057 0.298 0.029 0.071 0.006 0.036 0.070 0.023 0.062 0.012 0.020 0.016 0.014 0.025 0.081 0.099 0.038 0.041 0.021 0.040 0.085 0.037 0.033 0.063 0.008 0.044 0.025 0.015 0.033 0.025 0.033 0.132 0.025 0.024 0.009 0.347 0.263 0.221 0.223 0.485 0.532 0.183 0.079 0.275 0.279 4.788 5.255 nan 0.380 0.466 0.227 0.157 0.246 0.091 0.174 0.367 0.656 nan 0.633 7791 chr3 121963832 121981139 + 0 NA intron (NM_001178065, intron 1 of 6) intron (NM_001178065, intron 1 of 6) 69304 NM_001178065 846 Hs.435615 NM_000388 ENSG00000036828 CASR CAR|EIG8|FHH|FIH|GPRC2A|HHC|HHC1|HYPOC1|NSHPT|PCAR1|hCasR calcium sensing receptor protein-coding 0.718 nan 0.540 0.041 0.137 6.959 0.082 0.156 0.444 0.005 0.068 0.075 0.014 0.035 2.937 0.136 0.144 0.102 0.098 0.033 0.030 0.189 0.151 0.028 0.048 0.025 0.042 0.070 0.030 0.145 0.903 0.107 1.671 0.008 0.059 0.033 0.006 0.076 0.007 0.165 0.137 0.025 0.005 0.019 0.040 0.050 0.208 0.038 0.038 0.140 0.072 0.136 0.061 0.016 0.028 0.007 0.043 0.023 0.050 0.041 0.046 0.034 0.036 0.039 0.023 0.015 0.455 0.239 0.192 0.258 0.382 0.435 0.245 0.153 0.298 0.272 0.216 nan 0.432 0.492 0.593 0.288 0.249 0.276 0.146 0.154 0.153 0.303 1.811 1.115 10053 chr6 158955385 158982692 + 0 NA intron (NM_020823, intron 1 of 16) intron (NM_020823, intron 1 of 16) 11570 NM_020823 57583 Hs.99145 NM_020823 ENSG00000146433 TMEM181 GPR178|KIAA1423 transmembrane protein 181 protein-coding nan 1.528 2.606 0.487 2.978 0.971 0.325 0.885 1.572 0.112 0.301 0.264 0.089 0.571 1.867 1.318 0.263 0.118 0.393 0.107 0.194 0.310 1.494 0.760 2.760 0.317 0.223 0.187 0.375 0.043 0.733 nan 0.517 4.134 0.078 0.235 0.965 0.804 0.118 0.156 0.434 0.378 0.608 0.472 0.299 0.186 0.390 0.249 0.334 1.205 0.138 0.280 1.318 0.584 0.378 2.760 0.207 0.254 0.417 0.501 2.335 0.200 0.576 0.239 0.169 0.152 0.108 1.528 2.166 0.830 1.165 3.096 nan 4.925 1.411 1.049 1.006 1.075 1.467 2.098 2.633 2.371 2.367 0.745 1.451 3.465 3.639 1.453 nan 1.754 0.997 9858 chr6 114166714 114183272 + 0 NA Intergenic Intergenic -3521 NM_002356 4082 Hs.519909 NM_002356 ENSG00000277443 MARCKS 80K-L|MACS|PKCSL|PRKCSL myristoylated alanine rich protein kinase C substrate protein-coding nan 2.918 nan 2.122 4.772 4.668 0.892 3.057 5.797 0.829 1.162 2.389 1.716 1.161 3.851 4.354 2.634 0.183 1.835 0.709 2.664 0.903 1.350 0.644 2.414 1.573 1.766 0.177 1.243 0.503 2.631 3.794 2.195 10.355 0.663 0.085 0.924 1.774 0.099 0.439 1.730 4.935 0.947 0.405 1.285 1.977 4.414 2.120 1.814 3.942 0.157 0.611 4.354 1.994 1.191 2.414 0.570 1.442 1.538 1.093 1.552 0.886 3.525 2.382 0.046 2.469 2.041 5.696 7.446 4.919 6.790 11.216 nan nan 2.923 6.875 7.221 3.035 nan 2.215 3.494 7.762 9.009 2.862 5.931 3.382 2.508 6.582 nan 1.457 1.072 6632 chr2 213335251 213414740 + 0 NA intron (NM_001042599, intron 1 of 26) intron (NM_001042599, intron 1 of 26) 28357 NM_001042599 2066 Hs.390729 NM_005235 ENSG00000178568 ERBB4 ALS19|HER4|p180erbB4 erb-b2 receptor tyrosine kinase 4 protein-coding nan 1.105 nan 0.185 0.244 0.075 0.071 0.154 0.347 0.006 0.079 0.097 0.013 0.043 0.037 0.130 0.111 0.033 0.108 0.021 0.061 0.007 0.219 0.179 0.123 0.015 0.007 0.069 0.086 0.020 0.098 0.147 0.136 0.796 0.029 0.106 0.218 1.791 0.163 0.021 0.182 0.055 0.018 0.011 0.027 0.014 0.066 0.069 0.051 0.076 0.077 0.035 0.130 0.051 0.022 0.123 0.071 0.053 0.051 0.059 0.068 0.014 0.040 0.062 0.021 0.019 0.017 0.747 0.678 1.021 1.952 0.248 0.264 1.171 0.461 0.535 0.513 4.763 5.876 0.395 nan 0.469 0.208 0.152 0.261 0.942 1.391 0.289 0.505 0.320 0.325 10275 chr7 29600881 29609408 + 0 NA promoter-TSS (NM_001329997) promoter-TSS (NM_001329997) -5 NM_001329997 222171 Hs.91109 NM_175887 ENSG00000176532 PRR15 - proline rich 15 protein-coding 1.236 2.007 1.064 7.538 0.820 0.065 0.217 0.452 0.664 0.112 0.485 0.183 0.493 0.188 0.251 0.179 0.136 0.133 1.383 0.346 0.030 0.617 0.375 0.636 1.740 1.506 0.068 0.351 0.013 1.950 3.925 6.452 1.515 0.086 0.075 0.022 0.176 0.149 0.264 0.291 1.071 0.178 0.226 1.061 0.189 6.877 0.702 1.645 0.251 2.300 4.176 0.179 1.871 0.013 0.636 0.911 1.204 0.057 0.681 0.012 0.603 0.297 0.158 0.053 0.068 0.012 1.177 1.341 0.467 nan 0.679 0.637 1.165 0.287 2.647 2.346 0.147 0.273 0.755 1.020 0.530 0.357 0.598 0.726 0.988 1.195 0.260 nan 0.758 0.664 11652 chr9 95730451 95744188 + 0 NA intron (NM_033086, intron 1 of 17) intron (NM_033086, intron 1 of 17) 601 NM_033086 89846 Hs.411081 NM_033086 ENSG00000127084 FGD3 ZFYVE5 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 3 protein-coding 0.490 nan 0.606 1.864 0.334 0.049 2.168 0.258 0.610 1.027 0.045 0.053 3.672 0.015 0.149 0.252 0.044 0.046 2.828 0.721 0.032 0.020 0.104 0.126 0.370 0.236 0.132 0.059 0.530 0.894 0.142 0.677 2.468 0.377 1.120 0.071 0.014 0.032 0.070 0.129 0.075 0.151 0.062 0.040 0.032 1.297 4.631 0.066 0.136 0.080 0.029 0.203 0.252 6.733 0.267 0.370 0.187 1.098 0.007 0.072 0.052 0.900 0.072 0.045 0.028 0.028 0.019 0.245 0.195 0.527 nan 0.715 0.732 0.290 0.126 0.150 0.133 0.074 0.195 0.315 0.387 0.602 0.256 0.139 0.296 0.139 0.201 0.188 0.170 0.495 0.395 5818 chr19 55948837 55973199 + 0 NA Intergenic Intergenic -6788 NM_001145176 729956 Hs.6664 NM_175908 ENSG00000187902 SHISA7 - shisa family member 7 protein-coding 0.978 0.874 0.793 0.180 0.713 2.392 0.163 0.565 0.979 0.102 0.688 0.252 0.072 0.148 2.584 1.619 0.169 0.103 0.351 0.093 0.234 0.080 0.288 0.160 0.431 0.072 0.074 0.318 0.165 0.087 0.231 0.525 0.255 1.452 0.057 0.205 0.239 0.401 0.107 0.120 0.251 0.393 0.172 0.131 0.300 0.137 0.288 0.156 0.548 0.548 0.303 0.093 1.619 0.357 0.155 0.431 0.108 0.198 0.271 0.771 0.336 0.229 1.200 0.187 0.107 0.116 0.059 0.750 0.931 0.331 0.555 1.518 1.101 3.064 1.122 0.271 0.306 0.482 0.763 0.689 1.131 0.799 0.655 1.036 1.200 1.393 0.959 0.630 1.019 0.996 0.596 2523 chr12 18293476 18306797 + 0 NA Intergenic Intergenic -57009 NM_024730 79785 Hs.732831 NM_024730 ENSG00000111404 RERGL - RERG like protein-coding 0.802 5.577 0.824 2.443 0.401 0.197 0.038 0.205 0.277 0.045 0.347 0.451 0.023 0.023 0.046 0.459 0.147 0.069 0.190 0.071 0.410 0.399 0.130 0.148 0.027 0.005 0.016 0.005 0.130 0.024 0.103 0.562 0.217 0.937 0.110 0.089 0.051 0.049 0.118 0.038 0.246 0.076 0.023 0.018 0.033 0.051 0.087 0.163 0.076 0.072 0.198 0.100 0.459 0.128 0.042 0.027 0.202 0.025 0.078 0.023 0.077 0.037 0.092 0.023 0.017 0.019 0.187 0.121 0.333 0.528 nan 0.560 0.715 0.263 0.222 0.252 0.569 0.749 0.410 0.434 0.405 0.126 0.101 0.211 0.308 0.339 0.420 0.900 0.423 0.310 9972 chr6 139681715 139701291 + 0 NA Intergenic Intergenic 3847 NM_001168389 10370 Hs.82071 NM_006079 ENSG00000164442 CITED2 ASD8|MRG-1|MRG1|P35SRJ|VSD2 Cbp/p300 interacting transactivator with Glu/Asp rich carboxy-terminal domain 2 protein-coding 2.466 1.910 3.669 1.099 1.700 1.894 1.508 1.178 1.769 1.233 2.121 1.425 1.104 0.409 1.674 1.871 1.334 0.107 1.708 0.717 2.554 1.119 0.788 0.493 1.345 1.327 1.441 0.750 1.856 0.649 2.722 4.408 2.225 5.327 0.834 0.764 0.579 1.998 0.139 0.828 1.570 1.604 1.579 0.751 1.322 1.317 3.829 1.614 1.393 2.597 0.704 2.041 1.871 1.858 1.244 1.345 0.773 1.897 0.500 1.786 1.155 1.518 1.724 0.593 1.682 1.015 0.760 2.477 3.179 3.229 4.956 3.113 2.396 nan 2.382 3.250 3.441 1.433 1.879 1.766 3.020 3.045 4.068 1.714 3.318 2.536 2.023 1.330 nan 0.996 0.639 4618 chr17 16904339 17016156 + 0 NA intron (NM_201274, intron 1 of 23) L1MB5|LINE|L1 14173 NM_015134 23164 Hs.462341 NM_015134 ENSG00000133030 MPRIP M-RIP|MRIP|RHOIP3|RIP3|p116Rip myosin phosphatase Rho interacting protein protein-coding 1.128 0.889 1.155 0.712 0.233 0.159 1.886 0.233 0.440 0.749 0.605 1.059 1.128 0.113 0.343 0.265 0.250 0.080 1.123 0.484 1.082 0.068 0.249 0.140 0.306 0.577 0.465 0.123 0.842 0.734 2.624 5.358 2.788 0.820 0.841 0.312 0.097 0.049 0.038 0.795 0.127 1.492 0.751 0.420 1.047 1.404 1.581 0.607 2.706 0.275 0.280 1.196 0.265 1.635 1.520 0.306 1.286 1.712 0.195 0.252 0.782 0.814 0.727 0.496 0.986 0.387 0.306 1.912 2.406 1.046 nan 1.076 1.101 1.896 0.485 0.520 0.531 0.438 0.734 1.612 1.509 nan 0.677 1.038 1.453 0.342 0.381 0.769 1.656 0.719 0.488 5103 chr18 656026 660036 + 0 NA exon (NM_001012716, exon 1 of 2) exon (NM_001012716, exon 1 of 2) 309 NM_001012716 494514 Hs.274959 NM_001012716 TYMSOS C18orf56 TYMS opposite strand protein-coding 6.947 5.266 4.226 3.802 7.445 6.914 4.003 3.997 8.364 2.060 4.034 2.859 0.977 2.559 4.306 3.136 1.625 0.751 5.854 2.098 2.730 1.314 2.334 1.698 21.270 1.617 2.458 3.101 5.688 1.519 1.585 6.813 2.253 17.171 2.255 3.517 3.489 6.034 0.334 1.055 6.504 9.183 6.185 2.376 1.931 1.533 2.332 3.681 4.079 6.769 3.245 2.563 3.136 7.787 4.547 21.270 1.430 1.981 1.313 10.494 2.907 1.808 1.875 2.442 2.874 2.082 1.422 6.361 7.099 6.133 8.941 12.432 9.343 11.298 5.690 13.369 12.215 2.546 nan 8.417 11.550 nan 6.876 2.347 4.649 12.078 13.160 4.677 nan nan 1.810 11640 chr9 92930104 92950832 + 0 NA Intergenic Intergenic -136687 NR_038882 286370 Hs.407589 NR_038882 ENSG00000227555 MIR4290HG - MIR4290 host gene ncRNA 0.770 nan 0.920 0.084 3.742 0.294 0.055 0.341 0.593 0.004 0.086 0.057 0.015 0.144 0.145 0.178 0.062 0.031 0.114 0.018 0.015 0.764 0.341 3.846 0.082 0.038 0.015 0.092 0.082 0.764 0.086 1.425 0.042 0.049 0.238 0.057 0.064 0.006 0.062 0.066 0.009 0.015 0.021 0.047 0.077 0.062 0.039 0.031 0.092 0.042 0.178 0.066 0.014 3.846 0.029 0.024 0.042 0.011 1.019 0.008 0.038 0.024 0.011 0.022 0.010 0.539 0.646 0.218 nan 1.263 1.332 3.762 1.876 0.129 0.115 0.172 0.269 2.894 1.726 0.209 0.071 0.120 0.192 1.547 1.586 0.155 0.246 2.852 1.190 1257 chr1 244482556 244536644 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -6337 NM_001276349 200159 Hs.442703 NM_001012970 ENSG00000173728 C1orf100 - chromosome 1 open reading frame 100 protein-coding nan 1.499 nan 0.741 0.483 0.273 1.341 0.421 1.011 0.177 0.241 0.819 0.099 0.022 0.206 0.775 0.258 0.128 0.766 0.393 0.211 0.043 0.345 0.324 0.605 2.042 1.275 0.061 0.752 0.742 0.881 3.287 1.777 1.090 0.519 0.554 0.079 0.103 0.102 0.199 0.195 0.177 0.127 0.136 1.264 1.044 0.654 0.503 0.504 0.178 0.774 2.345 0.775 0.617 0.115 0.605 0.765 1.351 0.100 0.086 0.157 0.447 0.235 0.115 0.195 0.101 0.075 0.975 0.637 1.712 3.077 0.904 0.971 4.680 1.620 0.646 0.684 0.279 0.509 0.417 0.521 0.289 0.158 0.189 0.380 0.548 0.779 0.311 0.502 0.806 0.558 8627 chr4 169506508 169512080 + 0 NA intron (NM_016081, intron 2 of 20) intron (NM_016081, intron 2 of 20) -43474 NM_001166109 23022 Hs.151220 NM_016081 ENSG00000129116 PALLD CGI-151|CGI151|MYN|PNCA1|SIH002 palladin, cytoskeletal associated protein protein-coding nan nan nan 0.244 0.205 6.318 0.288 0.322 2.968 1.216 2.355 0.067 0.107 0.160 0.367 1.852 0.230 3.273 3.567 0.846 0.025 0.085 0.071 0.709 3.535 2.858 1.412 4.545 2.047 0.631 1.911 0.871 0.302 3.183 7.854 0.155 0.016 1.734 0.279 5.378 0.327 0.322 5.743 2.066 1.097 3.263 0.789 0.180 0.085 1.064 0.367 3.980 5.354 0.709 0.571 3.124 0.344 0.801 0.073 3.253 0.018 0.065 1.365 0.068 0.028 0.208 0.135 0.689 1.566 0.341 0.320 0.070 0.042 0.107 0.155 0.607 1.030 0.333 0.278 0.259 0.201 0.100 0.226 0.316 0.790 0.165 0.239 0.972 0.640 31 chr1 2395645 2415617 + 0 NA intron (NM_001303012, intron 1 of 21) intron (NM_001303012, intron 1 of 21) -2123 NM_001303013 9651 Hs.170156 NM_014638 ENSG00000149527 PLCH2 PLC-L4|PLC-eta2|PLCL4|PLCeta2 phospholipase C eta 2 protein-coding 2.257 nan 2.531 0.065 0.207 5.443 0.057 0.178 0.319 0.019 0.090 0.039 0.009 0.030 0.090 0.364 0.065 0.032 0.053 0.019 0.032 0.028 0.117 0.108 0.054 0.021 0.029 0.063 0.061 0.016 0.181 nan 0.062 1.686 0.022 0.041 0.047 0.070 0.065 0.012 0.376 0.091 0.033 0.020 0.017 0.023 0.029 0.085 0.069 0.089 0.004 0.054 0.364 0.115 0.047 0.054 0.012 0.050 0.674 0.202 0.148 0.059 0.159 1.148 0.030 0.012 0.005 0.750 1.646 0.097 0.159 0.541 0.582 0.598 0.152 0.275 0.260 1.047 nan nan 0.545 nan 3.283 0.651 0.604 0.259 0.283 1.640 4.407 0.802 0.565 8000 chr3 171021352 171125039 + 0 NA intron (NR_027767, intron 2 of 2) intron (NR_027767, intron 2 of 2) 105002 NM_001161564 23043 Hs.34024 NM_015028 ENSG00000154310 TNIK MRT54 TRAF2 and NCK interacting kinase protein-coding 1.326 1.307 0.921 0.289 0.155 0.105 0.345 0.216 0.421 0.019 0.234 0.436 0.066 0.048 0.152 0.355 0.884 0.185 0.321 0.273 0.043 0.016 0.164 0.189 0.072 0.123 0.048 0.035 0.161 0.112 0.186 0.520 0.530 0.252 0.240 0.062 0.018 0.052 0.078 0.083 0.973 0.090 0.059 0.045 0.040 0.060 0.337 0.102 0.056 0.358 0.058 0.165 0.355 0.152 0.150 0.072 0.035 0.059 0.215 0.025 0.043 0.302 0.094 0.258 0.111 0.016 0.012 0.350 0.247 0.279 0.437 0.355 0.461 0.309 0.154 0.273 0.257 3.992 5.006 0.383 0.373 4.322 3.813 0.214 0.336 0.075 0.086 0.349 0.637 0.800 0.697 10074 chr6 164779737 164786093 + 0 NA Intergenic L3b|LINE|CR1 452637 NR_131926 105378111 NR_131926 MEAT6 - melanoma-associated transcript 6 ncRNA 0.627 nan 0.738 0.045 3.816 0.043 0.045 0.303 0.662 0.073 0.030 0.048 0.014 0.884 0.060 0.051 0.034 0.020 0.022 0.917 0.593 7.400 0.011 0.023 0.010 0.089 0.023 0.102 0.781 0.042 0.268 0.082 0.131 0.048 0.012 0.025 0.062 0.047 0.026 0.033 0.011 0.884 0.033 0.015 7.400 0.038 0.037 0.110 0.037 0.055 0.020 0.011 0.354 0.245 0.158 0.220 6.266 7.773 7.757 2.784 0.174 0.080 0.231 0.167 1.596 2.643 nan 0.198 0.099 0.094 1.678 1.086 0.088 0.195 2.814 1.111 4717 chr17 35274280 35286343 + 0 NA intron (NR_135670, intron 1 of 1) intron (NR_135670, intron 1 of 1) 13649 NR_135669 102723471 Hs.567930 NR_135668 ENSG00000277268 LHX1-DT - LHX1 divergent transcript ncRNA nan 0.858 0.828 5.130 0.094 0.101 5.712 0.514 0.863 2.249 1.751 1.879 0.059 0.125 1.279 0.072 0.066 4.455 2.845 0.079 0.252 0.104 0.110 0.228 3.792 4.145 0.105 2.893 2.070 2.022 3.582 1.086 0.477 3.090 0.321 0.021 0.179 0.078 2.526 0.047 9.106 1.126 0.422 2.999 3.023 5.712 1.619 1.371 0.634 0.045 1.393 1.279 3.251 3.016 0.228 0.385 0.457 0.089 0.863 0.163 3.385 0.043 0.959 1.630 0.019 0.034 0.484 0.414 0.173 0.328 nan 0.649 0.889 0.297 0.342 0.388 0.466 0.812 0.393 0.491 nan 0.674 0.337 0.443 0.133 0.117 1.039 3.891 0.485 0.517 10318 chr7 41022409 41029384 + 0 NA Intergenic Intergenic -6359 NR_110831 101928744 Hs.639767 NR_110831 ENSG00000232458 LINC01450 - long intergenic non-protein coding RNA 1450 ncRNA 0.849 0.972 nan 0.125 0.050 0.016 0.092 0.115 0.261 0.038 0.286 0.353 0.018 0.763 0.076 0.111 0.571 0.093 0.107 0.027 0.766 0.020 0.091 0.114 0.069 0.010 0.011 0.021 0.118 0.076 0.529 1.486 0.330 0.195 0.021 0.644 0.108 0.072 0.106 0.034 0.043 0.124 0.056 0.100 0.034 0.654 0.214 0.105 0.021 1.724 0.630 0.111 0.044 0.069 0.376 1.304 0.042 0.102 4.725 0.056 0.225 0.106 0.033 0.013 0.014 0.329 0.192 0.500 1.153 0.215 0.289 0.136 0.141 0.407 0.466 0.162 0.363 0.253 0.212 0.252 0.190 0.376 0.392 0.215 0.600 0.213 0.492 0.161 0.250 4093 chr15 78498313 78509238 + 0 NA intron (NM_015162, intron 1 of 13) intron (NM_015162, intron 1 of 13) 23274 NM_001199377 23205 Hs.655760 NM_015162 ENSG00000103740 ACSBG1 BG|BG1|BGM|GR-LACS|LPD acyl-CoA synthetase bubblegum family member 1 protein-coding 1.451 5.882 1.030 0.341 0.581 0.014 0.613 0.160 0.360 2.273 0.301 1.157 0.063 0.045 0.252 0.478 0.455 0.103 1.447 0.605 0.022 0.038 0.271 0.155 0.120 0.623 0.172 0.131 0.144 0.154 1.804 8.175 0.182 3.968 1.835 0.059 0.236 0.090 0.076 0.254 0.332 0.151 0.188 0.157 0.066 0.177 1.014 0.255 0.477 0.234 0.231 0.958 0.478 2.792 0.406 0.120 0.547 1.012 0.341 0.223 0.399 0.406 0.018 0.211 0.056 0.069 0.032 0.455 0.329 0.435 0.586 0.380 0.322 4.006 1.300 0.239 0.246 0.434 0.716 0.620 0.651 0.885 0.748 0.341 0.431 1.227 1.600 0.393 0.375 0.514 0.407 8608 chr4 158475700 158481754 + 0 NA Intergenic MER74C|LTR|ERVL -14915 NR_026992 340017 Hs.428275 NR_026992 ENSG00000234111 LINC02433 - long intergenic non-protein coding RNA 2433 ncRNA nan 1.110 0.537 0.167 0.104 0.028 0.082 0.053 0.181 0.116 0.030 0.021 0.017 0.030 0.042 0.049 0.081 0.141 0.031 0.051 0.068 0.118 0.023 0.034 0.056 0.047 0.167 0.017 0.055 0.092 0.019 0.066 0.061 0.018 0.038 0.063 0.215 0.027 0.034 0.055 0.042 0.059 0.015 0.118 0.100 0.028 0.028 0.017 0.013 0.339 0.111 0.013 0.019 0.570 0.337 11.473 4.611 0.173 0.268 0.201 0.081 0.738 0.809 0.649 0.640 0.146 0.167 0.507 0.245 0.211 0.662 0.050 0.110 0.306 0.632 0.419 0.230 7513 chr3 11327942 11334402 + 0 NA intron (NM_001349234, intron 2 of 19) intron (NM_001349234, intron 2 of 19) 17162 NM_001349236 10533 Hs.38032 NM_006395 ENSG00000197548 ATG7 APG7-LIKE|APG7L|GSA7 autophagy related 7 protein-coding nan 0.867 2.257 0.613 0.095 0.009 4.317 0.100 0.141 1.404 6.252 5.778 0.077 0.109 0.153 0.140 1.701 0.301 4.976 2.667 4.472 0.073 0.182 0.111 3.562 3.323 0.353 4.045 2.348 0.349 1.358 0.667 0.242 2.788 4.531 0.233 0.064 0.077 2.575 0.097 9.562 8.822 3.217 5.080 1.031 5.775 8.703 1.280 2.981 0.206 3.297 0.140 1.302 4.808 0.111 0.835 0.179 0.309 6.519 0.079 4.333 0.061 0.039 3.996 0.045 0.055 0.144 0.199 0.846 3.468 0.439 0.550 0.928 0.413 0.376 0.359 0.420 0.649 0.886 1.533 0.425 0.302 0.365 0.370 0.565 0.917 0.379 0.425 1.011 0.537 4439 chr16 71840491 71844291 + 0 NA intron (NM_001030007, intron 1 of 23) CpG 585 NM_001030007 164 Hs.461253 NM_001128 ENSG00000166747 AP1G1 ADTG|CLAPG1 adaptor related protein complex 1 subunit gamma 1 protein-coding 4.108 3.199 nan 4.401 5.447 1.923 2.216 2.395 4.741 2.843 4.940 4.035 0.881 3.164 2.396 3.471 2.601 0.368 5.216 1.895 4.068 2.212 1.938 0.783 3.182 3.565 3.923 1.952 4.052 1.058 2.940 3.637 3.722 6.636 1.501 2.735 0.374 2.348 0.177 1.423 2.257 4.517 5.060 2.097 1.704 2.489 4.439 2.125 4.272 5.915 2.953 4.609 3.471 7.919 2.468 3.182 1.351 2.421 1.158 3.215 2.402 2.431 0.942 1.437 1.358 1.197 0.893 6.544 6.071 6.860 9.653 6.509 5.820 6.366 4.920 21.248 23.666 2.599 3.083 6.522 12.419 7.034 6.678 3.363 6.550 3.906 4.289 5.402 4.046 4.047 2.102 4160 chr15 101406330 101422952 + 0 NA Intergenic MER121|DNA|TcMar? -5256 NM_000693 220 Hs.459538 NM_000693 ENSG00000184254 ALDH1A3 ALDH1A6|ALDH6|MCOP8|RALDH3 aldehyde dehydrogenase 1 family member A3 protein-coding 0.730 nan 0.679 2.344 0.032 0.252 0.778 0.058 0.128 0.251 0.070 0.726 0.019 0.024 0.219 0.069 0.104 0.068 0.715 0.301 0.148 0.017 0.180 0.134 0.022 0.316 0.174 0.040 0.772 0.324 0.522 1.042 0.234 nan 0.615 0.397 0.012 0.267 0.095 0.140 0.019 2.703 0.272 0.239 0.607 0.355 2.240 0.210 1.553 0.163 0.029 0.585 0.069 0.433 1.412 0.022 0.288 3.252 0.236 0.793 0.345 0.092 0.047 0.179 0.161 0.139 0.073 0.255 0.153 0.576 1.930 0.299 0.343 0.138 0.069 0.472 0.517 0.096 0.206 0.099 0.094 0.588 0.469 0.210 0.285 0.056 0.113 0.307 0.526 0.309 0.309 7647 chr3 66446803 66453179 + 0 NA intron (NM_015541, intron 9 of 18) AluJb|SINE|Alu 100854 NM_015541 26018 Hs.518055 NM_015541 ENSG00000144749 LRIG1 LIG-1|LIG1 leucine rich repeats and immunoglobulin like domains 1 protein-coding 2.161 nan 4.065 0.079 0.706 0.071 0.090 0.277 0.440 0.015 0.085 0.132 0.049 0.032 0.259 0.597 0.165 0.025 0.084 0.059 0.030 0.022 0.870 0.217 1.679 0.075 0.012 0.058 0.065 0.016 0.152 0.255 0.050 0.326 0.067 0.356 0.068 5.767 0.086 0.066 0.037 0.017 0.073 0.030 0.141 0.077 0.054 0.037 0.082 0.597 0.068 0.015 1.679 0.058 0.026 0.927 0.066 0.064 0.197 0.047 1.206 0.012 0.018 0.012 0.280 0.564 0.440 0.645 2.797 2.611 2.035 0.358 0.236 0.226 0.580 0.821 0.448 0.451 2.768 3.065 0.223 0.399 0.944 1.201 0.820 nan 1.501 0.604 3336 chr13 110226012 110231802 + 0 NA Intergenic Intergenic -151714 NR_103846 101409253 Hs.578072 NR_103846 ENSG00000234854 LINC00676 - long intergenic non-protein coding RNA 676 ncRNA 0.607 nan 0.851 0.037 0.351 0.057 0.060 0.195 0.505 0.080 0.080 0.010 3.139 0.069 0.133 0.058 0.171 0.166 0.065 0.011 0.054 0.101 0.105 0.047 0.025 0.044 0.018 0.127 1.384 0.124 0.277 9.603 0.016 0.019 0.074 0.020 0.123 0.224 0.073 0.054 0.075 0.039 0.173 0.051 2.729 0.038 5.455 3.722 0.133 0.125 0.016 0.105 1.392 4.743 0.033 0.020 5.088 0.119 0.053 0.020 0.582 0.229 0.164 0.205 0.323 0.449 0.555 0.164 0.089 0.087 0.099 0.069 0.671 0.579 0.315 0.186 0.150 0.343 0.124 0.156 0.180 0.254 0.257 0.277 4629 chr17 17711951 17766618 + 0 NA intron (NM_001005291, intron 1 of 19) L2b|LINE|L2 1041 NM_001005291 6720 Hs.592123 NM_004176 ENSG00000072310 SREBF1 SREBP1|bHLHd1 sterol regulatory element binding transcription factor 1 protein-coding 2.793 1.468 2.511 0.872 1.250 1.134 1.532 1.711 3.421 1.132 0.667 1.263 0.999 0.853 1.950 1.446 0.741 0.156 1.845 0.525 1.870 0.878 0.614 0.341 0.817 0.780 0.824 0.715 1.117 0.438 2.972 6.539 3.836 1.725 1.161 2.856 0.316 1.036 0.044 0.317 0.580 1.522 1.319 0.627 0.860 1.727 2.067 0.602 4.376 3.829 1.506 1.366 1.446 2.397 2.700 0.817 1.330 1.104 0.633 3.189 2.155 2.303 1.055 1.478 0.717 0.708 0.504 1.275 2.185 1.092 nan 1.368 1.377 1.615 0.897 1.787 1.933 0.921 1.339 3.104 3.635 nan 1.575 0.972 1.682 0.999 0.594 1.735 3.543 0.654 0.348 10301 chr7 34095332 34113602 + 0 NA intron (NM_133468, intron 12 of 15) intron (NM_133468, intron 12 of 15) 159944 NM_133468 168667 Hs.660998 NM_133468 ENSG00000164619 BMPER CRIM3|CV-2|CV2 BMP binding endothelial regulator protein-coding 1.546 1.442 1.354 0.469 0.119 0.024 0.353 0.131 0.270 0.031 6.288 0.357 0.041 0.048 0.078 0.616 1.514 0.098 0.069 0.031 0.085 0.008 0.163 0.120 0.229 0.356 0.067 0.056 0.434 0.687 0.458 1.232 1.261 0.826 0.591 9.680 0.048 0.065 0.154 0.522 0.087 2.500 0.336 0.166 0.250 0.072 0.126 0.164 1.807 0.079 0.212 3.377 0.616 0.121 0.248 0.229 1.658 0.099 0.118 0.938 0.078 2.185 0.080 0.229 0.919 0.098 0.078 0.637 0.628 0.520 0.522 0.531 nan 0.136 0.100 0.418 0.409 2.279 nan nan nan 0.497 0.193 0.143 0.346 0.080 0.107 0.545 nan 0.807 0.635 5104 chr18 698220 714196 + 0 NA intron (NM_202758, intron 2 of 14) intron (NM_202758, intron 2 of 14) 6456 NM_017512 55556 Hs.658550 NM_017512 ENSG00000132199 ENOSF1 FUCD|RTS|TYMSAS enolase superfamily member 1 protein-coding 1.511 1.206 1.184 1.183 1.353 0.194 1.268 0.193 0.436 0.516 1.067 1.296 1.129 0.683 0.318 0.944 0.585 0.241 3.537 1.830 0.595 0.078 0.265 0.200 1.694 0.720 0.579 0.505 1.642 0.569 0.985 1.478 1.148 nan 0.825 0.888 0.279 0.952 0.137 0.658 0.381 1.055 1.065 0.530 0.953 1.104 0.925 0.812 1.024 1.428 1.006 0.935 0.944 5.039 1.186 1.694 0.398 0.722 0.329 1.600 0.389 1.255 0.210 0.209 0.239 0.231 0.141 1.333 1.566 1.374 2.401 1.096 0.984 nan 1.114 2.420 2.469 0.721 nan 1.475 2.176 nan 0.863 0.466 0.833 1.575 1.476 0.519 nan nan 0.999 968 chr1 187084368 187094062 + 0 NA intron (NR_126347, intron 1 of 3) intron (NR_126347, intron 1 of 3) 27241 NR_126347 104169671 NR_126347 ENSG00000230426 LINC01036 - long intergenic non-protein coding RNA 1036 ncRNA nan nan 1.839 0.090 0.160 0.035 0.037 0.150 0.208 0.040 0.099 0.076 0.013 0.021 0.174 0.178 0.146 0.118 0.131 0.059 0.039 0.014 0.098 0.181 0.112 0.021 0.030 0.031 0.055 0.033 0.075 0.144 0.123 0.360 0.060 0.055 0.020 0.034 0.118 0.098 0.029 0.012 0.045 0.055 0.096 0.062 0.050 0.030 0.016 0.027 0.178 0.075 0.019 0.112 0.012 0.052 0.050 0.006 0.042 0.008 0.082 0.076 0.023 0.016 0.685 0.838 0.345 0.430 0.460 nan 0.757 0.320 nan 0.473 5.277 5.713 0.239 0.321 0.403 0.272 0.221 0.455 0.174 0.181 0.360 nan 0.425 0.504 675 chr1 148759471 148769002 + 0 NA intron (NR_104217, intron 2 of 17).3 LOR1b|LTR|ERV1 -41779 NM_001164262 728945 NM_001164262 ENSG00000279782 PPIAL4F - peptidylprolyl isomerase A like 4F protein-coding 1.542 nan 1.440 0.875 2.026 1.495 1.533 0.304 0.882 0.442 1.349 1.420 0.423 2.779 2.129 1.123 0.322 0.170 1.917 0.617 1.786 4.692 1.611 1.197 1.307 1.118 1.700 1.198 0.801 0.356 8.213 12.704 1.526 7.357 0.660 2.168 0.550 2.044 0.125 1.089 0.341 1.333 2.190 1.167 0.573 0.876 1.136 0.932 2.178 2.258 1.787 2.693 1.123 2.093 2.268 1.307 3.004 2.039 0.583 3.377 3.948 0.970 2.687 0.495 0.743 0.828 0.633 2.211 2.828 0.796 1.001 1.874 1.602 2.533 1.440 2.697 2.858 0.756 1.213 3.087 3.778 2.317 2.621 4.391 6.333 1.455 1.329 1.827 2.975 0.859 0.502 7300 chr22 19259979 19285335 + 0 NA intron (NM_001835, intron 1 of 31) AluY|SINE|Alu 6582 NM_007098 8218 Hs.368266 NM_001835 ENSG00000070371 CLTCL1 CHC22|CLH22|CLTCL|CLTD clathrin heavy chain like 1 protein-coding 1.118 nan 1.152 0.483 0.555 0.120 0.093 0.435 0.848 0.049 0.485 0.275 0.310 0.043 1.121 1.174 0.230 0.114 0.390 0.060 0.411 0.077 0.401 0.339 0.661 0.086 0.052 0.251 0.210 0.147 0.297 nan 0.309 0.667 0.063 0.126 0.227 0.290 0.084 0.105 0.327 0.294 0.135 0.120 0.046 0.079 0.156 0.436 0.321 0.559 0.180 0.235 1.174 0.262 0.237 0.661 0.092 0.242 0.279 0.379 0.580 0.169 0.644 0.151 0.205 0.023 0.022 2.332 1.671 0.862 0.882 0.823 0.755 1.466 0.463 3.807 3.900 0.780 1.346 1.382 1.715 1.328 1.102 1.066 1.047 0.830 0.905 0.396 0.584 4.977 2.683 8807 chr5 20358922 20371428 + 0 NA intron (NM_001349558, intron 1 of 15) MLT1A|LTR|ERVL-MaLR 59515 NR_146519 102725105 NR_146519 CDH18-AS1 - CDH18 antisense RNA 1 ncRNA 0.613 0.959 1.574 0.069 0.294 0.014 0.130 0.089 0.182 0.007 0.062 0.133 0.045 0.024 0.068 0.142 0.180 0.207 0.373 0.057 0.015 0.250 0.218 0.134 0.027 0.006 0.006 0.122 0.042 0.154 0.274 0.137 0.654 0.035 0.079 0.146 0.017 0.098 0.047 0.019 0.047 0.017 0.031 0.018 0.055 0.077 0.024 0.033 0.034 0.089 0.074 0.142 0.192 0.008 0.134 0.019 0.045 0.235 0.023 0.074 0.044 0.031 0.129 0.016 0.014 0.370 0.240 0.211 0.290 0.396 0.449 0.138 0.102 0.139 0.144 nan 4.797 0.554 0.526 1.502 0.886 0.121 0.158 0.535 0.583 0.182 0.324 nan 0.495 11554 chr9 41953067 41958099 + 0 NA promoter-TSS (NR_126046) promoter-TSS (NR_126046) -406 NR_126045 389741 Hs.380240 NM_203448 ENSG00000278175 GLIDR LINC01172|TCONS_00015562 glioblastoma down-regulated RNA ncRNA 3.353 5.243 4.063 1.915 4.609 1.799 2.874 1.913 4.067 1.901 1.413 0.916 0.453 1.213 1.009 3.968 0.965 0.122 2.490 0.834 1.910 2.995 2.046 1.045 3.830 1.701 2.680 1.157 3.343 1.109 6.067 5.581 0.964 5.385 1.602 2.357 2.519 2.448 0.150 0.993 1.408 3.683 4.145 2.448 0.867 1.968 1.435 3.390 2.978 4.142 0.750 0.849 3.968 3.369 1.320 3.830 1.078 1.750 1.427 1.763 1.814 1.240 1.728 2.177 1.588 1.652 1.282 3.901 3.928 4.367 5.537 7.955 6.971 7.325 4.298 11.769 12.119 6.275 7.190 4.015 5.863 6.323 6.246 4.599 6.143 6.876 6.537 4.629 4.975 7.528 4.628 382 chr1 53574159 53614280 + 0 NA intron (NM_001287596, intron 2 of 3) intron (NM_001287596, intron 2 of 3) 14085 NM_001287596 6512 Hs.104637 NM_006671 ENSG00000162383 SLC1A7 AAAT|EAAT5 solute carrier family 1 member 7 protein-coding 1.886 0.858 1.790 0.249 0.192 0.137 1.449 0.115 0.263 0.155 0.195 0.771 0.020 0.215 0.132 0.389 0.821 0.148 0.487 0.306 0.210 0.034 0.267 0.158 0.182 1.805 1.340 0.088 0.133 0.804 0.296 nan 0.791 0.403 0.143 0.105 0.066 0.077 0.109 0.186 0.144 0.196 0.235 0.137 0.221 0.564 0.125 0.174 1.061 0.172 0.575 0.458 0.389 0.384 0.086 0.182 0.116 0.054 0.575 0.144 0.389 0.187 0.072 2.265 0.665 0.148 0.099 0.384 0.401 0.283 0.651 1.233 1.368 0.946 0.365 0.634 0.747 0.778 1.247 0.451 0.655 4.532 4.145 0.292 0.286 0.300 0.243 2.091 nan 0.900 0.651 3541 chr14 51468653 51475881 + 0 NA intron (NM_052978, intron 5 of 6) intron (NM_052978, intron 5 of 6) -61019 NM_002863 5836 Hs.282417 NM_002863 ENSG00000100504 PYGL GSD6 glycogen phosphorylase L protein-coding 3.558 nan 3.230 0.197 1.280 0.318 0.284 0.820 1.466 0.571 0.204 1.289 0.025 0.097 0.446 0.891 5.709 0.269 0.264 0.275 0.521 0.476 0.444 0.279 2.190 0.766 0.061 0.596 0.074 0.910 2.035 0.553 2.790 0.466 4.501 1.909 0.165 0.102 0.672 0.352 0.038 0.084 0.043 0.439 0.237 0.134 0.151 1.973 0.098 5.363 2.835 0.891 0.304 1.109 0.279 0.290 0.154 0.270 0.128 2.092 2.195 0.096 1.757 0.105 0.032 0.014 0.450 0.546 0.503 1.101 0.499 0.669 0.488 0.211 0.479 0.485 3.028 4.023 1.713 0.829 3.473 2.433 0.455 0.465 5.500 13.981 2.315 6.300 nan 1.002 10955 chr8 53358330 53387182 + 0 NA Intergenic Intergenic -50317 NM_001352870 9705 Hs.655499 NM_014682 ENSG00000147488 ST18 NZF3|ZC2H2C3|ZC2HC10|ZNF387 ST18, C2H2C-type zinc finger protein-coding 1.044 nan 1.598 0.171 0.213 0.012 0.783 0.089 0.306 0.050 0.082 0.329 0.471 0.048 0.089 0.169 0.071 0.077 1.612 0.785 0.052 0.414 0.065 0.115 0.133 0.234 0.136 0.013 1.066 0.520 0.923 2.364 1.191 0.602 1.444 2.760 0.029 0.053 0.115 0.298 0.080 0.058 0.115 0.057 0.491 0.701 0.531 0.125 0.234 0.100 1.888 0.292 0.169 1.125 0.862 0.133 0.551 0.305 0.050 0.035 0.148 0.164 5.280 0.069 0.149 0.110 0.129 8.180 7.256 8.635 5.342 0.455 0.615 0.424 0.166 14.733 15.022 0.290 nan 0.515 0.574 0.524 0.162 6.023 7.069 0.177 0.348 0.245 0.464 0.762 0.626 2846 chr12 89339396 89356443 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 65550 NR_038385 728084 Hs.132563 NR_038385 ENSG00000246363 LINC02458 - long intergenic non-protein coding RNA 2458 ncRNA 0.829 2.471 0.558 0.155 1.038 3.394 0.224 1.149 2.260 0.038 0.131 0.613 0.026 0.047 2.850 0.914 0.525 0.218 0.232 0.203 0.033 0.073 0.333 0.246 1.687 0.445 0.113 0.017 0.395 0.243 0.733 3.282 0.458 5.480 0.580 0.121 0.162 0.045 0.125 0.181 0.014 0.098 0.036 0.032 0.538 0.158 0.100 0.124 0.136 0.058 0.037 0.273 0.914 0.112 0.073 1.687 0.136 0.160 0.017 0.030 0.897 0.306 0.087 0.036 0.039 0.186 0.128 0.345 0.318 0.250 0.412 2.146 2.518 3.621 0.808 0.197 0.298 0.705 0.956 2.011 1.728 0.331 0.170 0.102 0.284 0.893 0.902 0.098 0.154 4.476 2.106 4208 chr16 4569517 4590381 + 0 NA intron (NM_001199055, intron 1 of 5) intron (NM_001199055, intron 1 of 5) 8522 NM_001199054 29965 Hs.654653 NM_013399 ENSG00000089486 CDIP1 C16orf5|CDIP|I1|LITAFL cell death inducing p53 target 1 protein-coding 2.065 nan 1.840 0.252 0.682 2.310 0.194 0.130 0.256 0.115 0.584 0.453 0.021 0.124 0.869 0.675 0.218 0.127 0.435 0.136 0.184 0.174 0.346 0.249 0.528 0.288 0.209 0.386 0.470 0.151 0.320 0.930 0.237 1.964 0.246 0.253 0.187 0.343 0.072 0.045 0.490 0.125 0.261 0.156 0.110 0.173 0.130 0.134 0.343 0.380 0.744 0.449 0.675 0.393 0.716 0.528 0.082 0.098 1.272 0.510 0.480 0.145 0.151 0.564 0.113 0.075 0.017 0.659 0.858 0.292 0.504 1.333 1.018 nan 1.173 0.997 1.006 1.860 nan 0.958 1.210 2.206 2.404 0.210 0.430 1.104 1.141 1.253 2.268 1.417 0.786 7019 chr20 47114915 47119575 + 0 NA Intergenic Intergenic 128591 NR_026958 284749 Hs.299080 NR_026958 ENSG00000235621 LINC00494 - long intergenic non-protein coding RNA 494 ncRNA nan nan 2.035 0.338 0.019 0.264 0.121 0.115 0.274 0.004 0.089 0.020 0.335 0.552 0.129 0.034 0.112 0.027 0.059 0.033 0.052 0.151 0.164 0.062 0.016 0.058 0.427 1.991 0.106 2.076 0.013 0.069 0.111 0.050 0.275 0.219 0.026 0.048 0.047 0.050 0.694 0.108 0.332 0.061 0.088 0.703 0.552 0.093 0.151 0.327 0.178 3.586 0.194 0.015 0.051 0.126 0.109 0.164 0.012 0.011 0.633 0.382 0.158 0.284 0.824 0.729 nan 0.127 0.177 0.190 4.997 5.248 0.190 0.173 nan 3.367 0.304 0.316 0.218 0.547 0.275 0.616 0.513 0.445 11712 chr9 112672941 112688214 + 0 NA intron (NM_001037293, intron 4 of 6) intron (NM_001037293, intron 4 of 6) -130301 NM_001004065 11217 Hs.591908 NM_001004065 ENSG00000241978 AKAP2 AKAP-2|AKAPKL|MISP2|PRKA2 A-kinase anchoring protein 2 protein-coding 0.929 0.956 nan 0.037 0.449 0.084 1.671 1.578 2.410 0.486 0.228 0.004 1.108 1.851 0.210 0.540 0.085 0.513 0.269 0.062 0.012 1.356 0.567 1.520 0.523 0.233 0.055 1.779 0.501 0.675 nan 0.212 0.473 0.266 0.100 1.230 0.021 0.071 0.188 0.042 0.169 0.157 0.112 0.727 0.441 0.196 0.180 0.188 0.114 0.051 0.641 0.210 0.205 0.151 1.520 0.142 0.261 0.641 0.073 0.253 0.211 0.071 0.370 0.178 0.057 0.051 0.180 0.115 0.421 0.430 1.318 1.075 2.928 1.001 0.302 0.288 0.491 0.901 2.079 nan 1.742 1.571 0.161 0.221 2.857 4.179 0.118 0.194 nan 1.576 139 chr1 20124389 20152448 + 0 NA Intergenic Intergenic 3353 NM_019062 54546 Hs.124835 NM_019062 ENSG00000178828 RNF186 - ring finger protein 186 protein-coding 0.944 1.042 nan 0.586 2.108 0.612 0.557 0.286 0.579 0.179 0.546 0.338 0.078 0.846 0.945 0.233 0.238 0.212 0.460 0.209 0.308 0.015 0.213 0.142 0.948 0.590 0.599 0.352 0.852 0.372 0.519 1.275 0.425 1.034 0.272 0.277 0.038 0.232 0.099 0.143 0.057 0.312 0.396 0.186 0.494 0.535 0.241 0.860 0.467 0.537 0.681 0.573 0.233 0.472 0.638 0.948 0.393 0.387 0.087 0.796 0.076 0.321 0.293 0.058 0.197 0.094 0.052 0.412 0.501 0.534 0.969 2.837 2.854 1.329 0.412 1.385 1.387 0.178 0.351 8.872 10.045 0.441 0.351 0.414 0.497 0.094 0.130 0.264 0.425 1.459 1.059 3863 chr14 107113798 107147463 + 0 NA Intergenic Intergenic 37914 NR_106988 0.791 0.536 0.516 0.073 0.076 0.039 0.019 0.166 0.246 0.046 0.047 0.024 0.039 0.166 0.087 0.095 0.118 0.034 0.006 0.026 0.025 0.074 0.131 0.128 0.010 0.020 0.006 0.066 0.012 0.081 0.083 0.090 0.309 0.022 0.062 0.017 0.035 0.113 0.010 0.030 0.044 0.020 0.016 0.020 0.027 0.049 0.080 0.041 0.057 0.005 0.068 0.087 0.027 0.020 0.128 0.036 0.039 0.043 0.002 0.018 0.033 0.472 0.033 0.036 0.015 0.019 0.856 0.975 0.066 0.115 0.250 0.373 0.373 0.174 4.593 4.655 0.153 0.287 0.258 0.280 0.422 0.122 0.398 0.771 0.066 0.122 0.156 0.193 0.041 0.075 9748 chr6 65811541 65837731 + 0 NA intron (NM_001292009, intron 12 of 43) L2|LINE|L2 -186675 NM_001271675 441155 Hs.546686 NM_001271675 LOC441155 - zinc finger CCCH-type domain-containing-like protein-coding nan 0.953 0.709 0.069 0.203 0.013 0.043 0.177 0.375 0.090 0.056 0.021 0.029 0.071 0.463 0.117 0.116 0.072 0.051 0.019 0.011 0.439 0.398 0.092 0.003 0.005 0.006 0.048 0.020 0.117 0.364 0.062 0.324 0.028 0.043 0.904 0.042 0.112 0.009 0.091 0.032 0.016 0.003 0.061 0.023 0.051 0.038 0.019 0.030 0.018 0.015 0.463 0.024 0.007 0.092 0.051 0.022 0.004 0.013 0.090 0.012 0.027 0.092 0.032 0.011 0.004 0.372 0.265 0.179 0.277 0.183 0.247 0.562 0.245 0.236 0.298 0.214 0.299 0.324 0.300 0.487 0.180 0.082 0.192 2.699 3.291 0.244 0.432 0.404 0.272 11382 chr8 144342347 144374838 + 0 NA exon (NM_138465, exon 4 of 4) exon (NM_138465, exon 4 of 4) 5278 NR_120682 100507316 Hs.446671 NR_120682 ENSG00000253716 MINCR LINC01604 MYC-induced long non-coding RNA ncRNA 2.034 1.198 nan 1.044 1.365 0.880 1.161 0.711 1.285 0.492 2.010 0.795 0.462 0.741 1.647 1.314 0.535 0.138 1.499 0.729 0.910 0.953 0.318 0.198 1.810 0.704 0.514 1.020 1.009 0.645 3.757 4.478 1.040 3.971 0.817 0.509 0.114 0.884 0.071 0.458 0.257 1.394 1.263 0.634 0.569 0.450 1.344 0.758 1.882 2.766 1.099 0.858 1.314 2.422 0.738 1.810 0.381 1.457 0.379 3.394 2.428 0.502 0.599 0.410 0.334 0.456 0.308 1.820 1.743 1.368 2.108 nan 2.692 nan 0.639 1.800 1.901 0.936 1.511 0.884 1.009 1.171 1.158 1.433 2.255 0.916 0.969 0.971 1.403 1.248 0.760 10775 chr7 157856598 157872748 + 0 NA intron (NM_130842, intron 10 of 21) (TGG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 217396 NR_038966 100506585 Hs.661265 NR_038966 ENSG00000233038 LOC100506585 - uncharacterized LOC100506585 ncRNA 0.681 0.487 nan 0.058 0.856 5.849 0.027 0.657 1.015 0.047 0.057 0.008 0.075 2.441 0.800 0.066 0.050 0.019 0.008 0.009 0.825 0.552 2.938 0.013 0.036 0.004 0.088 0.013 0.054 0.197 0.065 2.155 0.060 0.041 0.055 0.108 0.007 0.078 0.115 0.026 0.005 0.007 0.061 0.053 0.094 0.060 0.045 0.010 0.046 0.800 0.045 0.017 2.938 0.023 0.057 0.288 0.068 0.512 0.024 0.086 0.008 0.005 0.007 0.006 0.391 0.532 0.069 0.106 1.891 2.161 1.868 0.454 0.036 0.062 0.082 0.226 2.305 3.337 0.558 0.616 0.288 0.431 0.447 0.500 0.069 0.112 2.065 1.333 3008 chr12 121414849 121425030 + 0 NA intron (NM_000545, intron 1 of 9) AluSx|SINE|Alu 3568 NM_001306179 6927 Hs.654455 NM_000545 ENSG00000135100 HNF1A HNF-1A|HNF1|HNF4A|IDDM20|LFB1|MODY3|TCF-1|TCF1 HNF1 homeobox A protein-coding 0.647 0.578 0.428 1.039 0.182 0.033 0.216 0.252 0.317 0.019 0.088 0.091 0.018 5.354 0.139 0.301 0.074 0.048 0.093 0.037 0.098 0.151 0.154 0.137 0.327 0.204 0.138 0.109 0.060 0.040 0.111 0.475 0.147 0.368 0.086 0.105 0.085 0.128 0.142 0.048 0.024 0.181 0.024 0.062 0.020 0.430 0.114 0.167 10.756 0.104 5.358 0.131 0.301 0.089 0.064 0.327 0.145 0.105 0.051 0.258 0.259 0.047 2.116 0.083 0.007 0.023 0.005 0.340 0.327 0.198 0.354 0.477 0.612 nan 0.235 0.322 0.354 0.235 0.400 0.521 0.629 0.319 0.250 1.417 1.202 0.517 0.655 0.165 0.213 0.437 0.601 1246 chr1 243685274 243689764 + 0 NA intron (NM_001206729, intron 12 of 13) Tigger3a|DNA|TcMar-Tigger 178041 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 1.428 nan 0.245 0.897 0.013 0.823 1.317 2.343 0.108 0.534 1.873 0.029 0.022 0.039 0.670 0.791 0.110 0.165 0.042 0.112 0.123 1.179 1.113 1.238 0.659 0.355 0.049 0.224 0.179 0.145 0.191 0.111 0.643 0.144 3.875 2.015 0.181 0.061 0.185 1.787 0.184 0.109 0.005 0.173 0.067 0.550 0.417 0.277 0.151 0.053 0.434 0.670 0.072 0.186 1.238 0.326 0.056 0.214 0.208 0.249 0.246 0.022 0.247 0.789 1.086 0.682 0.640 0.466 0.619 0.628 1.372 1.694 1.245 0.257 0.527 0.456 2.868 2.996 3.047 3.128 0.818 0.488 0.103 0.249 7.517 11.783 0.565 1.376 1.389 0.726 4377 chr16 56963517 56975246 + 0 NA exon (NM_014685, exon 3 of 8) exon (NM_014685, exon 3 of 8) 3379 NM_001010989 9709 Hs.146393 NM_014685 ENSG00000051108 HERPUD1 HERP|Mif1|SUP homocysteine inducible ER protein with ubiquitin like domain 1 protein-coding nan nan nan 1.242 6.489 4.062 0.938 3.003 5.651 0.596 2.946 1.156 0.290 1.450 4.692 3.222 1.673 0.137 1.187 0.275 1.364 1.581 1.447 0.512 4.253 1.087 1.021 0.788 1.208 0.368 1.170 2.013 1.336 4.415 0.596 1.559 0.218 1.401 0.119 0.544 2.721 1.453 1.654 1.010 2.167 0.722 0.968 0.966 1.760 1.432 1.497 1.666 3.222 2.069 1.399 4.253 0.707 1.065 0.538 1.303 1.626 0.784 0.886 0.956 0.604 0.687 0.333 2.817 3.701 1.228 1.705 8.439 6.114 4.591 1.994 6.627 6.586 1.228 nan nan nan nan 4.208 2.250 3.290 1.788 1.982 2.363 nan nan 1.525 7725 chr3 107862328 107877813 + 0 NA Intergenic Intergenic 25402 NR_110028 101929623 Hs.570653 NR_110028 ENSG00000271856 LINC01215 - long intergenic non-protein coding RNA 1215 ncRNA nan nan 0.748 0.107 0.085 0.077 0.459 0.470 0.710 0.019 0.080 0.054 0.032 0.047 0.070 0.172 0.160 0.168 0.123 0.073 0.048 0.009 0.285 0.252 0.637 0.210 0.037 0.038 0.668 0.872 0.057 0.274 0.255 0.226 0.094 0.069 0.074 0.016 0.065 0.030 0.083 0.184 0.065 0.050 0.773 0.208 0.216 0.174 0.110 0.106 0.005 0.136 0.172 0.064 0.083 0.637 0.095 0.065 0.119 0.026 0.077 0.043 0.158 0.069 0.037 0.007 0.343 0.201 0.416 0.604 0.380 0.487 4.926 1.300 0.236 0.243 0.346 0.629 0.282 0.329 0.716 0.425 0.117 0.177 0.197 0.203 0.468 0.908 1.336 0.803 7958 chr3 160383403 160398802 + 0 NA Intergenic Intergenic -3846 NM_025047 80117 Hs.287702 NM_025047 ENSG00000179674 ARL14 ARF7 ADP ribosylation factor like GTPase 14 protein-coding 1.152 1.078 1.088 4.308 0.105 0.026 4.598 0.297 0.551 0.701 0.479 1.935 0.020 0.191 0.081 0.100 0.550 0.199 2.030 1.268 0.087 0.027 0.162 0.186 0.054 1.907 1.386 0.047 1.638 1.182 0.607 0.796 0.500 0.272 1.900 0.080 0.168 0.035 0.112 0.175 0.083 4.439 0.646 0.253 1.890 1.668 1.285 1.077 0.555 1.212 1.839 3.540 0.100 0.989 0.128 0.054 0.857 0.404 0.019 4.285 0.026 1.167 0.064 0.192 0.468 0.052 0.043 0.242 0.119 0.442 1.148 0.347 0.342 1.261 0.584 0.135 0.165 0.362 0.509 nan 0.306 nan 0.294 0.150 0.209 0.463 0.679 0.384 0.940 0.557 0.568 1293 chr10 3843094 3857236 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -22692 NM_001160124 1316 Hs.4055 NM_001300 ENSG00000067082 KLF6 BCD1|CBA1|COPEB|CPBP|GBF|PAC1|ST12|ZF9 Kruppel like factor 6 protein-coding 0.517 2.778 0.760 2.978 1.271 0.024 3.688 2.032 3.888 0.952 1.619 6.096 0.302 0.399 0.535 1.386 3.118 0.397 4.063 2.442 1.609 0.097 1.989 0.482 1.516 3.260 2.660 0.135 4.086 2.934 0.821 1.946 1.413 2.389 1.893 1.101 0.094 7.871 0.217 2.553 0.078 2.650 2.110 0.977 3.968 1.392 0.710 5.675 1.324 2.845 3.895 2.090 1.386 4.570 4.106 1.516 1.504 1.658 0.024 6.806 0.554 3.896 0.071 0.045 4.701 7.387 8.208 0.432 0.520 1.060 2.781 0.577 0.581 8.714 5.148 0.136 0.159 0.248 0.425 2.735 3.336 0.190 0.078 0.176 0.264 0.844 1.691 0.258 0.423 2.984 1.655 4000 chr15 63679027 63683812 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -1010 NR_120375 102723344 Hs.569500 NR_120375 LINC02568 - long intergenic non-protein coding RNA 2568 ncRNA 0.740 0.928 nan 0.287 0.321 0.128 0.075 0.100 0.400 0.019 0.083 0.131 6.488 0.041 0.038 0.140 0.100 0.352 0.041 0.039 0.259 0.289 0.798 0.173 0.061 0.015 0.069 0.022 0.201 0.912 2.184 0.886 0.093 0.089 0.079 0.022 0.093 0.050 0.173 0.013 0.033 0.046 0.080 0.141 0.238 0.272 0.030 0.066 0.552 0.178 0.002 0.798 0.205 0.154 0.082 0.122 0.021 0.049 0.020 0.257 0.064 0.012 0.595 1.135 0.382 0.722 0.492 0.545 nan 0.380 0.305 0.342 0.353 0.749 0.539 0.851 0.632 0.281 0.398 0.251 0.498 0.334 0.300 0.628 0.833 0.504 10804 chr8 9753746 9776538 + 0 NA Intergenic Intergenic -4160 NR_029668 406907 NR_029668 ENSG00000284321 MIR124-1 MIR124A|MIR124A1|MIRN124-1|MIRN124A1|mir-124-1 microRNA 124-1 ncRNA 1.056 0.753 0.962 0.050 0.104 0.042 0.037 0.099 0.212 0.004 0.010 0.035 0.003 0.053 0.308 1.282 0.046 0.050 0.013 0.008 0.006 0.228 0.295 0.079 0.021 0.019 0.020 0.039 0.009 0.025 0.038 0.016 0.121 0.006 0.040 0.021 0.076 0.087 0.167 0.061 0.024 0.017 0.024 0.037 0.017 0.123 0.068 0.063 0.024 0.035 1.282 0.015 0.012 0.079 0.011 0.022 0.387 0.105 0.040 0.028 0.143 3.201 0.043 0.008 0.002 0.335 0.214 0.132 0.282 3.202 2.356 0.095 0.058 0.200 0.265 0.074 0.149 0.152 0.234 nan 7.465 0.137 0.364 0.094 0.109 2.900 7.062 1.058 0.812 8991 chr5 71416684 71438909 + 0 NA intron (NM_005909, intron 2 of 6) intron (NM_005909, intron 2 of 6) 24701 NM_005909 4131 Hs.335079 NM_005909 ENSG00000131711 MAP1B FUTSCH|MAP5|PPP1R102 microtubule associated protein 1B protein-coding 0.980 nan 1.046 0.303 0.348 0.601 1.076 1.152 1.958 0.168 1.030 0.846 0.019 0.064 0.495 1.247 0.982 0.160 2.567 1.327 0.159 0.013 0.381 0.215 0.257 1.917 1.292 0.065 0.535 0.626 0.250 0.670 0.383 0.704 1.229 0.219 0.268 0.098 0.113 0.383 1.187 0.084 0.159 0.141 0.531 0.289 0.467 0.464 0.386 0.201 0.072 0.201 1.247 1.068 0.341 0.257 0.292 0.134 0.044 0.024 0.151 0.723 0.097 0.228 0.140 0.086 0.059 0.342 0.391 0.475 0.728 1.128 1.095 nan 1.187 0.257 0.235 0.909 nan 0.751 0.746 1.005 0.647 0.179 0.338 1.093 1.869 0.403 1.011 0.853 0.480 8818 chr5 26903136 26909602 + 0 NA intron (NM_016279, intron 4 of 11) intron (NM_016279, intron 4 of 11) 132320 NM_016279 1007 Hs.272212 NM_016279 ENSG00000113100 CDH9 - cadherin 9 protein-coding 0.845 1.114 0.905 0.055 0.189 0.018 0.066 0.100 0.248 0.015 0.048 0.058 0.048 0.062 0.027 0.262 0.249 0.229 0.245 0.118 0.049 0.064 0.074 0.289 0.148 0.043 0.011 0.085 0.032 0.149 0.054 0.229 0.309 0.045 0.044 0.084 0.157 0.018 0.028 0.028 0.012 0.034 0.208 0.088 0.034 0.045 0.262 0.100 0.014 0.148 0.051 0.077 0.009 0.045 0.098 0.030 0.024 0.045 0.008 0.320 0.266 0.141 0.196 0.339 0.547 0.433 0.140 0.208 0.212 9.065 7.255 0.332 0.240 0.942 0.711 0.099 0.155 0.072 0.070 0.156 0.216 nan 0.506 11630 chr9 91789089 91797062 + 0 NA exon (NM_016848, exon 1 of 12) exon (NM_016848, exon 1 of 12) 607 NM_016848 53358 Hs.292737 NM_016848 ENSG00000148082 SHC3 N-Shc|NSHC|RAI|SHCC SHC adaptor protein 3 protein-coding 2.997 nan 6.068 2.441 2.938 0.783 2.333 0.443 0.978 0.060 3.699 3.019 0.023 1.710 0.083 0.194 0.237 0.081 3.805 1.642 0.048 0.708 0.341 0.462 1.215 1.128 0.249 6.192 0.754 1.288 2.319 1.796 3.816 0.864 4.389 0.024 0.041 0.060 1.572 0.030 1.769 0.546 0.390 2.672 0.742 2.559 2.979 0.633 0.045 1.743 1.674 0.194 2.006 5.734 0.462 0.414 0.034 0.217 0.506 2.369 1.596 0.025 0.232 2.517 1.510 1.729 0.492 0.342 1.511 nan 1.891 1.264 1.926 0.628 0.199 0.201 2.657 2.921 3.314 4.095 0.676 0.510 0.140 0.185 0.602 0.717 1.457 1.265 2.496 1.642 4789 chr17 41379647 41401420 + 0 NA Intergenic MER39B|LTR|ERV1 -9471 NR_047479 100874261 Hs.546898 NR_047479 ENSG00000236383 LINC00854 TMEM106A-AS1 long intergenic non-protein coding RNA 854 ncRNA 2.729 2.902 nan 0.797 1.813 1.797 1.861 1.189 2.202 0.225 3.799 0.887 0.323 0.287 1.990 1.147 0.726 0.414 1.693 0.636 0.901 0.402 1.180 0.724 0.699 1.381 0.864 0.951 0.890 0.332 1.759 nan 0.964 3.241 0.805 1.711 0.157 0.797 0.266 0.970 0.665 1.574 0.647 0.402 1.093 0.398 1.089 1.383 2.538 1.381 0.994 1.020 1.147 2.098 1.117 0.699 0.523 0.475 0.785 4.477 1.239 1.039 0.632 0.646 0.937 0.450 0.230 5.965 5.728 2.435 3.718 3.503 nan 2.250 1.647 5.980 6.746 0.883 1.505 1.483 nan 3.667 2.576 2.340 2.712 1.156 1.390 2.782 3.582 3.121 1.867 1518 chr10 73605968 73638911 + 0 NA Intergenic Intergenic -11307 NM_001042466 5660 Hs.523004 NM_002778 ENSG00000197746 PSAP GLBA|SAP1 prosaposin protein-coding 1.263 nan 1.147 1.010 0.404 0.566 1.945 0.389 0.876 0.950 1.292 1.788 0.335 0.179 0.563 0.535 1.022 0.283 1.261 0.638 1.157 0.364 0.353 0.196 0.526 0.856 0.676 0.434 2.194 0.798 2.026 3.760 0.923 1.094 0.386 1.661 0.173 0.489 0.087 0.572 0.310 1.953 0.819 0.422 0.736 0.687 1.137 0.530 2.193 1.318 1.297 1.604 0.535 2.447 2.617 0.526 0.928 0.609 0.441 1.879 0.420 1.489 0.172 1.392 0.431 0.594 0.589 0.643 0.819 0.857 1.477 0.691 0.666 2.392 0.573 0.821 0.782 1.011 1.296 1.326 nan 1.123 0.932 0.328 0.485 0.630 1.289 1.456 nan 0.813 0.538 178 chr1 25869380 25904302 + 0 NA intron (NM_015627, intron 4 of 8) intron (NM_015627, intron 4 of 8) 16765 NM_015627 26119 Hs.590911 NM_015627 ENSG00000157978 LDLRAP1 ARH|ARH1|ARH2|FHCB1|FHCB2 low density lipoprotein receptor adaptor protein 1 protein-coding 1.314 1.252 nan 0.329 0.467 0.189 0.825 0.294 0.621 0.291 0.493 0.335 0.036 0.052 0.529 0.552 0.248 0.060 0.722 0.429 0.104 0.116 0.203 0.157 0.161 0.427 0.233 0.261 0.182 0.222 1.163 4.148 1.023 0.792 0.736 0.101 0.063 0.299 0.090 0.098 0.320 0.362 0.209 0.147 0.231 0.198 0.590 0.166 0.337 0.349 0.122 0.624 0.552 0.902 0.260 0.161 0.540 0.766 0.700 0.594 0.496 0.336 0.096 0.329 0.081 0.043 0.032 0.434 0.619 0.513 0.949 0.817 0.778 0.690 0.237 0.562 0.596 0.699 1.257 0.913 1.437 0.821 0.667 0.486 0.558 0.379 0.526 0.399 0.836 0.659 0.542 3444 chr14 30584698 30613801 + 0 NA Intergenic LTR33B|LTR|ERVL -202301 NM_001330069 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.183 0.825 0.798 0.042 0.196 0.123 0.099 0.204 0.385 0.007 0.058 0.047 0.021 0.031 0.101 0.167 1.262 0.298 0.084 0.019 0.013 0.010 0.054 0.124 0.235 0.031 0.022 0.007 0.070 0.007 0.099 0.153 0.095 0.571 0.025 0.065 0.095 0.056 0.130 0.024 0.074 0.048 0.019 0.019 0.038 0.029 0.076 0.110 0.028 0.047 0.019 0.045 0.167 0.071 0.052 0.235 0.033 0.023 0.054 0.042 0.091 0.070 0.034 0.121 0.018 0.008 0.191 0.157 0.225 0.252 0.458 0.526 0.574 0.200 0.214 0.228 3.743 3.942 0.325 0.304 0.918 0.598 0.106 0.156 0.355 0.340 0.166 0.369 0.515 0.462 11788 chr9 130597181 130603791 + 0 NA intron (NM_000118, intron 2 of 13) MER115|DNA|hAT-Tip100 8960 NM_001278138 2022 Hs.76753 NM_000118 ENSG00000106991 ENG END|HHT1|ORW1 endoglin protein-coding nan 0.559 0.784 0.162 0.252 0.083 2.948 0.121 0.295 0.028 2.940 0.085 0.028 0.015 0.068 0.404 0.068 0.097 3.981 2.273 0.029 0.043 0.048 0.074 0.267 1.286 0.917 0.079 3.472 0.928 0.257 0.946 0.174 0.502 3.182 0.146 0.084 0.065 0.054 3.223 0.024 0.153 0.273 0.106 1.699 1.835 0.894 0.907 0.222 0.247 0.024 0.171 0.404 0.859 1.439 0.267 0.113 0.030 0.133 0.051 2.358 0.044 0.113 0.012 0.035 0.008 0.352 0.479 0.272 0.377 0.527 0.649 nan 0.131 0.545 0.454 0.155 0.416 0.288 0.748 0.767 0.490 0.255 0.270 0.166 0.221 0.364 0.370 0.534 0.335 11965 chrX 106952951 106992335 + 0 NA intron (NM_001318468, intron 2 of 3) intron (NM_001318468, intron 2 of 3) -12352 NM_004089 1831 Hs.522074 NM_004089 ENSG00000157514 TSC22D3 DIP|DSIPI|GILZ|TSC-22R TSC22 domain family member 3 protein-coding nan nan nan 0.505 0.234 0.608 0.819 0.280 0.561 0.258 0.238 0.612 0.060 0.170 0.181 0.658 0.325 0.073 1.516 0.714 0.168 0.081 0.290 0.219 0.255 0.393 0.267 0.051 0.686 0.479 1.773 5.015 2.704 1.071 0.829 0.133 0.046 0.897 0.139 0.207 0.129 0.213 0.044 0.024 0.344 1.095 1.179 0.243 0.641 0.106 0.589 1.138 0.658 1.732 0.219 0.255 0.354 1.804 0.055 0.408 0.121 0.514 0.158 0.210 0.134 0.031 0.018 0.324 0.450 0.384 0.569 0.575 0.568 0.204 0.102 0.479 0.447 0.589 0.831 1.002 0.860 0.635 0.489 0.263 0.398 0.234 0.255 0.319 0.754 0.129 0.132 10112 chr7 1195294 1216611 + 0 NA TTS (NR_110065) TTS (NR_110065) 5531 NR_110070 101927021 Hs.529566 NR_110065 LOC101927021 - uncharacterized LOC101927021 ncRNA 2.328 1.273 1.745 1.870 0.631 0.366 1.649 0.618 1.376 0.353 1.718 1.983 0.297 0.311 0.550 0.822 0.654 0.129 2.033 0.875 0.700 0.403 0.482 0.326 1.182 0.862 0.898 0.645 1.032 0.639 1.027 nan 1.175 nan 0.996 1.006 0.135 1.448 0.172 0.592 0.347 1.943 0.676 0.363 1.297 1.713 1.932 0.670 1.888 1.995 0.462 0.738 0.822 1.894 2.036 1.182 0.752 0.908 0.396 2.078 1.556 1.432 0.176 0.386 0.439 0.351 0.282 1.266 1.047 1.117 nan 1.416 1.379 nan 0.794 2.542 2.646 0.914 1.289 nan 0.888 0.890 0.729 0.999 1.432 0.924 1.472 1.271 1.332 1.232 0.652 6267 chr2 99384132 99393911 + 0 NA promoter-TSS (NR_126337) promoter-TSS (NR_126337) -660 NR_126337 101927070 Hs.469395 NR_126337 LOC101927070 - uncharacterized LOC101927070 ncRNA 1.370 2.039 5.252 0.207 2.247 1.096 0.326 0.541 0.716 0.030 0.079 0.087 0.006 0.031 1.052 0.381 0.068 0.016 0.103 0.097 0.059 0.028 0.864 0.458 1.950 0.296 0.081 0.054 0.109 0.064 0.098 0.529 0.374 6.762 0.178 0.095 0.323 0.022 0.071 0.024 0.385 0.349 0.043 0.032 0.301 0.039 0.329 0.231 0.125 0.094 0.217 0.613 0.381 0.140 0.057 1.950 0.100 0.408 0.619 0.208 3.810 0.088 0.414 0.026 2.207 0.024 0.021 1.837 1.928 0.544 0.821 1.911 1.574 4.871 1.394 1.125 1.052 0.763 1.342 4.015 3.710 1.893 2.055 1.203 1.435 2.346 2.910 0.194 0.288 2.378 1.367 10771 chr7 157091764 157111949 + 0 NA Intergenic MER41B|LTR|ERV1 -27854 NM_005494 10049 Hs.490745 NM_005494 ENSG00000105993 DNAJB6 DJ4|DnaJ|HHDJ1|HSJ-2|HSJ2|LGMD1D|LGMD1E|MRJ|MSJ-1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B6 protein-coding 0.665 0.613 nan 1.308 0.208 0.072 2.000 0.339 0.629 0.830 1.773 1.552 0.018 0.045 0.191 0.248 0.679 0.224 0.780 0.403 0.088 0.062 0.160 0.195 0.886 2.460 2.165 1.925 0.411 1.490 0.318 1.491 0.285 0.395 0.825 0.557 0.033 0.129 0.158 0.375 0.043 7.667 4.169 1.850 0.976 0.543 1.483 4.149 0.351 2.219 0.055 1.032 0.248 1.003 0.262 0.886 0.299 0.271 0.039 0.565 0.292 1.877 0.167 0.025 1.913 3.304 2.949 0.876 1.408 0.937 1.547 1.732 1.163 0.837 0.197 0.384 0.426 0.162 0.388 0.665 0.773 0.273 0.186 0.630 0.678 0.229 0.337 0.139 0.228 0.731 0.725 9807 chr6 94101829 94132816 + 0 NA intron (NM_001288629, intron 3 of 16) intron (NM_001288629, intron 3 of 16) 11978 NM_001288630 2045 Hs.73962 NM_004440 ENSG00000135333 EPHA7 EHK-3|EHK3|EK11|HEK11 EPH receptor A7 protein-coding nan 1.253 nan 0.206 2.059 0.350 0.032 0.741 1.347 0.006 0.030 0.074 0.036 0.117 0.328 0.746 0.078 0.083 0.134 0.049 0.014 1.416 1.145 0.737 0.799 0.002 0.007 0.002 0.046 0.007 0.153 0.377 0.115 3.262 0.088 0.043 0.507 0.070 0.095 0.061 0.838 0.074 0.008 0.010 0.028 0.045 0.065 0.126 0.053 0.310 0.023 0.017 0.746 0.078 0.021 0.799 0.019 0.085 0.080 0.655 0.020 0.051 0.365 0.022 0.015 0.008 1.821 1.981 0.784 0.602 1.848 1.685 nan 1.325 7.135 6.932 1.916 nan 1.155 1.400 nan 0.773 0.147 0.290 2.030 1.639 0.462 0.815 0.495 0.348 1974 chr11 62192021 62213310 + 0 NA intron (NM_024060, intron 5 of 5) intron (NM_024060, intron 5 of 5) 16158 NM_003357 7356 Hs.523732 NM_003357 ENSG00000149021 SCGB1A1 CC10|CC16|CCPBP|CCSP|UGB|UP-1|UP1 secretoglobin family 1A member 1 protein-coding nan 0.747 0.598 0.168 0.383 0.318 0.399 0.140 0.374 0.255 1.132 1.528 0.054 0.089 0.379 0.533 0.329 0.224 0.176 0.089 0.211 0.085 0.213 0.138 0.233 0.193 0.083 0.142 0.086 0.050 0.097 0.417 0.107 0.777 0.124 0.081 0.054 0.169 0.104 0.005 0.317 1.015 0.371 0.229 0.057 0.051 1.084 0.291 0.237 0.168 0.041 0.129 0.533 0.118 0.149 0.233 0.092 0.078 0.196 0.173 0.100 0.327 4.422 0.139 0.834 1.142 0.445 1.295 1.972 0.613 0.954 0.868 0.910 2.388 0.846 0.813 0.836 0.395 0.761 0.423 0.491 0.444 0.205 2.724 3.562 0.433 0.766 0.390 0.921 0.630 0.616 5702 chr19 42923169 42954828 + 0 NA intron (NM_198477, intron 1 of 3) intron (NM_198477, intron 1 of 3) -7420 NM_005357 3991 Hs.656980 NM_005357 ENSG00000079435 LIPE AOMS4|FPLD6|HSL|LHS lipase E, hormone sensitive type protein-coding 1.350 2.262 2.598 0.348 0.518 2.396 0.197 0.481 1.185 0.132 0.344 0.380 0.155 0.503 0.461 0.413 0.085 0.122 0.545 0.229 0.145 0.044 0.197 0.154 0.468 0.214 0.078 0.369 1.485 0.285 0.456 nan 3.577 2.360 0.194 0.067 0.431 0.171 0.127 0.041 0.060 0.161 0.088 0.047 0.693 0.173 0.904 0.137 1.017 0.781 0.117 0.493 0.413 0.552 0.029 0.468 0.174 0.777 0.374 0.390 0.282 0.123 0.157 0.160 0.029 0.082 0.032 0.603 0.649 0.502 0.736 0.948 1.032 5.715 1.512 0.419 0.449 0.317 0.620 0.930 1.042 1.222 0.964 0.612 0.690 1.610 1.594 0.348 0.561 3.141 1.540 8394 chr4 56914168 56918000 + 0 NA Intergenic Intergenic -47511 NR_106988 nan 1.574 2.690 1.063 4.483 1.629 0.512 1.891 3.315 0.116 0.307 1.567 0.194 0.624 3.001 3.862 0.139 0.125 1.328 0.298 0.559 1.375 1.972 1.136 4.178 0.215 0.113 1.766 0.993 0.081 1.286 1.739 0.316 6.377 0.494 0.308 0.818 2.679 0.071 0.463 4.318 0.819 1.434 0.692 0.056 0.059 0.101 1.382 1.881 2.650 1.344 0.416 3.862 1.121 3.012 4.178 0.607 0.451 0.804 4.330 4.031 0.145 2.292 1.204 0.020 0.511 0.464 7.830 8.697 5.009 7.429 7.188 6.069 9.836 2.511 4.224 4.510 5.712 7.211 8.090 13.431 4.990 6.515 3.076 8.350 4.972 5.527 4.865 3.477 9.867 5.608 4350 chr16 48983385 49007259 + 0 NA Intergenic MER72|LTR|ERV1 320420 NM_004352 869 Hs.458423 NM_004352 ENSG00000102924 CBLN1 - cerebellin 1 precursor protein-coding 0.765 0.918 0.638 0.070 0.074 0.190 2.519 0.246 0.557 0.881 1.025 0.133 0.154 0.041 0.343 1.680 0.164 0.083 0.057 0.008 0.175 0.012 0.039 0.101 0.487 2.540 1.910 0.037 1.216 0.713 0.151 0.323 0.182 0.247 0.239 0.052 0.054 0.041 0.066 0.705 0.222 0.109 0.083 0.053 0.467 0.510 0.092 0.131 0.113 0.038 0.082 0.073 1.680 0.119 0.267 0.487 0.026 0.606 0.785 0.140 0.185 1.764 0.017 0.155 0.453 1.156 1.032 0.271 0.159 0.121 0.275 1.688 1.465 0.103 0.032 0.102 0.113 0.211 0.290 0.753 1.002 0.604 0.643 0.126 0.154 0.217 0.297 0.342 1.000 0.259 0.315 10150 chr7 7215200 7224914 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -2189 NM_020156 56913 Hs.239666 NM_020156 ENSG00000106392 C1GALT1 C1GALT|T-synthase core 1 synthase, glycoprotein-N-acetylgalactosamine 3-beta-galactosyltransferase 1 protein-coding 2.790 2.938 2.344 5.803 1.562 0.883 1.253 0.838 2.045 2.222 1.911 2.748 0.537 0.576 1.666 2.454 2.257 0.133 1.829 0.837 2.228 0.476 1.561 0.736 2.463 1.909 1.664 0.662 4.669 1.673 3.330 nan 5.802 nan 1.273 1.127 0.785 1.542 0.141 1.173 1.178 2.881 1.615 0.938 1.909 2.399 3.334 3.936 2.151 2.210 2.063 2.045 2.454 2.205 1.830 2.463 1.736 1.677 0.350 1.726 1.283 2.064 0.642 0.790 3.002 2.670 3.219 2.504 3.465 2.394 nan 3.614 3.078 nan 1.039 6.658 6.686 1.698 2.121 nan 3.597 1.377 1.661 1.168 2.038 5.107 5.138 1.439 3.049 1.627 0.977 1374 chr10 21157965 21183653 + 0 NA intron (NM_006393, intron 4 of 27) intron (NM_006393, intron 4 of 27) 15722 NM_006393 10529 Hs.5025 NM_006393 ENSG00000078114 NEBL LASP2|LNEBL nebulette protein-coding 0.827 1.107 0.541 0.039 0.728 0.013 0.078 0.231 0.468 0.073 0.115 0.535 0.007 0.021 0.508 0.179 0.137 0.156 0.064 0.059 0.044 0.022 0.286 0.144 0.268 0.224 0.079 0.017 0.080 0.025 0.119 0.593 0.175 0.242 0.057 0.513 0.493 0.106 0.103 0.014 0.097 0.043 0.033 0.033 0.026 0.066 0.087 0.117 0.067 0.020 0.099 0.904 0.179 0.069 0.015 0.268 0.172 0.189 0.076 0.160 0.720 0.409 0.058 0.038 0.015 0.047 0.022 0.548 0.452 0.325 0.685 0.354 0.453 8.261 2.687 0.150 0.144 0.125 0.249 0.543 0.717 0.289 0.134 0.143 0.248 1.316 1.963 0.160 0.346 1.956 0.771 9263 chr5 149010640 149014335 + 0 NA 3' UTR (NM_001001669, exon 13 of 13) 3' UTR (NM_001001669, exon 13 of 13) 51352 NM_001001669 389337 Hs.256206 NM_001001669 ENSG00000183111 ARHGEF37 - Rho guanine nucleotide exchange factor 37 protein-coding nan 1.981 0.678 0.778 0.316 1.521 0.130 0.244 0.130 0.218 0.781 0.102 0.054 0.362 0.167 0.062 0.132 1.532 1.274 0.102 0.093 0.023 0.097 2.304 1.589 0.222 0.175 2.535 0.322 1.101 0.186 0.990 0.396 0.320 0.453 0.089 0.086 0.354 0.086 0.199 0.376 0.248 4.889 0.328 0.289 0.135 0.169 0.224 0.062 0.199 0.167 1.260 2.542 0.097 0.331 0.046 0.202 0.443 0.256 0.508 0.067 0.079 0.140 0.100 1.442 1.512 13.869 9.828 0.209 0.224 5.289 0.593 1.998 2.321 0.244 0.415 2.328 3.146 0.460 0.155 1.049 1.354 0.744 0.958 0.235 0.241 1.305 0.644 2303 chr11 118121876 118123879 + 0 NA intron (NM_198275, intron 1 of 5) intron (NM_198275, intron 1 of 5) 206 NR_104404 196264 Hs.15396 NM_198275 ENSG00000160588 MPZL3 - myelin protein zero like 3 protein-coding 2.697 4.511 4.428 3.074 8.857 5.896 4.274 3.836 5.817 1.392 0.155 0.185 3.172 2.041 3.769 6.426 4.059 2.356 2.122 3.434 1.834 6.261 3.438 4.468 1.404 4.544 2.431 7.289 7.740 3.802 13.528 2.554 0.940 1.429 1.508 0.200 1.831 3.418 1.978 2.654 1.688 5.278 3.870 6.789 0.696 1.178 0.959 1.275 4.331 6.426 5.099 3.172 6.261 3.571 5.033 1.206 1.510 0.506 2.382 7.943 1.167 2.187 0.402 0.226 9.179 nan 5.413 8.106 12.715 11.738 13.979 9.610 18.870 19.307 1.853 nan 15.493 18.929 7.660 6.876 15.784 21.425 11.048 10.440 5.884 6.384 7.447 4.656 2807 chr12 79117317 79123333 + 0 NA Intergenic Intergenic -137448 NM_001135805 6857 Hs.310545 NM_005639 ENSG00000067715 SYT1 P65|SVP65|SYT synaptotagmin 1 protein-coding nan 1.081 0.714 0.465 0.132 0.077 0.142 1.885 3.230 0.104 0.214 4.262 0.051 0.087 0.190 0.448 0.207 0.142 0.020 0.234 0.137 0.318 0.358 0.156 0.024 1.139 0.675 0.195 0.283 0.117 0.388 0.536 0.052 0.304 0.068 0.125 0.119 0.077 0.020 0.026 0.091 0.076 0.048 0.116 0.068 0.132 0.040 0.033 0.190 0.059 0.050 0.318 0.083 0.041 0.079 0.048 0.016 0.221 0.033 0.143 0.051 0.054 0.025 0.490 0.249 0.211 0.268 0.719 0.799 4.047 1.019 0.220 0.227 0.560 0.838 nan 1.025 0.473 0.211 0.157 0.242 2.315 1.839 0.416 0.742 nan 0.897 5672 chr19 40430739 40478643 + 0 NA Intergenic PRIMA41-int|LTR|ERV1 -14158 NM_003890 8857 Hs.111732 NM_003890 FCGBP FC(GAMMA)BP Fc fragment of IgG binding protein protein-coding 1.017 0.735 0.834 0.498 0.353 0.949 0.292 0.245 0.455 0.124 0.386 0.366 0.131 0.131 0.286 0.337 0.258 0.128 0.479 0.222 0.245 0.159 0.212 0.166 0.275 0.837 0.538 0.293 0.306 0.406 0.331 nan 0.492 1.756 0.147 0.256 0.051 0.321 0.123 0.239 0.079 0.440 0.258 0.138 1.159 0.483 0.384 0.222 5.938 0.998 1.074 0.973 0.337 0.377 0.214 0.275 0.267 0.229 0.088 0.330 0.278 0.101 0.139 0.231 0.169 0.121 0.082 0.431 0.418 0.553 0.763 0.749 0.766 0.738 0.333 1.328 1.465 0.661 0.894 0.794 1.147 1.022 0.847 0.524 0.790 0.424 0.446 0.460 0.754 0.933 0.809 9651 chr6 42407714 42428494 + 0 NA intron (NM_033502, intron 2 of 17) intron (NM_033502, intron 2 of 17) 1685 NM_001297573 55809 Hs.485392 NM_018415 ENSG00000124496 TRERF1 BCAR2|HSA277276|RAPA|TREP132|TReP-132|dJ139D8.5 transcriptional regulating factor 1 protein-coding 2.440 1.480 1.541 0.712 1.318 1.091 2.184 0.719 1.461 0.320 0.874 1.093 0.342 0.395 1.781 1.652 0.842 0.209 1.228 0.408 0.685 0.955 0.579 0.414 2.799 1.624 2.026 0.477 1.056 0.496 0.535 1.150 0.275 2.270 0.555 0.857 0.790 1.286 0.123 0.494 0.763 0.559 0.495 0.356 0.367 0.331 1.037 3.602 1.086 1.737 0.728 0.616 1.652 0.976 2.683 2.799 0.182 0.490 0.398 2.348 0.618 0.850 1.634 0.969 0.677 0.507 0.272 2.698 3.477 0.858 0.978 2.563 2.359 4.107 1.277 1.550 1.740 1.162 1.607 2.780 nan 2.145 2.429 0.936 2.619 2.021 1.442 1.299 2.032 1.164 0.763 716 chr1 151680877 151694405 + 0 NA intron (NM_007185, intron 1 of 12) intron (NM_007185, intron 1 of 12) 1151 NM_001172648 11189 Hs.26047 NM_007185 ENSG00000159409 CELF3 BRUNOL1|CAGH4|ERDA4|ETR-1|TNRC4 CUGBP Elav-like family member 3 protein-coding nan nan 1.499 0.117 0.485 1.026 0.199 0.383 0.642 0.028 0.150 0.129 0.005 2.852 1.940 4.075 0.213 0.107 0.124 0.028 0.042 0.021 0.716 0.416 1.155 0.182 0.091 0.081 0.071 0.068 0.936 5.844 0.101 4.421 0.097 0.131 0.148 0.101 0.123 0.044 0.244 0.151 0.094 0.046 0.072 0.107 0.078 0.145 0.313 0.063 0.163 0.705 4.075 0.144 0.074 1.155 0.118 0.318 0.900 0.214 1.352 0.075 1.850 3.850 0.029 0.021 0.019 1.007 1.441 0.196 0.309 4.046 nan 2.334 1.114 0.338 0.400 1.384 2.149 2.756 4.403 3.051 2.862 1.497 2.054 1.091 0.821 4.338 9.366 1.601 1.380 1972 chr11 61728455 61755514 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -6852 NM_002032 2495 Hs.524910 NM_002032 ENSG00000167996 FTH1 FHC|FTH|FTHL6|HFE5|PIG15|PLIF ferritin heavy chain 1 protein-coding nan 2.053 1.363 1.395 2.069 2.217 2.323 1.002 2.007 1.527 3.624 2.969 1.608 1.240 1.853 1.462 2.714 0.285 2.503 0.904 4.239 0.725 0.890 0.404 1.675 2.099 2.239 0.564 1.521 1.086 4.315 7.488 2.894 5.798 0.708 3.800 0.314 1.255 0.153 0.558 0.673 4.766 1.211 0.662 1.410 1.144 4.194 8.261 3.584 0.747 1.754 3.087 1.462 2.112 0.865 1.675 1.919 1.739 0.614 2.324 1.416 2.424 0.899 0.184 2.813 0.604 0.396 2.944 2.886 1.973 4.667 2.594 2.592 2.850 0.975 4.674 4.934 2.445 2.873 2.765 3.615 1.334 1.133 1.746 2.457 1.897 3.676 0.551 0.874 1.437 0.880 9872 chr6 119642172 119653225 + 0 NA intron (NM_005907, intron 2 of 12) LTR18B|LTR|ERVL 23233 NM_005907 4121 Hs.102788 NM_005907 ENSG00000111885 MAN1A1 HUMM3|HUMM9|MAN9 mannosidase alpha class 1A member 1 protein-coding nan 0.685 nan 0.069 0.198 0.020 0.386 0.116 0.155 0.043 0.084 0.141 0.053 0.138 0.229 0.069 0.074 0.096 0.069 0.049 0.025 0.072 0.044 0.066 0.023 0.014 0.068 0.028 0.072 0.574 0.097 0.342 0.106 0.040 0.136 0.010 0.115 0.035 0.117 0.038 0.036 0.108 0.042 0.214 0.098 0.066 0.083 0.036 0.079 0.229 0.065 0.067 0.066 0.045 0.015 0.035 0.092 0.063 0.744 0.067 0.020 0.021 0.009 1.388 1.482 7.467 4.956 0.185 nan nan 0.074 1.437 1.634 0.612 nan 0.480 0.409 0.398 0.183 1.384 2.341 0.593 0.851 0.192 nan 0.649 0.457 5294 chr18 42517272 42535796 + 0 NA intron (NM_015559, intron 3 of 5) intron (NM_015559, intron 3 of 5) 23597 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 1.317 0.741 0.100 1.877 2.508 0.035 0.302 0.705 0.025 0.054 0.073 0.007 0.124 0.177 3.208 0.135 0.097 0.017 0.010 0.027 0.007 0.864 0.545 2.119 0.011 0.009 0.016 0.018 0.006 0.082 0.027 0.037 2.087 0.024 0.044 0.627 0.036 0.085 0.019 0.084 0.055 0.033 0.025 0.012 0.017 0.105 0.086 0.053 0.030 0.017 0.125 3.208 0.019 0.020 2.119 0.039 0.031 0.110 0.035 0.366 0.021 0.037 0.119 0.029 0.012 0.005 0.467 0.399 0.316 0.682 3.519 3.414 3.074 1.420 0.051 0.050 0.478 0.711 0.816 1.377 0.368 0.277 0.159 0.215 2.976 2.372 0.260 nan 4.781 2.530 11706 chr9 112010936 112020687 + 0 NA exon (NM_018424, exon 12 of 16) exon (NM_018424, exon 12 of 16) 67433 NM_018424 54566 Hs.591901 NM_018424 ENSG00000095203 EPB41L4B CG1|EHM2 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4B protein-coding 0.846 1.576 nan 0.112 2.571 0.435 7.727 0.625 1.110 0.127 0.393 0.182 0.019 0.462 1.385 0.165 0.145 0.082 2.250 1.576 0.359 0.015 1.664 0.960 2.667 1.811 1.165 0.090 2.807 2.450 1.162 nan 1.268 2.935 2.533 0.532 0.956 0.067 0.073 0.883 0.041 4.034 0.254 0.137 2.239 2.550 1.040 0.430 0.923 0.095 1.870 1.614 0.165 3.202 5.409 2.667 0.416 0.493 0.109 0.196 1.303 2.410 0.473 0.101 2.199 0.506 0.296 0.182 0.176 0.353 0.520 2.240 2.086 4.719 1.816 0.364 0.418 0.318 0.510 2.995 nan 0.881 0.760 0.369 0.719 2.900 3.406 0.326 0.382 nan 0.953 21 chr1 1547054 1552929 + 0 NA promoter-TSS (NM_080875) promoter-TSS (NM_080875) -804 NM_001170686 142678 Hs.135805 NM_080875 ENSG00000197530 MIB2 ZZANK1|ZZZ5 mindbomb E3 ubiquitin protein ligase 2 protein-coding 3.125 nan 4.301 2.001 4.360 2.859 0.944 1.420 2.994 0.422 3.133 1.057 1.346 1.123 4.460 1.264 1.857 0.437 2.315 0.493 1.271 0.964 0.935 0.498 1.343 1.021 1.183 1.986 2.340 0.786 3.079 5.892 5.254 5.546 0.772 0.817 0.274 2.106 0.119 0.522 0.579 1.722 1.502 0.954 1.092 1.076 2.313 1.792 2.031 2.799 1.516 1.396 1.264 3.399 1.931 1.343 0.874 1.705 0.895 3.762 1.537 0.727 0.708 1.200 1.401 0.470 0.391 2.160 2.513 3.609 5.108 5.767 5.867 2.814 1.797 6.353 6.760 2.486 nan nan 9.866 nan 2.949 1.361 2.624 1.516 1.620 3.194 3.250 1.878 1.070 4169 chr16 628426 647735 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1277 NM_001172663 57799 Hs.459630 NM_021168 ENSG00000197562 RAB40C RARL|RASL8C RAB40C, member RAS oncogene family protein-coding 2.359 nan 3.070 1.924 2.871 3.756 1.172 0.964 1.800 0.658 2.327 0.612 0.260 1.545 5.278 1.305 0.678 0.149 1.589 0.412 1.118 0.453 1.224 0.465 1.864 0.850 0.986 1.255 1.877 0.398 3.514 8.828 2.254 5.271 0.637 1.273 0.488 0.935 0.073 0.453 0.398 1.213 0.848 0.403 0.968 1.788 1.541 0.615 1.831 1.255 1.417 1.514 1.305 2.141 0.927 1.864 0.908 1.413 0.966 2.059 1.146 1.027 0.998 0.588 0.510 0.698 0.432 2.052 2.533 0.907 1.408 2.031 1.973 nan 1.366 3.717 3.607 0.923 nan 3.534 5.475 1.751 1.942 1.184 1.839 2.538 2.441 1.020 1.444 2.869 1.418 5607 chr19 32894891 32898251 + 0 NA promoter-TSS (NR_046201) promoter-TSS (NR_046201) -84 NM_001172774 147991 Hs.194392 NM_207325 ENSG00000178904 DPY19L3 - dpy-19 like C-mannosyltransferase 3 protein-coding 7.467 4.137 6.158 6.296 11.578 4.368 2.767 2.464 4.037 2.223 9.401 4.236 0.884 3.585 5.409 4.529 4.299 0.868 5.841 1.355 4.895 2.581 1.990 0.888 6.048 3.188 4.018 6.007 5.134 0.782 5.498 5.873 4.489 17.663 1.348 2.934 0.708 4.103 0.214 2.033 2.793 6.602 7.791 3.776 2.696 1.349 3.003 3.724 12.283 15.906 4.048 2.967 4.529 8.489 4.500 6.048 2.143 4.337 1.462 5.815 3.250 1.844 2.601 1.708 2.088 1.188 0.907 4.324 5.076 5.717 9.692 7.129 6.213 11.978 4.376 13.062 12.941 5.134 6.776 8.424 13.348 nan 7.829 5.572 9.956 5.472 5.071 4.859 6.483 3.957 2.733 523 chr1 94343698 94345982 + 0 NA promoter-TSS (NM_014597) promoter-TSS (NM_014597) -78 NM_014597 30836 Hs.85769 NM_014597 ENSG00000067334 DNTTIP2 ERBP|FCF2|HSU15552|LPTS-RP2|TdIF2 deoxynucleotidyltransferase terminal interacting protein 2 protein-coding 9.381 4.398 5.384 6.051 5.281 4.348 3.356 3.946 6.788 1.999 3.820 4.006 1.723 16.035 2.796 4.639 3.040 0.274 4.799 2.193 5.179 1.522 1.639 0.984 4.977 3.855 4.605 1.744 5.141 2.112 5.617 7.115 3.825 11.637 2.446 5.038 0.504 4.604 0.312 2.151 2.466 6.220 2.809 1.024 4.423 3.148 9.463 3.107 3.304 3.796 2.017 6.029 4.639 8.374 9.727 4.977 3.101 1.662 1.404 3.844 2.581 2.225 1.787 2.608 1.977 1.959 1.717 9.758 8.460 10.051 15.493 10.957 11.024 12.474 5.850 22.447 22.969 8.059 9.253 17.392 24.497 nan 11.513 6.230 9.969 4.744 5.398 11.304 9.282 6.815 4.233 4862 chr17 51682407 51687696 + 0 NA Intergenic LTR36|LTR|ERV1 -215188 NM_032559 84643 Hs.226805 NM_032559 ENSG00000141200 KIF2B - kinesin family member 2B protein-coding 0.573 0.860 0.554 0.055 0.081 0.026 0.144 0.243 0.205 0.149 0.106 9.174 0.018 0.051 0.072 0.076 0.081 0.120 0.032 0.012 0.026 0.039 0.124 0.050 0.083 0.027 0.014 0.090 0.040 0.129 0.340 0.133 0.213 0.137 0.093 0.036 0.042 0.093 0.066 0.045 0.017 0.035 0.015 0.041 0.044 0.072 0.190 0.071 0.053 0.030 0.023 0.072 0.082 0.050 0.011 0.055 0.077 0.030 0.038 0.046 0.014 0.011 0.019 0.522 0.386 0.293 0.266 0.208 0.306 0.100 0.034 nan 0.217 0.170 0.235 nan nan 0.446 0.172 0.120 0.154 0.057 0.133 0.162 0.178 0.262 0.185 6344 chr2 122405458 122409406 + 0 NA promoter-TSS (NM_001142273) promoter-TSS (NM_001142273) -133 NR_037856 254128 Hs.712685 NR_037856 ENSG00000236859 NIFK-AS1 - NIFK antisense RNA 1 ncRNA 6.719 nan nan 4.953 6.996 4.125 4.884 3.291 6.060 1.893 6.090 3.411 0.376 2.667 3.696 4.307 3.502 0.573 4.101 1.607 6.459 4.494 2.490 1.828 5.332 4.996 5.941 4.152 6.414 1.373 5.153 6.858 4.162 13.808 3.180 5.973 1.030 3.921 0.124 3.519 4.213 8.175 7.192 3.010 3.052 2.487 6.637 5.706 7.218 7.234 2.429 3.434 4.307 3.949 8.470 5.332 1.746 2.115 1.937 7.026 4.297 4.975 4.147 4.039 5.341 3.865 2.206 6.335 7.848 7.513 9.204 8.232 6.713 11.301 4.546 21.710 24.502 5.816 7.252 8.991 14.460 12.256 11.527 3.685 7.768 3.949 3.679 9.362 11.110 2.977 1.570 11649 chr9 95086554 95089018 + 0 NA promoter-TSS (NM_017948) promoter-TSS (NM_017948) 36 NM_001012267 401541 Hs.713775 NM_001012267 ENSG00000188312 CENPP CENP-P centromere protein P protein-coding 5.248 4.368 6.423 2.908 11.181 1.667 7.094 3.114 6.990 2.243 4.591 3.573 2.419 1.413 4.298 5.525 4.021 0.132 5.701 2.367 2.002 3.212 3.287 1.448 5.760 5.012 6.585 3.026 7.145 1.676 7.738 10.291 4.048 8.125 3.601 5.733 1.902 3.904 0.177 1.562 2.143 7.022 5.647 2.816 3.397 3.896 5.502 6.520 4.492 6.040 2.365 4.365 5.525 6.622 3.903 5.760 2.100 4.003 2.286 4.284 2.507 5.618 2.119 2.414 2.710 5.218 3.654 8.166 6.813 9.926 14.159 10.463 12.533 7.616 5.485 13.883 16.143 3.796 4.739 11.044 18.850 21.002 19.101 7.300 9.361 12.113 15.847 8.982 6.974 6.850 3.523 10047 chr6 158171311 158201847 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -57624 NM_016224 51429 Hs.191213 NM_016224 ENSG00000130340 SNX9 SDP1|SH3PX1|SH3PXD3A|WISP sorting nexin 9 protein-coding nan 0.790 0.947 0.666 0.308 0.356 1.813 0.236 0.390 0.232 0.220 0.794 0.107 0.122 0.408 1.480 0.459 0.086 0.422 0.217 0.144 0.023 0.093 0.084 0.462 0.297 0.113 0.068 0.322 0.379 2.156 nan 0.409 0.634 0.312 0.285 0.046 0.101 0.118 0.263 0.176 1.039 0.579 0.339 0.528 0.379 0.369 0.769 0.496 1.203 0.136 0.246 1.480 1.490 0.726 0.462 0.208 0.483 0.080 0.676 0.106 0.554 0.986 0.289 0.142 0.971 0.919 2.982 3.313 1.087 2.076 0.725 nan 3.510 1.165 1.200 1.218 0.312 0.489 1.014 1.319 0.666 0.441 0.963 1.393 0.434 0.522 0.538 nan 0.442 0.428 10329 chr7 43907531 43922834 + 0 NA TTS (NM_001290076) TTS (NM_001290076) -6037 NM_032014 64951 Hs.284286 NM_032014 ENSG00000062582 MRPS24 HSPC335|MRP-S24|S24mt|bMRP-47|bMRP47 mitochondrial ribosomal protein S24 protein-coding 1.540 1.204 nan 1.279 0.463 0.569 1.042 0.315 0.551 1.370 4.393 0.777 0.166 0.204 0.448 0.398 1.726 0.105 0.657 0.545 1.445 0.361 0.278 0.193 0.558 1.140 1.037 0.508 1.197 0.440 0.652 1.216 1.146 1.334 0.268 0.597 0.106 0.568 0.146 0.248 0.253 4.244 0.791 0.419 0.806 0.496 1.867 2.355 0.694 0.992 0.574 0.849 0.398 0.548 0.556 0.558 0.543 0.432 0.155 0.779 0.563 3.091 0.476 0.242 1.401 0.542 0.309 1.535 1.463 1.494 2.255 1.043 1.076 1.189 0.455 1.107 1.145 0.858 1.134 0.822 1.071 0.769 0.688 0.466 1.038 0.460 0.472 0.873 1.057 0.676 0.403 453 chr1 68344326 68364292 + 0 NA intron (NR_040077, intron 1 of 9) intron (NR_040077, intron 1 of 9) -55154 NM_018841 55970 Hs.431101 NM_018841 ENSG00000172380 GNG12 - G protein subunit gamma 12 protein-coding 1.190 1.000 nan 0.322 0.429 0.008 1.433 0.911 1.684 0.043 0.498 1.599 0.015 0.314 0.236 1.250 0.248 0.105 0.649 0.986 0.064 0.014 0.228 0.115 1.003 0.506 0.149 0.089 0.310 0.132 0.136 0.964 0.172 0.683 0.636 0.222 0.062 0.038 0.111 1.218 0.108 0.823 0.166 0.164 0.343 0.208 0.121 0.256 0.171 0.585 0.135 0.153 1.250 0.803 0.541 1.003 0.122 0.244 0.199 0.120 0.301 0.718 0.089 0.211 0.920 0.118 0.084 1.162 0.863 0.945 1.017 0.823 0.947 4.750 1.481 0.232 0.275 nan nan 0.935 nan 0.497 0.370 0.370 0.543 0.403 0.638 0.298 0.759 1.560 0.952 1460 chr10 47048179 47061384 + 0 NA Intergenic Intergenic -28753 NM_005972 5540 Hs.524719 NM_005972 ENSG00000204174 NPY4R NPY4-R|PP1|PPYR1|Y4 neuropeptide Y receptor Y4 protein-coding 1.539 nan 3.743 5.950 0.119 0.268 2.347 0.296 0.616 2.036 5.307 2.468 0.005 0.102 0.140 0.088 0.158 0.146 0.439 0.330 0.392 0.104 0.076 0.206 0.154 2.216 2.049 0.066 0.301 0.677 0.213 0.292 0.305 0.775 0.055 1.340 0.015 0.159 0.175 0.472 0.070 18.036 0.795 0.448 2.363 0.190 4.654 3.447 8.880 0.387 0.063 3.356 0.088 0.413 0.591 0.154 0.899 2.416 0.190 3.742 0.047 3.376 0.083 0.065 2.899 0.903 0.424 0.610 0.534 0.596 1.717 0.232 0.267 0.300 0.161 0.919 0.900 0.612 0.925 1.013 1.183 0.898 0.929 0.336 0.401 0.095 0.172 0.155 0.249 0.408 0.602 10308 chr7 36935932 36956607 + 0 NA intron (NM_001206482, intron 16 of 21) FRAM|SINE|Alu 12768 NR_031604 100302113 NR_031604 ENSG00000221325 MIR1200 MIRN1200|hsa-mir-1200 microRNA 1200 ncRNA 1.416 1.046 1.687 0.102 0.181 0.011 0.034 0.132 0.313 0.014 0.087 0.076 0.009 0.798 0.107 0.329 0.104 0.062 0.064 0.025 0.027 0.297 0.252 0.614 0.034 0.017 0.014 0.128 0.035 0.108 0.070 0.137 0.333 0.078 0.117 0.666 0.037 0.129 0.028 0.108 0.111 0.009 0.024 0.026 0.063 0.056 0.190 0.087 0.059 2.364 0.081 0.329 0.048 0.049 0.614 0.491 0.052 0.047 0.090 1.104 0.042 0.123 0.685 0.015 0.014 0.015 0.531 0.474 0.563 0.546 0.508 nan 0.965 0.319 0.565 0.551 0.529 nan nan nan 0.393 0.235 0.215 0.311 2.032 2.746 0.429 nan 1.398 0.854 1202 chr1 233002024 233011182 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 65965 NM_019090 54627 Hs.160373 NM_019090 ENSG00000212916 MAP10 KIAA1383|MTR120 microtubule associated protein 10 protein-coding 0.932 2.793 1.764 0.063 0.301 0.165 0.101 0.209 0.307 0.386 0.424 0.454 0.033 0.020 1.878 0.654 0.301 0.158 0.021 0.754 0.045 0.206 0.204 0.118 0.417 0.194 0.040 0.106 0.011 0.220 0.538 0.760 0.714 0.016 0.490 0.063 0.048 0.119 0.013 0.499 1.018 0.126 0.077 0.047 0.039 0.231 0.153 0.293 0.070 1.438 0.255 1.878 0.157 0.036 0.118 0.148 0.018 0.085 0.101 0.277 0.775 0.059 0.217 0.624 0.415 0.409 0.420 0.393 2.053 9.914 0.366 0.506 nan 0.291 0.196 0.204 0.303 0.585 nan 0.493 0.233 0.198 0.104 0.124 0.247 0.396 0.244 0.446 nan 0.653 595 chr1 113391496 113395528 + 0 NA promoter-TSS (NR_103746) promoter-TSS (NR_103746) -247 NR_103746 100996702 Hs.632431 NR_103746 ENSG00000215866 LINC01356 - long intergenic non-protein coding RNA 1356 ncRNA nan 1.512 2.067 1.391 0.342 0.400 4.179 0.200 0.477 2.791 0.365 2.076 4.790 0.074 0.046 1.110 0.134 0.138 0.763 0.375 0.031 0.826 1.581 1.325 0.119 1.427 0.628 1.074 2.602 2.062 0.062 0.141 0.071 1.079 0.072 0.027 0.496 2.339 0.149 0.146 4.431 18.027 10.650 3.889 0.246 1.032 8.869 0.274 0.343 3.664 0.389 2.329 1.110 0.451 0.360 0.119 0.062 0.387 1.139 7.126 0.025 0.157 4.314 4.340 0.038 0.129 0.151 3.764 4.040 2.425 3.195 1.708 nan 6.467 2.732 10.905 11.402 3.267 4.839 0.339 0.333 4.020 4.484 5.401 8.014 3.881 2.573 5.322 8.482 0.813 0.603 2838 chr12 86164344 86179794 + 0 NA Intergenic Intergenic 58249 NM_005447 9182 Hs.527881 NM_005447 ENSG00000198774 RASSF9 P-CIP1|PAMCI|PCIP1 Ras association domain family member 9 protein-coding 1.007 0.782 1.187 0.084 0.849 0.007 0.169 1.267 2.339 0.006 0.086 0.290 0.020 0.131 0.175 0.108 0.327 0.127 0.357 0.198 0.021 0.916 1.110 0.737 1.041 0.013 0.014 0.005 0.097 0.130 0.957 1.801 0.226 2.745 0.434 0.142 1.112 0.064 0.158 0.031 0.234 0.048 0.012 0.020 0.064 0.030 0.094 0.145 0.300 0.101 0.059 0.476 0.108 0.143 0.054 1.041 0.632 0.044 0.075 0.030 0.342 0.016 0.500 0.056 0.024 0.022 0.017 0.522 0.663 0.301 0.625 0.445 0.428 5.891 2.131 0.494 0.500 8.139 8.252 1.695 1.132 0.411 0.168 1.374 1.480 3.604 5.209 0.314 0.548 1.970 1.083 6996 chr20 44621049 44625384 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -14331 NM_004994 4318 Hs.297413 NM_004994 ENSG00000100985 MMP9 CLG4B|GELB|MANDP2|MMP-9 matrix metallopeptidase 9 protein-coding nan nan 0.493 2.181 0.281 0.051 1.466 0.407 0.557 3.116 0.689 0.106 7.585 0.048 0.103 0.304 0.131 0.169 1.782 1.217 0.696 0.081 0.142 0.095 0.138 0.745 0.348 0.050 1.387 1.040 1.496 5.229 5.812 0.688 2.159 0.509 0.088 0.118 0.246 0.153 5.091 0.014 0.036 0.905 2.972 2.224 0.252 0.932 0.278 0.209 2.096 0.304 3.960 0.614 0.138 1.325 3.057 0.066 0.771 0.047 1.384 0.069 0.057 1.313 0.027 0.012 0.495 0.552 0.148 0.253 0.628 0.514 nan 0.249 0.122 0.198 0.248 0.406 0.590 0.962 nan 0.159 0.418 0.463 0.071 0.127 0.392 0.841 0.283 0.403 11308 chr8 132915680 132935263 + 0 NA intron (NM_001323554, intron 1 of 22) intron (NM_001323554, intron 1 of 22) -3530 NM_001323557 23167 Hs.204564 NM_015137 ENSG00000132294 EFR3A - EFR3 homolog A protein-coding nan 1.085 1.832 2.488 0.948 0.111 1.113 0.458 0.951 0.648 1.026 1.185 1.036 0.462 0.455 0.373 1.096 0.116 1.368 0.384 0.295 0.201 0.399 0.171 0.379 0.822 0.433 0.371 1.639 0.491 2.889 4.149 1.572 2.685 0.739 0.238 0.107 0.528 0.076 0.656 0.360 0.446 0.493 0.389 1.471 1.006 0.666 1.552 0.940 1.049 0.434 0.575 0.373 1.776 0.612 0.379 0.202 0.379 0.123 0.824 0.779 0.674 0.607 0.525 0.388 0.151 0.062 0.979 1.018 0.668 0.904 1.140 1.216 3.078 1.117 nan 5.740 0.997 1.312 1.680 2.374 0.784 0.612 1.002 1.463 0.900 1.005 1.181 2.205 0.907 0.657 11790 chr9 130713148 130754642 + 0 NA intron (NM_001035254, intron 1 of 10) intron (NM_001035254, intron 1 of 10) 8917 NM_001035254 399665 Hs.535972 NM_203305 ENSG00000167106 FAM102A C9orf132|EEIG1|SYM-3A|bA203J24.7 family with sequence similarity 102 member A protein-coding nan 3.161 2.185 1.379 4.478 4.919 2.238 2.641 5.261 0.948 1.208 0.939 0.167 0.861 3.169 1.859 0.757 0.186 3.175 1.438 0.107 0.143 3.283 1.295 3.721 2.104 1.637 0.551 2.877 0.622 2.533 6.741 0.648 9.157 1.349 0.921 1.041 0.372 0.079 0.208 0.888 0.790 0.480 0.316 1.190 1.030 1.641 0.236 2.611 1.058 1.837 2.234 1.859 2.581 2.495 3.721 0.582 1.957 1.097 0.569 2.414 1.766 0.872 0.171 0.153 0.143 0.116 1.137 1.925 1.535 2.035 4.866 4.773 nan 1.258 2.700 2.864 0.676 0.959 4.835 6.007 1.349 1.218 1.164 1.785 3.506 3.773 0.519 0.941 2.150 1.155 9279 chr5 153451585 153500404 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 57475 NM_001135037 4238 Hs.432818 NM_005927 ENSG00000037749 MFAP3 - microfibril associated protein 3 protein-coding 0.667 nan 1.071 0.094 0.295 1.835 0.427 0.188 0.404 0.041 0.113 0.197 0.029 0.029 0.361 0.331 0.132 0.053 0.075 0.037 0.017 0.011 0.102 0.101 0.529 0.109 0.044 0.106 0.081 0.082 0.087 0.268 0.371 2.232 0.063 0.207 0.039 0.062 0.119 0.046 0.080 0.106 0.033 0.035 0.074 0.059 0.460 0.139 0.093 0.053 0.752 0.139 0.331 0.066 0.076 0.529 0.073 0.139 0.119 0.032 0.059 0.078 0.067 0.054 0.031 0.042 0.034 0.203 0.122 0.186 0.232 0.424 0.508 1.691 0.586 0.069 0.071 0.562 0.780 0.546 0.809 0.504 0.297 0.248 0.342 0.200 0.656 0.230 0.523 0.749 0.538 8564 chr4 140876416 140897654 + 0 NA intron (NM_018717, intron 1 of 5) intron (NM_018717, intron 1 of 5) -162134 NR_147610 101927516 Hs.662570 NR_147610 LOC101927516 - uncharacterized LOC101927516 ncRNA 0.938 0.974 0.972 0.172 0.291 0.930 0.238 0.701 1.445 0.027 0.179 0.457 0.029 0.043 0.334 0.235 0.409 0.129 0.120 0.107 0.101 0.021 0.317 0.218 0.643 0.328 0.078 0.027 0.177 0.123 0.068 0.280 0.215 0.971 0.076 0.111 0.346 0.036 0.073 0.039 0.139 0.069 0.017 0.015 0.197 0.047 0.280 0.174 0.173 0.064 0.022 0.116 0.235 0.057 0.109 0.643 0.058 0.155 0.110 0.011 0.053 0.058 0.075 0.465 0.022 0.027 0.005 0.305 0.222 0.318 0.395 0.490 0.519 0.814 0.318 0.112 0.103 4.074 4.094 0.426 0.483 0.371 0.164 0.186 0.279 1.303 1.679 0.796 2.125 1.252 0.673 2926 chr12 107152997 107201493 + 0 NA intron (NM_001351362, intron 2 of 9) intron (NM_001351362, intron 2 of 9) -8636 NR_040246 100287944 Hs.742087 NR_040246 ENSG00000257545 LOC100287944 - uncharacterized LOC100287944 ncRNA 1.192 0.959 nan 0.484 0.522 0.292 0.229 0.426 0.713 0.042 0.293 0.304 0.070 0.234 0.526 0.532 0.520 0.150 0.223 0.094 0.288 0.134 0.421 0.345 0.573 0.207 0.199 0.337 0.226 0.073 0.307 0.385 0.181 1.211 0.096 0.967 0.277 2.186 0.171 0.129 0.420 0.329 0.324 0.146 0.106 0.067 0.258 0.493 0.729 0.470 0.423 0.223 0.532 0.215 0.391 0.573 0.121 0.131 0.146 0.579 0.422 0.201 0.239 0.185 0.182 0.228 0.109 0.743 0.577 1.691 1.774 1.026 1.117 2.066 0.909 9.024 9.446 1.209 1.601 0.979 1.121 0.801 0.603 0.321 0.597 1.227 1.612 0.502 0.733 1.671 0.961 11915 chrX 12963597 12982280 + 0 NA Intergenic Intergenic -11519 NR_030727 349408 Hs.685035 NR_030727 ENSG00000233338 TLR8-AS1 GS1-324M7.6 TLR8 antisense RNA 1 ncRNA 0.983 nan 1.302 1.003 1.121 0.105 1.082 0.292 0.611 0.456 0.857 4.109 0.339 0.129 0.102 0.162 2.046 0.164 1.471 0.765 0.333 0.022 0.134 0.107 0.443 1.369 1.132 0.227 1.140 0.797 0.705 1.610 1.487 1.302 0.966 1.047 0.234 1.295 0.086 0.549 0.168 0.962 0.999 0.514 0.844 1.148 1.286 1.722 0.998 1.107 0.310 1.137 0.162 2.143 0.422 0.443 0.655 0.620 0.209 0.499 0.581 1.276 0.127 0.463 0.827 0.207 0.108 0.135 0.171 0.692 2.167 0.420 0.422 1.854 0.736 0.361 0.427 0.557 0.792 1.634 1.089 1.180 1.027 0.501 0.440 0.990 1.271 0.587 2.227 0.447 0.397 10702 chr7 139469315 139485633 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130966) promoter-TSS (NM_001130966) 219 NM_022740 28996 Hs.731417 NM_022740 ENSG00000064393 HIPK2 PRO0593 homeodomain interacting protein kinase 2 protein-coding nan nan nan 1.133 0.698 0.885 2.492 0.436 0.946 1.221 2.461 2.649 0.110 1.908 1.583 0.707 0.704 0.178 3.524 1.723 0.115 0.306 1.245 0.582 2.662 2.296 2.824 0.338 2.720 0.620 2.104 3.806 1.935 2.070 1.421 2.690 0.228 0.831 0.124 1.300 0.416 4.377 0.668 0.401 1.164 1.628 1.526 3.584 1.906 1.618 1.844 1.911 0.707 2.376 5.181 2.662 0.419 0.300 0.315 1.003 0.962 2.741 1.299 0.529 1.451 0.180 0.115 2.822 3.636 3.059 2.319 2.004 1.802 nan 0.636 3.011 2.925 0.851 nan 1.065 1.606 nan 1.535 2.165 4.386 1.389 0.993 1.709 2.249 2.628 nan 11084 chr8 81912612 81918075 + 0 NA intron (NM_018440, intron 3 of 8) MER5A|DNA|hAT-Charlie 108960 NM_018440 55824 Hs.266175 NM_018440 ENSG00000076641 PAG1 CBP|PAG phosphoprotein membrane anchor with glycosphingolipid microdomains 1 protein-coding 1.135 nan 3.464 0.116 0.275 0.184 0.875 0.238 0.445 0.223 0.298 0.214 0.045 0.018 0.083 0.625 0.664 0.176 1.433 0.744 0.106 0.025 0.056 0.077 0.154 1.287 0.410 0.121 3.442 1.079 1.439 2.929 1.774 0.746 3.424 0.374 0.035 0.039 0.082 0.218 0.059 0.101 0.055 0.072 0.775 6.602 0.282 0.420 0.104 0.266 1.684 0.622 0.625 1.295 1.080 0.154 0.268 0.279 0.052 0.064 0.240 1.620 1.067 0.192 0.210 0.024 0.009 0.679 0.963 0.243 0.487 0.561 0.635 0.180 0.123 0.182 0.209 1.177 1.528 nan 0.815 0.785 0.695 0.696 1.394 0.510 0.836 0.351 0.782 0.744 0.588 835 chr1 163131407 163139014 + 0 NA intron (NR_110699, intron 2 of 3) intron (NR_110699, intron 2 of 3) 3745 NR_110699 101928404 Hs.683933 NR_110699 ENSG00000232892 LOC101928404 - uncharacterized LOC101928404 ncRNA 1.207 nan 1.198 0.198 0.347 0.044 0.663 0.168 0.643 0.050 0.307 2.040 0.183 0.218 1.064 2.839 0.488 0.348 0.346 0.512 0.257 0.303 0.157 0.609 0.142 0.020 0.330 0.126 0.084 0.139 0.063 0.535 0.538 0.085 0.273 0.058 0.056 1.245 0.043 0.442 0.150 0.113 0.173 0.100 0.139 2.527 0.086 0.329 5.239 0.205 1.064 0.112 0.317 0.157 0.114 0.022 0.052 0.114 0.081 1.676 0.079 0.145 1.147 0.977 0.883 0.423 0.261 0.343 0.639 0.676 nan 4.595 1.026 0.202 0.165 0.891 1.307 0.476 nan 0.439 0.115 0.240 0.478 1.061 0.814 0.384 1.163 1.441 0.897 1267 chr1 246263498 246281071 + 0 NA intron (NM_022743, intron 5 of 11) L2c|LINE|L2 308430 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.219 nan 0.103 4.350 0.110 0.196 0.330 0.704 0.016 0.230 1.173 0.025 0.391 0.162 1.188 0.323 0.111 0.147 0.064 0.011 0.032 0.484 0.408 1.640 0.155 0.033 0.046 0.061 0.030 0.055 0.209 0.081 1.441 0.083 1.489 0.109 0.110 0.114 0.047 0.059 0.147 0.052 0.044 0.099 0.066 0.044 0.193 0.144 0.114 0.044 0.609 1.188 0.069 0.026 1.640 0.299 0.104 0.050 0.036 2.567 0.258 0.060 0.266 0.074 0.029 0.009 0.434 0.400 0.521 0.880 0.869 1.038 6.933 2.645 0.605 0.677 0.541 0.717 5.062 5.341 0.372 0.205 0.162 0.295 0.885 1.362 0.558 1.133 1.226 0.835 9550 chr6 30705346 30817138 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 26640 NR_138037 105375013 Hs.348584 NR_138037 ENSG00000228022 HCG20 NCRNA00149 HLA complex group 20 (non-protein coding) ncRNA nan 1.085 nan 1.035 0.278 0.176 3.577 0.250 0.440 0.698 1.467 2.272 0.883 0.591 0.144 0.778 1.565 0.406 1.640 0.879 2.708 0.126 0.153 0.142 0.418 2.575 2.127 0.630 0.874 1.016 2.859 6.433 2.470 0.980 1.293 1.846 0.034 0.372 0.120 0.897 0.088 2.823 1.727 0.834 0.889 0.511 1.818 1.584 2.297 1.607 2.452 2.792 0.778 1.832 0.336 0.418 1.182 2.551 0.105 3.909 0.738 0.965 0.263 0.219 0.963 0.502 0.450 0.634 0.757 1.851 nan nan 0.534 1.146 0.411 0.644 0.712 0.463 0.851 0.634 0.736 0.566 0.348 0.404 0.537 0.236 0.306 0.333 0.659 0.567 0.568 113 chr1 16531341 16583742 + 0 NA TTS (NM_030907) TTS (NM_030907) 6118 NM_030907 79363 Hs.546430 NM_030907 ENSG00000132881 CPLANE2 C1orf89|RSG1 ciliogenesis and planar polarity effector 2 protein-coding 1.887 1.495 nan 0.611 1.581 1.183 0.512 0.593 1.113 0.164 0.703 0.547 0.126 0.356 1.489 0.919 0.554 0.127 0.726 0.308 0.381 0.177 0.638 0.340 0.807 0.255 0.210 0.347 0.394 0.200 1.128 2.801 0.531 3.528 0.497 0.346 0.071 0.478 0.099 0.111 0.626 0.584 0.216 0.125 0.226 0.150 0.329 0.271 0.485 0.770 0.264 0.338 0.919 0.801 0.697 0.807 0.233 0.234 0.364 1.075 0.659 0.244 0.623 0.338 0.207 0.085 0.059 1.844 2.308 1.838 3.089 3.375 3.753 1.640 0.592 1.714 nan 0.776 nan 5.219 6.047 nan 1.072 1.309 1.916 0.355 0.395 0.961 1.642 1.371 0.759 4015 chr15 67036481 67073275 + 0 NA intron (NR_027654, intron 4 of 4) intron (NR_027654, intron 4 of 4) 60204 NR_027654 4091 Hs.153863 NM_005585 ENSG00000137834 SMAD6 AOVD2|HsT17432|MADH6|MADH7 SMAD family member 6 protein-coding 0.704 0.642 nan 1.242 0.102 0.202 1.731 0.145 0.305 0.909 1.074 1.925 1.080 0.038 0.100 0.388 2.168 0.333 1.270 0.646 2.851 0.167 0.089 0.081 0.316 1.092 0.739 0.677 0.422 0.631 0.316 1.309 1.129 0.857 1.024 0.225 0.026 0.138 0.083 0.363 0.259 0.833 0.143 0.122 0.705 0.631 0.445 0.566 3.026 0.458 1.979 2.503 0.388 1.759 0.251 0.316 0.758 0.567 0.124 0.273 0.053 0.776 0.091 0.142 0.581 0.171 0.129 0.319 0.353 2.383 7.056 0.396 0.454 nan 0.093 0.259 0.252 0.762 1.140 0.189 0.267 0.549 0.368 0.302 0.418 0.205 0.471 0.307 0.579 0.420 0.427 5487 chr19 2962175 2988380 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -2254 NR_138612 79816 Hs.334507 NM_024760 ENSG00000104953 TLE6 GRG6|PREMBL transducin like enhancer of split 6 protein-coding 1.037 2.085 1.791 0.209 0.778 2.694 0.351 0.896 1.568 0.297 0.164 0.286 0.833 0.268 1.629 1.739 0.641 0.394 0.295 0.104 0.505 0.132 0.640 0.409 2.698 0.578 0.392 0.189 0.132 0.068 0.188 0.723 0.282 5.036 0.167 0.363 0.446 0.265 0.088 0.113 0.112 0.418 0.083 0.074 0.096 0.073 0.411 0.285 0.564 0.500 0.183 0.336 1.739 0.369 0.173 2.698 0.089 0.339 0.263 0.807 1.616 0.208 0.136 0.247 0.202 0.066 0.038 0.555 1.175 0.455 0.812 3.184 3.399 1.661 0.539 0.224 0.207 1.415 1.827 2.369 nan 1.755 1.563 0.277 0.351 1.695 1.493 0.478 1.144 2.343 1.177 7021 chr20 47363536 47387920 + 0 NA intron (NM_020820, intron 1 of 39) MIR|SINE|MIR 68692 NM_020820 57580 Hs.153310 NM_020820 ENSG00000124126 PREX1 P-REX1 phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate dependent Rac exchange factor 1 protein-coding nan nan 0.633 0.160 0.292 0.259 0.078 0.098 0.177 0.023 0.392 0.189 0.015 0.050 1.221 0.683 0.147 0.106 0.100 0.039 0.036 0.040 0.370 0.238 0.162 0.254 0.122 0.060 0.100 0.026 0.093 0.226 0.151 1.272 0.030 0.059 0.113 0.120 0.088 0.172 0.252 0.208 0.074 0.067 0.129 0.056 0.123 0.324 0.077 0.047 0.219 0.240 0.683 0.074 0.042 0.162 0.065 0.054 1.172 0.156 0.112 0.156 0.767 0.132 0.236 0.043 0.025 1.848 2.908 0.299 0.345 0.662 0.714 9.277 2.995 0.410 0.476 0.435 0.773 1.215 2.145 nan 3.126 0.967 0.957 0.566 0.550 0.391 0.777 1.396 0.889 9639 chr6 41278684 41290291 + 0 NA Intergenic MER31-int|LTR|ERV1 -19041 NM_004828 9436 Hs.194721 NM_004828 ENSG00000096264 NCR2 CD336|LY95|NK-p44|NKP44|dJ149M18.1 natural cytotoxicity triggering receptor 2 protein-coding 0.965 1.207 0.851 0.143 3.719 4.416 0.336 1.842 3.893 0.016 0.121 0.477 0.090 1.195 1.877 0.606 0.218 0.110 0.300 0.065 0.016 0.036 1.271 0.541 2.388 0.221 0.068 0.044 0.112 0.054 0.657 2.005 0.601 4.661 0.189 0.693 0.157 0.057 0.113 0.120 0.047 0.135 0.065 0.027 0.150 0.081 0.075 0.500 0.301 0.049 0.278 0.587 0.606 0.276 0.190 2.388 0.547 0.121 0.417 0.110 2.644 0.034 0.289 0.096 0.046 0.010 0.013 0.637 0.874 0.331 0.670 3.752 3.054 8.004 3.410 0.700 0.838 0.296 0.539 10.035 nan 0.577 0.595 0.396 0.584 1.349 1.819 0.224 0.363 2.098 1.468 6388 chr2 140644902 140656277 + 0 NA Intergenic Intergenic 693665 NR_106979 102465692 NR_106979 ENSG00000283506 MIR7157 hsa-mir-7157 microRNA 7157 ncRNA 0.991 nan 1.435 0.057 0.100 0.029 0.069 0.154 0.236 0.008 0.124 0.041 0.017 0.070 0.039 0.123 0.079 0.084 0.084 0.028 0.037 0.027 0.066 0.094 0.012 0.026 0.071 0.027 0.056 0.052 0.081 0.285 0.039 0.052 11.372 0.028 0.060 0.098 0.073 0.007 0.019 0.007 0.052 0.071 0.036 0.056 0.047 0.123 0.037 0.024 0.094 0.019 0.051 0.044 0.026 0.018 0.021 0.035 0.076 0.040 0.005 0.264 0.121 0.206 0.178 0.263 0.340 0.400 0.220 0.114 0.106 2.443 2.570 0.265 0.278 0.400 0.250 0.088 0.179 42.383 49.001 0.349 0.680 0.236 0.199 6049 chr2 42586065 42600257 + 0 NA intron (NM_001319036, intron 1 of 3) intron (NM_001319036, intron 1 of 3) 2936 NM_001319036 9167 Hs.339639 NM_004718 ENSG00000115944 COX7A2L COX7AR|COX7RP|EB1|SIG81 cytochrome c oxidase subunit 7A2 like protein-coding 3.493 nan 2.217 1.174 1.687 0.689 0.984 0.511 1.204 0.289 0.855 0.409 0.306 0.363 1.229 1.079 0.731 0.067 1.097 0.589 0.663 0.681 1.625 0.961 1.321 0.737 0.719 0.577 1.023 0.261 1.886 nan 0.867 2.759 0.433 0.888 0.364 1.068 0.159 0.523 0.437 1.156 0.825 0.489 0.578 0.633 1.449 1.305 1.385 1.112 0.990 0.722 1.079 1.168 0.932 1.321 0.594 0.680 0.898 1.514 1.888 0.762 0.490 0.554 0.610 0.528 0.354 1.525 1.603 1.636 2.418 nan 2.274 3.783 1.336 4.306 4.655 2.139 2.789 3.287 3.727 3.233 2.695 1.373 2.210 1.345 1.499 1.983 nan nan 1.523 8881 chr5 43056624 43074943 + 0 NA non-coding (NR_034127, exon 1 of 1) non-coding (NR_034127, exon 1 of 1) 1290 NR_034127 100132356 Hs.726831 NM_175919 LOC100132356 - uncharacterized LOC100132356 ncRNA 2.693 2.837 3.650 2.474 4.618 2.049 4.686 0.778 1.416 1.102 2.154 2.481 1.424 1.194 3.607 2.099 3.688 0.605 1.894 0.889 4.038 3.381 1.150 0.695 2.681 5.109 5.975 0.982 3.408 2.336 5.447 7.205 5.648 4.635 1.166 3.087 0.182 2.615 0.173 2.312 0.735 2.715 3.067 1.227 2.235 4.059 2.932 1.915 2.628 3.202 2.801 3.140 2.099 3.818 4.536 2.681 1.393 1.702 0.928 4.085 2.118 4.173 1.705 0.103 2.283 3.990 3.808 1.149 1.723 2.237 3.732 4.900 4.258 2.548 0.864 4.785 4.963 2.804 3.485 2.705 3.843 3.410 3.363 2.366 4.274 0.917 0.842 0.548 0.681 1.210 0.858 4365 chr16 53074547 53080295 + 0 NA non-coding (NR_147075, exon 3 of 3) non-coding (NR_147075, exon 3 of 3) 9364 NR_136518 105371267 Hs.147562 NR_136518 ENSG00000277639 LOC105371267 PR-lncRNA-1 p53-regulated lncRNA 1 ncRNA nan nan nan 0.137 0.184 0.431 0.236 0.362 0.315 1.315 0.082 0.178 0.095 0.017 0.079 0.536 0.183 0.028 0.083 0.066 0.044 0.024 0.136 0.123 0.104 0.085 0.051 0.064 0.094 0.018 0.056 0.305 0.600 1.187 0.146 0.075 0.133 0.039 0.089 0.063 0.027 0.101 0.106 0.509 0.099 0.545 0.048 0.109 0.148 0.536 0.053 0.041 0.104 0.259 0.137 1.184 0.081 0.104 0.028 2.167 0.110 0.013 0.030 4.765 11.789 0.750 1.071 0.453 0.403 0.364 0.189 1.689 1.732 2.790 nan nan nan nan 0.462 1.740 3.370 0.138 0.115 0.309 nan nan 0.545 6970 chr20 36614013 36631298 + 0 NA intron (NM_001303457, intron 7 of 7) AluSx3|SINE|Alu 39215 NM_014657 9675 Hs.655481 NM_014657 ENSG00000101407 TTI1 KIAA0406|smg-10 TELO2 interacting protein 1 protein-coding 1.232 2.380 0.908 0.453 0.235 0.647 3.483 0.297 0.465 0.033 0.551 1.310 0.068 0.112 0.546 0.392 0.253 0.080 1.675 1.459 0.033 0.075 0.187 0.079 0.236 1.757 1.380 0.042 2.672 2.046 2.013 nan 3.774 1.165 1.964 0.087 0.016 0.075 0.122 2.296 0.466 0.211 0.139 0.109 2.073 2.121 0.179 0.943 0.313 0.268 0.050 0.946 0.392 3.302 3.035 0.236 0.255 0.810 0.365 0.179 0.070 0.998 0.903 1.419 1.158 0.030 0.029 0.593 0.674 0.514 1.123 0.555 nan 1.045 0.763 0.367 0.393 0.406 0.752 0.680 1.090 2.079 1.956 0.408 0.944 0.089 0.135 1.821 nan 0.429 0.241 10530 chr7 96624130 96662929 + 0 NA promoter-TSS (NR_015448) promoter-TSS (NR_015448) -152 NR_015448 285987 Hs.34969 NR_015448 DLX6-AS1 DLX6-AS|DLX6AS|Evf-2|NCRNA00212 DLX6 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.602 nan 0.233 0.835 0.918 0.051 5.384 10.472 0.225 0.256 0.314 0.147 0.049 0.703 2.098 0.104 0.093 0.384 0.147 0.047 2.958 5.544 2.961 1.891 0.018 0.017 0.193 0.090 0.005 0.230 0.451 0.281 3.047 0.030 0.070 3.639 0.647 0.129 0.213 2.582 0.319 0.032 0.027 0.017 0.089 0.070 0.476 0.099 1.010 0.099 0.038 2.098 0.534 0.153 1.891 0.416 0.144 0.168 0.778 0.543 0.032 0.161 0.385 0.008 0.040 0.017 0.377 0.237 7.638 9.533 1.861 1.798 10.887 4.277 0.298 0.354 1.092 1.532 0.988 1.239 0.547 0.510 0.343 0.709 12.821 9.898 0.679 nan 5.932 3.462 8440 chr4 78934695 78956491 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -33131 NM_025074 80144 Hs.369448 NM_020875 ENSG00000138759 FRAS1 FRASRS1 Fraser extracellular matrix complex subunit 1 protein-coding 0.843 0.747 0.807 0.089 1.738 3.553 0.069 0.411 0.794 0.004 0.074 0.042 0.022 0.023 0.310 0.196 0.175 0.105 0.088 0.049 0.038 0.019 0.140 0.149 0.975 0.016 0.007 0.007 0.059 0.034 0.081 0.209 0.120 0.635 0.040 0.047 0.061 0.045 0.112 0.005 0.149 0.085 0.003 0.007 0.020 0.050 0.067 0.192 0.049 0.029 0.054 0.024 0.196 0.081 0.046 0.975 0.028 0.038 0.009 0.019 0.130 0.036 0.041 0.256 0.024 0.016 0.002 0.271 0.187 0.244 0.482 0.589 0.635 1.816 0.381 0.269 0.284 0.338 0.445 1.092 0.963 0.376 0.213 0.121 0.147 0.239 0.236 0.797 3.157 0.977 0.486 7624 chr3 57947392 57975946 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -32458 NM_001457 2317 Hs.476448 NM_001457 ENSG00000136068 FLNB ABP-278|ABP-280|AOI|FH1|FLN-B|FLN1L|LRS1|SCT|TABP|TAP filamin B protein-coding 0.565 0.689 nan 0.701 0.130 0.023 5.085 0.079 0.154 0.957 2.465 1.120 0.204 0.045 0.065 0.191 0.191 0.147 1.658 1.515 2.362 0.014 0.077 0.066 0.189 1.096 0.752 0.646 2.193 2.805 1.546 2.150 0.082 0.284 1.671 4.995 0.037 0.092 0.078 1.313 0.064 5.495 6.228 2.760 1.050 0.814 2.562 0.411 3.337 1.036 0.119 1.501 0.191 1.237 2.445 0.189 1.701 1.667 0.072 0.505 0.146 1.365 0.041 0.182 1.651 0.335 0.168 0.187 0.171 0.289 0.568 0.395 0.431 0.645 0.231 0.165 0.179 0.077 0.213 0.358 0.377 nan 0.228 0.183 0.152 0.062 0.098 0.403 0.806 0.392 0.393 8566 chr4 140999076 141025598 + 0 NA intron (NM_018717, intron 1 of 5) intron (NM_018717, intron 1 of 5) -36832 NR_147610 101927516 Hs.662570 NR_147610 LOC101927516 - uncharacterized LOC101927516 ncRNA 0.998 1.357 0.729 0.652 0.695 0.417 1.283 1.115 2.080 0.011 1.623 2.646 0.094 0.046 0.475 0.656 0.609 0.098 0.715 0.480 4.595 0.042 0.403 0.318 1.020 1.434 0.932 0.292 0.270 1.410 1.957 3.326 0.873 1.240 0.388 4.533 0.319 0.008 0.091 1.072 0.153 0.146 0.231 0.210 0.245 0.090 1.148 2.609 2.414 0.355 1.598 2.030 0.656 0.419 0.522 1.020 0.716 2.434 0.113 0.083 0.509 0.101 0.071 0.275 0.500 0.063 0.036 0.262 0.259 0.378 0.602 0.796 0.927 2.180 0.710 0.151 0.126 1.207 1.613 1.136 1.252 1.137 0.944 0.341 0.471 1.660 2.426 0.559 1.262 1.061 0.669 10744 chr7 150943864 150950400 + 0 NA intron (NM_001003802, intron 2 of 13) intron (NM_001003802, intron 2 of 13) -1383 NM_001003801 6604 Hs.647067 NM_003078 ENSG00000082014 SMARCD3 BAF60C|CRACD3|Rsc6p SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 3 protein-coding 1.510 1.052 nan 0.449 0.471 0.466 0.447 0.157 0.594 0.295 3.341 2.639 0.171 0.227 1.004 1.759 1.316 0.125 0.709 0.320 0.713 2.689 0.385 0.187 1.066 1.190 1.182 2.637 1.211 0.384 0.971 1.839 2.107 1.645 0.179 6.245 0.031 8.241 0.171 0.848 0.182 0.448 0.509 0.442 0.218 0.087 0.249 1.925 3.735 2.830 5.033 1.058 1.759 0.408 2.418 1.066 0.730 0.745 0.876 8.751 1.664 0.534 0.591 0.057 0.977 1.313 0.959 3.558 4.645 3.271 4.608 2.707 2.424 1.178 0.287 0.786 0.902 0.795 1.308 2.031 2.649 2.169 2.096 1.623 1.994 0.185 0.233 0.556 0.846 1.382 0.934 507 chr1 89883180 89893211 + 0 NA intron (NR_003133, intron 4 of 4) intron (NR_003133, intron 4 of 4) 14957 NR_003133 400759 Hs.661968 NR_003133 ENSG00000225492 GBP1P1 - guanylate binding protein 1 pseudogene 1 pseudo 1.020 nan nan 0.051 2.673 1.776 0.085 0.574 1.120 0.062 0.101 0.006 0.172 1.447 0.182 0.212 0.032 0.201 0.151 0.025 0.028 0.661 0.174 1.010 0.070 0.057 0.045 0.074 0.419 1.809 0.085 5.010 0.203 0.076 1.055 0.018 0.145 0.012 0.444 0.178 0.055 0.031 0.054 0.131 0.097 0.107 0.057 0.104 0.047 0.146 0.182 0.255 0.064 1.010 0.183 0.066 0.069 0.017 0.417 0.023 2.158 0.050 0.046 0.040 0.010 1.404 1.228 0.287 0.369 0.935 0.924 9.288 3.486 2.722 2.534 0.303 0.541 8.786 6.886 0.451 0.287 0.887 2.294 3.606 3.568 0.233 0.346 4.833 2.531 6908 chr20 29556606 29574325 + 0 NA intron (NR_133643, intron 2 of 3) AluSz6|SINE|Alu 4898 NR_133643 105379478 Hs.98121 NR_133643 LINC01598 - long intergenic non-protein coding RNA 1598 ncRNA 0.765 1.001 nan 0.119 0.074 0.038 0.074 0.109 0.186 0.011 0.114 0.141 0.010 0.039 0.077 0.196 0.167 0.155 0.053 0.011 0.049 0.063 0.098 0.120 0.047 0.016 0.025 0.065 0.103 0.018 0.107 0.094 0.092 0.352 0.025 0.070 0.139 0.098 0.107 0.007 0.050 0.159 0.054 0.009 0.037 0.143 0.071 0.186 0.074 0.080 0.018 0.045 0.196 0.078 0.052 0.047 0.069 0.089 0.066 0.116 0.029 0.067 0.050 0.105 0.031 0.013 0.011 0.557 0.342 0.199 0.299 0.215 0.297 0.210 0.099 0.214 0.190 0.360 0.605 0.141 0.218 0.528 0.333 0.201 0.209 0.215 0.246 0.188 0.231 0.557 0.531 6110 chr2 51199403 51224296 + 0 NA intron (NM_001330082, intron 2 of 21) intron (NM_001330082, intron 2 of 21) 47825 NM_001330093 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 0.996 nan 0.873 0.070 0.197 0.058 0.031 0.307 0.564 0.008 0.063 0.019 0.012 0.021 0.210 0.201 0.096 0.090 0.072 0.030 0.024 0.017 0.447 0.276 0.356 0.006 0.015 0.009 0.052 0.017 0.055 0.227 0.069 0.458 0.041 0.033 0.062 0.039 0.128 0.019 0.089 0.074 0.019 0.003 0.035 0.009 0.077 0.056 0.036 0.014 0.034 0.034 0.201 0.047 0.026 0.356 0.083 0.040 0.071 0.028 0.046 0.022 0.051 0.249 0.022 0.019 0.012 0.411 0.257 0.221 0.241 0.350 0.549 0.582 0.220 0.334 0.345 2.466 2.866 0.776 0.719 0.833 0.431 0.146 0.208 0.262 0.524 0.642 1.576 0.263 0.203 3843 chr14 105210843 105220649 + 0 NA Intergenic MER54A|LTR|ERVL -3724 NM_021709 10572 Hs.112058 NM_006427 ENSG00000184990 SIVA1 CD27BP|SIVA|Siva-1|Siva-2 SIVA1 apoptosis inducing factor protein-coding 4.506 1.765 2.704 0.952 4.585 2.229 0.750 0.929 1.909 0.303 1.031 0.349 0.352 1.381 1.925 1.853 1.041 0.412 0.732 0.194 1.104 0.779 1.221 1.098 2.222 0.809 1.038 0.425 0.906 0.622 1.367 4.241 1.830 4.131 0.957 0.852 0.388 1.361 0.101 0.264 0.991 1.231 0.804 0.545 0.539 0.819 1.088 0.663 1.533 2.210 0.289 2.238 1.853 1.025 0.926 2.222 0.744 0.994 0.867 1.467 3.046 0.766 0.314 0.392 1.174 0.367 0.201 1.952 1.653 2.033 2.974 4.577 4.857 3.953 1.900 1.376 1.424 1.756 2.568 3.301 5.388 3.480 3.476 1.275 2.044 2.317 2.425 1.531 1.357 4.742 2.166 3565 chr14 56145641 56176246 + 0 NA Intergenic Intergenic -72020 NR_004844 645683 Hs.663461 NR_004844 ENSG00000177350 RPL13AP3 RPL13A_11_1370 ribosomal protein L13a pseudogene 3 pseudo nan nan 0.862 0.454 0.462 0.750 0.065 0.253 0.539 0.015 0.064 0.136 0.018 0.140 0.452 0.526 0.191 0.105 0.151 0.012 0.074 0.014 0.261 0.167 0.372 0.231 0.102 0.017 0.110 0.069 0.182 1.075 0.605 1.162 0.115 0.121 0.159 0.064 0.117 0.023 0.107 0.063 0.032 0.021 0.085 0.317 0.185 0.153 0.258 0.070 0.093 0.356 0.526 0.177 0.087 0.372 0.220 0.120 0.022 0.108 0.412 0.124 0.630 0.137 0.067 0.024 0.010 0.556 0.309 2.151 1.573 0.611 0.607 1.427 0.734 9.519 10.201 0.379 0.681 1.015 1.220 0.742 0.437 0.694 1.145 0.547 0.608 0.289 0.667 nan 0.748 11281 chr8 128012462 128032428 + 0 NA Intergenic Intergenic -2954 NR_045262 100750225 Hs.571530 NR_045262 ENSG00000253438 PCAT1 PCA1|PCAT-1 prostate cancer associated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 0.125 0.138 0.036 0.028 0.207 0.309 0.014 0.087 0.032 0.018 0.055 0.048 0.083 0.183 0.111 0.083 0.035 0.014 0.063 0.067 0.126 0.024 0.007 0.013 0.082 0.021 0.085 0.147 0.094 nan 0.051 0.032 0.019 0.038 0.089 0.071 0.063 0.108 0.049 0.008 0.028 0.119 0.164 0.149 0.121 0.054 0.024 0.225 0.083 0.093 0.061 0.126 0.105 0.121 0.116 0.060 0.015 0.075 0.039 0.100 0.026 0.018 0.015 0.230 0.122 5.745 3.011 0.343 0.415 0.162 0.140 nan nan 3.843 5.986 0.174 0.283 0.245 0.103 0.111 0.176 0.073 0.085 0.216 0.271 0.291 0.395 10221 chr7 21093393 21128702 + 0 NA Intergenic MER20|DNA|hAT-Charlie 235997 NR_126381 104355138 Hs.650722 NR_126381 ENSG00000232790 LINC01162 - long intergenic non-protein coding RNA 1162 ncRNA 0.895 1.278 0.933 0.116 0.203 0.028 0.418 0.229 0.499 0.019 0.088 0.034 0.122 0.105 0.131 0.171 0.094 0.064 0.590 0.294 0.084 0.008 0.178 0.202 0.393 0.010 0.018 0.015 0.389 0.260 1.938 4.841 3.500 1.397 0.871 0.077 0.046 0.055 0.162 0.027 0.277 0.112 0.009 0.007 0.272 0.472 0.268 0.162 0.071 0.025 0.158 0.426 0.171 0.317 0.089 0.393 0.454 0.218 0.006 0.025 0.190 0.170 0.084 0.056 0.022 0.010 0.007 0.595 0.432 0.414 nan 0.371 0.427 0.506 0.172 0.343 0.383 0.254 0.452 0.530 0.683 0.321 0.107 0.177 0.330 0.284 0.354 0.118 nan 0.722 0.508 1258 chr1 244617107 244625899 + 0 NA Intergenic HUERS-P1-int|LTR|ERV1 -3170 NM_173807 257044 Hs.459534 NM_173807 ENSG00000179397 CATSPERE C10orf101|C1orf101 catsper channel auxiliary subunit epsilon protein-coding nan 2.084 nan 1.465 2.095 0.802 0.442 0.676 1.218 0.293 0.795 0.683 3.340 0.203 0.566 0.723 0.533 0.171 0.801 0.535 0.353 0.268 0.606 0.449 1.792 0.943 0.797 0.562 0.990 0.829 0.822 3.431 2.132 1.713 0.503 1.219 0.186 0.918 0.130 0.228 0.857 0.652 0.945 0.481 1.102 0.183 0.890 0.505 1.250 1.165 0.691 1.592 0.723 1.004 0.230 1.792 0.583 1.301 0.476 0.838 1.565 0.396 0.403 0.210 0.055 0.269 0.174 1.043 1.671 0.907 0.976 2.088 2.192 3.958 1.304 1.965 2.244 1.038 1.293 1.738 2.389 0.892 0.566 0.694 1.055 1.441 1.293 1.504 2.828 1.451 1.001 10641 chr7 122519743 122528213 + 0 NA intron (NM_001009571, intron 1 of 27) intron (NM_001009571, intron 1 of 27) 2835 NM_001167940 93664 Hs.649459 NM_017954 ENSG00000081803 CADPS2 CAPS2 calcium dependent secretion activator 2 protein-coding 1.055 1.496 2.575 1.232 4.673 0.045 0.664 2.028 4.806 0.124 0.849 1.164 0.345 1.163 2.306 0.339 0.132 0.152 1.402 0.384 0.162 0.016 1.125 0.771 6.393 0.345 0.382 0.078 2.146 0.408 1.711 3.815 8.873 3.638 0.449 0.684 1.395 0.113 0.201 0.971 1.227 0.849 0.519 0.499 0.849 0.226 0.575 0.982 0.308 1.589 2.009 1.196 0.339 1.610 1.070 6.393 0.505 0.645 0.170 0.722 2.801 0.160 0.198 0.161 0.287 0.097 0.060 1.074 0.958 1.406 1.760 3.197 2.587 5.762 3.176 2.089 2.043 0.180 0.279 2.652 4.154 0.991 1.022 0.640 1.094 3.943 3.979 0.907 1.662 2.721 1.661 4030 chr15 68968410 68998565 + 0 NA intron (NM_001324014, intron 3 of 12) AluYf4|SINE|Alu 49645 NM_001324015 10391 Hs.551213 NM_006091 ENSG00000103647 CORO2B CLIPINC coronin 2B protein-coding 1.273 0.885 nan 0.045 0.169 0.185 0.056 0.274 0.523 0.066 0.119 0.085 0.029 0.052 1.296 0.609 0.113 0.053 0.056 0.013 0.036 0.055 0.223 0.200 0.663 0.042 0.034 0.054 0.053 0.003 0.118 0.264 0.063 2.045 0.019 0.082 0.028 0.029 0.067 0.019 0.351 0.092 0.036 0.010 0.011 0.056 0.067 0.151 0.099 0.088 0.034 0.133 0.609 0.076 0.015 0.663 0.020 0.043 0.335 0.097 0.067 0.055 0.085 2.195 0.030 0.080 0.024 0.526 0.774 0.240 0.382 0.771 0.632 nan 0.404 0.177 0.204 0.592 0.875 0.510 0.817 2.871 2.624 0.285 0.492 0.218 0.312 1.458 4.668 0.413 0.375 9168 chr5 131592619 131598050 + 0 NA intron (NM_001131027, intron 1 of 5) intron (NM_001131027, intron 1 of 5) 1983 NM_003687 8572 Hs.424312 NM_003687 ENSG00000131435 PDLIM4 RIL PDZ and LIM domain 4 protein-coding 2.355 0.947 nan 4.559 0.080 0.105 5.369 0.118 0.273 0.069 4.922 4.102 0.076 0.254 0.779 0.971 0.117 2.447 1.924 0.070 0.128 0.146 0.046 1.079 4.008 4.060 0.148 5.754 1.970 0.749 1.628 0.274 0.339 1.401 0.118 0.052 0.082 1.567 0.205 0.201 0.667 0.200 7.389 1.004 0.248 0.284 0.180 0.454 0.023 0.572 0.779 1.023 0.357 1.079 0.068 0.247 0.689 0.890 0.272 1.380 0.054 0.524 4.276 0.106 0.228 0.267 1.738 2.568 0.859 0.755 1.254 0.396 1.362 1.307 0.446 0.767 0.683 1.097 2.891 3.255 0.336 0.486 0.254 0.272 0.946 1.500 0.276 0.484 7009 chr20 46078198 46096197 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -43404 NM_001174087 8202 Hs.592142 NM_006534 ENSG00000124151 NCOA3 ACTR|AIB-1|AIB1|CAGH16|CTG26|KAT13B|RAC3|SRC-3|SRC3|TNRC14|TNRC16|TRAM-1|bHLHe42|pCIP nuclear receptor coactivator 3 protein-coding nan nan 0.693 0.506 0.141 0.025 1.113 0.116 0.314 1.268 0.827 0.649 0.313 0.044 0.094 0.141 0.325 0.182 1.218 0.938 3.660 0.039 0.075 0.118 0.211 0.394 0.182 0.326 0.276 0.282 0.294 0.995 1.258 0.593 0.981 2.638 0.011 0.120 0.159 0.420 0.071 7.828 1.157 0.582 0.546 0.387 3.206 3.987 4.553 1.217 1.174 2.681 0.141 1.572 1.107 0.211 0.668 0.841 0.046 2.134 0.107 1.897 0.132 0.063 0.576 0.538 0.499 0.608 0.457 0.328 0.442 0.324 0.483 nan 0.264 0.351 0.419 0.319 0.656 0.376 0.356 nan 0.242 0.272 0.386 0.072 0.087 0.288 0.526 0.410 0.378 2313 chr11 119375385 119387830 + 0 NA Intergenic Intergenic -85912 NM_001311162 7070 Hs.644697 NM_006288 ENSG00000154096 THY1 CD90|CDw90 Thy-1 cell surface antigen protein-coding 1.337 0.939 1.076 0.047 0.119 0.929 0.144 0.403 0.628 0.031 0.119 0.103 0.020 0.032 0.367 1.171 0.066 0.069 0.061 0.046 0.066 0.125 0.197 0.357 0.133 0.093 0.059 0.055 0.017 0.131 0.274 0.075 0.556 0.012 0.055 0.046 0.137 0.105 0.038 0.205 0.256 0.150 0.082 0.072 0.154 0.077 0.345 0.157 0.091 0.032 0.069 1.171 0.172 0.052 0.357 0.049 0.113 0.337 0.173 0.891 0.227 0.128 5.178 0.079 0.042 0.021 0.485 nan 0.096 0.227 0.437 0.445 1.840 0.603 0.124 0.145 0.252 nan 0.281 0.417 1.592 2.373 0.652 0.700 0.482 0.502 1.921 7.903 0.818 0.594 3653 chr14 68808553 68868761 + 0 NA intron (NM_002877, intron 8 of 10) L2|LINE|L2 256847 NR_135816 100996664 NR_135816 LOC100996664 - uncharacterized LOC100996664 ncRNA nan nan 0.887 0.424 0.300 0.139 0.380 0.155 0.279 0.142 0.209 1.129 0.054 0.127 0.106 0.428 0.500 0.144 0.109 0.183 0.106 0.180 0.088 0.108 0.444 1.779 0.956 0.039 0.307 0.295 0.841 3.418 2.778 0.489 0.269 0.102 0.050 0.897 0.159 1.165 0.095 0.096 0.053 0.053 0.236 0.150 0.698 0.266 0.261 0.173 0.050 0.304 0.428 0.080 0.359 0.444 0.074 0.181 0.034 0.153 0.256 0.466 0.052 0.171 0.248 0.029 0.017 0.350 0.242 0.268 0.654 0.402 0.482 0.394 0.104 nan 0.478 0.316 0.545 0.833 nan 1.022 0.925 0.183 0.235 0.214 0.281 0.328 0.795 0.909 0.806 5463 chr19 770365 812123 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 -6148 NM_031991 5725 Hs.172550 NM_002819 ENSG00000011304 PTBP1 HNRNP-I|HNRNPI|HNRPI|PTB|PTB-1|PTB-T|PTB2|PTB3|PTB4|pPTB polypyrimidine tract binding protein 1 protein-coding 1.429 1.031 1.909 0.643 0.822 0.726 0.786 0.602 1.073 0.446 1.075 0.711 0.591 0.452 0.912 1.088 0.576 0.295 0.807 0.239 2.214 0.524 0.454 0.324 1.053 1.357 1.427 1.394 1.040 0.296 0.742 1.520 0.970 1.673 0.176 2.017 0.288 1.387 0.117 0.249 2.012 2.157 1.635 0.849 0.794 0.402 1.211 1.146 3.248 1.344 0.869 0.928 1.088 1.249 1.147 1.053 0.397 0.342 0.347 2.459 0.712 0.977 0.308 0.262 0.994 0.704 0.512 0.748 0.799 1.849 3.267 1.571 1.575 0.783 0.350 1.562 1.501 0.760 1.228 0.824 nan 1.764 1.649 0.542 0.971 0.863 1.051 0.802 0.973 0.982 0.617 6998 chr20 44843113 44859929 + 0 NA intron (NM_021248, intron 4 of 11) intron (NM_021248, intron 4 of 11) 85616 NM_021248 64405 Hs.472861 NM_021248 ENSG00000149654 CDH22 C20orf25|dJ998H6.1 cadherin 22 protein-coding nan nan 0.611 0.158 1.093 2.933 0.225 0.304 0.611 0.035 0.267 0.514 0.018 0.024 2.832 1.040 0.150 0.076 0.025 0.034 0.052 0.025 0.157 0.111 0.968 0.272 0.095 0.074 0.076 0.037 0.091 0.107 0.100 4.422 0.052 0.862 0.091 0.071 0.094 0.356 1.184 0.223 0.122 0.056 0.065 0.059 0.040 0.302 0.183 0.072 0.033 0.083 1.040 0.143 0.397 0.968 0.014 0.097 0.605 0.227 0.240 0.131 1.700 0.562 0.313 0.081 0.057 3.204 4.636 0.269 0.432 3.823 4.649 nan 0.978 0.198 0.154 0.689 0.917 4.934 6.488 nan 2.485 1.383 2.088 0.435 0.471 0.981 2.099 0.539 0.406 3354 chr13 112158576 112170287 + 0 NA Intergenic Intergenic -83925 NR_135814 105370369 NR_135814 ENSG00000215881 LINC02337 - long intergenic non-protein coding RNA 2337 ncRNA 0.678 nan 1.153 0.024 2.516 2.117 0.049 2.849 5.318 0.025 0.040 0.024 0.008 0.318 2.105 0.058 0.028 0.123 0.017 0.005 0.012 0.214 0.110 0.393 0.006 0.025 0.012 0.012 0.103 0.219 0.072 3.482 0.036 0.056 1.500 0.028 0.069 0.335 0.133 0.041 0.026 0.009 0.040 0.049 0.085 0.070 0.030 0.014 0.029 2.105 0.128 0.008 0.393 0.042 0.113 0.009 0.034 0.383 0.014 0.059 0.032 0.013 0.020 0.005 0.457 0.247 0.156 0.231 0.853 0.834 7.684 6.205 0.071 0.066 0.053 0.090 2.694 4.145 0.222 0.114 0.435 0.571 6.434 6.320 0.080 0.133 0.673 0.304 10941 chr8 49228175 49238174 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -230953 NR_105002 101929268 Hs.683934 NR_105002 ENSG00000253608 LOC101929268 - uncharacterized LOC101929268 ncRNA 1.207 nan 1.118 0.409 0.072 0.017 1.157 0.112 0.229 0.144 0.612 0.776 0.037 0.091 0.080 0.346 0.403 0.145 0.316 0.398 0.022 0.063 0.132 0.013 1.432 0.684 0.087 0.258 1.385 0.200 0.276 0.049 0.729 0.945 0.107 0.021 0.069 0.088 1.356 0.032 2.352 0.253 0.125 0.531 0.092 1.358 7.457 0.130 0.119 0.071 0.113 0.346 0.157 0.148 0.013 0.110 0.058 0.097 0.419 0.839 0.490 0.010 0.294 2.867 0.328 0.297 0.315 0.367 0.850 1.298 0.660 0.687 0.476 0.176 0.170 0.154 0.390 0.571 0.126 0.135 0.585 0.327 0.142 0.230 0.258 0.264 0.579 1.013 1.442 1.062 10899 chr8 37371448 37380974 + 0 NA intron (NR_121621, intron 1 of 2) intron (NR_121621, intron 1 of 2) 2693 NR_121621 100507420 Hs.105962 NR_121620 LINC01605 - long intergenic non-protein coding RNA 1605 ncRNA 1.122 0.606 nan 0.628 0.383 0.430 0.582 0.255 0.649 0.010 1.119 3.239 0.097 0.021 0.243 0.571 1.429 0.120 0.011 0.040 0.052 0.043 0.049 0.045 0.210 0.255 0.114 0.016 0.128 0.056 0.496 2.061 0.124 0.623 0.030 0.063 0.120 0.057 0.077 0.642 0.048 1.168 1.049 0.810 0.642 0.024 0.803 8.693 0.256 0.082 0.008 0.246 0.571 0.089 0.049 0.210 0.839 0.053 0.247 0.117 0.366 1.071 0.094 0.405 2.492 0.206 0.128 0.333 0.217 0.301 0.615 0.827 0.871 0.136 0.107 0.131 0.139 0.751 0.885 0.481 0.520 0.970 0.745 0.174 0.413 0.492 0.511 0.531 1.473 0.815 0.832 6895 chr20 23329023 23347600 + 0 NA intron (NR_109884, intron 1 of 2) intron (NR_109884, intron 1 of 2) 453 NR_109884 100505683 Hs.140295 NR_109884 ENSG00000232645 LINC01431 - long intergenic non-protein coding RNA 1431 ncRNA 3.514 3.691 nan 0.793 3.671 1.499 1.411 1.095 1.966 1.561 3.548 1.622 2.008 1.246 1.481 2.059 2.512 0.259 1.668 0.633 1.392 2.036 1.231 0.574 2.173 1.606 1.897 1.314 0.906 0.946 2.526 3.071 4.646 5.126 1.636 2.442 0.482 1.580 0.086 0.846 0.603 2.230 1.840 0.924 1.391 0.968 2.268 2.205 2.844 2.066 1.666 1.241 2.059 2.884 1.556 2.173 1.603 1.748 0.938 1.991 2.193 2.139 1.468 1.017 1.293 1.293 0.815 3.993 4.131 2.507 4.169 3.723 2.742 5.206 2.203 5.074 5.015 2.193 2.788 5.094 7.248 4.516 5.073 1.968 3.527 3.497 3.794 3.000 3.492 2.202 1.389 2014 chr11 65543460 65561270 + 0 NA Intergenic Intergenic 2119 NR_031600 100302196 NR_031600 ENSG00000284139 MIR1234 MIRN1234|hsa-mir-1234 microRNA 1234 ncRNA nan 1.423 1.160 1.645 1.123 1.823 1.782 0.315 0.584 1.149 0.417 0.285 0.662 0.580 0.481 0.575 0.240 0.100 1.727 0.819 1.498 0.218 0.294 0.207 1.234 0.422 0.409 0.724 1.935 0.776 2.074 4.592 1.560 1.974 0.487 0.453 0.085 0.688 0.110 0.179 0.103 1.975 0.820 0.443 1.496 0.991 2.169 0.552 1.195 1.155 0.664 3.382 0.575 2.281 0.572 1.234 1.204 2.379 0.663 1.929 1.306 0.394 2.525 0.091 0.256 0.323 0.212 1.321 1.751 1.592 2.415 1.503 1.389 1.370 0.426 0.996 1.101 0.552 0.952 2.558 2.559 0.780 0.577 2.277 4.173 0.550 0.554 0.354 0.568 0.977 0.784 10326 chr7 43606421 43615740 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -11612 NM_004760 9263 Hs.709489 NM_004760 ENSG00000164543 STK17A DRAK1 serine/threonine kinase 17a protein-coding 0.877 0.927 nan 0.555 0.151 0.052 4.704 0.174 0.268 1.493 2.797 2.796 0.020 0.098 0.049 0.176 0.216 0.173 1.993 1.179 2.496 0.015 0.119 0.209 0.142 3.511 2.644 0.063 0.626 0.316 0.780 0.703 0.553 0.290 2.506 7.308 0.030 0.047 0.175 1.369 0.094 7.046 0.406 0.197 0.759 0.507 0.941 8.955 0.472 0.895 0.062 0.979 0.176 1.573 1.064 0.142 1.540 0.088 0.032 0.098 0.041 3.353 0.022 0.081 3.990 2.193 2.591 0.464 0.266 0.425 0.790 0.240 0.282 0.110 0.086 0.300 0.301 0.221 0.440 0.177 0.225 0.240 0.110 0.127 0.193 0.195 0.232 0.294 0.418 0.197 0.266 9283 chr5 153744678 153752552 + 0 NA intron (NM_198321, intron 4 of 11) MIRc|SINE|MIR 21949 NR_031626 100302181 NR_031626 ENSG00000221430 MIR1294 MIRN1294|hsa-mir-1294|mir-1294 microRNA 1294 ncRNA 0.816 nan 1.113 1.072 0.112 0.084 4.168 0.223 0.334 0.971 2.743 5.330 0.196 0.013 0.076 0.471 2.481 0.484 0.371 0.493 0.766 0.017 0.080 0.118 0.110 5.822 4.811 0.926 0.433 1.095 0.275 0.716 0.534 0.525 1.046 1.687 0.011 0.123 0.130 2.475 0.020 1.533 2.970 1.465 0.788 0.485 1.697 6.003 1.101 1.061 0.216 0.363 0.471 0.727 2.343 0.110 0.218 0.162 0.159 0.534 0.026 2.101 0.026 0.124 2.209 5.382 4.190 0.206 0.130 0.399 0.601 0.282 0.299 0.639 0.170 0.168 0.148 0.368 0.733 0.331 0.312 0.821 0.803 0.215 0.202 0.145 0.176 0.260 0.584 0.497 0.354 6641 chr2 216971851 216983715 + 0 NA exon (NM_021141, exon 2 of 21) exon (NM_021141, exon 2 of 21) 3763 NM_021141 7520 Hs.388739 NM_021141 ENSG00000079246 XRCC5 KARP-1|KARP1|KU80|KUB2|Ku86|NFIV X-ray repair cross complementing 5 protein-coding nan 2.120 nan 1.632 2.825 1.672 1.523 1.689 3.559 0.616 1.551 0.874 0.472 0.942 1.056 2.686 1.712 0.095 2.013 0.640 2.774 1.003 1.336 0.668 2.988 1.300 1.217 0.606 1.149 0.518 1.990 3.057 1.285 5.654 0.768 1.932 0.313 2.195 0.103 0.637 1.145 1.072 1.327 0.567 0.966 0.637 2.676 0.825 1.338 1.224 0.625 0.716 2.686 1.082 1.650 2.988 0.525 0.683 0.879 1.232 1.055 0.902 1.012 1.855 1.125 0.893 0.684 5.181 4.041 4.784 6.777 4.813 5.412 4.515 2.861 8.494 9.866 3.891 4.810 6.626 nan 5.953 5.029 2.903 3.453 2.157 3.199 5.636 7.169 2.530 1.163 7784 chr3 119050130 119065687 + 0 NA intron (NM_020754, intron 1 of 11) intron (NM_020754, intron 1 of 11) -16301 NR_046748 100874246 Hs.607097 NR_046748 ENSG00000241155 ARHGAP31-AS1 - ARHGAP31 antisense RNA 1 ncRNA 0.855 nan 0.642 0.047 0.169 0.032 0.103 0.228 0.370 0.014 0.092 0.036 0.090 0.052 0.085 0.154 0.356 0.113 0.108 0.025 0.012 0.027 0.132 0.079 0.082 0.084 0.024 0.042 0.074 0.007 0.057 0.123 0.058 0.243 0.019 0.055 0.035 0.081 0.082 0.110 0.023 0.030 0.049 0.054 0.074 0.129 0.057 0.070 0.005 0.081 0.154 0.058 0.053 0.082 0.039 0.027 0.024 0.072 0.019 0.065 0.006 0.104 0.026 0.015 0.010 0.388 0.310 0.230 0.291 0.317 nan 0.189 0.120 0.331 0.268 nan 1.376 0.190 0.219 0.514 0.280 0.106 0.144 0.032 0.064 0.281 0.491 2.675 1.288 5140 chr18 8653799 8676344 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 42548 NR_120598 100287082 Hs.439434 NR_120598 ENSG00000265962 GACAT2 MTCL1-AS1|MTCL1AS1 gastric cancer associated transcript 2 (non-protein coding) ncRNA 1.444 3.763 2.474 0.144 5.735 7.287 0.555 1.661 2.971 0.029 0.241 0.211 0.384 0.029 2.895 1.941 0.179 0.100 0.629 0.404 0.084 0.031 1.140 0.605 3.124 0.152 0.048 0.177 0.133 0.201 0.153 0.615 0.236 nan 0.618 0.393 0.994 0.058 0.133 0.198 1.221 0.397 0.165 0.148 0.130 0.071 0.284 0.674 0.224 0.345 0.332 0.255 1.941 0.456 0.997 3.124 0.115 0.145 0.728 0.255 1.005 0.298 1.114 0.103 0.142 0.046 0.037 3.234 4.216 0.496 0.641 7.321 7.466 nan 4.471 2.488 2.649 1.364 nan 5.121 6.404 nan 2.178 0.924 1.685 5.018 4.518 0.277 nan nan 2.001 7294 chr22 18688023 18688640 + 0 NA intron (NR_136570, intron 1 of 11) AluSc8|SINE|Alu 299 NR_136570 100996415 Hs.645542 NR_136570 LOC100996415 - uncharacterized LOC100996415 ncRNA 6.562 nan 6.858 1.399 1.364 1.659 0.120 0.775 0.639 0.291 6.458 1.336 0.539 0.283 1.228 3.140 4.983 0.339 0.314 1.752 0.230 0.510 1.106 3.650 0.227 5.992 0.167 5.984 nan 3.220 0.623 41.422 4.607 1.666 2.556 5.769 0.388 0.260 0.277 0.053 0.127 1.159 0.383 2.800 0.776 2.097 0.282 0.425 1.228 0.775 0.281 3.650 0.575 0.529 0.377 0.251 0.129 1.717 0.450 0.376 0.280 1.491 1.072 1.459 1.695 1.728 3.100 1.897 1.367 1.695 1.465 6.780 6.588 6.008 5.397 7.272 4.291 4.822 8.052 2.867 4.919 2.517 2.944 2.251 1.759 2110 chr11 75293563 75307536 + 0 NA intron (NM_033063, intron 3 of 3) MIRc|SINE|MIR 6308 NR_145823 105369391 Hs.689687 NR_145823 ENSG00000255326 LOC105369391 - uncharacterized LOC105369391 ncRNA nan 2.286 1.513 0.350 1.127 4.103 0.483 0.492 1.223 0.095 0.926 0.402 0.035 0.505 2.967 1.779 0.188 0.046 0.416 0.122 0.792 0.039 0.706 0.376 2.080 0.634 0.374 0.316 0.443 0.343 0.398 nan 0.633 2.096 0.115 0.239 0.417 0.939 0.086 0.364 0.364 0.254 0.619 0.407 0.390 0.302 0.558 0.337 0.346 0.404 0.455 0.585 1.779 0.209 0.381 2.080 0.156 0.312 0.241 1.545 1.728 0.323 0.233 0.213 0.159 0.037 0.040 1.167 1.737 0.243 0.311 3.628 3.090 3.673 1.159 2.850 3.058 0.749 1.085 6.196 5.581 1.575 1.806 1.226 1.466 1.876 1.289 0.550 0.799 2.435 1.408 5182 chr18 19584138 19589021 + 0 NA Intergenic Intergenic 162350 NR_102763 100128893 Hs.514745 NR_102763 ENSG00000266010 GATA6-AS1 BM742401|locus5689 GATA6 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 0.709 0.614 0.802 0.103 0.198 0.034 0.101 0.033 0.227 0.080 0.226 0.029 0.142 0.050 0.373 0.092 0.163 0.065 0.039 0.039 0.121 0.078 0.073 0.055 0.014 0.046 0.069 0.064 0.099 0.180 0.100 0.354 0.031 0.100 0.059 0.134 0.164 0.030 0.114 0.123 0.080 0.020 0.191 0.133 0.073 0.049 0.110 0.373 0.160 0.030 0.073 0.100 0.054 0.031 0.048 0.065 0.041 0.076 0.032 0.047 0.010 0.402 0.231 0.267 0.547 0.302 0.513 14.363 4.816 0.162 0.161 0.141 0.244 0.055 0.157 0.371 0.161 0.141 0.186 0.124 0.164 0.138 0.270 0.255 0.422 1342 chr10 14168734 14196279 + 0 NA intron (NR_134578, intron 2 of 3) intron (NR_134578, intron 2 of 3) 66223 NR_120638 101928453 Hs.650212 NR_120638 LOC101928453 - uncharacterized LOC101928453 ncRNA nan 0.760 0.730 0.042 0.093 0.018 0.046 0.093 0.180 0.021 0.201 0.070 0.002 0.004 0.052 0.091 0.230 0.165 0.050 0.047 0.020 0.062 0.107 0.074 0.030 0.029 0.034 0.043 0.015 0.043 0.054 0.056 0.358 0.016 0.046 0.152 0.027 0.083 0.017 0.061 0.102 0.039 0.020 0.017 0.019 0.134 0.111 0.035 0.039 0.011 0.048 0.091 0.039 0.027 0.074 0.027 0.036 0.084 0.095 0.026 0.139 0.025 0.074 0.059 0.023 0.009 1.026 1.336 0.469 0.536 0.263 0.296 5.809 1.518 0.154 0.120 0.326 0.546 0.344 0.366 0.295 0.251 0.135 0.182 0.813 0.875 0.206 0.276 0.466 0.397 1968 chr11 61519407 61530629 + 0 NA non-coding (NR_026882, exon 1 of 4) non-coding (NR_026882, exon 1 of 4) 118 NR_026882 26070 Hs.564254 NR_026882 ENSG00000124915 DKFZP434K028 - uncharacterized LOC26070 ncRNA nan 0.758 0.734 3.342 0.144 0.055 1.167 2.828 5.898 0.017 1.097 2.399 0.006 2.633 0.158 0.264 0.213 0.087 0.641 0.355 0.078 0.025 0.085 0.111 0.203 0.915 0.588 0.244 0.348 0.758 1.396 4.832 0.217 0.581 0.679 0.226 0.039 0.426 0.154 0.190 0.050 0.690 0.806 0.313 0.368 0.959 0.516 0.274 6.337 0.661 0.725 0.319 0.264 0.332 0.160 0.203 0.555 0.081 0.111 0.724 0.130 0.323 3.276 0.121 0.149 0.036 0.040 0.720 0.918 0.742 1.337 1.151 1.069 0.963 0.356 0.689 0.711 0.520 0.789 0.459 0.787 0.489 0.349 2.410 4.211 0.366 0.653 0.487 0.739 0.427 0.396 2457 chr12 7524336 7529017 + 0 NA intron (NM_174941, intron 13 of 19) MER107|DNA|DNA 69748 NM_001080454 341392 Hs.450804 NM_001080454 ENSG00000215009 ACSM4 - acyl-CoA synthetase medium chain family member 4 protein-coding 0.681 nan nan 0.075 0.191 0.012 0.046 0.070 0.189 0.041 0.081 0.055 0.020 0.027 0.047 0.068 0.205 0.040 0.060 0.034 0.174 0.076 0.046 0.175 0.046 0.138 0.197 0.074 0.240 0.032 0.172 0.102 0.046 0.113 0.626 0.078 0.026 0.049 0.024 0.065 0.061 0.238 0.122 0.122 1.272 0.057 0.027 0.107 0.020 0.076 0.052 0.230 6.512 0.161 0.413 0.182 0.085 0.079 0.025 0.011 0.290 0.245 0.341 0.218 nan 0.387 0.435 0.180 0.443 0.445 0.139 0.180 0.140 0.113 7.671 7.383 0.163 0.214 0.049 0.087 0.173 nan 0.093 0.187 4359 chr16 51456004 51500636 + 0 NA Intergenic Intergenic -293137 NM_002968 6299 Hs.135787 NM_002968 ENSG00000103449 SALL1 HEL-S-89|HSAL1|Sal-1|TBS|ZNF794 spalt like transcription factor 1 protein-coding nan nan nan 0.187 0.190 0.026 0.037 0.144 0.262 0.011 0.118 0.320 0.011 0.036 0.056 0.656 0.065 0.065 0.036 0.030 0.019 0.098 0.095 0.123 0.085 0.037 0.016 0.075 0.009 0.044 0.065 0.057 0.251 0.016 0.095 0.013 0.029 0.076 0.087 0.211 0.124 0.032 0.017 0.039 0.057 0.046 0.109 0.164 0.030 0.346 0.149 0.656 0.032 0.019 0.123 0.038 0.052 0.024 0.073 0.043 0.060 0.073 0.816 0.066 0.027 0.007 0.336 0.223 0.166 0.238 0.255 0.289 0.080 0.049 0.342 0.377 0.103 nan nan nan nan 0.150 0.135 0.169 0.038 0.059 1.089 nan nan 0.544 7651 chr3 69118907 69144304 + 0 NA Intergenic FLAM_A|SINE|Alu -2081 NM_003968 9039 Hs.154320 NM_003968 ENSG00000144744 UBA3 NAE2|UBE1C|hUBA3 ubiquitin like modifier activating enzyme 3 protein-coding 1.351 nan 1.890 1.674 0.751 0.219 1.898 0.194 0.436 0.943 1.282 1.028 1.192 0.161 0.343 0.349 0.776 0.107 2.834 1.062 1.064 0.273 0.252 0.149 0.574 1.223 1.237 0.367 3.720 1.663 1.524 1.957 1.433 1.721 1.450 2.552 0.063 0.465 0.080 1.095 0.350 1.678 0.947 0.500 2.549 1.235 1.559 0.948 1.234 1.262 1.272 1.013 0.349 1.628 7.491 0.574 0.784 0.532 0.191 0.615 0.487 1.986 0.347 0.977 0.986 0.197 0.133 0.595 0.761 1.014 1.535 1.013 1.047 1.043 0.388 0.532 0.527 0.883 1.245 0.737 1.009 1.176 0.929 0.549 1.043 0.309 0.334 2.012 nan 0.722 0.417 4009 chr15 66192618 66200611 + 0 NA intron (NM_032445, intron 21 of 22) MIR3|SINE|MIR 34817 NM_004663 8766 Hs.321541 NM_004663 ENSG00000103769 RAB11A YL8 RAB11A, member RAS oncogene family protein-coding 0.729 1.313 nan 0.562 0.165 0.111 0.275 0.300 0.616 0.381 0.292 0.184 5.581 0.223 0.101 0.351 0.196 0.180 0.437 0.215 0.125 0.004 0.235 0.249 0.360 0.319 0.175 0.059 0.059 0.198 0.291 0.944 0.184 0.595 0.127 0.127 0.096 0.027 0.107 0.029 0.045 0.106 0.008 0.010 0.254 0.125 0.782 0.212 1.027 0.125 0.158 0.551 0.351 0.383 0.081 0.360 0.690 2.466 0.024 0.076 0.202 0.168 0.074 0.127 0.059 0.036 0.038 0.774 0.725 0.748 2.083 0.408 0.464 nan 0.417 0.420 0.288 0.444 0.534 1.295 0.890 0.563 0.283 0.375 0.428 0.257 0.246 0.319 0.514 0.892 0.532 4065 chr15 74272794 74290674 + 0 NA intron (NM_001256676, intron 2 of 6) MIRb|SINE|MIR 2955 NM_001256673 9399 Hs.194816 NM_004809 ENSG00000067221 STOML1 SLP-1|STORP|hUNC-24 stomatin like 1 protein-coding 1.086 1.332 1.572 1.748 0.262 0.958 3.223 0.451 0.871 0.541 2.513 3.059 0.301 0.207 0.997 0.855 2.074 0.161 3.997 2.599 0.660 0.404 0.569 0.358 0.924 3.264 3.258 0.642 2.047 1.259 0.778 2.231 0.998 3.526 1.450 0.880 0.096 0.395 0.086 2.116 0.204 1.067 0.801 0.517 5.068 1.010 1.201 5.629 0.606 2.908 0.666 1.462 0.855 1.280 2.024 0.924 1.012 0.264 0.650 0.703 0.722 1.979 0.239 0.235 2.176 0.613 0.315 0.750 1.004 1.092 2.139 1.084 1.295 0.726 0.312 0.506 0.567 1.675 2.159 0.859 1.054 1.495 1.271 0.760 1.072 0.279 0.226 0.724 1.224 0.907 0.492 5660 chr19 39552389 39577922 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -9790 NM_001004318 390928 Hs.448934 NM_001004318 ENSG00000183760 ACP7 PAPL|PAPL1 acid phosphatase 7, tartrate resistant (putative) protein-coding 0.703 0.851 0.624 1.409 0.237 0.037 1.511 0.137 0.173 1.073 0.778 0.356 0.029 0.082 0.098 0.110 0.058 0.126 1.699 0.898 2.428 0.022 0.110 0.106 0.136 0.729 0.433 0.655 1.420 0.700 0.413 0.889 0.342 1.325 0.475 0.629 0.037 0.199 0.119 1.110 0.038 6.714 9.514 4.511 0.325 0.211 1.013 1.839 1.019 6.227 0.218 0.532 0.110 1.990 1.868 0.136 0.249 0.337 0.041 3.369 0.059 0.735 0.106 0.068 0.555 4.145 5.058 0.300 0.303 0.459 0.684 0.296 0.324 0.420 0.190 0.246 0.293 0.158 0.306 0.169 0.222 nan 0.150 0.345 0.459 0.073 0.132 0.228 0.493 0.354 0.431 10660 chr7 129928282 129946961 + 0 NA intron (NM_001163446, intron 1 of 9) intron (NM_001163446, intron 1 of 9) 4647 NM_016352 51200 Hs.93764 NM_016352 ENSG00000128510 CPA4 CPA3 carboxypeptidase A4 protein-coding 1.181 0.675 0.937 0.278 0.239 0.637 0.435 0.403 0.609 0.564 0.464 2.144 0.020 0.053 4.412 0.705 0.612 0.181 0.510 0.350 0.925 0.015 0.477 0.540 1.888 0.890 0.487 0.087 0.483 0.250 0.043 0.167 0.188 1.622 0.431 0.318 0.106 0.087 0.167 0.221 0.110 1.727 0.102 0.091 0.356 0.140 0.678 0.597 0.139 0.200 0.085 0.068 0.705 0.265 0.332 1.888 0.099 0.283 0.079 0.103 0.076 1.401 0.058 0.072 0.296 1.014 0.903 0.392 0.254 0.236 0.414 1.748 1.707 0.858 0.281 0.258 0.205 0.482 0.749 0.515 1.015 0.655 0.402 0.242 0.301 0.274 0.322 0.351 0.653 1.179 0.806 3476 chr14 34876012 34898499 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 44213 NM_138288 171546 Hs.740577 NM_138288 ENSG00000165389 SPTSSA C14orf147|SSSPTA serine palmitoyltransferase small subunit A protein-coding 1.047 0.756 0.832 0.140 0.296 0.081 0.356 0.114 0.243 0.132 0.089 0.062 0.055 0.058 0.135 0.141 0.124 0.165 0.628 0.312 0.039 0.037 0.077 0.105 0.112 0.210 0.119 0.042 1.003 0.282 0.847 5.079 0.362 0.338 0.110 0.139 0.051 0.082 0.107 0.016 0.098 0.074 0.043 0.017 0.544 1.149 0.120 0.129 0.282 0.057 0.244 0.398 0.141 0.486 0.142 0.112 0.108 0.115 0.026 0.075 0.049 0.221 0.026 0.098 0.034 0.021 0.018 0.218 0.119 0.182 0.218 0.314 0.311 0.367 0.097 0.284 0.263 0.327 0.460 0.291 0.359 0.598 0.310 0.131 0.194 0.314 0.823 0.248 0.582 0.485 0.422 8619 chr4 166698616 166709486 + 0 NA Intergenic Intergenic -39828 NR_121677 101928131 Hs.406479 NR_121677 LOC101928131 - uncharacterized LOC101928131 ncRNA nan nan nan 0.133 0.127 0.203 0.060 0.075 0.280 0.009 0.112 0.085 0.034 0.018 0.041 0.094 0.335 0.065 0.049 0.035 0.012 0.025 0.129 0.117 0.152 0.134 0.059 0.051 0.049 0.082 0.450 0.190 0.613 0.054 0.070 0.017 0.060 0.090 0.132 0.051 0.017 0.014 0.046 0.007 0.097 0.137 0.037 0.052 0.045 0.036 0.094 0.019 0.152 0.033 0.052 0.115 0.016 0.057 0.050 0.046 0.091 0.014 0.241 0.257 7.000 9.200 0.157 0.172 0.374 0.131 0.777 0.844 0.592 0.736 0.334 0.214 0.375 0.205 0.086 0.130 0.253 0.163 0.221 0.331 0.649 0.414 10391 chr7 64452876 64470312 + 0 NA intron (NM_001007253, intron 1 of 1) intron (NM_001007253, intron 1 of 1) 5530 NM_001007253 2086 Hs.250693 NM_001007253 ENSG00000213462 ERV3-1 ERV-R|ERV3|ERVR|HERV-R|HERVR|envR endogenous retrovirus group 3 member 1, envelope protein-coding nan nan nan 0.281 0.848 0.770 1.574 0.387 0.732 0.302 0.530 0.477 0.259 0.143 0.682 0.460 0.337 0.111 2.407 1.051 0.345 0.087 0.432 0.308 1.364 0.353 0.264 0.186 0.618 0.380 6.153 8.770 5.075 3.879 1.717 0.241 0.099 0.807 0.172 0.250 0.554 0.401 0.135 0.116 0.570 1.757 0.722 0.601 0.425 0.717 0.159 0.612 0.460 1.882 0.329 1.364 0.751 0.248 0.084 0.232 0.415 0.492 0.295 0.171 0.231 0.893 0.461 1.333 1.288 0.976 1.540 1.716 1.450 1.302 0.513 1.742 1.849 0.388 0.420 1.148 1.328 0.759 0.749 0.529 1.002 0.759 0.760 0.600 0.866 1.312 0.866 10107 chr7 849086 876800 + 0 NA intron (NM_001171945, intron 2 of 6) L2c|LINE|L2 6691 NM_025154 23353 Hs.438072 NM_025154 ENSG00000164828 SUN1 UNC84A Sad1 and UNC84 domain containing 1 protein-coding 4.375 1.654 3.175 3.319 0.639 1.182 2.424 0.523 1.019 1.349 1.620 2.808 0.845 0.234 2.059 1.478 2.439 0.627 2.260 0.854 1.030 0.250 1.171 0.654 3.881 3.012 3.302 0.668 4.435 1.275 1.087 nan 1.682 nan 1.529 0.420 0.334 1.011 0.162 1.246 2.414 4.814 1.784 0.750 1.514 2.667 2.041 4.025 0.714 2.938 0.358 0.869 1.478 4.371 3.486 3.881 0.552 1.134 1.169 1.386 0.968 3.173 0.175 0.256 2.988 0.937 0.592 1.517 2.310 0.897 nan 3.635 3.021 nan 0.585 1.581 1.631 1.715 2.333 nan 0.571 1.414 1.266 0.526 0.844 1.202 1.310 0.765 1.181 1.386 0.833 1355 chr10 15383935 15402080 + 0 NA intron (NM_001010924, intron 1 of 7) L2c|LINE|L2 20051 NM_001010924 221061 Hs.66762 NM_001010924 ENSG00000148468 FAM171A1 C10orf38 family with sequence similarity 171 member A1 protein-coding nan 0.637 0.831 0.079 1.127 0.061 0.129 0.786 1.571 0.011 0.359 0.655 0.003 0.017 0.049 0.078 0.120 0.115 0.168 0.031 0.032 0.054 0.355 0.232 0.907 0.124 0.044 0.069 0.060 0.012 0.067 0.105 0.054 0.326 0.024 0.095 0.037 0.060 0.085 0.182 0.054 0.045 0.033 0.034 0.018 0.042 0.021 0.121 0.103 0.083 0.046 0.051 0.078 0.078 0.030 0.907 0.052 0.054 0.032 0.093 0.022 0.122 0.353 0.246 0.252 0.029 0.014 2.193 2.662 2.893 2.098 0.747 0.544 6.253 2.151 0.328 0.339 0.526 0.772 1.475 1.018 0.819 0.968 1.226 1.171 0.425 0.565 0.375 0.687 0.181 0.204 3640 chr14 65671592 65714139 + 0 NA Intergenic LTR78|LTR|ERV1 -3800 NR_103769 100128233 Hs.497323 NR_103769 ENSG00000255002 LINC02324 - long intergenic non-protein coding RNA 2324 ncRNA nan nan 1.386 1.439 0.714 0.493 3.088 0.298 0.575 0.036 0.668 2.381 0.413 0.070 0.310 0.478 0.460 0.280 1.157 0.841 0.133 0.013 0.093 0.133 0.695 4.347 3.486 0.052 1.167 1.914 3.495 8.743 5.093 1.683 2.695 0.195 0.022 0.176 0.132 1.000 0.194 0.250 0.251 0.201 1.928 3.612 1.729 4.201 0.649 0.338 0.231 2.262 0.478 0.716 0.266 0.695 0.379 0.385 0.220 0.332 0.155 2.342 0.145 0.189 2.933 0.431 0.424 0.395 0.456 1.024 2.216 1.368 1.374 0.127 0.073 nan 0.416 0.339 0.567 0.937 nan 0.649 0.425 0.324 0.572 0.124 0.151 0.333 0.900 1.192 0.826 9984 chr6 144058768 144069574 + 0 NA intron (NM_001100166, intron 2 of 11) MIR|SINE|MIR 65069 NM_001100165 9749 Hs.102471 NM_014721 ENSG00000112419 PHACTR2 C6orf56 phosphatase and actin regulator 2 protein-coding nan 1.094 nan 0.319 0.712 0.062 1.259 0.059 0.121 0.040 0.137 0.236 5.634 0.129 0.198 1.183 0.172 0.104 0.468 0.105 0.110 0.038 0.087 0.088 0.937 0.529 0.355 0.082 1.389 0.274 0.325 1.479 1.619 2.529 0.497 0.049 0.184 0.080 0.120 0.163 0.104 0.074 0.045 0.044 0.967 0.646 0.196 0.120 0.893 0.165 0.044 0.332 1.183 1.794 0.077 0.937 0.023 0.905 0.019 0.049 0.477 0.168 0.267 0.325 0.091 0.139 0.126 0.721 0.678 2.285 4.333 1.122 0.899 4.860 0.870 0.324 0.237 0.640 0.826 0.107 0.078 1.132 1.456 0.263 0.658 1.263 1.173 0.637 1.225 0.265 0.265 9116 chr5 108783505 108792531 + 0 NA Intergenic Intergenic -42343 NM_014819 9867 Hs.483036 NM_014819 ENSG00000198961 PJA2 Neurodap1|RNF131 praja ring finger ubiquitin ligase 2 protein-coding 0.750 1.052 0.591 0.113 0.057 0.080 0.228 0.107 0.231 0.021 0.428 0.552 0.001 0.043 0.149 0.125 0.273 0.089 0.477 0.275 0.035 0.138 0.047 0.040 0.491 0.320 0.033 0.395 0.177 0.125 0.272 0.399 0.313 0.523 3.171 0.116 0.085 0.126 0.091 0.042 0.122 0.060 0.070 0.114 0.163 0.106 0.556 0.135 0.087 1.147 1.238 0.125 0.350 0.220 0.040 0.967 0.074 0.033 0.007 0.369 0.159 0.045 0.114 0.042 0.211 0.294 0.276 0.226 0.654 1.134 0.236 0.236 0.147 0.074 0.143 0.123 7.964 7.746 0.473 0.393 0.393 0.168 0.088 0.148 0.488 1.196 0.218 0.274 0.495 0.368 8084 chr3 181993852 182004984 + 0 NA Intergenic Intergenic 204732 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.048 1.736 1.370 0.459 3.450 0.350 0.367 0.755 1.123 0.034 0.063 0.049 0.106 1.230 0.263 0.141 0.122 0.072 0.303 0.154 0.039 0.037 1.273 0.377 1.923 0.018 0.007 0.033 0.141 0.085 1.060 2.997 1.574 1.306 0.461 0.049 0.247 0.049 0.056 0.618 0.082 0.027 0.028 0.206 0.154 0.208 0.036 0.037 0.045 0.043 0.700 0.141 0.097 0.042 1.923 0.308 0.157 0.034 0.015 0.145 0.063 0.070 0.057 0.020 0.016 0.011 0.391 0.231 0.137 0.256 1.684 1.414 8.149 3.474 0.142 0.164 0.528 0.705 5.626 4.552 0.647 0.286 0.223 0.280 1.777 1.726 0.133 0.307 1.302 0.911 3095 chr13 27292159 27305744 + 0 NA Intergenic SVA_D|Other|Other 35971 NM_005288 2835 Hs.123034 NM_005288 ENSG00000132975 GPR12 GPCR12|GPCR21|PPP1R84 G protein-coupled receptor 12 protein-coding 0.822 0.832 0.821 0.037 1.102 0.024 0.142 0.095 0.236 0.057 0.048 0.018 0.022 0.117 0.084 0.109 0.036 0.054 0.056 0.019 0.163 0.149 0.090 0.168 0.046 0.032 0.043 0.070 0.023 0.035 0.397 0.053 0.258 0.021 0.047 0.063 0.032 0.087 0.008 0.451 0.088 0.049 0.029 0.016 0.112 0.042 0.081 0.126 0.026 0.035 0.024 0.084 0.212 0.041 0.168 0.027 0.287 0.071 0.086 0.057 0.074 0.044 0.110 0.039 0.021 0.023 0.563 0.627 0.183 nan 0.851 0.855 6.637 2.640 0.048 0.051 0.849 1.176 0.537 0.547 0.915 0.557 0.250 0.287 0.071 0.075 0.391 0.721 0.853 0.612 3617 chr14 61913322 61921625 + 0 NA intron (NM_006255, intron 5 of 13) intron (NM_006255, intron 5 of 13) 119439 NR_110417 101927780 Hs.254789 NR_110416 ENSG00000250548 LINC01303 - long intergenic non-protein coding RNA 1303 ncRNA nan nan 0.936 0.105 1.940 0.737 0.103 0.559 1.271 0.035 0.065 0.088 0.013 0.963 0.758 0.208 0.176 0.190 0.091 0.017 0.309 0.215 0.260 0.191 0.035 0.018 0.081 0.012 0.154 0.620 0.168 0.748 0.034 0.071 0.288 0.078 0.137 0.044 1.979 0.132 0.087 0.038 0.088 0.093 0.364 0.094 0.098 0.062 0.066 0.209 0.758 0.113 0.041 0.260 0.162 0.040 0.136 0.070 0.465 0.106 0.134 0.086 0.064 0.030 0.015 0.362 0.182 0.276 0.309 2.525 2.640 2.135 0.411 nan 0.314 0.940 1.375 1.314 nan 1.314 1.174 0.191 0.345 1.040 0.565 0.285 0.441 5.182 2.331 2043 chr11 67387176 67400966 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 3337 NM_001243750 254552 Hs.433329 NM_181843 ENSG00000167799 NUDT8 - nudix hydrolase 8 protein-coding nan 1.072 1.018 0.373 0.814 0.320 0.418 0.339 0.481 0.180 0.934 1.039 0.194 0.317 0.663 0.455 0.167 0.177 0.862 0.138 0.508 0.242 0.210 0.063 0.313 0.249 0.163 0.484 0.582 0.177 0.812 2.443 1.209 2.384 0.191 0.374 0.056 0.465 0.112 0.121 0.092 1.619 0.525 0.306 0.263 0.334 0.721 0.435 1.080 1.387 1.351 0.633 0.455 1.183 1.575 0.313 0.383 0.564 0.120 10.724 3.069 0.897 0.828 0.107 0.259 0.188 0.103 1.166 1.479 1.421 2.050 1.640 1.308 1.605 0.515 1.478 1.586 0.386 0.771 2.060 2.751 0.592 0.545 1.179 1.771 0.289 0.280 0.557 0.773 0.499 0.375 9437 chr6 12322417 12336236 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 38797 NM_001955 1906 Hs.511899 NM_001955 ENSG00000078401 EDN1 ARCND3|ET1|HDLCQ7|PPET1|QME endothelin 1 protein-coding 0.665 nan 0.521 1.991 0.203 0.010 2.246 0.139 0.185 0.394 0.305 0.758 0.676 0.029 0.096 0.378 0.279 0.314 1.716 1.031 0.964 0.169 0.100 0.078 3.812 2.801 0.011 1.422 2.429 2.106 3.714 1.833 0.182 1.503 0.345 0.021 0.319 0.094 0.411 0.040 1.727 1.062 0.555 1.140 0.860 1.052 0.182 3.182 0.204 0.793 2.486 0.378 5.600 1.967 0.078 0.496 2.559 0.155 0.021 0.922 0.021 0.081 0.906 0.196 0.154 0.440 0.240 0.380 1.540 0.474 0.454 0.105 0.068 0.316 0.276 0.126 0.264 0.097 0.127 0.397 0.199 0.103 0.190 0.086 0.077 0.193 0.277 0.853 0.634 7893 chr3 144905737 144916763 + 0 NA Intergenic L1MCc|LINE|L1 875722 NR_146297 109729161 NR_146297 ENSG00000240032 LNCSRLR lncRNA-SRLR lncRNA sorafenib resistance in renal cell carcinoma associated ncRNA 1.193 nan nan 0.104 1.145 0.030 0.072 0.642 1.091 0.085 0.017 0.011 0.237 0.049 0.164 0.156 0.083 0.124 0.052 0.017 0.403 0.353 0.036 0.007 0.136 0.023 0.183 0.430 0.051 0.209 0.411 0.025 0.052 0.078 0.021 0.130 0.042 0.016 0.007 0.030 0.007 0.070 0.073 0.066 0.026 0.018 0.164 0.116 0.032 0.036 0.110 0.023 0.026 0.036 0.129 0.035 0.099 0.550 0.007 0.016 0.004 0.295 0.163 1.089 0.752 0.242 0.380 6.356 3.018 0.241 0.200 0.968 nan 0.313 nan nan 0.779 0.172 0.181 0.338 0.162 1.035 2.750 0.652 0.624 10969 chr8 57497085 57525168 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -38744 NR_038236 100507632 Hs.583755 NR_038236 ENSG00000246430 LINC00968 - long intergenic non-protein coding RNA 968 ncRNA 0.780 nan 0.685 0.028 0.072 0.016 0.051 0.092 0.164 0.017 0.072 0.073 0.029 0.064 0.101 0.313 0.069 0.075 0.032 0.014 0.047 0.010 0.184 0.133 0.051 0.047 0.028 0.013 0.098 0.015 0.060 0.122 0.066 0.267 0.010 0.075 0.068 0.062 0.111 0.095 0.111 0.021 0.033 0.043 0.016 0.062 0.167 0.058 0.086 0.019 0.016 0.313 0.033 0.027 0.051 0.077 0.023 0.093 0.031 0.265 0.034 0.035 0.053 0.008 0.014 0.007 0.328 0.243 0.340 0.463 0.634 0.736 4.698 1.192 0.113 0.106 0.130 nan 0.107 0.102 0.630 0.363 0.066 0.159 0.742 0.789 0.141 0.260 1.716 1.153 9815 chr6 101766916 101775854 + 0 NA Intergenic L1PA13|LINE|L1 -75476 NM_175768 2898 Hs.98262 NM_021956 ENSG00000164418 GRIK2 EAA4|GLR6|GLUK6|GLUR6|GluK2|MRT6 glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 protein-coding 0.773 nan nan 0.032 0.068 0.013 0.016 0.054 0.222 0.010 0.036 0.062 0.007 0.011 0.020 0.143 0.175 0.127 0.179 0.042 0.028 0.071 0.110 0.027 0.039 0.024 0.045 0.139 0.031 0.333 0.024 0.036 0.122 0.013 0.008 0.031 0.007 0.012 0.017 0.096 0.045 0.018 0.048 0.017 0.022 0.143 0.048 0.010 0.027 0.009 0.066 0.006 0.011 0.053 0.678 0.027 0.017 0.026 0.022 3.555 2.408 10.590 6.252 0.287 nan 0.131 0.102 0.301 0.259 0.272 0.405 0.205 0.199 nan 0.144 0.767 1.811 0.127 0.199 0.188 0.329 0.195 0.260 329 chr1 43670003 43675133 + 0 NA exon (NM_001195831, exon 10 of 24) exon (NM_001195831, exon 10 of 24) -34327 NM_001159936 10969 Hs.346868 NM_006824 ENSG00000117395 EBNA1BP2 EBP2|NOBP|P40 EBNA1 binding protein 2 protein-coding nan 0.803 nan 3.313 0.082 0.085 2.981 0.127 0.232 1.019 3.435 3.140 3.983 0.058 0.155 0.125 1.168 0.155 0.436 0.479 8.308 0.183 0.132 0.209 2.412 2.402 3.129 0.528 2.525 0.219 0.414 0.716 0.373 0.454 3.077 0.036 0.149 0.086 1.314 0.046 9.948 9.345 2.964 1.108 1.087 3.766 4.287 1.491 2.207 0.046 0.971 0.125 1.477 1.463 0.209 1.055 0.938 0.038 7.230 0.093 2.789 0.117 0.145 2.735 5.911 6.271 0.264 0.271 0.444 1.452 0.502 0.738 0.240 0.048 0.189 0.216 0.235 nan nan 1.304 0.358 0.221 0.242 nan 0.066 0.029 0.278 0.645 0.355 0.425 525 chr1 94425158 94433551 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -54200 NM_001308253 2730 Hs.315562 NM_002061 ENSG00000023909 GCLM GLCLR glutamate-cysteine ligase modifier subunit protein-coding nan nan 1.062 0.301 0.094 0.040 0.678 0.133 0.187 0.069 0.512 0.716 0.060 0.491 0.223 0.382 0.099 0.097 0.215 0.039 0.060 0.029 0.093 0.047 0.154 3.767 4.372 0.043 0.429 0.579 0.860 1.822 0.864 0.953 0.484 1.257 0.034 0.026 0.093 0.253 0.038 0.132 0.103 0.084 0.846 0.632 6.868 0.179 2.088 0.061 0.028 4.086 0.382 0.295 0.354 0.154 1.338 0.050 0.053 0.083 0.061 0.085 0.070 0.406 0.100 0.027 0.030 0.412 0.286 0.228 0.555 0.329 nan 0.320 0.079 0.233 0.266 0.702 nan 0.704 0.830 nan 0.503 0.216 0.190 0.101 0.120 0.702 1.299 0.713 0.719 8064 chr3 178614095 178621173 + 0 NA Intergenic Intergenic -39441 NR_126561 104797538 Hs.478363 NR_126560 KCNMB2-AS1 - KCNMB2 antisense RNA 1 ncRNA 1.728 1.352 1.024 0.102 1.895 0.117 0.050 4.376 8.322 0.055 0.013 0.080 0.296 0.915 0.617 0.187 0.267 0.118 0.045 0.039 3.477 2.252 3.435 0.010 0.031 0.041 0.178 0.064 0.173 0.676 1.086 1.731 0.021 0.084 1.346 0.031 0.091 0.017 3.639 0.109 0.025 0.032 0.154 0.032 0.108 0.098 0.023 0.050 0.022 0.057 0.617 0.020 0.129 3.435 0.059 0.222 0.017 1.189 0.023 0.139 0.226 0.011 0.016 0.564 0.502 0.418 0.316 3.920 4.158 12.953 4.649 0.311 0.394 0.402 0.556 3.767 3.539 0.737 0.442 0.270 0.245 3.872 4.064 0.414 0.942 2.860 1.386 787 chr1 156348273 156416241 + 0 NA intron (NR_135263, intron 3 of 4) intron (NR_135263, intron 3 of 4) 7964 NR_029691 407046 NR_029691 ENSG00000207933 MIR9-1 MIRN9-1|hsa-mir-9-1|miRNA9-1|mir-9-1 microRNA 9-1 ncRNA nan nan 0.819 0.221 0.171 0.046 1.265 0.166 0.335 0.039 0.110 0.132 0.015 0.149 0.267 0.299 0.113 0.136 0.888 0.390 0.125 0.045 0.253 0.184 0.137 0.422 0.248 0.108 0.368 0.431 0.207 1.066 0.129 1.474 0.676 0.217 0.027 0.130 0.107 0.070 0.044 0.182 0.059 0.050 0.657 0.317 0.521 0.130 0.379 0.319 0.067 1.245 0.299 0.771 0.091 0.137 0.605 0.147 0.296 0.673 0.271 0.724 5.780 0.062 0.038 0.031 0.020 6.470 8.578 1.638 1.338 0.709 nan 1.022 0.321 1.730 1.818 0.688 1.108 1.065 1.527 0.565 0.318 6.788 11.027 0.163 0.274 0.368 0.839 0.666 0.533 27 chr1 1812007 1824783 + 0 NA intron (NM_001282538, intron 1 of 9) AluY|SINE|Alu 4161 NM_001282538 2782 Hs.430425 NM_002074 ENSG00000078369 GNB1 MRD42 G protein subunit beta 1 protein-coding 3.188 nan 2.429 1.728 2.344 1.586 0.862 1.329 2.459 0.718 2.471 1.276 0.594 1.624 2.241 1.057 1.467 0.241 1.581 0.267 2.015 1.894 1.182 0.794 1.308 0.918 1.343 1.854 1.505 0.288 1.971 nan 1.048 4.062 0.332 1.533 0.216 2.960 0.176 0.249 0.769 2.328 1.916 0.873 0.427 0.396 1.010 1.377 2.165 2.951 0.724 1.099 1.057 1.957 2.006 1.308 0.452 0.992 0.784 3.831 1.544 0.738 0.799 1.121 0.864 0.739 0.349 1.911 2.366 2.358 3.083 4.411 4.081 1.850 0.774 6.410 5.757 2.130 nan nan 9.111 nan 2.038 1.472 2.897 0.937 0.939 2.359 2.929 1.556 0.691 11374 chr8 143775779 143784387 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR -1446 NM_001160354 54742 Hs.69517 NM_017527 ENSG00000160886 LY6K CT97|HSJ001348|URLC10|ly-6K lymphocyte antigen 6 family member K protein-coding 1.235 0.845 nan 1.120 0.151 8.984 3.979 0.244 0.492 1.367 1.713 0.850 0.950 0.059 0.777 2.177 0.927 0.336 3.135 1.344 0.600 0.032 0.037 0.029 0.432 1.846 1.509 0.178 1.753 2.526 0.853 2.184 0.588 1.659 3.748 0.481 0.033 0.025 0.047 1.219 0.083 5.803 2.249 1.178 1.952 1.640 2.040 3.818 0.303 1.889 0.055 0.561 2.177 4.375 5.320 0.432 0.212 1.137 0.561 1.442 0.035 1.301 0.079 0.030 0.408 0.488 0.412 0.286 0.387 0.159 0.252 nan 0.919 nan 0.071 0.403 0.409 0.133 0.314 0.119 0.106 0.562 0.413 0.960 0.830 0.135 0.175 0.194 0.284 0.552 0.656 3909 chr15 39153071 39190541 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 183007 NM_207444 400359 Hs.448785 NM_207444 ENSG00000175779 C15orf53 - chromosome 15 open reading frame 53 protein-coding 0.597 nan nan 0.119 0.059 0.012 0.169 0.073 0.147 0.113 0.934 3.974 0.069 0.021 0.083 0.226 1.038 0.160 0.153 0.131 2.674 0.007 0.046 0.111 0.095 1.045 0.500 0.006 0.174 0.117 0.486 2.053 0.656 0.222 0.266 0.415 0.005 0.038 0.079 0.296 0.077 0.436 0.090 0.050 0.399 0.133 0.093 0.784 0.559 0.072 1.219 0.743 0.226 0.151 0.089 0.095 0.167 1.364 0.067 0.449 0.040 0.461 0.037 0.134 1.542 0.480 0.415 0.235 0.125 0.341 0.904 0.188 0.240 0.080 0.066 0.136 0.107 0.252 0.411 0.225 0.232 0.586 0.307 0.137 0.214 0.060 0.117 0.137 0.168 0.231 0.384 5255 chr18 33187588 33197781 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 20983 NR_039771 100616257 NR_039771 ENSG00000283514 MIR3975 - microRNA 3975 ncRNA nan 0.989 1.804 0.538 0.398 0.092 0.346 0.142 0.331 0.010 0.212 0.616 0.030 0.129 0.070 0.252 0.237 0.045 0.166 0.056 0.012 0.182 0.204 0.693 0.240 0.170 0.073 0.154 0.228 0.567 1.117 0.351 0.571 0.182 0.129 0.811 0.071 0.112 0.170 0.063 0.018 0.072 0.069 0.290 0.080 0.174 0.176 0.241 0.149 0.016 0.287 0.252 0.126 0.088 0.693 0.255 0.032 0.091 0.029 0.066 0.155 0.029 0.206 0.288 0.023 1.768 2.353 0.241 0.440 0.555 0.735 0.335 0.176 0.153 0.212 0.460 0.659 nan 2.413 0.421 0.236 0.190 0.264 4.452 6.254 0.181 0.367 1.322 1.088 1866 chr11 30651115 30660996 + 0 NA Intergenic Intergenic -48125 NM_001145399 744 Hs.289795 NM_001584 ENSG00000066382 MPPED2 239FB|C11orf8 metallophosphoesterase domain containing 2 protein-coding 0.668 0.922 nan 0.065 0.133 0.124 0.030 0.178 0.153 0.019 0.032 0.037 0.013 0.050 1.447 0.059 0.054 0.065 0.020 0.013 0.014 0.094 0.116 0.097 0.007 0.007 0.041 0.011 0.032 0.029 0.093 0.242 0.021 2.430 0.023 0.096 0.603 0.014 0.012 0.023 0.028 0.039 0.172 0.008 0.037 0.008 0.013 0.059 0.021 0.097 0.038 0.024 0.020 0.024 0.050 0.113 0.023 0.012 0.005 0.463 0.288 0.243 0.217 0.250 0.379 0.088 0.044 0.172 0.105 0.249 0.271 0.142 0.105 0.383 0.154 0.264 0.324 6.460 7.912 0.337 nan 0.273 0.447 5216 chr18 25357886 25374771 + 0 NA Intergenic Intergenic 250221 NM_001308176 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.751 1.906 1.312 0.073 1.876 1.419 0.167 0.252 0.373 0.022 0.101 0.405 0.012 0.184 0.793 1.383 0.071 0.019 0.025 0.033 0.030 0.017 0.324 0.271 1.764 0.013 0.026 0.036 0.087 0.054 0.065 0.055 5.015 0.044 0.045 0.034 0.019 0.059 0.199 0.080 0.028 0.034 0.052 0.028 0.040 0.059 0.032 0.046 0.009 0.028 1.383 0.033 0.028 1.764 0.043 0.019 0.046 0.031 0.690 0.033 0.164 0.060 0.014 0.014 0.473 0.316 0.538 nan 2.995 2.762 2.593 0.838 0.182 0.186 1.319 1.364 8.882 7.866 0.492 0.302 0.127 0.386 0.425 0.270 0.262 0.444 5.150 3.089 3736 chr14 81683666 81692169 + 0 NA promoter-TSS (NM_015859) promoter-TSS (NM_015859) -342 NM_201595 2957 Hs.592334 NM_015859 ENSG00000165417 GTF2A1 TF2A1|TFIIA|TFIIA-42|TFIIAL general transcription factor IIA subunit 1 protein-coding nan 3.142 5.143 3.220 7.526 8.470 2.255 2.942 5.733 1.145 2.341 1.998 2.622 1.932 6.186 5.735 3.935 0.322 1.320 0.408 4.204 1.368 1.878 1.012 4.672 3.180 4.240 0.986 5.147 1.517 5.053 6.344 6.158 11.216 1.828 2.558 1.441 3.594 0.131 1.471 4.874 3.434 3.169 1.223 1.141 2.766 1.762 3.704 3.414 5.204 1.596 3.042 5.735 1.605 3.471 4.672 1.742 2.248 1.431 4.189 2.069 4.996 1.947 2.276 3.652 1.537 1.106 5.375 5.384 6.054 8.013 12.335 10.947 6.562 3.868 16.440 17.191 4.727 6.043 9.073 12.684 10.298 10.546 3.278 5.021 6.991 7.468 5.539 5.904 5.665 3.213 8825 chr5 28601078 28605025 + 0 NA Intergenic Intergenic -315279 NR_134265 105374698 Hs.124461 NR_134265 ENSG00000249785 LINC02103 - long intergenic non-protein coding RNA 2103 ncRNA 0.505 1.040 0.901 0.107 0.180 0.028 2.625 0.164 0.202 0.049 0.079 0.138 0.079 0.022 0.163 0.210 0.259 6.288 4.927 0.032 0.036 0.117 0.187 0.073 1.742 0.637 0.099 2.066 1.012 2.515 3.684 2.909 0.401 2.287 0.137 0.023 0.027 0.106 0.242 0.039 0.032 0.322 0.621 1.062 0.097 0.049 0.113 0.035 0.020 0.042 0.163 1.448 0.490 0.073 0.187 0.106 0.024 0.076 0.086 1.135 0.024 0.064 0.019 0.029 0.013 0.354 0.245 0.391 0.305 0.443 0.342 0.150 0.060 0.223 0.176 nan 0.407 0.290 0.314 0.845 0.201 0.101 0.200 0.073 0.089 0.237 0.202 nan 0.334 1310 chr10 6332065 6344558 + 0 NA Intergenic Intergenic -30196 NR_040079 399715 NR_040079 ENSG00000215244 LOC399715 - uncharacterized LOC399715 ncRNA 0.449 0.831 0.616 1.813 0.141 0.028 1.670 0.180 0.233 0.213 0.174 0.375 0.644 0.032 0.032 0.313 0.404 0.143 4.521 2.177 0.434 0.044 0.110 0.045 0.070 1.872 1.383 0.041 1.132 1.112 3.032 5.989 3.449 0.205 1.042 0.083 0.053 0.039 0.087 0.235 0.018 0.096 0.130 0.119 5.470 1.063 1.146 0.232 3.041 0.114 4.347 4.635 0.313 3.041 0.074 0.070 1.072 1.646 0.055 0.209 0.016 0.402 0.032 0.088 0.219 3.625 4.656 0.378 0.325 0.488 1.562 0.176 0.281 0.239 0.086 0.113 0.150 0.106 0.242 0.111 0.124 0.221 0.111 0.178 0.186 0.020 0.073 0.167 0.417 0.153 0.191 8746 chr5 9044914 9049050 + 0 NA intron (NM_003966, intron 21 of 22) intron (NM_003966, intron 21 of 22) 7025 NR_039779 100616326 NR_039779 ENSG00000266415 MIR4636 mir-4636 microRNA 4636 ncRNA 0.446 0.824 1.235 1.345 0.128 0.067 0.164 0.116 0.173 0.099 0.177 0.090 0.065 0.150 0.091 0.164 0.075 5.789 6.053 0.044 0.076 0.122 0.029 0.017 0.104 6.020 4.198 0.098 0.119 0.271 0.469 1.370 0.038 0.047 0.158 0.112 2.103 0.057 0.355 3.857 2.181 2.111 0.444 0.256 3.024 0.039 2.214 0.057 0.011 0.091 2.180 1.705 0.029 0.058 0.040 0.023 0.043 5.585 0.358 0.218 2.255 3.073 2.149 1.894 0.878 nan 0.330 0.490 0.132 0.056 0.046 0.040 0.240 0.515 nan 0.458 nan 0.273 0.420 0.463 0.154 0.074 0.076 0.268 0.368 nan 5901 chr2 10256978 10267250 + 0 NA promoter-TSS (NM_001165931) promoter-TSS (NM_001165931) -581 NM_001165931 6241 Hs.226390 NM_001034 ENSG00000171848 RRM2 R2|RR2|RR2M ribonucleotide reductase regulatory subunit M2 protein-coding 4.649 2.159 3.777 3.953 4.728 3.796 3.382 2.187 4.724 1.105 3.774 3.030 1.667 1.062 5.645 3.800 2.118 0.428 2.318 1.072 5.378 2.522 2.804 1.226 4.238 1.097 1.211 2.127 3.485 1.223 2.414 9.474 2.493 13.903 1.609 5.029 0.873 4.565 0.231 1.921 3.622 9.480 4.003 1.753 2.052 1.582 3.449 4.343 4.224 4.134 4.886 2.999 3.800 4.637 5.556 4.238 1.710 2.112 1.609 6.523 2.734 3.151 1.336 2.085 3.339 4.287 3.515 4.562 3.307 5.007 6.884 5.451 4.375 5.724 3.190 3.893 3.800 3.458 4.848 6.792 nan 5.908 6.938 1.685 3.359 3.755 4.497 6.006 nan 2.209 1.173 3459 chr14 32541920 32559185 + 0 NA intron (NM_001173, intron 1 of 6) intron (NM_001173, intron 1 of 6) 4057 NM_001173 394 Hs.592313 NM_001173 ENSG00000100852 ARHGAP5 GFI2|RhoGAP5|p190-B|p190BRhoGAP Rho GTPase activating protein 5 protein-coding 4.052 1.604 2.393 1.802 2.100 1.053 1.311 0.782 1.529 0.836 1.226 2.374 7.250 0.619 1.539 0.971 3.586 0.344 2.362 0.660 0.442 1.365 0.589 0.339 1.389 1.289 1.319 0.512 3.122 1.209 8.748 10.407 2.750 3.300 0.958 1.117 0.471 1.509 0.137 0.765 1.925 1.670 1.105 0.631 1.150 1.588 1.503 1.522 1.886 1.021 1.405 1.540 0.971 2.381 3.766 1.389 1.075 0.716 0.389 1.699 1.262 2.813 0.780 0.817 1.508 0.704 0.417 0.882 1.188 1.541 2.731 2.579 2.099 1.802 0.550 2.771 2.770 2.549 3.224 1.946 3.192 3.466 3.818 0.876 2.086 1.647 1.460 1.857 2.592 1.133 0.800 2115 chr11 76077700 76084568 + 0 NA intron (NM_004705, intron 1 of 4) L1ME3|LINE|L1 10875 NM_004705 5612 Hs.503315 NM_004705 ENSG00000137492 THAP12 DAP4|P52rIPK|PRKRIR|THAP0 THAP domain containing 12 protein-coding nan 0.869 2.418 0.096 1.650 0.209 0.345 0.280 0.393 0.013 0.381 0.541 0.036 1.704 0.360 0.296 0.186 0.118 0.309 0.027 0.137 0.020 0.365 0.283 2.076 0.458 0.170 0.064 0.097 0.058 0.130 nan 0.105 0.599 0.064 0.846 0.033 0.095 0.128 0.206 0.279 0.344 0.165 0.079 0.158 0.055 0.239 0.466 0.545 0.205 0.252 0.446 0.296 0.153 0.457 2.076 0.082 0.146 0.071 0.264 4.184 0.387 0.470 0.090 0.177 0.008 0.678 0.845 0.314 0.469 1.020 1.113 1.146 0.316 2.185 2.425 1.083 1.428 4.694 4.950 0.509 0.386 0.462 0.914 0.462 0.593 0.394 1.273 1.724 1.094 4703 chr17 32684695 32752857 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR -28524 NM_002981 6346 Hs.72918 NM_002981 ENSG00000108702 CCL1 I-309|P500|SCYA1|SISe|TCA3 C-C motif chemokine ligand 1 protein-coding nan 0.715 0.425 0.040 0.046 7.133 0.147 0.121 0.270 0.008 0.096 0.065 0.015 0.021 3.320 0.485 0.121 0.097 0.089 0.011 0.121 0.012 0.055 0.097 0.125 0.088 0.056 0.020 0.078 0.002 0.073 0.068 0.202 2.612 0.017 0.203 0.048 0.043 0.105 0.010 0.036 0.143 0.024 0.011 0.027 0.046 0.069 0.178 0.108 0.020 0.017 0.052 0.485 0.071 0.045 0.125 0.036 0.038 0.098 0.095 0.042 0.020 0.153 0.041 0.012 0.013 0.013 0.449 0.345 0.108 0.145 nan 1.005 0.142 0.077 0.145 0.128 0.141 0.250 0.146 0.181 nan 0.196 0.273 0.363 0.211 0.295 0.191 0.344 0.255 0.310 6512 chr2 178479229 178492164 + 0 NA Intergenic Intergenic -2002 NM_152275 92104 Hs.128384 NM_152275 ENSG00000197557 TTC30A IFT70A tetratricopeptide repeat domain 30A protein-coding 2.744 1.671 2.326 0.512 1.543 0.769 0.623 1.342 2.451 0.126 0.739 0.504 0.172 0.357 1.608 1.246 0.521 0.086 0.652 0.220 0.582 0.268 0.364 0.350 1.695 0.568 0.736 0.233 0.523 0.188 0.915 1.465 0.517 3.218 0.521 0.684 0.317 0.450 0.099 0.419 0.425 0.946 0.440 0.169 0.633 0.308 0.714 0.580 0.730 0.634 0.286 0.450 1.246 0.752 0.679 1.695 0.499 0.438 0.737 0.847 0.601 0.268 1.883 0.498 0.411 0.303 0.177 2.111 2.787 3.828 3.474 1.377 1.306 3.695 1.780 2.394 2.508 5.947 6.758 2.778 3.895 2.478 2.724 1.458 3.162 1.716 1.810 1.909 2.453 0.949 0.838 7112 chr20 62309269 62324504 + 0 NA exon (NM_016434, exon 15 of 35) exon (NM_016434, exon 15 of 35) -11118 NM_003823 8771 Hs.434878 NM_003823 ENSG00000243509 TNFRSF6B DCR3|DJ583P15.1.1|M68|M68E|TR6 TNF receptor superfamily member 6b protein-coding 0.980 1.052 0.976 1.516 0.185 0.257 4.014 0.115 0.251 1.071 4.058 1.170 0.158 0.104 0.123 0.303 0.424 0.106 3.626 1.719 4.787 0.064 0.092 0.069 0.087 3.135 3.573 1.188 4.787 2.552 3.476 11.819 2.903 0.558 2.564 1.916 0.013 0.110 0.080 3.549 0.136 12.533 4.579 1.903 3.161 2.546 1.581 7.723 2.176 3.798 1.082 1.861 0.303 3.652 6.620 0.087 1.944 1.396 0.084 3.732 0.133 2.407 0.058 0.178 3.324 4.495 3.984 0.813 nan 0.212 0.368 0.539 0.613 0.484 0.166 0.895 1.006 0.344 0.880 0.400 0.482 0.405 0.343 0.430 0.436 0.085 0.089 0.303 0.424 0.894 0.556 4578 chr17 7896348 7907698 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -3965 NM_000180 3000 Hs.592109 NM_000180 ENSG00000132518 GUCY2D CACD1|CORD5|CORD6|CYGD|GUC1A4|GUC2D|LCA|LCA1|RCD2|RETGC-1|ROS-GC1|ROSGC|retGC guanylate cyclase 2D, retinal protein-coding 1.127 0.803 1.023 0.051 0.069 0.068 0.162 0.098 0.266 0.076 0.068 0.066 0.022 0.064 0.251 0.178 0.024 0.071 0.236 0.144 0.039 0.024 0.110 0.102 0.093 0.012 0.019 0.019 0.123 0.204 0.139 0.336 0.167 0.274 0.092 0.090 0.017 0.057 0.102 0.004 0.042 0.129 0.072 0.035 0.038 0.177 0.093 0.135 0.205 0.125 0.079 0.076 0.178 0.290 0.066 0.093 0.065 0.108 0.035 0.197 0.054 0.105 0.113 2.029 0.047 0.025 0.027 0.610 0.919 0.251 0.323 0.475 0.506 0.258 0.064 0.148 0.178 0.200 0.308 0.211 0.224 0.555 0.339 0.252 0.384 0.055 0.058 3.032 7.882 0.257 0.164 4489 chr16 85448847 85527128 + 0 NA Intergenic Intergenic -148056 NR_049816 100847022 NR_049816 ENSG00000266307 MIR5093 - microRNA 5093 ncRNA nan 1.877 5.054 0.062 4.012 3.338 0.171 2.297 4.608 0.060 0.207 0.277 0.075 2.004 2.592 3.107 0.141 0.056 0.230 0.087 0.059 0.071 1.168 0.703 6.282 0.192 0.086 0.082 0.095 0.027 0.668 2.693 1.013 7.011 0.140 0.145 0.671 0.079 0.066 0.045 2.011 0.161 0.081 0.048 0.029 0.169 0.508 0.097 0.311 0.202 0.078 1.111 3.107 0.669 0.096 6.282 0.099 0.575 1.423 0.202 2.561 0.134 0.782 1.812 0.042 0.017 0.012 1.346 2.104 0.191 0.460 6.087 5.653 2.216 0.679 0.998 1.106 1.403 2.015 4.615 4.571 3.774 4.236 0.685 1.009 1.481 1.264 1.943 4.567 2.123 1.031 3035 chr12 125088223 125189106 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -86654 NM_001206654 9612 Hs.137510 NM_006312 ENSG00000196498 NCOR2 CTG26|N-CoR2|SMAP270|SMRT|SMRTE|SMRTE-tau|TNRC14|TRAC|TRAC-1|TRAC1 nuclear receptor corepressor 2 protein-coding 1.405 1.283 1.709 0.318 0.158 0.649 1.733 0.227 0.496 0.532 0.317 0.920 0.604 0.105 0.500 0.480 0.420 0.183 0.656 0.478 0.104 0.048 0.190 0.161 0.579 0.826 0.547 0.218 0.169 0.588 0.935 3.612 0.613 1.108 0.761 1.179 0.079 0.195 0.109 0.114 0.108 0.395 0.143 0.113 0.321 0.443 1.332 0.875 1.637 0.418 0.081 0.652 0.480 1.110 0.181 0.579 1.242 0.695 0.567 0.944 0.443 0.252 0.089 0.906 0.330 0.187 0.147 0.561 0.862 0.346 0.906 0.793 0.844 nan 0.323 0.298 0.351 1.950 2.367 1.138 1.320 2.582 2.435 0.350 0.352 0.350 0.495 1.067 2.907 1.161 0.804 6306 chr2 111614658 111631482 + 0 NA intron (NM_001142807, intron 10 of 17) intron (NM_001142807, intron 10 of 17) 132920 NM_001142807 55289 Hs.253320 NM_018308 ENSG00000153093 ACOXL - acyl-CoA oxidase like protein-coding 0.882 nan 0.747 0.073 0.138 0.136 0.857 0.076 0.191 0.005 0.102 0.071 0.026 0.029 0.186 0.248 0.151 0.066 0.225 0.192 0.038 0.033 0.254 0.139 0.329 0.086 0.030 0.039 0.204 0.092 0.156 0.781 0.236 nan 0.190 0.057 0.135 0.019 0.064 0.106 0.057 0.139 0.040 0.028 0.053 0.095 0.127 0.214 0.073 0.058 0.023 0.083 0.248 0.486 1.388 0.329 0.007 0.029 0.040 0.083 0.145 0.186 0.679 0.045 0.021 0.014 0.009 1.847 2.149 11.074 3.309 0.894 nan 2.155 0.605 2.495 2.591 0.178 0.294 1.384 1.277 0.231 0.147 0.651 1.225 0.472 0.458 0.063 0.146 0.699 0.406 6939 chr20 32365632 32392741 + 0 NA exon (NM_001282935, exon 14 of 14) exon (NM_001282935, exon 14 of 14) 19719 NR_110623 101929746 Hs.504633 NR_110623 ENSG00000230753 ZNF341-AS1 - ZNF341 antisense RNA 1 ncRNA 0.979 3.575 1.954 3.639 1.293 1.056 1.383 0.289 0.498 1.225 0.898 0.546 0.325 0.074 0.330 0.181 0.199 0.154 1.490 0.758 0.171 0.061 0.180 0.142 1.844 0.844 0.645 0.112 1.745 1.195 2.185 nan 2.822 1.270 0.943 0.185 0.035 0.116 0.114 0.534 0.294 1.342 0.625 0.338 0.822 2.873 2.452 0.493 0.684 0.281 0.342 1.779 0.181 2.350 1.422 1.844 0.784 2.095 0.058 0.223 0.063 1.143 0.220 0.193 0.730 0.227 0.197 1.347 1.347 0.333 0.522 1.186 nan 1.256 0.445 2.901 3.096 0.404 0.700 5.069 4.994 0.656 0.316 0.549 0.930 0.121 0.170 0.352 nan 0.435 0.336 9074 chr5 93852493 93861811 + 0 NA intron (NM_173665, intron 4 of 4) intron (NM_173665, intron 4 of 4) 97157 NM_173665 285600 Hs.425123 NM_173665 ENSG00000185261 KIAA0825 C5orf36 KIAA0825 protein-coding nan 7.490 0.705 0.031 0.208 0.071 0.071 0.171 0.210 0.051 0.059 0.080 0.013 0.010 0.087 0.120 0.155 0.057 0.441 0.061 0.149 0.357 0.034 0.018 0.025 0.023 0.327 0.174 0.046 1.039 1.310 0.867 0.201 0.376 7.495 0.061 0.140 0.108 0.051 0.010 0.016 0.082 0.057 0.177 0.032 0.052 0.010 0.658 0.101 0.120 0.015 0.020 0.039 0.087 0.058 1.982 0.374 0.060 0.266 0.024 0.067 0.016 0.223 0.144 0.186 0.325 0.198 0.206 0.923 0.267 0.143 0.135 0.482 0.714 0.856 0.505 0.750 0.269 0.127 0.142 0.277 0.352 0.366 nan 0.567 0.360 769 chr1 155276682 155280586 + 0 NA promoter-TSS (NM_001135822) promoter-TSS (NM_001135822) -71 NM_001135821 2224 Hs.335918 NM_002004 ENSG00000160752 FDPS FPPS|FPS|POROK9 farnesyl diphosphate synthase protein-coding 5.366 nan 3.708 6.132 3.177 5.029 4.108 2.968 4.975 2.060 3.842 3.643 2.442 3.270 10.614 9.873 5.625 1.270 6.126 2.280 5.679 2.532 3.132 2.085 5.418 3.388 4.387 1.866 4.566 3.087 2.732 6.498 5.432 14.555 2.583 7.734 1.223 4.151 0.191 2.931 2.667 7.387 5.217 2.198 4.486 2.910 4.361 3.504 3.628 5.851 11.473 4.251 9.873 6.897 6.089 5.418 3.328 3.107 1.372 10.991 4.826 4.227 5.552 4.304 2.281 2.552 1.565 4.615 4.674 9.608 14.375 9.593 nan 6.811 3.872 5.332 6.014 5.305 6.611 5.393 7.412 5.519 5.411 6.639 11.763 4.126 5.133 6.690 9.230 3.052 1.486 1181 chr1 229475846 229479395 + 0 NA intron (NM_145257, intron 2 of 3) intron (NM_145257, intron 2 of 3) 1068 NM_145257 126731 Hs.585011 NM_145257 ENSG00000154429 CCSAP C1orf96|CSAP centriole, cilia and spindle associated protein protein-coding 6.193 5.080 6.310 1.849 5.508 2.973 1.659 2.794 5.575 1.206 2.191 1.294 0.456 0.421 2.234 4.572 1.604 0.315 1.994 0.434 0.883 1.096 3.299 2.118 6.473 1.853 2.095 1.906 2.121 0.790 1.215 3.034 2.875 8.810 0.164 1.549 1.148 3.422 0.138 0.562 3.617 3.623 2.339 1.274 1.284 0.451 1.624 2.233 4.040 3.055 2.479 2.513 4.572 2.239 1.371 6.473 0.958 1.360 1.456 3.889 2.513 0.870 1.709 1.424 0.689 1.261 0.774 8.308 7.806 13.519 15.558 14.160 10.171 6.448 2.223 8.239 8.135 4.560 5.452 5.221 9.748 3.039 4.020 2.283 4.265 4.563 2.833 5.184 7.285 3.155 1.606 8956 chr5 65948867 65976918 + 0 NA intron (NM_198828, intron 1 of 5) L2c|LINE|L2 70716 NM_198828 375449 Hs.595458 NM_015183 ENSG00000069020 MAST4 - microtubule associated serine/threonine kinase family member 4 protein-coding 0.842 1.206 0.675 0.041 0.091 0.045 0.059 0.204 0.243 0.010 0.056 0.046 0.020 0.050 0.136 0.191 0.225 0.098 0.087 0.020 0.018 0.095 0.108 0.167 0.007 0.020 0.008 0.102 0.011 0.086 0.276 0.095 0.358 0.011 0.093 0.480 0.015 0.128 0.038 0.060 0.066 0.017 0.017 0.043 0.043 0.051 0.118 0.058 0.051 0.044 0.291 0.191 0.041 0.030 0.167 0.153 0.044 0.046 0.028 0.188 0.048 0.043 0.027 0.011 0.010 0.016 0.188 0.155 0.240 0.326 0.224 0.284 1.697 0.586 0.136 0.138 0.153 0.263 0.251 0.222 0.431 0.321 0.130 0.174 1.862 2.795 0.108 0.158 0.608 0.450 5549 chr19 13839364 13843620 + 0 NA Intergenic Intergenic -1082 NM_001320565 81576 Hs.24998 NM_030818 ENSG00000104957 CCDC130 - coiled-coil domain containing 130 protein-coding 3.118 2.478 2.152 3.558 2.259 1.499 5.065 1.127 1.738 1.168 3.061 4.332 0.470 0.445 1.230 3.369 4.140 1.084 4.052 2.482 2.603 0.734 0.483 0.491 2.281 6.119 8.373 1.008 5.741 1.935 3.751 nan 3.503 3.971 2.367 5.624 0.425 1.527 0.135 2.077 0.599 4.085 1.874 0.788 3.125 4.055 6.281 12.868 2.332 5.676 2.235 3.479 3.369 3.973 4.370 2.281 0.808 1.398 0.346 2.592 1.501 9.343 0.907 0.733 4.273 2.598 2.704 3.297 3.666 4.073 7.620 2.887 3.441 6.241 2.210 1.732 1.808 2.201 2.779 5.455 7.006 3.757 2.912 1.097 1.771 2.905 3.657 2.382 3.602 3.153 1.610 6009 chr2 31650158 31655201 + 0 NA Intergenic Intergenic -15068 NM_000379 7498 Hs.250 NM_000379 ENSG00000158125 XDH XAN1|XO|XOR xanthine dehydrogenase protein-coding 0.484 nan nan 0.429 0.034 0.011 2.224 0.158 0.247 0.302 0.169 0.072 0.012 0.019 0.158 0.150 0.017 0.063 6.206 4.634 0.249 0.124 0.068 0.118 0.907 0.490 0.061 1.097 1.501 0.718 3.841 0.708 0.612 1.415 0.072 0.042 0.087 0.126 0.211 0.031 0.453 0.192 0.171 4.943 0.803 0.660 0.576 0.253 0.243 1.284 2.336 0.150 0.860 0.066 0.118 0.848 0.170 0.020 0.148 0.020 0.779 0.019 0.149 0.822 0.057 0.010 0.271 0.106 0.440 0.911 0.324 0.302 0.078 0.060 0.325 nan 0.146 0.314 0.432 0.241 nan 0.118 0.109 0.158 0.057 0.110 0.128 0.317 0.361 0.627 7962 chr3 164168053 164183434 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -286399 NR_031665 100302148 NR_031665 ENSG00000221251 MIR1263 MIRN1263|hsa-mir-1263 microRNA 1263 ncRNA 1.089 1.066 0.909 0.141 0.262 0.040 0.297 0.250 0.366 0.012 0.084 0.229 0.033 0.073 0.052 0.075 2.146 0.417 0.211 0.129 0.045 0.009 2.563 1.873 0.409 0.049 0.016 0.101 0.105 0.436 0.110 0.214 0.066 0.139 0.269 0.088 0.056 0.029 0.096 0.023 0.120 0.131 0.310 0.188 0.045 0.030 0.087 0.331 0.163 0.041 0.039 0.039 0.075 0.145 0.036 0.409 0.024 0.011 0.032 0.023 0.047 0.021 0.058 0.136 0.025 0.015 0.003 0.368 0.220 0.225 0.279 0.351 0.428 1.901 0.588 0.327 0.282 3.351 4.100 nan 0.513 nan 0.309 0.093 0.216 0.127 0.125 0.402 0.711 0.475 0.378 803 chr1 159229180 159233591 + 0 NA Intergenic L1MB4|LINE|L1 -28119 NM_002001 2205 Hs.897 NM_002001 ENSG00000179639 FCER1A FCE1A|FcERI Fc fragment of IgE receptor Ia protein-coding nan nan 0.933 0.015 0.079 0.051 0.292 0.017 0.021 0.047 0.131 0.059 0.163 0.298 0.024 0.029 0.106 0.072 0.054 0.033 0.034 0.062 0.024 0.129 0.044 0.119 0.363 0.034 0.062 0.022 0.024 0.140 0.053 0.109 0.062 0.024 0.071 0.033 0.072 0.139 0.091 0.064 0.018 0.031 0.059 0.063 0.054 0.013 0.054 10.045 0.027 0.013 0.024 0.300 0.452 13.556 1.540 0.137 nan 0.089 0.026 0.093 0.045 0.198 0.311 0.169 0.246 0.265 0.055 4.981 9.453 0.099 0.102 0.119 0.339 0.218 0.472 6027 chr2 38660186 38711978 + 0 NA intron (NR_110259, intron 4 of 4) intron (NR_110259, intron 4 of 4) 27646 NR_146454 100996902 Hs.128280 NR_146454 ENSG00000235009 LINC01883 - long intergenic non-protein coding RNA 1883 ncRNA 0.868 nan nan 0.578 0.092 0.101 0.503 0.158 0.265 0.041 0.104 0.126 0.161 0.023 0.120 0.379 0.149 0.105 0.935 0.849 0.049 0.024 0.099 0.143 0.085 0.185 0.053 0.043 0.258 0.472 0.322 nan 0.737 1.159 0.461 0.409 0.038 0.071 0.108 0.121 0.127 0.529 0.062 0.034 0.326 0.686 0.339 0.205 0.158 0.150 0.063 0.252 0.379 0.417 0.041 0.085 0.325 0.142 0.058 0.145 0.041 0.249 0.350 0.138 0.103 0.037 0.025 0.895 0.764 0.887 2.768 0.324 0.407 0.297 0.121 6.843 nan 0.337 0.617 0.274 0.345 nan 0.436 0.735 0.739 0.077 0.081 0.368 0.677 0.380 0.469 2559 chr12 26347501 26351998 + 0 NA intron (NM_005086, intron 1 of 2) MIRb|SINE|MIR 1243 NM_005086 8082 Hs.183428 NM_005086 ENSG00000123096 SSPN DAGA5|KRAG|NSPN|SPN1|SPN2 sarcospan protein-coding nan nan nan 1.745 0.953 0.062 0.444 0.071 0.335 0.714 1.978 7.685 0.042 0.083 0.060 0.029 1.383 0.106 0.428 0.293 0.034 0.032 0.174 0.335 0.053 1.206 0.720 0.382 1.055 0.293 0.468 1.109 0.861 1.195 0.657 0.648 0.193 0.105 5.870 0.069 0.317 0.377 0.294 0.267 0.092 1.901 6.071 1.446 0.507 0.807 0.946 0.029 0.443 0.122 0.053 0.191 0.747 1.037 7.243 0.340 0.483 0.791 0.442 8.967 0.256 0.113 1.438 1.253 2.457 2.183 0.425 0.401 0.296 0.080 3.121 3.018 3.421 3.967 1.180 2.172 0.711 0.657 1.314 2.306 0.045 0.034 0.852 1.168 0.194 0.445 4133 chr15 90940842 90967140 + 0 NA intron (NM_003870, intron 2 of 37) L1PA5|LINE|L1 22518 NM_003870 8826 Hs.430551 NM_003870 ENSG00000140575 IQGAP1 HUMORFA01|SAR1|p195 IQ motif containing GTPase activating protein 1 protein-coding nan nan nan 1.081 0.429 0.158 1.782 0.359 0.770 1.133 0.996 2.211 2.090 0.334 0.200 0.302 1.098 0.166 1.842 0.905 2.600 0.052 0.303 0.219 0.388 1.288 0.761 1.516 1.313 1.190 4.396 7.107 1.869 2.434 1.665 1.205 0.022 0.268 0.102 0.623 0.087 0.736 0.411 0.244 0.976 0.785 1.588 1.748 0.784 0.953 0.757 1.736 0.302 1.840 3.940 0.388 1.159 1.287 0.108 0.430 0.491 1.220 0.245 0.235 1.325 0.344 0.287 0.417 0.417 1.158 2.842 0.403 0.428 nan 0.464 0.895 0.809 1.168 1.731 1.360 1.976 nan 0.716 0.508 0.894 0.178 0.265 0.512 nan 0.632 0.464 4796 chr17 41789326 41806862 + 0 NA Intergenic CpG 38062 NM_025237 50964 Hs.349204 NM_025237 ENSG00000167941 SOST CDD|DAND6|SOST1|VBCH sclerostin protein-coding 0.837 1.125 nan 0.647 0.655 0.069 3.925 0.393 0.897 0.250 2.657 2.468 0.120 0.193 0.325 0.300 0.539 0.204 1.060 0.756 0.349 0.095 0.179 0.215 0.362 4.502 4.263 0.387 0.402 0.939 0.489 nan 0.333 0.655 0.408 10.068 0.011 0.572 0.132 0.664 0.067 4.080 0.603 0.378 0.648 0.244 1.318 1.733 2.728 0.467 0.270 1.530 0.300 0.690 0.131 0.362 0.503 0.653 0.067 1.471 0.283 0.473 0.074 0.072 0.495 0.109 0.055 0.775 0.860 0.325 0.463 1.298 nan 0.625 0.168 0.963 1.110 0.284 0.475 0.610 nan 0.883 0.580 0.500 0.510 0.086 0.158 0.359 0.662 0.261 0.243 5890 chr2 9234867 9256649 + 0 NA Intergenic Intergenic -101136 NM_001135191 8853 Hs.555902 NM_003887 ENSG00000151693 ASAP2 AMAP2|CENTB3|DDEF2|PAG3|PAP|Pap-alpha|SHAG1 ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat and PH domain 2 protein-coding 1.005 0.927 2.496 0.752 0.375 0.128 4.919 0.513 0.887 0.281 0.222 0.473 0.399 0.060 0.237 0.399 0.093 0.044 2.111 1.258 0.058 0.044 0.524 0.237 1.110 1.570 1.128 0.112 3.712 1.426 5.244 11.141 2.827 0.540 2.604 0.143 0.057 0.075 0.082 0.591 0.177 0.465 0.183 0.086 2.459 2.088 1.885 0.740 0.277 0.356 0.050 1.112 0.399 2.461 0.600 1.110 0.958 0.635 0.197 0.132 0.466 0.564 0.158 0.114 0.762 0.732 0.648 0.381 0.479 0.281 0.491 0.525 0.578 2.390 0.763 0.145 0.160 0.227 0.554 0.720 0.827 0.500 0.342 0.243 0.448 0.215 0.291 0.319 0.430 0.704 0.607 9905 chr6 127416862 127455444 + 0 NA Intergenic Intergenic -3895 NM_032784 84870 Hs.135254 NM_032784 ENSG00000146374 RSPO3 CRISTIN1|PWTSR|THSD2 R-spondin 3 protein-coding 0.728 0.699 0.612 0.047 0.151 0.025 0.110 0.139 0.196 0.007 0.652 0.057 0.037 0.023 0.078 0.186 0.208 0.067 0.126 0.089 4.207 0.011 0.065 0.092 0.053 0.491 0.188 0.013 0.172 0.057 0.158 0.358 0.189 0.279 0.049 2.623 0.091 0.101 0.123 0.052 0.012 0.127 0.038 0.031 0.207 0.040 0.186 0.077 0.975 0.151 0.583 2.047 0.186 0.057 0.017 0.053 1.128 0.043 0.102 0.018 0.016 0.046 0.080 0.026 0.018 0.003 0.307 0.266 0.247 0.271 0.263 0.294 0.317 0.177 0.203 0.233 0.127 0.195 0.189 0.227 0.670 0.296 0.117 0.177 0.125 0.174 0.172 0.313 0.215 0.238 8070 chr3 179744421 179763473 + 0 NA intron (NM_001349389, intron 1 of 15) intron (NM_001349389, intron 1 of 15) 894 NM_001349389 51555 Hs.235331 NM_016559 ENSG00000114757 PEX5L PEX5R|PEX5RP|PXR2|PXR2B|TRIP8b peroxisomal biogenesis factor 5 like protein-coding 1.394 1.085 1.034 0.143 1.847 0.513 0.101 0.630 1.361 0.010 0.101 0.038 0.016 0.578 2.306 0.312 0.114 0.143 0.061 0.010 0.020 0.029 3.022 1.789 1.294 0.011 0.015 0.074 0.006 0.114 0.169 0.085 6.628 0.038 0.054 0.060 0.068 0.087 0.037 0.614 0.039 0.025 0.025 0.023 0.050 0.157 0.101 0.021 0.050 0.021 0.046 0.312 0.041 0.030 1.294 0.051 0.035 0.184 0.024 1.178 0.020 2.248 1.438 0.036 0.024 0.013 1.180 1.591 0.194 0.163 2.407 2.415 6.464 2.723 0.186 0.144 0.270 0.345 2.845 3.744 3.470 3.325 1.374 3.620 0.179 0.174 2.875 4.693 2.039 1.203 1245 chr1 243651739 243666834 + 0 NA intron (NM_001350248, intron 18 of 18) MIR|SINE|MIR 149808 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 1.083 nan 0.123 0.260 0.051 0.147 0.262 0.653 0.006 0.099 0.160 0.004 0.045 0.065 0.380 0.294 0.042 0.070 0.038 0.021 0.037 0.157 0.225 0.582 0.170 0.048 0.229 0.108 0.028 0.090 0.117 0.093 0.481 0.022 0.273 0.242 0.200 0.084 0.034 0.732 0.128 0.074 0.041 0.022 0.045 0.096 0.172 0.213 0.123 0.026 0.195 0.380 0.078 0.071 0.582 0.073 0.060 0.863 0.115 0.249 0.091 0.039 0.664 0.030 0.042 0.020 0.479 0.375 0.772 0.861 0.651 0.877 0.517 0.181 0.636 0.679 4.168 4.668 0.310 0.410 1.807 1.560 0.136 0.243 0.826 0.762 0.715 1.736 0.669 0.558 7596 chr3 49936022 49945031 + 0 NA exon (NM_001244937, exon 1 of 19) exon (NM_001244937, exon 1 of 19) 544 NM_001244937 4486 Hs.517973 NM_002447 ENSG00000164078 MST1R CD136|CDw136|NPCA3|PTK8|RON macrophage stimulating 1 receptor protein-coding 1.260 nan nan 4.866 1.238 2.155 5.746 0.552 0.588 3.539 1.125 0.460 0.929 2.749 0.828 0.056 0.198 0.126 4.500 1.836 3.688 0.046 1.585 0.681 0.956 2.500 3.064 0.230 9.509 5.106 4.120 10.205 2.263 0.403 3.458 0.220 0.137 0.071 0.061 1.272 0.045 9.098 5.634 2.334 4.340 2.653 4.741 0.210 2.336 0.590 2.445 3.875 0.056 4.674 4.650 0.956 3.182 3.519 0.043 1.190 1.556 3.503 0.318 0.057 2.821 0.198 0.169 0.651 0.880 1.153 1.555 0.622 0.582 0.616 0.217 0.624 0.662 0.231 0.415 4.497 5.147 0.708 0.398 0.713 0.860 0.985 1.365 0.425 0.496 0.693 0.504 5587 chr19 19684320 19692807 + 0 NA intron (NM_025245, intron 2 of 7) AluSc|SINE|Alu 39489 NM_153221 148113 Hs.279574 NM_153221 ENSG00000160161 CILP2 CLIP-2 cartilage intermediate layer protein 2 protein-coding 2.717 0.795 1.332 0.068 1.069 0.072 0.090 0.794 1.456 0.034 0.110 0.109 0.007 0.071 0.142 0.542 0.160 0.152 0.198 0.045 0.029 0.016 0.662 0.474 0.225 0.220 0.103 0.152 0.081 0.013 0.048 nan 0.100 0.365 0.052 0.082 0.949 0.090 0.095 0.028 0.101 0.206 0.071 0.055 0.025 0.045 0.137 0.071 0.134 0.218 0.074 0.087 0.542 0.169 0.011 0.225 0.086 0.043 0.308 0.140 0.047 0.404 0.035 0.814 0.090 0.027 0.012 0.656 0.779 0.398 0.403 0.554 0.732 9.129 2.438 0.361 0.328 0.874 1.087 0.327 0.467 3.906 4.352 0.244 0.327 2.722 3.918 1.144 2.916 3.906 1.560 6004 chr2 30439370 30450285 + 0 NA Intergenic Intergenic -9570 NM_030915 81606 Hs.567598 NM_030915 ENSG00000213626 LBH - limb bud and heart development protein-coding 0.858 nan nan 0.066 0.096 0.293 0.456 0.118 0.489 0.113 0.107 0.278 3.392 0.055 0.757 0.277 0.457 0.074 0.183 0.052 0.126 0.025 0.171 0.058 0.340 0.389 0.286 0.054 0.095 0.463 0.261 nan 1.202 0.985 0.400 0.139 0.061 0.029 0.104 0.151 0.065 0.152 0.022 0.014 0.371 0.203 0.397 0.367 0.261 0.059 0.173 0.097 0.277 0.147 0.051 0.340 0.622 0.151 0.168 0.118 0.028 0.138 0.091 0.134 0.203 3.150 2.634 0.235 0.240 0.263 0.457 0.487 0.512 1.134 0.236 0.349 nan 0.257 0.427 0.552 0.798 nan 0.313 0.182 0.447 0.104 0.173 0.193 0.350 0.574 0.443 6301 chr2 109944873 109959632 + 0 NA intron (NM_001099289, intron 1 of 9) intron (NM_001099289, intron 1 of 9) -22171 NR_036224 100423027 NR_036224 ENSG00000265965 MIR4266 - microRNA 4266 ncRNA 0.995 nan 0.775 0.073 0.155 0.289 3.286 0.126 0.197 1.063 0.319 0.004 0.020 0.110 0.417 0.911 0.132 0.106 0.040 0.021 0.009 0.144 0.174 0.073 1.479 0.924 0.063 0.064 0.185 0.098 0.481 0.134 0.652 0.050 0.097 0.022 0.066 3.193 0.112 1.973 1.221 0.786 0.768 0.047 0.541 2.971 0.061 0.116 0.023 0.185 0.417 0.087 0.955 0.073 0.133 0.034 0.256 0.209 0.058 0.214 0.040 0.025 7.124 0.406 0.124 0.311 0.273 0.173 0.196 0.509 0.525 0.113 0.053 0.750 0.777 0.383 0.813 0.887 1.144 0.283 0.204 0.155 0.215 0.049 0.061 0.280 0.273 0.389 0.374 7273 chr21 46384796 46390300 + 0 NA intron (NM_001316986, intron 4 of 4) intron (NM_001316986, intron 4 of 4) 26453 NR_033840 727699 Hs.397403 NR_033840 ENSG00000234880 LINC00163 C21orf134|NCRNA00163|NLC1-A|NLC1A long intergenic non-protein coding RNA 163 ncRNA nan 0.520 1.270 0.093 0.114 0.990 1.025 0.175 0.295 0.144 1.002 0.167 0.022 0.036 0.130 0.590 0.108 0.097 0.685 0.183 0.167 0.076 0.028 0.136 0.087 0.113 0.092 0.199 0.088 0.038 0.197 0.516 0.169 1.200 0.138 3.541 0.051 0.059 0.065 0.022 0.058 0.235 0.595 0.357 0.201 0.071 0.159 0.128 0.542 0.207 0.014 0.820 0.590 0.847 0.058 0.087 0.645 3.573 0.158 0.055 0.417 0.071 0.089 0.430 0.037 0.354 0.649 0.250 0.658 0.775 0.548 nan 0.067 0.410 0.336 0.304 nan 0.221 0.278 1.010 0.822 0.153 0.506 0.260 0.271 0.361 0.598 0.435 0.320 1388 chr10 24746244 24779154 + 0 NA exon (NM_001282767, exon 6 of 19) exon (NM_001282767, exon 6 of 19) 7265 NM_001282770 56243 Hs.445885 NM_019590 ENSG00000120549 KIAA1217 ETL4|SKT KIAA1217 protein-coding 0.729 1.435 1.843 0.571 0.032 0.242 0.897 0.151 0.290 0.471 0.832 0.986 0.987 0.168 0.164 0.127 2.943 0.359 0.689 0.465 1.211 0.029 0.043 0.023 0.033 0.815 0.593 0.152 0.704 0.562 0.387 0.669 0.682 0.183 0.435 0.404 0.006 0.033 0.097 0.538 0.160 0.498 0.154 0.151 0.964 0.613 0.565 0.564 0.626 0.061 0.626 0.903 0.127 0.990 0.874 0.033 0.699 0.728 0.103 0.155 0.012 0.745 0.378 0.082 0.735 0.060 0.032 0.937 0.757 1.162 3.323 0.199 0.203 0.203 0.118 0.131 0.148 0.120 0.258 0.090 0.125 0.209 0.145 0.314 0.599 0.041 0.046 0.156 0.334 0.147 0.283 1676 chr10 121274418 121289243 + 0 NA intron (NM_001005339, intron 3 of 4) intron (NM_001005339, intron 3 of 4) 14215 NM_002925 6001 Hs.501200 NM_002925 ENSG00000148908 RGS10 - regulator of G protein signaling 10 protein-coding nan 0.536 0.628 0.049 0.030 0.023 2.931 0.162 0.326 0.311 0.344 0.267 0.046 0.068 0.084 0.190 0.162 0.101 1.992 1.003 0.038 0.036 0.053 0.094 0.075 1.317 1.023 0.150 3.490 2.470 0.330 2.041 0.725 0.278 0.334 0.102 0.019 0.051 0.108 0.715 0.027 2.834 3.287 1.300 3.195 1.285 0.488 0.534 0.165 0.180 0.005 0.265 0.190 3.018 1.361 0.075 0.082 1.172 0.052 0.102 0.028 2.243 0.041 0.309 0.824 0.070 0.020 0.396 0.455 0.246 0.422 0.165 0.168 0.388 0.199 0.156 0.148 0.518 0.607 0.493 0.439 0.643 0.438 0.160 0.196 0.044 0.077 0.401 1.146 0.178 0.259 11327 chr8 136308205 136324159 + 0 NA Intergenic Intergenic 69808 NR_026706 286094 Hs.440978 NR_026706 ENSG00000254083 LINC01591 - long intergenic non-protein coding RNA 1591 ncRNA nan 0.862 1.839 0.094 0.083 0.028 0.047 0.822 1.431 0.012 0.044 0.035 0.031 0.037 0.123 0.181 0.094 0.131 0.067 0.012 0.012 0.035 0.364 0.157 0.390 0.005 0.014 0.090 0.007 0.095 0.046 0.071 0.660 0.018 0.058 0.054 0.034 0.090 0.015 0.293 0.095 0.015 0.010 0.014 0.067 0.103 0.140 0.056 0.026 0.039 0.033 0.181 0.022 0.029 0.390 0.015 0.052 0.140 0.029 0.051 0.030 0.062 0.131 0.014 0.014 0.003 0.259 0.155 0.116 0.100 0.603 0.892 6.511 2.033 nan 0.447 0.113 0.215 1.344 1.163 0.375 0.197 0.159 0.283 0.422 0.493 0.315 0.801 1.676 1.025 346 chr1 44976229 44984845 + 0 NA intron (NM_001319957, intron 1 of 13) intron (NM_001319957, intron 1 of 13) -30628 NR_049849 100847089 NR_049849 ENSG00000263381 MIR5584 - microRNA 5584 ncRNA nan 0.749 nan 0.126 0.124 0.039 5.222 0.074 0.211 0.022 0.064 0.181 0.029 0.047 0.141 0.527 0.157 0.111 0.860 0.418 0.037 0.032 0.144 0.125 0.055 0.250 0.068 0.042 0.315 0.761 0.198 1.307 0.164 0.353 1.193 0.112 0.322 0.053 0.105 0.410 0.132 0.148 0.021 0.082 0.940 0.497 0.061 0.115 0.066 0.041 0.028 0.219 0.527 0.479 1.261 0.055 0.085 0.077 0.206 0.054 0.023 0.421 1.647 1.297 0.371 0.204 0.106 0.317 0.377 0.193 0.345 0.514 0.571 0.405 0.155 0.339 0.267 0.284 nan nan 0.260 0.702 0.653 0.941 nan 0.585 0.759 0.732 1.817 0.474 0.612 3085 chr13 24072409 24087383 + 0 NA Intergenic Intergenic 36245 NR_038995 100506697 Hs.50118 NR_038995 ENSG00000232977 LINC00327 NCRNA00327 long intergenic non-protein coding RNA 327 ncRNA 0.972 0.911 0.787 0.158 0.212 0.056 0.088 0.043 0.129 0.013 0.032 1.378 0.017 0.080 0.189 0.029 1.501 0.237 0.108 0.013 0.047 2.118 0.146 0.061 0.098 0.047 0.021 0.139 0.068 0.021 0.065 0.304 0.099 0.294 0.010 0.243 0.019 0.036 0.060 0.016 0.093 0.062 0.073 0.084 0.037 0.034 0.058 0.173 0.097 0.027 0.063 0.071 0.029 0.077 0.099 0.098 0.008 0.142 0.084 0.800 0.114 0.523 0.073 0.207 0.167 8.249 10.252 0.512 0.319 0.536 nan 0.352 0.470 0.131 0.073 0.152 0.112 0.265 0.309 0.460 0.559 0.854 0.389 0.184 0.270 0.061 0.063 0.442 0.954 1.020 0.695 10664 chr7 130564346 130648155 + 0 NA intron (NR_109780, intron 3 of 3) intron (NR_109780, intron 3 of 3) 8027 NR_109780 100506860 Hs.635013 NR_109780 LINC00513 - long intergenic non-protein coding RNA 513 ncRNA nan nan nan 4.955 0.221 0.105 2.131 0.185 0.309 0.820 2.402 2.457 0.148 1.012 0.219 0.369 1.686 0.250 2.177 1.030 3.987 0.184 0.335 0.268 0.357 2.785 2.374 1.931 4.770 1.497 6.255 6.854 4.598 0.261 0.771 4.483 0.039 4.364 0.213 1.630 0.081 4.955 2.079 0.806 2.543 1.651 1.645 4.017 3.119 3.881 2.530 1.895 0.369 2.061 4.625 0.357 1.090 1.769 0.176 5.196 0.374 2.339 0.137 0.104 1.400 4.367 4.782 0.543 0.450 0.647 1.049 0.514 0.539 nan 0.204 0.398 0.358 0.198 nan 0.380 0.450 nan 0.466 0.415 0.511 0.220 0.220 0.425 0.832 0.882 nan 6503 chr2 177319334 177339044 + 0 NA Intergenic Intergenic 136591 NR_031648 100302142 NR_031648 ENSG00000283203 MIR1246 MIRN1246|hsa-mir-1246 microRNA 1246 ncRNA 1.085 1.374 1.047 0.121 0.333 3.178 0.130 0.499 0.889 0.020 0.106 0.169 0.061 1.157 0.201 0.110 0.057 0.099 0.047 0.064 0.021 0.197 0.136 0.361 0.133 0.066 0.101 0.097 0.011 0.126 0.288 0.188 3.092 0.089 0.067 0.092 0.038 0.102 0.133 0.053 0.126 0.040 0.012 0.104 0.023 0.176 0.165 0.116 0.050 0.016 0.051 0.201 0.054 0.047 0.361 0.099 0.025 0.227 0.072 0.858 0.045 0.607 0.263 0.062 0.029 0.013 0.421 0.433 0.384 0.446 0.511 0.500 1.392 0.634 0.355 0.357 0.306 0.460 1.002 0.878 1.119 0.826 0.488 0.750 0.736 0.707 0.968 2.499 1.097 0.668 9684 chr6 46860748 46973786 + 0 NA intron (NM_015234, intron 1 of 20) intron (NM_015234, intron 1 of 20) 5408 NM_015234 221395 Hs.362806 NM_015234 ENSG00000069122 ADGRF5 GPR116|KPG_001 adhesion G protein-coupled receptor F5 protein-coding 0.922 0.978 0.711 0.357 0.151 0.049 0.664 0.172 0.317 0.109 0.176 0.114 0.296 0.043 0.046 0.268 0.444 0.123 0.240 0.095 0.110 0.007 0.075 0.107 0.058 1.320 0.749 0.015 0.649 0.565 3.095 5.172 2.465 0.329 0.284 0.089 0.062 0.135 0.110 0.528 0.195 0.155 0.107 0.086 0.632 0.184 1.110 0.487 0.102 0.078 0.094 0.246 0.268 0.239 0.774 0.058 0.155 0.604 0.053 0.050 0.088 0.274 0.138 0.045 0.229 0.096 0.079 0.437 0.357 0.325 0.777 0.272 0.314 0.127 0.084 0.537 0.575 0.151 0.243 0.479 nan 0.312 0.096 0.204 0.280 0.326 0.332 0.163 0.266 0.436 0.507 9810 chr6 98483343 98494834 + 0 NA Intergenic Intergenic 16681 NR_031579 100302164 NR_031579 ENSG00000238367 MIR2113 hsa-mir-2113 microRNA 2113 ncRNA nan 0.895 nan 0.025 0.385 0.024 0.068 0.149 0.268 0.008 0.056 0.179 0.087 0.044 0.193 3.253 0.039 0.070 0.092 0.033 0.028 0.024 1.037 0.384 1.106 0.012 0.006 0.013 0.042 0.018 0.112 0.145 0.130 1.391 0.038 0.033 0.192 0.025 0.079 0.020 0.062 0.032 0.005 0.007 0.010 0.040 0.076 0.026 0.021 0.050 0.012 0.021 3.253 0.043 0.088 1.106 0.021 0.029 0.030 0.152 0.048 0.079 0.238 0.035 0.017 0.013 0.456 0.374 0.203 0.203 0.692 0.675 8.411 4.723 0.260 0.214 0.774 nan 0.348 0.428 nan 0.760 0.227 0.267 1.543 1.217 0.685 1.241 0.766 0.461 650 chr1 145199413 145255386 + 0 NA intron (NM_203458, intron 1 of 4) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 18286 NM_203458 388677 Hs.655156 NM_203458 ENSG00000264343 NOTCH2NL N2N notch 2 N-terminal like protein-coding 2.926 nan 4.445 1.538 0.654 0.237 1.508 0.322 0.597 0.965 1.248 1.659 0.861 0.260 0.460 0.377 2.258 0.493 2.006 0.799 0.588 0.528 0.497 0.423 0.304 0.944 0.691 0.724 1.082 0.906 3.468 6.596 1.916 4.570 0.957 0.840 0.127 0.957 0.306 1.325 0.239 1.135 0.770 0.536 1.245 0.637 1.753 1.247 0.906 0.917 1.712 3.130 0.377 1.865 1.360 0.304 0.976 0.949 0.044 1.358 0.466 1.331 1.287 0.745 0.620 0.487 0.238 1.705 1.372 2.652 4.904 1.080 1.237 0.376 0.225 1.207 1.159 1.040 1.525 2.904 2.987 0.767 0.344 2.049 3.228 0.475 0.567 1.705 4.891 0.994 0.985 2202 chr11 101564245 101578964 + 0 NA Intergenic HERVK-int|LTR|ERVK -116945 NM_004621 7225 Hs.159003 NM_004621 ENSG00000137672 TRPC6 FSGS2|TRP6 transient receptor potential cation channel subfamily C member 6 protein-coding 0.915 1.604 1.013 0.122 0.108 0.064 0.459 0.098 0.221 0.051 0.090 0.056 0.303 0.068 0.114 0.279 0.130 0.110 0.330 0.216 0.026 0.075 0.054 0.117 0.041 0.994 0.499 0.020 0.564 1.318 0.719 2.652 4.111 0.336 0.959 0.077 0.046 0.053 0.098 0.239 0.079 0.123 0.045 0.037 1.761 3.165 0.094 0.135 0.617 0.035 0.258 0.160 0.279 1.929 0.069 0.041 0.279 0.034 0.033 0.073 0.042 0.294 0.054 0.463 0.015 0.015 0.014 0.400 0.346 0.325 0.382 0.332 0.332 0.204 0.139 0.449 0.412 0.392 0.567 0.190 0.322 0.661 0.404 0.259 0.348 0.084 0.124 0.724 1.064 0.316 0.417 1154 chr1 224637313 224645765 + 0 NA intron (NR_136293, intron 2 of 9) intron (NR_136293, intron 2 of 9) 18942 NM_001322303 149111 Hs.731723 NM_152495 ENSG00000143786 CNIH3 CNIH-3 cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3 protein-coding 1.045 nan 1.120 0.471 0.396 0.047 1.469 0.110 0.379 1.293 0.238 0.403 3.808 0.118 0.105 0.356 0.426 0.208 0.662 0.447 0.165 0.082 0.178 0.166 0.608 0.580 0.298 0.408 1.109 1.278 0.315 1.099 1.059 0.648 0.316 0.345 0.022 0.052 0.120 0.140 0.074 1.386 0.182 0.166 0.626 0.590 1.332 0.439 0.327 0.213 0.177 0.473 0.356 1.545 0.333 0.608 0.449 2.493 0.024 0.563 0.096 0.722 0.023 0.233 0.127 0.121 0.114 0.431 0.420 1.246 2.931 0.679 nan 0.595 0.215 0.534 0.687 0.400 0.863 1.067 1.134 0.546 0.228 0.149 0.215 0.227 0.349 0.442 0.914 0.571 0.624 4635 chr17 18301214 18331926 + 0 NA intron (NR_104343, intron 1 of 1) intron (NR_104343, intron 1 of 1) 2097 NR_104343 400579 Hs.375092 NR_104343 ENSG00000220161 LINC02076 - long intergenic non-protein coding RNA 2076 ncRNA 1.308 1.388 1.072 0.197 0.524 0.576 0.441 2.516 4.538 0.112 0.372 0.289 0.295 0.075 0.611 2.616 0.465 0.163 0.237 0.130 0.485 1.137 0.580 0.297 0.862 0.195 0.353 0.279 0.219 0.062 0.583 1.503 0.339 1.200 0.033 0.956 1.092 0.555 0.075 0.218 0.472 0.159 0.614 0.322 0.149 0.318 0.123 0.429 0.992 0.637 0.225 0.312 2.616 0.133 0.688 0.862 0.267 0.317 0.636 1.299 0.568 0.329 0.508 0.752 0.659 0.161 0.063 1.545 2.386 0.425 nan 1.652 1.415 4.733 1.216 0.737 0.741 1.439 1.960 2.076 2.328 nan 2.764 0.807 1.161 2.340 2.265 1.692 2.277 0.943 0.572 895 chr1 176739818 176745098 + 0 NA intron (NM_020318, intron 17 of 22) intron (NM_020318, intron 17 of 22) 256123 NR_030163 574441 NR_030163 ENSG00000202609 MIR488 MIRN488|hsa-mir-488|mir-488 microRNA 488 ncRNA nan nan nan 0.053 0.082 0.054 0.107 0.241 0.102 0.070 0.036 0.019 0.120 0.145 0.156 0.093 0.101 0.071 0.012 0.026 0.080 0.155 0.091 0.053 0.063 0.028 0.066 0.365 0.088 0.017 0.071 0.015 0.017 0.023 0.063 0.046 0.036 0.094 0.077 0.027 0.060 0.016 0.145 0.027 0.017 0.091 0.075 0.056 0.033 0.097 0.029 5.906 0.534 0.015 2.721 2.779 13.474 3.598 nan 0.481 0.087 0.113 1.929 1.627 0.524 0.821 0.361 0.359 0.423 0.158 1.783 7.117 0.094 0.144 0.626 nan 0.572 0.650 7318 chr22 21269761 21283101 + 0 NA intron (NM_005207, intron 1 of 2) AluSc|SINE|Alu 4717 NM_005207 1399 Hs.5613 NM_005207 ENSG00000099942 CRKL - CRK like proto-oncogene, adaptor protein protein-coding 2.506 nan 2.127 2.008 0.972 0.826 2.320 0.937 1.664 0.880 3.042 0.587 6.539 0.391 1.031 1.342 0.808 0.339 2.485 0.543 1.249 0.457 0.900 0.442 1.877 0.493 0.524 1.658 2.031 0.918 2.060 nan 1.930 2.561 0.662 0.939 0.329 1.026 0.100 0.389 0.681 2.160 1.094 0.479 1.053 0.553 1.266 0.817 1.141 1.981 1.085 1.494 1.342 2.429 1.510 1.877 0.559 0.843 0.450 1.723 1.103 1.259 0.423 0.807 0.873 0.307 0.168 2.097 1.698 2.048 3.109 2.261 2.160 1.984 0.808 4.788 4.861 2.780 3.711 1.804 2.873 2.482 2.372 1.029 1.865 1.173 1.202 2.005 2.362 2.805 1.532 5237 chr18 30419987 30429524 + 0 NA Intergenic Intergenic -71781 NM_020805 57565 Hs.446164 NM_020805 ENSG00000197705 KLHL14 - kelch like family member 14 protein-coding nan 0.942 0.876 0.040 0.185 0.029 0.007 0.050 0.241 0.049 0.010 0.046 0.103 0.074 0.319 0.039 0.033 0.078 0.020 0.013 0.029 0.067 0.068 0.237 0.008 0.015 0.052 0.025 0.083 0.059 0.295 0.035 0.170 0.034 0.033 0.066 0.039 0.019 0.025 0.012 0.091 0.105 0.034 0.022 0.025 0.062 0.319 0.015 0.237 0.037 0.032 0.016 0.084 0.141 0.024 0.016 0.449 0.379 5.929 1.136 0.326 0.560 0.274 0.201 0.101 0.098 0.151 0.227 nan 0.446 0.451 0.216 0.210 0.390 0.675 0.770 0.493 0.845 1.036 0.803 1910 chr11 41397418 41482917 + 0 NA intron (NM_001258419, intron 1 of 6) L3|LINE|CR1 41019 NM_001258419 57689 Hs.745123 NM_020929 ENSG00000148948 LRRC4C NGL-1|NGL1 leucine rich repeat containing 4C protein-coding nan 0.915 0.633 0.060 0.073 0.025 0.027 0.202 0.383 0.006 0.070 0.028 0.023 0.043 0.098 0.071 0.065 0.060 0.037 0.011 0.011 0.027 0.243 0.199 0.058 0.003 0.013 0.022 0.096 0.016 0.063 0.086 0.105 0.265 0.014 0.032 0.211 3.517 0.171 0.007 0.031 0.055 0.017 0.009 0.060 0.013 0.088 0.214 0.024 0.042 0.026 0.026 0.071 0.034 0.019 0.058 0.006 0.023 0.009 0.017 0.020 0.026 0.040 0.091 0.023 0.019 0.011 0.739 0.640 0.217 0.258 0.214 0.300 1.640 0.811 0.127 0.133 0.222 0.391 0.222 0.207 0.252 0.079 0.135 0.192 1.156 0.793 0.239 nan 1.395 0.863 2762 chr12 66419176 66461885 + 0 NA Intergenic Intergenic -15684 NR_146530 105369810 NR_146530 ENSG00000256259 LINC02425 - long intergenic non-protein coding RNA 2425 ncRNA 0.721 0.577 0.635 0.101 0.105 0.022 0.056 0.086 0.185 0.020 0.152 0.699 0.026 0.030 0.075 0.453 0.125 0.053 0.087 0.084 0.083 2.965 0.069 0.100 0.052 0.060 0.034 0.019 0.137 0.181 0.106 0.269 0.218 0.241 0.072 0.091 0.016 0.722 0.098 0.074 0.020 0.069 0.022 0.020 0.135 0.033 0.097 0.211 0.088 0.145 0.022 0.080 0.453 0.061 0.191 0.052 0.057 0.065 0.023 0.052 0.036 0.046 0.203 0.188 0.048 0.627 0.593 0.487 0.422 0.308 0.912 0.399 nan 0.134 0.113 0.174 0.169 0.960 1.261 0.310 0.328 0.580 0.404 0.435 0.491 0.046 0.059 0.280 0.504 0.307 0.464 3076 chr13 21631841 21656513 + 0 NA Intergenic Intergenic -8455 NM_014572 26524 Hs.78960 NM_014572 ENSG00000150457 LATS2 KPM large tumor suppressor kinase 2 protein-coding 0.902 0.692 0.861 1.220 0.196 0.020 0.453 0.045 0.106 0.449 1.926 0.209 0.521 0.039 0.098 0.062 1.469 0.268 0.530 0.169 1.091 0.467 0.089 0.057 0.103 0.182 0.200 2.050 0.235 0.278 0.798 1.260 0.347 0.247 0.112 0.593 0.023 4.107 0.178 0.224 0.080 1.476 2.320 1.090 0.284 0.213 0.610 0.854 1.228 1.371 0.478 0.873 0.062 1.459 0.415 0.103 0.332 1.213 0.051 4.203 0.029 0.577 0.044 0.034 0.493 1.303 0.811 0.323 0.270 1.119 nan 0.568 0.551 0.211 0.077 0.312 0.311 1.062 1.447 0.307 0.365 0.678 0.362 0.234 0.348 0.039 0.051 0.175 0.284 0.590 0.555 7885 chr3 141818403 141848832 + 0 NA intron (NM_001178139, intron 1 of 12) HAL1b|LINE|L1 34769 NM_001178139 7029 Hs.379018 NM_006286 ENSG00000114126 TFDP2 DP2 transcription factor Dp-2 protein-coding 1.287 nan nan 0.140 0.200 0.082 0.211 0.258 0.515 0.032 0.102 0.113 0.045 0.032 0.076 0.102 0.251 0.185 0.086 0.025 0.031 0.005 0.318 0.313 0.192 0.052 0.033 0.117 0.147 0.052 0.098 0.227 0.177 0.265 0.062 0.062 0.025 0.068 0.108 0.009 0.136 0.094 0.053 0.046 0.024 0.028 0.101 0.082 0.086 0.114 0.013 0.271 0.102 0.084 0.112 0.192 0.024 0.120 0.172 0.078 0.017 0.143 0.088 0.297 0.057 0.017 0.018 0.315 0.264 0.305 0.450 0.378 0.518 nan 0.322 0.316 0.265 5.588 6.104 0.296 nan nan 0.887 0.240 0.355 0.074 0.106 0.931 1.583 0.891 0.645 3608 chr14 61222442 61235863 + 0 NA intron (NM_001177963, intron 1 of 6) AluSx1|SINE|Alu 27693 NM_002431 4331 Hs.509523 NM_002431 ENSG00000020426 MNAT1 CAP35|MAT1|RNF66|TFB3 MNAT1, CDK activating kinase assembly factor protein-coding nan nan 0.988 0.852 3.459 0.955 0.087 2.856 5.843 0.142 0.151 0.210 0.026 0.059 1.039 1.256 0.749 0.132 0.434 0.099 0.075 0.010 0.433 0.233 3.714 0.118 0.043 0.011 0.297 0.071 0.167 0.383 0.425 0.645 0.207 0.121 0.135 0.089 0.134 0.018 2.047 0.089 0.031 0.012 0.138 0.119 0.646 0.173 0.073 0.106 0.059 0.322 1.256 0.229 0.126 3.714 0.101 0.229 0.088 0.117 0.015 0.271 0.077 0.119 0.079 0.009 0.004 0.324 0.252 0.549 0.804 3.523 4.488 4.283 2.514 nan 0.675 0.461 0.729 2.752 nan 0.765 0.332 0.239 0.414 1.622 1.605 0.195 0.444 0.501 0.368 8633 chr4 170164281 170179817 + 0 NA intron (NM_020870, intron 2 of 11) L2a|LINE|L2 20200 NM_020870 57630 Hs.301804 NM_020870 ENSG00000154447 SH3RF1 POSH|RNF142|SH3MD2 SH3 domain containing ring finger 1 protein-coding nan nan 1.109 2.978 0.186 0.054 1.518 0.277 0.427 0.296 1.363 1.386 1.723 0.302 0.032 0.304 1.366 0.155 1.299 0.624 1.644 0.009 0.202 0.100 0.296 1.648 0.986 0.014 1.640 1.859 1.432 3.263 0.532 0.379 1.225 0.075 0.345 0.063 0.110 1.000 0.154 0.243 0.570 0.270 2.282 1.749 0.438 0.253 1.441 0.225 2.351 0.998 0.304 1.626 3.245 0.296 0.452 0.148 0.201 0.037 0.215 0.748 0.145 0.829 0.862 0.604 0.402 0.247 0.249 4.480 nan 0.269 0.324 0.124 0.040 0.277 0.207 1.277 1.793 0.698 0.670 1.740 1.711 0.230 0.362 1.165 1.196 0.910 2.430 0.749 0.517 10845 chr8 22435126 22441290 + 0 NA exon (NM_021630, exon 2 of 10) exon (NM_021630, exon 2 of 10) 221 NM_176871 64236 Hs.632034 NM_021630 ENSG00000120913 PDLIM2 MYSTIQUE|SLIM PDZ and LIM domain 2 protein-coding nan 0.981 nan 3.366 0.128 0.207 3.674 0.492 0.712 0.741 0.645 0.406 0.279 0.116 0.129 0.315 0.098 0.064 0.569 0.429 0.207 0.280 0.187 0.759 2.262 2.429 0.291 2.890 3.724 0.681 0.993 1.377 0.629 2.145 0.160 0.046 0.143 0.090 0.288 0.132 2.976 2.193 1.150 2.938 1.227 0.609 0.485 1.057 0.302 0.026 1.431 0.315 2.776 0.279 0.759 0.521 0.656 0.110 1.003 0.082 0.977 0.065 0.081 2.323 0.484 0.272 0.463 0.837 1.031 1.718 nan 2.085 nan 0.498 0.438 0.548 0.146 0.218 0.569 0.786 0.386 0.343 0.334 0.543 0.264 0.240 0.114 0.305 nan nan 7558 chr3 30381898 30398187 + 0 NA Intergenic Intergenic -170318 NR_147054 101928015 Hs.581534 NR_147054 LINC01985 - long intergenic non-protein coding RNA 1985 ncRNA 0.656 1.725 0.725 0.764 0.230 0.161 1.182 0.226 0.385 0.788 0.546 1.314 0.004 0.452 0.082 0.141 0.345 0.081 1.446 0.966 1.359 2.218 0.251 0.294 0.210 1.097 0.610 0.606 1.376 1.269 3.450 1.258 1.341 2.394 0.340 0.470 0.093 0.121 2.078 0.069 1.549 2.248 1.326 0.886 0.582 0.360 5.235 1.302 0.703 0.450 1.076 0.141 0.420 0.635 0.210 1.108 0.312 0.017 0.582 0.186 0.921 0.043 0.015 5.459 0.487 0.730 0.161 0.175 0.322 0.679 0.291 0.354 3.530 0.775 0.172 0.106 1.339 nan 0.399 0.462 0.528 0.220 0.132 0.139 2.217 1.949 0.191 0.334 0.648 0.427 9364 chr5 176793060 176808049 + 0 NA TTS (NM_006480) TTS (NM_006480) -10878 NM_003052 6569 Hs.936 NM_003052 ENSG00000131183 SLC34A1 FRTS2|HCINF2|NAPI-3|NPHLOP1|NPT2|NPTIIa|SLC11|SLC17A2 solute carrier family 34 member 1 protein-coding 0.997 0.756 1.390 0.203 0.217 0.110 0.685 0.160 0.226 0.134 0.648 0.270 0.086 0.249 0.274 0.178 0.105 0.054 0.379 0.229 0.094 0.194 0.114 0.093 0.351 0.380 0.205 0.235 1.062 0.568 0.241 1.537 0.390 0.833 0.106 2.380 0.045 0.260 0.109 0.126 0.163 0.222 0.254 0.219 0.219 0.194 0.192 0.321 1.352 1.231 2.220 0.921 0.178 0.494 0.439 0.351 0.311 0.221 0.171 1.212 0.149 0.217 0.271 0.174 0.152 0.123 0.084 0.285 0.544 0.751 nan 0.550 0.702 0.738 0.185 0.245 0.349 0.513 nan 0.583 0.724 0.690 0.485 0.289 0.412 0.425 0.444 0.566 0.877 0.349 0.283 3264 chr13 96179434 96218370 + 0 NA intron (NM_182848, intron 1 of 4) intron (NM_182848, intron 1 of 4) -6045 NM_006984 9071 Hs.534377 NM_006984 ENSG00000134873 CLDN10 CPETRL3|HELIX|OSP-L|OSPL claudin 10 protein-coding 0.958 1.131 0.875 0.088 0.115 0.037 0.325 0.148 0.313 0.010 0.151 0.486 0.009 0.153 0.080 0.433 0.154 0.112 0.225 0.069 0.070 0.125 0.089 0.095 0.094 0.037 0.033 0.079 0.208 1.298 4.074 0.687 1.022 0.401 0.372 0.032 0.061 0.096 0.188 0.119 0.192 0.066 0.042 0.055 0.151 0.300 0.144 0.215 0.113 0.272 0.962 0.433 0.125 0.901 0.095 0.433 0.111 0.015 0.213 0.541 0.166 0.185 0.143 0.194 0.031 0.021 0.531 0.521 0.277 0.410 0.344 0.479 1.181 0.229 0.530 0.527 0.156 0.295 0.804 0.922 0.364 0.170 0.329 0.729 0.081 0.101 0.369 0.650 0.172 0.189 3402 chr14 23745915 23757620 + 0 NA intron (NM_020834, intron 1 of 1) intron (NM_020834, intron 1 of 1) 3542 NM_020834 57594 Hs.632332 NM_020834 ENSG00000215271 HOMEZ KIAA1443 homeobox and leucine zipper encoding protein-coding nan 1.977 3.010 1.131 1.490 1.279 0.788 0.599 1.126 0.328 0.589 0.731 0.595 0.296 1.293 0.471 1.010 0.300 1.335 0.647 0.762 0.591 0.366 0.253 0.994 0.819 0.715 0.308 1.078 0.441 2.461 4.072 1.665 2.675 0.474 0.928 0.221 1.335 0.107 0.383 0.658 1.039 0.771 0.293 0.671 0.830 0.824 1.073 1.320 1.046 0.977 0.935 0.471 1.012 0.831 0.994 0.670 0.431 0.333 1.418 0.771 1.017 0.659 4.128 0.856 0.364 0.170 0.467 0.661 1.114 1.573 1.849 1.354 1.317 0.269 1.524 1.604 1.173 1.643 1.529 nan 2.457 2.538 0.685 1.322 1.108 1.094 5.866 10.905 0.881 0.634 6050 chr2 42784735 42798057 + 0 NA intron (NM_001282755, intron 2 of 17) intron (NM_001282755, intron 2 of 17) -3789 NM_001282756 57504 Hs.435413 NM_020744 ENSG00000057935 MTA3 - metastasis associated 1 family member 3 protein-coding 1.713 nan 1.629 0.943 1.062 0.382 1.010 0.682 1.184 1.624 0.668 0.402 0.289 0.383 0.919 0.625 0.414 0.199 1.219 0.312 0.884 1.153 0.636 0.424 1.631 0.442 0.318 0.746 0.572 0.303 1.314 nan 1.708 2.284 0.540 0.812 0.065 1.422 0.149 0.248 0.452 1.050 0.908 0.591 0.319 1.276 5.196 0.508 1.983 1.532 0.991 2.257 0.625 1.148 0.687 1.631 0.964 4.881 0.372 2.325 0.575 0.605 1.956 0.490 0.339 0.258 0.188 1.821 2.339 1.225 1.226 nan 2.006 1.617 0.660 3.869 3.918 0.841 1.198 3.815 4.027 1.159 1.091 1.951 3.111 0.366 0.272 0.845 nan nan 0.629 3501 chr14 36829749 36857889 + 0 NA Intergenic Intergenic -53937 NM_001144891 51562 Hs.368647 NM_016586 ENSG00000151332 MBIP - MAP3K12 binding inhibitory protein 1 protein-coding 1.010 1.656 0.730 0.097 0.758 2.120 0.341 0.314 0.712 0.003 0.078 0.104 1.713 0.126 0.845 0.278 0.236 0.137 0.119 0.040 0.032 0.015 0.325 0.186 0.336 0.764 0.391 0.008 0.135 0.205 1.219 7.342 0.827 1.943 0.286 0.079 0.098 0.046 0.121 0.078 0.124 0.055 0.024 0.014 0.291 0.116 0.065 0.115 0.058 0.020 0.025 0.176 0.278 0.117 0.443 0.336 0.299 0.288 0.034 0.050 0.134 0.045 0.021 0.040 0.019 0.014 0.004 0.181 0.101 0.256 0.360 1.061 1.343 0.300 0.310 0.223 0.229 0.802 1.116 1.028 0.782 0.736 0.346 0.143 0.191 0.336 0.453 0.111 0.222 1.774 0.882 1982 chr11 62596972 62611774 + 0 NA intron (NM_018093, intron 4 of 11) AluSx|SINE|Alu 2758 NM_001307977 54663 Hs.654620 NM_018093 ENSG00000133316 WDR74 - WD repeat domain 74 protein-coding nan 3.021 1.959 2.981 5.028 3.264 2.180 1.722 3.147 0.903 3.582 1.979 1.547 1.396 4.042 2.190 2.062 0.452 2.265 1.025 1.524 1.874 1.416 0.981 2.461 1.532 1.639 1.372 1.766 1.285 4.091 6.272 2.341 8.462 1.542 2.252 0.715 3.915 0.189 0.889 2.069 4.113 3.647 1.738 1.434 1.597 3.715 3.736 3.482 2.756 1.296 1.533 2.190 3.788 2.133 2.461 1.164 1.474 1.013 2.794 1.795 2.328 1.922 1.722 2.539 1.381 0.862 6.823 7.078 3.582 6.084 7.351 6.593 6.644 4.300 9.943 10.629 3.144 4.254 5.923 8.220 6.412 6.774 4.109 6.004 4.809 5.322 4.014 5.368 3.470 1.829 5226 chr18 28521588 28527127 + 0 NA Intergenic Intergenic 98424 NM_001941 1825 Hs.41690 NM_001941 ENSG00000134762 DSC3 CDHF3|DSC|DSC1|DSC2|DSC4|HT-CP desmocollin 3 protein-coding 0.528 0.687 0.871 0.077 0.096 0.020 0.038 0.058 0.137 0.162 0.049 0.053 0.096 0.138 0.055 0.029 0.058 0.035 0.057 0.060 0.043 0.041 0.099 0.019 0.058 0.079 0.025 0.291 0.059 0.016 0.019 0.112 0.083 0.011 0.028 0.019 0.027 0.087 0.071 0.026 0.030 0.037 0.138 0.077 0.050 0.043 0.015 0.017 0.021 0.036 0.029 0.071 0.044 0.031 1.013 0.571 9.564 nan 0.371 0.494 0.143 0.155 0.236 0.321 0.133 0.207 0.412 0.485 0.299 0.089 0.115 0.241 0.076 0.111 0.090 0.177 0.849 0.816 3423 chr14 29119878 29132902 + 0 NA Intergenic Intergenic 108135 NR_125758 103695363 Hs.569360 NR_125758 FOXG1-AS1 FOXG1-AS FOXG1 antisense RNA 1 ncRNA 0.943 0.919 0.932 0.666 0.960 0.074 1.120 0.228 0.270 0.007 0.218 0.432 0.030 0.077 0.403 0.609 0.120 0.099 1.436 0.379 0.550 0.168 0.109 0.377 0.176 0.060 0.006 0.526 0.701 0.942 2.525 0.213 0.758 1.640 0.241 0.411 0.041 0.141 0.444 0.091 0.234 0.088 0.051 0.500 1.100 0.071 0.254 0.069 0.038 0.351 0.503 0.609 1.159 0.034 0.377 0.686 0.790 0.022 0.053 0.078 1.229 0.015 0.029 0.950 0.058 0.039 0.192 0.141 0.258 0.353 0.441 0.590 11.309 5.295 0.243 0.226 0.445 0.522 0.691 0.795 0.702 0.317 0.115 0.117 2.292 2.701 0.195 0.222 0.437 0.506 5980 chr2 26971791 26995467 + 0 NA Intergenic LTR56|LTR|ERV1 -3513 NM_017877 54978 Hs.1594 NM_017877 ENSG00000213699 SLC35F6 ANT2BP|C2orf18|TANGO9 solute carrier family 35 member F6 protein-coding 1.482 1.337 1.479 0.845 0.513 0.378 2.919 0.386 0.714 1.450 1.357 1.867 0.170 0.127 0.852 0.606 0.773 0.163 2.684 1.142 1.932 0.244 0.405 0.306 0.475 0.865 0.614 1.586 0.964 0.494 1.952 3.674 1.457 2.271 0.905 1.333 0.128 0.928 0.126 0.792 0.453 3.744 2.260 1.045 1.421 1.258 1.054 0.845 3.009 1.645 4.512 1.835 0.606 3.253 1.268 0.475 1.124 1.449 0.292 1.998 0.411 2.135 0.451 1.432 0.710 0.929 0.633 1.362 1.788 0.704 1.245 1.189 1.162 2.287 0.824 1.518 1.744 1.260 1.932 1.372 nan 1.140 0.914 0.780 1.053 0.564 0.966 2.089 3.530 1.482 0.806 6539 chr2 187700185 187722924 + 0 NA intron (NM_182521, intron 2 of 8) L1PB4|LINE|L1 2343 NM_182521 151112 Hs.375054 NM_182521 ENSG00000163012 ZSWIM2 MEX|ZZZ2 zinc finger SWIM-type containing 2 protein-coding 1.147 0.798 0.713 0.041 0.789 0.019 0.056 0.212 0.384 0.075 0.221 0.097 0.026 0.071 0.225 0.118 2.150 0.112 0.134 0.051 0.042 4.945 0.104 0.163 0.105 0.012 0.006 0.039 0.059 0.032 0.071 0.101 0.134 1.070 0.057 0.066 0.235 0.447 0.100 0.098 0.095 0.081 0.008 0.021 0.029 0.013 0.047 0.080 0.036 0.072 0.048 0.041 0.118 0.072 0.041 0.105 0.032 0.033 0.140 0.077 0.348 0.056 0.095 0.027 0.050 0.018 0.011 0.384 0.281 0.205 0.346 0.302 0.336 1.191 0.542 0.375 0.358 nan 0.519 1.609 1.474 0.599 0.320 0.157 0.287 0.737 0.707 0.365 nan 0.454 0.303 6798 chr20 2449220 2452379 + 0 NA intron (NM_003091, intron 1 of 6) intron (NM_003091, intron 1 of 6) 700 NM_003091 6628 Hs.83753 NM_003091 ENSG00000125835 SNRPB CCMS|COD|SNRPB1|Sm-B/B'|SmB/B'|SmB/SmB'|snRNP-B small nuclear ribonucleoprotein polypeptides B and B1 protein-coding 9.639 6.801 5.696 3.425 5.475 2.835 3.199 4.447 7.974 1.684 5.008 2.933 0.825 2.559 2.754 6.157 3.060 0.558 3.342 0.658 1.868 3.075 1.998 1.225 6.545 3.919 4.607 2.413 1.603 2.089 3.358 8.116 2.507 12.405 3.195 6.371 1.112 3.396 0.187 1.766 1.342 5.631 7.404 3.161 3.156 2.339 4.044 4.860 6.179 4.811 1.670 4.401 6.157 4.630 4.353 6.545 3.157 4.023 1.906 4.481 4.698 4.574 1.791 2.829 2.312 3.713 2.478 12.931 11.288 10.451 14.437 12.393 11.829 14.309 8.802 15.896 17.064 9.241 10.245 15.996 22.271 14.459 18.526 10.361 14.066 8.177 9.260 9.566 9.527 3.769 1.953 4127 chr15 90355012 90373528 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -6198 NM_001150 290 Hs.1239 NM_001150 ENSG00000166825 ANPEP APN|CD13|GP150|LAP1|P150|PEPN alanyl aminopeptidase, membrane protein-coding nan nan nan 0.498 0.090 0.015 1.613 0.087 0.247 0.993 2.061 1.647 0.027 0.048 0.054 0.180 0.276 0.160 0.281 0.429 1.052 0.041 0.119 0.120 0.097 0.818 0.520 0.250 0.084 0.432 0.100 0.352 0.100 0.397 0.500 0.175 0.010 0.059 0.065 0.218 0.064 5.569 0.478 0.315 1.134 0.116 3.458 6.787 1.086 1.080 0.034 0.403 0.180 0.225 0.197 0.097 0.077 0.777 0.047 0.716 0.071 1.415 0.032 0.067 0.808 0.365 0.386 0.260 0.252 0.199 0.317 0.250 0.260 nan 0.158 0.395 0.410 0.179 0.350 0.178 0.243 nan 0.279 0.236 0.278 0.068 0.121 0.184 nan 0.257 0.285 8529 chr4 120648980 120657729 + 0 NA Intergenic MER50|LTR|ERV1 72316 NR_110660 101927007 Hs.143958 NR_110660 ENSG00000250772 LINC01365 - long intergenic non-protein coding RNA 1365 ncRNA 0.590 0.696 nan 1.121 0.249 0.006 1.766 0.182 0.219 0.447 0.426 4.058 3.650 0.023 0.072 0.147 2.658 0.148 0.644 0.130 0.810 0.127 0.018 0.067 0.150 0.582 0.241 0.119 1.752 0.946 0.505 0.678 0.462 0.173 1.865 0.128 0.032 0.074 0.081 1.663 0.055 0.095 0.124 0.045 0.228 0.106 0.406 0.504 0.167 0.016 0.054 0.145 0.147 0.219 4.787 0.150 0.186 2.298 0.033 0.106 0.070 1.412 0.057 0.043 0.165 0.046 0.069 0.219 0.178 0.863 3.505 0.314 0.277 0.311 0.146 0.153 0.153 0.237 0.363 0.332 0.244 0.294 0.169 0.171 0.159 0.082 0.167 0.191 0.231 0.311 0.214 8773 chr5 13982998 13993216 + 0 NA Intergenic Intergenic -43518 NM_001369 1767 Hs.212360 NM_001369 ENSG00000039139 DNAH5 CILD3|DNAHC5|HL1|KTGNR|PCD dynein axonemal heavy chain 5 protein-coding nan nan nan 0.340 0.341 0.265 5.298 0.063 0.186 0.196 0.943 1.918 0.030 0.038 0.162 0.196 0.757 0.308 2.772 1.693 0.518 0.054 0.215 0.220 0.082 2.285 1.552 0.195 1.020 1.341 0.173 1.050 0.241 nan 1.247 0.944 0.037 0.595 0.163 0.689 0.047 2.478 1.246 0.856 1.455 0.999 0.545 0.625 0.335 0.693 0.097 0.342 0.196 1.245 2.855 0.082 0.060 0.481 0.118 0.809 0.282 1.386 0.077 0.036 0.424 0.310 0.264 0.477 0.323 0.560 1.053 0.462 0.517 0.182 0.095 0.176 0.162 nan 1.087 1.027 0.916 0.666 0.336 0.249 0.299 0.090 0.154 0.152 nan 1.169 0.949 8167 chr3 193739438 193931437 + 0 NA Intergenic Intergenic -18494 NM_005524 3280 Hs.250666 NM_005524 ENSG00000114315 HES1 HES-1|HHL|HRY|bHLHb39 hes family bHLH transcription factor 1 protein-coding nan 1.790 1.253 0.888 0.981 1.316 0.759 0.680 1.282 0.338 0.259 0.400 0.214 0.370 0.244 0.431 0.702 0.185 0.532 0.287 0.279 0.165 0.724 0.429 0.719 0.789 0.634 0.177 0.779 0.325 1.346 nan 0.713 nan 0.316 0.270 0.216 0.347 0.083 0.196 0.353 0.595 0.418 0.180 0.352 0.292 1.421 0.381 0.620 0.632 0.789 1.186 0.431 1.075 0.399 0.719 0.283 0.439 0.268 0.996 0.489 0.404 0.475 0.247 0.287 0.166 0.126 0.850 1.039 0.897 2.344 0.798 0.765 2.828 1.264 0.937 0.953 0.413 0.723 1.595 1.638 1.195 0.957 0.627 0.813 0.896 0.928 0.532 0.816 1.074 0.682 2408 chr12 2273605 2284675 + 0 NA intron (NM_000719, intron 3 of 46) intron (NM_000719, intron 3 of 46) 53507 NR_046578 100874234 Hs.372570 NR_046578 ENSG00000256025 CACNA1C-AS4 - CACNA1C antisense RNA 4 ncRNA 1.075 nan nan 0.057 0.071 0.056 0.047 0.101 0.229 0.123 0.068 0.006 0.180 0.065 0.441 0.270 0.159 0.010 0.013 0.299 0.171 0.196 0.044 0.013 0.007 0.096 0.010 0.138 0.865 0.114 0.398 0.026 0.049 0.043 0.078 0.133 0.071 0.083 0.049 0.021 0.068 0.189 0.052 0.205 0.066 0.064 0.269 0.018 0.441 0.039 0.033 0.196 0.087 0.038 0.092 0.134 0.037 0.072 0.146 3.433 0.021 0.005 0.004 0.245 0.188 0.195 0.207 nan 0.752 0.153 0.108 0.390 0.359 0.622 1.066 0.369 0.334 0.568 0.369 0.255 0.397 0.182 0.206 4.381 10.221 0.410 0.443 6569 chr2 198296199 198301733 + 0 NA intron (NM_001005526, intron 1 of 4) intron (NM_001005526, intron 1 of 4) 851 NM_001005526 23451 Hs.632554 NM_012433 ENSG00000115524 SF3B1 Hsh155|MDS|PRP10|PRPF10|SAP155|SF3b155 splicing factor 3b subunit 1 protein-coding 4.809 nan 3.462 3.617 4.472 2.273 3.853 1.855 3.701 1.032 3.579 2.275 1.355 1.356 1.546 2.219 2.844 0.234 3.953 1.306 3.289 1.577 1.667 1.191 3.162 2.831 2.493 1.479 3.708 1.474 3.919 4.674 3.254 7.255 2.074 3.811 0.292 2.632 0.100 2.043 1.218 4.823 3.707 1.468 2.714 1.940 3.172 2.407 2.787 3.176 1.898 2.129 2.219 3.181 4.095 3.162 1.481 1.831 1.120 3.027 2.221 2.300 1.756 2.398 2.377 1.613 1.257 5.004 4.738 6.678 9.473 4.868 5.145 6.231 3.576 17.322 19.713 3.985 5.060 6.625 9.816 7.633 7.331 4.588 8.284 2.388 3.041 7.455 6.856 2.453 1.528 7139 chr21 18894079 18903279 + 0 NA intron (NM_001207065, intron 1 of 2) intron (NM_001207065, intron 1 of 2) 13455 NM_001207063 1525 Hs.627078 NM_001338 ENSG00000154639 CXADR CAR|CAR4/6|HCAR CXADR, Ig-like cell adhesion molecule protein-coding 0.792 0.763 nan 0.833 0.152 0.078 0.172 0.261 0.183 0.177 0.076 0.020 3.407 0.263 0.171 0.222 0.008 0.105 0.147 0.041 0.233 0.045 0.103 0.162 0.209 0.265 0.078 0.107 0.115 0.080 0.313 1.614 0.284 0.712 0.175 0.211 0.021 0.119 0.055 0.112 0.128 0.026 0.034 0.399 0.603 0.119 0.929 0.152 0.172 0.296 0.222 0.278 0.420 0.209 0.252 0.298 0.558 0.232 0.173 0.173 0.017 0.013 0.022 1.281 1.888 1.128 0.909 0.452 0.480 0.384 0.051 0.388 0.328 0.763 1.103 0.213 0.231 0.557 0.360 0.293 0.799 0.227 0.292 0.330 0.622 0.459 0.520 498 chr1 87377835 87382561 + 0 NA promoter-TSS (NR_144512) promoter-TSS (NR_144512) -40 NR_144512 9403 Hs.362728 NM_004261 ENSG00000183291 SELENOF SEP15 selenoprotein F protein-coding 5.523 nan nan 4.619 4.706 3.139 2.511 2.261 5.013 1.054 4.276 3.436 1.377 1.666 3.580 2.578 4.041 0.413 3.708 1.241 1.174 2.118 1.561 0.748 4.731 1.603 1.497 1.829 2.087 0.808 3.515 5.588 2.021 11.489 1.301 2.031 0.764 3.123 0.102 0.983 2.657 3.795 2.122 1.304 1.729 1.751 3.644 2.770 2.101 3.312 1.861 3.143 2.578 3.790 5.138 4.731 0.933 1.143 1.012 3.007 2.080 2.335 1.967 2.479 1.579 1.109 0.901 5.840 6.332 5.877 9.002 9.265 8.832 9.240 6.091 14.377 15.834 6.461 7.265 11.399 18.090 8.437 8.841 4.052 7.171 3.856 4.932 10.003 8.578 4.157 2.135 3520 chr14 42069188 42088522 + 0 NA intron (NM_001346173, intron 1 of 4) intron (NM_001346173, intron 1 of 4) 2796 NM_152447 145581 Hs.136893 NM_152447 ENSG00000165379 LRFN5 C14orf146|FIGLER8|SALM5 leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 5 protein-coding nan 0.914 nan 0.059 1.602 8.069 0.029 0.606 1.038 0.010 0.052 0.051 0.050 0.057 1.629 0.377 0.512 0.150 0.115 0.039 0.020 0.537 0.171 0.138 2.226 0.004 0.019 0.282 0.063 0.148 0.166 0.295 0.081 13.982 0.045 0.413 0.072 0.089 0.134 0.038 1.873 0.415 0.009 0.020 0.023 0.058 0.042 0.227 0.091 0.141 0.482 0.034 0.377 0.123 0.033 2.226 0.047 0.020 0.082 0.113 0.136 0.033 0.015 0.308 0.017 0.006 0.016 0.273 0.228 0.130 0.217 11.993 10.020 1.910 0.491 0.634 0.690 3.784 4.616 1.500 1.909 1.753 1.871 0.074 0.164 0.415 0.314 0.699 1.153 1.986 1.155 8012 chr3 172050511 172078295 + 0 NA intron (NM_022763, intron 20 of 25) intron (NM_022763, intron 20 of 25) 101843 NM_198407 2693 Hs.130212 NM_004122 ENSG00000121853 GHSR GHDP growth hormone secretagogue receptor protein-coding 1.540 1.255 0.858 0.478 0.260 0.072 0.337 0.646 1.192 0.092 0.224 0.243 0.105 0.044 0.103 0.321 0.890 0.203 0.283 0.089 0.598 0.020 1.031 0.619 0.212 0.250 0.131 0.112 0.319 0.057 0.153 0.221 0.437 0.210 0.105 0.185 0.117 0.066 0.107 0.042 0.145 0.129 0.061 0.056 0.071 0.033 0.500 0.128 0.261 0.218 0.155 0.814 0.321 0.129 0.209 0.212 0.238 0.289 0.052 0.167 0.194 0.144 0.125 0.148 0.038 0.033 0.024 0.290 0.226 0.472 0.813 0.418 0.497 5.395 2.292 0.286 0.320 0.783 1.078 0.771 0.766 0.655 0.312 0.243 0.387 0.684 1.138 0.314 0.622 2.186 1.056 4311 chr16 29268288 29286213 + 0 NA Intergenic Intergenic -36358 NR_002939 440352 Hs.658149 NR_002939 SNX29P2 RUNDC2C sorting nexin 29 pseudogene 2 pseudo 0.639 0.602 nan 1.895 0.299 0.226 1.865 0.098 0.214 0.369 0.459 2.948 0.052 0.084 0.842 0.446 0.532 0.159 1.198 0.878 1.182 0.008 0.096 0.069 0.113 0.985 0.551 0.444 0.241 0.452 1.609 2.973 0.312 0.950 1.548 2.065 0.011 0.066 0.080 1.019 0.048 3.826 1.231 0.743 0.525 0.604 1.951 0.712 1.058 6.066 0.590 1.719 0.446 1.181 1.590 0.113 0.287 1.136 0.119 4.595 0.178 0.867 0.022 0.028 1.989 0.835 1.280 0.222 0.120 0.210 0.366 0.308 0.353 nan 0.138 0.227 0.162 0.110 0.332 1.389 1.732 0.666 0.665 0.370 0.302 0.088 0.251 0.090 0.190 0.529 0.402 10142 chr7 5587477 5611068 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -28932 NM_001101 60 Hs.520640 NM_001101 ENSG00000075624 ACTB BRWS1|PS1TP5BP1 actin beta protein-coding 2.601 1.505 2.224 3.383 1.037 0.582 1.383 0.405 0.821 1.093 3.396 2.255 1.486 0.182 0.695 1.221 1.170 0.408 1.147 0.698 3.887 1.556 0.476 0.331 1.422 2.131 2.249 1.742 2.474 0.989 1.618 nan 1.768 nan 0.998 3.486 0.217 3.264 0.190 0.943 0.535 3.907 2.109 1.041 1.288 0.848 2.111 1.923 3.689 3.508 0.850 2.185 1.221 2.197 2.355 1.422 2.045 1.682 0.794 4.863 1.269 1.430 0.286 0.650 1.926 0.724 0.402 1.669 1.517 1.473 nan 1.965 1.297 nan 0.819 3.484 3.594 1.070 1.640 nan 3.939 1.040 0.814 0.525 0.682 1.572 2.056 1.484 2.124 0.979 0.680 9851 chr6 112030492 112040273 + 0 NA intron (NM_153047, intron 2 of 10) intron (NM_153047, intron 2 of 10) 5883 NM_153047 2534 Hs.390567 NM_002037 ENSG00000010810 FYN SLK|SYN|p59-FYN FYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase protein-coding nan 1.241 nan 0.361 1.398 0.327 0.161 0.760 1.451 0.020 0.136 0.189 0.038 0.134 1.528 1.458 0.513 0.152 0.078 0.129 0.100 0.260 0.218 0.658 0.040 0.037 0.022 0.050 0.011 0.123 0.388 0.294 4.454 0.060 0.047 0.166 0.067 0.106 0.060 0.982 0.069 0.049 0.052 0.060 0.104 0.318 0.024 0.141 0.195 0.013 1.458 0.085 0.066 0.658 0.100 0.051 1.364 0.183 0.313 0.032 0.725 0.763 0.070 0.012 0.021 0.623 0.739 0.894 0.896 2.648 nan nan 0.275 0.521 0.547 1.854 nan 1.473 1.523 3.452 3.119 0.592 1.099 0.702 0.915 1.045 nan 1.149 0.518 2028 chr11 66713643 66755172 + 0 NA Intergenic AluSg7|SINE|Alu -8341 NM_001136485 254439 Hs.232604 NM_001136485 ENSG00000173237 C11orf86 - chromosome 11 open reading frame 86 protein-coding nan 0.969 1.213 0.348 0.310 0.177 2.279 0.170 0.335 1.075 2.191 4.467 0.055 0.128 0.321 0.575 0.320 0.197 0.659 0.507 2.871 0.103 0.154 0.131 0.265 2.179 1.431 0.205 0.323 0.444 0.922 3.099 0.876 0.818 0.799 3.006 0.048 0.172 0.140 0.465 0.145 4.764 0.554 0.331 1.900 0.346 1.020 0.783 2.366 1.079 1.712 3.192 0.575 1.019 3.667 0.265 1.141 0.717 0.199 1.655 0.663 2.413 0.108 0.188 1.260 0.158 0.104 0.744 0.851 0.338 0.646 0.920 0.909 1.139 0.333 0.525 0.583 0.615 1.060 0.891 1.204 0.679 0.473 0.447 0.564 0.302 0.489 0.509 1.084 0.804 0.643 7218 chr21 40683683 40696037 + 0 NA intron (NR_046655, intron 2 of 2) AluJo|SINE|Alu 2227 NR_046655 100874093 Hs.588102 NR_046655 ENSG00000238141 BRWD1-AS1 - BRWD1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.718 4.137 1.308 2.660 1.319 0.847 1.443 2.631 1.515 1.512 0.748 7.323 0.778 3.248 2.821 0.928 0.223 1.843 0.415 1.579 2.145 0.868 0.519 2.990 0.928 1.341 1.429 1.344 0.985 3.671 5.688 4.567 6.992 0.546 0.949 1.032 1.777 0.124 0.848 1.783 2.295 1.349 0.675 0.970 1.218 3.328 1.795 2.150 2.409 2.965 4.365 2.821 2.288 1.782 2.990 1.070 4.048 0.741 2.522 1.361 0.834 1.009 1.321 0.839 0.900 0.599 3.281 2.883 2.557 3.212 4.325 3.887 nan 0.925 5.915 6.116 1.718 nan 3.993 6.427 4.354 4.082 1.962 3.232 3.237 3.021 2.664 2.864 1.836 1.232 8655 chr4 182709504 182732289 + 0 NA Intergenic Intergenic 30230 NR_147188 105377573 Hs.333288 NR_147188 ENSG00000251336 TEMN3-AS1 - TENM3 antisense transcript 1 ncRNA nan 1.018 nan 0.117 0.039 1.722 0.078 0.910 1.693 0.009 0.080 0.077 0.022 0.044 0.704 0.194 0.066 0.071 0.088 0.034 0.011 0.012 0.515 0.301 0.349 0.015 0.016 0.010 0.072 0.009 0.063 0.041 0.040 0.164 0.058 1.020 0.533 0.528 0.115 0.076 0.036 0.032 0.031 0.019 0.020 0.030 0.210 0.039 0.041 0.017 0.006 0.194 0.068 0.004 0.349 0.016 0.029 0.008 0.020 0.040 0.024 0.026 0.016 0.067 0.013 0.009 0.215 0.184 0.604 0.705 1.516 1.598 11.570 5.027 0.128 0.129 0.113 0.154 0.963 0.606 0.424 0.333 0.059 0.119 2.435 2.565 0.076 0.159 1.895 0.957 1606 chr10 99400272 99413103 + 0 NA intron (NM_018425, intron 1 of 8) AluSx3|SINE|Alu 6244 NM_018425 55361 Hs.25300 NM_018425 ENSG00000155252 PI4K2A PI4KII|PIK42A phosphatidylinositol 4-kinase type 2 alpha protein-coding 0.906 0.999 0.852 0.376 0.261 0.061 2.949 0.250 0.666 0.955 2.482 1.379 0.256 0.070 0.192 0.428 1.060 0.163 1.639 0.872 0.318 0.195 0.073 0.165 0.533 1.831 1.130 0.581 3.443 2.289 1.112 2.499 1.153 0.594 0.582 0.448 0.038 0.244 0.078 0.580 0.094 1.573 2.398 1.106 1.392 1.535 1.773 0.939 1.098 0.795 1.374 1.976 0.428 2.028 0.633 0.533 1.478 0.453 0.030 0.574 0.240 1.155 0.031 0.194 0.787 0.355 0.262 0.503 0.713 0.724 1.325 0.659 0.670 0.762 0.297 0.506 0.538 0.480 0.708 nan 1.088 0.357 0.311 0.215 0.413 0.179 0.176 0.554 0.897 0.322 0.259 6156 chr2 63960582 63976065 + 0 NA Intergenic LTR90A|LTR|LTR -99775 NM_001001521 7360 Hs.516217 NM_006759 ENSG00000169764 UGP2 UDPG|UDPGP|UDPGP2|UGP1|UGPP1|UGPP2|pHC379 UDP-glucose pyrophosphorylase 2 protein-coding 1.328 0.981 nan 0.200 0.782 0.104 0.086 0.268 0.617 0.075 0.170 0.392 1.149 0.032 0.280 0.068 3.234 0.115 0.138 0.073 0.053 0.018 0.191 0.159 0.088 0.174 0.033 0.058 0.126 0.040 1.230 2.865 0.676 0.530 0.162 0.089 0.037 0.092 0.128 0.061 0.421 0.047 0.027 0.051 0.056 0.109 0.162 0.108 0.670 0.083 0.418 0.192 0.068 0.073 0.042 0.088 0.040 0.075 0.044 0.030 0.074 0.061 0.238 2.086 0.084 0.022 0.010 0.354 0.264 0.314 0.549 0.359 0.428 nan 0.211 3.577 3.515 0.684 0.773 2.147 1.050 0.597 0.214 0.898 0.764 0.103 0.228 1.456 6.202 0.581 0.647 10162 chr7 10293149 10300661 + 0 NA Intergenic Intergenic -445398 NR_149037 100131472 Hs.170681 NR_149037 LOC100131472 - uncharacterized LOC100131472 ncRNA nan 1.075 nan 0.067 0.072 0.015 0.292 0.341 0.023 0.093 0.049 0.013 0.039 0.137 0.086 0.043 0.056 0.018 0.037 0.062 0.091 0.111 0.009 0.027 0.014 0.077 0.039 0.180 0.250 0.056 0.051 0.058 0.117 0.016 0.075 0.024 0.010 0.029 0.010 0.089 0.080 0.035 0.010 0.009 0.137 0.029 0.025 0.111 0.048 0.033 0.052 0.023 0.027 0.061 0.026 0.050 0.090 0.031 nan 0.378 0.140 0.211 0.375 0.398 0.274 0.112 0.355 0.514 7.393 7.244 0.303 0.301 0.330 0.087 0.156 0.197 0.118 0.100 0.382 0.555 0.496 0.343 8160 chr3 192593113 192627069 + 0 NA intron (NM_178496, intron 1 of 1) MIRc|SINE|MIR 25859 NM_178496 151963 Hs.151443 NM_178496 ENSG00000180611 MB21D2 C3orf59 Mab-21 domain containing 2 protein-coding nan 0.995 0.718 3.802 0.259 0.036 2.409 0.288 0.555 0.893 0.639 1.524 3.172 0.059 0.178 0.324 0.555 0.274 0.939 0.972 1.428 0.038 0.198 0.172 0.117 1.518 0.835 0.863 2.702 1.654 0.440 nan 0.883 nan 0.818 1.215 0.028 0.054 0.078 0.411 0.356 6.332 2.065 0.950 1.385 1.309 0.662 0.727 0.760 1.144 0.111 0.328 0.324 1.761 2.013 0.117 0.336 1.343 0.062 1.299 0.045 1.269 0.038 0.289 1.090 2.535 2.195 0.325 0.285 1.101 4.319 0.592 0.562 0.260 0.163 0.468 0.523 0.182 0.279 0.511 0.638 1.014 0.731 0.195 0.285 0.079 0.088 0.503 1.132 0.647 0.600 11616 chr9 86982028 86995058 + 0 NA Intergenic Intergenic -5130 NM_022127 64078 Hs.535966 NM_022127 ENSG00000197506 SLC28A3 CNT3 solute carrier family 28 member 3 protein-coding 0.746 0.852 0.833 0.077 0.141 0.026 0.049 0.147 0.231 0.102 0.122 0.092 0.010 0.015 0.041 0.550 0.184 0.086 0.137 0.014 0.024 0.011 0.144 0.125 0.083 0.426 0.089 0.057 0.099 0.048 0.079 0.248 0.191 0.311 0.068 0.099 0.015 0.050 0.083 0.030 0.260 0.028 0.016 0.050 0.035 0.060 0.150 0.106 0.093 0.048 0.102 0.550 0.087 0.028 0.083 0.028 0.031 0.015 0.031 0.016 0.310 0.030 2.014 0.082 0.018 0.020 0.189 0.136 0.294 0.336 0.272 0.413 0.095 0.074 0.148 0.167 0.078 0.159 0.309 0.274 0.419 0.180 0.079 0.127 0.118 0.130 1.551 7.093 0.448 0.436 9664 chr6 43948037 44055567 + 0 NA intron (NR_125864, intron 1 of 4) intron (NR_125864, intron 1 of 4) -30415 NR_125865 101929705 Hs.670378 NR_125864 ENSG00000237686 LOC101929705 - uncharacterized LOC101929705 ncRNA 1.523 1.321 1.227 1.072 0.458 1.633 5.576 0.641 1.213 0.275 0.969 1.084 0.213 0.103 0.973 0.854 1.225 0.236 4.610 2.313 0.320 0.093 0.234 0.195 0.708 2.906 2.686 0.119 1.313 1.381 3.932 7.793 2.427 0.954 3.321 0.270 0.146 0.136 0.105 2.877 0.304 1.755 0.467 0.270 2.710 1.388 2.790 0.690 0.613 0.877 2.931 2.346 0.854 2.505 2.648 0.708 0.508 0.558 0.228 0.539 0.754 1.201 0.247 0.525 1.605 0.207 0.179 0.601 1.283 0.701 1.205 1.603 1.468 1.445 0.731 1.001 1.081 0.543 0.804 1.352 nan 0.905 0.921 0.512 0.734 0.455 0.465 0.565 1.268 0.917 0.651 3553 chr14 54669572 54680830 + 0 NA Intergenic Intergenic -188385 NM_001330173 1033 Hs.84113 NM_005192 ENSG00000100526 CDKN3 CDI1|CIP2|KAP|KAP1 cyclin dependent kinase inhibitor 3 protein-coding nan nan 0.607 0.895 0.155 0.084 5.007 0.113 0.225 0.203 0.223 1.235 0.263 0.044 0.191 0.284 0.854 0.057 0.689 0.336 0.463 0.098 0.080 0.074 0.162 5.023 3.155 0.045 3.499 4.457 0.266 1.106 1.326 0.315 2.941 0.124 0.026 0.106 0.108 2.049 0.078 0.288 0.958 0.573 2.897 2.574 0.264 5.122 0.187 0.484 0.043 0.195 0.284 1.491 0.930 0.162 0.195 0.081 0.025 0.213 0.045 3.609 0.035 0.098 6.347 2.207 2.207 0.182 0.088 0.365 0.390 0.275 0.325 0.126 0.049 0.309 0.309 0.471 0.976 0.132 0.180 0.571 0.296 0.177 0.165 0.120 0.165 0.179 0.501 nan 0.414 1933 chr11 47205714 47217172 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -3433 NM_001184974 29763 Hs.334639 NM_016223 ENSG00000165912 PACSIN3 SDPIII protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 3 protein-coding nan 1.275 1.864 0.934 0.710 0.346 1.490 0.294 0.500 1.650 1.135 0.587 1.893 0.070 0.413 0.440 0.281 0.056 0.842 0.165 2.044 1.274 0.358 0.132 0.464 0.652 0.503 1.475 1.312 0.919 1.358 3.246 4.375 0.981 0.610 1.527 0.058 2.143 0.149 0.303 0.362 1.131 0.944 0.701 1.099 0.502 5.936 0.417 3.180 1.823 1.589 2.047 0.440 1.378 4.611 0.464 1.399 3.079 0.129 3.574 0.442 0.690 0.285 0.616 0.781 0.437 0.385 0.444 0.550 1.521 2.495 1.587 1.099 1.406 0.397 0.802 0.803 1.041 1.608 0.323 0.600 0.770 0.683 0.620 0.890 0.333 0.335 1.122 nan 0.628 0.551 4892 chr17 58101490 58115633 + 0 NA Intergenic Intergenic 11905 NR_039890 100616210 NR_039890 ENSG00000264049 MIR4737 - microRNA 4737 ncRNA 2.704 1.585 1.767 0.336 0.540 0.197 0.338 0.556 1.131 0.249 0.559 0.613 0.013 0.107 0.257 0.939 0.639 0.172 0.426 0.173 0.833 0.979 0.366 0.352 0.858 0.436 0.301 0.826 0.426 0.127 1.073 2.171 0.494 3.195 0.289 0.237 0.055 5.094 0.187 0.150 0.828 0.618 0.878 0.457 0.285 0.107 0.219 0.566 2.705 1.935 0.391 0.421 0.939 0.393 0.694 0.858 0.492 0.749 0.447 3.283 0.569 0.268 0.323 0.342 0.080 0.216 0.187 1.404 1.650 1.633 3.208 1.630 1.394 1.837 0.511 nan 3.048 0.981 1.533 nan nan 1.511 1.423 1.095 1.689 0.443 0.428 1.079 1.810 0.822 0.552 790 chr1 156553145 156579199 + 0 NA intron (NM_182679, intron 6 of 7) intron (NM_182679, intron 6 of 7) 4614 NM_144772 128240 Hs.528320 NM_144772 ENSG00000163382 NAXE AIBP|APOA1BP|PEBEL|YJEFN1 NAD(P)HX epimerase protein-coding nan nan 1.529 0.767 0.877 0.349 0.702 0.493 0.811 0.234 0.808 0.778 0.097 2.220 1.208 0.736 0.499 0.161 0.708 0.327 1.071 0.464 1.356 0.702 0.905 0.709 0.547 0.617 0.595 0.353 0.864 1.459 0.608 1.717 0.551 1.924 0.160 1.044 0.154 0.635 0.178 1.001 0.785 0.439 0.776 0.300 0.763 0.395 0.976 0.925 0.518 0.785 0.736 0.762 0.916 0.905 0.652 0.432 0.441 3.086 2.141 0.882 0.785 0.515 0.242 0.971 0.542 1.801 1.787 1.213 2.109 1.678 nan 3.469 0.989 1.323 1.374 1.667 2.561 3.911 3.991 1.541 1.298 1.780 2.349 1.259 1.273 1.350 2.628 1.617 0.927 2022 chr11 66044653 66057901 + 0 NA TTS (NM_020470) TTS (NM_020470) 5361 NM_020470 10897 Hs.446445 NM_020470 ENSG00000174851 YIF1A 54TM|FinGER7|YIF1|YIF1P Yip1 interacting factor homolog A, membrane trafficking protein protein-coding nan 2.072 1.336 0.690 1.622 2.251 0.594 0.893 1.767 0.362 0.770 0.534 0.216 1.062 1.889 2.537 0.492 0.097 0.602 0.100 0.931 0.305 1.326 0.478 2.650 0.456 0.601 0.612 0.426 0.239 1.289 1.908 1.111 3.846 0.427 0.489 0.300 1.216 0.093 0.232 1.540 1.273 0.636 0.401 0.623 0.245 0.723 0.671 1.209 1.733 1.293 0.813 2.537 1.025 0.950 2.650 0.490 1.326 1.645 1.929 1.725 0.609 0.637 0.344 0.472 0.326 0.192 3.012 5.002 1.066 1.535 5.976 5.266 3.372 1.465 2.809 2.752 2.750 3.747 2.806 5.414 3.389 3.377 1.631 2.546 1.895 1.713 2.642 2.325 1.786 1.118 10240 chr7 25063674 25073735 + 0 NA Intergenic LTR33A_|LTR|ERVL -48873 NM_015550 26031 Hs.520259 NM_015550 ENSG00000070882 OSBPL3 ORP-3|ORP3|OSBP3 oxysterol binding protein like 3 protein-coding 1.258 1.494 0.964 7.872 0.392 0.061 1.085 0.432 0.640 0.590 0.357 0.983 0.012 0.070 0.096 0.291 0.207 0.177 0.400 0.189 0.104 0.014 0.264 0.189 0.334 0.892 0.388 0.820 2.096 4.081 0.709 3.949 2.478 0.501 0.542 0.070 0.019 0.064 0.155 1.570 0.087 3.497 1.290 0.668 1.432 0.943 1.664 1.074 0.260 0.630 0.062 0.253 0.291 1.284 0.074 0.334 0.898 0.253 0.039 0.618 0.031 0.793 0.098 0.136 1.454 5.062 3.777 0.434 0.222 0.414 nan 0.378 0.501 4.018 2.269 0.244 0.393 0.254 0.498 1.863 1.830 0.232 0.127 0.158 0.144 0.295 0.342 0.253 nan 0.999 0.736 1122 chr1 216598069 216609157 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -6875 NM_007123 7399 Hs.655974 NM_007123 ENSG00000042781 USH2A RP39|US2|USH2|dJ1111A8.1 usherin protein-coding 1.118 1.182 1.465 0.038 1.075 0.037 0.069 1.116 2.649 0.098 0.166 0.064 0.177 0.528 0.048 0.101 0.086 0.035 0.017 0.384 0.349 1.327 0.007 0.080 0.019 0.043 0.076 0.093 nan 0.053 0.099 0.068 0.045 0.098 4.303 0.067 0.038 0.007 0.042 0.035 0.074 0.099 0.044 0.025 0.035 0.067 0.528 0.058 1.327 0.022 0.037 0.027 0.021 0.046 0.042 0.045 0.279 0.021 0.042 0.014 0.481 0.310 0.390 0.524 1.439 1.526 nan 0.076 0.444 0.478 0.265 nan 0.549 0.500 0.438 0.172 0.085 0.167 0.459 0.402 0.801 2.503 0.963 0.734 3551 chr14 53614072 53625311 + 0 NA promoter-TSS (NR_110062) promoter-TSS (NR_110062) 355 NM_001160148 80821 Hs.125525 NM_030637 ENSG00000100523 DDHD1 PA-PLA1|PAPLA1|SPG28 DDHD domain containing 1 protein-coding nan nan 1.870 0.867 2.238 1.244 0.410 0.985 2.389 0.235 0.587 0.647 0.199 0.347 1.913 1.595 0.958 0.086 0.874 0.220 0.501 0.173 0.423 0.289 2.913 0.640 0.315 0.383 0.757 0.156 1.058 1.422 0.825 3.287 0.428 0.368 0.109 0.908 0.110 0.335 6.005 0.595 0.864 0.547 0.482 0.097 0.539 0.543 1.195 1.035 0.667 0.582 1.595 1.317 1.057 2.913 0.295 0.390 0.320 1.674 1.139 0.555 0.617 0.344 0.346 0.215 0.104 2.497 3.032 1.869 2.018 3.722 2.699 5.401 1.583 3.806 3.846 0.966 1.391 1.652 2.276 3.086 3.923 0.974 2.059 0.991 0.875 1.040 1.414 nan 1.027 5474 chr19 1437175 1447506 + 0 NA Intergenic Intergenic 3916 NM_001308226 6209 Hs.406683 NM_001018 ENSG00000115268 RPS15 RIG|S15 ribosomal protein S15 protein-coding 2.119 1.773 2.350 0.970 1.608 1.089 2.069 1.031 2.388 0.545 1.211 0.763 0.385 0.752 1.001 2.397 0.688 0.141 1.812 0.585 1.672 1.259 0.878 0.455 2.282 0.934 0.947 1.789 1.359 0.569 1.338 3.008 1.121 4.456 0.510 1.971 0.350 2.176 0.088 0.537 0.466 3.137 2.122 1.305 1.679 0.496 1.541 1.065 1.781 4.000 0.855 0.820 2.397 1.941 2.053 2.282 0.985 1.604 0.507 7.698 1.340 2.172 0.221 0.421 0.699 1.380 0.825 1.586 1.486 2.278 3.220 3.813 3.552 2.845 1.290 3.102 3.078 2.121 3.337 1.890 nan 2.979 3.351 1.043 1.525 2.377 2.126 2.368 1.860 2.030 1.087 6100 chr2 50663253 50678476 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 18 of 23) intron (NM_001135659, intron 18 of 23) -95970 NM_138735 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 1.322 nan 1.474 0.056 0.408 0.138 0.036 0.520 1.164 0.012 0.046 0.020 0.016 0.052 0.692 1.883 0.093 0.106 0.270 0.211 0.021 0.018 1.809 0.831 1.420 0.013 0.028 0.005 0.328 0.021 0.436 1.515 0.098 0.920 0.115 0.049 0.461 0.053 0.111 0.054 0.698 0.096 0.016 0.010 0.072 0.030 0.151 0.077 0.043 0.027 0.119 0.026 1.883 0.216 0.014 1.420 0.080 0.109 0.045 0.176 0.533 0.026 0.020 0.295 0.030 0.015 0.020 0.403 0.263 0.282 0.788 0.967 1.000 5.509 3.014 0.392 0.389 2.550 3.023 0.847 0.971 0.667 0.444 0.122 0.201 2.661 1.982 0.524 0.741 1.094 0.686 4643 chr17 19548230 19555820 + 0 NA promoter-TSS (NM_001031806) promoter-TSS (NM_001031806) -39 NM_000382 224 Hs.499886 NM_000382 ENSG00000072210 ALDH3A2 ALDH10|FALDH|SLS aldehyde dehydrogenase 3 family member A2 protein-coding 3.803 2.379 2.807 1.082 2.642 2.160 2.853 2.500 3.964 1.287 3.136 3.047 1.123 0.978 1.909 1.751 1.456 0.191 2.045 0.776 5.125 0.961 0.395 0.170 1.642 1.759 1.641 0.632 2.730 0.806 2.798 4.567 3.306 6.552 2.543 6.080 0.213 0.829 0.073 1.444 1.301 6.265 3.594 1.663 1.909 0.990 6.068 6.187 6.832 4.594 2.141 2.408 1.751 1.795 7.839 1.642 2.869 1.721 0.805 4.392 4.150 2.450 0.613 0.832 3.272 1.047 0.473 3.616 3.853 2.671 nan 6.150 4.960 3.255 0.649 2.063 1.874 2.897 3.673 6.563 8.161 nan 6.688 1.172 2.045 1.535 2.510 2.047 3.668 0.327 0.233 11539 chr9 36978897 36987258 + 0 NA intron (NM_001280553, intron 4 of 7) MER20B|DNA|hAT-Charlie 51399 NM_001280549 5079 Hs.654464 NM_016734 ENSG00000196092 PAX5 ALL3|BSAP paired box 5 protein-coding 0.881 nan 1.065 0.043 0.647 0.047 1.636 0.144 0.361 0.064 0.055 0.007 0.036 0.344 0.430 0.065 0.096 0.076 0.181 0.023 0.033 0.707 0.370 0.672 0.212 0.052 0.088 0.076 0.089 0.146 0.508 0.143 0.755 0.123 0.036 1.166 0.065 0.079 0.028 0.237 0.055 0.057 0.038 0.130 0.091 0.024 0.092 0.097 0.099 0.029 0.090 0.430 0.076 0.045 0.672 0.029 0.069 0.199 0.252 0.109 0.112 0.071 0.134 0.027 0.048 0.026 0.334 0.491 0.135 0.190 0.670 0.697 8.336 2.736 0.268 0.244 0.590 1.028 0.672 0.666 0.773 0.574 0.323 0.470 3.810 3.970 0.400 1.072 1.412 0.941 1053 chr1 204677611 204733971 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -51194 NM_201630 10446 Hs.26312 NM_006338 ENSG00000170382 LRRN2 FIGLER7|GAC1|LRANK1|LRRN5 leucine rich repeat neuronal 2 protein-coding 1.300 1.614 1.901 0.101 0.228 0.258 0.163 0.493 0.798 0.019 0.073 0.078 0.012 0.286 0.431 0.503 0.130 0.153 0.053 0.057 0.021 0.020 0.351 0.232 0.440 0.076 0.053 0.077 0.091 0.028 0.063 0.160 0.100 1.638 0.029 0.101 0.258 0.071 0.125 0.021 0.083 0.096 0.044 0.033 0.171 0.053 0.104 0.166 0.248 0.020 0.261 0.284 0.503 0.047 0.030 0.440 0.093 0.166 0.069 0.116 1.182 0.088 0.148 1.602 0.009 0.043 0.018 0.629 0.726 0.594 0.707 0.786 0.857 0.952 0.266 nan nan 0.951 1.398 1.589 1.045 0.612 0.516 0.232 0.313 0.809 0.878 1.396 5.096 1.290 0.810 11800 chr9 131444584 131454087 + 0 NA intron (NM_001248000, intron 1 of 7) intron (NM_001248000, intron 1 of 7) 1970 NM_001248000 6418 Hs.436687 NM_003011 ENSG00000119335 SET 2PP2A|I2PP2A|IGAAD|IPP2A2|PHAPII|TAF-I|TAF-IBETA SET nuclear proto-oncogene protein-coding nan 2.381 2.955 4.159 4.749 2.407 3.466 1.470 3.035 3.293 4.385 2.770 1.825 1.163 1.214 3.367 2.442 0.340 6.163 2.015 2.279 1.781 1.967 0.792 3.304 3.929 4.941 3.604 7.060 1.764 5.223 8.281 2.878 3.908 2.237 5.130 1.294 3.547 0.115 0.917 0.893 8.092 5.236 2.444 2.281 2.642 5.258 3.851 4.788 5.269 1.875 3.631 3.367 5.653 3.391 3.304 1.537 3.820 0.592 4.718 2.004 3.525 1.215 1.386 2.664 2.221 1.195 2.423 2.468 3.885 5.810 5.133 5.071 nan 1.459 4.390 4.336 1.691 2.093 6.529 9.239 6.819 7.364 2.105 4.427 4.844 4.546 3.531 4.228 1.902 1.006 462 chr1 72095816 72110356 + 0 NA intron (NM_173808, intron 4 of 6) intron (NM_173808, intron 4 of 6) 199609 NR_046218 100852409 Hs.681780 NR_046218 ENSG00000228853 NEGR1-IT1 - NEGR1 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.758 1.229 0.104 0.261 0.065 0.035 0.155 0.282 0.064 0.037 0.013 0.042 0.375 0.168 0.138 0.099 0.079 0.039 0.013 1.502 0.748 2.064 0.010 0.005 0.061 0.007 0.070 0.061 0.097 0.289 0.020 0.033 0.178 0.019 0.126 0.016 0.323 0.038 0.012 0.007 0.048 0.059 0.083 0.022 0.040 0.011 0.004 0.168 0.060 0.051 2.064 0.025 0.006 0.087 0.008 0.112 0.022 0.041 0.187 0.010 0.008 0.018 0.351 0.236 0.178 0.270 1.568 nan 9.436 3.376 0.425 0.442 2.267 nan 0.710 0.680 0.377 0.219 0.152 0.211 0.815 0.376 0.372 0.768 1.394 0.888 414 chr1 60124543 60132068 + 0 NA intron (NM_001350799, intron 11 of 13) Tigger3a|DNA|TcMar-Tigger 70663 NR_039861 100616409 NR_039861 ENSG00000266150 MIR4711 - microRNA 4711 ncRNA 0.988 0.823 nan 0.100 0.103 0.074 0.200 0.106 0.218 0.012 0.063 0.211 0.028 0.151 0.117 0.191 0.234 0.153 0.125 0.008 0.042 0.154 0.207 0.064 0.029 0.029 0.104 0.050 0.079 0.298 0.102 0.309 0.093 0.021 0.026 0.100 0.158 0.031 0.053 0.175 0.024 0.052 0.044 0.050 0.115 0.106 0.065 0.105 0.010 0.063 0.117 0.127 0.049 0.207 0.016 0.085 0.115 0.069 0.093 0.032 0.112 0.412 0.051 0.015 0.027 0.406 0.349 6.664 1.709 0.627 0.575 0.366 0.187 0.392 0.415 nan nan 0.679 nan 0.364 0.265 0.262 0.415 0.043 0.128 0.403 1.134 0.610 0.440 8074 chr3 180965106 180973959 + 0 NA intron (NR_075093, intron 2 of 4) intron (NR_075093, intron 2 of 4) 20007 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 0.969 1.086 0.770 0.113 0.162 0.019 0.056 0.310 0.487 0.011 0.053 0.011 0.021 0.041 0.070 1.480 0.117 0.163 0.095 0.021 0.022 0.016 0.425 0.432 0.353 0.008 0.025 0.025 0.136 0.017 0.046 0.082 0.072 1.014 0.016 0.018 0.086 0.049 0.088 0.160 0.083 0.014 0.009 0.013 0.044 0.130 0.024 0.018 0.024 0.035 0.069 1.480 0.032 0.353 0.018 0.020 0.138 0.009 0.056 0.057 0.034 0.020 0.011 0.242 0.182 0.162 0.216 0.541 0.624 15.090 5.343 0.137 0.087 0.204 0.298 0.560 0.538 0.659 0.433 0.108 0.150 0.354 0.530 0.230 0.246 1.869 1.074 11442 chr9 9254592 9260834 + 0 NA intron (NM_002839, intron 9 of 45) AluJr|SINE|Alu 399695 NR_121599 101929407 Hs.649971 NR_121599 PTPRD-AS1 - PTPRD antisense RNA 1 ncRNA 0.728 1.788 0.821 0.012 0.216 0.054 0.035 0.307 0.738 0.037 0.020 0.017 0.014 0.370 0.023 0.052 0.107 0.060 2.670 1.067 0.548 0.012 0.022 0.016 0.064 0.023 0.012 0.384 0.043 0.463 0.096 0.077 0.045 0.010 0.008 0.046 0.079 0.013 0.026 0.033 0.370 0.012 0.548 0.908 0.005 0.032 0.090 0.009 0.115 0.086 0.284 0.430 0.497 0.444 1.068 0.936 0.087 0.150 1.107 1.396 0.701 0.500 0.377 0.267 0.077 0.222 2.913 2.736 0.285 nan 6.790 3.647 10336 chr7 44765994 44780217 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -15060 NM_001300959 83637 Hs.77978 NM_031449 ENSG00000122515 ZMIZ2 NET27|TRAFIP20|ZIMP7|hZIMP7 zinc finger MIZ-type containing 2 protein-coding 1.070 0.855 nan 1.761 0.093 0.074 3.159 0.123 0.337 0.757 3.210 1.765 0.022 0.063 0.069 0.279 0.328 0.182 1.476 0.938 0.918 0.077 0.148 0.105 0.107 2.424 1.703 0.474 1.688 1.343 1.558 3.773 0.598 0.377 0.966 0.849 0.020 0.091 0.165 1.573 0.067 6.056 2.283 1.078 1.130 0.933 1.500 6.669 0.309 4.564 0.595 1.716 0.279 1.389 3.782 0.107 0.738 0.733 0.027 2.721 0.129 2.104 0.028 0.128 2.388 1.591 1.486 0.539 0.392 0.288 0.474 0.391 0.443 0.574 0.200 0.317 0.243 0.228 0.475 0.246 0.397 0.405 0.241 0.246 0.279 0.149 0.204 0.202 0.409 0.440 0.441 11224 chr8 116659349 116682921 + 0 NA intron (NM_014112, intron 1 of 6) intron (NM_014112, intron 1 of 6) 9104 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 1.866 1.690 0.149 0.028 0.693 0.116 0.281 1.807 0.387 1.070 0.145 0.076 0.102 0.070 0.500 0.136 1.204 0.306 0.516 2.644 0.199 0.117 0.091 0.756 0.643 0.447 0.597 0.138 0.485 1.625 0.236 0.598 0.978 0.113 0.320 0.098 0.075 0.416 0.166 0.167 0.468 0.315 0.324 0.198 0.744 1.564 0.193 1.108 0.740 1.414 0.070 1.269 0.024 0.091 0.218 1.435 0.058 0.499 0.540 0.300 0.067 0.314 0.308 0.066 0.047 0.446 0.403 0.565 0.657 1.118 1.092 nan 0.138 2.151 nan 3.852 nan 0.575 0.746 3.019 2.656 0.107 0.216 1.412 1.183 0.782 1.271 1.022 0.818 6359 chr2 131500483 131516917 + 0 NA Intergenic Intergenic -4377 NM_152698 205147 Hs.369289 NM_152698 ENSG00000178171 AMER3 FAM123C APC membrane recruitment protein 3 protein-coding nan 0.853 nan 0.052 0.059 3.025 0.085 0.661 1.418 0.006 0.041 0.023 0.015 0.628 0.949 0.210 0.041 0.059 0.032 0.031 0.008 0.115 0.137 1.407 0.042 0.031 0.009 0.069 0.006 0.093 0.109 0.087 6.143 0.009 0.073 0.127 0.039 0.079 0.015 0.068 0.078 0.033 0.038 0.047 0.071 0.059 0.074 0.056 0.010 0.070 0.210 0.061 0.013 1.407 0.010 0.736 0.050 0.019 0.039 0.673 0.076 0.019 0.021 0.009 1.128 1.568 0.149 0.171 2.136 1.858 4.938 0.974 0.165 0.121 0.811 1.166 1.509 nan 0.786 0.764 1.017 1.797 0.933 0.487 0.374 0.425 0.160 0.178 7832 chr3 129507979 129516391 + 0 NA intron (NM_001349271, intron 2 of 4) intron (NM_001349271, intron 2 of 4) 1197 NM_001349273 23023 Hs.477547 NM_015008 ENSG00000172765 TMCC1 - transmembrane and coiled-coil domain family 1 protein-coding 1.211 nan 1.053 9.185 0.462 0.251 2.941 0.424 0.652 1.102 0.194 0.207 3.288 0.059 0.253 0.925 0.347 0.096 2.327 1.018 2.978 0.082 0.492 0.361 0.700 2.787 2.494 0.141 7.460 2.529 2.498 1.835 2.416 1.871 1.357 0.082 0.115 3.484 0.134 0.208 0.210 0.391 2.004 0.957 1.591 1.820 3.561 0.159 0.687 0.356 0.019 0.978 0.925 2.888 1.265 0.700 0.584 0.818 0.080 0.097 0.084 2.059 0.538 0.139 0.364 0.226 0.086 1.788 1.307 2.425 4.382 1.250 0.904 3.140 0.703 2.680 2.592 0.635 nan 0.936 1.157 0.653 0.273 1.032 1.140 0.714 1.232 0.400 0.843 1.238 0.604 8154 chr3 191375633 191379218 + 0 NA Intergenic HERV17-int|LTR|ERV1 198473 NM_001083308 152138 Hs.690618 NM_001083308 ENSG00000253548 PYDC2 POP2|cPOP2 pyrin domain containing 2 protein-coding nan 0.700 0.763 0.122 0.245 0.047 0.040 0.180 0.197 0.088 0.026 0.056 0.125 0.071 0.567 0.402 0.118 0.035 0.020 0.139 0.033 0.047 0.040 0.020 0.078 0.114 nan 0.059 nan 0.029 0.052 0.081 0.043 0.063 0.017 0.022 0.042 0.201 0.083 0.060 0.067 0.019 0.071 0.020 0.047 0.033 0.071 0.054 0.065 0.045 0.035 0.041 0.016 0.014 0.270 0.090 1.025 0.699 0.249 0.202 18.932 11.321 0.299 0.431 1.338 1.688 0.184 0.246 0.556 0.336 0.110 0.221 0.079 0.072 0.291 0.543 0.363 0.526 10812 chr8 11298386 11303932 + 0 NA intron (NM_053279, intron 2 of 2) intron (NM_053279, intron 2 of 2) 23117 NM_053279 83648 Hs.124299 NM_053279 ENSG00000154319 FAM167A C8orf13|D8S265 family with sequence similarity 167 member A protein-coding 0.886 0.774 nan 0.377 0.365 1.931 0.374 0.463 0.990 0.014 0.033 0.933 1.645 0.630 0.109 0.088 2.537 1.088 0.045 0.004 0.199 0.027 5.301 0.635 0.383 0.121 8.278 2.176 2.469 7.206 0.413 0.898 0.575 0.009 0.035 0.097 0.105 0.067 0.032 0.014 4.504 1.460 0.245 0.180 0.176 0.013 0.049 1.738 0.630 1.666 5.301 1.238 0.074 0.647 0.074 1.832 0.114 0.038 1.031 0.028 0.615 0.745 0.167 0.358 1.661 nan 0.584 0.149 1.391 1.474 0.493 0.872 2.405 3.152 0.391 0.169 0.248 0.431 0.151 0.086 0.800 2.092 4.250 1.893 4385 chr16 57568834 57571228 + 0 NA intron (NM_033212, intron 1 of 8) CpG 446 NM_033212 92922 Hs.644611 NM_033212 ENSG00000135736 CCDC102A - coiled-coil domain containing 102A protein-coding nan nan nan 2.715 0.619 0.299 1.875 0.929 1.566 2.343 6.988 1.674 3.534 1.087 0.479 2.787 1.938 0.403 2.745 0.630 12.953 7.485 0.325 0.377 0.978 1.782 1.665 7.244 3.125 0.780 2.881 3.791 3.720 4.097 1.262 3.604 8.725 0.310 1.668 0.559 11.215 13.126 5.638 3.332 1.161 1.696 2.936 7.873 5.143 2.220 3.980 2.787 1.995 3.610 0.978 1.480 2.185 0.818 11.381 1.053 2.103 3.847 0.258 1.387 2.140 0.912 0.598 1.750 1.060 2.124 1.595 1.699 1.270 0.310 2.488 2.299 0.665 nan nan nan nan 2.545 2.226 3.628 0.253 0.234 0.668 nan nan 0.608 8021 chr3 173375724 173380497 + 0 NA intron (NM_014932, intron 3 of 6) intron (NM_014932, intron 3 of 6) 260476 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 0.903 2.270 0.706 0.211 0.166 0.023 0.680 0.327 0.673 0.097 0.054 8.182 0.022 0.055 0.212 0.093 0.067 0.264 0.079 0.066 0.197 0.250 0.051 0.286 0.015 0.030 0.683 0.806 0.067 0.121 0.103 0.271 0.409 0.033 0.083 0.092 0.129 0.174 0.049 0.038 0.165 0.180 0.160 0.048 0.144 0.167 0.149 0.056 0.212 0.040 0.058 0.051 0.034 0.049 0.127 0.025 0.097 0.086 0.988 0.922 1.305 0.758 0.274 0.353 0.426 0.245 0.695 0.704 1.376 1.915 0.290 0.267 0.467 0.225 0.234 0.318 0.222 0.298 0.339 0.284 0.442 0.557 9933 chr6 134475716 134505425 + 0 NA 3' UTR (NM_001143678, exon 12 of 12) 3' UTR (NM_001143678, exon 12 of 12) 5464 NM_005627 6446 Hs.510078 NM_005627 ENSG00000118515 SGK1 SGK serum/glucocorticoid regulated kinase 1 protein-coding 0.988 1.387 1.897 0.285 0.846 0.441 0.314 0.249 0.423 0.174 0.455 1.119 0.124 0.034 0.128 1.141 0.749 0.142 0.878 0.382 0.238 0.030 0.105 0.099 0.296 0.342 0.231 0.943 0.404 0.166 1.003 2.427 1.207 0.895 0.197 1.113 0.067 6.475 0.222 0.286 0.204 1.078 0.566 0.304 0.529 0.620 0.871 0.682 0.904 1.001 0.199 0.215 1.141 0.767 0.091 0.296 0.198 0.084 0.179 2.080 0.475 0.558 0.060 0.192 0.120 0.242 0.149 0.505 0.394 0.925 1.451 0.893 0.859 nan 0.761 0.594 0.673 0.501 0.721 0.596 0.977 0.830 0.541 0.214 0.344 0.336 0.293 0.583 nan 0.358 0.305 6656 chr2 219431966 219435294 + 0 NA promoter-TSS (NM_020935) promoter-TSS (NM_020935) 327 NR_073390 9125 Hs.148767 NM_005444 ENSG00000144580 CNOT9 CAF40|CT129|RCD-1|RCD1|RQCD1 CCR4-NOT transcription complex subunit 9 protein-coding nan 5.282 nan 5.698 8.408 6.301 6.194 4.620 9.316 1.606 4.513 2.595 1.469 2.080 4.151 7.042 4.655 0.368 7.137 2.489 4.599 3.977 4.284 1.809 6.928 3.867 5.625 3.162 5.000 1.969 5.173 10.135 4.177 18.139 2.836 6.285 1.146 6.323 0.167 3.254 3.217 7.846 5.631 2.575 3.912 2.712 5.565 4.714 5.136 5.599 2.671 2.475 7.042 7.721 5.734 6.928 1.656 1.746 2.309 7.517 3.916 3.545 2.671 2.854 4.524 4.778 2.542 10.320 9.078 12.845 17.514 9.960 9.172 9.189 6.150 19.201 19.501 6.937 8.352 12.809 19.718 13.424 12.751 5.503 11.287 5.388 8.064 11.000 10.197 3.955 2.017 7400 chr22 36230732 36237406 + 0 NA intron (NM_001082578, intron 2 of 13) intron (NM_001082578, intron 2 of 13) 2448 NM_001349998 23543 Hs.282998 NM_014309 ENSG00000100320 RBFOX2 FOX2|Fox-2|HNRBP2|HRNBP2|RBM9|RTA|dJ106I20.3|fxh RNA binding fox-1 homolog 2 protein-coding 3.299 nan 3.779 2.855 2.628 2.370 2.661 1.254 2.133 1.671 4.243 3.366 2.426 0.454 2.915 2.786 3.663 0.244 2.631 0.825 2.403 0.372 1.804 0.926 4.092 1.837 1.518 0.437 5.253 1.706 5.025 5.682 2.970 7.334 2.030 3.382 1.414 1.975 0.106 1.643 0.428 3.806 1.298 0.538 2.388 1.119 3.419 2.983 1.169 1.138 1.692 2.150 2.786 1.595 4.223 4.092 1.143 0.660 1.303 1.120 2.418 4.431 1.056 1.129 3.694 0.975 0.726 3.907 3.627 3.095 6.312 8.255 6.894 6.341 1.745 5.468 5.805 5.415 nan 3.594 6.526 nan 4.597 1.037 1.379 5.436 8.080 1.546 3.121 2.889 1.301 5932 chr2 16562157 16569949 + 0 NA Intergenic Intergenic 281081 NM_030797 81553 Hs.467769 NM_030797 ENSG00000197872 FAM49A - family with sequence similarity 49 member A protein-coding 0.603 0.434 0.582 0.074 0.364 0.607 0.046 0.103 0.223 0.012 0.061 0.024 0.023 0.046 0.088 0.049 0.039 0.045 0.027 0.024 0.032 0.015 0.053 0.158 0.023 0.009 0.009 0.008 0.014 0.113 0.105 0.063 0.295 0.035 0.025 0.083 0.128 0.030 0.010 0.080 0.015 0.023 0.028 0.030 0.087 0.114 0.079 0.028 0.040 0.017 0.049 0.018 0.047 0.023 0.079 0.042 0.009 0.021 14.110 0.031 0.040 0.015 0.013 0.370 0.272 0.182 0.228 0.241 0.294 0.142 0.063 0.136 0.138 0.148 0.296 0.293 nan 0.341 0.183 4.874 10.092 0.022 0.058 0.194 nan 0.233 0.352 5709 chr19 43647263 43669449 + 0 NA Intergenic Intergenic 32332 NM_001130014 5673 Hs.654415 NM_002781 ENSG00000204941 PSG5 FL-NCA-3|PSG pregnancy specific beta-1-glycoprotein 5 protein-coding 0.553 1.086 0.644 0.617 0.143 0.035 1.031 0.115 0.181 0.378 0.183 0.141 0.211 0.054 0.044 0.063 0.108 0.065 0.945 0.505 0.305 0.025 0.078 0.089 0.877 0.361 0.297 1.930 0.137 0.424 0.913 nan 1.401 0.318 0.468 0.042 0.052 0.049 0.101 0.096 0.011 0.241 0.392 0.282 0.449 0.544 0.538 0.130 0.371 0.156 0.438 0.565 0.063 1.178 0.080 0.877 0.606 1.641 0.013 0.179 0.073 0.149 0.842 0.045 0.068 0.309 0.164 0.696 1.042 1.573 1.020 0.203 0.213 0.226 0.101 0.210 0.235 0.169 0.353 0.193 0.174 0.244 0.055 0.722 1.174 0.143 0.165 0.160 0.251 0.385 0.448 3673 chr14 71157453 71181194 + 0 NA intron (NR_125769, intron 2 of 3) MIRb|SINE|MIR 3908 NR_125769 103695436 Hs.572296 NR_125769 ENSG00000258689 LINC01269 - long intergenic non-protein coding RNA 1269 ncRNA 1.141 0.757 0.686 0.445 0.688 0.937 1.183 0.327 0.628 0.083 0.133 0.374 0.139 0.135 0.143 0.422 0.177 0.115 0.675 0.481 0.136 0.017 0.774 0.333 1.030 1.927 1.240 0.059 0.424 1.270 0.770 4.021 2.947 1.095 0.790 0.477 0.320 0.046 0.098 0.352 0.161 0.199 0.201 0.128 1.250 1.111 1.146 0.251 0.388 0.083 0.157 2.108 0.422 0.258 0.358 1.030 1.174 0.852 0.049 0.131 0.099 0.265 0.055 0.179 0.493 0.058 0.030 0.330 0.214 0.268 0.755 1.120 1.000 2.436 0.596 0.418 0.416 0.195 0.355 1.283 nan 0.612 0.282 0.208 0.151 1.401 1.167 0.263 0.731 1.864 nan 5665 chr19 39887273 39907746 + 0 NA promoter-TSS (NM_003407) promoter-TSS (NM_003407) 22 NM_003407 7538 Hs.534052 NM_003407 ENSG00000128016 ZFP36 G0S24|GOS24|NUP475|RNF162A|TIS11|TTP|zfp-36 ZFP36 ring finger protein protein-coding 2.820 3.029 3.570 5.349 5.169 3.036 2.793 1.709 3.237 2.433 6.245 3.165 1.526 3.639 2.211 2.456 2.293 0.361 4.712 1.784 4.244 1.112 0.980 0.454 3.304 3.007 3.591 4.244 4.030 1.597 4.724 7.493 3.148 11.089 1.778 4.268 0.595 4.925 0.158 1.937 1.223 3.374 8.079 4.129 2.507 1.919 3.163 2.961 11.379 12.057 1.913 2.996 2.456 9.427 2.274 3.304 3.102 3.566 1.206 4.896 2.732 0.769 1.264 1.580 2.153 1.272 0.734 1.951 2.892 2.629 4.133 4.089 3.531 4.893 2.587 8.444 8.725 1.766 2.296 4.868 7.837 nan 1.852 1.874 2.741 2.675 2.754 1.833 3.717 2.472 1.183 7604 chr3 52048952 52098063 + 0 NA Intergenic Intergenic 16954 NM_001947 1849 Hs.591664 NM_001947 ENSG00000164086 DUSP7 MKPX|PYST2 dual specificity phosphatase 7 protein-coding 1.194 1.324 nan 0.479 0.257 0.293 0.976 0.225 0.371 0.203 0.927 0.536 0.033 0.228 0.529 0.365 0.290 0.063 1.133 0.704 0.726 0.088 0.358 0.201 0.310 0.513 0.531 0.475 2.055 0.968 0.501 1.664 0.274 0.929 0.471 0.429 0.194 0.178 0.057 0.361 0.313 1.886 2.259 1.018 0.618 0.481 0.388 1.202 0.400 1.193 0.219 0.244 0.365 0.911 0.583 0.310 0.339 0.160 0.461 1.416 0.808 0.645 0.284 1.278 0.525 0.446 0.351 0.846 1.265 0.847 1.185 1.120 1.150 1.316 0.433 0.588 0.633 0.537 0.870 0.688 1.053 nan 3.771 0.645 0.921 0.845 0.786 1.291 3.144 1.314 0.649 10284 chr7 31526683 31541044 + 0 NA Intergenic Intergenic -19822 NM_001257967 223075 Hs.224269 NM_194300 ENSG00000180347 CCDC129 - coiled-coil domain containing 129 protein-coding 1.282 0.977 1.075 7.369 0.106 0.012 0.089 0.179 0.349 0.006 0.081 0.051 0.275 0.077 0.099 0.125 0.115 0.134 0.538 0.290 0.031 0.010 0.133 0.139 0.175 0.048 0.020 0.016 0.176 0.217 0.354 1.323 0.865 0.519 0.049 0.088 0.013 0.045 0.152 0.049 0.016 0.148 0.025 0.005 2.311 0.680 0.194 0.183 0.108 0.050 0.065 0.143 0.125 0.125 0.077 0.175 0.417 0.052 0.074 0.041 0.021 0.055 0.093 0.095 0.696 0.008 0.014 0.968 1.067 2.778 3.062 0.373 nan 0.119 0.072 0.533 0.613 0.693 nan nan nan 0.612 0.374 0.292 0.390 0.159 0.196 0.254 nan 0.615 0.602 8662 chr4 184063046 184098243 + 0 NA intron (NM_024949, intron 1 of 22) AluJb|SINE|Alu 60181 NM_024949 80014 Hs.333179 NM_024949 ENSG00000151718 WWC2 BOMB WW and C2 domain containing 2 protein-coding nan 0.728 nan 0.948 0.050 0.061 0.168 0.095 0.255 0.469 0.446 0.194 1.542 0.011 0.049 0.135 0.079 0.059 0.178 0.016 0.092 0.035 0.072 0.094 0.136 0.118 0.031 0.200 0.112 0.063 0.097 0.309 0.086 0.247 0.164 0.258 0.022 0.493 0.104 0.105 0.151 0.101 0.094 0.100 0.110 0.092 0.167 0.262 0.241 0.152 0.649 0.317 0.135 0.114 0.158 0.136 0.070 0.085 0.080 0.046 0.046 0.195 0.959 0.090 0.167 0.020 0.010 0.523 0.698 0.992 1.488 0.268 0.325 0.137 0.098 0.175 0.168 0.103 0.156 0.394 0.499 0.369 0.264 0.756 1.120 0.091 0.101 0.189 0.316 0.384 0.387 4581 chr17 8073175 8080980 + 0 NA non-coding (NR_147092, exon 2 of 2) non-coding (NR_147092, exon 2 of 2) 2652 NM_183065 84314 Hs.513933 NM_032354 ENSG00000179029 TMEM107 GRVS638|JBTS29|MKS13|PRO1268 transmembrane protein 107 protein-coding 3.075 2.077 2.284 1.215 2.175 2.990 1.053 1.957 3.993 0.866 2.292 0.970 1.000 1.016 1.763 2.231 0.756 0.154 2.839 0.698 1.868 0.840 0.833 0.635 2.762 0.701 0.815 0.640 0.801 0.419 2.184 4.459 1.471 5.961 1.200 4.018 0.327 1.110 0.089 0.740 0.896 2.800 1.158 0.658 1.248 1.398 1.099 1.036 3.157 2.635 1.040 1.267 2.231 2.833 4.698 2.762 1.166 1.271 1.310 3.726 2.986 2.146 1.597 1.696 1.110 1.120 0.716 5.607 6.294 4.566 6.514 5.675 6.408 5.877 4.810 3.779 4.376 2.057 2.625 4.891 6.597 2.891 2.791 3.760 4.683 2.052 2.914 5.790 6.935 0.867 0.416 7935 chr3 155579586 155595849 + 0 NA promoter-TSS (NM_003875) promoter-TSS (NM_003875) -608 NM_003875 8833 Hs.591314 NM_003875 ENSG00000163655 GMPS GATD7 guanine monophosphate synthase protein-coding nan 2.177 2.481 2.210 2.086 0.769 1.389 1.190 2.257 0.564 0.951 0.578 0.351 0.313 1.178 1.157 1.583 0.397 1.328 0.293 0.721 0.667 1.386 0.728 1.532 0.790 0.791 0.847 1.845 0.428 0.873 1.565 1.483 2.187 0.391 0.829 0.357 0.928 0.059 0.285 1.268 1.823 1.190 0.636 0.681 0.524 1.343 0.868 1.352 2.187 0.617 1.066 1.157 1.460 0.838 1.532 0.453 0.508 0.410 2.010 0.642 0.747 0.515 0.758 0.500 0.489 0.275 1.631 1.627 2.151 2.904 2.785 2.589 4.736 2.255 3.182 3.150 2.169 nan 2.492 3.629 4.529 4.556 1.221 2.449 1.200 1.015 2.519 2.963 1.377 0.768 9476 chr6 19410455 19419554 + 0 NA Intergenic MLT1E1A|LTR|ERVL-MaLR -35048 NR_134615 105374960 Hs.519913 NR_134615 LOC105374960 - uncharacterized LOC105374960 ncRNA 1.010 nan 0.888 1.219 0.107 0.089 1.852 0.159 0.286 0.806 0.179 0.040 0.055 0.033 0.038 0.167 0.238 0.123 4.022 1.880 1.473 0.030 0.052 0.216 0.279 0.903 0.574 0.032 1.661 1.246 0.865 1.578 1.702 0.542 1.956 0.108 0.021 0.036 0.072 0.144 0.067 2.682 0.206 0.103 1.612 0.802 1.154 0.144 0.098 0.055 0.182 0.890 0.167 2.076 0.010 0.279 1.414 0.382 0.096 0.089 0.034 2.420 0.065 0.068 0.448 0.032 0.005 0.397 0.215 0.360 0.722 0.440 0.435 0.418 0.121 0.274 0.279 0.906 1.185 0.285 0.245 0.414 0.218 0.104 0.200 0.210 0.273 0.247 0.410 0.638 0.494 293 chr1 40037040 40044270 + 0 NA intron (NM_001135653, intron 1 of 15) intron (NM_001135653, intron 1 of 15) 1866 NM_001135654 8761 Hs.169900 NM_003819 ENSG00000090621 PABPC4 APP-1|APP1|PABP4|iPABP poly(A) binding protein cytoplasmic 4 protein-coding 22.043 2.148 nan 2.596 6.215 1.314 2.325 1.177 2.215 0.834 1.777 1.364 0.953 1.203 2.210 2.296 1.413 0.289 1.545 0.340 0.755 0.958 2.365 1.185 5.330 0.969 0.838 1.306 1.910 0.494 1.356 2.924 1.654 3.754 0.486 1.528 0.160 2.135 0.125 0.376 1.636 2.598 1.609 0.979 1.086 0.510 2.158 1.499 1.655 3.292 1.130 1.333 2.296 2.036 1.698 5.330 0.809 1.974 0.552 3.278 0.923 0.745 1.366 1.292 0.675 0.781 0.526 2.059 2.450 2.559 4.006 5.341 5.127 2.228 0.735 5.247 5.020 2.303 nan 12.555 15.357 3.719 3.694 3.469 nan 1.256 1.552 2.574 3.184 3.381 1.775 4219 chr16 8956914 8981196 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -6186 NM_001278260 23589 Hs.632184 NM_014316 ENSG00000153048 CARHSP1 CRHSP-24|CRHSP24|CSDC1 calcium regulated heat stable protein 1 protein-coding 1.827 nan 1.656 1.366 1.083 1.018 1.464 0.580 1.102 1.118 1.642 0.633 0.097 0.403 0.672 0.925 0.519 0.193 1.861 0.945 0.864 0.192 0.425 0.315 1.308 0.906 0.550 0.655 1.001 0.412 0.724 2.350 0.503 2.877 0.252 0.934 0.437 0.706 0.083 0.336 0.525 1.503 0.970 0.540 2.285 0.675 0.869 0.345 1.590 0.906 0.500 1.419 0.925 0.924 1.154 1.308 0.237 0.517 0.401 1.461 0.372 1.040 0.192 0.282 0.241 0.261 0.124 1.050 1.288 0.718 1.029 1.739 1.674 nan 0.860 1.123 1.149 0.913 nan 0.868 1.552 1.518 1.598 0.442 0.779 1.449 1.627 0.847 0.928 0.979 0.703 1272 chr1 247486992 247502205 + 0 NA intron (NM_001329733, intron 2 of 9) CpG 644 NM_001329733 84838 Hs.168677 NM_032752 ENSG00000162714 ZNF496 NIZP1|ZFP496|ZKSCAN17|ZSCAN49 zinc finger protein 496 protein-coding nan 1.997 nan 1.221 5.730 0.877 0.687 1.349 2.358 0.289 1.530 0.542 0.163 1.041 0.938 2.223 0.852 0.115 0.834 0.288 0.133 0.501 2.920 0.961 2.399 1.003 1.011 1.076 0.828 0.347 0.567 0.940 0.699 2.235 0.173 1.338 0.407 0.928 0.097 0.155 0.918 1.394 1.253 0.713 1.189 0.308 0.773 0.940 1.204 1.377 0.785 1.038 2.223 0.983 0.549 2.399 0.616 0.482 0.427 0.980 1.605 0.369 0.202 1.311 0.546 0.761 0.367 2.717 3.056 3.186 4.579 4.012 3.859 7.213 2.497 4.555 4.747 1.226 2.010 3.196 4.200 2.088 2.336 0.666 1.219 2.079 1.840 2.616 2.521 2.759 1.541 10415 chr7 73114772 73140152 + 0 NA intron (NM_001165903, intron 1 of 9) intron (NM_001165903, intron 1 of 9) 1815 NR_036247 100422948 NR_036247 ENSG00000265724 MIR4284 mir-4284 microRNA 4284 ncRNA nan 0.691 1.171 0.745 0.688 0.551 5.459 0.234 0.611 0.395 1.284 2.902 0.123 0.858 0.686 0.565 0.786 0.515 2.846 1.349 3.479 0.099 0.730 0.401 0.476 1.066 1.084 0.339 3.214 0.588 4.655 5.741 4.822 0.909 2.257 3.924 0.597 0.370 0.126 3.033 1.045 1.293 0.869 0.449 1.401 1.326 0.931 2.999 4.919 5.236 3.671 2.357 0.565 3.230 4.172 0.476 2.015 1.027 1.327 1.312 1.260 2.042 0.152 0.253 3.331 1.588 1.509 0.759 1.202 0.714 nan 0.713 0.801 1.579 0.467 0.265 0.295 1.108 nan 1.880 nan 1.796 1.741 0.389 0.569 1.515 2.636 0.629 0.889 1.240 0.667 11252 chr8 124242512 124254051 + 0 NA intron (NM_032847, intron 3 of 5) intron (NM_032847, intron 3 of 5) 5357 NM_032847 84933 Hs.707401 NM_032847 ENSG00000189376 C8orf76 - chromosome 8 open reading frame 76 protein-coding nan nan 8.537 0.939 1.715 0.339 0.561 0.606 1.098 0.254 1.051 0.397 0.080 0.208 0.617 0.272 0.732 0.183 0.833 0.265 0.312 0.189 0.574 0.301 1.680 0.387 0.388 0.486 0.874 0.234 0.924 1.272 0.595 nan 0.411 0.331 0.760 0.486 0.101 0.235 2.232 0.653 0.659 0.445 0.546 0.113 0.725 0.528 0.755 1.391 0.458 0.790 0.272 0.904 0.592 1.680 0.700 0.503 0.987 0.660 1.996 0.371 0.223 1.670 0.158 0.210 0.114 0.679 0.778 1.082 1.466 2.569 2.739 1.643 0.630 nan nan 2.772 3.442 1.448 1.680 2.670 2.395 0.826 1.461 2.032 3.142 2.949 4.893 1.041 0.485 2888 chr12 98356663 98380812 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 20489 NR_036189 100422924 NR_036189 ENSG00000263890 MIR4303 - microRNA 4303 ncRNA 0.864 0.711 1.129 0.092 0.240 0.166 0.035 0.153 0.394 0.016 0.072 0.057 0.018 0.057 0.287 0.132 0.137 0.176 0.040 0.005 1.092 0.944 0.198 0.008 0.018 0.009 0.048 0.018 0.070 0.055 0.066 nan 0.066 0.367 0.049 0.110 0.019 0.046 0.065 0.015 0.020 0.014 0.029 0.076 0.187 0.037 0.038 0.013 0.036 0.132 0.044 0.036 0.198 0.020 0.040 0.008 0.022 0.198 0.010 0.044 0.051 0.019 0.017 0.008 0.282 0.173 0.339 0.327 0.510 0.658 1.492 0.332 0.335 0.366 0.835 nan 0.675 nan 0.414 0.212 0.134 0.192 1.603 1.201 0.170 0.210 4.820 2.092 3818 chr14 103045414 103060982 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 -5798 NM_015156 23186 Hs.510521 NM_015156 ENSG00000089902 RCOR1 COREST|RCOR REST corepressor 1 protein-coding 3.790 1.408 2.018 1.891 1.767 2.239 1.689 1.102 1.781 0.964 1.595 0.864 1.073 0.667 2.347 2.257 2.060 0.508 1.249 0.434 2.771 1.861 0.903 0.479 2.365 2.476 2.794 0.739 2.179 1.186 2.288 3.362 3.052 3.725 0.714 1.391 0.513 2.676 0.140 0.621 1.862 1.592 2.500 1.053 1.199 1.167 3.295 1.652 2.903 3.865 0.779 3.586 2.257 1.373 1.542 2.365 1.190 1.302 0.540 2.517 1.025 2.126 0.970 0.667 3.480 0.766 0.462 1.173 1.585 1.710 2.205 3.944 3.462 1.039 0.447 2.292 2.221 1.407 1.847 2.099 2.881 2.444 2.313 1.035 2.423 1.517 1.201 1.217 1.674 1.333 0.965 5614 chr19 34284837 34298098 + 0 NA intron (NM_024076, intron 3 of 6) intron (NM_024076, intron 3 of 6) 3716 NM_024076 79047 Hs.221873 NM_024076 ENSG00000153885 KCTD15 - potassium channel tetramerization domain containing 15 protein-coding 3.819 0.534 0.839 1.106 3.648 1.286 0.643 1.471 2.420 1.123 0.139 1.315 0.677 0.037 0.034 2.000 0.818 0.062 0.081 0.028 1.306 2.049 0.848 0.325 1.113 1.216 1.307 2.867 1.142 0.271 1.230 1.718 0.526 3.423 0.044 1.397 0.689 3.204 0.136 0.525 0.791 2.734 2.887 1.370 0.407 0.837 0.608 7.245 5.002 2.197 1.548 2.000 0.085 1.235 1.113 1.429 1.906 0.739 3.367 0.954 0.346 1.456 0.968 0.337 0.330 0.301 2.505 2.812 1.325 2.004 2.176 1.593 0.509 0.142 0.186 0.176 1.753 2.666 2.829 4.430 nan 4.570 2.357 4.286 2.235 1.640 1.902 1.852 1.527 0.963 10020 chr6 151709166 151715970 + 0 NA 5' UTR (NM_020861, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_020861, exon 1 of 3) 267 NM_020861 57621 Hs.520073 NM_020861 ENSG00000181472 ZBTB2 ZNF437 zinc finger and BTB domain containing 2 protein-coding nan 3.171 5.102 2.417 5.488 3.909 2.249 2.901 5.074 2.686 3.411 2.177 2.247 1.140 4.649 6.461 3.162 0.308 3.485 0.975 4.958 2.891 1.500 0.711 5.615 2.133 2.700 3.477 3.759 0.890 5.718 nan 4.333 8.369 0.838 3.250 1.213 5.818 0.248 1.042 3.455 4.981 5.400 2.305 1.570 2.503 3.120 2.531 3.803 8.220 1.219 2.268 6.461 5.783 3.142 5.615 1.673 2.606 1.394 11.420 2.980 2.031 2.068 2.561 2.331 2.996 2.120 6.430 7.076 7.687 8.621 7.806 nan 9.204 4.211 10.682 11.137 2.664 3.426 5.250 7.725 8.133 9.283 3.229 6.536 5.115 4.995 5.997 nan 1.512 0.916 10232 chr7 23751538 23757902 + 0 NA intron (NR_048542, intron 3 of 23) intron (NR_048542, intron 3 of 23) 4775 NM_001260504 56164 Hs.309767 NM_031414 ENSG00000196335 STK31 SGK396|TDRD8 serine/threonine kinase 31 protein-coding 1.013 1.073 0.987 1.582 0.125 0.052 0.572 0.101 0.280 0.120 0.123 0.577 0.427 0.062 0.113 0.060 0.186 0.025 0.547 0.180 2.824 0.022 0.099 0.149 0.151 0.087 0.012 0.082 1.745 1.107 0.189 0.453 0.512 0.328 0.415 0.135 0.029 0.306 0.194 0.447 0.050 0.608 0.275 0.158 0.822 0.519 0.303 0.216 0.038 0.056 0.062 0.085 0.060 1.255 7.186 0.151 0.307 0.065 0.219 0.032 1.167 0.015 0.077 0.190 0.805 0.409 0.459 0.318 0.175 nan 0.451 0.616 0.537 0.227 0.356 0.408 0.395 0.465 0.426 0.361 0.412 0.155 0.177 0.190 0.053 0.149 0.214 nan 0.519 0.394 8753 chr5 10348815 10359339 + 0 NA intron (NM_001270661, intron 1 of 22) CpG 326 NM_005885 10299 Hs.432862 NM_005885 ENSG00000145495 MARCH6 DOA10|MARCH-VI|RNF176|TEB4 membrane associated ring-CH-type finger 6 protein-coding nan nan nan 2.257 9.138 2.717 2.753 2.136 4.844 1.416 1.784 1.939 0.954 1.247 4.483 1.484 3.061 0.459 5.657 1.480 2.311 2.340 4.085 2.325 6.473 1.481 2.018 1.189 3.207 1.133 5.144 6.530 4.456 nan 1.223 1.955 1.507 2.767 0.125 1.021 1.234 3.083 3.749 1.860 1.060 1.233 2.469 1.188 1.932 2.130 2.165 1.847 1.484 7.644 2.374 6.473 1.441 2.342 1.161 2.643 2.487 2.230 1.474 1.119 0.823 0.941 0.617 4.281 4.450 4.648 5.637 9.780 9.323 6.068 2.897 4.971 5.187 nan 7.349 5.943 9.655 7.770 8.415 2.472 4.253 7.239 8.198 3.353 nan 3.956 2.391 469 chr1 77911255 77916379 + 0 NA intron (NM_012093, intron 8 of 13) MER52A|LTR|ERV1 165530 NM_012093 26289 Hs.559718 NM_012093 ENSG00000154027 AK5 AK6 adenylate kinase 5 protein-coding nan 0.743 1.537 0.070 0.101 0.043 0.166 0.064 0.384 0.112 0.136 0.072 0.037 0.097 0.005 0.128 0.099 0.031 0.205 0.110 0.037 0.027 0.090 0.150 0.140 0.013 0.029 0.074 0.081 0.086 0.631 0.115 0.466 0.058 0.069 0.056 0.036 0.165 0.063 0.196 0.059 0.015 0.094 0.031 0.454 0.136 0.254 0.027 1.053 0.729 0.128 0.218 0.018 0.140 0.265 0.161 0.039 0.057 0.019 0.031 0.872 0.216 0.044 0.022 0.066 1.186 0.702 8.554 3.415 0.343 nan 0.929 0.360 1.906 1.904 0.553 nan 0.856 0.735 0.327 0.221 1.895 2.355 0.403 0.443 0.300 0.661 0.442 0.626 9983 chr6 143993487 144003311 + 0 NA promoter-TSS (NM_001100165) promoter-TSS (NM_001100165) -703 NM_001100164 9749 Hs.102471 NM_014721 ENSG00000112419 PHACTR2 C6orf56 phosphatase and actin regulator 2 protein-coding nan 0.934 nan 1.671 0.501 0.012 2.253 0.082 0.193 1.651 0.625 1.069 6.181 0.153 0.028 0.638 1.560 0.131 2.593 1.036 1.225 0.683 0.065 0.110 0.681 1.839 1.373 0.182 1.643 1.143 2.909 4.296 3.474 1.495 1.007 0.374 0.069 1.056 0.148 0.419 0.176 0.376 1.220 0.734 2.866 1.335 2.957 1.462 1.247 1.053 0.120 2.252 0.638 3.713 0.169 0.681 1.662 1.265 0.050 0.278 0.356 0.602 0.213 0.175 0.589 0.193 0.087 1.855 2.097 3.511 7.706 0.904 0.818 1.557 0.350 0.877 0.829 0.415 0.644 0.174 0.112 1.441 1.146 0.456 0.972 0.843 0.863 0.764 1.747 0.400 0.318 6350 chr2 128144186 128174355 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -16726 NM_000312 5624 Hs.224698 NM_000312 ENSG00000115718 PROC APC|PC|PROC1|THPH3|THPH4 protein C, inactivator of coagulation factors Va and VIIIa protein-coding 1.685 nan nan 1.413 0.652 0.435 2.052 0.353 0.812 0.471 1.652 1.851 0.355 0.318 0.487 1.002 1.121 0.214 1.042 0.748 2.991 0.322 0.427 0.265 0.969 1.475 1.061 1.050 2.165 0.600 1.180 1.996 1.345 1.583 1.434 1.579 0.102 0.938 0.089 0.611 0.337 1.217 0.631 0.362 1.091 1.606 1.988 1.558 1.962 1.498 0.717 1.087 1.002 2.204 1.110 0.969 0.629 0.802 0.299 1.339 1.017 0.598 0.306 0.402 0.908 0.333 0.219 0.965 1.163 1.184 2.270 1.142 0.997 2.773 1.041 1.503 1.607 1.276 1.830 1.664 2.405 0.989 0.944 0.744 1.114 0.603 0.769 1.212 1.400 0.791 0.482 1566 chr10 82245656 82278347 + 0 NA intron (NM_001128309, intron 2 of 5) L2a|LINE|L2 -29005 NR_120662 102723703 Hs.308615 NR_120662 LOC102723703 - uncharacterized LOC102723703 ncRNA 0.645 0.929 1.851 1.681 0.137 0.615 1.372 0.166 0.310 0.893 0.956 0.363 0.301 0.080 0.288 0.197 0.142 0.059 0.738 0.348 4.495 0.034 0.039 0.073 0.183 0.349 0.277 0.079 0.465 0.882 0.305 0.606 0.274 0.630 0.139 0.834 0.032 0.054 0.075 0.093 0.197 3.999 1.490 0.617 0.463 0.400 2.658 0.098 3.333 0.146 0.318 1.384 0.197 0.538 0.129 0.183 0.998 1.690 0.184 0.494 0.051 1.121 0.073 0.207 0.476 7.215 7.223 0.448 0.636 0.453 0.795 0.431 0.392 0.361 0.159 0.232 0.209 0.811 1.096 0.744 0.851 0.268 0.267 0.211 0.324 0.143 0.181 0.329 1.297 0.469 0.347 10788 chr8 2567920 2591948 + 0 NA intron (NR_125426, intron 1 of 2) ERV3-16A3_I-int|LTR|ERVL 6057 NR_125426 101927815 Hs.571467 NR_125423 ENSG00000254319 LOC101927815 - uncharacterized LOC101927815 ncRNA 0.905 0.570 0.509 0.033 0.048 2.005 0.003 0.340 0.636 0.012 0.033 0.027 0.029 0.104 0.133 0.074 0.067 0.017 0.008 0.011 1.231 0.757 1.762 0.003 0.006 0.006 0.043 0.013 0.029 0.030 0.058 0.097 0.006 0.025 0.210 1.132 0.140 0.017 0.058 0.015 0.007 0.023 0.016 0.024 0.087 0.041 0.009 0.026 0.022 0.133 0.009 0.015 1.762 0.015 0.059 0.004 0.431 0.080 0.023 0.639 0.053 0.006 0.007 0.008 1.432 1.638 0.435 0.462 0.904 0.927 0.177 0.118 0.188 0.170 2.270 2.560 3.940 5.161 nan 2.444 0.838 1.351 1.492 1.522 0.156 0.214 2.233 1.270 3737 chr14 81762164 81791560 + 0 NA intron (NM_001256430, intron 5 of 7) intron (NM_001256430, intron 5 of 7) -89287 NM_201595 2957 Hs.592334 NM_015859 ENSG00000165417 GTF2A1 TF2A1|TFIIA|TFIIA-42|TFIIAL general transcription factor IIA subunit 1 protein-coding nan 1.959 1.290 0.353 0.740 0.611 0.366 0.288 0.542 0.246 0.345 0.734 0.107 0.171 0.411 1.936 0.667 0.202 0.116 0.058 0.032 0.014 0.284 0.159 0.425 0.708 0.406 0.015 0.347 0.480 0.607 1.309 0.521 0.722 0.279 0.112 0.499 0.032 0.123 0.064 0.226 0.123 0.041 0.035 0.251 0.415 0.279 0.171 0.327 0.062 0.057 0.395 1.936 0.235 0.073 0.425 0.465 0.110 0.675 0.062 0.092 0.685 0.111 1.458 0.078 0.016 0.014 0.274 0.290 0.450 0.939 0.871 0.906 2.611 0.894 0.393 0.361 0.951 1.320 1.285 1.742 3.922 3.341 0.214 0.315 1.926 3.203 1.203 4.058 1.588 1.390 40 chr1 3815582 3830385 + 0 NA intron (NR_024455, intron 2 of 3) intron (NR_024455, intron 2 of 3) 6015 NR_024455 100133612 Hs.307652 NR_024455 ENSG00000236423 LINC01134 - long intergenic non-protein coding RNA 1134 ncRNA 2.128 nan 2.313 0.949 4.722 2.795 0.575 1.076 1.901 0.342 1.159 0.531 0.349 1.053 1.978 0.571 0.534 0.164 1.105 0.358 0.892 0.837 0.681 0.350 0.808 0.453 0.670 1.102 0.931 0.249 0.732 nan 0.770 6.158 0.354 0.897 0.216 1.272 0.103 0.335 0.927 1.321 0.952 0.453 0.525 0.296 0.982 0.842 1.067 1.342 0.794 0.676 0.571 1.090 1.237 0.808 0.515 0.647 0.610 2.308 1.055 0.596 0.711 0.822 0.511 0.444 0.314 1.664 1.900 1.326 1.784 7.247 6.696 2.284 0.937 4.296 4.639 1.079 nan nan 5.561 nan 2.660 1.648 1.779 1.301 1.146 2.153 2.056 1.977 1.138 9960 chr6 138404905 138414650 + 0 NA 3' UTR (NM_022121, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_022121, exon 3 of 3) 18883 NM_022121 64065 Hs.201446 NM_022121 ENSG00000112378 PERP KCP1|KRTCAP1|PIGPC1|THW|dJ496H19.1 PERP, TP53 apoptosis effector protein-coding 0.989 2.611 1.064 0.378 2.850 0.851 0.989 1.318 2.843 0.898 0.169 0.447 0.025 0.364 0.801 4.116 0.038 0.016 1.141 0.350 0.423 0.142 0.436 0.314 0.373 1.103 0.801 0.030 0.981 0.543 1.286 2.164 1.607 11.814 0.467 1.008 1.642 0.038 0.122 0.256 0.096 0.794 0.117 0.056 0.729 1.527 3.425 0.093 1.350 0.073 1.000 1.482 4.116 0.754 0.113 0.373 0.688 0.587 0.060 0.267 1.372 0.550 0.111 0.269 0.147 0.018 0.016 0.383 0.217 1.288 4.248 1.000 1.041 nan 2.233 0.343 0.366 0.080 0.212 1.785 2.812 0.585 0.280 0.187 0.402 5.497 9.294 0.374 nan 1.184 0.601 10209 chr7 18458301 18477694 + 0 NA intron (NM_001321896, intron 1 of 12) L1MB1|LINE|L1 -67336 NM_001321894 9734 Hs.196054 NM_014707 ENSG00000048052 HDAC9 HD7|HD7b|HD9|HDAC|HDAC7|HDAC7B|HDAC9B|HDAC9FL|HDRP|MITR histone deacetylase 9 protein-coding nan 1.294 nan 0.322 0.104 0.343 0.151 0.158 0.265 0.124 0.165 0.339 0.026 0.062 0.804 0.521 0.549 0.150 0.230 0.087 0.139 0.064 0.186 0.200 0.073 0.122 0.038 0.041 0.385 0.278 0.149 0.797 0.520 0.380 0.272 0.137 0.283 0.133 0.148 0.261 0.118 0.110 0.037 0.020 0.079 0.111 0.264 0.252 0.281 0.055 0.089 0.072 0.521 0.074 0.019 0.073 0.145 0.303 0.166 0.099 0.058 0.088 0.081 0.135 0.044 0.030 0.021 nan 0.346 10.312 5.703 0.433 0.588 0.504 0.150 0.270 0.235 1.314 1.512 0.448 0.467 0.480 0.194 0.148 0.271 1.218 1.407 0.460 1.247 0.614 0.543 9011 chr5 73468650 73512292 + 0 NA Intergenic Intergenic 113679 NR_105009 102503429 Hs.519391 NR_105009 ENSG00000248942 LINC01335 - long intergenic non-protein coding RNA 1335 ncRNA 0.937 nan 1.225 0.305 0.367 0.885 0.358 0.433 0.815 0.065 0.168 0.490 0.033 0.115 0.861 0.441 0.516 0.125 0.211 0.164 0.030 0.006 0.705 0.336 0.774 0.146 0.075 0.054 0.152 0.407 0.168 1.013 0.352 0.932 0.178 0.082 0.258 3.465 0.162 0.173 0.268 0.105 0.112 0.064 0.244 0.046 0.403 0.099 0.076 0.184 0.093 0.282 0.441 0.151 0.062 0.774 0.137 0.085 0.200 0.101 0.481 0.156 0.041 0.286 0.377 0.033 0.022 0.251 0.229 0.604 1.154 0.938 0.860 nan 1.222 0.138 0.141 2.407 nan 0.756 0.520 0.517 0.310 0.107 0.167 1.435 0.981 0.328 0.862 1.479 0.796 10728 chr7 148394260 148398735 + 0 NA intron (NM_003592, intron 1 of 21) CpG 564 NM_003592 8454 Hs.146806 NM_003592 ENSG00000055130 CUL1 - cullin 1 protein-coding 9.620 3.186 7.646 6.710 5.555 2.572 2.506 2.150 4.296 2.159 4.638 3.704 1.746 1.363 7.342 6.041 4.351 0.433 8.063 1.313 3.260 3.664 4.484 1.883 10.495 2.406 2.953 4.034 9.275 0.990 3.411 4.498 8.257 7.890 0.802 4.038 1.154 7.651 0.211 1.687 4.158 7.175 4.325 2.304 2.022 1.455 7.494 4.950 7.221 7.861 3.516 3.964 6.041 10.048 5.980 10.495 2.236 4.657 1.886 10.112 5.266 3.164 3.176 2.948 1.670 2.698 1.801 9.705 9.806 8.224 11.204 11.301 10.543 6.864 3.673 15.184 14.171 5.009 6.614 5.317 9.724 10.807 13.845 6.826 14.300 7.446 5.935 12.942 10.739 5.024 nan 1115 chr1 214443855 214459772 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -2752 NM_020197 56950 Hs.66170 NM_020197 ENSG00000143499 SMYD2 HSKM-B|KMT3C|ZMYND14 SET and MYND domain containing 2 protein-coding 2.513 2.584 2.726 0.958 1.688 0.737 0.603 1.087 2.032 0.445 1.073 0.555 3.345 0.277 0.787 1.536 2.310 0.374 0.746 0.263 1.155 0.391 1.986 1.297 1.986 0.668 0.662 0.560 0.887 0.385 0.414 1.137 0.573 nan 0.240 0.985 0.765 1.178 0.127 0.368 0.684 1.111 1.034 0.426 0.747 0.203 0.773 1.084 1.151 0.934 1.091 0.884 1.536 0.963 0.919 1.986 0.415 0.890 0.311 1.344 1.134 0.562 0.218 0.765 0.531 0.268 0.128 2.054 2.419 2.579 3.640 3.209 2.741 nan 1.010 3.049 3.076 1.804 nan 1.874 2.722 1.758 1.938 0.588 0.946 3.163 3.098 2.264 2.281 2.230 1.100 11925 chrX 20460295 20519050 + 0 NA Intergenic Intergenic -204922 NM_004586 6197 Hs.445387 NM_004586 ENSG00000177189 RPS6KA3 CLS|HU-3|ISPK-1|MAPKAPK1B|MRX19|RSK|RSK2|S6K-alpha3|p90-RSK2|pp90RSK2 ribosomal protein S6 kinase A3 protein-coding 0.620 0.863 0.545 0.031 0.290 0.360 0.110 0.212 0.358 0.010 0.045 0.204 0.004 0.275 0.296 0.154 0.088 0.066 0.302 0.239 0.017 0.007 0.201 0.162 0.416 0.234 0.057 0.015 0.123 0.074 0.024 0.166 0.224 3.234 0.100 0.072 0.023 0.029 0.051 0.042 0.076 0.119 0.026 0.029 0.137 0.119 0.072 0.089 0.105 0.110 0.053 0.069 0.154 0.058 0.077 0.416 0.017 0.023 0.025 0.014 0.171 0.106 0.025 0.232 0.025 0.014 0.010 0.127 0.102 0.177 0.240 0.638 0.826 0.900 0.289 0.168 0.168 0.576 0.743 0.989 0.737 0.396 0.203 0.105 0.165 0.102 0.156 0.329 0.889 0.766 0.568 5626 chr19 36206658 36211184 + 0 NA promoter-TSS (NM_014727) promoter-TSS (NM_014727) 0 NM_014727 9757 Hs.92236 NM_014727 ENSG00000272333 KMT2B CXXC10|DYT28|HRX2|MLL1B|MLL2|MLL4|TRX2|WBP-7|WBP7 lysine methyltransferase 2B protein-coding 5.534 3.005 4.806 6.242 7.267 2.649 1.734 1.628 3.154 2.570 5.329 3.200 1.259 2.540 3.329 3.060 1.642 0.211 4.548 1.537 4.106 1.350 1.178 0.674 4.178 2.586 3.130 6.121 4.442 1.047 4.539 6.486 4.255 13.649 1.243 5.094 0.399 5.379 0.139 1.299 0.597 5.110 5.638 2.682 2.549 1.236 3.251 2.274 11.110 11.878 5.366 3.539 3.060 4.736 3.859 4.178 3.686 3.224 0.956 7.780 3.181 2.265 1.797 1.395 1.210 1.285 0.720 3.680 4.466 3.616 4.667 4.787 4.486 7.515 2.573 9.687 9.505 2.541 4.748 7.852 9.501 nan 5.106 4.024 7.427 2.541 2.288 2.495 3.492 3.129 1.318 4421 chr16 68823204 68837734 + 0 NA intron (NM_004360, intron 2 of 15) intron (NM_004360, intron 2 of 15) -47040 NM_024562 79613 Hs.13526 NM_024562 ENSG00000103047 TANGO6 TMCO7 transport and golgi organization 6 homolog protein-coding nan nan 0.615 0.671 0.423 0.439 0.933 0.739 1.419 0.558 1.785 3.832 1.430 0.055 0.342 0.292 1.005 0.336 1.045 0.632 0.152 0.009 0.104 0.057 0.403 0.856 0.376 0.051 0.587 1.112 0.277 0.994 1.344 1.249 0.754 0.207 0.026 0.060 0.076 0.203 0.129 0.185 0.358 0.175 0.833 0.904 0.425 0.152 1.753 0.054 0.103 0.353 0.292 1.573 0.519 0.403 0.075 0.149 0.502 0.223 0.084 0.527 4.150 0.017 1.523 0.059 0.028 0.638 0.521 0.626 2.036 0.540 0.563 1.265 0.401 1.940 1.861 0.126 nan 0.700 0.900 0.449 0.208 1.816 2.241 0.164 0.116 0.102 0.244 1.432 0.796 7124 chr21 10819337 10820145 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite 171202 NM_001290224 7179 Hs.122986 NM_199259 ENSG00000274391 TPTE CT44|PTEN2 transmembrane phosphatase with tensin homology protein-coding 23.727 27.820 25.232 1.046 6.201 0.691 1.525 5.573 8.281 1.474 2.896 3.765 0.689 4.670 7.337 4.583 1.865 18.090 1.565 0.709 2.819 4.268 8.356 2.361 0.479 2.062 0.732 4.966 3.012 1.846 3.630 10.622 0.105 3.919 2.751 2.731 11.667 2.314 2.757 2.201 1.558 0.271 6.719 3.911 8.657 3.822 1.768 0.639 3.244 4.583 2.124 1.492 2.361 2.085 1.599 2.196 1.068 1.542 1.868 1.396 2.808 0.735 2.132 1.623 16.811 5.769 7.199 7.508 13.473 21.270 7.779 5.530 10.022 9.421 14.698 20.176 10.154 7.866 20.034 4.632 5.569 10.067 5.856 11.142 8.424 11.681 7.393 10.978 3529 chr14 49027793 49039412 + 0 NA Intergenic MER51-int|LTR|ERV1 -769385 NR_039996 100506433 Hs.547419 NR_039996 ENSG00000259129 LINC00648 - long intergenic non-protein coding RNA 648 ncRNA nan nan 0.696 1.691 0.106 0.019 0.545 0.166 0.147 0.247 0.053 0.118 0.129 0.044 0.061 0.454 0.130 0.105 4.480 1.907 0.055 0.012 0.068 0.084 0.062 0.060 0.043 0.006 3.040 1.577 1.057 2.100 2.366 0.446 3.436 0.046 0.025 0.018 0.125 0.202 0.021 0.720 0.104 0.074 2.285 0.829 0.166 0.088 0.010 0.070 0.014 0.587 0.454 2.551 0.048 0.062 1.335 1.261 0.017 0.054 0.069 1.321 0.077 0.063 0.052 0.010 0.275 0.125 0.715 1.575 0.165 0.255 0.111 0.042 0.237 0.273 0.126 0.256 0.216 0.209 0.459 0.201 0.238 0.324 0.254 0.752 0.160 0.173 nan 0.384 4406 chr16 66783383 66786540 + 0 NA promoter-TSS (NR_133569) promoter-TSS (NR_133569) 564 NM_006141 1783 Hs.369068 NM_006141 ENSG00000135720 DYNC1LI2 DNCLI2|LIC2 dynein cytoplasmic 1 light intermediate chain 2 protein-coding nan nan 3.802 4.073 5.708 2.238 2.359 2.484 4.629 1.970 2.886 3.132 1.084 2.160 2.732 4.961 2.533 0.288 4.404 1.279 5.717 2.548 1.190 0.842 6.136 3.198 4.514 3.572 4.500 0.885 3.514 4.307 3.885 6.555 1.510 4.451 0.391 3.086 0.098 1.025 1.755 5.260 5.493 3.166 1.156 2.177 3.388 3.166 4.434 4.968 2.340 3.945 4.961 6.233 4.095 6.136 1.201 2.382 1.331 4.674 2.468 2.538 0.877 1.096 1.712 1.587 0.964 7.342 6.157 4.471 6.597 7.606 8.423 6.415 5.357 17.199 18.301 2.505 nan 5.733 8.837 8.856 8.557 5.003 7.794 3.150 3.284 5.011 3.769 4.195 1.822 4303 chr16 27324206 27340084 + 0 NA intron (NM_001257407, intron 1 of 10) intron (NM_001257407, intron 1 of 10) 6915 NM_001257406 3566 Hs.513457 NM_000418 ENSG00000077238 IL4R CD124|IL-4RA|IL4RA interleukin 4 receptor protein-coding 0.770 0.527 nan 3.512 0.142 0.024 2.832 0.152 0.358 1.528 2.681 0.511 0.012 0.365 0.028 0.357 0.354 0.081 1.841 0.885 0.637 0.419 0.059 0.073 0.061 2.503 2.002 0.465 2.203 1.273 1.114 1.552 2.170 0.474 0.663 0.322 0.035 0.432 0.068 0.653 0.055 3.643 2.006 0.910 5.375 3.437 4.299 0.492 1.716 1.228 1.572 2.463 0.357 1.387 1.360 0.061 0.775 0.968 0.111 1.402 0.229 2.373 0.118 0.100 0.416 0.134 0.106 0.203 0.172 0.724 0.809 0.179 0.222 nan 0.260 0.770 0.788 0.145 0.253 1.158 1.855 0.880 0.611 0.385 0.511 0.078 0.092 0.289 0.478 0.350 0.413 2293 chr11 116557056 116579331 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu 58054 NR_135069 101929011 Hs.733911 NR_135069 ENSG00000237937 LOC101929011 - uncharacterized LOC101929011 ncRNA 0.786 0.801 0.910 0.058 0.247 0.526 0.105 0.390 0.557 0.013 0.102 0.075 0.014 0.040 0.270 0.440 0.040 0.036 0.043 0.068 0.031 0.012 0.409 0.370 1.094 0.059 0.036 0.047 0.070 0.033 0.119 0.351 0.061 0.719 0.007 0.056 0.068 0.083 0.121 0.037 0.072 0.240 0.047 0.053 0.047 0.065 0.086 0.211 0.073 0.057 0.042 0.080 0.440 0.080 0.058 1.094 0.083 0.067 0.213 0.091 0.249 0.067 0.195 0.334 0.044 0.028 0.011 0.465 nan 0.222 0.289 2.333 2.133 1.478 0.489 0.211 0.238 0.581 nan 1.727 2.040 0.962 0.893 0.669 0.971 0.407 0.579 0.466 1.273 2.593 1.382 543 chr1 95871251 95876505 + 0 NA Intergenic Intergenic -56215 NR_146486 101928169 NR_146486 LINC01650 - long intergenic non-protein coding RNA 1650 ncRNA nan nan 4.147 0.095 0.119 0.033 0.068 0.240 0.572 0.089 0.042 0.012 0.094 0.051 0.216 0.101 0.094 0.080 0.033 0.058 0.059 0.207 0.091 0.055 0.064 0.091 0.066 0.349 0.028 0.072 0.104 0.069 2.692 0.140 0.023 0.045 0.014 0.018 0.174 0.031 0.026 0.026 0.216 0.054 0.054 0.091 0.016 0.746 0.011 0.039 0.015 0.914 0.446 0.011 6.063 4.831 10.878 3.258 0.427 nan 0.146 0.102 0.230 0.228 2.529 nan 0.288 0.264 nan 4.478 1.631 1.878 0.421 0.395 1.909 3.640 0.422 0.614 267 chr1 37289440 37303537 + 0 NA intron (NM_000831, intron 10 of 15) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 203356 NM_000831 2899 Hs.128848 NM_000831 ENSG00000163873 GRIK3 EAA5|GLR7|GLUR7|GluK3|GluR7a glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 protein-coding 0.998 nan 1.053 0.061 0.169 0.656 0.080 0.182 0.527 0.007 0.059 0.051 0.004 0.071 0.171 0.268 0.064 0.079 0.045 0.044 0.010 0.133 0.267 0.480 0.010 0.025 0.037 0.044 0.040 0.219 0.230 1.075 0.053 0.074 0.085 0.081 0.002 0.101 0.119 0.026 0.031 0.049 0.131 0.146 0.058 0.060 0.011 0.094 0.268 0.045 0.013 0.480 0.035 0.559 0.254 0.955 0.422 0.017 0.133 0.409 0.005 0.020 0.015 0.273 0.206 0.090 0.136 0.794 0.814 nan 0.147 0.141 0.151 3.425 4.271 18.936 15.120 nan 0.673 0.517 0.627 0.230 0.276 0.529 1.036 1.077 nan 1892 chr11 34633585 34691623 + 0 NA intron (NM_001206616, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR 8593 NM_001206616 26298 Hs.653859 NM_012153 ENSG00000135373 EHF ESE3|ESE3B|ESEJ ETS homologous factor protein-coding 0.616 1.368 nan 2.909 0.492 1.067 1.581 0.580 1.108 0.328 1.153 1.420 0.247 0.054 0.238 0.510 0.200 0.077 1.134 0.575 0.123 0.026 0.464 0.270 3.412 1.556 1.007 0.027 0.549 0.901 1.538 3.937 1.769 3.097 0.463 3.387 0.129 0.049 0.114 0.265 0.044 1.202 0.526 0.290 1.005 0.495 3.391 0.673 3.369 0.034 2.173 1.132 0.510 0.864 0.027 3.412 1.128 1.122 0.028 0.610 0.203 0.583 1.611 0.141 0.430 0.303 0.308 1.798 2.658 8.154 9.791 0.587 0.843 3.193 1.089 0.657 0.635 0.247 0.390 0.659 0.616 0.241 0.120 1.339 2.648 0.318 0.347 0.140 nan 0.564 0.563 8363 chr4 49098763 49105798 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 113621 NM_001286791 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 15.428 16.470 nan 1.901 6.635 1.199 1.661 5.017 9.632 0.839 3.537 3.766 0.529 4.460 5.614 7.734 3.501 20.623 2.064 0.054 0.549 3.029 3.936 9.627 2.725 0.297 1.599 0.544 5.089 0.060 2.884 1.482 3.794 11.861 0.173 3.896 3.233 1.969 8.874 0.067 2.417 4.634 2.208 1.253 0.031 6.236 1.760 6.826 2.635 1.357 1.125 2.408 7.734 2.272 1.162 2.725 1.503 2.087 1.572 0.763 1.560 1.759 1.514 2.283 1.736 1.518 1.242 6.268 2.589 2.551 3.402 6.770 10.109 2.478 1.793 3.719 3.503 5.880 9.060 3.396 3.715 10.245 2.177 2.347 3.782 2.554 4.711 2.961 5.341 2.863 4.231 4561 chr17 6329277 6360752 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2721 NM_001195228 54478 Hs.592116 NM_019013 ENSG00000129195 PIMREG CATS|FAM64A|RCS1 PICALM interacting mitotic regulator protein-coding 1.251 0.792 1.095 0.250 0.837 0.505 0.400 0.854 1.610 0.125 0.260 0.289 0.059 0.162 0.743 1.120 0.185 0.081 0.434 0.177 0.280 0.114 0.274 0.113 1.475 0.174 0.130 0.107 0.275 0.063 0.190 0.878 0.295 1.364 0.202 0.292 0.148 1.106 0.201 0.129 0.457 0.608 0.196 0.135 0.235 0.243 0.181 0.253 0.551 0.280 0.162 0.231 1.120 0.329 0.734 1.475 0.146 0.129 0.339 0.808 0.385 0.473 0.245 1.031 0.305 0.229 0.139 2.321 3.596 0.440 0.664 3.205 2.971 2.230 0.880 0.343 0.362 0.788 1.162 2.099 2.338 1.584 1.192 0.394 0.466 0.655 0.513 1.350 3.328 0.519 0.363 10871 chr8 28724239 28764568 + 0 NA intron (NM_001145159, intron 1 of 15) MIRb|SINE|MIR 3029 NM_001172562 55756 Hs.162397 NM_018250 ENSG00000104299 INTS9 CPSF2L|INT9|RC74 integrator complex subunit 9 protein-coding nan 1.143 nan 0.418 0.366 0.310 0.312 0.382 0.635 0.109 0.274 0.556 0.119 0.282 0.398 0.426 0.508 0.107 0.207 0.098 0.150 0.138 0.367 0.201 0.532 0.230 0.251 0.132 0.267 0.126 0.401 0.660 0.216 2.055 0.163 0.188 0.210 0.557 0.111 0.069 0.130 0.377 0.321 0.174 0.272 0.168 0.377 0.293 0.627 0.329 0.221 0.247 0.426 0.314 0.186 0.532 0.234 0.178 0.109 0.337 0.374 0.296 0.302 1.410 0.182 0.101 0.080 1.220 1.103 1.092 1.195 nan 1.617 nan 0.459 1.263 1.311 0.622 0.802 0.790 1.015 1.077 1.073 0.387 0.766 0.779 0.914 2.253 4.924 nan nan 9800 chr6 90060470 90067886 + 0 NA Intergenic Intergenic -1559 NM_016021 51465 Hs.163776 NM_016021 ENSG00000198833 UBE2J1 CGI-76|HSPC153|HSPC205|HSU93243|NCUBE-1|NCUBE1|UBC6|UBC6E|Ubc6p ubiquitin conjugating enzyme E2 J1 protein-coding nan 2.385 nan 1.348 2.954 1.431 0.726 2.536 4.673 0.437 1.132 1.680 0.997 0.418 1.779 2.455 1.537 0.195 2.533 0.563 1.407 0.858 1.839 0.805 7.958 0.932 1.012 0.783 1.790 0.377 2.638 3.215 2.005 3.960 0.435 0.824 0.615 1.668 0.166 0.463 1.668 2.201 2.009 1.178 1.672 0.760 1.666 0.582 1.636 3.838 0.926 1.369 2.455 2.930 2.079 7.958 0.893 0.691 0.641 1.678 1.637 0.824 0.651 0.686 0.288 0.834 0.427 3.701 4.023 2.849 5.002 5.299 5.173 nan 2.302 5.270 5.505 1.646 nan 2.768 4.768 nan 4.709 2.519 3.433 3.580 2.935 1.820 1.969 1.878 1.145 9564 chr6 31700903 31715862 + 0 NA exon (NM_025259, exon 2 of 25).4 exon (NM_025259, exon 2 of 25).4 657 NM_002441 4439 Hs.647011 NM_002441 ENSG00000204410 MSH5 G7|MUTSH5|NG23|POF13 mutS homolog 5 protein-coding nan 3.495 nan 4.416 4.599 2.733 5.652 2.284 4.948 1.112 4.445 2.700 1.180 3.627 2.217 3.494 2.523 0.540 3.893 1.155 5.354 2.162 1.778 0.708 4.625 2.818 3.223 0.601 2.619 2.426 3.890 7.748 4.806 9.890 1.915 3.583 1.201 2.463 0.161 1.734 0.651 5.802 4.165 1.804 1.597 1.986 2.791 6.236 2.487 5.321 2.800 1.717 3.494 5.279 4.772 4.625 0.955 1.429 0.501 5.656 2.350 2.464 1.156 1.539 2.446 2.749 1.564 3.450 3.501 3.107 nan nan 3.859 5.477 2.612 5.766 6.449 2.501 3.518 10.836 15.048 0.798 0.512 1.373 1.947 3.812 4.029 2.336 5.163 2.384 1.296 2813 chr12 79920377 79962275 + 0 NA Intergenic Intergenic 128289 NR_031700 100302136 NR_031700 ENSG00000221788 MIR1252 MIRN1252|hsa-mir-1252 microRNA 1252 ncRNA nan 0.710 0.565 1.753 0.129 0.053 1.370 0.139 0.244 0.302 0.590 0.943 3.502 0.111 0.102 0.216 0.404 0.200 0.561 0.176 1.700 0.053 0.101 0.140 0.173 2.959 2.813 0.530 1.221 1.269 0.401 0.908 0.837 0.372 0.547 0.395 0.027 0.191 0.094 0.288 0.061 1.099 1.157 0.431 1.090 0.860 1.089 0.765 0.451 0.178 0.394 1.960 0.216 0.709 2.588 0.173 0.579 3.157 0.041 0.336 0.046 0.844 0.059 0.070 0.490 1.160 1.224 0.367 0.277 1.098 3.552 0.488 0.607 0.916 0.386 0.348 0.315 0.428 0.671 nan 0.578 0.393 0.201 0.135 0.258 0.061 0.105 0.247 0.541 nan 0.624 4648 chr17 20843218 20872616 + 0 NA intron (NR_123730, intron 2 of 5) (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 16084 NR_123730 339260 Hs.661076 NR_123730 ENSG00000233098 LOC339260 - uncharacterized LOC339260 ncRNA nan nan nan 0.046 0.322 0.019 0.094 0.505 1.076 0.020 0.115 0.089 0.023 1.776 0.642 0.127 0.129 0.088 0.106 0.020 0.028 0.033 0.505 0.223 0.928 0.038 0.017 0.023 0.051 0.007 0.386 2.163 0.605 0.433 0.074 0.083 0.175 0.077 0.115 0.016 0.019 0.134 0.047 0.029 0.059 0.082 0.105 0.098 0.141 0.063 0.032 0.236 0.127 0.080 0.125 0.928 0.179 0.167 0.060 0.095 0.450 0.167 0.024 0.227 0.036 0.029 0.012 0.433 0.365 0.284 0.397 0.372 0.363 3.012 1.160 0.148 0.161 0.399 0.585 4.745 3.155 0.735 0.340 0.119 0.189 0.905 0.953 0.441 nan 0.653 0.466 2724 chr12 58253691 58261352 + 0 NA Intergenic Intergenic -16774 NM_005730 10106 Hs.524530 NM_005730 ENSG00000175215 CTDSP2 OS4|PSR2|SCP2 CTD small phosphatase 2 protein-coding nan 1.300 0.732 1.523 0.804 0.043 1.197 0.147 0.365 0.651 1.081 2.529 0.973 0.080 0.164 0.269 1.459 0.234 1.456 0.587 2.747 0.887 0.267 0.077 1.016 1.556 1.480 1.749 2.570 0.797 1.761 3.941 2.395 0.697 0.594 1.268 0.087 1.411 0.089 0.753 0.620 2.358 1.772 0.800 1.134 0.888 1.348 2.818 2.370 3.270 1.307 2.115 0.269 1.699 13.167 1.016 1.069 1.315 0.189 3.322 0.160 1.221 0.194 0.097 0.572 1.015 0.756 nan 0.610 0.283 0.383 0.717 nan 3.197 0.934 0.617 0.660 1.328 nan 0.898 nan 0.632 0.315 0.530 0.601 0.629 0.463 0.302 0.382 1.290 0.941 757 chr1 154939142 154951256 + 0 NA intron (NM_001202859, intron 1 of 12) intron (NM_001202859, intron 1 of 12) 1760 NM_001130041 6464 Hs.433795 NM_003029 ENSG00000160691 SHC1 SHC|SHCA SHC adaptor protein 1 protein-coding nan nan 2.522 3.454 2.166 2.010 5.095 1.074 2.209 2.421 6.613 5.246 1.950 2.837 4.014 3.046 5.785 0.981 6.430 2.723 11.967 2.898 1.592 0.769 2.153 5.856 7.940 3.328 4.473 3.214 5.746 8.779 4.206 10.756 3.982 9.992 0.542 4.520 0.177 5.052 3.489 10.417 11.430 3.996 4.889 3.387 4.474 7.201 6.943 5.809 10.942 8.553 3.046 7.109 6.811 2.153 3.100 2.747 0.604 15.179 4.900 7.233 3.901 1.772 4.452 6.916 5.511 4.258 5.771 5.022 8.404 4.615 nan 3.478 1.737 6.101 6.198 3.205 3.880 6.486 7.923 2.392 1.909 5.023 6.379 2.278 3.043 3.805 6.115 1.765 0.950 7899 chr3 148933294 148944366 + 0 NA intron (NM_000096, intron 1 of 18) MIRb|SINE|MIR 1002 NM_000096 1356 Hs.558314 NM_000096 ENSG00000047457 CP CP-2 ceruloplasmin protein-coding 0.867 nan nan 0.565 0.173 0.082 1.418 0.209 0.596 1.241 1.662 0.801 0.034 0.113 0.040 0.092 1.966 0.233 0.705 0.658 1.723 0.012 0.269 0.193 0.054 4.343 3.975 0.115 0.603 0.542 0.356 1.177 2.201 0.268 1.889 2.953 0.050 0.047 0.097 0.329 0.044 3.588 0.881 0.500 3.297 0.304 0.367 1.794 2.862 0.294 2.318 4.915 0.092 0.083 0.259 0.054 0.902 0.290 0.914 0.628 0.586 0.018 0.079 1.408 0.021 0.023 0.355 0.175 0.427 1.134 0.276 0.362 nan 0.478 0.218 0.175 0.212 nan 0.335 nan nan 0.206 0.190 0.361 0.151 0.177 0.299 0.602 1.163 0.743 2577 chr12 28065425 28069841 + 0 NA Intergenic L1MA5|LINE|L1 55261 NM_198966 5744 Hs.591159 NM_002820 ENSG00000087494 PTHLH BDE2|HHM|PLP|PTHR|PTHRP parathyroid hormone like hormone protein-coding nan nan nan 0.097 0.178 0.167 0.036 0.049 0.211 0.083 0.069 0.040 0.096 0.086 0.157 0.085 0.015 0.212 0.019 0.029 0.046 0.033 0.047 0.075 0.131 0.075 0.131 0.061 0.066 0.074 0.194 0.014 0.159 0.014 0.018 0.049 0.017 0.065 0.225 0.074 0.130 0.059 0.096 0.174 0.029 0.027 5.368 0.053 0.023 0.018 0.068 0.333 0.118 0.026 0.011 0.219 0.130 0.146 0.260 0.379 0.356 0.171 0.056 0.367 0.335 1.048 1.486 0.127 0.133 1.215 1.626 0.159 0.392 0.252 0.283 0.664 1.129 0.325 0.374 6210 chr2 85106340 85136271 + 0 NA Intergenic Intergenic -11458 NM_021103 9168 Hs.446574 NM_021103 ENSG00000034510 TMSB10 MIG12|TB10 thymosin beta 10 protein-coding nan 1.237 nan 0.767 0.425 1.166 1.644 0.310 0.570 0.801 3.305 1.901 0.105 0.064 0.647 0.607 0.645 0.204 1.709 0.806 1.129 0.281 0.355 0.260 0.664 1.725 1.571 0.571 1.747 0.629 1.762 2.437 1.610 3.408 0.881 1.185 0.241 1.836 0.141 1.136 0.138 4.027 0.818 0.524 1.210 0.718 0.538 2.873 2.004 2.806 0.704 1.033 0.607 1.614 2.418 0.664 0.651 0.734 0.309 2.449 0.390 1.239 0.268 0.346 1.501 0.835 0.587 0.493 0.613 1.093 1.358 1.607 1.211 1.879 0.391 1.235 1.137 0.975 1.433 0.907 1.075 1.316 1.309 0.347 0.818 0.861 0.689 0.580 0.853 1.143 0.879 9296 chr5 157807050 157819569 + 0 NA intron (NR_109888, intron 1 of 6) FLAM_A|SINE|Alu 23472 NR_109888 101927697 Hs.483960 NR_109888 ENSG00000276778 LINC02227 - long intergenic non-protein coding RNA 2227 ncRNA 0.735 nan 0.613 0.154 0.063 0.013 1.821 0.077 0.245 0.053 1.286 1.385 0.010 0.008 0.049 0.271 0.644 0.051 0.119 0.076 0.086 0.050 0.072 0.123 1.468 0.826 0.006 0.369 1.004 0.300 0.646 0.242 0.359 1.704 0.085 0.008 0.061 0.154 1.807 0.045 2.683 0.621 0.420 1.953 0.964 0.161 5.304 0.061 0.097 0.026 0.045 0.271 0.028 0.481 0.123 0.131 0.033 0.093 0.032 0.033 1.029 0.126 0.204 1.527 0.037 0.040 0.241 0.173 0.273 0.341 0.259 0.305 0.198 0.081 0.055 0.048 0.897 1.058 0.107 0.108 0.696 0.431 0.268 0.457 0.081 0.159 0.617 1.785 0.153 0.230 11259 chr8 124726099 124741096 + 0 NA intron (NM_004306, intron 1 of 10) intron (NM_004306, intron 1 of 10) 16069 NM_004306 312 Hs.181107 NM_004306 ENSG00000104537 ANXA13 ANX13|ISA annexin A13 protein-coding nan nan nan 0.140 1.086 0.941 0.147 0.235 0.507 0.025 0.252 0.142 0.013 0.377 0.305 0.217 0.225 0.032 0.135 0.075 0.020 0.019 0.052 0.069 0.263 0.102 0.049 0.025 0.111 0.182 0.118 0.987 0.485 nan 0.089 0.069 0.118 0.022 0.071 0.032 0.058 0.099 0.028 0.031 0.204 0.057 0.123 0.273 0.959 0.085 0.137 0.296 0.217 0.201 0.080 0.263 0.155 0.049 0.180 0.035 0.614 0.084 1.352 0.165 0.010 0.035 0.021 0.595 1.182 0.357 0.376 0.707 0.782 1.311 0.525 nan nan 0.232 0.420 2.453 2.376 0.416 0.327 1.057 1.720 0.640 0.596 0.252 0.385 1.287 0.875 9 chr1 1092222 1108141 + 0 NA Intergenic CpG -2303 NR_029639 406984 NR_029639 ENSG00000207730 MIR200B MIRN200B|mir-200b microRNA 200b ncRNA 1.503 nan 3.575 5.273 5.521 3.349 1.263 2.443 5.196 0.157 0.680 0.299 1.292 2.608 7.749 0.178 0.122 0.102 2.327 0.797 0.064 0.017 1.680 0.813 2.887 0.305 0.205 0.120 2.974 0.808 3.163 nan 1.758 4.149 1.484 0.466 0.275 0.087 0.065 0.490 11.284 0.414 0.482 0.278 1.945 0.801 3.262 0.358 0.699 0.399 0.707 1.750 0.178 2.589 0.038 2.887 1.195 0.692 0.825 0.376 0.070 0.459 2.510 0.015 0.086 0.709 0.451 4.986 5.762 2.867 4.578 10.897 9.445 2.974 1.148 16.390 16.368 0.168 nan nan 8.027 nan 0.175 3.410 5.783 1.332 1.146 0.138 0.250 0.856 0.652 3359 chr13 112707052 112734824 + 0 NA promoter-TSS (NM_005986) promoter-TSS (NM_005986) -975 NM_005986 6656 Hs.202526 NM_005986 ENSG00000182968 SOX1 - SRY-box 1 protein-coding 0.519 nan 0.657 0.021 1.908 6.787 0.018 4.432 8.194 0.010 0.030 0.023 0.013 0.018 5.037 8.728 0.038 0.058 0.038 0.016 0.025 1.724 0.802 11.949 0.012 0.023 0.005 0.043 0.008 0.679 1.169 0.040 18.578 0.010 0.082 0.107 0.035 0.045 0.486 0.139 0.030 0.008 0.008 0.017 0.058 0.079 0.035 0.021 0.014 0.015 8.728 0.059 0.020 11.949 0.009 0.036 0.010 0.429 0.007 0.020 0.488 0.040 0.019 0.017 0.007 1.479 2.219 0.268 0.434 19.843 16.045 3.486 1.230 0.029 0.036 0.019 0.049 4.043 4.931 0.347 0.267 0.971 1.326 0.947 0.563 0.074 0.107 1.099 0.577 7379 chr22 30300558 30316785 + 0 NA intron (NM_153051, intron 1 of 18) intron (NM_153051, intron 1 of 18) 29513 NM_153051 8897 Hs.474536 NM_021090 ENSG00000100330 MTMR3 FYVE-DSP1|ZFYVE10 myotubularin related protein 3 protein-coding nan 0.737 0.965 0.933 0.107 0.101 0.269 0.099 0.304 0.361 0.308 0.965 2.619 0.031 0.110 0.436 0.721 0.178 0.730 0.199 1.029 0.034 0.077 0.093 0.162 0.141 0.045 0.081 0.583 0.215 0.470 nan 0.492 0.333 0.280 0.203 0.464 0.072 0.119 0.196 0.074 0.193 0.086 0.058 0.202 0.190 0.731 0.260 0.140 0.131 0.263 0.227 0.436 0.703 1.268 0.162 0.164 0.148 0.041 0.269 0.086 0.836 0.043 0.114 0.218 0.522 0.402 0.278 0.277 1.947 nan 0.286 0.347 0.411 0.118 0.374 0.412 0.927 nan 0.511 0.522 0.600 0.267 0.166 0.187 1.743 2.436 0.309 nan 0.989 0.744 9059 chr5 90957633 90967532 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -283392 NR_138072 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 1.631 0.643 0.037 0.141 0.099 0.071 0.301 0.573 0.102 0.099 0.051 0.961 0.440 0.082 0.114 0.074 0.019 0.020 0.080 0.097 0.014 0.020 0.042 0.042 0.089 0.551 0.088 0.298 0.045 0.042 0.087 0.088 0.123 0.024 0.024 0.037 0.033 0.023 0.087 0.030 0.049 0.051 0.032 0.048 0.440 0.043 0.009 0.025 0.039 0.018 0.238 0.032 0.030 0.187 0.008 0.012 0.012 0.318 0.159 8.378 0.857 0.950 0.887 0.409 0.140 0.446 0.480 0.330 0.440 0.628 0.509 0.502 0.233 0.088 0.121 0.724 0.564 0.465 nan 0.399 0.359 6417 chr2 151443016 151471157 + 0 NA Intergenic Intergenic -28325 NR_110246 101929282 Hs.126866 NR_110244 ENSG00000224048 LOC101929282 - uncharacterized LOC101929282 ncRNA nan 0.535 nan 0.226 0.168 0.060 0.287 0.154 0.257 0.120 0.156 0.243 0.040 0.028 0.082 0.305 1.314 0.166 0.201 0.107 0.150 0.010 0.084 0.131 0.102 0.220 0.076 0.087 0.150 0.134 0.108 0.306 0.105 0.545 0.395 0.423 0.027 2.739 0.140 0.110 0.082 0.058 0.028 0.044 0.182 0.071 0.154 0.365 0.124 0.098 0.118 1.696 0.305 0.047 0.016 0.102 0.133 0.628 0.212 0.064 0.034 0.269 0.085 0.074 0.237 0.010 0.009 0.365 0.225 0.267 0.411 0.394 0.401 0.427 0.073 0.206 0.206 0.286 0.560 0.206 0.257 0.514 0.359 0.175 0.269 0.168 0.173 0.204 0.488 0.387 0.390 9424 chr6 10308778 10317439 + 0 NA Intergenic Intergenic -91627 NR_145448 109729173 NR_145448 ENSG00000285278 TFAP2A-AS2 HIPSTR TFAP2A antisense RNA 2 ncRNA 0.870 5.239 0.817 0.360 0.082 0.013 0.172 0.946 1.492 1.626 0.082 0.338 0.022 0.101 0.643 3.009 0.112 0.180 0.415 0.239 0.095 0.016 0.816 0.430 0.686 1.043 0.494 0.077 0.086 0.012 0.986 2.836 2.286 0.146 0.034 0.405 1.521 0.062 0.111 0.028 1.343 0.167 0.065 0.062 0.226 0.057 0.355 0.035 0.234 0.108 0.781 1.807 3.009 0.157 0.118 0.686 0.141 4.391 0.022 2.975 0.481 0.074 0.023 0.043 0.338 0.030 0.001 0.480 0.398 0.699 1.665 0.501 0.401 4.984 1.498 0.258 0.203 0.150 0.273 0.141 0.109 0.302 0.102 0.313 0.276 5.595 6.044 0.101 0.228 1.016 0.788 5423 chr18 71422022 71428656 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 389660 NM_152676 201456 Hs.664011 NM_152676 ENSG00000141665 FBXO15 FBX15 F-box protein 15 protein-coding nan nan 1.166 0.053 0.344 0.009 0.328 0.218 0.638 0.006 0.128 0.102 0.091 0.040 1.294 0.034 0.024 0.016 0.057 0.020 0.189 0.113 0.109 0.011 0.022 0.082 0.047 0.048 0.303 0.064 0.770 0.162 0.123 0.087 0.061 0.052 0.196 0.437 0.125 0.036 0.035 0.167 0.023 0.105 0.085 0.074 0.043 1.132 0.110 1.294 0.022 0.027 0.109 0.091 0.074 0.044 0.080 0.229 0.152 0.059 0.053 0.022 0.015 0.350 0.194 0.144 0.332 1.073 nan 14.940 2.995 0.165 0.215 0.087 0.236 1.958 nan 0.358 0.261 0.106 0.105 1.414 1.426 0.082 0.241 0.834 0.821 8712 chr5 1585879 1613026 + 0 NA non-coding (NR_003713, exon 4 of 4) non-coding (NR_003713, exon 4 of 4) -4806 NR_003263 728609 Hs.379186 NR_003263 SDHAP3 SDHACL|SDHAL succinate dehydrogenase complex flavoprotein subunit A pseudogene 3 pseudo 0.872 2.665 1.871 0.114 0.610 2.868 2.297 0.832 1.670 0.210 0.147 0.348 0.432 0.616 1.246 0.634 0.326 0.208 0.810 0.383 0.404 0.271 0.441 0.437 7.003 0.632 0.485 0.334 1.646 0.407 0.845 2.454 2.003 1.705 0.371 0.225 0.098 0.626 0.103 0.256 0.179 0.180 0.495 0.350 0.329 1.375 0.216 0.297 0.372 0.652 0.762 1.666 0.634 2.292 1.754 7.003 0.128 0.245 0.284 0.240 0.580 0.487 0.275 0.376 0.081 0.053 0.049 0.865 1.131 0.385 nan 5.358 5.337 2.561 0.637 0.469 0.522 1.296 1.809 nan 5.126 nan 0.690 0.670 1.161 0.542 0.525 0.522 1.037 1.930 nan 3102 chr13 28013659 28030199 + 0 NA intron (NM_001166263, intron 1 of 5) L1ME2z|LINE|L1 2397 NM_001166262 219402 Hs.534582 NM_152912 ENSG00000122033 MTIF3 IF3mt mitochondrial translational initiation factor 3 protein-coding 1.345 1.785 2.401 0.887 2.665 1.275 0.774 0.687 1.179 0.163 0.978 0.349 1.008 0.761 1.142 0.500 0.636 0.215 0.991 0.365 0.647 0.345 0.619 0.308 1.723 0.506 0.424 0.317 0.523 0.516 1.864 2.627 0.676 3.047 0.344 0.485 0.144 0.940 0.120 0.363 0.543 0.881 0.879 0.453 0.603 0.541 1.338 0.563 0.810 0.709 0.771 0.785 0.500 0.936 0.777 1.723 0.520 1.001 0.124 0.920 0.967 0.331 4.207 0.702 0.571 0.425 0.282 2.399 3.291 2.103 nan 3.574 3.323 3.262 1.020 1.645 1.665 1.022 1.432 2.491 3.410 2.666 2.420 3.588 4.735 1.010 0.767 1.283 2.639 1.016 0.673 7401 chr22 36288654 36303548 + 0 NA intron (NM_001082578, intron 2 of 13) intron (NM_001082578, intron 2 of 13) -59584 NM_014309 23543 Hs.282998 NM_014309 ENSG00000100320 RBFOX2 FOX2|Fox-2|HNRBP2|HRNBP2|RBM9|RTA|dJ106I20.3|fxh RNA binding fox-1 homolog 2 protein-coding 0.955 nan 0.632 0.363 0.182 0.068 0.269 0.203 0.337 0.519 0.369 0.950 3.996 0.027 0.132 0.456 0.266 0.119 0.340 0.166 0.038 0.018 0.105 0.076 0.208 0.455 0.235 0.059 0.544 0.092 0.114 0.374 0.786 0.599 0.088 0.476 0.038 0.128 0.082 0.110 0.101 0.155 0.089 0.058 0.066 0.093 1.074 0.146 0.304 0.191 0.031 0.178 0.456 0.331 0.124 0.208 0.060 0.165 0.105 0.183 0.028 0.405 0.113 0.117 0.086 0.019 0.010 0.303 0.292 0.370 0.815 0.374 0.389 0.490 0.148 0.245 0.279 0.941 nan 0.534 0.572 nan 0.209 0.186 0.273 0.192 0.258 0.250 0.553 0.427 0.349 5361 chr18 55017578 55024489 + 0 NA intron (NM_015879, intron 1 of 3) CpG 1312 NM_015879 51046 Hs.23172 NM_015879 ENSG00000177511 ST8SIA3 SIAT8C|ST8SiaIII ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2,8-sialyltransferase 3 protein-coding nan 0.640 0.619 0.032 0.869 4.156 0.012 1.283 3.079 0.022 0.067 0.072 2.871 5.575 0.030 0.046 0.060 0.021 1.997 1.057 6.328 0.032 0.029 0.015 0.011 0.014 0.015 3.957 0.023 0.028 0.031 0.055 4.747 0.054 0.017 0.016 0.022 0.098 0.154 0.059 0.028 0.023 0.010 5.575 0.021 0.005 6.328 0.036 0.280 0.017 3.119 0.034 1.190 0.124 0.045 0.008 1.846 3.133 0.094 0.070 7.034 6.698 6.964 2.506 0.183 0.170 3.393 3.981 7.973 13.127 3.327 3.171 1.757 2.411 0.177 0.159 0.796 1.324 6.172 3.649 4057 chr15 72514286 72532942 + 0 NA 5' UTR (NM_001206798, exon 1 of 11) 5' UTR (NM_001206798, exon 1 of 11) 351 NM_001206796 5315 Hs.534770 NM_002654 ENSG00000067225 PKM CTHBP|HEL-S-30|OIP3|PK3|PKM2|TCB|THBP1 pyruvate kinase M1/2 protein-coding 2.105 1.842 2.178 4.748 0.970 0.821 3.707 1.397 2.598 2.118 4.995 4.654 2.584 0.572 1.615 1.902 3.384 0.528 4.092 1.531 5.447 1.094 1.034 0.902 1.995 3.679 4.571 2.018 4.112 2.656 3.041 5.309 2.126 4.290 3.651 6.125 0.306 1.400 0.086 2.457 0.868 6.742 3.355 1.378 3.060 1.727 5.041 12.153 5.413 4.330 3.169 4.815 1.902 2.847 4.272 1.995 3.694 1.506 0.751 3.015 1.275 3.298 0.689 1.330 4.738 3.813 3.619 1.421 1.839 2.111 4.182 3.380 2.790 1.902 0.577 1.462 1.447 1.791 2.579 2.422 2.931 3.417 5.829 1.129 2.077 1.159 1.366 2.977 3.451 0.845 0.608 8414 chr4 70104827 70116079 + 0 NA Intergenic L1P2|LINE|L1 -30004 NM_001073 10720 Hs.339811 NM_001073 ENSG00000213759 UGT2B11 - UDP glucuronosyltransferase family 2 member B11 protein-coding 0.465 0.477 0.471 0.273 0.127 0.005 0.044 0.157 0.285 0.009 0.069 0.017 0.044 0.070 0.092 0.026 0.086 0.065 0.034 0.028 0.012 0.056 0.102 0.128 0.007 0.067 0.019 0.072 0.148 0.077 0.215 0.039 0.029 0.008 0.010 0.120 0.093 0.066 0.005 0.014 0.014 0.086 0.083 0.036 0.039 0.049 0.095 0.092 0.042 0.041 0.128 0.130 0.052 0.009 0.005 0.027 0.007 0.044 0.023 0.013 0.005 0.009 0.409 0.239 0.397 0.256 0.140 0.203 6.821 1.384 0.357 0.495 0.117 0.170 0.368 0.338 0.320 0.130 0.122 0.217 0.141 0.171 0.093 0.122 0.579 0.673 8329 chr4 39971541 39980297 + 0 NA intron (NM_001100399, intron 2 of 32) intron (NM_001100399, intron 2 of 32) 3657 NM_001100399 23244 Hs.331431 NM_015200 ENSG00000121892 PDS5A PIG54|SCC-112|SCC112 PDS5 cohesin associated factor A protein-coding 2.955 1.543 2.034 1.991 3.121 0.830 3.577 1.337 2.369 0.754 2.336 0.836 1.818 0.850 2.415 2.291 1.177 0.220 2.532 0.715 1.996 0.822 1.727 0.771 2.941 1.516 1.815 1.736 2.926 1.285 2.494 3.788 2.360 3.430 1.258 1.583 0.491 2.131 0.149 1.011 2.018 3.370 2.418 1.196 1.200 1.056 1.765 2.214 2.371 4.692 1.418 1.390 2.291 4.375 3.296 2.941 1.218 1.185 0.380 2.835 0.734 1.273 0.701 0.836 0.868 1.379 0.771 2.220 2.582 3.639 5.689 3.354 3.222 3.350 1.647 3.427 3.243 2.084 2.798 2.745 4.895 3.227 3.644 1.638 3.621 1.655 1.800 2.634 2.182 2.648 1.545 1360 chr10 16703618 16718620 + 0 NA intron (NM_152724, intron 7 of 7) intron (NM_152724, intron 7 of 7) -147115 NM_001010908 389941 Hs.676792 NM_001010908 ENSG00000165985 C1QL3 C1QTNF13|C1ql|CTRP13|K100 complement C1q like 3 protein-coding nan 1.540 0.777 0.078 2.612 0.059 0.038 1.411 2.485 0.006 0.089 0.080 0.033 0.133 0.628 0.117 0.245 0.172 0.063 0.013 0.025 0.009 0.899 0.362 2.308 0.023 0.024 0.019 0.086 0.014 0.080 0.247 0.070 1.422 0.010 0.043 0.216 0.044 0.090 0.023 0.450 0.049 0.020 0.031 0.029 0.015 0.134 0.113 0.065 0.051 0.016 0.032 0.117 0.129 0.013 2.308 0.040 0.028 0.007 0.047 0.291 0.045 0.033 0.172 0.046 0.023 0.010 0.723 0.603 0.330 0.238 2.320 1.984 9.972 5.698 0.107 0.099 0.318 0.468 1.100 1.300 0.160 0.045 0.133 0.186 0.966 1.087 0.453 1.643 1.429 0.936 2696 chr12 54581406 54602568 + 0 NA Intergenic AluSg7|SINE|Alu -9209 NM_001351262 23583 Hs.632721 NM_014311 ENSG00000123415 SMUG1 FDG|HMUDG|UNG3 single-strand-selective monofunctional uracil-DNA glycosylase 1 protein-coding nan 0.794 0.923 0.397 0.266 0.145 0.295 0.249 0.428 0.115 0.306 0.882 0.101 0.162 0.531 0.290 0.206 0.115 0.169 0.099 0.208 0.190 0.185 0.182 0.232 0.173 0.160 0.283 0.179 0.090 0.515 1.505 0.204 1.309 0.117 0.295 0.140 0.277 0.083 0.125 0.056 0.244 0.284 0.179 0.164 0.142 0.368 0.435 0.610 0.531 0.285 0.573 0.290 0.152 0.377 0.232 0.191 0.450 0.238 0.795 0.193 0.238 1.276 0.345 0.137 0.103 0.070 nan 4.748 7.750 4.899 0.628 nan 0.981 0.361 6.410 6.816 0.804 nan 0.576 nan 0.720 0.403 1.771 2.666 0.501 0.530 0.555 1.570 0.757 0.542 3620 chr14 62125486 62138669 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -30042 NM_181054 3091 Hs.597216 NM_001530 ENSG00000100644 HIF1A HIF-1-alpha|HIF-1A|HIF-1alpha|HIF1|HIF1-ALPHA|MOP1|PASD8|bHLHe78 hypoxia inducible factor 1 subunit alpha protein-coding nan nan 0.761 0.988 0.280 0.104 3.879 0.195 0.244 0.255 1.272 1.930 0.047 0.068 0.202 0.248 0.570 0.221 1.410 0.916 0.400 0.021 0.048 0.169 0.161 3.964 2.686 0.078 0.882 1.890 1.017 3.390 1.816 0.366 2.114 0.949 0.028 0.050 0.094 1.909 0.096 0.203 0.310 0.154 2.251 0.502 1.501 2.302 0.377 0.216 0.419 1.680 0.248 1.758 3.620 0.161 1.309 0.179 0.074 0.164 0.108 0.867 0.088 0.067 5.284 0.017 0.015 0.420 0.293 0.805 0.882 0.387 0.427 0.396 0.141 nan 0.450 0.265 0.500 0.722 nan 0.862 0.372 0.181 0.357 0.123 0.240 0.197 0.345 0.592 0.468 5891 chr2 9306519 9320914 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -33178 NM_001135191 8853 Hs.555902 NM_003887 ENSG00000151693 ASAP2 AMAP2|CENTB3|DDEF2|PAG3|PAP|Pap-alpha|SHAG1 ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat and PH domain 2 protein-coding 1.384 1.157 0.914 1.491 0.520 0.672 3.104 0.413 0.624 0.737 0.228 1.347 5.150 0.138 0.717 0.376 0.219 0.183 1.750 0.856 0.060 0.029 0.184 0.218 1.330 0.453 0.336 0.062 0.653 1.736 1.819 3.798 0.540 3.502 1.474 0.367 0.067 0.120 0.101 2.161 0.524 2.412 0.156 0.093 0.834 1.128 2.525 2.578 0.353 0.502 0.164 1.269 0.376 2.267 0.964 1.330 2.226 3.978 0.245 0.206 0.451 0.495 0.842 0.120 1.049 0.052 0.025 2.219 2.242 1.559 4.256 1.276 1.193 2.014 0.610 0.716 0.801 0.736 1.088 1.907 2.069 0.438 0.258 1.091 1.794 0.309 0.635 0.348 0.545 0.879 0.691 233 chr1 32698663 32709176 + 0 NA intron (NR_026850, intron 3 of 6) AluSz6|SINE|Alu 3392 NR_026850 339483 Hs.471067 NR_026850 MTMR9LP MTMR9L myotubularin related protein 9-like, pseudogene pseudo 3.617 nan 2.083 1.010 4.808 5.849 1.093 1.739 3.016 0.328 1.110 1.053 0.029 1.335 3.357 1.392 0.278 0.253 1.137 0.848 0.960 0.118 0.865 0.556 4.091 0.883 0.854 0.746 1.254 0.592 0.445 1.643 0.490 5.852 0.432 0.209 0.191 0.807 0.127 0.516 1.759 3.067 0.511 0.326 0.412 0.453 0.572 0.540 0.983 1.899 0.782 0.384 1.392 0.636 1.743 4.091 0.302 0.188 0.596 2.107 2.065 2.353 0.693 0.244 0.607 0.378 0.401 2.305 3.497 1.640 2.352 5.739 4.074 nan 1.148 3.276 3.307 0.641 1.113 2.836 4.550 nan 1.064 1.091 1.451 0.753 0.568 0.383 0.847 2.457 nan 6484 chr2 173108220 173120340 + 0 NA Intergenic MER57D|LTR|ERV1 146546 NR_126376 104326193 Hs.600690 NR_126376 ENSG00000236651 DLX2-DT DLX2-AS1|TCONS_00003049 DLX2 divergent transcript ncRNA 1.129 0.976 1.210 1.501 0.726 0.269 6.237 0.226 0.315 0.714 0.614 1.521 0.031 0.611 0.096 1.303 0.227 0.027 3.618 3.053 1.108 0.046 0.193 0.128 1.687 2.331 1.389 0.084 2.448 2.307 0.477 2.240 0.598 0.449 4.193 0.422 0.055 0.036 0.101 4.295 0.065 10.232 9.970 3.690 1.941 3.064 2.188 3.085 0.188 4.073 0.347 0.622 1.303 2.358 1.518 1.687 0.555 0.534 0.080 2.677 0.245 2.520 0.057 0.752 4.302 0.931 0.977 0.295 0.355 0.476 0.942 0.437 0.612 4.462 1.388 0.277 0.352 0.314 0.545 0.970 1.083 0.438 0.324 0.277 0.291 0.268 0.758 0.689 1.751 0.811 0.562 6217 chr2 85810668 85823993 + 0 NA intron (NM_006634, intron 1 of 2) intron (NM_006634, intron 1 of 2) -5507 NM_016494 51255 Hs.356187 NM_016494 ENSG00000168894 RNF181 HSPC238 ring finger protein 181 protein-coding nan 1.056 nan 0.779 0.863 1.763 3.513 0.438 0.866 0.465 2.352 3.800 0.185 0.383 0.757 0.718 1.483 0.147 2.344 1.087 0.753 0.281 0.484 0.272 0.816 1.427 1.215 0.569 1.205 1.359 3.677 10.335 5.060 2.255 0.971 0.532 0.121 0.741 0.132 1.829 0.197 1.596 1.918 0.925 2.145 2.141 1.091 2.132 1.336 1.144 1.245 1.323 0.718 3.209 3.710 0.816 0.674 0.853 0.210 1.471 0.655 1.668 0.282 0.342 0.942 0.514 0.317 0.972 0.955 1.340 1.961 2.106 1.813 2.067 0.854 1.807 1.939 0.823 1.273 1.993 2.496 1.494 1.346 0.694 1.034 0.479 0.617 1.058 1.515 1.667 0.932 6981 chr20 41811086 41819743 + 0 NA intron (NM_007050, intron 1 of 30) intron (NM_007050, intron 1 of 30) 3143 NM_007050 11122 Hs.526879 NM_007050 ENSG00000196090 PTPRT RPTPrho protein tyrosine phosphatase, receptor type T protein-coding nan nan 0.389 0.069 0.072 0.084 0.055 0.037 0.140 0.045 0.042 0.007 0.048 0.149 0.129 0.018 0.042 0.021 0.016 0.036 0.065 0.096 0.008 0.041 0.087 0.078 0.084 0.107 4.292 0.052 0.011 0.057 0.104 0.014 0.037 0.164 0.021 0.018 0.025 0.017 0.078 0.103 0.028 0.033 0.045 0.007 0.149 0.081 0.021 0.096 0.048 0.074 0.047 0.028 5.282 0.071 0.026 0.013 0.012 4.513 4.337 1.272 0.665 0.598 0.635 nan 0.070 0.096 0.130 0.094 0.247 1.207 0.992 nan 0.334 4.817 9.804 0.015 0.006 0.207 0.474 0.547 0.468 1490 chr10 62702132 62705104 + 0 NA intron (NM_001350907, intron 2 of 12) CpG 415 NM_001350910 9886 Hs.737374 NM_014836 ENSG00000072422 RHOBTB1 - Rho related BTB domain containing 1 protein-coding 8.157 nan 8.713 5.035 2.633 0.998 1.093 1.289 2.296 0.613 6.609 4.522 0.167 2.815 4.268 1.937 4.538 0.695 2.826 0.710 3.991 1.216 3.199 1.279 3.260 2.768 2.090 0.049 4.731 1.415 3.589 5.151 5.792 10.524 1.088 5.104 1.697 7.219 0.279 1.278 2.426 1.983 1.421 1.128 0.731 1.593 3.056 2.145 10.399 5.795 2.968 4.671 1.937 4.393 2.147 3.260 3.574 3.387 1.206 3.895 1.716 0.614 3.443 2.049 1.149 1.666 0.491 9.259 14.897 14.613 15.823 7.723 6.283 12.619 10.501 24.146 24.589 2.986 4.838 7.742 17.049 2.565 3.096 4.619 9.636 8.865 5.318 9.803 7.981 3.116 2.091 2198 chr11 100501477 100516005 + 0 NA Intergenic Intergenic -49230 NM_152432 143872 Hs.44004 NM_032021 ENSG00000165895 ARHGAP42 AD031|GRAF3|TMEM133 Rho GTPase activating protein 42 protein-coding 1.115 1.080 1.034 0.070 0.060 0.031 0.184 0.088 0.330 0.007 0.134 0.629 0.039 0.034 0.037 0.417 0.274 0.088 0.240 0.091 0.061 0.142 0.092 0.066 0.163 0.045 0.031 0.164 0.176 0.132 0.427 0.896 0.749 0.386 0.215 0.068 0.067 0.104 0.057 0.425 0.135 0.058 0.037 0.143 0.095 0.233 0.253 0.179 0.024 0.054 0.488 0.417 0.264 0.038 0.066 0.371 0.545 0.142 0.044 0.154 0.049 0.061 0.844 0.073 0.012 0.010 0.562 0.318 0.249 0.398 0.362 0.447 0.144 0.096 0.594 0.613 4.500 5.003 0.146 0.162 1.404 0.788 0.202 0.360 0.436 0.278 1.009 2.554 0.750 0.691 2947 chr12 110474686 110499313 + 0 NA promoter-TSS (NR_148516) promoter-TSS (NR_148516) -547 NR_148516 400073 Hs.44817 NM_207435 ENSG00000174456 C12orf76 - chromosome 12 open reading frame 76 protein-coding nan nan 0.930 0.670 0.585 0.204 2.032 0.313 0.604 0.127 0.684 0.682 1.042 0.134 0.389 0.764 0.466 0.222 1.078 0.631 1.761 0.135 0.369 0.296 0.423 2.304 1.941 0.467 1.109 0.866 1.402 2.162 1.455 1.067 0.653 0.840 0.080 0.364 0.112 0.608 0.122 0.624 0.511 0.288 0.757 1.222 0.577 1.141 1.290 0.692 0.839 1.546 0.764 2.041 2.502 0.423 0.285 0.862 0.203 1.075 0.257 0.938 0.157 0.361 0.436 0.327 0.254 0.453 0.580 0.900 1.739 nan nan nan 0.369 0.599 0.582 1.184 1.893 nan nan 0.814 0.711 0.383 0.524 0.378 0.473 0.820 1.586 nan 0.781 4199 chr16 3193491 3246115 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 25511 NR_132322 197350 Hs.434132 NR_132322 ENSG00000228146 CASP16P CASP16 caspase 16, pseudogene pseudo 0.898 nan 0.893 0.828 0.681 0.235 0.392 0.354 0.612 0.457 1.016 0.497 0.081 0.107 0.558 0.264 0.220 0.110 0.745 0.303 0.592 0.158 0.236 0.183 0.227 0.386 0.349 0.621 0.539 0.128 1.592 2.273 0.555 2.421 0.292 0.869 0.113 0.545 0.090 0.211 0.089 0.858 0.362 0.220 0.226 0.255 0.858 0.418 1.717 1.163 0.688 0.880 0.264 1.034 0.661 0.227 0.193 0.880 0.192 2.032 0.377 0.644 0.111 0.196 0.225 0.204 0.114 0.375 0.393 0.237 0.372 0.485 0.449 nan 0.734 0.648 0.742 0.336 nan 0.537 0.613 1.362 1.265 0.282 0.404 0.899 0.821 0.488 1.158 0.699 0.427 11262 chr8 125185201 125226412 + 0 NA intron (NR_125420, intron 2 of 2) L1ME4a|LINE|L1 -22043 NR_103547 157376 Hs.662360 NM_182525 ENSG00000253868 FER1L6-AS2 C8orf78 FER1L6 antisense RNA 2 ncRNA nan nan nan 0.257 0.363 0.422 0.606 0.264 0.539 0.560 0.301 0.528 0.208 0.153 0.600 0.602 0.373 0.114 1.811 0.977 0.235 0.040 0.153 0.112 0.489 0.351 0.172 0.043 0.161 0.207 1.649 6.781 1.216 nan 1.855 0.891 0.190 0.063 0.078 0.392 0.083 0.222 0.203 0.128 0.254 0.247 0.663 0.272 0.549 0.279 0.176 0.753 0.602 1.984 0.956 0.489 0.289 0.900 0.028 0.226 0.151 0.494 0.067 0.856 0.256 0.048 0.046 0.335 0.305 0.316 0.479 0.767 0.974 1.961 0.467 nan nan 0.153 0.279 0.551 0.506 0.373 0.192 0.231 0.310 0.649 0.748 0.718 1.839 0.850 0.646 4480 chr16 84757421 84772577 + 0 NA intron (NM_001272075, intron 2 of 14) intron (NM_001272075, intron 2 of 14) 31444 NM_005153 9100 Hs.136778 NM_005153 ENSG00000103194 USP10 UBPO ubiquitin specific peptidase 10 protein-coding nan 1.254 1.172 1.463 1.016 0.459 1.532 0.277 0.603 0.626 3.839 3.181 0.357 0.606 0.418 0.370 0.823 0.148 2.354 0.788 6.039 0.378 0.400 0.311 0.880 2.453 1.828 0.835 0.888 0.396 1.267 2.143 1.031 2.060 1.168 3.913 0.088 0.545 0.074 1.012 0.100 3.624 4.630 1.972 0.870 0.663 3.917 1.838 1.374 1.709 1.220 2.645 0.370 2.149 5.916 0.880 1.248 1.630 0.236 1.689 2.278 1.586 0.138 0.155 0.970 1.672 1.681 0.667 0.706 0.914 1.647 0.774 0.684 1.022 0.366 0.896 0.950 1.678 2.052 3.700 5.345 0.986 0.647 0.364 0.565 0.415 1.191 0.547 1.267 1.571 0.836 11123 chr8 96110689 96116257 + 0 NA intron (NR_148913, intron 8 of 10) intron (NR_148913, intron 8 of 10) -28063 NR_132986 105375650 Hs.665518 NR_132986 ENSG00000245080 MIR3150BHG - MIR3150B host gene ncRNA nan 1.609 1.108 1.205 0.359 0.220 2.453 0.599 1.207 0.667 1.356 2.718 0.290 1.589 0.164 0.115 0.739 0.149 0.494 0.511 0.181 0.043 0.307 0.194 0.349 2.131 1.420 0.053 0.415 1.877 0.970 2.224 2.460 1.129 2.059 0.431 0.155 0.115 0.126 1.492 0.201 0.354 0.422 0.350 1.650 3.308 2.549 4.862 1.507 0.276 5.138 3.549 0.115 0.570 0.275 0.349 1.209 4.819 0.041 0.072 0.986 0.211 0.246 1.770 0.083 0.082 0.385 0.195 0.899 nan 0.346 0.524 1.616 0.195 0.399 0.646 0.696 1.090 5.054 4.790 0.336 0.219 0.257 0.334 0.835 1.448 0.316 0.402 0.696 0.536 10342 chr7 46177213 46187412 + 0 NA Intergenic L1PA2|LINE|L1 -221441 NM_001013398 3486 Hs.450230 NM_000598 ENSG00000146674 IGFBP3 BP-53|IBP3 insulin like growth factor binding protein 3 protein-coding 0.676 0.773 nan 4.749 0.100 0.022 0.080 0.095 0.168 1.369 0.650 0.125 1.089 0.020 0.026 0.073 0.368 0.162 0.115 0.018 2.334 0.014 0.031 0.139 0.082 0.116 0.086 1.108 0.224 0.403 0.102 0.158 0.252 0.295 0.115 0.402 0.019 5.157 0.237 0.070 0.063 3.306 2.117 0.855 0.323 0.113 2.045 3.771 0.261 0.160 0.049 0.098 0.073 0.035 0.101 0.082 0.025 0.659 0.029 0.245 0.060 0.170 0.039 0.064 0.225 1.107 0.552 0.463 0.348 0.404 1.152 0.282 0.293 0.123 0.057 0.106 0.168 0.270 0.306 0.190 0.222 0.443 0.202 0.107 0.271 0.104 0.079 0.189 0.291 0.392 0.474 4105 chr15 81031490 81044116 + 0 NA intron (NM_021214, intron 1 of 2) AluJr|SINE|Alu -33881 NM_001293298 57214 Hs.459088 NM_018689 ENSG00000103888 CEMIP CCSP1|HYBID|KIAA1199|TMEM2L cell migration inducing hyaluronidase 1 protein-coding 0.602 nan 0.935 0.198 0.145 0.065 0.423 0.168 0.297 0.027 0.119 0.110 1.082 0.149 0.056 0.204 0.154 0.089 0.184 0.045 0.011 0.148 0.112 0.549 0.458 0.342 0.024 0.081 0.050 0.843 3.866 1.156 0.393 0.093 0.119 0.015 0.086 0.089 0.094 0.037 0.124 0.051 0.019 0.043 0.080 0.359 0.248 1.216 0.017 1.344 3.541 0.204 0.160 0.109 0.549 1.105 2.815 0.069 0.064 0.363 0.082 0.071 0.079 0.085 0.005 0.012 0.357 0.309 0.254 0.488 0.367 0.358 0.606 0.181 0.184 0.155 0.778 1.100 1.293 1.146 0.536 0.303 0.184 0.372 0.163 0.171 0.205 0.249 0.451 0.342 2288 chr11 116267197 116303693 + 0 NA Intergenic Intergenic -224694 NR_135069 101929011 Hs.733911 NR_135069 ENSG00000237937 LOC101929011 - uncharacterized LOC101929011 ncRNA 0.877 1.088 0.675 0.093 0.315 0.428 0.068 0.456 0.892 0.010 0.064 0.063 0.022 0.022 0.154 1.915 0.029 0.044 0.053 0.010 0.029 0.004 1.000 0.562 1.588 0.007 0.026 0.026 0.065 0.003 0.055 0.221 0.039 2.547 0.016 0.038 0.227 0.045 0.099 0.019 0.892 0.202 0.036 0.011 0.033 0.059 0.123 0.214 0.051 0.043 0.013 0.046 1.915 0.032 0.032 1.588 0.023 0.148 0.104 0.047 0.083 0.102 0.788 1.716 0.019 0.025 0.017 0.321 nan 0.211 0.487 0.779 0.820 4.722 2.092 0.120 0.125 1.218 nan 0.845 1.100 0.866 0.587 0.609 1.060 0.946 0.930 1.022 3.543 1.874 1.098 11338 chr8 140712810 140733407 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -7809 NM_001282534 51305 Hs.493037 NM_001282534 ENSG00000169427 KCNK9 K2p9.1|KT3.2|TASK-3|TASK3 potassium two pore domain channel subfamily K member 9 protein-coding 1.625 0.831 nan 0.091 0.855 2.044 0.052 0.444 0.837 0.014 0.081 0.041 0.012 0.718 1.626 0.643 0.062 0.078 0.072 0.018 0.025 0.020 0.053 0.061 1.192 0.077 0.046 0.054 0.091 0.020 0.135 0.253 0.052 5.827 0.051 0.050 0.051 0.047 0.073 0.029 0.111 0.125 0.026 0.049 0.032 0.023 0.051 0.141 0.119 0.169 0.050 0.080 0.643 0.093 0.032 1.192 0.006 0.093 0.301 0.519 2.029 0.031 0.087 0.089 0.011 0.031 0.025 0.266 0.268 0.168 0.251 nan 1.082 nan 0.568 0.226 0.216 0.299 0.589 0.832 0.980 0.698 0.875 0.324 0.394 0.408 0.571 0.180 0.320 0.620 0.475 2954 chr12 112034094 112039359 + 0 NA promoter-TSS (NR_146497) promoter-TSS (NR_146497) -576 NR_146497 102723619 Hs.569200 NR_146497 ENSG00000258099 ATXN2-AS - ATXN2 antisense RNA ncRNA nan nan 2.548 10.404 4.747 3.322 5.071 2.499 4.439 2.833 6.531 3.347 4.274 2.182 6.572 4.540 3.453 0.612 5.861 1.336 5.177 5.265 3.055 1.205 5.773 3.791 5.154 5.181 7.756 3.150 7.394 7.438 5.387 9.372 1.947 5.012 1.258 6.462 0.138 2.264 3.043 7.799 6.952 3.098 2.832 3.323 6.877 6.911 8.158 7.166 3.773 4.391 4.540 5.960 5.209 5.773 2.665 4.638 0.979 10.603 3.352 2.873 2.051 2.001 2.579 5.391 4.285 4.567 5.382 4.793 7.661 nan nan nan 3.391 15.824 15.888 3.274 5.066 nan nan 6.515 6.462 3.803 8.504 5.422 4.463 4.350 4.765 nan 1.753 4841 chr17 47712818 47726935 + 0 NA intron (NM_001007229, intron 1 of 10) intron (NM_001007229, intron 1 of 10) 35649 NM_001007229 8405 Hs.463382 NM_003563 ENSG00000121067 SPOP BTBD32|TEF2 speckle type BTB/POZ protein protein-coding 1.158 0.985 nan 1.378 0.168 0.024 2.798 0.205 0.450 0.906 0.493 0.706 4.736 0.043 0.141 0.126 0.679 0.196 1.880 0.737 0.779 0.049 0.180 0.180 0.105 2.123 1.796 0.438 1.749 1.361 0.963 nan 1.441 0.319 0.868 0.104 0.041 0.162 0.196 0.926 0.107 0.659 0.883 0.436 1.362 2.020 0.294 1.697 0.225 1.292 0.073 0.171 0.126 2.209 3.296 0.105 0.139 0.110 0.063 0.121 0.058 1.476 0.110 0.308 0.523 2.089 1.504 0.412 0.340 0.273 0.525 0.378 nan 0.373 0.171 0.677 0.617 0.478 0.576 0.346 nan 0.600 0.381 0.281 0.410 0.096 0.133 0.542 1.377 0.494 0.404 5120 chr18 3407256 3416179 + 0 NA promoter-TSS (NM_174886) promoter-TSS (NM_174886) -208 NM_174886 7050 Hs.373550 NM_003244 ENSG00000177426 TGIF1 HPE4|TGIF TGFB induced factor homeobox 1 protein-coding 0.926 1.786 0.951 1.187 0.503 1.851 1.047 0.161 0.442 1.220 0.111 1.302 1.724 0.713 0.089 0.344 0.185 0.145 2.287 1.400 0.173 0.062 0.053 0.189 0.595 0.781 0.512 0.430 2.336 0.308 2.131 5.055 2.326 nan 1.508 3.499 0.032 0.219 0.118 0.686 0.166 0.475 0.209 0.131 0.806 0.879 6.902 0.125 2.385 0.233 0.486 1.278 0.344 3.128 0.073 0.595 0.671 4.354 0.076 1.124 0.283 0.293 0.055 0.360 0.019 0.052 0.017 0.371 0.379 0.477 1.158 0.618 0.755 nan 0.088 0.490 0.400 0.209 nan 1.138 0.934 nan 0.202 0.132 0.148 0.590 0.543 0.266 nan nan 0.528 842 chr1 163763332 163770284 + 0 NA Intergenic MER1A|DNA|hAT-Charlie -373827 NR_104294 100422212 Hs.556898 NR_104294 LOC100422212 - eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J pseudogene pseudo 0.911 nan 1.460 0.041 1.292 0.024 0.031 0.353 0.731 0.027 0.048 0.053 0.124 0.165 0.381 0.312 0.108 0.030 0.111 0.044 0.020 0.362 0.202 0.985 0.010 0.021 0.098 0.081 0.042 0.061 0.844 0.084 0.071 0.151 0.078 0.102 0.152 0.160 0.055 0.011 0.031 0.011 0.124 0.116 0.070 0.010 0.362 0.095 0.312 0.071 0.985 0.282 0.619 0.029 0.017 0.074 0.053 0.171 0.145 0.022 0.008 0.015 0.463 0.354 7.217 3.083 0.912 nan 2.539 0.589 0.145 0.200 0.826 0.918 0.681 nan 0.379 0.144 0.354 0.539 1.024 1.570 0.328 0.642 0.640 0.492 4288 chr16 21777287 21804715 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 39494 NR_003370 730092 Hs.31290 NR_003370 RRN3P1 - RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor pseudogene 1 pseudo 0.940 0.802 nan 2.535 0.161 0.053 2.075 0.128 0.332 0.056 0.236 0.855 0.082 0.121 0.062 1.023 0.139 0.128 0.399 0.284 0.513 0.010 0.103 0.072 0.096 1.089 0.713 0.086 0.530 1.221 0.265 0.825 0.183 0.473 0.565 3.840 0.044 0.067 0.137 0.387 0.049 0.477 4.330 2.349 2.691 1.141 2.999 2.535 0.478 0.100 3.121 1.819 1.023 0.489 1.185 0.096 0.884 0.244 0.139 0.087 0.039 0.821 0.018 0.217 0.820 0.424 0.402 0.271 0.143 0.146 0.189 0.265 0.292 nan 0.132 0.253 0.257 0.151 0.304 0.555 0.697 0.363 0.152 0.190 0.163 0.145 0.479 0.550 1.788 0.469 0.639 2000 chr11 64602025 64647670 + 0 NA intron (NM_006795, intron 3 of 4) AluSx1|SINE|Alu -12806 NM_017525 55561 Hs.293590 NM_017525 ENSG00000171219 CDC42BPG DMPK2|HSMDPKIN|KAPPA-200|MRCKG|MRCKgamma CDC42 binding protein kinase gamma protein-coding nan 1.250 1.401 2.348 0.837 0.710 2.801 0.291 0.714 1.241 1.660 0.969 1.403 0.528 0.782 0.713 0.565 0.162 2.362 1.158 2.165 0.294 0.358 0.196 0.585 1.982 1.899 1.042 1.896 1.565 2.288 4.557 2.193 1.998 1.900 0.893 0.186 0.494 0.103 1.385 0.319 2.516 3.745 1.722 1.448 1.302 1.751 3.652 2.314 2.342 0.301 0.951 0.713 2.642 1.950 0.585 1.022 1.165 0.559 1.286 0.411 1.406 1.506 0.194 1.887 0.679 0.424 2.456 3.354 1.068 1.758 1.748 1.791 1.329 0.525 1.240 1.259 1.389 1.986 1.248 1.857 1.133 1.159 1.652 2.324 0.779 0.918 0.608 0.908 0.847 0.544 2531 chr12 20095683 20107513 + 0 NA Intergenic Intergenic -66021 NR_040098 100506393 Hs.658356 NR_040098 ENSG00000256287 LINC02398 - long intergenic non-protein coding RNA 2398 ncRNA nan nan nan 0.104 0.326 0.018 0.481 0.678 1.233 0.005 0.321 0.360 0.005 0.102 0.248 0.087 0.238 0.067 0.501 0.321 0.026 0.012 0.199 0.152 0.056 0.206 0.128 0.420 0.161 0.142 0.180 0.156 0.531 0.101 4.115 0.112 0.055 0.093 0.189 0.046 0.078 0.010 0.020 0.509 0.110 0.055 0.512 0.320 0.109 0.334 0.154 0.087 0.126 0.016 0.056 0.228 0.028 0.008 0.074 0.248 0.007 0.041 0.334 0.013 0.024 0.017 0.199 0.178 0.186 0.288 0.401 0.594 0.837 0.298 0.281 0.238 4.154 4.723 0.850 0.675 1.643 1.728 0.068 0.193 0.659 0.729 0.253 0.632 0.399 0.356 8199 chr3 196886699 196914723 + 0 NA intron (NM_001098424, intron 5 of 25) AluSz6|SINE|Alu 10291 NM_001204388 1739 Hs.292549 NM_004087 ENSG00000075711 DLG1 DLGH1|SAP-97|SAP97|dJ1061C18.1.1|hdlg discs large MAGUK scaffold protein 1 protein-coding nan 1.196 0.754 0.141 0.586 0.248 0.083 0.281 0.622 0.017 0.199 0.080 0.035 0.058 0.136 0.237 0.502 0.112 0.199 0.054 0.036 0.020 0.376 0.355 0.405 0.100 0.026 0.032 0.130 0.040 0.149 nan 0.090 nan 0.026 0.664 0.027 0.047 0.088 0.009 0.120 0.072 0.032 0.017 0.047 0.040 0.246 0.087 0.055 0.079 0.028 0.097 0.237 0.094 0.092 0.405 0.043 0.027 0.025 0.025 0.033 0.109 1.750 0.220 0.038 0.031 0.018 0.953 0.500 1.348 1.476 1.733 1.945 2.520 1.310 14.266 14.534 0.846 1.018 1.429 1.947 1.021 0.561 1.185 1.835 0.165 0.199 0.604 1.180 1.099 0.743 7211 chr21 39281070 39289611 + 0 NA intron (NM_002240, intron 1 of 3) intron (NM_002240, intron 1 of 3) 3401 NM_002240 3763 Hs.626242 NM_002240 ENSG00000157542 KCNJ6 BIR1|GIRK-2|GIRK2|KATP-2|KATP2|KCNJ7|KIR3.2|KPLBS|hiGIRK2 potassium voltage-gated channel subfamily J member 6 protein-coding 1.964 0.984 1.452 0.017 0.950 0.059 0.016 0.846 2.036 0.046 0.043 0.007 0.164 0.063 0.211 0.096 0.076 0.059 0.004 0.122 0.089 0.117 2.716 0.016 0.051 0.062 0.012 0.254 0.238 0.087 0.726 0.017 0.044 0.324 0.051 0.064 0.028 0.267 0.130 0.035 0.009 0.038 0.023 0.128 0.368 0.181 0.194 0.446 0.211 0.078 0.044 2.716 0.056 0.058 1.227 0.150 0.618 0.018 0.358 0.189 0.018 0.027 0.018 0.961 0.982 0.118 0.104 5.280 4.745 0.369 0.092 0.099 0.117 4.704 6.075 1.638 2.276 3.606 3.274 0.589 1.151 1.654 1.194 0.419 0.789 nan 1.419 9317 chr5 167357597 167380565 + 0 NA intron (NM_001122679, intron 3 of 28) AluSx|SINE|Alu 187140 NM_001080428 57451 Hs.631957 NM_001080428 ENSG00000145934 TENM2 ODZ2|TEN-M2|TNM2|ten-2 teneurin transmembrane protein 2 protein-coding nan 0.572 2.378 0.067 0.046 0.002 0.071 0.092 0.195 0.054 0.071 0.128 0.098 0.026 0.051 0.180 0.073 0.028 0.051 0.008 0.033 0.018 0.061 0.111 0.026 0.071 0.040 0.067 0.088 0.014 0.073 0.057 0.061 0.237 0.006 0.391 0.143 3.572 0.155 0.061 0.055 1.142 0.304 0.194 0.028 0.050 0.080 1.524 0.082 0.059 0.021 0.035 0.180 0.033 0.020 0.026 0.037 0.050 0.021 0.106 0.035 0.196 0.340 0.154 0.080 0.133 0.061 0.238 0.164 2.037 3.588 0.116 0.181 0.136 0.050 0.077 0.085 0.137 0.230 0.121 0.110 0.359 0.201 0.351 0.407 0.663 0.908 0.247 0.774 0.168 0.212 2410 chr12 2984887 2988512 + 0 NA promoter-TSS (NM_021953) promoter-TSS (NM_021953) 334 NM_001252500 83695 Hs.198853 NM_001252499 ENSG00000171792 RHNO1 C12orf32|HKMT1188|RHINO RAD9-HUS1-RAD1 interacting nuclear orphan 1 protein-coding 7.363 nan 5.281 5.831 13.352 6.753 3.706 3.104 6.536 2.133 7.925 3.744 1.903 2.043 6.857 5.680 5.187 0.634 3.410 1.570 6.125 1.777 4.299 2.085 9.264 3.924 5.515 2.505 7.009 1.982 4.278 11.059 4.874 16.982 1.558 5.421 1.731 7.633 0.329 2.193 6.015 6.692 6.430 2.407 3.148 3.558 4.785 9.479 7.039 10.231 2.493 2.829 5.680 5.808 5.001 9.264 2.281 1.973 3.030 17.101 1.571 2.505 1.500 3.275 2.181 4.336 2.437 4.221 3.941 9.419 12.086 16.772 13.660 12.199 5.626 13.820 14.146 5.895 7.970 8.721 18.824 6.175 5.662 3.145 5.532 8.407 9.137 6.947 9.046 2.807 1.752 8707 chr5 1289186 1302213 + 0 NA promoter-TSS (NM_001193376) promoter-TSS (NM_001193376) -537 NR_149162 7015 Hs.492203 NM_198253 ENSG00000164362 TERT CMM9|DKCA2|DKCB4|EST2|PFBMFT1|TCS1|TP2|TRT|hEST2|hTRT telomerase reverse transcriptase protein-coding 0.640 1.060 2.753 0.083 0.846 2.375 0.130 0.369 0.767 0.072 0.227 0.299 0.043 0.466 2.755 0.343 0.221 0.137 1.176 0.393 0.019 0.171 0.456 0.190 1.652 0.097 0.083 0.390 0.152 0.016 0.855 2.929 0.234 0.736 0.056 0.208 0.108 0.499 0.089 0.009 0.187 0.226 0.199 0.174 0.059 0.123 0.061 0.147 0.481 0.237 0.124 0.633 0.343 1.265 0.156 1.652 0.121 0.174 0.595 0.528 1.249 0.097 0.168 0.170 0.070 0.018 0.015 5.554 4.557 0.216 nan 8.936 6.922 2.774 0.772 0.276 0.325 0.232 0.528 nan 4.489 nan 0.762 0.530 0.432 0.748 0.645 0.207 0.492 3.186 nan 6557 chr2 192702112 192735036 + 0 NA Intergenic Intergenic -6568 NM_004657 8436 Hs.26530 NM_004657 ENSG00000168497 CAVIN2 PS-p68|SDPR|SDR|cavin-2 caveolae associated protein 2 protein-coding 0.752 nan 0.927 0.292 0.151 0.091 2.532 0.204 0.286 0.218 0.424 0.833 0.034 0.030 0.054 0.181 0.756 0.108 1.610 0.679 4.383 0.004 0.095 0.128 0.091 1.285 0.743 0.247 1.021 0.818 0.307 1.356 0.503 0.587 0.855 3.804 0.029 0.020 0.064 1.375 0.078 1.118 0.425 0.244 1.419 0.267 0.166 0.747 1.293 0.196 0.449 0.663 0.181 0.916 2.460 0.091 0.501 0.657 0.053 0.334 0.068 1.179 0.050 0.045 0.994 0.794 0.629 0.391 0.228 0.690 1.451 0.295 0.315 0.424 0.169 0.622 0.652 1.695 2.206 0.629 0.523 0.370 0.173 0.135 0.232 0.071 0.105 0.264 0.388 0.305 0.324 1737 chr11 529049 540876 + 0 NA intron (NM_001318054, intron 1 of 6) CpG 605 NM_176795 3265 Hs.37003 NM_005343 ENSG00000174775 HRAS C-BAS/HAS|C-H-RAS|C-HA-RAS1|CTLO|H-RASIDX|HAMSV|HRAS1|RASH1|p21ras HRas proto-oncogene, GTPase protein-coding 1.485 3.010 2.208 1.383 1.067 1.047 1.289 0.609 1.395 0.243 2.105 0.390 0.661 0.966 2.153 0.940 0.328 0.122 2.002 0.717 0.261 0.347 1.027 0.569 2.807 0.561 0.495 1.149 1.368 0.492 3.941 7.341 1.629 3.734 0.630 0.844 0.526 0.871 0.052 0.249 0.282 2.374 0.988 0.659 0.518 0.422 1.155 0.575 1.484 1.696 0.967 0.865 0.940 3.265 1.905 2.807 0.331 1.079 0.404 2.905 0.523 0.594 1.609 0.444 0.467 0.302 0.192 5.139 7.287 1.877 2.580 2.606 2.540 2.374 0.985 2.682 2.628 0.796 1.268 1.406 2.281 1.235 1.156 2.527 4.023 2.266 2.146 1.143 1.233 1.209 0.771 3143 chr13 44873362 44891519 + 0 NA Intergenic Intergenic -65346 NM_001346980 387923 Hs.377972 NM_001010897 ENSG00000151778 SERP2 C13orf21|bA269C23.1 stress associated endoplasmic reticulum protein family member 2 protein-coding 1.065 2.206 1.468 1.308 0.456 0.295 1.975 0.257 0.450 0.016 3.504 3.267 0.007 1.146 0.195 0.234 0.767 0.123 2.207 1.544 1.761 0.008 0.678 0.325 0.284 1.774 1.381 0.008 0.360 1.164 3.003 7.182 0.636 2.052 1.815 9.551 0.268 0.042 0.059 2.204 0.070 2.996 0.938 0.376 1.723 1.822 0.792 3.120 1.713 0.895 2.945 2.968 0.234 0.826 1.683 0.284 2.975 1.113 0.092 0.493 1.298 0.796 2.892 0.359 2.986 4.073 4.697 0.565 0.535 0.158 0.330 0.377 0.466 3.756 1.576 0.107 0.116 0.573 1.307 0.480 0.411 0.317 0.215 1.771 2.458 0.964 1.181 0.657 1.395 1.212 0.571 4814 chr17 43537341 43548450 + 0 NA intron (NR_027782, intron 4 of 10).2 AluSz6|SINE|Alu 9906 NR_036271 100422961 NR_036271 ENSG00000284172 MIR4315-2 - microRNA 4315-2 ncRNA 0.998 1.978 nan 4.221 0.449 0.285 2.180 0.891 1.815 2.281 0.848 0.656 1.126 0.435 0.427 0.310 0.238 0.143 1.201 0.745 0.114 0.087 0.255 0.362 0.491 1.319 1.016 0.126 0.750 0.659 1.892 nan 3.433 1.143 1.299 0.442 0.077 0.075 0.112 1.194 0.146 0.530 0.493 0.203 0.952 1.109 4.080 0.376 1.472 0.707 0.455 2.623 0.310 4.234 2.123 0.491 1.323 5.017 0.070 0.240 0.653 0.519 0.134 0.200 0.513 0.093 0.092 1.075 0.836 2.256 3.839 0.673 nan 0.636 0.273 0.706 0.672 0.271 0.645 1.171 nan 0.646 0.583 0.428 0.680 0.250 0.300 0.417 0.937 0.813 0.578 5128 chr18 5474389 5479698 + 0 NA intron (NM_001330557, intron 3 of 21) intron (NM_001330557, intron 3 of 21) 63512 NM_001281533 23136 Hs.213394 NM_012307 ENSG00000082397 EPB41L3 4.1B|DAL-1|DAL1 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 3 protein-coding 1.099 0.823 1.131 0.041 0.093 0.514 0.887 1.397 0.058 0.035 0.035 0.092 0.166 0.242 0.045 0.153 0.039 0.060 0.023 0.323 0.231 0.045 0.014 0.014 0.068 0.020 0.030 0.076 0.142 nan 0.027 4.493 2.383 0.082 0.130 0.697 0.052 0.011 0.029 0.038 0.043 0.073 0.130 0.026 0.045 0.012 0.242 0.054 0.034 0.045 0.039 0.022 0.039 0.015 0.728 0.086 0.011 0.004 0.362 0.292 1.279 0.515 3.135 3.321 nan 0.184 0.167 0.166 0.139 nan 1.896 2.973 nan 0.311 0.286 0.649 6.508 9.762 0.210 nan nan 0.515 5789 chr19 50174974 50184276 + 0 NA promoter-TSS (NR_033397) promoter-TSS (NR_033397) -784 NM_001207042 3276 Hs.20521 NM_001536 ENSG00000126457 PRMT1 ANM1|HCP1|HRMT1L2|IR1B4 protein arginine methyltransferase 1 protein-coding 3.338 1.723 3.069 2.882 2.148 1.488 1.150 2.477 4.251 1.184 4.397 2.507 0.394 1.394 4.312 2.119 1.341 0.225 2.538 1.079 2.197 1.103 1.129 0.615 2.307 0.627 1.040 0.946 1.561 0.605 2.687 4.349 3.388 3.358 0.990 2.212 0.983 3.263 0.145 0.496 0.882 6.633 1.774 0.677 1.424 0.917 3.264 1.099 4.194 2.664 2.955 1.451 2.119 3.099 0.775 2.307 1.410 1.865 1.031 3.659 1.302 1.715 0.883 2.157 1.021 1.622 1.056 2.588 2.622 2.469 4.036 3.619 4.122 6.281 3.173 7.652 8.248 2.231 3.057 5.767 7.412 7.671 7.046 1.760 2.692 4.926 4.994 4.573 8.174 2.805 1.582 6334 chr2 120111723 120147701 + 0 NA intron (NM_001079862, intron 3 of 3) intron (NM_001079862, intron 3 of 3) 4461 NM_001079863 1622 Hs.78888 NM_020548 ENSG00000155368 DBI ACBD1|ACBP|CCK-RP|EP diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein protein-coding 1.382 nan nan 0.431 0.398 0.265 0.338 0.353 0.643 0.313 0.368 0.355 0.031 0.212 0.207 0.336 0.831 0.188 0.435 0.182 0.296 0.219 0.208 0.172 0.433 0.319 0.229 0.257 0.454 0.156 0.270 0.601 0.443 1.536 0.248 0.549 0.050 0.290 0.087 0.125 0.101 0.561 0.497 0.228 0.281 0.213 0.895 0.571 0.530 0.686 0.287 0.564 0.336 0.324 0.418 0.433 0.188 0.260 0.468 0.593 0.336 0.260 0.182 0.892 0.290 0.247 0.127 0.508 0.477 0.699 1.093 0.718 0.670 1.072 0.384 1.308 1.366 1.501 2.051 0.892 1.097 1.490 1.338 0.328 0.602 0.244 0.216 0.995 3.350 0.604 0.408 10680 chr7 134230962 134237880 + 0 NA intron (NM_001080538, intron 1 of 11) HERVS71-int|LTR|ERV1 572 NM_001080538 441282 Hs.729418 NM_001080538 ENSG00000227471 AKR1B15 AKR1B10L|AKR1B10L, AK1R1B7|AKR1R1B7 aldo-keto reductase family 1 member B15 protein-coding nan nan nan 0.139 0.218 0.134 1.295 0.050 0.138 0.619 0.822 4.269 0.062 0.030 0.589 0.183 0.419 0.094 1.073 0.909 0.118 0.040 0.161 0.128 0.070 1.689 1.087 0.117 0.242 0.228 0.325 0.757 1.192 0.382 0.144 2.491 0.028 0.095 0.143 0.289 0.874 0.305 0.127 0.174 0.544 0.099 1.866 0.320 4.331 0.207 0.721 3.860 0.183 0.474 0.307 0.070 1.186 6.352 0.696 0.330 0.044 0.513 0.085 1.646 0.462 0.025 0.029 0.480 0.386 0.353 0.444 0.597 0.780 nan 0.165 0.974 1.135 0.230 nan 0.767 1.084 nan 5.944 0.312 0.413 0.104 0.124 2.034 6.376 0.717 nan 9493 chr6 21141803 21147122 + 0 NA intron (NM_017774, intron 13 of 15) MIRc|SINE|MIR 367661 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.179 0.972 nan 0.176 0.263 0.433 0.213 0.482 1.019 0.018 0.205 0.120 0.093 0.181 0.529 0.171 0.052 0.101 0.072 0.059 0.052 0.120 0.216 0.813 0.195 0.042 0.127 0.019 0.107 0.540 0.348 nan 0.193 0.040 0.036 0.102 0.063 0.023 0.118 0.189 0.034 0.015 0.083 0.059 0.255 0.095 0.117 0.065 0.037 0.529 0.080 0.052 0.813 0.138 0.047 0.076 0.033 0.058 0.117 0.055 0.277 0.043 0.019 0.709 0.918 8.260 8.836 0.663 0.796 nan 0.295 1.061 1.159 1.106 1.514 0.477 0.467 0.708 0.382 0.298 0.636 0.299 0.297 0.349 1.015 0.852 0.637 3411 chr14 24833987 24851473 + 0 NA intron (NM_001288802, intron 4 of 8) intron (NM_001288802, intron 4 of 8) 4371 NM_001288802 4776 Hs.77810 NM_004554 ENSG00000100968 NFATC4 NF-AT3|NF-ATC4|NFAT3 nuclear factor of activated T cells 4 protein-coding nan 2.367 2.135 0.844 2.215 2.187 1.284 1.605 3.102 0.251 0.267 0.880 1.030 0.748 6.720 2.715 2.362 0.347 1.272 0.423 2.494 0.278 0.593 0.435 2.225 0.225 0.091 0.333 1.203 0.703 3.763 9.424 3.606 3.805 0.587 1.562 0.517 0.774 0.108 0.201 2.026 0.126 0.186 0.130 0.469 1.051 0.690 2.337 1.071 1.172 0.623 1.503 2.715 1.105 0.101 2.225 0.481 0.611 1.422 3.097 1.369 0.154 2.419 0.724 0.182 0.705 0.501 0.541 1.108 1.245 1.665 4.391 4.121 1.225 0.474 2.272 2.485 0.812 1.251 5.103 nan 4.636 4.297 1.192 2.460 1.642 1.259 1.204 2.262 1.229 0.723 11243 chr8 121455170 121459595 + 0 NA promoter-TSS (NM_022045) promoter-TSS (NM_022045) -256 NM_022045 27085 Hs.657656 NM_022045 ENSG00000172167 MTBP MDM2BP MDM2 binding protein protein-coding nan nan nan 1.610 4.072 2.517 3.330 2.204 4.430 1.656 3.200 1.994 0.738 1.900 2.233 2.563 2.273 0.259 2.627 0.860 1.483 1.626 0.906 0.427 4.323 1.746 1.697 0.647 2.711 1.362 3.374 4.937 2.590 nan 1.980 2.122 0.910 1.708 0.097 0.771 1.026 3.143 3.173 1.769 2.125 0.886 3.100 2.849 1.925 2.802 1.416 2.556 2.563 3.373 2.426 4.323 0.718 1.968 0.525 1.697 2.082 1.823 2.128 1.766 1.150 1.301 1.166 4.609 4.810 6.134 7.887 9.768 10.021 8.367 4.904 20.748 23.121 4.334 4.995 3.976 5.450 7.898 7.522 5.489 9.956 4.921 4.706 6.156 6.238 2.728 1.859 9532 chr6 27559569 27574590 + 0 NA Intergenic Intergenic -94735 NR_038293 100507173 Hs.635987 NR_038292 ENSG00000281706 LINC01012 - long intergenic non-protein coding RNA 1012 ncRNA 0.716 0.658 nan 0.369 0.135 0.026 0.269 0.156 0.216 0.071 0.707 0.804 0.058 0.054 0.063 0.162 0.093 0.151 1.215 0.467 0.465 0.167 0.262 0.197 0.160 0.443 0.273 0.118 0.033 0.014 0.366 0.560 0.205 nan 0.263 1.499 0.019 0.847 0.160 0.228 0.058 0.632 0.433 0.255 0.124 0.105 0.551 0.658 1.279 3.135 1.698 0.388 0.162 0.794 0.672 0.160 0.260 0.183 0.059 2.506 0.508 0.418 0.047 0.056 0.122 0.180 0.161 0.212 0.115 0.196 nan 0.189 0.260 nan 0.087 0.149 0.175 0.150 0.262 0.200 0.206 0.659 0.378 0.106 0.176 0.207 0.239 0.211 0.546 0.227 0.249 3284 chr13 99843654 99855181 + 0 NA non-coding (NR_036532, exon 2 of 2) non-coding (NR_036532, exon 2 of 2) -3262 NM_001144072 337867 Hs.508545 NM_177967 ENSG00000134882 UBAC2 PHGDHL1 UBA domain containing 2 protein-coding 2.343 2.708 2.233 1.132 2.266 1.328 2.013 0.973 1.734 0.903 1.228 0.495 1.526 0.556 3.697 2.186 0.825 0.154 6.811 2.710 0.428 0.602 0.653 0.312 1.991 0.708 0.721 0.580 0.661 1.524 4.286 7.112 1.784 3.105 1.590 1.017 0.388 0.919 0.071 0.398 1.635 2.764 1.785 0.738 1.110 1.059 6.106 0.898 1.017 1.264 0.917 2.637 2.186 6.538 1.044 1.991 1.935 4.588 0.693 1.732 1.173 1.193 2.021 1.175 0.797 0.782 0.544 4.282 3.802 3.262 5.495 3.002 2.399 4.020 1.940 3.829 3.651 0.974 nan 3.755 5.580 2.613 2.646 2.670 4.776 2.247 2.021 3.822 nan 0.823 0.462 7048 chr20 50547090 50591718 + 0 NA Intergenic Intergenic -89952 NR_110016 101927678 Hs.683840 NR_110016 ENSG00000227964 LINC01429 - long intergenic non-protein coding RNA 1429 ncRNA 1.153 1.055 0.782 0.178 0.128 0.035 0.127 0.176 0.271 0.111 0.089 0.399 0.014 0.046 0.092 0.266 0.284 0.231 0.126 0.051 0.071 2.602 0.162 0.160 0.231 0.102 0.049 0.136 0.112 0.031 0.158 0.864 0.195 0.337 0.101 0.359 0.246 3.951 0.239 0.013 0.371 0.206 0.082 0.064 0.049 0.063 0.246 0.190 0.327 0.078 0.044 0.187 0.266 0.101 0.075 0.231 0.082 0.080 0.250 0.434 0.173 0.123 0.117 0.155 0.083 0.549 0.440 1.018 nan 0.370 0.375 0.278 0.286 1.344 0.352 0.344 0.390 0.485 0.848 0.266 0.364 0.616 0.310 0.302 0.464 0.780 0.906 0.505 1.671 0.378 0.437 10643 chr7 123670262 123688169 + 0 NA Intergenic Intergenic -5692 NM_001136002 730130 Hs.450249 NM_001136002 ENSG00000234224 TMEM229A - transmembrane protein 229A protein-coding 0.864 0.586 0.981 0.081 0.155 0.032 0.036 0.108 0.311 0.005 0.099 0.196 0.014 0.071 0.129 0.436 0.110 0.099 0.148 0.011 0.032 0.031 0.211 0.203 0.074 0.019 0.008 0.021 0.125 0.017 0.153 0.153 0.122 0.710 0.011 0.054 0.037 0.066 0.163 0.033 0.691 0.083 0.037 0.009 0.043 0.034 0.084 0.154 0.064 0.271 0.079 0.052 0.436 0.148 0.016 0.074 0.051 0.032 0.149 0.402 0.031 7.321 0.153 0.017 0.006 2.532 4.375 3.506 1.279 0.690 0.488 0.256 0.164 0.228 0.249 0.209 0.427 0.196 0.258 0.556 0.583 5.610 12.346 0.176 0.120 0.619 0.959 0.633 0.669 2122 chr11 77177451 77185212 + 0 NA intron (NM_001128620, intron 1 of 15) intron (NM_001128620, intron 1 of 15) 3777 NM_002576 5058 Hs.435714 NM_002576 ENSG00000149269 PAK1 PAKalpha p21 (RAC1) activated kinase 1 protein-coding nan 2.313 3.553 1.074 1.293 1.396 0.994 1.880 3.816 0.252 0.275 0.450 0.988 0.720 1.076 1.327 0.274 0.062 1.139 0.631 0.291 0.090 1.124 0.472 1.994 0.791 0.561 0.424 0.989 0.480 2.755 6.567 2.589 6.278 1.738 0.096 0.440 1.538 0.143 0.354 1.473 1.430 0.454 0.312 1.025 1.421 1.668 0.342 0.896 1.175 2.042 2.530 1.327 1.503 1.087 1.994 1.204 0.779 0.912 2.484 1.374 0.546 1.190 0.226 0.306 0.232 0.086 0.591 1.091 2.366 2.927 4.030 3.564 2.107 1.101 8.664 9.048 5.537 6.677 3.110 4.168 1.151 1.188 1.550 2.743 1.950 1.685 1.514 3.187 1.506 0.976 10100 chr7 23326 36235 + 0 NA Intergenic MER4A1_|LTR|ERV1 119658 NR_134325 102723672 Hs.605204 NR_134325 LOC102723672 - uncharacterized LOC102723672 ncRNA 1.498 3.149 1.287 1.998 0.402 0.538 1.569 0.211 0.308 0.659 0.274 1.591 1.004 0.409 0.138 0.437 0.140 0.175 2.533 1.293 0.354 0.129 0.245 0.279 0.439 0.918 0.633 0.143 0.242 0.758 0.779 nan 1.561 nan 0.988 1.624 0.081 0.482 0.329 0.064 0.025 1.207 0.219 0.121 1.702 0.683 2.352 0.378 0.130 0.428 0.403 1.249 0.437 2.075 0.566 0.439 3.174 1.102 0.362 0.451 0.491 0.393 0.226 0.131 0.224 0.071 0.074 1.191 1.075 1.166 nan 1.319 1.178 nan 0.392 1.000 0.850 0.611 0.830 nan 1.998 0.779 0.500 0.614 1.010 0.194 0.236 0.375 0.556 0.877 0.612 280 chr1 38313482 38329224 + 0 NA intron (NM_005955, intron 2 of 10) AluSq|SINE|Alu 3939 NM_005955 4520 Hs.471991 NM_005955 ENSG00000188786 MTF1 MTF-1|ZRF metal regulatory transcription factor 1 protein-coding 1.896 nan 1.473 0.923 2.333 0.466 1.884 0.529 1.118 0.310 1.410 0.594 0.134 0.330 0.600 0.591 0.607 0.205 0.773 0.435 0.660 0.352 0.526 0.479 1.050 0.592 0.513 0.520 0.891 0.262 1.075 1.774 1.122 2.338 0.707 1.485 0.031 0.912 0.162 0.215 0.349 1.058 0.437 0.278 0.600 0.173 1.431 0.501 0.747 0.634 0.497 0.854 0.591 1.186 1.311 1.050 0.636 0.658 0.265 1.177 0.389 0.426 0.452 0.515 0.356 0.413 0.214 0.787 1.043 0.874 1.482 1.946 1.914 nan 0.578 1.838 1.934 1.750 2.291 7.468 8.438 nan 1.513 1.274 1.997 0.639 0.596 1.764 2.319 1.124 nan 3498 chr14 36722435 36754046 + 0 NA Intergenic Intergenic 51642 NM_016586 51562 Hs.368647 NM_016586 ENSG00000151332 MBIP - MAP3K12 binding inhibitory protein 1 protein-coding 1.076 3.355 0.679 0.093 1.402 2.583 0.291 0.202 0.422 0.012 0.059 0.058 0.057 0.148 1.338 0.481 0.176 0.112 0.144 0.018 0.032 0.013 0.677 0.255 0.253 0.376 0.146 0.007 0.167 0.125 3.839 20.783 4.842 1.318 0.129 0.065 0.081 0.099 0.109 0.100 0.103 0.076 0.013 0.012 0.363 0.114 0.082 0.121 0.054 0.020 0.097 0.076 0.481 0.096 0.649 0.253 0.016 0.034 0.052 0.049 0.343 0.070 0.041 0.140 0.028 0.013 0.011 0.183 0.119 0.222 0.274 0.481 0.619 0.309 0.151 0.241 0.240 0.398 0.620 1.096 1.422 0.755 0.374 0.129 0.219 0.435 0.499 0.208 0.516 1.532 0.849 8777 chr5 14137983 14219891 + 0 NA intron (NM_007118, intron 1 of 56) intron (NM_007118, intron 1 of 56) 35126 NM_007118 7204 Hs.130031 NM_007118 ENSG00000038382 TRIO ARHGEF23|MEBAS|MRD44|tgat trio Rho guanine nucleotide exchange factor protein-coding nan nan nan 1.766 1.714 0.404 4.054 0.433 0.817 0.656 1.448 2.528 0.764 0.393 1.443 1.035 2.395 0.398 5.888 2.176 1.168 0.122 0.883 0.581 0.816 2.481 2.232 0.873 2.544 1.063 2.142 5.717 1.401 nan 1.147 2.042 0.201 0.658 0.133 1.242 0.333 2.686 2.105 1.138 1.059 1.827 1.128 0.910 1.370 1.877 0.362 0.587 1.035 5.496 3.871 0.816 0.276 0.552 0.549 1.105 1.133 3.078 1.960 0.415 0.786 1.887 2.247 1.193 1.266 1.194 1.759 1.774 1.592 1.079 0.396 0.553 0.517 nan 2.943 2.996 4.483 2.562 2.627 1.282 2.335 0.973 1.303 0.707 nan 2.287 1.450 7619 chr3 56809766 56822176 + 0 NA intron (NM_001289698, intron 2 of 10) intron (NM_001289698, intron 2 of 10) -6226 NM_001128616 50650 Hs.476402 NM_019555 ENSG00000163947 ARHGEF3 GEF3|STA3|XPLN Rho guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.391 1.379 nan 0.052 0.376 1.578 0.114 0.245 0.387 0.023 0.144 0.177 0.185 0.188 0.570 0.140 0.179 0.090 0.156 0.046 0.041 0.023 0.227 0.348 0.722 0.255 0.051 0.050 0.087 0.111 0.253 2.511 0.285 2.045 0.247 0.143 0.129 0.053 0.100 0.067 0.013 0.106 0.029 0.013 0.075 0.093 0.178 0.097 0.590 0.091 0.159 0.151 0.140 0.149 0.045 0.722 0.118 0.080 0.205 0.035 2.950 0.113 0.312 0.102 0.135 0.009 0.012 0.537 0.543 0.422 0.968 0.641 0.743 1.107 0.380 0.383 0.339 0.594 1.228 3.366 2.876 nan 0.315 0.396 0.767 0.685 0.615 0.174 0.286 1.802 1.044 8346 chr4 41612223 41669184 + 0 NA intron (NM_001330672, intron 13 of 31) intron (NM_001330672, intron 13 of 31) 25784 NM_001330983 22998 Hs.335163 NM_014988 ENSG00000064042 LIMCH1 LIMCH1A|LMO7B LIM and calponin homology domains 1 protein-coding 0.761 nan nan 0.588 0.285 0.037 0.596 0.163 0.358 0.290 0.477 0.249 0.025 0.051 0.214 0.077 0.545 0.133 0.267 0.100 0.011 0.015 0.163 0.155 0.145 0.268 0.096 0.308 0.204 0.077 0.145 0.366 0.405 0.333 0.257 0.179 0.013 0.023 0.099 0.052 0.102 0.122 0.050 0.047 0.095 0.147 0.393 0.177 0.215 0.066 0.258 0.172 0.077 0.328 0.109 0.145 0.153 0.164 0.033 0.038 0.048 0.040 0.344 0.242 0.062 0.010 0.011 1.890 2.078 3.069 4.387 0.221 0.260 0.135 0.089 0.504 0.494 0.591 0.918 0.410 0.531 0.489 0.308 0.568 0.904 0.051 0.061 0.387 0.781 1.653 0.979 1509 chr10 71805372 71814734 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2304 NM_018649 55506 Hs.499953 NM_018649 ENSG00000099284 H2AFY2 macroH2A2 H2A histone family member Y2 protein-coding 3.529 nan 4.725 0.116 0.271 0.991 0.075 1.598 3.216 0.572 0.058 0.059 0.106 0.494 0.797 1.211 0.081 0.085 0.046 0.705 1.955 1.332 0.740 3.229 0.642 0.649 0.284 0.132 1.804 2.449 0.061 2.693 0.016 0.235 0.164 2.092 0.148 0.377 1.164 0.551 1.083 0.638 0.094 0.041 0.052 0.385 1.270 0.853 0.473 0.085 1.211 0.051 0.040 3.229 0.603 0.852 0.426 1.212 0.044 0.025 1.482 0.028 0.024 0.129 0.097 4.787 5.022 9.140 7.660 3.669 3.811 5.053 1.622 2.507 2.678 0.079 0.228 4.599 nan 1.728 1.611 2.469 4.959 1.829 1.108 0.094 nan 1.383 0.974 4177 chr16 1724272 1743986 + 0 NA intron (NM_144570, intron 1 of 4) MER2|DNA|TcMar-Tigger 5851 NM_144570 90861 Hs.513261 NM_144570 ENSG00000206053 JPT2 C16orf34|HN1L|L11 Jupiter microtubule associated homolog 2 protein-coding 1.239 nan 1.119 3.171 0.966 1.658 3.502 0.603 1.010 0.879 2.869 0.860 0.922 0.259 0.816 0.727 0.255 0.106 2.617 0.974 3.600 0.112 0.779 0.336 1.463 1.382 1.212 0.744 1.699 0.856 1.298 2.251 1.309 1.801 1.195 0.657 0.189 0.406 0.066 0.804 0.285 2.300 2.123 0.882 1.397 2.010 1.768 0.371 1.175 1.202 2.211 2.010 0.727 5.046 1.598 1.463 0.564 1.498 0.207 0.796 0.336 1.758 0.246 0.219 1.569 1.597 1.111 1.090 0.947 0.703 1.060 1.061 1.152 nan 0.721 2.060 1.985 0.733 nan 0.952 2.392 1.080 0.971 0.494 0.924 0.860 1.219 0.658 0.906 0.996 0.538 8610 chr4 159724584 159749150 + 0 NA intron (NM_001323916, intron 1 of 16) intron (NM_001323916, intron 1 of 16) 9621 NM_001323916 57600 Hs.652441 NM_020840 ENSG00000052795 FNIP2 FNIPL|MAPO1 folliculin interacting protein 2 protein-coding nan 1.608 0.995 1.317 0.633 0.020 0.285 0.156 0.313 0.097 0.095 0.832 1.617 0.078 0.080 0.141 1.750 0.151 0.191 0.131 0.089 0.017 0.128 0.102 0.190 0.252 0.108 0.102 0.311 0.559 0.230 0.998 1.227 0.645 0.101 0.061 0.109 0.711 0.119 0.129 0.254 0.098 0.047 0.035 0.660 0.865 0.275 0.122 0.159 0.056 1.788 0.623 0.141 0.339 0.104 0.190 0.271 0.101 0.158 0.021 0.029 0.305 0.086 0.347 0.075 0.014 0.006 0.263 0.243 0.993 5.199 0.239 0.273 0.623 0.232 0.320 0.327 0.817 1.143 0.714 0.758 1.134 0.806 0.223 0.289 0.617 1.309 0.604 1.277 0.421 0.413 8099 chr3 183083670 183103954 + 0 NA intron (NM_015078, intron 3 of 29) intron (NM_015078, intron 3 of 29) 52245 NM_015078 23101 Hs.208267 NM_015078 ENSG00000053524 MCF2L2 ARHGEF22 MCF.2 cell line derived transforming sequence-like 2 protein-coding 0.903 1.210 0.780 0.586 4.860 3.436 3.080 3.655 6.912 0.160 0.275 0.185 0.045 1.346 1.608 0.252 0.138 0.143 1.119 1.009 0.069 0.028 2.405 1.113 8.612 1.422 0.841 0.054 2.335 2.186 0.628 1.238 0.489 3.834 1.498 0.141 0.160 0.059 0.096 0.376 0.599 2.117 1.201 0.550 3.343 1.596 1.397 0.640 0.136 0.704 0.191 0.676 0.252 0.557 2.124 8.612 0.284 0.619 0.043 0.230 0.346 1.152 0.336 0.169 0.201 0.399 0.500 1.491 1.424 0.421 0.432 4.114 5.570 5.609 1.947 0.370 0.394 0.338 0.494 6.191 6.088 0.762 0.370 0.549 0.923 0.983 0.911 0.241 0.349 3.699 1.698 11766 chr9 126864412 126876430 + 0 NA Intergenic Intergenic 96532 NM_004789 9355 Hs.696425 NM_004789 ENSG00000106689 LHX2 LH2|hLhx2 LIM homeobox 2 protein-coding nan nan 0.590 0.042 1.295 0.955 0.113 0.160 0.326 0.040 0.046 0.086 0.021 0.025 0.140 0.169 0.087 0.013 0.095 0.016 0.026 0.023 0.166 0.090 0.479 0.049 0.048 0.068 0.095 0.096 0.079 0.208 0.095 nan 0.067 0.040 0.027 0.058 0.003 0.040 0.122 0.097 0.071 0.140 0.102 0.032 0.154 0.047 0.060 0.020 0.017 0.169 0.081 0.154 0.479 0.010 0.030 0.227 0.076 1.037 0.013 0.033 0.031 0.019 0.019 0.021 0.212 0.316 0.082 0.129 1.149 1.118 0.613 0.196 0.178 0.216 0.284 nan 7.294 5.342 1.143 0.800 0.151 0.212 0.158 0.205 0.269 0.291 nan 0.898 10426 chr7 74264029 74268799 + 0 NA intron (NM_173537, intron 1 of 15) intron (NM_173537, intron 1 of 15) 1458 NM_173537 84163 Hs.647017 NM_173537 ENSG00000196275 GTF2IRD2 FP630|GTF2IRD2 alpha|GTF2IRD2A GTF2I repeat domain containing 2 protein-coding 5.616 3.157 4.618 2.776 4.626 6.637 4.305 3.119 6.546 2.697 5.613 5.174 2.816 3.459 4.991 7.169 5.504 0.869 3.263 0.954 4.312 3.634 3.763 2.226 5.801 6.884 10.516 3.911 7.653 1.091 5.032 7.772 6.682 8.546 1.003 9.458 1.951 5.425 0.320 1.712 3.844 6.553 3.212 1.618 1.658 3.879 2.796 4.052 5.123 7.589 2.704 3.607 7.169 6.436 8.198 5.801 3.071 3.945 2.302 3.437 3.551 4.157 2.203 1.552 3.503 2.330 1.593 5.951 6.657 4.732 nan 9.788 8.271 7.940 5.344 7.173 6.971 2.743 nan 7.558 nan 6.266 7.108 4.996 7.061 6.612 6.413 6.384 5.766 5.573 3.426 5631 chr19 36604418 36608035 + 0 NA promoter-TSS (NM_006233) promoter-TSS (NM_006233) -20 NM_006233 5438 Hs.47062 NM_006233 ENSG00000105258 POLR2I RPB9|hRPB14.5 RNA polymerase II subunit I protein-coding 5.064 3.025 3.356 4.714 9.971 3.671 1.615 2.439 3.881 1.850 4.738 2.376 1.202 1.804 4.852 3.258 1.750 0.134 3.335 1.047 2.975 1.266 2.256 0.933 5.226 1.949 2.562 3.325 2.527 1.141 3.128 4.362 2.642 20.300 1.603 2.935 0.970 5.141 0.181 1.826 1.487 5.821 3.620 1.827 2.637 0.508 2.592 2.130 6.925 9.156 2.674 1.436 3.258 4.431 1.909 5.226 1.727 1.525 1.374 4.727 2.834 1.288 3.268 1.504 1.482 1.003 0.714 2.707 4.226 4.135 5.903 8.989 6.965 8.001 3.853 10.686 10.577 3.773 5.454 6.131 10.626 nan 8.029 3.407 5.510 3.578 2.908 4.296 6.238 3.801 2.133 6611 chr2 208327532 208340732 + 0 NA Intergenic Intergenic -60484 NM_134442 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 0.985 nan 1.634 0.139 0.523 1.793 0.782 0.559 1.143 0.039 0.469 0.252 0.024 0.351 0.366 1.074 0.255 0.185 0.426 0.358 0.178 0.063 0.426 0.313 0.707 0.705 0.208 0.047 0.210 0.475 0.364 1.831 0.458 3.137 0.970 0.865 0.528 0.197 0.070 0.616 0.232 0.416 0.099 0.134 0.708 0.384 0.124 0.265 0.308 0.687 0.179 0.116 1.074 0.184 0.540 0.707 0.073 0.142 0.162 0.602 0.622 0.235 0.046 0.131 0.815 0.031 0.020 0.433 0.471 0.432 0.604 0.389 0.388 0.290 0.105 0.596 0.740 4.758 5.236 0.528 0.529 0.683 0.633 0.277 0.347 1.425 1.491 0.503 1.160 0.747 0.320 1325 chr10 12304296 12309074 + 0 NA Intergenic Intergenic -68542 NM_001321647 11164 Hs.555956 NM_014142 ENSG00000165609 NUDT5 YSA1|YSA1H|YSAH1|hNUDT5 nudix hydrolase 5 protein-coding nan 2.530 1.045 0.294 3.812 1.160 1.146 1.340 2.053 0.240 0.153 1.117 0.098 0.231 1.547 1.043 0.569 0.235 0.286 0.238 1.000 0.319 1.078 0.469 2.175 0.652 0.225 0.218 0.329 0.484 0.943 1.759 1.568 3.451 0.457 0.189 0.400 0.226 0.072 0.415 0.332 0.257 0.151 0.114 0.728 0.081 0.303 0.534 0.785 0.433 0.534 0.994 1.043 2.296 4.942 2.175 0.102 0.740 0.406 1.423 1.126 0.568 0.538 0.076 0.269 0.472 0.359 1.340 0.786 2.009 4.695 2.907 2.342 12.792 8.896 1.000 1.157 1.011 1.716 6.175 11.095 0.665 0.614 0.659 1.177 2.859 1.995 0.228 0.654 1.576 1.097 9512 chr6 25310315 25337911 + 0 NA intron (NM_017640, intron 2 of 36) intron (NM_017640, intron 2 of 36) 44457 NM_001173977 55604 Hs.649550 NM_017640 ENSG00000079691 CARMIL1 CARMIL|CARMIL1a|LRRC16|LRRC16A|dJ501N12.1|dJ501N12.5 capping protein regulator and myosin 1 linker 1 protein-coding 1.761 1.030 nan 0.859 0.318 0.121 0.095 0.192 0.297 0.269 0.167 0.294 0.120 0.029 0.135 0.739 0.702 0.131 0.160 0.076 0.225 0.015 0.220 0.143 0.455 0.473 0.277 0.062 0.133 0.053 0.102 0.194 0.131 nan 0.047 0.398 0.991 0.121 0.110 0.047 0.133 0.181 0.063 0.025 0.051 0.069 0.262 0.120 0.229 0.138 0.049 0.154 0.739 0.124 0.380 0.455 0.053 0.120 0.384 0.092 0.048 0.346 0.039 0.318 0.102 0.013 0.000 0.480 0.451 0.405 nan 0.323 0.459 nan 0.776 0.391 0.370 3.679 5.073 0.471 0.551 0.623 0.454 0.211 0.280 2.437 3.329 0.786 1.861 0.867 0.676 1643 chr10 112025595 112038166 + 0 NA intron (NM_005962, intron 3 of 5) intron (NM_005962, intron 3 of 5) 32827 NM_005871 10285 Hs.632093 NM_005871 ENSG00000119953 SMNDC1 SMNR|SPF30|TDRD16C survival motor neuron domain containing 1 protein-coding 1.351 nan 1.134 0.051 0.077 0.331 0.113 0.192 0.480 0.023 0.235 0.158 0.010 0.024 0.314 0.147 0.464 0.063 0.067 0.045 0.020 0.066 0.025 0.078 0.154 0.049 0.006 0.065 0.097 0.017 0.077 0.139 0.061 0.311 0.035 0.071 0.243 0.082 0.094 0.138 0.081 0.034 0.031 0.017 0.114 0.099 0.131 0.045 0.062 0.054 0.147 0.056 0.106 0.154 0.052 0.033 0.694 0.023 0.073 0.094 0.100 0.680 0.048 0.037 0.004 0.363 0.329 0.614 1.085 0.150 0.181 0.465 0.162 0.184 0.127 3.886 4.199 0.437 0.501 2.013 1.307 0.182 0.221 0.759 0.583 0.753 2.172 0.311 0.294 8105 chr3 183759989 183775602 + 0 NA Intergenic Intergenic -3040 NM_130770 170572 Hs.632579 NM_130770 ENSG00000178084 HTR3C - 5-hydroxytryptamine receptor 3C protein-coding 0.972 0.925 1.329 0.097 0.583 0.039 0.064 0.478 0.964 0.018 0.075 0.048 0.016 0.287 0.661 0.526 0.120 0.165 0.068 0.024 0.009 1.415 0.697 0.761 0.141 0.116 0.067 0.127 0.003 0.079 0.286 0.099 0.509 0.048 0.189 0.056 0.048 0.015 0.223 0.156 0.047 0.060 0.014 0.034 0.099 0.113 0.083 0.057 0.038 0.109 0.526 0.074 0.053 0.761 0.062 0.047 0.048 0.037 0.077 0.080 0.094 0.159 0.022 0.026 0.023 0.597 0.567 0.289 0.297 1.066 1.318 3.786 1.768 0.151 0.127 0.176 0.385 1.315 1.024 0.678 0.287 0.265 0.312 1.093 1.503 0.256 0.393 2.284 1.219 9498 chr6 21702618 21977656 + 0 NA intron (NR_015410, intron 4 of 11) L1MB1|LINE|L1 173493 NR_015410 401237 Hs.712707 NR_015410 CASC15 CANT|LINC00340|lnc-SOX4-1 cancer susceptibility 15 (non-protein coding) ncRNA 1.126 1.018 nan 0.463 0.897 0.370 0.313 0.209 0.416 0.052 0.117 0.236 0.309 0.205 0.202 0.655 0.719 0.198 0.243 0.117 0.581 0.029 0.239 0.161 0.782 0.300 0.130 0.073 0.184 0.214 0.583 1.547 0.691 nan 0.280 0.147 0.088 4.037 0.183 0.074 0.129 0.132 0.041 0.038 0.136 0.168 0.222 0.091 0.307 0.106 0.049 0.520 0.655 0.356 0.079 0.782 0.169 0.249 0.076 0.163 0.216 0.150 0.262 0.223 0.158 0.144 0.131 0.498 0.468 0.973 nan 0.665 0.740 nan 0.373 0.858 0.866 0.717 1.019 1.391 1.314 0.581 0.294 0.297 0.497 0.354 0.501 0.350 0.699 0.727 0.527 8375 chr4 53934868 53946021 + 0 NA intron (NM_152540, intron 5 of 8) Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 211949 NM_023940 65997 Hs.8035 NM_023940 ENSG00000128045 RASL11B - RAS like family 11 member B protein-coding nan 0.587 0.511 0.039 0.434 0.030 0.026 0.129 0.395 0.009 0.127 0.175 0.017 0.036 0.099 0.092 0.124 0.129 0.090 0.017 0.011 0.012 0.378 0.221 0.108 0.018 0.019 0.013 0.061 0.019 0.043 0.083 0.096 0.254 0.079 0.065 0.076 0.068 0.086 0.064 0.082 0.027 0.007 0.039 0.027 0.129 0.216 0.026 0.014 0.029 0.092 0.064 0.050 0.108 0.011 0.030 0.062 0.054 0.021 0.160 0.085 0.007 0.015 0.004 0.532 0.448 0.629 0.615 0.212 0.248 7.073 2.994 0.307 0.228 1.029 1.157 0.478 0.547 0.454 0.333 0.170 0.252 0.551 0.549 0.145 0.440 1.115 1.032 4277 chr16 19548994 19556903 + 0 NA intron (NM_001323576, intron 6 of 13) intron (NM_001323576, intron 6 of 13) -13789 NM_001300743 57020 Hs.654964 NM_020314 ENSG00000103544 VPS35L C16orf62 VPS35 endosomal protein sorting factor like protein-coding 1.067 1.159 nan 0.128 2.133 1.071 0.073 0.244 0.768 0.291 0.206 0.075 0.110 0.377 0.359 0.858 0.111 0.121 0.172 0.071 0.024 0.035 0.374 0.345 0.769 0.096 0.046 0.037 0.051 0.027 0.186 0.263 0.116 1.839 0.012 0.091 0.157 0.068 0.085 0.968 0.093 0.053 0.050 0.055 0.029 0.169 0.064 0.093 0.107 0.040 0.103 0.858 0.053 0.116 0.769 0.046 0.085 0.097 0.037 0.409 0.030 0.063 0.624 0.048 0.039 0.044 0.390 0.373 0.234 0.894 1.324 1.558 7.124 2.229 0.343 0.258 0.630 0.774 8.378 13.241 nan 0.372 0.140 0.248 0.734 0.922 0.686 1.847 2.538 0.804 8037 chr3 174798165 174816997 + 0 NA intron (NR_046390, intron 2 of 3) intron (NR_046390, intron 2 of 3) 25451 NR_046390 100862679 Hs.148810 NR_046390 ENSG00000230292 NAALADL2-AS3 - NAALADL2 antisense RNA 3 ncRNA 1.362 1.169 1.107 0.186 0.189 0.323 0.105 0.500 0.835 0.021 0.086 0.039 0.026 0.048 0.076 0.192 0.334 0.171 0.084 0.071 0.022 0.507 0.430 0.280 0.007 0.015 0.016 0.090 0.017 0.047 0.262 0.185 0.326 0.031 0.040 0.207 0.039 0.079 0.012 0.121 0.090 0.010 0.021 0.035 0.045 0.120 0.059 0.030 0.091 0.012 0.080 0.192 0.057 0.030 0.280 0.020 0.022 0.239 0.018 0.086 0.042 0.031 0.334 0.012 0.018 0.003 0.308 0.219 0.493 0.663 0.386 0.535 0.824 0.244 0.385 0.368 3.954 3.961 0.511 0.369 1.120 0.369 0.143 0.224 0.717 0.762 0.775 1.675 0.815 0.493 8080 chr3 181551076 181640068 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -74580 NR_104146 100996490 Hs.606987 NR_104146 ENSG00000242512 LINC01206 - long intergenic non-protein coding RNA 1206 ncRNA 0.969 1.343 0.787 0.154 0.330 0.206 0.262 0.619 1.188 0.039 0.108 0.063 0.348 0.046 0.258 0.192 0.128 0.152 0.366 0.219 0.033 0.031 0.429 0.350 0.309 0.151 0.087 0.036 0.132 0.054 0.436 2.058 0.582 0.657 0.296 0.185 0.282 2.575 0.138 0.033 0.443 0.119 0.039 0.043 0.200 0.274 0.131 0.140 0.288 0.080 0.119 0.166 0.192 0.222 0.036 0.309 0.196 0.129 0.123 0.031 0.104 0.158 0.064 0.046 0.092 0.027 0.018 0.302 0.218 0.242 0.440 0.531 0.651 5.152 1.683 0.115 0.129 0.741 1.099 0.701 0.727 0.624 0.316 0.167 0.235 0.836 0.940 0.128 0.229 1.105 0.715 4075 chr15 75054739 75092861 + 0 NA promoter-TSS (NM_004383) promoter-TSS (NM_004383) -625 NM_004383 1445 Hs.77793 NM_004383 ENSG00000103653 CSK - C-terminal Src kinase protein-coding 0.902 1.437 1.421 0.461 0.395 0.202 1.075 0.385 0.629 0.274 0.788 0.683 0.228 0.283 0.536 0.732 0.226 0.131 1.333 0.582 0.393 0.315 0.298 0.162 0.533 0.376 0.224 0.448 0.523 0.217 1.101 3.788 0.319 2.813 1.008 0.990 0.083 0.310 0.075 0.166 0.168 0.276 0.454 0.251 0.529 0.276 0.360 0.341 0.849 0.802 0.298 0.833 0.732 1.127 0.293 0.533 0.382 0.264 0.163 0.681 0.355 0.360 0.750 0.165 0.871 0.109 0.057 2.749 3.827 2.127 2.934 0.893 0.904 1.136 0.326 0.641 0.570 0.693 1.120 1.133 1.248 0.989 0.757 1.345 1.825 0.367 0.422 0.526 0.836 0.748 0.498 1502 chr10 70975683 70995375 + 0 NA intron (NR_120648, intron 2 of 4) intron (NR_120648, intron 2 of 4) 5470 NM_025130 80201 Hs.522988 NM_025130 ENSG00000156510 HKDC1 - hexokinase domain containing 1 protein-coding 0.741 nan 0.764 1.864 0.097 0.034 3.344 0.140 0.368 0.531 1.146 0.788 0.003 0.069 0.091 0.136 0.228 0.081 0.629 0.535 1.468 0.042 0.072 0.075 0.109 1.600 1.261 0.940 1.561 1.211 0.806 1.822 0.244 0.305 0.281 0.384 0.010 0.033 0.080 0.287 0.094 4.799 0.205 0.150 1.648 0.656 3.516 1.941 1.367 0.170 1.440 1.676 0.136 0.523 0.268 0.109 2.669 0.222 0.039 0.274 0.042 1.521 0.075 0.426 0.533 1.234 0.494 0.393 0.406 0.412 1.163 0.351 0.360 0.800 0.244 0.230 0.236 0.196 0.406 0.675 nan 0.255 0.136 0.323 0.300 0.073 0.213 0.393 nan 0.354 0.327 8057 chr3 178206756 178213511 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -43953 NM_181361 10242 Hs.478368 NM_005832 ENSG00000197584 KCNMB2 - potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 2 protein-coding 1.196 1.207 0.749 0.159 0.141 0.008 0.073 1.092 2.153 0.091 0.061 0.029 0.106 0.018 0.156 0.071 0.031 0.035 1.673 1.295 0.270 0.014 0.011 0.182 0.030 0.012 0.060 0.170 0.394 0.021 0.073 0.678 0.048 0.059 0.034 0.093 0.033 0.009 0.046 0.033 0.051 0.089 0.048 0.011 0.023 0.050 0.018 0.021 0.029 0.270 0.048 0.035 0.045 0.102 0.009 0.008 0.182 0.199 0.284 0.362 0.459 0.393 10.349 5.869 0.237 0.294 0.471 0.731 0.422 0.372 0.465 0.255 0.188 0.267 2.020 2.696 0.264 0.408 0.694 0.572 8175 chr3 194276177 194315687 + 0 NA Intergenic LTR8|LTR|ERV1 -9065 NR_047574 100507297 Hs.586059 NR_047573 TMEM44-AS1 - TMEM44 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.147 0.935 1.292 0.595 0.247 1.281 0.333 0.805 0.209 0.559 2.209 0.085 0.124 0.370 0.409 2.623 0.561 0.594 0.475 0.383 0.098 0.421 0.302 0.472 1.931 1.199 0.248 0.631 0.431 0.607 nan 0.245 nan 0.185 0.608 0.059 0.252 0.095 0.220 0.195 1.389 0.782 0.477 1.160 0.368 0.814 1.066 0.464 1.597 0.189 0.560 0.409 0.484 0.852 0.472 0.194 0.186 0.093 0.548 0.131 0.689 0.155 0.295 0.400 0.411 0.226 0.776 0.692 1.249 1.775 0.965 0.977 2.902 1.289 1.754 1.803 0.753 1.179 1.175 1.504 1.322 0.924 0.599 0.761 0.530 0.691 0.645 0.920 0.897 0.717 11419 chr9 4015991 4158650 + 0 NA intron (NM_001042413, intron 4 of 10) intron (NM_001042413, intron 4 of 10) 64863 NM_152629 169792 Hs.162125 NM_152629 ENSG00000107249 GLIS3 NDH|ZNF515 GLIS family zinc finger 3 protein-coding 0.686 2.237 0.733 0.671 0.105 0.093 0.751 0.139 0.294 0.035 0.193 0.160 0.020 0.008 0.167 0.258 0.469 0.132 0.362 0.207 0.267 0.007 0.145 0.147 0.137 0.378 0.201 0.043 0.259 0.141 0.078 0.410 0.106 0.392 0.468 0.168 0.040 0.103 0.091 0.205 0.062 0.122 0.080 0.051 0.439 0.584 0.181 0.306 0.618 0.160 0.801 0.323 0.258 0.195 0.071 0.137 0.149 0.063 0.061 0.055 0.144 0.096 0.062 0.022 0.265 0.207 0.172 0.223 0.155 5.779 9.989 0.342 0.359 0.161 0.084 0.241 0.277 1.107 1.544 0.288 0.300 0.428 0.199 0.175 0.279 0.262 0.329 0.096 nan 0.855 0.891 4743 chr17 37829913 37836504 + 0 NA intron (NM_001291726, intron 2 of 6) intron (NM_001291726, intron 2 of 6) 8502 NM_002686 5409 Hs.1892 NM_002686 ENSG00000141744 PNMT PENT|PNMTase phenylethanolamine N-methyltransferase protein-coding nan 2.972 1.286 26.434 0.412 1.139 0.752 2.412 5.543 0.670 0.463 0.379 10.666 0.606 2.518 0.518 0.476 0.098 0.868 0.489 0.163 0.106 1.217 0.548 1.475 0.199 0.121 0.146 0.389 0.475 2.403 5.934 7.881 8.681 1.043 0.108 0.146 0.116 0.090 0.207 0.382 0.238 0.027 0.048 0.348 0.581 1.757 0.214 1.140 0.086 0.049 1.175 0.518 3.285 0.042 1.475 0.574 2.504 0.295 0.273 0.973 0.132 1.155 0.798 0.080 0.026 0.030 1.573 2.779 0.231 0.626 nan 0.975 0.820 0.541 1.341 1.482 0.265 0.651 4.439 4.788 nan 3.212 0.903 1.335 0.482 0.443 1.587 5.574 1.064 0.648 6930 chr20 31587158 31605383 + 0 NA intron (NM_025227, intron 1 of 15) intron (NM_025227, intron 1 of 15) 886 NM_025227 80341 Hs.257045 NM_025227 ENSG00000078898 BPIFB2 BPIL1|C20orf184|LPLUNC2|RYSR|dJ726C3.2 BPI fold containing family B member 2 protein-coding 0.770 1.082 0.491 0.091 0.194 0.027 0.035 0.080 0.245 0.016 0.081 0.087 0.003 0.606 0.088 0.109 0.090 0.080 0.093 0.031 0.048 0.069 0.068 0.066 0.038 0.015 0.057 0.087 0.006 1.055 6.284 0.185 0.375 0.064 0.081 0.011 0.060 0.123 0.013 0.030 0.141 0.036 0.017 0.024 0.063 0.049 0.325 0.138 0.071 0.021 0.223 0.109 0.066 0.041 0.066 0.056 0.032 0.042 0.126 0.044 0.056 0.029 0.103 0.042 0.039 0.014 0.438 0.341 0.214 0.181 0.244 nan 0.368 0.176 0.233 0.218 0.263 0.472 0.307 0.377 0.780 0.435 0.332 0.250 0.092 0.131 0.335 nan 0.182 0.209 3488 chr14 35999926 36025879 + 0 NA intron (NM_194301, intron 39 of 39) AluSz6|SINE|Alu 9654 NM_032594 84684 Hs.62813 NM_032594 ENSG00000168348 INSM2 IA-6|IA6|mlt1 INSM transcriptional repressor 2 protein-coding 1.564 1.084 1.023 0.130 0.338 0.185 0.116 0.229 0.628 0.015 0.057 0.071 0.055 0.189 0.157 1.313 0.155 0.155 0.168 0.059 0.031 0.032 0.133 0.149 0.310 0.032 0.036 0.016 0.199 0.049 1.429 1.900 0.174 0.960 0.045 0.050 0.147 0.096 0.131 0.009 0.565 0.121 0.070 0.085 0.101 0.044 0.134 0.069 0.085 0.158 0.061 0.111 1.313 0.102 0.134 0.310 0.047 0.062 0.105 0.228 0.340 0.044 0.107 0.191 0.064 0.133 0.114 0.369 0.300 0.131 0.206 0.608 0.668 3.210 1.193 0.267 0.219 1.285 1.692 0.861 0.821 1.187 0.876 0.327 0.697 0.382 0.303 1.765 3.496 0.592 0.457 4665 chr17 27042771 27057810 + 0 NA promoter-TSS (NR_000014) promoter-TSS (NR_000014) -157 NR_000014 26809 NR_000014 ENSG00000238649 SNORD42A RNU42A|U42|U42A small nucleolar RNA, C/D box 42A snoRNA nan nan nan 4.128 2.222 4.344 4.881 2.582 5.843 2.513 6.656 1.658 1.893 1.524 3.133 2.479 2.825 0.556 6.377 2.369 5.643 1.954 0.906 0.488 2.761 3.214 3.737 3.298 5.318 2.748 9.446 12.700 5.706 9.146 2.716 7.566 0.778 5.823 0.180 3.236 2.459 11.025 7.845 3.614 4.342 2.435 5.425 5.044 7.395 4.183 2.843 4.202 2.479 8.500 4.839 2.761 3.799 3.167 1.147 9.619 2.479 4.382 3.310 4.378 2.351 3.259 2.000 5.957 6.665 4.731 7.833 3.914 3.576 6.273 2.222 8.183 8.735 2.414 3.719 10.508 12.661 9.391 10.908 3.705 6.279 3.640 3.961 6.071 nan 2.913 1.346 2935 chr12 109107355 109133323 + 0 NA intron (NM_014325, intron 1 of 10) FLAM_C|SINE|Alu 4280 NM_001276471 23603 Hs.330384 NM_014325 ENSG00000110880 CORO1C HCRNN4 coronin 1C protein-coding 1.679 1.388 nan 3.307 0.796 1.217 2.356 0.600 1.090 0.370 1.221 1.141 2.002 0.343 1.619 0.891 1.255 0.198 1.309 0.445 1.031 0.401 0.635 0.419 0.910 2.278 2.223 0.818 1.617 0.944 0.667 1.182 0.592 3.107 0.858 1.292 0.344 0.810 0.124 0.680 0.539 1.813 1.356 0.668 1.436 0.967 1.206 3.211 2.074 1.684 1.184 1.051 0.891 2.343 1.501 0.910 0.750 0.270 0.470 1.260 0.708 0.951 0.655 0.465 0.946 0.925 0.541 1.296 1.779 1.420 2.212 2.006 1.573 2.016 0.827 2.356 2.362 1.525 1.947 1.147 1.762 1.687 1.515 0.653 1.429 1.514 1.727 1.286 1.766 1.552 0.926 6949 chr20 34202457 34208448 + 0 NA exon (NM_003116, exon 3 of 12) exon (NM_003116, exon 3 of 12) 1646 NM_001317931 6676 Hs.123159 NM_003116 ENSG00000061656 SPAG4 CT127|SUN4 sperm associated antigen 4 protein-coding 3.445 4.221 2.280 5.649 2.312 1.256 2.015 0.963 1.774 2.851 3.605 2.707 0.188 1.054 1.982 0.816 1.058 0.419 5.006 1.392 4.338 4.235 0.790 0.371 0.938 0.950 1.025 1.514 2.198 1.117 3.160 nan 3.302 8.595 2.805 2.073 0.457 2.860 0.138 1.614 0.817 7.047 2.166 1.036 3.319 1.659 2.662 2.028 3.685 6.872 2.373 1.961 0.816 5.632 5.076 0.938 1.201 0.887 0.786 12.152 2.117 1.996 1.569 0.411 4.708 1.298 0.688 3.288 6.673 1.553 2.520 2.534 nan 8.352 5.241 4.645 4.643 1.971 3.032 2.381 4.663 3.136 3.308 1.300 2.680 3.733 3.321 1.668 nan 1.401 0.719 4270 chr16 19077206 19081955 + 0 NA promoter-TSS (NR_119382) promoter-TSS (NR_119382) 341 NM_001190983 10229 Hs.157113 NM_016138 ENSG00000167186 COQ7 CAT5|CLK-1|CLK1|COQ10D8 coenzyme Q7, hydroxylase protein-coding 3.464 2.743 nan 3.076 4.446 1.995 1.228 2.096 3.790 1.146 2.712 1.107 0.876 1.406 1.841 2.358 0.965 0.177 1.401 0.679 1.289 1.578 1.635 0.568 2.834 1.722 2.417 1.173 1.785 0.509 3.761 5.610 1.612 7.583 1.106 1.775 0.642 1.432 0.137 0.750 1.342 2.075 1.550 0.723 0.917 1.580 1.954 1.367 1.988 1.552 2.895 2.212 2.358 3.736 2.243 2.834 0.773 1.578 1.049 1.949 0.980 1.565 1.180 1.375 1.024 1.225 0.810 2.463 2.924 2.054 3.377 4.307 3.254 8.900 7.167 9.559 9.965 2.449 3.055 14.177 17.936 nan 3.570 2.656 2.993 6.937 5.828 3.854 3.275 3.441 1.893 5078 chr17 79472847 79497038 + 0 NA Intergenic Intergenic -5117 NM_001199954 71 Hs.514581 NM_001614 ENSG00000184009 ACTG1 ACT|ACTG|DFNA20|DFNA26|HEL-176 actin gamma 1 protein-coding 2.438 3.617 3.585 2.768 3.864 3.249 2.321 2.970 5.122 0.947 4.068 1.224 1.448 2.202 3.470 4.177 1.155 0.381 3.870 1.145 5.550 0.572 2.277 1.106 3.230 2.091 2.777 1.351 2.944 1.275 4.643 5.515 3.328 8.873 1.902 1.837 1.036 2.728 0.123 1.201 0.774 5.018 1.371 0.780 2.280 1.240 2.123 3.173 4.681 3.567 1.526 2.308 4.177 5.061 1.988 3.230 1.624 2.183 0.777 5.111 2.621 1.347 1.336 0.750 2.793 1.461 0.884 2.483 4.475 1.402 2.544 5.292 4.559 4.729 1.234 8.070 7.926 nan 1.546 6.314 5.543 2.979 2.490 1.994 5.397 3.398 1.827 0.784 1.683 nan 1.264 11887 chrGL000212.1 39878 43166 + 0 NA NA NA NA NA 1706 chr10 126824264 126852263 + 0 NA intron (NM_001290214, intron 1 of 10) intron (NM_001290214, intron 1 of 10) 9424 NM_001290215 1488 Hs.501345 NM_001329 ENSG00000175029 CTBP2 - C-terminal binding protein 2 protein-coding nan 2.401 1.695 1.702 2.066 1.764 3.224 0.805 1.608 0.830 2.469 1.136 0.643 2.081 2.030 0.634 0.134 0.052 2.539 0.603 1.066 1.289 0.874 0.336 1.698 1.474 1.665 0.984 2.872 0.934 4.425 6.801 2.142 7.197 0.418 1.927 0.282 0.900 0.076 0.598 0.733 2.645 1.307 0.612 1.956 1.046 1.267 1.028 2.680 1.224 1.601 2.332 0.634 4.348 3.005 1.698 1.863 0.798 0.315 1.600 1.582 1.280 1.674 0.671 0.979 0.298 0.173 1.969 2.550 1.560 3.143 1.203 1.043 1.932 0.640 1.907 1.881 0.746 1.225 4.572 6.107 1.024 1.034 1.230 2.881 1.108 1.360 1.734 1.684 1.682 0.867 9322 chr5 169008981 169015301 + 0 NA intron (NM_001329640, intron 1 of 10) L2c|LINE|L2 1057 NM_001329640 54908 Hs.368710 NM_017785 ENSG00000040275 SPDL1 CCDC99 spindle apparatus coiled-coil protein 1 protein-coding nan 1.251 2.146 1.292 0.669 0.651 2.328 0.429 0.665 0.920 1.611 2.068 0.599 0.110 1.205 0.573 1.269 0.102 1.052 0.482 1.290 0.394 0.515 0.357 1.061 2.959 2.764 0.669 1.733 0.852 1.022 1.669 0.829 3.828 0.391 1.517 0.319 1.199 0.107 1.591 0.589 2.766 2.539 1.171 1.474 0.627 1.785 11.147 1.267 2.433 1.170 1.293 0.573 1.031 2.049 1.061 1.027 0.632 0.246 1.517 0.456 1.328 0.516 1.427 1.591 1.759 1.350 1.401 1.450 3.143 3.752 3.171 2.841 2.348 0.792 2.136 2.024 2.004 2.602 1.968 2.753 4.036 4.300 1.077 1.876 2.335 2.770 2.680 3.415 1.266 0.628 6282 chr2 102128753 102139003 + 0 NA Intergenic Intergenic -42713 NM_001145664 731220 Hs.662488 NM_207403 ENSG00000196460 RFX8 - RFX family member 8, lacking RFX DNA binding domain protein-coding 0.757 nan 0.729 1.881 0.034 0.016 6.257 0.140 0.173 0.122 1.859 4.372 0.036 0.044 0.177 0.181 0.175 2.891 1.888 0.665 0.021 0.031 0.063 0.058 3.251 3.045 0.072 2.797 1.914 1.550 4.453 0.694 0.464 2.587 0.129 0.009 0.052 0.079 5.371 0.062 3.035 1.253 0.648 3.542 1.830 2.490 12.071 0.778 1.293 0.233 2.660 0.177 0.765 1.719 0.058 1.275 1.252 0.084 0.170 0.043 1.513 0.097 0.108 5.661 0.815 1.201 0.253 0.168 0.249 0.367 0.544 0.581 0.127 0.059 0.414 0.383 0.322 0.502 0.591 0.483 0.408 0.208 0.203 0.294 0.053 0.070 0.252 0.461 0.276 0.297 11492 chr9 22142025 22171884 + 0 NA Intergenic Intergenic -147642 NM_078487 1030 Hs.72901 NM_004936 ENSG00000147883 CDKN2B CDK4I|INK4B|MTS2|P15|TP15|p15INK4b cyclin dependent kinase inhibitor 2B protein-coding 0.678 nan nan 0.377 0.100 0.033 0.992 0.160 0.246 0.006 0.015 1.001 0.010 0.027 0.068 0.248 1.019 0.091 0.597 0.475 0.074 0.037 0.127 0.108 0.056 0.002 0.067 0.404 0.328 2.458 2.576 0.333 0.567 0.702 0.022 0.070 0.098 0.004 0.051 0.114 0.176 0.105 0.282 0.163 0.775 0.010 0.930 0.358 0.149 0.237 0.248 0.128 0.022 0.056 0.843 0.003 0.020 0.127 0.078 0.163 0.056 0.109 0.811 0.004 0.002 0.200 0.139 0.384 0.893 0.286 0.415 0.269 0.145 0.122 0.146 0.530 0.784 0.147 0.207 0.490 0.215 0.184 0.298 0.129 0.210 0.303 0.598 1.238 0.979 8477 chr4 91047418 91068584 + 0 NA intron (NM_001145065, intron 1 of 10) intron (NM_001145065, intron 1 of 10) 9317 NM_001145065 401145 Hs.654735 NM_207491 ENSG00000184305 CCSER1 FAM190A coiled-coil serine rich protein 1 protein-coding 0.952 1.240 1.319 0.583 0.566 0.180 0.251 0.796 1.875 0.208 0.139 0.304 0.244 0.161 0.765 0.097 0.067 0.093 0.455 0.131 0.059 0.118 0.572 0.389 0.141 0.026 0.031 0.097 0.575 0.159 0.596 0.885 0.444 2.015 0.304 0.096 0.432 0.031 0.100 0.090 0.405 0.509 0.080 0.063 0.318 0.143 0.251 0.180 0.104 0.093 0.256 0.061 0.097 0.512 0.070 0.141 0.197 0.612 0.057 0.332 0.168 0.019 1.311 0.390 0.011 0.008 0.009 5.316 5.399 6.008 4.618 1.012 0.894 0.090 0.029 7.758 7.921 2.397 2.913 0.694 1.193 2.130 2.042 1.796 3.240 1.898 2.704 1.132 1.681 0.322 0.338 8359 chr4 48776493 48782346 + 0 NA intron (NM_015030, intron 1 of 63) intron (NM_015030, intron 1 of 63) 2897 NM_015030 285527 Hs.595553 NM_015030 ENSG00000075539 FRYL AF4p12|KIAA0826|MOR2 FRY like transcription coactivator protein-coding 3.421 nan nan 2.824 4.240 1.702 2.957 1.371 2.821 0.711 2.684 1.719 2.873 0.872 4.864 1.653 2.833 0.274 4.115 1.052 0.956 1.155 2.693 1.336 2.638 1.242 1.334 1.789 2.928 1.485 2.785 3.260 2.109 4.515 1.638 0.865 0.671 1.747 0.103 1.249 6.530 2.582 2.518 1.040 1.244 1.409 1.592 3.942 1.252 6.128 1.481 1.241 1.653 4.579 3.062 2.638 1.178 2.177 0.482 2.204 0.795 1.517 1.933 2.845 1.421 1.384 0.613 4.675 5.023 5.093 6.752 3.919 3.480 4.322 1.314 4.990 4.671 3.203 4.182 2.325 3.865 5.620 6.198 2.520 5.859 1.425 1.622 5.234 6.997 1.750 0.905 5658 chr19 39460905 39469763 + 0 NA intron (NR_104026, intron 1 of 5) HAL1|LINE|L1 1119 NM_024907 115290 Hs.531770 NM_024907 ENSG00000269190 FBXO17 FBG4|FBX26|FBXO26|Fbx17 F-box protein 17 protein-coding 1.218 0.900 1.132 3.555 0.139 0.029 0.612 0.072 0.216 1.534 2.689 1.632 0.293 0.024 0.049 0.123 0.051 0.236 1.240 0.967 0.084 1.454 0.141 0.113 0.054 0.171 0.097 2.258 0.714 0.648 0.363 0.667 0.214 0.564 0.646 1.088 0.011 3.727 0.185 0.974 0.033 3.104 3.994 2.010 0.037 0.206 0.163 1.049 6.369 7.868 0.863 0.565 0.123 1.226 2.056 0.054 0.028 0.329 0.142 3.034 0.046 0.621 1.418 1.670 0.025 1.125 0.557 0.886 1.025 0.257 0.336 0.286 0.227 1.090 0.344 0.330 0.241 0.754 1.395 1.559 2.493 nan 0.457 1.281 2.418 0.066 0.145 2.763 4.644 0.295 0.355 9979 chr6 143159475 143176938 + 0 NA intron (NM_006734, intron 1 of 9) intron (NM_006734, intron 1 of 9) 98132 NM_006734 3097 Hs.510172 NM_006734 ENSG00000010818 HIVEP2 HIV-EP2|MBP-2|MIBP1|MRD43|SHN2|ZAS2|ZNF40B human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 2 protein-coding nan 1.331 nan 1.005 0.246 0.647 1.231 0.101 0.211 1.002 0.724 2.129 1.899 0.588 0.113 0.762 1.036 0.055 1.411 0.952 0.977 0.795 0.089 0.091 0.322 1.101 0.788 0.068 1.400 0.614 3.006 5.159 2.263 1.513 0.436 0.228 0.005 0.709 0.149 0.670 0.095 0.479 0.426 0.246 1.749 1.397 1.528 2.110 0.429 1.496 0.756 0.595 0.762 1.894 1.369 0.322 0.524 0.695 0.123 0.230 0.222 0.670 0.505 0.128 0.522 1.929 2.563 1.100 1.306 1.746 6.159 0.560 0.704 0.232 0.162 0.409 0.429 0.532 0.981 0.419 0.406 0.783 0.456 0.681 1.253 0.105 0.097 0.355 0.952 0.192 0.167 7719 chr3 106924021 106961776 + 0 NA intron (NR_028303, intron 1 of 3) intron (NR_028303, intron 1 of 3) 16587 NR_028303 100302640 Hs.648607 NR_028303 ENSG00000242759 LINC00882 - long intergenic non-protein coding RNA 882 ncRNA nan nan 1.012 0.207 0.107 0.041 0.237 0.187 0.348 0.116 0.532 1.086 0.683 0.086 0.064 0.142 2.330 0.204 0.252 0.101 3.728 0.018 0.112 0.155 0.168 0.151 0.067 1.275 0.174 0.246 0.095 0.243 0.076 0.421 0.151 0.441 0.023 0.078 0.073 0.122 0.077 1.917 0.627 0.456 0.176 0.051 0.938 1.399 0.185 0.164 0.181 0.152 0.142 0.189 0.162 0.168 0.075 0.108 0.134 1.111 0.159 1.174 0.038 0.148 0.853 0.479 0.488 0.329 0.264 0.537 2.376 0.402 0.388 0.345 0.179 0.477 0.471 0.852 1.327 0.248 0.247 0.908 0.505 0.122 0.226 0.064 0.075 0.416 0.761 0.496 0.490 1147 chr1 223882523 223937882 + 0 NA intron (NM_001748, intron 2 of 20) AluJo|SINE|Alu 10083 NM_001748 824 Hs.350899 NM_001748 ENSG00000162909 CAPN2 CANP2|CANPL2|CANPml|mCANP calpain 2 protein-coding 1.304 nan 1.233 2.235 1.181 0.678 4.155 0.375 0.734 1.162 2.183 2.551 1.735 0.298 0.418 1.179 0.730 0.214 2.339 1.167 1.115 0.135 1.174 0.434 0.813 3.952 4.165 0.542 3.476 2.144 3.924 9.474 3.023 4.960 1.616 3.141 0.117 0.319 0.124 1.398 0.121 4.280 1.906 0.834 3.885 2.375 2.359 6.185 2.932 1.496 1.250 1.815 1.179 2.520 3.521 0.813 1.218 3.188 0.183 0.935 0.428 2.574 0.061 0.252 2.261 2.176 1.827 0.679 0.830 2.879 4.127 1.017 nan 1.608 0.454 0.948 1.090 0.731 1.162 1.647 2.329 0.580 0.444 0.286 0.332 0.768 0.733 0.528 0.897 2.301 1.029 7173 chr21 33554478 33571593 + 0 NA Intergenic Intergenic 88341 NM_018944 54069 Hs.190518 NM_018944 ENSG00000159055 MIS18A B28|C21orf45|C21orf46|FASP1|MIS18alpha|hMis18alpha MIS18 kinetochore protein A protein-coding 1.264 0.793 4.587 0.048 0.199 0.049 0.054 0.047 0.264 0.013 0.041 0.065 0.007 0.018 0.093 0.554 0.060 0.053 0.050 0.011 0.022 0.024 0.064 0.062 0.409 0.024 0.025 0.017 0.039 0.066 0.126 0.024 0.663 0.042 0.318 0.013 0.086 0.167 0.081 0.021 0.027 0.013 0.022 0.037 0.121 0.049 0.061 0.023 0.055 0.554 0.048 0.048 0.409 0.007 0.019 0.261 0.034 0.024 0.037 0.047 0.744 0.022 0.010 0.015 0.766 0.969 0.191 0.280 0.496 0.544 2.214 0.305 0.255 0.217 1.062 1.568 0.500 0.801 5.915 7.301 0.181 0.244 1.398 1.293 1.347 2.589 nan 0.665 8121 chr3 186463046 186478500 + 0 NA Intergenic Intergenic -30588 NM_001967 1974 Hs.518475 NM_001967 ENSG00000156976 EIF4A2 BM-010|DDX2B|EIF4A|EIF4F|eIF-4A-II|eIF4A-II eukaryotic translation initiation factor 4A2 protein-coding 0.820 0.912 0.600 2.532 0.210 0.198 2.472 0.223 0.496 0.264 0.192 0.190 0.034 0.025 0.091 0.341 0.121 0.094 1.566 0.786 0.041 0.045 0.152 0.143 0.054 1.530 0.904 0.099 1.707 0.919 0.898 2.358 0.890 0.892 0.641 0.153 0.019 0.064 0.074 0.305 0.087 0.233 0.605 0.435 0.924 1.125 0.867 0.186 2.919 0.333 0.339 1.502 0.341 2.689 1.049 0.054 0.692 0.534 0.025 0.086 0.046 0.438 0.064 0.109 0.237 0.045 0.023 0.351 0.351 0.314 0.614 0.490 0.468 0.443 0.172 0.357 0.379 0.194 0.306 0.448 0.516 0.607 0.284 0.287 0.309 0.085 0.085 0.232 0.432 0.306 0.417 9866 chr6 118683465 118705965 + 0 NA Intergenic Intergenic -127821 NR_002730 23629 Hs.648050 NR_002730 BRD7P3 BP75 bromodomain containing 7 pseudogene 3 pseudo nan 1.897 nan 0.119 2.719 6.304 0.116 0.313 0.544 0.008 0.066 0.132 0.019 0.416 1.812 1.350 0.341 0.135 0.105 0.017 0.017 0.024 1.518 0.599 0.292 0.055 0.012 0.061 0.014 0.064 0.291 0.075 7.338 0.026 0.052 0.294 0.045 0.111 0.016 0.038 0.049 0.027 0.042 0.025 0.041 0.096 0.089 0.022 0.066 0.007 0.033 1.350 0.060 0.052 0.292 0.033 0.029 0.064 0.041 1.066 0.117 0.026 0.093 0.013 0.028 0.009 0.470 0.282 0.248 0.254 3.342 nan nan 0.297 0.311 0.267 0.327 nan 3.751 3.953 0.962 0.914 0.154 0.177 1.352 1.754 0.154 nan 2.171 1.008 4870 chr17 55082224 55132863 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -15296 NR_002818 376412 Hs.132299 NR_002818 ENSG00000261192 RNF126P1 - ring finger protein 126 pseudogene 1 pseudo 0.912 1.588 0.880 0.109 0.663 1.846 1.063 0.706 1.279 0.214 0.103 0.138 0.415 0.016 2.337 0.993 0.190 0.121 0.415 0.198 0.038 0.041 0.206 0.192 1.698 0.373 0.146 0.038 0.645 0.290 1.173 5.815 1.172 4.921 0.248 0.098 0.079 0.058 0.117 0.065 0.903 0.164 0.030 0.026 0.359 0.407 0.468 0.170 0.254 0.094 0.649 1.113 0.993 0.557 0.018 1.698 0.164 0.514 0.075 0.319 0.044 0.218 0.107 0.105 0.045 0.026 0.014 0.505 0.470 0.257 0.657 0.941 0.986 1.176 0.325 nan 0.483 0.359 0.573 nan nan 1.223 1.016 0.221 0.384 0.361 0.356 0.308 0.515 0.875 0.544 3902 chr15 36783567 36845598 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR -57222 NM_001321756 84529 Hs.48348 NM_032499 ENSG00000186073 C15orf41 HH114 chromosome 15 open reading frame 41 protein-coding 0.800 nan nan 0.054 0.088 0.019 0.212 0.223 0.318 0.063 0.096 0.492 0.168 0.057 0.067 0.252 0.570 0.090 0.131 0.073 0.031 0.038 0.288 0.234 0.071 0.048 0.009 0.007 0.054 0.012 0.082 0.117 0.102 0.243 0.045 0.944 0.292 4.765 0.163 0.019 0.081 0.033 0.016 0.014 0.070 0.032 0.134 0.115 0.104 0.045 0.405 0.073 0.252 0.046 0.050 0.071 0.457 0.116 0.030 0.047 0.016 0.092 0.521 0.121 0.054 0.013 0.014 0.601 0.527 0.191 0.326 0.245 0.311 0.949 0.550 0.127 0.128 0.686 0.779 0.192 0.221 0.594 0.230 0.419 0.767 0.844 1.041 0.403 0.650 0.558 0.521 11153 chr8 100786967 100817518 + 0 NA intron (NM_152564, intron 43 of 61) intron (NM_152564, intron 43 of 61) 104000 NM_004374 1345 Hs.351875 NM_004374 ENSG00000164919 COX6C - cytochrome c oxidase subunit 6C protein-coding 1.825 nan nan 0.062 0.792 5.106 0.114 0.231 0.410 0.284 0.276 0.142 0.035 0.072 0.383 0.239 1.280 0.244 0.114 0.031 0.080 0.330 0.119 0.075 0.365 0.046 0.024 0.024 0.107 0.035 0.089 0.134 0.132 5.115 0.048 0.105 0.206 0.036 0.093 0.019 0.105 0.066 0.033 0.018 0.031 0.025 0.155 0.131 0.067 0.068 0.023 0.120 0.239 0.091 0.109 0.365 0.024 0.103 0.073 0.050 0.395 0.072 0.107 0.271 0.025 0.023 0.012 0.437 0.372 0.848 1.439 1.594 1.612 nan 0.232 0.593 0.614 1.964 nan 2.344 nan nan 0.441 0.293 0.382 0.692 0.937 0.511 nan 1.101 0.652 7425 chr22 39317935 39324834 + 0 NA Intergenic Charlie25|DNA|hAT-Charlie -32143 NM_145699 200315 Hs.226307 NM_145699 ENSG00000128383 APOBEC3A A3A|ARP3|PHRBN|bK150C2.1 apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3A protein-coding 1.615 nan 1.068 2.877 1.197 2.118 1.139 1.255 3.134 0.138 0.441 0.992 1.408 1.527 3.308 2.599 0.240 0.255 1.605 0.685 0.767 0.041 0.385 0.213 6.164 0.625 0.377 0.332 3.078 1.362 1.763 3.113 2.728 3.964 0.788 1.498 1.862 0.567 0.187 0.977 0.103 0.378 0.140 0.147 0.349 1.505 2.815 0.710 1.830 0.730 1.904 0.549 2.599 2.525 2.789 6.164 0.478 1.533 0.490 1.288 0.771 1.700 0.403 0.129 1.140 1.025 1.064 0.313 0.630 1.646 3.813 4.098 4.638 3.930 3.600 0.114 0.126 1.189 nan 3.267 5.765 nan 1.905 0.392 0.694 5.200 5.891 0.465 1.745 1.379 0.557 4675 chr17 27618206 27622479 + 0 NA intron (NM_020772, intron 1 of 3) CpG 824 NM_020772 57532 Hs.462598 NM_020772 ENSG00000108256 NUFIP2 182-FIP|82-FIP|FIP-82|PIG1 NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 protein-coding nan 6.077 4.867 6.685 4.581 5.872 4.322 6.128 11.800 2.828 8.028 2.058 2.873 2.058 7.835 6.729 5.262 0.226 9.891 2.151 2.461 5.067 2.490 1.393 8.797 3.573 4.707 2.828 6.393 1.773 11.973 13.969 10.725 17.296 2.403 5.977 3.098 9.529 0.272 3.396 5.756 10.018 12.183 5.462 3.291 3.022 6.390 10.397 7.372 4.092 4.292 5.244 6.729 10.306 3.413 8.797 3.060 4.365 1.507 8.467 3.262 4.129 5.347 4.742 2.861 4.434 2.936 6.906 9.301 8.993 10.784 11.393 10.411 9.029 3.331 15.038 16.055 4.721 5.611 10.868 14.336 19.411 19.791 7.922 13.833 10.533 10.735 7.505 nan 4.583 2.641 7181 chr21 34771974 34801077 + 0 NA intron (NM_001329128, intron 2 of 7) MER5A1|DNA|hAT-Charlie 11323 NM_001329128 3460 Hs.634632 NM_005534 ENSG00000159128 IFNGR2 AF-1|IFGR2|IFNGT1|IMD28 interferon gamma receptor 2 protein-coding 1.262 0.826 1.809 0.554 0.604 0.193 0.523 0.623 1.159 0.513 0.594 0.633 0.812 0.741 1.832 0.681 0.877 0.254 0.779 0.235 0.504 0.595 0.318 0.133 0.918 0.652 0.473 0.571 0.599 0.207 0.999 2.439 0.691 1.558 0.175 0.636 0.111 0.758 0.110 0.147 0.303 1.907 0.499 0.295 0.424 0.182 0.648 0.363 1.494 2.182 0.446 0.739 0.681 0.750 1.125 0.918 0.370 0.777 0.171 2.493 0.443 0.560 0.763 0.331 0.211 0.465 0.276 0.910 1.207 1.065 1.597 1.220 1.254 0.625 0.224 1.027 0.992 0.736 1.131 3.457 4.747 1.131 1.082 0.905 1.539 0.555 0.576 0.826 1.215 nan 0.679 7383 chr22 31217663 31229728 + 0 NA intron (NM_001282741, intron 1 of 12) intron (NM_001282741, intron 1 of 12) 5192 NM_001282741 23762 Hs.517546 NM_030758 ENSG00000184792 OSBP2 HLM|ORP-4|ORP4|OSBPL1|OSBPL4 oxysterol binding protein 2 protein-coding nan 0.469 0.467 0.237 0.192 0.028 0.282 0.116 0.241 1.292 0.433 0.090 0.031 0.041 0.052 0.128 0.087 0.093 0.306 0.439 1.552 0.130 0.041 0.243 0.329 0.110 0.036 0.195 0.123 0.100 nan 0.106 0.262 0.024 0.129 0.039 0.063 0.099 0.108 0.020 1.163 0.761 0.291 0.580 0.069 0.986 0.099 1.646 0.053 0.249 1.077 0.128 0.213 0.016 0.243 1.581 3.618 0.017 0.157 0.042 0.973 0.073 0.041 0.137 0.286 0.130 0.310 0.325 0.229 nan 0.499 0.522 0.747 0.393 0.264 0.304 0.463 nan 0.302 0.338 0.504 0.382 0.770 0.695 0.114 0.138 0.280 nan 0.301 0.305 1139 chr1 221608718 221615214 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -102328 NR_024236 400804 Hs.722626 NR_024236 ENSG00000234754 C1orf140 - uncharacterized LOC400804 ncRNA 1.410 nan 1.249 0.856 0.175 0.109 4.162 0.395 0.361 0.546 2.243 2.485 0.019 0.041 0.805 0.138 0.199 2.185 2.316 1.574 0.150 0.269 0.316 2.150 0.909 0.419 1.626 3.570 0.353 0.617 0.087 0.863 1.508 2.565 0.014 0.016 0.165 1.377 0.049 5.481 9.134 2.809 5.160 1.456 0.593 5.653 0.201 2.087 0.989 0.686 0.805 1.456 2.153 0.316 0.766 0.467 0.089 2.121 0.435 2.056 0.031 0.156 2.636 1.897 1.837 0.468 0.287 1.944 9.897 0.615 nan 0.431 0.130 0.499 0.522 2.128 2.467 0.347 0.500 0.627 0.324 0.099 0.142 0.109 0.207 0.454 1.035 0.791 0.604 1319 chr10 11044191 11079357 + 0 NA intron (NM_001326345, intron 1 of 13) intron (NM_001326345, intron 1 of 13) 1055 NM_001326345 10659 Hs.309288 NM_006561 ENSG00000048740 CELF2 BRUNOL3|CELF-2|CUG-BP2|CUGBP2|ETR-3|ETR3|NAPOR CUGBP Elav-like family member 2 protein-coding nan 0.874 0.470 0.045 0.069 0.172 0.177 0.252 0.403 0.016 0.040 0.060 0.021 0.006 0.215 0.377 0.164 0.119 0.352 0.140 0.108 0.004 0.322 0.158 0.047 0.004 0.008 0.015 0.598 0.138 0.264 0.500 0.275 1.179 0.063 0.042 0.011 2.756 0.113 0.316 0.249 0.058 0.024 0.013 0.308 0.024 0.036 0.071 0.067 0.053 0.554 0.028 0.377 0.355 0.316 0.047 0.073 0.044 0.011 0.091 0.014 0.087 1.415 0.021 0.043 0.064 0.081 2.212 2.493 2.898 2.510 0.790 0.798 3.947 0.856 0.652 0.642 0.582 0.783 0.121 0.119 0.294 0.355 0.904 2.013 0.092 0.052 0.143 0.151 0.087 0.167 1826 chr11 16990618 17011794 + 0 NA intron (NM_175058, intron 3 of 22) intron (NM_175058, intron 3 of 22) 34757 NM_001329630 144100 Hs.12332 NM_175058 ENSG00000166689 PLEKHA7 - pleckstrin homology domain containing A7 protein-coding 1.169 nan 1.310 1.902 0.821 0.607 0.454 0.206 0.557 0.084 0.065 0.087 0.166 0.098 1.088 0.526 0.085 0.107 0.390 0.125 0.032 0.013 0.173 0.155 0.668 0.164 0.051 0.042 0.080 0.095 1.030 3.428 0.740 1.027 0.428 0.070 0.068 0.075 0.073 0.016 0.250 0.116 0.023 0.175 0.477 1.305 0.155 0.291 0.059 0.360 0.503 0.526 0.602 0.056 0.668 0.357 1.682 0.028 0.077 0.010 0.075 0.830 0.583 0.108 0.465 0.368 nan 2.291 3.162 8.159 0.909 0.971 0.761 0.385 0.854 0.888 0.546 nan 1.735 1.635 0.431 0.317 1.188 2.030 0.303 0.363 0.880 2.624 1.009 nan 9698 chr6 49877253 49883543 + 0 NA Intergenic Intergenic -35589 NM_001205220 167 Hs.109620 NM_001131 ENSG00000124812 CRISP1 AEGL1|ARP|CRISP-1|HEL-S-57|HSCRISP1D|HSCRISP1G|HUMARP cysteine rich secretory protein 1 protein-coding 0.775 1.236 1.937 0.069 0.668 0.312 0.102 0.878 1.601 0.061 0.098 0.030 0.037 1.164 1.380 0.181 0.127 0.136 0.031 0.021 0.022 0.153 0.104 0.800 0.066 0.038 0.109 0.113 2.532 0.046 0.079 0.074 0.066 0.120 0.067 0.151 0.087 0.019 0.018 0.076 0.094 0.039 0.114 0.250 0.011 1.380 0.068 0.015 0.800 0.027 0.179 0.028 0.695 0.025 1.030 0.275 0.009 0.025 2.728 1.822 7.099 2.791 0.490 0.647 0.219 0.124 2.042 2.177 0.268 0.354 2.853 nan 0.213 0.124 1.405 2.299 0.286 0.251 0.462 1.454 0.357 0.537 9062 chr5 91967808 91981356 + 0 NA Intergenic Intergenic 932467 NR_109825 441094 Hs.457407 NR_015369 ENSG00000237187 NR2F1-AS1 - NR2F1 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.059 1.011 0.249 0.421 0.079 0.298 0.342 0.738 0.007 0.174 0.511 0.141 0.134 0.332 2.835 0.306 0.094 0.171 0.056 3.679 0.255 0.761 0.466 0.006 0.573 0.291 0.258 0.326 0.195 0.513 1.360 0.829 1.276 0.237 0.702 1.461 0.088 0.134 0.130 0.177 0.054 0.058 0.046 0.299 0.141 0.117 0.095 1.323 0.274 0.597 0.277 2.835 0.111 1.585 0.006 0.298 0.103 0.895 1.898 0.093 0.037 0.009 0.056 0.013 0.007 0.209 0.154 0.286 0.438 0.587 0.634 6.248 1.940 0.160 0.127 0.567 0.780 0.527 0.666 0.434 0.219 0.099 0.167 5.178 5.962 0.312 nan 1.426 0.622 1747 chr11 1049450 1084879 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -7711 NM_002457 4583 Hs.315 NM_002457 MUC2 MLP|MUC-2|SMUC mucin 2, oligomeric mucus/gel-forming protein-coding 0.464 0.775 0.675 0.232 0.317 0.333 1.681 0.090 0.249 0.048 0.253 0.059 0.014 0.045 0.138 0.141 0.061 0.100 0.547 0.388 0.021 0.028 0.109 0.104 0.128 0.722 0.367 0.073 0.323 0.316 2.578 7.454 0.242 0.627 0.280 0.114 0.027 0.058 0.074 0.063 0.027 1.355 0.216 0.115 0.721 0.186 0.215 0.096 2.232 0.080 0.238 2.085 0.141 0.826 0.073 0.128 0.943 1.870 0.041 0.130 0.143 0.174 0.064 0.014 0.158 0.023 0.010 0.465 0.538 0.132 0.321 0.542 0.602 1.009 0.253 0.257 0.279 0.142 0.309 0.212 0.309 0.315 0.217 0.407 0.392 0.164 0.174 0.098 0.122 0.507 0.451 820 chr1 161194783 161198402 + 0 NA promoter-TSS (NR_049819) promoter-TSS (NR_049819) -384 NR_049819 100847090 NR_049819 ENSG00000284035 MIR5187 mir-5187 microRNA 5187 ncRNA 2.064 nan 2.016 0.973 1.084 0.962 2.317 0.333 1.019 0.432 0.688 1.931 0.052 7.416 2.021 2.758 1.055 0.057 1.997 0.822 13.198 0.805 1.474 0.589 1.883 1.239 1.061 0.797 0.978 0.933 2.176 4.759 3.265 3.215 1.291 4.275 0.423 0.691 0.128 2.512 0.630 2.427 3.096 1.450 1.904 0.614 0.845 0.889 1.126 1.536 2.693 1.835 2.758 0.839 4.526 1.883 1.589 0.724 0.660 7.891 1.638 2.179 1.292 1.368 1.160 0.780 0.475 1.914 1.824 3.579 3.836 2.644 nan 3.160 1.003 2.190 3.188 2.559 3.103 3.043 nan 4.026 3.068 3.374 4.357 2.245 1.757 3.745 5.283 2.082 1.089 6988 chr20 43311794 43335673 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -19752 NM_001323370 8839 Hs.592145 NM_003881 ENSG00000064205 WISP2 CCN5|CT58|CTGF-L WNT1 inducible signaling pathway protein 2 protein-coding nan nan 0.825 0.838 0.434 0.103 0.287 0.188 0.375 1.035 0.430 0.786 0.024 0.058 0.108 0.266 0.596 0.156 0.334 0.175 2.722 0.040 0.086 0.110 0.226 0.876 0.447 2.482 0.703 0.301 0.158 0.406 0.138 0.633 0.238 0.907 0.012 0.085 0.114 0.203 0.111 4.563 0.184 0.176 0.320 0.295 0.326 0.235 1.115 0.256 0.321 0.726 0.266 0.262 1.764 0.226 0.169 1.865 0.111 4.908 0.094 1.037 0.192 0.956 0.175 0.219 0.173 0.692 0.708 0.210 0.332 0.367 0.428 nan 0.223 0.530 0.524 0.628 0.972 0.485 0.625 nan 2.805 0.437 0.530 0.141 0.161 1.217 3.008 0.398 0.391 1799 chr11 12061184 12070646 + 0 NA intron (NR_135109, intron 1 of 1) intron (NR_135109, intron 1 of 1) 13493 NR_135109 105376554 Hs.523483 NR_135109 ENSG00000254486 LINC02547 - long intergenic non-protein coding RNA 2547 ncRNA 0.827 nan 1.607 1.919 0.292 0.229 4.601 0.135 0.267 0.091 1.087 1.080 0.170 0.074 0.112 0.285 0.959 0.118 1.215 0.948 0.376 0.044 0.016 0.157 0.341 2.628 2.130 1.360 2.521 2.851 1.983 3.766 2.264 1.055 0.917 0.923 0.051 0.081 0.060 1.815 0.083 2.756 2.684 1.330 2.133 1.016 0.417 5.162 0.656 0.986 1.008 0.578 0.285 1.701 5.142 0.341 0.233 0.269 0.072 0.633 0.107 1.510 0.136 0.124 3.372 2.102 1.685 nan 0.868 1.082 2.852 0.726 0.938 1.002 0.327 0.760 0.767 0.477 nan 0.621 0.470 0.602 0.542 0.566 0.665 0.243 0.391 0.261 0.463 0.833 nan 5698 chr19 42652711 42665240 + 0 NA Intergenic Intergenic -21310 NR_036208 100422980 NR_036208 ENSG00000266226 MIR4323 - microRNA 4323 ncRNA 1.669 1.398 1.284 0.081 1.601 0.503 0.106 1.123 2.150 0.015 0.123 0.110 0.005 0.048 0.447 5.847 0.049 0.038 0.127 0.076 0.050 0.011 0.220 0.129 2.295 0.060 0.023 0.082 0.070 0.016 0.090 nan 0.090 1.532 0.023 0.078 0.038 0.078 0.067 0.556 0.147 0.038 0.019 0.061 0.018 0.085 0.134 0.319 0.132 0.037 0.037 5.847 0.113 0.007 2.295 0.010 0.059 0.133 0.134 1.315 0.012 0.056 0.137 0.037 0.014 0.012 0.293 0.577 0.126 0.156 2.567 3.367 3.881 1.428 0.218 0.250 0.402 0.888 2.222 2.591 0.822 0.545 0.403 0.427 0.190 0.158 0.912 1.862 3.759 1.938 6666 chr2 221422018 221437291 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -658368 NR_036228 100422959 NR_036228 ENSG00000266518 MIR4268 - microRNA 4268 ncRNA nan 0.863 0.674 0.063 0.713 3.709 0.399 0.286 0.662 0.025 0.085 0.055 0.008 0.053 0.209 0.342 0.118 0.127 0.111 0.065 0.021 0.018 0.236 0.194 1.220 0.089 0.038 0.010 0.149 0.101 0.097 0.244 0.122 nan 0.085 0.159 0.069 0.021 0.147 0.137 0.052 0.121 0.039 0.015 0.076 0.079 0.120 0.127 0.109 0.051 0.011 0.118 0.342 0.051 0.087 1.220 0.064 0.098 0.080 0.050 0.127 0.057 0.299 0.108 0.085 0.026 0.007 0.517 0.358 0.324 0.430 0.493 0.551 2.071 0.535 0.336 0.397 0.692 0.928 0.977 nan 0.339 0.171 0.285 0.600 0.478 0.399 0.353 nan 0.552 0.380 3716 chr14 78487889 78507609 + 0 NA Intergenic Intergenic -138967 NM_001330195 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.226 0.831 0.775 0.058 0.124 0.316 0.029 0.333 0.677 0.010 0.071 0.043 0.031 0.036 0.713 0.958 0.097 0.181 0.022 0.041 0.007 0.340 0.236 0.323 0.021 0.032 0.030 0.097 0.016 0.061 0.264 0.155 1.720 0.037 0.061 0.551 0.038 0.098 0.012 0.419 0.084 0.043 0.032 0.017 0.050 0.112 0.143 0.069 0.097 0.032 0.088 0.958 0.025 0.029 0.323 0.044 0.047 0.178 0.076 0.021 0.061 0.020 0.100 0.061 0.012 0.010 0.336 0.161 0.306 0.274 0.582 0.677 1.665 0.707 0.207 0.190 0.279 0.519 0.516 nan 0.776 0.364 0.076 0.160 2.758 2.152 0.207 0.313 4.141 nan 5579 chr19 18383672 18417356 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu 7627 NR_036155 100422833 NR_036155 ENSG00000267959 MIR3188 mir-3188 microRNA 3188 ncRNA 3.159 1.892 3.100 1.447 1.705 1.551 1.821 1.556 3.237 1.698 2.207 1.396 0.927 0.701 1.169 2.225 1.296 0.401 2.471 0.997 3.048 1.531 1.155 0.522 2.217 2.048 2.006 2.868 2.888 1.096 1.436 nan 1.144 2.462 0.742 3.367 0.540 2.179 0.144 0.830 0.796 3.537 1.207 0.730 1.218 0.951 2.071 0.964 3.794 3.623 1.781 1.984 2.225 4.054 1.837 2.217 0.742 1.905 0.513 4.152 1.989 2.930 0.470 1.639 0.817 0.497 0.337 1.400 2.292 1.613 2.491 3.676 3.306 3.361 1.845 4.243 4.314 1.683 2.300 4.040 4.839 3.263 3.569 0.767 1.156 2.544 2.009 3.673 4.927 1.679 1.110 7307 chr22 19924538 19932102 + 0 NA promoter-TSS (NM_000754) promoter-TSS (NM_000754) -943 NM_000754 1312 Hs.370408 NM_000754 ENSG00000093010 COMT HEL-S-98n catechol-O-methyltransferase protein-coding 4.205 nan 2.201 4.111 0.904 0.823 0.816 1.232 2.512 1.552 6.923 2.436 5.304 0.874 0.713 2.612 2.325 0.501 3.518 1.352 3.851 1.586 1.283 0.842 3.988 1.008 0.791 6.127 3.977 1.838 3.338 nan 6.750 2.450 0.695 2.579 0.463 3.017 0.141 0.873 0.942 2.629 3.595 1.506 1.799 0.986 1.264 1.440 2.529 4.570 1.013 3.632 2.612 2.415 2.931 3.988 1.650 1.602 1.755 3.750 1.584 2.251 0.955 1.975 1.227 2.526 1.640 2.912 4.169 3.089 4.498 3.263 3.218 2.448 1.250 6.469 6.596 4.887 5.981 2.740 3.651 6.422 6.655 1.264 2.637 2.180 2.205 3.183 5.295 3.663 1.796 3014 chr12 122360924 122366163 + 0 NA intron (NM_144668, intron 3 of 21) intron (NM_144668, intron 3 of 21) 7080 NM_001178003 144406 Hs.709837 NM_144668 ENSG00000158023 WDR66 CFAP251|CaM-IP4 WD repeat domain 66 protein-coding 0.853 0.717 0.573 0.696 0.182 0.063 3.043 0.152 0.322 0.073 0.882 0.353 0.155 0.094 0.106 0.326 2.368 0.555 0.647 0.218 0.350 0.158 0.122 0.155 0.145 0.172 0.112 3.357 0.078 1.296 0.045 0.414 0.134 0.457 0.301 0.621 0.018 2.190 0.292 0.159 0.231 4.991 7.708 3.356 0.633 0.118 0.129 2.938 0.666 1.756 0.075 0.117 0.326 0.996 0.791 0.145 0.162 0.031 0.112 1.370 0.059 0.059 0.077 0.213 0.650 2.475 1.516 0.248 0.388 0.420 0.603 0.623 0.666 nan 0.207 0.483 0.478 0.340 0.614 0.490 0.826 0.393 0.239 0.308 0.422 0.242 0.167 0.417 0.691 0.789 0.658 8703 chr5 1102578 1138618 + 0 NA Intergenic Intergenic -8426 NM_006598 10723 Hs.172613 NM_006598 ENSG00000113504 SLC12A7 KCC4 solute carrier family 12 member 7 protein-coding 0.817 1.442 1.970 0.459 0.599 2.261 0.498 0.421 0.791 0.064 0.291 0.348 0.014 1.238 1.972 0.992 1.104 0.232 1.780 0.986 0.155 0.193 0.423 0.318 1.903 0.325 0.341 0.296 0.398 0.485 1.892 5.698 0.423 2.545 0.183 0.263 0.024 0.353 0.090 0.080 0.145 0.151 0.897 0.593 0.543 0.224 0.727 0.216 0.958 0.214 0.328 3.099 0.992 2.794 0.165 1.903 0.978 0.531 0.422 0.210 0.523 0.465 0.292 0.109 0.023 0.067 0.050 0.854 1.546 0.461 nan 2.363 2.026 1.316 0.357 0.401 0.409 0.215 0.419 nan 4.059 nan 0.676 0.754 1.049 0.284 0.404 0.089 0.106 1.790 nan 11731 chr9 116168695 116174255 + 0 NA intron (NR_027261, intron 3 of 3) AluSx|SINE|Alu -1449 NM_001278629 257169 Hs.632691 NM_152786 ENSG00000157653 C9orf43 - chromosome 9 open reading frame 43 protein-coding 3.778 2.484 nan 2.291 6.520 3.196 4.877 1.904 4.070 1.181 2.196 2.388 1.160 1.167 2.185 4.487 2.157 0.462 3.546 1.640 1.885 1.394 1.721 1.093 4.213 2.782 3.338 1.689 4.664 1.157 4.210 nan 2.884 6.963 1.831 4.772 1.015 2.488 0.156 1.427 1.660 3.422 3.896 1.523 1.510 1.892 2.566 3.188 2.984 3.575 1.570 2.863 4.487 4.491 3.237 4.213 1.566 1.993 1.526 2.936 2.470 2.918 1.270 2.086 1.543 2.568 1.857 3.318 2.952 5.881 8.605 7.231 6.892 4.916 1.912 11.601 12.414 2.056 2.611 7.781 nan 11.763 11.605 2.151 3.633 6.194 6.038 5.218 7.308 nan 1.900 866 chr1 169747793 169754962 + 0 NA Intergenic MER4D|LTR|ERV1 12453 NM_001320201 92342 Hs.33922 NM_033418 ENSG00000171806 METTL18 AsTP2|C1orf156|HPM1 methyltransferase like 18 protein-coding 0.768 nan 0.886 2.154 0.171 0.024 4.643 0.089 0.113 0.959 0.877 1.437 0.361 0.084 0.105 0.184 0.158 0.112 4.366 3.025 0.088 0.019 0.136 0.193 0.084 0.224 0.121 0.092 2.638 3.038 2.283 5.170 3.209 0.415 4.504 1.151 0.027 0.030 0.098 0.117 0.034 0.077 0.178 0.065 3.747 3.905 3.088 0.113 0.290 0.069 0.022 2.359 0.184 2.885 0.078 0.084 1.589 2.043 0.041 0.024 0.166 0.055 0.087 0.095 0.024 0.007 0.385 0.127 0.942 2.905 0.370 nan 0.271 0.073 0.096 0.054 0.220 0.390 0.395 nan 0.309 0.138 0.304 0.377 0.140 0.194 0.268 0.645 0.353 0.494 1453 chr10 43571430 43590403 + 0 NA intron (NM_020975, intron 1 of 19) intron (NM_020975, intron 1 of 19) 8441 NM_020975 5979 Hs.350321 NM_000323 ENSG00000165731 RET CDHF12|CDHR16|HSCR1|MEN2A|MEN2B|MTC1|PTC|RET-ELE1 ret proto-oncogene protein-coding 0.465 nan 1.686 0.038 2.794 0.193 0.097 0.101 0.184 0.030 0.134 0.044 0.010 1.789 0.075 0.135 0.079 0.034 0.051 0.010 0.023 0.036 0.139 0.061 0.044 0.068 0.034 0.027 0.095 0.011 0.110 0.280 0.063 0.769 0.008 0.055 0.025 0.098 0.047 0.025 0.016 0.135 0.060 0.037 0.041 0.036 0.102 0.091 0.113 0.053 0.070 0.214 0.135 0.056 0.010 0.044 0.038 0.036 0.036 0.194 1.882 0.041 0.031 0.033 0.017 0.079 0.024 0.573 0.960 0.448 0.559 0.267 0.202 4.286 1.098 0.151 0.168 0.065 0.161 3.228 2.969 0.145 0.054 0.109 0.167 0.344 0.259 0.130 0.130 2.209 1.011 5454 chr18 77327174 77340989 + 0 NA Intergenic Intergenic -5201 NR_148949 284240 Hs.448912 NR_148949 LOC284240 - uncharacterized LOC284240 ncRNA nan nan 0.824 0.015 0.096 5.546 0.092 0.156 0.269 0.006 0.103 0.275 0.009 0.015 0.045 3.557 0.065 0.035 0.062 0.095 0.006 0.159 0.048 0.383 0.255 0.106 0.033 0.093 0.022 0.286 0.350 0.116 2.506 0.064 0.039 0.014 0.039 0.072 0.052 0.072 0.120 0.061 0.016 0.232 0.039 0.049 0.036 0.041 0.036 0.006 0.038 3.557 0.057 0.013 0.383 0.024 0.367 0.089 0.956 0.075 0.043 0.049 0.291 0.008 0.015 0.386 0.475 0.405 0.598 1.812 nan 1.233 0.367 0.227 0.254 0.128 0.231 0.106 nan 0.582 0.703 0.183 0.149 0.323 0.304 0.063 0.083 0.701 0.543 10594 chr7 107963007 108027754 + 0 NA intron (NM_001193584, intron 2 of 28) L1M5|LINE|L1 101461 NM_001193584 4897 Hs.21422 NM_005010 ENSG00000091129 NRCAM - neuronal cell adhesion molecule protein-coding nan 1.074 1.433 0.075 0.315 1.041 0.117 0.305 0.600 0.016 0.258 0.453 0.307 0.056 0.861 0.782 0.119 0.097 0.087 0.038 0.036 0.015 0.409 0.323 0.941 0.012 0.008 0.014 0.112 0.011 0.122 0.444 0.713 0.510 0.072 0.274 0.299 0.084 0.151 0.032 0.576 0.092 0.020 0.016 0.028 0.076 0.362 0.163 0.250 0.053 0.076 0.071 0.782 0.094 0.026 0.941 0.125 0.262 0.155 0.028 0.208 0.143 0.190 0.677 0.029 0.020 0.017 0.419 0.339 0.300 0.482 0.774 0.897 2.692 0.811 0.386 0.386 0.475 0.714 0.848 0.810 0.628 0.304 0.332 0.492 1.230 1.991 1.168 nan 1.051 0.776 10136 chr7 4749869 4754564 + 0 NA intron (NM_001037165, intron 1 of 8) intron (NM_001037165, intron 1 of 8) 30286 NM_001037165 221937 Hs.487393 NM_001037165 ENSG00000164916 FOXK1 FOXK1L forkhead box K1 protein-coding 1.374 2.136 0.917 0.077 1.072 1.736 1.917 0.478 0.621 0.020 1.077 0.337 0.302 0.741 0.718 1.112 0.623 0.317 0.959 0.161 0.121 0.029 0.200 0.230 0.944 1.562 1.398 0.078 2.078 1.168 1.854 5.760 4.394 nan 0.750 0.583 0.062 0.189 0.178 1.155 0.099 0.137 0.153 0.067 0.582 1.176 0.227 0.254 1.340 0.253 0.594 0.752 1.112 3.013 3.797 0.944 0.184 0.237 0.042 0.135 5.604 1.631 0.684 0.106 0.437 0.086 0.044 0.867 1.038 2.078 nan 1.115 0.945 nan 0.170 2.412 2.636 0.575 0.700 nan 6.198 0.314 0.126 0.575 0.626 0.107 0.128 0.236 0.560 0.709 0.382 5118 chr18 3278301 3286444 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 19655 NM_001144945 103910 Hs.190086 NM_033546 ENSG00000118680 MYL12B MLC-B|MRLC2 myosin light chain 12B protein-coding 1.034 1.057 1.954 0.555 0.182 0.252 0.297 0.098 0.409 0.270 0.216 0.414 0.038 0.172 0.137 0.219 0.296 0.100 0.372 0.449 0.637 1.280 0.154 0.112 0.632 0.427 0.223 0.335 0.366 0.091 0.318 0.944 0.156 nan 0.304 1.555 0.058 8.969 0.277 0.106 0.038 0.652 0.148 0.087 0.174 0.047 0.593 0.859 0.999 0.579 0.125 0.607 0.219 0.264 0.313 0.632 0.466 1.379 0.060 3.292 0.485 0.350 0.780 0.135 0.052 0.028 0.025 0.546 0.811 0.572 1.338 0.915 1.144 nan 0.273 0.540 0.551 0.510 nan 1.943 1.828 nan 0.342 0.787 1.428 0.260 0.505 0.342 nan nan 0.923 7363 chr22 28416196 28433048 + 0 NA intron (NM_001145418, intron 13 of 22) intron (NM_001145418, intron 13 of 22) -108022 NR_036169 100423034 NR_036169 ENSG00000264073 MIR3199-1 mir-3199-1 microRNA 3199-1 ncRNA nan 0.880 1.351 0.098 1.076 1.929 0.136 1.382 2.653 0.015 0.102 0.171 0.089 3.296 0.793 0.714 0.156 0.118 0.089 0.056 0.033 0.340 0.121 1.862 0.049 0.026 0.039 0.098 0.037 0.157 nan 0.062 5.595 0.026 0.064 0.492 0.058 0.056 0.049 1.323 0.076 0.021 0.018 0.032 0.054 0.080 0.126 0.128 0.391 0.066 0.050 0.793 0.101 0.055 1.862 0.131 0.142 1.077 0.087 0.650 0.160 0.429 0.241 0.032 0.031 0.003 0.373 0.625 0.248 nan 3.126 2.508 1.870 0.528 0.776 0.837 2.339 nan 2.443 3.271 0.941 1.067 0.216 0.447 1.787 1.296 0.547 nan 2.468 1.705 770 chr1 155289731 155302202 + 0 NA intron (NR_103478, intron 5 of 7) L2|LINE|L2 1780 NR_103478 23623 Hs.226499 NM_014328 ENSG00000160753 RUSC1 NESCA RUN and SH3 domain containing 1 protein-coding nan nan 1.536 1.489 1.828 1.749 1.169 0.681 1.258 0.758 2.320 1.129 0.745 1.566 4.167 1.320 1.514 0.285 2.398 0.761 2.455 1.043 0.946 0.549 1.581 1.177 1.139 1.383 1.543 0.821 1.780 3.749 2.632 8.638 1.218 2.692 0.343 2.584 0.142 1.684 0.756 2.134 1.494 0.709 1.686 0.881 1.014 1.006 2.324 3.354 1.376 1.054 1.320 3.047 1.172 1.581 1.217 1.071 0.258 6.134 3.053 1.376 1.251 0.930 0.991 1.344 0.687 1.612 2.363 2.338 3.593 2.647 nan 2.345 0.980 0.856 0.890 1.726 2.582 2.727 3.931 1.174 1.035 1.721 3.248 1.018 0.902 1.284 2.628 1.144 0.572 11688 chr9 107813781 107819255 + 0 NA Intergenic Intergenic -125991 NM_005502 19 Hs.659274 NM_005502 ENSG00000165029 ABCA1 ABC-1|ABC1|CERP|HDLDT1|TGD ATP binding cassette subfamily A member 1 protein-coding 0.521 0.668 0.590 0.289 0.146 0.051 1.672 0.141 0.268 0.088 1.611 3.438 0.011 0.108 0.050 0.556 0.679 0.089 2.510 3.621 0.090 0.101 0.087 0.077 0.131 1.600 1.357 0.046 2.155 1.487 0.368 0.704 0.284 0.355 1.864 0.255 0.087 0.027 0.091 0.838 0.159 0.598 0.566 0.242 1.293 0.485 0.427 0.439 0.587 0.844 0.260 0.338 0.556 0.590 0.017 0.131 0.223 0.091 0.128 0.107 0.221 1.660 0.036 0.022 0.666 0.057 0.038 0.148 0.166 0.264 0.573 0.254 0.410 0.085 0.044 0.086 0.101 0.225 0.492 0.562 nan 0.596 0.201 0.058 0.085 0.117 0.219 0.182 0.278 nan 0.438 9366 chr5 176918058 176926303 + 0 NA intron (NR_103804, intron 2 of 12) intron (NR_103804, intron 2 of 12) 2426 NM_203352 9260 Hs.533040 NM_005451 ENSG00000196923 PDLIM7 LMP1|LMP3 PDZ and LIM domain 7 protein-coding 2.386 0.895 1.253 4.869 0.696 0.573 3.918 0.260 0.495 0.944 5.435 3.038 0.543 0.424 1.607 1.338 0.761 0.117 3.300 1.124 2.834 0.602 0.211 0.186 1.122 2.516 3.211 1.442 4.645 1.921 1.932 2.836 0.927 2.753 2.955 1.801 0.282 2.643 0.073 2.013 0.736 4.329 4.095 2.066 3.099 1.107 1.997 12.634 1.739 5.748 1.073 1.784 1.338 3.669 2.363 1.122 1.141 0.730 0.282 3.686 0.653 2.259 0.446 0.435 3.269 2.570 1.985 0.628 0.645 1.123 nan 1.278 0.825 0.943 0.377 1.269 1.333 0.972 nan 1.443 1.683 0.995 0.733 0.549 1.014 0.703 0.685 0.860 2.073 0.441 0.258 8518 chr4 117234508 117322224 + 0 NA Intergenic Intergenic 57485 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.510 0.681 0.495 0.056 0.124 0.008 0.072 0.088 0.183 0.007 0.091 0.058 0.013 0.021 0.027 0.076 0.080 0.075 0.092 0.026 0.023 0.011 0.075 0.083 0.090 0.006 0.008 0.005 0.076 0.027 0.048 0.057 0.045 0.210 0.056 0.065 0.023 0.019 0.076 0.009 0.030 0.042 0.008 0.012 0.029 0.017 0.063 0.075 0.021 0.034 0.012 0.030 0.076 0.045 0.025 0.090 0.043 0.034 0.010 0.009 0.064 0.020 0.027 0.117 0.013 0.006 0.006 0.216 0.130 0.135 0.215 0.120 0.154 0.258 0.081 0.114 0.134 7.744 8.739 0.316 0.258 0.327 0.147 0.115 0.198 0.145 0.214 0.236 0.539 0.302 0.249 641 chr1 144322832 144344545 + 0 NA intron (NR_111953, intron 2 of 3) intron (NR_111953, intron 2 of 3) 7071 NR_109754 728855 Hs.456578 NR_024510 LINC00623 CH17-118O6.2 long intergenic non-protein coding RNA 623 ncRNA 1.094 nan 0.881 1.352 0.801 0.645 0.877 0.133 0.356 0.215 0.736 1.732 1.176 2.490 1.968 0.398 0.500 0.141 1.202 0.288 2.441 3.632 0.665 0.404 0.744 0.279 0.229 0.666 0.287 0.150 4.946 6.896 0.572 5.052 0.619 0.504 0.628 1.931 0.159 0.510 0.152 1.414 1.679 0.863 0.421 0.531 1.042 1.093 0.375 0.752 1.925 2.378 0.398 1.484 1.604 0.744 1.445 1.101 0.026 1.263 2.489 0.636 3.259 0.387 0.826 0.085 0.033 0.841 0.917 0.931 1.645 1.425 1.298 0.661 0.244 8.756 8.336 0.444 0.702 1.031 1.326 0.599 0.379 3.051 3.552 0.960 1.264 0.421 0.964 0.710 0.539 4734 chr17 36852968 36892477 + 0 NA exon (NM_005937, exon 10 of 20) exon (NM_005937, exon 10 of 20) -3222 NR_039879 100616153 NR_039879 ENSG00000273627 MIR4726 - microRNA 4726 ncRNA nan 1.760 1.632 2.642 1.004 1.539 1.010 1.433 2.354 0.521 2.026 0.457 0.809 0.835 1.540 1.035 0.784 0.208 2.151 0.883 2.456 1.060 1.270 0.697 1.641 1.084 1.151 0.955 1.083 0.376 1.030 1.979 1.508 2.748 0.518 0.890 0.242 0.952 0.087 0.597 0.296 2.832 1.294 0.594 0.906 0.632 1.565 0.790 1.846 0.971 1.319 1.260 1.035 2.102 1.261 1.641 0.785 1.108 0.507 3.220 1.542 0.761 0.668 1.157 0.379 0.341 0.176 2.213 2.945 1.713 2.228 nan 2.313 2.332 0.757 5.194 5.476 1.016 1.538 3.764 4.647 nan 2.031 1.003 1.672 1.306 1.274 1.560 2.695 1.836 1.043 616 chr1 117026151 117060342 + 0 NA Intergenic Intergenic -21798 NR_125973 101929023 Hs.668091 NR_125972 ENSG00000233154 LINC01762 - long intergenic non-protein coding RNA 1762 ncRNA nan 1.147 0.902 1.365 0.181 0.160 1.848 0.151 0.259 0.134 0.278 1.579 0.007 0.206 0.168 0.449 0.387 0.137 0.870 0.777 0.356 0.028 0.129 0.065 0.175 0.935 0.507 0.071 0.606 0.983 0.558 2.219 0.537 0.447 1.241 0.363 0.011 0.083 0.101 3.534 0.086 0.162 0.196 0.096 0.600 0.406 2.903 1.778 0.229 0.091 0.644 1.316 0.449 0.870 0.936 0.175 0.420 0.162 0.104 0.226 0.131 0.839 0.240 0.088 1.175 0.391 0.661 0.590 0.527 2.320 4.217 0.528 nan 0.639 0.236 0.259 0.277 0.499 0.912 0.529 0.564 0.540 0.360 0.640 0.818 0.110 0.203 0.336 0.671 0.766 0.722 2962 chr12 113493791 113518297 + 0 NA intron (NM_004416, intron 1 of 8) intron (NM_004416, intron 1 of 8) 10382 NM_004416 1840 Hs.372152 NM_004416 ENSG00000135144 DTX1 RNF140|hDx-1 deltex E3 ubiquitin ligase 1 protein-coding nan nan 1.265 0.064 0.885 1.736 0.099 0.419 0.804 0.020 0.069 0.056 0.015 0.114 0.231 0.605 0.080 0.072 0.048 0.023 0.041 0.034 0.396 0.236 0.826 0.048 0.023 0.048 0.072 0.009 0.085 0.270 0.081 1.242 0.024 0.091 0.120 0.261 0.100 0.038 0.257 0.105 0.044 0.031 0.022 0.047 0.078 0.204 0.284 0.104 0.086 0.054 0.605 0.070 0.030 0.826 0.040 0.052 0.298 0.278 0.711 0.038 0.064 0.122 0.022 0.038 0.010 0.410 0.398 0.082 0.185 nan nan nan 0.755 0.215 0.253 0.634 1.059 nan nan 1.116 0.759 0.328 0.433 0.796 0.657 0.382 0.599 nan 1.610 6640 chr2 216916371 216947854 + 0 NA intron (NM_018441, intron 1 of 7) L1MEc|LINE|L1 14427 NM_018441 55825 Hs.281680 NM_018441 ENSG00000115425 PECR DCRRP|HPDHASE|HSA250303|PVIARL|SDR29C1|TERP peroxisomal trans-2-enoyl-CoA reductase protein-coding nan 1.073 nan 0.790 0.381 0.308 0.284 0.254 0.500 0.097 0.354 0.159 0.029 0.085 0.399 0.307 0.128 0.107 0.303 0.078 5.845 0.101 0.301 0.198 0.624 0.403 0.208 0.140 0.309 0.291 0.243 0.474 0.480 1.443 0.103 0.180 0.049 0.341 0.140 0.120 0.272 0.135 0.114 0.092 0.616 0.511 0.333 0.143 1.251 0.353 0.732 0.148 0.307 0.107 0.217 0.624 0.100 0.058 0.172 0.239 0.237 0.057 0.230 0.365 0.125 0.203 0.089 0.905 1.085 0.503 0.725 0.961 0.858 1.066 0.391 0.466 0.482 0.849 1.219 1.046 nan 0.681 0.706 0.370 0.737 0.325 0.263 0.809 1.436 0.565 0.371 8435 chr4 77405290 77547928 + 0 NA intron (NM_020859, intron 1 of 10) intron (NM_020859, intron 1 of 10) -18112 NR_039654 100616299 NR_039654 ENSG00000263445 MIR4450 mir-4450 microRNA 4450 ncRNA 0.679 0.656 0.564 1.058 0.315 0.058 0.678 0.412 0.692 0.380 0.236 0.094 0.951 0.064 0.169 0.189 0.440 0.123 0.373 0.157 0.053 0.016 0.155 0.134 0.477 0.547 0.239 0.662 0.511 0.384 0.396 1.330 0.745 0.435 0.496 0.049 0.025 3.711 0.151 0.262 0.082 0.153 0.100 0.066 0.390 0.276 0.221 0.621 0.115 0.073 0.056 0.257 0.189 0.483 0.291 0.477 0.089 0.763 0.014 0.055 0.132 0.330 0.060 0.055 0.117 0.097 0.055 0.314 0.184 0.536 1.969 0.328 0.411 1.119 0.405 0.303 0.307 0.157 0.255 1.040 1.096 0.380 0.225 0.144 0.194 0.184 0.167 0.122 0.245 0.662 0.498 870 chr1 170630823 170648095 + 0 NA intron (NM_006902, intron 1 of 4) intron (NM_006902, intron 1 of 4) 6146 NM_022716 5396 Hs.283416 NM_006902 ENSG00000116132 PRRX1 AGOTC|PHOX1|PMX1|PRX-1|PRX1 paired related homeobox 1 protein-coding nan nan nan 0.117 0.195 0.032 0.123 0.087 0.231 0.017 0.122 1.850 0.011 0.029 0.320 0.821 5.155 0.476 0.251 0.087 0.022 5.375 0.137 0.211 0.076 0.348 0.105 0.021 0.067 0.237 0.353 0.139 1.449 0.034 0.102 0.016 0.056 0.104 0.143 0.018 0.058 0.017 0.027 0.012 0.044 0.067 0.291 0.131 0.911 0.137 0.038 0.821 0.155 0.021 0.076 0.071 0.062 0.006 0.661 0.089 0.036 0.125 0.298 0.031 0.027 0.009 0.403 0.292 0.942 1.185 nan 0.453 0.089 0.066 0.083 0.100 5.660 7.796 0.319 0.324 1.209 1.213 0.542 0.867 0.073 0.076 0.362 nan 0.263 0.392 11074 chr8 81031972 81066948 + 0 NA intron (NR_105035, intron 1 of 6) L1MB7|LINE|L1 33975 NR_105037 7163 Hs.368433 NM_005079 ENSG00000076554 TPD52 D52|N8L|PC-1|PrLZ|hD52 tumor protein D52 protein-coding 1.786 nan nan 0.101 2.872 2.779 0.230 1.090 2.235 0.082 0.140 0.321 0.231 0.187 1.700 1.087 0.392 0.110 0.272 0.043 0.130 0.020 0.840 0.483 2.290 0.287 0.122 0.204 0.085 0.033 0.175 0.821 0.465 3.495 0.088 0.145 0.302 0.084 0.085 0.078 0.238 0.095 0.048 0.027 0.041 0.292 0.347 0.221 0.254 0.226 0.032 0.278 1.087 0.177 0.127 2.290 0.095 0.208 0.114 0.048 0.278 0.128 3.408 0.233 0.022 0.023 0.017 2.949 3.348 3.692 3.554 2.625 3.099 2.734 1.514 0.447 0.446 0.878 1.138 nan 4.142 1.413 1.643 1.960 3.469 1.505 1.215 0.924 2.194 3.041 1.736 6817 chr20 6397801 6408566 + 0 NA Intergenic Intergenic -4196 NR_109953 101929244 Hs.542488 NR_109953 ENSG00000229876 CASC20 - cancer susceptibility 20 (non-protein coding) ncRNA 0.758 1.682 0.668 0.047 0.373 0.005 0.044 0.210 0.273 0.202 0.012 0.046 0.116 0.299 0.064 0.074 0.091 0.018 0.012 0.026 0.173 0.154 0.189 0.013 0.062 0.010 0.119 0.349 0.303 0.371 0.108 0.086 0.130 0.010 0.102 0.045 0.043 0.023 0.007 0.010 0.022 0.118 0.111 0.048 0.020 0.030 0.050 0.299 0.067 0.017 0.189 0.063 0.019 0.021 0.041 0.018 0.065 0.120 0.014 0.027 0.019 0.697 0.358 11.121 6.822 0.477 0.592 2.782 0.902 0.692 0.583 0.173 0.371 1.371 1.562 0.518 0.213 0.207 0.306 0.681 1.137 0.206 0.494 0.967 0.563 10598 chr7 111124372 111140993 + 0 NA intron (NM_001350959, intron 4 of 7) intron (NM_001350959, intron 4 of 7) 69665 NM_032549 83943 Hs.655722 NM_032549 ENSG00000184903 IMMP2L IMMP2L-IT1|IMP2|IMP2-LIKE inner mitochondrial membrane peptidase subunit 2 protein-coding nan 0.674 0.871 0.198 0.201 0.318 0.192 0.164 0.253 0.023 0.128 0.183 0.049 0.061 0.098 0.286 0.343 0.253 0.176 0.080 0.027 0.172 0.156 0.196 0.025 0.022 0.076 0.142 0.032 0.061 0.181 0.151 0.253 0.247 0.100 0.051 0.117 0.172 0.021 0.096 0.138 0.044 0.038 0.079 0.083 0.130 0.132 0.490 0.074 2.186 0.766 0.286 0.077 0.144 0.196 0.228 0.268 0.188 0.119 0.079 0.095 0.078 0.254 0.159 0.031 0.018 0.440 0.267 0.438 0.796 0.447 0.482 0.376 0.143 0.278 0.210 0.506 0.674 0.197 0.201 0.506 0.188 0.150 0.265 0.186 0.163 0.447 1.494 0.677 0.713 6075 chr2 46071624 46088346 + 0 NA intron (NM_005400, intron 2 of 14) intron (NM_005400, intron 2 of 14) 200942 NM_005400 5581 Hs.580351 NM_005400 ENSG00000171132 PRKCE PKCE|nPKC-epsilon protein kinase C epsilon protein-coding 1.124 nan 0.795 0.119 0.510 1.181 0.486 1.096 1.973 0.045 0.106 0.083 0.015 0.108 0.725 0.345 0.634 0.085 0.561 0.364 0.049 0.025 0.272 0.228 0.344 0.165 0.039 0.039 0.065 0.006 0.246 nan 0.203 1.016 0.324 0.126 0.130 0.052 0.135 0.084 0.299 0.191 0.040 0.023 0.150 0.153 0.372 0.180 0.229 0.127 0.260 0.340 0.345 0.279 0.105 0.344 0.110 0.267 0.314 0.130 0.128 0.610 0.095 0.289 0.082 0.028 0.021 0.460 0.333 0.298 0.559 nan 0.718 5.031 2.736 0.452 0.476 0.843 1.357 1.009 1.191 0.817 0.602 0.237 0.391 0.544 0.438 0.229 nan nan 0.866 5593 chr19 28946789 28994863 + 0 NA intron (NR_110759, intron 5 of 9) AluSc8|SINE|Alu -126769 NR_135636 102724908 NR_135636 ENSG00000266976 LOC102724908 - uncharacterized LOC102724908 ncRNA nan 0.623 0.469 0.124 0.081 0.061 0.047 0.167 0.308 0.016 0.086 0.071 0.010 0.044 0.064 0.091 0.087 0.101 0.070 0.014 0.028 0.014 0.058 0.107 0.065 0.007 0.019 0.022 0.089 0.011 0.089 0.223 0.070 5.834 0.015 0.045 0.022 0.038 0.099 0.002 0.015 0.086 0.036 0.036 0.009 0.043 0.060 0.175 0.278 0.128 0.028 0.022 0.091 0.056 0.010 0.065 0.015 0.043 0.053 0.090 0.038 0.039 0.189 0.059 0.157 0.014 0.011 0.204 0.135 0.443 0.323 0.189 0.221 0.155 0.059 0.100 0.093 0.150 0.313 0.124 0.143 0.287 0.097 0.325 0.466 0.126 0.083 0.107 0.181 2.043 1.020 8520 chr4 117439831 117459789 + 0 NA Intergenic Intergenic 228929 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.467 0.676 0.575 0.065 0.114 0.011 0.050 0.136 0.165 0.005 0.105 0.070 0.016 0.016 0.022 0.084 0.087 0.049 0.026 0.019 0.026 0.021 0.048 0.067 0.097 0.007 0.007 0.015 0.057 0.011 0.048 0.048 0.067 0.166 0.022 0.056 0.010 0.022 0.096 0.018 0.008 0.023 0.097 0.051 0.016 0.015 0.062 0.088 0.033 0.042 0.024 0.007 0.084 0.050 0.042 0.097 0.041 0.015 0.033 0.041 0.012 0.044 0.049 0.012 0.003 0.008 0.229 0.153 0.167 0.227 0.131 0.145 0.082 0.074 0.118 0.107 6.219 7.174 0.188 0.202 0.610 0.431 0.147 0.158 0.062 0.066 0.196 0.459 0.187 0.201 2903 chr12 103886763 103899921 + 0 NA Intergenic Intergenic 3524 NR_135004 105369945 Hs.742785 NR_135004 LOC105369945 - uncharacterized LOC105369945 ncRNA 1.081 1.298 nan 1.498 1.883 1.648 0.092 1.333 1.951 0.053 0.020 0.024 0.514 1.662 1.359 0.080 0.043 0.049 0.055 0.034 1.448 0.511 4.157 0.011 0.028 0.034 0.087 0.776 0.086 0.227 0.119 3.866 0.022 0.103 0.211 0.049 0.112 0.053 0.344 0.035 0.014 0.023 0.133 0.041 0.066 0.212 0.271 0.102 0.024 0.071 1.359 0.070 0.028 4.157 0.037 0.069 0.201 0.066 1.296 0.007 0.033 0.017 0.037 0.027 0.278 0.135 0.195 0.318 3.363 3.176 3.060 1.045 0.144 0.197 0.581 0.731 2.600 2.856 0.603 0.631 0.111 0.183 1.021 0.659 0.303 0.323 2.302 1.214 10924 chr8 41050170 41064952 + 0 NA Intergenic Intergenic 71101 NR_049801 100847068 NR_049801 ENSG00000263372 MIR548AO - microRNA 548ao ncRNA 0.696 nan 1.675 0.478 0.095 0.026 4.978 0.140 0.184 0.007 0.102 0.696 0.004 0.034 0.031 0.163 0.087 0.033 0.065 0.026 0.047 0.019 0.069 0.067 0.065 3.316 2.466 0.144 1.418 2.499 0.173 0.708 0.294 0.368 1.802 0.310 0.064 0.119 2.950 1.914 0.464 0.413 1.181 0.284 0.811 2.213 0.249 0.186 0.798 1.415 0.163 0.034 1.008 0.065 0.323 0.234 0.311 0.055 1.341 0.027 1.303 1.350 0.101 0.124 0.474 0.281 0.226 0.384 0.504 0.535 0.125 0.069 0.137 0.110 0.222 0.403 0.454 0.360 0.978 0.861 0.038 0.080 0.058 0.101 0.763 2.142 0.293 0.475 10200 chr7 17123835 17144419 + 0 NA Intergenic Intergenic -204149 NM_001621 196 Hs.171189 NM_001621 ENSG00000106546 AHR bHLHe76 aryl hydrocarbon receptor protein-coding nan 1.139 nan 0.225 0.150 0.322 0.145 0.116 0.255 1.318 0.233 0.175 0.033 0.252 0.078 0.176 0.142 0.105 0.128 0.056 6.320 0.007 0.115 0.124 0.066 0.432 0.211 0.011 0.211 0.107 0.171 1.236 0.906 0.405 0.141 0.146 0.037 0.052 0.141 0.017 0.027 1.079 0.038 0.053 0.296 0.146 0.322 0.107 0.694 0.055 0.877 1.484 0.176 0.073 0.117 0.066 0.864 1.106 0.005 1.078 0.069 0.817 0.033 0.054 0.328 0.017 0.005 nan 0.274 0.231 0.393 0.372 0.404 0.590 0.223 0.331 0.325 0.149 0.293 0.333 0.275 0.252 0.102 0.108 0.250 0.117 0.164 0.255 0.413 0.456 0.492 4934 chr17 65317152 65332171 + 0 NA Intergenic LTR7B|LTR|ERV1 38082 NM_174871 5718 Hs.4295 NM_002816 ENSG00000197170 PSMD12 Rpn5|STISS|p55 proteasome 26S subunit, non-ATPase 12 protein-coding 1.328 nan 1.058 0.067 0.193 0.059 0.176 0.124 0.275 0.006 0.120 0.108 0.580 0.100 0.112 0.145 0.115 0.208 0.192 0.076 0.027 0.041 0.211 0.110 0.451 0.065 0.072 0.064 0.077 0.070 0.134 0.464 0.128 0.322 0.068 0.127 0.037 0.053 0.129 0.016 0.169 0.184 0.032 0.026 0.115 0.113 0.167 0.135 0.163 0.076 0.037 0.115 0.145 0.280 0.040 0.451 0.082 0.069 0.045 0.128 0.061 0.088 0.145 1.432 0.026 0.045 0.021 1.030 0.826 0.907 0.823 0.311 0.395 1.284 0.427 0.828 0.766 0.199 nan 0.477 0.593 0.920 0.559 0.343 0.418 0.231 0.259 2.741 6.908 0.908 0.624 10194 chr7 16500252 16535908 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -12606 NM_015464 25928 Hs.648106 NM_015464 ENSG00000171243 SOSTDC1 CDA019|DAND7|ECTODIN|USAG1 sclerostin domain containing 1 protein-coding nan 1.074 nan 0.406 0.098 0.019 0.090 0.184 0.239 0.035 0.118 0.260 0.318 0.053 0.088 0.384 0.261 0.163 0.089 0.040 0.046 0.015 0.123 0.139 0.130 0.020 0.012 0.010 0.142 0.047 0.151 0.653 0.615 0.376 0.221 0.192 0.013 0.089 0.150 0.223 0.079 0.082 0.020 0.011 0.031 0.067 0.160 0.247 0.167 0.136 0.029 0.085 0.384 0.086 0.132 0.130 0.059 0.104 0.038 0.037 0.119 0.053 0.440 0.157 0.187 0.042 0.045 nan 0.490 5.936 10.297 0.327 0.349 0.705 0.248 0.448 0.491 0.743 0.917 0.382 0.397 0.348 0.160 0.492 0.914 0.081 0.134 0.331 0.620 0.409 0.443 2165 chr11 91124790 91133589 + 0 NA Intergenic Intergenic -526819 NR_031663 100302228 NR_031663 ENSG00000221586 MIR1261 MIRN1261|hsa-mir-1261 microRNA 1261 ncRNA 0.632 nan 0.540 1.381 0.229 0.051 1.553 0.119 0.170 0.785 2.366 3.733 0.091 0.090 0.099 0.121 0.408 0.092 2.366 0.826 10.304 0.060 0.168 0.055 3.637 2.722 0.008 0.974 0.842 3.517 3.956 4.038 0.411 2.682 1.205 0.077 0.012 0.109 0.504 0.099 0.262 0.252 0.152 2.935 0.428 2.611 1.616 1.776 0.017 1.030 4.315 0.121 0.421 0.011 0.055 2.090 0.161 0.011 0.013 0.243 0.486 0.045 1.300 0.026 0.780 0.517 0.386 nan 0.384 0.463 0.319 0.104 0.461 0.539 0.776 1.010 1.212 1.222 0.458 0.183 0.126 0.296 0.478 0.692 0.184 nan 0.351 0.436 9269 chr5 149864260 149888802 + 0 NA promoter-TSS (NM_001301063) promoter-TSS (NM_001301063) -809 NM_001301063 3340 Hs.222055 NM_001543 ENSG00000070614 NDST1 HSST|MRT46|NST1 N-deacetylase and N-sulfotransferase 1 protein-coding nan 1.239 1.265 1.253 0.791 0.191 1.664 0.373 0.711 2.665 1.978 1.375 0.693 0.485 0.323 0.567 0.908 0.164 1.354 0.523 1.141 0.479 0.267 0.147 0.822 1.582 1.274 1.778 0.663 0.739 0.869 1.287 0.715 1.084 0.483 0.980 0.129 1.033 0.101 0.841 0.312 4.611 1.328 0.541 0.737 0.735 0.780 3.977 1.744 2.350 0.357 0.806 0.567 1.704 3.484 0.822 0.624 0.674 0.424 1.220 0.418 1.160 0.217 0.966 0.631 1.300 0.861 0.616 0.853 2.384 4.290 1.235 0.956 1.197 0.434 0.757 0.871 0.868 1.381 1.285 1.883 3.216 3.089 0.744 1.204 0.848 0.686 1.133 2.250 0.301 0.306 8951 chr5 63220727 63230323 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu 32594 NM_000524 3350 Hs.247940 NM_000524 ENSG00000178394 HTR1A 5-HT-1A|5-HT1A|5HT1a|ADRB2RL1|ADRBRL1|G-21|PFMCD 5-hydroxytryptamine receptor 1A protein-coding 0.975 1.162 2.546 0.045 0.037 0.142 0.027 0.100 0.102 0.010 0.032 0.048 0.013 0.020 0.131 0.188 0.063 0.084 0.026 0.019 0.049 0.043 0.023 0.008 0.050 0.011 0.042 0.094 0.051 0.197 0.030 0.018 0.030 0.023 0.139 0.059 0.062 0.008 0.022 0.024 0.073 0.106 0.066 0.062 0.035 0.188 0.044 0.021 0.029 0.101 0.012 0.070 0.039 0.004 1.659 0.008 0.036 0.163 0.117 0.164 0.294 0.130 0.162 0.173 0.065 0.052 0.041 3.228 3.316 0.506 0.355 7.936 5.359 0.107 0.155 0.139 0.188 0.404 1.722 0.366 0.340 2347 chr11 126454686 126479681 + 0 NA intron (NM_032531, intron 1 of 16) intron (NM_032531, intron 1 of 16) -55490 NR_120532 101929427 Hs.600341 NR_120532 ENSG00000254607 LOC101929427 - uncharacterized LOC101929427 ncRNA 0.920 2.706 0.647 0.055 0.482 4.864 0.119 0.398 0.762 0.012 0.103 0.059 0.005 0.012 1.305 2.400 0.077 0.058 0.042 0.023 0.028 0.017 0.311 0.203 1.448 0.211 0.092 0.094 0.081 0.021 0.168 0.510 0.073 5.776 0.024 0.058 0.107 0.022 0.120 0.108 0.315 0.193 0.057 0.024 0.109 0.067 0.075 0.183 0.072 0.054 0.120 0.124 2.400 0.049 0.126 1.448 0.074 0.113 0.136 0.070 0.069 0.066 0.157 0.361 0.094 0.012 0.004 0.517 0.644 0.534 1.155 2.075 1.950 2.991 0.696 0.133 0.151 0.315 0.567 1.378 1.826 0.553 0.493 0.641 0.760 0.444 0.759 0.408 nan 1.366 0.856 5096 chr17 80784644 80852436 + 0 NA intron (NM_005993, intron 13 of 38) intron (NM_005993, intron 13 of 38) -20609 NM_024702 79755 Hs.464391 NM_024702 ENSG00000141579 ZNF750 ZFP750 zinc finger protein 750 protein-coding 1.015 1.115 1.278 0.425 0.592 1.971 1.475 0.248 0.556 0.428 0.473 0.205 0.312 0.054 8.277 0.819 0.205 0.136 1.733 0.699 0.021 0.047 0.533 0.271 2.151 0.374 0.238 0.125 0.793 0.625 2.638 nan 2.481 6.255 0.991 0.153 0.138 0.113 0.104 0.307 0.587 0.171 0.078 0.051 0.451 0.553 1.123 0.251 0.227 0.186 0.064 1.592 0.819 3.017 0.056 2.151 0.972 2.008 0.279 0.155 0.691 0.170 0.433 0.130 0.194 0.092 0.056 0.962 nan 0.604 1.274 nan 1.422 1.521 0.377 0.565 0.558 0.488 0.789 3.267 4.039 0.231 0.246 0.684 1.041 0.769 0.786 0.367 0.553 1.374 0.831 777 chr1 155900097 155917091 + 0 NA Intergenic Intergenic -2886 NM_181885 339403 Hs.449914 NM_181885 ENSG00000173080 RXFP4 GPCR142|GPR100|RLN3R2|RXFPR4 relaxin family peptide/INSL5 receptor 4 protein-coding nan nan 2.448 1.586 1.760 0.919 2.336 1.198 2.183 0.629 1.637 2.191 0.569 3.801 1.884 1.840 1.542 0.257 1.731 0.735 3.232 0.897 1.584 0.867 1.556 2.170 1.920 0.651 0.979 0.972 2.558 4.435 2.996 10.474 1.415 4.164 0.388 1.586 0.093 1.978 0.624 2.487 1.621 0.852 1.643 0.615 1.521 0.935 2.216 1.876 0.793 1.246 1.840 1.849 3.477 1.556 1.811 0.540 0.438 3.568 2.935 2.159 1.361 0.784 1.135 0.718 0.485 2.589 2.852 2.973 4.900 3.474 nan 3.084 1.281 1.850 1.813 2.135 2.944 4.765 4.363 2.539 2.098 3.201 4.399 1.740 2.282 2.428 3.355 1.745 1.055 8252 chr4 7862205 7922181 + 0 NA intron (NM_198595, intron 1 of 16) L1ME1|LINE|L1 -48535 NM_203423 389199 Hs.375210 NM_203423 LOC389199 - uncharacterized LOC389199 protein-coding 1.327 0.556 nan 0.131 0.150 0.123 0.763 0.096 0.267 0.189 0.840 0.271 0.835 0.044 0.499 0.402 1.472 0.301 0.882 0.248 0.205 0.030 0.209 0.237 0.423 0.556 0.297 0.038 0.135 0.070 0.353 1.208 0.230 0.462 0.438 0.281 0.172 0.070 0.075 0.256 0.343 0.511 0.090 0.075 0.132 0.141 0.225 0.251 0.482 0.304 0.306 0.235 0.402 0.874 0.065 0.423 0.157 0.248 0.305 0.108 0.138 0.302 0.458 0.120 0.884 0.024 0.013 1.597 1.349 1.832 2.635 0.630 0.608 nan 0.370 0.418 0.427 1.422 1.833 0.564 0.659 5.706 5.941 0.522 0.904 0.537 0.752 0.326 0.754 nan 0.624 6129 chr2 55271944 55282839 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321861) promoter-TSS (NM_001321861) 343 NM_207520 57142 Hs.637850 NM_007008 ENSG00000115310 RTN4 ASY|NI220/250|NOGO|NSP|NSP-CL|Nbla00271|Nbla10545|RTN-X|RTN4-A|RTN4-B1|RTN4-B2|RTN4-C reticulon 4 protein-coding 3.879 nan 3.175 4.335 2.675 2.851 3.299 2.088 3.480 1.547 4.271 1.840 1.865 0.616 4.649 2.984 3.725 0.342 4.569 1.519 4.205 1.923 1.857 1.217 3.065 3.173 3.590 1.535 4.173 1.607 4.324 5.427 3.087 7.491 2.025 4.688 0.705 3.084 0.162 2.729 2.035 9.237 4.903 1.991 2.296 1.636 7.388 6.158 3.618 3.793 4.202 2.581 2.984 4.559 4.326 3.065 1.538 1.401 1.043 4.669 2.660 2.576 1.662 2.059 4.028 7.044 7.012 2.931 3.864 2.832 4.377 5.292 4.399 3.577 1.047 8.923 9.004 2.792 3.436 4.139 5.296 5.566 6.094 2.249 4.194 2.458 3.252 3.569 5.170 1.270 0.877 5747 chr19 47103228 47108195 + 0 NA intron (NM_001329922, intron 1 of 5) intron (NM_001329922, intron 1 of 5) 382 NM_001329922 808 Hs.515487 NM_005184 ENSG00000160014 CALM3 CaM|CaMIII|HEL-S-72|PHKD|PHKD3 calmodulin 3 protein-coding 5.229 3.722 4.205 4.579 4.060 3.481 2.127 2.942 6.184 2.826 4.378 3.546 0.811 2.691 6.628 4.778 2.355 0.194 3.229 0.920 4.638 2.057 1.418 0.972 5.542 1.826 2.486 4.423 3.022 1.232 3.126 nan 4.251 8.180 1.550 2.744 1.610 5.128 0.128 2.163 1.854 7.058 4.235 2.089 2.181 2.044 3.463 2.947 7.222 3.799 3.263 1.992 4.778 4.017 1.809 5.542 2.854 3.817 1.050 4.601 2.738 2.174 3.314 2.322 1.810 2.875 1.803 7.197 7.968 6.745 8.767 10.342 10.675 9.481 6.671 15.500 16.210 5.023 6.179 7.359 10.553 6.977 8.372 7.554 11.396 5.930 5.316 7.270 6.670 4.113 2.520 8641 chr4 176719522 176737060 + 0 NA intron (NR_125901, intron 6 of 7) intron (NR_125901, intron 6 of 7) 5974 NM_201591 2823 Hs.75819 NM_005277 ENSG00000150625 GPM6A GPM6|M6A glycoprotein M6A protein-coding nan nan 0.628 0.062 0.077 0.003 0.037 0.088 0.114 0.058 0.037 0.009 0.022 0.026 0.074 0.064 0.046 0.055 0.032 0.016 1.342 0.847 0.062 0.051 0.017 0.004 0.046 0.018 0.066 0.082 0.064 0.188 0.042 0.034 0.158 0.031 0.080 0.027 0.033 0.042 0.021 0.018 0.037 0.013 0.044 0.170 0.034 0.033 0.009 0.031 0.074 0.033 0.005 0.062 0.054 0.042 0.005 0.020 0.023 0.023 0.181 0.049 0.018 0.010 0.012 0.488 0.376 4.919 nan 0.151 0.174 0.071 0.053 0.148 0.109 4.769 5.786 0.229 0.243 7.134 8.069 0.182 0.447 1.548 1.255 0.273 0.493 0.829 0.572 3968 chr15 57786456 57820362 + 0 NA intron (NM_032866, intron 8 of 18) intron (NM_032866, intron 8 of 18) -80693 NR_104368 145781 Hs.437256 NM_001018090 ENSG00000137878 GCOM1 GRINL1A|Gcom2|MYZAP|MYZAP-POLR2M|gcom GRINL1A complex locus 1 protein-coding 0.785 0.852 3.037 0.486 1.313 0.381 0.870 1.050 2.231 0.087 0.126 0.155 0.192 0.743 0.221 0.379 0.144 0.053 0.571 0.302 0.030 0.025 0.444 0.272 3.377 0.521 0.357 0.061 0.606 0.530 1.366 4.086 1.151 1.907 1.024 0.172 0.123 0.045 0.087 0.438 0.136 0.098 0.036 0.037 0.715 0.619 0.318 0.168 0.281 0.173 0.033 0.844 0.379 0.704 0.802 3.377 0.589 0.972 0.057 0.057 2.070 0.596 0.249 0.123 0.040 0.010 0.008 0.541 0.682 0.380 0.896 1.062 1.057 1.968 0.753 0.269 0.267 0.488 0.851 4.974 4.500 0.743 0.443 0.376 0.637 0.880 0.901 0.331 0.550 0.931 0.672 1685 chr10 123686234 123697502 + 0 NA intron (NR_120495, intron 1 of 1) intron (NR_120495, intron 1 of 1) -3552 NM_001288736 11101 Hs.632080 NM_007041 ENSG00000107669 ATE1 - arginyltransferase 1 protein-coding nan 1.888 2.723 0.691 1.430 0.822 1.452 1.771 3.238 0.727 2.535 1.317 0.647 1.164 1.342 0.999 1.220 0.244 1.379 0.486 1.788 1.252 0.668 0.349 2.509 0.980 1.124 1.335 1.791 0.577 1.799 2.411 1.029 2.695 0.404 1.858 0.395 1.470 0.118 0.535 1.091 2.416 1.688 0.880 1.025 0.559 1.091 0.971 6.300 2.031 0.990 1.986 0.999 1.679 2.293 2.509 1.674 0.711 0.359 2.203 1.423 1.430 0.475 0.871 0.828 0.557 0.409 2.531 2.893 2.972 4.067 1.662 1.685 4.275 1.944 3.136 3.090 1.326 1.655 3.364 5.298 1.595 1.915 1.402 2.610 1.914 1.748 3.147 2.980 1.205 0.794 1891 chr11 34615081 34623055 + 0 NA Intergenic Intergenic -23520 NM_012153 26298 Hs.653859 NM_012153 ENSG00000135373 EHF ESE3|ESE3B|ESEJ ETS homologous factor protein-coding 0.586 0.940 nan 3.448 0.116 0.076 1.580 0.315 0.518 0.055 1.729 3.064 0.008 0.050 0.095 0.269 0.426 0.040 1.631 0.960 0.135 0.007 0.119 0.126 0.352 1.583 1.162 0.055 0.541 2.713 0.918 1.594 0.312 0.891 0.166 0.873 0.048 0.056 0.160 0.669 0.040 1.382 0.937 0.483 2.277 0.430 2.531 0.806 5.224 0.076 0.277 0.540 0.269 0.724 0.034 0.352 1.551 0.104 0.024 0.244 0.127 1.542 0.871 0.078 0.693 1.040 0.742 3.527 4.115 7.719 2.643 0.280 0.377 1.106 0.389 0.658 0.699 0.260 0.380 0.330 0.180 0.333 0.161 1.080 1.941 0.161 0.145 0.222 nan 0.654 0.476 183 chr1 26313279 26327736 + 0 NA intron (NM_000437, intron 1 of 10) intron (NM_000437, intron 1 of 10) 4141 NM_000437 5051 Hs.477083 NM_000437 ENSG00000158006 PAFAH2 HSD-PLA2 platelet activating factor acetylhydrolase 2 protein-coding 2.025 1.187 nan 0.464 1.093 0.551 0.262 0.320 0.763 0.198 0.593 0.391 0.180 0.403 0.508 0.823 0.362 0.122 0.469 0.117 0.560 0.191 0.409 0.242 0.388 0.358 0.239 0.425 0.297 0.296 0.651 1.128 0.490 2.317 0.272 0.291 0.133 0.655 0.144 0.163 0.860 0.823 0.392 0.200 0.273 0.175 0.385 0.310 0.574 0.730 0.386 0.330 0.823 0.181 0.629 0.388 0.194 0.275 0.925 0.682 0.492 0.215 0.470 2.137 0.232 0.366 0.193 0.737 1.079 0.983 1.411 2.075 2.307 1.880 0.551 1.691 1.944 1.842 2.626 1.569 2.282 3.389 3.058 0.707 0.902 0.594 0.690 2.800 7.326 1.434 0.880 5203 chr18 22000401 22016815 + 0 NA intron (NM_018439, intron 2 of 10) intron (NM_018439, intron 2 of 10) 1999 NM_018439 55364 Hs.515317 NM_018439 ENSG00000154059 IMPACT RWDD5 impact RWD domain protein protein-coding 1.674 1.213 1.472 0.886 1.526 0.567 0.349 0.304 0.744 0.210 0.530 0.916 0.159 0.395 0.395 0.941 0.359 0.118 0.336 0.103 0.289 0.675 0.627 0.420 0.518 0.261 0.318 0.593 0.265 0.205 0.618 0.739 0.898 1.287 0.135 0.809 0.398 0.561 0.118 0.123 0.434 0.346 1.375 0.670 0.445 0.140 0.480 0.463 0.586 0.889 0.381 0.542 0.941 0.409 0.407 0.518 0.411 0.630 0.431 0.743 0.569 0.323 0.181 0.702 0.292 0.095 0.087 1.613 1.327 0.294 nan 1.042 1.053 5.493 2.054 0.991 0.938 1.280 1.593 1.037 1.302 2.056 1.907 0.513 0.603 2.325 2.346 1.294 1.650 3.131 1.818 9069 chr5 93208698 93251595 + 0 NA intron (NR_028080, intron 4 of 8) intron (NR_028080, intron 4 of 8) -152837 NM_153216 134187 Hs.678995 NM_153216 ENSG00000248483 POU5F2 SPRM-1 POU domain class 5, transcription factor 2 protein-coding nan 8.440 0.791 0.090 0.129 0.054 0.058 0.425 0.934 0.014 0.081 0.058 0.071 0.087 0.567 7.579 0.178 0.045 0.056 0.041 0.089 0.145 0.268 0.173 0.006 0.028 0.007 0.124 0.097 0.015 0.099 0.289 0.101 0.427 0.068 0.068 3.852 0.585 0.085 0.008 0.111 0.037 0.014 0.002 0.035 0.016 0.142 0.060 0.036 0.042 0.033 0.066 7.579 0.025 0.100 0.006 0.026 0.021 0.014 0.015 0.458 0.045 0.016 0.155 0.016 0.034 0.011 0.229 0.153 0.184 0.245 0.522 0.489 4.044 2.314 0.125 0.129 0.569 0.771 0.403 0.434 0.500 0.182 0.096 0.142 12.593 17.140 0.217 nan 3.199 1.647 2544 chr12 24997844 25015034 + 0 NA intron (NM_001178093, intron 5 of 10) L1PA17|LINE|L1 48883 NM_001178094 586 Hs.438993 NM_005504 ENSG00000060982 BCAT1 BCATC|BCT1|ECA39|MECA39|PNAS121|PP18 branched chain amino acid transaminase 1 protein-coding nan nan nan 0.309 0.340 0.013 0.371 0.124 0.237 0.023 0.359 0.433 0.970 0.070 0.108 0.111 0.201 0.043 0.420 0.290 0.048 0.004 0.473 0.215 0.077 0.066 0.025 0.004 0.337 0.381 0.118 0.394 0.203 0.341 0.367 0.085 0.049 0.082 0.109 0.617 0.309 0.080 0.046 0.013 0.153 0.221 0.158 0.305 0.062 0.157 0.005 0.031 0.111 0.542 0.115 0.077 0.141 0.050 0.011 0.095 0.035 0.123 0.168 0.093 0.737 0.023 0.012 0.866 0.356 1.174 0.630 0.390 0.530 0.119 0.113 11.275 12.079 0.514 0.695 0.902 1.055 0.471 0.252 0.477 0.668 0.171 0.230 0.336 0.712 1.269 0.655 362 chr1 47219449 47227127 + 0 NA Intergenic Intergenic -38552 NM_014774 9813 Hs.707688 NM_014774 ENSG00000159658 EFCAB14 KIAA0494 EF-hand calcium binding domain 14 protein-coding nan 2.325 nan 2.433 1.660 1.859 0.517 0.504 0.911 0.673 0.040 0.064 10.857 0.039 0.185 0.252 0.113 0.084 1.967 0.559 0.016 0.018 0.121 0.214 1.544 0.173 0.057 0.019 1.098 0.041 1.752 5.372 5.397 4.192 0.869 0.042 0.058 0.110 0.041 0.590 0.086 0.023 0.010 0.218 3.726 1.516 0.157 0.042 0.018 0.020 1.074 0.252 3.096 1.544 0.834 6.957 0.201 0.053 0.040 0.339 2.986 0.080 0.088 0.029 0.006 1.703 2.068 0.284 1.027 1.540 1.466 0.962 0.112 3.683 3.795 0.243 nan 7.103 5.185 0.235 0.118 2.152 nan 0.111 0.159 0.237 0.697 0.490 0.554 7002 chr20 45405099 45446446 + 0 NA Intergenic Intergenic 87493 NM_030777 81031 Hs.305971 NM_030777 ENSG00000197496 SLC2A10 ATS|GLUT10 solute carrier family 2 member 10 protein-coding nan nan 1.367 0.484 0.549 0.298 0.148 1.007 1.942 0.125 0.079 0.058 0.316 0.034 0.448 0.667 0.115 0.085 0.170 0.072 0.211 0.027 0.223 0.188 3.210 0.039 0.035 0.033 0.168 0.038 0.117 0.305 0.175 0.951 0.099 0.076 0.932 0.061 0.097 0.049 0.900 0.163 0.051 0.028 0.040 0.063 0.236 0.160 0.103 0.052 0.031 0.156 0.667 0.147 0.054 3.210 0.080 0.181 1.126 0.118 0.760 0.080 0.290 3.249 0.101 0.091 0.066 0.749 1.125 0.182 0.279 2.438 2.724 nan 0.979 0.481 0.509 0.873 1.373 1.975 2.061 nan 6.117 0.538 0.564 1.693 1.443 2.725 6.993 0.922 0.537 1379 chr10 21779212 21825260 + 0 NA TTS (NM_207371) TTS (NM_207371) 12375 NM_207371 387640 Hs.350848 NM_207371 ENSG00000180592 SKIDA1 C10orf140|DLN-1 SKI/DACH domain containing 1 protein-coding 2.909 1.890 1.622 0.764 2.968 1.913 1.080 1.473 2.900 0.675 3.211 1.256 0.385 0.315 1.625 1.344 3.088 0.343 0.929 0.312 4.008 2.754 1.058 0.629 1.694 1.072 1.140 1.337 1.235 0.322 0.555 0.911 0.809 2.006 0.356 3.480 0.716 9.216 0.198 1.267 1.564 0.907 1.596 0.739 0.488 0.478 1.103 1.598 2.954 1.406 1.266 1.915 1.344 1.186 2.236 1.694 0.829 0.849 0.482 4.208 1.411 2.016 1.826 1.865 0.469 1.855 1.326 4.244 4.323 1.404 2.508 1.824 1.570 4.715 1.605 1.144 1.082 3.222 4.086 2.594 4.233 3.786 4.478 2.016 3.339 3.075 2.607 4.701 5.238 1.725 0.989 8501 chr4 106628483 106637399 + 0 NA intron (NM_001031720, intron 1 of 11) MIR|SINE|MIR 971 NM_001031720 79807 Hs.161429 NM_024751 ENSG00000138780 GSTCD - glutathione S-transferase C-terminal domain containing protein-coding 2.023 nan nan 2.011 1.701 0.095 1.179 1.121 1.783 0.901 1.210 1.095 0.214 0.225 0.499 1.066 1.031 0.089 0.837 0.382 0.565 0.436 0.562 0.390 1.623 0.578 0.364 0.638 1.407 0.487 0.769 1.773 1.266 2.199 0.689 0.615 0.160 0.865 0.120 0.619 0.501 0.703 0.669 0.351 0.735 0.328 0.883 0.696 0.630 0.910 1.201 0.708 1.066 1.339 1.097 1.623 0.628 0.849 0.096 0.822 0.297 0.679 0.419 0.448 0.455 0.258 0.119 2.359 2.587 7.346 nan 1.586 1.688 1.355 0.691 2.769 3.340 1.436 nan 1.451 2.608 2.310 2.195 1.151 1.981 1.410 1.490 2.456 nan 1.762 0.986 6397 chr2 142991003 143006491 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -109477 NM_018557 53353 Hs.656461 NM_018557 ENSG00000168702 LRP1B LRP-1B|LRP-DIT|LRPDIT LDL receptor related protein 1B protein-coding 0.642 nan 0.577 0.065 0.068 0.029 0.051 0.083 0.238 0.039 0.095 0.004 0.039 0.040 0.091 0.077 0.093 0.065 0.024 0.033 0.070 0.089 0.085 0.009 0.014 0.019 0.101 0.083 0.150 0.041 0.359 0.057 0.032 0.062 0.014 0.090 0.062 0.053 0.019 0.021 0.035 0.093 0.039 0.026 0.073 0.026 0.091 0.069 0.006 0.085 0.032 0.032 0.038 0.030 0.019 0.015 0.068 0.079 0.019 0.015 0.007 0.338 0.205 12.702 6.998 0.189 0.260 0.077 0.047 0.111 0.135 1.245 1.447 0.316 0.353 0.366 0.144 0.127 0.175 0.192 0.147 0.268 0.506 0.208 0.228 11093 chr8 86088091 86091861 + 0 NA promoter-TSS (NR_134311) promoter-TSS (NR_134311) 357 NM_001951 1875 Hs.445758 NM_001951 ENSG00000133740 E2F5 E2F-5 E2F transcription factor 5 protein-coding 8.951 nan nan 2.552 6.382 0.812 3.239 2.334 4.640 0.636 2.888 2.167 1.722 1.780 2.575 5.629 0.416 0.173 3.784 1.104 4.168 4.825 1.486 0.672 5.561 1.820 2.187 3.601 3.068 1.062 2.941 2.569 2.240 7.467 1.654 2.995 1.240 4.237 0.147 1.347 2.389 4.715 5.446 2.240 1.731 0.822 3.418 1.984 4.990 11.874 2.372 1.818 5.629 6.024 4.789 5.561 1.420 2.145 0.490 2.438 4.385 1.838 1.413 1.681 0.962 1.497 0.890 2.825 3.313 4.105 7.110 10.040 8.084 7.236 4.482 11.032 10.854 2.944 3.759 10.650 15.733 4.867 5.814 1.547 4.917 7.890 4.493 6.480 4.354 3.990 2.216 4598 chr17 10730155 10737546 + 0 NA intron (NM_001101387, intron 1 of 1) MIRb|SINE|MIR 7568 NM_001101387 644139 Hs.553909 NM_001101387 ENSG00000233670 PIRT - phosphoinositide interacting regulator of transient receptor potential channels protein-coding 0.643 0.478 0.675 0.010 0.082 0.023 0.019 0.073 0.149 0.026 0.032 0.050 0.017 0.047 0.035 0.061 0.087 0.042 0.017 0.043 0.089 0.081 0.009 0.020 0.029 0.019 0.087 0.066 0.059 0.228 0.020 0.078 0.014 0.018 0.033 0.188 0.032 0.032 0.015 0.031 0.080 0.175 0.287 0.029 0.169 0.035 0.044 0.025 0.081 0.457 0.078 0.028 0.053 0.228 0.108 0.041 0.007 0.007 1.495 2.356 12.099 nan 0.155 0.291 0.080 0.072 0.301 0.269 0.101 0.166 0.142 0.115 nan 0.098 0.573 0.682 0.017 0.020 0.312 0.629 0.089 0.083 6420 chr2 153357927 153371468 + 0 NA intron (NM_052905, intron 1 of 25) intron (NM_052905, intron 1 of 25) 172946 NM_052905 114793 Hs.654630 NM_052905 ENSG00000157827 FMNL2 FHOD2 formin like 2 protein-coding nan 0.677 nan 0.563 0.092 0.052 0.790 0.107 0.292 0.990 1.809 2.345 0.686 0.073 0.086 0.246 0.479 0.048 1.499 0.867 4.315 0.010 0.070 0.102 0.156 2.250 1.104 0.650 0.132 0.155 0.123 0.191 0.265 0.440 0.691 4.505 0.028 0.169 0.069 0.087 0.095 1.570 1.646 0.865 1.007 1.523 0.406 3.562 0.761 0.304 1.257 0.823 0.246 0.456 7.077 0.156 0.587 0.031 0.058 0.591 0.025 1.979 0.037 0.192 1.141 0.948 0.854 0.294 0.287 0.234 0.372 0.191 0.204 0.073 0.071 0.254 0.307 1.005 1.459 0.252 0.318 0.389 0.203 0.203 0.233 0.029 0.052 0.493 1.113 0.326 0.324 3798 chr14 100466579 100470343 + 0 NA intron (NM_001330221, intron 1 of 13) MER4-int|LTR|ERV1 30649 NM_001330221 51466 Hs.125867 NM_016337 ENSG00000196405 EVL RNB6 Enah/Vasp-like protein-coding 1.050 0.630 0.621 0.099 0.120 0.030 0.075 0.183 0.108 0.026 0.063 7.958 0.027 0.023 0.136 0.160 0.212 0.167 0.050 0.051 0.085 0.052 0.127 0.030 0.019 0.040 0.073 0.028 0.099 0.234 0.144 0.384 0.039 0.014 0.059 0.075 0.043 0.024 0.033 0.021 0.057 0.095 0.138 0.080 0.108 0.038 0.042 0.071 0.136 0.056 0.025 0.127 0.262 1.225 0.046 0.021 0.052 0.081 0.015 0.026 0.232 0.114 0.223 0.371 0.264 0.294 0.052 0.082 0.147 0.070 0.227 0.305 0.185 0.310 0.365 0.233 0.129 0.030 0.078 0.131 0.114 0.245 0.248 0.243 407 chr1 59235215 59253550 + 0 NA Intergenic Intergenic 5403 NM_002228 3725 Hs.696684 NM_002228 ENSG00000177606 JUN AP-1|AP1|c-Jun|p39 Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 3.205 2.581 5.318 2.110 2.816 1.423 1.943 1.528 2.600 0.811 2.340 1.102 0.825 1.330 1.344 1.775 2.281 0.245 2.218 0.755 1.126 0.060 2.559 1.081 5.014 1.229 1.463 0.624 2.682 0.930 1.141 nan 2.616 6.857 1.249 0.415 0.584 0.509 0.101 0.811 2.204 2.591 1.453 0.640 1.325 2.073 2.546 2.628 0.678 1.984 0.875 1.147 1.775 4.358 3.533 5.014 0.422 0.970 0.818 2.266 1.545 0.737 0.276 0.539 1.497 1.373 1.324 1.287 2.193 2.116 3.348 7.256 5.232 4.455 2.484 4.690 4.984 2.915 3.936 5.334 6.902 1.673 2.413 1.193 1.783 2.362 1.753 1.511 nan 2.738 1.487 2496 chr12 13019429 13067135 + 0 NA promoter-TSS (NM_003979) promoter-TSS (NM_003979) -674 NM_003979 9052 Hs.631733 NM_003979 ENSG00000013588 GPRC5A GPCR5A|PEIG-1|RAI3|RAIG1|TIG1 G protein-coupled receptor class C group 5 member A protein-coding 0.900 0.972 1.123 5.233 0.253 0.115 2.535 0.147 0.295 0.920 0.322 3.031 2.276 0.044 0.091 0.366 0.220 0.064 2.118 0.911 2.939 0.043 0.193 0.168 0.223 2.323 1.884 1.399 3.332 2.325 2.324 4.542 2.913 0.763 0.822 0.814 0.024 0.153 0.130 0.436 0.163 4.183 2.231 0.901 1.767 2.404 2.362 2.285 3.251 2.213 0.693 1.490 0.366 3.491 1.615 0.223 1.047 2.326 0.020 3.710 0.025 1.337 0.232 0.103 0.550 2.242 1.599 0.243 0.183 0.507 1.855 nan 0.711 0.309 0.146 0.643 0.757 0.327 0.551 0.229 0.294 0.484 0.371 0.390 0.517 0.120 0.147 0.331 0.602 0.342 0.329 3686 chr14 74001991 74006031 + 0 NA promoter-TSS (NM_001037161) promoter-TSS (NM_001037161) 83 NM_001037161 641371 Hs.446685 NM_001037161 ENSG00000184227 ACOT1 ACH2|CTE-1|LACH2 acyl-CoA thioesterase 1 protein-coding 2.211 3.545 2.201 0.177 0.500 1.793 2.824 1.185 2.531 0.142 1.095 0.824 2.396 1.536 1.557 0.575 4.510 1.077 0.077 0.047 5.564 0.451 0.973 0.341 0.267 3.770 5.344 0.656 3.017 0.756 0.141 0.787 2.704 0.464 1.699 0.232 0.612 3.095 0.140 0.377 0.982 6.540 14.357 5.091 1.432 0.457 0.071 5.667 1.936 7.000 2.300 5.494 0.575 0.211 1.574 0.267 4.032 0.266 0.623 5.068 0.865 1.490 0.918 0.336 2.416 0.185 0.113 0.473 0.700 0.959 1.907 0.431 0.275 0.351 0.149 2.378 2.483 0.184 0.262 5.172 nan 0.421 0.399 1.391 1.959 4.098 2.085 0.502 1.311 1.713 nan 5351 chr18 53113947 53181658 + 0 NA intron (NM_001348219, intron 2 of 18) intron (NM_001348219, intron 2 of 18) 1350 NR_039754 100616290 NR_039754 ENSG00000264571 MIR4529 - microRNA 4529 ncRNA nan 0.827 0.940 0.118 0.308 0.056 0.039 0.486 0.829 0.007 0.254 1.156 0.005 0.049 0.338 0.360 0.506 0.107 0.034 0.014 0.023 0.022 0.582 0.349 0.781 0.077 0.021 0.027 0.025 0.019 0.043 0.026 0.053 0.453 0.050 0.521 0.596 2.281 0.110 0.051 0.171 0.148 0.019 0.026 0.037 0.032 0.186 1.023 0.047 0.199 0.014 0.023 0.360 0.025 0.016 0.781 0.014 0.018 0.064 0.043 0.621 0.040 0.676 0.175 0.161 0.014 0.009 0.561 0.483 2.136 2.507 1.032 1.076 5.011 2.505 0.650 0.677 1.229 1.459 0.600 0.607 0.472 0.245 0.633 0.862 2.124 2.465 0.287 0.556 nan 1.818 10629 chr7 117286976 117316411 + 0 NA intron (NM_000492, intron 24 of 26) intron (NM_000492, intron 24 of 26) -96963 NR_149084 111082987 Hs.583149 NR_149084 ENSG00000232661 CFTR-AS1 BGas CFTR antisense RNA 1 ncRNA nan 0.813 0.986 0.123 0.516 0.157 0.121 0.092 0.208 0.026 0.183 0.341 0.093 0.074 0.103 0.072 0.223 0.123 0.238 0.155 0.047 0.019 0.107 0.140 0.431 0.349 0.114 0.015 0.392 0.179 0.580 1.803 5.482 1.245 0.238 0.123 0.039 0.044 0.151 0.112 0.054 0.097 0.023 0.013 0.145 0.263 0.091 0.163 0.328 0.038 0.108 0.145 0.072 0.166 0.044 0.431 0.062 0.118 0.003 0.144 0.138 0.164 0.050 0.021 0.028 0.431 0.905 0.337 0.237 0.268 0.573 0.238 0.289 0.134 0.063 0.224 0.225 0.184 0.303 0.521 0.571 0.361 0.180 0.119 0.193 0.089 0.074 0.169 0.209 1.809 1.119 4511 chr16 88715973 88719293 + 0 NA promoter-TSS (NM_000101) promoter-TSS (NM_000101) -141 NM_000101 1535 Hs.513803 NM_000101 ENSG00000051523 CYBA p22-PHOX cytochrome b-245 alpha chain protein-coding nan 1.190 2.394 5.885 5.744 2.292 2.950 0.884 1.249 0.662 1.108 2.601 0.002 5.845 1.694 0.571 0.010 0.144 9.587 3.508 0.220 0.126 1.077 0.913 6.204 2.907 3.157 0.369 0.571 0.065 0.658 1.677 0.554 0.588 1.143 3.036 0.058 1.068 0.082 0.036 0.165 12.637 14.620 5.982 3.252 2.391 1.217 0.180 6.262 4.084 0.168 0.100 0.571 9.477 0.316 6.204 2.893 0.049 0.237 4.045 4.328 2.655 0.151 0.036 0.687 0.031 0.688 2.311 0.925 1.400 1.038 1.143 5.013 1.115 3.152 2.740 0.177 0.255 7.010 6.826 0.491 0.672 0.582 1.008 0.456 0.455 0.254 0.493 0.782 0.483 7844 chr3 133378651 133383420 + 0 NA promoter-TSS (NM_007027) promoter-TSS (NM_007027) 205 NM_001354703 7018 Hs.518267 NM_001063 ENSG00000091513 TF HEL-S-71p|PRO1557|PRO2086|TFQTL1 transferrin protein-coding 5.493 nan nan 5.096 4.092 3.586 2.757 3.508 6.336 0.663 2.240 1.179 0.482 1.259 2.979 3.834 2.930 0.306 1.796 0.517 1.488 0.492 4.553 2.504 4.063 1.017 1.183 1.191 2.928 1.212 2.435 5.163 2.381 5.539 1.288 2.185 0.581 1.364 0.103 0.468 2.507 3.034 2.948 1.180 1.923 1.177 1.637 1.620 1.578 4.092 1.602 2.086 3.834 2.484 3.706 4.063 0.774 1.228 1.160 3.841 1.937 1.433 1.454 0.954 1.402 0.963 0.905 4.716 3.644 4.746 6.121 10.996 10.569 13.467 8.745 14.923 15.518 5.720 7.706 5.499 7.924 nan 8.122 3.862 5.848 3.318 4.712 3.545 4.096 4.188 2.705 11676 chr9 101007944 101020350 + 0 NA exon (NM_001267571, exon 2 of 13) exon (NM_001267571, exon 2 of 13) 3856 NM_001267571 55357 Hs.371016 NM_018421 ENSG00000095383 TBC1D2 PARIS-1|PARIS1|TBC1D2A TBC1 domain family member 2 protein-coding 1.399 1.398 1.997 1.642 2.011 0.483 4.992 0.543 1.128 1.406 1.698 1.194 0.646 0.270 0.838 0.922 0.512 0.196 3.342 1.703 0.911 0.291 0.480 0.326 1.379 6.729 8.216 1.473 6.242 1.795 1.818 3.498 2.089 3.170 1.925 1.250 0.354 0.446 0.070 1.099 0.630 4.738 2.507 1.230 2.950 1.772 2.973 6.142 1.673 1.612 2.589 4.479 0.922 1.968 1.678 1.379 1.973 1.284 0.385 1.097 0.934 2.052 0.207 0.398 2.983 6.764 6.331 0.965 1.197 1.440 2.997 2.422 1.912 1.014 0.460 1.159 1.104 0.952 1.301 2.529 nan 2.207 2.618 0.576 0.822 1.643 1.341 1.012 1.433 nan 0.815 10884 chr8 31678135 31705855 + 0 NA intron (NM_013962, intron 1 of 4) AluJo|SINE|Alu -191257 NR_104158 100856811 Hs.97362 NR_104156 NRG1-IT1 - NRG1 intronic transcript 1 ncRNA 0.809 2.202 nan 0.382 0.168 0.362 0.435 0.110 0.232 0.002 0.092 0.364 0.020 0.229 0.286 0.303 0.073 0.075 0.160 0.130 0.057 0.005 0.308 0.160 0.048 0.587 0.265 0.003 0.216 0.027 0.288 1.034 0.335 2.899 0.611 0.062 0.366 0.145 0.120 0.371 0.069 0.146 0.039 0.019 0.345 0.042 0.035 0.231 0.365 0.119 0.191 0.214 0.303 0.047 0.071 0.048 0.268 0.021 0.145 0.051 0.376 0.225 0.239 0.321 0.116 0.021 0.007 0.439 0.430 0.247 0.594 0.401 0.530 0.112 0.070 0.189 0.184 0.540 0.807 1.150 0.914 1.494 1.153 0.164 0.349 1.218 2.586 0.530 1.225 1.255 0.916 1167 chr1 226287756 226324863 + 0 NA Intergenic Intergenic -29395 NR_146443 107985353 Hs.735455 NR_146443 ENSG00000234478 ACBD3-AS1 - ACBD3 antisense RNA 1 ncRNA 2.694 nan 5.736 1.889 1.709 1.538 1.629 1.226 2.511 0.298 0.858 0.561 0.677 1.024 0.592 1.886 0.424 0.169 1.118 0.465 0.218 0.528 1.792 0.804 1.689 1.441 1.389 0.491 1.434 1.003 1.683 4.577 0.998 2.170 0.548 1.640 0.490 0.789 0.111 0.262 0.291 0.982 0.583 0.301 1.935 1.377 1.020 0.559 1.738 0.632 1.278 1.017 1.886 0.993 0.449 1.689 0.890 0.634 0.309 1.216 1.435 0.381 0.376 0.520 0.162 0.141 0.080 1.314 1.704 2.140 3.248 3.223 nan 2.872 0.892 2.622 2.510 1.202 1.675 3.130 4.291 1.465 1.538 0.624 1.029 1.971 1.565 1.463 2.220 1.595 1.019 1393 chr10 25232718 25253153 + 0 NA Intergenic Intergenic -1362 NM_001282786 56952 Hs.405619 NM_020200 ENSG00000099256 PRTFDC1 HHGP phosphoribosyl transferase domain containing 1 protein-coding 1.377 1.398 1.739 1.368 0.763 0.741 1.371 1.106 1.751 0.861 1.996 3.578 0.103 0.035 0.335 1.029 3.573 0.610 0.674 0.531 0.867 0.508 0.414 0.311 1.563 1.155 0.956 0.613 1.021 0.453 0.194 0.527 0.189 0.718 0.426 2.374 0.112 0.737 0.093 1.358 0.917 0.130 0.632 0.321 0.553 0.341 0.557 1.485 1.078 1.186 1.645 2.219 1.029 0.445 0.163 1.563 1.987 0.251 0.274 1.109 0.512 1.726 0.193 0.556 1.419 1.011 0.674 0.472 0.483 1.713 3.447 1.909 1.793 5.035 2.460 0.592 0.604 2.151 2.649 1.225 1.995 1.040 1.242 0.601 0.566 0.759 0.694 0.765 1.170 1.005 0.550 10382 chr7 57545895 57556181 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 41155 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 3.957 3.559 0.334 0.476 0.223 0.182 0.875 1.105 0.140 0.356 0.386 0.024 0.592 0.449 0.837 0.468 5.651 0.217 0.054 0.487 0.605 1.566 0.307 0.020 0.244 0.072 0.676 0.010 0.279 0.396 0.682 1.577 0.601 0.275 0.296 1.654 0.011 0.232 0.559 0.312 0.144 0.956 0.393 1.051 0.301 0.137 0.069 0.395 0.837 0.244 0.143 0.307 0.239 0.274 0.196 0.145 0.175 0.316 0.425 0.413 0.127 0.133 0.131 1.156 0.490 0.362 0.532 0.876 1.324 0.475 0.347 0.725 0.512 1.089 1.453 0.695 0.823 1.468 0.450 0.564 1.047 0.427 0.688 0.616 0.997 0.361 0.674 6252 chr2 96344671 96396301 + 0 NA Intergenic Intergenic 112720 NM_138800 129868 Hs.232026 NM_138800 ENSG00000144015 TRIM43 TRIM43A tripartite motif containing 43 protein-coding 0.675 0.644 0.870 0.103 0.065 0.030 1.229 0.134 0.214 0.030 0.111 0.116 0.036 0.021 0.094 0.113 0.099 0.087 0.185 0.077 0.028 0.022 0.118 0.120 0.070 1.215 0.740 0.038 0.606 0.131 0.909 4.072 2.574 0.460 0.243 0.081 0.011 0.053 0.087 0.536 0.051 0.166 0.079 0.050 0.244 0.127 0.125 0.474 0.115 0.136 0.035 0.091 0.113 0.205 0.863 0.070 0.031 0.040 0.094 0.291 0.034 0.364 0.086 0.175 0.321 0.084 0.105 1.006 1.123 0.326 0.375 0.753 0.744 0.295 0.123 0.312 0.347 0.149 0.305 0.157 0.184 0.487 0.272 0.236 0.334 0.055 0.075 0.427 0.872 0.266 0.264 5490 chr19 3171083 3178948 + 0 NA Intergenic Intergenic -3721 NM_003775 8698 Hs.662006 NM_003775 ENSG00000125910 S1PR4 EDG6|LPC1|S1P4|SLP4 sphingosine-1-phosphate receptor 4 protein-coding 0.463 0.505 1.192 1.377 0.158 0.198 2.994 0.142 0.386 0.486 1.014 0.457 3.331 0.037 0.125 0.244 0.200 2.971 1.616 0.288 0.120 0.062 0.138 4.486 6.600 0.310 3.449 1.692 1.517 4.844 1.802 0.795 1.293 0.592 0.012 0.041 0.027 1.008 0.069 1.066 0.409 0.286 3.877 2.429 0.820 0.596 1.428 0.818 0.362 2.336 0.244 5.972 2.098 0.138 2.526 1.008 0.087 0.367 0.132 3.381 0.176 0.015 1.894 0.044 0.046 0.274 0.366 0.184 0.422 0.607 0.484 0.441 0.085 0.260 0.281 0.186 0.484 0.117 nan 0.445 0.295 0.306 0.265 0.128 0.210 0.127 0.197 0.340 0.317 6705 chr2 232224019 232277841 + 0 NA Intergenic Intergenic -9405 NM_145236 93010 Hs.299329 NM_145236 ENSG00000156966 B3GNT7 beta3GnT7 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 7 protein-coding 1.096 nan 0.902 0.482 0.375 0.092 1.701 0.128 0.285 0.233 0.459 0.688 0.137 0.095 0.055 0.290 0.058 0.062 0.588 0.282 0.209 0.041 0.133 0.097 0.202 0.371 0.206 0.173 0.166 0.341 1.097 5.274 1.222 0.466 1.279 0.865 0.028 0.173 0.115 0.406 0.069 0.771 0.195 0.124 0.370 0.380 0.816 0.170 0.916 0.239 0.278 1.114 0.290 0.761 0.569 0.202 0.252 1.040 0.223 0.557 0.428 0.967 0.055 0.258 0.356 0.112 0.066 0.492 0.448 0.820 1.516 0.384 0.412 1.033 0.380 0.460 0.485 0.164 0.318 1.625 nan 0.785 0.629 0.358 0.422 0.251 0.421 0.662 1.376 0.411 0.391 10180 chr7 14016132 14033062 + 0 NA intron (NM_001163147, intron 4 of 11) intron (NM_001163147, intron 4 of 11) 1542 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 2.544 nan 1.652 1.370 0.750 1.295 1.115 1.984 0.762 1.470 2.280 0.227 0.950 0.985 1.272 3.869 0.106 0.735 0.237 1.747 2.032 5.463 2.938 0.964 2.565 2.145 0.381 2.683 0.730 1.728 2.682 5.187 5.971 0.687 4.401 0.780 0.841 0.168 3.385 0.711 2.023 0.630 0.322 0.497 0.286 0.311 2.205 0.745 1.283 1.711 0.150 1.272 1.208 3.339 0.964 1.034 0.174 0.149 1.390 2.492 1.089 0.023 0.051 2.567 0.486 0.620 nan 0.574 0.376 0.436 3.011 2.684 3.295 1.127 2.002 1.992 5.571 6.313 2.783 4.382 1.130 0.985 0.121 0.133 3.387 3.611 0.286 0.415 1.492 0.852 9409 chr6 5748311 5754668 + 0 NA intron (NM_006567, intron 6 of 6) intron (NM_006567, intron 6 of 6) -55984 NR_110842 101927950 Hs.571136 NR_110842 ENSG00000270174 LOC101927950 - uncharacterized LOC101927950 ncRNA 1.570 0.750 1.212 0.043 0.684 0.244 1.013 0.253 0.882 0.030 1.295 1.853 0.010 0.079 0.098 1.169 1.546 0.128 0.651 0.535 0.010 0.125 0.141 0.847 3.387 3.379 0.087 0.522 2.114 0.202 0.142 0.436 3.109 0.106 0.105 0.080 0.389 0.588 0.262 0.277 0.123 0.051 0.036 0.106 1.735 0.128 0.057 0.098 1.070 1.169 0.393 0.144 0.847 0.652 0.117 0.320 0.146 5.386 0.136 0.062 1.843 0.165 0.009 0.444 0.436 0.192 0.528 0.496 0.300 2.166 0.254 0.544 0.364 1.350 1.302 1.996 2.192 1.463 1.083 0.251 0.324 0.147 0.487 2.550 5.597 0.707 0.728 5248 chr18 31851247 31864873 + 0 NA Intergenic Intergenic -54545 NM_001198548 8715 Hs.514795 NM_003787 ENSG00000101746 NOL4 CT125|HRIHFB2255|NOLP nucleolar protein 4 protein-coding nan 0.893 0.878 0.085 1.582 0.129 0.010 0.305 0.564 0.007 0.071 0.048 0.027 0.081 0.158 0.432 0.044 0.060 0.055 0.004 0.031 1.719 0.825 0.366 0.011 0.011 0.050 0.009 0.059 0.033 0.037 0.708 0.011 0.031 1.408 0.039 0.086 0.008 0.214 0.039 0.009 0.017 0.008 0.072 0.065 0.018 0.031 0.035 0.044 0.432 0.026 0.014 0.366 0.001 0.064 0.009 0.097 0.012 0.051 0.064 0.017 0.004 0.424 0.362 0.158 0.228 1.338 1.434 6.915 3.550 0.132 0.133 0.754 0.920 nan 0.770 0.393 0.162 0.087 0.186 7.103 6.287 0.208 0.364 6.237 3.111 10998 chr8 62379436 62384985 + 0 NA intron (NM_173519, intron 5 of 5) intron (NM_173519, intron 5 of 5) 181685 NM_173519 157807 Hs.591874 NM_173519 ENSG00000177182 CLVS1 C6orf212L|CRALBPL|RLBP1L1 clavesin 1 protein-coding 2.373 0.649 1.766 0.170 0.145 0.059 0.039 0.116 0.254 0.017 0.099 0.051 0.011 0.118 0.322 0.081 0.057 0.057 0.035 0.023 0.025 0.141 0.079 0.194 0.038 0.040 0.026 0.098 0.019 0.127 0.264 0.063 0.431 0.060 0.058 0.580 0.039 0.098 0.043 0.156 0.149 0.032 0.057 0.079 0.069 0.069 0.232 0.059 0.103 0.086 0.036 0.322 0.117 0.017 0.194 0.110 0.053 4.322 0.021 0.195 0.014 0.140 0.311 0.014 0.413 0.240 0.260 0.295 0.610 0.851 1.077 0.425 0.170 0.125 4.820 nan 0.227 0.264 nan 1.459 0.384 0.584 1.737 1.947 0.578 1.334 1.778 1.381 10679 chr7 134191189 134223566 + 0 NA Intergenic MER4A1|LTR|ERV1 -4967 NM_020299 57016 Hs.116724 NM_020299 ENSG00000198074 AKR1B10 AKR1B11|AKR1B12|ALDRLn|ARL-1|ARL1|HIS|HSI aldo-keto reductase family 1 member B10 protein-coding nan nan nan 0.193 0.095 0.097 1.450 0.099 0.149 0.454 1.478 2.947 0.015 0.040 0.174 0.198 0.186 0.139 0.469 0.493 0.185 0.106 0.122 0.061 1.059 0.878 0.027 0.388 0.365 0.246 0.463 0.675 0.245 0.234 3.845 0.009 0.074 0.146 0.256 0.209 0.256 0.112 0.097 0.609 0.138 3.717 0.486 4.023 0.060 0.506 1.786 0.198 0.284 0.514 0.061 0.965 0.845 0.388 0.112 0.072 0.612 0.080 0.587 0.328 0.023 0.011 0.521 0.307 0.230 0.427 0.420 0.518 nan 0.092 0.324 0.363 0.195 nan 0.356 0.416 nan 2.372 0.271 0.397 0.066 0.138 0.973 3.649 0.684 nan 9353 chr5 174894801 174907462 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4370 NM_001322977 94081 Hs.369440 NM_022754 ENSG00000164466 SFXN1 SLC56A1|TCC sideroflexin 1 protein-coding 1.595 1.147 1.359 0.560 0.644 0.680 0.475 0.469 0.674 0.310 0.656 0.428 0.363 0.181 1.146 0.424 0.378 0.203 0.543 0.183 0.414 0.219 0.383 0.335 2.323 0.534 0.322 0.486 0.824 0.283 0.516 0.736 0.377 2.751 0.186 0.633 0.249 0.850 0.165 0.466 0.558 0.103 0.917 0.627 0.611 0.158 0.342 0.443 1.136 1.030 0.694 0.608 0.424 0.487 0.864 2.323 0.464 0.398 0.223 0.921 0.640 0.281 0.317 0.332 0.547 0.550 0.320 0.860 1.033 4.372 nan 1.971 1.944 1.435 0.745 0.986 1.015 0.954 nan 1.411 1.984 2.491 2.510 0.703 1.338 1.157 1.133 0.950 1.362 0.954 0.616 9830 chr6 107190653 107206986 + 0 NA intron (NR_147987, intron 1 of 2) intron (NR_147987, intron 1 of 2) -33181 NR_030314 693172 NR_030314 ENSG00000207577 MIR587 MIRN587|hsa-mir-587 microRNA 587 ncRNA 1.373 nan nan 0.393 4.124 0.232 0.335 3.722 6.573 0.199 0.386 0.238 2.128 1.332 2.593 0.847 0.105 0.059 0.642 0.534 0.119 0.008 0.941 0.366 3.874 1.234 0.805 0.022 0.433 0.645 0.990 2.094 1.569 2.711 0.876 2.319 0.338 0.027 0.103 0.094 0.330 0.485 0.236 0.076 1.108 0.540 0.791 0.104 0.857 0.039 0.642 1.367 0.847 2.265 0.017 3.874 0.841 0.718 0.254 0.059 4.252 0.656 0.560 0.076 0.550 0.028 0.006 7.619 5.073 0.511 1.550 1.324 nan 6.913 2.471 0.301 0.335 0.296 0.540 6.612 5.293 nan 0.904 0.405 0.792 3.077 2.654 0.148 0.239 2.045 1.077 5567 chr19 16982396 17008965 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -3991 NM_003950 9002 Hs.137574 NM_003950 ENSG00000127533 F2RL3 PAR4 F2R like thrombin or trypsin receptor 3 protein-coding 1.258 0.826 0.860 0.135 0.343 0.123 1.197 0.148 0.331 0.057 0.449 0.125 0.021 0.753 0.054 0.269 0.068 0.054 0.206 0.129 0.036 0.068 0.047 0.059 0.119 1.111 1.116 0.070 0.205 0.116 2.214 nan 0.203 0.309 0.192 0.099 0.032 0.260 0.059 0.142 0.054 0.145 0.201 0.155 0.061 0.249 0.204 0.116 0.153 0.398 0.068 0.219 0.269 0.522 0.056 0.119 0.078 0.209 0.141 0.143 2.764 0.249 0.008 0.163 0.088 0.011 0.006 0.330 0.313 0.392 0.495 0.331 0.343 1.672 0.382 0.468 0.481 0.216 0.335 0.803 0.606 0.515 0.376 0.169 0.161 0.461 0.799 0.457 0.666 1.809 0.981 10159 chr7 8629988 8646790 + 0 NA intron (NM_152745, intron 2 of 2) intron (NM_152745, intron 2 of 2) 164804 NM_152745 30010 Hs.487564 NM_152745 ENSG00000122584 NXPH1 NPH1|Nbla00697 neurexophilin 1 protein-coding 1.009 1.587 1.596 0.085 0.231 0.027 0.008 0.190 0.318 0.006 0.074 0.093 0.026 0.047 0.172 0.182 0.132 0.057 0.107 0.022 0.052 0.299 0.270 0.494 0.070 0.018 0.102 0.025 1.133 nan 1.554 nan 0.078 0.088 0.867 0.032 0.177 0.007 0.095 0.093 0.029 0.005 0.039 0.032 0.074 0.095 0.015 0.029 0.056 0.278 0.182 0.059 0.049 0.494 0.154 0.060 0.010 0.163 0.043 0.087 0.264 0.121 0.010 0.015 0.511 0.399 0.120 nan 0.597 0.726 nan 1.381 0.457 0.355 0.671 0.853 nan 0.443 0.267 0.122 0.184 0.240 2.799 3.402 0.368 0.632 1.128 0.702 2489 chr12 12508975 12512940 + 0 NA promoter-TSS (NR_024061) promoter-TSS (NR_024061) 944 NM_058169 118426 Hs.504805 NM_058169 ENSG00000165714 BORCS5 LOH12CR1|LOH1CR12 BLOC-1 related complex subunit 5 protein-coding 6.447 2.876 6.062 3.327 8.782 3.985 2.220 2.455 4.047 1.158 1.850 4.601 0.293 1.766 3.876 3.151 0.566 0.080 1.949 0.907 2.610 0.664 3.753 1.733 6.087 3.707 2.762 0.702 4.044 1.442 2.962 4.869 3.071 8.438 0.698 2.241 0.912 2.870 0.257 1.334 1.768 1.401 1.565 0.867 2.033 2.081 3.389 2.880 5.066 4.748 1.812 1.862 3.151 3.091 5.435 6.087 1.421 1.760 0.947 5.129 1.753 1.934 1.418 1.845 0.777 0.899 0.396 3.263 4.047 4.225 6.148 nan 11.459 17.520 7.797 7.459 7.846 5.398 6.153 6.316 6.729 4.773 5.661 2.048 3.699 4.171 4.249 6.129 7.149 3.682 1.810 4948 chr17 70109236 70182430 + 0 NA Intergenic Intergenic 28672 NM_000346 6662 Hs.647409 NM_000346 ENSG00000125398 SOX9 CMD1|CMPD1|SRA1|SRXX2|SRXY10 SRY-box 9 protein-coding 1.361 0.818 0.907 0.771 0.393 0.084 0.784 0.406 0.839 0.170 0.146 0.951 0.007 0.196 0.119 0.298 0.357 0.161 0.468 0.259 0.154 0.032 0.201 0.156 0.538 0.198 0.067 0.019 0.303 0.170 0.394 0.889 0.229 1.041 0.454 0.667 0.090 0.039 0.105 0.384 0.081 0.329 0.108 0.085 0.217 0.051 0.515 0.389 1.014 0.502 0.286 0.499 0.298 0.553 0.391 0.538 0.244 0.329 0.172 0.269 0.073 0.355 2.121 0.074 0.336 0.704 0.681 4.649 5.414 9.815 7.793 0.522 0.575 1.575 0.473 3.399 3.605 nan 1.408 0.907 0.866 1.227 1.125 2.232 3.788 0.406 0.467 0.120 0.226 nan 0.572 6805 chr20 3868208 3880397 + 0 NA intron (NM_001324191, intron 2 of 7) intron (NM_001324191, intron 2 of 7) 3853 NM_001324193 80025 Hs.114180 NM_024960 ENSG00000125779 PANK2 C20orf48|HARP|HSS|NBIA1|PKAN pantothenate kinase 2 protein-coding 3.862 3.907 5.884 1.773 3.448 2.334 1.222 1.688 2.732 0.716 2.639 1.301 1.107 1.290 2.717 2.102 1.431 0.249 1.861 0.567 1.007 1.957 1.235 0.830 2.477 1.319 1.467 1.244 0.679 0.708 2.126 3.869 1.917 6.195 1.140 2.079 0.758 2.206 0.119 0.589 1.148 2.110 2.584 1.204 1.174 0.946 1.623 2.292 3.292 2.357 0.687 1.723 2.102 1.677 1.254 2.477 1.124 1.278 0.750 2.236 1.344 1.596 1.071 1.301 0.992 1.462 0.930 3.545 3.998 3.247 4.128 5.260 4.494 4.706 1.939 2.826 2.909 3.001 3.518 6.687 9.314 4.950 5.062 1.851 3.829 3.020 3.315 3.046 4.009 2.149 1.019 2509 chr12 14985932 15008468 + 0 NA promoter-TSS (NM_001354646) promoter-TSS (NM_001354646) -733 NM_001354646 420 Hs.591158 NM_021071 ENSG00000111339 ART4 ARTC4|CD297|DO|DOK1 ADP-ribosyltransferase 4 (Dombrock blood group) protein-coding 1.013 0.663 1.045 0.223 0.240 0.086 0.529 0.099 0.259 0.271 0.311 3.174 0.008 0.342 0.083 0.197 0.449 0.050 0.579 0.471 0.334 0.037 0.173 0.157 0.085 0.741 0.276 0.105 0.842 0.678 0.448 1.302 0.413 0.448 0.448 0.122 0.008 0.101 0.114 0.372 0.164 1.492 0.560 0.350 0.353 0.232 0.690 1.165 0.278 0.289 0.150 0.222 0.197 0.168 0.181 0.085 0.065 0.345 0.043 0.592 0.076 0.414 0.062 0.286 0.109 0.438 0.363 0.168 0.138 2.390 7.406 nan 0.565 0.362 0.159 0.275 0.285 0.742 1.103 0.477 0.440 0.534 0.241 0.162 0.260 0.054 0.052 0.446 1.549 0.459 0.409 2955 chr12 112204281 112216745 + 0 NA intron (NM_000690, intron 1 of 12) AluJo|SINE|Alu 5822 NM_000690 217 Hs.604551 NM_000690 ENSG00000111275 ALDH2 ALDH-E2|ALDHI|ALDM aldehyde dehydrogenase 2 family member protein-coding nan nan 1.200 0.379 0.620 0.182 2.080 0.360 0.577 0.076 0.997 0.925 0.243 1.664 0.158 0.530 2.090 0.194 0.334 0.198 0.066 0.248 0.289 0.189 0.716 2.373 1.880 0.077 0.479 0.779 0.664 2.370 2.312 1.688 0.080 0.300 0.023 0.728 0.103 0.114 0.147 0.171 0.378 0.163 3.479 0.418 0.378 0.498 5.207 0.284 0.563 3.869 0.530 0.223 0.911 0.716 0.903 2.390 0.079 0.572 0.311 0.241 1.052 0.342 0.115 0.255 0.110 1.092 1.710 1.422 2.265 nan nan nan 0.402 3.202 3.531 0.379 0.617 nan nan 0.523 0.502 1.308 1.487 0.163 0.231 0.829 1.379 nan 1.034 4919 chr17 62768347 62792619 + 0 NA TTS (NR_024386) TTS (NR_024386) -2366 NR_026899 109286553 Hs.117853 NR_026899 ENSG00000215769 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3 - ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3 readthrough, transcribed pseudogene pseudo 1.449 nan 1.841 1.430 1.069 0.217 2.470 0.486 0.886 0.594 0.476 0.152 0.255 0.664 0.359 0.274 0.228 0.093 1.560 0.726 0.251 0.074 0.298 0.268 0.468 2.582 3.502 0.514 2.051 1.075 1.934 4.236 2.219 0.740 1.047 0.191 0.058 0.106 0.090 1.382 0.236 2.051 0.428 0.270 2.412 0.543 0.861 0.502 1.052 1.094 0.364 2.690 0.274 2.101 1.426 0.468 0.714 1.681 0.184 1.205 0.251 0.591 0.143 0.403 3.087 0.102 0.083 0.973 1.664 1.028 1.577 1.099 0.918 1.618 0.447 1.796 1.996 0.270 nan 1.206 1.530 2.221 2.615 0.437 0.661 0.287 0.290 0.691 1.453 0.919 0.630 964 chr1 186725258 186783732 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -43537 NM_024420 5321 Hs.497200 NM_024420 ENSG00000116711 PLA2G4A PLA2G4|cPLA2|cPLA2-alpha phospholipase A2 group IVA protein-coding nan nan 1.077 0.110 0.110 0.019 0.030 0.093 0.170 0.010 0.088 0.398 0.014 0.041 0.074 0.155 0.253 0.115 0.204 0.094 0.067 0.007 0.126 0.165 0.058 0.027 0.021 0.014 0.200 0.116 0.553 2.946 3.383 0.316 0.125 0.183 0.025 0.052 0.124 0.149 0.023 0.053 0.056 0.047 0.122 0.075 0.106 0.095 0.308 0.030 0.065 0.278 0.155 0.097 0.033 0.058 0.165 0.065 0.007 0.027 0.085 0.018 0.110 0.186 0.117 0.039 0.030 0.507 0.349 0.393 0.584 0.371 nan 0.135 0.074 nan 0.427 0.459 0.654 0.292 0.367 0.397 0.152 0.248 0.408 0.083 0.129 0.423 nan 0.327 0.409 4210 chr16 4700817 4718563 + 0 NA intron (NR_102267, intron 5 of 14) intron (NR_102267, intron 5 of 14) -11629 NR_106827 102466731 NR_106827 ENSG00000276641 MIR6769A hsa-mir-6769a microRNA 6769a ncRNA 0.966 nan 2.355 0.213 1.517 3.696 1.373 0.141 0.321 0.049 0.798 0.120 0.008 0.135 0.154 0.492 0.108 0.181 0.402 0.118 0.065 0.055 0.528 0.376 0.809 0.604 0.480 0.138 0.427 0.232 0.678 2.635 1.987 1.708 0.437 0.116 0.416 0.055 0.079 0.206 0.130 0.151 0.085 0.053 0.616 0.863 0.114 0.168 0.697 0.108 0.080 0.691 0.492 0.320 0.104 0.809 0.138 0.055 0.499 0.183 0.205 0.302 0.022 0.119 0.309 0.032 0.020 0.351 0.405 0.194 0.273 2.125 2.038 nan 0.665 0.423 0.470 0.380 nan 1.458 1.732 0.642 0.685 0.183 0.264 1.500 1.578 0.325 0.517 1.234 0.738 6061 chr2 44160694 44176630 + 0 NA intron (NM_133259, intron 23 of 37) intron (NM_133259, intron 23 of 37) 54482 NM_133259 10128 Hs.368084 NM_133259 ENSG00000138095 LRPPRC CLONE-23970|GP130|LRP130|LSFC leucine rich pentatricopeptide repeat containing protein-coding 1.117 nan 0.977 0.207 0.222 0.070 0.102 0.260 0.440 0.012 0.125 0.070 0.023 0.025 0.586 0.233 0.329 0.081 0.293 0.024 0.016 0.043 0.373 0.336 0.668 0.039 0.005 0.194 0.135 0.026 0.169 nan 0.080 1.198 0.055 0.311 0.036 0.204 0.119 0.082 0.196 0.035 0.011 0.025 0.035 0.039 0.266 0.064 0.163 0.063 0.099 0.075 0.233 0.099 0.128 0.668 0.050 0.039 0.085 0.058 0.090 0.074 0.367 0.355 0.066 0.029 0.019 0.582 0.495 5.011 3.718 nan 1.502 6.430 2.879 0.692 0.638 0.802 1.057 0.545 0.648 1.105 0.609 0.413 0.792 0.338 0.344 0.890 nan nan 0.515 6661 chr2 220109337 220118657 + 0 NA TTS (NM_001278552) TTS (NM_001278552) 3379 NM_001330214 8576 Hs.153003 NM_003691 ENSG00000115661 STK16 KRCT|MPSK|PKL12|PSK|TSF1|hPSK serine/threonine kinase 16 protein-coding nan 1.731 2.383 3.074 2.172 1.460 4.385 1.056 1.973 1.314 3.901 2.616 0.180 3.286 0.906 1.427 1.533 0.244 2.465 1.084 5.389 0.328 1.090 0.576 2.582 3.022 3.368 0.620 3.036 1.482 2.830 4.874 3.627 nan 1.626 2.356 0.339 0.984 0.067 2.366 0.908 1.619 1.188 0.662 2.618 2.176 2.070 4.119 3.841 1.800 2.075 1.964 1.427 2.626 1.342 2.582 1.445 0.912 1.147 1.999 3.206 1.242 1.583 1.404 3.879 0.533 0.306 4.723 6.167 1.435 2.214 2.471 2.278 2.443 0.758 5.015 5.107 2.181 2.973 6.573 nan 4.272 4.864 1.760 2.121 1.242 1.339 2.328 nan 1.690 0.904 6948 chr20 34026913 34054625 + 0 NA intron (NM_001319138, intron 1 of 3) L2a|LINE|L2 1150 NR_031620 100302125 NR_031620 ENSG00000221763 MIR1289-1 MIRN1289-1|hsa-mir-1289-1 microRNA 1289-1 ncRNA 2.149 3.155 3.185 0.999 1.910 2.844 0.664 1.228 2.269 0.648 0.787 1.487 0.285 0.346 2.268 0.780 0.706 0.284 1.322 0.476 0.775 0.213 0.643 0.375 1.728 0.825 0.682 0.380 0.789 0.474 0.750 nan 1.196 6.271 0.722 0.554 0.450 0.732 0.136 1.056 1.276 1.250 0.792 0.389 0.521 0.663 0.866 2.037 0.753 1.812 0.495 0.553 0.780 1.307 1.979 1.728 0.508 0.520 0.699 1.704 0.818 1.494 1.496 0.469 1.629 0.550 0.357 3.833 4.150 1.508 2.013 3.966 nan 4.231 1.768 3.051 3.276 1.513 2.094 4.754 6.600 2.534 2.379 1.949 2.808 2.273 2.466 1.806 nan 1.812 0.825 11012 chr8 65485282 65498183 + 0 NA intron (NR_152770, intron 1 of 1) intron (NR_152770, intron 1 of 1) -1063 NM_152414 27319 Hs.388788 NM_152414 ENSG00000180828 BHLHE22 BHLHB5|Beta3|Beta3a|CAGL85|TNRC20 basic helix-loop-helix family member e22 protein-coding 5.619 0.601 0.743 0.028 0.395 0.026 0.037 0.747 1.636 0.029 0.073 0.021 0.077 0.038 0.055 1.021 0.093 0.050 0.179 0.059 0.015 0.011 0.267 0.296 1.420 0.032 0.017 0.018 0.147 0.008 0.150 0.208 0.156 2.103 0.146 0.034 2.346 0.026 0.066 0.110 1.785 0.064 0.033 0.024 0.025 0.025 0.030 0.232 0.088 0.452 0.128 0.024 1.021 0.238 0.035 1.420 0.057 0.135 0.144 0.191 0.012 0.008 0.083 0.006 0.018 0.012 0.339 0.128 0.382 0.586 4.573 3.291 6.783 3.358 0.218 0.214 4.644 nan 0.177 0.144 nan 2.486 0.129 0.216 5.579 4.059 0.463 0.631 2.487 1.477 10831 chr8 18937000 18957437 + 0 NA Intergenic Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger -76022 NM_015310 23362 Hs.434255 NM_015310 ENSG00000156011 PSD3 EFA6D|EFA6R|HCA67 pleckstrin and Sec7 domain containing 3 protein-coding 1.344 2.829 nan 0.324 1.965 2.210 1.003 1.813 3.587 0.014 0.153 1.761 0.015 0.132 1.554 1.369 0.422 0.110 0.454 0.259 0.031 0.007 0.905 0.394 1.799 0.398 0.177 0.032 0.537 0.744 0.644 2.598 0.225 2.051 0.466 1.982 0.957 0.032 0.099 0.374 0.225 0.099 0.076 0.042 0.479 0.331 0.145 5.362 0.187 0.162 0.489 0.220 1.369 0.213 0.042 1.799 0.268 0.053 0.464 0.057 2.755 0.193 1.962 0.085 0.238 0.011 0.007 0.524 0.775 0.345 0.800 4.376 nan 5.201 2.358 0.287 0.301 1.219 1.369 4.308 4.584 1.197 1.027 1.171 1.371 2.554 3.780 0.260 0.337 5.208 2.417 935 chr1 183144639 183164685 + 0 NA promoter-TSS (NM_018891) promoter-TSS (NM_018891) -512 NM_005562 3918 Hs.591484 NM_005562 ENSG00000058085 LAMC2 B2T|BM600|CSF|EBR2|EBR2A|LAMB2T|LAMNB2 laminin subunit gamma 2 protein-coding nan nan 1.073 4.031 0.286 0.138 1.889 0.200 0.305 0.252 0.786 1.177 0.726 0.091 0.235 0.426 1.523 0.355 2.468 1.688 0.438 0.035 0.486 0.354 0.084 1.803 0.858 0.281 1.489 2.382 0.917 1.953 0.870 0.807 1.684 1.025 0.101 0.296 0.115 0.636 0.179 2.676 0.538 0.357 2.468 0.996 1.033 2.703 0.868 0.619 0.263 0.909 0.426 2.113 2.825 0.084 0.753 0.635 0.130 0.599 0.132 0.161 0.225 0.148 0.334 0.032 0.016 0.547 0.546 0.759 2.056 0.500 nan 1.051 0.368 nan 1.161 0.908 1.380 0.817 0.777 0.399 0.174 0.717 1.045 0.453 0.550 0.320 nan 0.729 0.638 4192 chr16 2895654 2911033 + 0 NA intron (NM_022119, intron 5 of 5) CpG 4828 NM_022119 64063 Hs.459709 NM_022119 ENSG00000005001 PRSS22 BSSP-4|SP001LA|hBSSP-4 serine protease 22 protein-coding 0.541 nan 0.633 3.579 0.423 0.279 1.781 0.141 0.346 1.092 0.146 0.179 0.673 0.260 1.344 0.149 0.073 0.073 3.189 1.499 0.074 0.100 0.179 0.080 0.047 0.524 0.219 0.091 3.277 0.615 2.402 3.666 1.700 0.908 1.384 0.094 0.025 0.079 0.082 0.141 0.031 0.551 0.082 0.042 0.729 1.422 2.001 0.319 0.243 0.363 0.688 1.181 0.149 3.704 0.184 0.047 0.574 1.173 0.050 0.677 0.033 0.504 0.161 0.034 0.109 0.374 0.422 0.977 2.641 0.432 0.701 0.483 0.411 nan 0.318 0.459 0.534 0.135 nan 0.424 0.543 0.501 0.164 0.373 0.429 0.126 0.151 0.221 0.323 0.393 0.361 9825 chr6 106529696 106596929 + 0 NA Intergenic Intergenic 16575 NM_182907 639 Hs.436023 NM_001198 ENSG00000057657 PRDM1 BLIMP1|PRDI-BF1 PR/SET domain 1 protein-coding 0.800 nan nan 0.263 0.144 0.044 0.898 0.169 0.367 0.192 0.237 1.081 0.238 0.045 0.084 0.281 0.341 0.096 1.026 0.582 0.145 0.010 0.061 0.075 0.082 0.629 0.319 0.044 0.344 0.595 0.864 3.084 0.718 0.469 0.503 0.390 0.021 0.282 0.106 0.194 0.034 0.126 0.279 0.160 1.265 0.615 0.845 1.797 0.426 0.362 0.049 0.454 0.281 0.904 0.051 0.082 0.483 0.615 0.025 0.161 0.044 0.170 0.043 0.206 0.113 0.800 0.724 8.992 6.981 0.554 1.208 0.399 nan 0.194 0.108 0.262 0.246 0.229 0.384 0.523 0.680 nan 0.175 0.191 0.239 0.135 0.158 0.258 0.445 0.493 0.448 9798 chr6 88971298 88979858 + 0 NA Intergenic Intergenic -99811 NM_001160258 1268 Hs.75110 NM_016083 ENSG00000118432 CNR1 CANN6|CB-R|CB1|CB1A|CB1K5|CB1R|CNR cannabinoid receptor 1 protein-coding 0.937 0.832 nan 0.041 0.245 0.006 0.033 0.093 0.311 0.011 0.046 0.041 0.036 0.046 0.074 0.196 0.070 0.056 0.061 0.013 0.033 0.127 0.155 0.294 0.025 0.017 0.039 0.034 0.115 0.057 0.323 0.025 0.048 0.076 0.072 0.177 0.041 0.021 0.009 0.038 0.071 0.063 0.058 0.029 0.043 0.034 0.022 0.196 0.085 0.022 0.294 0.020 0.103 0.027 0.036 0.018 0.011 0.072 0.036 0.020 0.012 0.475 0.401 0.155 0.143 0.538 0.727 0.176 0.121 0.200 0.199 4.870 5.152 0.486 0.395 0.480 0.287 0.195 0.208 0.225 0.144 0.190 0.433 0.289 0.389 11273 chr8 126416593 126449696 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -9419 NM_025195 10221 Hs.444947 NM_025195 ENSG00000173334 TRIB1 C8FW|GIG-2|GIG2|SKIP1|TRB-1|TRB1 tribbles pseudokinase 1 protein-coding nan nan nan 2.556 1.684 1.388 2.445 1.810 3.156 1.106 2.003 1.274 0.335 0.984 1.197 0.925 1.158 0.272 1.717 0.912 1.683 1.379 0.884 0.318 1.984 1.462 1.455 0.575 2.607 0.989 2.579 4.883 2.148 nan 1.690 1.041 0.274 0.682 0.101 0.842 1.248 1.940 1.029 0.557 1.618 0.695 3.237 1.631 3.363 1.451 1.245 3.974 0.925 3.172 5.502 1.984 0.672 1.108 0.674 1.414 1.525 1.207 2.783 0.889 0.859 0.626 0.484 1.831 2.607 1.646 2.523 2.442 2.005 4.016 1.401 nan nan 1.067 1.444 1.807 2.642 1.904 2.603 2.064 4.267 1.441 1.366 1.938 2.285 0.668 0.592 10084 chr6 168547022 168561205 + 0 NA Intergenic Intergenic -71876 NR_110312 79981 Hs.266746 NM_024919 ENSG00000153303 FRMD1 bA164L23.1 FERM domain containing 1 protein-coding 0.826 nan 0.932 0.066 2.430 0.729 0.441 0.180 0.368 0.114 0.071 0.821 0.470 4.168 0.063 0.011 0.068 0.027 0.043 0.111 0.118 0.537 1.790 1.449 0.005 0.183 0.044 1.004 2.546 0.646 3.806 0.042 0.035 0.027 0.059 0.098 0.340 0.056 0.209 0.047 0.027 0.185 0.069 0.027 0.057 0.214 0.983 1.061 0.204 4.168 0.081 2.685 0.537 0.207 0.148 0.057 0.090 0.112 0.151 0.091 0.088 0.087 0.089 0.061 0.399 0.370 0.306 0.384 1.794 1.692 0.365 0.226 0.118 0.110 0.089 0.161 4.370 3.908 nan 0.546 0.481 0.580 0.098 0.076 0.107 0.154 0.918 0.673 81 chr1 10610547 10622496 + 0 NA intron (NM_004565, intron 3 of 8) intron (NM_004565, intron 3 of 8) 81518 NM_004565 5195 Hs.149983 NM_004565 ENSG00000142655 PEX14 NAPP2|PBD13A|Pex14p|dJ734G22.2 peroxisomal biogenesis factor 14 protein-coding 1.100 0.973 nan 0.126 1.707 0.981 0.219 1.354 2.639 0.177 0.238 0.203 0.583 0.042 5.621 1.212 0.197 0.179 0.163 0.048 0.091 0.128 0.274 0.162 0.933 0.128 0.055 0.055 0.095 0.026 0.163 0.540 0.237 0.733 0.036 0.085 0.008 0.198 0.139 0.010 0.733 0.108 0.040 0.052 0.109 0.071 0.121 0.147 0.123 0.274 0.016 0.311 1.212 0.350 0.159 0.933 0.051 0.125 0.709 0.356 0.136 0.073 1.441 0.196 0.071 0.010 0.017 0.906 1.395 0.402 0.480 1.103 1.156 0.454 0.220 0.555 nan 0.651 nan 6.179 4.990 nan 0.662 2.170 1.910 0.216 0.201 0.437 1.003 0.870 0.714 1300 chr10 4977821 5008183 + 0 NA Intergenic PABL_B-int|LTR|ERV1 -12452 NM_001353 1645 Hs.460260 NM_001353 ENSG00000187134 AKR1C1 2-ALPHA-HSD|20-ALPHA-HSD|C9|DD1|DD1/DD2|DDH|DDH1|H-37|HAKRC|HBAB|MBAB aldo-keto reductase family 1 member C1 protein-coding 0.377 1.187 0.607 0.218 1.637 0.013 0.913 0.169 0.346 0.035 0.512 3.863 0.016 0.040 0.172 0.287 1.036 0.106 0.244 0.282 1.804 0.032 0.062 0.092 0.308 3.185 3.081 0.014 0.402 0.503 0.217 0.555 0.798 0.348 0.135 6.642 0.046 0.032 0.086 0.398 0.680 0.070 0.205 0.134 0.603 0.066 2.668 2.033 2.715 0.070 1.329 7.796 0.287 0.119 0.223 0.308 3.409 0.473 0.054 0.074 0.587 0.397 0.049 0.025 0.176 0.021 0.019 0.409 0.148 0.425 0.830 0.372 0.377 2.664 0.372 0.638 0.551 0.172 0.336 0.648 0.438 0.195 0.092 0.086 0.161 0.347 1.647 0.114 0.159 0.231 0.341 2598 chr12 31667775 31680453 + 0 NA intron (NM_001308339, intron 1 of 22) intron (NM_001308339, intron 1 of 22) -68743 NR_046909 100874249 Hs.627628 NR_046909 ENSG00000255867 DENND5B-AS1 - DENND5B antisense RNA 1 ncRNA 1.725 nan 1.941 0.590 0.201 0.196 1.086 0.229 0.459 1.282 3.474 1.524 0.250 0.086 0.148 1.434 0.313 0.039 0.585 0.267 4.703 0.022 0.398 0.396 0.313 1.755 0.964 1.121 0.803 1.085 0.119 0.242 0.232 0.633 0.335 3.237 2.757 0.186 0.141 0.902 0.207 2.784 0.658 0.474 0.240 0.605 0.205 0.872 2.773 1.207 2.130 3.527 1.434 0.776 1.150 0.313 0.482 0.395 0.069 3.836 1.075 1.218 0.103 0.320 6.121 0.404 0.184 0.889 1.384 0.724 0.973 1.141 1.126 1.704 0.516 0.728 0.801 1.132 1.580 0.288 0.302 0.635 0.447 0.257 0.471 7.956 8.067 0.565 1.237 1.587 1.039 7433 chr22 39914468 39932231 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 5511 NM_194326 91582 Hs.526933 NM_194326 ENSG00000187051 RPS19BP1 AROS|S19BP ribosomal protein S19 binding protein 1 protein-coding 3.488 nan 3.029 3.174 2.737 2.172 1.485 2.536 4.717 0.939 2.440 1.244 0.946 2.401 2.962 2.650 1.354 0.175 1.922 0.810 3.482 1.490 1.562 0.800 5.516 0.777 1.043 1.002 2.712 0.619 3.524 4.647 3.581 4.845 1.260 2.106 0.836 3.413 0.153 1.050 2.200 2.519 1.981 0.833 1.272 0.865 3.521 2.089 1.965 2.927 1.586 1.815 2.650 2.161 1.855 5.516 1.084 1.481 1.274 3.781 2.616 1.837 0.964 1.205 1.392 0.979 0.619 3.999 4.321 3.727 5.139 5.545 5.212 4.949 2.228 3.766 3.714 2.464 nan 5.396 6.632 nan 5.446 1.810 3.246 3.027 4.196 3.003 3.952 2.122 1.086 204 chr1 28665675 28698148 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -14154 NM_001350160 65979 Hs.225641 NM_023923 ENSG00000204138 PHACTR4 PPP1R124 phosphatase and actin regulator 4 protein-coding 1.422 1.419 nan 2.219 0.857 0.648 1.812 0.478 0.840 0.620 0.632 0.742 0.753 0.416 0.549 0.386 0.327 0.258 1.521 0.840 0.499 0.341 0.210 0.211 0.524 1.060 1.018 0.433 1.531 1.385 1.057 4.095 1.479 1.673 1.045 0.712 0.112 0.628 0.143 0.259 0.350 0.884 0.569 0.298 0.845 0.788 0.802 0.992 1.064 0.964 0.696 1.069 0.386 1.144 1.467 0.524 0.586 0.699 0.252 1.197 0.331 0.644 0.497 0.346 0.427 0.250 0.133 0.831 0.827 0.896 1.655 1.857 1.721 1.286 0.462 1.598 1.680 0.912 1.335 1.320 1.687 0.925 0.768 0.733 1.085 0.515 0.809 0.879 1.623 0.891 0.599 9871 chr6 119493213 119504700 + 0 NA 3' UTR (NM_005907, exon 13 of 13) 3' UTR (NM_005907, exon 13 of 13) -28598 NM_001100411 79632 Hs.443789 NM_024581 ENSG00000111879 FAM184A C6orf60 family with sequence similarity 184 member A protein-coding nan 0.893 nan 0.057 0.176 0.010 0.043 0.137 0.245 0.131 0.153 0.005 0.037 0.077 0.222 0.157 0.085 0.117 0.033 0.056 0.012 0.096 0.130 0.031 0.009 0.006 0.019 0.042 0.004 0.091 0.296 0.405 0.304 0.038 0.071 0.028 0.112 0.041 0.164 0.048 0.016 0.007 0.104 0.026 0.231 0.052 0.007 0.068 0.041 0.058 0.222 0.056 0.096 0.031 0.053 0.050 0.093 0.030 0.026 0.055 0.156 0.095 0.034 0.012 0.005 5.499 2.668 8.516 2.829 0.185 nan nan 0.043 0.443 0.467 0.587 nan 0.281 0.244 0.501 0.152 0.308 0.602 0.192 0.194 0.231 nan 0.357 0.294 5190 chr18 20246048 20265107 + 0 NA Intergenic MER110A|LTR|ERV1 111223 NR_110782 101927571 Hs.335020 NR_110782 ENSG00000266850 LOC101927571 - uncharacterized LOC101927571 ncRNA 0.632 0.825 0.674 1.185 0.162 0.020 0.276 0.126 0.174 0.020 0.324 4.858 0.020 0.287 0.058 0.451 0.094 0.051 0.271 0.359 0.238 0.029 0.049 0.078 0.144 0.220 0.098 0.008 0.221 0.503 0.148 0.556 0.145 0.422 0.277 0.048 0.040 0.040 0.070 0.267 0.017 0.096 0.092 0.102 0.917 0.090 0.222 0.700 0.695 0.067 0.276 0.722 0.451 0.082 0.024 0.144 0.148 0.108 0.021 0.197 0.329 0.015 0.110 0.420 0.021 0.003 0.326 0.177 0.178 nan 0.421 0.374 0.309 0.136 0.199 0.214 0.086 0.211 0.179 0.093 0.269 0.113 0.092 0.236 0.101 0.170 0.143 0.247 0.401 0.558 814 chr1 160976877 160994061 + 0 NA intron (NM_001348091, intron 1 of 8) (CAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 5664 NM_016946 50848 Hs.517293 NM_016946 ENSG00000158769 F11R CD321|JAM|JAM1|JAMA|JCAM|KAT|PAM-1 F11 receptor protein-coding 1.245 nan 2.356 1.983 1.465 0.839 2.678 0.575 1.079 1.529 0.784 0.134 4.692 2.918 2.523 0.573 0.117 0.084 3.085 1.323 0.653 0.029 1.469 0.756 1.571 2.116 1.643 0.196 2.589 2.457 2.906 4.724 4.259 3.066 1.293 0.753 0.333 0.221 0.113 1.147 0.605 1.808 0.393 0.309 3.055 1.484 1.891 0.181 1.878 0.499 0.293 1.471 0.573 4.977 0.538 1.571 1.584 1.001 0.300 0.886 0.420 2.041 0.841 0.776 0.341 0.080 0.030 1.628 2.227 2.013 3.266 3.540 nan 2.797 0.665 1.184 1.181 0.361 0.648 3.215 nan 0.410 0.183 1.420 2.509 1.716 1.986 1.267 2.437 1.169 0.646 4611 chr17 16253872 16257773 + 0 NA intron (NM_181716, intron 1 of 4) CpG 990 NM_181716 201161 Hs.433422 NM_181716 ENSG00000166582 CENPV 3110013H01Rik|CENP-V|PRR6|p30 centromere protein V protein-coding 7.506 3.089 4.007 0.662 3.492 2.543 0.343 3.850 7.231 0.269 2.633 1.793 0.048 0.724 1.782 6.745 0.249 0.084 0.889 0.293 0.708 0.496 1.290 1.100 8.172 0.372 0.225 1.028 0.938 0.353 1.211 1.931 1.162 8.375 0.485 2.390 0.391 0.863 0.075 0.091 3.586 3.516 2.989 1.934 0.167 0.245 0.765 0.204 5.578 4.045 0.890 1.749 6.745 1.555 3.739 8.172 0.382 1.424 1.866 4.313 9.226 2.811 1.428 3.760 0.313 1.371 0.574 12.917 11.679 5.999 nan 12.810 12.741 10.843 6.406 6.757 7.587 3.346 4.364 10.678 17.102 nan 17.283 5.338 10.298 3.683 3.430 13.713 8.671 3.751 2.046 7242 chr21 43979991 44005190 + 0 NA intron (NM_018964, intron 18 of 20) HAL1|LINE|L1 42615 NR_131192 101928233 Hs.534827 NR_131192 ENSG00000225431 LINC01671 - long intergenic non-protein coding RNA 1671 ncRNA nan 1.028 1.170 0.034 1.406 0.739 0.079 0.191 0.293 0.001 0.043 0.047 0.012 0.083 1.003 0.572 0.099 0.064 0.140 0.007 0.017 0.022 0.588 0.244 0.755 0.049 0.023 0.055 0.035 0.013 0.090 0.345 0.123 0.927 0.006 0.104 0.121 0.043 0.053 0.005 0.092 0.261 0.029 0.025 0.018 0.043 0.084 0.166 0.068 0.031 0.016 0.078 0.572 0.122 0.033 0.755 0.044 0.057 0.340 0.057 0.141 0.032 0.161 0.093 0.012 0.023 0.008 0.511 0.828 0.364 0.547 0.798 0.781 nan 0.298 0.416 0.463 0.176 nan 1.342 1.607 0.582 0.520 0.376 0.557 0.684 0.992 0.307 0.444 3.146 1.617 11401 chr8 146011376 146026527 + 0 NA Intergenic Intergenic -1120 NM_000973 6132 Hs.178551 NM_000973 ENSG00000161016 RPL8 L8 ribosomal protein L8 protein-coding 4.225 2.578 nan 3.365 3.921 1.791 4.383 1.935 4.087 1.725 3.360 1.402 2.678 1.816 3.041 1.986 1.138 0.509 2.939 1.309 2.384 1.928 0.933 0.435 6.664 2.962 2.977 1.399 3.751 2.362 4.878 7.017 3.292 8.647 1.740 1.757 0.484 1.846 0.130 1.135 1.041 3.327 3.189 1.827 2.419 1.740 4.511 2.272 4.710 4.499 1.750 2.191 1.986 6.264 2.104 6.664 1.118 2.350 0.706 5.052 2.995 1.606 1.038 1.668 0.953 1.296 0.904 2.459 3.014 3.485 5.381 nan 6.543 nan 1.505 4.910 4.966 1.863 2.996 3.763 5.322 3.161 3.133 2.104 3.964 2.841 2.688 3.221 4.959 2.080 1.118 10173 chr7 12678711 12702219 + 0 NA intron (NM_033128, intron 12 of 13) intron (NM_033128, intron 12 of 13) -35987 NM_001037164 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.027 nan 1.263 0.136 0.014 1.145 0.164 0.195 0.680 0.825 3.302 0.021 0.073 0.106 0.175 0.411 0.205 0.403 0.234 0.462 0.802 0.133 0.173 0.173 0.880 0.407 0.289 0.368 0.724 0.151 0.324 0.229 0.293 0.736 0.434 0.033 0.125 0.150 0.678 0.073 1.515 0.413 0.269 0.437 0.163 0.285 1.683 0.246 0.218 0.259 0.530 0.175 0.706 0.243 0.173 0.369 0.495 0.041 0.158 0.065 0.847 0.046 0.106 0.434 0.262 0.177 nan 0.280 0.305 0.886 0.322 0.445 0.420 0.170 0.363 0.381 0.343 0.461 0.496 0.440 0.259 0.111 0.138 0.211 0.085 0.135 0.342 0.642 0.509 0.417 2492 chr12 12711380 12716835 + 0 NA intron (NM_030640, intron 1 of 6) intron (NM_030640, intron 1 of 6) 1341 NM_030640 80824 Hs.536535 NM_030640 ENSG00000111266 DUSP16 MKP-7|MKP7 dual specificity phosphatase 16 protein-coding 6.198 4.247 5.363 4.462 5.537 2.373 2.156 4.950 9.281 2.293 1.707 4.404 4.474 1.204 5.074 3.444 1.584 0.238 1.791 0.785 4.466 2.087 6.489 2.291 6.481 2.885 3.504 0.998 4.898 1.556 5.317 8.217 7.019 10.462 0.614 3.242 1.045 4.564 0.137 0.837 2.446 7.219 2.589 1.361 1.766 2.677 3.133 2.234 8.980 6.454 1.417 4.015 3.444 3.759 3.153 6.481 1.550 5.494 0.413 9.754 1.711 2.070 1.200 0.736 0.421 2.238 1.482 1.783 2.028 6.867 10.414 nan 6.128 8.411 6.914 12.746 13.616 6.379 8.215 6.343 12.895 1.718 1.379 2.474 4.415 6.327 6.253 3.161 3.086 3.923 2.174 11596 chr9 79330142 79355539 + 0 NA intron (NM_015225, intron 6 of 18) AluSx|SINE|Alu -35509 NM_001308050 158471 Hs.262857 NM_015225 ENSG00000106772 PRUNE2 BMCC1|BNIPXL|C9orf65|KIAA0367 prune homolog 2 protein-coding nan nan nan 0.068 3.908 0.020 0.110 0.347 0.604 0.019 0.144 0.055 0.029 0.047 0.570 0.447 0.115 0.076 0.100 0.015 0.027 0.568 0.348 1.671 0.180 0.068 0.026 0.074 0.004 0.114 0.425 0.050 5.151 0.052 0.067 0.571 0.024 0.075 0.009 0.047 0.112 0.019 0.034 0.039 0.051 0.122 0.091 0.071 0.035 0.351 0.039 0.447 0.073 0.029 1.671 0.019 0.049 0.025 0.876 0.065 0.039 0.054 0.024 0.014 0.010 0.256 0.197 0.274 nan 1.072 nan 3.438 0.965 0.276 0.275 0.133 0.249 3.051 3.846 0.199 0.084 0.116 0.175 2.772 3.686 0.146 0.264 3.208 1.236 11133 chr8 97708435 97806060 + 0 NA intron (NM_016134, intron 1 of 7) intron (NM_016134, intron 1 of 7) 99792 NM_016134 10404 Hs.156178 NM_016134 ENSG00000104324 CPQ LDP|PGCP carboxypeptidase Q protein-coding nan 4.308 7.361 0.033 0.175 0.033 0.104 0.167 0.328 0.012 0.086 0.042 0.015 0.077 0.134 0.152 0.337 0.127 0.068 0.014 0.026 0.019 0.054 0.069 0.249 0.035 0.018 0.011 0.073 0.012 0.060 0.112 0.108 0.519 0.065 0.051 0.059 0.060 0.087 0.019 0.056 0.072 0.029 0.027 0.017 0.025 0.091 0.138 0.038 0.052 0.025 0.049 0.152 0.052 0.025 0.249 0.033 0.040 0.023 0.014 0.045 0.055 0.041 2.745 0.018 0.094 0.014 0.303 0.162 0.277 nan 0.453 0.534 0.532 0.204 0.237 0.230 0.299 0.488 0.815 0.830 0.460 0.226 0.162 0.274 0.148 0.184 5.427 9.461 0.295 0.320 5192 chr18 20679071 20697399 + 0 NA Intergenic Intergenic -26293 NM_001256438 91768 Hs.11108 NM_138375 ENSG00000134508 CABLES1 CABL1|CABLES|HsT2563|IK3-1 Cdk5 and Abl enzyme substrate 1 protein-coding 0.880 1.112 0.830 0.624 0.130 0.151 2.056 0.131 0.256 1.112 0.611 2.286 0.774 0.157 0.097 0.933 0.473 0.263 0.926 0.514 3.366 0.045 0.196 0.141 0.261 0.806 0.559 0.354 0.333 0.910 0.918 3.222 2.159 0.609 0.421 2.122 0.051 0.084 0.110 0.785 0.155 0.935 0.455 0.319 0.807 1.064 1.181 0.555 2.684 1.248 2.106 2.489 0.933 1.965 3.660 0.261 1.130 6.430 0.069 1.974 0.116 0.628 0.022 0.067 0.366 0.371 0.316 0.408 0.331 0.354 nan 0.473 0.527 1.204 0.324 0.131 0.129 0.242 0.381 0.312 0.312 0.356 0.180 0.130 0.191 0.239 0.350 0.280 0.499 1.025 1.008 884 chr1 173792069 173795053 + 0 NA promoter-TSS (NM_001171182) promoter-TSS (NM_001171182) 216 NM_001127181 91687 Hs.531856 NM_033319 ENSG00000120334 CENPL C1orf155|CENP-L|dJ383J4.3 centromere protein L protein-coding 7.934 7.444 5.351 7.423 5.426 5.279 6.108 3.591 6.001 2.209 4.437 5.635 2.416 1.251 10.374 6.573 6.952 0.902 7.822 3.750 4.307 3.157 4.288 1.573 6.785 5.173 5.175 3.236 5.488 3.626 3.677 9.112 4.514 15.950 5.099 11.228 2.146 7.591 0.235 1.972 3.435 7.102 9.225 4.000 5.709 2.882 3.752 6.520 5.057 6.684 4.049 4.398 6.573 10.055 8.580 6.785 2.243 2.384 1.912 6.042 3.995 3.456 3.820 3.182 4.198 5.382 3.767 7.505 7.995 18.785 23.189 15.659 12.610 10.445 5.217 20.875 22.301 8.073 9.541 10.858 14.362 9.534 9.856 7.553 13.743 11.917 12.340 9.394 10.368 3.709 2.188 8888 chr5 44725972 44732339 + 0 NA Intergenic Intergenic 79740 NR_109863 100506674 Hs.575213 NR_109862 MRPS30-DT BRCAT54 MRPS30 divergent transcript ncRNA 0.801 1.099 1.180 0.113 0.152 0.076 0.268 0.126 0.223 0.015 0.061 0.086 4.452 0.048 0.123 0.191 0.160 0.179 0.448 0.090 0.020 0.170 0.165 0.114 0.107 0.193 0.023 0.226 0.166 0.359 0.893 0.305 0.262 0.023 0.093 0.061 0.120 0.121 0.145 0.009 0.068 0.102 0.480 0.107 0.206 0.141 0.033 0.088 0.052 0.191 0.581 0.087 0.114 0.020 0.057 0.047 0.164 0.032 0.111 0.031 0.881 0.045 0.019 0.418 0.185 0.184 0.560 0.273 0.294 0.166 0.076 0.146 0.163 0.320 0.496 0.308 0.514 1.164 0.710 0.136 0.251 0.060 0.150 1.010 1.514 0.245 0.371 8585 chr4 150916396 150933523 + 0 NA Intergenic L1MEg1|LINE|L1 -74467 NM_001040260 166614 Hs.591683 NM_152619 ENSG00000170390 DCLK2 CL2|CLICK-II|CLICK2|CLIK2|DCAMKL2|DCDC3|DCDC3B|DCK2 doublecortin like kinase 2 protein-coding nan 0.797 0.586 0.108 0.108 0.124 0.464 0.197 0.304 0.368 0.271 8.429 0.033 0.036 0.068 0.142 1.060 0.245 0.198 0.067 1.547 0.008 0.065 0.111 0.035 0.308 0.118 0.574 0.143 0.231 0.080 0.334 0.324 0.901 0.410 1.031 0.118 0.038 0.104 0.290 0.023 0.192 0.049 0.050 0.135 0.050 0.101 0.169 0.252 0.141 0.370 0.170 0.142 0.071 0.242 0.035 0.151 0.584 0.034 0.207 0.124 0.115 0.197 0.065 0.396 0.007 0.021 0.343 0.280 1.310 2.095 0.268 0.435 0.509 0.162 0.221 0.191 1.281 1.589 0.369 0.395 0.328 0.159 0.310 0.456 0.469 0.770 0.207 0.434 0.488 0.405 4927 chr17 64167480 64189554 + 0 NA intron (NM_001353129, intron 2 of 26) MER44A|DNA|TcMar-Tigger 9508 NM_001302891 201134 Hs.408676 NM_145036 ENSG00000154240 CEP112 CCDC46|MACOCO centrosomal protein 112 protein-coding 1.116 nan 0.807 0.116 0.729 0.221 0.212 0.421 0.930 0.091 0.484 0.287 0.034 0.050 1.620 0.361 0.340 0.190 0.293 0.128 0.161 1.040 0.454 0.313 3.749 0.250 0.109 0.198 0.172 0.129 0.358 1.019 0.360 1.317 0.205 0.252 0.076 0.890 0.154 0.155 0.170 0.250 0.184 0.132 0.164 0.052 0.241 0.249 0.553 0.490 0.140 0.115 0.361 0.395 0.285 3.749 0.061 0.129 0.075 0.499 0.290 0.103 0.085 0.118 0.100 0.214 0.085 0.587 0.528 0.286 0.336 2.084 2.655 1.022 0.442 0.390 0.384 0.363 nan 1.704 2.235 0.860 0.623 0.198 0.355 0.429 0.485 0.321 0.341 0.855 0.647 7710 chr3 101873940 101931409 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 20125 NR_135549 101929411 Hs.506540 NR_135549 LOC101929411 - uncharacterized LOC101929411 ncRNA nan nan 0.633 0.686 0.123 0.071 1.859 0.262 0.451 0.153 0.125 0.552 1.145 0.577 0.025 0.133 0.988 0.149 0.887 0.406 0.645 0.013 0.098 0.145 0.075 0.544 0.266 0.044 2.558 1.892 5.096 7.133 3.153 0.334 1.121 0.087 0.013 0.034 0.071 0.438 0.019 0.092 0.078 0.069 1.656 2.210 0.612 0.128 0.586 0.052 1.035 1.332 0.133 0.582 0.390 0.075 0.507 1.269 0.020 0.055 0.228 0.341 0.052 0.112 0.087 0.011 0.010 0.301 0.201 0.732 1.674 0.297 0.317 0.154 0.087 0.314 0.310 0.167 0.288 0.342 0.276 0.563 0.254 0.132 0.246 0.044 0.065 0.305 0.518 0.482 0.451 749 chr1 154323298 154327544 + 0 NA Intergenic Intergenic 25145 NM_020452 57198 Hs.435700 NM_020452 ENSG00000143515 ATP8B2 ATPID ATPase phospholipid transporting 8B2 protein-coding nan nan 2.994 0.206 0.270 0.174 0.695 0.114 0.417 0.522 0.340 0.734 0.058 0.072 0.190 0.479 0.107 0.113 0.248 0.135 0.045 0.033 0.446 0.240 0.155 0.392 0.136 0.718 0.319 0.422 0.586 1.343 0.674 4.281 0.344 0.373 0.068 0.981 0.116 1.083 0.162 0.186 0.268 0.174 1.534 0.218 0.113 0.254 0.477 0.464 9.024 2.081 0.479 0.569 0.066 0.155 0.203 1.892 1.436 3.921 0.421 0.389 0.328 0.030 0.089 0.014 0.024 1.340 1.236 0.371 0.692 1.613 nan 1.259 0.255 3.922 4.340 1.069 1.398 1.544 1.968 0.927 0.759 0.979 1.459 0.587 0.512 0.346 0.592 1.117 0.827 4910 chr17 61848251 61865464 + 0 NA intron (NM_007372, intron 2 of 18) AluJo|SINE|Alu 5308 NM_007372 11325 Hs.702010 NM_007372 ENSG00000198231 DDX42 DDX42P|RHELP|RNAHP|SF3B8|SF3b125 DEAD-box helicase 42 protein-coding 2.513 nan 1.911 2.954 2.151 0.568 3.101 1.813 3.163 0.529 1.958 1.023 0.569 0.459 1.543 1.460 1.260 0.268 2.549 0.722 0.929 0.836 1.321 0.583 1.501 1.236 1.089 0.939 1.977 1.415 2.874 4.544 2.355 3.046 1.523 1.784 0.344 1.410 0.151 0.877 1.059 1.409 1.040 0.507 1.849 0.719 1.859 1.393 1.873 1.691 1.064 1.437 1.460 2.957 0.903 1.501 0.873 1.181 0.326 1.744 0.802 1.645 0.871 0.907 1.210 0.713 0.496 3.609 3.358 2.434 3.996 2.931 3.199 2.699 2.012 7.126 7.361 1.963 nan 3.997 5.431 3.655 3.510 1.982 3.188 1.919 2.432 2.613 3.200 1.690 0.733 11847 chr9 138007968 138043041 + 0 NA Intergenic Intergenic 45990 NM_001282611 10439 Hs.522484 NM_006334 ENSG00000130558 OLFM1 AMY|NOE1|NOELIN1|OlfA olfactomedin 1 protein-coding nan 1.014 0.727 0.041 0.065 2.625 0.066 0.357 0.702 0.024 0.073 0.444 0.014 0.033 0.621 0.164 0.066 0.082 0.065 0.049 0.041 0.025 0.045 0.071 0.055 0.897 0.671 0.015 0.148 0.003 0.242 1.652 0.046 2.865 0.037 1.443 0.188 0.039 0.048 0.020 0.029 0.147 0.110 0.091 0.009 0.042 0.022 0.117 0.276 0.052 0.476 0.704 0.164 0.069 0.024 0.055 0.492 0.148 1.130 0.177 1.754 0.583 0.155 0.179 0.250 0.046 0.020 0.664 0.991 0.112 0.143 0.217 0.254 nan 0.036 0.051 0.071 1.094 1.253 0.139 0.129 1.570 1.488 0.302 0.369 1.123 1.912 0.559 1.179 0.214 0.292 9625 chr6 38176700 38221639 + 0 NA intron (NM_152733, intron 8 of 9) intron (NM_152733, intron 8 of 9) -250203 NR_144472 101929425 Hs.665280 NR_144472 ENSG00000226533 BTBD9-AS1 - BTBD9 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.084 nan 0.096 0.200 0.308 2.115 0.670 1.391 0.006 0.146 0.190 0.017 0.162 0.772 2.669 0.140 0.136 0.453 0.292 0.023 0.022 0.239 0.238 1.825 0.212 0.068 0.038 0.089 0.108 0.231 0.525 0.407 0.645 0.299 0.111 0.745 0.068 0.113 0.221 0.419 0.240 0.046 0.033 0.094 0.045 0.133 0.214 0.087 0.157 0.249 0.221 2.669 0.174 0.217 1.825 0.065 0.068 0.174 0.090 0.196 0.377 0.287 0.200 0.104 0.027 0.018 0.467 0.414 0.209 nan nan 2.304 3.840 1.051 0.328 0.318 0.680 0.932 0.870 0.867 0.524 0.334 0.284 0.422 1.474 1.680 0.419 0.859 0.879 0.550 4408 chr16 67061910 67065083 + 0 NA intron (NM_001755, intron 1 of 5) CpG 446 NM_022845 865 Hs.460988 NM_001755 ENSG00000067955 CBFB PEBP2B core-binding factor subunit beta protein-coding nan nan 4.841 6.756 5.802 2.467 3.139 2.170 4.605 3.430 4.349 4.513 0.937 2.139 4.397 4.332 2.883 0.256 6.161 1.253 5.517 4.521 1.318 0.683 7.842 3.964 4.680 5.222 5.039 1.294 2.793 4.697 3.620 6.192 1.430 5.780 0.834 4.788 0.109 1.615 2.218 7.076 11.241 5.050 1.782 2.184 4.706 5.279 6.285 7.421 3.848 6.110 4.332 6.595 5.448 7.842 2.467 2.621 0.948 6.741 3.264 3.374 1.104 1.898 2.962 2.894 1.630 4.123 5.314 3.275 5.032 5.385 5.200 4.938 1.820 9.719 10.115 3.395 nan 5.374 8.808 6.306 6.317 3.032 6.082 3.745 3.816 5.018 5.033 3.341 1.878 8922 chr5 56728559 56739322 + 0 NA Intergenic Intergenic 44696 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.612 1.860 0.017 0.104 2.121 0.640 0.822 0.035 0.079 4.549 0.104 0.027 0.108 0.236 1.288 0.121 0.422 0.334 0.082 0.013 0.029 0.124 1.461 0.660 0.034 1.006 3.300 0.113 0.505 0.614 0.251 0.888 0.157 0.053 0.142 0.186 0.593 0.723 1.146 0.660 0.269 2.840 0.229 1.841 1.042 0.151 0.307 0.692 0.613 0.236 0.126 1.644 0.149 0.085 0.199 0.108 0.019 1.296 0.009 0.080 0.869 0.128 0.085 0.207 0.120 0.804 5.046 0.117 0.172 nan 0.092 0.098 0.083 0.454 0.634 0.138 0.122 nan 0.476 0.054 0.079 0.418 0.900 0.262 0.590 0.411 0.389 11233 chr8 119118534 119125183 + 0 NA intron (NM_000127, intron 1 of 10) intron (NM_000127, intron 1 of 10) 2200 NM_000127 2131 Hs.492618 NM_000127 ENSG00000182197 EXT1 EXT|LGCR|LGS|TRPS2|TTV exostosin glycosyltransferase 1 protein-coding nan nan 2.670 1.873 2.360 0.971 4.027 0.843 1.588 1.989 4.516 2.082 1.473 0.537 1.150 1.685 2.606 0.292 4.053 1.534 2.070 0.454 0.545 0.297 1.527 2.866 2.280 1.554 2.876 2.567 2.356 3.339 1.547 8.386 4.417 1.248 0.543 1.047 0.088 1.864 0.845 7.236 4.816 2.257 4.217 1.290 3.002 3.891 2.100 3.622 2.056 3.464 1.685 7.467 2.290 1.527 0.715 2.165 0.117 2.193 2.194 2.562 0.695 1.124 2.514 2.774 1.977 1.821 2.042 2.643 4.662 5.142 3.743 nan 1.449 7.657 nan 1.693 nan 1.438 2.250 2.789 2.752 1.584 3.627 2.474 1.948 2.535 3.878 1.826 1.234 4846 chr17 48339124 48357612 + 0 NA promoter-TSS (NM_001168215) promoter-TSS (NM_001168215) -399 NM_001168215 162461 Hs.224630 NM_153229 ENSG00000167105 TMEM92 - transmembrane protein 92 protein-coding 1.038 0.639 nan 0.603 0.113 0.087 3.636 0.211 0.431 0.052 2.516 2.416 0.042 0.022 0.155 0.214 0.708 0.200 0.618 0.540 1.222 0.037 0.110 0.081 0.090 2.190 2.050 0.132 1.460 1.106 1.680 4.543 1.560 0.863 0.453 0.981 0.031 0.117 0.094 1.369 0.026 1.463 0.473 0.351 2.595 1.275 0.572 1.166 1.210 0.470 0.646 1.545 0.214 0.848 0.431 0.090 0.687 0.291 0.294 0.789 0.143 0.450 0.043 0.100 1.526 0.159 0.063 0.458 0.529 0.339 0.563 0.853 nan 0.639 0.137 0.644 0.785 0.414 0.764 0.978 nan 0.766 0.665 0.466 0.473 0.196 0.414 0.259 0.476 0.396 0.419 6059 chr2 43644480 43655688 + 0 NA intron (NM_001345924, intron 28 of 37) intron (NM_001345924, intron 28 of 37) 173029 NM_001083953 63892 Hs.369592 NM_022065 ENSG00000115970 THADA ARMC13|GITA THADA, armadillo repeat containing protein-coding 0.950 nan 1.008 2.423 0.125 0.049 0.810 0.201 0.264 0.624 0.361 0.485 0.415 0.063 0.206 0.228 0.532 0.043 1.251 1.016 0.078 0.037 0.169 0.154 0.191 2.103 1.236 0.026 1.839 1.211 0.767 3.676 2.423 0.415 0.772 0.237 0.043 0.107 0.118 0.346 0.063 0.140 0.166 0.090 3.046 1.573 2.754 0.570 0.921 0.230 0.345 0.832 0.228 0.931 0.090 0.191 0.505 0.984 0.196 0.018 0.833 0.052 0.329 0.558 1.059 1.397 0.423 0.239 0.534 2.310 nan 0.413 0.267 0.171 0.535 0.412 0.502 1.025 0.330 0.484 0.431 0.178 0.134 0.355 0.116 0.085 0.381 nan nan 0.759 10719 chr7 141851617 141862468 + 0 NA intron (NM_001293626, intron 17 of 47) intron (NM_001293626, intron 17 of 47) 45493 NM_001293626 93432 Hs.647098 NM_001008748 ENSG00000257743 MGAM2 - maltase-glucoamylase 2 (putative) protein-coding 0.773 0.652 0.842 0.104 1.599 0.011 0.045 0.184 0.129 0.009 0.064 0.017 0.045 0.037 0.197 0.106 0.105 0.148 0.059 0.006 0.051 0.663 0.166 0.574 0.060 0.013 0.013 0.126 0.009 0.044 0.207 0.260 1.203 0.089 0.876 0.060 0.122 0.011 0.393 0.101 0.022 0.014 0.050 0.042 0.062 0.119 0.263 0.045 0.022 0.041 0.106 0.047 0.026 0.574 0.023 0.261 0.036 0.053 0.019 0.060 3.788 0.090 0.016 0.019 1.564 1.311 0.608 0.628 0.206 0.251 0.222 0.114 6.840 7.070 0.159 0.183 0.169 0.107 0.375 0.193 5.942 5.024 4.442 5.605 0.287 0.633 1.227 nan 9499 chr6 21986540 22045627 + 0 NA intron (NR_015410, intron 6 of 11) AluSc5|SINE|Alu 131339 NR_034143 729177 Hs.730673 NR_034143 ENSG00000260455 NBAT1 CASC14|NBAT-1 neuroblastoma associated transcript 1 ncRNA 1.403 0.917 nan 0.607 0.445 0.138 0.091 0.147 0.342 0.027 0.131 0.163 0.090 0.088 0.122 0.592 0.737 0.163 0.308 0.154 0.415 0.019 0.098 0.118 0.606 0.180 0.058 0.025 0.119 0.093 0.211 0.635 0.239 nan 0.290 0.138 0.057 4.237 0.175 0.034 0.126 0.126 0.029 0.035 0.091 0.097 0.200 0.083 0.175 0.074 0.080 0.305 0.592 0.201 0.031 0.606 0.160 0.077 0.083 0.064 0.132 0.073 0.127 0.194 0.059 0.278 0.288 0.508 0.464 0.884 nan 0.804 0.780 nan 0.243 0.523 0.537 1.426 1.867 1.177 0.991 0.902 0.602 0.270 0.470 0.301 0.343 0.387 0.897 0.635 0.536 5286 chr18 41204604 41217412 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -353393 NM_020783 6860 Hs.8059 NM_020783 ENSG00000132872 SYT4 HsT1192 synaptotagmin 4 protein-coding nan 1.049 0.743 0.079 0.357 0.139 0.011 2.245 3.557 0.048 0.058 0.010 0.086 0.797 4.974 0.059 0.037 0.025 0.022 0.647 0.327 0.215 0.006 0.054 0.038 0.042 0.022 0.968 0.011 0.034 1.757 0.008 0.059 0.087 0.050 0.006 0.035 0.006 0.043 0.054 0.032 0.017 0.006 0.047 4.974 0.011 0.007 0.215 0.029 0.061 0.023 0.008 0.025 0.035 0.029 0.018 0.014 0.004 0.425 0.189 0.232 0.348 2.526 2.108 5.637 2.588 0.100 0.069 0.155 0.286 0.296 0.327 0.386 0.138 0.081 0.154 6.045 9.158 0.149 nan 2.117 1.381 7248 chr21 44719147 44747455 + 0 NA Intergenic MER20|DNA|hAT-Charlie 18618 NR_103713 100126693 Hs.473952 NR_103713 LINC00322 C21orf136|NCRNA00322 long intergenic non-protein coding RNA 322 ncRNA nan 1.684 1.556 0.180 0.311 1.099 0.418 0.545 1.010 0.014 0.232 0.291 0.018 0.252 1.846 1.145 0.101 0.075 0.209 0.255 0.096 0.054 0.189 0.100 0.473 0.442 0.185 0.188 0.151 0.141 0.227 0.797 0.170 2.087 0.165 0.285 0.265 0.048 0.075 0.125 0.142 0.569 0.100 0.039 0.107 0.108 0.099 0.476 0.634 0.070 0.718 0.466 1.145 0.788 0.082 0.473 0.239 0.420 0.298 0.273 1.853 0.327 1.481 0.047 0.077 0.020 0.004 1.941 2.493 2.309 2.965 0.737 0.714 nan 0.493 7.118 7.452 0.509 nan 2.464 3.092 0.724 0.646 1.513 2.198 1.109 1.241 0.254 0.325 2.101 1.280 253 chr1 36019127 36024630 + 0 NA intron (NM_024874, intron 1 of 20) intron (NM_024874, intron 1 of 20) 1159 NM_024874 79932 Hs.456507 NM_024874 ENSG00000142687 KIAA0319L AAVR|AAVRL KIAA0319 like protein-coding 4.233 nan 5.882 2.973 4.037 3.107 3.131 1.284 2.555 1.160 2.532 2.179 1.546 1.847 2.005 3.051 2.654 0.233 2.193 0.795 1.641 2.087 2.344 1.308 7.505 1.548 1.643 2.156 2.323 0.751 3.980 5.495 3.078 7.339 1.538 1.781 0.815 3.111 0.081 1.288 1.536 3.865 2.170 1.389 1.917 0.925 2.081 2.412 1.598 3.615 2.205 1.390 3.051 2.083 3.886 7.505 1.053 1.506 1.206 4.031 1.973 1.824 1.272 1.506 1.880 2.088 1.280 2.610 3.047 3.151 4.465 5.959 5.026 nan 1.905 5.768 5.937 3.417 5.325 7.526 10.176 nan 5.584 3.066 4.651 2.511 3.636 3.598 4.737 2.501 nan 6685 chr2 226262275 226274586 + 0 NA intron (NM_020864, intron 1 of 5) intron (NM_020864, intron 1 of 5) 2828 NM_020864 57624 Hs.224409 NM_020864 ENSG00000144460 NYAP2 KIAA1486 neuronal tyrosine-phosphorylated phosphoinositide-3-kinase adaptor 2 protein-coding nan 0.736 0.609 0.053 0.350 0.530 0.057 2.085 3.928 0.025 0.015 0.015 0.048 0.816 0.646 0.073 0.039 0.060 0.015 0.031 1.323 1.156 2.137 0.006 0.006 0.006 0.080 0.026 0.053 0.088 0.041 nan 0.047 0.058 0.509 0.079 0.132 0.009 0.427 0.075 0.005 0.006 0.009 0.012 0.195 0.090 0.033 0.041 0.007 0.021 0.646 0.024 0.022 2.137 0.029 0.013 0.245 0.024 1.259 0.039 0.024 0.040 0.019 0.023 0.016 0.759 0.894 0.270 0.151 7.574 7.472 1.875 0.901 0.225 0.291 3.119 3.189 1.504 nan 2.189 2.070 0.173 0.162 2.433 1.884 0.341 nan 2.213 1.167 10670 chr7 132042985 132088931 + 0 NA intron (NM_020911, intron 3 of 31) MIRb|SINE|MIR 120338 NR_134565 101928807 Hs.552131 NR_134565 LOC101928807 - uncharacterized LOC101928807 ncRNA nan nan nan 0.068 0.051 0.962 0.034 0.105 0.168 0.015 0.080 0.060 0.019 0.086 0.834 0.154 0.100 0.091 0.062 0.012 0.021 0.012 0.296 0.296 0.062 0.011 0.022 0.016 0.105 0.005 0.063 0.054 0.112 1.482 0.016 0.061 0.074 0.064 0.129 0.213 0.071 0.145 0.020 0.015 0.012 0.065 0.044 0.148 0.099 0.038 0.170 0.039 0.154 0.053 0.020 0.062 0.005 0.067 0.296 0.073 1.087 0.046 0.026 0.105 0.037 0.023 0.007 0.386 0.287 0.158 0.180 0.448 0.560 nan 0.076 0.127 0.148 0.512 nan 0.826 0.808 nan 0.424 0.154 0.194 0.300 0.165 0.299 0.526 3.047 nan 7252 chr21 45004876 45024176 + 0 NA intron (NM_007031, intron 7 of 8) L1MEe|LINE|L1 15344 NR_106718 102464825 NR_106718 ENSG00000278433 MIR6070 hsa-mir-6070 microRNA 6070 ncRNA nan 0.779 2.079 2.640 0.155 0.144 4.071 0.209 0.291 1.022 1.503 1.515 1.282 0.057 0.212 0.185 1.426 0.375 1.902 0.816 2.714 0.043 0.080 0.081 0.149 0.849 0.633 1.714 0.821 1.718 0.923 1.579 2.214 1.225 1.949 2.289 0.030 0.168 0.078 0.735 0.062 5.441 0.556 0.419 1.052 0.501 1.257 5.350 0.745 0.004 0.642 1.746 0.185 2.409 1.578 0.149 1.215 0.489 0.114 1.353 0.197 1.399 0.041 0.174 2.629 0.987 0.573 0.493 0.462 1.164 4.356 0.463 0.552 nan 0.131 0.422 0.389 0.687 nan 0.501 0.579 0.609 0.324 0.302 0.277 0.182 0.317 0.377 0.601 0.851 0.770 5928 chr2 16230316 16240467 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 44842 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.704 0.436 2.473 0.174 0.437 1.296 0.067 0.031 0.191 0.010 0.054 0.046 0.049 0.010 0.190 0.101 0.044 0.049 0.073 0.050 0.061 0.098 0.023 0.014 0.043 0.021 0.034 0.011 0.080 0.337 0.084 0.411 0.029 0.059 0.009 0.034 0.082 0.039 0.136 0.053 0.023 0.011 0.052 0.038 0.108 0.244 0.035 0.390 0.182 0.101 0.078 0.023 0.024 0.149 0.040 0.161 0.031 15.962 0.110 0.008 0.011 0.015 0.320 0.455 0.230 0.351 0.290 0.237 0.601 0.158 0.144 0.187 0.105 0.170 0.300 nan 0.554 0.313 15.353 20.399 0.025 0.045 0.464 nan 0.184 0.279 3278 chr13 99047256 99073345 + 0 NA intron (NM_005766, intron 13 of 26) intron (NM_005766, intron 13 of 26) 114079 NM_003576 8428 Hs.508514 NM_003576 ENSG00000102572 STK24 HEL-S-95|MST3|MST3B|STE20|STK3 serine/threonine kinase 24 protein-coding 0.889 2.571 1.211 0.052 0.609 4.953 0.226 0.228 0.444 0.026 0.099 0.024 0.135 0.042 2.910 0.967 0.076 0.076 0.576 0.283 0.012 0.021 0.366 0.228 1.045 0.047 0.029 0.017 0.075 0.061 0.781 3.460 0.412 1.259 0.125 0.048 0.171 0.072 0.062 0.013 0.252 0.164 0.028 0.012 0.293 0.103 0.406 0.123 0.070 0.043 0.057 0.284 0.967 0.369 0.043 1.045 0.231 0.786 0.049 0.022 0.566 0.099 0.114 0.035 0.026 0.015 0.568 0.539 0.286 0.453 1.145 1.240 1.796 0.571 0.141 0.167 0.237 nan 2.687 2.541 0.303 0.191 0.370 0.510 0.739 0.737 0.368 nan 0.603 0.235 9841 chr6 109700780 109705851 + 0 NA promoter-TSS (NM_001346500) promoter-TSS (NM_001346500) -373 NM_001346500 8763 Hs.520313 NM_006016 ENSG00000135535 CD164 DFNA66|MGC-24|MGC-24v|MUC-24|endolyn CD164 molecule protein-coding 6.867 nan nan 4.282 7.912 5.017 2.859 2.847 6.006 1.003 3.232 3.762 3.358 2.343 5.158 6.021 4.320 0.241 3.123 1.588 4.897 8.246 1.335 0.541 6.301 2.525 3.380 1.362 3.691 1.083 8.458 12.208 5.401 11.463 1.337 3.752 1.200 5.808 0.188 2.023 2.579 5.365 6.136 2.047 2.988 3.555 7.138 3.463 3.170 7.232 1.292 3.016 6.021 5.555 3.149 6.301 2.049 2.537 1.683 4.848 3.521 3.416 2.125 2.485 2.493 3.239 2.495 7.537 9.293 7.827 11.738 10.897 nan 10.186 5.717 17.697 18.673 3.167 3.594 4.241 6.915 nan 8.861 6.127 9.905 5.819 6.637 8.001 8.353 3.041 1.597 2427 chr12 5042682 5054637 + 0 NA Intergenic Intergenic 29586 NM_000217 3736 Hs.416139 NM_000217 ENSG00000111262 KCNA1 AEMK|EA1|HBK1|HUK1|KV1.1|MBK1|MK1|RBK1 potassium voltage-gated channel subfamily A member 1 protein-coding 0.817 nan nan 0.036 1.475 0.023 0.062 0.858 1.826 0.025 0.092 0.004 0.033 1.100 1.167 0.055 0.013 0.071 0.016 0.012 2.380 1.137 2.506 0.010 0.025 0.091 0.016 0.033 0.049 0.064 3.603 0.012 0.032 2.383 0.063 0.149 0.010 0.220 0.076 0.030 0.018 0.051 0.073 0.232 0.054 0.053 0.020 0.033 1.167 0.047 0.031 2.506 0.011 0.041 0.008 0.098 0.009 0.013 0.036 0.073 0.034 0.010 0.220 0.086 0.115 0.096 nan 1.318 5.812 3.398 0.147 0.194 0.881 1.325 0.135 0.171 0.278 0.128 0.106 0.155 6.866 7.506 0.190 nan 1.722 0.841 10163 chr7 10973492 10982240 + 0 NA intron (NM_002489, intron 2 of 3) intron (NM_002489, intron 2 of 3) 1947 NM_002489 4697 Hs.50098 NM_002489 ENSG00000189043 NDUFA4 CI-9k|CI-MLRQ|MLRQ NDUFA4, mitochondrial complex associated protein-coding nan 2.374 nan 1.836 3.480 2.245 1.090 1.706 2.847 0.752 2.257 1.716 1.041 1.637 2.001 2.596 2.608 0.123 1.003 0.497 1.051 1.641 0.951 0.453 3.370 1.725 1.739 0.840 2.182 0.784 2.983 3.795 2.538 5.159 0.883 1.962 0.872 3.088 0.224 1.158 1.344 1.842 1.192 0.473 1.149 1.199 1.287 2.262 1.335 1.759 1.703 1.218 2.596 1.336 2.003 3.370 1.118 1.740 0.576 1.595 1.799 1.400 2.234 1.370 1.114 0.902 0.653 nan 5.660 4.237 5.398 6.083 5.775 4.930 3.064 16.709 17.894 3.234 3.845 6.714 8.021 3.167 2.645 3.379 5.297 4.605 4.967 3.879 4.693 3.110 1.914 7223 chr21 41038036 41050928 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 15235 NM_033170 10317 Hs.733638 NM_006057 ENSG00000183778 B3GALT5 B3GalT-V|B3GalTx|B3T5|GLCT5|beta-1,3-GalTase 5|beta-3-Gx-T5|beta3Gal-T5 beta-1,3-galactosyltransferase 5 protein-coding nan 0.913 6.206 0.144 2.049 1.260 0.187 1.495 3.475 0.008 0.072 0.705 0.058 0.489 0.201 1.214 0.058 0.025 0.041 0.074 1.629 0.608 5.383 0.830 0.399 0.017 0.059 0.008 1.781 5.242 0.138 8.654 0.247 0.041 1.010 0.067 0.066 0.054 2.600 0.142 0.084 0.067 0.042 0.148 0.112 0.194 0.549 0.071 0.930 0.202 1.214 0.038 0.007 5.383 0.729 0.666 0.187 0.032 0.885 0.115 1.105 0.039 0.129 0.024 0.012 0.504 0.978 0.405 0.692 2.088 2.319 nan 2.523 0.282 0.329 0.156 nan 5.986 8.208 0.424 0.233 0.906 0.980 5.022 4.186 0.116 0.168 4.070 2.388 63 chr1 8720488 8793576 + 0 NA intron (NM_001042681, intron 1 of 22) intron (NM_001042681, intron 1 of 22) 120667 NM_012102 473 Hs.463041 NM_012102 ENSG00000142599 RERE ARG|ARP|ATN1L|DNB1|NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein-coding 1.928 nan 1.983 0.320 10.302 1.065 0.341 0.552 1.141 0.265 0.573 0.957 0.849 0.979 0.913 0.623 1.001 0.203 0.530 0.140 1.759 0.429 0.784 0.545 0.765 0.223 0.103 0.403 0.418 0.162 1.398 nan 1.013 2.483 0.334 0.136 0.208 1.895 0.184 0.173 0.655 0.698 0.159 0.076 0.298 0.241 0.361 0.338 0.412 0.401 0.720 0.411 0.623 0.493 1.364 0.765 0.217 0.751 0.281 0.482 0.565 0.343 0.656 1.107 0.197 0.043 0.032 0.924 0.816 0.890 1.999 2.650 2.409 1.818 0.658 1.861 1.833 2.746 nan nan 8.113 nan 1.980 0.772 1.289 0.844 1.295 2.261 4.396 1.592 0.938 5009 chr17 74577627 74596851 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -5094 NM_006456 10610 Hs.592105 NM_006456 ENSG00000070731 ST6GALNAC2 SAITL1|SIAT7|SIAT7B|SIATL1|ST6GalNAII|STHM ST6 N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2 protein-coding 1.892 2.414 0.891 0.561 0.558 0.689 0.891 1.859 3.895 0.263 0.250 0.130 0.268 0.093 2.382 0.430 0.301 0.226 0.792 0.294 0.046 0.036 0.401 0.211 1.028 0.259 0.113 0.208 0.612 0.590 0.738 2.907 0.534 8.949 0.289 0.333 0.256 0.253 0.124 0.073 1.632 0.229 0.109 0.081 0.621 0.204 0.312 0.179 0.597 0.554 0.357 0.403 0.430 0.934 0.091 1.028 0.380 0.402 0.947 0.832 0.338 0.070 0.416 0.084 0.040 0.030 0.015 0.633 0.604 1.100 1.667 2.055 1.821 3.695 0.753 0.416 0.493 nan 0.582 1.681 1.813 1.373 1.025 0.650 0.977 1.434 1.316 0.268 0.582 nan 1.237 1637 chr10 105868713 105883226 + 0 NA Intergenic Intergenic -5847 NM_145247 119392 Hs.93667 NM_145247 ENSG00000156384 SFR1 C10orf78|MEI5|MEIR5|bA373N18.1 SWI5 dependent homologous recombination repair protein 1 protein-coding nan nan 1.521 1.608 1.166 0.525 4.337 0.938 1.847 1.609 1.848 1.321 0.798 0.331 0.552 1.020 1.313 0.044 3.054 2.259 2.924 0.765 0.474 0.257 1.789 2.757 2.543 0.698 4.255 2.716 1.116 2.025 0.716 2.999 1.791 2.148 0.347 2.742 0.142 1.654 0.417 4.862 1.541 0.670 4.592 2.401 1.049 2.016 2.799 1.361 0.694 2.342 1.020 2.162 6.352 1.789 1.669 1.258 0.314 1.269 0.538 3.193 0.499 0.725 1.130 1.767 1.651 1.818 1.788 3.528 4.424 2.304 1.972 2.642 1.385 2.731 2.688 1.154 nan 2.789 4.842 0.957 0.868 0.619 1.092 1.619 1.660 2.009 nan 1.150 0.809 7919 chr3 151738556 151745913 + 0 NA Intergenic L1M1|LINE|L1 -96271 NR_110202 101928142 Hs.680207 NR_110202 AADACL2-AS1 - AADACL2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.919 0.545 2.385 0.036 0.027 4.951 0.174 0.339 0.154 0.648 1.454 0.118 0.040 0.060 0.296 0.703 0.267 0.733 0.361 3.019 0.038 0.148 0.219 0.098 1.808 0.817 0.803 3.374 4.482 1.146 2.365 1.621 0.096 0.852 0.183 0.013 0.059 0.092 0.978 0.092 3.202 0.451 0.519 3.900 1.109 0.537 0.494 0.871 0.298 0.139 0.841 0.296 1.353 4.756 0.098 0.983 1.123 1.003 0.056 1.947 0.016 0.084 0.897 0.031 0.014 0.228 0.233 0.239 0.407 0.347 0.477 0.477 0.187 0.223 0.232 0.203 nan 0.226 0.277 0.699 0.284 0.230 0.304 0.046 0.076 0.202 0.497 0.257 0.307 6377 chr2 137155074 137168436 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -286030 NM_001348059 7852 Hs.593413 NM_003467 ENSG00000121966 CXCR4 CD184|D2S201E|FB22|HM89|HSY3RR|LAP-3|LAP3|LCR1|LESTR|NPY3R|NPYR|NPYRL|NPYY3R|WHIM|WHIMS C-X-C motif chemokine receptor 4 protein-coding nan 0.617 nan 0.142 0.079 0.918 0.037 0.108 0.255 0.014 0.095 0.033 0.014 0.020 0.153 0.447 0.047 0.111 0.087 0.029 0.019 0.011 0.070 0.083 0.117 0.005 0.005 0.005 0.082 0.012 0.082 0.327 0.044 0.812 0.044 0.049 0.022 0.046 0.049 0.018 0.256 0.075 0.023 0.018 0.021 0.023 0.059 0.158 0.028 0.038 0.006 0.070 0.447 0.043 0.021 0.117 0.018 0.043 0.166 0.083 0.023 0.031 0.045 0.282 0.058 0.022 0.444 0.254 0.122 0.179 0.393 0.523 1.046 0.305 0.156 0.125 4.284 4.227 0.338 nan 0.665 0.622 0.161 0.224 0.061 0.133 0.306 0.596 0.401 0.306 1105 chr1 212683685 212704465 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -24961 NR_125985 101929565 NR_125985 ENSG00000228067 LINC01740 - long intergenic non-protein coding RNA 1740 ncRNA 1.738 1.758 2.357 0.149 0.282 0.302 0.210 0.387 0.553 0.258 0.119 0.425 0.009 0.043 0.043 0.402 0.248 0.070 0.189 0.137 0.037 0.020 0.293 0.201 0.270 0.096 0.024 0.198 0.085 0.040 0.124 0.706 0.074 nan 0.119 0.112 0.028 0.062 0.132 0.017 0.118 0.173 0.174 0.131 0.136 0.074 0.241 0.156 0.310 0.126 0.072 0.148 0.402 0.318 0.025 0.270 0.101 0.095 0.444 0.131 0.123 0.227 0.033 1.768 0.080 0.080 0.024 0.430 0.333 0.622 1.272 0.607 0.648 nan 0.279 0.375 0.503 0.341 nan 0.423 0.464 2.110 2.335 0.135 0.166 0.410 0.749 1.574 5.140 0.564 0.588 9006 chr5 72914440 72951264 + 0 NA intron (NM_001080479, intron 1 of 36) intron (NM_001080479, intron 1 of 36) 10869 NM_001080479 64283 Hs.482521 NM_001080479 ENSG00000214944 ARHGEF28 RGNEF|RIP2|p190RHOGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 28 protein-coding 1.185 nan 1.222 2.149 0.286 0.043 1.070 0.345 0.772 0.380 0.592 0.795 0.015 0.298 0.414 0.279 0.386 0.114 0.420 0.252 1.284 0.011 0.229 0.137 0.377 0.696 0.404 0.303 0.561 1.043 0.396 1.226 0.486 0.832 0.291 0.470 0.232 0.425 0.146 0.180 0.252 0.611 1.465 0.745 0.729 0.330 1.718 0.698 0.816 0.523 0.722 1.005 0.279 0.226 2.083 0.377 0.564 1.058 0.128 0.351 0.193 0.743 0.072 0.468 0.287 0.426 0.209 0.230 0.136 0.887 1.514 0.564 0.590 nan 0.479 0.235 0.334 1.684 nan 0.580 0.611 3.571 3.587 0.216 0.337 1.103 1.583 0.876 1.921 0.916 0.648 10497 chr7 91754346 91765040 + 0 NA intron (NM_000786, intron 2 of 9) intron (NM_000786, intron 2 of 9) 4147 NM_000786 1595 Hs.417077 NM_000786 ENSG00000001630 CYP51A1 CP51|CYP51|CYPL1|LDM|P450-14DM|P450L1 cytochrome P450 family 51 subfamily A member 1 protein-coding nan 1.472 nan 1.624 3.755 2.065 1.129 1.427 2.740 0.485 1.147 1.168 0.534 0.994 3.126 2.469 1.839 0.271 0.982 0.391 0.926 0.780 2.343 1.116 2.437 0.445 0.539 0.689 1.916 0.734 0.980 1.738 3.161 3.335 0.423 1.215 0.756 2.019 0.239 0.425 1.524 1.808 1.174 0.480 0.924 0.635 1.511 1.137 1.120 2.821 1.205 1.391 2.469 1.287 1.404 2.437 0.870 0.861 0.713 1.795 1.030 0.854 1.063 1.115 0.848 0.862 0.467 2.790 3.705 1.877 2.957 5.243 5.548 4.598 2.997 7.976 8.076 2.377 2.854 3.087 4.274 2.816 3.421 1.646 3.415 3.009 2.605 3.585 nan 4.272 1.977 1334 chr10 13177395 13185231 + 0 NA Intergenic Intergenic -22241 NM_018518 55388 Hs.198363 NM_018518 ENSG00000065328 MCM10 CNA43|DNA43|PRO2249 minichromosome maintenance 10 replication initiation factor protein-coding nan 0.701 0.817 0.091 0.323 0.044 0.045 0.164 0.409 0.024 0.079 0.059 0.443 0.317 0.297 0.230 0.054 0.025 0.048 0.141 0.101 0.083 0.342 0.089 0.055 0.066 0.096 0.013 0.063 0.094 0.080 0.257 0.053 0.048 0.049 0.068 0.085 0.015 4.423 0.047 0.031 0.010 0.042 0.022 0.103 0.166 0.106 0.093 0.010 0.105 0.317 0.063 0.024 0.342 0.063 0.053 0.176 0.074 0.052 0.061 0.025 0.215 0.038 0.030 0.006 0.457 0.349 0.301 0.408 1.217 1.345 1.640 0.325 0.168 0.288 0.427 0.585 1.505 1.673 0.660 1.093 0.131 0.229 0.503 0.411 0.270 0.497 0.332 0.369 11946 chrX 49019274 49034237 + 0 NA Intergenic MER46C|DNA|TcMar-Tigger -1429 NM_002668 5355 Hs.77422 NM_002668 ENSG00000102007 PLP2 A4|A4LSB proteolipid protein 2 protein-coding 1.555 2.387 nan 0.933 1.305 1.632 1.143 0.631 1.448 0.236 2.187 1.250 0.195 0.508 1.301 0.893 0.618 0.151 1.246 0.488 1.425 0.481 0.671 0.326 1.660 1.250 1.373 0.631 1.843 0.888 0.905 1.619 0.528 3.418 1.128 2.798 0.375 1.094 0.061 0.844 0.821 0.905 2.745 1.115 1.159 1.063 0.333 1.397 1.711 3.742 0.282 0.665 0.893 1.470 1.855 1.660 0.697 0.397 0.514 1.272 1.541 1.559 0.653 0.422 1.240 0.766 0.435 0.657 1.087 1.308 2.198 3.292 2.603 3.049 0.903 2.518 2.474 1.311 1.545 2.929 3.472 1.773 1.827 0.793 1.179 1.618 1.639 0.725 1.304 1.468 0.679 9711 chr6 52366879 52388041 + 0 NA intron (NM_012288, intron 4 of 10) intron (NM_012288, intron 4 of 10) 64402 NM_012288 9697 Hs.520182 NM_012288 ENSG00000065308 TRAM2 - translocation associated membrane protein 2 protein-coding 1.420 1.445 nan 0.700 0.563 1.382 2.974 0.303 0.737 0.583 1.091 1.624 0.328 0.220 0.529 2.473 2.134 0.265 1.542 0.924 0.723 0.078 0.829 0.244 0.487 1.710 1.214 0.184 0.930 0.856 0.411 1.558 0.420 0.955 1.325 1.104 0.324 0.108 0.117 1.259 0.119 2.083 1.370 0.672 0.534 0.543 0.439 6.703 1.519 1.049 0.345 0.453 2.473 2.302 1.784 0.487 0.517 0.638 0.230 0.431 0.868 0.993 0.431 0.295 1.172 0.648 0.465 0.844 1.348 1.154 1.905 0.889 0.937 1.475 0.403 1.282 1.371 0.863 1.342 1.884 2.752 0.492 0.340 0.591 0.975 1.122 1.309 0.489 1.216 0.870 0.780 2096 chr11 73484841 73504330 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -4332 NR_134660 51642 Hs.503239 NM_016055 ENSG00000175581 MRPL48 CGI-118|HSPC290|L48MT|MRP-L48 mitochondrial ribosomal protein L48 protein-coding nan 2.240 1.293 1.025 3.491 3.523 1.428 1.842 3.256 0.464 1.060 1.235 0.898 0.950 2.956 1.552 0.731 0.239 0.858 0.419 1.360 0.882 1.275 0.617 2.125 1.263 1.155 0.683 0.573 0.569 2.405 nan 1.102 5.157 0.794 1.401 0.595 2.282 0.213 0.562 1.732 2.508 1.298 0.655 1.377 1.017 1.983 2.399 1.417 1.217 2.608 1.739 1.552 1.122 2.484 2.125 0.942 1.049 0.559 2.064 1.646 1.111 1.817 0.931 0.972 0.777 0.533 3.191 2.949 2.069 2.804 3.582 3.414 6.362 3.789 10.170 10.937 2.360 2.888 5.400 6.187 2.555 2.404 3.820 3.413 3.785 5.374 2.200 3.273 2.411 1.374 2805 chr12 78600600 78607747 + 0 NA intron (NM_001024383, intron 39 of 39) intron (NM_001024383, intron 39 of 39) 149353 NR_135021 105369860 Hs.156898 NR_135021 ENSG00000258220 LINC02424 - long intergenic non-protein coding RNA 2424 ncRNA nan 2.443 3.774 0.081 3.569 2.533 0.228 3.815 8.093 0.014 0.209 0.152 0.043 1.683 1.517 0.489 0.224 0.325 0.133 0.035 0.135 1.381 0.843 5.592 0.337 0.181 0.545 0.073 0.128 0.523 0.138 7.871 0.389 0.122 0.959 0.030 0.062 0.282 1.704 0.051 0.034 0.022 0.183 0.151 0.107 0.653 0.216 0.151 0.111 0.057 1.517 0.103 0.155 5.592 0.103 0.046 1.145 0.074 1.845 0.279 0.041 1.607 0.150 0.137 0.035 0.492 0.616 0.256 0.357 6.504 8.146 5.709 1.690 0.219 0.231 3.013 4.064 8.895 9.523 5.148 5.558 0.122 0.353 3.300 5.394 2.384 4.226 nan 1.422 3776 chr14 93547815 93568096 + 0 NA intron (NM_014216, intron 2 of 10) intron (NM_014216, intron 2 of 10) 24158 NR_002808 319085 Hs.612888 NR_002808 ENSG00000258730 ITPK1-AS1 C14orf85|ITPK1-AS|ITPK1AS|NCRNA00203 ITPK1 antisense RNA 1 ncRNA 1.616 1.229 nan 0.341 0.315 0.704 0.132 0.191 0.428 0.865 0.513 0.218 0.015 0.065 0.246 1.121 0.325 0.190 0.047 0.056 0.334 0.061 0.394 0.318 0.535 1.712 1.109 0.106 0.084 0.026 0.084 0.387 0.178 1.077 0.054 1.221 0.075 0.134 0.077 0.023 0.188 0.848 0.244 0.104 0.021 0.103 0.831 0.098 0.410 0.137 0.019 2.013 1.121 0.078 0.057 0.535 0.193 0.393 0.305 0.214 0.066 0.179 0.024 0.524 0.410 0.031 0.025 0.446 0.616 0.856 3.324 1.714 1.605 0.999 0.289 0.866 0.832 0.941 1.282 1.094 1.477 3.689 3.333 0.376 0.465 0.405 0.593 0.748 1.211 nan 1.253 9103 chr5 105412351 105434000 + 0 NA Intergenic Intergenic 923540 NR_104671 102467213 Hs.570923 NR_104671 ENSG00000251027 LINC01950 - long intergenic non-protein coding RNA 1950 ncRNA 0.702 1.180 0.825 0.066 0.366 0.041 0.053 2.858 4.951 0.031 0.070 0.163 0.029 0.032 0.045 0.456 0.097 0.089 0.049 0.017 0.024 0.071 0.367 0.186 0.574 0.020 0.015 0.030 0.051 0.014 0.063 0.069 0.062 0.581 0.034 0.060 0.197 0.045 0.131 0.230 0.085 0.008 0.025 0.015 0.018 0.109 0.088 0.056 0.043 0.036 0.040 0.456 0.039 0.026 0.574 0.068 0.076 0.149 0.019 0.112 0.025 0.167 0.023 0.021 0.019 0.014 0.247 0.221 0.313 0.546 0.298 0.378 1.998 0.521 0.143 0.101 0.507 0.765 0.447 0.359 0.362 0.161 0.121 0.255 1.630 1.299 0.151 0.193 0.553 0.314 1784 chr11 9773247 9789732 + 0 NA promoter-TSS (NR_033972) promoter-TSS (NR_033972) -409 NR_033972 440028 Hs.677541 NR_033972 ENSG00000245522 LOC440028 - uncharacterized LOC440028 ncRNA 1.358 1.357 1.376 1.806 1.118 0.483 1.521 0.692 1.279 0.406 1.898 1.845 0.369 0.492 0.922 0.629 2.025 0.245 1.147 0.563 1.511 0.378 0.416 0.293 1.692 0.937 1.075 2.294 1.182 1.094 0.747 2.173 0.924 2.671 0.520 0.914 0.215 3.572 0.155 0.933 0.584 4.101 2.400 1.047 0.807 0.746 0.959 10.374 2.030 1.229 2.380 0.790 0.629 1.312 1.328 1.692 0.675 0.975 0.247 2.372 0.302 1.589 0.402 0.277 1.150 1.258 1.211 1.000 1.472 1.262 2.376 1.460 1.512 2.749 0.964 2.016 2.067 1.657 2.476 1.540 2.365 1.255 1.179 1.053 1.725 1.183 1.733 0.612 1.199 1.122 0.791 938 chr1 183482299 183489901 + 0 NA intron (NM_001350221, intron 5 of 24) intron (NM_001350221, intron 5 of 24) 44594 NM_173156 9887 Hs.591463 NM_014837 ENSG00000116698 SMG7 C1orf16|EST1C|SGA56M SMG7, nonsense mediated mRNA decay factor protein-coding nan nan 1.218 0.264 0.103 0.066 0.236 0.359 0.508 0.013 0.259 0.305 0.033 0.080 0.129 0.294 0.400 0.275 0.625 0.274 0.049 0.036 0.535 0.342 0.206 0.299 0.067 0.029 0.143 0.082 0.231 0.502 0.178 0.372 0.180 0.452 1.226 0.115 0.117 0.076 0.084 0.072 0.024 0.031 0.296 0.041 0.356 0.105 0.246 0.067 0.696 0.647 0.294 0.169 0.483 0.206 0.305 0.076 0.069 0.254 0.052 4.561 0.081 0.182 0.045 0.013 0.507 0.604 3.580 2.548 0.492 nan 1.080 0.340 nan 0.661 0.794 1.214 0.648 0.417 0.405 0.217 1.963 3.491 3.645 7.633 0.433 nan 0.779 0.623 2149 chr11 85451700 85472633 + 0 NA intron (NM_001289608, intron 1 of 18) intron (NM_001289608, intron 1 of 18) 6946 NM_001162951 54843 Hs.369520 NM_032379 ENSG00000137501 SYTL2 CHR11SYT|EXO4|PPP1R151|SGA72M|SLP2|SLP2A synaptotagmin like 2 protein-coding 0.542 0.958 0.624 0.282 0.144 0.061 0.391 0.168 0.327 0.247 0.119 0.202 0.694 0.082 0.103 0.178 0.046 0.043 0.382 0.144 0.060 0.007 0.120 0.099 0.058 0.688 0.210 0.031 0.652 0.657 0.682 2.910 1.404 0.412 0.766 0.102 0.009 0.083 0.130 0.056 0.136 0.157 0.058 0.015 3.003 0.655 2.126 0.180 0.179 0.075 0.026 1.303 0.178 0.153 0.349 0.058 0.363 1.608 0.126 0.042 0.098 0.097 0.088 0.033 0.008 0.023 0.526 0.254 0.229 0.516 0.336 0.411 0.332 0.111 0.487 0.515 0.202 0.357 0.374 0.484 0.305 0.184 0.257 0.353 0.096 0.120 0.148 0.394 0.518 0.503 1620 chr10 103041601 103092773 + 0 NA Intergenic Intergenic -43880 NR_120621 101927419 Hs.638503 NR_120621 ENSG00000229649 LOC101927419 - uncharacterized LOC101927419 ncRNA nan nan 1.013 0.046 0.157 0.312 0.093 0.385 0.683 0.018 0.115 0.112 0.025 0.049 0.720 0.378 0.072 0.060 0.064 0.022 0.023 0.052 0.186 0.159 1.667 0.035 0.025 0.094 0.082 0.014 0.094 0.295 0.078 0.627 0.014 0.064 0.067 0.150 0.066 0.012 0.177 0.126 0.045 0.039 0.013 0.039 0.045 0.092 0.188 0.088 0.045 0.078 0.378 0.078 0.047 1.667 0.062 0.047 0.139 0.198 0.217 0.052 0.054 1.075 0.016 0.030 0.016 0.426 0.592 0.231 0.286 1.231 1.355 0.486 0.150 0.172 0.167 0.427 nan 1.430 1.468 0.839 0.718 0.183 0.285 0.248 0.136 1.181 nan 0.845 0.554 2241 chr11 110948134 110960401 + 0 NA Intergenic Intergenic 13775 NR_149131 105369490 NR_149131 ENSG00000271584 LINC02550 - long intergenic non-protein coding RNA 2550 ncRNA 0.769 0.940 0.802 0.006 0.806 6.322 0.129 0.169 0.196 0.008 0.063 0.098 0.045 0.025 0.095 0.619 0.043 0.013 0.129 0.062 0.030 0.022 0.218 0.290 0.127 0.011 0.023 0.012 0.095 0.035 0.085 0.110 0.068 3.168 0.024 0.026 0.149 0.088 0.136 0.039 0.026 0.127 0.029 0.019 0.071 0.031 0.110 0.151 0.033 0.052 0.019 0.076 0.619 0.046 0.038 0.127 0.090 0.021 0.016 0.014 0.473 0.051 0.178 0.131 0.025 0.005 0.004 2.416 nan 0.340 0.409 1.653 1.877 3.159 0.998 0.300 0.324 1.291 nan 0.927 0.750 0.368 0.216 0.498 0.763 1.194 1.064 0.324 0.577 2.580 1.187 5914 chr2 12289759 12318939 + 0 NA intron (NR_110196, intron 2 of 5) intron (NR_110196, intron 2 of 5) -34907 NR_037452 100500884 NR_037452 ENSG00000264089 MIR3681 - microRNA 3681 ncRNA 0.841 0.950 0.693 0.057 0.211 0.080 0.784 0.198 0.328 0.192 0.364 0.830 0.009 0.048 1.216 0.264 0.390 0.066 0.309 0.149 0.061 0.019 0.141 0.163 0.238 0.306 0.106 0.010 0.046 0.007 0.917 3.956 0.262 0.828 0.517 0.089 0.007 0.026 0.126 1.163 0.086 0.341 0.085 0.082 0.023 0.046 0.453 0.511 0.061 0.112 0.078 0.092 0.264 0.192 0.510 0.238 0.126 0.046 0.153 0.211 0.580 0.454 0.024 0.064 0.644 0.109 0.158 0.443 0.527 0.286 0.415 0.493 0.520 0.147 0.074 0.179 0.177 0.453 0.717 1.372 nan 0.348 0.220 0.147 0.153 0.069 0.055 0.205 nan 0.954 0.750 6466 chr2 166928359 166949244 + 0 NA intron (NR_110260, intron 1 of 11) MIR3|SINE|MIR 760 NR_110260 101929680 Hs.662210 NR_110260 ENSG00000236107 LOC101929680 - uncharacterized LOC101929680 ncRNA 1.416 0.952 nan 0.045 0.110 0.029 0.077 0.185 0.344 0.009 0.205 0.138 0.003 0.048 0.039 0.146 0.087 0.056 0.116 0.054 0.052 0.007 0.060 0.095 0.073 0.074 0.038 0.003 0.062 0.010 0.066 0.066 0.054 0.305 0.042 1.324 1.374 0.026 0.068 0.028 0.230 0.062 0.014 0.015 0.016 0.025 0.091 0.105 0.074 0.062 0.042 0.054 0.146 0.027 0.022 0.073 0.050 0.036 0.070 0.037 0.077 0.026 0.086 1.480 0.011 0.028 0.017 0.332 0.207 0.221 0.431 0.277 0.257 0.292 0.155 0.248 0.210 0.741 0.765 0.248 0.248 5.329 4.657 0.136 0.271 3.340 5.379 0.979 2.151 0.488 0.384 6589 chr2 202898486 202908813 + 0 NA TTS (NM_003507) TTS (NM_003507) 4339 NM_003507 8324 Hs.173859 NM_003507 ENSG00000155760 FZD7 FzE3 frizzled class receptor 7 protein-coding 2.806 nan 3.999 1.231 0.750 0.156 1.390 0.233 0.278 0.340 1.050 1.262 0.048 0.077 1.140 1.015 0.078 0.846 0.430 0.455 0.540 0.111 0.103 0.208 1.071 0.789 0.738 0.491 0.419 0.480 0.772 0.507 2.633 0.483 2.303 0.184 0.753 0.110 0.771 0.438 1.072 0.293 0.210 0.253 0.045 1.718 0.738 1.928 0.868 0.886 0.974 1.140 0.520 0.199 0.208 0.771 0.358 1.253 1.465 0.069 0.454 0.076 0.723 1.514 0.300 0.275 0.305 0.301 0.432 0.887 0.640 0.570 0.134 0.045 0.771 0.751 2.844 4.571 0.874 1.220 6.568 5.460 0.346 0.726 0.599 0.550 0.795 2.004 0.454 0.348 7456 chr22 44289110 44300172 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -6748 NM_001177675 150379 Hs.248086 NM_138814 ENSG00000100341 PNPLA5 GS2L|dJ388M5|dJ388M5.4 patatin like phospholipase domain containing 5 protein-coding 0.576 nan 0.396 0.239 0.072 0.131 4.259 0.159 0.246 0.103 0.880 0.117 0.028 0.046 0.268 0.289 0.061 0.073 0.490 0.483 0.091 0.028 0.085 0.065 0.238 0.156 0.053 0.027 0.798 0.394 0.171 0.614 0.172 0.456 0.096 0.103 0.017 0.061 0.109 0.107 0.050 0.120 0.076 0.042 0.311 0.274 0.661 0.394 0.081 0.051 0.208 0.730 0.289 1.101 0.954 0.238 0.034 0.015 0.177 0.135 0.055 1.652 0.036 0.145 0.074 0.010 0.005 0.342 0.371 0.181 0.192 0.386 0.359 0.458 0.201 0.274 0.251 0.192 nan 0.405 0.534 nan 0.266 0.260 0.203 0.077 0.127 0.229 0.395 0.580 0.524 6142 chr2 58094260 58135443 + 0 NA Intergenic Intergenic -19935 NM_001288837 7444 Hs.715298 NM_006296 ENSG00000028116 VRK2 - vaccinia related kinase 2 protein-coding 0.839 nan 0.760 0.144 0.428 0.560 0.811 1.549 2.946 0.081 0.147 0.777 0.018 0.477 2.129 0.233 0.196 0.093 0.373 0.231 0.279 0.209 1.786 1.464 2.676 0.718 0.468 0.075 1.053 0.402 0.107 0.255 0.120 3.689 0.404 0.161 0.264 0.055 0.124 0.126 0.308 0.138 0.039 0.023 0.260 0.672 0.354 0.270 0.652 0.095 0.059 0.096 0.233 0.123 0.086 2.676 0.089 0.064 0.186 0.046 0.810 0.619 1.448 0.235 0.027 0.024 0.020 2.119 2.462 5.780 5.017 3.485 4.238 3.713 2.085 0.306 0.332 5.107 5.275 1.856 1.755 1.126 0.716 1.609 2.560 0.991 0.706 0.536 1.134 2.363 1.245 11100 chr8 90992628 90997765 + 0 NA intron (NM_001024688, intron 1 of 16) intron (NM_001024688, intron 1 of 16) 1703 NM_002485 4683 Hs.492208 NM_002485 ENSG00000104320 NBN AT-V1|AT-V2|ATV|NBS|NBS1|P95 nibrin protein-coding nan 2.241 3.084 1.841 3.238 2.599 2.510 1.996 2.877 0.818 3.434 1.825 1.862 1.115 2.967 1.558 4.362 0.253 3.611 1.068 4.805 1.028 0.852 0.354 2.213 1.375 2.054 1.336 3.842 1.936 1.723 2.573 2.434 6.395 2.192 2.140 1.385 2.129 0.073 5.160 1.506 3.727 4.040 1.652 2.489 0.686 2.599 4.130 3.597 4.105 2.110 2.412 1.558 4.011 4.282 2.213 1.665 1.835 0.548 2.103 1.538 3.616 1.466 1.778 1.258 1.300 1.108 2.642 3.668 4.526 nan 4.337 3.962 3.108 1.612 8.847 8.660 2.374 2.384 10.661 12.253 2.955 2.894 2.770 4.626 6.345 6.398 3.745 4.114 1.864 1.247 929 chr1 182597886 182611667 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 20501 NR_036490 284648 Hs.253475 NR_036490 ENSG00000261504 LINC01686 - long intergenic non-protein coding RNA 1686 ncRNA nan nan 5.127 0.078 0.942 0.319 0.088 0.520 0.889 0.021 0.079 0.154 0.018 0.225 0.641 0.751 0.336 0.163 0.077 0.014 0.059 2.371 0.676 0.687 0.049 0.047 0.032 0.075 0.008 0.140 0.952 0.161 0.707 0.189 0.695 0.039 0.127 0.008 0.393 0.080 0.018 0.023 0.042 0.041 0.119 0.138 0.066 0.036 0.146 0.130 0.751 0.094 0.045 0.687 0.036 0.179 0.339 0.059 2.303 0.029 0.885 0.961 0.055 0.025 0.011 2.692 4.636 0.696 1.105 2.872 nan 3.727 1.245 nan 2.795 1.395 1.969 4.017 2.754 3.653 4.938 1.022 1.785 2.203 2.547 1.313 nan 3.155 1.608 2370 chr11 129693534 129737663 + 0 NA intron (NM_001331210, intron 2 of 6) L1MEf|LINE|L1 29922 NM_001331211 120224 Hs.504301 NM_138788 ENSG00000151715 TMEM45B - transmembrane protein 45B protein-coding 0.576 1.386 0.714 0.385 0.493 0.752 2.091 0.210 0.400 0.563 0.296 0.310 1.413 0.107 0.211 0.375 0.093 0.080 0.841 0.422 0.180 0.025 0.224 0.193 0.374 1.664 1.069 0.150 0.667 0.659 1.404 2.902 0.712 0.925 0.881 0.127 0.050 0.104 0.111 0.329 0.048 0.321 0.276 0.168 1.392 1.187 1.940 0.373 0.231 0.103 0.138 2.222 0.375 1.374 0.480 0.374 1.380 1.580 0.031 0.106 0.209 0.718 0.442 0.112 0.414 0.502 0.414 0.671 0.835 0.925 2.467 0.539 0.510 0.692 0.198 0.734 0.743 0.201 0.426 1.168 1.318 0.414 0.281 0.673 0.907 0.237 0.413 0.165 nan 0.693 0.536 7825 chr3 128897175 128906519 + 0 NA intron (NM_001127193, intron 1 of 4) AluSx3|SINE|Alu 963 NM_001127196 7555 Hs.518249 NM_003418 ENSG00000169714 CNBP CNBP1|DM2|PROMM|RNF163|ZCCHC22|ZNF9 CCHC-type zinc finger nucleic acid binding protein protein-coding 6.092 nan 3.614 5.119 2.842 1.960 4.336 3.240 5.222 1.460 2.440 2.180 0.476 1.386 1.635 3.009 4.275 0.662 2.290 0.701 1.741 2.192 3.081 1.759 3.185 3.510 4.530 1.582 4.269 1.451 3.800 5.712 3.119 3.435 1.300 3.015 0.591 1.795 0.162 1.031 1.775 4.032 3.022 1.361 2.208 1.637 2.375 3.015 2.025 4.106 2.069 3.774 3.009 2.990 6.290 3.185 1.439 1.478 1.089 4.013 1.110 2.840 1.305 2.362 1.295 1.510 0.937 5.487 4.272 5.209 7.631 5.926 5.996 9.062 5.106 10.518 11.269 3.933 nan 3.906 7.051 12.440 13.589 4.338 6.962 3.372 4.056 9.119 6.746 2.887 1.596 5199 chr18 21542457 21550720 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -26149 NM_153211 125488 Hs.128576 NM_153211 ENSG00000168234 TTC39C C18orf17|HsT2697 tetratricopeptide repeat domain 39C protein-coding 1.195 1.245 1.107 0.427 0.602 0.443 0.146 0.329 0.682 0.116 0.158 0.265 0.015 0.621 0.566 0.181 0.040 0.104 0.024 0.031 0.051 0.181 0.091 0.422 0.217 0.115 0.130 0.054 0.051 0.079 0.300 0.145 1.585 0.973 0.254 0.009 0.068 0.056 0.489 0.089 0.117 0.113 0.188 0.056 0.044 0.207 0.296 0.060 0.403 0.758 0.566 0.097 0.135 0.422 0.104 0.710 0.163 0.127 0.239 0.077 0.096 0.374 0.045 0.014 0.018 0.599 0.513 0.253 nan 0.891 0.879 11.395 3.242 0.211 0.294 0.208 0.386 0.933 0.486 0.621 0.313 0.191 0.272 1.595 2.393 0.644 2.108 1.640 1.424 10890 chr8 32953040 32989171 + 0 NA Intergenic Intergenic 359559 NM_032664 84750 Hs.458713 NM_032664 ENSG00000172728 FUT10 FUCTX fucosyltransferase 10 protein-coding 0.572 0.780 nan 3.685 0.082 0.057 0.529 0.101 0.213 0.084 0.121 0.271 0.017 0.058 0.047 0.318 0.136 0.093 0.188 0.137 0.155 0.008 0.052 0.090 0.066 1.288 0.813 0.019 0.649 0.916 0.100 0.065 0.169 0.323 0.555 0.855 0.019 0.255 0.139 0.156 0.046 0.082 0.038 0.019 0.442 0.568 0.069 0.464 0.374 0.045 0.092 0.048 0.318 0.108 0.123 0.066 0.413 0.021 0.067 0.045 0.058 0.118 0.025 0.158 0.044 0.247 0.214 0.274 0.171 0.424 1.298 0.423 0.612 4.263 1.524 0.121 0.160 0.312 0.470 0.441 0.362 0.503 0.332 0.064 0.119 0.192 0.213 0.251 0.485 1.034 0.686 2554 chr12 26109101 26114515 + 0 NA promoter-TSS (NM_001164748) promoter-TSS (NM_001164748) -156 NM_001164748 11228 Hs.696433 NM_007211 ENSG00000123094 RASSF8 C12orf2|HOJ1 Ras association domain family member 8 protein-coding nan nan nan 1.129 3.267 0.093 0.786 0.059 0.317 1.127 3.646 4.312 0.401 0.778 1.400 0.190 1.524 0.121 3.148 0.741 2.500 0.944 0.546 0.527 0.155 1.804 2.759 0.889 4.399 0.389 0.810 1.256 0.602 2.910 0.594 3.362 0.148 2.180 0.138 7.635 0.088 4.712 1.514 0.775 0.609 0.199 1.714 8.155 3.406 4.836 2.007 1.663 0.190 5.550 0.878 0.155 0.274 0.995 0.143 10.874 1.804 0.920 0.183 2.760 6.520 1.138 0.722 1.194 1.729 1.242 2.119 0.729 0.691 0.648 0.210 5.007 4.403 0.586 0.771 2.816 4.743 1.489 1.769 0.516 1.267 0.023 0.065 4.071 5.009 0.202 0.273 9544 chr6 30058820 30090762 + 0 NA intron (NR_126470, intron 1 of 3) AluSq4|SINE|Alu 1774 NR_126470 104533120 Hs.548919 NR_126470 ENSG00000231226 TRIM31-AS1 - TRIM31 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.683 nan 0.541 0.198 0.039 1.203 0.241 0.386 0.033 0.086 0.191 0.039 0.147 0.042 0.180 0.117 0.112 1.009 0.472 0.107 0.052 0.098 0.095 0.134 0.911 0.563 0.067 0.922 1.098 0.663 1.851 1.060 nan 0.503 0.130 0.015 0.108 0.107 0.182 0.015 0.208 0.125 0.078 1.263 0.619 2.035 0.104 0.764 0.320 0.575 0.713 0.180 0.724 0.172 0.134 0.574 1.748 0.058 0.450 0.118 0.193 0.065 0.035 0.107 0.018 0.016 0.304 0.197 0.289 nan nan 0.309 nan 0.158 0.256 0.314 0.202 0.316 0.177 0.182 0.325 0.109 0.222 0.247 0.152 0.213 0.153 0.394 0.426 0.440 1538 chr10 77521522 77553587 + 0 NA intron (NR_131178, intron 1 of 7) MIR|SINE|MIR -4965 NM_032024 83938 Hs.118161 NM_032024 ENSG00000148655 LRMDA C10orf11|CDA017 leucine rich melanocyte differentiation associated protein-coding 0.602 nan 0.809 0.110 0.223 0.054 0.082 0.355 0.841 0.009 0.447 0.472 0.017 0.289 0.114 0.200 0.261 0.084 0.046 0.024 0.019 0.017 0.177 0.145 0.676 0.405 0.198 0.037 0.150 0.128 0.137 0.896 0.130 0.287 0.041 0.047 0.045 0.034 0.076 0.228 0.079 0.123 0.038 0.034 0.262 0.146 0.278 0.204 0.135 0.032 0.477 0.140 0.200 0.038 0.083 0.676 0.187 0.034 0.026 0.029 0.219 0.096 3.238 0.017 0.140 0.016 0.006 1.425 1.816 0.658 0.749 0.312 0.389 2.361 0.811 0.191 0.188 0.203 0.352 0.647 nan 0.154 0.095 1.721 2.451 0.239 0.164 0.133 nan 0.904 0.567 1583 chr10 91978404 91994008 + 0 NA Intergenic Intergenic -269076 NR_110655 101926924 Hs.500498 NR_110655 ENSG00000226159 LINC01375 - long intergenic non-protein coding RNA 1375 ncRNA 0.507 0.629 0.654 0.097 0.072 0.014 0.296 0.082 0.142 0.791 0.234 4.026 0.004 0.019 0.046 0.304 0.568 0.103 0.461 0.424 0.049 0.036 0.093 0.096 0.038 0.005 0.128 0.013 0.268 1.020 0.063 0.204 0.873 0.051 0.006 0.021 0.096 0.476 0.015 2.370 0.321 0.140 0.062 0.039 0.086 0.738 0.063 0.028 0.010 0.043 0.304 0.149 0.006 0.038 0.173 0.046 0.006 0.339 0.020 0.556 0.044 0.056 1.810 0.185 0.193 0.269 0.151 1.477 1.764 0.147 0.212 0.198 0.041 0.123 0.130 0.352 0.471 nan 0.314 0.181 0.085 0.087 0.144 0.040 0.061 0.132 0.301 0.359 0.357 8351 chr4 42314444 42323309 + 0 NA intron (NR_134668, intron 1 of 1) HERVIP10FH-int|LTR|ERV1 74409 NR_134668 105374428 Hs.245131 NR_134668 ENSG00000250781 LOC105374428 - uncharacterized LOC105374428 ncRNA 0.564 nan nan 0.143 0.138 0.006 0.404 0.091 0.187 0.011 0.052 0.031 0.007 0.079 0.060 0.116 0.084 0.145 5.579 2.965 0.007 0.124 0.125 0.079 0.058 0.025 0.009 0.352 0.178 0.083 0.451 0.134 0.204 2.997 0.031 0.010 0.053 0.071 0.045 0.102 0.089 0.018 0.234 0.130 0.088 0.159 0.060 0.079 0.115 0.257 0.116 3.464 0.020 0.079 0.124 0.143 0.021 0.011 0.071 0.025 0.055 0.004 0.006 0.034 0.229 0.194 0.179 0.417 0.160 0.161 0.178 0.102 0.171 0.204 0.101 0.199 0.151 0.188 0.298 0.139 0.128 0.164 0.035 0.040 0.111 0.347 0.583 0.808 5740 chr19 46217899 46235267 + 0 NA intron (NM_001329633, intron 1 of 1) AluJo|SINE|Alu 171 NM_001329634 23403 Hs.128702 NM_001080469 ENSG00000177051 FBXO46 20D7-FC4|FBXO34L|Fbx46 F-box protein 46 protein-coding 1.846 1.178 1.814 1.635 1.178 0.878 2.660 0.627 1.441 0.824 2.551 1.734 0.328 0.437 1.401 1.013 0.810 0.259 3.231 1.254 1.405 0.564 0.732 0.447 1.225 0.677 0.632 1.018 0.803 0.493 1.171 nan 1.245 2.270 0.983 0.964 0.380 1.595 0.143 0.482 0.301 4.981 1.046 0.571 0.827 0.442 2.397 0.663 3.067 4.625 1.016 1.124 1.013 3.715 1.088 1.225 0.639 1.013 0.853 1.390 0.767 1.267 0.365 1.343 0.561 0.346 0.253 0.960 1.595 1.597 2.430 2.186 2.772 3.153 1.123 6.477 7.060 2.327 3.220 3.324 3.893 1.888 1.383 1.197 2.040 1.135 1.109 1.965 5.000 1.885 0.786 7289 chr22 17792378 17801296 + 0 NA Intergenic Intergenic -44002 NM_001290046 27443 Hs.231895 NM_031413 ENSG00000099954 CECR2 - CECR2, histone acetyl-lysine reader protein-coding 0.903 nan 0.599 0.106 0.495 0.258 0.072 0.216 0.296 0.078 0.042 0.049 0.006 2.645 0.260 0.075 0.108 0.083 0.021 0.040 0.406 0.214 0.161 0.023 0.033 0.024 0.114 0.012 0.091 nan 0.119 0.419 0.016 0.043 0.043 0.049 0.072 0.079 0.144 0.047 0.001 0.024 0.025 0.032 0.150 0.042 0.032 0.041 0.056 0.260 0.079 0.011 0.161 0.056 0.168 0.032 0.125 0.026 0.016 0.083 0.042 0.006 0.010 0.432 0.408 0.268 0.303 0.309 0.313 0.936 0.225 0.334 0.293 0.299 0.530 0.987 0.991 0.494 0.148 0.159 0.177 0.322 0.268 0.260 0.442 5.051 2.624 8747 chr5 9147343 9151856 + 0 NA intron (NM_003966, intron 12 of 22) AluSx|SINE|Alu -95592 NR_039779 100616326 NR_039779 ENSG00000266415 MIR4636 mir-4636 microRNA 4636 ncRNA 0.462 0.834 1.247 0.088 0.192 0.329 0.309 0.076 0.112 0.118 0.070 0.041 0.014 0.019 0.112 0.150 0.250 2.869 4.060 0.042 0.031 0.216 0.109 0.079 0.045 0.047 2.745 1.092 0.149 0.108 0.220 0.670 0.551 0.082 0.021 0.073 0.091 0.926 0.017 0.388 0.254 0.104 1.230 0.286 0.085 1.064 0.054 0.224 0.064 0.089 0.112 0.465 0.186 0.079 0.135 0.129 0.111 0.078 2.222 0.151 0.349 0.590 0.397 0.456 0.353 nan 0.386 0.344 0.136 0.066 0.107 0.025 0.333 0.424 nan 0.722 nan 0.237 0.155 0.219 0.064 0.141 0.100 0.261 0.596 nan 5158 chr18 11319620 11327648 + 0 NA Intergenic Intergenic -130843 NR_146901 105371994 Hs.640568 NR_146901 ENSG00000267425 LINC01928 - long intergenic non-protein coding RNA 1928 ncRNA 0.641 0.682 0.463 0.950 0.055 0.033 2.056 0.219 0.151 0.024 0.180 4.555 0.008 0.095 0.353 0.190 6.736 0.458 0.384 0.589 1.463 0.019 0.093 0.074 1.594 0.941 0.119 1.139 0.208 0.150 0.498 0.149 0.256 4.655 0.200 0.048 0.054 0.113 2.777 0.060 7.206 0.390 0.212 0.701 0.374 0.108 9.338 0.183 0.703 0.442 0.083 0.190 0.681 0.012 0.074 0.137 0.156 0.072 0.664 0.051 3.647 0.012 0.047 4.856 1.578 1.408 0.287 0.154 0.388 1.554 0.472 0.545 0.265 0.073 0.168 0.117 0.062 0.151 0.219 0.241 0.509 0.285 0.099 0.074 0.147 0.144 0.125 0.197 0.191 0.358 5723 chr19 45077423 45119417 + 0 NA Intergenic Intergenic -18520 NM_001205280 147710 Hs.512509 NM_001205280 ENSG00000216588 IGSF23 - immunoglobulin superfamily member 23 protein-coding 0.742 0.871 0.710 1.572 0.294 0.086 0.285 0.134 0.240 0.259 0.614 3.215 0.066 0.097 0.078 0.183 0.270 0.189 0.963 0.403 0.135 0.030 0.157 0.164 0.620 0.929 0.568 0.084 0.914 0.747 0.499 nan 0.987 0.276 0.784 0.065 0.111 0.082 0.123 0.455 0.030 0.408 0.380 0.219 0.759 0.779 2.438 0.362 0.482 0.297 0.389 0.262 0.183 1.246 0.190 0.620 0.137 0.065 0.051 0.082 0.048 1.638 0.509 0.171 0.169 0.255 0.200 2.051 1.956 0.627 0.697 0.488 0.460 2.967 1.124 7.526 8.036 0.226 0.408 0.420 0.696 0.389 0.215 1.099 1.078 0.509 0.580 0.319 0.673 1.151 0.886 8782 chr5 14569386 14593678 + 0 NA promoter-TSS (NM_019018) promoter-TSS (NM_019018) -359 NM_019018 54491 Hs.155085 NM_019018 ENSG00000145569 OTULINL FAM105A|NET20 OTU deubiquitinase with linear linkage specificity like protein-coding nan nan nan 0.198 1.550 0.160 0.807 0.364 0.903 0.130 0.142 0.099 0.209 0.107 0.405 0.463 0.379 0.245 0.842 0.372 0.052 0.034 0.970 0.565 1.643 0.054 0.032 0.059 0.359 0.109 0.729 1.643 0.389 nan 0.819 0.109 0.345 0.250 0.130 0.111 0.307 0.395 0.770 0.483 0.023 0.076 0.133 0.115 0.271 0.566 0.292 0.392 0.463 0.795 0.147 1.643 0.182 2.592 0.184 0.356 0.998 0.144 0.073 0.260 0.052 0.180 0.098 0.603 0.691 0.527 0.711 1.703 1.763 1.544 0.461 0.209 0.234 nan 1.237 1.192 1.563 1.458 1.126 0.200 0.341 1.134 1.251 0.586 nan 2.056 1.280 6272 chr2 100474287 100485971 + 0 NA intron (NM_001025108, intron 6 of 23) intron (NM_001025108, intron 6 of 23) 241916 NM_001025108 3899 Hs.444414 NM_002285 ENSG00000144218 AFF3 LAF4|MLLT2-like AF4/FMR2 family member 3 protein-coding 0.857 nan 1.294 0.037 0.060 0.014 0.038 0.083 0.232 0.108 0.122 0.022 0.026 0.046 0.273 0.227 0.181 0.087 0.016 0.070 0.024 0.160 0.071 0.041 0.012 0.034 0.310 0.092 0.036 0.056 0.121 0.109 0.335 0.039 0.065 0.025 0.055 0.079 0.161 0.007 8.337 0.191 0.147 0.019 0.026 0.124 6.819 0.095 0.054 0.027 0.039 0.273 0.037 0.041 0.052 0.070 0.125 0.771 0.026 0.047 0.102 0.022 1.239 5.803 7.980 0.285 0.296 0.183 0.374 0.484 0.511 0.369 0.168 0.295 0.307 0.451 0.745 0.207 0.283 0.351 0.158 0.190 0.295 0.075 0.117 0.133 0.231 0.341 0.305 7399 chr22 36121608 36126992 + 0 NA intron (NM_030642, intron 3 of 4) AluY|SINE|Alu 10381 NM_030642 80831 Hs.326561 NM_030642 ENSG00000128313 APOL5 APOL-V|APOLV apolipoprotein L5 protein-coding 0.931 nan 3.912 0.162 0.556 0.118 0.146 0.267 0.465 0.030 0.218 0.119 0.801 0.097 0.282 0.211 0.175 0.091 0.035 0.058 0.026 0.701 0.104 0.485 0.091 0.054 0.075 0.020 0.082 0.292 0.093 0.662 0.045 0.057 0.072 0.023 0.090 0.021 0.037 0.068 0.045 0.029 0.041 0.025 0.161 0.148 0.100 0.067 0.117 0.213 0.282 0.106 0.024 0.485 0.068 0.107 0.492 0.158 5.617 0.093 0.055 0.024 0.028 0.377 0.286 0.119 0.418 2.253 2.133 1.020 0.372 0.197 0.162 0.299 nan 2.111 1.920 nan 0.449 0.134 0.162 0.640 0.979 0.120 0.118 1.290 0.841 1055 chr1 205089534 205092385 + 0 NA intron (NM_005057, intron 1 of 13) intron (NM_005057, intron 1 of 13) 191 NM_005057 5929 Hs.519230 NM_005057 ENSG00000117222 RBBP5 RBQ3|SWD1 RB binding protein 5, histone lysine methyltransferase complex subunit protein-coding 4.830 5.179 5.609 3.694 4.619 3.197 3.157 3.315 6.911 1.003 3.638 2.990 1.249 0.988 6.402 4.892 4.034 0.282 2.582 1.197 1.896 3.006 2.954 1.548 5.111 3.790 3.322 1.098 2.745 2.003 4.410 6.826 3.943 9.691 1.793 5.270 0.867 5.272 0.160 0.913 2.543 3.074 3.016 1.230 3.708 1.403 3.182 4.345 3.430 1.725 2.424 2.820 4.892 2.816 2.548 5.111 2.578 3.326 1.223 1.611 1.886 2.099 1.656 2.384 1.942 1.939 2.061 10.431 10.467 13.503 19.563 11.673 13.410 8.189 8.178 nan nan 6.087 7.396 8.825 12.675 9.236 7.960 6.195 7.128 6.215 8.687 8.310 9.555 4.577 2.502 3610 chr14 61590609 61617166 + 0 NA Intergenic HERVH-int|LTR|ERV1 144643 NM_001017970 161291 Hs.146180 NM_001017970 ENSG00000182107 TMEM30B CDC50B transmembrane protein 30B protein-coding nan nan 2.130 1.064 0.520 3.066 0.590 0.193 0.427 0.022 0.362 0.378 0.035 0.050 1.203 1.410 1.947 0.109 0.250 0.100 0.076 0.031 0.105 0.113 0.275 0.505 0.166 0.028 0.104 0.119 0.124 0.385 0.139 2.478 0.412 0.151 0.232 0.041 0.134 0.315 0.304 0.201 0.173 0.102 0.181 0.063 0.134 4.579 0.448 0.474 0.081 0.331 1.410 0.147 0.049 0.275 0.321 0.081 0.161 0.162 0.210 0.817 0.053 0.140 1.160 0.929 1.043 0.349 0.325 0.268 0.424 0.775 0.948 0.809 0.219 nan 0.522 0.191 0.414 2.391 nan 0.892 0.702 0.181 0.223 0.802 1.163 0.311 0.715 1.280 0.837 4050 chr15 71482765 71506645 + 0 NA intron (NM_024817, intron 2 of 16) intron (NM_024817, intron 2 of 16) -13307 NR_120350 101929196 Hs.680472 NR_120348 THSD4-AS1 - THSD4 antisense RNA 1 ncRNA 0.614 0.786 1.223 0.066 0.420 0.023 0.111 1.182 2.424 0.036 0.100 0.224 0.073 0.033 0.531 0.404 0.189 0.122 0.088 0.032 0.644 0.023 0.373 0.192 2.217 0.156 0.048 0.103 0.057 0.026 0.139 0.557 0.115 0.741 0.049 0.127 0.048 0.049 0.094 0.015 0.389 0.239 0.033 0.039 0.059 0.061 0.125 0.122 1.052 0.154 0.116 0.429 0.404 0.131 0.135 2.217 0.056 0.233 0.200 0.600 0.132 0.066 0.071 0.042 0.038 0.014 0.008 0.280 0.164 0.306 0.930 0.456 0.450 3.757 1.036 0.172 0.124 0.112 0.221 1.112 0.990 1.710 1.551 0.261 0.303 0.447 0.297 0.284 0.504 0.779 0.570 6695 chr2 228227854 228282106 + 0 NA Intergenic MER41C|LTR|ERV1 -10958 NM_024795 79853 Hs.156652 NM_024795 ENSG00000168955 TM4SF20 PRO994|SLI5|TCCE518 transmembrane 4 L six family member 20 protein-coding nan 0.576 0.782 0.236 0.083 0.047 0.745 0.118 0.238 0.389 1.088 1.858 0.016 0.050 0.056 0.271 0.290 0.172 0.310 0.199 2.879 0.018 0.101 0.100 0.078 0.794 0.388 0.050 0.116 0.101 0.140 0.493 0.303 nan 0.153 11.304 0.023 0.066 0.129 0.087 0.037 0.390 0.158 0.111 0.330 0.085 1.191 0.217 4.429 0.096 0.152 2.173 0.271 0.210 0.177 0.078 1.560 0.244 0.025 0.342 0.075 0.271 0.132 0.324 0.208 0.065 0.023 0.398 0.197 0.317 0.545 0.241 0.245 0.261 0.064 0.249 0.234 0.220 0.410 0.591 nan 0.457 0.245 0.165 0.278 0.080 0.214 0.378 nan 0.252 0.362 2447 chr12 6928760 6939805 + 0 NA intron (NM_019858, intron 2 of 4) intron (NM_019858, intron 2 of 4) -3256 NM_014262 10536 Hs.631655 NM_014262 ENSG00000110811 P3H3 GRCB|HSU47926|LEPREL2 prolyl 3-hydroxylase 3 protein-coding 4.142 nan nan 0.288 1.942 2.233 0.160 0.945 1.574 0.052 1.318 1.151 0.006 0.633 3.692 3.115 0.133 0.020 0.230 0.155 0.295 0.449 1.108 0.593 1.735 0.122 0.056 0.921 0.111 0.028 0.385 1.624 0.205 4.208 0.171 0.988 0.568 2.208 0.125 0.231 0.520 0.245 0.148 0.162 0.029 0.064 0.104 0.777 1.893 3.130 1.071 0.834 3.115 0.156 0.202 1.735 0.112 0.120 5.076 5.673 1.023 0.307 1.319 2.701 0.373 0.342 0.130 0.792 1.927 1.163 2.105 nan 5.915 6.436 2.419 1.761 1.812 3.794 5.476 1.757 2.107 3.144 3.164 1.383 2.933 1.924 1.296 3.114 nan 1.177 0.610 11861 chr9 139500420 139525220 + 0 NA Intergenic Intergenic -1187 NR_135288 401561 Hs.609301 NR_135288 ENSG00000279141 LINC01451 HCCAT4 long intergenic non-protein coding RNA 1451 ncRNA nan 0.702 1.229 0.091 0.425 6.256 0.240 0.188 0.296 0.119 0.249 0.100 0.022 0.075 0.283 0.356 0.214 0.091 0.196 0.130 0.033 0.090 0.089 0.104 0.126 0.096 0.046 0.174 0.104 0.123 0.255 1.489 0.155 1.324 0.201 0.204 0.052 0.141 0.053 0.077 0.144 0.300 0.111 0.078 0.018 0.134 0.086 0.169 0.643 0.196 0.068 0.181 0.356 0.384 0.086 0.126 0.069 0.146 1.797 0.289 0.229 0.585 0.748 0.035 0.070 0.051 0.047 0.627 1.155 0.303 0.634 2.785 2.352 nan 0.160 0.384 0.466 0.125 0.244 0.437 0.777 1.296 1.150 1.008 1.347 0.356 0.306 0.152 0.193 0.930 0.545 8977 chr5 69947560 69955928 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -63872 NR_146391 653080 Hs.582500 NR_146391 LOC653080 - glucuronidase beta pseudogene pseudo 0.806 1.801 0.611 0.026 0.117 0.136 0.153 0.339 0.011 0.093 0.033 0.007 0.117 0.200 0.496 0.094 0.060 0.089 0.022 0.083 1.907 1.160 0.109 0.025 0.017 0.044 0.041 0.051 0.082 0.187 0.111 0.309 0.105 0.085 3.382 0.118 0.102 0.029 0.055 0.043 0.028 0.022 0.045 0.046 0.024 0.058 0.042 0.028 0.080 0.496 0.069 0.005 0.109 0.161 0.020 0.047 0.037 0.045 0.009 0.021 0.006 0.397 0.346 0.134 0.387 0.312 0.454 7.327 7.197 0.166 0.131 2.793 2.967 0.271 0.333 0.450 0.192 0.096 0.134 6.494 7.561 0.170 0.142 1.050 0.709 3140 chr13 43181058 43195435 + 0 NA Intergenic MLT2B1|LTR|ERVL 39955 NM_003701 8600 Hs.333791 NM_003701 ENSG00000120659 TNFSF11 CD254|ODF|OPGL|OPTB2|RANKL|TNLG6B|TRANCE|hRANKL2|sOdf TNF superfamily member 11 protein-coding 0.724 0.653 0.600 0.021 0.221 0.748 0.044 0.193 0.346 0.013 0.091 0.064 0.009 0.035 0.989 0.135 0.073 0.124 0.095 0.052 0.013 0.010 0.426 0.288 0.208 0.005 0.010 0.010 0.056 0.007 0.115 0.312 0.029 0.394 0.031 0.101 0.027 0.045 0.066 0.059 0.056 0.013 0.022 0.053 0.027 0.031 0.117 0.017 0.010 0.016 0.070 0.135 0.059 0.032 0.208 0.076 0.035 0.054 0.085 0.021 0.011 0.104 0.060 0.048 0.020 0.007 0.633 0.469 0.089 0.133 2.620 2.506 5.315 1.646 0.170 0.134 0.237 0.403 0.311 0.362 0.469 0.254 0.265 0.474 0.116 0.116 0.273 0.422 1.921 1.087 6164 chr2 65077018 65094306 + 0 NA intron (NR_110224, intron 1 of 4) intron (NR_110224, intron 1 of 4) 5103 NR_110224 101927438 Hs.580313 NR_110224 ENSG00000234572 LINC01800 - long intergenic non-protein coding RNA 1800 ncRNA 1.708 1.011 nan 0.796 1.061 1.267 2.907 0.319 0.965 0.770 1.335 2.342 0.321 0.288 3.418 0.624 1.099 0.204 3.520 1.536 0.125 0.153 0.664 0.286 0.588 2.773 2.189 0.649 2.555 1.001 1.580 3.738 1.167 3.107 0.795 3.431 0.054 1.446 0.152 1.163 0.430 3.713 0.604 0.402 2.999 1.207 1.323 3.736 2.125 1.085 1.343 1.196 0.624 3.048 5.038 0.588 0.384 0.782 0.521 0.794 1.518 1.102 0.206 0.336 0.415 0.210 0.107 0.443 0.555 0.439 0.755 1.226 1.050 nan 0.464 1.077 1.261 0.412 0.665 3.622 4.130 1.024 0.905 0.633 0.769 0.528 0.383 0.518 1.040 1.577 1.112 11880 chr9_gl000199_random 33099 35211 + 0 NA NA ALR/Alpha|Satellite|centr NA NA 11.719 13.792 10.578 2.134 3.979 1.595 2.337 5.980 10.033 0.902 3.653 2.612 1.089 4.538 2.968 8.359 5.297 16.399 2.201 1.355 3.374 3.969 4.735 nan 3.295 1.790 1.465 1.010 3.768 2.345 5.477 2.440 4.355 10.667 3.875 4.485 2.217 2.033 5.604 4.072 1.857 5.854 1.762 1.259 2.954 3.933 5.436 7.678 1.618 1.757 2.068 2.790 8.359 2.213 2.379 3.295 3.037 3.617 1.329 2.116 1.614 1.838 1.969 1.859 1.442 1.280 0.481 8.368 5.868 5.485 6.663 6.589 7.625 4.135 4.217 5.630 5.787 5.062 6.248 nan 4.575 9.286 3.971 4.373 nan 2.792 3.819 4.841 nan 5.368 6.531 4939 chr17 65988606 65997319 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -3197 NM_181656 284018 Hs.90790 NM_181655 ENSG00000186665 C17orf58 - chromosome 17 open reading frame 58 protein-coding 2.641 nan 2.214 1.401 1.849 0.498 1.413 1.512 2.640 0.699 2.071 1.302 5.170 1.077 1.426 1.192 1.351 0.258 1.811 0.499 1.548 0.765 1.100 0.599 1.714 1.158 1.132 1.215 1.308 0.460 2.419 5.077 2.036 4.730 1.190 1.266 0.348 1.631 0.155 0.779 0.729 2.507 1.665 0.658 1.402 0.809 1.327 1.251 2.777 3.022 1.213 1.254 1.192 3.333 1.533 1.714 0.773 1.299 0.225 3.512 1.191 1.386 0.456 0.770 1.582 0.582 0.475 2.907 3.704 2.007 2.755 2.334 1.815 3.664 1.184 3.851 4.091 1.186 nan 3.629 5.954 3.273 3.539 1.162 2.156 2.028 1.559 2.069 2.829 1.379 0.976 8182 chr3 195360735 195365035 + 0 NA Intergenic Intergenic 16145 NR_136185 105374297 Hs.655175 NR_136185 LOC105374297 - uncharacterized LOC105374297 ncRNA nan 9.028 4.861 4.219 4.735 5.544 5.671 3.031 5.761 3.865 2.902 2.494 1.571 3.975 3.542 3.995 1.115 0.263 2.997 1.104 1.526 1.543 3.306 2.237 4.508 4.494 5.680 3.418 7.247 3.241 10.030 13.495 4.742 nan 2.318 2.473 0.395 1.668 0.197 1.689 1.363 3.983 8.721 5.555 5.786 4.496 6.456 0.304 3.330 3.582 2.801 3.889 3.995 4.155 4.898 4.508 3.017 2.632 2.463 4.626 2.474 2.513 3.357 2.179 0.511 0.629 0.307 4.475 7.081 4.275 5.278 6.070 5.812 8.560 2.856 12.035 10.249 3.729 5.662 11.582 13.511 4.165 4.304 5.237 9.041 2.909 1.802 4.826 5.706 4.216 2.957 4520 chr16 89567496 89576652 + 0 NA Intergenic Intergenic -2722 NM_003119 6687 Hs.185597 NM_003119 ENSG00000197912 SPG7 CAR|CMAR|PGN|SPG5C SPG7, paraplegin matrix AAA peptidase subunit protein-coding nan 1.245 1.656 3.808 1.998 0.476 2.742 0.823 1.821 0.615 4.548 3.394 1.486 0.751 0.745 2.452 0.727 0.204 5.018 1.665 4.155 0.529 0.344 0.145 1.994 4.207 4.345 2.369 3.602 1.122 1.512 2.937 1.612 1.824 1.765 5.647 0.126 1.268 0.072 1.446 0.511 9.037 4.001 2.073 1.795 1.024 2.445 2.338 6.175 5.147 1.572 3.671 2.452 7.434 7.148 1.994 1.855 1.706 0.649 2.900 3.261 2.633 0.357 0.513 0.988 1.088 0.717 2.578 2.720 1.486 2.587 1.596 1.653 2.037 0.669 3.074 2.881 1.048 1.623 1.998 3.315 2.807 2.570 1.052 1.783 0.827 1.207 2.195 2.022 1.565 1.012 1917 chr11 45101559 45114290 + 0 NA Intergenic Intergenic -7640 NM_001359633 56981 Hs.178715 NM_001256695 ENSG00000019485 PRDM11 PFM8 PR/SET domain 11 protein-coding nan 1.508 0.983 0.076 0.451 0.168 0.475 0.882 1.703 0.112 0.086 0.051 0.099 0.080 1.757 2.148 1.062 0.202 0.058 0.044 0.015 0.011 0.665 0.199 0.236 0.085 0.028 0.063 0.022 0.118 0.102 0.349 0.184 1.008 0.011 0.055 0.127 0.076 0.106 0.037 0.013 0.699 0.045 0.055 0.111 0.054 0.166 0.269 0.160 0.033 0.062 0.166 2.148 0.062 0.044 0.236 0.087 0.136 1.660 0.069 0.230 0.864 0.093 0.050 0.024 0.167 0.076 1.540 2.977 0.190 0.320 0.784 0.666 9.714 2.914 0.143 0.168 1.191 1.577 0.734 0.541 2.658 2.153 0.381 0.483 0.472 0.476 0.362 nan 1.983 1.025 2993 chr12 119417502 119438334 + 0 NA intron (NM_194286, intron 1 of 12) MIRb|SINE|MIR 8618 NM_194286 84530 Hs.744964 NM_194286 ENSG00000139767 SRRM4 KIAA1853|MU-MB-2.76|nSR100 serine/arginine repetitive matrix 4 protein-coding nan nan 0.545 0.057 0.807 0.304 0.040 0.335 0.701 0.053 0.044 0.015 0.379 1.072 0.783 0.047 0.070 0.025 0.024 0.007 0.506 0.305 1.332 0.014 0.035 0.022 0.059 0.005 0.061 0.063 0.047 2.318 0.007 0.066 0.050 0.033 0.102 0.006 0.500 0.055 0.032 0.023 0.016 0.033 0.028 0.193 0.063 0.017 0.011 0.038 0.783 0.061 0.022 1.332 0.006 0.024 0.571 0.028 0.559 0.015 0.038 0.634 0.015 0.008 0.010 0.437 0.453 0.061 0.089 nan nan nan 1.396 0.095 0.116 1.699 2.109 nan nan 2.236 2.714 0.119 0.181 0.184 0.147 1.181 2.328 nan 0.963 11148 chr8 99075809 99098483 + 0 NA intron (NM_001170806, intron 1 of 1) L1MC3|LINE|L1 10396 NM_173549 203111 Hs.171455 NM_173549 ENSG00000177459 ERICH5 C8orf47 glutamate rich 5 protein-coding nan 0.915 1.279 0.060 2.474 0.034 0.124 0.464 0.966 0.033 0.170 0.136 0.014 0.079 0.208 0.197 0.158 0.171 0.281 0.107 0.105 0.045 0.381 0.408 0.876 0.125 0.115 0.116 0.109 0.148 0.149 0.295 0.094 1.423 0.069 0.073 0.596 0.147 0.104 0.031 0.073 0.137 0.149 0.093 0.091 0.040 0.468 0.167 0.409 0.151 0.099 0.208 0.197 0.280 0.064 0.876 0.086 0.135 0.013 0.125 0.640 0.101 0.101 0.239 0.020 0.030 0.016 0.220 0.178 0.297 nan 1.112 1.013 7.424 2.639 0.530 0.538 0.238 0.447 2.587 3.272 0.441 0.198 0.397 0.401 2.140 1.403 0.401 0.925 2.478 1.023 8282 chr4 16225086 16234541 + 0 NA intron (NR_027697, intron 1 of 2) intron (NR_027697, intron 1 of 2) 1527 NR_027697 202020 Hs.445315 NM_152684 ENSG00000263327 TAPT1-AS1 - TAPT1 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan nan nan 6.019 2.800 0.720 1.392 0.589 0.769 0.484 1.921 1.636 0.831 1.315 2.851 1.937 1.842 0.224 1.948 0.540 1.345 0.559 2.082 0.921 5.332 1.092 1.398 0.910 2.039 0.738 1.581 1.923 1.798 2.371 0.356 1.127 0.252 1.082 0.090 0.579 2.068 2.786 2.815 1.331 0.627 0.878 1.457 0.922 1.808 3.462 2.060 1.070 1.937 3.722 1.791 5.332 0.852 1.350 0.204 1.752 0.772 0.868 0.699 0.492 0.556 0.408 0.157 2.555 3.275 3.834 5.969 3.196 3.253 3.124 1.798 8.722 8.274 1.077 1.435 2.413 4.507 1.916 1.934 1.758 4.264 1.262 0.869 1.348 1.305 nan 1.334 1713 chr10 129677828 129694430 + 0 NA intron (NM_152311, intron 1 of 2) intron (NM_152311, intron 1 of 2) 5082 NM_152311 119467 Hs.242014 NM_152311 ENSG00000180745 CLRN3 TMEM12|USH3AL1 clarin 3 protein-coding nan 0.543 1.140 0.056 0.026 0.010 0.193 0.142 0.239 0.012 0.178 0.110 0.014 0.575 0.038 0.100 0.095 0.069 0.153 0.103 0.030 0.008 0.048 0.054 0.029 0.101 0.044 0.022 0.118 0.145 0.102 0.566 0.127 0.184 0.062 0.084 0.006 0.052 0.071 0.107 0.028 0.105 0.047 0.046 0.106 0.037 0.116 0.143 0.083 0.021 0.230 0.100 0.142 0.056 0.029 0.138 0.060 0.012 0.059 0.036 0.071 4.893 0.030 0.096 0.017 0.003 0.446 0.384 0.087 0.120 0.072 0.155 0.116 0.065 0.110 0.105 0.105 0.122 0.165 0.149 0.174 0.064 3.041 4.684 0.033 0.028 0.138 0.151 0.329 0.318 8459 chr4 83697185 83708788 + 0 NA intron (NM_001037582, intron 1 of 4) MSTD|LTR|ERVL-MaLR 17024 NM_024906 79966 Hs.379191 NM_024906 ENSG00000145284 SCD5 ACOD4|FADS4|HSCD5|SCD2|SCD4 stearoyl-CoA desaturase 5 protein-coding 0.823 1.201 0.812 2.195 0.274 1.051 0.556 0.526 1.134 0.677 0.334 0.806 6.949 0.008 0.481 0.848 0.721 0.236 0.870 0.443 0.038 0.036 0.271 0.160 0.722 0.861 0.548 0.357 0.755 0.893 0.666 2.027 1.148 1.544 0.903 0.079 0.164 0.149 0.090 0.698 0.343 0.486 0.108 0.047 0.601 0.396 0.447 0.522 0.377 0.129 0.032 0.103 0.848 2.900 0.040 0.722 0.106 0.071 0.214 0.111 0.262 0.368 0.583 0.531 0.282 0.010 1.456 1.991 0.833 2.708 0.979 1.014 1.227 0.332 0.452 0.465 0.768 nan 1.811 1.767 0.981 0.550 0.201 0.388 0.507 0.724 0.286 nan 0.919 0.557 2420 chr12 3813670 3825042 + 0 NA intron (NM_032680, intron 3 of 10) intron (NM_032680, intron 3 of 10) 43010 NM_001144958 84766 Hs.504534 NM_032680 ENSG00000130038 CRACR2A EFCAB4B calcium release activated channel regulator 2A protein-coding 1.863 nan nan 0.076 0.620 0.127 0.112 0.337 0.447 0.017 0.340 0.130 0.011 0.018 0.142 0.239 0.111 0.128 0.069 0.033 0.028 0.049 0.222 0.186 0.526 0.315 0.128 0.046 0.084 0.018 0.147 0.467 0.081 0.549 0.016 0.057 0.258 0.086 0.113 0.031 4.822 0.073 0.021 0.034 0.044 0.048 0.060 0.352 0.057 0.056 0.007 0.047 0.239 0.088 0.033 0.526 0.036 0.051 3.720 0.118 0.017 0.048 0.018 1.532 0.007 0.035 0.004 0.165 0.231 0.064 0.107 nan 0.771 1.164 0.239 0.296 0.254 1.003 1.573 0.644 0.627 0.736 0.395 0.224 0.229 1.300 1.266 2.063 nan 0.854 0.575 3722 chr14 78772099 78814962 + 0 NA intron (NR_073547, intron 4 of 20) intron (NR_073547, intron 4 of 20) -76544 NM_004796 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.534 0.955 0.875 0.049 0.068 3.980 0.033 1.096 2.293 0.002 0.059 0.034 0.016 0.063 0.894 1.365 0.122 0.100 0.024 0.004 0.030 0.009 0.326 0.278 1.108 0.008 0.020 0.010 0.087 0.002 0.412 1.785 0.515 1.166 0.031 0.056 0.732 0.098 0.163 0.016 2.125 0.073 0.025 0.013 0.033 0.042 0.103 0.126 0.048 0.065 0.011 0.062 1.365 0.023 0.037 1.108 0.023 0.033 0.244 0.048 0.021 0.043 0.032 0.264 0.051 0.039 0.018 0.343 0.173 0.116 0.135 1.383 1.355 1.625 0.379 0.200 0.183 0.963 1.151 0.799 nan 1.626 1.286 0.134 0.199 1.961 1.799 0.373 0.974 3.330 nan 6364 chr2 133102678 133114104 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -1849 NR_135203 339742 Hs.98178 NR_135203 FAM201B - family with sequence similarity 201 member B ncRNA nan 3.033 nan 0.950 1.221 3.035 0.862 0.954 2.157 0.535 1.907 1.502 0.443 0.598 1.424 1.485 0.545 0.250 1.114 0.463 2.766 1.141 0.674 0.447 1.466 1.109 0.836 0.417 2.092 0.314 0.597 0.839 0.680 8.192 0.857 2.484 0.093 1.599 0.170 1.029 0.557 2.177 1.240 0.622 0.888 0.656 1.568 1.939 2.496 3.356 1.333 1.041 1.485 0.829 1.274 1.466 0.788 0.551 0.153 2.608 4.017 0.344 1.213 0.995 1.006 0.589 0.378 3.625 4.610 1.479 2.261 3.552 3.119 1.824 0.658 1.888 1.965 1.924 2.456 3.406 nan 3.063 3.634 1.839 2.973 0.251 0.173 1.427 2.198 3.125 1.645 7066 chr20 55832492 55842587 + 0 NA intron (NM_001719, intron 1 of 6) intron (NM_001719, intron 1 of 6) 4168 NM_001719 655 Hs.473163 NM_001719 ENSG00000101144 BMP7 OP-1 bone morphogenetic protein 7 protein-coding 0.872 2.070 1.422 0.070 0.061 3.418 0.026 0.127 0.119 0.500 0.092 0.009 0.228 0.069 1.063 1.494 0.075 0.096 0.042 0.043 1.398 0.124 0.074 0.056 0.021 0.022 0.037 0.067 0.011 0.335 0.253 0.098 4.923 0.014 0.081 0.311 0.848 0.111 0.047 3.522 0.222 0.615 0.421 0.011 0.084 0.086 0.122 0.185 0.091 0.031 0.086 1.494 0.078 0.027 0.056 0.122 1.143 0.145 2.255 0.030 0.024 3.242 0.037 0.038 0.280 0.131 3.671 nan 0.695 1.111 0.169 0.257 0.369 0.083 0.167 0.188 0.095 0.219 0.097 0.141 0.343 0.172 3.617 8.763 1.707 1.648 0.256 0.383 0.226 0.283 11472 chr9 16022512 16046496 + 0 NA Intergenic Intergenic 218601 NM_001271829 100129385 Hs.586441 NM_001271829 ENSG00000205549 C9orf92 Em:AL513424.1 chromosome 9 open reading frame 92 protein-coding nan nan 0.675 0.460 0.174 0.025 3.759 0.161 0.273 0.052 0.108 1.532 0.008 0.004 0.074 0.145 0.256 0.101 0.162 0.119 0.042 0.006 0.085 0.089 0.035 0.410 0.108 0.018 0.083 0.395 0.160 0.492 0.097 0.361 1.193 0.061 0.012 0.051 0.068 1.035 0.059 0.073 0.191 0.153 0.368 0.087 0.100 8.514 0.068 0.375 0.020 0.047 0.145 0.133 0.876 0.035 0.077 0.010 0.020 0.051 0.076 0.224 0.086 0.021 1.896 0.060 0.053 0.211 0.182 0.387 0.858 0.325 0.433 0.929 0.305 0.146 0.122 0.336 0.573 0.138 0.166 0.321 0.167 0.288 0.411 0.093 0.122 0.121 0.216 0.902 0.919 4450 chr16 75086891 75146054 + 0 NA intron (NM_032268, intron 1 of 4) AluJb|SINE|Alu 34198 NM_153486 197257 Hs.380929 NM_153486 ENSG00000166816 LDHD DLD lactate dehydrogenase D protein-coding 1.018 0.937 nan 0.285 1.109 0.716 0.904 0.335 0.601 0.752 0.505 0.776 0.098 1.179 0.735 0.473 0.287 0.082 0.736 0.289 0.324 0.049 0.157 0.121 0.671 0.841 0.493 0.125 0.269 0.230 0.520 2.332 0.875 0.957 0.484 0.388 0.018 0.104 0.088 0.400 0.061 0.257 0.177 0.155 0.308 0.262 1.342 0.451 0.608 0.773 0.062 1.271 0.473 0.872 0.468 0.671 0.453 1.355 0.127 0.153 1.225 0.308 0.057 0.215 0.309 0.041 0.030 0.349 0.453 0.256 0.469 0.814 0.825 0.808 0.289 0.610 0.643 0.645 1.025 3.826 4.197 0.909 0.777 0.176 0.271 0.121 0.109 0.317 0.699 1.769 1.020 900 chr1 178416749 178442470 + 0 NA intron (NM_004841, intron 12 of 15) intron (NM_004841, intron 12 of 15) -52603 NM_001170722 84066 Hs.534501 NM_032126 ENSG00000240021 TEX35 C1orf49|TSC24 testis expressed 35 protein-coding nan nan nan 0.175 0.083 0.316 0.110 0.155 0.286 0.037 0.193 0.140 0.261 0.015 0.364 0.275 0.363 0.145 0.201 0.029 0.034 0.032 0.153 0.208 0.037 0.105 0.031 0.048 0.055 0.042 0.041 0.114 0.130 0.319 0.072 0.106 0.015 0.064 0.116 0.023 0.074 0.079 0.033 0.039 0.042 0.036 0.165 0.101 0.066 0.043 0.021 0.085 0.275 0.083 0.051 0.037 0.062 0.053 0.011 0.023 0.032 0.058 0.173 0.281 0.035 0.020 0.016 0.536 0.410 5.818 11.023 nan 0.491 0.640 0.215 0.287 0.329 0.511 0.697 0.464 0.526 0.372 0.200 0.381 0.556 0.105 0.137 0.453 nan 0.511 0.584 9888 chr6 123639622 123681163 + 0 NA intron (NM_006073, intron 21 of 40) AluSx1|SINE|Alu -100357 NR_110844 101927990 Hs.660877 NR_110844 TRDN-AS1 HRAT13 TRDN antisense RNA 1 ncRNA 0.751 0.839 0.819 0.045 0.261 0.047 0.025 0.223 0.288 0.007 0.054 0.051 0.010 0.046 0.144 0.163 0.093 0.074 0.063 0.005 0.032 0.003 0.197 0.167 0.386 0.007 0.005 0.005 0.043 0.003 0.087 0.082 0.060 0.340 0.010 0.194 0.028 0.044 0.110 0.003 0.059 0.027 0.015 0.009 0.013 0.029 0.133 0.027 0.020 0.042 0.011 0.023 0.163 0.031 0.040 0.386 0.029 0.018 0.007 0.008 0.049 0.021 0.110 0.062 0.002 0.018 0.009 0.380 0.239 0.226 0.225 0.485 0.673 2.983 1.169 0.253 0.261 0.382 0.491 0.749 0.554 0.387 0.191 0.128 0.288 0.217 0.157 0.206 0.336 3.219 1.841 318 chr1 41931703 41954049 + 0 NA Intergenic Intergenic 7478 NM_001302269 1907 Hs.1407 NM_001956 ENSG00000127129 EDN2 ET-2|ET2|PPET2 endothelin 2 protein-coding 18.984 0.976 nan 0.563 0.309 4.505 1.153 0.241 0.427 0.455 0.296 0.147 0.146 0.072 0.258 0.653 0.638 0.238 0.776 0.356 0.077 0.019 0.375 0.220 0.605 0.423 0.205 1.111 0.156 0.336 0.112 0.663 0.319 4.262 0.261 0.138 0.302 0.121 0.080 0.105 0.075 0.247 0.569 0.318 0.249 0.335 0.264 0.123 0.515 0.187 0.089 0.336 0.653 0.298 0.689 0.605 0.087 0.653 0.952 0.512 0.168 0.247 0.258 0.141 0.050 0.918 0.465 0.362 0.744 0.232 0.510 2.000 2.297 0.981 0.308 0.623 0.688 1.431 nan nan 6.508 1.901 1.811 0.674 nan 0.782 0.734 0.378 0.625 1.497 1.008 8823 chr5 28522001 28527573 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -237015 NR_134265 105374698 Hs.124461 NR_134265 ENSG00000249785 LINC02103 - long intergenic non-protein coding RNA 2103 ncRNA 0.582 1.101 1.006 0.078 0.207 0.127 0.087 0.201 0.205 0.082 0.378 6.651 0.036 0.095 0.104 0.520 0.258 0.304 0.081 0.734 0.200 0.112 0.177 0.064 0.050 0.039 0.054 0.230 0.056 0.171 0.312 2.661 0.390 0.432 0.076 0.017 0.044 0.118 0.021 0.029 0.066 0.032 0.039 0.014 0.104 0.058 0.026 0.042 0.046 0.104 0.127 0.249 0.064 0.079 0.163 0.036 0.052 0.018 0.263 0.045 0.027 0.034 0.046 0.389 0.322 1.643 3.740 0.333 0.424 0.101 0.042 0.232 0.074 nan 0.487 0.275 0.373 0.686 0.219 0.128 0.216 0.078 0.091 0.132 0.271 nan 0.291 9927 chr6 133657777 133676487 + 0 NA intron (NM_172103, intron 2 of 18) intron (NM_172103, intron 2 of 18) 104495 NM_001301013 2070 Hs.596680 NM_004100 ENSG00000112319 EYA4 CMD1J|DFNA10 EYA transcriptional coactivator and phosphatase 4 protein-coding 0.654 0.742 0.744 0.479 0.073 0.018 0.042 0.137 0.188 0.118 0.488 1.115 1.561 0.032 0.071 0.282 0.359 0.043 0.067 0.030 4.777 0.015 0.236 0.101 0.090 0.357 0.170 0.186 0.028 0.329 0.638 0.212 0.217 0.087 1.266 0.015 0.062 0.149 0.100 0.125 0.044 0.029 0.008 0.064 0.041 0.255 0.038 0.209 0.061 0.051 0.107 0.282 0.037 0.029 0.090 0.006 0.062 0.015 0.134 0.076 0.021 0.037 0.034 0.118 0.025 0.008 0.359 0.290 0.227 0.460 0.298 0.370 nan 0.480 0.289 0.282 0.458 0.641 0.099 0.129 0.584 0.249 0.121 0.146 0.082 0.096 0.125 nan 0.299 0.201 473 chr1 78353080 78357827 + 0 NA promoter-TSS (NR_103535) promoter-TSS (NR_103535) -229 NR_103535 374987 Hs.632414 NM_199343 ENSG00000235927 NEXN-AS1 C1orf118 NEXN antisense RNA 1 ncRNA nan 0.766 1.216 4.267 0.240 0.059 4.318 0.277 0.222 1.082 3.678 0.027 0.022 0.298 2.777 0.360 2.764 0.658 0.131 1.275 0.130 0.090 0.329 2.189 2.488 2.827 8.199 2.157 0.374 0.675 1.044 1.551 1.906 0.051 0.020 4.645 0.136 1.380 0.217 0.167 0.965 0.593 3.143 4.154 0.699 2.675 1.274 1.213 1.033 0.493 0.298 1.813 7.300 0.329 0.103 1.866 1.228 0.265 3.041 0.334 0.051 1.779 3.038 1.528 0.441 0.508 0.571 1.164 0.928 nan 1.096 0.277 0.570 0.558 0.581 nan 0.888 1.171 0.394 0.339 0.738 1.854 0.160 0.148 0.458 0.808 0.453 0.420 8685 chr4 190649217 190656650 + 0 NA Intergenic Intergenic 53964 NR_135513 105379514 Hs.543309 NR_135513 LOC105379514 - uncharacterized LOC105379514 ncRNA 1.240 1.715 nan 0.210 0.292 0.015 0.597 0.718 1.318 0.071 0.510 0.058 0.067 0.068 0.130 0.217 0.208 0.173 0.099 0.051 1.076 0.075 0.124 0.191 1.013 0.018 0.039 0.088 0.480 0.071 0.413 0.168 0.285 0.671 0.139 0.148 0.013 0.233 0.312 0.284 0.173 0.032 0.042 0.029 0.145 0.261 0.678 0.131 0.170 0.726 0.479 0.217 0.098 0.025 1.013 0.016 0.463 0.027 0.058 1.081 0.096 1.598 0.084 0.175 0.039 0.020 0.938 1.006 6.077 4.425 1.094 1.307 0.252 0.122 0.373 0.427 0.391 0.651 0.517 0.210 0.828 0.263 1.103 1.953 0.145 0.175 0.279 0.680 0.697 1.106 7562 chr3 32440123 32456556 + 0 NA intron (NM_181472, intron 1 of 3) LTR16A1|LTR|ERVL 15176 NM_181472 112616 Hs.440494 NM_138410 ENSG00000153551 CMTM7 CKLFSF7 CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 7 protein-coding 1.345 3.690 4.509 1.451 0.565 0.443 1.147 0.420 0.853 0.213 0.340 0.469 0.068 0.534 0.071 0.263 0.215 0.108 1.168 0.308 0.058 0.050 0.822 0.536 0.457 0.320 0.270 0.247 1.175 0.764 0.435 2.238 0.713 2.113 0.631 0.480 0.053 0.401 0.101 0.610 2.339 1.356 1.879 0.792 0.714 0.481 0.767 0.866 0.988 0.441 0.073 0.320 0.263 1.034 0.933 0.457 0.223 0.206 0.297 0.071 1.085 1.078 0.150 0.523 1.235 0.233 0.266 1.233 1.342 0.726 1.268 0.772 0.712 1.031 0.277 0.501 0.674 0.698 nan 4.207 3.818 2.533 3.124 0.706 0.639 0.421 0.352 1.044 1.470 1.741 1.141 2572 chr12 27762076 27788991 + 0 NA intron (NM_001198915, intron 2 of 26) intron (NM_001198915, intron 2 of 26) -73919 NM_001029874 387849 Hs.269836 NM_001029874 ENSG00000174236 REP15 RAB15EP RAB15 effector protein protein-coding nan nan nan 0.185 0.333 0.029 0.468 0.113 0.171 0.203 1.078 3.937 1.075 0.078 0.078 0.184 0.614 0.084 0.535 0.370 0.513 0.015 0.140 0.207 0.075 0.605 0.261 0.436 0.151 0.083 0.212 0.450 0.191 0.385 0.272 0.248 0.088 0.530 0.170 6.043 0.136 0.110 0.141 0.105 0.102 0.118 0.178 1.769 0.272 1.074 0.103 0.176 0.184 0.303 0.873 0.075 0.149 0.088 0.151 0.428 0.106 0.377 0.037 0.115 1.503 3.268 4.097 0.247 0.124 0.841 1.757 0.400 0.462 0.441 0.142 0.450 0.472 0.554 0.944 0.233 0.235 0.373 0.168 0.144 0.255 0.315 0.588 0.271 0.523 0.454 0.384 8734 chr5 6055971 6073088 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 272876 NR_028351 401172 Hs.376760 NM_001001702 ENSG00000250490 LINC02145 - long intergenic non-protein coding RNA 2145 ncRNA 0.474 0.834 0.936 0.059 0.187 0.022 0.038 0.159 0.246 0.028 0.092 0.109 0.013 0.058 0.240 0.078 0.172 0.132 0.143 0.011 0.048 0.008 0.128 0.206 0.161 0.008 0.017 0.025 0.103 0.006 0.126 0.072 0.133 0.625 0.017 0.044 0.006 0.063 0.113 0.007 0.075 0.086 0.028 0.014 0.032 0.067 0.152 0.041 0.024 0.029 0.049 0.023 0.078 0.084 0.027 0.161 0.014 0.053 0.011 0.204 0.047 0.028 0.977 0.022 0.005 0.010 0.006 3.700 2.405 10.238 nan 0.719 0.702 0.102 0.073 14.709 15.416 0.197 0.309 nan 0.599 nan 0.350 1.331 2.992 0.044 0.087 0.094 0.220 0.668 nan 1774 chr11 8247278 8257642 + 0 NA intron (NM_001270428, intron 1 of 3) intron (NM_001270428, intron 1 of 3) 32965 NR_073006 4004 Hs.654426 NM_002315 ENSG00000166407 LMO1 RBTN1|RHOM1|TTG1 LIM domain only 1 protein-coding 1.008 0.991 0.881 0.084 0.171 6.333 0.315 0.232 0.462 0.642 0.165 0.420 0.030 0.030 0.206 0.459 0.338 0.123 0.255 0.091 0.036 0.027 0.134 0.107 0.471 0.288 0.105 0.236 0.046 0.051 0.233 0.489 0.149 0.953 0.029 0.130 0.229 0.057 0.072 0.126 0.061 0.117 0.094 0.053 0.084 0.037 0.294 0.121 0.246 0.061 1.327 1.044 0.459 0.172 0.061 0.471 0.153 0.256 0.225 0.196 0.214 0.507 0.073 0.727 0.173 0.039 0.015 0.810 1.248 0.279 0.432 0.885 1.240 0.580 0.220 0.529 0.484 0.936 1.670 0.369 0.396 1.210 1.124 0.509 0.464 0.595 0.815 1.150 3.061 0.922 0.664 3888 chr15 31584199 31604666 + 0 NA Intergenic Intergenic -24626 NM_001302461 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 1.521 nan nan 0.038 1.374 0.889 0.156 1.689 3.368 0.100 0.113 0.006 0.034 1.034 1.709 0.139 0.047 0.072 0.009 0.042 0.013 2.369 1.311 3.785 0.210 0.092 0.021 0.059 0.005 0.161 0.884 0.117 3.516 0.007 0.076 1.769 0.048 0.053 0.017 1.913 0.059 0.029 0.015 0.011 0.045 0.043 0.171 2.410 0.073 0.100 0.595 1.709 0.056 0.013 3.785 0.317 0.121 1.370 0.111 0.392 0.115 1.723 0.744 0.037 0.017 0.013 4.659 6.700 0.386 0.545 4.691 4.818 4.026 1.304 0.703 0.665 0.450 0.682 0.694 1.430 6.160 7.245 2.117 2.647 4.697 2.984 0.959 1.942 0.535 0.311 6469 chr2 169013181 169078763 + 0 NA intron (NM_013233, intron 1 of 17) intron (NM_013233, intron 1 of 17) 58133 NM_013233 27347 Hs.276271 NM_013233 ENSG00000198648 STK39 DCHT|PASK|SPAK serine/threonine kinase 39 protein-coding 1.115 1.115 nan 1.051 0.230 0.137 1.425 0.463 0.831 0.048 0.172 0.309 0.038 0.096 0.128 0.279 0.276 0.069 1.331 0.483 0.096 0.019 0.266 0.253 0.423 0.920 0.438 0.065 1.746 0.483 2.143 3.241 1.029 0.877 0.564 0.093 0.302 0.043 0.086 0.322 0.209 0.226 0.052 0.046 1.074 0.628 0.964 0.131 0.166 0.362 0.110 0.302 0.279 0.668 0.921 0.423 0.198 0.446 0.059 0.100 0.053 0.466 1.439 0.468 0.111 0.157 0.192 0.618 0.645 0.851 1.114 0.252 0.305 0.975 0.385 0.420 0.405 0.911 1.144 0.689 0.732 1.600 1.386 1.128 1.687 0.773 1.449 0.787 2.677 0.699 0.461 11365 chr8 143171475 143191790 + 0 NA Intergenic Intergenic -76068 NR_039682 100616268 NR_039682 ENSG00000265247 MIR4472-1 - microRNA 4472-1 ncRNA 1.122 0.515 nan 0.084 0.078 3.014 0.123 0.244 0.451 0.014 0.107 0.050 0.006 0.363 0.809 0.184 0.073 0.048 0.057 0.019 0.016 0.027 0.079 0.062 0.566 0.044 0.018 0.043 0.073 0.021 0.155 0.523 0.151 0.826 0.021 0.043 0.014 0.027 0.056 0.012 0.063 0.136 0.080 0.031 0.038 0.025 0.097 0.196 0.092 0.096 0.023 0.024 0.184 0.109 0.073 0.566 0.036 0.040 0.235 0.097 0.102 0.156 0.092 0.060 0.007 0.023 0.018 0.338 0.396 0.119 0.154 nan 2.647 nan 0.076 0.169 0.177 0.791 0.976 1.065 0.810 0.711 0.566 0.467 0.417 0.125 0.187 0.228 0.264 0.641 0.526 4782 chr17 40572869 40581980 + 0 NA Intergenic Intergenic -2086 NM_012232 284119 Hs.437191 NM_012232 ENSG00000177469 CAVIN1 CAVIN|CGL4|FKSG13|PTRF|cavin-1 caveolae associated protein 1 protein-coding 0.969 1.079 nan 1.273 0.271 0.032 2.030 0.332 0.451 1.475 4.322 1.000 0.952 0.077 0.103 0.611 1.461 0.417 1.938 1.105 4.508 0.153 0.274 0.209 0.201 2.301 2.090 3.200 2.452 1.731 0.150 nan 0.746 0.672 0.352 1.369 0.042 2.911 0.135 2.079 0.035 7.930 2.833 1.234 2.294 0.673 1.041 4.541 4.090 2.535 0.993 0.620 0.611 1.993 1.678 0.201 0.378 1.197 0.058 6.059 0.067 2.421 0.032 0.065 1.545 3.355 2.164 0.356 0.354 0.563 0.992 0.653 nan 1.060 0.393 0.513 0.634 0.441 0.822 0.374 nan 0.559 0.268 0.210 0.295 0.291 0.252 0.204 0.498 0.525 0.436 6428 chr2 157286623 157303603 + 0 NA intron (NM_000408, intron 1 of 16) intron (NM_000408, intron 1 of 16) 2213 NM_000408 2820 Hs.512382 NM_000408 ENSG00000115159 GPD2 GDH2|GPDM|mGPDH glycerol-3-phosphate dehydrogenase 2 protein-coding nan 1.724 nan 1.776 1.342 1.677 2.608 0.687 1.460 0.614 2.041 1.867 0.694 0.486 0.647 1.480 1.447 0.172 1.927 1.060 1.731 0.587 0.463 0.344 1.212 2.568 2.293 0.732 2.272 1.047 2.323 4.451 2.563 2.770 1.236 5.380 0.173 0.663 0.075 0.916 0.760 1.215 0.922 0.418 2.114 1.661 1.374 1.020 2.495 1.807 1.058 2.926 1.480 2.136 2.118 1.212 1.544 1.608 0.332 1.916 0.496 1.195 0.266 0.140 1.059 0.305 0.195 1.317 1.420 1.841 2.786 1.627 1.477 1.660 0.653 3.002 3.190 1.680 2.060 1.662 2.296 1.712 1.770 0.846 1.432 0.951 0.828 0.604 0.974 0.765 0.553 2063 chr11 69891353 69936328 + 0 NA Intergenic Intergenic -2363 NR_120529 101928443 Hs.313468 NR_120529 ENSG00000248844 LOC101928443 - uncharacterized LOC101928443 ncRNA nan 0.895 0.582 0.151 0.037 0.131 1.176 0.276 0.533 0.261 0.064 0.125 0.123 0.044 0.072 0.313 0.076 0.078 0.304 0.164 0.027 0.031 0.056 0.093 0.061 0.156 0.061 0.041 0.205 0.656 2.096 9.507 0.327 0.656 0.602 0.077 0.030 0.084 0.109 0.029 0.100 0.230 0.059 0.054 0.099 0.221 2.413 0.204 0.161 0.039 0.028 1.109 0.313 0.564 0.031 0.061 0.152 3.312 0.109 0.280 0.034 0.080 0.049 0.025 0.432 0.036 0.017 0.467 0.239 0.142 0.193 0.652 0.697 0.143 0.093 0.286 0.324 0.124 0.240 0.148 0.170 0.338 0.223 0.182 0.273 0.141 0.193 0.099 0.129 0.220 0.308 6922 chr20 30940810 30948433 + 0 NA Intergenic Intergenic -1526 NM_001164603 171023 Hs.374043 NM_015338 ENSG00000171456 ASXL1 BOPS|MDS additional sex combs like 1, transcriptional regulator protein-coding 3.536 3.940 2.711 5.288 3.360 2.346 3.052 1.881 2.949 3.343 4.902 2.498 2.700 2.005 2.436 1.174 2.792 0.379 4.293 1.208 11.508 3.246 1.627 0.620 3.012 2.981 4.135 4.434 4.167 1.634 2.808 nan 3.032 7.127 1.208 11.980 0.978 4.054 0.173 3.199 1.334 11.436 9.906 3.459 2.442 2.947 2.178 6.593 5.129 5.382 3.337 3.634 1.174 5.022 14.830 3.012 1.263 2.881 0.509 6.841 2.047 7.601 1.680 1.903 5.181 9.154 7.793 4.562 5.960 4.031 4.943 3.780 nan 7.577 3.960 6.787 7.004 2.212 3.364 4.924 8.567 4.657 4.852 2.428 4.081 3.297 3.692 3.435 nan 1.468 0.689 3723 chr14 78820004 78831894 + 0 NA intron (NR_073547, intron 4 of 20) intron (NR_073547, intron 4 of 20) -44125 NM_004796 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.100 1.056 0.624 0.073 0.060 5.132 0.042 0.189 0.388 0.016 0.039 0.031 0.005 0.084 1.184 0.611 0.099 0.082 0.036 0.028 0.012 0.090 0.131 0.176 0.023 0.055 0.006 0.069 0.009 0.102 0.342 0.136 1.913 0.037 0.058 0.055 0.109 0.136 0.010 0.382 0.085 0.020 0.019 0.065 0.130 0.084 0.040 0.058 0.020 0.055 0.611 0.176 0.010 0.034 0.049 0.025 0.008 0.064 0.121 0.052 0.071 0.018 0.004 0.269 0.144 0.093 0.123 0.378 0.440 0.468 0.176 0.182 0.221 0.398 0.592 0.375 nan 0.577 0.213 0.174 0.175 0.189 0.161 0.135 0.276 1.273 nan 11159 chr8 101954651 101968436 + 0 NA intron (NM_003406, intron 1 of 5) intron (NM_003406, intron 1 of 5) 1256 NM_001135702 7534 Hs.492407 NM_003406 ENSG00000164924 YWHAZ 14-3-3-zeta|HEL-S-3|HEL-S-93|HEL4|KCIP-1|YWHAD tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta protein-coding 6.441 nan nan 2.386 7.138 6.589 3.663 3.910 7.344 3.353 4.768 1.958 3.513 2.501 6.175 3.128 2.900 0.375 4.522 1.276 4.368 2.106 1.624 0.684 7.332 2.271 3.819 2.210 6.176 2.278 7.356 7.470 3.180 16.175 2.469 2.312 1.583 2.433 0.105 1.375 3.408 4.576 4.736 2.011 2.179 1.683 4.783 4.376 4.091 5.155 3.267 3.560 3.128 6.473 2.809 7.332 1.267 4.039 0.875 3.449 3.224 2.146 2.998 1.691 2.099 1.809 1.045 2.611 4.059 5.002 7.726 10.449 8.409 nan 3.218 14.151 14.945 2.418 nan 11.247 nan nan 4.190 2.509 5.777 5.986 5.513 3.859 nan 2.566 1.444 8040 chr3 175860660 175869429 + 0 NA Intergenic Intergenic -367847 NR_107017 102465858 NR_107017 ENSG00000283333 MIR7977 hsa-mir-7977 microRNA 7977 ncRNA 1.171 1.821 1.117 0.112 4.819 0.502 0.040 2.223 4.249 0.097 0.021 0.064 1.289 0.266 0.175 0.180 0.166 0.084 0.037 1.741 0.816 2.759 0.008 0.021 0.008 0.154 0.024 0.274 1.413 0.114 0.677 0.066 0.037 0.337 0.024 0.099 0.024 0.136 0.049 0.007 0.038 0.017 0.192 0.056 0.028 0.032 0.009 0.045 0.175 0.025 0.010 2.759 0.037 0.088 1.463 0.065 0.162 0.070 0.009 0.012 0.440 0.257 2.086 1.415 4.469 5.021 11.374 6.234 0.309 0.334 0.623 0.637 5.028 3.671 0.594 0.234 0.397 0.599 1.373 2.442 0.351 0.544 1.192 0.390 10456 chr7 80558668 80576239 + 0 NA Intergenic Intergenic -15758 NM_001350120 10512 Hs.269109 NM_006379 ENSG00000075223 SEMA3C SEMAE|SemE semaphorin 3C protein-coding 1.402 0.686 1.482 1.045 0.079 0.396 1.356 0.155 0.223 0.522 2.122 2.031 0.074 0.034 0.066 0.153 0.578 0.111 0.698 0.551 4.246 0.047 0.108 0.153 0.068 0.577 0.321 0.404 1.550 0.821 0.513 1.043 2.458 0.179 0.819 0.457 0.060 0.972 0.160 0.765 0.017 4.722 0.619 0.360 1.371 0.446 0.678 3.798 1.027 1.067 1.571 1.364 0.153 0.187 2.762 0.068 1.128 1.262 0.255 1.326 0.041 1.234 0.090 0.140 2.203 2.983 3.171 0.406 0.391 0.197 0.447 0.427 0.429 0.138 0.058 0.138 0.136 1.031 1.243 0.270 0.193 0.699 0.446 0.126 0.313 0.226 0.223 0.293 nan 0.488 0.513 1049 chr1 204461922 204494282 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -7405 NM_001278518 4194 Hs.497492 NM_002393 ENSG00000198625 MDM4 HDMX|MDMX|MRP1 MDM4, p53 regulator protein-coding 2.594 1.978 2.249 1.063 1.872 1.444 1.286 1.088 2.245 0.547 1.398 1.385 0.569 0.572 4.893 1.384 1.080 0.378 1.440 0.515 0.672 1.190 0.960 0.717 1.679 0.773 0.695 0.546 1.054 0.799 1.463 2.773 1.559 3.254 0.616 2.609 0.189 1.682 0.143 0.270 0.853 0.988 0.862 0.361 1.211 0.815 2.096 0.966 1.577 1.024 0.886 0.973 1.384 1.358 0.930 1.679 0.714 0.615 0.439 1.114 0.744 0.646 1.295 0.897 0.489 0.538 0.370 3.362 3.761 3.996 4.084 3.723 3.798 3.526 1.250 nan nan 1.850 2.404 3.591 4.198 2.211 1.920 1.453 2.239 1.549 1.692 1.968 3.677 1.623 0.881 4544 chr17 2344772 2370040 + 0 NA intron (NM_024086, intron 6 of 9) L1MC4|LINE|L1 -38676 NR_028335 284009 Hs.632244 NM_001025459 LOC284009 - uncharacterized LOC284009 ncRNA 1.339 0.844 0.910 0.086 0.175 0.501 0.378 0.262 0.343 0.030 0.153 0.258 0.025 0.048 1.033 0.209 0.200 0.115 0.284 0.075 0.090 0.066 0.087 0.128 0.275 0.217 0.167 0.067 0.158 0.037 0.200 0.528 0.100 0.768 0.058 0.200 0.079 0.086 0.099 0.032 0.400 0.133 0.043 0.019 0.039 0.301 0.128 0.095 0.478 0.196 0.037 0.206 0.209 0.419 0.209 0.275 0.116 0.079 0.407 0.151 0.064 0.309 0.051 1.313 0.045 0.039 0.034 0.390 0.418 0.227 0.373 0.577 0.790 0.511 0.265 0.377 0.378 0.743 1.110 0.769 0.880 1.972 1.500 0.174 0.193 0.242 0.423 1.021 4.044 0.635 0.355 11533 chr9 35903509 35914640 + 0 NA promoter-TSS (NM_001348107) promoter-TSS (NM_001348107) -406 NM_001348107 158376 Hs.302677 NM_001348107 ENSG00000235387 SPAAR LINC00961|SPAR small regulatory polypeptide of amino acid response protein-coding 1.682 nan 1.326 0.574 0.261 2.254 4.962 0.185 0.297 1.537 3.234 2.969 0.501 0.090 0.241 0.679 1.940 0.304 1.350 1.176 0.676 0.022 0.350 0.200 0.175 4.552 5.492 0.973 2.948 1.960 1.752 7.840 7.102 2.577 2.530 6.450 0.009 0.204 0.086 2.015 0.043 0.845 4.096 1.661 1.863 1.815 0.785 4.469 3.661 2.121 0.495 1.908 0.679 1.017 4.337 0.175 0.417 0.096 0.123 0.762 0.728 2.912 0.053 0.765 2.642 2.244 1.266 0.258 0.209 0.949 1.552 0.884 0.877 0.825 0.258 0.290 0.269 5.124 6.328 1.018 0.895 1.730 1.616 0.360 0.430 0.114 0.122 0.916 2.540 3.206 2.149 11994 chrX 152060117 152067803 + 0 NA Intergenic Intergenic -19026 NM_001178106 7739 Hs.16622 NM_007150 ENSG00000147394 ZNF185 SCELL zinc finger protein 185 with LIM domain protein-coding 0.733 1.275 2.138 4.166 0.240 0.072 6.242 0.271 0.449 0.399 0.152 0.072 0.298 0.029 0.193 0.256 0.059 1.745 1.207 0.107 0.054 0.062 0.108 0.486 0.695 0.454 0.143 0.749 1.469 4.530 9.826 1.358 0.779 2.497 0.106 0.025 0.395 0.031 0.599 0.144 3.785 2.664 0.936 2.466 3.641 2.104 0.206 0.445 0.073 0.039 1.602 0.256 1.996 2.017 0.486 1.433 2.914 0.025 0.823 0.009 0.370 0.154 0.324 0.378 0.127 0.113 0.307 0.418 0.373 0.899 0.471 0.350 1.058 0.353 0.686 0.839 0.066 0.212 0.455 0.519 0.461 0.320 0.318 0.353 0.104 0.143 0.583 1.195 0.431 0.514 8482 chr4 95569074 95592890 + 0 NA intron (NM_001011513, intron 11 of 12) L2a|LINE|L2 97702 NR_121610 100507012 Hs.128612 NR_121610 BMPR1B-DT BMPR1B-AS1 BMPR1B divergent transcript ncRNA 0.721 0.675 0.744 0.125 0.144 0.014 0.096 0.431 0.860 0.020 0.150 0.116 0.003 0.030 0.148 0.124 0.198 0.114 0.109 0.016 2.258 0.018 0.144 0.111 0.105 0.064 0.009 0.059 0.077 0.013 0.071 0.228 0.062 0.208 0.092 0.245 0.241 0.063 0.073 0.035 0.083 0.104 0.010 0.016 0.014 0.016 0.101 0.110 2.884 0.075 1.431 0.612 0.124 0.084 0.027 0.105 0.174 1.014 0.025 0.071 0.055 0.044 0.029 0.119 0.030 0.007 0.004 0.399 0.264 0.204 0.417 0.203 0.247 0.051 0.041 0.274 0.255 0.326 0.425 0.414 0.434 0.410 0.240 0.117 0.157 0.508 0.632 0.256 0.565 0.265 0.228 1488 chr10 62418458 62425906 + 0 NA intron (NM_001204403, intron 1 of 43) intron (NM_001204403, intron 1 of 43) 71102 NM_001204403 288 Hs.499725 NM_001149 ENSG00000151150 ANK3 ANKYRIN-G|MRT37 ankyrin 3 protein-coding 0.523 nan 0.724 0.404 0.520 0.023 1.993 0.237 0.597 0.074 0.157 2.978 0.008 0.149 0.129 0.170 0.236 0.187 1.026 0.483 0.017 2.000 0.443 0.381 0.080 1.426 0.716 1.008 1.112 2.629 3.547 2.817 2.027 1.272 0.559 0.141 0.029 0.084 1.004 0.101 0.025 0.105 0.158 1.340 0.414 0.238 0.478 0.407 0.058 0.010 0.314 0.170 0.602 5.464 0.080 0.280 0.088 0.032 0.218 0.200 0.013 0.017 0.051 0.070 0.042 0.590 0.603 0.292 0.320 0.457 0.515 1.619 0.306 0.351 0.339 1.853 2.007 1.436 1.670 0.189 0.080 0.083 0.194 1.470 2.124 0.100 nan 0.855 0.467 10355 chr7 48672355 48680042 + 0 NA intron (NM_152701, intron 59 of 61) intron (NM_152701, intron 59 of 61) -287959 NM_152627 168448 Hs.567757 NM_152627 CDC14C CDC14B2|CDC14Bretro cell division cycle 14C protein-coding 0.906 0.777 nan 0.355 0.038 0.247 1.059 0.126 0.237 0.025 0.121 0.411 0.024 1.264 0.116 0.464 0.078 0.159 0.453 0.714 0.033 0.732 0.277 0.124 0.713 0.498 0.029 2.964 0.821 1.934 7.897 4.396 2.619 1.347 0.072 0.147 0.042 0.165 1.623 2.662 0.107 0.156 0.050 0.719 2.347 0.085 0.474 0.042 0.019 0.020 0.086 0.464 1.227 6.401 0.124 0.111 0.118 0.012 0.037 3.711 3.565 0.052 0.082 0.059 0.007 0.039 0.361 0.250 0.336 0.783 0.753 0.985 0.207 0.102 0.108 0.123 0.839 1.222 0.119 0.173 0.921 0.728 0.135 0.128 1.856 2.843 0.226 0.323 1.011 0.833 2725 chr12 58269232 58299842 + 0 NA intron (NR_148947, intron 1 of 3) intron (NR_148947, intron 1 of 3) 5728 NR_148947 283387 Hs.727244 NR_148947 ENSG00000245651 LOC283387 - uncharacterized LOC283387 ncRNA nan 1.885 1.053 0.598 1.386 0.723 1.331 0.901 1.891 0.097 0.409 3.285 0.047 1.020 3.151 0.627 1.510 0.310 0.864 0.576 0.242 1.127 2.841 1.299 3.640 2.347 1.993 0.279 2.650 0.864 3.941 7.215 2.954 1.938 1.342 0.199 0.209 0.334 0.095 0.807 0.316 0.233 0.230 0.178 1.770 0.340 0.416 0.918 0.856 2.568 0.699 0.759 0.627 0.811 3.268 3.640 0.468 0.175 0.549 0.988 0.988 1.194 0.713 0.263 0.630 0.149 0.139 nan 1.809 0.763 1.825 3.611 nan 2.846 1.244 0.572 0.608 1.196 nan 4.492 nan 1.712 1.454 0.662 1.198 1.312 1.130 0.518 0.966 5.201 2.414 3892 chr15 31771834 31780932 + 0 NA exon (NM_130901, exon 14 of 14) exon (NM_130901, exon 14 of 14) 157325 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 0.574 nan nan 0.016 0.067 0.071 0.276 0.178 0.238 0.061 0.166 0.150 0.011 0.048 0.296 0.097 0.070 0.047 0.021 0.049 0.189 0.166 0.184 0.150 0.088 0.008 0.100 0.078 0.106 0.621 0.054 0.260 0.043 0.147 0.041 0.108 0.059 0.078 0.070 0.082 0.023 0.026 0.111 0.047 0.042 0.098 0.355 0.031 0.243 0.342 0.296 0.056 0.040 0.184 0.301 0.165 1.340 0.083 0.063 0.147 0.054 0.076 0.076 0.006 0.011 0.620 1.143 0.166 0.357 0.549 0.791 0.380 0.133 0.173 0.187 0.367 0.553 0.229 0.305 1.408 1.389 0.297 0.380 0.209 0.260 0.224 0.226 0.149 0.118 6147 chr2 60748293 60785299 + 0 NA intron (NM_138559, intron 2 of 4) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 13837 NM_022893 53335 Hs.370549 NM_018014 ENSG00000119866 BCL11A BCL11A-L|BCL11A-S|BCL11A-XL|BCL11a-M|CTIP1|DILOS|EVI9|HBFQTL5|ZNF856 B cell CLL/lymphoma 11A protein-coding 2.556 0.620 nan 0.272 1.090 0.900 0.261 0.558 1.178 0.005 0.095 1.538 0.347 0.629 4.180 1.564 0.075 0.037 0.732 0.194 0.053 0.030 0.964 0.615 0.698 0.344 0.171 0.024 0.081 0.117 0.900 1.788 0.888 2.784 0.079 0.174 0.288 0.138 0.110 0.451 2.726 0.216 0.994 0.490 0.365 0.330 0.076 0.342 0.163 0.619 0.297 0.833 1.564 0.372 0.045 0.698 0.693 0.197 0.957 2.058 0.937 0.090 0.858 1.397 0.160 0.037 0.022 1.037 1.126 4.756 5.213 4.915 3.977 nan 0.128 1.795 1.819 2.473 3.165 1.690 2.328 3.710 4.352 0.795 1.718 1.449 1.088 2.308 3.153 1.105 0.906 4932 chr17 64745423 64762260 + 0 NA intron (NM_002737, intron 13 of 16) AluY|SINE|Alu -29349 NR_030364 693219 NR_030364 ENSG00000207943 MIR634 MIRN634|hsa-mir-634 microRNA 634 ncRNA 0.917 nan 0.919 0.081 0.303 0.302 0.270 0.295 0.602 0.028 0.161 0.180 0.020 0.046 0.068 0.437 0.277 0.179 0.151 0.079 0.040 0.033 0.179 0.156 0.451 0.107 0.035 0.080 0.175 0.038 0.263 1.623 0.210 5.315 0.249 0.100 0.152 0.084 0.103 0.070 0.088 0.052 0.039 0.019 0.090 0.061 0.153 0.130 0.164 0.049 0.931 0.169 0.437 0.399 0.099 0.451 0.145 0.196 0.165 0.090 0.145 0.094 0.059 0.271 0.036 0.021 0.024 0.467 0.351 0.299 0.354 0.562 0.658 0.517 0.214 0.276 0.268 0.523 nan 0.984 1.110 0.749 0.691 0.190 0.317 0.644 0.712 0.500 1.125 0.822 0.506 4316 chr16 30062844 30088967 + 0 NA promoter-TSS (NM_001127617) promoter-TSS (NM_001127617) 87 NM_001127617 226 Hs.513490 NM_000034 ENSG00000149925 ALDOA ALDA|GSD12|HEL-S-87p aldolase, fructose-bisphosphate A protein-coding 2.814 2.120 2.038 3.015 3.535 3.847 1.896 1.922 3.588 1.446 3.801 1.802 1.004 3.429 1.712 2.394 1.070 0.303 2.405 0.829 2.954 1.040 0.928 0.556 2.551 1.411 1.660 1.802 2.262 0.639 2.109 4.028 2.132 8.152 1.395 3.283 0.887 1.522 0.098 1.049 1.338 3.391 2.155 0.945 2.468 1.305 3.224 2.344 2.443 2.484 2.732 3.503 2.394 2.968 3.344 2.551 0.949 1.629 0.863 3.745 2.579 2.198 1.175 1.634 1.852 1.671 1.054 2.027 2.558 2.228 3.445 3.306 3.006 4.957 2.355 3.992 3.962 2.086 2.805 5.155 7.074 3.648 3.849 1.677 2.714 3.233 3.579 2.039 3.344 1.854 1.011 8162 chr3 193428187 193432055 + 0 NA Intergenic Intergenic -85000 NR_046634 100873941 Hs.679364 NR_046634 ENSG00000224855 OPA1-AS1 - OPA1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.413 1.030 0.113 7.494 0.081 0.204 1.792 3.379 0.066 0.096 0.087 5.749 0.069 0.006 0.193 0.373 0.082 0.050 0.083 0.036 6.996 2.220 4.748 0.101 0.112 0.020 0.195 0.027 2.481 12.271 0.496 nan 0.265 0.041 0.718 0.043 0.266 0.164 0.047 0.041 0.029 0.137 0.171 0.051 0.105 0.145 0.061 2.485 0.006 0.109 0.071 4.748 0.031 2.412 0.126 3.463 0.041 0.077 0.031 0.060 0.343 0.388 0.160 0.317 2.534 2.366 14.642 18.441 0.273 0.367 0.189 0.409 12.677 17.836 0.633 0.307 0.321 0.640 2.380 2.655 0.321 0.407 5.820 2.610 2516 chr12 16063290 16071205 + 0 NA intron (NM_001300779, intron 1 of 7) AluSz6|SINE|Alu 3141 NM_015954 51071 Hs.39429 NM_015954 ENSG00000023697 DERA CGI-26|DEOC deoxyribose-phosphate aldolase protein-coding 2.848 1.545 2.569 1.390 4.084 1.766 0.872 0.791 1.337 0.592 1.614 1.745 0.342 0.515 2.082 1.185 0.502 0.021 1.036 0.359 0.756 0.353 1.226 0.637 1.424 1.047 1.079 0.362 2.201 0.621 1.319 2.219 1.376 3.499 0.340 1.785 0.155 0.932 0.100 0.372 1.027 0.901 0.412 0.335 0.852 1.232 1.208 2.303 1.685 1.743 0.851 0.731 1.185 1.291 0.888 1.424 0.909 0.867 0.371 1.664 0.704 0.780 0.579 2.877 0.153 0.342 0.157 1.279 1.264 2.204 3.379 nan 2.874 4.911 1.847 1.916 1.914 2.020 2.479 4.281 5.963 2.130 2.236 0.834 1.335 1.505 1.661 6.079 7.877 1.693 0.845 5911 chr2 11878432 11919507 + 0 NA intron (NM_001349202, intron 2 of 21) MIR3|SINE|MIR -8601 NR_036071 100422862 NR_036071 ENSG00000265056 MIR548S - microRNA 548s ncRNA 1.312 1.641 0.994 0.864 1.471 2.991 1.755 0.472 1.262 0.147 0.403 0.912 0.276 0.588 2.878 1.275 0.544 0.099 0.914 0.461 0.405 0.091 1.023 0.328 1.163 0.383 0.220 0.373 0.701 0.255 2.663 7.683 0.975 3.881 0.397 1.088 0.171 0.130 0.097 0.416 0.353 1.151 0.834 0.420 0.876 0.582 0.746 0.975 0.880 1.472 0.639 0.423 1.275 1.563 3.233 1.163 0.306 0.265 0.448 0.608 0.899 0.711 0.885 0.297 0.337 0.489 0.366 1.576 1.626 3.119 4.414 1.855 1.684 2.047 0.788 0.495 0.485 0.691 1.056 2.950 nan 1.054 1.102 1.263 1.530 0.715 0.904 0.754 nan 1.882 1.032 8907 chr5 52280117 52288965 + 0 NA promoter-TSS (NR_073107) promoter-TSS (NR_073107) -615 NM_002203 3673 Hs.482077 NM_002203 ENSG00000164171 ITGA2 BR|CD49B|GPIa|HPA-5|VLA-2|VLAA2 integrin subunit alpha 2 protein-coding nan nan 0.978 3.218 0.127 0.283 4.476 0.271 0.283 0.691 1.547 1.529 1.348 0.194 0.108 0.694 0.331 0.036 2.276 1.376 1.176 0.124 0.099 0.095 1.800 1.225 0.076 6.240 5.784 5.918 7.126 4.451 2.094 1.175 0.140 0.043 0.160 0.097 1.197 0.072 1.647 2.025 0.914 3.322 2.132 2.087 0.384 1.463 1.381 0.715 1.779 0.694 1.083 0.818 0.095 1.301 0.816 0.033 2.239 0.046 0.662 0.149 0.098 0.749 0.391 0.603 0.127 0.071 0.958 2.267 0.705 0.539 nan 0.272 0.249 0.200 0.722 0.885 0.362 0.493 nan 0.443 0.225 0.431 0.107 0.171 0.127 0.245 0.272 0.306 2616 chr12 34835356 34854304 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 669614 NM_032834 84920 Hs.102971 NM_032834 ENSG00000139133 ALG10 ALG10A|DIE2|KCR1 ALG10, alpha-1,2-glucosyltransferase protein-coding 6.437 nan 6.350 0.371 1.125 0.270 0.810 0.846 1.544 0.293 0.566 0.807 0.134 0.676 0.483 1.154 0.890 4.344 0.506 0.100 0.592 0.491 0.847 1.497 0.712 0.443 0.419 0.145 0.678 0.134 0.552 1.223 1.515 1.858 0.199 0.687 0.210 0.509 1.564 0.330 0.433 0.769 0.245 0.266 0.098 0.514 0.964 1.435 0.464 0.501 0.331 0.887 1.154 0.428 0.824 0.712 0.633 0.818 0.220 0.707 0.322 0.479 0.340 0.187 0.272 0.295 0.201 4.241 2.157 3.448 4.803 3.509 3.976 1.671 1.277 2.896 2.748 2.324 2.952 2.334 1.963 4.237 1.635 1.828 3.038 0.658 1.055 1.855 2.352 1.266 1.979 3362 chr13 113362855 113400125 + 0 NA intron (NM_032189, intron 1 of 28) AluSx|SINE|Alu 27555 NR_109811 100874205 Hs.658692 NR_046661 ENSG00000232684 ATP11A-AS1 - ATP11A antisense RNA 1 ncRNA 0.762 nan 0.804 0.521 0.607 1.620 1.416 0.388 0.891 0.080 0.350 0.887 0.825 0.110 0.671 1.908 0.066 0.073 2.670 1.345 3.633 0.030 0.850 0.628 1.006 0.848 0.616 1.035 0.258 0.543 2.570 7.056 0.996 1.330 0.302 0.285 0.246 0.687 0.092 0.342 0.124 4.895 0.242 0.156 0.723 0.313 1.417 0.135 0.557 0.780 0.036 0.384 1.908 3.265 1.272 1.006 1.260 0.684 0.206 2.496 1.037 0.465 0.364 0.017 0.470 0.196 0.112 4.403 5.494 1.442 2.021 1.290 1.238 2.983 1.088 0.265 0.261 0.090 0.135 1.717 1.951 0.311 0.248 0.666 1.040 1.515 1.367 0.126 0.151 0.892 0.394 1408 chr10 29225225 29232423 + 0 NA Intergenic Intergenic 93487 NM_001278522 283080 NM_001278522 C10orf126 bA492M23.1 chromosome 10 open reading frame 126 protein-coding 1.247 1.662 0.835 0.223 2.658 0.302 0.029 3.158 6.443 0.026 0.239 2.269 0.146 0.845 0.799 0.725 0.187 0.156 0.014 0.027 0.057 2.309 0.800 5.881 0.231 0.111 0.031 0.095 0.014 0.549 2.282 0.608 6.870 0.020 0.946 1.072 0.110 0.115 1.489 0.025 0.079 0.043 0.151 0.082 0.362 0.238 2.319 0.039 2.505 2.880 0.725 0.030 0.013 5.881 1.662 1.021 0.072 2.098 0.165 0.636 0.018 0.275 0.024 0.015 0.255 0.134 7.404 10.490 5.335 4.388 7.445 7.301 0.295 0.334 0.148 0.160 4.825 9.313 0.469 0.290 0.079 0.385 4.004 4.852 0.276 0.740 2.525 1.148 6116 chr2 53652254 53713144 + 0 NA Intergenic Intergenic -312221 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 6.250 nan 6.070 0.330 0.232 0.213 0.429 0.140 0.223 0.116 0.102 0.027 0.014 0.129 0.144 0.252 0.132 0.069 0.486 0.294 0.034 0.002 0.164 0.170 0.145 0.087 0.029 0.022 0.157 0.229 0.140 0.249 0.152 0.336 0.310 0.065 1.158 0.052 0.122 0.030 0.084 0.891 0.037 0.017 0.159 0.127 0.327 0.141 0.089 0.037 0.114 0.334 0.252 0.151 0.046 0.145 0.251 0.372 0.055 0.071 1.015 0.206 0.063 0.305 0.046 0.061 0.068 0.350 0.216 0.311 0.297 0.550 0.596 0.726 0.217 0.381 0.372 0.676 0.958 0.943 0.651 0.481 0.267 0.172 0.289 8.665 7.853 0.444 0.921 0.620 0.552 11193 chr8 106326523 106340107 + 0 NA intron (NM_012082, intron 1 of 7) intron (NM_012082, intron 1 of 7) 2168 NM_012082 23414 Hs.431009 NM_012082 ENSG00000169946 ZFPM2 DIH3|FOG2|SRXY9|ZC2HC11B|ZNF89B|hFOG-2 zinc finger protein, FOG family member 2 protein-coding 0.787 nan nan 0.101 0.184 0.012 0.089 0.165 0.266 0.007 0.614 0.062 0.073 0.059 0.046 0.066 0.911 0.077 0.210 0.071 0.014 0.051 0.046 0.075 0.071 0.066 0.027 0.179 0.320 0.208 0.665 0.040 2.045 0.162 0.376 0.021 1.500 0.105 0.521 0.188 0.009 0.006 0.775 0.011 0.085 0.831 0.108 1.467 0.017 0.040 0.066 0.208 0.028 0.071 0.109 0.055 0.580 0.184 0.029 0.024 0.047 1.094 0.016 0.021 0.014 0.305 0.279 0.326 0.407 0.359 0.422 nan 0.247 0.593 0.655 4.765 nan 1.219 nan nan 4.676 0.134 0.315 0.046 0.093 0.606 nan 0.291 0.297 4224 chr16 10670098 10748804 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -34878 NM_001424 2013 Hs.531561 NM_001424 ENSG00000213853 EMP2 XMP epithelial membrane protein 2 protein-coding 0.830 1.037 nan 0.380 0.749 1.096 1.527 0.236 0.509 0.286 0.202 0.239 1.739 0.056 0.148 0.109 0.290 0.161 0.409 0.287 0.088 0.046 0.069 0.073 0.539 0.510 0.300 0.203 0.230 0.533 0.891 4.556 0.439 1.831 0.356 0.663 0.017 0.126 0.061 0.063 0.036 0.211 0.116 0.068 0.764 0.308 0.504 0.179 1.244 0.097 0.164 1.610 0.109 0.487 0.226 0.539 0.348 1.143 0.215 0.222 0.064 0.111 0.694 0.113 0.243 0.049 0.020 0.260 0.172 0.196 0.296 0.278 0.305 0.200 0.107 1.463 1.555 0.124 0.231 1.517 1.704 nan 0.631 0.833 1.271 0.070 0.088 0.166 0.284 0.191 0.340 4249 chr16 14371237 14381046 + 0 NA Intergenic Intergenic -20004 NR_132983 100129781 Hs.190748 NR_132983 MIR193BHG - MIR193B host gene ncRNA 1.101 0.751 nan 0.543 0.844 0.314 0.241 0.470 0.769 0.446 0.659 0.368 0.025 0.154 0.615 0.365 0.371 0.115 0.421 0.116 0.200 0.057 0.288 0.174 0.367 0.369 0.332 0.310 0.353 0.054 0.595 1.333 0.357 2.306 0.104 0.395 0.117 0.288 0.098 0.108 0.571 0.371 0.172 0.142 0.284 0.237 0.422 0.517 1.469 0.762 0.162 0.616 0.365 0.323 0.576 0.367 0.261 0.236 0.079 0.818 0.217 0.160 0.352 0.128 0.139 0.176 0.084 0.420 0.757 0.219 0.429 0.843 0.748 8.321 2.366 2.296 2.176 0.443 0.805 0.790 1.007 nan 0.573 0.474 0.822 0.667 0.529 0.555 0.984 0.591 0.733 9248 chr5 146882485 146919750 + 0 NA Intergenic Intergenic -11498 NM_001197294 1809 Hs.519659 NM_001387 ENSG00000113657 DPYSL3 CRMP-4|CRMP4|DRP-3|DRP3|LCRMP|ULIP|ULIP-1 dihydropyrimidinase like 3 protein-coding nan 1.133 0.793 0.160 0.746 0.099 0.391 1.669 3.382 0.106 1.811 0.020 0.163 0.189 0.187 0.442 0.147 0.464 0.500 0.115 0.016 0.584 0.279 1.899 0.846 0.431 0.012 0.225 0.070 0.339 0.822 0.150 2.273 0.031 0.143 0.387 0.085 0.119 1.096 0.094 0.224 0.076 0.075 0.315 0.161 0.062 0.190 0.162 0.567 0.016 0.033 0.187 0.177 1.297 1.899 0.135 0.044 0.037 0.143 0.779 0.699 3.361 0.133 0.211 0.426 0.255 5.137 4.722 4.158 1.270 1.034 0.974 1.140 0.557 0.070 0.087 4.686 5.179 0.789 1.185 0.769 0.787 3.490 5.689 1.285 1.432 0.538 1.410 1.901 1.111 578 chr1 110161816 110176446 + 0 NA intron (NM_203404, intron 3 of 15) intron (NM_203404, intron 3 of 15) 1082 NM_203404 271 Hs.82927 NM_004037 ENSG00000116337 AMPD2 PCH9|SPG63 adenosine monophosphate deaminase 2 protein-coding nan 0.954 1.075 1.337 0.547 2.890 0.598 0.943 2.319 0.530 1.014 0.966 0.135 0.463 3.823 1.657 1.268 0.142 0.669 0.211 1.533 1.140 0.566 0.274 0.672 0.614 0.485 1.017 0.725 0.264 0.724 0.993 0.512 1.941 0.554 1.293 0.143 1.096 0.091 0.271 0.409 2.177 1.150 0.526 0.665 0.389 1.449 1.041 1.316 1.778 0.359 1.422 1.657 0.846 1.592 0.672 0.385 0.424 0.618 3.861 0.697 0.683 0.784 0.854 0.625 1.208 0.633 1.383 2.186 0.715 1.323 2.949 nan 2.560 0.918 1.940 2.012 1.618 2.520 2.657 3.842 1.989 2.262 0.891 1.389 0.631 0.637 1.198 2.225 1.777 0.969 695 chr1 150668384 150677972 + 0 NA intron (NM_001199829, intron 12 of 13) L1MB8|LINE|L1 -3506 NM_018178 55204 Hs.203699 NM_018178 ENSG00000143457 GOLPH3L GPP34R golgi phosphoprotein 3 like protein-coding nan nan 1.899 0.819 1.341 0.236 0.298 0.411 0.927 0.133 0.386 0.395 0.234 0.431 1.284 0.428 0.285 0.146 0.433 0.139 0.212 0.029 1.194 0.610 1.208 0.273 0.224 0.097 0.442 0.227 5.136 5.828 0.975 3.337 0.243 0.240 0.129 0.498 0.126 0.239 0.588 0.216 0.195 0.097 0.772 0.146 0.972 0.083 0.263 0.171 1.566 1.412 0.428 0.337 0.618 1.208 0.276 0.415 0.050 0.376 1.036 0.360 7.619 0.373 0.101 0.097 0.063 4.797 5.105 1.835 1.585 2.481 nan 3.221 2.492 1.837 1.862 1.064 1.299 2.194 2.824 1.122 0.710 5.222 9.024 1.146 0.847 1.803 2.966 1.431 0.987 4418 chr16 68668676 68703505 + 0 NA intron (NM_001317195, intron 2 of 15) intron (NM_001317195, intron 2 of 15) 7351 NM_001317196 1001 Hs.191842 NM_001793 ENSG00000062038 CDH3 CDHP|HJMD|PCAD cadherin 3 protein-coding nan nan 0.507 0.602 0.280 0.058 2.501 0.194 0.348 2.228 0.126 0.102 0.270 0.055 0.080 0.254 0.151 0.167 4.034 1.791 0.113 0.048 0.050 0.076 0.141 2.636 2.157 0.069 2.659 1.003 0.535 1.179 1.014 0.464 2.177 0.166 0.006 0.050 0.060 0.486 0.249 3.957 0.180 0.125 1.430 1.970 1.188 0.157 0.245 0.226 0.121 1.123 0.254 4.255 1.239 0.141 0.116 0.496 0.148 0.838 0.082 2.114 0.108 0.039 0.217 0.265 0.279 0.260 0.139 0.213 0.468 0.488 0.410 0.658 0.245 0.367 0.379 0.065 nan 0.507 0.772 0.429 0.282 0.265 0.387 0.126 0.092 0.089 0.205 0.442 0.403 10204 chr7 17502815 17606051 + 0 NA intron (NR_110013, intron 1 of 3) L1MC|LINE|L1 44100 NR_110013 101927630 Hs.583400 NR_110013 ENSG00000236039 LOC101927630 - uncharacterized LOC101927630 ncRNA nan 1.065 nan 0.307 0.106 0.044 0.148 0.121 0.223 0.100 0.223 0.273 0.056 0.107 0.087 0.195 0.633 0.120 0.198 0.156 1.419 0.012 0.122 0.152 0.049 0.884 0.483 0.046 0.454 0.179 2.044 6.412 3.266 0.698 0.235 0.326 0.025 0.061 0.150 0.283 0.029 0.140 0.046 0.038 0.584 0.375 0.268 0.195 0.262 0.046 0.376 1.180 0.195 0.103 0.153 0.049 0.613 0.313 0.005 0.220 0.242 0.241 0.029 0.044 0.097 0.040 0.039 nan 0.235 0.226 0.459 0.314 0.376 0.486 0.188 0.230 0.240 0.176 0.330 0.480 0.493 0.231 0.093 0.087 0.161 0.106 0.178 0.239 0.409 0.468 0.484 11997 chrX 152773153 152805709 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -12149 NM_001001344 492 Hs.533956 NM_021949 ENSG00000067842 ATP2B3 CFAP39|CLA2|OPCA|PMCA3|PMCA3a|SCAX1 ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 3 protein-coding 1.373 1.451 1.971 0.060 0.073 3.359 0.093 0.259 0.586 0.006 0.036 0.045 0.006 0.037 0.580 0.659 0.063 0.045 0.026 0.002 0.035 0.034 0.072 0.074 0.052 0.031 0.022 0.032 0.044 0.007 0.049 0.190 0.078 1.951 0.013 0.054 0.177 0.043 0.031 0.004 0.446 0.147 0.020 0.017 0.007 0.049 0.041 0.067 0.095 0.050 0.029 0.037 0.659 0.037 0.017 0.052 0.033 0.031 0.238 0.232 0.043 0.069 0.186 0.333 0.009 0.012 0.008 0.646 1.025 0.227 0.332 1.287 1.235 1.015 0.293 0.175 0.215 0.269 0.516 0.128 0.126 3.288 4.555 0.481 0.591 0.836 0.793 0.517 1.356 0.940 0.650 6553 chr2 191808029 191814681 + 0 NA intron (NM_014905, intron 14 of 17) intron (NM_014905, intron 14 of 17) 65808 NM_014905 2744 Hs.116448 NM_014905 ENSG00000115419 GLS AAD20|GAC|GAM|GLS1|KGA glutaminase protein-coding 0.826 nan 0.999 1.307 0.221 0.059 0.558 0.072 0.346 0.361 0.388 1.763 4.267 0.030 0.053 0.213 2.053 0.171 0.512 0.143 0.217 0.042 0.166 0.122 0.485 0.465 0.121 0.701 0.834 1.391 0.278 0.616 0.886 0.669 0.231 0.231 0.401 0.153 0.043 0.120 0.194 0.072 0.058 0.593 0.584 0.449 0.089 0.675 0.058 0.024 0.161 0.213 0.339 1.288 0.485 0.056 0.213 0.074 0.124 0.019 0.273 0.088 0.147 0.311 0.069 0.031 0.352 0.248 0.792 3.426 0.282 0.474 0.476 0.195 0.617 0.512 0.694 1.328 0.538 0.525 0.319 0.248 0.186 0.320 0.120 0.097 0.410 0.677 0.510 0.376 5372 chr18 55802019 55817391 + 0 NA intron (NM_001144964, intron 1 of 30) intron (NM_001144964, intron 1 of 30) -6860 NM_001144969 23327 Hs.185677 NM_015277 ENSG00000049759 NEDD4L NEDD4-2|NEDD4.2|PVNH7|RSP5|hNEDD4-2 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 1.000 1.115 0.440 0.400 0.087 0.152 0.261 0.402 0.049 0.167 0.200 0.060 0.170 0.265 0.449 0.122 0.073 0.117 0.025 0.110 0.084 0.172 0.119 0.227 0.099 0.017 0.110 0.031 0.076 0.333 1.347 0.144 0.503 0.038 0.066 0.092 0.105 0.079 0.031 0.072 0.186 0.020 0.020 0.038 0.100 0.332 0.084 0.302 0.045 0.031 0.113 0.449 0.093 0.078 0.227 0.033 0.075 0.098 0.098 0.119 0.149 0.084 0.323 0.079 0.007 0.003 0.655 0.828 1.280 2.169 0.902 0.996 5.436 1.194 1.054 1.130 0.310 0.625 2.112 1.937 0.434 0.318 0.387 0.573 0.471 0.918 0.446 1.109 nan 1.718 5167 chr18 12644562 12659995 + 0 NA intron (NM_020148, intron 1 of 15) intron (NM_020148, intron 1 of 15) 4453 NM_001128627 56907 Hs.515283 NM_020148 ENSG00000134278 SPIRE1 Spir-1 spire type actin nucleation factor 1 protein-coding 2.190 2.132 1.286 1.549 1.402 1.425 0.778 0.511 0.979 0.604 1.076 0.703 0.048 0.524 0.338 0.571 1.478 0.240 1.240 0.327 1.557 0.584 0.697 0.405 1.483 0.454 0.351 1.027 0.514 0.274 1.174 1.581 1.148 5.101 0.532 0.630 0.081 0.908 0.163 0.374 0.151 1.463 1.137 0.587 0.325 0.433 0.410 0.900 0.733 1.186 2.436 1.310 0.571 1.886 1.293 1.483 0.302 0.846 0.302 1.615 0.506 0.579 0.224 0.913 0.292 0.370 0.244 1.326 1.290 1.138 2.288 2.244 1.819 3.368 1.762 2.854 2.970 1.420 1.698 1.933 2.883 1.290 1.462 0.601 1.115 0.637 0.737 2.000 2.044 2.327 1.390 11526 chr9 35095440 35115578 + 0 NA intron (NM_001317991, intron 8 of 8) FLAM_C|SINE|Alu -2317 NM_001287031 30968 Hs.3439 NM_013442 ENSG00000165283 STOML2 HSPC108|SLP-2 stomatin like 2 protein-coding 2.033 nan 1.414 1.253 1.160 1.049 1.709 0.671 1.492 0.578 1.788 1.215 0.450 0.520 1.001 2.624 0.873 0.137 1.167 0.401 1.005 0.445 0.743 0.438 1.183 1.253 1.339 0.949 0.856 0.312 2.205 2.877 1.487 4.142 1.150 1.067 0.325 1.104 0.075 0.476 0.567 1.495 1.322 0.665 0.789 0.750 0.781 1.402 1.657 2.855 0.642 1.177 2.624 1.483 1.707 1.183 0.614 0.671 0.204 3.481 0.638 0.638 0.445 0.430 0.971 0.733 0.501 1.049 1.152 1.761 2.643 2.514 2.527 3.860 2.525 1.686 1.787 1.965 2.869 1.773 2.896 2.365 2.331 1.388 1.611 2.213 1.901 1.887 1.850 2.373 1.642 9144 chr5 122774391 122798667 + 0 NA Intergenic Intergenic -27243 NM_153223 153241 Hs.483209 NM_153223 ENSG00000168944 CEP120 CCDC100|JBTS31|SRTD13 centrosomal protein 120 protein-coding nan 0.977 1.041 0.084 0.358 0.232 0.223 0.298 0.540 0.012 0.163 0.429 0.003 0.052 0.095 0.118 0.102 0.064 0.174 0.101 0.047 0.017 0.123 0.146 0.251 0.133 0.059 0.009 0.115 0.031 0.183 0.414 0.449 0.872 0.072 0.662 0.716 0.076 0.124 0.025 0.183 0.061 0.047 0.048 0.166 0.047 0.209 0.170 0.238 0.067 0.055 0.400 0.118 0.037 0.288 0.251 0.316 0.041 0.266 0.095 0.084 0.060 0.053 1.424 0.031 0.028 0.018 0.264 0.271 0.238 nan 0.591 0.856 0.011 0.010 0.403 0.392 1.534 1.670 0.368 0.426 3.146 2.426 0.148 0.228 2.673 2.534 1.961 4.755 0.557 0.483 11613 chr9 86321007 86324212 + 0 NA promoter-TSS (NR_135839) promoter-TSS (NR_135839) -141 NR_135839 105376114 Hs.9589 NR_135839 ENSG00000254473 LOC105376114 - uncharacterized LOC105376114 ncRNA 8.587 5.568 8.918 5.692 12.562 2.137 5.839 3.940 8.588 2.171 4.624 3.599 4.043 1.869 4.178 7.190 4.493 0.256 7.619 1.441 3.429 2.762 4.700 1.700 9.343 5.063 6.182 3.648 8.882 2.198 8.843 10.830 4.347 13.071 3.455 7.720 1.876 4.204 0.114 2.646 3.487 8.008 7.844 3.647 3.020 3.443 5.527 5.381 6.171 8.500 3.014 4.390 7.190 12.764 3.867 9.343 3.130 4.051 2.524 6.239 2.695 4.626 2.203 2.957 3.064 3.431 2.624 8.413 7.116 14.038 17.585 15.646 12.820 10.648 7.055 15.794 17.128 3.735 4.375 12.142 19.519 6.300 8.228 5.513 7.414 11.347 13.617 12.252 8.297 5.946 3.372 3137 chr13 42182815 42189459 + 0 NA intron (NM_015058, intron 38 of 44) intron (NM_015058, intron 38 of 44) -43606 NR_049803 100847026 NR_049803 ENSG00000284584 MIR5006 - microRNA 5006 ncRNA 0.775 1.316 0.957 0.362 0.379 0.117 1.232 0.073 0.194 0.014 0.252 0.819 5.672 0.030 0.154 0.232 0.328 0.048 1.985 0.515 0.094 0.021 0.093 0.012 0.601 0.759 0.426 0.046 0.706 1.028 0.960 2.292 0.499 0.957 0.835 1.110 0.015 0.064 0.053 0.143 0.078 0.102 0.046 0.024 0.116 0.818 0.275 0.172 0.475 0.027 0.062 0.348 0.232 4.760 0.069 0.601 0.122 0.088 0.131 0.035 0.031 0.264 0.045 0.302 0.293 0.104 0.127 0.417 0.363 0.212 0.480 0.783 0.669 0.684 0.216 0.131 0.167 0.310 0.577 0.265 0.567 0.363 0.210 0.202 0.332 0.107 0.274 0.462 0.910 0.385 0.514 1732 chr11 306972 312003 + 0 NA TTS (NM_006435) TTS (NM_006435) 1380 NM_006435 10581 Hs.709321 NM_006435 ENSG00000185201 IFITM2 1-8D|DSPA2c interferon induced transmembrane protein 2 protein-coding 0.998 1.930 1.288 0.600 0.178 0.310 3.666 0.764 0.989 1.531 2.530 2.624 2.082 3.687 0.796 0.515 4.670 0.672 3.408 1.244 5.481 0.741 0.346 0.263 0.501 2.902 3.519 5.030 1.203 1.193 2.841 5.916 5.048 1.481 0.224 2.149 0.038 3.432 0.099 1.623 0.032 7.112 11.190 5.179 2.330 1.671 0.306 2.989 6.209 4.464 4.670 2.995 0.515 2.406 8.646 0.501 0.645 1.515 0.059 4.834 0.862 3.575 0.356 0.146 4.649 3.015 2.179 0.967 1.626 1.810 2.997 0.772 0.652 1.936 0.665 2.698 2.898 0.226 0.477 1.156 1.347 0.547 0.420 1.346 1.377 0.249 0.205 0.314 0.615 0.472 0.459 861 chr1 168194335 168201049 + 0 NA intron (NM_199344, intron 1 of 7) intron (NM_199344, intron 1 of 7) 2437 NM_199344 375035 Hs.645435 NM_199344 ENSG00000213064 SFT2D2 UNQ512|dJ747L4.C1.2 SFT2 domain containing 2 protein-coding 4.050 nan 4.480 2.746 2.596 1.730 1.146 1.194 2.256 1.556 1.779 2.444 0.380 0.893 3.666 3.263 1.337 0.106 1.802 0.452 0.856 0.639 2.026 0.771 3.590 1.797 1.755 1.040 2.783 1.133 2.030 3.404 3.297 5.748 0.851 1.655 0.507 1.699 0.192 0.281 0.982 1.655 1.160 0.661 1.405 1.622 1.622 0.563 2.625 2.095 0.656 1.542 3.263 2.519 1.564 3.590 1.513 1.146 0.449 1.661 1.667 0.753 11.371 0.677 0.586 0.707 0.509 4.097 3.719 5.936 8.143 6.235 nan 4.440 1.874 3.209 3.407 3.248 4.044 4.214 nan 2.312 2.315 8.122 13.750 3.096 3.055 2.696 3.096 2.490 1.596 337 chr1 44113441 44119800 + 0 NA intron (NM_014663, intron 1 of 21) intron (NM_014663, intron 1 of 21) 823 NM_014663 9682 Hs.155983 NM_014663 ENSG00000066135 KDM4A JHDM3A|JMJD2|JMJD2A|TDRD14A lysine demethylase 4A protein-coding nan 1.745 nan 2.771 1.931 1.245 1.709 1.223 2.633 1.060 2.377 1.325 1.277 1.085 1.891 1.041 1.533 0.252 2.238 0.567 0.980 1.417 2.316 0.972 3.274 1.350 1.201 1.286 2.434 0.832 1.778 3.156 1.500 5.931 0.651 1.166 0.435 3.260 0.167 0.389 1.046 3.029 2.096 0.783 1.046 2.229 2.801 2.120 1.677 1.868 0.868 0.921 1.041 1.847 1.636 3.274 0.659 1.813 0.671 3.249 1.022 1.345 3.753 0.836 1.359 1.023 0.733 2.833 3.173 3.466 4.409 4.897 4.487 2.617 1.082 7.176 7.272 2.651 nan nan 11.833 3.325 3.005 3.873 nan 1.498 1.266 2.717 3.614 2.262 1.131 3706 chr14 77461318 77556486 + 0 NA intron (NR_110554, intron 1 of 3) intron (NR_110554, intron 1 of 3) 1510 NR_110554 283575 Hs.651736 NR_110554 ENSG00000246548 LINC02288 - long intergenic non-protein coding RNA 2288 ncRNA 3.254 2.510 2.606 0.914 2.656 4.567 1.266 1.702 2.983 0.997 1.276 1.128 0.830 0.747 4.099 3.136 2.134 0.386 0.748 0.430 2.975 0.932 0.648 0.345 2.809 1.742 1.565 0.312 2.113 0.772 4.207 8.584 4.738 7.557 1.100 1.122 0.671 2.639 0.146 0.938 1.639 1.283 0.589 0.284 0.882 0.986 2.754 1.229 2.160 3.250 0.647 1.774 3.136 0.956 1.791 2.809 0.684 1.539 0.811 4.065 1.514 1.920 1.978 0.316 2.229 0.261 0.189 1.368 1.943 1.308 2.972 3.703 3.256 1.675 0.648 1.725 1.786 0.770 1.253 4.019 nan 2.775 2.269 1.403 2.366 2.105 2.064 0.540 1.258 2.917 nan 10887 chr8 32557242 32575523 + 0 NA intron (NM_001322205, intron 1 of 8) intron (NM_001322205, intron 1 of 8) -12889 NM_001159996 3084 Hs.453951 NM_004495 ENSG00000157168 NRG1 ARIA|GGF|GGF2|HGL|HRG|HRG1|HRGA|MST131|MSTP131|NDF|NRG1-IT2|SMDF neuregulin 1 protein-coding 0.539 0.785 nan 5.450 0.068 0.055 0.595 0.114 0.242 0.261 0.167 0.233 0.020 0.038 0.097 0.140 0.383 0.061 0.157 0.072 0.483 0.086 0.103 0.059 0.299 0.154 0.055 0.565 0.611 0.070 0.024 0.049 0.223 0.096 0.243 0.015 2.183 0.169 0.220 0.026 0.474 0.515 0.362 0.275 0.215 0.095 0.911 0.664 0.071 0.030 0.036 0.140 0.070 0.127 0.059 0.281 0.036 0.011 0.097 0.017 0.305 0.023 0.119 0.150 2.430 2.217 0.268 0.201 0.285 0.465 0.411 0.438 0.271 0.201 0.131 0.114 0.252 0.420 0.222 0.178 0.372 0.167 0.087 0.161 0.073 0.119 0.389 0.540 0.593 0.600 10798 chr8 6670207 6699646 + 0 NA intron (NM_207411, intron 2 of 7) intron (NM_207411, intron 2 of 7) -8150 NR_045217 100652791 Hs.369771 NR_045217 ENSG00000245857 GS1-24F4.2 - uncharacterized LOC100652791 ncRNA 0.642 1.193 1.277 0.259 0.584 1.525 0.067 0.660 1.351 0.091 0.215 0.116 0.023 0.071 0.550 1.137 0.092 0.076 0.011 0.516 0.089 0.747 0.280 1.841 0.110 0.152 0.030 0.381 0.061 0.079 0.324 0.036 0.828 0.025 0.378 0.061 0.419 0.122 0.064 0.210 0.098 0.192 0.130 0.029 0.039 0.062 0.162 0.213 0.046 0.048 0.067 1.137 0.020 0.019 1.841 0.254 0.034 0.062 0.945 2.127 0.078 0.164 0.076 0.329 0.118 0.071 0.710 0.786 0.713 0.934 2.158 2.067 2.703 0.894 0.358 0.419 0.567 0.910 0.935 1.316 nan 1.097 0.319 0.440 0.443 0.541 0.302 0.424 4.337 1.894 10146 chr7 6305754 6336111 + 0 NA Intergenic L1MD2|LINE|L1 -8690 NM_004227 9265 Hs.487479 NM_004227 ENSG00000008256 CYTH3 ARNO3|GRP1|PSCD3|cytohesin-3 cytohesin 3 protein-coding 1.416 1.049 1.195 3.597 0.241 0.244 1.867 0.196 0.367 1.015 1.159 0.918 3.524 0.069 0.557 0.262 1.115 0.425 1.021 0.244 0.847 0.114 0.117 0.256 0.564 2.447 2.181 0.820 2.176 1.113 0.479 nan 1.336 nan 0.950 0.697 0.113 0.518 0.194 0.277 0.217 1.828 2.331 0.989 1.042 1.098 1.718 1.230 1.634 0.834 0.338 1.275 0.262 1.900 1.526 0.564 0.463 1.077 0.130 0.706 0.343 1.192 0.284 0.122 1.028 0.827 0.524 0.768 1.024 0.567 nan 0.688 0.696 nan 0.275 0.926 0.922 0.472 0.828 nan 0.673 0.467 0.313 0.370 0.755 0.491 0.517 0.426 0.714 0.719 0.491 3172 chr13 52527887 52553959 + 0 NA intron (NM_000053, intron 4 of 20) intron (NM_000053, intron 4 of 20) 44707 NM_001330578 540 Hs.492280 NM_000053 ENSG00000123191 ATP7B PWD|WC1|WD|WND ATPase copper transporting beta protein-coding 0.838 nan nan 0.052 0.171 0.079 0.052 0.161 0.228 0.011 0.057 0.046 0.033 0.021 0.969 0.354 0.094 0.086 0.102 0.036 0.017 0.011 0.072 0.057 0.501 0.011 0.017 0.070 0.031 0.008 0.605 5.171 0.047 0.339 0.017 0.051 0.004 0.033 0.067 0.009 0.119 0.169 0.049 0.012 0.013 0.047 0.096 0.119 0.080 0.063 0.094 0.128 0.354 0.123 0.025 0.501 0.084 0.057 0.249 0.040 0.051 0.015 0.056 0.211 0.059 0.035 0.020 0.497 0.344 0.122 0.166 0.731 0.663 nan 0.199 0.157 0.172 0.231 0.346 1.209 0.732 0.511 0.401 0.268 0.400 0.204 0.242 0.479 nan 0.347 0.251 11542 chr9 37461994 37474566 + 0 NA Intergenic MER51A|LTR|ERV1 -2873 NM_014872 9925 Hs.161276 NM_014872 ENSG00000168795 ZBTB5 - zinc finger and BTB domain containing 5 protein-coding 2.423 nan 2.332 0.784 2.103 1.955 3.083 0.854 1.793 1.513 3.589 1.876 1.499 0.444 1.565 2.048 1.402 0.487 2.670 0.996 2.954 1.146 0.918 0.527 1.971 2.944 3.239 2.557 2.238 0.832 2.420 3.430 4.105 4.717 1.375 3.590 0.659 4.080 0.244 1.353 1.416 6.088 5.381 2.012 1.902 2.816 1.930 3.852 4.212 5.062 1.575 2.104 2.048 3.676 2.073 1.971 0.798 1.242 0.285 9.832 0.814 2.962 1.071 0.610 1.992 5.077 4.509 1.438 1.482 3.134 3.965 2.876 2.077 5.238 2.190 3.983 3.830 1.386 1.937 2.351 3.971 2.355 2.303 1.319 2.339 3.057 3.307 2.046 2.482 2.559 1.495 2718 chr12 58118667 58121381 + 0 NA promoter-TSS (NR_027032) promoter-TSS (NR_027032) 1 NR_027032 100130776 Hs.656080 NR_027032 ENSG00000255737 AGAP2-AS1 PUNISHER AGAP2 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.966 3.087 1.453 1.587 1.814 0.421 1.064 2.417 1.168 3.492 3.716 0.160 2.619 2.943 1.560 1.275 0.120 1.046 0.208 1.439 1.923 0.662 2.678 1.876 1.834 2.249 3.080 0.624 1.900 3.926 0.468 4.290 0.596 2.084 0.424 2.394 0.030 1.167 0.890 1.215 1.492 0.996 1.432 1.476 0.565 2.432 5.008 2.960 1.685 1.067 1.560 0.636 19.888 2.678 0.046 0.760 2.042 9.348 3.710 1.630 0.845 0.815 0.196 0.911 0.597 nan 2.008 3.381 3.516 5.286 nan 5.877 1.482 7.519 7.790 2.517 nan 6.080 nan 2.420 3.393 1.531 2.277 3.240 2.940 1.662 2.535 3.755 1.892 9852 chr6 112180987 112196062 + 0 NA intron (NM_002037, intron 1 of 13) AluSq2|SINE|Alu 6131 NM_002037 2534 Hs.390567 NM_002037 ENSG00000010810 FYN SLK|SYN|p59-FYN FYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase protein-coding nan 1.701 nan 1.068 1.942 1.085 0.161 0.811 1.850 0.057 0.328 0.067 0.012 0.151 1.388 3.547 1.011 0.109 0.190 0.063 0.080 0.230 0.696 0.314 2.606 0.043 0.019 0.082 0.191 0.172 0.316 0.424 0.510 4.235 0.125 0.043 0.309 0.224 0.123 0.157 1.173 0.311 0.521 0.355 0.007 0.051 0.986 0.225 0.135 1.062 0.037 0.035 3.547 0.237 0.045 2.606 0.016 0.055 0.905 0.408 0.802 0.026 0.435 0.452 0.161 0.092 0.071 1.215 1.784 1.233 1.929 5.335 nan nan 1.107 0.838 0.799 0.905 nan 0.725 0.774 2.635 2.984 0.604 1.333 1.325 1.354 0.584 nan 1.223 0.714 571 chr1 108190047 108242401 + 0 NA intron (NM_001079874, intron 2 of 9) intron (NM_001079874, intron 2 of 9) 14902 NM_001079874 10451 Hs.267659 NM_006113 ENSG00000134215 VAV3 - vav guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.085 nan nan 1.330 0.135 2.540 0.054 0.204 0.410 0.586 0.064 0.055 0.295 0.059 0.074 0.155 0.666 0.157 0.195 0.094 1.388 0.045 0.057 0.095 0.062 0.677 0.355 0.010 0.085 0.010 0.070 0.179 0.528 1.212 0.550 1.296 0.098 0.049 0.113 0.011 0.043 0.207 0.012 0.007 0.031 0.036 0.245 0.110 0.597 0.028 0.772 1.101 0.155 0.310 0.026 0.062 0.035 0.355 0.086 0.086 0.068 0.344 0.081 0.245 0.150 0.017 0.006 0.284 0.218 0.384 1.012 0.337 nan 4.383 1.417 0.326 0.338 1.926 2.457 nan nan 0.648 0.328 0.191 0.221 0.509 0.516 0.445 nan 0.530 0.482 6331 chr2 118997534 119010014 + 0 NA Intergenic L4|LINE|RTE -59812 NR_144530 100506797 Hs.116176 NR_144530 ENSG00000226856 LOC100506797 - uncharacterized LOC100506797 ncRNA 0.604 nan 0.501 0.462 0.092 0.009 2.179 0.155 0.185 0.016 0.120 0.029 0.015 0.024 0.021 0.113 0.161 0.014 1.074 0.552 0.069 0.022 0.031 0.100 0.058 0.743 0.429 0.006 0.475 2.695 0.580 2.510 1.634 nan 1.329 0.059 0.017 0.053 0.801 0.178 1.145 0.587 1.173 0.782 0.492 0.176 0.065 0.102 0.050 1.603 0.113 0.610 1.232 0.058 0.422 0.186 0.008 0.061 0.024 0.265 0.024 0.042 3.864 0.051 0.037 0.194 0.119 0.158 0.277 0.256 nan 0.144 0.117 0.336 0.335 0.268 0.371 0.190 0.296 0.242 0.150 0.169 0.244 0.040 0.061 0.123 0.213 0.179 0.220 9703 chr6 51212102 51218411 + 0 NA Intergenic Intergenic -271412 NR_125840 101927082 Hs.730296 NR_125840 LOC101927082 - uncharacterized LOC101927082 ncRNA 0.770 1.293 nan 0.035 0.172 0.009 0.270 0.255 0.348 0.074 0.087 0.049 0.226 0.126 0.306 0.082 0.205 0.185 0.022 0.050 0.117 0.580 0.012 0.044 1.657 4.634 1.985 0.509 0.223 0.051 0.060 0.035 0.089 0.351 0.160 0.029 0.012 0.017 0.060 0.061 0.182 0.039 0.100 0.025 0.116 0.306 0.272 0.089 0.580 0.202 1.033 0.037 0.016 0.037 0.095 0.077 0.024 0.018 0.008 0.983 0.716 9.041 7.499 0.379 0.561 0.107 0.161 0.728 0.643 0.188 0.307 0.529 0.390 0.270 0.092 0.390 0.652 0.217 0.386 0.245 0.624 0.219 0.478 1190 chr1 231472373 231475657 + 0 NA promoter-TSS (NM_175876) promoter-TSS (NM_175876) 333 NM_001261462 83932 Hs.554892 NM_032018 ENSG00000010072 SPRTN C1orf124|DVC1|PRO4323|spartan SprT-like N-terminal domain protein-coding 7.127 5.519 5.917 4.962 8.636 2.730 4.180 2.779 6.310 1.592 4.176 3.082 0.620 0.517 2.597 5.352 3.963 0.247 4.265 1.710 2.055 1.460 3.528 1.619 4.701 3.429 2.962 2.909 4.267 2.301 4.137 5.465 3.556 11.148 1.456 3.860 0.778 4.053 0.115 1.287 2.348 4.172 4.335 2.228 4.679 1.705 3.497 3.356 4.818 4.691 3.994 3.236 5.352 5.681 3.656 4.701 2.398 2.159 1.417 4.207 2.344 3.471 1.718 2.000 1.803 3.473 2.139 5.093 5.968 12.996 19.192 11.993 9.353 9.931 5.334 15.309 15.324 4.415 5.250 nan 9.942 6.629 7.512 2.678 5.934 3.974 6.175 7.654 8.492 nan 2.073 5428 chr18 72913064 72944052 + 0 NA intron (NM_001308210, intron 1 of 1) intron (NM_001308210, intron 1 of 1) 5074 NM_001308210 10194 Hs.284217 NM_005786 ENSG00000179981 TSHZ1 CAA|NY-CO-33|SDCCAG33|TSH1 teashirt zinc finger homeobox 1 protein-coding nan nan 1.802 0.760 1.579 0.740 0.926 1.655 2.976 0.250 1.954 1.145 0.204 0.872 1.959 2.610 0.587 0.088 0.243 0.062 0.109 1.253 2.106 1.308 3.190 0.464 0.563 0.487 0.555 0.344 0.721 1.197 0.698 3.957 0.226 0.638 2.152 0.480 0.075 0.263 1.793 0.793 0.498 0.185 0.637 0.472 1.484 0.707 0.959 1.260 0.549 0.651 2.610 0.246 0.493 3.190 0.165 0.168 0.241 1.389 0.838 0.422 3.529 0.398 0.465 0.342 0.326 7.119 8.507 2.910 3.261 3.667 nan 4.426 1.471 2.993 2.926 0.699 0.947 3.409 nan 12.544 14.687 3.525 8.559 6.941 6.564 0.479 0.556 1.799 1.055 6091 chr2 47706178 47717437 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -42869 NR_120602 644093 Hs.734158 NR_120602 ENSG00000235760 HCG2040054 - uncharacterized LOC644093 ncRNA 1.341 nan 1.079 0.211 0.116 0.109 0.763 0.116 0.393 0.309 0.225 0.106 0.016 0.080 0.134 0.110 0.120 0.085 0.669 0.302 0.146 0.074 0.131 0.190 0.096 0.195 0.084 0.046 0.439 0.037 0.100 nan 0.184 0.691 0.078 0.121 0.017 0.183 0.164 0.188 0.092 0.155 0.167 0.118 0.272 0.027 0.377 0.161 0.201 0.192 0.049 0.125 0.110 0.229 0.156 0.096 0.076 0.052 0.042 0.521 0.018 0.281 0.053 3.112 0.293 0.041 0.036 0.330 0.385 0.359 0.417 nan 0.560 0.469 0.144 0.581 0.550 0.558 0.630 0.615 0.629 1.482 0.946 0.170 0.408 0.098 0.085 3.599 8.343 nan 0.333 10874 chr8 29367327 29390479 + 0 NA Intergenic Intergenic -170636 NM_001394 1846 Hs.417962 NM_001394 ENSG00000120875 DUSP4 HVH2|MKP-2|MKP2|TYP dual specificity phosphatase 4 protein-coding nan 0.866 nan 0.246 0.068 0.041 1.645 0.235 0.334 0.214 1.701 1.759 0.003 0.080 0.046 0.252 0.147 0.105 0.601 0.426 0.653 0.012 0.061 0.075 0.233 2.244 1.651 0.016 0.733 1.395 1.045 3.432 0.558 0.609 0.954 1.380 0.012 0.033 0.104 0.378 0.059 1.070 0.445 0.226 0.711 0.451 2.078 0.843 1.576 0.034 3.109 3.638 0.252 0.485 0.188 0.233 0.949 0.445 0.093 0.813 0.175 0.616 0.086 1.390 1.442 0.071 0.057 0.485 0.645 1.152 1.115 nan 0.568 nan 0.319 0.125 0.158 0.298 0.430 0.466 0.402 2.585 2.406 0.254 0.297 0.168 0.200 1.239 3.802 nan nan 6071 chr2 45483081 45497201 + 0 NA Intergenic Intergenic -8061 NR_033831 400952 Hs.468368 NR_033831 ENSG00000205054 LINC01121 UNQ6975 long intergenic non-protein coding RNA 1121 ncRNA 1.050 nan 1.184 0.333 1.169 0.654 0.173 0.294 0.577 0.007 0.127 0.098 0.106 0.494 0.127 0.610 0.404 0.172 0.060 0.013 0.054 0.039 0.359 0.247 1.969 0.179 0.025 0.026 0.095 0.046 0.477 nan 0.730 1.627 0.083 0.091 0.054 0.023 0.117 0.075 0.079 0.176 0.039 0.044 0.092 0.080 0.400 0.142 0.214 0.070 0.709 0.289 0.610 0.263 0.312 1.969 0.095 0.058 0.021 0.197 2.321 0.216 0.042 0.115 0.131 0.012 0.011 0.474 0.594 0.250 0.338 nan 1.060 1.547 0.322 0.448 0.485 0.418 0.700 3.482 3.374 0.504 0.287 0.267 0.433 0.341 0.267 0.342 nan nan 0.774 7200 chr21 37497256 37509500 + 0 NA TTS (NR_038893) TTS (NR_038893) -3885 NM_001236 874 Hs.154510 NM_001236 ENSG00000159231 CBR3 HEL-S-25|SDR21C2|hCBR3 carbonyl reductase 3 protein-coding 2.936 1.194 1.868 0.722 1.114 0.689 1.251 0.585 0.825 0.275 0.431 0.771 0.271 0.099 0.465 1.073 1.369 0.316 0.787 0.293 0.825 0.805 0.472 0.270 1.216 1.187 1.295 0.582 0.795 0.405 0.908 2.598 1.887 2.750 0.617 1.753 0.281 0.626 0.099 0.714 0.155 2.083 0.591 0.350 0.833 0.313 1.920 2.013 1.267 1.944 0.833 2.475 1.073 0.936 2.308 1.216 2.291 1.298 0.099 1.318 0.839 0.421 0.242 0.234 0.635 0.513 0.222 0.580 0.722 1.050 1.732 1.876 1.718 2.235 0.612 1.254 1.332 0.585 0.945 1.208 1.542 1.504 1.460 0.810 0.946 1.685 2.254 0.499 0.747 nan 1.206 1171 chr1 227502555 227507603 + 0 NA 5' UTR (NM_014826, exon 1 of 35) 5' UTR (NM_014826, exon 1 of 35) 747 NM_014826 8476 Hs.35433 NM_003607 ENSG00000143776 CDC42BPA MRCK|MRCKA|PK428 CDC42 binding protein kinase alpha protein-coding 5.574 6.272 6.413 3.987 7.289 5.947 2.391 2.674 4.869 1.587 4.797 3.030 1.431 1.462 3.014 7.584 5.347 0.480 2.934 0.864 2.082 3.020 4.262 1.727 7.637 2.880 3.363 2.379 3.303 2.273 2.869 4.814 1.169 8.638 0.374 4.278 0.670 4.582 0.187 1.347 5.461 4.510 4.326 1.673 2.983 0.625 3.442 3.905 4.499 3.012 5.307 4.114 7.584 2.480 2.786 7.637 1.777 2.082 1.421 4.491 3.193 2.682 1.100 2.893 3.153 6.857 6.822 6.651 8.587 7.572 11.608 11.927 10.500 9.270 3.124 9.599 9.398 2.817 3.331 5.390 7.999 5.649 6.556 1.740 4.114 3.115 3.752 6.899 7.092 2.756 1.231 5715 chr19 43881255 43901559 + 0 NA Intergenic Intergenic -1356 NM_031451 83639 Hs.97978 NM_031451 ENSG00000131126 TEX101 CT131|GTPR867|NYD-SP8|PRO1884|SGRG|SPATA44|TES101RP testis expressed 101 protein-coding 0.661 1.536 1.514 0.149 0.749 0.045 0.157 0.158 0.189 0.033 0.111 0.087 0.003 0.069 0.100 0.152 0.092 0.095 0.713 0.508 0.031 0.737 0.266 1.191 0.167 0.132 0.153 0.068 0.021 0.454 nan 0.438 0.246 0.221 0.046 0.593 0.066 0.083 0.017 0.014 0.218 0.027 0.035 0.033 0.178 0.355 0.172 0.116 0.123 0.062 0.089 0.152 0.968 0.046 1.191 0.138 0.090 0.066 0.084 0.499 0.125 0.116 0.024 0.041 0.006 0.015 1.487 1.251 1.340 1.089 0.242 0.325 5.082 1.125 0.932 0.962 0.220 0.357 0.171 0.190 0.203 0.056 0.587 0.726 2.036 1.954 0.138 0.265 3.584 1.963 4153 chr15 96855337 96907900 + 0 NA 3' UTR (NM_021005, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_021005, exon 3 of 3) 5049 NM_001145157 7026 Hs.347991 NM_021005 ENSG00000185551 NR2F2 ARP1|CHTD4|COUPTF2|COUPTFB|COUPTFII|NF-E3|NR2F1|SVP40|TFCOUP2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 protein-coding nan nan nan 7.984 0.484 0.273 1.949 0.348 0.682 0.340 1.114 2.113 2.751 0.605 1.269 1.053 0.903 0.113 1.371 0.563 2.675 1.143 0.799 0.608 1.969 1.446 1.480 1.342 2.180 1.177 1.468 2.907 1.319 2.289 0.930 2.003 0.114 0.963 0.073 0.842 0.930 2.097 1.591 0.661 1.431 0.709 1.569 12.158 2.550 1.708 2.386 1.893 1.053 0.936 1.322 1.969 1.110 2.095 0.163 1.505 0.331 1.389 0.619 0.202 4.735 4.605 4.360 1.202 1.324 4.300 5.212 1.857 1.681 nan 0.069 1.313 1.356 1.115 1.531 0.758 0.913 nan 2.356 1.110 2.284 0.434 0.343 1.139 nan 0.911 0.601 236 chr1 33113399 33121852 + 0 NA exon (NM_005610, exon 2 of 12) exon (NM_005610, exon 2 of 12) 666 NM_001135256 5928 Hs.16003 NM_005610 ENSG00000162521 RBBP4 NURF55|RBAP48|lin-53 RB binding protein 4, chromatin remodeling factor protein-coding 5.281 nan 4.508 3.426 8.737 3.999 1.931 2.943 4.982 0.860 2.924 2.035 1.321 2.167 3.503 3.818 1.795 0.315 2.294 1.010 2.332 2.132 3.453 1.650 8.631 1.587 2.030 1.533 2.326 1.037 3.132 5.509 2.039 8.961 1.505 2.220 0.667 3.864 0.167 0.838 2.850 4.664 2.294 1.152 1.818 0.853 2.281 2.681 1.663 2.742 1.100 1.596 3.818 3.180 3.215 8.631 1.285 1.159 1.524 2.957 1.790 1.692 1.911 2.341 1.405 2.237 1.789 5.984 4.610 5.735 7.505 9.911 9.728 nan 3.468 10.114 10.843 5.322 6.464 5.305 8.209 nan 6.363 5.281 6.829 3.071 4.375 7.535 6.376 3.112 nan 706 chr1 151224302 151233882 + 0 NA intron (NM_001330692, intron 1 of 9) AluSq|SINE|Alu 1895 NM_002810 5710 Hs.505059 NM_002810 ENSG00000159352 PSMD4 AF|AF-1|ASF|MCB1|Rpn10|S5A|pUB-R5 proteasome 26S subunit, non-ATPase 4 protein-coding nan nan 2.298 1.076 1.041 0.434 1.415 0.486 0.993 0.430 1.400 0.875 0.575 0.388 0.991 0.934 0.857 0.186 1.661 0.831 1.245 0.492 1.032 0.657 0.924 0.873 0.925 0.510 1.020 0.526 8.268 10.612 1.072 4.252 0.869 1.857 0.247 0.997 0.186 0.879 0.381 1.606 1.103 0.489 1.107 0.456 1.198 0.730 1.188 1.645 2.786 3.018 0.934 1.943 1.011 0.924 0.842 1.440 0.355 2.048 1.047 1.434 0.585 0.648 0.222 0.307 0.265 1.803 1.483 1.982 3.541 2.080 nan 3.416 1.010 3.841 4.082 1.478 1.864 2.407 3.527 1.766 1.325 1.883 2.647 1.749 2.516 2.461 2.554 1.437 0.736 4550 chr17 3779599 3799030 + 0 NA intron (NM_172207, intron 1 of 15) intron (NM_172207, intron 1 of 15) 4723 NM_172206 84254 Hs.8417 NM_032294 ENSG00000004660 CAMKK1 CAMKKA calcium/calmodulin dependent protein kinase kinase 1 protein-coding 2.910 0.825 1.507 0.495 1.283 1.641 0.747 0.841 1.636 0.114 1.436 1.141 0.054 0.767 1.158 1.331 0.109 0.091 1.252 0.606 0.065 0.092 0.110 0.084 1.160 0.819 0.949 0.234 0.687 0.191 1.397 4.672 0.618 1.205 0.474 4.438 0.083 0.373 0.098 0.519 0.266 1.142 0.174 0.152 0.653 0.450 0.952 0.842 1.554 0.748 0.230 1.401 1.331 1.923 0.964 1.160 0.580 0.245 1.783 1.030 2.945 0.522 0.503 2.167 0.214 0.113 0.037 2.903 4.057 0.533 0.728 0.954 0.772 1.838 0.516 1.072 1.104 2.070 3.450 6.290 9.548 5.162 5.452 0.700 0.970 0.847 0.780 4.162 8.259 0.637 0.435 10960 chr8 54643119 54648869 + 0 NA intron (NM_015941, intron 13 of 13) HERVE_a-int|LTR|ERV1 109608 NM_213620 51606 Hs.491737 NM_015941 ENSG00000047249 ATP6V1H CGI-11|MSTP042|NBP1|SFD|SFDalpha|SFDbeta|VMA13 ATPase H+ transporting V1 subunit H protein-coding 2.255 nan 5.443 4.485 0.611 0.471 1.673 0.167 0.217 0.531 0.133 0.708 0.335 0.086 0.194 0.335 0.462 0.083 2.678 1.347 0.089 0.024 0.219 0.139 1.039 0.192 0.101 0.013 2.366 0.770 1.676 4.197 1.022 3.151 4.170 0.050 0.499 0.048 0.133 0.329 1.849 0.144 0.220 0.217 0.723 0.697 0.939 0.086 0.197 0.219 0.069 0.226 0.335 3.493 0.575 1.039 1.195 0.659 0.050 0.100 1.095 0.010 1.013 0.233 0.010 0.018 0.476 0.455 0.563 1.058 1.211 1.371 0.269 0.073 0.161 0.203 0.352 nan 3.017 5.329 1.243 1.673 0.111 0.199 1.229 0.728 1.620 4.159 0.804 0.715 1608 chr10 99640023 99650478 + 0 NA intron (NM_001206528, intron 11 of 14) intron (NM_001206528, intron 11 of 14) 35255 NM_001010917 401647 Hs.567524 NM_001010917 ENSG00000155265 GOLGA7B C10orf132|C10orf133|bA451M19.3|bA459F3.4 golgin A7 family member B protein-coding 0.685 0.650 0.582 0.461 0.147 0.101 2.375 0.725 1.557 0.037 1.686 2.530 0.018 0.009 1.798 1.048 0.816 0.099 1.675 2.082 0.048 0.027 0.091 0.079 0.248 1.449 1.185 0.336 1.716 2.419 0.749 2.696 0.972 2.517 1.103 0.584 0.201 0.052 0.084 0.508 0.040 5.823 0.265 0.158 2.434 1.184 0.736 2.546 0.818 0.122 0.061 1.005 1.048 1.129 0.449 0.248 0.541 0.417 0.371 0.172 0.281 0.783 0.067 0.059 1.190 0.077 0.070 0.458 0.699 0.211 0.590 0.416 0.448 0.805 0.389 0.106 0.089 0.362 0.793 nan 3.198 0.230 0.152 0.166 0.229 0.804 0.847 0.261 0.477 0.334 0.291 10350 chr7 47662136 47694311 + 0 NA Intergenic Intergenic -16619 NM_001123065 401335 Hs.520816 NM_001123065 C7orf65 - chromosome 7 open reading frame 65 protein-coding 1.345 0.870 nan 0.614 0.197 0.038 0.688 0.060 0.171 0.123 3.214 1.082 0.040 0.059 0.058 0.317 1.582 0.429 0.286 0.083 0.690 0.047 0.326 0.213 0.925 0.697 0.233 0.400 0.258 0.153 0.208 0.858 0.322 0.674 0.343 0.922 0.106 2.759 0.192 0.140 0.034 2.288 0.231 0.121 0.223 0.164 1.237 0.689 2.527 0.097 0.179 0.671 0.317 0.258 0.411 0.925 0.141 0.250 0.328 0.808 0.168 0.459 0.099 0.085 1.889 0.034 0.013 0.438 0.334 0.505 2.010 1.008 1.074 1.393 0.381 0.151 0.143 0.138 0.274 0.962 1.057 0.319 0.186 0.143 0.218 0.395 0.282 0.136 0.195 0.792 0.701 2474 chr12 10823500 10828340 + 0 NA intron (NM_018423, intron 1 of 10) AluSx1|SINE|Alu 971 NM_018423 55359 Hs.24979 NM_018423 ENSG00000060140 STYK1 NOK|SuRTK106 serine/threonine/tyrosine kinase 1 protein-coding 0.639 2.966 0.623 2.097 3.757 0.653 0.645 0.145 0.154 0.751 1.175 1.123 0.535 0.412 0.700 0.133 0.139 0.066 1.621 0.473 0.958 0.431 1.841 1.089 0.247 0.672 0.761 0.257 1.685 1.065 1.129 2.744 1.142 4.439 0.302 0.313 0.225 0.122 0.074 1.602 0.373 0.177 0.957 0.543 1.233 1.547 0.488 1.296 0.310 0.670 0.133 2.057 0.497 0.247 0.377 0.481 0.060 2.552 0.673 0.146 0.287 0.205 0.188 0.020 0.204 0.188 0.186 0.268 nan 1.632 14.146 4.247 9.422 9.837 0.201 0.249 3.526 5.702 0.411 0.172 0.705 1.206 0.206 0.155 0.335 0.738 1.628 0.882 3232 chr13 80808562 80825456 + 0 NA Intergenic Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger 96785 NM_001318538 10253 Hs.18676 NM_005842 ENSG00000136158 SPRY2 IGAN3|hSPRY2 sprouty RTK signaling antagonist 2 protein-coding nan nan 0.603 0.217 0.177 0.029 1.030 0.172 0.409 0.345 0.084 0.241 1.189 0.154 0.071 0.490 0.307 0.085 0.662 0.281 0.074 1.609 0.083 0.093 0.233 0.106 0.034 0.013 0.695 0.964 1.708 4.876 4.469 0.449 0.490 0.060 0.017 0.090 0.073 0.076 0.240 0.207 0.054 0.023 0.845 1.168 0.295 0.112 0.092 0.164 0.106 0.070 0.490 0.801 0.049 0.233 0.101 0.700 0.012 0.110 0.091 0.098 0.088 0.036 0.172 0.312 0.537 0.464 0.351 0.347 1.003 0.398 0.527 0.260 0.153 0.086 0.090 0.054 0.097 0.308 0.305 0.286 0.104 0.230 0.357 0.030 0.060 0.186 0.262 0.133 0.140 7923 chr3 152177449 152182002 + 0 NA intron (NM_021038, intron 9 of 9) intron (NM_021038, intron 9 of 9) -120946 NR_132656 645843 Hs.632562 NM_001123228 ENSG00000221962 TMEM14EP TMEM14E transmembrane protein 14E, pseudogene pseudo nan 1.005 0.851 0.252 0.217 0.025 0.087 0.140 0.635 0.021 0.033 0.020 0.040 0.045 0.175 0.198 0.333 0.213 0.116 0.041 0.056 0.277 0.365 0.116 0.064 0.133 0.045 0.104 0.141 0.155 0.220 0.142 0.046 0.072 0.132 0.026 0.175 0.060 0.024 0.050 0.088 0.022 0.089 0.218 0.058 0.198 0.078 0.161 0.116 0.080 0.036 0.038 0.058 0.069 1.458 0.128 0.083 0.013 2.912 2.906 3.360 1.405 0.435 0.515 0.461 0.308 0.348 0.361 0.786 nan 0.360 0.372 0.787 0.338 8.687 7.313 0.082 0.102 0.287 0.818 0.988 0.546 10864 chr8 27471429 27511161 + 0 NA promoter-TSS (NM_016240) promoter-TSS (NM_016240) -282 NM_182826 51435 Hs.128856 NM_016240 ENSG00000168077 SCARA3 APC7|CSR|CSR1|MSLR1|MSRL1 scavenger receptor class A member 3 protein-coding nan 0.977 nan 0.334 0.112 0.035 0.350 0.089 0.194 0.154 0.268 0.882 0.794 0.090 0.059 0.522 0.087 0.077 0.032 0.014 0.321 0.038 0.039 0.090 0.069 0.917 0.690 0.296 0.082 0.026 0.116 0.375 0.075 0.217 0.163 0.804 0.032 0.415 0.103 0.086 0.024 0.282 0.102 0.096 0.093 0.052 0.177 0.331 1.889 0.297 0.138 0.315 0.522 0.135 0.278 0.069 0.164 0.725 0.073 0.509 0.125 0.201 0.039 2.771 0.159 0.335 0.252 0.396 0.402 0.223 0.341 nan 0.527 nan 0.397 0.172 0.195 0.289 0.477 0.224 0.261 1.155 0.686 0.231 0.279 0.200 0.521 1.321 3.925 nan nan 1438 chr10 35735167 35760286 + 0 NA intron (NM_001282853, intron 2 of 10) intron (NM_001282853, intron 2 of 10) 121924 NM_001282853 219771 Hs.14745 NM_145012 ENSG00000108100 CCNY C10orf9|CBCP1|CCNX|CFP1 cyclin Y protein-coding 0.914 1.759 1.250 0.382 0.132 0.190 0.486 0.743 1.350 0.411 0.930 1.073 0.313 0.008 0.123 0.648 0.635 0.225 0.327 0.068 0.096 0.033 0.389 0.184 0.360 0.560 0.356 0.265 0.054 0.110 0.214 0.657 0.348 0.665 0.099 0.339 0.219 0.099 0.090 0.127 0.281 0.117 0.580 0.297 0.273 0.146 0.210 0.136 0.739 0.085 0.046 0.646 0.648 0.370 0.074 0.360 0.743 0.089 0.134 0.117 0.150 0.333 0.048 0.255 0.592 0.101 0.020 0.717 0.793 0.628 nan 0.661 0.692 3.541 1.419 0.458 0.454 0.600 0.807 0.457 0.654 0.722 0.734 0.146 0.228 0.882 0.914 0.347 0.899 1.088 0.648 1903 chr11 35638110 35653444 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR 6042 NM_014344 24147 Hs.39384 NM_014344 ENSG00000179431 FJX1 - four jointed box 1 protein-coding 0.915 1.405 nan 2.933 1.024 0.054 2.085 0.712 1.125 1.171 1.564 1.306 0.181 0.490 0.081 1.660 0.887 0.136 1.170 0.407 1.447 0.597 1.043 0.561 4.937 1.571 1.523 1.296 2.540 1.537 1.238 0.895 1.499 1.522 0.406 1.474 0.884 0.418 0.097 0.946 0.468 10.061 5.217 2.547 0.997 1.081 1.500 3.518 0.849 2.607 0.665 0.722 1.660 2.406 5.643 4.937 0.601 0.565 0.808 2.435 0.391 1.025 0.502 0.774 3.031 1.720 1.172 3.021 3.486 3.489 8.726 5.033 4.083 2.816 0.857 2.765 2.795 1.673 2.882 0.520 1.114 1.011 1.349 0.627 1.572 3.585 2.394 1.636 nan 1.480 1.100 6957 chr20 35461603 35477377 + 0 NA intron (NM_080627, intron 1 of 14) AluSz|SINE|Alu 18786 NM_199181 140710 Hs.460807 NM_080627 ENSG00000149639 SOGA1 C20orf117|KIAA0889|SOGA suppressor of glucose, autophagy associated 1 protein-coding 2.407 2.745 2.134 0.969 0.770 0.644 1.072 0.627 1.380 1.184 0.823 1.061 0.291 0.274 0.703 1.125 0.645 0.411 0.757 0.456 1.218 0.140 0.677 0.399 1.080 0.508 0.394 0.720 0.484 0.322 0.234 nan 0.434 3.540 0.436 1.090 0.588 0.916 0.130 0.472 0.156 0.859 0.283 0.153 0.401 0.389 0.501 0.906 1.786 1.403 0.618 0.865 1.125 1.139 0.935 1.080 0.418 0.587 0.665 2.288 0.404 0.931 0.363 1.539 0.956 0.526 0.373 2.003 2.779 1.022 1.577 0.947 nan 6.492 2.134 1.111 0.930 1.471 2.003 1.273 1.557 1.631 1.709 0.471 0.840 2.321 3.502 1.952 nan 1.076 0.622 4766 chr17 39253528 39262819 + 0 NA intron (NM_001322457, intron 1 of 1) intron (NM_001322457, intron 1 of 1) -3468 NM_001146041 100132386 Hs.307018 NM_001146041 ENSG00000212722 KRTAP4-9 KAP4.9 keratin associated protein 4-9 protein-coding nan 0.853 1.350 1.964 0.010 0.126 1.583 0.212 0.458 0.205 0.147 0.040 0.087 0.026 0.057 0.098 0.073 0.071 1.459 0.823 0.166 0.084 0.121 0.351 1.452 1.009 0.184 2.447 2.405 0.123 0.431 0.997 0.317 0.485 0.125 0.010 0.047 0.074 1.349 0.162 3.616 4.298 2.507 2.521 2.713 0.832 0.492 0.362 0.160 0.171 0.093 0.098 1.371 0.210 0.351 0.131 0.968 0.062 0.832 0.066 0.180 0.020 0.013 0.262 2.578 2.200 0.344 0.182 0.529 1.221 nan 0.622 0.688 0.124 0.326 0.345 0.085 0.196 0.590 1.512 nan 0.128 0.196 0.167 0.112 0.225 0.100 0.221 0.832 0.836 9585 chr6 34103622 34122790 + 0 NA intron (NM_000841, intron 1 of 10) CpG 708 NM_001256811 2914 Hs.429018 NM_000841 ENSG00000124493 GRM4 GPRC1D|MGLUR4|mGlu4 glutamate metabotropic receptor 4 protein-coding nan 1.424 nan 0.064 0.458 0.790 0.145 0.486 1.023 0.025 0.089 0.053 0.025 0.152 1.108 0.724 0.098 0.096 0.066 0.025 0.052 0.036 0.284 0.188 1.319 0.094 0.027 0.073 0.063 0.022 0.229 0.441 0.193 1.405 0.014 0.049 0.231 0.313 0.098 0.026 0.601 0.173 0.049 0.064 0.011 0.040 0.106 0.232 0.140 0.224 0.098 0.048 0.724 0.100 0.050 1.319 0.032 0.138 0.384 0.778 0.053 0.055 0.304 0.610 0.012 0.024 0.008 0.640 1.161 0.420 nan nan 1.432 1.287 0.393 0.286 0.278 0.423 0.718 1.930 2.567 3.617 3.999 0.797 0.760 1.017 0.829 1.117 2.395 0.643 0.469 7045 chr20 50350625 50386727 + 0 NA intron (NM_006045, intron 1 of 27) L2b|LINE|L2 16274 NM_006045 10079 Hs.649234 NM_006045 ENSG00000054793 ATP9A ATPIIA ATPase phospholipid transporting 9A (putative) protein-coding 1.559 1.505 1.284 2.199 0.475 0.713 2.087 0.636 1.251 0.581 0.519 1.739 0.158 0.366 0.559 0.475 0.632 0.316 1.385 0.856 2.102 0.446 0.881 0.371 1.061 1.197 0.869 0.468 1.356 1.335 2.561 5.960 1.552 1.741 1.260 1.346 0.539 1.600 0.131 0.777 0.481 1.695 1.224 0.667 0.946 1.832 1.386 1.101 3.099 0.806 0.909 1.500 0.475 2.036 2.034 1.061 0.814 2.018 0.515 1.123 0.509 1.175 0.271 0.151 0.541 0.483 0.564 1.074 nan 0.704 1.136 1.364 1.344 2.682 1.201 2.016 2.027 1.032 1.403 1.410 2.596 1.162 1.014 0.690 0.956 1.573 1.896 0.555 0.881 1.215 0.908 7063 chr20 55202874 55217935 + 0 NA intron (NM_003222, intron 5 of 6) intron (NM_003222, intron 5 of 6) 6046 NM_003222 7022 Hs.473152 NM_003222 ENSG00000087510 TFAP2C AP2-GAMMA|ERF1|TFAP2G|hAP-2g transcription factor AP-2 gamma protein-coding 2.513 2.594 6.377 0.565 0.047 0.254 0.725 0.042 0.154 1.331 0.105 0.061 0.668 0.042 0.378 0.086 0.054 0.128 0.373 0.063 3.231 0.044 0.020 0.060 0.048 0.473 0.412 0.851 1.682 0.343 1.470 2.773 2.957 2.298 0.698 0.463 0.013 0.345 0.112 0.455 0.063 1.182 0.430 0.254 0.746 0.693 1.957 0.171 2.378 0.080 3.227 2.192 0.086 0.575 0.765 0.048 0.365 2.906 0.168 5.126 0.034 0.829 0.670 0.033 0.752 0.271 0.256 1.259 nan 1.780 2.145 0.163 0.163 0.094 0.081 0.459 0.494 0.138 0.197 0.106 0.139 0.685 0.594 1.399 3.352 0.084 0.060 0.137 0.183 0.164 0.277 7504 chr3 8773237 8786126 + 0 NA intron (NM_033337, intron 1 of 1) (TC)n|Simple_repeat|Simple_repeat 4195 NM_001234 859 Hs.98303 NM_001234 ENSG00000182533 CAV3 LGMD1C|LQT9|VIP-21|VIP21 caveolin 3 protein-coding 0.687 0.572 0.736 0.357 0.061 0.026 3.980 0.012 0.109 0.785 1.292 0.554 0.081 0.038 0.069 0.149 0.196 0.078 0.686 0.677 0.097 0.021 0.036 0.044 0.028 1.400 0.917 0.172 2.323 2.517 0.269 1.647 0.154 0.288 1.302 0.079 0.022 0.050 0.076 0.512 0.062 2.645 1.179 0.671 1.008 1.773 0.440 0.691 0.415 0.160 0.068 0.466 0.149 1.483 2.066 0.028 0.171 0.336 0.052 0.103 0.094 1.179 0.023 0.163 3.226 0.112 0.040 0.195 0.146 0.313 0.727 0.307 0.270 0.163 0.042 0.367 0.292 0.057 0.204 0.257 0.359 0.447 0.315 0.245 0.158 0.065 0.051 0.222 0.553 0.533 0.405 8944 chr5 59123116 59172028 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 4 of 17) MLT1E|LTR|ERVL-MaLR 42049 NM_001104631 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 1.327 0.075 0.056 0.032 0.045 0.123 0.273 0.008 0.086 0.834 0.020 0.051 0.111 0.144 0.597 0.108 0.082 0.027 0.034 0.061 0.075 0.044 0.037 0.023 0.030 0.084 0.026 0.063 0.074 0.062 0.253 0.033 0.310 0.078 0.051 0.110 0.034 0.036 0.116 0.053 0.050 0.025 0.028 0.092 0.074 0.100 0.020 0.037 0.056 0.144 0.043 0.025 0.044 0.056 0.022 0.008 0.046 0.039 0.084 0.024 0.164 0.033 0.031 0.009 0.209 0.128 0.379 0.422 0.213 0.295 nan 0.125 0.111 0.140 4.189 4.434 0.462 0.299 nan 0.178 0.069 0.106 0.161 0.335 0.225 0.487 0.296 0.329 11598 chr9 80199417 80210124 + 0 NA intron (NM_004297, intron 1 of 6) intron (NM_004297, intron 1 of 6) 58462 NM_004297 9630 Hs.657795 NM_004297 ENSG00000156049 GNA14 - G protein subunit alpha 14 protein-coding 0.573 3.168 0.681 0.055 3.143 0.179 5.020 1.221 2.431 0.071 0.197 0.189 0.366 0.302 0.260 0.882 0.237 0.090 2.041 1.497 0.053 0.013 0.411 0.201 1.810 2.538 1.963 0.048 1.598 0.570 1.306 7.183 1.438 1.558 1.574 0.271 0.035 0.010 0.096 0.794 0.045 0.264 0.135 0.123 1.882 1.547 0.855 0.439 0.473 0.034 0.743 1.536 0.882 2.562 3.984 1.810 0.779 1.595 0.029 0.038 0.330 0.945 0.046 0.035 0.028 0.011 0.015 0.287 0.115 0.293 0.547 0.768 0.725 0.385 0.200 0.134 0.118 0.102 0.146 2.521 5.957 0.173 0.117 0.153 0.197 0.546 0.362 0.256 0.553 0.872 0.896 11007 chr8 63904472 63908563 + 0 NA intron (NR_130764, intron 6 of 6) intron (NR_130764, intron 6 of 6) 16097 NR_027378 643763 Hs.491856 NM_001039769 ENSG00000274956 UG0898H09 - uncharacterized LOC643763 ncRNA 1.234 0.782 1.243 0.052 0.086 0.163 0.020 0.195 0.147 0.047 0.093 0.090 0.025 0.057 0.154 0.043 0.022 0.092 0.030 0.301 0.075 0.080 0.058 0.018 0.089 0.026 0.109 0.158 0.035 0.318 0.025 0.118 0.109 0.057 0.020 0.090 0.015 0.018 0.053 0.026 0.146 0.139 0.070 0.019 0.078 0.154 0.092 0.023 0.058 0.038 4.604 0.045 0.020 0.050 0.215 0.013 0.249 0.131 0.456 0.496 0.584 0.825 0.207 0.182 0.033 0.062 0.448 nan 0.061 0.144 nan 0.558 0.135 0.301 0.363 0.500 0.168 0.188 0.680 0.758 6276 chr2 100935686 100940633 + 0 NA exon (NM_198461, exon 1 of 12) exon (NM_198461, exon 1 of 12) 1036 NM_198461 164832 Hs.21380 NM_198461 ENSG00000170500 LONRF2 RNF192 LON peptidase N-terminal domain and ring finger 2 protein-coding 1.177 nan 4.894 0.059 1.333 2.012 0.028 0.985 2.127 0.019 0.176 0.281 0.250 1.250 2.507 3.271 0.104 0.064 0.149 0.038 0.190 0.029 2.494 1.259 7.935 0.492 0.413 1.716 2.227 0.086 1.359 2.120 1.473 12.988 0.578 0.038 0.461 0.105 0.141 2.749 0.800 0.415 0.441 0.266 0.062 0.077 0.045 3.702 0.028 1.196 0.298 3.271 0.346 0.942 7.935 0.493 0.434 0.316 6.054 0.541 0.016 0.663 0.050 0.078 0.268 0.379 1.501 2.204 0.818 1.113 16.793 15.356 7.998 3.390 5.744 5.930 0.113 0.249 4.008 5.793 1.767 2.716 1.534 3.142 1.221 0.458 0.114 0.101 2.215 1.545 2776 chr12 69444477 69471273 + 0 NA Intergenic MLT1A|LTR|ERVL-MaLR -100855 NM_001874 1368 Hs.654387 NM_001874 ENSG00000135678 CPM - carboxypeptidase M protein-coding 0.575 0.693 0.514 1.266 0.230 0.031 1.201 0.225 0.412 0.183 0.341 0.784 0.090 0.655 0.273 0.407 0.423 0.132 0.899 0.742 0.671 0.016 0.135 0.126 0.192 2.533 1.926 0.151 1.472 1.117 0.242 0.681 0.485 0.547 0.875 0.111 0.018 0.068 0.084 0.957 0.091 1.148 0.611 0.457 1.599 1.211 0.309 2.710 0.194 1.727 1.147 1.720 0.407 0.489 0.421 0.192 0.729 0.307 0.036 0.816 0.197 0.586 0.081 0.051 0.326 1.193 1.293 0.351 0.220 4.410 12.161 0.474 nan 0.152 0.073 0.402 0.431 0.238 0.402 0.920 0.922 0.534 0.390 0.165 0.229 0.058 0.117 0.279 0.516 0.849 0.729 6410 chr2 145887777 145938832 + 0 NA Intergenic Intergenic 487770 NR_033870 401014 Hs.742290 NR_033870 ENSG00000226674 TEX41 DKFZp686O1327|LINC00953 testis expressed 41 (non-protein coding) ncRNA 6.605 nan 6.252 0.131 0.102 0.049 0.053 0.135 0.251 0.014 0.115 0.241 0.010 0.129 0.030 0.438 0.468 0.069 0.089 0.026 0.074 0.304 0.067 0.095 0.155 0.004 0.010 0.012 0.061 0.035 0.060 0.060 0.073 0.295 0.038 0.135 2.829 0.027 0.079 0.018 0.050 0.041 0.019 0.015 0.030 0.015 0.091 0.085 0.088 0.039 0.009 0.035 0.438 0.029 0.038 0.155 0.045 0.016 0.064 0.022 0.022 0.019 0.043 0.082 0.056 0.009 0.008 0.434 0.229 0.329 0.445 0.248 0.265 0.158 0.079 0.357 0.304 0.314 0.444 0.364 0.343 0.424 0.202 0.132 0.213 16.463 22.458 0.296 0.522 0.298 0.268 9405 chr6 4351594 4360294 + 0 NA Intergenic Intergenic -72292 NR_106988 0.918 1.049 0.743 0.729 0.172 0.019 2.912 0.148 0.264 0.550 2.249 3.455 0.033 0.068 0.084 0.962 1.654 0.165 2.575 1.695 1.558 0.032 0.054 0.087 0.178 3.918 3.152 0.616 2.398 2.028 2.460 5.764 2.672 0.156 2.575 5.614 0.055 0.037 0.107 1.385 0.063 6.112 2.429 1.244 1.526 1.509 1.291 5.535 1.916 2.725 1.740 2.447 0.962 4.905 6.332 0.178 1.017 2.055 0.157 2.361 1.003 1.688 0.011 0.029 2.973 0.669 0.598 0.346 0.222 0.432 1.156 0.290 0.437 0.412 0.121 0.871 0.988 0.580 0.978 0.951 1.466 0.437 0.156 0.219 0.282 0.256 0.608 0.114 0.241 0.787 0.609 4443 chr16 72938957 73106533 + 0 NA intron (NM_006885, intron 1 of 9) intron (NM_006885, intron 1 of 9) 59529 NM_006885 463 Hs.598297 NM_006885 ENSG00000140836 ZFHX3 ATBF1|ATBT|ZNF927 zinc finger homeobox 3 protein-coding 0.840 1.451 nan 0.552 1.414 0.543 0.915 0.551 1.109 0.296 1.178 1.141 0.198 1.036 0.581 0.795 0.810 0.154 0.849 0.304 1.555 0.376 0.389 0.266 1.156 1.085 0.877 0.374 0.723 0.192 1.001 2.018 0.837 1.773 0.465 1.016 0.048 0.369 0.080 0.304 0.194 1.372 1.179 0.526 0.337 0.302 0.906 0.780 1.184 0.446 0.519 1.017 0.795 1.163 1.353 1.156 0.380 0.690 0.158 0.335 1.089 0.428 0.704 0.195 0.349 0.603 0.559 2.438 2.776 5.297 7.071 1.319 1.226 0.698 0.224 3.952 4.060 0.827 1.252 1.675 2.375 1.455 1.096 0.929 1.635 0.309 0.394 0.375 0.615 1.338 0.854 7747 chr3 112516950 112523246 + 0 NA Intergenic Intergenic -1227 NR_149027 100129297 Hs.570655 NR_149026 LOC100129297 - uncharacterized LOC100129297 ncRNA 1.063 nan 0.759 1.111 0.124 0.017 1.242 0.344 0.407 0.063 0.390 0.553 0.108 0.031 0.061 0.123 0.596 0.071 3.603 1.077 0.027 0.022 0.126 0.184 0.542 0.440 0.092 2.292 1.494 1.358 3.944 2.942 0.495 0.977 0.033 0.015 0.017 0.097 0.038 0.118 0.057 0.061 4.982 1.307 1.195 0.128 0.218 0.058 0.038 1.185 0.123 1.485 0.051 0.542 0.524 0.770 0.109 0.066 0.097 0.225 0.079 0.142 0.047 0.016 0.564 0.641 1.975 1.089 0.288 nan 0.923 0.424 0.479 0.446 nan 0.304 0.490 0.459 0.532 0.352 0.075 0.154 0.140 0.104 0.261 0.516 0.508 0.684 4759 chr17 38593934 38620440 + 0 NA intron (NM_001552, intron 1 of 3) intron (NM_001552, intron 1 of 3) 7511 NM_001552 3487 Hs.462998 NM_001552 ENSG00000141753 IGFBP4 BP-4|HT29-IGFBP|IBP4|IGFBP-4 insulin like growth factor binding protein 4 protein-coding nan 0.971 1.000 1.451 0.099 0.497 0.586 0.333 0.541 0.163 2.796 0.361 0.016 0.045 0.176 0.294 1.687 0.288 0.504 0.222 2.034 0.047 0.136 0.146 0.402 1.380 1.406 0.167 1.487 0.674 0.668 1.731 0.559 0.607 0.144 0.747 0.039 0.314 0.082 0.758 0.138 1.360 0.676 0.343 0.961 0.191 0.330 0.724 4.483 0.258 1.560 1.362 0.294 0.402 0.669 0.402 0.475 0.527 0.081 0.861 0.191 0.216 0.448 0.234 0.606 0.133 0.091 0.430 0.478 0.368 0.558 nan 0.767 0.955 0.441 0.679 0.735 1.052 1.615 0.570 0.723 nan 0.514 0.632 0.964 0.260 0.268 0.496 0.992 0.421 0.407 9522 chr6 26247210 26257860 + 0 NA TTS (NM_003524) TTS (NM_003524) 656 NM_003524 8345 Hs.247815 NM_003524 ENSG00000275713 HIST1H2BH H2B/j|H2BFJ histone cluster 1 H2B family member h protein-coding 3.589 1.149 nan 3.531 5.135 1.789 0.087 2.154 3.665 1.233 3.510 0.211 2.436 0.028 4.155 1.595 1.102 0.203 0.100 0.053 0.066 1.196 0.649 0.430 3.600 0.137 0.081 0.048 1.784 0.552 0.045 0.138 1.443 nan 0.014 3.439 0.954 5.788 0.202 0.299 1.459 2.897 0.048 0.037 1.180 0.863 0.080 0.620 0.900 3.092 0.763 0.298 1.595 0.179 0.294 3.600 0.069 0.078 0.906 3.862 1.156 3.519 1.593 0.127 0.564 1.199 0.855 7.411 9.488 0.511 nan 8.918 5.517 10.351 3.875 11.756 11.850 0.252 0.372 3.892 5.311 1.278 0.818 1.228 2.921 5.852 6.531 0.240 0.370 2.551 1.538 1728 chr10 134476897 134485181 + 0 NA intron (NM_005539, intron 4 of 15) intron (NM_005539, intron 4 of 15) -13740 NM_001321042 3632 Hs.523360 NM_005539 ENSG00000068383 INPP5A 5PTASE inositol polyphosphate-5-phosphatase A protein-coding 0.316 0.583 0.740 0.268 0.010 0.494 5.019 0.116 0.280 0.011 0.748 2.804 0.008 0.012 0.318 0.171 0.073 0.016 2.537 1.212 0.053 0.067 0.094 0.020 0.140 3.270 3.625 0.085 2.681 1.843 3.070 8.577 0.716 0.260 1.464 0.038 0.012 0.079 0.051 1.436 0.057 1.653 0.729 0.406 2.112 0.648 0.105 0.217 0.361 2.175 0.104 1.644 0.171 2.618 7.443 0.140 1.211 0.479 0.069 0.500 0.221 1.318 0.072 2.397 0.061 0.024 0.277 0.272 0.194 0.213 0.311 0.363 0.075 0.022 0.111 0.186 0.093 0.218 0.145 0.141 0.087 0.059 0.230 0.216 0.051 0.069 0.075 0.099 0.194 0.107 9232 chr5 143291144 143305547 + 0 NA Intergenic Intergenic 106619 NM_021182 57824 Hs.158320 NM_021182 ENSG00000158497 HMHB1 HB-1|HB-1Y|HLA-HB1 histocompatibility minor HB-1 protein-coding nan 0.743 0.577 1.619 0.061 0.043 1.841 0.101 0.179 0.835 0.365 0.363 0.030 0.020 0.099 0.045 0.484 0.112 0.948 0.806 0.572 0.019 0.098 0.114 0.149 1.750 1.292 0.203 1.001 0.970 0.441 1.212 0.499 0.401 1.557 0.269 0.033 0.080 0.148 1.137 0.046 2.480 1.298 0.593 2.929 1.030 0.663 2.365 0.175 0.158 0.071 0.840 0.045 0.307 1.240 0.149 0.376 0.185 0.041 0.154 0.070 1.657 0.041 0.077 1.186 0.188 0.098 0.224 0.116 0.180 0.252 0.257 0.313 0.167 0.112 0.148 0.134 0.396 0.689 0.348 0.292 0.380 0.098 0.096 0.189 0.128 0.138 0.187 0.412 0.449 0.405 3763 chr14 91816521 91872794 + 0 NA intron (NM_001080414, intron 3 of 29) intron (NM_001080414, intron 3 of 29) 39531 NM_001080414 440193 Hs.525536 NM_001080414 ENSG00000015133 CCDC88C DAPLE|HKRP2|KIAA1509|SCA40 coiled-coil domain containing 88C protein-coding 1.618 1.413 nan 0.407 1.864 3.026 0.326 0.406 0.828 0.015 0.187 0.312 0.183 0.395 2.107 0.852 0.149 0.119 0.160 0.060 0.087 0.037 1.295 0.816 1.972 0.666 0.313 0.061 0.146 0.123 0.321 1.770 0.692 1.749 0.332 0.355 0.278 0.094 0.101 0.082 1.884 0.107 0.090 0.074 0.204 0.153 0.280 0.236 0.177 0.300 0.040 0.222 0.852 0.420 0.138 1.972 0.100 0.144 0.301 0.106 0.484 0.257 0.183 0.761 0.189 0.052 0.026 0.549 0.934 0.394 0.744 5.365 4.917 1.438 0.314 1.034 1.127 1.305 2.012 5.364 7.135 5.658 5.354 0.435 0.516 1.178 1.249 0.814 1.766 nan 1.419 8200 chr3 197016723 197038002 + 0 NA intron (NR_038289, intron 2 of 2) MLT1F|LTR|ERVL-MaLR -1219 NM_001290983 1739 Hs.292549 NM_004087 ENSG00000075711 DLG1 DLGH1|SAP-97|SAP97|dJ1061C18.1.1|hdlg discs large MAGUK scaffold protein 1 protein-coding nan 1.976 1.324 2.709 1.168 2.078 1.895 0.739 1.162 0.975 1.379 2.016 0.433 0.292 0.929 0.637 2.745 0.501 2.329 0.968 0.441 0.449 0.540 0.395 0.828 2.340 2.240 0.563 1.612 1.454 4.015 nan 1.272 nan 1.178 0.800 0.214 0.662 0.134 0.461 0.859 4.788 1.438 0.900 1.462 0.641 2.182 2.056 0.701 1.498 0.690 1.350 0.637 1.866 0.837 0.828 0.886 0.446 0.151 0.860 0.219 1.996 0.343 0.459 1.624 1.226 0.729 0.786 0.873 1.546 2.305 1.477 1.254 1.848 0.674 3.694 3.736 1.160 1.461 2.258 3.039 1.557 1.092 0.673 1.232 0.868 0.838 1.095 1.656 0.806 0.563 9802 chr6 90260579 90277851 + 0 NA intron (NM_014942, intron 1 of 15) intron (NM_014942, intron 1 of 15) -2822 NM_001242811 22881 Hs.702213 NM_014942 ENSG00000135299 ANKRD6 - ankyrin repeat domain 6 protein-coding nan 0.979 nan 0.054 0.527 1.332 0.045 0.260 0.458 0.025 0.062 0.155 0.068 0.029 0.160 1.139 0.099 0.075 0.043 0.022 0.015 0.016 0.209 0.215 2.059 0.028 0.025 0.017 0.070 0.012 0.051 0.159 0.123 0.974 0.017 0.056 1.197 0.082 0.134 0.014 0.152 0.080 0.017 0.014 0.019 0.039 0.056 0.046 0.061 0.074 0.012 0.038 1.139 0.072 0.005 2.059 0.007 0.019 0.201 0.031 0.201 0.045 0.341 0.192 0.009 0.028 0.006 0.734 1.399 0.532 0.706 0.775 0.917 nan 0.226 0.210 0.188 0.722 nan 0.436 0.490 nan 1.097 0.284 0.672 3.961 4.105 0.364 0.585 0.596 0.451 10539 chr7 98863136 98873623 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2545 NR_002147 84176 Hs.621401 NR_002147 MYH16 MHC20|MYH16P|MYH5 myosin heavy chain 16 pseudogene pseudo nan 0.531 nan 4.769 0.076 0.053 3.457 0.199 0.426 0.574 0.437 1.468 0.029 0.102 0.195 0.100 0.106 0.747 0.776 0.012 0.066 0.132 0.136 0.273 0.473 0.255 0.161 0.902 2.668 0.538 1.990 0.717 0.314 1.893 0.159 0.009 0.103 0.199 1.700 0.783 3.321 1.046 0.703 2.346 0.955 2.960 10.734 0.845 4.033 0.407 1.286 0.195 0.516 1.875 0.273 1.074 1.714 0.743 0.200 0.048 2.627 0.047 0.081 1.940 2.076 2.644 0.516 0.261 0.204 0.364 0.412 0.432 0.502 0.133 0.381 0.391 0.188 0.381 0.215 0.214 0.582 0.715 0.189 0.353 0.075 0.176 0.187 nan 0.664 0.612 3925 chr15 42217835 42241283 + 0 NA intron (NM_139265, intron 3 of 5) intron (NM_139265, intron 3 of 5) 15944 NR_120332 101928363 Hs.680195 NR_120332 EHD4-AS1 - EHD4 antisense RNA 1 ncRNA 0.787 0.517 nan 0.472 0.113 0.159 4.376 0.158 0.266 0.337 1.039 3.211 0.056 0.025 0.133 0.164 1.628 0.257 1.139 0.801 0.947 0.030 0.121 0.159 0.119 1.572 0.916 0.799 0.368 0.950 0.760 2.294 0.346 0.265 0.766 1.439 0.024 0.092 0.088 1.309 0.078 1.571 2.693 1.183 1.143 0.394 0.126 5.873 0.400 1.102 0.043 0.546 0.164 1.658 2.414 0.119 0.591 0.581 0.228 0.563 0.022 1.455 0.039 0.147 4.050 4.777 3.970 0.318 0.404 0.377 0.975 0.354 0.381 0.296 0.172 0.251 0.253 0.242 nan 0.391 0.475 1.156 1.246 0.258 0.296 0.041 0.058 0.411 0.646 0.506 0.419 10513 chr7 95096292 95109549 + 0 NA Intergenic Intergenic -12293 NM_016116 51666 Hs.602765 NM_016116 ENSG00000005981 ASB4 ASB-4 ankyrin repeat and SOCS box containing 4 protein-coding nan 1.148 nan 0.137 3.306 0.072 0.261 2.939 5.155 0.029 0.187 0.342 0.028 1.801 0.564 1.791 0.168 0.117 0.185 0.233 0.366 2.000 2.769 1.379 2.884 0.272 0.081 0.055 0.239 0.214 1.123 3.250 1.704 2.834 0.315 0.710 0.243 0.131 0.141 0.277 0.126 0.122 0.023 0.018 0.527 0.201 0.087 0.328 2.879 0.054 1.232 0.272 1.791 0.129 0.063 2.884 0.268 0.194 0.123 0.550 3.125 0.293 0.126 0.278 0.150 0.174 0.138 0.433 0.340 0.546 1.254 7.122 6.293 8.933 4.103 0.354 0.382 0.571 0.651 3.823 5.188 1.332 1.486 0.282 0.509 2.922 2.166 0.430 nan 7.039 3.865 4981 chr17 72977154 72989325 + 0 NA promoter-TSS (NM_014603) promoter-TSS (NM_014603) -488 NM_014603 30850 Hs.78358 NM_014603 ENSG00000109089 CDR2L HUMPPA cerebellar degeneration related protein 2 like protein-coding 3.933 2.378 4.086 2.636 2.007 0.613 1.676 0.777 1.418 1.832 2.831 0.854 0.939 0.720 0.724 1.095 1.287 0.277 1.543 0.530 0.782 0.523 0.732 0.476 1.141 2.085 2.052 1.025 0.981 0.908 2.253 4.220 1.748 4.741 0.806 1.140 0.203 1.159 0.147 0.728 0.482 1.024 0.470 0.386 1.021 0.653 0.919 0.797 4.800 1.588 3.332 2.445 1.095 3.701 1.237 1.141 1.256 1.347 0.539 2.234 2.271 0.829 0.485 0.469 0.525 0.316 0.196 1.993 2.836 1.329 2.514 1.808 1.657 3.001 1.184 0.484 0.604 nan 2.789 2.390 3.682 3.038 3.262 1.121 2.091 1.060 1.215 1.719 2.853 nan 0.814 11063 chr8 75908809 75923155 + 0 NA intron (NM_001286778, intron 1 of 13) intron (NM_001286778, intron 1 of 13) 3593 NM_001286778 83690 Hs.436542 NM_031461 ENSG00000121005 CRISPLD1 CRISP-10|CRISP10|LCRISP1 cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 1 protein-coding 1.102 0.766 0.800 0.083 0.148 0.035 0.120 0.101 0.470 0.047 0.142 0.083 2.314 0.049 0.304 0.224 0.824 0.206 0.178 0.013 0.827 0.184 0.132 0.107 0.381 0.005 0.010 0.643 0.090 0.022 0.096 0.083 0.277 0.292 0.132 0.692 0.013 0.115 0.087 0.041 0.022 0.026 0.013 0.027 0.054 0.145 0.027 0.135 0.159 0.129 0.060 0.078 0.224 0.194 0.013 0.381 0.196 0.096 0.014 0.024 0.057 0.022 0.063 0.171 0.011 0.032 0.011 0.316 0.199 0.338 0.495 0.316 0.348 0.256 0.159 0.379 0.366 0.342 0.529 0.466 0.308 0.506 0.276 0.271 0.309 0.185 0.257 0.387 0.824 0.578 0.550 1180 chr1 229355840 229374339 + 0 NA Intergenic Intergenic -41720 NM_001271998 5867 Hs.296169 NM_004578 ENSG00000168118 RAB4A HRES-1|HRES-1/RAB4|HRES1|RAB4 RAB4A, member RAS oncogene family protein-coding 1.221 nan 3.754 0.217 1.678 0.112 0.238 0.398 0.577 0.444 0.109 0.164 1.030 1.144 0.097 0.691 0.122 0.086 0.131 0.102 0.079 0.037 0.316 0.292 0.466 0.535 0.273 0.044 0.147 0.349 0.490 2.427 0.213 1.165 0.032 0.857 0.562 0.064 0.137 0.176 0.090 0.269 0.069 0.072 0.088 0.242 0.140 0.184 1.628 0.085 1.755 0.668 0.691 0.208 0.035 0.466 1.318 2.722 0.120 0.110 0.534 0.324 0.113 0.201 0.037 1.167 1.137 0.674 0.753 1.390 5.040 0.897 nan 2.994 0.859 1.114 1.279 1.341 1.680 5.653 6.324 0.747 0.503 0.227 0.322 2.121 3.628 0.446 1.025 1.325 0.819 3374 chr13 114536972 114586343 + 0 NA intron (NM_000820, intron 2 of 14) (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 5419 NM_000820 2621 Hs.646346 NM_000820 ENSG00000183087 GAS6 AXLLG|AXSF growth arrest specific 6 protein-coding 1.226 nan 0.847 0.067 0.502 5.400 1.241 0.104 0.207 0.126 1.168 0.104 0.035 0.035 1.288 1.246 0.388 0.144 0.272 0.123 0.373 0.045 0.219 0.175 0.359 0.171 0.102 0.264 0.401 0.433 0.298 1.268 0.189 2.882 0.205 0.620 0.049 0.145 0.071 0.541 0.061 1.031 0.242 0.128 0.044 0.076 0.295 0.662 0.701 0.371 0.331 0.069 1.246 0.319 0.226 0.359 0.337 0.097 0.649 1.217 0.340 0.259 0.597 0.055 0.628 0.539 0.381 1.108 1.406 0.251 0.527 1.054 1.067 1.108 0.380 0.231 0.221 0.321 0.461 1.330 1.949 0.804 0.720 0.873 1.280 0.389 0.366 0.187 0.224 0.164 0.145 430 chr1 64255994 64284237 + 0 NA intron (NM_001083592, intron 1 of 6) L1MD2|LINE|L1 30425 NM_001083592 4919 Hs.128753 NM_005012 ENSG00000185483 ROR1 NTRKR1|dJ537F10.1 receptor tyrosine kinase like orphan receptor 1 protein-coding 1.833 1.116 nan 0.329 0.155 0.091 1.195 0.188 0.331 0.014 0.201 0.838 0.018 0.123 0.054 0.221 1.038 0.113 0.239 0.210 0.027 0.020 0.088 0.137 0.076 0.437 0.187 0.044 0.211 0.281 0.060 0.295 0.127 0.555 0.166 0.048 0.198 0.027 0.099 0.226 1.058 0.174 0.051 0.033 0.101 0.150 0.237 0.128 0.182 0.174 0.084 0.078 0.221 0.124 0.681 0.076 0.022 0.058 0.593 0.082 0.129 0.304 0.157 0.935 0.301 0.061 0.027 0.352 0.380 0.257 0.350 0.509 0.541 0.169 0.080 0.623 0.699 nan nan 0.352 nan 1.653 1.411 0.377 0.543 0.689 0.836 1.782 4.211 0.689 0.708 7870 chr3 139692649 139701514 + 0 NA intron (NM_022131, intron 1 of 16) intron (NM_022131, intron 1 of 16) 43054 NM_022131 64084 Hs.158529 NM_022131 ENSG00000158258 CLSTN2 ALC-GAMMA|CDHR13|CS2|CSTN2|alcagamma calsyntenin 2 protein-coding 1.272 nan nan 0.066 0.173 0.383 0.095 0.525 0.788 0.025 0.073 0.014 0.023 0.111 0.247 0.077 0.182 0.012 0.029 0.324 0.253 0.081 0.008 0.017 0.008 0.138 0.012 0.072 0.090 0.079 0.313 0.059 0.398 0.036 0.082 0.074 0.072 0.014 0.012 0.111 0.033 0.080 0.037 0.059 0.009 0.038 0.247 0.008 0.052 0.081 0.037 0.478 0.046 0.034 0.009 0.056 0.165 0.052 0.006 0.343 0.273 0.445 0.500 0.497 0.571 8.097 2.410 0.290 0.332 3.225 4.245 0.220 0.270 nan 2.412 0.325 0.635 1.511 0.744 0.594 0.743 0.844 0.743 11987 chrX 135960750 135968630 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -1751 NM_001164803 27316 Hs.380118 NM_002139 ENSG00000147274 RBMX HNRNPG|HNRPG|MRXS11|RBMXP1|RBMXRT|RNMX|hnRNP-G RNA binding motif protein, X-linked protein-coding 3.468 1.991 2.927 1.819 2.229 1.227 1.415 1.728 3.969 0.385 1.593 0.857 0.191 0.763 1.728 2.162 0.846 0.121 0.766 0.236 1.540 0.802 0.973 0.262 1.744 1.038 1.054 0.467 1.151 0.511 1.820 2.990 1.148 5.391 0.576 2.332 0.581 1.398 0.047 0.443 1.416 2.106 0.747 0.358 1.053 1.021 1.829 2.158 1.415 1.083 0.630 1.212 2.162 0.825 1.251 1.744 0.546 1.112 0.526 1.817 0.854 1.509 1.334 2.860 0.852 0.504 0.373 3.402 3.387 2.854 4.064 4.904 4.841 3.772 1.508 5.827 5.794 3.079 4.233 3.615 5.830 9.095 9.385 2.581 4.295 2.951 2.974 6.152 8.252 1.839 1.151 447 chr1 67595589 67604898 + 0 NA intron (NM_001276351, intron 1 of 7) intron (NM_001276351, intron 1 of 7) 411 NM_001276352 400757 Hs.666621 NM_001013674 ENSG00000203963 C1orf141 - chromosome 1 open reading frame 141 protein-coding 0.979 0.703 nan 0.098 0.104 0.024 0.076 0.124 0.235 0.010 0.100 0.110 0.361 0.227 0.041 0.089 0.155 0.231 0.021 0.044 0.133 0.098 0.167 0.037 0.039 0.071 0.029 0.022 0.026 0.262 0.045 0.338 0.031 0.057 0.010 0.035 0.082 0.067 0.099 0.033 0.016 0.036 0.083 0.062 0.206 0.070 0.099 0.004 0.035 0.041 0.061 0.042 0.167 0.039 0.065 0.011 0.056 0.066 0.051 4.720 0.190 0.025 0.006 0.038 1.942 2.272 0.311 0.309 0.271 0.442 0.150 0.106 0.366 0.389 nan nan 0.623 nan 0.341 0.158 7.105 5.660 0.029 0.045 0.192 0.507 0.517 0.554 3602 chr14 60617800 60633173 + 0 NA intron (NM_001322280, intron 1 of 6) L3|LINE|CR1 6725 NM_001322282 51635 Hs.59719 NM_016029 ENSG00000100612 DHRS7 CGI-86|SDR34C1|retDSR4|retSDR4 dehydrogenase/reductase 7 protein-coding nan nan 2.200 0.459 2.339 0.582 0.443 0.922 1.583 0.156 0.489 0.504 0.198 0.307 1.958 2.089 0.818 0.105 0.953 0.332 0.827 0.027 0.531 0.451 1.222 0.678 0.526 0.168 0.656 0.241 0.737 0.857 1.317 3.057 0.372 0.467 0.905 0.409 0.131 0.298 3.105 0.623 0.500 0.269 0.751 0.289 0.758 0.515 0.624 0.784 0.428 1.091 2.089 0.720 0.617 1.222 0.498 0.297 0.528 0.837 0.592 0.685 0.781 0.972 0.416 0.093 0.059 1.235 1.672 0.867 1.451 2.658 2.488 2.353 0.877 nan 3.168 1.268 1.874 3.692 nan 3.951 3.057 1.111 2.025 3.540 4.304 1.054 2.369 1.698 0.978 1446 chr10 42377112 42378268 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 485803 NR_024380 441666 Hs.255729 NR_024380 ENSG00000215146 LOC441666 - zinc finger protein 91 pseudogene pseudo 14.111 19.110 15.189 1.243 4.893 0.872 0.980 4.452 7.202 1.145 2.979 3.382 0.247 3.594 5.035 5.776 2.460 14.934 1.859 0.163 0.393 2.144 3.713 8.302 2.126 0.272 1.763 0.599 4.657 0.049 1.901 0.938 2.753 9.216 3.470 1.456 2.679 8.390 1.066 4.136 1.686 0.947 0.040 4.991 2.476 6.126 2.985 1.221 1.127 2.642 5.776 3.093 1.093 2.126 1.126 1.382 1.761 0.659 1.655 1.763 1.258 2.867 1.253 1.538 1.007 6.616 2.183 1.686 3.314 5.344 8.005 2.134 1.108 3.966 3.362 5.433 7.865 3.152 3.226 7.451 1.782 2.016 4.073 1.955 3.203 2.640 4.268 2.149 3.468 3258 chr13 95246145 95270761 + 0 NA intron (NM_180989, intron 2 of 8) AluSx|SINE|Alu 4349 NM_180989 160897 Hs.439363 NM_180989 ENSG00000152749 GPR180 ITR G protein-coupled receptor 180 protein-coding 1.724 1.800 1.618 0.219 0.563 1.503 0.507 0.494 1.087 0.109 0.714 0.356 0.178 0.231 1.074 1.296 0.469 0.091 1.317 0.463 0.236 0.219 0.363 0.271 0.729 0.456 0.226 0.195 0.266 0.248 0.877 1.363 0.352 2.017 0.267 0.374 0.264 0.640 0.114 0.234 1.101 1.250 0.596 0.383 0.381 0.161 0.845 0.439 0.556 0.528 0.519 0.402 1.296 0.961 0.566 0.729 0.234 0.484 0.303 0.587 0.569 0.410 0.548 2.299 0.409 0.194 0.085 1.551 1.908 1.016 1.462 1.402 1.337 2.372 0.763 0.675 0.629 0.503 0.790 1.445 1.844 1.592 1.552 0.962 1.725 1.224 1.303 3.125 7.018 0.503 0.215 8762 chr5 10911192 10916069 + 0 NA Intergenic GA-rich|Low_complexity|Low_complexity -152243 NM_001291963 1611 Hs.75189 NM_004394 ENSG00000112977 DAP - death associated protein protein-coding nan nan nan 0.116 0.176 0.056 0.145 0.225 0.061 0.012 0.129 0.467 0.003 0.203 0.145 0.080 0.200 0.004 0.196 0.039 0.035 0.354 0.185 0.119 0.015 0.163 0.022 0.023 0.111 0.215 nan 0.337 0.038 0.044 0.140 0.293 0.077 0.049 0.113 0.045 0.079 0.218 0.122 0.150 0.014 0.032 0.095 0.080 0.161 0.056 0.119 0.322 0.050 0.121 0.012 0.819 0.079 0.309 0.077 0.078 0.063 0.052 2.953 2.058 13.492 12.591 0.202 0.572 0.109 0.075 1.567 1.666 nan 1.100 0.242 0.178 0.602 0.258 0.504 1.158 0.162 0.217 0.151 nan 0.943 0.928 8308 chr4 27269039 27282758 + 0 NA intron (NR_125921, intron 3 of 5) intron (NR_125921, intron 3 of 5) 56797 NR_125921 101929199 Hs.570815 NR_125921 ENSG00000249699 LINC02261 - long intergenic non-protein coding RNA 2261 ncRNA 0.539 1.503 nan 0.037 4.189 0.012 0.120 0.224 0.241 0.007 0.040 0.026 0.014 0.254 0.079 0.661 0.076 0.035 0.199 0.097 0.005 3.202 1.422 0.610 0.020 0.016 0.006 0.045 0.026 0.228 0.117 0.072 2.345 0.286 0.059 1.449 0.050 0.082 0.009 0.098 0.111 0.009 0.011 0.024 0.079 0.098 0.119 0.030 0.047 0.011 0.039 0.661 0.050 0.020 0.610 0.018 0.018 0.015 0.008 0.326 0.023 0.058 0.009 0.017 0.021 0.022 0.339 0.176 0.121 0.167 0.309 0.393 7.695 2.755 0.148 0.118 0.110 0.229 1.425 1.167 0.353 0.121 0.133 0.124 5.386 7.569 0.081 0.156 nan 1.233 6881 chr20 20661590 20677196 + 0 NA intron (NM_020343, intron 1 of 39) intron (NM_020343, intron 1 of 39) 23873 NM_020343 57186 Hs.472285 NM_020343 ENSG00000188559 RALGAPA2 AS250|C20orf74|bA287B20.1|dJ1049G11|dJ1049G11.4|p220 Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 2 protein-coding 1.268 1.262 nan 0.056 0.268 0.088 0.063 0.133 0.380 0.025 0.120 0.053 0.020 0.032 0.092 0.123 0.169 0.073 0.068 0.012 0.017 0.018 0.226 0.155 0.393 0.071 0.027 0.071 0.039 0.020 0.088 0.364 0.213 0.376 0.047 0.074 0.035 0.043 0.110 0.015 0.177 0.059 0.039 0.025 0.063 0.079 0.092 0.161 0.092 0.071 0.051 0.076 0.123 0.041 0.035 0.393 0.086 0.069 0.185 0.030 0.090 0.056 0.103 0.184 0.015 0.018 0.016 0.723 0.891 0.303 0.362 0.452 0.518 0.731 0.295 0.256 0.354 2.959 3.653 1.462 1.471 0.775 0.517 0.329 0.470 0.200 0.195 0.335 0.717 0.779 0.716 7180 chr21 34660977 34698460 + 0 NA Intergenic LTR47B|LTR|ERVL -17496 NM_000629 3454 Hs.529400 NM_000629 ENSG00000142166 IFNAR1 AVP|IFN-alpha-REC|IFNAR|IFNBR|IFRC interferon alpha and beta receptor subunit 1 protein-coding 1.386 1.029 1.561 0.426 0.969 0.559 0.177 0.436 0.815 0.140 0.313 0.216 0.460 0.240 0.925 0.547 0.339 0.064 0.428 0.172 0.332 0.174 0.373 0.218 0.902 0.275 0.251 0.286 0.319 0.166 0.618 1.512 0.573 2.305 0.120 0.230 0.221 0.353 0.085 0.153 0.346 0.542 0.305 0.129 0.345 0.204 0.447 0.504 0.472 0.448 0.415 0.405 0.547 0.415 0.480 0.902 0.202 0.323 0.332 0.412 0.895 0.191 0.316 0.474 0.208 0.201 0.096 0.931 1.046 0.973 1.286 1.977 1.644 1.136 0.427 1.460 1.479 0.687 1.065 3.559 3.045 1.722 1.491 0.591 0.914 1.071 1.038 0.886 1.245 nan 1.206 8669 chr4 185568669 185572407 + 0 NA promoter-TSS (NM_001345891) promoter-TSS (NM_001345891) 91 NM_032991 836 Hs.141125 NM_004346 ENSG00000164305 CASP3 CPP32|CPP32B|SCA-1 caspase 3 protein-coding nan 4.263 nan 4.345 3.393 3.125 3.247 2.864 5.038 1.396 4.293 1.826 0.911 0.911 2.600 3.327 3.611 0.299 3.040 0.462 2.949 1.887 1.887 0.797 6.573 2.773 2.404 1.581 3.934 2.038 4.116 6.472 3.830 9.336 2.010 3.267 0.334 2.723 0.099 1.403 3.860 2.325 9.061 3.787 1.897 1.421 2.832 7.555 2.896 4.298 1.811 2.069 3.327 4.270 3.079 6.573 1.338 2.098 0.739 2.885 1.791 2.270 1.521 1.205 1.978 1.616 1.362 4.262 4.392 11.136 14.823 9.399 7.745 6.465 3.342 5.014 4.527 3.541 4.493 5.678 10.313 5.058 5.772 1.710 4.036 2.366 2.651 3.537 3.389 2.512 1.235 8961 chr5 67663389 67681764 + 0 NA Intergenic Intergenic 84180 NM_001242466 5295 Hs.132225 NM_181504 ENSG00000145675 PIK3R1 AGM7|GRB1|IMD36|p85|p85-ALPHA phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1 protein-coding 0.599 1.522 0.528 0.203 0.119 0.348 0.302 0.131 0.213 0.031 0.073 0.232 0.019 0.022 0.144 0.191 0.114 0.088 0.133 0.134 0.010 0.095 0.091 0.097 0.099 0.035 0.020 0.107 0.150 0.165 0.827 0.198 1.352 0.248 0.089 0.057 0.054 0.097 0.013 0.061 0.081 0.026 0.021 0.071 0.075 0.110 0.082 0.124 0.062 0.133 0.249 0.191 0.105 0.100 0.097 0.100 0.072 0.074 0.025 0.011 0.039 1.139 0.114 0.033 0.016 0.027 0.676 0.560 3.377 5.031 0.251 0.280 0.123 0.072 0.592 0.597 0.520 0.637 0.214 0.230 0.411 0.173 0.913 1.375 0.314 0.419 0.154 0.278 0.386 0.347 6303 chr2 110677353 110688056 + 0 NA non-coding (NR_027467, exon 9 of 9) non-coding (NR_027467, exon 9 of 9) -22563 NR_027142 440895 Hs.535619 NR_027142 ENSG00000186148 LOC440895 - two pore channel 3 pseudogene pseudo 0.587 nan 0.765 2.319 0.624 0.026 2.232 0.210 0.314 0.927 0.493 1.911 0.186 1.760 0.042 0.215 0.846 0.211 0.939 0.672 0.632 0.026 0.107 0.124 0.156 0.504 0.323 0.167 3.546 3.481 0.233 0.465 1.458 nan 0.301 0.136 0.045 0.051 0.072 0.308 0.127 0.568 0.763 0.334 1.825 2.492 3.765 0.531 0.242 0.375 0.310 0.599 0.215 0.461 0.234 0.156 0.568 0.976 0.027 0.468 1.348 0.595 0.041 0.034 0.221 2.371 1.710 0.257 0.171 0.237 0.931 0.641 nan 0.792 0.153 0.266 0.321 0.264 0.501 4.094 4.465 0.327 0.104 0.142 0.277 0.106 0.103 0.242 0.312 1.270 0.647 6594 chr2 205008212 205020026 + 0 NA Intergenic Intergenic 212648 NM_012092 29851 Hs.56247 NM_012092 ENSG00000163600 ICOS AILIM|CD278|CVID1 inducible T cell costimulator protein-coding 1.352 nan 0.725 0.157 0.312 0.084 0.076 0.529 1.057 0.025 0.072 0.074 0.016 0.069 0.106 0.432 0.076 0.109 0.189 0.064 0.016 0.265 0.261 0.655 0.070 0.012 0.031 0.155 0.071 0.516 1.062 0.296 0.568 0.136 0.064 0.048 0.009 0.089 0.069 0.176 0.062 0.030 0.013 0.166 0.077 0.033 0.118 0.124 0.030 0.027 0.023 0.432 0.048 0.031 0.655 0.093 0.063 0.107 0.130 0.057 0.020 0.117 0.147 0.019 0.015 0.005 0.885 0.827 0.350 0.380 0.547 0.722 1.153 0.317 23.515 24.650 0.463 0.812 0.515 0.582 0.394 0.208 0.392 0.360 0.226 0.243 0.250 0.516 0.795 0.662 438 chr1 66427973 66433590 + 0 NA intron (NM_001037341, intron 3 of 16) intron (NM_001037341, intron 3 of 16) -27518 NM_001037340 5142 Hs.198072 NM_002600 ENSG00000184588 PDE4B DPDE4|PDEIVB phosphodiesterase 4B protein-coding 1.107 0.847 nan 0.077 0.080 0.031 0.101 0.200 0.161 0.016 0.203 0.148 0.053 0.207 0.159 0.214 0.028 0.219 0.102 0.070 0.327 0.037 0.061 0.191 0.171 0.077 0.300 0.061 0.086 0.195 0.077 0.319 0.131 1.181 0.017 0.078 0.116 0.037 0.081 0.049 0.011 0.037 0.019 0.027 0.059 0.107 0.762 0.127 0.336 0.077 0.159 0.077 0.017 0.191 0.141 0.285 0.054 0.139 0.329 0.014 1.096 0.136 0.027 0.018 1.691 0.723 10.228 8.389 0.393 0.419 0.141 0.116 2.412 2.252 nan nan 0.616 nan 0.414 0.097 1.851 3.305 0.047 0.083 0.299 0.966 0.568 0.649 5399 chr18 60920322 60941323 + 0 NA intron (NM_000633, intron 2 of 2) intron (NM_000633, intron 2 of 2) 55791 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.897 1.239 3.338 0.071 2.290 3.730 0.013 1.347 2.453 0.009 0.214 0.144 0.015 0.143 0.754 0.432 0.183 0.092 0.026 0.012 0.007 0.812 0.294 3.017 0.056 0.036 0.050 0.043 0.030 0.077 0.140 0.041 4.188 0.014 0.159 1.106 0.036 0.124 0.017 0.665 0.088 0.016 0.004 0.048 0.026 0.114 0.192 0.070 0.067 0.023 0.029 0.432 0.020 0.009 3.017 0.018 0.008 0.264 0.070 0.430 0.064 2.140 0.036 0.103 0.014 0.007 1.770 2.679 3.394 3.340 7.484 7.084 4.091 1.748 1.072 nan 0.305 nan 4.020 4.085 0.830 0.584 1.997 2.539 4.913 6.400 0.150 0.188 6.121 3.470 1022 chr1 202544676 202569633 + 0 NA 3' UTR (NM_032104, exon 13 of 13) 3' UTR (NM_032104, exon 13 of 13) 47912 NM_001197131 4660 Hs.444403 NM_002481 ENSG00000077157 PPP1R12B MYPT2|PP1bp55 protein phosphatase 1 regulatory subunit 12B protein-coding 1.484 1.350 1.308 0.689 0.106 0.205 1.203 0.147 0.437 0.272 1.419 2.855 0.374 0.024 0.400 0.571 2.168 0.103 0.328 0.266 0.346 0.033 0.125 0.186 0.138 2.134 1.105 0.175 0.185 0.790 0.282 0.875 0.519 0.523 0.585 0.176 0.046 0.065 0.132 0.156 0.108 0.694 0.447 0.301 0.828 0.083 0.375 1.631 0.337 0.206 0.054 0.496 0.571 0.549 0.034 0.138 0.359 0.409 0.186 0.442 0.038 0.557 0.020 0.709 0.595 0.392 0.235 0.426 0.379 0.684 1.264 0.648 0.732 0.569 0.244 nan nan 0.660 1.042 0.361 0.499 0.529 0.391 0.124 0.206 0.211 0.166 0.787 1.899 0.551 0.494 4569 chr17 7163087 7170462 + 0 NA promoter-TSS (NM_001307) promoter-TSS (NM_001307) -262 NM_001185022 1366 Hs.513915 NM_001307 ENSG00000181885 CLDN7 CEPTRL2|CLDN-7|CPETRL2|Hs.84359|claudin-1 claudin 7 protein-coding 1.333 2.990 2.174 3.576 2.410 3.431 4.363 1.116 2.257 1.962 0.824 0.524 4.291 2.481 3.614 0.534 0.143 0.305 7.210 2.209 0.896 0.150 1.316 0.713 3.718 1.286 1.027 0.160 4.453 1.606 6.298 8.361 7.569 6.661 2.033 1.302 0.464 0.567 0.196 0.288 0.322 0.362 0.368 0.266 3.146 6.527 5.250 0.804 2.036 1.979 1.332 4.354 0.534 15.001 11.554 3.718 3.111 3.287 0.552 0.457 0.864 2.140 1.081 0.368 0.409 0.116 0.062 2.816 4.111 3.786 5.443 5.493 4.049 5.155 1.900 3.001 3.384 0.299 0.496 6.387 7.532 0.292 0.152 1.519 2.677 2.590 1.625 0.848 2.377 1.428 0.806 5861 chr2 3504899 3512756 + 0 NA intron (NM_018269, intron 2 of 3) T-rich|Low_complexity|Low_complexity 12691 NM_001306077 55256 Hs.502773 NM_018269 ENSG00000182551 ADI1 APL1|ARD|Fe-ARD|HMFT1638|MTCBP1|Ni-ARD|SIPL|mtnD acireductone dioxygenase 1 protein-coding 0.923 0.618 0.751 0.074 3.816 0.092 0.143 0.794 2.106 0.012 0.139 0.058 0.016 1.576 0.296 0.210 0.029 0.068 0.134 0.055 0.053 0.520 0.410 4.521 0.045 0.046 0.075 0.086 0.027 0.154 0.143 0.156 0.693 0.019 0.139 0.085 0.124 0.131 0.252 0.164 0.062 0.040 0.074 0.048 0.074 0.255 0.083 0.110 0.132 0.059 0.210 0.064 0.047 4.521 0.016 0.094 0.099 0.044 1.265 0.181 0.050 0.424 0.058 0.029 0.007 0.406 0.483 0.329 0.507 5.200 5.993 3.594 1.962 0.195 0.251 0.370 0.758 3.171 6.821 0.483 0.293 0.195 0.222 0.468 0.842 0.731 1.876 4.578 1.908 10014 chr6 150766777 150779103 + 0 NA Intergenic Intergenic 82912 NM_001318495 389434 Hs.310225 NM_203395 ENSG00000009765 IYD C6orf71|DEHAL1|IYD-1|TDH4 iodotyrosine deiodinase protein-coding nan 0.851 0.584 0.052 1.005 0.134 0.111 0.153 0.211 0.015 0.048 0.037 0.049 0.236 0.311 0.066 0.117 0.158 0.031 0.020 0.035 0.078 0.075 0.872 0.084 0.029 0.053 0.060 0.138 nan 0.150 0.523 0.024 0.080 0.008 0.200 0.092 0.096 0.046 0.082 0.024 0.013 0.106 0.031 0.141 0.098 0.059 0.029 0.013 0.118 0.311 0.076 0.053 0.872 0.020 0.061 0.016 0.113 0.024 0.039 0.048 0.060 0.025 0.019 0.012 0.328 0.287 0.212 0.442 0.492 nan 5.737 2.307 0.228 0.283 0.062 0.122 1.332 0.975 0.598 0.313 0.181 0.266 0.065 0.102 0.146 nan 0.117 0.194 4395 chr16 62286053 62291831 + 0 NA Intergenic Intergenic -218203 NM_001796 1006 Hs.368322 NM_001796 ENSG00000150394 CDH8 Nbla04261 cadherin 8 protein-coding nan nan 0.364 0.038 0.097 0.423 0.012 0.028 0.157 0.093 0.016 0.043 0.053 0.038 0.346 0.116 0.083 0.037 0.064 0.136 0.114 0.042 0.025 0.083 0.084 0.008 0.038 0.135 0.051 0.109 0.018 0.065 0.086 0.010 0.038 0.068 0.086 0.027 0.046 0.346 0.025 0.016 0.042 0.028 0.020 0.053 0.013 0.086 0.043 0.013 0.009 0.757 0.492 7.485 9.257 0.123 0.118 0.144 0.053 0.378 0.442 0.259 nan 0.129 0.177 0.263 0.152 0.137 0.334 0.341 0.369 0.181 0.212 0.639 0.427 953 chr1 185406816 185424449 + 0 NA Intergenic Intergenic -111461 NR_038424 100288079 Hs.131220 NR_038424 ENSG00000261024 GS1-279B7.1 - microtubule associated protein 1 light chain 3 beta pseudogene pseudo nan nan 0.923 0.448 0.196 0.044 0.105 0.164 0.263 0.119 0.089 0.084 0.252 0.017 0.152 0.504 0.262 0.175 0.419 0.246 0.529 0.016 0.188 0.217 0.115 0.106 0.029 0.067 0.293 0.089 0.073 0.307 0.226 0.381 0.232 0.116 0.005 0.437 0.096 0.027 0.288 0.422 0.058 0.070 0.322 0.261 0.060 0.116 0.106 0.053 0.546 0.135 0.504 0.230 0.057 0.115 0.133 0.094 0.187 0.139 0.029 0.063 0.118 0.097 0.128 0.594 0.184 0.695 0.560 2.000 7.372 0.501 nan 0.454 0.144 nan 0.533 0.583 0.731 0.353 0.344 0.402 0.177 0.437 0.686 0.125 0.152 0.305 nan 0.555 0.576 5515 chr19 6764234 6773769 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -1478 NM_005490 10045 Hs.439645 NM_005490 ENSG00000125731 SH2D3A NSP1 SH2 domain containing 3A protein-coding 0.456 1.291 0.836 2.645 0.876 0.218 2.736 0.711 1.067 0.670 0.564 0.182 2.233 0.463 0.028 0.079 0.145 0.219 2.701 0.877 0.941 0.058 0.247 0.141 0.924 0.941 0.672 0.125 3.423 1.480 2.625 2.606 1.632 1.061 0.901 0.447 0.020 0.366 0.074 0.124 0.067 0.398 0.399 0.245 2.233 1.303 1.811 0.336 0.922 0.532 0.492 2.386 0.079 3.997 1.324 0.924 1.754 1.794 0.214 0.603 0.191 0.949 0.831 0.038 0.908 0.091 0.027 1.663 2.385 2.715 4.369 0.631 0.673 1.453 0.392 0.087 0.104 0.101 0.283 1.142 nan 0.442 0.190 0.708 0.980 0.058 0.112 0.122 0.238 0.870 0.697 9380 chr6 1310009 1329068 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 6863 NM_033260 94234 Hs.591352 NM_033260 ENSG00000164379 FOXQ1 HFH1 forkhead box Q1 protein-coding 0.841 0.610 1.590 2.478 0.144 0.009 3.769 0.076 0.151 0.151 0.489 1.181 0.016 0.037 0.028 0.140 0.481 0.182 0.061 0.110 0.020 0.059 0.058 0.104 0.063 3.102 3.040 0.027 1.523 2.112 0.663 1.041 2.747 0.180 0.368 2.395 0.046 0.085 0.101 1.066 0.041 0.170 0.288 0.216 0.308 0.112 3.784 0.867 0.995 0.115 2.939 1.488 0.140 0.049 0.287 0.063 1.684 0.158 0.025 0.343 0.048 0.701 0.021 0.072 2.274 0.030 0.035 0.297 0.174 0.347 0.584 0.264 0.272 0.145 0.047 0.287 0.258 0.074 0.188 0.074 0.097 0.343 0.161 0.108 0.146 0.090 0.091 0.174 0.300 0.153 0.146 8362 chr4 48941235 48958355 + 0 NA Intergenic Intergenic -38470 NM_025087 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 0.567 nan nan 0.572 0.231 0.075 2.242 0.093 0.285 0.458 0.210 0.306 0.108 0.047 0.208 0.157 0.138 0.113 1.606 0.994 0.033 0.032 0.145 0.223 0.084 0.452 0.246 0.027 2.219 1.291 1.926 4.317 1.472 0.360 2.418 0.079 0.172 0.019 0.087 0.096 0.033 0.534 0.115 0.101 1.145 1.391 0.580 0.298 0.048 0.821 0.164 1.404 0.157 1.584 0.824 0.084 0.700 2.500 0.017 0.119 0.035 0.340 0.042 0.065 0.311 0.013 0.011 0.519 0.403 0.455 0.903 0.186 0.213 1.260 0.289 0.416 0.460 0.505 0.827 0.210 0.242 0.432 0.143 0.203 0.232 0.740 0.947 0.200 0.427 0.774 0.548 5991 chr2 28162616 28186570 + 0 NA intron (NR_137439, intron 3 of 13) L1PB1|LINE|L1 -44641 NR_036230 100422965 NR_036230 ENSG00000265321 MIR4263 - microRNA 4263 ncRNA 0.919 0.631 0.841 0.761 0.197 0.067 1.569 0.254 0.261 0.440 3.043 2.319 0.137 0.062 0.108 0.102 1.266 0.160 0.960 0.459 5.863 0.017 0.170 0.114 0.105 1.095 0.775 0.142 1.113 0.492 0.619 1.089 0.510 0.565 0.811 0.952 0.004 0.072 0.121 1.807 0.103 0.824 0.184 0.121 0.953 0.381 0.872 4.321 0.775 0.463 3.683 0.707 0.102 0.262 3.750 0.105 0.350 0.076 0.090 0.172 0.356 1.908 0.029 0.178 2.842 2.763 3.315 0.413 0.294 0.404 1.037 0.328 0.375 0.520 0.173 0.484 0.530 1.005 1.625 0.748 nan 0.601 0.439 0.162 0.201 0.124 0.173 0.308 0.575 0.570 0.425 6031 chr2 39707723 39723551 + 0 NA intron (NR_037875, intron 3 of 5) L1ME3C|LINE|L1 51080 NR_037875 728730 Hs.655344 NR_037875 ENSG00000231312 LOC728730 - uncharacterized LOC728730 ncRNA 0.876 nan nan 1.620 0.122 0.022 3.256 0.169 0.366 0.164 0.539 0.489 0.031 0.044 0.101 0.161 0.720 0.164 2.469 1.655 0.047 0.053 0.406 0.168 0.113 1.081 0.500 1.018 2.773 2.039 0.888 nan 1.116 0.326 0.833 0.193 0.006 0.294 0.141 1.462 0.025 2.232 0.412 0.377 1.678 1.647 0.734 2.011 0.740 0.327 3.075 1.576 0.161 1.691 0.981 0.113 0.371 0.847 0.037 0.187 0.068 0.996 0.032 0.329 0.705 0.011 0.026 0.356 0.232 0.514 1.010 0.341 0.325 0.720 0.321 0.467 nan 0.726 1.116 0.270 0.320 nan 0.282 0.126 0.279 0.088 0.167 0.487 0.840 0.563 0.527 6201 chr2 75785929 75790621 + 0 NA promoter-TSS (NM_001135032) promoter-TSS (NM_001135032) -183 NM_001135032 84141 Hs.302346 NM_032181 ENSG00000115363 EVA1A FAM176A|TMEM166 eva-1 homolog A, regulator of programmed cell death protein-coding nan nan 0.874 0.336 1.589 0.047 7.114 2.096 4.081 3.443 0.215 0.010 0.409 2.050 0.076 0.711 3.080 0.204 5.728 2.447 0.215 0.603 0.545 0.474 4.316 4.918 9.824 3.267 2.440 2.303 5.104 3.900 3.818 0.104 0.769 0.115 0.112 3.127 0.202 1.513 0.217 0.283 1.999 3.611 1.060 12.080 0.529 0.061 1.431 0.096 0.711 4.386 3.918 0.474 0.026 0.262 0.760 0.824 2.053 0.356 4.942 5.350 4.196 0.614 0.843 1.223 2.149 2.218 1.804 6.853 2.081 0.286 0.410 0.434 0.804 1.295 1.211 0.398 0.272 0.424 0.811 2.465 2.034 0.100 0.263 nan 1.386 1560 chr10 80940045 80955843 + 0 NA intron (NM_020338, intron 4 of 24) intron (NM_020338, intron 4 of 24) 119152 NM_020338 57178 Hs.193118 NM_020338 ENSG00000108175 ZMIZ1 MIZ|RAI17|TRAFIP10|ZIMP10 zinc finger MIZ-type containing 1 protein-coding 1.080 1.414 1.238 1.257 0.190 0.420 3.424 0.634 1.188 0.138 1.932 1.049 0.082 0.195 0.899 0.394 0.030 1.059 0.613 0.244 0.044 0.159 0.068 0.724 1.130 0.740 0.060 0.325 0.275 0.447 1.738 0.225 0.545 1.145 0.187 0.060 0.035 0.050 0.545 0.065 0.536 0.229 0.168 0.225 0.587 0.478 0.279 1.102 0.460 0.464 0.636 0.899 1.742 1.171 0.724 0.442 0.375 0.135 0.162 0.128 1.550 0.101 0.294 0.256 0.055 0.039 0.585 1.021 0.940 1.470 0.720 0.713 1.545 0.331 0.448 0.449 0.676 1.112 0.805 1.132 0.316 0.287 0.387 0.576 0.381 0.413 0.441 0.930 1.514 0.788 6968 chr20 36458157 36490989 + 0 NA intron (NM_001281495, intron 14 of 16) intron (NM_001281495, intron 14 of 16) -56926 NM_080607 128434 Hs.517029 NM_080607 ENSG00000132821 VSTM2L C20orf102|dJ1118M15.2 V-set and transmembrane domain containing 2 like protein-coding 0.933 1.479 0.693 0.168 0.261 0.087 0.089 0.259 0.520 0.026 0.075 0.198 0.038 0.040 2.562 0.583 0.204 0.078 0.124 0.017 0.038 0.046 0.125 0.150 0.700 0.064 0.024 0.046 0.095 0.023 0.091 nan 0.169 1.145 0.036 0.091 0.070 0.076 0.125 0.036 0.195 0.146 0.029 0.012 0.033 0.051 0.133 0.462 0.099 0.093 0.019 0.077 0.583 0.111 0.042 0.700 0.055 0.067 0.157 0.108 0.053 0.091 0.162 0.525 0.055 0.014 0.020 0.585 0.519 0.238 0.299 0.429 nan 1.405 0.408 0.325 0.343 0.484 0.764 0.453 0.638 0.690 0.426 0.271 0.463 0.266 0.248 0.835 nan 0.890 0.465 7225 chr21 41738275 41759534 + 0 NA intron (NM_001389, intron 3 of 32) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -6106 NR_038898 100506492 Hs.667053 NR_038896 ENSG00000235123 DSCAM-AS1 M41 DSCAM antisense RNA 1 ncRNA nan 0.642 0.882 0.020 0.128 0.167 0.023 0.166 0.317 0.005 0.070 0.031 0.015 0.024 0.129 0.156 0.051 0.060 0.030 0.020 0.013 0.096 0.113 0.202 0.006 0.003 0.024 0.032 0.015 0.056 0.103 0.064 0.657 0.007 0.306 0.035 0.039 0.061 0.008 0.034 0.074 0.028 0.011 0.021 0.018 0.054 0.070 0.023 0.020 1.681 2.933 0.156 0.030 0.035 0.202 0.020 3.495 0.014 0.030 0.126 0.019 0.044 0.221 0.014 0.014 0.002 0.478 0.375 0.213 0.357 0.335 0.450 nan 0.244 0.157 0.111 0.205 nan 0.312 0.348 0.553 0.239 0.261 0.193 0.227 0.485 0.293 0.598 1.083 0.843 4820 chr17 45577361 45596412 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -13437 NM_001330257 9520 Hs.443837 NM_006310 ENSG00000141279 NPEPPS AAP-S|MP100|PSA aminopeptidase puromycin sensitive protein-coding 1.025 1.415 nan 1.893 0.151 0.436 4.487 0.329 0.584 2.192 1.361 1.350 7.078 0.092 0.225 0.249 0.521 0.440 4.816 2.632 1.061 0.102 0.132 0.215 0.118 2.530 2.372 0.495 4.089 3.807 1.412 nan 2.566 0.442 1.391 1.196 0.050 0.222 0.133 0.974 0.196 3.236 1.586 0.832 5.334 4.290 3.188 3.751 1.056 1.627 0.753 0.712 0.249 4.559 1.533 0.118 1.044 0.861 0.081 0.826 0.296 1.060 0.161 0.196 1.532 0.396 0.262 0.574 0.787 0.371 0.997 0.434 nan 1.664 0.570 1.475 1.574 0.407 0.596 0.997 nan 0.853 1.026 0.384 0.545 0.191 0.242 0.331 0.732 0.593 0.515 5553 chr19 14116093 14118471 + 0 NA promoter-TSS (NM_002918) promoter-TSS (NM_002918) -148 NM_002918 5989 Hs.655215 NM_002918 ENSG00000132005 RFX1 EFC|RFX regulatory factor X1 protein-coding 9.225 5.227 7.810 3.112 6.851 3.839 2.527 4.158 7.632 2.212 3.982 2.031 2.306 2.747 3.913 6.026 2.141 0.338 4.775 1.255 3.982 5.032 4.014 0.493 7.659 4.327 5.780 4.327 5.995 1.422 6.738 9.875 4.944 10.522 1.523 3.570 1.477 4.853 0.187 1.059 2.276 6.020 3.668 1.667 3.554 2.183 6.739 4.824 4.671 5.970 4.215 3.744 6.026 8.859 2.981 7.659 2.312 4.122 2.114 6.943 4.201 5.157 1.205 3.936 2.099 1.475 0.833 5.282 9.944 7.485 11.118 11.927 10.330 14.041 23.480 23.893 23.835 6.065 8.061 11.448 21.805 12.437 14.089 3.509 4.885 15.004 11.476 14.699 10.517 6.007 4.530 1762 chr11 2931205 2974354 + 0 NA Intergenic Intergenic -2129 NM_003311 7262 Hs.154036 NM_003311 ENSG00000181649 PHLDA2 BRW1C|BWR1C|HLDA2|IPL|TSSC3 pleckstrin homology like domain family A member 2 protein-coding 0.719 1.251 1.227 1.539 0.180 0.369 3.377 0.171 0.317 0.193 1.010 0.547 0.099 0.689 0.081 0.488 0.369 0.134 1.992 0.969 0.358 0.048 0.137 0.077 0.169 0.966 0.861 0.260 0.971 0.901 2.383 4.131 2.163 1.301 1.017 0.563 0.066 0.159 0.061 0.909 0.051 1.942 0.581 0.328 0.711 0.867 0.814 0.860 1.030 0.965 1.242 0.620 0.488 4.706 1.254 0.169 0.602 0.821 0.045 1.088 0.369 0.916 0.111 0.029 0.740 0.096 0.066 2.360 3.358 0.296 0.626 0.603 0.559 0.990 0.315 0.677 0.762 0.361 0.594 0.389 0.543 0.400 0.303 0.670 0.632 0.398 0.600 0.120 0.171 0.504 0.442 260 chr1 36688292 36692649 + 0 NA intron (NM_005119, intron 1 of 11) intron (NM_005119, intron 1 of 11) 453 NM_005119 9967 Hs.744057 NM_005119 ENSG00000054118 THRAP3 BCLAF2|TRAP150 thyroid hormone receptor associated protein 3 protein-coding 5.337 nan 4.100 4.059 7.940 3.069 3.776 1.905 3.686 1.464 3.856 3.307 1.675 1.280 2.169 2.507 4.137 0.554 3.253 1.088 3.413 1.759 2.586 1.186 5.737 2.250 2.317 2.190 3.334 1.278 3.389 4.798 3.421 9.171 1.592 3.191 0.418 5.371 0.121 1.029 1.878 6.040 2.856 1.193 2.408 1.158 2.960 8.127 2.917 4.196 2.302 1.271 2.507 4.091 3.103 5.737 1.546 1.520 0.649 4.381 2.139 1.950 1.885 1.391 1.781 2.207 1.390 3.488 2.894 6.728 9.272 9.141 7.939 nan 2.613 11.718 12.902 4.933 5.883 11.099 17.923 nan 4.229 4.118 6.545 2.188 3.096 5.811 5.402 2.779 nan 5172 chr18 13498577 13515184 + 0 NA intron (NM_181481, intron 3 of 5) Tigger6a|DNA|TcMar-Tigger 46934 NR_049822 100847080 NR_049822 ENSG00000266146 MIR5190 - microRNA 5190 ncRNA 1.323 1.616 0.587 0.021 0.691 1.214 0.039 1.139 2.485 0.028 0.106 0.044 0.008 0.179 1.311 0.498 0.195 0.078 0.072 0.012 0.012 0.025 1.011 0.362 6.250 0.062 0.022 0.026 0.075 0.006 0.064 0.081 0.127 1.844 0.027 0.055 0.185 0.069 0.106 0.288 0.117 0.033 0.028 0.040 0.023 0.070 0.105 0.127 0.115 0.028 0.044 0.498 0.046 0.011 6.250 0.030 0.115 0.082 0.072 1.124 0.024 0.507 0.207 0.005 0.007 0.003 0.521 0.611 0.339 0.709 4.066 3.564 0.503 0.255 0.559 0.647 0.084 0.166 1.173 2.083 0.448 0.292 0.316 0.506 1.584 0.516 0.142 0.363 1.626 1.161 2061 chr11 69703553 69722698 + 0 NA Intergenic Intergenic -78933 NM_005247 2248 Hs.37092 NM_005247 ENSG00000186895 FGF3 HBGF-3|INT2 fibroblast growth factor 3 protein-coding nan 0.687 1.384 0.275 0.032 0.134 2.575 0.168 0.259 0.105 0.070 0.100 0.007 0.032 0.051 0.369 0.051 0.050 0.453 0.218 0.030 0.253 0.081 0.090 0.050 0.158 0.049 0.050 0.089 0.350 2.291 12.378 0.102 0.649 0.640 0.036 0.094 0.062 0.098 0.024 0.037 0.197 0.062 0.028 1.209 0.114 3.040 0.200 0.140 0.056 0.321 0.694 0.369 0.220 0.053 0.050 0.538 0.618 0.213 0.236 0.117 0.293 0.015 0.020 0.024 0.315 0.496 0.328 0.219 0.169 0.262 1.161 0.791 0.225 0.072 0.368 0.373 0.125 0.223 0.174 0.142 1.359 1.514 0.182 0.246 0.622 0.665 0.091 0.165 0.198 0.353 3080 chr13 22632308 22641284 + 0 NA Intergenic Intergenic -147628 NR_103810 100506622 Hs.255773 NR_103810 ENSG00000276476 LINC00540 - long intergenic non-protein coding RNA 540 ncRNA 0.542 0.668 0.588 0.024 0.204 0.851 0.047 0.160 0.315 0.079 0.031 0.014 0.057 0.133 0.240 0.135 0.163 0.096 0.021 0.031 0.363 0.272 0.477 0.041 0.061 0.024 0.061 0.246 0.079 0.326 0.016 0.044 0.287 0.458 0.064 0.106 0.051 0.027 0.026 0.025 0.043 0.078 0.027 0.056 0.036 0.023 0.240 0.088 0.477 0.068 0.073 0.022 0.071 0.079 0.018 0.223 0.014 0.009 0.019 0.492 0.427 0.266 nan 0.385 0.556 0.079 0.020 0.108 0.115 0.298 0.472 0.315 0.239 0.447 0.144 0.291 0.592 0.779 0.522 0.234 0.152 5.428 2.430 10467 chr7 81819325 81845769 + 0 NA intron (NM_000722, intron 3 of 38) HERVL18-int|LTR|ERVL 194054 NR_110077 101927356 Hs.571348 NR_110076 ENSG00000223770 LOC101927356 - uncharacterized LOC101927356 ncRNA 1.148 0.791 1.042 0.047 0.336 0.118 0.234 0.484 0.830 0.004 0.126 0.537 0.005 0.052 0.124 0.213 0.181 0.072 0.084 0.007 0.055 0.036 0.479 0.364 0.520 0.021 0.008 0.014 0.072 0.008 0.055 0.108 0.144 0.592 0.033 0.369 0.382 0.127 0.128 0.018 0.120 0.111 0.025 0.006 0.008 0.017 0.127 0.182 0.212 0.126 0.033 0.060 0.213 0.060 0.045 0.520 0.184 0.047 0.088 0.063 0.115 0.030 0.056 0.290 0.046 0.013 0.012 0.443 0.321 0.204 0.255 0.520 0.674 4.485 1.078 0.138 0.133 0.977 1.281 0.603 0.589 0.587 0.300 0.144 0.213 2.994 3.603 1.074 nan 0.610 0.486 1144 chr1 223058772 223064280 + 0 NA intron (NM_001350630, intron 1 of 8) intron (NM_001350630, intron 1 of 8) 73103 NM_032890 84976 Hs.528817 NM_032890 ENSG00000154309 DISP1 DISPA dispatched RND transporter family member 1 protein-coding 1.124 nan 1.054 0.289 0.017 0.040 0.026 0.217 0.421 0.105 0.200 0.309 8.572 0.061 0.064 0.186 2.006 0.365 0.115 0.034 0.127 0.261 0.209 0.065 0.126 0.013 0.027 0.099 0.058 0.268 0.668 0.285 0.133 0.204 0.086 0.019 0.134 0.022 0.072 0.117 0.011 0.042 0.020 0.042 0.263 0.075 0.063 0.039 0.043 0.351 0.186 0.091 0.083 0.065 0.022 0.270 0.018 0.042 0.019 0.156 0.063 0.138 0.055 0.021 0.009 0.477 0.270 0.653 1.810 0.514 nan 0.232 0.141 0.395 0.495 0.370 0.589 0.325 0.366 0.529 0.206 0.115 0.208 0.467 0.513 0.301 0.805 0.789 0.491 11560 chr9 66486416 66495781 + 0 NA non-coding (NR_135128, exon 1 of 1) non-coding (NR_135128, exon 1 of 1) 3072 NR_135128 100132249 Hs.536982 NR_135128 LOC100132249 - uncharacterized LOC100132249 ncRNA 2.885 7.017 5.543 1.016 4.684 3.415 0.269 1.816 3.330 0.940 0.594 0.286 0.213 0.661 2.471 4.148 0.192 0.167 2.086 0.687 0.525 1.553 3.919 2.679 4.470 0.484 1.029 1.166 0.796 0.265 0.850 0.869 0.228 8.366 0.259 0.888 2.112 2.268 0.286 0.655 2.683 3.575 0.353 0.182 0.258 0.671 1.471 0.817 1.469 2.961 0.033 0.125 4.148 1.287 0.166 4.470 0.575 0.657 1.274 0.968 4.105 0.235 3.683 1.852 0.244 0.043 0.049 4.211 6.325 1.890 2.600 7.911 6.681 9.799 6.835 4.291 4.397 6.037 6.834 2.839 3.862 5.057 6.561 4.126 7.467 6.791 4.812 3.779 5.051 5.875 3.687 9609 chr6 36717992 36727553 + 0 NA intron (NM_020939, intron 13 of 20) intron (NM_020939, intron 13 of 20) 2414 NM_001314018 57699 Hs.372129 NM_020939 ENSG00000124772 CPNE5 COPN5|CPN5 copine 5 protein-coding nan 2.784 nan 0.226 1.113 4.797 4.911 0.161 0.456 0.272 0.391 0.125 0.026 0.075 2.084 0.728 0.313 0.210 1.143 1.069 0.126 0.043 0.624 0.180 0.389 1.897 1.099 0.057 0.300 0.825 1.933 6.813 1.546 4.461 0.678 0.106 0.190 0.114 0.107 0.287 0.174 0.946 2.402 1.363 2.454 0.128 0.593 0.304 0.238 0.561 0.139 2.045 0.728 0.824 1.027 0.389 0.773 0.656 0.287 0.877 0.158 0.181 0.082 0.116 0.120 0.036 0.037 0.738 1.161 0.412 nan nan 0.768 0.936 0.335 0.717 0.841 0.506 0.904 2.598 2.375 0.601 0.407 0.449 0.576 1.732 1.914 0.347 0.937 2.433 1.173 1723 chr10 134105731 134122898 + 0 NA intron (NM_001318878, intron 1 of 11) intron (NM_001318878, intron 1 of 11) 6412 NM_001318879 282974 Hs.469002 NM_173575 ENSG00000165752 STK32C PKE|YANK3 serine/threonine kinase 32C protein-coding 0.814 0.773 1.240 0.231 1.175 2.117 0.393 3.152 5.470 0.058 1.049 0.410 0.022 0.837 0.589 0.253 0.114 0.047 0.541 0.115 0.042 0.040 0.410 0.242 4.329 0.171 0.190 0.318 0.493 0.116 0.184 0.344 0.124 1.504 0.102 0.421 0.017 0.209 0.055 0.126 0.124 0.457 0.159 0.185 0.141 0.091 0.196 0.174 0.845 0.424 0.230 0.515 0.253 0.421 0.606 4.329 0.207 0.069 0.112 0.830 2.548 0.295 0.270 0.043 0.107 0.045 0.018 0.281 0.152 0.325 0.575 2.717 2.252 2.488 0.825 0.126 0.102 0.274 0.514 4.792 5.082 0.271 0.228 0.534 0.740 0.316 0.240 0.228 0.262 1.123 0.649 6750 chr2 237680000 237704923 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 214081 NM_020311 57007 Hs.471751 NM_020311 ENSG00000144476 ACKR3 CMKOR1|CXC-R7|CXCR-7|CXCR7|GPR159|RDC-1|RDC1 atypical chemokine receptor 3 protein-coding 1.171 nan 1.119 0.179 0.218 2.603 0.847 0.142 0.338 0.011 0.340 1.325 0.003 0.040 0.100 0.499 0.138 0.045 0.064 0.008 0.127 0.011 0.013 0.087 0.289 0.864 0.320 0.012 0.066 0.141 0.961 0.188 0.581 0.315 0.341 0.069 0.039 0.130 0.161 0.042 0.070 0.055 0.028 0.075 0.086 0.474 0.424 0.141 0.037 0.222 0.481 0.499 0.052 0.063 0.289 0.157 0.087 0.160 0.063 0.114 0.203 0.603 0.075 0.362 0.036 0.014 1.392 1.761 0.264 0.735 0.567 0.829 0.133 0.079 0.353 0.357 0.773 1.242 0.407 nan 0.683 0.423 0.473 0.680 0.075 0.140 0.243 0.319 0.128 0.214 2047 chr11 67793858 67809346 + 0 NA TTS (NR_039840) TTS (NR_039840) 238 NR_039840 100616403 NR_039840 ENSG00000284435 MIR4691 mir-4691 microRNA 4691 ncRNA nan 1.340 1.132 1.532 2.217 0.817 3.515 0.880 1.480 0.673 3.714 1.461 0.300 0.412 0.878 1.487 0.798 0.260 2.401 1.045 2.050 0.332 0.731 0.353 1.454 1.977 2.120 1.381 2.090 1.458 1.708 4.022 2.099 2.894 1.974 1.547 0.245 2.075 0.136 1.780 0.601 9.490 3.049 1.637 2.813 1.597 3.128 2.921 3.982 3.991 1.836 2.470 1.487 2.980 4.262 1.454 1.540 1.445 0.306 6.045 2.728 4.349 0.498 0.350 1.887 1.324 0.818 2.748 3.007 1.729 2.899 2.789 2.730 3.020 0.944 2.472 2.422 1.380 2.105 3.270 4.940 1.942 1.765 1.726 2.361 1.194 1.386 1.023 1.251 1.444 0.796 11020 chr8 66751210 66755693 + 0 NA intron (NM_001242318, intron 1 of 12) intron (NM_001242318, intron 1 of 12) 518 NM_001242318 5150 Hs.527119 NM_002603 ENSG00000205268 PDE7A HCP1|PDE7 phosphodiesterase 7A protein-coding 13.404 4.755 6.520 2.425 8.626 6.634 3.695 2.959 5.827 1.636 4.165 1.942 1.910 2.117 7.177 5.100 4.245 0.537 4.432 1.776 3.695 1.425 3.427 1.534 6.512 2.826 3.481 3.047 5.443 1.617 5.651 6.606 5.284 15.807 1.990 2.240 1.746 3.003 0.104 1.683 4.874 3.574 4.192 2.516 2.297 0.989 2.983 5.746 6.587 9.556 3.796 3.192 5.100 8.701 3.008 6.512 1.616 1.630 1.286 5.243 5.652 3.960 2.765 2.498 1.936 3.083 2.222 7.616 8.268 10.201 12.818 20.952 15.478 13.091 6.572 6.573 6.052 5.539 nan 5.951 9.448 nan 9.967 5.708 10.260 10.237 8.366 8.011 6.291 6.116 3.394 10654 chr7 129410608 129422847 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -1873 NR_029615 406959 NR_029615 ENSG00000207691 MIR183 MIRN183|miR-183|miRNA183 microRNA 183 ncRNA 4.255 1.083 6.329 0.923 1.617 2.465 0.406 1.061 2.138 0.273 0.399 0.260 1.071 0.383 5.027 1.008 0.133 0.113 1.325 0.311 0.484 0.204 0.616 0.355 5.588 0.719 0.603 0.757 2.336 0.268 1.123 1.356 3.177 2.692 0.441 0.418 0.204 1.371 0.127 0.183 4.308 1.258 0.483 0.293 0.406 0.487 0.551 0.636 1.370 1.805 1.122 0.518 1.008 2.373 0.787 5.588 0.320 0.616 2.153 3.241 0.838 0.557 2.992 0.920 0.410 0.278 0.189 3.989 4.617 1.825 3.023 3.728 2.463 2.955 0.846 3.673 3.547 0.824 1.151 1.488 2.898 3.093 4.040 3.735 6.285 1.186 1.045 2.783 3.744 1.464 0.973 144 chr1 21106891 21115620 + 0 NA intron (NM_016287, intron 1 of 12) AluY|SINE|Alu 1926 NM_016287 50809 Hs.142442 NM_016287 ENSG00000127483 HP1BP3 HP1-BP74|HP1BP74 heterochromatin protein 1 binding protein 3 protein-coding 4.695 2.603 nan 3.172 5.880 3.193 1.719 1.889 3.277 1.258 3.108 1.654 1.890 1.054 3.501 2.754 1.882 0.235 2.206 0.455 3.526 1.588 1.746 0.923 2.070 1.598 1.621 1.645 2.646 0.893 2.024 3.827 1.898 6.056 0.620 1.921 0.423 3.245 0.195 0.720 2.092 2.803 2.288 1.148 1.401 0.606 1.709 2.960 2.455 3.557 1.459 1.739 2.754 2.975 3.277 2.070 0.911 1.794 1.005 3.561 1.745 1.484 0.737 1.751 1.572 0.865 0.561 3.580 3.324 5.254 6.872 8.081 7.521 3.482 1.502 8.791 9.166 4.421 6.068 8.207 12.116 4.451 4.422 1.302 2.662 2.640 3.036 5.699 5.600 2.339 1.216 8726 chr5 4242407 4246965 + 0 NA Intergenic Intergenic -528908 NR_104619 101929153 Hs.385526 NR_104619 ENSG00000249521 LINC02114 - long intergenic non-protein coding RNA 2114 ncRNA 0.334 0.793 0.817 0.043 0.173 0.062 0.107 0.293 0.155 0.040 0.021 0.098 0.086 0.099 0.320 0.230 0.138 0.122 0.117 0.015 0.059 0.123 0.100 0.185 0.320 0.131 0.041 0.040 0.124 0.026 0.035 0.113 0.013 0.017 0.024 0.050 0.065 0.154 0.018 0.031 0.018 0.057 0.086 0.109 0.117 0.027 0.036 0.021 0.013 0.021 0.018 1.676 0.028 0.022 8.054 8.898 14.434 nan 0.327 0.534 0.074 0.079 0.078 0.083 0.161 0.369 nan 0.349 nan 0.338 3.306 5.753 0.051 0.071 0.121 0.252 0.152 nan 3696 chr14 75529348 75546622 + 0 NA exon (NM_001042430, exon 2 of 3) exon (NM_001042430, exon 2 of 3) 1705 NM_024643 79696 Hs.48642 NM_024643 ENSG00000119703 ZC2HC1C C14orf140|FAM164C zinc finger C2HC-type containing 1C protein-coding 3.320 1.844 1.328 1.158 2.696 2.360 0.865 1.023 2.016 0.232 0.928 1.245 0.435 0.396 4.037 2.040 1.191 0.336 0.405 0.319 2.055 0.561 0.662 0.508 2.303 1.242 1.105 0.289 1.374 0.688 0.823 1.895 1.358 4.487 0.601 1.635 0.364 1.230 0.128 0.426 1.225 1.151 0.898 0.398 0.638 0.502 2.117 0.979 1.078 1.522 0.939 1.153 2.040 0.405 1.834 2.303 0.631 0.699 0.663 1.461 0.969 0.842 1.008 0.271 1.174 0.776 0.448 2.192 2.715 1.689 2.553 3.684 3.569 2.264 1.142 6.876 7.552 1.178 1.760 3.928 nan 2.949 2.411 1.446 1.921 2.117 2.052 0.594 0.738 3.615 nan 5787 chr19 49997928 50001763 + 0 NA intron (NM_001015, intron 1 of 4) intron (NM_001015, intron 1 of 4) 223 NM_001015 6205 Hs.433529 NM_001015 ENSG00000142534 RPS11 S11 ribosomal protein S11 protein-coding 5.869 3.360 5.490 4.620 4.398 3.925 3.088 4.984 9.887 2.559 6.941 4.802 1.628 2.715 4.114 3.958 2.136 0.696 3.535 1.541 3.481 1.822 2.248 1.216 5.111 1.936 1.756 1.528 3.773 1.814 4.396 nan 4.642 7.508 2.684 4.447 1.072 5.347 0.270 1.698 2.357 6.208 4.734 2.088 3.842 1.727 6.866 2.656 5.982 4.147 4.096 2.601 3.958 5.338 1.929 5.111 4.174 4.865 1.903 4.424 2.824 2.553 2.058 3.949 2.212 2.312 1.581 5.909 5.192 6.279 9.320 9.804 10.282 13.450 8.665 23.443 25.912 5.815 7.703 10.926 15.061 11.868 12.120 4.323 7.016 6.142 8.484 6.913 9.693 5.370 2.531 906 chr1 179049893 179061478 + 0 NA intron (NM_022371, intron 3 of 5) AluY|SINE|Alu 4573 NM_022371 64222 Hs.584957 NM_022371 ENSG00000186283 TOR3A ADIR|ADIR2 torsin family 3 member A protein-coding nan nan nan 1.370 0.964 0.622 0.844 0.527 0.802 0.337 0.748 0.985 0.267 0.284 1.757 1.359 2.727 0.365 1.671 0.592 0.853 0.418 1.101 0.570 1.188 0.919 1.034 0.799 1.590 0.691 0.652 1.372 0.699 2.008 0.496 2.807 0.202 0.906 0.137 0.163 0.376 1.049 0.957 0.535 1.331 0.427 0.880 0.807 1.641 0.996 1.039 0.730 1.359 1.598 1.149 1.188 0.539 0.557 0.288 1.148 0.879 0.542 5.325 0.482 0.485 0.689 0.410 2.881 5.674 5.052 5.158 nan 1.500 2.059 0.853 2.148 2.360 0.971 1.771 2.188 3.012 0.995 1.106 5.085 10.458 1.876 1.684 1.060 nan 1.225 0.717 1349 chr10 14658524 14670309 + 0 NA intron (NM_001282695, intron 2 of 5) AluSg|SINE|Alu -17999 NM_001282696 83641 Hs.446315 NM_031453 ENSG00000065809 FAM107B C10orf45|HITS family with sequence similarity 107 member B protein-coding nan 0.869 0.678 0.080 0.698 0.029 0.109 0.317 0.526 0.024 0.058 0.320 0.021 0.025 0.090 0.333 0.189 0.246 0.141 0.048 0.261 0.035 0.330 0.295 0.801 0.076 0.041 0.050 0.064 0.018 0.034 0.187 0.071 1.011 0.012 0.095 0.078 0.037 0.083 0.010 0.020 0.062 0.043 0.013 0.092 0.265 0.144 0.578 0.036 0.148 0.518 0.333 0.078 0.008 0.801 0.090 0.167 0.107 0.104 0.017 0.075 0.092 0.083 0.073 0.009 0.013 0.735 0.467 0.438 0.383 1.026 0.988 10.163 2.620 0.151 0.150 0.446 0.700 0.387 0.429 0.404 0.258 0.155 0.236 0.811 0.503 0.280 0.619 1.932 1.012 177 chr1 25558069 25575040 + 0 NA Intergenic CpG 7456 NR_135785 57035 Hs.259412 NM_020317 ENSG00000117616 RSRP1 C1orf63|NPD014 arginine and serine rich protein 1 protein-coding 2.687 2.089 nan 1.841 3.649 2.652 1.284 1.075 2.255 0.689 1.964 1.352 0.902 1.070 2.597 1.904 1.285 0.188 1.593 0.459 1.921 1.003 1.140 0.656 0.949 1.499 1.421 1.239 1.778 0.601 2.468 3.985 2.272 6.201 0.942 1.165 0.162 2.681 0.127 0.592 0.997 2.514 1.343 0.754 1.409 0.288 1.294 1.359 1.734 2.747 1.151 1.147 1.904 1.965 2.274 0.949 0.807 1.331 0.763 2.736 1.351 1.246 1.129 0.776 0.949 0.638 0.457 2.696 3.217 2.689 3.976 5.127 5.025 2.902 1.363 5.729 5.946 2.649 3.649 3.933 5.455 3.331 3.202 2.012 3.091 1.220 1.599 1.859 3.633 2.156 1.070 7969 chr3 166794650 166819181 + 0 NA Intergenic Intergenic 190444 NR_135545 105374194 NR_135545 LOC105374194 inv3q26.1 uncharacterized LOC105374194 ncRNA 1.232 1.197 1.002 0.143 0.205 0.025 0.078 0.170 0.282 0.004 0.092 0.038 0.124 0.020 0.076 0.263 0.133 0.138 0.116 0.016 0.018 0.210 0.184 0.074 0.023 0.003 0.024 0.086 0.047 0.082 0.133 0.132 0.212 0.036 0.042 0.097 0.035 0.085 0.005 0.068 0.079 0.007 0.022 0.036 0.037 0.091 0.089 0.034 0.067 0.032 0.038 0.263 0.019 0.019 0.074 0.037 0.158 0.014 0.029 0.026 0.033 0.378 0.018 0.008 0.014 0.347 0.209 0.180 0.326 0.467 0.537 5.060 1.701 0.221 0.215 0.817 1.107 nan 0.350 nan 0.526 0.113 0.168 0.471 0.719 0.698 1.638 0.588 0.464 9509 chr6 25164469 25183040 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -35134 NR_027626 8418 Hs.484918 NR_002174 ENSG00000168405 CMAHP CMAH|CSAH cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid hydroxylase, pseudogene pseudo 0.924 0.780 nan 0.591 0.375 0.925 0.069 0.216 0.409 0.405 0.591 0.630 3.905 0.615 0.139 0.759 0.910 0.225 0.746 0.296 0.192 0.022 1.105 0.564 0.510 3.112 2.516 0.056 0.263 0.359 0.761 3.109 3.082 nan 0.598 0.487 0.210 0.062 0.115 0.096 0.146 3.383 0.233 0.167 1.869 0.165 0.830 0.388 0.219 0.137 0.110 0.951 0.759 0.505 0.980 0.510 0.218 3.824 0.058 0.518 0.285 0.646 0.053 0.060 0.997 0.025 0.008 0.483 0.317 0.419 nan 0.555 0.657 nan 0.450 0.288 0.235 0.313 0.479 1.129 1.114 0.405 0.218 0.184 0.263 1.220 1.172 0.214 0.304 0.832 0.611 2213 chr11 103489403 103507496 + 0 NA Intergenic Intergenic -222185 NR_039842 100616457 NR_039842 ENSG00000264200 MIR4693 - microRNA 4693 ncRNA 0.523 0.700 0.608 0.063 0.131 0.032 1.306 0.141 0.233 0.121 1.475 4.262 0.038 0.011 0.079 0.099 0.078 0.027 0.203 0.147 0.167 0.015 0.113 0.138 0.045 1.520 0.878 0.041 0.391 0.254 0.090 0.089 0.051 0.344 0.161 1.917 0.037 0.078 0.100 0.325 0.036 0.601 0.411 0.351 0.571 0.106 1.297 1.561 0.694 0.054 0.074 0.121 0.099 0.110 0.260 0.045 0.466 0.055 0.016 0.054 0.028 0.593 0.066 0.062 0.203 1.398 1.943 0.458 0.246 0.564 2.137 0.301 0.470 0.282 0.086 0.551 0.579 0.579 0.832 0.392 0.361 0.431 0.262 0.279 0.472 0.173 0.168 0.262 0.475 0.689 0.528 8035 chr3 174481403 174496153 + 0 NA Intergenic Intergenic -88333 NM_207015 254827 Hs.565848 NM_207015 ENSG00000177694 NAALADL2 - N-acetylated alpha-linked acidic dipeptidase like 2 protein-coding 0.937 1.144 0.684 0.692 0.197 0.050 0.057 0.245 0.395 0.026 0.057 0.044 0.034 0.060 0.018 0.203 0.209 0.185 0.101 0.090 5.210 0.159 0.208 0.085 0.010 0.015 0.129 0.021 0.138 0.264 0.707 0.220 0.159 0.576 0.046 0.059 0.068 0.008 0.053 0.062 0.012 0.016 0.045 0.015 0.202 0.136 0.050 0.048 0.263 0.586 0.203 0.058 0.019 0.085 0.075 0.180 0.007 0.016 0.041 0.107 0.040 0.043 0.010 0.035 0.017 0.313 0.171 0.227 0.350 0.274 0.430 0.839 0.289 0.291 0.277 0.443 0.641 0.345 0.287 0.627 0.247 0.119 0.158 0.153 0.170 0.271 0.502 0.552 0.488 3346 chr13 111203161 111215913 + 0 NA intron (NM_017817, intron 1 of 1) MLT1D-int|LTR|ERVL-MaLR 4547 NM_017817 55647 Hs.743563 NM_017817 ENSG00000139832 RAB20 - RAB20, member RAS oncogene family protein-coding 0.490 nan 0.798 0.634 1.013 5.420 1.421 0.376 0.695 0.484 1.296 0.710 0.762 0.566 0.721 0.472 0.193 0.152 4.023 1.761 0.044 0.022 0.136 0.141 1.043 0.697 0.545 0.174 0.635 0.716 3.218 6.139 1.443 1.440 0.458 2.500 0.023 0.222 0.059 0.492 0.081 1.210 0.671 0.460 1.164 0.427 3.174 0.741 0.511 0.084 1.437 1.205 0.472 4.479 0.624 1.043 0.426 2.462 0.038 0.433 0.596 0.584 0.188 0.058 0.928 0.441 0.214 0.507 0.295 0.810 1.280 0.788 0.798 2.024 0.534 0.306 0.212 0.076 0.076 4.030 4.566 0.298 0.219 0.705 1.134 0.225 0.226 0.117 0.316 0.145 0.175 2940 chr12 109946909 109968643 + 0 NA intron (NM_183415, intron 19 of 27) L3|LINE|CR1 42348 NM_183415 89910 Hs.374067 NM_130466 ENSG00000151148 UBE3B BPIDS|KOS ubiquitin protein ligase E3B protein-coding 1.227 0.858 nan 0.124 0.802 0.690 0.225 0.151 0.380 0.017 0.100 0.127 0.045 0.313 2.873 0.255 0.192 0.111 0.127 0.052 0.040 0.045 0.395 0.301 0.104 0.111 0.084 0.060 0.121 0.058 0.134 0.238 0.222 0.555 0.047 0.134 0.035 0.131 0.095 0.287 0.121 0.127 0.061 0.044 0.025 0.095 0.080 0.215 0.105 0.108 0.073 0.081 0.255 0.128 0.127 0.104 0.039 0.053 1.130 0.096 0.331 0.109 0.073 0.384 0.028 0.032 0.014 0.376 0.468 0.345 0.504 0.731 0.893 0.549 0.224 0.539 0.474 0.392 0.677 2.673 2.835 4.543 4.366 0.274 0.438 0.126 0.222 1.099 2.103 0.993 0.735 3072 chr13 20354206 20357988 + 0 NA intron (NM_001042414, intron 2 of 9) intron (NM_001042414, intron 2 of 9) 1079 NR_003272 55269 Hs.213198 NM_001042414 ENSG00000121390 PSPC1 PSP1 paraspeckle component 1 protein-coding 4.924 3.655 4.137 4.109 5.119 1.821 3.394 1.569 3.057 1.114 4.023 1.180 0.839 1.221 3.613 2.272 5.945 0.889 4.176 1.236 1.403 1.174 1.327 0.767 5.401 0.588 0.835 0.981 1.113 1.277 5.321 8.001 2.626 6.685 2.433 2.614 0.604 3.673 0.130 1.620 4.336 2.215 4.389 2.000 1.622 1.542 4.019 2.632 3.300 3.692 1.542 2.271 2.272 4.610 2.745 5.401 1.183 2.369 0.329 4.289 2.339 2.510 4.195 4.617 3.474 1.842 1.322 8.690 7.085 7.942 nan 15.778 14.696 5.036 2.586 7.633 7.635 4.508 5.934 4.307 8.305 9.217 8.784 5.937 11.578 2.439 2.937 14.717 11.709 4.278 2.321 11835 chr9 136704545 136709965 + 0 NA intron (NM_003371, intron 3 of 26) intron (NM_003371, intron 3 of 26) -102178 NM_007101 1757 Hs.198003 NM_007101 ENSG00000123453 SARDH BPR-2|DMGDHL1|SAR|SARD|SDH sarcosine dehydrogenase protein-coding 2.275 0.841 1.310 0.066 2.669 0.359 0.145 0.770 1.531 0.035 0.636 0.104 0.023 0.056 0.593 2.237 0.124 0.214 0.035 0.083 1.247 0.703 1.695 0.062 0.039 0.081 0.161 0.118 0.578 0.053 0.896 0.054 0.098 1.211 0.020 0.044 2.804 0.239 0.045 0.014 0.055 0.088 0.111 0.135 0.056 0.014 0.295 2.237 0.292 0.034 1.695 0.067 0.499 3.729 0.140 1.211 0.128 2.691 0.276 0.029 0.042 0.009 0.242 0.357 0.236 0.321 1.928 2.416 nan 0.312 1.067 0.956 0.241 0.307 2.295 3.526 2.173 2.658 1.497 2.163 2.756 3.339 0.483 0.733 2.378 1.222 4345 chr16 46886297 46900077 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -25105 NM_133443 84706 Hs.460693 NM_133443 ENSG00000166123 GPT2 ALT2|GPT 2|MRT49 glutamic--pyruvic transaminase 2 protein-coding 0.738 0.707 0.589 0.659 0.378 0.049 1.613 0.180 0.370 0.111 0.438 0.047 2.790 0.478 0.065 0.264 0.097 0.092 1.197 0.880 0.079 0.030 0.056 0.080 0.186 0.781 0.449 0.059 0.877 0.468 0.635 1.838 0.477 0.259 1.887 0.137 0.041 0.095 0.060 0.129 0.029 0.260 0.341 0.193 1.141 1.470 0.301 0.289 0.372 0.742 0.253 2.721 0.264 1.279 0.180 0.186 0.407 1.054 0.021 0.051 0.117 0.270 0.036 0.098 0.089 0.084 0.084 0.224 0.195 0.142 0.242 0.283 0.327 0.553 0.101 0.342 0.299 0.142 0.303 0.677 0.687 0.526 0.259 0.167 0.171 0.192 0.380 0.251 0.768 0.556 0.423 6601 chr2 206631420 206653386 + 0 NA TTS (NM_201267) TTS (NM_201267) 95179 NM_201264 8828 Hs.471200 NM_003872 ENSG00000118257 NRP2 NP2|NPN2|PRO2714|VEGF165R2 neuropilin 2 protein-coding 0.928 nan 0.873 0.545 0.260 2.653 0.886 0.183 0.444 0.039 0.238 0.151 0.017 0.092 0.838 0.745 0.139 0.051 0.468 0.181 0.027 0.032 0.203 0.204 0.748 0.267 0.085 0.035 0.171 0.208 0.348 1.412 0.321 4.831 1.234 0.082 0.260 0.034 0.065 0.360 0.105 0.063 0.019 0.014 0.090 0.349 0.092 0.173 0.274 0.044 0.007 0.333 0.745 0.314 0.190 0.748 0.251 0.341 0.159 0.072 0.352 0.157 0.041 0.216 0.102 0.087 0.051 0.302 0.153 0.237 0.438 0.769 0.637 1.468 0.922 0.463 0.557 0.596 0.971 2.358 2.226 0.513 0.360 0.180 0.237 0.515 0.856 0.436 0.977 1.112 0.696 3213 chr13 74264883 74296257 + 0 NA intron (NM_007249, intron 7 of 7) intron (NM_007249, intron 7 of 7) 142189 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.274 0.694 0.719 0.121 0.361 0.132 0.196 0.459 0.091 0.137 0.103 0.045 0.054 1.476 0.668 0.153 0.072 0.138 0.060 0.020 0.005 0.065 0.045 0.152 0.141 0.053 0.031 0.104 0.080 2.072 6.491 1.016 0.763 0.116 0.050 0.018 0.065 0.094 0.030 0.310 0.126 0.044 0.018 0.160 0.106 0.236 0.127 0.231 0.052 0.116 0.606 0.668 0.092 0.027 0.152 1.002 0.483 0.046 0.035 0.036 0.055 0.088 0.150 0.061 0.015 0.007 0.616 0.474 0.433 0.802 0.389 0.479 nan 0.260 0.165 0.132 0.126 0.145 0.173 0.179 nan 0.204 0.256 0.504 0.089 0.109 0.368 nan 0.233 0.183 7316 chr22 21102990 21113913 + 0 NA intron (NM_058004, intron 23 of 54) AluJo|SINE|Alu -19932 NM_000185 3053 Hs.474270 NM_000185 ENSG00000099937 SERPIND1 D22S673|HC2|HCF2|HCII|HLS2|LS2|THPH10 serpin family D member 1 protein-coding 0.883 nan 0.992 0.151 0.443 0.813 0.078 0.250 0.238 0.018 0.586 0.125 0.098 0.091 0.155 0.248 0.158 0.147 0.253 0.070 0.058 0.051 0.225 0.175 0.155 0.107 0.119 0.164 0.126 0.047 0.188 nan 0.739 0.726 0.040 0.179 0.026 0.089 0.087 0.033 0.203 0.110 0.055 0.036 0.138 0.043 0.122 0.149 0.142 0.147 0.036 0.123 0.248 0.118 0.093 0.155 0.055 0.068 0.170 0.079 0.397 0.133 0.087 0.292 0.229 0.032 0.005 1.842 2.631 0.943 0.910 0.487 0.490 0.920 0.200 0.446 0.465 0.766 1.135 1.165 1.289 0.576 0.510 0.220 0.379 0.123 0.123 0.459 1.004 4.009 1.935 9943 chr6 135553615 135582319 + 0 NA Intergenic MER41A|LTR|ERV1 7669 NR_030317 693126 NR_030317 ENSG00000207689 MIR548A2 MIRN548A2 microRNA 548a-2 ncRNA 0.910 0.911 1.136 0.063 0.447 0.092 0.086 0.385 0.671 0.003 0.052 0.070 0.020 0.067 0.099 0.179 0.067 0.061 0.114 0.059 0.024 0.034 0.148 0.067 0.330 0.032 0.014 0.031 0.069 0.078 0.192 0.999 0.308 0.490 0.046 0.041 0.030 0.042 0.124 0.128 0.066 0.067 0.046 0.033 0.114 0.112 0.148 0.098 0.054 0.101 0.008 0.070 0.179 0.149 1.118 0.330 0.030 0.153 0.077 0.031 0.089 0.075 13.429 0.168 0.018 0.026 0.009 2.190 1.992 2.773 2.822 0.459 0.560 nan 0.821 2.155 2.270 0.232 0.342 0.556 0.608 0.602 0.442 15.503 19.841 0.196 0.274 0.414 nan 0.497 0.415 11572 chr9 71135161 71140274 + 0 NA intron (NM_021965, intron 10 of 10) intron (NM_021965, intron 10 of 10) 18066 NM_153237 169693 Hs.663056 NM_153237 ENSG00000181778 TMEM252 C9orf71 transmembrane protein 252 protein-coding nan nan nan 0.042 0.119 0.047 0.069 0.180 0.153 0.019 0.089 0.037 0.048 0.119 0.162 0.062 0.020 0.037 0.031 0.141 0.070 0.043 0.015 0.093 0.020 0.077 0.371 0.085 0.242 0.086 0.106 0.019 0.087 0.030 0.054 0.047 0.085 0.075 0.119 0.032 0.027 0.015 0.482 0.119 0.101 0.070 0.339 0.068 0.078 0.052 1.198 0.143 0.015 0.011 0.610 0.473 8.701 nan 0.355 nan 0.081 0.060 3.286 3.819 0.358 0.349 0.113 0.117 0.174 0.029 1.057 2.263 0.073 0.096 0.061 0.188 0.556 0.437 7774 chr3 116141151 116173757 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 1 of 8) intron (NM_001318915, intron 1 of 8) 6931 NM_002338 4045 Hs.26409 NM_002338 ENSG00000185565 LSAMP IGLON3|LAMP limbic system associated membrane protein protein-coding 1.430 nan 0.673 0.182 0.300 0.101 0.065 0.954 1.857 0.006 0.050 0.072 0.030 0.114 0.083 0.303 0.103 0.124 0.040 0.018 0.013 0.034 2.675 1.751 0.298 0.019 0.015 0.002 0.054 0.010 0.114 0.418 0.046 0.254 0.018 0.165 0.362 1.098 0.086 0.036 0.174 0.073 0.016 0.007 0.017 0.026 0.042 0.157 0.045 0.044 0.007 0.043 0.303 0.057 0.014 0.298 0.053 0.048 0.214 0.016 0.090 0.029 0.581 0.125 0.012 0.032 0.011 1.456 2.146 1.451 1.062 0.491 nan 1.977 0.700 1.266 1.288 nan 4.326 0.360 0.389 1.443 1.053 0.552 1.355 1.242 1.380 0.206 0.422 1.087 0.748 493 chr1 86033626 86055020 + 0 NA promoter-TSS (NM_001134445) promoter-TSS (NM_001134445) -277 NM_001134445 23576 Hs.713411 NM_012137 ENSG00000153904 DDAH1 DDAH|DDAH-1|DDAHI|HEL-S-16 dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 protein-coding 1.306 nan nan 4.012 0.453 0.050 2.319 0.172 0.277 1.000 4.255 2.692 1.870 0.129 0.070 0.708 2.816 0.279 1.539 0.556 3.945 0.739 0.110 0.082 0.179 2.152 2.546 1.788 2.045 1.403 0.981 1.244 1.875 0.933 1.117 0.764 6.127 0.200 0.926 0.243 8.907 3.444 1.306 2.017 2.864 2.006 3.330 0.940 3.362 0.513 1.300 0.708 3.530 4.845 0.179 0.348 0.336 0.122 3.085 0.034 2.038 0.065 0.098 1.603 4.259 3.965 0.365 0.284 2.885 6.314 0.578 0.533 0.445 0.095 0.815 0.957 0.654 1.259 0.907 1.219 0.618 0.563 0.242 0.431 0.119 0.151 0.462 0.820 0.497 0.471 4795 chr17 41735897 41755894 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -6633 NM_001040002 4222 Hs.438 NM_004527 ENSG00000005102 MEOX1 KFS2|MOX1 mesenchyme homeobox 1 protein-coding 1.084 1.100 nan 0.179 0.175 0.134 0.314 0.168 0.498 0.646 0.286 0.225 0.393 0.085 0.093 0.382 1.623 0.278 0.286 0.104 0.058 0.049 0.188 0.137 0.144 0.370 0.183 0.254 0.094 0.164 0.515 nan 0.610 0.814 0.044 0.202 0.053 0.162 0.065 0.088 0.051 1.614 0.075 0.094 0.038 0.102 0.544 0.510 0.433 0.111 0.063 0.169 0.382 0.289 0.071 0.144 0.139 2.483 0.170 3.617 0.091 0.241 0.040 0.328 0.119 0.040 0.030 0.503 0.525 0.567 1.147 0.625 nan 0.550 0.151 0.586 0.687 0.302 0.545 0.219 nan 0.999 0.526 0.365 0.300 0.174 0.207 0.647 1.841 0.357 0.395 1436 chr10 34972275 35030799 + 0 NA intron (NM_019619, intron 1 of 24) intron (NM_019619, intron 1 of 24) 102716 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.702 0.790 0.854 0.399 0.109 0.022 1.547 0.542 0.986 0.181 0.866 2.456 0.220 0.026 0.187 0.234 1.459 0.352 0.672 0.379 2.055 0.033 0.113 0.112 0.576 1.396 0.880 0.099 0.315 0.485 0.212 0.839 0.437 0.353 0.225 0.459 0.049 0.131 0.080 0.787 0.096 0.156 0.166 0.139 0.546 0.697 0.324 0.247 0.796 0.145 0.513 0.692 0.234 0.743 9.395 0.576 0.634 0.449 0.127 0.155 0.102 0.585 0.062 0.112 0.584 0.191 0.122 0.289 0.286 0.746 nan 0.739 0.756 0.789 0.220 0.537 0.529 0.444 0.748 0.784 0.962 0.325 0.240 0.167 0.246 0.168 0.236 0.338 0.685 0.573 0.403 3719 chr14 78662244 78672369 + 0 NA intron (NR_073547, intron 1 of 20) MIR3|SINE|MIR 30590 NR_073547 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.199 0.939 1.140 0.048 0.079 4.620 0.055 0.647 1.115 0.009 0.022 0.054 0.012 0.049 2.093 1.046 0.148 0.064 0.021 0.018 0.014 0.323 0.219 1.407 0.029 0.022 0.074 0.103 0.173 0.147 4.509 0.053 0.432 0.131 0.117 0.012 0.819 0.073 0.036 0.008 0.060 0.105 0.108 0.073 0.081 0.008 0.086 1.046 0.021 0.019 1.407 0.056 0.293 0.052 0.062 0.010 0.037 0.053 0.011 0.015 0.362 0.154 0.088 0.144 2.388 1.839 2.379 0.627 0.192 0.153 0.562 0.984 1.692 nan 0.534 0.277 0.071 0.169 1.803 2.230 0.134 0.206 3.791 nan 4699 chr17 31441858 31472277 + 0 NA intron (NM_001094, intron 1 of 9) LTR32|LTR|ERVL 137198 NM_001317225 124912 Hs.434112 NM_173847 ENSG00000141316 SPACA3 ALLP17|CT54|LYC3|LYZC|LYZL3|SLLP1 sperm acrosome associated 3 protein-coding nan 1.045 0.412 0.059 0.130 4.576 0.068 0.369 0.748 0.032 0.109 0.029 0.006 0.030 1.192 0.134 0.069 0.037 0.063 0.013 0.050 0.005 0.047 0.070 0.058 0.073 0.047 0.020 0.082 0.011 0.047 0.066 0.096 2.370 0.010 0.166 0.037 0.074 0.092 0.015 0.060 0.127 0.020 0.013 0.048 0.025 0.108 0.198 0.565 0.018 0.026 0.162 0.134 0.082 0.018 0.058 0.213 0.046 0.009 0.042 0.490 0.057 0.016 0.028 0.012 0.030 0.020 0.344 0.191 0.084 0.128 nan 0.234 0.163 0.081 0.141 0.114 0.106 0.238 0.562 0.525 nan 0.136 0.111 0.137 0.061 0.094 0.154 0.255 1.596 1.000 5506 chr19 5169841 5178838 + 0 NA Intergenic Charlie25|DNA|hAT-Charlie 166475 NM_002850 5802 Hs.744928 NM_002850 ENSG00000105426 PTPRS PTPSIGMA|R-PTP-S|R-PTP-sigma protein tyrosine phosphatase, receptor type S protein-coding 0.621 0.561 0.698 0.691 0.169 0.025 4.124 0.106 0.311 0.721 1.501 2.602 1.887 0.056 0.050 0.574 0.105 0.178 2.101 1.625 3.458 0.077 0.087 0.092 0.146 4.450 4.757 0.553 1.011 0.892 0.186 0.239 0.244 0.404 0.943 1.919 0.032 0.098 0.132 0.865 0.035 6.341 0.742 0.468 0.702 0.387 2.349 5.577 2.558 1.928 1.288 2.783 0.574 1.781 0.670 0.146 1.798 3.030 0.065 0.614 0.066 5.630 0.013 1.853 5.874 5.829 0.277 0.257 0.154 0.441 0.424 0.484 0.369 0.114 0.213 0.223 0.381 0.692 0.425 nan 0.551 0.338 0.147 0.139 0.099 0.197 0.110 0.212 0.481 0.508 6543 chr2 190007876 190101271 + 0 NA Intergenic Intergenic -9968 NM_000393 1290 Hs.445827 NM_000393 ENSG00000204262 COL5A2 EDSC|EDSCL2 collagen type V alpha 2 chain protein-coding 0.734 nan 0.796 0.204 0.105 0.146 0.435 0.100 0.187 0.330 0.374 0.619 0.114 0.033 0.053 0.119 0.835 0.133 0.415 0.205 0.145 0.647 0.079 0.106 0.060 0.370 0.187 0.593 0.242 0.159 0.211 0.506 0.305 0.285 0.444 7.382 0.011 0.859 0.092 0.149 0.073 0.377 0.097 0.058 0.207 0.073 0.106 0.402 0.855 0.056 0.143 0.460 0.119 0.127 0.150 0.060 0.252 0.157 0.015 0.220 0.106 0.367 0.036 0.062 0.294 0.023 0.013 0.389 0.301 0.353 0.507 0.134 0.176 0.217 0.103 0.405 0.437 nan 0.842 0.335 0.299 0.365 0.134 0.139 0.231 0.047 0.055 0.270 nan 0.313 0.357 9388 chr6 2836543 2860275 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 5932 NR_039788 100616285 NR_039788 ENSG00000266750 MIR4645 mir-4645 microRNA 4645 ncRNA 1.602 1.633 0.869 2.504 0.374 0.193 2.816 0.891 1.355 0.145 2.833 3.093 0.720 0.691 1.084 1.381 2.273 0.358 2.459 1.073 0.548 0.254 0.279 0.178 0.947 2.961 2.510 0.452 1.636 1.994 2.235 5.770 1.707 0.272 1.363 2.266 0.048 0.246 0.102 0.492 0.162 4.449 3.407 1.482 2.093 1.537 1.074 2.445 2.147 1.093 0.932 1.234 1.381 3.044 0.772 0.947 1.068 0.462 0.175 0.963 0.488 1.531 0.899 0.203 2.619 0.189 0.101 0.806 1.284 1.215 2.292 0.835 0.873 1.391 0.320 1.147 1.200 0.512 0.761 1.163 1.905 0.701 0.536 0.672 1.117 0.323 0.354 0.477 0.875 0.445 0.431 10929 chr8 42347474 42362240 + 0 NA intron (NM_006749, intron 1 of 10) MER5A|DNA|hAT-Charlie 4121 NM_001257180 6575 Hs.653173 NM_006749 ENSG00000168575 SLC20A2 GLVR-2|GLVR2|IBGC1|IBGC3|MLVAR|PIT-2|PIT2|RAM1|Ram-1 solute carrier family 20 member 2 protein-coding 0.887 nan 1.690 3.374 0.165 0.172 1.766 0.401 0.649 0.536 0.245 0.357 3.009 0.344 0.294 0.249 0.605 0.250 1.730 0.874 0.084 0.244 0.232 0.308 0.533 0.615 0.173 0.137 0.829 3.230 0.322 0.834 3.756 0.673 1.398 0.143 0.213 0.154 0.122 0.064 0.027 0.611 0.254 0.254 2.220 1.161 1.919 0.346 0.835 0.082 0.580 4.605 0.249 3.581 0.049 0.533 2.234 1.671 0.053 0.092 0.190 0.183 0.168 0.232 0.056 0.076 0.017 0.439 0.399 0.652 2.151 1.583 1.455 1.162 0.217 0.463 0.488 0.564 0.854 0.437 0.514 0.851 0.565 0.264 0.334 1.749 2.196 0.617 0.893 2.102 1.341 4493 chr16 85831580 85834700 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318802) promoter-TSS (NM_001318802) 8 NM_006067 10328 Hs.173162 NM_006067 ENSG00000131148 EMC8 C16orf2|C16orf4|COX4NB|FAM158B|NOC4 ER membrane protein complex subunit 8 protein-coding 5.791 3.620 3.990 5.668 6.613 1.677 2.840 2.296 4.849 1.392 6.526 5.046 0.300 3.816 3.135 10.728 2.866 0.411 6.243 1.835 3.874 1.996 1.617 1.116 6.944 4.139 4.576 3.940 4.799 0.913 3.040 3.789 3.821 8.341 2.295 4.806 0.639 3.321 0.090 2.236 2.336 6.143 9.699 6.128 2.810 2.080 3.845 2.417 6.423 9.247 4.396 4.404 10.728 9.538 3.954 6.944 2.494 3.187 2.287 6.466 4.583 2.600 1.033 1.555 2.065 2.194 1.348 5.804 4.506 8.035 11.862 7.382 5.893 7.136 3.556 11.594 10.634 2.971 3.668 7.269 11.969 7.583 7.859 2.435 5.854 3.647 3.908 3.819 4.757 2.992 1.726 2752 chr12 65058404 65086866 + 0 NA intron (NM_178169, intron 1 of 4) MIRb|SINE|MIR -56250 NR_037515 100500856 NR_037515 ENSG00000266016 MIR548Z - microRNA 548z ncRNA 1.215 0.937 1.435 1.282 1.063 0.149 1.231 0.327 0.529 0.435 0.675 2.538 0.752 0.614 0.230 2.119 1.312 0.379 0.468 0.340 0.445 0.088 1.033 0.695 1.540 1.656 1.157 0.154 0.556 0.311 1.204 2.872 1.356 4.147 0.448 4.764 1.353 0.114 0.071 0.463 0.929 0.398 0.593 0.351 0.606 1.035 0.715 0.660 2.250 0.458 0.617 2.206 2.119 0.511 2.892 1.540 0.890 1.040 0.429 0.327 2.180 0.705 0.097 0.396 0.228 0.034 0.018 0.358 0.396 0.478 1.254 2.404 nan 2.383 0.530 0.403 0.464 1.153 1.725 3.174 3.219 0.865 0.511 0.273 0.371 3.169 4.573 0.376 0.810 2.846 1.423 5750 chr19 47351688 47383570 + 0 NA Intergenic Intergenic -13377 NM_004069 1175 Hs.119591 NM_004069 ENSG00000042753 AP2S1 AP17|CLAPS2|FBH3|FBHOk|HHC3 adaptor related protein complex 2 subunit sigma 1 protein-coding 2.214 1.625 2.073 1.783 1.480 1.116 1.378 0.799 1.494 1.612 2.409 2.263 0.360 0.558 2.554 0.960 1.311 0.376 1.008 0.268 2.137 0.461 0.678 0.403 1.292 0.780 0.676 1.601 1.058 0.406 0.747 nan 3.210 2.348 0.541 1.765 0.337 1.413 0.149 0.868 0.539 1.893 1.040 0.505 0.375 0.473 1.926 0.944 2.149 1.182 1.749 1.060 0.960 1.092 2.222 1.292 0.635 1.415 0.563 1.281 0.929 1.194 0.429 0.792 1.119 0.904 0.744 1.277 1.269 1.319 2.253 2.301 2.206 2.557 1.159 2.975 3.130 1.719 2.281 2.744 3.620 1.907 1.855 0.925 1.607 1.131 1.464 1.970 3.186 1.745 0.867 6913 chr20 30421473 30434476 + 0 NA Intergenic Intergenic 5446 NM_004118 2307 Hs.516971 NM_004118 ENSG00000179772 FOXS1 FKHL18|FREAC10 forkhead box S1 protein-coding 2.202 1.278 0.792 1.221 0.243 0.248 0.387 0.112 0.386 0.396 0.239 4.462 0.029 0.062 0.136 0.374 1.532 0.484 0.399 0.363 0.105 0.150 0.144 0.083 0.154 1.814 0.857 0.229 0.182 0.106 0.272 nan 0.211 0.420 0.569 0.327 0.059 0.217 0.093 0.769 0.091 0.397 0.304 0.165 0.116 0.265 0.174 1.229 0.713 3.547 0.060 0.180 0.374 0.341 1.087 0.154 0.114 0.065 0.255 0.345 0.405 0.498 0.106 0.163 0.451 0.040 0.023 1.137 1.691 0.331 0.558 0.426 nan 1.305 0.573 0.369 0.460 0.555 1.088 0.595 0.588 1.059 0.842 0.698 0.663 0.203 0.339 0.450 nan 0.614 0.368 1993 chr11 63885082 63921278 + 0 NA intron (NM_014067, intron 3 of 10) intron (NM_014067, intron 3 of 10) 30405 NM_014067 28992 Hs.602898 NM_014067 ENSG00000133315 MACROD1 LRP16 MACRO domain containing 1 protein-coding nan 1.582 1.030 0.075 0.829 6.841 0.241 0.367 0.925 0.019 0.200 0.109 0.036 0.063 1.230 1.080 0.148 0.089 0.097 0.026 0.038 0.073 0.303 0.269 0.486 0.082 0.036 0.161 0.090 0.030 0.138 0.471 0.300 3.101 0.097 0.109 0.153 0.132 0.086 0.029 0.091 0.188 0.090 0.065 0.033 0.070 0.106 0.180 0.258 0.161 0.074 0.078 1.080 0.136 0.036 0.486 0.030 0.073 0.885 0.174 0.239 0.194 0.584 0.668 0.157 0.032 0.010 1.106 2.024 0.369 0.570 1.459 1.462 0.751 0.345 0.537 0.594 1.247 1.892 1.621 2.001 2.930 3.057 0.767 1.087 0.712 0.658 0.980 2.879 1.255 0.702 11437 chr9 7326048 7343512 + 0 NA Intergenic Intergenic 465026 NM_001318058 90871 Hs.7517 NM_033428 ENSG00000137038 DMAC1 C9orf123|TMEM261 distal membrane arm assembly complex 1 protein-coding 0.705 1.523 0.955 0.054 0.081 7.473 0.064 0.137 0.202 0.006 0.040 0.011 0.011 0.006 0.678 0.244 0.111 0.101 0.037 0.033 0.014 0.008 0.116 0.132 0.165 0.032 0.008 0.025 0.047 0.028 0.031 0.033 1.263 0.009 0.138 0.075 0.037 0.098 0.096 0.011 0.017 0.018 0.019 0.040 0.039 0.124 0.068 0.040 0.028 0.023 0.244 0.038 0.024 0.165 0.028 0.052 0.017 0.017 1.952 0.029 0.051 0.079 0.017 0.030 0.006 0.221 0.104 0.352 0.246 0.858 0.872 1.316 0.385 0.137 0.092 0.499 0.948 0.877 0.780 0.594 0.395 0.091 0.216 0.382 0.521 0.226 nan 1.832 1.395 1499 chr10 65456960 65480895 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -187092 NM_001322258 221037 Hs.413416 NM_004241 ENSG00000171988 JMJD1C KDM3C|TRIP-8|TRIP8 jumonji domain containing 1C protein-coding 1.109 nan 1.278 0.929 0.709 4.946 1.229 0.765 1.390 0.344 1.003 2.786 0.098 0.779 1.027 0.945 2.182 0.141 0.504 0.380 0.097 0.099 1.091 0.411 0.307 0.569 0.247 0.022 0.604 0.339 0.904 3.183 0.175 4.095 0.525 1.303 0.466 0.057 0.089 0.453 0.083 0.372 0.106 0.101 0.511 0.164 0.452 0.380 0.654 0.778 0.483 0.568 0.945 0.366 0.762 0.307 0.374 0.642 0.097 0.478 3.671 0.667 0.173 0.279 0.531 0.269 0.248 0.427 0.457 0.737 1.560 0.653 0.675 2.013 0.390 0.354 0.387 1.280 1.587 2.162 1.609 0.493 0.468 0.180 0.301 1.358 1.303 0.337 nan 2.197 1.074 919 chr1 181038893 181048824 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -13780 NM_016545 51278 Hs.15725 NM_016545 ENSG00000162783 IER5 SBBI48 immediate early response 5 protein-coding nan nan 1.303 0.124 0.045 0.133 0.260 0.129 0.371 0.203 0.694 0.085 0.025 0.010 0.266 0.447 4.229 0.852 0.156 0.191 0.071 0.014 0.188 0.195 0.133 0.175 0.066 0.037 0.189 0.915 0.081 0.526 0.161 0.387 0.146 0.101 0.104 0.143 0.126 0.012 0.116 0.130 0.528 0.391 0.178 0.131 0.169 2.033 0.338 0.144 0.090 0.159 0.447 0.200 0.143 0.133 0.111 0.083 0.174 0.076 0.082 0.590 0.121 1.037 0.398 0.186 0.077 0.640 0.723 2.569 11.196 0.434 nan 0.589 0.162 nan 0.509 0.590 0.951 0.292 0.277 0.721 0.384 0.508 0.722 0.186 0.330 0.906 nan 0.790 0.570 400 chr1 55928844 55947068 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL 246642 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.366 0.771 1.043 0.086 0.131 0.089 3.916 0.062 0.294 0.037 0.149 0.309 0.027 0.038 0.097 0.365 0.263 0.160 0.277 0.463 0.139 0.060 0.124 0.112 0.873 0.354 0.048 0.101 0.383 0.089 nan 0.198 0.445 0.386 0.118 0.026 0.024 0.142 0.188 0.082 0.465 0.073 0.077 1.696 0.250 0.321 0.253 0.871 0.097 0.725 0.944 0.365 0.121 0.688 0.112 0.395 0.315 0.182 0.182 0.061 0.455 0.060 0.237 0.205 0.019 0.020 0.376 0.309 0.292 0.829 0.513 0.706 0.135 0.050 0.337 0.417 0.876 1.365 0.572 0.474 0.376 0.166 0.148 0.290 0.044 0.044 0.299 nan 0.674 0.550 7984 chr3 169062087 169085262 + 0 NA intron (NM_001205194, intron 1 of 15) intron (NM_001205194, intron 1 of 15) -91981 NR_134932 105374205 NR_134932 ENSG00000241479 LOC105374205 - uncharacterized LOC105374205 ncRNA 1.703 1.387 1.132 2.711 0.691 0.017 0.354 0.286 0.522 0.008 0.087 1.262 0.020 0.043 0.100 0.227 0.310 0.125 0.133 0.066 0.030 0.012 0.757 0.536 0.823 0.042 0.019 0.022 0.182 0.480 0.113 0.212 0.704 0.223 0.214 0.103 0.299 0.043 0.072 0.056 0.031 0.060 0.060 0.051 0.290 0.222 0.407 0.338 0.053 0.081 0.105 0.111 0.227 0.101 0.159 0.823 0.263 0.050 0.021 0.015 0.144 0.103 0.086 0.256 0.118 0.015 0.007 0.322 0.269 0.233 0.332 1.273 1.671 0.281 0.165 0.241 0.240 0.173 0.390 nan 1.077 nan 0.543 0.226 0.291 1.623 1.574 0.408 0.876 1.953 1.001 9832 chr6 107419021 107459108 + 0 NA Intergenic Intergenic -3428 NM_001080450 57673 Hs.418045 NM_001080450 ENSG00000178409 BEND3 KIAA1553 BEN domain containing 3 protein-coding 2.054 nan nan 0.366 1.282 0.928 0.207 0.688 1.218 0.112 0.353 0.366 0.112 0.287 1.031 1.249 0.162 0.133 0.572 0.203 0.057 0.540 0.376 0.197 0.919 0.778 0.607 0.200 0.397 0.055 0.508 1.499 0.564 1.872 0.080 0.361 0.526 0.849 0.134 0.076 0.593 0.411 0.378 0.175 0.144 0.156 0.469 0.221 0.521 0.781 0.315 0.361 1.249 0.578 0.244 0.919 0.171 0.228 0.352 0.763 0.751 0.176 0.409 0.537 0.173 0.085 0.053 9.049 10.499 0.798 0.930 1.341 nan 1.756 0.612 1.348 1.283 1.098 1.376 1.098 1.369 nan 1.882 0.514 1.157 1.781 1.410 1.385 1.583 0.877 0.534 633 chr1 120572527 120613489 + 0 NA intron (NM_024408, intron 1 of 33) intron (NM_024408, intron 1 of 33) 19309 NM_001200001 4853 Hs.487360 NM_024408 ENSG00000134250 NOTCH2 AGS2|HJCYS|hN2 notch 2 protein-coding 3.084 2.638 4.521 1.593 0.703 0.209 1.302 0.289 0.529 1.040 1.092 1.719 0.997 0.223 0.346 0.402 2.277 0.421 1.603 0.693 0.301 0.606 0.380 0.401 0.269 0.792 0.599 0.791 1.039 0.778 2.798 6.733 1.754 4.422 1.023 0.660 0.121 0.918 0.311 1.226 0.269 1.138 0.734 0.509 1.119 0.725 1.830 1.466 0.714 0.880 1.631 2.833 0.402 1.588 1.465 0.269 0.936 0.674 0.042 1.511 0.501 1.177 1.388 0.642 0.633 0.516 0.250 1.457 1.132 2.538 4.608 0.990 1.135 0.379 0.225 1.323 1.258 1.014 1.463 3.677 3.896 0.644 0.334 1.996 3.200 0.475 0.583 1.546 4.026 1.144 0.996 5963 chr2 25193473 25196997 + 0 NA promoter-TSS (NM_001198559) promoter-TSS (NM_001198559) 254 NR_034113 729723 Hs.436366 NR_034113 ENSG00000224165 DNAJC27-AS1 - DNAJC27 antisense RNA 1 ncRNA 8.969 4.139 7.614 4.075 7.359 4.121 3.642 6.322 8.798 1.571 5.605 4.541 2.290 2.120 8.094 7.171 3.644 0.567 5.673 2.505 7.203 4.289 4.404 2.425 4.293 2.365 3.279 3.267 5.656 1.464 9.606 10.099 5.336 22.594 2.083 6.674 1.149 8.383 0.199 2.949 5.550 10.283 4.959 2.097 2.724 2.763 4.921 4.396 6.938 5.449 6.896 4.306 7.171 8.566 6.970 4.293 3.112 3.657 3.233 7.224 4.804 4.944 4.566 3.781 4.056 5.408 3.707 6.879 8.621 11.135 15.694 15.937 14.721 12.264 9.783 36.496 39.244 7.240 8.964 14.280 22.201 9.895 11.630 8.383 12.023 7.160 6.443 10.857 9.917 5.576 3.236 1372 chr10 19039663 19044889 + 0 NA Intergenic LTR9|LTR|ERV1 94012 NM_178815 221079 Hs.25362 NM_178815 ENSG00000165997 ARL5B ARL8 ADP ribosylation factor like GTPase 5B protein-coding nan 0.592 0.507 0.027 1.421 0.022 0.040 0.183 0.338 0.087 0.053 0.077 0.034 0.073 0.188 0.124 0.081 0.050 0.334 0.141 0.184 0.013 0.025 0.047 0.178 0.053 0.154 0.056 0.030 0.073 0.010 0.085 0.023 0.015 0.076 0.023 0.030 0.062 0.014 0.056 0.154 0.109 0.055 0.060 0.546 0.073 0.054 0.184 0.800 0.047 0.036 0.045 0.173 0.046 0.209 0.046 0.015 0.022 0.020 2.350 3.091 0.350 0.293 0.237 0.361 17.305 12.264 0.316 0.253 0.097 0.308 2.405 1.833 0.230 0.074 0.303 0.653 1.263 1.031 0.141 0.211 0.525 0.584 7551 chr3 29350125 29416270 + 0 NA intron (NM_001003792, intron 1 of 13) intron (NM_001003792, intron 1 of 13) 60394 NM_001177711 27303 Hs.221436 NM_014483 ENSG00000144642 RBMS3 - RNA binding motif single stranded interacting protein 3 protein-coding 0.552 0.744 0.519 0.134 0.081 0.108 0.212 0.165 0.380 0.078 0.259 0.442 0.624 0.032 0.059 0.083 0.957 0.111 0.221 0.083 0.425 0.092 0.100 0.106 0.076 0.242 0.105 0.060 0.442 0.164 0.157 0.360 0.405 0.279 0.139 0.488 0.036 3.654 0.141 0.181 0.060 0.077 0.037 0.038 0.185 0.181 0.061 0.296 0.108 0.126 0.006 0.061 0.083 0.187 1.065 0.076 0.042 0.024 0.041 0.045 0.059 0.169 0.082 0.103 0.319 0.010 0.008 0.313 0.203 1.085 1.777 0.256 0.349 0.102 0.066 0.126 0.117 0.427 0.636 0.245 0.240 nan 1.321 0.154 0.250 0.167 0.214 0.228 0.460 0.380 0.319 9771 chr6 75976625 75998592 + 0 NA intron (NM_018247, intron 1 of 6) AluJr4|SINE|Alu 7024 NM_018247 55754 Hs.108530 NM_018247 ENSG00000112697 TMEM30A C6orf67|CDC50A transmembrane protein 30A protein-coding nan nan 1.287 0.616 1.097 0.555 1.455 0.408 0.622 0.144 0.929 0.460 0.746 0.243 0.724 1.107 1.040 0.138 1.719 0.602 0.419 0.159 0.858 0.448 1.155 1.137 0.655 0.107 1.721 1.071 3.200 5.381 1.852 1.608 0.844 0.451 0.166 0.451 0.137 0.499 0.676 0.428 0.421 0.283 0.761 0.395 0.839 0.359 0.897 0.686 0.474 0.937 1.107 0.773 0.421 1.155 0.673 0.338 0.211 0.814 0.424 0.582 0.662 0.270 0.660 0.286 0.170 2.555 3.228 1.949 2.665 2.058 2.031 2.834 1.000 2.846 2.812 0.878 1.025 1.232 1.511 1.258 0.945 0.964 1.824 1.213 1.453 0.735 1.290 0.976 0.550 5468 chr19 1124232 1134559 + 0 NA intron (NM_014963, intron 4 of 31) intron (NM_014963, intron 4 of 31) 2878 NM_001100122 22904 Hs.408708 NM_014963 ENSG00000064932 SBNO2 KIAA0963|SNO|STNO strawberry notch homolog 2 protein-coding 0.637 0.955 0.939 0.992 0.072 0.049 1.728 0.496 0.902 0.596 1.379 0.451 0.042 0.300 0.319 0.271 0.330 0.079 3.642 0.971 1.567 0.106 0.169 0.228 0.232 2.232 2.926 0.315 2.906 0.254 1.344 4.121 0.321 0.298 0.100 0.230 0.030 0.136 0.081 1.006 0.031 2.580 2.721 1.139 3.283 0.830 0.271 1.357 1.170 2.700 0.069 0.269 0.271 2.360 0.170 0.232 0.451 0.160 0.037 0.541 1.181 2.613 0.267 0.067 0.565 0.630 0.352 0.670 0.925 1.497 2.929 0.501 0.514 0.245 0.140 1.319 1.457 0.314 0.622 0.201 nan 0.478 0.354 0.686 0.896 0.093 0.154 0.319 0.327 0.400 0.314 3309 chr13 103091267 103096934 + 0 NA Intergenic Intergenic -39322 NM_001321949 2259 Hs.508616 NM_004115 ENSG00000102466 FGF14 FGF-14|FHF-4|FHF4|SCA27 fibroblast growth factor 14 protein-coding 0.940 0.936 0.849 0.123 0.446 2.563 0.150 0.169 0.252 0.017 0.120 0.097 0.011 0.296 0.473 0.013 0.098 0.224 0.146 0.043 0.083 0.055 0.351 0.060 0.038 0.036 0.171 0.275 0.059 18.637 0.077 0.075 0.420 0.019 0.139 1.105 0.212 0.053 0.028 0.042 0.013 0.079 0.159 0.115 0.012 0.055 0.115 0.473 0.113 0.016 0.351 0.217 0.030 0.224 0.041 0.232 0.028 0.054 0.132 0.010 0.501 0.350 0.301 0.560 2.050 1.690 0.490 0.064 0.085 0.135 1.512 nan 0.231 0.321 0.857 0.788 0.126 0.264 3.427 3.152 0.509 nan 0.269 0.246 12005 chrX 153976521 153982845 + 0 NA promoter-TSS (NM_001081573) promoter-TSS (NM_001081573) 175 NR_104114 139716 Hs.496982 NM_080612 ENSG00000160219 GAB3 - GRB2 associated binding protein 3 protein-coding 1.764 1.099 0.875 0.216 0.762 0.119 0.568 0.355 0.677 0.077 0.695 0.199 0.009 0.234 0.492 0.324 0.165 0.025 0.136 0.065 0.292 0.179 0.413 0.243 0.079 0.176 0.150 0.016 0.344 0.370 0.113 0.865 0.208 0.145 0.862 0.051 0.053 0.122 0.769 0.203 0.038 0.074 0.069 0.147 0.167 0.222 0.335 1.044 0.025 0.166 0.324 0.124 0.911 0.413 0.019 0.065 0.551 0.871 0.016 0.088 0.126 0.273 0.236 0.009 0.016 0.649 0.999 0.414 0.564 1.510 1.238 2.551 0.528 0.308 0.321 0.152 0.386 0.364 0.321 8.803 11.621 0.490 0.468 2.983 2.899 0.416 0.495 1.290 0.714 3594 chr14 59258914 59283764 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -23667 NR_110547 102723742 Hs.232734 NR_110547 ENSG00000258583 LINC01500 - long intergenic non-protein coding RNA 1500 ncRNA nan nan 0.918 0.095 0.471 5.218 0.046 0.124 0.205 0.008 0.097 0.159 0.020 0.032 0.271 0.865 0.716 0.215 0.093 0.015 0.053 0.017 0.179 0.172 0.147 0.034 0.018 0.018 0.076 0.024 0.080 0.077 0.113 0.281 0.035 0.058 0.551 0.051 0.149 0.019 0.822 0.104 0.017 0.009 0.167 0.077 0.047 0.136 0.176 0.102 0.073 0.053 0.865 0.056 0.083 0.147 0.010 0.040 0.070 0.024 0.029 0.073 0.068 0.547 0.058 0.009 0.010 0.342 0.254 0.243 0.610 0.390 0.444 1.332 0.610 nan 0.345 0.395 0.624 0.664 nan 1.184 0.667 0.198 0.214 1.464 1.288 0.355 1.101 0.485 0.333 1549 chr10 79623371 79673781 + 0 NA intron (NM_004747, intron 1 of 31) intron (NM_004747, intron 1 of 31) 37772 NM_004747 9231 Hs.652690 NM_004747 ENSG00000151208 DLG5 LP-DLG|P-DLG5|PDLG discs large MAGUK scaffold protein 5 protein-coding 0.915 nan 1.750 0.714 0.718 0.713 0.977 0.341 0.691 0.518 0.459 0.659 0.139 0.390 0.480 0.241 0.458 0.129 0.693 0.256 0.071 0.063 0.478 0.204 0.722 0.807 0.534 0.080 0.602 0.516 0.687 3.389 0.561 2.328 0.179 0.350 0.125 0.068 0.060 0.329 0.276 0.497 0.361 0.210 0.566 0.195 0.742 0.115 0.680 0.146 0.044 0.850 0.241 0.786 0.187 0.722 0.880 0.715 0.396 0.149 0.260 0.251 0.496 0.169 0.336 0.099 0.102 0.884 1.256 0.612 0.978 0.789 0.749 2.243 0.823 0.413 0.415 0.653 0.982 4.425 nan 0.935 0.926 0.624 1.044 0.471 0.471 0.353 nan 0.591 0.442 6336 chr2 121094630 121106547 + 0 NA Intergenic Intergenic -3130 NM_002193 3625 Hs.1735 NM_002193 ENSG00000163083 INHBB - inhibin subunit beta B protein-coding 0.870 nan nan 0.240 1.207 2.583 0.803 0.635 1.187 0.088 0.064 0.078 0.036 0.734 0.225 0.598 0.095 0.068 0.132 0.016 1.946 0.023 1.232 0.604 3.360 0.087 0.061 0.093 0.166 0.470 1.809 2.082 3.356 5.364 1.037 0.047 0.090 0.191 0.079 0.050 0.159 0.228 0.120 0.091 0.046 0.336 3.976 0.186 1.991 0.102 0.158 2.790 0.598 0.143 0.055 3.360 0.052 4.304 0.113 0.840 0.051 0.186 3.130 0.051 0.325 0.048 0.026 4.829 7.357 1.274 1.058 2.583 2.622 0.474 0.103 1.509 1.727 0.176 0.343 1.967 2.642 0.694 0.746 3.537 6.329 0.486 0.344 0.174 0.280 1.199 0.658 9394 chr6 3220590 3237286 + 0 NA promoter-TSS (NM_178012) promoter-TSS (NM_178012) -970 NM_178012 347733 Hs.300701 NM_178012 ENSG00000137285 TUBB2B CDCBM7|PMGYSA|bA506K6.1 tubulin beta 2B class IIb protein-coding 5.718 3.207 0.978 0.082 4.073 3.184 0.083 2.768 5.537 0.006 0.178 0.172 0.026 1.191 6.116 4.945 0.408 0.144 0.165 0.080 0.083 0.490 2.788 1.542 6.520 0.121 0.039 0.062 0.062 0.051 0.555 1.041 0.269 5.113 0.175 0.503 1.550 1.584 0.121 0.071 2.323 0.149 0.112 0.130 0.085 0.018 0.081 0.335 0.711 0.763 0.265 0.087 4.945 0.210 0.050 6.520 0.066 0.075 1.584 0.536 2.087 0.057 2.556 0.726 0.187 0.649 0.445 7.736 9.533 11.562 11.149 10.929 7.308 8.230 2.723 12.168 12.416 1.996 2.656 3.331 5.335 3.474 4.227 2.954 4.917 7.014 5.137 1.614 2.302 4.250 2.568 1208 chr1 234077500 234084489 + 0 NA intron (NM_173508, intron 2 of 7) Charlie25|DNA|hAT-Charlie 40536 NM_173508 148641 Hs.158748 NM_173508 ENSG00000183780 SLC35F3 - solute carrier family 35 member F3 protein-coding 0.946 1.151 0.785 0.729 0.124 0.063 0.193 0.160 0.332 0.028 0.091 0.053 0.027 0.084 0.028 0.639 0.090 0.138 0.091 0.055 0.027 0.338 0.166 0.086 0.554 0.239 0.244 0.015 0.069 0.064 0.092 0.343 0.062 0.045 0.060 0.077 0.112 0.068 0.114 0.119 0.070 0.022 0.529 0.033 0.242 0.384 0.058 0.030 4.698 0.153 0.639 0.032 0.067 0.086 0.105 0.083 0.098 0.033 0.044 0.260 0.014 0.088 0.186 0.178 0.109 0.395 0.230 0.319 0.854 0.483 0.526 nan 0.026 0.072 0.166 0.156 0.329 nan 0.364 0.305 0.161 0.068 0.103 0.695 0.954 0.280 0.494 nan 0.494 1803 chr11 12217340 12280890 + 0 NA intron (NM_001346295, intron 15 of 26) L2c|LINE|L2 -59332 NM_032867 84953 Hs.60371 NM_032867 ENSG00000133816 MICALCL Ebitein1 MICAL C-terminal like protein-coding 0.914 nan 2.056 0.327 2.142 2.930 1.109 0.351 0.639 0.077 1.749 2.118 0.208 0.397 0.678 0.475 0.890 0.150 0.841 0.461 0.042 0.020 0.649 0.409 1.690 0.720 0.453 0.090 0.236 0.297 2.095 6.490 3.784 4.341 0.409 0.099 0.735 0.037 0.068 0.595 0.139 0.914 0.369 0.234 0.552 0.228 0.548 1.373 0.299 0.631 0.052 0.608 0.475 0.453 0.613 1.690 0.455 0.495 0.160 0.103 0.297 0.172 1.021 0.409 0.974 0.400 0.298 nan 1.106 0.609 1.104 1.885 1.851 4.347 1.229 0.909 1.026 0.796 nan 2.255 1.861 0.936 1.041 0.950 1.588 2.141 2.246 0.424 1.009 1.903 nan 9128 chr5 115693535 115724980 + 0 NA intron (NR_104675, intron 1 of 2) intron (NR_104675, intron 1 of 2) 1010 NR_104675 101927190 Hs.639849 NR_104675 LOC101927190 - uncharacterized LOC101927190 ncRNA 1.705 1.267 1.053 0.057 0.124 2.069 0.111 0.444 0.766 0.012 0.089 0.125 0.012 0.095 0.069 0.482 0.187 0.056 0.074 0.012 0.022 0.009 0.205 0.175 0.178 0.066 0.037 0.040 0.056 0.024 0.064 0.235 0.059 1.529 0.047 0.088 0.969 0.076 0.105 0.027 0.355 0.100 0.036 0.025 0.028 0.044 0.092 0.143 0.062 0.079 0.033 0.061 0.482 0.059 0.032 0.178 0.078 0.029 0.160 0.033 0.657 0.040 0.094 0.145 0.043 0.026 0.013 0.304 0.320 0.481 1.372 0.338 0.379 1.493 0.417 0.152 0.139 1.479 nan 0.418 0.397 1.155 1.118 0.181 0.243 2.684 3.049 0.256 0.432 1.877 0.872 5533 chr19 11247160 11269190 + 0 NA TTS (NM_001317032) TTS (NM_001317032) 8313 NM_001317032 147841 Hs.381225 NM_182513 ENSG00000161888 SPC24 SPBC24 SPC24, NDC80 kinetochore complex component protein-coding 2.043 1.989 2.294 1.341 0.722 0.985 2.119 0.494 0.967 1.881 1.988 1.910 1.079 0.716 0.383 1.082 1.353 0.549 1.744 0.854 3.619 0.396 0.349 0.323 1.056 3.086 3.646 1.288 2.214 0.779 2.387 nan 2.171 0.615 1.334 2.468 0.216 0.740 0.105 1.127 0.306 3.826 1.680 0.681 1.366 1.377 1.908 3.851 2.964 3.779 2.035 1.207 1.082 2.532 1.008 1.056 0.667 1.041 0.316 2.981 0.837 6.128 0.107 0.212 2.894 0.648 0.468 1.062 1.494 0.870 1.483 1.578 1.589 2.541 0.707 1.268 1.256 1.292 1.924 1.500 1.635 1.713 1.338 0.445 0.632 0.828 1.158 0.729 1.219 1.950 1.161 1201 chr1 232748433 232767465 + 0 NA Intergenic Intergenic -95868 NR_146922 105373199 Hs.254475 NR_146922 ENSG00000225919 LINC01745 - long intergenic non-protein coding RNA 1745 ncRNA 1.800 3.114 2.789 0.109 1.540 1.676 0.130 2.153 4.148 0.290 0.607 0.711 0.160 0.153 0.528 1.300 1.259 0.211 0.253 0.129 0.986 0.007 1.020 0.391 1.838 0.358 0.252 0.042 0.222 0.022 1.264 3.029 3.313 3.129 0.184 0.390 0.530 0.061 0.077 0.116 0.977 0.450 0.206 0.185 0.091 0.161 0.374 0.183 0.820 0.104 1.017 0.896 1.300 0.553 0.029 1.838 0.432 0.226 0.614 0.431 0.966 0.481 0.381 0.156 0.205 0.045 0.045 0.453 0.485 2.531 5.589 1.247 1.342 nan 0.726 0.238 0.266 1.770 2.265 nan 2.473 0.787 0.557 0.432 0.729 1.853 2.582 0.413 0.692 nan 1.004 11353 chr8 142264444 142270913 + 0 NA TTS (NM_001317971) TTS (NM_001317971) -2950 NM_001286646 57210 Hs.372492 NM_001080431 ENSG00000022567 SLC45A4 - solute carrier family 45 member 4 protein-coding 1.271 0.632 nan 0.077 0.206 0.077 0.310 0.320 0.357 0.044 0.101 0.149 0.107 0.235 0.102 0.137 0.149 0.195 0.029 1.396 0.043 0.024 0.088 0.136 0.075 0.055 0.114 0.106 0.044 0.148 0.620 0.149 0.406 0.068 3.059 0.015 0.052 0.054 0.036 0.099 0.108 0.083 0.049 0.084 0.094 0.791 0.246 9.159 0.132 6.306 1.439 0.102 0.171 0.230 0.136 0.095 2.266 0.045 0.135 0.094 0.036 0.076 0.191 0.012 0.027 0.024 0.313 0.356 0.148 0.335 nan 0.973 nan 0.208 0.527 0.623 0.231 0.608 1.244 1.355 0.938 0.669 0.420 0.516 0.115 0.202 0.349 0.709 0.564 0.407 5492 chr19 3499441 3510959 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -1095 NM_016263 51343 Hs.413133 NM_016263 ENSG00000105325 FZR1 CDC20C|CDH1|FZR|FZR2|HCDH|HCDH1 fizzy and cell division cycle 20 related 1 protein-coding 2.703 2.756 4.040 2.089 3.466 3.596 2.133 1.767 3.774 0.511 1.784 1.432 0.876 1.033 3.940 2.733 1.167 0.208 3.047 1.217 2.519 1.674 1.575 0.731 4.269 1.598 2.392 1.973 2.496 0.987 2.543 4.123 1.908 7.540 1.118 2.108 1.004 1.806 0.164 0.861 0.826 3.804 2.025 1.049 2.516 1.073 1.496 2.312 1.814 3.365 1.876 1.567 2.733 6.241 2.009 4.269 1.022 1.488 1.006 5.028 2.366 3.059 0.678 0.622 1.724 2.415 1.505 3.802 3.579 3.785 5.409 6.384 6.505 4.696 3.530 7.859 8.590 2.859 3.690 4.480 nan 4.708 4.153 2.048 2.936 3.751 4.820 2.897 2.489 3.456 1.624 3300 chr13 102060038 102071231 + 0 NA intron (NM_001350751, intron 1 of 42) intron (NM_001350751, intron 1 of 42) 3225 NM_001350748 259232 Hs.525146 NM_052867 ENSG00000102452 NALCN CLIFAHDD|CanIon|IHPRF|IHPRF1|INNFD|VGCNL1|bA430M15.1 sodium leak channel, non-selective protein-coding 0.776 0.776 0.518 0.643 0.213 7.730 0.219 0.264 0.513 0.086 1.155 0.410 0.011 0.009 0.549 2.155 0.071 0.059 0.915 0.323 0.862 0.012 0.647 0.321 0.707 0.694 0.813 0.013 0.534 0.807 0.496 0.363 0.252 1.826 0.143 0.373 0.060 0.106 0.050 0.073 0.398 3.206 0.344 0.223 0.526 0.069 1.813 0.289 0.531 0.638 0.050 0.024 2.155 0.669 0.199 0.707 0.143 0.081 0.336 0.447 0.122 0.224 0.026 0.221 0.478 0.015 0.009 0.804 0.693 0.718 1.308 1.926 2.107 2.404 1.085 0.189 0.179 0.838 nan 0.205 0.383 1.349 1.564 0.121 0.125 0.098 0.144 0.692 nan 0.444 0.321 5069 chr17 78962376 78973301 + 0 NA intron (NM_024591, intron 1 of 7) AluY|SINE|Alu 2197 NM_024591 79643 Hs.514560 NM_024591 ENSG00000176108 CHMP6 VPS20 charged multivesicular body protein 6 protein-coding 1.150 1.287 1.678 0.942 0.695 0.103 4.712 0.535 1.082 0.157 3.304 0.532 0.057 0.352 0.514 1.224 0.361 0.191 0.540 0.175 0.564 0.228 0.416 0.311 1.074 0.537 0.391 0.611 0.626 0.348 1.342 2.037 0.762 1.659 0.962 0.334 0.129 0.443 0.075 1.378 0.184 0.921 0.913 0.443 0.786 0.098 0.423 0.450 1.346 1.173 0.534 0.912 1.224 0.870 0.430 1.074 0.492 0.478 0.177 1.629 0.818 0.238 0.164 0.250 2.834 0.237 0.166 0.972 1.130 1.136 1.879 1.576 1.494 1.984 0.458 1.145 1.163 nan 1.204 1.184 1.802 1.247 1.047 0.680 1.140 0.664 0.591 0.594 0.913 nan 0.533 11738 chr9 116860973 116891724 + 0 NA Intergenic (CTA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -15011 NM_138424 113220 Hs.28149 NM_138424 ENSG00000136883 KIF12 - kinesin family member 12 protein-coding 0.893 0.587 nan 0.076 0.088 0.162 0.184 0.104 0.170 0.023 0.079 0.090 0.004 0.151 0.029 0.088 0.093 0.070 0.120 0.031 0.035 0.005 0.066 0.127 0.107 0.056 0.019 0.046 0.109 0.021 0.172 nan 0.172 0.792 0.024 0.075 0.022 0.040 0.102 0.034 0.051 0.135 0.082 0.058 0.085 0.045 0.057 0.117 0.356 0.067 0.085 0.196 0.088 0.094 0.027 0.107 0.028 0.040 0.401 0.121 0.036 0.062 0.502 1.405 0.020 0.043 0.013 0.491 0.660 0.293 0.416 0.427 0.516 0.108 0.039 1.136 1.171 0.091 0.185 0.707 nan 1.797 1.806 0.609 0.921 0.095 0.090 1.210 3.198 nan 0.411 17 chr1 1352360 1377275 + 0 NA TTS (NR_125994) TTS (NR_125994) 3309 NM_001146685 643965 Hs.729765 NM_001146685 ENSG00000205116 TMEM88B - transmembrane protein 88B protein-coding 4.936 nan 7.829 1.679 3.969 2.340 1.703 0.281 0.473 0.917 0.855 0.193 0.184 2.113 0.582 0.519 0.227 0.064 1.971 0.715 0.251 1.332 0.732 0.384 0.851 0.666 0.580 0.563 1.484 0.664 3.534 nan 3.320 1.585 0.706 1.059 0.157 1.122 0.094 0.567 0.236 0.913 0.234 0.129 1.088 0.884 1.725 0.131 1.421 4.087 0.208 1.354 0.519 1.483 1.519 0.851 0.589 1.509 2.653 3.319 2.674 0.720 1.189 1.977 0.027 0.042 0.010 1.978 3.326 0.715 1.237 1.375 1.324 1.714 0.607 1.901 1.957 1.119 nan nan 17.229 nan 4.245 1.901 2.658 0.868 0.601 2.399 5.086 1.353 0.720 7762 chr3 114979383 114992093 + 0 NA Intergenic Intergenic -119611 NM_001348800 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 0.996 nan 0.661 0.057 0.132 0.113 0.067 0.152 0.512 0.050 0.279 0.026 0.055 0.161 1.526 0.152 0.090 0.044 0.045 0.030 0.011 0.273 0.214 0.113 0.109 0.017 0.012 0.059 0.038 0.070 0.033 0.421 0.104 0.089 0.022 0.051 0.104 0.019 0.056 0.095 0.019 0.012 0.025 0.036 0.077 0.127 0.047 0.150 0.006 0.053 1.526 0.079 0.044 0.113 0.019 0.019 0.023 0.105 0.810 0.050 0.023 0.187 0.010 0.004 0.376 0.244 0.213 0.258 0.352 nan 8.591 6.275 0.282 0.269 nan 0.947 0.255 0.252 0.631 0.269 0.106 0.098 0.099 0.188 0.404 0.825 0.772 0.731 5870 chr2 6119951 6128655 + 0 NA intron (NR_026833, intron 2 of 2) intron (NR_026833, intron 2 of 2) 2193 NR_026833 400940 Hs.378814 NM_207479 LOC400940 - uncharacterized LOC400940 ncRNA 1.143 0.712 0.784 0.025 0.399 7.252 0.020 0.701 1.287 0.064 0.032 0.047 5.830 1.203 0.045 0.037 0.025 0.007 0.047 0.072 0.211 1.106 0.070 0.012 0.383 0.908 0.080 3.709 0.112 0.142 0.038 0.114 0.094 0.344 0.065 0.028 0.035 0.025 0.025 0.033 0.091 0.084 0.016 0.108 0.137 1.203 0.025 1.106 0.028 0.009 0.703 0.014 0.343 0.045 0.057 0.156 0.115 0.020 0.632 0.688 0.381 0.415 3.083 3.135 5.909 2.458 0.005 0.056 0.720 0.685 0.669 1.253 4.014 3.467 0.182 0.208 0.912 0.754 0.293 0.589 0.183 0.243 9349 chr5 173563747 173594545 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 106539 NM_015980 51617 Hs.559412 NM_015980 ENSG00000170091 NSG2 CALY3|HMP19 neuronal vesicle trafficking associated 2 protein-coding 0.555 0.628 0.560 0.058 0.275 0.015 0.111 0.047 0.121 0.012 0.080 0.054 0.014 0.533 0.104 0.511 0.060 0.094 0.048 0.012 0.035 0.018 0.078 0.097 0.448 0.217 0.101 0.019 0.084 0.020 1.398 5.142 0.066 0.815 0.024 0.071 0.079 0.053 0.107 0.230 0.018 0.104 0.123 0.102 0.077 0.045 0.050 0.182 0.058 0.032 0.031 0.519 0.511 0.048 0.057 0.448 0.087 0.169 0.063 0.036 0.839 0.100 0.023 0.064 0.190 0.019 0.025 0.212 0.198 0.160 nan 0.327 0.319 0.123 0.049 0.057 0.057 0.107 nan 2.718 1.652 0.222 0.061 0.111 0.151 0.384 0.415 0.389 0.749 0.151 0.196 2356 chr11 128075229 128084585 + 0 NA intron (NR_146647, intron 1 of 3) intron (NR_146647, intron 1 of 3) 1246 NR_146647 105369564 Hs.591937 NR_146647 ENSG00000272575 LINC02098 - long intergenic non-protein coding RNA 2098 ncRNA 0.648 0.857 0.647 2.667 0.151 0.014 2.844 0.119 0.246 3.792 3.295 2.215 2.743 0.085 0.057 0.287 0.856 0.070 4.119 2.051 8.606 0.029 0.113 0.069 0.047 2.955 2.333 0.583 4.160 5.454 1.419 1.202 0.934 0.978 3.749 0.142 0.020 0.777 0.135 2.411 0.094 17.543 6.659 2.667 6.566 4.083 2.305 7.575 0.418 1.833 0.322 1.731 0.287 1.339 11.043 0.047 0.631 2.639 0.011 1.257 0.032 2.868 0.135 0.087 3.781 1.582 0.969 0.510 0.293 0.933 2.307 0.234 0.264 0.348 0.128 0.177 0.167 0.188 0.320 0.499 0.447 0.310 0.124 0.274 0.381 0.071 0.226 0.152 nan 0.557 0.587 4721 chr17 35860339 35881016 + 0 NA intron (NM_007026, intron 1 of 2) intron (NM_007026, intron 1 of 2) 20726 NM_007026 11072 Hs.91448 NM_007026 ENSG00000276023 DUSP14 MKP-L|MKP6 dual specificity phosphatase 14 protein-coding nan 1.043 0.714 0.400 0.068 0.121 0.219 0.263 0.483 0.075 0.211 0.067 0.018 0.039 0.169 0.288 0.178 0.094 0.316 0.046 0.160 0.034 0.187 0.174 0.209 0.162 0.066 0.161 0.091 0.030 0.098 0.195 0.085 0.416 0.042 0.127 0.042 0.121 0.100 0.058 0.219 0.152 0.058 0.034 0.064 0.097 0.140 0.223 0.252 0.179 0.061 0.080 0.288 0.213 0.126 0.209 0.018 0.116 0.221 0.130 0.063 0.143 1.804 0.313 0.066 0.083 0.052 3.835 3.676 1.397 1.274 nan 0.601 0.448 0.154 0.763 0.690 0.525 0.743 0.423 0.544 nan 3.169 1.242 2.067 0.191 0.147 0.781 1.429 0.492 0.529 7625 chr3 57985794 57997748 + 0 NA Intergenic Intergenic -2356 NM_001457 2317 Hs.476448 NM_001457 ENSG00000136068 FLNB ABP-278|ABP-280|AOI|FH1|FLN-B|FLN1L|LRS1|SCT|TABP|TAP filamin B protein-coding 0.962 1.127 nan 2.029 0.690 0.274 3.143 0.269 0.524 1.769 2.633 0.706 0.606 0.325 0.409 0.279 0.706 0.242 2.128 1.082 1.039 0.093 0.341 0.157 0.770 0.939 0.716 0.862 3.610 2.731 1.434 1.847 0.721 1.784 1.210 1.273 0.087 0.519 0.086 0.712 0.327 2.428 3.026 1.568 1.347 0.731 2.219 0.293 2.092 1.196 0.211 1.391 0.279 2.216 1.914 0.770 1.177 1.300 0.140 0.852 0.574 1.358 0.241 0.180 1.086 0.265 0.102 0.407 0.804 1.206 2.638 1.253 1.103 1.623 0.462 0.559 0.590 0.239 0.459 1.070 1.463 nan 0.732 0.341 0.672 0.403 0.277 0.470 1.167 0.559 0.438 6548 chr2 191390208 191401903 + 0 NA intron (NR_136298, intron 1 of 8) intron (NR_136298, intron 1 of 8) 3413 NR_136298 100131211 Hs.659824 NM_001142645 ENSG00000189362 NEMP2 TMEM194B nuclear envelope integral membrane protein 2 protein-coding 2.268 nan 1.840 1.234 1.609 1.969 1.198 0.995 2.273 0.778 1.889 1.166 0.652 0.351 1.110 1.382 1.494 0.153 1.317 0.484 1.759 0.556 0.670 0.472 2.751 1.258 1.327 0.809 1.377 0.452 3.022 6.979 1.323 5.566 0.768 1.275 0.252 1.328 0.096 0.495 0.913 3.018 1.155 0.587 0.667 0.518 0.967 1.351 2.743 1.931 0.620 1.068 1.382 1.349 1.564 2.751 0.712 0.736 0.324 1.856 0.944 0.467 4.641 0.768 1.639 0.517 0.284 3.641 5.431 0.945 1.613 2.600 2.573 2.093 0.932 8.280 8.905 1.709 2.463 3.002 4.646 1.610 1.467 3.500 6.327 1.197 1.232 1.330 1.568 1.087 0.768 3700 chr14 75915495 75929617 + 0 NA intron (NM_001135048, intron 2 of 3) LTR33|LTR|ERVL 23719 NM_001135049 122953 Hs.196482 NM_130469 ENSG00000140044 JDP2 JUNDM2 Jun dimerization protein 2 protein-coding 1.421 0.861 0.837 0.949 0.283 0.191 0.307 0.194 0.446 1.279 0.265 0.132 2.406 0.099 0.402 0.470 1.038 0.113 0.097 0.170 0.108 0.232 0.144 0.321 0.375 0.108 0.339 0.143 0.129 0.278 0.713 1.409 0.554 0.352 0.243 0.054 0.599 0.093 0.033 0.096 1.467 0.307 0.172 0.106 0.608 5.819 0.262 1.087 0.137 0.034 0.606 0.470 0.146 0.085 0.321 0.130 1.736 0.062 0.206 0.143 0.084 0.098 0.071 0.289 0.069 0.051 0.420 0.350 0.802 1.689 0.432 0.522 0.368 0.090 0.567 0.607 0.202 0.533 0.441 nan 0.543 0.364 0.379 0.415 0.181 0.162 0.225 0.365 1.992 nan 10880 chr8 30354412 30407434 + 0 NA intron (NM_001008711, intron 5 of 9) MIRc|SINE|MIR -115194 NM_001206847 100507341 Hs.659493 NM_001206847 ENSG00000253457 SMIM18 - small integral membrane protein 18 protein-coding 0.652 0.803 nan 1.161 0.137 0.106 0.471 0.121 0.232 0.212 0.106 0.355 0.701 0.693 0.055 0.183 0.637 0.147 0.802 0.301 0.169 0.021 0.100 0.110 0.100 1.713 1.067 0.028 0.113 0.943 1.648 3.105 1.594 0.639 0.851 0.161 0.019 0.080 0.131 0.448 0.025 0.110 0.032 0.024 1.181 0.797 0.801 0.123 1.605 0.049 1.033 0.637 0.183 0.519 0.119 0.100 0.364 0.495 0.027 0.050 0.363 0.337 0.023 0.149 0.065 0.017 0.010 0.509 0.346 0.500 2.253 0.469 0.578 0.407 0.134 1.001 1.116 0.122 0.203 0.587 0.620 0.389 0.222 0.126 0.156 0.097 0.104 0.314 0.659 0.646 0.662 10198 chr7 16914163 16981090 + 0 NA Intergenic Intergenic -26013 NM_176813 155465 Hs.100686 NM_176813 ENSG00000173467 AGR3 AG-3|AG3|BCMP11|HAG3|PDIA18|hAG-3 anterior gradient 3, protein disulphide isomerase family member protein-coding nan 1.517 nan 0.456 0.118 0.055 0.676 0.184 0.280 0.674 0.135 0.277 1.284 0.074 0.105 0.188 0.173 0.074 0.542 0.241 0.110 0.027 0.757 0.565 0.226 1.430 1.013 0.016 1.307 0.465 2.130 6.209 4.563 0.566 0.644 0.382 0.510 0.081 0.164 0.313 0.080 0.146 0.049 0.024 1.010 1.229 0.780 0.505 0.752 0.052 0.603 1.741 0.188 0.537 0.145 0.226 0.839 1.070 0.038 0.076 0.089 0.427 0.046 0.111 0.261 0.041 0.019 nan 0.297 0.429 1.065 0.546 0.719 0.695 0.491 0.444 0.408 0.517 0.750 0.360 0.402 0.270 0.126 0.138 0.227 1.417 1.413 0.262 0.518 1.261 0.841 10970 chr8 58440603 58460789 + 0 NA Intergenic Intergenic 194350 NR_125818 101929488 Hs.407557 NR_125818 ENSG00000253871 LOC101929488 - uncharacterized LOC101929488 ncRNA 0.777 nan 0.782 0.043 0.048 0.011 0.021 0.236 0.357 0.010 0.057 0.009 0.018 0.100 0.035 0.215 0.168 0.104 0.068 0.009 0.047 0.007 1.140 0.439 0.036 0.045 0.032 0.026 0.063 0.052 0.154 0.064 0.418 0.029 0.095 0.010 0.047 0.122 0.018 0.090 0.137 0.027 0.016 0.027 0.023 0.067 0.188 0.206 0.075 1.072 0.043 0.215 0.069 0.009 0.036 0.073 0.036 0.005 0.046 0.744 0.031 0.086 0.277 0.049 0.040 0.010 0.395 0.342 0.654 0.511 0.478 0.551 1.962 0.939 0.140 0.133 0.254 nan 0.097 0.127 0.494 0.262 0.218 0.326 0.253 0.292 0.195 0.488 4.264 1.990 5823 chr19 56151219 56156426 + 0 NA 5' UTR (NM_016202, exon 1 of 1) 5' UTR (NM_016202, exon 1 of 1) 359 NM_001163423 51157 Hs.631551 NM_016202 ENSG00000213015 ZNF580 - zinc finger protein 580 protein-coding 6.091 2.381 5.511 5.468 4.126 3.152 2.665 2.649 4.292 2.457 7.807 4.679 1.959 3.939 2.819 4.457 1.622 0.226 3.935 1.358 6.349 1.906 2.224 1.269 3.934 1.697 1.888 5.892 6.718 1.541 7.056 9.526 6.260 6.230 1.851 4.028 1.172 7.495 0.208 3.217 2.008 6.886 4.646 2.229 5.432 2.150 6.755 2.062 6.648 6.066 4.660 2.544 4.457 2.357 4.224 3.934 3.339 3.046 2.920 9.007 3.259 5.421 2.547 3.235 3.176 2.203 1.015 5.461 9.444 3.611 4.821 5.446 4.957 10.867 2.809 2.975 2.681 4.098 6.693 7.035 7.819 6.983 8.590 3.511 7.604 4.630 3.090 5.517 6.786 4.150 2.027 5871 chr2 6191770 6198839 + 0 NA Intergenic Intergenic 73194 NR_026833 400940 Hs.378814 NM_207479 LOC400940 - uncharacterized LOC400940 ncRNA 0.858 0.802 0.914 0.072 0.417 0.198 0.050 0.377 0.510 0.043 0.052 0.017 0.014 7.517 2.229 0.054 0.068 0.018 0.019 0.423 0.246 0.984 0.011 0.019 0.015 0.056 0.150 0.051 2.649 0.021 0.031 0.719 0.107 0.120 0.068 0.144 0.017 0.011 0.059 0.044 0.028 0.100 0.023 0.030 0.056 0.104 2.229 0.070 0.013 0.984 0.046 0.178 0.033 0.545 0.034 0.042 0.243 0.053 0.008 0.313 0.266 0.282 0.405 0.664 0.774 8.905 3.384 0.015 0.088 0.557 0.709 1.421 1.703 1.024 0.663 0.092 0.162 2.445 2.031 0.310 0.602 0.216 0.145 6298 chr2 109145800 109254451 + 0 NA intron (NM_001193483, intron 1 of 9) intron (NM_001193483, intron 1 of 9) -4632 NM_004987 3987 Hs.597715 NM_004987 ENSG00000169756 LIMS1 PINCH|PINCH-1|PINCH1 LIM zinc finger domain containing 1 protein-coding 1.360 nan 1.166 0.927 0.421 0.618 0.408 0.477 0.900 0.253 0.648 1.479 0.033 0.258 0.399 0.317 0.432 0.122 0.491 0.265 0.376 0.114 0.581 0.445 0.694 0.460 0.260 0.324 0.481 0.303 0.218 0.392 0.442 1.891 0.188 0.258 0.369 3.428 0.153 0.315 0.268 0.797 0.491 0.296 0.259 0.219 0.340 0.895 0.564 0.786 0.135 0.340 0.317 0.341 0.271 0.694 0.141 0.192 0.311 0.263 0.714 0.476 0.164 0.209 0.367 0.514 0.528 0.496 0.559 0.494 0.844 1.289 1.249 1.913 0.697 0.725 0.700 1.371 1.839 1.612 2.121 0.841 0.741 0.321 0.525 0.976 1.107 0.627 0.924 1.032 0.662 5380 chr18 56805060 56839637 + 0 NA intron (NM_033280, intron 3 of 5) intron (NM_033280, intron 3 of 5) 15259 NM_001307941 90701 Hs.45107 NM_033280 ENSG00000166562 SEC11C SEC11L3|SPC21|SPCS4C SEC11 homolog C, signal peptidase complex subunit protein-coding nan 1.706 1.692 0.193 6.337 1.805 0.095 0.726 1.486 0.028 0.211 0.139 0.064 1.985 1.559 0.770 0.058 0.042 0.103 0.033 0.138 0.112 1.452 0.876 6.525 0.052 0.060 0.096 0.077 0.034 0.181 0.222 0.123 6.186 0.088 0.119 0.664 0.113 0.088 0.045 0.385 0.205 0.084 0.034 0.124 0.067 0.323 0.194 0.186 0.162 0.114 0.065 0.770 0.118 0.032 6.525 0.046 0.065 0.122 0.209 0.864 0.105 0.159 0.158 0.071 0.068 0.046 1.299 1.404 0.696 0.881 8.542 9.561 3.380 1.588 1.492 1.600 0.308 0.484 9.629 8.099 0.781 0.644 0.540 0.895 1.966 2.236 0.641 0.701 nan 2.014 5807 chr19 54703754 54715400 + 0 NA intron (NM_001321706, intron 3 of 3) intron (NM_001321706, intron 3 of 3) 4815 NM_001321702 6203 Hs.467284 NM_001013 ENSG00000170889 RPS9 S9 ribosomal protein S9 protein-coding 3.103 1.674 1.984 1.888 1.311 1.667 1.313 1.526 3.031 0.980 2.723 2.593 0.972 1.626 3.306 1.041 1.127 0.250 1.306 0.488 1.215 0.629 1.194 0.594 2.045 0.998 1.157 0.574 2.099 0.688 2.232 3.102 6.377 2.477 0.773 1.937 0.426 1.660 0.161 1.208 0.489 2.230 1.458 0.672 4.349 0.988 2.039 1.068 2.120 1.397 1.895 0.767 1.041 2.020 1.847 2.045 1.564 1.414 0.584 1.340 0.820 2.916 1.040 1.104 0.647 0.944 0.671 2.183 2.520 2.178 3.566 3.826 3.886 4.457 2.291 5.700 6.016 1.991 2.780 3.706 5.327 4.408 3.738 3.369 4.344 2.551 3.036 2.794 3.689 2.606 1.252 8861 chr5 36435283 36463691 + 0 NA Intergenic Intergenic -147476 NM_145000 202151 Hs.199777 NM_145000 ENSG00000164188 RANBP3L - RAN binding protein 3 like protein-coding 0.689 1.104 nan 0.120 0.136 0.097 0.065 0.078 0.184 1.022 0.706 0.046 0.290 0.049 0.065 0.451 1.240 0.317 0.158 0.027 0.257 0.005 0.091 0.159 0.042 0.030 0.018 0.040 0.095 0.063 0.142 0.610 0.185 0.495 0.036 0.134 0.017 0.031 0.096 0.020 0.048 0.136 0.049 0.036 0.093 0.056 1.360 0.099 0.212 0.040 0.516 0.081 0.451 0.128 0.016 0.042 0.241 1.295 0.007 1.240 0.039 0.544 0.125 0.096 0.798 0.114 0.097 0.399 0.289 0.893 4.742 0.292 0.351 0.121 0.081 0.230 0.257 0.260 0.481 0.197 0.219 0.523 0.198 0.217 0.411 0.054 0.066 0.264 0.528 0.253 0.360 1220 chr1 235322220 235334448 + 0 NA Intergenic MER103C|DNA|hAT-Charlie -3403 NR_027762 23029 Hs.535224 NM_015014 ENSG00000188739 RBM34 - RNA binding motif protein 34 protein-coding 2.082 2.024 1.799 0.953 1.334 0.705 0.832 0.540 1.216 0.267 0.813 0.779 0.263 0.278 0.425 1.080 0.989 0.153 0.856 0.295 0.546 0.441 0.704 0.527 1.117 0.792 0.721 0.418 0.649 0.389 0.982 1.349 1.142 2.509 0.338 1.069 0.202 1.120 0.175 0.212 0.357 1.069 0.586 0.439 0.847 0.373 1.304 0.654 0.952 0.752 0.632 1.097 1.080 0.687 0.676 1.117 0.549 0.589 0.135 0.635 0.688 0.959 0.211 0.363 0.465 0.462 0.278 1.895 1.963 5.172 10.263 2.113 2.190 nan 0.845 3.014 3.216 1.158 1.732 nan 2.605 1.453 0.965 0.604 0.939 1.055 1.529 1.291 1.822 nan 0.706 7493 chr3 132500 174039 + 0 NA Intergenic LTR88b|LTR|Gypsy? -85010 NM_006614 10752 Hs.148909 NM_006614 ENSG00000134121 CHL1 CALL|L1CAM2 cell adhesion molecule L1 like protein-coding 0.444 1.421 0.553 0.042 0.313 0.388 0.020 0.305 0.619 0.005 0.046 0.038 0.019 0.017 0.588 0.514 0.067 0.093 0.066 0.009 0.013 0.013 0.137 0.066 0.401 0.002 0.014 0.055 0.040 0.038 0.174 0.029 5.399 0.014 0.079 0.085 0.034 0.057 0.008 0.123 0.053 0.022 0.017 0.018 0.024 0.060 0.121 0.094 0.010 0.057 0.043 0.514 0.041 0.016 0.401 0.065 0.026 0.010 0.022 0.027 0.025 0.538 0.068 0.026 0.015 0.016 0.222 0.163 1.649 1.590 0.693 0.858 2.279 0.944 0.193 0.179 0.096 0.200 0.527 1.125 0.518 0.345 0.431 0.635 0.280 0.351 0.177 0.201 1.041 0.587 9397 chr6 3568034 3587727 + 0 NA Intergenic Intergenic -121087 NM_015482 63027 Hs.713588 NM_015482 ENSG00000137266 SLC22A23 C6orf85 solute carrier family 22 member 23 protein-coding 1.344 0.897 1.457 0.047 0.151 0.043 0.051 0.147 0.346 0.015 0.258 0.103 0.013 0.046 0.212 0.591 1.687 0.213 0.151 0.067 0.074 0.035 0.190 0.189 0.537 0.113 0.033 0.015 0.069 0.005 0.210 1.027 0.192 0.174 0.030 0.110 0.217 0.039 0.113 0.012 0.271 0.183 0.031 0.036 0.061 0.019 0.127 0.270 0.101 0.065 0.064 0.234 0.591 0.084 0.018 0.537 0.050 0.046 0.485 0.094 0.083 0.081 0.670 0.599 0.089 0.009 0.005 2.444 3.326 5.765 5.973 0.560 0.597 1.138 0.427 1.326 1.258 0.670 1.055 0.308 0.324 1.254 1.274 1.230 1.708 0.831 0.830 0.663 2.123 1.412 0.775 3663 chr14 69862413 69871028 + 0 NA intron (NM_001330185, intron 1 of 5) AluJb|SINE|Alu 1335 NM_001330185 55334 Hs.432690 NM_018375 ENSG00000029364 SLC39A9 ZIP-9|ZIP9 solute carrier family 39 member 9 protein-coding 6.463 2.498 3.189 2.989 4.435 3.991 1.659 1.976 3.423 0.705 1.340 1.546 1.037 0.936 2.461 3.768 2.653 0.412 1.022 0.527 2.321 0.913 1.202 0.965 2.734 2.430 2.668 0.632 2.314 1.040 3.219 4.444 3.306 6.589 1.411 2.589 0.691 2.598 0.209 1.186 2.428 2.376 2.294 1.219 1.369 1.210 3.259 1.830 2.079 3.460 1.775 2.407 3.768 1.205 2.593 2.734 1.401 0.942 1.193 2.350 1.497 2.678 1.448 0.905 2.789 1.150 0.729 4.008 3.565 4.993 6.628 6.853 6.366 4.805 3.045 11.335 11.882 4.023 4.927 6.003 nan 9.903 9.393 4.220 6.569 4.726 6.406 4.739 3.730 3.582 nan 5266 chr18 37374891 37381090 + 0 NA Intergenic MER61-int|LTR|ERV1 -43683 NR_151703 105372079 NR_151703 ENSG00000283503 LINC01902 - long intergenic non-protein coding RNA 1902 ncRNA nan 0.818 2.753 1.683 4.347 2.901 1.116 1.318 2.360 0.569 0.062 1.068 0.499 0.049 0.593 1.288 0.484 0.185 0.530 0.184 0.132 0.535 0.101 0.123 0.789 0.894 0.758 0.012 0.362 0.304 0.510 1.717 0.554 4.298 0.424 0.616 1.487 1.102 0.119 0.208 0.820 1.444 2.191 0.918 0.861 0.406 0.731 0.999 0.538 0.045 0.588 0.514 1.288 0.753 0.702 0.789 0.199 0.095 0.457 0.039 1.541 0.253 0.209 0.040 0.810 0.121 0.131 0.348 0.132 0.276 0.277 4.326 3.597 11.507 4.114 2.268 2.334 2.780 3.329 nan 2.565 2.183 1.929 0.205 0.739 5.451 4.961 0.118 0.126 2.946 2.147 10063 chr6 161301283 161307249 + 0 NA Intergenic MER4A1|LTR|ERV1 -108493 NM_005922 4216 Hs.390428 NM_005922 ENSG00000085511 MAP3K4 MAPKKK4|MEKK 4|MEKK4|MTK1|PRO0412 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 4 protein-coding 0.871 nan 0.799 0.098 0.089 0.019 0.037 0.083 0.287 0.032 0.089 0.016 0.020 0.004 0.030 0.258 0.138 0.089 0.142 0.011 0.046 1.735 0.838 0.020 0.012 0.013 0.045 0.027 0.082 0.012 0.195 0.024 0.027 1.911 0.074 0.161 0.013 0.108 0.030 0.013 0.073 0.014 0.060 0.009 0.041 0.024 0.013 0.278 0.258 0.060 0.005 0.020 0.033 0.098 0.341 0.029 0.017 0.039 0.053 0.061 0.089 0.010 0.034 0.488 0.287 0.155 0.566 0.294 0.318 1.687 0.718 0.191 0.244 0.856 1.384 0.152 0.123 nan 0.317 0.160 0.283 8.490 9.797 0.329 0.596 0.211 0.244 5276 chr18 39233350 39255751 + 0 NA Intergenic Intergenic -143909 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 0.840 0.714 0.035 0.345 0.052 0.016 0.200 0.401 0.004 0.069 0.210 0.006 1.496 0.067 0.896 0.060 0.051 0.019 0.020 0.012 0.230 0.161 0.102 0.003 0.007 0.020 0.027 0.047 0.056 0.021 0.260 0.026 0.053 0.271 0.024 0.085 0.063 0.204 0.124 0.019 0.024 0.019 0.031 0.034 0.062 0.022 0.032 0.014 0.039 0.896 0.016 0.016 0.102 0.019 0.030 0.022 0.013 1.919 0.021 0.022 0.055 0.007 0.010 0.002 0.402 0.237 0.163 0.219 0.429 0.507 5.997 2.043 0.092 0.094 0.154 0.251 nan 0.526 0.311 0.149 0.080 0.187 1.656 0.870 0.155 0.244 3.248 1.882 7031 chr20 48749979 48790394 + 0 NA non-coding (NR_027889, exon 1 of 7) non-coding (NR_027889, exon 1 of 7) 149 NM_001162505 387521 Hs.744839 NM_199129 ENSG00000240849 TMEM189 KUA transmembrane protein 189 protein-coding nan nan 1.155 2.889 1.002 0.644 0.912 0.504 0.847 1.424 1.412 1.218 0.790 0.408 0.435 1.005 1.001 0.368 1.406 0.638 2.085 0.660 0.346 0.253 1.122 0.844 0.553 0.578 0.959 0.645 0.853 2.336 1.508 1.493 1.195 2.272 0.059 2.412 0.160 0.503 0.366 2.314 0.592 0.343 0.554 0.570 0.970 2.397 2.222 1.513 0.760 1.258 1.005 1.901 1.392 1.122 1.071 1.001 0.250 3.149 1.201 0.814 0.465 0.268 1.582 0.683 0.468 2.656 3.700 1.161 2.325 1.222 1.104 nan 0.662 1.635 1.684 1.041 1.629 2.259 2.762 nan 1.002 1.014 1.654 0.366 0.653 0.654 1.071 1.169 0.803 2652 chr12 49656712 49663983 + 0 NA intron (NM_032704, intron 1 of 3) intron (NM_032704, intron 1 of 3) 1565 NM_032704 84790 Hs.652390 NM_032704 ENSG00000167553 TUBA1C TUBA6|bcm948 tubulin alpha 1c protein-coding 2.711 nan 1.878 3.724 3.245 3.130 4.680 2.300 3.944 2.088 4.367 1.967 2.549 1.389 4.457 2.112 1.919 0.883 6.660 2.686 3.560 1.239 1.755 0.929 4.314 3.522 4.631 2.369 5.132 2.088 3.949 5.692 4.819 3.116 2.546 4.752 1.218 2.773 0.198 2.000 2.209 4.864 6.669 2.642 2.628 3.392 5.194 9.536 6.284 7.866 3.329 4.819 2.112 7.987 5.652 4.314 1.870 4.057 0.950 7.494 1.983 4.499 1.114 1.934 3.406 5.000 4.038 3.639 3.803 3.459 4.981 4.904 4.299 6.854 2.777 8.410 8.691 2.401 2.966 5.498 8.477 1.822 2.145 1.359 2.892 4.474 5.439 2.906 5.045 2.820 1.290 2337 chr11 123430101 123453653 + 0 NA intron (NM_001286564, intron 1 of 19) intron (NM_001286564, intron 1 of 19) 10907 NM_001286564 57476 Hs.144725 NM_020716 ENSG00000023171 GRAMD1B LINC01059 GRAM domain containing 1B protein-coding 0.872 0.798 4.230 0.024 0.190 0.676 0.070 0.225 0.557 0.037 0.317 0.062 0.021 0.017 0.265 0.300 0.038 0.096 0.041 0.008 0.426 0.012 0.628 0.455 0.684 0.242 0.107 0.138 0.063 0.045 0.089 0.151 0.053 1.002 0.025 0.235 0.162 0.051 0.103 0.096 0.098 0.395 0.080 0.046 0.042 0.048 0.127 0.220 0.429 0.115 0.087 0.252 0.300 0.042 0.055 0.684 0.148 0.386 0.206 0.494 0.761 0.071 0.959 0.236 0.051 0.008 0.011 4.127 5.075 0.607 0.352 0.975 0.835 0.204 0.083 3.985 4.269 1.232 1.827 0.142 0.152 0.978 1.034 2.112 3.080 0.891 0.774 0.479 nan 1.702 1.226 4263 chr16 16642900 16671681 + 0 NA Intergenic Intergenic 184188 NM_001282507 101059938 Hs.634612 NM_001282507 ENSG00000214967 NPIPA7 - nuclear pore complex interacting protein family member A7 protein-coding 1.057 1.253 nan 0.095 1.703 0.400 0.042 0.150 0.334 0.026 0.103 0.054 0.004 0.034 0.589 0.685 0.095 0.089 0.055 0.007 0.028 0.014 0.267 0.225 0.054 0.027 0.035 0.029 0.061 0.004 0.168 0.666 0.047 5.882 0.026 0.086 0.332 0.072 0.097 0.898 0.117 0.031 0.029 0.030 0.061 0.057 0.129 0.071 0.108 0.033 0.088 0.685 0.049 0.038 0.054 0.055 0.029 0.309 0.045 0.346 0.022 0.041 0.344 0.018 0.024 0.007 0.370 0.373 0.187 0.109 1.102 1.222 0.320 0.133 0.163 0.152 0.266 0.559 4.841 6.269 nan 0.633 0.124 0.190 0.714 0.865 0.321 0.645 1.460 0.684 5014 chr17 74960916 74970007 + 0 NA promoter-TSS (NR_136417) promoter-TSS (NR_136417) -180 NR_136416 105371899 Hs.634683 NR_136416 ENSG00000267568 LOC105371899 - uncharacterized LOC105371899 ncRNA 2.342 3.187 0.885 1.071 1.460 1.573 0.379 3.456 7.507 0.042 0.094 0.061 0.020 0.044 0.615 2.183 0.108 0.083 2.444 1.316 0.028 0.045 2.376 1.182 1.421 0.153 0.048 0.065 1.692 0.180 0.322 0.642 0.079 5.516 0.546 0.122 0.627 0.164 0.095 0.183 0.981 0.172 0.040 0.026 0.431 0.227 0.381 0.121 0.435 0.085 0.092 0.096 2.183 2.202 0.026 1.421 0.027 0.073 0.481 0.346 1.020 0.070 5.888 0.677 0.117 0.006 0.011 8.316 10.390 5.027 2.942 4.118 3.365 6.032 3.318 2.071 2.144 nan 0.532 2.335 4.949 3.367 3.323 4.777 6.783 2.416 2.584 1.581 3.171 nan 1.616 2243 chr11 111225998 111240794 + 0 NA intron (NM_006235, intron 1 of 4) intron (NM_006235, intron 1 of 4) 14914 NR_039712 100616330 NR_039712 ENSG00000264032 MIR4491 mir-4491 microRNA 4491 ncRNA 0.674 0.902 0.845 0.098 0.188 0.456 0.120 0.658 1.347 0.006 0.058 0.110 0.004 1.099 0.111 0.165 0.076 0.055 0.107 0.051 0.026 0.021 0.128 0.222 0.991 0.389 0.088 0.054 0.073 0.036 0.130 1.287 0.076 0.731 0.069 0.069 0.168 0.052 0.103 0.008 0.097 0.218 0.077 0.021 0.309 0.099 1.003 0.265 0.264 0.058 0.097 0.183 0.165 0.087 0.041 0.991 0.207 0.184 0.597 0.039 0.103 0.054 1.375 0.093 0.031 0.012 0.003 3.413 nan 1.052 1.284 0.636 0.788 1.265 0.271 0.375 0.349 1.044 nan 0.668 0.469 0.434 0.305 1.277 2.125 0.778 1.098 0.251 0.405 0.817 0.651 8046 chr3 176907987 176921012 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321195) promoter-TSS (NM_001321195) -227 NM_001321195 79718 Hs.714201 NM_024665 ENSG00000177565 TBL1XR1 C21|DC42|IRA1|MRD41|TBLR1 transducin beta like 1 X-linked receptor 1 protein-coding 4.508 3.091 3.271 5.486 5.957 2.168 3.074 3.524 6.397 1.398 3.050 2.734 3.642 2.179 2.085 2.767 3.140 0.383 2.214 0.626 4.794 3.330 3.665 1.434 3.654 5.563 6.516 1.012 5.318 1.530 2.740 5.325 8.385 4.983 1.068 2.876 1.523 4.784 0.161 0.958 4.114 6.821 2.862 1.233 1.767 1.697 4.773 3.356 2.499 3.004 1.591 4.475 2.767 2.454 4.478 3.654 1.260 2.242 0.843 3.489 1.674 1.979 2.700 2.976 2.084 1.596 1.524 2.991 3.717 6.458 12.359 5.876 4.725 5.829 2.757 8.672 8.218 3.425 4.043 5.561 6.385 5.710 6.376 1.408 3.331 4.873 4.575 5.806 6.560 2.465 1.285 1288 chr10 3269938 3297983 + 0 NA Intergenic Intergenic -68927 NR_144639 10531 Hs.528300 NM_014889 ENSG00000107959 PITRM1 MP1|PreP pitrilysin metallopeptidase 1 protein-coding 0.373 0.881 0.570 0.105 0.258 0.012 0.393 0.171 0.439 0.218 0.251 0.915 0.115 0.025 0.143 0.593 1.159 0.215 0.240 0.238 0.155 0.113 0.173 0.106 0.370 0.543 0.302 0.150 0.211 0.084 0.097 0.360 0.335 0.443 0.207 0.237 0.031 0.493 0.109 0.359 0.020 0.437 0.086 0.028 0.291 0.098 0.151 0.242 0.157 0.185 0.178 0.404 0.593 0.498 0.258 0.370 0.099 0.272 0.045 1.445 0.087 0.402 0.053 0.053 0.152 0.121 0.057 0.675 0.492 1.411 2.897 0.379 0.425 3.451 0.990 0.214 0.183 0.126 0.198 0.407 0.500 0.131 0.059 0.148 0.189 0.108 0.185 0.093 0.137 1.123 0.666 1087 chr1 209556061 209594842 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -26714 NR_145435 642587 Hs.510543 NR_145433 ENSG00000230937 MIR205HG LINC00510|NPC-A-5 MIR205 host gene ncRNA 0.918 1.357 1.069 0.650 0.117 0.314 2.847 0.275 0.509 0.610 0.245 0.106 0.676 0.034 0.126 0.643 0.098 0.133 1.735 1.306 0.091 0.011 0.149 0.162 0.078 1.479 0.688 0.015 0.817 3.201 0.603 0.466 1.862 0.632 1.461 0.663 0.015 0.051 0.110 0.350 0.094 0.500 0.235 0.193 4.406 1.125 2.263 0.461 0.349 0.031 0.164 1.998 0.643 0.908 0.162 0.078 1.496 0.270 0.076 0.067 0.031 0.513 0.037 0.105 1.665 0.049 0.029 0.430 0.264 0.551 1.276 0.450 0.592 1.506 0.481 nan nan 1.851 2.322 0.309 0.343 0.367 0.189 0.109 0.151 0.100 0.118 0.325 0.541 0.634 0.676 810 chr1 160369044 160382869 + 0 NA intron (NM_020335, intron 1 of 7) MIRb|SINE|MIR 5592 NM_020335 57216 Hs.99477 NM_020335 ENSG00000162738 VANGL2 LPP1|LTAP|STB1|STBM|STBM1 VANGL planar cell polarity protein 2 protein-coding 1.995 nan 1.025 0.203 0.584 0.544 0.412 0.558 0.945 0.863 0.389 0.074 0.045 0.087 1.812 5.499 0.086 0.092 0.076 0.027 0.087 0.090 0.250 0.151 2.751 0.102 0.045 0.202 0.078 0.289 0.429 1.468 0.210 3.051 0.011 0.166 0.083 0.889 0.118 0.180 3.129 0.150 0.184 0.108 0.102 0.301 0.205 0.140 0.581 0.053 0.063 0.363 5.499 0.041 0.013 2.751 0.718 0.135 0.345 0.513 0.030 0.161 0.799 0.924 0.044 0.021 0.004 1.380 1.974 1.664 2.610 4.854 nan 0.702 0.326 1.009 1.107 0.526 0.844 0.951 nan 1.104 1.085 1.432 2.639 0.374 0.246 1.607 2.593 0.432 0.573 11414 chr9 3396258 3414310 + 0 NA intron (NM_001282116, intron 1 of 16) intron (NM_001282116, intron 1 of 16) -9688 NM_002919 5991 Hs.136829 NM_002919 ENSG00000080298 RFX3 - regulatory factor X3 protein-coding 1.008 1.795 0.870 0.080 0.258 0.084 0.065 1.094 1.853 0.005 0.052 0.033 0.010 0.022 0.270 1.518 0.108 0.062 0.081 0.021 0.024 0.008 0.408 0.299 0.562 0.015 0.008 0.048 0.041 0.033 0.024 0.314 0.065 0.054 0.876 0.179 0.106 0.020 1.089 0.018 0.013 0.013 0.024 0.025 0.059 0.084 0.072 0.063 0.013 0.037 1.518 0.052 0.015 0.562 0.041 0.033 0.130 0.046 0.009 1.261 0.048 0.008 0.022 0.006 0.983 0.575 1.899 2.264 0.725 0.678 2.928 0.801 0.769 0.630 4.082 4.681 0.258 0.192 0.561 0.242 1.305 2.058 3.300 7.370 0.247 nan 1.247 0.838 5425 chr18 72153187 72167611 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -3101 NM_018235 55748 Hs.149185 NM_018235 ENSG00000133313 CNDP2 CN2|CPGL|HEL-S-13|HsT2298|PEPA carnosine dipeptidase 2 protein-coding nan nan 1.185 0.994 2.107 0.370 0.676 0.395 0.920 0.363 0.766 0.321 0.546 0.728 0.825 1.057 0.347 0.101 0.367 0.158 0.940 0.462 0.563 0.376 1.628 0.606 0.663 0.557 0.612 0.409 1.168 1.220 1.028 2.196 0.365 0.580 0.178 0.339 0.073 0.409 0.282 0.864 0.598 0.184 1.019 0.364 0.775 0.528 0.536 0.475 0.798 0.277 1.057 0.634 0.585 1.628 0.340 0.104 0.086 1.100 1.188 0.482 0.267 0.128 0.655 0.248 0.085 1.430 1.430 1.837 2.994 2.515 nan 6.048 2.188 3.100 3.220 0.352 0.603 5.981 nan 1.132 1.155 0.717 1.082 1.675 1.672 0.771 0.678 2.136 1.139 9092 chr5 96812181 96822102 + 0 NA Intergenic Intergenic -23259 NR_105028 102546227 Hs.582516 NR_105028 ENSG00000250331 LINC01340 - long intergenic non-protein coding RNA 1340 ncRNA nan 1.093 0.999 0.059 0.071 0.039 0.022 0.113 0.102 0.010 0.071 0.037 0.019 0.020 0.089 0.583 0.081 0.065 0.091 0.025 0.028 0.016 0.067 0.024 0.007 0.015 0.022 0.062 0.032 0.057 0.074 0.036 0.202 0.051 0.075 2.513 0.054 0.150 0.094 0.028 0.008 0.011 0.107 0.050 0.049 0.022 0.016 0.033 0.583 0.043 0.037 0.024 0.024 0.025 0.015 0.041 0.061 0.010 0.062 0.008 0.024 0.005 0.222 0.206 0.291 0.303 0.119 0.180 0.107 0.036 0.141 0.136 0.205 0.303 0.194 0.185 0.428 0.258 0.104 0.094 8.387 10.532 0.224 nan 0.208 0.196 1587 chr10 92961371 92982388 + 0 NA intron (NR_046435, intron 1 of 2) MIR|SINE|MIR -8029 NM_001256549 84333 Hs.500512 NM_032373 ENSG00000180628 PCGF5 RNF159 polycomb group ring finger 5 protein-coding 0.704 1.569 0.988 0.172 2.473 2.087 0.131 2.041 3.946 0.045 0.437 0.302 0.083 0.533 2.540 0.079 0.306 0.139 0.283 0.063 0.095 0.053 1.193 0.617 4.379 0.169 0.199 0.303 0.325 0.110 0.199 0.358 0.160 3.063 0.014 0.115 0.205 0.140 0.094 0.068 0.121 0.272 0.264 0.185 0.141 0.069 0.202 0.153 0.581 0.304 0.304 0.314 0.079 0.404 0.199 4.379 0.147 0.172 0.116 0.175 0.397 0.105 0.292 0.212 0.080 0.076 0.044 0.436 0.612 0.749 1.025 4.007 3.918 4.454 1.616 0.814 0.792 0.549 0.822 nan 6.622 0.316 0.246 0.308 0.632 1.024 0.790 0.535 0.938 2.201 1.164 5838 chr1_gl000192_random 539346 547263 + 0 NA Intergenic Intergenic -74621 NR_103556 100288805 Hs.648712 NR_049745 HYDIN2 HYDINP1 HYDIN2, axonemal central pair apparatus protein (pseudogene) pseudo nan nan 2.217 2.419 1.165 0.602 2.616 0.181 0.372 0.870 2.043 1.588 0.960 1.175 0.895 1.302 1.322 0.380 2.801 1.755 0.773 2.100 1.238 0.678 1.208 1.358 1.563 1.042 1.125 3.680 12.662 16.247 2.240 5.039 2.513 2.688 0.084 1.858 0.198 4.011 0.361 2.521 1.197 0.844 1.994 1.269 1.302 2.834 1.234 1.915 2.484 3.257 1.302 4.229 0.302 1.208 1.481 2.007 0.121 1.894 3.473 1.150 1.690 0.220 0.807 0.652 0.365 4.799 5.267 1.381 2.003 nan 1.278 0.855 0.260 2.000 1.746 1.326 1.929 1.934 2.470 1.242 0.913 5.102 nan 0.231 0.226 1.139 1.499 1.729 1.176 227 chr1 32244422 32256375 + 0 NA Intergenic Intergenic -20734 NM_001294335 576 Hs.524138 NM_001703 ENSG00000121753 ADGRB2 BAI2 adhesion G protein-coupled receptor B2 protein-coding 1.569 nan 1.556 0.368 0.950 0.468 0.262 0.447 0.748 0.271 0.811 0.815 0.188 0.369 0.775 0.896 0.573 0.067 0.699 0.254 0.880 0.348 0.261 0.264 0.490 0.255 0.205 0.539 0.557 0.098 0.869 2.021 0.332 2.396 0.208 1.501 0.087 0.877 0.068 0.139 0.120 1.194 0.257 0.176 0.200 0.076 0.833 0.509 0.937 0.516 0.435 0.623 0.896 0.815 0.445 0.490 1.862 0.520 0.471 1.363 0.453 0.404 1.402 0.353 0.133 0.289 0.137 2.126 2.687 10.387 5.346 1.647 1.430 nan 0.288 1.581 1.669 0.874 1.534 0.607 1.148 nan 1.715 1.375 2.355 0.248 0.345 1.431 1.973 0.601 nan 4256 chr16 15665099 15709545 + 0 NA TTS (NM_001184998) TTS (NM_001184998) 17630 NR_106761 102465252 NR_106761 ENSG00000284184 MIR6506 hsa-mir-6506 microRNA 6506 ncRNA 0.720 1.020 nan 0.456 1.141 0.134 2.217 0.421 0.719 0.121 0.745 0.711 0.094 2.218 0.157 0.904 0.411 0.178 1.156 0.624 0.868 0.024 0.501 0.183 0.565 1.894 1.746 0.235 0.621 0.376 2.668 8.744 1.730 1.344 0.519 2.060 0.049 0.056 0.089 0.445 0.150 0.624 0.438 0.204 1.043 0.786 1.157 0.688 1.386 0.731 1.587 2.155 0.904 0.950 1.675 0.565 0.290 0.709 0.077 1.368 0.598 0.898 0.140 0.142 0.385 0.240 0.178 0.357 0.376 0.573 0.811 0.332 0.406 0.968 0.372 0.462 0.474 0.343 0.544 3.330 3.834 nan 0.236 0.246 0.387 0.145 0.252 0.255 0.470 0.788 0.521 6462 chr2 166095855 166113436 + 0 NA intron (NM_001040142, intron 1 of 26) L2a|LINE|L2 8733 NM_001040142 6326 Hs.93485 NM_021007 ENSG00000136531 SCN2A BFIC3|BFIS3|BFNIS|EIEE11|HBA|HBSCI|HBSCII|NAC2|Na(v)1.2|Nav1.2|SCN2A1|SCN2A2 sodium voltage-gated channel alpha subunit 2 protein-coding 0.819 1.098 nan 0.029 3.037 0.044 0.020 1.731 3.176 0.042 0.189 0.014 0.783 0.328 0.150 0.101 0.101 0.103 0.032 0.029 0.236 2.103 1.601 1.616 0.004 0.012 0.021 0.079 0.024 0.054 0.109 0.086 0.832 0.042 0.077 0.043 0.085 0.027 0.068 0.010 0.009 0.012 0.013 0.039 0.085 0.014 0.053 0.027 0.027 0.150 0.057 0.032 1.616 0.014 0.023 0.047 0.023 0.189 0.018 0.034 0.327 0.030 0.029 0.023 0.320 0.229 0.288 0.422 0.328 0.442 2.216 0.787 0.286 0.249 1.003 1.071 1.665 1.215 0.786 0.413 0.120 0.236 0.012 0.009 0.467 1.277 0.789 0.395 7658 chr3 73159172 73161299 + 0 NA Intergenic U2|snRNA|snRNA 49425 NM_018029 55096 Hs.658858 NM_018029 ENSG00000255423 EBLN2 EBLN-2 endogenous Bornavirus like nucleoprotein 2 protein-coding 3.842 4.426 3.241 3.670 7.693 5.122 2.872 4.209 6.211 2.508 5.984 2.715 5.239 1.643 8.360 4.383 2.915 3.177 6.958 6.241 2.996 2.938 1.487 4.784 3.731 5.609 2.293 4.460 4.901 7.587 4.934 4.064 6.598 20.467 4.033 1.575 3.818 0.278 12.649 1.114 7.488 3.233 1.834 19.034 2.824 7.652 6.335 6.548 2.939 5.682 4.454 4.383 5.192 3.307 4.784 5.521 4.125 4.892 4.974 2.297 5.077 2.365 3.531 3.934 4.168 3.272 8.167 6.906 5.584 nan 6.414 6.339 3.747 6.281 7.388 7.893 1.442 1.998 3.315 3.835 6.722 5.505 6.941 6.492 4.457 5.295 6.980 nan 6.661 5.812 10217 chr7 20542263 20560369 + 0 NA Intergenic Intergenic -103929 NM_001163941 340273 Hs.404102 NM_178559 ENSG00000004846 ABCB5 ABCB5alpha|ABCB5beta|EST422562 ATP binding cassette subfamily B member 5 protein-coding 1.004 0.996 0.959 0.191 0.150 0.425 0.049 0.230 0.321 0.031 0.107 0.226 0.031 0.022 0.078 0.507 0.104 0.125 0.091 0.042 0.021 0.023 0.167 0.230 0.155 0.004 0.016 0.004 0.083 0.018 0.084 0.193 0.141 0.576 0.088 0.068 0.131 0.060 0.190 0.046 0.499 0.086 0.015 0.009 0.030 0.040 0.170 0.150 0.077 0.025 0.067 0.063 0.507 0.048 0.026 0.155 0.020 0.069 0.023 0.102 0.056 0.033 0.238 0.025 0.018 0.003 0.569 0.474 0.171 nan 0.473 0.506 0.388 0.178 0.247 0.247 4.413 4.123 0.438 0.665 0.614 0.464 0.130 0.219 0.405 0.338 0.441 nan 0.824 0.528 1860 chr11 27432712 27496377 + 0 NA intron (NM_018490, intron 1 of 17) MIRb|SINE|MIR -28734 NR_131169 105376671 Hs.568999 NR_131169 ENSG00000254862 LOC105376671 lnc-BBOX1-1 uncharacterized LOC105376671 ncRNA 1.111 1.723 0.978 0.649 0.323 0.408 0.892 0.823 1.538 0.636 0.334 0.342 1.021 0.179 0.221 0.775 0.374 0.106 0.521 0.179 1.415 0.026 0.797 0.439 0.633 0.649 0.425 0.294 0.717 0.464 0.725 2.093 1.913 1.547 0.214 1.036 0.824 0.112 0.091 0.200 0.743 2.632 0.158 0.142 0.884 0.391 1.152 0.510 1.497 0.220 1.587 0.996 0.775 0.626 2.095 0.633 0.429 0.858 0.087 0.191 0.144 0.781 0.359 0.123 0.822 0.022 0.015 1.563 1.559 1.135 1.798 0.624 0.705 4.604 2.280 0.369 0.359 0.872 1.236 0.351 0.447 0.715 0.595 0.746 1.007 2.983 5.300 0.240 0.499 1.289 0.798 4829 chr17 46202244 46242997 + 0 NA intron (NM_001075099, intron 11 of 12) intron (NM_001075099, intron 11 of 12) 11253 NR_031607 100302211 NR_031607 ENSG00000221739 MIR1203 MIRN1203|hsa-mir-1203 microRNA 1203 ncRNA 1.007 1.467 nan 0.196 0.392 0.210 0.217 1.670 3.349 0.047 0.155 0.118 0.030 0.368 0.485 0.182 0.110 0.087 0.186 0.064 0.068 1.498 1.586 0.803 0.920 0.122 0.064 0.065 0.132 0.054 0.187 nan 0.113 0.794 0.061 0.104 0.367 0.157 0.121 0.049 0.061 0.233 0.376 0.199 0.104 0.084 0.196 0.253 0.472 0.153 0.144 0.118 0.182 0.151 0.073 0.920 0.087 0.398 0.107 0.139 0.631 0.102 0.201 0.665 0.058 0.085 0.037 0.604 0.806 0.166 0.268 0.815 nan 3.006 0.962 0.548 0.583 0.199 0.389 4.938 5.499 1.147 0.655 0.452 0.605 1.215 0.901 0.997 3.286 1.434 0.818 8270 chr4 13639357 13646099 + 0 NA Intergenic Intergenic 13239 NR_049814 100847023 NR_049814 ENSG00000266240 MIR5091 mir-5091 microRNA 5091 ncRNA nan nan nan 0.118 0.104 0.287 0.518 0.055 0.044 0.042 0.405 0.441 0.074 0.045 0.086 0.808 0.158 0.047 0.298 0.285 0.016 0.154 0.233 0.036 0.031 0.043 0.055 0.122 0.691 0.060 0.458 0.156 0.832 0.369 0.249 0.006 0.065 0.046 0.243 0.023 0.133 0.045 0.057 0.128 0.034 0.729 0.247 0.362 0.169 5.698 0.715 0.808 0.318 0.096 0.036 1.107 0.521 0.057 0.023 0.206 0.095 0.015 0.203 0.318 0.009 0.008 0.524 0.271 0.373 0.733 0.307 0.299 0.195 0.107 0.137 0.180 0.966 1.390 0.233 0.292 0.313 0.167 0.070 0.215 0.037 0.051 0.155 0.416 nan 0.853 8737 chr5 6631604 6636706 + 0 NA promoter-TSS (NM_017755) promoter-TSS (NM_017755) -682 NR_037947 54888 Hs.481526 NM_017755 ENSG00000037474 NSUN2 MISU|MRT5|SAKI|TRM4 NOP2/Sun RNA methyltransferase family member 2 protein-coding 3.386 3.221 8.783 2.805 9.218 1.792 6.063 1.631 3.055 2.711 3.281 2.760 0.772 1.691 2.962 1.211 5.699 0.505 8.749 1.903 2.695 2.990 4.202 1.852 4.611 2.868 3.822 2.088 4.890 2.141 7.386 8.503 6.035 11.235 2.294 2.727 0.816 3.268 0.144 2.362 0.854 4.406 7.718 3.483 2.197 2.690 4.408 2.447 2.840 4.182 3.369 2.446 1.211 9.337 3.117 4.611 3.590 4.412 1.495 5.725 2.881 3.886 1.592 0.846 1.675 2.686 1.882 6.601 6.814 6.535 nan 7.974 9.085 6.120 3.912 5.745 6.118 4.790 6.276 nan 7.574 nan 10.837 4.319 6.456 4.159 5.338 4.938 3.582 5.073 nan 9615 chr6 37068564 37113486 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL -46897 NM_002648 5292 Hs.81170 NM_002648 ENSG00000137193 PIM1 PIM Pim-1 proto-oncogene, serine/threonine kinase protein-coding nan 1.195 nan 1.647 1.219 0.759 1.768 0.382 0.843 0.871 1.148 1.633 2.446 0.718 1.027 1.632 1.959 0.471 1.234 0.500 0.620 0.158 0.402 0.277 1.539 1.412 1.045 0.625 1.569 1.211 1.281 2.673 2.244 1.480 0.879 1.054 0.118 6.192 0.278 0.241 0.960 2.262 1.384 0.618 0.727 1.197 2.758 3.823 1.918 1.787 0.548 0.765 1.632 2.518 0.789 1.539 0.302 0.492 0.547 2.476 0.224 1.240 0.417 0.724 0.482 3.036 2.380 1.055 1.522 0.641 nan nan 1.240 2.071 1.113 0.996 1.080 1.337 1.843 2.712 4.513 2.098 2.161 0.434 0.682 0.699 0.744 1.173 3.333 1.124 0.796 11959 chrX 93844845 93859306 + 0 NA Intergenic Intergenic 466150 NR_031667 100313772 NR_031667 ENSG00000221187 MIR548M MIRN548M microRNA 548m ncRNA 0.503 3.898 0.613 0.015 0.760 0.019 0.020 0.100 0.183 0.059 0.019 0.035 0.043 0.123 0.079 0.044 0.022 0.010 0.273 0.279 0.016 0.005 0.023 0.039 0.030 0.034 0.112 0.045 0.047 0.106 0.209 0.008 0.006 0.032 0.004 0.015 0.021 0.050 0.433 0.010 0.017 0.018 0.123 0.020 0.026 0.016 0.008 0.027 0.016 0.490 0.011 0.027 0.052 0.010 0.008 0.007 0.188 0.138 0.135 0.108 0.098 0.196 0.851 0.386 0.152 0.122 0.113 0.109 0.189 0.211 0.370 0.139 0.055 0.118 0.195 0.148 0.094 0.187 0.061 0.063 5379 chr18 56729952 56771105 + 0 NA Intergenic Charlie1b|DNA|hAT-Charlie 47617 NR_024021 390858 Hs.716280 NR_024021 OACYLP ACYL3P O-acyltransferase like, pseudogene pseudo nan 1.247 1.486 0.162 3.013 1.175 0.050 0.548 1.062 0.016 0.092 0.407 0.018 2.111 0.756 0.489 0.085 0.074 0.031 0.018 0.066 0.010 1.186 0.561 6.226 0.110 0.040 0.045 0.053 0.008 0.063 0.121 0.049 2.276 0.022 0.059 0.573 0.024 0.094 0.014 0.342 0.101 0.038 0.028 0.042 0.038 0.124 0.148 0.236 0.040 0.134 0.049 0.489 0.045 0.034 6.226 0.057 0.038 0.119 0.058 1.563 0.025 0.048 0.096 0.047 0.015 0.005 0.401 0.391 0.319 0.340 5.368 7.143 4.615 1.703 1.041 1.005 0.199 0.387 9.558 7.434 0.699 0.552 0.187 0.249 1.775 2.001 0.307 0.609 nan 2.654 10471 chr7 82065084 82084717 + 0 NA Intergenic Intergenic -1778 NM_001302890 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 2.526 1.895 1.090 0.294 1.031 4.170 0.111 1.743 2.894 0.285 0.654 0.095 0.787 1.081 1.626 0.646 0.090 0.291 0.058 0.083 0.701 1.795 1.437 2.548 0.050 0.018 0.053 0.656 0.059 0.535 0.634 0.166 4.980 0.089 0.495 1.481 1.401 0.228 0.180 1.640 0.691 0.373 0.191 0.022 0.020 0.221 0.545 1.211 1.484 0.258 0.048 1.626 0.348 0.301 2.548 0.393 0.127 0.653 1.295 1.149 0.044 0.170 1.243 0.384 0.079 0.067 2.125 3.141 0.604 0.631 4.525 4.610 3.540 1.571 0.410 0.524 2.839 3.547 1.308 2.303 4.725 5.016 0.370 0.788 5.841 5.262 4.838 nan 2.168 1.237 8277 chr4 15470251 15498866 + 0 NA TTS (NM_001164720) TTS (NM_001164720) 13069 NM_020785 57545 Hs.590928 NM_020785 ENSG00000048342 CC2D2A JBTS9|MKS6 coiled-coil and C2 domain containing 2A protein-coding nan nan nan 0.389 0.256 0.096 0.567 0.073 0.131 0.120 0.237 0.200 0.022 0.036 0.139 0.405 1.670 0.190 0.253 0.079 0.191 0.102 0.203 0.184 0.205 0.208 0.177 0.175 0.077 0.151 0.090 0.193 0.201 0.509 0.419 0.339 0.029 0.049 0.075 0.244 0.116 0.239 0.248 0.139 0.210 0.217 0.094 0.606 0.276 0.358 0.742 0.193 0.405 0.171 0.204 0.205 0.175 0.072 0.038 0.340 0.110 0.175 0.108 1.755 0.264 0.197 0.146 0.427 0.259 0.613 0.561 0.486 0.511 1.004 0.442 0.546 0.499 1.101 1.474 0.371 0.435 1.594 1.351 0.360 0.419 0.214 0.262 1.170 4.604 nan 0.633 4477 chr16 84528357 84616357 + 0 NA Intergenic L1ME3A|LINE|L1 -34069 NM_020947 57707 Hs.288274 NM_020947 ENSG00000140950 TLDC1 KIAA1609 TBC/LysM-associated domain containing 1 protein-coding nan 0.982 0.761 0.385 1.468 1.258 0.892 2.578 4.794 0.130 0.496 0.487 0.020 0.495 0.859 0.687 0.211 0.143 0.775 0.300 1.153 0.071 0.333 0.237 2.974 0.705 0.698 0.406 0.710 0.300 0.212 0.528 0.227 2.442 0.582 0.140 0.060 0.142 0.080 0.199 0.074 2.054 0.683 0.401 0.289 0.403 0.747 0.796 0.354 0.828 0.109 0.538 0.687 0.718 0.582 2.974 0.262 0.432 0.157 0.666 0.131 0.618 0.043 0.331 0.366 1.076 0.892 0.438 0.518 0.252 0.387 1.138 1.173 1.114 0.312 0.442 0.439 0.278 0.498 4.359 4.268 0.781 0.543 0.191 0.262 0.255 0.233 0.714 1.600 1.696 0.874 6099 chr2 50338004 50372168 + 0 NA intron (NM_138735, intron 2 of 5) intron (NM_138735, intron 2 of 5) -153745 NM_001320156 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 1.207 nan 1.057 0.045 0.474 6.126 0.054 0.150 0.326 0.009 0.087 0.014 0.020 0.061 0.858 0.660 0.105 0.076 0.071 0.017 0.024 0.008 0.426 0.355 1.013 0.016 0.017 0.011 0.074 0.009 0.096 0.284 0.072 1.091 0.060 0.136 0.158 0.076 0.122 0.024 0.261 0.097 0.026 0.025 0.035 0.016 0.084 0.117 0.043 0.010 0.023 0.033 0.660 0.035 0.032 1.013 0.032 0.032 0.279 0.098 0.502 0.023 0.061 0.553 0.018 0.027 0.008 0.428 0.259 1.480 1.728 1.103 1.212 2.038 0.851 0.494 0.507 1.520 1.610 1.621 2.399 0.628 0.354 0.180 0.265 0.705 0.543 0.898 2.256 0.877 0.693 9441 chr6 12589697 12595314 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -6869 NR_149140 101928309 Hs.639414 NR_149140 ENSG00000234015 LINC02530 - long intergenic non-protein coding RNA 2530 ncRNA 0.716 nan 0.491 3.021 0.171 0.020 1.307 0.029 0.230 0.103 0.322 0.643 0.023 0.054 0.157 0.159 2.101 0.257 0.992 0.471 0.624 0.049 0.085 0.145 0.042 1.468 0.861 0.040 0.219 1.830 0.058 0.312 0.973 0.099 0.667 0.148 0.033 0.452 0.138 0.441 0.042 7.054 7.905 3.053 2.006 0.506 0.325 0.535 0.771 0.178 0.046 0.243 0.159 0.318 0.801 0.042 0.022 0.092 0.444 0.495 0.052 0.044 0.663 0.123 0.064 0.460 0.318 0.871 3.316 0.350 0.320 0.135 0.065 0.204 0.289 0.132 0.303 0.131 0.139 0.325 0.114 0.171 0.177 0.044 0.100 0.230 0.334 0.269 0.387 1817 chr11 13893060 13907674 + 0 NA Intergenic GA-rich|Low_complexity|Low_complexity -8204 NR_149109 105376561 Hs.512244 NR_149109 ENSG00000254930 LINC02545 - long intergenic non-protein coding RNA 2545 ncRNA 0.558 nan 0.747 0.104 0.543 0.011 1.055 0.186 0.349 0.007 0.083 0.044 0.009 0.110 1.419 0.337 0.084 0.088 0.281 0.375 0.040 0.019 0.204 0.147 0.325 0.240 0.103 0.020 0.317 0.304 0.212 0.481 0.195 0.606 0.161 0.252 0.092 0.030 0.070 0.163 0.022 0.286 0.054 0.037 0.927 0.052 0.152 0.157 0.240 0.040 3.576 0.105 0.337 0.192 0.051 0.325 0.389 0.070 0.086 0.060 0.201 0.259 0.115 0.050 0.072 0.055 0.062 nan 0.444 0.280 0.318 0.455 0.658 0.135 0.065 0.364 0.374 0.189 nan 0.388 0.459 0.428 0.246 0.357 0.383 0.404 0.540 0.135 0.202 0.746 nan 7499 chr3 5732807 5743967 + 0 NA Intergenic HERVIP10F-int|LTR|ERV1 -446447 NR_039953 100616334 NR_039953 ENSG00000265180 MIR4790 - microRNA 4790 ncRNA 0.350 0.650 0.526 3.681 0.056 0.026 0.103 0.048 0.108 0.055 0.082 0.011 0.009 0.055 0.074 0.087 0.029 3.834 1.794 0.005 0.014 0.058 0.065 0.006 0.019 0.828 0.198 0.173 0.241 0.242 0.271 1.939 0.038 0.010 0.087 0.064 0.091 0.011 0.007 0.457 2.688 0.902 0.106 0.044 0.031 0.007 0.108 0.074 1.531 0.008 0.065 0.090 0.104 0.009 0.021 0.073 0.049 0.018 0.067 0.007 0.021 0.004 0.220 0.125 0.213 0.414 0.196 0.265 0.111 0.039 0.202 0.247 0.142 0.137 0.217 0.179 0.424 0.195 0.064 0.093 0.064 0.190 0.095 0.194 0.371 0.314 5300 chr18 43529956 43548143 + 0 NA intron (NM_020964, intron 1 of 43) LTR8|LTR|ERV1 8256 NM_020964 57724 Hs.514843 NM_020964 ENSG00000152223 EPG5 HEEW1|KIAA1632|VICIS ectopic P-granules autophagy protein 5 homolog protein-coding nan 1.044 1.085 1.538 0.725 0.165 1.780 0.282 0.542 0.226 1.285 0.715 0.044 0.303 0.353 0.247 0.493 0.089 0.469 0.260 1.952 0.152 0.274 0.223 0.603 1.466 1.152 0.474 0.691 1.577 0.407 0.496 0.773 1.241 0.321 0.169 0.067 0.214 0.103 0.800 0.210 1.384 6.061 2.663 1.961 0.379 0.503 1.460 0.224 2.004 0.364 0.258 0.247 0.357 0.349 0.603 0.181 0.091 0.111 0.394 0.240 2.347 0.108 0.117 1.398 1.346 1.281 1.005 1.011 1.086 1.683 1.673 1.792 2.094 0.759 0.618 0.704 0.381 0.648 0.743 1.129 0.914 0.674 0.296 0.571 0.701 0.849 0.542 nan 1.617 1.233 11693 chr9 109969452 109986703 + 0 NA Intergenic LTR82A|LTR|ERVL -67440 NM_002874 5887 Hs.521640 NM_002874 ENSG00000119318 RAD23B HHR23B|HR23B|P58 RAD23 homolog B, nucleotide excision repair protein protein-coding 0.669 0.989 0.638 0.556 0.245 0.029 3.610 0.362 0.448 0.111 0.425 0.773 0.295 0.087 0.072 0.295 0.367 0.177 2.253 1.608 0.164 0.016 0.174 0.109 0.111 1.066 0.533 0.303 3.778 1.717 1.311 2.669 1.371 0.409 1.428 0.433 0.055 0.031 0.097 0.969 0.228 1.063 0.160 0.094 0.733 1.008 0.208 0.429 0.127 0.692 0.244 1.650 0.295 2.612 0.747 0.111 0.414 0.272 0.039 0.176 0.123 1.040 0.046 0.029 0.505 0.397 0.428 0.170 0.137 0.223 0.407 0.320 0.345 0.639 0.252 0.105 0.108 0.112 0.203 0.610 nan 0.561 0.228 0.130 0.139 0.259 0.534 0.219 0.364 nan 0.357 6795 chr20 1856148 1883466 + 0 NA Intergenic Intergenic -5006 NM_001330728 140885 Hs.581021 NM_080792 ENSG00000198053 SIRPA BIT|CD172A|MFR|MYD-1|P84|PTPNS1|SHPS1|SIRP signal regulatory protein alpha protein-coding 0.665 1.649 0.467 0.198 0.112 0.026 0.079 0.305 0.553 0.049 0.143 0.219 0.023 0.054 0.043 0.305 0.348 0.096 0.069 0.021 0.072 0.310 0.058 0.064 0.341 0.286 0.225 0.133 0.058 0.016 0.196 0.423 0.070 1.097 0.011 0.338 0.129 0.488 0.058 0.139 0.038 0.408 0.462 0.354 0.032 0.078 0.307 0.593 1.637 0.210 0.303 0.900 0.305 0.031 0.183 0.341 0.117 0.169 0.165 0.558 0.047 0.598 1.249 0.049 0.089 0.268 0.175 4.039 6.187 0.746 0.725 0.251 0.308 0.309 0.131 0.195 0.218 0.817 1.208 0.195 0.254 0.749 0.519 1.951 3.002 0.923 1.294 0.127 0.174 0.220 0.251 2707 chr12 56587326 56599532 + 0 NA Intergenic Intergenic -10071 NM_001330288 6601 Hs.236030 NM_003075 ENSG00000139613 SMARCC2 BAF170|CRACC2|Rsc8 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin subfamily c member 2 protein-coding nan 0.687 0.540 0.176 0.146 0.018 5.316 0.225 0.351 0.054 0.168 0.133 0.183 0.065 0.095 0.250 0.259 0.184 0.278 0.063 0.073 0.045 0.112 0.159 0.160 1.681 0.938 1.083 1.219 0.636 0.116 0.424 0.469 0.476 0.046 0.091 0.055 0.133 0.073 0.355 0.065 0.099 0.095 0.069 0.376 0.402 0.253 0.298 0.218 0.198 0.071 0.111 0.250 0.304 0.266 0.160 0.020 0.055 0.047 0.314 0.083 0.389 0.125 0.090 0.018 0.071 0.029 nan 0.470 0.353 0.531 0.426 nan 0.915 0.332 0.523 0.499 0.320 nan 0.439 nan 0.514 0.246 0.385 0.367 0.112 0.209 0.296 0.594 0.854 0.677 6078 chr2 46184523 46195484 + 0 NA intron (NM_005400, intron 2 of 14) intron (NM_005400, intron 2 of 14) 310960 NM_005400 5581 Hs.580351 NM_005400 ENSG00000171132 PRKCE PKCE|nPKC-epsilon protein kinase C epsilon protein-coding 0.834 nan 0.808 2.375 0.154 0.331 6.144 0.234 0.299 0.845 2.096 0.808 0.057 0.028 0.245 0.666 0.713 0.153 2.234 1.028 2.333 0.025 0.114 0.129 0.064 2.226 1.581 0.128 1.148 0.970 1.045 nan 0.558 0.786 1.402 0.506 0.018 0.060 0.115 0.709 0.058 2.220 1.465 0.777 3.113 2.426 0.449 0.664 0.973 1.154 0.713 2.862 0.666 3.017 2.593 0.064 1.761 0.973 0.027 0.716 0.119 3.012 0.054 0.158 0.186 0.494 0.673 0.255 0.224 0.252 0.692 nan 0.652 0.847 0.338 0.449 0.445 0.468 0.727 0.381 0.418 0.497 0.198 0.221 0.310 0.038 0.078 0.172 nan nan 0.493 4854 chr17 48932685 48947083 + 0 NA 3' UTR (NM_005749, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_005749, exon 2 of 2) 3831 NM_001243885 10140 Hs.703321 NM_005749 ENSG00000141232 TOB1 APRO5|APRO6|PIG49|TOB|TROB|TROB1 transducer of ERBB2, 1 protein-coding 4.022 3.444 nan 2.908 3.138 2.635 0.994 2.816 5.165 0.867 2.714 1.105 3.096 1.341 3.176 1.885 1.738 0.290 2.333 0.749 1.620 1.430 2.110 0.934 3.162 1.070 1.449 1.364 1.629 0.739 3.390 nan 2.914 8.012 0.561 2.405 1.278 2.777 0.173 1.003 2.424 3.091 0.898 0.557 1.104 0.956 3.599 1.760 3.793 3.166 2.377 2.734 1.885 4.208 1.005 3.162 1.496 2.925 0.876 3.078 1.997 1.331 2.462 1.425 0.936 1.236 0.784 3.755 4.653 2.503 4.181 5.050 nan 4.821 2.566 8.444 8.640 2.581 3.089 5.561 nan 5.127 4.862 3.048 5.867 4.413 4.693 3.422 4.251 1.752 0.976 3998 chr15 63472028 63495359 + 0 NA intron (NM_016530, intron 1 of 7) intron (NM_016530, intron 1 of 7) 1965 NM_016530 51762 Hs.389733 NM_016530 ENSG00000166128 RAB8B - RAB8B, member RAS oncogene family protein-coding 1.372 0.884 nan 0.282 0.136 0.094 0.142 0.289 0.388 0.078 0.802 0.749 0.048 0.081 0.137 0.322 0.639 0.159 0.221 0.164 0.253 0.178 0.173 0.188 0.393 0.328 0.154 0.162 0.097 0.158 0.230 0.668 0.344 2.424 0.168 0.220 0.183 0.233 0.066 0.066 0.364 0.291 0.109 0.121 0.111 0.086 0.480 0.506 0.486 0.282 0.118 1.063 0.322 0.144 0.244 0.393 0.183 0.360 0.250 0.208 0.348 0.237 0.241 0.289 0.337 0.083 0.033 0.376 0.508 0.794 1.136 0.802 0.933 nan 0.283 0.336 0.373 3.017 3.294 0.615 0.726 5.329 4.602 0.588 0.847 0.522 0.618 0.641 1.417 1.044 0.584 11933 chrX 39941064 39970063 + 0 NA intron (NM_001123384, intron 1 of 13) CpG 1156 NM_017745 54880 Hs.659681 NM_017745 ENSG00000183337 BCOR ANOP2|MAA2|MCOPS2 BCL6 corepressor protein-coding 4.064 3.307 2.913 1.033 3.818 2.630 1.100 1.638 3.015 0.641 1.552 0.726 0.946 1.317 1.681 2.586 1.734 0.232 0.875 0.252 1.820 1.225 1.853 0.735 3.356 0.751 0.810 0.700 1.913 0.493 1.195 2.528 1.551 6.152 0.378 1.474 0.871 1.369 0.051 0.458 3.117 2.306 1.483 0.793 0.617 0.720 1.396 1.083 3.217 2.467 1.127 1.560 2.586 1.235 1.094 3.356 0.689 1.251 0.847 2.230 1.481 0.498 1.693 1.672 0.803 0.705 0.436 2.228 2.694 2.237 3.777 6.538 5.470 2.429 0.867 2.991 2.775 1.789 2.436 3.329 4.632 3.810 5.046 2.066 3.242 2.148 1.907 1.818 3.042 1.118 0.741 671 chr1 148176022 148177997 + 0 NA TTS (NR_148945) TTS (NR_148945) 25527 NM_001144032 730262 NM_001144032 ENSG00000271567 PPIAL4E COAS2 peptidylprolyl isomerase A like 4E protein-coding 1.061 nan 0.971 3.132 1.457 0.864 3.049 0.865 0.867 3.352 4.564 2.023 4.047 6.579 0.519 0.784 0.002 5.197 1.630 7.831 13.079 1.112 0.342 1.240 1.116 0.726 1.610 0.590 0.536 25.219 20.846 1.071 16.758 2.398 1.379 0.439 6.935 0.207 3.629 0.163 4.042 4.020 2.365 1.985 1.440 1.417 3.334 2.184 2.958 4.486 7.002 0.519 6.286 3.486 1.240 1.641 2.973 0.192 6.274 7.671 1.397 4.277 0.316 3.314 0.106 0.051 1.525 2.714 1.644 3.576 2.783 1.691 1.790 0.396 10.226 10.968 0.381 0.600 1.085 1.546 0.874 0.741 5.861 7.092 1.015 1.254 0.614 1.303 0.770 0.643 1511 chr10 72473409 72479539 + 0 NA intron (NM_080722, intron 4 of 21) intron (NM_080722, intron 4 of 21) 44212 NM_080722 140766 Hs.352156 NM_080722 ENSG00000138316 ADAMTS14 - ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 14 protein-coding 0.845 nan 3.520 0.048 1.524 1.519 0.238 1.663 4.133 0.016 0.137 0.271 0.010 0.148 0.261 0.272 0.049 0.053 0.294 0.092 0.219 0.011 1.046 0.446 7.744 0.035 0.081 0.012 0.075 0.034 0.079 0.422 0.151 1.640 0.239 0.087 0.216 0.029 0.033 0.038 0.310 0.209 0.079 0.013 0.071 0.062 0.309 0.016 0.103 0.117 0.039 0.239 0.272 0.258 0.584 7.744 0.199 0.067 0.079 0.096 0.099 0.801 0.033 0.222 0.025 0.178 0.170 3.502 4.571 0.165 0.318 5.979 7.817 6.793 3.010 0.379 0.225 0.394 0.613 0.441 nan 0.413 0.112 0.402 0.534 1.017 1.304 0.519 nan 1.987 0.948 6317 chr2 113378857 113424292 + 0 NA non-coding (NR_033871, exon 2 of 5) non-coding (NR_033871, exon 2 of 5) 183 NR_033871 400999 Hs.585221 NR_033871 FLJ42351 - uncharacterized LOC400999 ncRNA 1.501 nan 1.605 1.401 1.200 1.671 2.729 0.474 0.835 0.500 2.367 3.077 0.055 0.102 0.564 0.881 0.582 0.103 0.737 0.500 0.926 0.293 0.501 0.296 0.730 2.376 2.074 0.291 1.438 1.461 1.255 2.464 1.729 nan 1.374 4.240 0.195 0.339 0.082 2.487 0.430 6.007 1.590 0.801 1.180 0.764 2.850 6.229 0.970 1.795 0.711 1.370 0.881 1.134 1.825 0.730 0.458 0.394 0.282 1.539 0.355 1.657 0.229 0.396 3.285 1.022 0.799 0.769 0.755 0.849 1.422 1.983 nan 2.348 1.047 1.533 1.592 1.028 1.478 1.353 1.694 1.632 1.637 0.513 0.938 0.800 0.829 1.059 1.645 0.738 0.462 5538 chr19 12880074 12918971 + 0 NA Intergenic Intergenic 1580 NR_049864 100847071 NR_049864 ENSG00000263800 MIR5684 - microRNA 5684 ncRNA 4.994 2.753 3.803 3.456 2.957 4.005 2.644 1.168 2.524 2.414 2.481 1.303 1.167 1.404 1.964 3.006 2.163 0.373 3.637 1.298 4.179 2.530 1.441 0.688 2.725 1.637 1.747 1.989 2.342 1.395 5.705 nan 4.625 2.185 1.571 2.721 1.518 3.281 0.129 0.747 1.216 3.696 1.405 0.721 2.165 1.351 4.630 1.798 2.920 4.182 1.711 2.787 3.006 4.268 1.772 2.725 1.720 3.444 1.355 4.143 2.629 3.278 0.856 2.114 1.139 0.500 0.275 2.417 2.979 2.728 4.145 4.737 4.525 6.959 3.363 4.338 4.541 2.271 3.265 4.084 6.073 4.575 4.192 1.033 1.593 4.431 4.343 3.497 6.013 2.987 1.467 5857 chr2 3127248 3132811 + 0 NA promoter-TSS (NR_110228) promoter-TSS (NR_110228) -231 NR_110228 101927554 Hs.638446 NR_110228 ENSG00000234423 LINC01250 - long intergenic non-protein coding RNA 1250 ncRNA 0.941 0.580 0.963 0.079 0.174 0.126 0.076 0.760 1.056 0.017 0.069 0.034 0.022 0.071 0.274 0.091 0.082 0.056 0.012 2.553 1.540 0.387 0.038 0.039 0.050 0.016 0.014 0.123 0.063 0.856 0.076 0.082 0.172 0.130 0.022 0.014 0.059 0.028 0.070 0.197 0.146 0.065 0.015 0.024 0.091 0.025 0.054 0.387 0.044 0.083 0.977 0.133 5.700 0.071 0.053 0.270 0.027 0.031 0.009 0.914 2.202 0.425 0.437 2.278 1.453 0.580 0.262 0.223 0.276 0.534 0.880 5.404 4.711 0.969 0.982 0.321 0.371 0.112 0.161 0.577 0.845 2.879 1.765 2423 chr12 4377742 4386882 + 0 NA promoter-TSS (NM_001759) promoter-TSS (NM_001759) -590 NM_001759 894 Hs.376071 NM_001759 ENSG00000118971 CCND2 KIAK0002|MPPH3 cyclin D2 protein-coding 1.384 nan nan 0.039 0.213 0.073 0.039 0.125 0.293 0.021 0.034 0.061 0.021 0.043 0.038 0.042 0.080 0.113 0.068 0.062 0.013 5.001 0.207 0.190 0.091 0.143 0.040 0.057 0.089 0.012 0.043 0.102 0.084 0.903 0.016 0.023 0.042 0.883 0.091 0.035 0.080 1.236 0.732 0.035 0.067 0.031 0.176 0.187 0.561 0.026 0.010 0.042 0.070 0.091 0.040 0.138 10.173 0.022 0.026 0.025 3.527 0.008 0.111 0.116 0.122 0.094 0.127 0.276 nan 0.494 0.835 0.239 0.167 0.244 1.449 2.189 0.184 0.203 1.592 1.295 0.166 0.112 0.169 0.211 4.205 nan 0.205 0.183 6488 chr2 174217909 174225865 + 0 NA intron (NM_031942, intron 1 of 9) intron (NM_031942, intron 1 of 9) 2326 NM_145810 83879 Hs.470654 NM_031942 ENSG00000144354 CDCA7 ICF3|JPO1 cell division cycle associated 7 protein-coding 4.547 2.302 2.550 0.996 2.427 6.783 0.789 2.265 4.549 0.226 1.914 0.914 0.070 0.314 1.194 3.402 1.994 0.289 0.967 0.500 3.170 1.255 1.488 0.836 3.020 1.093 1.375 0.992 2.005 0.358 0.940 3.153 1.074 6.181 1.142 3.092 1.227 4.968 0.122 1.060 2.252 2.560 1.628 0.767 1.563 0.899 1.812 0.904 2.416 2.242 1.251 1.424 3.402 0.813 3.436 3.020 0.647 0.542 0.769 4.839 0.680 1.306 1.169 1.946 1.727 1.354 0.474 4.074 3.837 3.578 3.683 1.948 2.499 3.994 2.951 4.688 4.799 3.126 4.234 5.684 8.716 4.701 5.698 3.648 5.349 3.902 4.051 7.692 6.671 0.740 0.617 663 chr1 147135492 147154691 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 72 of 94) intron (NM_001351365, intron 72 of 94) -2426 NM_001323625 51205 Hs.562154 NM_016361 ENSG00000162836 ACP6 ACPL1|LPAP|PACPL1 acid phosphatase 6, lysophosphatidic protein-coding 1.074 nan 1.229 2.590 0.361 0.142 3.094 0.201 0.465 0.224 0.620 0.528 0.103 0.325 0.409 2.454 0.207 0.176 3.816 2.000 0.414 0.130 0.277 0.211 0.461 0.851 0.688 0.216 1.572 1.213 6.415 9.289 1.817 2.588 3.554 0.774 0.025 0.351 0.115 2.735 0.144 0.671 0.502 0.320 2.769 1.043 1.485 0.244 0.619 0.486 0.402 2.915 2.454 1.398 0.782 0.461 1.028 0.718 0.046 0.713 0.645 1.120 0.467 0.077 0.952 0.090 0.060 0.713 1.020 0.751 1.055 1.242 1.097 1.300 0.265 0.559 0.677 0.369 0.508 0.974 1.193 0.532 0.518 0.986 1.614 0.088 0.134 0.265 0.548 0.879 0.638 4301 chr16 25887166 25910474 + 0 NA intron (NM_006040, intron 1 of 1) intron (NM_006040, intron 1 of 1) -137738 NR_036146 100422923 NR_036146 ENSG00000265005 MIR548W - microRNA 548w ncRNA 0.461 0.427 nan 0.062 0.052 0.007 0.032 0.268 0.525 0.012 0.064 0.049 0.003 0.079 0.065 0.214 0.045 0.049 0.054 0.019 0.006 0.054 0.078 0.061 0.003 0.016 0.012 0.073 0.009 0.090 0.058 0.049 0.227 0.006 0.052 0.017 0.024 0.073 0.058 0.068 0.018 0.011 0.042 0.087 0.116 0.052 0.018 0.014 0.029 0.214 0.036 0.024 0.061 0.037 0.018 0.017 0.017 0.358 0.048 0.029 0.030 0.006 0.035 0.004 0.314 0.236 0.072 0.083 0.112 0.140 nan 0.121 0.099 0.101 0.113 0.211 6.083 3.631 0.275 0.063 0.120 0.216 0.065 0.087 0.216 0.357 0.179 0.241 5050 chr17 77762842 77792233 + 0 NA Intergenic CpG-11232 -6622 NM_020649 57332 Hs.387258 NM_020649 ENSG00000141570 CBX8 PC3|RC1 chromobox 8 protein-coding 2.061 2.170 3.744 0.832 3.501 2.650 1.689 1.610 3.254 0.355 1.623 0.525 0.404 2.137 2.177 4.335 0.437 0.126 0.964 0.404 0.329 1.395 1.431 0.760 3.136 0.468 0.255 0.744 2.004 0.706 4.296 9.482 0.951 5.874 0.696 1.333 0.488 2.331 0.128 0.281 0.761 1.772 0.345 0.260 0.453 0.227 0.571 0.574 2.842 1.563 2.691 1.638 4.335 1.439 0.737 3.136 0.541 1.987 1.332 4.878 3.176 0.221 0.616 0.516 0.596 0.221 0.116 2.492 3.015 1.487 2.165 4.158 3.638 3.271 1.490 2.512 2.596 nan 2.485 3.458 4.880 2.629 1.816 1.440 2.301 1.972 1.521 1.084 1.942 nan 0.948 11745 chr9 117876022 117890649 + 0 NA intron (NR_110950, intron 5 of 5) intron (NR_110950, intron 5 of 5) -2799 NM_002160 3371 Hs.143250 NM_002160 ENSG00000041982 TNC 150-225|DFNA56|GMEM|GP|HXB|JI|TN|TN-C tenascin C protein-coding 1.089 1.169 nan 0.898 0.085 0.186 2.440 0.227 0.307 0.705 0.971 0.308 0.089 0.027 0.043 2.583 0.755 0.088 3.465 1.683 0.056 0.010 0.129 0.128 0.180 1.308 0.800 0.015 2.525 0.643 2.451 nan 0.981 1.586 2.111 0.078 0.614 0.044 0.080 0.761 0.169 4.028 0.182 0.122 1.440 1.045 0.152 0.716 0.145 0.151 0.113 0.485 2.583 2.663 0.063 0.180 0.167 0.045 0.342 0.405 0.286 1.200 0.054 0.050 0.944 1.394 0.910 0.212 0.150 1.374 3.645 0.749 0.663 0.189 0.065 0.283 0.390 0.353 0.548 0.365 nan 1.487 1.415 0.288 0.259 1.050 1.113 0.263 0.404 nan 0.590 10922 chr8 40004922 40074756 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 28852 NM_020130 56892 Hs.591849 NM_020130 ENSG00000176907 TCIM C8orf4|TC-1|TC1 transcriptional and immune response regulator protein-coding 0.550 nan nan 0.432 1.346 0.452 0.635 0.377 0.604 0.070 0.166 0.698 0.016 0.139 0.084 0.392 0.158 0.111 0.262 0.182 2.721 0.028 0.127 0.094 0.602 1.081 0.587 0.041 0.301 0.388 1.454 3.578 1.356 1.923 1.076 1.389 0.355 0.206 0.114 0.239 0.075 0.224 0.114 0.094 0.643 0.201 0.993 0.505 4.250 0.025 0.529 5.872 0.392 0.251 0.017 0.602 1.138 1.618 0.014 1.810 0.208 0.295 0.034 0.111 0.063 0.098 0.127 0.403 0.278 0.541 1.187 0.527 0.657 0.124 0.074 0.366 0.421 0.124 0.224 0.526 0.514 0.356 0.175 0.129 0.175 1.420 1.556 0.213 0.326 0.323 0.456 4326 chr16 30660630 30673957 + 0 NA intron (NM_024031, intron 11 of 11) intron (NM_024031, intron 11 of 11) -3547 NM_001105079 64319 Hs.247186 NM_022452 ENSG00000156860 FBRS FBS|FBS1 fibrosin protein-coding 3.239 2.204 2.872 4.192 3.529 2.252 1.585 2.058 3.710 1.122 4.338 1.641 1.180 4.043 2.174 2.904 1.505 0.193 2.285 0.823 2.705 1.633 1.209 0.505 3.495 1.497 1.962 2.471 2.515 0.648 3.209 4.254 2.542 8.383 0.905 2.434 0.771 2.573 0.099 1.020 1.535 3.597 2.742 1.272 2.068 1.551 3.635 2.316 3.615 5.676 2.923 3.134 2.904 2.856 2.866 3.495 0.818 1.655 1.065 4.845 2.472 1.973 1.446 1.095 1.737 1.906 1.112 2.398 3.476 2.549 4.000 4.091 3.774 6.850 3.720 7.217 7.216 2.356 3.227 6.118 8.825 3.669 3.034 1.981 3.886 3.952 4.096 2.956 3.574 2.652 1.210 5184 chr18 19744968 19774735 + 0 NA intron (NM_005257, intron 3 of 6) intron (NM_005257, intron 3 of 6) 10453 NM_005257 2627 Hs.514746 NM_005257 ENSG00000141448 GATA6 - GATA binding protein 6 protein-coding 0.603 0.849 1.395 4.365 0.655 0.028 0.310 0.210 0.507 0.074 0.501 2.215 1.376 0.337 0.101 0.342 0.112 0.081 0.451 0.221 0.065 0.023 0.435 0.174 0.088 0.234 0.192 0.092 0.617 0.293 0.339 0.365 0.333 0.540 0.212 0.125 0.041 0.199 0.077 0.182 0.019 0.357 0.207 0.181 0.220 0.145 0.800 0.488 0.514 1.192 0.514 0.337 0.342 0.438 0.563 0.088 0.201 0.534 0.029 0.359 0.031 0.290 0.147 0.105 0.389 0.093 0.060 0.319 0.236 1.634 2.697 0.578 0.569 3.971 1.527 0.397 0.428 0.091 0.125 0.118 0.120 0.594 0.542 0.423 0.961 0.227 0.220 0.245 0.640 0.329 0.429 4295 chr16 24023079 24036691 + 0 NA intron (NM_212535, intron 3 of 16) intron (NM_212535, intron 3 of 16) 182585 NM_212535 5579 Hs.460355 NM_002738 ENSG00000166501 PRKCB PKC-beta|PKCB|PRKCB1|PRKCB2 protein kinase C beta protein-coding 0.754 1.691 nan 0.095 0.124 0.066 0.047 0.790 2.051 0.014 0.063 0.048 0.032 0.062 0.127 0.293 0.066 0.094 0.047 0.014 0.026 0.010 0.070 0.080 0.088 0.028 0.032 0.043 0.076 0.065 0.078 0.052 1.586 0.154 1.469 0.024 0.102 0.009 0.003 0.102 0.044 0.011 0.032 0.056 0.056 0.133 0.078 0.021 0.104 0.058 0.293 0.047 0.054 0.088 0.042 0.062 0.077 0.013 0.017 0.051 0.154 0.011 0.008 0.019 0.311 0.150 0.063 0.094 0.116 0.169 nan 0.122 0.132 0.110 0.149 0.251 0.266 0.321 0.339 0.080 0.134 0.160 4.715 5.745 0.116 0.189 0.389 0.334 5802 chr19 53165996 53186108 + 0 NA intron (NM_001277949, intron 1 of 4) AluSq2|SINE|Alu 17782 NM_001348018 55769 Hs.467210 NM_018300 ENSG00000167766 ZNF83 HPF1|ZNF816B zinc finger protein 83 protein-coding 0.694 0.651 0.570 0.039 0.161 0.074 1.673 0.191 0.307 0.070 0.082 0.055 0.067 0.060 0.191 0.177 0.121 0.072 1.837 0.771 0.022 0.083 0.101 0.119 0.172 0.724 0.491 0.026 1.600 0.461 0.085 0.217 0.179 0.271 0.832 0.083 0.029 0.092 0.129 0.012 0.082 0.229 0.111 0.058 1.386 1.045 0.233 0.289 0.057 0.677 0.039 0.040 0.177 1.766 0.102 0.172 0.064 0.054 0.041 0.034 1.421 0.525 0.331 0.194 0.224 0.120 0.217 0.155 0.427 1.063 0.349 0.412 0.648 0.180 0.506 0.508 0.136 0.232 0.142 0.183 0.314 0.169 0.268 0.411 0.135 0.562 0.461 1.870 0.461 0.303 1946 chr11 57069871 57104245 + 0 NA intron (NM_033396, intron 3 of 11) AluSq2|SINE|Alu 5355 NM_033396 85456 Hs.530730 NM_033396 ENSG00000149115 TNKS1BP1 TAB182 tankyrase 1 binding protein 1 protein-coding 1.335 1.220 1.208 1.205 1.355 1.271 1.778 0.846 1.304 0.743 1.872 1.913 0.430 1.400 1.259 1.307 1.295 0.121 1.499 0.568 1.771 0.737 0.625 0.326 1.844 0.955 0.929 1.023 0.991 0.654 1.357 2.365 2.753 2.765 0.846 0.904 0.304 1.507 0.121 0.439 0.466 2.635 1.279 0.682 0.952 0.779 1.369 2.118 1.795 1.389 1.340 0.804 1.307 1.405 0.931 1.844 0.726 0.648 0.656 1.338 1.234 0.943 0.602 0.351 1.332 0.481 0.299 2.252 2.357 1.705 2.606 3.285 3.367 1.741 0.875 2.437 2.320 1.434 1.999 3.483 4.371 1.407 1.351 1.196 1.985 1.185 1.112 1.028 1.914 1.681 0.728 11950 chrX 54068892 54075265 + 0 NA promoter-TSS (NM_001184896) promoter-TSS (NM_001184896) -509 NM_001184896 23133 Hs.133352 NM_015107 ENSG00000172943 PHF8 JHDM1F|KDM7B|MRXSSD|ZNF422 PHD finger protein 8 protein-coding 2.408 3.049 1.324 1.902 6.144 1.741 0.870 2.854 6.541 0.475 1.396 1.182 0.339 0.549 1.622 1.164 1.047 0.075 1.246 0.610 0.439 1.424 1.330 0.955 2.734 0.910 0.908 1.060 2.302 0.692 0.772 1.075 1.078 7.783 0.839 1.619 1.749 2.111 0.093 0.514 1.410 1.780 2.377 1.177 1.177 1.743 2.034 2.388 1.980 2.600 0.691 1.963 1.164 1.697 1.058 2.734 0.655 0.960 0.576 1.384 5.896 2.089 2.022 1.557 0.539 0.822 0.533 1.353 1.572 2.525 3.677 7.086 6.667 5.466 2.411 7.171 7.128 1.866 2.159 9.783 10.517 5.553 4.819 3.025 4.242 4.859 4.460 4.065 4.828 2.690 1.246 2276 chr11 114150709 114194624 + 0 NA intron (NM_006169, intron 2 of 2) MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR 6131 NM_006169 4837 Hs.503911 NM_006169 ENSG00000166741 NNMT - nicotinamide N-methyltransferase protein-coding 0.630 0.876 0.678 0.284 0.532 0.067 0.074 0.307 0.600 0.707 0.830 1.682 0.026 0.080 0.067 0.147 0.421 0.069 0.031 0.009 5.920 0.013 0.352 0.370 0.228 1.901 1.531 1.894 0.087 0.010 0.050 0.476 0.058 0.462 0.026 0.178 0.247 0.064 0.128 0.168 0.050 1.962 0.352 0.220 0.371 0.082 0.127 1.058 2.530 0.065 0.944 2.439 0.147 0.039 0.025 0.228 0.420 0.598 0.095 0.971 1.758 1.471 0.088 0.068 0.704 1.292 1.214 0.621 nan 0.197 0.384 0.580 0.619 2.383 0.906 0.125 0.139 0.256 nan 1.268 1.231 0.383 0.221 0.394 0.591 1.195 1.057 0.192 0.388 1.624 0.878 8444 chr4 80365551 80390374 + 0 NA Intergenic Intergenic -35785 NR_038826 100506035 Hs.507664 NR_038826 ENSG00000250334 LINC00989 - long intergenic non-protein coding RNA 989 ncRNA 0.849 0.620 0.706 0.047 0.114 0.009 0.037 0.168 0.275 0.008 0.088 0.055 0.008 0.024 0.069 1.511 0.087 0.065 0.056 0.015 0.007 0.006 0.101 0.100 0.044 0.003 0.009 0.006 0.057 0.008 0.049 0.049 0.051 0.303 0.075 0.040 0.648 0.052 0.091 0.019 0.116 0.058 0.002 0.003 0.022 0.024 0.062 0.158 0.007 0.049 0.035 0.016 1.511 0.029 0.004 0.044 0.034 0.037 0.117 0.019 0.033 0.022 0.090 0.156 0.015 0.009 0.004 0.285 0.197 0.200 0.277 0.269 0.317 0.826 0.294 0.287 0.258 0.990 nan 0.359 0.360 0.488 0.136 0.099 0.144 2.325 2.489 0.292 nan 0.392 0.348 3465 chr14 32940674 32945652 + 0 NA intron (NM_004274, intron 2 of 13) AluSx|SINE|Alu 144684 NM_004274 9472 Hs.509083 NM_004274 ENSG00000151320 AKAP6 ADAP100|ADAP6|AKAP100|PRKA6|mAKAP A-kinase anchoring protein 6 protein-coding 2.805 1.389 1.691 0.561 0.249 0.061 0.222 0.192 0.580 2.527 0.636 4.565 12.352 0.091 0.414 3.609 0.905 0.354 0.330 0.088 0.055 0.141 0.308 0.814 2.908 1.818 0.029 0.371 0.127 3.356 4.719 2.805 0.537 0.860 0.142 0.058 0.129 0.161 0.118 1.580 0.056 0.025 0.032 0.694 0.291 1.780 0.099 1.911 0.070 0.670 1.300 0.414 0.516 0.075 0.814 0.564 0.397 0.136 0.059 0.102 0.522 0.079 0.154 0.012 0.345 0.190 4.173 9.498 0.820 0.873 0.708 0.153 0.335 0.246 1.440 2.055 0.329 0.413 1.214 1.152 0.265 0.354 0.168 0.284 0.311 0.607 1.068 1.074 8681 chr4 189352260 189371594 + 0 NA Intergenic Intergenic -14805 NR_033869 401164 Hs.435756 NR_033869 ENSG00000249378 LINC01060 - long intergenic non-protein coding RNA 1060 ncRNA nan 0.566 nan 0.037 0.255 0.023 1.341 0.074 0.165 0.088 1.662 0.067 0.003 0.192 0.066 0.240 0.023 0.099 0.208 0.235 0.098 0.151 0.345 0.181 0.986 2.290 3.493 0.053 0.046 0.016 0.199 0.484 0.088 0.561 0.061 5.843 0.313 0.454 0.074 0.325 0.094 5.476 3.348 1.523 0.949 0.032 0.313 2.404 2.882 0.768 0.012 0.312 0.240 0.141 0.015 0.986 5.714 0.137 0.075 0.556 1.928 0.711 0.064 0.063 0.216 0.614 0.729 0.234 0.325 1.011 2.879 0.643 0.578 0.096 0.037 0.171 0.210 0.064 0.117 0.634 1.546 0.588 0.472 0.054 0.154 1.667 2.262 0.275 0.286 1.294 0.747 3629 chr14 64318832 64341413 + 0 NA intron (NM_182914, intron 1 of 115) intron (NM_182914, intron 1 of 115) 10439 NM_015180 23224 Hs.745014 NM_015180 ENSG00000054654 SYNE2 EDMD5|KASH2|NUA|NUANCE|Nesp2|Nesprin-2|SYNE-2|TROPH spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2 protein-coding nan nan 1.860 2.638 1.888 2.489 0.644 0.991 1.992 0.608 0.211 0.103 3.577 0.125 3.742 1.050 1.234 0.258 0.406 0.243 1.216 0.190 0.539 0.317 1.469 1.113 0.650 0.275 0.685 0.246 0.747 2.195 1.736 3.379 0.486 0.295 0.395 0.782 0.147 0.240 0.682 0.549 0.419 0.294 0.492 1.016 1.584 0.500 1.042 0.843 0.886 1.380 1.050 0.574 0.830 1.469 0.326 0.642 0.270 1.161 0.472 0.606 0.311 0.461 0.693 0.502 0.584 0.781 0.861 1.860 3.623 2.643 2.442 1.433 0.463 nan 2.096 0.980 1.601 3.223 nan 1.508 1.347 0.609 0.976 1.447 2.139 1.217 1.388 1.223 0.833 9518 chr6 26115181 26143374 + 0 NA Intergenic Intergenic 4904 NM_003512 8334 Hs.484950 NM_003512 ENSG00000180573 HIST1H2AC H2A/l|H2AFL|dJ221C16.4 histone cluster 1 H2A family member c protein-coding 3.560 1.973 nan 2.633 2.417 0.913 1.146 1.256 2.371 0.522 1.949 1.170 0.705 1.144 2.771 1.343 1.229 0.228 1.485 0.579 3.116 0.895 1.022 0.580 2.810 1.151 0.908 0.317 1.341 0.820 1.337 2.597 1.633 nan 0.736 1.571 0.450 2.127 0.151 0.904 1.278 1.889 1.479 0.639 0.821 0.965 1.352 0.929 1.607 1.763 1.154 1.314 1.343 1.579 2.285 2.810 0.617 0.855 0.463 1.687 0.890 1.181 1.402 1.343 0.977 0.852 0.760 3.663 5.261 2.581 nan 4.354 2.819 nan 2.568 5.791 5.996 1.985 2.682 3.553 4.885 3.256 4.427 1.363 2.712 3.110 2.733 4.511 5.017 1.814 1.074 5501 chr19 4865570 4879057 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -4533 NM_001164189 10226 Hs.140452 NM_005817 ENSG00000105355 PLIN3 M6PRBP1|PP17|TIP47 perilipin 3 protein-coding 1.988 0.949 2.480 0.768 0.390 0.110 2.846 0.261 0.360 0.559 1.383 1.223 0.206 0.029 0.227 0.683 0.305 0.131 2.180 1.077 2.260 0.452 0.173 0.152 0.383 2.436 2.488 0.800 1.341 1.253 0.763 1.935 0.692 0.813 0.719 1.501 0.042 0.594 0.092 0.637 0.118 8.308 3.318 1.510 2.163 1.231 0.787 2.217 1.612 3.839 1.523 1.446 0.683 2.513 3.188 0.383 0.570 2.233 0.137 6.756 1.250 3.739 0.044 0.174 1.305 2.064 1.588 0.279 0.330 0.634 0.805 0.886 0.894 0.683 0.224 0.761 0.800 0.657 1.105 1.143 nan 0.800 0.483 0.288 0.337 0.199 0.278 0.335 0.678 0.854 0.647 9368 chr5 177524937 177542346 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -6915 NM_015111 23138 Hs.101761 NM_015111 ENSG00000145911 N4BP3 LZTS4 NEDD4 binding protein 3 protein-coding 0.737 0.937 0.782 0.307 0.197 0.164 0.243 0.120 0.288 0.582 0.202 0.106 0.087 0.057 0.343 0.226 0.077 0.129 0.146 0.054 0.135 0.130 0.082 0.091 0.489 0.286 0.137 0.272 0.199 0.122 0.419 1.543 0.939 1.295 0.043 0.136 0.049 0.672 0.145 0.027 0.050 0.359 0.284 0.282 0.119 0.070 1.207 0.265 0.352 0.535 0.312 2.833 0.226 0.144 0.123 0.489 0.259 1.811 0.105 0.838 0.067 0.068 0.244 0.049 0.048 0.057 0.044 0.334 0.620 0.784 nan 0.765 0.839 0.548 0.204 0.193 0.133 0.161 nan 0.469 0.605 0.396 0.241 0.510 0.624 0.240 0.232 0.274 0.432 0.269 0.316 2644 chr12 48408203 48425915 + 0 NA Intergenic Intergenic -18774 NM_033150 1280 Hs.408182 NM_001844 ENSG00000139219 COL2A1 ANFH|AOM|COL11A3|SEDC|STL1 collagen type II alpha 1 chain protein-coding 1.100 nan 0.970 0.069 0.419 0.173 0.092 0.172 0.311 0.027 0.073 0.210 0.039 0.639 0.116 0.085 0.082 0.172 0.032 0.032 0.008 0.177 0.131 0.175 0.183 0.053 0.063 0.074 0.048 0.160 0.862 0.433 0.134 0.033 0.161 0.536 0.031 0.098 0.020 0.058 0.131 0.079 0.026 0.031 0.126 0.201 0.284 0.147 0.056 0.049 0.250 0.116 0.239 0.063 0.175 0.097 0.869 0.049 0.092 0.064 0.079 0.621 0.072 0.018 0.036 0.008 0.597 0.939 0.326 0.450 0.788 0.722 4.573 1.217 0.338 0.289 0.182 0.288 0.915 1.019 0.287 0.171 0.517 0.863 1.509 1.403 0.219 0.326 0.531 0.664 6678 chr2 224445163 224487656 + 0 NA intron (NM_003469, intron 1 of 1) intron (NM_003469, intron 1 of 1) 808 NM_003469 7857 Hs.516726 NM_003469 ENSG00000171951 SCG2 CHGC|EM66|SN|SgII secretogranin II protein-coding nan 1.522 0.923 0.160 1.328 0.259 0.265 2.627 4.951 0.063 0.477 0.943 0.020 0.747 0.497 1.324 0.456 0.084 0.198 0.090 0.079 0.010 1.321 0.599 1.437 0.188 0.058 0.022 0.124 0.047 0.111 0.428 0.114 nan 0.244 0.394 0.277 0.056 0.130 0.112 0.159 0.149 0.051 0.028 0.044 0.068 0.340 0.211 0.580 0.300 0.032 0.217 1.324 0.154 0.070 1.437 0.087 0.247 0.057 1.298 2.190 0.219 0.149 0.132 0.406 0.032 0.013 0.890 1.163 0.618 0.442 1.170 1.202 2.893 1.341 0.241 0.249 1.767 2.268 1.913 nan 0.423 0.264 0.208 0.342 1.899 2.485 0.437 nan 2.425 1.117 6063 chr2 44394044 44398870 + 0 NA intron (NM_177969, intron 1 of 4) CpG 515 NM_001033557 5495 Hs.416769 NM_002706 ENSG00000138032 PPM1B PP2C-beta|PP2C-beta-X|PP2CB|PP2CBETA|PPC2BETAX protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1B protein-coding 4.998 nan 3.735 4.956 3.892 2.729 2.216 2.285 4.661 1.407 2.573 0.986 1.211 1.618 4.951 2.416 2.691 0.266 3.903 1.455 2.836 1.147 3.936 1.490 3.825 1.791 1.729 1.687 3.877 1.373 7.234 nan 2.906 10.438 0.911 1.504 0.377 4.579 0.140 1.458 2.085 4.017 2.484 1.169 2.132 1.499 4.646 2.609 3.487 2.545 3.384 2.303 2.416 5.278 2.719 3.825 1.573 1.664 1.431 7.230 1.833 2.527 1.252 1.516 1.651 2.718 1.835 5.198 5.427 5.982 9.470 nan 7.934 9.426 7.944 21.951 23.331 3.855 4.452 7.719 13.628 10.102 9.272 3.713 5.402 3.413 4.601 6.232 nan nan 1.349 5811 chr19 55572958 55584030 + 0 NA intron (NM_138412, intron 1 of 7) intron (NM_138412, intron 1 of 7) 2420 NM_138412 112724 Hs.327631 NM_138412 ENSG00000160439 RDH13 SDR7C3 retinol dehydrogenase 13 protein-coding 0.926 0.867 0.924 2.012 0.506 0.188 1.068 0.623 1.027 0.356 0.842 0.505 1.408 0.258 0.363 0.105 0.100 0.116 1.190 0.429 0.137 0.175 0.384 0.274 0.475 0.362 0.241 0.201 1.338 0.620 1.433 3.072 0.980 1.105 0.544 0.337 0.147 0.518 0.119 0.129 0.175 0.213 0.803 0.338 2.346 0.977 2.008 0.163 1.441 0.701 1.696 0.938 0.105 3.050 0.772 0.475 1.068 3.363 0.307 0.778 0.539 0.670 0.343 0.177 0.182 0.140 0.068 0.714 0.887 0.448 0.932 0.592 0.602 1.698 0.418 0.251 0.355 0.677 1.173 0.274 0.394 0.947 0.860 0.772 1.068 0.767 0.735 0.566 0.924 1.055 0.664 3155 chr13 49548697 49554573 + 0 NA intron (NR_103528, intron 1 of 25) intron (NR_103528, intron 1 of 25) 890 NM_001278438 22862 Hs.508010 NM_014923 ENSG00000102531 FNDC3A FNDC3|HUGO|bA203I16.1|bA203I16.5 fibronectin type III domain containing 3A protein-coding 4.078 nan nan 2.902 2.693 2.927 1.575 1.689 3.270 0.552 4.059 1.177 1.507 1.631 6.190 2.176 2.690 0.220 1.157 1.770 2.257 0.920 4.644 1.054 1.520 1.230 1.864 0.845 5.266 6.566 1.223 3.773 0.932 1.923 0.404 2.974 0.082 1.204 3.132 7.254 3.587 1.490 1.165 1.074 1.888 2.361 2.826 3.122 3.015 2.473 2.176 2.447 4.644 0.873 4.177 1.058 3.921 2.181 1.167 3.548 2.660 2.238 1.735 1.206 7.193 10.346 3.192 4.369 10.957 8.899 9.129 3.740 10.356 9.788 2.765 3.373 2.546 4.270 6.010 7.588 4.715 9.031 2.682 2.205 10.516 10.217 1.101 0.695 8169 chr3 194032325 194042067 + 0 NA Intergenic MSTB-int|LTR|ERVL-MaLR -6603 NR_024480 100131551 Hs.128066 NR_024480 ENSG00000214145 LINC00887 HEIRCC long intergenic non-protein coding RNA 887 ncRNA nan 1.650 0.764 7.113 0.832 0.864 2.937 0.443 1.022 1.309 0.817 1.371 0.160 0.530 0.245 0.732 0.751 0.232 1.827 0.993 0.730 0.028 1.118 0.458 0.798 3.244 3.653 0.144 1.165 1.180 3.265 7.112 0.517 nan 1.518 1.328 0.224 0.222 0.072 0.508 0.236 3.170 0.804 0.437 1.915 1.630 3.208 0.434 2.239 2.381 2.325 3.275 0.732 2.576 1.515 0.798 0.663 0.765 0.128 1.920 0.856 1.734 0.385 0.279 1.843 0.201 0.080 0.800 1.208 0.711 2.735 1.048 1.051 3.733 1.410 1.018 1.193 0.281 0.637 1.896 2.165 0.975 0.912 0.701 1.059 1.311 1.259 0.562 1.128 1.161 0.635 7510 chr3 11176577 11198206 + 0 NA intron (NM_001098213, intron 1 of 1) L1ME3|LINE|L1 8612 NM_001098213 3269 Hs.1570 NM_000861 ENSG00000196639 HRH1 H1-R|H1R|HH1R|hisH1 histamine receptor H1 protein-coding nan 0.721 0.659 0.293 0.068 0.026 2.489 0.118 0.189 0.168 0.535 0.659 0.014 0.028 0.102 0.130 0.228 0.104 1.361 0.593 0.215 0.006 0.037 0.027 0.044 0.992 0.710 0.062 1.754 1.643 0.627 2.210 0.296 0.609 1.002 0.054 0.071 0.080 0.066 0.408 0.018 0.862 1.208 0.571 1.568 1.818 0.694 1.300 0.839 1.338 0.015 0.492 0.130 1.051 3.982 0.044 0.374 0.127 0.049 1.304 0.080 1.112 0.019 0.051 0.845 0.881 0.684 0.178 0.084 0.146 0.256 0.419 0.338 0.130 0.067 0.103 0.117 0.091 0.194 0.127 0.157 0.382 0.205 0.149 0.202 0.260 0.268 0.089 0.198 0.208 0.293 11854 chr9 138880972 138886437 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -30478 NM_016172 10422 Hs.9194 NM_016172 ENSG00000130560 UBAC1 GBDR1|KPC2|UBADC1 UBA domain containing 1 protein-coding nan 2.080 4.733 0.222 2.405 2.021 1.239 0.939 1.350 0.085 2.465 1.215 0.023 1.356 1.804 1.213 0.180 0.029 1.448 0.834 0.012 0.120 1.027 0.832 1.580 1.777 1.771 0.801 0.737 0.310 1.349 5.727 0.310 3.781 1.089 2.365 0.087 0.417 0.112 1.354 0.058 6.480 2.482 1.183 0.482 0.375 0.035 0.194 3.390 0.942 0.086 0.375 1.213 0.966 0.283 1.580 0.179 0.213 0.667 0.393 5.273 1.095 1.431 0.068 0.319 0.174 0.065 0.616 0.681 0.509 1.058 2.421 2.270 nan 0.288 0.162 0.100 0.363 0.564 6.243 10.332 1.059 1.052 0.536 1.145 1.207 1.031 0.710 0.896 0.798 0.582 7327 chr22 23520715 23599776 + 0 NA intron (NM_021574, intron 1 of 21) intron (NM_021574, intron 1 of 21) 37693 NM_004327 613 Hs.517461 NM_004327 ENSG00000186716 BCR ALL|BCR1|CML|D22S11|D22S662|PHL BCR, RhoGEF and GTPase activating protein protein-coding 0.786 nan 1.652 0.849 0.996 1.664 0.939 0.326 0.570 0.081 0.411 0.246 0.213 0.320 1.010 0.543 0.165 0.077 1.046 0.530 0.096 0.064 0.261 0.226 2.649 0.605 0.443 0.423 1.206 0.422 1.796 nan 0.741 2.147 0.466 0.248 0.200 0.141 0.079 0.196 0.711 0.539 0.298 0.176 0.509 0.212 0.431 0.201 0.413 0.306 0.125 0.655 0.543 1.161 0.221 2.649 0.377 0.194 0.173 0.211 0.255 0.340 0.520 0.413 0.342 0.030 0.019 0.560 0.860 0.485 0.744 2.794 2.873 1.010 0.266 0.832 0.806 0.792 1.321 2.953 3.239 1.164 0.895 0.507 0.841 0.532 0.862 0.613 1.670 1.533 0.973 10508 chr7 94069314 94084048 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 52808 NM_000089 1278 Hs.489142 NM_000089 ENSG00000164692 COL1A2 EDSARTH2|EDSCV|OI4 collagen type I alpha 2 chain protein-coding nan 1.425 nan 0.167 0.590 0.883 0.070 1.141 2.222 0.052 0.108 0.126 0.292 0.417 0.326 0.122 0.131 0.124 0.039 0.059 0.019 0.811 0.686 1.593 0.038 0.020 0.020 0.116 0.043 0.082 0.294 0.288 0.517 0.030 0.076 0.188 0.155 0.180 0.016 0.097 0.097 0.008 0.016 0.074 0.042 0.144 0.150 0.155 0.163 0.053 0.073 0.326 0.068 0.063 1.593 0.107 0.084 0.124 0.055 0.933 0.054 0.067 0.210 0.052 0.018 0.017 0.485 0.270 0.320 0.567 3.766 3.935 3.132 0.967 0.312 0.253 1.808 2.191 3.420 3.022 1.931 1.578 0.204 0.350 0.948 0.950 0.758 nan 5.826 2.864 3280 chr13 99210175 99236549 + 0 NA intron (NM_001032296, intron 1 of 10) intron (NM_001032296, intron 1 of 10) 6043 NM_001286649 8428 Hs.508514 NM_003576 ENSG00000102572 STK24 HEL-S-95|MST3|MST3B|STE20|STK3 serine/threonine kinase 24 protein-coding 1.620 2.670 1.287 0.676 1.018 2.544 1.095 0.633 1.104 0.370 1.186 0.401 0.795 0.335 1.698 1.616 0.910 0.179 3.020 1.295 0.385 0.258 0.333 0.167 1.285 1.354 1.134 0.400 0.763 0.765 2.584 5.188 0.540 1.843 0.654 0.400 0.169 0.576 0.109 0.527 1.166 1.905 1.138 0.554 1.152 0.576 1.500 0.903 1.053 0.718 0.590 0.729 1.616 4.595 1.355 1.285 0.698 1.240 0.118 0.898 1.140 0.602 0.782 0.323 0.849 0.236 0.164 1.597 1.767 1.801 2.616 2.544 2.226 1.950 0.862 1.005 0.946 0.538 nan 1.688 2.184 1.292 1.299 1.387 2.857 0.910 0.846 1.271 nan 0.405 0.297 9809 chr6 96461436 96466192 + 0 NA promoter-TSS (NM_006581) promoter-TSS (NM_006581) -31 NM_006581 10690 Hs.49117 NM_006581 ENSG00000172461 FUT9 Fuc-TIX fucosyltransferase 9 protein-coding nan 4.065 nan 0.838 0.495 1.999 0.060 0.102 0.222 0.662 0.149 1.741 0.026 5.115 6.839 0.064 0.668 0.198 1.838 2.303 0.968 5.183 0.014 0.015 0.016 0.046 0.023 1.902 3.868 0.059 13.357 0.799 0.150 2.185 0.115 0.103 0.450 0.017 0.311 0.026 0.033 0.023 0.017 1.917 0.356 2.829 0.330 0.042 6.839 0.827 0.039 5.183 1.054 0.080 1.729 0.146 3.053 0.033 0.763 0.619 0.033 4.072 6.861 0.154 0.262 16.570 12.612 nan 0.534 2.336 2.623 6.463 7.021 4.864 7.674 nan 7.908 1.438 2.300 10.129 7.399 0.406 0.338 3.266 1.693 1465 chr10 48274953 48278568 + 0 NA Intergenic Intergenic 21556 NM_001271702 653145 Hs.535306 NM_001040084 ENSG00000265190 ANXA8 ANX8|CH17-360D5.2 annexin A8 protein-coding 0.544 nan 0.741 5.570 0.192 0.109 6.393 0.134 0.688 0.898 4.376 3.637 1.454 0.083 0.194 0.139 0.078 0.016 1.776 1.266 0.595 0.077 0.090 0.033 2.366 2.679 0.726 4.262 4.009 0.212 0.240 0.894 0.733 0.309 0.283 0.449 0.025 1.139 0.154 22.094 14.760 5.195 2.691 3.454 7.114 3.984 5.248 1.883 0.415 1.473 0.139 1.040 5.361 0.033 2.168 0.615 0.457 3.725 0.024 2.835 0.137 0.273 7.324 9.880 6.495 0.317 0.455 1.067 3.132 0.287 0.321 0.460 0.217 1.084 0.772 0.192 0.288 0.785 0.702 0.647 0.215 0.223 0.397 0.082 0.126 0.303 0.787 0.333 0.243 2990 chr12 118707269 118712671 + 0 NA intron (NM_001346490, intron 1 of 21) AluSx|SINE|Alu -81603 NM_001346496 51347 Hs.644420 NM_016281 ENSG00000135090 TAOK3 DPK|JIK|MAP3K18|hKFC-A TAO kinase 3 protein-coding nan nan 0.670 3.323 0.114 0.042 1.454 0.059 0.353 3.090 0.208 0.047 11.142 0.046 0.082 0.094 0.113 0.238 1.171 0.210 0.417 0.025 0.058 0.181 0.177 0.156 0.014 0.081 1.345 0.643 1.848 2.849 2.656 0.435 0.540 0.063 0.018 0.040 0.147 0.023 0.085 0.022 0.058 0.425 1.367 2.619 0.268 0.367 0.110 0.030 4.523 0.094 1.597 0.017 0.177 1.168 3.203 0.054 0.064 0.071 0.115 0.093 0.085 0.029 0.032 0.010 0.399 0.233 1.070 7.116 nan nan nan 0.190 0.284 0.288 0.488 0.555 nan nan 0.397 0.172 0.131 0.265 0.047 0.094 0.212 0.385 nan 0.602 7366 chr22 28765779 28780073 + 0 NA intron (NM_001145418, intron 2 of 22) L1MEc|LINE|L1 -82931 NR_106713 102466081 NR_106713 ENSG00000276162 MIR5739 hsa-mir-5739 microRNA 5739 ncRNA nan 0.632 0.710 0.090 0.092 0.058 0.042 0.146 0.289 0.013 0.158 0.238 0.013 0.021 0.087 0.207 1.046 0.180 0.096 0.013 0.199 0.019 0.055 0.076 0.167 0.077 0.010 0.010 0.077 0.015 0.061 nan 0.119 0.212 0.051 0.196 0.027 0.023 0.076 0.025 0.039 0.085 0.030 0.022 0.015 0.011 0.094 0.063 0.040 0.070 0.058 0.089 0.207 0.055 0.156 0.167 0.103 0.204 0.047 0.032 0.057 0.165 0.014 0.182 0.038 0.004 0.018 0.417 0.193 0.249 nan 0.191 0.295 0.548 0.117 0.450 0.379 4.176 nan 0.213 0.266 0.588 0.374 0.084 0.162 0.219 0.370 0.357 nan 1.131 0.934 10061 chr6 160208282 160217386 + 0 NA intron (NM_014161, intron 2 of 3) AluSx|SINE|Alu 1285 NR_134861 29074 Hs.416998 NM_014161 ENSG00000112110 MRPL18 HSPC071|L18mt|MRP-L18 mitochondrial ribosomal protein L18 protein-coding 3.678 nan 3.236 1.839 3.634 1.905 2.036 2.210 3.807 0.831 1.414 1.168 0.439 0.418 3.016 3.726 1.207 0.160 2.113 0.936 1.039 0.837 0.975 0.572 2.699 1.393 1.609 1.103 1.522 0.792 3.815 4.412 2.608 7.497 0.546 1.917 0.606 2.390 0.150 0.827 1.295 2.854 3.400 1.794 2.003 1.327 1.510 0.987 1.668 4.225 0.605 1.330 3.726 2.958 1.621 2.699 1.387 1.121 1.493 2.149 1.706 1.368 1.252 3.420 1.013 1.513 0.933 3.530 4.005 3.638 5.885 5.090 4.860 6.520 3.568 5.068 5.017 1.598 2.032 2.894 4.088 7.064 7.562 3.709 7.211 3.165 3.878 6.428 8.119 1.569 0.881 941 chr1 183619256 183625900 + 0 NA promoter-TSS (NM_203454) promoter-TSS (NM_203454) -130 NM_203454 403314 Hs.97335 NM_203454 ENSG00000173627 APOBEC4 C1orf169 apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic polypeptide like 4 protein-coding nan nan 2.213 0.134 0.187 0.084 0.158 1.010 1.647 0.058 0.213 0.302 0.066 0.030 0.343 0.232 0.531 0.097 0.209 0.079 0.058 2.475 1.206 0.144 0.208 0.109 0.091 0.117 0.079 0.184 0.421 0.212 0.592 0.155 0.182 1.263 0.115 0.125 0.196 0.036 0.097 0.055 0.082 0.217 0.070 0.123 0.256 0.096 0.050 0.066 0.127 0.232 0.127 0.084 0.144 0.088 0.098 0.467 0.062 0.214 0.059 8.439 0.816 0.058 0.009 0.015 7.122 14.203 8.747 6.723 0.953 nan 3.230 1.653 nan 6.928 3.429 4.862 2.134 3.131 2.727 3.037 6.966 11.203 5.307 3.748 0.980 nan 1.778 1.562 6826 chr20 7340092 7351637 + 0 NA intron (NR_110610, intron 2 of 2) THE1B-int|LTR|ERVL-MaLR -6391 NR_107029 102465865 NR_107029 ENSG00000278159 MIR8062 hsa-mir-8062 microRNA 8062 ncRNA 0.749 1.266 0.573 0.037 0.160 0.049 0.031 0.124 0.298 0.107 0.048 0.011 0.061 0.046 0.476 0.051 0.042 0.055 0.033 0.032 0.025 0.284 0.176 0.155 0.044 0.019 0.076 0.009 0.062 0.160 0.087 0.288 0.077 0.051 0.462 0.028 0.084 0.020 0.040 0.064 0.016 0.020 0.076 0.060 0.036 0.201 0.035 0.012 0.034 0.018 0.476 0.019 0.016 0.155 0.096 0.043 0.015 0.963 0.041 0.034 0.031 0.019 0.020 0.009 0.488 0.377 0.218 0.298 0.337 0.372 7.106 1.730 0.200 0.219 0.214 0.313 0.830 0.475 0.541 0.183 0.144 0.347 2.402 4.645 0.107 0.163 0.985 0.602 9098 chr5 102125317 102152502 + 0 NA intron (NM_001319943, intron 1 of 26) (GGAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 48422 NM_001319943 5066 Hs.369430 NM_000919 ENSG00000145730 PAM PAL|PHM peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase protein-coding 1.304 3.246 0.890 0.103 3.389 0.791 0.127 1.869 3.496 0.100 0.168 0.349 0.107 0.818 0.687 0.873 0.810 0.184 0.203 0.063 0.035 0.133 1.999 1.152 1.062 0.109 0.035 0.027 0.070 0.039 0.148 0.885 0.219 4.022 0.134 0.070 1.621 0.077 0.140 0.022 0.190 0.037 0.022 0.026 0.068 0.061 0.171 0.070 0.048 0.109 0.064 0.097 0.873 0.055 0.136 1.062 0.068 0.037 0.214 0.045 2.356 0.113 0.604 0.164 0.014 0.025 0.026 0.919 0.973 0.434 0.753 0.608 0.814 5.646 3.913 0.186 0.179 1.903 2.464 3.000 4.004 0.631 0.402 0.507 1.200 6.836 7.776 0.352 0.601 2.722 1.203 8915 chr5 55525139 55535504 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -1135 NM_024669 79722 Hs.436214 NM_024669 ENSG00000164512 ANKRD55 - ankyrin repeat domain 55 protein-coding nan nan 0.711 0.091 0.228 0.005 0.298 0.123 0.240 0.113 0.063 0.019 0.422 0.262 0.116 0.095 0.103 0.019 0.049 0.013 0.318 0.095 0.046 0.113 0.043 0.091 0.062 0.168 0.069 0.392 0.043 0.068 0.028 0.063 0.089 0.011 0.062 0.014 0.016 0.008 0.011 0.024 0.159 0.106 0.160 0.082 0.052 0.046 0.262 0.034 0.057 0.046 0.106 0.025 0.056 0.051 0.020 0.015 0.985 0.015 0.028 0.005 0.233 0.129 0.200 0.267 0.400 0.493 nan 0.070 0.125 0.170 0.121 0.214 0.245 0.297 nan 8.883 0.103 0.038 0.115 0.071 0.286 0.601 0.698 0.529 3436 chr14 29838794 29867745 + 0 NA Intergenic MER2|DNA|TcMar-Tigger 543033 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.251 0.850 0.690 0.064 0.221 0.052 0.080 0.349 0.624 0.080 0.138 0.013 0.018 0.723 0.457 0.221 0.153 0.128 0.026 0.024 0.005 0.124 0.197 0.370 0.082 0.015 0.003 0.101 0.011 0.363 0.604 0.083 0.556 0.035 0.051 0.825 0.194 0.108 0.008 0.204 0.056 0.006 0.008 0.023 0.040 0.030 0.085 0.008 0.038 0.025 0.031 0.457 0.064 0.061 0.370 0.025 0.017 0.068 0.024 0.053 0.057 0.062 0.057 0.034 0.010 0.009 0.287 0.173 0.456 0.233 1.103 1.206 2.607 1.108 0.158 0.152 9.305 10.232 0.315 0.361 0.660 0.263 0.098 0.175 1.876 2.544 0.189 0.466 0.915 0.544 4848 chr17 48516401 48531518 + 0 NA intron (NM_001288968, intron 2 of 16) L1ME3A|LINE|L1 20440 NM_001288969 80221 Hs.288959 NM_025149 ENSG00000167107 ACSF2 ACSMW|AVYV493 acyl-CoA synthetase family member 2 protein-coding 0.890 1.582 nan 0.894 0.401 1.194 0.633 0.246 0.512 0.721 0.299 0.276 6.187 0.086 0.715 0.280 0.241 0.183 0.426 0.088 0.011 0.028 0.396 0.245 0.207 0.257 0.086 0.049 0.255 0.063 0.337 nan 2.847 1.063 0.193 0.270 0.120 0.119 0.138 0.008 0.073 0.166 0.040 0.052 0.159 0.379 3.271 0.240 0.221 0.222 0.036 0.610 0.280 0.804 0.042 0.207 0.229 0.909 0.386 0.085 0.067 0.115 0.072 0.090 0.055 0.027 0.007 0.377 0.355 0.257 0.339 0.515 nan 0.909 0.301 0.638 0.658 0.423 0.841 3.212 nan 0.514 0.366 0.310 0.373 0.585 0.433 0.225 0.357 0.707 0.609 11727 chr9 115085620 115111391 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 -2561 NM_001244896 9991 Hs.269988 NM_005156 ENSG00000119314 PTBP3 ROD1 polypyrimidine tract binding protein 3 protein-coding 1.331 1.269 nan 1.030 1.460 0.519 1.789 0.683 1.217 0.465 1.220 0.674 0.474 0.248 0.323 0.378 0.720 0.118 1.946 0.645 0.515 0.248 0.580 0.332 0.780 1.242 1.029 0.468 2.361 0.612 1.814 nan 1.299 1.925 0.746 0.876 0.373 0.636 0.138 0.376 0.317 0.934 0.762 0.358 0.998 1.146 1.540 0.640 1.704 0.959 0.891 1.476 0.378 1.435 0.805 0.780 0.572 0.679 0.155 0.696 0.556 1.290 0.659 0.241 0.468 0.445 0.297 0.617 0.869 1.499 2.534 1.298 1.221 0.932 0.390 2.034 1.935 0.718 0.976 1.696 nan 1.578 1.482 0.465 0.773 1.530 1.393 1.093 1.584 nan 0.706 1869 chr11 31042916 31065413 + 0 NA intron (NM_001350255, intron 21 of 39) intron (NM_001350255, intron 21 of 39) -39931 NM_020869 341019 Hs.127405 NM_020869 ENSG00000170959 DCDC1 - doublecortin domain containing 1 protein-coding 0.683 1.000 nan 0.060 0.220 0.055 0.013 0.243 0.252 0.003 0.045 0.017 0.008 0.031 0.511 0.643 0.051 0.043 0.047 0.033 0.024 0.459 0.274 0.048 0.003 0.010 0.010 0.066 0.071 0.035 0.072 0.386 0.026 1.621 0.058 0.125 0.092 0.053 0.013 0.007 0.034 0.010 0.055 0.084 0.029 0.026 0.017 0.030 0.643 0.019 0.012 0.048 0.022 0.033 0.026 0.013 0.030 0.021 0.075 0.039 0.017 0.010 0.018 0.520 0.300 0.173 0.242 0.240 0.290 2.070 0.585 0.217 0.239 1.398 1.577 0.104 0.152 0.337 0.192 0.176 0.315 4.638 6.001 0.141 nan 1.229 0.707 10868 chr8 28346921 28354074 + 0 NA Intergenic Intergenic -1225 NM_145866 7976 Hs.40735 NM_017412 ENSG00000104290 FZD3 Fz-3 frizzled class receptor 3 protein-coding nan 2.528 nan 1.349 2.033 3.469 0.491 2.444 5.228 0.187 0.393 1.363 0.234 1.036 2.490 2.373 0.052 0.120 0.699 0.338 0.633 0.406 2.056 1.222 4.846 0.552 0.213 0.415 0.692 0.457 1.331 2.222 0.920 2.602 0.921 0.951 0.559 2.601 0.088 0.199 1.359 0.792 1.917 1.514 1.375 0.234 1.371 0.396 2.162 1.379 1.226 1.498 2.373 1.029 0.324 4.846 1.471 1.075 0.504 1.834 2.754 0.552 1.783 2.421 0.412 0.153 0.113 7.448 9.405 3.013 4.743 10.879 10.263 7.454 2.754 3.027 3.136 1.541 2.081 3.779 5.955 4.441 4.963 2.315 4.571 4.638 3.961 4.756 6.914 nan nan 3190 chr13 67790821 67818502 + 0 NA promoter-TSS (NM_001318374) promoter-TSS (NM_001318374) -193 NM_203487 5101 Hs.654709 NM_020403 ENSG00000184226 PCDH9 - protocadherin 9 protein-coding nan 1.340 nan 0.161 0.289 0.028 0.026 0.105 0.182 0.024 0.196 0.203 0.029 0.155 0.135 0.841 0.082 0.082 0.096 0.048 0.056 1.264 0.243 0.210 0.325 0.190 0.138 0.098 0.133 0.122 0.330 0.555 0.069 1.821 0.179 0.300 1.500 0.129 0.075 0.115 0.672 0.558 0.028 0.031 0.185 0.014 0.105 0.343 0.535 0.237 0.205 0.094 0.841 0.093 0.026 0.325 0.160 0.207 0.227 0.345 0.293 0.043 0.111 0.354 0.130 0.019 0.017 0.826 0.756 0.264 0.361 0.929 0.896 2.144 0.667 0.293 0.299 0.834 1.023 0.693 0.871 0.771 0.604 0.198 0.308 6.316 7.402 1.041 1.963 0.322 0.182 6860 chr20 17615264 17631752 + 0 NA intron (NM_001042576, intron 5 of 25) intron (NM_001042576, intron 5 of 25) 39420 NM_004587 6238 Hs.472213 NM_004587 ENSG00000125844 RRBP1 ES/130|ES130|RRp|hES ribosome binding protein 1 protein-coding 1.213 nan 1.829 0.044 0.397 3.730 0.145 0.360 0.548 0.035 0.320 0.073 0.007 0.030 1.211 0.372 0.498 0.127 0.083 0.046 0.080 0.093 0.571 0.270 0.431 0.163 0.133 0.161 0.087 0.014 0.095 0.479 0.270 1.569 0.044 0.258 0.064 0.067 0.046 0.050 0.039 0.095 0.033 0.024 0.059 0.060 0.151 0.197 0.349 0.137 0.057 0.090 0.372 0.078 0.098 0.431 0.126 0.147 0.467 0.140 1.858 0.114 0.073 0.462 0.043 0.031 0.009 1.019 1.330 0.372 0.503 3.792 2.931 1.098 0.390 0.636 0.605 0.593 1.029 4.279 4.196 2.351 2.272 0.466 0.580 0.245 0.167 0.710 1.241 3.200 1.986 11551 chr9 38410504 38428635 + 0 NA intron (NM_001007563, intron 1 of 4) intron (NM_001007563, intron 1 of 4) 4875 NM_001007563 347252 Hs.349705 NM_001007563 ENSG00000137142 IGFBPL1 IGFBP-RP4|IGFBPRP4|bA113O24.1 insulin like growth factor binding protein like 1 protein-coding 2.031 nan 4.767 0.052 0.594 1.361 0.099 0.327 0.745 0.021 0.090 0.036 0.017 0.093 0.122 1.683 0.042 0.062 0.198 0.042 0.025 0.015 0.589 0.353 0.561 0.172 0.127 0.163 0.248 0.105 0.151 0.430 0.047 1.459 0.057 0.059 0.831 0.251 0.080 0.020 2.961 0.127 0.053 0.043 0.024 0.038 0.064 0.084 0.314 0.198 0.069 0.237 1.683 0.188 0.010 0.561 0.060 0.072 1.247 0.655 0.095 0.061 0.311 0.116 0.017 0.013 0.008 0.828 1.211 0.572 0.632 1.773 1.638 3.377 1.015 0.260 0.294 2.222 2.778 0.580 0.665 4.985 5.936 0.592 0.826 2.366 1.906 0.390 0.538 3.240 1.872 7096 chr20 61197452 61206043 + 0 NA Intergenic MLT1G3|LTR|ERVL-MaLR 39628 NR_029676 406923 NR_029676 ENSG00000284508 MIR133A2 MIRN133A2|mir-133a-2 microRNA 133a-2 ncRNA 1.082 3.847 1.629 0.368 0.200 10.441 1.780 0.167 0.468 0.031 1.209 0.505 0.007 0.094 0.742 0.382 0.138 0.037 1.344 0.924 0.054 0.065 0.874 0.235 0.471 1.566 1.575 0.042 0.088 0.024 0.415 2.151 0.338 4.471 0.051 0.355 0.087 0.063 0.120 0.013 0.046 3.287 0.357 0.199 1.384 0.080 0.180 0.139 0.550 0.099 3.012 1.937 0.382 0.331 0.048 0.471 0.165 2.340 0.203 0.285 1.591 0.165 5.777 0.030 1.943 0.032 0.024 2.417 nan 0.168 0.161 0.845 0.864 0.294 0.056 0.342 0.334 0.111 0.457 0.176 0.245 0.533 0.356 3.452 5.399 0.585 0.890 0.084 0.198 2.327 1.554 3481 chr14 35340377 35346920 + 0 NA intron (NM_182648, intron 2 of 25) CpG 1205 NM_182648 11177 Hs.509140 NM_013448 ENSG00000198604 BAZ1A ACF1|WALp1|WCRF180|hACF1 bromodomain adjacent to zinc finger domain 1A protein-coding 8.609 2.897 4.001 4.071 5.041 5.336 2.545 1.792 3.731 1.077 2.832 2.294 5.417 0.855 5.843 3.467 4.947 0.738 4.741 0.930 1.818 2.778 1.630 1.149 3.737 2.366 3.371 1.251 4.967 1.414 31.574 28.396 7.292 9.779 1.899 3.245 1.739 2.863 0.161 1.570 6.398 3.856 4.523 2.285 2.532 3.135 1.908 3.136 3.820 3.772 2.393 2.795 3.467 6.623 9.046 3.737 1.810 1.166 1.396 5.633 3.012 3.057 1.789 1.487 2.233 1.318 0.722 4.037 4.237 5.048 8.453 7.462 5.486 3.395 0.902 19.397 19.839 5.331 6.885 7.710 11.831 11.809 12.731 2.751 6.836 7.177 5.549 5.746 4.887 2.627 1.882 8549 chr4 134067801 134075631 + 0 NA exon (NM_020815, exon 1 of 1) exon (NM_020815, exon 1 of 1) 1271 NM_032961 57575 Hs.192859 NM_020815 ENSG00000138650 PCDH10 OL-PCDH|PCDH19 protocadherin 10 protein-coding nan nan 0.439 0.027 0.409 0.969 0.091 0.062 0.251 0.247 2.465 0.026 0.045 1.317 2.205 0.124 0.320 0.096 0.187 0.053 0.261 0.211 2.501 0.070 0.037 0.081 0.034 0.041 0.159 0.381 0.045 11.925 0.239 0.497 0.012 0.142 0.067 0.181 0.132 0.231 0.023 0.009 0.028 0.039 0.049 0.473 0.408 0.347 0.249 0.008 1.317 0.347 0.024 2.501 0.236 0.049 0.113 0.305 0.816 0.056 0.077 0.236 0.029 0.015 0.010 1.728 0.855 0.624 0.473 0.781 0.666 0.142 0.076 2.093 2.232 0.294 0.511 0.912 1.487 1.550 2.430 0.181 0.236 0.365 0.222 0.616 nan 0.149 0.181 3583 chr14 58234776 58239515 + 0 NA intron (NM_001352014, intron 1 of 9) intron (NM_001352014, intron 1 of 9) 94572 NM_001352012 341880 Hs.28280 NM_001080455 ENSG00000151812 SLC35F4 C14orf36|c14_5373 solute carrier family 35 member F4 protein-coding 1.635 nan 1.371 0.058 0.149 0.142 0.060 0.129 0.339 0.097 0.058 0.026 0.086 0.160 0.190 0.032 0.136 0.045 0.107 0.134 0.036 0.050 0.014 0.015 0.015 0.084 0.022 0.034 0.057 0.100 0.301 0.032 0.110 0.020 0.024 0.159 0.017 0.136 0.025 0.017 0.035 0.032 0.081 0.147 0.086 0.029 0.014 0.190 0.104 0.059 0.050 0.052 0.042 0.061 0.041 0.013 7.238 0.543 0.033 0.061 0.021 5.344 3.786 10.458 1.349 0.315 0.402 0.050 0.013 1.245 1.173 0.131 0.306 0.243 0.222 0.650 0.297 3.289 7.414 0.053 0.085 1.189 1.990 nan 0.398 4149 chr15 94908755 94915807 + 0 NA intron (NM_018349, intron 10 of 21) intron (NM_018349, intron 10 of 21) 13117 NM_001159644 55784 Hs.33368 NM_018349 ENSG00000140563 MCTP2 - multiple C2 and transmembrane domain containing 2 protein-coding nan nan nan 0.035 0.049 0.016 0.060 0.295 0.807 0.014 0.078 0.103 0.018 0.073 0.127 0.331 0.021 0.252 0.104 0.009 4.386 3.308 2.053 0.039 0.010 0.063 0.087 0.015 0.174 0.180 0.010 1.072 0.041 0.083 1.913 0.030 0.061 0.155 0.064 0.026 0.008 0.047 0.152 0.136 0.035 0.022 0.028 0.331 0.073 0.030 2.053 0.104 0.034 0.097 0.024 0.015 0.042 0.017 0.055 0.008 0.007 0.383 0.251 0.408 0.440 3.431 4.352 nan 0.107 0.360 0.290 2.388 2.752 0.190 0.153 nan 0.203 0.180 0.383 4.705 4.335 0.022 nan 3.795 1.509 7798 chr3 123749534 123754326 + 0 NA Intergenic CpG -40913 NR_133917 54763 Hs.567516 NM_017578 ENSG00000065371 ROPN1 CT91|ODF6|RHPNAP1|ROPN1A|ropporin rhophilin associated tail protein 1 protein-coding 7.065 nan 5.164 0.458 4.154 3.091 0.326 2.439 4.027 0.119 1.242 0.269 0.026 0.538 4.528 1.503 0.445 0.233 0.356 0.157 0.261 0.086 2.246 0.962 5.999 0.545 0.302 0.520 1.057 0.111 1.427 2.074 0.747 5.858 0.122 0.301 0.849 0.497 0.037 0.417 5.159 0.385 0.792 0.372 0.068 0.129 0.141 0.478 1.838 0.994 0.333 0.320 1.503 0.268 0.288 5.999 0.083 0.241 1.513 3.128 0.696 0.232 0.102 2.870 0.094 0.721 0.539 4.223 5.433 1.165 1.861 11.959 9.803 12.106 4.901 1.285 1.264 2.548 nan 3.746 4.676 11.884 16.370 0.498 0.768 2.563 1.569 6.290 8.367 2.624 1.699 102 chr1 14922198 14941659 + 0 NA intron (NM_201628, intron 1 of 14) Tigger2a|DNA|TcMar-Tigger 6715 NM_201628 23254 Hs.368823 NM_015209 ENSG00000189337 KAZN KAZ kazrin, periplakin interacting protein protein-coding 0.710 1.729 nan 0.033 0.265 0.518 0.018 0.437 0.667 0.030 0.048 0.029 0.029 0.014 0.169 0.426 0.074 0.058 0.043 0.010 0.126 0.029 0.056 0.085 0.184 0.011 0.015 0.069 0.087 0.057 0.058 2.025 0.022 0.058 0.005 0.090 0.130 0.012 0.041 0.107 0.022 0.004 0.011 0.012 0.020 0.117 0.050 0.029 0.016 0.051 0.426 0.029 0.019 0.184 0.013 0.080 0.056 0.491 0.093 0.048 1.255 0.038 0.036 0.021 0.010 2.443 3.532 6.408 4.675 1.296 1.288 1.445 0.595 4.764 nan 0.234 nan 1.080 1.525 nan 0.275 1.736 3.034 0.082 0.101 0.132 0.168 0.301 0.466 8673 chr4 187488901 187494419 + 0 NA Intergenic Intergenic -14939 NM_005958 4543 Hs.243467 NM_005958 ENSG00000168412 MTNR1A MEL-1A-R|MT1 melatonin receptor 1A protein-coding nan 0.615 nan 0.221 0.064 0.051 0.732 0.059 0.155 0.034 0.320 0.065 0.019 0.112 0.092 0.069 0.059 0.640 0.617 0.025 0.086 0.103 0.194 0.287 0.144 0.040 0.067 0.313 0.146 0.123 0.090 0.238 0.098 0.033 0.048 0.022 0.059 0.050 0.252 0.199 0.867 0.138 0.075 0.661 0.216 0.065 0.028 0.072 0.092 0.364 0.050 0.194 0.022 0.044 0.017 0.042 0.036 0.070 0.022 0.014 0.021 0.009 0.272 0.321 7.932 10.399 0.246 0.303 0.079 0.056 0.217 0.263 0.031 0.152 0.115 0.214 0.141 0.195 0.225 0.347 0.023 0.047 0.079 0.066 0.092 0.094 8454 chr4 82721873 82740429 + 0 NA Intergenic Intergenic -338069 NM_152545 153020 Hs.591696 NM_152545 ENSG00000138670 RASGEF1B GPIG4 RasGEF domain family member 1B protein-coding 0.850 0.666 0.806 0.140 0.197 1.437 0.077 0.761 1.655 0.010 0.076 0.343 0.024 0.038 0.286 0.654 0.077 0.047 0.074 0.010 0.017 0.015 0.092 0.093 0.310 0.011 0.022 0.059 0.022 0.039 0.110 0.203 1.161 0.063 0.064 0.133 0.017 0.063 0.741 0.089 0.008 0.004 0.024 0.035 0.031 0.225 0.083 0.027 0.004 0.054 0.654 0.053 0.020 0.310 0.040 0.062 0.011 0.012 0.038 0.030 0.006 0.269 0.004 0.006 0.005 0.214 0.219 0.250 0.338 1.060 1.215 7.046 2.353 0.269 0.194 0.367 nan 0.501 0.450 0.371 0.225 0.069 0.114 0.528 0.497 0.320 nan 0.590 0.416 5414 chr18 68022946 68053812 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 13448 NR_110764 101060542 Hs.586967 NR_110764 ENSG00000266278 LINC01910 - long intergenic non-protein coding RNA 1910 ncRNA 0.896 0.776 1.181 1.754 0.190 0.027 1.879 0.156 0.340 0.712 1.745 1.982 0.457 1.275 0.227 2.143 0.151 0.073 0.465 0.516 1.063 0.036 0.168 0.147 0.436 0.991 0.583 0.091 0.252 0.881 0.128 0.273 0.058 0.862 0.709 1.764 0.208 0.029 0.066 0.718 0.144 2.605 0.135 0.103 0.668 0.619 1.391 3.062 4.210 1.072 0.627 1.750 2.143 0.456 0.036 0.436 0.486 0.656 0.015 2.430 0.060 0.770 1.065 0.102 0.329 0.399 0.521 0.772 0.685 1.623 1.966 0.593 0.620 1.635 0.395 0.559 nan 0.656 nan 0.591 0.606 0.311 0.116 0.957 0.555 0.807 1.040 0.304 0.547 1.091 1.130 1218 chr1 235088182 235137943 + 0 NA Intergenic Intergenic -13316 NR_125945 101927851 Hs.520684 NR_125945 ENSG00000238005 LOC101927851 - uncharacterized LOC101927851 ncRNA 2.250 3.572 2.471 2.219 1.734 1.858 4.238 1.551 3.071 0.438 3.967 5.275 0.260 1.444 0.714 2.584 2.454 0.326 3.200 1.985 1.595 0.334 1.741 0.789 1.682 6.462 6.595 0.151 2.384 2.180 4.105 12.080 5.321 1.557 2.249 3.953 0.779 0.151 0.114 1.235 0.453 1.493 0.748 0.342 3.818 2.407 4.788 9.801 4.578 1.681 3.226 7.164 2.584 3.000 3.208 1.682 1.921 2.422 0.228 1.211 1.707 1.462 0.276 0.367 1.817 0.850 0.636 0.722 0.887 1.427 4.904 1.851 1.801 nan 0.929 0.666 0.682 1.196 1.918 nan 3.136 0.592 0.437 0.357 0.418 2.354 2.835 0.535 1.143 nan 1.000 3483 chr14 35507984 35518430 + 0 NA promoter-TSS (NM_001079519) promoter-TSS (NM_001079519) -906 NM_001079519 283635 Hs.446357 NM_173607 ENSG00000151327 FAM177A1 C14orf24 family with sequence similarity 177 member A1 protein-coding 2.546 1.553 1.737 1.394 1.763 1.660 1.177 0.523 1.036 0.384 0.963 1.241 1.682 0.391 1.225 0.665 1.449 0.246 1.344 0.310 1.666 0.692 0.351 0.322 1.048 0.950 1.009 0.521 1.151 0.729 9.641 11.128 2.313 2.739 0.488 1.089 0.147 1.839 0.143 0.498 1.110 0.819 0.894 0.542 1.030 0.719 0.702 0.785 1.549 1.281 0.914 1.552 0.665 2.029 2.253 1.048 0.479 0.573 0.365 1.604 1.378 0.952 0.399 0.567 0.923 0.485 0.243 0.580 0.863 1.619 2.727 1.682 1.689 1.271 0.505 4.014 4.567 1.741 2.102 2.270 3.776 2.359 1.898 0.720 1.415 1.039 1.009 1.332 2.422 1.313 0.783 4227 chr16 11450312 11459319 + 0 NA Intergenic Intergenic 15520 NM_152308 116028 Hs.347524 NM_152308 ENSG00000175643 RMI2 BLAP18|C16orf75 RecQ mediated genome instability 2 protein-coding 0.887 0.924 nan 1.372 0.321 0.267 2.035 0.195 0.213 1.565 0.343 0.836 6.013 0.078 0.137 0.391 4.031 0.422 0.855 0.484 0.112 0.030 0.187 0.100 0.295 1.193 0.410 0.112 1.264 0.608 0.395 1.105 1.818 1.246 0.894 0.156 0.011 0.060 0.081 0.237 0.080 0.728 0.161 0.174 0.631 1.013 1.607 0.650 0.190 0.670 3.852 0.443 0.391 3.884 0.894 0.295 0.081 3.233 0.128 0.199 0.109 0.633 0.083 0.027 0.470 0.377 0.290 0.243 0.192 0.417 1.279 0.333 0.345 0.845 0.327 0.338 0.503 0.285 0.493 0.585 0.681 nan 0.327 0.349 0.360 0.169 0.320 0.158 0.228 0.891 0.554 11866 chr9 139791580 139802002 + 0 NA intron (NM_021138, intron 4 of 10) intron (NM_021138, intron 4 of 10) 15606 NR_039697 100616480 NR_039697 ENSG00000266507 MIR4479 - microRNA 4479 ncRNA nan 0.741 1.365 2.317 0.268 0.105 2.214 0.185 0.357 0.193 4.049 0.569 0.637 1.928 0.165 0.258 1.490 0.261 5.658 3.035 0.892 0.026 0.150 0.125 0.172 3.122 3.849 1.243 5.923 1.443 0.318 0.695 0.885 1.347 2.150 3.247 0.009 0.236 0.093 1.192 0.124 10.043 2.351 0.940 1.457 2.766 1.138 4.187 5.123 1.608 2.907 3.380 0.258 5.899 0.499 0.172 0.530 6.751 0.288 2.496 4.586 0.801 0.019 0.101 1.114 2.177 2.206 0.349 0.369 1.017 2.387 0.945 1.022 nan 0.120 0.216 0.187 0.189 0.344 0.503 0.621 0.481 0.420 0.284 0.263 0.178 0.253 0.237 0.446 0.394 0.241 2398 chr12 738471 757221 + 0 NA intron (NR_122124, intron 3 of 4) AluY|SINE|Alu 5005 NM_001294346 4815 Hs.655804 NM_016533 ENSG00000171840 NINJ2 - ninjurin 2 protein-coding 1.050 nan nan 0.560 0.497 0.080 1.897 0.214 0.441 1.031 0.429 1.868 1.645 0.719 0.147 0.274 0.696 0.198 1.283 0.646 0.975 0.074 0.101 0.119 0.728 2.384 2.408 0.612 1.648 1.114 1.674 4.288 4.726 0.801 0.655 5.114 0.127 2.927 0.211 1.040 0.397 1.621 0.704 0.329 0.518 0.591 1.451 7.333 4.231 1.802 0.884 1.503 0.274 1.920 1.489 0.728 0.425 0.551 0.446 1.790 0.069 0.929 0.138 0.059 0.400 0.519 0.337 0.462 0.490 0.270 0.726 nan 0.704 2.800 1.059 1.252 1.074 0.410 0.655 0.597 0.999 0.816 0.509 0.608 0.714 0.669 0.827 0.257 nan 0.728 0.805 7877 chr3 140659812 140664044 + 0 NA intron (NM_001104647, intron 1 of 6) intron (NM_001104647, intron 1 of 6) 1266 NM_001104647 55186 Hs.144130 NM_018155 ENSG00000114120 SLC25A36 PNC2 solute carrier family 25 member 36 protein-coding 7.258 nan nan 4.526 5.747 2.036 2.127 2.547 4.247 1.621 1.804 1.349 1.582 0.921 2.670 2.452 2.456 0.151 2.449 0.672 0.984 1.243 3.823 1.490 3.385 1.231 1.314 1.566 3.515 0.847 3.746 5.818 4.231 4.357 1.301 1.031 0.517 2.083 0.090 0.986 2.858 3.127 2.065 1.084 2.159 1.175 2.171 1.979 1.293 2.985 1.394 2.462 2.452 3.712 3.294 3.385 1.017 1.486 1.127 3.405 1.316 1.605 1.335 1.836 1.288 0.884 0.601 3.668 4.616 5.005 7.087 7.545 6.425 12.202 5.886 7.664 8.255 3.824 nan 3.577 nan 13.247 15.343 3.249 6.775 3.441 2.986 9.293 8.390 2.764 1.736 5036 chr17 76345774 76446290 + 0 NA intron (NR_111989, intron 4 of 8) intron (NR_111989, intron 4 of 8) 21333 NM_024419 9489 Hs.654671 NM_024419 ENSG00000087157 PGS1 - phosphatidylglycerophosphate synthase 1 protein-coding 1.122 1.578 1.282 0.653 0.783 0.864 0.767 1.223 2.405 0.421 1.249 0.469 0.679 0.194 1.903 0.733 0.430 0.209 1.095 0.507 0.895 0.371 0.446 0.278 2.599 0.667 0.507 0.385 0.421 0.260 0.708 1.707 0.944 1.807 0.468 3.661 0.212 0.729 0.126 0.485 0.273 1.451 0.775 0.364 0.942 0.285 0.343 1.017 1.159 1.199 0.407 0.614 0.733 1.061 0.358 2.599 0.223 0.275 0.157 1.015 1.422 0.424 0.106 0.169 1.056 0.446 0.246 0.893 1.110 0.615 1.199 2.818 3.050 1.829 0.694 0.674 0.711 nan 0.921 2.142 2.890 1.409 1.132 0.405 0.561 0.755 0.840 0.524 0.792 nan 0.609 6743 chr2 236438962 236457958 + 0 NA intron (NM_001244888, intron 1 of 9) intron (NM_001244888, intron 1 of 9) -21895 NR_146582 27321 NR_146582 TNRC17 CAGL234 trinucleotide repeat containing 17 ncRNA 1.152 nan 1.713 0.255 0.795 0.151 0.761 0.144 0.358 0.487 0.165 0.068 1.051 0.048 0.334 0.302 0.075 0.025 0.687 0.191 0.040 0.059 0.133 0.120 1.569 0.216 0.090 0.058 0.086 0.034 1.053 3.075 1.362 0.706 0.700 0.136 0.040 0.120 0.088 0.037 0.142 0.121 0.044 0.020 0.052 0.242 1.624 0.137 0.192 0.138 0.046 0.868 0.302 0.629 0.090 1.569 0.418 0.898 0.144 0.116 0.037 0.145 3.205 0.039 0.024 0.030 0.021 0.422 0.480 0.298 0.469 0.901 0.850 0.396 0.136 0.544 0.512 0.431 0.703 1.650 nan 6.292 6.288 1.761 2.647 0.215 0.241 0.088 0.145 0.332 0.368 259 chr1 36598606 36631167 + 0 NA non-coding (NR_073097, exon 1 of 3) non-coding (NR_073097, exon 1 of 3) 229 NR_073098 27095 Hs.523131 NM_014408 ENSG00000054116 TRAPPC3 BET3 trafficking protein particle complex 3 protein-coding 3.086 nan 2.270 2.746 2.502 1.806 2.691 0.806 1.617 1.094 2.520 1.631 0.992 0.786 1.392 1.807 2.077 0.282 1.900 0.733 2.355 1.167 1.396 0.675 3.180 1.549 1.723 1.572 2.096 1.100 1.146 2.527 1.312 3.170 0.876 1.747 0.266 2.336 0.114 0.648 0.697 4.251 1.734 0.753 1.457 0.535 1.431 3.510 1.678 2.550 0.709 0.756 1.807 2.402 1.805 3.180 0.626 0.860 0.711 2.876 0.916 0.923 0.981 0.642 1.530 1.433 1.084 1.326 1.720 1.749 2.869 3.409 3.261 nan 0.789 2.678 2.723 3.000 4.458 4.389 7.096 nan 2.866 1.838 2.922 1.074 1.063 1.403 1.996 2.016 nan 5290 chr18 42318831 42326613 + 0 NA intron (NM_015559, intron 2 of 5) intron (NM_015559, intron 2 of 5) 61859 NM_015559 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 1.968 4.685 0.037 1.095 1.522 0.100 0.442 0.945 0.074 0.010 0.390 0.016 0.879 0.207 6.626 0.503 0.020 0.041 0.020 0.074 1.328 0.807 2.031 0.018 0.019 0.052 0.031 0.012 0.036 2.461 0.075 3.424 0.014 0.063 0.015 5.321 0.107 0.023 0.020 0.014 0.040 0.297 0.140 0.209 0.009 0.476 0.383 6.626 0.046 0.012 2.031 0.031 0.022 1.931 0.007 0.770 0.040 0.610 2.052 0.038 0.015 4.769 6.212 0.538 1.099 8.467 8.142 2.969 0.999 0.049 0.069 2.062 2.713 0.648 0.765 8.930 10.640 1.211 2.021 7.189 7.883 2.621 nan 6.465 3.575 6194 chr2 74196812 74260318 + 0 NA intron (NM_001287491, intron 1 of 10) MIR|SINE|MIR 15034 NM_001287491 200424 Hs.516107 NM_001287491 ENSG00000187605 TET3 hCG_40738 tet methylcytosine dioxygenase 3 protein-coding nan nan 1.521 0.664 0.760 0.704 1.265 0.402 0.853 0.752 0.596 0.512 0.329 0.087 0.215 0.752 0.702 0.116 1.017 0.406 0.365 0.316 0.368 0.237 1.036 0.570 0.389 0.438 1.407 0.410 2.340 5.815 1.858 1.681 0.547 0.592 0.069 0.439 0.109 0.314 0.379 0.602 0.558 0.310 0.689 0.673 0.831 0.369 0.894 0.688 0.462 0.856 0.752 1.633 0.912 1.036 0.484 0.815 0.247 1.008 0.384 0.313 0.522 0.554 0.222 0.200 0.149 0.881 1.107 0.978 1.541 1.537 1.450 1.127 0.482 2.136 1.933 0.709 1.172 2.177 2.417 1.158 1.145 0.654 1.340 0.298 0.256 1.214 1.539 nan 0.646 6518 chr2 179755663 179778143 + 0 NA intron (NM_001316745, intron 8 of 11) L1PA3|LINE|L1 -94753 NM_001267550 7273 Hs.134602 NM_003319 ENSG00000155657 TTN CMD1G|CMH9|CMPD4|EOMFC|HMERF|LGMD2J|MYLK5|SALMY|TMD titin protein-coding 1.347 1.085 1.382 0.100 0.094 0.467 0.646 0.123 0.265 0.013 0.090 0.070 0.008 0.041 0.044 0.108 0.077 0.094 0.117 0.132 0.033 0.012 0.083 0.105 0.123 0.062 0.022 0.010 0.133 0.136 0.104 0.270 0.150 0.348 0.337 0.059 0.013 0.010 0.123 0.084 0.308 0.123 0.016 0.024 0.237 0.049 0.436 0.094 0.051 0.089 0.073 0.047 0.108 0.088 0.058 0.123 0.033 0.048 0.030 0.031 0.032 0.102 0.044 3.120 0.067 0.005 0.009 0.376 0.229 0.230 0.300 0.307 0.482 0.272 0.131 0.304 0.361 1.656 1.888 0.579 0.632 2.326 1.674 0.123 0.180 0.069 0.072 3.285 8.835 0.383 0.393 7752 chr3 112972018 112996573 + 0 NA intron (NM_001301861, intron 4 of 19) intron (NM_001301861, intron 4 of 19) 52951 NM_001301861 91653 Hs.591318 NM_033254 ENSG00000144857 BOC CDON2 BOC cell adhesion associated, oncogene regulated protein-coding 2.203 nan 1.927 0.248 1.276 0.623 0.220 0.555 1.147 0.012 0.091 0.196 0.040 0.033 0.215 0.945 1.230 0.177 0.039 0.008 0.031 0.017 0.231 0.151 2.534 0.059 0.017 0.060 0.074 0.009 0.072 0.240 0.066 0.467 0.077 0.109 0.051 0.030 0.055 0.019 1.239 0.150 0.108 0.029 0.023 0.064 0.090 0.451 0.133 0.099 0.016 0.095 0.945 0.091 0.057 2.534 0.020 0.044 0.836 0.073 0.224 0.061 0.206 0.652 0.028 0.012 0.008 1.348 1.717 2.023 1.942 1.115 nan 3.998 1.059 0.627 0.644 nan 3.681 1.373 1.284 2.697 2.951 0.493 0.849 0.402 0.357 0.743 1.995 0.740 0.663 9034 chr5 81681672 81714614 + 0 NA Intergenic MARNA|DNA|TcMar-Mariner 122862 NM_001017971 92270 Hs.676227 NM_001017971 ENSG00000205464 ATP6AP1L - ATPase H+ transporting accessory protein 1 like protein-coding 0.806 1.183 0.620 0.803 0.088 0.072 1.631 0.186 0.236 0.015 0.435 2.119 0.720 0.046 0.102 0.162 1.716 0.206 0.753 0.461 0.960 0.013 0.090 0.097 0.094 0.939 0.497 0.034 0.984 1.027 1.374 3.365 1.124 0.313 1.286 0.087 0.046 0.056 0.123 0.496 0.035 0.183 0.176 0.083 1.344 0.583 0.159 0.529 0.077 0.054 0.935 1.321 0.162 1.330 1.664 0.094 0.896 0.061 0.015 0.030 0.494 1.374 0.015 0.041 0.717 2.367 2.794 0.185 0.135 0.336 0.627 0.201 0.290 0.107 0.048 0.130 0.104 0.580 0.821 0.389 0.424 0.384 0.195 0.073 0.110 0.216 0.198 0.186 nan 0.470 0.365 1836 chr11 19680694 19705648 + 0 NA intron (NM_001111018, intron 1 of 37) intron (NM_001111018, intron 1 of 37) -41710 NM_145117 89797 Hs.64341 NM_145117 ENSG00000166833 NAV2 HELAD1|POMFIL2|RAINB1|STEERIN2|UNC53H2 neuron navigator 2 protein-coding 0.717 nan 0.863 0.554 0.296 0.358 3.729 0.219 0.294 0.103 0.644 0.829 0.075 0.057 0.222 0.662 0.695 0.084 1.335 1.048 0.150 0.006 0.107 0.119 0.082 1.317 0.690 0.062 1.841 1.412 1.128 4.316 1.254 0.859 0.810 0.106 0.023 0.043 0.049 0.483 0.133 1.045 0.290 0.216 1.377 0.746 0.625 0.912 0.281 0.466 0.529 0.633 0.662 1.416 1.843 0.082 0.416 0.098 0.206 0.130 0.056 0.823 0.024 0.131 0.343 0.242 0.189 nan 0.357 0.266 0.374 0.560 0.603 1.018 0.318 0.248 0.274 1.008 nan 0.532 0.468 0.442 0.312 0.201 0.242 0.100 0.113 0.144 0.225 0.687 nan 10472 chr7 82176021 82205177 + 0 NA Intergenic Intergenic -117477 NM_001302890 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 1.504 1.087 2.335 0.113 0.802 0.331 0.086 1.066 2.085 0.013 0.096 0.859 0.008 0.703 0.394 0.539 0.177 0.116 0.117 0.065 0.101 0.019 1.035 0.720 2.230 0.005 0.007 0.023 0.146 0.026 0.099 0.143 0.147 0.795 0.045 0.164 0.539 0.146 0.206 0.036 0.139 0.148 0.014 0.008 0.038 0.063 0.099 0.109 0.209 0.139 0.041 0.039 0.539 0.039 0.137 2.230 0.042 0.048 0.207 0.175 0.609 0.047 0.071 0.651 0.036 0.052 0.026 0.648 0.732 0.390 0.526 2.292 3.234 3.784 2.651 0.302 0.309 2.463 2.697 1.782 2.647 4.137 3.126 0.147 0.298 2.803 2.534 1.751 nan 2.862 1.849 9576 chr6 33554914 33569235 + 0 NA promoter-TSS (NR_027908) promoter-TSS (NR_027908) -959 NR_027908 401253 Hs.520075 NM_207497 ENSG00000197251 LINC00336 C6orf227|NCRNA00336 long intergenic non-protein coding RNA 336 ncRNA nan 1.242 nan 1.003 0.690 0.412 4.290 0.470 0.914 0.353 0.812 0.470 0.831 0.286 0.699 0.183 0.146 1.401 0.874 0.170 0.048 0.231 0.126 0.603 1.978 2.115 0.170 1.046 1.391 1.368 2.996 1.032 0.788 1.250 0.215 0.074 0.099 0.102 0.601 0.062 1.637 0.880 0.474 0.960 1.116 1.082 4.446 0.534 1.901 3.265 1.675 0.699 0.888 1.125 0.603 0.479 0.426 0.156 1.192 0.170 1.862 0.041 0.302 0.187 1.516 1.399 0.289 0.416 0.423 nan nan 0.963 1.648 0.701 0.587 0.576 0.347 0.659 1.087 1.444 0.763 0.559 0.249 0.274 0.536 1.270 0.615 1.504 0.609 0.387 10988 chr8 61859770 61866716 + 0 NA Intergenic Intergenic 17064 NR_034003 100130298 Hs.636194 NR_034003 LOC100130298 - hCG1816373-like ncRNA 1.876 1.048 2.724 0.235 0.483 0.042 4.038 0.558 0.927 0.056 2.164 2.302 0.162 0.015 0.164 0.335 0.101 0.140 6.530 4.256 0.161 0.020 0.473 0.183 1.091 2.059 1.500 0.043 3.625 2.231 0.672 2.646 0.427 0.679 2.042 0.047 0.108 0.046 0.092 2.751 0.388 4.231 0.485 0.247 2.815 2.024 1.206 1.883 0.117 0.191 0.079 1.408 0.335 4.647 0.142 1.091 1.390 0.190 3.674 0.050 0.292 3.191 0.427 0.686 3.267 0.050 0.029 1.201 2.207 5.675 7.318 1.012 1.061 2.372 0.478 0.086 0.118 0.452 nan 0.706 0.574 nan 0.252 0.467 0.784 1.285 2.188 0.529 1.576 1.557 0.963 9726 chr6 54710791 54745795 + 0 NA intron (NM_001010872, intron 1 of 4) MIRb|SINE|MIR 16724 NM_001010872 222584 Hs.152423 NM_001010872 ENSG00000168143 FAM83B C6orf143 family with sequence similarity 83 member B protein-coding 0.955 0.998 nan 0.813 0.065 1.429 0.735 0.252 0.314 0.829 0.076 0.197 1.322 0.040 0.227 0.307 0.126 0.091 0.490 0.275 1.330 0.004 0.107 0.128 0.062 0.022 0.019 0.017 0.272 0.163 0.230 0.365 0.100 0.249 0.200 0.050 0.411 0.043 0.118 0.108 0.029 0.266 0.114 0.074 0.274 0.129 0.733 0.200 0.049 0.138 0.043 0.575 0.307 0.359 0.026 0.062 0.388 0.432 0.012 0.211 0.043 0.042 0.558 0.060 0.022 0.012 0.009 0.399 0.287 0.703 1.074 0.187 0.215 0.113 0.064 0.563 0.577 0.460 0.620 0.664 0.788 0.415 0.182 0.461 0.956 1.785 2.241 0.420 0.762 0.698 0.583 6610 chr2 208254232 208278459 + 0 NA Intergenic Intergenic -128271 NM_134442 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 1.048 nan 1.159 0.012 1.746 2.445 1.598 1.294 2.450 0.205 0.714 0.610 0.013 0.636 0.456 0.846 0.349 0.098 1.400 0.948 0.297 0.006 0.674 0.504 2.111 0.910 0.727 0.021 0.546 0.533 1.013 2.901 1.267 5.094 1.417 0.167 0.678 0.049 0.081 0.679 0.101 1.734 0.767 0.352 1.291 0.537 0.294 0.856 0.319 0.936 0.299 0.321 0.846 0.370 0.709 2.111 0.137 0.178 0.073 0.590 0.893 0.816 0.135 0.282 1.252 0.485 0.426 0.373 0.501 1.225 1.497 0.713 0.830 0.303 0.079 0.424 0.421 4.319 4.326 0.689 0.802 0.793 0.402 0.242 0.414 1.895 2.157 1.185 2.314 0.762 0.397 3976 chr15 58836545 58858878 + 0 NA intron (NM_000236, intron 6 of 8) MIRb|SINE|MIR -56777 NR_120338 101928694 Hs.655781 NR_120338 ENSG00000259293 LIPC-AS1 - LIPC antisense RNA 1 ncRNA 1.023 0.849 1.192 1.347 0.070 0.585 0.187 0.247 0.593 0.469 0.243 1.521 0.090 0.050 0.231 0.149 0.470 0.108 0.189 0.102 0.584 0.013 0.102 0.108 0.606 1.216 0.759 0.347 0.286 0.609 0.223 0.972 0.595 0.448 0.150 0.086 0.042 0.024 0.077 0.259 0.045 0.163 0.764 0.429 0.440 0.138 1.274 2.246 0.774 0.351 0.286 0.390 0.149 0.142 0.493 0.606 0.373 0.495 0.088 0.325 0.145 0.601 0.094 1.385 0.542 1.271 0.904 0.327 0.245 0.346 0.775 1.853 2.262 0.367 0.111 0.177 0.240 0.517 0.748 0.491 0.510 3.142 3.171 0.285 0.364 0.284 0.263 1.020 2.916 0.490 0.428 5160 chr18 11945582 11958288 + 0 NA Intergenic LTR50|LTR|ERVL -29492 NM_014214 3613 Hs.743311 NM_014214 ENSG00000141401 IMPA2 - inositol monophosphatase 2 protein-coding 1.133 1.757 0.671 0.762 1.402 0.138 2.347 0.124 0.388 1.971 3.474 1.636 0.623 1.612 0.384 0.150 1.196 0.467 3.338 1.755 0.155 0.229 0.137 0.128 0.254 1.764 1.812 0.407 1.569 0.701 1.267 3.778 2.090 0.564 2.098 3.295 0.023 0.962 0.134 0.454 0.251 5.664 1.538 0.829 1.234 0.896 1.493 1.559 1.775 0.250 1.110 2.010 0.150 3.343 1.338 0.254 0.673 0.753 0.154 0.196 0.933 2.426 0.031 0.171 0.448 0.073 0.077 0.268 0.304 0.222 0.472 0.586 0.524 2.326 0.421 0.376 0.273 0.368 0.710 2.024 2.431 0.607 0.439 0.137 0.136 0.143 0.271 0.326 0.771 0.776 0.680 6731 chr2 235086223 235112895 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 140213 NM_006944 6694 Hs.444488 NM_006944 ENSG00000072080 SPP2 SPP-24|SPP24 secreted phosphoprotein 2 protein-coding 0.713 nan 0.662 0.293 0.177 1.165 1.574 0.841 1.487 0.132 0.219 0.566 0.059 0.116 0.380 0.878 0.071 0.054 0.307 0.247 0.398 0.010 0.105 0.119 0.193 0.405 0.236 0.036 0.167 0.312 0.237 1.084 0.599 3.386 1.328 0.969 0.011 0.020 0.097 0.966 0.039 0.905 0.153 0.126 0.137 0.215 0.906 1.150 1.490 0.885 0.431 0.172 0.878 0.461 0.254 0.193 0.142 0.087 0.051 0.939 0.644 0.526 0.041 0.044 1.243 0.770 0.767 0.339 0.161 0.197 0.253 0.809 0.808 0.663 0.145 0.278 0.277 0.370 0.482 0.471 nan 0.368 0.181 0.230 0.137 0.082 0.072 0.232 0.415 0.492 0.356 8138 chr3 189177787 189187981 + 0 NA Intergenic BLACKJACK|DNA|hAT-Blackjack -131651 NM_001329964 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.217 1.180 0.774 0.092 0.155 0.033 0.267 3.241 6.218 0.010 0.135 0.154 0.012 0.020 0.094 0.327 0.262 0.121 0.120 0.018 0.073 0.183 0.146 0.165 0.149 0.057 0.029 0.106 0.082 0.201 0.653 0.124 0.358 0.027 0.047 0.046 0.052 0.080 0.012 0.139 0.045 0.024 0.046 0.099 0.053 0.295 0.030 0.184 0.042 0.015 0.196 0.327 0.063 0.121 0.165 0.024 0.032 0.028 0.075 0.040 0.077 0.049 0.073 0.045 0.011 0.005 0.293 0.112 0.255 0.435 0.280 0.398 1.759 0.730 0.345 0.329 0.353 0.472 0.406 0.433 0.809 0.434 0.102 0.214 0.182 0.196 0.431 0.568 0.602 0.436 2929 chr12 107519235 107528003 + 0 NA Intergenic Intergenic -35984 NM_004075 1407 Hs.151573 NM_004075 ENSG00000008405 CRY1 DSPD|PHLL1 cryptochrome circadian regulator 1 protein-coding 1.200 1.346 nan 0.058 0.341 4.271 0.133 1.882 4.076 0.011 0.079 0.064 0.134 0.035 3.993 2.272 0.166 0.276 0.110 0.022 0.044 2.456 1.385 5.754 0.087 0.008 0.056 0.058 0.118 0.121 0.082 6.888 0.033 0.116 0.471 0.037 0.164 0.053 0.027 0.073 0.027 0.027 0.012 0.079 0.176 0.170 0.186 0.049 0.049 0.123 2.272 0.063 0.021 5.754 0.028 0.122 0.298 0.034 0.174 0.045 0.046 0.197 0.043 0.046 0.023 0.385 0.399 0.306 0.329 7.329 8.446 1.993 0.704 0.476 0.487 0.389 0.769 1.062 2.503 1.623 1.552 0.192 0.180 2.127 1.885 0.451 1.194 2.516 1.556 5681 chr19 41282296 41285576 + 0 NA promoter-TSS (NM_016154) promoter-TSS (NM_016154) -188 NM_016154 53916 Hs.631539 NM_016154 ENSG00000167578 RAB4B - RAB4B, member RAS oncogene family protein-coding 4.927 3.765 4.806 6.116 3.610 4.576 1.491 3.287 6.032 1.543 6.388 2.766 1.120 1.637 6.894 2.587 2.435 0.294 5.210 1.268 2.691 0.382 1.884 0.988 3.213 1.961 2.146 2.497 2.301 1.187 3.230 nan 3.895 24.839 1.214 1.706 1.098 4.736 0.141 1.765 1.258 5.131 1.065 0.358 2.070 0.998 2.531 2.295 8.090 8.859 2.455 1.273 2.587 6.715 1.300 3.213 1.044 1.746 1.218 2.896 3.866 0.936 4.623 1.447 2.755 1.194 0.559 6.946 6.712 5.991 6.731 10.996 8.696 12.436 6.917 16.751 16.976 5.533 6.464 7.066 10.926 5.957 7.481 5.876 7.572 7.409 5.980 5.026 7.684 4.196 2.295 7071 chr20 56561331 56577183 + 0 NA Intergenic Intergenic -9703 NR_147083 105376992 Hs.736662 NR_147083 ENSG00000275852 LINC01742 - long intergenic non-protein coding RNA 1742 ncRNA 1.424 3.570 2.592 0.452 0.078 0.014 1.680 0.162 0.397 0.650 0.079 0.299 0.027 0.051 0.090 0.106 0.114 0.070 0.166 0.549 0.115 0.017 1.032 0.358 0.060 0.362 0.186 0.009 0.581 0.549 0.193 0.485 0.534 0.461 0.744 0.103 0.869 0.034 0.094 1.784 0.059 5.689 0.148 0.113 0.111 0.073 0.704 0.819 0.149 0.587 0.429 0.769 0.106 0.104 0.134 0.060 0.247 0.968 0.541 7.062 0.116 0.953 0.112 0.169 1.175 0.054 0.013 1.211 nan 1.738 3.292 0.232 0.319 2.615 0.946 0.095 0.131 0.427 0.793 0.129 0.140 0.516 0.338 0.490 0.580 2.142 1.945 0.477 1.055 2.198 1.209 2738 chr12 63091774 63148117 + 0 NA intron (NM_020700, intron 5 of 9) intron (NM_020700, intron 5 of 9) 122479 NR_029661 406891 NR_029661 ENSG00000199179 MIRLET7I LET7I|MIRNLET7I|hsa-let-7i|let-7i microRNA let-7i ncRNA 1.509 0.741 1.772 1.163 0.197 0.267 1.800 0.224 0.274 0.323 1.106 3.274 0.366 0.064 0.277 0.681 1.704 0.169 1.640 1.219 0.259 0.022 0.153 0.184 0.272 3.264 2.262 0.223 0.662 1.005 0.455 1.168 0.273 0.787 1.577 10.641 0.117 0.048 0.066 1.113 0.331 2.548 0.426 0.264 1.547 0.684 1.033 11.924 2.307 0.486 0.316 1.270 0.681 0.977 1.391 0.272 1.019 0.671 0.517 0.548 0.191 0.733 0.087 0.309 0.936 3.167 4.032 0.523 0.571 1.681 3.370 0.461 nan 0.672 0.254 0.315 0.334 0.911 1.349 1.281 1.348 0.744 0.769 0.289 0.436 0.487 0.538 0.570 1.150 1.183 1.052 7447 chr22 42801794 42841351 + 0 NA intron (NM_001318323, intron 1 of 4) C-rich|Low_complexity|Low_complexity 6829 NM_001318323 150372 Hs.436677 NM_145912 ENSG00000235568 NFAM1 CNAIP NFAT activating protein with ITAM motif 1 protein-coding 0.955 nan 0.750 0.258 0.273 2.247 0.118 0.353 0.652 0.061 0.189 0.124 0.014 0.136 0.885 0.935 0.114 0.089 0.168 0.077 0.043 0.049 0.149 0.158 0.639 0.126 0.071 0.037 0.136 0.061 0.237 1.047 0.124 2.525 0.089 0.108 0.524 0.153 0.101 0.104 0.066 0.387 0.070 0.047 0.143 0.064 0.155 0.171 0.233 0.125 0.110 0.151 0.935 0.124 0.054 0.639 0.049 0.145 1.211 0.437 0.507 0.226 0.375 0.118 0.052 0.020 0.008 0.560 0.796 0.413 0.752 1.284 1.138 1.011 0.348 0.304 0.347 0.959 nan 0.778 1.270 nan 0.736 0.456 0.625 1.636 1.756 0.370 0.642 1.039 0.630 5629 chr19 36388937 36398117 + 0 NA exon (NM_014266, exon 1 of 4) exon (NM_014266, exon 1 of 4) 145 NM_014266 10870 Hs.117339 NM_014266 ENSG00000126264 HCST DAP10|KAP10|PIK3AP hematopoietic cell signal transducer protein-coding 1.944 1.638 1.596 1.670 3.532 1.142 1.175 0.893 1.914 1.494 2.820 0.985 1.127 1.016 1.577 1.783 0.474 0.104 2.159 0.639 1.302 0.724 0.512 0.503 1.628 1.813 1.446 2.612 1.826 0.529 1.627 2.676 1.392 7.411 0.750 0.935 0.074 2.762 0.139 0.663 0.370 2.740 2.211 1.097 1.226 0.310 1.344 0.805 3.666 9.277 1.385 1.081 1.783 2.473 1.259 1.628 0.761 0.903 0.475 2.791 1.232 0.564 0.930 0.975 1.632 0.634 0.354 0.925 1.534 1.514 2.408 2.875 2.513 2.666 0.750 0.218 0.348 1.578 2.074 1.985 2.725 nan 1.807 1.766 2.585 0.775 0.889 1.590 3.137 2.043 1.149 5179 chr18 18940715 18949233 + 0 NA intron (NM_001142966, intron 1 of 32) intron (NM_001142966, intron 1 of 32) 122771 NM_001142966 80000 Hs.149020 NM_024935 ENSG00000141449 GREB1L C18orf6|KIAA1772|RHDA3 GREB1 like retinoic acid receptor coactivator protein-coding 1.161 1.126 1.274 0.076 0.164 0.013 0.135 0.114 0.235 0.079 0.072 0.097 0.603 0.059 0.047 0.395 0.045 0.038 0.072 0.166 0.113 0.129 0.136 0.289 0.025 0.378 0.064 0.013 0.048 0.158 0.093 0.306 0.034 0.052 1.346 0.148 0.075 0.366 0.097 0.049 0.018 0.038 0.036 0.251 0.081 0.067 0.066 0.055 0.098 0.395 0.042 0.022 0.289 0.014 0.138 0.041 0.012 0.075 0.035 2.091 0.035 0.027 0.029 0.442 0.347 0.271 1.116 0.380 0.540 4.603 1.419 0.259 0.273 0.103 0.189 0.146 0.127 1.615 1.614 0.102 0.156 4.946 6.510 1.394 2.462 0.845 0.706 8399 chr4 57841404 57846918 + 0 NA promoter-TSS (NM_001303268) promoter-TSS (NM_001303268) -335 NM_032313 84273 Hs.8715 NM_032313 ENSG00000084092 NOA1 C4orf14|MTG3|hAtNOS1|hNOA1|mAtNOS1 nitric oxide associated 1 protein-coding nan 2.036 3.754 4.116 7.013 2.228 2.374 2.413 4.034 1.607 3.583 3.100 2.588 1.029 4.302 2.819 1.537 0.496 3.380 1.065 1.856 0.827 2.269 1.432 2.974 1.817 1.472 1.692 4.227 1.531 4.001 4.492 3.769 6.353 2.069 2.106 0.503 2.025 0.183 2.167 2.486 4.742 4.119 1.964 2.858 1.976 3.150 3.868 2.455 3.012 2.505 2.459 2.819 5.269 4.485 2.974 1.241 1.751 0.510 6.946 3.297 2.017 1.297 1.324 1.598 1.076 0.627 4.632 5.635 4.975 8.328 4.960 3.714 8.765 3.124 10.525 10.532 4.626 6.190 8.768 14.151 5.906 7.366 2.304 5.367 3.632 3.558 3.723 4.986 9.255 5.139 5447 chr18 76571383 76577139 + 0 NA Intergenic Intergenic -166014 NM_171999 27164 Hs.700557 NM_171999 ENSG00000256463 SALL3 ZNF796 spalt like transcription factor 3 protein-coding nan nan 0.482 0.050 0.122 0.078 0.123 0.112 0.262 0.096 0.047 8.891 0.093 0.962 0.053 0.141 0.036 0.011 0.081 0.184 0.376 0.012 0.013 0.197 0.059 0.036 0.167 0.315 0.134 0.905 0.025 0.009 0.084 0.056 0.082 0.054 0.143 0.063 0.067 0.033 0.103 0.014 0.138 0.009 0.012 0.962 0.025 0.376 0.042 0.028 0.050 0.036 0.035 0.043 0.331 0.131 0.784 0.943 1.054 nan 0.890 0.471 0.178 0.141 0.100 0.121 1.721 nan 0.179 0.120 0.046 0.092 0.158 0.204 0.086 0.153 0.240 0.353 3087 chr13 25736285 25769270 + 0 NA intron (NR_120428, intron 1 of 3) intron (NR_120428, intron 1 of 3) 1362 NR_120428 101928922 Hs.585620 NR_120428 ENSG00000234056 LINC00463 AMER2-AS1 long intergenic non-protein coding RNA 463 ncRNA 1.506 1.377 1.384 0.039 0.294 0.111 0.035 0.102 0.191 0.003 0.050 0.033 0.008 0.015 0.172 0.272 0.116 0.064 0.039 0.017 0.013 0.004 0.209 0.258 1.136 0.017 0.009 0.016 0.027 0.006 0.088 0.128 0.030 0.950 0.009 0.042 0.009 0.030 0.083 0.007 0.070 0.053 0.029 0.021 0.007 0.021 0.052 0.085 0.035 0.026 0.017 0.028 0.272 0.058 0.008 1.136 0.049 0.052 0.035 0.067 0.012 0.029 1.812 5.602 0.021 0.017 0.002 1.087 0.902 0.319 nan 1.377 1.319 1.402 0.613 0.134 0.164 0.307 0.410 0.341 0.373 5.190 4.739 1.357 3.504 0.041 0.065 6.638 12.252 1.088 0.946 8786 chr5 14869599 14873931 + 0 NA 5' UTR (NM_054027, exon 1 of 12) 5' UTR (NM_054027, exon 1 of 12) 129 NM_054027 56172 Hs.156727 NM_054027 ENSG00000154122 ANKH ANK|CCAL2|CMDJ|CPPDD|HANK|MANK|SLC62A1 ANKH inorganic pyrophosphate transport regulator protein-coding nan 4.130 6.756 0.568 5.729 0.244 1.970 1.072 2.175 1.125 1.369 2.428 0.293 0.783 6.676 2.704 0.314 0.086 1.653 0.219 0.959 0.290 4.753 2.446 1.577 1.480 1.587 1.138 2.022 0.659 4.877 7.133 1.311 nan 1.059 0.986 1.652 0.153 1.339 1.942 2.334 4.036 2.513 0.227 0.350 0.820 1.101 4.322 3.570 3.456 1.584 2.704 1.314 2.144 1.577 0.910 3.503 1.513 3.103 6.800 0.894 1.002 1.892 0.897 1.077 0.469 3.362 4.546 4.245 3.903 8.412 6.311 4.165 1.642 3.154 2.852 nan 7.576 5.312 9.075 10.102 13.519 2.154 4.479 4.984 3.223 4.354 nan 6.194 3.255 442 chr1 66997516 67024045 + 0 NA intron (NM_032291, intron 1 of 24) intron (NM_032291, intron 1 of 24) 11141 NM_001350217 84251 Hs.132121 NM_032291 ENSG00000118473 SGIP1 - SH3 domain GRB2 like endophilin interacting protein 1 protein-coding 1.222 0.971 nan 0.119 1.189 0.790 0.335 0.726 1.331 0.220 0.162 0.703 0.054 0.124 3.059 0.337 1.330 0.178 0.215 0.157 0.551 0.005 0.998 0.628 1.635 0.047 0.019 0.901 0.161 0.116 0.191 0.566 0.096 8.391 0.462 0.139 0.148 0.054 0.088 0.214 0.123 0.156 0.064 0.044 0.066 0.063 0.163 0.121 0.046 0.137 1.701 0.142 0.337 0.291 1.105 1.635 0.018 0.140 0.124 0.220 1.218 0.161 0.998 0.491 0.034 0.020 0.009 0.465 0.475 1.804 3.916 0.803 0.831 0.157 0.102 0.238 0.213 nan nan 1.056 nan 0.393 0.225 0.871 1.876 1.327 1.380 0.817 1.984 1.957 1.181 6208 chr2 81298074 81316499 + 0 NA Intergenic L1M2|LINE|L1 386784 NR_110161 100507201 Hs.98589 NR_110161 ENSG00000235519 LINC01815 - long intergenic non-protein coding RNA 1815 ncRNA nan 0.680 nan 0.094 0.042 0.024 0.024 0.071 0.192 0.041 0.037 0.010 0.094 0.027 0.044 0.097 0.085 0.055 0.121 0.015 0.076 0.060 0.123 0.042 0.012 0.012 0.099 0.034 0.166 0.570 2.842 0.285 0.105 0.049 0.010 0.036 0.111 0.108 0.047 0.090 0.003 0.012 0.037 0.063 0.092 0.049 0.033 0.056 0.036 0.097 0.135 0.030 0.042 0.033 0.058 0.011 0.022 0.022 0.004 0.040 0.346 0.046 0.034 0.025 0.303 0.157 0.158 0.456 0.280 0.280 0.120 0.075 0.204 0.180 0.161 0.242 0.243 0.175 0.625 0.332 0.112 0.203 0.036 0.056 0.831 2.408 0.151 0.249 4044 chr15 70778285 70806959 + 0 NA Intergenic Intergenic 5645 NR_146562 105370880 NR_146562 ENSG00000259473 LINC02205 - long intergenic non-protein coding RNA 2205 ncRNA 0.842 1.002 0.678 1.052 0.135 0.130 3.832 0.320 0.589 1.449 2.150 2.493 0.747 0.105 0.103 1.098 0.562 0.107 4.046 2.518 0.507 0.038 0.196 0.143 0.841 1.759 1.611 0.061 2.817 1.880 2.166 5.533 1.232 0.922 2.820 1.495 0.092 0.083 0.067 1.873 0.069 0.897 0.235 0.161 2.895 1.675 1.584 0.212 4.147 1.032 1.201 5.124 1.098 5.138 1.290 0.841 2.124 0.958 0.261 0.256 0.042 1.493 0.066 0.285 2.115 0.092 0.060 0.405 0.506 0.833 3.087 0.375 0.480 0.606 0.250 0.249 0.209 0.171 0.334 0.541 0.603 1.034 0.677 0.257 0.304 0.338 0.475 0.334 0.638 0.585 0.382 5524 chr19 10303753 10326161 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -9146 NM_001130823 1786 Hs.202672 NM_001379 ENSG00000130816 DNMT1 ADCADN|AIM|CXXC9|DNMT|HSN1E|MCMT|m.HsaI DNA methyltransferase 1 protein-coding 1.415 2.177 1.330 1.542 1.428 1.039 0.890 0.598 1.363 0.728 0.600 0.378 0.454 0.222 0.608 1.034 0.492 0.243 1.757 0.727 0.970 0.413 0.525 0.350 1.356 1.391 1.105 0.454 1.551 0.686 0.978 nan 2.686 2.299 0.626 0.579 0.340 0.524 0.106 0.534 0.440 1.129 0.956 0.282 1.054 2.129 1.962 1.042 0.403 1.076 0.490 0.441 1.034 3.280 0.892 1.356 0.522 0.387 0.306 1.125 0.586 1.659 0.446 0.385 0.488 0.357 0.267 1.234 1.340 1.380 1.541 2.253 2.352 1.535 0.829 2.038 2.096 1.412 1.884 1.750 2.666 2.797 2.505 1.035 1.328 1.353 1.903 1.171 1.255 1.628 0.999 6771 chr2 241517252 241527317 + 0 NA non-coding (NR_103792, exon 1 of 1) non-coding (NR_103792, exon 1 of 1) 3449 NR_103792 101752400 Hs.585987 NR_103792 ENSG00000260942 CAPN10-DT CAPN10-AS1|locus959 CAPN10 divergent transcript ncRNA 2.344 nan 4.532 1.367 1.567 1.197 2.435 1.009 1.734 0.519 2.437 1.028 0.357 0.907 0.966 1.159 0.432 0.016 2.763 0.870 0.855 0.523 0.840 0.287 1.484 1.657 1.455 0.923 2.055 0.865 2.236 3.205 1.949 3.466 0.740 1.332 0.207 1.246 0.128 0.952 0.461 1.779 1.203 0.689 1.628 1.127 2.729 0.676 1.585 1.781 0.699 1.712 1.159 4.620 1.619 1.484 0.786 1.094 0.445 2.307 1.033 1.369 0.507 1.423 0.843 2.832 1.901 2.513 2.682 1.730 2.777 2.026 2.081 1.707 0.594 2.491 2.719 1.307 2.072 2.174 3.025 5.973 7.705 1.155 2.186 1.073 1.041 2.573 4.165 0.893 0.493 6893 chr20 23026741 23033233 + 0 NA exon (NM_000361, exon 1 of 1) exon (NM_000361, exon 1 of 1) 314 NM_000361 7056 Hs.2030 NM_000361 ENSG00000178726 THBD AHUS6|BDCA3|CD141|THPH12|THRM|TM thrombomodulin protein-coding 0.406 0.839 nan 0.067 0.638 0.925 1.841 0.124 0.216 0.102 3.200 4.528 0.012 0.678 0.111 0.177 0.070 0.025 1.011 0.584 0.020 0.022 0.266 0.174 0.340 3.931 5.540 0.035 2.528 2.147 5.875 10.033 13.208 2.206 0.250 0.630 0.099 0.077 2.474 0.012 0.085 1.152 0.692 3.969 1.418 2.031 7.097 1.379 0.111 3.341 1.789 0.177 0.220 3.104 0.340 4.637 0.254 0.796 0.156 0.823 0.076 0.039 2.986 0.044 0.024 0.211 0.130 0.157 0.339 0.217 0.292 1.522 0.213 0.061 0.077 0.165 0.361 2.170 2.446 0.253 0.098 0.153 0.219 0.918 0.808 0.067 0.139 0.674 0.521 11672 chr9 100612796 100617516 + 0 NA promoter-TSS (NM_004473) promoter-TSS (NM_004473) 206 NR_147055 101928337 NR_147055 PTCSC2 - papillary thyroid carcinoma susceptibility candidate 2 (non-protein coding) ncRNA 1.425 2.073 1.008 3.010 2.164 0.693 0.150 0.954 1.682 0.671 2.281 0.079 1.576 1.014 2.907 0.599 0.272 1.230 0.162 0.060 0.029 0.629 0.369 0.306 0.191 0.047 1.558 8.577 0.701 0.463 0.891 0.467 2.514 1.232 0.229 0.405 0.733 0.087 0.724 0.706 3.492 0.308 0.149 0.036 0.278 2.149 0.046 3.651 2.631 0.048 2.907 2.413 0.196 0.306 0.079 0.192 0.539 7.267 0.022 0.201 0.480 0.078 3.226 3.944 0.093 0.192 3.906 2.972 3.211 0.956 0.594 0.629 1.101 1.426 2.527 nan 3.090 3.989 1.571 2.964 3.352 2.921 0.248 0.489 nan 0.394 7375 chr22 29911464 29917241 + 0 NA intron (NM_001002877, intron 16 of 20) intron (NM_001002877, intron 16 of 20) 35292 NM_001002878 8563 Hs.75361 NM_003678 ENSG00000100296 THOC5 C22orf19|Fmip|PK1.3|fSAP79 THO complex 5 protein-coding nan 0.555 0.709 0.251 0.118 0.068 0.112 0.279 0.303 0.084 0.262 0.138 0.043 0.104 0.122 0.131 0.143 0.028 0.282 0.065 0.024 0.135 0.117 0.145 0.017 0.050 0.077 0.136 0.019 0.113 nan 0.377 0.590 0.075 0.543 0.075 0.088 0.003 0.111 0.096 0.079 0.068 0.037 0.052 0.156 0.258 0.084 0.074 1.114 0.184 0.131 0.185 0.114 0.145 0.043 0.223 0.033 0.141 0.035 0.186 1.077 0.088 0.040 0.018 1.646 2.583 7.852 6.701 0.369 0.407 0.346 0.116 0.828 0.890 0.498 nan 0.202 0.412 0.342 0.210 1.400 1.967 0.158 0.219 0.194 nan 0.766 0.476 5440 chr18 74835615 74846827 + 0 NA intron (NM_001025100, intron 1 of 3) intron (NM_001025100, intron 1 of 3) 3553 NM_001025101 4155 Hs.551713 NM_002385 ENSG00000197971 MBP - myelin basic protein protein-coding nan nan 5.147 5.514 1.130 0.307 2.511 0.732 1.251 0.647 2.419 3.185 0.072 1.109 1.218 1.282 2.542 0.173 1.963 0.530 1.149 0.824 0.467 3.273 1.295 1.215 0.203 1.374 0.762 1.807 2.016 1.134 3.363 0.835 1.225 0.085 0.029 0.080 0.989 0.578 3.106 1.074 0.505 2.213 1.191 2.967 4.150 2.249 2.326 1.885 1.368 1.282 2.498 2.047 3.273 0.513 0.323 0.153 2.235 2.222 1.220 0.397 0.022 1.616 1.428 1.696 3.080 4.184 3.289 5.983 4.013 nan 6.292 2.315 3.427 3.548 0.251 0.422 4.264 nan 0.703 0.671 1.284 2.436 1.275 1.108 0.082 0.098 1.340 0.831 4186 chr16 2458072 2480789 + 0 NA intron (NR_003574, intron 13 of 16) L1MB8|LINE|L1 -9962 NM_001323538 899 Hs.1973 NM_001761 ENSG00000162063 CCNF FBX1|FBXO1 cyclin F protein-coding 1.303 nan 1.256 1.026 1.479 0.444 0.633 0.516 0.847 0.288 1.027 0.305 0.047 0.221 1.433 0.786 0.295 0.184 0.732 0.171 0.503 0.184 0.346 0.212 0.561 0.415 0.533 0.581 0.764 0.170 0.599 1.527 0.424 2.723 0.307 0.510 0.243 0.468 0.091 0.322 0.479 0.755 0.610 0.315 0.267 0.304 0.569 0.493 0.985 0.577 0.627 0.777 0.786 0.583 0.609 0.561 0.247 0.308 0.290 1.120 0.608 0.476 0.127 0.396 0.443 0.411 0.297 0.918 0.908 0.533 0.760 1.028 1.075 nan 1.030 1.290 1.297 0.769 nan 1.030 1.363 1.530 1.430 0.299 0.636 0.970 0.990 0.855 1.342 1.247 0.676 8227 chr4 2844089 2894645 + 0 NA intron (NM_001354754, intron 2 of 15) intron (NM_001354754, intron 2 of 15) 23490 NM_001354758 118 Hs.183706 NM_001119 ENSG00000087274 ADD1 ADDA adducin 1 protein-coding 1.171 0.780 nan 0.275 0.440 0.074 0.239 0.168 0.318 0.123 0.450 0.521 1.899 0.207 0.413 0.351 0.293 0.134 0.646 0.154 0.140 0.140 0.314 0.263 0.999 0.260 0.240 0.267 0.318 0.110 0.309 0.599 0.241 0.639 0.169 0.201 0.044 0.275 0.109 0.101 0.253 0.429 0.226 0.145 0.162 0.147 0.399 0.372 0.387 0.723 0.186 0.253 0.351 0.448 0.318 0.999 0.141 0.180 0.082 0.313 0.077 0.209 0.651 2.052 0.119 0.106 0.046 1.299 1.507 0.855 1.513 0.781 0.864 nan 0.310 1.041 1.045 0.511 0.756 0.913 1.117 1.217 0.817 0.730 1.450 0.207 0.250 1.230 2.805 nan 0.584 5642 chr19 37996310 37999533 + 0 NA promoter-TSS (NR_110723) promoter-TSS (NR_110723) 68 NR_110723 101927720 Hs.18070 NR_110723 ZNF793-AS1 - ZNF793 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 8.553 3.774 0.844 0.295 16.645 6.987 3.551 3.306 5.702 1.392 2.003 0.625 2.751 0.030 6.316 4.941 2.795 0.200 4.435 2.090 0.020 1.544 2.719 1.196 8.436 3.843 4.398 3.877 1.250 4.981 7.606 4.631 19.495 3.368 0.617 1.415 7.493 0.209 0.288 2.488 0.115 5.515 2.959 1.186 1.734 2.565 1.663 0.101 9.468 0.075 0.021 4.941 6.558 3.572 8.436 0.025 2.009 2.851 1.471 2.933 2.944 0.238 2.638 0.036 0.032 6.136 7.575 4.292 5.552 16.185 14.779 13.087 7.681 26.637 28.485 0.087 0.243 10.885 17.940 nan 10.050 7.271 8.758 8.581 8.710 1.706 2.516 8.148 4.783 10995 chr8 62199718 62205810 + 0 NA intron (NM_173519, intron 1 of 5) intron (NM_173519, intron 1 of 5) 2239 NM_173519 157807 Hs.591874 NM_173519 ENSG00000177182 CLVS1 C6orf212L|CRALBPL|RLBP1L1 clavesin 1 protein-coding 5.564 1.235 1.137 0.023 0.149 0.073 0.035 0.314 0.346 0.063 0.077 0.051 0.088 0.669 0.061 0.054 0.105 0.081 0.023 0.154 0.094 1.338 0.057 0.045 0.017 0.145 0.135 0.044 4.845 0.048 0.018 0.673 0.036 0.051 0.020 0.665 0.045 0.030 0.013 0.054 0.051 0.079 0.212 0.053 0.095 0.011 0.669 0.052 0.030 1.338 0.141 0.013 16.859 0.019 1.296 0.039 0.024 0.323 0.010 0.764 0.941 0.129 0.188 3.229 2.917 2.868 0.664 0.053 0.080 3.582 nan 0.292 0.302 nan 9.938 0.350 0.613 2.382 2.606 1.932 5.218 1.260 1.022 8408 chr4 67947622 67952430 + 0 NA Intergenic Intergenic 337692 NR_110747 101927237 Hs.435644 NR_110747 ENSG00000250075 LOC101927237 - uncharacterized LOC101927237 ncRNA nan nan 0.518 0.075 0.297 0.023 0.029 0.267 0.293 0.046 0.020 0.088 0.111 0.481 0.063 0.133 0.109 0.040 0.039 0.170 0.144 0.129 0.028 0.031 0.047 0.114 0.065 0.100 0.031 0.051 0.571 0.030 0.046 0.044 0.087 0.050 0.057 0.046 0.011 0.031 0.053 0.085 0.030 0.050 0.481 0.086 0.129 0.051 0.051 0.024 0.041 0.032 0.253 0.025 0.010 1.821 1.295 11.856 7.751 0.261 0.266 0.209 0.113 1.166 1.171 0.808 1.055 0.536 0.591 0.337 0.107 0.363 1.401 0.077 0.063 0.205 0.344 0.377 0.339 3243 chr13 88322499 88331475 + 0 NA intron (NM_015567, intron 1 of 1) intron (NM_015567, intron 1 of 1) 2117 NM_015567 26050 Hs.591208 NM_015567 ENSG00000165300 SLITRK5 LRRC11|bA364G4.2 SLIT and NTRK like family member 5 protein-coding nan nan 1.872 0.032 1.038 0.013 0.776 0.127 0.278 0.021 0.207 1.143 0.007 0.229 0.989 2.523 0.324 0.107 0.521 0.255 0.324 2.169 1.223 0.867 0.813 0.525 0.458 0.451 0.416 0.258 1.059 3.359 1.016 9.168 0.442 1.604 1.044 1.490 0.115 0.429 0.070 1.557 0.102 0.078 0.158 0.042 0.291 0.944 1.379 0.776 1.307 0.044 2.523 0.431 0.813 0.679 0.065 0.065 1.413 2.457 0.052 0.462 1.606 0.042 0.019 1.199 1.295 2.512 2.856 2.954 1.616 2.800 1.114 0.934 0.876 1.132 1.175 1.877 2.427 1.792 3.495 0.835 1.443 3.362 1.848 2.615 4.046 0.383 0.142 7702 chr3 100118218 100123403 + 0 NA promoter-TSS (NM_014820) promoter-TSS (NM_014820) -568 NM_014820 9868 Hs.227253 NM_014820 ENSG00000154174 TOMM70 TOMM70A|Tom70 translocase of outer mitochondrial membrane 70 protein-coding nan nan 3.298 2.577 3.845 3.434 4.362 3.156 5.285 2.058 3.217 1.850 1.405 1.817 5.423 4.002 3.377 0.214 2.339 0.911 3.148 1.661 4.001 2.390 6.822 2.455 2.444 1.824 5.030 1.590 3.446 4.164 2.517 8.406 1.755 3.958 0.732 3.100 0.160 0.843 3.108 5.521 3.089 1.747 2.504 1.399 7.351 3.120 3.564 3.863 2.647 3.279 4.002 2.970 5.931 6.822 1.274 1.499 2.126 4.385 2.759 3.349 5.009 5.500 2.082 2.240 1.267 4.231 5.305 3.254 5.797 7.878 5.708 10.631 4.064 14.300 15.672 6.256 7.156 5.238 6.950 15.048 17.168 3.205 6.910 4.826 5.244 7.655 11.489 4.663 2.282 9893 chr6 124343273 124405604 + 0 NA intron (NM_001040214, intron 1 of 6) intron (NM_001040214, intron 1 of 6) -229713 NM_001300740 154215 Hs.656604 NM_153355 ENSG00000188580 NKAIN2 FAM77B|NKAIP2|TCBA|TCBA1 sodium/potassium transporting ATPase interacting 2 protein-coding 0.827 0.973 1.002 0.036 1.186 1.046 0.043 2.558 4.821 0.011 0.081 0.419 0.012 0.148 3.652 0.214 0.119 0.068 0.051 0.018 0.022 0.027 0.598 0.508 1.820 0.004 0.005 0.007 0.050 0.009 0.106 0.230 0.039 0.986 0.031 0.060 1.042 0.047 0.114 0.007 0.104 0.043 0.016 0.014 0.030 0.029 0.138 0.054 0.018 0.051 0.009 0.018 0.214 0.038 0.016 1.820 0.037 0.022 0.094 0.024 0.283 0.018 0.054 0.071 0.009 0.016 0.012 0.494 0.393 0.303 0.256 1.512 1.812 3.447 1.383 0.941 1.007 0.864 0.937 1.566 1.466 0.681 0.421 0.119 0.242 3.612 4.147 0.206 0.327 0.665 0.408 7633 chr3 60368403 60411479 + 0 NA intron (NM_001354590, intron 5 of 8) MER51A|LTR|ERV1 213662 NR_128708 103504735 NR_128708 ENSG00000281426 MIR548BB MI0029321|hsa-mir-548bb microRNA 548bb ncRNA 0.588 nan 0.714 0.028 0.147 0.032 0.033 0.235 0.383 0.040 0.019 0.003 0.032 0.056 0.247 0.055 0.030 0.073 0.026 0.007 0.003 0.150 0.126 0.209 0.003 0.006 0.005 0.065 0.005 0.053 0.103 0.041 0.235 0.040 0.026 0.062 0.020 0.045 0.011 0.180 0.049 0.014 0.014 0.044 0.018 0.040 0.040 0.030 0.011 0.009 0.023 0.247 0.045 0.021 0.209 0.014 0.023 0.041 0.026 0.016 0.026 0.066 0.043 0.024 0.013 0.011 0.288 0.236 0.253 0.287 0.279 0.301 3.753 1.572 0.119 0.171 0.350 0.563 0.271 0.322 0.306 0.168 0.123 0.202 0.337 0.272 0.165 nan 0.628 0.460 7102 chr20 61545270 61571513 + 0 NA promoter-TSS (NM_001193370) promoter-TSS (NM_001193370) -488 NM_001193370 11083 Hs.517172 NM_022105 ENSG00000101191 DIDO1 BYE1|C20orf158|DATF-1|DATF1|DIDO2|DIDO3|DIO-1|DIO1|dJ885L7.8 death inducer-obliterator 1 protein-coding 2.668 2.491 1.735 2.875 1.703 1.154 0.920 0.965 1.740 1.198 1.976 0.641 0.837 1.097 1.314 1.491 1.312 0.245 1.475 0.476 1.780 1.077 0.830 0.432 1.967 0.941 1.026 0.938 1.536 0.480 2.548 3.618 2.230 2.639 0.667 1.572 0.206 1.821 0.169 0.866 0.794 3.035 2.425 1.274 0.831 0.749 1.863 0.993 1.681 2.483 1.208 1.253 1.491 2.055 0.978 1.967 0.769 0.995 0.473 3.664 1.379 1.041 1.174 0.415 1.456 1.161 0.764 3.907 nan 1.954 2.954 2.592 2.683 2.655 1.321 6.812 6.936 1.844 2.727 2.665 3.973 2.988 2.838 2.465 4.737 0.786 1.004 1.685 1.622 1.648 0.917 7780 chr3 117359932 117439227 + 0 NA intron (NR_146652, intron 3 of 3) MIRb|SINE|MIR 10193 NR_146652 105374057 Hs.518179 NR_146652 ENSG00000241213 LINC02024 - long intergenic non-protein coding RNA 2024 ncRNA 0.826 nan 0.675 0.036 0.109 0.221 0.088 0.216 0.452 0.005 0.034 0.023 0.021 0.081 0.292 0.218 0.092 0.108 0.065 0.014 0.020 0.021 0.122 0.118 0.122 0.035 0.026 0.008 0.071 0.008 0.071 0.341 0.088 0.363 0.053 0.068 0.009 5.015 0.165 0.007 0.097 0.074 0.027 0.016 0.054 0.030 0.053 0.126 0.047 0.021 0.025 0.055 0.218 0.065 0.018 0.122 0.025 0.026 0.001 0.031 0.064 0.097 0.027 0.155 0.018 0.010 0.005 0.306 0.235 0.271 0.264 0.337 nan 0.234 0.136 0.246 0.227 nan 0.610 0.365 0.302 0.730 0.397 0.078 0.142 0.043 0.047 0.318 0.624 0.861 0.597 6184 chr2 70473141 70477054 + 0 NA intron (NR_147216, intron 1 of 13) intron (NR_147216, intron 1 of 13) 828 NR_147229 7072 Hs.413123 NM_022037 ENSG00000116001 TIA1 TIA-1|WDM TIA1 cytotoxic granule associated RNA binding protein protein-coding nan nan 6.284 3.735 7.121 5.768 4.121 5.069 9.399 3.101 4.388 3.416 1.675 1.869 7.583 4.621 3.062 0.330 5.496 2.474 5.142 3.574 2.425 1.953 7.577 3.168 3.358 1.661 4.638 1.628 7.878 10.034 4.563 15.584 3.324 5.986 1.287 7.029 0.193 2.027 3.065 5.557 3.053 1.765 2.790 2.767 4.168 4.488 6.542 4.311 4.082 3.142 4.621 5.848 4.300 7.577 2.651 4.232 2.448 5.238 2.959 2.925 2.903 3.774 3.422 3.649 3.459 9.487 8.651 11.231 13.763 14.824 14.226 13.469 6.998 21.680 24.293 6.168 6.417 11.943 18.744 12.400 11.200 7.775 12.240 6.076 6.963 12.075 10.237 nan 2.265 249 chr1 35323384 35333096 + 0 NA Intergenic Intergenic -2823 NM_138428 113444 Hs.27160 NM_138428 ENSG00000163866 SMIM12 C1orf212 small integral membrane protein 12 protein-coding 1.781 nan 1.732 1.339 2.883 0.317 1.236 0.415 0.885 0.355 0.896 0.988 0.236 0.720 0.624 0.912 0.550 0.082 0.708 0.419 0.784 0.285 0.887 0.661 1.901 0.703 0.522 0.926 1.139 0.441 1.298 2.061 0.758 1.551 0.438 0.851 0.060 0.858 0.103 0.425 0.236 0.941 0.650 0.489 0.764 0.261 0.803 0.581 0.930 1.271 1.763 0.856 0.912 0.734 1.224 1.901 4.507 0.774 0.259 2.126 0.471 0.609 0.286 0.588 0.260 0.374 0.277 0.878 0.921 1.317 1.764 2.304 2.122 nan 0.427 1.746 1.671 1.017 1.808 3.683 5.501 nan 1.133 1.209 1.682 0.419 0.594 1.033 1.666 1.508 nan 10724 chr7 142975697 142988007 + 0 NA promoter-TSS (NM_001282876) promoter-TSS (NM_001282876) -140 NM_001242773 135932 Hs.17558 NM_153345 ENSG00000178826 TMEM139 - transmembrane protein 139 protein-coding 2.009 1.032 2.621 2.973 0.988 0.945 0.959 0.693 1.308 0.830 1.370 1.037 0.323 0.226 0.779 0.767 0.628 0.248 1.517 0.516 0.606 0.450 0.744 0.348 1.499 1.225 0.827 0.772 2.768 1.163 0.669 1.389 1.657 1.791 0.912 1.189 0.271 1.849 0.163 0.633 0.305 1.263 0.904 0.386 0.711 0.719 4.401 0.942 1.404 1.033 0.424 1.266 0.767 2.220 1.124 1.499 0.587 4.972 0.537 1.323 0.596 0.761 0.669 0.240 0.480 0.603 0.384 1.617 1.910 4.244 6.789 2.106 1.976 1.822 0.828 3.619 3.596 1.519 1.977 1.201 2.051 1.807 2.057 1.401 2.416 1.521 1.803 1.470 1.664 2.132 nan 8460 chr4 84027959 84037591 + 0 NA intron (NM_016619, intron 1 of 4) intron (NM_016619, intron 1 of 4) -1763 NM_001130716 51316 Hs.546392 NM_016619 ENSG00000145287 PLAC8 C15|DGIC|PNAS-144|onzin placenta specific 8 protein-coding 1.943 1.166 2.189 1.563 1.252 0.675 0.508 2.281 4.455 3.373 1.110 1.260 5.310 0.512 1.018 0.876 0.639 0.068 0.480 0.178 3.631 0.173 1.289 0.635 1.986 0.570 0.466 4.066 0.643 0.493 0.577 1.029 0.401 2.048 0.242 0.799 0.285 1.095 0.084 0.306 0.921 6.207 4.084 1.658 0.554 0.135 1.130 1.917 1.141 4.287 0.297 0.548 0.876 0.409 1.979 1.986 0.240 2.986 0.315 3.635 1.812 0.861 0.164 0.359 3.300 1.094 0.628 0.492 0.836 0.487 0.797 2.383 1.868 1.827 0.866 1.510 1.562 1.108 nan 7.354 9.236 0.627 0.971 0.342 0.515 1.397 1.347 1.142 nan 2.316 1.161 1612 chr10 101679796 101695018 + 0 NA intron (NR_024130, intron 1 of 4) intron (NR_024130, intron 1 of 4) 445 NR_024130 100188954 Hs.656104 NR_024130 DNMBP-AS1 NCRNA00093 DNMBP antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.792 1.295 0.104 0.212 4.038 0.264 0.352 0.413 1.004 1.226 0.533 0.071 0.105 0.143 0.336 0.096 2.519 0.660 2.442 0.064 0.072 0.075 0.267 1.831 1.435 0.366 3.899 2.162 2.062 4.167 1.466 0.698 0.730 0.135 0.031 0.065 0.087 1.681 0.097 1.817 1.058 0.584 2.597 1.429 2.587 1.346 1.908 1.312 1.358 2.917 0.143 1.318 0.862 0.267 1.698 0.485 0.046 0.418 0.080 0.561 0.884 0.261 1.459 5.356 6.982 1.056 0.984 2.047 4.197 0.328 0.366 1.109 0.211 1.217 1.247 0.423 nan 1.582 1.390 0.211 0.119 0.881 1.294 0.090 0.062 0.276 nan 0.462 0.386 8096 chr3 182969729 182987799 + 0 NA intron (NM_032047, intron 1 of 1) intron (NM_032047, intron 1 of 1) 7732 NM_032047 84002 Hs.718506 NM_032047 ENSG00000176597 B3GNT5 B3GN-T5|beta3Gn-T5 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 5 protein-coding 1.979 1.889 1.246 1.490 4.111 1.869 2.771 1.837 4.033 0.455 0.619 0.810 0.099 1.003 0.997 0.444 0.207 0.251 2.058 0.777 0.418 0.015 4.247 1.571 6.039 2.213 1.873 0.439 3.865 1.010 1.232 2.140 1.075 10.047 1.306 0.369 0.582 0.433 0.104 0.294 0.888 1.814 1.250 0.547 1.946 1.563 1.589 0.315 0.599 1.785 0.610 1.676 0.444 1.705 2.902 6.039 0.509 0.786 0.105 0.599 0.990 1.745 0.209 0.218 0.675 0.214 0.143 2.181 3.030 1.861 2.581 4.616 4.483 4.573 1.197 2.400 2.300 1.310 1.942 5.058 6.816 0.794 0.621 0.747 1.313 4.159 3.592 0.241 0.330 2.916 1.736 1748 chr11 1121214 1126965 + 0 NA Intergenic Intergenic -27491 NM_001304359 4586 Hs.534332 NM_017511 ENSG00000215182 MUC5AC MUC5|TBM|leB|mucin mucin 5AC, oligomeric mucus/gel-forming protein-coding 0.459 0.615 0.485 0.111 1.123 1.448 0.605 0.665 1.178 0.108 0.080 0.035 0.370 0.134 0.052 0.055 0.011 0.110 0.087 7.432 0.059 0.024 0.065 0.105 0.019 0.205 1.942 0.085 0.524 0.179 0.069 0.151 0.019 0.041 0.020 0.116 0.043 0.041 0.038 0.041 0.134 0.086 0.996 0.036 0.055 0.297 0.134 0.161 7.432 0.129 0.352 0.151 0.117 0.089 0.110 0.137 0.054 0.529 0.218 0.176 0.214 4.471 3.280 1.540 0.351 0.241 0.375 0.157 0.185 0.129 0.224 0.288 0.111 0.482 0.521 1.507 0.806 0.088 0.040 0.773 0.642 9484 chr6 20235476 20240680 + 0 NA Intergenic LTR51|LTR|ERV1 -25383 NM_001080480 154141 Hs.377830 NM_001080480 ENSG00000172197 MBOAT1 LPEAT1|LPLAT|LPLAT 1|LPSAT|OACT1|dJ434O11.1 membrane bound O-acyltransferase domain containing 1 protein-coding 1.001 0.926 nan 2.912 0.150 0.096 0.722 0.031 0.277 0.182 0.555 0.053 8.076 0.057 0.152 0.195 0.115 0.157 3.131 0.844 0.048 0.053 0.059 0.109 0.207 0.094 0.028 0.084 0.313 0.651 0.276 1.160 0.601 nan 2.106 0.102 0.105 0.114 0.060 0.140 0.036 0.015 0.459 1.634 0.482 0.096 0.500 0.042 0.030 0.726 0.195 7.517 0.070 0.207 1.361 2.653 0.102 0.448 0.076 0.585 0.072 0.029 0.022 0.030 0.633 0.511 2.216 nan 0.368 0.366 nan 0.275 0.463 0.714 0.210 0.579 1.416 1.653 0.325 0.180 0.452 0.716 0.196 0.193 0.289 0.557 0.783 0.589 858 chr1 167677130 167693192 + 0 NA Intergenic Intergenic -6026 NM_024569 9019 Hs.493919 NM_003953 ENSG00000197965 MPZL1 MPZL1b|PZR|PZR1b|PZRa|PZRb myelin protein zero like 1 protein-coding 2.846 nan 3.596 1.168 1.252 0.817 1.011 0.778 1.459 0.571 1.417 1.578 0.853 0.583 2.642 1.380 1.325 0.261 1.485 0.366 1.927 0.691 0.989 0.478 1.256 1.937 1.610 1.750 1.474 0.960 1.524 2.459 1.489 4.585 0.911 2.012 0.399 1.684 0.147 0.346 0.811 1.813 1.367 0.657 1.754 0.639 1.980 1.092 2.674 1.706 0.942 1.733 1.380 1.288 2.392 1.256 1.150 0.784 0.552 2.274 0.940 0.713 1.311 0.959 0.790 0.613 0.374 2.057 2.071 1.835 2.672 2.675 nan 2.980 0.872 1.832 1.922 2.661 3.393 2.183 nan 2.614 2.917 1.983 3.783 1.977 1.628 3.346 3.827 2.822 1.287 2127 chr11 78007258 78031612 + 0 NA intron (NM_080491, intron 1 of 9) intron (NM_080491, intron 1 of 9) 33491 NM_012296 9846 Hs.429434 NM_012296 ENSG00000033327 GAB2 - GRB2 associated binding protein 2 protein-coding nan 0.969 1.062 0.074 0.250 0.639 0.146 0.628 1.183 0.016 0.126 0.098 0.023 0.367 0.483 0.321 0.335 0.128 0.104 0.062 0.021 0.023 0.432 0.326 0.388 0.147 0.064 0.100 0.079 0.049 0.109 nan 0.090 0.763 0.036 0.050 0.141 0.506 0.153 0.015 1.025 0.170 0.049 0.019 0.139 0.087 0.249 0.156 0.119 0.083 0.133 0.178 0.321 0.060 0.038 0.388 0.062 0.054 0.083 0.099 0.110 0.049 5.940 0.560 0.031 0.057 0.040 3.046 4.381 3.730 3.168 1.183 1.387 1.531 0.628 1.904 2.114 0.977 1.388 0.382 0.389 0.511 0.273 2.105 4.510 0.488 0.518 0.780 1.992 0.863 0.703 8574 chr4 144256541 144312805 + 0 NA intron (NM_207123, intron 1 of 10) intron (NM_207123, intron 1 of 10) 20060 NR_036091 100423017 NR_036091 ENSG00000265623 MIR3139 - microRNA 3139 ncRNA 0.905 0.828 1.128 0.292 0.354 0.017 0.786 0.125 0.265 0.655 0.307 0.296 1.337 0.088 0.114 0.180 0.492 0.086 0.710 0.276 0.104 0.259 0.295 0.257 0.487 0.300 0.183 0.146 0.625 0.331 0.408 0.865 1.090 0.738 0.522 0.146 0.373 0.237 0.086 0.187 0.223 0.295 0.177 0.126 0.345 0.297 0.523 0.337 0.284 0.288 0.976 0.678 0.180 0.555 0.057 0.487 0.204 0.877 0.014 0.146 0.132 0.209 0.172 0.261 0.145 0.046 0.025 0.253 0.276 0.571 1.024 0.448 0.454 0.145 0.059 0.296 0.295 0.221 0.343 0.532 0.592 0.669 0.571 0.248 0.454 1.393 2.169 0.379 0.832 0.833 0.560 9655 chr6 42734337 42760886 + 0 NA intron (NM_001318819, intron 1 of 13) AluSz6|SINE|Alu -3623 NR_134654 401261 Hs.656652 NM_001004322 LOC401261 - uncharacterized LOC401261 ncRNA 3.071 2.139 2.416 1.809 3.582 2.621 2.309 2.029 3.627 0.469 1.160 0.999 1.245 1.050 2.516 3.942 2.096 0.281 1.710 0.507 1.729 2.505 1.416 0.764 6.171 2.109 2.454 0.653 1.699 0.870 1.710 2.871 2.105 4.225 0.664 1.366 1.063 2.432 0.161 0.572 1.616 1.364 1.590 0.660 0.972 1.404 1.564 3.790 1.273 2.470 1.072 1.114 3.942 2.773 2.169 6.171 0.584 1.211 0.617 2.246 1.147 1.210 0.968 1.159 1.007 1.295 1.115 3.591 3.502 3.043 3.376 5.299 5.325 6.551 4.580 4.665 4.519 2.014 2.578 5.834 nan 3.865 3.750 2.164 3.258 3.745 3.942 2.961 2.932 2.011 1.094 8643 chr4 177691530 177717323 + 0 NA intron (NM_005429, intron 1 of 6) intron (NM_005429, intron 1 of 6) 9473 NM_005429 7424 Hs.435215 NM_005429 ENSG00000150630 VEGFC Flt4-L|LMPH1D|VRP vascular endothelial growth factor C protein-coding nan nan 0.788 0.500 0.187 0.007 2.038 0.137 0.265 0.184 1.136 1.550 0.062 0.070 0.017 0.040 0.241 0.069 2.019 0.972 3.615 0.038 0.078 0.099 0.070 0.792 0.496 0.058 0.208 0.566 1.068 1.475 0.503 0.170 1.061 0.262 0.084 0.042 0.084 0.921 0.030 0.039 0.208 0.075 0.783 0.746 0.366 1.496 1.910 0.551 0.662 1.173 0.040 0.909 0.115 0.070 0.910 1.046 0.015 0.208 0.052 0.258 0.047 0.091 1.551 0.011 0.004 0.298 0.259 0.757 nan 0.136 0.233 0.103 0.054 0.324 0.277 0.121 0.160 0.337 0.419 0.387 0.268 0.130 0.223 0.321 0.455 0.235 0.385 0.118 0.201 10563 chr7 101761141 101780776 + 0 NA intron (NM_001913, intron 8 of 22) L1ME4a|LINE|L1 -157395 NM_020979 10603 Hs.489448 NM_020979 ENSG00000160999 SH2B2 APS SH2B adaptor protein 2 protein-coding nan 0.534 0.736 0.124 0.219 0.108 1.292 0.152 0.338 0.079 0.806 0.613 0.979 0.189 0.177 0.193 0.267 0.139 0.757 0.485 3.209 0.057 0.223 0.142 0.181 0.532 0.306 1.170 1.019 0.376 0.368 0.636 0.900 0.399 0.327 5.238 0.043 0.244 0.131 0.450 0.157 1.488 0.408 0.221 0.730 0.413 0.369 1.235 4.117 0.395 1.246 1.715 0.193 0.998 0.900 0.181 0.538 0.827 0.054 1.319 0.222 0.921 0.551 0.138 0.159 0.366 0.287 1.518 1.806 3.294 4.326 0.342 0.431 1.257 0.374 0.207 0.234 0.400 0.730 0.778 0.657 0.348 0.184 1.101 1.468 0.150 0.184 0.325 nan 0.813 0.520 5131 chr18 6715842 6721388 + 0 NA Intergenic Intergenic 11246 NR_134645 101927168 Hs.242240 NR_134645 LOC101927168 - uncharacterized LOC101927168 ncRNA 0.947 0.778 0.761 0.052 0.063 0.221 0.173 0.308 0.017 0.149 0.277 5.118 0.018 0.064 0.068 0.337 0.088 0.075 0.068 0.067 0.093 0.094 0.062 0.022 0.049 0.013 0.893 0.507 0.019 0.392 0.849 1.557 nan 0.039 0.059 0.123 0.022 0.014 0.101 0.032 0.390 0.014 0.017 0.142 0.044 0.102 0.043 0.047 0.068 0.048 0.419 0.022 0.066 1.493 0.052 0.115 0.074 0.158 0.053 0.199 0.014 0.009 0.269 0.244 0.193 0.617 0.307 0.460 nan 0.140 0.340 0.294 0.082 nan 0.487 0.438 nan 0.201 0.099 0.133 0.153 0.425 0.360 nan nan 0.392 11679 chr9 101569603 101575297 + 0 NA intron (NM_024642, intron 1 of 9) intron (NM_024642, intron 1 of 9) 2469 NM_024642 79695 Hs.47099 NM_024642 ENSG00000119514 GALNT12 CRCS1|GalNAc-T12 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 12 protein-coding 0.857 1.526 0.891 0.860 1.221 0.598 1.829 0.623 0.913 0.443 0.337 0.200 0.096 0.208 0.046 0.731 0.105 0.084 1.828 1.330 0.077 0.074 0.547 0.346 0.731 1.589 0.862 0.142 9.555 0.454 1.305 3.512 0.510 3.724 0.814 0.321 0.084 0.399 0.089 0.123 0.194 0.238 0.139 0.069 2.484 1.465 2.663 0.152 1.134 0.164 0.125 1.831 0.731 0.568 0.273 0.731 1.053 1.470 0.327 0.650 0.007 0.163 0.135 0.185 0.309 0.040 0.045 0.939 2.096 1.572 2.699 1.491 1.369 2.444 0.810 0.504 0.375 0.531 0.707 1.919 nan 1.051 1.133 0.333 0.522 0.557 0.457 0.367 0.692 nan 0.751 1479 chr10 60191099 60200690 + 0 NA Intergenic Intergenic 50991 NM_001270782 7019 Hs.594250 NM_003201 ENSG00000108064 TFAM MTDPS15|MTTF1|MTTFA|TCF6|TCF6L1|TCF6L2|TCF6L3 transcription factor A, mitochondrial protein-coding 0.487 nan 0.539 0.948 0.102 0.006 1.386 0.133 0.381 0.409 1.314 1.577 0.042 0.031 0.028 0.093 1.367 0.083 1.645 0.958 9.054 0.014 0.076 0.093 0.025 0.216 0.091 0.077 0.885 0.680 0.771 1.374 1.559 0.336 0.976 0.067 0.040 0.034 0.105 0.282 0.025 2.074 0.397 0.220 0.950 0.474 0.733 1.304 0.255 0.112 0.302 0.961 0.093 1.179 0.116 0.025 0.946 0.052 0.303 0.032 0.908 0.031 0.052 1.353 1.558 1.516 0.266 0.151 0.563 2.444 0.133 0.238 0.169 0.050 0.228 0.186 0.227 0.425 0.511 0.324 0.175 0.077 0.100 0.104 0.109 0.174 0.136 nan 0.213 0.380 1359 chr10 16683413 16700320 + 0 NA intron (NM_152724, intron 7 of 7) intron (NM_152724, intron 7 of 7) -127862 NM_001010908 389941 Hs.676792 NM_001010908 ENSG00000165985 C1QL3 C1QTNF13|C1ql|CTRP13|K100 complement C1q like 3 protein-coding nan 0.763 1.233 0.081 0.319 0.010 0.098 0.293 0.581 0.023 0.153 0.186 0.015 0.012 0.074 0.061 0.246 0.191 0.106 0.011 0.033 0.008 0.076 0.096 0.596 0.024 0.021 0.039 0.036 0.050 0.058 0.148 0.083 0.247 0.041 0.035 0.090 0.019 0.106 0.035 0.132 0.059 0.129 0.102 0.053 0.023 0.161 0.078 0.053 0.067 0.051 0.057 0.061 0.080 0.088 0.596 0.015 0.034 0.043 0.060 0.257 0.158 0.248 0.103 0.017 0.021 1.442 1.244 4.599 5.955 0.357 0.380 0.769 0.395 0.113 0.117 0.626 0.672 0.391 0.385 0.153 0.089 0.282 0.416 0.335 0.412 0.750 2.072 0.387 0.374 9948 chr6 136644652 136650174 + 0 NA Intergenic Intergenic -36424 NM_001077441 9774 Hs.486542 NM_014739 ENSG00000029363 BCLAF1 BTF|bK211L9.1 BCL2 associated transcription factor 1 protein-coding 1.918 1.308 1.365 0.040 1.257 0.322 0.013 0.292 0.798 0.018 0.071 0.033 0.022 0.382 0.225 0.704 0.028 0.136 0.045 0.026 0.679 0.214 1.061 0.025 0.054 0.111 0.019 0.175 0.986 0.181 1.642 0.026 0.104 0.154 0.019 0.071 0.185 0.084 0.043 0.043 0.040 0.027 0.157 0.165 0.185 0.184 0.014 0.108 0.704 0.153 0.016 1.061 0.045 0.074 0.298 0.073 5.198 0.057 0.342 0.987 0.040 0.042 0.623 1.260 0.377 0.588 1.013 0.974 nan 1.682 0.436 0.389 0.789 0.999 1.653 2.244 1.054 0.752 0.515 0.921 0.692 1.154 2.515 nan 1.291 0.851 8966 chr5 68738363 68751553 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 34019 NM_001038603 153562 Hs.657687 NM_144724 ENSG00000152939 MARVELD2 DFNB49|MARVD2|MRVLDC2|Tric MARVEL domain containing 2 protein-coding 0.658 1.185 0.508 0.394 0.106 0.038 0.464 0.180 0.355 0.036 0.160 0.303 0.047 0.652 0.235 0.218 0.131 0.232 0.200 0.187 0.048 0.016 0.097 0.093 0.172 1.253 0.618 0.061 0.492 1.972 0.176 0.964 1.179 0.282 0.111 0.237 0.029 0.050 0.099 0.098 0.048 0.161 0.151 0.100 1.102 1.061 0.255 0.150 0.598 0.234 0.095 0.565 0.218 0.275 0.217 0.172 0.241 0.215 0.060 0.101 0.116 0.449 0.286 0.140 0.081 1.049 0.563 0.205 0.226 0.266 0.391 0.287 0.273 1.151 0.407 0.237 0.227 0.255 0.398 1.038 1.592 0.371 0.163 0.212 0.232 0.404 0.382 0.168 0.329 0.413 0.418 8142 chr3 189551186 189564697 + 0 NA intron (NM_001114978, intron 4 of 12) intron (NM_001114978, intron 4 of 12) 10230 NR_030642 100126340 NR_030642 ENSG00000216058 MIR944 MIRN944|hsa-mir-944|mir-944 microRNA 944 ncRNA 1.144 1.152 1.243 0.673 0.110 0.050 1.025 0.282 0.540 1.574 0.168 0.221 0.096 0.063 0.092 0.256 0.228 0.104 1.461 0.800 0.056 0.092 0.179 0.079 0.631 0.177 0.017 1.008 0.418 5.137 8.565 2.124 0.569 0.783 0.170 0.141 0.040 0.055 0.035 0.271 0.246 0.027 0.032 0.921 2.344 0.635 0.059 0.288 0.126 0.060 1.599 0.256 1.176 0.109 0.079 1.753 0.264 0.265 0.431 0.060 0.697 0.051 0.194 0.023 0.021 0.019 0.251 0.183 0.337 0.950 0.330 0.413 1.821 0.722 0.374 0.269 0.199 0.272 0.620 0.570 0.692 0.281 0.111 0.162 1.152 1.129 0.528 1.408 0.647 0.446 7436 chr22 40813116 40825147 + 0 NA intron (NM_001282661, intron 8 of 13) intron (NM_001282661, intron 8 of 13) 40313 NM_001282660 57591 Hs.654688 NM_020831 ENSG00000196588 MKL1 BSAC|MAL|MKL|MRTF-A megakaryoblastic leukemia (translocation) 1 protein-coding 1.283 nan 0.791 0.202 0.720 0.138 0.054 0.259 0.397 0.016 0.123 0.100 0.036 0.041 0.835 0.775 0.168 0.013 0.183 0.016 0.147 0.035 0.602 0.340 2.103 0.065 0.042 0.024 0.112 0.009 0.134 0.238 0.118 0.309 0.012 0.058 0.056 0.062 0.076 0.020 0.710 0.128 0.035 0.026 0.009 0.038 0.183 0.087 0.143 0.100 0.007 0.110 0.775 0.128 0.049 2.103 0.010 0.103 0.359 0.133 0.978 0.165 0.024 0.372 0.025 0.014 0.004 1.521 3.027 0.319 0.512 5.950 5.177 1.994 0.472 0.380 0.368 0.437 nan 1.640 2.500 nan 0.676 0.217 0.270 0.357 0.348 0.643 1.385 0.957 0.632 5344 chr18 50023681 50029571 + 0 NA intron (NM_005215, intron 1 of 28) intron (NM_005215, intron 1 of 28) 160084 NM_005215 1630 Hs.162025 NM_005215 ENSG00000187323 DCC CRC18|CRCR1|HGPPS2|IGDCC1|MRMV1|NTN1R1 DCC netrin 1 receptor protein-coding nan 1.067 1.787 0.073 0.606 0.076 0.036 0.081 0.153 0.038 0.016 0.010 0.322 0.123 0.710 0.101 0.137 0.018 0.032 0.215 0.219 0.873 0.012 0.025 0.069 0.017 0.040 0.058 0.047 1.111 0.065 1.605 0.036 0.048 0.521 0.178 0.157 0.027 0.033 0.017 1.963 0.024 2.958 0.284 0.710 0.026 0.873 0.017 0.030 0.673 0.052 3.257 0.038 0.021 0.325 0.100 0.220 0.260 1.019 0.807 2.037 0.506 0.038 0.065 3.754 3.422 0.590 0.735 3.292 5.037 0.108 0.225 5.911 8.847 2.949 5.040 nan 1.621 8289 chr4 23268429 23274471 + 0 NA Intergenic Intergenic 555738 NM_001277225 57733 Hs.653107 NM_020973 ENSG00000249948 GBA3 CBG|CBGL1|GLUC|KLRP glucosylceramidase beta 3 (gene/pseudogene) protein-coding 0.671 0.568 nan 0.048 0.189 0.036 0.167 0.558 1.033 0.048 0.130 0.302 0.020 0.017 0.249 0.271 0.124 0.028 0.141 0.031 0.011 2.046 1.101 0.059 0.108 0.024 0.013 0.089 0.026 0.215 0.082 0.234 0.049 0.187 0.393 0.036 0.084 0.039 0.092 0.106 0.030 0.026 0.044 0.025 0.111 0.148 0.081 0.034 0.406 0.034 0.271 0.077 0.054 0.059 0.043 0.058 0.016 0.026 0.049 0.021 0.019 0.008 0.371 0.275 0.423 0.632 0.276 0.267 5.001 2.358 0.325 0.236 0.423 0.391 0.201 0.208 0.329 0.147 0.183 0.185 1.502 1.575 0.244 0.189 6.166 2.579 971 chr1 187609752 187619336 + 0 NA Intergenic MER113|DNA|hAT-Charlie 201784 NR_132374 106144535 Hs.568709 NR_132374 LINC01037 - long intergenic non-protein coding RNA 1037 ncRNA nan nan 1.354 0.261 0.219 0.063 0.082 0.100 0.306 0.101 0.193 0.013 0.031 0.157 0.292 0.100 0.117 0.133 0.033 0.263 0.150 0.337 0.065 0.023 0.040 0.086 0.011 0.092 0.410 0.155 0.345 0.076 0.122 0.070 0.045 0.098 0.050 0.050 0.135 0.044 0.016 0.023 0.016 0.070 0.052 0.092 0.037 0.049 0.104 0.292 0.051 0.038 0.337 0.038 0.052 0.061 0.054 0.116 0.008 0.151 0.553 0.024 0.018 0.010 0.507 0.280 0.932 1.175 0.889 nan 0.440 0.149 nan 0.293 4.470 4.306 1.308 0.810 0.213 0.448 0.178 0.231 0.932 nan 0.501 0.422 5605 chr19 31293988 31305537 + 0 NA Intergenic Intergenic -358654 NR_147209 107985312 Hs.211053 NR_147209 ENSG00000267777 LINC01791 - long intergenic non-protein coding RNA 1791 ncRNA 0.644 1.090 0.536 0.047 0.070 0.715 0.061 0.129 0.121 0.016 0.069 0.040 0.027 0.053 0.393 0.445 0.116 0.125 0.064 0.033 0.006 0.027 0.072 3.700 0.006 0.013 0.071 0.009 0.083 0.034 0.124 0.434 0.025 0.066 0.008 0.048 0.067 0.020 0.056 0.021 0.007 0.028 0.034 0.056 0.136 0.099 0.064 0.014 0.012 0.445 0.032 0.008 3.700 0.021 0.043 0.025 0.035 0.021 0.631 0.156 0.007 0.010 0.004 1.167 1.774 0.763 0.625 0.210 0.265 0.133 0.038 0.086 0.061 0.187 0.292 0.138 0.151 nan 0.072 0.550 0.984 0.028 0.100 0.258 0.466 0.554 0.477 6818 chr20 6446089 6452115 + 0 NA intron (NR_109953, intron 2 of 3) intron (NR_109953, intron 2 of 3) 41723 NR_109953 101929244 Hs.542488 NR_109953 ENSG00000229876 CASC20 - cancer susceptibility 20 (non-protein coding) ncRNA 0.767 1.226 0.660 0.056 0.263 0.009 0.070 0.136 0.149 0.018 0.206 0.016 0.060 0.074 0.214 0.050 0.111 0.018 0.031 0.083 0.086 0.095 0.040 0.012 0.066 0.109 0.344 1.199 0.258 0.024 0.054 0.032 0.048 0.076 0.010 0.013 0.339 0.215 0.092 0.048 0.052 0.105 0.214 0.036 0.031 0.040 0.123 0.602 0.032 0.029 0.169 0.054 0.148 0.062 0.012 0.057 0.008 0.642 0.338 8.872 2.173 0.307 0.409 0.537 0.172 10.398 10.328 0.322 0.450 0.813 0.608 0.498 0.321 0.292 0.646 0.203 0.177 0.389 0.805 0.585 0.388 847 chr1 164713558 164763527 + 0 NA non-coding (NR_038072, exon 4 of 4) non-coding (NR_038072, exon 4 of 4) 5336 NR_038072 100505795 Hs.661039 NR_038072 ENSG00000233693 LOC100505795 - uncharacterized LOC100505795 ncRNA 1.392 nan 1.092 0.308 0.657 0.417 0.478 0.841 1.607 0.273 2.026 1.706 1.366 1.781 1.512 1.402 2.008 0.308 0.591 0.437 0.048 0.017 0.386 0.257 0.977 0.760 0.470 0.031 0.844 0.114 0.293 0.626 0.519 1.040 0.057 6.888 0.115 0.041 0.101 0.373 0.239 0.149 0.137 0.092 0.253 0.629 1.278 0.540 2.457 0.044 1.100 1.020 1.402 0.501 0.105 0.977 1.404 0.540 0.052 0.281 0.219 1.394 0.132 0.241 0.123 0.029 0.013 0.540 0.436 1.404 5.829 1.150 nan 2.059 1.123 0.165 0.162 3.676 4.222 1.519 nan 0.405 0.215 0.415 0.558 0.677 0.798 0.352 0.724 1.323 0.830 479 chr1 82113384 82188777 + 0 NA Intergenic L1PB1|LINE|L1 -14375 NM_001297704 23266 Hs.24212 NM_012302 ENSG00000117114 ADGRL2 CIRL2|CL2|LEC1|LPHH1|LPHN2 adhesion G protein-coupled receptor L2 protein-coding 0.894 nan nan 0.809 0.104 0.066 0.308 0.133 0.290 0.322 0.203 0.461 0.511 0.044 0.054 0.195 0.312 0.110 0.323 0.306 0.035 0.020 0.096 0.133 0.113 0.009 0.014 0.025 0.298 0.289 0.081 0.382 0.186 0.405 0.293 0.082 0.014 5.339 0.220 0.048 0.057 0.112 0.133 0.076 0.135 0.070 1.280 0.147 0.065 0.205 0.101 1.038 0.195 0.279 0.022 0.113 0.326 0.170 0.022 0.089 0.079 0.047 0.037 0.085 0.059 0.043 0.017 0.289 0.184 0.247 0.377 0.287 0.381 0.428 0.157 0.237 0.208 0.608 0.906 0.452 0.484 0.314 0.148 0.132 0.206 0.028 0.047 0.271 0.523 0.483 0.501 7038 chr20 49251618 49264293 + 0 NA intron (NM_001290268, intron 1 of 21) AluJr|SINE|Alu -4053 NR_111906 100506175 Hs.658270 NR_111906 ENSG00000234693 LOC100506175 - uncharacterized LOC100506175 ncRNA nan nan 0.997 1.384 0.923 0.201 2.881 0.177 0.279 1.247 2.271 1.958 0.382 0.456 0.253 0.254 0.443 0.171 2.500 1.488 2.770 0.087 0.149 0.174 0.199 1.194 0.680 0.151 0.847 1.405 1.942 3.481 2.192 0.926 1.593 3.233 0.008 0.360 0.103 2.485 0.088 8.400 1.146 0.687 1.336 1.651 1.755 3.269 5.649 0.911 1.055 1.289 0.254 2.467 1.221 0.199 0.754 1.942 0.213 2.407 0.233 1.604 0.080 0.802 0.908 0.684 0.792 0.778 1.033 0.481 1.216 0.423 0.488 nan 0.466 0.489 0.581 0.514 0.791 3.103 2.570 nan 2.080 0.425 0.544 0.126 0.139 1.148 3.708 0.617 0.632 2821 chr12 81326581 81335756 + 0 NA intron (NM_004664, intron 1 of 5) CpG 526 NR_136887 8825 Hs.144333 NM_004664 ENSG00000111052 LIN7A LIN-7A|LIN7|MALS-1|MALS1|TIP-33|VELI1 lin-7 homolog A, crumbs cell polarity complex component protein-coding 2.867 1.971 1.358 0.465 1.096 1.222 0.008 0.809 1.621 0.108 0.623 0.040 1.976 1.600 1.547 1.529 0.284 0.182 0.021 0.117 0.076 2.308 1.489 1.877 0.233 0.143 1.653 0.215 0.057 0.420 0.640 0.039 9.625 0.127 4.202 2.001 0.757 0.111 0.232 0.777 0.070 0.198 0.153 0.036 0.025 0.125 0.317 1.798 1.718 1.765 0.069 1.547 0.152 0.010 1.877 0.106 0.109 0.983 0.645 2.247 0.017 0.075 0.431 0.025 0.006 0.011 1.482 2.931 2.630 3.388 12.499 10.824 6.003 2.783 0.961 0.879 4.719 5.110 2.811 4.013 3.557 4.014 0.302 0.723 8.028 7.052 1.120 1.624 2.666 1.915 8141 chr3 189498110 189546403 + 0 NA intron (NM_001329146, intron 1 of 10) MER45A|DNA|hAT-Tip100 14807 NM_001114981 8626 Hs.137569 NM_003722 ENSG00000073282 TP63 AIS|B(p51A)|B(p51B)|EEC3|KET|LMS|NBP|OFC8|RHS|SHFM4|TP53CP|TP53L|TP73L|p40|p51|p53CP|p63|p73H|p73L tumor protein p63 protein-coding 1.228 1.210 0.922 0.262 0.195 0.038 0.618 0.196 0.446 0.167 0.108 0.237 0.532 0.020 0.103 0.252 0.283 0.110 0.304 0.291 0.066 0.006 0.117 0.172 0.109 0.677 0.214 0.014 0.441 0.246 1.022 2.516 0.983 0.598 0.495 0.069 0.113 0.049 0.066 0.039 0.131 0.241 0.045 0.032 0.322 0.404 0.349 0.110 0.177 0.162 0.026 0.586 0.252 0.148 0.169 0.109 0.280 0.093 0.076 0.150 0.061 0.347 0.029 0.212 0.047 0.012 0.012 0.264 0.156 0.279 0.629 0.372 0.416 2.284 0.731 0.306 0.330 0.184 0.285 0.478 0.498 0.693 0.308 0.101 0.169 0.898 0.730 0.487 1.003 0.566 0.535 619 chr1 117451840 117463258 + 0 NA intron (NM_020440, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR 5004 NM_020440 5738 Hs.418093 NM_020440 ENSG00000134247 PTGFRN CD315|CD9P-1|EWI-F|FPRP|SMAP-6 prostaglandin F2 receptor inhibitor protein-coding nan 1.554 3.843 0.251 0.371 0.190 0.348 0.420 0.940 0.293 0.035 0.683 0.043 0.573 0.217 0.977 0.863 0.191 0.575 0.380 0.077 0.303 0.589 0.418 1.070 0.522 0.352 0.082 0.301 0.140 0.952 2.196 0.689 1.860 0.051 0.395 0.224 0.342 0.106 0.298 0.394 0.194 0.279 0.251 0.296 0.201 1.466 0.490 1.027 0.087 0.992 4.398 0.977 0.568 0.057 1.070 0.899 0.985 0.350 1.324 0.725 0.070 1.671 0.163 0.372 0.171 0.053 1.534 1.919 1.952 4.011 1.595 nan 2.207 0.649 1.064 1.019 3.446 4.356 1.446 2.049 1.061 1.108 2.006 4.154 0.876 0.725 1.293 1.911 1.698 0.861 2101 chr11 74344931 74362855 + 0 NA non-coding (NR_046410, exon 12 of 12) non-coding (NR_046410, exon 12 of 12) 50243 NR_046410 10714 Hs.82502 NM_006591 ENSG00000077514 POLD3 P66|P68|PPP1R128 DNA polymerase delta 3, accessory subunit protein-coding nan 0.898 0.731 0.216 0.225 4.195 0.323 0.223 0.341 0.037 0.332 0.266 0.007 0.055 0.644 0.788 0.182 0.127 0.275 0.127 0.021 0.031 0.457 0.249 0.573 0.211 0.057 0.042 0.156 0.159 0.157 nan 0.137 0.393 0.196 0.081 0.107 0.095 0.133 0.086 0.278 0.254 0.061 0.042 0.129 0.120 0.262 0.206 0.132 0.039 0.120 0.179 0.788 0.127 0.110 0.573 0.141 0.069 0.016 0.097 0.212 0.137 0.078 0.294 0.094 0.016 0.011 0.458 0.545 0.377 0.644 1.468 1.857 1.135 0.319 0.755 0.755 0.602 0.904 0.560 0.673 0.389 0.191 0.301 0.469 0.690 1.302 0.548 1.891 1.905 0.981 8390 chr4 56410829 56418291 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR -1484 NM_004898 9575 Hs.436975 NM_004898 ENSG00000134852 CLOCK KAT13D|bHLHe8 clock circadian regulator protein-coding nan 1.681 2.071 3.360 4.045 3.014 2.443 2.820 4.232 1.022 4.012 2.838 3.276 0.913 4.969 3.181 2.068 0.346 3.880 1.363 2.518 3.141 2.003 1.327 3.980 1.436 1.821 2.355 4.149 3.040 3.074 3.900 3.268 6.588 2.675 2.665 0.797 2.686 0.095 1.861 1.884 5.900 3.817 1.653 2.940 1.932 1.421 5.329 2.575 2.229 1.967 1.450 3.181 5.371 3.619 3.980 1.249 1.789 0.649 7.075 3.184 2.253 2.135 1.827 3.103 2.659 2.012 2.710 3.895 2.573 3.623 5.114 4.415 4.704 1.954 7.330 7.270 4.503 5.047 5.773 7.038 5.467 7.167 2.030 4.890 3.006 2.473 3.356 3.728 5.575 3.279 7676 chr3 82077630 82101271 + 0 NA intron (NR_147146, intron 1 of 8) MER20B|DNA|hAT-Charlie 54157 NR_147146 105377180 Hs.531803 NR_147146 ENSG00000239440 LINC02008 - long intergenic non-protein coding RNA 2008 ncRNA nan 0.549 1.018 0.051 0.147 0.007 0.041 0.197 0.382 0.004 0.027 0.043 0.013 0.030 0.158 0.187 0.038 0.020 0.044 0.016 0.032 0.498 0.179 0.262 0.268 0.006 0.003 0.003 0.046 0.032 0.070 0.098 0.054 0.287 0.012 0.048 0.383 0.018 0.084 0.005 0.177 0.027 0.023 0.023 0.062 0.013 0.092 0.093 0.072 0.045 0.017 0.028 0.187 0.048 0.032 0.268 0.041 0.024 0.021 0.025 0.088 0.013 0.105 0.064 0.010 0.019 0.015 0.216 0.136 0.191 0.261 0.747 0.954 5.472 2.025 0.092 0.133 0.765 0.889 0.279 0.291 0.608 0.414 0.117 0.296 1.002 1.029 0.264 0.514 0.807 0.421 9457 chr6 16057229 16066833 + 0 NA Intergenic Intergenic -67286 NM_013262 29116 Hs.484738 NM_013262 ENSG00000007944 MYLIP IDOL|MIR myosin regulatory light chain interacting protein protein-coding 1.441 nan 1.051 0.053 2.486 0.252 0.051 1.754 2.998 0.056 0.039 0.006 0.117 0.666 1.775 0.170 0.162 0.122 0.039 0.019 0.014 1.130 0.479 3.586 0.022 0.015 0.008 0.042 0.011 0.123 0.330 0.146 1.081 0.031 0.067 0.476 0.029 0.091 0.156 0.115 0.037 0.024 0.045 0.024 0.100 0.114 0.051 0.059 0.071 0.070 1.775 0.093 0.037 3.586 0.026 0.034 0.465 1.556 0.017 0.361 0.157 0.032 0.024 0.002 0.619 0.707 0.366 0.444 2.042 1.513 7.299 1.931 0.330 0.284 0.394 0.585 2.224 1.887 0.891 0.624 0.413 0.676 1.899 2.047 0.602 0.928 2.244 1.256 9534 chr6 27829433 27849773 + 0 NA TTS (NM_003533) TTS (NM_003533) 496 NM_003533 8354 Hs.132854 NM_003533 ENSG00000275379 HIST1H3I H3.f|H3/f|H3FF histone cluster 1 H3 family member i protein-coding 2.716 1.499 nan 2.116 3.281 0.701 0.805 1.568 3.078 1.118 3.602 1.080 1.267 1.082 2.948 0.213 0.645 0.293 1.848 1.007 0.087 0.818 0.186 0.163 3.695 1.075 0.846 0.443 0.947 0.917 0.205 1.304 2.184 nan 0.893 1.227 0.175 6.709 0.234 0.354 0.542 3.342 1.637 0.705 0.901 1.466 0.943 1.662 1.397 2.456 2.048 1.481 0.213 2.570 3.451 3.695 0.668 1.662 0.215 5.425 1.715 2.284 0.886 0.912 0.908 1.118 1.014 5.681 6.502 4.700 nan 5.922 3.631 11.721 4.975 1.319 1.307 0.332 0.508 2.679 3.252 0.779 0.793 0.993 2.360 1.505 1.266 2.478 2.022 2.084 1.094 7995 chr3 170437855 170479079 + 0 NA intron (NR_135556, intron 5 of 5) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 129578 NM_001320451 200916 Hs.380933 NM_001099645 ENSG00000163584 RPL22L1 - ribosomal protein L22 like 1 protein-coding 1.376 1.140 0.892 1.315 0.216 0.170 2.385 0.206 0.417 0.367 1.330 2.663 0.360 0.036 0.128 0.435 1.851 0.160 0.921 0.673 0.769 0.013 0.171 0.224 0.119 5.144 4.012 0.397 0.852 1.351 0.134 0.158 0.455 0.364 0.571 0.735 0.065 0.051 0.081 0.837 0.129 4.072 1.696 0.975 1.708 0.266 1.123 6.728 0.170 0.528 0.113 0.359 0.435 0.189 0.312 0.119 0.158 0.359 0.191 0.304 0.031 1.427 0.041 0.435 1.392 0.933 0.957 0.265 0.158 0.560 1.052 0.445 0.550 0.263 0.145 0.221 0.264 0.726 1.110 0.564 0.484 0.827 0.572 0.167 0.211 0.208 0.306 0.386 0.877 0.594 0.510 9595 chr6 34991702 35027624 + 0 NA intron (NM_015245, intron 11 of 23) intron (NM_015245, intron 11 of 23) 99524 NM_001261818 6954 Hs.435371 NM_018679 ENSG00000124678 TCP11 D6S230E|FPPR t-complex 11 protein-coding nan 1.886 nan 0.128 1.133 0.647 0.820 0.156 0.399 0.032 0.164 0.144 0.155 0.054 0.951 0.837 1.016 0.138 0.412 0.141 0.053 0.058 0.481 0.231 0.459 0.617 0.220 0.068 0.127 0.129 0.127 0.234 0.271 2.927 0.153 0.070 1.054 0.088 0.119 0.036 0.446 0.090 0.047 0.022 0.084 0.117 0.180 0.230 0.118 0.105 0.243 0.137 0.837 0.847 0.082 0.459 0.078 0.060 0.554 0.117 0.079 0.168 0.061 1.654 0.025 0.011 0.013 0.791 1.177 1.442 nan nan 0.977 0.793 0.314 0.546 0.665 0.744 1.197 2.103 2.657 3.410 3.695 0.263 0.376 3.109 3.550 1.791 3.497 2.323 1.337 4996 chr17 73835472 73853295 + 0 NA intron (NM_012478, intron 4 of 7) intron (NM_012478, intron 4 of 7) -3585 NM_199242 201294 Hs.41045 NM_199242 ENSG00000092929 UNC13D FHL3|HLH3|HPLH3|Munc13-4 unc-13 homolog D protein-coding 1.863 1.328 2.000 3.011 0.972 0.287 3.382 0.647 1.183 1.479 4.117 0.796 1.429 1.229 0.613 0.848 1.398 0.289 3.682 1.588 0.308 0.573 0.688 0.387 0.610 1.837 1.602 0.672 2.630 1.938 4.916 8.727 2.788 2.413 2.554 0.861 0.145 0.840 0.096 1.910 0.468 5.235 3.131 1.171 2.575 2.038 1.824 1.109 2.186 1.286 0.427 1.884 0.848 5.145 0.718 0.610 1.641 2.242 0.272 1.458 0.887 1.834 0.265 0.479 1.289 0.623 0.376 1.445 2.047 1.042 1.973 1.587 1.384 1.587 0.720 2.211 2.340 nan 1.565 3.107 3.420 2.520 2.496 0.715 1.099 0.851 1.150 1.569 2.167 nan 0.777 7680 chr3 88855714 88884281 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -286677 NM_005233 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.683 0.542 0.186 0.062 0.029 0.020 0.034 0.053 0.010 0.052 0.151 0.015 0.021 0.028 0.059 0.050 0.039 0.060 0.040 0.020 0.005 0.028 0.092 0.025 0.010 0.064 0.026 0.048 0.063 0.047 0.131 0.051 0.057 0.007 0.061 0.113 0.021 0.011 0.058 0.017 0.008 0.042 0.014 0.081 0.070 0.018 0.012 0.587 0.021 0.059 0.025 0.019 0.025 0.017 0.023 0.007 0.041 0.039 0.022 0.038 0.138 0.008 0.018 0.009 0.364 0.321 0.501 0.312 0.220 0.257 0.129 0.084 0.165 0.161 6.136 7.029 0.128 0.103 0.412 0.105 0.147 0.206 0.034 0.056 0.234 0.573 0.204 0.294 9787 chr6 83276384 83291815 + 0 NA Intergenic Intergenic 210138 NM_001166392 7162 Hs.71947 NM_006670 ENSG00000146242 TPBG 5T4|5T4AG|M6P1|WAIF1 trophoblast glycoprotein protein-coding 0.824 0.878 nan 0.075 1.483 0.623 0.060 0.364 0.808 0.095 0.060 0.008 0.136 0.289 0.259 0.185 0.083 0.080 0.037 0.021 0.597 0.250 1.505 0.040 0.023 0.005 0.053 0.014 0.501 2.244 0.189 4.090 0.050 0.021 0.609 0.049 0.133 0.038 0.036 0.065 0.012 0.020 0.078 0.035 0.109 0.090 0.084 0.087 0.056 0.077 0.259 0.078 0.030 1.505 0.016 0.011 0.006 0.038 1.318 0.056 0.141 0.048 0.014 0.011 0.003 0.462 0.288 0.442 0.527 1.653 1.676 5.848 1.666 0.298 0.321 0.106 0.167 2.765 2.340 0.396 0.162 0.311 0.594 2.223 1.586 0.121 0.221 1.458 0.758 11626 chr9 91001349 91004989 + 0 NA promoter-TSS (NM_006717) promoter-TSS (NM_006717) -128 NM_006717 10927 Hs.146804 NM_006717 ENSG00000106723 SPIN1 SPIN|TDRD24 spindlin 1 protein-coding 4.642 nan 6.402 5.140 6.920 2.892 4.894 2.731 4.506 2.796 5.142 2.013 2.124 1.575 3.092 4.605 1.651 0.134 6.749 1.334 2.478 1.794 2.039 1.386 8.225 2.541 3.184 3.714 8.740 1.507 5.816 7.487 4.473 10.204 1.863 2.498 1.987 4.657 0.155 1.108 2.379 4.714 3.298 1.525 1.471 3.102 5.111 3.042 4.389 5.689 2.720 3.719 4.605 9.801 2.260 8.225 1.389 3.365 0.852 4.248 3.731 2.759 2.061 1.383 2.249 1.756 1.043 4.545 5.057 11.504 13.655 11.151 9.062 5.642 2.184 11.662 11.003 1.266 1.519 7.186 12.125 3.333 3.925 2.363 5.441 6.578 5.349 5.093 2.768 2.094 1.004 9230 chr5 142618387 142634764 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 54510 NR_046816 100874372 Hs.666717 NR_046816 ENSG00000230789 ARHGAP26-IT1 - ARHGAP26 intronic transcript 1 ncRNA nan 1.333 1.289 0.964 0.432 0.030 5.066 0.235 0.324 1.325 2.382 3.152 0.309 0.042 0.204 0.969 1.447 0.169 2.536 1.542 1.400 0.051 0.287 0.086 0.498 5.668 4.967 0.288 2.348 2.051 1.882 4.059 0.691 0.378 2.036 2.417 0.192 0.052 0.094 3.292 0.092 5.238 1.329 0.594 4.288 2.253 1.329 4.771 1.601 1.195 1.287 1.413 0.969 1.634 6.159 0.498 0.906 0.699 0.356 0.402 0.594 2.523 0.042 0.083 3.330 1.639 1.076 0.237 0.102 0.321 1.150 0.283 0.340 2.284 0.838 0.329 0.291 1.927 2.585 0.732 0.533 1.049 1.075 0.154 0.181 0.672 1.059 0.248 0.790 0.949 0.604 6768 chr2 241307439 241313916 + 0 NA Intergenic Intergenic -64438 NM_002081 2817 Hs.328232 NM_002081 ENSG00000063660 GPC1 glypican glypican 1 protein-coding 0.748 nan 0.478 1.539 0.027 1.428 3.696 0.108 0.297 0.875 2.781 2.795 3.006 0.031 0.853 0.119 1.455 0.100 0.743 0.280 1.392 0.086 0.038 0.183 5.003 5.187 4.219 0.836 1.552 1.383 3.458 1.165 0.513 1.061 1.959 0.014 0.069 0.080 0.481 1.365 1.016 0.590 1.230 1.776 2.238 1.763 3.436 1.493 0.048 0.802 0.119 2.053 0.951 0.183 1.014 0.319 0.065 0.425 0.282 2.111 0.264 0.560 2.332 1.294 1.641 2.781 0.253 0.492 0.462 0.393 0.365 0.094 0.503 0.548 0.061 0.336 0.167 0.121 0.368 0.241 0.689 1.003 0.077 0.132 0.106 0.156 0.201 0.195 10689 chr7 137523165 137533130 + 0 NA 5' UTR (NM_001321710, exon 2 of 33) 5' UTR (NM_001321710, exon 2 of 33) 2931 NM_001321709 9162 Hs.242947 NM_004717 ENSG00000157680 DGKI DGK-IOTA diacylglycerol kinase iota protein-coding nan nan nan 0.043 0.181 0.146 0.053 0.820 1.532 0.112 0.083 0.025 0.029 0.187 0.722 0.209 0.082 0.113 0.031 0.261 0.218 0.048 0.035 0.044 0.022 0.115 0.011 0.097 0.166 0.124 0.797 0.015 0.097 0.039 0.138 0.138 0.032 0.084 0.036 0.011 0.030 0.135 0.164 0.090 0.029 0.087 0.073 0.722 0.087 0.019 0.048 0.025 0.084 0.077 0.123 0.041 0.079 4.299 0.051 0.083 0.023 0.015 4.494 10.214 0.463 0.464 1.738 1.361 nan 1.080 10.313 10.543 0.158 nan 0.233 0.254 nan 0.667 3.097 6.009 0.172 0.105 0.188 0.320 1.403 nan 10004 chr6 148199688 148231850 + 0 NA Intergenic Intergenic -377643 NM_001346505 23328 Hs.193133 NM_015278 ENSG00000111961 SASH1 SH3D6A|dJ323M4.1 SAM and SH3 domain containing 1 protein-coding nan 0.736 nan 0.044 0.087 0.024 0.050 0.060 0.191 0.006 0.051 0.027 0.012 0.021 0.113 0.219 0.163 0.079 0.079 0.029 0.018 0.022 0.044 0.090 0.063 0.011 0.013 0.046 0.063 0.010 0.095 0.187 0.064 0.219 0.032 0.039 0.032 0.037 0.129 0.022 0.069 0.030 0.044 0.044 0.045 0.125 0.066 0.061 0.082 0.029 0.075 0.219 0.067 0.017 0.063 0.023 0.044 0.033 0.036 0.028 0.025 0.043 0.185 0.017 0.020 0.006 0.315 0.240 0.415 0.603 0.311 0.342 4.137 1.647 0.223 0.221 0.169 0.275 0.205 0.187 0.840 0.470 0.156 0.272 0.106 0.123 0.327 0.393 0.337 0.291 3395 chr14 23105150 23137287 + 0 NA Intergenic Intergenic -17469 NM_001348233 79549 NM_001348233 ENSG00000255804 OR6J1 OR6J1P|OR6J2 olfactory receptor family 6 subfamily J member 1 (gene/pseudogene) protein-coding nan 0.876 0.681 0.142 0.140 0.059 0.840 0.084 0.174 0.046 0.114 0.570 0.019 0.035 0.172 0.153 0.386 0.170 0.380 0.368 0.085 0.056 0.053 0.091 0.082 0.554 0.190 0.100 0.144 0.345 2.348 5.851 0.376 0.353 0.300 0.109 0.039 0.188 0.098 0.062 0.064 0.179 0.101 0.051 0.330 0.343 0.255 0.290 0.372 0.169 0.094 0.382 0.153 0.583 0.162 0.082 0.235 0.182 0.091 0.198 0.094 0.377 0.034 0.471 0.137 0.056 0.062 0.226 0.102 0.317 0.822 0.237 0.315 0.208 0.096 0.164 0.176 0.227 0.437 0.163 nan 1.070 0.647 0.163 0.206 0.068 0.110 0.488 1.517 0.308 0.426 4908 chr17 61775267 61780576 + 0 NA promoter-TSS (NM_030576) promoter-TSS (NM_030576) 223 NR_046273 729683 Hs.534931 NR_046273 LOC729683 - uncharacterized LOC729683 ncRNA 6.566 nan 3.555 0.500 4.844 1.436 1.453 2.411 4.508 0.126 3.908 0.573 0.023 0.037 1.027 5.108 1.098 0.178 2.965 1.211 0.405 0.245 1.332 0.775 4.354 0.390 0.354 1.248 3.732 1.716 1.095 3.219 0.475 5.644 0.248 0.314 1.260 2.621 0.153 0.558 3.078 0.503 1.378 0.791 0.148 0.033 0.126 0.414 2.780 4.549 0.207 0.252 5.108 2.697 0.174 4.354 0.068 0.171 1.203 2.313 1.675 0.164 2.424 2.946 0.991 0.049 0.016 9.530 10.364 3.072 3.996 7.447 6.099 5.269 2.235 11.120 11.829 1.023 nan 9.053 15.327 2.849 3.264 3.997 6.810 6.232 4.106 2.907 3.412 2.012 1.247 2322 chr11 120614411 120626555 + 0 NA intron (NM_001282473, intron 3 of 17) intron (NM_001282473, intron 3 of 17) 69341 NR_133008 105369532 Hs.694510 NR_133008 LOC105369532 - uncharacterized LOC105369532 ncRNA 0.994 1.342 1.736 0.034 0.079 1.406 0.058 3.421 6.480 0.016 0.057 0.039 0.051 0.016 0.329 1.046 0.085 0.057 0.079 0.016 0.011 0.018 0.285 0.313 0.020 0.063 0.018 0.026 0.039 0.008 0.085 0.419 0.058 4.439 0.012 0.026 0.699 0.035 0.110 0.010 0.039 0.144 0.055 0.025 0.036 0.058 0.056 0.133 0.046 0.058 0.039 0.054 1.046 0.060 0.031 0.020 0.070 0.055 0.239 0.067 2.637 0.052 0.578 0.501 0.019 0.022 0.008 0.777 0.847 0.300 0.410 0.756 0.712 0.201 0.089 0.388 0.413 5.408 5.282 0.097 0.157 0.839 0.574 0.949 1.421 3.150 1.752 0.515 nan 3.880 1.809 7620 chr3 57093099 57104427 + 0 NA intron (NM_181727, intron 1 of 1) L1MB2|LINE|L1 4294 NM_181727 353324 Hs.129794 NM_181727 ENSG00000186451 SPATA12 SRG5 spermatogenesis associated 12 protein-coding 0.611 0.930 nan 1.038 0.210 0.338 3.228 0.058 0.168 1.474 1.033 1.684 0.306 0.063 0.400 0.554 0.563 0.412 2.361 1.506 0.050 0.073 0.041 0.058 0.097 1.051 0.809 0.066 3.356 2.160 0.573 2.450 0.479 0.697 1.252 0.574 0.026 0.067 0.088 0.450 0.071 1.236 0.673 0.385 1.380 1.514 2.083 2.006 1.107 1.164 0.791 1.559 0.554 3.214 1.109 0.097 1.230 0.291 0.051 0.144 0.214 2.744 0.104 0.110 0.539 1.815 1.669 0.197 0.199 0.366 0.966 0.304 0.362 0.387 0.164 0.264 0.278 0.802 1.092 0.554 0.583 nan 0.621 0.300 0.450 0.138 0.115 0.192 0.399 0.513 0.348 9372 chr5 179243612 179255206 + 0 NA intron (NM_003900, intron 1 of 7) intron (NM_003900, intron 1 of 7) 1567 NM_003900 8878 Hs.587290 NM_003900 ENSG00000161011 SQSTM1 A170|DMRV|FTDALS3|NADGP|OSIL|PDB3|ZIP3|p60|p62|p62B sequestosome 1 protein-coding 2.549 3.070 3.055 2.868 2.839 2.156 3.128 0.816 1.801 0.619 4.713 2.350 1.476 1.792 2.816 1.456 3.122 0.263 2.604 1.073 4.564 1.723 1.445 0.473 2.601 4.058 6.315 2.683 5.497 2.419 3.597 4.886 2.882 6.675 0.929 6.667 0.697 2.988 0.162 1.726 1.137 4.773 6.456 2.907 2.853 2.055 3.073 8.861 5.583 5.883 3.933 4.401 1.456 3.839 2.684 2.601 3.257 1.597 0.408 3.257 2.694 2.080 0.443 0.405 1.514 2.553 1.550 1.420 1.647 4.275 nan 2.545 2.202 4.489 2.843 4.267 4.134 1.133 nan 3.432 5.899 2.043 1.931 1.005 1.327 4.107 6.650 1.500 1.973 1.300 0.653 3334 chr13 109894420 109928396 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 -91757 NR_047700 100885782 Hs.655942 NR_047700 ENSG00000236242 MYO16-AS1 - MYO16 antisense RNA 1 ncRNA 0.639 nan 0.682 1.075 0.124 0.044 2.126 0.113 0.239 0.698 0.805 0.528 0.897 0.032 0.115 0.217 0.188 0.099 3.073 1.273 2.249 0.037 0.042 0.084 0.137 2.548 2.531 0.458 0.273 1.635 0.148 0.398 0.196 0.343 0.907 2.346 0.014 5.779 0.176 0.275 0.095 5.247 2.400 1.092 2.488 1.481 3.897 3.509 1.795 0.044 0.252 1.319 0.217 3.954 1.743 0.137 0.811 0.224 0.020 0.110 0.123 1.296 0.052 0.149 2.099 3.846 3.441 0.675 0.476 1.082 3.374 0.295 0.389 0.165 0.091 0.129 0.166 0.057 0.101 0.265 0.264 0.655 0.490 0.227 0.295 0.085 0.108 0.428 0.692 0.217 0.196 10528 chr7 96366805 96374252 + 0 NA Intergenic Intergenic -31325 NM_006304 7979 Hs.489201 NM_006304 ENSG00000127922 SEM1 C7orf76|DSS1|ECD|SHFD1|SHFM1|SHSF1|Shfdg1 SEM1, 26S proteasome complex subunit protein-coding nan 1.019 nan 0.049 0.200 0.033 0.046 0.261 0.746 0.026 0.091 0.038 0.026 0.166 0.528 0.142 0.021 0.129 0.880 0.594 0.241 0.010 0.010 0.118 0.086 0.052 0.161 0.482 0.019 0.036 2.245 0.058 0.195 0.032 0.087 0.049 0.008 0.011 0.030 0.031 0.065 0.134 0.033 0.038 0.010 0.038 0.528 0.058 0.025 0.241 0.033 0.034 0.027 0.039 0.027 0.043 0.105 0.182 0.021 0.015 0.007 0.307 0.295 0.766 0.480 0.456 0.531 2.032 0.753 0.233 0.225 0.262 0.538 0.259 0.228 0.355 0.145 0.288 0.250 7.559 9.960 0.324 nan 1.834 1.276 10902 chr8 37653787 37662876 + 0 NA intron (NM_032777, intron 1 of 18) intron (NM_032777, intron 1 of 18) 3930 NM_032777 25960 Hs.274136 NM_032777 ENSG00000020181 ADGRA2 GPR124|TEM5 adhesion G protein-coupled receptor A2 protein-coding 1.290 0.942 nan 0.564 0.889 0.128 0.091 0.141 0.519 0.043 0.334 0.406 0.021 0.276 0.264 0.770 3.304 0.507 0.047 0.062 0.474 0.311 0.182 0.481 0.403 0.098 0.105 0.101 0.066 0.234 0.349 0.152 1.086 0.097 0.155 0.106 0.466 0.092 0.053 0.061 0.353 0.192 0.115 0.048 0.059 0.084 0.271 0.706 0.344 0.135 0.102 0.770 0.142 0.072 0.481 0.068 0.127 0.969 0.695 0.042 1.348 0.256 0.186 0.044 0.034 6.364 8.174 3.536 3.297 1.893 1.835 0.976 0.307 0.762 0.697 0.742 1.083 0.353 0.401 0.529 0.593 1.392 2.959 0.389 0.323 0.770 1.430 0.757 0.773 10290 chr7 32197289 32204321 + 0 NA intron (NM_001191058, intron 3 of 18) intron (NM_001191058, intron 3 of 18) -89757 NM_005020 5137 Hs.143821 NM_005020 ENSG00000154678 PDE1C Hcam3|cam-PDE 1C|hCam-3 phosphodiesterase 1C protein-coding 1.416 0.830 1.463 5.212 0.074 0.008 0.798 0.115 0.172 0.159 0.225 0.112 0.021 0.057 0.050 0.346 1.006 0.113 0.916 1.053 0.270 0.111 0.093 0.153 6.393 4.905 0.042 2.682 0.046 0.438 2.343 0.916 0.394 1.677 2.930 0.014 0.046 0.151 1.916 0.124 1.545 0.360 0.222 2.077 0.760 0.109 3.936 0.505 0.070 0.738 1.322 0.346 0.325 0.066 0.153 0.652 0.129 0.288 0.065 0.675 3.585 0.056 0.406 1.225 0.508 0.423 0.477 0.249 0.723 2.273 0.272 nan 0.104 0.102 0.366 0.387 3.706 4.736 nan nan 1.704 1.444 0.069 0.168 0.078 0.136 0.402 nan 0.402 0.550 9340 chr5 172183913 172236278 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 -11892 NM_004417 1843 Hs.171695 NM_004417 ENSG00000120129 DUSP1 CL100|HVH1|MKP-1|MKP1|PTPN10 dual specificity phosphatase 1 protein-coding 1.251 1.580 1.211 1.521 0.650 0.235 1.611 0.302 0.532 0.476 1.110 1.174 0.446 0.294 0.676 0.618 0.905 0.167 1.152 0.679 0.981 0.173 0.379 0.216 1.119 2.431 1.592 0.536 2.053 1.261 1.096 3.064 0.702 1.881 0.801 1.314 0.090 0.758 0.115 0.899 0.386 1.318 0.883 0.530 1.883 0.658 0.939 1.490 1.800 1.509 2.120 2.376 0.618 2.384 2.446 1.119 1.101 1.670 0.310 0.698 0.734 0.859 0.174 0.214 0.491 1.206 0.901 0.691 0.944 1.184 nan 1.355 1.135 1.367 0.825 1.102 1.148 0.978 nan 1.033 1.796 1.573 1.475 0.408 0.625 0.703 1.033 0.791 0.959 0.658 0.543 4778 chr17 40426596 40442081 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -5227 NM_003152 6776 Hs.437058 NM_003152 ENSG00000126561 STAT5A MGF|STAT5 signal transducer and activator of transcription 5A protein-coding 2.086 1.910 nan 0.980 1.354 2.553 0.762 0.798 1.512 0.223 1.533 0.459 0.044 0.556 1.754 1.230 0.564 0.197 1.158 0.283 0.363 0.284 1.981 1.006 3.389 0.742 0.599 0.891 0.889 0.375 0.680 nan 0.614 2.385 0.179 0.479 0.245 0.447 0.086 0.511 0.388 1.356 0.512 0.423 0.669 0.302 0.674 0.502 1.998 0.661 0.676 1.029 1.230 1.047 0.539 3.389 0.499 0.964 0.513 1.755 1.247 0.948 0.427 0.496 0.269 0.179 0.150 2.327 2.585 0.860 1.341 4.401 nan 3.314 1.157 2.950 3.065 0.946 1.396 3.296 nan 2.520 2.309 1.069 1.824 1.484 1.217 1.218 1.326 2.640 1.430 6801 chr20 3138547 3155422 + 0 NA exon (NM_001282533, exon 4 of 6) exon (NM_001282533, exon 4 of 6) -6428 NM_199415 22888 Hs.654646 NM_014948 ENSG00000185019 UBOX5 RNF37|UBCE7IP5|UIP5|hUIP5 U-box domain containing 5 protein-coding 2.210 3.210 4.267 0.578 2.684 4.069 0.574 0.602 1.225 0.376 1.141 0.789 0.583 3.078 5.242 0.934 0.412 0.147 0.630 0.269 0.368 0.518 0.623 0.290 2.978 0.606 0.428 0.603 0.339 0.452 1.126 2.267 0.956 4.508 0.396 0.917 0.268 0.650 0.079 0.209 0.317 1.440 1.295 0.723 0.790 0.342 0.902 0.569 1.659 1.360 1.062 1.369 0.934 0.693 0.761 2.978 0.588 0.849 1.077 1.215 2.698 0.705 0.825 0.560 0.239 0.505 0.310 2.595 2.886 1.416 2.129 3.636 3.218 4.137 1.314 3.858 4.268 2.711 3.456 13.024 12.156 3.027 3.213 2.168 2.685 1.870 1.673 1.692 2.503 1.901 0.872 7312 chr22 20724277 20729421 + 0 NA Intergenic L1M3de|LINE|L1 -21556 NM_003426 7625 Hs.517418 NM_003426 ENSG00000185252 ZNF74 COS52|ZFP520|ZNF520|hZNF7 zinc finger protein 74 protein-coding 1.315 nan 2.143 0.111 3.824 2.892 0.069 0.186 0.278 0.023 0.199 0.108 0.071 2.123 2.957 0.558 0.074 0.071 0.166 0.037 0.037 0.004 2.897 0.908 3.531 0.053 0.030 0.042 0.118 0.041 0.189 nan 0.208 4.630 0.114 0.076 2.108 0.099 0.047 0.047 0.071 0.012 0.031 0.008 0.015 0.093 0.137 0.079 0.084 0.061 0.209 0.558 0.271 0.054 3.531 0.024 0.049 0.849 0.067 2.962 0.154 1.620 0.025 0.045 0.022 0.010 3.080 4.236 0.200 0.434 3.132 2.597 8.449 2.673 1.056 0.883 0.297 0.474 9.053 8.984 0.364 0.284 1.306 1.897 5.230 6.296 0.132 0.310 8.496 4.421 5355 chr18 53487220 53536209 + 0 NA Intergenic Intergenic -62758 NR_145452 100132501 Hs.634003 NR_145452 LINC01415 TCONS_00026208 long intergenic non-protein coding RNA 1415 ncRNA nan 0.740 0.769 0.070 0.103 0.034 0.346 0.152 0.256 0.048 0.257 0.612 0.047 0.068 0.057 0.313 0.193 0.069 0.109 0.097 0.320 0.006 0.067 0.074 0.188 0.238 0.090 0.032 0.118 0.190 0.040 0.029 0.055 0.277 0.328 0.187 0.031 2.439 0.115 0.132 0.067 0.434 0.059 0.040 0.248 0.144 0.343 0.267 0.040 0.098 0.026 0.058 0.313 0.058 0.021 0.188 0.032 0.005 0.032 0.080 0.045 0.438 0.034 0.076 0.213 0.089 0.095 0.376 0.253 0.403 0.544 0.468 0.558 0.395 0.207 0.531 0.509 0.464 0.682 0.314 0.354 0.530 0.359 0.150 0.246 0.151 0.188 0.179 0.276 nan 1.114 9306 chr5 159688000 159726702 + 0 NA intron (NM_024565, intron 3 of 6) MIR|SINE|MIR 32256 NM_001308173 79616 Hs.14070 NM_024565 ENSG00000135083 CCNJL - cyclin J like protein-coding 1.083 nan 2.262 0.142 0.336 0.287 0.312 0.715 1.396 1.089 0.194 0.167 0.210 0.665 0.115 0.192 0.171 0.094 0.349 0.074 0.035 0.011 0.272 0.155 1.219 1.376 0.926 0.085 0.121 0.073 0.927 4.199 2.695 0.330 0.265 0.134 0.111 0.081 0.093 0.317 0.351 0.109 0.133 0.093 0.841 0.088 0.174 0.290 0.242 0.117 0.918 0.828 0.192 0.465 0.065 1.219 0.263 0.397 0.292 0.105 0.890 0.145 0.031 1.402 0.068 0.037 0.014 0.295 0.354 0.300 0.537 0.497 0.509 0.733 0.257 0.146 0.159 0.564 0.858 1.139 0.983 1.463 1.381 0.110 0.195 0.460 0.524 1.015 2.840 0.550 0.456 377 chr1 52082644 52095846 + 0 NA intron (NM_148906, intron 1 of 22) intron (NM_148906, intron 1 of 22) 6699 NM_001350209 114883 Hs.21938 NM_024586 ENSG00000117859 OSBPL9 ORP-9|ORP9 oxysterol binding protein like 9 protein-coding 1.669 1.584 1.330 0.601 0.682 0.332 2.927 0.342 0.647 1.944 2.367 2.383 3.221 0.214 0.286 1.262 1.089 0.189 2.733 1.509 1.206 0.202 0.704 0.401 0.288 2.039 1.466 0.228 0.934 0.744 0.908 nan 0.853 1.578 0.720 0.968 0.043 0.518 0.136 0.177 0.108 0.445 0.319 0.307 0.519 2.149 3.029 0.335 0.877 0.639 0.371 2.158 1.262 3.587 4.319 0.288 0.899 0.935 0.205 0.378 0.453 0.852 0.127 0.435 0.202 0.195 0.066 0.729 0.668 1.252 1.921 1.335 1.448 1.839 0.527 1.503 1.468 1.338 1.674 2.100 2.971 1.251 0.847 0.546 0.753 0.287 0.831 1.450 nan 1.667 0.943 9488 chr6 20862707 20911778 + 0 NA intron (NM_017774, intron 9 of 15) L1ME2z|LINE|L1 352554 NM_017774 54901 Hs.657604 NM_017774 ENSG00000145996 CDKAL1 - CDK5 regulatory subunit associated protein 1 like 1 protein-coding 1.186 1.485 nan 0.637 1.994 2.768 0.339 2.251 4.607 0.070 0.204 0.363 0.030 0.167 0.863 0.827 0.435 0.114 0.494 0.190 0.303 0.056 0.551 0.492 3.475 0.420 0.305 0.011 0.326 0.343 0.564 0.703 0.592 nan 0.405 0.059 0.621 0.060 0.102 0.205 0.151 0.163 0.048 0.036 0.302 0.354 0.397 0.189 0.257 0.139 0.156 0.108 0.827 0.367 0.321 3.475 0.104 0.198 0.183 0.054 0.103 0.259 0.085 0.214 0.124 0.085 0.120 0.593 0.457 1.048 nan 1.126 1.427 nan 0.518 0.994 1.005 1.141 1.369 2.162 2.365 1.483 1.095 0.232 0.372 1.836 3.250 0.416 1.192 1.240 0.644 602 chr1 114470866 114491689 + 0 NA intron (NM_152696, intron 1 of 14) AluSz|SINE|Alu -9130 NR_110726 101928846 Hs.232534 NR_110725 ENSG00000235527 HIPK1-AS1 - HIPK1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.396 1.617 0.972 0.659 0.248 0.372 0.404 0.790 0.212 0.553 0.835 0.170 0.471 0.855 0.617 0.994 0.201 0.653 0.168 0.281 0.477 0.368 0.162 0.648 0.568 0.379 0.395 0.783 0.255 0.829 1.153 0.638 1.634 0.319 0.236 0.054 0.734 0.153 0.221 0.505 0.643 0.428 0.222 0.408 0.374 1.283 0.557 0.514 0.732 0.300 0.894 0.617 0.851 0.811 0.648 0.177 0.235 0.207 1.517 0.341 0.265 0.490 1.395 0.304 0.343 0.225 0.787 0.957 1.198 1.817 1.328 nan 1.360 0.556 1.919 1.931 1.586 2.218 1.068 1.673 1.562 1.377 0.885 1.796 0.376 0.313 2.408 4.231 0.924 0.708 11813 chr9 132509909 132546416 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -12818 NM_004878 9536 Hs.146688 NM_004878 ENSG00000148344 PTGES MGST-IV|MGST1-L1|MGST1L1|MPGES|PGES|PIG12|PP102|PP1294|TP53I12|mPGES-1 prostaglandin E synthase protein-coding nan 0.919 0.621 0.205 0.169 0.093 1.432 0.143 0.283 1.235 1.510 0.877 0.033 0.060 0.088 0.228 0.476 0.340 0.968 0.665 0.905 0.038 0.095 0.095 0.111 0.979 0.668 0.196 0.826 0.631 1.348 4.414 0.921 0.499 0.553 2.616 0.024 0.092 0.080 0.191 0.028 3.493 0.400 0.205 0.487 0.399 2.055 0.300 1.837 0.314 0.668 4.547 0.228 1.089 0.134 0.111 0.865 5.619 0.119 1.071 0.180 1.174 0.030 0.034 0.327 0.068 0.031 0.198 0.156 0.341 0.758 0.585 0.786 nan 0.086 0.121 0.127 0.149 0.278 0.598 0.666 0.595 0.359 0.234 0.232 0.124 0.148 0.246 0.372 0.374 0.466 612 chr1 116762375 116772877 + 0 NA Intergenic Intergenic 113250 NM_152367 126868 Hs.376194 NM_152367 ENSG00000173212 MAB21L3 C1orf161 mab-21 like 3 protein-coding nan 0.919 1.015 0.079 0.155 0.128 0.061 0.107 0.168 0.058 0.038 0.073 0.012 0.081 0.152 0.200 0.121 0.078 0.115 0.012 0.103 0.024 0.103 0.043 0.014 0.022 0.058 0.020 0.091 0.176 0.128 0.409 0.055 0.086 0.028 0.021 0.097 0.326 0.149 0.027 0.022 0.031 0.037 0.263 0.150 0.031 0.034 0.030 0.117 0.200 0.068 0.026 0.103 0.023 0.039 0.168 0.094 0.058 0.045 3.672 0.093 0.029 0.011 0.034 1.401 0.864 10.671 4.346 0.387 nan 0.296 0.185 1.909 2.156 0.313 0.486 0.619 0.448 0.741 0.647 3.163 5.491 0.092 0.106 0.324 0.651 0.524 0.494 5057 chr17 78141196 78155129 + 0 NA intron (NR_047566, intron 1 of 21) AluSx|SINE|Alu -4145 NM_001257970 79092 Hs.675480 NM_024110 ENSG00000141527 CARD14 BIMP2|CARMA2|PRP|PSORS2|PSS1 caspase recruitment domain family member 14 protein-coding 1.055 0.821 0.964 0.160 0.151 0.060 0.373 0.187 0.315 0.054 0.220 0.134 0.013 0.037 0.090 0.219 0.111 0.147 0.371 0.313 0.173 0.050 0.079 0.125 0.309 0.194 0.104 0.095 0.127 0.234 0.319 2.000 0.259 0.599 0.157 0.388 0.028 0.085 0.097 0.016 0.068 0.165 0.044 0.056 0.219 0.114 0.242 0.169 0.477 0.098 0.413 4.832 0.219 0.332 0.039 0.309 2.731 0.435 0.161 0.193 0.248 0.062 0.115 0.115 0.027 0.012 0.015 0.808 0.699 0.262 0.453 0.624 0.507 1.062 0.448 0.577 0.605 nan 0.526 0.505 0.777 0.804 0.491 0.518 0.689 0.233 0.175 0.459 0.738 nan 0.462 6547 chr2 191329111 191347514 + 0 NA intron (NM_017694, intron 4 of 7) L1PA4|LINE|L1 61156 NR_136298 100131211 Hs.659824 NM_001142645 ENSG00000189362 NEMP2 TMEM194B nuclear envelope integral membrane protein 2 protein-coding 1.539 nan 1.611 0.126 2.376 2.951 0.734 1.490 3.070 0.766 0.417 1.073 1.258 0.413 1.579 2.696 1.544 0.300 0.768 0.361 0.055 0.009 0.901 0.623 2.059 1.026 0.689 0.024 0.396 0.045 0.900 3.091 1.404 8.201 0.978 0.160 0.516 0.071 0.114 0.115 0.919 0.178 0.016 0.017 0.200 0.560 0.084 0.098 0.369 0.100 0.103 0.546 2.696 1.258 0.821 2.059 0.146 0.603 0.452 0.069 1.436 0.186 1.286 0.370 0.295 0.022 0.003 0.749 1.757 2.588 4.675 1.545 1.699 2.987 2.794 1.594 1.536 2.529 2.938 4.637 6.940 1.200 1.060 0.456 1.029 2.159 1.940 0.770 1.909 1.433 0.820 1391 chr10 25136631 25146830 + 0 NA intron (NM_020200, intron 7 of 8) intron (NM_020200, intron 7 of 8) 99843 NM_020200 56952 Hs.405619 NM_020200 ENSG00000099256 PRTFDC1 HHGP phosphoribosyl transferase domain containing 1 protein-coding 0.619 1.930 2.914 0.367 0.365 0.119 0.842 0.807 1.390 0.009 1.133 0.936 0.024 0.010 0.270 0.565 0.653 0.222 0.297 0.138 0.107 0.583 0.499 0.985 0.417 0.358 0.036 0.402 0.301 0.127 0.471 0.511 2.361 0.537 2.794 0.177 0.044 0.086 0.621 1.145 0.092 0.080 0.085 0.344 0.256 0.228 0.190 0.655 0.072 2.693 1.618 0.565 0.325 0.726 0.985 1.787 0.421 0.029 0.045 0.758 0.563 0.020 0.205 1.083 0.028 0.025 0.551 0.330 0.929 1.825 0.465 0.464 7.051 2.914 0.059 0.086 0.557 0.757 0.736 0.862 0.222 0.087 0.060 0.122 1.056 2.154 0.297 0.484 1.318 0.796 11645 chr9 93873854 93883302 + 0 NA Intergenic Intergenic -2766 NR_135306 100129347 Hs.522287 NR_135306 ENSG00000229694 LINC00484 C9orf73 long intergenic non-protein coding RNA 484 ncRNA 0.759 nan 0.858 0.092 0.775 2.372 0.947 0.140 0.293 0.041 0.311 0.804 0.690 0.021 5.228 0.589 0.046 0.017 0.881 0.340 0.054 0.015 0.101 0.090 0.282 0.694 0.353 0.064 2.226 0.558 0.409 1.589 0.385 2.048 0.726 1.420 0.023 0.074 0.452 0.046 1.698 0.249 0.148 0.312 0.057 0.112 0.530 0.336 0.173 0.225 0.972 0.589 0.799 0.088 0.282 0.116 0.149 0.020 0.222 0.107 0.205 0.085 0.090 0.502 0.030 0.010 0.138 0.170 0.738 nan 2.174 1.828 0.310 0.130 0.324 0.375 0.098 0.173 3.361 2.943 2.189 2.553 0.151 0.231 0.169 0.149 0.172 0.213 0.941 0.659 11240 chr8 120423681 120439942 + 0 NA intron (NM_002514, intron 4 of 4) intron (NM_002514, intron 4 of 4) 3259 NM_002514 4856 Hs.235935 NM_002514 ENSG00000136999 NOV CCN3|IBP-9|IGFBP-9|IGFBP9|NOVh nephroblastoma overexpressed protein-coding nan nan nan 0.213 0.303 0.024 0.379 0.197 0.245 0.030 0.299 0.171 0.008 0.091 0.077 0.071 0.313 0.138 0.300 0.222 0.027 0.008 0.201 0.157 0.155 0.273 0.197 0.004 0.792 0.090 0.179 0.463 0.161 nan 0.297 0.107 0.146 0.040 0.074 0.261 0.044 0.135 0.078 0.068 0.255 0.028 0.183 0.438 0.130 0.188 10.008 0.173 0.071 0.424 0.051 0.155 0.181 0.132 0.060 0.383 0.262 0.155 0.231 0.114 0.075 0.018 0.003 0.251 0.186 0.439 0.494 0.682 0.745 0.695 0.223 nan nan 0.379 0.697 0.293 0.443 0.863 1.082 0.786 0.797 0.577 0.603 0.205 0.302 0.868 0.687 3579 chr14 57728653 57743438 + 0 NA promoter-TSS (NM_006544) promoter-TSS (NM_006544) -428 NM_006544 10640 Hs.743987 NM_006544 ENSG00000070367 EXOC5 HSEC10|PRO1912|SEC10|SEC10L1|SEC10P exocyst complex component 5 protein-coding nan nan 3.393 1.094 2.349 1.510 0.511 1.010 1.743 0.329 0.727 0.503 0.569 0.347 1.648 1.475 1.067 0.152 1.203 0.282 0.911 0.329 0.600 0.389 1.618 0.924 0.912 0.307 1.025 0.450 1.335 1.576 1.619 2.971 0.584 0.922 0.378 1.057 0.166 0.431 1.448 0.748 1.014 0.440 0.684 0.473 0.913 0.760 0.869 1.161 0.724 0.951 1.475 1.529 0.975 1.618 0.506 0.530 0.551 1.367 0.934 1.373 0.503 2.946 1.005 0.390 0.188 1.877 1.699 2.671 3.687 3.466 2.857 2.143 0.963 6.027 6.312 1.608 1.882 2.342 4.041 4.578 4.246 0.935 1.754 2.599 3.308 8.386 8.844 nan 0.966 5234 chr18 30302951 30323549 + 0 NA intron (NM_020805, intron 3 of 8) MLT1I-int|LTR|ERVL-MaLR 39724 NM_020805 57565 Hs.446164 NM_020805 ENSG00000197705 KLHL14 - kelch like family member 14 protein-coding nan 1.064 0.929 0.143 0.598 0.352 0.148 0.481 1.086 0.009 0.113 0.151 0.012 0.044 0.385 0.612 0.058 0.023 0.067 0.046 0.003 0.007 0.419 0.265 0.890 0.003 0.021 0.014 0.050 0.010 0.078 0.266 0.097 1.198 0.228 0.153 0.263 0.042 0.068 0.103 0.071 0.099 0.044 0.049 0.042 0.019 0.070 0.185 0.036 0.107 0.100 0.051 0.612 0.059 0.023 0.890 0.047 0.020 0.014 0.027 0.242 0.038 0.097 0.054 0.019 0.017 0.007 0.386 0.261 1.346 1.396 1.721 1.859 0.761 0.359 0.135 0.115 0.118 0.153 nan 2.193 0.441 0.269 0.394 0.457 1.698 3.040 0.189 0.376 3.452 2.353 2794 chr12 76028111 76036901 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -127088 NM_007043 11103 Hs.645517 NM_007043 ENSG00000111615 KRR1 HRB2|RIP-1 KRR1, small subunit processome component homolog protein-coding nan 0.968 0.520 5.318 0.372 0.051 0.809 0.087 0.315 0.076 0.229 4.384 0.014 0.276 0.090 0.615 0.243 0.166 1.407 1.058 0.101 0.429 0.148 0.095 0.223 0.497 0.132 0.067 0.488 2.219 1.870 4.376 0.166 0.310 2.692 0.128 0.044 0.160 0.078 1.511 0.081 0.074 0.349 0.116 0.422 0.167 0.230 7.239 0.315 0.663 0.071 0.220 0.615 0.368 0.339 0.223 2.072 0.152 0.107 0.212 0.232 0.395 0.034 0.139 2.301 1.727 2.571 0.355 0.250 0.364 0.678 0.632 0.769 0.833 0.207 0.182 0.254 1.589 1.605 nan 0.837 0.455 0.201 0.065 0.208 0.309 0.427 0.450 0.624 nan 0.813 10299 chr7 33704767 33728353 + 0 NA Intergenic Intergenic -227963 NM_133468 168667 Hs.660998 NM_133468 ENSG00000164619 BMPER CRIM3|CV-2|CV2 BMP binding endothelial regulator protein-coding 1.125 1.077 0.894 0.134 0.192 0.090 0.036 0.095 0.212 0.045 0.104 0.137 0.084 0.746 0.072 0.168 0.194 0.076 0.050 0.024 0.090 0.018 0.080 0.075 0.211 0.021 0.026 0.028 0.102 0.138 4.387 6.175 7.473 0.429 0.273 0.089 0.024 0.099 0.166 0.080 0.084 0.070 0.018 0.026 0.135 0.176 0.142 0.119 0.069 0.042 0.260 0.095 0.168 0.087 0.031 0.211 0.131 0.239 0.066 0.052 0.363 0.117 0.013 0.073 0.146 0.020 0.011 0.403 0.292 0.265 0.455 0.464 nan 0.324 0.119 0.356 0.428 0.322 nan nan nan 0.358 0.156 0.158 0.224 0.083 0.128 0.154 nan 0.296 0.326 5884 chr2 8703360 8727580 + 0 NA intron (NR_110257, intron 4 of 5) intron (NR_110257, intron 4 of 5) 8452 NR_110257 101929567 Hs.634706 NR_110257 ENSG00000236008 LINC01814 - long intergenic non-protein coding RNA 1814 ncRNA 1.117 0.839 1.650 0.102 2.880 0.372 0.153 0.675 1.420 0.016 0.127 0.101 0.036 2.099 3.952 0.799 0.150 0.073 0.158 0.298 0.044 0.068 2.454 0.779 6.310 0.069 0.024 0.088 0.127 0.048 0.215 0.716 0.117 1.432 0.024 0.129 0.349 0.148 0.094 0.034 1.750 0.190 0.045 0.019 0.108 0.075 0.036 0.161 0.499 0.118 0.647 0.580 0.799 0.092 0.031 6.310 0.171 0.401 0.220 0.217 3.547 0.095 3.378 0.380 0.076 0.033 0.019 2.432 3.005 0.565 0.850 3.659 3.990 6.846 2.537 2.577 2.700 0.378 0.675 4.939 4.572 0.896 0.959 2.673 3.771 1.269 1.256 0.606 1.138 1.341 0.863 214 chr1 30178491 30186624 + 0 NA Intergenic Intergenic 327902 NR_110790 101929406 Hs.639413 NR_110790 ENSG00000233399 LINC01648 - long intergenic non-protein coding RNA 1648 ncRNA 1.702 nan 0.637 2.122 0.909 3.550 4.269 4.384 8.178 0.293 0.845 3.238 0.005 0.057 1.533 4.519 0.040 0.078 1.496 1.471 1.390 0.034 1.425 0.576 1.428 3.503 3.609 0.019 0.452 0.641 3.131 7.189 0.306 10.217 3.496 0.626 0.823 0.067 0.107 4.173 0.010 3.766 1.458 0.538 2.955 0.150 0.829 0.790 0.641 0.220 3.599 1.303 4.519 0.457 4.402 1.428 0.874 0.458 1.034 0.955 1.666 2.140 0.571 0.090 4.411 1.402 1.539 0.513 0.632 0.171 0.219 7.496 6.615 nan 0.137 0.116 0.162 0.172 0.379 2.928 2.516 nan 1.398 0.459 0.755 2.571 2.524 0.482 0.905 2.403 nan 10269 chr7 29148763 29156285 + 0 NA intron (NM_001348052, intron 4 of 14) intron (NM_001348052, intron 4 of 14) -12125 NR_120523 101928168 Hs.666750 NR_120523 ENSG00000285412 LOC101928168 - uncharacterized LOC101928168 ncRNA 1.437 1.192 1.832 2.253 0.129 0.030 0.029 0.229 0.347 0.166 0.093 0.174 4.044 0.053 0.094 0.378 0.110 0.153 0.296 0.302 0.076 0.146 0.156 0.176 0.849 0.411 0.010 1.498 0.139 0.346 1.884 2.756 0.582 0.019 0.137 0.163 0.014 0.138 0.358 0.200 0.979 0.257 0.114 0.222 0.499 2.280 0.214 0.065 0.132 0.331 0.498 0.378 0.689 2.245 0.176 0.224 0.552 0.219 0.185 0.067 1.347 0.317 0.049 0.607 0.069 0.027 0.752 0.583 0.960 nan 0.499 0.520 0.494 0.315 1.138 1.170 0.239 0.259 0.372 0.434 0.383 0.156 0.611 0.797 0.583 1.045 0.214 nan 0.903 0.706 6622 chr2 210382018 210396118 + 0 NA intron (NM_001039538, intron 2 of 14) (T)n|Simple_repeat|Simple_repeat -55335 NM_031845 4133 Hs.368281 NM_002374 ENSG00000078018 MAP2 MAP2A|MAP2B|MAP2C microtubule associated protein 2 protein-coding nan 1.618 nan 0.153 0.200 0.273 0.167 0.375 0.703 0.020 0.107 0.979 0.035 0.028 0.189 0.372 1.869 0.068 0.164 0.040 0.371 0.423 0.256 0.500 0.529 0.174 0.247 0.090 0.079 0.184 0.204 1.032 0.238 0.129 0.730 0.331 0.092 0.076 0.664 0.059 0.009 0.011 0.116 0.047 0.075 0.071 0.075 0.071 0.022 0.075 0.372 0.106 0.046 0.500 0.047 0.059 0.172 0.020 0.101 0.056 0.063 0.910 0.144 0.016 0.007 0.371 0.318 0.448 0.760 0.414 0.594 1.906 1.124 0.347 0.374 5.340 5.879 0.483 nan 3.069 1.708 0.101 0.296 1.356 2.790 0.772 1.822 0.328 0.306 8427 chr4 75222740 75251647 + 0 NA intron (NM_001432, intron 1 of 4) intron (NM_001432, intron 1 of 4) 6333 NM_001432 2069 Hs.115263 NM_001432 ENSG00000124882 EREG EPR|ER|Ep epiregulin protein-coding 0.536 0.581 0.415 6.006 0.104 0.179 2.591 0.106 0.200 0.343 0.841 1.888 0.011 0.027 0.112 0.218 0.225 0.133 1.423 0.589 1.086 0.005 0.098 0.052 0.045 1.497 1.303 0.087 2.907 1.409 0.764 1.227 1.090 0.276 1.593 0.769 0.010 0.049 0.078 1.436 0.071 3.783 0.386 0.197 1.436 1.137 1.174 2.371 1.053 0.094 1.281 1.171 0.218 1.275 2.961 0.045 0.733 0.904 0.758 0.039 1.031 0.051 0.056 1.405 0.012 0.019 0.359 0.266 0.262 0.365 0.225 0.281 0.170 0.105 0.259 0.290 0.349 0.502 0.406 0.419 0.289 0.128 0.110 0.154 0.033 0.044 0.131 0.226 0.186 0.218 2789 chr12 72658979 72680610 + 0 NA intron (NM_013381, intron 1 of 18) intron (NM_013381, intron 1 of 18) -2505 NR_026836 283392 Hs.363603 NM_001025457 ENSG00000236333 TRHDE-AS1 - TRHDE antisense RNA 1 ncRNA nan 1.052 1.633 9.927 0.294 0.072 0.155 0.142 0.228 0.051 0.501 0.037 0.280 0.242 0.076 0.148 0.166 0.026 0.009 0.006 0.151 0.193 0.072 0.007 0.013 0.058 0.083 0.682 0.142 0.146 0.052 1.382 0.418 0.079 0.391 0.011 0.094 0.344 1.563 0.083 0.022 0.007 0.035 0.021 0.131 0.250 0.070 1.173 0.069 0.018 0.242 0.076 0.022 0.072 0.034 0.061 0.210 0.056 0.442 0.029 0.005 0.383 0.053 0.021 0.012 0.390 0.260 0.428 0.586 0.673 0.530 0.514 0.148 0.680 0.711 1.296 1.770 nan 0.871 2.321 2.445 0.107 0.181 1.505 1.176 1.378 3.287 nan 0.639 6718 chr2 234069274 234083717 + 0 NA intron (NM_001017915, intron 12 of 25) AluSx3|SINE|Alu -83722 NM_001190266 55054 Hs.529322 NM_017974 ENSG00000085978 ATG16L1 APG16L|ATG16A|ATG16L|IBD10|WDR30 autophagy related 16 like 1 protein-coding 0.588 nan 0.690 0.195 0.116 0.050 3.644 0.132 0.214 0.265 0.728 0.181 0.004 0.021 0.074 0.342 0.093 0.079 0.770 0.526 0.030 0.076 0.093 0.101 1.417 1.231 0.062 0.910 0.410 0.342 2.683 0.603 0.490 0.900 0.162 0.033 0.063 0.112 0.621 0.011 1.710 0.078 0.032 0.325 0.778 1.585 0.145 0.676 0.054 0.027 0.764 0.342 0.608 0.099 0.101 0.119 0.087 0.087 0.108 0.035 0.701 0.028 0.068 0.799 0.044 0.011 0.525 0.594 0.232 0.378 0.214 0.278 0.120 0.051 0.343 0.389 0.261 0.440 0.326 nan 0.365 0.210 0.220 0.317 0.068 0.091 0.133 0.212 0.492 0.384 2074 chr11 70747413 70763780 + 0 NA intron (NM_012309, intron 7 of 22) MIRc|SINE|MIR -37123 NR_037437 100500844 NR_037437 ENSG00000263744 MIR3664 mir-3664 microRNA 3664 ncRNA nan 1.391 0.419 0.127 0.075 3.547 0.087 1.151 2.072 0.006 0.057 0.062 0.015 0.036 3.292 1.361 0.100 0.059 0.045 0.020 0.025 1.348 0.626 5.139 0.041 0.035 0.014 0.050 0.026 0.058 nan 0.086 3.987 0.027 0.056 0.387 0.067 0.066 0.007 0.034 0.151 0.027 0.026 0.060 0.080 0.116 0.145 0.129 0.052 0.049 0.137 1.361 0.043 0.011 5.139 0.022 0.081 0.262 0.153 0.044 0.082 0.484 0.030 0.051 0.032 0.012 1.570 1.359 0.650 0.782 5.777 6.634 3.389 1.096 0.930 1.040 1.590 2.040 4.223 4.629 0.423 0.357 0.704 1.039 2.128 1.532 0.175 0.240 2.424 1.109 731 chr1 153481956 153527370 + 0 NA Intergenic Intergenic 4054 NM_014624 6277 Hs.275243 NM_014624 ENSG00000197956 S100A6 2A9|5B10|CABP|CACY|PRA|S10A6 S100 calcium binding protein A6 protein-coding nan nan 1.983 1.826 0.349 1.878 2.459 0.423 0.720 0.643 1.435 1.638 0.153 0.879 1.281 1.377 1.218 0.160 2.267 1.774 1.303 0.052 0.677 0.353 0.777 2.503 2.084 0.915 1.441 1.754 14.003 28.541 1.386 7.427 2.098 2.517 0.826 0.066 0.099 2.495 0.084 2.979 1.007 0.584 1.918 0.811 2.005 1.842 3.573 0.907 4.370 6.419 1.377 1.897 2.202 0.777 1.334 2.739 0.640 3.570 1.422 2.261 0.601 0.980 1.112 0.308 0.221 0.558 0.745 0.387 0.903 1.416 nan 2.793 0.800 0.506 0.530 2.469 3.460 1.333 1.781 1.313 1.176 1.184 1.301 2.176 2.362 1.103 2.963 1.127 0.734 2547 chr12 25202943 25254142 + 0 NA intron (NM_006152, intron 5 of 20) intron (NM_006152, intron 5 of 20) 23361 NM_006152 4033 Hs.124922 NM_006152 ENSG00000118308 LRMP JAW1 lymphoid restricted membrane protein protein-coding nan nan nan 0.086 0.242 0.033 0.140 0.081 0.167 0.013 0.118 0.087 0.005 0.051 0.088 0.100 0.078 0.073 0.235 0.047 0.042 0.019 0.098 0.145 0.056 0.026 0.018 0.010 0.084 0.021 0.075 0.173 0.073 0.489 0.290 0.079 0.268 0.055 0.133 0.216 0.097 0.074 0.018 0.020 0.040 0.072 0.075 0.311 0.078 0.079 0.025 0.035 0.100 0.104 0.022 0.056 0.102 0.042 0.032 0.098 0.033 0.032 4.821 0.225 0.113 0.019 0.009 2.709 2.824 6.668 3.459 0.273 0.374 0.136 0.093 15.243 15.764 0.472 0.695 0.281 0.302 0.450 0.257 3.866 7.261 0.718 0.856 0.363 0.669 0.327 0.320 9215 chr5 139690255 139708732 + 0 NA Intergenic Intergenic -16804 NM_002622 5201 Hs.483564 NM_002622 ENSG00000113068 PFDN1 PDF|PFD1 prefoldin subunit 1 protein-coding 0.674 0.819 nan 0.897 0.090 0.048 2.398 0.078 0.271 0.113 2.292 1.853 0.040 0.016 0.091 0.110 0.150 0.122 0.616 0.482 0.068 0.038 0.112 0.090 0.089 3.568 2.293 0.770 0.847 2.608 0.183 0.621 0.206 0.443 0.439 0.397 0.010 0.071 0.140 1.232 0.055 3.910 3.027 1.390 3.878 0.331 0.782 1.324 0.921 0.808 0.133 1.417 0.110 0.810 5.462 0.089 0.772 0.202 0.021 0.246 0.224 0.889 0.037 0.080 1.152 0.321 0.185 0.281 0.255 0.238 0.307 0.235 0.285 0.440 0.181 0.301 0.339 0.214 0.456 0.232 0.271 0.372 0.186 0.252 0.360 0.115 0.147 0.209 0.326 0.522 0.478 11509 chr9 32499301 32504893 + 0 NA intron (NM_014314, intron 1 of 17) L1MB8|LINE|L1 24225 NM_014314 23586 Hs.190622 NM_014314 ENSG00000107201 DDX58 RIG-I|RIGI|RLR-1|SGMRT2 DExD/H-box helicase 58 protein-coding 0.570 nan 0.924 0.563 0.094 0.078 2.450 0.288 0.220 0.241 0.364 0.118 0.048 0.023 0.215 0.030 1.651 1.015 0.778 0.029 0.147 0.043 0.360 0.103 0.066 0.218 0.792 0.086 0.262 0.260 0.346 0.861 0.850 0.034 0.058 0.129 0.446 0.014 0.742 1.973 1.104 0.154 0.203 0.241 0.588 0.306 0.865 0.367 1.171 0.023 1.082 0.132 0.043 0.350 0.073 0.088 0.072 0.018 0.710 4.053 0.283 0.278 0.153 5.073 4.357 16.192 4.875 0.359 0.374 0.622 0.142 0.518 0.626 0.329 0.554 0.184 0.192 0.211 0.219 5.591 5.603 0.112 0.120 0.165 0.171 0.677 0.831 8067 chr3 179039537 179044337 + 0 NA intron (NM_016331, intron 1 of 6) intron (NM_016331, intron 1 of 6) 386 NM_016331 51193 Hs.632578 NM_016331 ENSG00000121864 ZNF639 ANC-2H01|ANC_2H01|ZASC1 zinc finger protein 639 protein-coding 6.533 3.857 3.667 5.506 4.419 0.877 2.712 1.960 3.913 1.629 2.734 2.094 10.421 1.018 3.520 2.671 4.006 0.873 2.082 0.794 2.620 1.757 4.137 2.769 3.142 3.486 4.368 3.448 4.351 1.301 2.232 2.619 3.452 7.058 0.764 2.792 1.467 2.569 0.190 0.950 3.667 6.412 4.406 2.356 2.139 1.099 3.650 3.099 2.699 5.210 2.697 2.942 2.671 3.311 3.825 3.142 1.097 1.969 1.043 4.098 1.895 2.315 1.736 3.186 1.384 1.452 0.911 3.637 4.592 4.847 7.074 7.618 6.045 9.676 3.636 7.698 8.173 4.954 7.113 6.087 9.620 12.120 15.623 2.763 7.512 7.246 5.774 8.162 7.644 3.092 1.858 4281 chr16 20619978 20627729 + 0 NA Intergenic Intergenic -36158 NM_182617 348158 Hs.298252 NM_182617 ENSG00000066813 ACSM2B ACSM2|HXMA|HYST1046 acyl-CoA synthetase medium chain family member 2B protein-coding 1.023 1.525 nan 0.063 4.012 9.585 0.037 0.124 0.260 0.037 0.102 0.047 0.608 0.689 0.082 0.029 0.041 0.024 0.024 0.069 0.064 0.110 0.036 0.046 0.019 0.060 0.027 0.093 0.132 0.136 3.673 0.019 0.049 0.067 0.041 0.048 0.093 0.083 0.015 0.020 0.014 0.050 0.065 0.103 0.105 0.046 0.027 0.059 0.082 0.119 0.036 0.110 0.009 0.063 0.063 0.097 1.691 0.241 0.010 0.007 0.013 0.361 0.132 0.131 0.155 3.129 3.629 nan 0.141 0.180 0.184 0.314 0.470 11.661 10.318 3.613 2.390 0.245 0.250 0.082 0.045 0.615 2.777 2.098 0.773 11347 chr8 142005414 142057012 + 0 NA Intergenic Intergenic -19035 NM_001352699 5747 Hs.395482 NM_005607 ENSG00000169398 PTK2 FADK|FAK|FAK1|FRNK|PPP1R71|p125FAK|pp125FAK protein tyrosine kinase 2 protein-coding 2.325 1.173 nan 1.749 1.440 1.121 5.599 0.579 1.097 1.246 1.193 0.983 0.332 0.369 0.776 0.640 0.844 0.181 1.952 1.242 0.782 0.429 0.185 0.137 1.134 1.936 1.788 0.544 1.765 2.226 2.084 6.222 1.447 2.559 1.286 0.604 0.176 0.382 0.082 1.277 0.266 1.909 2.494 1.158 1.017 0.574 2.377 1.599 1.302 3.327 0.599 1.006 0.640 2.356 2.316 1.134 0.306 0.536 0.304 1.293 0.856 0.620 0.268 0.333 1.061 0.496 0.288 0.627 0.895 0.800 1.351 nan 1.941 nan 0.469 1.650 1.744 0.614 1.036 4.236 4.748 1.086 0.928 0.638 1.053 0.737 0.751 0.876 1.161 0.986 0.645 1928 chr11 46292154 46304516 + 0 NA promoter-TSS (NM_052854) promoter-TSS (NM_052854) -854 NM_052854 90993 Hs.405961 NM_052854 ENSG00000157613 CREB3L1 OASIS cAMP responsive element binding protein 3 like 1 protein-coding nan 2.081 1.101 0.321 0.753 0.754 1.713 0.298 0.619 0.047 1.891 1.136 0.015 2.300 0.676 0.476 0.478 0.081 0.613 0.536 0.072 0.303 0.140 0.140 0.309 2.370 2.141 0.196 0.127 0.230 4.748 10.535 2.560 1.270 0.307 0.040 0.077 0.605 0.132 0.259 0.095 0.196 0.572 0.335 0.889 0.050 0.327 1.296 1.200 1.143 7.167 3.103 0.476 0.262 0.307 0.309 0.514 0.355 0.133 0.525 0.640 1.378 0.112 0.161 2.370 0.033 0.008 0.617 0.936 0.283 0.397 0.887 0.799 1.261 0.315 0.387 0.340 0.464 0.954 1.246 0.934 0.543 0.316 0.715 0.688 0.608 0.915 0.332 nan 0.555 0.484 1092 chr1 210769799 210773558 + 0 NA intron (NM_001170564, intron 8 of 9) L1MA3|LINE|L1 269038 NM_001170580 55733 Hs.58650 NM_018194 ENSG00000054392 HHAT MART2|SKI1|Skn hedgehog acyltransferase protein-coding 1.250 1.417 1.268 1.263 0.327 0.222 5.797 0.127 0.185 0.712 3.458 6.709 0.942 0.054 0.126 1.304 0.956 0.042 0.283 2.825 0.084 0.115 0.032 7.816 9.654 0.291 3.195 2.357 0.533 0.951 2.071 nan 1.748 4.760 0.024 0.088 0.111 2.064 0.168 4.263 0.707 0.415 2.593 1.596 3.073 11.919 0.996 0.437 1.733 2.750 1.304 0.825 2.268 0.032 3.197 0.685 0.051 0.046 0.161 1.453 0.026 0.131 1.332 0.521 0.163 0.525 0.233 1.040 2.706 0.404 0.589 nan 0.098 0.878 0.679 0.538 nan 0.696 0.609 0.377 0.154 0.126 0.109 0.113 0.418 0.410 1.106 0.879 0.715 6396 chr2 142869464 142898087 + 0 NA intron (NM_018557, intron 1 of 90) intron (NM_018557, intron 1 of 90) 5495 NM_018557 53353 Hs.656461 NM_018557 ENSG00000168702 LRP1B LRP-1B|LRP-DIT|LRPDIT LDL receptor related protein 1B protein-coding 0.816 nan 1.195 0.169 0.205 0.025 0.072 0.121 0.267 0.010 0.302 1.063 0.011 0.049 0.034 0.362 0.088 0.062 0.209 0.159 0.060 0.039 0.104 0.137 0.126 0.060 0.023 0.023 0.093 0.048 0.197 0.318 0.091 0.812 0.128 0.788 0.326 0.080 0.077 0.132 0.108 0.119 0.046 0.024 0.057 0.019 0.532 0.290 0.199 0.464 0.108 0.037 0.362 0.089 0.010 0.126 0.236 0.202 0.058 0.364 0.219 0.028 0.042 0.068 0.059 0.018 0.007 0.378 0.211 4.992 5.533 0.535 0.408 0.127 0.045 1.409 1.492 5.656 6.720 0.409 0.484 0.486 0.222 0.146 0.280 0.918 0.550 0.392 0.662 0.109 0.208 8593 chr4 153197524 153210779 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -54656 NR_104273 102191832 Hs.712524 NR_104273 ENSG00000270751 FBXW7-AS1 DEAR|DEspR FBXW7 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.376 0.533 0.125 1.114 0.050 0.139 0.232 0.753 0.015 0.094 0.049 0.056 0.355 0.053 0.301 0.118 0.037 0.104 0.043 0.005 0.498 0.224 1.830 0.160 0.065 0.016 0.097 0.112 0.061 1.347 0.139 0.774 0.044 0.065 0.015 0.033 0.095 0.014 0.098 0.069 0.023 0.036 0.042 0.212 0.079 0.086 0.037 0.057 0.666 0.132 0.301 0.112 0.028 1.830 0.028 0.168 0.035 0.092 0.069 0.366 0.028 0.029 0.013 0.008 1.141 1.651 7.119 5.214 0.958 0.917 1.166 0.582 1.427 1.626 0.119 0.180 1.236 1.528 0.253 0.185 0.437 1.024 0.145 0.103 0.179 0.215 0.969 0.623 1756 chr11 1996267 2022826 + 0 NA intron (NR_024471, intron 1 of 3) intron (NR_024471, intron 1 of 3) 1604 NR_024471 100133545 Hs.677620 NR_024471 ENSG00000226416 MRPL23-AS1 - MRPL23 antisense RNA 1 ncRNA 1.255 1.504 1.738 0.097 0.444 0.682 0.229 0.295 0.510 0.014 0.286 0.101 0.005 0.902 0.063 0.310 0.045 0.061 0.044 0.088 0.068 0.503 0.224 0.248 0.050 0.022 0.127 0.083 0.042 3.944 10.212 0.302 0.852 0.077 0.108 0.812 0.057 0.041 0.158 0.018 0.201 0.099 0.080 0.049 0.049 0.181 0.163 1.756 0.062 0.173 0.251 0.310 0.207 0.087 0.248 0.069 1.039 0.091 0.822 3.108 0.133 0.343 0.014 0.203 0.026 0.013 0.793 1.913 0.138 0.209 0.432 0.421 1.935 0.853 0.236 0.226 0.118 0.231 0.740 1.099 0.227 0.203 0.903 1.133 2.655 2.695 0.084 0.088 2.485 1.410 2255 chr11 111943508 111946617 + 0 NA promoter-TSS (NM_001301017) promoter-TSS (NM_001301017) 94 NM_001082969 55216 Hs.195060 NM_018195 ENSG00000150776 NKAPD1 C11orf57 NKAP domain containing 1 protein-coding 2.402 2.586 1.816 1.669 4.677 1.900 3.111 2.121 3.369 1.417 2.312 2.349 1.498 0.830 2.042 2.900 1.032 2.021 0.426 2.089 0.893 1.464 0.848 3.341 2.773 2.765 2.253 2.703 1.253 3.162 3.593 1.338 7.729 1.554 1.675 0.585 2.921 0.210 1.141 1.368 6.990 3.740 1.828 2.825 2.076 5.818 2.844 1.859 2.901 1.366 3.062 2.900 2.380 3.245 3.341 1.896 2.867 0.779 2.148 1.469 2.691 2.554 1.349 2.178 1.370 0.993 17.098 16.596 4.938 7.291 6.606 7.582 6.726 3.015 8.436 9.418 3.979 nan 5.874 7.297 5.162 4.589 7.941 12.383 4.129 4.844 4.140 4.050 3.372 1.649 9334 chr5 170813524 170818744 + 0 NA intron (NM_001355010, intron 1 of 6) intron (NM_001355010, intron 1 of 6) 1426 NM_199185 4869 Hs.557550 NM_002520 ENSG00000181163 NPM1 B23|NPM nucleophosmin 1 protein-coding 4.026 2.689 3.711 3.807 2.426 1.875 2.689 1.165 2.495 1.726 2.771 2.283 1.235 0.884 1.890 1.723 1.828 0.153 2.286 1.162 2.609 1.646 1.553 0.778 3.068 2.915 3.435 2.023 4.213 2.031 2.974 4.737 1.952 7.816 1.368 4.450 1.022 3.685 0.211 1.976 1.409 3.646 5.415 2.756 3.340 1.892 3.193 5.982 2.692 4.023 2.468 2.271 1.723 3.456 4.301 3.068 2.440 1.769 0.725 3.001 1.462 3.250 0.744 1.607 1.955 2.753 1.743 4.606 3.701 7.302 nan 6.260 6.389 5.141 3.229 6.002 6.459 3.702 nan 6.253 10.071 11.010 12.484 3.038 5.548 7.680 7.041 8.770 4.819 2.323 1.320 11963 chrX 103553765 103588378 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -71472 NM_153448 80712 Hs.223782 NM_153448 ENSG00000123576 ESX1 ESX1L|ESXR1 ESX homeobox 1 protein-coding nan nan nan 0.289 0.046 0.023 4.356 0.117 0.197 0.116 0.411 0.902 0.014 0.101 0.036 0.085 0.050 0.047 0.926 0.843 0.122 0.016 0.100 0.149 0.033 0.845 0.376 0.011 1.019 1.467 0.211 0.710 0.362 0.154 1.211 0.462 0.003 0.132 0.194 1.148 0.018 3.086 1.033 0.647 0.468 1.181 2.214 0.280 0.171 0.029 0.094 0.440 0.085 0.586 0.265 0.033 0.216 0.108 0.067 0.018 0.837 0.032 0.014 0.504 0.005 0.004 0.259 0.209 0.264 0.296 0.130 0.147 0.082 0.065 0.120 0.162 0.070 0.184 0.126 0.125 0.366 0.209 0.085 0.155 0.031 0.050 0.108 0.230 0.080 0.106 7086 chr20 58823405 58834926 + 0 NA intron (NR_046099, intron 3 of 4) L1MC4|LINE|L1 -54367 NR_030376 693231 NR_030376 ENSG00000207802 MIR646 MIRN646|hsa-mir-646 microRNA 646 ncRNA 0.556 1.291 0.328 0.089 0.039 1.087 1.449 0.166 0.232 0.083 0.108 0.049 0.016 0.043 0.704 0.211 0.098 0.042 0.043 0.082 0.233 0.102 0.010 0.808 0.534 0.088 0.938 0.019 0.133 0.114 0.668 0.304 0.025 0.141 0.008 0.019 0.113 0.026 0.182 0.699 0.381 0.009 0.034 0.092 0.237 0.085 0.350 4.226 0.117 0.211 0.019 0.658 0.010 0.085 0.079 0.126 0.396 0.238 0.864 0.208 0.011 1.147 0.500 0.520 1.334 nan 0.096 0.100 0.515 0.564 0.778 0.258 0.978 0.909 0.289 0.472 0.417 0.370 0.387 0.201 0.379 0.511 0.113 0.143 0.167 0.168 1.744 1.029 10763 chr7 155082850 155100055 + 0 NA intron (NM_198337, intron 2 of 3) MIRb|SINE|MIR 1970 NM_001346594 3638 Hs.520819 NM_005542 ENSG00000186480 INSIG1 CL6 insulin induced gene 1 protein-coding 1.601 1.342 nan 2.991 1.361 2.080 0.924 1.524 2.663 0.410 0.825 1.031 0.165 0.621 4.306 2.409 1.896 0.171 0.526 0.143 0.451 0.693 1.464 0.677 4.376 0.841 0.855 0.390 1.847 0.369 0.591 2.192 2.615 1.940 0.229 0.997 0.666 1.009 0.180 0.292 0.852 1.532 0.898 0.436 0.547 0.904 1.608 1.210 0.866 2.268 0.998 0.921 2.409 0.888 1.855 4.376 0.199 1.044 0.305 1.822 0.890 0.900 1.636 0.746 0.658 0.977 0.655 1.283 1.665 1.004 1.775 3.254 2.173 1.585 1.926 1.777 1.545 1.191 1.402 0.971 1.721 1.244 1.049 1.746 4.030 1.835 1.419 1.005 1.836 1.455 0.793 4885 chr17 57165765 57189617 + 0 NA intron (NR_148347, intron 1 of 22) L1ME1|LINE|L1 6634 NM_001320988 4591 Hs.579079 NM_015294 ENSG00000108395 TRIM37 MUL|POB1|TEF3 tripartite motif containing 37 protein-coding 1.673 1.537 1.276 0.477 0.857 0.260 0.854 0.600 1.196 0.255 0.988 0.524 3.149 0.101 0.567 0.435 1.800 0.419 0.782 0.159 2.002 0.342 0.643 0.410 0.678 0.475 0.324 0.778 0.684 0.514 0.784 1.213 0.419 1.829 0.411 0.665 0.248 4.070 0.263 0.283 0.449 1.329 0.476 0.216 0.516 0.212 0.530 0.698 0.995 1.494 0.387 0.393 0.435 0.650 0.728 0.678 0.206 0.408 0.167 0.986 0.336 0.818 0.280 0.402 0.530 0.328 0.158 1.606 1.636 1.365 3.622 1.450 1.335 1.786 0.598 nan 2.777 1.257 1.570 nan nan 1.761 1.744 0.656 1.350 1.280 1.405 1.501 2.121 1.081 0.566 9252 chr5 147327750 147353870 + 0 NA Intergenic Intergenic -54709 NM_206966 389336 Hs.660038 NM_206966 ENSG00000178776 C5orf46 SSSP1 chromosome 5 open reading frame 46 protein-coding nan 0.724 0.580 0.064 0.106 0.017 0.068 0.129 0.331 0.059 0.091 0.122 0.019 0.031 0.079 0.088 0.106 0.061 0.130 0.072 0.022 0.016 0.072 0.113 0.105 0.021 0.008 0.011 0.077 0.024 0.170 0.618 0.187 0.478 0.090 0.099 0.049 0.039 0.109 0.009 0.037 0.088 0.023 0.024 0.030 0.018 0.099 0.095 0.057 0.063 0.042 0.111 0.088 0.050 0.007 0.105 0.299 0.057 0.037 0.018 0.074 0.033 0.121 0.176 0.017 0.026 0.010 0.225 0.140 12.086 11.149 0.203 0.243 0.252 0.117 0.297 0.293 0.308 0.432 1.204 1.430 0.455 0.184 0.291 0.370 0.226 0.313 0.306 0.963 0.305 0.384 4748 chr17 38083043 38088076 + 0 NA Intergenic Plat_L3|LINE|CR1 -1502 NM_001320802 94103 Hs.514151 NM_016471 ENSG00000172057 ORMDL3 - ORMDL sphingolipid biosynthesis regulator 3 protein-coding nan 1.774 1.808 44.828 0.762 0.588 1.504 0.893 1.474 0.450 1.925 1.627 16.296 0.769 0.884 0.655 0.922 0.320 2.498 0.640 6.748 0.474 0.992 0.270 1.338 1.227 0.794 1.315 2.104 0.653 1.324 1.517 3.239 3.594 0.561 0.381 0.132 0.846 0.071 0.676 0.376 6.188 0.693 0.540 0.735 0.623 1.261 0.698 1.737 1.749 1.182 0.743 0.655 3.343 1.465 1.338 0.567 0.987 0.818 2.285 1.030 1.227 0.256 0.344 0.515 1.907 1.046 0.803 1.309 2.248 3.603 nan 1.772 3.133 0.981 4.134 4.297 1.024 1.436 3.471 4.666 nan 1.621 0.729 1.154 0.508 0.521 1.087 1.553 0.903 0.608 738 chr1 153693218 153704283 + 0 NA Intergenic HY3|scRNA|scRNA -1793 NM_023015 65123 Hs.438723 NM_023015 ENSG00000143624 INTS3 C1orf193|C1orf60|INT3|SOSS-A|SOSSA integrator complex subunit 3 protein-coding nan nan 2.243 1.598 1.254 0.999 1.653 0.825 1.507 0.719 1.267 1.206 0.639 1.406 1.775 1.682 1.327 0.553 2.084 0.952 1.446 1.051 1.293 0.466 1.437 1.612 1.575 1.205 1.600 1.068 7.918 10.253 1.299 5.202 0.658 2.483 0.372 1.688 0.125 1.113 0.883 1.886 1.585 0.798 1.486 0.932 1.730 0.941 1.604 1.257 2.263 3.852 1.682 1.737 1.320 1.437 0.842 1.804 0.509 3.903 1.450 1.994 1.233 1.071 0.756 0.935 0.502 1.719 1.740 2.175 3.169 3.233 nan 3.579 1.023 2.178 2.268 2.149 2.625 2.226 3.053 1.870 1.381 2.725 3.761 1.222 1.352 1.711 3.025 1.536 0.788 484 chr1 85149624 85187656 + 0 NA Intergenic Charlie2b|DNA|hAT-Charlie -12400 NM_014021 117178 Hs.22587 NM_014021 ENSG00000117155 SSX2IP ADIP|hMsd1 SSX family member 2 interacting protein protein-coding 1.976 nan nan 0.394 0.527 0.412 0.315 0.437 0.847 0.103 0.588 0.459 0.057 0.132 0.548 0.440 0.355 0.093 0.564 0.199 0.348 0.186 0.432 0.334 0.891 0.252 0.167 0.241 0.356 0.067 0.308 0.593 0.236 1.387 0.160 0.285 0.055 0.633 0.140 0.204 1.087 0.494 0.185 0.123 0.199 0.186 0.431 0.287 0.291 0.509 0.210 0.402 0.440 0.602 0.440 0.891 0.125 0.152 0.146 0.420 0.227 0.159 0.282 2.184 0.126 0.147 0.075 0.769 0.936 0.623 0.842 1.691 1.939 0.783 0.305 0.641 0.646 3.968 4.557 1.396 1.855 2.301 2.227 0.413 0.808 0.358 0.283 2.913 6.947 0.926 0.704 1243 chr1 243548202 243589177 + 0 NA intron (NM_001350248, intron 14 of 18) intron (NM_001350248, intron 14 of 18) 59211 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 1.177 nan 0.126 0.201 0.064 0.234 0.395 0.613 0.007 0.176 0.316 0.018 0.022 0.106 0.331 0.427 0.082 0.165 0.078 0.023 0.017 0.602 0.468 0.484 0.310 0.205 0.071 0.209 0.090 0.075 0.083 0.212 0.289 0.011 0.313 0.157 0.066 0.084 0.095 0.126 0.099 0.049 0.032 0.290 0.058 0.150 0.834 0.102 0.052 0.104 0.234 0.331 0.068 0.039 0.484 0.138 0.042 0.478 0.035 0.386 0.164 0.031 0.464 0.085 0.106 0.074 0.419 0.336 0.344 0.583 0.695 0.864 0.393 0.149 0.420 0.465 6.998 6.780 0.436 0.598 2.844 2.067 0.088 0.165 0.794 1.086 0.468 0.989 0.623 0.536 3408 chr14 24006113 24027274 + 0 NA intron (NM_033400, intron 1 of 9) intron (NM_033400, intron 1 of 9) 4165 NM_033400 85446 Hs.508937 NM_033400 ENSG00000136367 ZFHX2 MARSIS|ZFH-5|ZFH5|ZNF409 zinc finger homeobox 2 protein-coding nan 1.391 1.405 0.614 2.212 1.093 0.522 1.230 2.178 0.103 0.383 0.523 0.152 0.727 1.848 1.501 0.718 0.266 0.622 0.161 1.097 0.733 0.884 0.432 2.233 0.612 0.625 0.333 0.437 0.238 1.866 3.105 0.839 2.977 0.338 0.738 0.453 1.159 0.137 0.445 0.906 0.993 0.646 0.362 0.490 0.458 0.387 0.503 1.181 0.825 0.653 0.464 1.501 0.405 1.028 2.233 0.566 0.379 0.715 1.496 2.890 0.641 1.617 0.538 0.454 0.288 0.172 1.707 2.251 1.363 1.635 3.731 3.674 3.823 1.108 2.289 2.393 2.175 3.169 2.442 nan 2.869 2.635 1.759 2.640 2.071 2.120 0.843 2.236 2.980 1.411 4833 chr17 46613512 46699693 + 0 NA promoter-TSS (NM_024015) promoter-TSS (NM_024015) 707 NR_029608 406902 NR_029608 ENSG00000284038 MIR10A MIRN10A|hsa-mir-10a|miRNA10A|mir-10a microRNA 10a ncRNA 1.338 8.520 nan 4.615 5.712 1.491 0.382 2.422 4.501 0.508 1.221 1.288 0.439 1.534 8.379 0.108 0.109 0.058 0.773 0.330 0.371 4.242 5.330 2.430 4.823 0.670 0.553 0.778 0.410 0.408 1.641 nan 1.127 12.952 0.059 1.113 1.463 2.174 0.115 0.417 0.035 5.154 2.282 1.193 0.820 0.458 0.918 1.697 3.005 5.687 0.229 0.153 0.108 0.491 1.850 4.823 0.094 1.145 0.039 1.462 1.442 0.126 0.046 0.049 0.663 9.612 7.478 0.376 0.593 0.399 0.566 2.596 nan 2.191 0.795 1.249 1.346 1.434 2.169 3.001 nan 0.994 0.592 0.189 0.239 4.017 3.080 0.112 0.211 4.442 2.270 10138 chr7 5302179 5325590 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -8677 NM_153247 222962 Hs.4302 NM_153247 ENSG00000164638 SLC29A4 ENT4|PMAT solute carrier family 29 member 4 protein-coding 2.458 1.004 2.299 0.151 0.316 0.506 0.115 0.438 0.943 0.025 0.214 0.130 0.043 0.293 0.515 0.296 0.119 0.171 0.118 0.033 0.038 0.166 0.476 0.286 0.699 0.059 0.061 0.227 0.218 0.023 0.227 nan 0.348 nan 0.044 0.093 0.041 0.425 0.136 0.015 0.335 0.217 0.095 0.042 0.014 0.057 0.129 0.210 0.584 0.292 0.054 0.103 0.296 0.165 0.198 0.699 0.052 0.232 0.252 0.708 0.880 0.125 0.110 2.225 0.029 0.042 0.024 0.426 0.404 0.332 nan 1.355 1.134 nan 0.278 0.660 0.658 0.895 1.249 nan 1.106 0.567 0.581 0.265 0.369 0.223 0.289 1.681 5.451 1.108 0.722 7860 chr3 136671292 136680694 + 0 NA promoter-TSS (NM_144717) promoter-TSS (NM_144717) -714 NM_144717 53833 Hs.61232 NM_144717 ENSG00000174564 IL20RB DIRS1|FNDC6|IL-20R2 interleukin 20 receptor subunit beta protein-coding 1.108 nan nan 2.726 0.204 0.088 2.520 0.188 0.536 2.273 0.390 0.399 0.057 0.032 0.142 0.129 1.207 0.257 1.732 0.666 2.709 0.025 0.275 0.289 0.204 2.843 1.991 0.110 3.555 1.796 0.520 0.951 1.006 0.294 1.108 0.084 0.020 0.115 0.066 0.162 0.127 6.518 0.398 0.257 1.723 4.179 0.992 0.851 0.448 0.398 0.191 1.057 0.129 0.401 0.068 0.204 0.726 0.079 0.021 0.303 0.072 1.055 0.074 0.170 0.370 0.310 0.249 0.255 0.228 0.359 0.524 0.485 0.599 0.562 0.401 0.402 0.449 0.776 1.098 0.404 0.320 nan 0.528 0.245 0.495 0.089 0.087 0.387 0.856 0.650 0.447 623 chr1 117771814 117782626 + 0 NA Intergenic THE1C|LTR|ERVL-MaLR -23638 NR_045604 79679 Hs.546434 NM_024626 ENSG00000134258 VTCN1 B7-H4|B7H4|B7S1|B7X|B7h.5|PRO1291|VCTN1 V-set domain containing T cell activation inhibitor 1 protein-coding nan 1.271 0.767 0.160 0.138 0.253 0.109 0.030 0.252 0.053 0.064 0.043 0.017 0.078 0.501 0.248 0.128 0.092 0.088 0.053 0.023 0.013 0.160 0.119 0.077 0.250 0.054 0.055 0.082 0.020 0.091 0.418 0.640 1.197 0.040 0.050 0.236 0.030 0.087 1.100 0.068 0.022 0.029 0.162 0.078 0.461 0.205 0.114 0.006 0.132 0.601 0.248 0.132 0.042 0.077 0.022 0.100 0.035 0.124 0.028 0.080 0.310 0.079 0.021 0.014 0.042 0.221 0.298 4.519 12.356 0.360 nan 0.246 0.130 0.119 0.158 2.194 2.454 0.423 0.325 0.350 0.158 0.273 0.436 0.776 1.291 0.312 0.370 0.927 0.714 3885 chr15 30915210 30921318 + 0 NA promoter-TSS (NM_001039841) promoter-TSS (NM_001039841) -87 NM_001039841 89839 Hs.659621 NM_001039841 ENSG00000285077 ARHGAP11B B'-T|FAM7B1|GAP (1-8) Rho GTPase activating protein 11B protein-coding 4.254 nan nan 1.969 3.723 3.016 5.616 2.443 5.542 2.169 2.826 4.581 1.378 2.021 3.551 4.157 3.221 0.553 3.689 1.360 5.651 2.199 2.701 2.042 6.664 3.215 4.263 1.242 3.193 1.570 5.557 8.537 2.182 9.900 2.368 6.444 2.535 4.114 0.156 2.419 2.984 2.626 4.780 2.033 3.376 1.868 3.052 6.275 4.676 4.184 3.623 3.797 4.157 2.883 8.001 6.664 2.641 1.583 1.974 3.277 3.413 4.127 3.988 2.223 7.207 3.347 2.407 4.736 4.876 6.731 8.816 7.373 6.342 6.013 2.602 9.091 9.222 5.733 6.751 6.053 8.634 7.200 6.759 3.060 6.354 6.072 8.041 5.316 6.798 1.934 0.899 4091 chr15 78348399 78361724 + 0 NA intron (NM_144572, intron 1 of 12) intron (NM_144572, intron 1 of 12) 14933 NM_144572 23102 Hs.567426 NM_015079 ENSG00000167202 TBC1D2B - TBC1 domain family member 2B protein-coding 1.066 1.386 2.794 0.417 0.204 0.108 1.006 0.217 0.431 0.122 0.276 0.812 0.433 0.119 0.206 0.288 1.791 0.279 0.830 0.439 0.231 0.052 0.304 0.235 0.207 1.169 0.898 0.184 1.034 0.978 1.390 4.558 1.449 0.537 0.701 0.120 0.078 0.060 0.109 0.372 0.074 0.201 0.104 0.093 1.258 0.959 0.650 1.275 0.684 0.144 0.431 1.348 0.288 0.769 1.021 0.207 0.467 0.136 0.437 0.142 0.159 0.843 0.216 0.435 0.453 0.860 0.723 0.844 1.085 0.970 1.258 0.403 0.417 0.610 0.291 0.776 0.806 1.513 1.910 0.578 0.753 5.340 4.718 0.658 0.870 0.248 0.289 0.519 1.588 0.556 0.347 11130 chr8 97585522 97597591 + 0 NA intron (NM_002998, intron 1 of 4) intron (NM_002998, intron 1 of 4) -65899 NM_016134 10404 Hs.156178 NM_016134 ENSG00000104324 CPQ LDP|PGCP carboxypeptidase Q protein-coding nan 1.245 2.097 0.059 0.614 0.033 3.763 0.195 0.578 0.165 0.109 0.030 3.315 0.033 1.149 0.563 2.880 0.225 0.070 0.026 0.052 0.094 0.889 1.455 0.892 0.006 0.612 0.123 0.947 1.430 2.124 2.567 1.695 0.050 0.205 1.155 0.093 0.423 0.092 0.085 0.065 0.046 0.009 0.401 0.056 0.211 0.067 0.065 0.072 0.049 0.563 0.029 0.008 0.889 0.055 0.072 0.019 0.093 0.398 0.083 0.245 0.440 0.031 0.008 0.324 0.178 0.464 nan 1.436 1.412 1.489 0.506 0.309 0.313 0.315 0.479 1.600 1.421 0.603 0.312 0.250 0.302 1.265 1.707 0.566 1.087 0.481 0.427 8688 chr5 77084 109611 + 0 NA intron (NM_052909, intron 1 of 19) intron (NM_052909, intron 1 of 19) 1081 NM_052909 153478 Hs.535800 NM_052909 ENSG00000153404 PLEKHG4B - pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G4B protein-coding 0.892 1.242 1.945 0.092 1.340 1.179 0.145 0.439 0.739 0.047 0.090 0.114 1.164 0.061 1.909 0.931 0.233 0.242 0.146 0.023 0.029 0.064 1.111 0.679 2.214 0.089 0.091 0.610 0.082 0.003 0.254 0.432 0.624 2.287 0.013 0.087 0.134 0.368 0.159 0.051 0.432 0.219 0.133 0.141 0.030 0.064 0.133 0.270 0.171 0.051 0.037 0.125 0.931 0.163 0.023 2.214 0.056 0.404 0.660 0.086 0.087 0.069 0.907 0.031 0.059 0.182 0.107 3.052 3.083 1.067 nan 5.935 5.812 1.851 0.839 1.270 1.397 1.212 1.790 nan 5.105 nan 1.497 1.576 1.951 0.556 0.588 0.080 0.135 2.695 nan 2382 chr11 132906308 132935255 + 0 NA intron (NM_001012393, intron 1 of 7) intron (NM_001012393, intron 1 of 7) -107118 NM_001319105 4978 Hs.4817 NM_002545 ENSG00000183715 OPCML IGLON1|OBCAM|OPCM opioid binding protein/cell adhesion molecule like protein-coding 0.374 nan 0.789 0.045 0.046 0.065 0.049 0.111 0.316 0.007 0.099 0.042 0.011 0.017 0.070 0.625 0.026 0.055 0.044 0.017 0.131 0.120 0.092 0.006 0.018 0.025 0.060 0.011 0.050 0.037 0.054 9.463 0.040 0.034 0.023 0.026 0.109 0.008 0.057 0.191 0.384 0.263 0.083 0.048 0.053 0.142 0.034 0.055 0.034 0.051 0.625 0.042 0.016 0.092 0.071 0.017 0.074 0.024 0.030 0.095 0.137 0.037 0.014 0.007 0.661 0.618 0.265 0.624 0.523 0.636 0.280 0.101 0.206 0.260 0.147 0.273 0.593 1.068 0.631 0.517 0.540 0.734 0.083 0.099 0.118 0.190 0.259 0.379 2564 chr12 26983980 26988014 + 0 NA 5' UTR (NM_002223, exon 1 of 57) 5' UTR (NM_002223, exon 1 of 57) 134 NM_002223 3709 Hs.512235 NM_002223 ENSG00000123104 ITPR2 ANHD|CFAP48|INSP3R2|IP3R2 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 2 protein-coding nan nan nan 1.663 4.020 2.234 0.824 0.497 0.706 1.728 3.574 2.605 0.352 0.972 2.555 0.236 0.939 0.158 2.024 0.844 0.564 0.755 0.822 0.626 0.594 1.051 0.873 1.346 1.767 0.460 1.280 1.223 2.552 3.759 0.455 0.694 0.181 1.985 0.090 6.877 0.512 2.692 2.171 0.874 0.743 0.233 1.809 4.109 3.006 5.497 1.491 0.696 0.236 1.590 1.924 0.594 0.143 1.411 0.526 8.094 2.519 0.879 1.920 1.851 4.064 1.524 0.828 1.418 2.005 2.985 4.735 3.157 2.352 4.775 1.169 8.726 8.124 0.833 1.149 4.942 6.994 2.571 2.741 2.356 5.970 0.477 0.314 3.335 5.056 1.430 0.997 4502 chr16 87347006 87359388 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 2082 NR_135180 101928659 Hs.667450 NR_135180 ENSG00000270006 LOC101928659 - uncharacterized LOC101928659 ncRNA nan 1.115 3.584 0.997 1.858 0.569 0.660 0.840 1.725 0.283 1.491 1.280 0.040 1.205 0.532 2.458 0.630 0.091 1.186 0.413 1.495 0.727 0.432 0.232 2.034 0.944 1.270 0.553 1.124 0.280 0.570 1.316 0.842 1.956 0.567 1.070 0.140 0.676 0.106 0.372 0.441 1.463 1.446 0.759 0.398 0.492 0.926 0.913 1.041 1.697 0.988 0.887 2.458 1.719 1.329 2.034 0.366 0.481 1.268 1.210 0.977 0.968 0.249 0.790 0.507 0.507 0.314 1.719 1.764 1.328 2.094 1.749 1.732 2.074 0.853 2.756 2.779 0.976 1.557 1.501 2.794 6.255 6.807 0.945 1.375 0.855 0.972 1.855 2.639 1.480 0.858 9304 chr5 159588439 159618273 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -11018 NM_001130958 2172 Hs.519719 NM_001445 ENSG00000170231 FABP6 I-15P|I-BABP|I-BALB|I-BAP|ILBP|ILBP3|ILLBP fatty acid binding protein 6 protein-coding 1.532 nan 0.808 0.693 0.209 0.578 1.503 0.483 0.963 0.419 1.042 2.989 0.821 0.040 0.809 0.273 1.020 0.284 0.639 0.456 0.771 0.025 0.097 0.145 0.522 2.140 1.553 0.283 0.590 1.173 0.924 2.393 0.427 0.533 0.700 0.992 0.128 0.163 0.092 0.818 0.386 0.985 0.837 0.451 0.976 0.499 0.669 5.983 0.401 1.279 0.516 0.737 0.273 0.517 0.741 0.522 0.275 0.121 0.538 0.207 0.628 0.706 0.159 0.520 1.599 0.819 0.677 0.735 1.031 0.675 0.784 0.468 0.445 1.584 0.407 0.202 0.243 0.708 1.036 0.357 0.333 2.126 1.754 0.620 0.613 0.778 0.707 0.689 1.638 1.035 0.713 4462 chr16 80600025 80618991 + 0 NA Intergenic Intergenic -2803 NR_104666 101928276 Hs.149769 NR_104665 ENSG00000260737 LINC01227 - long intergenic non-protein coding RNA 1227 ncRNA nan 0.545 0.337 0.054 0.538 0.018 1.043 0.076 0.191 0.030 0.230 2.899 0.013 0.037 0.052 0.168 0.063 0.042 0.040 0.030 0.080 0.025 0.057 0.070 0.362 0.240 0.004 0.079 0.011 0.071 0.149 0.086 0.274 0.567 0.071 0.020 0.034 0.051 0.405 0.139 0.095 0.063 0.057 0.006 0.057 0.058 0.142 0.064 0.026 0.017 0.041 0.168 0.031 0.019 0.070 0.039 0.145 0.036 0.023 0.027 0.267 0.011 0.052 0.535 0.194 0.253 0.254 0.093 0.157 0.269 0.271 0.334 0.081 0.048 0.270 0.244 0.087 0.164 0.266 0.318 0.464 0.298 0.046 0.102 0.027 0.050 0.065 0.144 0.147 0.165 10909 chr8 38236534 38245322 + 0 NA Intergenic Intergenic -1138 NM_017778 54904 Hs.434966 NM_017778 ENSG00000147548 NSD3 KMT3F|KMT3G|WHISTLE|WHSC1L1|pp14328 nuclear receptor binding SET domain protein 3 protein-coding 5.802 6.440 nan 10.120 19.991 6.014 2.090 3.356 6.270 1.013 3.449 1.887 1.441 3.367 3.817 5.178 3.206 0.542 1.746 0.476 3.223 4.646 3.892 1.364 5.934 4.180 5.081 0.786 3.202 1.495 2.922 3.684 4.220 15.920 1.661 3.154 1.796 3.210 0.218 1.501 2.119 6.858 4.680 2.270 2.467 1.081 2.546 3.795 4.428 3.476 1.936 2.039 5.178 2.471 1.318 5.934 1.600 1.599 1.113 2.919 4.924 2.409 1.900 1.992 2.175 1.271 0.654 5.928 7.373 7.026 10.547 16.229 12.398 10.192 7.489 10.731 11.536 6.666 7.314 6.552 12.569 7.150 7.437 2.295 4.279 9.541 9.285 5.957 6.136 6.152 3.535 9025 chr5 77274671 77316449 + 0 NA Intergenic Intergenic 41489 NR_105013 101929154 Hs.252895 NR_105012 LOC101929154 - uncharacterized LOC101929154 ncRNA 1.185 nan 0.885 0.092 0.434 0.102 0.082 1.823 3.701 0.023 0.077 0.046 0.009 0.021 6.081 0.692 0.164 0.065 0.084 0.027 0.027 0.003 0.214 0.166 0.530 0.060 0.031 0.039 0.067 0.025 0.073 0.161 0.086 0.591 0.028 0.089 0.388 0.059 0.125 0.011 0.065 0.051 0.032 0.015 0.039 0.042 0.138 0.091 0.076 0.099 0.022 0.067 0.692 0.068 0.089 0.530 0.047 0.026 0.044 0.057 0.538 0.074 0.026 1.111 0.018 0.029 0.010 0.230 0.219 0.621 1.615 2.051 1.785 nan 0.829 0.124 0.164 0.695 nan 1.051 1.413 1.896 1.501 0.139 0.210 1.842 2.173 0.634 1.767 0.366 0.297 5779 chr19 49427154 49437571 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -4577 NM_014475 27294 Hs.631555 NM_014475 ENSG00000104808 DHDH 2DD|HUM2DD dihydrodiol dehydrogenase protein-coding 0.934 0.965 0.816 1.464 0.308 0.243 0.955 0.289 0.738 0.055 0.716 0.643 0.006 0.085 0.583 0.409 0.341 0.109 0.328 0.546 0.157 0.093 0.196 0.159 0.272 1.058 0.941 0.042 1.795 1.164 0.379 nan 0.416 0.776 0.156 0.083 0.018 0.260 0.095 0.125 0.051 0.451 0.225 0.143 2.485 0.244 0.438 1.024 1.052 0.594 0.667 0.471 0.409 0.565 0.995 0.272 0.210 0.408 0.168 0.425 0.074 0.912 0.132 0.110 0.168 0.216 0.141 0.322 0.252 0.467 0.931 0.954 1.109 1.475 0.372 0.777 0.830 0.465 0.783 0.713 1.096 0.697 0.386 0.350 0.449 0.215 0.265 0.351 0.902 0.963 0.671 7347 chr22 25781371 25822289 + 0 NA Intergenic Intergenic -24286 NM_001135772 91355 Hs.634058 NM_182492 ENSG00000100068 LRP5L - LDL receptor related protein 5 like protein-coding 1.268 nan 0.960 0.369 0.317 0.237 0.966 1.674 3.115 0.094 0.340 0.665 0.139 0.253 0.374 0.559 0.296 0.158 0.849 0.282 0.582 0.115 0.423 0.267 0.810 0.631 0.619 0.613 0.951 0.168 1.669 nan 2.077 3.143 0.286 0.381 0.985 0.136 0.081 0.355 0.296 0.235 0.336 0.217 0.418 0.265 0.208 0.178 0.861 1.150 0.792 0.836 0.559 0.847 0.886 0.810 0.266 0.398 0.611 0.849 0.837 0.253 0.121 0.147 0.644 0.044 0.021 0.592 1.020 0.376 0.640 4.205 3.465 1.104 0.401 0.434 0.447 2.056 2.611 1.100 1.439 0.976 0.997 0.372 0.604 2.446 2.746 0.346 0.437 2.979 1.711 3538 chr14 50498180 50515710 + 0 NA intron (NR_131171, intron 4 of 8) intron (NR_131171, intron 4 of 8) -32707 NR_126498 283551 Hs.292580 NM_001012706 ENSG00000214900 LINC01588 C14orf182 long intergenic non-protein coding RNA 1588 ncRNA nan nan 0.803 0.790 0.170 0.107 1.783 0.183 0.289 0.979 0.665 2.097 0.039 0.102 0.227 0.340 0.598 0.192 0.949 0.575 0.108 0.047 0.012 0.104 0.109 5.735 4.672 0.067 0.407 1.288 0.603 3.571 2.121 0.430 1.564 0.105 0.041 0.037 0.114 1.311 0.120 1.065 0.364 0.217 1.489 0.754 2.864 2.937 0.443 0.479 0.094 2.160 0.340 0.877 1.036 0.109 0.837 0.720 0.056 0.248 0.116 3.494 0.034 0.106 2.574 0.867 0.739 0.275 0.245 0.201 0.478 0.373 0.356 0.320 0.199 0.293 0.303 0.210 0.438 0.360 0.431 0.480 0.320 0.231 0.215 0.166 0.187 0.256 0.660 nan 0.751 9621 chr6 37594602 37612937 + 0 NA 3' UTR (NM_153487, exon 17 of 17) 3' UTR (NM_153487, exon 17 of 17) 61997 NM_153487 266727 Hs.437993 NM_153487 ENSG00000112139 MDGA1 GPIM|MAMDC3 MAM domain containing glycosylphosphatidylinositol anchor 1 protein-coding nan 0.628 nan 0.503 0.150 0.123 1.606 0.149 0.367 0.047 0.304 2.192 0.017 0.070 0.231 0.557 0.132 0.115 1.471 1.044 0.175 0.023 0.094 0.126 0.576 2.315 1.554 0.028 0.255 0.311 0.245 0.701 0.227 0.675 0.492 1.470 0.052 0.101 0.104 0.276 0.136 0.694 0.152 0.170 0.481 0.142 1.140 5.680 0.462 0.581 0.077 0.736 0.557 0.875 0.384 0.576 0.755 0.144 0.107 0.209 0.105 0.474 0.049 0.107 0.217 0.465 0.547 0.461 0.372 0.247 nan nan 0.713 0.643 0.228 0.454 0.536 0.948 1.321 1.049 0.967 0.518 0.271 0.298 0.261 0.151 0.407 0.331 0.512 0.603 0.511 9962 chr6 138501753 138512235 + 0 NA intron (NM_020340, intron 2 of 33) MIRb|SINE|MIR 23941 NM_020340 57221 Hs.194408 NM_020340 ENSG00000112379 ARFGEF3 A7322|BIG3|C6orf92|KIAA1244|PPP1R33|dJ171N11.1 ARFGEF family member 3 protein-coding 1.429 1.069 1.564 0.049 3.489 4.304 0.054 0.215 0.531 0.029 0.117 0.012 0.673 1.538 1.136 0.113 0.093 0.040 0.036 0.006 0.026 1.292 0.561 0.546 0.026 0.014 0.043 0.059 0.020 0.076 0.540 0.117 8.574 0.050 0.803 0.063 0.088 0.011 0.068 0.064 0.069 0.045 0.031 0.037 0.413 0.045 0.047 0.197 0.015 0.128 1.136 0.084 0.027 0.546 0.105 0.119 0.370 0.053 1.416 0.015 0.320 0.094 0.014 0.016 0.001 0.276 0.338 0.315 0.454 1.477 1.482 nan 2.760 0.269 0.313 0.499 0.694 3.536 2.820 0.884 0.445 0.356 0.882 3.065 4.871 0.130 nan 1.850 1.084 3745 chr14 88455657 88463427 + 0 NA promoter-TSS (NM_001201401) promoter-TSS (NM_001201401) 73 NM_001201401 2581 Hs.513439 NM_000153 ENSG00000054983 GALC - galactosylceramidase protein-coding nan 1.258 1.796 1.001 1.655 1.276 0.064 0.598 0.915 0.308 0.319 0.548 0.590 0.261 1.500 1.654 1.233 0.129 0.316 0.196 0.204 0.232 0.253 0.267 1.695 3.382 3.674 0.133 1.779 1.156 1.009 1.581 2.835 2.369 0.208 9.049 0.050 1.294 0.158 0.532 0.929 0.249 5.133 2.099 1.970 1.205 0.084 0.527 1.509 1.991 0.131 0.138 1.654 0.303 0.941 1.695 0.456 0.429 0.325 0.920 0.105 1.919 0.148 0.144 4.030 0.022 0.018 0.399 0.249 0.441 1.496 2.718 2.690 2.724 1.320 3.212 3.331 1.040 1.359 2.137 3.017 3.120 2.771 0.860 0.964 0.563 0.574 0.881 0.955 2.647 1.959 7078 chr20 57457353 57484273 + 0 NA intron (NM_001077489, intron 2 of 11) intron (NM_001077489, intron 2 of 11) 3594 NR_132272 2778 Hs.125898 NM_000516 ENSG00000087460 GNAS AHO|C20orf45|GNAS1|GPSA|GSA|GSP|NESP|PITA3|POH|SCG6|SgVI GNAS complex locus protein-coding 2.907 2.372 1.811 2.154 1.332 1.331 0.585 0.797 1.306 0.880 0.441 0.561 0.626 0.556 1.207 1.559 1.684 0.194 0.890 0.148 0.739 1.376 0.886 0.521 1.637 0.534 0.608 0.847 1.219 0.211 1.741 2.934 1.776 3.359 0.288 1.211 0.416 2.292 0.129 0.373 1.700 1.992 1.313 0.698 0.263 0.222 1.442 0.849 1.107 2.059 0.892 0.687 1.559 0.790 0.541 1.637 0.299 0.802 0.590 3.113 0.566 0.565 1.746 1.385 0.921 0.462 0.261 2.316 nan 1.834 2.482 2.858 2.662 2.657 1.212 0.744 0.646 2.127 2.805 1.683 2.408 4.969 4.515 1.610 3.448 1.636 1.420 3.177 3.848 1.835 0.986 997 chr1 198495650 198513996 + 0 NA intron (NM_133262, intron 2 of 3) MIR|SINE|MIR 5252 NM_133262 127124 Hs.127743 NM_133262 ENSG00000151418 ATP6V1G3 ATP6G3|Vma10 ATPase H+ transporting V1 subunit G3 protein-coding 1.044 nan 1.301 0.196 0.151 0.023 0.157 0.173 0.487 0.068 0.344 1.029 0.037 0.022 0.089 1.250 0.764 0.114 0.087 0.031 0.052 0.784 0.594 0.072 0.267 0.067 0.028 0.096 0.046 0.083 0.232 0.252 0.561 0.112 0.113 0.582 0.032 0.106 0.071 0.039 0.035 0.016 0.013 0.083 0.021 0.122 0.092 0.031 0.019 0.078 0.046 1.250 0.052 0.080 0.072 0.040 0.172 0.180 0.013 0.016 0.134 0.021 0.394 0.172 0.019 0.014 0.580 0.452 0.515 0.597 0.572 0.644 0.975 0.232 0.308 0.343 2.735 nan 0.279 0.325 0.630 0.303 0.052 0.178 2.290 2.212 0.907 2.077 0.874 0.697 7015 chr20 46649046 46708673 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -59998 NR_110027 101927457 Hs.445823 NR_110027 LINC01522 - long intergenic non-protein coding RNA 1522 ncRNA nan nan 0.563 0.143 0.080 0.588 0.036 0.191 0.314 0.062 0.080 0.048 0.015 0.032 0.411 1.011 0.346 0.118 0.055 0.003 0.045 0.025 0.094 0.114 2.105 0.032 0.018 0.020 0.085 0.014 0.080 0.085 0.110 7.786 0.044 0.063 0.018 0.049 0.114 0.016 0.166 0.159 0.051 0.030 0.011 0.048 0.946 0.131 0.066 0.029 0.081 0.172 1.011 0.059 0.009 2.105 0.070 0.062 0.353 0.094 0.017 0.437 0.057 0.144 0.590 0.024 0.013 0.472 0.300 0.248 0.472 2.862 3.468 nan 0.087 0.147 0.135 0.598 0.903 0.144 0.166 nan 0.568 0.204 0.250 0.075 0.091 0.323 0.536 0.089 0.169 11469 chr9 15464390 15472540 + 0 NA intron (NM_033222, intron 14 of 15) Tigger4|DNA|TcMar-Tigger 41822 NM_021144 11168 Hs.658434 NM_021144 ENSG00000164985 PSIP1 DFS70|LEDGF|PAIP|PSIP2|p52|p75 PC4 and SFRS1 interacting protein 1 protein-coding nan nan 0.999 0.115 0.511 0.240 0.035 0.590 1.112 0.012 0.039 0.068 0.008 0.049 0.196 0.251 0.195 0.039 0.144 0.024 0.023 0.034 1.252 1.235 1.166 0.025 0.027 0.074 0.013 0.060 0.054 0.190 0.514 0.053 0.078 0.961 0.106 0.061 0.160 0.034 0.022 0.019 0.027 0.019 0.146 0.086 0.030 0.009 0.010 0.032 0.251 0.044 0.070 1.166 0.015 0.021 0.036 0.015 0.262 0.020 0.118 0.180 0.037 0.007 0.012 0.250 0.249 0.487 0.771 0.720 1.061 1.333 0.665 0.226 0.311 1.192 1.350 1.776 1.430 0.703 0.330 0.361 0.666 2.749 4.567 0.319 0.744 5.405 1.966 6840 chr20 10762867 10781653 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR 38522 NR_110611 101929395 Hs.244862 NR_110611 ENSG00000224961 LINC01752 - long intergenic non-protein coding RNA 1752 ncRNA 0.620 nan 1.310 0.058 1.144 0.035 0.271 0.333 0.643 0.005 0.201 0.010 0.718 0.241 0.196 0.232 0.120 0.141 0.030 0.027 0.022 0.543 0.303 0.446 0.107 0.015 0.026 0.043 0.047 0.103 0.624 0.168 1.110 0.148 0.272 0.091 0.046 0.062 0.025 0.097 0.108 0.032 0.033 0.047 0.065 0.099 0.213 0.288 0.057 0.097 0.137 0.196 0.076 0.172 0.446 0.130 0.049 0.062 0.074 0.548 0.089 0.043 0.033 0.089 0.012 0.005 0.792 0.469 0.494 0.933 0.776 0.766 6.305 2.831 0.263 0.316 0.603 0.857 2.146 2.261 0.574 0.290 0.181 0.324 0.353 0.616 0.147 0.221 0.998 0.851 11040 chr8 71518139 71529642 + 0 NA intron (NR_038881, intron 1 of 3) L1MB3|LINE|L1 3078 NR_038881 286190 Hs.662204 NR_038881 ENSG00000246366 LACTB2-AS1 - LACTB2 antisense RNA 1 ncRNA 2.450 1.335 1.891 1.776 1.282 0.699 0.965 0.613 1.136 0.281 1.847 0.617 3.043 0.469 1.305 0.902 1.286 0.167 1.539 0.396 1.587 0.549 0.571 0.380 1.583 2.703 3.026 0.705 2.247 1.441 1.336 1.714 4.831 2.431 0.625 0.404 0.191 0.941 0.096 0.614 1.044 1.088 1.179 0.714 2.422 0.767 0.823 1.492 1.826 2.707 0.751 1.650 0.902 1.831 0.633 1.583 0.626 0.483 0.068 0.464 1.015 0.583 0.513 0.673 0.913 0.741 0.293 0.887 1.378 1.694 3.373 3.049 2.680 2.288 1.191 2.860 2.588 0.899 1.304 0.940 1.977 1.269 1.456 1.070 2.099 1.082 1.126 2.194 2.149 1.740 1.088 3394 chr14 22999769 23042949 + 0 NA Intergenic Intergenic 4597 NR_146543 105370400 NR_146543 ENSG00000259054 LINC02332 - long intergenic non-protein coding RNA 2332 ncRNA nan 0.744 0.873 0.380 0.194 0.073 2.353 0.137 0.241 0.033 0.395 1.556 0.060 0.046 0.101 0.548 0.432 0.134 0.707 0.693 0.309 0.083 0.070 0.086 0.123 0.794 0.370 0.108 0.607 1.144 2.692 7.567 1.178 0.404 0.848 0.536 0.029 0.281 0.128 0.517 0.132 0.626 0.140 0.103 0.741 0.406 0.267 3.895 0.460 0.235 0.316 1.017 0.548 0.515 0.618 0.123 0.969 0.306 0.305 0.249 0.135 0.508 0.053 0.158 1.759 0.512 0.358 0.192 0.153 0.386 0.681 0.420 0.481 0.362 0.160 0.426 0.442 0.709 1.326 0.341 nan 1.145 0.747 0.220 0.250 0.127 0.172 0.313 0.987 0.387 0.415 10715 chr7 141394163 141411314 + 0 NA promoter-TSS (NM_001080392) promoter-TSS (NM_001080392) -785 NM_001080392 57189 Hs.521240 NM_001080392 ENSG00000257093 KIAA1147 LCHN|PRO2561 KIAA1147 protein-coding 1.342 0.752 1.990 0.422 0.801 0.394 0.400 0.693 1.234 0.091 2.052 0.571 0.043 0.304 0.594 0.917 0.292 0.066 0.561 0.177 0.018 0.064 0.656 0.370 1.592 0.317 0.157 0.219 0.467 0.092 0.418 0.852 0.844 1.568 0.298 0.170 0.569 0.363 0.185 0.276 0.462 0.446 0.235 0.195 0.178 0.143 0.455 0.297 0.878 0.713 2.222 2.008 0.917 0.488 0.578 1.592 0.293 1.707 0.138 0.753 0.521 0.544 0.675 0.224 1.221 0.054 0.024 1.369 1.924 0.851 1.322 1.488 1.509 5.564 1.548 4.944 4.513 0.592 0.837 1.126 1.267 1.068 0.980 1.066 2.148 2.370 2.026 0.710 1.094 2.251 nan 608 chr1 116206737 116222161 + 0 NA intron (NM_138959, intron 4 of 7) intron (NM_138959, intron 4 of 7) 29199 NM_001172412 81839 Hs.515130 NM_138959 ENSG00000173218 VANGL1 KITENIN|LPP2|STB2|STBM2 VANGL planar cell polarity protein 1 protein-coding nan 1.830 3.269 0.366 0.979 6.646 1.675 0.779 1.423 0.349 0.685 1.593 0.044 1.057 2.897 0.477 0.213 0.072 0.709 0.357 0.295 0.036 0.638 0.505 2.145 1.046 0.904 0.077 0.845 0.960 0.692 2.001 0.230 1.888 2.254 2.082 0.031 0.106 0.123 1.512 0.129 0.734 0.371 0.086 0.460 0.654 2.186 0.352 0.354 0.308 0.230 2.540 0.477 1.059 1.540 2.145 1.029 0.667 0.442 0.296 1.449 1.363 1.182 0.168 2.539 0.030 0.013 0.395 0.294 0.496 1.146 2.255 nan 2.963 0.701 0.641 0.710 0.527 0.861 3.774 3.279 0.451 0.357 0.990 1.554 0.510 0.587 0.383 0.639 3.385 1.797 1649 chr10 112514495 112565592 + 0 NA intron (NM_001134363, intron 1 of 13) L1ME4a|LINE|L1 90619 NR_026932 282997 Hs.599931 NR_026932 PDCD4-AS1 - PDCD4 antisense RNA 1 ncRNA 1.230 nan 1.776 0.046 0.884 1.559 0.442 1.250 2.558 0.039 0.269 0.261 0.018 0.041 2.020 0.351 0.298 0.085 0.274 0.171 0.026 0.087 0.077 0.093 0.926 0.429 0.243 0.061 0.495 0.365 0.331 0.728 0.136 0.815 0.144 0.101 0.068 0.047 0.076 0.182 0.222 0.130 0.029 0.032 0.081 0.153 0.121 0.123 0.175 0.067 0.238 0.632 0.351 0.465 0.080 0.926 0.243 0.863 0.241 0.050 0.157 0.167 0.131 1.191 0.041 0.136 0.146 0.476 0.440 0.323 0.714 0.741 0.767 0.795 0.303 0.062 0.069 0.973 1.327 3.740 4.295 0.499 0.494 0.182 0.382 0.154 0.251 0.738 3.040 0.854 0.601 5731 chr19 45593526 45643583 + 0 NA intron (NM_019121, intron 1 of 12) intron (NM_019121, intron 1 of 12) 22123 NM_019121 284352 Hs.285363 NM_019121 ENSG00000104866 PPP1R37 LRRC68 protein phosphatase 1 regulatory subunit 37 protein-coding 2.285 1.831 3.305 1.103 1.499 1.417 0.484 2.289 4.571 0.723 1.040 0.641 0.285 0.765 4.108 1.529 0.367 0.090 0.960 0.349 0.389 0.286 1.219 0.871 4.290 0.684 0.634 0.535 0.599 0.166 0.802 nan 0.953 1.245 0.327 0.429 0.966 0.626 0.124 0.394 0.729 0.661 0.309 0.158 0.305 0.496 0.750 0.390 0.939 1.520 1.469 0.623 1.529 1.251 0.311 4.290 0.271 2.336 0.425 0.492 0.685 0.793 0.772 0.457 0.229 0.258 0.174 1.137 1.319 1.123 1.621 5.097 5.310 4.616 1.551 2.303 2.405 0.843 1.348 3.725 4.167 1.777 1.518 1.348 1.840 2.726 2.662 1.159 1.634 2.130 1.245 7994 chr3 170405468 170409097 + 0 NA intron (NR_135556, intron 2 of 5) intron (NR_135556, intron 2 of 5) -103419 NM_020949 57709 Hs.596660 NM_020949 ENSG00000013293 SLC7A14 PPP1R142 solute carrier family 7 member 14 protein-coding 1.423 1.611 0.863 0.553 0.592 1.947 4.950 0.308 0.461 0.659 0.980 2.235 9.727 0.027 0.805 1.139 2.448 0.444 1.284 0.573 0.824 0.088 0.311 0.136 0.228 5.368 5.767 2.309 2.593 3.295 0.377 0.534 4.787 1.454 1.289 0.234 0.179 0.242 0.071 0.944 0.235 4.788 3.519 1.610 3.088 1.646 1.249 2.114 0.224 0.881 0.019 0.093 1.139 1.299 1.904 0.228 0.369 0.196 1.070 0.568 0.112 2.285 0.954 0.174 0.497 2.745 2.427 0.363 0.192 0.725 1.621 0.918 1.035 0.309 0.191 0.183 0.272 1.215 2.273 2.271 1.706 1.386 1.074 0.517 0.996 0.450 0.391 0.406 0.696 0.997 0.668 6036 chr2 40322431 40334648 + 0 NA intron (NR_038441, intron 2 of 4) intron (NR_038441, intron 2 of 4) 183765 NR_038441 100128590 Hs.744988 NR_038441 ENSG00000227028 SLC8A1-AS1 - SLC8A1 antisense RNA 1 ncRNA 0.978 nan 1.116 0.344 0.236 0.545 0.585 0.197 0.250 0.172 0.850 0.395 0.015 0.033 0.710 0.297 0.404 0.067 0.268 0.187 0.139 0.206 0.160 0.137 0.006 0.006 0.312 0.769 0.424 1.028 nan 2.850 0.715 1.280 0.491 0.024 0.044 0.088 0.443 0.065 0.174 0.059 0.038 0.574 0.069 0.118 5.765 0.093 0.081 0.077 0.196 0.297 0.064 0.145 0.137 0.569 0.087 0.089 0.106 0.042 0.026 0.032 0.253 3.028 0.019 0.008 0.362 0.251 0.415 0.903 nan 0.495 1.788 0.594 0.332 0.279 0.884 1.308 0.690 0.508 0.416 0.222 0.191 0.201 0.095 0.181 0.542 nan nan 0.494 2226 chr11 107459131 107467447 + 0 NA intron (NM_001308018, intron 1 of 12) intron (NM_001308018, intron 1 of 12) 1472 NM_001130037 55531 Hs.495779 NM_018712 ENSG00000110675 ELMOD1 - ELMO domain containing 1 protein-coding 0.829 0.596 0.622 0.114 0.180 0.093 0.197 0.176 0.313 0.023 0.139 0.311 0.037 0.012 0.087 0.062 0.037 0.058 0.268 0.091 0.037 0.033 0.173 0.169 0.101 0.091 0.017 0.169 0.270 0.063 0.145 0.270 0.059 0.716 0.231 0.038 0.130 0.072 0.029 0.162 0.400 0.181 0.254 0.078 0.019 0.161 0.299 0.117 0.988 0.056 0.065 0.062 0.162 1.224 0.101 0.133 0.069 0.081 0.406 0.085 0.047 0.293 0.180 0.119 0.118 0.061 5.063 9.100 1.055 1.304 0.755 0.717 0.516 0.133 0.579 0.550 0.488 0.991 0.480 0.470 1.065 0.871 0.808 1.683 0.141 0.231 0.395 0.674 0.309 0.288 2878 chr12 96792107 96796459 + 0 NA promoter-TSS (NM_001170464) promoter-TSS (NM_001170464) 83 NM_002595 5128 Hs.506415 NM_002595 ENSG00000059758 CDK17 PCTAIRE2|PCTK2 cyclin dependent kinase 17 protein-coding 5.047 3.898 6.176 7.074 3.679 1.256 4.363 2.952 4.855 2.092 5.839 3.780 3.345 2.813 5.834 2.802 9.837 1.018 3.351 1.152 4.321 4.261 2.448 1.443 4.852 3.380 3.721 5.301 5.954 2.698 6.532 7.285 5.148 nan 2.425 5.340 2.291 4.436 0.146 2.538 1.871 5.840 10.038 3.795 2.754 3.414 5.204 9.225 6.939 6.768 2.932 6.003 2.802 4.332 5.569 4.852 3.084 3.787 1.814 8.966 3.168 2.904 1.637 1.754 3.033 4.553 5.577 2.355 3.872 4.893 6.774 9.696 8.837 5.965 2.044 10.133 9.560 5.367 nan 5.732 9.751 6.166 7.764 1.827 5.971 7.042 6.950 6.002 4.284 3.791 1.968 4535 chr17 1358188 1367672 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -3369 NM_005206 1398 Hs.461896 NM_005206 ENSG00000167193 CRK CRKII|p38 CRK proto-oncogene, adaptor protein protein-coding 3.003 1.659 2.255 0.891 1.071 0.690 2.038 1.480 2.618 0.727 1.590 1.819 0.902 1.348 1.117 0.960 0.743 0.270 2.416 1.040 1.435 0.350 0.363 0.130 2.273 1.098 1.238 0.887 1.750 0.621 1.812 2.819 1.794 2.165 0.376 1.352 0.330 1.070 0.087 0.735 0.488 3.231 1.456 0.785 1.098 0.970 1.240 0.874 2.559 3.634 1.190 0.882 0.960 4.384 3.256 2.273 0.986 0.779 0.680 4.617 2.383 2.707 0.346 1.359 1.021 0.698 0.519 1.809 2.048 2.868 4.409 2.608 2.315 4.059 0.995 3.074 3.426 1.359 1.989 3.802 5.612 1.729 2.058 0.778 1.359 1.790 2.331 3.703 4.389 1.013 0.613 11778 chr9 128816623 128823334 + 0 NA Intergenic Intergenic 218216 NR_121584 101929116 Hs.382124 NR_121584 ENSG00000228392 LOC101929116 - uncharacterized LOC101929116 ncRNA nan nan 1.279 0.054 0.840 0.283 0.221 0.732 2.007 0.014 0.046 0.263 0.015 0.198 0.586 0.145 0.049 0.155 0.311 0.009 0.006 2.603 1.547 2.375 0.106 0.044 0.023 0.138 0.141 0.096 0.531 0.033 nan 0.110 0.056 0.475 0.081 0.075 0.070 1.451 0.082 0.055 0.011 0.179 0.034 0.140 0.192 0.111 0.146 0.012 0.062 0.586 0.158 0.027 2.375 0.025 2.125 0.052 3.057 0.118 0.058 1.328 0.057 0.017 0.038 0.330 0.184 1.230 0.670 0.775 1.212 0.860 0.270 0.223 0.235 1.336 nan 0.421 0.492 12.318 13.577 0.271 0.179 1.599 1.453 1.993 3.817 nan 1.687 9065 chr5 92682676 92698003 + 0 NA Intergenic Intergenic 216710 NR_109825 441094 Hs.457407 NR_015369 ENSG00000237187 NR2F1-AS1 - NR2F1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.116 0.576 0.239 0.063 0.278 1.643 0.157 0.288 0.181 0.156 0.684 0.065 0.104 0.095 0.234 0.260 0.073 0.529 0.222 0.778 0.082 0.091 0.102 0.887 0.294 0.043 0.609 0.949 1.397 3.140 1.956 0.224 0.767 0.131 0.068 0.050 0.126 0.239 0.047 0.162 0.137 0.152 1.474 0.150 0.265 0.104 0.271 0.074 0.666 0.469 0.234 0.325 3.179 0.585 0.043 0.076 0.098 0.548 0.248 0.081 0.452 0.034 0.017 0.200 0.130 0.328 0.455 0.692 0.750 0.210 0.083 0.130 0.090 0.364 0.537 0.515 0.378 0.395 0.198 0.080 0.091 0.323 0.391 0.187 nan 0.454 0.341 1474 chr10 52114906 52182180 + 0 NA intron (NM_147156, intron 6 of 10) intron (NM_147156, intron 6 of 10) -140173 NM_001143974 56624 Hs.512645 NM_019893 ENSG00000188611 ASAH2 BCDase|HNAC1|LCDase|N-CDase|NCDase N-acylsphingosine amidohydrolase 2 protein-coding 0.611 nan 0.791 0.323 0.097 0.027 1.111 0.150 0.332 0.074 0.219 0.332 0.072 0.104 0.049 0.058 0.370 0.093 0.715 0.418 0.143 0.031 0.075 0.065 0.090 0.344 0.199 0.092 0.620 0.433 1.722 3.507 1.074 0.263 0.254 0.270 0.016 0.188 0.095 0.114 0.084 0.530 0.051 0.054 0.861 0.243 1.237 0.155 0.459 0.179 0.317 0.825 0.058 0.722 0.487 0.090 0.501 0.126 0.024 0.086 0.025 0.320 0.048 0.140 0.221 0.058 0.036 0.341 0.231 0.345 0.613 0.197 0.207 0.149 0.083 0.479 0.433 0.399 0.548 0.272 0.286 0.235 0.165 0.119 0.189 0.090 0.104 0.321 0.795 0.383 0.364 11286 chr8 129085809 129093257 + 0 NA intron (NR_003367, intron 6 of 8) intron (NR_003367, intron 6 of 8) 28135 NR_031612 100302175 NR_031612 ENSG00000221176 MIR1207 MIRN1207|hsa-mir-1207 microRNA 1207 ncRNA nan nan nan 1.163 0.123 0.116 2.687 0.311 0.287 0.426 0.850 32.131 0.017 0.040 0.073 0.051 0.392 0.173 2.347 1.188 0.633 0.038 0.066 0.028 1.466 0.708 0.141 2.128 2.382 1.041 1.704 0.228 nan 0.824 0.830 0.050 0.074 0.109 0.891 0.158 5.743 0.210 0.188 1.952 0.880 1.568 0.746 0.378 0.966 0.107 0.302 0.051 3.034 5.424 0.028 0.033 0.588 0.027 1.649 0.142 14.099 0.187 0.218 0.512 0.432 0.254 0.477 0.346 0.409 1.019 0.278 0.414 0.627 0.338 nan nan 0.885 0.950 1.264 1.218 0.339 0.178 0.270 0.654 0.105 0.080 0.224 0.644 0.226 0.345 125 chr1 18154590 18196314 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 93644 NM_030812 81569 Hs.2149 NM_030812 ENSG00000117148 ACTL8 CT57 actin like 8 protein-coding 0.895 0.667 nan 0.098 0.063 1.515 0.060 0.169 0.431 0.028 0.206 0.064 0.010 0.024 0.179 0.244 0.071 0.081 0.066 0.005 0.030 0.020 0.113 0.104 0.034 0.071 0.045 0.023 0.079 0.007 0.062 0.126 0.057 2.937 0.028 0.047 0.034 0.055 0.087 0.009 0.023 0.119 0.198 0.117 0.102 0.047 0.058 0.503 0.049 0.046 0.031 0.048 0.244 0.049 0.027 0.034 0.032 0.050 0.342 0.154 0.037 0.170 0.037 0.313 0.073 0.019 0.017 0.407 0.608 0.110 0.179 0.711 0.649 0.125 0.048 0.235 nan 1.037 nan 0.282 0.554 nan 1.147 0.212 0.209 0.081 0.086 0.374 0.879 1.458 0.795 44 chr1 6050722 6072706 + 0 NA intron (NM_001199861, intron 1 of 15) intron (NM_001199861, intron 1 of 15) -9181 NM_001291593 261734 Hs.462348 NM_015102 ENSG00000131697 NPHP4 POC10|SLSN4 nephrocystin 4 protein-coding 1.455 nan 1.391 0.360 0.367 5.354 0.514 0.547 0.813 0.195 1.275 0.396 0.076 0.280 1.432 0.583 0.331 0.051 0.384 0.147 0.184 0.302 0.599 0.386 0.656 0.308 0.333 0.591 0.320 0.073 0.304 nan 0.157 2.284 0.146 0.927 0.130 0.394 0.083 0.088 0.261 0.458 0.225 0.216 0.198 0.088 0.241 0.300 0.526 0.474 0.194 0.343 0.583 0.558 0.333 0.656 0.301 0.272 0.736 1.045 1.136 0.172 0.176 0.648 0.233 0.081 0.037 1.048 1.768 0.643 0.994 3.765 3.032 1.398 0.509 1.328 1.386 0.760 nan nan 8.803 nan 1.800 0.702 1.096 0.903 0.805 1.255 2.087 2.132 0.990 5967 chr2 25561624 25566171 + 0 NA intron (NM_175629, intron 1 of 22) intron (NM_175629, intron 1 of 22) 887 NM_022552 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 4.699 1.774 5.361 0.882 4.859 7.497 0.328 2.851 4.637 0.630 2.021 0.854 0.527 2.017 9.833 4.946 0.661 0.070 1.344 0.126 0.890 3.186 6.060 2.408 4.645 0.336 0.271 2.301 1.538 0.091 3.218 4.807 2.150 13.889 0.064 1.127 1.125 4.104 0.088 0.232 3.652 3.020 2.657 1.474 0.081 0.268 0.892 0.483 6.230 5.375 4.025 2.497 4.946 0.828 1.340 4.645 0.566 1.154 1.346 7.033 5.117 0.261 1.803 1.253 0.419 0.449 0.222 1.578 5.645 2.409 2.149 8.422 7.213 5.014 1.765 9.873 7.958 1.393 2.192 6.950 nan 2.165 2.968 2.044 6.116 3.407 2.134 2.062 2.841 1.942 0.894 2152 chr11 86194553 86201745 + 0 NA intron (NM_001014811, intron 6 of 13) intron (NM_001014811, intron 6 of 13) 112371 NM_021827 60494 Hs.144913 NM_021827 ENSG00000149201 CCDC81 - coiled-coil domain containing 81 protein-coding 1.156 0.714 1.087 0.312 0.419 0.077 1.243 0.239 0.485 0.040 0.422 2.635 0.035 0.042 0.214 0.603 1.328 0.090 0.665 0.686 1.703 0.039 0.088 0.115 0.066 0.757 0.280 0.287 0.180 0.371 0.625 2.514 0.469 0.516 0.447 0.339 0.361 0.074 0.097 0.654 0.397 1.024 0.337 0.266 0.501 0.838 1.817 4.970 1.777 0.382 0.808 0.519 0.603 0.812 1.427 0.066 0.576 1.171 3.693 0.724 0.043 0.162 0.147 0.069 0.423 0.072 0.022 2.621 3.165 0.730 2.020 0.462 0.594 0.779 0.159 0.875 0.782 1.273 1.596 1.313 1.208 0.302 0.218 0.566 0.967 1.930 2.891 0.460 0.633 0.940 0.675 7258 chr21 45431080 45449932 + 0 NA intron (NM_003274, intron 1 of 22) AluJo|SINE|Alu 8300 NM_003274 7109 Hs.126221 NM_003274 ENSG00000160218 TRAPPC10 EHOC-1|EHOC1|GT334|TMEM1|TRS130|TRS30 trafficking protein particle complex 10 protein-coding nan 1.517 3.028 0.842 0.822 0.805 0.765 0.501 1.003 0.349 0.709 0.403 0.703 0.427 0.864 0.758 0.440 0.137 0.787 0.171 0.535 0.442 0.325 0.234 1.186 0.397 0.291 0.686 0.536 0.112 0.832 1.472 0.818 2.453 0.123 0.569 0.419 0.512 0.078 0.239 1.091 1.530 0.607 0.298 0.215 0.171 0.748 0.922 0.733 1.210 0.344 0.540 0.758 1.131 0.822 1.186 0.481 0.400 0.323 1.047 0.538 0.333 0.191 2.987 0.326 0.232 0.121 1.456 1.646 1.564 2.110 1.990 1.781 nan 0.442 1.924 1.741 1.085 nan 1.776 2.418 2.858 2.752 0.905 1.616 1.431 1.460 1.854 4.779 1.391 0.873 5312 chr18 45788264 45884740 + 0 NA intron (NM_001318841, intron 2 of 4) AluY|SINE|Alu 57830 NM_001350280 84322 Hs.334493 NM_032362 C18orf12 HEIL1|HsT2508 chromosome 18 open reading frame 12 protein-coding nan 1.653 0.990 0.056 2.157 3.396 0.052 0.292 0.582 0.019 0.146 0.051 0.014 1.770 1.128 1.882 0.060 0.048 0.024 0.008 0.048 0.026 0.291 0.197 1.126 0.034 0.017 0.039 0.040 0.009 0.076 0.502 0.088 4.569 0.011 0.071 0.487 0.038 0.072 0.024 0.281 0.105 0.051 0.031 0.025 0.033 0.304 0.104 0.113 0.038 0.126 0.446 1.882 0.025 0.017 1.126 0.080 0.049 0.144 0.063 2.107 0.281 0.160 0.069 0.083 0.039 0.033 0.497 0.631 0.744 1.325 2.198 2.589 3.247 0.995 0.183 0.203 0.247 0.401 3.210 2.346 0.756 0.656 0.284 0.385 1.903 2.127 0.210 nan 5.365 2.603 7207 chr21 38628577 38641404 + 0 NA intron (NM_006052, intron 1 of 7) intron (NM_006052, intron 1 of 7) 4843 NM_006052 10311 Hs.369488 NM_006052 ENSG00000157538 VPS26C DCRA|DSCR3|DSCRA VPS26 endosomal protein sorting factor C protein-coding 3.002 2.700 4.349 2.187 3.788 3.197 1.615 1.560 2.838 0.927 1.448 1.486 1.197 0.586 3.270 1.440 1.051 0.210 2.021 0.604 2.922 1.691 0.868 0.498 4.275 1.140 1.367 1.297 1.615 0.999 2.131 4.456 1.864 5.646 0.661 1.821 0.876 2.518 0.122 1.044 1.463 2.960 1.165 0.554 1.541 0.516 1.507 1.758 1.699 2.338 1.447 1.424 1.440 2.804 2.585 4.275 1.523 1.220 0.849 1.502 1.764 1.010 2.184 1.096 1.217 1.226 0.774 5.676 6.049 3.831 5.557 5.861 5.088 3.798 1.607 5.409 5.240 3.224 4.173 4.373 6.550 4.516 4.448 3.120 4.493 3.878 3.853 2.460 3.006 nan 1.771 5016 chr17 75066339 75103584 + 0 NA promoter-TSS (NR_003013) promoter-TSS (NR_003013) 236 NR_027058 654434 Hs.720923 NR_027058 ENSG00000234912 SNHG20 C17orf86|LINC00338|NCRNA00338|SCARNA16HG small nucleolar RNA host gene 20 ncRNA 1.513 1.530 1.087 0.456 1.303 0.458 0.856 1.007 1.885 0.190 0.714 0.557 0.062 0.180 0.405 1.276 0.774 0.276 0.798 0.371 0.416 0.265 1.172 0.894 1.019 0.415 0.347 0.345 0.390 0.216 0.732 1.648 0.411 2.070 0.431 0.762 0.634 0.448 0.118 0.320 0.248 0.646 0.491 0.230 0.437 0.261 0.375 0.659 0.706 0.876 0.297 0.384 1.276 0.916 0.714 1.019 0.355 0.321 0.246 0.649 0.597 0.499 0.654 0.476 0.389 0.561 0.614 1.862 1.825 0.729 1.038 1.339 1.304 3.737 0.893 7.154 7.652 nan 1.666 1.634 2.109 2.130 1.726 0.980 1.206 1.950 2.087 1.029 1.777 nan 0.996 2008 chr11 65181728 65223534 + 0 NA non-coding (NR_131012, exon 1 of 1) non-coding (NR_131012, exon 1 of 1) -9298 NR_030343 693197 NR_030343 ENSG00000283791 MIR612 MIRN612|hsa-mir-612 microRNA 612 ncRNA nan 3.712 2.687 2.029 3.163 2.418 2.355 1.906 3.346 1.502 2.886 1.942 1.719 1.944 4.145 1.263 2.030 0.245 2.392 0.723 2.573 2.256 1.333 0.621 2.295 3.115 4.253 2.542 1.961 1.337 4.669 9.046 3.521 4.683 1.316 2.731 0.831 3.678 0.167 1.872 0.577 4.264 3.042 1.294 1.545 1.975 2.397 5.205 4.326 3.744 2.419 3.102 1.263 2.546 5.016 2.295 2.358 5.101 0.806 2.701 1.624 3.276 1.922 0.695 2.068 2.474 1.827 4.051 5.475 1.791 3.699 2.644 2.683 3.054 1.625 6.137 6.450 2.275 2.962 5.537 7.842 2.403 1.934 3.419 6.196 3.720 4.810 1.284 2.226 1.782 0.969 10572 chr7 103497046 103511977 + 0 NA intron (NM_173054, intron 2 of 63) MamRep137|DNA|TcMar? 125452 NM_005045 5649 Hs.655654 NM_005045 ENSG00000189056 RELN ETL7|LIS2|PRO1598|RL reelin protein-coding nan 1.278 1.154 0.053 0.683 0.030 0.024 0.420 0.885 0.057 0.004 0.174 0.433 0.180 0.166 0.050 0.050 0.025 0.018 0.018 2.393 1.056 0.836 0.005 0.091 0.007 0.043 0.033 0.148 2.030 0.012 0.076 0.509 0.055 0.159 0.008 0.138 0.088 0.009 0.005 0.022 0.040 0.084 0.160 0.022 0.035 0.107 0.045 0.180 0.048 0.031 0.836 0.024 0.045 0.301 0.039 0.869 0.037 0.205 0.213 0.010 0.027 0.003 0.436 0.337 0.633 1.000 1.150 1.572 1.884 1.244 1.582 1.461 0.484 0.643 2.267 2.728 0.815 0.585 0.484 0.515 1.803 1.745 0.667 nan 2.155 1.279 2862 chr12 93955779 93970272 + 0 NA promoter-TSS (NM_003877) promoter-TSS (NM_003877) -573 NM_003877 8835 Hs.485572 NM_003877 ENSG00000120833 SOCS2 CIS2|Cish2|SOCS-2|SSI-2|SSI2|STATI2 suppressor of cytokine signaling 2 protein-coding 1.483 0.706 1.187 1.166 0.667 2.700 0.896 0.156 0.280 0.138 0.480 0.242 0.109 0.371 0.748 1.283 2.538 0.388 0.578 0.311 2.001 1.195 0.421 0.306 0.737 0.152 0.053 0.794 0.867 0.160 0.789 0.782 1.105 nan 0.403 0.361 0.691 0.519 0.114 0.438 0.170 1.337 0.457 0.388 0.309 0.396 0.220 0.608 1.795 1.508 2.646 0.549 1.283 0.871 1.569 0.737 0.304 1.433 0.693 4.908 0.183 0.532 0.999 0.425 0.468 0.477 0.235 1.164 1.620 0.778 0.743 0.917 0.635 3.399 0.966 2.190 2.211 3.335 nan 0.528 nan 1.003 1.114 0.742 1.903 0.569 0.527 1.268 1.262 1.032 0.856 9418 chr6 7540752 7564677 + 0 NA intron (NM_001008844, intron 1 of 23) AluSz|SINE|Alu 10906 NM_004415 1832 Hs.519873 NM_004415 ENSG00000096696 DSP DCWHKTA|DP desmoplakin protein-coding 1.765 1.571 1.817 0.474 3.496 0.423 0.584 0.442 0.696 0.714 0.069 0.040 1.523 1.457 1.981 0.788 0.111 0.040 0.639 0.224 0.034 1.853 1.761 0.969 1.806 0.863 0.670 0.037 0.307 0.512 1.673 4.310 1.791 1.620 0.515 0.049 1.109 0.222 0.146 0.069 0.608 0.601 0.781 0.485 0.419 0.449 0.552 0.254 0.868 0.286 0.575 1.660 0.788 1.640 0.182 1.806 0.461 0.850 0.191 0.837 0.518 0.761 0.980 0.062 0.244 0.152 0.062 1.268 1.806 5.280 6.090 1.442 1.229 3.617 1.045 1.382 1.549 0.112 0.248 2.714 3.679 0.499 0.329 1.343 2.692 3.633 4.240 0.456 0.756 2.426 1.171 1564 chr10 82159905 82178126 + 0 NA intron (NM_001243781, intron 1 of 5) intron (NM_001243781, intron 1 of 5) 773 NM_001243780 84293 Hs.500333 NM_032333 ENSG00000122378 FAM213A Adrx|C10orf58|PAMM family with sequence similarity 213 member A protein-coding 1.734 1.020 1.864 0.711 0.542 0.514 0.364 0.459 0.819 0.168 0.409 0.834 0.119 0.170 0.617 0.673 0.103 0.064 0.369 0.104 0.345 0.275 0.233 0.175 1.767 0.356 0.290 0.109 0.557 0.128 0.423 1.225 0.346 1.953 0.266 0.133 0.319 0.329 0.065 0.149 2.698 0.629 0.515 0.278 0.306 0.148 0.878 0.286 0.765 0.473 0.278 0.821 0.673 0.311 0.814 1.767 0.701 0.604 0.417 0.489 0.354 0.196 0.461 2.042 0.037 0.224 0.123 0.988 1.399 1.017 1.436 2.794 2.859 1.531 0.522 0.599 0.681 0.920 1.252 3.653 4.888 0.988 1.142 0.460 0.949 0.927 0.734 1.689 6.284 0.811 0.572 6504 chr2 177357826 177370607 + 0 NA Intergenic Intergenic 101564 NR_031648 100302142 NR_031648 ENSG00000283203 MIR1246 MIRN1246|hsa-mir-1246 microRNA 1246 ncRNA 1.085 1.118 0.821 0.073 0.305 4.588 0.122 0.186 0.492 0.084 0.138 0.019 0.100 0.156 0.261 0.071 0.102 0.082 0.029 0.025 0.033 0.197 0.070 0.666 0.043 0.028 0.058 0.043 0.016 0.076 0.240 0.083 1.209 0.068 0.071 0.133 0.026 0.090 0.009 0.055 0.102 0.035 0.012 0.035 0.042 0.121 0.281 0.076 0.044 0.008 0.047 0.261 0.078 0.041 0.666 0.057 0.058 0.083 0.058 0.080 0.019 0.077 0.174 0.042 0.023 0.012 0.505 0.503 0.194 0.335 0.698 0.854 0.476 0.250 0.283 0.293 0.203 0.358 1.055 0.907 0.585 0.400 0.198 0.287 0.632 0.432 0.607 1.538 0.615 0.551 6935 chr20 32197208 32201783 + 0 NA intron (NM_001032999, intron 3 of 10) AluJr|SINE|Alu 49324 NM_005093 9139 Hs.153934 NM_005093 ENSG00000078699 CBFA2T2 EHT|MTGR1|ZMYND3|p85 CBFA2/RUNX1 translocation partner 2 protein-coding 1.244 1.696 1.511 0.150 0.466 0.084 0.062 0.645 1.148 0.258 0.121 0.059 0.067 0.196 0.376 0.338 0.071 0.231 0.158 0.275 0.129 0.287 0.071 0.048 0.044 0.023 0.052 nan 0.144 0.614 0.071 0.021 0.118 0.134 0.160 0.241 0.054 0.042 0.050 0.211 0.190 0.089 0.095 0.052 0.117 0.376 0.136 0.041 0.287 0.079 0.104 0.022 0.045 0.044 0.042 4.233 0.489 0.100 0.007 0.011 2.991 1.935 1.779 0.648 0.614 nan 1.332 0.605 19.592 19.844 1.212 1.738 0.706 0.833 0.902 0.462 9.146 8.312 0.174 0.209 0.924 nan 0.538 0.326 11048 chr8 73634347 73649555 + 0 NA intron (NM_004770, intron 2 of 2) AluSp|SINE|Alu -2329 NR_110656 101926908 Hs.680588 NR_110656 ENSG00000253726 LOC101926908 - uncharacterized LOC101926908 ncRNA 1.443 0.908 1.334 0.010 0.639 0.080 0.061 0.390 1.079 0.006 0.036 0.018 0.016 0.467 1.777 0.513 0.133 0.074 0.070 0.013 0.034 0.288 0.254 1.389 0.010 0.015 0.085 0.014 0.074 0.160 0.089 0.583 0.019 0.029 0.783 0.035 0.078 0.031 0.154 0.078 0.012 0.005 0.043 0.055 0.038 0.144 0.032 0.048 1.042 0.057 0.513 0.037 0.025 1.389 0.040 0.065 0.022 0.011 0.267 0.015 1.520 0.186 0.020 0.027 0.007 0.595 0.473 3.480 1.820 2.729 2.302 2.002 0.600 1.349 1.282 1.053 1.431 0.891 0.809 0.418 0.196 1.566 2.554 2.586 4.168 0.405 0.889 1.749 1.112 2663 chr12 50782339 50796931 + 0 NA intron (NM_001145475, intron 1 of 7) AluSp|SINE|Alu 770 NM_001145475 121006 Hs.133187 NM_001145475 ENSG00000185958 FAM186A - family with sequence similarity 186 member A protein-coding nan 1.163 1.095 1.635 1.087 0.631 1.725 0.560 0.914 0.433 1.354 0.966 1.344 0.302 0.896 0.762 0.891 0.198 2.149 0.937 0.942 0.451 0.456 0.504 0.690 2.082 1.192 0.943 1.178 1.636 1.290 2.404 1.202 0.846 0.652 1.314 0.352 0.616 0.118 0.529 0.334 4.286 5.364 2.475 1.391 0.835 1.810 1.329 1.303 1.382 0.929 1.457 0.762 1.316 1.206 0.690 0.477 0.710 0.307 1.299 0.530 1.946 0.825 0.483 0.501 0.891 0.593 nan 1.637 2.138 3.590 2.214 nan 3.080 1.080 3.110 3.284 1.211 nan 1.624 nan 1.664 1.445 0.889 1.787 1.153 1.483 1.418 2.333 1.693 0.905 9754 chr6 70570362 70580853 + 0 NA promoter-TSS (NM_001858) promoter-TSS (NM_001858) -841 NM_001858 1310 Hs.444842 NM_001858 ENSG00000082293 COL19A1 COL9A1L|D6S228E collagen type XIX alpha 1 chain protein-coding nan nan 1.586 0.273 0.219 0.180 0.095 0.076 0.262 0.067 0.261 0.016 0.029 0.072 0.816 0.114 0.062 0.162 0.036 0.041 0.181 0.133 0.091 0.033 0.021 0.062 0.116 0.061 0.354 0.574 0.061 1.086 0.211 0.434 0.028 0.031 0.096 0.057 0.031 0.282 0.184 0.229 0.052 0.044 0.064 0.276 0.047 0.407 0.143 0.050 0.816 0.212 0.046 0.091 0.104 0.008 0.249 0.486 0.212 0.015 0.086 0.212 0.007 0.033 0.015 0.566 0.486 0.525 0.916 0.187 0.364 0.212 0.125 0.684 0.672 6.282 7.470 0.404 0.431 1.463 1.696 0.241 0.622 0.115 0.146 0.460 0.836 0.510 0.373 8759 chr5 10699337 10711325 + 0 NA intron (NM_004394, intron 2 of 3) intron (NM_004394, intron 2 of 3) 56056 NM_004394 1611 Hs.75189 NM_004394 ENSG00000112977 DAP - death associated protein protein-coding nan nan nan 0.439 0.284 0.047 2.696 0.080 0.225 0.517 0.403 1.579 0.041 0.067 0.060 0.117 0.818 0.241 4.193 2.703 0.563 0.011 0.301 0.155 0.140 0.673 0.301 0.158 1.370 1.231 0.342 1.645 0.312 nan 0.476 0.156 0.032 0.063 0.092 1.013 0.053 3.510 4.935 2.303 1.600 0.316 3.560 0.343 0.084 0.232 0.074 0.239 0.117 1.539 1.133 0.140 0.294 0.201 0.065 0.059 0.146 1.533 0.082 0.114 0.306 6.662 6.503 0.983 1.266 0.577 1.129 0.536 0.450 0.243 0.110 0.231 0.310 nan 1.623 0.302 0.409 0.725 0.374 0.281 0.361 0.171 0.192 0.175 nan 0.926 0.911 10522 chr7 95864619 95882874 + 0 NA intron (NM_014251, intron 3 of 17) intron (NM_014251, intron 3 of 17) -24678 NR_030322 693176 NR_030322 ENSG00000208025 MIR591 MIRN591|hsa-mir-591 microRNA 591 ncRNA nan 0.688 nan 0.067 0.107 0.143 0.191 1.911 3.358 0.015 0.175 0.510 0.010 0.022 0.216 0.713 0.184 0.080 0.136 0.021 0.042 0.038 0.809 0.764 0.845 0.007 0.020 0.034 0.077 0.012 0.097 0.194 0.192 0.452 0.046 0.048 0.831 0.048 0.191 0.045 0.224 0.133 0.017 0.030 0.036 0.061 0.143 0.098 0.103 0.214 0.057 0.086 0.713 0.074 0.179 0.845 0.060 0.073 0.091 0.061 0.088 0.086 0.330 0.165 0.071 0.013 0.022 0.570 0.585 1.524 2.091 1.178 1.298 1.473 1.256 0.327 0.339 1.967 2.736 0.267 0.317 0.392 0.302 0.453 1.030 2.793 3.406 0.330 nan 0.979 0.808 8935 chr5 58411742 58433846 + 0 NA intron (NM_001104631, intron 5 of 14) intron (NM_001104631, intron 5 of 14) -87455 NM_001197222 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 0.830 0.301 0.107 0.083 0.144 1.195 2.444 0.332 0.622 0.583 1.047 1.038 0.205 0.734 0.797 0.058 0.134 0.017 2.228 1.727 0.404 0.207 0.297 0.473 0.189 2.363 0.138 0.139 0.742 1.473 0.151 0.526 0.073 9.368 0.030 2.630 0.164 0.172 0.073 2.210 0.637 0.367 0.114 0.035 0.100 0.215 2.507 0.961 1.463 1.876 0.734 0.271 0.054 0.297 0.828 1.850 0.004 1.887 1.133 0.131 0.027 0.459 0.340 0.099 0.023 0.216 0.129 0.248 0.621 0.368 0.384 nan 0.273 0.174 0.163 0.956 1.343 1.229 1.115 nan 0.277 0.088 0.099 0.299 0.342 0.555 2.027 0.490 0.437 4690 chr17 30426732 30455397 + 0 NA Intergenic Intergenic -28409 NM_001033568 55288 Hs.655325 NM_018307 ENSG00000126858 RHOT1 ARHT1|MIRO-1|MIRO1 ras homolog family member T1 protein-coding nan 1.068 0.937 0.158 0.245 0.672 0.161 1.033 1.977 0.153 0.320 0.135 0.067 0.041 0.243 0.248 0.753 0.203 0.269 0.046 0.287 0.125 1.329 0.768 1.384 0.196 0.169 0.193 0.205 0.126 0.120 0.240 0.329 1.061 0.112 0.271 0.353 0.750 0.248 0.118 0.291 0.295 0.124 0.089 0.222 0.115 0.186 0.370 0.848 0.243 0.311 0.163 0.248 0.242 0.220 1.384 0.096 0.167 0.239 0.451 0.190 0.154 0.201 0.445 0.134 0.066 0.023 0.608 0.824 0.417 0.672 nan 1.175 3.034 0.923 0.638 0.676 0.675 1.024 0.754 1.083 nan 0.718 0.362 0.628 1.941 1.433 0.903 1.605 3.328 1.551 7428 chr22 39600851 39617545 + 0 NA Intergenic Intergenic 27716 NM_033016 5155 Hs.1976 NM_002608 ENSG00000100311 PDGFB IBGC5|PDGF-2|PDGF2|SIS|SSV|c-sis platelet derived growth factor subunit B protein-coding 0.615 nan 0.706 3.983 0.275 0.147 1.548 0.240 0.327 0.601 0.362 0.396 0.900 0.193 0.128 0.284 0.049 0.116 1.525 0.558 0.705 0.008 0.207 0.059 0.524 0.491 0.254 0.530 0.840 0.946 0.888 2.081 0.832 0.302 0.723 0.068 0.017 0.269 0.139 0.078 0.029 2.273 2.144 0.738 0.888 0.760 3.173 1.169 0.338 0.473 0.113 0.440 0.284 2.697 0.991 0.524 0.226 1.567 0.064 0.220 0.129 1.784 0.042 0.037 0.283 1.759 0.980 0.506 0.576 0.561 1.213 0.347 0.442 1.107 0.278 0.216 0.240 0.171 nan 1.241 1.254 nan 0.226 0.157 0.191 0.144 0.225 0.164 0.241 0.498 0.347 397 chr1 55676658 55682790 + 0 NA intron (NM_015306, intron 1 of 67) intron (NM_015306, intron 1 of 67) 1315 NM_015306 23358 Hs.477009 NM_015306 ENSG00000162402 USP24 - ubiquitin specific peptidase 24 protein-coding 5.551 2.759 5.522 3.792 2.526 3.403 3.874 2.612 4.437 1.317 3.706 2.471 0.567 1.565 3.391 3.783 2.172 0.426 5.036 1.728 1.909 2.350 1.914 0.997 5.081 1.749 2.371 2.531 2.421 0.654 2.321 nan 2.617 6.269 1.520 1.844 0.436 3.486 0.092 1.115 1.538 3.875 3.649 1.691 1.285 2.249 5.092 2.105 3.215 4.328 1.670 2.826 3.783 4.569 3.316 5.081 1.155 3.208 0.974 5.415 2.058 2.008 4.667 1.576 1.216 1.221 0.664 4.085 4.991 3.362 6.077 11.396 10.606 4.141 2.065 10.637 11.444 3.434 5.134 5.965 10.125 5.091 5.133 4.578 9.568 2.591 2.447 5.298 nan 2.559 1.438 9379 chr6 699179 717602 + 0 NA Intergenic Intergenic -15249 NM_018303 55770 Hs.484412 NM_018303 ENSG00000112685 EXOC2 SEC5|SEC5L1|Sec5p exocyst complex component 2 protein-coding 1.178 1.186 1.115 0.063 0.205 0.037 0.459 0.869 1.653 0.072 0.252 0.366 0.007 0.038 0.260 0.370 0.167 0.166 0.254 0.041 0.014 0.742 0.757 0.607 0.903 1.671 1.400 0.087 1.339 0.211 0.148 0.228 0.596 0.276 0.044 0.426 1.903 0.135 0.125 0.461 0.031 0.260 0.071 0.063 0.172 0.029 0.068 1.213 0.204 0.278 0.094 0.142 0.370 0.131 0.066 0.903 0.126 0.086 0.011 0.441 1.392 0.082 0.317 0.101 0.738 0.034 0.008 0.393 0.435 0.533 0.928 0.609 0.676 1.572 0.505 0.429 0.514 0.122 0.285 0.242 0.291 0.442 0.230 0.422 0.608 7.818 7.443 0.543 0.892 1.651 0.816 1096 chr1 211803732 211828994 + 0 NA intron (NR_131925, intron 2 of 2) intron (NR_131925, intron 2 of 2) 3213 NR_131925 105748977 Hs.553186 NR_131925 LINC01693 - long intergenic non-protein coding RNA 1693 ncRNA 1.356 1.151 1.797 0.268 0.146 0.051 3.326 0.245 0.415 0.793 1.034 1.601 0.065 0.056 0.042 0.512 0.594 0.204 0.395 0.375 0.387 0.050 0.159 0.186 0.190 3.625 2.448 0.090 0.211 1.267 0.127 0.640 0.452 nan 0.818 0.485 0.045 0.067 0.089 0.372 0.119 0.270 0.158 0.114 1.023 0.831 1.155 0.524 1.402 0.277 1.287 1.442 0.512 0.352 1.133 0.190 0.708 0.752 0.089 0.149 0.106 1.311 0.043 0.313 0.526 0.080 0.091 0.504 0.445 0.590 0.841 0.659 0.632 nan 0.237 0.647 0.625 0.415 nan 0.537 0.522 0.439 0.234 0.149 0.231 0.225 0.271 0.605 1.551 0.615 0.525 5368 chr18 55580561 55598950 + 0 NA Intergenic Intergenic -119208 NM_005603 5205 Hs.216623 NM_005603 ENSG00000081923 ATP8B1 ATPIC|BRIC|FIC1|ICP1|PFIC|PFIC1 ATPase phospholipid transporting 8B1 protein-coding nan 1.067 1.899 0.211 0.492 0.826 0.197 0.544 0.910 0.021 0.215 0.707 0.030 0.109 0.900 0.560 0.098 0.080 0.103 0.031 0.058 0.053 0.239 0.239 1.808 0.226 0.069 0.045 0.066 0.075 0.098 0.392 0.093 0.822 0.040 1.147 0.982 0.041 0.068 0.038 0.700 0.115 0.079 0.036 0.095 0.050 0.189 0.076 0.341 0.081 0.070 0.665 0.560 0.058 0.040 1.808 0.454 0.027 0.580 0.050 0.686 0.077 1.197 0.777 0.033 0.013 0.009 1.611 2.104 0.575 0.601 2.088 2.622 6.546 1.612 3.415 3.765 1.427 1.395 2.298 2.612 2.069 2.609 0.501 1.017 3.583 4.107 0.772 2.642 nan 2.031 2934 chr12 109078649 109099344 + 0 NA intron (NM_001276471, intron 2 of 10) MLT1F|LTR|ERVL-MaLR 7778 NM_001105237 23603 Hs.330384 NM_014325 ENSG00000110880 CORO1C HCRNN4 coronin 1C protein-coding 1.812 2.227 nan 0.604 1.388 2.950 1.931 0.696 1.438 0.231 1.298 1.532 0.881 0.145 4.875 2.474 2.417 0.367 1.372 0.624 0.974 0.074 0.979 0.668 1.481 1.963 1.605 0.661 1.023 0.651 0.610 1.840 1.310 5.549 0.832 0.794 0.795 0.208 0.133 0.798 0.501 1.162 0.285 0.240 0.914 0.853 0.533 2.513 0.558 0.826 0.540 0.375 2.474 2.450 2.429 1.481 0.614 0.115 1.306 0.287 1.826 1.275 0.192 0.563 0.691 1.369 1.279 0.896 1.197 1.318 2.367 3.700 3.659 2.966 1.046 3.046 3.114 2.432 3.312 2.479 2.417 4.585 3.272 0.801 1.152 2.736 3.432 0.921 2.612 3.512 1.537 6088 chr2 47291477 47308598 + 0 NA intron (NM_001288955, intron 18 of 18) intron (NM_001288955, intron 18 of 18) 82480 NM_173649 285051 Hs.531575 NM_173649 ENSG00000239605 STPG4 C2orf61|GSE sperm-tail PG-rich repeat containing 4 protein-coding 1.391 nan 0.806 3.468 0.123 0.082 4.525 0.187 0.423 0.935 2.269 1.099 1.378 0.152 0.244 0.271 0.792 0.084 3.274 1.628 1.807 0.057 0.129 0.119 0.077 2.725 2.147 2.895 2.678 2.287 2.865 6.937 2.090 0.586 2.369 0.524 0.145 0.077 2.185 0.106 6.605 6.234 2.555 2.008 1.629 1.916 1.869 3.555 2.089 0.074 1.474 0.271 8.420 3.357 0.077 1.123 2.455 0.063 1.062 0.060 1.913 0.125 0.266 2.518 7.951 6.222 0.405 0.466 0.558 1.446 nan 0.455 0.809 0.319 0.696 0.832 0.420 0.740 0.423 0.744 1.064 1.004 0.430 0.495 0.066 0.122 0.673 nan nan 0.451 10827 chr8 17692177 17710075 + 0 NA Intergenic L1ME3|LINE|L1 -42700 NM_001001924 57509 Hs.7946 NM_020749 ENSG00000129422 MTUS1 ATBP|ATIP|ATIP3|ICIS|MP44|MTSG1 microtubule associated scaffold protein 1 protein-coding 0.836 1.075 nan 0.410 0.074 0.114 0.099 0.906 1.749 0.075 0.035 1.326 0.021 0.095 0.146 0.368 0.361 0.081 0.250 0.192 0.204 0.132 0.429 0.258 0.870 0.673 0.286 0.021 0.057 0.065 0.274 0.862 0.350 0.316 0.057 1.059 0.252 0.048 0.135 0.013 0.128 0.072 0.114 0.035 1.442 0.117 0.140 0.134 3.054 0.032 2.256 0.940 0.368 0.075 0.021 0.870 0.267 0.342 0.022 0.045 1.479 0.306 0.016 0.199 0.107 0.006 0.016 0.398 0.254 1.525 5.282 0.971 nan 1.829 0.673 0.331 0.434 0.161 0.261 0.466 0.416 0.633 0.335 0.093 0.178 1.368 1.799 0.237 0.600 2.133 1.179 8430 chr4 75574186 75597735 + 0 NA Intergenic Intergenic 105369 NM_001657 374 Hs.270833 NM_001657 ENSG00000109321 AREG AR|AREGB|CRDGF|SDGF amphiregulin protein-coding 0.558 0.705 0.503 5.943 0.135 0.069 3.699 0.107 0.155 0.478 0.725 1.108 0.018 0.196 0.109 0.365 0.162 0.083 3.145 1.697 3.178 0.012 0.060 0.073 0.040 2.638 1.962 0.050 3.827 4.714 1.743 3.060 2.668 0.265 4.067 1.053 0.004 0.027 0.082 2.674 0.052 2.891 0.190 0.120 2.715 4.090 0.547 0.486 2.220 0.520 2.131 1.650 0.365 2.335 0.981 0.040 1.279 1.011 0.020 0.525 0.056 1.688 0.017 0.084 0.551 0.384 0.476 0.375 0.219 0.256 0.496 0.196 0.204 0.144 0.101 0.235 0.237 0.544 0.846 0.299 0.311 0.324 0.154 0.081 0.145 0.034 0.064 0.153 0.321 0.333 0.311 5757 chr19 47995804 48019652 + 0 NA intron (NR_038456, intron 1 of 11) intron (NR_038456, intron 1 of 11) 10787 NR_038457 8775 Hs.126938 NM_003827 ENSG00000105402 NAPA SNAPA NSF attachment protein alpha protein-coding 2.166 1.074 6.699 0.993 0.640 0.633 0.401 0.383 0.596 0.556 0.789 0.684 0.096 0.623 0.783 0.707 0.780 0.229 0.396 0.132 0.544 0.309 0.406 0.248 0.608 0.204 0.185 0.244 0.540 0.191 0.608 nan 0.791 0.885 0.208 0.366 0.126 0.598 0.117 0.109 0.273 0.684 0.351 0.258 0.260 0.211 0.597 0.523 0.843 0.514 0.721 0.366 0.707 0.535 0.303 0.608 0.430 0.450 1.648 0.805 0.735 0.383 0.246 1.016 0.252 0.261 0.207 0.788 1.037 1.032 1.675 1.877 2.158 1.270 0.488 1.962 2.091 3.564 4.581 1.201 1.789 5.276 5.647 0.745 1.062 0.630 0.914 1.739 3.182 1.298 0.684 2185 chr11 94799260 94803388 + 0 NA non-coding (NR_103726, exon 1 of 2) non-coding (NR_103726, exon 1 of 2) 1283 NR_103726 10929 Hs.476680 NM_032102 ENSG00000263465 SRSF8 DSM-1|SFRS2B|SRP46 serine and arginine rich splicing factor 8 protein-coding 4.680 nan 3.786 2.809 5.306 6.604 2.831 2.600 3.771 1.180 3.207 2.434 1.740 1.740 5.407 4.971 0.738 0.246 3.524 1.013 2.238 1.174 2.772 1.282 2.841 2.805 3.340 1.294 3.110 1.433 4.427 3.504 4.560 11.609 2.185 2.015 1.035 2.805 0.201 1.430 3.074 6.709 3.752 1.851 3.442 2.825 6.700 3.336 2.838 3.983 2.245 3.672 4.971 3.818 6.001 2.841 2.014 3.010 1.605 3.273 3.171 3.012 6.209 2.215 2.175 1.911 1.521 11.267 15.022 4.770 nan 13.661 11.064 4.362 1.004 24.396 25.345 6.984 7.100 7.641 13.204 9.553 12.288 7.603 14.407 7.677 6.181 5.287 6.074 4.904 2.653 4432 chr16 70203482 70211639 + 0 NA promoter-TSS (NR_126007) promoter-TSS (NR_126007) -209 NR_126007 400541 Hs.461183 NR_126007 ENSG00000247228 LOC400541 - uncharacterized LOC400541 ncRNA 0.804 0.407 nan 0.079 0.221 0.141 0.162 0.138 0.347 0.012 0.171 0.128 0.023 0.062 0.099 0.267 0.100 0.069 0.207 0.094 0.039 0.136 0.039 0.075 0.102 0.155 0.087 0.106 0.126 0.018 0.117 0.211 0.146 0.241 0.019 0.125 0.035 0.014 0.067 0.072 9.297 0.192 0.089 0.089 0.095 0.109 0.119 0.237 0.104 0.019 0.096 0.267 0.086 0.092 0.102 0.055 0.041 0.250 0.150 0.050 0.050 0.024 0.016 0.018 0.014 0.012 0.371 0.328 0.150 0.258 0.218 0.252 0.365 0.203 0.390 0.372 0.183 0.427 0.316 0.615 0.445 0.349 0.330 0.226 0.063 0.080 0.213 0.428 0.365 0.467 10918 chr8 39767393 39774309 + 0 NA promoter-TSS (NM_002164) promoter-TSS (NM_002164) -477 NM_002164 3620 Hs.840 NM_002164 ENSG00000131203 IDO1 IDO|IDO-1|INDO indoleamine 2,3-dioxygenase 1 protein-coding 0.466 0.737 nan 0.198 0.140 0.024 0.145 0.140 0.215 0.028 0.122 0.357 0.015 0.014 0.038 0.130 0.631 0.163 0.459 0.247 0.045 0.041 0.023 0.120 0.156 5.057 5.464 0.021 0.360 0.031 0.146 0.204 0.363 0.254 0.889 0.078 0.042 0.031 0.101 0.017 0.012 0.053 0.095 0.011 2.827 0.824 0.055 0.426 0.184 0.041 0.011 0.300 0.130 0.041 0.156 0.071 0.047 0.060 0.030 0.035 0.044 0.017 0.489 0.227 2.525 3.134 0.383 0.536 0.115 0.035 0.221 0.250 0.109 0.224 0.155 0.276 0.391 0.085 0.057 0.123 0.062 0.132 0.142 0.241 0.245 0.375 1191 chr1 231523090 231533242 + 0 NA intron (NM_022051, intron 1 of 4) intron (NM_022051, intron 1 of 4) 32624 NM_022051 54583 Hs.444450 NM_022051 ENSG00000135766 EGLN1 C1orf12|ECYT3|HALAH|HIF-PH2|HIFPH2|HPH-2|HPH2|PHD2|SM20|ZMYND6 egl-9 family hypoxia inducible factor 1 protein-coding 0.992 1.077 0.997 2.435 0.147 0.071 1.532 0.143 0.359 0.338 0.959 1.385 0.061 0.040 0.079 0.389 0.822 0.238 1.026 0.802 1.203 0.014 0.139 0.207 0.148 1.799 1.240 0.904 0.930 0.646 0.128 0.278 0.148 0.354 0.548 0.625 0.038 0.116 0.101 0.535 0.282 4.584 6.418 2.146 1.472 0.819 0.546 1.615 0.871 1.021 0.622 0.353 0.389 0.683 0.859 0.148 0.303 0.236 0.029 1.531 0.081 1.423 0.029 0.296 0.435 2.744 2.505 0.474 0.261 0.525 1.035 0.565 0.589 nan 0.168 0.552 0.460 0.538 0.756 nan 0.384 0.445 0.251 0.117 0.156 0.134 0.220 0.408 0.965 nan 0.438 8384 chr4 55509776 55533094 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR -2660 NM_000222 3815 Hs.479754 NM_000222 ENSG00000157404 KIT C-Kit|CD117|PBT|SCFR KIT proto-oncogene receptor tyrosine kinase protein-coding nan 0.939 1.114 0.121 1.858 1.019 0.131 1.046 2.164 0.082 0.066 0.079 0.021 0.383 2.078 0.558 0.425 0.159 0.441 0.180 0.801 0.018 0.594 0.350 1.079 0.036 0.038 0.041 0.102 0.064 0.121 0.346 0.120 2.779 0.131 0.053 0.313 0.042 0.089 0.131 0.553 0.567 0.101 0.080 0.033 0.053 0.045 0.331 0.143 0.021 0.256 0.100 0.558 0.221 1.256 1.079 0.047 0.153 0.108 0.687 0.061 0.155 1.558 0.068 0.016 0.020 0.009 2.237 3.170 1.928 2.325 2.529 2.121 2.910 0.938 1.207 1.286 0.163 0.228 3.361 4.206 0.463 0.460 1.807 4.493 1.542 1.080 0.070 0.158 5.484 3.335 823 chr1 161475941 161487153 + 0 NA intron (NM_021642, intron 5 of 6) intron (NM_021642, intron 5 of 6) 6342 NM_001136219 2212 Hs.352642 NM_021642 ENSG00000143226 FCGR2A CD32|CD32A|CDw32|FCG2|FCGR2|FCGR2A1|FcGR|IGFR2 Fc fragment of IgG receptor IIa protein-coding 0.874 nan 0.772 0.122 0.118 0.020 0.419 0.115 0.381 0.009 0.104 0.640 0.006 0.109 0.079 0.307 0.115 0.138 1.187 0.646 0.039 0.062 0.085 0.195 1.497 4.530 4.759 0.065 2.120 0.423 2.094 4.342 6.673 0.501 0.617 0.564 0.043 0.116 0.136 1.820 0.022 0.124 0.046 0.022 1.813 0.921 0.218 0.154 0.262 0.121 0.156 0.171 0.307 0.543 0.251 1.497 0.275 0.134 0.036 0.255 0.135 0.743 0.112 0.166 0.067 0.040 0.009 0.404 0.265 0.555 0.990 1.037 nan 0.181 0.053 0.164 0.113 0.257 0.377 0.181 nan 0.472 0.304 0.495 0.609 0.146 0.162 0.442 1.201 2.076 1.068 5722 chr19 44306939 44314112 + 0 NA intron (NM_182573, intron 1 of 4) MER1A|DNA|hAT-Charlie -3912 NM_001031749 284348 Hs.44289 NM_182573 ENSG00000159871 LYPD5 PRO4356 LY6/PLAUR domain containing 5 protein-coding 0.720 0.828 0.780 0.179 0.074 0.039 0.252 0.135 0.236 0.043 0.141 0.104 0.026 0.056 0.125 0.212 0.106 0.090 0.295 0.050 0.026 0.019 0.195 0.105 0.134 0.130 0.091 0.031 0.067 0.131 0.129 nan 0.194 0.258 0.122 0.099 0.039 0.128 0.107 0.033 0.033 0.302 0.093 0.033 0.076 0.075 0.228 0.169 0.238 0.385 0.110 0.198 0.212 0.187 0.036 0.134 0.068 0.184 0.187 0.021 0.085 0.069 0.035 0.022 0.016 0.035 0.453 0.374 9.041 8.828 0.384 0.410 0.931 0.274 0.374 0.441 0.134 0.367 0.233 0.239 0.278 0.123 0.347 0.371 0.204 0.222 0.171 0.229 1.435 0.973 9288 chr5 154663252 154672799 + 0 NA Intergenic Intergenic 274710 NM_001099293 285643 Hs.567824 NM_001099293 ENSG00000226650 KIF4B - kinesin family member 4B protein-coding 0.983 nan 1.001 0.060 0.113 0.234 0.074 0.281 0.524 0.059 0.029 0.013 0.073 0.259 0.361 0.077 0.033 0.039 0.023 0.014 0.099 0.194 0.295 0.010 0.015 0.039 0.043 0.033 0.059 0.044 0.023 0.431 0.016 0.083 1.365 0.022 0.091 0.013 0.140 0.106 0.019 0.016 0.048 0.070 0.126 0.043 0.037 0.041 0.035 0.361 0.037 0.058 0.295 0.026 0.069 0.116 0.025 0.032 0.016 0.052 1.825 0.024 0.012 0.011 0.312 0.124 0.263 0.279 0.402 0.280 0.269 0.103 0.039 0.087 0.272 0.469 0.330 0.297 0.566 0.312 0.092 0.119 4.223 6.008 0.745 2.574 1.012 0.656 6264 chr2 98957283 98966738 + 0 NA promoter-TSS (NM_001079878) promoter-TSS (NM_001079878) -608 NM_001298 1261 Hs.234785 NM_001298 ENSG00000144191 CNGA3 ACHM2|CCNC1|CCNCa|CCNCalpha|CNCG3|CNG3 cyclic nucleotide gated channel alpha 3 protein-coding 3.711 0.783 0.886 0.053 0.112 0.024 0.083 0.084 0.203 0.091 0.049 0.032 0.149 0.948 0.040 0.067 0.079 0.040 0.013 0.229 0.089 0.755 0.097 0.032 0.031 0.107 0.047 0.387 0.098 0.492 0.031 0.057 0.141 0.060 0.088 0.038 5.396 0.121 0.057 0.024 0.033 0.133 0.117 0.079 0.030 0.058 0.125 0.948 0.071 0.022 0.755 0.013 0.053 0.256 0.079 0.038 0.034 0.044 0.440 0.016 0.006 0.006 0.652 0.779 0.191 0.128 1.031 0.771 0.819 0.434 0.092 0.155 0.196 0.292 0.220 0.341 0.894 0.955 0.318 0.508 1.379 1.034 3.069 3.747 0.435 0.439 6360 chr2 131580531 131587832 + 0 NA Intergenic Intergenic 70317 NM_001105195 205147 Hs.369289 NM_152698 ENSG00000178171 AMER3 FAM123C APC membrane recruitment protein 3 protein-coding nan 1.317 nan 0.745 0.097 1.033 3.273 0.929 1.706 0.169 1.261 0.238 0.033 0.056 0.294 1.892 0.052 0.082 2.519 1.694 0.026 0.038 0.193 0.045 0.747 1.441 0.931 0.100 3.317 2.112 0.999 5.047 0.292 3.391 3.006 1.551 0.310 0.045 0.050 0.939 0.065 2.191 0.460 0.235 1.088 3.050 1.665 2.098 0.946 0.340 0.021 3.881 1.892 6.099 0.249 0.747 1.778 2.817 0.628 0.430 0.706 2.158 1.000 0.100 0.207 0.392 0.224 1.624 2.493 0.731 1.759 1.941 1.542 1.540 0.524 0.392 0.502 0.178 0.549 0.389 nan 2.566 2.346 1.582 1.788 0.895 1.367 0.316 0.469 0.311 0.237 9886 chr6 123137214 123147228 + 0 NA Intergenic Intergenic 32027 NM_006714 10924 Hs.486357 NM_006714 ENSG00000172594 SMPDL3A ASM3A|ASML3a|yR36GH4.1 sphingomyelin phosphodiesterase acid like 3A protein-coding 1.262 1.393 1.196 0.050 0.319 0.218 0.042 2.905 5.190 0.019 0.056 0.055 0.006 0.030 0.426 0.307 0.132 0.016 0.095 0.033 0.028 0.563 0.373 0.911 0.041 0.007 0.075 0.080 0.166 0.071 0.913 0.029 0.076 1.587 0.098 0.138 0.012 0.205 0.055 0.018 0.046 0.154 0.076 0.193 0.070 0.041 0.217 0.016 0.080 0.307 0.049 0.092 0.911 0.048 0.057 0.039 0.023 0.244 0.008 0.504 0.530 0.023 0.023 0.010 0.317 0.199 0.233 0.303 1.544 1.246 7.710 2.980 0.364 0.274 0.426 0.465 0.615 0.855 0.654 0.382 0.328 0.475 5.476 5.795 0.811 2.314 0.708 0.402 4666 chr17 27061770 27081920 + 0 NA intron (NM_004295, intron 1 of 6) intron (NM_004295, intron 1 of 6) 822 NM_004295 9618 Hs.8375 NM_004295 ENSG00000076604 TRAF4 CART1|MLN62|RNF83 TNF receptor associated factor 4 protein-coding nan nan nan 2.557 0.734 1.901 1.988 1.153 2.099 1.995 2.577 0.460 2.111 0.621 1.636 1.272 0.874 0.280 3.251 1.023 2.934 0.694 0.550 0.245 1.415 1.348 1.298 1.243 3.287 1.346 5.138 8.593 4.377 4.000 1.291 1.720 0.399 1.972 0.124 0.930 0.740 3.686 2.498 1.268 1.537 1.357 2.734 1.088 3.564 1.213 1.005 2.253 1.272 4.471 0.956 1.415 2.182 3.706 0.622 4.021 1.032 1.372 1.180 1.048 0.843 1.041 0.617 1.712 2.651 2.233 3.793 2.463 2.175 2.264 0.703 2.813 2.737 1.094 1.560 4.380 4.620 2.515 2.147 1.238 2.143 1.483 1.375 1.409 nan 1.110 0.714 9159 chr5 124706132 124713636 + 0 NA Intergenic Intergenic -119070 NR_109887 101927460 Hs.407582 NR_109887 ENSG00000260192 LINC02240 - long intergenic non-protein coding RNA 2240 ncRNA nan 0.975 0.947 0.086 0.232 0.147 0.584 1.393 3.487 0.051 0.191 0.625 0.008 0.081 0.071 0.662 0.498 0.214 0.155 0.201 0.025 0.540 0.613 0.289 0.474 0.250 0.038 0.030 0.044 0.042 0.119 0.547 0.133 0.635 0.117 0.072 1.824 0.837 0.131 0.047 0.560 0.123 0.024 0.010 0.219 0.040 0.153 0.158 0.043 0.133 0.127 0.069 0.662 0.056 0.061 0.474 0.097 0.045 0.091 0.038 0.134 0.063 0.106 0.875 0.050 0.008 0.007 0.480 0.666 0.350 nan 0.387 0.436 1.958 0.785 0.456 0.304 1.233 1.678 0.662 0.626 0.751 0.346 0.274 0.342 5.718 7.910 1.359 3.912 0.386 0.414 7270 chr21 46284513 46303252 + 0 NA promoter-TSS (NM_004339) promoter-TSS (NM_004339) -64 NR_104597 754 Hs.474010 NM_004339 ENSG00000183255 PTTG1IP C21orf1|C21orf3|PBF PTTG1 interacting protein protein-coding nan 1.168 2.300 2.208 0.743 0.617 4.799 0.402 0.696 1.986 2.673 1.213 1.059 0.179 1.044 0.804 0.644 0.209 2.747 0.953 3.380 0.399 0.286 0.124 0.665 2.337 2.250 0.805 2.243 2.123 1.693 2.254 1.233 2.610 1.570 0.576 0.301 0.735 0.080 2.161 0.135 6.622 2.089 0.912 3.431 0.804 1.979 2.564 1.082 2.738 0.519 1.321 0.804 2.825 4.898 0.665 0.980 1.092 0.358 1.794 1.099 1.542 0.218 0.204 2.628 2.075 1.675 0.995 1.005 1.027 1.728 1.536 1.371 nan 0.284 1.025 1.253 0.642 nan 1.131 1.598 2.394 2.059 0.559 0.994 1.558 2.363 0.711 0.839 1.278 0.920 1797 chr11 11861721 11867664 + 0 NA intron (NM_017944, intron 1 of 26) intron (NM_017944, intron 1 of 26) 1722 NM_001330208 55031 Hs.577256 NM_017944 ENSG00000170242 USP47 TRFP ubiquitin specific peptidase 47 protein-coding 3.368 nan 5.020 4.113 5.037 2.729 2.750 2.068 3.369 0.979 3.017 1.721 3.400 1.868 3.549 2.905 1.128 0.162 3.330 1.372 1.706 2.075 2.537 1.298 6.779 1.561 2.067 1.932 2.962 1.261 6.495 8.242 5.089 10.177 1.329 2.464 0.899 2.460 0.063 1.369 1.961 5.796 3.935 1.549 1.668 0.887 3.224 3.587 3.698 2.711 2.708 2.271 2.905 3.158 3.537 6.779 1.357 2.383 0.296 2.903 1.299 2.829 3.778 1.035 2.777 1.919 1.386 nan 11.109 7.056 9.292 9.386 9.229 7.346 3.550 20.022 21.580 5.719 nan 5.699 8.215 6.279 7.217 6.009 11.331 4.948 5.402 4.717 3.647 2.950 nan 1119 chr1 215762314 215780892 + 0 NA intron (NM_001319294, intron 10 of 17) intron (NM_001319294, intron 10 of 17) 30881 NM_016121 51133 Hs.335139 NM_016121 ENSG00000136636 KCTD3 NY-REN-45 potassium channel tetramerization domain containing 3 protein-coding 1.289 1.345 1.144 0.384 0.249 0.024 0.286 0.272 0.415 0.237 0.211 0.203 3.022 0.027 0.034 0.194 0.368 0.067 0.345 0.020 0.037 0.030 0.226 0.331 0.199 0.138 0.035 0.040 0.175 0.096 0.087 0.145 0.232 nan 0.150 0.201 0.051 0.053 0.157 0.019 0.137 0.044 0.026 0.008 0.194 0.120 0.645 0.081 0.103 0.064 0.102 0.171 0.194 0.230 0.040 0.199 0.160 0.602 0.067 0.031 0.060 0.227 0.037 0.155 0.061 0.031 0.018 0.443 0.433 0.935 0.970 0.466 0.601 nan 0.228 0.669 0.683 0.851 nan 0.434 0.453 0.468 0.329 0.060 0.140 0.244 0.206 0.630 1.484 0.756 0.411 3039 chr12 126817104 126829701 + 0 NA Intergenic Intergenic -87290 NR_146291 105370059 NR_146291 LINC02350 - long intergenic non-protein coding RNA 2350 ncRNA 0.780 0.555 0.485 0.051 0.178 0.022 0.286 0.064 0.175 0.007 1.168 4.304 0.015 0.032 0.042 0.569 1.079 0.115 0.041 0.125 0.011 0.125 0.136 0.180 4.078 3.342 0.069 0.069 0.157 0.073 0.250 1.244 0.018 0.096 0.009 0.039 0.159 0.183 0.079 0.040 0.043 0.631 0.300 0.026 0.045 0.012 0.021 0.569 0.011 0.022 0.180 0.087 0.019 0.022 0.011 0.073 0.025 0.047 0.029 0.192 0.037 0.012 0.240 0.102 0.403 0.807 0.481 0.485 nan 0.053 0.277 0.250 0.190 0.287 0.457 0.455 0.401 0.210 0.089 0.112 0.078 0.104 0.116 0.147 0.746 0.700 11293 chr8 129861937 129897360 + 0 NA Intergenic Intergenic 98599 NR_145483 106144608 NR_145483 ENSG00000229140 LINC00976 - long intergenic non-protein coding RNA 976 ncRNA nan nan nan 0.187 0.215 0.049 0.210 0.154 0.233 0.035 0.156 0.232 0.016 0.085 0.095 0.065 0.243 0.109 0.129 0.102 0.052 7.389 0.070 0.091 0.071 0.138 0.055 0.004 0.232 0.053 0.094 0.227 0.109 nan 0.099 0.928 0.024 0.037 0.083 0.077 0.040 0.133 0.032 0.029 0.108 0.078 0.130 0.277 0.146 0.145 0.038 0.123 0.065 0.105 0.063 0.071 0.097 0.069 0.006 0.128 0.091 0.038 0.048 0.101 0.041 0.158 0.126 0.256 0.114 0.243 0.361 0.378 0.443 0.329 0.165 nan nan 0.472 0.713 0.176 0.177 0.350 0.169 0.112 0.184 0.107 0.141 0.291 0.668 0.193 0.341 11189 chr8 104509991 104517058 + 0 NA promoter-TSS (NR_145703) promoter-TSS (NR_145703) 392 NR_145699 105375690 NR_145697 LOC105375690 - uncharacterized LOC105375690 ncRNA 11.138 nan nan 0.929 12.048 9.383 0.122 7.081 12.269 2.664 0.087 0.026 0.052 5.146 9.412 5.691 0.180 0.090 1.616 0.360 0.135 1.529 2.482 1.176 14.326 0.137 0.021 1.625 0.109 0.045 3.224 3.102 0.040 23.909 0.167 0.022 3.033 3.005 0.113 0.618 6.706 2.399 0.085 0.010 0.030 0.021 0.164 0.433 0.818 7.014 0.034 0.065 5.691 1.213 0.111 14.326 0.017 1.816 1.139 3.756 6.245 0.056 6.254 2.156 0.024 0.014 4.574 7.084 0.105 0.207 19.483 17.587 11.905 4.296 0.960 0.943 4.630 nan 10.442 13.227 nan 9.404 8.711 15.674 9.663 8.198 5.476 nan 3.762 1.908 11708 chr9 112069308 112084222 + 0 NA intron (NM_019114, intron 1 of 25) intron (NM_019114, intron 1 of 25) 6479 NM_018424 54566 Hs.591901 NM_018424 ENSG00000095203 EPB41L4B CG1|EHM2 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4B protein-coding 1.041 1.556 nan 0.428 3.447 0.273 3.212 0.718 1.436 0.282 0.378 0.148 0.254 0.335 1.382 0.250 0.131 0.053 1.311 0.559 0.317 0.019 1.041 0.668 2.206 0.634 0.336 0.305 1.301 0.553 0.692 nan 1.026 3.133 1.163 0.204 0.629 0.197 0.074 0.249 0.143 1.638 0.265 0.226 0.423 1.035 0.457 0.390 1.250 0.507 0.518 0.826 0.250 2.968 3.277 2.206 0.259 0.604 0.554 0.911 0.476 0.767 1.388 0.200 0.784 0.119 0.072 0.181 0.292 0.921 1.347 1.346 1.196 1.439 0.443 0.852 0.924 0.476 0.728 2.199 nan 6.469 6.707 0.601 1.260 2.596 2.518 0.450 0.887 nan 0.599 9239 chr5 145301592 145329418 + 0 NA promoter-TSS (NM_152550) promoter-TSS (NM_152550) -621 NM_152550 153769 Hs.443728 NM_152550 ENSG00000156463 SH3RF2 HEPP1|POSHER|PPP1R39|RNF158 SH3 domain containing ring finger 2 protein-coding nan 0.835 0.724 0.785 0.108 0.014 3.267 0.135 0.293 0.599 0.682 1.609 0.619 0.036 0.062 0.188 1.103 0.168 0.778 0.695 0.177 0.090 0.068 0.027 0.056 3.166 2.547 0.714 0.921 1.297 0.471 1.406 0.850 0.719 0.845 2.946 0.095 0.214 0.126 2.050 0.111 1.118 0.316 0.281 2.384 0.670 1.562 1.734 0.720 1.304 0.262 0.454 0.188 1.011 6.188 0.056 0.519 0.238 0.035 0.370 0.029 1.585 0.035 0.302 1.678 4.399 4.441 0.162 0.099 0.260 0.461 0.275 0.320 0.116 0.037 0.128 0.103 0.260 0.478 0.306 0.318 0.698 0.472 0.165 0.215 0.230 0.228 0.394 0.921 0.368 0.385 6022 chr2 37987794 38038260 + 0 NA Intergenic Intergenic 43827 NR_110011 101929559 Hs.468200 NR_110011 ENSG00000237803 LINC00211 NCRNA00211 long intergenic non-protein coding RNA 211 ncRNA 1.206 nan nan 0.318 0.405 0.458 2.665 0.271 0.528 0.461 1.100 3.041 0.284 0.184 0.113 0.564 1.592 0.179 2.400 1.099 0.081 0.019 0.314 0.277 1.552 2.294 1.349 0.277 1.307 1.720 2.684 8.084 3.772 1.419 1.809 0.806 0.240 0.066 0.123 3.744 0.161 1.369 0.246 0.147 1.656 1.138 0.693 4.034 0.334 0.311 0.438 0.891 0.564 2.326 2.255 1.552 0.827 1.085 0.162 0.106 1.230 0.650 0.182 0.360 1.674 1.459 1.333 0.310 0.179 0.761 2.957 0.892 0.997 1.133 0.249 0.431 nan 1.479 1.964 1.514 1.100 nan 0.327 0.170 0.289 0.652 0.770 0.314 0.927 1.491 0.834 6432 chr2 159342798 159368086 + 0 NA intron (NM_001304970, intron 1 of 21) intron (NM_001304970, intron 1 of 21) 42050 NM_001304970 8502 Hs.407580 NM_003628 ENSG00000144283 PKP4 p0071 plakophilin 4 protein-coding nan 0.937 nan 1.309 0.195 0.277 0.393 0.240 0.457 0.103 0.286 0.389 0.097 0.047 0.063 0.249 0.895 0.146 0.851 0.286 0.274 0.033 0.087 0.135 0.156 0.649 0.294 0.748 0.174 0.134 0.255 0.640 0.427 0.471 0.075 0.585 0.026 0.100 0.087 0.066 0.097 0.083 0.188 0.142 0.349 0.147 0.281 0.150 0.567 0.261 0.084 0.362 0.249 0.262 0.209 0.156 0.406 0.138 0.110 0.127 0.068 0.150 0.133 0.321 0.078 0.116 0.040 0.916 0.953 3.083 3.769 0.338 0.370 0.550 0.158 0.350 0.362 1.029 1.304 0.365 0.387 0.815 0.608 0.599 0.706 0.206 0.271 0.550 1.492 0.510 0.463 915 chr1 180501541 180523246 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -15717 NR_125716 148756 NR_125716 ENSG00000236719 OVAAL LINC01131|OVAL ovarian adenocarcinoma amplified long non-coding RNA ncRNA nan nan 1.310 0.092 0.120 2.861 0.212 0.206 0.378 0.031 0.143 0.093 0.011 0.042 0.289 4.291 0.177 0.207 0.229 0.043 0.017 0.019 0.164 0.172 0.298 0.422 0.124 0.120 0.134 0.178 0.178 0.809 0.957 0.847 0.068 0.184 0.084 0.075 0.139 0.022 0.080 0.093 0.048 0.025 0.242 0.117 0.069 0.185 0.135 0.065 0.335 0.176 4.291 0.113 0.030 0.298 0.146 0.042 0.116 0.040 0.080 0.061 0.105 0.083 0.028 0.022 0.012 0.530 0.494 0.444 0.903 1.838 nan 1.661 0.404 nan 0.433 0.990 1.528 0.481 0.475 0.445 0.205 0.402 0.624 0.495 0.451 0.351 nan 1.596 0.848 2978 chr12 116929193 116942590 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -35336 NR_027345 100287569 Hs.441601 NM_207436 ENSG00000196668 LINC00173 NCRNA00173 long intergenic non-protein coding RNA 173 ncRNA nan nan 0.487 0.096 0.097 0.045 2.315 0.096 0.240 0.585 0.326 0.577 2.573 0.037 0.158 0.306 0.876 0.205 0.181 0.099 0.094 0.029 0.117 0.158 0.119 0.497 0.211 0.055 0.087 0.835 0.174 0.935 0.677 0.398 0.776 0.583 0.014 0.073 0.140 0.096 0.042 0.373 0.127 0.116 2.569 0.450 0.614 0.364 1.742 0.127 1.107 1.824 0.306 0.367 0.305 0.119 1.121 1.209 0.057 0.415 0.046 0.599 0.067 0.075 0.170 2.213 2.092 0.307 0.226 0.383 1.101 nan nan nan 0.076 0.426 0.412 0.473 0.781 nan nan 0.315 0.153 0.178 0.213 0.084 0.135 0.365 0.549 nan 0.352 6492 chr2 175199482 175207775 + 0 NA Intergenic Intergenic 3807 NM_001145250 100131390 Hs.516603 NM_001145250 ENSG00000217236 SP9 ZNF990 Sp9 transcription factor protein-coding 2.919 2.601 1.053 0.246 0.391 1.913 0.163 1.440 3.045 0.841 0.095 0.055 1.306 0.036 0.353 1.848 0.403 0.056 0.611 0.344 0.076 1.654 1.519 0.802 2.253 0.218 0.113 0.188 0.220 0.026 0.329 0.659 0.384 10.158 0.071 0.104 0.030 3.490 0.062 0.184 1.380 1.732 0.065 0.089 0.032 0.239 0.198 0.146 4.813 2.379 0.094 0.056 1.848 0.190 0.435 2.253 0.088 0.427 0.302 1.731 1.114 0.095 0.142 0.164 0.037 0.729 0.508 0.374 0.290 0.837 0.816 1.483 1.072 2.540 0.659 0.894 0.858 2.043 2.743 0.948 1.458 1.177 1.334 0.744 1.407 0.454 0.474 0.417 0.879 0.948 0.599 9370 chr5 179124183 179127901 + 0 NA 5' UTR (NM_001746, exon 1 of 15) 5' UTR (NM_001746, exon 1 of 15) 112 NM_001746 821 Hs.567968 NM_001746 ENSG00000127022 CANX CNX|IP90|P90 calnexin protein-coding 7.507 4.944 6.525 5.020 5.266 6.964 4.779 1.938 3.126 2.145 7.184 4.629 3.652 2.934 5.655 3.176 4.765 0.688 4.772 1.938 5.848 1.743 3.102 1.418 5.577 5.210 6.798 3.485 6.202 3.121 5.656 6.969 4.597 16.695 2.754 8.368 2.152 5.737 0.181 2.665 2.697 6.482 7.403 3.657 5.451 3.009 6.001 9.846 6.478 6.732 5.226 5.664 3.176 7.109 5.566 5.577 4.121 3.778 1.482 5.526 3.724 3.181 2.857 2.240 3.286 5.095 2.938 5.138 4.460 10.898 nan 8.044 5.687 10.048 5.818 12.700 13.063 5.561 nan 7.778 17.563 7.679 9.716 4.918 7.998 9.673 15.109 11.333 6.961 2.781 1.195 9114 chr5 108476156 108489059 + 0 NA intron (NM_001308028, intron 15 of 17) intron (NM_001308028, intron 15 of 17) 179463 NR_149040 285638 Hs.532104 NR_149040 ENSG00000249476 LOC285638 - uncharacterized LOC285638 ncRNA 0.705 0.727 0.559 0.095 0.027 0.018 0.095 0.112 0.253 0.132 0.101 0.015 0.039 0.070 0.049 0.134 0.037 0.077 0.039 0.073 0.099 0.054 0.043 0.017 0.053 0.047 0.056 0.080 0.017 0.158 0.034 0.147 0.044 0.076 0.134 0.009 0.080 0.036 0.009 0.016 0.034 0.023 0.089 0.146 0.063 0.055 0.035 0.088 0.049 0.027 0.068 0.053 0.045 0.008 0.004 0.055 0.043 0.070 0.163 0.018 0.022 0.008 0.191 0.146 0.316 0.376 0.222 0.257 0.128 0.029 0.187 0.157 3.285 3.251 0.204 0.261 0.428 0.240 0.086 0.167 0.104 0.114 0.261 0.445 0.374 0.353 8316 chr4 37528821 37545264 + 0 NA intron (NM_001104629, intron 1 of 3) intron (NM_001104629, intron 1 of 3) -48813 NM_018302 55286 Hs.107527 NM_018302 ENSG00000154274 C4orf19 - chromosome 4 open reading frame 19 protein-coding 0.555 0.425 0.480 0.455 0.099 0.017 1.542 0.107 0.164 0.017 0.077 0.058 0.102 0.036 0.140 0.124 0.073 0.134 0.405 0.311 0.008 0.017 0.168 0.157 0.059 0.030 0.022 0.014 0.112 0.117 0.095 0.284 0.082 0.190 0.143 0.071 0.023 0.039 0.091 0.107 0.114 0.149 0.062 0.014 0.225 0.150 0.087 0.201 0.050 0.061 0.080 0.061 0.124 0.485 0.022 0.059 0.074 1.132 0.006 0.050 0.030 0.086 0.270 0.107 0.019 0.018 0.025 0.589 0.613 2.714 5.799 0.146 0.236 0.084 0.088 0.342 0.403 0.615 0.753 0.179 0.205 0.424 0.126 0.408 0.874 0.071 0.040 0.117 0.247 0.722 0.779 4037 chr15 69754165 69762902 + 0 NA Intergenic Intergenic 13374 NM_001003 6176 Hs.356502 NM_001003 ENSG00000137818 RPLP1 LP1|P1|RPP1 ribosomal protein lateral stalk subunit P1 protein-coding 1.112 3.166 nan 1.581 1.396 2.185 2.367 2.090 4.747 0.469 1.555 1.681 1.862 1.217 1.282 1.466 1.229 0.329 2.504 1.629 1.697 1.270 1.744 0.752 4.430 0.966 0.886 0.731 1.883 1.431 3.012 4.717 3.006 5.370 2.491 1.355 0.260 1.032 0.146 0.659 0.390 1.551 0.935 0.526 1.684 1.541 1.234 0.993 1.998 1.963 2.668 4.071 1.466 4.545 1.009 4.430 1.793 3.436 0.304 1.233 0.995 0.835 0.430 0.679 1.314 0.600 0.548 0.837 1.259 1.133 2.080 2.090 2.296 nan 1.675 1.017 0.922 0.992 1.207 3.234 5.000 1.506 0.869 0.699 0.946 1.464 0.927 0.791 2.012 2.121 0.975 2606 chr12 32283684 32335394 + 0 NA intron (NM_001003398, intron 1 of 8) intron (NM_001003398, intron 1 of 8) 49798 NM_001354188 636 Hs.505202 NM_001714 ENSG00000151746 BICD1 BICD BICD cargo adaptor 1 protein-coding 1.723 nan 1.917 0.185 0.256 0.069 0.280 0.198 0.414 0.031 0.403 0.191 0.019 0.058 0.264 0.399 0.084 0.053 0.339 0.121 0.075 0.035 0.166 0.149 0.535 0.160 0.078 0.052 0.138 0.055 0.095 0.232 0.113 0.399 0.073 0.122 0.230 0.126 0.137 0.095 0.937 0.100 0.038 0.050 0.070 0.073 0.206 0.414 0.136 0.402 0.021 0.049 0.399 0.190 0.127 0.535 0.036 0.054 0.621 0.170 0.065 0.168 0.137 1.408 0.142 0.032 0.025 0.484 0.416 0.272 0.464 0.809 0.901 0.602 0.254 0.549 0.552 3.686 3.958 0.315 0.319 2.589 2.118 0.228 0.318 1.191 1.428 1.796 4.775 0.641 0.530 6811 chr20 5097627 5101593 + 0 NA promoter-TSS (NR_028370) promoter-TSS (NR_028370) -622 NR_028370 100302739 Hs.744934 NR_028370 PCNA-AS1 PCNA-AS|PCNAAS PCNA antisense RNA 1 ncRNA 9.276 7.900 4.337 2.456 8.512 4.718 1.843 3.278 5.888 1.032 4.438 0.962 0.500 0.980 6.127 3.419 2.038 0.075 2.263 0.716 0.851 2.025 3.414 1.360 4.891 1.106 1.167 1.019 0.961 1.443 1.958 8.959 1.966 15.290 1.814 3.710 1.750 2.396 0.174 0.861 2.114 3.026 2.421 1.338 2.187 1.268 2.328 2.066 3.993 1.783 1.885 0.939 3.419 3.369 2.692 4.891 1.819 1.826 1.447 2.692 3.866 2.940 2.321 2.869 1.531 2.237 2.018 13.988 12.051 7.220 8.729 13.356 10.882 11.325 8.643 11.104 10.632 6.081 7.119 12.601 17.948 14.261 16.041 7.303 12.788 10.586 11.186 11.303 8.791 4.288 2.316 1551 chr10 79954527 79993931 + 0 NA Intergenic Intergenic -34153 NR_038985 100132987 Hs.55047 NR_038985 ENSG00000230417 LINC00856 - long intergenic non-protein coding RNA 856 ncRNA 0.782 nan 0.804 0.080 0.279 0.652 0.116 0.416 1.007 0.002 0.142 0.087 0.003 0.295 0.118 0.260 0.105 0.062 0.033 0.010 0.021 0.007 0.263 0.142 2.258 0.087 0.031 0.011 0.064 0.005 0.070 0.164 0.070 1.383 0.041 0.057 0.067 0.040 0.055 0.039 0.135 0.126 0.055 0.020 0.019 0.053 0.097 0.122 0.107 0.060 0.040 0.077 0.260 0.050 0.281 2.258 0.028 0.036 0.091 0.065 0.039 0.104 0.807 0.494 0.046 0.042 0.012 1.644 2.073 0.882 0.691 1.133 1.537 3.870 2.229 0.523 0.489 0.398 0.669 0.871 nan 0.283 0.159 0.782 1.245 0.404 0.307 0.578 nan 0.861 0.571 9672 chr6 44663650 44684171 + 0 NA Intergenic Intergenic -154292 NR_134609 105375075 Hs.123393 NR_134609 LOC105375075 - uncharacterized LOC105375075 ncRNA 1.328 0.889 1.103 0.105 0.133 0.149 0.107 0.093 0.185 0.009 0.128 0.278 0.012 0.030 0.134 0.274 0.170 0.070 0.068 0.009 0.043 0.027 0.076 0.090 0.093 0.024 0.032 0.023 0.060 0.005 0.073 0.146 0.110 0.321 0.085 0.091 0.023 0.042 0.126 0.052 0.089 0.067 0.047 0.022 0.032 0.034 0.071 0.210 0.067 0.056 0.034 0.039 0.274 0.098 0.027 0.093 0.012 0.037 0.082 0.039 0.034 0.091 2.092 0.038 0.020 0.008 0.448 0.303 0.283 0.532 0.301 0.412 0.121 0.098 0.245 0.324 0.134 0.268 0.313 nan 0.595 0.398 0.216 0.322 0.102 0.103 1.517 5.141 0.458 0.533 3981 chr15 59539340 59600170 + 0 NA intron (NM_004998, intron 1 of 27) AluSc|SINE|Alu 70740 NM_033195 92483 Hs.307052 NM_033195 ENSG00000171989 LDHAL6B LDH6B|LDHAL6|LDHL lactate dehydrogenase A like 6B protein-coding 0.752 0.848 0.743 2.154 0.096 0.156 1.969 0.208 0.376 1.066 1.175 1.664 0.116 0.053 0.072 0.260 0.723 0.175 1.888 1.076 0.796 0.016 0.123 0.128 0.209 1.335 1.007 0.054 0.959 1.058 0.443 1.605 0.240 0.757 1.072 0.964 0.164 0.023 0.078 0.227 0.090 1.865 0.242 0.166 1.119 0.746 1.619 0.787 3.763 0.264 1.117 2.078 0.260 1.779 0.364 0.209 2.240 0.754 0.122 0.247 0.046 1.063 1.177 0.080 0.734 0.730 0.702 0.399 0.390 0.993 1.149 0.291 0.355 0.337 0.141 0.228 0.219 0.127 0.232 0.366 0.389 0.461 0.281 0.937 1.202 0.623 0.965 0.177 0.278 0.196 0.224 6857 chr20 16641449 16653520 + 0 NA Intergenic Intergenic -63125 NM_003092 6629 Hs.280378 NM_003092 ENSG00000125870 SNRPB2 Msl1|U2B'' small nuclear ribonucleoprotein polypeptide B2 protein-coding 2.117 nan 1.037 0.048 0.212 0.028 0.059 0.133 0.169 0.008 0.123 0.015 0.010 0.041 0.044 0.094 0.142 0.216 0.035 0.005 0.018 0.077 0.144 0.070 0.006 0.012 0.019 0.065 0.106 0.195 0.082 0.278 0.060 0.071 0.047 0.036 0.074 0.172 0.107 0.031 0.019 0.045 0.019 0.071 0.190 0.061 0.036 0.015 0.033 0.094 0.036 0.039 0.070 0.041 0.055 1.507 0.024 0.076 0.016 0.049 4.109 0.043 0.008 0.594 0.476 0.161 0.169 0.326 0.438 0.138 0.108 0.242 0.356 2.236 2.758 0.324 0.322 5.541 6.539 0.185 0.280 0.135 0.122 2.399 6.823 0.383 0.372 4607 chr17 15843828 15888672 + 0 NA intron (NM_000676, intron 1 of 1) L1MC4|LINE|L1 18019 NM_000676 136 Hs.167046 NM_000676 ENSG00000170425 ADORA2B ADORA2 adenosine A2b receptor protein-coding 1.239 1.319 0.807 1.518 0.104 0.050 2.745 0.262 0.507 1.118 1.000 1.520 0.079 0.100 0.313 1.862 0.442 0.151 1.995 0.990 0.612 0.074 0.117 0.096 0.117 1.352 1.176 0.125 1.546 1.093 1.862 4.469 2.333 0.420 2.249 1.000 0.019 0.092 0.035 1.308 0.042 7.865 0.847 0.473 1.267 2.396 2.047 1.445 1.552 2.125 0.180 0.827 1.862 2.079 5.085 0.117 0.526 1.161 0.171 1.826 0.462 3.460 0.155 0.645 2.582 2.302 2.031 1.124 1.791 0.927 nan 0.558 0.573 0.748 0.229 0.352 0.337 0.198 0.355 0.560 0.625 nan 1.244 0.289 0.392 0.101 0.147 0.574 2.327 0.345 0.377 8188 chr3 195708147 195721349 + 0 NA intron (NR_003264, intron 1 of 16) intron (NR_003264, intron 1 of 16) 2402 NR_003264 255812 Hs.566872 NR_003264 ENSG00000185485 SDHAP1 SDHAL1|SDHALP1 succinate dehydrogenase complex flavoprotein subunit A pseudogene 1 pseudo nan 1.985 1.940 1.699 1.640 1.203 1.357 1.571 2.975 1.068 1.650 0.881 0.693 0.380 2.081 1.393 1.477 0.288 1.193 0.316 0.358 0.798 1.210 0.933 1.373 1.658 1.791 1.443 1.652 0.542 2.215 nan 1.384 nan 0.331 0.813 0.448 0.879 0.096 0.306 1.039 2.093 2.277 1.416 0.951 0.605 2.395 1.204 1.714 2.460 0.699 1.245 1.393 1.062 1.076 1.373 0.831 0.770 0.524 1.530 0.626 0.827 8.542 1.268 0.560 0.541 0.418 1.324 1.969 1.906 2.655 2.302 2.576 2.174 0.971 4.339 4.475 1.919 2.504 2.711 3.497 2.876 2.424 7.324 11.074 1.016 1.309 1.940 2.946 1.730 1.027 5042 chr17 76870703 76883501 + 0 NA intron (NM_003255, intron 1 of 4) intron (NM_003255, intron 1 of 4) 22197 NM_001243540 100653515 Hs.734636 NM_001243540 ENSG00000178404 CEP295NL DDC8|KIAA1731NL CEP295 N-terminal like protein-coding 2.353 1.812 1.719 3.764 0.495 0.367 4.795 0.438 0.803 1.249 3.472 1.746 0.524 0.040 0.926 2.206 4.759 0.801 2.575 1.317 0.478 0.087 0.280 0.304 0.271 2.372 2.314 2.572 1.776 1.644 0.937 3.574 0.237 1.161 2.694 1.864 0.109 0.200 0.082 2.346 0.265 3.942 2.116 0.851 1.159 1.325 0.798 6.004 2.455 2.743 0.117 1.677 2.206 4.779 0.260 0.271 1.531 1.278 0.388 0.332 0.911 1.567 0.189 0.205 0.594 2.984 2.673 1.646 2.826 0.624 1.181 1.393 1.254 1.388 0.529 0.482 0.534 nan 1.230 0.790 1.058 3.203 2.712 0.622 0.836 0.444 0.890 0.570 1.494 nan 0.742 10631 chr7 117822834 117825848 + 0 NA intron (NM_016200, intron 1 of 3) CpG 255 NM_016200 51691 Hs.655046 NM_016200 ENSG00000128534 LSM8 NAA38 LSM8 homolog, U6 small nuclear RNA associated protein-coding nan 2.670 5.776 5.742 5.612 5.051 3.685 3.000 4.960 1.015 5.121 3.396 2.474 1.894 3.401 3.041 6.046 0.532 5.052 1.732 3.120 2.136 2.533 1.764 6.684 1.633 1.479 1.121 8.994 1.837 4.254 6.847 9.174 10.604 1.495 3.642 1.174 6.125 0.136 1.869 2.553 5.387 2.513 1.277 3.350 3.103 4.150 4.315 3.277 2.998 2.288 3.069 3.041 6.900 5.597 6.684 1.346 3.492 1.479 4.324 3.042 2.600 1.903 0.826 1.862 1.478 1.365 8.231 9.122 15.726 21.498 9.254 7.823 10.175 5.527 19.419 20.932 6.542 7.761 8.097 12.508 6.873 8.098 5.362 9.012 8.210 10.557 7.067 6.143 6.761 3.988 561 chr1 102934663 102945056 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -477069 NR_110211 118427 Hs.484475 NM_058170 ENSG00000118733 OLFM3 NOE3|NOELIN3|OPTIMEDIN olfactomedin 3 protein-coding 0.641 nan nan 0.082 0.050 0.027 0.028 0.077 0.193 0.029 0.045 0.030 0.039 0.060 0.050 0.109 0.103 0.109 0.012 0.013 0.030 0.048 0.023 0.007 0.046 0.010 0.031 0.037 0.032 0.245 0.014 0.053 0.009 0.053 0.087 0.110 0.054 0.006 0.007 0.031 0.015 0.102 0.048 0.016 0.021 0.015 0.076 0.050 0.057 0.023 0.036 0.024 0.019 0.015 0.038 0.023 0.015 0.028 0.015 0.295 0.150 0.177 0.208 0.273 nan 0.114 0.075 0.204 0.196 4.664 4.427 nan nan 0.526 0.206 0.076 0.224 0.033 0.054 0.179 nan 0.341 0.449 2112 chr11 75857357 75875035 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 51378 NM_004626 7481 Hs.108219 NM_004626 ENSG00000085741 WNT11 HWNT11 Wnt family member 11 protein-coding nan 1.264 1.126 0.126 2.312 0.878 0.233 0.346 0.705 0.107 0.123 0.466 0.014 0.315 0.558 0.210 0.239 0.100 0.198 0.043 0.097 0.016 3.114 0.973 2.699 0.126 0.045 0.092 0.069 0.041 0.248 nan 0.135 1.567 0.298 0.085 0.964 0.111 0.076 0.078 0.059 0.250 0.064 0.053 0.074 0.091 1.547 0.207 0.221 0.144 0.125 0.124 0.210 0.169 0.157 2.699 0.021 0.365 0.163 0.354 0.648 0.171 0.091 0.159 0.208 0.101 0.043 0.601 0.605 0.351 0.682 1.807 2.136 2.624 0.913 0.953 1.072 0.752 1.291 2.256 3.908 0.761 0.789 0.567 0.464 1.769 2.307 0.431 1.005 4.223 1.834 6478 chr2 171668790 171675004 + 0 NA Intergenic Intergenic -1303 NM_000817 2571 Hs.420036 NM_000817 ENSG00000128683 GAD1 CPSQ1|GAD|SCP glutamate decarboxylase 1 protein-coding 2.097 3.149 2.382 0.925 2.807 3.660 0.298 1.905 3.192 0.301 0.191 0.297 0.080 1.458 1.987 2.764 0.242 0.078 0.580 0.121 0.061 11.618 1.347 1.071 1.575 0.483 0.370 0.929 0.889 0.152 1.850 3.045 0.992 22.176 0.789 0.096 0.659 0.360 0.028 0.617 1.020 0.840 0.972 0.713 0.753 0.349 0.372 0.764 0.141 2.108 0.783 0.191 2.764 0.345 1.794 1.575 0.098 0.546 0.668 2.489 0.930 0.167 1.224 0.118 0.235 0.844 0.407 0.313 0.416 1.025 1.773 5.566 4.558 4.452 1.111 1.108 1.099 2.032 2.433 7.726 9.919 3.151 3.612 1.131 2.450 3.484 2.193 0.358 0.960 1.979 1.040 2221 chr11 105944886 105953232 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330359) promoter-TSS (NM_001330359) -594 NM_001330359 143879 Hs.101949 NM_152433 ENSG00000182359 KBTBD3 BKLHD3 kelch repeat and BTB domain containing 3 protein-coding 1.947 2.003 1.855 0.692 2.670 1.590 0.971 0.921 2.067 0.561 1.270 0.774 0.755 0.517 1.552 1.334 0.367 0.057 1.204 0.501 0.702 0.481 1.879 0.961 2.342 0.663 0.885 0.582 1.133 0.469 1.080 1.277 0.556 4.293 1.147 0.696 0.488 1.509 0.124 0.665 1.460 2.629 1.322 0.624 1.325 0.635 2.040 1.104 0.878 1.727 0.821 1.039 1.334 1.342 1.832 2.342 0.826 0.805 0.301 0.974 1.502 0.796 3.631 0.741 0.663 0.504 0.299 19.419 22.327 2.786 3.833 5.310 5.497 4.915 2.267 9.279 10.211 3.546 4.292 4.260 6.908 5.701 5.797 5.719 8.300 3.293 3.182 3.270 3.421 2.574 1.419 2982 chr12 117919788 117967348 + 0 NA intron (NM_173598, intron 14 of 19) L2c|LINE|L2 -143961 NM_001204218 4842 Hs.654410 NM_000620 ENSG00000089250 NOS1 IHPS1|N-NOS|NC-NOS|NOS|bNOS|nNOS nitric oxide synthase 1 protein-coding nan nan 1.412 0.107 0.163 0.313 0.106 0.148 0.292 0.026 0.095 0.060 0.064 0.038 0.226 0.347 0.062 0.088 0.035 0.004 0.024 0.020 0.135 0.158 2.734 0.112 0.055 0.015 0.064 0.009 0.136 0.213 0.059 4.263 0.028 0.061 0.160 0.042 0.099 0.035 0.062 0.103 0.033 0.018 0.037 0.072 0.071 0.247 0.240 0.045 0.128 0.111 0.347 0.054 0.033 2.734 0.031 0.123 0.143 0.026 0.121 0.070 0.089 0.480 0.026 0.053 0.027 0.258 0.244 0.191 0.289 nan nan nan 0.122 0.330 0.360 0.165 0.258 nan nan 0.767 0.636 0.241 0.279 0.359 0.443 0.350 0.930 nan 0.805 1307 chr10 5576167 5666241 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 16877 NR_134491 105376382 Hs.460282 NR_134491 ENSG00000242147 LOC105376382 - uncharacterized LOC105376382 ncRNA 0.586 1.546 1.108 1.286 0.894 0.827 1.832 0.239 0.338 0.089 0.137 0.654 0.032 0.123 0.371 0.566 0.172 0.133 1.940 1.308 0.237 0.048 0.140 0.085 1.238 1.045 0.832 0.048 1.625 1.785 1.834 5.328 1.757 2.353 1.065 0.229 0.029 0.052 0.076 1.332 0.043 1.320 0.300 0.186 1.125 0.692 1.830 4.260 1.205 0.135 0.335 2.267 0.566 2.197 0.284 1.238 1.227 1.552 0.129 0.349 0.188 0.505 0.084 0.052 0.309 1.119 1.428 0.496 0.471 0.488 1.239 0.794 0.783 1.108 0.382 0.174 0.182 0.130 0.251 1.349 1.582 0.197 0.151 0.213 0.322 0.179 0.193 0.211 0.381 0.712 0.484 1812 chr11 13028588 13036222 + 0 NA exon (NM_001080521, exon 1 of 1) exon (NM_001080521, exon 1 of 1) 1435 NM_001080521 644943 Hs.134650 NM_001080521 ENSG00000189431 RASSF10 - Ras association domain family member 10 protein-coding 0.659 nan 0.790 1.806 0.580 0.633 0.465 0.398 1.006 0.194 0.110 0.024 1.292 0.234 0.253 0.116 0.138 0.025 1.396 0.101 0.127 2.779 1.021 0.625 0.173 0.756 1.641 0.653 1.870 2.486 1.180 0.077 0.029 0.138 0.028 0.088 0.482 2.126 0.569 0.071 0.051 0.422 0.504 0.151 0.212 0.861 0.178 5.072 1.384 0.253 0.406 0.084 2.779 0.312 1.992 0.063 0.364 0.027 0.135 0.169 0.064 0.080 0.075 0.059 nan 1.259 0.924 1.551 1.804 1.579 1.290 0.237 0.476 0.619 0.227 nan 0.507 0.519 0.479 0.305 0.581 0.559 0.648 0.522 0.088 0.187 0.380 nan 1769 chr11 6338625 6355774 + 0 NA Intergenic Intergenic -5459 NM_145040 112464 Hs.434044 NM_145040 ENSG00000170955 CAVIN3 HSRBC|PRKCDBP|SRBC|cavin-3 caveolae associated protein 3 protein-coding 0.503 1.373 0.641 1.523 0.433 0.082 2.298 0.140 0.239 0.200 1.216 0.633 0.105 0.180 0.180 0.164 1.224 0.235 1.196 0.765 0.045 0.018 0.728 0.418 0.800 1.617 2.168 0.039 1.312 0.668 0.104 0.159 0.083 0.397 0.774 0.321 0.348 0.011 0.085 0.441 0.028 4.722 0.441 0.210 0.936 0.442 0.094 5.138 0.396 0.075 1.170 0.620 0.164 1.314 2.316 0.800 0.292 0.126 0.057 0.379 0.086 2.162 0.045 0.048 3.068 0.903 0.697 0.545 0.248 0.226 0.457 0.291 0.425 6.715 2.315 0.315 0.327 0.163 0.284 1.290 1.413 0.407 0.241 0.204 0.297 1.910 1.802 0.104 0.190 1.722 0.933 1875 chr11 32008430 32019844 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 48727 NR_120527 100506675 Hs.446169 NR_120526 ENSG00000254584 LOC100506675 - uncharacterized LOC100506675 ncRNA 0.816 0.768 nan 0.056 0.077 0.063 0.056 0.198 0.326 0.008 0.116 0.065 0.022 0.017 0.055 0.270 0.092 0.142 0.045 0.017 0.011 0.020 0.240 0.137 0.021 0.048 0.025 0.058 0.071 0.018 0.055 0.068 0.062 0.371 0.052 0.241 0.057 0.076 0.010 0.919 0.144 0.039 0.014 0.038 0.040 0.135 0.262 0.100 0.084 0.035 0.029 0.270 0.031 0.024 0.021 0.021 0.022 2.420 0.061 0.053 0.042 0.061 0.087 0.066 0.020 0.005 0.552 0.455 0.261 0.279 0.177 0.267 0.510 0.169 0.257 0.243 1.119 1.843 0.107 0.138 1.105 1.326 0.179 0.288 0.485 0.323 0.342 nan 0.480 0.458 7148 chr21 22543584 22565100 + 0 NA intron (NM_001352597, intron 1 of 10) FLAM_C|SINE|Alu 34920 NM_001352597 4685 Hs.473450 NM_004540 ENSG00000154654 NCAM2 NCAM21 neural cell adhesion molecule 2 protein-coding 0.684 0.734 0.806 0.044 0.037 0.204 0.023 0.155 0.175 0.009 0.040 0.296 0.017 0.023 0.054 0.197 0.078 0.060 0.059 0.027 0.012 0.013 0.131 0.149 0.050 0.045 0.010 0.049 0.038 0.006 0.044 0.124 0.096 0.361 0.020 0.839 0.867 0.040 0.090 0.028 0.024 0.009 0.014 0.011 0.083 0.048 0.117 0.149 0.011 0.013 0.003 0.024 0.197 0.013 0.022 0.050 0.015 0.013 0.027 0.052 0.022 0.020 0.041 0.007 0.019 0.009 0.449 0.367 0.596 0.484 0.376 0.401 0.347 0.118 0.094 0.097 3.883 4.184 0.232 0.287 0.605 0.196 0.096 0.151 2.892 2.910 0.193 nan 0.436 0.322 11487 chr9 21651101 21717199 + 0 NA Intergenic Intergenic -118485 NM_002451 4507 Hs.193268 NM_002451 ENSG00000099810 MTAP BDMF|DMSFH|DMSMFH|HEL-249|LGMBF|MSAP|c86fus methylthioadenosine phosphorylase protein-coding 0.576 nan nan 2.269 0.088 0.020 2.397 0.117 0.185 0.098 0.020 1.095 0.015 0.030 0.091 0.202 0.750 0.095 1.173 0.884 0.911 0.013 0.119 0.108 0.069 0.005 0.007 0.021 0.409 0.605 0.493 0.982 0.042 0.273 0.825 1.986 0.022 4.267 0.132 0.002 0.024 0.210 0.203 0.126 2.066 0.913 0.483 0.004 1.088 0.578 0.265 0.002 0.202 0.279 0.905 0.069 0.710 0.004 0.010 0.181 0.092 0.439 0.038 0.075 0.923 0.005 0.001 0.207 0.089 0.232 0.346 0.335 0.384 0.186 0.097 0.072 0.068 0.584 0.969 0.128 0.145 0.462 0.223 0.159 0.218 0.085 0.115 0.145 0.251 1.011 0.946 5087 chr17 80052921 80077581 + 0 NA intron (NM_198082, intron 16 of 16) intron (NM_198082, intron 16 of 16) -9145 NM_004104 2194 Hs.83190 NM_004104 ENSG00000169710 FASN FAS|OA-519|SDR27X1 fatty acid synthase protein-coding 3.184 2.722 3.498 1.715 1.802 0.701 1.890 1.180 2.122 1.376 2.029 0.764 0.284 1.069 2.177 3.267 1.172 0.358 2.862 0.867 0.727 1.084 1.251 0.609 1.743 0.894 1.051 1.218 1.727 0.595 2.522 nan 3.817 2.602 1.868 2.148 0.538 1.463 0.115 0.643 0.780 1.625 1.132 0.462 1.048 0.510 2.009 0.860 2.980 2.006 1.384 3.687 3.267 3.183 0.936 1.743 1.113 2.984 0.605 3.418 1.861 0.877 0.851 1.351 0.771 0.666 0.388 3.235 nan 1.109 1.869 nan 1.987 2.477 1.047 3.895 3.901 1.458 2.221 2.765 3.913 3.279 4.003 1.786 3.242 2.268 1.754 2.360 2.743 1.505 0.873 1673 chr10 120995979 121025002 + 0 NA intron (NM_005308, intron 1 of 15) intron (NM_005308, intron 1 of 15) 43293 NM_005308 2869 Hs.524625 NM_005308 ENSG00000198873 GRK5 GPRK5 G protein-coupled receptor kinase 5 protein-coding nan 0.849 1.612 0.064 0.245 0.104 2.177 0.235 0.412 0.277 0.901 1.291 0.017 0.130 0.214 0.182 0.478 0.138 0.834 0.471 0.068 0.053 0.076 0.060 0.109 0.951 0.472 0.256 0.894 0.426 0.408 1.313 0.190 0.339 0.307 0.085 0.136 0.075 0.090 0.594 0.047 1.100 0.270 0.151 0.326 0.625 0.486 0.255 0.775 0.682 0.022 0.437 0.182 1.154 3.401 0.109 0.135 0.177 0.221 0.107 0.186 0.853 0.892 1.297 0.153 0.448 0.333 1.415 1.809 0.496 0.612 0.240 0.266 0.471 0.269 0.452 0.418 0.363 0.636 1.529 1.678 1.546 1.539 0.817 1.230 0.249 0.238 1.071 3.340 0.239 0.235 4027 chr15 68559354 68574154 + 0 NA Intergenic Intergenic -3387 NM_015322 10116 Hs.362733 NM_015322 ENSG00000169018 FEM1B F1A-ALPHA|F1AA|FEM1-beta fem-1 homolog B protein-coding 1.981 2.040 nan 1.114 1.481 0.824 1.046 0.901 1.586 1.134 1.864 0.981 0.816 1.749 2.116 2.569 1.511 0.238 1.506 0.783 1.757 1.099 0.986 0.628 1.943 0.844 0.977 1.060 0.983 1.337 3.134 5.914 2.329 3.786 0.815 1.384 0.249 1.142 0.083 0.781 1.176 1.741 1.071 0.543 0.997 0.646 1.926 1.625 2.001 1.288 2.086 5.321 2.569 1.428 1.117 1.943 1.670 4.212 0.630 1.970 1.991 1.096 1.674 0.644 0.543 0.506 0.418 3.712 3.699 6.195 5.869 3.274 2.818 nan 1.365 3.181 3.200 1.448 1.921 3.234 4.292 4.921 4.331 3.317 4.933 1.495 1.733 1.995 2.363 1.244 0.695 6707 chr2 232461604 232553249 + 0 NA Intergenic Intergenic 49851 NM_152614 165100 Hs.98104 NM_152614 ENSG00000177673 TEX44 C2orf57 testis expressed 44 protein-coding 2.206 nan 3.076 1.270 2.188 3.662 1.938 1.620 2.804 0.483 0.850 0.863 1.238 0.863 0.706 1.725 0.339 0.136 1.956 0.934 0.633 0.144 0.463 0.315 1.888 1.311 1.297 1.050 1.709 0.720 1.488 5.838 0.986 1.466 1.066 1.619 0.432 1.149 0.138 0.528 1.391 2.086 0.820 0.456 0.875 0.860 1.541 1.445 2.910 1.711 0.521 1.689 1.725 2.907 1.793 1.888 0.340 1.862 0.516 3.090 1.612 1.123 1.046 0.518 0.633 0.882 0.663 2.139 2.669 1.239 2.478 2.835 2.462 2.933 1.474 1.846 1.932 0.449 0.705 5.239 nan 2.396 2.799 1.349 1.996 1.451 1.349 1.220 1.968 0.834 0.592 5582 chr19 18524062 18551907 + 0 NA intron (NM_001009998, intron 1 of 16) intron (NM_001009998, intron 1 of 16) 7838 NM_001009998 170463 Hs.515259 NM_032627 ENSG00000130511 SSBP4 - single stranded DNA binding protein 4 protein-coding 3.623 1.840 1.660 0.742 1.182 1.612 0.638 1.858 3.814 0.526 1.957 0.750 0.642 0.890 1.116 2.832 0.380 0.087 1.123 0.307 4.205 2.179 0.607 0.322 1.171 0.605 0.446 2.929 1.480 0.303 1.356 nan 0.924 2.274 0.504 2.181 0.478 2.604 0.093 0.598 0.248 1.568 0.635 0.433 0.329 0.295 1.138 0.383 2.313 7.563 0.608 0.552 2.832 1.554 1.319 1.171 0.114 0.473 0.892 6.296 1.362 1.350 0.833 1.345 0.561 0.242 0.108 1.300 2.224 1.080 1.821 2.184 2.091 3.029 1.347 1.677 1.807 0.917 1.436 2.819 4.307 2.838 2.638 0.810 1.462 2.084 1.703 3.306 4.191 2.197 1.181 8003 chr3 171560862 171564944 + 0 NA intron (NM_001164436, intron 1 of 4) intron (NM_001164436, intron 1 of 4) 1764 NM_001164436 389177 Hs.642307 NM_001164436 ENSG00000186329 TMEM212 - transmembrane protein 212 protein-coding 1.265 1.234 0.916 1.824 0.108 0.053 1.254 0.275 0.514 0.258 0.313 0.313 9.238 0.024 0.113 0.166 0.398 0.084 3.001 1.281 0.321 0.102 0.348 0.021 0.265 0.754 0.177 0.053 2.188 2.342 0.444 1.085 5.913 0.142 2.197 0.118 0.024 0.046 0.096 0.545 0.029 0.067 0.053 0.038 2.619 1.312 0.709 0.127 0.501 0.154 0.687 0.306 0.166 2.136 0.259 0.265 0.180 0.684 0.110 0.035 0.686 0.048 0.108 1.104 0.620 0.381 0.339 0.308 0.356 0.949 0.234 0.419 0.237 0.249 0.201 0.203 0.390 0.528 0.545 0.773 0.578 0.215 0.137 0.256 0.081 0.118 0.268 0.315 0.436 0.440 8503 chr4 108737840 108750199 + 0 NA Intergenic L1MA3|LINE|L1 -1702 NM_001136258 166929 Hs.595423 NM_152621 ENSG00000164023 SGMS2 SMS2 sphingomyelin synthase 2 protein-coding 1.032 nan nan 2.711 0.467 0.050 1.424 0.126 0.323 0.391 0.959 0.813 1.268 0.341 0.037 0.516 0.862 0.077 0.990 0.367 0.718 0.135 0.315 0.202 0.387 0.747 0.584 0.648 2.405 2.180 1.648 2.715 2.177 0.973 0.721 0.278 0.239 1.204 0.092 0.724 0.065 1.512 1.053 0.498 2.101 1.297 0.469 0.756 0.692 1.217 0.724 0.697 0.516 2.329 2.062 0.387 0.546 0.803 0.850 1.141 0.846 0.062 0.029 0.468 0.606 0.395 0.176 0.170 0.945 nan 0.178 0.204 0.906 0.323 0.304 0.339 0.137 nan 1.068 0.882 0.388 0.202 0.125 0.259 0.896 0.957 0.133 nan 0.435 0.395 6367 chr2 134111140 134138705 + 0 NA intron (NM_207363, intron 3 of 19) Charlie15a|DNA|hAT-Charlie 101155 NR_110294 101928161 Hs.661917 NR_110294 ENSG00000226953 LOC101928161 - uncharacterized LOC101928161 ncRNA nan 0.673 nan 0.047 0.149 0.089 0.036 0.093 0.223 0.007 0.056 0.050 0.007 0.025 0.076 0.222 0.271 0.070 0.103 0.035 0.028 0.086 0.089 0.100 0.008 0.012 0.013 0.047 0.012 0.044 0.060 0.079 0.337 0.027 0.321 0.007 0.043 0.092 0.022 0.006 0.038 0.015 0.014 0.016 0.036 0.056 0.105 0.073 0.049 0.046 0.094 0.222 0.029 0.037 0.100 0.058 0.030 0.018 0.019 0.118 0.028 0.036 0.103 0.025 0.015 0.007 0.325 0.130 1.910 3.378 0.212 0.229 0.164 0.105 0.113 0.109 0.166 0.235 0.307 nan 0.472 0.178 0.164 0.191 0.038 0.062 0.414 0.977 0.227 0.345 7236 chr21 43722093 43742142 + 0 NA 3' UTR (NM_003226, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_003226, exon 3 of 3) 3589 NM_003226 7033 Hs.82961 NM_003226 ENSG00000160180 TFF3 ITF|P1B|TFI trefoil factor 3 protein-coding nan 1.366 3.810 0.043 3.982 2.061 0.060 0.608 1.219 0.061 0.083 0.019 0.439 1.467 0.340 0.056 0.056 0.048 0.019 0.032 0.056 1.100 0.833 3.598 0.090 0.018 0.055 0.057 0.015 0.589 4.143 0.126 5.963 0.022 0.046 0.319 0.049 0.060 0.041 0.135 0.078 0.048 0.023 0.049 0.023 0.050 0.189 0.146 0.056 0.028 0.543 0.340 0.039 0.032 3.598 0.104 0.095 0.577 0.141 1.230 0.063 2.414 0.149 0.201 0.029 0.005 1.165 2.112 0.573 0.500 6.481 6.329 nan 1.334 2.594 2.692 0.152 nan 4.554 4.244 1.498 1.700 2.110 3.176 1.258 1.015 0.309 0.426 2.215 1.330 9166 chr5 130964641 130974087 + 0 NA intron (NM_001164389, intron 1 of 24) AluSz|SINE|Alu 1565 NM_001164389 51735 Hs.483329 NM_016340 ENSG00000158987 RAPGEF6 KIA001LB|PDZ-GEF2|PDZGEF2|RA-GEF-2|RAGEF2 Rap guanine nucleotide exchange factor 6 protein-coding 2.903 2.134 nan 2.120 1.707 0.906 2.507 1.663 2.821 0.810 2.546 1.405 2.341 0.489 1.630 1.111 1.932 0.144 2.172 0.708 1.468 0.763 1.144 0.681 1.920 2.348 1.999 0.876 1.995 1.405 3.678 3.926 2.576 4.118 1.068 1.875 1.280 2.614 0.113 1.184 1.099 2.088 1.981 0.776 2.586 1.244 2.599 2.271 2.089 2.442 2.130 2.192 1.111 1.906 2.742 1.920 1.359 0.970 0.298 1.540 1.591 1.701 1.102 1.060 1.725 1.646 1.256 2.514 3.108 3.894 5.312 3.188 3.023 3.441 1.848 8.257 8.867 3.304 3.912 2.758 4.171 4.733 4.711 1.658 3.029 5.009 7.729 2.540 3.288 1.557 0.744 5169 chr18 12882384 12891507 + 0 NA Intergenic Intergenic -2611 NM_080422 5771 Hs.654527 NM_002828 ENSG00000175354 PTPN2 PTN2|PTPT|TC-PTP|TCELLPTP|TCPTP protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 2 protein-coding 2.959 1.939 2.005 1.660 3.161 1.195 0.930 0.853 1.741 0.993 1.746 0.593 0.594 0.942 2.413 0.394 1.808 0.253 2.505 1.046 1.145 1.172 0.756 0.649 3.203 0.479 0.619 1.197 1.060 0.603 1.933 2.138 2.232 4.107 0.565 0.970 0.384 1.846 0.122 0.414 1.337 2.443 1.735 0.999 0.694 0.486 3.227 1.194 1.633 2.540 1.046 2.198 0.394 4.337 1.255 3.203 0.643 1.289 0.510 2.776 0.843 1.037 0.514 1.773 0.646 0.461 0.279 2.738 2.940 3.915 4.014 4.547 4.205 4.630 2.415 3.519 3.363 1.168 1.478 1.913 3.265 2.565 3.088 0.653 1.818 2.710 2.376 3.161 4.339 2.180 1.186 7721 chr3 107609561 107619367 + 0 NA intron (NR_015394, intron 1 of 2) L2c|LINE|L2 12412 NR_015394 285205 Hs.134882 NR_015394 ENSG00000240423 LINC00636 - long intergenic non-protein coding RNA 636 ncRNA nan nan 0.807 0.051 0.099 0.051 0.132 0.410 0.550 0.020 0.087 0.028 0.038 0.010 0.066 0.365 0.222 0.182 0.086 0.026 0.352 0.262 0.536 0.035 0.015 0.098 0.021 0.065 0.205 0.123 0.208 0.072 0.022 0.263 0.011 0.083 0.052 0.583 0.122 0.037 0.008 0.077 0.047 0.140 0.111 0.091 0.051 0.008 0.088 0.365 0.057 0.536 0.026 0.034 0.075 0.053 0.083 0.073 0.060 0.063 0.016 0.012 0.308 0.232 0.665 2.399 0.805 0.860 8.171 1.962 0.227 0.251 0.360 0.466 0.190 0.136 0.630 0.280 0.177 0.210 0.814 0.706 0.317 0.642 0.840 0.723 7765 chr3 115501953 115520203 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 112895 NR_145779 109623450 NR_145779 SNORD155 - small nucleolar RNA, C/D box 155 snoRNA 1.717 nan 0.840 3.403 0.379 0.515 4.062 0.530 0.882 0.199 0.848 2.328 0.068 0.294 0.702 2.102 0.744 0.157 1.006 0.593 0.353 0.091 0.308 0.267 0.970 1.782 1.596 0.093 1.026 1.096 0.832 1.150 0.189 1.063 1.579 0.854 0.036 0.280 0.085 0.788 0.336 1.776 0.892 0.496 0.954 0.896 0.437 1.906 0.662 0.508 0.247 0.827 2.102 1.671 0.656 0.970 0.802 0.622 0.356 0.455 0.494 0.875 0.136 0.288 1.289 0.205 0.086 0.854 1.054 1.130 1.462 2.045 nan 1.357 0.642 1.251 1.251 nan 1.442 0.594 0.961 1.318 1.267 0.395 0.575 0.303 0.352 0.719 1.322 1.082 0.916 1569 chr10 84375240 84390388 + 0 NA intron (NM_001010848, intron 2 of 8) intron (NM_001010848, intron 2 of 8) -390138 NR_120666 101929590 Hs.733268 NR_120666 ENSG00000225738 NRG3-AS1 C10orf100|Em:AC010157.1 NRG3 antisense RNA 1 ncRNA 0.393 0.594 0.751 0.033 0.035 0.061 0.063 0.119 0.082 0.024 0.020 0.026 0.006 0.017 0.055 0.064 0.041 0.012 0.073 0.042 0.082 0.050 0.005 0.005 0.010 0.054 0.014 0.028 0.023 0.047 0.269 0.057 0.025 0.036 0.066 0.016 0.085 0.067 0.012 0.015 0.030 0.108 0.043 0.016 0.015 0.015 0.008 0.017 0.028 0.006 0.050 0.022 0.077 0.031 0.027 0.020 0.049 0.005 0.019 0.017 0.271 0.209 0.508 0.322 0.180 0.178 0.092 0.067 0.086 0.095 3.296 3.667 0.473 0.739 0.208 0.166 0.063 0.106 0.065 0.050 0.523 1.268 0.186 0.258 11567 chr9 67789668 67795058 + 0 NA TTS (NR_027422) TTS (NR_027422) 1826 NR_027422 100133121 Hs.744835 NR_027422 FAM27B FAM27A2 family with sequence similarity 27 member B ncRNA 2.980 5.088 3.891 2.962 1.369 2.268 1.471 1.934 3.574 1.081 2.314 1.990 0.668 1.949 3.369 6.788 0.497 0.182 1.536 0.992 2.549 4.422 2.151 1.331 4.005 1.646 1.832 1.933 2.566 1.132 3.352 2.980 0.237 5.897 2.060 3.852 4.000 1.913 0.076 0.879 2.468 2.491 4.959 2.349 1.682 0.824 0.412 2.306 1.571 6.558 2.049 2.353 6.788 1.292 2.653 4.005 1.048 0.512 2.369 2.892 3.299 2.393 3.722 1.562 1.737 0.887 0.465 3.790 6.215 3.790 5.145 7.355 6.477 4.728 1.713 16.469 15.525 6.135 8.047 2.078 2.842 7.090 6.980 2.761 6.877 10.724 7.462 3.522 3.898 2.428 1.540 6244 chr2 92306588 92314331 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 181300 NR_027714 440888 Hs.730239 NM_001032412 ACTR3BP2 FKSG73 ACTR3B pseudogene 2 pseudo 33.552 35.521 31.581 6.998 11.109 3.777 6.427 13.127 24.927 5.355 11.474 10.264 3.565 15.809 6.924 28.508 13.145 36.993 8.346 2.174 9.897 16.159 12.993 21.151 9.355 7.435 7.110 4.047 12.288 2.265 9.412 6.973 13.070 37.536 4.449 15.096 7.792 7.630 16.849 7.911 5.338 19.606 7.447 5.666 5.334 13.585 15.019 27.373 7.266 5.456 5.705 13.645 28.508 6.614 8.812 9.355 14.554 15.137 5.463 11.055 7.594 7.242 6.208 6.482 5.145 3.824 2.660 29.834 16.116 13.864 18.259 22.584 26.593 12.539 9.494 20.186 18.596 13.615 18.855 18.894 15.565 31.002 9.836 11.336 17.802 5.529 9.198 13.435 17.907 5.803 8.616 9718 chr6 52969303 52996379 + 0 NA Intergenic L1MC|LINE|L1 30783 NM_003643 8521 Hs.23589 NM_003643 ENSG00000137270 GCM1 GCMA|hGCMa glial cells missing homolog 1 protein-coding 1.411 1.633 nan 0.459 0.358 0.037 2.154 0.181 0.333 0.116 0.092 0.092 0.032 0.226 0.072 0.210 0.156 0.060 0.846 0.288 0.042 0.016 0.289 0.135 0.428 0.330 0.133 0.024 0.369 0.902 0.781 4.351 1.032 0.457 1.020 0.065 0.904 0.076 0.144 0.205 0.141 0.136 0.071 0.040 0.871 0.639 1.026 0.228 0.219 0.108 0.276 0.832 0.210 0.802 0.092 0.428 0.231 0.474 0.022 0.077 0.522 0.300 0.140 0.151 0.454 0.022 0.017 0.444 0.408 4.247 3.078 0.337 0.406 3.488 0.977 0.382 0.351 0.182 0.437 2.725 2.570 0.448 0.260 0.207 0.379 2.888 3.184 0.418 0.855 1.344 0.826 7915 chr3 150261698 150266845 + 0 NA promoter-TSS (NM_001319043) promoter-TSS (NM_001319043) 157 NM_014445 27230 Hs.518326 NM_014445 ENSG00000120742 SERP1 RAMP4 stress associated endoplasmic reticulum protein 1 protein-coding nan 4.486 3.706 6.209 6.056 2.738 3.447 2.636 5.074 0.836 2.377 2.346 1.000 1.655 2.697 2.884 3.579 0.362 2.724 1.288 1.726 1.021 3.248 2.323 3.280 2.296 3.016 1.689 4.291 1.291 3.646 4.165 4.431 5.314 1.241 2.610 0.425 2.042 0.117 0.804 2.476 3.491 3.166 1.530 2.656 1.274 3.085 2.352 2.689 4.050 2.238 3.799 2.884 4.483 3.948 3.280 1.880 1.652 1.606 3.815 2.503 2.430 2.494 1.921 1.496 1.309 1.164 5.227 4.585 4.773 6.392 6.691 5.360 14.711 8.264 13.503 14.118 5.337 nan 7.216 9.994 9.889 10.337 5.645 10.059 3.563 4.405 7.197 7.164 3.614 2.055 2542 chr12 24829907 24875156 + 0 NA Intergenic Intergenic -115429 NR_029451 144360 Hs.350668 NM_144667 ENSG00000197503 LINC00477 C12orf67|FAM191B long intergenic non-protein coding RNA 477 ncRNA nan nan nan 0.072 0.211 0.016 0.227 0.156 0.302 0.008 0.203 0.080 0.014 0.029 0.059 0.246 0.041 0.050 0.150 0.143 0.043 0.024 0.146 0.124 0.127 0.006 0.021 0.011 0.124 0.065 0.103 0.244 0.122 0.238 0.563 0.054 0.011 2.254 0.163 0.897 0.091 0.251 0.079 0.064 0.026 0.048 0.053 0.822 0.031 0.093 0.016 0.025 0.246 0.079 0.029 0.127 0.030 0.024 0.019 0.058 0.018 0.016 0.028 0.078 0.238 0.019 0.017 0.192 0.122 0.305 0.344 0.387 0.492 0.160 0.094 0.387 0.380 0.166 0.267 0.321 0.339 0.375 0.183 0.138 0.171 0.063 0.080 0.347 0.583 0.322 0.383 9613 chr6 36989209 36996692 + 0 NA intron (NM_173558, intron 13 of 15) intron (NM_173558, intron 13 of 15) 19527 NM_173558 221472 Hs.509664 NM_173558 ENSG00000146192 FGD2 ZFYVE4 FYVE, RhoGEF and PH domain containing 2 protein-coding nan 0.974 nan 4.036 0.506 0.274 3.016 0.150 0.511 0.699 0.167 0.389 0.017 0.679 0.243 0.979 0.314 0.117 1.171 1.152 0.121 0.074 0.338 0.161 0.327 1.412 0.859 0.030 2.289 4.361 1.719 5.783 2.839 1.394 1.443 0.269 0.103 0.667 0.113 0.211 0.056 0.163 0.122 0.062 2.682 2.503 1.631 0.651 0.642 0.209 0.736 1.896 0.979 4.934 0.445 0.327 0.784 0.377 0.167 0.279 0.200 0.450 0.132 0.066 0.173 0.038 0.061 0.625 0.612 0.330 nan nan 0.930 1.596 0.448 0.494 0.585 0.614 0.732 2.495 3.861 0.548 0.361 0.533 0.286 0.301 0.515 0.289 0.534 1.077 0.643 6001 chr2 29263108 29277062 + 0 NA intron (NM_199280, intron 19 of 19) intron (NM_199280, intron 19 of 19) 27042 NM_001029883 388939 Hs.354243 NM_001029883 ENSG00000179270 C2orf71 RP54 chromosome 2 open reading frame 71 protein-coding 1.668 0.850 1.497 0.379 0.082 2.401 0.400 0.125 0.304 0.130 0.220 0.191 0.022 0.028 0.172 0.403 0.119 0.114 0.285 0.149 0.130 0.040 0.213 0.203 0.077 0.195 0.053 0.237 0.102 0.194 0.162 0.756 0.147 0.623 0.168 0.333 0.048 0.046 0.138 0.048 0.093 0.265 0.030 0.039 0.263 0.081 0.571 0.207 0.400 0.056 0.069 0.223 0.403 0.309 0.180 0.077 0.085 0.172 0.362 0.154 1.114 0.179 0.035 2.999 0.071 0.029 0.015 0.473 0.571 0.238 0.493 0.814 0.659 2.797 0.468 0.580 0.615 0.186 0.319 0.747 nan 2.444 1.758 0.357 0.306 0.475 0.908 2.413 7.663 1.002 0.777 10439 chr7 76066347 76098958 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -8320 NM_001102594 113878 Hs.187058 NM_020892 ENSG00000091073 DTX2 RNF58 deltex E3 ubiquitin ligase 2 protein-coding nan 0.937 1.154 1.184 0.761 0.254 4.582 0.241 0.478 1.629 1.420 1.495 0.236 0.225 0.432 0.540 0.825 0.446 2.989 1.498 0.643 0.166 0.548 0.386 0.631 1.645 1.991 0.337 3.689 1.044 0.684 2.226 2.294 0.821 0.933 0.499 0.783 0.406 0.188 0.712 0.590 6.501 1.245 0.664 2.457 1.692 1.551 2.172 2.460 2.015 0.450 0.922 0.540 3.513 0.878 0.631 2.162 0.429 0.340 0.561 0.158 1.089 0.103 0.130 1.698 1.817 1.305 0.540 0.701 0.564 nan 0.852 0.895 4.061 1.121 0.347 0.367 0.343 nan 0.536 nan 0.725 0.488 0.408 0.605 1.612 2.325 0.539 1.191 3.139 1.423 6289 chr2 105045589 105052851 + 0 NA Intergenic Intergenic -1585 NR_015399 150568 Hs.107284 NR_015399 ENSG00000235597 LINC01102 - long intergenic non-protein coding RNA 1102 ncRNA 0.525 nan 0.541 0.060 0.061 0.068 0.059 3.626 6.623 0.013 0.132 0.051 0.037 0.969 0.071 0.066 0.044 0.026 0.304 0.176 5.888 0.163 0.069 0.020 0.097 0.100 0.061 0.108 4.426 0.020 0.082 0.171 0.030 0.103 0.081 0.337 0.152 0.074 0.140 0.131 0.052 0.026 0.164 0.212 0.038 0.239 0.064 0.969 0.059 0.012 5.888 0.084 0.023 0.112 0.390 0.011 0.218 0.033 0.021 0.008 0.398 0.451 0.888 1.158 4.850 4.648 0.207 0.075 0.189 0.235 0.125 0.248 1.708 1.838 0.441 0.165 0.187 0.460 2.013 1.482 0.153 0.157 0.761 0.571 10119 chr7 1703302 1711285 + 0 NA Intergenic CpG -41505 NM_001128636 392617 Hs.42896 NM_001128636 ENSG00000225968 ELFN1 PPP1R28 extracellular leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 1 protein-coding 1.273 0.562 2.053 0.216 0.350 0.550 0.071 0.141 0.424 0.335 0.186 0.312 0.047 0.189 0.133 1.027 0.140 0.060 0.067 0.025 0.930 0.079 0.124 1.740 0.167 0.063 0.488 0.112 0.040 0.320 nan 0.152 nan 0.018 0.056 0.012 9.134 0.224 0.221 0.079 0.713 0.347 0.205 0.077 0.036 0.429 1.346 7.219 0.089 0.056 1.027 0.097 0.443 1.740 0.031 0.134 0.342 9.565 0.265 0.035 0.037 0.122 0.038 0.108 0.116 0.269 0.262 0.134 nan 4.095 3.188 nan 0.121 0.346 0.308 0.457 0.806 nan 3.548 0.879 0.899 0.131 0.084 0.094 0.165 0.550 1.722 0.180 0.166 530 chr1 94764113 94803361 + 0 NA Intergenic Arthur1B|DNA|hAT-Tip100 -70421 NM_001328664 9411 Hs.483238 NM_004815 ENSG00000137962 ARHGAP29 PARG1 Rho GTPase activating protein 29 protein-coding nan nan 2.243 2.924 0.182 0.036 2.630 0.094 0.207 0.728 0.347 1.545 0.590 3.651 0.068 0.163 2.214 0.205 2.147 1.453 2.034 0.017 0.123 0.095 0.116 2.351 1.772 0.044 2.149 1.838 0.389 1.458 1.085 0.422 1.874 0.907 0.180 0.041 0.128 0.939 0.103 2.557 0.781 0.373 1.329 1.308 3.809 1.095 0.716 0.344 0.430 1.228 0.163 1.923 6.669 0.116 0.212 0.509 0.022 0.835 0.467 1.458 0.033 0.130 0.806 3.209 3.252 0.262 0.145 0.370 0.999 0.381 nan 0.159 0.070 0.237 0.258 0.354 nan 1.200 0.848 nan 0.188 0.173 0.196 0.527 0.750 0.215 0.427 0.884 0.718 3805 chr14 100841120 100922428 + 0 NA intron (NM_001350949, intron 2 of 6) LTR40a|LTR|ERVL 38961 NM_024515 79446 Hs.497599 NM_024515 ENSG00000176473 WDR25 C14orf67 WD repeat domain 25 protein-coding 2.049 1.546 1.226 0.370 0.427 1.450 0.712 0.467 0.830 0.160 0.301 0.423 0.078 0.278 0.359 2.969 0.682 0.166 0.170 0.126 0.276 0.204 0.326 0.182 0.357 1.509 0.967 0.650 0.369 0.141 0.573 1.138 0.633 1.107 0.308 7.077 0.141 0.308 0.121 0.189 0.466 2.679 0.182 0.127 0.212 0.362 0.148 0.424 0.954 0.682 2.361 1.773 2.969 0.194 0.768 0.357 0.453 1.671 0.957 1.372 1.199 1.011 0.241 0.287 0.305 0.100 0.062 0.416 0.399 0.548 0.957 0.907 1.089 0.883 0.305 0.306 0.316 0.964 1.491 1.524 1.650 1.687 1.465 0.470 0.691 0.875 1.321 0.523 1.105 1.992 1.074 3067 chr12 133410901 133415950 + 0 NA Intergenic Intergenic -7999 NM_001172557 2802 Hs.507333 NM_005895 ENSG00000090615 GOLGA3 GCP170|MEA-2 golgin A3 protein-coding 0.818 0.428 0.482 0.080 0.123 0.066 0.182 0.089 0.241 0.037 0.167 0.092 0.050 0.039 0.309 1.156 0.119 0.032 0.169 0.037 0.025 0.187 0.048 0.213 0.068 0.026 0.073 0.047 0.089 0.222 0.099 0.319 0.029 0.085 0.171 0.086 0.083 8.452 0.055 0.080 0.103 0.153 0.098 0.113 0.193 0.031 0.092 1.156 0.237 0.055 0.213 0.048 0.027 0.114 0.231 0.077 0.016 0.049 0.122 0.044 0.011 0.010 0.264 0.502 0.233 0.442 3.277 1.872 0.220 0.141 0.462 0.314 0.328 0.580 nan 0.385 0.277 0.218 0.173 0.288 0.370 0.579 0.807 1.580 0.421 0.448 8715 chr5 1864919 1887653 + 0 NA Intergenic CpG 6594 NM_016358 50805 Hs.196927 NM_016358 ENSG00000113430 IRX4 IRXA3 iroquois homeobox 4 protein-coding 0.293 0.437 0.610 0.047 0.168 4.134 0.278 0.154 0.334 0.017 0.107 0.056 0.014 0.044 0.321 0.950 0.118 0.098 0.293 0.158 0.053 0.043 0.096 0.105 0.321 0.039 0.069 0.035 0.110 0.005 0.359 0.559 0.127 0.589 0.031 0.099 0.021 0.043 0.076 0.005 0.042 0.101 0.082 0.072 0.024 0.061 0.068 0.233 0.111 0.054 0.101 0.169 0.950 0.160 0.016 0.321 0.027 0.742 0.381 0.160 0.094 0.043 0.013 0.016 0.007 0.017 0.018 0.237 0.136 1.428 nan 2.890 1.926 0.387 0.099 0.051 0.046 0.144 0.254 nan 0.113 nan 0.390 0.104 0.115 0.088 0.116 0.052 0.068 0.453 nan 10424 chr7 73981803 74010044 + 0 NA intron (NM_001199207, intron 22 of 26) intron (NM_001199207, intron 22 of 26) -76068 NM_032999 2969 Hs.647041 NM_001518 ENSG00000263001 GTF2I BAP135|BTKAP1|DIWS|GTFII-I|IB291|SPIN|TFII-I|WBS|WBSCR6 general transcription factor IIi protein-coding nan 0.509 0.688 0.818 0.193 0.391 4.671 0.277 0.494 1.148 0.867 0.641 0.052 0.109 0.763 0.443 0.641 0.617 0.898 0.598 0.082 0.034 0.122 0.164 0.178 1.304 1.154 0.203 2.603 1.042 0.371 1.306 1.388 0.498 1.205 0.802 0.041 0.161 0.191 0.678 1.476 0.235 0.113 0.072 1.235 1.743 2.595 0.791 2.056 0.551 0.085 1.290 0.443 1.405 3.282 0.178 0.771 1.036 0.415 0.148 0.036 1.238 0.253 0.123 0.304 0.077 0.055 0.354 0.628 0.488 nan 0.476 0.570 0.445 0.171 0.239 0.233 0.367 nan 0.633 nan 0.487 0.360 0.396 0.477 0.195 0.241 0.416 0.971 0.639 0.412 7971 chr3 167448305 167460428 + 0 NA intron (NM_005025, intron 1 of 8) intron (NM_005025, intron 1 of 8) 855 NM_005025 5274 Hs.478153 NM_005025 ENSG00000163536 SERPINI1 PI12|neuroserpin serpin family I member 1 protein-coding 1.952 2.158 2.313 2.559 1.979 0.866 1.021 0.743 1.922 0.393 0.605 0.381 0.983 1.170 1.142 0.644 0.903 0.166 1.180 0.362 0.806 0.366 2.239 1.335 0.757 0.507 0.585 0.498 1.320 0.339 1.018 1.313 1.508 2.970 0.449 0.471 0.725 0.814 0.090 0.479 0.599 1.619 1.183 0.547 0.799 0.293 1.049 0.709 0.968 1.431 1.361 0.646 0.644 1.068 1.052 0.757 0.353 0.533 0.266 0.561 1.521 0.703 0.343 0.706 0.544 0.329 0.155 1.306 1.871 1.765 2.296 4.038 2.812 6.065 1.998 2.456 2.688 1.047 1.466 nan 3.264 nan 3.115 0.602 1.384 3.410 4.334 1.800 2.504 1.652 0.924 11929 chrX 24162909 24173417 + 0 NA promoter-TSS (NR_046657) intron (NM_003410, intron 1 of 9) 309 NM_003410 7543 Hs.336681 NM_003410 ENSG00000005889 ZFX ZNF926 zinc finger protein, X-linked protein-coding 2.914 2.480 2.233 1.228 1.875 0.743 0.838 1.116 1.934 1.058 2.854 3.689 2.055 0.444 2.167 1.875 3.414 0.390 3.217 0.611 2.965 1.950 1.501 0.846 2.321 2.011 2.391 1.589 2.067 0.733 0.936 1.499 1.899 3.574 0.642 6.808 0.473 2.018 0.074 0.405 1.723 7.938 3.143 1.366 0.676 1.285 2.603 1.333 3.915 3.001 1.993 2.622 1.875 3.570 1.213 2.321 1.332 1.259 0.415 1.726 1.000 2.257 1.093 1.734 0.915 1.354 0.828 1.426 1.655 6.272 10.154 4.642 5.579 2.382 2.081 10.780 10.879 1.516 1.987 3.577 6.692 5.182 4.769 3.276 5.330 2.200 1.911 5.411 4.050 1.221 0.756 9320 chr5 167781642 167794499 + 0 NA intron (NM_001161661, intron 1 of 22) MIRb|SINE|MIR 69005 NM_001161662 23286 Hs.484047 NM_015238 ENSG00000113645 WWC1 HBEBP3|HBEBP36|KIBRA|MEMRYQTL|PPP1R168 WW and C2 domain containing 1 protein-coding nan 0.760 0.791 1.487 1.090 0.236 2.388 0.237 0.340 2.722 1.224 0.156 3.838 0.101 0.501 0.108 0.059 0.080 1.249 0.471 0.429 0.012 0.218 0.097 3.569 0.268 0.085 0.178 0.729 2.914 0.532 1.898 1.194 2.193 0.326 0.080 0.008 0.102 0.098 0.091 0.562 2.890 2.187 0.914 1.785 0.680 2.808 1.560 0.803 0.938 0.101 1.172 0.108 1.351 0.065 3.569 0.322 1.684 0.120 0.256 0.057 0.246 0.285 0.098 0.775 3.913 2.990 0.432 0.580 0.586 1.964 1.220 0.902 0.948 0.194 0.364 0.387 0.136 0.241 1.088 1.124 0.534 0.442 0.198 0.496 0.231 0.167 0.328 0.649 0.684 0.412 470 chr1 77978541 77982597 + 0 NA intron (NM_012093, intron 10 of 13) intron (NM_012093, intron 10 of 13) 167774 NM_015534 26009 Hs.480506 NM_015534 ENSG00000036549 ZZZ3 ATAC1 zinc finger ZZ-type containing 3 protein-coding nan 0.797 0.973 0.273 0.135 0.898 0.116 0.123 0.354 0.523 0.995 0.031 0.024 0.022 0.160 4.480 0.240 0.159 0.034 0.130 0.082 0.172 0.237 0.107 3.996 0.134 0.051 0.039 0.232 0.070 0.392 0.107 0.107 0.024 0.855 0.141 0.123 0.038 0.295 2.500 1.135 0.525 0.075 0.118 5.133 0.040 0.217 0.082 0.147 0.160 0.069 0.109 0.172 0.033 0.224 0.078 0.075 0.164 0.076 3.355 1.533 0.501 0.449 11.569 11.758 0.362 nan 0.357 0.221 0.417 0.337 0.644 nan 0.521 0.558 0.366 0.253 0.354 0.625 0.032 0.062 0.409 0.813 0.805 0.459 1524 chr10 73998041 74101596 + 0 NA Intergenic Charlie5|DNA|hAT-Charlie 16141 NM_019058 54541 Hs.744875 NM_019058 ENSG00000168209 DDIT4 Dig2|REDD-1|REDD1 DNA damage inducible transcript 4 protein-coding 1.746 nan 1.404 3.414 0.921 1.528 3.162 2.019 3.925 1.326 4.650 2.576 0.350 0.490 2.153 1.083 1.079 0.246 2.314 1.144 1.776 0.485 0.910 0.563 2.118 1.336 1.177 0.376 1.961 1.635 4.391 9.664 1.029 2.803 0.866 5.436 0.472 0.659 0.090 0.610 0.942 3.736 1.029 0.432 2.079 1.118 2.837 1.792 5.523 1.902 2.229 3.587 1.083 1.986 1.534 2.118 2.363 0.913 0.351 3.000 0.737 1.236 1.390 0.795 1.925 0.612 0.440 1.343 2.112 1.198 2.134 2.603 2.310 2.666 1.032 1.553 1.670 0.502 0.797 3.052 nan 1.198 1.436 1.122 1.747 1.384 1.161 0.876 nan 1.207 0.618 11113 chr8 94831405 94901488 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 61901 NR_039602 100616169 NR_039602 ENSG00000284288 MIR378D2 mir-378d-2 microRNA 378d-2 ncRNA nan 0.891 0.965 0.211 0.268 0.076 2.581 0.216 0.356 0.230 0.702 2.034 0.183 0.060 0.122 1.642 0.460 0.151 2.119 1.080 1.210 0.016 0.072 0.071 0.186 1.402 0.636 0.853 1.032 1.081 0.423 0.653 0.637 0.637 1.022 0.088 0.024 2.768 0.141 0.638 0.258 1.990 0.829 0.566 0.910 0.337 0.927 1.802 0.173 2.132 0.203 0.405 1.642 2.030 0.299 0.186 0.136 0.182 0.015 0.265 0.092 1.833 0.045 0.180 0.618 3.767 3.992 0.255 0.198 0.459 nan 1.010 1.033 1.205 0.324 0.227 0.246 0.323 0.577 0.932 1.078 0.492 0.278 0.178 0.257 0.320 0.309 0.390 0.909 0.940 0.713 4142 chr15 92483282 92493083 + 0 NA intron (NM_013272, intron 2 of 9) intron (NM_013272, intron 2 of 9) 90652 NR_135775 28232 Hs.311187 NM_013272 ENSG00000176463 SLCO3A1 OATP-D|OATP-RP3|OATP3A1|OATPD|OATPRP3|SLC21A11 solute carrier organic anion transporter family member 3A1 protein-coding nan nan nan 3.150 0.576 0.128 1.965 0.344 0.836 1.344 1.335 1.346 1.415 0.163 2.327 0.403 0.341 0.115 0.032 0.087 0.014 0.533 0.391 0.951 1.746 1.255 0.067 3.093 3.729 0.336 2.842 3.343 3.048 0.967 0.226 0.445 0.088 0.067 0.451 0.057 2.082 0.099 0.047 5.172 1.600 3.628 0.779 1.296 0.036 0.032 2.701 0.403 0.043 0.084 0.951 2.331 1.230 0.069 0.385 0.140 0.883 0.232 0.025 0.410 0.012 0.005 0.565 0.535 0.840 2.640 0.568 0.726 nan 0.801 0.749 0.837 0.941 1.569 1.539 3.321 nan 1.810 0.558 0.715 1.532 1.121 0.095 nan 0.866 0.509 6652 chr2 218866275 218887559 + 0 NA Intergenic Intergenic -22740 NR_034176 285180 Hs.570069 NM_198483 ENSG00000188282 RUFY4 ZFYVE31 RUN and FYVE domain containing 4 protein-coding nan 0.540 nan 0.088 0.111 0.241 0.120 0.193 0.362 0.013 0.421 0.277 0.017 0.030 0.080 0.326 0.112 0.076 0.060 0.018 0.045 0.039 0.060 0.100 0.252 0.068 0.050 0.090 0.067 0.005 0.243 1.068 0.231 0.785 0.014 0.183 0.027 0.132 0.089 0.028 0.096 0.078 0.074 0.035 0.056 0.032 0.072 0.131 0.483 0.064 0.026 1.770 0.326 0.051 0.039 0.252 0.133 0.094 0.215 0.326 0.028 0.071 0.121 0.128 0.046 0.016 0.026 2.403 4.105 1.045 0.653 0.608 0.557 0.201 0.116 0.719 0.783 0.262 0.514 0.460 nan 0.477 0.386 0.763 0.971 0.039 0.062 0.777 1.304 0.317 0.354 5142 chr18 8704161 8733195 + 0 NA intron (NM_015210, intron 3 of 16) intron (NM_015210, intron 3 of 16) 1309 NM_015210 23255 Hs.707920 NM_015210 ENSG00000168502 MTCL1 CCDC165|KIAA0802|SOGA2 microtubule crosslinking factor 1 protein-coding 1.625 1.636 1.951 1.817 0.917 1.445 1.056 0.553 0.839 0.310 1.490 0.835 0.122 0.132 0.815 0.679 0.513 0.188 1.078 0.326 0.373 0.058 0.556 0.413 0.948 0.554 0.535 0.924 0.692 0.450 0.317 0.472 0.543 nan 0.428 1.034 0.755 0.303 0.105 0.291 0.689 0.854 0.643 0.360 0.377 0.431 0.350 0.620 1.790 1.191 1.756 0.834 0.679 1.324 1.691 0.948 0.424 0.535 0.391 1.348 0.275 0.802 0.270 0.162 1.149 0.317 0.225 1.398 1.784 0.520 0.908 1.708 1.495 nan 0.842 1.213 1.109 1.115 nan 1.069 1.755 nan 1.922 0.392 0.919 2.975 3.330 0.580 nan nan 1.095 2360 chr11 128631779 128661172 + 0 NA intron (NM_001167681, intron 5 of 9) AluSx1|SINE|Alu 65954 NM_000220 3758 Hs.527830 NM_000220 ENSG00000151704 KCNJ1 KIR1.1|ROMK|ROMK1 potassium voltage-gated channel subfamily J member 1 protein-coding 0.574 0.834 0.713 0.115 1.156 0.659 0.044 2.849 5.625 0.020 0.121 0.110 0.017 0.041 0.216 0.517 0.107 0.054 0.054 0.007 0.017 0.009 0.973 0.597 2.882 0.061 0.044 0.057 0.066 0.011 0.065 0.251 0.052 1.025 0.011 0.048 0.071 0.081 0.082 0.020 0.125 0.210 0.066 0.034 0.044 0.062 0.065 0.439 0.030 0.075 0.027 0.049 0.517 0.048 0.047 2.882 0.054 0.065 0.020 0.073 0.076 0.027 0.202 0.033 0.039 0.008 0.012 1.896 2.813 0.753 0.655 4.313 4.048 3.391 1.056 0.138 0.150 0.174 0.269 3.556 2.543 0.416 0.348 0.699 0.986 0.548 0.359 0.094 nan 2.530 1.395 11804 chr9 131680697 131685480 + 0 NA promoter-TSS (NM_174933) promoter-TSS (NM_174933) -86 NM_174933 254295 Hs.709447 NM_174933 ENSG00000175287 PHYHD1 - phytanoyl-CoA dioxygenase domain containing 1 protein-coding nan 1.039 1.822 0.197 0.993 0.158 1.722 0.846 1.844 0.059 0.245 0.095 1.291 0.064 0.111 0.323 0.263 0.067 0.216 0.079 0.040 0.080 0.198 0.151 0.247 0.618 0.257 0.129 0.290 0.391 0.370 0.845 0.209 0.654 0.154 0.169 0.059 0.023 0.080 0.223 0.034 0.200 0.188 0.147 0.273 0.142 0.107 0.084 0.255 0.291 0.023 0.068 0.323 0.570 0.212 0.247 0.051 0.051 0.692 0.194 6.727 1.148 4.438 0.206 0.473 0.271 0.163 0.256 0.777 1.036 0.841 0.784 nan 0.110 0.223 0.229 0.707 0.962 0.712 0.667 7.873 7.073 0.165 0.273 0.354 0.289 4.506 8.223 3.221 1.168 654 chr1 145494363 145509166 + 0 NA TTS (NM_153713) TTS (NM_153713) -5793 NM_005105 9939 Hs.591455 NM_005105 ENSG00000265241 RBM8A BOV-1A|BOV-1B|BOV-1C|C1DELq21.1|DEL1q21.1|MDS014|RBM8|RBM8B|TAR|Y14|ZNRP|ZRNP1 RNA binding motif protein 8A protein-coding 2.625 nan 2.206 0.914 1.535 1.379 2.642 0.845 1.640 0.310 1.074 0.833 0.510 1.153 1.888 2.236 1.153 0.283 1.295 0.564 1.165 0.670 1.097 0.734 1.519 1.376 1.129 0.473 0.745 0.946 12.415 20.929 3.460 4.874 1.066 1.592 0.287 1.284 0.158 1.326 0.745 0.994 1.169 0.669 0.975 1.059 1.206 0.744 1.034 0.952 0.362 2.003 2.236 1.714 1.857 1.519 0.843 1.289 0.438 1.473 1.379 1.338 1.402 1.218 0.552 0.693 0.515 2.949 2.034 2.928 4.188 3.398 3.571 2.877 1.630 4.182 4.571 1.972 2.687 2.367 3.627 2.229 1.958 3.175 3.751 1.267 1.676 2.797 3.660 1.615 0.917 2403 chr12 1699040 1716038 + 0 NA Intergenic L1MB2|LINE|L1 -4208 NM_152441 144699 Hs.367956 NM_152441 ENSG00000171823 FBXL14 Fbl14 F-box and leucine rich repeat protein 14 protein-coding 1.847 nan nan 1.242 1.987 0.531 0.637 0.631 1.341 0.655 1.887 0.959 0.755 0.643 1.304 1.473 3.830 0.639 0.960 0.322 1.055 0.700 0.866 0.593 1.606 0.767 0.718 0.733 1.605 0.265 1.405 2.425 1.510 2.994 0.283 1.918 0.158 1.197 0.136 0.248 1.700 3.745 1.196 0.518 0.498 0.827 1.187 3.172 2.218 3.232 0.874 0.623 1.473 0.968 1.991 1.606 0.312 0.843 0.791 5.244 0.562 0.557 2.410 0.376 0.654 0.436 0.263 0.995 1.567 1.916 3.861 nan 3.482 2.836 0.841 2.455 2.448 1.789 2.368 2.252 2.891 1.376 1.200 3.351 5.833 1.209 1.038 0.970 nan 0.836 0.609 10042 chr6 157253311 157265935 + 0 NA intron (NM_001346813, intron 4 of 19) intron (NM_001346813, intron 4 of 19) -158758 NR_039676 100616154 NR_039676 ENSG00000271899 MIR4466 mir-4466 microRNA 4466 ncRNA nan 1.013 1.533 0.246 0.982 1.180 0.228 0.508 0.771 0.262 0.068 0.117 0.160 0.040 0.590 0.461 0.163 0.114 0.235 0.045 0.015 0.044 0.544 0.456 1.040 0.049 0.029 0.035 0.093 0.017 0.311 nan 0.668 2.779 0.116 0.056 0.308 0.098 0.105 0.056 0.554 0.103 0.067 0.093 0.112 0.080 0.298 0.048 0.077 0.154 0.250 0.461 0.101 0.061 1.040 0.134 0.228 0.072 0.051 0.066 0.063 0.704 0.246 0.043 0.023 0.008 1.958 2.699 0.918 2.086 1.545 nan 6.135 2.483 0.499 0.656 0.584 0.671 1.528 1.497 1.109 0.956 0.544 1.167 1.469 1.818 0.431 nan 0.746 0.440 2261 chr11 112689845 112696157 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -138968 NM_181351 4684 Hs.503878 NM_000615 ENSG00000149294 NCAM1 CD56|MSK39|NCAM neural cell adhesion molecule 1 protein-coding 0.721 0.830 0.777 0.092 0.175 0.098 0.023 0.153 0.255 0.074 0.072 0.049 0.016 0.141 0.280 0.036 0.066 0.022 0.224 0.053 0.113 0.022 0.011 0.035 0.065 0.065 0.031 0.022 0.315 0.094 0.211 0.069 0.121 0.610 0.264 0.029 0.012 0.034 0.062 0.046 0.194 0.052 0.012 0.025 0.041 0.280 0.012 0.072 0.113 0.038 0.079 0.047 0.022 0.064 0.025 3.742 2.065 0.036 0.016 7.453 nan 1.675 0.426 0.428 0.642 0.836 0.219 2.439 2.699 0.726 nan 0.580 0.624 1.823 1.547 1.539 4.152 0.413 0.530 1.544 4.449 0.691 0.510 11582 chr9 74964005 74982161 + 0 NA intron (NM_001102421, intron 4 of 5) intron (NM_001102421, intron 4 of 5) 6425 NM_001278243 7763 Hs.406096 NM_006007 ENSG00000107372 ZFAND5 ZA20D2|ZFAND5A|ZNF216 zinc finger AN1-type containing 5 protein-coding nan nan nan 1.800 3.187 0.704 2.014 1.361 2.362 0.763 2.092 1.425 0.772 0.514 1.429 1.568 1.532 0.159 2.483 0.669 1.510 0.692 1.414 0.691 2.152 2.224 2.849 0.979 2.936 0.631 2.837 2.619 1.756 3.833 1.050 2.055 0.787 1.445 0.101 0.795 1.262 2.501 1.727 0.772 0.846 1.437 2.735 1.815 2.294 2.102 1.177 2.329 1.568 2.909 1.336 2.152 0.701 1.367 0.674 1.619 1.317 1.239 0.908 1.111 1.134 1.307 1.078 2.133 2.661 3.415 nan 4.715 nan 2.193 1.215 10.314 10.485 1.301 1.523 3.614 5.708 1.791 1.751 1.131 2.558 3.528 3.495 2.491 2.741 1.652 1.124 11033 chr8 69981537 69993951 + 0 NA intron (NR_039986, intron 1 of 4) intron (NR_039986, intron 1 of 4) 28681 NR_039986 100505718 Hs.122386 NR_039986 ENSG00000253658 LINC01592 - long intergenic non-protein coding RNA 1592 ncRNA 0.880 0.738 0.668 0.053 0.156 0.009 0.155 0.103 0.157 0.015 0.071 0.022 0.290 0.041 0.093 0.507 1.894 0.258 0.375 0.244 0.256 0.023 0.115 0.158 0.106 0.017 0.012 0.029 0.559 0.059 0.117 0.338 0.366 0.363 0.307 0.056 0.068 0.096 0.097 0.010 0.139 0.067 0.024 0.017 0.088 0.050 0.049 6.936 0.033 0.108 0.019 0.086 0.507 0.309 0.030 0.106 0.109 0.179 0.023 0.074 0.019 0.033 0.051 0.073 0.032 0.016 0.294 0.104 0.345 1.306 0.595 0.549 0.481 0.170 0.208 0.269 0.557 nan 0.110 0.162 nan 0.186 0.198 0.250 0.219 0.389 0.322 0.497 0.506 0.547 9014 chr5 73673967 73742893 + 0 NA intron (NR_126354, intron 2 of 2) intron (NR_126354, intron 2 of 2) 90119 NR_105010 101929082 Hs.434316 NR_105010 ENSG00000249343 LINC01333 - long intergenic non-protein coding RNA 1333 ncRNA 0.985 nan 1.602 0.218 0.137 0.443 0.232 0.156 0.333 0.122 0.142 0.168 0.271 0.160 0.345 0.236 0.404 0.109 0.141 0.075 0.051 0.016 0.143 0.088 0.216 0.074 0.036 0.035 0.130 0.410 0.171 0.919 0.615 0.437 0.146 0.084 0.242 7.222 0.228 0.037 0.066 0.135 0.039 0.033 0.106 0.076 0.508 0.081 0.175 0.178 0.043 0.233 0.236 0.125 0.124 0.216 0.092 0.101 0.133 0.125 0.230 0.149 0.042 0.676 0.130 0.106 0.058 0.311 0.332 0.742 1.812 0.518 0.559 nan 0.269 0.163 0.188 1.107 nan 0.618 0.649 0.693 0.447 0.116 0.212 0.905 0.938 0.677 2.274 0.616 0.443 156 chr1 22937563 22955230 + 0 NA Intergenic Intergenic 13463 NR_106742 102466615 NR_106742 ENSG00000276835 MIR6127 hsa-mir-6127 microRNA 6127 ncRNA 1.226 0.615 nan 0.061 0.747 0.072 0.032 0.181 0.297 0.011 0.039 0.058 0.010 0.046 1.466 0.257 0.045 0.100 0.048 0.011 0.023 0.936 0.378 0.118 0.028 0.024 0.058 0.042 0.006 0.057 0.240 0.070 1.067 0.028 0.173 0.057 0.096 0.015 0.090 0.081 0.041 0.013 0.006 0.031 0.016 0.124 0.041 0.025 0.013 0.022 0.257 0.060 0.026 0.118 0.014 0.033 1.839 0.084 2.468 0.005 0.123 0.284 0.004 0.016 0.003 0.722 1.096 0.159 0.145 1.142 1.060 0.880 0.280 0.240 0.215 0.336 0.558 1.984 2.173 5.824 4.507 0.517 0.547 0.666 0.544 1.881 3.172 1.320 0.748 3993 chr15 63185677 63193043 + 0 NA Intergenic Intergenic 73204 NR_029709 406965 NR_029709 ENSG00000211137 MIR190A MIR190|MIRN190|hsa-mir-190a|miR-190|mir-190a microRNA 190a ncRNA 0.837 1.077 nan 4.388 0.230 0.022 3.120 0.173 0.206 2.514 2.865 4.687 2.045 0.066 0.048 0.162 3.317 0.297 3.097 1.673 7.644 0.064 0.111 0.097 2.268 2.164 1.016 1.614 2.591 3.700 3.967 3.365 0.955 3.606 3.546 0.116 0.089 0.048 1.647 0.076 7.616 4.985 1.903 2.884 2.384 3.531 8.298 2.785 3.064 1.018 3.606 0.162 3.835 3.744 0.097 2.231 5.189 0.078 4.066 0.109 1.940 0.027 0.183 2.143 1.589 1.053 0.254 0.208 1.714 6.051 0.305 0.253 nan 0.197 0.096 0.204 0.322 0.599 0.513 0.663 0.608 0.320 0.215 0.342 0.481 0.601 0.400 1.052 0.401 0.396 6324 chr2 114029917 114050011 + 0 NA Intergenic Intergenic -3466 NM_013953 7849 Hs.469728 NM_003466 ENSG00000125618 PAX8 - paired box 8 protein-coding 0.791 nan 0.926 2.792 0.087 0.106 2.473 0.127 0.224 0.599 1.561 0.813 0.006 0.060 0.065 0.162 0.696 0.096 1.527 0.831 0.745 0.034 0.047 0.080 0.131 2.375 2.183 0.055 3.167 1.610 0.574 1.416 2.051 nan 1.665 0.096 0.005 0.038 0.043 0.793 0.036 3.775 0.775 0.349 1.628 1.757 2.455 2.855 1.380 0.473 1.059 0.306 0.162 1.532 0.890 0.131 0.178 0.020 0.044 0.126 0.020 2.089 0.230 0.098 2.564 1.926 1.459 0.299 0.243 4.908 10.127 0.462 nan 0.539 0.175 0.466 0.512 0.161 0.303 0.327 0.450 0.393 0.185 0.465 0.510 0.040 0.052 0.256 0.391 0.152 0.238 10186 chr7 15023402 15029336 + 0 NA Intergenic HERVL74-int|LTR|ERVL -11967 NM_001350711 1607 Hs.567255 NM_004080 ENSG00000136267 DGKB DAGK2|DGK|DGK-BETA diacylglycerol kinase beta protein-coding nan 0.880 nan 0.132 0.046 0.067 0.012 0.163 0.189 0.170 0.048 0.052 0.059 0.194 0.141 0.082 0.071 0.046 0.183 0.168 0.243 0.012 0.069 0.090 0.096 0.088 0.287 0.024 0.063 0.064 0.039 0.115 0.019 0.120 0.015 0.041 0.026 0.019 0.034 0.141 0.151 0.055 0.058 0.013 0.022 0.194 0.060 0.031 0.243 0.020 0.028 0.033 0.078 0.035 0.067 0.033 0.020 0.010 nan 0.207 9.827 2.086 0.305 0.460 0.462 0.123 0.260 0.193 0.538 0.652 0.319 0.267 0.294 0.158 0.093 0.078 0.210 0.142 0.510 1.250 0.515 0.530 11871 chr9 140110649 140142695 + 0 NA intron (NM_080877, intron 3 of 12) intron (NM_080877, intron 3 of 12) 1287 NM_080877 142680 Hs.432442 NM_080877 ENSG00000198569 SLC34A3 HHRH|NPTIIc solute carrier family 34 member 3 protein-coding 1.382 1.659 2.502 1.653 2.957 2.636 1.504 0.902 1.881 1.011 2.133 0.574 0.353 1.183 1.675 1.137 0.583 0.141 3.099 1.385 0.786 0.503 1.084 0.471 2.596 0.837 0.873 0.948 3.221 0.563 3.303 6.598 1.579 3.451 1.663 1.397 0.466 0.982 0.090 0.545 1.027 1.912 1.190 0.731 0.830 1.442 2.154 0.889 1.668 2.689 0.854 1.901 1.137 3.281 1.267 2.596 0.836 2.779 0.659 2.221 1.532 0.987 0.357 0.468 1.069 0.717 0.478 1.100 2.089 1.177 nan 5.337 nan 2.528 0.933 1.155 1.114 0.618 0.937 2.974 4.102 2.088 2.086 0.721 1.153 1.814 1.335 1.051 1.430 1.700 1.108 9555 chr6 31146830 31156520 + 0 NA intron (NR_152839, intron 1 of 2) Harlequin-int|LTR|ERV1 2419 NR_152829 100130889 Hs.670091 NM_001134284 PSORS1C3 NCRNA00196 psoriasis susceptibility 1 candidate 3 (non-protein coding) ncRNA nan 0.683 nan 4.910 0.136 0.043 0.167 0.140 0.227 0.038 0.216 0.392 0.038 0.061 0.129 0.311 0.100 0.165 0.154 0.069 4.719 0.029 0.062 0.160 0.230 0.999 0.773 0.007 0.077 0.022 0.117 0.263 0.445 0.293 0.031 0.092 0.040 0.323 0.100 0.012 0.106 1.120 0.054 0.049 0.150 0.048 0.111 0.312 1.803 0.119 0.187 0.217 0.311 0.099 0.257 0.230 0.037 0.103 0.020 0.139 0.067 0.076 0.072 0.090 0.024 0.020 0.310 0.289 0.289 nan nan 0.323 0.426 0.155 0.303 0.301 0.278 0.441 0.297 0.357 0.296 0.111 0.212 0.333 0.139 0.120 0.133 0.353 0.371 0.430 9776 chr6 76747714 76751896 + 0 NA intron (NM_001282368, intron 1 of 15) intron (NM_001282368, intron 1 of 15) 32590 NM_001563 3617 Hs.590893 NM_001563 ENSG00000112706 IMPG1 GP147|IPM150|SPACR|VMD4 interphotoreceptor matrix proteoglycan 1 protein-coding nan nan 0.834 0.054 0.089 0.026 0.101 0.038 0.097 0.056 0.043 0.043 0.092 0.088 0.038 0.024 0.014 0.112 0.041 0.057 0.032 0.026 0.059 0.105 0.035 0.143 0.035 0.038 0.013 0.053 0.109 0.057 0.152 0.088 0.014 0.026 0.112 0.082 0.039 0.034 0.049 0.092 0.017 0.022 0.057 0.176 0.125 0.024 0.019 0.214 0.059 0.083 0.012 2.860 3.252 10.443 3.998 0.259 0.156 0.449 0.161 0.199 0.204 0.122 0.224 0.023 0.127 0.346 0.105 1.118 1.284 0.104 0.244 0.197 0.317 0.192 0.211 7150 chr21 24829761 24840304 + 0 NA Intergenic L1MDa|LINE|L1 -77876 NR_040254 266917 Hs.145622 NR_040254 ENSG00000228592 D21S2088E - D21S2088E ncRNA 0.798 0.756 0.690 0.041 0.050 0.027 0.020 0.106 0.268 0.009 0.033 0.035 0.018 0.019 0.017 0.098 0.092 0.092 0.069 0.018 0.006 0.059 0.062 0.023 0.006 0.007 0.068 0.051 0.019 0.361 0.057 0.046 0.030 0.105 0.011 0.091 0.035 0.007 0.021 0.092 0.042 0.015 0.020 0.027 0.019 0.098 0.027 0.009 0.023 0.012 0.016 0.037 0.011 0.019 0.023 0.019 0.082 0.007 0.025 0.014 0.327 0.204 0.167 0.316 0.243 0.362 0.326 0.137 0.053 0.031 0.561 0.621 0.215 0.304 0.421 0.196 0.068 0.137 0.272 0.204 0.194 nan 11.124 6.027 11773 chr9 128409561 128427924 + 0 NA intron (NM_001006618, intron 4 of 7) intron (NM_001006618, intron 4 of 7) 50771 NM_001006617 79109 Hs.495138 NM_024117 ENSG00000119487 MAPKAP1 JC310|MIP1|SIN1|SIN1b|SIN1g mitogen-activated protein kinase associated protein 1 protein-coding nan nan 0.864 0.187 0.252 0.053 0.963 0.454 0.881 0.072 0.636 0.501 0.017 0.032 0.250 0.642 0.407 0.087 1.070 0.845 0.069 0.015 0.163 0.168 0.208 0.761 0.417 0.124 1.328 0.429 0.201 0.605 0.074 nan 0.463 0.150 0.058 0.059 0.097 0.847 0.069 1.064 3.047 1.307 0.812 0.291 0.236 1.294 0.104 3.495 0.048 0.215 0.642 0.422 0.929 0.208 0.174 0.059 0.026 0.176 0.050 0.661 0.038 0.170 0.519 2.808 3.502 0.216 0.178 0.374 0.585 0.443 0.474 0.399 0.162 0.353 0.421 0.377 nan 0.482 0.678 0.672 0.449 0.154 0.208 0.198 0.380 0.567 1.261 nan 0.657 8890 chr5 44930318 44972834 + 0 NA Intergenic Intergenic 142549 NM_016640 10884 Hs.124165 NM_016640 ENSG00000112996 MRPS30 MRP-S30|PAP|PDCD9|S30mt mitochondrial ribosomal protein S30 protein-coding 0.515 0.969 1.378 0.112 0.155 0.015 0.165 0.098 0.225 0.029 0.135 0.222 0.012 0.055 0.100 0.192 0.177 0.197 0.242 0.067 0.046 7.378 0.110 0.211 0.127 0.096 0.044 0.005 0.093 0.067 0.142 0.235 0.126 0.315 0.182 0.068 0.025 0.222 0.126 0.175 0.021 0.056 0.021 0.029 0.044 0.047 0.105 0.412 0.050 0.127 0.026 0.061 0.192 0.148 0.028 0.127 0.037 0.031 0.041 0.115 0.041 0.069 0.037 0.032 0.054 0.027 0.036 0.290 0.178 0.177 0.270 0.214 0.347 0.150 0.071 0.111 0.127 0.956 1.372 0.281 0.297 0.645 0.243 0.151 0.248 0.071 0.087 0.116 0.182 0.263 0.389 2913 chr12 104978539 105000349 + 0 NA intron (NM_018413, intron 1 of 2) MIR3|SINE|MIR 4033 NR_037487 100500843 NR_037487 ENSG00000264295 MIR3922 - microRNA 3922 ncRNA 0.820 0.704 nan 1.261 0.118 0.281 3.994 0.212 0.460 0.551 1.767 0.800 0.040 0.036 0.274 0.323 0.343 0.155 2.485 1.433 1.447 0.032 0.079 0.102 0.322 1.095 0.732 0.245 0.109 1.823 0.306 0.675 0.214 0.464 1.447 0.707 0.018 0.165 0.105 0.279 0.098 2.282 0.736 0.360 1.294 0.805 2.055 2.527 0.600 0.529 0.322 0.897 0.323 1.533 0.072 0.322 0.705 0.690 0.116 0.711 0.209 0.808 0.068 0.167 1.253 1.168 1.038 0.393 0.476 0.580 1.561 0.442 0.642 0.127 0.090 0.358 0.343 1.110 1.503 0.631 0.654 0.440 0.236 0.258 0.290 0.083 0.086 0.355 0.829 1.003 0.735 5138 chr18 8341849 8350897 + 0 NA intron (NM_001105244, intron 23 of 32) MLT1A|LTR|ERVL-MaLR 20659 NR_024419 100192426 Hs.666655 NR_024419 ENSG00000266149 LOC100192426 - uncharacterized LOC100192426 ncRNA 0.935 0.816 0.855 0.114 0.517 0.074 0.095 1.432 2.901 0.021 0.138 0.112 0.025 0.067 0.372 0.182 0.075 0.053 0.209 0.039 0.062 0.604 0.382 5.281 0.030 0.016 0.032 0.368 0.012 0.067 0.193 0.078 nan 0.064 0.107 0.679 0.024 0.125 0.050 0.190 0.160 0.013 0.017 0.037 0.060 0.160 0.105 1.070 0.063 1.260 0.102 0.182 0.105 0.041 5.281 0.271 0.098 0.235 0.067 0.056 0.059 0.131 0.054 0.016 0.857 1.046 0.172 0.268 3.602 4.353 nan 1.903 0.221 0.313 0.129 nan 2.476 2.332 nan 0.232 0.330 0.595 3.448 3.995 0.185 nan 4.656 2.600 7206 chr21 38429497 38448495 + 0 NA intron (NM_001320480, intron 4 of 4) intron (NM_001320480, intron 4 of 4) -2630 NR_131189 105372795 Hs.528019 NR_131189 LOC105372795 - uncharacterized LOC105372795 ncRNA 3.965 2.978 3.781 0.807 2.516 5.727 1.040 1.737 3.629 0.489 1.055 0.841 0.764 0.582 4.856 3.741 0.735 0.095 0.878 0.459 0.893 0.992 1.493 0.711 4.819 0.825 0.953 0.836 0.924 0.462 1.437 2.165 1.199 12.408 0.984 0.798 1.523 1.140 0.087 0.691 1.814 0.907 0.652 0.348 0.666 0.528 1.199 0.905 0.950 1.613 0.736 1.015 3.741 1.672 1.590 4.819 0.721 0.780 0.685 1.172 1.782 0.857 0.809 1.446 0.601 0.665 0.492 2.935 2.989 1.940 2.889 8.006 7.045 5.157 2.010 3.852 3.853 2.261 2.787 3.219 6.423 4.032 4.583 1.549 2.825 5.772 6.324 3.513 5.351 nan 2.464 11322 chr8 135841107 135853500 + 0 NA Intergenic Intergenic -3009 NR_126028 552853 Hs.575612 NR_126028 ENSG00000253433 NCRNA00250 C8orf24 non-protein coding RNA 250 ncRNA nan 2.040 3.157 2.971 3.290 1.373 1.709 1.566 2.872 1.434 1.627 0.722 0.958 1.061 2.773 1.423 1.106 0.142 1.637 0.489 0.651 1.116 0.508 0.285 2.321 1.022 0.777 0.724 1.732 0.654 2.052 3.184 3.021 5.428 0.993 1.163 0.562 0.807 0.062 0.589 1.244 1.581 1.654 0.716 1.121 1.841 2.064 1.336 1.704 1.921 3.952 1.692 1.423 2.318 0.880 2.321 0.484 1.309 0.437 2.115 2.215 0.576 0.902 1.310 0.430 0.971 0.789 1.208 2.023 1.135 1.858 4.462 3.991 6.085 3.066 nan 7.672 1.154 1.374 1.765 2.876 1.938 2.063 1.118 3.020 3.045 2.947 2.364 3.322 1.516 0.943 8897 chr5 50665802 50696682 + 0 NA intron (NM_002202, intron 2 of 5) intron (NM_002202, intron 2 of 5) -2076 NR_046243 642366 Hs.544139 NR_046243 LOC642366 - uncharacterized LOC642366 ncRNA nan nan 0.640 1.279 0.800 3.917 0.177 1.577 2.945 0.075 0.088 0.018 0.500 0.336 4.556 1.765 0.068 0.052 0.303 0.153 0.304 0.009 1.797 1.185 4.714 1.566 1.354 0.052 0.062 0.082 0.285 0.647 0.255 3.747 0.138 0.060 2.144 0.669 0.123 0.405 1.242 0.182 0.043 0.041 1.233 0.022 0.081 0.540 0.053 0.242 0.419 0.028 1.765 0.212 0.030 4.714 0.031 0.029 0.136 0.293 0.128 0.062 0.013 0.087 0.330 0.050 0.030 0.133 0.093 6.087 6.879 20.274 19.857 nan 0.704 0.057 0.041 0.163 0.239 0.434 0.673 nan 1.940 0.055 0.071 6.979 5.346 0.195 0.315 1.677 1.031 10910 chr8 38255275 38268478 + 0 NA intron (NM_001330515, intron 6 of 9) intron (NM_001330515, intron 6 of 9) 17227 NM_001199660 137994 Hs.696457 NM_144652 ENSG00000165046 LETM2 SLC55A2 leucine zipper and EF-hand containing transmembrane protein 2 protein-coding 0.722 1.127 nan 7.210 0.351 0.072 2.815 0.254 0.334 0.673 1.465 1.251 0.019 0.075 0.146 0.215 1.519 0.194 0.706 0.410 0.340 0.105 0.170 0.137 0.161 5.068 4.683 0.056 1.222 1.556 0.268 0.437 0.284 0.373 1.482 0.192 0.047 0.031 0.125 1.210 0.048 1.754 3.525 1.401 3.666 0.493 1.617 3.322 0.895 0.657 0.827 1.933 0.215 0.324 0.176 0.161 1.806 0.158 0.008 0.092 0.123 1.801 0.045 0.159 1.709 0.161 0.108 0.364 0.315 0.438 0.959 0.541 0.737 0.632 0.251 0.301 0.320 0.411 0.790 0.219 0.292 0.306 0.165 0.126 0.186 0.146 0.266 0.299 0.667 1.069 0.796 3382 chr14 19756522 19796869 + 0 NA Intergenic MSTA-int|LTR|ERVL-MaLR -90693 NR_133911 106480334 Hs.643607 NR_133911 ENSG00000232775 BMS1P22 - BMS1, ribosome biogenesis factor pseudogene 22 pseudo nan 0.489 0.575 0.054 0.079 0.024 0.090 0.124 0.253 0.007 0.081 0.079 0.020 0.044 0.061 0.153 0.152 0.204 0.431 0.128 0.072 0.031 0.043 0.103 0.077 0.015 0.016 0.034 0.095 0.031 5.403 10.549 0.114 0.415 0.109 0.093 0.045 0.051 0.081 0.006 0.075 0.141 0.096 0.054 0.253 0.209 0.057 0.241 0.156 0.044 0.016 0.061 0.153 1.041 0.018 0.077 0.031 0.053 0.080 0.045 0.048 0.078 0.137 0.040 0.311 0.034 0.021 0.234 0.239 0.320 0.485 0.166 0.218 0.160 0.071 0.186 0.182 0.207 0.354 0.164 nan 0.528 0.157 0.184 0.295 0.054 0.081 0.111 0.158 0.352 0.400 1896 chr11 35097358 35111311 + 0 NA Intergenic Intergenic 55245 NR_120528 100507144 Hs.673491 NR_120528 ENSG00000255521 LOC100507144 - uncharacterized LOC100507144 ncRNA 0.597 1.636 nan 0.892 0.272 1.055 5.453 0.076 0.171 0.597 0.992 2.233 0.058 0.036 0.172 1.094 0.272 0.116 1.163 1.356 0.117 0.010 0.134 0.087 0.060 2.665 2.237 0.290 1.164 2.024 0.635 2.326 0.499 1.031 1.086 0.085 0.048 0.039 0.124 2.193 0.034 6.569 1.180 0.621 1.094 0.397 2.084 3.422 0.548 2.040 0.345 0.551 1.094 1.232 3.150 0.060 0.158 0.314 0.021 0.354 0.036 2.173 0.093 0.052 4.277 1.734 1.545 0.534 0.246 1.305 1.942 0.282 0.382 0.180 0.069 0.269 0.289 0.278 0.581 0.256 0.274 0.239 0.172 0.216 0.348 0.176 0.238 0.190 nan 0.590 0.621 5985 chr2 27903291 27906742 + 0 NA intron (NM_018158, intron 8 of 13) intron (NM_018158, intron 8 of 13) -18309 NM_014860 9913 Hs.6232 NM_014860 ENSG00000119760 SUPT7L SPT7L|STAF65|STAF65(gamma)|STAF65G|SUPT7H SPT7 like, STAGA complex gamma subunit protein-coding 0.743 0.612 0.878 4.159 0.183 0.064 6.052 0.093 0.339 1.162 2.148 2.953 0.036 0.058 0.215 0.707 0.701 0.246 5.858 3.609 1.116 0.162 0.196 0.275 3.368 3.239 0.105 6.477 2.546 1.472 2.317 2.880 0.897 3.510 0.248 0.028 0.201 0.082 1.790 0.272 2.350 1.123 0.541 6.332 8.156 3.877 1.089 0.464 0.638 0.306 1.735 0.707 6.713 3.072 0.583 0.210 0.028 0.235 0.059 7.646 0.057 0.216 2.443 6.024 6.655 0.433 0.532 0.825 1.950 0.668 0.611 1.206 0.231 1.135 1.675 0.462 0.629 0.793 nan 0.620 0.332 0.251 0.505 0.154 0.504 0.563 1.129 0.564 0.287 2895 chr12 101023234 101029732 + 0 NA Intergenic Intergenic 39087 NM_001303131 283431 Hs.20575 NM_174942 ENSG00000139354 GAS2L3 G2L3 growth arrest specific 2 like 3 protein-coding 0.699 0.727 nan 0.469 0.177 0.064 0.076 0.173 0.424 0.014 0.072 0.099 0.039 0.154 0.138 0.275 0.275 0.148 0.112 0.029 0.077 0.042 0.115 0.233 0.312 0.064 0.022 0.063 0.016 0.099 0.119 0.053 0.287 0.067 0.065 0.015 0.042 0.084 0.018 0.077 0.003 0.028 0.026 0.083 0.131 0.169 0.451 0.098 4.731 0.563 0.275 0.062 0.070 0.312 0.095 0.052 0.030 0.054 0.078 0.061 0.046 0.037 0.023 0.016 0.351 0.178 0.224 0.353 0.421 0.477 0.306 0.138 0.668 0.707 0.370 0.647 0.366 0.446 0.224 0.196 0.121 0.243 0.123 0.178 0.160 0.301 0.961 0.632 1042 chr1 204025628 204079942 + 0 NA intron (NM_005686, intron 1 of 13) intron (NM_005686, intron 1 of 13) 10539 NM_005686 9580 Hs.201671 NM_005686 ENSG00000143842 SOX13 ICA12|Sox-13 SRY-box 13 protein-coding 1.419 2.229 1.415 0.630 2.616 0.936 0.969 1.755 3.325 0.248 0.547 1.072 0.061 0.804 2.302 1.435 0.665 0.237 0.519 0.224 0.072 0.087 0.717 0.338 2.867 0.949 0.607 0.437 0.318 0.423 2.067 4.412 0.461 2.952 0.490 0.565 0.120 0.183 0.105 0.174 0.423 0.770 0.519 0.313 0.336 0.515 1.580 0.508 1.442 0.341 0.173 0.484 1.435 0.629 0.072 2.867 0.708 0.288 0.134 0.662 0.144 0.569 1.391 0.102 0.306 0.125 0.106 2.955 4.103 4.546 4.226 2.668 2.800 2.977 0.806 nan nan 0.289 0.565 2.829 2.863 0.506 0.367 1.344 2.363 0.976 0.722 0.401 0.828 1.511 0.809 9028 chr5 78518033 78539127 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -3345 NM_152405 133746 Hs.482605 NM_152405 ENSG00000152409 JMY WHAMM2|WHDC1L3 junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor protein-coding 1.887 nan 3.062 0.624 1.036 0.558 0.522 0.395 0.932 0.222 0.537 0.444 0.159 0.181 1.288 0.454 0.217 0.161 0.717 0.198 0.114 0.263 0.452 0.187 0.516 0.607 0.454 0.361 0.489 0.346 1.747 2.463 0.833 1.168 0.199 0.094 0.171 0.573 0.120 0.107 1.116 0.288 0.752 0.487 0.441 0.197 1.067 0.233 0.463 1.012 0.850 0.610 0.454 0.880 0.258 0.516 0.326 0.484 0.183 0.537 0.587 0.445 0.276 1.728 0.101 0.303 0.183 0.680 0.789 1.193 1.690 1.367 1.390 nan 1.355 1.628 1.670 1.412 nan 1.432 1.875 4.002 4.337 1.262 1.497 0.665 1.249 3.042 5.324 0.687 0.555 7616 chr3 55190173 55205549 + 0 NA Intergenic Intergenic -14339 NR_147142 105377096 Hs.640507 NR_147142 ENSG00000243572 LINC02017 - long intergenic non-protein coding RNA 2017 ncRNA 0.529 0.675 nan 0.023 0.088 0.083 0.396 0.063 0.143 0.180 0.302 1.991 0.020 0.022 0.059 0.501 0.042 0.061 0.025 0.020 0.018 0.062 0.048 0.047 0.013 0.014 0.181 0.044 0.020 0.210 0.473 0.083 0.230 0.759 0.058 0.013 0.028 0.082 1.297 0.034 0.060 0.363 0.263 0.277 0.149 0.163 5.320 0.021 0.023 0.067 0.043 0.059 0.042 1.143 0.047 0.048 0.043 0.019 0.065 0.039 0.252 0.026 0.088 1.492 2.667 2.830 0.212 0.100 0.251 0.491 0.275 0.306 0.449 0.110 0.090 0.106 0.110 0.170 0.352 0.321 nan 0.236 0.074 0.154 0.038 0.079 0.160 0.277 0.393 0.319 38 chr1 3690356 3696069 + 0 NA TTS (NM_001288583) TTS (NM_001288583) 3861 NM_001163724 388588 Hs.22047 NM_001163724 ENSG00000235169 SMIM1 Vel small integral membrane protein 1 (Vel blood group) protein-coding 1.394 nan 2.198 0.139 0.735 9.957 0.299 0.232 0.438 0.084 0.612 0.210 0.022 0.159 0.765 0.225 0.235 0.028 0.288 0.167 0.221 0.331 0.383 0.257 0.167 0.196 0.088 0.327 0.128 0.019 0.353 nan 0.749 1.670 0.525 0.238 0.066 0.133 0.143 0.228 0.126 0.080 0.094 0.110 0.080 0.144 0.182 0.140 0.233 0.745 0.117 0.125 0.225 0.555 0.639 0.167 0.150 0.105 0.695 0.633 0.531 0.340 0.329 0.130 0.041 0.010 0.026 0.772 1.193 0.338 0.396 2.052 1.756 1.067 0.273 0.893 0.819 0.553 nan nan 2.301 nan 0.403 0.514 0.696 0.443 0.183 0.667 0.554 1.640 1.307 3874 chr15 27304065 27318967 + 0 NA intron (NM_001270873, intron 3 of 5) intron (NM_001270873, intron 3 of 5) 94950 NR_120343 101928869 Hs.585699 NR_120343 ENSG00000228740 GABRG3-AS1 - GABRG3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.468 nan 0.020 0.170 4.399 0.043 0.096 0.182 0.006 0.048 0.031 0.101 2.893 0.121 0.081 0.021 0.050 0.038 0.051 0.009 0.179 0.155 0.166 0.009 0.014 0.005 0.081 0.039 0.059 0.058 2.136 0.040 0.073 0.013 0.044 0.090 0.015 0.155 0.116 0.020 0.022 0.037 0.032 0.087 0.109 0.033 0.132 0.088 0.121 0.034 0.038 0.166 0.082 0.033 0.065 0.066 0.143 0.032 0.054 0.024 0.017 0.004 0.010 0.517 0.325 0.676 0.649 0.514 0.572 0.131 0.029 0.158 0.133 0.268 0.388 4.600 4.375 nan 0.543 0.160 0.258 0.094 0.107 0.167 0.243 1.857 0.985 196 chr1 27460754 27482491 + 0 NA intron (NM_003047, intron 1 of 11) L2a|LINE|L2 9999 NR_046474 6548 Hs.469116 NM_003047 ENSG00000090020 SLC9A1 APNH|LIKNS|NHE-1|NHE1|PPP1R143 solute carrier family 9 member A1 protein-coding 1.948 1.589 nan 0.734 1.820 0.524 0.648 0.472 0.774 1.253 0.710 0.763 0.271 0.172 0.964 0.796 0.223 0.164 1.302 0.615 0.186 0.102 0.267 0.123 0.642 0.392 0.224 0.270 0.606 0.151 0.895 2.219 0.720 2.009 0.926 0.673 0.153 0.269 0.104 0.154 0.444 0.381 0.300 0.179 0.208 0.421 1.093 0.215 0.416 0.480 0.242 1.092 0.796 1.347 0.486 0.642 0.224 1.633 0.329 0.628 0.341 0.436 0.617 0.875 0.247 0.048 0.018 0.805 1.358 0.986 1.668 4.865 5.598 1.295 0.450 1.576 1.770 1.452 2.052 2.582 3.359 3.264 2.877 0.797 1.213 0.720 0.713 0.988 2.471 1.427 0.923 7693 chr3 97675783 97704806 + 0 NA intron (NM_001261829, intron 1 of 9) Charlie19a|DNA|hAT-Charlie 1001 NM_001261829 84864 Hs.570562 NM_032778 ENSG00000170854 RIOX2 JMJD10|MDIG|MINA|MINA53|NO52|ROX ribosomal oxygenase 2 protein-coding 1.689 1.075 1.364 0.266 0.240 0.322 0.414 0.102 0.331 0.169 0.154 0.254 1.142 0.122 0.442 0.243 0.269 0.150 0.373 0.166 0.126 0.086 0.389 0.337 0.351 0.155 0.142 0.240 0.339 0.155 0.343 0.551 0.314 0.452 0.116 0.264 0.027 0.255 0.097 0.090 0.066 0.363 0.270 0.177 0.274 0.129 0.658 0.251 0.692 0.322 0.166 0.415 0.243 0.299 0.368 0.351 0.122 0.274 0.204 0.391 0.312 0.188 0.055 3.253 0.053 0.091 0.069 0.422 0.279 0.379 0.520 1.118 0.953 0.559 0.182 1.221 1.199 3.793 4.228 0.408 0.625 5.701 5.519 0.235 0.360 0.170 0.139 2.531 4.074 0.617 0.537 1169 chr1 226837602 226929080 + 0 NA intron (NM_002221, intron 2 of 7) intron (NM_002221, intron 2 of 7) -20572 NR_103784 100506443 Hs.664293 NR_103784 ITPKB-IT1 - ITPKB intronic transcript 1 ncRNA 1.671 nan 3.622 0.285 0.817 2.517 0.386 0.708 1.401 0.113 0.150 0.317 0.082 0.193 0.669 1.949 0.437 0.128 0.259 0.089 0.092 0.146 1.168 0.600 2.387 0.412 0.269 0.339 0.217 0.186 0.285 0.771 0.306 1.417 0.104 0.310 0.749 0.233 0.123 0.074 0.540 0.245 0.163 0.124 0.251 0.110 0.409 0.367 0.276 0.231 0.615 0.357 1.949 0.235 0.289 2.387 0.193 0.387 0.584 0.309 0.686 0.392 0.092 0.369 0.110 0.518 0.290 1.028 1.510 1.126 2.046 2.800 nan 1.739 0.517 1.044 1.140 2.977 3.685 2.262 1.897 1.593 1.400 0.279 0.381 2.227 2.266 0.869 1.700 1.176 0.825 5669 chr19 40182343 40203640 + 0 NA Intergenic Intergenic -1955 NM_020129 56891 Hs.24236 NM_020129 ENSG00000006659 LGALS14 CLC2|PPL13 galectin 14 protein-coding 0.683 0.755 0.690 0.119 1.824 0.030 0.033 0.136 0.285 0.283 0.113 0.060 0.099 0.042 0.171 0.452 0.070 0.091 0.092 0.045 0.062 0.044 0.091 0.056 0.159 0.056 0.020 0.106 0.020 0.058 nan 0.086 0.708 0.034 0.045 0.031 0.051 0.155 0.022 0.075 0.134 0.008 0.015 0.124 0.032 0.081 0.137 0.074 0.050 0.022 0.038 0.452 0.078 0.030 0.056 0.046 0.027 0.018 0.030 0.134 0.023 1.642 0.081 0.032 0.035 0.019 0.622 0.396 0.191 0.212 0.314 0.359 4.455 1.347 0.273 0.276 0.194 0.323 0.195 0.218 0.377 0.117 1.617 1.954 0.114 0.116 0.143 0.297 1.419 0.955 118 chr1 17063722 17086162 + 0 NA Intergenic Intergenic 11610 NR_135824 102724562 Hs.349110 NR_135824 LOC102724562 - macrophage stimulating 1 pseudogene pseudo 4.292 3.211 nan 0.856 3.286 6.175 0.915 1.158 1.872 0.611 1.308 0.864 1.318 1.564 1.795 2.680 0.419 0.180 0.928 0.560 0.857 2.120 0.965 0.662 1.036 0.583 1.036 0.815 0.782 0.551 1.753 3.895 0.975 3.925 1.466 0.793 0.364 1.536 0.303 0.841 0.740 1.109 0.990 0.515 1.087 0.919 1.408 1.716 1.934 1.123 0.966 0.781 2.680 1.086 0.917 1.036 1.632 0.925 1.779 1.497 1.200 0.756 1.081 2.585 0.621 0.431 0.332 4.205 4.612 1.946 2.900 5.040 5.461 4.616 2.717 5.027 nan 3.054 nan 5.246 6.830 nan 4.109 3.087 3.751 1.177 1.216 3.878 7.034 4.531 2.972 3816 chr14 102719726 102788735 + 0 NA intron (NR_148552, intron 1 of 9) AluYb8|SINE|Alu 17307 NR_148556 5891 Hs.36859 NM_014226 ENSG00000080823 MOK RAGE|RAGE-1|RAGE1|STK30 MOK protein kinase protein-coding 1.688 0.950 1.026 3.844 0.778 0.520 1.101 0.313 0.629 0.292 1.102 0.871 0.276 0.158 0.706 0.890 0.354 0.222 0.363 0.176 5.557 0.299 0.291 0.259 0.666 3.844 3.405 0.385 0.731 0.623 0.565 1.193 1.124 1.430 0.894 3.020 0.088 0.451 0.143 1.102 0.368 2.279 1.950 0.911 0.691 0.623 1.591 2.658 1.100 4.153 0.561 1.970 0.890 0.379 1.903 0.666 0.374 0.603 0.215 1.939 0.251 1.488 0.308 0.260 4.252 1.279 1.159 0.890 1.121 0.913 1.905 1.425 1.602 1.282 0.596 0.869 0.877 0.774 1.182 1.072 1.786 1.517 1.192 0.633 1.019 0.705 0.587 0.834 1.151 0.771 0.608 10157 chr7 8316454 8337050 + 0 NA intron (NR_125740, intron 3 of 5) intron (NR_125740, intron 3 of 5) -24510 NM_001350831 3382 Hs.487561 NM_004968 ENSG00000003147 ICA1 ICA69|ICAp69 islet cell autoantigen 1 protein-coding 1.166 2.134 2.159 0.227 1.782 0.074 0.037 2.995 5.589 0.051 0.079 0.089 0.152 0.044 0.282 0.378 0.137 0.172 0.080 0.027 0.025 0.037 1.364 0.579 3.954 0.038 0.018 0.028 0.121 0.023 0.089 nan 0.285 nan 0.028 0.087 0.690 0.048 0.148 0.029 0.496 0.076 0.027 0.027 0.010 0.029 0.272 0.139 0.077 0.048 0.042 0.123 0.378 0.048 0.116 3.954 0.155 0.080 0.070 0.042 0.161 0.042 0.659 0.090 0.022 0.017 0.008 1.169 0.728 0.324 nan 1.042 1.379 nan 3.251 0.946 0.978 0.365 0.594 nan 2.248 0.242 0.129 0.516 1.309 2.483 2.800 0.357 0.644 2.393 1.289 9682 chr6 46290004 46296955 + 0 NA 5' UTR (NM_005822, exon 1 of 4) 5' UTR (NM_005822, exon 1 of 4) 150 NM_005822 10231 Hs.440168 NM_005822 ENSG00000172348 RCAN2 CSP2|DSCR1L1|MCIP2|RCN2|ZAKI-4|ZAKI4 regulator of calcineurin 2 protein-coding 1.404 2.820 0.719 0.041 0.400 0.251 0.083 0.713 1.194 0.090 0.040 0.036 0.133 0.256 1.989 0.236 0.089 0.205 0.027 0.018 0.658 0.427 0.103 0.049 0.011 0.022 0.050 0.031 0.127 0.297 0.083 3.190 0.021 0.039 2.580 0.031 0.145 0.169 0.172 0.053 0.017 0.023 0.063 0.045 0.070 0.215 0.012 0.041 0.058 0.010 1.989 0.040 0.029 0.103 0.017 0.009 0.126 0.025 0.118 0.023 0.129 0.096 0.022 0.008 0.015 0.741 0.444 0.341 0.591 0.773 0.655 0.215 0.131 0.315 0.388 0.133 0.298 1.187 nan 0.420 0.197 0.364 0.392 7.988 8.208 0.117 0.258 1.511 0.821 8516 chr4 117100219 117124847 + 0 NA Intergenic Intergenic -108348 NR_031737 100302290 NR_031737 ENSG00000284253 MIR1973 hsa-mir-1973|mir-1973 microRNA 1973 ncRNA 0.575 0.791 0.618 0.061 0.221 0.009 0.050 0.085 0.157 0.004 0.078 0.033 0.008 0.028 0.022 0.099 0.046 0.104 0.081 0.008 0.023 0.022 0.064 0.100 0.116 0.003 0.063 0.022 0.029 0.028 0.038 0.223 0.012 0.039 0.016 0.026 0.101 0.019 0.068 0.026 0.007 0.006 0.036 0.013 0.039 0.097 0.010 0.020 0.003 0.018 0.099 0.035 0.008 0.116 0.040 0.027 0.007 0.087 0.010 0.020 0.380 0.012 0.007 0.002 0.228 0.159 0.150 0.198 0.119 0.189 0.194 0.089 0.128 0.133 7.036 8.245 0.307 0.386 0.358 0.167 0.106 0.171 0.115 0.092 0.517 1.285 0.418 0.321 8492 chr4 102871420 102907711 + 0 NA intron (NM_001083907, intron 7 of 16) intron (NM_001083907, intron 7 of 16) 154582 NM_001083907 55024 Hs.480400 NM_017935 ENSG00000153064 BANK1 BANK B cell scaffold protein with ankyrin repeats 1 protein-coding 0.518 nan nan 0.236 0.121 0.005 0.309 0.143 0.272 0.279 0.159 0.422 0.143 0.017 0.139 0.180 0.162 0.049 0.295 0.084 0.122 0.004 0.074 0.079 0.105 0.014 0.006 0.047 0.118 0.125 0.075 0.185 0.370 0.387 0.302 0.170 0.026 0.033 0.086 0.120 0.121 0.063 0.108 0.105 0.235 0.070 0.175 0.157 0.245 0.062 0.061 0.459 0.180 0.112 0.201 0.105 0.243 0.322 0.094 0.065 0.047 0.076 0.054 0.216 0.022 0.008 0.402 0.235 0.245 nan 0.235 0.285 0.230 0.074 0.132 0.115 3.604 nan 0.375 0.435 0.338 0.177 0.085 0.176 0.157 0.261 0.007 nan 0.360 0.333 4872 chr17 55332591 55339787 + 0 NA intron (NM_170721, intron 3 of 9) intron (NM_170721, intron 3 of 9) 1815 NM_170721 124540 Hs.658922 NM_138962 ENSG00000153944 MSI2 MSI2H musashi RNA binding protein 2 protein-coding 3.098 2.482 2.943 0.998 3.338 1.603 0.956 4.471 8.722 0.664 0.945 1.102 0.319 0.585 3.294 2.176 0.752 0.136 1.350 0.342 0.176 0.962 4.107 1.829 9.199 0.872 0.621 0.718 0.529 0.249 1.644 4.811 1.242 7.315 0.437 0.873 0.899 1.115 0.128 0.444 2.275 0.870 0.690 0.477 0.550 0.203 0.777 1.364 2.494 2.454 2.764 1.547 2.176 1.244 0.808 9.199 0.820 1.495 1.421 2.496 2.050 1.045 1.663 2.510 0.604 0.992 0.820 2.509 3.955 2.494 3.110 8.305 8.674 3.443 1.752 nan 6.928 1.808 2.378 nan nan 3.242 3.455 1.470 3.946 3.687 3.817 2.788 5.014 2.788 1.754 1659 chr10 115711079 115723532 + 0 NA Intergenic L1MB2|LINE|L1 -86501 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.676 nan 0.623 0.375 0.838 1.035 2.521 2.008 3.815 0.277 0.241 0.379 2.436 1.622 2.180 0.332 0.162 0.051 0.983 0.656 0.005 0.056 2.286 0.649 0.317 1.471 1.162 0.226 1.667 1.151 2.343 5.282 1.449 2.198 1.233 0.104 0.525 0.052 0.064 0.664 0.135 0.207 0.069 0.106 1.235 2.031 0.093 0.134 0.421 0.180 0.012 0.784 0.332 2.675 2.665 0.317 0.493 0.626 0.016 0.110 0.882 0.625 2.589 0.200 0.091 0.055 0.016 0.416 0.332 0.937 2.634 0.105 0.133 8.337 6.126 0.257 0.271 0.223 0.388 9.143 12.838 0.161 0.047 2.354 3.516 3.868 3.548 0.198 0.244 2.621 1.573 767 chr1 155222820 155233334 + 0 NA intron (NM_052837, intron 4 of 7) AluY|SINE|Alu -2803 NM_198264 10712 Hs.348308 NM_006589 ENSG00000160767 FAM189B C1orf2|COTE1 family with sequence similarity 189 member B protein-coding nan nan 2.180 1.105 1.152 1.242 1.413 1.007 1.988 0.545 2.217 1.711 0.530 1.412 3.114 2.270 1.657 0.493 2.059 0.774 3.094 0.901 1.242 0.910 2.051 1.269 1.199 1.714 1.014 0.664 1.503 3.011 1.255 7.519 1.336 2.536 0.289 2.430 0.146 1.559 1.020 2.110 1.948 0.881 1.649 0.373 1.039 1.083 2.036 3.184 3.894 0.933 2.270 1.521 1.596 2.051 1.486 1.457 0.630 6.815 3.023 1.908 1.733 1.271 0.784 0.922 0.513 1.930 3.206 2.902 4.664 4.260 nan 2.703 0.943 1.534 1.455 3.059 3.993 2.164 2.740 2.187 1.803 2.999 5.431 1.490 1.392 2.009 3.868 1.748 0.909 6638 chr2 216779224 216785058 + 0 NA Intergenic Intergenic -73882 NR_037195 646324 Hs.655713 NR_037195 ENSG00000235770 LINC00607 - long intergenic non-protein coding RNA 607 ncRNA nan 0.958 nan 0.123 0.498 0.105 0.134 0.152 0.404 0.146 0.254 2.054 0.171 0.017 0.152 1.079 0.637 0.118 0.215 0.098 0.118 0.047 0.215 0.099 0.933 0.887 0.432 0.025 0.338 0.416 0.234 0.570 0.748 0.771 0.278 1.762 0.033 0.074 0.197 0.217 0.176 0.094 0.063 0.040 0.188 0.318 0.411 1.612 0.656 0.134 0.212 0.361 1.079 0.085 0.394 0.933 0.021 0.510 0.051 0.092 0.105 0.202 0.406 0.063 0.093 0.009 0.026 0.682 0.433 7.697 8.765 0.399 0.323 1.213 0.341 0.327 0.226 0.355 0.543 1.115 nan 0.560 0.252 0.314 0.439 0.138 0.226 0.350 0.606 0.629 0.336 805 chr1 159784133 159801556 + 0 NA Intergenic Intergenic -3635 NM_001330741 56833 Hs.438683 NM_020125 ENSG00000158714 SLAMF8 BLAME|CD353|SBBI42 SLAM family member 8 protein-coding nan nan 3.492 0.070 0.344 0.415 0.215 3.809 7.360 0.006 0.134 0.191 0.039 0.416 1.688 0.360 0.102 0.055 0.223 0.196 0.054 0.032 0.817 0.326 1.783 0.419 0.093 0.063 0.086 0.049 0.216 0.729 0.197 0.457 0.353 0.106 0.773 0.013 0.101 0.075 2.762 0.287 0.041 0.054 0.208 0.053 0.066 0.166 0.131 0.066 0.041 0.351 0.360 0.131 0.112 1.783 0.210 0.048 0.186 0.283 0.580 0.242 0.120 0.185 0.253 0.023 0.012 0.433 0.514 0.475 0.490 2.058 nan 2.402 0.748 0.101 0.152 0.393 0.654 2.851 2.947 0.686 0.632 0.584 0.503 2.711 2.861 0.461 0.761 1.166 0.721 1020 chr1 202308840 202319555 + 0 NA Intergenic Intergenic -3103 NM_001310326 29089 Hs.5199 NM_014176 ENSG00000077152 UBE2T FANCT|HSPC150|PIG50 ubiquitin conjugating enzyme E2 T protein-coding 3.788 3.626 3.648 1.828 2.127 2.667 1.354 1.388 2.910 0.570 1.526 1.721 0.485 0.292 4.781 2.099 0.990 0.392 1.004 0.318 0.926 0.518 2.188 1.168 2.837 1.171 1.086 0.607 1.488 0.660 1.144 2.998 1.428 5.420 0.672 2.198 0.948 1.183 0.163 0.364 1.218 1.118 0.675 0.569 1.201 0.911 1.985 1.314 1.535 1.157 1.468 1.007 2.099 1.695 1.204 2.837 0.701 0.786 0.953 1.198 1.013 0.649 0.501 1.078 0.894 0.817 0.542 2.605 2.558 5.275 7.860 5.677 5.001 3.107 1.299 nan nan 3.304 4.181 3.888 5.530 2.715 2.829 1.021 1.500 5.212 5.920 3.173 4.282 2.249 1.367 2173 chr11 92559425 92591690 + 0 NA intron (NM_001008781, intron 17 of 24) intron (NM_001008781, intron 17 of 24) 73237 NR_135091 105369431 Hs.532389 NR_135091 LOC105369431 - uncharacterized LOC105369431 ncRNA 1.309 nan 1.006 0.036 1.922 1.293 0.090 0.164 0.386 0.018 0.073 0.046 0.127 0.050 2.215 0.448 0.149 0.040 0.063 0.024 0.023 0.021 0.132 0.123 0.812 0.054 0.027 0.023 0.065 0.007 0.063 0.086 0.094 4.393 0.036 0.045 1.966 0.047 0.098 0.011 0.391 0.175 0.039 0.017 0.024 0.052 0.069 0.214 0.043 0.046 0.050 0.052 0.448 0.086 0.023 0.812 0.064 0.043 0.259 0.038 0.422 0.027 0.636 0.100 0.085 0.005 0.003 2.930 3.604 0.592 nan 2.522 2.699 1.088 0.376 2.746 3.006 1.410 1.908 4.583 4.756 0.911 0.619 1.033 1.888 4.726 4.717 0.233 nan 1.774 0.949 6287 chr2 103618584 103630953 + 0 NA Intergenic Intergenic -23881 NR_135530 105373519 NR_135530 ENSG00000224095 LINC01935 - long intergenic non-protein coding RNA 1935 ncRNA 0.582 nan 1.035 0.035 0.056 0.046 0.063 0.103 0.250 0.082 0.045 0.015 0.032 0.015 0.202 0.096 0.041 0.034 0.031 0.245 0.176 0.132 0.107 0.022 0.012 0.024 0.078 0.009 0.039 0.055 0.090 0.615 0.060 0.062 0.008 0.027 0.068 0.029 0.180 0.123 0.024 0.035 0.062 0.086 0.134 0.066 0.029 0.006 0.054 0.202 0.030 0.030 0.107 0.020 0.035 0.658 0.061 0.049 0.006 3.095 0.507 0.036 0.009 0.789 2.007 0.472 0.374 0.676 0.986 0.164 0.101 0.294 0.230 5.934 6.304 0.324 0.361 1.949 1.947 0.678 1.894 0.034 0.032 0.331 0.372 0.437 0.579 5707 chr19 43426331 43444284 + 0 NA intron (NM_001206650, intron 1 of 4) L1MB1|LINE|L1 6023 NM_001290042 5676 Hs.709203 NM_002783 ENSG00000221878 PSG7 PSBG-7|PSG1|PSGGA pregnancy specific beta-1-glycoprotein 7 (gene/pseudogene) protein-coding 0.578 0.547 0.603 1.839 0.045 0.031 1.037 0.126 0.159 0.947 0.602 0.139 0.055 0.055 0.069 0.106 0.393 0.107 0.960 0.718 0.332 0.017 0.035 0.059 0.114 1.218 0.883 4.220 0.814 0.353 0.081 nan 0.258 0.238 0.375 0.039 0.016 0.048 0.090 0.072 0.018 0.835 0.467 0.224 0.074 0.367 0.244 0.011 0.547 0.170 2.561 0.351 0.106 0.863 0.047 0.114 0.190 1.288 0.005 0.379 0.034 1.334 0.044 0.046 0.252 1.957 2.100 0.266 0.221 1.585 2.596 0.222 0.281 0.245 0.130 0.230 0.196 0.194 0.374 0.173 0.172 0.020 0.008 0.231 0.222 0.066 0.110 0.148 0.287 0.347 0.535 10783 chr7_gl000195_random 64710 95803 + 0 NA intron (NM_001347682, intron 1 of 3) LTR12C|LTR|ERV1 6463 NM_001322047 102724843 Hs.743984 NM_001322047 LOC102724843 - uncharacterized LOC102724843 protein-coding nan nan nan 2.254 3.198 0.748 0.912 0.843 1.660 0.181 1.799 3.457 0.218 0.845 1.032 1.239 3.186 0.603 0.526 0.262 1.996 0.728 1.276 0.932 1.609 1.323 0.895 0.902 0.828 0.944 0.720 nan 0.355 2.336 0.151 3.213 0.350 0.794 0.311 0.646 1.470 2.867 nan nan 0.939 1.004 0.858 0.874 3.727 2.182 1.215 0.985 1.239 0.395 0.362 1.609 0.953 0.264 0.643 0.455 1.012 2.728 1.617 1.099 1.905 0.875 0.630 3.780 3.112 2.965 4.756 2.904 nan 3.394 1.280 4.329 4.226 3.638 4.772 1.035 1.398 6.240 4.333 2.527 3.608 1.461 1.894 3.055 4.005 2.832 nan 194 chr1 27344516 27358851 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -12350 NM_052943 115572 Hs.632378 NM_052943 ENSG00000158246 TENT5B FAM46B terminal nucleotidyltransferase 5B protein-coding 1.038 0.926 nan 0.253 2.358 0.082 0.689 0.415 0.686 0.378 0.167 0.378 0.032 1.306 1.392 0.196 0.184 0.157 0.311 0.198 0.096 0.058 0.707 0.273 0.712 0.622 0.433 0.083 0.460 0.255 0.150 0.755 0.176 0.754 0.208 0.094 0.526 0.144 0.152 0.164 0.046 0.200 0.211 0.220 0.433 0.487 0.475 0.221 0.182 0.134 0.132 0.570 0.196 0.613 0.174 0.712 0.153 0.185 0.167 0.397 0.604 0.621 0.158 0.364 0.084 0.032 0.018 0.305 0.323 0.246 0.400 0.877 1.240 3.664 1.427 0.450 0.458 0.347 0.632 3.080 3.423 0.594 0.369 0.500 0.559 2.363 2.292 0.789 1.675 3.047 1.305 3503 chr14 36945327 36951173 + 0 NA intron (NR_138598, intron 2 of 5) intron (NR_138598, intron 2 of 5) 34740 NR_138598 253970 Hs.509165 NM_001101341 ENSG00000229415 SFTA3 NANCI|SFTPH|SP-H|SPH surfactant associated 3 protein-coding 1.117 1.168 0.546 0.199 0.419 0.843 2.120 0.247 0.411 0.017 0.082 0.016 0.085 0.051 1.245 0.176 0.130 0.027 4.420 2.207 0.010 0.047 0.110 0.068 0.266 0.793 0.683 0.038 2.960 3.665 2.379 9.304 1.463 0.887 2.149 0.055 0.049 0.042 0.065 0.080 0.082 0.094 0.083 0.120 5.067 3.755 0.049 0.358 0.056 0.061 0.023 0.176 4.254 0.192 0.266 0.230 0.043 0.101 0.029 0.401 0.538 0.034 0.042 0.013 0.552 0.486 0.179 0.147 0.257 0.392 0.819 1.206 0.401 0.062 0.295 0.263 0.511 0.709 4.519 3.660 1.216 0.971 0.180 0.200 0.095 0.070 0.097 0.195 0.659 0.388 8014 chr3 172276917 172283611 + 0 NA intron (NR_146714, intron 3 of 3) AluSq|SINE|Alu 33133 NR_146714 105374219 Hs.186269 NR_146714 ENSG00000223387 LINC02068 - long intergenic non-protein coding RNA 2068 ncRNA 1.153 1.134 0.842 6.181 0.263 0.084 1.650 0.430 0.781 1.141 0.621 0.761 0.055 0.059 0.126 0.248 6.060 0.573 1.075 0.373 6.794 0.466 0.197 0.394 3.437 2.790 2.067 1.351 0.754 0.447 1.499 7.326 0.317 1.420 0.743 0.029 0.097 0.057 0.351 0.047 0.797 0.342 0.198 1.665 0.386 2.537 1.379 0.578 0.170 3.140 5.581 0.248 0.438 0.177 0.394 1.045 4.409 0.029 0.283 0.076 1.074 0.192 0.148 0.479 0.069 0.076 0.196 0.220 0.646 1.297 0.261 0.488 0.910 0.499 0.264 0.208 0.324 0.696 1.237 1.161 0.625 0.291 0.243 0.468 0.284 0.651 0.429 0.417 0.528 0.534 9478 chr6 19714393 19739073 + 0 NA Intergenic Intergenic 78257 NR_134649 100506885 Hs.346489 NR_134649 ENSG00000228412 LOC100506885 - uncharacterized LOC100506885 ncRNA 1.236 nan 1.312 0.070 0.249 0.151 0.274 0.220 0.494 0.012 0.135 0.103 0.025 0.024 0.570 0.702 0.424 0.156 0.417 0.238 0.090 0.061 0.393 0.209 0.934 0.104 0.038 0.027 0.077 0.055 0.175 0.597 0.233 0.709 0.264 0.103 0.097 2.690 0.147 0.167 0.264 0.249 0.029 0.048 0.260 0.040 0.090 0.126 0.149 0.060 0.045 0.171 0.702 0.218 0.011 0.934 0.060 0.125 0.337 0.050 0.066 0.200 0.121 0.836 0.142 0.005 0.004 0.491 0.530 0.223 0.483 0.536 0.703 1.260 0.345 0.343 0.359 0.860 1.178 0.305 0.270 0.746 0.460 0.483 0.512 0.741 1.293 1.374 3.998 0.738 0.629 8499 chr4 106463395 106492910 + 0 NA intron (NM_017700, intron 1 of 3) intron (NM_017700, intron 1 of 3) 4375 NM_001242729 54848 Hs.585224 NM_017700 ENSG00000236699 ARHGEF38 - Rho guanine nucleotide exchange factor 38 protein-coding 0.714 nan nan 0.632 1.033 0.013 0.183 0.911 1.768 0.032 0.116 0.131 0.034 0.047 0.139 0.394 0.151 0.082 0.313 0.109 0.030 0.014 0.543 0.370 1.451 0.282 0.110 0.012 0.428 0.061 0.302 1.287 1.438 0.550 0.827 0.038 0.250 0.040 0.064 0.120 0.132 0.056 0.022 0.013 0.721 0.204 0.120 0.098 0.165 0.051 1.305 0.985 0.394 0.198 0.047 1.451 0.252 1.466 0.003 0.018 0.085 0.069 0.306 0.131 0.023 0.012 0.014 1.067 1.222 4.007 nan 0.534 0.497 0.230 0.128 1.357 1.363 0.461 nan 0.679 0.790 0.404 0.162 0.539 0.739 1.388 1.515 0.262 nan 0.829 0.570 6501 chr2 177016001 177030191 + 0 NA Intergenic Intergenic -5709 NM_006898 3232 Hs.93574 NM_006898 ENSG00000128652 HOXD3 HOX1D|HOX4|HOX4A|Hox-4.1 homeobox D3 protein-coding 1.192 0.984 0.647 0.067 0.446 1.010 0.205 0.316 0.825 0.027 0.049 0.301 0.052 0.043 0.057 1.193 0.079 0.028 0.262 0.067 0.035 0.059 1.950 1.105 1.851 0.458 0.417 0.197 0.091 0.015 0.073 0.244 0.398 3.690 0.021 0.066 0.262 0.038 0.081 0.025 0.707 0.683 0.085 0.028 0.308 0.054 0.074 0.084 0.180 0.071 0.006 0.047 1.193 0.073 0.013 1.851 0.043 0.064 0.375 0.181 0.529 0.110 1.549 0.070 0.027 0.019 0.022 3.190 3.483 1.223 1.674 2.523 1.940 1.778 0.902 2.891 2.905 2.828 3.532 4.762 7.870 2.892 3.335 2.975 4.085 1.402 1.166 0.257 0.453 1.286 0.769 10037 chr6 156277939 156284858 + 0 NA Intergenic Intergenic 13467 NR_031606 100302259 NR_031606 ENSG00000221456 MIR1202 MIRN1202|hsa-mir-1202 microRNA 1202 ncRNA nan 0.580 1.436 0.126 0.509 2.412 0.093 1.019 1.333 0.013 0.070 0.065 0.030 0.042 0.577 0.424 0.065 0.093 0.076 0.054 0.027 0.040 0.086 0.117 0.659 0.010 0.058 0.034 nan 0.061 0.482 0.042 0.247 0.024 0.071 0.038 0.985 0.121 0.009 0.011 0.032 0.033 0.042 0.102 0.024 0.103 0.034 0.057 0.424 0.061 0.659 0.017 0.073 0.125 0.017 0.472 0.002 0.011 0.018 0.429 0.485 0.169 0.243 0.723 nan 10.563 5.271 0.196 0.261 0.090 0.171 0.421 0.697 0.418 0.272 0.376 0.472 1.189 1.764 0.234 nan 0.855 0.469 7888 chr3 142715134 142724032 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320222) promoter-TSS (NM_001320222) 726 NR_034032 100289361 Hs.599649 NR_034032 ENSG00000268129 LOC100289361 - uncharacterized LOC100289361 ncRNA 4.988 nan nan 6.338 3.187 0.913 3.708 1.498 2.575 0.824 1.439 1.615 0.404 0.497 0.947 2.042 2.126 0.165 2.121 0.555 1.434 0.793 1.948 0.805 1.882 1.616 1.482 1.087 2.646 1.892 2.505 2.967 2.110 2.386 1.229 2.607 0.289 2.046 0.078 0.508 1.840 2.981 3.025 1.228 1.701 1.218 2.185 2.081 1.464 2.740 1.238 2.255 2.042 2.181 3.889 1.882 0.619 0.555 0.634 2.517 1.222 2.557 0.843 1.185 0.907 1.372 0.955 3.002 2.545 3.681 4.823 3.067 2.987 nan 3.709 8.649 9.219 3.261 nan 2.506 nan nan 7.115 1.883 3.602 1.862 2.498 4.562 4.444 2.369 1.534 2395 chr12 605537 620857 + 0 NA intron (NM_173593, intron 1 of 19) AluSx|SINE|Alu 43654 NM_173593 283358 Hs.504416 NM_173593 ENSG00000139044 B4GALNT3 - beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyltransferase 3 protein-coding 1.212 nan nan 1.349 2.634 0.333 2.022 0.257 0.658 0.074 0.076 0.113 0.109 0.604 0.278 0.925 0.177 0.158 0.988 0.446 0.017 0.018 0.377 0.275 0.812 0.962 0.610 0.038 2.435 1.658 2.288 3.944 2.111 1.064 0.600 0.056 0.498 0.120 0.116 0.753 1.757 0.210 0.260 0.137 0.888 1.807 0.466 0.350 0.165 0.144 0.581 0.836 0.925 2.548 0.699 0.812 0.393 0.972 0.121 0.129 0.086 0.298 0.026 0.266 0.188 0.034 0.010 0.285 0.231 0.405 0.717 nan 0.804 5.638 1.323 0.339 0.450 0.365 0.749 1.993 2.451 0.326 0.224 0.062 0.077 2.588 3.717 0.412 nan 3.395 1.778 4129 chr15 90538952 90553789 + 0 NA intron (NM_198526, intron 1 of 4) AluSx3|SINE|Alu 1647 NM_198526 374655 Hs.459311 NM_198526 ENSG00000140548 ZNF710 - zinc finger protein 710 protein-coding nan nan nan 0.681 0.937 0.916 2.149 0.896 1.790 1.772 2.794 0.915 0.096 0.982 1.573 1.225 0.874 0.172 2.255 0.919 0.728 0.917 0.981 0.562 3.438 1.283 1.193 0.957 1.681 1.062 6.321 9.302 2.162 3.553 1.221 0.700 0.204 1.001 0.099 0.333 0.532 1.044 0.809 0.537 2.469 0.968 3.766 2.507 2.621 1.226 0.386 6.690 1.225 2.311 0.748 3.438 3.079 3.767 0.489 1.166 0.814 0.841 0.792 0.300 0.709 0.982 0.709 1.970 2.745 1.720 2.117 2.333 1.840 nan 0.416 8.315 8.574 0.771 1.187 3.481 3.912 nan 1.560 1.514 2.670 0.852 0.627 1.104 nan 0.744 0.481 8514 chr4 116421958 116439239 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -395566 NM_022569 64579 Hs.591700 NM_022569 ENSG00000138653 NDST4 N-HSST|N-HSST 4|NDST-4|NHSST4 N-deacetylase and N-sulfotransferase 4 protein-coding 0.535 5.498 0.496 0.096 0.217 0.013 0.058 0.214 0.469 0.005 0.058 0.090 0.007 0.087 0.270 0.281 0.091 0.074 0.061 0.011 0.036 0.016 0.090 0.075 0.283 0.021 0.055 0.006 0.051 0.045 0.092 0.310 0.043 0.084 0.006 0.044 0.098 0.007 0.098 0.027 0.007 0.014 0.044 0.009 0.061 0.098 0.042 0.030 0.023 0.012 0.281 0.041 0.021 0.283 0.022 0.019 0.020 0.147 0.014 0.023 0.064 0.026 0.007 0.003 0.174 0.124 0.183 0.221 0.245 0.309 0.410 0.169 0.169 0.168 0.293 0.319 0.931 1.588 0.334 0.146 0.088 0.212 0.048 0.097 0.247 0.343 0.525 0.513 10759 chr7 153626687 153642603 + 0 NA intron (NM_001039350, intron 1 of 25) AluSx1|SINE|Alu 50463 NM_001039350 1804 Hs.490684 NM_001936 ENSG00000130226 DPP6 DPL1|DPPX|MRD33|VF2 dipeptidyl peptidase like 6 protein-coding 0.485 0.660 nan 0.041 0.028 0.014 0.053 0.386 0.597 0.006 0.049 0.035 0.004 0.031 0.032 1.836 0.075 0.060 0.027 0.012 0.016 1.130 0.383 0.240 0.009 0.023 0.042 0.086 0.025 0.046 0.089 1.837 0.009 0.075 0.161 0.021 0.137 0.020 0.116 0.004 0.010 0.021 0.067 0.072 0.183 0.031 0.031 0.055 0.028 1.836 0.018 0.017 0.240 0.008 0.047 0.024 0.018 0.032 0.010 0.006 0.046 0.010 0.011 0.013 1.505 1.483 0.154 0.304 2.370 1.759 5.406 1.715 0.058 0.038 0.117 0.226 0.089 0.087 0.422 0.230 0.149 0.163 0.588 0.758 0.140 0.161 0.706 0.676 4937 chr17 65485274 65529207 + 0 NA intron (NM_012417, intron 1 of 8) L1ME4a|LINE|L1 -39539 NR_030385 693131 NR_030385 ENSG00000263690 MIR548D2 MIRN548D2 microRNA 548d-2 ncRNA 1.122 nan 1.088 0.110 0.261 0.525 0.678 0.329 0.681 0.024 0.246 0.451 0.006 1.303 0.496 0.298 0.468 0.198 0.296 0.259 0.287 0.045 0.658 0.404 1.191 0.322 0.141 0.166 0.240 0.117 1.585 5.473 0.370 0.391 0.233 1.042 0.047 0.089 0.126 0.237 0.071 0.191 0.056 0.048 0.216 0.119 0.168 0.297 0.213 0.843 0.066 0.556 0.298 0.336 0.668 1.191 0.175 0.129 0.104 0.154 1.319 0.300 1.201 0.143 0.062 0.118 0.062 0.746 0.993 0.479 0.517 0.477 0.488 1.670 0.527 0.305 0.306 1.011 nan 0.913 0.987 0.648 0.341 0.679 1.312 0.348 0.432 0.294 0.657 1.083 0.722 1989 chr11 63604569 63617438 + 0 NA intron (NM_001039469, intron 1 of 18) intron (NM_001039469, intron 1 of 18) 4603 NM_001039469 2011 Hs.567261 NM_004954 ENSG00000072518 MARK2 EMK-1|EMK1|PAR-1|Par-1b|Par1b microtubule affinity regulating kinase 2 protein-coding nan 2.022 1.642 1.431 1.302 1.280 2.157 0.587 1.027 0.997 1.425 0.585 1.203 0.848 1.058 1.282 0.688 0.199 2.020 0.753 0.978 0.375 0.693 0.298 1.447 1.178 0.959 1.088 1.073 0.953 3.671 8.931 3.272 4.881 0.745 1.054 0.184 0.910 0.127 0.455 0.513 1.567 1.111 0.492 1.100 1.191 2.618 0.763 2.167 1.313 0.547 2.449 1.282 2.140 0.917 1.447 0.427 2.134 0.311 1.256 0.680 0.621 0.616 0.335 0.647 0.224 0.155 2.653 3.417 2.324 3.558 3.228 3.355 2.245 1.143 3.484 3.536 1.495 2.269 3.003 4.141 1.278 1.490 1.438 2.869 0.954 1.090 1.254 1.421 1.173 0.756 8905 chr5 51783884 51809554 + 0 NA Intergenic Intergenic -287055 NM_015946 53918 Hs.644352 NM_015946 ENSG00000152684 PELO CGI-17|PRO1770 pelota mRNA surveillance and ribosome rescue factor protein-coding nan nan 0.870 0.053 0.096 6.954 0.117 1.456 2.951 0.007 0.041 0.046 0.031 0.315 3.230 1.675 0.059 0.113 0.139 0.059 0.015 0.011 0.297 0.346 0.380 0.108 0.079 0.012 0.121 0.075 0.459 1.656 0.935 0.625 0.114 0.042 0.559 0.034 0.139 0.023 0.077 0.036 0.012 0.012 0.123 0.066 0.068 0.078 0.029 0.019 0.025 0.069 1.675 0.059 0.043 0.380 0.038 0.039 0.030 0.009 0.035 0.022 0.011 0.801 0.015 0.036 0.018 0.128 0.071 0.441 0.247 2.622 3.516 nan 0.381 0.091 0.058 0.425 0.568 0.248 0.319 nan 0.402 0.074 0.078 1.998 1.757 0.907 2.758 0.409 0.297 5797 chr19 51305428 51309045 + 0 NA intron (NM_001290149, intron 1 of 5) intron (NM_001290149, intron 1 of 5) 575 NM_032712 84798 Hs.256301 NM_032712 ENSG00000167747 C19orf48 - chromosome 19 open reading frame 48 protein-coding 5.755 3.910 7.480 7.268 6.435 2.246 3.144 6.458 10.426 2.613 5.052 4.303 1.782 2.335 6.013 4.989 2.823 0.423 3.435 1.304 3.589 2.638 3.801 1.598 6.316 2.028 2.205 1.145 4.134 1.377 4.381 8.727 5.267 9.328 2.480 4.722 1.968 6.019 0.201 2.681 2.211 7.127 4.469 1.856 2.598 1.844 5.984 3.309 6.252 3.229 4.966 2.475 4.989 4.545 2.100 6.316 4.027 4.049 1.719 5.229 2.677 3.186 4.500 3.044 2.529 3.343 2.202 9.186 7.685 7.556 9.799 10.661 12.407 11.791 8.925 18.588 19.849 5.735 7.571 10.312 14.438 14.864 14.661 12.245 18.199 8.987 11.012 9.690 8.637 5.585 3.090 4035 chr15 69425509 69461131 + 0 NA intron (NR_031680, intron 3 of 4) intron (NR_031680, intron 3 of 4) -9616 NM_015554 26035 Hs.183006 NM_015554 ENSG00000138604 GLCE HSEPI glucuronic acid epimerase protein-coding 1.618 1.217 nan 0.314 0.298 0.189 0.260 0.307 0.744 0.064 0.254 0.218 0.059 0.129 0.470 0.564 0.088 0.099 0.377 0.245 0.083 0.097 0.207 0.160 0.518 0.260 0.114 0.121 0.229 0.187 0.417 1.040 0.290 1.276 0.148 0.871 0.465 0.168 0.075 0.086 0.438 0.184 0.143 0.120 0.350 0.077 0.251 0.208 0.528 0.308 1.366 0.696 0.564 0.292 0.120 0.518 0.298 0.157 0.844 0.247 0.304 0.248 0.279 1.391 0.085 0.057 0.016 1.025 1.207 0.918 1.110 1.104 1.014 nan 0.493 0.592 0.567 2.300 2.890 0.780 1.213 3.107 3.229 0.793 1.201 1.329 1.802 1.552 4.359 0.563 0.478 10592 chr7 107875431 107907414 + 0 NA intron (NM_001193584, intron 3 of 28) intron (NM_001193584, intron 3 of 28) -10808 NM_001037132 4897 Hs.21422 NM_005010 ENSG00000091129 NRCAM - neuronal cell adhesion molecule protein-coding nan 1.516 1.120 0.197 0.563 2.959 0.668 0.598 1.166 0.003 0.727 1.868 0.021 0.145 1.992 0.817 0.199 0.110 0.221 0.220 0.077 0.039 0.441 0.346 1.324 0.233 0.093 0.067 0.180 0.131 0.103 0.366 0.267 1.356 0.133 2.280 0.305 0.061 0.149 0.130 0.209 0.165 0.053 0.034 0.197 0.187 0.417 0.394 1.460 0.093 0.406 0.327 0.817 0.459 0.228 1.324 0.381 0.093 0.228 0.071 0.201 0.338 0.588 0.240 0.101 0.151 0.178 0.425 0.421 0.310 0.436 1.637 1.822 3.154 0.528 0.251 0.270 0.492 0.709 1.526 1.418 0.619 0.437 0.548 0.733 1.253 2.347 0.600 nan 2.294 1.304 4120 chr15 87187840 87222068 + 0 NA intron (NM_152336, intron 22 of 24) intron (NM_152336, intron 22 of 24) -271157 NR_135682 105370954 Hs.668501 NR_135682 ENSG00000259636 LOC105370954 - uncharacterized LOC105370954 ncRNA 0.587 nan 0.691 0.048 0.242 0.021 0.039 0.094 0.235 0.061 0.065 0.011 0.030 0.052 0.456 0.077 0.051 0.037 0.006 0.019 0.016 0.060 0.082 0.126 0.004 0.002 0.002 0.065 0.006 0.087 0.148 0.056 0.435 0.008 0.084 0.005 0.025 0.071 0.014 0.051 0.077 0.011 0.011 0.019 0.016 0.081 0.091 0.069 0.017 0.016 0.049 0.456 0.038 0.024 0.126 0.067 0.019 0.043 0.015 0.061 0.023 0.037 0.061 0.029 0.012 0.006 0.301 0.177 0.162 0.234 0.254 0.338 3.971 1.827 0.084 0.067 0.168 0.267 0.309 0.312 0.459 0.244 0.141 0.203 0.061 0.052 0.241 0.384 0.089 0.190 5955 chr2 23745634 23790390 + 0 NA intron (NM_052920, intron 2 of 13) intron (NM_052920, intron 2 of 13) 159714 NM_052920 114818 Hs.130593 NM_025067 ENSG00000119771 KLHL29 KBTBD9 kelch like family member 29 protein-coding 2.256 1.590 1.194 0.085 1.298 0.474 0.251 0.387 0.804 0.032 0.124 0.304 0.021 0.136 0.283 0.754 0.205 0.104 0.118 0.038 0.041 0.028 1.957 1.024 1.316 0.064 0.028 0.068 0.177 0.010 0.124 0.193 0.093 14.067 0.030 0.092 0.318 0.076 0.099 0.053 0.460 0.373 0.087 0.076 0.029 0.076 0.091 0.207 0.124 0.112 0.022 0.089 0.754 0.111 0.056 1.316 0.055 0.143 1.595 0.117 1.163 0.127 0.239 0.671 0.056 0.039 0.030 0.480 1.069 0.661 1.230 0.860 1.034 2.181 0.727 0.817 0.945 1.768 2.639 1.616 nan 1.737 1.498 0.556 0.663 1.182 0.971 0.926 2.187 3.142 1.628 6119 chr2 53760566 53780565 + 0 NA Intergenic MER44B|DNA|TcMar-Tigger -224355 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 6.995 nan 6.846 0.061 0.194 0.190 0.091 0.152 0.214 0.005 0.082 0.009 0.016 0.090 0.071 0.159 0.131 0.024 0.169 0.019 0.034 0.007 0.165 0.153 0.138 0.062 0.011 0.011 0.072 0.011 0.089 0.173 0.092 0.729 0.044 0.049 2.372 0.032 0.152 0.012 0.155 0.083 0.034 0.019 0.027 0.027 0.170 0.145 0.061 0.024 0.020 0.083 0.159 0.059 0.047 0.138 0.024 0.073 0.039 0.034 0.250 0.055 0.044 0.223 0.019 0.035 0.020 0.353 0.257 0.166 0.198 0.438 0.474 0.334 0.138 0.341 0.321 1.324 1.857 0.395 0.345 0.488 0.208 0.147 0.262 14.077 9.710 0.420 0.909 0.817 0.422 2160 chr11 86634404 86652094 + 0 NA intron (NR_120592, intron 2 of 2) intron (NR_120592, intron 2 of 2) 23191 NM_012193 8322 Hs.591968 NM_012193 ENSG00000174804 FZD4 CD344|EVR1|FEVR|FZD4S|Fz-4|Fz4|FzE4|GPCR|hFz4 frizzled class receptor 4 protein-coding 0.693 0.946 0.516 0.093 0.326 0.031 0.704 0.199 0.295 0.070 0.135 1.095 0.227 0.055 0.294 0.645 0.685 0.132 0.160 0.064 0.052 0.031 0.114 0.188 0.149 0.183 0.078 0.050 0.284 0.132 0.064 0.362 0.448 0.816 0.404 0.104 0.183 0.086 0.116 0.247 0.080 0.489 0.092 0.075 0.111 0.322 0.322 0.769 0.138 0.127 1.574 0.904 0.645 0.181 0.206 0.149 0.034 0.186 0.053 0.151 1.299 0.061 0.062 0.660 0.026 0.017 0.573 0.413 0.396 1.397 0.606 0.646 0.138 0.055 0.488 0.523 0.352 0.648 0.979 1.088 0.393 0.205 0.292 0.342 0.925 1.227 0.204 0.494 1.524 0.961 3785 chr14 95998390 96004405 + 0 NA promoter-TSS (NR_001459) promoter-TSS (NR_001459) 74 NM_016417 51218 Hs.744943 NM_016417 ENSG00000182512 GLRX5 C14orf87|FLB4739|GRX5|PR01238|PRO1238|PRSA|SIDBA3|SPAHGC glutaredoxin 5 protein-coding 7.200 2.233 nan 4.565 6.324 3.419 1.566 2.240 4.225 1.368 1.995 2.050 0.648 0.910 3.699 4.594 2.593 0.294 1.350 0.189 2.855 0.578 2.091 1.314 5.459 2.849 2.561 0.916 2.429 0.916 3.015 4.353 3.241 7.647 1.190 2.311 0.984 2.538 0.224 1.082 3.432 2.696 2.984 1.424 1.416 1.467 2.128 2.810 2.490 4.816 1.548 2.524 4.594 1.460 3.170 5.459 1.552 1.596 1.257 2.738 1.761 2.470 2.770 1.127 3.094 1.652 1.226 4.043 4.373 3.254 4.767 8.590 7.772 5.905 1.682 10.528 11.301 5.253 6.755 4.761 7.672 10.302 13.143 3.925 6.571 5.750 5.216 4.121 4.846 nan 1.871 5228 chr18 28818741 28826436 + 0 NA Intergenic Intergenic -75464 NM_001942 1828 Hs.2633 NM_001942 ENSG00000134760 DSG1 CDHF4|DG1|DSG|EPKHE|EPKHIA|PPKS1|SPPK1 desmoglein 1 protein-coding 0.582 1.657 0.810 3.811 0.136 1.202 0.062 0.172 0.753 0.113 0.288 0.965 0.065 0.290 0.166 0.068 0.021 0.511 0.723 0.529 0.144 0.061 0.097 0.031 0.018 0.028 0.038 0.718 1.163 0.785 2.111 0.009 2.362 1.055 2.060 0.013 0.098 0.080 0.153 0.031 0.203 0.039 0.020 0.822 0.716 0.668 0.183 1.110 0.065 0.449 2.490 0.166 0.595 0.051 0.031 1.385 0.334 0.025 0.189 0.119 0.144 0.397 0.192 0.176 0.165 0.196 0.578 0.475 6.560 11.934 0.421 0.565 0.164 0.108 0.111 0.224 0.139 0.193 0.752 0.809 0.316 0.150 0.414 0.610 0.082 0.150 0.175 0.232 0.830 0.860 8089 chr3 182149748 182159610 + 0 NA Intergenic Intergenic 49471 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.032 1.752 0.864 0.153 4.295 0.062 0.079 0.405 0.637 0.019 0.080 0.038 0.057 0.120 0.376 0.297 0.159 0.176 0.130 0.076 0.020 0.014 0.599 0.294 0.535 0.014 0.029 0.110 0.022 0.634 2.590 0.157 0.919 0.147 0.071 0.204 0.067 0.108 6.341 0.047 0.012 0.039 0.033 0.015 0.149 0.031 0.008 0.031 0.104 0.370 0.297 0.081 0.066 0.535 0.075 0.174 0.069 0.381 0.049 0.131 0.075 0.016 0.029 0.005 0.325 0.286 0.173 0.220 0.406 0.637 5.286 2.094 0.169 0.194 0.533 0.686 1.376 2.346 0.652 0.250 0.098 0.225 1.466 1.119 0.163 0.288 0.990 0.546 10967 chr8 56850039 56859004 + 0 NA exon (NM_002350, exon 2 of 13) exon (NM_002350, exon 2 of 13) -39107 NR_145767 109617001 NR_145767 ENSG00000199405 SNORA1B - small nucleolar RNA, H/ACA box 1B snoRNA 1.236 nan 0.758 0.339 0.138 0.037 2.244 0.179 0.318 0.382 0.184 0.217 0.034 0.011 0.069 0.086 0.067 0.195 2.902 1.223 0.053 0.077 0.142 0.156 0.080 3.715 3.612 0.057 2.453 0.589 0.364 1.103 2.431 0.581 0.438 0.078 0.021 0.086 0.160 0.500 0.098 0.142 0.142 0.138 2.642 0.925 0.602 0.184 0.236 0.206 0.195 0.541 0.086 2.472 2.474 0.080 0.678 0.074 0.072 0.057 1.527 0.011 0.166 0.118 0.084 0.040 0.357 0.325 0.757 1.100 0.378 0.389 0.771 0.286 0.168 0.199 0.419 nan 0.243 0.264 0.845 0.592 0.191 0.267 0.109 0.118 0.306 0.853 0.690 0.564 2450 chr12 7008314 7025048 + 0 NA intron (NM_001135217, intron 5 of 7) MIRc|SINE|MIR 2784 NM_201650 10233 Hs.155586 NM_006992 ENSG00000010626 LRRC23 LRPB7 leucine rich repeat containing 23 protein-coding 2.075 nan nan 0.546 1.850 1.298 0.322 1.112 2.043 0.178 0.738 0.502 0.077 0.340 1.437 2.150 0.192 0.067 1.024 0.489 0.140 0.174 0.732 0.515 2.053 0.539 0.416 0.304 0.691 0.334 0.487 1.752 0.519 3.901 0.497 0.302 0.346 0.748 0.171 0.268 1.544 0.363 0.213 0.230 0.385 0.147 0.442 1.051 1.234 1.316 0.288 0.438 2.150 1.293 0.686 2.053 0.095 0.308 3.166 1.466 0.643 0.699 0.566 1.136 0.369 0.198 0.066 0.800 1.308 1.945 2.843 nan 4.219 5.023 2.815 1.774 1.828 1.694 2.377 1.384 2.695 0.967 0.846 0.957 1.740 1.999 1.707 1.906 nan 1.313 0.755 1398 chr10 26222314 26233666 + 0 NA intron (NM_017433, intron 2 of 34) intron (NM_017433, intron 2 of 34) 4988 NM_017433 53904 Hs.662630 NM_017433 ENSG00000095777 MYO3A DFNB30 myosin IIIA protein-coding 0.644 1.783 2.380 0.065 1.187 1.413 0.019 3.107 6.264 0.009 0.068 0.024 0.241 0.187 0.079 0.166 0.109 0.492 0.183 0.044 0.012 2.042 1.176 0.072 0.019 0.013 0.087 0.019 0.162 0.574 0.050 0.154 0.028 1.971 0.038 0.065 0.073 0.175 0.362 0.011 0.013 0.008 0.062 0.093 0.006 0.030 0.041 0.079 0.460 0.089 0.072 0.064 0.058 0.035 0.041 0.009 0.014 0.079 0.066 0.006 0.015 0.009 0.583 0.714 0.160 0.283 1.195 1.227 4.848 2.631 0.938 0.884 2.465 2.737 0.136 0.149 0.681 0.522 0.469 0.551 6.741 8.003 0.208 0.373 2.600 1.223 6639 chr2 216863553 216871318 + 0 NA intron (NM_018000, intron 1 of 4) intron (NM_018000, intron 1 of 4) 10911 NM_018000 55686 Hs.620391 NM_018000 ENSG00000118242 MREG DSU|WDT2 melanoregulin protein-coding nan 0.670 nan 0.332 0.126 0.055 1.124 0.255 0.319 0.243 0.082 0.182 0.024 0.039 0.114 0.399 0.117 0.146 1.091 0.416 1.485 0.018 0.122 0.116 0.292 0.482 0.251 0.047 0.308 0.204 0.123 0.785 0.278 0.304 0.257 0.083 0.012 0.054 0.127 0.261 4.973 0.858 0.359 0.227 0.482 0.243 1.432 0.129 0.221 0.422 0.412 0.563 0.399 0.319 1.203 0.292 0.165 0.655 0.037 1.380 0.079 0.433 0.063 0.229 0.192 0.022 0.002 0.530 0.738 0.434 0.576 0.394 0.391 0.359 0.136 0.387 0.398 0.431 0.730 0.636 nan 1.057 1.021 0.263 0.320 0.318 0.059 0.673 1.963 0.557 0.481 3986 chr15 60363245 60386567 + 0 NA Intergenic Intergenic 78485 NM_012182 27023 Hs.734475 NM_012182 ENSG00000171956 FOXB1 FKH5|HFKH-5 forkhead box B1 protein-coding 0.686 0.769 nan 0.182 0.264 0.036 0.322 0.145 0.292 0.517 0.106 0.074 0.032 0.025 0.057 0.203 0.110 0.055 0.289 0.144 0.390 0.006 0.081 0.121 0.067 0.134 0.068 0.032 0.201 0.408 0.549 2.095 2.680 0.728 0.012 0.144 0.131 0.047 0.074 0.114 0.047 0.641 0.240 0.148 0.439 0.178 1.034 0.354 0.109 0.028 0.434 0.550 0.203 0.229 0.205 0.067 0.918 0.258 0.142 0.035 0.834 0.047 0.085 0.160 0.467 0.578 0.235 0.138 0.188 0.235 0.244 0.323 nan 0.601 0.058 0.057 0.198 0.364 0.560 0.725 0.461 0.192 0.190 0.231 0.670 0.775 0.215 0.306 0.349 0.331 5677 chr19 41100196 41122771 + 0 NA exon (NM_001042545, exon 3 of 31) exon (NM_001042545, exon 3 of 31) 4206 NM_001042545 8425 Hs.466766 NM_003573 ENSG00000090006 LTBP4 ARCL1C|LTBP-4|LTBP4L|LTBP4S latent transforming growth factor beta binding protein 4 protein-coding 1.279 0.946 0.969 1.067 0.569 0.578 1.166 0.729 1.362 0.423 3.444 2.076 0.324 0.992 1.227 1.074 0.479 0.135 2.566 1.232 1.289 0.449 0.352 0.208 0.466 1.334 1.198 1.805 1.067 0.546 2.106 nan 1.085 7.904 0.946 1.081 0.025 1.870 0.100 0.800 0.239 2.332 0.459 0.332 1.021 0.429 0.792 0.980 3.419 4.834 1.146 0.823 1.074 3.971 0.529 0.466 0.909 0.726 0.837 3.733 1.410 0.349 0.356 0.520 1.023 0.296 0.140 0.238 0.323 0.638 0.926 0.924 0.853 0.949 0.240 0.543 0.530 1.005 1.455 2.196 2.994 1.452 1.166 0.556 0.642 0.245 0.264 1.016 2.071 1.207 0.703 8122 chr3 186499541 186505160 + 0 NA promoter-TSS (NR_002587) promoter-TSS (NR_002587) -235 NR_002587 619567 NR_002587 ENSG00000238942 SNORD2 R39B|SNR39B small nucleolar RNA, C/D box 2 snoRNA 6.616 4.828 3.496 8.442 6.767 4.057 5.134 6.019 10.892 2.002 3.018 2.774 1.558 1.868 4.489 3.721 3.236 0.382 3.680 1.587 3.403 2.290 4.450 2.043 5.908 5.961 7.046 2.136 5.990 2.730 5.263 5.422 3.308 16.029 2.814 4.736 1.120 3.888 0.121 2.169 3.189 8.206 7.593 3.140 4.546 3.189 8.256 3.949 3.064 4.669 2.835 4.274 3.721 3.086 5.678 5.908 2.677 3.210 1.364 2.049 2.169 4.605 2.632 3.466 2.202 2.724 2.159 7.168 7.421 7.851 10.548 11.774 11.400 13.563 9.370 13.614 15.174 5.352 6.701 10.297 13.560 15.896 15.378 7.173 11.843 5.733 5.859 12.530 8.436 4.746 2.781 11158 chr8 101902530 101930064 + 0 NA Intergenic Intergenic 46502 NM_001135702 7534 Hs.492407 NM_003406 ENSG00000164924 YWHAZ 14-3-3-zeta|HEL-S-3|HEL-S-93|HEL4|KCIP-1|YWHAD tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta protein-coding 1.573 nan nan 0.227 1.208 1.019 1.581 0.418 0.664 0.286 0.726 0.808 0.045 0.845 1.482 0.554 1.053 0.189 0.672 0.627 0.155 0.066 0.340 0.169 0.864 1.378 1.004 0.145 0.759 0.764 0.478 1.453 0.218 5.580 0.818 0.844 0.097 0.185 0.087 0.478 0.259 0.652 0.723 0.439 1.126 0.228 0.432 0.778 0.964 1.336 0.417 0.529 0.554 1.965 1.269 0.864 0.329 0.598 0.244 0.358 0.895 0.471 0.088 0.340 0.313 0.065 0.055 0.382 0.380 0.598 1.446 2.227 1.695 nan 0.605 0.943 0.977 0.629 nan 5.367 nan nan 0.680 0.285 0.520 0.634 0.758 0.608 nan 1.270 0.827 527 chr1 94484589 94492608 + 0 NA intron (NM_000350, intron 32 of 49) intron (NM_000350, intron 32 of 49) 98107 NM_000350 24 Hs.416707 NM_000350 ENSG00000198691 ABCA4 ABC10|ABCR|ARMD2|CORD3|FFM|RMP|RP19|STGD|STGD1 ATP binding cassette subfamily A member 4 protein-coding nan nan 1.103 0.135 0.108 0.059 1.592 0.278 0.249 0.322 0.226 1.305 1.668 0.466 0.189 0.171 0.224 0.020 0.882 0.402 0.205 0.039 0.093 0.090 4.046 3.991 0.082 0.901 0.897 1.845 4.570 4.295 0.751 0.583 0.584 0.074 0.084 1.061 0.039 0.143 0.190 0.078 1.033 0.123 5.690 0.199 0.609 0.062 0.029 1.329 0.171 1.790 10.418 0.090 0.167 0.085 0.024 0.211 0.153 0.152 0.049 0.187 0.375 0.050 0.019 0.250 0.251 0.436 0.753 0.771 nan 0.271 0.119 0.335 0.323 0.383 nan 1.222 1.136 nan 0.251 0.317 0.434 0.074 0.092 0.524 0.809 0.806 0.662 1870 chr11 31461886 31472442 + 0 NA intron (NM_144981, intron 5 of 6) intron (NM_144981, intron 5 of 6) 64011 NM_144981 196294 Hs.502223 NM_144981 ENSG00000148950 IMMP1L IMMP1|IMP1|IMP1-LIKE inner mitochondrial membrane peptidase subunit 1 protein-coding 0.923 1.152 nan 0.035 2.819 0.043 0.090 0.364 1.069 0.026 0.097 0.087 0.030 0.571 0.666 0.890 0.156 0.045 0.071 0.055 0.036 0.029 2.683 1.608 0.333 0.019 0.008 0.014 0.064 0.011 0.288 0.574 0.517 0.500 0.041 0.054 0.501 0.031 0.173 0.120 0.070 0.011 0.031 0.029 0.158 0.132 0.023 0.054 0.023 0.032 0.890 0.061 0.026 0.333 0.008 0.083 0.011 0.077 0.053 0.028 0.152 0.043 0.027 0.020 0.597 0.375 0.996 0.978 0.732 0.941 5.129 1.782 0.468 0.637 0.986 1.285 1.251 1.465 0.414 0.288 0.301 0.354 1.703 2.629 0.253 nan 2.270 0.994 10777 chr7 158023353 158036582 + 0 NA intron (NM_001308267, intron 2 of 21) LTR5_Hs|LTR|ERVK 295538 NR_030325 693180 NR_030325 ENSG00000207637 MIR595 MIRN595|hsa-mir-595 microRNA 595 ncRNA 0.683 1.101 nan 0.092 0.404 6.370 0.107 0.498 1.353 0.064 0.021 0.093 0.090 0.857 0.618 0.063 0.085 0.128 0.028 0.019 0.249 0.207 1.248 0.078 0.157 0.017 0.124 0.064 0.401 1.424 0.178 3.276 0.022 0.093 0.044 0.065 0.159 0.055 0.084 0.027 0.024 0.025 0.438 0.105 0.136 0.142 0.054 0.054 0.040 0.618 0.242 0.014 1.248 0.009 0.150 0.066 0.119 0.185 0.191 0.035 0.139 0.023 0.009 0.004 0.357 0.215 0.133 0.173 0.727 0.586 0.472 0.165 0.070 0.062 0.095 0.215 1.322 3.208 0.441 0.321 0.183 0.278 0.304 0.652 0.346 0.478 0.825 0.669 10089 chr6 169685150 169696870 + 0 NA Intergenic Intergenic -36801 NM_003247 7058 Hs.371147 NM_003247 ENSG00000186340 THBS2 TSP2 thrombospondin 2 protein-coding 0.510 nan 0.558 0.345 0.270 0.005 0.018 0.136 0.272 0.008 0.326 0.086 0.042 0.114 0.648 0.058 0.096 0.072 0.429 0.160 0.049 0.211 0.469 0.267 0.076 0.009 0.461 0.508 0.102 0.421 0.062 1.239 0.008 0.019 0.127 0.182 0.054 0.322 0.057 0.100 0.019 0.040 0.065 0.826 1.311 0.050 0.235 0.154 0.648 0.048 0.031 0.211 0.049 0.041 0.040 0.043 0.365 0.025 0.032 0.706 12.653 12.934 0.418 0.270 0.185 0.342 0.421 0.443 1.378 0.504 0.180 0.210 0.110 0.135 0.531 0.397 nan 0.092 0.287 0.332 0.086 0.076 0.079 0.175 0.386 0.338 5214 chr18 24557535 24563753 + 0 NA intron (NM_031422, intron 4 of 5) intron (NM_031422, intron 4 of 5) -114877 NM_001317387 361 Hs.315369 NM_001650 ENSG00000171885 AQP4 MIWC|WCH4 aquaporin 4 protein-coding 0.712 1.203 0.909 0.047 0.056 0.036 0.023 0.140 0.120 0.015 0.025 0.118 0.039 0.066 0.028 0.442 0.085 0.029 0.010 0.049 0.090 0.077 0.012 0.044 0.025 0.095 0.046 0.401 0.023 0.106 0.428 0.017 0.114 0.257 0.179 0.029 0.013 0.061 0.046 0.127 0.039 0.013 0.021 0.442 0.011 0.077 0.040 0.014 0.048 0.009 0.016 0.026 0.048 0.024 0.015 0.017 0.598 0.328 8.375 9.889 0.280 0.452 3.332 1.308 0.193 0.174 0.089 0.165 0.321 0.270 0.348 0.142 0.205 0.329 1.142 3.101 0.247 0.365 1.323 1.304 11325 chr8 136002887 136023812 + 0 NA Intergenic Intergenic 151171 NR_125427 101927845 Hs.559609 NR_125427 ENSG00000251218 LOC101927845 - uncharacterized LOC101927845 ncRNA nan 0.680 2.606 0.103 0.088 0.035 0.065 0.142 0.355 0.023 0.104 0.040 0.015 0.034 0.102 0.282 0.067 0.046 0.086 0.018 0.021 0.019 0.083 0.037 0.269 0.013 0.014 0.018 0.072 0.015 0.054 0.127 0.095 0.502 0.028 0.044 0.023 0.047 0.070 0.006 0.388 0.088 0.036 0.011 0.027 0.114 0.101 0.152 0.070 0.081 0.340 0.048 0.282 0.058 0.017 0.269 0.018 0.072 0.093 0.047 0.088 0.034 0.845 0.088 0.014 0.014 0.012 0.228 0.118 0.169 0.204 0.425 0.596 5.458 2.082 nan 0.533 0.107 0.193 0.798 0.733 0.360 0.171 0.341 0.999 0.102 0.133 0.295 0.724 0.651 0.529 833 chr1 162890003 162902497 + 0 NA Intergenic MER45A|DNA|hAT-Tip100 -57645 NM_178550 339512 Hs.407631 NM_178550 ENSG00000185860 CCDC190 C1orf110 coiled-coil domain containing 190 protein-coding 1.523 nan 1.382 0.075 0.773 0.149 0.122 2.470 4.511 0.092 1.022 0.005 2.168 0.271 0.309 0.242 0.052 0.171 0.028 0.681 0.516 0.373 0.044 0.029 0.012 0.071 0.017 0.063 0.113 0.198 0.309 0.105 0.074 0.434 0.052 0.121 0.243 0.094 0.044 0.005 0.006 0.090 0.012 0.094 0.159 0.033 0.057 0.058 0.026 0.309 0.085 0.096 0.373 0.098 0.040 0.047 0.018 0.137 0.216 0.039 0.815 0.079 0.014 0.024 0.392 0.352 0.351 0.403 3.120 nan 6.273 2.369 0.123 0.146 0.602 1.056 0.327 nan 0.387 0.380 0.332 0.529 2.160 3.018 0.812 1.974 2.517 1.291 5112 chr18 2569732 2575030 + 0 NA promoter-TSS (NM_001308401) promoter-TSS (NM_001308401) 871 NM_006101 10403 Hs.414407 NM_006101 ENSG00000080986 NDC80 HEC|HEC1|HsHec1|KNTC2|TID3|hsNDC80 NDC80, kinetochore complex component protein-coding 4.232 3.662 3.070 3.843 6.170 6.224 2.109 2.996 5.413 1.805 3.283 2.439 1.125 2.631 2.989 1.257 3.100 0.247 3.910 1.554 2.555 1.601 2.550 1.230 8.727 1.635 1.728 1.509 3.023 1.214 2.522 6.095 2.882 nan 2.071 2.624 1.865 4.285 0.283 1.393 3.047 5.208 4.003 1.974 1.944 1.405 3.935 4.346 1.690 4.118 2.266 3.082 1.257 3.998 3.242 8.727 0.842 2.049 1.024 3.978 1.580 2.236 1.246 1.972 2.370 1.598 1.191 6.686 6.725 6.119 8.614 13.128 13.117 10.106 6.044 14.986 16.474 4.115 nan 7.426 9.544 nan 7.082 3.059 4.335 7.912 10.805 4.655 nan 5.007 2.807 11288 chr8 129160602 129219838 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 27858 NR_031613 100302281 NR_031613 ENSG00000221261 MIR1208 MIRN1208|hsa-mir-1208 microRNA 1208 ncRNA nan nan nan 1.847 0.373 0.316 5.089 0.285 0.612 0.822 1.792 59.619 0.219 0.177 0.092 0.086 0.652 0.098 4.655 3.199 1.503 0.056 0.103 0.088 0.055 3.536 2.638 0.193 2.174 2.713 2.005 4.417 1.604 nan 2.245 3.799 0.029 0.167 0.083 2.808 0.135 5.472 2.563 1.269 9.034 1.851 1.441 2.505 1.527 1.058 0.905 1.251 0.086 5.305 8.616 0.055 0.340 0.378 0.051 1.871 0.820 17.072 0.077 0.092 0.819 1.618 1.693 3.013 2.648 0.774 3.290 0.507 0.559 1.726 0.438 nan nan 0.412 0.634 2.485 1.844 0.437 0.259 0.420 0.453 0.158 0.278 0.181 0.244 0.406 0.420 4513 chr16 88867782 88880431 + 0 NA intron (NM_030928, intron 9 of 9) intron (NM_030928, intron 9 of 9) 3920 NM_030928 81620 Hs.122908 NM_030928 ENSG00000167513 CDT1 DUP|RIS2 chromatin licensing and DNA replication factor 1 protein-coding nan 1.899 3.465 2.413 3.689 1.559 1.983 2.140 4.074 1.024 4.618 2.330 0.373 1.794 2.007 4.145 0.757 0.268 3.942 1.175 5.925 1.656 0.944 0.548 3.841 2.193 2.781 2.252 3.684 0.635 1.478 3.213 1.866 4.814 1.318 2.764 0.541 2.904 0.115 1.093 1.104 4.507 4.964 2.535 1.351 1.247 2.786 1.588 2.817 5.699 2.189 2.347 4.145 4.323 3.670 3.841 0.928 1.335 0.740 5.597 2.495 2.367 0.977 1.034 1.401 1.603 0.813 2.519 2.783 2.019 3.012 2.677 2.394 3.143 1.335 4.512 4.156 1.260 1.750 3.053 4.541 3.468 4.206 1.415 2.373 2.047 1.915 2.564 3.049 2.083 1.087 2743 chr12 64328267 64337350 + 0 NA intron (NM_001346201, intron 1 of 21) AluJo|SINE|Alu 94275 NM_020762 57522 Hs.210751 NM_020762 ENSG00000196935 SRGAP1 ARHGAP13|NMTC2 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1 protein-coding 0.956 0.773 0.899 0.199 0.322 0.085 0.157 0.567 1.040 0.074 0.215 0.437 0.062 0.034 0.224 0.421 0.247 0.054 0.175 0.021 0.264 0.030 0.964 0.676 0.369 0.198 0.079 0.105 0.037 0.058 0.142 0.157 0.077 1.025 0.037 0.159 0.518 0.284 0.095 0.013 3.712 0.141 0.049 0.042 0.108 0.067 0.421 0.155 0.252 0.134 0.078 0.323 0.421 0.048 0.233 0.369 0.095 0.226 0.235 0.096 0.552 0.236 0.489 0.432 0.059 0.025 0.017 4.334 3.250 1.816 3.052 0.420 nan 2.216 0.611 0.621 0.714 4.151 4.399 0.846 0.699 6.275 6.260 0.683 0.945 2.522 3.057 0.378 0.769 2.203 1.390 4588 chr17 8802253 8814801 + 0 NA intron (NM_001251853, intron 4 of 17) MARNA|DNA|TcMar-Mariner 7307 NM_014308 23533 Hs.278901 NM_014308 ENSG00000141506 PIK3R5 F730038I15Rik|FOAP-2|P101-PI3K|p101 phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 5 protein-coding 0.555 0.435 0.508 0.075 0.042 0.005 0.034 0.115 0.186 0.022 0.012 0.044 0.008 0.043 0.123 0.048 0.064 0.085 0.015 0.055 0.011 0.025 0.032 0.019 0.039 0.006 0.017 0.053 0.060 0.144 0.056 0.227 0.099 0.122 0.178 0.019 0.117 0.029 0.013 0.026 0.080 0.054 0.125 0.073 0.063 0.012 0.054 0.123 0.046 0.022 0.019 0.046 0.008 0.083 0.033 0.042 0.242 0.010 0.024 0.046 0.016 1.708 2.307 9.756 2.377 0.179 0.265 0.287 0.138 0.915 1.074 0.099 0.185 0.174 0.214 0.232 0.086 0.463 0.850 0.107 0.060 0.183 0.240 0.179 0.174 3276 chr13 98888661 98895727 + 0 NA intron (NM_005766, intron 2 of 26) intron (NM_005766, intron 2 of 26) 31416 NR_036129 100422881 NR_036129 ENSG00000263399 MIR3170 mir-3170 microRNA 3170 ncRNA 1.434 1.153 0.850 0.027 1.106 7.662 0.090 0.635 1.191 0.013 0.055 0.027 0.014 5.108 0.524 0.063 0.184 0.270 0.080 0.009 0.058 0.464 0.175 1.253 0.079 0.040 0.010 0.029 0.030 0.180 0.704 0.119 0.847 0.021 0.023 0.539 0.046 0.075 0.016 0.977 0.281 0.034 0.011 0.016 0.032 0.122 0.154 0.035 0.102 0.022 0.065 0.524 0.222 0.013 1.253 0.052 0.059 0.262 0.050 0.101 1.248 0.164 0.021 0.028 0.029 0.969 1.257 0.219 0.389 2.761 2.404 7.565 2.274 0.124 0.164 0.266 0.330 6.146 5.765 0.570 0.375 1.154 1.894 1.963 1.865 0.566 0.533 0.435 0.342 7892 chr3 144425244 144429029 + 0 NA Intergenic MLT1E2|LTR|ERVL-MaLR 734969 NM_001134470 205428 Hs.288954 NM_173552 ENSG00000181744 C3orf58 DIA1|GoPro49|HASF chromosome 3 open reading frame 58 protein-coding 1.143 nan nan 0.057 0.271 0.014 0.019 1.272 1.777 0.026 0.062 0.027 0.094 0.200 0.134 0.042 0.140 0.034 0.913 0.314 0.095 0.019 0.091 0.107 0.033 0.056 0.356 0.014 0.043 0.079 0.329 0.048 0.029 0.020 0.108 0.026 0.038 0.051 0.200 0.037 0.140 0.095 0.005 0.021 0.052 0.064 0.019 0.015 0.028 0.259 0.255 0.339 0.597 0.347 0.430 8.836 13.320 0.305 0.103 0.677 nan 0.368 nan nan 0.350 0.279 0.301 0.033 0.115 0.371 0.618 1.267 0.754 3649 chr14 67877253 67887144 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -3281 NM_016445 26499 Hs.170473 NM_016445 ENSG00000100558 PLEK2 - pleckstrin 2 protein-coding nan nan 0.858 1.936 0.786 0.540 4.187 0.259 0.526 0.155 0.693 1.749 0.080 0.102 0.125 0.905 0.218 0.147 0.764 0.974 0.591 0.290 0.244 0.324 3.654 2.939 0.286 1.569 1.720 1.708 4.413 0.567 0.785 1.434 0.115 0.057 0.066 0.122 2.007 0.082 2.670 4.670 2.273 1.636 0.991 1.519 0.654 0.486 2.635 0.184 2.185 0.905 0.466 7.227 0.324 1.237 0.393 0.088 0.625 0.440 2.434 0.090 0.075 3.793 0.111 0.181 0.381 0.291 0.760 1.357 0.504 0.543 4.164 1.116 nan 0.800 0.182 0.339 0.628 nan 0.961 0.511 0.416 0.428 1.174 1.422 0.257 0.307 0.954 0.957 548 chr1 98834308 98856235 + 0 NA Intergenic Intergenic 169004 NR_046088 729987 Hs.683961 NR_046088 ENSG00000226053 LINC01776 - long intergenic non-protein coding RNA 1776 ncRNA nan nan 0.778 0.217 0.074 0.013 0.148 0.344 0.569 0.044 0.154 0.376 0.017 0.082 0.068 0.208 0.312 0.096 0.149 0.132 0.094 0.029 0.036 0.076 0.044 0.286 0.056 0.023 0.080 0.417 0.033 0.141 0.067 0.319 0.355 0.079 0.117 0.287 0.142 0.419 0.032 0.208 0.077 0.066 0.164 0.056 0.163 1.539 0.111 0.269 0.007 0.069 0.208 0.055 0.139 0.044 0.023 0.022 0.018 0.045 0.083 0.093 0.055 0.222 0.746 0.037 0.021 0.341 0.228 0.235 0.453 0.413 nan 0.112 0.093 0.249 0.228 6.233 7.103 0.363 0.329 nan 0.204 0.160 0.238 0.207 0.191 0.371 0.667 0.499 0.531 2575 chr12 27930635 27940781 + 0 NA intron (NM_020782, intron 1 of 2) intron (NM_020782, intron 1 of 2) 2521 NM_020782 57542 Hs.505104 NM_020782 ENSG00000087448 KLHL42 Ctb9|KLHDC5 kelch like family member 42 protein-coding nan nan nan 1.115 3.295 1.554 1.796 1.012 1.825 1.047 5.081 1.286 0.177 0.887 1.066 2.595 0.606 0.126 1.963 0.839 1.049 0.506 1.222 0.735 2.611 0.700 0.895 0.648 1.199 0.666 1.093 1.876 1.267 3.087 0.561 0.714 0.281 2.054 0.164 3.492 2.725 1.381 1.863 0.766 0.676 0.348 1.794 2.691 2.784 3.367 0.753 0.841 2.595 2.840 1.477 2.611 0.524 0.823 5.855 3.034 2.500 0.485 0.807 0.743 3.616 0.551 0.426 1.830 1.391 2.184 3.800 5.986 5.808 6.715 2.670 3.940 4.152 2.071 2.725 2.900 4.353 3.385 3.917 1.740 3.798 1.574 1.468 1.917 1.775 1.642 1.037 3450 chr14 31425183 31450072 + 0 NA intron (NM_001083893, intron 1 of 17) AluY|SINE|Alu 46321 NR_030354 693209 NR_030354 ENSG00000207952 MIR624 MIRN624|hsa-mir-624|mir-624 microRNA 624 ncRNA 1.084 0.789 0.677 0.515 0.188 0.045 2.665 0.149 0.262 0.347 0.098 0.196 3.312 0.052 0.106 0.242 0.439 0.162 3.309 0.929 0.088 0.056 0.121 0.126 0.188 0.130 0.056 0.115 2.290 1.493 5.374 7.501 0.313 0.343 0.909 0.190 0.015 0.105 0.145 0.194 0.202 0.522 0.116 0.057 1.440 0.330 0.216 0.168 0.415 0.227 0.091 0.718 0.242 2.485 1.045 0.188 0.479 0.211 0.043 0.088 0.065 0.163 0.029 0.084 0.119 0.025 0.013 0.173 0.177 0.401 0.812 0.404 0.380 0.273 0.105 0.502 0.433 0.682 0.948 0.406 0.423 0.601 0.327 0.172 0.221 0.121 0.178 0.262 0.527 0.267 0.342 1110 chr1 213295824 213314831 + 0 NA intron (NM_001349648, intron 7 of 15) intron (NM_001349648, intron 7 of 15) 80752 NM_001349647 26750 Hs.591416 NM_012424 ENSG00000136643 RPS6KC1 RPK118|RSKL1|S6K-delta-1|S6PKh1|humS6PKh1 ribosomal protein S6 kinase C1 protein-coding 1.304 1.390 2.304 0.200 1.470 0.035 0.187 0.531 1.190 0.056 0.257 0.454 0.013 0.116 0.080 0.173 0.225 0.142 0.144 0.030 0.030 0.080 4.134 2.106 0.732 0.066 0.023 0.054 0.079 0.189 0.063 0.203 0.104 nan 0.100 0.099 0.261 0.112 0.167 0.025 0.238 0.044 0.025 0.025 0.080 0.061 0.206 0.132 0.056 0.037 0.079 0.087 0.173 0.057 0.054 0.732 0.038 0.162 0.091 0.040 0.053 0.465 0.021 0.122 0.056 0.054 0.071 0.517 0.540 0.594 0.790 0.642 1.042 nan 4.182 0.658 0.621 1.188 nan 1.624 2.137 0.591 0.303 0.109 0.175 1.595 1.548 0.520 0.895 1.650 0.812 4641 chr17 19058230 19126639 + 0 NA Intergenic L1MC|LINE|L1 -26497 NM_001291905 388436 Hs.677375 NM_001291905 LOC388436 - uncharacterized protein ENSP00000382042 protein-coding 1.499 0.844 0.911 0.311 0.575 0.360 4.352 1.127 2.287 0.555 0.564 0.522 0.670 0.303 0.599 1.549 0.586 0.225 1.284 0.786 0.843 0.706 0.248 0.214 0.902 0.949 1.280 0.613 0.817 0.621 0.770 2.064 0.609 1.876 1.180 1.345 0.244 1.893 0.221 0.718 0.501 1.498 2.610 1.497 0.582 1.082 0.851 0.771 3.086 3.076 0.410 1.187 1.549 1.503 7.165 0.902 0.757 0.466 0.499 1.641 0.950 1.875 0.273 0.438 1.995 0.269 0.183 1.764 1.986 0.880 nan 3.572 3.325 1.657 1.267 1.705 1.626 1.294 1.694 2.177 3.009 nan 1.642 1.024 1.093 0.757 0.828 1.448 1.696 0.453 0.319 10347 chr7 47484824 47501048 + 0 NA intron (NM_022748, intron 4 of 30) intron (NM_022748, intron 4 of 30) 11465 NR_145813 109623468 NR_145813 SNORD151 - small nucleolar RNA, C/D box 151 snoRNA 1.697 2.426 nan 0.952 1.721 0.007 1.227 0.081 0.215 0.623 0.978 0.668 0.077 1.455 0.055 0.548 1.887 0.295 0.866 0.316 0.649 0.034 1.909 0.787 1.473 1.420 1.264 0.255 2.445 0.475 1.373 2.649 2.183 0.609 0.937 0.286 0.317 0.435 0.152 1.236 0.122 3.061 0.097 0.077 0.786 0.350 1.930 4.909 1.094 0.117 1.811 0.705 0.548 0.875 1.069 1.473 0.152 0.393 0.375 0.643 2.553 1.617 0.079 0.059 1.460 0.043 0.043 0.451 0.521 0.396 0.947 2.095 2.307 4.658 1.689 0.245 0.224 0.125 0.303 2.043 2.842 0.429 0.442 0.206 0.196 1.808 1.839 0.227 0.323 3.050 1.678 2204 chr11 101978739 101993324 + 0 NA intron (NM_001282101, intron 2 of 8) intron (NM_001282101, intron 2 of 8) 2860 NM_001195045 10413 Hs.503692 NM_006106 ENSG00000137693 YAP1 COB1|YAP|YAP2|YAP65|YKI Yes associated protein 1 protein-coding 0.543 0.759 1.222 2.015 0.123 0.015 2.727 0.132 0.145 2.014 3.536 2.122 4.834 0.062 0.080 0.351 1.341 0.177 2.706 0.833 4.224 3.185 0.096 0.141 0.115 3.265 3.552 1.431 3.413 1.332 4.020 5.272 4.983 4.576 1.445 2.190 5.226 0.150 1.761 0.027 6.901 3.639 1.483 2.193 2.765 5.662 4.404 2.716 2.597 1.872 5.349 0.351 2.631 4.472 0.115 1.788 2.197 0.007 3.038 0.035 2.880 0.082 0.084 2.766 3.151 3.297 0.273 0.188 1.316 3.110 0.515 0.478 0.116 0.086 0.799 0.824 0.190 0.274 0.277 0.302 0.294 0.047 0.276 0.516 0.096 0.075 0.115 0.139 0.218 0.369 10019 chr6 151616040 151639446 + 0 NA intron (NM_005100, intron 3 of 4) intron (NM_005100, intron 3 of 4) -18923 NM_144497 9590 Hs.371240 NM_005100 ENSG00000131016 AKAP12 AKAP250|SSeCKS A-kinase anchoring protein 12 protein-coding nan 0.990 0.810 0.090 1.217 0.307 0.137 0.355 0.850 0.046 0.053 0.094 0.232 0.035 0.611 2.989 0.238 0.110 0.121 0.096 0.090 0.036 0.249 0.193 0.901 0.124 0.050 0.292 0.070 0.004 0.106 nan 0.129 1.038 0.075 0.074 0.040 0.117 0.124 0.054 0.575 0.095 0.036 0.039 0.049 0.049 0.132 0.116 0.243 0.302 0.010 0.151 2.989 0.120 0.101 0.901 0.052 0.133 0.299 0.510 0.052 0.078 0.068 0.470 0.013 0.017 0.026 0.374 0.263 0.342 0.408 1.234 nan 3.113 2.268 0.458 0.514 0.104 0.174 0.558 0.718 1.278 1.210 0.269 0.299 0.239 0.229 0.763 nan 0.694 0.528 6494 chr2 175618396 175637833 + 0 NA intron (NM_000079, intron 1 of 8) intron (NM_000079, intron 1 of 8) 1086 NM_000079 1134 Hs.434479 NM_000079 ENSG00000138435 CHRNA1 ACHRA|ACHRD|CHRNA|CMS1A|CMS1B|CMS2A|FCCMS|SCCMS cholinergic receptor nicotinic alpha 1 subunit protein-coding 1.565 0.868 2.770 0.075 0.140 0.245 0.102 0.144 0.326 0.015 0.165 0.234 0.006 0.046 0.174 0.164 0.207 0.041 0.181 0.069 0.334 0.043 0.082 0.150 0.475 0.039 0.022 0.068 0.067 0.077 0.290 0.438 0.343 0.505 0.038 0.105 0.020 0.050 0.058 0.078 0.874 0.190 0.082 0.048 0.050 0.058 0.149 0.231 0.141 0.154 0.045 0.086 0.164 0.114 0.048 0.475 0.044 0.055 0.257 0.135 0.152 0.065 0.045 1.849 0.421 0.071 0.018 0.420 0.398 0.226 0.295 1.155 1.235 0.683 0.205 0.290 0.359 0.952 1.208 1.461 1.969 2.760 2.449 0.163 0.233 0.124 0.127 2.254 6.671 0.518 0.422 7964 chr3 164592356 164601580 + 0 NA Intergenic LTR27B|LTR|ERV1 -47700 NR_126405 104355289 Hs.574909 NR_126405 ENSG00000241767 LINC01324 - long intergenic non-protein coding RNA 1324 ncRNA 0.972 1.007 0.788 0.120 0.087 0.024 0.030 0.246 0.291 0.078 0.010 0.032 0.058 0.042 0.155 0.122 0.080 0.021 0.188 0.244 0.065 0.008 0.060 0.011 0.087 0.032 0.123 0.171 0.064 0.041 0.024 0.053 0.060 0.030 0.016 0.114 0.065 0.018 0.027 0.008 0.042 0.031 0.018 0.065 0.093 0.009 0.041 0.025 0.022 0.025 0.032 0.093 0.025 0.006 0.011 0.301 0.209 0.180 0.275 0.385 0.317 0.533 0.315 0.296 0.268 7.309 7.315 nan 0.230 nan 0.940 0.103 0.237 0.216 0.203 0.347 0.445 0.377 0.437 783 chr1 156181569 156184496 + 0 NA TTS (NR_104408) TTS (NR_104408) 253 NM_001199663 100527963 Hs.530479 NM_001199661 ENSG00000260238 PMF1-BGLAP PMF1 PMF1-BGLAP readthrough protein-coding 6.985 nan 6.882 3.945 4.835 3.304 4.064 3.063 4.369 1.313 4.391 3.650 1.970 4.295 6.668 5.313 3.305 0.384 4.470 2.468 6.139 2.912 3.123 1.851 5.610 4.222 4.459 1.604 3.717 2.385 3.933 7.403 3.780 24.659 2.902 7.499 0.679 4.365 0.171 5.057 2.650 4.969 3.896 1.707 3.313 2.571 3.054 2.628 3.416 3.918 1.615 3.493 5.313 7.982 4.045 5.610 2.388 2.259 1.558 7.684 4.693 5.149 2.743 2.389 2.070 2.742 1.677 7.167 6.398 10.988 17.237 10.563 nan 8.323 5.180 8.222 8.937 6.435 7.406 10.606 14.055 6.896 6.294 8.752 11.591 5.735 7.460 10.296 8.658 4.510 2.551 1357 chr10 16532042 16540189 + 0 NA intron (NM_001261837, intron 4 of 4) intron (NM_001261837, intron 4 of 4) 27889 NM_001010908 389941 Hs.676792 NM_001010908 ENSG00000165985 C1QL3 C1QTNF13|C1ql|CTRP13|K100 complement C1q like 3 protein-coding nan 1.043 1.360 0.055 0.537 0.021 0.102 0.570 1.040 0.012 0.149 0.162 0.004 0.013 0.219 0.169 0.101 0.092 0.023 0.231 0.193 0.323 0.050 0.022 0.062 0.094 0.050 0.048 0.086 0.323 0.018 0.046 0.645 0.041 0.068 0.014 0.303 0.023 0.238 0.183 0.139 0.038 0.059 0.136 0.085 0.053 0.049 0.081 0.087 0.057 0.323 0.030 0.011 0.154 0.096 0.028 0.094 0.085 2.123 0.028 0.014 0.432 0.343 0.295 0.323 0.480 0.539 11.975 4.402 0.112 0.147 0.389 0.454 0.377 0.443 1.597 1.562 0.078 0.108 1.926 3.666 2.034 5.527 1.848 0.857 6439 chr2 160567431 160570521 + 0 NA promoter-TSS (NM_001282805) promoter-TSS (NM_001282805) 8 NM_001282806 64844 Hs.529272 NM_022826 ENSG00000136536 MARCH7 AXO|AXOT|MARCH-VII|RNF177 membrane associated ring-CH-type finger 7 protein-coding 7.716 4.889 7.405 6.029 6.563 6.960 3.997 4.824 10.008 2.329 6.445 3.119 4.612 1.987 4.734 5.658 4.311 0.258 8.163 1.507 7.407 2.064 2.827 2.098 7.820 4.190 5.363 3.520 6.400 1.934 8.321 8.666 7.285 11.925 2.990 6.550 1.104 5.063 0.171 3.395 3.171 5.519 5.753 2.362 3.815 2.638 3.603 4.085 6.706 8.602 2.584 4.626 5.658 5.514 6.093 7.820 2.726 3.430 1.691 6.801 1.689 3.762 3.163 2.973 4.734 3.485 2.133 6.061 6.691 13.095 18.197 10.971 10.313 7.115 3.397 20.826 22.004 6.740 8.674 8.529 14.117 8.817 9.497 4.583 10.223 5.042 5.476 12.047 10.661 3.397 1.980 7602 chr3 51420994 51430095 + 0 NA intron (NM_006010, intron 3 of 3) L2a|LINE|L2 2876 NM_006010 7873 Hs.436446 NM_006010 ENSG00000145050 MANF ARMET|ARP mesencephalic astrocyte derived neurotrophic factor protein-coding 3.198 2.808 nan 2.304 1.950 1.365 1.964 0.719 2.253 1.167 3.977 1.795 0.426 1.982 1.642 1.829 2.183 0.250 3.050 0.874 2.385 0.792 1.087 0.601 2.535 0.974 1.380 1.722 2.890 1.299 3.007 4.616 1.973 5.420 1.246 2.324 0.503 2.255 0.093 1.144 1.482 2.296 3.572 1.945 1.168 0.977 2.710 1.692 2.350 3.370 2.281 1.714 1.829 4.194 1.948 2.535 1.427 1.267 0.502 3.516 2.325 1.717 0.988 1.085 1.404 1.024 0.713 2.688 2.542 4.787 6.870 4.828 4.677 3.882 3.036 6.054 6.058 1.809 2.417 3.594 8.980 nan 5.030 3.854 6.978 2.885 3.210 5.287 3.332 2.011 1.102 10541 chr7 98963100 98979228 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -1134 NM_005720 10095 Hs.489284 NM_005720 ENSG00000130429 ARPC1B ARC41|PLTEID|p40-ARC|p41-ARC actin related protein 2/3 complex subunit 1B protein-coding nan 0.800 nan 1.075 0.808 0.729 3.198 0.328 0.791 0.931 1.941 0.673 5.013 0.317 1.272 0.540 0.523 0.368 2.823 0.876 1.222 0.533 0.475 0.334 0.677 0.760 0.775 1.171 6.545 1.098 2.222 4.155 3.152 1.700 0.480 1.731 0.037 1.775 0.218 0.395 0.227 4.309 0.988 0.458 1.625 2.170 0.714 1.029 2.095 3.748 0.405 1.229 0.540 3.182 1.182 0.677 0.894 1.498 0.109 3.299 0.416 0.998 0.239 0.276 0.584 0.589 0.293 0.592 0.962 0.603 1.207 0.965 0.878 1.238 0.334 0.843 0.860 0.481 0.755 0.918 1.413 0.584 0.371 0.513 0.732 0.279 0.280 0.583 nan 0.955 0.550 8635 chr4 170577612 170586895 + 0 NA intron (NM_001243374, intron 1 of 11) intron (NM_001243374, intron 1 of 11) 1040 NM_001243374 1182 Hs.481186 NM_001829 ENSG00000109572 CLCN3 CLC3|ClC-3 chloride voltage-gated channel 3 protein-coding nan nan 0.857 2.531 1.874 0.151 0.421 0.466 1.188 0.740 1.109 1.485 1.604 0.064 0.309 0.392 3.506 0.155 1.189 0.430 0.253 0.671 0.544 0.317 1.095 0.312 0.178 0.056 0.753 0.329 2.902 2.211 1.034 0.995 0.554 4.169 0.051 0.188 0.074 0.475 2.043 0.357 0.084 0.100 0.148 0.191 1.448 1.203 0.324 0.341 0.442 0.858 0.392 1.036 0.079 1.095 0.383 1.148 0.212 0.031 1.050 0.824 4.461 0.772 0.180 0.254 0.225 4.948 4.840 7.573 12.377 0.649 0.468 3.853 2.412 4.020 4.095 1.738 2.148 2.527 4.293 2.063 1.951 5.231 6.954 1.009 1.417 3.859 4.432 1.296 0.920 1152 chr1 224288434 224304031 + 0 NA Intergenic Intergenic -5557 NR_049764 23219 Hs.64691 NM_015176 ENSG00000143756 FBXO28 CENP-30|Fbx28 F-box protein 28 protein-coding 1.973 nan 1.672 1.067 1.378 0.243 0.796 0.604 1.222 0.616 0.691 0.567 0.234 0.185 0.531 0.970 0.498 0.115 0.898 0.380 0.307 0.604 0.639 0.416 0.975 1.198 0.971 0.610 1.423 0.789 1.097 2.290 1.108 2.056 0.451 0.886 0.129 0.678 0.157 0.273 0.852 0.898 0.732 0.432 2.224 0.810 0.779 0.673 0.742 0.778 0.481 0.636 0.970 1.132 0.583 0.975 0.369 0.380 0.374 0.835 0.466 1.035 0.133 0.885 0.420 0.329 0.185 1.137 1.030 1.494 2.301 1.750 nan 1.813 0.670 2.271 2.434 0.857 1.310 1.411 1.994 1.472 1.374 0.601 0.897 0.702 0.924 1.686 2.910 1.139 0.687 49 chr1 6404841 6455166 + 0 NA intron (NM_007274, intron 1 of 8) Tigger1|DNA|TcMar-Tigger -9239 NM_181865 11332 Hs.126137 NM_007274 ENSG00000097021 ACOT7 ACH1|ACT|BACH|CTE-II|LACH|LACH1|hBACH acyl-CoA thioesterase 7 protein-coding 1.427 nan 1.350 0.417 1.718 2.620 0.900 0.348 0.641 0.552 0.768 0.329 0.057 0.187 1.020 0.331 0.952 0.310 0.642 0.219 1.001 0.259 0.293 0.208 0.371 0.595 0.514 0.516 0.422 0.176 0.269 nan 0.236 1.939 0.575 0.310 0.068 1.344 0.141 0.195 0.176 2.031 0.511 0.282 0.329 0.262 0.318 0.263 0.774 1.467 0.144 0.426 0.331 1.197 0.637 0.371 0.285 0.360 0.336 0.766 0.361 0.666 0.456 0.383 0.706 0.185 0.170 0.803 1.015 0.528 0.901 1.512 1.393 0.672 0.294 1.356 1.389 0.892 nan nan 4.593 nan 0.685 0.720 0.998 0.330 0.343 0.938 1.510 0.862 0.590 789 chr1 156456717 156488596 + 0 NA Intergenic Intergenic -2022 NM_005920 4209 Hs.314327 NM_005920 ENSG00000116604 MEF2D - myocyte enhancer factor 2D protein-coding nan nan 3.228 1.767 0.917 0.472 2.064 0.685 1.442 0.704 2.732 2.422 1.022 3.870 2.104 1.541 2.082 0.337 1.929 0.791 5.145 1.573 1.398 0.783 1.280 2.983 3.521 2.208 2.034 1.540 2.680 5.004 2.117 6.063 1.592 3.911 0.365 1.642 0.123 2.350 0.705 4.165 3.216 1.162 1.951 1.212 1.242 1.999 2.932 2.456 1.262 2.357 1.541 3.087 2.240 1.280 1.764 1.794 0.699 6.963 3.479 2.541 2.818 2.025 1.641 1.344 1.137 2.769 3.791 2.791 3.782 2.550 nan 2.232 1.109 1.306 1.276 2.102 2.729 4.548 4.586 2.877 2.483 2.480 4.192 1.300 1.213 2.590 7.041 1.466 0.968 4684 chr17 29287201 29299667 + 0 NA Intergenic L1M4|LINE|L1 -4522 NM_032322 84282 Hs.29874 NM_032322 ENSG00000181481 RNF135 L13|MMFD|REUL|Riplet ring finger protein 135 protein-coding nan nan nan 0.693 0.303 1.176 1.629 0.168 0.343 0.545 2.689 0.916 0.729 0.065 0.544 0.584 0.713 0.348 3.134 1.715 1.562 0.601 0.051 0.098 0.231 3.365 3.341 0.741 1.406 0.918 0.425 0.809 1.675 0.327 0.658 5.502 0.054 1.588 0.191 0.796 0.121 1.271 0.731 0.407 1.463 0.796 1.303 6.476 3.866 1.202 1.433 1.821 0.584 2.577 0.908 0.231 0.818 1.342 0.467 2.308 0.079 1.652 0.088 0.738 0.574 0.453 0.316 0.509 0.433 0.804 1.250 0.552 0.480 2.458 0.735 1.174 1.116 0.810 1.014 3.682 5.557 1.661 1.313 0.494 0.481 0.352 0.328 0.955 nan 0.823 0.453 7786 chr3 119808766 119817106 + 0 NA 5' UTR (NM_002093, exon 1 of 12) 5' UTR (NM_002093, exon 1 of 12) 328 NM_001146156 2932 Hs.445733 NM_002093 ENSG00000082701 GSK3B - glycogen synthase kinase 3 beta protein-coding 6.976 nan 4.492 3.639 4.862 4.781 2.975 4.079 7.865 1.698 2.741 1.462 1.647 2.016 4.957 4.120 4.761 0.454 3.277 1.023 3.775 3.144 2.599 1.245 5.349 2.589 2.821 2.282 6.291 2.664 5.712 6.092 5.556 7.097 1.689 2.893 0.858 2.877 0.133 0.934 4.211 5.952 4.705 1.793 2.622 2.503 3.058 2.850 3.387 3.509 1.853 3.723 4.120 5.285 3.838 5.349 1.682 2.108 1.900 4.574 1.980 2.579 2.556 2.377 2.123 1.734 1.418 5.672 5.592 5.665 8.153 10.198 nan 12.481 8.298 15.248 15.896 nan 6.349 5.468 9.168 13.025 12.223 4.526 7.359 4.040 4.300 8.975 8.279 3.140 1.684 6228 chr2 86973151 86976732 + 0 NA intron (NM_022780, intron 2 of 8) intron (NM_022780, intron 2 of 8) -26696 NM_001198954 100526767 Hs.591582 NM_001198954 ENSG00000249884 RNF103-CHMP3 RNF103-VPS24 RNF103-CHMP3 readthrough protein-coding nan 0.960 nan 0.420 1.906 0.882 0.311 0.492 0.870 0.027 0.301 0.667 0.035 0.056 1.434 0.707 0.622 0.307 0.266 0.023 0.115 0.446 0.163 1.101 0.137 0.021 0.041 0.135 0.020 1.783 2.158 0.219 2.060 0.124 0.044 0.476 0.112 0.155 1.415 0.026 0.073 0.181 0.147 0.275 0.167 0.023 0.255 0.376 0.094 0.707 0.216 0.121 1.101 0.211 0.133 0.032 0.143 0.151 3.574 0.211 0.016 0.044 6.782 8.625 3.048 3.852 0.582 0.524 2.526 0.817 9.327 9.542 0.573 0.553 1.109 0.479 0.450 0.605 15.580 11.465 0.662 1.518 0.637 4.577 0.620 0.462 10117 chr7 1593364 1603046 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -2139 NM_001097620 202915 Hs.592174 NM_152689 ENSG00000164855 TMEM184A SDMG1 transmembrane protein 184A protein-coding 1.981 1.577 8.459 3.578 1.293 1.378 1.328 0.840 1.907 2.562 1.339 2.425 0.058 1.347 2.079 1.096 0.129 0.060 1.797 0.998 0.962 0.144 1.678 1.032 5.027 1.528 1.662 0.409 2.506 0.959 4.321 10.336 5.986 nan 1.286 1.683 0.649 0.421 0.102 0.801 1.299 2.592 0.405 0.275 1.181 1.708 2.771 0.339 4.230 0.769 1.426 1.856 1.096 4.725 1.311 5.027 2.362 4.416 1.487 2.533 2.664 1.267 0.672 0.411 0.596 0.374 0.118 1.647 2.556 0.249 nan 6.541 6.254 nan 1.492 2.266 2.568 0.305 0.638 nan 6.680 1.982 2.044 1.163 1.249 2.653 2.278 0.786 1.757 2.301 1.265 2967 chr12 115100050 115144330 + 0 NA promoter-TSS (NM_005996) promoter-TSS (NM_005996) -221 NM_005996 6926 Hs.744016 NM_005996 ENSG00000135111 TBX3 TBX3-ISO|UMS|XHL T-box 3 protein-coding nan nan 0.429 0.081 0.593 7.512 0.183 0.457 0.823 0.102 0.339 0.121 0.283 0.111 1.104 0.846 0.078 0.075 0.028 0.347 0.066 0.035 0.095 0.791 0.410 0.278 0.203 0.062 0.005 0.216 0.351 0.060 2.736 0.020 0.540 0.130 0.380 0.104 0.029 0.274 0.058 0.331 0.207 0.025 0.170 0.098 0.511 1.016 0.183 0.374 0.136 0.846 0.032 0.214 0.791 0.266 0.264 0.011 0.795 0.598 0.082 3.286 0.447 0.056 0.209 0.154 0.836 1.129 0.245 0.343 nan nan nan 0.050 21.399 21.768 0.117 0.210 nan nan 0.237 0.091 3.984 8.117 0.572 0.402 0.955 1.163 nan 0.326 8418 chr4 71081276 71110911 + 0 NA intron (NM_152997, intron 1 of 4) intron (NM_152997, intron 1 of 4) 4305 NM_152997 260436 Hs.733448 NM_152997 ENSG00000181617 FDCSP C4orf7|FDC-SP follicular dendritic cell secreted protein protein-coding 0.570 0.541 0.569 1.635 0.105 0.017 0.024 0.091 0.182 0.019 0.074 0.249 0.017 0.014 0.090 0.064 0.081 0.054 0.053 0.006 0.018 0.014 0.075 0.087 0.069 0.009 0.002 0.002 0.057 0.014 0.050 0.051 0.050 0.198 0.034 0.041 0.026 0.029 0.086 0.020 0.093 0.056 0.010 0.003 0.022 0.026 0.072 0.108 0.025 0.014 0.011 0.029 0.064 0.036 0.031 0.069 0.046 0.019 0.003 0.018 0.038 0.029 0.027 0.253 0.019 0.012 0.002 0.373 0.258 0.789 0.703 0.133 0.211 0.174 0.162 0.239 0.204 0.075 0.169 0.368 0.399 1.274 0.961 0.084 0.158 0.046 0.041 0.635 1.037 0.157 0.225 2117 chr11 76473713 76512759 + 0 NA promoter-TSS (NM_001258210) promoter-TSS (NM_001258210) -121 NM_001258210 25987 Hs.8361 NM_015516 ENSG00000182704 TSKU E2IG4|LRRC54|TSK tsukushi, small leucine rich proteoglycan protein-coding nan 1.462 1.997 0.565 0.408 0.817 2.441 0.321 0.575 0.869 2.214 1.496 0.522 0.056 0.242 0.391 0.636 0.128 1.542 0.538 2.600 0.246 0.284 0.225 0.458 2.175 2.457 0.551 0.363 0.927 1.153 nan 1.697 1.882 1.286 4.209 0.367 0.534 0.114 0.257 0.437 2.951 0.501 0.244 0.509 0.767 6.135 0.965 5.967 0.389 4.039 5.010 0.391 1.030 0.452 0.458 2.602 3.531 0.189 1.079 0.549 0.411 0.162 0.707 0.740 0.233 0.185 1.201 1.768 0.816 1.315 1.629 1.343 1.474 0.361 3.011 3.241 0.860 1.278 1.095 1.415 1.056 1.334 0.663 0.820 1.363 2.112 0.836 1.197 1.100 0.712 4860 chr17 49335818 49339615 + 0 NA promoter-TSS (NM_016001) promoter-TSS (NM_016001) -181 NM_016001 51096 Hs.709327 NM_016001 ENSG00000011260 UTP18 CGI-48|WDR50 UTP18, small subunit processome component protein-coding 5.861 3.421 nan 7.409 6.884 3.680 3.988 4.681 8.195 2.149 5.552 2.322 3.622 1.640 5.493 3.228 4.019 0.210 5.772 1.341 3.349 3.870 3.626 1.122 4.847 2.302 2.894 3.476 4.223 1.466 6.725 nan 4.289 11.095 1.578 3.116 1.731 5.455 0.117 2.502 3.409 6.787 3.256 1.790 2.674 1.819 4.888 4.458 7.331 9.108 2.473 2.867 3.228 10.260 2.318 4.847 1.903 3.015 1.969 7.097 2.277 3.205 3.483 2.221 3.198 2.457 1.666 9.587 9.040 7.438 10.719 10.196 nan 9.202 5.102 18.119 19.838 3.941 4.757 11.153 14.954 12.072 14.298 7.505 11.393 7.587 8.768 9.196 7.315 3.827 1.772 7110 chr20 62251750 62261255 + 0 NA intron (NM_012384, intron 1 of 9) intron (NM_012384, intron 1 of 9) 1952 NM_012384 26205 Hs.473286 NM_012384 ENSG00000101216 GMEB2 GMEB-2|P79PIF|PIF79 glucocorticoid modulatory element binding protein 2 protein-coding 3.676 3.266 3.057 4.488 2.689 2.464 1.709 1.507 2.202 1.583 3.664 1.058 0.914 1.626 2.734 3.738 2.018 0.366 2.387 0.459 5.089 2.186 1.748 0.807 4.114 1.450 2.200 2.224 3.480 0.853 3.509 6.776 3.827 3.821 0.938 2.533 0.429 2.466 0.160 1.463 1.241 5.692 4.793 2.117 1.244 1.431 2.675 3.950 3.075 3.572 2.887 2.123 3.738 2.620 6.326 4.114 1.596 2.314 0.899 8.967 3.821 1.934 1.240 1.420 2.187 1.899 1.405 4.651 nan 2.381 2.898 4.118 4.101 4.732 1.833 12.453 12.410 2.807 3.991 3.139 4.994 4.791 5.183 2.870 4.921 1.667 1.743 3.481 4.846 2.463 1.388 11444 chr9 10604162 10615585 + 0 NA intron (NM_002839, intron 2 of 45) intron (NM_002839, intron 2 of 45) 2850 NM_002839 5789 Hs.446083 NM_002839 ENSG00000153707 PTPRD HPTP|HPTPD|HPTPDELTA|PTPD|RPTPDELTA protein tyrosine phosphatase, receptor type D protein-coding nan nan 0.696 0.068 0.182 0.024 0.386 0.283 0.652 0.048 0.064 0.022 0.009 0.054 2.241 0.105 0.125 0.140 0.022 0.011 0.012 0.424 0.304 0.891 0.030 0.019 0.184 0.141 0.291 0.091 0.842 0.052 0.095 0.316 0.009 0.073 0.052 0.021 0.064 0.047 0.041 0.077 0.007 0.025 0.121 0.086 0.025 0.117 2.241 0.137 0.891 0.011 0.021 0.126 0.030 0.081 0.014 0.043 0.011 0.020 0.020 0.009 0.432 0.669 1.224 1.473 0.334 0.411 2.663 1.250 0.217 0.226 5.565 5.902 0.479 0.619 0.835 0.993 0.139 0.295 1.065 0.821 0.108 0.159 2.953 1.800 4398 chr16 65234439 65270499 + 0 NA Intergenic Intergenic -41993 NR_110918 101927650 Hs.634008 NR_110918 ENSG00000259847 LINC02126 - long intergenic non-protein coding RNA 2126 ncRNA nan nan 0.539 0.047 0.070 0.020 0.335 0.080 0.143 0.011 0.082 0.082 0.034 0.061 0.037 0.242 0.092 0.063 0.035 0.016 0.037 0.019 0.052 0.067 0.043 0.251 0.082 0.018 0.049 0.029 0.069 0.080 0.058 0.193 0.053 7.258 0.013 0.024 0.069 0.016 0.123 0.108 0.034 0.024 0.067 0.032 0.088 0.086 0.054 0.027 0.196 0.075 0.242 0.054 0.085 0.043 0.051 0.064 0.022 0.102 0.025 0.062 0.022 0.053 0.061 0.019 0.011 0.279 0.157 0.142 0.134 0.245 0.291 0.097 0.049 0.207 0.211 0.112 nan 0.226 0.221 0.387 0.176 0.081 0.119 0.030 0.050 0.224 0.493 0.435 0.437 6262 chr2 98480654 98490860 + 0 NA intron (NM_015348, intron 4 of 40) intron (NM_015348, intron 4 of 40) 126597 NM_015348 23505 Hs.469376 NM_015348 ENSG00000075568 TMEM131 CC28|PRO1048|RW1|YR-23 transmembrane protein 131 protein-coding 0.763 0.894 0.958 0.162 0.095 0.064 4.469 0.142 0.185 0.544 0.680 2.936 0.085 0.059 0.051 0.305 0.808 0.016 1.665 0.781 8.384 1.643 0.140 0.177 0.285 1.960 1.580 0.278 1.678 1.084 1.270 2.375 1.507 0.334 3.232 1.972 0.028 0.075 0.081 3.647 0.095 4.111 0.993 0.551 0.865 0.551 2.010 3.103 0.590 1.117 0.949 0.725 0.305 1.323 5.449 0.285 0.754 1.024 0.066 1.978 0.106 1.686 0.025 0.085 1.530 2.302 2.829 0.412 0.379 0.397 0.851 0.357 0.511 0.743 0.124 0.254 0.270 0.243 0.382 0.376 0.293 0.316 0.140 0.125 0.192 0.116 0.323 0.284 0.710 0.337 0.254 715 chr1 151649520 151655924 + 0 NA intron (NM_030918, intron 7 of 11) AluSx1|SINE|Alu 36070 NM_001172648 11189 Hs.26047 NM_007185 ENSG00000159409 CELF3 BRUNOL1|CAGH4|ERDA4|ETR-1|TNRC4 CUGBP Elav-like family member 3 protein-coding nan nan 1.173 1.718 0.098 0.026 3.580 0.151 0.281 0.241 0.717 2.078 0.078 0.093 0.207 0.158 0.441 0.250 2.412 1.212 0.396 0.044 0.179 0.274 0.131 2.168 1.587 0.207 1.951 1.731 26.071 30.357 1.365 0.535 2.013 0.092 0.059 0.141 0.069 0.809 0.086 1.337 1.083 0.485 2.228 1.604 0.604 0.466 0.140 0.278 1.749 5.729 0.158 1.831 0.580 0.131 1.936 1.884 0.055 0.499 0.075 2.167 0.247 0.207 0.333 0.117 0.088 0.417 0.470 0.473 0.750 0.656 nan 0.654 0.270 0.365 0.352 0.656 0.921 0.540 0.596 0.824 0.429 0.506 0.805 0.084 0.128 0.588 1.612 0.598 0.386 2201 chr11 100689112 100707591 + 0 NA intron (NM_152432, intron 3 of 23) LTR78|LTR|ERV1 -106654 NR_145747 109616988 NR_145747 SNORD13I - small nucleolar RNA, C/D box 13I snoRNA 0.944 1.018 0.821 0.082 0.048 0.015 0.600 0.193 0.402 0.062 0.218 1.255 0.114 0.055 0.132 0.276 0.945 0.017 0.686 0.202 0.044 0.007 0.068 0.144 0.045 0.344 0.110 0.032 0.256 0.286 0.117 0.258 0.106 0.747 0.332 0.071 0.036 0.041 0.105 0.141 0.254 0.181 0.081 0.042 0.266 0.358 0.623 0.141 0.260 0.016 0.013 0.802 0.276 0.533 0.025 0.045 0.703 0.555 0.331 0.031 0.307 0.295 0.096 0.224 0.095 0.006 0.003 0.767 0.553 0.434 0.738 0.446 0.479 0.147 0.095 0.512 0.551 3.219 4.108 0.177 0.160 0.532 0.249 0.245 0.310 0.444 0.380 0.331 0.966 2.214 1.150 3615 chr14 61847622 61858441 + 0 NA intron (NM_006255, intron 1 of 13) intron (NM_006255, intron 1 of 13) 64870 NM_006255 5583 Hs.333907 NM_006255 ENSG00000027075 PRKCH PKC-L|PKCL|PRKCL|nPKC-eta protein kinase C eta protein-coding nan nan 1.164 0.594 0.462 0.582 1.317 0.491 0.774 0.601 0.049 0.084 0.539 0.092 0.663 0.522 0.223 0.088 2.631 0.612 0.069 0.013 0.086 0.060 0.379 1.117 0.608 0.007 1.856 1.283 3.041 7.751 5.393 1.450 0.811 0.094 0.462 0.030 0.146 0.710 0.306 0.076 0.067 0.058 0.333 1.258 2.513 0.270 0.166 0.159 0.007 0.301 0.522 3.908 0.085 0.379 0.238 0.458 0.122 0.096 0.037 0.241 0.046 0.229 0.038 0.019 0.014 0.211 0.134 0.242 0.431 0.919 0.770 0.285 0.197 nan 0.369 1.953 2.824 0.760 nan 0.868 0.496 0.213 0.183 1.120 1.351 0.229 0.549 1.258 0.863 9139 chr5 121516284 121520979 + 0 NA TTS (NM_001195535) TTS (NM_001195535) 22760 NM_001195535 100505841 Hs.733368 NM_001195535 LOC100505841 - zinc finger protein 474-like protein-coding nan 0.722 0.756 2.939 0.093 0.191 2.131 0.170 0.186 2.957 0.707 1.926 0.173 0.170 1.670 0.036 1.794 1.274 0.014 0.060 0.101 0.036 0.025 3.635 3.318 0.144 3.167 1.425 0.084 0.063 0.121 2.458 0.987 0.047 0.384 0.046 0.133 0.273 0.016 0.156 1.315 0.843 5.096 0.362 0.103 3.688 0.173 0.258 0.170 0.196 0.021 0.025 1.928 0.018 0.050 0.065 1.804 0.042 0.241 2.159 0.049 0.022 0.715 1.028 12.380 7.608 0.169 0.234 0.181 0.143 0.308 0.339 2.076 3.105 0.231 0.342 0.430 0.283 0.151 0.294 1.373 1.516 0.493 1.152 0.434 0.387 9199 chr5 138087720 138097865 + 0 NA intron (NM_001323982, intron 2 of 18) AluJr|SINE|Alu -3179 NR_134244 105379194 Hs.445981 NR_134244 ENSG00000253404 LOC105379194 - uncharacterized LOC105379194 ncRNA 1.733 2.578 nan 2.489 1.448 0.789 2.737 1.211 1.753 1.259 2.041 1.020 3.390 0.531 1.796 0.532 1.221 0.379 2.610 0.525 2.338 1.107 0.416 0.161 1.971 2.292 2.775 1.670 2.305 0.773 5.271 6.460 2.860 4.546 1.051 1.637 0.334 3.584 0.206 0.836 0.763 2.369 2.879 1.207 1.928 2.016 2.398 1.625 2.834 2.555 1.436 2.304 0.532 4.944 3.285 1.971 1.445 2.198 0.076 2.788 1.018 1.370 0.945 0.364 1.770 1.964 1.185 0.838 1.322 3.026 5.041 1.386 1.345 2.027 0.804 5.838 6.247 1.087 1.807 2.531 3.588 1.318 1.128 1.426 2.812 2.197 2.570 0.793 1.615 0.896 0.616 23 chr1 1607590 1628990 + 0 NA intron (NM_001110781, intron 1 of 8) AluY|SINE|Alu 5953 NM_001290264 728661 Hs.655255 NM_001110781 ENSG00000189339 SLC35E2B SLC35E2 solute carrier family 35 member E2B protein-coding 2.065 nan 2.310 1.237 2.433 1.364 0.961 0.802 1.758 0.644 1.369 0.812 1.183 0.967 1.910 0.921 0.989 0.437 1.659 0.487 1.864 1.379 0.685 0.395 1.105 0.877 1.060 0.802 0.996 0.335 1.673 nan 0.967 2.322 0.418 1.352 0.317 1.398 0.193 0.435 0.397 2.479 2.326 1.015 0.724 0.662 1.218 1.901 1.264 2.591 0.571 1.086 0.921 2.006 1.684 1.105 0.914 0.981 0.862 2.227 0.756 1.152 0.645 0.692 0.707 0.735 0.596 2.491 2.687 1.906 2.931 4.321 4.447 1.965 1.085 4.372 4.635 1.950 nan nan 7.418 nan 2.192 1.660 2.220 1.388 1.396 2.228 2.202 1.471 0.668 364 chr1 47268340 47273422 + 0 NA intron (NM_001319162, intron 1 of 9) intron (NM_001319162, intron 1 of 9) 6211 NM_001319161 1580 Hs.436317 NM_000779 ENSG00000142973 CYP4B1 CYPIVB1|P-450HP cytochrome P450 family 4 subfamily B member 1 protein-coding nan 2.502 nan 0.573 0.103 1.273 0.139 0.190 0.319 0.978 0.092 0.144 7.552 0.020 0.018 0.174 0.089 0.117 0.168 0.037 0.013 0.061 0.017 0.117 0.203 0.057 0.030 0.103 0.041 0.229 2.100 3.761 1.799 0.087 0.032 0.084 0.115 0.024 0.077 0.241 0.012 0.031 0.152 0.329 2.229 0.197 0.101 0.015 0.015 0.608 0.174 0.559 0.036 0.117 0.384 3.754 0.020 0.068 0.031 0.039 0.073 0.044 0.011 0.010 0.195 0.309 0.292 0.401 0.454 0.685 0.117 0.071 0.456 0.363 0.144 nan nan 0.468 0.260 0.076 0.380 nan 0.036 0.050 0.159 0.387 0.598 0.556 11787 chr9 130557339 130567687 + 0 NA Intergenic Intergenic -2624 NM_001288803 2356 Hs.335084 NM_004957 ENSG00000136877 FPGS - folylpolyglutamate synthase protein-coding nan 1.547 2.671 1.729 2.625 1.103 1.922 0.635 1.214 0.867 1.901 1.149 0.275 0.377 0.537 0.801 0.690 0.206 2.648 1.044 1.129 0.375 0.751 0.349 1.229 2.266 2.593 0.904 5.619 1.476 2.008 4.608 2.542 2.994 1.074 1.199 0.267 0.971 0.103 0.897 0.506 1.815 1.613 0.722 2.131 1.393 2.262 1.134 1.561 1.580 0.725 2.923 0.801 2.570 1.036 1.229 0.767 2.109 0.471 1.561 1.336 2.072 0.211 0.463 0.909 0.778 0.466 0.911 1.040 1.747 2.449 2.768 2.466 nan 0.678 3.435 3.595 0.837 1.259 3.124 4.504 2.988 2.871 0.614 1.086 1.458 1.353 1.290 1.942 2.185 1.329 3069 chr12 133483561 133486919 + 0 NA Intergenic CpG 20812 NR_110919 101928530 Hs.560003 NR_110919 ENSG00000236617 LOC101928530 - uncharacterized LOC101928530 ncRNA 1.365 2.269 0.586 0.130 2.230 2.768 2.290 0.575 1.025 0.543 0.253 0.382 0.981 0.029 3.014 4.245 0.312 0.122 1.104 0.281 0.018 0.579 0.371 0.394 1.782 0.785 0.668 0.482 0.062 0.063 0.096 0.029 0.105 6.120 1.263 1.061 0.054 4.065 0.252 1.056 14.615 0.165 0.018 0.475 0.336 2.022 0.121 2.638 4.245 2.045 1.163 1.782 0.037 0.049 1.012 2.358 0.918 0.473 0.256 0.182 0.078 0.573 1.087 0.048 0.133 3.745 3.274 3.762 1.270 1.089 0.939 0.083 0.241 nan 3.760 0.953 1.026 0.803 1.367 0.822 0.542 1.071 1.306 0.332 0.183 3931 chr15 44446583 44453933 + 0 NA intron (NM_001286490, intron 1 of 15) intron (NM_001286490, intron 1 of 15) 36386 NM_001286490 84978 Hs.578544 NM_032892 ENSG00000171877 FRMD5 - FERM domain containing 5 protein-coding 0.716 0.804 nan 0.725 0.168 0.030 5.601 0.088 0.184 0.587 0.761 1.414 0.599 0.027 0.084 0.143 2.025 0.110 4.484 1.803 0.339 0.123 0.161 0.121 2.289 1.416 0.050 3.510 2.181 4.591 4.921 3.595 0.678 3.748 0.074 0.026 0.093 1.554 0.041 0.199 0.090 0.075 4.443 3.605 0.486 2.552 0.100 0.270 0.364 0.553 0.143 2.498 5.738 0.121 1.078 0.646 0.002 0.047 0.075 3.555 0.121 0.049 4.481 5.323 5.963 0.408 0.299 1.230 2.954 0.194 0.268 0.214 0.116 0.168 0.177 0.266 nan 0.178 0.276 0.568 0.318 0.140 0.415 0.088 0.171 0.166 0.224 0.512 0.494 2680 chr12 52827575 52841941 + 0 NA Intergenic Intergenic -6648 NM_004693 9119 Hs.697046 NM_004693 ENSG00000170454 KRT75 K6HF|KB18|PFB keratin 75 protein-coding nan 1.204 0.494 0.080 0.031 0.179 0.967 0.225 0.587 0.053 0.758 0.070 0.013 0.056 0.229 0.188 0.963 0.146 1.906 1.425 0.051 0.020 0.087 0.136 0.141 0.539 0.291 0.116 0.081 0.456 2.554 8.234 0.225 1.259 0.225 0.102 0.027 0.038 0.079 0.024 0.028 0.385 0.092 0.090 0.626 0.148 0.970 0.257 0.286 0.057 0.044 0.444 0.188 1.719 0.097 0.141 0.324 0.154 0.134 0.089 0.057 0.781 0.021 0.026 0.402 1.127 0.707 nan 0.352 0.446 1.179 0.440 nan 0.450 0.195 0.171 0.160 0.174 nan 0.590 nan 0.576 0.447 0.354 0.282 0.135 0.183 0.144 0.150 0.969 0.911 10249 chr7 26233137 26246345 + 0 NA intron (NM_031243, intron 1 of 11) CpG 672 NM_031243 3181 Hs.487774 NM_002137 ENSG00000122566 HNRNPA2B1 HNRNPA2|HNRNPB1|HNRPA2|HNRPA2B1|HNRPB1|IBMPFD2|RNPA2|SNRPB1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 protein-coding 7.886 4.027 7.392 7.569 5.165 4.332 1.771 3.658 5.969 2.902 3.563 1.764 2.035 2.192 4.446 3.933 2.891 0.234 2.855 0.618 4.344 4.459 3.712 1.837 7.095 2.627 3.539 2.078 6.063 1.262 5.946 7.016 6.458 10.354 1.270 4.330 1.959 7.284 0.272 1.935 3.720 6.655 3.267 1.359 2.101 2.680 6.197 5.078 4.080 2.604 2.588 2.886 3.933 3.191 4.785 7.095 1.930 2.184 1.260 4.978 3.115 3.594 2.653 3.398 2.737 3.163 2.373 7.172 6.825 6.206 nan 10.737 9.090 6.954 3.845 11.805 12.117 5.104 6.303 6.977 9.559 7.591 9.300 2.974 7.569 9.074 8.256 8.824 7.953 3.010 1.519 2957 chr12 112442994 112453186 + 0 NA intron (NM_001294314, intron 1 of 12) intron (NM_001294314, intron 1 of 12) 2933 NM_001294314 89894 Hs.506815 NM_138341 ENSG00000198270 TMEM116 - transmembrane protein 116 protein-coding nan nan 2.630 2.387 3.304 3.087 2.113 1.619 3.573 0.627 1.837 1.248 1.052 1.202 3.112 2.347 1.435 0.286 1.715 0.652 1.687 1.972 1.890 1.038 2.906 2.000 1.915 0.939 2.431 1.064 2.398 4.597 2.076 6.471 1.102 2.985 0.755 2.850 0.180 0.720 1.510 1.901 1.810 0.906 1.395 0.978 2.009 2.350 2.732 2.325 2.385 2.207 2.347 2.477 2.427 2.906 1.194 0.956 0.785 2.562 1.549 1.095 0.737 0.979 1.030 1.091 0.656 3.129 2.675 3.352 4.347 nan nan nan 2.714 9.218 9.237 2.745 3.084 nan nan 3.312 2.875 2.059 2.972 3.012 4.378 2.725 2.995 nan 1.808 11653 chr9 95871013 95897472 + 0 NA 3' UTR (NM_004148, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_004148, exon 4 of 4) 12328 NM_004148 4814 Hs.494457 NM_004148 ENSG00000131669 NINJ1 NIN1|NINJURIN ninjurin 1 protein-coding 1.137 nan 1.470 0.582 0.662 0.565 2.041 0.374 0.646 0.264 2.899 0.833 0.082 0.064 0.278 0.481 0.491 0.109 1.750 0.754 0.548 0.147 0.231 0.131 0.546 1.401 1.314 0.366 0.638 0.239 1.090 3.211 0.502 1.026 0.625 3.300 0.083 0.574 0.074 0.322 0.239 1.237 0.542 0.335 0.258 0.185 3.085 0.530 1.357 1.079 0.804 1.604 0.481 2.027 0.296 0.546 1.406 0.273 0.143 0.697 0.737 0.746 0.108 0.161 0.441 0.285 0.158 0.389 0.606 0.562 nan 1.129 1.016 0.710 0.305 0.448 0.452 0.373 0.589 1.059 1.611 0.979 1.008 0.317 0.410 0.502 0.682 0.438 0.432 0.844 0.591 1845 chr11 20859403 20868543 + 0 NA intron (NM_001288714, intron 3 of 18) intron (NM_001288714, intron 3 of 18) 172876 NM_001288714 4745 Hs.657172 NM_006157 ENSG00000165973 NELL1 IDH3GL|NRP1 neural EGFL like 1 protein-coding 0.965 1.168 3.760 0.052 3.061 0.139 0.038 0.168 0.275 0.068 0.030 0.780 0.322 0.978 0.352 0.049 0.071 0.069 0.014 0.015 1.534 0.661 1.091 0.007 0.016 0.030 0.044 0.116 0.070 2.272 0.041 1.388 0.023 0.081 0.504 0.060 0.013 0.033 0.115 0.131 0.045 0.008 0.017 0.014 0.352 0.047 0.031 1.091 0.063 0.021 0.013 0.709 0.026 0.064 0.527 0.024 0.006 0.006 0.512 0.565 0.239 0.337 0.881 0.962 6.453 2.278 0.168 0.157 0.578 0.677 4.963 4.605 1.750 1.438 0.105 0.339 4.960 6.888 0.356 1.376 2.752 1.453 1678 chr10 121409633 121447623 + 0 NA intron (NM_004281, intron 1 of 3) MER31A|LTR|ERV1 17746 NM_004281 9531 Hs.523309 NM_004281 ENSG00000151929 BAG3 BAG-3|BIS|CAIR-1|MFM6 BCL2 associated athanogene 3 protein-coding nan 1.077 1.769 0.480 0.504 0.732 4.105 0.270 0.567 1.285 2.525 2.880 0.129 0.334 0.220 0.401 1.043 0.178 1.310 0.779 2.188 0.371 0.207 0.154 0.104 1.568 1.240 1.401 2.370 1.609 1.283 2.683 1.307 0.887 0.808 2.313 0.103 0.464 0.065 0.854 0.138 3.216 1.256 0.646 1.885 0.842 2.147 2.381 1.875 1.650 0.974 1.707 0.401 1.611 4.044 0.104 0.922 0.339 0.288 1.605 0.686 2.044 0.106 0.195 1.869 0.608 0.468 0.541 0.639 0.846 1.305 0.238 0.261 2.313 0.702 0.660 0.664 0.858 1.218 1.725 3.176 0.593 0.495 0.313 0.532 0.445 0.628 0.815 1.658 0.523 0.441 1025 chr1 202916998 202938988 + 0 NA promoter-TSS (NM_001290629) promoter-TSS (NM_001290629) -293 NM_001290629 51094 Hs.5298 NM_015999 ENSG00000159346 ADIPOR1 ACDCR1|CGI-45|CGI45|PAQR1|TESBP1A adiponectin receptor 1 protein-coding 2.483 3.089 2.721 0.869 1.990 0.777 0.958 1.504 2.673 0.481 0.863 1.023 0.902 0.347 3.260 1.678 0.696 0.110 0.759 0.320 0.250 0.354 1.120 0.619 2.934 0.803 0.564 0.487 0.612 0.470 0.681 1.192 1.661 4.311 0.219 0.735 0.295 0.517 0.096 0.236 0.885 0.633 0.593 0.415 1.035 0.280 0.772 0.406 0.636 0.575 0.835 0.747 1.678 1.072 0.609 2.934 0.812 1.451 0.212 0.646 0.756 0.366 0.248 3.370 0.205 0.162 0.100 2.352 2.839 2.131 3.286 4.928 4.601 3.830 2.222 nan nan 1.294 1.698 2.935 4.195 1.098 0.802 0.607 0.993 1.665 1.714 2.408 5.717 1.963 0.927 4692 chr17 30582305 30611840 + 0 NA intron (NM_138328, intron 2 of 8) FLAM_C|SINE|Alu 3877 NM_138328 162494 Hs.655027 NM_138328 ENSG00000141314 RHBDL3 RHBDL4|VRHO rhomboid like 3 protein-coding nan 1.406 1.137 0.095 0.319 0.222 0.190 0.703 1.534 0.012 0.242 0.179 0.023 0.010 0.109 0.616 0.119 0.097 0.163 0.038 0.049 0.066 0.433 0.201 1.613 0.268 0.108 0.120 0.082 0.025 0.094 0.179 0.091 0.818 0.054 0.569 0.245 0.430 0.171 0.072 0.342 0.179 0.067 0.071 0.037 0.049 0.094 0.206 0.692 0.107 0.072 0.078 0.616 0.154 0.059 1.613 0.058 0.075 0.488 0.458 0.213 0.096 0.184 2.415 0.023 0.174 0.098 0.744 1.205 0.344 0.528 nan 2.428 1.280 0.527 0.693 0.681 1.020 1.736 0.429 0.697 nan 4.265 0.506 0.678 1.183 1.166 2.055 5.108 1.312 0.855 8291 chr4 24583864 24587228 + 0 NA intron (NM_001358, intron 1 of 13) CpG 638 NM_001358 1665 Hs.696074 NM_001358 ENSG00000109606 DHX15 DBP1|DDX15|HRH2|PRP43|PRPF43|PrPp43p DEAH-box helicase 15 protein-coding 6.909 3.478 nan 7.883 10.002 3.451 7.459 4.772 8.658 2.319 5.020 1.753 3.529 2.102 6.583 6.826 4.198 0.347 7.138 2.434 4.273 3.131 5.084 1.957 5.874 2.630 3.685 3.548 8.480 3.244 5.952 8.405 6.120 9.204 4.654 3.610 0.881 3.971 0.124 1.889 5.189 9.856 6.643 3.031 4.191 4.787 6.066 10.040 3.926 7.342 3.406 3.334 6.826 12.208 5.455 5.874 4.344 4.025 1.650 5.202 2.623 3.031 2.413 2.819 3.239 3.081 1.855 9.555 7.848 12.299 13.989 8.852 7.805 10.929 6.044 19.270 18.896 5.626 6.606 8.830 14.239 12.838 14.537 3.367 8.985 6.662 7.420 8.334 6.625 nan 3.791 11435 chr9 7264389 7278001 + 0 NA Intergenic Intergenic 513845 NM_001304341 23081 Hs.709425 NM_015061 ENSG00000107077 KDM4C GASC1|JHDM3C|JMJD2C|TDRD14C lysine demethylase 4C protein-coding 0.617 1.460 0.679 0.032 0.212 5.930 0.063 0.135 0.317 0.010 0.051 0.020 0.009 0.280 0.253 0.082 0.097 0.016 0.014 0.018 0.247 0.193 0.318 0.010 0.027 0.060 0.063 0.018 0.026 2.268 0.011 0.084 0.629 0.016 0.070 0.002 0.147 0.034 0.031 0.008 0.045 0.014 0.117 0.066 0.058 0.023 0.025 0.253 0.042 0.007 0.318 0.009 0.030 0.015 0.013 1.132 0.012 0.066 0.009 0.005 0.013 0.004 0.184 0.098 0.246 0.328 0.872 1.104 1.531 0.433 0.122 0.117 0.368 0.644 0.526 0.512 0.298 0.218 0.155 0.369 1.618 1.171 0.192 nan 2.104 1.486 11135 chr8 97851326 97936967 + 0 NA intron (NM_016134, intron 4 of 7) intron (NM_016134, intron 4 of 7) 236691 NM_016134 10404 Hs.156178 NM_016134 ENSG00000104324 CPQ LDP|PGCP carboxypeptidase Q protein-coding nan 3.736 6.711 0.019 0.206 0.029 0.095 0.219 0.485 0.020 0.130 0.044 0.016 0.054 0.174 0.253 0.983 0.124 0.065 0.007 0.033 0.010 0.062 0.054 0.653 0.047 0.026 0.014 0.075 0.021 0.066 0.089 0.076 0.580 0.049 0.165 0.087 0.056 0.088 0.011 0.163 0.083 0.027 0.021 0.025 0.030 0.056 0.168 0.049 0.064 0.016 0.056 0.253 0.054 0.039 0.653 0.020 0.063 0.112 0.015 0.038 0.069 0.052 4.735 0.037 0.056 0.017 0.310 0.196 0.435 nan 0.836 0.962 1.047 0.392 0.254 0.237 0.429 0.761 1.094 1.060 0.625 0.414 0.175 0.263 0.256 0.378 6.079 12.781 0.297 0.369 8583 chr4 149706939 149719240 + 0 NA Intergenic Intergenic 150441 NR_134681 105377480 Hs.148699 NR_134681 ENSG00000249317 LOC105377480 - uncharacterized LOC105377480 ncRNA 0.474 0.684 0.419 0.352 0.086 0.009 0.144 0.091 0.172 0.914 5.035 0.111 0.033 0.131 0.032 1.474 0.026 0.251 0.195 0.021 0.011 0.076 0.021 0.060 0.835 0.401 1.884 1.860 0.105 0.337 0.810 0.162 0.427 0.067 0.009 0.073 0.157 0.051 0.052 0.024 0.025 2.233 0.006 0.109 0.138 0.066 0.047 0.025 0.054 0.032 0.216 0.007 0.060 0.049 0.389 0.005 0.067 0.225 0.065 0.121 0.407 0.004 0.270 0.244 1.674 4.929 0.140 0.102 0.054 0.058 0.485 0.579 0.095 0.134 0.278 0.442 0.162 0.056 0.128 0.215 0.051 0.052 0.282 0.559 0.101 0.189 10109 chr7 960972 995083 + 0 NA intron (NM_001284308, intron 1 of 10) AluJo|SINE|Alu 7425 NM_001284309 11033 Hs.602573 NM_006869 ENSG00000105963 ADAP1 CENTA1|GCS1L|p42IP4 ArfGAP with dual PH domains 1 protein-coding 0.904 0.973 0.748 7.274 0.226 0.568 2.325 0.169 0.336 0.852 1.058 1.622 0.042 0.457 0.060 0.215 0.134 0.117 1.599 0.648 0.050 0.118 0.161 0.134 0.182 0.216 0.100 0.254 3.592 1.035 1.922 nan 1.309 nan 0.906 0.128 0.011 0.296 0.132 0.269 0.054 0.201 0.157 0.112 1.687 2.475 1.530 0.114 0.308 0.222 0.028 0.916 0.215 2.725 0.068 0.182 1.973 0.716 0.131 0.382 0.087 0.181 0.061 0.022 0.338 0.108 0.074 0.499 0.677 0.157 nan 0.443 0.402 nan 0.179 0.368 0.404 0.143 0.297 nan 0.379 0.231 0.150 0.309 0.250 0.119 0.177 0.128 0.152 0.282 0.327 4375 chr16 56712433 56727835 + 0 NA Intergenic Intergenic 3752 NM_005952 4501 Hs.374950 NM_005952 ENSG00000187193 MT1X MT-1l|MT1 metallothionein 1X protein-coding nan nan nan 0.600 1.587 0.298 1.254 0.284 0.574 0.625 0.793 0.382 0.295 0.397 0.089 0.499 0.442 0.146 1.126 0.588 1.793 0.045 0.234 0.119 0.878 0.863 0.425 0.515 1.114 0.372 0.492 2.046 0.934 1.367 1.541 0.442 0.013 0.416 0.098 0.400 0.108 0.981 0.775 0.557 1.732 0.338 0.450 0.668 0.593 0.614 1.040 4.197 0.499 1.094 1.720 0.878 0.263 0.810 0.151 0.426 0.564 0.576 0.256 0.259 0.394 0.273 0.246 2.089 2.262 0.498 0.963 1.689 0.676 2.088 0.463 2.150 2.303 0.871 nan nan nan nan 2.139 1.201 0.937 0.610 0.634 0.370 nan nan 0.639 2478 chr12 11111717 11174946 + 0 NA intron (NR_133575, intron 2 of 3) L2a|LINE|L2 -3820 NM_176890 259296 Hs.688194 NM_176890 ENSG00000212126 TAS2R50 T2R50|T2R51|TAS2R51 taste 2 receptor member 50 protein-coding 0.825 0.625 0.802 0.112 0.239 0.040 0.055 0.129 0.209 0.017 0.064 0.132 0.017 0.035 0.078 0.102 0.194 0.059 0.080 0.021 0.018 0.007 0.115 0.142 0.083 0.034 0.023 0.012 0.101 0.020 0.105 0.156 0.117 0.287 0.009 0.046 0.014 0.058 0.140 0.009 0.055 0.077 0.016 0.011 0.052 0.050 0.092 0.203 0.082 0.095 0.015 0.046 0.102 0.048 0.044 0.083 0.025 0.036 0.012 0.052 0.019 0.032 0.055 0.115 0.017 0.126 0.161 0.202 0.157 1.865 0.727 nan 0.449 0.435 0.213 2.897 2.990 0.382 0.538 0.345 0.353 0.379 0.184 0.185 0.260 0.052 0.048 0.312 0.605 0.250 0.285 7498 chr3 5227996 5240800 + 0 NA intron (NM_014674, intron 1 of 11) intron (NM_014674, intron 1 of 11) 5039 NM_014674 9695 Hs.224616 NM_014674 ENSG00000134109 EDEM1 EDEM ER degradation enhancing alpha-mannosidase like protein 1 protein-coding 1.384 1.415 1.511 1.148 0.481 0.169 0.961 0.362 0.471 2.021 1.809 1.326 0.252 0.453 0.689 0.511 1.692 0.162 2.516 0.815 0.941 0.471 0.550 0.142 0.411 1.054 0.855 0.605 3.207 1.645 4.850 7.156 5.244 2.063 0.647 0.539 0.067 1.355 0.081 0.351 0.738 0.957 1.900 0.968 0.686 0.804 3.541 0.870 1.671 0.646 2.414 1.477 0.511 3.064 1.386 0.411 0.827 0.407 0.075 1.306 0.827 1.780 0.421 0.327 1.060 0.432 0.293 0.738 0.868 1.522 2.737 0.937 0.971 1.629 0.513 2.456 2.368 0.818 1.045 1.532 2.228 1.054 1.374 1.247 1.561 0.516 0.889 1.092 1.547 0.601 0.464 2340 chr11 125233719 125253401 + 0 NA intron (NM_022062, intron 5 of 12) intron (NM_022062, intron 5 of 12) -121550 NM_001301851 403312 Hs.450611 NM_203452 LOC403312 - putative uncharacterized protein MGC39545 protein-coding 1.043 1.177 0.760 0.029 0.076 0.203 0.070 0.130 0.147 0.010 0.044 0.014 0.006 0.021 0.036 1.689 0.052 0.008 0.022 0.020 0.032 0.129 0.036 0.028 0.018 0.060 0.051 0.011 0.057 0.067 0.051 0.315 0.030 0.038 0.116 0.072 0.097 0.054 0.291 0.272 0.074 0.043 0.028 0.039 0.093 0.194 0.058 0.025 0.028 0.034 1.689 0.044 0.028 0.036 0.019 0.030 0.169 0.074 0.015 0.036 0.251 1.833 0.050 0.016 0.008 0.844 1.334 0.329 0.339 0.332 0.323 0.115 0.089 0.460 0.482 0.204 0.355 0.118 0.151 1.207 1.141 0.729 1.096 0.400 0.325 2.098 5.404 0.359 0.290 8079 chr3 181522458 181527683 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 95358 NM_003106 6657 Hs.518438 NM_003106 ENSG00000181449 SOX2 ANOP3|MCOPS3 SRY-box 2 protein-coding 0.815 0.984 0.593 0.139 0.273 0.021 0.054 0.222 0.489 0.037 0.066 0.035 0.059 0.059 0.153 0.245 0.058 0.280 0.144 0.012 0.240 0.243 0.160 0.076 0.015 0.043 0.104 0.041 0.165 0.471 0.135 0.418 0.113 0.037 0.315 0.104 0.091 0.131 0.081 0.030 0.021 0.059 0.074 0.151 0.093 0.081 0.114 0.245 0.027 0.017 0.160 0.093 0.159 0.037 0.034 0.046 0.039 0.117 0.009 0.250 0.267 0.203 0.248 0.451 0.493 12.726 3.356 0.134 0.105 0.534 0.775 0.719 0.806 0.667 0.259 0.184 0.297 0.174 0.219 0.109 0.259 0.458 0.584 3555 chr14 54906263 54915508 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 -2737 NM_005776 10175 Hs.294603 NM_005776 ENSG00000100528 CNIH1 CNIH|CNIH-1|CNIL|TGAM77 cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 1 protein-coding nan nan 1.750 1.491 2.205 2.533 0.678 0.833 1.761 0.443 1.445 0.628 0.430 0.549 1.426 2.080 2.605 0.293 1.222 0.237 1.796 0.550 0.641 0.398 1.837 1.216 1.253 0.381 1.299 0.320 1.492 2.187 1.411 3.238 0.427 1.398 0.465 1.525 0.158 0.418 1.344 1.012 0.865 0.516 0.719 0.656 1.841 1.064 2.696 0.971 1.272 4.760 2.080 1.610 1.259 1.837 1.058 0.977 0.313 1.649 1.339 1.065 0.989 0.789 1.431 0.473 0.287 2.130 2.154 2.189 3.100 2.803 3.114 2.401 1.150 4.807 5.113 1.637 2.085 2.635 3.435 3.588 3.462 1.695 3.273 1.745 1.530 2.222 2.041 nan 1.068 11226 chr8 117766644 117780109 + 0 NA Intergenic Intergenic -5314 NM_003756 8667 Hs.492599 NM_003756 ENSG00000147677 EIF3H EIF3S3|eIF3-gamma|eIF3-p40 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H protein-coding nan nan 2.143 0.745 3.249 1.142 1.373 1.203 2.314 0.737 1.653 0.927 0.322 0.648 1.195 1.297 1.266 0.203 1.335 0.619 0.763 0.412 0.741 0.446 1.771 0.890 0.630 0.461 1.565 0.816 2.010 3.303 1.658 4.644 1.011 0.771 0.295 0.634 0.072 0.709 0.838 1.199 1.142 0.700 1.377 0.332 1.388 1.498 0.760 1.391 0.832 1.381 1.297 2.339 1.558 1.771 0.319 0.928 0.268 0.783 1.227 0.650 0.813 0.564 0.364 0.480 0.361 2.177 1.990 1.908 2.730 3.260 3.188 nan 2.373 10.495 nan 1.949 nan 2.651 2.820 2.963 2.874 1.831 2.496 2.691 3.276 2.288 2.423 2.788 1.398 720 chr1 151848042 151885266 + 0 NA intron (NM_053055, intron 2 of 5) intron (NM_053055, intron 2 of 5) 15707 NM_053055 117145 Hs.164070 NM_053055 ENSG00000159445 THEM4 CTMP thioesterase superfamily member 4 protein-coding nan nan 1.017 0.421 0.141 0.111 0.835 0.190 0.344 0.107 0.364 0.411 0.125 0.210 0.129 0.155 0.338 0.130 0.991 0.510 0.626 0.044 0.265 0.326 0.282 0.438 0.259 0.150 0.345 0.311 4.338 9.778 0.363 0.533 0.557 0.541 0.041 0.277 0.111 0.286 0.147 0.362 0.275 0.218 0.249 0.122 0.702 0.266 0.372 0.308 1.263 2.044 0.155 0.610 0.454 0.282 0.586 0.898 0.060 0.549 0.444 0.598 0.200 0.302 0.075 0.063 0.032 0.641 0.532 0.225 0.265 0.349 nan 0.566 0.201 0.607 0.613 0.377 0.605 0.603 0.764 0.666 0.481 0.729 0.875 0.244 0.283 0.892 1.607 0.739 0.417 9557 chr6 31364685 31372885 + 0 NA promoter-TSS (NR_148222).5 promoter-TSS (NR_148222).5 -538 NR_148222 101929072 Hs.733344 NR_148222 MICA-AS1 - MICA antisense RNA 1 ncRNA nan 1.064 nan 5.011 0.142 0.145 3.958 0.158 0.193 1.224 3.195 2.391 2.222 0.735 0.098 1.261 3.068 0.766 2.941 0.973 4.238 2.683 0.154 0.103 0.173 2.860 2.914 1.013 2.096 1.845 1.738 2.562 2.218 0.736 1.278 2.946 0.035 4.091 0.242 1.230 0.097 6.966 3.871 1.743 2.060 1.105 0.884 5.707 2.273 6.960 3.523 2.029 1.261 3.741 5.187 0.173 0.866 1.025 0.071 5.152 2.691 0.145 0.046 2.357 2.325 1.601 0.383 0.354 2.925 nan nan 0.260 0.310 0.161 0.289 0.286 0.261 0.411 0.361 0.284 0.282 0.152 0.577 0.906 0.175 0.199 0.197 0.318 0.361 0.275 4430 chr16 69980858 69988738 + 0 NA promoter-TSS (NM_001271197) promoter-TSS (NM_001271197) -7 NM_182619 348174 Hs.592064 NM_182619 ENSG00000157322 CLEC18A MRCL|MRCL1|MRLP2 C-type lectin domain family 18 member A protein-coding nan nan 0.451 0.058 0.182 0.212 0.099 0.150 0.287 0.049 0.139 0.083 0.016 0.060 0.064 0.286 0.039 0.104 0.202 0.065 0.123 0.060 0.106 0.045 0.077 0.073 0.140 0.130 0.027 0.095 0.194 0.080 0.260 0.096 0.036 0.110 0.010 0.015 9.290 0.223 0.117 0.078 0.028 0.068 0.130 0.097 0.124 0.081 0.040 0.133 0.286 0.224 0.034 0.045 0.031 0.052 0.244 0.169 0.078 0.061 0.037 0.032 0.039 0.013 0.325 0.360 0.145 0.252 0.287 0.303 0.383 0.138 0.454 0.521 0.108 nan 0.235 0.457 0.480 0.353 0.111 0.294 0.032 0.042 0.248 0.411 0.573 0.581 460 chr1 71871474 71884253 + 0 NA intron (NM_173808, intron 6 of 6) L2c|LINE|L2 330856 NR_046217 100852410 Hs.535534 NR_046217 ENSG00000229956 ZRANB2-AS2 - ZRANB2 antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan 0.776 0.873 0.062 0.411 0.088 0.028 0.188 0.469 0.067 0.035 0.014 0.077 0.105 0.118 0.113 0.176 0.058 0.029 0.015 0.011 0.294 0.193 0.299 0.017 0.017 0.037 0.017 0.081 0.034 0.045 0.344 0.008 0.042 0.052 0.060 0.110 0.006 0.072 0.010 0.006 0.025 0.006 0.105 0.040 0.013 0.028 0.031 0.010 0.118 0.073 0.029 0.299 0.039 0.039 0.004 0.016 0.013 0.031 0.058 0.009 0.008 0.523 0.321 0.226 0.206 0.551 nan 6.277 2.509 1.122 1.105 0.618 nan 0.993 0.927 0.422 0.155 0.186 0.263 0.184 0.214 0.350 0.623 0.679 0.452 2449 chr12 6975152 7001697 + 0 NA intron (NR_135083, intron 2 of 3) intron (NR_135083, intron 2 of 3) -4721 NR_002803 283345 Hs.720698 NR_002803 ENSG00000240370 RPL13P5 RPL13-2|RPL13L|RPL13_4_1199|RRPL13L ribosomal protein L13 pseudogene 5 pseudo 2.125 nan nan 1.962 2.903 1.393 1.693 0.821 1.544 0.550 1.520 1.228 0.715 0.731 1.822 1.370 0.496 0.097 1.739 0.693 1.855 0.572 0.748 0.575 1.390 2.812 2.924 0.629 2.880 1.511 1.900 3.472 2.350 3.761 0.518 1.829 0.302 1.753 0.169 0.810 1.593 1.371 0.975 0.532 1.528 2.924 1.933 2.977 5.477 3.638 1.925 1.907 1.370 2.084 1.260 1.390 0.873 0.825 2.410 4.681 0.554 0.999 0.766 1.610 0.667 0.992 0.632 0.767 1.098 1.948 2.738 nan 3.473 4.726 1.778 2.433 2.666 1.972 2.566 1.929 2.377 1.535 1.715 0.912 1.762 1.484 1.461 2.151 nan 0.921 0.467 4627 chr17 17456202 17475289 + 0 NA intron (NM_148172, intron 2 of 6) intron (NM_148172, intron 2 of 6) 15034 NM_148173 10400 Hs.714193 NM_007169 ENSG00000133027 PEMT PEAMT|PEMPT|PEMT2|PLMT|PNMT phosphatidylethanolamine N-methyltransferase protein-coding 1.059 0.630 1.039 0.046 0.683 4.344 0.141 0.374 0.606 0.020 0.153 0.102 0.041 1.036 1.806 0.731 0.086 0.042 0.094 0.027 0.073 0.022 0.190 0.099 0.997 0.283 0.236 0.050 0.075 0.022 0.992 3.563 0.271 0.980 0.039 0.217 0.055 0.049 0.054 0.006 0.050 0.121 0.122 0.070 0.017 0.089 0.073 0.105 0.243 0.134 1.312 0.727 0.731 0.103 0.071 0.997 0.128 0.252 0.463 0.153 2.282 0.133 0.114 0.201 0.032 0.027 0.011 0.595 1.058 0.316 nan 1.079 1.260 1.010 0.545 0.366 0.358 0.314 0.746 4.138 4.217 nan 1.039 0.304 0.329 0.164 0.188 0.546 0.801 1.403 0.746 10278 chr7 30173261 30229850 + 0 NA 3' UTR (NM_152793, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_152793, exon 3 of 3) 27003 NM_152793 222166 Hs.200100 NM_152793 ENSG00000180354 MTURN C7orf41|Ells1 maturin, neural progenitor differentiation regulator homolog protein-coding 2.197 2.624 3.719 0.513 0.993 1.344 0.457 2.106 4.066 0.157 0.483 0.303 0.059 0.176 1.604 2.810 0.428 0.100 0.406 0.255 0.033 0.049 1.297 0.841 6.445 0.433 0.290 0.176 0.786 0.246 0.820 2.103 1.928 3.914 0.377 0.238 1.124 0.254 0.132 0.160 0.739 0.355 0.125 0.091 0.469 0.459 0.302 0.328 0.295 0.223 0.321 0.589 2.810 1.002 0.122 6.445 0.274 0.132 0.266 0.331 0.543 0.846 0.528 0.232 0.127 0.149 0.106 1.098 1.267 0.743 1.191 3.074 nan 2.720 0.887 0.820 0.855 1.646 nan nan nan 0.744 0.612 0.643 1.077 3.395 4.257 0.644 nan 1.713 1.100 244 chr1 33720494 33727663 + 0 NA intron (NM_152493, intron 1 of 8) intron (NM_152493, intron 1 of 8) 1904 NM_152493 149076 Hs.743358 NM_152493 ENSG00000160094 ZNF362 RN|lin-29 zinc finger protein 362 protein-coding 5.057 nan 6.981 2.384 3.638 2.529 2.190 1.789 3.298 1.469 1.366 1.310 0.978 1.822 1.947 3.948 1.375 0.089 0.899 0.088 3.345 1.780 2.166 1.005 10.900 1.457 2.010 0.964 2.104 0.358 2.976 7.966 5.221 5.410 0.591 0.517 0.290 3.244 0.107 0.824 2.666 2.079 0.960 0.682 0.501 1.444 3.401 1.965 2.337 2.323 1.026 2.067 3.948 1.132 2.474 10.900 0.830 2.087 0.925 3.609 1.334 1.050 1.035 1.586 1.665 0.619 0.436 2.176 3.405 5.738 6.975 12.598 11.520 nan 1.286 2.668 2.515 3.212 4.368 8.506 12.666 nan 4.913 2.292 4.179 1.323 1.004 3.930 3.955 1.792 nan 4107 chr15 82412673 82441030 + 0 NA intron (NM_001040610, intron 17 of 17) intron (NM_001040610, intron 17 of 17) 45916 NR_120367 101929690 Hs.176109 NR_120367 ENSG00000259518 LINC01583 - long intergenic non-protein coding RNA 1583 ncRNA 0.599 nan 0.758 0.574 0.242 0.016 0.512 0.153 0.274 0.071 0.239 0.262 0.169 0.035 0.081 0.131 0.486 0.091 0.314 0.188 0.076 0.034 0.165 0.129 0.413 0.433 0.215 0.082 0.361 0.436 0.312 0.813 0.349 0.417 0.288 0.099 0.010 0.085 0.100 0.379 0.090 0.102 0.155 0.113 0.213 0.232 0.228 5.711 0.128 0.716 0.044 0.198 0.131 0.197 0.308 0.413 0.121 0.155 0.048 0.072 0.178 0.419 0.045 0.079 0.340 0.667 0.484 0.297 0.259 0.507 1.051 0.253 0.342 0.414 0.129 0.190 0.237 0.463 0.704 1.145 1.283 0.597 0.255 0.205 0.316 0.069 0.095 0.261 0.597 0.403 0.354 7723 chr3 107798589 107825813 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2266 NM_001777 961 Hs.446414 NM_001777 ENSG00000196776 CD47 IAP|MER6|OA3 CD47 molecule protein-coding nan nan 1.152 0.439 0.342 0.364 0.719 1.357 2.314 0.137 0.399 0.243 0.200 0.070 0.406 0.484 0.855 0.148 0.560 0.195 0.098 0.046 1.053 0.627 1.489 0.648 0.476 0.312 0.888 0.662 0.308 0.725 0.506 0.825 0.183 0.151 0.375 0.164 0.070 0.239 1.174 1.012 0.345 0.203 0.848 0.255 0.422 0.617 0.413 0.558 0.198 0.341 0.484 0.421 0.448 1.489 0.167 0.242 0.333 0.652 0.276 0.377 0.189 0.348 0.232 0.053 0.045 0.670 0.763 1.751 2.742 1.863 1.906 4.785 2.091 0.995 0.972 0.744 1.226 0.496 0.654 1.451 1.214 0.361 0.695 1.022 1.085 0.806 1.741 2.121 1.187 9999 chr6 147827727 147833441 + 0 NA intron (NM_001030060, intron 1 of 1) intron (NM_001030060, intron 1 of 1) 756 NM_001030060 389432 Hs.567973 NM_001030060 ENSG00000203727 SAMD5 dJ875H10.1 sterile alpha motif domain containing 5 protein-coding nan 0.824 nan 0.134 0.154 0.399 0.432 0.181 0.227 0.050 0.054 0.326 0.011 1.412 0.108 0.702 3.163 0.274 0.185 0.134 0.022 0.218 0.117 0.063 1.015 0.523 0.293 0.355 0.018 0.781 0.581 0.196 0.597 0.180 1.901 0.017 0.245 0.070 0.164 0.054 0.258 0.684 0.691 0.192 0.080 0.253 0.087 1.909 2.334 0.716 1.161 0.702 0.235 0.226 0.063 1.232 0.987 0.117 1.324 0.054 0.600 0.586 0.027 0.071 0.009 0.725 0.473 11.250 13.691 0.972 0.845 10.078 3.172 1.554 1.148 0.344 0.501 0.368 0.467 4.339 4.050 1.161 3.968 0.247 0.228 0.269 0.732 0.341 0.471 8744 chr5 8617566 8630811 + 0 NA Intergenic L1MB7|LINE|L1 163150 NR_039663 100616142 NR_039663 ENSG00000284000 MIR4458 mir-4458 microRNA 4458 ncRNA 0.775 1.053 2.872 0.110 1.807 0.304 0.051 0.238 0.341 0.007 0.065 0.049 0.009 0.066 1.610 0.116 0.214 0.204 0.133 0.014 0.021 2.688 1.150 0.127 0.005 0.005 0.011 0.147 0.008 0.067 0.044 0.122 0.820 0.033 0.053 0.258 0.057 0.117 0.009 0.114 0.077 0.014 0.035 0.017 0.051 0.139 0.147 0.016 0.025 0.066 0.035 0.116 0.114 0.028 0.127 0.031 0.051 0.465 0.013 0.107 0.036 0.037 0.656 0.011 0.025 0.027 0.422 0.240 0.192 nan 1.701 1.604 0.100 0.078 0.071 0.084 0.297 0.432 nan 1.690 nan 2.186 0.109 0.230 1.941 1.713 0.512 1.540 3.589 nan 8411 chr4 69230967 69242119 + 0 NA Intergenic Intergenic -20708 NM_001031732 91746 Hs.175955 NM_133370 ENSG00000083896 YTHDC1 YT521|YT521-B YTH domain containing 1 protein-coding nan nan 0.599 2.091 0.206 0.020 1.204 0.072 0.152 1.319 0.696 0.157 1.346 0.018 0.088 0.217 0.134 0.072 0.907 0.255 4.271 0.012 0.079 0.066 0.096 0.186 0.092 0.732 1.275 1.350 0.198 0.436 1.266 0.231 1.183 0.081 0.017 0.097 0.104 0.127 0.065 2.201 0.473 0.293 1.295 0.964 0.915 0.230 0.268 0.107 0.092 0.546 0.217 1.082 0.025 0.096 0.262 1.802 0.018 0.471 0.046 0.036 0.054 0.034 0.598 0.356 0.141 0.315 0.217 0.681 2.181 0.144 0.207 0.375 0.128 0.234 0.250 0.139 0.232 0.268 0.367 0.346 0.191 0.128 0.216 0.049 0.068 0.111 0.200 0.285 0.269 11380 chr8 144230516 144245874 + 0 NA Intergenic Intergenic 3262 NM_002347 4062 Hs.159590 NM_002347 ENSG00000176956 LY6H NMLY6 lymphocyte antigen 6 family member H protein-coding 1.072 0.882 nan 0.086 0.098 0.442 0.110 0.156 0.333 0.013 0.086 0.018 0.005 0.048 0.135 0.593 0.084 0.032 0.068 0.025 0.020 0.018 0.050 0.043 0.055 0.041 0.009 0.058 0.066 0.013 0.447 0.842 0.069 1.333 0.076 0.042 0.012 0.148 0.068 0.026 0.125 0.051 0.010 0.028 0.025 0.063 0.182 0.085 0.064 0.015 0.053 0.593 0.094 0.024 0.055 0.039 0.059 0.070 0.221 0.084 0.077 0.395 0.040 0.015 0.034 0.013 0.936 1.137 0.107 0.136 nan 1.281 nan 0.087 0.199 0.172 4.510 6.909 0.102 0.094 0.362 0.219 0.958 1.230 0.096 0.082 0.141 0.158 0.378 0.477 4838 chr17 47066627 47083833 + 0 NA exon (NM_006546, exon 1 of 15) exon (NM_006546, exon 1 of 15) 456 NM_001160423 10642 Hs.144936 NM_006546 ENSG00000159217 IGF2BP1 CRD-BP|CRDBP|IMP-1|IMP1|VICKZ1|ZBP1 insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1 protein-coding 1.224 1.094 nan 1.280 0.184 0.032 0.138 0.116 0.305 0.665 0.060 1.156 0.165 0.006 2.248 0.112 0.114 0.132 2.179 0.686 0.469 3.359 0.073 0.145 0.056 0.647 0.488 1.168 0.056 0.037 0.167 nan 0.082 0.374 0.034 0.219 0.039 4.274 0.131 0.055 0.037 4.254 0.088 0.086 0.063 0.295 2.188 1.130 6.299 3.812 0.027 0.053 0.112 1.590 0.005 0.056 0.029 0.583 0.006 5.345 0.006 0.061 0.046 4.186 0.040 0.017 0.012 0.330 0.284 0.533 0.763 0.231 nan 0.237 0.116 2.692 2.760 0.242 0.510 4.538 nan 7.279 7.109 0.129 0.194 0.164 0.230 8.073 9.451 0.157 0.262 2811 chr12 79716127 79730424 + 0 NA intron (NM_005639, intron 8 of 10) intron (NM_005639, intron 8 of 10) -89762 NR_031700 100302136 NR_031700 ENSG00000221788 MIR1252 MIRN1252|hsa-mir-1252 microRNA 1252 ncRNA nan 0.929 0.661 0.095 0.121 0.311 0.075 0.336 0.400 0.020 0.092 0.110 0.039 0.063 0.590 0.360 0.157 0.203 0.105 0.040 0.049 0.010 0.326 0.309 0.268 0.087 0.021 0.021 0.137 0.059 0.036 0.126 0.070 0.551 0.102 0.297 0.020 0.023 0.096 0.017 0.065 0.020 0.017 0.011 0.045 0.050 0.101 0.233 0.365 0.055 0.077 0.117 0.360 0.065 0.054 0.268 0.043 0.094 0.034 0.061 0.106 0.034 0.049 0.068 0.026 0.032 0.007 0.283 0.219 0.289 0.193 0.827 1.051 0.593 0.212 0.323 0.384 3.602 3.790 nan 0.949 0.478 0.270 0.134 0.246 0.073 0.073 0.298 0.586 nan 0.960 6672 chr2 222378243 222408574 + 0 NA intron (NM_001304537, intron 2 of 16) MIRc|SINE|MIR 43670 NM_001304537 2043 Hs.371218 NM_004438 ENSG00000116106 EPHA4 HEK8|SEK|TYRO1 EPH receptor A4 protein-coding nan 0.993 0.923 0.293 0.232 0.159 0.889 0.376 0.786 0.009 0.064 0.183 0.129 0.063 0.074 0.420 0.122 0.096 0.344 0.268 0.010 0.005 0.226 0.132 0.215 0.540 0.261 0.008 0.799 0.578 2.010 4.067 2.194 nan 0.481 0.103 0.082 0.047 0.121 0.388 0.076 0.061 0.048 0.016 0.225 0.347 0.559 0.122 0.166 0.053 0.016 0.079 0.420 0.772 1.023 0.215 0.140 0.276 0.068 0.063 0.440 0.156 0.573 0.164 0.140 0.601 0.866 0.478 0.368 2.026 4.442 0.233 0.317 0.433 0.119 1.131 1.252 1.118 1.548 0.793 nan 0.389 0.146 0.814 1.316 0.475 0.818 0.342 nan 0.419 0.351 5149 chr18 9608713 9660346 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 19267 NR_110774 101927323 Hs.151204 NR_110773 ENSG00000263627 PPP4R1-AS1 - PPP4R1 antisense RNA 1 ncRNA 1.410 1.207 1.163 1.039 0.497 0.215 1.863 0.167 0.367 0.887 0.795 0.641 0.591 0.230 0.345 0.229 0.604 0.153 2.492 1.182 0.864 0.186 0.185 0.173 0.732 1.500 1.133 0.732 2.249 1.229 0.933 1.807 2.431 nan 1.301 0.926 0.335 0.592 0.137 0.426 0.257 2.768 0.754 0.395 1.755 0.947 2.896 1.094 0.902 0.991 0.618 2.241 0.229 3.077 1.545 0.732 0.550 2.680 0.128 1.236 0.177 0.656 0.099 0.221 0.567 0.278 0.183 0.653 0.724 1.027 2.298 1.165 1.075 nan 0.526 1.054 1.059 0.384 nan 0.811 1.240 nan 0.635 0.261 0.473 1.008 1.178 0.510 nan nan 0.578 10431 chr7 75155947 75165860 + 0 NA Intergenic Intergenic -3450 NR_028059 5387 Hs.659871 NM_005395 ENSG00000127957 PMS2P3 PMS2L3|PMS2L9|PMS5|PMSR3 PMS1 homolog 2, mismatch repair system component pseudogene 3 pseudo nan 0.855 1.682 0.802 0.788 0.455 2.598 0.697 1.061 0.328 1.269 1.103 0.170 0.313 0.895 1.045 1.307 0.326 1.914 0.972 0.772 0.377 0.613 0.334 0.893 4.284 3.610 0.868 2.613 0.893 1.093 2.067 3.806 1.510 0.473 0.831 0.221 1.227 0.168 1.127 0.617 1.026 0.876 0.559 1.136 2.180 1.210 0.861 1.102 2.190 1.714 1.007 1.045 2.254 1.967 0.893 1.106 0.709 0.374 1.120 0.450 1.803 0.236 0.322 0.867 0.673 0.507 1.363 1.424 1.417 nan 1.681 1.587 2.013 0.842 1.079 1.066 0.695 nan 1.006 nan 1.570 1.607 1.246 2.108 0.955 0.916 1.381 2.011 1.278 0.868 4901 chr17 60850097 60889078 + 0 NA intron (NM_152598, intron 2 of 10) intron (NM_152598, intron 2 of 10) 14427 NM_001100875 162333 Hs.665663 NM_152598 ENSG00000173838 MARCH10 MARCH-X|RNF190 membrane associated ring-CH-type finger 10 protein-coding 1.385 nan 1.010 0.841 0.617 0.313 2.297 0.890 1.693 0.235 2.078 1.107 0.131 0.137 1.885 1.079 0.398 0.112 1.346 0.712 0.174 0.043 0.732 0.249 2.279 0.995 0.697 0.143 0.927 0.606 4.408 9.481 1.261 1.405 1.740 0.399 0.058 0.072 0.112 0.457 0.824 0.947 0.145 0.058 1.719 0.686 2.204 1.797 0.631 0.139 1.013 1.890 1.079 2.010 1.531 2.279 0.977 1.981 0.366 0.754 1.028 1.346 0.459 0.091 1.481 0.612 0.388 1.568 1.922 1.466 1.709 0.989 0.858 1.270 0.374 3.758 4.098 0.357 nan 3.720 4.290 0.954 0.776 0.748 1.097 0.496 0.732 0.282 0.428 0.954 0.719 6348 chr2 127901014 127914253 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -42730 NM_139344 274 Hs.193163 NM_004305 ENSG00000136717 BIN1 AMPH2|AMPHL|CNM2|SH3P9 bridging integrator 1 protein-coding 0.853 nan nan 1.361 0.085 0.046 1.063 0.096 0.107 0.220 0.878 0.666 0.014 0.030 0.067 0.151 0.213 0.205 2.347 1.391 0.099 0.042 0.084 0.112 0.091 0.975 0.475 0.022 0.238 0.883 0.088 0.448 0.401 0.368 1.267 0.214 0.007 0.033 0.080 0.222 0.012 2.272 0.100 0.065 1.302 0.455 4.780 4.382 0.240 0.486 0.036 0.341 0.151 0.479 0.074 0.091 0.138 0.075 0.039 0.101 0.046 0.513 0.030 0.281 0.456 0.080 0.061 0.377 0.289 0.494 0.490 0.223 0.284 0.144 0.141 0.325 0.341 0.112 0.235 0.319 0.350 0.432 0.236 0.161 0.255 0.051 0.080 0.322 0.928 0.293 0.331 1386 chr10 24525291 24554548 + 0 NA intron (NM_001098500, intron 3 of 18) AluSx|SINE|Alu -24695 NR_030334 693188 NR_030334 ENSG00000207930 MIR603 MIRN603|hsa-mir-603 microRNA 603 ncRNA 0.566 1.183 2.232 0.338 0.069 0.491 0.547 0.103 0.144 0.440 0.085 0.054 1.878 0.017 0.364 0.183 0.367 0.214 0.444 0.188 0.026 0.028 0.021 0.070 0.053 0.199 0.107 0.023 0.205 0.115 0.378 1.702 0.823 0.150 0.201 0.055 0.006 0.052 0.069 0.012 0.066 0.054 0.033 0.021 0.116 0.208 0.291 0.121 0.133 0.022 0.032 1.450 0.183 0.520 0.019 0.053 0.367 0.952 0.073 0.105 0.021 0.038 1.002 0.085 0.049 0.022 0.014 0.842 0.780 2.483 6.022 0.273 0.257 0.203 0.103 0.178 0.157 0.120 0.222 0.096 0.098 0.241 0.111 0.615 1.388 0.043 0.033 0.176 0.214 0.110 0.173 8883 chr5 43306097 43316889 + 0 NA intron (NM_001324224, intron 1 of 9) intron (NM_001324224, intron 1 of 9) 1833 NM_001324219 3157 Hs.397729 NM_002130 ENSG00000112972 HMGCS1 HMGCS 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 1 protein-coding 1.587 2.298 2.796 2.885 3.771 1.847 2.217 1.033 2.310 1.231 0.817 1.531 0.288 0.654 3.578 2.962 3.351 0.475 3.652 1.339 0.504 0.719 1.406 1.180 3.482 1.105 0.677 0.336 2.415 1.583 1.024 2.677 3.099 4.146 0.917 0.878 0.608 0.588 0.151 0.260 0.587 1.667 1.102 0.632 1.023 1.119 3.050 0.586 1.470 1.878 1.693 1.516 2.962 4.489 1.205 3.482 0.338 0.651 0.673 1.339 1.073 1.162 2.111 0.775 0.471 0.512 0.246 1.397 1.722 1.681 2.949 4.374 3.486 3.609 3.632 2.884 3.054 4.039 4.144 2.167 2.766 3.389 2.136 2.048 4.885 1.818 1.388 1.361 2.258 2.178 1.328 1536 chr10 77153474 77178790 + 0 NA intron (NR_110302, intron 1 of 1) CpG-2974 2209 NR_110302 100131213 Hs.534598 NR_024421 ENSG00000237149 ZNF503-AS2 C10orf41|NCRNA00245 ZNF503 antisense RNA 2 ncRNA 1.579 nan 4.171 0.875 1.297 1.183 0.500 2.382 4.412 1.303 2.599 1.150 2.298 3.080 1.631 0.957 0.833 0.079 1.060 0.496 4.334 4.926 0.688 0.319 3.319 2.185 2.717 0.361 2.269 0.420 2.518 3.464 2.077 4.827 0.311 1.359 1.850 0.091 1.604 1.612 4.624 1.510 0.875 2.063 0.349 4.963 1.245 1.614 0.393 1.991 1.421 0.957 0.341 0.438 3.319 0.928 1.963 0.401 2.628 0.797 0.323 2.174 0.068 3.273 1.242 1.002 3.211 4.810 1.772 2.018 2.857 2.266 3.257 1.095 1.163 1.194 0.564 0.880 3.616 nan 0.785 0.791 2.315 4.465 0.002 0.187 nan 1.438 0.806 7851 chr3 134513397 134529927 + 0 NA intron (NM_004441, intron 1 of 15) intron (NM_004441, intron 1 of 15) 7563 NM_004441 2047 Hs.116092 NM_004441 ENSG00000154928 EPHB1 ELK|EPHT2|Hek6|NET EPH receptor B1 protein-coding 1.026 nan nan 0.074 0.852 0.960 0.107 0.605 1.110 0.043 0.115 0.049 0.335 0.661 0.137 0.128 0.032 0.023 0.023 0.189 0.160 0.087 0.038 0.018 0.046 0.086 0.006 0.145 0.341 0.090 2.513 0.035 0.052 0.110 0.204 0.054 0.150 0.157 0.161 0.056 0.028 0.039 0.028 0.035 0.202 0.059 0.065 0.009 0.020 0.661 0.026 0.040 0.087 0.007 0.035 0.312 0.144 0.025 0.033 0.218 0.022 0.037 0.062 0.019 0.354 0.234 1.220 1.641 1.203 0.924 5.656 1.421 0.214 0.210 0.306 0.671 0.874 0.953 nan 0.329 0.377 0.804 0.585 0.493 0.151 0.172 0.225 0.346 452 chr1 68286181 68304807 + 0 NA intron (NM_018841, intron 1 of 3) intron (NM_018841, intron 1 of 3) -2477 NR_040077 100289178 Hs.677603 NR_040077 ENSG00000232284 GNG12-AS1 - GNG12 antisense RNA 1 ncRNA 2.288 1.238 nan 1.220 0.202 0.024 0.813 0.284 0.666 0.319 1.231 1.305 0.156 0.232 0.157 0.536 1.395 0.145 1.239 0.435 0.785 1.028 0.380 0.195 0.128 0.687 0.675 0.706 1.493 0.430 0.838 1.910 0.646 1.689 0.494 0.998 0.088 0.186 0.109 0.405 0.047 1.937 1.221 0.642 0.832 0.693 1.222 1.275 1.106 1.282 0.776 0.552 0.536 1.120 1.470 0.128 0.333 0.536 0.172 1.301 0.207 0.938 0.049 2.470 0.712 0.615 0.397 0.343 0.251 1.013 1.637 0.644 0.695 2.260 0.498 0.702 0.705 nan nan 1.418 nan 1.276 1.144 0.243 0.365 0.548 0.863 2.406 5.097 1.467 0.963 295 chr1 40218013 40230261 + 0 NA 3' UTR (NM_001720, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_001720, exon 7 of 7) 12883 NM_022120 64064 Hs.472491 NM_022120 ENSG00000198754 OXCT2 FKSG25|SCOTT 3-oxoacid CoA-transferase 2 protein-coding 16.754 0.607 nan 0.070 2.902 0.140 0.209 0.140 0.348 0.032 0.089 0.105 0.026 0.108 0.124 4.608 0.090 0.119 0.112 0.031 0.072 0.034 0.493 0.523 0.207 0.045 0.047 0.076 0.111 0.085 0.195 0.086 0.327 0.024 0.087 0.031 0.098 0.087 0.058 0.181 0.039 0.031 0.026 0.056 0.120 0.181 0.073 0.128 0.032 0.069 4.608 0.086 0.069 0.207 0.030 0.054 0.257 0.057 0.017 0.077 0.145 0.204 0.019 0.019 0.016 0.310 0.256 0.365 0.431 0.980 1.002 0.332 0.203 0.365 0.437 0.915 nan 23.412 26.054 0.793 0.847 0.421 nan 0.189 0.204 0.362 0.561 13.607 9.224 7051 chr20 52176964 52244595 + 0 NA Intergenic CpG -11143 NM_006526 7764 Hs.155040 NM_006526 ENSG00000171940 ZNF217 ZABC1 zinc finger protein 217 protein-coding 1.807 1.796 1.443 2.697 0.528 0.712 1.346 0.341 0.630 2.610 2.441 1.485 1.033 0.077 0.915 1.215 2.391 0.423 1.804 0.760 2.139 1.512 0.090 0.107 0.122 1.644 1.626 0.896 1.856 0.959 3.214 4.287 3.490 0.757 1.035 3.254 0.048 6.508 0.286 1.880 0.837 3.953 1.879 0.897 1.708 1.253 2.892 4.867 2.140 2.833 1.176 1.554 1.215 1.592 1.879 0.122 1.086 1.552 0.295 4.387 0.148 1.893 0.536 0.682 2.177 2.085 2.032 0.846 nan 1.235 3.255 0.942 0.957 0.306 0.133 0.775 0.793 1.194 1.515 0.835 1.155 1.815 1.536 0.741 1.257 0.085 0.107 1.616 2.607 0.314 0.366 3956 chr15 52283608 52316391 + 0 NA Intergenic MER45B|DNA|hAT-Tip100 -11412 NM_002748 5597 Hs.411847 NM_002748 ENSG00000069956 MAPK6 ERK3|HsT17250|PRKM6|p97MAPK mitogen-activated protein kinase 6 protein-coding 1.115 1.423 1.421 0.611 1.015 0.164 1.440 0.396 0.779 0.382 1.290 1.057 0.356 0.346 0.292 0.620 0.999 0.294 1.450 0.694 0.493 0.241 0.334 0.258 0.712 1.204 1.086 0.441 0.615 0.347 1.693 4.422 0.817 1.040 0.794 1.324 0.125 0.450 0.102 0.335 0.230 0.424 0.456 0.262 1.157 0.341 0.664 1.096 1.403 1.078 0.751 2.068 0.620 1.191 1.995 0.712 1.361 0.553 0.148 0.559 0.404 0.791 0.281 0.189 1.090 0.313 0.234 0.978 1.176 1.415 2.012 0.695 0.650 1.515 0.681 1.333 1.206 0.810 1.123 1.408 2.032 1.035 0.823 1.007 1.432 0.758 1.359 0.914 1.036 0.748 0.565 7377 chr22 30083127 30142340 + 0 NA Intergenic Intergenic -3611 NM_182527 164633 Hs.643608 NM_182527 ENSG00000100314 CABP7 CALN2 calcium binding protein 7 protein-coding nan 0.881 2.666 0.181 0.362 3.311 0.262 0.282 0.561 0.066 0.102 0.089 0.017 0.293 0.669 1.002 0.150 0.106 0.320 0.157 0.041 0.019 0.556 0.362 0.362 0.125 0.071 0.054 0.154 0.128 0.136 nan 0.099 5.514 0.056 0.081 1.436 0.070 0.057 0.072 0.091 0.123 0.044 0.027 0.074 0.069 0.205 0.118 0.138 0.075 0.038 0.112 1.002 0.294 0.142 0.362 0.029 0.067 1.240 0.211 2.988 0.544 0.236 0.253 0.034 0.025 0.010 0.982 1.819 0.247 nan 1.457 1.193 1.622 0.354 0.333 0.329 2.135 nan 1.173 1.497 1.321 1.567 0.399 0.493 2.590 2.487 0.568 nan 4.312 2.010 1618 chr10 102801697 102812108 + 0 NA Intergenic Intergenic -14097 NM_001319303 81621 Hs.534859 NM_030929 ENSG00000107821 KAZALD1 BONO1|FKSG28|FKSG40|IGFBP-rP10 Kazal type serine peptidase inhibitor domain 1 protein-coding nan nan 1.502 0.548 1.550 1.661 1.657 3.810 6.185 0.468 1.650 1.263 0.429 1.263 4.886 0.678 0.838 0.186 0.912 0.541 1.210 1.230 0.902 0.417 3.301 1.210 1.069 0.882 1.520 0.473 1.279 2.741 0.642 2.782 0.397 1.223 0.267 0.907 0.066 0.599 0.378 1.505 1.028 0.501 1.022 0.494 0.362 0.928 1.485 1.392 0.895 1.123 0.678 1.178 1.491 3.301 0.401 0.649 0.550 1.018 1.453 1.544 1.414 0.390 0.545 0.664 0.435 3.604 3.679 2.210 3.125 4.173 3.793 4.609 1.919 1.320 1.346 0.799 nan 4.884 6.317 0.827 0.669 1.213 1.633 1.431 1.297 1.283 nan 2.407 1.141 77 chr1 10088387 10125548 + 0 NA intron (NM_001105562, intron 1 of 27) MLT1J-int|LTR|ERVL-MaLR 13926 NM_006048 10277 Hs.593974 NM_006048 ENSG00000130939 UBE4B E4|HDNB1|UBOX3|UFD2|UFD2A ubiquitination factor E4B protein-coding 1.523 1.189 nan 0.461 2.277 0.804 0.475 0.349 0.629 0.267 0.668 0.899 0.826 0.178 0.383 0.451 0.729 0.336 0.727 0.259 0.484 0.383 0.300 0.230 0.364 0.603 0.374 0.576 0.482 0.193 0.355 0.941 0.463 2.218 0.342 0.555 0.054 0.844 0.165 0.133 0.237 0.541 0.478 0.271 0.235 0.272 0.399 0.492 0.344 0.947 0.251 0.371 0.451 0.677 0.740 0.364 0.131 0.178 0.617 0.497 0.240 0.488 0.176 1.257 0.184 0.164 0.085 0.806 0.870 0.835 1.310 1.488 1.630 0.425 0.191 1.494 nan 2.259 nan 4.518 6.183 nan 1.332 0.348 0.526 0.308 0.389 1.612 3.220 0.909 0.596 541 chr1 95533754 95539579 + 0 NA intron (NM_144988, intron 1 of 3) MIR|SINE|MIR 1841 NR_131032 199857 Hs.408927 NM_144988 ENSG00000172339 ALG14 CMS15 ALG14, UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunit protein-coding nan nan 1.661 2.066 1.491 2.384 1.057 0.852 1.629 0.541 1.090 1.620 0.557 11.594 2.091 1.340 1.408 0.193 1.714 0.652 1.265 0.762 0.606 0.308 1.290 1.070 1.143 0.642 1.341 0.506 2.118 2.736 0.864 4.727 0.730 1.312 0.211 1.699 0.115 0.325 0.518 1.375 0.656 0.321 0.769 0.815 2.671 1.166 1.845 1.360 1.231 1.675 1.340 0.907 3.526 1.290 0.609 0.624 0.284 1.104 0.734 1.026 0.931 0.760 1.017 0.494 0.366 0.760 1.167 1.225 2.181 2.443 nan 2.123 0.790 2.621 3.276 2.778 nan 2.637 2.308 nan 2.059 0.673 1.521 1.018 1.092 1.698 2.890 2.211 1.224 8660 chr4 183047252 183219637 + 0 NA Intergenic Intergenic -31140 NM_001080477 55714 Hs.130438 NM_001080477 ENSG00000218336 TENM3 MCOPCB9|ODZ3|TNM3|Ten-m3|ten-3 teneurin transmembrane protein 3 protein-coding nan 0.717 nan 0.319 0.031 0.349 0.168 0.187 0.383 0.087 0.353 0.034 0.012 0.217 0.211 0.196 0.064 0.084 0.142 0.086 0.014 0.178 0.111 0.101 0.143 0.019 0.014 0.147 0.056 0.012 0.058 0.060 0.053 0.180 0.139 0.519 0.104 7.678 0.181 0.068 0.121 0.117 0.106 0.056 0.014 0.029 0.038 0.438 0.116 0.136 0.010 0.022 0.196 0.143 0.009 0.143 0.015 0.099 0.024 0.183 0.002 0.126 0.038 0.032 0.201 0.278 0.315 0.163 0.089 0.460 0.741 0.454 0.462 1.177 0.464 0.982 0.953 0.073 0.138 0.898 0.861 0.538 0.441 0.092 0.160 0.425 0.449 0.088 0.138 0.496 0.381 6873 chr20 19953562 19985376 + 0 NA intron (NM_001242581, intron 8 of 11) L1MC4|LINE|L1 -28465 NM_181528 51126 Hs.368783 NM_016100 ENSG00000173418 NAA20 NAT3|NAT3P|NAT5|NAT5P|dJ1002M8.1 N(alpha)-acetyltransferase 20, NatB catalytic subunit protein-coding 1.338 nan 1.413 0.705 0.308 0.226 1.270 0.204 0.363 1.177 3.283 1.087 0.072 0.687 0.297 2.245 0.238 0.701 0.222 1.139 0.035 0.216 0.192 0.597 1.708 1.673 1.239 0.653 1.518 0.813 1.900 2.728 0.664 1.494 2.001 0.137 0.075 0.059 0.796 0.085 3.327 3.881 1.288 1.489 1.038 1.507 4.748 2.340 0.538 1.232 0.737 0.297 0.501 1.715 0.597 0.919 1.487 0.219 0.403 0.278 2.056 0.096 0.179 1.871 4.448 4.666 1.361 1.412 0.754 2.280 0.468 0.596 2.305 0.711 0.573 0.635 0.563 0.904 0.862 0.802 1.455 1.798 0.415 0.488 0.919 0.857 0.339 0.735 1.034 0.687 8827 chr5 30185334 30198603 + 0 NA Intergenic Intergenic 311301 NR_134264 105374704 Hs.151157 NR_134264 LOC105374704 - uncharacterized LOC105374704 ncRNA 0.590 1.078 nan 0.035 1.662 0.008 0.054 0.177 0.169 0.007 0.105 0.215 0.014 1.167 0.027 0.157 0.225 0.109 0.268 0.014 0.024 0.021 2.222 0.791 0.153 0.002 0.005 0.102 0.032 0.249 0.699 0.148 0.496 0.061 0.081 0.337 0.016 0.090 0.009 0.056 0.018 0.006 0.025 0.029 0.065 0.061 0.017 0.074 0.015 0.157 0.123 0.042 0.153 0.061 0.015 0.010 2.364 0.042 0.030 0.112 0.012 0.013 0.031 0.351 0.222 0.076 0.172 0.206 0.298 3.942 3.578 0.123 0.096 0.259 0.333 3.165 2.903 0.816 0.321 0.108 0.170 1.899 4.639 0.308 0.888 1.414 0.852 3890 chr15 31629012 31659691 + 0 NA intron (NM_001302461, intron 1 of 1) intron (NM_001302461, intron 1 of 1) 25293 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 1.155 nan nan 0.033 1.322 2.046 0.748 0.606 1.175 0.028 0.201 0.541 0.073 0.196 1.758 0.803 1.210 0.200 0.401 0.093 0.170 0.068 1.292 0.800 4.081 0.230 0.143 0.124 0.186 0.173 0.311 1.890 0.178 2.759 0.083 0.194 0.409 0.142 0.055 0.096 1.213 0.072 0.047 0.048 0.193 0.077 0.012 0.137 0.655 0.202 0.064 0.399 0.803 0.486 0.048 4.081 0.172 0.124 1.007 0.147 0.677 0.149 3.366 0.115 0.098 0.011 0.010 1.891 3.636 0.404 0.819 4.456 5.020 2.019 0.523 0.465 0.505 1.041 1.393 2.390 2.884 2.164 2.359 1.812 3.230 1.588 1.494 0.377 0.512 0.688 0.440 10814 chr8 11365046 11374966 + 0 NA intron (NM_001330465, intron 1 of 11) MIRc|SINE|MIR 18485 NM_001715 640 Hs.146591 NM_001715 ENSG00000136573 BLK MODY11 BLK proto-oncogene, Src family tyrosine kinase protein-coding 0.691 0.598 nan 0.654 0.053 0.350 1.849 0.194 0.202 0.178 1.607 0.031 0.020 0.146 0.206 0.118 0.097 0.657 0.420 0.044 0.014 0.126 0.059 0.343 1.054 0.614 0.111 1.888 2.469 0.253 1.127 0.234 0.803 0.192 0.087 0.029 0.086 0.086 0.770 0.016 2.646 0.905 0.518 1.120 0.985 0.168 9.304 0.189 0.473 0.046 0.263 0.206 0.442 0.037 0.343 0.196 0.110 0.119 0.400 0.092 0.605 0.040 0.050 1.173 2.748 2.574 0.308 0.189 0.371 0.963 0.632 nan 0.116 0.055 0.631 0.770 0.368 0.766 0.288 0.334 0.331 0.228 0.079 0.153 0.117 0.107 0.150 0.302 1.092 0.739 10272 chr7 29417186 29427963 + 0 NA intron (NM_004067, intron 3 of 12) intron (NM_004067, intron 3 of 12) -96754 NM_001293076 1124 Hs.654611 NM_004067 ENSG00000106069 CHN2 ARHGAP3|BCH|CHN2-3|RHOGAP3 chimerin 2 protein-coding 1.588 1.378 2.887 0.217 1.108 0.082 0.035 1.544 3.067 0.018 0.107 0.127 0.006 0.261 0.108 0.286 0.126 0.119 0.137 0.036 0.035 0.026 0.852 0.406 0.960 0.109 0.068 0.007 0.088 0.056 0.324 0.242 0.496 0.021 0.050 0.294 0.071 0.149 0.022 2.088 0.129 0.028 0.020 0.093 0.187 0.167 0.098 0.046 0.506 0.203 0.286 0.060 0.120 0.960 0.069 0.062 0.125 0.027 0.133 0.118 0.120 0.463 0.035 0.021 0.019 0.562 0.527 0.194 nan 0.374 0.467 4.452 2.356 0.671 0.787 0.126 0.305 0.591 0.869 0.341 0.147 0.356 0.571 1.753 3.584 0.427 nan 3.658 1.277 8072 chr3 180457137 180470226 + 0 NA intron (NR_109986, intron 7 of 13) intron (NR_109986, intron 7 of 13) -66398 NM_181426 339829 Hs.712820 NM_181426 ENSG00000284862 CCDC39 CILD14|FAP59 coiled-coil domain containing 39 protein-coding 1.252 1.511 0.955 0.093 1.270 0.064 0.054 0.503 0.880 0.007 0.083 0.050 0.030 1.956 1.526 0.149 0.158 0.082 0.040 0.032 0.600 0.582 4.729 0.011 0.022 0.012 0.050 0.016 0.129 0.295 0.087 11.187 0.022 0.057 2.876 0.066 0.071 0.009 0.129 0.056 0.018 0.012 0.033 0.017 0.059 0.063 0.019 0.032 0.018 0.092 1.526 0.049 0.049 4.729 0.024 0.007 0.013 0.031 0.018 0.053 0.219 0.017 0.022 0.314 0.185 0.364 0.433 12.547 12.747 10.950 5.667 0.182 0.193 0.254 0.348 0.946 1.013 0.763 0.386 0.091 0.191 7.858 7.201 0.912 2.388 3.926 1.925 897 chr1 178203315 178213194 + 0 NA intron (NM_170692, intron 1 of 17) intron (NM_170692, intron 1 of 17) -102352 NM_004841 9462 Hs.496139 NM_004841 ENSG00000075391 RASAL2 NGAP RAS protein activator like 2 protein-coding nan nan nan 2.159 0.088 0.028 1.896 0.196 0.232 1.097 2.339 2.193 0.815 0.020 0.175 0.478 1.942 0.260 4.376 1.779 3.875 0.096 0.161 0.037 3.230 1.771 0.345 3.751 3.270 1.349 1.793 1.812 0.370 2.216 1.947 0.299 0.116 1.607 0.097 1.939 1.054 0.710 4.925 1.793 1.601 1.716 0.074 0.136 0.509 1.577 0.478 3.087 8.747 0.037 0.397 0.636 0.020 0.466 0.020 3.524 0.130 0.202 2.513 2.198 2.780 0.504 0.321 3.265 12.625 nan 0.557 0.430 0.204 0.314 0.345 0.613 0.830 0.443 0.451 0.454 0.152 0.285 0.593 0.104 0.184 0.466 nan 0.276 0.414 7897 chr3 147084803 147143735 + 0 NA intron (NM_032153, intron 2 of 4) CpG-19034 -4052 NR_040762 84107 Hs.415766 NM_032153 ENSG00000174963 ZIC4 - Zic family member 4 protein-coding 0.554 nan nan 0.140 0.092 0.040 0.051 0.158 0.296 0.008 0.132 0.163 0.247 0.027 0.059 0.161 0.317 0.106 0.132 0.093 0.026 5.459 0.176 0.174 0.031 0.007 0.022 0.177 0.096 0.009 0.081 0.111 0.077 0.180 0.047 0.035 0.015 0.436 0.078 0.006 0.039 0.453 0.030 0.024 0.039 0.046 0.055 0.143 0.062 0.297 0.034 0.033 0.161 0.117 0.019 0.031 0.021 0.201 0.025 0.426 0.176 0.020 0.043 0.061 0.014 0.016 0.004 0.223 0.120 0.828 1.140 0.164 0.192 nan 0.202 1.768 1.791 0.323 nan 1.344 nan nan 2.236 0.170 0.258 0.048 0.046 0.286 0.305 0.319 0.349 10672 chr7 133159776 133171336 + 0 NA intron (NM_021807, intron 9 of 17) AluJb|SINE|Alu 189921 NR_106749 102465139 NR_106749 ENSG00000276137 MIR6133 hsa-mir-6133 microRNA 6133 ncRNA nan nan nan 0.114 0.174 3.782 0.153 0.159 0.386 0.017 0.094 0.448 0.016 0.042 0.115 0.477 0.220 0.085 0.167 0.006 0.036 0.260 0.135 0.321 0.036 0.019 0.051 0.103 0.028 0.120 0.100 0.172 0.628 0.025 0.094 0.286 0.075 0.165 0.071 0.144 0.096 0.031 0.020 0.075 0.060 0.175 0.166 0.127 0.068 0.020 0.093 0.477 0.111 0.024 0.321 0.021 0.072 0.075 0.050 0.079 0.171 0.060 0.454 0.020 0.015 0.013 0.476 0.525 0.365 0.302 0.553 0.659 nan 0.108 0.304 0.286 4.634 nan 0.498 0.554 nan 0.321 0.205 0.356 0.683 1.122 0.588 1.473 1.547 nan 3671 chr14 71100963 71111330 + 0 NA intron (NR_110071, intron 1 of 2) L1ME4a|LINE|L1 1869 NR_110071 101928075 Hs.737532 NR_110071 ENSG00000245466 LOC101928075 - uncharacterized LOC101928075 ncRNA 2.432 1.501 1.333 1.151 1.261 2.015 1.147 0.789 1.220 0.268 0.173 0.089 0.114 0.336 1.562 1.700 0.250 0.213 2.010 0.714 0.121 0.013 1.077 0.608 2.447 0.777 0.750 0.148 5.071 1.839 3.341 6.775 3.541 3.689 2.332 0.047 0.625 0.698 0.082 0.103 1.003 0.188 0.217 0.182 2.302 2.471 1.179 0.163 0.927 0.583 0.419 2.563 1.700 1.293 0.394 2.447 1.035 1.052 0.255 0.570 0.568 0.160 0.173 0.453 0.168 0.061 0.044 0.451 0.544 1.116 1.626 3.625 2.705 2.616 0.648 1.296 1.505 0.580 0.854 0.699 nan 1.274 0.900 0.435 1.027 2.174 1.724 0.774 1.491 1.689 nan 3871 chr15 26124958 26151106 + 0 NA Intergenic Intergenic -9475 NR_040082 100128714 Hs.587854 NR_040082 ENSG00000206187 LINC02346 - long intergenic non-protein coding RNA 2346 ncRNA nan 0.446 nan 0.028 0.044 0.011 3.522 0.116 0.153 0.062 0.041 0.057 0.009 0.042 0.010 0.141 0.083 0.091 0.994 0.398 0.933 0.011 0.084 0.077 0.059 0.968 0.564 0.011 1.036 1.450 0.685 1.762 0.492 0.151 0.347 0.087 0.015 0.045 0.073 0.442 0.033 0.122 0.023 0.003 2.641 0.692 0.031 0.224 0.249 0.060 1.181 0.300 0.141 0.592 2.997 0.059 0.199 0.003 0.034 0.029 0.027 1.136 0.049 0.052 1.531 0.443 0.161 0.213 0.104 0.288 0.446 0.180 0.243 0.062 0.037 0.144 0.132 0.120 0.200 0.167 0.294 nan 0.278 0.132 0.129 0.053 0.074 0.126 0.168 0.466 0.476 3911 chr15 39463547 39509899 + 0 NA Intergenic Intergenic -56147 NR_144507 400360 Hs.376109 NM_207445 ENSG00000175746 C15orf54 - chromosome 15 open reading frame 54 (putative) ncRNA 0.657 nan nan 1.385 0.119 0.017 1.574 0.110 0.204 0.493 0.617 1.529 0.195 0.065 0.073 0.191 1.099 0.118 0.713 0.498 0.965 0.015 0.125 0.103 0.279 1.303 0.558 0.066 0.689 1.103 0.326 1.041 0.654 0.373 1.217 0.178 0.023 0.101 0.082 0.569 0.069 0.706 0.151 0.104 0.897 0.389 0.296 1.432 0.204 0.140 0.393 0.655 0.191 0.957 0.258 0.279 0.436 0.247 0.050 0.157 0.083 0.514 0.056 0.093 2.564 0.391 0.329 0.307 0.225 0.979 4.513 0.227 0.279 0.270 0.089 0.155 0.133 0.305 0.553 0.422 0.516 0.526 0.239 0.159 0.288 0.133 0.202 0.188 0.318 0.457 0.495 7231 chr21 43121441 43155439 + 0 NA TTS (NR_024028) TTS (NR_024028) 1844 NR_024028 54089 Hs.98186 NR_024028 ENSG00000232401 LINC00112 C21orf22|NCRNA00112 long intergenic non-protein coding RNA 112 ncRNA nan 0.778 1.046 0.737 0.467 0.467 1.228 0.174 0.429 0.676 0.246 0.578 0.512 0.295 0.113 0.279 0.223 0.070 0.903 0.680 0.070 0.037 0.234 0.087 0.361 0.444 0.272 0.041 0.759 0.779 1.061 3.599 0.918 0.977 0.759 0.109 0.087 0.029 0.079 0.531 0.033 0.750 0.259 0.159 0.849 0.537 2.859 0.372 0.568 0.297 0.128 0.627 0.279 1.174 0.563 0.361 0.532 1.739 0.026 0.185 0.087 0.406 0.253 0.058 0.676 0.081 0.042 0.448 0.503 1.000 4.400 0.402 0.398 nan 0.412 0.336 0.386 0.125 nan 2.037 2.119 0.483 0.241 0.432 0.497 0.343 0.380 0.224 0.265 0.755 0.771 9076 chr5 94107824 94123209 + 0 NA intron (NM_001297777, intron 15 of 19) intron (NM_001297777, intron 15 of 19) 161125 NM_032290 84250 Hs.657315 NM_032290 ENSG00000133302 SLF1 ANKRD32|BRCTD1|BRCTx SMC5-SMC6 complex localization factor 1 protein-coding nan 7.518 0.864 0.070 0.466 0.131 0.051 0.145 0.273 0.013 0.075 0.181 0.028 0.071 0.038 1.066 0.150 0.146 0.089 0.037 0.028 0.018 0.245 0.075 0.008 0.059 0.028 0.073 0.097 0.007 0.110 0.209 0.106 0.388 0.028 0.127 0.735 0.724 0.111 0.008 0.015 0.027 0.016 0.030 0.028 0.030 0.119 0.032 0.069 0.047 0.031 0.039 1.066 0.050 0.079 0.008 0.032 0.070 0.025 0.044 1.755 0.046 0.013 0.192 0.005 0.022 0.007 0.228 0.154 0.201 0.203 0.181 0.187 2.726 0.795 0.092 0.100 0.575 0.856 0.525 0.613 0.676 0.377 0.098 0.129 2.317 3.966 0.318 nan 0.932 0.545 2584 chr12 29532324 29535653 + 0 NA intron (NM_016570, intron 1 of 13) intron (NM_016570, intron 1 of 13) 155 NM_016570 51290 Hs.339453 NM_016570 ENSG00000087502 ERGIC2 CDA14|Erv41|PTX1|cd002 ERGIC and golgi 2 protein-coding nan nan nan 3.333 8.201 1.815 2.656 1.487 2.861 1.550 4.575 3.410 2.398 1.207 2.261 2.967 1.622 0.048 4.147 1.533 1.159 0.583 2.273 1.144 3.347 2.042 1.819 0.597 5.409 0.908 5.077 5.080 4.197 7.523 0.438 1.544 0.278 2.202 0.186 8.609 2.414 1.797 1.430 0.633 1.806 1.865 4.263 4.144 1.956 2.935 1.403 3.178 2.967 7.298 2.361 3.347 1.800 1.464 1.053 2.661 4.190 1.920 1.282 1.354 6.641 1.020 0.536 2.873 2.783 6.869 9.978 10.036 10.645 8.235 5.273 17.794 18.553 3.599 4.251 5.160 8.911 5.487 4.775 4.184 7.228 2.603 2.845 6.551 5.253 4.251 1.999 10160 chr7 9217818 9243527 + 0 NA Intergenic Intergenic -443228 NR_002790 168741 Hs.545134 NR_002790 PER4 - period circadian regulator 3 pseudogene pseudo 1.362 1.322 1.607 0.115 0.119 0.024 0.005 0.187 0.250 0.125 0.155 0.007 0.023 0.045 0.260 0.085 0.129 0.084 0.022 0.016 0.130 0.146 0.175 0.003 0.009 0.006 0.072 0.012 0.103 nan 0.116 nan 0.011 0.056 0.660 0.051 0.175 0.046 3.941 0.061 0.019 0.012 0.013 0.028 0.090 0.093 0.010 0.039 0.025 0.025 0.260 0.036 0.025 0.175 0.019 0.016 0.053 0.011 0.055 0.021 0.054 1.205 0.024 0.036 0.018 0.610 0.472 0.184 nan 0.401 0.487 nan 0.354 0.438 0.444 3.055 3.421 nan 0.348 0.445 0.270 0.139 0.214 2.789 3.452 3.985 6.920 0.346 0.337 6473 chr2 169419139 169426534 + 0 NA intron (NM_203463, intron 3 of 9) intron (NM_203463, intron 3 of 9) -16617 NR_039933 100616356 NR_039933 ENSG00000265694 MIR4774 - microRNA 4774 ncRNA 1.086 0.850 nan 0.095 0.214 0.060 0.160 0.153 0.299 0.026 0.203 0.100 0.008 0.068 0.073 0.135 0.306 0.043 0.425 0.182 0.068 0.145 0.112 0.162 0.075 0.029 0.029 0.074 0.072 0.250 1.551 0.248 0.358 0.174 0.094 0.077 0.050 0.055 0.016 0.076 0.208 0.065 0.036 0.103 0.076 0.065 0.136 0.078 0.086 0.021 0.166 0.135 0.170 0.050 0.162 0.151 0.101 0.078 0.047 0.016 0.095 1.671 0.181 0.062 0.008 1.910 2.281 7.794 4.044 0.242 0.402 0.283 0.109 3.687 3.652 1.104 1.364 0.311 0.232 0.967 0.751 1.215 2.304 0.069 0.055 0.564 1.356 0.369 0.306 2722 chr12 58202652 58213317 + 0 NA exon (NM_006576, exon 2 of 19) exon (NM_006576, exon 2 of 19) 1868 NM_006576 10677 Hs.584854 NM_006576 ENSG00000135407 AVIL ADVIL|DOC6|p92 advillin protein-coding nan 0.718 1.069 0.122 1.664 1.137 0.107 0.389 0.772 0.035 0.137 0.311 1.081 0.444 0.209 0.189 0.107 0.138 0.088 0.029 0.021 0.721 0.351 1.738 0.253 0.136 0.092 0.116 0.039 0.099 0.377 0.115 0.812 0.082 0.091 0.054 0.031 0.063 0.033 0.110 0.114 0.022 0.028 0.103 0.051 0.090 0.226 0.218 0.143 0.111 0.138 0.209 0.093 0.633 1.738 0.045 0.046 0.064 0.136 0.759 0.186 2.834 0.173 0.058 0.038 0.015 nan 4.341 1.389 0.682 3.473 nan 1.888 0.489 6.470 6.557 0.520 nan 9.597 nan 0.671 0.683 2.803 3.934 0.220 0.265 0.424 0.675 3.135 1.663 9422 chr6 9500934 9506871 + 0 NA Intergenic Intergenic 851460 NR_004855 728655 Hs.214343 NR_004855 HULC HCCAT1|LINC00078|NCRNA00078 hepatocellular carcinoma up-regulated long non-coding RNA ncRNA 0.762 0.978 0.847 1.224 1.607 0.215 0.609 0.566 1.063 0.275 0.130 0.278 0.021 0.017 1.035 0.283 0.112 0.119 0.732 0.638 0.053 0.046 1.037 0.572 7.642 0.058 0.049 0.515 0.125 0.319 0.123 0.178 0.079 0.436 0.246 2.780 0.257 0.018 0.107 0.019 0.293 3.034 1.688 1.059 0.018 0.196 0.048 1.608 0.082 0.323 0.026 0.089 0.283 0.890 0.172 7.642 0.122 0.095 0.048 2.540 0.154 0.320 0.034 0.041 0.630 0.019 0.008 0.523 0.456 0.616 1.975 3.270 4.056 6.911 2.944 0.237 0.166 0.117 0.227 0.145 0.165 0.265 0.115 0.107 0.276 1.438 1.558 0.232 0.427 2.090 1.047 2923 chr12 106676375 106698256 + 0 NA Intergenic Intergenic -9254 NM_001286262 255394 Hs.696047 NM_152772 ENSG00000166046 TCP11L2 - t-complex 11 like 2 protein-coding 1.477 1.106 nan 1.569 0.706 0.262 2.022 0.901 1.751 0.227 0.500 1.387 0.145 0.466 1.255 0.744 0.601 0.155 0.866 0.304 0.188 0.189 0.715 0.329 0.821 0.756 0.600 0.393 1.471 0.987 3.116 5.716 1.158 2.466 0.899 1.155 0.641 0.534 0.156 0.551 0.208 0.461 0.344 0.221 1.180 1.193 1.208 1.530 1.968 0.711 1.209 3.386 0.744 0.976 1.229 0.821 1.318 0.906 0.188 0.786 0.672 0.510 0.226 0.187 0.641 0.213 0.114 0.684 0.883 1.442 3.092 1.384 1.673 2.307 1.034 1.622 1.815 0.850 1.392 1.588 2.450 1.447 1.398 0.712 1.011 2.886 4.341 1.016 1.001 2.558 1.506 5200 chr18 21569989 21597634 + 0 NA intron (NR_110796, intron 3 of 5) AluJr4|SINE|Alu -10573 NM_001243425 125488 Hs.128576 NM_153211 ENSG00000168234 TTC39C C18orf17|HsT2697 tetratricopeptide repeat domain 39C protein-coding 1.710 2.216 2.393 0.624 1.515 1.009 0.417 1.003 1.702 0.371 0.780 0.865 0.117 0.453 1.412 2.432 0.737 0.198 0.387 0.178 0.050 0.185 0.659 0.261 4.064 0.322 0.172 0.657 0.162 0.211 0.616 1.441 1.145 3.636 0.201 1.945 1.213 0.451 0.073 0.179 0.703 0.476 0.900 0.630 0.352 0.066 0.264 0.312 0.948 0.540 1.843 1.754 2.432 0.687 0.908 4.064 0.643 3.118 0.351 1.142 0.746 0.443 0.650 0.533 0.538 0.090 0.053 2.146 3.041 1.743 nan 3.058 2.265 9.896 4.672 0.864 0.959 0.401 0.658 1.590 1.567 0.834 0.788 0.785 1.503 4.428 5.927 1.011 2.123 1.854 1.448 8553 chr4 138995682 139030167 + 0 NA intron (NR_037866, intron 6 of 10) MER72|LTR|ERV1 2756 NR_038380 641364 Hs.570846 NR_038380 ENSG00000250033 SLC7A11-AS1 - SLC7A11 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.735 0.144 0.211 0.167 0.206 0.149 0.271 0.166 0.091 0.090 0.029 0.070 0.216 0.073 0.180 0.033 0.116 0.033 0.046 4.220 0.059 0.111 0.174 0.074 0.019 0.028 0.081 0.059 0.074 0.377 0.106 0.513 0.080 0.056 0.011 0.041 0.083 0.043 0.285 0.083 0.018 0.023 0.054 0.020 0.092 0.156 0.068 0.062 0.028 0.061 0.073 0.060 0.035 0.174 0.043 0.223 0.028 0.069 0.041 0.044 0.144 0.109 0.044 0.010 0.009 0.231 0.149 1.554 1.470 0.289 0.370 0.359 0.118 0.115 0.112 0.299 0.434 0.468 0.401 0.414 0.235 0.219 0.312 0.097 0.138 0.195 nan 0.408 0.384 416 chr1 60224224 60236824 + 0 NA Intergenic Intergenic -7943 NR_110627 101926944 Hs.720353 NR_110627 LOC101926944 - uncharacterized LOC101926944 ncRNA 1.198 1.470 nan 0.159 2.106 0.292 0.258 0.782 1.075 0.053 0.141 0.322 0.025 0.104 0.474 0.345 0.215 0.090 0.217 0.090 0.064 0.022 1.524 0.771 4.042 0.138 0.052 0.029 0.118 0.084 0.186 0.945 0.260 3.529 0.186 0.093 1.118 0.067 0.115 0.093 1.102 0.216 0.067 0.050 0.173 0.091 0.145 0.183 0.097 0.136 0.076 0.061 0.345 0.193 0.295 4.042 0.116 0.032 0.155 0.133 0.675 0.075 0.959 0.196 0.044 0.065 0.012 0.655 0.656 0.452 0.764 4.706 4.787 9.726 2.655 0.441 0.490 nan nan 3.997 nan 0.910 1.132 0.574 1.018 3.295 3.302 0.376 0.791 3.889 1.826 2950 chr12 110703507 110723444 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -5557 NM_001681 488 Hs.506759 NM_001681 ENSG00000174437 ATP2A2 ATP2B|DAR|DD|SERCA2 ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2 protein-coding nan nan 1.616 1.919 2.029 1.724 2.721 1.172 2.253 0.557 1.166 1.565 0.654 0.637 2.566 3.732 2.280 0.783 1.484 0.579 0.879 0.772 1.807 1.133 1.944 2.122 2.017 0.784 1.781 1.127 2.116 3.608 1.897 4.362 1.152 1.358 0.903 1.486 0.163 0.663 1.088 1.298 1.775 0.935 1.032 1.238 1.159 1.857 4.208 1.539 2.349 2.468 3.732 1.883 2.189 1.944 1.292 0.867 0.944 2.045 1.006 1.261 0.755 1.256 1.211 0.731 0.398 1.461 1.768 1.879 4.164 nan nan nan 2.012 2.553 2.793 2.681 3.465 nan nan 4.381 4.769 1.368 2.474 4.300 4.286 2.805 4.293 nan 1.866 100 chr1 14645395 14674069 + 0 NA Intergenic L1PA10|LINE|L1 86737 NR_149058 105376762 Hs.568591 NR_149058 KAZN-AS1 - KAZN antisense RNA 1 ncRNA 0.600 1.161 nan 0.025 0.714 0.078 0.079 0.575 1.138 0.003 0.063 0.042 0.013 0.059 0.183 0.171 0.068 0.079 0.026 0.048 0.010 0.224 0.093 1.014 0.002 0.025 0.005 0.064 0.042 0.063 0.074 0.465 0.010 0.124 0.027 0.019 0.110 0.004 0.008 0.083 0.015 0.019 0.008 0.024 0.064 0.091 0.028 0.037 0.047 0.051 0.171 0.052 0.029 1.014 0.017 0.052 0.037 0.095 0.188 0.331 0.369 0.026 0.061 0.016 0.013 1.002 0.613 0.433 0.460 1.010 1.130 5.599 2.387 0.564 nan 0.192 nan 2.440 1.858 nan 0.157 0.717 0.635 0.263 0.323 0.184 0.318 2.063 0.998 2405 chr12 1950993 1953180 + 0 NA intron (NM_172364, intron 25 of 37) intron (NM_172364, intron 25 of 37) 22653 NM_001039029 654429 Hs.585579 NM_001039029 ENSG00000166159 LRTM2 - leucine rich repeats and transmembrane domains 2 protein-coding 1.205 nan nan 0.100 0.160 0.075 0.034 0.292 0.439 0.037 0.125 0.080 0.737 0.093 0.093 0.086 0.086 0.041 0.153 0.110 0.218 0.031 0.072 1.133 0.097 0.693 0.066 0.024 0.005 0.067 0.092 0.164 0.042 0.027 0.036 0.072 0.136 0.111 0.027 0.060 0.737 0.122 0.218 0.055 0.105 5.848 0.243 0.224 0.114 0.026 0.120 0.319 0.218 0.214 nan 0.684 0.297 0.134 0.064 0.116 1.068 1.452 0.192 0.397 0.579 0.269 0.362 0.456 0.329 0.207 0.641 nan 0.347 0.279 11937 chrX 44731075 44734809 + 0 NA exon (NM_001291416, exon 1 of 29) exon (NM_001291416, exon 1 of 29) 521 NM_021140 7403 Hs.522616 NM_021140 ENSG00000147050 KDM6A KABUK2|UTX|bA386N14.2 lysine demethylase 6A protein-coding 7.119 7.047 nan 2.711 5.839 2.488 2.172 1.839 4.062 1.754 4.951 1.951 1.781 1.083 4.178 3.164 3.970 0.299 6.240 2.003 1.839 3.386 4.396 1.852 4.228 2.220 3.507 2.076 4.549 2.047 2.889 3.365 5.147 11.793 2.313 3.871 1.454 3.098 0.046 1.017 5.122 10.444 6.767 3.116 2.026 4.268 2.081 3.330 4.730 4.566 1.123 4.287 3.164 9.182 2.582 4.228 3.079 2.603 1.248 3.668 2.218 3.391 1.401 2.418 1.563 1.856 1.005 2.123 2.443 11.608 15.884 9.802 8.691 7.053 3.885 25.446 25.391 4.392 5.551 6.315 12.144 12.911 12.938 2.895 7.916 5.868 5.228 9.431 6.790 2.504 1.412 4710 chr17 33401554 33428302 + 0 NA intron (NR_037713, intron 1 of 6) intron (NR_037713, intron 1 of 6) 1420 NR_037713 117584 Hs.13680 NM_057178 ENSG00000092871 RFFL CARP-2|CARP2|FRING|RIFIFYLIN|RNF189|RNF34L ring finger and FYVE like domain containing E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 1.302 0.886 1.535 0.192 0.419 2.395 0.406 0.847 0.509 1.520 0.896 0.109 0.186 0.420 0.623 0.412 0.163 2.796 1.757 1.978 0.212 0.639 0.325 0.756 1.505 1.350 0.259 1.806 1.163 0.942 1.769 1.083 1.509 1.366 2.686 0.297 0.408 0.112 1.056 0.176 2.664 0.678 0.352 2.134 1.107 0.605 2.366 2.262 0.918 1.007 1.551 0.623 2.745 2.488 0.756 0.959 0.809 0.211 1.380 0.685 1.359 0.189 0.073 1.081 0.426 0.286 1.780 1.423 1.369 1.437 nan 1.027 2.117 0.620 1.400 1.370 0.717 1.070 0.940 1.280 nan 0.366 0.393 0.633 1.562 3.147 0.246 0.534 1.557 0.893 11838 chr9 136820768 136826544 + 0 NA intron (NM_003371, intron 1 of 26) LTR5_Hs|LTR|ERVK 33790 NM_003371 7410 Hs.369921 NM_003371 ENSG00000160293 VAV2 VAV-2 vav guanine nucleotide exchange factor 2 protein-coding nan 2.646 1.624 0.162 0.589 0.395 1.930 0.166 0.242 0.082 0.203 0.095 1.816 0.052 0.170 0.452 0.180 0.028 1.612 0.360 0.009 0.048 0.274 0.192 0.167 0.712 0.550 0.150 2.135 0.947 4.839 8.164 0.320 0.720 1.165 0.168 0.082 0.564 0.065 0.102 0.095 0.303 0.117 0.120 0.472 1.569 0.083 0.206 0.310 0.280 0.027 0.140 0.452 8.208 0.207 0.167 0.052 0.114 0.588 0.231 0.174 0.656 0.051 1.774 0.039 0.060 0.009 0.328 0.914 0.320 0.496 0.960 1.262 nan 0.184 0.266 0.304 0.284 0.430 0.912 1.371 1.346 1.102 0.283 0.308 0.397 0.429 1.602 3.018 1.144 0.607 2232 chr11 108090431 108096973 + 0 NA promoter-TSS (NM_001351836) promoter-TSS (NM_001351836) 143 NM_001351835 472 Hs.367437 NM_000051 ENSG00000149311 ATM AT1|ATA|ATC|ATD|ATDC|ATE|TEL1|TELO1 ATM serine/threonine kinase protein-coding 2.702 2.750 2.199 1.703 3.771 3.303 2.012 1.468 3.036 0.585 3.294 2.514 0.815 0.675 2.748 2.661 1.405 0.114 1.970 0.492 1.407 0.690 1.526 0.814 2.756 1.861 1.405 1.033 1.927 1.122 1.656 2.708 0.857 7.413 1.291 1.591 0.817 2.960 0.162 1.826 1.794 5.078 3.389 1.918 2.383 0.789 3.382 4.101 1.443 2.543 1.579 2.003 2.661 2.180 3.809 2.756 0.694 1.138 0.787 1.828 2.094 2.204 3.666 1.438 2.217 1.303 0.825 13.658 13.051 3.783 5.643 8.079 7.390 6.061 3.106 7.613 8.417 5.934 7.096 5.168 7.946 7.065 7.159 6.609 11.149 4.566 4.918 4.318 5.289 3.112 1.575 8245 chr4 6954556 6958960 + 0 NA intron (NM_001330638, intron 1 of 12) intron (NM_001330638, intron 1 of 12) 865 NM_001330638 57533 Hs.518611 NM_020773 ENSG00000132405 TBC1D14 - TBC1 domain family member 14 protein-coding 1.124 0.637 nan 0.131 0.401 0.391 3.412 0.036 0.189 1.256 0.264 0.093 2.511 0.034 0.190 0.943 0.098 0.293 4.536 1.410 0.029 0.063 0.148 0.092 0.108 1.072 0.640 0.148 1.939 2.102 2.231 6.734 3.058 0.497 1.297 0.053 0.064 0.312 0.130 0.178 0.245 0.189 0.411 0.195 1.257 1.859 1.636 0.249 0.382 0.163 0.750 0.580 0.943 8.300 0.077 0.108 0.917 0.598 0.134 0.071 0.056 0.413 0.089 0.084 0.052 0.105 0.035 0.533 0.963 0.190 0.623 0.306 0.317 nan 0.198 0.618 0.689 0.155 0.404 0.979 1.022 1.107 0.959 0.265 0.365 0.164 0.347 0.197 0.378 nan 0.768 10455 chr7 80445137 80554505 + 0 NA intron (NM_001350120, intron 2 of 17) intron (NM_001350120, intron 2 of 17) 48846 NM_006379 10512 Hs.269109 NM_006379 ENSG00000075223 SEMA3C SEMAE|SemE semaphorin 3C protein-coding 1.325 0.833 1.191 0.492 0.120 1.012 0.384 0.131 0.279 0.402 0.605 1.133 0.413 0.045 0.152 0.286 0.933 0.166 0.274 0.151 1.854 0.088 0.162 0.189 0.082 0.180 0.084 0.759 0.331 0.173 0.302 0.608 0.907 0.421 0.293 0.451 0.484 1.681 0.192 0.164 0.014 0.912 0.066 0.056 0.179 0.196 0.477 0.813 0.548 0.521 0.425 0.548 0.286 0.174 0.525 0.082 0.474 0.576 0.040 0.858 0.090 0.713 0.148 0.510 0.625 0.656 0.715 0.499 0.359 0.558 0.992 0.328 0.370 0.139 0.094 0.385 0.388 0.590 0.843 0.231 0.275 0.508 0.216 0.248 0.476 1.710 1.969 1.292 nan 0.624 0.577 8751 chr5 10245633 10253208 + 0 NA promoter-TSS (NM_012073) promoter-TSS (NM_012073) 601 NR_047669 134145 Hs.481569 NM_199133 ENSG00000150756 FAM173B JS-2 family with sequence similarity 173 member B protein-coding nan nan 9.050 3.063 8.093 3.145 6.226 2.290 4.569 2.922 3.277 4.552 1.250 2.105 3.801 1.660 5.294 0.960 8.651 3.273 6.479 2.803 4.145 2.211 4.817 3.302 4.349 2.164 5.237 2.148 7.385 10.366 5.674 nan 2.455 5.915 1.374 4.337 0.142 2.369 1.343 6.021 8.614 3.835 2.382 3.250 3.800 3.389 3.740 3.781 4.690 3.000 1.660 8.199 3.935 4.817 3.082 4.382 2.262 4.662 3.813 4.918 1.761 1.878 1.774 3.710 2.822 7.574 6.821 6.208 8.387 8.900 9.159 6.916 4.835 6.624 6.867 nan 11.658 8.228 10.643 12.334 12.286 4.781 7.812 5.778 7.123 5.422 nan 5.193 3.155 3642 chr14 65877351 65906803 + 0 NA intron (NR_038170, intron 1 of 10) AluSp|SINE|Alu 12629 NR_038170 2530 Hs.597649 NM_004480 ENSG00000033170 FUT8 - fucosyltransferase 8 protein-coding nan nan 1.624 1.058 0.702 2.881 0.772 0.644 1.168 0.133 0.435 0.805 0.547 0.238 2.270 0.983 1.068 0.315 0.625 0.297 0.753 0.183 0.352 0.279 0.706 1.798 1.869 0.160 1.231 0.720 1.575 2.949 1.821 2.536 0.837 0.409 0.146 0.663 0.173 0.481 0.604 0.795 0.594 0.307 0.946 1.014 1.858 1.343 0.661 0.918 0.509 0.826 0.983 0.504 0.820 0.706 0.228 0.422 0.266 1.251 0.383 1.830 0.345 0.284 1.530 0.237 0.171 0.643 0.701 0.789 1.486 1.624 1.391 0.488 0.151 nan 1.236 0.826 1.183 1.497 nan 1.429 1.392 0.411 1.171 0.661 0.422 0.518 0.969 1.331 0.679 5600 chr19 30210917 30216714 + 0 NA Intergenic Intergenic -7119 NM_001256047 83636 Hs.529094 NM_031448 ENSG00000131943 C19orf12 MPAN|NBIA3|NBIA4|SPG43 chromosome 19 open reading frame 12 protein-coding 0.858 0.676 0.705 0.075 0.714 0.038 0.172 0.467 0.655 0.033 0.094 0.096 0.051 0.108 0.286 0.116 0.055 0.093 0.055 0.024 0.129 0.906 0.035 0.050 0.077 0.105 0.036 0.055 0.195 0.170 0.904 0.045 0.050 0.242 0.138 0.136 0.142 0.032 0.014 0.019 0.026 0.017 0.134 0.098 0.075 0.123 0.034 0.286 0.036 0.047 0.906 0.021 0.072 0.191 0.052 0.028 0.428 0.064 0.026 0.009 0.790 0.796 7.692 6.847 0.929 0.970 2.055 0.662 0.117 0.354 0.283 0.429 0.215 0.217 nan 0.850 1.283 1.490 0.449 0.349 0.394 0.599 0.649 0.542 4646 chr17 20418262 20449984 + 0 NA Intergenic Intergenic -26312 NR_029393 644945 Hs.572477 NR_029393 ENSG00000214822 KRT16P3 KERSMCR keratin 16 pseudogene 3 pseudo nan nan nan 0.154 0.442 0.540 0.336 3.416 6.590 0.111 0.215 0.160 0.278 0.053 0.546 2.485 0.340 0.136 0.164 0.066 0.488 0.978 0.637 0.367 0.438 0.201 0.265 0.249 0.118 0.017 0.350 1.171 0.288 0.843 0.028 1.043 1.172 0.541 0.075 0.172 0.342 0.183 0.421 0.226 0.159 0.281 0.128 0.369 0.957 0.672 0.199 0.271 2.485 0.122 0.577 0.438 0.240 0.285 0.642 0.895 0.390 0.307 0.428 0.632 0.411 0.112 0.068 1.465 2.302 0.374 0.504 1.491 1.253 4.802 1.175 0.614 0.687 1.306 1.771 1.984 2.251 2.706 2.679 0.662 1.045 2.667 2.645 1.357 nan 0.854 0.482 6308 chr2 111874458 111881893 + 0 NA promoter-TSS (NM_138622) promoter-TSS (NM_138622) -316 NM_138627 10018 Hs.469658 NM_006538 ENSG00000153094 BCL2L11 BAM|BIM|BOD BCL2 like 11 protein-coding 4.492 nan 4.313 2.257 5.009 3.106 2.010 1.485 2.206 1.088 2.314 1.214 0.124 0.658 3.125 2.218 1.591 0.130 5.233 1.990 0.746 0.593 1.591 1.106 4.476 1.286 0.933 1.099 4.284 1.007 2.091 4.181 2.780 nan 1.513 1.016 0.563 1.263 0.058 0.568 2.131 1.996 1.243 0.892 1.452 1.153 2.579 1.478 2.540 3.581 1.230 2.022 2.218 6.365 2.177 4.476 1.106 1.506 0.928 3.344 2.004 1.444 1.723 0.715 0.919 0.620 0.519 4.019 4.815 4.932 7.333 6.806 nan 7.104 2.540 8.062 7.895 1.094 1.981 6.369 9.860 2.854 4.249 2.559 5.082 1.841 1.748 2.469 2.185 1.592 1.003 2432 chr12 5483649 5507220 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR -45846 NM_001102654 4908 Hs.99171 NM_002527 ENSG00000185652 NTF3 HDNF|NGF-2|NGF2|NT-3|NT3 neurotrophin 3 protein-coding 0.832 nan nan 0.122 3.107 0.768 1.027 0.102 0.260 0.012 0.043 0.129 0.013 0.033 0.840 0.240 0.070 0.055 0.045 0.016 0.018 0.030 1.546 0.785 1.472 0.007 0.003 0.019 0.581 0.027 0.119 0.288 0.081 3.173 0.068 0.056 0.526 0.041 0.112 0.040 0.137 0.102 0.028 0.013 0.251 0.453 0.166 0.259 0.052 0.078 0.007 0.063 0.240 0.041 0.014 1.472 0.021 0.031 0.024 0.071 0.116 0.168 0.054 0.400 0.026 0.024 0.011 0.221 0.173 0.265 0.692 nan 0.981 5.758 1.775 0.441 0.385 0.382 0.654 4.300 3.614 0.348 0.198 0.136 0.197 2.464 2.335 0.481 nan 1.935 1.044 7947 chr3 158434725 158451214 + 0 NA intron (NM_002888, intron 1 of 3) intron (NM_002888, intron 1 of 3) 7306 NM_002888 5918 Hs.131269 NM_002888 ENSG00000118849 RARRES1 LXNL|PERG-1|TIG1 retinoic acid receptor responder 1 protein-coding nan 1.241 0.966 1.514 0.224 0.147 1.342 0.224 0.610 0.435 0.607 2.242 0.030 0.104 0.076 0.154 0.542 0.262 0.448 0.215 3.182 0.042 0.315 0.180 0.378 0.381 0.179 0.415 0.235 0.200 0.239 0.781 0.213 0.627 0.700 3.309 0.026 0.066 0.084 0.309 0.122 0.341 0.300 0.176 0.265 0.088 2.101 0.109 3.693 0.367 1.051 4.612 0.154 0.230 0.812 0.378 0.200 3.111 0.070 1.894 0.289 0.556 0.359 0.150 0.866 0.028 0.018 0.315 0.329 0.685 2.232 0.818 0.791 1.307 0.506 0.444 0.422 1.177 nan 0.720 1.157 0.493 0.427 0.394 0.763 0.126 0.125 0.444 0.650 0.746 0.708 5289 chr18 42303982 42314218 + 0 NA intron (NM_015559, intron 2 of 5) MIR|SINE|MIR 48237 NM_015559 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 0.855 0.878 0.238 0.406 0.202 0.261 0.125 0.334 0.103 0.065 0.804 0.129 0.080 1.723 0.717 0.125 0.021 0.118 0.027 0.199 0.136 0.416 0.145 0.064 0.126 0.095 0.033 0.041 0.469 0.092 0.112 0.042 0.112 0.589 0.605 0.027 0.095 0.061 0.032 0.007 1.156 0.174 0.265 0.014 0.431 1.075 1.723 0.014 0.009 0.416 0.166 0.060 0.218 0.051 0.218 0.142 2.512 0.232 0.491 0.039 0.039 4.653 5.484 7.356 7.153 0.699 0.881 0.621 0.253 0.060 0.054 0.611 0.992 0.578 0.556 0.558 0.380 2.013 3.658 0.327 0.411 0.295 nan 1.909 1.575 2581 chr12 28342268 28345491 + 0 NA promoter-TSS (NR_148936) promoter-TSS (NR_148936) -208 NR_148936 729291 Hs.129278 NR_148936 LOC729291 - uncharacterized LOC729291 ncRNA nan nan 7.087 3.897 8.969 2.769 3.896 1.141 2.207 0.974 8.020 3.944 1.391 0.889 4.130 3.793 1.946 0.247 4.869 1.710 1.939 0.988 2.702 0.835 3.051 3.217 2.954 1.512 5.359 1.274 2.623 4.526 2.731 8.458 2.313 1.940 0.030 3.444 0.209 15.200 2.238 3.026 2.131 0.969 1.794 2.163 3.338 10.582 4.229 6.291 2.017 1.539 3.793 9.511 2.877 3.051 0.986 1.025 5.723 4.550 2.680 1.782 0.860 1.393 7.235 1.751 1.155 1.982 2.727 0.213 0.431 8.867 6.379 4.451 1.519 13.140 13.287 3.934 4.826 4.190 6.856 4.919 6.002 2.079 3.509 0.551 0.548 4.367 4.200 2.108 1.302 6166 chr2 65282316 65293139 + 0 NA intron (NM_015147, intron 1 of 6) intron (NM_015147, intron 1 of 6) 4232 NM_001319101 23177 Hs.709257 NM_015147 ENSG00000011523 CEP68 KIAA0582 centrosomal protein 68 protein-coding 3.441 0.860 nan 0.515 1.238 1.848 0.650 0.546 0.907 0.248 0.908 2.011 0.034 0.158 2.043 0.840 0.860 0.212 1.342 0.533 0.547 0.504 0.910 0.420 1.231 0.869 0.541 0.416 0.730 0.251 1.055 1.857 0.739 3.328 0.466 0.746 0.132 1.023 0.124 0.514 0.438 0.708 0.401 0.357 0.272 0.293 0.584 0.419 1.728 1.399 0.744 0.537 0.840 1.935 1.504 1.231 0.312 0.261 1.133 1.456 0.703 0.587 0.224 0.432 0.303 0.190 0.089 1.664 1.479 1.014 1.551 2.046 1.835 nan 1.092 3.008 3.070 2.299 3.249 1.696 4.002 2.702 2.930 0.820 1.360 0.790 1.047 2.047 2.316 3.747 2.038 7355 chr22 27035565 27070213 + 0 NA promoter-TSS (NR_033320) promoter-TSS (NR_033320) -557 NR_033319 440823 Hs.517502 NR_003491 ENSG00000225783 MIAT C22orf35|GOMAFU|LINC00066|NCRNA00066|RNCR2|lncRNA-MIAT myocardial infarction associated transcript (non-protein coding) ncRNA nan 1.613 0.741 0.405 3.520 1.173 0.542 1.972 3.850 0.144 0.401 0.514 0.018 0.209 1.770 3.633 0.512 0.059 0.603 0.356 0.751 0.046 1.895 0.989 6.502 0.454 0.249 0.441 0.802 0.128 0.932 nan 0.658 5.070 0.241 0.674 1.074 0.429 0.060 0.272 2.080 0.439 0.507 0.223 0.255 0.215 0.330 0.446 0.925 0.532 0.526 0.571 3.633 0.611 1.190 6.502 0.153 0.253 0.706 0.734 1.977 0.703 1.353 0.222 0.659 0.140 0.091 1.622 2.048 0.893 nan 7.745 7.779 5.814 1.796 1.932 2.112 1.014 nan 3.608 4.863 2.317 2.050 0.862 1.420 2.662 3.042 0.701 nan 4.808 2.480 4760 chr17 38626456 38659047 + 0 NA intron (NM_032865, intron 4 of 12) intron (NM_032865, intron 4 of 12) 15103 NM_032865 84951 Hs.438292 NM_032865 ENSG00000131746 TNS4 CTEN|PP14434 tensin 4 protein-coding nan 1.162 0.935 0.956 0.200 0.639 1.907 0.421 0.768 0.717 4.137 0.430 0.023 0.035 0.406 0.501 0.479 0.217 1.691 0.854 5.456 0.060 0.351 0.170 0.231 2.256 1.908 0.094 0.739 0.666 1.797 5.083 1.410 1.166 0.864 3.280 0.140 0.047 0.074 0.593 0.291 1.509 0.606 0.313 1.002 0.416 1.289 0.526 5.610 0.099 0.310 3.001 0.501 2.508 0.455 0.231 2.456 1.229 0.457 0.408 0.227 0.497 0.509 0.401 1.904 0.164 0.086 0.412 0.593 0.351 0.699 nan 0.520 1.236 0.436 0.712 0.883 1.765 2.108 0.899 1.018 nan 0.625 0.444 0.567 0.588 0.567 0.734 1.642 0.567 0.505 42 chr1 5368043 5374313 + 0 NA Intergenic Intergenic -252953 NR_039612 0.637 nan 0.613 0.033 3.041 8.941 0.035 0.200 0.164 0.031 0.051 0.019 0.037 0.869 0.143 0.073 0.088 0.030 0.020 0.302 0.063 0.152 0.005 0.023 0.032 0.034 0.070 nan 0.044 3.697 0.035 0.014 0.103 0.089 0.037 0.102 0.010 0.013 0.035 0.043 0.016 0.146 0.065 0.039 0.489 0.021 0.143 0.081 0.014 0.152 0.107 0.066 0.016 0.015 0.016 0.255 0.009 0.115 0.128 0.083 0.061 1.186 1.255 0.084 0.040 0.215 0.184 0.151 nan nan 4.255 nan 1.314 0.126 0.148 0.034 0.089 0.680 1.307 0.312 0.404 10335 chr7 44671677 44681668 + 0 NA intron (NM_001003941, intron 2 of 8) intron (NM_001003941, intron 2 of 8) 30551 NM_002541 4967 Hs.488181 NM_002541 ENSG00000105953 OGDH AKGDH|E1k|OGDC oxoglutarate dehydrogenase protein-coding 1.655 2.767 nan 4.655 0.709 3.745 3.634 0.275 0.586 2.993 5.013 2.554 0.986 0.790 0.739 0.803 2.634 0.671 2.268 1.385 0.299 0.610 0.333 0.575 5.961 5.584 0.730 4.553 1.552 3.797 6.211 3.122 5.604 2.152 4.685 0.125 0.151 0.175 2.117 0.214 4.040 2.336 0.940 2.362 2.388 2.302 4.173 1.780 3.034 1.927 2.767 0.803 2.938 2.083 0.575 2.060 2.154 0.136 0.784 0.337 2.449 0.273 0.273 2.460 0.202 0.146 1.059 2.285 2.406 5.878 0.777 0.806 3.965 0.793 0.557 0.532 0.851 1.248 2.527 3.101 0.652 0.529 0.603 0.838 0.574 1.008 0.542 1.083 1.137 0.719 759 chr1 155009543 155026215 + 0 NA non-coding (NR_040772, exon 4 of 4) non-coding (NR_040772, exon 4 of 4) 5762 NR_040772 100505666 Hs.657533 NR_040772 DCST1-AS1 - DCST1 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 2.013 1.151 1.129 0.669 1.189 0.365 0.860 0.385 1.374 0.736 0.082 0.771 1.753 0.969 0.504 0.195 2.359 0.933 0.529 0.382 0.617 0.257 0.771 1.602 1.300 0.471 1.574 1.139 1.240 4.925 2.068 4.801 0.925 1.802 0.193 0.913 0.099 0.876 0.242 2.247 1.001 0.507 1.691 0.747 1.226 0.580 1.621 0.926 3.737 5.154 0.969 1.832 1.562 0.771 1.095 1.909 0.134 3.631 1.559 1.307 0.749 0.303 0.284 0.570 0.360 1.668 1.935 2.386 3.399 2.303 nan 2.049 0.715 0.932 0.997 1.061 1.735 2.807 4.039 0.825 0.730 1.947 2.506 1.019 1.091 1.378 2.789 1.287 0.781 5710 chr19 43678549 43693584 + 0 NA intron (NM_001130014, intron 2 of 5) intron (NM_001130014, intron 2 of 5) 4622 NM_001130014 5673 Hs.654415 NM_002781 ENSG00000204941 PSG5 FL-NCA-3|PSG pregnancy specific beta-1-glycoprotein 5 protein-coding 0.558 0.615 0.609 3.681 0.059 0.037 1.113 0.113 0.214 1.410 0.393 0.319 0.153 0.040 0.093 0.110 0.221 0.086 0.813 0.542 0.719 0.018 0.062 0.088 0.254 0.693 0.514 4.790 0.195 0.314 0.163 nan 0.468 0.197 0.508 0.039 0.031 0.058 0.096 0.110 0.052 2.695 0.827 0.378 0.217 0.470 1.091 0.159 0.233 0.521 4.110 0.305 0.110 0.716 0.056 0.254 0.326 2.633 0.032 2.559 0.020 1.558 0.153 0.092 0.400 2.241 2.233 0.583 0.601 2.763 2.748 0.233 0.185 0.262 0.121 0.238 0.220 0.150 0.301 0.138 0.159 0.161 0.059 0.473 0.449 0.085 0.111 0.153 0.304 0.345 0.475 10212 chr7 18718509 18724107 + 0 NA intron (NM_178423, intron 12 of 25) intron (NM_178423, intron 12 of 25) 172412 NM_001204148 9734 Hs.196054 NM_014707 ENSG00000048052 HDAC9 HD7|HD7b|HD9|HDAC|HDAC7|HDAC7B|HDAC9B|HDAC9FL|HDRP|MITR histone deacetylase 9 protein-coding nan 0.984 nan 0.302 0.047 0.039 0.013 0.144 0.236 0.034 0.070 0.093 0.035 0.034 0.069 0.255 0.028 0.076 0.110 0.094 0.083 0.198 0.025 0.024 0.115 0.019 0.130 0.108 0.139 0.326 0.127 0.047 0.052 0.040 0.133 0.142 0.089 0.026 0.027 0.098 0.069 0.286 0.143 0.073 0.047 0.043 0.036 0.069 0.051 0.050 0.022 0.015 0.089 0.042 0.017 0.156 0.018 0.087 0.092 0.010 0.018 nan 0.288 8.056 4.835 0.382 0.384 0.239 0.152 2.622 2.328 0.827 1.027 0.333 0.337 0.301 0.145 0.127 0.227 0.216 0.174 0.328 0.788 0.519 0.527 4898 chr17 59429275 59445882 + 0 NA intron (NM_001099432, intron 23 of 24) AluSx|SINE|Alu 7487 NR_136397 101927855 Hs.662123 NR_136397 ENSG00000267131 LOC101927855 - uncharacterized LOC101927855 ncRNA 1.135 0.836 0.835 0.139 0.238 0.054 1.222 0.241 0.467 0.052 0.243 0.517 0.007 0.139 0.795 0.771 0.307 0.194 0.548 0.307 0.038 0.134 0.197 0.158 0.223 0.159 0.047 0.049 0.200 0.310 0.850 2.801 0.646 0.344 0.835 0.628 0.613 0.052 0.159 0.120 0.904 0.067 0.058 0.037 0.171 0.445 0.325 0.130 0.611 0.056 0.271 0.510 0.771 0.568 0.352 0.223 0.264 0.900 0.345 0.112 0.117 0.264 0.107 0.195 0.064 0.014 0.012 0.461 0.409 0.277 0.559 0.454 0.457 4.572 1.292 nan 0.469 0.324 0.539 nan nan 1.218 0.974 0.309 0.346 2.637 3.416 0.584 1.133 0.807 0.488 235 chr1 32960647 32968035 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu 33683 NM_001145720 728116 Hs.647658 NM_001145720 ENSG00000273274 ZBTB8B ZNF916B zinc finger and BTB domain containing 8B protein-coding 3.399 nan 2.533 1.279 3.945 1.947 0.452 1.042 1.896 0.454 1.159 0.852 0.649 0.624 2.221 2.448 1.127 0.371 0.874 0.231 1.162 0.618 1.357 0.683 7.773 0.855 0.844 0.734 0.979 0.316 1.355 3.146 1.009 3.162 0.220 0.573 0.117 2.308 0.170 0.288 0.717 1.234 0.736 0.391 0.163 0.197 0.719 1.012 1.322 1.698 0.685 0.648 2.448 1.035 1.546 7.773 0.333 0.782 0.604 2.318 0.936 0.353 0.672 0.386 0.586 0.460 0.373 2.268 2.281 2.603 2.887 4.184 3.997 nan 1.043 2.351 2.156 2.276 3.125 2.611 4.491 nan 1.606 1.840 2.713 0.928 0.890 1.101 1.783 2.772 nan 2291 chr11 116447051 116454648 + 0 NA Intergenic CpG -59290 NR_135069 101929011 Hs.733911 NR_135069 ENSG00000237937 LOC101929011 - uncharacterized LOC101929011 ncRNA 0.902 1.326 0.643 0.019 0.461 1.842 0.047 0.654 1.036 0.061 0.072 0.008 0.026 0.134 0.338 0.020 0.022 0.042 0.041 0.055 2.993 1.293 2.296 0.009 0.029 0.073 0.043 0.110 0.068 0.810 0.058 0.050 1.416 0.086 0.057 0.031 0.042 0.097 0.047 0.020 0.043 0.051 0.116 0.223 0.097 0.028 0.003 0.053 0.338 0.074 0.036 2.296 0.032 0.022 0.180 0.046 0.093 0.079 0.605 0.070 0.083 0.115 0.186 nan 0.147 0.201 0.408 0.387 2.284 0.634 0.073 0.088 3.127 nan 0.533 0.612 2.569 1.709 0.430 0.545 5.218 3.792 0.341 0.801 5.430 2.885 6106 chr2 50991791 51030040 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 5 of 23) intron (NM_001135659, intron 5 of 23) -87515 NR_130470 103504737 NR_130470 ENSG00000216191 MIR8485 hsa-mir-8485 microRNA 8485 ncRNA 1.038 nan 1.130 0.042 0.171 0.161 0.041 0.258 0.507 0.010 0.063 0.022 0.002 0.029 0.310 0.263 0.101 0.055 0.086 0.010 0.026 0.007 0.266 0.234 0.356 0.009 0.008 0.010 0.077 0.005 0.065 0.135 0.081 0.585 0.034 0.043 0.267 0.043 0.114 0.009 0.071 0.118 0.014 0.006 0.031 0.024 0.096 0.109 0.047 0.020 0.027 0.029 0.263 0.063 0.019 0.356 0.022 0.018 0.777 0.053 0.048 0.025 0.045 0.282 0.012 0.030 0.016 0.329 0.241 0.188 0.250 0.434 0.625 0.369 0.163 0.342 0.350 2.621 3.296 0.696 0.835 1.134 0.825 0.132 0.199 0.776 0.790 0.634 1.339 0.342 0.334 1931 chr11 46430840 46490660 + 0 NA intron (NM_001267782, intron 14 of 19) AluJr4|SINE|Alu -12607 NR_036118 100422825 NR_036118 ENSG00000283497 MIR3160-2 mir-3160-2 microRNA 3160-2 ncRNA nan 1.120 1.090 0.098 0.961 0.900 0.158 0.812 1.554 0.026 0.153 0.109 0.022 0.155 0.206 0.529 0.205 0.126 0.131 0.026 0.032 0.041 0.393 0.308 0.540 0.074 0.046 0.060 0.056 0.033 0.101 0.247 0.109 1.082 0.029 0.093 0.313 0.095 0.139 0.008 0.370 0.155 0.062 0.045 0.057 0.047 0.179 0.157 0.137 0.068 0.063 0.083 0.529 0.087 0.073 0.540 0.037 0.043 0.094 0.057 0.138 0.089 0.079 1.126 0.050 0.027 0.017 0.611 0.783 0.335 0.414 1.942 2.143 1.597 0.467 0.393 0.416 0.753 1.127 0.364 0.442 0.677 0.517 0.314 0.481 1.084 1.196 0.971 nan 1.513 0.824 2591 chr12 31158765 31164547 + 0 NA Intergenic Intergenic -65123 NM_004399 1663 Hs.443960 NM_004399 ENSG00000013573 DDX11 CHL1|CHLR1|KRG2|WABS DEAD/H-box helicase 11 protein-coding 2.572 nan 3.563 0.146 0.213 0.067 0.323 0.166 0.211 0.017 3.370 0.953 0.021 0.051 0.134 0.072 0.066 0.056 0.416 0.362 0.045 0.024 0.162 0.074 0.097 1.524 1.062 0.089 0.189 0.487 0.071 0.732 0.116 0.358 0.471 0.042 0.686 0.044 0.091 0.587 0.122 0.439 0.114 0.048 0.152 0.441 1.640 0.761 0.273 0.124 0.023 0.239 0.072 0.408 0.032 0.097 0.174 0.089 1.085 0.182 0.389 0.233 0.035 0.597 0.799 0.291 0.227 0.635 0.969 0.295 0.486 0.854 0.938 0.847 0.325 0.537 0.670 0.533 0.900 0.425 0.886 10.766 13.866 0.285 0.271 2.907 2.678 0.889 1.830 0.547 0.515 7733 chr3 111298900 111315397 + 0 NA intron (NR_134917, intron 5 of 14) THE1B-int|LTR|ERVL-MaLR 7034 NM_024508 79413 Hs.136912 NM_024508 ENSG00000177494 ZBED2 - zinc finger BED-type containing 2 protein-coding 0.790 nan 0.595 2.711 0.080 0.115 2.253 0.184 0.331 0.213 0.052 0.106 5.404 0.030 0.107 0.133 0.156 0.078 1.030 0.685 2.569 0.017 0.113 0.082 0.130 2.799 1.899 0.432 2.247 2.133 0.666 3.133 0.525 0.446 1.093 0.052 0.023 0.040 0.078 0.281 0.033 0.245 0.386 0.283 1.958 1.212 0.491 0.244 0.133 0.060 0.095 0.164 0.133 1.522 1.697 0.130 1.481 0.130 0.023 0.550 0.018 0.404 0.030 0.068 0.597 2.308 3.426 0.401 0.201 0.227 0.399 0.250 nan 0.520 0.262 0.268 0.232 nan 0.259 0.200 0.209 0.606 0.276 0.138 0.124 0.039 0.218 0.264 0.369 0.468 0.597 11974 chrX 115565468 115569606 + 0 NA promoter-TSS (NM_007231) promoter-TSS (NM_007231) -210 NM_007231 11254 Hs.522109 NM_007231 ENSG00000268104 SLC6A14 BMIQ11 solute carrier family 6 member 14 protein-coding 0.342 0.348 0.753 0.190 0.085 0.153 0.274 0.244 0.022 0.057 0.044 0.135 0.024 0.143 0.218 0.129 0.257 0.092 0.076 0.098 0.818 0.489 0.018 0.131 0.216 0.637 2.293 1.555 0.275 0.035 0.025 0.191 0.086 0.089 0.019 1.541 0.131 0.422 0.123 0.216 0.137 0.176 0.218 0.052 0.023 0.625 0.060 0.028 0.049 0.075 0.025 0.031 0.056 0.008 0.453 0.220 10.901 9.457 0.157 0.150 2.204 0.597 0.419 0.224 0.122 0.097 0.946 1.072 0.442 0.142 0.123 0.207 0.101 0.036 0.135 0.133 1.471 0.496 9817 chr6 101838200 101843661 + 0 NA Intergenic Intergenic -5931 NM_175768 2898 Hs.98262 NM_021956 ENSG00000164418 GRIK2 EAA4|GLR6|GLUK6|GLUR6|GluK2|MRT6 glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 2 protein-coding 1.464 nan nan 0.213 1.027 0.590 0.145 0.418 0.535 0.286 1.921 0.034 0.239 0.661 0.954 0.620 0.089 1.025 0.865 0.023 0.379 0.108 0.175 0.254 0.120 0.296 1.093 0.405 1.632 2.176 0.615 3.112 1.229 0.029 1.117 0.133 0.194 0.334 0.102 0.056 0.029 0.180 0.070 0.175 0.226 0.179 0.456 0.072 0.024 0.954 1.092 0.033 0.175 0.089 0.052 0.230 0.253 2.067 0.203 1.092 0.246 0.097 0.011 0.018 3.288 3.799 9.505 6.201 1.554 nan 1.045 0.228 1.221 1.263 2.035 2.415 0.538 0.879 nan 1.601 1.713 4.089 3.402 2.433 0.482 0.853 0.556 0.513 8339 chr4 40989456 41003276 + 0 NA intron (NM_004307, intron 6 of 17) MamRep605|Unknown|Unknown -137157 NM_001166053 323 Hs.479602 NM_004307 ENSG00000163697 APBB2 FE65L|FE65L1 amyloid beta precursor protein binding family B member 2 protein-coding 0.611 nan nan 0.518 0.186 0.008 6.659 0.124 0.254 0.255 2.098 2.366 0.054 0.043 0.103 0.260 0.683 0.127 1.923 1.629 1.153 0.010 0.159 0.177 0.164 1.200 0.696 0.159 0.747 1.366 2.735 4.154 0.372 0.220 2.469 0.356 0.109 0.290 0.080 1.546 0.104 4.065 2.228 1.079 1.340 0.663 0.350 5.197 0.742 1.775 0.091 1.348 0.260 1.434 4.921 0.164 0.961 0.281 0.014 0.341 0.088 0.776 0.051 0.045 2.388 0.550 0.390 0.598 0.401 0.315 0.483 0.247 0.254 1.075 0.335 0.108 0.096 0.190 0.229 0.329 0.292 0.349 0.131 0.213 0.319 0.328 0.472 0.224 0.351 0.966 0.756 9190 chr5 135144956 135171713 + 0 NA intron (NM_001349345, intron 4 of 9) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -12031 NM_001349336 153328 Hs.412418 NM_145282 ENSG00000145832 SLC25A48 - solute carrier family 25 member 48 protein-coding 0.743 2.106 nan 0.040 0.635 0.092 0.043 0.780 1.256 0.011 0.077 0.083 0.012 0.011 0.220 0.291 0.089 0.030 0.044 0.030 0.005 0.147 0.139 0.417 0.083 0.027 0.027 0.043 0.004 0.123 0.258 0.057 1.753 0.017 0.074 0.102 0.052 0.085 0.022 0.208 0.103 0.027 0.047 0.021 0.037 0.093 0.120 0.091 0.059 0.067 0.129 0.291 0.050 0.038 0.417 0.114 0.022 0.062 0.105 0.010 0.041 0.052 0.032 0.026 0.029 0.013 0.508 0.459 0.255 0.346 1.008 0.795 4.927 1.285 0.337 0.358 0.141 0.307 1.176 1.371 0.706 0.567 0.172 0.197 0.812 1.376 0.160 0.228 0.943 0.694 1103 chr1 212456487 212461178 + 0 NA promoter-TSS (NM_006243) promoter-TSS (NM_006243) -47 NM_006243 5525 Hs.744012 NM_006243 ENSG00000066027 PPP2R5A B56A|B56alpha|PR61A protein phosphatase 2 regulatory subunit B'alpha protein-coding 4.773 5.285 5.985 6.021 3.573 3.236 2.759 1.989 4.582 1.671 3.514 2.172 1.800 1.471 2.660 2.348 3.554 0.622 3.101 1.097 2.681 2.714 2.202 1.393 2.759 3.115 3.248 2.021 4.850 1.977 4.679 7.348 5.701 nan 1.464 2.921 0.957 4.333 0.176 0.956 2.591 4.270 3.956 1.643 4.100 2.416 3.071 2.301 4.425 3.353 5.862 3.741 2.348 4.558 3.488 2.759 2.709 3.128 0.725 4.021 2.904 1.993 0.883 2.011 1.516 1.719 0.878 2.363 4.091 5.717 9.368 7.194 5.590 nan 0.771 7.335 7.046 3.312 nan 5.459 7.683 2.336 3.035 0.777 3.145 4.957 3.677 3.106 6.155 2.151 1.399 10128 chr7 2794944 2801888 + 0 NA intron (NM_007353, intron 2 of 3) L1ME3A|LINE|L1 4358 NM_001282440 2768 Hs.487341 NM_007353 ENSG00000146535 GNA12 NNX3|RMP|gep G protein subunit alpha 12 protein-coding 1.674 3.166 1.464 2.615 1.342 0.322 2.680 0.254 0.729 1.570 3.085 13.270 0.322 0.446 1.776 3.329 2.223 0.439 2.179 1.321 2.415 0.129 0.729 0.278 1.355 4.210 4.919 1.224 2.183 1.152 1.718 nan 1.819 nan 1.135 6.875 0.069 0.156 0.230 1.974 0.215 6.392 0.764 0.420 2.040 1.523 1.967 7.006 2.499 2.222 1.718 0.783 3.329 3.274 5.589 1.355 1.479 1.409 0.535 4.631 3.476 4.338 0.042 0.305 2.276 1.501 1.916 0.405 0.508 0.905 nan 0.470 0.930 nan 0.969 0.722 0.707 2.445 3.197 nan 5.091 0.334 0.183 0.227 0.393 1.105 2.342 0.561 1.748 0.721 0.606 6357 chr2 131143049 131150185 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 33037 NM_001142370 26469 Hs.516390 NM_014369 ENSG00000072135 PTPN18 BDP1|PTP-HSCF protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 18 protein-coding nan 1.086 nan 0.747 0.411 2.203 0.299 0.571 1.283 0.253 0.750 0.320 0.254 0.504 1.425 0.539 0.429 0.068 0.874 0.295 0.934 0.155 0.483 0.227 1.603 1.027 1.333 0.481 0.733 0.209 1.043 1.988 0.685 2.801 0.479 0.529 0.092 0.483 0.052 0.578 0.167 0.909 0.559 0.312 0.977 0.247 0.216 0.718 1.084 1.267 0.387 0.519 0.539 0.432 0.619 1.603 0.205 0.257 0.283 1.452 0.847 0.388 4.114 0.121 0.783 0.273 0.136 4.084 4.167 8.784 4.605 2.099 1.512 2.749 0.784 13.594 13.727 0.880 1.150 1.098 nan 1.343 1.695 5.509 5.917 0.586 0.461 0.315 0.585 0.523 0.391 4268 chr16 18934881 18940352 + 0 NA 5' UTR (NM_015092, exon 1 of 63) 5' UTR (NM_015092, exon 1 of 63) 110 NM_015092 23049 Hs.460179 NM_015092 ENSG00000157106 SMG1 61E3.4|ATX|LIP SMG1, nonsense mediated mRNA decay associated PI3K related kinase protein-coding 3.457 2.261 nan 5.145 5.153 2.072 2.524 1.732 3.627 3.299 5.517 2.252 2.275 2.133 2.869 2.421 2.453 0.235 4.416 1.282 2.804 1.570 1.318 0.799 2.766 2.841 3.552 2.845 4.698 1.000 4.447 6.317 2.842 8.097 1.960 3.050 1.370 2.742 0.098 0.796 1.768 7.112 3.337 1.723 1.262 2.624 3.768 3.807 4.207 2.897 4.012 3.434 2.421 5.394 3.779 2.766 1.317 2.046 1.034 4.151 1.155 4.312 1.761 2.204 1.579 1.716 1.293 3.176 3.205 2.566 3.492 3.376 3.174 9.352 3.087 10.136 10.786 1.875 2.726 10.514 17.689 nan 4.556 1.663 3.842 4.726 5.546 3.832 5.184 2.614 1.269 265 chr1 37150578 37185712 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -219230 NM_156039 1441 Hs.524517 NM_000760 ENSG00000119535 CSF3R CD114|GCSFR|SCN7 colony stimulating factor 3 receptor protein-coding 1.345 nan 1.182 0.055 0.178 0.136 0.081 0.231 0.395 0.011 0.073 0.060 0.012 0.049 0.145 0.216 0.059 0.055 0.048 0.020 0.138 0.161 0.487 0.010 0.012 0.020 0.058 0.012 0.064 0.247 0.102 0.685 0.025 0.041 0.038 0.065 0.100 0.013 0.076 0.134 0.023 0.013 0.015 0.050 0.060 0.148 0.060 0.036 0.086 0.237 0.216 0.076 0.024 0.487 0.042 0.113 0.407 0.294 0.087 0.016 0.065 1.486 0.018 0.039 0.033 0.213 0.142 0.106 0.107 0.567 0.694 nan 0.235 0.131 0.132 3.997 4.555 13.431 13.130 nan 1.682 0.428 0.431 0.201 0.296 1.325 4.041 0.797 nan 296 chr1 40251594 40267783 + 0 NA Intergenic Intergenic 5040 NR_135805 101929536 Hs.552820 NR_135805 ENSG00000261798 LOC101929536 - uncharacterized LOC101929536 ncRNA 9.233 1.164 nan 0.645 7.909 0.414 0.588 0.464 0.669 0.088 0.314 0.190 0.085 0.604 0.726 3.622 0.144 0.079 0.401 0.175 0.125 0.171 0.875 0.453 1.657 0.376 0.184 0.314 0.564 0.310 0.744 1.655 0.400 1.403 0.289 0.308 0.029 0.422 0.107 0.161 0.117 0.396 0.261 0.183 0.378 0.566 0.178 0.155 0.670 0.702 0.562 0.550 3.622 0.796 0.721 1.657 0.370 0.653 0.109 1.640 0.326 0.281 0.355 0.152 0.066 0.100 0.076 0.292 0.254 0.675 1.055 1.613 1.559 1.616 0.543 0.878 0.948 0.734 nan 20.815 24.887 0.723 0.705 1.125 nan 0.404 0.408 0.730 1.014 31.660 22.206 8852 chr5 34582460 34590085 + 0 NA Intergenic Intergenic -70161 NM_015577 26064 Hs.431400 NM_015577 ENSG00000039560 RAI14 NORPEG|RAI13 retinoic acid induced 14 protein-coding 0.920 1.356 nan 0.897 0.615 0.066 5.172 0.392 0.935 0.025 1.576 2.305 0.025 0.013 0.058 0.788 1.049 0.252 6.773 3.654 0.199 0.019 0.083 0.206 0.204 1.561 0.788 0.068 3.881 3.091 6.053 11.844 10.467 0.389 4.348 1.580 1.087 0.029 0.149 1.796 0.676 1.038 1.950 1.286 2.901 3.431 10.194 2.090 1.360 0.138 2.676 5.252 0.788 2.384 0.110 0.204 3.207 2.008 0.077 0.354 0.092 0.264 0.091 0.130 1.774 0.083 0.013 0.437 0.267 0.195 0.289 0.616 0.685 2.433 0.395 0.272 0.281 0.652 1.012 1.804 3.324 0.990 0.449 0.253 0.295 3.027 4.002 0.259 0.588 1.463 1.106 171 chr1 25031451 25052546 + 0 NA Intergenic Intergenic -29762 NM_013943 25932 Hs.440544 NM_013943 ENSG00000169504 CLIC4 CLIC4L|H1|MTCLIC|huH1|p64H1 chloride intracellular channel 4 protein-coding 1.020 1.155 nan 0.472 1.181 0.697 3.497 0.576 1.205 0.229 1.443 1.132 0.105 0.170 1.160 0.742 0.223 0.240 1.083 0.634 0.690 0.066 0.385 0.332 0.268 1.883 1.429 0.549 0.245 1.257 0.659 2.257 0.765 1.926 1.224 0.531 0.185 0.127 0.123 1.050 0.092 5.664 3.332 1.553 0.581 0.505 0.903 1.069 0.949 1.889 0.141 0.783 0.742 1.119 1.770 0.268 0.196 0.666 0.116 0.346 0.702 1.657 0.068 0.246 1.339 0.540 0.326 0.312 0.243 0.294 0.462 1.674 1.404 2.045 0.661 0.332 0.364 0.427 0.718 0.969 1.444 0.511 0.224 0.226 0.224 0.541 0.751 0.455 1.068 1.083 0.700 11216 chr8 113681719 113692123 + 0 NA intron (NM_198123, intron 16 of 70) LTR78B|LTR|ERV1 31199 NR_031745 100302225 NR_031745 ENSG00000238399 MIR2053 hsa-mir-2053 microRNA 2053 ncRNA nan nan 0.988 0.034 0.177 0.037 0.513 0.186 0.262 0.300 0.124 0.006 0.067 0.068 0.062 0.093 0.077 0.111 0.080 0.061 0.027 0.075 0.040 0.138 0.007 0.028 0.059 0.551 0.086 0.226 0.041 0.583 0.547 0.073 0.046 0.021 0.076 0.180 0.199 0.119 0.336 0.217 0.141 0.037 0.083 0.174 0.117 0.176 0.023 0.032 0.062 0.076 0.036 0.138 0.376 0.043 0.117 0.058 0.038 0.057 0.167 0.059 7.433 11.471 0.342 0.227 0.071 0.116 0.283 0.436 nan 0.279 0.720 nan 0.758 nan 0.220 0.192 0.389 0.162 0.099 0.217 0.181 0.215 0.249 0.703 0.424 0.454 10398 chr7 66092047 66102292 + 0 NA intron (NM_153033, intron 1 of 3) intron (NM_153033, intron 1 of 3) 3301 NM_153033 154881 Hs.546627 NM_153033 ENSG00000243335 KCTD7 CLN14|EPM3 potassium channel tetramerization domain containing 7 protein-coding nan nan nan 0.659 1.000 1.028 1.266 0.471 1.106 0.272 1.722 1.649 0.243 0.514 1.781 1.286 0.914 0.408 0.873 0.555 1.194 0.564 0.763 0.440 0.930 0.679 0.690 1.155 1.979 0.402 1.159 1.972 2.083 3.609 0.272 3.712 0.232 1.778 0.203 0.633 0.778 1.862 0.584 0.367 0.405 0.458 0.611 1.978 1.883 2.916 2.848 1.428 1.286 1.409 1.413 0.930 0.437 0.691 0.291 1.778 1.000 2.064 0.348 0.443 1.374 0.956 0.583 1.139 1.557 1.056 1.670 2.004 1.629 2.364 1.081 1.930 1.998 1.014 1.651 1.020 1.409 0.990 0.868 0.509 0.820 0.818 0.755 0.814 1.579 1.275 0.644 7696 chr3 98592357 98627031 + 0 NA intron (NM_080927, intron 1 of 15) intron (NM_080927, intron 1 of 15) 10839 NM_080927 131566 Hs.203691 NM_080927 ENSG00000057019 DCBLD2 CLCP1|ESDN discoidin, CUB and LCCL domain containing 2 protein-coding 1.207 1.092 0.963 0.759 0.367 0.283 2.911 0.366 0.694 0.234 0.897 0.655 0.341 0.067 0.274 0.295 1.598 0.278 0.828 0.339 1.185 0.056 0.252 0.202 0.269 1.347 1.161 0.768 2.811 1.815 1.624 1.731 0.580 0.660 0.573 0.387 0.014 0.460 0.099 1.180 0.212 4.008 0.338 0.245 1.813 0.916 0.869 0.627 1.458 1.822 0.275 0.598 0.295 0.290 0.216 0.269 0.418 0.212 0.176 0.427 0.410 1.003 0.114 0.228 1.811 3.841 4.514 0.593 0.648 0.706 0.879 0.855 0.831 0.188 0.098 0.737 0.672 1.013 1.464 0.528 0.627 1.032 0.878 0.243 0.457 0.041 0.034 0.613 0.747 0.606 0.486 11556 chr9 42844380 42856342 + 0 NA intron (NR_046175, intron 3 of 3) AluJr|SINE|Alu 6841 NR_136299 101929583 Hs.404758 NR_136299 LOC101929583 - methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 1 like pseudogene pseudo 0.711 1.929 1.001 2.566 0.112 0.047 3.297 0.094 0.272 0.147 0.278 2.260 0.010 0.201 0.067 0.995 0.069 0.107 1.697 1.141 0.106 0.092 0.196 0.170 0.140 2.462 2.185 0.160 1.492 0.626 1.641 3.312 0.071 0.713 1.959 0.216 0.216 0.095 0.086 1.134 0.066 3.527 5.658 2.744 0.712 0.991 0.461 4.525 0.320 2.821 0.053 0.262 0.995 1.610 0.665 0.140 1.251 0.135 0.088 0.287 0.288 1.095 0.120 0.083 0.707 4.870 6.537 0.361 0.272 0.343 0.463 0.435 0.471 0.358 0.136 0.349 0.308 0.488 0.677 0.176 0.196 0.392 0.339 0.272 0.381 0.744 2.190 0.320 0.425 0.766 0.836 5435 chr18 74389921 74421757 + 0 NA TTS (NR_122073) TTS (NR_122073) 3853 NR_122073 400661 Hs.514963 NR_122073 ENSG00000276397 LINC01879 - long intergenic non-protein coding RNA 1879 ncRNA nan nan 0.600 0.077 0.315 0.022 0.222 0.248 0.457 0.012 0.095 0.099 0.053 0.206 3.455 0.061 0.076 0.113 0.070 0.006 0.043 0.395 0.187 1.146 0.277 0.185 0.047 0.101 0.075 0.165 0.388 0.239 0.541 0.056 0.498 0.060 0.065 0.067 0.060 0.093 0.061 0.029 0.012 0.130 0.298 0.118 0.141 0.090 0.064 0.167 0.079 3.455 0.107 0.020 1.146 0.004 0.029 0.040 0.168 0.340 0.344 0.091 0.085 0.017 0.013 0.010 0.478 0.507 0.397 0.589 1.270 nan 3.077 1.511 0.432 0.472 0.077 0.156 1.726 nan 0.485 0.230 0.159 0.272 0.546 0.756 0.245 0.341 1.226 0.859 5449 chr18 76822077 76832002 + 0 NA Intergenic Intergenic -2236 NM_198531 374868 Hs.465475 NM_198531 ENSG00000166377 ATP9B ATPASEP|ATPIIB|HUSSY-20|NEO1L|hMMR1 ATPase phospholipid transporting 9B (putative) protein-coding nan nan 1.420 0.477 5.281 0.428 0.430 0.451 0.902 0.106 0.672 0.380 0.181 0.524 0.468 1.340 0.266 0.064 0.398 0.152 0.121 0.196 0.604 0.348 5.640 0.230 0.226 0.720 0.459 0.276 0.357 0.746 0.444 2.389 0.207 0.300 0.327 0.514 0.094 0.156 0.996 0.623 0.122 0.157 0.198 0.274 0.565 0.141 0.435 0.666 0.270 0.314 1.340 0.920 0.270 5.640 0.099 0.174 0.147 0.863 0.616 0.209 0.114 0.426 0.146 0.099 0.072 1.557 1.019 1.489 2.328 4.459 nan 13.173 5.216 2.983 2.993 0.566 0.626 5.337 nan 2.741 3.024 0.551 0.829 1.826 2.866 1.549 1.681 1.846 1.039 4206 chr16 4474251 4479693 + 0 NA intron (NM_001286516, intron 1 of 8) AluSx|SINE|Alu 1166 NM_001286516 9093 Hs.459779 NM_005147 ENSG00000103423 DNAJA3 HCA57|TID1|hTID-1 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member A3 protein-coding 3.658 nan 2.697 3.751 5.174 2.417 3.088 2.210 4.964 1.406 4.108 3.136 0.422 0.869 2.510 3.794 2.182 0.534 2.691 1.296 3.398 3.267 1.772 0.893 4.027 2.480 2.540 1.916 2.883 0.697 5.890 8.298 2.291 7.766 1.783 4.862 0.834 3.915 0.236 0.889 2.305 2.763 2.463 1.443 1.846 1.779 3.117 2.853 2.899 2.352 3.421 7.652 3.794 3.630 5.062 4.027 1.510 1.990 1.207 3.274 1.500 3.046 0.691 1.223 1.592 1.906 1.241 5.022 4.379 2.132 3.495 4.655 4.166 nan 4.289 10.453 10.946 3.215 nan 5.114 6.906 6.716 7.403 3.242 3.933 5.192 6.959 3.779 5.366 3.907 2.189 6838 chr20 10614459 10660953 + 0 NA intron (NM_000214, intron 4 of 25) intron (NM_000214, intron 4 of 25) -7363 NR_106930 102465525 NR_106930 ENSG00000273745 MIR6870 hsa-mir-6870 microRNA 6870 ncRNA 0.949 nan 1.333 1.918 0.898 0.322 0.718 0.221 0.425 0.297 1.010 0.515 0.426 0.504 0.593 3.750 0.338 0.723 0.257 0.237 0.015 0.266 0.155 0.242 0.590 0.458 0.081 0.344 0.285 0.805 1.117 1.393 2.059 0.983 0.598 0.088 1.076 0.074 0.416 0.290 0.722 0.268 0.181 0.345 0.472 0.483 0.316 1.707 0.853 0.513 0.435 0.593 0.847 1.018 0.242 0.525 0.362 0.153 0.684 0.420 1.246 0.255 0.132 1.388 0.370 0.278 0.880 0.892 2.237 5.884 0.823 0.750 1.454 0.526 0.682 0.636 0.953 1.606 1.312 1.838 0.570 0.436 0.351 0.815 0.484 0.608 0.374 0.733 0.827 0.613 10055 chr6 159124982 159165329 + 0 NA intron (NM_001242394, intron 10 of 17) intron (NM_001242394, intron 10 of 17) 40630 NR_037482 100500851 NR_037482 ENSG00000265558 MIR3918 mir-3918 microRNA 3918 ncRNA nan 0.623 0.923 2.608 0.251 0.107 2.865 0.139 0.305 0.206 0.162 0.382 0.541 0.032 0.246 0.237 0.184 0.119 3.073 1.347 0.053 0.028 0.095 0.110 0.184 0.507 0.237 0.422 0.372 0.257 0.342 nan 0.574 0.434 0.442 0.124 0.024 0.100 0.108 0.228 0.052 0.189 0.555 0.321 0.327 0.165 1.833 0.194 0.238 0.696 0.081 0.179 0.237 3.505 0.788 0.184 0.961 0.186 0.297 0.114 0.144 0.395 0.034 0.211 0.228 0.167 0.140 0.384 0.456 0.275 0.526 0.448 nan 0.824 0.252 0.355 0.413 0.583 0.854 0.369 0.426 1.273 0.809 0.226 0.293 0.161 0.276 0.361 nan 0.714 0.397 9294 chr5 156472505 156492475 + 0 NA exon (NM_001173393, exon 3 of 9) exon (NM_001173393, exon 3 of 9) 2762 NM_012206 26762 Hs.129711 NM_012206 ENSG00000113249 HAVCR1 CD365|HAVCR|HAVCR-1|KIM-1|KIM1|TIM|TIM-1|TIM1|TIMD-1|TIMD1 hepatitis A virus cellular receptor 1 protein-coding 0.831 nan 0.630 0.951 0.063 0.042 0.170 0.088 0.221 0.005 0.115 0.056 0.006 0.020 0.085 0.056 0.324 0.226 0.058 1.227 0.007 0.079 0.088 0.090 2.737 2.253 0.019 0.142 0.661 0.054 0.118 0.073 0.278 0.022 0.068 0.014 0.061 0.111 0.308 0.087 0.143 0.336 0.258 1.244 0.771 0.092 0.160 4.379 0.054 3.306 2.063 0.056 0.071 0.051 0.090 0.086 0.029 0.082 0.039 0.041 0.106 0.035 0.428 0.053 0.756 0.641 0.197 0.151 0.215 0.304 0.223 0.221 0.081 0.027 0.078 0.069 0.134 0.243 0.116 0.166 1.502 1.728 0.111 0.126 0.075 0.101 0.455 1.188 0.386 0.400 8921 chr5 56656642 56667190 + 0 NA Intergenic Intergenic 116720 NM_001017992 345651 Hs.482167 NM_001017992 ENSG00000169067 ACTBL2 ACT actin, beta like 2 protein-coding nan nan 0.559 0.605 0.042 0.074 5.162 0.076 0.245 0.027 0.111 0.802 0.049 0.038 0.131 0.060 0.086 0.060 0.437 0.503 0.383 0.026 0.045 0.079 0.023 2.145 1.081 0.021 2.484 3.412 0.846 2.201 1.728 0.383 1.440 0.112 0.036 0.132 0.098 1.031 0.052 0.071 0.320 0.260 1.671 0.926 1.329 0.075 0.276 0.121 0.103 0.883 0.060 0.826 1.787 0.023 0.696 0.189 0.223 0.029 0.610 0.009 0.034 0.541 3.388 3.848 0.223 0.102 0.355 1.186 0.129 0.188 nan 0.074 0.188 0.168 0.479 0.656 0.136 0.158 nan 0.153 0.076 0.106 0.066 0.100 0.114 0.243 0.413 0.400 2687 chr12 53608394 53619477 + 0 NA exon (NM_001243732, exon 1 of 7) exon (NM_001243732, exon 1 of 7) 262 NM_001243732 5916 Hs.1497 NM_000966 ENSG00000172819 RARG NR1B3|RARC retinoic acid receptor gamma protein-coding nan 0.940 1.004 1.453 0.340 0.351 4.709 0.234 0.392 1.721 4.020 1.459 1.121 0.664 0.289 0.655 1.230 0.145 4.017 1.632 2.508 2.517 0.318 0.285 0.642 2.216 2.394 1.866 2.333 1.329 3.032 5.664 2.019 2.584 2.586 2.107 0.163 3.732 0.114 1.476 0.122 2.937 1.478 0.823 1.445 1.499 2.079 5.366 4.099 4.415 2.897 4.824 0.655 2.655 4.429 0.642 1.621 2.183 0.261 3.961 0.590 3.055 0.934 0.326 3.188 0.677 0.336 nan 2.357 1.155 1.974 1.440 nan 0.961 0.284 0.616 0.765 0.556 nan 2.285 nan 0.691 0.356 0.756 1.195 0.680 0.458 0.426 1.353 0.751 0.553 6382 chr2 138720641 138735089 + 0 NA intron (NM_006895, intron 2 of 5) intron (NM_006895, intron 2 of 5) 6057 NM_001024075 3176 Hs.42151 NM_006895 ENSG00000150540 HNMT HMT|HNMT-S1|HNMT-S2|MRT51 histamine N-methyltransferase protein-coding nan 0.794 nan 2.323 1.612 0.219 1.929 0.222 0.275 0.053 0.704 1.559 0.061 0.286 0.049 0.231 2.173 0.163 0.656 0.646 0.369 0.019 0.127 0.174 0.639 0.546 0.309 0.051 0.980 1.611 2.032 5.062 3.888 1.134 1.247 0.670 0.046 0.052 0.091 1.060 0.066 0.063 0.101 0.064 1.917 2.006 1.022 1.057 0.533 0.191 0.221 2.765 0.231 0.597 0.444 0.639 1.186 0.511 0.027 0.093 0.035 1.390 0.062 0.327 0.752 0.012 0.014 0.284 0.211 0.509 1.695 0.368 0.467 2.869 0.860 0.944 0.881 1.782 2.420 1.457 nan 0.486 0.172 0.157 0.376 0.312 0.397 0.637 1.402 0.416 0.357 2012 chr11 65404180 65421403 + 0 NA intron (NM_006747, intron 5 of 15) intron (NM_006747, intron 5 of 15) -3872 NR_039709 100616284 NR_039709 ENSG00000265874 MIR4489 mir-4489 microRNA 4489 ncRNA nan 1.337 1.526 1.180 1.376 1.266 1.080 1.535 2.497 0.364 1.781 0.586 0.621 0.772 1.171 0.720 0.532 0.112 2.842 1.210 2.079 0.250 0.544 0.227 1.419 0.795 0.608 0.911 0.671 0.536 1.906 3.549 1.367 2.748 0.763 0.559 0.171 2.106 0.134 0.513 0.218 2.866 0.878 0.503 1.518 0.648 1.311 0.854 1.642 2.031 0.462 1.991 0.720 1.676 1.264 1.419 0.781 1.445 0.315 2.078 0.886 0.769 0.362 0.393 0.679 0.344 0.203 2.045 3.634 1.951 2.861 2.176 2.185 2.213 0.889 1.518 1.851 1.140 1.735 2.059 2.617 0.982 0.549 1.101 1.138 0.837 1.005 0.750 1.417 1.108 0.607 6745 chr2 236573722 236589483 + 0 NA intron (NM_001244888, intron 1 of 9) intron (NM_001244888, intron 1 of 9) -155037 NR_146582 27321 NR_146582 TNRC17 CAGL234 trinucleotide repeat containing 17 ncRNA 1.673 nan 1.259 1.209 0.664 0.492 0.895 0.355 0.574 0.265 0.487 0.210 0.039 0.099 0.883 0.799 0.220 0.093 0.494 0.132 0.036 0.070 0.587 0.515 1.232 0.367 0.206 0.341 0.268 0.174 0.415 0.990 0.198 1.395 0.158 0.221 0.457 0.400 0.109 0.074 0.968 0.445 0.612 0.473 0.165 0.124 1.396 0.120 0.514 0.401 0.025 0.485 0.799 0.471 0.293 1.232 0.163 0.299 0.294 0.732 0.381 0.251 0.260 0.362 0.081 0.153 0.210 1.716 2.184 0.972 1.215 1.836 1.531 1.689 0.456 1.002 1.073 0.944 1.458 1.231 nan 4.278 4.716 0.567 1.393 1.290 1.251 1.269 1.175 0.885 0.638 5111 chr18 2512220 2518231 + 0 NA Intergenic Intergenic 56277 NM_001308401 64863 Hs.126888 NM_022840 ENSG00000101574 METTL4 HsT661 methyltransferase like 4 protein-coding 1.282 0.993 0.975 1.467 0.685 0.112 1.652 0.159 0.225 0.379 1.790 1.149 0.132 0.163 0.383 0.862 0.157 1.515 1.418 0.450 0.046 0.027 0.109 1.285 1.369 1.031 0.024 1.303 0.648 0.741 2.032 1.164 nan 3.228 0.660 0.204 0.036 0.070 1.480 0.491 3.319 5.948 2.167 1.222 0.552 0.433 8.105 0.203 1.316 0.472 1.065 0.383 0.693 0.818 1.285 0.327 0.342 0.262 0.578 0.134 1.263 0.016 0.269 2.605 3.493 4.569 0.356 0.241 0.195 0.332 1.170 1.323 nan 0.221 0.278 0.282 1.382 nan 0.944 0.835 nan 0.382 0.066 0.133 1.007 1.670 0.553 nan nan 0.545 8132 chr3 187979091 187985981 + 0 NA intron (NM_005578, intron 2 of 10) intron (NM_005578, intron 2 of 10) 39343 NM_001167671 4026 Hs.720220 NM_005578 ENSG00000145012 LPP - LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma protein-coding 0.977 1.016 0.490 0.626 0.228 0.090 5.300 0.322 0.905 0.033 1.969 4.249 0.009 0.717 0.156 0.354 2.728 0.395 3.193 1.365 2.170 0.250 0.226 0.348 6.547 4.663 1.080 1.433 1.789 0.901 2.770 0.418 0.462 0.946 4.593 0.028 0.443 0.102 1.822 0.139 0.336 0.936 0.599 3.386 1.964 0.237 3.903 1.584 0.309 0.996 1.704 0.354 1.877 9.089 0.348 0.477 0.546 0.057 0.126 0.300 2.164 0.075 0.055 2.387 0.116 0.037 0.322 0.181 0.423 0.678 0.538 0.502 0.354 0.111 0.506 0.426 0.775 1.601 1.483 1.436 0.656 0.390 0.184 0.181 0.125 0.175 0.108 0.258 0.240 0.421 582 chr1 110648388 110681956 + 0 NA Intergenic LTR67B|LTR|ERVL 10110 NM_203412 164153 Hs.374027 NM_203412 ENSG00000186150 UBL4B - ubiquitin like 4B protein-coding nan 1.248 1.384 0.060 1.994 0.923 0.064 0.607 1.233 0.071 0.054 0.080 0.020 1.856 1.145 1.276 0.107 0.091 0.056 0.011 0.030 0.025 0.440 0.255 0.722 0.027 0.020 0.053 0.057 0.006 0.060 0.142 0.074 2.615 0.048 0.074 0.176 0.081 0.105 0.014 0.171 0.150 0.032 0.016 0.023 0.058 0.896 0.171 0.068 0.055 0.186 0.218 1.276 0.053 0.062 0.722 0.025 0.101 0.160 0.259 1.887 0.068 0.463 0.029 0.018 0.036 0.010 1.093 1.185 0.241 0.263 1.527 nan 5.036 2.450 0.385 0.407 0.339 0.669 4.486 5.092 0.532 0.383 0.760 0.808 0.835 1.207 0.200 0.276 1.492 0.991 1884 chr11 33736300 33759453 + 0 NA intron (NM_000611, intron 1 of 3) L1PA7|LINE|L1 -3378 NM_001127227 966 Hs.278573 NM_000611 ENSG00000085063 CD59 16.3A5|1F5|EJ16|EJ30|EL32|G344|HRF-20|HRF20|MAC-IP|MACIF|MEM43|MIC11|MIN1|MIN2|MIN3|MIRL|MSK21|p18-20 CD59 molecule (CD59 blood group) protein-coding 0.973 1.326 nan 2.042 1.268 0.305 1.834 0.331 0.647 0.821 0.745 0.837 0.139 0.168 0.460 0.654 0.732 0.174 0.937 0.497 0.536 0.120 0.360 0.181 0.946 0.903 0.766 0.618 0.567 0.598 0.659 1.745 0.472 1.770 0.654 0.370 0.160 0.602 0.132 0.696 0.400 1.745 1.954 0.933 0.882 0.230 1.132 1.548 0.956 1.309 1.756 0.404 0.654 1.731 1.584 0.946 0.327 0.735 0.986 0.709 0.188 1.410 0.366 0.236 1.007 0.624 0.592 0.943 0.886 1.016 1.717 1.362 1.485 1.008 0.331 0.869 0.825 1.586 2.495 0.577 1.033 0.800 0.700 0.599 1.136 0.768 0.706 0.425 nan 1.069 0.807 10417 chr7 73180915 73186265 + 0 NA 3' UTR (NM_001306, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_001306, exon 1 of 1) 1010 NM_001306 1365 Hs.647023 NM_001306 ENSG00000165215 CLDN3 C7orf1|CPE-R2|CPETR2|HRVP1|RVP1 claudin 3 protein-coding nan 2.516 0.922 2.513 3.844 6.186 0.904 2.114 4.735 0.053 0.273 0.184 0.408 1.458 10.698 2.118 0.114 0.103 0.679 0.320 0.154 0.026 4.070 1.786 7.541 0.090 0.066 0.276 6.238 1.340 1.084 2.545 4.066 5.588 0.681 0.233 0.499 0.439 0.128 0.289 0.933 0.265 0.098 0.103 1.001 0.817 0.983 0.205 0.548 0.441 0.147 0.723 2.118 1.818 1.929 7.541 0.708 1.720 0.273 0.599 0.857 0.238 2.429 0.045 0.057 0.022 0.038 4.725 6.743 1.782 nan 6.268 4.950 6.138 2.771 0.338 0.271 0.159 nan 6.664 10.144 1.418 1.581 2.809 5.270 2.935 2.235 0.150 0.681 3.192 1.676 5296 chr18 42987827 43005384 + 0 NA intron (NM_001242692, intron 1 of 20) intron (NM_001242692, intron 1 of 20) 90396 NR_110899 101927980 Hs.591058 NR_110899 SLC14A2-AS1 - SLC14A2 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.025 0.720 0.115 0.565 1.301 0.056 0.319 0.506 0.044 0.066 0.042 0.085 1.041 3.750 0.073 0.073 0.006 0.022 0.031 0.508 0.368 0.375 0.017 0.021 0.030 0.140 0.054 0.047 0.024 1.763 0.008 0.030 0.269 0.025 0.063 0.013 0.032 0.073 0.017 0.009 0.164 0.066 0.153 0.114 0.026 0.028 0.009 0.045 3.750 0.033 0.016 0.375 0.028 0.014 0.128 0.020 0.947 0.020 0.017 0.070 0.022 0.007 0.009 0.408 0.232 0.167 0.319 2.269 1.909 0.989 0.576 0.079 0.088 0.226 0.437 0.409 0.779 0.424 0.306 0.082 0.136 0.923 2.055 0.106 nan 3.990 2.315 5555 chr19 14180988 14194018 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 3330 NR_106715 102466515 NR_106715 ENSG00000284081 MIR1199 hsa-mir-1199 microRNA 1199 ncRNA 2.617 2.355 2.481 1.511 1.263 1.695 0.768 0.923 2.234 0.588 0.768 0.613 0.262 0.927 0.920 0.898 0.534 0.223 1.041 0.306 0.937 0.586 0.811 0.497 1.949 1.779 1.725 0.767 2.204 0.705 2.047 nan 1.836 3.383 0.304 0.833 0.723 2.129 0.145 0.336 0.516 1.280 0.535 0.334 1.346 0.483 1.882 0.773 2.024 2.760 3.174 1.150 0.898 0.989 0.651 1.949 0.430 1.152 0.383 2.628 1.625 0.923 0.320 0.360 0.533 0.271 0.150 0.616 1.136 2.081 3.169 1.967 2.139 4.731 1.153 2.274 2.299 1.537 2.121 2.782 3.490 1.596 1.204 0.610 0.940 2.448 2.290 0.772 1.768 1.293 0.778 11221 chr8 116064856 116071734 + 0 NA Intergenic Intergenic 611944 NM_001282902 7227 Hs.657018 NM_014112 ENSG00000104447 TRPS1 GC79|LGCR transcriptional repressor GATA binding 1 protein-coding nan nan 0.710 0.909 0.211 0.032 3.081 0.256 0.278 0.848 0.999 2.761 0.054 0.103 0.030 0.051 2.439 0.234 1.816 0.992 0.027 0.046 0.025 0.035 1.562 1.426 0.094 1.499 1.049 0.842 1.868 0.214 0.696 5.140 0.086 0.028 0.045 0.057 1.599 0.111 0.133 0.157 0.023 1.602 0.649 0.070 5.096 0.047 0.358 0.206 0.134 0.051 1.162 0.094 0.035 0.053 0.156 0.029 0.028 0.088 1.297 0.086 0.888 0.276 0.315 0.317 0.211 0.353 1.136 0.392 0.439 nan 0.113 0.572 nan 0.904 nan 0.197 0.185 0.311 0.129 0.168 0.309 0.132 0.114 0.171 0.290 0.476 0.479 11660 chr9 97530420 97537738 + 0 NA intron (NM_032823, intron 2 of 14) LTR33A|LTR|ERVL 12148 NM_001193329 84909 Hs.434253 NM_032823 ENSG00000148120 C9orf3 AOPEP|AP-O|APO|C90RF3|ONPEP chromosome 9 open reading frame 3 protein-coding 1.298 nan 1.970 0.139 2.162 0.424 0.208 0.515 1.175 0.013 0.117 0.194 0.017 0.081 0.145 1.164 0.140 0.022 0.268 0.134 0.025 2.514 1.124 4.802 0.138 0.082 0.030 0.056 0.110 0.429 0.076 1.089 0.099 0.235 0.220 0.059 0.110 0.456 0.108 0.017 0.025 0.056 0.075 0.141 0.124 0.182 0.099 0.033 0.150 1.164 0.245 0.114 4.802 0.017 0.056 0.170 0.055 0.841 0.076 0.163 0.219 0.030 0.025 0.007 0.312 0.242 0.408 nan 4.046 4.304 4.632 2.103 0.252 0.119 3.133 3.286 1.474 1.964 0.495 0.318 0.283 0.274 1.808 2.032 0.184 0.689 4.888 2.606 7639 chr3 62722275 62751298 + 0 NA intron (NM_183394, intron 3 of 27) intron (NM_183394, intron 3 of 27) 124278 NM_003716 8618 Hs.654933 NM_003716 ENSG00000163618 CADPS CADPS1|CAPS|CAPS1|UNC-31 calcium dependent secretion activator protein-coding 1.077 nan 0.870 0.049 0.086 0.046 0.032 0.089 0.186 0.010 0.028 0.028 0.009 0.027 0.148 0.107 0.044 0.039 0.117 0.013 0.026 0.009 0.130 0.073 0.158 0.002 0.007 0.008 0.084 0.007 0.094 0.270 0.285 0.376 0.041 0.043 0.022 0.072 0.071 0.045 0.023 0.008 0.041 0.040 0.071 0.089 0.017 0.024 0.014 0.044 0.107 0.062 0.026 0.158 0.013 0.026 0.124 0.014 0.031 0.035 0.123 2.239 0.008 0.016 0.012 0.233 0.179 0.126 0.173 0.277 0.330 0.357 0.135 0.069 0.088 0.399 0.751 0.227 0.285 1.061 1.003 0.108 0.180 0.140 0.194 1.269 nan 0.592 0.392 4868 chr17 55036846 55061227 + 0 NA Intergenic AluSc5|SINE|Alu -6432 NM_021626 59342 Hs.514950 NM_021626 ENSG00000121064 SCPEP1 HSCP1|RISC serine carboxypeptidase 1 protein-coding 1.583 1.725 1.668 0.349 2.101 2.741 0.789 1.464 2.835 0.321 0.577 0.412 0.145 0.143 2.302 0.796 0.460 0.211 0.564 0.259 0.228 0.295 0.432 0.290 1.008 0.750 0.599 0.283 0.392 0.128 0.794 1.714 0.600 6.575 0.162 0.447 0.117 0.419 0.133 0.333 0.309 0.654 0.280 0.192 0.280 0.289 0.857 0.657 0.588 0.805 0.382 0.356 0.796 0.509 0.361 1.008 0.256 0.261 0.224 0.592 0.337 0.406 0.725 0.344 0.219 0.213 0.107 1.461 1.234 0.881 1.353 2.048 2.001 2.533 0.770 nan 2.056 0.881 1.232 nan nan 2.073 1.823 1.025 1.613 0.961 1.132 1.281 1.508 3.555 1.450 4167 chr16 499142 509077 + 0 NA intron (NM_014700, intron 1 of 13) intron (NM_014700, intron 1 of 13) -20741 NM_001142272 9727 Hs.531642 NM_014700 ENSG00000090565 RAB11FIP3 CART1|Rab11-FIP3 RAB11 family interacting protein 3 protein-coding 0.879 nan 2.295 0.050 1.465 2.678 0.151 0.968 1.529 0.041 0.227 0.313 0.531 0.650 1.982 0.911 0.292 0.202 0.186 0.096 0.082 0.083 0.412 0.374 5.179 0.167 0.063 0.265 0.075 0.010 1.195 4.514 1.284 2.472 0.103 0.233 0.354 0.163 0.140 0.012 2.526 0.103 0.061 0.047 0.007 0.160 0.223 0.195 0.752 0.274 0.064 0.329 0.911 0.273 0.148 5.179 0.037 0.258 0.236 0.163 0.336 0.215 0.663 0.235 0.031 0.035 0.051 1.741 2.129 0.819 0.936 1.918 1.630 nan 0.794 1.356 1.449 0.809 nan 2.870 3.170 0.576 0.472 0.780 1.053 1.605 1.290 0.417 0.628 1.041 0.622 7952 chr3 159554584 159564731 + 0 NA intron (NM_001197109, intron 1 of 6) intron (NM_001197109, intron 1 of 6) 2007 NM_001197109 29970 Hs.134665 NM_014575 ENSG00000151967 SCHIP1 SCHIP-1 schwannomin interacting protein 1 protein-coding nan 1.175 0.890 0.333 0.140 0.500 0.232 0.193 0.273 0.552 0.128 0.365 1.267 0.029 0.131 1.616 1.043 0.333 0.094 0.053 0.042 0.027 0.139 0.160 0.754 0.171 0.049 0.130 0.147 0.041 0.143 0.466 0.751 0.468 0.094 0.126 0.684 0.249 0.093 0.083 1.757 0.121 0.065 0.031 0.130 0.067 0.234 0.179 0.838 0.373 0.060 0.320 1.616 0.082 0.122 0.754 0.145 0.116 0.738 0.190 0.070 0.102 2.071 0.840 0.149 0.028 0.030 1.506 1.764 0.378 0.603 1.328 1.406 4.200 2.237 0.118 0.093 4.745 5.669 0.672 0.576 4.607 4.708 1.513 2.574 1.974 2.249 1.644 2.050 0.832 0.619 10722 chr7 142454188 142460828 + 0 NA intron (NM_002769, intron 1 of 4) intron (NM_002769, intron 1 of 4) 189 NM_002769 5644 Hs.382212 NM_002769 ENSG00000204983 PRSS1 TRP1|TRY1|TRY4|TRYP1 serine protease 1 protein-coding 0.799 0.680 1.423 0.237 0.082 9.752 0.079 0.096 0.213 0.094 0.403 0.028 0.134 5.492 0.137 0.113 0.096 0.096 0.028 0.021 0.638 0.260 0.126 0.010 0.069 0.011 0.097 0.096 0.146 0.156 1.916 0.044 0.065 0.102 0.093 0.163 0.082 0.012 0.180 0.027 0.012 0.033 0.092 0.317 0.251 0.098 0.043 0.048 0.132 0.137 0.085 0.028 0.126 0.018 0.100 0.014 0.052 0.036 0.030 0.114 0.103 0.035 0.023 0.530 0.242 0.278 0.461 0.215 0.219 0.328 0.136 0.501 0.527 0.119 0.260 0.091 0.105 0.309 0.188 0.213 0.308 0.170 0.144 0.312 0.454 1.901 nan 557 chr1 101774945 101791423 + 0 NA Intergenic Charlie23a|DNA|hAT-Charlie -6209 NR_126402 104355286 Hs.568671 NR_126402 ENSG00000231671 LINC01307 - long intergenic non-protein coding RNA 1307 ncRNA 0.796 nan nan 0.119 0.193 0.041 0.056 0.194 0.424 0.012 0.047 0.062 0.011 0.061 0.081 2.868 0.104 0.088 0.126 0.069 0.019 0.193 0.141 0.313 0.033 0.031 0.074 0.055 0.013 0.065 0.143 0.059 2.367 0.070 0.052 0.394 0.092 0.160 0.015 0.077 0.085 0.018 0.010 0.027 0.060 0.094 0.168 0.025 0.073 0.706 0.105 2.868 0.104 0.045 0.313 0.008 0.035 0.041 0.017 0.031 0.019 0.048 0.038 0.019 0.017 0.034 0.377 0.251 0.210 0.305 1.224 nan 1.882 0.921 0.228 0.218 0.606 0.925 nan nan 0.480 0.254 0.173 0.346 1.753 1.074 0.171 nan 1.397 0.971 9956 chr6 138043671 138074835 + 0 NA intron (NR_121618, intron 1 of 2) intron (NR_121618, intron 1 of 2) 921 NR_121618 100507406 Hs.556703 NR_121618 ENSG00000234956 LINC02539 - long intergenic non-protein coding RNA 2539 ncRNA 0.778 0.743 0.923 0.054 0.131 0.050 0.308 0.158 0.308 0.114 0.541 0.218 0.018 0.068 0.122 0.269 0.286 0.078 0.218 0.314 0.160 0.013 0.148 0.059 0.066 0.541 0.215 0.039 0.213 0.208 0.123 0.469 0.155 0.343 0.051 8.005 0.049 0.049 0.102 0.022 0.112 1.110 0.101 0.092 0.362 0.083 0.699 0.138 0.295 0.083 0.015 0.301 0.269 0.045 0.018 0.066 0.102 0.191 0.041 0.870 0.289 0.253 0.050 0.043 0.081 0.018 0.015 0.311 0.195 0.831 1.098 0.403 0.413 nan 0.740 0.227 0.275 0.115 0.182 0.391 0.335 0.530 0.245 0.146 0.219 0.437 0.316 0.121 nan 0.586 0.479 9874 chr6 121252708 121257591 + 0 NA Intergenic L1PB4|LINE|L1 400497 NR_104452 221322 Hs.121396 NM_152730 ENSG00000146350 TBC1D32 BROMI|C6orf170|C6orf171|bA301B7.2|bA57L9.1|dJ310J6.1 TBC1 domain family member 32 protein-coding 1.021 0.728 0.645 0.051 0.194 0.131 0.131 0.263 0.020 0.049 0.062 0.190 0.077 0.016 0.033 0.021 0.013 0.032 0.033 0.014 0.050 0.015 0.082 0.022 0.043 0.140 0.073 0.325 0.011 0.020 0.045 0.073 0.032 0.038 0.002 0.068 0.079 0.192 0.081 0.067 0.044 0.016 0.039 0.077 0.073 0.051 0.080 0.013 0.144 0.047 0.548 0.328 0.016 0.024 0.010 3.463 2.140 8.714 1.097 0.179 0.247 0.205 0.188 2.976 3.455 0.161 0.245 0.498 0.391 0.511 0.341 0.600 1.193 0.077 0.052 0.418 0.619 0.163 0.344 8612 chr4 159912994 160000031 + 0 NA promoter-TSS (NM_152543) promoter-TSS (NM_152543) -179 NM_152543 152940 Hs.415576 NM_152543 ENSG00000164123 C4orf45 - chromosome 4 open reading frame 45 protein-coding nan 1.487 0.644 0.159 0.236 0.015 0.351 0.315 0.733 0.132 0.292 0.368 0.011 0.061 0.060 0.305 0.590 0.161 0.153 0.066 0.064 0.014 0.224 0.153 0.401 0.184 0.057 0.026 0.291 0.198 0.090 0.292 0.199 0.469 0.281 0.280 0.080 5.041 0.204 0.077 0.191 0.141 0.054 0.045 0.166 0.086 0.193 0.194 0.239 0.068 0.054 0.200 0.305 0.132 0.069 0.401 0.107 0.068 0.027 0.057 0.061 0.114 0.042 0.071 0.129 0.040 0.031 0.228 0.186 0.500 0.614 0.269 0.338 0.846 0.317 0.132 0.141 0.609 0.782 0.410 0.429 0.332 0.170 0.147 0.251 0.344 0.446 0.203 0.338 0.576 0.450 6372 chr2 135528328 135536866 + 0 NA Intergenic Intergenic -56026 NM_030923 81615 Hs.369471 NM_030923 ENSG00000152128 TMEM163 DC29|SV31 transmembrane protein 163 protein-coding nan 0.605 nan 0.176 0.595 0.008 0.217 0.243 0.484 0.138 0.507 0.044 0.049 0.105 3.359 0.070 0.112 0.098 0.642 0.044 0.200 0.111 0.123 1.280 0.769 0.017 0.129 0.272 0.038 0.229 0.075 0.662 0.309 0.079 0.056 0.020 0.053 0.882 0.250 0.154 0.134 0.119 0.545 0.046 0.630 0.314 0.099 0.350 0.074 0.068 3.359 0.067 0.054 0.123 0.087 0.068 0.672 0.061 0.060 0.269 0.060 0.127 0.864 0.013 0.012 0.361 0.333 0.313 0.341 0.472 0.434 8.557 2.390 0.174 0.150 0.138 0.354 0.466 nan 0.475 0.387 0.194 0.211 0.458 0.433 0.248 0.356 0.523 0.514 11878 chr9 140908402 140919236 + 0 NA intron (NM_000718, intron 18 of 45) intron (NM_000718, intron 18 of 45) 25704 NR_121582 101928786 Hs.678847 NR_121582 LOC101928786 - uncharacterized LOC101928786 ncRNA 0.985 1.536 4.648 0.047 1.292 5.662 0.020 0.598 0.984 0.009 0.077 0.008 0.051 0.185 0.486 1.073 0.063 0.029 0.092 0.017 0.023 0.315 0.198 2.331 0.019 0.027 0.326 0.287 0.039 0.077 0.146 0.019 3.568 0.070 0.273 0.010 0.037 0.011 0.315 0.442 0.022 0.029 0.078 0.027 0.066 0.128 0.110 0.007 0.031 1.073 0.091 0.017 2.331 0.079 0.069 0.634 0.770 0.101 0.080 0.681 0.081 0.007 0.021 0.005 0.239 0.337 0.213 nan 7.745 nan 3.312 1.788 2.179 2.010 0.131 0.275 3.830 10.938 0.568 0.530 1.077 1.875 2.142 2.031 0.157 0.294 2.107 1.407 3325 chr13 107509587 107514920 + 0 NA Intergenic Intergenic 206025 NR_047026 100874173 Hs.569297 NR_047026 ENSG00000230156 LINC00443 - long intergenic non-protein coding RNA 443 ncRNA 0.626 0.887 0.553 0.101 0.052 0.105 0.121 0.225 0.018 0.070 0.035 8.849 0.571 0.540 0.029 0.060 0.430 0.150 0.030 0.032 0.100 0.182 0.027 0.051 1.067 3.481 0.905 0.675 0.109 0.040 0.018 0.041 0.077 0.192 0.115 0.024 0.043 0.021 4.206 0.207 0.015 0.079 0.036 0.540 0.605 0.035 0.100 0.046 0.341 0.044 0.038 0.060 0.070 0.014 0.014 0.010 0.481 0.212 1.462 2.068 0.410 0.535 0.141 0.160 0.133 0.130 0.099 nan 0.708 0.823 0.363 0.124 0.170 0.235 0.136 0.092 0.167 nan 0.027 0.124 5653 chr19 39119773 39211706 + 0 NA intron (NM_004924, intron 1 of 20) intron (NM_004924, intron 1 of 20) 27483 NM_004924 81 Hs.270291 NM_004924 ENSG00000130402 ACTN4 ACTININ-4|FSGS|FSGS1 actinin alpha 4 protein-coding 1.575 1.308 1.940 4.662 1.641 0.306 2.668 0.328 0.628 1.579 2.658 2.868 1.335 0.461 0.244 0.437 1.318 0.390 3.064 1.221 1.082 0.066 0.346 0.203 0.533 1.939 1.758 1.275 1.435 0.826 1.342 2.491 1.685 2.725 1.032 1.605 0.236 0.311 0.119 2.115 0.229 5.027 2.831 1.354 1.140 0.775 1.875 2.225 5.091 3.497 1.145 0.695 0.437 4.497 1.150 0.533 1.462 2.161 0.296 0.487 0.947 1.271 0.316 0.718 2.049 3.923 3.991 0.532 0.741 1.242 3.333 0.721 0.955 1.149 0.354 1.260 1.300 0.926 1.477 1.162 1.459 nan 0.977 0.670 1.004 0.799 1.316 0.872 1.932 0.976 0.666 10303 chr7 35838168 35843627 + 0 NA promoter-TSS (NR_120511) promoter-TSS (NR_120511) 301 NM_001011553 989 Hs.191346 NM_001788 ENSG00000122545 SEPT7 CDC10|CDC3|NBLA02942|SEPT7A septin 7 protein-coding 8.422 4.902 6.668 7.542 4.535 3.885 2.070 3.438 4.860 3.380 5.163 1.572 1.604 2.013 4.169 4.540 4.964 0.726 3.123 1.113 4.655 3.099 2.881 1.668 8.034 3.195 4.412 2.807 6.084 1.778 5.675 7.254 5.875 11.072 1.582 4.217 1.608 6.823 0.229 2.365 4.143 6.509 2.935 1.338 2.772 2.810 4.937 5.398 3.788 4.544 2.673 2.695 4.540 3.856 5.975 8.034 1.661 1.592 1.423 5.831 4.033 3.901 2.617 2.835 3.800 2.764 1.815 8.216 8.692 6.818 8.293 11.463 nan 7.585 4.737 22.415 23.898 7.375 nan nan nan 8.204 9.824 5.165 8.095 6.896 6.175 8.442 nan 3.296 1.926 8675 chr4 187595885 187623738 + 0 NA intron (NM_005245, intron 2 of 26) intron (NM_005245, intron 2 of 26) 35176 NM_005245 2195 Hs.481371 NM_005245 ENSG00000083857 FAT1 CDHF7|CDHR8|FAT|ME5|hFat1 FAT atypical cadherin 1 protein-coding nan 0.641 nan 1.475 0.588 0.002 1.858 0.101 0.178 0.361 0.378 0.341 2.461 0.057 0.022 0.130 0.089 0.069 1.010 0.504 0.906 0.010 0.141 0.114 2.867 0.865 0.461 0.248 0.881 0.666 0.530 1.194 0.547 1.005 0.864 0.147 0.020 0.113 0.083 0.845 0.065 0.122 1.112 0.700 0.584 0.446 0.124 0.317 0.396 0.458 1.203 0.146 0.130 1.082 3.861 2.867 0.197 0.283 0.011 0.084 0.407 0.956 0.043 0.030 0.677 2.936 3.325 0.204 0.329 0.915 2.606 0.514 0.569 0.067 0.037 0.239 0.198 0.075 0.130 0.872 0.870 0.280 0.167 0.131 0.252 0.093 0.096 0.048 0.132 0.081 0.113 983 chr1 192561511 192620027 + 0 NA Intergenic L1PA5|LINE|L1 -14499 NM_002927 6003 Hs.497220 NM_002927 ENSG00000127074 RGS13 - regulator of G protein signaling 13 protein-coding 0.836 nan 0.936 0.129 0.089 0.021 0.141 0.093 0.174 0.011 0.128 0.727 0.020 0.033 0.074 0.134 0.303 0.146 0.359 0.179 0.038 3.952 0.171 0.190 0.045 0.524 0.117 0.020 0.196 0.092 0.114 0.405 0.195 0.277 0.180 0.107 0.020 0.071 0.124 0.034 0.019 0.063 0.021 0.027 0.116 0.040 0.132 0.111 0.174 0.046 0.083 0.108 0.134 0.091 0.037 0.045 0.075 0.037 0.017 0.038 0.063 0.047 0.637 0.200 0.028 0.019 0.011 5.744 6.827 6.506 4.076 0.390 0.485 0.186 0.117 8.579 8.726 0.370 nan 0.322 0.302 0.414 0.184 0.842 1.607 0.076 0.079 0.396 0.783 0.400 0.466 9969 chr6 139558677 139566503 + 0 NA 3' UTR (NM_153235, exon 10 of 10) 3' UTR (NM_153235, exon 10 of 10) 50618 NM_153235 167838 Hs.535820 NM_153235 ENSG00000164440 TXLNB C6orf198|LST001|MDP77|dJ522B19.2 taxilin beta protein-coding 1.216 0.937 2.353 0.018 0.247 0.036 0.047 0.351 0.588 0.012 0.087 0.517 0.008 0.051 0.045 0.312 0.145 0.080 0.081 0.025 0.025 0.664 0.448 0.247 0.035 0.047 0.009 0.061 0.014 0.155 0.663 0.136 0.599 0.056 0.062 0.560 0.083 0.148 0.015 0.162 0.051 0.031 0.030 0.014 0.039 0.124 0.052 0.144 0.020 0.120 0.312 0.061 0.036 0.247 0.065 0.049 0.007 0.311 0.029 0.038 0.069 0.019 0.029 0.020 0.411 0.377 0.274 0.356 0.585 0.589 nan 0.373 0.278 0.219 5.037 6.322 1.145 0.949 0.622 0.470 0.117 0.186 3.540 2.807 0.182 nan 0.757 0.489 8152 chr3 191068265 191097041 + 0 NA intron (NM_178335, intron 4 of 11) CT-rich|Low_complexity|Low_complexity -34328 NM_198152 257313 Hs.518492 NM_198152 ENSG00000188958 UTS2B U2B|URP|UTS2D urotensin 2B protein-coding nan 1.039 1.181 1.453 0.229 0.075 0.244 0.217 0.499 1.096 0.144 0.260 0.276 0.098 0.142 0.289 1.058 0.157 0.153 0.138 0.132 0.010 0.163 0.226 0.085 0.495 0.268 0.138 0.170 0.110 0.140 nan 0.057 nan 0.133 0.208 0.030 0.136 0.072 0.127 0.093 0.354 0.041 0.054 0.132 0.032 0.415 0.153 0.085 0.188 0.057 0.141 0.289 0.101 0.113 0.085 0.140 0.591 0.010 0.034 0.021 0.406 0.093 0.207 0.061 0.010 0.004 0.325 0.310 2.165 3.972 0.395 0.409 0.694 0.322 0.482 0.474 0.640 1.012 0.588 0.546 0.635 0.336 0.187 0.287 0.117 0.123 0.487 0.877 0.487 0.409 4482 chr16 85017479 85053993 + 0 NA intron (NM_001145548, intron 1 of 8) L1MC3|LINE|L1 9405 NM_017740 55625 Hs.461610 NM_017740 ENSG00000153786 ZDHHC7 DHHC7|SERZ-B|SERZ1|ZNF370 zinc finger DHHC-type containing 7 protein-coding nan 0.689 1.038 2.112 0.608 0.152 2.552 0.317 0.573 0.311 1.705 2.044 0.674 0.247 0.214 0.661 0.750 0.168 1.986 0.572 2.667 0.205 0.248 0.101 0.604 4.383 4.207 0.860 2.199 1.182 0.733 1.308 1.177 0.680 1.579 1.098 0.061 0.309 0.086 1.081 0.133 0.502 1.905 1.013 1.319 1.672 1.391 1.917 2.058 1.088 1.372 2.029 0.661 2.884 3.847 0.604 0.514 1.505 0.101 0.544 0.427 1.771 0.055 0.248 0.868 0.443 0.289 0.589 0.676 0.604 0.880 0.669 0.690 0.740 0.390 1.080 1.058 0.422 0.624 0.641 0.889 0.957 0.673 0.317 0.478 0.241 0.267 0.648 1.231 0.777 0.542 3496 chr14 36668901 36699260 + 0 NA Intergenic Intergenic -38223 NR_049735 100886964 Hs.742592 NR_049735 PTCSC3 - papillary thyroid carcinoma susceptibility candidate 3 (non-protein coding) ncRNA 1.095 2.616 0.603 0.458 1.436 0.645 2.713 0.247 0.350 0.003 0.046 0.052 0.067 0.718 1.301 0.286 0.347 0.149 0.593 0.132 0.023 0.018 1.174 0.474 0.322 1.356 0.806 0.012 1.739 1.344 11.427 24.317 3.999 0.640 1.275 0.053 0.197 0.099 0.113 1.029 0.170 0.042 0.046 0.038 2.265 0.987 0.086 0.093 0.048 0.010 0.122 0.200 0.286 0.298 5.578 0.322 0.077 0.046 0.070 0.024 1.295 0.438 0.039 0.061 0.043 0.011 0.008 0.178 0.099 0.900 0.320 0.471 0.687 0.549 0.551 0.243 0.246 0.350 0.589 1.482 1.497 0.735 0.262 0.144 0.201 0.537 0.737 0.162 0.254 1.517 0.657 9895 chr6 124574242 124579316 + 0 NA intron (NM_001300737, intron 2 of 7) intron (NM_001300737, intron 2 of 7) -27372 NM_001300740 154215 Hs.656604 NM_153355 ENSG00000188580 NKAIN2 FAM77B|NKAIP2|TCBA|TCBA1 sodium/potassium transporting ATPase interacting 2 protein-coding 0.810 0.908 0.730 0.014 0.152 0.144 0.028 0.119 0.416 0.019 0.061 0.182 0.019 0.229 0.168 0.086 0.157 0.075 0.025 0.027 0.186 0.309 0.410 0.013 0.028 0.014 0.026 0.020 0.095 0.163 0.028 0.311 0.029 0.043 0.340 0.004 0.127 0.032 0.109 0.059 0.013 0.043 0.030 0.113 0.139 0.041 0.008 0.010 0.168 0.028 0.018 0.410 0.074 0.048 0.046 0.139 0.016 0.078 0.023 0.374 0.293 0.338 0.213 0.498 0.555 13.826 4.619 0.417 0.418 0.811 0.920 0.494 0.333 0.697 0.231 0.079 0.215 1.181 1.110 0.312 0.416 0.316 0.337 5540 chr19 13043309 13051299 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -2110 NM_004343 811 Hs.515162 NM_004343 ENSG00000179218 CALR CRT|HEL-S-99n|RO|SSA|cC1qR calreticulin protein-coding 5.151 2.697 5.568 1.807 3.075 9.184 2.223 2.728 5.196 0.754 2.241 1.860 0.381 1.870 2.823 3.233 1.699 0.202 2.689 0.882 1.944 1.590 1.571 0.815 4.027 1.813 1.299 1.573 1.803 0.850 2.180 nan 2.003 4.362 0.822 1.705 1.158 2.070 0.098 0.629 1.055 3.098 2.086 1.061 2.325 0.639 3.312 2.107 2.110 2.892 2.933 1.592 3.233 2.525 1.815 4.027 1.061 1.895 1.316 3.266 2.431 3.436 0.985 4.074 1.244 0.593 0.379 3.068 3.399 3.053 5.275 6.585 6.752 8.822 4.043 5.268 5.335 3.705 5.023 6.256 10.146 9.131 9.418 2.013 4.032 4.764 5.649 8.713 8.836 4.604 2.022 7132 chr21 16421810 16439363 + 0 NA intron (NM_003489, intron 1 of 3) intron (NM_003489, intron 1 of 3) 6540 NM_003489 8204 Hs.155017 NM_003489 ENSG00000180530 NRIP1 RIP140 nuclear receptor interacting protein 1 protein-coding 2.867 1.104 nan 4.334 0.685 0.035 2.360 0.850 1.737 0.768 1.012 1.540 0.800 0.057 0.598 0.009 2.785 0.940 1.719 0.151 0.742 0.355 0.016 1.337 1.142 0.720 3.078 1.754 2.821 4.083 1.889 0.233 1.320 3.796 1.027 0.956 0.109 1.322 2.945 2.836 3.077 1.560 3.049 3.025 2.917 1.109 3.057 1.689 1.038 3.502 0.598 1.069 2.431 0.016 0.757 1.746 0.011 0.738 0.006 1.645 0.711 1.615 0.605 0.194 0.116 0.610 0.557 1.206 1.248 2.489 2.410 1.489 0.580 0.129 0.128 0.166 0.268 1.081 1.728 4.179 4.404 0.679 1.924 4.166 3.223 3.803 4.572 1.284 1.061 7251 chr21 44895839 44943759 + 0 NA Intergenic Intergenic -20385 NR_136540 102724354 Hs.592161 NR_136540 ENSG00000280191 LINC01669 - long intergenic non-protein coding RNA 1669 ncRNA nan 1.199 2.107 2.095 0.339 1.456 5.346 0.314 0.607 0.446 1.145 0.750 0.103 0.287 0.237 0.433 0.539 0.111 3.107 2.130 0.703 0.064 0.210 0.114 0.824 2.236 1.791 0.419 3.066 2.792 1.476 4.340 2.710 1.838 2.617 2.089 0.182 0.065 0.071 1.443 0.060 0.993 0.513 0.298 1.800 1.523 1.561 4.991 3.202 0.001 1.874 3.919 0.433 3.313 1.367 0.824 2.280 1.612 0.162 0.847 0.966 1.348 0.091 0.439 1.329 0.381 0.273 0.722 1.124 0.575 1.283 1.090 1.158 nan 0.546 0.596 0.674 0.611 nan 1.238 1.645 0.916 0.600 0.439 0.511 0.979 1.220 0.690 1.446 1.445 1.083 9780 chr6 80014242 80025651 + 0 NA non-coding (NR_130915, exon 3 of 3) non-coding (NR_130915, exon 3 of 3) 3155 NR_130915 80078 NR_130915 LCAL1 onco-lncRNA-27 lung cancer associated lncRNA 1 ncRNA nan nan 2.194 0.301 3.313 0.247 0.648 0.084 0.322 0.106 0.056 0.005 0.245 0.094 0.294 0.091 0.099 0.232 0.464 0.061 0.097 0.037 0.261 0.279 0.159 0.032 0.805 0.351 0.120 0.256 0.120 0.871 0.195 0.143 0.033 0.057 0.090 0.011 0.076 0.081 0.016 0.092 0.284 0.448 0.104 0.086 0.070 0.201 1.475 0.294 0.148 0.033 0.261 1.419 0.058 0.187 0.108 0.178 0.028 0.172 0.045 0.033 0.010 0.009 0.743 0.548 1.003 1.798 0.328 0.356 0.833 0.156 11.479 12.312 0.144 0.181 5.981 8.273 0.345 0.196 0.390 0.543 0.742 2.610 0.161 0.190 0.467 0.345 11082 chr8 81809793 81814018 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -24889 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.302 nan nan 0.561 0.186 0.026 1.746 0.256 0.505 3.350 3.025 0.699 6.574 0.179 0.169 0.201 0.845 0.168 0.643 0.268 1.086 0.163 0.130 0.134 0.313 4.447 3.953 0.052 1.272 0.473 0.155 0.556 0.415 0.811 1.422 2.331 0.111 0.078 0.099 0.028 0.038 0.087 0.613 0.389 0.541 1.344 5.583 0.639 1.830 0.100 0.489 4.442 0.201 0.405 0.130 0.313 1.333 1.365 0.161 0.027 0.023 0.259 0.071 0.175 0.323 0.027 0.049 0.292 0.254 0.252 0.332 0.474 0.598 0.265 0.117 0.206 0.343 0.690 1.336 nan 0.682 0.580 0.270 0.337 0.374 0.168 0.269 0.348 0.772 1.008 0.832 10532 chr7 97705976 97716712 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -24853 NM_014916 22853 Hs.444179 NM_014916 ENSG00000164715 LMTK2 AATYK2|BREK|KPI-2|KPI2|LMR2|PPP1R100|cprk|hBREK lemur tyrosine kinase 2 protein-coding nan 0.526 nan 0.061 0.227 0.145 0.187 0.074 0.329 0.146 0.107 0.051 0.006 0.066 0.157 0.738 0.083 0.178 0.206 0.124 0.029 0.026 0.922 0.636 0.567 0.065 0.026 0.076 0.133 0.049 0.217 1.230 0.519 1.448 0.120 0.126 0.071 0.079 0.118 0.239 0.125 0.070 0.022 0.078 0.167 0.909 0.177 0.156 0.067 0.073 1.074 0.738 0.618 0.077 0.567 1.163 2.086 0.232 0.114 0.136 0.095 0.055 0.023 0.021 0.027 0.009 0.421 0.535 0.241 0.421 0.667 0.764 1.660 0.406 0.364 0.369 0.186 0.303 0.898 0.646 0.343 0.246 0.244 0.310 0.410 0.334 0.162 nan 4.258 2.405 8442 chr4 80092887 80108299 + 0 NA intron (NR_038342, intron 3 of 5) intron (NR_038342, intron 3 of 5) 146578 NM_032693 84779 Hs.676048 NM_032693 ENSG00000156269 NAA11 ARD1B|ARD2|hARD2 N(alpha)-acetyltransferase 11, NatA catalytic subunit protein-coding 1.346 0.652 2.024 0.084 0.172 0.014 0.033 0.249 0.291 0.075 0.047 0.024 0.059 0.098 0.358 0.110 0.104 0.096 0.034 0.029 0.009 0.142 0.167 0.148 0.004 0.009 0.010 0.076 0.014 0.078 0.205 0.050 0.509 0.029 0.054 1.341 0.027 0.120 0.008 0.784 0.116 0.015 0.028 0.015 0.056 0.177 0.016 0.060 0.015 0.018 0.358 0.039 0.012 0.148 0.016 0.006 0.212 0.030 0.079 0.005 0.160 0.231 0.004 0.010 0.832 0.924 0.396 0.301 0.359 0.511 1.057 0.295 0.379 0.335 1.761 nan 0.364 0.466 1.332 1.146 0.185 0.443 3.162 3.920 0.321 nan 0.520 0.313 2167 chr11 92058997 92066017 + 0 NA Intergenic MSTB1|LTR|ERVL-MaLR -22755 NM_001008781 120114 Hs.98523 NM_001008781 ENSG00000165323 FAT3 CDHF15|CDHR10|hFat3 FAT atypical cadherin 3 protein-coding 0.719 nan 0.548 0.111 0.255 0.126 0.151 0.092 0.275 0.137 0.083 0.146 0.043 0.067 0.127 0.147 0.396 0.075 0.061 0.152 0.095 0.089 0.352 0.113 0.042 0.116 0.030 0.057 0.028 0.213 0.743 0.394 0.023 0.392 0.263 0.093 0.016 0.067 0.142 0.026 0.011 0.121 0.012 0.177 0.129 0.081 0.010 0.123 0.147 0.040 0.089 0.071 0.059 0.029 0.008 0.188 0.056 1.244 0.214 0.764 0.033 11.168 10.334 2.988 nan 0.735 0.757 0.176 0.103 3.652 3.687 1.114 1.255 1.105 0.909 0.464 0.384 1.756 2.822 1.678 1.731 0.313 nan 1.018 0.777 1980 chr11 62471831 62482339 + 0 NA promoter-TSS (NR_037949) promoter-TSS (NR_037949) 6 NR_037948 26580 Hs.533709 NM_032667 ENSG00000168000 BSCL2 GNG3LG|HMN5|PELD|SPG17 BSCL2, seipin lipid droplet biogenesis associated protein-coding nan 2.516 1.834 0.885 3.808 4.549 0.922 1.556 2.412 0.260 2.049 1.530 0.272 1.727 3.145 3.334 0.654 0.095 1.248 0.486 2.249 0.765 1.374 0.765 3.189 0.984 0.750 0.568 0.505 0.190 1.784 3.743 1.721 7.048 0.376 1.131 0.946 1.956 0.171 0.395 1.902 0.804 0.496 0.281 0.811 0.547 1.672 2.237 1.397 0.824 2.221 0.542 3.334 1.352 0.327 3.189 0.571 0.265 0.984 0.564 2.434 1.353 2.365 0.324 0.660 0.235 0.111 6.402 5.757 3.225 4.542 7.066 6.930 7.287 3.313 1.030 0.982 1.482 1.881 5.122 7.311 2.265 1.896 3.441 4.210 4.257 5.123 2.419 2.682 3.218 1.648 8216 chr4 979971 989486 + 0 NA intron (NM_213613, intron 3 of 3) intron (NM_213613, intron 3 of 3) 2500 NM_134425 10861 Hs.658244 NM_022042 ENSG00000145217 SLC26A1 CAON|EDM4|SAT-1|SAT1 solute carrier family 26 member 1 protein-coding 0.930 0.469 nan 0.659 1.020 0.175 1.945 0.269 0.717 0.180 2.537 0.605 0.162 1.039 0.588 0.308 0.127 4.210 1.372 0.161 0.226 0.295 0.270 0.479 2.073 3.084 1.279 1.464 0.748 1.195 2.671 0.645 1.241 0.881 2.468 0.010 0.779 0.097 0.495 0.075 1.190 0.692 0.298 1.097 1.187 1.314 0.556 1.890 1.584 3.622 2.516 0.308 4.185 1.231 0.479 2.289 1.543 0.412 0.946 0.543 0.607 0.987 0.131 0.138 0.387 0.139 0.410 0.313 1.101 1.686 0.653 0.665 nan 0.165 2.630 2.432 0.271 0.484 0.504 0.852 1.006 0.888 1.469 1.879 0.089 0.101 0.290 0.520 nan 0.494 4004 chr15 64779583 64825474 + 0 NA intron (NM_015042, intron 1 of 8) AluJo|SINE|Alu 10909 NM_015042 23060 Hs.595451 NM_015042 ENSG00000180357 ZNF609 - zinc finger protein 609 protein-coding 1.095 1.090 nan 0.157 0.128 0.069 0.121 0.206 0.432 0.368 0.210 0.324 1.314 0.035 0.122 0.116 0.356 0.147 0.161 0.046 0.081 0.050 0.184 0.174 0.211 0.153 0.057 0.071 0.060 0.025 0.133 0.386 0.129 0.429 0.083 0.393 0.050 0.103 0.100 0.046 0.094 0.118 0.037 0.032 0.080 0.057 0.162 0.144 0.257 0.263 0.036 0.220 0.116 0.106 0.149 0.211 0.075 0.182 0.098 0.074 0.075 0.197 0.111 1.857 0.071 0.031 0.032 0.437 0.499 0.373 0.725 0.381 0.475 nan 0.160 0.280 0.285 0.741 1.083 0.536 0.604 1.644 1.022 0.265 0.477 0.227 0.377 1.457 4.115 0.455 0.401 9482 chr6 19936171 19946636 + 0 NA Intergenic (GAAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 103802 NM_001546 3400 Hs.519601 NM_001546 ENSG00000172201 ID4 IDB4|bHLHb27 inhibitor of DNA binding 4, HLH protein protein-coding 1.054 nan 0.945 0.107 1.257 0.142 0.211 1.225 2.372 0.054 0.134 0.026 0.095 0.055 0.255 0.207 0.130 0.139 0.181 0.018 0.057 0.053 0.586 0.250 1.839 0.065 0.123 0.099 0.078 0.020 0.447 0.970 0.401 0.828 0.182 0.087 0.647 0.093 0.072 0.045 0.258 0.192 0.029 0.007 0.042 0.185 0.055 0.105 0.179 0.143 0.030 0.050 0.207 0.948 0.045 1.839 0.070 0.174 0.098 0.073 0.090 0.182 0.037 0.325 0.037 0.011 0.014 0.356 0.226 0.154 0.226 0.493 0.585 7.672 2.030 0.288 0.172 0.324 0.463 0.912 0.836 0.469 0.318 0.121 0.185 2.534 2.665 0.527 1.354 3.169 1.403 8859 chr5 36148267 36159949 + 0 NA intron (NM_001243120, intron 2 of 7) L2a|LINE|L2 1963 NM_005983 6502 Hs.23348 NM_005983 ENSG00000145604 SKP2 FBL1|FBXL1|FLB1|p45 S-phase kinase associated protein 2 protein-coding 2.075 2.693 8.289 0.828 3.609 1.350 1.132 0.766 1.286 0.546 1.190 1.299 1.438 0.299 1.420 1.093 2.064 0.289 2.747 1.171 0.725 0.593 1.990 0.904 2.717 0.946 0.646 0.515 1.000 0.359 1.659 2.672 1.413 3.797 0.464 1.021 0.455 0.813 0.115 0.576 0.805 0.511 1.664 1.027 0.709 0.507 1.799 0.316 0.677 0.926 0.964 0.904 1.093 2.551 1.072 2.717 0.806 0.962 0.698 1.790 1.461 0.926 1.356 1.350 0.352 0.523 0.244 2.333 2.731 2.383 3.932 4.187 3.770 2.837 1.039 2.126 2.135 4.526 5.582 2.711 3.537 6.113 5.661 1.964 4.604 2.508 2.336 1.990 4.767 2.353 1.265 4890 chr17 57763544 57797114 + 0 NA intron (NM_001015509, intron 1 of 2) MER47A|DNA|TcMar-Tigger -4497 NM_001329395 81671 Hs.444569 NM_030938 ENSG00000062716 VMP1 EPG3|TANGO5|TMEM49 vacuole membrane protein 1 protein-coding 1.714 1.437 0.973 0.624 0.737 0.209 0.779 0.603 1.150 0.199 1.052 0.785 0.372 0.122 0.472 0.552 0.663 0.187 1.142 0.407 0.595 0.318 0.487 0.334 0.470 0.585 0.468 0.401 0.631 0.301 1.123 1.502 0.660 1.143 0.414 0.810 0.133 2.423 0.206 0.376 0.457 0.653 0.514 0.260 0.631 0.169 0.835 0.824 0.982 1.226 0.399 0.462 0.552 1.171 0.430 0.470 0.440 0.387 0.128 0.838 0.335 0.854 0.393 0.564 0.254 0.687 0.498 1.716 1.795 1.328 2.085 1.182 1.310 1.876 0.714 nan 3.629 1.232 1.679 nan nan 2.107 1.908 1.202 1.739 0.978 1.322 1.598 2.353 0.937 0.716 9430 chr6 11183516 11213406 + 0 NA intron (NM_001271033, intron 1 of 5) Charlie8|DNA|hAT-Charlie 34454 NM_182966 4739 Hs.37982 NM_006403 ENSG00000111859 NEDD9 CAS-L|CAS2|CASL|CASS2|HEF1 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 9 protein-coding 0.862 nan 0.963 0.733 0.390 0.039 0.235 0.145 0.289 0.093 0.373 0.683 0.215 0.445 0.089 0.314 1.570 0.285 0.281 0.177 5.730 0.042 0.194 0.141 0.104 0.395 0.147 0.142 0.287 0.116 0.313 0.420 0.634 0.132 0.263 1.569 0.019 0.141 0.090 0.056 0.107 0.411 0.063 0.050 0.212 0.116 0.306 0.170 2.326 0.080 0.203 0.853 0.314 0.447 0.134 0.104 0.196 0.590 0.150 0.220 0.034 0.178 0.039 0.221 0.061 0.019 0.009 0.462 0.310 1.230 3.087 0.330 0.328 0.130 0.117 0.291 0.223 0.237 0.435 0.078 0.105 0.400 0.225 0.176 0.208 0.152 0.248 0.225 0.465 0.584 0.585 5024 chr17 75537747 75578470 + 0 NA non-coding (NR_040050, exon 2 of 2) non-coding (NR_040050, exon 2 of 2) 15085 NR_040050 100507351 Hs.514518 NR_040050 LOC100507351 - uncharacterized LOC100507351 ncRNA 1.281 1.089 0.887 0.065 0.089 4.282 0.081 0.339 0.603 0.021 0.098 0.058 0.009 0.034 2.266 1.436 0.148 0.136 0.100 0.042 0.022 0.024 0.194 0.136 0.999 0.051 0.032 0.033 0.069 0.013 0.147 0.397 0.080 1.118 0.040 0.077 0.030 0.067 0.106 0.070 0.123 0.128 0.024 0.008 0.038 0.036 0.038 0.167 0.122 0.054 0.123 0.065 1.436 0.091 0.032 0.999 0.027 0.067 0.149 0.097 0.140 0.023 0.611 0.566 0.110 0.024 0.016 1.408 1.855 0.280 0.510 0.899 0.859 0.455 0.177 0.615 0.609 nan 0.568 1.998 2.948 1.863 1.462 0.719 1.024 0.122 0.220 0.974 2.622 nan 0.426 8538 chr4 128692747 128706575 + 0 NA Intergenic MER61F|LTR|ERV1 -3315 NM_001317381 22824 Hs.135554 NM_014278 ENSG00000164070 HSPA4L APG-1|HSPH3|Osp94 heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like protein-coding 1.672 1.463 nan 1.082 0.866 0.318 1.088 0.562 1.121 0.216 0.880 0.619 0.219 0.354 0.373 0.321 1.024 0.082 1.181 0.398 0.301 0.081 0.271 0.224 0.964 0.411 0.380 0.208 0.970 0.542 0.601 1.570 0.364 1.398 1.058 0.900 0.056 0.485 0.094 0.369 0.529 0.508 0.655 0.378 0.575 0.190 1.437 0.429 0.759 0.790 1.642 0.434 0.321 1.729 1.056 0.964 0.525 0.385 0.028 0.462 0.674 0.434 5.423 0.306 0.280 0.271 0.173 2.138 1.993 2.580 2.798 1.349 1.227 1.314 0.528 2.070 2.240 1.026 1.364 0.958 2.208 1.966 2.242 6.659 10.684 0.685 0.738 1.080 1.260 0.846 0.588 677 chr1 149032785 149036114 + 0 NA intron (NR_104217, intron 2 of 17).3 HSATII|Satellite|Satellite 75276 NR_104217 101929780 Hs.534675 NR_104217 ENSG00000272150 NBPF25P WI2-925H4.1 NBPF member 25, pseudogene pseudo 8.276 nan 8.081 0.368 0.784 0.319 0.243 1.333 2.141 0.116 0.537 0.842 0.112 1.415 0.771 1.307 1.050 9.715 0.722 0.243 0.915 1.224 2.618 0.670 0.063 0.504 0.087 0.878 0.032 0.978 1.127 1.110 3.705 0.176 1.116 0.605 0.525 3.176 0.441 1.021 0.434 0.165 0.065 1.058 0.954 2.002 0.315 0.250 0.188 0.589 1.307 0.831 0.386 0.670 0.365 0.520 0.235 0.245 0.520 0.686 1.009 0.701 0.327 0.415 0.168 4.170 1.960 1.398 2.071 2.983 4.398 1.950 2.031 2.075 1.983 3.317 3.740 3.099 2.879 4.717 1.860 2.714 3.970 1.510 2.325 2.849 3.552 1.487 2.148 8809 chr5 21321369 21352003 + 0 NA Intergenic Intergenic -122903 NR_027026 728411 Hs.88181 NM_207331 ENSG00000183666 GUSBP1 - glucuronidase, beta pseudogene 1 pseudo 1.009 2.169 1.950 0.392 1.720 0.346 0.475 0.471 0.668 0.296 0.295 0.305 0.226 0.768 0.699 0.699 0.456 0.199 0.699 0.394 0.185 0.562 1.759 1.245 1.422 0.250 0.262 0.221 0.451 0.217 0.756 1.689 0.753 2.630 0.396 0.237 2.206 0.263 0.106 0.255 0.649 0.487 0.263 0.167 0.228 0.387 0.264 0.117 0.178 0.292 0.490 0.198 0.699 0.630 0.430 1.422 0.220 0.433 0.471 0.468 0.853 0.333 0.599 0.142 0.124 0.124 0.066 0.935 0.788 0.790 1.145 1.656 1.553 2.596 1.484 1.225 0.959 nan 2.974 1.968 2.988 2.059 1.579 0.386 0.921 3.222 4.701 0.347 0.567 nan 1.298 10228 chr7 22735981 22773649 + 0 NA Intergenic Intergenic -11946 NM_000600 3569 Hs.654458 NM_000600 ENSG00000136244 IL6 BSF-2|BSF2|CDF|HGF|HSF|IFN-beta-2|IFNB2|IL-6 interleukin 6 protein-coding 0.855 0.941 0.957 0.670 0.156 0.016 0.832 0.175 0.306 1.014 2.872 1.138 0.318 0.079 0.099 0.168 1.338 0.211 0.475 0.246 3.196 0.037 0.113 0.138 0.190 1.669 1.046 0.092 0.743 0.404 1.144 2.513 2.227 0.396 0.427 6.157 0.025 0.070 0.135 0.640 0.108 4.201 0.257 0.158 0.688 0.390 0.372 0.271 0.216 0.100 0.350 0.241 0.168 0.703 5.768 0.190 0.185 0.362 0.052 0.529 0.127 0.973 0.047 0.072 0.758 0.055 0.026 0.421 0.254 0.504 nan 0.387 0.437 0.411 0.183 0.323 0.319 0.233 0.387 0.470 0.466 0.425 0.209 0.153 0.225 0.114 0.154 0.159 nan 0.760 0.594 7622 chr3 57580500 57585406 + 0 NA promoter-TSS (NR_132369) promoter-TSS (NR_132369) 262 NM_001660 378 Hs.652183 NM_001660 ENSG00000168374 ARF4 ARF2 ADP ribosylation factor 4 protein-coding 2.983 2.587 nan 4.064 2.290 1.653 2.808 0.685 1.764 1.451 4.885 3.738 1.720 1.361 1.650 1.824 4.330 0.489 3.410 1.351 3.380 1.288 1.153 0.860 1.661 2.054 2.264 2.069 7.496 3.664 4.410 4.881 3.308 4.746 1.785 3.510 0.274 3.599 0.141 1.344 2.560 4.450 5.740 2.795 2.830 1.893 5.289 5.807 2.207 3.955 2.657 1.871 1.824 6.668 3.850 1.661 1.551 1.283 0.557 3.423 2.743 4.599 0.869 1.287 2.713 3.675 3.264 2.443 2.447 6.092 9.728 3.626 3.267 4.890 2.382 8.153 8.262 2.562 3.083 4.199 6.190 nan 4.541 1.601 2.780 2.328 3.450 3.399 5.104 1.804 0.977 1210 chr1 234503295 234510466 + 0 NA Intergenic L1ME3B|LINE|L1 2269 NR_125962 101927765 Hs.596703 NR_125961 ENSG00000231663 LOC101927765 - uncharacterized LOC101927765 ncRNA 2.691 2.669 2.456 2.217 4.057 1.402 2.724 1.942 3.810 0.627 5.247 4.497 0.459 0.648 1.880 2.849 1.776 0.270 1.116 0.739 1.812 1.450 2.099 1.297 2.605 2.609 2.500 0.903 1.855 1.026 1.985 3.364 2.069 5.165 0.723 17.565 0.609 2.001 0.210 0.510 1.250 3.226 1.885 0.796 2.419 1.207 5.291 3.153 2.916 1.315 2.468 5.999 2.849 1.362 1.601 2.605 4.242 1.357 0.648 1.644 1.613 2.215 0.772 1.788 1.204 1.229 0.811 4.365 4.195 6.199 9.170 5.121 5.097 4.698 1.677 6.447 7.064 2.294 2.471 nan 6.151 3.906 3.633 1.804 2.696 3.446 7.925 4.248 4.730 nan 1.221 590 chr1 112444342 112454167 + 0 NA intron (NM_172198, intron 2 of 6) intron (NM_172198, intron 2 of 6) -3025 NR_046619 100873995 Hs.535274 NR_046619 ENSG00000237556 KCND3-AS1 - KCND3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.973 1.169 0.081 0.731 5.007 0.073 0.594 0.967 0.019 0.040 0.085 0.006 0.113 4.967 1.425 0.114 0.249 0.096 0.020 0.025 0.300 0.143 0.062 0.007 0.037 0.059 0.076 0.010 0.050 0.063 0.058 2.062 0.255 0.039 0.057 0.089 0.218 0.131 0.006 0.008 0.013 0.039 0.047 0.154 0.058 0.022 0.022 0.145 1.425 0.039 0.063 0.062 0.037 0.008 1.263 0.068 0.912 0.008 0.283 0.598 0.008 0.018 0.020 0.452 0.795 0.189 0.205 3.068 nan 4.931 1.402 0.188 0.204 1.454 2.175 2.847 3.565 2.635 3.518 0.579 0.786 0.043 0.096 0.555 1.970 3.272 1.923 5062 chr17 78489653 78527574 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -10012 NM_020761 57521 Hs.133044 NM_020761 ENSG00000141564 RPTOR KOG1|Mip1 regulatory associated protein of MTOR complex 1 protein-coding 1.713 1.320 1.590 0.285 0.639 0.122 0.558 0.322 0.607 0.146 0.370 0.343 0.054 0.179 0.434 0.521 0.235 0.171 0.406 0.195 0.463 0.172 0.305 0.243 0.615 0.300 0.269 0.386 0.240 0.158 0.385 0.904 0.277 1.005 0.189 0.504 0.075 0.326 0.144 0.168 0.688 0.422 0.189 0.148 0.244 0.263 0.265 0.353 0.432 0.412 0.276 0.365 0.521 0.595 0.282 0.615 0.210 0.743 0.363 0.637 0.735 0.234 0.094 2.992 0.205 0.114 0.062 0.987 0.849 0.632 0.874 1.051 1.078 1.744 0.675 0.866 0.940 nan 1.354 1.531 2.169 1.651 1.218 0.729 1.036 0.404 0.602 2.345 5.619 nan 0.688 7793 chr3 123030634 123036162 + 0 NA intron (NM_001199642, intron 11 of 20) intron (NM_001199642, intron 11 of 20) 101791 NM_001199642 111 Hs.593292 NM_183357 ENSG00000173175 ADCY5 AC5|FDFM adenylate cyclase 5 protein-coding 1.099 nan 2.008 0.065 3.409 4.586 0.090 0.198 0.618 0.018 0.014 0.028 0.011 0.019 5.052 0.462 0.122 0.029 0.019 0.034 1.188 0.416 0.152 0.104 0.031 0.040 0.061 0.057 0.102 0.448 0.102 3.311 0.010 0.049 0.447 0.058 0.021 0.200 0.200 0.011 0.014 0.075 0.027 0.087 0.194 0.086 0.013 0.029 0.057 0.462 0.034 0.152 0.022 0.060 0.087 0.021 0.005 0.072 0.044 0.006 0.021 0.009 0.426 0.524 0.154 0.227 5.981 6.162 15.643 5.262 0.275 0.347 0.260 nan 2.577 3.122 0.809 0.316 0.207 0.302 2.456 1.876 0.348 0.489 2.964 1.914 4201 chr16 4093089 4167766 + 0 NA intron (NM_001116, intron 2 of 10) AluSz6|SINE|Alu 35759 NM_001116 115 Hs.391860 NM_001116 ENSG00000162104 ADCY9 AC9|ACIX adenylate cyclase 9 protein-coding 0.917 nan 0.802 0.254 0.680 0.707 0.366 0.406 0.812 0.088 0.350 0.230 0.242 0.117 0.769 0.748 0.440 0.146 0.329 0.122 0.066 0.041 0.367 0.302 0.973 1.235 0.882 0.258 0.629 0.116 3.041 6.596 0.328 1.699 0.112 0.250 0.051 0.134 0.095 0.091 0.165 0.169 0.072 0.067 0.209 0.503 0.140 0.173 0.594 0.200 0.331 0.734 0.748 0.693 0.587 0.973 0.088 0.227 0.183 0.212 0.201 0.334 0.280 0.142 0.073 0.047 0.026 0.789 0.846 0.359 0.715 1.126 0.984 nan 0.380 0.582 0.598 0.546 nan 1.077 1.527 1.213 0.960 0.446 0.708 0.281 0.350 0.409 0.714 1.321 0.711 5832 chr19 59024584 59034478 + 0 NA intron (NM_001316980, intron 1 of 2) intron (NM_001316980, intron 1 of 2) 1395 NM_001316978 84878 Hs.515662 NM_032792 ENSG00000119574 ZBTB45 ZNF499 zinc finger and BTB domain containing 45 protein-coding 2.794 1.942 2.855 2.546 2.686 3.034 2.163 2.618 5.564 0.879 3.704 2.825 0.657 1.738 2.534 3.303 0.618 0.104 2.548 0.903 3.579 0.630 1.127 0.628 3.557 0.925 1.118 1.186 2.503 1.007 2.453 4.565 3.266 4.127 1.174 3.024 0.779 2.901 0.132 0.930 1.012 3.219 1.354 0.665 0.742 1.512 0.944 1.029 2.949 2.108 2.791 1.421 3.303 2.261 2.963 3.557 1.841 2.065 1.121 4.183 2.029 3.613 1.521 0.664 1.358 1.211 0.757 5.921 7.018 3.080 4.278 4.889 4.899 7.803 3.154 3.082 3.119 2.634 4.189 4.285 6.472 4.545 5.165 2.229 3.635 4.180 3.785 2.781 3.210 3.094 1.591 11614 chr9 86588874 86611180 + 0 NA intron (NM_024945, intron 1 of 2) intron (NM_024945, intron 1 of 2) -4330 NM_031262 3190 Hs.522257 NM_002140 ENSG00000165119 HNRNPK AUKS|CSBP|HNRPK|TUNP heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K protein-coding 2.677 2.004 2.638 1.395 3.219 0.990 1.885 3.917 6.949 0.652 1.163 0.944 1.726 0.598 1.127 1.853 1.359 0.195 1.901 0.766 1.041 0.790 1.685 0.872 4.034 1.371 1.687 0.837 1.945 0.544 1.874 2.664 0.885 3.011 0.970 2.084 0.763 1.162 0.092 0.519 0.996 2.143 1.787 0.825 0.856 0.795 1.234 1.554 1.339 2.004 0.611 1.375 1.853 2.568 1.232 4.034 0.759 0.728 0.660 1.260 0.833 1.271 0.578 0.704 0.852 0.927 0.648 2.235 1.828 3.388 4.218 4.902 5.083 2.483 1.479 4.028 4.279 1.562 1.975 4.185 6.364 2.188 2.321 1.657 2.926 3.777 4.776 3.370 2.506 2.032 1.132 8788 chr5 15886467 15894649 + 0 NA intron (NM_012304, intron 2 of 3) AluSp|SINE|Alu -44733 NR_030616 100126347 NR_030616 ENSG00000216077 MIR887 MIRN887|hsa-mir-887 microRNA 887 ncRNA nan nan 12.466 0.106 4.838 0.018 0.287 0.137 0.107 0.024 0.096 0.056 0.073 0.055 0.122 0.279 0.188 0.092 0.008 0.034 0.694 0.426 0.073 0.027 0.018 0.134 0.013 0.137 0.131 0.131 nan 0.080 0.736 0.079 0.101 2.258 0.110 0.048 0.019 0.027 0.057 0.094 0.013 0.010 0.068 0.049 0.073 0.122 0.130 0.045 0.073 0.015 0.050 0.023 0.027 0.123 0.059 0.012 0.362 0.037 0.035 0.545 0.479 0.210 0.296 0.441 0.571 7.084 1.733 0.055 0.082 nan 0.604 0.747 1.400 5.443 4.172 0.093 0.178 4.243 4.737 0.202 nan 1.279 0.953 4363 chr16 52287281 52308913 + 0 NA intron (NR_135281, intron 1 of 2) intron (NR_135281, intron 1 of 2) 5621 NR_135281 283854 Hs.266768 NR_135281 ENSG00000260887 CASC22 LINC01373|LincRNA-ENST00000515084|TCONS_00024290 cancer susceptibility 22 (non-protein coding) ncRNA nan nan nan 0.169 1.423 2.804 0.036 0.638 1.019 0.009 0.097 0.079 0.178 0.059 0.201 1.526 0.128 0.150 0.054 0.035 0.017 0.006 0.058 0.060 1.645 0.003 0.020 0.010 0.091 0.053 0.090 0.052 0.707 0.245 0.072 0.053 0.035 0.089 0.033 0.088 0.119 0.025 0.029 0.099 0.114 0.053 0.078 0.056 0.026 0.062 0.132 1.526 0.042 0.043 1.645 0.059 0.046 0.049 0.035 0.150 0.135 0.028 0.057 0.014 0.016 0.002 0.291 0.193 0.115 0.121 1.490 1.965 1.360 0.381 0.659 0.740 0.909 nan nan nan nan 0.150 0.096 0.134 0.245 0.378 0.245 nan nan 0.526 9746 chr6 65690792 65710098 + 0 NA intron (NM_001292009, intron 14 of 43) intron (NM_001292009, intron 14 of 43) -310866 NM_001271675 441155 Hs.546686 NM_001271675 LOC441155 - zinc finger CCCH-type domain-containing-like protein-coding nan 0.771 0.597 0.085 0.208 0.021 0.033 0.143 0.345 0.005 0.077 0.080 0.016 0.041 0.078 0.238 0.093 0.100 0.055 0.020 0.030 0.021 0.137 0.151 0.029 0.004 0.016 0.039 0.006 0.145 0.285 0.066 0.308 0.030 0.037 0.536 0.068 0.089 0.111 0.024 0.025 0.020 0.039 0.008 0.085 0.031 0.034 0.033 0.008 0.023 0.238 0.015 0.014 0.029 0.025 0.009 0.030 0.054 0.160 0.020 0.041 0.051 0.028 0.016 0.008 0.442 0.410 0.287 0.312 0.185 0.223 1.147 0.331 0.274 0.266 0.161 0.219 0.305 0.256 0.448 0.165 0.226 0.266 2.317 3.672 0.213 0.541 0.311 0.226 10072 chr6 164191946 164203972 + 0 NA Intergenic Intergenic -105443 NR_134620 102724152 Hs.738183 NR_134620 LOC102724152 - uncharacterized LOC102724152 ncRNA 0.588 nan 1.602 0.036 0.830 0.009 0.030 0.100 0.185 0.046 0.038 0.016 0.065 0.089 0.428 0.106 0.019 0.017 0.021 0.011 0.090 0.125 0.190 0.048 0.019 0.052 0.074 0.082 0.059 0.315 0.025 0.040 0.064 0.063 0.150 0.033 0.116 0.025 0.033 0.027 0.026 0.056 0.016 0.027 0.041 0.013 0.022 0.428 0.047 0.008 0.190 0.082 0.041 0.016 0.049 0.135 0.020 0.042 0.050 0.025 0.014 0.021 0.376 0.281 0.187 0.265 0.494 0.556 11.429 4.505 0.185 0.246 0.115 0.184 0.173 0.220 nan 0.505 0.153 0.211 0.544 0.574 0.314 0.495 1.437 0.877 79 chr1 10436973 10499676 + 0 NA intron (NM_001304451, intron 5 of 11) intron (NM_001304451, intron 5 of 11) 9149 NM_001304452 5226 Hs.464071 NM_002631 ENSG00000142657 PGD 6PGD phosphogluconate dehydrogenase protein-coding 1.373 0.966 nan 0.589 2.139 0.338 1.084 0.300 0.661 0.207 2.329 1.619 0.135 0.138 0.405 0.496 0.386 0.211 0.917 0.396 0.822 0.319 0.219 0.205 0.265 1.805 1.754 0.285 0.339 0.105 0.381 0.779 0.430 1.275 0.233 3.138 0.063 0.526 0.126 0.088 0.122 0.420 0.312 0.220 0.356 0.178 1.194 1.633 3.836 0.643 0.233 2.154 0.496 0.693 0.404 0.265 1.324 0.703 0.121 0.543 0.228 0.183 0.088 0.520 0.328 0.093 0.054 0.777 0.738 0.815 1.298 1.454 1.476 0.587 0.213 1.332 nan 0.913 nan 3.230 3.861 nan 0.671 0.337 0.477 0.330 0.428 1.187 1.935 0.810 0.504 10316 chr7 39987408 39995318 + 0 NA exon (NM_031267, exon 1 of 14) exon (NM_031267, exon 1 of 14) 1404 NM_003718 8621 Hs.233552 NM_003718 ENSG00000065883 CDK13 CDC2L|CDC2L5|CHDFIDD|CHED|hCDK13 cyclin dependent kinase 13 protein-coding 7.022 4.188 7.015 8.093 3.839 2.643 2.523 2.397 4.534 3.265 4.766 1.529 1.392 1.850 5.250 3.328 3.187 0.365 3.441 0.841 3.436 3.628 2.523 1.391 4.220 2.712 3.430 2.083 7.664 1.610 7.882 7.233 7.774 8.776 1.160 2.863 1.253 5.368 0.179 1.576 7.102 5.253 2.622 1.257 2.083 3.053 6.728 4.324 4.251 4.811 2.861 3.052 3.328 4.232 3.949 4.220 1.687 3.336 0.920 5.645 3.765 3.489 1.653 2.863 2.578 1.757 1.234 5.129 7.319 4.647 7.413 8.495 nan 6.559 2.658 15.885 16.102 3.911 nan nan nan 4.775 5.529 3.591 8.855 4.880 4.377 6.691 nan 2.527 1.521 6342 chr2 121939148 121947551 + 0 NA Intergenic Intergenic 99429 NM_014553 29842 Hs.156471 NM_014553 ENSG00000115112 TFCP2L1 CRTR1|LBP-9|LBP9 transcription factor CP2 like 1 protein-coding 0.889 nan nan 0.496 3.011 0.658 0.169 0.343 0.328 0.023 0.040 0.043 0.015 0.261 0.381 0.809 0.045 0.037 0.051 0.053 0.016 1.276 0.260 0.935 0.087 0.026 0.044 0.097 0.037 0.070 0.206 0.109 1.636 0.035 0.051 0.157 0.103 0.053 0.078 0.113 0.110 0.043 0.056 0.078 0.022 0.447 0.119 0.105 0.068 0.076 0.188 0.809 0.057 0.067 0.935 0.029 0.039 0.206 0.101 0.212 0.148 0.030 0.073 0.172 0.027 0.012 1.174 1.546 0.244 0.382 0.473 0.688 12.054 4.487 3.903 4.425 0.188 0.332 5.370 6.492 0.360 0.265 0.161 0.406 1.293 1.161 0.185 0.335 1.387 0.885 3845 chr14 105431900 105454484 + 0 NA intron (NM_138420, intron 1 of 6) intron (NM_138420, intron 1 of 6) 1502 NM_138420 113146 Hs.441783 NM_138420 ENSG00000185567 AHNAK2 C14orf78 AHNAK nucleoprotein 2 protein-coding 1.661 0.966 1.242 2.771 0.924 3.600 1.939 0.299 0.652 1.345 1.572 1.119 0.209 0.173 0.592 2.189 0.471 0.185 1.473 0.680 3.040 0.401 0.180 0.188 0.467 3.874 4.834 0.740 4.176 1.938 3.639 5.374 1.856 2.252 3.845 1.150 0.055 0.394 0.084 2.144 0.147 3.750 4.274 1.922 1.429 3.310 0.946 3.206 3.965 10.689 1.241 2.391 2.189 2.315 5.287 0.467 1.185 1.943 0.349 3.153 0.720 3.057 0.521 0.093 4.704 2.305 1.894 0.750 1.100 0.652 1.084 1.607 1.643 2.102 0.657 0.436 0.477 0.535 0.935 1.270 2.071 0.863 0.686 0.993 1.282 0.539 0.616 0.396 0.478 0.450 0.244 3295 chr13 101124443 101187290 + 0 NA intron (NM_001352607, intron 20 of 21) intron (NM_001352607, intron 20 of 21) -22597 NR_047686 100885777 Hs.662554 NR_047686 PCCA-AS1 - PCCA antisense RNA 1 ncRNA 1.083 1.741 0.919 0.052 0.482 0.811 0.104 0.239 0.433 0.027 0.129 0.145 0.119 0.019 0.925 1.599 0.136 0.090 0.239 0.073 0.075 1.068 1.162 0.619 0.712 0.334 0.165 0.041 0.050 0.022 0.129 0.328 0.109 1.867 0.077 0.225 1.534 0.056 0.085 0.032 0.274 0.193 0.039 0.035 0.031 0.040 0.156 0.141 0.170 0.086 0.050 0.049 1.599 0.226 0.100 0.712 0.086 0.049 0.360 0.134 0.501 0.077 0.091 0.096 0.061 0.026 0.021 0.683 0.528 0.269 0.372 1.854 1.841 3.676 1.346 0.185 0.201 0.701 nan 0.460 0.555 0.789 0.747 0.237 0.332 4.696 5.983 0.365 nan 0.676 0.342 352 chr1 45270650 45286652 + 0 NA intron (NM_001136537, intron 4 of 7) intron (NM_001136537, intron 4 of 7) 4497 NM_001136537 149478 Hs.632400 NM_001136537 ENSG00000222009 BTBD19 - BTB domain containing 19 protein-coding nan 1.267 nan 2.457 1.688 0.244 3.285 0.690 0.989 0.120 3.411 2.544 0.345 1.266 0.601 0.643 2.470 0.399 2.210 1.041 0.536 0.485 0.498 0.311 0.881 1.891 2.325 0.758 2.443 1.338 3.051 8.043 2.039 0.653 2.682 2.434 0.104 1.590 0.167 1.053 0.392 6.637 2.740 1.021 1.902 3.772 1.840 3.451 3.024 1.778 2.254 2.465 0.643 4.475 1.164 0.881 1.068 2.992 0.323 2.074 1.757 1.716 0.595 0.528 2.109 2.095 1.711 2.165 2.464 0.534 0.914 1.671 1.805 0.852 0.232 2.171 2.555 0.640 nan nan 4.101 2.165 1.833 2.031 nan 0.563 0.588 2.253 2.800 1.545 0.909 6606 chr2 207985563 208033501 + 0 NA intron (NM_001270943, intron 1 of 3) intron (NM_001270943, intron 1 of 3) -10671 NM_001270944 8609 Hs.59908 NM_003709 ENSG00000118263 KLF7 UKLF Kruppel like factor 7 protein-coding 2.251 nan 1.559 1.142 0.856 2.054 1.127 2.427 4.609 0.273 1.446 0.593 0.324 0.221 1.055 2.238 1.161 0.141 1.413 0.515 1.199 0.003 1.437 0.934 1.566 1.117 1.148 0.071 1.554 0.628 2.247 3.594 1.846 3.995 0.952 0.465 0.979 0.841 0.085 0.597 0.474 1.244 0.482 0.295 0.788 1.181 0.492 1.089 0.841 1.385 0.202 0.370 2.238 1.250 0.778 1.566 0.274 0.663 1.018 0.783 0.555 0.665 0.265 1.010 0.890 0.275 0.197 1.520 2.006 1.091 1.547 1.393 1.314 1.363 0.892 3.197 3.278 3.464 4.340 1.329 1.654 2.656 2.717 0.661 1.452 3.287 3.484 2.229 3.541 0.725 0.392 3865 chr15 20561619 20566313 + 0 NA Intergenic Intergenic 75969 NR_038836 646096 Hs.448789 NR_038836 ENSG00000259156 CHEK2P2 - checkpoint kinase 2 pseudogene 2 pseudo nan 1.432 nan 0.047 0.166 0.071 0.317 0.309 0.779 0.082 0.151 0.139 0.040 0.085 0.094 0.361 0.175 0.136 0.274 0.123 0.107 0.065 0.047 0.172 0.126 0.059 0.061 0.102 0.023 0.279 0.222 0.169 0.893 0.526 0.062 0.184 0.079 0.034 0.098 0.103 0.050 0.023 0.033 0.158 0.204 0.304 0.379 0.085 0.488 0.361 0.305 0.019 0.126 0.052 0.053 2.794 0.285 0.236 0.050 0.126 2.527 0.083 0.049 0.033 0.958 0.926 0.946 1.566 0.419 0.752 0.619 0.238 1.409 1.625 0.784 1.305 0.477 0.437 12.226 14.352 0.554 0.969 0.172 0.174 4.064 6.065 1.044 0.774 9261 chr5 148794665 148852763 + 0 NA Intergenic Intergenic 13505 NR_029686 406937 NR_029686 ENSG00000276365 MIR145 MIRN145|miR-145|miRNA145 microRNA 145 ncRNA nan 1.001 0.934 0.268 0.124 0.062 1.200 0.176 0.371 0.195 0.273 0.832 0.045 0.042 0.151 0.213 0.421 0.211 0.428 0.454 0.136 0.067 0.089 0.067 0.188 1.819 0.927 0.120 0.158 0.507 0.291 1.762 0.213 0.691 0.342 0.957 0.081 0.114 0.098 0.310 0.092 0.419 0.143 0.124 0.401 0.259 0.356 1.249 0.861 0.833 0.242 0.709 0.213 0.503 1.054 0.188 0.407 0.795 0.057 0.789 0.307 0.335 0.077 1.372 0.142 1.549 1.338 0.228 0.211 0.333 0.541 0.318 0.358 0.776 0.225 0.254 0.279 0.577 0.858 0.942 1.105 0.536 0.478 0.269 0.292 0.271 0.600 0.667 2.226 0.459 0.386 1034 chr1 203517658 203529141 + 0 NA Intergenic Intergenic 60128 NM_014359 26254 Hs.632468 NM_014359 ENSG00000188770 OPTC OPT opticin protein-coding 1.463 1.158 1.046 0.191 0.131 0.069 1.669 0.351 0.540 0.033 1.805 2.719 0.086 0.052 0.416 1.691 3.593 0.500 0.268 0.709 0.055 0.041 0.153 0.345 1.798 1.028 0.141 0.713 0.612 0.116 0.264 0.118 0.454 0.331 0.177 0.051 0.028 0.128 0.670 0.398 1.981 0.259 0.103 0.859 0.401 0.961 4.351 0.228 0.167 0.062 0.290 1.691 0.211 2.059 0.345 0.085 0.051 0.058 1.236 0.035 1.270 2.501 0.212 0.211 0.040 0.013 5.116 5.837 8.144 6.296 0.757 0.851 1.080 0.417 nan nan 0.483 0.960 0.519 0.555 0.680 0.321 1.641 3.151 0.158 0.193 0.657 1.723 1.134 0.772 2803 chr12 78138471 78147264 + 0 NA Intergenic Intergenic -82202 NM_001024383 89795 Hs.655301 NM_014903 ENSG00000067798 NAV3 POMFIL1|STEERIN3|unc53H3 neuron navigator 3 protein-coding nan 1.020 0.924 0.049 1.944 0.907 0.048 0.589 1.268 0.001 0.071 0.138 0.021 0.227 1.052 0.262 1.257 0.184 0.096 0.036 0.681 1.486 0.650 2.923 0.016 0.017 0.008 0.041 0.048 0.064 0.246 0.102 1.757 0.116 0.054 0.043 0.012 0.087 0.107 0.261 0.084 0.014 0.018 0.012 0.017 0.099 0.187 0.046 0.041 0.032 0.008 0.262 0.093 0.086 2.923 0.019 0.055 0.033 0.161 0.018 0.095 0.252 0.035 0.013 0.041 0.513 0.897 0.851 1.189 2.416 4.043 3.721 6.310 0.763 0.836 1.054 1.438 nan 6.860 1.153 0.843 0.297 0.373 0.321 0.360 0.583 1.300 nan 2.112 8947 chr5 59730014 59749596 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 1 of 17) intron (NM_001349241, intron 1 of 17) -43735 NR_024617 25859 Hs.146312 NM_001039499 ENSG00000152931 PART1 NCRNA00206 prostate androgen-regulated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan nan 0.684 0.055 0.041 1.312 0.047 0.074 0.244 0.005 0.089 0.486 0.003 0.061 0.081 0.125 0.118 0.058 0.123 0.039 0.022 0.007 0.048 0.085 0.024 0.035 0.012 0.011 0.056 0.011 0.066 0.099 0.062 0.324 0.015 3.141 0.005 0.055 0.145 0.307 0.070 0.009 0.016 0.006 0.016 0.062 0.062 0.582 0.036 0.012 0.064 0.125 0.048 0.043 0.024 0.119 0.034 0.020 0.009 0.476 0.012 0.025 0.101 0.015 0.032 0.010 0.225 0.096 0.232 0.242 0.192 0.247 nan 0.101 0.126 0.103 4.844 5.280 0.285 0.301 nan 0.265 0.077 0.142 0.073 0.104 0.165 0.395 0.133 0.259 3679 chr14 72153736 72169876 + 0 NA intron (NM_001354288, intron 13 of 23) intron (NM_001354288, intron 13 of 23) 108808 NM_001284246 26037 Hs.654657 NM_015556 ENSG00000197555 SIPA1L1 E6TP1 signal induced proliferation associated 1 like 1 protein-coding 1.412 0.736 0.776 0.169 0.505 0.091 0.117 0.380 0.759 0.333 0.230 0.256 1.949 0.063 0.210 0.288 2.358 0.401 0.076 0.035 0.050 0.176 0.230 0.230 0.100 0.040 0.036 0.251 0.143 0.204 0.668 1.814 0.369 0.082 0.084 0.042 0.082 0.103 0.117 0.151 0.106 0.041 0.024 0.088 0.096 0.224 0.136 0.081 0.084 0.010 0.110 0.288 0.110 0.263 0.230 0.076 0.166 0.042 0.074 0.037 0.165 0.025 0.133 0.128 0.014 0.312 0.226 0.337 0.479 0.379 0.493 2.494 1.303 0.470 0.447 0.854 1.071 1.058 nan 1.134 0.963 0.146 0.259 0.246 0.319 0.363 0.965 2.134 nan 6991 chr20 43949325 43978792 + 0 NA intron (NM_002999, intron 2 of 4) intron (NM_002999, intron 2 of 4) 13006 NM_002999 6385 Hs.632267 NM_002999 ENSG00000124145 SDC4 SYND4 syndecan 4 protein-coding nan nan 2.338 3.724 1.352 0.072 1.887 0.275 0.573 3.407 2.320 1.153 1.120 0.284 0.209 0.453 1.223 0.163 2.699 1.149 2.752 0.157 0.357 0.184 1.589 1.543 1.175 1.474 2.078 1.507 2.432 3.884 3.585 3.224 1.576 0.585 0.289 0.505 0.137 1.360 0.067 4.367 1.148 0.556 1.527 1.884 1.749 0.506 1.252 2.342 1.995 1.971 0.453 5.081 1.839 1.589 1.426 2.714 0.056 2.918 0.152 2.001 0.953 1.712 1.690 0.973 0.576 0.658 0.910 0.981 1.778 0.661 0.751 nan 0.512 0.810 0.825 0.298 0.473 2.257 2.836 nan 0.662 0.951 1.507 0.816 1.016 1.574 5.466 0.530 0.368 3145 chr13 45149092 45155159 + 0 NA intron (NR_038381, intron 2 of 2) CpG-6410 -1424 NM_183422 8848 Hs.436383 NM_006022 ENSG00000102804 TSC22D1 Ptg-2|TGFB1I4|TSC22 TSC22 domain family member 1 protein-coding 4.610 4.659 3.494 3.070 3.203 2.732 1.065 1.061 2.908 0.945 5.162 1.901 1.686 1.904 8.181 2.659 2.923 0.317 2.544 0.842 2.308 1.302 2.345 1.296 7.575 2.103 2.877 2.225 1.743 0.899 5.296 6.526 1.832 7.020 1.375 2.321 1.208 3.018 0.076 1.963 2.887 2.763 3.438 2.213 0.969 1.162 4.184 5.438 3.474 3.739 2.609 2.754 2.659 3.462 3.025 7.575 1.290 2.875 0.653 4.161 1.437 2.048 2.635 1.957 4.071 1.785 1.315 7.675 8.110 1.983 2.801 10.388 7.952 8.265 4.249 5.911 6.328 2.582 3.521 2.974 4.954 4.427 5.428 5.230 8.748 4.583 3.655 6.377 4.037 2.239 1.300 8103 chr3 183520632 183545626 + 0 NA TTS (NM_024871) TTS (NM_024871) -4890 NR_046727 100874113 NR_046727 YEATS2-AS1 - YEATS2 antisense RNA 1 ncRNA 1.413 1.060 1.712 0.255 1.712 1.929 0.200 0.379 0.573 0.116 0.101 0.165 0.020 0.214 1.230 0.813 0.173 0.232 0.237 0.076 0.051 0.044 1.191 0.774 0.499 0.271 0.159 0.231 0.200 0.072 0.187 0.359 0.198 3.220 0.053 0.107 0.195 0.146 0.067 0.043 0.572 0.251 0.237 0.181 0.065 0.090 0.191 0.144 0.257 0.418 0.083 0.149 0.813 0.259 0.212 0.499 0.088 0.141 0.596 0.161 0.578 0.122 0.083 0.366 0.049 0.055 0.022 0.541 0.657 0.559 0.816 3.734 3.235 7.369 3.168 0.565 0.568 1.014 1.633 2.541 2.983 2.909 3.385 0.274 0.501 0.693 1.154 0.529 0.836 2.610 1.389 947 chr1 185035662 185041387 + 0 NA intron (NM_007212, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu 23973 NM_007212 6045 Hs.591490 NM_007212 ENSG00000121481 RNF2 BAP-1|BAP1|DING|HIPI3|RING1B|RING2 ring finger protein 2 protein-coding nan nan 1.207 0.098 0.109 0.141 0.136 0.339 0.280 0.017 0.103 0.149 0.018 0.018 0.170 0.223 0.250 0.198 0.347 0.166 0.044 0.025 0.301 0.200 0.140 0.073 0.026 0.063 0.322 0.056 0.098 0.329 0.075 0.469 0.101 0.104 0.034 0.091 0.048 0.188 0.096 0.015 0.027 0.019 0.053 0.101 0.062 0.156 0.074 0.055 0.079 0.223 0.157 0.143 0.140 0.059 0.051 0.020 0.018 0.056 0.223 0.235 0.039 0.050 0.519 0.328 9.531 9.214 0.458 nan 0.318 0.180 nan 0.513 0.714 1.055 0.470 0.393 0.375 0.290 0.691 1.055 0.120 0.186 0.793 nan 0.420 0.494 5071 chr17 79033410 79059353 + 0 NA intron (NM_001144888, intron 3 of 13) intron (NM_001144888, intron 3 of 13) 37434 NM_006340 10458 Hs.128316 NM_006340 ENSG00000175866 BAIAP2 BAP2|FLAF3|IRSP53 BAI1 associated protein 2 protein-coding 1.155 1.187 4.562 0.470 0.719 0.121 0.575 0.177 0.424 0.077 0.234 0.087 0.191 0.050 0.640 1.098 0.100 0.061 0.491 0.255 0.051 0.038 0.248 0.149 0.157 0.222 0.106 0.231 0.112 0.381 0.533 2.162 0.211 0.866 0.293 0.120 0.179 0.113 0.084 0.055 0.170 0.248 0.163 0.078 0.611 0.240 0.104 0.200 0.232 0.121 0.024 0.118 1.098 0.829 0.039 0.157 0.548 0.309 0.226 0.161 0.089 0.098 0.063 1.077 0.401 0.042 0.012 0.887 1.335 0.304 0.506 0.929 0.860 0.611 0.295 0.220 0.235 nan 0.638 0.345 0.777 2.475 2.160 0.385 0.485 0.560 0.599 1.284 2.987 nan 0.516 11058 chr8 74750352 74761152 + 0 NA intron (NR_073121, intron 1 of 4) AluJr4|SINE|Alu 35393 NM_001271015 55284 Hs.128841 NM_018299 ENSG00000104343 UBE2W UBC-16|UBC16 ubiquitin conjugating enzyme E2 W protein-coding 1.008 0.779 0.800 0.525 0.228 0.087 2.575 0.173 0.263 0.101 0.186 0.137 0.092 0.065 0.287 0.060 0.208 0.149 2.954 1.253 0.117 0.026 0.072 0.099 0.176 0.534 0.227 0.110 1.496 0.664 1.127 3.490 1.924 0.533 0.750 0.128 0.027 0.070 0.116 0.306 0.103 0.146 0.029 0.044 0.536 8.561 0.107 0.261 0.222 0.367 0.067 0.691 0.060 4.518 0.171 0.176 0.072 0.235 0.018 0.059 0.075 0.747 0.177 0.126 0.123 0.904 0.702 0.192 0.227 1.489 1.888 0.357 0.423 0.362 0.133 2.928 2.738 0.435 0.556 1.057 1.331 0.663 0.748 0.300 0.362 0.152 0.201 0.300 0.738 0.488 0.429 920 chr1 181050073 181112589 + 0 NA Intergenic LTR16E2|LTR|ERVL 23693 NM_016545 51278 Hs.15725 NM_016545 ENSG00000162783 IER5 SBBI48 immediate early response 5 protein-coding nan nan 3.889 0.970 0.788 1.146 2.380 0.438 0.842 0.843 0.895 0.740 0.738 0.117 1.828 2.636 2.316 0.321 2.435 1.445 0.506 0.641 0.494 0.319 0.677 2.071 1.411 0.376 2.487 2.269 1.844 6.104 2.687 2.911 1.676 1.466 1.085 0.780 0.117 0.369 1.015 1.733 0.998 0.596 1.556 1.062 2.190 1.088 2.578 0.868 0.967 3.032 2.636 3.391 1.287 0.677 1.717 2.202 0.691 1.216 0.991 0.946 0.884 0.404 1.063 1.349 1.099 1.487 2.154 1.459 3.846 2.159 nan 1.929 0.657 nan 1.070 2.594 3.568 2.046 2.737 1.623 1.703 1.415 2.276 2.598 2.710 0.976 nan 1.506 0.886 428 chr1 64125340 64131797 + 0 NA Intergenic Intergenic 39681 NM_001172818 5236 Hs.1869 NM_002633 ENSG00000079739 PGM1 CDG1T|GSD14 phosphoglucomutase 1 protein-coding 1.115 0.775 nan 5.104 0.091 0.052 8.351 0.099 0.248 1.353 2.446 1.661 0.048 0.125 0.056 0.339 1.453 0.114 4.199 1.821 1.677 0.043 0.121 0.113 0.037 3.791 4.303 0.080 3.463 3.340 2.005 4.217 2.087 0.401 2.929 0.059 0.015 0.050 0.111 2.453 0.061 14.968 1.732 0.919 3.847 4.232 3.726 1.918 0.303 1.080 0.024 2.293 0.339 2.307 0.344 0.037 0.986 1.832 0.091 0.658 0.048 3.549 0.031 0.125 3.864 1.195 0.529 0.352 0.231 0.280 0.388 0.374 0.465 0.277 0.160 0.225 0.251 nan nan 0.300 nan 0.443 0.298 0.099 0.209 0.029 0.073 0.319 0.499 0.440 0.341 2305 chr11 118287114 118297679 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2866 NR_046370 100131626 Hs.721614 NR_046369 LOC100131626 - uncharacterized LOC100131626 ncRNA 0.692 0.708 0.616 0.220 0.188 0.043 1.982 0.168 0.268 1.123 0.226 0.241 3.932 0.023 0.134 0.184 0.085 0.152 1.491 0.595 0.478 0.019 0.179 0.143 0.092 1.255 0.817 0.336 1.374 0.539 0.091 0.265 0.223 0.325 0.774 0.169 0.036 0.047 0.143 0.974 0.111 8.174 0.794 0.471 0.425 1.316 1.164 0.206 0.068 0.295 0.949 0.366 0.184 1.810 0.344 0.092 0.095 0.458 0.009 1.055 0.031 2.173 0.183 0.070 0.778 2.342 1.812 0.400 nan 0.408 0.729 0.408 0.464 0.391 0.189 0.422 0.438 0.440 nan 0.370 0.481 0.394 0.181 0.632 0.782 0.140 0.131 0.306 0.399 0.509 0.454 3545 chr14 51907279 51926576 + 0 NA Intergenic Intergenic -38912 NM_001042481 122786 Hs.434914 NM_152330 ENSG00000139926 FRMD6 C14orf31|EX1|Willin|c14_5320 FERM domain containing 6 protein-coding nan nan 1.934 0.725 0.131 0.406 0.866 0.117 0.265 0.069 0.554 0.503 0.039 0.094 0.123 0.286 0.423 0.138 0.498 0.276 0.484 0.007 0.081 0.090 0.037 0.710 0.217 0.072 0.399 1.387 0.105 0.554 0.292 1.219 0.303 0.151 0.221 0.017 0.101 0.360 0.082 0.820 1.255 0.619 1.607 0.385 0.370 3.685 0.068 0.365 0.061 0.247 0.286 0.084 0.450 0.037 0.151 0.086 0.196 0.285 0.073 0.396 0.019 0.314 0.571 0.116 0.037 0.290 0.167 0.217 0.468 0.338 0.481 0.122 0.073 0.349 0.363 1.699 2.657 0.277 0.241 0.999 0.726 0.116 0.172 1.154 1.290 0.281 0.704 nan 0.380 3758 chr14 91275181 91295331 + 0 NA Intergenic Intergenic -2495 NM_001010854 145567 Hs.655697 NM_001010854 ENSG00000165914 TTC7B TTC7L1|c14_5685 tetratricopeptide repeat domain 7B protein-coding 2.252 1.217 nan 0.316 0.474 0.660 0.115 0.301 0.496 0.104 0.220 0.292 0.089 0.050 0.362 0.799 0.398 0.207 0.179 0.113 0.275 0.041 0.310 0.308 0.787 0.479 0.197 0.157 0.138 0.079 0.318 0.907 0.406 1.409 0.092 0.203 0.146 0.387 0.111 0.076 1.345 0.215 0.588 0.468 0.058 0.119 0.127 0.289 0.488 1.358 0.234 0.347 0.799 0.125 0.284 0.787 0.115 0.366 0.570 0.529 0.238 0.237 0.128 0.831 0.177 0.066 0.028 0.678 1.217 0.875 1.049 2.196 2.090 0.829 0.407 2.141 2.004 1.631 2.293 0.738 1.321 3.614 4.304 0.537 0.773 0.739 0.600 1.954 3.294 nan 0.852 7576 chr3 44035771 44042998 + 0 NA Intergenic CpG -116320 NR_029700 406929 NR_029700 ENSG00000207954 MIR138-1 MIRN138-1|mir-138-1 microRNA 138-1 ncRNA 0.597 nan nan 1.832 0.488 0.815 1.005 0.066 0.291 0.159 6.218 2.901 0.035 0.029 0.666 0.388 0.620 2.165 1.129 0.148 0.057 0.759 0.438 0.481 3.687 5.646 5.393 0.335 0.513 0.318 0.098 13.959 0.484 1.302 0.089 0.064 1.827 0.930 4.957 1.301 0.714 0.223 1.509 5.730 0.869 2.985 0.266 0.187 0.037 0.388 1.217 7.001 0.481 0.340 0.125 0.013 0.780 0.028 0.492 0.095 0.325 2.786 0.016 0.014 1.144 0.855 1.668 2.681 4.088 3.349 1.823 0.396 4.751 4.866 0.133 0.225 1.994 4.959 2.239 2.632 0.330 0.679 0.056 0.069 0.747 1.043 0.362 0.254 10823 chr8 17012681 17021345 + 0 NA intron (NM_016353, intron 1 of 12) intron (NM_016353, intron 1 of 12) 3177 NM_016353 51201 Hs.728241 NM_016353 ENSG00000104219 ZDHHC2 DHHC2|ZNF372 zinc finger DHHC-type containing 2 protein-coding 1.877 2.150 nan 1.675 1.627 0.147 0.427 0.944 1.793 0.034 1.167 1.121 0.222 0.876 0.792 1.665 0.130 0.148 0.415 0.067 0.579 1.729 2.094 0.958 3.136 0.408 0.360 1.004 1.700 0.257 0.565 0.764 0.424 1.747 0.288 0.154 2.067 1.550 0.124 0.178 0.422 1.712 0.890 0.494 0.428 0.193 0.677 0.555 1.936 1.750 0.546 0.054 1.665 0.503 0.450 3.136 0.269 0.314 0.080 1.951 1.995 0.395 1.267 0.344 0.395 0.332 0.170 1.953 2.477 2.281 3.165 3.967 nan 6.612 2.824 3.747 3.302 0.227 0.353 2.932 3.626 1.151 1.267 1.631 2.914 6.675 7.003 0.785 1.584 5.430 2.800 11639 chr9 92885776 92905975 + 0 NA Intergenic Intergenic -92094 NR_038882 286370 Hs.407589 NR_038882 ENSG00000227555 MIR4290HG - MIR4290 host gene ncRNA 1.062 nan 0.906 0.043 3.012 0.404 0.052 1.482 3.055 0.009 0.071 0.036 0.015 0.044 1.797 0.330 0.094 0.080 0.104 0.037 0.012 1.476 0.525 0.881 0.045 0.054 0.025 0.128 0.011 0.135 0.286 0.066 1.521 0.050 0.080 0.673 0.065 0.084 0.012 0.230 0.059 0.024 0.015 0.022 0.030 0.100 0.119 0.040 0.022 0.023 0.050 0.330 0.071 0.023 0.881 0.049 0.053 0.106 0.047 1.347 0.051 0.382 0.105 0.015 0.011 0.012 0.315 0.345 0.224 nan 0.766 0.821 4.237 1.954 0.142 0.161 0.659 0.899 3.940 2.694 0.275 0.289 0.966 0.844 2.994 4.367 0.249 0.854 3.052 1.224 500 chr1 87791685 87805113 + 0 NA intron (NM_006769, intron 2 of 4) intron (NM_006769, intron 2 of 4) 4248 NM_006769 8543 Hs.436792 NM_006769 ENSG00000143013 LMO4 - LIM domain only 4 protein-coding 4.119 nan nan 4.592 3.914 2.229 2.395 2.751 4.796 1.202 2.071 1.649 3.759 0.911 1.087 1.995 1.785 0.215 2.534 0.930 0.098 1.599 1.563 0.724 2.764 1.541 1.298 0.882 1.800 0.575 2.701 4.736 1.630 8.790 0.915 1.075 1.268 0.863 0.144 0.552 3.755 2.305 1.510 0.906 0.927 1.803 2.626 3.050 1.463 2.805 1.065 1.962 1.995 3.280 1.656 2.764 0.869 0.637 0.333 2.531 1.258 1.093 1.578 2.105 1.167 0.905 0.607 2.835 2.620 3.704 4.582 3.721 2.690 2.143 0.749 6.611 6.482 5.073 6.502 7.039 8.678 1.618 1.590 2.170 3.942 4.362 3.798 2.560 3.491 2.535 1.385 8562 chr4 140786099 140810829 + 0 NA intron (NM_018717, intron 3 of 5) intron (NM_018717, intron 3 of 5) 211542 NM_002413 4258 Hs.81874 NM_002413 ENSG00000085871 MGST2 GST2|MGST-II microsomal glutathione S-transferase 2 protein-coding 1.119 1.243 0.804 0.117 1.792 1.165 0.537 1.803 3.440 0.018 0.242 0.222 0.010 0.461 0.414 0.507 0.359 0.124 0.287 0.230 0.069 0.017 1.101 0.601 2.426 0.395 0.129 0.033 0.188 0.150 0.129 0.289 0.174 1.880 0.255 0.086 0.532 0.027 0.079 0.317 0.331 0.147 0.112 0.095 0.266 0.055 0.152 0.508 0.125 0.124 0.027 0.083 0.507 0.141 0.075 2.426 0.109 0.067 0.165 0.028 0.307 0.093 0.776 0.209 0.087 0.009 0.008 0.355 0.475 0.541 0.807 0.566 0.804 2.860 1.156 0.130 0.131 2.988 3.382 1.265 1.816 0.508 0.316 0.350 0.990 1.546 1.735 0.394 0.901 1.331 0.636 11624 chr9 90485238 90489413 + 0 NA intron (NR_149022, intron 3 of 3) intron (NR_149022, intron 3 of 3) -10447 NM_178828 286234 Hs.130672 NM_178828 ENSG00000177992 SPATA31E1 C9orf79|FAM75E1 SPATA31 subfamily E member 1 protein-coding 3.139 nan 0.974 0.105 0.062 0.027 1.230 0.191 0.213 0.400 0.307 0.015 0.047 0.030 0.120 0.280 0.231 0.054 0.188 0.071 0.114 2.092 0.436 0.017 0.114 0.159 0.154 0.071 0.083 0.648 0.070 0.346 0.023 0.051 0.035 0.029 0.058 0.177 0.082 0.043 0.031 0.057 0.107 0.149 0.278 0.143 0.038 0.304 0.120 0.173 0.045 0.114 0.103 0.039 3.727 0.003 0.475 0.058 0.014 0.024 0.169 0.127 0.218 nan 0.300 0.350 0.134 0.041 0.228 0.204 2.009 1.926 0.124 0.167 1.058 1.281 0.134 0.109 0.114 0.108 0.157 0.144 0.652 0.680 9843 chr6 110114309 110145635 + 0 NA intron (NM_014845, intron 22 of 22) Charlie1a|DNA|hAT-Charlie -55553 NR_106988 nan 1.357 nan 0.125 2.753 1.408 0.309 0.425 0.775 0.015 0.189 0.280 0.004 0.073 0.410 0.282 0.145 0.076 0.167 0.054 0.024 0.028 0.385 0.336 3.714 0.139 0.099 0.019 0.155 0.088 0.098 0.325 0.092 2.348 0.136 0.581 0.088 0.055 0.160 0.073 0.317 0.088 0.512 0.229 0.165 0.089 0.325 0.153 0.062 0.137 0.020 0.147 0.282 0.138 0.176 3.714 0.198 0.055 0.151 0.038 1.196 0.116 0.044 0.150 0.088 0.020 0.013 0.465 0.411 0.447 0.560 4.243 nan nan 0.785 0.329 0.350 0.478 nan 1.288 1.032 0.753 0.736 0.189 0.271 0.358 0.336 0.361 nan 1.561 0.764 9285 chr5 154206323 154225014 + 0 NA intron (NM_032385, intron 2 of 8) AluSx1|SINE|Alu 6650 NR_039667 100616306 NR_039667 ENSG00000263361 MIR378H - microRNA 378h ncRNA 0.830 nan 0.709 0.169 0.608 0.077 2.787 0.154 0.308 0.848 0.533 0.169 0.037 0.561 0.274 0.164 0.240 0.180 1.225 0.901 0.101 0.030 0.217 0.133 0.454 0.844 0.515 0.089 1.198 1.216 2.969 7.031 0.687 1.112 1.187 0.137 0.063 0.087 0.141 0.335 0.245 0.118 0.264 0.176 2.312 1.234 0.539 0.165 0.351 0.337 0.046 1.511 0.164 0.664 1.965 0.454 0.331 0.439 0.049 0.112 0.298 0.541 0.190 0.324 0.349 0.102 0.084 0.158 0.448 0.327 0.672 0.402 0.420 0.481 0.185 0.294 0.299 0.437 0.668 1.590 1.320 0.457 0.307 0.377 0.624 0.331 0.458 0.389 0.862 0.721 0.510 11503 chr9 29202384 29218779 + 0 NA intron (NM_001354574, intron 1 of 5) intron (NM_001354574, intron 1 of 5) 1738 NM_001354575 158038 Hs.444665 NM_152570 ENSG00000174482 LINGO2 LERN3|LRRN6C leucine rich repeat and Ig domain containing 2 protein-coding 0.883 nan nan 0.403 0.552 0.014 0.009 0.548 1.353 0.006 0.057 0.022 0.034 0.073 0.729 0.480 0.050 0.049 0.336 0.150 0.019 1.148 0.850 0.299 0.008 0.009 0.067 0.068 0.071 0.374 0.394 0.084 3.677 0.240 0.047 1.057 0.013 0.069 0.065 1.706 0.006 0.004 0.014 0.020 0.028 0.041 0.182 0.426 0.156 0.206 0.495 0.480 0.191 0.299 0.165 0.277 0.024 0.050 0.630 0.029 0.400 0.084 0.047 0.004 0.019 0.321 0.254 1.981 1.724 2.277 1.722 6.910 2.577 1.108 1.053 2.927 3.771 0.921 1.301 1.308 1.452 0.239 0.502 4.677 4.329 0.256 0.423 2.481 1.374 5336 chr18 48230136 48255444 + 0 NA intron (NM_001292040, intron 3 of 3) intron (NM_001292040, intron 3 of 3) 103644 NM_001127175 83876 Hs.30495 NM_031939 ENSG00000134042 MRO B29|C18orf3 maestro protein-coding nan 1.040 1.090 0.065 0.343 1.299 0.053 0.425 0.810 0.011 0.080 0.051 0.010 0.055 0.531 1.083 0.051 0.019 0.021 0.007 0.027 0.021 0.237 0.086 0.351 0.005 0.017 0.026 0.032 0.004 0.032 0.076 0.053 0.890 0.029 0.072 0.204 0.056 0.060 0.198 0.094 0.038 0.016 0.026 0.033 0.083 0.088 0.076 0.062 0.091 0.169 1.083 0.037 0.026 0.351 0.053 0.048 0.212 0.058 0.053 0.012 0.051 0.927 0.024 0.011 0.006 0.574 0.493 0.268 0.385 1.366 1.421 3.568 1.019 0.166 0.185 0.223 0.433 0.969 0.941 0.842 0.686 0.235 0.271 1.051 1.025 0.758 nan 4.034 2.306 4386 chr16 57638846 57673942 + 0 NA intron (NM_005682, intron 1 of 14) intron (NM_005682, intron 1 of 14) 2484 NM_001145770 9289 Hs.513633 NM_005682 ENSG00000205336 ADGRG1 BFPP|BPPR|GPR56|TM7LN4|TM7XN1 adhesion G protein-coupled receptor G1 protein-coding nan nan nan 1.870 1.335 1.018 1.885 0.298 0.652 0.892 0.738 0.421 0.770 1.615 0.723 1.276 0.167 0.076 1.288 0.633 0.169 0.057 0.803 0.350 1.268 0.634 0.313 0.146 1.754 0.405 1.899 3.726 1.693 1.147 1.652 2.458 0.283 0.145 0.054 0.453 0.147 2.652 0.342 0.289 1.380 0.667 1.650 1.435 0.948 0.195 0.216 2.222 1.276 2.654 0.132 1.268 0.756 0.938 0.730 0.302 1.318 0.734 0.419 0.152 0.139 0.162 0.086 0.993 1.356 0.122 0.258 1.075 0.951 2.201 0.644 1.346 1.462 0.443 nan nan nan nan 2.926 0.629 0.884 0.908 1.069 0.426 nan nan 1.021 1275 chr1 249131468 249134067 + 0 NA intron (NM_024836, intron 1 of 3) CpG 390 NM_024836 79894 Hs.521151 NM_024836 ENSG00000171161 ZNF672 - zinc finger protein 672 protein-coding 10.665 10.807 8.941 6.334 12.900 7.611 3.562 5.738 11.998 1.900 6.459 1.921 3.014 2.704 5.290 4.125 5.037 0.491 5.300 1.521 5.061 5.060 5.797 2.872 6.784 4.137 5.888 3.879 5.434 3.037 7.049 11.419 8.104 17.016 1.576 6.760 1.692 5.215 0.144 1.589 2.986 7.902 5.765 2.804 4.878 3.875 3.139 3.805 7.431 6.810 6.412 7.554 4.125 9.328 3.731 6.784 3.381 6.995 1.459 6.635 4.818 3.789 1.331 3.811 2.392 4.044 2.286 7.566 10.611 15.083 21.591 15.997 13.063 15.660 9.162 23.442 23.302 5.421 5.695 8.179 9.459 6.944 8.289 1.867 3.821 10.760 7.663 7.014 9.821 4.665 2.489 11151 chr8 99951275 99961860 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286841) promoter-TSS (NM_001286841) -64 NM_001286841 116039 Hs.253247 NM_053001 ENSG00000164920 OSR2 - odd-skipped related transciption factor 2 protein-coding nan 1.885 5.350 3.243 1.831 1.202 4.030 0.500 0.912 1.328 0.994 2.006 3.877 0.368 0.446 0.505 2.172 0.245 1.879 0.724 0.640 2.683 0.174 0.131 1.085 0.621 0.356 0.834 5.494 1.193 0.888 2.438 1.177 5.148 0.345 0.620 0.009 2.129 0.048 1.426 0.630 2.541 1.100 0.767 0.826 0.174 3.148 0.838 1.795 3.047 1.108 2.176 0.505 1.362 1.696 1.085 0.382 1.536 0.121 2.321 1.302 0.269 0.897 0.260 0.231 0.435 0.135 0.534 0.485 4.670 nan 3.037 2.179 0.703 0.204 3.884 4.093 1.740 2.474 5.089 7.599 1.070 0.937 2.008 3.456 0.194 0.166 0.809 1.331 1.268 0.979 9562 chr6 31586801 31590731 + 0 NA intron (NM_080686, intron 1 of 30) CpG 316 NM_080686 7916 Hs.123239 NM_004638 ENSG00000204469 PRRC2A BAT2|D6S51|D6S51E|G2 proline rich coiled-coil 2A protein-coding nan 3.921 5.476 5.275 8.004 5.813 5.488 4.352 7.176 1.706 5.060 2.402 2.700 2.796 3.816 8.074 4.074 0.288 4.262 1.540 6.128 3.672 3.089 1.302 10.071 2.989 3.524 1.430 2.972 1.693 4.054 6.543 5.630 14.426 1.938 4.192 1.355 8.013 0.238 2.009 3.430 8.129 5.264 2.420 1.756 1.008 3.928 5.730 3.567 7.758 4.044 2.361 8.074 7.074 6.639 10.071 1.583 2.397 2.445 8.170 3.123 3.001 5.080 2.800 2.677 3.253 1.934 9.346 9.150 11.870 15.218 nan 10.680 10.215 5.469 22.973 24.206 5.807 7.533 12.339 17.558 9.724 9.389 5.724 8.411 8.709 9.866 8.589 9.846 5.506 2.091 2211 chr11 103302589 103306529 + 0 NA intron (NM_001080463, intron 85 of 89) MLT1G1-int|LTR|ERVL-MaLR 324399 NM_001080463 79659 Hs.503721 NM_001377 ENSG00000187240 DYNC2H1 ATD3|DHC1b|DHC2|DNCH2|DYH1B|SRPS2B|SRTD3|hdhc11 dynein cytoplasmic 2 heavy chain 1 protein-coding 0.507 0.783 0.672 0.018 0.155 0.056 0.020 0.081 0.229 0.073 0.196 0.200 0.804 0.077 0.091 0.154 0.056 0.163 0.048 0.035 0.078 0.109 0.010 0.035 0.037 0.094 0.086 0.027 0.062 0.201 0.244 0.224 0.106 0.024 0.143 0.109 0.040 0.059 1.766 0.030 0.093 0.076 0.219 0.396 0.062 0.145 0.041 0.169 0.154 0.087 0.010 0.094 0.127 0.380 0.039 0.293 11.559 0.164 0.173 6.972 7.267 2.507 2.184 0.376 0.509 0.169 0.091 1.400 1.488 0.660 0.946 0.318 0.288 0.374 0.237 12.384 10.397 0.288 0.192 0.219 0.508 0.514 0.442 6326 chr2 114325655 114351475 + 0 NA Intergenic Intergenic 2108 NR_031632 100302128 NR_031632 ENSG00000221055 MIR1302-3 MIRN1302-3|hsa-mir-1302-3 microRNA 1302-3 ncRNA 2.011 nan 2.027 0.761 1.056 0.650 0.673 0.642 1.097 0.402 1.143 0.574 0.190 0.862 1.314 1.922 0.473 0.267 0.837 0.421 0.637 0.985 0.570 0.393 1.460 0.585 0.583 0.757 0.873 0.391 1.108 1.320 0.862 nan 0.453 0.627 0.274 0.831 0.142 0.315 0.448 0.780 1.171 0.746 0.874 0.330 0.930 0.793 1.098 1.575 0.508 0.789 1.922 0.688 0.649 1.460 0.876 0.724 0.648 1.441 1.457 0.367 0.482 1.996 0.542 0.687 0.509 1.673 2.130 1.396 2.148 3.088 nan 2.652 1.029 2.282 2.196 1.264 1.761 1.540 1.950 2.393 1.987 1.180 1.778 0.834 0.754 1.902 3.550 1.809 1.057 4941 chr17 66504204 66512556 + 0 NA promoter-TSS (NM_002734) promoter-TSS (NM_002734) -140 NM_001276289 5573 Hs.280342 NM_002734 ENSG00000108946 PRKAR1A ACRDYS1|ADOHR|CAR|CNC|CNC1|PKR1|PPNAD1|PRKAR1|TSE1 protein kinase cAMP-dependent type I regulatory subunit alpha protein-coding 4.628 nan 6.449 2.502 6.797 1.379 1.938 3.852 7.142 1.053 3.781 1.241 0.868 2.692 3.826 3.003 2.224 0.175 2.170 0.929 3.331 1.361 3.893 1.784 4.818 1.603 1.946 1.785 1.595 0.717 7.503 8.632 3.191 11.981 1.242 5.019 1.041 2.845 0.107 1.822 2.071 4.735 2.123 0.739 1.466 0.655 1.557 2.812 3.421 3.524 4.125 1.882 3.003 4.577 0.845 4.818 1.349 1.505 1.084 4.371 3.410 1.552 1.473 0.684 1.565 1.441 0.670 3.828 4.920 3.700 4.684 8.351 7.170 5.064 2.706 4.640 4.910 2.258 nan 12.479 15.812 5.667 5.157 1.849 4.160 5.804 5.351 2.947 3.296 4.700 2.171 10802 chr8 8723184 8752134 + 0 NA intron (NM_004225, intron 1 of 2) intron (NM_004225, intron 1 of 2) 13472 NM_004225 9258 Hs.379414 NM_004225 ENSG00000147324 MFHAS1 LRRC65|MASL1|ROCO4 malignant fibrous histiocytoma amplified sequence 1 protein-coding 1.174 1.383 1.523 0.703 0.792 1.772 0.368 0.942 1.730 0.050 0.278 0.522 0.452 0.799 2.060 1.073 0.585 0.133 0.388 0.085 0.587 0.124 0.997 0.652 2.359 0.295 0.198 0.205 0.859 0.397 0.408 1.013 0.388 0.759 0.152 0.213 0.319 0.510 0.116 0.061 0.627 0.448 0.336 0.235 0.792 0.279 0.219 0.345 1.332 0.570 1.030 0.318 1.073 0.308 0.153 2.359 0.304 0.193 0.158 0.651 1.269 0.205 1.494 0.235 0.097 0.251 0.137 2.495 3.296 3.256 3.543 4.225 3.433 3.282 1.064 1.043 1.051 0.537 0.676 1.538 2.392 nan 1.304 1.384 2.748 1.557 2.182 0.616 0.853 1.841 1.146 1362 chr10 17023094 17053727 + 0 NA intron (NM_001081, intron 28 of 66) intron (NM_001081, intron 28 of 66) 133406 NM_001081 8029 Hs.166206 NM_001081 ENSG00000107611 CUBN IFCR|MGA1|gp280 cubilin protein-coding nan 0.793 0.813 0.195 0.075 0.038 0.281 0.063 0.184 0.013 0.435 1.379 0.022 0.010 0.029 0.042 1.607 0.210 0.301 0.372 0.039 1.787 0.077 0.078 0.067 0.769 0.480 0.045 0.480 0.127 0.032 0.099 0.153 0.169 0.248 0.081 0.003 0.032 0.075 0.600 0.013 0.072 0.116 0.098 0.171 0.037 0.052 3.542 0.053 0.379 0.018 0.046 0.042 0.355 0.175 0.067 0.052 0.019 0.003 0.253 0.053 1.032 0.019 0.096 0.470 0.233 0.124 0.417 0.421 3.023 6.118 0.141 0.196 0.196 0.135 0.110 0.119 1.945 2.668 0.193 0.207 0.162 0.079 0.111 0.161 0.020 0.052 0.107 0.185 0.149 0.220 8982 chr5 70679897 70725022 + 0 NA intron (NR_134268, intron 2 of 2) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 30847 NR_003922 5370 Hs.742169 NM_031888 ENSG00000169040 PMCHL2 - pro-melanin concentrating hormone like 2 (pseudogene) pseudo 0.838 nan 0.751 0.051 0.347 0.053 0.060 0.384 0.795 0.008 0.096 0.072 0.045 0.055 0.645 0.188 0.106 0.093 0.110 0.017 0.031 0.049 1.115 0.787 0.203 0.017 0.021 0.020 0.083 0.009 0.130 0.522 0.094 0.628 0.039 0.125 1.939 0.055 0.143 0.011 0.120 0.075 0.020 0.031 0.022 0.026 0.141 0.035 0.043 0.043 0.061 0.030 0.188 0.081 0.043 0.203 0.062 0.062 0.158 0.019 0.650 0.024 0.219 0.099 0.012 0.027 0.028 0.304 0.326 0.187 0.309 0.344 0.462 nan 1.508 0.180 0.180 1.659 nan 0.689 0.711 0.811 0.547 0.221 0.365 4.613 6.117 0.213 0.538 2.102 1.009 8820 chr5 27803287 27847493 + 0 NA Intergenic Intergenic 352991 NR_038848 643401 Hs.533212 NR_038848 ENSG00000250337 PURPL LINC01021 p53 upregulated regulator of p53 levels ncRNA 0.556 1.002 0.897 0.089 0.278 0.029 0.078 0.105 0.215 0.041 0.103 0.242 0.013 0.032 0.061 0.119 0.214 0.190 0.215 0.043 0.054 4.111 0.194 0.200 0.141 0.123 0.039 0.068 0.163 0.052 0.129 0.176 0.222 0.341 0.063 0.112 0.011 0.054 0.113 0.040 0.030 0.056 0.024 0.023 0.032 0.039 0.142 0.009 0.142 0.019 0.059 0.033 0.119 0.120 0.038 0.141 0.014 0.079 0.024 0.087 0.096 0.073 0.025 0.038 0.014 0.021 0.007 0.373 0.294 0.269 0.275 0.332 0.395 0.832 0.422 0.186 0.173 nan 0.513 0.277 0.288 0.664 0.257 0.101 0.155 0.072 0.088 0.215 0.304 nan 0.314 4155 chr15 99384470 99451604 + 0 NA intron (NM_000875, intron 2 of 20) intron (NM_000875, intron 2 of 20) 90382 NR_039864 100616432 NR_039864 ENSG00000264480 MIR4714 - microRNA 4714 ncRNA nan nan nan 0.420 0.387 0.108 0.828 0.204 0.324 0.404 0.804 1.260 0.548 0.064 0.669 0.769 0.917 0.199 0.540 0.216 4.378 0.186 0.448 0.295 0.479 1.260 0.810 1.854 0.634 0.441 0.929 1.932 1.137 1.239 0.560 6.925 0.047 6.003 0.180 0.374 0.193 1.164 0.542 0.278 0.345 0.474 0.817 2.071 4.789 0.284 1.713 2.734 0.769 0.899 0.734 0.479 1.400 2.491 0.246 2.894 1.352 0.878 0.633 0.265 0.927 0.271 0.196 1.183 1.234 1.009 1.518 0.611 0.742 nan 0.142 2.453 2.550 1.435 2.044 0.545 0.624 nan 1.130 0.850 1.109 0.372 0.567 0.557 nan 0.633 0.484 10324 chr7 41949130 41959848 + 0 NA Intergenic MER87|LTR|ERV1 -211783 NM_002192 3624 Hs.28792 NM_002192 ENSG00000122641 INHBA EDF|FRP inhibin subunit beta A protein-coding 0.706 0.711 nan 0.076 0.034 0.063 1.276 0.060 0.146 0.026 0.814 0.068 0.047 0.058 0.037 0.711 0.060 0.070 0.283 0.570 0.039 0.059 0.128 0.078 0.006 0.034 0.021 0.096 0.862 0.105 0.060 0.199 0.239 0.163 0.346 0.009 0.040 0.167 0.669 0.037 0.181 0.366 0.196 0.335 0.049 0.070 9.772 0.061 0.047 0.066 0.255 0.037 0.036 1.097 0.078 0.103 0.039 0.054 0.038 0.037 1.273 0.037 0.046 0.545 0.510 0.606 0.316 0.232 0.224 0.327 0.208 0.302 0.077 0.061 0.365 0.381 0.194 0.264 0.146 0.136 0.231 0.053 0.067 0.149 0.048 0.144 0.116 0.209 0.143 0.193 9247 chr5 146843917 146874107 + 0 NA intron (NM_001197294, intron 1 of 13) intron (NM_001197294, intron 1 of 13) -25752 NM_001387 1809 Hs.519659 NM_001387 ENSG00000113657 DPYSL3 CRMP-4|CRMP4|DRP-3|DRP3|LCRMP|ULIP|ULIP-1 dihydropyrimidinase like 3 protein-coding nan 1.968 0.978 0.082 1.443 0.331 0.208 2.335 4.333 0.003 0.087 0.381 0.012 0.702 0.445 0.169 0.561 0.096 0.207 0.157 0.027 0.005 1.606 0.561 3.705 1.007 0.615 0.020 0.091 0.014 1.004 1.879 0.184 2.228 0.010 0.086 0.722 0.054 0.113 0.165 0.155 0.049 0.032 0.018 0.227 0.283 0.054 0.106 0.086 0.146 0.024 0.037 0.169 0.102 0.176 3.705 0.081 0.080 0.151 0.039 1.468 0.132 0.653 0.383 0.020 0.040 0.018 0.544 1.094 0.784 1.267 1.851 1.861 2.565 2.348 0.088 0.066 2.351 3.170 2.906 4.352 1.763 1.794 0.558 1.027 3.799 4.098 1.288 3.274 1.857 0.996 2484 chr12 11987513 12016788 + 0 NA intron (NM_001987, intron 3 of 7) AluJb|SINE|Alu 199362 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.866 1.089 1.131 0.302 3.580 1.277 0.338 1.252 2.310 0.026 0.475 0.339 0.010 0.770 0.731 0.510 0.158 0.072 0.382 0.138 0.056 0.009 1.090 0.616 2.025 0.480 0.214 0.026 0.404 0.302 0.154 0.700 0.118 3.854 0.087 0.064 0.059 0.082 0.108 0.113 0.027 0.157 0.076 0.061 0.491 0.154 0.222 0.274 0.153 0.151 0.428 0.288 0.510 0.135 0.089 2.025 0.084 0.056 0.046 0.129 0.592 0.103 0.158 0.194 0.079 0.028 0.017 0.232 0.266 0.492 0.911 nan 2.175 2.453 0.879 0.507 0.587 0.461 0.719 5.542 6.233 0.469 0.293 0.318 0.607 0.171 0.188 0.335 0.633 1.476 0.711 8159 chr3 192231064 192234533 + 0 NA promoter-TSS (NR_046598) promoter-TSS (NR_046598) -13 NR_046598 100873987 Hs.628012 NR_046598 ENSG00000230126 FGF12-AS2 - FGF12 antisense RNA 2 ncRNA nan 2.698 0.665 1.012 4.439 0.033 0.020 2.842 4.929 0.055 0.052 0.080 0.463 2.922 0.963 0.088 0.236 0.195 0.054 0.040 2.849 1.286 3.240 0.020 0.021 0.136 0.118 nan 0.101 20.444 0.003 0.032 0.026 0.063 0.101 0.066 8.107 0.267 0.035 0.627 0.057 0.117 0.534 0.963 1.578 0.026 3.240 0.018 0.263 0.478 0.217 1.229 0.023 0.830 0.222 0.022 0.017 4.971 5.507 0.080 0.129 6.344 3.746 8.374 2.302 1.122 1.377 0.113 0.280 7.436 12.354 2.610 3.215 1.546 2.772 0.348 0.305 1.150 1.376 2.858 1.930 11799 chr9 131416631 131421099 + 0 NA exon (NM_052844, exon 1 of 9) exon (NM_052844, exon 1 of 9) 264 NM_052844 89891 Hs.495240 NM_052844 ENSG00000119333 WDR34 DIC5|FAP133|SRTD11|bA216B9.3 WD repeat domain 34 protein-coding nan 4.663 4.932 2.316 9.507 8.919 3.562 3.341 6.358 2.518 3.934 1.876 2.878 1.079 2.884 5.671 3.371 0.360 6.182 2.045 2.800 2.479 1.780 1.035 6.873 3.817 4.482 2.770 6.685 1.373 4.221 8.302 2.331 12.458 2.440 5.177 2.416 3.697 0.179 1.056 3.185 7.967 4.320 1.570 1.705 2.466 4.537 3.198 3.945 6.469 1.502 3.390 5.671 6.894 3.005 6.873 1.636 4.607 1.175 4.328 3.965 4.063 2.348 1.317 2.011 2.951 2.136 5.825 5.333 6.774 9.443 9.421 10.992 nan 6.034 8.560 8.865 3.377 3.616 10.146 15.911 9.466 8.697 9.333 10.866 9.395 11.224 7.613 4.519 3.548 2.048 10907 chr8 37928074 37940700 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -28624 NM_001282272 9070 Hs.521530 NM_004674 ENSG00000129691 ASH2L ASH2|ASH2L1|ASH2L2|Bre2 ASH2 like, histone lysine methyltransferase complex subunit protein-coding 0.640 0.531 nan 5.763 0.503 0.013 0.631 0.165 0.301 0.114 0.304 0.432 1.516 0.124 0.112 0.122 0.103 0.154 0.142 0.015 0.126 0.077 0.175 0.171 0.110 0.198 0.101 0.035 0.169 0.687 0.069 0.199 0.142 0.341 0.670 0.081 0.038 0.040 0.100 0.028 0.050 1.750 0.165 0.111 0.234 0.116 0.758 0.145 0.254 0.118 0.029 0.328 0.122 0.084 0.022 0.110 0.020 0.530 0.039 0.501 0.183 0.289 0.070 0.108 0.139 0.023 0.020 0.360 0.365 0.477 0.805 0.422 0.464 1.152 0.325 0.344 0.259 0.220 0.388 0.320 0.280 0.336 0.220 0.150 0.235 0.178 0.132 0.315 0.442 1.012 0.639 2659 chr12 50325524 50362329 + 0 NA promoter-TSS (NM_000486) promoter-TSS (NM_000486) -598 NM_000486 359 Hs.130730 NM_000486 ENSG00000167580 AQP2 AQP-CD|WCH-CD aquaporin 2 protein-coding nan 0.728 0.701 0.570 0.148 0.125 0.453 0.144 0.300 0.036 0.156 0.331 0.058 0.057 0.438 0.345 0.713 0.162 0.256 0.099 0.058 0.041 0.183 0.139 0.219 0.346 0.121 0.159 0.187 0.335 2.021 6.723 1.261 0.499 0.179 0.539 0.036 0.095 0.073 0.144 0.075 0.165 0.085 0.042 0.341 0.329 0.348 0.302 0.639 0.306 1.196 0.901 0.345 1.325 0.728 0.219 0.692 0.312 0.409 0.397 0.509 0.302 0.119 0.108 0.072 0.039 0.021 nan 0.571 0.326 0.469 0.710 nan 0.978 0.333 0.686 0.722 0.996 nan 0.600 nan 0.699 0.475 0.385 0.492 0.199 0.248 0.477 1.109 0.869 0.735 8044 chr3 176618415 176640353 + 0 NA Intergenic Intergenic -94595 NR_110819 101928684 Hs.639352 NR_110819 ENSG00000228308 LINC01209 - long intergenic non-protein coding RNA 1209 ncRNA 1.410 2.453 1.196 0.388 2.468 1.891 0.751 0.628 1.065 0.394 0.114 0.088 0.314 0.788 0.469 0.418 0.558 0.154 0.382 0.259 0.023 0.026 0.703 0.312 0.792 0.115 0.063 0.024 0.436 0.568 0.656 1.930 3.533 3.736 0.546 0.078 0.390 0.047 0.143 0.054 0.188 0.107 0.052 0.029 0.322 0.715 0.589 0.119 0.030 0.108 0.304 0.584 0.418 0.516 0.052 0.792 0.274 0.136 0.084 0.034 0.717 0.112 0.056 0.112 0.012 0.024 0.009 0.452 0.287 2.165 5.868 0.873 0.827 3.290 1.671 0.285 0.305 0.735 0.988 4.378 3.894 0.652 0.250 0.188 0.296 1.812 1.997 0.411 0.783 1.382 0.747 10627 chr7 116653058 116665369 + 0 NA intron (NM_021908, intron 1 of 15) intron (NM_021908, intron 1 of 15) -1052 NR_106748 102466616 NR_106748 ENSG00000283923 MIR6132 hsa-mir-6132 microRNA 6132 ncRNA nan 1.085 3.619 0.128 0.728 1.466 0.086 0.262 0.685 0.046 0.296 0.447 0.025 0.033 3.856 1.618 0.229 0.099 0.307 0.184 0.067 0.011 1.183 0.788 0.964 0.045 0.024 0.072 0.200 0.042 0.039 0.158 0.190 2.919 0.024 4.150 0.255 0.619 0.170 0.067 0.465 0.122 0.029 0.057 0.044 0.055 0.102 0.139 0.205 0.316 0.035 0.120 1.618 0.322 0.083 0.964 0.169 0.087 0.740 0.335 1.278 0.123 0.530 0.020 0.038 0.033 0.024 1.198 1.433 0.297 0.315 2.812 2.209 6.139 2.750 0.627 0.626 4.279 4.711 0.948 1.511 2.732 3.017 0.667 1.078 2.885 3.655 0.086 0.409 3.779 2.271 7017 chr20 47024714 47051395 + 0 NA Intergenic Intergenic 49400 NR_026958 284749 Hs.299080 NR_026958 ENSG00000235621 LINC00494 - long intergenic non-protein coding RNA 494 ncRNA nan nan 0.644 0.124 0.083 0.326 0.030 0.109 0.196 0.015 0.064 0.040 0.026 0.053 0.110 0.370 0.484 0.145 0.036 0.007 0.023 0.010 0.082 0.079 0.166 0.029 0.019 0.019 0.059 0.004 0.065 0.117 0.096 0.626 0.011 0.063 0.018 0.056 0.105 0.013 0.152 0.149 0.049 0.018 0.016 0.067 0.178 0.130 0.067 0.037 0.295 0.073 0.370 0.042 0.007 0.166 0.042 0.053 0.526 0.123 0.030 0.074 0.049 0.557 0.051 0.022 0.009 0.476 0.325 0.257 0.758 0.666 0.679 nan 0.098 0.111 0.129 3.569 3.932 0.151 0.154 nan 1.075 0.232 0.347 0.086 0.173 0.460 0.905 0.436 0.467 513 chr1 92945738 92951590 + 0 NA intron (NM_005263, intron 2 of 6) CpG-1329 847 NM_001127215 2672 Hs.73172 NM_005263 ENSG00000162676 GFI1 GFI-1|GFI1A|SCN2|ZNF163 growth factor independent 1 transcriptional repressor protein-coding nan nan 0.570 0.668 2.974 1.250 0.097 0.701 1.532 0.119 1.106 0.053 0.297 0.541 0.791 0.128 0.055 0.346 0.098 0.037 0.602 0.170 1.155 0.047 0.025 0.114 0.082 0.607 1.103 0.108 3.300 0.074 0.028 0.040 0.440 0.060 0.084 8.045 3.434 0.548 0.314 0.118 0.527 0.331 0.307 1.543 0.336 0.027 0.791 0.263 0.094 1.155 0.042 0.120 0.241 1.092 0.626 0.034 0.067 0.064 0.039 0.039 0.008 0.405 0.182 0.530 0.970 3.566 nan 4.624 0.991 4.305 4.155 1.754 nan 3.227 4.359 nan 0.773 0.369 0.559 0.268 0.192 0.224 0.401 1.977 1.244 50 chr1 6496411 6559940 + 0 NA exon (NM_001042665, exon 20 of 21) exon (NM_001042665, exon 20 of 21) -1920 NM_148970 8718 Hs.462529 NM_003790 ENSG00000215788 TNFRSF25 APO-3|DDR3|DR3|LARD|TNFRSF12|TR3|TRAMP|WSL-1|WSL-LR TNF receptor superfamily member 25 protein-coding 1.335 nan 1.426 0.319 2.117 2.207 0.379 0.729 1.272 0.235 0.540 0.222 0.108 0.807 1.732 0.360 0.123 0.121 0.754 0.283 0.257 0.118 0.390 0.298 1.270 0.267 0.293 0.364 0.215 0.247 0.822 nan 0.104 1.324 0.416 0.252 0.083 0.370 0.105 0.260 0.285 1.081 0.920 0.396 0.413 0.399 0.247 1.130 0.393 1.020 0.136 0.283 0.360 0.562 0.988 1.270 0.252 0.215 0.446 0.883 0.278 0.256 2.683 0.066 0.213 0.208 0.223 2.797 4.527 1.299 1.466 3.235 2.935 1.362 0.446 8.005 8.159 0.351 nan nan 3.878 nan 0.551 2.897 4.186 0.480 0.371 0.389 0.676 0.945 0.528 3938 chr15 45825226 45830618 + 0 NA intron (NR_022014, intron 3 of 5) intron (NR_022014, intron 3 of 5) -1527 NR_145777 109617005 NR_145777 ENSG00000207516 SNORA41B - small nucleolar RNA, H/ACA box 41B snoRNA 0.765 0.552 nan 0.095 0.017 0.021 0.126 0.178 0.299 0.035 0.086 0.136 0.012 0.043 0.127 0.128 0.155 0.063 0.099 0.036 0.026 0.116 0.120 0.088 0.013 0.040 0.035 0.051 0.059 0.153 0.130 0.215 0.126 0.035 0.093 0.107 0.031 0.044 0.068 0.028 0.029 0.061 0.028 0.092 0.092 0.093 0.033 0.089 0.128 0.076 0.017 0.088 0.023 0.043 0.019 0.118 0.164 0.195 0.057 0.021 0.056 1.670 1.911 11.923 5.881 0.302 0.383 0.285 0.148 0.248 0.442 0.222 nan 0.128 0.196 0.583 0.201 0.823 1.572 0.048 0.085 0.368 0.584 0.472 0.533 5903 chr2 10464472 10488334 + 0 NA intron (NM_001258357, intron 1 of 4) L1M|LINE|L1 6114 NM_001258357 3241 Hs.580427 NM_002149 ENSG00000115756 HPCAL1 BDR1|HLP2|VILIP-3 hippocalcin like 1 protein-coding 1.918 0.650 2.104 0.389 0.429 1.335 1.570 0.491 0.867 0.076 0.921 0.221 0.021 0.469 0.342 0.384 0.173 0.088 1.601 0.445 0.240 0.133 0.321 0.191 0.919 0.394 0.319 0.105 0.225 0.124 1.942 7.232 0.157 1.101 0.929 0.637 0.044 0.141 0.128 0.198 0.313 0.819 0.315 0.196 0.836 0.211 0.335 0.249 1.002 0.296 0.073 1.222 0.384 0.996 0.178 0.919 0.417 0.259 0.597 0.225 0.626 0.417 0.112 0.779 1.247 0.034 0.019 0.783 1.029 0.540 0.553 1.401 1.176 1.968 0.468 0.173 0.188 1.265 1.957 3.538 nan 3.101 4.282 0.425 0.470 0.227 0.354 1.431 nan 1.143 0.833 9277 chr5 151933405 151947889 + 0 NA Intergenic Intergenic -155807 NM_020167 56923 Hs.731911 NM_020167 ENSG00000132911 NMUR2 FM-4|FM4|NMU-R2|NMU2R|TGR-1|TGR1 neuromedin U receptor 2 protein-coding 0.593 nan 0.716 0.049 0.078 0.030 0.049 0.143 0.353 0.006 0.049 0.019 0.026 0.014 0.357 0.212 0.078 0.121 0.043 0.013 0.009 0.010 0.120 0.078 0.745 0.005 0.010 0.010 0.061 0.078 0.047 0.063 0.776 0.010 0.049 0.013 0.052 0.107 0.017 0.160 0.051 0.017 0.005 0.045 0.027 0.054 0.090 0.039 0.043 0.060 0.037 0.212 0.059 0.058 0.745 0.042 0.012 0.088 0.012 0.035 0.017 0.037 0.059 0.001 0.040 0.007 0.191 0.078 0.195 0.237 0.399 0.609 0.634 0.245 0.051 0.076 4.253 3.744 0.544 0.298 0.470 0.247 0.137 0.133 0.165 0.216 0.357 0.420 0.938 0.604 11821 chr9 134267375 134298818 + 0 NA Intergenic Intergenic -22381 NM_013318 84726 Hs.743955 NM_013318 ENSG00000130723 PRRC2B BAT2L|BAT2L1|KIAA0515|LQFBS-1 proline rich coiled-coil 2B protein-coding nan 2.404 3.346 0.708 1.700 0.929 0.988 0.592 1.155 0.709 1.126 0.826 0.437 0.304 1.134 1.182 0.944 0.265 1.741 0.333 0.504 0.458 1.292 0.544 1.704 1.176 1.096 0.679 1.214 0.163 1.463 3.027 0.840 2.815 0.245 1.114 0.423 0.918 0.087 0.210 1.242 1.585 1.144 0.530 0.267 0.489 0.989 0.557 1.439 1.671 0.281 1.121 1.182 2.006 0.709 1.704 0.354 0.970 0.576 0.941 0.995 0.572 0.431 0.999 0.428 0.306 0.148 1.666 2.651 2.085 3.045 3.103 2.870 nan 0.614 1.279 1.238 1.007 1.356 4.168 6.279 4.757 5.514 0.778 1.403 1.969 2.458 1.963 3.419 1.267 0.852 8629 chr4 169752449 169758058 + 0 NA intron (NM_001166110, intron 1 of 11) intron (NM_001166110, intron 1 of 11) 2097 NM_001166110 23022 Hs.151220 NM_016081 ENSG00000129116 PALLD CGI-151|CGI151|MYN|PNCA1|SIH002 palladin, cytoskeletal associated protein protein-coding nan 8.775 nan 1.479 1.201 0.010 1.762 0.773 1.515 0.598 2.836 1.221 0.151 1.033 0.349 1.368 2.003 0.344 1.373 0.610 0.125 0.609 0.291 4.365 1.635 1.621 0.631 1.434 0.638 0.726 1.517 0.581 1.611 0.698 1.337 0.610 0.232 0.057 0.447 1.505 0.938 0.700 0.431 1.048 0.374 0.482 1.074 2.634 1.051 0.490 0.590 1.368 2.079 0.761 4.365 0.912 0.577 0.433 0.604 0.714 0.769 0.035 0.177 0.712 0.760 0.237 0.237 0.153 4.263 6.607 3.260 2.425 0.366 0.087 1.596 1.721 2.124 2.595 1.327 2.149 2.216 2.430 0.594 0.805 1.725 1.539 0.388 0.572 0.717 0.624 2633 chr12 46819482 46893977 + 0 NA intron (NR_125378, intron 3 of 3) intron (NR_125378, intron 3 of 3) 78839 NR_125381 100288798 Hs.525922 NR_125377 LOC100288798 - uncharacterized LOC100288798 ncRNA 0.829 nan 0.681 0.510 0.164 0.110 1.323 0.161 0.336 0.079 0.793 1.463 1.394 0.270 0.109 0.243 1.011 0.149 0.903 0.453 3.904 0.017 0.090 0.131 0.133 1.125 0.645 0.899 0.689 0.808 2.724 4.270 1.281 0.156 0.624 1.432 0.028 2.525 0.144 0.644 0.041 0.797 0.918 0.485 0.647 0.352 0.984 1.169 1.059 1.160 0.707 1.944 0.243 0.680 2.453 0.133 0.728 0.463 0.012 1.055 0.115 0.738 0.029 0.224 0.576 0.371 0.348 0.331 0.194 0.312 0.702 0.285 0.340 0.180 0.099 0.276 0.267 0.167 0.250 0.515 0.407 0.394 0.150 0.148 0.227 0.105 0.204 0.431 1.080 0.437 0.494 11203 chr8 108167442 108176304 + 0 NA Intergenic Intergenic 176870 NM_001314051 284 Hs.369675 NM_001146 ENSG00000154188 ANGPT1 AGP1|AGPT|ANG1 angiopoietin 1 protein-coding 1.562 nan nan 0.049 8.556 1.114 0.072 0.199 0.371 0.064 0.188 0.270 0.028 0.136 0.110 0.361 0.219 0.145 0.097 0.043 0.575 0.760 0.458 0.040 0.008 0.084 0.036 0.131 0.154 0.095 4.372 0.050 0.030 1.691 0.073 0.127 0.014 0.270 0.052 0.020 0.009 0.012 0.009 0.147 0.123 0.262 0.089 0.095 0.030 0.361 0.016 0.021 0.040 0.069 0.028 0.055 0.026 0.264 0.027 0.079 0.028 0.076 0.022 0.011 0.414 0.361 0.301 0.275 1.467 1.749 8.074 3.970 0.776 0.543 3.470 nan 4.713 nan nan 0.238 0.153 0.328 7.206 9.950 0.256 nan 2.298 1.211 11755 chr9 123629771 123669382 + 0 NA intron (NM_001286840, intron 1 of 14) AluSx|SINE|Alu 7598 NM_001286840 26147 Hs.460124 NM_015651 ENSG00000119403 PHF19 MTF2L1|PCL3|TDRD19B PHD finger protein 19 protein-coding nan nan 1.420 0.575 1.974 3.621 1.426 0.684 1.367 0.195 0.731 0.704 0.058 0.527 1.649 0.997 0.409 0.163 1.447 0.872 0.569 0.379 0.903 0.416 1.542 0.932 0.972 0.758 1.906 0.361 1.136 3.065 0.889 nan 1.235 0.895 0.519 0.672 0.093 0.478 0.341 1.709 1.106 0.391 0.480 0.740 0.530 1.179 1.425 2.357 0.545 0.760 0.997 1.678 1.908 1.542 0.262 0.223 0.313 1.414 0.998 1.030 0.263 0.797 0.679 1.550 1.095 0.711 0.870 0.887 1.158 3.699 3.319 1.031 0.491 1.439 1.487 0.723 nan 4.601 3.871 1.837 1.790 0.405 0.706 1.630 1.862 0.919 2.264 nan 0.837 10773 chr7 157800312 157825042 + 0 NA intron (NM_130842, intron 10 of 21) intron (NM_130842, intron 10 of 21) 165400 NR_038966 100506585 Hs.661265 NR_038966 ENSG00000233038 LOC100506585 - uncharacterized LOC100506585 ncRNA 1.055 0.660 nan 0.053 0.837 1.104 0.034 0.366 0.743 0.027 0.075 0.056 0.015 0.440 1.064 1.588 0.097 0.118 0.022 0.018 0.011 0.384 0.368 1.019 0.008 0.015 0.009 0.097 0.004 0.075 0.206 0.112 0.721 0.029 0.065 0.643 0.053 0.142 0.005 0.184 0.093 0.034 0.006 0.013 0.072 0.078 0.170 0.066 0.058 0.010 0.057 1.588 0.009 0.015 1.019 0.015 0.077 0.320 0.078 1.118 0.016 0.718 0.010 0.033 0.007 0.008 0.618 0.977 0.108 0.131 0.765 0.883 3.630 1.594 0.059 0.049 0.192 0.331 1.234 2.331 0.820 0.560 0.662 0.916 2.452 2.915 0.104 0.119 2.227 1.595 797 chr1 157323451 157332397 + 0 NA Intergenic PABL_A-int|LTR|ERV1 194386 NM_031281 83416 Hs.415950 NM_031281 ENSG00000143297 FCRL5 BXMAS1|CD307|CD307e|FCRH5|IRTA2|PRO820 Fc receptor like 5 protein-coding nan nan 0.928 0.096 2.478 0.019 0.024 0.410 1.208 0.010 0.077 0.042 0.014 2.671 7.775 0.142 0.110 0.018 0.047 0.049 0.049 1.696 0.744 5.537 0.015 0.024 0.016 0.061 0.079 0.098 0.122 0.974 0.016 0.083 0.094 0.024 0.119 0.026 0.009 0.101 0.034 0.024 0.069 0.129 0.099 0.064 0.055 0.017 0.118 0.142 0.079 0.052 5.537 0.041 0.047 0.032 0.084 0.210 0.034 0.222 0.236 0.009 0.021 0.006 0.276 0.173 0.224 0.419 0.404 nan 3.161 1.345 0.078 0.141 0.209 0.367 9.450 7.184 0.818 0.621 0.417 0.482 0.744 0.339 0.271 0.876 2.393 1.316 7246 chr21 44559001 44586547 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -11572 NR_133678 106780825 NR_133678 LOC106780825 - FOXM1-regulated, gastric cancer associated-like ncRNA nan 1.243 0.991 0.539 0.230 0.500 1.235 0.340 0.625 0.024 0.626 0.285 0.594 0.073 0.335 0.436 0.157 0.090 1.051 0.444 0.268 0.051 0.091 0.103 0.300 0.570 0.362 0.197 0.590 0.635 0.394 1.429 0.604 0.719 0.631 0.375 0.038 0.075 0.069 0.249 0.081 1.758 0.280 0.159 0.465 0.756 0.455 0.842 0.562 0.547 0.062 0.285 0.436 2.187 0.077 0.300 0.144 0.221 0.130 0.964 0.290 0.537 0.461 0.439 0.115 0.810 0.736 1.280 1.426 7.102 9.797 0.723 0.734 nan 0.265 0.605 0.748 0.497 nan 0.925 1.271 0.817 0.665 0.925 1.194 0.279 0.285 0.506 0.704 1.298 0.879 2459 chr12 7789664 7800131 + 0 NA Intergenic HUERS-P3-int|LTR|ERV1 23602 NM_005889 339 Hs.560 NM_001644 ENSG00000111701 APOBEC1 APOBEC-1|BEDP|CDAR1|HEPR apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1 protein-coding 0.571 nan nan 0.117 0.143 0.016 0.197 0.107 0.247 0.142 0.059 0.044 0.130 0.029 0.045 0.135 0.051 0.015 0.547 0.163 0.060 0.040 0.088 0.162 0.103 0.158 0.056 0.066 0.235 0.232 0.342 1.135 0.157 0.574 0.028 0.252 0.125 0.115 0.030 0.098 0.040 0.040 0.052 0.337 0.126 0.262 0.171 0.102 0.113 0.088 0.135 0.307 0.036 0.103 0.070 0.085 0.165 0.395 0.039 0.068 0.409 0.023 0.029 0.039 0.020 1.425 0.949 3.217 2.657 nan 0.524 0.468 0.250 10.839 11.656 0.162 0.233 0.152 0.142 0.870 0.816 1.204 1.467 0.138 0.135 0.184 nan 0.206 0.271 10609 chr7 114561919 114582087 + 0 NA intron (NM_199072, intron 2 of 4) intron (NM_199072, intron 2 of 4) 9794 NM_001166345 29969 Hs.741413 NM_199072 ENSG00000135272 MDFIC HIC|MDFIC1 MyoD family inhibitor domain containing protein-coding nan 0.710 1.601 0.490 0.113 0.074 1.110 0.182 0.403 0.414 0.867 0.967 0.107 0.039 0.177 0.254 1.561 0.208 0.650 0.272 0.397 0.088 0.163 0.171 0.765 0.636 0.522 0.270 2.085 0.520 0.477 1.297 4.080 0.957 0.739 0.632 0.173 0.672 0.150 0.593 0.126 0.984 0.281 0.138 0.808 0.831 1.069 1.071 1.333 1.025 0.437 1.173 0.254 0.555 0.995 0.765 0.404 1.077 0.062 0.859 0.202 0.689 0.064 0.171 0.276 0.014 0.002 0.428 0.269 0.796 1.339 0.223 0.241 0.235 0.101 0.595 0.597 2.646 3.337 0.399 0.780 0.451 0.334 0.151 0.337 1.017 0.928 0.533 0.882 0.463 0.630 3543 chr14 51669936 51686718 + 0 NA Intergenic Intergenic -28559 NM_030755 81542 Hs.125221 NM_030755 ENSG00000139921 TMX1 PDIA11|TMX|TXNDC|TXNDC1 thioredoxin related transmembrane protein 1 protein-coding nan nan 2.643 0.056 4.094 3.317 0.047 0.298 0.771 0.023 0.050 0.072 0.011 0.855 0.722 0.213 0.243 0.095 0.158 0.011 0.048 1.287 0.771 1.918 0.058 0.017 0.013 0.101 0.120 0.215 0.144 1.371 0.061 0.134 0.839 0.058 0.095 0.029 0.137 0.049 0.039 0.023 0.046 0.037 0.069 0.105 0.119 0.038 0.094 0.929 0.213 0.085 0.061 1.918 0.045 0.064 0.083 0.044 2.262 0.075 0.029 0.641 0.018 0.017 0.015 0.316 0.268 0.192 0.307 3.850 5.081 1.733 0.460 0.400 0.365 1.084 1.340 5.060 3.851 4.256 4.175 0.119 0.274 2.403 3.194 0.503 1.984 nan 1.998 5570 chr19 17436501 17449328 + 0 NA intron (NM_020959, intron 5 of 17) AluSc|SINE|Alu 2724 NM_020959 57719 Hs.590990 NM_020959 ENSG00000074855 ANO8 KIAA1623|TMEM16H anoctamin 8 protein-coding 2.532 1.439 3.377 1.119 1.371 1.386 1.650 0.688 1.373 0.758 1.480 0.759 0.779 0.921 1.140 1.333 0.572 0.205 2.971 0.880 1.048 0.492 0.721 0.475 1.668 0.982 0.876 0.900 1.844 0.658 2.021 nan 1.354 2.681 0.607 0.748 0.369 1.564 0.099 0.638 0.610 2.017 1.506 0.894 1.022 1.090 2.360 0.585 1.472 2.011 1.911 1.400 1.333 2.877 1.386 1.668 0.630 0.984 0.760 3.810 1.473 1.692 0.485 1.254 0.949 0.388 0.174 1.770 2.407 1.678 2.412 2.532 1.999 4.910 1.375 1.322 1.247 1.515 2.277 2.561 3.725 2.622 2.630 0.786 0.991 1.813 1.361 2.490 3.476 1.943 0.913 6972 chr20 36837357 36850429 + 0 NA intron (NM_001029864, intron 13 of 13) L2b|LINE|L2 -44684 NR_104170 149684 Hs.628250 NR_104170 ENSG00000285347 LOC149684 - uncharacterized LOC149684 ncRNA 0.902 1.109 0.601 1.427 0.114 0.116 1.000 0.098 0.221 0.740 1.061 1.349 0.005 0.031 0.116 0.234 0.125 0.112 0.559 0.883 1.010 0.042 0.071 0.071 0.101 0.343 0.146 0.782 0.411 0.985 0.156 nan 0.202 0.506 0.943 0.074 0.022 0.117 0.090 0.533 0.067 5.360 1.289 0.704 1.885 0.253 0.581 8.959 0.486 0.611 0.084 0.544 0.234 0.342 0.245 0.101 0.366 0.058 0.111 1.260 0.023 1.121 0.045 0.180 3.198 4.469 4.166 0.948 1.128 0.234 0.171 0.276 nan 0.548 0.170 0.450 0.360 0.210 0.388 0.273 0.359 0.936 0.562 0.436 0.360 0.042 0.027 0.399 nan 0.243 0.275 4318 chr16 30188487 30222191 + 0 NA promoter-TSS (NR_037608).2 promoter-TSS (NR_037608).2 175 NM_001014999 548593 Hs.729791 NM_001014999 ENSG00000132207 SLX1A GIYD1 SLX1 homolog A, structure-specific endonuclease subunit protein-coding 1.473 1.068 1.549 3.532 1.451 1.181 1.509 0.538 0.916 2.241 1.553 0.532 1.895 2.124 1.006 0.937 0.913 0.201 2.054 0.949 0.601 0.317 0.367 0.235 1.492 1.751 2.222 0.709 1.837 0.354 0.929 2.083 1.123 3.843 0.712 1.604 0.326 0.706 0.109 0.266 0.377 1.575 0.561 0.396 2.026 1.837 3.531 0.867 2.406 1.787 1.064 3.889 0.937 2.527 1.173 1.492 1.201 2.657 0.393 1.659 1.056 1.194 0.179 0.451 0.460 0.284 0.167 1.377 1.477 1.100 1.696 1.478 1.262 2.758 0.912 1.260 1.215 1.028 1.610 3.603 4.399 1.670 1.600 0.523 0.736 1.069 1.116 0.986 1.779 0.707 0.537 9150 chr5 123790953 123801344 + 0 NA Intergenic Intergenic -21935 NR_125774 103724389 Hs.582211 NR_125774 LINC01170 - long intergenic non-protein coding RNA 1170 ncRNA nan 1.165 0.900 0.138 2.140 0.621 0.111 2.020 3.568 0.009 0.127 0.320 0.012 0.068 1.063 0.911 0.302 0.047 0.101 0.018 0.012 0.040 1.279 0.496 1.235 0.061 0.014 0.021 0.059 0.020 0.055 0.242 0.108 1.323 0.054 0.119 0.650 0.181 0.088 0.046 1.153 0.053 0.021 0.008 0.074 0.066 0.112 0.088 0.084 0.048 0.010 0.093 0.911 0.041 0.063 1.235 0.055 0.063 0.019 0.017 0.096 0.023 0.098 0.274 0.078 0.039 0.015 0.335 0.294 1.496 nan 2.962 2.997 7.092 3.243 0.168 0.232 1.029 1.316 1.074 1.026 0.530 0.336 0.107 0.312 2.364 2.471 0.336 0.924 1.399 0.886 5207 chr18 23984111 23998141 + 0 NA Intergenic MLT1H1|LTR|ERVL-MaLR -11833 NR_110762 100506787 Hs.734746 NR_110762 LINC01543 - long intergenic non-protein coding RNA 1543 ncRNA 0.759 0.938 0.706 0.113 0.149 0.024 0.126 0.138 0.384 0.048 0.176 0.601 0.013 0.061 0.051 0.439 0.090 0.093 0.038 0.027 0.014 0.010 0.089 0.137 0.094 0.079 0.031 0.042 0.059 0.023 0.058 0.361 0.208 0.577 0.010 0.142 0.040 0.062 0.075 0.008 0.017 0.107 0.018 0.039 0.047 0.022 0.233 0.154 0.371 0.066 0.034 0.292 0.439 0.041 0.002 0.094 0.122 0.077 0.152 0.274 0.007 0.061 1.308 0.095 0.054 0.016 0.014 1.843 1.635 6.013 nan 0.481 0.695 0.293 0.147 3.332 3.664 0.228 0.226 0.268 0.376 0.316 0.174 1.427 1.958 0.159 0.227 0.291 0.591 1.677 1.196 7645 chr3 65835905 65870290 + 0 NA intron (NM_001033057, intron 1 of 22) intron (NM_001033057, intron 1 of 22) -26394 NR_046575 100873983 Hs.663889 NR_046575 ENSG00000240175 MAGI1-AS1 - MAGI1 antisense RNA 1 ncRNA 0.777 nan 0.712 0.104 1.729 0.011 0.146 0.275 0.493 0.044 0.075 0.218 0.059 0.375 0.098 0.194 0.089 0.037 0.185 0.033 0.044 0.008 0.437 0.142 0.460 0.024 0.033 0.041 0.103 0.022 0.156 1.051 0.129 0.738 0.030 0.075 0.061 0.057 0.068 0.034 0.195 0.134 0.046 0.036 0.032 0.031 0.237 0.115 0.162 0.071 0.297 0.178 0.194 0.156 0.097 0.460 0.053 0.126 0.083 0.061 1.107 0.069 0.095 0.295 0.027 0.015 0.021 0.290 0.259 0.238 0.393 0.534 0.503 1.509 0.399 0.153 0.135 0.082 0.175 3.015 2.511 0.684 0.557 0.180 0.260 0.431 0.515 0.413 nan 0.670 0.534 5323 chr18 47247604 47253528 + 0 NA Intergenic Intergenic 89685 NM_006111 10449 Hs.200136 NM_006111 ENSG00000167315 ACAA2 DSAEC acetyl-CoA acyltransferase 2 protein-coding nan 0.825 0.697 0.376 0.111 0.126 1.233 0.243 0.388 0.030 0.080 6.146 0.021 0.085 0.135 4.009 1.295 0.300 0.196 0.064 0.011 0.047 0.052 0.115 0.080 0.328 0.109 0.049 0.269 1.487 0.122 0.473 0.094 0.377 0.049 4.516 0.026 0.036 0.050 0.914 0.063 0.182 0.157 0.079 0.110 0.884 0.700 0.124 0.216 0.168 0.027 1.590 4.009 0.084 0.039 0.080 0.082 0.041 0.083 0.291 0.035 3.695 0.044 0.104 0.783 0.253 0.104 1.281 0.718 9.849 11.445 0.575 0.550 1.288 0.377 1.073 1.246 0.890 1.061 0.201 0.330 0.313 0.144 0.846 0.500 0.093 0.136 0.199 nan 0.771 0.795 10250 chr7 26408902 26430360 + 0 NA intron (NR_136272, intron 1 of 1) intron (NR_136272, intron 1 of 1) -3310 NR_136270 105375304 Hs.735352 NR_136270 ENSG00000225792 LOC105375304 - uncharacterized LOC105375304 ncRNA 4.295 1.448 4.587 0.839 3.634 1.708 0.063 1.098 1.879 0.031 0.102 0.030 0.029 1.011 1.513 1.269 0.084 0.105 0.084 0.009 0.012 1.021 1.623 1.128 0.488 0.281 0.174 0.034 0.417 0.029 0.256 0.538 0.281 1.048 0.034 0.115 0.830 0.424 0.190 0.094 0.652 0.189 0.051 0.040 0.122 0.064 0.822 0.139 0.193 0.116 0.183 0.078 1.269 0.030 0.136 0.488 0.142 0.104 0.347 0.179 0.420 0.092 1.031 0.477 0.025 0.043 0.002 4.458 4.588 2.016 nan 2.649 2.488 4.001 1.414 1.898 1.843 1.882 2.438 5.156 4.956 1.204 1.127 1.512 2.732 3.656 3.752 1.173 nan 1.645 1.059 9402 chr6 3910057 3927686 + 0 NA Intergenic MER4D1|LTR|ERV1 69271 NM_012135 26240 Hs.140944 NM_012135 ENSG00000145945 FAM50B D6S2654E|X5L family with sequence similarity 50 member B protein-coding 1.075 1.119 1.710 0.751 0.887 0.051 0.647 0.169 0.391 1.011 1.274 2.462 0.038 0.097 0.826 0.784 3.323 0.390 0.776 0.333 1.090 0.022 0.403 0.150 0.507 3.555 3.088 0.090 1.598 1.322 0.745 1.580 2.364 0.679 0.757 0.878 0.146 0.037 0.128 0.448 0.174 6.574 0.315 0.168 1.157 1.669 0.699 1.522 0.943 0.220 3.989 0.309 0.784 1.399 1.793 0.507 0.207 1.778 0.699 0.624 0.103 2.278 0.217 0.069 0.517 0.438 0.367 0.552 0.586 1.024 2.576 0.580 0.602 0.814 0.160 0.332 0.312 0.473 0.755 0.548 0.485 0.734 0.622 0.376 0.505 1.200 2.194 0.155 0.232 1.161 0.663 645 chr1 144906812 144910168 + 0 NA intron (NM_001002812, intron 17 of 22) intron (NM_001002812, intron 17 of 22) 23542 NM_001350520 9659 Hs.584841 NM_014644 ENSG00000178104 PDE4DIP CMYA2|MMGL phosphodiesterase 4D interacting protein protein-coding 2.023 2.141 1.743 6.549 0.238 0.034 1.977 0.291 0.634 0.341 6.033 4.789 0.019 0.180 0.239 0.235 1.362 0.253 3.094 4.450 0.326 0.041 0.188 0.312 0.142 0.803 0.692 0.937 1.687 4.638 0.492 0.420 0.268 1.195 1.243 0.342 0.385 0.217 5.819 0.024 14.362 15.411 6.148 5.460 1.105 0.704 12.842 0.049 1.504 0.070 0.216 0.235 0.557 0.608 0.142 0.182 0.143 1.607 0.121 1.454 0.172 0.229 7.346 2.830 1.693 0.880 0.561 0.728 1.349 0.749 0.839 0.949 0.289 0.638 0.669 1.069 1.248 0.898 0.782 0.625 0.352 1.001 1.075 0.150 0.202 0.771 1.341 1.049 0.758 11796 chr9 130965331 130981056 + 0 NA intron (NM_001005336, intron 1 of 22) intron (NM_001005336, intron 1 of 22) -6531 NM_001131015 25792 Hs.212395 NM_012127 ENSG00000148337 CIZ1 LSFR1|NP94|ZNF356 CDKN1A interacting zinc finger protein 1 protein-coding nan 1.029 1.058 0.401 1.024 0.466 0.537 0.378 0.684 0.133 1.438 0.569 0.038 0.248 0.544 1.026 0.247 0.123 0.812 0.338 0.176 0.044 0.200 0.174 0.917 0.651 0.488 0.277 0.396 0.147 0.411 1.310 0.106 1.433 0.182 0.477 0.055 0.462 0.076 0.128 0.247 0.314 0.208 0.176 0.083 0.073 0.401 0.137 5.055 0.912 1.569 1.378 1.026 0.509 0.171 0.917 0.145 0.391 0.783 0.545 0.647 0.300 0.201 0.572 0.560 0.051 0.042 0.712 0.965 0.694 1.512 1.830 1.806 nan 0.344 1.520 1.489 0.653 1.110 1.486 2.337 3.186 3.061 0.494 0.846 0.376 0.449 1.438 1.760 0.936 0.632 2566 chr12 27088452 27095708 + 0 NA promoter-TSS (NM_018164) promoter-TSS (NM_018164) 775 NM_001171887 26127 Hs.591162 NM_015633 ENSG00000111790 FGFR1OP2 HSPC123-like|WIT3.0 FGFR1 oncogene partner 2 protein-coding nan nan nan 2.860 4.485 1.273 2.859 1.082 2.200 0.735 3.299 2.653 0.222 1.277 1.644 1.459 1.261 0.089 3.773 1.247 1.081 0.670 1.727 0.905 2.702 1.663 1.713 1.042 2.945 1.016 2.278 3.146 2.359 4.941 1.037 1.491 0.301 2.331 0.196 8.009 1.753 1.610 1.752 0.826 1.877 1.564 2.449 4.082 2.533 2.662 0.966 1.020 1.459 4.167 2.219 2.702 0.717 1.105 0.590 3.454 1.778 1.338 1.116 1.413 4.434 1.349 0.861 1.841 2.152 4.585 6.400 6.414 6.100 5.465 3.236 11.046 11.558 2.967 3.249 3.704 6.022 4.472 4.362 2.486 4.509 1.391 1.732 5.541 5.959 1.544 0.882 11913 chrX 11070476 11099792 + 0 NA Intergenic L1ME3C|LINE|L1 -44272 NM_001122608 3052 Hs.211571 NM_005333 ENSG00000004961 HCCS CCHL|LSDMCA1|MCOPS7|MLS holocytochrome c synthase protein-coding 0.622 nan 0.569 0.074 0.071 0.045 0.017 0.055 0.155 0.072 0.061 0.576 0.701 0.017 0.063 0.057 1.360 0.082 0.102 0.033 0.032 0.019 0.044 0.131 0.041 0.047 0.027 0.023 0.042 0.018 0.027 0.030 0.131 0.254 0.015 0.038 0.010 0.081 0.072 0.016 0.060 0.075 0.014 0.027 0.019 0.024 0.059 0.064 0.047 0.072 0.008 0.032 0.057 0.117 0.019 0.041 0.004 0.043 0.003 0.010 0.021 0.038 0.044 0.168 0.015 0.018 0.014 0.087 0.095 1.798 3.987 0.225 0.250 0.198 0.088 0.311 0.290 0.519 0.797 0.229 0.228 0.355 0.172 0.144 0.215 0.040 0.061 0.264 0.488 0.332 0.309 10704 chr7 139608445 139620025 + 0 NA intron (NM_001061, intron 4 of 12) intron (NM_001061, intron 4 of 12) 85283 NM_001061 6916 Hs.520757 NM_001061 ENSG00000059377 TBXAS1 BDPLT14|CYP5|CYP5A1|GHOSAL|THAS|TS|TXAS|TXS thromboxane A synthase 1 protein-coding nan nan nan 0.677 0.100 0.138 2.214 0.138 0.248 0.057 1.397 5.486 0.005 0.037 0.084 0.374 0.334 0.140 0.668 0.523 0.845 0.059 0.110 0.194 0.169 2.539 2.220 0.064 0.351 0.410 0.561 2.210 0.681 0.296 0.931 9.912 0.058 0.075 0.166 1.223 0.102 1.248 0.338 0.141 0.723 0.516 2.271 4.345 0.783 0.818 1.201 2.629 0.374 0.363 3.292 0.169 1.002 0.381 0.059 0.269 0.096 1.244 0.077 0.182 1.170 0.254 0.235 0.473 0.222 0.318 0.505 0.348 0.414 nan 0.171 0.869 0.995 0.181 nan 0.309 0.285 nan 0.221 0.213 0.337 0.457 0.424 0.323 0.757 1.348 nan 9789 chr6 85343340 85367474 + 0 NA Intergenic L4|LINE|RTE -43769 NR_125877 102724201 Hs.667523 NR_125875 ENSG00000228290 TBX18-AS1 - TBX18 antisense RNA 1 ncRNA 0.817 0.736 nan 0.511 0.195 0.035 0.118 0.152 0.267 0.004 0.236 2.541 0.033 0.037 0.026 0.264 0.354 0.104 0.454 0.330 0.089 0.011 0.131 0.149 0.134 0.597 0.341 0.079 0.485 0.310 0.211 0.710 0.459 0.216 0.327 0.042 0.016 0.049 0.101 0.411 0.023 0.737 0.410 0.273 0.441 0.028 0.333 0.268 0.168 0.288 0.089 0.075 0.264 0.157 0.023 0.134 0.385 0.038 0.004 0.116 0.168 0.039 0.041 0.184 0.408 0.060 0.022 0.349 0.189 0.237 0.386 0.197 0.299 0.260 0.113 0.231 0.281 0.254 0.474 0.157 0.192 0.286 0.126 0.126 0.174 0.071 0.095 0.403 1.073 0.249 0.299 6406 chr2 145106922 145144362 + 0 NA Intergenic MLT1L|LTR|ERVL-MaLR -35006 NM_001354360 79712 Hs.44780 NM_024659 ENSG00000121964 GTDC1 Hmat-Xa|mat-Xa glycosyltransferase like domain containing 1 protein-coding 1.145 nan 1.563 0.329 0.099 0.043 0.231 0.136 0.301 0.046 0.235 0.240 0.046 0.026 0.038 0.194 0.344 0.069 0.419 0.253 0.064 0.037 0.130 0.120 0.153 0.079 0.029 0.140 0.122 0.200 0.122 0.320 0.146 0.312 0.157 0.193 0.013 0.073 0.095 0.050 0.049 0.308 0.322 0.192 0.303 0.123 0.190 0.486 0.224 0.228 0.023 0.081 0.194 0.196 0.089 0.153 0.039 0.122 0.135 0.075 0.034 0.074 0.087 0.145 0.154 0.043 0.024 0.310 0.276 2.397 2.670 0.279 0.327 0.135 0.077 0.243 0.277 0.981 1.435 0.326 0.345 0.622 0.354 0.144 0.327 0.042 0.046 0.419 0.621 0.337 0.372 1176 chr1 228346520 228354986 + 0 NA Intergenic Intergenic 1796 NR_103539 574432 Hs.568467 NR_103539 ENSG00000203684 IBA57-DT C1orf148|IBA57-AS1 IBA57 divergent transcript ncRNA 4.067 nan 4.252 3.248 2.809 1.310 0.925 1.493 3.180 0.525 1.620 0.818 0.916 0.485 1.271 3.017 1.079 0.094 1.095 0.270 1.301 1.058 1.030 0.660 1.642 1.188 1.448 1.239 1.258 0.489 1.729 2.952 1.457 3.818 0.257 1.498 0.405 1.218 0.083 0.352 1.199 1.991 1.531 0.616 0.773 0.753 1.219 1.417 1.599 1.543 1.087 0.983 3.017 3.004 0.851 1.642 0.766 0.946 0.469 2.259 1.278 1.173 0.242 4.222 0.582 0.728 0.620 3.146 3.107 3.907 6.183 5.085 nan 2.976 2.430 6.503 7.164 1.686 1.939 3.128 5.044 5.434 6.179 1.149 1.559 2.149 2.399 5.081 11.371 2.042 1.237 9057 chr5 90666124 90682794 + 0 NA intron (NR_138072, intron 2 of 7) intron (NR_138072, intron 2 of 7) 1655 NM_001329670 57561 Hs.24684 NM_020801 ENSG00000113369 ARRDC3 TLIMP arrestin domain containing 3 protein-coding nan 6.006 2.870 2.140 2.929 2.149 1.723 3.515 6.827 1.944 4.431 1.377 2.637 0.743 3.816 2.422 1.493 0.193 2.042 0.886 2.303 0.607 1.356 0.762 1.973 1.801 0.334 3.303 1.790 4.104 4.055 3.382 9.602 1.184 3.201 1.367 2.895 0.133 1.277 1.723 1.864 1.707 0.876 2.483 1.603 3.647 1.067 1.275 1.675 2.267 2.087 2.422 1.907 3.808 1.360 1.075 0.455 1.173 1.697 1.749 1.984 1.586 1.744 1.855 1.547 3.674 4.624 5.540 7.368 8.223 5.099 4.823 2.295 6.049 6.096 4.644 5.115 4.588 9.232 9.159 12.105 2.020 3.736 8.867 7.577 6.182 nan 1.904 1.046 1039 chr1 203763953 203766241 + 0 NA intron (NM_001350264, intron 1 of 17) CpG 432 NM_001350264 9877 Hs.532399 NM_014827 ENSG00000058673 ZC3H11A ZC3HDC11A zinc finger CCCH-type containing 11A protein-coding 7.057 4.341 9.080 4.511 4.657 3.387 4.639 4.413 6.699 2.493 6.529 5.394 3.608 2.591 5.444 5.391 7.100 0.268 5.020 1.283 7.786 3.271 4.318 1.617 6.139 4.029 4.894 3.903 5.130 3.817 5.974 8.259 5.818 11.990 1.579 8.010 1.167 6.841 0.223 1.929 2.966 6.334 8.927 2.914 6.306 2.157 4.495 7.002 5.772 4.048 4.495 4.622 5.391 6.311 3.564 6.139 3.819 2.125 1.460 5.343 3.948 2.307 1.074 2.494 3.760 2.969 1.481 6.529 6.712 19.713 22.781 9.872 9.762 7.122 4.505 nan 30.035 6.226 6.911 9.618 15.406 7.300 5.955 2.599 4.511 7.323 8.113 8.005 8.290 3.089 1.738 2881 chr12 96877764 96897301 + 0 NA intron (NM_001306084, intron 1 of 67) AluSx|SINE|Alu 4183 NM_001306084 144535 Hs.382121 NM_198520 ENSG00000188596 CFAP54 C12orf55|C12orf63 cilia and flagella associated protein 54 protein-coding 0.995 1.018 0.823 0.379 0.461 0.057 2.154 0.197 0.380 0.210 1.042 2.242 0.057 0.036 0.144 0.414 0.433 0.224 0.389 0.302 0.199 0.080 0.193 0.192 0.294 1.480 0.724 0.170 0.584 1.631 0.268 0.871 0.377 nan 1.102 2.572 0.069 0.117 0.109 0.595 0.037 0.523 0.667 0.464 0.794 0.401 1.349 2.953 0.386 0.655 0.208 1.159 0.414 0.389 0.874 0.294 1.172 0.204 0.099 0.812 0.198 0.641 0.050 0.083 0.680 0.269 0.370 0.350 0.294 0.595 1.039 0.857 0.875 1.240 0.570 0.605 0.598 0.545 nan 0.840 nan 0.600 0.362 0.255 0.312 0.652 0.663 0.579 0.474 1.013 0.950 28 chr1 2062258 2072482 + 0 NA intron (NM_001033582, intron 2 of 14) intron (NM_001033582, intron 2 of 14) 31215 NM_001033582 5590 Hs.496255 NM_002744 ENSG00000067606 PRKCZ PKC-ZETA|PKC2 protein kinase C zeta protein-coding 1.103 nan 1.005 0.322 0.472 3.759 0.852 0.187 0.346 1.076 0.313 0.116 3.419 0.359 1.794 0.155 0.051 0.079 1.163 0.340 0.223 0.123 0.092 0.089 0.082 0.219 0.225 0.394 0.106 0.280 0.460 nan 0.416 0.828 0.454 0.111 0.028 0.306 0.126 0.243 0.106 1.187 1.059 0.419 0.605 0.436 0.665 0.445 0.247 0.956 0.054 0.175 0.155 4.796 0.751 0.082 0.060 0.996 0.047 1.422 0.347 0.431 0.542 0.085 0.380 0.538 0.340 0.567 0.920 0.905 2.117 1.235 1.103 0.889 0.209 0.683 0.697 0.232 nan nan 1.044 nan 0.585 0.995 1.388 0.243 0.394 0.384 0.730 0.811 0.464 4723 chr17 36097650 36107025 + 0 NA intron (NM_000458, intron 1 of 8) CpG 2732 NM_001304286 6928 Hs.191144 NM_000458 ENSG00000275410 HNF1B FJHN|HNF-1-beta|HNF-1B|HNF1beta|HNF2|HPC11|LF-B3|LFB3|MODY5|TCF-2|TCF2|VHNF1 HNF1 homeobox B protein-coding nan 0.791 0.447 16.864 0.141 0.118 0.271 0.099 0.284 0.025 0.092 0.010 0.026 1.303 0.087 0.089 0.080 0.034 0.080 0.060 6.923 0.029 0.084 0.157 0.077 3.972 5.323 0.086 2.802 2.643 0.138 0.156 4.479 0.669 0.046 0.107 0.041 0.105 0.071 1.787 0.067 0.171 0.225 0.136 5.448 2.184 0.075 0.202 7.498 0.054 4.173 4.745 0.089 0.136 0.077 0.822 0.637 0.011 0.206 0.033 0.063 0.065 0.024 1.532 1.189 0.356 0.149 0.137 0.245 nan 0.370 0.123 0.098 13.583 12.874 0.120 0.169 0.270 0.352 nan 0.361 0.271 0.319 0.073 0.107 0.251 0.431 0.321 0.328 10283 chr7 30917904 30962040 + 0 NA Intergenic Intergenic -11337 NM_001329872 358 Hs.76152 NM_000385 ENSG00000240583 AQP1 AQP-CHIP|CHIP28|CO aquaporin 1 (Colton blood group) protein-coding 1.591 0.835 2.109 0.283 0.198 1.063 0.961 0.174 0.268 0.045 0.258 0.553 0.016 0.036 0.187 0.347 0.121 0.062 0.184 0.183 0.059 0.031 0.104 0.109 0.777 0.595 0.287 0.080 0.367 0.183 0.247 1.921 0.750 3.121 0.442 0.107 0.041 0.084 0.127 0.456 0.097 0.344 0.065 0.037 0.055 0.162 0.274 0.224 0.190 0.112 0.368 1.303 0.347 0.366 0.203 0.777 0.238 0.115 0.248 0.190 0.081 0.565 0.197 0.330 0.342 0.046 0.013 0.799 1.261 0.651 3.020 0.544 nan 0.509 0.198 0.911 0.979 0.460 nan nan nan 0.527 0.548 0.515 0.638 0.183 0.317 0.495 nan 0.459 0.491 2087 chr11 72712681 72721695 + 0 NA intron (NM_014824, intron 4 of 19) AluJr|SINE|Alu 126223 NR_039664 nan 0.820 0.756 0.149 0.175 0.024 0.069 0.138 0.192 0.052 0.120 0.106 0.034 0.066 0.069 0.085 0.116 0.108 0.154 0.022 0.049 0.015 0.053 0.154 0.089 0.031 0.008 0.025 0.045 0.046 0.062 nan 0.063 0.396 0.081 0.067 0.107 0.096 0.121 0.040 0.154 0.061 0.047 0.026 0.024 0.034 0.086 0.231 0.154 0.030 0.232 0.156 0.085 0.032 0.071 0.089 0.013 0.082 0.170 0.069 0.077 0.069 0.055 0.124 0.026 0.019 0.005 2.378 1.563 5.453 0.866 0.448 0.526 0.318 0.114 2.650 3.016 0.557 0.860 0.345 0.434 0.316 0.234 0.229 0.385 0.403 0.463 0.236 0.479 0.427 0.426 3474 chr14 34628783 34654680 + 0 NA Intergenic Intergenic -221447 NM_022073 112399 Hs.135507 NM_022073 ENSG00000129521 EGLN3 HIFP4H3|HIFPH3|PHD3 egl-9 family hypoxia inducible factor 3 protein-coding 1.368 0.884 0.745 0.156 1.584 0.822 0.080 0.192 0.439 0.022 0.051 0.060 0.237 0.540 0.452 0.306 0.153 0.087 0.129 0.022 0.017 0.032 0.254 0.149 0.647 0.029 0.017 0.029 0.110 0.021 1.759 9.011 0.737 0.674 0.062 0.073 0.018 0.042 0.103 0.009 0.095 0.117 0.033 0.021 0.030 0.059 0.134 0.132 0.113 0.025 0.028 0.258 0.306 0.075 0.068 0.647 0.075 0.378 0.322 0.047 0.090 0.043 0.088 0.106 0.086 0.011 0.012 0.241 0.203 0.240 0.507 0.542 0.630 0.404 0.155 0.348 0.435 0.269 0.421 2.463 1.607 1.099 0.595 0.226 0.379 0.132 0.141 0.227 0.382 1.078 0.778 10223 chr7 22350618 22418386 + 0 NA intron (NM_012294, intron 1 of 25) intron (NM_012294, intron 1 of 25) 12031 NM_012294 9771 Hs.174768 NM_012294 ENSG00000136237 RAPGEF5 GFR|MR-GEF|REPAC Rap guanine nucleotide exchange factor 5 protein-coding 1.456 1.605 1.573 0.460 0.854 0.137 0.127 0.294 0.593 0.041 0.117 0.139 0.015 0.749 0.640 0.442 0.149 0.104 0.148 0.064 0.032 0.020 0.530 0.300 1.875 0.139 0.052 0.018 0.229 0.065 0.685 2.337 1.305 2.443 0.032 0.142 0.112 0.056 0.154 0.026 0.269 0.141 0.043 0.030 0.139 0.146 0.236 0.180 0.074 0.123 0.361 0.334 0.442 0.073 0.205 1.875 0.096 0.266 0.279 0.147 0.188 0.070 1.420 0.708 0.028 0.035 0.019 2.854 2.455 3.129 nan 1.068 1.132 1.755 0.514 1.466 1.492 1.418 1.792 2.287 2.659 0.963 0.897 1.379 2.136 0.570 0.673 0.935 nan 1.319 0.815 9687 chr6 47060182 47086390 + 0 NA Intergenic Intergenic -63187 NM_153840 266977 Hs.733762 NM_025048 ENSG00000153292 ADGRF1 GPR110|KPG_012|PGR19|hGPCR36 adhesion G protein-coupled receptor F1 protein-coding 1.006 0.911 0.797 1.524 0.210 0.028 1.316 0.207 0.416 0.294 0.203 0.551 0.170 0.026 0.078 0.495 0.425 0.159 0.856 0.768 0.065 0.037 0.149 0.098 0.089 1.157 0.519 0.037 0.524 1.277 0.227 1.721 0.789 0.320 0.376 0.050 0.029 0.058 0.104 0.247 0.061 0.924 0.097 0.095 1.074 0.592 3.064 1.749 0.547 0.187 0.129 0.515 0.495 0.768 0.512 0.089 0.326 0.696 0.011 0.536 0.147 0.177 0.080 0.165 0.315 0.037 0.012 0.564 0.386 1.127 1.771 0.295 0.303 0.654 0.243 0.460 0.447 0.131 0.257 0.421 nan 0.307 0.152 0.249 0.285 0.148 0.300 0.343 0.803 0.680 0.656 3320 chr13 106746860 106760620 + 0 NA Intergenic Intergenic -275171 NR_034119 728192 Hs.559194 NR_034119 LINC00460 - long intergenic non-protein coding RNA 460 ncRNA 0.712 0.838 0.533 0.723 0.064 0.037 4.397 0.059 0.269 0.007 0.687 2.511 0.584 0.102 0.065 0.825 0.082 0.086 7.972 7.383 0.027 0.050 0.034 0.055 0.119 3.313 2.534 0.011 0.614 2.504 2.457 6.111 0.660 0.321 2.263 0.043 0.041 0.071 0.073 1.364 0.217 1.079 0.286 0.165 3.760 2.100 1.437 0.321 0.603 0.102 0.011 0.815 0.825 3.247 0.041 0.119 1.373 0.789 0.063 0.126 0.277 0.841 0.036 0.091 3.157 0.088 0.078 0.722 0.546 0.315 0.789 0.329 0.431 0.174 0.127 0.200 0.184 0.263 nan 0.386 0.391 0.338 0.134 0.239 0.309 0.101 0.096 0.305 nan 0.111 0.184 10900 chr8 37389759 37405677 + 0 NA Intergenic Intergenic -18814 NR_121621 100507420 Hs.105962 NR_121620 LINC01605 - long intergenic non-protein coding RNA 1605 ncRNA 1.211 1.155 nan 0.682 0.674 1.004 0.560 0.614 1.102 0.018 1.064 2.067 0.023 0.038 0.399 0.376 0.992 0.222 0.074 0.036 0.040 0.070 0.089 0.111 0.422 0.568 0.247 0.051 0.094 0.106 0.747 2.121 0.097 1.214 0.074 0.040 0.395 0.069 0.101 0.305 0.090 1.600 0.242 0.308 0.114 0.034 2.564 5.844 0.292 0.098 0.010 0.193 0.376 0.044 0.035 0.422 0.387 0.062 0.137 0.078 0.485 1.075 0.162 0.259 1.123 1.807 1.579 0.380 0.229 0.281 0.899 0.854 1.026 0.141 0.094 0.122 0.145 0.516 0.643 1.094 0.957 0.634 0.596 0.220 0.370 0.953 0.578 0.389 1.237 0.975 0.891 8332 chr4 40303120 40342879 + 0 NA intron (NR_121640, intron 1 of 2) AluSx|SINE|Alu 4497 NR_121640 101060498 Hs.351492 NR_121640 ENSG00000249241 LINC02265 - long intergenic non-protein coding RNA 2265 ncRNA 1.098 nan nan 0.138 0.778 0.392 0.978 0.917 1.747 0.373 0.778 1.034 0.045 0.377 0.395 4.786 0.875 0.174 0.826 0.585 0.100 0.080 0.595 0.329 0.844 1.070 0.730 0.085 0.379 0.215 1.786 4.799 0.609 1.364 1.019 2.886 0.108 0.403 0.101 0.249 0.695 1.006 0.103 0.078 0.255 0.312 0.632 0.508 0.725 0.364 0.560 0.688 4.786 1.076 0.100 0.844 0.609 0.747 0.042 1.028 0.214 0.405 0.388 0.356 0.163 0.261 0.314 0.782 1.146 1.282 3.140 0.550 0.669 2.885 1.751 0.672 0.691 0.480 0.786 1.105 1.431 0.679 0.410 0.487 0.849 0.747 1.183 0.372 0.931 2.475 1.649 5106 chr18 901429 912097 + 0 NA intron (NM_001099733, intron 2 of 4) CpG 1566 NM_001117 116 Hs.531719 NM_001117 ENSG00000141433 ADCYAP1 PACAP adenylate cyclase activating polypeptide 1 protein-coding 3.912 1.734 1.001 0.054 7.570 9.888 0.036 0.330 0.687 0.017 0.085 0.325 0.023 2.974 1.963 0.477 0.096 0.046 0.150 0.018 0.018 0.039 1.438 0.622 1.102 0.026 0.034 0.059 0.020 0.082 0.083 0.094 20.744 0.014 0.039 0.411 0.133 0.129 0.022 0.650 0.095 0.046 0.022 0.007 0.054 0.140 0.076 0.199 0.073 0.020 0.477 0.103 0.018 1.102 0.124 0.172 0.168 4.997 0.037 0.059 0.011 0.005 0.239 0.126 0.079 0.067 3.942 3.246 nan 2.102 0.248 0.232 1.946 nan 4.425 4.000 nan 0.752 0.082 0.104 2.168 1.954 0.157 nan nan 3.094 8432 chr4 76840977 76848815 + 0 NA intron (NM_001042402, intron 5 of 8) AluSg|SINE|Alu 17270 NM_014435 27163 Hs.437365 NM_014435 ENSG00000138744 NAAA ASAHL|PLT N-acylethanolamine acid amidase protein-coding 0.716 0.591 1.919 0.046 1.579 0.825 0.190 0.226 0.355 0.171 0.058 0.486 1.126 0.163 0.152 0.182 0.148 0.048 0.008 0.999 0.564 0.518 0.038 0.027 0.066 0.069 0.047 0.046 0.195 0.112 0.713 0.019 0.074 1.312 0.069 0.111 0.029 0.051 0.162 0.015 0.020 0.014 0.048 0.061 0.242 0.104 0.183 0.030 0.128 0.163 0.036 0.059 0.518 0.015 0.042 0.137 0.089 1.783 0.081 0.050 0.279 0.020 0.007 1.654 1.637 0.366 0.346 0.665 0.937 9.517 2.838 0.468 0.447 0.646 0.938 6.811 5.410 0.304 0.163 0.133 0.227 3.703 4.627 0.287 0.665 2.535 0.983 2184 chr11 94498429 94510794 + 0 NA intron (NM_001301007, intron 1 of 11) intron (NM_001301007, intron 1 of 11) 3103 NM_130847 154810 Hs.503594 NM_130847 ENSG00000166025 AMOTL1 JEAP angiomotin like 1 protein-coding 1.802 nan 1.558 0.649 1.434 2.469 0.475 1.296 2.027 1.899 0.642 0.440 0.673 0.048 1.406 1.016 0.508 0.026 1.006 0.322 0.630 0.011 1.652 0.750 2.111 0.430 0.129 0.442 0.303 0.417 0.684 1.089 0.760 4.264 0.557 0.262 0.804 0.263 0.122 0.191 1.581 2.679 0.653 0.517 0.107 0.193 5.041 0.565 1.165 0.994 0.490 2.027 1.016 1.516 0.591 2.111 1.261 3.826 0.101 0.975 0.058 0.108 1.184 0.428 0.772 0.242 0.135 3.350 4.103 2.237 nan 4.025 3.563 5.210 2.971 3.832 4.040 2.928 3.519 2.787 3.471 2.058 2.608 1.680 4.322 3.580 4.203 1.491 nan 1.852 1.156 2298 chr11 117524884 117614944 + 0 NA intron (NM_020693, intron 3 of 32) intron (NM_020693, intron 3 of 32) 98062 NM_020693 57453 Hs.659513 NM_020693 ENSG00000177103 DSCAML1 DSCAM2 DS cell adhesion molecule like 1 protein-coding 0.730 1.095 0.821 0.131 0.471 1.679 0.098 0.312 0.611 0.026 0.070 0.046 0.188 0.155 0.208 0.408 0.043 0.029 0.058 0.006 0.061 0.003 0.321 0.213 1.499 0.039 0.025 0.051 0.073 0.084 0.090 0.271 0.082 0.878 0.029 0.046 0.081 0.066 0.093 0.013 0.294 0.200 0.054 0.024 0.076 0.082 0.078 0.249 0.283 0.047 0.039 0.393 0.408 0.053 0.030 1.499 0.071 0.573 0.165 0.063 0.545 0.027 5.514 0.514 0.017 0.017 0.009 1.669 nan 0.298 0.399 0.936 1.050 2.782 0.709 0.435 0.470 0.719 nan 2.470 1.919 0.471 0.326 3.392 5.514 0.426 0.433 0.420 1.124 1.452 0.945 3161 chr13 50982929 50999711 + 0 NA intron (NR_109974, intron 3 of 6) intron (NR_109974, intron 3 of 6) 110265 NR_125753 103689915 Hs.722230 NR_125753 ENSG00000229323 DLEU1-AS1 LINC01308 DLEU1 antisense RNA 1 ncRNA 1.064 nan nan 0.274 0.088 0.205 1.461 0.276 0.359 0.051 0.656 0.958 0.018 0.047 1.599 0.169 0.692 0.029 0.712 0.540 0.027 0.053 0.411 0.236 0.382 0.804 0.492 0.032 0.214 0.516 0.196 0.976 0.207 0.174 0.424 0.086 0.216 0.064 0.084 0.674 0.066 0.971 0.284 0.134 0.430 0.203 0.246 0.383 0.165 0.128 0.258 0.365 0.169 0.335 3.585 0.382 0.204 0.088 0.044 0.129 0.150 0.512 0.060 0.162 0.751 0.142 0.118 0.539 0.425 0.158 0.189 0.428 0.578 nan 0.504 0.162 0.158 1.377 1.555 0.411 0.477 0.417 0.152 0.208 0.396 0.779 0.927 0.379 nan 0.353 0.307 8341 chr4 41200430 41225621 + 0 NA intron (NM_004307, intron 1 of 17) AluSx1|SINE|Alu 3610 NM_001166050 323 Hs.479602 NM_004307 ENSG00000163697 APBB2 FE65L|FE65L1 amyloid beta precursor protein binding family B member 2 protein-coding 1.131 nan nan 0.752 1.181 0.351 2.783 0.452 0.901 0.550 1.437 1.027 1.151 0.412 0.846 0.905 1.177 0.153 0.976 0.565 0.660 0.193 0.636 0.331 0.927 0.962 0.657 1.445 0.955 1.001 1.097 1.690 0.612 1.529 0.546 0.435 0.192 3.216 0.141 0.656 0.926 2.205 1.022 0.605 0.790 0.314 0.748 0.962 0.601 2.345 0.633 0.569 0.905 0.922 3.623 0.927 0.792 0.607 0.116 1.182 0.380 0.608 0.487 0.227 0.532 0.594 0.369 1.885 2.157 2.438 3.181 1.013 0.872 2.792 1.134 0.841 0.875 0.280 0.412 1.240 1.434 0.986 0.782 1.038 1.785 0.738 0.924 0.639 1.241 2.102 1.381 6643 chr2 217397861 217420825 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 45823 NM_000998 6168 Hs.433701 NM_000998 ENSG00000197756 RPL37A L37A ribosomal protein L37a protein-coding nan 2.284 nan 0.097 0.418 0.836 0.638 1.314 2.329 0.184 0.123 0.073 0.016 0.121 0.155 0.592 1.395 0.163 0.150 0.157 0.082 0.030 0.874 0.367 0.528 0.967 0.347 0.074 0.246 0.046 0.943 6.896 1.162 2.229 0.267 0.167 0.179 0.066 0.112 0.216 0.220 0.503 0.045 0.041 0.167 0.217 0.289 0.149 0.270 0.090 0.367 0.614 0.592 0.161 0.275 0.528 0.107 1.197 0.233 1.071 0.401 0.232 0.040 0.156 0.302 0.013 0.016 0.350 0.303 0.440 1.002 0.704 0.693 1.101 0.581 0.248 0.238 0.653 1.235 1.210 nan 0.508 0.452 0.210 0.339 0.631 0.957 0.262 0.553 1.149 0.635 7936 chr3 156188786 156202902 + 0 NA intron (NM_172160, intron 8 of 13) intron (NM_172160, intron 8 of 13) -31119 NR_046618 100874084 Hs.131282 NR_046618 ENSG00000242370 KCNAB1-AS1 - KCNAB1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.018 1.989 0.194 0.116 0.960 0.748 0.233 0.269 0.013 0.183 0.600 0.017 0.014 0.082 0.253 0.358 0.068 0.330 0.130 0.049 0.305 0.189 0.076 0.213 0.098 0.026 0.211 0.073 0.099 0.204 0.115 0.497 0.154 0.034 0.061 0.023 0.099 0.109 0.067 0.092 0.047 0.028 0.229 0.239 0.215 0.274 0.040 0.140 0.321 0.089 0.253 0.134 0.379 0.076 0.026 0.047 0.558 0.070 0.208 0.055 0.057 0.537 0.133 0.024 0.011 0.394 0.285 0.261 0.264 0.428 0.504 0.316 0.175 0.298 0.263 2.981 nan 0.348 0.416 1.619 1.240 0.112 0.216 0.116 0.173 0.571 0.993 0.652 0.506 8113 chr3 185041823 185063773 + 0 NA intron (NM_001242317, intron 2 of 12) L1M5|LINE|L1 -28038 NM_004721 9175 Hs.591306 NM_004721 ENSG00000073803 MAP3K13 LZK|MEKK13|MLK mitogen-activated protein kinase kinase kinase 13 protein-coding 1.330 2.428 0.971 5.694 0.648 0.139 2.034 1.040 2.167 0.437 0.261 0.285 0.347 0.036 0.150 0.288 0.384 0.187 1.775 0.860 0.035 0.006 0.329 0.287 0.529 6.169 4.514 0.070 3.906 1.873 0.950 2.739 2.153 1.065 0.793 4.315 0.191 0.069 0.091 0.110 0.261 0.664 0.126 0.152 5.715 2.492 1.300 0.183 1.169 0.090 0.174 1.515 0.288 1.272 0.612 0.529 0.523 0.602 0.048 0.039 0.041 0.395 0.204 0.246 0.155 0.050 0.041 0.341 0.361 1.023 2.721 0.487 0.621 0.429 0.173 0.363 0.423 0.711 1.091 1.254 1.318 0.637 0.317 0.356 0.416 1.262 1.678 0.483 1.026 1.622 0.996 11426 chr9 5619315 5631079 + 0 NA Intergenic Intergenic -3922 NM_001135920 57589 Hs.211520 NM_020829 ENSG00000107036 RIC1 CIP150|KIAA1432|bA207C16.1 RIC1 homolog, RAB6A GEF complex partner 1 protein-coding 1.829 3.344 3.088 1.718 1.321 1.965 2.782 0.872 1.570 1.495 0.742 0.515 0.575 0.187 0.948 1.705 2.052 0.369 2.430 0.887 0.676 0.622 1.051 0.560 1.294 0.916 0.739 0.993 1.754 0.367 1.200 1.612 0.929 3.814 1.889 0.769 0.406 1.070 0.097 0.691 1.161 0.445 1.077 0.504 2.131 1.261 1.319 0.894 1.606 1.378 1.377 0.673 1.705 1.965 0.692 1.294 0.592 0.330 0.336 0.648 0.615 0.591 0.480 0.298 1.306 0.811 0.547 0.494 0.698 1.786 2.677 2.505 1.962 3.252 0.920 3.000 3.162 2.950 3.566 1.374 1.692 1.969 1.951 0.540 1.342 2.115 1.554 1.201 nan 2.209 1.398 9647 chr6 42182677 42198809 + 0 NA Intergenic Intergenic -5110 NM_018141 55173 Hs.380887 NM_018141 ENSG00000048544 MRPS10 MRP-S10|PNAS-122 mitochondrial ribosomal protein S10 protein-coding 1.795 1.581 1.627 2.712 0.832 0.327 6.054 0.349 0.626 0.963 0.950 1.426 0.408 0.710 0.369 1.200 0.643 0.129 3.592 1.491 1.863 0.180 0.175 0.290 1.344 2.766 2.336 0.225 1.862 1.871 2.453 4.061 2.424 1.095 2.319 1.057 0.479 0.519 0.114 1.222 0.271 1.644 1.049 0.534 1.352 2.217 2.463 5.294 0.994 2.359 1.537 1.344 1.200 3.000 6.307 1.344 0.955 3.564 0.241 0.823 0.302 3.284 0.197 0.298 0.865 4.181 4.184 1.205 0.973 2.529 2.543 0.856 1.083 2.158 0.857 2.000 2.071 0.866 1.399 1.620 nan 1.104 0.853 0.718 1.015 1.613 2.790 0.838 1.652 1.224 0.665 10742 chr7 150775494 150781898 + 0 NA promoter-TSS (NM_006712) promoter-TSS (NM_006712) -726 NM_006712 10922 Hs.647094 NM_006712 ENSG00000164896 FASTK FAST Fas activated serine/threonine kinase protein-coding 4.185 2.246 nan 4.062 3.511 2.075 2.385 1.954 3.049 1.791 4.713 2.898 1.095 3.027 4.646 3.813 2.074 0.313 5.281 1.361 5.164 2.185 3.957 1.810 5.829 2.159 2.451 3.496 4.034 0.725 4.171 6.250 6.927 4.792 1.346 6.868 0.952 5.785 0.102 1.735 1.461 5.397 3.287 1.562 1.957 2.264 4.182 2.317 5.303 7.430 2.703 2.940 3.813 4.786 5.583 5.829 2.184 3.377 2.085 12.479 3.515 2.773 2.136 1.537 1.694 2.693 1.568 3.630 5.057 4.514 6.324 5.187 4.651 3.981 1.461 5.411 5.862 2.775 4.397 3.893 5.082 3.652 3.537 3.169 5.703 3.415 3.504 3.927 5.526 3.558 1.663 10738 chr7 150634587 150641839 + 0 NA Intergenic Intergenic 14704 NM_001204798 3757 Hs.647099 NM_000238 ENSG00000055118 KCNH2 ERG-1|ERG1|H-ERG|HERG|HERG1|Kv11.1|LQT2|SQT1 potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 protein-coding 1.462 1.580 nan 0.086 0.717 4.039 0.524 0.283 0.547 0.047 0.107 0.089 0.035 0.069 7.701 0.296 0.134 0.349 0.443 0.018 0.019 0.556 0.424 0.765 0.398 0.318 0.049 0.121 0.100 0.149 0.386 0.228 2.198 0.121 0.073 0.052 0.075 0.103 0.032 0.057 0.265 0.050 0.032 0.060 0.053 0.066 0.150 0.128 0.055 0.044 0.072 0.296 0.460 0.077 0.765 0.067 0.090 0.616 0.268 0.281 0.551 0.539 1.110 0.242 0.016 0.021 0.982 1.662 0.330 0.273 2.945 2.359 1.165 0.473 0.499 0.506 0.463 0.630 2.212 1.843 0.580 0.526 0.817 0.915 0.628 0.459 0.855 2.440 1.902 1.226 5465 chr19 1016143 1032434 + 0 NA Intergenic Intergenic -1986 NM_201277 1265 Hs.651512 NM_004368 ENSG00000064666 CNN2 - calponin 2 protein-coding 1.353 1.364 2.169 1.883 0.945 0.602 2.108 0.915 2.041 0.709 2.129 1.161 1.700 0.443 1.205 0.930 1.857 0.394 3.474 0.781 3.076 1.959 0.551 0.297 1.184 2.151 2.737 2.395 2.698 0.908 4.711 7.186 4.099 2.123 1.147 1.302 0.241 1.990 0.105 0.972 0.325 4.928 2.412 1.280 3.018 1.011 2.120 2.456 2.422 4.055 1.295 2.322 0.930 4.954 2.667 1.184 1.326 0.310 0.411 6.178 1.207 1.530 0.159 0.189 1.653 1.852 1.053 1.433 1.725 3.036 5.087 1.680 1.812 1.564 1.148 2.729 2.911 1.235 1.861 1.299 nan 2.199 1.888 0.987 1.346 1.806 1.919 0.684 1.069 1.517 0.929 1344 chr10 14346514 14356707 + 0 NA intron (NR_134578, intron 2 of 3) intron (NR_134578, intron 2 of 3) 21273 NR_134578 55691 Hs.330463 NM_018027 ENSG00000151474 FRMD4A CCAFCA|FRMD4|bA295P9.4 FERM domain containing 4A protein-coding nan 1.051 1.314 0.028 0.273 0.014 0.267 0.191 0.029 0.076 0.044 0.012 0.010 0.017 0.139 0.225 0.188 0.021 0.043 0.079 0.128 0.602 0.012 0.007 0.050 0.066 0.010 0.040 0.033 0.041 0.337 0.014 0.047 0.150 0.126 0.012 0.046 0.045 0.024 0.023 0.021 0.015 0.047 0.121 0.056 0.034 0.008 0.039 0.139 0.028 0.036 0.602 0.078 0.010 0.086 0.010 0.008 0.032 0.108 0.053 0.023 0.005 0.768 0.525 0.264 0.304 0.587 0.708 13.767 4.504 0.155 0.244 1.864 2.417 0.971 1.428 0.640 0.780 0.164 0.281 0.463 0.496 0.201 0.350 1.140 0.588 2494 chr12 12931709 12977992 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -11430 NM_016355 51202 Hs.719938 NM_016355 ENSG00000213782 DDX47 E4-DBP|HQ0256|MSTP162|RRP3 DEAD-box helicase 47 protein-coding 1.196 1.112 1.779 3.868 1.817 0.409 1.961 0.304 0.662 0.629 0.427 2.287 0.673 0.239 0.343 0.676 0.267 0.105 1.103 0.560 1.247 0.090 0.356 0.276 0.510 1.945 1.466 0.500 3.688 2.236 2.155 5.095 3.297 1.101 0.688 0.863 0.058 0.278 0.121 0.340 0.231 1.829 0.648 0.312 1.917 1.729 2.688 2.015 1.877 1.264 0.583 2.040 0.676 1.864 2.027 0.510 1.102 3.152 0.065 1.954 0.196 1.106 0.096 0.345 0.513 0.893 0.453 0.425 0.433 0.980 2.029 nan 1.379 1.217 0.406 1.071 1.213 0.810 1.229 0.905 0.957 0.846 0.695 0.393 0.560 0.367 0.685 0.724 1.411 0.763 0.542 11669 chr9 100393637 100398799 + 0 NA promoter-TSS (NM_139246) promoter-TSS (NM_139246) -256 NM_139246 158427 Hs.723236 NM_139246 ENSG00000136925 TSTD2 C9orf97 thiosulfate sulfurtransferase like domain containing 2 protein-coding 6.414 5.285 7.031 2.842 9.328 2.928 4.854 4.107 8.483 1.608 3.220 2.392 1.833 1.299 4.390 5.792 3.162 0.252 5.562 1.692 2.038 1.643 4.168 2.197 6.933 3.497 3.726 2.087 5.286 1.041 6.290 7.409 3.756 14.467 2.668 4.050 1.973 3.757 0.145 1.373 3.407 5.138 4.025 2.142 2.517 2.580 4.170 3.361 3.469 4.294 1.608 2.567 5.792 8.051 2.902 6.933 1.912 2.078 1.736 4.014 3.086 3.388 2.377 1.907 2.278 3.535 2.271 5.406 4.896 9.433 11.956 13.876 10.851 8.313 5.129 11.316 11.135 5.006 5.317 11.118 nan 13.748 14.564 4.637 7.090 11.345 12.316 6.367 6.234 5.887 2.931 3840 chr14 105008368 105034461 + 0 NA Intergenic Intergenic -24607 NM_001286399 400258 Hs.153827 NM_001008404 ENSG00000184601 C14orf180 C14orf77|NRAC chromosome 14 open reading frame 180 protein-coding 1.264 0.615 0.473 0.022 0.067 6.155 0.038 0.086 0.178 0.004 0.072 0.021 0.026 0.031 0.120 0.127 0.074 0.057 0.016 0.060 0.048 0.079 0.123 0.069 0.061 0.048 0.031 0.062 0.021 0.090 0.189 0.074 1.176 0.022 0.134 0.029 0.054 0.078 0.018 0.055 0.085 0.032 0.027 0.017 0.074 0.059 0.126 0.103 0.061 0.009 0.086 0.127 0.058 0.018 0.069 0.051 0.064 0.194 0.213 0.128 0.051 0.593 0.028 0.026 0.018 0.008 0.511 0.662 0.217 0.278 0.977 1.053 0.363 0.136 0.069 0.092 3.908 4.386 0.652 1.069 0.870 0.770 0.941 1.186 0.221 0.208 0.150 0.179 0.921 0.772 7849 chr3 134137281 134169203 + 0 NA Intergenic MER45A|DNA|hAT-Tip100 -3427 NR_039951 100616281 NR_039951 ENSG00000284561 MIR4788 - microRNA 4788 ncRNA 1.402 nan nan 0.382 0.154 0.183 1.547 0.262 0.526 0.085 0.292 0.226 0.012 0.044 0.220 0.140 0.283 0.191 0.276 0.273 0.140 0.013 0.182 0.140 0.985 0.408 0.275 0.529 0.317 0.796 0.179 0.495 0.141 0.417 0.216 0.060 0.024 0.054 0.093 0.336 0.414 1.759 0.869 0.391 0.364 0.339 0.166 0.716 0.184 1.066 0.015 0.279 0.140 0.508 1.063 0.985 0.210 0.180 0.275 0.803 0.165 0.328 0.049 0.831 0.424 0.352 0.244 0.516 0.807 0.212 0.389 5.220 5.590 0.832 0.297 0.348 0.383 0.862 1.303 1.594 1.429 nan 0.930 0.231 0.282 0.082 0.109 1.085 2.886 0.801 0.646 2329 chr11 122502068 122519109 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -15810 NM_032873 84959 Hs.444075 NM_032873 ENSG00000154127 UBASH3B STS-1|STS1|TULA-2|TULA2|p70 ubiquitin associated and SH3 domain containing B protein-coding 0.524 0.840 0.511 0.849 0.082 0.055 0.245 0.151 0.201 0.131 0.406 1.344 0.031 0.029 0.167 0.254 0.093 0.114 0.037 5.397 0.041 0.110 0.174 0.099 1.193 0.663 0.256 0.987 1.042 0.057 0.248 0.070 0.410 0.103 0.287 0.034 0.076 0.161 1.327 0.084 1.224 0.851 0.426 1.228 0.776 1.679 0.181 1.728 0.463 0.922 0.982 0.254 0.079 4.837 0.099 0.258 0.103 0.057 0.928 0.036 0.830 0.058 0.022 1.178 2.035 2.114 0.314 0.182 0.368 0.394 0.370 0.456 0.129 0.078 0.368 0.369 0.647 1.132 0.130 0.170 0.467 0.254 0.295 0.443 0.134 0.125 0.102 nan 0.987 0.668 3338 chr13 110370584 110384578 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -3040 NR_103846 101409253 Hs.578072 NR_103846 ENSG00000234854 LINC00676 - long intergenic non-protein coding RNA 676 ncRNA 0.667 nan 1.130 0.046 0.629 0.122 0.086 0.482 1.361 0.007 0.100 0.059 0.018 1.403 0.560 0.420 0.075 0.034 0.272 0.088 0.013 0.203 0.106 0.402 0.069 0.037 0.031 0.039 0.008 0.161 0.470 0.075 0.938 0.011 0.168 0.048 0.046 0.057 0.026 0.298 0.264 0.026 0.017 0.055 0.027 0.213 0.085 0.723 0.025 0.074 0.259 0.420 0.123 0.013 0.402 0.026 0.233 0.048 0.046 3.457 0.051 0.848 0.035 0.051 0.018 0.014 0.584 0.437 0.751 1.721 0.587 0.616 2.210 0.460 0.107 0.148 0.043 0.051 0.671 0.630 0.413 0.227 1.631 1.968 0.181 0.199 0.274 0.349 0.193 0.139 4437 chr16 70793001 70804348 + 0 NA intron (NM_001351157, intron 9 of 17) MER33|DNA|hAT-Charlie 9711 NR_034083 100130894 Hs.678899 NR_034083 ENSG00000214353 VAC14-AS1 - VAC14 antisense RNA 1 ncRNA 0.772 0.499 nan 0.539 0.162 0.029 2.416 0.127 0.306 0.562 0.906 0.448 0.022 0.459 0.093 0.384 0.250 0.085 2.244 2.071 0.056 0.037 0.125 0.085 0.053 2.184 1.279 0.151 1.243 0.543 0.220 0.755 0.256 0.181 0.768 0.076 0.008 0.029 0.041 1.425 0.129 0.591 0.138 0.158 0.655 0.485 0.504 0.240 1.183 0.222 0.375 0.650 0.384 1.794 2.269 0.053 0.283 0.226 0.043 0.072 0.645 1.188 0.070 0.048 0.678 0.010 0.013 0.324 0.442 0.255 0.415 0.387 0.356 0.392 0.155 0.516 0.424 0.234 0.521 0.264 0.319 0.366 0.213 0.260 0.210 0.085 0.063 0.181 0.387 0.567 0.364 8998 chr5 72136495 72145370 + 0 NA intron (NM_002270, intron 1 of 24) intron (NM_002270, intron 1 of 24) -2998 NM_153188 3842 Hs.482497 NM_002270 ENSG00000083312 TNPO1 IPO2|KPNB2|MIP|MIP1|TRN transportin 1 protein-coding 1.935 nan 1.773 1.672 1.038 0.353 1.457 0.695 1.118 0.581 2.118 4.107 0.660 0.271 0.856 1.665 1.552 0.255 1.425 0.399 6.648 0.748 0.440 0.239 0.850 2.278 1.899 1.011 1.293 0.961 1.322 2.382 1.215 2.006 0.531 12.163 0.472 1.931 0.146 0.531 0.957 1.629 1.860 0.843 0.793 0.502 1.858 0.869 3.773 1.656 1.199 3.642 1.665 1.375 2.486 0.850 4.277 0.830 0.196 1.780 0.777 0.759 0.394 0.487 0.705 0.881 0.517 1.165 1.058 1.787 2.950 1.726 1.723 nan 1.331 1.965 1.880 1.801 nan 1.507 2.731 2.601 2.706 0.644 1.490 1.892 1.922 2.030 2.112 0.749 0.422 6150 chr2 61761990 61767729 + 0 NA 5' UTR (NM_003400, exon 1 of 25) 5' UTR (NM_003400, exon 1 of 25) 559 NM_003400 7514 Hs.370770 NM_003400 ENSG00000082898 XPO1 CRM1|emb|exp1 exportin 1 protein-coding 6.677 2.915 4.470 5.587 5.376 4.574 4.366 3.635 7.723 3.226 4.968 6.153 1.890 1.360 8.455 5.020 3.303 0.361 5.394 2.050 5.481 4.568 5.438 1.699 5.992 3.072 5.093 2.942 5.981 1.549 6.624 10.790 5.204 15.600 2.036 6.529 1.085 7.094 0.165 2.983 3.843 10.188 6.105 2.574 2.265 3.533 4.971 6.949 6.258 4.816 4.263 3.418 5.020 6.659 5.157 5.992 2.666 3.201 2.161 8.508 2.985 3.507 2.966 4.337 3.958 4.177 2.755 5.076 6.797 6.871 9.038 12.592 11.430 8.355 4.999 13.392 14.157 4.358 6.045 10.988 16.019 12.329 13.753 4.740 9.690 5.743 5.021 10.684 11.087 4.840 2.701 8483 chr4 96457219 96482732 + 0 NA exon (NM_003728, exon 1 of 16) exon (NM_003728, exon 1 of 16) 386 NM_003728 8633 Hs.388565 NM_003728 ENSG00000182168 UNC5C UNC5H3 unc-5 netrin receptor C protein-coding 0.672 0.675 0.708 0.141 0.082 0.013 0.126 0.044 0.154 0.193 0.098 0.087 0.007 0.015 0.036 0.259 0.399 0.069 0.145 0.045 0.015 0.062 0.088 0.047 0.068 0.037 0.020 0.074 0.037 0.164 0.344 0.133 0.513 0.078 0.046 0.011 0.166 0.057 0.055 0.109 0.105 0.012 0.006 0.017 0.021 0.015 0.188 0.073 0.249 0.102 0.089 0.259 0.137 0.015 0.047 0.005 0.062 0.004 0.173 0.008 0.037 0.034 1.339 0.092 0.005 0.002 0.442 0.244 0.246 0.397 0.248 0.280 0.034 0.033 0.111 0.134 0.499 0.766 0.191 0.165 0.612 0.475 0.108 0.196 0.067 0.066 2.080 4.247 0.099 0.116 620 chr1 117523439 117534793 + 0 NA intron (NM_020440, intron 8 of 8) intron (NM_020440, intron 8 of 8) -15256 NM_004258 9398 Hs.654598 NM_004258 ENSG00000134256 CD101 EWI-101|IGSF2|V7 CD101 molecule protein-coding nan 1.927 4.430 0.260 0.131 0.015 0.056 0.430 0.719 0.025 0.042 1.454 0.022 0.151 0.125 0.283 0.789 0.171 0.178 0.025 0.085 0.466 0.203 0.509 0.083 0.012 0.020 0.085 0.019 0.057 0.268 0.270 0.381 0.013 0.082 0.041 0.048 0.102 0.083 0.131 0.091 0.344 0.111 0.128 0.246 0.166 0.072 0.045 0.093 0.283 0.082 0.048 0.509 0.129 0.073 0.646 0.092 0.089 0.035 0.061 0.184 0.625 0.538 0.822 0.367 0.345 0.417 0.583 0.363 nan 7.058 1.596 0.173 0.167 2.602 3.823 0.320 0.398 0.289 0.198 0.261 0.538 0.205 0.272 0.314 0.805 2.006 1.033 5477 chr19 1587322 1593565 + 0 NA intron (NM_001281454, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu 2317 NM_001281454 53615 Hs.178728 NM_003926 ENSG00000071655 MBD3 - methyl-CpG binding domain protein 3 protein-coding 4.961 2.497 7.139 2.608 4.272 4.739 2.216 2.410 4.937 0.566 2.549 1.555 1.054 1.530 4.029 3.844 1.798 0.231 3.363 1.068 3.019 2.741 3.036 1.265 6.063 2.771 3.027 3.020 3.237 0.793 3.439 6.434 3.151 5.940 1.026 3.226 1.186 2.799 0.121 0.834 1.994 4.248 2.843 1.294 2.798 1.269 2.388 2.671 2.497 4.692 2.475 2.131 3.844 4.250 3.145 6.063 1.500 4.066 1.616 6.928 2.772 3.970 0.934 2.040 1.452 2.428 1.522 5.868 5.371 5.168 7.075 8.992 9.076 4.320 1.898 9.794 9.822 4.336 5.820 5.025 nan 10.220 10.892 2.487 4.378 6.406 5.296 4.881 5.383 3.721 1.949 5565 chr19 16570831 16583823 + 0 NA intron (NM_021235, intron 1 of 22) L2a|LINE|L2 5496 NM_001258374 58513 Hs.654639 NM_021235 ENSG00000127527 EPS15L1 EPS15R epidermal growth factor receptor pathway substrate 15 like 1 protein-coding 1.925 1.115 3.945 0.457 0.382 0.239 0.888 0.334 0.702 0.265 0.634 0.668 0.220 0.206 0.298 0.593 0.503 0.123 1.468 0.438 0.313 0.139 0.299 0.257 0.649 1.264 0.786 0.791 1.000 0.350 0.663 nan 0.719 0.954 0.204 0.637 0.167 0.465 0.080 0.226 0.126 0.559 0.401 0.301 0.601 0.326 1.117 0.293 0.572 1.200 2.219 0.519 0.593 1.153 0.937 0.649 0.313 0.523 0.204 0.837 0.624 0.893 0.221 0.415 0.234 0.146 0.055 1.777 1.760 1.354 1.760 1.248 1.409 0.933 0.288 1.614 1.859 1.396 1.952 1.105 1.570 1.580 1.351 0.666 1.169 0.450 0.839 1.096 1.515 0.936 0.778 8389 chr4 56260703 56265310 + 0 NA intron (NM_018475, intron 1 of 5) intron (NM_018475, intron 1 of 5) 926 NR_073070 55858 Hs.479766 NM_018475 ENSG00000134851 TMEM165 CDG2K|FT27|GDT1|TMPT27|TPARL transmembrane protein 165 protein-coding nan 2.671 2.064 4.463 4.825 3.603 2.566 1.883 3.401 1.783 5.555 3.304 2.101 1.117 4.641 2.465 4.318 0.408 3.825 0.917 2.286 1.025 2.382 1.098 3.011 2.706 2.844 1.922 4.169 1.207 4.409 5.268 5.114 6.628 1.647 2.659 0.743 2.244 0.132 1.428 2.237 9.891 4.453 1.724 3.064 1.551 3.561 5.969 2.739 2.158 3.592 2.989 2.465 3.476 4.612 3.011 1.038 4.200 0.656 7.208 5.019 1.570 1.435 0.808 1.976 0.862 0.609 4.890 4.800 4.350 7.109 4.747 4.010 6.820 2.285 7.954 8.276 6.087 7.570 7.701 10.905 4.214 4.709 2.294 6.620 3.218 3.208 2.867 4.478 8.282 4.376 4194 chr16 3027122 3048848 + 0 NA Intergenic Intergenic -1070 NR_033861 283875 Hs.620489 NR_033861 LINC00514 LA16c-380H5.1 long intergenic non-protein coding RNA 514 ncRNA 1.864 nan 2.753 1.206 1.231 1.837 1.021 0.569 1.005 0.824 1.016 0.369 0.140 0.209 1.818 0.800 0.279 0.182 0.789 0.219 0.798 0.185 0.531 0.275 0.633 0.451 0.380 0.655 0.824 0.174 2.998 7.496 0.765 3.600 0.423 0.848 0.894 0.680 0.085 0.212 0.320 0.875 0.524 0.258 0.457 0.442 0.784 0.338 1.014 0.836 0.651 2.093 0.800 1.175 0.758 0.633 0.360 1.148 0.848 1.684 0.539 0.511 0.146 1.165 0.350 0.353 0.222 1.402 1.807 0.631 0.807 1.586 1.591 nan 0.981 1.767 1.836 0.996 nan 1.027 1.508 2.610 2.552 0.615 0.827 2.460 2.701 1.322 2.981 1.297 0.694 7240 chr21 43868758 43888025 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 38073 NM_001286506 89765 Hs.661069 NM_080860 ENSG00000160188 RSPH1 CT79|RSP44|RSPH10A|TSA2|TSGA2 radial spoke head 1 homolog protein-coding nan 1.094 1.219 0.098 0.711 1.220 0.130 0.999 1.832 0.015 0.092 0.067 0.032 0.054 1.154 0.485 0.054 0.058 0.099 0.154 0.039 0.029 0.431 0.162 1.719 0.144 0.135 0.102 0.028 0.094 0.147 1.070 0.118 0.778 0.076 0.077 0.029 0.051 0.058 0.074 0.128 0.368 0.103 0.110 0.130 0.064 0.613 0.203 0.269 0.033 0.094 0.318 0.485 0.088 0.106 1.719 0.317 0.257 0.300 0.082 0.131 0.057 1.243 0.939 0.055 0.033 0.003 2.255 3.689 0.930 1.413 3.049 2.349 nan 1.697 1.271 1.337 0.187 nan 2.189 3.528 1.266 1.375 1.277 1.785 0.572 0.403 0.685 2.452 1.744 1.432 8981 chr5 70662922 70671962 + 0 NA intron (NR_134268, intron 2 of 2) intron (NR_134268, intron 2 of 2) -4170 NR_003922 5370 Hs.742169 NM_031888 ENSG00000169040 PMCHL2 - pro-melanin concentrating hormone like 2 (pseudogene) pseudo 0.816 nan 0.700 0.056 0.146 0.044 0.055 0.228 0.411 0.074 0.010 0.007 0.034 0.670 0.177 0.058 0.179 0.137 0.028 0.014 1.295 1.295 0.146 0.008 0.008 0.017 0.064 0.047 0.053 0.147 0.068 0.348 0.032 0.047 2.246 0.037 0.097 0.106 0.051 0.027 0.012 0.025 0.168 0.067 0.036 0.016 0.035 0.030 0.177 0.047 0.048 0.146 0.027 0.027 0.011 0.038 1.024 0.053 0.087 0.028 0.009 0.025 0.016 0.217 0.142 0.146 0.233 0.300 0.364 nan 2.769 0.153 0.085 1.672 nan 0.967 0.738 0.674 0.472 0.096 0.174 5.106 6.511 0.206 0.269 3.785 1.396 937 chr1 183422316 183453288 + 0 NA intron (NR_040063, intron 3 of 4) intron (NR_040063, intron 3 of 4) 3315 NR_040063 284649 Hs.127384 NR_040063 ENSG00000232860 SMG7-AS1 DKFZP564C196 SMG7 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.913 1.445 0.985 0.561 2.038 0.663 1.087 0.503 1.178 0.712 0.381 0.361 1.926 1.536 1.197 0.233 1.712 0.887 0.549 0.688 0.972 0.459 0.854 1.901 1.482 0.616 1.635 1.522 1.336 2.379 2.085 2.678 1.294 1.562 0.463 0.799 0.125 0.396 0.605 1.062 0.950 0.384 2.217 1.404 2.049 0.862 1.009 0.571 0.586 1.772 1.536 1.929 1.689 0.854 1.625 0.950 0.511 0.685 0.563 0.730 1.107 0.740 0.639 0.566 0.318 1.928 2.183 2.823 3.864 2.837 nan 1.931 1.078 nan 3.664 1.620 2.275 2.229 2.977 1.925 1.804 1.998 3.075 1.994 2.305 2.515 nan 1.265 0.936 10504 chr7 92823031 92862768 + 0 NA intron (NM_001039372, intron 3 of 9) intron (NM_001039372, intron 3 of 9) 6009 NM_198151 253012 Hs.443169 NM_198151 ENSG00000188175 HEPACAM2 MIKI HEPACAM family member 2 protein-coding nan 1.018 nan 0.342 1.342 0.076 0.185 0.331 0.684 0.041 0.208 0.202 0.113 0.147 0.322 0.164 0.142 0.097 0.181 0.081 0.059 0.031 1.930 1.108 0.959 0.049 0.033 0.056 0.314 0.093 0.292 0.416 0.497 0.877 0.116 0.069 1.105 0.291 0.161 0.083 0.578 0.158 0.048 0.045 0.148 0.124 0.281 0.142 0.115 0.196 0.121 0.125 0.164 0.163 0.170 0.959 0.194 0.221 0.430 0.109 0.255 0.100 0.391 0.153 0.071 0.038 0.027 2.152 2.229 2.173 0.998 1.571 1.647 3.038 1.736 6.165 6.322 1.538 1.967 1.285 1.582 1.543 1.297 0.624 1.068 3.536 5.239 0.584 nan 2.509 1.235 3266 chr13 96391671 96404728 + 0 NA intron (NM_006260, intron 4 of 11) MIRb|SINE|MIR 68806 NM_006260 5611 Hs.59214 NM_006260 ENSG00000102580 DNAJC3 ACPHD|ERdj6|HP58|P58|P58IPK|PRKRI DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C3 protein-coding 0.887 1.056 0.807 0.060 0.561 0.050 0.314 0.208 0.521 0.029 0.321 0.135 0.040 0.385 0.800 0.305 0.144 0.024 0.798 0.435 0.140 0.051 0.120 0.146 0.724 0.197 0.117 0.023 0.057 0.097 0.689 1.369 0.104 0.657 0.458 0.255 0.066 0.096 0.067 0.027 0.165 0.128 0.055 0.044 0.094 0.141 0.263 0.122 0.493 0.104 0.066 0.096 0.305 0.431 0.056 0.724 0.179 0.151 0.096 0.067 2.676 0.194 0.182 0.171 0.046 0.018 0.004 0.355 0.341 0.290 0.339 0.406 0.400 0.647 0.276 1.111 1.135 0.238 0.194 2.817 2.800 0.365 0.163 0.539 0.577 0.275 0.293 0.462 1.082 0.173 0.168 3833 chr14 104344601 104361728 + 0 NA Intergenic Intergenic 34739 NM_001127393 9556 Hs.109052 NM_004894 ENSG00000156411 ATP5MPL 6.8PL|C14orf2|MLQ|MP68|PLPM ATP synthase membrane subunit 6.8PL protein-coding 1.745 0.670 0.865 0.324 0.335 0.987 0.751 0.131 0.247 0.021 0.177 0.254 0.018 0.520 0.115 0.313 0.426 0.146 0.303 0.143 0.099 0.033 0.111 0.105 0.238 1.525 1.288 0.043 0.691 0.393 0.806 3.029 0.562 0.532 0.307 0.103 0.044 0.177 0.101 0.283 0.046 0.108 0.183 0.115 0.483 0.994 0.155 0.214 1.293 0.263 0.788 3.736 0.313 0.386 0.093 0.238 0.567 0.179 0.118 0.145 0.491 0.612 0.186 0.043 0.253 0.010 0.009 0.314 0.467 0.234 0.383 0.849 0.892 1.371 0.418 0.399 0.403 0.532 1.097 0.368 0.693 0.561 0.456 0.375 0.436 0.194 0.239 0.220 0.291 0.839 0.742 2311 chr11 118961843 118980037 + 0 NA intron (NM_001382, intron 4 of 8) intron (NM_001382, intron 4 of 8) 1845 NM_001382 1798 Hs.524081 NM_001382 ENSG00000172269 DPAGT1 ALG7|CDG-Ij|CDG1J|CMS13|CMSTA2|D11S366|DGPT|DPAGT|DPAGT2|G1PT|GPT|UAGT|UGAT dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase 1 protein-coding 2.007 2.546 1.920 1.611 2.576 3.577 2.297 1.752 3.246 0.883 2.993 1.622 1.297 0.815 2.954 2.243 0.635 0.143 2.193 0.665 2.578 0.787 1.309 0.999 3.082 1.717 1.718 1.869 2.202 0.975 1.726 3.625 1.163 6.446 1.629 2.283 0.771 3.191 0.159 1.273 2.368 6.595 3.647 1.823 2.561 1.155 3.724 3.333 1.898 3.211 1.335 2.943 2.243 2.629 3.993 3.082 1.364 2.271 0.571 3.543 1.641 1.856 2.235 1.101 2.314 1.267 0.769 3.817 nan 3.002 4.610 3.723 3.575 6.475 3.070 4.834 4.908 2.994 nan 4.178 5.387 3.801 4.104 4.205 7.379 3.130 3.294 2.590 3.426 2.134 1.268 3631 chr14 64557927 64566226 + 0 NA promoter-TSS (NR_031677) promoter-TSS (NR_031677) -233 NR_031677 100313830 NR_031677 ENSG00000221537 MIR548H1 MIR548H-1|MIRN548H1 microRNA 548h-1 ncRNA nan nan 1.302 0.490 0.180 0.175 0.069 0.195 0.407 0.081 0.127 0.055 8.517 0.085 0.185 0.274 0.265 0.197 0.179 0.023 0.084 0.017 0.114 0.161 0.173 0.108 0.035 0.018 0.163 0.508 0.320 0.825 3.282 0.307 0.231 0.072 0.033 0.052 0.155 0.029 0.209 0.122 0.038 0.028 0.092 0.277 0.382 0.060 0.075 0.068 0.047 0.088 0.274 0.793 0.022 0.173 0.196 0.341 0.117 0.091 0.061 0.114 0.071 0.091 0.069 0.014 0.019 0.354 0.291 0.199 0.359 0.503 0.595 0.531 0.177 nan 0.671 0.397 0.593 0.389 nan 0.846 0.361 0.200 0.232 0.130 0.182 0.227 0.460 0.517 0.435 5002 chr17 74070162 74082707 + 0 NA TTS (NM_015219) TTS (NM_015219) 1171 NM_180990 353174 Hs.714919 NM_180990 ENSG00000186919 ZACN L2|LGICZ|LGICZ1|ZAC|ZAC1 zinc activated ion channel protein-coding 1.033 0.746 0.825 0.072 0.224 5.325 0.275 0.268 0.619 0.008 0.217 0.081 0.010 0.066 2.893 0.176 0.155 0.104 0.238 0.045 0.020 0.033 0.326 0.205 0.297 0.096 0.017 0.094 0.179 0.050 0.485 1.861 0.191 3.990 0.036 0.108 0.068 0.146 0.095 0.066 0.057 0.162 0.043 0.055 0.043 0.043 0.046 0.216 0.282 0.204 0.006 0.144 0.176 0.251 0.045 0.297 0.049 0.091 0.023 0.270 0.328 0.079 0.039 0.093 0.024 0.037 0.008 0.535 0.600 0.245 0.388 3.793 3.009 1.537 0.334 0.447 0.465 nan 0.429 1.691 1.604 0.585 0.311 0.418 0.456 0.469 0.352 0.246 0.353 nan 0.781 2556 chr12 26161891 26171066 + 0 NA intron (NM_001164747, intron 2 of 5) intron (NM_001164747, intron 2 of 5) -39013 NM_001164746 11228 Hs.696433 NM_007211 ENSG00000123094 RASSF8 C12orf2|HOJ1 Ras association domain family member 8 protein-coding nan nan nan 0.153 0.187 0.012 0.205 0.191 0.296 0.428 0.330 3.607 0.034 0.033 0.137 0.071 1.238 0.035 0.462 0.339 0.283 0.030 0.092 0.105 0.032 0.461 0.102 0.040 0.185 0.011 0.105 0.214 0.093 0.290 0.352 0.160 0.095 0.143 2.738 0.043 1.992 0.105 0.085 0.142 0.083 0.193 1.356 0.142 0.241 0.164 0.236 0.071 0.492 0.010 0.032 0.066 0.149 0.053 0.436 0.037 0.207 0.066 0.472 3.388 0.038 0.017 0.332 0.193 0.251 0.513 0.280 0.301 0.197 0.091 0.462 0.379 0.244 0.352 0.507 0.483 0.462 0.176 0.269 0.205 0.041 0.090 0.722 1.783 0.134 0.221 9132 chr5 120482873 120490090 + 0 NA Intergenic Intergenic -171764 NR_104999 102467226 NR_104999 LOC102467226 - uncharacterized LOC102467226 ncRNA nan 0.630 0.585 0.068 0.085 0.023 0.039 0.067 0.138 0.148 0.108 0.009 0.014 0.024 0.018 0.094 0.113 0.074 0.026 0.043 0.044 0.092 0.019 0.010 0.019 0.029 0.066 0.027 0.063 0.161 0.040 0.051 0.027 0.046 0.086 0.038 0.017 0.119 0.107 0.056 0.049 0.011 0.037 0.018 0.040 0.018 0.034 0.027 0.024 0.070 0.002 0.034 0.024 0.307 0.171 6.503 nan 0.143 0.141 0.061 0.052 0.111 0.179 0.189 0.256 0.155 0.176 0.598 0.354 0.055 0.109 0.146 0.106 0.238 0.333 0.121 0.220 6399 chr2 143694211 143713387 + 0 NA intron (NM_001032998, intron 4 of 11) AluJb|SINE|Alu 68604 NM_001199241 8942 Hs.470126 NM_003937 ENSG00000115919 KYNU KYNUU|VCRL2 kynureninase protein-coding 0.587 nan 0.706 0.325 0.083 0.006 0.570 0.059 0.172 0.578 0.201 0.429 0.065 0.011 0.009 0.084 0.445 0.135 0.306 0.336 0.541 0.029 0.057 0.080 0.053 0.461 0.235 0.031 0.204 0.248 0.322 1.575 0.405 0.320 0.976 1.343 0.005 0.029 0.057 0.626 0.041 0.130 0.038 0.035 0.102 0.060 0.904 0.131 0.454 0.268 0.183 0.261 0.084 0.067 0.005 0.053 0.096 1.299 0.384 0.010 0.237 0.057 0.077 0.666 0.024 0.003 0.336 0.228 5.705 5.553 0.206 0.253 0.072 0.069 0.262 0.203 0.214 0.355 0.216 0.220 0.330 0.150 0.141 0.204 0.039 0.047 0.362 0.746 0.178 0.213 9662 chr6 43736593 43743567 + 0 NA intron (NM_001287044, intron 1 of 6) intron (NM_001287044, intron 1 of 6) 358 NM_001287044 7422 Hs.73793 NM_003376 ENSG00000112715 VEGFA MVCD1|VEGF|VPF vascular endothelial growth factor A protein-coding 5.362 3.016 4.595 7.039 3.094 4.770 4.929 2.389 5.341 2.059 3.572 3.250 0.969 1.723 5.485 5.758 4.971 0.776 5.558 0.952 4.181 6.775 1.775 1.032 4.718 3.086 3.438 1.357 3.697 1.382 6.741 9.344 6.766 7.014 2.685 4.044 0.499 6.115 0.116 2.828 4.526 3.782 3.096 1.366 2.201 1.861 5.290 2.539 3.505 5.767 7.593 3.424 5.758 5.247 5.254 4.718 2.419 2.244 1.237 8.450 2.079 1.711 3.051 3.186 2.106 2.040 1.068 3.031 6.266 4.507 7.264 5.677 5.621 4.171 1.594 14.844 16.116 1.595 2.369 7.205 nan 4.925 7.353 5.738 10.632 1.692 2.267 4.976 8.522 1.233 0.708 1786 chr11 9920530 9929327 + 0 NA intron (NM_030962, intron 16 of 39) L1MEe|LINE|L1 64239 NR_120539 101928008 Hs.585524 NR_120539 ENSG00000255476 LOC101928008 - uncharacterized LOC101928008 ncRNA 0.729 0.955 0.682 1.510 0.110 0.025 0.533 0.200 0.298 0.937 0.456 0.785 1.818 0.056 0.072 0.274 1.292 0.129 0.625 0.580 3.507 0.237 0.125 0.112 0.217 0.409 0.198 1.917 0.477 0.371 0.018 0.276 0.208 0.319 0.531 0.505 0.043 4.997 0.118 0.243 0.064 7.697 3.718 2.180 0.420 0.147 1.600 3.663 1.610 1.066 0.271 0.290 0.274 0.502 0.228 0.217 0.361 1.461 0.011 2.054 1.086 0.011 0.084 0.937 3.296 3.716 0.550 0.460 0.573 1.753 0.429 0.419 0.383 0.095 0.375 0.274 0.677 0.934 0.208 0.293 0.367 0.146 0.117 0.276 0.140 0.271 0.266 0.616 0.444 0.510 6057 chr2 43378947 43438697 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 44923 NM_006887 678 Hs.503093 NM_006887 ENSG00000152518 ZFP36L2 BRF2|ERF-2|ERF2|RNF162C|TIS11D ZFP36 ring finger protein like 2 protein-coding 1.234 nan 0.909 1.423 0.261 0.141 3.612 0.164 0.379 0.288 0.520 0.513 0.015 0.360 0.294 0.653 0.464 0.181 2.295 1.432 0.103 0.030 0.172 0.169 0.275 1.785 1.280 0.129 1.136 0.895 1.161 nan 0.639 0.870 0.822 0.947 0.027 0.100 0.112 0.486 0.307 1.040 0.189 0.135 1.271 1.328 2.222 1.496 3.962 0.351 1.077 2.694 0.653 2.346 0.257 0.275 1.429 0.702 0.523 0.640 0.173 0.807 0.439 0.103 0.308 0.077 0.043 0.360 0.358 0.419 0.660 nan 0.652 0.869 0.339 1.294 1.354 0.643 0.943 0.734 0.971 0.430 0.281 0.405 0.474 0.144 0.155 0.354 nan nan 0.648 8110 chr3 184427708 184437058 + 0 NA Intergenic Intergenic -2547 NM_022149 64110 Hs.306123 NM_022149 ENSG00000177383 MAGEF1 MAGE-F1 MAGE family member F1 protein-coding 5.130 2.713 2.098 1.710 3.189 2.226 1.538 1.980 3.864 0.285 0.989 0.538 0.177 0.760 0.763 3.344 2.231 0.383 0.827 0.406 0.856 0.534 1.280 0.979 3.335 2.476 2.206 0.928 1.374 0.892 1.078 2.824 1.805 5.524 0.625 0.656 0.421 1.461 0.119 0.595 3.216 1.142 1.678 0.741 0.872 0.632 2.060 0.854 1.114 1.439 0.557 1.784 3.344 0.857 1.479 3.335 0.561 0.769 0.903 0.609 1.216 0.599 2.515 1.692 0.755 0.363 0.304 3.637 4.817 2.544 3.394 4.569 4.215 4.848 2.529 4.029 4.154 4.095 5.089 7.784 10.154 5.777 5.052 2.897 5.480 2.072 2.073 3.026 3.950 1.732 1.057 2320 chr11 120195480 120209058 + 0 NA 3' UTR (NM_174926, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_174926, exon 4 of 4) -5349 NM_015313 23365 Hs.24598 NM_015313 ENSG00000196914 ARHGEF12 LARG|PRO2792 Rho guanine nucleotide exchange factor 12 protein-coding 1.563 1.897 1.526 0.937 0.994 1.740 1.872 0.897 1.769 0.450 2.666 2.452 0.627 0.681 1.433 1.422 1.558 0.130 1.478 0.500 4.028 0.663 1.177 0.747 1.957 1.744 1.250 1.959 1.759 0.981 1.899 2.692 1.072 5.235 0.580 1.245 0.315 1.391 0.137 1.274 1.065 5.366 3.566 1.629 2.208 1.031 2.355 2.662 1.488 2.742 1.294 2.808 1.422 1.625 6.601 1.957 1.344 1.954 0.278 2.475 1.402 2.257 1.626 0.437 1.447 1.944 1.389 2.602 3.917 2.939 4.905 2.963 2.495 4.135 1.841 6.138 5.994 2.587 3.427 2.573 3.188 2.393 2.511 2.688 5.726 1.780 1.499 1.032 nan 2.130 1.174 11367 chr8 143314215 143319078 + 0 NA intron (NM_145003, intron 12 of 13) intron (NM_145003, intron 12 of 13) 36929 NR_024378 619434 Hs.393308 NR_024378 ENSG00000254008 LINC00051 C8orf43|NCRNA00051 long intergenic non-protein coding RNA 51 ncRNA 1.027 0.741 nan 3.296 0.162 1.547 3.147 0.197 0.214 0.057 0.582 1.442 0.013 0.710 1.288 0.816 0.016 0.066 0.477 0.740 1.383 0.058 0.032 0.035 1.131 1.440 0.772 0.134 3.239 2.205 2.068 9.028 1.146 0.671 1.910 0.011 0.038 0.044 0.043 2.795 0.400 5.608 10.371 4.128 1.601 0.296 2.655 3.889 0.117 5.089 0.136 0.390 0.816 0.752 3.755 1.131 0.025 0.688 0.277 3.322 0.480 1.526 0.082 0.324 2.475 4.395 3.407 0.503 0.865 0.069 0.105 nan 2.180 nan 0.137 0.124 0.240 0.263 0.621 0.927 1.661 1.127 1.039 0.518 0.581 0.235 0.319 0.268 0.310 0.375 0.417 11899 chrUn_gl000219 98147 102179 + 0 NA promoter-TSS (NR_146067) promoter-TSS (NR_146067) -521 NR_027436 283788 Hs.657131 NR_027436 LOC283788 - FSHD region gene 1 pseudogene pseudo 2.669 2.661 nan 3.273 2.808 1.325 0.485 2.208 4.465 0.324 5.589 3.387 3.719 1.276 4.463 2.478 1.523 0.360 2.373 0.851 0.234 1.343 2.293 1.286 3.611 1.474 1.788 2.776 0.375 1.099 3.437 4.160 0.893 9.023 1.802 2.460 0.803 1.778 0.177 0.437 1.286 3.862 3.585 2.297 2.298 0.844 4.197 2.112 2.463 4.891 0.489 2.894 2.478 2.339 1.141 3.611 1.680 1.914 0.507 1.200 7.999 1.649 0.841 1.339 1.384 1.670 1.112 3.126 4.119 1.896 2.950 2.787 2.986 5.595 2.424 2.804 2.646 5.736 7.250 5.061 6.830 6.732 4.945 2.655 3.980 3.331 2.821 2.961 3.432 7.659 4.965 2440 chr12 6601640 6604442 + 0 NA promoter-TSS (NM_016497) promoter-TSS (NM_016497) -257 NM_014865 9918 Hs.5719 NM_014865 ENSG00000010292 NCAPD2 CAP-D2|CNAP1|hCAP-D2 non-SMC condensin I complex subunit D2 protein-coding 7.386 nan 5.447 6.831 14.779 6.922 4.129 3.178 5.623 2.656 3.427 3.877 2.193 2.717 6.667 4.750 2.322 0.171 4.388 1.860 4.954 1.809 3.661 2.352 8.755 3.991 3.704 1.785 6.578 2.883 6.124 12.702 5.876 16.540 1.980 5.446 2.368 8.145 0.182 2.028 6.064 6.352 5.752 2.455 3.358 3.224 6.404 12.223 6.065 7.083 2.695 3.702 4.750 4.729 5.932 8.755 1.679 2.812 7.484 12.262 1.982 3.971 2.807 3.910 2.219 5.540 4.199 4.847 3.919 10.038 14.385 18.770 15.419 18.767 10.492 21.020 21.498 8.442 10.982 7.135 10.612 10.880 10.702 4.114 5.795 10.770 15.284 9.132 11.178 3.152 1.340 5257 chr18 33983498 34005419 + 0 NA intron (NM_001281740, intron 3 of 28) intron (NM_001281740, intron 3 of 28) 116799 NM_001281739 80206 Hs.436636 NM_025135 ENSG00000134775 FHOD3 FHOS2|Formactin2 formin homology 2 domain containing 3 protein-coding nan 0.835 1.274 0.069 0.176 0.101 0.115 0.242 0.329 0.013 0.349 0.924 0.011 0.326 0.106 0.358 0.126 0.081 0.096 0.086 0.026 0.019 0.258 0.116 0.084 0.088 0.049 0.010 0.127 0.095 0.082 0.180 0.052 0.394 0.080 0.095 0.199 0.025 0.071 0.081 0.096 0.090 0.036 0.021 0.094 0.066 0.079 0.109 0.059 0.159 0.097 0.134 0.358 0.068 0.115 0.084 0.056 0.004 0.115 0.058 0.074 0.201 0.032 0.215 0.072 0.013 0.016 0.400 0.251 0.256 0.333 0.479 0.555 1.795 0.828 0.244 0.183 0.412 0.535 nan 1.858 0.517 0.455 0.116 0.188 1.400 2.522 0.197 0.314 1.337 1.120 6924 chr20 31104281 31132641 + 0 NA intron (NM_001256798, intron 1 of 10) AluSp|SINE|Alu 20699 NR_110619 101929698 Hs.638392 NR_110619 ENSG00000277301 LOC101929698 - uncharacterized LOC101929698 ncRNA 2.657 3.529 1.632 0.536 2.219 7.020 0.221 1.948 3.533 0.256 0.441 0.192 0.028 0.240 3.967 2.186 0.151 0.102 0.276 0.094 0.038 0.080 0.944 0.531 4.190 0.115 0.033 0.087 0.117 0.045 0.629 nan 0.212 4.484 0.113 0.108 0.544 0.142 0.104 0.088 2.406 0.257 0.078 0.121 0.039 0.178 1.079 0.318 0.197 0.148 0.074 0.122 2.186 0.257 0.078 4.190 0.056 0.108 1.303 0.294 0.866 0.148 2.261 0.297 0.100 0.020 0.013 4.001 5.681 0.464 0.603 5.715 nan 4.180 1.708 1.906 1.857 0.843 1.266 5.213 4.081 4.451 4.777 1.970 2.809 2.011 1.764 0.729 nan 1.517 0.691 7789 chr3 121280263 121294557 + 0 NA intron (NM_001012659, intron 1 of 4) intron (NM_001012659, intron 1 of 4) 632 NM_001012659 503582 Hs.224976 NM_001012659 ENSG00000186103 ARGFX - arginine-fifty homeobox protein-coding 1.491 nan 1.041 0.104 0.203 0.035 0.290 0.224 0.499 0.034 0.068 0.160 0.004 0.049 0.137 0.100 0.173 0.180 0.106 0.027 0.013 0.029 0.160 0.235 0.140 0.093 0.040 0.072 0.052 0.013 0.083 0.276 0.089 0.205 0.092 0.158 0.047 0.045 0.106 0.177 0.117 0.022 0.032 0.019 0.061 0.074 0.097 0.227 0.118 0.067 0.185 0.100 0.035 0.050 0.140 0.052 0.069 0.055 0.069 0.029 0.072 0.070 3.497 0.005 0.028 0.018 0.393 0.188 0.243 0.337 0.373 0.373 1.148 0.266 0.320 0.322 2.245 nan 0.329 0.433 2.571 1.855 0.233 0.309 0.073 0.128 1.922 6.185 0.623 0.493 93 chr1 12491136 12549658 + 0 NA exon (NM_015378, exon 67 of 70) exon (NM_015378, exon 67 of 70) -46903 NR_003025 677885 Hs.658450 NR_003025 ENSG00000239149 SNORA59A ACA59 small nucleolar RNA, H/ACA box 59A snoRNA 1.422 1.043 nan 0.909 0.306 0.044 1.042 0.159 0.421 0.610 0.258 3.802 1.739 0.130 0.073 0.204 0.765 0.153 0.834 0.524 0.215 0.123 0.080 0.128 0.068 0.289 0.163 0.106 0.579 0.263 0.512 0.912 3.114 0.348 0.528 0.481 0.135 0.097 0.121 0.345 0.041 1.427 0.298 0.167 0.702 0.431 1.254 0.658 0.728 0.523 0.294 0.977 0.204 0.236 1.129 0.068 0.492 1.867 0.082 0.177 0.081 0.300 0.125 0.178 0.710 0.139 0.207 0.642 0.807 1.024 3.741 0.591 0.705 0.321 0.112 0.389 nan 0.696 nan 1.368 1.093 nan 0.340 0.245 0.383 0.445 0.141 0.289 0.557 0.341 0.331 11385 chr8 144651528 144662782 + 0 NA intron (NM_001286829, intron 12 of 12) intron (NM_001286829, intron 12 of 12) -2227 NM_001100878 642475 Hs.531406 NM_001100878 ENSG00000204839 MROH6 C8orf73 maestro heat like repeat family member 6 protein-coding 1.881 0.998 nan 8.295 1.106 1.253 4.554 0.399 1.050 2.430 1.584 0.353 0.978 1.316 0.637 0.690 0.687 0.130 4.863 1.737 3.795 0.257 0.239 0.164 0.802 0.911 0.797 0.675 6.133 3.428 7.757 12.818 3.131 2.515 3.844 0.345 0.051 0.290 0.047 0.641 0.260 4.434 1.833 0.740 2.893 1.340 5.911 0.392 0.997 1.077 0.377 2.301 0.690 6.070 0.198 0.802 2.588 2.225 0.189 3.019 0.811 0.727 0.414 0.275 0.335 0.133 0.063 0.812 1.332 1.190 1.966 nan 2.292 nan 0.411 1.308 1.503 0.524 0.717 1.026 1.501 0.551 0.467 1.102 1.474 0.267 0.341 0.629 0.870 0.623 0.321 5735 chr19 45970014 45974416 + 0 NA intron (NM_001114171, intron 1 of 2) CpG 962 NM_006732 2354 Hs.590958 NM_006732 ENSG00000125740 FOSB AP-1|G0S3|GOS3|GOSB FosB proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 3.070 1.989 4.084 3.678 1.970 0.604 1.039 0.723 1.437 0.693 0.946 2.610 0.255 0.588 2.286 0.666 0.866 0.036 1.857 0.560 0.345 0.694 0.353 0.390 0.517 0.362 0.397 0.440 1.488 0.430 2.718 nan 2.421 5.976 0.382 0.234 0.110 1.762 0.120 0.409 0.525 0.973 0.630 0.320 0.880 0.229 2.275 1.601 1.701 7.983 0.786 1.037 0.666 10.606 0.509 0.517 0.747 0.849 0.735 2.273 1.360 0.126 0.315 0.716 0.415 1.138 0.498 1.012 2.048 3.210 5.275 2.800 2.402 3.275 2.526 5.713 5.939 3.046 3.393 2.493 4.353 1.982 1.519 0.721 1.199 1.802 1.752 3.432 5.715 1.302 1.222 3055 chr12 132194700 132196738 + 0 NA promoter-TSS (NM_001261411) promoter-TSS (NM_001261411) 87 NM_001261411 6433 Hs.308171 NM_004592 ENSG00000061936 SFSWAP SFRS8|SWAP splicing factor SWAP protein-coding 6.337 4.456 4.686 9.609 5.425 3.831 5.800 3.775 6.736 2.304 5.971 4.790 1.313 3.721 6.324 7.656 3.129 0.313 2.952 1.303 5.076 3.938 3.769 2.544 7.967 4.358 6.897 3.556 6.240 3.704 9.329 11.702 4.316 11.281 3.505 6.985 1.268 5.714 0.156 2.966 2.004 4.125 6.337 2.918 5.798 2.494 6.043 3.781 7.653 7.676 3.996 4.544 7.656 5.092 5.454 7.967 5.455 3.396 2.755 8.862 3.552 3.796 2.761 1.947 3.226 2.712 2.680 11.178 8.784 10.489 15.602 11.103 13.765 12.178 9.127 15.775 15.655 5.799 7.770 10.378 13.740 13.967 12.162 15.068 17.662 7.020 10.136 10.417 6.930 7.261 4.109 6807 chr20 4082864 4119440 + 0 NA Intergenic Intergenic -28274 NM_175840 54498 Hs.433337 NM_175839 ENSG00000088826 SMOX C20orf16|PAO|PAO-1|PAO1|PAOH|PAOH1|SMO spermine oxidase protein-coding 0.902 1.316 0.788 0.523 0.108 0.195 0.932 0.141 0.292 0.313 3.123 1.392 0.024 0.225 0.207 0.514 0.340 0.129 0.779 0.481 1.867 0.106 0.090 0.090 0.078 1.520 0.898 0.078 0.229 0.496 0.666 3.900 0.147 0.458 1.368 3.745 0.029 0.101 0.094 0.574 0.015 0.547 0.443 0.287 0.721 0.322 0.598 0.967 5.455 1.129 0.731 3.187 0.514 0.304 0.430 0.078 1.482 0.552 0.259 0.453 0.159 1.469 0.073 0.098 1.061 1.086 0.697 0.805 0.888 0.336 0.747 0.423 0.487 0.226 0.114 0.434 0.552 0.284 0.486 0.596 0.534 0.709 0.416 0.406 0.434 0.095 0.145 0.342 0.756 0.463 0.487 7839 chr3 133074719 133083262 + 0 NA intron (NM_001282865, intron 2 of 3) L1ME1|LINE|L1 -39849 NM_003571 8419 Hs.659862 NM_003571 ENSG00000170819 BFSP2 CP47|CP49|CTRCT12|LIFL-L|PHAKOSIN beaded filament structural protein 2 protein-coding 1.061 nan nan 0.144 0.174 0.051 0.104 0.262 0.644 0.023 0.055 0.032 0.037 0.024 0.197 0.241 0.374 0.188 0.123 0.066 0.015 0.351 0.285 0.144 0.008 0.008 0.009 0.119 0.012 0.038 0.236 0.065 0.277 0.051 0.051 0.023 0.013 0.093 0.074 0.097 0.014 0.028 0.038 0.035 0.079 0.093 0.048 0.034 0.009 0.039 0.241 0.033 0.076 0.144 0.029 0.067 0.048 0.024 0.056 0.034 0.876 0.007 0.040 0.012 1.214 0.961 8.137 1.603 0.472 0.647 1.782 0.590 0.706 0.876 0.423 0.761 0.258 0.321 nan 1.522 0.192 0.311 0.141 0.166 0.709 2.524 0.717 0.585 10977 chr8 59755216 59771859 + 0 NA intron (NM_014729, intron 4 of 8) intron (NM_014729, intron 4 of 8) -191133 NM_003580 8439 Hs.372000 NM_003580 ENSG00000035681 NSMAF FAN|GRAMD5 neutral sphingomyelinase activation associated factor protein-coding 1.528 nan 1.275 1.297 0.460 0.610 1.480 0.708 1.397 0.426 0.726 2.380 0.082 0.135 3.926 0.850 0.390 0.087 1.437 0.917 0.185 0.033 0.441 0.249 1.358 3.582 2.905 0.061 1.835 1.468 0.377 0.714 0.475 0.695 1.493 0.420 0.157 0.191 0.094 0.546 0.474 1.133 0.422 0.333 0.713 1.557 0.240 2.285 0.202 0.386 0.480 0.115 0.850 0.974 0.023 1.358 0.365 0.032 0.012 0.130 0.502 0.686 0.029 0.373 1.156 0.017 0.018 0.427 0.458 0.324 0.949 1.686 1.549 2.034 0.594 0.087 0.054 1.176 nan 1.918 1.990 0.472 0.288 0.086 0.133 0.709 1.022 0.233 0.424 1.635 0.998 11300 chr8 131106199 131110274 + 0 NA intron (NM_001247996, intron 25 of 30) intron (NM_001247996, intron 25 of 30) -11222 NR_045385 100507117 Hs.106015 NR_045385 ENSG00000280543 ASAP1-IT2 - ASAP1 intronic transcript 2 ncRNA nan 1.572 1.078 0.953 0.389 1.527 4.457 0.673 1.001 1.047 0.857 0.887 0.228 0.150 0.601 0.380 0.941 0.196 1.349 0.887 1.603 0.205 0.093 0.139 0.410 1.422 1.140 0.200 2.793 1.683 1.439 3.321 3.893 2.755 2.100 0.561 0.609 0.105 0.118 1.302 0.196 1.622 1.310 0.823 1.744 6.629 1.030 1.005 0.459 0.954 1.731 1.533 0.380 2.107 1.066 0.410 0.543 2.979 0.238 0.201 0.400 0.368 0.218 0.152 1.169 0.310 0.337 0.586 0.566 0.943 1.319 1.332 1.334 1.227 0.440 nan 2.455 0.533 0.904 1.838 2.120 0.465 0.251 0.295 0.695 2.263 3.456 0.502 1.292 1.445 0.825 11674 chr9 100832147 100844011 + 0 NA intron (NM_018946, intron 2 of 5) L1MA10|LINE|L1 19120 NM_018946 54187 Hs.522310 NM_018946 ENSG00000095380 NANS HEL-S-100|SAS|SEMDCG|SEMDG N-acetylneuraminate synthase protein-coding 0.676 0.993 0.815 0.762 0.474 0.085 0.552 0.148 0.289 0.220 0.256 0.217 1.042 0.084 0.122 0.397 0.140 0.057 0.894 0.362 0.050 0.023 0.132 0.123 0.212 0.928 0.616 0.240 0.594 0.123 1.088 4.091 1.032 0.824 0.217 0.327 0.059 0.064 0.094 0.178 0.385 0.392 0.377 0.261 0.870 0.522 1.032 0.203 2.003 0.230 0.239 4.140 0.397 0.480 0.156 0.212 1.616 5.436 0.065 0.211 0.111 0.578 0.033 0.158 0.238 0.074 0.051 0.273 0.361 0.639 1.233 0.499 0.672 0.263 0.101 0.292 0.255 0.290 0.522 1.015 nan 0.746 0.659 0.214 0.297 0.263 0.275 0.282 0.621 nan 0.559 10972 chr8 58764804 58775128 + 0 NA Intergenic Intergenic 111258 NR_134276 286178 Hs.255156 NR_134276 ENSG00000254139 LOC286178 - uncharacterized LOC286178 ncRNA 0.762 nan 1.741 0.028 0.086 0.027 0.041 0.637 1.278 0.009 0.074 0.045 0.006 0.641 0.034 0.247 0.624 0.077 0.051 0.012 1.929 0.643 0.081 0.047 0.052 0.010 0.087 0.111 0.082 1.541 0.029 0.079 0.203 0.063 0.112 0.023 0.031 0.066 0.012 0.023 0.010 0.056 0.184 0.073 0.137 1.696 0.026 0.247 0.027 0.027 0.081 0.024 0.008 0.038 0.073 0.167 0.018 0.171 0.201 0.007 0.022 0.327 0.347 0.246 0.280 2.057 1.788 3.415 2.260 0.131 0.120 0.921 nan 0.172 0.168 0.529 0.259 0.242 0.351 1.420 0.922 0.126 0.195 3.884 2.422 2429 chr12 5270910 5289600 + 0 NA Intergenic Intergenic 72062 NR_120476 101929584 Hs.436529 NR_120476 ENSG00000256115 LINC02443 - long intergenic non-protein coding RNA 2443 ncRNA 0.679 nan nan 0.389 0.323 0.121 3.293 0.128 0.211 0.005 0.092 0.847 0.007 0.021 0.052 0.164 0.097 0.035 0.011 0.015 0.030 0.141 0.173 0.153 0.004 0.023 0.020 0.884 0.110 0.117 0.065 0.722 0.050 0.046 0.010 0.075 0.139 0.727 0.021 0.081 0.019 0.046 1.382 0.122 0.314 0.223 0.098 0.110 0.008 0.254 0.164 0.031 0.119 0.153 0.026 0.013 0.016 0.106 0.016 0.155 0.052 0.224 1.181 0.062 0.043 0.185 0.159 0.183 0.341 nan 0.559 0.658 0.376 0.283 0.318 0.651 0.893 0.524 0.536 0.315 0.143 0.192 0.259 0.120 0.149 0.276 nan 0.320 0.389 8979 chr5 70066815 70078555 + 0 NA intron (NR_146391, intron 3 of 10).2 intron (NR_146391, intron 3 of 10).2 57069 NR_146391 653080 Hs.582500 NR_146391 LOC653080 - glucuronidase beta pseudogene pseudo 3.073 6.294 2.739 0.104 0.663 0.241 0.397 0.465 0.585 0.048 0.187 0.094 0.063 0.127 0.388 0.428 0.230 0.220 0.171 0.097 0.053 0.625 0.564 0.348 0.311 0.123 0.160 0.200 0.135 0.027 0.152 0.447 0.264 0.396 0.109 0.248 1.064 0.230 0.230 0.031 0.309 0.238 0.130 0.113 0.037 0.198 0.320 0.137 0.264 0.236 0.072 0.136 0.428 0.242 0.103 0.311 0.062 0.126 0.156 0.222 0.131 0.094 0.084 0.189 0.051 0.069 0.039 0.619 0.649 1.201 1.147 0.856 0.943 nan 1.367 0.986 0.886 1.600 nan 0.910 1.530 1.803 1.293 0.333 0.545 2.565 2.589 0.588 1.101 1.447 0.945 2790 chr12 72687352 72696085 + 0 NA intron (NM_013381, intron 2 of 18) intron (NM_013381, intron 2 of 18) -24429 NR_026836 283392 Hs.363603 NM_001025457 ENSG00000236333 TRHDE-AS1 - TRHDE antisense RNA 1 ncRNA nan 0.661 0.631 6.460 0.091 0.038 1.236 0.147 0.182 0.032 0.097 0.823 0.007 0.081 0.091 0.102 0.085 0.183 0.230 0.347 0.021 0.054 0.136 0.014 0.008 0.017 0.722 1.664 0.109 0.050 0.081 0.243 1.459 0.086 0.032 0.013 0.052 0.799 0.054 0.095 0.076 0.017 0.500 0.026 0.187 0.526 0.056 0.287 0.045 0.038 0.102 0.065 0.014 0.128 0.028 0.022 0.027 0.047 0.334 0.022 0.281 0.061 0.739 1.079 0.308 0.154 0.161 0.314 0.306 0.316 0.122 0.097 0.174 0.203 0.278 0.644 nan 0.415 0.570 0.346 0.072 0.124 0.052 0.098 1.176 4.271 nan 0.788 3876 chr15 27476235 27526755 + 0 NA intron (NM_001270873, intron 3 of 5) AluY|SINE|Alu -95029 NR_120343 101928869 Hs.585699 NR_120343 ENSG00000228740 GABRG3-AS1 - GABRG3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.458 nan 0.027 0.198 2.034 0.041 0.270 0.500 0.013 0.036 0.046 0.011 0.158 2.063 0.081 0.059 0.051 0.042 0.011 0.037 0.003 0.138 0.149 0.339 0.004 0.016 0.010 0.041 0.002 0.101 0.270 0.041 1.938 0.017 0.119 0.023 0.043 0.081 0.014 0.096 0.091 0.014 0.008 0.013 0.023 0.053 0.123 0.061 0.031 0.059 0.149 0.081 0.024 0.006 0.339 0.065 0.053 0.173 0.055 0.510 0.017 0.084 0.049 0.015 0.017 0.007 0.304 0.323 0.358 0.545 0.448 0.480 0.353 0.116 0.159 0.163 0.355 0.554 3.156 2.921 nan 0.534 0.221 0.318 0.173 0.159 0.336 0.557 1.435 0.844 3688 chr14 74205917 74239421 + 0 NA intron (NM_001043318, intron 1 of 11) MIRb|SINE|MIR -2781 NR_039727 100616158 NR_039727 ENSG00000264741 MIR4505 mir-4505 microRNA 4505 ncRNA 2.319 1.408 1.755 2.448 1.185 2.021 2.179 0.378 0.661 2.403 1.475 0.971 2.032 0.396 1.837 1.237 1.752 0.246 1.296 0.566 3.151 0.198 0.360 0.246 1.436 3.014 2.707 0.385 2.486 1.436 2.222 7.937 2.320 2.259 1.785 2.758 0.242 0.781 0.114 0.812 0.697 2.059 1.275 0.586 1.319 1.826 1.876 1.118 2.547 2.052 0.951 3.341 1.237 1.568 1.016 1.436 1.666 2.869 0.270 1.887 0.798 1.736 0.711 0.636 3.969 0.270 0.104 1.108 1.598 1.122 2.220 1.786 1.590 1.294 0.501 3.328 3.315 0.648 0.993 3.632 nan 1.985 2.158 1.118 1.920 1.055 1.001 1.362 2.174 1.282 nan 4576 chr17 7727306 7749284 + 0 NA Intergenic CpG -4929 NM_001348716 23135 Hs.223678 NM_001080424 ENSG00000132510 KDM6B JMJD3 lysine demethylase 6B protein-coding 3.941 1.875 2.515 1.508 2.038 2.627 1.326 1.877 4.020 1.335 1.776 1.301 2.225 1.988 2.960 2.295 1.291 0.110 2.866 0.776 2.110 3.085 1.136 0.571 2.354 0.620 0.808 1.013 2.031 0.550 5.157 4.650 4.006 6.205 1.263 2.425 0.465 3.953 0.129 0.598 1.366 4.164 2.387 0.887 0.733 2.164 1.175 1.538 3.145 3.496 1.148 1.073 2.295 5.761 3.316 2.354 1.480 1.614 1.143 5.274 3.203 1.776 1.080 2.278 1.264 1.924 1.073 2.832 4.166 2.835 4.754 5.388 4.300 4.484 2.521 4.945 5.449 2.286 3.008 5.611 8.356 1.772 2.429 1.108 1.770 2.478 2.234 4.594 7.570 1.402 0.789 8426 chr4 74958560 74989634 + 0 NA Intergenic Intergenic -9100 NM_002089 2920 Hs.75765 NM_002089 ENSG00000081041 CXCL2 CINC-2a|GRO2|GROb|MGSA-b|MIP-2a|MIP2|MIP2A|SCYB2 C-X-C motif chemokine ligand 2 protein-coding 0.742 1.002 0.603 2.024 0.476 0.061 2.489 0.122 0.291 0.843 2.345 2.254 0.187 0.061 0.178 0.166 1.400 0.145 2.452 1.637 2.943 0.022 0.197 0.116 0.172 2.466 1.910 0.147 2.728 2.864 2.565 4.364 3.328 2.407 2.314 4.120 0.009 0.056 0.090 1.552 0.093 4.261 1.445 0.673 3.021 1.792 0.243 2.810 1.881 1.516 0.589 2.515 0.166 2.669 3.541 0.172 1.203 1.086 0.019 1.170 0.424 1.772 0.095 0.127 0.927 0.102 0.062 0.479 0.328 0.339 0.646 0.353 0.290 0.383 0.163 0.493 0.497 0.090 0.180 1.936 2.506 0.476 0.345 0.204 0.355 0.091 0.152 0.299 0.486 0.304 0.321 7388 chr22 33172345 33207762 + 0 NA intron (NM_001135774, intron 6 of 13) MamRep605|Unknown|Unknown -6749 NM_000362 7078 Hs.644633 NM_000362 ENSG00000100234 TIMP3 HSMRK222|K222|K222TA2|SFD TIMP metallopeptidase inhibitor 3 protein-coding nan 0.433 0.797 0.532 0.067 0.011 0.040 0.118 0.236 0.607 0.049 0.321 0.245 0.022 0.100 0.284 0.265 0.097 0.034 0.022 0.021 0.016 0.066 0.047 0.061 0.488 0.311 0.004 0.125 0.103 0.150 nan 0.046 0.215 0.043 0.026 0.138 0.088 0.264 0.047 0.085 0.027 0.007 0.012 0.026 2.468 0.082 0.043 0.026 0.020 0.349 0.284 0.032 0.011 0.061 0.073 0.209 0.052 0.079 0.032 0.153 0.028 0.184 0.132 0.010 0.011 0.355 0.412 0.150 nan 0.263 0.277 0.648 0.196 0.069 0.067 0.150 nan 0.241 0.404 0.757 0.605 0.328 0.242 0.063 0.101 0.267 nan 0.257 0.312 1328 chr10 12539909 12611235 + 0 NA intron (NM_001351032, intron 3 of 11) intron (NM_001351032, intron 3 of 11) -45180 NR_039700 100616151 NR_039700 ENSG00000263584 MIR4480 - microRNA 4480 ncRNA nan 1.682 0.489 0.068 3.247 1.231 0.169 0.316 0.568 0.042 0.079 0.248 0.014 0.144 0.913 0.548 0.216 0.164 0.170 0.085 0.074 0.041 0.677 0.354 2.054 0.082 0.053 0.080 0.069 0.016 0.101 0.482 0.153 3.601 0.049 0.063 0.080 0.058 0.081 0.069 0.084 0.052 0.053 0.049 0.041 0.050 0.108 0.133 0.171 0.067 0.041 0.224 0.548 0.264 0.346 2.054 0.050 0.144 0.054 0.104 0.600 0.103 0.090 0.095 0.067 0.246 0.223 0.362 0.242 0.246 0.510 1.674 1.765 4.070 1.657 0.155 0.146 0.542 0.758 3.729 5.289 0.253 0.164 0.187 0.292 0.403 0.400 0.163 0.324 1.321 0.723 3097 chr13 27527676 27547049 + 0 NA Intergenic Intergenic -162308 NR_046547 100874070 Hs.524923 NR_046547 USP12-AS1 - USP12 antisense RNA 1 ncRNA 1.000 0.584 2.355 0.078 1.295 0.099 0.142 0.157 0.286 0.005 0.147 0.550 1.843 1.786 0.381 0.175 0.089 0.042 0.088 0.058 0.036 0.014 0.169 0.089 1.186 0.200 0.107 0.160 0.071 0.164 0.092 0.495 0.054 0.528 0.023 0.519 0.039 0.062 0.537 0.697 0.117 0.078 0.069 0.382 0.095 0.121 0.243 1.238 0.062 0.205 0.144 0.175 0.097 0.316 1.186 0.126 0.427 0.426 0.249 1.610 0.074 0.971 0.057 0.055 0.015 0.013 1.190 2.326 0.442 nan 3.168 3.108 1.561 0.361 0.191 0.216 0.639 0.910 1.293 1.538 5.151 6.181 1.096 1.512 0.094 0.091 0.195 0.369 1.443 0.763 3767 chr14 92586515 92590526 + 0 NA promoter-TSS (NM_004545) promoter-TSS (NM_004545) 204 NM_001322272 53981 Hs.657632 NM_017437 ENSG00000165934 CPSF2 CPSF100 cleavage and polyadenylation specific factor 2 protein-coding 9.545 4.109 5.143 4.748 6.636 5.841 3.577 3.074 4.778 1.815 3.017 3.167 2.492 2.205 4.678 6.575 6.254 0.880 2.461 0.948 7.355 3.022 2.696 1.769 7.669 4.944 6.291 2.026 3.580 2.302 9.007 11.866 6.560 11.144 3.394 6.469 1.588 5.223 0.175 2.093 3.599 4.224 7.151 3.110 2.964 3.893 2.448 4.858 4.992 9.798 3.242 5.556 6.575 2.241 4.753 7.669 4.149 4.852 2.016 4.875 2.456 4.602 2.151 2.314 6.791 2.598 1.646 9.597 7.477 9.447 12.274 13.135 13.844 6.976 4.586 23.846 27.057 7.493 9.065 8.784 13.785 15.088 13.888 9.559 12.554 8.386 9.634 7.816 5.985 nan 3.451 409 chr1 59323210 59370532 + 0 NA intron (NR_108106, intron 1 of 1) intron (NR_108106, intron 1 of 1) 96048 NR_034015 100131060 Hs.680604 NR_034014 ENSG00000234807 LINC01135 - long intergenic non-protein coding RNA 1135 ncRNA 1.574 1.050 1.631 0.798 1.827 0.611 1.530 0.795 1.411 0.165 0.775 1.303 0.034 1.086 0.461 0.495 0.488 0.168 0.505 0.400 0.302 0.032 1.228 0.590 3.288 0.612 0.416 0.131 0.532 0.380 0.357 nan 0.349 1.783 0.627 0.246 0.240 0.089 0.107 0.370 1.025 0.788 0.385 0.219 0.454 0.288 1.328 1.610 0.401 0.810 0.328 0.735 0.495 0.472 1.238 3.288 0.520 0.308 0.202 0.506 1.418 0.254 0.721 0.123 0.598 0.280 0.252 0.939 1.043 0.582 0.585 3.536 3.604 5.073 1.324 0.733 0.775 1.672 2.658 4.443 4.002 0.586 0.331 1.210 1.476 0.633 0.799 0.334 nan 1.739 1.027 4049 chr15 71403063 71431311 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -9348 NM_001102658 196993 Hs.646533 NM_001102658 ENSG00000225362 CT62 - cancer/testis antigen 62 protein-coding 0.606 0.837 1.134 0.335 0.134 0.015 0.549 0.332 0.682 0.197 0.342 0.593 1.630 0.046 0.137 0.461 0.278 0.131 0.382 0.262 4.699 0.083 0.239 0.133 0.602 0.421 0.243 0.248 1.576 0.770 0.366 0.684 0.522 0.712 0.419 0.305 0.027 0.151 0.071 0.155 0.038 2.098 0.393 0.212 0.933 0.812 0.921 0.306 3.001 0.771 0.312 1.471 0.461 0.559 1.435 0.602 0.139 1.482 0.047 2.982 0.068 0.535 0.126 0.040 0.239 0.086 0.115 0.328 0.215 0.712 1.989 0.332 0.372 2.032 0.895 0.200 0.197 0.104 0.228 0.321 0.509 0.660 0.474 0.360 0.551 0.165 0.130 0.164 0.374 0.281 0.255 5353 chr18 53244058 53258564 + 0 NA intron (NM_001348219, intron 2 of 18) intron (NM_001348219, intron 2 of 18) 2039 NM_001306207 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 0.858 0.919 0.045 1.315 0.665 0.196 1.426 2.518 0.159 1.055 1.231 0.154 0.063 1.907 3.358 1.353 0.045 0.279 0.079 0.074 0.382 1.267 0.907 2.915 0.367 0.327 0.107 0.033 0.181 0.078 0.090 0.093 3.429 0.201 0.463 1.558 3.939 0.126 0.049 2.209 0.076 0.004 0.010 0.158 0.037 1.279 0.427 0.601 1.147 0.174 0.004 3.358 0.221 2.915 0.017 0.057 0.622 0.904 3.803 0.017 1.802 0.835 0.425 0.004 0.004 2.271 3.131 4.274 3.993 8.036 6.297 10.368 4.541 6.112 6.151 2.388 3.008 1.902 2.741 2.817 3.388 2.164 3.359 6.051 5.446 1.831 1.949 nan 2.724 7858 chr3 136465432 136473942 + 0 NA intron (NM_005862, intron 1 of 33) intron (NM_005862, intron 1 of 33) 1558 NM_005862 10274 Hs.412586 NM_005862 ENSG00000118007 STAG1 MRD47|SA1|SCC3A stromal antigen 1 protein-coding 6.243 nan nan 6.643 5.480 5.578 3.319 4.710 8.147 1.379 2.946 2.480 1.822 1.377 4.430 4.056 5.171 0.568 2.547 1.014 3.700 2.381 4.167 2.022 5.317 2.931 3.612 2.388 6.370 1.596 3.900 6.259 4.182 5.788 0.824 4.151 0.692 4.696 0.151 1.128 4.668 4.862 3.747 1.681 2.213 2.159 2.211 3.459 2.899 5.469 1.908 3.731 4.056 3.391 5.436 5.317 1.020 1.805 1.233 4.476 1.708 3.075 2.446 2.798 2.141 1.753 1.112 4.035 4.861 6.072 7.281 10.471 9.748 9.951 5.505 12.839 12.829 5.898 6.427 5.521 8.539 nan 9.894 4.125 7.312 3.239 3.227 8.043 6.748 2.675 1.400 7137 chr21 18803696 18816065 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -1328 NR_037586 100505929 Hs.46707 NM_001005521 ENSG00000232560 LINC01549 C21orf37 long intergenic non-protein coding RNA 1549 ncRNA 1.161 0.924 nan 0.181 0.437 0.080 0.075 0.168 0.381 0.023 0.089 0.015 0.030 0.033 0.110 1.106 0.012 0.026 0.111 0.015 0.036 0.089 0.327 0.258 0.459 0.154 0.076 0.077 0.083 0.025 0.262 1.075 0.403 1.985 0.023 0.157 1.890 0.029 0.072 0.019 0.339 0.037 0.024 0.025 0.044 0.270 1.063 0.223 0.280 0.114 0.026 0.331 1.106 0.058 0.224 0.459 0.010 0.074 0.055 0.247 0.074 0.008 0.960 0.043 0.019 0.012 0.349 0.312 0.751 1.782 0.664 0.718 0.102 0.054 0.313 0.272 1.066 1.640 0.140 0.149 0.775 0.438 0.207 0.278 4.956 5.053 1.100 2.776 0.684 0.718 1958 chr11 59521219 59535318 + 0 NA intron (NM_004177, intron 1 of 10) MIRc|SINE|MIR 5736 NM_004177 6809 Hs.180711 NM_004177 ENSG00000166900 STX3 STX3A syntaxin 3 protein-coding 0.946 1.302 1.111 1.107 0.959 0.695 1.120 0.284 0.682 0.393 1.235 0.405 0.286 0.815 1.080 0.162 0.814 0.104 0.744 0.292 0.422 0.099 0.379 0.216 0.723 0.634 0.578 0.856 0.967 0.351 1.024 1.203 1.039 3.053 0.466 0.542 0.142 0.292 0.143 0.276 0.292 1.214 0.941 0.536 0.397 0.723 1.284 2.005 1.127 1.009 0.860 0.604 0.162 1.273 0.341 0.723 0.261 0.477 0.171 0.910 0.373 0.863 0.358 2.185 0.560 0.609 0.358 0.822 1.192 1.724 2.137 1.338 1.292 1.908 0.628 1.102 0.967 0.669 1.040 1.676 2.465 4.229 4.001 0.691 1.347 0.900 1.080 2.313 7.078 0.850 0.556 812 chr1 160656028 160672848 + 0 NA intron (NM_001256030, intron 1 of 2) HERVK-int|LTR|ERVK 17203 NM_001256030 962 Hs.243564 NM_001778 ENSG00000117091 CD48 BCM1|BLAST|BLAST1|MEM-102|SLAMF2|hCD48|mCD48 CD48 molecule protein-coding 1.233 nan 1.292 0.070 0.095 0.080 0.194 0.123 0.245 0.040 0.086 0.066 0.136 0.137 0.269 0.198 0.146 0.077 0.113 0.060 0.074 0.084 0.152 0.089 0.157 0.094 0.018 0.121 0.069 0.111 0.665 0.277 0.423 0.035 0.074 0.045 0.104 0.115 0.014 0.039 0.110 0.066 0.023 0.071 0.268 0.094 0.161 0.087 0.030 0.037 0.087 0.198 0.207 0.066 0.089 0.123 0.059 0.063 0.111 0.024 0.093 0.070 2.299 0.014 0.031 0.021 0.508 0.389 0.346 0.432 0.400 nan 0.162 0.115 0.180 0.154 0.223 0.344 0.203 nan 0.439 0.228 0.300 0.412 0.085 0.108 2.373 5.692 0.307 0.357 8275 chr4 15001135 15008695 + 0 NA exon (NM_001177383, exon 1 of 11) exon (NM_001177383, exon 1 of 11) 617 NM_001177381 132864 Hs.656937 NM_182485 ENSG00000137449 CPEB2 CPE-BP2|CPEB-2|hCPEB-2 cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 protein-coding nan nan nan 4.712 4.188 0.074 3.147 0.661 1.218 0.909 6.980 1.467 0.872 0.648 8.377 4.036 4.387 0.619 3.910 1.105 2.905 1.427 3.306 1.093 2.311 2.126 3.537 2.802 5.423 1.882 3.480 3.140 3.658 11.607 1.482 2.313 1.107 0.976 0.100 1.748 5.426 5.193 3.198 1.722 1.523 1.993 2.961 5.802 5.776 4.860 5.859 3.865 4.036 6.418 3.328 2.311 3.595 3.380 0.038 4.006 1.789 1.867 0.104 0.976 2.606 1.167 0.852 1.033 2.715 4.916 6.536 3.515 3.216 7.084 2.636 4.472 4.143 1.048 1.231 1.812 3.183 1.915 2.122 0.263 0.628 3.913 2.889 2.657 3.762 nan 1.645 585 chr1 111078988 111109283 + 0 NA Intergenic G-rich|Low_complexity|Low_complexity -32338 NM_005549 3744 Hs.248140 NM_005549 ENSG00000143105 KCNA10 Kcn1|Kv1.8 potassium voltage-gated channel subfamily A member 10 protein-coding nan 0.623 1.083 0.068 0.119 0.028 0.042 0.148 0.177 0.009 0.054 0.046 0.012 0.214 0.137 0.262 0.088 0.066 0.028 0.006 0.011 0.028 0.063 0.079 0.055 0.036 0.012 0.032 0.046 0.007 0.060 0.111 0.065 0.593 0.010 0.044 0.072 0.043 0.087 0.008 0.567 0.149 0.024 0.013 0.030 0.045 0.131 0.158 0.078 0.026 0.034 0.070 0.262 0.057 0.027 0.055 0.024 0.053 0.381 0.247 0.137 0.042 0.122 0.049 0.008 0.010 0.010 3.605 4.220 0.158 0.173 0.397 nan 0.826 0.334 0.178 0.175 1.581 2.412 0.368 0.443 0.806 0.736 0.457 0.507 0.342 0.334 0.159 0.272 0.863 0.653 9569 chr6 32820085 32831520 + 0 NA exon (NM_002800, exon 4 of 6) exon (NM_002800, exon 4 of 6) 3864 NM_002800 5698 Hs.654585 NM_002800 ENSG00000240065 PSMB9 LMP2|PSMB6i|RING12|beta1i proteasome subunit beta 9 protein-coding nan 1.702 nan 0.934 0.459 0.676 1.035 0.427 0.931 0.510 2.279 0.688 1.710 0.174 1.151 0.189 1.900 0.170 1.409 0.368 5.249 0.024 0.313 0.167 0.230 1.437 1.559 0.677 0.809 0.400 0.539 0.791 1.447 2.013 0.732 0.682 0.017 2.737 0.171 0.598 0.083 3.618 1.472 0.744 1.316 0.699 0.523 2.082 1.139 1.873 2.242 0.561 0.189 1.054 0.997 0.230 0.203 0.851 0.042 3.436 0.690 0.857 0.862 0.043 0.409 0.660 0.242 1.318 1.934 1.244 nan nan 0.616 0.309 0.094 0.971 1.199 0.179 0.326 0.424 0.467 0.550 0.265 1.101 1.548 0.113 0.172 0.108 0.245 0.388 0.344 3711 chr14 77667251 77680167 + 0 NA intron (NM_020431, intron 1 of 23) MIR|SINE|MIR 25607 NM_020431 57156 Hs.22452 NM_020431 ENSG00000165548 TMEM63C C14orf171|CSC1|hsCSC1 transmembrane protein 63C protein-coding 3.000 2.457 1.163 0.067 1.801 5.828 0.077 0.871 1.819 0.037 0.079 0.015 0.434 0.497 1.168 0.104 0.047 0.008 0.015 0.048 0.003 1.068 0.417 2.124 0.152 0.090 0.006 0.106 0.033 0.221 1.100 0.385 2.397 0.187 0.071 0.767 0.058 0.108 0.037 0.266 0.090 0.042 0.012 0.017 0.161 0.060 0.129 0.057 0.092 0.067 0.154 1.168 0.033 0.077 2.124 0.031 0.187 0.496 0.076 1.189 0.087 0.232 0.148 0.047 0.013 0.004 0.392 0.382 0.128 0.147 2.474 3.570 1.925 0.873 0.236 0.211 0.723 1.233 6.155 nan 1.746 1.353 0.361 0.559 2.518 2.043 0.464 0.853 4.070 nan 8970 chr5 69112922 69152403 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -7834 NR_146391 653080 Hs.582500 NR_146391 LOC653080 - glucuronidase beta pseudogene pseudo 1.018 2.451 0.875 0.359 0.955 0.330 0.323 0.434 0.673 0.158 0.286 0.166 0.242 0.875 0.821 0.817 0.189 0.049 0.314 0.082 0.106 0.358 2.032 1.426 0.515 0.183 0.281 0.163 0.307 0.158 0.344 0.908 0.447 2.105 0.327 0.276 3.119 0.315 0.133 0.111 0.620 0.322 0.278 0.186 0.135 0.284 0.332 0.104 0.208 0.337 0.264 0.201 0.817 0.285 0.279 0.515 0.251 0.668 0.497 0.283 0.429 0.247 0.368 0.120 0.148 0.109 0.062 1.018 0.974 0.998 1.539 1.560 1.483 4.539 2.529 1.188 0.973 2.421 2.583 1.628 2.323 1.134 0.941 0.214 0.551 4.395 6.223 0.425 0.525 3.790 2.071 4633 chr17 18084351 18090718 + 0 NA 5' UTR (NM_017758, exon 1 of 4) 5' UTR (NM_017758, exon 1 of 4) 667 NM_017758 54890 Hs.744130 NM_017758 ENSG00000091542 ALKBH5 ABH5|OFOXD|OFOXD1 alkB homolog 5, RNA demethylase protein-coding 4.240 2.156 3.593 2.275 1.976 1.791 2.280 3.178 5.593 1.598 2.759 1.654 2.784 1.054 2.149 3.674 1.671 0.337 3.546 1.373 4.623 1.637 0.718 0.725 2.986 1.119 1.587 1.098 2.069 0.918 2.843 5.240 3.645 5.315 2.084 3.815 0.345 3.568 0.096 1.402 2.559 5.609 5.121 2.312 3.107 2.355 3.218 3.039 5.508 5.851 2.321 2.597 3.674 3.530 6.943 2.986 2.195 2.528 1.387 7.060 4.776 3.916 1.055 2.619 2.982 2.071 1.327 4.029 5.505 3.989 nan 6.737 6.327 3.122 1.410 4.688 4.529 3.151 3.908 5.509 6.306 nan 5.367 1.990 4.558 1.701 1.823 3.305 5.897 1.349 0.669 8837 chr5 32488814 32509294 + 0 NA Intergenic HAL1b|LINE|L1 -54187 NR_144318 51663 Hs.435231 NM_016107 ENSG00000056097 ZFR SPG71|ZFR1 zinc finger RNA binding protein protein-coding 1.289 1.607 nan 0.084 0.746 0.079 0.222 0.305 0.549 0.023 0.170 0.099 0.030 0.019 0.206 0.926 3.331 0.683 0.297 0.176 0.065 0.074 1.333 0.878 5.642 0.071 0.021 0.034 0.100 0.036 0.170 0.433 0.177 1.012 0.029 0.127 0.338 0.032 0.121 0.069 0.101 0.112 0.080 0.057 0.295 0.083 0.080 0.049 0.231 0.080 0.043 0.088 0.926 0.460 0.041 5.642 0.066 0.106 0.478 0.127 0.546 0.207 0.114 0.036 0.078 0.053 0.022 0.476 0.543 0.343 0.608 4.121 3.617 3.359 1.025 0.284 0.337 1.755 2.838 0.242 0.249 2.295 2.146 0.338 0.492 1.157 0.993 0.160 0.210 2.726 1.604 732 chr1 153533202 153561402 + 0 NA Intergenic SVA_C|Other|Other -8996 NM_005978 6273 Hs.516484 NM_005978 ENSG00000196754 S100A2 CAN19|S100L S100 calcium binding protein A2 protein-coding nan nan 1.878 2.684 0.641 1.783 2.810 0.352 0.746 0.995 1.509 2.036 0.539 2.067 1.059 2.248 1.553 0.245 2.605 2.195 2.456 0.152 0.827 0.294 0.588 3.164 3.594 1.589 2.493 2.018 17.478 24.151 2.437 7.817 2.813 3.534 0.838 0.230 0.133 3.141 0.073 4.616 3.139 1.131 3.289 2.289 1.638 3.159 2.946 2.190 3.414 5.010 2.248 3.823 3.420 0.588 1.802 4.497 1.128 5.368 2.293 2.699 0.169 3.900 2.137 2.198 1.808 0.402 0.412 1.020 2.396 1.215 nan 2.132 0.554 0.785 0.785 2.511 3.441 2.028 2.644 2.568 2.650 0.863 0.851 2.391 3.169 2.870 9.012 1.105 0.782 5480 chr19 2027693 2070882 + 0 NA intron (NM_199054, intron 2 of 13) intron (NM_199054, intron 2 of 13) 1956 NM_199054 2872 Hs.515032 NM_017572 ENSG00000099875 MKNK2 GPRK7|MNK2 MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 protein-coding 1.844 1.935 3.152 0.991 1.863 0.941 1.770 1.094 1.969 0.510 1.477 1.131 0.471 0.941 2.135 1.524 0.968 0.324 2.783 1.140 1.979 2.361 0.632 0.435 1.258 1.341 1.366 2.384 1.692 0.732 3.452 6.230 1.818 2.108 1.116 2.209 0.342 1.624 0.110 0.667 0.350 4.129 0.996 0.507 1.766 0.915 1.015 2.637 2.932 4.030 1.840 1.884 1.524 3.280 2.233 1.258 0.938 1.810 0.465 4.195 1.868 2.019 0.559 0.501 0.928 1.224 0.851 1.310 2.301 1.301 2.193 1.768 1.819 1.458 0.554 1.998 2.015 1.443 2.106 2.321 nan 1.888 1.587 1.026 1.222 1.430 1.543 1.071 1.689 1.817 0.978 6906 chr20 25840298 25849021 + 0 NA Intergenic SST1|Satellite|centr -10002 NR_110001 101926935 Hs.737440 NR_110001 LOC101926935 - uncharacterized LOC101926935 ncRNA 0.770 1.605 nan 0.157 0.256 0.373 0.170 0.276 0.753 0.240 0.539 0.516 0.149 0.332 0.353 0.734 0.210 0.111 0.097 0.065 0.066 0.574 0.252 0.139 0.396 0.272 0.125 0.762 0.096 0.110 0.546 0.705 0.518 2.700 0.185 0.184 0.088 0.634 0.080 0.205 0.036 0.597 0.373 0.356 0.162 0.129 0.640 0.322 0.626 0.375 0.624 0.245 0.734 0.233 0.201 0.396 0.183 0.212 0.753 1.899 1.083 0.797 0.443 0.185 0.854 0.073 0.029 4.576 7.911 1.029 1.502 1.406 1.617 0.472 0.166 1.240 1.200 1.225 1.594 0.765 0.639 1.754 0.907 0.879 1.440 0.135 0.226 0.305 0.722 0.397 0.399 8023 chr3 173448086 173508138 + 0 NA intron (NM_014932, intron 3 of 6) L2c|LINE|L2 160474 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 0.950 1.446 0.758 0.160 0.131 0.089 0.293 0.761 1.296 0.006 0.066 0.063 0.025 0.033 0.072 0.195 0.165 0.115 0.273 0.224 0.034 0.010 0.335 0.245 0.147 0.064 0.024 0.022 0.212 0.127 0.087 0.077 0.133 0.220 0.080 0.058 0.513 0.038 0.093 0.050 0.132 0.049 0.055 0.053 0.076 0.018 0.134 0.160 0.022 0.104 0.020 0.042 0.195 0.052 0.026 0.147 0.067 0.019 0.015 0.023 0.045 0.033 0.069 0.068 0.013 0.024 0.005 0.330 0.257 1.016 0.650 0.316 0.401 1.737 0.651 0.359 0.326 4.678 4.550 0.329 0.360 0.640 0.299 0.230 0.308 1.966 3.251 0.363 0.605 0.469 0.420 11010 chr8 64557221 64562476 + 0 NA Intergenic Intergenic -122140 NR_038875 286184 Hs.586402 NR_038875 ENSG00000253734 LINC01289 - long intergenic non-protein coding RNA 1289 ncRNA 0.776 0.555 0.694 0.068 0.010 0.082 0.092 0.038 0.032 0.094 0.024 0.037 0.050 0.074 0.085 0.123 0.040 0.012 0.159 0.060 0.109 0.068 0.015 0.063 0.020 0.110 0.028 0.083 0.310 0.028 0.040 0.018 0.020 0.110 0.045 0.052 0.023 0.020 0.029 0.041 0.126 0.015 0.160 0.030 0.074 0.080 0.068 0.023 0.022 6.179 0.542 0.015 0.022 0.019 5.630 7.889 2.550 0.945 0.285 0.323 6.494 2.849 0.387 0.390 0.129 nan 0.139 0.163 nan 0.256 9.452 10.109 0.475 0.301 0.221 0.656 0.855 0.571 9623 chr6 37785548 37788912 + 0 NA promoter-TSS (NM_021943) promoter-TSS (NM_021943) -77 NM_021943 60685 Hs.36959 NM_021943 ENSG00000156639 ZFAND3 TEX27 zinc finger AN1-type containing 3 protein-coding 8.598 5.485 nan 6.012 9.164 8.054 6.285 4.628 7.186 2.396 7.122 3.145 6.401 3.901 7.499 8.168 7.855 1.055 7.413 1.292 6.723 8.524 2.842 1.414 12.368 3.695 6.083 2.663 5.657 2.284 9.954 11.400 11.161 17.972 2.204 4.030 2.923 6.503 0.235 2.165 4.370 12.445 8.025 3.473 2.460 3.508 5.983 9.326 5.250 9.274 4.500 3.755 8.168 9.736 6.108 12.368 2.178 5.110 3.461 11.117 4.065 4.434 2.534 2.036 3.551 3.865 2.466 9.081 10.565 8.328 nan 12.097 11.222 13.567 5.941 16.146 16.893 5.799 7.286 12.612 17.077 6.542 6.733 3.627 6.626 8.254 9.277 4.862 6.816 3.258 1.622 4653 chr17 21304652 21317354 + 0 NA intron (NM_001194958, intron 1 of 2) (TCCA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 2555 NM_001194958 100134444 Hs.200629 NM_001194958 ENSG00000260458 KCNJ18 KIR2.6|TTPP2 potassium voltage-gated channel subfamily J member 18 protein-coding nan nan nan 0.211 0.193 0.150 0.997 0.428 0.679 0.061 0.289 0.725 0.078 0.086 0.074 0.435 0.154 0.114 0.329 0.145 0.261 0.098 0.037 0.104 0.085 1.009 0.638 0.081 0.140 0.059 0.990 2.977 0.387 0.548 0.143 1.101 0.008 0.215 0.233 0.256 0.075 2.275 0.560 0.394 0.078 0.330 2.219 0.759 0.748 1.730 0.179 3.709 0.435 0.325 1.181 0.085 0.385 0.350 0.359 0.838 0.183 2.178 0.063 0.176 0.394 0.177 0.080 0.963 0.913 0.524 0.832 0.540 0.597 0.501 0.203 0.241 0.267 1.319 2.017 0.800 0.777 1.668 1.316 0.297 0.326 0.112 0.142 0.398 nan 0.606 0.529 11737 chr9 116839994 116846646 + 0 NA Intergenic Intergenic -2568 NM_001633 259 Hs.436911 NM_001633 ENSG00000106927 AMBP A1M|EDC1|HCP|HI30|IATIL|ITI|ITIL|ITILC|UTI alpha-1-microglobulin/bikunin precursor protein-coding 0.727 0.655 nan 0.109 0.066 0.157 0.178 0.048 0.218 0.082 0.226 0.018 1.834 0.066 0.191 0.068 0.024 0.096 0.028 1.175 0.042 0.024 0.108 0.037 0.465 0.261 0.087 0.113 0.124 nan 0.287 0.769 0.065 0.503 0.097 0.057 0.267 0.036 0.138 0.080 0.024 0.106 0.447 0.043 0.120 6.002 0.054 4.303 4.458 0.191 0.107 0.030 0.037 0.257 0.247 0.265 0.200 0.257 0.059 0.045 0.231 0.034 0.009 0.024 0.295 0.179 0.292 0.367 0.402 0.432 0.131 0.118 0.680 0.543 0.126 0.206 0.662 nan 1.228 0.919 0.174 0.228 0.114 0.226 0.752 1.360 nan 0.410 6831 chr20 9041185 9071027 + 0 NA intron (NM_001172646, intron 1 of 37) intron (NM_001172646, intron 1 of 37) 6405 NM_001172646 5332 Hs.472101 NM_000933 ENSG00000101333 PLCB4 ARCND2|PI-PLC phospholipase C beta 4 protein-coding 1.038 1.142 0.875 0.239 1.216 0.093 0.103 0.447 0.928 0.038 0.850 0.337 0.579 0.124 0.887 0.653 0.619 0.135 0.185 0.051 0.658 0.028 1.571 0.958 0.775 0.376 0.226 1.230 0.074 0.084 0.532 1.334 0.198 3.130 0.302 0.460 1.415 0.294 0.117 0.212 0.527 1.923 1.375 0.649 0.152 0.103 0.515 0.326 1.233 1.349 0.214 0.017 0.653 0.079 0.988 0.775 0.102 0.673 0.437 0.853 0.330 0.140 0.408 0.281 0.046 0.559 0.335 0.801 1.250 0.498 0.639 2.071 2.023 3.249 1.039 0.667 0.597 2.000 2.410 2.652 2.548 2.534 2.429 0.474 1.203 4.022 3.823 0.380 0.651 1.121 0.805 6961 chr20 35847851 35905684 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 8544 NM_001184731 2691 Hs.37023 NM_021081 ENSG00000118702 GHRH GHRF|GRF|INN growth hormone releasing hormone protein-coding 1.146 1.852 1.080 0.169 1.647 1.071 0.123 1.886 3.689 0.032 0.174 0.240 0.021 0.060 0.767 2.585 0.225 0.153 0.194 0.056 0.064 0.067 0.226 0.159 0.765 0.100 0.056 0.083 0.115 0.044 0.092 nan 0.167 2.565 0.033 0.140 0.222 0.111 0.103 0.045 1.395 0.167 0.060 0.046 0.068 0.067 0.120 0.291 0.300 0.126 0.039 0.076 2.585 0.122 0.125 0.765 0.038 0.093 0.313 0.225 0.244 0.104 0.073 0.226 0.084 0.028 0.019 0.828 1.194 0.296 0.434 3.169 nan 4.632 1.119 0.658 0.629 0.514 0.823 0.461 0.560 0.789 0.542 0.435 0.505 0.755 0.551 0.491 nan 0.746 0.469 2381 chr11 132488870 132517288 + 0 NA intron (NM_001012393, intron 3 of 7) intron (NM_001012393, intron 3 of 7) 310453 NM_001319106 4978 Hs.4817 NM_002545 ENSG00000183715 OPCML IGLON1|OBCAM|OPCM opioid binding protein/cell adhesion molecule like protein-coding 0.604 nan 0.763 0.023 0.136 0.341 0.182 0.135 0.340 0.037 0.145 0.052 0.031 0.010 0.085 0.528 0.021 0.040 0.030 0.007 0.016 0.015 0.137 0.145 0.405 0.288 0.155 0.047 0.188 0.030 0.048 0.026 0.037 nan 0.005 0.290 0.024 0.038 0.118 0.017 0.112 0.169 0.717 0.357 0.273 0.097 0.054 0.162 0.032 0.070 0.009 0.057 0.528 0.045 0.036 0.405 0.004 0.041 0.017 0.201 0.057 0.389 0.390 0.183 0.205 0.049 0.026 1.512 1.363 2.390 3.822 0.528 0.670 0.671 0.224 3.451 3.622 0.167 0.245 5.765 6.166 0.578 0.361 0.617 1.201 0.185 0.184 0.179 0.477 0.284 0.348 1416 chr10 30234971 30248395 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR 106832 NM_020848 57608 Hs.533953 NM_020848 ENSG00000165757 JCAD KIAA1462 junctional cadherin 5 associated protein-coding 0.505 0.653 0.662 1.322 0.086 0.021 2.979 0.119 0.378 0.233 4.205 5.785 0.014 0.007 0.066 0.351 2.170 0.395 3.340 2.002 0.243 0.010 0.284 0.127 0.294 0.731 0.409 0.049 1.370 1.871 0.167 0.432 0.985 0.591 0.829 0.088 0.021 0.032 0.049 1.504 0.050 0.749 0.363 0.134 1.565 1.878 2.271 3.155 0.127 0.185 0.071 0.303 0.351 1.336 2.380 0.294 0.245 0.110 0.073 0.113 0.069 2.903 0.030 0.009 1.298 0.309 0.129 0.376 0.768 0.402 nan 0.297 0.301 0.611 0.202 0.241 0.287 0.220 0.326 0.400 0.589 0.160 0.102 0.117 0.192 0.139 0.174 0.125 0.185 0.466 0.389 2771 chr12 68597944 68604249 + 0 NA intron (NM_018402, intron 3 of 4) Tigger2|DNA|TcMar-Tigger 18475 NM_018402 55801 Hs.272350 NM_018402 ENSG00000111536 IL26 AK155|IL-26 interleukin 26 protein-coding 1.401 1.127 1.104 0.035 0.741 1.179 0.045 0.822 1.665 0.045 0.072 0.758 0.088 0.080 3.308 5.156 0.118 0.128 0.016 0.030 0.050 1.797 1.013 1.994 0.034 0.058 0.016 0.055 0.038 0.098 0.067 2.727 0.059 0.872 0.035 0.100 0.019 3.629 0.073 0.019 0.036 0.018 0.036 0.061 0.238 0.065 0.040 0.025 0.052 5.156 0.045 1.994 0.039 0.066 0.846 0.036 0.177 0.037 0.096 1.867 0.012 0.046 0.008 0.275 0.361 0.331 0.455 4.120 nan 1.502 0.404 0.236 0.242 1.756 2.490 1.582 2.141 1.064 0.966 0.191 0.209 3.228 4.754 2.411 4.054 6.016 2.573 1658 chr10 115610339 115618010 + 0 NA promoter-TSS (NM_198514) promoter-TSS (NM_198514) -11 NM_001271816 9937 Hs.1560 NM_014881 ENSG00000198924 DCLRE1A PSO2|SNM1|SNM1A DNA cross-link repair 1A protein-coding 3.088 nan 3.550 2.043 3.084 1.969 2.759 3.050 5.880 0.760 3.324 2.233 1.576 1.832 2.630 1.598 2.296 0.292 1.719 0.666 2.524 2.129 2.007 0.981 4.787 1.913 2.416 1.525 3.271 1.326 3.052 4.614 2.222 6.871 0.894 2.947 0.700 2.134 0.121 1.204 1.553 4.402 2.979 1.274 2.328 1.385 1.633 1.366 3.205 3.377 0.971 2.026 1.598 2.046 7.796 4.787 1.496 1.205 0.533 2.603 2.766 2.019 2.678 1.596 1.151 0.896 0.501 5.172 4.754 6.627 8.476 3.471 3.587 7.760 4.685 12.392 13.099 3.087 3.494 9.857 14.417 3.510 3.100 4.065 6.136 3.496 3.979 3.977 3.093 2.664 1.205 11849 chr9 138162468 138203134 + 0 NA Intergenic HERVP71A-int|LTR|ERV1 -52294 NM_173520 157927 Hs.559511 NM_173520 C9orf62 - chromosome 9 open reading frame 62 protein-coding nan 0.939 0.663 0.039 0.070 5.318 0.042 0.233 0.467 0.014 0.056 0.041 0.025 0.225 0.087 0.079 0.081 0.047 0.014 0.117 0.003 0.085 0.073 0.115 0.055 0.020 0.029 0.080 0.013 0.219 1.582 0.047 1.487 0.032 0.067 0.045 0.037 0.055 0.006 0.020 0.135 0.034 0.029 0.011 0.051 0.064 0.113 0.126 0.044 0.143 0.085 0.087 0.081 0.014 0.115 0.044 0.096 0.352 0.299 0.642 0.116 0.080 0.030 0.075 0.024 0.002 0.333 0.526 0.098 0.165 0.391 0.430 nan 0.077 0.051 0.072 0.413 0.671 0.221 0.172 0.997 0.913 0.261 0.282 0.295 0.305 0.185 0.321 0.299 0.324 11602 chr9 81478470 81489804 + 0 NA Intergenic Intergenic 276444 NR_109771 101927450 Hs.738041 NR_109771 ENSG00000260995 LOC101927450 - uncharacterized LOC101927450 ncRNA 0.542 0.798 0.733 0.639 0.224 0.019 2.522 0.652 0.977 0.684 1.357 2.012 0.005 0.018 0.094 0.540 0.556 0.067 0.140 0.317 4.425 0.036 0.237 0.175 0.368 2.992 1.560 1.716 0.745 0.452 0.230 0.387 0.087 0.433 1.036 5.928 0.079 0.737 0.061 1.133 0.028 9.023 7.083 2.940 0.685 0.195 0.085 1.748 2.486 0.154 0.841 0.462 0.540 0.025 1.558 0.368 0.074 0.666 0.121 0.840 0.036 2.839 0.026 0.011 2.289 1.725 1.223 0.173 0.122 1.132 1.838 0.374 0.454 0.851 0.272 0.125 0.146 0.080 0.147 0.359 0.376 0.170 0.082 0.056 0.140 0.399 0.353 0.183 0.259 0.620 0.634 1635 chr10 105515043 105621154 + 0 NA intron (NM_014631, intron 1 of 13) AluSx1|SINE|Alu 47066 NM_014631 9644 Hs.678727 NM_014631 ENSG00000107957 SH3PXD2A FISH|SH3MD1|TKS5 SH3 and PX domains 2A protein-coding nan nan 1.517 0.113 0.564 0.027 1.213 0.222 0.525 0.113 0.300 0.377 0.019 0.320 0.097 0.181 0.116 0.068 0.322 0.220 0.071 0.048 0.192 0.098 0.334 0.379 0.201 0.086 0.119 0.213 1.138 4.332 0.350 0.379 0.210 0.271 0.106 0.091 0.070 0.522 0.235 0.176 0.115 0.066 0.194 0.108 0.259 0.655 1.434 0.336 0.637 1.180 0.181 0.235 0.957 0.334 0.738 0.622 0.225 0.166 0.742 0.218 0.309 0.109 0.348 0.154 0.110 1.433 1.642 2.325 2.252 0.581 0.590 1.329 0.452 0.715 0.710 0.457 nan 1.878 1.822 0.306 0.234 0.839 0.878 0.446 0.627 0.341 nan 0.735 0.490 1237 chr1 242342480 242359483 + 0 NA intron (NM_152666, intron 6 of 10) L1ME4a|LINE|L1 -188596 NM_001004343 440738 Hs.534971 NM_001004343 ENSG00000197769 MAP1LC3C ATG8J|LC3C microtubule associated protein 1 light chain 3 gamma protein-coding nan 1.089 nan 0.081 0.109 0.023 0.067 0.273 0.483 0.011 0.117 0.064 0.004 0.018 0.026 1.001 0.087 0.094 0.063 0.026 0.032 0.360 0.326 0.120 0.008 0.030 0.031 0.055 0.013 0.057 0.128 0.139 1.437 0.034 0.113 0.168 0.032 0.076 0.014 0.439 0.114 0.021 0.023 0.013 0.049 0.040 0.151 0.234 0.059 0.088 0.201 1.001 0.067 0.027 0.120 0.036 0.024 0.251 0.051 0.048 0.032 0.012 0.036 0.036 0.017 0.012 0.239 0.129 0.478 0.658 0.621 0.798 0.856 0.295 0.160 0.184 2.595 3.227 0.227 0.285 0.422 0.337 0.046 0.117 0.754 1.088 0.132 0.251 0.643 0.579 6937 chr20 32250332 32263644 + 0 NA TTS (NM_001024675) TTS (NM_001024675) 2684 NM_001024675 170487 Hs.592151 NM_001024675 ENSG00000182584 ACTL10 C20orf134|dJ63M2.2 actin like 10 protein-coding 2.486 4.982 3.214 2.923 5.303 2.257 1.161 1.588 3.075 1.413 5.085 2.348 0.279 1.745 2.987 1.703 1.640 0.229 2.384 0.953 4.282 0.843 1.486 0.774 4.587 1.404 1.585 1.767 1.703 0.556 3.090 nan 2.595 7.608 0.954 2.339 0.400 2.206 0.095 1.579 0.647 1.524 1.508 0.870 0.837 0.954 2.813 1.247 1.975 3.088 1.826 2.342 1.703 2.494 1.906 4.587 1.225 2.092 0.488 5.063 1.917 2.076 0.922 1.183 1.692 0.511 0.256 4.514 6.371 1.739 2.796 3.499 nan 6.675 1.962 3.521 3.841 2.240 3.205 5.931 6.306 2.987 2.886 1.819 3.282 1.388 1.410 1.950 nan 0.995 0.502 5315 chr18 46376598 46429318 + 0 NA Intergenic Intergenic 66219 NM_001190823 4092 Hs.465087 NM_005904 ENSG00000101665 SMAD7 CRCS3|MADH7|MADH8 SMAD family member 7 protein-coding nan 0.742 1.595 0.450 0.803 0.675 1.070 0.226 0.456 0.166 0.365 0.936 0.124 0.177 0.106 1.876 0.212 0.095 0.190 0.162 0.277 0.055 0.268 0.134 1.194 0.407 0.166 0.091 0.087 0.218 0.323 1.228 0.324 0.999 0.331 0.126 0.196 0.049 0.071 0.285 0.341 0.283 0.129 0.104 0.422 0.176 0.594 0.347 0.345 0.494 0.085 0.900 1.876 0.115 0.152 1.194 0.167 0.055 0.382 0.279 0.871 0.116 0.062 0.129 0.619 0.047 0.035 0.521 0.633 0.261 0.474 0.863 0.921 3.858 0.901 0.235 0.227 0.571 0.796 0.514 0.687 0.755 0.693 0.267 0.345 1.752 1.690 0.323 nan 5.061 2.668 5691 chr19 42208779 42217756 + 0 NA intron (NM_001308398, intron 1 of 8) L2a|LINE|L2 763 NM_001291484 1048 Hs.709196 NM_004363 ENSG00000105388 CEACAM5 CD66e|CEA carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 5 protein-coding 0.755 3.863 0.694 0.047 0.917 0.648 0.174 2.521 5.092 0.032 0.121 0.049 0.055 0.377 0.864 0.086 0.050 0.018 0.117 0.043 0.117 0.015 0.382 0.151 1.776 0.123 0.033 0.114 0.245 0.095 2.324 nan 1.040 2.487 0.081 0.066 0.287 0.132 0.109 0.039 0.009 0.257 0.054 0.043 0.183 0.206 0.451 0.134 0.317 0.118 1.359 0.595 0.086 0.207 0.103 1.776 0.423 1.915 0.594 0.136 0.132 0.064 0.041 0.009 0.051 0.012 0.171 0.155 0.061 0.121 0.280 0.285 1.149 0.361 0.276 0.194 0.173 0.250 1.992 1.626 0.419 0.120 0.196 0.207 1.224 1.103 0.142 0.276 4.347 1.461 2490 chr12 12577341 12604333 + 0 NA intron (NM_058169, intron 3 of 3) AluJo|SINE|Alu 80824 NM_058169 118426 Hs.504805 NM_058169 ENSG00000165714 BORCS5 LOH12CR1|LOH1CR12 BLOC-1 related complex subunit 5 protein-coding 1.111 1.202 1.061 0.251 0.529 0.344 0.126 2.129 4.265 0.230 0.274 0.253 0.333 0.052 0.282 0.210 0.114 0.030 0.101 0.035 0.065 0.020 1.393 0.630 0.276 0.287 0.086 0.043 0.080 0.114 0.181 0.843 0.854 0.475 0.060 0.380 0.070 0.080 0.136 0.017 0.111 0.229 0.137 0.106 0.333 0.079 0.185 0.278 1.661 0.156 0.196 0.810 0.210 0.079 0.052 0.276 0.487 0.552 0.029 0.196 0.418 0.076 0.062 0.224 0.039 0.218 0.088 0.191 0.219 0.343 0.640 nan 0.711 6.344 1.673 0.388 0.425 0.568 0.826 1.325 1.235 0.371 0.204 0.209 0.284 0.541 0.926 0.363 0.907 2.509 1.046 7823 chr3 128392651 128401757 + 0 NA Intergenic Intergenic -27485 NM_002950 6184 Hs.518244 NM_002950 ENSG00000163902 RPN1 OST1|RBPH1 ribophorin I protein-coding 3.199 nan 1.817 1.938 1.696 1.352 1.608 1.729 2.794 1.239 0.865 0.740 0.504 0.616 0.934 1.566 1.038 0.618 0.754 0.397 0.901 1.329 1.698 1.107 2.144 1.071 1.406 0.932 1.527 0.449 1.132 2.004 1.128 2.012 0.578 0.900 0.188 1.319 0.112 0.570 0.843 1.739 1.067 0.508 0.887 0.814 0.740 1.123 1.198 1.953 0.731 1.699 1.566 1.025 1.331 2.144 0.443 0.944 0.096 2.365 0.781 0.930 0.975 0.817 0.960 0.576 0.427 3.000 3.001 1.357 0.712 3.662 3.467 7.460 3.755 5.124 5.661 1.911 nan 2.716 4.361 4.942 4.867 3.444 3.610 1.576 1.649 3.232 2.351 2.701 1.707 9792 chr6 86157159 86194255 + 0 NA intron (NM_001204813, intron 1 of 7) intron (NM_001204813, intron 1 of 7) 16405 NM_002526 4907 Hs.153952 NM_002526 ENSG00000135318 NT5E CALJA|CD73|E5NT|NT|NT5|NTE|eN|eNT 5'-nucleotidase ecto protein-coding 0.677 0.644 nan 0.742 0.183 0.027 2.432 0.130 0.219 0.111 1.638 0.956 0.017 0.141 0.027 0.252 1.903 0.117 1.721 0.895 2.011 0.037 0.118 0.133 0.090 1.250 0.936 0.484 1.194 0.844 1.465 2.819 1.028 0.266 1.648 0.261 0.018 0.248 0.105 2.060 0.028 1.977 2.571 1.162 1.530 1.015 1.163 1.775 0.613 6.356 0.291 0.603 0.252 1.132 4.664 0.090 0.564 0.333 0.015 1.635 0.057 0.618 0.029 0.024 1.657 1.823 2.075 0.282 0.226 0.273 0.491 0.212 0.353 0.240 0.096 0.215 0.251 0.117 0.211 0.175 0.236 0.287 0.142 0.130 0.201 0.164 0.161 0.105 0.168 0.332 0.324 10169 chr7 12423640 12444828 + 0 NA intron (NR_144534, intron 1 of 29) intron (NR_144534, intron 1 of 29) 9333 NM_001135924 221806 Hs.669526 NM_001135924 ENSG00000146530 VWDE - von Willebrand factor D and EGF domains protein-coding nan 1.481 nan 1.240 0.751 0.029 0.232 1.619 3.170 0.199 0.181 0.436 0.106 0.064 2.926 0.422 0.132 0.084 0.351 0.134 0.120 0.190 1.694 1.192 1.416 0.433 0.311 0.007 0.241 0.278 0.594 0.728 0.254 2.934 0.152 0.213 0.368 0.172 0.125 0.123 0.492 0.235 0.034 0.037 0.165 0.134 0.556 0.113 0.246 0.348 0.339 0.478 0.422 0.304 0.013 1.416 0.249 0.143 0.155 0.384 1.493 0.036 0.942 0.098 0.129 0.033 0.012 nan 1.545 0.932 1.295 2.772 2.674 4.289 1.502 4.213 3.911 1.277 1.663 2.390 2.622 1.330 0.987 1.154 2.645 1.850 1.912 0.248 0.436 1.922 0.931 5000 chr17 74020894 74029388 + 0 NA Intergenic Intergenic -1608 NM_001988 2125 Hs.500635 NM_001988 ENSG00000167880 EVPL EVPK envoplakin protein-coding 1.578 0.943 1.302 0.930 0.477 0.288 5.791 0.190 0.391 0.696 0.225 0.913 0.380 0.224 0.100 0.256 0.158 0.169 2.755 1.455 0.561 0.082 0.391 0.392 0.082 1.010 0.635 0.562 2.699 1.545 2.223 5.197 2.113 0.873 2.570 1.540 0.135 0.090 0.120 1.879 0.113 0.628 0.690 0.513 1.597 0.995 1.287 0.494 3.212 0.948 0.473 1.221 0.256 4.049 3.933 0.082 1.393 1.958 0.193 0.953 0.334 0.845 0.936 0.347 0.178 0.631 0.277 0.712 1.089 0.347 0.462 0.682 0.575 1.732 0.355 1.601 1.497 nan 0.809 1.572 1.691 1.305 0.935 1.127 2.144 0.780 0.857 0.787 1.449 nan 0.837 11609 chr9 84428639 84449155 + 0 NA Intergenic Intergenic -89455 NR_026851 347127 Hs.215235 NM_198509 ENSG00000240632 SPATA31D5P FAM75D5|FAM75D5P SPATA31 subfamily D member 5, pseudogene pseudo 0.749 0.921 0.772 0.909 0.213 0.043 2.110 0.126 0.353 0.112 0.110 0.072 0.006 0.044 0.070 0.432 0.256 0.141 1.190 0.600 0.053 0.099 0.159 0.165 0.093 1.604 0.852 0.064 1.240 1.033 0.303 1.396 0.227 0.271 0.667 0.070 0.069 0.027 0.095 0.201 0.062 0.889 0.425 0.224 0.820 0.842 0.314 0.206 0.230 0.103 0.032 0.152 0.432 1.068 0.027 0.093 0.084 0.117 0.019 0.119 0.030 0.625 0.121 0.132 0.193 0.070 0.020 0.247 0.185 2.414 5.002 0.379 0.449 0.085 0.065 0.182 0.202 0.358 0.593 0.458 0.480 0.166 0.069 0.139 0.293 0.294 0.432 0.269 0.639 0.459 0.512 11095 chr8 88971258 88993198 + 0 NA Intergenic Intergenic -95932 NM_152418 138009 Hs.371738 NM_152418 ENSG00000176566 DCAF4L2 WDR21C DDB1 and CUL4 associated factor 4 like 2 protein-coding 1.769 nan nan 0.092 0.160 0.141 0.029 0.248 0.509 0.036 0.121 0.059 0.009 0.041 0.196 0.624 0.158 0.147 0.188 0.058 0.020 0.006 0.057 0.018 0.062 0.010 0.010 0.026 0.093 0.053 0.135 0.492 0.042 0.340 0.112 0.302 0.230 0.035 0.086 0.026 0.018 0.063 0.038 0.018 0.154 0.035 0.158 0.146 0.033 0.155 0.295 0.105 0.624 0.068 0.008 0.062 0.183 0.057 0.017 0.032 0.365 0.058 0.112 0.762 0.028 0.024 0.016 0.342 0.247 0.390 0.590 0.285 0.431 2.224 0.820 0.277 0.313 3.339 3.545 nan 0.545 1.604 1.370 0.159 0.241 1.214 1.453 0.417 0.704 0.536 0.516 11185 chr8 103936356 103943395 + 0 NA intron (NR_126339, intron 2 of 2) L2a|LINE|L2 63376 NR_126338 100506753 Hs.602901 NR_126338 AZIN1-AS1 - AZIN1 antisense RNA 1 ncRNA 1.385 nan nan 0.637 1.323 3.497 3.174 0.568 0.806 0.149 1.061 1.768 0.088 1.079 2.703 0.224 0.534 0.092 1.481 0.945 0.768 0.039 0.236 0.182 1.247 2.174 1.904 0.114 2.544 2.859 1.048 2.060 1.376 1.913 0.806 3.118 0.082 0.108 0.084 0.924 0.225 1.207 0.243 0.088 2.100 7.895 1.767 1.176 1.099 0.394 0.291 1.587 0.224 1.513 0.408 1.247 0.702 1.158 0.112 0.420 0.101 0.772 0.760 0.348 0.693 0.049 0.022 0.584 0.884 0.461 0.627 2.642 2.258 nan 1.147 2.276 2.538 0.266 nan 2.124 nan nan 0.481 0.633 1.021 0.238 0.310 0.605 nan 0.825 0.691 8780 chr5 14438033 14469837 + 0 NA intron (NM_007118, intron 34 of 56) intron (NM_007118, intron 34 of 56) -10157 NR_145815 109623458 NR_145815 SNORD170 - small nucleolar RNA, C/D box 170 snoRNA nan nan nan 0.156 1.442 0.289 0.390 0.251 0.474 0.118 0.350 0.250 0.236 0.101 0.303 0.560 5.123 0.541 0.690 0.298 0.060 0.048 1.426 0.798 0.446 0.241 0.102 0.107 0.203 0.069 0.196 0.422 0.195 nan 0.060 0.188 0.466 0.120 0.109 0.104 0.107 0.171 0.135 0.115 0.144 0.123 0.219 0.141 0.313 0.337 0.067 0.139 0.560 0.326 0.125 0.446 0.081 0.208 0.474 0.143 1.443 0.302 0.108 0.203 0.083 0.324 0.311 0.442 0.451 0.351 0.604 1.023 1.018 2.132 0.360 0.216 0.151 nan 1.742 1.835 2.652 0.638 0.442 0.243 0.509 2.432 2.828 0.392 nan 4.844 2.102 8830 chr5 32168035 32178303 + 0 NA intron (NM_022130, intron 1 of 3) intron (NM_022130, intron 1 of 3) 1256 NM_022130 64083 Hs.408909 NM_022130 ENSG00000113384 GOLPH3 GOPP1|GPP34|MIDAS|Vps74 golgi phosphoprotein 3 protein-coding 3.190 4.502 nan 2.578 8.979 2.895 3.174 1.513 2.498 3.629 2.823 1.885 1.743 2.832 3.270 1.921 4.883 1.038 7.821 2.237 3.461 2.824 3.782 1.807 7.113 1.858 2.156 2.221 4.951 2.237 7.518 9.802 6.838 9.138 1.495 2.400 1.342 2.924 0.161 1.349 2.143 2.244 5.032 2.672 2.089 2.010 4.067 0.711 3.980 3.236 3.838 2.676 1.921 10.870 2.780 7.113 1.796 4.191 1.525 4.687 4.025 4.492 1.340 1.892 1.238 1.985 1.424 4.617 4.840 4.105 5.887 7.521 6.503 5.897 3.687 8.170 8.518 4.657 5.849 7.142 9.509 9.214 9.900 2.531 5.288 5.968 6.187 4.210 4.072 3.157 1.802 3991 chr15 62351336 62383505 + 0 NA Intergenic Intergenic 8244 NM_207322 145741 Hs.202656 NM_207322 ENSG00000198535 C2CD4A FAM148A|NLF1 C2 calcium dependent domain containing 4A protein-coding 1.008 1.516 nan 0.951 0.815 0.522 0.239 0.364 0.789 0.373 0.263 0.188 0.251 0.700 0.506 0.265 0.394 0.162 0.568 0.224 0.121 0.565 0.643 0.419 0.989 0.252 0.130 0.117 0.258 0.081 0.834 1.681 1.466 1.366 0.341 0.534 0.359 0.151 0.089 0.088 0.265 0.215 0.131 0.075 0.377 0.195 0.758 0.261 0.717 0.592 1.078 1.423 0.265 0.818 0.309 0.989 0.795 1.887 0.214 0.232 2.999 0.148 0.153 0.119 0.067 0.066 0.052 0.514 0.432 0.801 1.110 0.975 0.871 nan 0.801 0.464 0.433 0.647 0.921 1.690 2.153 0.780 0.706 0.391 0.651 1.790 2.004 0.411 0.656 0.845 0.550 4929 chr17 64453818 64467243 + 0 NA intron (NM_002737, intron 2 of 16) L1MC1|LINE|L1 -47558 NR_110822 101928001 Hs.650730 NR_110822 PRKCA-AS1 - PRKCA antisense RNA 1 ncRNA 0.818 nan 0.715 1.059 0.216 0.033 3.310 0.413 0.531 0.645 3.408 3.205 0.014 0.059 0.173 0.305 1.660 0.359 1.926 0.861 1.730 0.062 0.153 0.173 0.231 2.702 1.754 1.432 0.717 1.077 0.627 2.691 0.461 0.443 1.397 2.116 0.042 0.225 0.127 1.274 0.100 3.731 1.782 0.912 1.282 0.505 1.021 7.352 1.631 1.027 0.164 0.558 0.305 2.736 3.503 0.231 0.374 0.823 0.014 1.022 0.023 1.881 0.069 0.056 3.034 3.991 3.568 0.503 0.674 0.499 1.448 0.305 0.372 0.214 0.136 0.309 0.241 0.510 nan 0.503 0.684 0.571 0.241 0.215 0.332 0.169 0.288 0.152 0.235 0.630 0.548 5194 chr18 20836829 20843404 + 0 NA non-coding (NR_023359, exon 7 of 7) non-coding (NR_023359, exon 7 of 7) 104327 NM_138375 91768 Hs.11108 NM_138375 ENSG00000134508 CABLES1 CABL1|CABLES|HsT2563|IK3-1 Cdk5 and Abl enzyme substrate 1 protein-coding 0.963 2.475 2.453 1.347 0.575 2.932 1.308 0.587 0.731 1.251 2.118 1.279 0.708 4.912 0.919 0.859 2.304 0.099 2.075 0.924 0.466 0.451 0.200 4.175 0.692 0.729 0.057 0.794 1.269 1.396 3.805 4.299 2.796 0.645 0.108 0.332 0.050 0.090 0.789 0.219 3.253 0.686 0.498 1.147 1.159 1.415 0.184 0.285 0.182 5.619 1.692 0.859 2.972 0.669 4.175 0.127 2.232 0.029 0.363 1.335 1.168 0.089 0.245 2.488 0.024 0.015 0.517 0.626 0.415 nan 4.598 4.243 4.557 1.367 0.143 0.152 0.376 0.722 2.191 2.453 0.473 0.209 0.193 0.374 1.465 2.070 0.343 0.625 1.844 1.591 7528 chr3 16489395 16504936 + 0 NA intron (NM_015150, intron 2 of 9) intron (NM_015150, intron 2 of 9) 58057 NM_015150 23180 Hs.98910 NM_015150 ENSG00000131378 RFTN1 MIG2|PIB10|PIG9|RAFTLIN raftlin, lipid raft linker 1 protein-coding nan 1.034 1.147 0.042 0.231 0.545 0.101 0.393 0.597 0.013 0.155 0.144 0.016 0.046 0.046 0.371 0.644 0.062 0.054 0.061 0.061 0.027 2.224 1.312 1.441 0.027 0.009 0.043 0.140 0.014 0.180 1.108 0.178 0.301 0.019 0.079 0.981 0.063 0.070 0.175 0.010 0.423 0.063 0.075 0.014 0.019 0.056 0.345 0.084 0.214 0.669 0.201 0.371 0.060 0.120 1.441 0.055 0.256 0.019 0.038 2.345 0.223 0.026 0.392 0.250 0.037 0.039 0.191 0.173 0.692 0.387 0.749 0.834 4.485 1.592 0.120 0.088 0.535 0.790 0.960 0.504 0.675 0.448 0.090 0.151 3.150 3.816 0.308 0.664 3.390 1.335 9604 chr6 36275325 36318268 + 0 NA intron (NM_001010903, intron 2 of 11) intron (NM_001010903, intron 2 of 11) 7866 NM_001010903 389384 Hs.162104 NM_001010903 ENSG00000189325 C6orf222 - chromosome 6 open reading frame 222 protein-coding nan 0.933 nan 0.106 0.582 0.749 0.240 0.194 0.436 0.069 0.120 0.510 0.038 0.089 0.801 0.817 0.088 0.067 0.186 0.150 0.063 0.055 0.324 0.166 0.645 0.186 0.073 0.048 0.138 0.113 0.221 0.904 0.367 0.882 0.085 0.076 0.116 0.100 0.107 0.019 0.564 0.112 0.042 0.029 0.048 0.075 0.329 0.227 0.133 0.155 0.075 0.243 0.817 0.226 0.048 0.645 0.148 0.106 0.128 0.268 0.827 0.143 1.342 0.097 0.023 0.020 0.019 3.481 4.386 3.494 nan nan 0.706 1.621 0.534 1.729 1.805 0.225 0.448 2.851 2.860 0.543 0.385 1.399 2.109 0.574 0.800 0.358 0.560 1.675 1.102 6683 chr2 225263230 225271334 + 0 NA promoter-TSS (NM_024785) promoter-TSS (NM_024785) -571 NM_001122779 79843 Hs.147585 NM_024785 ENSG00000124019 FAM124B - family with sequence similarity 124 member B protein-coding nan 0.556 0.920 0.072 0.033 0.041 0.104 0.184 0.376 0.066 0.059 0.015 0.022 0.222 0.145 0.199 0.116 0.023 0.039 0.051 0.019 0.120 0.118 0.580 0.286 0.036 0.101 0.094 0.193 0.111 nan 0.109 0.047 0.036 0.013 0.107 0.029 0.129 0.069 0.053 0.019 0.027 0.056 0.278 0.098 0.040 0.148 0.020 0.058 0.222 0.114 0.068 0.118 0.046 0.062 0.096 0.047 0.062 0.030 0.024 0.046 0.028 0.021 0.013 0.528 0.272 0.187 0.264 0.207 0.296 0.200 0.059 0.239 0.216 5.359 5.826 0.214 nan 0.480 0.560 0.216 0.240 0.093 0.144 0.228 nan 0.216 0.240 8382 chr4 55408188 55417006 + 0 NA Intergenic Intergenic 60701 NR_134657 339978 NR_134657 ENSG00000250456 LINC02260 - long intergenic non-protein coding RNA 2260 ncRNA nan 0.561 1.054 0.075 0.671 0.088 0.144 0.870 1.695 0.011 0.035 0.114 0.007 0.181 0.247 0.146 0.486 0.073 0.144 0.171 0.021 0.047 0.447 0.277 0.382 0.032 0.034 0.044 0.072 0.174 0.564 0.302 1.090 0.016 0.031 0.076 0.027 0.079 0.108 0.018 0.084 0.061 0.027 0.102 0.043 0.096 0.215 0.154 0.018 0.491 0.221 0.146 0.169 0.194 0.382 0.167 0.197 0.044 0.080 0.392 0.119 6.146 0.085 0.045 0.052 0.023 2.423 4.806 5.390 4.767 0.416 0.541 1.506 0.340 3.675 3.926 0.175 0.355 3.743 2.944 0.403 0.184 3.549 6.237 0.361 0.233 0.111 0.166 6.812 3.497 1332 chr10 12740433 12765080 + 0 NA intron (NM_153498, intron 3 of 10) intron (NM_153498, intron 3 of 10) 14596 NR_031752 100313841 NR_031752 ENSG00000221331 MIR548Q - microRNA 548q ncRNA nan 0.967 0.474 0.652 1.206 0.437 1.257 0.267 0.547 0.089 0.531 2.627 0.194 0.028 0.474 0.544 1.230 0.203 0.474 0.485 2.700 0.107 0.565 0.318 0.981 1.276 0.803 0.044 0.320 1.373 0.398 1.294 1.613 1.311 0.729 0.041 0.074 0.101 0.090 1.629 0.139 0.456 0.831 0.448 2.672 0.146 0.469 2.307 0.472 0.164 0.598 0.566 0.544 1.439 4.909 0.981 0.332 0.105 0.206 0.416 0.260 1.462 0.060 0.182 2.470 3.310 3.116 0.461 0.288 0.988 2.916 0.909 0.902 6.025 2.741 0.209 0.251 0.585 0.980 2.116 2.776 0.563 0.534 0.317 0.344 0.330 0.518 0.315 0.800 0.799 0.484 5156 chr18 10723226 10729717 + 0 NA intron (NM_022068, intron 33 of 51) CpG 33176 NR_106846 102466735 NR_106846 ENSG00000274838 MIR6788 hsa-mir-6788 microRNA 6788 ncRNA 0.971 0.631 0.562 0.123 1.500 1.082 0.033 0.123 0.139 0.096 0.026 0.268 0.062 0.204 0.078 0.082 0.049 0.032 0.063 0.042 1.446 0.836 0.092 0.033 0.001 0.012 0.879 0.016 0.049 0.365 0.087 2.186 0.016 0.029 0.034 0.137 0.160 0.163 0.037 0.024 0.018 0.040 0.060 0.063 0.063 0.023 0.642 0.014 0.078 0.045 0.014 0.092 0.153 0.076 0.567 0.584 0.016 0.037 0.152 0.035 1.144 2.021 0.114 0.206 1.662 1.308 15.061 7.078 0.154 0.154 0.280 0.455 0.225 0.289 0.343 0.302 0.291 0.825 0.356 0.378 0.098 0.130 4.299 2.497 5409 chr18 64864482 64869148 + 0 NA Intergenic Intergenic 117994 NR_049809 100847002 NR_049809 ENSG00000263354 MIR5011 - microRNA 5011 ncRNA 0.730 0.866 0.666 0.129 0.226 0.095 0.077 0.293 0.349 0.133 0.019 0.027 0.065 0.075 0.419 0.081 0.055 0.023 0.027 0.030 0.337 0.670 0.079 0.031 0.057 0.017 0.242 0.030 0.610 0.057 0.057 1.074 0.046 0.074 0.119 0.079 0.013 0.032 0.082 0.107 0.016 0.044 0.419 0.062 0.020 0.079 0.127 0.367 0.021 0.027 0.362 0.374 0.366 0.529 0.771 0.764 7.069 2.859 0.615 nan 1.841 nan 4.199 2.005 0.831 0.392 0.153 0.341 4.622 3.229 0.321 0.503 7.578 2.628 6389 chr2 140860344 140896247 + 0 NA Intergenic MER65A|LTR|ERV1 465959 NR_106979 102465692 NR_106979 ENSG00000283506 MIR7157 hsa-mir-7157 microRNA 7157 ncRNA 6.722 nan 6.246 0.103 0.100 0.020 0.067 0.094 0.244 0.015 0.155 0.056 0.017 0.123 0.028 0.107 0.071 0.095 0.094 0.016 0.028 0.004 0.048 0.100 0.130 0.006 0.014 0.008 0.066 0.021 0.061 0.107 0.085 0.251 0.098 0.061 2.008 0.021 0.082 0.046 0.049 0.013 0.007 0.027 0.032 0.104 0.111 0.041 0.085 0.024 0.037 0.107 0.053 0.023 0.130 0.034 0.014 0.019 0.028 0.011 0.030 0.028 0.079 0.032 0.010 0.014 0.330 0.181 0.168 0.256 0.211 0.233 0.275 0.119 0.108 0.102 0.669 0.845 0.257 0.306 0.370 0.211 0.097 0.182 11.534 11.328 0.382 0.718 0.243 0.244 7287 chr22 17672047 17681228 + 0 NA intron (NM_001282225, intron 4 of 9) intron (NM_001282225, intron 4 of 9) 4036 NM_177405 51816 Hs.170310 NM_017424 ENSG00000093072 ADA2 ADGF|CECR1|IDGFL|PAN|SNEDS adenosine deaminase 2 protein-coding 0.767 nan 0.508 0.094 1.081 0.036 0.054 0.385 0.815 0.083 0.050 0.175 0.074 0.043 1.356 0.899 0.063 0.123 0.115 0.062 0.041 0.060 0.878 0.322 1.561 0.085 0.064 0.049 0.062 0.012 0.131 nan 0.147 0.196 0.032 0.053 0.475 0.106 0.095 0.028 0.234 0.140 0.046 0.026 0.067 0.092 0.085 0.169 0.044 0.085 0.149 0.177 0.899 0.098 0.050 1.561 0.108 0.032 0.042 1.069 0.086 0.022 0.121 0.211 0.006 0.005 0.628 0.766 0.174 0.739 0.426 0.472 1.274 0.362 3.335 3.562 0.245 0.419 2.672 4.337 1.734 1.349 0.178 0.182 2.627 2.640 0.517 0.687 4.332 2.479 6464 chr2 166418933 166435318 + 0 NA intron (NM_001172173, intron 3 of 6) intron (NM_001172173, intron 3 of 6) -1721 NM_024969 80034 Hs.470479 NM_024969 ENSG00000178662 CSRNP3 FAM130A2|PPP1R73|TAIP-2|TAIP2 cysteine and serine rich nuclear protein 3 protein-coding 0.995 1.173 nan 0.150 1.275 0.044 0.052 0.606 1.255 0.006 0.142 0.107 0.268 0.477 1.688 1.686 0.344 0.039 0.186 0.046 0.050 0.453 1.128 0.702 0.622 0.004 0.004 0.074 0.147 0.323 0.048 2.838 0.054 0.742 0.006 0.041 0.066 0.036 0.341 0.090 0.004 0.019 0.066 0.018 0.088 0.060 0.080 0.056 0.039 0.021 1.686 0.082 0.622 0.045 0.061 0.279 0.046 0.390 0.020 1.865 0.218 0.018 0.018 0.006 2.397 2.893 2.017 2.325 1.014 0.995 2.991 1.644 1.682 1.590 4.145 4.306 1.261 1.292 2.963 2.368 1.439 2.602 0.054 0.012 1.375 2.025 1.528 0.717 1117 chr1 214718812 214733410 + 0 NA Intergenic Intergenic -1087 NM_005401 5784 Hs.193557 NM_005401 ENSG00000152104 PTPN14 CATLPH|PEZ|PTP36 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14 protein-coding 1.608 1.235 2.274 5.006 0.144 0.011 2.571 0.246 0.502 1.249 2.265 2.793 1.741 0.189 0.067 0.253 2.099 0.133 1.700 0.727 2.356 0.409 0.226 0.187 0.132 2.291 2.390 1.752 2.535 2.330 0.818 1.376 1.298 nan 1.176 1.990 0.007 4.212 0.209 1.069 0.168 2.889 2.582 0.998 2.916 1.209 1.512 5.194 1.452 1.873 1.137 1.037 0.253 3.220 1.168 0.132 1.112 1.633 0.152 1.851 0.118 1.979 0.034 1.714 2.303 4.027 3.287 0.672 0.731 3.469 7.679 0.541 0.624 nan 0.121 2.865 3.058 1.114 nan 0.456 0.601 1.687 1.895 0.173 0.320 0.136 0.153 0.978 2.452 0.555 0.582 740 chr1 153852218 153855840 + 0 NA intron (NM_020699, intron 1 of 10) intron (NM_020699, intron 1 of 10) 41422 NM_020699 57459 Hs.4779 NM_020699 ENSG00000143614 GATAD2B MRD18|P66beta|p68 GATA zinc finger domain containing 2B protein-coding nan nan 2.392 0.148 2.845 5.192 0.399 3.542 5.720 0.079 0.778 0.229 0.068 0.303 5.831 4.789 1.426 0.358 1.310 0.369 0.051 0.131 2.388 1.434 3.971 0.454 0.079 0.062 0.076 0.058 2.997 7.201 0.297 20.195 0.364 0.174 0.373 0.120 0.189 0.186 1.647 0.128 0.017 0.022 0.089 0.107 0.079 0.112 0.202 0.123 0.263 0.557 4.789 1.542 0.229 3.971 0.151 0.068 1.204 0.156 3.534 0.331 3.441 0.375 0.020 0.005 0.028 6.706 5.624 6.352 7.447 16.240 nan 9.118 2.372 0.808 0.811 4.989 5.382 6.710 8.954 6.140 6.505 3.397 5.633 4.433 7.111 2.845 3.544 3.506 2.069 9250 chr5 147214923 147222942 + 0 NA promoter-TSS (NM_001354966) promoter-TSS (NM_001354966) -138 NM_003122 6690 Hs.407856 NM_003122 ENSG00000164266 SPINK1 PCTT|PSTI|Spink3|TATI|TCP serine peptidase inhibitor, Kazal type 1 protein-coding nan 0.835 0.599 0.391 0.044 0.014 0.114 0.215 0.286 0.024 0.107 0.127 0.061 0.025 0.088 0.080 0.111 0.120 0.106 0.048 0.048 0.039 0.063 0.135 0.035 0.027 0.028 0.281 0.027 0.394 0.910 0.837 0.326 0.074 0.067 0.004 0.103 0.058 0.074 0.049 0.069 0.022 0.010 0.501 0.114 0.096 0.106 0.102 0.027 0.679 0.265 0.080 0.062 0.011 0.135 0.137 0.538 0.036 0.029 0.089 0.010 0.161 0.045 0.010 0.024 0.045 0.204 0.108 7.583 5.202 0.212 0.242 0.372 0.118 0.109 0.179 0.178 0.383 0.398 0.445 0.430 0.232 0.238 0.354 0.134 0.314 0.209 0.421 0.195 0.321 3434 chr14 29734955 29751965 + 0 NA Intergenic Intergenic -488467 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.520 0.805 0.708 0.034 0.216 0.066 0.117 0.175 0.274 0.005 0.065 0.223 0.018 0.023 2.025 0.226 0.486 0.142 0.198 0.067 0.030 0.016 0.140 0.178 0.472 0.167 0.042 0.129 0.025 0.491 1.006 0.084 0.326 0.119 0.082 0.499 0.045 0.118 0.111 0.545 0.016 0.014 0.018 0.077 0.018 0.056 0.117 0.010 0.021 0.028 0.047 0.226 0.063 0.081 0.472 0.064 0.015 0.543 0.010 0.188 0.077 0.036 0.131 0.050 0.020 0.003 0.197 0.174 0.191 0.180 1.687 1.967 2.055 0.831 0.132 0.148 8.244 9.878 0.320 0.358 1.397 1.338 0.070 0.108 0.909 0.812 0.443 1.109 0.418 0.411 871 chr1 170652391 170682162 + 0 NA intron (NM_006902, intron 1 of 4) intron (NM_006902, intron 1 of 4) 33963 NM_022716 5396 Hs.283416 NM_006902 ENSG00000116132 PRRX1 AGOTC|PHOX1|PMX1|PRX-1|PRX1 paired related homeobox 1 protein-coding nan nan nan 0.308 0.121 0.037 0.439 0.092 0.156 0.061 0.180 2.375 0.019 0.017 0.252 0.361 3.504 0.317 0.346 0.216 0.031 0.205 0.102 0.118 0.036 0.682 0.244 0.007 0.262 0.021 0.105 0.285 0.138 0.290 0.687 0.083 0.019 0.051 0.103 0.312 0.024 0.155 0.061 0.052 0.555 0.044 0.094 0.493 0.038 0.229 0.024 0.049 0.361 0.141 0.522 0.036 0.045 0.033 0.013 0.082 0.041 0.323 0.086 0.224 0.191 0.033 0.014 0.302 0.184 0.435 0.630 nan 0.535 0.126 0.074 0.072 0.060 2.468 2.876 0.325 0.287 0.449 0.255 0.249 0.400 0.057 0.082 0.479 nan 0.167 0.355 5374 chr18 55919885 55960433 + 0 NA intron (NM_001144970, intron 4 of 28) intron (NM_001144970, intron 4 of 28) 51405 NM_001144966 23327 Hs.185677 NM_015277 ENSG00000049759 NEDD4L NEDD4-2|NEDD4.2|PVNH7|RSP5|hNEDD4-2 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 4-like, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 0.900 0.930 0.607 0.146 0.255 0.503 0.158 0.261 0.390 0.254 0.477 0.942 0.077 0.290 0.360 0.300 0.051 0.392 0.117 0.241 0.014 0.070 0.077 0.238 0.183 0.061 0.070 0.293 0.447 0.230 0.642 0.623 0.558 0.209 0.158 0.063 0.045 0.072 0.078 0.135 0.209 0.036 0.036 0.547 0.558 0.774 0.255 0.241 0.080 0.257 0.437 0.360 0.691 0.107 0.238 0.186 0.280 0.133 0.069 0.035 0.209 0.140 0.208 0.180 0.009 0.003 0.495 0.502 1.376 5.361 0.614 0.658 0.760 0.383 0.687 0.692 0.353 0.564 0.956 1.170 0.521 0.369 0.379 0.529 0.213 0.356 0.357 0.754 nan 1.136 10576 chr7 104640128 104683275 + 0 NA intron (NM_182931, intron 1 of 26) intron (NM_182931, intron 1 of 26) 7064 NM_018682 55904 Hs.592262 NM_018682 ENSG00000005483 KMT2E HDCMC04P|MLL5|NKp44L lysine methyltransferase 2E protein-coding nan 1.461 2.000 1.373 1.506 1.703 1.433 1.182 2.201 0.814 1.640 0.746 1.190 0.558 1.961 1.383 1.854 0.314 1.486 0.431 1.365 1.318 1.640 0.914 1.808 0.630 0.694 0.708 2.387 0.707 1.616 2.136 2.736 3.302 0.666 1.715 0.816 2.257 0.213 0.793 1.330 2.015 1.052 0.397 1.278 1.277 1.434 2.496 1.376 1.550 0.879 1.392 1.383 1.293 1.462 1.808 0.693 1.355 0.593 1.358 0.712 1.363 1.482 1.446 0.912 1.550 1.191 2.790 2.808 2.666 3.964 3.430 3.159 2.694 1.646 3.934 3.962 2.694 2.957 1.906 2.889 5.090 3.873 2.634 3.939 2.991 3.860 3.979 nan 1.843 1.021 10484 chr7 85403867 85407954 + 0 NA Intergenic Intergenic 355472 NR_134240 105375380 Hs.679608 NR_134240 ENSG00000225128 LINC00972 - long intergenic non-protein coding RNA 972 ncRNA 0.798 0.602 0.688 0.036 0.095 0.013 0.017 0.236 0.246 0.023 0.056 0.068 0.031 0.340 0.088 0.094 2.987 0.236 0.076 0.046 0.030 0.102 0.184 0.224 0.029 0.035 0.055 0.099 0.026 0.079 0.262 0.173 0.191 0.037 0.118 0.279 0.187 0.178 0.038 0.112 0.015 0.019 0.026 0.037 0.070 0.146 0.035 0.094 0.017 0.046 0.029 0.060 0.040 0.029 0.075 0.020 6.050 0.120 0.042 0.032 7.500 11.227 1.703 0.385 0.245 0.253 0.161 0.042 5.308 4.761 1.022 1.289 0.418 0.359 0.448 0.109 9.716 12.232 1.057 1.238 0.318 nan 1.120 0.875 2039 chr11 67210095 67221559 + 0 NA Intergenic Intergenic -4059 NM_001300896 57010 Hs.143036 NM_145200 ENSG00000175544 CABP4 CRSD|CSNB2B calcium binding protein 4 protein-coding nan 1.670 2.178 1.252 2.244 0.783 0.878 0.866 1.583 0.394 0.906 1.793 0.390 1.658 0.971 0.894 0.612 0.199 0.948 0.215 0.797 1.030 0.668 0.394 2.455 0.619 0.536 0.808 0.661 0.292 1.779 3.020 1.492 2.591 0.179 0.575 0.141 1.050 0.140 0.165 0.579 2.462 1.409 0.573 0.761 0.475 1.373 0.856 1.346 1.249 1.735 1.602 0.894 1.219 1.104 2.455 0.555 1.238 0.619 3.732 2.701 0.973 0.397 0.420 0.386 0.282 0.227 1.637 2.486 1.243 1.581 2.174 2.242 4.176 1.437 1.862 2.034 0.982 1.478 4.283 4.436 1.045 0.720 1.153 1.259 0.832 0.814 0.642 0.870 1.607 0.901 5725 chr19 45179276 45205410 + 0 NA Intergenic (GAAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -10078 NM_001039213 388551 Hs.456381 NM_001039213 ENSG00000213892 CEACAM16 CEAL2|DFNA4B carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 16 protein-coding 0.640 0.611 0.686 0.906 0.660 0.038 1.264 0.214 0.391 0.336 2.222 2.837 0.017 1.434 0.084 0.224 0.285 0.229 1.389 0.949 0.409 0.016 0.132 0.103 0.513 1.877 1.577 0.251 0.666 0.682 0.713 nan 0.422 0.396 0.756 2.114 0.091 0.362 0.151 0.640 0.018 1.679 0.683 0.385 1.076 0.701 1.618 0.319 3.734 2.282 0.277 1.233 0.224 1.487 1.831 0.513 0.702 0.323 0.037 0.861 0.603 1.421 0.027 0.046 0.583 0.657 0.505 0.296 0.368 0.337 0.551 0.481 0.502 4.599 1.883 0.704 0.800 0.209 0.428 1.119 1.356 0.298 0.139 0.328 0.319 0.502 0.452 0.185 0.411 1.201 0.745 8800 chr5 17300181 17321233 + 0 NA Intergenic Intergenic 76712 NR_033975 401177 Hs.508311 NR_033975 ENSG00000250822 LINC02111 - long intergenic non-protein coding RNA 2111 ncRNA nan nan nan 0.151 0.203 0.134 3.026 0.349 0.553 0.498 0.231 1.210 0.733 0.038 0.114 0.389 0.274 0.238 2.633 1.212 6.981 0.020 0.172 0.230 0.165 0.667 0.272 0.977 0.349 0.510 2.069 5.888 2.859 nan 1.113 5.353 0.041 0.067 0.112 0.157 0.030 0.129 0.511 0.334 0.259 1.350 0.206 0.290 2.625 0.094 0.632 0.677 0.389 1.239 0.035 0.165 2.737 4.135 0.064 2.292 0.139 0.437 0.165 0.035 0.278 0.041 0.016 0.245 0.176 0.438 1.042 0.694 0.623 1.289 0.325 0.316 0.298 nan 0.992 0.254 0.353 0.912 0.358 0.307 0.417 0.235 0.596 0.238 nan 0.891 0.825 9004 chr5 72659382 72671966 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 31941 NR_146627 105379033 Hs.145178 NR_146627 LINC02230 - long intergenic non-protein coding RNA 2230 ncRNA 0.784 nan 0.747 0.730 0.323 0.209 4.314 0.228 0.257 0.069 0.472 1.213 0.034 0.024 0.218 0.265 0.358 0.167 1.322 0.752 0.446 0.022 0.100 0.074 0.133 3.093 1.896 0.351 2.571 5.055 1.926 4.447 1.196 0.539 1.403 0.504 0.045 0.149 0.124 1.624 0.044 3.076 2.961 1.364 1.381 0.492 0.957 3.461 0.189 2.762 0.063 0.100 0.265 1.356 4.550 0.133 0.985 0.046 0.061 1.942 0.016 1.472 1.187 0.140 1.552 5.495 4.805 0.698 0.631 0.579 0.359 0.265 0.335 nan 0.593 0.245 0.238 0.344 nan 0.450 0.346 0.597 0.317 1.763 1.510 0.127 0.229 0.252 0.454 0.315 0.300 6212 chr2 85163550 85201726 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -15593 NM_020122 56888 Hs.654968 NM_020122 ENSG00000176407 KCMF1 DEBT91|FIGC|PCMF|ZZZ1 potassium channel modulatory factor 1 protein-coding nan 1.061 nan 1.637 0.740 0.471 3.149 0.499 0.951 1.224 2.239 1.480 0.643 0.232 0.500 1.168 0.607 0.185 3.029 1.244 3.154 0.552 0.577 0.373 1.130 2.570 2.446 1.834 1.827 1.055 1.651 3.414 1.075 1.643 1.245 1.135 0.107 1.033 0.149 0.801 0.452 5.462 2.871 1.289 1.579 1.634 1.312 2.507 2.863 3.065 1.107 1.479 1.168 3.821 3.514 1.130 0.811 1.477 0.218 4.320 0.553 1.605 0.250 0.401 1.556 2.702 2.430 1.057 0.942 1.598 3.383 1.796 1.808 2.279 0.874 2.664 2.561 0.822 1.210 1.922 2.864 1.172 1.188 0.571 1.233 0.707 0.656 1.625 1.321 1.454 1.039 3826 chr14 103850861 103867131 + 0 NA intron (NM_001128918, intron 1 of 17) intron (NM_001128918, intron 1 of 17) 7295 NM_001128920 4140 Hs.35828 NM_002376 ENSG00000075413 MARK3 CTAK1|KP78|PAR1A|Par-1a microtubule affinity regulating kinase 3 protein-coding 2.467 1.391 1.504 1.572 1.241 0.773 0.968 0.458 0.794 0.499 0.992 0.729 0.208 0.258 0.770 1.131 1.439 0.395 0.715 0.173 0.865 0.390 0.720 0.317 0.983 1.479 1.056 0.372 1.091 0.551 1.753 2.333 1.436 1.990 0.697 0.898 0.147 0.992 0.176 0.373 0.598 1.055 1.202 0.685 0.478 0.551 3.469 0.927 1.272 3.221 0.452 1.624 1.131 0.741 0.922 0.983 0.512 0.660 0.395 0.989 0.498 1.226 0.493 0.321 2.182 0.312 0.272 0.986 1.231 1.330 2.385 2.274 2.203 2.780 1.245 1.636 1.560 1.504 2.098 1.271 1.893 2.324 1.899 1.059 2.292 0.737 0.819 0.849 1.260 1.164 0.801 4042 chr15 70543275 70552765 + 0 NA Intergenic Intergenic -157764 NM_001105192 7090 Hs.287362 NM_005078 ENSG00000140332 TLE3 ESG|ESG3|GRG3|HsT18976 transducin like enhancer of split 3 protein-coding 0.892 0.662 0.973 0.090 0.278 0.433 0.278 0.525 0.887 0.030 0.156 0.126 0.035 0.063 1.628 1.303 0.118 0.051 0.167 0.074 0.006 0.009 0.148 0.138 1.572 0.171 0.023 0.048 0.072 0.056 0.220 1.001 0.087 1.831 0.108 0.124 0.010 0.012 0.062 0.025 0.100 0.126 0.043 0.041 0.035 0.056 0.113 0.160 0.206 0.053 0.050 0.234 1.303 0.133 0.029 1.572 0.233 0.127 1.604 0.116 0.106 0.042 0.652 0.239 0.032 0.025 0.009 0.594 0.974 0.204 0.384 1.318 1.372 1.714 0.442 0.165 0.253 0.272 0.459 1.962 3.216 2.427 2.400 0.539 0.808 0.222 0.151 0.287 0.602 0.610 0.524 11260 chr8 125051151 125059329 + 0 NA intron (NM_001039112, intron 20 of 40) intron (NM_001039112, intron 20 of 40) -2217 NR_040044 439941 Hs.683919 NM_001038706 ENSG00000181171 FER1L6-AS1 C8orf54 FER1L6 antisense RNA 1 ncRNA nan nan nan 0.135 0.295 7.389 0.074 0.235 0.681 0.035 0.087 0.101 0.030 0.196 1.656 1.844 0.194 0.020 0.443 0.139 0.023 0.051 0.057 0.070 0.292 0.067 0.009 0.036 0.091 0.078 0.225 2.483 0.139 nan 1.074 0.059 0.315 0.105 0.081 0.087 0.098 0.126 0.044 0.057 0.013 0.040 0.189 0.148 0.230 0.069 0.165 0.147 1.844 0.409 0.150 0.292 0.274 0.130 0.021 0.208 0.293 0.109 0.534 0.091 0.021 0.637 0.831 0.342 0.697 3.911 3.327 1.850 0.530 nan nan 0.185 0.356 0.702 0.998 0.502 0.340 0.339 0.273 1.291 1.117 0.503 1.357 0.473 0.572 3774 chr14 93417866 93437930 + 0 NA intron (NM_014216, intron 7 of 10) intron (NM_014216, intron 7 of 10) 38453 NM_001301690 1113 Hs.150793 NM_001275 ENSG00000100604 CHGA CGA chromogranin A protein-coding 1.225 0.741 nan 0.246 2.604 0.747 0.130 0.254 0.542 0.052 0.173 0.212 0.025 1.198 1.042 0.585 0.185 0.184 0.068 0.020 0.089 0.035 1.268 0.892 0.995 0.429 0.239 0.073 0.069 0.069 0.130 0.367 0.150 3.197 0.102 0.171 0.247 0.086 0.098 0.041 0.256 0.129 0.147 0.117 0.076 0.108 0.219 0.192 0.522 0.239 0.020 0.172 0.585 0.055 0.097 0.995 0.079 0.107 0.129 0.112 2.557 0.146 0.074 0.216 0.181 0.126 0.079 0.415 0.706 0.246 0.495 2.838 2.643 2.531 0.544 0.582 0.652 0.636 1.051 5.000 4.132 1.624 1.665 0.380 0.519 0.921 0.824 0.513 1.165 nan 1.638 11498 chr9 23842470 23852207 + 0 NA intron (NM_001351462, intron 2 of 8) intron (NM_001351462, intron 2 of 8) 3300 NM_001351462 1993 Hs.166109 NM_004432 ENSG00000107105 ELAVL2 HEL-N1|HELN1|HUB ELAV like RNA binding protein 2 protein-coding 0.719 nan nan 0.015 0.027 0.045 0.029 0.165 0.233 0.019 0.008 0.010 0.720 0.054 0.662 0.116 0.066 0.138 0.059 0.400 0.458 0.037 0.170 0.164 0.038 0.077 0.054 0.024 0.035 0.425 0.091 0.672 1.445 0.023 0.069 0.017 0.038 0.012 0.024 0.011 0.016 0.020 0.010 0.100 0.022 0.057 0.054 0.662 0.109 0.013 0.037 0.013 0.017 0.030 0.054 0.590 0.016 0.169 0.076 0.008 0.012 0.010 0.238 0.154 0.227 0.373 2.300 1.899 0.296 0.132 0.024 0.028 1.770 1.822 0.190 0.265 1.803 1.813 0.374 0.615 5.839 5.321 0.374 0.743 2.053 1.492 1704 chr10 126722306 126735606 + 0 NA intron (NM_001321013, intron 1 of 9) AluSx1|SINE|Alu -7517 NR_036178 100423041 NR_036178 ENSG00000264572 MIR4296 - microRNA 4296 ncRNA nan 0.918 0.735 0.227 0.544 0.242 3.257 0.777 1.255 0.258 1.471 1.506 0.548 0.052 0.614 0.100 0.506 0.085 1.812 0.647 0.183 0.103 0.153 0.089 0.276 1.038 0.773 0.250 1.203 1.402 2.386 4.386 0.489 0.798 0.616 2.014 0.007 0.174 0.091 0.791 0.285 0.578 0.276 0.175 1.355 0.393 0.471 0.429 1.512 0.185 0.784 1.341 0.100 3.046 0.980 0.276 1.577 0.774 0.091 0.162 0.276 1.442 0.567 0.222 1.010 0.013 0.019 0.455 0.522 1.350 4.689 0.247 0.256 0.923 0.231 0.912 1.002 0.354 0.488 2.271 1.537 0.258 0.140 0.539 1.199 0.131 0.278 0.545 1.766 0.571 0.315 8846 chr5 33935064 33943583 + 0 NA TTS (NM_016568) TTS (NM_016568) 2832 NM_016568 51289 Hs.170146 NM_016568 ENSG00000182631 RXFP3 GPCR135|RLN3R1|RXFPR3|SALPR relaxin family peptide receptor 3 protein-coding 0.544 1.348 nan 0.088 2.531 0.039 0.173 0.131 0.143 0.130 0.301 0.022 0.059 2.017 0.147 0.140 0.209 0.136 0.066 0.037 0.016 0.389 0.253 0.202 0.025 0.043 0.009 0.143 0.360 0.151 0.223 0.143 15.523 0.068 0.125 0.033 0.026 0.063 0.058 0.252 0.076 0.113 0.036 0.038 0.044 0.215 0.024 0.048 0.025 0.028 0.015 0.147 0.193 0.021 0.202 0.100 0.041 0.079 0.076 0.072 0.074 0.046 0.087 0.224 0.034 0.018 0.338 0.247 0.103 0.142 0.694 0.727 1.429 0.462 0.119 0.115 0.392 0.621 0.323 0.331 1.175 0.829 0.200 0.259 0.096 0.141 0.183 0.344 1.912 1.413 688 chr1 150332511 150345976 + 0 NA intron (NM_001297673, intron 1 of 10) intron (NM_001297673, intron 1 of 10) 2656 NM_001297674 23248 Hs.213666 NM_015203 ENSG00000163125 RPRD2 HSPC099|KIAA0460 regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 protein-coding nan nan 3.872 2.163 2.916 3.255 2.554 1.844 3.205 0.830 2.419 1.993 1.186 2.370 6.524 2.487 1.982 0.322 3.330 1.481 2.453 1.976 3.013 1.750 3.625 2.792 2.372 0.823 2.883 1.519 7.501 11.627 2.358 10.137 1.752 4.034 0.870 3.297 0.203 2.470 2.110 4.012 2.529 1.005 3.214 1.219 2.203 1.858 3.277 2.079 7.999 7.961 2.487 2.518 3.126 3.625 1.735 2.695 0.940 3.153 3.219 3.102 3.996 2.158 1.072 1.403 0.843 4.665 5.066 4.098 6.331 7.230 nan 5.902 2.654 7.012 7.143 3.852 4.569 5.265 8.141 5.471 5.255 4.931 8.625 4.714 5.130 6.486 7.255 2.623 1.365 750 chr1 154376635 154381613 + 0 NA promoter-TSS (NR_147855) promoter-TSS (NR_147855) -84 NR_147855 101928101 Hs.617089 NR_147855 ENSG00000228013 IL6R-AS1 - IL6R antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.619 1.103 0.281 0.076 2.321 0.275 0.370 0.807 0.596 1.393 0.025 0.258 0.123 1.115 0.679 2.094 1.177 3.034 0.056 0.441 0.372 0.121 2.978 2.479 0.558 2.132 1.121 2.021 3.439 3.545 3.093 1.732 2.075 1.024 0.073 1.409 0.063 2.389 1.793 0.811 3.465 1.931 0.483 0.487 3.246 0.999 9.588 3.138 1.115 3.158 2.592 0.121 1.154 2.008 0.136 4.393 1.341 1.969 0.179 0.024 0.261 0.127 0.081 1.461 2.227 2.141 3.560 0.921 nan 0.660 0.135 5.643 5.803 0.712 1.010 0.716 1.043 0.389 0.268 0.993 1.332 0.141 0.193 0.168 0.232 1.545 0.988 1126 chr1 218336300 218340673 + 0 NA Intergenic CpG -120143 NM_016052 51018 Hs.660109 NM_016052 ENSG00000067533 RRP15 CGI-115|KIAA0507 ribosomal RNA processing 15 homolog protein-coding 0.801 1.033 0.985 1.362 1.463 0.025 0.016 2.421 4.755 0.285 0.085 0.029 2.572 0.142 3.397 11.134 0.527 0.639 0.175 0.050 7.748 3.519 1.897 0.547 0.079 0.016 0.066 0.186 0.757 1.231 0.136 nan 0.235 0.061 0.781 0.309 0.114 0.432 0.559 0.211 0.841 0.854 0.075 0.072 0.176 2.105 0.503 1.561 6.910 0.016 3.397 0.486 0.547 0.140 0.114 0.620 1.271 0.742 0.475 0.058 0.035 0.040 0.024 0.753 0.761 1.089 1.271 3.474 2.008 nan 0.277 5.014 5.133 1.435 nan 0.828 0.902 1.703 1.979 0.452 1.167 4.136 2.246 0.668 1.035 1.173 0.914 9221 chr5 141451888 141490804 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu -16978 NM_030571 80762 Hs.9788 NM_030571 ENSG00000131507 NDFIP1 N4WBP5 Nedd4 family interacting protein 1 protein-coding nan 1.217 0.970 0.351 0.199 1.302 0.738 0.230 0.554 0.128 0.374 0.433 0.390 0.069 0.430 0.211 0.306 0.131 0.291 0.092 0.180 0.103 0.278 0.272 0.887 0.601 0.404 0.226 0.425 0.390 0.426 0.864 0.326 0.946 0.177 0.287 0.169 0.293 0.124 0.155 0.163 0.296 0.271 0.132 0.694 0.138 0.295 0.245 0.478 0.419 0.293 1.063 0.211 0.377 0.529 0.887 0.248 0.620 0.085 0.347 0.212 0.258 0.135 0.857 0.261 0.169 0.103 0.471 0.363 0.664 1.005 0.895 0.863 0.776 0.258 0.860 0.899 0.804 1.045 0.484 0.770 1.008 0.955 0.369 0.573 0.796 0.706 1.470 3.969 0.965 0.576 6738 chr2 235787328 235796503 + 0 NA Intergenic Intergenic -68713 NM_014521 23677 Hs.516777 NM_014521 ENSG00000130147 SH3BP4 BOG25|TTP SH3 domain binding protein 4 protein-coding 0.777 nan 0.565 0.335 0.238 0.230 1.199 0.247 0.589 0.072 1.004 2.171 0.020 0.055 0.164 0.655 0.410 0.087 0.339 0.398 0.443 0.046 0.257 0.136 0.728 0.919 0.403 0.081 0.902 0.081 0.166 0.920 0.303 0.498 0.728 2.972 0.030 0.082 0.096 0.451 0.147 0.782 0.132 0.060 0.391 0.335 2.027 1.256 0.548 0.356 0.266 0.262 0.655 0.167 3.165 0.728 0.221 0.205 0.152 0.395 0.168 1.962 0.403 0.054 1.332 1.898 1.917 0.906 0.675 7.469 5.137 0.302 0.473 0.882 0.281 0.388 0.455 0.451 0.695 0.460 nan 0.610 0.328 0.312 0.655 0.381 0.535 0.307 0.384 1.010 0.579 10079 chr6 166718747 166732989 + 0 NA Intergenic Intergenic -3997 NM_175922 285800 Hs.731862 NM_175922 ENSG00000176381 PRR18 - proline rich 18 protein-coding 1.567 nan 0.942 0.086 1.825 0.246 0.219 0.350 0.494 0.020 0.081 0.045 0.437 0.082 0.841 0.078 0.079 0.172 0.053 0.018 0.077 0.417 0.134 0.512 0.282 0.215 0.115 0.808 0.096 0.408 0.605 0.099 1.188 0.020 0.048 0.080 0.151 0.097 0.091 0.118 0.097 0.047 0.033 0.059 0.088 0.075 0.035 0.171 0.110 0.022 0.057 0.841 0.165 0.040 0.512 0.061 0.059 0.108 0.340 0.385 0.039 0.191 0.077 0.021 0.024 0.018 0.666 0.692 0.265 0.413 2.476 2.179 6.219 3.355 0.343 0.300 0.098 0.176 2.544 4.276 nan 1.401 0.570 0.598 0.726 0.485 0.192 0.317 0.821 0.525 1534 chr10 76944204 76977644 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -8988 NM_001184783 7417 Hs.355927 NM_003375 ENSG00000165637 VDAC2 POR voltage dependent anion channel 2 protein-coding 1.158 nan 1.209 0.995 0.544 0.393 1.907 0.537 1.003 0.493 1.664 0.913 0.605 0.353 0.539 0.470 0.648 0.201 1.274 0.686 0.882 0.713 0.295 0.225 1.018 1.780 1.479 0.328 1.357 0.602 1.136 2.486 0.968 1.381 0.450 2.406 0.099 0.668 0.094 0.321 0.327 1.268 0.811 0.398 0.826 0.663 1.215 0.604 4.132 0.689 0.547 2.612 0.470 2.042 1.099 1.018 1.390 0.683 0.192 0.819 0.288 0.926 0.207 0.413 0.485 0.467 0.345 1.185 1.135 1.342 1.970 1.493 1.477 1.824 0.807 1.506 1.595 0.590 0.923 1.649 nan 0.898 0.903 0.755 1.156 0.632 0.654 1.036 nan 0.652 0.488 2570 chr12 27482489 27499195 + 0 NA intron (NM_001248003, intron 1 of 14) L2c|LINE|L2 5055 NM_001248002 56938 Hs.445447 NM_020183 ENSG00000029153 ARNTL2 BMAL2|CLIF|MOP9|PASD9|bHLHe6 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator like 2 protein-coding nan nan nan 4.739 1.490 0.317 3.389 0.297 0.648 0.647 2.597 2.228 0.126 0.048 0.256 0.590 0.160 0.087 5.193 2.522 0.261 0.041 0.471 0.324 0.759 1.299 0.889 0.118 1.700 2.270 0.799 1.495 1.073 1.480 0.297 0.197 0.115 0.680 0.117 3.642 0.625 2.558 0.868 0.467 4.037 1.580 2.323 2.531 0.799 3.388 0.326 1.792 0.590 4.269 1.951 0.759 1.264 0.514 0.663 2.523 0.405 0.495 0.226 0.066 2.886 0.293 0.106 1.248 1.439 1.865 2.648 1.583 1.521 2.406 0.886 2.426 2.332 1.121 1.742 1.052 1.807 1.537 1.733 0.721 1.424 0.578 0.639 0.372 0.711 0.565 0.536 7972 chr3 167764547 167771893 + 0 NA intron (NM_001308155, intron 1 of 14) intron (NM_001308155, intron 1 of 14) 45493 NM_014498 27333 Hs.143600 NM_014498 ENSG00000173905 GOLIM4 GIMPC|GOLPH4|GPP130|P138 golgi integral membrane protein 4 protein-coding 1.443 1.236 1.079 0.194 0.169 0.030 0.165 0.153 0.392 0.106 0.177 0.043 0.127 0.176 0.136 0.538 0.133 0.101 0.054 0.069 0.185 2.739 1.448 0.277 0.047 0.020 0.010 0.082 0.044 0.099 0.167 0.205 0.562 0.059 0.080 2.100 0.148 0.077 0.018 0.085 0.075 0.041 0.010 0.119 0.067 0.043 0.074 0.022 0.046 0.136 0.049 0.139 0.277 0.033 0.688 0.008 0.235 0.075 0.053 0.358 0.032 0.008 0.021 0.564 0.737 0.384 0.527 0.535 0.755 1.394 0.731 0.389 0.391 5.732 6.227 nan 0.639 nan 2.497 0.195 0.371 5.374 7.215 1.020 1.669 1.787 0.904 6697 chr2 228710635 228755149 + 0 NA Intergenic AluSc5|SINE|Alu -3200 NM_001330004 164781 Hs.424594 NM_178821 ENSG00000123977 DAW1 ODA16|WDR69 dynein assembly factor with WD repeats 1 protein-coding nan 0.677 0.646 0.563 0.057 0.089 1.662 0.144 0.214 0.236 0.772 0.960 0.018 0.016 0.064 0.245 0.259 0.126 0.779 0.643 0.245 0.019 0.069 0.118 0.067 1.017 0.576 1.038 0.652 0.639 0.823 2.489 0.956 nan 0.443 4.692 0.019 0.073 0.108 0.234 0.036 2.314 0.814 0.481 1.029 0.327 0.288 0.216 1.300 0.228 0.019 0.547 0.245 0.482 1.117 0.067 0.212 0.102 0.009 3.511 0.030 0.601 0.029 0.047 0.510 0.156 0.121 0.256 0.141 0.318 0.643 0.246 0.294 0.090 0.053 0.200 0.204 0.149 0.279 0.719 nan 0.433 0.222 0.079 0.130 0.039 0.038 0.177 nan 0.229 0.305 1915 chr11 44872270 44892598 + 0 NA intron (NM_130783, intron 2 of 8) intron (NM_130783, intron 2 of 8) 89325 NM_001318384 9537 Hs.554791 NM_006034 ENSG00000175274 TP53I11 PIG11 tumor protein p53 inducible protein 11 protein-coding nan 0.798 1.955 0.095 0.052 0.603 0.490 0.150 0.304 0.104 0.186 0.393 0.022 0.049 0.034 0.278 0.229 0.103 0.101 0.102 0.072 0.007 0.186 0.199 0.070 1.055 0.591 0.507 0.178 0.100 0.110 0.267 0.247 0.558 0.108 0.089 0.066 0.107 0.092 0.211 0.035 1.233 0.273 0.206 0.311 0.159 0.113 0.138 0.164 0.081 1.258 0.234 0.278 0.116 0.564 0.070 0.066 0.121 0.517 0.266 0.045 0.559 0.117 0.201 0.180 0.085 0.035 1.730 3.704 0.316 0.725 0.652 0.620 0.318 0.130 0.146 0.115 1.079 1.850 0.057 0.147 1.224 1.086 0.519 0.739 0.194 0.350 0.469 nan 1.014 0.718 3729 chr14 80028267 80055078 + 0 NA intron (NM_001105250, intron 2 of 6) intron (NM_001105250, intron 2 of 6) 295990 NR_073546 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 0.792 1.208 0.819 0.111 0.338 0.026 0.133 0.299 0.057 0.047 0.051 0.200 0.048 0.157 0.531 0.803 0.309 0.039 0.042 0.189 0.021 0.100 0.123 0.062 0.010 0.018 0.068 0.091 0.012 0.063 0.093 0.100 0.501 0.027 0.532 0.232 0.077 0.117 0.031 0.157 0.165 0.103 0.110 0.012 0.069 0.065 0.121 0.068 0.103 0.012 0.041 0.531 0.032 0.025 0.062 0.027 0.117 0.253 0.102 0.042 0.040 0.040 0.130 0.141 0.054 0.023 0.379 0.232 0.848 3.861 0.534 0.611 0.081 0.049 4.635 5.022 1.362 2.189 0.319 0.382 0.651 0.310 0.188 0.267 0.418 0.792 0.223 0.398 0.797 0.861 4523 chr16 89968909 89974609 + 0 NA intron (NM_014972, intron 14 of 17) intron (NM_014972, intron 14 of 17) -12528 NM_002386 4157 Hs.513829 NM_002386 ENSG00000258839 MC1R CMM5|MSH-R|SHEP2 melanocortin 1 receptor protein-coding nan 0.453 0.727 0.216 0.122 0.100 0.479 0.296 0.385 0.084 0.402 0.290 0.186 0.052 0.979 0.907 0.078 0.112 0.749 0.365 0.067 0.212 0.082 0.060 0.144 0.242 0.203 0.198 0.370 0.104 0.298 1.184 1.006 0.255 1.054 0.255 0.034 0.076 0.059 0.084 0.152 0.171 0.053 0.041 0.038 0.186 0.119 0.159 0.217 0.317 0.042 2.041 0.907 8.802 0.097 0.144 1.433 2.610 0.566 0.175 0.036 0.366 0.138 0.116 0.042 0.030 0.027 0.275 0.352 0.259 0.456 0.396 0.439 0.215 0.084 0.394 0.296 0.107 0.283 0.057 0.077 0.378 0.239 0.278 0.301 0.058 0.108 0.141 0.203 0.217 0.185 9981 chr6 143645335 143661610 + 0 NA intron (NM_016108, intron 4 of 5) Mam_R4|LINE|Dong-R4 110342 NM_001286259 134637 Hs.709561 NM_182503 ENSG00000189007 ADAT2 DEADC1|TAD2|dJ20N2|dJ20N2.1 adenosine deaminase, tRNA specific 2 protein-coding nan 0.808 nan 0.463 0.201 0.072 2.698 0.089 0.186 0.047 0.320 1.461 0.027 0.006 0.060 0.300 0.401 0.091 0.274 0.466 0.058 0.196 0.009 0.052 0.098 0.440 0.248 0.014 1.478 1.495 1.052 3.004 0.590 0.398 0.968 0.066 0.018 0.085 0.101 0.593 0.102 0.114 0.566 0.269 3.274 2.154 0.340 0.138 0.065 0.146 0.015 0.122 0.300 0.394 0.824 0.098 0.113 0.033 0.054 0.028 0.050 1.062 0.037 0.031 0.455 0.032 0.003 0.448 0.297 0.307 0.487 0.285 0.365 0.236 0.167 0.278 0.261 0.616 0.759 0.146 0.184 0.665 0.301 0.157 0.298 0.214 0.155 0.243 0.259 0.142 0.248 83 chr1 10679386 10877944 + 0 NA intron (NM_001079843, intron 2 of 20) intron (NM_001079843, intron 2 of 20) 78068 NM_001079843 54897 Hs.439894 NM_017766 ENSG00000130940 CASZ1 CAS11|CST|SRG|ZNF693|dJ734G22.1 castor zinc finger 1 protein-coding 1.429 1.263 nan 0.292 4.287 1.796 0.217 0.734 1.377 0.092 0.218 0.125 0.039 0.421 1.080 1.261 0.114 0.096 0.118 0.033 0.049 0.226 0.515 0.283 1.087 0.138 0.069 0.176 0.108 0.035 0.244 1.182 0.228 1.944 0.098 0.147 0.139 0.132 0.090 0.025 0.378 0.135 0.078 0.062 0.064 0.077 0.161 0.155 0.200 0.152 0.052 0.460 1.261 0.196 0.282 1.087 0.115 0.277 0.583 0.389 0.972 0.108 1.172 1.657 0.062 0.078 0.050 1.110 1.495 1.202 1.652 2.348 2.648 0.298 0.161 1.304 nan 0.423 nan 6.387 7.921 nan 1.193 1.140 1.650 0.444 0.470 1.273 3.090 1.346 0.775 11361 chr8 142970231 142990318 + 0 NA Intergenic (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 99383 NR_130468 100616374 NR_130468 ENSG00000265612 MIR4539 - microRNA 4539 ncRNA 2.117 1.013 nan 0.068 0.061 6.387 0.060 0.388 0.718 0.010 0.080 0.037 0.003 0.114 3.467 0.337 0.074 0.088 0.068 0.028 0.041 0.021 0.102 0.095 1.323 0.010 0.029 0.018 0.082 0.005 0.092 0.250 0.095 2.965 0.043 0.032 0.132 0.038 0.079 0.011 0.276 0.069 0.030 0.035 0.016 0.023 0.067 0.154 0.134 0.068 0.012 0.037 0.337 0.057 0.009 1.323 0.006 0.033 0.846 0.066 0.178 0.047 0.454 0.282 0.012 0.009 0.015 0.241 0.158 0.085 0.121 nan 4.204 nan 0.074 0.116 0.162 0.811 0.862 0.651 0.771 1.894 1.785 0.504 0.755 0.486 0.655 0.507 1.035 0.351 0.306 3375 chr13 114608704 114623414 + 0 NA intron (NM_001278674, intron 3 of 7) L1MDa|LINE|L1 15905 NR_047495 100861555 Hs.353773 NR_047495 ENSG00000260910 LINC00565 - long intergenic non-protein coding RNA 565 ncRNA 0.732 nan 0.653 0.026 0.458 3.857 0.300 0.130 0.200 0.013 0.194 0.032 0.004 0.014 0.784 0.600 0.284 0.121 0.179 0.064 0.047 0.187 0.134 0.317 0.009 0.020 0.028 0.028 0.131 0.077 0.175 0.073 1.629 0.059 0.047 0.058 0.030 0.077 0.135 0.092 0.261 0.037 0.046 0.060 0.042 0.111 0.352 0.033 0.135 0.021 0.022 0.600 0.133 0.057 0.317 0.041 0.051 0.250 0.066 0.372 0.032 0.161 0.065 0.280 0.023 0.017 1.033 1.503 0.108 0.173 0.715 0.887 1.463 0.423 0.100 0.125 0.111 0.189 1.415 1.399 0.321 0.187 0.418 0.562 0.266 0.213 0.171 0.208 0.130 0.108 6183 chr2 70331010 70371920 + 0 NA non-coding (NR_024444, exon 2 of 2) non-coding (NR_024444, exon 2 of 2) 983 NR_024444 100133985 Hs.135528 NR_024444 ENSG00000231327 LINC01816 - long intergenic non-protein coding RNA 1816 ncRNA nan nan 2.878 1.343 2.487 2.371 2.061 1.914 3.744 1.309 1.771 1.985 1.168 0.638 2.729 2.582 1.613 0.483 1.601 0.723 1.770 1.760 0.711 0.380 2.973 1.775 1.642 1.246 1.868 0.930 2.314 5.016 1.505 3.708 1.054 3.556 0.279 2.144 0.203 1.148 0.999 1.111 0.941 0.503 1.072 1.045 1.802 2.624 3.753 1.775 2.053 2.126 2.582 2.751 1.755 2.973 1.053 2.231 1.250 2.298 1.411 1.257 3.161 0.705 1.204 2.242 2.413 2.832 2.539 1.967 3.277 4.183 4.025 3.564 1.915 4.332 4.510 1.835 2.205 4.936 7.168 2.201 1.741 3.349 4.184 1.620 1.788 2.307 3.830 nan 0.784 6422 chr2 155548875 155574253 + 0 NA intron (NM_001260508, intron 1 of 1) intron (NM_001260508, intron 1 of 1) 6471 NM_001260509 3760 Hs.591606 NM_002239 ENSG00000162989 KCNJ3 GIRK1|KGA|KIR3.1 potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 protein-coding nan 0.716 nan 0.051 0.145 0.018 0.034 0.322 0.462 0.008 0.079 0.040 0.015 0.305 0.066 0.161 0.105 0.025 0.126 0.023 0.025 0.536 0.535 0.231 0.003 0.006 0.006 0.068 0.012 0.104 0.228 0.086 0.959 0.024 0.053 0.323 0.009 0.079 0.014 0.138 0.069 0.007 0.012 0.009 0.015 0.076 0.043 0.167 0.291 0.040 0.016 0.161 0.059 0.022 0.231 0.063 0.006 0.996 0.138 0.139 0.022 0.074 0.142 0.015 0.018 0.006 0.351 0.228 0.191 0.226 0.164 0.214 0.959 0.370 3.566 3.496 5.574 6.686 0.272 0.296 10.804 11.120 0.134 0.255 1.188 1.063 0.393 0.831 0.364 0.342 8353 chr4 43456545 43463463 + 0 NA intron (NR_146993, intron 2 of 2) LTR43B|LTR|ERV1 34556 NR_146993 105374436 Hs.170605 NR_146993 ENSG00000248143 LINC02383 - long intergenic non-protein coding RNA 2383 ncRNA 0.479 nan nan 0.322 0.222 0.660 0.023 0.202 0.291 0.093 0.277 0.014 0.089 0.055 0.238 0.046 1.620 0.494 0.018 0.021 0.023 0.135 0.017 0.380 0.197 0.086 1.315 2.323 0.186 0.220 3.313 0.161 4.168 0.031 0.013 0.031 0.108 0.084 0.057 2.719 0.968 0.774 0.581 0.178 0.097 2.527 0.012 0.042 0.039 0.055 1.180 0.020 0.017 0.142 0.133 0.027 0.109 0.015 0.125 0.028 0.178 1.161 0.017 0.008 0.359 0.109 0.250 0.479 0.110 0.190 0.131 0.068 0.045 0.057 0.642 0.806 1.445 1.281 0.344 0.148 0.103 0.154 0.036 0.037 0.192 0.458 0.468 0.467 2672 chr12 51762486 51789787 + 0 NA intron (NM_007210, intron 2 of 11) L2b|LINE|L2 -8965 NM_001267615 9498 Hs.4749 NM_004858 ENSG00000050438 SLC4A8 NBC3|NDCBE solute carrier family 4 member 8 protein-coding nan 1.223 0.693 0.522 0.190 0.114 3.004 0.451 0.688 0.368 0.323 0.309 0.409 0.063 0.226 0.915 0.358 0.206 2.174 1.193 0.077 0.030 0.218 0.154 0.379 1.281 0.819 0.269 0.431 0.612 1.619 7.950 1.126 0.837 1.452 0.275 0.209 0.115 0.057 0.882 0.041 2.171 0.332 0.237 0.935 0.725 1.253 2.289 0.483 0.934 0.167 1.584 0.915 2.491 0.763 0.379 0.178 0.946 0.102 0.819 0.294 1.768 0.174 0.046 1.646 0.283 0.244 nan 1.067 0.540 0.913 1.467 nan 1.853 0.668 0.585 0.702 0.508 nan 1.516 nan 0.546 0.299 0.416 0.629 0.800 0.990 0.201 0.322 0.866 0.706 10378 chr7 56115943 56123057 + 0 NA promoter-TSS (NM_004577) promoter-TSS (NM_004577) 122 NM_001009186 908 Hs.82916 NM_001762 ENSG00000146731 CCT6A CCT-zeta|CCT-zeta-1|CCT6|Cctz|HTR3|MoDP-2|TCP-1-zeta|TCP20|TCPZ|TTCP20 chaperonin containing TCP1 subunit 6A protein-coding 6.830 3.347 4.439 4.413 3.455 2.494 3.277 1.784 4.161 1.370 2.897 3.993 1.239 1.798 1.521 3.658 2.347 0.544 2.220 1.017 1.760 1.675 2.616 1.604 3.996 2.721 2.627 1.480 4.709 1.191 4.318 4.678 15.129 7.794 1.028 1.509 0.933 4.434 0.224 1.078 1.578 3.999 2.476 1.186 1.622 2.886 8.276 2.476 3.601 3.991 2.565 2.057 3.658 2.817 5.634 3.996 1.428 1.664 1.067 3.604 3.578 5.466 1.914 2.039 1.850 3.303 2.908 6.478 5.233 4.886 7.092 6.758 6.783 5.976 2.198 8.092 8.290 4.873 5.935 10.173 14.316 5.616 6.328 3.193 6.234 5.510 5.892 6.196 6.613 3.817 1.983 11892 chrUn_gl000214 28431 33034 + 0 NA NA Intergenic NA NA 2.005 nan nan 0.119 1.603 0.072 0.151 0.246 0.640 0.088 2.108 0.805 0.365 0.417 0.655 0.949 0.853 0.417 0.092 0.043 0.070 0.424 0.780 0.475 4.008 0.164 0.140 0.051 0.325 0.609 0.905 0.166 1.077 0.512 0.263 0.082 0.331 0.135 0.562 0.173 0.908 0.345 0.202 0.118 0.314 0.655 0.254 0.529 1.192 1.202 0.270 0.949 0.042 0.201 4.008 0.080 0.822 0.507 0.241 3.085 0.528 0.279 0.403 0.649 0.089 0.055 nan 1.119 0.476 0.590 0.877 0.922 3.778 1.340 0.499 0.461 3.250 4.551 1.651 2.377 2.083 nan 1.136 1.366 0.200 0.295 1.619 1.979 7.936 nan 962 chr1 186616209 186623175 + 0 NA Intergenic Intergenic 29867 NM_000963 5743 Hs.196384 NM_000963 ENSG00000073756 PTGS2 COX-2|COX2|GRIPGHS|PGG/HS|PGHS-2|PHS-2|hCox-2 prostaglandin-endoperoxide synthase 2 protein-coding nan nan 0.983 0.103 0.130 0.032 0.112 0.070 0.187 0.144 0.118 0.027 0.103 0.278 0.147 0.138 0.068 0.027 0.055 0.157 0.111 0.069 0.040 0.063 0.010 0.088 0.031 0.047 0.450 0.194 0.325 0.042 0.123 0.042 0.108 0.133 0.017 0.046 0.047 0.026 0.044 0.079 0.056 0.112 0.202 0.194 0.112 0.043 0.228 0.278 0.065 0.065 0.069 0.087 0.048 0.070 0.025 0.044 0.034 0.294 0.053 0.054 0.010 0.883 0.666 2.369 0.881 0.356 nan 0.160 0.026 16.404 17.347 0.354 0.664 0.227 0.220 0.336 0.140 0.496 0.863 0.109 0.108 0.331 nan 0.554 0.539 2094 chr11 73086653 73104911 + 0 NA intron (NM_032871, intron 1 of 10) intron (NM_032871, intron 1 of 10) 8069 NM_032871 84957 Hs.533720 NM_032871 ENSG00000054967 RELT TNFRSF19L|TRLT RELT, TNF receptor protein-coding nan 1.129 1.656 0.552 0.265 1.478 0.707 0.473 1.023 0.147 0.897 0.419 0.121 0.272 0.642 0.650 0.425 0.035 0.742 0.206 0.440 0.123 0.293 0.178 0.584 0.576 0.541 0.780 0.351 0.195 0.870 nan 0.415 1.823 0.201 0.347 0.146 0.689 0.094 0.178 0.388 2.814 2.305 1.148 0.413 0.173 0.607 0.569 1.576 1.045 1.054 0.790 0.650 0.996 0.862 0.584 0.283 0.408 0.243 2.026 0.501 0.435 0.769 0.183 0.179 0.230 0.113 2.605 4.614 1.500 2.054 1.718 1.784 1.205 0.462 3.937 4.052 1.591 2.239 1.733 2.712 0.888 0.940 1.686 2.569 0.726 0.738 0.697 1.073 0.760 0.638 3778 chr14 94419551 94437768 + 0 NA intron (NM_001202429, intron 2 of 9) AluYa5|SINE|Alu -4892 NM_016150 51676 Hs.510327 NM_016150 ENSG00000100628 ASB2 ASB-2 ankyrin repeat and SOCS box containing 2 protein-coding 1.432 1.098 nan 0.457 0.190 0.528 2.414 0.117 0.349 0.041 0.361 0.480 0.067 0.214 0.131 0.333 1.605 0.211 0.829 0.884 0.762 0.034 0.059 0.076 0.073 2.116 1.198 0.068 0.886 1.559 0.592 2.695 1.106 0.814 2.021 0.454 0.063 0.094 0.086 1.669 0.119 0.709 1.028 0.506 1.561 2.139 0.059 1.243 0.402 4.950 0.648 1.317 0.333 0.610 1.143 0.073 0.945 0.591 0.650 0.449 0.055 0.657 0.027 0.081 1.446 0.598 0.564 0.284 0.337 0.324 0.577 0.957 0.933 0.223 0.076 0.487 0.597 0.248 0.559 0.315 0.627 2.008 2.372 0.388 0.329 0.158 0.234 0.227 0.513 nan 0.367 3090 chr13 26062585 26076859 + 0 NA intron (NM_001313741, intron 2 of 35) AluJr|SINE|Alu 26810 NM_001313741 51761 Hs.444957 NM_016529 ENSG00000132932 ATP8A2 ATP|ATPIB|CAMRQ4|IB|ML-1 ATPase phospholipid transporting 8A2 protein-coding 0.685 1.508 1.158 0.030 0.543 2.876 0.025 0.079 0.231 0.006 0.071 0.032 0.009 0.013 2.346 0.323 0.089 0.091 0.060 0.009 0.010 0.638 0.322 0.595 0.011 0.047 0.007 0.118 0.115 0.039 1.833 0.014 0.118 0.014 0.031 0.085 0.008 0.083 0.103 0.049 0.011 0.015 0.005 0.054 0.140 0.057 0.030 0.016 0.055 0.323 0.035 0.006 0.595 0.006 0.054 0.049 0.107 0.011 0.093 0.069 0.016 0.020 0.018 1.016 1.734 0.143 nan 2.324 1.984 0.121 0.063 0.062 0.066 0.126 0.216 1.835 2.105 2.827 2.368 0.340 0.350 0.056 0.057 0.388 0.799 4.674 2.507 7663 chr3 77087242 77104760 + 0 NA intron (NM_001290039, intron 1 of 26) L2c|LINE|L2 6707 NM_001290040 6092 Hs.13305 NM_002942 ENSG00000185008 ROBO2 SAX3 roundabout guidance receptor 2 protein-coding 1.369 0.746 1.185 0.040 0.580 0.999 0.114 0.210 0.488 0.027 0.057 0.016 0.057 0.069 0.801 0.335 0.064 0.065 0.091 0.044 0.032 0.909 0.305 0.339 0.281 0.016 0.008 0.021 0.097 0.036 0.138 0.266 0.048 1.989 0.067 0.028 0.429 1.469 0.108 0.047 1.721 0.158 0.024 0.017 0.012 0.022 0.066 0.092 0.060 0.455 0.045 0.016 0.335 0.081 0.026 0.281 0.038 0.322 0.315 0.485 0.027 1.937 0.021 0.013 0.006 0.284 0.221 0.198 nan 1.566 1.222 2.697 0.979 0.232 0.257 2.461 2.884 0.790 1.412 0.692 0.756 0.073 0.103 1.904 1.286 2.807 5.491 0.715 0.444 6068 chr2 45015155 45072345 + 0 NA Intergenic Intergenic 122277 NR_147194 107985879 Hs.436392 NR_147194 ENSG00000259439 LINC01833 K21.1|RP11-89 long intergenic non-protein coding RNA 1833 ncRNA 1.423 nan 1.552 0.054 0.140 0.063 0.054 0.395 0.814 0.008 0.073 0.026 0.012 0.044 0.196 0.449 0.087 0.051 0.052 0.023 0.033 0.032 0.183 0.161 0.544 0.032 0.022 0.020 0.095 0.002 0.094 nan 0.094 0.326 0.010 0.070 0.165 0.055 0.106 0.008 0.055 0.134 0.024 0.016 0.048 0.070 0.137 0.193 0.117 0.045 0.022 0.042 0.449 0.052 0.026 0.544 0.021 0.043 0.036 0.133 0.060 0.064 0.053 2.025 0.023 0.019 0.014 0.284 0.189 0.205 0.298 nan 0.625 0.856 0.307 0.409 0.399 0.212 0.397 0.370 0.467 0.593 0.391 0.157 0.202 0.501 0.523 1.346 nan nan 0.622 10897 chr8 36999152 37004092 + 0 NA intron (NR_031672, intron 1 of 2).2 intron (NR_031672, intron 1 of 2).2 22151 NR_031672 100302233 NR_031672 ENSG00000221641 MIR1268A MIR1268|MIRN1268|hsa-mir-1268|hsa-mir-1268a microRNA 1268a ncRNA 1.704 1.562 nan 3.987 1.466 0.034 1.265 0.294 0.397 0.390 0.513 3.980 0.163 0.100 0.363 1.759 2.561 0.316 0.022 1.752 0.094 0.085 0.484 0.379 0.479 0.029 0.410 0.192 1.226 2.631 0.650 4.521 0.295 0.205 0.117 0.045 0.098 1.308 0.291 10.483 8.172 3.314 0.838 1.749 0.602 5.108 0.231 0.190 0.190 0.244 1.759 0.959 0.484 2.031 1.460 0.060 0.636 3.504 1.296 0.080 1.276 5.008 2.487 1.408 0.541 0.315 2.262 10.015 1.201 1.157 0.212 0.062 0.133 0.095 0.247 0.492 1.145 1.741 0.388 0.308 0.179 0.159 0.358 0.892 0.945 2.864 1.892 1.147 1051 chr1 204582110 204594400 + 0 NA exon (NM_201630, exon 2 of 2) exon (NM_201630, exon 2 of 2) 66226 NM_006338 10446 Hs.26312 NM_006338 ENSG00000170382 LRRN2 FIGLER7|GAC1|LRANK1|LRRN5 leucine rich repeat neuronal 2 protein-coding 1.510 1.163 6.763 0.109 0.105 0.209 1.834 0.316 0.780 0.023 0.095 0.097 0.016 0.397 0.658 0.100 0.158 0.147 0.124 0.046 0.022 0.205 0.200 0.192 0.197 0.081 0.059 0.083 0.061 0.074 0.280 0.132 0.663 0.168 0.137 0.061 0.048 0.102 0.019 0.104 0.097 0.034 0.019 0.216 0.098 0.149 0.132 0.132 0.047 0.223 0.465 0.658 0.061 0.311 0.192 0.109 0.188 0.143 0.071 0.376 0.303 0.049 1.199 0.025 0.037 0.013 0.575 0.707 0.463 0.578 0.839 0.814 0.447 0.224 nan nan 1.311 1.765 0.413 0.629 0.460 0.547 0.289 0.259 0.219 0.323 1.100 3.465 0.716 0.669 9142 chr5 121746357 121772224 + 0 NA exon (NM_005460, exon 4 of 11) exon (NM_005460, exon 4 of 11) 32506 NM_001308108 9627 Hs.426463 NM_005460 ENSG00000064692 SNCAIP SYPH1|Sph1 synuclein alpha interacting protein protein-coding nan 0.875 1.627 0.078 0.164 0.300 0.060 0.265 0.490 0.007 0.063 0.033 0.044 0.027 0.347 0.134 0.079 0.100 0.077 0.044 0.024 0.005 0.104 0.102 0.256 0.051 0.029 0.011 0.060 0.004 0.081 0.112 0.085 1.422 0.051 0.066 0.885 0.054 0.116 0.005 0.100 0.049 0.012 0.030 0.066 0.030 0.079 0.130 0.139 0.044 0.088 0.041 0.134 0.044 0.039 0.256 0.052 0.032 0.007 0.021 0.162 0.034 0.046 0.062 0.021 0.016 0.016 0.443 0.341 0.443 nan 0.502 0.631 0.556 0.173 0.277 0.259 4.046 4.669 0.410 0.362 0.552 0.175 0.129 0.168 2.888 3.132 0.196 0.381 0.724 0.403 3033 chr12 124863518 124914598 + 0 NA intron (NM_001077261, intron 15 of 47) intron (NM_001077261, intron 15 of 47) -67270 NR_106940 102466204 NR_106940 ENSG00000275967 MIR6880 hsa-mir-6880 microRNA 6880 ncRNA 1.349 0.905 0.993 1.230 0.387 2.371 2.367 0.410 0.811 0.674 1.303 0.828 0.052 0.339 1.025 0.981 0.779 0.170 1.335 0.694 1.221 0.057 0.689 0.505 0.619 0.633 0.581 0.430 0.749 0.364 1.832 3.813 1.229 1.296 1.049 1.925 0.272 0.198 0.089 0.968 0.230 2.366 2.587 0.912 1.062 0.805 1.219 0.420 2.356 1.266 0.622 1.304 0.981 1.427 0.489 0.619 0.493 0.481 0.897 1.430 0.707 0.525 0.355 0.628 2.050 1.126 0.612 0.957 1.507 0.600 1.293 0.630 0.679 nan 0.228 0.842 0.903 0.888 1.454 1.205 2.192 1.605 1.765 0.702 0.829 0.767 0.922 1.272 2.667 0.818 0.506 518 chr1 93903923 93917125 + 0 NA Intergenic Intergenic -3164 NM_017737 54874 Hs.134060 NM_017737 ENSG00000137942 FNBP1L C1orf39|TOCA1 formin binding protein 1 like protein-coding nan nan 2.581 1.665 1.293 1.980 0.591 1.047 1.628 0.679 0.531 0.448 3.413 6.608 2.012 1.205 1.500 0.196 1.699 0.477 1.777 0.798 0.594 0.314 1.979 0.492 0.377 0.605 1.176 0.450 2.034 3.055 1.689 4.895 0.754 1.211 0.418 1.463 0.155 0.178 0.715 0.657 0.374 0.305 0.735 0.885 1.839 0.342 1.184 1.022 1.228 2.529 1.205 1.546 0.903 1.979 0.741 0.855 0.369 1.300 0.735 0.191 0.547 0.356 0.167 0.257 0.120 1.354 1.911 1.439 2.455 4.533 nan 2.918 0.832 2.985 2.961 2.185 nan 4.402 5.415 nan 1.330 0.698 1.537 1.608 1.169 1.414 1.657 1.424 0.911 4802 chr17 42883956 42909292 + 0 NA intron (NM_001080383, intron 1 of 2) L1MB3|LINE|L1 10983 NM_005497 10052 Hs.712052 NM_005497 ENSG00000182963 GJC1 CX45|GJA7 gap junction protein gamma 1 protein-coding 1.825 1.541 nan 4.084 1.002 0.210 3.300 0.426 0.714 0.601 1.407 0.889 0.064 0.041 0.542 0.598 1.195 0.437 1.598 0.712 0.306 0.296 0.173 0.169 0.633 0.407 0.194 0.921 0.823 1.036 0.363 nan 0.242 0.963 0.714 0.285 0.247 0.634 0.171 0.842 0.433 3.197 1.362 0.750 0.804 0.756 0.632 1.904 0.974 2.843 0.315 0.188 0.598 1.594 3.268 0.633 0.058 0.364 0.144 1.717 0.052 1.883 0.238 0.548 0.285 0.603 0.323 1.378 1.250 0.883 1.116 1.206 nan 1.232 0.523 2.564 2.593 0.939 1.446 1.198 nan 1.716 1.169 0.794 1.536 1.248 2.342 1.280 1.767 0.549 0.380 5268 chr18 38154512 38159314 + 0 NA Intergenic Intergenic 510663 NR_110791 101927900 Hs.385522 NR_110791 ENSG00000261715 LINC01477 - long intergenic non-protein coding RNA 1477 ncRNA nan 1.022 0.801 0.064 0.135 0.080 0.749 1.172 0.040 0.048 0.020 0.046 0.022 0.075 0.389 0.134 0.033 0.039 0.013 0.057 0.559 0.191 0.196 0.015 0.043 0.041 0.054 0.379 0.067 0.039 0.083 0.280 0.057 0.014 0.023 0.020 0.042 0.030 0.014 0.389 0.029 0.196 0.031 0.017 0.422 0.083 0.062 0.063 0.012 0.476 0.200 0.266 0.253 0.650 0.783 14.192 5.267 0.153 0.167 0.563 0.734 nan 0.440 0.467 0.255 0.068 0.219 0.416 0.543 0.297 0.626 1.137 1.040 2906 chr12 104304664 104311738 + 0 NA intron (NR_027249, intron 2 of 15) MIRb|SINE|MIR 15788 NR_027249 253724 Hs.506549 NR_027249 ENSG00000214198 TTC41P GNN|GNNP tetratricopeptide repeat domain 41, pseudogene pseudo 0.940 0.801 nan 0.134 0.549 0.042 0.073 0.431 0.529 0.014 0.081 0.158 0.070 0.225 1.207 0.174 0.228 0.086 0.053 0.036 0.467 0.312 3.932 0.029 0.020 0.135 0.067 0.015 0.091 0.165 0.052 0.273 0.104 0.061 0.204 0.154 0.156 0.058 0.755 0.069 0.008 0.033 0.015 0.027 0.123 0.381 0.092 0.108 0.055 0.099 1.207 0.108 0.013 3.932 0.017 0.035 0.398 0.088 0.270 0.021 0.069 0.105 0.032 0.024 0.022 2.115 1.735 0.256 0.398 2.094 2.554 10.368 3.843 0.970 1.215 0.528 0.799 0.599 0.449 1.902 2.047 0.191 0.330 1.136 0.455 0.250 0.505 1.955 1.217 2732 chr12 59302692 59346662 + 0 NA Intergenic Intergenic -10358 NM_153377 121227 Hs.253736 NM_153377 ENSG00000139263 LRIG3 LIG3 leucine rich repeats and immunoglobulin like domains 3 protein-coding nan 1.118 0.912 5.730 0.802 0.092 0.153 0.259 0.528 0.116 0.292 0.430 0.997 0.313 0.507 0.548 0.974 0.190 0.227 0.108 0.270 0.019 1.039 0.631 0.403 0.709 0.557 0.117 0.280 0.101 0.948 1.711 1.794 2.296 0.226 0.326 0.995 0.138 0.081 0.325 0.148 0.253 0.238 0.142 0.501 0.246 0.353 0.466 0.420 0.039 0.304 0.431 0.548 0.249 0.383 0.403 0.231 0.246 0.321 0.280 0.679 0.673 0.124 0.200 0.049 0.062 0.044 nan 0.271 0.524 0.890 0.513 nan 2.570 1.118 0.646 0.674 1.141 nan 1.015 nan 0.634 0.497 0.196 0.411 3.439 3.708 0.397 0.611 1.399 0.953 2852 chr12 90339376 90345172 + 0 NA intron (NR_135019, intron 2 of 2) intron (NR_135019, intron 2 of 2) 804 NR_135019 105369891 Hs.148998 NR_135019 ENSG00000257725 LINC02399 - long intergenic non-protein coding RNA 2399 ncRNA 1.397 1.889 1.088 0.636 0.047 0.009 0.888 1.022 1.409 0.280 2.942 2.777 0.031 0.052 0.183 1.624 5.681 0.276 0.986 1.161 1.027 0.767 0.943 0.341 0.703 1.102 0.550 0.065 0.489 0.578 1.933 3.964 0.671 nan 1.052 11.625 0.180 0.112 0.188 1.340 0.844 0.253 0.202 1.466 0.181 0.398 2.706 2.949 1.127 4.697 4.432 1.624 0.494 0.177 0.703 1.859 2.435 1.568 0.368 1.241 0.051 0.529 1.249 0.051 0.043 0.406 0.136 0.397 0.940 0.440 0.561 0.191 0.132 0.302 0.262 1.350 nan 0.330 nan 0.465 0.299 0.140 0.253 1.415 2.013 0.870 1.956 1.760 1.530 3221 chr13 77899162 77905305 + 0 NA Intergenic Intergenic -1056 NM_015057 23077 Hs.591221 NM_015057 ENSG00000005810 MYCBP2 Myc-bp2|PAM|Phr MYC binding protein 2, E3 ubiquitin protein ligase protein-coding nan 2.475 4.535 1.493 3.887 1.747 1.702 2.949 5.256 0.623 2.787 1.564 0.626 0.714 6.223 4.939 2.443 0.183 1.149 0.277 1.251 1.127 1.416 0.696 3.662 1.266 1.293 1.027 0.820 0.874 6.436 7.876 1.706 11.471 1.682 2.812 0.464 1.657 0.129 1.268 4.727 4.777 2.358 1.129 1.614 0.751 1.606 2.888 1.908 2.471 2.968 1.412 4.939 1.186 3.408 3.662 0.737 1.194 1.668 2.583 1.386 1.967 5.538 1.819 2.196 0.487 0.264 6.643 10.030 3.438 4.492 7.034 4.961 6.880 1.893 3.693 3.628 1.565 2.015 4.148 4.632 nan 7.392 5.430 10.830 1.869 1.164 5.100 6.387 0.820 0.554 6025 chr2 38573120 38606282 + 0 NA intron (NM_001330462, intron 1 of 13) MER5A|DNA|hAT-Charlie 13971 NM_001330460 64225 Hs.594950 NM_022374 ENSG00000119787 ATL2 ARL3IP2|ARL6IP2|aip-2|atlastin2 atlastin GTPase 2 protein-coding 1.355 nan nan 0.725 0.501 0.233 0.396 0.242 0.592 0.178 0.583 0.200 0.225 0.121 0.472 0.488 0.573 0.194 0.829 0.206 0.312 0.230 0.433 0.298 0.566 0.261 0.259 0.411 0.515 0.213 0.687 nan 0.997 1.331 0.218 0.570 0.093 0.507 0.136 0.175 0.243 1.039 0.336 0.181 0.343 0.394 0.596 0.446 0.883 0.801 0.466 0.514 0.488 0.992 0.450 0.566 0.170 0.279 0.094 1.144 0.255 0.445 0.285 0.388 0.342 0.243 0.147 0.983 1.125 1.285 2.525 1.110 1.041 1.150 0.445 7.545 nan 0.802 1.142 0.993 1.342 nan 1.012 0.637 1.226 0.404 0.288 1.241 1.807 0.741 0.504 2155 chr11 86379069 86390474 + 0 NA Intergenic Intergenic -1093 NM_001351934 10873 Hs.199743 NM_006680 ENSG00000151376 ME3 NADP-ME malic enzyme 3 protein-coding 2.132 2.078 1.124 1.281 3.552 1.958 4.076 1.882 2.906 0.503 2.397 2.980 0.027 0.776 1.399 0.685 0.609 0.119 0.984 0.505 0.650 0.012 1.118 0.657 0.221 2.838 2.509 0.647 0.738 1.379 0.837 2.008 0.817 6.196 1.379 0.986 0.551 0.304 0.160 1.758 0.863 2.527 2.364 1.176 2.033 1.436 4.245 4.518 2.152 2.896 0.934 2.839 0.685 1.486 7.559 0.221 1.433 0.513 4.141 1.298 0.829 2.314 0.444 0.911 1.779 0.348 0.178 5.415 6.888 1.707 3.284 3.798 3.653 1.769 0.663 4.026 4.464 0.175 0.396 5.064 5.434 3.639 4.623 1.922 2.174 3.569 3.012 1.390 2.932 2.134 1.487 1711 chr10 127912154 127932534 + 0 NA intron (NM_001288973, intron 3 of 22) intron (NM_001288973, intron 3 of 22) 154783 NM_001288975 8038 Hs.594351 NM_003474 ENSG00000148848 ADAM12 ADAM12-OT1|CAR10|MCMP|MCMPMltna|MLTN|MLTNA ADAM metallopeptidase domain 12 protein-coding nan 0.941 0.826 0.067 0.138 0.167 0.495 0.167 0.322 0.005 0.310 0.506 0.015 0.059 0.083 0.224 0.249 0.093 0.175 0.131 0.084 0.007 0.100 0.073 0.041 0.213 0.082 0.014 0.097 0.021 0.071 0.115 0.069 0.645 0.057 0.058 0.028 0.048 0.058 0.094 0.162 0.159 0.106 0.073 0.101 0.086 0.137 0.705 0.148 0.103 0.031 0.147 0.224 0.144 0.042 0.041 0.082 0.053 0.247 0.051 0.570 0.207 0.010 0.061 0.048 0.017 0.017 0.147 0.140 0.165 0.169 0.304 0.283 4.673 1.192 0.143 0.143 0.200 0.285 0.762 0.824 0.185 0.111 0.082 0.136 0.279 0.638 0.184 0.277 1.741 0.962 2991 chr12 118957449 118976626 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 152679 NM_022491 64426 Hs.416630 NM_022491 ENSG00000111707 SUDS3 SAP45|SDS3 SDS3 homolog, SIN3A corepressor complex component protein-coding nan nan 0.428 0.087 0.059 0.121 0.085 0.142 0.271 0.015 0.064 0.048 0.022 0.047 0.933 0.556 0.043 0.059 0.055 0.010 0.017 0.051 0.025 0.115 0.304 0.011 0.022 0.019 0.068 0.017 0.050 0.107 0.097 0.822 0.030 0.076 0.015 0.023 0.099 0.016 0.099 0.064 0.056 0.044 0.040 0.044 0.042 0.244 0.068 0.059 0.071 0.087 0.556 0.052 0.019 0.304 0.013 0.017 0.131 0.046 0.042 0.029 0.979 0.071 0.012 0.027 0.011 0.708 0.610 0.168 0.156 nan nan nan 1.284 0.138 0.116 0.174 0.310 nan nan 0.340 0.163 0.281 0.753 0.091 0.082 0.229 0.382 nan 0.758 2836 chr12 85942288 85971454 + 0 NA Intergenic Intergenic 273447 NM_005447 9182 Hs.527881 NM_005447 ENSG00000198774 RASSF9 P-CIP1|PAMCI|PCIP1 Ras association domain family member 9 protein-coding 0.806 0.809 0.864 0.197 0.143 0.010 0.061 0.154 0.344 0.013 0.096 0.105 0.008 0.123 0.058 0.039 0.480 0.155 0.096 0.020 0.020 0.261 0.150 0.186 0.132 0.009 0.007 0.010 0.098 0.048 0.078 0.207 0.103 0.333 0.035 0.066 0.320 0.034 0.115 0.016 0.044 0.044 0.019 0.013 0.041 0.029 0.119 0.145 0.084 0.066 0.062 0.082 0.039 0.025 0.038 0.132 0.038 0.037 0.020 0.044 0.077 0.033 0.115 0.123 0.042 0.026 0.014 0.475 0.671 0.728 0.969 0.337 0.374 3.912 1.122 0.529 0.477 1.645 1.781 0.344 0.375 0.361 0.180 0.248 0.480 1.899 1.961 0.372 0.530 0.692 0.706 4780 chr17 40510019 40517233 + 0 NA intron (NM_213662, intron 1 of 23) MER5B|DNA|hAT-Charlie 26779 NM_213662 6774 Hs.463059 NM_003150 ENSG00000168610 STAT3 ADMIO|ADMIO1|APRF|HIES signal transducer and activator of transcription 3 protein-coding 1.246 2.269 nan 0.215 0.277 0.875 0.206 0.544 0.831 0.136 0.307 0.071 0.069 0.140 0.307 1.253 0.426 0.181 0.441 0.078 1.346 0.057 0.519 0.269 0.190 0.522 0.220 0.220 0.184 0.134 nan 0.207 1.974 0.082 0.261 0.490 0.075 0.111 0.063 0.229 0.242 0.083 0.054 0.093 0.183 0.148 0.208 0.654 0.106 4.078 0.553 1.253 0.433 0.101 0.190 0.101 1.833 0.069 0.358 0.993 0.336 0.068 0.034 0.052 0.056 0.014 0.356 0.466 0.437 0.880 0.461 nan 0.582 0.245 0.514 0.796 0.633 0.811 1.344 nan 0.602 0.441 0.195 0.320 1.965 3.277 0.184 0.416 1.582 0.878 3720 chr14 78696424 78709221 + 0 NA intron (NR_073547, intron 1 of 20) L1ME3A|LINE|L1 66106 NR_073547 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.274 0.692 0.686 0.057 0.086 0.288 0.022 0.676 1.215 0.007 0.054 0.065 0.015 0.039 0.581 1.576 0.094 0.088 0.019 0.147 0.161 0.489 0.022 0.006 0.053 0.017 0.075 0.187 0.108 0.741 0.032 0.046 0.586 0.140 0.104 1.429 0.050 0.019 0.012 0.034 0.036 0.079 0.125 0.064 0.039 0.018 0.052 1.576 0.011 0.037 0.489 0.038 0.059 0.061 0.054 0.024 0.037 0.015 0.087 0.024 0.009 0.004 0.301 0.166 0.121 0.169 0.592 0.608 1.482 0.308 0.156 0.212 0.524 0.770 0.531 nan 0.851 0.548 0.129 0.159 1.703 1.357 0.244 0.572 3.301 nan 384 chr1 53942473 53954579 + 0 NA Intergenic Intergenic 23454 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.048 0.578 1.095 0.060 0.072 0.133 0.050 0.107 0.263 0.008 0.045 0.061 0.005 0.034 0.059 0.220 0.234 0.084 0.096 0.031 0.035 0.051 0.082 0.060 0.040 0.054 0.127 0.050 0.026 0.086 nan 0.059 0.456 0.012 0.199 0.023 0.105 0.076 0.049 0.080 0.183 0.019 0.032 0.014 0.069 0.135 0.122 0.114 0.070 0.038 0.045 0.220 0.088 0.038 0.060 0.030 0.027 0.611 0.215 0.300 0.052 0.164 0.093 0.019 0.048 0.017 0.543 0.773 0.251 0.362 0.729 0.768 0.698 0.322 0.340 0.315 3.555 3.594 0.724 0.834 0.996 1.189 0.337 0.480 0.180 0.150 0.380 nan 0.398 0.494 3242 chr13 86566282 86578197 + 0 NA Intergenic L1PA3|LINE|L1 -198756 NM_032229 84189 Hs.525105 NM_032229 ENSG00000184564 SLITRK6 DFNMYP SLIT and NTRK like family member 6 protein-coding nan nan 0.584 0.037 0.235 0.019 0.024 0.228 0.316 0.053 0.564 0.006 0.135 0.015 0.280 0.971 0.094 0.036 0.875 0.023 1.239 0.870 0.121 0.082 0.024 0.056 0.045 0.009 0.055 0.065 0.018 0.781 0.037 0.031 0.200 0.064 0.079 0.010 0.179 0.077 0.010 0.019 0.018 0.013 0.048 0.042 0.260 0.014 0.020 0.040 0.280 0.012 0.016 0.121 0.030 0.049 0.024 2.331 0.019 0.092 0.011 0.025 0.005 0.009 0.508 0.385 0.232 0.264 0.485 0.639 2.068 1.275 0.177 0.149 0.106 0.130 2.601 3.364 0.590 0.340 0.197 0.544 1.264 0.884 0.331 0.502 0.147 0.158 4052 chr15 71621182 71659767 + 0 NA intron (NM_024817, intron 5 of 16) intron (NM_024817, intron 5 of 16) -159076 NR_120350 101929196 Hs.680472 NR_120348 THSD4-AS1 - THSD4 antisense RNA 1 ncRNA 0.633 0.824 1.459 0.263 0.106 0.017 0.445 0.203 0.362 0.293 0.134 0.172 1.088 0.018 0.194 0.368 0.353 0.100 0.322 0.211 0.280 0.033 0.113 0.087 0.368 0.190 0.058 0.079 0.260 0.393 0.174 0.660 0.318 0.482 0.313 0.121 0.007 0.053 0.083 0.034 0.043 0.116 0.034 0.026 0.194 0.268 0.467 0.197 0.673 0.130 0.055 0.679 0.368 0.399 0.105 0.368 0.379 0.881 0.027 0.368 0.026 0.131 0.638 0.143 0.045 0.024 0.009 0.302 0.212 2.254 5.824 0.317 0.361 1.359 0.436 0.160 0.163 0.151 0.223 0.398 0.403 0.566 0.358 0.654 0.863 0.097 0.112 0.335 0.772 0.325 0.317 5628 chr19 36247187 36250859 + 0 NA promoter-TSS (NM_001039887) promoter-TSS (NM_001039887) -21 NM_001039887 148137 Hs.527982 NM_144692 ENSG00000167595 PROSER3 C19orf55 proline and serine rich 3 protein-coding 7.229 2.991 3.584 4.873 9.673 3.465 1.504 2.402 4.320 1.596 5.181 4.761 0.827 1.281 4.842 3.893 2.053 0.354 3.877 1.842 4.589 1.776 1.534 1.098 4.072 1.747 2.192 3.472 2.576 0.775 2.067 4.929 1.410 20.318 1.193 5.408 1.169 4.442 0.204 2.187 2.014 5.213 3.773 2.008 1.365 0.690 2.072 2.743 8.292 12.672 3.626 1.570 3.893 3.544 2.356 4.072 1.101 1.736 1.395 4.662 3.384 2.981 2.740 3.106 2.067 1.885 1.097 3.329 3.216 4.008 5.808 6.790 6.165 7.687 2.806 7.742 8.361 5.442 6.616 6.001 7.034 nan 7.187 3.805 5.730 4.470 4.544 4.576 7.438 3.626 2.146 7868 chr3 139237441 139281884 + 0 NA promoter-TSS (NM_001130993) promoter-TSS (NM_001130993) -991 NM_001130993 5947 Hs.529571 NM_002899 ENSG00000114115 RBP1 CRABP-I|CRBP|CRBP1|CRBPI|RBPC retinol binding protein 1 protein-coding 2.147 nan nan 0.178 0.304 1.880 0.154 0.654 1.339 0.052 0.094 0.628 0.032 0.057 0.502 1.482 0.090 0.095 0.164 0.098 0.027 0.019 1.487 0.857 0.810 0.154 0.096 0.026 0.113 0.021 0.278 0.214 0.083 2.654 0.095 0.042 0.564 0.181 0.060 0.063 0.168 0.149 0.042 0.026 0.069 0.069 0.286 0.146 0.066 0.087 0.134 0.063 1.482 0.071 0.025 0.810 0.044 0.051 0.931 0.106 0.144 0.442 0.118 1.368 0.306 0.040 0.033 0.829 1.296 1.340 3.227 0.869 0.968 5.595 1.686 0.484 0.534 0.822 1.287 0.484 0.764 nan 5.269 0.246 0.457 1.944 1.446 1.071 3.028 1.505 0.910 5956 chr2 23799854 23825788 + 0 NA intron (NM_052920, intron 3 of 13) intron (NM_052920, intron 3 of 13) 204523 NM_052920 114818 Hs.130593 NM_025067 ENSG00000119771 KLHL29 KBTBD9 kelch like family member 29 protein-coding 1.810 0.695 1.910 0.062 1.092 0.138 0.183 0.598 1.242 0.019 0.182 0.709 0.005 0.131 0.360 1.307 0.126 0.100 0.113 0.030 0.068 0.032 2.902 1.537 4.324 0.051 0.031 0.043 0.105 0.012 0.108 0.228 0.076 5.313 0.034 0.128 0.641 0.081 0.109 0.027 0.361 0.280 0.106 0.042 0.025 0.026 0.122 0.178 0.179 0.071 0.036 0.140 1.307 0.140 0.028 4.324 0.043 0.077 1.339 0.162 2.409 0.201 0.276 0.308 0.090 0.016 0.016 0.395 0.638 0.748 1.072 1.567 1.651 3.049 0.867 1.000 1.031 1.252 1.923 4.426 nan 1.534 1.303 0.386 0.645 2.175 2.166 0.593 1.149 2.985 1.517 7403 chr22 36719368 36866806 + 0 NA Intergenic MER5A1|DNA|hAT-Charlie -8975 NM_002473 4627 Hs.474751 NM_002473 ENSG00000100345 MYH9 BDPLT6|DFNA17|EPSTS|FTNS|MHA|NMHC-II-A|NMMHC-IIA|NMMHCA myosin heavy chain 9 protein-coding 1.272 nan 0.978 1.696 0.469 1.251 2.181 0.851 1.576 0.696 2.231 1.588 0.701 0.472 0.791 1.046 1.075 0.325 2.320 1.196 1.296 0.103 0.400 0.275 1.969 0.879 0.689 0.370 2.398 1.081 2.758 5.485 1.366 1.427 1.541 0.764 0.220 0.492 0.124 0.900 0.239 2.152 0.843 0.402 0.936 0.672 1.959 1.661 1.050 1.136 0.431 0.998 1.046 3.824 1.554 1.969 0.521 0.621 0.671 1.001 1.480 1.605 0.509 0.111 1.607 1.260 0.824 0.627 0.867 0.832 1.994 1.222 1.210 1.633 0.491 0.751 0.768 0.490 nan 2.570 2.636 nan 0.705 0.494 0.818 0.848 1.047 0.349 0.728 1.104 0.607 1735 chr11 440673 452014 + 0 NA Intergenic Intergenic -1925 NM_001329548 81490 Hs.12851 NM_030783 ENSG00000174915 PTDSS2 PSS2 phosphatidylserine synthase 2 protein-coding 1.752 3.420 1.819 1.223 2.634 1.805 1.881 1.523 2.382 0.246 1.952 0.977 0.559 1.189 8.047 1.914 0.601 0.271 1.873 0.703 0.677 0.955 1.381 0.627 4.623 1.189 1.006 1.217 0.826 0.706 1.858 3.608 1.604 5.030 0.426 1.340 0.595 1.167 0.079 0.511 0.329 1.870 1.829 1.192 0.852 0.462 1.074 0.950 2.318 2.081 1.745 1.206 1.914 2.080 1.682 4.623 0.509 1.096 0.415 2.227 1.408 0.808 1.799 0.865 0.695 0.606 0.377 2.859 4.173 1.879 2.966 4.245 3.535 6.328 1.944 4.511 4.577 1.448 2.245 5.737 7.095 2.862 3.332 1.803 2.783 3.881 2.489 1.301 1.917 2.397 1.439 5250 chr18 32068039 32075772 + 0 NA Intergenic Intergenic -1349 NM_001392 1837 Hs.643454 NM_001390 ENSG00000134769 DTNA D18S892E|DRP3|DTN|DTN-A|LVNC1 dystrobrevin alpha protein-coding nan 1.916 0.757 0.093 2.156 0.462 0.303 0.330 0.631 0.090 0.119 0.359 0.577 1.152 3.560 0.291 0.047 0.303 0.074 0.018 1.540 0.848 1.749 0.054 0.046 0.009 0.431 0.270 0.520 0.826 0.101 5.115 0.266 0.014 2.022 0.420 0.055 0.169 0.801 0.239 0.117 0.191 0.045 0.150 0.062 0.360 0.063 0.330 0.183 0.060 3.560 1.050 0.105 1.749 0.048 0.011 0.239 0.052 0.949 0.174 0.055 0.095 0.149 0.013 1.161 1.090 0.865 1.560 3.870 2.478 5.350 4.929 0.791 0.777 1.693 2.146 nan 8.449 1.984 2.303 0.133 0.283 8.156 7.562 0.297 0.437 4.380 2.436 11004 chr8 63412946 63416528 + 0 NA intron (NR_130764, intron 1 of 6) intron (NR_130764, intron 1 of 6) 253236 NM_001304533 286183 Hs.654662 NM_173688 ENSG00000185942 NKAIN3 FAM77D sodium/potassium transporting ATPase interacting 3 protein-coding 0.758 0.661 0.721 0.085 0.145 0.015 0.039 0.136 0.194 0.043 0.052 0.082 0.050 1.562 0.082 0.045 0.150 0.023 0.088 0.091 0.033 0.020 0.020 0.098 0.114 0.328 0.019 0.417 0.246 0.389 0.744 0.117 0.033 0.033 0.051 0.067 0.042 0.014 0.074 0.140 0.114 0.098 0.066 0.278 1.562 0.060 0.001 0.033 0.204 0.023 4.100 0.032 0.051 0.029 0.034 0.020 0.009 0.149 0.150 0.605 0.391 0.479 0.657 1.045 0.212 0.079 0.015 2.373 nan 0.126 0.123 nan 3.554 0.022 0.198 3.523 4.695 0.086 0.140 0.835 0.790 9510 chr6 25191643 25199085 + 0 NA Intergenic Intergenic -56744 NR_027626 8418 Hs.484918 NR_002174 ENSG00000168405 CMAHP CMAH|CSAH cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid hydroxylase, pseudogene pseudo 1.009 0.867 nan 0.785 0.282 1.137 0.247 0.302 0.479 0.707 1.533 1.633 0.132 0.081 0.084 0.513 3.845 0.390 1.203 0.538 1.086 0.019 0.191 0.094 0.145 2.477 1.807 0.287 0.532 0.211 0.275 1.507 1.754 nan 1.682 2.291 0.051 0.068 0.164 0.459 0.063 4.178 0.210 0.156 1.148 0.113 1.341 0.604 0.109 0.432 1.343 1.414 0.513 0.574 4.177 0.145 0.429 5.962 0.092 1.855 0.150 2.263 0.053 0.083 1.262 0.015 0.020 0.423 0.264 0.404 nan 0.407 0.454 nan 0.232 0.257 0.177 0.572 0.848 0.514 0.507 0.339 0.160 0.161 0.181 0.319 0.418 0.232 0.380 0.638 0.583 2030 chr11 66810427 66832826 + 0 NA Intergenic Intergenic -2663 NM_014578 29984 Hs.15114 NM_014578 ENSG00000173156 RHOD ARHD|RHOHP1|RHOM|Rho ras homolog family member D protein-coding nan 0.883 0.736 1.710 0.212 0.076 2.720 0.143 0.326 1.091 0.611 2.685 0.667 0.076 0.168 0.508 0.146 0.168 1.119 0.801 0.738 0.080 0.097 0.081 0.182 0.645 0.407 0.419 0.951 1.226 0.664 1.709 0.714 0.402 1.635 0.395 0.029 0.252 0.095 0.079 0.081 0.824 0.488 0.354 1.752 1.246 1.917 0.295 0.791 0.275 0.559 1.206 0.508 2.285 0.414 0.182 0.917 2.218 0.126 0.691 0.159 1.392 0.186 0.044 0.164 0.023 0.012 0.830 0.964 0.681 1.502 0.658 0.826 1.364 0.479 0.606 0.682 0.308 0.540 0.756 0.981 0.547 0.292 0.619 0.757 0.168 0.214 0.336 0.589 0.613 0.632 2286 chr11 116042416 116054395 + 0 NA Intergenic Intergenic -417487 NR_034148 283143 Hs.130499 NR_034148 LINC00900 - long intergenic non-protein coding RNA 900 ncRNA 1.359 0.872 1.059 0.021 0.103 0.162 0.065 0.387 0.812 0.008 0.097 0.046 0.026 0.294 0.141 0.393 0.032 0.041 0.061 0.031 0.011 0.571 0.483 0.804 0.012 0.036 0.025 0.045 0.403 2.997 0.058 0.796 0.037 0.037 0.087 0.073 0.077 0.227 1.562 0.215 0.015 0.013 0.018 0.058 0.059 0.227 0.041 0.053 0.013 0.629 0.393 0.035 0.051 0.804 0.061 0.083 0.618 0.054 1.052 0.026 0.123 3.260 0.121 0.014 0.013 0.286 nan 0.222 0.266 0.609 0.707 0.905 0.449 0.119 0.124 1.882 nan 1.523 0.909 2.136 1.604 0.583 0.749 0.347 0.325 2.644 7.633 1.951 1.049 1595 chr10 95765302 95775024 + 0 NA intron (NM_016341, intron 1 of 32) MSTB-int|LTR|ERVL-MaLR 16417 NM_001288989 51196 Hs.655033 NM_016341 ENSG00000138193 PLCE1 NPHS3|PLCE|PPLC phospholipase C epsilon 1 protein-coding 0.554 0.786 0.580 0.134 0.027 0.040 0.153 0.165 0.267 0.462 0.527 1.040 3.663 0.052 0.093 0.092 0.401 0.148 0.108 0.019 0.020 0.014 0.048 0.050 0.049 0.438 0.267 0.015 0.168 0.055 0.313 1.845 1.186 0.312 0.015 0.083 0.011 0.063 0.024 0.032 0.162 0.043 0.057 0.230 0.165 0.915 0.122 0.502 0.058 0.049 0.079 0.092 0.182 0.110 0.049 0.151 0.459 0.020 0.072 0.032 0.559 0.015 0.077 0.251 0.018 0.010 0.346 0.210 0.367 1.019 0.314 0.232 0.361 0.163 0.143 0.132 0.439 0.626 nan 0.538 0.254 0.095 0.107 0.115 0.034 0.046 0.197 0.393 0.337 0.332 8327 chr4 39634680 39643639 + 0 NA intron (NM_001317896, intron 1 of 5) intron (NM_001317896, intron 1 of 5) 1459 NM_174921 201895 Hs.205952 NM_174921 ENSG00000163683 SMIM14 C4orf34 small integral membrane protein 14 protein-coding 1.941 1.612 2.746 3.575 2.681 0.709 6.548 0.860 1.429 1.056 3.390 1.991 1.306 0.547 1.877 1.204 2.573 0.309 3.762 1.482 3.012 1.740 1.016 0.459 1.817 2.975 3.207 0.965 2.916 2.754 2.864 3.933 3.081 3.574 2.158 2.585 0.138 1.564 0.118 1.436 1.757 1.551 1.321 0.713 2.461 1.667 4.438 2.902 2.263 2.995 2.913 2.758 1.204 4.682 6.201 1.817 2.038 2.230 0.164 2.358 0.624 1.925 0.830 0.407 1.575 0.793 0.545 2.404 2.587 3.932 7.534 3.027 2.225 3.624 1.531 1.999 2.124 1.502 1.960 1.735 3.488 1.900 1.770 1.125 2.177 0.929 1.102 1.893 2.234 2.588 1.486 7519 chr3 13055871 13071508 + 0 NA intron (NM_001134382, intron 1 of 14) intron (NM_001134382, intron 1 of 14) -35153 NM_001330619 9922 Hs.475506 NM_014869 ENSG00000144711 IQSEC1 ARF-GEP100|ARFGEP100|BRAG2|GEP100 IQ motif and Sec7 domain 1 protein-coding nan 1.197 1.198 0.505 0.782 1.080 0.451 0.422 0.751 0.083 0.246 1.004 0.024 0.114 0.746 0.270 0.165 0.021 0.352 0.172 0.024 0.027 0.389 0.130 0.475 0.371 0.189 0.024 0.057 0.033 0.174 0.947 0.054 0.558 0.252 0.105 0.207 0.041 0.081 0.030 0.269 0.447 0.215 0.105 0.035 0.104 0.769 0.210 0.205 0.095 0.005 0.166 0.270 0.282 0.059 0.475 0.054 0.271 0.803 0.131 0.496 1.235 0.019 0.848 0.049 0.037 0.026 0.429 0.631 0.296 0.391 0.501 0.579 1.941 0.336 0.395 0.313 0.406 0.643 1.954 2.138 5.727 6.689 0.293 0.282 1.147 1.163 1.238 3.057 1.159 0.713 1750 chr11 1237779 1260147 + 0 NA exon (NM_002458, exon 7 of 49) exon (NM_002458, exon 7 of 49) 4668 NM_002458 727897 Hs.523395 NM_002458 ENSG00000117983 MUC5B MG1|MUC-5B|MUC5|MUC9 mucin 5B, oligomeric mucus/gel-forming protein-coding 0.498 0.673 0.474 0.078 0.131 0.523 0.810 0.100 0.238 0.013 0.078 0.029 0.008 0.040 0.056 0.051 0.060 0.043 0.128 0.034 0.017 0.049 0.070 0.081 0.340 0.189 0.174 0.066 0.046 0.019 2.096 8.649 1.275 0.486 0.386 0.053 0.043 0.083 0.043 0.005 0.036 0.115 0.067 0.032 0.054 0.154 0.858 0.103 3.841 0.041 0.462 1.386 0.051 0.245 0.029 0.340 0.886 0.270 0.034 0.143 0.036 0.046 1.951 0.022 0.085 0.015 0.011 0.438 0.338 0.127 0.278 0.939 0.693 0.622 0.173 0.179 0.174 0.118 0.237 0.223 0.188 0.642 0.912 2.640 3.512 0.316 0.231 0.064 0.117 0.375 0.366 5664 chr19 39880324 39883111 + 0 NA promoter-TSS (NR_133915) promoter-TSS (NR_133915) 118 NM_001256826 54623 Hs.466714 NM_019088 ENSG00000006712 PAF1 F23149_1|PD2 PAF1 homolog, Paf1/RNA polymerase II complex component protein-coding 6.837 5.085 5.638 6.101 11.808 4.784 2.535 3.790 7.990 2.323 5.418 3.513 1.445 2.985 6.579 4.661 2.578 0.676 5.228 1.911 3.378 1.839 2.912 1.251 6.088 3.249 3.758 3.801 3.674 1.170 5.229 7.157 3.618 24.552 2.386 2.588 1.806 3.848 0.235 2.709 2.677 6.688 10.728 6.883 2.346 1.480 3.077 2.908 8.653 10.370 3.901 2.132 4.661 11.643 2.984 6.088 1.973 2.846 2.495 5.351 4.639 1.192 2.684 2.439 2.317 2.025 1.637 5.894 6.452 7.633 10.725 12.731 11.315 12.993 8.673 20.491 22.451 5.994 6.857 8.886 12.771 10.202 10.900 6.943 10.029 8.130 7.827 6.624 8.548 5.198 2.582 5971 chr2 25733166 25738354 + 0 NA intron (NM_033147, intron 9 of 19) L2|LINE|L2 137331 NM_001256308 1838 Hs.307720 NM_021907 ENSG00000138101 DTNB - dystrobrevin beta protein-coding 0.976 0.784 0.836 0.223 0.137 0.131 0.268 0.155 0.231 0.477 0.162 1.283 6.686 0.135 0.104 0.173 0.073 0.061 0.141 0.073 0.054 0.055 0.152 0.291 0.093 0.439 0.113 0.042 0.150 0.040 0.248 0.574 0.152 0.538 0.056 0.310 0.103 0.146 0.107 0.124 0.030 0.147 0.132 0.594 0.121 0.737 0.083 0.015 0.327 0.173 0.191 0.089 0.093 0.921 0.254 0.075 0.122 0.059 0.092 0.059 0.261 0.058 0.033 0.001 0.127 0.320 3.651 2.341 0.410 0.394 0.550 0.172 0.729 0.744 0.640 0.972 0.722 nan 0.479 0.349 0.182 0.220 0.047 0.114 0.293 0.943 0.671 0.493 1610 chr10 101037960 101041742 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -44219 NM_001166245 60495 Hs.500750 NM_021828 ENSG00000172987 HPSE2 HPA2|HPR2|UFS|UFS1 heparanase 2 (inactive) protein-coding nan nan 1.056 0.039 0.046 0.056 0.160 0.082 0.041 0.073 0.017 0.026 0.023 0.174 0.119 0.115 0.028 0.034 0.041 0.037 0.063 0.036 0.021 0.089 0.028 0.086 0.296 0.038 0.393 0.028 0.082 0.154 0.021 0.117 0.041 0.021 0.174 0.076 0.143 0.022 0.018 0.354 0.964 0.174 0.063 0.033 0.153 0.003 0.016 0.027 0.040 0.169 0.032 0.041 0.014 3.813 6.375 10.648 11.208 0.272 0.420 0.150 0.064 1.131 0.700 0.269 nan 0.284 0.359 0.274 0.064 0.655 1.483 0.110 0.040 0.183 nan 0.230 0.341 4715 chr17 34979836 34987683 + 0 NA Intergenic Intergenic 25734 NM_024864 79922 Hs.194864 NM_024864 ENSG00000278619 MRM1 - mitochondrial rRNA methyltransferase 1 protein-coding nan 1.758 1.264 0.183 0.358 2.217 0.098 4.411 8.402 0.188 0.059 0.435 2.798 0.621 0.077 0.061 0.107 0.055 0.088 1.964 1.097 4.247 0.068 0.028 0.093 0.061 0.014 0.086 0.385 0.070 1.030 0.075 0.062 0.839 0.069 0.086 0.045 0.040 0.186 0.031 0.019 0.042 0.078 0.024 0.078 0.166 0.040 0.100 0.058 0.621 0.164 0.059 4.247 0.074 0.714 0.126 3.259 0.131 0.263 0.144 0.019 0.044 0.036 0.490 0.573 0.171 0.333 nan 5.357 3.132 2.256 0.354 0.531 0.259 0.542 2.852 4.310 nan 0.694 0.531 0.697 2.332 1.091 0.331 0.605 2.531 1.779 779 chr1 156021585 156026433 + 0 NA promoter-TSS (NM_001145264) promoter-TSS (NM_001145264) -393 NM_020131 56893 Hs.283739 NM_020131 ENSG00000160803 UBQLN4 A1U|A1Up|C1orf6|CIP75|UBIN ubiquilin 4 protein-coding nan nan 5.864 3.933 3.570 1.926 2.795 2.617 3.729 1.317 4.070 3.188 1.293 3.455 5.916 4.560 2.488 0.396 4.970 1.331 5.789 3.992 2.559 0.895 3.968 2.930 3.740 2.690 3.736 1.894 4.637 6.283 4.386 26.973 2.778 5.936 0.866 4.143 0.180 2.844 2.349 7.204 4.341 1.980 3.420 1.736 3.620 2.698 5.226 5.378 1.712 3.361 4.560 3.504 4.888 3.968 3.650 2.340 1.655 13.654 4.073 5.720 3.112 2.603 1.739 2.151 1.167 6.558 5.893 6.503 9.262 8.052 nan 6.761 2.183 6.070 5.640 4.454 6.437 6.608 9.415 5.091 6.267 3.855 6.281 4.613 3.678 7.636 7.389 3.208 1.694 7268 chr21 46115160 46134272 + 0 NA intron (NM_001272037, intron 1 of 12) intron (NM_001272037, intron 1 of 12) 6779 NM_144991 54084 Hs.660703 NM_144991 ENSG00000175894 TSPEAR C21orf29|DFNB98|TSP-EAR thrombospondin type laminin G domain and EAR repeats protein-coding nan 1.275 2.316 0.037 0.658 2.602 0.123 0.480 0.903 0.062 0.048 0.003 0.470 4.026 0.478 0.051 0.067 0.050 0.030 0.016 0.029 0.922 0.388 1.822 0.018 0.015 0.047 0.042 0.017 0.081 0.349 0.080 7.626 0.015 0.050 0.549 0.056 0.064 0.018 0.029 0.121 0.013 0.016 0.023 0.029 0.045 0.141 0.121 0.041 0.021 0.053 0.478 0.079 0.034 1.822 0.013 0.060 0.268 0.078 0.937 0.025 0.005 0.026 0.016 0.021 0.027 0.291 0.194 0.191 0.583 4.185 4.008 nan 0.501 0.176 0.109 0.112 nan 1.598 3.555 1.024 1.073 0.228 0.212 3.320 1.891 0.122 0.165 4.310 1.918 10070 chr6 163108866 163129176 + 0 NA intron (NM_013987, intron 1 of 10) intron (NM_013987, intron 1 of 10) -29143 NM_001080378 135138 Hs.25791 NM_152410 ENSG00000112530 PACRG GLUP|HAK005771|PARK2CRG parkin coregulated protein-coding 0.761 nan 0.991 0.056 0.100 0.017 0.020 0.079 0.173 0.009 0.038 0.027 0.003 0.035 0.016 1.050 0.073 0.066 0.062 0.006 0.027 0.055 0.060 0.094 0.007 0.011 0.004 0.033 0.011 0.059 0.048 0.056 0.176 0.029 1.009 0.080 0.103 0.006 0.035 0.068 0.015 0.012 0.016 0.016 0.034 0.045 0.036 0.045 0.026 1.050 0.035 0.009 0.094 0.012 0.045 0.014 0.014 0.045 0.008 0.030 0.304 0.015 0.020 0.012 0.451 0.420 0.265 0.240 0.354 0.350 5.199 1.665 0.170 0.210 1.351 1.410 0.201 0.210 nan 0.412 0.116 0.191 3.521 2.786 0.445 0.861 0.338 0.319 9546 chr6 30522694 30526249 + 0 NA promoter-TSS (NM_025263).4 promoter-TSS (NM_025263).4 -15 NM_025263 80742 Hs.118354 NM_025263 ENSG00000204576 PRR3 CAT56 proline rich 3 protein-coding nan 6.191 nan 4.636 9.349 5.857 5.108 4.267 7.602 1.728 6.625 3.095 2.803 4.379 6.286 8.736 4.371 0.677 5.914 2.015 7.502 6.881 3.266 1.385 8.638 3.421 3.817 2.046 2.852 1.758 7.368 9.783 6.808 21.070 2.669 3.981 2.148 7.473 0.224 1.891 4.660 7.051 6.448 2.938 2.404 2.353 4.516 3.919 3.824 11.333 4.357 2.526 8.736 11.838 7.093 8.638 2.141 2.788 2.510 10.854 5.434 3.169 2.815 2.502 2.520 1.533 0.565 9.373 9.888 8.531 12.943 nan 8.504 12.806 8.640 16.191 17.145 8.748 9.314 12.619 17.117 7.897 8.859 3.508 6.180 11.480 9.493 5.615 8.458 5.986 3.619 9319 chr5 167713926 167776030 + 0 NA intron (NM_001161661, intron 1 of 22) intron (NM_001161661, intron 1 of 22) 25913 NM_001161662 23286 Hs.484047 NM_015238 ENSG00000113645 WWC1 HBEBP3|HBEBP36|KIBRA|MEMRYQTL|PPP1R168 WW and C2 domain containing 1 protein-coding nan 0.935 0.940 2.605 0.560 0.797 1.878 0.152 0.295 1.074 1.069 0.439 2.417 0.241 0.416 0.216 0.105 0.089 1.406 0.572 1.088 0.051 0.307 0.186 1.990 0.883 0.465 0.440 1.320 1.948 0.960 2.380 1.342 1.244 0.411 0.528 0.031 0.237 0.101 0.085 0.498 3.009 1.537 0.788 2.188 1.233 1.773 0.540 2.556 0.717 0.902 0.747 0.216 1.158 0.333 1.990 0.597 1.144 0.085 0.565 0.103 0.502 0.143 0.169 0.498 1.885 1.277 0.466 0.548 1.064 3.140 0.802 0.744 1.402 0.412 0.360 0.368 0.121 0.205 1.141 1.180 0.470 0.437 0.277 0.468 0.189 0.181 0.332 0.715 0.648 0.504 697 chr1 150846125 150853060 + 0 NA promoter-TSS (NM_178427) promoter-TSS (NM_178427) -348 NM_001350225 405 Hs.632446 NM_001668 ENSG00000143437 ARNT HIF-1-beta|HIF-1beta|HIF1-beta|HIF1B|HIF1BETA|TANGO|bHLHe2 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator protein-coding nan nan 3.303 1.311 1.099 1.019 1.359 0.923 1.307 0.878 2.406 1.679 0.872 0.805 3.379 1.743 2.100 0.556 1.697 0.879 2.030 1.497 1.378 0.868 2.261 1.742 1.479 1.766 1.151 0.488 8.749 11.804 1.337 8.009 0.861 2.200 0.496 3.374 0.209 1.694 0.809 2.015 1.836 1.046 1.124 0.367 1.225 1.380 2.291 2.451 4.562 3.545 1.743 1.897 1.325 2.261 1.008 1.768 0.660 3.217 2.000 2.054 1.870 1.068 0.587 0.975 0.682 1.526 1.936 2.087 3.270 3.875 nan 3.382 1.218 3.368 3.244 2.372 2.864 2.635 3.107 2.420 2.222 1.951 3.971 2.293 1.981 2.448 4.259 1.412 0.923 981 chr1 192325183 192331318 + 0 NA intron (NM_001039152, intron 4 of 4) intron (NM_001039152, intron 4 of 4) 42128 NM_001039152 431704 Hs.558673 NM_001039152 ENSG00000253148 RGS21 - regulator of G protein signaling 21 protein-coding 0.995 nan 0.867 0.078 0.058 0.018 0.092 0.107 0.246 0.164 0.046 0.040 0.073 0.163 0.131 0.112 0.121 0.061 0.052 0.135 0.179 0.314 0.058 0.056 0.011 0.025 0.088 0.103 0.080 0.093 0.266 0.024 0.151 0.046 0.033 0.150 0.020 0.030 0.010 0.036 0.013 0.109 0.032 0.013 0.012 0.054 0.163 0.046 0.031 0.058 0.037 0.027 0.058 0.009 0.016 0.025 0.049 0.060 0.024 0.009 0.008 1.408 0.463 9.443 2.337 0.358 0.436 0.217 0.088 1.869 1.847 0.380 nan 0.317 0.324 0.367 0.192 0.220 0.182 0.079 0.131 0.354 0.535 0.280 0.332 3001 chr12 120630153 120640936 + 0 NA intron (NM_001002, intron 6 of 7) intron (NM_001002, intron 6 of 7) -3031 NM_006836 10985 Hs.298716 NM_006836 ENSG00000089154 GCN1 GCN1L|GCN1L1|PRIC295 GCN1, eIF2 alpha kinase activator homolog protein-coding 3.464 2.396 2.562 4.097 3.391 2.532 3.791 1.698 3.194 1.357 3.409 2.910 1.913 1.187 3.610 2.937 1.544 0.683 2.664 1.300 3.120 2.403 2.413 1.508 3.796 2.486 2.521 2.076 3.522 1.516 4.368 5.607 3.089 5.731 1.777 5.033 0.798 3.926 0.224 1.413 1.489 3.309 4.172 2.032 2.684 2.309 2.993 3.264 3.935 5.647 2.585 3.739 2.937 2.966 5.104 3.796 2.609 4.092 1.188 5.600 2.334 2.412 1.445 1.723 1.459 2.062 1.559 4.691 4.978 4.474 6.906 5.969 5.499 8.495 3.535 7.621 8.182 4.133 5.678 7.995 9.066 6.312 7.600 3.816 6.132 5.151 5.686 5.948 4.992 4.318 2.593 6559 chr2 192788699 192812558 + 0 NA Intergenic Intergenic -88622 NM_004657 8436 Hs.26530 NM_004657 ENSG00000168497 CAVIN2 PS-p68|SDPR|SDR|cavin-2 caveolae associated protein 2 protein-coding 1.230 nan 1.221 0.134 0.232 0.074 0.361 0.194 0.265 0.062 0.179 0.188 0.008 0.048 0.092 0.377 0.665 0.168 0.314 0.094 0.125 0.006 0.092 0.137 0.065 0.274 0.091 0.018 0.109 0.093 0.166 0.649 0.354 0.655 0.171 0.211 0.160 0.041 0.066 0.327 0.183 0.093 0.030 0.029 0.127 0.039 0.078 0.126 0.142 0.084 0.106 0.112 0.377 0.094 0.407 0.065 0.051 0.083 0.115 0.048 0.055 0.390 0.062 0.258 0.150 0.024 0.019 0.301 0.232 0.295 0.419 0.290 0.377 0.347 0.142 0.363 0.394 5.880 6.169 0.721 0.571 0.743 0.489 0.160 0.233 0.168 0.324 0.410 1.005 0.363 0.299 1010 chr1 201343253 201377481 + 0 NA intron (NM_005558, intron 1 of 9) intron (NM_005558, intron 1 of 9) 8302 NM_005558 3898 Hs.519035 NM_005558 ENSG00000159166 LAD1 LadA ladinin 1 protein-coding 1.129 1.529 1.275 1.978 0.571 0.352 0.892 0.362 0.690 0.399 0.162 0.073 0.840 0.216 1.469 0.301 0.104 0.108 0.678 0.332 0.050 0.008 0.453 0.256 2.670 0.619 0.214 0.431 1.003 0.757 0.963 2.695 1.060 1.708 0.568 0.106 0.027 0.095 0.103 0.073 0.447 0.293 0.143 0.123 0.954 0.753 0.706 0.208 2.306 0.056 1.226 1.020 0.301 0.659 0.016 2.670 0.843 0.595 0.465 0.137 0.132 0.097 0.090 0.830 0.031 0.082 0.022 0.953 1.238 1.209 1.965 2.142 1.834 1.332 0.473 nan nan 0.386 0.715 1.959 2.318 0.970 0.997 0.398 0.528 0.229 0.215 0.739 1.657 0.478 0.565 8377 chr4 54506171 54530557 + 0 NA Intergenic Intergenic -43704 NR_125918 100506444 Hs.636176 NR_125918 ENSG00000249341 LOC100506444 - uncharacterized LOC100506444 ncRNA nan 0.974 1.443 0.182 0.619 0.115 0.124 0.321 0.644 0.066 0.099 0.375 0.028 0.098 0.214 0.231 0.268 0.084 0.091 0.089 0.023 0.002 0.562 0.275 0.686 0.028 0.012 0.024 0.052 0.022 0.093 0.734 0.354 1.238 0.084 0.046 0.223 0.027 0.110 0.019 0.361 0.121 0.022 0.013 0.076 0.060 0.117 0.205 0.054 0.032 0.168 0.534 0.231 0.074 0.075 0.686 0.201 0.244 0.103 0.043 0.655 0.048 0.187 0.058 0.037 0.012 0.004 0.398 0.473 0.456 0.878 0.309 0.382 4.819 1.397 0.327 0.308 0.537 0.857 2.280 1.526 0.333 0.158 0.205 0.449 0.911 1.287 0.200 0.419 2.085 1.693 7309 chr22 20066238 20073132 + 0 NA intron (NM_001190326, intron 1 of 12) AluSx1|SINE|Alu 1930 NM_001190326 54487 Hs.643452 NM_022720 ENSG00000128191 DGCR8 C22orf12|DGCRK6|Gy1|pasha DGCR8, microprocessor complex subunit protein-coding 5.291 nan 3.027 3.729 2.419 2.200 0.776 2.672 5.080 0.899 5.903 1.409 6.177 1.000 1.745 4.850 1.412 0.236 4.045 0.901 2.583 1.216 1.733 0.815 5.159 1.200 1.310 3.719 4.637 1.208 3.083 7.826 5.630 6.555 1.146 2.555 1.371 2.348 0.114 0.585 1.521 2.605 2.083 1.004 1.093 0.858 1.585 1.587 2.161 3.467 2.026 2.842 4.850 4.855 2.376 5.159 1.176 1.185 1.168 2.957 2.181 2.406 0.935 1.374 1.404 0.892 0.722 4.721 4.702 6.074 8.477 6.057 6.108 5.884 4.090 10.297 10.222 4.526 6.058 5.113 9.000 6.642 6.829 2.403 3.888 5.532 7.644 4.514 4.499 5.616 3.230 10036 chr6 155765163 155773381 + 0 NA intron (NM_015718, intron 4 of 13) MIR3|SINE|MIR 7765 NM_015718 50508 Hs.247776 NM_015718 ENSG00000074771 NOX3 GP91-3|MOX-2 NADPH oxidase 3 protein-coding nan 0.962 0.668 0.162 0.266 0.900 0.286 0.379 0.525 0.024 0.114 0.904 0.195 3.532 0.163 0.119 0.064 0.034 0.062 0.034 0.223 0.320 0.393 0.237 0.079 0.027 0.031 0.064 0.154 nan 0.078 1.070 0.120 0.039 0.128 0.044 0.126 0.230 0.377 0.123 0.170 0.123 0.068 0.057 0.131 0.060 0.089 0.415 0.028 0.163 3.532 0.078 0.135 0.393 0.044 0.050 0.521 0.036 0.025 0.405 0.228 0.031 0.207 0.110 0.092 0.537 0.498 0.689 3.618 0.965 nan 9.505 3.873 0.288 0.385 1.159 1.305 0.284 0.410 0.482 0.170 1.142 1.022 0.885 0.636 0.224 nan 2.006 0.880 3310 chr13 103239944 103254711 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -1959 NM_001330588 7174 Hs.432424 NM_003291 ENSG00000134900 TPP2 TPP-2|TPP-II|TPPII tripeptidyl peptidase 2 protein-coding 2.695 1.978 2.035 0.496 2.550 1.471 0.713 0.563 1.516 0.207 1.488 0.537 0.256 0.460 2.282 2.186 1.344 0.119 1.867 0.808 0.467 0.507 0.881 0.460 1.461 0.746 0.740 0.244 0.419 0.392 1.527 2.005 0.565 3.250 0.447 0.627 0.342 0.927 0.079 0.447 1.847 2.375 1.291 0.550 0.659 0.398 1.608 1.239 0.877 0.946 0.855 0.520 2.186 2.813 1.034 1.461 0.354 0.571 0.540 0.983 1.224 0.687 0.869 2.323 0.756 0.507 0.406 2.955 4.012 1.945 3.127 2.785 2.061 4.543 1.942 2.306 2.332 1.283 nan 2.024 3.186 3.218 3.471 1.374 2.404 2.135 2.532 4.053 7.138 0.587 0.316 9174 chr5 132287319 132300435 + 0 NA intron (NM_014423, intron 1 of 20) intron (NM_014423, intron 1 of 20) 5477 NM_014423 27125 Hs.519313 NM_014423 ENSG00000072364 AFF4 AF5Q31|CHOPS|MCEF AF4/FMR2 family member 4 protein-coding 2.465 1.864 nan 1.485 1.445 0.536 1.568 0.942 1.963 0.907 1.761 0.794 2.901 0.503 1.201 0.647 1.050 0.221 1.479 0.391 1.832 0.550 0.825 0.240 2.054 1.379 1.540 1.017 1.241 0.655 1.796 2.798 1.811 2.525 0.769 1.084 0.298 1.746 0.167 0.494 0.580 1.088 1.600 0.766 1.492 1.009 1.390 1.152 1.797 1.908 0.900 1.541 0.647 2.328 1.855 2.054 0.623 0.632 0.223 1.427 1.218 1.311 0.489 0.536 1.064 1.317 0.894 1.246 1.258 2.861 4.252 2.668 2.515 2.952 1.659 6.475 6.768 1.796 2.278 2.771 4.542 2.876 3.100 0.831 1.659 2.228 2.548 2.495 2.276 1.329 0.753 11948 chrX 53460365 53469749 + 0 NA Intergenic Intergenic -3734 NM_004493 3028 Hs.171280 NM_004493 ENSG00000072506 HSD17B10 17b-HSD10|ABAD|CAMR|DUPXp11.22|ERAB|HADH2|HCD2|HSD10MD|MHBD|MRPP2|MRX17|MRX31|MRXS10|SCHAD|SDR5C1 hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 10 protein-coding 2.356 2.710 2.481 0.434 1.355 0.944 0.509 1.003 2.162 0.236 1.057 0.724 0.064 0.980 0.445 0.449 0.548 0.069 0.720 0.403 0.484 0.206 0.557 0.417 2.137 0.851 0.854 0.310 0.993 0.376 0.487 0.801 0.385 4.259 0.823 3.105 0.703 0.554 0.051 0.580 0.431 1.540 0.766 0.691 0.407 0.185 0.433 1.205 1.553 0.985 0.819 1.236 0.449 0.586 0.638 2.137 0.261 0.425 0.600 0.916 4.042 1.133 0.485 0.711 0.795 0.430 0.249 0.264 0.429 0.903 1.373 2.400 2.474 2.499 0.531 1.145 1.358 1.272 1.814 4.511 5.132 3.256 2.938 0.751 1.342 2.942 3.381 1.243 2.077 2.123 0.906 4077 chr15 75146229 75166874 + 0 NA intron (NM_005697, intron 1 of 8) AluSc8|SINE|Alu 9169 NM_005697 10066 Hs.458917 NM_005697 ENSG00000140497 SCAMP2 - secretory carrier membrane protein 2 protein-coding 0.977 1.876 0.979 0.759 0.498 0.509 1.479 0.435 0.666 0.597 0.470 0.335 7.775 0.521 0.810 0.535 0.360 0.257 2.438 1.149 0.366 0.248 0.357 0.290 0.517 0.915 0.588 0.422 1.779 1.257 2.125 7.218 1.444 1.664 0.560 0.319 0.051 0.415 0.078 0.182 0.260 0.420 0.388 0.151 1.803 1.104 0.954 0.401 0.952 0.851 0.245 0.926 0.535 2.714 0.797 0.517 0.718 0.646 0.215 0.493 0.251 0.688 0.178 0.177 0.122 0.879 1.072 0.846 0.965 1.115 1.511 0.963 0.972 0.910 0.438 1.037 1.120 0.860 1.359 1.202 1.855 1.191 0.923 0.616 0.814 0.306 0.497 0.676 0.878 0.927 0.509 4279 chr16 19810032 19824614 + 0 NA intron (NR_130968, intron 7 of 8) LTR8A|LTR|ERV1 78910 NM_016235 51704 Hs.148685 NM_016235 ENSG00000167191 GPRC5B RAIG-2|RAIG2 G protein-coupled receptor class C group 5 member B protein-coding 0.777 1.225 nan 5.154 1.730 1.134 0.395 0.432 1.046 0.248 0.656 0.529 0.004 0.282 0.681 1.036 0.279 0.132 0.370 0.363 0.644 0.029 0.687 0.380 2.269 0.066 0.030 0.060 0.087 0.174 0.148 0.388 0.188 1.496 0.391 0.077 0.273 0.034 0.098 0.032 0.150 0.152 0.255 0.193 0.150 0.110 1.746 0.116 0.921 0.036 0.027 0.113 1.036 0.181 0.064 2.269 0.130 0.051 0.107 0.087 0.181 0.206 0.095 0.136 0.114 0.490 0.269 0.505 0.890 0.273 0.616 2.175 1.699 5.328 1.823 0.358 0.401 0.423 0.773 6.106 5.989 nan 0.222 0.212 0.315 1.523 1.769 0.279 0.614 2.015 0.997 4083 chr15 76601501 76613207 + 0 NA Intergenic Intergenic -3544 NM_001127716 2108 Hs.39925 NM_000126 ENSG00000140374 ETFA EMA|GA2|MADD electron transfer flavoprotein subunit alpha protein-coding 1.435 1.725 3.000 1.070 0.557 0.138 1.544 0.446 0.960 0.521 0.663 2.565 3.346 0.727 0.227 0.961 0.575 0.212 0.666 0.178 2.789 0.415 0.562 0.393 1.033 0.954 0.753 0.539 1.802 1.477 1.703 2.567 2.221 1.937 0.301 4.695 0.200 0.484 0.100 0.503 1.733 0.937 0.423 0.299 1.218 0.618 3.295 0.513 4.015 0.855 3.038 4.804 0.961 0.826 1.412 1.033 1.835 6.000 0.958 0.953 0.556 0.737 0.475 0.338 0.557 0.157 0.135 1.584 1.152 1.406 2.262 1.153 1.302 1.509 0.494 1.743 2.112 0.983 1.495 0.757 1.429 2.671 2.103 0.951 1.928 1.355 1.791 1.895 2.594 1.019 0.619 7925 chr3 152846652 152864876 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -24237 NM_002886 5912 Hs.98643 NM_002886 ENSG00000181467 RAP2B - RAP2B, member of RAS oncogene family protein-coding nan 0.861 0.566 1.756 0.210 0.028 3.905 0.150 0.296 0.954 0.648 1.526 0.387 0.066 0.053 0.267 0.648 0.199 1.993 1.342 1.156 0.046 0.189 0.209 0.066 1.786 0.901 0.150 2.330 2.257 0.548 1.552 1.632 0.166 1.380 0.800 0.094 0.012 0.084 0.846 0.022 2.681 1.031 0.676 2.622 1.608 1.401 1.938 1.041 0.934 0.366 1.341 0.267 2.108 2.149 0.066 0.658 0.845 0.019 1.280 0.039 1.545 0.049 0.149 0.977 1.346 1.023 0.255 0.109 0.808 3.443 0.223 0.317 0.138 0.060 0.261 0.287 0.878 nan 0.158 0.181 0.811 0.382 0.105 0.166 0.370 0.627 0.312 0.563 0.172 0.239 11764 chr9 126523496 126541278 + 0 NA intron (NM_001352965, intron 1 of 20) intron (NM_001352965, intron 1 of 20) 160030 NM_001352966 57706 Hs.744995 NM_020946 ENSG00000119522 DENND1A FAM31A|KIAA1608 DENN domain containing 1A protein-coding nan nan 1.413 0.095 0.224 0.029 0.075 0.223 0.391 0.016 0.079 0.162 0.021 0.034 0.035 0.159 0.263 0.090 0.090 0.032 0.032 0.008 0.187 0.200 0.175 0.051 0.024 0.104 0.103 0.022 0.091 0.275 0.147 nan 0.033 0.086 0.237 0.120 0.089 0.007 0.045 0.083 0.007 0.018 0.035 0.021 0.189 0.100 0.073 0.069 0.031 0.104 0.159 0.065 0.094 0.175 0.034 0.023 0.316 0.055 0.080 0.084 0.250 0.824 0.026 0.049 0.014 0.787 0.384 1.065 0.710 0.374 0.527 0.249 0.134 0.969 0.826 4.036 nan 0.432 0.453 2.317 1.498 0.227 0.425 0.632 0.698 1.287 2.683 nan 0.617 10832 chr8 18982470 19001916 + 0 NA Intergenic Intergenic 110839 NR_038919 100128993 Hs.697742 NR_038919 LOC100128993 - uncharacterized LOC100128993 ncRNA 0.729 1.179 nan 1.847 0.100 0.061 2.947 0.282 0.629 0.214 0.317 2.440 0.010 0.072 0.109 0.481 0.241 0.144 1.111 0.940 0.043 0.022 0.127 0.114 0.228 0.868 0.519 0.023 1.821 1.626 0.995 2.255 0.251 0.229 1.606 5.056 0.127 0.045 0.091 0.842 0.049 0.626 0.226 0.113 1.559 0.727 1.336 3.964 0.773 0.504 0.192 1.109 0.481 0.611 0.151 0.228 1.028 0.230 0.085 0.081 0.483 0.907 0.056 0.083 1.292 0.071 0.133 0.379 0.190 0.212 0.442 0.497 nan 1.154 0.270 0.188 0.241 0.267 0.472 0.416 0.403 0.309 0.160 0.107 0.200 0.561 1.432 0.225 0.407 1.109 0.842 8714 chr5 1788310 1802951 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 4326 NM_032479 64979 Hs.719465 NM_032479 ENSG00000171421 MRPL36 BRIP1|L36mt|MRP-L36|PRPL36|RPMJ mitochondrial ribosomal protein L36 protein-coding 1.295 1.733 2.751 1.398 4.249 1.116 1.944 0.810 1.370 0.680 1.426 4.218 0.309 0.770 0.870 1.051 3.667 0.723 4.067 1.774 1.144 1.145 1.240 0.772 1.982 1.272 0.977 0.725 2.012 0.837 3.131 3.801 2.260 4.051 0.864 1.485 0.345 1.457 0.139 1.311 0.746 1.686 2.593 1.501 0.707 0.700 3.604 1.715 1.462 2.486 1.878 4.452 1.051 3.071 2.245 1.982 1.372 1.384 0.795 0.840 1.390 2.448 0.594 0.625 2.001 1.100 0.709 2.235 2.163 2.741 nan 4.392 3.602 2.610 0.769 1.705 1.695 2.085 2.966 nan 3.102 nan 4.537 1.156 1.906 1.704 1.699 1.237 1.422 2.352 nan 3739 chr14 83591145 83611362 + 0 NA Intergenic Intergenic 492277 NR_146650 101928599 NR_146650 ENSG00000258743 LINC02301 - long intergenic non-protein coding RNA 2301 ncRNA nan 0.869 1.083 0.050 0.126 0.050 0.028 0.242 0.427 0.014 0.057 0.050 0.031 0.059 0.070 0.413 0.208 0.116 0.041 0.009 0.032 0.007 0.101 0.121 0.089 0.014 0.022 0.007 0.074 0.011 0.057 0.120 0.098 0.246 0.072 0.048 0.188 0.027 0.083 0.150 0.064 0.015 0.011 0.049 0.041 0.047 0.108 0.028 0.042 0.008 0.056 0.413 0.019 0.013 0.089 0.006 0.012 0.024 0.040 0.045 0.020 0.015 1.334 0.045 0.019 0.011 0.364 0.178 1.366 1.111 0.376 0.435 0.375 0.126 0.555 0.526 0.150 0.284 0.282 0.281 1.348 1.189 0.055 0.103 0.749 0.479 2.046 5.240 0.703 0.648 321 chr1 42353574 42371170 + 0 NA intron (NR_038260, intron 1 of 2) AluSc8|SINE|Alu 22006 NM_024503 59269 Hs.403972 NM_024503 ENSG00000127124 HIVEP3 KBP-1|KBP1|KRC|SHN3|Schnurri-3|ZAS3|ZNF40C human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 3 protein-coding nan 1.037 nan 0.314 0.150 0.310 2.031 0.204 0.351 0.179 1.785 3.895 0.113 0.052 0.186 0.578 0.377 0.182 1.053 0.604 0.125 0.008 0.232 0.171 0.517 1.934 1.533 0.104 0.486 1.365 0.214 0.913 0.201 0.435 0.533 0.227 0.033 0.068 0.093 1.175 0.027 6.583 2.613 0.990 0.239 1.378 1.523 0.769 0.265 0.360 0.081 0.412 0.578 0.800 0.030 0.517 0.153 0.494 0.050 0.125 0.086 0.670 0.212 0.245 2.140 2.265 2.042 0.310 0.174 0.386 0.724 0.975 1.166 0.420 0.196 0.256 0.299 0.695 nan nan 1.478 1.180 0.953 0.698 nan 0.111 0.206 0.358 0.578 0.919 0.804 5700 chr19 42745390 42763670 + 0 NA exon (NM_006494, exon 2 of 4) exon (NM_006494, exon 2 of 4) 3521 NM_001308402 2077 Hs.655969 NM_006494 ENSG00000105722 ERF CHYTS|CRS4|PE-2|PE2 ETS2 repressor factor protein-coding 3.630 2.137 2.436 4.426 1.839 1.319 1.384 1.408 2.486 1.969 5.993 3.778 1.051 1.720 2.266 2.873 1.643 0.386 3.249 0.863 3.739 2.466 1.115 0.667 2.563 1.767 1.857 4.524 2.097 0.612 2.342 nan 3.627 4.309 0.945 2.762 0.844 5.549 0.157 1.991 1.489 4.831 2.527 1.185 1.627 0.806 2.194 2.571 7.390 10.155 2.385 1.819 2.873 3.046 0.962 2.563 1.653 2.126 1.195 5.646 1.544 0.761 1.467 1.287 2.292 1.528 0.939 2.234 2.986 2.500 3.696 3.129 3.147 4.155 1.612 5.729 5.878 2.989 4.482 3.360 4.679 2.478 2.314 1.590 2.644 2.786 2.868 2.576 3.859 2.400 1.353 3209 chr13 74017767 74049950 + 0 NA Intergenic Intergenic -104523 NR_047009 100874155 Hs.672679 NR_047009 LINC00392 - long intergenic non-protein coding RNA 392 ncRNA nan 1.120 0.619 0.163 0.079 0.024 0.276 0.164 0.413 0.030 0.119 0.189 0.019 0.050 0.158 0.444 0.072 0.095 0.072 0.041 0.036 0.026 0.054 0.067 0.074 0.137 0.038 0.020 0.080 0.145 1.342 4.708 0.502 0.530 0.252 0.087 0.041 0.020 0.084 0.037 0.171 0.175 0.045 0.043 0.224 0.153 0.266 0.096 0.369 0.025 0.264 0.403 0.444 0.044 0.031 0.074 0.293 0.472 0.045 0.030 0.032 0.052 0.194 0.038 0.090 0.016 0.010 0.606 0.420 0.338 0.448 0.290 0.348 nan 0.224 0.129 0.097 0.086 0.103 0.299 0.253 nan 0.163 0.445 0.760 0.280 0.443 0.246 nan 0.199 0.167 10090 chr6 169764311 169772695 + 0 NA Intergenic Intergenic -114294 NM_003247 7058 Hs.371147 NM_003247 ENSG00000186340 THBS2 TSP2 thrombospondin 2 protein-coding 0.580 nan 0.805 0.043 0.839 0.020 0.017 0.077 0.245 0.037 0.021 0.036 0.128 1.221 0.045 0.019 0.076 0.030 0.169 0.080 1.273 0.058 0.031 0.027 0.016 0.013 0.096 0.105 0.084 1.778 0.048 0.063 0.063 0.014 0.143 0.044 0.036 0.028 0.013 0.037 0.035 0.060 0.126 0.059 0.054 1.221 0.061 0.034 1.273 0.108 0.046 0.049 0.097 0.029 0.060 0.074 0.055 2.602 2.527 0.305 0.212 0.198 0.425 0.599 0.706 10.207 2.530 0.204 0.183 0.074 0.154 0.490 0.536 nan 0.129 0.181 0.307 0.393 0.155 0.086 0.131 0.393 0.354 11421 chr9 4287538 4303438 + 0 NA intron (NM_001042413, intron 1 of 10) intron (NM_001042413, intron 1 of 10) 4547 NM_001042413 169792 Hs.162125 NM_152629 ENSG00000107249 GLIS3 NDH|ZNF515 GLIS family zinc finger 3 protein-coding 1.094 4.055 0.916 3.679 0.313 0.215 3.003 0.201 0.505 0.253 1.209 1.043 0.012 0.259 0.117 0.548 2.223 0.223 2.614 1.312 3.731 0.009 0.357 0.256 0.445 2.087 1.927 0.056 1.716 0.279 1.087 1.388 0.654 1.226 1.934 3.799 0.051 1.058 0.113 0.298 0.105 0.418 0.518 0.260 1.213 2.132 1.529 1.288 2.956 1.818 4.423 1.782 0.548 2.717 0.854 0.445 0.754 0.136 0.068 0.723 1.803 0.776 0.180 0.023 1.442 3.887 3.561 0.287 0.133 4.374 9.322 0.752 0.511 0.294 0.080 0.667 0.823 1.243 1.775 0.575 0.904 0.378 0.256 0.327 0.492 0.329 0.370 0.082 nan 1.081 1.048 1079 chr1 208040483 208048852 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 40016 NM_001025109 947 Hs.374990 NM_001773 ENSG00000174059 CD34 - CD34 molecule protein-coding 1.853 3.088 1.484 0.593 0.353 0.587 0.728 0.771 1.626 0.069 0.670 0.377 0.022 0.149 0.302 0.872 0.662 0.211 0.455 0.091 0.347 0.066 0.548 0.343 1.040 0.895 0.974 0.532 0.415 0.379 0.221 1.103 0.416 1.698 0.035 0.943 0.068 1.193 0.102 0.169 0.275 0.834 1.285 0.599 0.938 0.194 0.425 0.228 1.910 0.543 0.683 1.786 0.872 0.196 0.420 1.040 0.188 1.339 0.151 1.025 0.585 0.085 3.668 0.266 0.227 0.145 0.049 9.177 12.160 3.854 3.798 2.552 2.534 0.971 0.514 nan nan 1.480 2.068 1.064 1.571 0.828 0.627 3.467 5.574 0.175 0.121 0.879 1.072 0.651 0.584 7154 chr21 27103339 27110119 + 0 NA promoter-TSS (NM_002040) promoter-TSS (NM_002040) -529 NM_001197297 2551 Hs.473470 NM_002040 ENSG00000154727 GABPA E4TF1-60|E4TF1A|NFT2|NRF2|NRF2A|RCH04A07 GA binding protein transcription factor subunit alpha protein-coding 4.965 2.581 4.927 2.163 4.585 2.446 1.833 2.344 3.643 1.269 2.487 2.203 1.857 1.001 4.029 3.419 2.020 0.355 2.515 0.726 1.834 2.947 1.436 0.784 4.485 1.801 2.464 2.340 2.101 1.014 3.531 3.997 2.797 10.017 1.208 3.530 0.929 3.147 0.091 1.046 2.388 2.880 2.889 1.298 1.739 1.062 2.962 3.795 2.167 3.361 1.818 1.987 3.419 2.980 3.582 4.485 0.760 1.627 1.179 2.669 2.391 1.957 2.220 2.615 1.681 1.597 1.260 7.600 6.420 5.799 7.440 7.398 7.879 5.064 3.052 11.951 12.598 6.095 7.310 6.506 9.300 12.029 10.530 4.427 7.418 5.137 5.836 6.766 6.486 4.361 2.514 2422 chr12 3860364 3863811 + 0 NA intron (NM_032680, intron 1 of 10) CpG 279 NM_001144958 84766 Hs.504534 NM_032680 ENSG00000130038 CRACR2A EFCAB4B calcium release activated channel regulator 2A protein-coding 3.882 nan 2.769 0.597 3.327 0.129 1.418 0.220 0.334 1.913 2.958 0.088 0.052 0.484 0.096 0.048 0.092 0.037 0.120 0.080 0.065 3.209 1.586 1.495 0.896 0.140 0.459 1.865 5.097 0.172 0.470 0.488 1.260 0.138 0.910 0.100 0.710 6.022 0.064 2.064 1.179 1.454 0.107 0.028 0.238 1.058 0.269 2.382 0.039 0.484 0.042 2.585 3.209 0.955 0.241 4.720 0.726 1.384 0.015 0.335 3.765 0.087 1.169 1.097 0.712 0.545 0.093 0.222 nan 0.936 6.485 1.489 2.877 3.146 0.554 0.999 1.960 2.416 0.728 1.280 1.562 1.639 1.886 1.293 2.679 nan 0.900 0.772 5977 chr2 26756382 26776452 + 0 NA intron (NM_194248, intron 1 of 46) MIR|SINE|MIR 15149 NM_001287489 9381 Hs.91608 NM_004802 ENSG00000115155 OTOF AUNB1|DFNB6|DFNB9|FER1L2|NSRD9 otoferlin protein-coding 1.010 1.183 1.148 0.086 1.419 2.319 0.090 1.009 1.898 0.014 0.105 0.128 0.018 0.190 1.886 0.270 0.034 0.089 0.109 0.019 0.037 0.026 1.721 0.734 2.665 0.055 0.025 0.065 0.089 0.010 0.197 0.575 0.131 7.044 0.022 0.129 0.096 0.135 0.097 0.018 0.659 0.215 0.094 0.054 0.054 0.046 0.072 0.126 0.184 0.061 0.039 0.129 0.270 0.121 0.042 2.665 0.043 0.062 0.154 0.113 0.388 0.047 0.039 0.085 0.060 0.017 0.006 0.385 0.391 0.172 0.239 4.772 3.904 3.986 1.115 0.449 0.524 0.270 0.612 3.093 nan 0.591 0.411 0.261 0.321 0.828 0.610 0.329 0.518 3.136 1.810 1590 chr10 93939389 93965688 + 0 NA intron (NM_001178137, intron 2 of 9) (TTTA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 50498 NM_001178137 22849 Hs.131683 NM_014912 ENSG00000107864 CPEB3 - cytoplasmic polyadenylation element binding protein 3 protein-coding 0.770 0.720 0.834 0.102 0.252 0.248 0.166 0.207 0.434 0.029 0.202 0.098 0.012 0.118 0.372 0.078 0.232 0.147 0.121 0.072 0.014 0.047 1.097 0.703 0.341 0.108 0.039 0.082 0.181 0.081 0.138 0.270 0.153 0.292 0.028 0.092 0.120 0.045 0.084 0.018 0.051 0.161 0.041 0.024 0.070 0.078 0.095 0.061 0.096 0.084 0.042 0.143 0.078 0.067 0.151 0.341 0.074 0.050 0.011 0.033 0.323 0.090 0.050 0.620 0.026 0.022 0.013 0.321 0.335 0.243 0.361 0.305 0.367 4.339 2.285 0.154 0.162 0.452 0.724 nan 1.119 0.344 0.225 0.123 0.210 0.270 0.299 0.450 1.062 1.337 0.659 1652 chr10 114133335 114145426 + 0 NA intron (NM_016234, intron 1 of 20) MIRb|SINE|MIR 3424 NM_016234 51703 Hs.11638 NM_016234 ENSG00000197142 ACSL5 ACS2|ACS5|FACL5 acyl-CoA synthetase long chain family member 5 protein-coding 0.393 nan 0.509 1.991 0.058 0.078 4.022 0.080 0.331 0.395 0.839 1.814 0.005 0.068 0.029 0.086 0.848 0.067 1.216 0.924 0.047 0.046 0.039 0.042 0.109 1.519 1.278 0.073 2.683 3.189 0.354 1.266 2.013 0.267 0.169 0.085 0.082 0.064 1.662 0.007 1.349 0.339 0.239 2.411 0.791 1.455 0.670 0.215 0.102 0.170 0.268 0.086 1.000 2.177 0.109 0.997 0.055 0.062 0.067 1.644 0.020 0.031 0.220 0.448 0.200 0.244 0.201 0.251 0.357 0.063 0.091 0.201 0.090 0.132 0.128 0.249 0.422 0.212 0.239 0.099 0.045 0.085 0.148 0.031 0.062 0.083 0.182 0.185 0.307 4816 chr17 43970903 43986777 + 0 NA intron (NM_001123066, intron 1 of 14).2 intron (NM_001123066, intron 1 of 14).2 5691 NR_024560 100130148 Hs.669307 NR_024560 ENSG00000279685 MAPT-IT1 - MAPT intronic transcript 1 ncRNA 1.939 1.611 nan 0.286 3.037 2.383 0.134 4.214 7.885 0.042 0.526 0.249 0.105 0.038 0.510 1.913 0.168 0.050 0.160 0.084 0.103 0.130 2.912 1.198 2.073 0.210 0.132 0.126 0.262 0.111 0.679 nan 0.272 2.156 0.083 0.272 1.069 0.808 0.113 0.144 2.613 0.145 0.069 0.059 0.110 0.034 0.109 0.315 0.610 0.388 0.516 0.135 1.913 0.067 0.229 2.073 0.168 0.396 1.318 0.869 1.128 0.084 0.514 0.131 0.072 0.073 0.032 1.573 1.620 0.285 0.401 7.360 nan 4.775 1.423 0.991 1.066 2.488 3.155 1.596 nan 4.672 3.999 1.180 1.798 4.301 3.452 0.737 1.453 3.717 1.845 9259 chr5 148489663 148543141 + 0 NA Intergenic Intergenic -4608 NM_001301015 22885 Hs.49688 NM_014945 ENSG00000173210 ABLIM3 HMFN1661 actin binding LIM protein family member 3 protein-coding nan 1.060 0.596 1.770 0.085 0.549 2.519 0.216 0.409 0.580 0.757 0.981 0.189 0.623 2.187 0.133 0.133 0.090 0.600 0.504 0.072 0.021 0.093 0.078 0.067 2.640 1.870 0.032 0.922 1.189 0.329 0.773 0.197 3.154 0.802 0.286 0.070 0.051 0.110 1.037 0.032 0.594 0.189 0.126 0.708 0.362 2.758 0.633 0.207 0.305 1.345 0.849 0.133 0.290 0.810 0.067 0.526 0.835 0.157 0.133 0.561 0.710 0.091 0.099 0.372 0.107 0.094 0.211 0.180 0.270 0.490 0.527 0.494 0.147 0.071 0.088 0.082 0.262 0.486 1.371 1.159 1.368 1.196 0.324 0.333 0.156 0.390 0.209 0.561 0.480 0.446 9668 chr6 44204746 44219539 + 0 NA Intergenic Intergenic -1761 NM_001271970 3326 Hs.509736 NM_007355 ENSG00000096384 HSP90AB1 D6S182|HSP84|HSP90B|HSPC2|HSPCB heat shock protein 90 alpha family class B member 1 protein-coding 3.414 1.933 2.467 1.856 2.414 1.716 2.084 1.659 3.254 0.454 1.647 1.161 0.764 1.554 1.937 2.769 1.105 0.245 1.465 0.510 1.804 1.115 1.381 0.858 2.943 1.540 1.480 0.522 0.888 0.502 1.546 1.624 1.675 5.653 1.127 1.857 0.342 2.054 0.161 1.368 1.227 2.425 1.954 0.944 1.026 0.542 1.479 3.298 1.613 3.013 2.552 0.856 2.769 2.260 1.940 2.943 0.689 0.956 0.859 3.523 1.595 1.057 1.162 1.738 0.791 1.300 0.981 3.013 4.025 2.374 3.196 4.823 4.694 8.558 4.493 7.722 8.236 1.498 2.198 5.320 nan 5.923 5.975 3.653 6.607 2.849 3.535 5.051 5.842 2.309 1.399 760 chr1 155033725 155067762 + 0 NA promoter-TSS (NM_004952) promoter-TSS (NM_004952) -605 NM_004952 1944 Hs.516656 NM_004952 ENSG00000143590 EFNA3 EFL2|EPLG3|Ehk1-L|LERK3 ephrin A3 protein-coding nan nan 2.627 0.507 0.752 0.674 0.400 0.735 1.176 0.277 0.624 0.377 0.196 0.522 2.495 1.741 0.186 0.109 0.962 0.413 1.378 0.362 0.436 0.294 0.937 0.273 0.209 0.447 0.529 0.304 0.562 1.370 0.959 5.809 0.472 0.731 0.214 0.961 0.100 0.507 1.643 0.757 0.216 0.164 0.468 0.222 0.523 0.297 0.863 0.797 2.546 1.786 1.741 0.933 0.940 0.937 0.542 1.427 1.215 3.856 0.913 0.525 3.365 0.255 0.241 0.232 0.112 3.381 5.046 2.024 2.762 3.364 nan 1.352 0.462 0.809 0.835 1.078 1.503 1.992 2.938 1.313 1.110 3.048 4.494 1.214 0.913 1.032 2.132 1.498 0.750 863 chr1 168662663 168684518 + 0 NA intron (NM_001937, intron 2 of 3) intron (NM_001937, intron 2 of 3) 24852 NM_001937 1805 Hs.80552 NM_001937 ENSG00000143196 DPT TRAMP dermatopontin protein-coding 1.109 nan 1.171 0.333 0.107 0.028 0.266 0.139 0.244 0.179 0.225 1.504 0.003 0.072 0.166 1.145 0.494 0.155 0.274 0.261 0.031 0.006 0.143 0.129 0.132 0.172 0.053 0.010 0.103 0.097 0.216 1.062 0.288 0.398 0.516 0.138 0.083 0.045 0.125 0.022 0.245 0.529 0.036 0.029 0.068 0.213 0.534 0.133 0.218 0.032 0.782 0.391 1.145 0.317 0.038 0.132 0.226 0.352 0.075 0.035 0.047 0.112 0.091 0.168 0.254 0.013 0.012 0.610 0.651 2.302 8.633 0.417 nan 0.668 0.186 0.111 0.140 0.579 0.735 0.254 nan 0.374 0.185 0.317 0.455 0.194 0.280 0.561 1.158 0.455 0.485 5459 chr19 479352 490081 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -9733 NM_182577 284451 Hs.104777 NM_182577 ENSG00000181781 ODF3L2 C19orf19 outer dense fiber of sperm tails 3 like 2 protein-coding 1.966 1.983 3.093 0.812 2.338 2.946 0.766 1.467 2.191 0.278 0.908 0.461 0.672 0.487 1.698 1.903 0.621 0.289 1.352 0.362 0.880 0.504 1.285 0.583 2.085 1.124 1.441 0.930 1.170 0.303 1.274 2.024 0.988 5.002 0.287 0.798 0.434 1.106 0.064 0.111 1.086 1.600 1.428 0.698 0.507 0.322 0.952 0.856 1.403 2.012 1.991 0.818 1.903 1.593 1.560 2.085 0.377 0.269 0.800 2.766 1.155 1.075 0.536 0.230 0.562 0.837 0.456 1.076 1.753 1.225 1.930 4.137 3.571 3.633 0.940 1.340 1.295 1.021 1.644 2.085 nan 2.927 3.636 0.969 1.511 3.404 3.792 0.824 1.265 3.414 1.802 7815 chr3 127307596 127320289 + 0 NA 5' UTR (NM_001353004, exon 3 of 13) 5' UTR (NM_001353004, exon 3 of 13) 3166 NM_001353007 131601 Hs.6418 NM_016372 ENSG00000163870 TPRA1 GPR175|TMEM227|TPRA40 transmembrane protein adipocyte associated 1 protein-coding 4.831 nan 2.748 3.352 2.573 3.396 2.354 2.111 3.857 0.700 1.960 1.101 0.792 0.614 3.035 2.633 3.255 0.499 2.360 0.677 2.388 0.811 3.059 1.355 2.870 1.962 2.082 1.547 3.567 1.048 1.627 3.619 1.625 3.642 0.760 2.244 0.384 1.389 0.062 0.671 1.647 6.084 2.982 1.493 1.644 1.036 1.193 2.108 1.745 2.789 2.079 2.470 2.633 3.368 2.150 2.870 1.047 1.922 0.949 3.532 1.223 1.130 1.891 2.051 0.785 0.735 0.446 3.447 3.268 3.183 5.232 5.660 5.273 9.856 4.826 6.044 6.171 3.527 nan 3.530 5.544 8.004 8.806 5.523 7.412 1.816 2.347 4.952 5.734 2.715 1.501 4975 chr17 72422405 72454253 + 0 NA intron (NM_022036, intron 2 of 3) AluSz|SINE|Alu 8493 NM_018653 55890 Hs.446438 NM_018653 ENSG00000170412 GPRC5C RAIG-3|RAIG3 G protein-coupled receptor class C group 5 member C protein-coding 3.361 1.567 3.162 0.284 1.027 1.056 0.815 0.616 1.153 0.039 0.691 0.481 0.052 2.183 1.169 0.950 0.106 0.091 0.113 0.048 0.178 0.178 0.171 0.172 1.609 1.559 1.615 0.067 0.854 0.689 3.035 6.265 2.455 3.159 0.579 0.455 0.122 0.337 0.098 1.159 0.408 0.394 0.222 0.157 0.632 0.586 0.416 0.201 1.939 0.069 1.682 1.841 0.950 0.074 0.073 1.609 1.069 0.637 0.756 1.086 2.250 0.529 0.795 0.081 0.502 0.205 0.175 1.286 1.471 1.157 1.377 2.066 1.610 0.370 0.136 0.089 0.076 nan 1.160 4.053 4.837 2.350 2.450 0.828 1.104 1.092 1.205 0.382 0.584 nan 0.785 2469 chr12 10305987 10347214 + 0 NA intron (NM_001079815, intron 1 of 5) L1MB3|LINE|L1 -1810 NM_002543 4973 Hs.412484 NM_002543 ENSG00000173391 OLR1 CLEC8A|LOX1|LOXIN|SCARE1|SLOX1 oxidized low density lipoprotein receptor 1 protein-coding 0.670 0.566 0.654 0.127 0.256 0.027 0.075 0.116 0.195 0.415 0.148 0.165 1.691 0.069 0.063 0.075 0.084 0.055 0.166 0.064 0.247 0.073 0.128 0.159 0.055 0.067 0.042 0.853 0.172 0.022 0.178 0.300 0.253 0.421 0.050 0.086 0.021 0.132 0.136 0.020 0.021 1.363 0.097 0.060 0.026 0.073 0.565 0.364 0.380 0.207 0.078 0.194 0.075 0.126 0.045 0.055 0.050 0.602 0.024 3.111 0.109 0.020 0.065 0.097 0.022 0.078 0.030 0.184 0.117 2.036 7.064 nan 0.431 0.422 0.174 0.411 0.379 0.140 0.280 0.336 0.414 0.237 0.074 0.206 0.286 0.057 0.086 0.294 0.492 0.190 0.236 3317 chr13 105975588 105981637 + 0 NA Intergenic Intergenic -139604 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.725 0.968 0.489 0.012 0.133 0.018 0.024 0.264 0.679 0.051 0.031 0.033 0.160 0.629 0.062 0.026 0.194 0.126 0.454 0.107 0.435 0.035 0.023 0.067 0.305 0.047 1.069 0.005 0.027 0.019 0.054 0.108 0.433 0.140 0.018 0.013 0.159 0.083 0.040 0.011 0.011 0.629 0.036 0.031 0.435 0.020 0.041 0.148 0.048 0.013 0.057 0.021 0.013 0.019 0.008 2.942 1.308 9.569 4.497 1.560 1.548 0.279 0.121 14.365 13.857 0.169 nan 0.806 0.658 0.346 0.200 0.172 0.470 0.053 0.042 0.289 nan 0.047 0.077 1745 chr11 869386 898921 + 0 NA exon (NM_001142674, exon 10 of 14) exon (NM_001142674, exon 10 of 14) 26721 NM_001142677 66005 Hs.144468 NM_023947 ENSG00000177830 CHID1 GL008|SI-CLP|SICLP chitinase domain containing 1 protein-coding 0.761 0.627 4.178 0.088 0.077 0.284 0.181 0.141 0.245 0.022 0.161 0.087 0.023 0.032 0.228 0.229 0.109 0.055 0.198 0.038 0.028 0.080 0.117 0.110 0.224 0.097 0.060 0.154 0.057 0.018 0.106 0.287 0.110 0.450 0.032 0.072 0.048 0.066 0.047 0.008 0.083 0.181 0.067 0.041 0.015 0.041 0.065 0.146 0.196 0.111 0.056 0.090 0.229 0.239 0.066 0.224 0.029 0.075 0.187 0.151 0.038 0.097 0.064 0.253 0.050 0.023 0.007 0.660 1.131 0.310 0.387 0.780 0.825 0.392 0.187 0.511 0.492 0.491 0.871 0.230 0.369 1.803 2.092 0.405 0.397 0.198 0.249 0.429 0.660 0.614 0.365 2594 chr12 31367678 31392441 + 0 NA Intergenic Intergenic -25890 NR_153414 144203 Hs.524331 NM_173498 ENSG00000177359 OVOS2 - alpha-2-macroglobulin like 1 pseudogene pseudo 2.542 nan 1.892 0.077 0.569 0.115 0.144 0.363 0.853 0.012 0.121 0.093 0.013 0.335 0.370 0.243 0.298 0.071 0.534 0.309 0.021 0.023 1.368 0.654 5.110 0.095 0.027 0.048 0.078 0.034 0.143 0.912 0.114 0.593 0.089 0.048 3.933 0.070 0.107 0.019 0.231 0.082 0.068 0.063 0.049 0.063 0.110 0.238 0.247 0.129 0.041 0.231 0.243 0.472 0.052 5.110 0.089 0.090 0.316 0.242 7.546 0.019 0.100 0.357 0.098 0.040 0.006 0.708 0.951 0.318 0.509 4.328 3.921 4.547 1.671 0.732 0.847 0.384 0.655 1.073 1.057 2.478 2.794 0.344 0.372 10.822 9.734 0.533 0.878 3.340 1.775 3966 chr15 57486126 57574386 + 0 NA intron (NM_001322165, intron 11 of 18) intron (NM_001322165, intron 11 of 18) 18601 NM_207040 6938 Hs.511504 NM_003205 ENSG00000140262 TCF12 CRS3|HEB|HTF4|HsT17266|TCF-12|bHLHb20|p64 transcription factor 12 protein-coding 0.940 1.049 1.311 0.125 1.369 0.604 0.031 1.663 3.325 0.023 0.120 0.159 0.019 0.196 1.013 0.615 0.743 0.125 0.130 0.022 0.059 0.145 1.070 0.778 3.334 0.045 0.021 0.033 0.069 0.024 0.103 0.247 0.129 5.061 0.058 0.111 0.471 0.066 0.090 0.015 0.386 0.066 0.016 0.013 0.040 0.032 0.103 0.144 0.108 0.116 0.027 0.100 0.615 0.059 0.081 3.334 0.047 0.059 0.103 0.029 0.555 0.086 1.497 0.321 0.040 0.015 0.014 0.581 0.597 0.670 0.774 2.308 2.848 2.116 0.789 0.803 0.779 0.787 1.142 4.745 5.410 2.392 1.777 0.804 1.522 2.008 2.534 0.831 1.602 1.535 0.705 3702 chr14 76287703 76301845 + 0 NA intron (NM_015072, intron 28 of 31) Tigger2a|DNA|TcMar-Tigger 153591 NM_001329938 7043 Hs.592317 NM_003239 ENSG00000119699 TGFB3 ARVD|ARVD1|LDS5|RNHF|TGF-beta3 transforming growth factor beta 3 protein-coding 1.864 0.789 1.837 0.413 0.697 0.207 0.445 0.717 1.596 0.074 0.778 1.136 0.247 1.337 0.157 0.245 2.939 0.253 0.209 0.133 0.090 0.019 0.462 0.296 0.466 0.711 0.223 0.016 0.149 0.640 0.393 0.726 1.021 0.339 0.372 0.085 0.140 0.088 0.107 0.257 0.107 0.092 0.140 0.038 0.431 0.125 1.557 0.269 0.092 0.235 0.474 1.436 0.245 0.088 0.092 0.466 0.304 0.133 0.200 0.041 0.856 0.380 0.062 0.218 1.686 0.080 0.036 0.281 0.251 0.408 0.632 0.494 0.561 3.043 0.894 0.399 0.402 0.605 0.932 2.316 nan 1.347 0.677 0.267 0.284 1.149 1.237 0.481 1.081 5.709 nan 7743 chr3 112278258 112282673 + 0 NA promoter-TSS (NM_017945) promoter-TSS (NM_017945) -62 NM_001348905 55032 Hs.237480 NM_017945 ENSG00000138459 SLC35A5 - solute carrier family 35 member A5 protein-coding 5.036 4.043 2.649 2.725 3.156 2.468 3.314 2.529 4.744 1.259 2.618 2.085 1.548 1.202 3.630 2.648 4.068 0.819 3.027 1.247 2.105 2.354 1.764 0.951 9.160 2.691 2.196 1.707 5.525 1.367 4.805 5.438 2.804 6.129 1.423 1.858 0.281 2.335 0.117 1.310 2.197 3.568 2.733 1.780 2.751 1.717 2.149 2.243 2.600 3.206 2.126 2.247 2.648 5.045 4.259 9.160 1.082 1.687 1.914 4.426 1.877 2.667 1.255 2.344 1.768 1.617 1.286 3.472 3.387 4.667 6.501 5.264 nan 9.562 4.306 11.906 12.650 nan 5.362 3.505 5.799 5.348 4.413 2.006 4.331 1.592 2.005 5.482 6.951 2.660 1.397 2124 chr11 77807337 77822888 + 0 NA intron (NM_001007027, intron 11 of 13) intron (NM_001007027, intron 11 of 13) -23847 NM_004549 4718 Hs.407860 NM_004549 ENSG00000151366 NDUFC2 B14.5b|CI-B14.5b|HLC-1|NADHDH2 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit C2 protein-coding nan 1.849 2.383 0.134 0.453 4.160 0.282 0.288 0.403 0.049 0.338 0.280 0.030 0.117 2.840 0.584 0.331 0.186 0.149 0.037 0.081 0.036 0.760 0.562 0.600 0.576 0.451 0.057 0.091 0.014 0.140 nan 0.281 4.278 0.066 0.281 0.250 0.184 0.110 0.030 0.666 0.241 0.070 0.066 0.133 0.109 0.388 0.268 0.419 0.142 0.428 0.308 0.584 0.095 0.140 0.600 0.125 0.054 0.967 0.155 0.156 0.107 0.070 0.762 0.063 0.037 0.010 0.462 0.494 0.321 0.493 2.969 3.286 0.925 0.331 0.749 0.818 4.007 4.675 0.614 0.582 1.027 0.883 0.208 0.432 0.943 1.776 0.943 2.195 1.759 1.001 11245 chr8 121836411 121851076 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -19434 NM_021021 6641 Hs.46701 NM_021021 ENSG00000172164 SNTB1 59-DAP|A1B|BSYN2|DAPA1B|SNT2|SNT2B1|TIP-43 syntrophin beta 1 protein-coding nan nan nan 0.123 0.073 4.130 0.111 0.099 0.300 0.013 0.204 0.050 0.017 0.055 0.176 0.105 0.122 0.077 0.189 0.104 0.030 0.019 0.074 0.067 0.158 0.089 0.040 0.010 0.224 0.217 0.767 2.036 0.386 nan 0.271 0.051 0.019 0.029 0.110 0.212 0.100 0.033 0.015 0.142 0.058 0.106 1.034 0.115 0.077 0.071 0.100 0.105 0.151 0.025 0.158 0.066 0.051 0.025 0.027 0.048 0.075 0.028 0.075 0.067 0.047 0.063 0.272 0.195 0.252 0.452 0.420 0.522 0.210 0.099 nan nan 0.235 0.370 0.408 0.314 0.368 0.153 0.187 0.293 0.069 0.079 0.180 0.279 0.238 0.360 6104 chr2 50939335 50963110 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 5 of 23) intron (NM_001135659, intron 5 of 23) -27822 NR_130470 103504737 NR_130470 ENSG00000216191 MIR8485 hsa-mir-8485 microRNA 8485 ncRNA 1.175 nan 0.815 0.040 0.184 0.119 0.032 0.776 1.393 0.004 0.072 0.008 0.026 0.038 0.972 0.372 0.116 0.072 0.102 0.032 0.013 0.018 0.388 0.355 0.951 0.006 0.003 0.003 0.071 0.006 0.119 0.139 0.051 0.480 0.031 0.048 0.215 0.036 0.129 0.020 0.098 0.066 0.015 0.017 0.023 0.013 0.116 0.105 0.031 0.021 0.026 0.039 0.372 0.045 0.020 0.951 0.072 0.055 0.672 0.029 0.190 0.023 0.047 0.193 0.016 0.027 0.024 0.357 0.359 0.256 0.247 0.725 0.915 1.271 0.370 0.393 0.380 3.659 4.522 0.774 0.909 1.259 1.028 0.157 0.280 0.890 0.788 0.546 1.049 0.380 0.395 6755 chr2 237892741 237909182 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 63849 NR_135202 93463 Hs.652810 NR_135202 ENSG00000124835 LOC93463 - uncharacterized LOC93463 ncRNA 0.791 nan 1.404 0.423 1.543 7.599 0.107 0.322 0.704 0.167 0.158 0.030 0.031 0.654 0.435 0.087 0.068 0.064 0.008 0.008 0.087 0.064 0.793 0.383 0.167 0.014 0.066 0.013 0.155 1.313 1.351 4.292 0.360 0.112 0.058 0.033 0.107 0.022 0.378 0.073 0.048 0.010 0.192 0.164 0.281 0.116 0.134 0.049 0.314 1.517 0.435 0.064 0.067 0.793 0.424 0.526 0.229 0.049 0.191 0.043 0.154 0.007 0.028 0.011 0.012 0.859 0.762 0.178 0.386 1.567 1.697 0.137 0.063 0.340 0.277 0.398 0.669 1.082 nan 0.386 0.171 0.313 0.382 0.232 0.332 0.094 0.212 0.762 0.461 282 chr1 38464201 38472400 + 0 NA intron (NM_004468, intron 1 of 5) AluSx|SINE|Alu 2887 NM_004468 2275 Hs.57687 NM_004468 ENSG00000183386 FHL3 SLIM2 four and a half LIM domains 3 protein-coding 24.121 nan 1.614 2.613 1.035 0.232 5.758 0.216 0.448 0.278 4.522 3.851 0.145 0.381 0.108 1.012 2.116 0.254 2.527 1.202 2.319 0.714 0.248 0.274 1.356 1.680 1.657 1.254 2.010 1.691 2.023 5.038 0.990 1.321 1.619 0.410 0.035 1.681 0.148 0.844 0.173 4.560 4.441 1.993 2.207 1.472 1.038 0.587 1.509 2.829 0.153 2.132 1.012 2.084 4.069 1.356 0.961 0.343 0.071 2.282 0.651 2.109 0.595 0.268 2.788 1.461 0.723 0.865 1.877 0.942 1.791 1.777 1.873 nan 0.321 1.120 1.155 0.990 1.802 3.799 4.619 nan 0.574 1.636 2.590 0.246 0.342 0.815 1.569 0.635 nan 7594 chr3 49376171 49401478 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu 7209 NM_201397 2876 Hs.76686 NM_000581 ENSG00000233276 GPX1 GPXD|GSHPX1 glutathione peroxidase 1 protein-coding 1.509 nan nan 1.208 0.907 0.638 2.141 0.450 0.816 1.166 1.941 0.757 0.447 0.586 0.767 0.607 0.893 0.345 2.444 1.033 1.567 0.494 0.482 0.284 0.775 1.519 1.369 0.457 4.663 2.138 1.426 4.006 1.147 1.931 1.115 0.978 0.192 0.415 0.115 0.652 0.444 2.130 1.888 0.950 1.600 1.243 2.897 1.382 1.319 0.816 0.740 1.837 0.607 2.405 1.761 0.775 1.119 0.319 0.184 0.754 1.131 1.756 0.525 0.600 0.861 0.790 0.481 0.997 1.066 1.447 2.297 1.687 1.465 2.223 0.843 1.090 1.195 1.090 1.409 2.190 2.923 2.078 1.989 0.789 1.153 0.704 0.826 0.967 1.671 1.137 0.599 3622 chr14 62211175 62232867 + 0 NA Intergenic Intergenic -4206 NR_144368 105370526 Hs.661638 NR_144368 ENSG00000258667 LOC105370526 - uncharacterized LOC105370526 ncRNA nan nan 0.877 4.881 1.047 0.416 1.006 0.334 0.581 0.322 1.080 0.757 2.434 0.176 0.542 0.676 0.739 0.201 1.106 0.254 3.623 0.204 0.439 0.416 0.507 1.619 1.066 0.196 1.031 0.804 0.752 1.274 0.730 1.335 1.015 0.554 0.334 1.440 0.149 0.376 1.725 2.097 1.432 0.713 1.588 0.696 2.733 0.922 0.777 1.338 0.546 1.019 0.676 0.872 2.810 0.507 0.435 0.302 0.167 1.113 0.277 1.293 0.297 0.487 1.970 1.637 1.124 0.425 0.487 0.508 0.896 1.411 1.370 0.907 0.335 nan 1.841 0.852 1.136 1.299 nan 1.627 1.575 0.439 1.008 1.365 1.970 0.633 1.305 0.941 0.617 11118 chr8 95730461 95733967 + 0 NA 5' UTR (NM_181787, exon 1 of 19) 5' UTR (NM_181787, exon 1 of 19) 111 NM_181787 286148 Hs.567828 NM_181787 ENSG00000156162 DPY19L4 - dpy-19 like 4 protein-coding 5.827 2.372 5.464 2.146 5.916 2.816 3.895 2.637 5.228 2.053 4.095 2.473 2.146 1.778 2.991 3.028 2.566 0.414 4.255 1.513 3.273 3.682 1.006 0.663 7.132 2.476 2.619 2.420 4.124 1.894 2.769 4.562 2.913 14.970 2.415 2.555 1.140 4.309 0.205 1.382 2.238 3.280 4.348 2.552 1.975 1.209 5.208 3.875 3.482 6.170 2.311 3.295 3.028 4.590 3.584 7.132 2.575 3.408 0.583 3.821 3.273 2.522 1.122 2.123 1.608 1.783 1.050 6.499 5.524 5.380 8.181 8.683 7.586 6.964 3.027 9.852 10.600 3.786 5.197 16.974 20.802 5.337 5.088 4.056 6.362 5.039 4.959 4.958 6.367 3.712 1.728 5489 chr19 3134810 3143755 + 0 NA intron (NM_002068, intron 1 of 6) intron (NM_002068, intron 1 of 6) 3252 NM_002068 2769 Hs.73797 NM_002068 ENSG00000060558 GNA15 GNA16 G protein subunit alpha 15 protein-coding 0.775 0.655 0.867 0.352 0.219 0.068 2.824 0.132 0.322 0.236 1.239 0.398 0.028 0.087 0.098 0.258 0.250 0.273 3.145 1.546 0.078 0.015 0.227 0.092 0.174 2.318 2.198 0.082 0.783 1.088 0.737 2.171 0.348 0.522 0.468 0.460 0.043 0.098 0.089 1.091 0.071 3.156 1.697 0.623 3.873 0.659 0.940 3.544 0.337 0.457 0.060 0.977 0.258 2.109 0.397 0.174 0.643 0.166 0.306 0.859 0.551 2.859 0.230 0.070 2.235 0.097 0.125 0.387 0.381 0.271 0.377 0.379 0.515 0.495 0.242 0.328 0.288 0.364 0.826 0.187 nan 1.261 0.755 0.446 0.565 0.128 0.196 0.133 0.179 1.004 0.819 989 chr1 194661739 194677822 + 0 NA Intergenic Intergenic 1388065 NR_146895 105371673 NR_146895 LINC01724 - long intergenic non-protein coding RNA 1724 ncRNA 0.905 nan 0.905 0.103 0.080 0.010 0.038 0.160 0.250 0.006 0.096 0.074 0.016 0.013 0.045 0.094 0.141 0.230 0.134 0.012 0.027 0.009 0.127 0.187 0.044 0.009 0.023 0.026 0.013 0.095 0.031 0.084 0.262 0.045 0.086 0.006 0.061 0.155 0.006 0.030 0.029 0.014 0.014 0.010 0.096 0.055 0.035 0.042 0.005 0.039 0.094 0.036 0.011 0.044 0.023 0.026 0.103 0.025 0.050 0.009 0.012 0.052 0.005 0.007 0.013 0.411 0.237 0.332 0.452 0.303 0.393 0.137 0.081 0.363 0.367 7.820 6.899 0.361 0.433 1.506 0.859 0.069 0.127 0.103 0.131 0.208 0.277 0.322 0.231 6668 chr2 222014052 222055216 + 0 NA Intergenic MER1A|DNA|hAT-Charlie 402444 NM_001304537 2043 Hs.371218 NM_004438 ENSG00000116106 EPHA4 HEK8|SEK|TYRO1 EPH receptor A4 protein-coding nan 0.796 0.873 0.075 0.279 0.192 0.106 0.202 0.456 0.011 0.064 0.064 0.005 0.032 0.240 0.240 0.089 0.111 0.085 0.018 0.017 0.010 0.184 0.108 0.316 0.012 0.023 0.023 0.058 0.015 0.089 0.279 0.089 nan 0.039 0.055 0.051 0.049 0.117 0.009 0.141 0.045 0.016 0.010 0.011 0.037 0.107 0.081 0.042 0.042 0.008 0.029 0.240 0.047 0.038 0.316 0.030 0.042 0.113 0.025 0.155 0.038 0.053 0.429 0.033 0.015 0.015 0.501 0.302 0.293 0.491 0.286 0.285 0.174 0.079 0.555 0.540 5.043 5.487 0.538 nan 0.590 0.363 0.141 0.215 0.222 0.265 0.655 nan 0.290 0.264 7585 chr3 47001192 47024492 + 0 NA intron (NM_144716, intron 2 of 7) intron (NM_144716, intron 2 of 7) 5149 NR_102269 151903 Hs.631918 NM_144716 ENSG00000160799 CCDC12 - coiled-coil domain containing 12 protein-coding 1.285 nan nan 1.700 0.878 0.333 1.204 0.275 0.552 0.687 1.180 0.689 1.367 0.427 0.514 0.347 0.537 0.157 1.566 0.645 0.833 0.225 0.352 0.265 0.658 0.474 0.416 0.369 1.218 0.852 2.154 4.153 1.351 1.563 0.706 0.865 0.078 0.753 0.093 0.385 0.368 1.111 1.096 0.606 0.496 0.517 1.221 0.524 1.529 1.489 0.794 1.015 0.347 2.302 1.110 0.658 0.610 0.968 0.113 1.257 0.445 0.754 0.801 0.479 0.346 0.453 0.280 1.162 1.548 1.367 2.092 1.476 1.366 1.479 0.495 2.486 2.443 0.793 1.184 1.920 2.569 1.730 1.543 1.193 2.060 0.573 0.730 1.159 2.196 0.817 0.585 2372 chr11 130028803 130061612 + 0 NA intron (NM_021978, intron 1 of 18) intron (NM_021978, intron 1 of 18) 15525 NM_021978 6768 Hs.504315 NM_021978 ENSG00000149418 ST14 ARCI11|HAI|MT-SP1|MTSP1|PRSS14|SNC19|TADG15|TMPRSS14 suppression of tumorigenicity 14 protein-coding 0.638 nan 0.693 0.752 2.121 1.609 0.693 0.485 0.865 0.300 0.256 0.231 0.174 0.486 1.615 0.290 0.055 0.064 0.857 0.295 0.019 0.008 1.329 0.756 1.741 0.499 0.272 0.050 0.734 0.567 0.746 2.109 0.239 5.085 0.301 0.059 0.209 0.068 0.115 0.068 0.097 0.222 0.090 0.048 1.305 0.631 1.071 0.280 0.151 0.178 0.311 0.995 0.290 1.007 0.167 1.741 0.536 0.806 0.095 0.106 0.915 0.280 0.961 0.052 0.075 0.070 0.037 1.067 1.602 0.869 1.753 1.973 1.839 3.364 1.015 1.024 1.016 0.203 0.439 4.047 4.810 0.394 0.229 1.422 2.336 1.437 1.399 0.167 nan 2.760 1.478 4630 chr17 17776334 17796507 + 0 NA intron (NM_001350331, intron 4 of 12) intron (NM_001350331, intron 4 of 12) -46095 NM_004176 6720 Hs.592123 NM_004176 ENSG00000072310 SREBF1 SREBP1|bHLHd1 sterol regulatory element binding transcription factor 1 protein-coding 1.481 1.335 1.670 0.100 0.261 2.826 0.161 0.288 0.518 0.066 0.108 0.219 0.067 0.059 0.881 0.452 0.430 0.096 0.189 0.047 0.141 0.034 0.217 0.134 0.192 0.093 0.029 0.055 0.051 0.010 0.115 0.383 0.130 1.091 0.072 0.140 0.114 0.060 0.040 0.020 0.780 0.397 0.053 0.042 0.044 0.068 0.148 0.197 0.250 0.164 0.055 0.142 0.452 0.146 0.545 0.192 0.036 0.038 0.240 0.265 0.399 0.251 0.089 0.683 0.068 0.037 0.016 0.741 1.748 0.315 nan 0.626 0.759 0.949 0.390 0.266 0.267 0.448 0.845 1.356 1.704 nan 1.398 0.282 0.421 0.297 0.315 0.718 1.359 0.516 0.362 9992 chr6 146053862 146058327 + 0 NA promoter-TSS (NR_038246) promoter-TSS (NR_038246) 89 NR_038246 100507557 Hs.124537 NR_038244 ENSG00000235652 LOC100507557 - uncharacterized LOC100507557 ncRNA 9.868 4.251 5.019 2.662 6.931 5.889 1.205 2.534 5.003 1.222 3.789 2.156 0.947 1.303 4.586 5.531 3.034 0.144 2.804 0.509 4.606 4.877 2.315 0.983 5.355 1.884 2.447 1.880 3.587 0.665 6.245 7.327 3.584 8.184 1.046 3.618 1.902 4.807 0.137 1.143 2.267 4.147 4.802 1.990 0.944 1.585 2.943 2.059 2.880 6.929 1.856 2.135 5.531 3.926 2.923 5.355 1.343 1.243 0.961 3.671 3.481 2.565 1.638 3.477 1.824 2.293 1.698 7.360 8.929 9.287 13.161 10.036 10.110 13.646 8.100 13.659 13.086 3.291 3.766 6.008 9.358 13.814 15.181 3.989 6.837 10.832 9.701 9.780 8.305 3.730 2.141 2945 chr12 110433181 110443429 + 0 NA intron (NM_033121, intron 1 of 14) intron (NM_033121, intron 1 of 14) 1070 NM_033121 88455 Hs.528703 NM_033121 ENSG00000076513 ANKRD13A ANKRD13|NY-REN-25 ankyrin repeat domain 13A protein-coding nan nan 1.866 2.134 1.131 0.849 3.648 0.658 1.213 1.629 1.172 1.128 1.570 0.665 1.866 1.255 1.545 0.349 2.530 1.232 1.127 0.476 0.781 0.375 2.040 2.492 2.504 1.055 4.393 1.864 1.810 2.846 2.261 3.092 0.713 1.058 0.386 1.219 0.192 0.969 0.630 1.355 1.559 0.826 3.321 2.404 1.604 1.843 2.149 1.947 1.394 1.518 1.255 1.984 2.108 2.040 0.790 0.940 0.458 2.601 1.151 1.523 0.530 0.879 0.660 0.573 0.264 2.432 2.811 2.440 3.626 nan nan nan 1.676 2.742 2.947 2.149 2.886 nan nan 2.710 2.818 2.118 3.066 1.969 2.336 1.474 2.252 nan 1.333 11125 chr8 96144941 96162724 + 0 NA intron (NM_024613, intron 1 of 1) AluSz|SINE|Alu 7883 NM_024613 79666 Hs.29724 NM_024613 ENSG00000175895 PLEKHF2 EAPF|PHAFIN2|ZFYVE18 pleckstrin homology and FYVE domain containing 2 protein-coding nan 1.313 5.455 0.555 0.898 0.238 0.910 0.486 0.946 0.748 0.782 0.430 1.126 0.995 0.620 0.267 0.673 0.171 1.022 0.233 0.195 0.319 0.298 0.136 1.012 0.441 0.345 0.425 0.769 0.374 0.639 0.997 0.858 2.124 0.559 0.221 0.334 0.304 0.100 0.173 0.515 0.445 0.619 0.349 0.530 0.488 1.956 0.618 0.737 1.190 1.129 1.326 0.267 1.278 0.275 1.012 0.432 1.843 0.131 0.519 0.551 0.376 0.301 0.409 0.264 0.227 0.109 0.858 0.884 1.048 nan 1.265 1.215 1.505 0.514 1.342 1.452 2.902 3.253 3.159 3.932 1.200 0.993 0.636 1.543 1.424 1.444 1.154 2.085 0.858 0.645 8799 chr5 17233906 17260412 + 0 NA intron (NM_006317, intron 1 of 1) AluJb|SINE|Alu 29489 NM_006317 10409 Hs.201641 NM_006317 ENSG00000176788 BASP1 CAP-23|CAP23|NAP-22|NAP22 brain abundant membrane attached signal protein 1 protein-coding nan nan nan 0.331 0.171 0.128 4.289 0.321 0.703 0.514 0.936 1.346 0.072 0.045 0.047 0.337 0.308 0.283 3.820 2.269 3.098 0.042 0.689 0.530 0.583 1.992 1.113 0.350 1.122 1.494 0.313 0.924 0.382 nan 0.904 1.262 0.049 0.061 0.137 1.586 0.018 0.239 0.970 0.728 1.614 0.864 0.386 1.340 0.624 0.312 0.140 0.269 0.337 0.493 0.042 0.583 0.443 0.488 0.063 1.003 0.076 2.581 0.334 0.061 1.363 1.028 0.758 0.284 0.134 0.351 0.640 1.027 1.195 1.442 0.547 0.205 0.256 nan 1.156 0.478 0.581 0.567 0.257 0.209 0.450 0.303 0.404 0.205 nan 1.805 1.055 4673 chr17 27438265 27491502 + 0 NA intron (NM_001346768, intron 1 of 40) intron (NM_001346768, intron 1 of 40) 2514 NM_001346768 399687 Hs.462590 NM_078471 ENSG00000196535 MYO18A MAJN|MYSPDZ|SP-R210|SPR210 myosin XVIIIA protein-coding nan nan nan 1.713 0.134 0.431 1.751 0.359 0.670 0.459 2.045 0.552 0.056 0.123 0.259 0.320 0.446 0.106 1.723 1.138 0.161 0.089 0.128 0.105 0.286 1.643 1.467 0.441 0.573 0.515 0.803 2.326 0.709 0.703 0.560 0.526 0.055 0.231 0.159 0.428 0.182 1.682 0.559 0.352 0.739 0.294 1.393 0.772 1.972 0.351 0.967 0.849 0.320 1.174 0.639 0.286 0.557 0.420 0.426 0.447 0.194 2.158 0.277 0.640 0.488 0.203 0.151 0.871 1.129 0.558 1.203 0.863 0.969 1.036 0.375 0.711 0.736 0.590 0.941 0.950 1.151 5.218 4.567 0.875 0.964 0.292 0.373 0.716 nan 0.745 0.493 6533 chr2 183578347 183584163 + 0 NA intron (NM_018981, intron 1 of 23) intron (NM_018981, intron 1 of 23) 487 NR_073367 54431 Hs.516632 NM_018981 ENSG00000077232 DNAJC10 ERdj5|JPDI|MTHr|PDIA19 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 protein-coding 2.543 3.429 2.118 2.199 7.491 4.749 1.552 1.734 3.997 0.428 2.291 1.015 0.342 1.309 2.995 2.149 1.822 0.112 2.800 0.934 1.007 0.836 2.000 1.028 3.129 1.283 1.203 1.178 2.059 0.867 3.738 3.940 1.831 10.802 0.837 1.253 0.297 1.644 0.093 0.953 0.805 2.474 1.611 0.927 1.632 0.644 3.569 1.296 2.018 1.730 1.303 1.216 2.149 1.935 1.687 3.129 0.371 0.798 0.698 2.436 1.676 0.447 0.579 0.595 0.888 0.554 0.342 1.951 3.081 1.780 2.431 4.332 3.320 8.650 3.283 7.443 7.235 nan 2.946 15.565 17.862 2.569 2.242 1.145 2.159 2.689 2.635 3.300 nan 2.102 1.186 577 chr1 109921559 109940564 + 0 NA intron (NM_002959, intron 1 of 19) AluJr|SINE|Alu 4918 NM_001205228 6272 Hs.485195 NM_002959 ENSG00000134243 SORT1 Gp95|LDLCQ6|NT3|NTR3 sortilin 1 protein-coding 1.571 nan nan 0.639 0.513 0.230 0.106 0.253 0.550 0.066 0.243 0.815 0.242 0.179 0.324 0.322 1.095 0.153 0.262 0.069 0.184 0.327 0.293 0.160 0.485 0.522 0.182 0.517 0.155 0.106 0.456 1.140 0.318 0.937 0.161 0.121 0.030 0.333 0.169 0.102 0.250 0.320 0.213 0.138 0.258 0.118 0.643 0.171 0.279 0.352 0.299 0.744 0.322 0.458 0.140 0.485 0.149 0.151 0.146 0.353 0.255 0.063 0.305 0.240 0.160 0.159 0.057 0.631 0.715 0.807 1.358 1.058 nan 0.732 0.302 0.979 0.920 2.909 3.553 nan nan 0.642 0.389 0.833 1.278 0.312 0.320 0.689 nan 0.791 0.716 3511 chr14 37714113 37742616 + 0 NA intron (NM_001195297, intron 5 of 14) intron (NM_001195297, intron 5 of 14) 61246 NM_001195296 145282 Hs.660396 NM_138731 ENSG00000151338 MIPOL1 CCDC193 mirror-image polydactyly 1 protein-coding 1.159 1.540 0.726 0.167 0.384 0.086 0.052 0.202 0.416 0.007 0.091 0.117 0.052 0.144 0.297 0.112 0.114 0.146 0.163 0.033 0.035 0.024 0.205 0.188 0.248 0.041 0.038 0.003 0.072 0.015 0.596 1.354 0.473 0.536 0.118 0.148 0.685 0.073 0.119 0.045 0.100 0.023 0.017 0.022 0.038 0.040 0.218 0.074 0.183 0.030 0.087 0.374 0.112 0.055 0.179 0.248 0.056 0.282 0.027 0.018 0.228 0.083 0.049 0.113 0.043 0.014 0.009 0.214 0.133 0.302 0.368 0.590 0.781 0.768 0.283 0.286 0.262 0.848 1.156 0.741 0.718 0.706 0.295 0.200 0.242 2.314 3.226 0.261 0.593 1.081 0.619 7684 chr3 89089371 89101162 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -61408 NM_005233 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.672 0.470 0.098 0.037 0.029 0.030 0.029 0.103 0.008 0.072 0.225 0.011 0.068 0.023 0.250 0.032 0.014 0.108 0.016 0.053 0.059 0.053 0.108 0.121 0.006 0.006 0.029 0.017 0.223 0.750 0.048 0.241 0.050 0.265 0.027 0.113 0.030 0.006 0.078 0.010 0.013 0.019 0.013 0.049 0.160 0.041 0.030 0.020 0.037 0.250 0.036 0.047 0.121 0.057 0.054 0.241 0.033 0.017 0.031 0.019 0.020 0.165 0.109 0.274 0.417 0.172 0.210 0.349 0.355 0.107 0.169 5.213 5.959 0.085 0.131 0.377 0.204 0.040 0.135 0.037 0.033 0.231 0.450 0.298 0.389 8265 chr4 11481836 11519005 + 0 NA Intergenic Intergenic -69883 NM_005114 9957 Hs.507348 NM_005114 ENSG00000002587 HS3ST1 3OST|3OST1 heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 protein-coding nan nan nan 1.442 0.171 0.010 1.781 0.099 0.182 0.075 0.088 0.337 0.017 0.360 0.267 0.204 0.065 0.104 1.319 1.405 0.010 0.004 0.165 0.172 0.187 0.448 0.167 0.006 1.055 1.463 0.621 3.130 0.436 0.312 1.382 0.038 0.038 0.006 0.068 0.379 0.068 0.169 0.062 0.046 1.347 0.446 0.612 0.166 0.134 0.036 0.229 0.543 0.204 0.505 0.030 0.187 0.808 0.136 0.055 0.028 0.044 0.525 0.030 0.037 0.377 0.022 0.043 0.320 0.220 0.295 0.470 0.221 0.275 0.516 0.184 0.215 0.220 0.269 0.461 0.492 0.353 0.532 0.373 0.138 0.181 0.240 0.325 0.079 0.134 nan 0.563 7305 chr22 19829879 19844671 + 0 NA 3' UTR (NM_024627, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_024627, exon 3 of 3) 5096 NM_024627 79680 Hs.105642 NM_024627 ENSG00000215012 RTL10 BOP|C22orf29 retrotransposon Gag like 10 protein-coding 1.918 nan 2.010 3.862 1.370 1.857 1.177 1.060 2.442 1.981 3.174 0.786 10.017 0.575 0.963 2.096 0.884 0.185 3.974 1.181 1.730 0.479 1.582 0.571 2.280 0.661 0.688 2.174 1.845 1.465 3.052 nan 4.873 3.090 1.110 1.326 0.414 1.208 0.072 0.382 0.692 2.492 1.205 0.729 1.157 1.398 1.250 0.749 1.315 1.961 0.799 3.594 2.096 3.970 1.307 2.280 0.660 2.068 0.740 1.912 1.144 1.490 0.408 0.736 0.729 0.580 0.330 1.929 2.460 2.358 4.760 2.831 2.789 2.220 0.749 3.360 3.226 2.345 3.256 2.554 3.279 2.967 3.260 0.854 1.941 1.670 1.612 1.406 2.173 3.086 1.580 11746 chr9 118352274 118381065 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 139849 NR_109805 101928775 Hs.522362 NR_109805 ENSG00000228714 LOC101928775 - uncharacterized LOC101928775 ncRNA 0.568 0.771 nan 0.468 0.112 0.026 0.407 0.206 0.329 0.516 0.120 3.042 0.030 0.021 0.037 0.206 0.975 0.145 0.354 0.358 0.780 0.043 0.131 0.098 0.054 0.383 0.222 0.322 0.386 0.124 0.128 nan 0.097 0.400 0.557 0.298 0.010 0.611 0.086 0.485 0.058 2.033 0.408 0.181 0.112 0.095 0.555 6.893 0.438 0.876 0.148 0.375 0.206 0.121 0.159 0.054 0.115 0.129 0.098 0.676 0.113 2.079 0.038 0.322 0.740 0.356 0.294 0.206 0.123 0.260 0.606 0.372 0.454 0.096 0.073 0.320 0.296 0.135 0.220 0.541 nan 0.786 0.485 0.102 0.133 0.073 0.132 0.182 0.343 nan 0.492 9791 chr6 86110486 86117504 + 0 NA non-coding (NR_134633, exon 2 of 4) non-coding (NR_134633, exon 2 of 4) 525 NR_134633 101928820 Hs.587370 NR_134633 ENSG00000234155 LINC02535 - long intergenic non-protein coding RNA 2535 ncRNA 0.689 0.622 nan 2.647 0.210 0.040 5.269 0.207 0.302 0.055 4.508 2.669 0.035 1.462 0.085 0.456 1.007 0.047 3.917 2.034 4.666 0.039 0.111 0.117 0.105 3.068 2.708 0.192 3.231 3.942 5.134 11.239 5.245 0.140 4.480 0.891 0.041 0.058 0.123 6.130 5.949 9.790 3.615 6.258 6.673 0.655 6.961 2.886 4.618 2.015 1.829 0.456 2.677 6.088 0.105 2.343 0.095 0.499 0.216 0.539 0.028 0.017 3.727 1.534 0.972 0.426 0.298 0.325 0.462 0.254 0.287 0.219 0.102 0.338 0.468 0.089 0.178 0.172 0.230 0.251 0.155 0.135 0.156 0.286 0.305 0.138 0.178 0.257 0.354 4843 chr17 48103007 48147400 + 0 NA Intergenic Intergenic 7900 NR_038230 284080 Hs.274864 NR_038230 ENSG00000246640 PICART1 - p53-inducible cancer-associated RNA transcript 1 ncRNA 0.977 1.424 nan 5.410 0.136 1.339 6.458 0.765 1.591 2.122 4.803 2.112 0.219 0.266 0.965 0.395 1.423 0.345 5.139 2.496 2.763 0.044 0.442 0.195 0.717 4.215 4.610 0.675 5.591 3.357 5.772 nan 4.216 2.084 2.971 0.273 0.333 0.296 0.126 4.152 0.084 8.235 8.018 3.198 3.958 3.259 3.559 7.385 3.903 6.284 2.346 2.598 0.395 5.070 2.859 0.717 1.451 1.381 0.265 3.017 0.640 3.330 0.231 0.071 3.779 3.952 3.204 2.166 3.363 0.668 0.954 1.141 nan 1.500 0.429 0.416 0.430 0.231 0.417 1.878 nan 0.787 0.599 0.556 0.776 1.092 0.957 0.254 0.444 1.352 0.823 8609 chr4 159077470 159097580 + 0 NA intron (NM_001128424, intron 2 of 4) intron (NM_001128424, intron 2 of 4) -4379 NR_147408 285505 NR_147407 ENSG00000248429 FAM198B-AS1 - FAM198B antisense RNA 1 ncRNA nan 1.308 0.583 1.185 0.158 0.022 0.595 0.150 0.150 0.715 0.312 0.750 0.080 0.035 0.066 0.077 1.553 0.088 0.409 0.482 0.059 1.330 0.140 0.050 0.218 0.110 0.029 0.658 0.400 0.365 0.104 0.300 0.932 0.290 0.385 3.351 0.033 4.860 0.165 0.158 0.125 0.543 0.066 0.089 0.278 0.089 0.211 0.896 0.275 0.341 0.575 0.110 0.077 0.194 0.051 0.218 0.366 0.095 0.014 0.333 0.025 0.408 0.049 0.204 0.008 0.115 0.104 0.221 0.139 0.368 0.418 0.132 0.171 1.453 0.534 1.647 1.660 0.702 0.768 0.374 0.388 0.315 0.120 0.134 0.226 0.183 0.196 0.359 0.716 0.532 0.412 643 chr1 144588620 144596098 + 0 NA intron (NM_001278267, intron 52 of 130) LTR71B|LTR|ERV1 -1329 NR_102404 728841 Hs.445080 NM_001037501 NBPF8 NBPF8P NBPF member 8 protein-coding 2.918 nan 2.206 1.588 1.838 0.723 1.690 1.004 1.697 0.681 1.700 1.655 0.365 1.240 2.368 1.986 1.743 0.318 1.939 0.532 1.404 1.981 0.655 0.694 1.438 1.409 1.570 1.683 1.584 0.828 3.315 5.104 1.325 11.855 0.898 2.040 0.525 2.027 0.175 1.185 0.510 5.378 3.300 1.894 0.712 0.853 2.291 3.067 2.183 2.544 1.172 2.261 1.986 1.757 3.095 1.438 1.492 1.507 0.441 5.107 3.036 1.688 1.443 1.313 1.121 1.856 1.174 1.091 1.487 2.139 2.961 3.363 3.172 1.767 0.420 2.882 2.687 3.023 3.984 2.291 3.075 2.305 2.872 1.921 3.612 1.530 1.341 2.325 3.164 1.945 1.152 6528 chr2 183221177 183238352 + 0 NA intron (NM_001003683, intron 2 of 14) L3|LINE|CR1 62011 NM_001258313 5136 Hs.191046 NM_005019 ENSG00000115252 PDE1A CAM-PDE-1A|HCAM-1|HCAM1|HSPDE1A phosphodiesterase 1A protein-coding 0.811 0.973 0.771 0.324 0.214 0.188 0.976 0.392 0.748 0.022 0.173 0.409 0.020 0.042 0.130 0.313 1.684 0.131 0.386 0.414 2.727 0.008 0.458 0.243 0.209 0.354 0.215 0.043 0.505 0.287 0.144 0.475 0.119 0.368 0.786 2.411 0.022 0.051 0.080 0.704 0.055 0.597 0.596 0.252 0.518 0.228 0.151 0.580 1.155 0.228 0.735 0.190 0.313 0.158 0.525 0.209 0.128 0.029 0.033 0.156 0.089 0.389 0.034 0.086 0.572 0.458 0.389 0.313 0.169 0.216 0.275 0.442 0.614 0.991 0.822 0.321 0.406 nan 3.242 0.735 0.963 0.365 0.194 0.079 0.244 0.070 0.090 0.255 nan 0.328 0.344 8055 chr3 177955144 177973332 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -172751 NR_046786 100874330 Hs.201902 NR_046786 ENSG00000223941 LINC01014 KCNMB2-IT1 long intergenic non-protein coding RNA 1014 ncRNA 1.304 1.162 1.195 0.166 1.367 0.040 0.035 0.283 0.565 0.036 0.142 0.248 0.040 0.061 0.112 0.682 0.292 0.151 0.076 0.041 0.031 0.436 0.251 0.269 0.230 0.061 0.036 0.016 0.100 0.018 0.049 0.072 0.163 0.662 0.024 0.063 0.124 0.077 0.074 0.011 1.488 0.091 0.033 0.017 0.018 0.008 0.159 0.038 0.044 0.031 0.009 0.175 0.682 0.027 0.061 0.230 0.027 0.102 0.038 0.025 0.051 0.047 0.022 0.354 0.029 0.016 0.008 0.252 0.168 0.263 0.381 0.460 0.478 7.722 4.695 0.194 0.205 0.998 0.976 0.572 0.558 0.725 0.300 0.118 0.163 0.614 0.688 0.572 1.292 0.508 0.393 6193 chr2 73288905 73299782 + 0 NA intron (NM_001330401, intron 1 of 11) L1MD3|LINE|L1 4116 NM_001330404 94097 Hs.368171 NM_144579 ENSG00000144040 SFXN5 BBG-TCC|SLC56A5 sideroflexin 5 protein-coding nan nan 2.393 1.042 1.563 1.305 3.425 0.698 1.458 1.062 2.836 2.573 0.286 0.429 1.045 1.859 0.655 0.179 3.172 1.729 1.332 0.832 0.548 0.219 1.623 2.655 2.661 1.077 1.436 0.358 1.131 2.220 1.054 3.740 1.009 3.659 0.105 1.337 0.110 1.570 0.576 3.000 1.969 1.023 1.754 0.829 1.699 1.507 3.624 2.730 2.634 1.660 1.859 2.541 4.931 1.623 1.056 0.764 0.660 3.034 1.119 3.154 0.291 0.502 1.519 1.114 0.735 1.726 2.092 2.333 3.123 2.743 2.594 3.259 1.319 2.566 2.749 1.553 2.198 2.679 4.303 1.245 1.305 0.940 1.713 0.748 0.930 1.831 1.839 nan 0.933 1120 chr1 216032899 216040598 + 0 NA intron (NM_206933, intron 44 of 71) intron (NM_206933, intron 44 of 71) -209059 NR_125992 102723833 Hs.232072 NR_125992 ENSG00000233620 LOC102723833 - uncharacterized LOC102723833 ncRNA 0.838 1.018 0.984 0.076 0.124 0.022 0.018 0.167 0.439 0.013 0.062 0.096 4.564 0.079 0.093 0.265 0.126 0.042 0.075 0.024 0.127 0.138 0.130 0.009 0.028 0.019 0.088 0.074 0.054 0.128 nan 0.019 0.070 0.056 0.127 0.127 0.100 0.039 0.020 0.057 0.072 0.064 0.011 0.027 0.020 0.026 0.265 0.046 0.012 0.130 0.048 0.016 0.039 0.010 0.025 0.146 0.010 0.018 0.026 0.399 0.241 0.224 0.331 0.425 0.571 nan 0.093 0.463 0.279 0.213 nan 0.231 0.202 0.422 0.123 0.092 0.145 0.110 0.110 0.405 0.689 0.473 0.517 5402 chr18 61281735 61287241 + 0 NA Intergenic MER67C|LTR|ERV1 27065 NM_002974 6318 Hs.123035 NM_002974 ENSG00000206073 SERPINB4 LEUPIN|PI11|SCCA-2|SCCA1|SCCA2 serpin family B member 4 protein-coding 0.803 0.979 0.787 0.053 0.547 0.715 0.025 0.225 0.373 0.035 0.097 0.088 0.067 0.037 0.582 0.466 0.081 0.029 0.058 0.034 0.034 0.025 0.288 0.161 0.022 0.012 0.065 0.013 0.038 0.090 0.358 0.054 0.963 0.026 0.090 2.706 0.040 0.066 0.203 0.067 0.011 0.051 0.158 0.128 0.148 0.027 0.036 0.466 0.065 0.016 0.022 0.022 0.089 0.057 0.085 0.067 0.013 0.472 0.366 0.283 0.271 0.990 1.085 0.453 0.243 0.384 nan 0.168 nan 1.674 2.057 1.826 1.464 0.043 0.157 7.790 11.982 0.826 2.133 4.405 1.681 1187 chr1 230991287 231006028 + 0 NA intron (NM_032800, intron 1 of 3) L1MC1|LINE|L1 5645 NM_032800 84886 Hs.520494 NM_032800 ENSG00000119280 C1orf198 - chromosome 1 open reading frame 198 protein-coding 2.577 1.487 3.446 1.780 2.546 0.315 0.593 0.456 0.982 0.233 0.408 1.044 0.916 0.142 0.320 1.802 2.348 0.167 0.656 0.138 0.401 0.273 0.711 0.378 1.411 0.878 0.687 0.437 0.799 0.480 0.778 1.509 1.370 1.690 0.258 0.607 0.065 0.510 0.104 0.152 0.536 0.463 1.058 0.548 0.351 0.223 0.615 0.273 0.817 0.489 0.798 0.709 1.802 0.746 0.712 1.411 0.623 0.614 0.256 0.608 0.620 0.378 0.454 0.358 0.134 0.238 0.080 4.834 4.439 6.952 6.174 2.348 2.435 nan 1.347 4.455 4.642 0.857 1.203 nan 5.362 0.945 0.805 1.506 1.825 0.974 1.082 1.446 1.640 nan 1.015 7474 chr22 46824080 46874106 + 0 NA intron (NM_014246, intron 2 of 34) intron (NM_014246, intron 2 of 34) 83974 NM_014246 9620 Hs.252387 NM_014246 ENSG00000075275 CELSR1 ADGRC1|CDHF9|FMI2|HFMI2|ME2 cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 protein-coding 0.696 1.230 nan 0.140 0.105 2.492 1.067 0.157 0.291 0.115 0.185 0.100 0.122 0.024 0.038 1.604 0.097 0.093 0.688 0.444 0.047 0.039 0.088 0.075 0.300 0.238 0.181 0.055 0.169 0.304 0.809 3.494 0.538 0.762 1.317 0.096 0.042 0.105 0.084 0.068 0.122 0.122 0.051 0.024 0.221 0.387 0.787 0.156 0.296 0.073 0.052 0.716 1.604 1.341 0.152 0.300 0.234 0.474 0.167 0.155 0.137 0.328 0.053 0.022 0.196 0.064 0.025 0.324 0.325 0.207 0.327 0.507 0.441 1.032 0.269 0.413 0.411 0.104 0.258 0.648 1.021 0.339 0.201 0.263 0.220 0.342 0.731 0.063 0.118 0.414 0.436 2092 chr11 73017727 73021492 + 0 NA promoter-TSS (NM_014786) promoter-TSS (NM_014786) -54 NM_014786 9828 Hs.533719 NM_014786 ENSG00000110237 ARHGEF17 P164RHOGEF|RHOGEF17|TEM4|p164-RhoGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 17 protein-coding nan 2.564 2.930 4.171 1.626 3.802 3.664 0.595 1.268 2.646 7.900 2.283 3.856 0.026 2.864 0.886 4.691 0.387 4.499 1.344 4.887 0.517 0.577 0.157 1.206 3.284 4.833 5.834 4.244 2.122 5.561 5.070 5.613 6.649 2.323 1.874 0.323 6.910 0.199 2.533 3.414 16.368 5.467 2.029 4.735 2.663 5.094 6.666 5.119 7.482 1.352 4.521 0.886 9.260 6.705 1.206 2.277 4.705 1.005 14.266 1.017 3.687 1.193 0.948 4.478 3.627 2.697 2.027 3.791 4.161 8.822 5.833 3.392 3.935 1.006 6.227 6.326 2.777 3.827 8.382 13.690 2.593 3.376 1.477 3.203 2.258 1.735 2.687 3.382 1.308 1.012 8620 chr4 166791819 166804221 + 0 NA intron (NM_012464, intron 1 of 20) intron (NM_012464, intron 1 of 20) 3610 NM_001204760 7092 Hs.106513 NM_012464 ENSG00000038295 TLL1 ASD6|TLL tolloid like 1 protein-coding nan nan nan 0.157 0.127 0.054 0.224 0.311 0.522 0.053 0.301 0.368 0.010 0.025 0.050 0.135 0.734 0.051 0.081 0.061 0.036 0.378 1.205 1.034 0.130 0.118 0.087 0.018 0.050 0.162 0.141 0.340 0.157 1.114 0.159 0.403 0.390 0.035 0.079 0.101 0.052 0.134 0.068 0.069 0.018 0.031 0.132 0.233 0.131 0.369 0.591 0.027 0.135 0.149 0.008 0.130 0.157 0.139 0.072 0.372 0.025 0.019 0.063 0.083 0.037 0.009 0.004 0.219 0.195 5.546 7.440 0.101 0.173 4.117 1.822 0.519 0.424 0.361 0.520 0.297 0.366 0.511 0.170 0.102 0.265 2.567 1.703 0.307 0.528 1.037 0.620 1251 chr1 244009088 244015765 + 0 NA Intergenic Intergenic -5540 NM_001206729 10000 Hs.498292 NM_005465 ENSG00000117020 AKT3 MPPH|MPPH2|PKB-GAMMA|PKBG|PRKBG|RAC-PK-gamma|RAC-gamma|STK-2 AKT serine/threonine kinase 3 protein-coding 8.832 3.524 nan 3.438 8.134 0.240 1.226 3.840 7.011 1.017 3.179 0.542 0.083 0.450 2.097 6.854 3.424 0.288 1.602 0.227 0.028 3.027 3.767 1.810 6.974 0.499 0.262 2.025 1.874 0.396 0.205 0.255 0.180 7.852 0.241 0.755 2.544 3.286 0.109 0.620 3.825 2.237 5.874 2.497 0.330 0.068 3.738 2.488 3.938 3.842 0.249 0.158 6.854 2.311 0.181 6.974 0.146 0.148 1.745 3.232 2.888 0.387 1.250 2.859 1.066 0.914 0.405 0.576 0.409 1.808 2.423 11.391 9.425 7.582 4.073 2.491 2.419 4.597 6.391 5.250 8.206 10.085 11.279 1.315 2.133 7.169 5.769 8.329 8.173 2.746 1.735 3904 chr15 37166608 37206795 + 0 NA intron (NM_170676, intron 11 of 11) intron (NM_170676, intron 11 of 11) -7967 NR_024264 145845 Hs.302693 NM_001101327 LOC145845 - uncharacterized LOC145845 ncRNA 0.964 nan nan 0.177 0.063 0.025 0.101 0.159 0.309 0.078 0.070 0.199 0.015 0.040 0.073 0.303 0.316 0.056 0.134 0.058 0.032 0.748 0.321 0.302 0.069 0.041 0.011 0.028 0.063 0.010 0.146 0.437 0.109 0.274 0.058 0.106 0.812 2.077 0.100 0.017 0.142 0.028 0.024 0.018 0.022 0.027 0.153 0.110 0.205 0.124 0.940 0.066 0.303 0.080 0.032 0.069 0.067 0.077 0.017 0.055 0.030 0.079 0.550 0.866 0.036 0.014 0.011 0.483 0.994 0.536 0.535 0.251 0.290 0.386 0.162 0.210 0.216 0.788 0.986 0.206 0.242 0.689 0.346 0.533 0.875 2.362 1.983 1.157 2.075 0.654 0.517 8693 chr5 294501 323843 + 0 NA intron (NM_013232, intron 4 of 5) intron (NM_013232, intron 4 of 5) 4881 NM_001242412 57491 Hs.50823 NM_020731 ENSG00000063438 AHRR AHH|AHHR|bHLHe77 aryl-hydrocarbon receptor repressor protein-coding 0.555 1.806 1.810 0.231 1.200 3.784 1.056 1.177 2.501 0.130 0.632 0.387 0.118 1.140 2.630 1.695 0.407 0.195 1.793 0.620 0.164 0.157 0.970 0.796 7.967 0.356 0.191 0.836 0.169 0.036 0.334 1.011 0.260 3.283 0.179 0.391 0.042 0.206 0.110 0.089 0.079 2.201 0.429 0.305 0.045 0.117 0.209 0.298 0.595 0.735 0.092 0.346 1.695 2.911 0.205 7.967 0.139 0.124 0.292 0.240 0.490 0.411 0.638 0.071 0.091 0.281 0.198 0.973 1.535 0.511 nan 8.160 7.159 2.638 0.822 0.778 0.888 0.434 0.856 nan 8.199 nan 0.502 0.720 1.158 0.258 0.227 0.147 0.218 1.946 nan 8769 chr5 12009874 12024627 + 0 NA Intergenic Intergenic -113095 NM_001288717 1501 Hs.314543 NM_001332 ENSG00000169862 CTNND2 GT24|NPRAP catenin delta 2 protein-coding nan nan nan 0.059 0.220 0.023 0.076 0.022 0.166 0.013 0.057 0.044 0.025 0.060 0.103 0.286 0.198 0.283 0.151 0.013 0.039 0.236 0.282 0.049 0.014 0.024 0.020 0.115 0.007 0.102 0.077 0.144 nan 0.030 0.043 0.007 0.037 0.085 0.008 0.056 0.045 0.043 0.030 0.026 0.117 0.007 0.022 0.039 0.482 0.041 0.286 0.100 0.025 0.049 0.025 0.051 0.468 0.004 0.021 0.065 0.040 0.033 0.005 0.023 0.451 0.199 0.195 0.315 0.273 0.298 0.158 0.093 0.126 0.143 nan 6.325 0.234 0.352 1.774 1.172 0.113 0.211 0.089 0.099 0.088 nan 0.556 0.612 879 chr1 172500712 172503982 + 0 NA promoter-TSS (NM_001282750) promoter-TSS (NM_001282750) 89 NM_001282750 51430 Hs.204559 NM_014283 ENSG00000094975 SUCO C1orf9|CH1|OPT|SLP1 SUN domain containing ossification factor protein-coding 8.442 nan 7.666 6.094 5.736 4.343 3.087 2.889 4.950 1.875 5.196 4.343 1.369 1.277 9.272 3.779 5.723 0.444 4.229 1.714 2.585 2.919 3.766 2.073 3.834 3.808 3.626 1.849 4.119 2.383 5.256 6.511 5.276 15.573 2.930 5.005 0.964 3.480 0.175 1.121 3.279 3.491 3.318 1.739 3.358 2.484 4.687 3.370 4.284 4.234 2.686 3.392 3.779 7.055 2.426 3.834 1.146 2.183 1.220 3.567 3.041 2.264 3.994 2.379 3.575 2.113 1.566 6.347 9.390 14.526 18.988 15.265 9.524 9.308 3.714 17.587 19.422 6.722 7.031 8.860 12.450 6.673 8.318 6.741 13.773 5.962 6.160 5.806 8.567 3.798 2.191 5452 chr18 77152333 77166742 + 0 NA promoter-TSS (NM_001278675) promoter-TSS (NM_001278675) -737 NM_001278672 4772 Hs.534074 NM_006162 ENSG00000131196 NFATC1 NF-ATC|NF-ATc1.2|NFAT2|NFATc nuclear factor of activated T cells 1 protein-coding nan nan 0.728 0.419 0.116 2.064 0.543 1.035 1.916 0.313 0.145 0.229 0.132 0.897 0.062 1.953 0.037 0.033 0.080 0.039 0.482 0.376 0.556 0.229 2.039 0.387 0.367 1.373 0.618 0.213 0.671 1.404 0.216 3.605 0.074 0.334 0.046 0.526 0.046 0.106 0.850 0.448 0.209 0.260 0.393 0.053 0.227 0.309 1.271 1.891 0.219 0.037 1.953 0.125 0.242 2.039 0.076 0.345 0.180 3.789 0.141 0.154 2.242 0.017 0.189 0.104 0.071 5.390 7.115 7.088 8.588 2.853 nan 4.482 3.210 1.215 1.273 0.145 0.148 0.265 nan 0.349 0.224 2.385 4.259 0.545 0.696 0.103 0.111 0.310 0.343 3899 chr15 34330029 34350058 + 0 NA intron (NM_012125, intron 2 of 2) AluSz|SINE|Alu -8740 NM_020371 57099 Hs.555966 NM_020371 ENSG00000169857 AVEN PDCD12 apoptosis and caspase activation inhibitor protein-coding 1.267 nan nan 0.294 0.454 0.248 0.613 0.305 0.596 0.197 0.691 2.601 0.136 0.320 0.427 0.854 0.374 0.192 0.694 0.294 0.599 0.291 0.509 0.234 0.874 0.235 0.281 0.443 0.481 0.132 0.894 0.983 0.286 0.815 0.178 0.515 0.176 0.395 0.091 0.179 0.289 0.377 0.629 0.281 0.171 0.206 0.352 3.598 1.214 1.128 0.500 0.597 0.854 0.810 0.866 0.874 0.296 0.396 0.218 0.888 0.569 0.767 0.245 0.328 1.069 0.483 0.264 0.764 0.916 0.638 0.958 1.278 1.113 2.285 0.666 1.232 1.192 0.770 1.116 1.057 1.864 1.894 2.098 0.795 1.322 0.924 0.548 1.293 1.004 0.953 0.838 3104 chr13 30411928 30437245 + 0 NA 5' UTR (NM_007106, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_007106, exon 1 of 5) 234 NM_007106 5412 Hs.145575 NM_007106 ENSG00000122042 UBL3 HCG-1|PNSC1 ubiquitin like 3 protein-coding 1.185 1.277 1.182 0.837 1.031 0.444 0.598 0.265 0.537 0.293 0.819 0.577 3.097 0.401 0.638 0.226 0.651 0.144 0.592 0.210 0.591 0.306 0.315 0.185 0.500 0.463 0.399 0.131 0.225 0.783 0.950 1.194 0.363 1.868 0.203 0.761 0.093 0.339 0.083 0.238 0.304 0.870 0.831 0.475 0.331 0.319 1.029 1.181 0.521 0.411 0.492 0.809 0.226 0.699 0.896 0.500 0.294 0.915 0.019 0.531 0.480 0.443 0.750 0.512 0.841 0.216 0.114 1.783 1.842 0.808 1.268 1.575 1.448 0.502 0.288 0.846 0.916 0.357 0.478 0.939 1.401 1.916 1.647 0.952 1.930 0.728 0.791 1.702 2.214 0.627 0.513 3961 chr15 54265547 54282385 + 0 NA intron (NM_001329919, intron 1 of 31) intron (NM_001329919, intron 1 of 31) 3589 NM_001329919 440279 Hs.657273 NM_001080534 ENSG00000137766 UNC13C - unc-13 homolog C protein-coding 0.514 0.622 0.905 0.025 0.120 0.248 0.013 0.124 0.204 0.084 0.032 0.015 0.030 0.125 0.068 0.080 0.068 0.038 0.011 0.044 0.084 0.089 0.142 0.004 0.018 0.096 0.012 0.044 0.061 0.089 3.344 0.009 0.052 0.039 0.039 0.077 0.050 0.024 0.059 0.007 0.023 0.019 0.018 0.074 0.053 0.169 0.017 0.042 0.048 0.068 0.021 0.010 0.142 0.022 0.034 0.010 0.061 0.023 0.065 0.030 0.208 0.027 0.003 0.263 0.118 0.422 0.776 0.256 0.298 0.082 0.061 0.222 0.150 4.819 4.900 0.347 0.416 0.753 0.449 0.127 0.190 0.330 0.575 0.167 0.164 0.452 0.465 1444 chr10 39104173 39114433 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 119576 NR_045000 399746 Hs.742607 NR_045000 ACTR3BP5 FKSG74 ACTR3B pseudogene 5 pseudo 4.822 5.427 4.975 0.133 0.241 0.093 0.221 0.764 1.252 0.038 0.431 0.158 0.096 0.423 0.380 0.838 0.689 3.320 0.288 0.068 0.312 0.503 1.342 0.363 0.041 0.164 0.007 0.549 0.020 0.274 0.359 0.487 1.232 0.127 0.576 0.353 0.255 1.002 0.034 0.210 0.324 0.182 0.076 0.043 0.475 0.253 1.339 0.302 0.184 0.054 0.337 0.838 0.363 0.153 0.363 0.119 0.136 0.039 0.069 0.148 0.279 0.107 0.204 0.305 0.118 0.094 2.856 1.229 1.079 nan 2.341 3.602 0.738 0.579 1.103 1.043 1.929 2.650 1.520 1.304 3.212 0.770 0.880 1.434 1.120 2.044 1.077 1.860 0.983 1.545 8705 chr5 1172462 1184971 + 0 NA promoter-TSS (NR_109911) promoter-TSS (NR_109911) 4 NR_109911 101928857 Hs.593732 NR_109911 ENSG00000249201 CTD-3080P12.3 - uncharacterized LOC101928857 ncRNA 0.439 0.793 1.355 0.063 0.153 0.129 0.386 0.128 0.373 0.023 0.093 0.082 0.025 0.472 0.229 0.472 0.185 0.228 2.521 0.851 0.111 0.044 0.268 0.157 0.201 0.171 0.151 0.171 0.132 0.026 0.237 0.948 0.197 0.417 0.609 0.137 0.015 0.103 0.074 0.057 0.089 0.119 0.111 0.086 0.053 0.111 0.046 0.250 0.186 0.091 0.240 0.651 0.472 2.492 0.192 0.201 0.010 0.165 0.163 0.079 0.194 0.608 0.252 0.049 0.043 0.120 0.082 11.893 14.302 0.304 nan 1.114 1.162 1.016 0.421 0.108 0.097 0.158 0.413 nan 0.783 nan 0.665 0.738 0.764 0.098 0.177 0.084 0.118 0.673 nan 9907 chr6 127835644 127842558 + 0 NA intron (NM_001012279, intron 1 of 11) intron (NM_001012279, intron 1 of 11) 1399 NM_001012279 387104 Hs.319247 NM_001012279 ENSG00000255330 SOGA3 C6orf174|dJ403A15.3 SOGA family member 3 protein-coding 7.443 2.800 0.988 0.103 6.876 7.590 0.228 2.841 5.883 0.027 0.269 0.439 0.009 0.232 6.300 7.124 0.140 0.114 0.153 0.055 0.425 0.179 2.775 1.382 5.985 0.249 0.219 0.149 0.197 0.030 0.627 0.550 0.417 13.156 0.042 0.030 1.878 1.022 0.082 0.491 3.540 0.696 0.533 0.306 0.430 0.212 0.306 0.172 0.846 4.630 0.131 0.091 7.124 0.283 0.072 5.985 0.035 1.146 0.949 2.949 0.127 1.964 2.030 0.439 0.691 0.671 7.225 7.955 0.162 0.304 14.037 9.538 16.545 7.427 0.365 0.244 5.160 5.501 6.448 11.293 14.863 18.297 2.637 4.544 11.833 8.511 5.248 7.045 3.201 1.919 2600 chr12 31798043 31814171 + 0 NA intron (NM_001135864, intron 1 of 3) AluSx3|SINE|Alu 6013 NM_001135864 254013 Hs.740628 NM_173802 ENSG00000139160 ETFBKMT C12orf72|ETFB-KMT|METTL20 electron transfer flavoprotein subunit beta lysine methyltransferase protein-coding 1.878 nan 1.868 0.695 1.104 0.746 1.109 0.538 1.040 0.273 2.839 0.638 0.296 0.212 0.727 0.661 0.232 0.249 1.301 0.504 0.658 0.396 0.930 0.530 1.221 1.042 0.783 0.247 0.859 0.471 0.556 1.141 0.988 2.046 0.412 0.314 1.686 1.008 0.161 0.353 0.549 0.526 0.694 0.449 0.459 0.538 0.550 2.048 1.310 3.043 0.358 0.642 0.661 1.308 0.456 1.221 0.243 0.308 0.188 1.422 1.694 0.730 0.854 1.201 1.411 0.264 0.230 2.216 2.260 0.912 1.406 2.091 2.089 3.959 1.352 6.525 6.996 0.811 0.997 1.624 2.999 0.877 0.617 1.185 1.741 8.598 10.156 2.814 4.167 1.819 1.305 5749 chr19 47315643 47344461 + 0 NA Intergenic Intergenic 3909 NR_024258 100170220 Hs.541243 NR_024258 SNAR-E - small ILF3/NF90-associated RNA E snRNA 1.338 2.022 1.450 0.197 1.679 0.348 0.520 0.350 0.548 0.541 0.565 0.493 0.265 0.355 0.496 0.396 0.230 0.239 0.347 0.203 0.082 0.301 0.229 0.122 1.692 0.200 0.111 0.490 0.210 0.132 0.661 nan 1.646 1.151 0.188 0.233 0.064 0.257 0.158 0.115 0.184 0.994 0.211 0.119 0.083 0.119 0.842 0.372 0.822 0.152 0.371 0.503 0.396 0.544 0.174 1.692 0.126 1.673 0.273 0.433 0.523 0.390 0.286 0.185 0.056 1.170 1.325 0.296 0.364 0.323 0.504 0.977 1.043 1.681 0.701 0.815 0.977 0.692 1.032 4.279 4.234 0.798 0.646 0.406 0.643 0.243 0.393 0.599 1.421 1.064 0.744 4616 chr17 16734111 16777667 + 0 NA Intergenic L1PB4|LINE|L1 -6703 NR_146392 147228 Hs.565076 NM_001349721 KRT17P1 - keratin 17 pseudogene 1 pseudo 0.581 0.574 0.629 0.475 0.125 0.022 2.263 0.295 0.587 0.550 0.431 0.626 0.406 0.062 0.171 0.508 0.118 0.070 1.773 0.875 1.443 0.026 0.093 0.076 0.104 0.683 0.656 0.034 1.165 0.772 3.566 6.532 2.075 0.346 1.152 0.136 0.203 0.018 0.042 0.690 0.058 1.188 1.030 0.507 1.485 2.201 1.249 0.730 0.918 0.088 0.465 1.049 0.508 2.306 3.190 0.104 1.189 1.110 0.244 0.175 0.209 0.844 0.075 0.088 0.819 0.620 0.584 0.576 0.626 0.186 nan 0.474 0.486 2.125 0.477 0.187 0.201 0.152 0.251 0.780 0.875 nan 0.729 0.266 0.247 0.517 0.615 0.215 0.347 0.623 0.462 11905 chrUn_gl000229 4225 9565 + 0 NA NA Intergenic NA NA 1.832 2.971 1.795 0.229 0.354 0.213 0.532 0.478 0.812 0.071 0.527 1.017 0.070 0.115 0.083 9.761 0.619 1.569 0.319 0.035 0.167 0.342 0.511 0.463 0.316 0.261 0.244 0.193 0.445 0.079 0.329 0.592 0.352 1.407 0.802 0.125 0.510 0.373 0.269 0.431 0.508 0.584 0.384 0.271 1.070 0.457 0.279 0.743 0.689 9.761 0.239 0.102 0.316 0.228 0.487 0.211 1.734 1.175 0.279 0.794 0.331 0.372 0.132 0.058 1.347 1.151 2.294 3.614 1.055 1.186 0.536 0.216 0.853 1.002 0.750 1.467 0.618 0.692 1.270 0.422 1.459 2.027 0.321 0.323 0.372 0.884 1.005 1.276 1828 chr11 17859456 17871599 + 0 NA intron (NM_012139, intron 10 of 10) MER5A|DNA|hAT-Charlie 108032 NM_004976 3746 Hs.552896 NM_004976 ENSG00000129159 KCNC1 EPM7|KV3.1|KV4|NGK2 potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 protein-coding 0.767 nan 2.849 0.331 0.450 0.069 0.246 0.100 0.330 0.008 0.098 0.401 0.020 0.170 0.469 0.148 0.093 0.121 0.094 0.010 0.310 0.144 0.171 0.131 0.038 0.054 0.112 0.463 0.066 0.141 0.098 0.539 0.072 0.044 0.102 0.018 0.091 0.039 0.713 0.136 0.028 0.012 0.620 0.146 0.198 0.235 0.060 0.024 0.065 0.050 0.469 0.082 0.082 0.171 0.041 0.014 0.073 0.029 0.079 0.182 0.040 0.174 0.514 0.019 0.013 nan 6.083 0.212 0.296 1.106 1.157 0.771 0.233 0.475 0.435 0.897 nan 0.348 0.592 0.779 0.895 0.341 0.342 0.860 1.203 0.274 0.477 0.651 nan 3006 chr12 121123367 121127178 + 0 NA promoter-TSS (NM_001303627) promoter-TSS (NM_001303627) 345 NM_001303628 9761 Hs.744910 NM_014730 ENSG00000110917 MLEC KIAA0152 malectin protein-coding 4.328 3.036 2.839 4.612 5.770 3.353 2.947 3.411 5.249 1.846 4.477 2.768 2.300 2.487 6.385 3.504 2.336 0.126 3.108 0.596 3.314 2.366 2.475 1.245 5.334 1.943 2.608 2.426 2.729 1.439 4.944 7.269 3.380 12.291 1.379 4.104 1.807 4.814 0.127 1.530 2.896 3.602 2.946 1.966 2.263 2.268 4.346 3.219 5.589 4.877 4.308 3.780 3.504 4.158 3.533 5.334 2.000 2.744 0.962 6.876 4.065 1.878 3.040 1.773 2.053 1.798 1.149 5.533 5.175 5.279 8.368 7.944 7.301 7.785 6.274 8.884 9.848 4.326 4.667 9.752 17.174 4.956 4.968 5.149 7.357 5.463 6.969 5.076 4.530 4.114 1.975 306 chr1 40721977 40725633 + 0 NA promoter-TSS (NM_005857) promoter-TSS (NM_005857) 83 NM_005857 10269 Hs.132642 NM_005857 ENSG00000084073 ZMPSTE24 FACE-1|FACE1|HGPS|PRO1|STE24|Ste24p zinc metallopeptidase STE24 protein-coding 34.669 3.032 nan 3.832 20.708 2.537 4.767 1.563 3.962 1.466 3.706 2.727 1.559 1.480 1.851 89.235 3.915 0.528 2.688 0.829 2.806 1.294 2.575 1.350 6.634 2.072 2.927 2.131 3.812 1.287 5.226 5.668 3.959 6.818 1.870 3.322 0.396 5.034 0.194 1.075 22.209 4.229 2.947 1.382 2.261 4.033 3.261 3.026 1.959 3.338 1.381 1.636 89.235 3.178 3.621 6.634 1.435 3.274 1.364 3.636 1.332 2.017 3.276 1.932 2.371 2.205 1.351 5.497 4.911 6.387 9.409 9.573 9.779 6.499 2.609 12.867 14.153 4.948 nan nan 18.317 8.555 7.472 8.675 nan 2.778 3.059 6.444 6.769 8.109 4.158 10045 chr6 157796789 157803849 + 0 NA Intergenic L1MC5|LINE|L1 -2238 NM_153746 79683 Hs.596214 NM_024630 ENSG00000175048 ZDHHC14 NEW1CP zinc finger DHHC-type containing 14 protein-coding nan 1.851 5.605 1.583 4.606 2.570 0.933 1.656 2.975 0.774 1.428 0.889 0.210 0.872 4.775 3.917 0.881 0.137 1.666 0.605 0.914 0.667 1.312 0.602 3.672 1.039 0.915 0.887 1.651 0.299 2.860 nan 1.084 7.902 0.516 0.962 1.587 2.815 0.148 0.750 1.314 2.818 2.709 1.805 0.975 0.966 1.161 0.675 2.153 4.906 0.302 0.822 3.917 1.312 1.597 3.672 0.311 1.498 0.813 3.394 8.043 0.932 0.801 1.015 0.901 2.530 1.954 1.961 3.324 2.258 3.213 5.994 nan 10.283 3.150 2.975 3.022 0.854 1.275 5.935 6.169 2.930 3.485 0.825 2.247 6.249 6.608 2.055 nan 2.934 1.255 70 chr1 9293925 9336487 + 0 NA intron (NM_004285, intron 3 of 4) L1MB8|LINE|L1 15303 NM_001282587 9563 Hs.463511 NM_004285 ENSG00000049239 H6PD CORTRD1|G6PDH|GDH hexose-6-phosphate dehydrogenase/glucose 1-dehydrogenase protein-coding 1.455 nan 1.283 0.341 0.842 0.217 0.396 0.219 0.385 0.106 0.474 0.671 0.136 0.168 0.401 0.440 0.367 0.159 0.358 0.153 0.338 0.224 0.137 0.158 0.177 0.435 0.296 0.331 0.301 0.120 0.317 nan 0.267 0.806 0.241 0.345 0.027 0.342 0.106 0.157 0.139 0.699 0.346 0.145 0.394 0.116 0.224 0.455 0.497 0.741 0.234 0.432 0.440 0.686 0.714 0.177 0.161 0.288 0.130 0.938 1.140 0.227 0.090 0.210 0.238 0.115 0.075 0.475 0.500 0.595 0.926 1.303 1.364 0.118 0.077 1.500 1.554 0.572 nan nan 6.104 nan 0.742 0.428 0.533 0.163 0.144 0.709 0.904 0.417 0.503 7095 chr20 60919025 60965478 + 0 NA exon (NM_005560, exon 1 of 80) exon (NM_005560, exon 1 of 80) 117 NM_005560 3911 Hs.473256 NM_005560 ENSG00000130702 LAMA5 - laminin subunit alpha 5 protein-coding 1.774 1.824 2.761 4.733 1.074 1.155 1.958 0.460 0.853 3.122 2.386 0.634 2.688 0.647 1.064 1.094 0.727 0.258 2.246 0.898 7.416 0.546 0.337 0.284 1.270 0.796 0.797 1.656 1.957 1.006 6.410 8.362 4.292 6.546 2.765 3.533 0.142 1.774 0.105 0.514 0.508 4.151 4.095 1.815 1.025 1.743 3.007 0.318 5.579 1.724 11.478 1.598 1.094 2.720 1.285 1.270 1.952 1.491 0.352 3.610 2.912 1.272 0.666 0.311 0.599 0.619 0.358 2.721 nan 0.647 1.024 1.896 1.767 2.319 0.705 2.665 2.792 1.627 2.357 2.767 4.072 1.855 1.659 1.195 1.890 0.466 0.515 0.964 1.668 1.493 0.892 11840 chr9 137214389 137224486 + 0 NA intron (NM_002957, intron 1 of 9) intron (NM_002957, intron 1 of 9) 1128 NM_002957 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 1.778 1.558 0.457 0.191 3.890 2.474 0.540 1.009 1.284 1.769 0.856 0.209 0.081 0.035 1.239 1.534 0.175 4.098 1.259 0.357 0.646 0.078 0.023 0.605 2.091 2.332 1.149 5.750 1.109 2.823 7.811 1.530 3.021 1.910 2.798 0.028 1.673 0.083 0.609 0.112 1.199 1.534 0.995 0.667 2.099 3.384 0.414 3.221 1.223 0.533 2.292 1.239 3.610 1.891 0.605 1.709 3.086 0.713 3.007 1.409 2.734 0.303 0.097 0.439 0.445 0.191 0.647 1.214 1.055 1.492 1.245 1.231 nan 0.049 0.570 0.596 0.917 1.341 0.417 0.318 1.884 1.793 0.557 0.966 0.427 0.327 0.251 0.403 0.345 0.348 166 chr1 23969795 23984745 + 0 NA Intergenic Intergenic 23446 NM_001348075 259283 Hs.523369 NM_001348075 MDS2 - myelodysplastic syndrome 2 translocation associated protein-coding 1.305 0.814 nan 0.076 0.235 0.728 0.071 0.182 0.381 0.051 0.095 0.099 0.025 0.027 0.448 0.249 0.258 0.158 0.078 0.013 0.062 0.009 0.228 0.174 0.096 0.047 0.024 0.074 0.089 0.007 0.064 0.295 0.084 0.445 0.039 0.353 0.047 0.124 0.155 0.008 0.094 0.111 0.021 0.042 0.007 0.077 0.071 0.175 0.444 0.095 2.057 0.657 0.249 0.066 0.073 0.096 0.049 0.271 0.272 0.216 0.130 0.047 0.053 0.124 0.021 0.011 0.007 0.353 0.363 0.213 0.315 0.640 0.794 0.728 0.206 0.358 0.386 0.786 1.125 0.753 0.777 0.582 0.485 0.282 0.304 0.178 0.207 0.520 1.340 1.167 0.582 1578 chr10 88838910 88845304 + 0 NA intron (NM_001318906, intron 1 of 13) intron (NM_001318906, intron 1 of 13) 11737 NM_001318902 2746 Hs.500409 NM_005271 ENSG00000148672 GLUD1 GDH|GDH1|GLUD glutamate dehydrogenase 1 protein-coding 0.741 1.006 0.865 1.259 0.358 0.104 3.555 0.101 0.286 0.159 0.881 0.677 2.026 0.093 0.192 0.160 0.513 0.176 2.667 0.563 0.159 0.087 0.097 0.142 0.131 1.265 1.014 0.266 2.594 1.151 3.042 3.503 1.538 0.712 1.771 0.176 0.044 0.102 0.064 0.718 0.086 0.158 0.151 0.157 1.294 2.661 0.346 0.094 0.509 0.280 0.121 0.929 0.160 5.950 6.380 0.131 1.051 0.622 0.088 0.109 0.080 2.444 0.031 0.308 1.056 0.054 0.038 0.300 0.168 0.433 1.172 0.221 0.292 0.737 0.435 0.129 0.131 0.269 0.502 0.519 0.684 0.452 0.370 0.163 0.246 0.235 0.297 0.638 2.405 0.378 0.366 4352 chr16 49525070 49535099 + 0 NA intron (NM_015069, intron 7 of 7) MIRb|SINE|MIR 22412 NR_144553 1596 Hs.684517 NR_144553 ENSG00000260089 ADAM3B CYRN2 ADAM metallopeptidase domain 3B (pseudogene) pseudo 1.242 0.713 3.033 0.073 0.061 0.050 0.043 0.224 0.406 0.010 0.128 0.027 0.018 0.010 0.398 1.530 0.066 0.017 0.068 0.019 0.044 0.028 0.047 0.048 0.155 0.048 0.014 0.052 0.075 0.010 0.032 0.039 0.042 0.195 0.032 0.458 0.066 0.049 0.023 0.268 0.142 0.046 0.093 0.022 0.038 0.057 0.129 0.115 0.015 0.063 0.072 1.530 0.078 0.027 0.155 0.050 0.084 2.648 0.455 0.041 0.039 0.069 0.330 0.008 0.017 0.005 0.464 0.643 0.117 0.079 1.854 2.048 0.551 0.278 0.158 0.135 2.572 2.988 0.339 0.536 5.792 6.937 0.378 0.331 1.172 0.897 0.741 0.855 0.895 0.595 11268 chr8 125714978 125742061 + 0 NA intron (NM_001282971, intron 1 of 14) intron (NM_001282971, intron 1 of 14) 12229 NM_001282971 9788 Hs.336994 NM_014751 ENSG00000170873 MTSS1 MIM|MIMA|MIMB MTSS1, I-BAR domain containing protein-coding nan nan nan 0.192 2.104 1.077 0.103 0.744 1.194 0.201 0.187 0.211 0.069 1.980 1.276 0.443 0.115 0.097 0.355 0.126 0.023 0.062 0.544 0.319 2.575 0.085 0.048 0.046 0.121 0.051 0.219 0.516 0.305 nan 0.038 0.054 0.152 0.149 0.074 0.053 0.653 0.629 0.263 0.214 0.056 0.031 0.089 0.277 0.232 0.201 0.294 0.693 0.443 0.202 0.527 2.575 0.114 0.284 0.541 0.242 0.552 0.032 2.032 0.474 0.033 0.051 0.021 1.849 3.108 0.760 0.724 2.435 2.298 2.692 0.981 nan nan 0.841 1.298 1.679 2.147 1.103 1.190 1.871 3.370 0.503 0.469 0.672 1.212 1.405 0.833 6728 chr2 235032980 235042652 + 0 NA Intergenic CT-rich|Low_complexity|Low_complexity 78470 NM_006944 6694 Hs.444488 NM_006944 ENSG00000072080 SPP2 SPP-24|SPP24 secreted phosphoprotein 2 protein-coding 0.776 nan 0.603 0.164 0.118 0.045 0.575 0.216 0.410 0.020 0.016 0.196 0.019 0.054 0.102 0.268 0.031 0.068 0.109 0.123 0.020 0.065 0.118 0.346 0.220 0.022 0.039 0.035 0.043 0.106 0.478 0.077 0.698 0.405 0.106 0.056 0.125 0.180 0.077 0.087 0.025 0.049 0.045 0.055 0.250 0.308 0.214 0.469 0.040 0.061 0.268 0.094 0.243 0.346 0.040 0.020 0.163 0.100 0.130 0.082 0.056 0.082 0.041 0.069 0.475 0.379 8.160 2.519 0.359 0.369 0.265 0.186 0.191 0.278 0.414 0.572 0.355 nan 0.386 0.171 0.250 0.327 0.081 0.097 0.325 0.863 0.393 0.379 466 chr1 77459933 77472124 + 0 NA intron (NM_001320274, intron 2 of 2) L1PA2|LINE|L1 -59800 NR_106978 102466995 NR_106978 ENSG00000276081 MIR7156 hsa-mir-7156 microRNA 7156 ncRNA nan 0.755 0.807 1.769 0.145 0.046 2.850 0.197 0.212 0.494 0.714 0.479 0.300 0.131 0.153 0.126 0.480 0.105 2.766 1.448 0.434 0.057 0.090 0.061 0.149 1.303 0.981 0.031 3.686 2.147 0.352 0.970 1.475 0.379 1.780 0.109 0.034 0.054 0.084 0.495 0.162 0.740 0.114 0.103 2.646 2.931 0.520 1.114 0.112 0.175 0.039 0.350 0.126 3.691 0.152 0.149 0.499 0.129 0.056 0.038 0.300 1.052 0.081 0.081 0.872 0.875 0.748 0.317 0.254 0.884 2.905 0.327 nan 0.318 0.137 1.689 2.058 0.355 nan 1.297 1.834 0.326 0.136 0.184 0.304 0.072 0.104 0.291 0.436 0.302 0.283 134 chr1 19564204 19580400 + 0 NA intron (NM_001271429, intron 1 of 21) AluSq10|SINE|Alu 5751 NM_001271429 23065 Hs.439200 NM_015047 ENSG00000127463 EMC1 CAVIPMR|KIAA0090 ER membrane protein complex subunit 1 protein-coding 2.290 1.190 nan 1.126 1.663 0.660 0.844 0.604 1.277 0.378 1.123 0.640 0.268 0.643 0.802 1.282 0.516 0.139 0.933 0.434 0.599 0.695 0.445 0.335 0.407 0.599 0.602 0.711 0.850 0.383 1.141 1.856 0.733 1.759 0.668 0.810 0.105 1.080 0.096 0.328 0.491 1.029 0.798 0.442 0.870 0.256 0.683 0.735 0.659 1.241 0.414 0.507 1.282 1.289 1.449 0.407 0.517 0.658 0.456 1.539 0.614 0.581 0.268 1.805 0.348 0.256 0.166 2.026 2.046 1.904 2.688 2.688 3.010 1.708 0.734 3.152 nan 1.713 nan 2.111 2.780 nan 4.051 1.149 1.800 0.843 1.037 3.712 5.690 1.538 0.882 3290 chr13 100601675 100655001 + 0 NA Intergenic Intergenic -4175 NM_033132 85416 Hs.508570 NM_033132 ENSG00000139800 ZIC5 - Zic family member 5 protein-coding 2.926 6.213 2.609 0.168 5.139 3.797 0.708 0.205 0.466 0.085 0.057 0.369 0.071 0.092 2.639 7.791 0.225 0.084 0.721 0.242 0.290 3.951 3.139 1.561 0.267 0.521 0.524 0.344 0.126 0.051 0.175 0.248 0.445 11.310 0.211 0.379 3.199 0.783 0.086 0.207 3.168 2.208 0.972 0.550 0.059 0.047 0.839 0.994 1.143 1.514 0.713 0.075 7.791 0.560 0.789 0.267 0.095 0.057 0.836 1.570 0.450 0.581 0.032 0.046 0.479 0.849 0.653 0.513 0.258 0.710 1.154 5.149 4.491 6.712 2.643 1.372 1.321 1.233 nan 1.666 2.842 1.283 1.893 0.155 0.192 10.758 9.165 0.156 nan 1.252 0.761 4732 chr17 36735638 36764469 + 0 NA intron (NM_025248, intron 1 of 18) intron (NM_025248, intron 1 of 18) 12130 NM_025248 80725 Hs.448872 NM_025248 ENSG00000277363 SRCIN1 P140|SNIP SRC kinase signaling inhibitor 1 protein-coding nan 2.348 2.435 0.566 0.177 1.055 0.303 1.562 2.483 0.318 0.297 0.092 0.056 0.495 1.100 1.164 0.174 0.067 0.223 0.099 0.267 0.442 0.912 0.414 0.747 0.211 0.088 0.328 0.184 0.088 0.424 1.566 0.898 1.800 0.122 0.238 0.353 0.350 0.049 0.172 0.083 0.456 0.129 0.095 0.216 0.194 0.813 0.184 0.851 0.300 0.380 1.252 1.164 0.283 0.231 0.747 0.170 0.428 0.421 1.255 0.463 0.233 0.752 0.693 0.100 0.080 0.030 2.349 4.321 2.157 2.187 nan 1.201 2.192 0.574 4.103 4.029 0.951 1.383 1.663 2.165 nan 1.993 0.968 1.459 1.806 2.130 1.371 2.595 1.295 0.735 7183 chr21 35050232 35060292 + 0 NA intron (NM_001001132, intron 1 of 29) intron (NM_001001132, intron 1 of 29) 40478 NM_003024 6453 Hs.90221 NM_003024 ENSG00000205726 ITSN1 ITSN|SH3D1A|SH3P17 intersectin 1 protein-coding 1.058 0.929 1.293 1.438 0.243 0.055 0.779 0.272 0.598 1.590 0.421 1.082 4.103 0.250 0.576 0.445 0.543 0.128 1.571 0.245 0.359 0.041 0.228 0.206 0.294 0.740 0.311 0.441 0.420 0.449 0.966 2.346 1.407 0.631 0.364 0.930 0.179 0.581 0.089 0.176 0.109 0.350 0.569 0.513 0.108 0.551 0.850 0.291 0.235 0.540 0.110 0.301 0.445 2.173 0.676 0.294 0.377 0.398 0.096 0.127 0.081 0.823 0.097 0.258 0.105 0.727 0.491 0.500 0.435 0.396 0.867 0.505 0.618 0.758 0.482 0.329 0.408 0.857 1.041 0.903 1.415 0.605 0.216 0.220 0.317 0.904 1.433 0.629 1.782 nan 0.841 3717 chr14 78559858 78573242 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -70166 NM_001330195 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding 1.138 0.886 0.764 0.049 0.133 5.214 0.052 0.131 0.279 0.022 0.053 0.013 0.037 0.029 0.823 0.335 0.146 0.073 0.016 0.042 0.057 0.118 0.138 0.108 0.031 0.022 0.011 0.058 0.016 0.078 0.167 0.153 0.860 0.044 0.077 0.220 0.040 0.148 0.009 0.266 0.112 0.022 0.006 0.015 0.046 0.133 0.193 0.065 0.111 0.012 0.050 0.335 0.032 0.028 0.108 0.018 0.031 0.051 0.061 0.023 0.053 0.015 0.065 0.023 0.028 0.012 0.251 0.140 0.189 0.150 0.466 0.522 1.527 0.417 0.143 0.202 0.191 0.354 0.683 nan 0.838 0.963 0.077 0.145 1.533 1.156 0.195 0.209 4.175 nan 6782 chr20 303791 311334 + 0 NA 3' UTR (NM_006943, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_006943, exon 1 of 1) 1347 NM_006943 6666 Hs.43627 NM_006943 ENSG00000177732 SOX12 SOX22 SRY-box 12 protein-coding 5.514 4.555 3.596 2.248 5.243 2.921 0.849 1.923 3.746 1.570 7.071 1.814 1.258 2.178 7.624 3.922 1.201 0.170 2.686 1.027 2.711 6.530 1.616 0.842 3.267 1.744 2.358 4.044 1.502 1.142 2.589 3.411 0.662 11.850 1.128 3.900 1.247 4.080 0.107 1.111 2.128 5.395 3.483 1.674 1.836 1.148 2.066 2.271 7.382 6.008 2.043 2.810 3.922 4.131 3.245 3.267 0.747 1.782 1.642 6.324 4.545 3.119 3.121 3.018 2.313 2.184 1.079 5.540 7.193 2.500 3.568 4.747 3.087 7.529 2.262 8.770 9.319 3.464 5.047 7.749 9.968 7.963 10.450 2.264 5.156 4.953 3.032 6.625 7.121 1.640 0.660 8192 chr3 196224950 196231576 + 0 NA intron (NM_152617, intron 1 of 5) L1MB5|LINE|L1 2376 NM_152617 165918 Hs.250648 NM_152617 ENSG00000163961 RNF168 hRNF168 ring finger protein 168 protein-coding nan 3.766 1.700 4.284 4.043 4.625 4.054 3.466 5.566 1.151 2.014 2.915 0.908 0.530 3.282 2.375 4.052 1.183 3.447 1.088 2.432 1.026 3.071 2.085 4.445 5.728 5.225 1.696 4.677 1.704 2.090 nan 1.063 nan 1.415 3.466 0.930 1.897 0.159 0.876 2.459 5.211 5.477 2.596 2.245 1.951 6.755 3.345 2.207 5.327 1.619 4.777 2.375 3.378 3.466 4.445 1.190 1.164 0.857 2.586 1.024 3.223 2.839 2.281 2.556 1.872 1.271 2.801 3.217 4.048 5.426 6.055 4.934 5.426 1.886 7.815 7.846 3.782 4.910 3.497 5.289 7.012 8.168 2.371 6.690 4.118 4.584 4.967 5.454 2.549 1.276 10596 chr7 108081725 108103532 + 0 NA intron (NM_001193584, intron 1 of 28) L1MA9|LINE|L1 4213 NM_001193584 4897 Hs.21422 NM_005010 ENSG00000091129 NRCAM - neuronal cell adhesion molecule protein-coding nan 1.534 1.793 0.076 1.738 2.131 0.114 0.966 1.856 0.013 1.118 1.087 0.051 0.051 1.866 0.961 0.219 0.123 0.091 0.043 0.014 0.006 0.846 0.560 2.459 0.028 0.003 0.021 0.141 0.010 0.199 0.285 0.623 2.153 0.080 1.505 0.658 0.162 0.159 0.043 0.867 0.118 0.041 0.061 0.030 0.056 0.397 0.196 1.195 0.198 0.087 0.061 0.961 0.139 0.030 2.459 0.202 0.106 1.101 0.118 0.672 0.083 0.994 0.175 0.049 0.021 0.014 0.624 0.674 0.696 0.680 3.411 2.674 3.214 1.157 2.401 2.393 1.329 1.899 1.939 2.540 1.342 1.657 0.954 1.995 2.307 2.961 0.765 nan 2.481 1.560 2196 chr11 95961573 96001126 + 0 NA intron (NM_032427, intron 1 of 4) AluSx1|SINE|Alu -93253 NR_036125 100422991 NR_036125 ENSG00000266192 MIR1260B mir-1260b microRNA 1260b ncRNA 1.079 nan 0.832 0.580 0.178 0.711 1.000 0.329 0.600 0.726 1.113 1.047 0.543 0.051 0.450 0.821 0.557 0.072 0.854 0.474 0.047 0.028 0.286 0.193 0.076 0.959 0.609 0.145 0.810 0.480 0.628 2.040 1.389 0.682 0.899 0.639 0.310 2.274 0.178 0.586 0.150 0.871 0.356 0.167 0.841 0.605 1.910 1.666 0.269 0.580 0.116 1.024 0.821 0.835 1.433 0.076 0.380 0.379 0.184 0.056 0.046 0.607 0.161 0.714 0.535 0.572 0.643 0.754 0.729 1.076 nan 1.079 0.889 0.355 0.140 0.867 0.877 1.908 2.501 0.186 0.199 1.285 0.823 0.331 0.604 1.317 1.734 1.037 nan 0.618 0.582 1323 chr10 11938060 11944574 + 0 NA Intergenic Intergenic -4608 NR_038222 219731 Hs.576787 NR_038222 ENSG00000225778 PROSER2-AS1 - PROSER2 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.655 0.566 0.932 0.106 0.017 2.511 0.123 0.275 0.833 0.418 0.139 0.096 0.031 0.109 0.175 0.184 0.125 0.485 0.374 0.129 0.028 0.047 0.088 0.258 0.751 0.368 0.214 0.587 1.206 0.246 0.410 0.131 0.204 0.314 0.070 0.043 0.034 0.049 0.018 0.037 1.499 8.366 3.207 2.277 0.189 2.543 0.183 0.386 0.197 0.062 1.277 0.175 0.887 0.057 0.258 0.339 0.404 0.269 0.047 1.348 0.105 0.038 0.767 6.962 6.409 0.446 0.475 0.495 1.313 0.192 0.258 2.242 0.624 0.196 0.140 0.165 0.323 0.358 0.557 0.269 0.120 0.147 0.150 0.153 0.265 0.073 0.160 0.371 0.246 7296 chr22 18883341 18886521 + 0 NA Intergenic L1PA16|LINE|L1 -2987 NR_136571 100996432 Hs.631668 NR_136571 LINC01663 - long intergenic non-protein coding RNA 1663 ncRNA 2.899 nan 3.155 0.610 0.463 0.400 0.545 0.609 0.970 0.029 1.831 0.148 0.664 0.439 0.083 0.608 1.195 1.363 0.999 0.598 0.873 0.045 0.396 0.550 1.996 0.109 0.113 0.118 1.625 0.067 2.775 nan 1.004 0.734 17.351 1.205 0.658 0.648 1.905 0.073 0.074 0.277 0.094 0.123 0.516 0.290 1.281 0.719 0.896 0.134 0.149 0.434 0.608 3.163 0.145 1.996 0.419 0.362 0.127 0.064 0.120 0.653 0.234 0.258 0.036 1.443 1.862 1.001 2.047 1.086 1.472 1.105 0.424 0.881 0.869 2.034 3.176 2.440 2.224 1.943 0.575 1.575 3.035 1.010 1.613 0.780 1.007 1.297 0.944 1455 chr10 43889698 43919674 + 0 NA promoter-TSS (NM_004966) promoter-TSS (NM_004966) 10 NM_001098204 3185 Hs.808 NM_004966 ENSG00000169813 HNRNPF HNRPF|OK/SW-cl.23|mcs94-1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F protein-coding 2.758 nan 2.991 2.317 3.285 1.582 2.893 2.211 4.091 0.812 3.481 0.935 0.580 1.244 1.284 1.800 1.556 0.313 2.322 0.744 2.176 2.106 1.037 0.515 2.718 1.421 1.645 0.820 3.433 1.284 2.827 5.991 1.577 4.451 0.844 2.642 0.592 2.225 0.119 1.164 1.258 4.859 3.471 1.438 1.779 1.006 2.855 2.134 2.790 3.373 2.399 2.161 1.800 3.880 2.840 2.718 1.469 1.363 0.217 3.294 1.087 2.111 1.003 1.090 3.027 2.893 1.971 3.577 3.310 3.208 4.979 3.501 2.898 3.213 1.592 6.481 6.468 1.617 2.211 3.461 5.763 1.297 1.192 1.766 3.148 2.895 2.894 3.025 3.055 1.298 0.762 6868 chr20 19376221 19390547 + 0 NA intron (NM_020689, intron 2 of 16) Plat_L3|LINE|CR1 -118144 NR_024564 100130264 Hs.683814 NR_024564 ENSG00000179447 LOC100130264 - uncharacterized LOC100130264 ncRNA 0.802 nan 0.759 0.015 0.183 0.039 0.035 0.123 0.273 0.174 0.104 0.006 3.867 0.043 0.043 0.163 0.121 0.045 0.008 0.022 0.039 0.135 0.110 0.067 0.010 0.005 0.076 0.007 0.135 0.440 1.480 0.365 0.075 0.052 0.013 0.015 0.081 0.017 0.017 0.097 0.021 0.011 0.023 0.005 0.061 0.059 0.080 0.030 0.022 0.102 0.163 0.045 0.013 0.067 0.235 0.843 0.041 0.020 0.029 0.031 0.041 0.070 0.016 0.024 0.007 0.560 0.258 0.107 0.262 0.387 0.488 0.169 0.110 0.210 0.197 0.375 0.451 1.008 0.719 0.574 0.312 0.117 0.198 0.058 0.092 0.121 0.268 0.704 0.509 4658 chr17 25702557 25714089 + 0 NA Intergenic Intergenic -36708 NR_033892 440419 Hs.385755 NR_033892 ENSG00000266433 TBC1D3P5 - TBC1 domain family member 3 pseudogene 5 pseudo nan nan nan 0.273 0.069 0.114 2.392 0.236 0.429 0.058 0.838 0.922 0.021 0.009 0.093 0.089 2.054 0.312 0.524 0.592 0.367 0.048 0.081 0.050 0.103 2.443 1.543 0.045 0.724 0.662 0.863 2.255 0.259 0.848 1.482 0.534 0.008 0.169 0.102 1.474 0.056 1.717 0.986 0.628 0.588 0.247 0.265 10.402 0.511 1.519 1.023 0.739 0.089 0.296 2.802 0.103 0.754 0.183 0.101 1.232 0.193 0.799 0.274 0.119 0.225 0.145 0.119 0.919 0.946 0.545 0.748 0.354 0.363 0.828 0.193 0.693 0.606 0.200 0.372 0.217 0.336 0.729 0.540 0.881 0.954 0.120 0.140 0.262 nan 0.535 0.571 10012 chr6 150166320 150190648 + 0 NA intron (NM_032832, intron 1 of 6) AluJb|SINE|Alu -6150 NR_045126 100652739 Hs.642734 NR_045126 ENSG00000223701 RAET1E-AS1 RAET1G-AS1 RAET1E antisense RNA 1 ncRNA nan 1.842 1.409 1.942 1.491 0.701 2.254 0.437 0.706 1.028 0.853 1.736 1.386 0.576 0.851 1.196 0.782 0.205 2.212 0.734 1.881 0.382 0.337 0.207 1.309 1.117 0.888 0.415 1.654 0.754 3.497 nan 2.451 2.886 0.936 1.388 0.410 0.607 0.145 1.058 0.439 1.405 2.296 1.131 2.036 2.000 2.078 0.790 1.359 2.067 0.223 1.204 1.196 2.868 3.812 1.309 0.972 1.685 0.281 1.865 0.819 1.061 0.370 0.061 1.527 0.566 0.310 1.099 1.111 0.871 1.673 1.915 nan 5.071 1.749 0.843 0.815 0.725 0.911 1.548 2.260 1.055 1.015 0.655 1.063 1.506 1.838 0.553 nan 0.832 0.581 5638 chr19 37281577 37289811 + 0 NA Intergenic Intergenic -2758 NR_040027 284408 Hs.570010 NR_040027 ENSG00000267254 ZNF790-AS1 - ZNF790 antisense RNA 1 ncRNA 1.538 0.915 0.964 0.044 3.044 0.305 0.507 0.566 0.681 0.222 0.585 0.042 1.491 0.087 1.415 0.562 0.185 0.214 5.180 1.793 0.008 0.017 0.360 0.301 1.685 0.631 0.475 0.045 0.106 0.116 0.860 1.281 0.300 0.552 1.264 0.461 0.092 2.467 0.218 0.057 0.076 0.553 0.841 0.539 0.040 0.218 0.140 0.818 0.174 2.468 0.048 0.016 0.562 7.409 0.315 1.685 0.015 0.080 0.141 0.536 0.037 0.691 0.252 0.072 0.546 0.362 0.497 0.417 0.070 0.116 0.892 0.784 0.590 0.110 3.382 3.645 0.170 0.367 1.327 2.073 nan 1.500 0.674 0.978 0.124 0.104 0.882 0.741 1.288 0.779 9001 chr5 72407710 72418847 + 0 NA Intergenic MLT1F1|LTR|ERVL-MaLR -3110 NM_001161342 134285 Hs.162246 NM_173490 ENSG00000157111 TMEM171 PRP2 transmembrane protein 171 protein-coding 0.843 nan 0.752 1.649 1.293 0.341 2.602 0.160 0.302 0.119 0.148 0.581 0.033 0.053 0.568 0.140 0.280 0.101 0.879 0.593 0.126 0.012 0.492 0.202 0.303 1.609 1.109 0.152 0.798 3.463 0.354 0.962 0.168 1.811 0.212 0.083 0.076 0.254 0.141 0.873 0.077 3.022 0.352 0.211 0.390 0.062 1.518 0.228 0.249 0.371 0.126 0.131 0.140 0.300 0.126 0.303 0.142 0.126 0.023 0.340 0.476 0.189 0.169 0.243 0.089 0.088 0.073 0.634 0.892 0.671 0.822 0.442 0.447 nan 0.492 0.145 0.193 0.163 nan 1.600 1.885 0.586 0.282 0.320 0.493 1.002 0.782 0.465 1.113 1.371 0.877 3560 chr14 55516197 55521753 + 0 NA intron (NM_144578, intron 1 of 3) intron (NM_144578, intron 1 of 3) 613 NM_144578 93487 Hs.594338 NM_144578 ENSG00000168175 MAPK1IP1L C14orf32|MISS|c14_5346 mitogen-activated protein kinase 1 interacting protein 1 like protein-coding nan nan 4.912 3.048 5.792 6.214 1.855 2.595 4.919 0.895 2.650 1.361 2.366 1.382 3.729 3.651 2.834 0.290 2.893 0.958 3.688 1.447 1.328 0.788 4.590 2.924 2.936 1.058 3.561 1.670 3.846 6.074 4.004 9.681 1.575 3.659 1.699 3.663 0.223 1.594 3.090 2.766 3.352 1.665 2.349 1.546 2.144 2.823 3.297 2.663 1.902 2.944 3.651 5.839 2.634 4.590 2.043 1.539 1.298 5.482 3.107 2.361 1.440 1.441 3.096 1.047 0.654 5.119 4.201 6.950 8.645 9.621 7.711 8.521 4.630 15.253 16.825 3.435 4.160 7.022 10.727 8.842 9.818 3.308 5.619 9.038 10.221 5.013 4.331 nan 1.309 10714 chr7 141157969 141175741 + 0 NA intron (NM_001195278, intron 3 of 3) intron (NM_001195278, intron 3 of 3) -84223 NM_018238 55750 Hs.743318 NM_018238 ENSG00000006530 AGK CATC5|CTRCT38|MTDPS10|MULK acylglycerol kinase protein-coding 0.902 0.762 0.654 0.040 1.427 1.861 0.048 0.524 1.254 0.016 0.056 0.082 0.010 0.056 2.494 0.546 0.135 0.108 0.077 0.043 0.094 1.235 0.269 0.877 0.004 0.036 0.050 0.109 0.008 0.068 0.082 0.114 6.418 0.016 0.067 0.076 0.090 0.134 0.067 0.242 0.150 0.020 0.013 0.012 0.043 0.065 0.163 0.041 0.056 0.031 0.071 0.546 0.069 0.036 0.877 0.007 0.074 0.044 0.089 0.085 0.045 0.438 0.098 0.013 0.032 0.023 0.492 0.698 0.213 0.341 0.407 0.536 3.640 0.953 0.479 0.418 0.495 0.689 1.032 0.789 0.344 0.195 1.175 1.328 0.337 0.307 0.212 0.451 2.008 nan 1134 chr1 219631585 219664347 + 0 NA intron (NR_135822, intron 1 of 3) intron (NR_135822, intron 1 of 3) 82700 NR_135822 102723886 Hs.525963 NR_135822 LOC102723886 - uncharacterized LOC102723886 ncRNA 1.091 1.156 1.130 0.070 0.169 0.019 0.052 0.234 0.360 0.015 0.089 0.174 0.010 0.027 0.054 0.235 0.311 0.187 0.084 0.012 0.027 3.934 0.183 0.123 0.061 0.013 0.025 0.027 0.056 0.019 0.076 0.149 0.102 nan 0.031 0.133 0.038 0.043 0.113 0.007 0.053 0.036 0.018 0.019 0.027 0.023 0.102 0.135 0.084 0.033 0.072 0.059 0.235 0.061 0.037 0.061 0.049 0.046 0.018 0.042 0.053 0.026 0.033 0.178 0.023 0.018 0.017 0.378 0.223 0.371 0.636 0.398 0.442 nan 0.163 0.389 0.359 0.168 nan 0.244 0.260 0.363 0.149 0.053 0.106 0.138 0.200 0.357 0.562 0.580 0.531 10191 chr7 16327866 16345429 + 0 NA intron (NM_001101426, intron 5 of 9) intron (NM_001101426, intron 5 of 9) 86536 NR_038947 100506025 Hs.649029 NR_038946 ENSG00000229688 ISPD-AS1 - ISPD antisense RNA 1 ncRNA nan 1.007 nan 0.281 0.120 0.019 0.093 0.064 0.189 0.070 0.163 0.063 0.593 0.036 0.040 0.065 0.140 0.037 0.138 0.011 0.018 0.134 0.122 0.061 0.036 0.029 0.004 0.104 0.030 0.245 0.786 0.316 0.265 0.126 0.100 0.011 0.075 0.142 0.080 0.036 0.079 0.017 0.018 0.037 0.092 0.222 0.097 0.065 0.032 0.014 0.019 0.065 0.045 0.182 0.061 0.112 0.518 0.022 0.036 0.145 0.045 1.170 0.211 0.125 0.016 0.003 nan 0.645 6.137 9.555 0.379 0.389 0.179 0.079 0.608 0.726 0.466 0.720 0.306 0.385 0.278 0.138 0.393 1.208 0.072 0.077 0.513 1.569 0.457 0.552 3853 chr14 106089200 106100550 + 0 NA Intergenic Intergenic 7422 NR_107059 102466889 NR_107059 ENSG00000277030 MIR8071-2 hsa-mir-8071-2 microRNA 8071-2 ncRNA 1.119 0.701 2.340 0.045 0.171 8.841 0.048 0.128 0.196 0.009 0.028 0.032 0.022 0.106 0.047 0.147 0.079 0.156 0.055 0.017 0.034 0.012 0.054 0.091 0.084 0.031 0.063 0.026 0.054 0.057 0.376 0.092 0.327 0.039 0.153 0.083 0.062 0.076 0.085 0.097 0.032 0.027 0.010 0.083 0.059 0.173 0.079 0.044 0.007 0.101 0.147 0.062 0.008 0.084 0.059 0.092 0.258 0.072 0.009 0.014 0.070 0.027 0.020 0.009 0.266 0.448 0.099 0.135 0.342 0.408 0.271 0.140 0.069 0.068 0.154 0.359 0.103 0.112 0.430 0.267 0.344 0.338 0.221 0.320 0.059 0.052 0.128 0.146 4131 chr15 90637202 90650818 + 0 NA promoter-TSS (NM_001289910) promoter-TSS (NM_001289910) -157 NM_001289910 3418 Hs.596461 NM_002168 ENSG00000182054 IDH2 D2HGA2|ICD-M|IDH|IDHM|IDP|IDPM|mNADP-IDH isocitrate dehydrogenase (NADP(+)) 2, mitochondrial protein-coding nan nan nan 0.631 1.565 0.998 0.257 0.951 1.875 0.687 0.745 0.622 1.034 0.621 2.971 1.398 0.948 0.382 0.451 0.167 1.045 0.132 1.971 0.872 2.769 0.516 0.319 0.920 0.389 0.108 0.624 1.800 0.765 7.923 0.260 0.515 0.420 0.590 0.084 0.085 2.152 0.453 0.263 0.195 0.167 0.150 1.888 0.788 1.315 0.748 1.879 1.056 1.398 0.808 0.283 2.769 0.341 0.833 0.675 1.111 2.814 0.463 1.028 0.282 0.524 0.148 0.097 2.292 2.568 2.323 3.262 3.082 2.401 nan 0.761 3.130 3.146 1.387 2.082 5.805 6.230 nan 3.437 2.183 3.219 1.757 1.791 0.906 nan 1.069 0.690 4455 chr16 77320823 77338584 + 0 NA intron (NM_001326358, intron 18 of 22) intron (NM_001326358, intron 18 of 22) 96409 NM_001129979 100130958 Hs.734779 NM_001129979 ENSG00000205078 SYCE1L MRP2 synaptonemal complex central element protein 1 like protein-coding 0.663 0.737 nan 0.089 0.568 0.130 0.064 0.561 1.065 0.032 0.256 0.626 0.007 0.676 0.091 0.350 0.195 0.126 0.410 0.480 8.676 0.016 0.220 0.110 1.008 0.004 0.012 0.020 0.530 0.000 0.096 0.397 0.186 0.435 0.421 0.100 0.043 0.069 0.165 0.040 2.364 0.220 0.140 0.044 0.069 0.660 0.108 0.165 0.323 0.031 0.048 0.350 0.258 0.038 1.008 0.124 0.023 0.017 2.578 0.023 0.749 0.044 0.105 0.025 0.472 0.371 0.412 0.281 0.166 0.185 0.427 0.517 0.418 0.203 0.164 0.189 0.081 0.172 0.487 0.722 0.391 0.216 0.185 0.231 0.076 0.071 0.171 0.357 0.664 0.564 5201 chr18 21655113 21670546 + 0 NA intron (NM_153211, intron 5 of 13) intron (NM_153211, intron 5 of 13) -30488 NM_001292030 125488 Hs.128576 NM_153211 ENSG00000168234 TTC39C C18orf17|HsT2697 tetratricopeptide repeat domain 39C protein-coding 1.205 1.093 1.962 0.206 0.601 0.080 0.260 0.322 0.779 0.012 0.309 0.684 0.008 0.641 0.184 1.034 0.530 0.229 0.151 0.061 0.069 0.027 1.479 0.866 1.862 0.113 0.080 0.207 0.061 0.050 0.140 0.500 0.237 0.498 0.077 1.063 0.651 0.063 0.078 0.077 0.190 0.150 0.082 0.091 0.078 0.040 0.175 0.188 0.580 0.175 0.338 0.400 1.034 0.105 0.143 1.862 0.166 0.557 0.251 0.521 2.256 0.135 0.038 0.302 0.182 0.160 0.092 0.404 0.489 0.319 nan 0.819 0.887 8.626 2.533 0.155 0.207 0.333 0.495 1.171 0.894 0.909 0.733 0.189 0.270 3.600 5.161 0.427 1.435 2.205 1.754 5595 chr19 29032046 29062365 + 0 NA intron (NR_110759, intron 5 of 9) MLT1K|LTR|ERVL-MaLR -50390 NR_135636 102724908 NR_135636 ENSG00000266976 LOC102724908 - uncharacterized LOC102724908 ncRNA nan 0.536 0.471 0.039 0.075 0.029 0.038 0.112 0.216 0.022 0.076 0.067 0.001 0.023 0.052 0.102 0.079 0.059 0.045 0.006 0.021 0.005 0.051 0.077 0.041 0.005 0.014 0.005 0.077 0.004 0.053 0.084 0.068 4.606 0.014 0.048 0.024 0.057 0.098 0.004 0.010 0.103 0.027 0.021 0.007 0.026 0.057 0.131 0.156 0.106 0.011 0.035 0.102 0.057 0.006 0.041 0.008 0.046 0.051 0.062 0.014 0.015 0.083 0.049 0.032 0.013 0.201 0.119 0.195 0.245 0.162 0.192 0.155 0.064 0.094 0.096 0.176 0.278 0.139 0.153 0.227 0.097 0.255 0.292 0.060 0.082 0.141 0.170 1.614 0.966 11275 chr8 127408251 127450275 + 0 NA Intergenic Intergenic 91523 NR_125421 101927657 Hs.552133 NR_125421 ENSG00000244791 LOC101927657 - uncharacterized LOC101927657 ncRNA nan nan nan 1.040 1.766 0.035 1.744 0.133 0.284 0.215 0.143 0.065 0.027 0.288 0.325 0.383 0.103 0.130 1.164 0.717 0.169 0.017 0.434 0.394 3.608 0.587 0.356 0.063 0.955 1.138 1.246 2.781 1.164 nan 0.958 0.046 0.304 0.034 0.077 0.578 0.055 0.422 0.541 0.278 1.044 0.421 0.576 0.238 0.105 0.132 0.477 1.510 0.383 2.208 1.176 3.608 0.357 0.305 0.032 0.158 0.191 0.565 0.040 0.301 0.024 0.033 0.017 0.332 0.224 0.331 0.789 5.022 6.014 2.311 0.939 nan nan 5.117 8.066 1.899 2.123 81.139 62.761 0.146 0.226 1.057 0.694 0.451 1.261 1.992 1.071 8709 chr5 1367818 1394781 + 0 NA Intergenic Intergenic -1111 NR_125810 100506791 Hs.146092 NR_125810 ENSG00000250584 LINC01511 - long intergenic non-protein coding RNA 1511 ncRNA 0.778 1.721 8.650 0.105 1.099 0.944 0.252 0.137 0.340 0.021 0.085 0.072 0.025 0.248 0.552 0.259 0.138 0.152 1.313 0.520 0.037 0.051 0.219 0.192 0.888 0.288 0.198 0.098 0.510 0.152 0.463 1.418 0.452 1.428 0.304 0.101 0.117 0.313 0.128 0.061 0.126 0.111 0.107 0.087 0.093 0.129 0.121 0.235 0.252 0.129 0.231 0.327 0.259 1.506 0.052 0.888 0.225 0.147 0.717 0.086 0.608 0.524 0.062 0.281 0.023 0.026 0.019 0.968 0.923 0.231 nan 2.700 2.187 2.686 0.719 0.099 0.123 1.386 2.199 nan 1.428 nan 1.277 0.285 0.364 0.983 0.920 0.174 0.252 1.408 nan 1377 chr10 21447780 21465812 + 0 NA intron (NM_213569, intron 2 of 6) intron (NM_213569, intron 2 of 6) -6123 NR_046283 100128511 Hs.635827 NR_046283 ENSG00000231920 NEBL-AS1 - NEBL antisense RNA 1 ncRNA 0.952 3.488 0.599 0.234 4.070 0.022 0.772 0.704 1.246 0.371 0.189 0.254 0.328 0.133 0.966 0.249 0.175 0.153 0.967 0.304 0.901 0.076 0.849 0.300 1.492 0.849 0.678 0.078 0.631 0.398 0.931 1.440 1.071 1.889 0.610 0.638 0.412 1.877 0.115 0.270 1.595 0.092 0.067 0.078 0.109 0.524 0.624 0.122 1.151 0.107 0.429 1.612 0.249 1.721 0.025 1.492 0.650 1.121 0.092 0.754 0.805 0.407 0.940 0.013 0.051 3.124 2.575 0.530 0.485 1.435 2.485 1.613 1.224 6.351 3.036 0.303 0.250 0.178 0.192 2.602 4.062 0.316 0.189 1.145 2.048 2.095 2.571 0.120 0.180 1.099 0.697 4663 chr17 26821587 26841914 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -19209 NM_003593 8456 Hs.58611 NM_003593 ENSG00000109101 FOXN1 FKHL20|RONU|WHN forkhead box N1 protein-coding nan nan nan 0.084 0.151 0.117 0.126 0.213 0.348 0.028 0.133 0.046 0.003 0.029 0.357 0.176 0.095 0.040 0.132 0.037 0.056 0.055 0.077 0.066 0.153 0.124 0.032 0.077 0.102 0.057 0.233 1.481 0.153 2.319 0.047 0.105 0.042 0.069 0.094 0.017 0.063 0.171 0.073 0.042 0.032 0.045 0.161 0.159 0.282 0.019 0.031 0.264 0.176 0.151 0.022 0.153 0.054 0.222 1.959 0.172 0.059 0.060 0.183 1.872 0.022 0.014 0.017 0.743 0.771 0.283 0.511 0.517 0.484 1.055 0.295 0.437 0.428 0.314 0.562 1.390 1.246 7.131 7.448 0.822 0.918 0.412 0.294 1.357 nan 1.481 0.889 7175 chr21 33822253 33854749 + 0 NA intron (NR_104472, intron 2 of 6) AluY|SINE|Alu 53756 NR_104472 59271 Hs.208358 NM_058187 ENSG00000166979 EVA1C B18|B19|C21orf63|C21orf64|FAM176C|PRED34|SUE21 eva-1 homolog C protein-coding 0.872 0.629 1.001 0.216 0.113 0.076 0.356 0.137 0.256 0.006 1.506 1.774 0.013 0.040 0.058 0.178 0.438 0.111 0.033 0.023 3.603 0.021 0.053 0.106 0.125 0.209 0.105 0.155 0.056 0.055 0.180 0.878 0.398 0.690 0.103 2.648 0.035 0.037 0.088 0.073 0.095 2.859 0.401 0.200 1.127 0.064 0.105 0.192 2.286 0.081 0.213 1.165 0.178 0.048 0.040 0.125 0.660 2.000 0.143 0.187 0.028 0.049 0.065 0.110 0.902 2.285 2.286 0.560 0.546 0.499 0.609 0.374 0.403 0.273 0.146 0.395 0.452 0.312 0.591 0.253 0.327 0.734 0.533 0.232 0.358 0.105 0.120 0.242 0.399 nan 0.636 185 chr1 26593543 26634601 + 0 NA intron (NM_001077262, intron 4 of 10) intron (NM_001077262, intron 4 of 10) 7859 NM_031286 83442 Hs.109051 NM_031286 ENSG00000142669 SH3BGRL3 HEL-S-297|SH3BP-1|TIP-B1 SH3 domain binding glutamate rich protein like 3 protein-coding 1.863 1.161 nan 0.934 0.912 3.298 0.959 0.393 0.631 0.269 1.460 1.064 0.116 0.264 0.669 0.763 0.233 0.106 1.259 0.832 0.472 0.158 0.193 0.135 0.216 0.742 0.686 0.355 1.501 0.712 0.633 1.489 0.607 1.646 0.663 0.508 0.065 0.456 0.102 0.653 1.345 1.377 0.579 0.334 0.983 0.729 0.554 0.543 0.412 0.774 0.164 0.326 0.763 1.280 2.790 0.216 0.245 0.274 0.619 0.803 0.247 0.957 0.150 0.591 0.770 0.247 0.169 0.580 0.874 0.706 1.378 1.652 1.745 0.933 0.371 0.785 0.860 1.208 1.907 1.404 1.837 1.372 1.580 0.573 0.696 0.361 0.414 1.372 2.352 0.864 0.535 10202 chr7 17336308 17366532 + 0 NA intron (NM_001621, intron 2 of 10) intron (NM_001621, intron 2 of 10) 13144 NM_001621 196 Hs.171189 NM_001621 ENSG00000106546 AHR bHLHe76 aryl hydrocarbon receptor protein-coding nan 1.496 nan 1.977 0.304 0.149 0.427 0.170 0.435 0.738 0.875 0.693 0.108 0.561 0.301 0.586 1.040 0.139 0.577 0.220 2.902 0.014 0.302 0.267 0.153 1.405 0.933 0.095 1.702 0.265 2.907 3.675 3.299 1.528 0.460 1.102 0.019 0.179 0.199 0.726 0.028 0.749 0.172 0.106 1.001 0.630 1.215 0.446 0.738 0.344 1.527 1.944 0.586 0.625 0.777 0.153 0.603 1.166 0.045 0.752 0.561 1.283 0.033 0.115 0.849 0.063 0.024 nan 0.499 0.714 1.237 0.786 0.743 1.128 0.425 1.272 1.270 0.195 0.338 0.949 1.225 0.328 0.182 0.118 0.255 0.124 0.137 0.391 0.788 0.872 0.677 5122 chr18 3491058 3531245 + 0 NA intron (NM_001003809, intron 7 of 9) intron (NM_001003809, intron 7 of 9) 44903 NR_110429 100505592 Hs.635114 NR_110428 ENSG00000266835 GAPLINC LINC01540 gastric adenocarcinoma associated, positive CD44 regulator, long intergenic non-coding RNA ncRNA 1.497 1.879 1.608 0.104 0.442 3.391 0.100 0.295 0.504 0.059 0.297 0.259 0.103 0.170 0.369 0.156 0.157 0.088 0.167 0.061 0.105 0.332 0.380 0.309 1.998 0.208 0.094 0.094 0.089 0.034 0.296 1.232 0.235 nan 0.183 0.097 0.230 1.977 0.186 0.018 1.078 0.233 0.070 0.037 0.033 0.062 0.156 0.188 0.440 0.200 0.079 0.225 0.156 0.121 0.085 1.998 0.064 0.243 0.208 2.170 0.699 0.130 0.622 0.220 0.046 0.020 0.013 1.111 0.730 1.652 2.146 2.380 2.351 nan 0.141 0.481 0.499 0.697 nan 1.992 2.581 nan 0.667 0.577 0.916 1.018 1.429 0.432 nan nan 1.349 5547 chr19 13707925 13772318 + 0 NA Intergenic Intergenic -102453 NM_001320565 81576 Hs.24998 NM_030818 ENSG00000104957 CCDC130 - coiled-coil domain containing 130 protein-coding 1.874 2.345 1.876 0.076 3.257 1.265 0.213 1.882 3.576 0.022 0.085 0.081 0.014 0.867 0.575 1.492 0.135 0.160 0.086 0.065 0.087 0.032 1.970 1.195 4.509 0.141 0.090 0.036 0.117 0.011 0.090 nan 0.079 4.010 0.030 0.049 1.250 0.065 0.067 0.029 0.292 0.116 0.035 0.027 0.044 0.106 0.087 0.440 0.091 0.154 0.427 0.060 1.492 0.068 0.059 4.509 0.031 0.070 0.580 0.108 1.519 0.341 0.194 0.086 0.103 0.044 0.042 0.209 0.155 0.178 0.258 5.216 5.606 7.953 3.496 0.176 0.174 0.289 0.537 8.549 8.636 2.691 2.245 0.154 0.140 3.480 4.216 0.402 0.989 3.691 1.520 11179 chr8 103724116 103760650 + 0 NA Intergenic Intergenic -74253 NM_005655 7071 Hs.435001 NM_005655 ENSG00000155090 KLF10 EGR-alpha|EGRA|TIEG|TIEG1 Kruppel like factor 10 protein-coding 1.705 nan nan 0.183 0.561 0.549 1.471 0.325 0.574 0.197 1.170 0.934 0.015 0.143 0.175 0.302 0.891 0.211 0.447 0.275 0.105 0.042 0.138 0.093 0.276 0.785 0.437 0.113 0.217 0.325 0.362 1.937 0.472 1.003 0.577 0.874 0.058 0.098 0.062 0.272 0.181 0.226 0.174 0.128 0.300 0.584 0.368 0.436 1.172 0.474 0.124 0.761 0.302 0.485 0.210 0.276 0.244 0.324 0.184 0.428 2.677 0.323 0.082 0.469 0.309 0.038 0.029 0.345 0.382 0.242 0.361 0.858 1.012 nan 0.485 0.629 0.643 0.592 nan 3.192 nan nan 0.817 0.359 0.429 0.317 0.415 0.687 nan 1.800 0.974 8433 chr4 77114663 77141308 + 0 NA intron (NM_005506, intron 1 of 11) intron (NM_005506, intron 1 of 11) 7067 NM_005506 950 Hs.349656 NM_005506 ENSG00000138760 SCARB2 AMRF|CD36L2|EPM4|HLGP85|LGP85|LIMP-2|LIMPII|SR-BII scavenger receptor class B member 2 protein-coding 2.342 1.529 2.328 0.656 2.627 2.237 1.254 1.157 2.248 0.198 1.320 1.054 0.117 1.045 3.544 1.059 0.831 0.100 1.168 0.492 0.363 0.141 0.796 0.366 1.733 0.945 0.599 0.445 0.919 0.687 2.212 4.988 1.424 2.466 0.615 0.444 0.493 0.476 0.079 0.390 2.477 0.784 0.348 0.214 1.068 0.785 0.773 1.267 0.567 0.577 0.784 0.817 1.059 1.287 0.640 1.733 0.444 0.491 0.252 0.575 1.955 0.549 1.455 2.486 0.312 0.073 0.046 1.941 3.000 1.083 1.970 2.482 2.160 2.798 0.995 1.651 1.565 2.000 2.447 5.716 6.689 3.646 3.539 1.048 1.827 1.917 1.982 2.979 6.892 1.921 1.127 4 chr1 866694 882253 + 0 NA exon (NM_152486, exon 6 of 14) exon (NM_152486, exon 6 of 14) 13352 NM_152486 148398 Hs.335293 NM_152486 ENSG00000187634 SAMD11 MRS sterile alpha motif domain containing 11 protein-coding 1.835 nan 1.241 0.286 0.374 0.377 0.361 0.278 0.534 0.123 0.656 0.494 0.108 0.681 0.556 1.586 0.276 0.208 0.324 0.134 0.482 0.112 0.302 0.302 0.966 0.190 0.107 1.060 0.153 0.047 0.501 nan 0.367 2.403 0.451 2.087 0.528 1.583 0.085 0.242 16.755 0.899 0.137 0.110 0.070 0.083 0.245 0.123 3.309 1.715 1.982 0.818 1.586 0.626 0.209 0.966 0.299 1.071 0.776 2.176 3.023 0.488 0.916 1.068 0.107 0.030 0.010 0.663 1.305 0.726 1.190 1.110 0.908 1.298 0.294 0.959 0.972 2.264 nan nan 1.032 nan 0.433 0.712 1.260 0.751 0.609 1.672 2.915 1.563 0.813 2716 chr12 57908046 57918683 + 0 NA promoter-TSS (NR_030346) promoter-TSS (NR_030346) -322 NR_030346 693201 NR_030346 ENSG00000208028 MIR616 MIRN616|hsa-mir-616 microRNA 616 ncRNA nan 3.331 2.437 3.363 3.446 1.457 2.186 2.759 4.843 1.152 3.164 7.671 2.309 1.697 6.562 3.300 3.931 0.603 2.647 0.874 2.439 7.029 2.273 1.139 3.053 1.763 1.930 2.447 2.350 1.544 5.949 8.446 3.530 10.201 1.223 3.726 1.176 3.780 0.157 1.597 2.632 2.495 3.123 1.715 1.622 1.210 1.929 7.342 3.384 5.118 3.585 2.448 3.300 3.386 3.700 3.053 1.463 1.650 1.376 4.736 2.065 3.146 3.045 2.298 1.478 4.151 2.871 nan 6.219 4.124 6.907 5.807 nan 5.185 3.617 11.649 11.698 2.585 nan 8.199 nan 4.583 4.942 4.153 6.129 4.396 6.277 4.233 7.537 3.126 1.336 127 chr1 18497097 18531341 + 0 NA intron (NM_032880, intron 1 of 9) MLT1A1|LTR|ERVL-MaLR 79979 NM_032880 84966 Hs.212511 NM_032880 ENSG00000117154 IGSF21 - immunoglobin superfamily member 21 protein-coding 1.489 0.724 nan 0.046 0.058 0.137 0.033 0.239 0.648 0.006 0.059 0.038 0.011 0.079 0.356 0.360 0.062 0.071 0.015 0.006 0.024 0.012 0.179 0.125 0.573 0.040 0.019 0.024 0.063 0.009 0.050 0.128 0.070 0.533 0.034 0.056 0.020 0.038 0.085 0.014 0.028 0.086 0.023 0.009 0.010 0.029 0.053 0.158 0.067 0.033 0.039 0.023 0.360 0.056 0.027 0.573 0.014 0.043 0.791 0.074 0.286 0.023 0.151 0.733 0.011 0.008 0.007 1.264 1.359 0.362 0.250 1.745 1.464 0.093 0.053 1.321 nan 1.132 nan 1.069 1.379 nan 2.396 0.410 0.429 0.085 0.135 1.380 4.468 1.221 0.855 6942 chr20 32899166 32906300 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -3125 NM_001161766 191 Hs.388004 NM_000687 ENSG00000101444 AHCY SAHH|adoHcyase adenosylhomocysteinase protein-coding 0.850 1.603 0.699 2.485 0.272 0.092 3.870 0.329 0.399 0.847 0.754 1.341 0.131 0.649 0.229 0.171 0.219 0.247 4.545 4.100 0.358 0.019 0.176 0.171 0.207 2.655 1.764 0.373 2.166 3.994 1.726 5.221 1.859 1.048 4.042 0.244 0.027 0.192 0.139 1.587 0.104 8.693 0.591 0.328 2.568 2.019 2.091 3.142 1.234 0.980 0.220 1.682 0.171 5.962 2.746 0.207 0.837 2.904 0.027 0.523 0.205 2.048 0.113 0.243 1.695 0.186 0.109 0.626 0.477 0.324 0.597 0.534 nan 2.136 0.543 0.534 0.639 0.392 0.732 0.826 1.078 1.039 0.376 0.398 0.551 0.256 0.347 0.518 nan 0.417 0.410 1648 chr10 112388723 112413079 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -3254 NM_001134363 282996 Hs.116630 NM_001134363 ENSG00000203867 RBM20 - RNA binding motif protein 20 protein-coding 0.666 nan 0.726 0.047 0.179 0.033 0.370 0.381 0.885 0.020 1.398 1.243 0.073 0.041 2.161 0.211 0.457 0.046 0.306 0.133 0.091 2.829 0.180 0.075 0.211 0.098 0.029 0.088 0.338 0.047 0.985 2.031 0.230 0.625 0.324 1.714 0.008 0.130 0.092 0.073 0.062 0.129 0.065 0.064 0.067 0.255 0.154 0.108 0.669 0.184 1.361 0.231 0.211 0.449 0.974 0.211 0.136 0.017 0.040 0.167 1.309 0.234 1.158 0.137 0.082 0.761 1.062 2.546 3.378 0.465 0.730 0.169 0.161 1.556 0.351 0.079 0.081 1.113 1.374 6.705 7.822 0.520 0.463 1.005 2.090 0.179 0.296 0.395 0.961 0.525 0.328 3596 chr14 59652482 59658900 + 0 NA intron (NM_001270520, intron 1 of 24) CpG 310 NM_001270520 23002 Hs.19156 NM_014992 ENSG00000100592 DAAM1 - dishevelled associated activator of morphogenesis 1 protein-coding 8.235 nan 4.227 1.618 3.445 2.633 0.551 0.850 1.600 0.601 1.119 0.918 0.676 0.998 3.723 3.173 2.342 0.050 1.173 0.266 0.383 0.064 1.027 0.402 2.961 1.778 1.094 0.197 1.572 0.559 2.574 3.060 2.691 10.270 1.187 0.187 1.033 0.763 0.146 0.404 5.015 0.537 0.552 0.535 0.934 0.941 1.334 0.860 1.065 1.569 0.723 0.649 3.173 2.721 0.564 2.961 0.742 0.992 0.846 1.840 2.072 1.542 1.494 0.905 1.014 0.224 0.087 3.172 3.838 3.168 4.096 5.562 3.593 4.176 1.248 nan 5.727 3.467 5.437 4.803 nan 5.229 6.287 1.468 3.538 4.030 2.517 4.496 3.809 2.339 1.801 10618 chr7 115891352 115920382 + 0 NA Intergenic MLT1J1|LTR|ERVL-MaLR 20851 NR_130921 102724434 Hs.667624 NR_130921 ENSG00000237870 LOC102724434 - uncharacterized LOC102724434 ncRNA nan 0.553 0.615 1.434 0.085 0.037 1.828 0.116 0.204 0.309 0.800 1.221 0.049 0.038 0.172 0.079 0.650 0.116 0.726 0.503 0.416 0.004 0.086 0.138 0.129 0.652 0.373 0.077 1.258 0.783 0.195 0.274 0.503 0.220 0.869 0.218 0.033 7.935 0.267 0.533 0.027 1.070 0.262 0.167 0.823 0.447 0.656 2.443 0.519 0.331 0.076 0.504 0.079 0.207 0.976 0.129 0.186 0.678 0.040 0.514 0.042 0.821 0.123 0.025 0.696 0.280 0.287 0.481 0.336 0.264 0.388 0.159 0.240 0.116 0.109 0.303 0.297 0.495 0.746 0.250 0.218 0.433 0.147 0.243 0.334 0.100 0.101 0.152 0.238 0.601 0.618 10408 chr7 69782181 69822861 + 0 NA intron (NM_001127231, intron 4 of 17) intron (NM_001127231, intron 4 of 17) 738616 NM_001127231 26053 Hs.21631 NM_015570 ENSG00000158321 AUTS2 FBRSL2|MRD26 AUTS2, activator of transcription and developmental regulator protein-coding nan nan nan 0.035 0.077 0.109 0.023 0.217 0.330 0.016 0.050 0.059 0.023 0.017 0.136 0.545 0.369 0.106 0.029 0.022 0.031 0.170 0.170 0.237 0.005 0.007 0.011 0.080 0.005 0.146 0.874 0.434 0.282 0.018 0.066 0.094 0.077 0.114 0.006 0.563 0.072 0.009 0.008 0.027 0.032 0.057 0.257 0.085 0.033 0.019 0.049 0.545 0.035 0.009 0.237 0.103 0.067 0.538 0.020 0.067 0.049 0.071 0.794 0.105 0.027 0.015 0.403 0.285 0.235 0.627 0.554 0.636 0.686 0.260 0.100 0.140 1.280 1.529 0.372 0.344 1.936 1.864 0.213 0.320 0.449 0.630 1.611 4.999 1.122 0.795 2266 chr11 113029963 113051773 + 0 NA intron (NM_000615, intron 2 of 18) intron (NM_000615, intron 2 of 18) 103755 NR_034101 100288346 Hs.661826 NR_034101 ENSG00000227487 NCAM1-AS1 - NCAM1 antisense RNA1 ncRNA 0.926 1.407 0.770 0.036 0.294 0.275 0.036 0.375 0.765 0.009 0.194 0.406 0.023 0.023 0.105 2.143 0.130 0.026 0.019 0.015 0.013 1.224 0.644 0.604 0.137 0.020 0.020 0.040 0.063 0.052 0.061 1.217 0.027 0.069 0.334 0.044 0.125 0.108 0.747 0.156 0.030 0.029 0.040 0.053 0.128 0.121 0.078 0.042 0.007 0.095 2.143 0.013 0.038 0.604 0.051 0.076 0.187 0.017 0.502 0.033 0.330 0.295 0.717 0.013 0.014 2.632 nan 3.807 3.168 1.132 1.206 5.383 2.705 1.215 1.161 0.921 nan 1.019 1.226 0.541 0.356 0.574 1.157 1.425 2.071 0.378 0.893 1.990 1.297 6043 chr2 42051768 42057701 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -49961 NR_033996 388942 Hs.631883 NR_033996 ENSG00000214691 LINC01913 - long intergenic non-protein coding RNA 1913 ncRNA 0.789 nan 0.856 0.061 0.124 0.047 0.100 0.161 0.154 0.016 0.039 0.016 0.010 0.202 0.134 0.083 0.064 0.027 0.106 0.032 0.277 0.026 0.197 0.100 0.027 0.012 0.012 0.088 0.098 nan 0.133 0.355 0.024 0.083 0.065 0.078 0.138 0.020 0.014 0.188 0.051 0.043 0.038 0.151 0.166 4.712 0.035 5.595 0.062 0.083 0.062 0.086 0.100 0.044 0.058 0.010 0.035 0.027 0.031 0.141 0.012 0.017 0.035 0.285 0.196 0.117 0.140 nan 0.417 0.265 0.175 0.223 0.189 0.143 0.246 0.342 0.274 0.472 0.111 0.212 0.181 0.143 0.128 0.270 nan nan 0.513 2915 chr12 105062153 105074170 + 0 NA intron (NM_001173982, intron 2 of 2) MIR|SINE|MIR 82750 NR_037487 100500843 NR_037487 ENSG00000264295 MIR3922 - microRNA 3922 ncRNA 0.922 0.854 nan 1.011 0.545 0.402 3.575 0.280 0.524 0.776 3.229 1.145 1.450 0.016 0.462 0.976 2.910 0.242 3.505 1.513 0.639 0.023 0.077 0.130 1.204 2.366 1.644 0.201 0.511 2.553 1.025 3.829 1.533 1.511 1.454 6.010 0.023 0.117 0.116 0.453 0.096 2.470 0.619 0.408 1.877 0.965 2.128 2.373 2.717 0.380 2.022 3.894 0.976 3.864 0.502 1.204 2.305 1.946 0.299 0.547 1.602 0.749 0.098 0.250 0.724 0.122 0.073 0.474 0.406 0.632 2.959 0.739 0.920 0.324 0.057 0.594 0.635 2.149 2.621 2.256 2.320 0.554 0.403 0.291 0.316 0.078 0.147 0.438 0.796 1.487 1.093 7671 chr3 79018669 79038099 + 0 NA intron (NM_002941, intron 3 of 30) intron (NM_002941, intron 3 of 30) 40225 NM_001145845 6091 Hs.744218 NM_002941 ENSG00000169855 ROBO1 DUTT1|SAX3 roundabout guidance receptor 1 protein-coding 1.117 0.711 1.277 0.102 0.155 0.036 0.270 0.535 0.030 0.106 0.028 0.016 0.156 0.031 0.105 0.181 0.075 0.109 0.058 0.023 0.028 0.713 0.549 0.306 0.004 0.008 0.016 0.088 0.016 0.116 0.408 0.036 0.349 0.061 0.089 0.347 0.051 0.072 0.018 0.221 0.384 0.031 0.024 0.073 0.004 0.084 0.142 0.100 0.068 0.057 0.045 0.105 0.058 0.033 0.306 0.038 0.040 0.175 0.033 0.173 0.081 0.020 0.725 0.027 0.015 0.005 0.138 0.104 0.525 nan 0.493 0.614 1.031 0.338 0.091 0.111 0.740 1.056 0.651 0.586 6.909 5.338 0.123 0.126 1.046 2.042 1.409 nan 0.253 0.224 11042 chr8 71847386 71864823 + 0 NA Intergenic Intergenic 274422 NM_001287260 389668 Hs.458938 NM_001011720 ENSG00000221947 XKR9 XRG9 XK related 9 protein-coding 1.710 0.804 0.840 0.028 1.015 0.016 0.045 0.085 0.287 0.006 0.094 0.048 0.014 0.023 0.150 1.248 0.826 0.101 0.103 0.022 0.040 0.127 0.128 0.171 0.024 0.012 0.008 0.086 0.024 0.056 0.077 0.093 0.414 0.042 0.031 1.284 0.051 0.075 0.040 0.856 0.032 0.028 0.009 0.094 0.049 0.094 0.107 0.042 0.066 0.045 0.076 1.248 0.049 0.032 0.171 0.078 0.019 0.084 0.020 0.070 0.059 0.173 0.217 0.009 0.014 0.003 0.361 0.228 0.192 0.351 1.735 1.823 2.996 0.754 1.163 1.146 1.689 2.133 0.154 0.212 1.118 0.812 0.255 0.376 4.343 5.126 0.721 1.900 1.093 0.659 5759 chr19 48144373 48159343 + 0 NA intron (NM_015711, intron 1 of 14) AluSq10|SINE|Alu 40405 NM_015711 29998 Hs.97244 NM_015711 ENSG00000063169 BICRA GLTSCR1 BRD4 interacting chromatin remodeling complex associated protein protein-coding 0.902 1.796 1.725 0.356 0.871 0.385 0.574 0.575 0.954 0.862 0.487 0.316 1.252 0.632 0.699 0.408 0.111 0.043 0.727 0.153 0.122 0.028 0.300 0.212 0.433 0.166 0.111 0.106 0.930 0.296 0.579 nan 0.940 1.286 0.175 0.114 0.165 0.196 0.127 0.055 0.064 0.204 0.371 0.130 0.277 0.487 1.278 0.125 0.568 0.350 0.882 0.753 0.408 0.997 0.599 0.433 0.570 1.481 0.104 0.101 0.401 0.521 0.450 0.172 0.101 0.038 0.007 0.385 0.391 0.398 1.000 0.696 0.658 4.937 1.807 0.637 0.695 0.587 0.931 1.583 2.601 1.301 1.432 0.379 0.660 0.788 1.085 0.392 0.880 1.754 0.842 6497 chr2 175925320 175932628 + 0 NA Intergenic Intergenic -58867 NM_001025201 1123 Hs.380138 NM_001822 ENSG00000128656 CHN1 ARHGAP2|CHN|DURS2|NC|RHOGAP2 chimerin 1 protein-coding 0.826 0.848 0.912 0.148 0.278 0.067 0.098 0.044 0.273 0.013 0.087 0.051 0.009 0.794 0.099 0.052 0.114 0.023 0.116 0.077 0.069 0.019 0.042 0.102 0.065 0.142 0.029 0.060 0.296 0.416 0.559 1.049 0.077 0.388 0.082 0.095 0.078 0.030 0.117 0.032 0.022 0.088 0.067 0.032 0.089 0.074 0.251 0.110 0.323 0.098 0.032 0.810 0.052 0.205 0.115 0.065 0.034 0.034 0.026 0.080 0.083 0.053 0.027 0.202 0.092 0.024 0.020 0.251 0.272 0.307 0.362 0.246 0.244 0.473 0.093 0.326 0.264 0.419 0.551 12.466 14.098 0.295 0.197 0.162 0.218 0.628 1.364 0.372 0.686 0.396 0.325 9997 chr6 147522043 147534586 + 0 NA intron (NM_139244, intron 2 of 25) intron (NM_139244, intron 2 of 25) -2564 NR_034115 729178 Hs.557608 NR_034115 STXBP5-AS1 - STXBP5 antisense RNA 1 ncRNA nan 2.828 nan 0.873 2.947 1.042 1.165 1.843 3.044 0.645 2.040 1.821 0.375 1.558 2.175 4.188 1.206 0.217 1.070 0.364 0.556 0.364 2.011 0.843 3.288 1.193 1.475 0.821 1.355 0.386 2.994 5.084 1.236 6.502 0.516 2.120 1.177 0.899 0.131 0.529 1.050 1.044 1.840 0.880 0.950 0.568 1.423 1.078 1.522 2.932 0.484 1.230 4.188 1.272 1.152 3.288 1.091 0.527 0.341 1.272 2.770 1.340 1.706 1.060 0.936 0.317 0.154 2.062 3.090 1.663 2.580 5.817 5.468 8.962 3.961 4.924 4.927 1.308 1.627 2.199 2.836 3.868 4.167 1.324 4.000 5.046 5.705 2.102 2.360 2.768 1.557 11870 chr9 140082073 140096529 + 0 NA intron (NM_001128228, intron 1 of 3) intron (NM_001128228, intron 1 of 3) 5862 NM_001128228 286262 Hs.323445 NM_173691 ENSG00000176058 TPRN C9orf75|DFNB79 taperin protein-coding 1.615 1.843 3.134 1.369 5.564 4.456 1.107 1.812 3.589 0.722 1.690 0.651 0.180 2.049 2.724 1.310 0.844 0.156 2.270 0.563 0.672 0.419 1.457 0.701 7.627 0.793 0.693 1.244 1.824 0.360 2.551 5.237 1.791 4.858 0.937 1.521 0.383 0.758 0.095 0.345 0.732 2.015 1.110 0.745 1.296 0.887 1.779 0.699 1.729 2.520 1.152 1.881 1.310 2.966 0.827 7.627 0.676 2.240 1.249 2.000 1.306 0.978 0.476 0.444 0.642 0.578 0.243 1.825 2.900 1.728 nan 7.807 nan 2.748 0.856 1.722 1.650 0.640 0.971 5.095 4.708 2.809 2.873 1.180 1.709 1.719 2.279 1.338 1.673 2.352 1.136 10296 chr7 32978962 32983373 + 0 NA intron (NR_003500, intron 1 of 5) MER57A-int|LTR|ERV1 1615 NR_003500 441212 Hs.648086 NM_001039754 ENSG00000205763 RP9P - RP9 pseudogene pseudo 5.349 2.664 4.448 3.726 2.545 2.098 0.987 1.240 2.037 1.603 2.753 1.336 0.212 1.549 0.678 1.614 1.816 0.377 1.252 0.388 1.784 2.890 1.598 1.017 4.317 2.347 2.532 2.186 3.311 0.677 2.684 2.962 2.550 5.284 0.726 2.953 0.649 5.565 0.144 0.779 2.533 2.448 1.871 0.922 1.137 0.870 2.453 2.318 3.562 4.453 1.214 1.276 1.614 1.668 3.340 4.317 0.984 0.865 0.638 4.928 4.478 1.658 3.022 0.542 1.203 1.462 0.864 14.622 16.273 10.340 8.291 5.419 nan 6.275 2.229 17.912 18.283 3.411 nan nan nan 1.603 2.080 5.058 9.803 2.731 2.087 3.996 nan 1.888 1.218 5408 chr18 64794820 64814572 + 0 NA Intergenic MLT1H-int|LTR|ERVL-MaLR 55875 NR_049809 100847002 NR_049809 ENSG00000263354 MIR5011 - microRNA 5011 ncRNA 0.871 1.446 0.792 0.047 0.494 0.613 0.034 0.308 0.605 0.010 0.081 0.050 0.013 0.031 0.327 0.613 0.080 0.050 0.054 0.010 0.019 0.007 0.494 0.441 0.066 0.007 0.004 0.008 0.045 0.000 0.126 0.299 0.065 1.098 0.015 0.046 1.799 0.011 0.074 0.006 0.248 0.070 0.006 0.016 0.011 0.013 0.077 0.074 0.058 0.022 0.020 0.017 0.613 0.021 0.019 0.066 0.006 0.013 0.093 0.035 0.610 0.004 0.035 0.057 0.008 0.015 0.363 0.237 0.164 0.293 0.916 1.277 9.561 5.002 0.434 nan 1.383 nan 3.350 3.626 0.456 0.248 0.144 0.139 6.140 6.640 0.226 0.426 6.238 2.508 4963 chr17 71526830 71555503 + 0 NA intron (NM_001144952, intron 1 of 44) intron (NM_001144952, intron 1 of 44) 31344 NR_135635 101928251 Hs.434726 NR_135635 ENSG00000264985 LOC101928251 - uncharacterized LOC101928251 ncRNA 1.357 0.897 1.274 0.040 0.289 0.502 0.066 0.737 1.675 0.030 0.122 0.061 0.004 0.049 1.235 0.518 0.129 0.090 0.059 0.020 0.027 0.034 0.252 0.193 0.459 0.065 0.015 0.025 0.117 0.004 0.098 0.660 0.084 0.952 0.020 0.109 0.030 0.053 0.068 0.033 0.125 0.124 0.021 0.016 0.019 0.025 0.052 0.169 0.153 0.032 0.025 0.051 0.518 0.056 0.019 0.459 0.017 0.095 0.082 0.116 0.625 0.039 0.135 2.161 0.026 0.036 0.013 0.531 0.813 0.322 0.500 1.059 1.149 1.011 0.514 0.255 0.287 nan 0.529 1.850 2.197 2.722 2.874 0.460 0.626 0.188 0.206 1.890 5.633 nan 0.738 5345 chr18 51771582 51788689 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -15714 NM_001351619 11201 Hs.438533 NM_007195 ENSG00000101751 POLI RAD30B|RAD3OB|eta2 DNA polymerase iota protein-coding nan 1.431 1.446 0.153 0.789 1.365 0.210 0.583 1.275 1.131 0.168 0.091 0.083 0.093 0.488 1.680 0.105 0.095 0.106 0.066 0.076 0.008 0.241 0.181 2.574 0.040 0.004 0.043 0.044 0.043 0.099 0.290 0.879 1.430 0.307 1.141 0.924 0.039 0.108 0.027 0.482 0.106 0.025 0.027 0.129 0.304 3.581 0.064 0.309 0.100 0.134 0.776 1.680 0.076 0.044 2.574 0.641 0.233 0.393 0.079 0.172 0.061 0.536 0.109 0.031 0.027 0.015 0.504 0.540 0.485 1.596 3.274 3.989 4.892 1.957 0.302 0.330 0.253 0.366 1.718 2.048 0.838 0.658 0.422 0.641 3.313 3.712 0.366 0.498 nan 1.900 3588 chr14 58665593 58668837 + 0 NA intron (NM_018477, intron 1 of 12) intron (NM_018477, intron 1 of 12) 382 NM_018477 55860 Hs.509451 NM_018477 ENSG00000131966 ACTR10 ACTR11|Arp10|Arp11|HARP11 actin related protein 10 homolog protein-coding 7.124 nan 5.220 2.526 5.530 2.864 1.733 1.786 3.246 0.947 1.956 1.500 2.056 1.338 3.538 3.558 3.238 0.266 2.856 0.699 2.665 1.323 1.510 0.769 3.600 3.021 3.419 1.142 3.488 0.812 4.725 4.780 4.076 7.395 1.036 2.917 0.379 3.436 0.222 0.796 1.642 2.540 1.915 1.219 1.650 2.158 2.594 2.759 3.412 2.913 1.796 2.837 3.558 4.808 2.022 3.600 1.167 2.297 0.716 5.074 2.468 3.959 0.918 7.906 2.373 0.994 0.568 3.498 3.976 5.274 6.649 7.396 7.392 4.469 2.782 17.644 18.461 3.745 4.160 5.495 9.810 6.780 5.878 3.493 4.959 3.372 4.518 15.530 16.337 nan 1.681 722 chr1 151939290 151980367 + 0 NA intron (NM_002966, intron 1 of 2) intron (NM_002966, intron 1 of 2) 6886 NM_002966 6281 Hs.143873 NM_002966 ENSG00000197747 S100A10 42C|ANX2L|ANX2LG|CAL1L|CLP11|Ca[1]|GP11|P11|p10 S100 calcium binding protein A10 protein-coding nan nan 0.982 2.737 0.080 0.088 3.378 0.238 0.521 1.772 1.704 2.172 2.800 0.114 0.163 0.842 1.725 0.352 2.594 1.517 2.577 0.054 0.164 0.209 0.086 3.540 3.252 0.724 2.450 1.881 11.918 15.401 1.936 0.591 2.989 3.903 0.030 1.378 0.146 2.005 0.044 2.775 1.126 0.547 1.653 1.467 2.261 1.539 2.955 1.657 6.290 5.171 0.842 3.251 3.395 0.086 1.541 3.994 0.068 3.610 0.321 2.828 0.142 0.057 1.584 1.475 0.838 0.284 0.207 0.524 1.693 0.365 nan 0.191 0.091 0.262 0.216 0.311 0.600 0.350 0.540 0.352 0.145 0.532 0.754 0.196 0.437 0.329 0.824 0.324 0.332 7704 chr3 101034985 101057933 + 0 NA intron (NM_001077203, intron 22 of 22) intron (NM_001077203, intron 22 of 22) -7040 NM_016247 50939 Hs.209249 NM_016247 ENSG00000081148 IMPG2 IPM200|RP56|SPACRCAN|VMD5 interphotoreceptor matrix proteoglycan 2 protein-coding nan nan 1.281 0.075 0.115 0.041 0.071 0.188 0.417 0.013 0.068 0.024 0.019 0.013 0.050 0.066 0.241 0.078 0.082 0.017 0.003 0.012 0.095 0.165 0.172 0.021 0.012 0.013 0.068 0.018 0.077 0.091 0.081 0.214 0.013 0.047 0.004 0.066 0.080 0.048 0.060 0.016 0.007 0.024 0.023 0.181 0.091 0.043 0.025 0.021 0.040 0.066 0.038 0.044 0.172 0.032 0.039 0.008 0.030 0.031 0.052 0.052 4.132 0.016 0.015 0.007 0.277 0.201 0.145 0.242 0.265 0.342 0.243 0.129 0.342 0.325 0.595 0.756 0.246 0.286 1.622 0.766 0.166 0.246 0.057 0.039 5.997 7.613 0.411 0.385 4060 chr15 73335542 73348397 + 0 NA Intergenic Intergenic -2856 NM_002499 4756 Hs.388613 NM_002499 ENSG00000067141 NEO1 IGDCC2|NGN|NTN1R2 neogenin 1 protein-coding 2.392 1.506 2.153 0.285 0.598 0.161 0.083 0.738 1.468 0.247 0.296 0.065 0.338 0.505 1.036 1.253 0.133 0.038 0.396 0.044 0.127 1.166 0.528 0.367 1.345 0.145 0.073 0.877 0.322 0.040 0.850 1.167 0.566 2.974 0.045 0.213 0.023 1.122 0.074 0.255 0.645 0.641 0.703 0.390 0.129 0.030 0.352 0.781 1.805 0.463 0.776 0.922 1.253 0.348 0.065 1.345 0.696 0.528 0.696 1.034 0.774 0.074 0.509 1.213 0.142 0.421 0.262 0.896 1.478 1.464 1.814 2.070 1.812 0.391 0.104 1.054 1.115 4.529 5.469 1.125 1.746 3.532 3.190 0.750 1.641 0.098 0.066 1.853 2.938 0.861 0.534 1597 chr10 97019721 97033824 + 0 NA intron (NM_020992, intron 3 of 6) intron (NM_020992, intron 3 of 6) 24133 NM_020992 9124 Hs.368525 NM_020992 ENSG00000107438 PDLIM1 CLIM1|CLP-36|CLP36|HEL-S-112|hCLIM1 PDZ and LIM domain 1 protein-coding 0.785 1.259 0.665 0.452 0.094 0.062 1.406 0.239 0.460 1.903 1.732 0.848 3.255 0.060 0.095 0.328 0.832 0.126 1.456 0.770 1.366 0.060 0.201 0.127 0.323 0.939 0.400 0.180 0.709 0.639 0.339 1.223 0.758 1.042 0.581 0.150 0.027 0.094 0.083 0.332 1.321 2.142 1.567 0.736 0.515 0.785 1.885 0.406 0.784 0.183 0.017 0.337 0.328 2.929 0.181 0.323 0.415 0.909 0.062 0.147 0.038 0.885 0.056 0.097 0.591 8.991 7.115 0.305 0.265 0.875 2.307 0.279 0.334 1.306 0.896 0.167 0.222 0.324 0.461 nan 0.880 0.193 0.103 0.169 0.173 0.175 0.138 0.335 0.633 0.443 0.486 6911 chr20 30127052 30202484 + 0 NA Intergenic Intergenic -3702 NR_046853 100874042 Hs.373741 NR_046853 ENSG00000230613 HM13-AS1 - HM13 antisense RNA 1 ncRNA 2.119 3.877 1.370 3.363 2.351 4.020 2.057 0.983 1.957 3.130 2.430 14.113 3.134 1.394 1.453 22.759 1.352 0.639 2.777 1.452 5.204 0.452 1.022 0.590 4.499 4.436 4.425 1.675 2.249 1.190 2.739 nan 3.821 6.693 1.937 4.737 0.843 3.375 0.191 1.549 1.937 4.491 1.015 0.490 1.785 1.543 2.156 12.309 6.958 3.948 2.045 4.079 22.759 4.091 3.404 4.499 2.360 5.356 1.130 4.152 2.144 1.985 1.154 0.778 2.451 0.581 0.470 2.683 2.776 3.293 5.308 3.462 nan 7.344 1.848 5.264 5.386 2.270 3.063 1.861 2.362 2.113 1.824 1.184 2.011 2.849 3.396 1.680 nan 1.453 0.716 10401 chr7 66482563 66490691 + 0 NA intron (NR_134540, intron 6 of 14) L2c|LINE|L2 24835 NR_134540 55253 Hs.520917 NM_018264 ENSG00000198874 TYW1 RSAFD1|TYW1A|YPL207W tRNA-yW synthesizing protein 1 homolog protein-coding nan nan nan 0.108 0.748 0.034 0.428 0.359 0.324 0.082 0.690 0.197 0.015 3.163 0.196 0.125 0.215 0.079 0.234 0.141 0.116 0.068 0.732 0.359 0.434 0.148 0.098 0.270 0.298 0.200 0.108 0.144 0.201 0.361 0.036 0.161 0.245 0.093 0.181 0.087 1.004 0.815 0.819 0.393 0.099 0.207 0.106 0.692 0.130 0.617 0.048 0.097 0.125 0.130 0.099 0.434 0.035 0.064 0.567 0.201 5.988 0.351 0.061 0.287 0.191 0.354 0.208 0.933 1.264 0.493 0.436 0.639 0.977 4.897 1.678 0.452 0.416 0.897 1.066 1.363 0.756 0.951 0.597 0.258 0.299 0.481 1.956 0.420 0.895 4.692 2.164 11734 chr9 116353632 116365956 + 0 NA 3' UTR (NM_001282922, exon 8 of 8) 3' UTR (NM_001282922, exon 8 of 8) 3360 NM_001276262 5998 Hs.494875 NM_017790 ENSG00000138835 RGS3 C2PA|RGP3 regulator of G protein signaling 3 protein-coding 1.428 0.719 nan 0.184 0.343 0.552 0.952 0.570 1.101 0.015 0.597 1.600 0.030 0.030 0.369 1.168 1.362 0.211 0.933 0.607 0.273 0.023 0.360 0.149 0.944 0.310 0.162 0.687 0.149 0.026 0.131 nan 0.141 1.078 0.355 0.382 0.405 0.141 0.069 0.259 0.699 0.179 1.131 0.563 0.106 0.081 0.187 5.555 0.739 3.947 0.039 0.290 1.168 0.855 0.097 0.944 0.042 0.101 0.647 0.626 0.446 0.681 0.200 1.709 0.585 1.035 0.712 0.772 1.245 0.318 0.514 2.038 1.971 0.364 0.190 0.417 0.550 0.314 0.626 0.334 nan 2.298 2.903 0.347 0.681 2.097 1.589 1.508 3.565 nan 0.983 153 chr1 22344891 22381370 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -10589 NR_110692 101928043 Hs.617422 NR_110692 ENSG00000228397 LINC01635 - long intergenic non-protein coding RNA 1635 ncRNA 2.122 1.767 nan 1.394 1.248 2.050 1.110 0.846 1.513 0.380 1.361 0.753 0.736 0.443 1.048 0.791 0.615 0.274 1.043 0.474 0.633 0.465 0.907 0.492 0.607 0.786 0.755 0.550 0.801 0.370 1.269 4.184 1.170 3.454 0.754 0.566 0.157 0.885 0.133 0.486 0.516 1.374 0.749 0.301 0.573 0.494 0.775 1.431 0.898 1.494 0.338 0.527 0.791 1.381 1.697 0.607 0.386 0.413 0.240 1.237 0.520 0.569 0.266 0.614 0.503 0.392 0.281 0.999 1.199 1.207 1.670 2.301 2.024 1.866 0.989 2.548 2.708 1.901 2.555 3.134 4.378 1.446 1.400 0.427 0.748 0.778 0.915 1.737 2.139 1.645 0.932 9377 chr5 180666743 180678368 + 0 NA promoter-TSS (NR_109909) promoter-TSS (NR_109909) -986 NR_109909 101928649 Hs.723307 NR_109909 CTC-338M12.4 - uncharacterized LOC101928649 ncRNA 3.955 2.810 4.011 3.322 2.898 2.235 5.394 1.131 2.359 2.188 4.055 3.481 1.606 1.517 2.538 1.600 2.153 0.520 3.957 1.486 4.419 1.870 2.230 0.972 4.010 3.858 4.756 2.422 6.466 3.259 5.604 8.078 2.781 9.261 2.267 7.118 0.973 4.976 0.224 3.267 1.350 4.689 7.166 3.569 5.265 2.272 3.903 6.328 4.572 7.035 2.816 4.013 1.600 4.397 6.688 4.010 3.278 1.864 1.103 5.390 2.783 3.594 1.211 1.924 4.059 4.301 2.692 2.586 2.906 4.767 6.893 3.948 3.582 4.929 1.977 5.382 5.347 3.943 5.484 4.686 6.304 5.407 6.446 2.324 3.830 4.903 6.714 4.646 5.597 2.161 0.992 2932 chr12 108953375 108964661 + 0 NA intron (NR_135127, intron 3 of 6) intron (NR_135127, intron 3 of 6) 3779 NM_001320042 23479 Hs.615131 NM_014301 ENSG00000136003 ISCU 2310020H20Rik|HML|ISU2|NIFU|NIFUN|hnifU iron-sulfur cluster assembly enzyme protein-coding 3.200 2.336 nan 2.321 2.840 2.808 2.342 1.551 2.906 0.861 1.402 1.746 0.709 1.109 4.096 1.973 2.288 0.170 1.641 0.604 1.587 1.438 1.735 0.906 2.417 1.422 1.386 1.015 1.948 0.982 3.232 3.221 2.137 5.978 1.039 3.377 0.628 2.975 0.144 1.359 1.151 2.272 2.245 1.151 1.676 0.936 1.825 2.826 2.479 2.294 2.625 1.851 1.973 2.681 3.437 2.417 1.667 0.778 1.091 3.084 2.383 1.318 0.982 0.961 0.947 1.607 1.345 3.868 3.085 3.727 6.091 5.168 5.334 5.398 3.410 7.823 8.294 2.870 3.810 6.815 8.147 5.099 4.445 3.168 4.175 4.136 6.534 3.992 3.283 4.037 2.113 9282 chr5 153662662 153677803 + 0 NA intron (NM_198321, intron 1 of 11) MIRc|SINE|MIR -56434 NR_031626 100302181 NR_031626 ENSG00000221430 MIR1294 MIRN1294|hsa-mir-1294|mir-1294 microRNA 1294 ncRNA 0.894 nan 0.991 0.818 0.088 0.110 3.828 0.180 0.327 0.133 0.678 1.625 0.171 0.020 0.146 0.093 0.364 0.106 0.524 0.336 0.390 0.018 0.084 0.103 0.150 3.343 2.466 0.456 0.683 1.003 1.309 4.246 2.160 0.382 0.609 0.165 0.013 0.114 0.085 1.582 0.026 0.134 0.792 0.443 1.371 0.778 0.695 0.152 2.334 0.264 2.276 3.123 0.093 0.367 3.411 0.150 0.468 2.023 0.058 0.054 0.067 0.768 0.039 0.219 1.074 0.049 0.017 0.218 0.085 0.231 0.379 0.228 0.341 0.223 0.107 0.149 0.114 0.369 0.570 0.369 0.412 0.436 0.275 0.152 0.203 0.083 0.110 0.291 0.988 0.530 0.600 2387 chr11 134134356 134153567 + 0 NA Intergenic Intergenic -2314 NM_001080407 112937 Hs.721382 NM_138416 ENSG00000166105 GLB1L3 - galactosidase beta 1 like 3 protein-coding 0.659 nan 0.646 0.071 0.431 0.985 0.776 0.158 0.230 0.124 0.094 0.140 0.132 0.032 0.838 0.700 0.023 0.039 0.259 0.134 0.023 0.065 0.155 0.225 0.138 2.846 3.275 0.047 2.251 0.638 0.760 0.954 2.402 nan 0.137 0.162 0.099 0.203 0.134 1.080 0.199 0.169 0.058 0.036 1.823 0.537 0.472 0.136 0.050 0.066 0.135 0.583 0.700 0.318 0.946 0.138 0.083 0.043 0.056 0.157 0.053 0.128 0.546 0.032 0.328 0.075 0.045 0.498 0.397 0.170 0.211 0.947 0.974 1.659 0.571 0.182 0.194 0.191 0.328 0.196 0.213 1.029 1.109 1.301 1.770 0.856 0.622 0.135 0.239 0.724 0.619 101 chr1 14728806 14750861 + 0 NA intron (NR_149058, intron 1 of 4) AluY|SINE|Alu 6636 NR_149058 105376762 Hs.568591 NR_149058 KAZN-AS1 - KAZN antisense RNA 1 ncRNA 0.538 0.661 nan 0.029 0.311 0.061 0.016 0.186 0.312 0.004 0.067 0.029 0.011 0.041 0.060 0.100 0.048 0.088 0.038 0.009 0.048 0.006 0.074 0.078 0.158 0.006 0.007 0.003 0.059 0.048 0.071 0.064 0.507 0.022 0.031 0.013 0.057 0.115 0.014 0.050 0.011 0.011 0.010 0.024 0.017 0.103 0.026 0.039 0.041 0.051 0.100 0.055 0.008 0.158 0.011 0.075 0.009 0.113 0.064 0.312 0.197 0.034 0.031 0.010 0.007 2.045 1.473 0.622 0.397 0.380 0.406 0.587 0.216 7.025 nan 0.134 nan 1.191 1.125 nan 0.094 0.441 0.683 0.026 0.077 0.146 0.228 0.445 0.410 340 chr1 44437964 44449561 + 0 NA 3' UTR (NM_001294333, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_001294333, exon 7 of 7) -1112 NM_003780 8704 Hs.632403 NM_003780 ENSG00000117411 B4GALT2 B4Gal-T2|B4Gal-T3|beta4Gal-T2 beta-1,4-galactosyltransferase 2 protein-coding nan 2.227 nan 2.045 1.902 1.991 1.421 1.299 2.253 0.608 2.725 1.156 0.284 1.141 2.729 1.946 1.398 0.195 1.409 0.621 1.205 0.669 1.747 1.108 3.960 0.958 0.870 1.449 1.697 0.510 1.748 4.004 1.703 3.972 0.440 1.620 0.289 1.520 0.088 0.417 0.999 2.342 1.361 0.807 1.332 0.836 1.658 0.978 1.309 2.319 1.483 1.448 1.946 1.412 1.881 3.960 1.094 1.496 0.794 3.801 1.301 0.717 1.558 1.278 1.056 0.899 0.520 2.346 2.882 2.494 3.194 4.987 4.712 2.753 0.814 2.208 2.045 2.335 nan 11.394 14.233 2.654 2.921 3.118 nan 1.561 1.559 2.528 3.509 2.349 1.178 4362 chr16 51668248 51675661 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -124476 NR_110916 101927364 Hs.133120 NR_110916 ENSG00000260057 LINC01571 - long intergenic non-protein coding RNA 1571 ncRNA nan nan nan 0.077 0.210 0.050 0.058 0.151 0.392 0.038 0.168 0.114 0.054 0.060 0.713 0.090 0.043 0.043 0.025 0.127 0.019 0.106 0.054 0.145 0.037 0.029 0.020 0.092 0.035 0.112 0.047 0.217 0.039 0.174 0.013 0.073 0.075 0.127 0.100 4.162 0.024 0.016 0.063 0.129 0.070 0.822 0.039 5.936 1.162 0.713 0.048 0.050 0.145 0.132 0.078 0.647 0.207 0.309 0.205 0.382 0.023 0.262 0.151 0.093 0.163 0.262 0.286 0.053 0.050 0.255 0.256 0.086 nan nan nan nan 0.119 0.089 0.188 0.035 0.115 0.633 nan nan 0.496 6403 chr2 144152688 144162550 + 0 NA intron (NM_018460, intron 6 of 13) intron (NM_018460, intron 6 of 13) 270720 NM_018460 55843 Hs.171011 NM_018460 ENSG00000075884 ARHGAP15 BM046 Rho GTPase activating protein 15 protein-coding 0.897 nan 1.029 0.138 0.107 0.384 0.080 0.224 0.326 0.020 0.055 0.253 0.372 0.044 0.378 0.712 0.148 0.409 0.135 0.026 0.126 0.101 0.572 0.175 0.073 0.023 0.167 0.064 0.130 0.242 0.130 1.140 0.222 0.359 0.048 0.033 0.081 0.108 0.410 0.112 0.006 0.008 0.044 0.031 0.140 0.062 0.066 0.059 0.024 0.033 0.378 0.080 0.037 0.572 0.075 0.025 0.184 0.554 0.124 0.051 0.148 0.080 0.031 0.012 0.023 0.238 0.158 0.405 0.775 0.570 0.741 0.757 0.185 0.339 0.315 5.428 5.226 0.729 0.956 1.448 1.097 0.105 0.221 0.050 0.036 0.359 0.748 0.414 0.349 9039 chr5 83665705 83695844 + 0 NA promoter-TSS (NM_001278642) promoter-TSS (NM_001278642) -89 NM_001278642 10085 Hs.482730 NM_005711 ENSG00000164176 EDIL3 DEL1 EGF like repeats and discoidin domains 3 protein-coding 0.728 1.620 1.057 0.752 0.205 0.007 0.246 0.186 0.372 0.016 1.318 1.920 1.291 0.275 0.074 0.098 1.375 0.174 1.086 0.283 3.492 0.028 0.094 0.103 0.036 1.062 0.998 0.300 0.230 0.642 0.126 0.105 0.066 1.975 0.631 0.472 0.349 0.051 0.124 0.063 0.079 0.265 0.140 0.101 0.177 0.471 0.182 0.092 0.081 0.256 0.967 0.159 0.098 0.613 0.386 0.036 0.183 0.143 0.013 0.590 0.329 0.697 0.082 1.312 1.600 0.027 0.019 0.220 0.197 0.488 1.266 0.100 0.194 0.469 0.200 0.118 0.130 2.624 3.007 0.429 0.524 1.735 1.657 0.132 0.236 1.570 1.021 1.598 nan 0.606 0.393 3655 chr14 68967865 68996336 + 0 NA intron (NM_001321818, intron 10 of 10) intron (NM_001321818, intron 10 of 10) 113404 NR_135816 100996664 NR_135816 LOC100996664 - uncharacterized LOC100996664 ncRNA nan nan 1.060 0.885 0.279 0.156 1.202 0.090 0.276 0.244 0.246 0.825 0.331 0.036 0.131 0.526 1.766 0.141 0.192 0.313 0.064 0.059 0.097 0.055 0.274 2.307 1.322 0.041 0.367 1.056 1.580 4.494 3.036 0.571 0.616 0.531 0.050 0.194 0.136 0.565 0.086 0.214 0.121 0.107 1.181 0.543 1.204 0.379 0.337 0.202 0.075 1.498 0.526 0.206 0.299 0.274 0.694 0.643 0.065 0.124 0.217 0.500 0.048 0.104 1.098 0.032 0.052 0.329 0.192 0.270 0.492 0.418 0.422 0.207 0.067 nan 0.456 0.242 0.368 0.796 nan 0.692 0.385 0.217 0.214 0.160 0.159 0.279 0.388 0.786 0.764 4012 chr15 66531371 66535773 + 0 NA intron (NM_032445, intron 1 of 22) intron (NM_032445, intron 1 of 22) 12503 NM_032445 84465 Hs.712886 NM_032445 ENSG00000157890 MEGF11 - multiple EGF like domains 11 protein-coding 0.837 0.766 nan 0.098 0.011 0.128 0.254 0.254 0.087 0.145 0.028 0.046 0.040 0.115 0.052 0.284 0.087 0.031 0.286 0.171 0.108 0.033 0.033 0.093 0.024 0.073 0.245 0.106 0.366 0.066 0.061 0.056 0.056 0.071 0.156 0.028 0.034 0.024 0.018 0.065 0.242 0.185 0.032 0.081 0.420 0.115 0.022 0.108 0.139 0.111 0.177 0.048 0.139 0.036 6.464 0.028 0.026 9.800 10.942 13.520 7.729 0.360 0.490 nan 0.200 1.094 1.301 0.415 0.676 0.236 0.337 0.641 0.367 7.750 12.335 0.168 0.169 0.213 0.433 0.577 0.369 5752 chr19 47486165 47490715 + 0 NA intron (NM_004491, intron 2 of 5) intron (NM_004491, intron 2 of 5) -34661 NM_002517 4861 Hs.79564 NM_002517 ENSG00000130751 NPAS1 MOP5|PASD5|bHLHe11 neuronal PAS domain protein 1 protein-coding 1.531 1.065 1.274 0.157 0.842 0.159 0.757 0.281 0.543 0.084 0.556 1.224 1.127 0.703 0.758 1.664 0.279 0.138 0.032 0.567 0.061 0.312 0.183 0.368 0.396 0.177 0.447 0.354 0.325 0.355 nan 0.519 0.690 0.097 0.214 0.106 0.197 0.141 0.416 0.088 0.250 0.045 0.069 0.217 0.133 0.333 0.220 1.168 0.163 6.480 0.240 0.758 0.110 0.722 0.368 0.624 0.170 0.021 0.166 1.060 0.264 0.152 0.650 0.231 0.042 0.045 0.342 0.303 0.304 0.652 0.811 1.107 3.236 0.898 0.707 0.823 0.717 1.092 1.647 2.118 0.449 0.363 0.300 0.523 0.703 1.476 0.779 1.430 3.624 1.834 7204 chr21 38070015 38075875 + 0 NA intron (NM_005069, intron 1 of 10) CpG-17199 1524 NM_009586 6493 Hs.146186 NM_005069 ENSG00000159263 SIM2 HMC13F06|HMC29C01|SIM|bHLHe15 SIM bHLH transcription factor 2 protein-coding 2.265 0.512 0.748 2.949 0.628 0.038 0.343 0.109 0.340 0.850 0.621 0.907 0.042 0.017 0.090 1.901 0.959 0.168 0.921 0.453 0.162 0.214 0.350 0.224 0.201 1.353 1.072 0.263 1.221 1.611 1.964 0.155 1.952 0.074 1.288 0.008 0.849 0.039 0.566 0.013 9.593 7.175 2.848 0.037 0.014 7.416 0.269 2.570 0.936 1.531 3.289 1.901 0.957 0.016 0.201 0.938 2.046 0.248 1.244 0.041 1.477 0.021 0.026 0.079 0.017 6.887 10.330 6.593 7.197 0.961 1.004 2.552 1.053 0.310 0.311 1.853 2.773 0.224 0.292 1.115 1.002 2.158 7.385 0.282 0.261 0.031 0.133 nan 0.378 8133 chr3 188001681 188015387 + 0 NA intron (NM_005578, intron 2 of 10) intron (NM_005578, intron 2 of 10) 65341 NM_001167671 4026 Hs.720220 NM_005578 ENSG00000145012 LPP - LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma protein-coding 1.133 1.567 0.882 1.812 0.910 0.300 1.629 0.667 1.064 0.250 1.336 3.062 0.208 0.364 0.119 0.474 1.763 0.316 1.549 0.968 0.873 0.031 0.343 0.271 0.726 2.272 1.106 0.466 0.922 1.755 0.494 1.360 0.796 0.840 0.768 0.664 0.021 0.189 0.076 1.147 1.090 4.067 0.941 0.584 1.898 0.801 0.584 2.553 0.616 1.451 0.467 0.819 0.474 1.128 3.383 0.726 0.284 0.350 0.021 0.394 0.375 1.065 0.029 0.055 0.938 1.147 0.929 0.323 0.172 0.671 1.688 0.944 0.828 0.594 0.239 0.373 0.380 0.853 1.331 1.312 2.398 1.214 1.106 0.168 0.169 0.106 0.095 0.126 0.207 0.208 0.357 3536 chr14 50405929 50455997 + 0 NA Intergenic L1MB4|LINE|L1 -2154 NR_106724 102464828 NR_106724 ENSG00000278038 MIR6076 hsa-mir-6076 microRNA 6076 ncRNA nan nan 1.112 2.213 0.544 2.443 2.054 0.458 0.819 0.852 0.361 1.548 1.239 0.175 1.631 1.207 0.879 0.255 2.167 0.719 0.841 0.048 0.238 0.205 0.749 3.714 2.452 0.131 2.222 2.344 2.226 6.454 4.875 3.677 1.867 0.162 0.720 0.069 0.146 1.314 0.081 0.484 0.124 0.115 1.629 1.842 2.046 1.331 1.908 0.370 0.452 1.792 1.207 2.290 1.580 0.749 0.791 0.897 0.099 0.353 0.262 0.846 0.355 0.235 1.037 1.210 0.939 0.374 0.316 0.409 0.762 0.718 0.822 1.061 0.305 0.383 0.422 0.347 0.536 2.131 1.892 0.841 0.507 0.275 0.446 2.149 2.112 0.347 0.834 nan 1.329 5084 chr17 79867772 79877569 + 0 NA intron (NM_016538, intron 5 of 9) intron (NM_016538, intron 5 of 9) -3317 NM_001256434 5833 Hs.569843 NM_002861 ENSG00000185813 PCYT2 ET phosphate cytidylyltransferase 2, ethanolamine protein-coding 1.383 1.585 1.951 1.399 1.269 0.313 2.298 0.621 1.228 0.324 2.582 0.879 0.133 0.538 0.893 1.125 1.033 0.131 2.708 1.214 0.901 0.396 0.779 0.338 1.254 1.523 1.529 0.839 1.834 0.602 3.417 5.056 1.398 3.436 1.491 1.265 0.175 0.820 0.111 0.543 0.219 1.227 0.703 0.378 0.869 0.477 1.267 1.038 1.579 1.933 0.776 1.873 1.125 4.341 0.859 1.254 0.955 1.971 0.238 1.735 1.285 0.313 0.281 0.190 1.004 0.273 0.114 1.668 2.256 1.575 2.816 1.575 1.737 1.974 0.659 1.519 1.353 nan 1.904 2.006 2.456 1.799 1.093 0.848 1.643 0.742 0.984 0.855 1.099 nan 0.549 3571 chr14 56839587 56849565 + 0 NA Intergenic MLT1L|LTR|ERVL-MaLR -136473 NR_135241 101927690 Hs.385477 NR_135241 ENSG00000258803 LOC101927690 - uncharacterized LOC101927690 ncRNA 2.765 nan 2.326 0.058 0.185 0.066 0.057 0.080 0.298 0.070 0.074 0.025 0.020 0.144 0.346 0.116 0.082 0.083 0.037 0.047 0.109 0.180 0.049 0.014 0.082 0.092 0.232 0.129 0.284 0.073 0.060 0.029 0.022 0.081 0.035 0.088 0.037 0.018 0.024 0.022 0.039 0.068 0.150 0.049 0.007 0.214 0.104 0.346 0.033 0.027 0.180 0.025 0.033 0.097 0.070 0.061 0.051 0.059 2.001 0.023 0.023 0.651 0.473 0.241 0.303 0.359 0.415 0.250 0.096 0.812 0.854 0.117 0.213 0.287 0.284 0.682 0.397 0.126 0.263 0.105 0.147 2.621 10.148 nan 0.574 10176 chr7 13052731 13120219 + 0 NA Intergenic Intergenic 359564 NM_005738 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.049 nan 0.243 0.130 0.024 0.182 0.151 0.304 0.048 0.145 0.243 0.039 0.051 0.085 0.125 0.284 0.120 0.130 0.076 0.044 4.383 0.175 0.194 0.225 0.158 0.040 0.018 0.164 0.086 0.245 0.604 0.872 0.378 0.212 0.288 0.032 0.303 0.174 0.073 0.080 0.094 0.016 0.023 0.076 0.136 0.158 0.221 0.315 0.026 0.099 0.263 0.125 0.076 0.073 0.225 0.141 0.189 0.033 0.096 0.125 0.192 0.036 0.080 0.109 0.381 0.424 nan 0.312 0.248 0.314 0.366 0.452 0.339 0.145 0.407 0.429 0.229 0.362 0.408 0.421 0.261 0.121 0.143 0.218 0.240 0.338 0.354 0.758 0.655 0.558 2510 chr12 15079506 15089434 + 0 NA intron (NM_152321, intron 3 of 6) intron (NM_152321, intron 3 of 6) -2411 NM_001300784 121506 Hs.162143 NM_152321 ENSG00000139055 ERP27 C12orf46|PDIA8 endoplasmic reticulum protein 27 protein-coding 1.344 1.023 1.426 0.840 0.256 0.947 0.890 0.179 0.312 1.160 0.175 0.319 2.457 0.112 0.144 0.168 0.675 0.033 1.299 0.500 0.082 0.014 0.127 0.134 0.048 0.028 0.040 0.022 2.602 1.980 1.631 4.257 5.493 1.569 0.756 0.071 0.019 0.066 0.119 0.036 0.135 0.047 0.016 0.619 1.228 3.564 0.173 0.057 0.086 0.063 0.817 0.168 0.484 0.009 0.048 0.469 1.899 0.020 0.033 0.021 0.071 0.319 0.357 0.015 0.018 0.016 0.277 0.314 2.192 7.557 nan 0.575 0.144 0.090 0.529 0.543 2.325 2.640 0.680 1.299 0.657 0.465 0.310 0.516 0.021 0.040 0.650 2.893 0.562 0.453 9862 chr6 118226517 118232042 + 0 NA intron (NM_001029858, intron 1 of 7) CpG 590 NM_001029858 222553 Hs.654841 NM_001029858 ENSG00000196376 SLC35F1 C6orf169|dJ230I3.1 solute carrier family 35 member F1 protein-coding nan 1.530 nan 0.157 1.575 9.949 0.026 0.199 0.348 0.066 0.083 0.045 0.258 0.613 1.273 0.144 0.088 0.164 0.034 0.059 0.424 0.241 0.143 0.038 0.013 0.085 0.422 0.419 0.025 5.512 0.026 0.069 0.016 0.177 0.092 0.073 0.100 0.033 0.019 0.069 0.119 0.073 0.074 1.939 0.014 0.025 1.273 0.129 0.033 0.143 0.030 0.052 0.073 0.383 0.325 0.044 0.014 0.021 0.009 2.498 2.914 0.402 0.419 1.824 nan nan 0.178 0.835 0.752 0.394 nan 1.963 3.776 2.860 4.093 0.968 2.444 0.079 0.045 0.261 nan 0.155 0.264 2458 chr12 7734814 7742756 + 0 NA Intergenic L1P4a|LINE|L1 79714 NM_005889 339 Hs.560 NM_001644 ENSG00000111701 APOBEC1 APOBEC-1|BEDP|CDAR1|HEPR apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 1 protein-coding 0.625 nan nan 1.325 0.222 0.047 1.003 0.048 0.184 0.037 0.044 0.057 0.016 0.064 0.088 0.059 0.038 0.077 0.693 0.549 0.047 0.104 0.058 0.121 0.085 0.258 0.181 0.064 4.602 1.419 1.232 1.761 0.430 0.288 0.310 0.103 0.036 0.081 0.151 0.090 0.068 0.088 0.061 0.040 1.667 5.471 0.568 0.295 0.105 0.156 1.541 0.161 0.059 1.317 0.081 0.085 0.108 0.313 0.086 0.189 0.026 0.643 0.051 0.173 0.009 0.007 0.040 0.139 0.128 0.347 0.451 nan 0.324 0.451 0.113 0.463 0.512 0.120 0.283 0.135 0.190 0.510 0.417 0.151 0.119 0.084 0.381 0.245 nan 0.147 0.111 11392 chr8 145114663 145120640 + 0 NA Intergenic Intergenic -2045 NM_017570 26873 Hs.305882 NM_017570 ENSG00000178814 OPLAH 5-Opase|OPLA|OPLAHD 5-oxoprolinase, ATP-hydrolysing protein-coding 1.453 1.456 nan 0.312 1.741 0.205 0.680 0.632 1.219 0.685 1.686 1.005 0.104 0.824 1.441 1.283 0.640 0.215 0.823 0.334 0.222 0.046 0.238 0.065 2.164 0.547 0.382 0.687 0.571 0.194 1.239 3.608 0.465 1.088 0.198 1.604 0.032 1.221 0.065 0.039 0.121 0.308 0.826 0.646 0.164 0.124 0.616 0.157 2.250 2.076 2.244 2.026 1.283 0.751 0.649 2.164 0.699 0.941 1.004 3.209 5.144 0.584 0.368 0.827 0.088 0.568 0.338 0.785 0.986 0.190 0.405 nan 1.589 nan 0.398 1.567 1.458 0.508 0.780 1.374 1.882 0.721 0.697 1.384 1.202 0.515 0.395 1.310 2.209 0.898 0.525 10975 chr8 59569540 59576794 + 0 NA promoter-TSS (NM_003580) promoter-TSS (NM_003580) -763 NM_003580 8439 Hs.372000 NM_003580 ENSG00000035681 NSMAF FAN|GRAMD5 neutral sphingomyelinase activation associated factor protein-coding 6.522 nan 3.390 1.274 1.875 2.304 1.091 1.792 3.224 0.751 2.910 1.666 4.437 1.528 2.567 3.967 1.555 0.133 1.939 0.678 3.823 2.068 1.770 1.092 4.087 2.075 3.285 0.967 1.717 1.033 3.352 4.772 1.451 5.578 0.808 3.100 0.800 2.973 0.133 1.352 2.985 3.566 4.900 1.775 2.014 2.257 1.966 2.166 4.085 5.768 1.505 1.394 3.967 2.732 3.312 4.087 2.143 0.796 0.533 2.375 2.884 1.634 1.273 3.007 1.004 2.350 2.424 5.302 6.510 5.093 7.794 10.609 10.370 5.769 3.303 4.762 4.578 3.355 nan 3.532 5.437 6.168 6.602 3.440 6.177 5.926 4.280 6.495 4.320 3.693 2.530 10183 chr7 14786562 14802880 + 0 NA intron (NM_001350723, intron 3 of 25) intron (NM_001350723, intron 3 of 25) 86354 NM_145695 1607 Hs.567255 NM_004080 ENSG00000136267 DGKB DAGK2|DGK|DGK-BETA diacylglycerol kinase beta protein-coding nan 1.996 nan 0.321 0.746 0.088 0.022 0.569 0.889 0.018 0.210 0.120 0.061 0.086 0.459 0.954 0.270 0.138 0.150 0.093 0.027 0.042 0.715 0.618 1.484 0.068 0.039 0.004 0.262 0.097 0.212 0.522 0.130 1.188 0.161 0.207 0.498 0.045 0.179 0.065 0.286 0.130 0.067 0.096 0.114 0.021 0.140 0.612 0.030 0.044 0.044 0.024 0.954 0.061 0.017 1.484 0.135 0.060 0.129 0.054 0.978 0.038 0.018 0.038 0.119 0.215 0.261 nan 0.322 0.310 0.417 1.274 1.313 4.164 1.029 0.523 0.414 2.344 2.823 1.625 2.540 0.618 0.516 0.116 0.180 2.581 4.560 0.413 0.871 0.960 0.577 834 chr1 163023195 163028975 + 0 NA Intergenic Intergenic -12311 NM_001102445 5999 Hs.386726 NM_005613 ENSG00000117152 RGS4 RGP4|SCZD9 regulator of G protein signaling 4 protein-coding 2.031 2.434 1.099 0.063 2.602 0.492 0.074 3.417 6.316 0.034 0.079 0.476 0.022 6.982 1.616 0.735 0.269 0.083 0.147 0.065 0.031 0.024 5.731 3.090 5.631 0.024 0.036 0.026 0.083 0.167 0.119 0.025 1.544 0.076 0.048 0.359 0.019 0.106 0.145 0.041 0.127 0.021 0.014 0.076 0.083 0.051 0.056 0.048 0.041 0.012 0.735 0.087 0.096 5.631 0.043 0.043 0.082 0.020 0.806 0.165 0.068 0.382 0.077 0.038 0.035 0.577 0.384 0.258 0.677 9.789 nan 11.828 5.046 0.138 0.131 0.825 1.069 5.092 nan 0.721 0.609 0.315 0.528 2.560 2.513 0.601 1.283 3.734 2.070 7345 chr22 25380106 25398602 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -34587 NM_001145206 85379 Hs.419171 NM_001145206 ENSG00000197077 KIAA1671 - KIAA1671 protein-coding 1.123 nan 0.688 0.952 0.419 0.060 2.740 0.324 0.674 0.827 1.187 1.509 0.007 0.086 0.248 0.663 0.451 0.294 2.006 1.782 0.678 0.030 0.093 0.081 0.726 0.740 0.634 0.269 1.692 0.911 0.571 nan 0.598 0.534 1.219 1.966 0.124 0.060 0.072 1.608 0.133 2.519 2.808 1.056 0.872 0.438 0.420 1.361 0.793 1.470 0.778 1.116 0.663 3.457 2.464 0.726 0.402 0.642 0.485 0.543 0.318 1.091 0.619 0.604 1.956 0.031 0.003 0.436 0.612 0.302 0.510 0.451 0.441 0.469 0.176 0.845 0.864 0.287 0.612 1.117 1.795 1.471 1.085 0.450 0.625 1.206 1.543 1.039 2.903 2.726 1.549 7760 chr3 114798441 114821467 + 0 NA intron (NM_001348800, intron 1 of 11) intron (NM_001348800, intron 1 of 11) 9220 NM_001348805 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.325 nan 1.287 0.075 0.318 0.824 0.130 1.086 1.945 0.004 0.106 0.168 0.021 0.244 0.111 0.353 0.580 0.151 0.079 0.016 0.038 0.030 0.857 0.618 1.339 0.141 0.054 0.157 0.104 0.032 0.056 0.140 0.058 0.419 0.043 0.047 0.190 0.160 0.102 0.098 0.031 0.052 0.013 0.027 0.057 0.040 0.055 0.116 0.166 0.068 0.123 0.072 0.353 0.037 0.050 1.339 0.030 0.046 0.053 0.054 0.374 0.048 0.193 0.445 0.023 0.023 0.013 0.583 0.788 1.456 2.169 1.316 nan 4.014 1.487 0.405 0.394 nan 7.302 0.628 0.760 1.337 0.647 0.392 0.482 1.104 1.134 0.577 1.224 1.445 0.846 9084 chr5 95763083 95772215 + 0 NA intron (NM_000439, intron 1 of 13) intron (NM_000439, intron 1 of 13) 214 NM_001177875 5122 Hs.78977 NM_000439 ENSG00000175426 PCSK1 BMIQ12|NEC1|PC1|PC3|SPC3 proprotein convertase subtilisin/kexin type 1 protein-coding nan 5.262 0.541 0.039 3.810 6.809 0.039 1.368 2.925 0.011 0.743 0.108 0.014 4.751 1.050 2.551 0.163 0.087 0.081 0.021 0.035 2.512 0.923 1.928 0.022 0.016 0.125 0.089 0.075 0.071 8.437 0.032 0.115 1.987 0.048 0.095 1.061 0.060 0.007 0.017 0.021 0.121 0.098 0.039 0.096 0.044 2.551 0.047 0.030 1.928 0.063 0.180 0.026 5.320 0.044 0.608 0.067 0.017 0.006 0.005 0.275 0.656 0.087 0.091 8.634 5.356 1.630 0.569 0.050 0.078 4.287 4.637 3.440 3.892 2.172 2.150 0.549 0.983 7.887 9.837 0.150 nan 3.267 1.688 1216 chr1 234913757 234919870 + 0 NA Intergenic Intergenic -21010 NR_148962 100130249 Hs.617350 NR_148962 ENSG00000279261 PP2672 - uncharacterized LOC100130249 ncRNA 3.840 2.748 3.539 0.334 0.872 0.199 0.490 0.541 0.844 0.031 0.436 0.933 0.051 0.236 0.232 0.623 0.440 0.266 0.279 0.154 0.246 0.150 0.581 0.565 0.718 0.638 0.143 0.204 0.333 0.294 0.236 1.794 0.332 1.038 0.229 0.231 0.032 0.186 0.345 0.096 0.325 0.478 0.158 0.064 0.214 0.211 0.571 0.755 1.249 0.420 0.201 0.601 0.623 0.259 0.351 0.718 0.236 0.294 0.414 0.438 0.099 0.214 0.125 7.804 0.208 0.104 0.059 1.277 1.116 0.592 1.573 1.897 1.924 nan 0.483 1.190 1.224 1.075 1.926 nan 1.579 1.876 1.197 0.656 0.757 0.256 0.265 3.113 7.744 nan 2.071 3879 chr15 29130272 29140673 + 0 NA intron (NM_001353788, intron 1 of 14) intron (NM_001353788, intron 1 of 14) 4352 NM_001353788 321 Hs.618112 NM_005503 ENSG00000034053 APBA2 D15S1518E|HsT16821|LIN-10|MGC:14091|MINT2|X11-BETA|X11L amyloid beta precursor protein binding family A member 2 protein-coding nan 0.900 nan 0.041 0.169 0.834 0.067 0.328 0.604 0.055 0.177 0.488 0.006 0.327 0.581 1.718 0.044 0.123 0.567 0.218 0.508 0.233 0.636 0.330 1.880 0.846 0.555 0.332 0.032 0.068 1.346 3.082 1.402 1.177 0.014 0.638 0.083 0.633 0.075 0.268 0.452 0.257 0.584 0.397 0.062 0.066 0.018 0.327 1.467 1.977 0.429 0.083 1.718 0.563 0.701 1.880 0.412 0.024 0.782 1.363 0.692 0.046 0.522 0.597 0.278 0.010 0.010 3.189 4.303 1.673 2.184 2.074 1.765 0.144 0.060 3.629 3.263 2.690 3.674 1.300 2.321 nan 8.025 1.632 3.074 1.138 0.797 1.831 1.329 1.354 1.017 6616 chr2 209352673 209368592 + 0 NA Intergenic Intergenic -46735 NR_136588 101927960 Hs.159960 NR_136588 LOC101927960 - uncharacterized LOC101927960 ncRNA 0.849 nan 0.777 0.068 4.680 0.028 0.053 1.687 2.862 0.012 0.073 0.064 0.322 0.526 0.201 0.095 0.051 0.126 0.059 0.024 0.002 0.401 0.197 0.700 0.009 0.014 0.018 0.076 0.026 0.081 0.328 0.081 1.507 0.027 0.047 0.108 0.048 0.089 0.468 0.040 0.023 0.019 0.039 0.072 0.120 0.072 0.026 0.015 0.013 0.201 0.046 0.017 0.700 0.053 0.047 0.012 0.040 0.437 0.030 0.067 0.110 0.014 0.003 0.349 0.207 0.780 0.491 1.570 1.632 0.257 0.098 0.419 0.501 0.359 0.554 4.399 3.836 0.584 0.326 0.226 0.400 0.755 0.405 0.373 0.524 1.008 0.660 10570 chr7 103269886 103281370 + 0 NA intron (NM_173054, intron 19 of 63) intron (NM_173054, intron 19 of 63) -189004 NM_206885 375611 Hs.585146 NM_198999 ENSG00000170615 SLC26A5 DFNB61|PRES solute carrier family 26 member 5 protein-coding nan 0.670 0.656 1.062 0.115 0.024 0.677 0.106 0.212 0.074 0.138 0.161 0.011 0.018 0.077 0.127 0.097 0.111 0.487 0.400 0.027 0.163 0.124 0.115 0.006 0.013 0.006 3.560 0.944 0.217 0.158 0.942 0.201 0.533 0.074 0.008 0.079 0.184 0.083 0.042 0.201 0.102 0.102 1.512 0.375 0.178 0.122 0.057 0.025 0.041 0.410 0.127 0.080 0.041 0.115 0.330 0.123 0.017 0.020 0.009 0.311 0.043 0.087 0.013 0.035 0.408 0.215 0.357 0.619 0.311 0.264 0.899 0.391 0.221 0.197 0.445 0.608 0.249 0.251 0.437 0.149 0.126 0.244 0.113 0.180 0.375 nan 0.638 0.611 2864 chr12 94070145 94078102 + 0 NA intron (NM_001320100, intron 2 of 2) intron (NM_001320100, intron 2 of 2) 1578 NM_001330126 8738 Hs.38533 NM_003805 ENSG00000169372 CRADD MRT34|RAIDD CASP2 and RIPK1 domain containing adaptor with death domain protein-coding 2.647 1.776 1.768 1.450 1.482 2.981 1.115 0.806 1.109 0.297 1.257 1.140 1.233 0.545 1.399 1.345 1.953 0.285 0.770 0.287 1.428 0.691 0.708 0.613 2.130 1.015 0.940 0.547 0.958 0.846 1.590 2.714 1.256 nan 0.790 1.459 0.458 1.486 0.121 0.780 0.779 1.007 1.115 0.667 1.191 0.687 0.775 1.537 1.636 1.296 1.189 1.182 1.345 1.078 1.245 2.130 0.751 1.166 0.745 1.902 1.226 0.653 0.845 0.863 0.535 0.818 0.506 2.567 2.900 2.486 3.387 4.859 4.528 5.108 2.600 4.863 5.391 8.667 9.812 2.833 nan 3.233 3.321 2.339 2.630 2.169 2.151 2.908 2.323 2.906 1.723 7458 chr22 44914577 44934731 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -30649 NM_032287 84247 Hs.744991 NM_032287 ENSG00000188636 RTL6 LDOC1L|Mar6|Mart6|SIRH3|dJ1033E15.2 retrotransposon Gag like 6 protein-coding 0.686 nan 0.403 0.067 2.351 0.194 0.743 0.245 0.690 0.024 0.100 0.151 0.022 0.025 0.851 0.609 0.424 0.127 0.210 0.146 0.016 0.028 0.398 0.221 1.423 0.284 0.124 0.011 0.398 0.037 0.139 0.871 0.126 3.934 0.043 0.072 0.047 0.070 0.100 0.030 0.027 0.097 0.036 0.023 0.065 0.046 0.114 0.180 0.073 0.035 0.089 0.328 0.609 0.119 0.085 1.423 0.054 0.142 0.159 0.076 1.407 0.087 0.117 0.062 0.049 0.014 0.017 0.433 0.570 0.142 0.285 2.295 2.165 1.993 0.862 0.257 0.283 0.102 nan 2.346 3.301 nan 1.363 0.263 0.319 0.348 0.518 0.239 0.415 2.189 1.347 9023 chr5 77141156 77151030 + 0 NA Intergenic Intergenic -34387 NR_105012 101929154 Hs.252895 NR_105012 LOC101929154 - uncharacterized LOC101929154 ncRNA 0.801 nan 0.603 0.059 0.867 0.401 0.050 0.162 0.462 0.077 0.098 0.094 0.059 0.010 9.516 1.807 0.080 0.066 0.326 0.083 0.038 0.112 0.093 0.461 0.063 0.039 0.120 0.052 0.031 0.065 0.113 0.042 1.676 0.029 0.071 0.125 0.363 0.110 0.036 0.217 0.164 0.037 0.015 0.011 0.039 0.059 0.071 0.247 0.348 0.296 0.040 1.807 0.093 0.122 0.461 0.037 0.107 0.020 0.041 0.062 0.040 0.020 0.717 0.015 0.029 0.021 0.146 0.120 0.209 0.335 0.367 0.324 nan 0.511 0.117 0.141 0.280 nan 0.631 0.837 1.774 1.480 0.145 0.140 0.445 0.445 0.773 1.756 0.256 0.185 10916 chr8 38884762 38899936 + 0 NA intron (NR_027639, intron 11 of 19) L1MEg|LINE|L1 -16145 NR_145988 109616979 NR_145736 ENSG00000207199 SNORD38D - small nucleolar RNA, C/D box 38D snoRNA 0.813 0.787 nan 4.631 0.520 0.044 1.604 0.117 0.272 0.422 0.932 1.326 0.265 0.140 0.088 0.194 0.884 0.143 1.064 0.312 1.953 0.073 0.145 0.130 0.516 2.084 1.388 0.263 1.377 1.024 0.883 1.089 1.518 0.390 1.138 0.762 0.093 0.514 0.167 0.648 0.031 1.124 2.974 1.296 1.813 0.795 0.970 2.020 1.053 0.960 0.636 1.205 0.194 0.415 1.598 0.516 0.667 0.680 0.057 0.493 0.502 1.298 0.058 0.153 1.013 0.427 0.635 0.431 0.322 0.368 0.524 0.477 0.560 1.721 0.779 1.640 1.703 0.568 0.996 0.270 0.322 0.425 0.230 0.092 0.157 0.428 1.018 0.261 0.758 0.685 0.571 1667 chr10 119300288 119306172 + 0 NA intron (NM_001165924, intron 1 of 1) CpG -1130 NR_144378 196047 Hs.312592 NR_002791 ENSG00000229847 EMX2OS EMX2-AS1|NCRNA00045 EMX2 opposite strand/antisense RNA ncRNA 0.630 nan 0.395 0.050 0.030 0.009 0.037 0.355 0.983 0.032 0.037 0.024 0.011 0.123 0.997 0.089 0.054 0.070 0.011 0.318 0.159 0.140 0.082 0.212 0.062 0.049 0.035 0.082 0.147 0.060 1.837 0.063 1.797 0.112 0.028 6.689 0.140 0.062 0.018 0.052 0.016 0.093 0.233 0.109 0.069 0.997 0.063 0.082 0.029 0.067 0.888 0.034 0.013 0.026 0.008 1.154 3.415 2.184 2.130 0.074 0.176 1.339 0.426 0.086 0.104 0.433 0.863 0.087 0.138 0.648 0.643 0.349 0.291 3.563 3.400 0.064 0.065 0.527 0.384 8671 chr4 185811016 185816112 + 0 NA TTS (NR_039975) TTS (NR_039975) 7051 NR_039975 100506229 Hs.378150 NR_039975 LINC01093 - long intergenic non-protein coding RNA 1093 ncRNA nan 0.606 nan 0.085 0.061 0.018 0.041 0.046 0.306 0.075 0.076 0.018 0.037 0.054 0.243 0.044 0.031 0.041 0.064 0.027 0.039 0.066 0.211 0.004 0.014 0.014 0.042 0.020 0.031 0.221 0.069 0.224 0.042 0.073 0.024 0.077 0.090 0.024 0.077 0.121 0.016 1.257 0.122 0.050 0.042 0.047 0.146 0.243 0.042 0.029 0.211 0.314 0.056 0.023 0.020 0.031 0.019 0.096 0.014 0.010 0.213 0.137 9.904 4.725 0.413 0.337 0.117 0.012 0.271 0.247 0.145 0.171 0.238 0.374 0.503 0.422 0.108 0.179 0.050 0.039 0.160 0.252 0.231 0.237 10131 chr7 3444117 3456989 + 0 NA intron (NM_152744, intron 1 of 44) intron (NM_152744, intron 1 of 44) 109473 NM_152744 221935 Hs.653013 NM_152744 ENSG00000146555 SDK1 - sidekick cell adhesion molecule 1 protein-coding 1.435 1.766 2.334 0.257 0.216 0.133 0.022 0.299 0.600 0.079 1.195 0.015 0.031 0.390 0.633 0.083 0.089 0.131 0.079 0.038 0.040 0.686 0.402 0.786 0.081 0.006 0.006 0.110 0.008 0.142 nan 0.977 nan 0.011 0.099 0.760 0.128 0.189 0.055 0.239 0.135 0.020 0.017 0.042 0.120 0.162 0.044 0.094 0.031 0.133 0.633 0.083 0.094 0.786 0.029 0.086 0.410 0.077 0.032 0.043 0.308 0.078 0.012 0.027 0.016 1.167 1.478 0.460 nan 0.875 1.015 nan 0.557 0.351 0.338 0.744 0.876 nan 0.748 0.415 0.356 0.449 0.636 4.140 5.269 0.178 0.188 1.384 0.997 5085 chr17 79878824 79887378 + 0 NA intron (NM_002359, intron 1 of 2) intron (NM_002359, intron 1 of 2) -1657 NM_032711 4097 Hs.252229 NM_002359 ENSG00000197063 MAFG hMAF MAF bZIP transcription factor G protein-coding 2.564 2.617 2.037 2.157 2.199 0.856 3.694 1.494 2.611 1.078 9.677 3.469 0.421 1.365 1.618 4.130 1.532 0.207 4.391 1.392 10.723 1.506 1.575 0.631 2.239 3.612 5.017 2.609 1.476 0.900 3.507 5.159 1.709 4.537 1.002 8.694 0.690 2.059 0.107 1.643 1.241 7.892 3.593 1.500 2.276 0.997 2.984 8.086 8.808 4.620 2.448 4.787 4.130 5.476 2.618 2.239 4.389 2.978 0.707 5.813 2.684 1.359 0.382 0.676 3.281 1.845 0.931 3.188 4.310 2.358 3.690 2.845 2.540 3.640 1.284 9.292 9.217 nan 2.616 4.195 5.987 3.000 2.450 1.257 2.287 2.725 2.953 2.846 2.812 nan 0.780 569 chr1 108064618 108105384 + 0 NA Intergenic Intergenic 146125 NM_001079874 10451 Hs.267659 NM_006113 ENSG00000134215 VAV3 - vav guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.369 nan nan 0.118 0.361 5.334 0.050 0.161 0.307 0.068 0.077 0.039 0.008 0.192 0.198 0.245 0.228 0.079 0.130 0.046 0.047 0.013 0.154 0.088 0.047 0.078 0.016 0.012 0.092 0.015 0.085 0.386 0.078 2.723 0.154 0.086 0.093 0.037 0.080 0.017 0.177 0.136 0.013 0.017 0.048 0.043 0.103 0.153 0.112 0.023 0.052 0.259 0.245 0.105 0.048 0.047 0.066 0.100 0.567 0.076 0.306 0.160 0.039 0.353 0.039 0.017 0.010 0.340 0.248 0.753 1.152 0.961 nan 2.366 0.424 0.280 0.321 4.652 5.120 nan nan 1.366 1.114 0.165 0.227 0.477 0.544 0.415 nan 0.907 0.622 11912 chrX 10689099 10738676 + 0 NA intron (NM_033290, intron 1 of 9) intron (NM_033290, intron 1 of 9) -68108 NM_001098624 4281 Hs.27695 NM_000381 ENSG00000101871 MID1 BBBG1|FXY|GBBB1|MIDIN|OGS1|OS|OSX|RNF59|TRIM18|XPRF|ZNFXY midline 1 protein-coding 0.914 nan 0.672 0.052 0.240 0.147 0.033 0.256 0.422 0.034 0.049 0.308 0.219 0.023 0.214 0.686 0.605 0.172 0.137 0.038 0.266 0.006 0.157 0.173 0.227 0.036 0.026 0.134 0.049 0.095 0.026 0.066 0.072 0.903 0.062 0.181 0.069 3.149 0.093 0.009 0.415 0.103 0.142 0.110 0.015 0.063 0.054 0.172 0.082 0.070 0.019 0.034 0.686 0.177 0.026 0.227 0.054 0.032 0.098 0.068 0.128 0.035 0.111 0.165 0.015 0.520 0.482 0.124 0.080 0.417 1.128 0.760 0.694 1.305 0.719 0.418 0.382 0.545 0.739 0.647 0.913 0.632 0.529 0.168 0.240 0.343 0.414 0.340 0.713 0.661 0.490 3111 chr13 33848369 33860723 + 0 NA intron (NR_046693, intron 2 of 2) intron (NR_046693, intron 2 of 2) 2855 NR_046693 100874241 Hs.662433 NR_046693 ENSG00000236581 STARD13-AS STARD13-AS2 STARD13 antisense RNA ncRNA 0.805 0.807 1.405 3.127 0.164 0.027 1.254 0.078 0.175 0.486 1.360 0.844 0.636 0.041 0.057 0.206 3.037 0.143 1.036 0.585 2.357 0.127 0.095 0.203 0.871 0.524 0.538 0.864 1.272 0.704 1.348 0.919 0.346 0.723 0.611 0.031 0.228 0.068 0.893 0.039 0.884 3.185 1.404 1.580 0.569 2.565 2.420 0.606 1.012 0.697 0.788 0.206 0.808 3.165 0.203 0.407 2.778 0.042 1.043 0.124 0.975 0.173 0.099 1.974 1.925 2.072 0.789 0.817 0.656 1.339 0.425 0.489 0.351 0.099 0.377 0.395 2.196 2.958 0.370 0.378 0.399 0.270 0.367 0.479 0.203 0.185 0.298 0.496 0.372 0.352 4269 chr16 19006713 19019996 + 0 NA intron (NM_001160364, intron 1 of 15) intron (NM_001160364, intron 1 of 15) 17745 NM_001160364 79905 Hs.187377 NM_024847 ENSG00000170537 TMC7 - transmembrane channel like 7 protein-coding 0.939 0.719 nan 3.318 0.257 0.063 3.975 0.144 0.244 0.766 0.693 1.097 0.183 0.052 0.053 0.486 0.242 0.133 0.844 0.955 0.703 0.032 0.067 0.070 0.144 1.810 1.083 0.123 0.966 0.662 0.471 2.616 0.336 0.512 1.871 1.559 0.128 0.112 0.069 1.421 0.071 0.707 0.354 0.271 0.942 1.333 0.423 1.475 2.038 1.017 0.518 2.328 0.486 1.809 5.732 0.144 0.746 2.239 0.083 0.197 0.530 1.246 0.052 0.669 2.791 0.220 0.241 0.281 0.226 0.329 0.384 0.246 0.276 0.778 0.240 0.415 0.365 0.179 0.414 0.637 0.757 nan 0.314 0.179 0.339 0.576 0.967 0.771 1.885 0.409 0.447 6727 chr2 234880701 234893694 + 0 NA intron (NM_024080, intron 17 of 25) intron (NM_024080, intron 17 of 25) 61154 NM_024080 79054 Hs.366053 NM_024080 ENSG00000144481 TRPM8 LTRPC6|LTrpC-6|TRPP8|trp-p8 transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 protein-coding 1.110 nan 0.742 1.141 0.224 0.380 4.379 0.406 0.778 0.984 0.695 2.059 0.010 0.152 0.090 1.104 0.322 0.087 3.045 1.940 0.141 0.041 0.096 0.262 1.307 1.601 1.037 0.063 1.324 0.608 0.513 2.262 0.470 1.724 3.227 0.153 0.029 0.058 0.124 2.680 0.714 1.333 0.811 0.469 0.994 0.879 1.988 4.296 1.464 2.400 1.275 0.312 1.104 0.808 3.116 1.307 0.311 0.337 0.069 0.309 0.784 2.896 0.069 0.223 1.678 5.089 4.463 0.465 0.315 1.084 1.193 1.397 1.200 0.362 0.147 0.235 0.216 1.141 1.328 0.473 nan 0.476 0.331 0.217 0.330 0.257 0.373 0.398 1.182 0.915 0.492 5188 chr18 20044117 20052063 + 0 NA Intergenic MER44B|DNA|TcMar-Tigger -50212 NM_172241 64693 Hs.406709 NM_022663 ENSG00000212710 CTAGE1 CT21.1|CT21.2|CTAGE|CTAGE-1|CTAGE-2 cutaneous T cell lymphoma-associated antigen 1 protein-coding 0.544 0.628 0.654 2.144 0.153 3.655 0.048 0.214 0.060 0.828 6.984 2.421 0.090 0.090 0.506 0.586 0.183 2.139 1.388 0.597 0.069 0.099 0.144 0.121 1.243 0.734 0.212 1.647 2.845 1.830 3.494 0.855 0.259 1.012 0.805 0.123 0.054 1.162 0.070 2.683 0.754 0.452 2.048 1.623 1.924 3.562 1.260 1.970 1.863 2.596 0.506 2.545 4.961 0.121 0.798 1.757 0.155 0.064 1.502 0.025 0.077 1.976 0.022 0.013 0.490 0.257 0.575 nan 0.218 0.437 0.794 0.221 0.298 0.290 0.061 0.156 0.074 0.087 0.285 0.131 0.229 0.286 0.065 0.259 0.259 0.383 0.335 0.495 11749 chr9 119027865 119052151 + 0 NA intron (NM_002581, intron 9 of 21) AluSx|SINE|Alu 122877 NR_103711 493913 Hs.728832 NR_103711 ENSG00000256040 PAPPA-AS1 DIPAS|NCRNA00156|PAPPA-AS|PAPPAAS|PAPPAS|TAF2C2|TAF4B|TAFII105 PAPPA antisense RNA 1 ncRNA 0.554 0.655 nan 0.053 0.137 0.032 0.076 0.278 0.500 0.004 0.176 0.415 0.018 0.016 0.044 0.359 0.129 0.067 0.268 0.389 0.164 0.006 0.103 0.127 0.089 0.085 0.036 0.006 0.151 0.017 0.073 nan 0.073 0.381 0.024 0.192 0.089 0.062 0.066 0.223 0.043 0.386 0.062 0.045 0.004 0.063 0.108 0.156 0.493 0.067 0.052 0.278 0.359 0.112 0.019 0.089 0.065 0.048 0.092 0.065 0.239 0.114 0.038 0.051 0.075 8.784 10.577 0.230 0.248 0.180 0.261 0.384 0.405 0.164 0.067 0.280 0.250 0.101 0.271 0.342 nan 0.605 0.429 0.165 0.185 0.291 0.460 0.129 0.180 nan 0.394 4335 chr16 32685592 32701406 + 0 NA Intergenic Intergenic -6049 NR_110886 24150 Hs.592038 NM_015369 ENSG00000183632 TP53TG3 P53TG3|TP53TG3A|TP53TG3E|TP53TG3F TP53 target 3 protein-coding 0.630 0.751 0.687 0.050 0.083 4.270 0.018 1.204 2.693 0.048 0.282 0.047 0.082 0.163 0.034 0.220 0.075 0.098 0.040 0.036 0.785 0.167 0.089 0.667 0.066 0.101 0.033 0.076 0.047 0.044 0.066 2.648 0.018 0.127 0.042 0.625 0.100 0.015 0.050 0.489 0.053 0.065 0.007 0.072 0.079 0.695 0.299 0.658 0.055 0.017 0.220 0.053 0.035 0.667 0.015 0.140 0.105 0.037 1.538 0.003 0.056 0.054 0.014 0.277 0.289 0.303 0.174 0.191 0.158 1.140 0.813 1.271 0.506 0.447 0.309 0.546 0.693 5.659 7.443 0.506 0.198 0.161 0.232 0.099 0.176 0.121 0.139 0.280 0.321 5251 chr18 32273069 32292911 + 0 NA intron (NM_001198945, intron 2 of 10) intron (NM_001198945, intron 2 of 10) -7206 NM_001198941 1837 Hs.643454 NM_001390 ENSG00000134769 DTNA D18S892E|DRP3|DTN|DTN-A|LVNC1 dystrobrevin alpha protein-coding nan 1.447 0.759 0.193 2.221 0.076 0.795 0.243 0.559 0.957 0.998 0.100 0.081 0.730 3.139 0.786 0.065 0.468 0.364 0.054 0.077 0.357 0.248 0.576 0.141 0.036 0.022 0.188 0.357 0.288 0.499 0.064 2.488 0.428 0.390 0.880 0.624 0.105 0.315 0.309 0.270 0.036 0.059 0.126 0.429 0.073 1.212 0.053 0.340 0.103 0.176 3.139 0.204 0.809 0.576 0.092 0.013 0.265 0.291 0.830 0.534 0.060 0.094 0.296 0.032 0.020 0.456 0.276 0.891 1.053 1.153 1.210 9.824 4.053 0.167 0.209 0.538 0.921 nan 7.158 0.795 0.448 0.144 0.190 4.061 6.073 0.351 0.804 1.910 1.628 5048 chr17 77668756 77682870 + 0 NA Intergenic Intergenic 5245 NR_039893 100616170 NR_039893 ENSG00000266665 MIR4739 mir-4739 microRNA 4739 ncRNA 0.979 0.754 0.779 0.066 0.143 0.382 0.259 0.227 0.417 0.034 0.119 0.079 0.004 0.029 0.602 0.380 0.043 0.092 0.091 0.053 0.086 0.020 0.122 0.104 0.085 0.134 0.087 0.095 0.088 0.007 0.386 1.715 0.188 0.871 0.031 0.165 0.054 0.091 0.097 0.118 0.105 0.043 0.033 0.046 0.044 0.020 0.190 1.767 0.066 0.062 0.236 0.380 0.112 0.072 0.085 0.138 0.094 0.494 0.573 0.067 0.081 0.014 0.929 0.086 0.045 0.016 0.384 0.475 0.176 0.181 1.486 1.267 0.289 0.102 0.190 0.162 nan 2.056 0.201 0.219 3.894 5.631 0.235 0.299 0.086 0.133 1.269 2.471 nan 0.368 6444 chr2 162134987 162139348 + 0 NA Intergenic Intergenic -26013 NR_110593 101929512 Hs.666488 NR_110593 LOC101929512 - uncharacterized LOC101929512 ncRNA 6.016 4.012 nan 0.332 0.475 0.090 0.259 1.030 2.076 0.021 0.393 0.713 0.241 0.394 0.410 1.032 0.807 0.623 0.209 0.130 0.276 0.064 9.469 4.244 0.440 0.078 0.174 0.168 0.571 0.145 1.138 1.620 0.747 2.407 0.301 0.682 0.283 0.123 0.371 0.054 0.530 0.828 0.388 0.233 0.253 0.896 0.419 0.572 0.596 0.332 0.200 0.211 1.032 0.194 0.126 0.440 0.083 0.210 0.090 0.081 0.442 0.433 0.136 0.283 0.094 0.251 0.093 2.035 1.206 1.471 2.031 1.871 2.211 1.576 0.616 0.756 0.528 1.177 2.385 0.556 0.592 2.671 0.905 0.621 0.939 0.606 0.878 1.579 1.889 4.381 5.913 10511 chr7 94273493 94288742 + 0 NA intron (NM_001346719, intron 1 of 12) L3|LINE|CR1 4404 NM_001099400 8910 Hs.371199 NM_003919 ENSG00000127990 SGCE DYT11|ESG|epsilon-SG sarcoglycan epsilon protein-coding nan 1.272 nan 0.771 1.114 0.635 0.516 0.844 1.768 0.856 1.329 0.815 0.143 0.618 1.204 1.016 1.199 0.102 1.064 0.263 0.266 0.526 1.627 1.013 3.096 0.300 0.293 0.479 0.995 0.243 1.175 1.458 1.507 2.035 0.763 0.153 0.457 1.984 0.194 0.450 0.402 0.568 0.159 0.107 0.432 0.085 0.543 0.198 0.934 2.122 0.612 0.679 1.016 1.084 0.929 3.096 0.066 0.361 0.401 0.749 1.089 1.345 0.233 0.275 0.773 0.374 0.268 0.740 0.791 0.985 1.484 6.161 6.705 2.503 1.137 2.039 2.069 5.125 6.531 1.142 1.963 6.572 7.064 0.541 1.123 1.826 1.414 1.033 nan 5.073 3.029 10402 chr7 66498052 66512901 + 0 NA intron (NR_134540, intron 7 of 14) intron (NR_134540, intron 7 of 14) 43684 NR_134540 55253 Hs.520917 NM_018264 ENSG00000198874 TYW1 RSAFD1|TYW1A|YPL207W tRNA-yW synthesizing protein 1 homolog protein-coding nan nan nan 0.079 0.496 0.430 0.426 0.184 0.370 0.065 0.294 0.586 0.058 1.587 0.138 0.272 0.615 0.306 0.150 0.038 0.415 0.066 0.958 0.449 0.369 0.191 0.155 0.123 0.187 0.121 0.244 0.456 0.635 0.584 0.040 0.343 0.052 0.104 0.142 0.142 0.965 0.179 0.041 0.042 0.111 0.094 0.159 0.385 0.192 0.419 0.090 0.162 0.272 0.106 1.441 0.369 0.082 0.105 0.314 0.113 5.577 0.330 0.093 0.417 0.056 0.212 0.078 0.403 0.608 0.334 0.502 0.560 0.646 1.113 0.289 0.496 0.457 2.542 2.565 0.707 0.584 0.708 0.430 0.187 0.369 0.222 0.228 0.728 1.688 4.140 1.615 4353 chr16 49574981 49603773 + 0 NA intron (NM_015069, intron 5 of 7) MIR|SINE|MIR -36881 NR_144553 1596 Hs.684517 NR_144553 ENSG00000260089 ADAM3B CYRN2 ADAM metallopeptidase domain 3B (pseudogene) pseudo 1.074 1.849 1.109 0.052 0.076 0.014 0.032 0.167 0.390 0.020 0.086 0.048 0.007 0.010 0.623 1.617 0.065 0.045 0.041 0.007 0.033 0.014 0.037 0.038 0.093 0.007 0.035 0.015 0.080 0.004 0.036 0.058 0.066 0.175 0.030 0.060 0.591 0.034 0.064 0.021 0.173 0.107 0.054 0.011 0.019 0.053 0.032 0.143 0.076 0.032 0.047 0.034 1.617 0.065 0.013 0.093 0.013 0.043 2.209 0.037 0.092 0.040 0.141 0.407 0.008 0.030 0.014 0.332 0.379 0.064 0.080 0.914 0.969 3.259 0.859 0.094 0.118 0.940 1.156 0.486 0.687 5.362 6.347 0.209 0.362 1.189 1.061 0.805 1.226 0.932 0.623 8895 chr5 50328642 50357255 + 0 NA Intergenic Intergenic -76927 NR_104653 100287592 Hs.519298 NR_104653 ENSG00000251573 LINC02106 - long intergenic non-protein coding RNA 2106 ncRNA nan nan 0.659 0.050 0.271 0.244 0.043 0.184 0.287 0.005 0.074 0.019 0.015 0.049 0.115 0.375 0.056 0.061 0.067 0.022 0.015 0.093 0.104 0.112 0.002 0.008 0.005 0.050 0.022 0.087 0.256 0.108 0.609 0.014 0.054 2.138 0.057 0.114 0.012 0.066 0.010 0.004 0.005 0.039 0.021 0.084 0.070 0.009 0.029 0.047 0.030 0.375 0.037 0.019 0.112 0.004 0.026 0.417 0.020 0.092 0.017 0.024 0.069 0.021 0.020 0.018 0.175 0.098 0.733 1.987 0.304 0.458 nan 0.467 0.061 0.083 0.747 0.798 0.356 0.302 nan 1.552 0.058 0.141 6.127 7.594 0.108 0.168 0.450 0.370 2939 chr12 109897472 109902766 + 0 NA intron (NR_133898, intron 1 of 5) intron (NR_133898, intron 1 of 5) 15230 NR_133898 83892 Hs.524731 NM_031954 ENSG00000110906 KCTD10 BTBD28|MSTP028|ULRO61|hBACURD3 potassium channel tetramerization domain containing 10 protein-coding 0.982 0.921 nan 1.765 0.149 0.337 5.491 0.209 0.266 1.509 2.748 3.351 7.327 0.088 0.117 0.877 8.411 0.461 2.862 1.290 2.123 0.130 0.149 0.204 0.166 4.315 4.908 2.632 3.377 2.768 3.491 8.470 7.097 0.596 2.323 1.058 0.090 0.206 0.094 4.483 0.112 3.319 1.402 0.534 3.404 3.433 2.224 10.783 2.081 2.686 1.727 0.783 0.877 3.906 5.290 0.166 0.791 0.172 0.073 0.505 2.822 0.038 0.114 3.375 9.480 7.317 0.336 0.567 0.821 2.983 0.608 0.634 0.562 0.238 0.546 0.451 0.438 1.031 0.900 0.980 0.559 0.306 0.301 0.488 0.215 0.236 0.342 0.593 0.550 0.605 1877 chr11 32272825 32282171 + 0 NA Intergenic Intergenic -112040 NR_132770 106635521 NR_132770 SNORA88 - small nucleolar RNA, H/ACA box 88 snoRNA 1.270 0.904 nan 0.062 0.121 0.017 0.053 0.430 0.345 0.020 0.084 0.084 0.013 0.043 0.095 0.416 0.089 0.078 0.090 0.020 0.020 0.067 0.088 0.111 0.052 0.008 0.016 0.057 0.011 0.034 0.073 0.075 0.305 0.040 0.051 0.023 0.073 0.008 0.025 0.138 0.058 0.025 0.012 0.024 0.071 0.165 0.087 0.038 0.051 0.029 0.416 0.046 0.387 0.111 0.040 0.009 0.541 0.044 0.044 0.017 0.084 0.744 0.097 0.025 0.016 0.404 0.247 0.199 0.259 0.302 0.212 0.136 0.058 0.229 0.231 6.111 5.730 0.108 0.094 0.707 0.491 0.303 0.339 0.151 0.087 0.946 nan 0.717 0.638 9918 chr6 131684397 131711437 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 126618 NM_004842 9465 Hs.486483 NM_004842 ENSG00000118507 AKAP7 AKAP15|AKAP18 A-kinase anchoring protein 7 protein-coding 0.940 1.177 0.998 0.061 0.212 0.031 0.059 0.152 0.245 0.004 0.079 0.281 0.007 0.015 0.043 1.182 0.054 0.076 0.098 0.021 0.024 0.021 0.174 0.092 0.099 0.145 0.070 0.028 0.054 0.004 0.096 0.132 0.043 0.290 0.037 0.197 0.279 0.037 0.133 0.013 0.100 0.102 0.060 0.033 0.056 0.048 0.096 0.071 0.048 0.063 0.014 0.027 1.182 0.102 0.020 0.099 0.050 0.021 0.011 0.051 0.037 0.023 0.018 0.115 0.056 0.017 0.019 0.338 0.168 0.245 0.269 0.185 0.225 nan 2.591 0.201 0.258 0.082 0.165 0.096 0.115 0.886 0.508 0.070 0.159 1.620 2.035 0.341 nan 0.727 0.470 246 chr1 33884200 33939300 + 0 NA Intergenic Intergenic -26482 NM_145238 7579 Hs.442705 NM_145238 ENSG00000121903 ZSCAN20 KOX29|ZFP-31|ZNF31|ZNF360 zinc finger and SCAN domain containing 20 protein-coding 1.150 nan 1.383 0.238 0.392 0.192 3.832 0.314 0.720 0.080 0.405 0.512 0.028 0.114 0.483 0.330 0.211 0.101 0.613 0.586 0.085 0.108 0.512 0.466 0.786 0.973 0.581 0.114 0.410 0.358 1.210 4.716 0.413 1.132 0.608 0.204 0.091 0.163 0.115 1.097 1.086 0.743 0.103 0.079 0.450 0.246 0.374 1.569 0.142 1.131 0.113 0.174 0.330 0.239 2.477 0.786 0.093 0.109 0.221 0.564 0.131 0.368 0.156 0.276 0.349 0.454 0.852 0.542 0.573 0.382 0.467 1.132 1.298 nan 0.236 0.486 0.505 0.607 0.955 1.043 1.307 nan 1.039 0.372 0.588 0.297 0.281 0.470 1.005 0.976 nan 7695 chr3 98450559 98455304 + 0 NA intron (NM_001323365, intron 1 of 10) intron (NM_001323365, intron 1 of 10) 631 NM_001323366 10402 Hs.148716 NM_006100 ENSG00000064225 ST3GAL6 SIAT10|ST3GALVI ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 6 protein-coding 1.202 2.281 1.665 2.411 0.242 0.024 0.910 0.407 0.785 0.457 1.783 0.927 0.130 1.183 2.862 1.172 0.763 0.170 0.531 0.359 0.212 0.029 0.274 0.136 0.253 0.595 0.304 0.623 0.773 0.619 1.121 2.234 1.941 1.411 0.246 0.100 0.060 0.320 0.079 0.649 0.218 1.076 2.583 1.346 0.279 0.048 0.890 0.420 1.927 4.376 1.657 0.293 1.172 0.252 0.058 0.253 0.467 0.258 0.103 2.250 3.151 0.034 1.192 0.755 1.773 0.303 0.107 0.294 0.554 2.334 3.324 0.925 0.716 0.469 0.157 0.956 1.180 0.202 0.272 1.792 2.105 10.885 19.120 1.433 3.027 0.054 0.085 0.569 0.485 0.268 0.374 7937 chr3 156267580 156273670 + 0 NA intron (NM_007107, intron 2 of 4) intron (NM_007107, intron 2 of 4) 1289 NM_001308205 6747 Hs.518346 NM_007107 ENSG00000114850 SSR3 TRAPG signal sequence receptor subunit 3 protein-coding nan 1.938 1.518 3.881 2.446 0.529 2.397 1.012 1.917 0.500 1.279 1.397 0.404 0.753 0.569 1.052 1.513 0.238 1.284 0.713 0.882 0.387 1.539 0.905 0.746 1.739 2.013 0.682 4.186 1.725 1.546 1.358 2.208 3.396 0.743 1.021 0.155 0.939 0.081 0.611 0.545 2.310 6.354 2.600 2.172 0.694 2.228 3.313 1.282 1.854 1.666 1.925 1.052 1.439 2.376 0.746 0.798 0.733 0.384 1.957 0.970 1.438 0.478 0.754 1.334 3.789 3.301 1.341 1.441 2.632 3.448 2.364 1.962 7.152 2.643 3.347 3.257 2.945 nan 3.492 5.683 4.307 4.928 1.427 2.155 1.773 2.608 3.584 4.270 2.045 1.291 10225 chr7 22504778 22528992 + 0 NA intron (NM_001164460, intron 4 of 4) intron (NM_001164460, intron 4 of 4) 23016 NM_001164460 256227 Hs.729825 NM_207342 ENSG00000105889 STEAP1B - STEAP family member 1B protein-coding 1.167 1.147 1.208 0.256 0.332 0.034 0.062 0.159 0.279 0.020 0.110 0.111 0.025 0.193 0.316 0.501 0.155 0.139 0.126 0.016 0.034 0.023 0.246 0.259 3.016 0.152 0.063 0.022 0.112 0.013 0.240 2.073 0.995 0.789 0.036 0.129 0.032 0.049 0.136 0.015 0.082 0.150 0.045 0.032 0.180 0.054 0.155 0.163 0.081 0.094 0.033 0.077 0.501 0.071 0.081 3.016 0.020 0.054 0.089 0.102 0.240 0.056 0.162 0.225 0.028 0.021 0.019 0.587 0.530 1.020 nan 1.152 1.267 0.573 0.236 0.307 0.348 0.690 0.998 1.041 1.304 0.488 0.342 0.321 0.475 0.218 0.376 0.393 nan 1.852 1.091 5610 chr19 33512939 33557254 + 0 NA intron (NM_033103, intron 2 of 14) intron (NM_033103, intron 2 of 14) 20728 NM_033103 85415 Hs.466435 NM_033103 ENSG00000131941 RHPN2 P76RBE|RHOBP rhophilin Rho GTPase binding protein 2 protein-coding 1.114 1.341 1.101 1.798 1.240 0.569 0.385 0.326 0.517 1.735 0.289 0.980 1.603 0.496 0.624 0.364 0.366 0.229 2.079 0.676 1.550 0.090 0.293 0.249 0.640 0.346 0.189 0.401 0.181 0.262 0.545 1.744 1.033 2.667 0.712 0.134 0.086 0.305 0.120 0.386 0.124 0.318 0.467 0.305 0.507 0.717 1.468 0.255 3.836 1.107 2.418 1.424 0.364 2.400 0.140 0.640 1.072 2.769 0.119 0.314 0.140 0.255 1.271 0.145 0.374 0.554 0.449 0.349 0.441 0.904 3.378 0.599 0.599 0.685 0.268 1.622 1.550 0.474 0.739 1.171 1.268 nan 0.305 0.858 1.206 0.324 0.485 0.362 0.780 0.566 0.628 4001 chr15 63722432 63744157 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 50865 NR_120375 102723344 Hs.569500 NR_120375 LINC02568 - long intergenic non-protein coding RNA 2568 ncRNA 1.177 1.296 nan 0.063 0.771 0.114 0.101 0.346 0.652 0.009 0.220 0.284 0.053 0.115 0.576 0.754 0.216 0.097 0.087 0.026 0.044 0.032 1.796 0.947 1.823 0.115 0.067 0.057 0.056 0.044 0.130 0.656 0.214 1.589 0.060 0.136 1.403 0.035 0.065 0.065 0.205 0.131 0.053 0.025 0.070 0.035 0.089 0.216 1.420 0.082 0.115 1.010 0.754 0.062 0.047 1.823 0.078 0.102 0.201 0.086 0.587 0.054 0.054 0.142 0.098 0.029 0.009 0.712 0.870 2.453 2.560 1.345 1.260 nan 1.006 0.229 0.241 1.102 1.402 1.732 1.390 0.836 0.573 0.299 0.329 3.287 3.324 0.369 0.855 1.992 0.984 2227 chr11 107600222 107618705 + 0 NA Intergenic Intergenic -26676 NM_003063 6588 Hs.334629 NM_003063 ENSG00000170290 SLN - sarcolipin protein-coding 1.019 0.836 0.989 0.051 0.123 0.036 0.077 0.096 0.263 0.005 0.117 0.419 0.007 0.011 0.105 0.070 0.032 0.043 0.091 0.051 0.010 0.023 0.076 0.130 0.032 0.020 0.020 0.024 0.077 0.012 0.069 0.092 0.027 0.271 0.047 0.055 0.077 0.041 0.129 0.015 0.086 0.189 0.039 0.042 0.059 0.063 0.167 0.166 0.060 0.067 0.017 0.070 0.070 0.062 0.100 0.032 0.038 0.036 0.354 0.035 0.027 0.047 0.102 1.300 0.017 0.028 0.014 1.545 1.019 0.187 0.214 0.281 0.402 0.177 0.082 0.199 0.295 1.076 1.547 0.268 0.341 5.827 6.171 0.290 0.469 0.244 0.221 1.605 3.424 0.429 0.434 3241 chr13 86363730 86380981 + 0 NA intron (NM_032229, intron 1 of 1) intron (NM_032229, intron 1 of 1) 1128 NM_032229 84189 Hs.525105 NM_032229 ENSG00000184564 SLITRK6 DFNMYP SLIT and NTRK like family member 6 protein-coding nan 9.234 0.523 0.051 0.692 0.006 0.094 0.111 0.309 0.099 0.112 0.076 0.014 0.174 0.067 0.244 0.238 0.065 0.184 0.022 0.851 0.048 1.550 1.189 0.035 0.036 0.004 0.005 0.131 0.073 1.209 1.239 0.531 0.740 0.474 0.056 0.028 0.012 0.105 0.096 0.101 0.059 0.003 0.005 0.032 0.023 0.157 0.081 0.047 0.017 0.068 0.129 0.244 0.066 0.011 0.035 0.100 0.187 0.037 1.565 0.233 0.053 0.187 0.008 0.013 0.898 0.400 0.901 0.729 0.859 0.839 2.019 0.997 0.530 0.518 0.049 0.067 1.892 1.996 0.427 0.153 0.208 0.364 0.186 0.138 0.509 1.157 0.246 0.120 1168 chr1 226611820 226626438 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -23328 NM_001618 142 Hs.177766 NM_001618 ENSG00000143799 PARP1 ADPRT|ADPRT 1|ADPRT1|ARTD1|PARP|PARP-1|PPOL|pADPRT-1 poly(ADP-ribose) polymerase 1 protein-coding 1.435 nan 1.657 0.059 0.316 1.656 0.085 0.774 1.651 0.106 0.093 0.017 0.007 0.367 0.689 0.109 0.055 0.044 0.026 0.051 0.038 0.355 0.230 0.496 0.067 0.035 0.055 0.051 0.014 0.060 0.224 0.095 1.279 0.010 0.107 0.485 0.049 0.108 0.024 4.993 0.120 0.046 0.048 0.015 0.100 0.066 0.206 0.110 0.039 0.084 0.083 0.689 0.068 0.050 0.496 0.069 0.028 0.172 0.059 0.093 0.091 0.020 0.184 0.021 0.039 0.045 0.467 0.442 0.394 0.561 1.151 nan 1.906 0.431 0.415 0.487 0.460 0.830 0.906 0.956 1.040 0.947 0.136 0.155 1.183 0.916 0.433 0.611 1.243 0.751 11957 chrX 75364139 75370634 + 0 NA Intergenic PABL_B|LTR|ERV1 -25378 NM_016500 51260 Hs.370100 NM_016500 ENSG00000102390 PBDC1 CXorf26 polysaccharide biosynthesis domain containing 1 protein-coding 4.108 4.357 nan 3.173 3.912 3.061 3.353 2.642 5.860 1.232 2.443 2.338 1.479 0.881 2.153 2.497 2.172 0.124 1.725 0.862 1.992 4.114 1.433 1.184 2.590 2.182 3.238 1.226 3.042 1.414 1.437 2.768 2.516 10.267 1.436 5.228 0.585 4.147 0.115 1.073 1.898 4.918 3.408 1.476 1.305 4.702 2.290 4.945 2.745 3.251 1.483 2.344 2.497 1.582 2.881 2.590 1.608 2.863 0.895 3.064 1.585 2.676 1.954 2.127 1.684 1.433 1.222 4.190 4.930 5.200 7.619 10.382 10.853 5.818 6.209 6.789 7.380 4.747 5.048 5.896 7.802 9.383 8.754 4.984 5.821 3.283 3.325 4.553 6.370 2.666 1.371 11450 chr9 12872387 12884098 + 0 NA Intergenic Intergenic -63854 NR_125775 101929467 Hs.586443 NR_125775 ENSG00000235448 LURAP1L-AS1 - LURAP1L antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.857 0.782 0.314 0.038 0.243 0.136 0.464 0.082 0.108 0.899 0.032 0.025 0.083 0.424 0.883 0.139 0.091 0.047 0.253 0.413 0.228 0.153 0.193 0.194 0.043 0.012 0.117 0.064 0.289 0.357 0.477 0.338 0.407 0.894 0.273 0.055 0.092 0.020 0.317 0.008 0.031 0.013 0.187 0.052 0.166 0.077 0.227 0.048 0.095 0.077 0.424 0.026 0.182 0.193 0.153 0.071 0.049 0.015 0.012 0.088 0.033 0.189 0.229 0.025 0.013 0.181 0.101 0.241 0.810 0.351 0.446 0.934 0.412 0.315 0.275 5.372 5.313 0.633 0.543 1.490 0.785 0.148 0.265 1.243 1.703 0.557 1.394 1.110 0.825 11455 chr9 13827139 13834410 + 0 NA Intergenic Intergenic -97196 NR_038194 100113404 Hs.149786 NR_038194 ENSG00000205636 LINC00583 C9orf146 long intergenic non-protein coding RNA 583 ncRNA nan nan 0.721 0.099 0.119 0.069 0.087 0.177 0.327 0.013 0.066 0.089 0.013 0.086 0.159 0.134 0.089 0.102 0.023 0.026 0.087 0.187 0.148 0.009 0.010 0.037 0.015 0.034 0.087 0.049 0.356 0.043 0.027 0.029 0.092 0.088 0.038 0.009 0.011 0.015 0.011 0.040 0.124 0.033 0.054 0.159 0.039 0.064 0.148 0.033 0.028 0.008 0.028 0.021 0.054 0.017 0.042 0.024 0.007 1.286 0.547 7.990 1.666 0.246 0.379 0.309 0.152 0.184 0.165 3.328 4.365 0.384 0.326 0.325 0.142 0.207 0.364 0.151 0.157 0.114 0.382 0.920 0.794 7769 chr3 115865875 115877422 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 1 of 8) intron (NM_001318915, intron 1 of 8) -207223 NR_109998 101926903 Hs.26479 NR_109998 ENSG00000240922 LSAMP-AS1 - LSAMP antisense RNA 1 ncRNA 1.320 nan 0.767 0.085 0.183 0.053 0.056 1.273 2.364 0.008 0.094 0.168 0.011 0.035 0.113 0.285 0.226 0.069 0.068 0.016 0.026 0.388 0.664 0.461 0.166 0.072 0.012 0.006 0.077 0.035 0.059 0.074 0.133 0.013 0.122 0.483 0.376 0.086 0.021 0.187 0.048 0.036 0.027 0.038 0.021 0.050 0.641 0.078 0.031 0.014 0.056 0.285 0.025 0.024 0.166 0.029 0.329 0.030 0.088 0.021 0.061 0.139 0.040 0.020 0.018 0.319 0.270 0.553 0.605 0.330 nan 0.598 0.110 0.322 0.313 7.344 7.043 0.354 0.333 1.393 1.089 0.166 0.217 1.484 1.588 0.264 0.574 0.709 0.441 536 chr1 95184377 95196218 + 0 NA intron (NR_104131, intron 2 of 4) MSTD|LTR|ERVL-MaLR 21159 NR_039620 100616321 NR_039620 ENSG00000263526 MIR378G - microRNA 378g ncRNA nan nan 0.723 2.687 0.105 0.047 1.757 0.176 0.353 0.709 0.471 1.502 0.053 0.284 0.107 0.348 0.381 0.083 2.370 1.118 0.294 0.055 0.027 0.028 0.151 1.501 0.984 0.105 1.126 1.462 0.208 0.998 0.910 0.259 1.881 0.085 0.024 0.092 0.114 0.121 0.262 1.668 0.245 0.132 2.722 0.802 1.129 1.257 0.138 0.048 0.088 0.681 0.348 1.612 0.144 0.151 0.144 0.069 0.016 0.128 0.069 0.496 0.066 0.095 1.885 0.034 0.026 0.352 0.204 0.288 0.572 0.341 nan 0.183 0.130 0.243 0.280 0.234 nan 0.354 0.333 nan 0.170 0.110 0.199 0.064 0.095 0.204 0.296 0.477 0.482 11514 chr9 33286550 33298959 + 0 NA intron (NM_001318758, intron 1 of 23) intron (NM_001318758, intron 1 of 23) 2339 NM_147134 4799 Hs.413074 NM_002504 ENSG00000086102 NFX1 NFX2|TEG-42|Tex42 nuclear transcription factor, X-box binding 1 protein-coding 2.354 nan 2.282 1.016 1.918 1.717 1.732 0.915 1.595 0.757 1.879 1.208 0.672 1.166 0.759 1.894 1.594 0.242 1.041 0.244 1.337 0.682 1.478 0.872 1.799 1.591 1.877 1.675 0.998 0.340 2.569 4.733 2.132 3.172 0.332 1.663 0.296 1.153 0.120 0.382 1.072 1.223 1.332 0.629 0.986 0.965 0.720 1.686 2.453 1.301 0.844 2.061 1.894 2.054 1.662 1.799 0.869 1.990 0.369 1.828 0.771 1.157 0.513 0.569 0.908 0.947 0.674 1.685 1.285 3.238 4.475 3.583 3.676 4.815 2.634 5.173 5.473 2.600 3.321 3.156 4.117 3.166 3.146 1.603 2.227 2.221 2.920 1.825 1.967 3.751 1.998 8319 chr4 38309619 38339801 + 0 NA Intergenic Intergenic -43825 NR_149123 105374410 NR_149123 ENSG00000248227 LINC02513 - long intergenic non-protein coding RNA 2513 ncRNA 0.795 1.222 0.955 0.787 1.148 0.200 2.035 1.080 2.214 0.330 0.160 0.457 0.475 0.208 1.468 0.336 0.365 0.112 1.731 1.175 0.125 0.037 0.488 0.292 1.154 0.298 0.167 0.117 0.463 0.435 1.133 4.804 0.476 0.902 1.503 0.650 0.061 0.089 0.096 0.250 0.186 1.041 0.434 0.280 1.135 0.317 0.797 1.504 0.634 0.220 1.031 0.930 0.336 0.828 0.422 1.154 0.711 0.901 0.106 0.220 0.081 0.611 0.092 0.058 0.721 0.021 0.022 0.448 0.270 0.571 0.732 1.167 1.280 0.369 0.131 0.267 0.244 0.617 0.939 2.672 1.370 0.577 0.267 0.228 0.355 0.396 0.508 0.111 0.168 1.652 1.081 7917 chr3 151018499 151028262 + 0 NA intron (NM_023915, intron 1 of 2) MIR|SINE|MIR 11256 NM_023915 53836 Hs.591292 NM_023915 ENSG00000138271 GPR87 FKSG78|GPR95|KPG_002 G protein-coupled receptor 87 protein-coding nan 0.881 0.610 4.215 0.161 0.051 5.790 0.164 0.387 1.372 0.454 1.960 1.570 0.052 0.118 0.326 2.220 0.413 2.378 1.359 0.045 0.014 0.131 0.206 0.069 2.172 1.792 0.053 5.097 3.899 0.789 1.388 2.104 0.261 1.763 0.110 0.029 0.055 0.062 0.762 0.109 3.197 0.221 0.079 2.379 1.998 1.659 1.673 0.078 0.337 0.016 0.692 0.326 2.624 0.048 0.069 0.676 1.038 0.060 0.642 0.010 4.138 0.174 0.068 0.525 0.094 0.037 0.591 0.621 1.125 4.322 0.385 0.371 0.766 0.259 0.445 0.252 0.489 nan 0.513 0.512 0.605 0.316 0.395 0.520 0.064 0.103 0.159 0.371 0.625 0.662 1767 chr11 4656456 4670867 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -1495 NM_152430 143503 Hs.470038 NM_152430 ENSG00000180785 OR51E1 D-GPCR|DGPCR|GPR136|GPR164|OR51E1P|OR52A3P|POGR|PSGR2 olfactory receptor family 51 subfamily E member 1 protein-coding 0.424 0.704 0.559 0.074 0.365 0.161 0.064 0.290 0.397 0.097 0.038 0.013 1.439 0.234 0.072 0.156 0.068 0.015 0.052 0.281 0.187 0.174 0.010 0.020 0.041 0.057 0.015 0.062 0.067 0.088 0.517 0.030 0.045 0.072 0.052 0.083 0.027 0.164 0.042 0.059 0.015 0.038 0.034 0.117 0.113 0.015 0.175 0.042 0.072 0.056 0.026 0.174 0.038 0.017 0.013 0.036 0.882 0.039 0.152 0.052 0.011 0.008 0.004 0.456 0.220 0.335 0.393 0.682 0.855 2.193 0.875 0.194 0.134 0.156 0.341 8.210 6.741 0.643 0.558 0.259 0.367 0.273 0.313 0.214 0.375 2.557 1.391 7497 chr3 5014241 5071118 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -21033 NR_037903 100507582 Hs.434505 NR_037903 ENSG00000235831 BHLHE40-AS1 - BHLHE40 antisense RNA 1 ncRNA 1.361 1.917 1.003 2.045 0.114 0.347 2.119 0.318 0.568 1.243 1.169 3.030 0.388 0.337 0.448 0.609 1.096 0.161 2.360 1.144 2.642 1.196 0.325 0.236 0.074 0.997 0.906 0.189 4.354 1.994 3.429 7.318 2.407 2.128 2.187 2.025 0.272 2.168 0.102 1.091 0.355 3.370 1.541 0.826 1.825 1.190 0.719 1.699 3.781 2.084 1.181 2.105 0.609 2.852 2.659 0.074 1.074 0.437 0.181 2.675 1.424 1.269 0.617 0.370 2.043 1.417 0.898 0.271 0.735 0.693 1.884 1.027 0.784 0.159 0.092 1.068 1.112 0.429 0.557 0.748 0.920 0.798 0.950 0.612 0.976 0.751 0.896 0.558 1.199 0.223 0.246 2237 chr11 110299819 110303113 + 0 NA intron (NM_004109, intron 1 of 3) intron (NM_004109, intron 1 of 3) 805 NM_004109 2230 Hs.744 NM_004109 ENSG00000137714 FDX1 ADX|FDX|LOH11CR1D ferredoxin 1 protein-coding 3.842 2.463 2.920 2.090 3.147 3.175 2.424 1.407 3.040 0.959 3.586 2.308 1.603 0.669 1.922 4.023 1.253 2.069 0.574 4.318 1.962 1.855 1.127 4.942 2.345 2.135 2.188 3.009 0.960 2.696 3.337 1.678 11.034 1.196 1.987 1.337 4.227 0.166 1.114 2.852 5.765 3.522 2.020 2.546 0.938 5.402 1.576 2.637 4.365 1.583 3.551 4.023 2.671 6.614 4.942 2.269 2.307 0.415 2.878 2.250 1.438 2.676 0.769 2.039 0.944 0.539 17.073 20.660 4.759 7.837 13.247 11.506 6.261 3.151 6.510 6.708 5.300 nan 4.859 8.414 5.059 6.293 5.663 12.495 6.251 5.254 2.863 3.059 2.975 1.907 5186 chr18 19897473 19904799 + 0 NA Intergenic Intergenic 96742 NM_172241 64693 Hs.406709 NM_022663 ENSG00000212710 CTAGE1 CT21.1|CT21.2|CTAGE|CTAGE-1|CTAGE-2 cutaneous T cell lymphoma-associated antigen 1 protein-coding 0.514 0.653 0.442 0.089 0.107 0.007 0.203 0.328 0.464 0.013 0.102 0.464 0.042 0.073 0.332 0.132 0.022 0.129 0.026 0.034 0.043 0.080 0.147 0.097 0.039 0.051 0.112 0.159 0.116 0.224 0.059 0.256 0.040 0.141 0.026 0.045 0.050 0.016 0.032 0.013 0.069 0.042 0.164 0.074 0.132 0.112 0.122 0.077 0.029 0.061 0.332 0.019 0.126 0.147 0.084 0.149 0.040 0.055 0.047 0.094 0.034 0.030 0.008 0.014 0.328 0.479 1.489 2.074 0.252 0.355 11.031 2.218 0.233 0.247 0.109 0.212 0.114 0.075 0.336 0.159 0.240 0.423 0.114 0.073 0.142 0.287 0.400 0.643 5378 chr18 56656376 56673843 + 0 NA Intergenic Intergenic -37802 NR_024021 390858 Hs.716280 NR_024021 OACYLP ACYL3P O-acyltransferase like, pseudogene pseudo nan 0.881 1.004 0.662 0.253 0.038 1.680 0.183 0.228 0.362 1.268 4.372 0.021 0.067 0.046 0.320 1.663 0.186 0.255 0.249 1.145 0.016 0.182 0.164 0.592 2.622 2.389 0.158 0.202 0.260 0.028 0.103 0.040 0.442 0.390 0.098 0.050 0.031 0.059 0.494 0.472 1.561 0.494 0.313 2.357 0.044 0.226 2.687 2.071 0.082 1.537 0.469 0.320 0.086 0.131 0.592 0.238 0.029 0.028 0.194 0.203 1.504 0.068 0.254 1.576 0.040 0.020 0.460 0.303 0.344 0.481 0.701 0.652 0.638 0.313 0.511 0.638 0.440 0.831 0.640 0.811 0.543 0.332 0.168 0.217 0.168 0.239 0.291 0.738 nan 1.182 7125 chr21 10849737 10860786 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite 135682 NM_001290224 7179 Hs.122986 NM_199259 ENSG00000274391 TPTE CT44|PTEN2 transmembrane phosphatase with tensin homology protein-coding 3.521 3.630 nan 0.379 0.694 0.192 0.172 0.568 0.993 0.112 0.670 0.518 0.050 0.381 0.633 0.646 0.418 2.825 0.323 0.100 0.338 0.340 1.265 0.440 0.032 0.163 0.084 0.740 0.019 0.478 0.326 0.519 1.636 0.066 0.507 0.317 0.343 1.433 0.032 0.180 0.655 0.272 0.084 0.030 0.726 0.385 1.057 0.214 0.245 0.128 0.390 0.646 0.294 0.222 0.440 0.200 0.284 0.131 0.069 0.185 0.135 0.252 0.344 0.179 0.188 0.153 1.542 0.574 0.680 0.722 1.326 2.470 0.633 0.525 0.789 0.831 1.435 2.262 0.907 0.818 2.187 0.542 0.640 1.008 0.524 0.858 0.757 1.312 0.718 1.219 11555 chr9 42717030 42730764 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 5831 NM_199244 349334 Hs.712520 NM_199244 ENSG00000184659 FOXD4L4 FOXD4L2|FOXD4b|bA460E7.2 forkhead box D4 like 4 protein-coding 1.156 1.813 1.191 0.115 0.180 0.045 0.072 0.199 0.485 0.054 0.119 0.047 0.009 0.124 0.085 0.356 0.094 0.128 0.070 0.027 0.023 0.860 0.206 0.357 0.426 0.010 0.053 0.022 0.098 0.008 0.147 0.064 0.125 0.508 0.064 0.101 2.485 0.107 0.193 0.034 0.059 0.148 0.096 0.057 0.040 0.095 0.141 0.210 0.041 0.067 0.023 0.062 0.356 0.083 0.061 0.426 0.026 0.030 0.035 0.030 0.111 0.055 0.444 0.054 0.006 0.046 0.029 0.609 0.461 0.346 0.302 1.288 1.262 1.043 0.396 0.544 0.394 0.327 0.577 0.312 0.344 0.611 0.204 0.449 0.811 5.297 4.671 0.258 0.369 0.762 0.641 8767 chr5 11722743 11737421 + 0 NA intron (NM_001288717, intron 2 of 20) L1ME4a|LINE|L1 -141053 NM_001288716 1501 Hs.314543 NM_001332 ENSG00000169862 CTNND2 GT24|NPRAP catenin delta 2 protein-coding nan nan nan 0.113 0.185 0.008 0.069 0.087 0.156 0.320 0.038 0.051 0.203 0.091 0.078 0.070 0.148 0.232 0.137 0.064 0.030 0.009 0.140 0.212 0.091 0.014 0.005 0.036 0.097 0.022 0.218 0.381 0.187 nan 0.020 0.076 0.045 0.015 0.092 0.008 0.016 0.091 0.041 0.016 0.022 0.037 0.122 0.055 0.025 2.884 0.419 0.070 0.049 0.019 0.091 0.042 0.118 0.139 0.004 0.056 0.043 0.139 0.017 0.005 0.016 0.017 0.431 0.325 0.238 1.063 0.272 0.355 0.110 0.054 0.121 0.153 nan 1.776 0.271 0.259 0.668 0.325 0.280 0.335 0.164 0.272 0.109 nan 0.548 0.531 9525 chr6 26532151 26540946 + 0 NA Intergenic Intergenic -2024 NM_006353 10473 Hs.236774 NM_006353 ENSG00000182952 HMGN4 HMG17L3|NHC high mobility group nucleosomal binding domain 4 protein-coding 4.660 2.338 nan 1.959 3.191 0.885 1.397 1.295 2.764 0.458 3.219 2.194 1.169 1.127 2.359 2.792 2.615 0.610 2.121 0.670 5.554 1.797 1.240 0.888 3.053 1.456 1.397 1.079 1.283 0.768 1.900 2.077 1.652 nan 0.949 2.810 0.576 4.873 0.206 0.789 1.939 4.114 2.269 1.055 0.793 0.673 1.602 1.606 2.980 5.317 1.393 1.028 2.792 2.282 3.964 3.053 0.585 1.163 0.585 4.879 1.858 1.886 1.565 3.294 1.604 1.172 0.802 3.268 5.128 2.529 nan 5.066 4.280 nan 1.763 6.951 7.120 4.084 5.026 5.281 6.095 6.470 6.539 1.849 3.171 3.688 3.658 6.187 8.870 2.122 1.051 11026 chr8 67572624 67581342 + 0 NA exon (NM_025054, exon 1 of 3) exon (NM_025054, exon 1 of 3) 2469 NM_025054 80124 Hs.632066 NM_025054 ENSG00000175073 VCPIP1 DUBA3|VCIP135 valosin containing protein interacting protein 1 protein-coding 2.863 1.417 1.311 0.844 1.813 0.737 1.789 0.716 1.562 0.384 2.195 1.336 0.517 0.623 1.792 0.847 2.510 0.204 2.936 0.783 1.393 0.524 1.001 0.521 1.196 1.207 1.014 0.634 1.915 0.723 1.656 1.753 1.360 3.960 1.072 0.756 0.331 1.367 0.123 0.761 1.081 1.873 1.601 0.917 1.174 1.561 1.156 2.121 1.522 5.696 0.939 1.155 0.847 1.932 2.628 1.196 0.923 0.303 0.313 1.160 1.627 1.306 1.249 0.822 0.569 0.813 0.648 1.443 1.636 1.988 2.944 3.555 3.215 2.961 0.830 2.411 2.409 2.273 nan 1.878 3.422 nan 2.580 1.820 3.351 1.646 2.837 1.745 2.441 2.274 0.994 6855 chr20 15525237 15540008 + 0 NA intron (NM_001033087, intron 4 of 13) intron (NM_001033087, intron 4 of 13) 355118 NM_001033087 140733 Hs.661576 NM_080676 ENSG00000172264 MACROD2 C20orf133|C2orf133 MACRO domain containing 2 protein-coding 0.982 nan 0.916 0.034 0.188 0.023 0.043 0.076 0.193 0.006 0.115 0.031 0.004 0.034 0.072 0.137 0.252 0.177 0.072 0.013 0.017 0.019 0.053 0.122 0.088 0.019 0.025 0.015 0.055 0.014 0.055 0.092 0.090 0.338 0.020 0.075 0.013 0.007 0.067 0.027 0.056 0.037 0.022 0.041 0.052 0.110 0.039 0.028 0.042 0.047 0.137 0.033 0.019 0.088 0.050 0.056 0.322 0.012 0.041 0.032 0.020 3.576 0.010 0.016 0.010 0.650 0.362 0.472 0.560 0.266 0.421 0.229 0.087 0.202 0.221 1.429 1.914 0.342 0.296 6.530 5.816 0.118 0.217 0.100 0.150 1.323 3.994 0.332 0.363 8558 chr4 139934263 139940408 + 0 NA intron (NM_012118, intron 1 of 2) CpG 422 NM_012118 25819 Hs.639842 NM_012118 ENSG00000151014 NOCT CCR4L|CCRN4L|Ccr4c|NOC nocturnin protein-coding nan nan 2.495 3.459 2.792 0.824 3.454 1.107 1.977 1.861 3.109 2.376 3.259 0.409 1.952 1.258 3.457 0.453 2.737 1.037 3.955 0.931 1.436 0.631 3.645 2.095 2.270 0.864 2.108 1.620 2.304 2.776 1.591 2.817 1.628 2.833 0.559 2.882 0.115 1.985 2.261 6.689 6.165 2.224 1.980 1.244 1.428 5.290 1.986 3.344 2.525 1.684 1.258 3.891 4.317 3.645 1.025 1.967 0.586 2.282 1.023 2.124 0.817 2.093 2.129 2.706 2.409 2.289 2.912 3.588 7.068 4.110 4.256 4.208 1.874 4.054 4.308 2.128 2.841 3.025 4.848 5.266 6.674 2.990 4.522 2.768 2.976 4.427 4.845 2.198 1.150 11588 chr9 75545424 75696945 + 0 NA Intergenic L1MCa|LINE|L1 -52951 NM_000689 216 Hs.76392 NM_000689 ENSG00000165092 ALDH1A1 ALDC|ALDH-E1|ALDH1|ALDH11|HEL-9|HEL-S-53e|HEL12|PUMB1|RALDH1 aldehyde dehydrogenase 1 family member A1 protein-coding nan nan nan 0.147 0.103 0.012 0.098 0.218 0.388 0.023 0.131 0.291 0.024 0.107 0.049 0.145 0.153 0.072 0.143 0.026 0.037 2.628 0.218 0.166 0.056 0.125 0.042 0.023 0.090 0.013 0.089 0.253 0.140 0.219 0.101 0.642 0.142 1.419 0.096 0.030 0.018 0.068 0.022 0.018 0.026 0.029 0.153 0.107 2.323 0.048 0.310 0.151 0.145 0.105 0.029 0.056 0.226 0.297 0.007 0.045 0.042 0.041 0.149 0.053 0.024 0.032 0.020 0.477 0.414 0.953 nan 0.320 nan 0.582 0.222 0.349 0.348 0.103 0.157 0.355 0.370 0.204 0.086 0.261 0.318 0.716 0.732 0.192 0.338 0.891 0.670 11714 chr9 112809410 112816761 + 0 NA intron (NM_001004065, intron 1 of 3) AluSq2|SINE|Alu 2207 NM_001198656 11217 Hs.591908 NM_001004065 ENSG00000241978 AKAP2 AKAP-2|AKAPKL|MISP2|PRKA2 A-kinase anchoring protein 2 protein-coding 1.348 1.343 nan 0.204 1.454 0.114 6.909 0.547 1.052 1.600 3.424 1.143 0.109 0.205 1.066 0.417 1.482 0.306 3.668 1.214 2.195 0.917 0.420 0.455 2.803 2.432 0.350 4.159 1.659 1.817 nan 1.539 4.984 2.826 0.344 0.935 0.208 0.066 1.150 0.119 8.725 1.034 0.614 1.604 2.007 1.885 0.752 0.687 1.992 0.032 0.758 0.417 4.345 1.992 0.455 0.199 1.488 0.941 2.432 0.629 3.482 0.242 0.152 1.634 3.267 2.671 0.070 0.057 0.354 1.109 2.551 1.698 3.514 1.171 0.734 0.973 0.887 1.441 1.667 nan 2.601 3.222 0.210 0.469 2.771 3.183 0.071 0.199 nan 1.265 444 chr1 67231032 67246562 + 0 NA intron (NM_152665, intron 3 of 4) intron (NM_152665, intron 3 of 4) 20657 NM_152665 200132 Hs.479226 NM_152665 ENSG00000152760 TCTEX1D1 - Tctex1 domain containing 1 protein-coding 1.072 0.983 nan 0.101 0.133 1.076 0.074 0.155 0.606 0.006 0.092 0.029 0.016 0.089 4.747 0.207 0.250 0.084 0.114 0.024 0.047 0.009 0.705 0.272 0.728 0.022 0.013 0.033 0.075 0.016 0.067 0.166 0.055 0.823 0.056 0.076 0.665 0.080 0.117 0.022 0.112 0.059 0.041 0.005 0.063 0.044 0.076 0.186 0.031 0.055 0.031 0.068 0.207 0.109 0.060 0.728 0.008 0.082 0.119 0.041 0.146 0.061 0.255 0.080 0.018 0.026 0.010 0.310 0.263 0.362 0.476 0.976 1.480 0.314 0.121 0.302 0.233 nan nan 0.952 nan 0.402 0.201 0.347 0.496 2.184 2.335 0.324 0.466 1.154 0.864 7677 chr3 82190199 82213124 + 0 NA intron (NR_147146, intron 1 of 8) intron (NR_147146, intron 1 of 8) 166368 NR_147146 105377180 Hs.531803 NR_147146 ENSG00000239440 LINC02008 - long intergenic non-protein coding RNA 2008 ncRNA nan 0.517 0.737 0.053 0.120 0.022 0.145 0.167 0.260 0.008 0.058 0.047 0.022 0.056 0.070 0.072 0.048 0.084 0.119 0.083 0.009 0.211 0.164 0.100 0.115 0.015 0.006 0.032 0.130 0.054 0.053 0.085 0.068 0.196 0.083 0.061 0.112 0.038 0.085 0.073 0.028 0.028 0.026 0.014 0.129 0.026 0.110 0.105 0.050 0.071 0.020 0.020 0.072 0.034 0.044 0.115 0.027 0.025 0.012 0.018 0.031 0.014 0.030 0.102 0.027 0.013 0.004 0.175 0.138 0.164 0.267 0.286 0.419 4.829 1.609 0.120 0.096 0.307 0.384 0.324 0.277 0.374 0.141 0.065 0.130 0.786 0.692 0.397 1.103 0.374 0.329 508 chr1 89988469 89999247 + 0 NA intron (NM_001134476, intron 2 of 7) intron (NM_001134476, intron 2 of 7) 3461 NM_001134476 23507 Hs.482017 NM_015350 ENSG00000197147 LRRC8B TA-LRRP|TALRRP leucine rich repeat containing 8 VRAC subunit B protein-coding 3.462 nan nan 1.980 3.029 2.202 0.866 1.210 1.924 0.256 0.231 0.804 0.512 0.769 1.739 1.612 1.936 0.182 1.210 0.492 0.385 0.901 1.120 0.266 1.931 0.520 0.240 0.433 1.352 0.294 1.317 2.230 1.097 5.185 0.365 0.415 0.582 1.272 0.114 0.231 1.606 0.882 0.576 0.347 0.824 0.779 1.833 0.222 0.816 1.388 0.547 1.187 1.612 2.430 2.357 1.931 0.463 0.446 0.747 1.457 1.435 0.184 1.455 2.334 0.106 0.390 0.349 3.294 3.587 2.618 3.084 4.765 3.350 6.026 2.836 7.483 7.251 2.779 3.819 6.487 9.411 3.404 3.481 1.666 3.280 3.131 2.636 4.403 5.529 2.325 1.402 8318 chr4 38155074 38195824 + 0 NA Intergenic Intergenic 53874 NM_001253915 23216 Hs.176503 NM_015173 ENSG00000065882 TBC1D1 TBC|TBC1 TBC1 domain family member 1 protein-coding 0.821 1.632 0.626 0.743 0.578 0.035 2.705 0.434 0.987 0.223 0.363 0.376 0.131 0.327 0.339 0.591 0.449 0.171 1.866 1.099 0.020 0.031 0.253 0.185 0.470 0.705 0.490 0.047 1.112 0.483 1.118 3.937 0.414 0.471 1.532 0.128 0.037 0.045 0.089 0.266 0.175 0.271 0.106 0.088 1.315 0.684 1.041 1.051 0.916 0.160 1.184 0.951 0.591 1.514 0.570 0.470 1.001 0.662 0.105 0.073 0.102 0.531 0.041 0.033 0.130 0.168 0.176 0.403 0.295 0.430 1.218 0.309 0.425 1.369 0.668 0.206 0.219 0.310 0.556 1.145 1.050 0.445 0.271 0.184 0.283 0.271 0.537 0.103 0.167 1.323 1.102 4025 chr15 68307261 68320210 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -32782 NM_016166 8554 Hs.162458 NM_016166 ENSG00000033800 PIAS1 DDXBP1|GBP|GU/RH-II|ZMIZ3 protein inhibitor of activated STAT 1 protein-coding 0.764 0.716 nan 0.222 0.152 0.013 0.076 0.161 0.161 0.266 0.060 0.124 6.892 0.046 0.096 0.186 0.093 0.100 0.147 0.041 0.054 0.032 0.084 0.046 0.100 0.089 0.033 0.040 0.068 0.024 0.063 0.353 0.049 0.310 0.250 0.100 0.022 0.083 0.098 0.009 0.073 0.099 0.028 0.012 0.017 0.018 0.393 0.130 0.534 0.050 0.021 0.171 0.186 0.110 0.057 0.100 0.095 0.083 0.022 0.068 0.055 0.055 0.045 0.076 0.041 0.018 0.015 0.287 0.280 0.183 0.436 0.255 0.311 nan 0.115 0.146 0.104 0.273 0.519 0.224 0.226 0.554 0.240 0.208 0.153 0.091 0.112 0.295 0.531 0.416 0.376 11740 chr9 117209036 117236345 + 0 NA intron (NM_015404, intron 3 of 11) MIRb|SINE|MIR -34242 NM_001346890 25861 Hs.93836 NM_015404 ENSG00000095397 WHRN CIP98|DFNB31|PDZD7B|USH2D|WI whirlin protein-coding 0.700 1.083 nan 0.064 0.786 4.151 0.113 0.188 0.421 0.010 0.089 0.162 0.014 0.238 0.250 0.750 0.124 0.089 0.178 0.071 0.039 0.010 0.328 0.308 0.472 0.030 0.021 0.094 0.098 0.101 nan 0.103 1.450 0.065 0.126 0.084 0.061 0.078 0.022 0.077 0.076 0.037 0.037 0.029 0.079 0.142 0.177 0.080 0.125 0.020 0.144 0.750 0.133 0.044 0.472 0.072 0.063 0.319 0.096 1.050 0.073 0.087 0.081 0.014 0.021 0.020 0.252 0.257 0.229 0.305 1.322 1.388 0.649 0.222 0.444 0.477 0.251 0.404 1.488 nan 0.667 0.558 0.177 0.275 0.486 0.511 0.246 0.315 nan 1.329 1089 chr1 209817269 209835090 + 0 NA promoter-TSS (NM_001127641) promoter-TSS (NM_001127641) -359 NM_000228 3914 Hs.497636 NM_000228 ENSG00000196878 LAMB3 AI1A|BM600-125KDA|LAM5|LAMNB1 laminin subunit beta 3 protein-coding 1.317 1.249 1.652 5.671 0.091 0.168 5.464 0.216 0.519 0.463 1.327 1.838 0.549 0.436 0.091 1.090 0.612 0.164 2.592 1.499 0.267 0.023 0.139 0.188 0.124 3.406 2.919 0.037 4.056 4.193 0.804 2.176 1.033 0.438 2.210 0.683 0.022 0.030 0.102 1.457 0.561 6.169 2.458 0.921 6.327 3.617 1.515 10.447 1.345 1.726 0.859 2.257 1.090 3.664 1.007 0.124 1.683 0.769 0.337 0.115 0.011 1.321 0.317 0.619 1.299 2.715 2.326 0.813 1.266 1.190 3.305 0.607 0.634 0.534 0.139 nan nan 0.589 0.947 0.507 0.551 0.611 0.379 0.309 0.342 0.105 0.165 0.963 1.899 0.718 0.718 12 chr1 1180610 1210576 + 0 NA intron (NM_194315, intron 4 of 7) intron (NM_194315, intron 4 of 7) -13491 NM_001014980 388581 Hs.197613 NM_001014980 ENSG00000184163 C1QTNF12 C1QDC2|CTRP12|FAM132A C1q and TNF related 12 protein-coding 1.278 nan 1.743 0.730 1.614 0.436 0.517 0.379 0.700 0.108 0.911 0.447 0.138 0.561 0.749 0.403 0.460 0.193 0.554 0.145 0.472 0.292 0.382 0.280 0.408 0.310 0.312 1.180 0.690 0.184 0.670 nan 0.365 1.551 0.220 0.462 0.067 0.659 0.117 0.114 0.783 0.851 1.051 0.489 0.250 0.188 0.437 0.467 0.685 1.275 0.261 0.289 0.403 0.913 0.538 0.408 0.228 0.301 0.313 1.536 0.403 0.388 0.235 0.297 0.310 0.333 0.204 0.868 1.143 0.876 1.468 2.400 2.515 0.948 0.292 3.065 2.992 0.935 nan nan 6.867 nan 0.767 0.761 1.148 0.299 0.424 0.839 1.107 0.713 0.513 1554 chr10 80281834 80341611 + 0 NA Intergenic Intergenic 284637 NR_073447 414243 Hs.55047 NR_073447 ENSG00000230417 LINC00595 C10orf101 long intergenic non-protein coding RNA 595 ncRNA 0.675 1.565 1.277 0.073 0.717 2.468 0.086 0.631 1.249 0.013 0.067 0.079 0.009 0.257 0.507 0.238 0.068 0.030 0.049 0.019 0.028 0.012 0.514 0.251 3.276 0.053 0.015 0.009 0.058 0.016 0.071 0.256 0.058 4.006 0.027 0.040 0.070 0.034 0.062 0.047 0.105 0.136 0.032 0.026 0.033 0.039 0.084 0.100 0.079 0.025 0.125 0.081 0.238 0.053 0.289 3.276 0.041 0.048 0.335 0.043 0.268 0.068 0.122 0.132 0.040 0.072 0.040 0.571 0.615 0.309 0.298 1.953 1.847 4.106 1.680 0.283 0.290 0.441 0.615 3.195 2.712 0.257 0.123 0.289 0.361 0.524 0.471 0.277 0.470 1.013 0.544 10531 chr7 97018708 97037908 + 0 NA Intergenic Intergenic 282403 NM_020186 57001 Hs.592269 NM_020186 ENSG00000196636 SDHAF3 ACN9|DC11|LYRM10|Sdh7 succinate dehydrogenase complex assembly factor 3 protein-coding nan 0.534 nan 0.042 0.104 0.017 0.063 0.134 0.160 0.097 4.100 0.007 0.024 0.121 0.172 0.299 0.184 0.055 0.010 0.158 0.007 0.171 0.150 0.103 0.004 0.011 0.075 0.005 0.070 0.084 0.137 0.259 0.046 2.983 0.015 0.058 0.153 0.025 0.075 0.086 0.050 0.037 0.034 0.032 0.066 0.201 0.047 0.071 0.016 0.037 0.172 0.015 0.044 0.103 0.070 0.047 0.010 0.033 0.048 0.041 0.041 0.039 0.024 0.030 0.016 0.286 0.183 0.210 0.304 0.288 0.429 0.123 0.067 0.277 0.314 0.135 0.249 0.262 0.231 0.404 0.172 0.161 0.186 0.082 0.126 0.200 nan 0.849 0.697 2168 chr11 92103700 92156638 + 0 NA intron (NM_001008781, intron 1 of 24) AluSq|SINE|Alu 44907 NM_001008781 120114 Hs.98523 NM_001008781 ENSG00000165323 FAT3 CDHF15|CDHR10|hFat3 FAT atypical cadherin 3 protein-coding 0.618 nan 0.559 0.107 0.187 0.128 0.084 0.109 0.167 0.129 0.061 0.103 0.336 0.061 0.069 0.185 0.167 0.039 0.082 0.021 0.045 0.010 0.089 0.105 0.088 0.068 0.029 0.017 0.103 0.006 0.069 0.046 0.074 0.432 0.047 0.045 0.077 0.083 0.120 0.009 0.060 0.191 0.016 0.021 0.072 0.036 0.135 0.177 0.097 0.033 0.021 0.063 0.185 0.064 0.019 0.088 0.062 0.053 0.033 0.019 0.059 0.034 0.434 0.119 0.093 0.016 0.010 2.690 1.813 3.540 nan 0.503 0.632 0.113 0.080 3.765 3.973 0.658 0.907 0.610 0.610 0.506 0.367 0.811 1.314 0.378 0.549 0.232 nan 0.657 0.615 9670 chr6 44267905 44302550 + 0 NA Intergenic MER58D|DNA|hAT-Charlie -4164 NM_020745 57505 Hs.158381 NM_020745 ENSG00000124608 AARS2 AARSL|COXPD8|LKENP|MT-ALARS|MTALARS alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding 1.403 1.121 1.387 0.216 0.333 0.118 0.495 0.231 0.475 0.026 0.167 0.133 0.117 0.086 0.418 0.503 0.231 0.099 0.245 0.071 0.121 0.132 0.186 0.160 0.376 0.247 0.165 0.074 0.160 0.079 0.186 0.495 0.326 0.707 0.101 0.182 0.058 0.251 0.106 0.078 0.160 0.167 0.163 0.092 0.091 0.146 0.205 0.367 0.215 0.352 0.159 0.096 0.503 0.496 0.176 0.376 0.060 0.112 0.126 0.325 0.135 0.151 0.069 1.894 0.085 0.103 0.044 0.705 0.642 0.481 0.663 0.686 0.813 1.247 0.560 0.643 0.691 0.423 0.649 0.751 nan 1.321 1.277 0.332 0.507 0.346 0.347 1.323 3.547 0.616 0.548 3707 chr14 77562900 77578866 + 0 NA intron (NM_033426, intron 1 of 3) L2b|LINE|L2 6305 NM_033426 85457 Hs.709066 NM_033426 ENSG00000198894 CIPC KIAA1737 CLOCK interacting pacemaker protein-coding 2.961 1.324 3.555 1.078 1.569 4.500 0.557 0.592 1.281 0.543 0.732 0.646 1.499 0.427 1.772 1.505 1.193 0.219 0.501 0.261 1.165 0.408 0.824 0.656 1.553 0.862 0.803 0.291 1.118 0.420 1.472 2.279 1.701 2.638 0.671 0.751 0.387 1.143 0.151 0.344 1.109 0.798 0.846 0.489 0.614 0.636 1.591 0.606 1.032 1.599 0.646 0.852 1.505 0.615 1.012 1.553 0.781 0.660 0.608 1.384 0.778 1.283 0.469 0.596 0.757 0.480 0.313 1.404 1.648 1.543 2.030 2.844 2.616 1.761 1.109 3.962 4.232 1.796 2.622 2.219 nan 3.725 3.702 1.280 2.229 1.911 1.785 1.878 2.527 3.956 nan 3518 chr14 39733694 39740229 + 0 NA promoter-TSS (NR_038935) promoter-TSS (NR_038935) 633 NM_001354153 4253 Hs.287694 NM_005930 ENSG00000150527 MIA2 CTAGE5|MEA6|MGEA|MGEA11|MGEA6 melanoma inhibitory activity 2 protein-coding nan 2.535 nan 4.464 3.717 0.282 1.862 2.426 4.290 1.462 2.846 3.226 6.301 2.133 3.169 2.783 4.043 0.425 2.903 0.752 6.014 4.991 1.186 0.917 3.119 1.800 2.499 1.099 3.529 1.916 17.643 18.931 3.984 7.123 2.128 4.169 0.886 4.462 0.153 1.824 3.367 3.536 3.774 1.465 2.907 2.121 3.952 3.999 4.322 2.980 3.156 5.109 2.783 3.493 6.975 3.119 3.774 2.457 0.729 4.408 2.301 2.752 1.184 0.230 3.245 1.215 0.953 1.226 2.167 3.734 6.596 4.093 3.879 5.571 2.120 5.673 6.219 3.064 3.811 4.559 5.311 5.210 4.353 3.284 5.026 5.355 5.318 1.515 2.258 2.679 1.728 6852 chr20 14311848 14318379 + 0 NA intron (NM_198391, intron 1 of 2) intron (NM_198391, intron 1 of 2) 3200 NM_198391 23767 Hs.41296 NM_013281 ENSG00000125848 FLRT3 HH21 fibronectin leucine rich transmembrane protein 3 protein-coding 1.266 nan 1.230 0.321 0.312 0.009 0.064 0.248 0.365 0.176 0.115 0.057 0.371 1.653 0.014 0.803 1.737 0.148 0.142 0.030 0.827 0.042 0.136 0.306 0.184 0.281 0.132 0.011 0.053 0.160 0.345 0.667 1.322 0.606 0.268 1.091 0.260 0.116 0.067 0.218 0.111 0.097 0.074 0.058 0.118 0.259 0.590 0.189 0.972 0.077 1.296 1.645 0.803 0.103 0.184 0.448 1.109 0.182 0.027 0.292 0.039 0.075 2.002 0.070 0.035 0.879 0.734 1.953 2.892 0.674 0.684 5.063 1.372 11.549 11.949 6.628 7.264 0.702 1.215 3.043 2.109 0.281 0.579 2.315 2.186 1.729 2.882 0.888 0.735 7463 chr22 45897558 45901552 + 0 NA intron (NM_006487, intron 1 of 14) intron (NM_006487, intron 1 of 14) 836 NM_001996 2192 Hs.24601 NM_001996 ENSG00000077942 FBLN1 FBLN|FIBL1 fibulin 1 protein-coding 9.619 nan 4.183 0.646 0.439 2.945 1.791 1.512 1.883 1.986 5.339 1.095 0.123 0.024 0.112 8.437 4.057 0.385 0.998 0.192 1.445 1.079 0.356 0.165 1.948 0.204 0.177 0.687 1.234 0.054 0.536 2.134 1.395 3.910 0.109 0.209 0.216 4.531 0.112 0.293 0.606 3.342 0.120 0.157 0.086 6.464 0.099 2.398 3.013 0.236 0.740 8.437 0.947 0.209 1.948 0.005 1.538 3.892 3.558 0.056 0.254 0.544 0.349 0.029 0.024 0.649 1.236 3.192 5.194 2.480 1.908 2.608 1.044 6.652 6.054 0.665 nan 2.140 3.928 nan 3.077 1.909 2.075 0.989 1.285 0.811 0.853 0.438 0.482 9019 chr5 74896135 74909815 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR -4326 NM_001276713 728780 Hs.370455 NM_001271529 ENSG00000189045 ANKDD1B - ankyrin repeat and death domain containing 1B protein-coding 1.175 nan 0.949 0.641 0.110 0.097 3.208 0.141 0.413 0.028 0.256 0.356 1.380 0.066 0.228 0.346 0.143 0.094 2.291 0.928 0.084 0.030 0.080 0.073 0.175 1.448 0.951 0.091 5.374 4.595 1.923 3.448 3.299 1.048 0.835 0.094 0.084 0.090 0.119 0.450 0.064 0.095 0.159 0.091 1.795 3.459 0.227 0.138 1.276 0.099 3.729 0.557 0.346 3.932 2.581 0.175 0.071 1.409 0.071 0.026 0.022 1.085 0.023 1.850 0.033 0.038 0.018 0.182 0.149 0.244 0.434 0.235 0.346 nan 0.114 0.172 0.137 0.499 nan 0.373 0.596 1.275 1.373 0.078 0.276 0.424 0.308 2.025 3.686 0.316 0.332 6457 chr2 165564158 165582550 + 0 NA intron (NM_001278461, intron 6 of 12) intron (NM_001278461, intron 6 of 12) -29067 NR_033309 100337591 Hs.664357 NR_033309 ENSG00000206869 SNORA70F U70F small nucleolar RNA, H/ACA box 70F snoRNA 0.852 0.901 nan 1.054 0.090 0.030 0.099 0.122 0.279 0.052 0.160 0.045 0.027 0.680 0.024 0.156 0.187 0.070 0.138 0.068 3.307 0.437 0.060 0.118 0.123 0.094 0.051 0.033 0.074 0.052 0.066 0.121 0.373 0.313 0.103 0.101 0.035 0.085 0.013 0.038 0.092 0.023 0.025 0.071 0.616 0.052 0.082 1.052 0.092 1.823 0.808 0.156 0.055 0.042 0.123 0.054 0.067 0.010 0.035 0.016 0.047 0.076 0.187 0.025 0.016 0.006 0.318 0.236 0.182 0.281 0.273 0.312 0.299 0.144 0.322 0.313 0.814 1.016 0.240 0.262 0.406 0.149 0.185 0.224 0.002 0.003 0.525 1.340 0.420 0.284 3343 chr13 110772464 110792225 + 0 NA Intergenic Intergenic 8295 NR_148221 105370361 Hs.134728 NR_148221 LOC105370361 - uncharacterized LOC105370361 ncRNA 0.612 nan 1.014 0.347 2.472 2.445 1.809 0.413 0.661 0.063 1.012 0.930 0.035 0.162 2.070 0.455 0.557 0.086 2.042 0.932 0.090 0.021 0.681 0.191 2.000 1.533 1.096 0.053 0.758 0.683 0.896 2.297 0.361 8.493 0.543 0.397 0.019 0.131 0.074 0.681 2.252 3.246 0.371 0.225 0.863 0.482 1.605 1.209 0.622 0.053 1.382 1.018 0.455 2.008 0.187 2.000 0.495 0.397 0.010 0.201 2.119 0.771 0.120 0.125 0.785 0.111 0.085 0.535 0.324 0.487 1.035 2.818 2.248 10.212 4.304 0.314 0.379 0.035 0.073 1.630 2.483 0.465 0.382 0.414 0.653 0.112 0.185 0.179 0.262 0.829 0.575 6431 chr2 158686171 158699250 + 0 NA intron (NM_001347664, intron 1 of 11) intron (NM_001347664, intron 1 of 11) 2080 NM_001347667 90 Hs.470316 NM_001105 ENSG00000115170 ACVR1 ACTRI|ACVR1A|ACVRLK2|ALK2|FOP|SKR1|TSRI activin A receptor type 1 protein-coding nan 1.704 nan 1.750 1.391 2.068 1.402 0.369 0.517 0.227 1.205 1.854 0.033 1.456 0.729 1.640 1.989 0.172 1.334 0.680 0.261 0.011 0.512 0.265 0.705 2.330 1.660 0.289 0.821 0.430 0.733 1.625 0.663 2.225 0.639 1.664 0.096 0.054 0.076 0.586 0.302 0.719 0.437 0.238 0.989 1.038 0.232 3.836 0.542 0.765 2.753 1.365 1.640 0.695 2.036 0.705 0.356 0.177 0.822 0.134 1.088 1.082 0.106 0.311 0.821 0.233 0.240 0.363 0.271 0.403 1.063 0.915 0.654 4.160 0.746 0.910 0.861 2.336 3.279 3.623 3.378 2.265 2.527 0.292 0.390 0.698 0.807 0.423 0.658 1.865 1.024 6951 chr20 34327340 34337186 + 0 NA Intergenic Intergenic -2005 NM_004902 9584 Hs.282901 NM_004902 ENSG00000131051 RBM39 CAPER|CAPERalpha|FSAP59|HCC1|RNPC2 RNA binding motif protein 39 protein-coding 4.425 4.786 3.816 4.537 5.019 2.491 2.984 2.399 4.442 2.980 3.587 5.187 1.763 2.405 3.088 3.745 3.717 0.554 3.380 0.879 4.544 3.001 2.320 1.058 3.751 3.088 4.141 1.565 3.239 1.328 4.380 nan 4.889 7.728 1.411 7.328 1.005 4.150 0.198 2.301 2.191 4.799 3.375 1.298 1.833 3.653 3.200 5.804 3.288 3.104 2.679 3.545 3.745 4.094 4.435 3.751 2.469 2.760 1.569 5.685 2.136 3.510 2.354 2.889 3.704 2.298 1.591 8.834 7.972 6.626 8.811 5.620 nan 7.872 5.954 13.138 14.410 4.582 5.507 7.008 10.521 10.323 10.318 6.044 9.337 4.953 6.031 7.641 nan 1.949 1.214 11724 chr9 114870407 114879355 + 0 NA intron (NM_001282640, intron 7 of 17) AluSx|SINE|Alu 62696 NM_022486 64420 Hs.494827 NM_022486 ENSG00000106868 SUSD1 - sushi domain containing 1 protein-coding 0.765 0.821 nan 0.586 0.275 0.087 6.957 0.232 0.413 0.248 0.619 1.192 0.063 0.067 0.059 0.358 0.153 0.134 1.637 1.327 0.240 0.089 0.064 0.093 2.320 1.742 0.095 1.964 0.933 2.638 nan 1.122 0.488 2.139 0.104 0.043 0.145 0.073 0.316 0.116 0.237 0.256 0.131 1.196 1.237 1.573 0.191 1.310 0.196 1.226 2.057 0.358 1.519 0.361 0.093 0.686 0.158 0.190 0.068 0.055 0.970 0.078 0.110 1.203 0.051 0.062 0.204 0.204 0.544 0.890 0.537 0.699 0.244 0.108 0.405 0.363 0.502 0.671 0.580 nan 1.217 0.894 0.177 0.259 0.190 0.382 0.407 1.081 nan 0.434 10211 chr7 18530531 18633947 + 0 NA intron (NM_001204148, intron 1 of 10) L1M5|LINE|L1 33343 NM_001204148 9734 Hs.196054 NM_014707 ENSG00000048052 HDAC9 HD7|HD7b|HD9|HDAC|HDAC7|HDAC7B|HDAC9B|HDAC9FL|HDRP|MITR histone deacetylase 9 protein-coding nan 1.535 nan 1.970 0.195 0.222 0.183 0.188 0.343 0.192 0.145 0.505 0.136 0.032 0.764 0.273 1.237 0.143 0.273 0.123 1.917 0.104 0.646 0.511 0.084 0.250 0.093 0.047 0.925 0.224 0.310 1.067 1.090 0.803 0.215 0.255 0.212 0.955 0.186 0.139 0.317 0.239 0.112 0.059 0.666 0.312 0.497 0.556 0.388 0.208 0.376 0.183 0.273 0.173 0.075 0.084 0.095 0.611 0.054 0.248 0.299 0.268 0.163 0.112 0.171 0.161 0.253 nan 0.813 4.306 6.541 1.076 1.136 1.094 0.431 0.528 0.551 2.641 3.094 0.491 0.533 0.451 0.259 0.192 0.407 0.821 0.862 0.645 1.526 0.933 0.590 4036 chr15 69703386 69709439 + 0 NA promoter-TSS (NM_138555) promoter-TSS (NM_138555) -173 NM_004856 9493 Hs.270845 NM_004856 ENSG00000137807 KIF23 CHO1|KNSL5|MKLP-1|MKLP1 kinesin family member 23 protein-coding 1.746 1.694 nan 2.478 1.382 0.707 1.005 1.005 1.454 0.853 3.138 1.500 6.407 0.416 1.293 1.289 1.634 0.158 1.784 0.344 2.657 1.166 0.621 0.308 1.809 0.972 1.143 1.528 2.194 0.699 0.734 2.022 0.971 5.629 0.949 1.896 0.289 1.449 0.114 0.685 1.246 2.388 1.522 0.643 0.829 0.479 1.603 1.888 2.378 2.110 1.343 2.562 1.289 3.304 1.754 1.809 0.946 0.832 0.541 2.589 0.840 1.332 0.554 0.754 1.458 1.418 1.209 1.913 1.622 2.388 4.598 2.060 1.759 nan 0.983 1.790 1.649 1.539 2.071 1.194 1.957 3.175 3.479 0.737 2.133 1.232 1.487 1.441 1.807 0.866 0.563 6315 chr2 112938386 112943081 + 0 NA intron (NM_153214, intron 6 of 7) intron (NM_153214, intron 6 of 7) 44771 NM_001128165 129804 Hs.437696 NM_153214 ENSG00000144152 FBLN7 TM14 fibulin 7 protein-coding 0.767 nan 1.208 0.045 3.198 10.515 0.121 0.410 0.798 0.024 0.066 0.100 0.013 0.975 5.245 2.131 0.166 0.113 0.027 0.059 2.196 1.265 6.338 0.016 0.031 0.049 0.085 0.022 0.069 0.227 0.090 nan 0.063 0.080 0.282 0.039 0.085 0.026 0.067 0.149 0.026 0.050 0.024 0.032 0.082 0.106 0.087 0.046 0.087 2.131 0.121 0.020 6.338 0.052 0.062 0.098 2.798 0.017 0.021 0.184 0.037 0.337 0.479 0.227 0.401 22.015 nan 9.352 2.226 0.426 0.715 0.212 0.464 14.519 17.248 0.420 0.566 0.271 0.484 2.675 1.741 0.192 0.209 2.324 1.397 11119 chr8 95834223 95837529 + 0 NA intron (NR_073445, intron 1 of 27) CpG 358 NM_017864 55656 Hs.727669 NM_017864 ENSG00000164941 INTS8 C8orf52|INT8 integrator complex subunit 8 protein-coding nan 3.059 6.641 1.793 6.325 3.012 2.818 2.332 5.325 0.991 4.137 1.855 1.344 1.845 4.834 2.051 1.729 0.252 4.060 1.498 1.402 1.443 1.179 0.771 4.511 1.433 1.289 2.143 3.498 1.791 2.923 4.025 2.205 15.887 2.447 1.562 1.289 2.468 0.157 1.324 1.969 2.168 4.168 2.419 2.209 2.131 3.092 1.844 3.830 5.418 2.168 3.604 2.051 4.719 2.674 4.511 1.145 2.779 0.648 2.954 4.065 1.562 1.191 0.797 1.224 1.262 0.962 4.703 5.360 3.784 nan 9.497 7.003 8.795 3.326 7.698 7.602 2.738 3.731 13.951 19.812 4.105 4.773 3.944 6.168 4.936 4.871 6.042 4.560 2.806 1.935 3467 chr14 33400162 33417414 + 0 NA intron (NM_001165893, intron 1 of 10) intron (NM_001165893, intron 1 of 10) 329 NM_173159 64067 Hs.657892 NM_022123 ENSG00000151322 NPAS3 MOP6|PASD6|bHLHe12 neuronal PAS domain protein 3 protein-coding 3.467 0.820 2.872 0.079 0.564 0.114 0.200 0.353 0.573 0.005 0.068 0.267 0.113 0.452 0.556 0.810 0.722 0.168 0.494 0.121 0.091 0.016 0.592 0.410 2.402 0.129 0.076 0.017 0.693 0.074 1.161 2.223 0.125 2.283 0.177 0.083 0.066 4.916 0.181 0.280 0.868 0.416 0.276 0.131 0.038 0.210 0.067 0.567 0.387 0.735 0.059 0.035 0.810 0.573 0.102 2.402 0.135 0.043 0.028 1.112 1.272 0.014 0.074 0.071 0.171 0.414 0.304 0.189 0.131 0.247 0.391 1.839 1.471 0.732 0.388 0.763 0.700 0.131 0.243 1.167 1.999 1.924 1.822 0.170 0.444 0.349 0.278 0.281 0.526 1.004 0.690 1522 chr10 73917655 73938418 + 0 NA intron (NM_001198798, intron 5 of 9) L1MC4a|LINE|L1 -47722 NM_173473 119504 Hs.426296 NM_173473 ENSG00000166295 ANAPC16 APC16|C10orf104|CENP-27|MSAG|bA570G20.3 anaphase promoting complex subunit 16 protein-coding 0.737 nan 0.639 0.606 0.094 0.118 1.708 0.124 0.357 0.770 0.959 1.459 0.448 0.034 0.060 0.645 0.325 0.209 0.901 0.530 6.573 0.043 0.092 0.106 0.167 0.828 0.500 0.740 1.073 0.488 0.300 0.974 0.642 0.282 0.334 3.546 0.129 0.173 0.081 0.273 0.038 0.795 0.206 0.173 0.646 0.487 0.909 0.235 2.511 0.405 0.743 1.178 0.645 0.918 1.187 0.167 0.819 2.395 0.028 2.448 0.022 0.822 0.082 0.115 0.494 1.035 0.988 0.431 0.366 0.451 0.650 0.271 0.433 0.572 0.246 0.257 0.201 0.355 0.611 0.413 nan 0.244 0.120 0.230 0.317 0.361 0.621 0.325 nan 0.366 0.320 136 chr1 19710681 19788720 + 0 NA intron (NM_001313932, intron 1 of 4) intron (NM_001313932, intron 1 of 4) 61501 NM_001282162 832 Hs.432760 NM_004930 ENSG00000077549 CAPZB CAPB|CAPPB|CAPZ capping actin protein of muscle Z-line subunit beta protein-coding 1.502 1.031 nan 0.194 1.195 0.577 0.402 0.181 0.409 0.168 0.395 0.506 0.075 0.277 1.244 0.610 0.491 0.152 0.531 0.204 0.334 0.058 0.149 0.101 0.253 0.172 0.096 0.150 0.143 0.026 0.177 1.048 0.204 1.513 0.362 0.101 0.064 0.150 0.104 0.061 0.094 0.604 0.135 0.070 0.203 0.147 0.154 0.182 0.198 0.333 0.070 0.147 0.610 0.534 0.502 0.253 0.055 0.106 0.325 0.464 0.476 0.412 0.052 0.409 0.119 0.073 0.037 0.435 0.600 0.366 0.707 1.653 1.899 0.645 0.241 0.554 nan 1.128 nan 4.859 4.718 nan 0.855 0.220 0.308 0.236 0.262 0.715 1.584 1.066 0.715 116 chr1 16959311 16997386 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 6279 NR_027504 11209 Hs.349110 NR_027504 MST1P2 MSPL-1|MSPL-2|MSPL-3|MSPL1|MSPL2|MSPL3|MSTP1|MSTP2|MSTP3 macrophage stimulating 1 pseudogene 2 pseudo 3.994 2.761 nan 1.165 2.972 4.087 0.933 1.285 2.249 0.471 1.612 0.986 0.862 1.451 1.823 2.432 0.696 0.233 1.124 0.460 0.988 1.668 1.267 0.761 1.245 0.696 1.016 1.302 1.042 0.396 1.440 2.817 1.098 4.248 0.886 0.789 0.322 1.625 0.307 0.561 0.694 1.282 1.153 0.702 0.793 0.732 1.249 1.642 2.109 1.644 0.902 1.136 2.432 1.162 1.282 1.245 1.485 1.113 1.899 2.051 1.066 0.871 0.979 2.379 0.646 0.363 0.287 3.865 4.393 1.965 2.845 5.110 5.607 3.917 2.084 5.266 nan 3.218 nan 5.069 6.641 nan 3.468 2.589 3.324 1.251 1.316 3.177 5.525 4.158 2.493 1197 chr1 232145608 232152620 + 0 NA intron (NM_018662, intron 11 of 12) intron (NM_018662, intron 11 of 12) 87534 NR_126441 104472714 NR_126441 ENSG00000226758 DISC1-IT1 - DISC1 intronic transcript 1 ncRNA 1.237 2.014 1.849 0.162 1.317 1.732 0.071 0.646 1.002 0.014 0.081 0.165 0.009 0.015 0.482 0.725 0.182 0.088 0.090 0.027 0.036 0.020 1.653 0.539 0.409 0.188 0.062 0.031 0.096 0.032 0.106 0.314 0.091 1.354 0.041 0.045 0.327 0.062 0.111 0.034 0.225 0.131 0.035 0.045 0.094 0.055 0.104 0.187 0.104 0.166 0.725 0.122 0.013 0.409 0.052 0.076 0.097 0.034 1.951 0.091 0.056 0.265 0.021 0.041 0.014 0.314 0.323 1.142 1.192 1.432 1.187 10.065 2.429 0.306 0.329 0.596 0.847 nan 1.557 0.466 0.228 0.196 0.144 1.235 1.329 0.488 1.065 nan 1.504 6523 chr2 182435950 182463769 + 0 NA intron (NM_001030313, intron 2 of 10) L2a|LINE|L2 71975 NM_001160277 375298 Hs.732358 NM_201548 ENSG00000188452 CERKL RP26 ceramide kinase like protein-coding 1.871 1.033 1.044 0.321 0.104 0.173 0.087 0.611 1.134 0.009 0.063 0.050 0.016 0.050 0.112 0.483 0.109 0.063 0.091 0.041 0.073 0.025 0.140 0.115 0.314 0.025 0.015 0.011 0.090 0.118 0.066 0.421 0.085 1.027 0.104 0.052 0.535 0.027 0.071 0.073 0.276 0.083 0.015 0.025 0.039 0.177 0.161 0.062 0.121 0.036 0.235 0.024 0.483 0.044 0.019 0.314 0.042 0.026 0.460 0.034 0.033 0.034 0.082 1.086 0.025 0.027 0.011 0.327 0.183 0.162 0.217 0.558 0.843 2.399 0.781 0.352 0.404 nan 4.644 1.411 1.302 4.293 4.061 0.128 0.236 1.618 1.479 1.505 nan 0.635 0.397 10725 chr7 143075487 143082350 + 0 NA promoter-TSS (NM_001322263) promoter-TSS (NM_001322263) 558 NM_001010972 7791 Hs.490415 NM_003461 ENSG00000159840 ZYX ESP-2|HED-2 zyxin protein-coding 2.939 0.913 2.945 3.828 0.266 0.954 1.941 0.397 0.758 1.181 3.768 2.603 1.474 0.670 0.065 0.374 2.264 0.304 3.817 1.240 5.233 0.769 1.165 0.884 0.560 2.806 3.696 3.368 5.910 1.042 2.665 2.581 5.403 3.326 1.408 2.540 0.138 4.962 0.211 1.428 0.046 8.923 4.311 1.643 1.767 1.763 2.793 4.312 3.321 5.056 1.449 3.517 0.374 5.874 3.322 0.560 1.227 3.967 0.639 11.116 2.425 3.211 0.114 0.162 2.540 2.164 1.460 0.267 0.324 1.915 3.276 1.201 0.813 1.060 0.391 7.966 7.555 1.735 2.118 1.137 1.819 1.155 1.337 0.601 0.970 0.509 0.553 0.631 1.430 0.454 nan 4390 chr16 58024832 58036105 + 0 NA exon (NM_020807, exon 2 of 2) exon (NM_020807, exon 2 of 2) -3035 NM_001330568 79650 Hs.408702 NM_024598 ENSG00000103005 USB1 C16orf57|HVSL1|Mpn1|PN|hUsb1 U6 snRNA biogenesis phosphodiesterase 1 protein-coding nan nan nan 1.021 2.321 2.339 3.484 0.471 0.784 1.603 2.027 0.499 0.524 0.763 0.760 1.537 0.645 0.059 2.385 0.555 1.564 0.259 0.398 0.247 1.391 2.078 2.271 0.814 3.621 1.497 2.922 5.499 6.557 5.295 2.430 1.145 0.075 0.691 0.082 0.793 0.275 2.073 1.899 1.201 1.932 1.370 2.350 0.478 1.682 1.018 1.020 1.798 1.537 3.556 0.830 1.391 0.381 0.875 0.668 1.732 0.827 0.602 0.062 0.188 0.561 0.395 0.204 1.076 1.081 0.756 1.410 1.469 1.236 1.209 0.527 2.321 2.156 0.632 nan nan nan nan 1.656 0.530 0.566 0.727 0.835 0.799 nan nan 0.707 8596 chr4 154003204 154013620 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -65082 NM_001351056 23321 Hs.435711 NM_015271 ENSG00000109654 TRIM2 CMT2R|RNF86 tripartite motif containing 2 protein-coding nan 0.829 2.607 0.128 0.245 0.191 0.205 0.279 0.324 0.055 0.134 0.070 0.012 0.047 0.077 0.110 0.144 0.031 0.131 0.091 0.049 0.081 0.164 0.142 0.139 0.333 0.091 0.063 0.110 0.102 0.139 0.678 0.183 0.478 0.285 0.191 0.036 0.052 0.070 0.103 0.100 0.156 0.058 0.098 0.176 0.146 0.380 0.143 0.141 0.075 0.083 0.167 0.110 0.130 0.162 0.139 0.047 0.120 0.093 0.078 0.098 0.089 0.864 0.082 0.066 0.006 0.020 3.386 2.247 12.222 3.342 0.456 0.569 0.505 0.135 4.042 4.519 0.271 0.514 0.607 0.778 0.689 0.451 2.026 3.086 0.281 0.276 0.274 0.354 0.584 0.466 10428 chr7 74488290 74493843 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -1349 NM_148842 81554 Hs.529623 NM_030798 ENSG00000274523 RCC1L WBSCR16 RCC1 like protein-coding nan 1.388 2.079 1.400 1.771 1.389 2.938 0.646 1.575 0.619 2.549 2.611 7.089 0.559 1.232 2.323 2.250 0.440 2.807 1.198 1.575 0.997 1.241 0.451 1.771 6.968 8.305 1.989 3.814 1.685 2.441 4.205 3.521 2.596 1.111 2.732 0.325 4.125 0.248 0.898 0.857 2.858 1.348 0.815 1.416 2.452 1.714 1.929 2.991 4.766 1.494 1.764 2.323 5.095 2.653 1.771 1.536 1.713 0.854 2.986 1.024 2.257 0.639 0.809 1.288 1.357 0.753 3.232 3.079 2.437 nan 2.791 2.817 3.918 1.957 2.383 2.321 0.985 nan 3.277 nan 3.546 3.910 2.765 3.404 2.162 2.138 2.855 3.543 2.336 1.333 308 chr1 40775235 40783764 + 0 NA intron (NM_001852, intron 4 of 31) intron (NM_001852, intron 4 of 31) 3440 NM_001852 1298 Hs.418012 NM_001852 ENSG00000049089 COL9A2 DJ39G22.4|EDM2|MED|STL5 collagen type IX alpha 2 chain protein-coding 23.320 1.241 nan 0.530 2.855 1.580 0.597 0.829 1.284 0.090 0.525 1.464 0.204 0.082 0.366 2.088 0.778 0.075 0.373 0.333 0.071 0.074 0.737 0.394 3.255 0.144 0.093 0.226 0.111 0.396 0.379 1.027 0.233 3.612 0.257 0.707 0.057 0.217 0.077 0.110 17.304 0.187 0.155 0.100 0.269 0.109 0.230 0.306 0.515 0.189 0.065 0.219 2.088 0.323 0.315 3.255 0.086 0.394 0.547 1.052 0.274 0.083 0.731 0.101 0.044 0.047 0.012 1.615 2.067 0.929 1.083 4.116 2.776 1.914 0.458 1.737 1.814 0.655 nan nan 2.645 1.086 0.833 1.759 nan 0.931 0.689 0.528 1.101 1.549 1.320 4604 chr17 14735209 14752759 + 0 NA Intergenic Intergenic -174138 NR_135638 101928475 Hs.638944 NR_135638 ENSG00000232058 LOC101928475 - uncharacterized LOC101928475 ncRNA 0.532 0.410 0.432 0.061 0.030 0.006 0.041 0.192 0.417 0.266 0.040 0.053 0.018 0.045 0.020 0.134 0.064 0.074 0.054 0.026 0.047 0.008 0.054 0.060 0.027 0.020 0.017 0.012 0.073 0.064 0.045 0.222 0.180 0.025 0.108 0.029 0.087 0.013 0.019 0.675 0.038 0.018 0.012 0.070 0.022 0.108 0.153 0.051 0.018 0.030 0.134 0.036 0.032 0.027 0.021 0.052 0.014 0.028 0.046 0.053 0.039 0.028 0.291 0.007 0.003 0.605 0.395 1.446 nan 0.180 0.183 0.496 0.155 0.081 0.125 0.080 0.157 0.150 0.159 nan 0.084 0.130 0.177 0.057 0.051 0.119 0.250 0.112 0.161 10985 chr8 61669501 61724337 + 0 NA intron (NM_017780, intron 3 of 37) intron (NM_017780, intron 3 of 37) 43101 NM_001316690 55636 Hs.20395 NM_017780 ENSG00000171316 CHD7 CRG|HH5|IS3|KAL5 chromodomain helicase DNA binding protein 7 protein-coding 1.846 1.327 1.742 0.051 1.815 0.635 0.149 1.640 3.045 0.019 0.133 0.212 0.184 0.619 1.978 1.615 0.078 0.071 0.299 0.081 0.050 0.023 1.019 0.603 5.242 0.068 0.034 0.039 0.107 0.043 0.114 0.372 0.122 1.824 0.117 0.081 0.610 0.075 0.077 0.104 0.625 0.077 0.042 0.027 0.069 0.108 0.147 0.151 0.098 0.313 0.047 0.121 1.615 0.210 0.088 5.242 0.107 0.026 3.955 0.044 1.388 0.101 0.233 1.011 0.047 0.158 0.155 0.352 0.338 0.573 0.513 3.286 4.199 4.038 1.826 0.153 0.122 1.095 nan 2.535 2.555 nan 1.448 0.344 0.569 2.094 4.327 1.124 3.349 2.718 1.372 3485 chr14 35664022 35686194 + 0 NA intron (NM_014672, intron 5 of 7) L2b|LINE|L2 -72656 NM_001282234 5687 Hs.446260 NM_002791 ENSG00000100902 PSMA6 IOTA|PROS27|p27K proteasome subunit alpha 6 protein-coding 1.377 1.097 0.809 0.141 0.181 0.121 0.531 0.173 0.334 0.034 0.199 0.217 0.123 0.053 0.213 0.272 0.467 0.212 0.559 0.197 0.130 0.038 0.100 0.159 0.140 0.296 0.121 0.083 0.828 0.744 2.874 11.734 1.176 0.398 0.417 0.459 0.065 0.124 0.149 0.246 0.192 0.139 0.033 0.063 0.316 0.594 0.122 0.144 0.390 0.112 0.113 0.188 0.272 0.257 0.435 0.140 0.132 0.074 0.014 0.269 0.069 0.304 0.040 0.346 0.190 0.023 0.025 0.255 0.210 0.328 0.623 0.362 0.447 0.767 0.283 0.567 0.493 0.697 1.124 0.701 0.857 0.835 0.387 0.144 0.261 0.191 0.382 0.587 1.209 0.681 0.514 7142 chr21 19094665 19105406 + 0 NA Intergenic MLT1H1|LTR|ERVL-MaLR 64791 NR_038870 246312 Hs.473425 NR_038870 ENSG00000240770 C21orf91-OT1 D21S2089E|NCRNA00285 C21orf91 overlapping transcript 1 ncRNA 0.756 1.028 nan 0.061 0.350 5.519 0.053 0.183 0.460 0.027 0.058 0.023 0.028 2.195 0.217 0.007 0.060 0.050 0.007 0.026 0.102 0.092 0.279 0.283 0.074 0.014 0.019 0.030 0.315 1.333 0.396 7.387 0.095 0.060 0.131 0.020 0.086 0.076 0.022 0.035 0.039 0.014 0.040 0.223 0.098 0.208 0.114 0.073 0.022 0.272 0.217 0.089 0.086 0.279 0.023 0.046 0.018 0.080 0.037 0.036 0.263 0.036 0.016 0.010 0.293 0.200 0.189 0.274 1.509 1.268 0.102 0.039 0.204 0.219 0.328 0.429 0.100 0.180 0.544 0.164 0.031 0.107 0.597 0.537 0.364 0.988 1.070 0.743 7314 chr22 20857942 20891123 + 0 NA intron (NM_001293237, intron 1 of 16) intron (NM_001293237, intron 1 of 16) 12197 NM_001293237 51586 Hs.517421 NM_015889 ENSG00000099917 MED15 ARC105|CAG7A|CTG7A|PCQAP|TIG-1|TIG1|TNRC7 mediator complex subunit 15 protein-coding 1.157 nan 0.873 2.612 0.478 0.259 0.832 0.262 0.536 1.239 4.002 0.586 7.123 0.202 0.321 0.457 0.702 0.154 3.314 1.471 1.465 0.070 0.281 0.224 0.529 0.928 0.856 0.933 3.445 1.628 2.267 nan 2.558 0.760 1.473 0.509 0.129 0.216 0.066 0.959 0.123 4.073 1.310 0.637 1.218 1.172 0.920 2.653 0.896 1.470 0.286 1.038 0.457 3.642 1.766 0.529 0.465 1.381 0.250 0.787 1.552 1.794 0.077 0.116 1.761 0.951 0.924 0.753 1.093 0.907 1.663 0.808 0.838 1.090 0.516 1.271 1.300 1.053 1.540 1.499 1.845 1.002 0.838 0.377 0.577 0.573 0.872 0.535 0.695 2.402 1.478 5968 chr2 25585157 25601821 + 0 NA Intergenic MER4E1|LTR|ERV1 -28030 NM_175630 1788 Hs.515840 NM_022552 ENSG00000119772 DNMT3A DNMT3A2|M.HsaIIIA|TBRS DNA methyltransferase 3 alpha protein-coding 1.278 1.279 1.560 0.165 1.169 4.812 0.143 0.269 0.606 0.051 0.293 0.553 0.077 0.297 1.003 0.546 0.156 0.097 0.323 0.201 0.107 0.067 1.747 0.799 0.442 0.224 0.143 0.188 0.328 0.066 0.374 1.498 0.298 2.792 0.162 0.235 0.212 0.199 0.144 0.113 0.578 0.860 0.143 0.107 0.145 0.101 0.144 0.303 0.676 0.339 0.300 0.236 0.546 0.294 0.318 0.442 0.197 0.148 0.423 0.497 1.543 0.276 0.230 0.269 0.152 0.033 0.021 0.643 0.988 0.808 1.217 1.303 1.350 2.310 0.770 1.214 1.256 0.752 1.289 1.993 nan 0.710 0.433 0.505 0.644 0.704 0.632 0.638 1.095 2.676 1.141 9260 chr5 148761683 148787733 + 0 NA intron (NM_001317987, intron 1 of 2) L1PA15|LINE|L1 9057 NM_001317987 27190 Hs.156979 NM_014443 ENSG00000127743 IL17B IL-17B|IL-20|NIRF|ZCYTO7 interleukin 17B protein-coding nan 0.847 0.934 0.179 0.041 0.011 0.701 0.132 0.215 0.014 0.113 0.241 0.022 0.027 0.102 0.066 1.073 0.338 0.488 0.374 0.087 0.027 0.055 0.051 0.106 0.200 0.064 0.042 0.062 0.351 0.379 1.115 0.208 0.391 0.354 0.113 0.025 0.071 0.101 0.250 0.137 0.128 0.058 0.024 0.147 0.427 0.222 0.465 0.211 0.136 0.042 0.603 0.066 0.400 1.423 0.106 0.109 0.073 0.045 0.166 0.108 0.112 0.062 2.801 0.110 0.046 0.018 0.182 0.185 0.297 0.415 0.218 0.280 0.343 0.121 0.240 0.175 0.243 0.445 0.379 0.407 0.413 0.261 0.216 0.274 0.135 0.181 1.004 3.812 0.291 0.258 5843 chr2 856717 881214 + 0 NA Intergenic Intergenic -4853 NR_111963 339822 Hs.651879 NR_033880 ENSG00000237667 LINC01115 - long intergenic non-protein coding RNA 1115 ncRNA 0.355 0.307 0.381 0.038 0.043 0.355 0.070 0.170 0.353 0.074 0.086 0.003 0.004 2.333 0.255 0.045 0.105 0.030 0.031 0.018 0.006 0.146 0.157 0.155 0.008 0.021 0.036 0.047 0.013 0.082 0.138 0.046 0.587 0.024 0.064 0.024 0.035 0.085 0.026 0.177 0.030 0.041 0.013 0.041 0.059 0.119 0.076 0.038 0.077 0.044 0.255 0.046 0.030 0.155 0.015 0.109 0.134 0.057 0.129 0.019 0.060 0.005 0.016 0.007 0.021 0.252 0.180 0.161 0.303 1.344 1.221 0.119 0.047 0.123 0.132 0.149 0.225 0.709 0.899 0.377 0.266 0.272 0.276 0.034 0.041 0.099 0.097 0.525 0.519 7635 chr3 62226749 62249306 + 0 NA intron (NM_002841, intron 15 of 29) intron (NM_002841, intron 15 of 29) 66595 NR_038281 100506994 Hs.656620 NR_038281 ENSG00000241472 PTPRG-AS1 - PTPRG antisense RNA 1 ncRNA 0.879 nan 1.034 0.057 0.086 0.059 0.038 0.114 0.146 0.004 0.085 0.033 0.011 0.027 0.083 0.368 0.127 0.035 0.099 0.025 0.027 0.018 0.034 0.092 0.175 0.052 0.026 0.007 0.073 0.023 0.071 0.154 0.289 0.335 0.052 0.066 0.085 0.048 0.068 0.010 0.170 0.053 0.024 0.017 0.018 0.028 0.038 0.057 0.011 0.020 0.036 0.368 0.041 0.045 0.175 0.011 0.029 0.052 0.026 0.054 0.041 1.733 0.275 0.020 0.020 0.002 0.752 0.698 2.265 1.574 0.271 0.358 0.863 0.322 0.178 0.188 3.247 3.347 0.244 0.201 0.364 0.187 0.434 1.168 0.402 0.419 0.342 nan 0.457 0.406 5295 chr18 42582093 42599929 + 0 NA intron (NM_015559, intron 4 of 5) intron (NM_015559, intron 4 of 5) -40880 NR_036203 100422829 NR_036203 ENSG00000265957 MIR4319 - microRNA 4319 ncRNA nan 1.172 1.253 0.244 0.515 2.176 0.068 0.255 0.765 0.112 0.091 0.243 0.014 0.100 0.359 3.539 0.567 0.063 0.048 0.074 0.023 0.624 0.441 1.231 0.008 0.024 0.017 0.015 0.006 0.049 0.041 0.039 1.758 0.135 0.300 0.018 0.065 0.257 0.371 0.057 0.040 0.004 0.012 0.031 0.109 0.101 0.146 0.031 0.292 0.351 3.539 0.028 0.011 1.231 0.123 0.019 0.315 0.117 0.366 0.071 0.303 0.084 0.115 0.006 0.006 0.513 0.481 0.249 0.630 1.478 1.410 1.792 0.640 0.057 0.068 0.994 1.413 0.472 0.609 0.424 0.232 0.343 0.543 1.593 1.821 0.183 nan 4.105 2.588 5992 chr2 28380574 28389094 + 0 NA intron (NR_120504, intron 1 of 2) intron (NR_120504, intron 1 of 2) 44994 NR_120504 100505736 Hs.659540 NR_120504 LOC100505736 - uncharacterized LOC100505736 ncRNA 1.139 0.566 0.822 0.110 0.196 0.279 0.367 0.131 0.248 1.397 0.626 0.336 0.693 0.035 0.232 0.075 2.183 0.381 0.161 0.133 5.977 0.016 0.181 0.135 0.136 0.216 0.102 0.086 0.095 0.087 0.122 0.273 0.125 0.520 0.069 0.132 0.034 0.026 0.092 0.154 0.045 0.205 0.036 0.053 0.026 0.091 0.159 0.318 0.439 0.143 0.117 0.143 0.075 0.187 0.283 0.136 0.175 0.086 0.305 0.150 0.072 0.144 0.023 0.199 0.169 3.555 2.916 0.346 0.241 0.515 1.464 0.243 0.426 0.649 0.348 0.338 0.428 0.465 0.707 0.369 nan 0.699 0.397 0.140 0.197 0.075 0.120 0.408 0.698 0.626 0.529 3027 chr12 123746069 123757718 + 0 NA intron (NR_073007, intron 1 of 3) intron (NR_073007, intron 1 of 3) 908 NM_001270434 8099 Hs.433201 NM_004642 ENSG00000111328 CDK2AP1 DOC1|DORC1|ST19|doc-1|p12DOC-1 cyclin dependent kinase 2 associated protein 1 protein-coding 4.779 2.343 3.447 1.376 2.346 5.809 0.846 0.498 1.227 0.813 1.144 0.556 0.666 0.377 0.876 1.863 0.457 0.123 0.679 0.173 1.884 0.809 0.820 0.467 5.229 0.806 1.114 1.572 1.042 0.309 1.295 2.326 1.007 1.755 0.266 1.055 1.760 2.864 0.141 0.239 3.206 1.116 1.499 0.897 0.253 0.361 0.685 0.678 3.181 2.720 0.692 1.283 1.863 0.918 1.366 5.229 0.400 0.760 0.477 3.377 2.941 0.426 1.396 0.455 0.636 0.430 0.226 5.418 6.731 3.951 4.901 7.459 6.386 nan 0.809 3.321 3.137 4.441 6.525 2.631 4.595 5.760 6.348 2.239 5.040 5.867 4.606 1.767 1.583 4.201 2.704 8471 chr4 89909863 89945435 + 0 NA intron (NM_014883, intron 3 of 23) LTR1B|LTR|ERV1 50697 NM_014883 10144 Hs.97270 NM_014883 ENSG00000138640 FAM13A ARHGAP48|FAM13A1 family with sequence similarity 13 member A protein-coding 0.896 1.330 0.941 0.147 1.238 2.197 0.169 0.839 1.551 0.086 0.112 0.250 0.019 0.458 1.439 0.144 0.231 0.104 0.128 0.026 0.036 0.027 0.502 0.300 1.174 0.093 0.020 0.033 0.064 0.116 0.090 0.359 0.131 1.161 0.119 0.147 0.222 0.012 0.068 0.020 0.134 0.096 0.031 0.026 0.037 0.030 0.203 0.115 0.165 0.066 0.089 0.124 0.144 0.081 0.076 1.174 0.079 0.121 0.033 0.037 0.348 0.194 0.070 1.572 0.038 0.013 0.009 0.272 0.244 0.711 0.558 0.739 0.835 1.122 1.111 0.264 0.272 0.949 nan 1.773 1.821 0.464 0.281 0.241 0.232 0.865 1.389 1.301 nan 1.517 0.727 8301 chr4 25746498 25762102 + 0 NA intron (NM_015187, intron 23 of 23) AluSq2|SINE|Alu 96214 NM_001177999 10568 Hs.479372 NM_006424 ENSG00000157765 SLC34A2 NAPI-3B|NAPI-IIb|NPTIIb solute carrier family 34 member 2 protein-coding 0.619 0.718 nan 0.128 0.190 0.749 0.150 0.170 0.244 0.098 0.053 0.016 0.019 4.250 0.172 0.077 0.133 0.139 0.012 0.167 0.175 0.152 0.089 0.045 0.038 0.052 0.056 0.230 0.117 0.286 0.019 0.066 0.024 0.040 0.077 0.015 0.101 0.147 0.008 0.050 0.035 0.049 0.106 0.109 0.172 0.091 0.091 0.060 0.172 0.068 0.030 0.152 0.031 0.101 0.025 0.048 0.033 0.082 0.057 0.042 0.010 0.033 0.013 0.377 0.144 0.236 0.485 0.241 0.330 0.368 0.214 0.310 0.279 0.359 0.524 0.415 0.441 0.349 0.200 0.090 0.149 0.056 0.075 0.203 0.287 nan 0.579 301 chr1 40531380 40544828 + 0 NA TTS (NM_001142604) TTS (NM_001142604) 25038 NM_001142604 5538 Hs.3873 NM_000310 ENSG00000131238 PPT1 CLN1|INCL|PPT palmitoyl-protein thioesterase 1 protein-coding 8.718 0.747 nan 0.159 1.022 0.103 0.354 0.120 0.393 0.036 0.340 0.217 0.041 0.061 0.119 11.749 0.252 0.205 0.261 0.127 0.103 0.041 0.198 0.226 0.223 0.267 0.156 0.065 0.258 0.024 0.144 0.292 0.170 0.426 0.066 0.203 0.014 0.128 0.160 0.070 11.823 0.254 0.072 0.029 0.092 0.125 0.368 0.215 0.073 0.116 0.095 0.162 11.749 0.098 0.265 0.223 0.290 0.357 0.126 0.165 0.105 0.100 0.146 0.119 0.063 0.030 0.045 0.369 0.381 0.612 0.604 0.727 0.952 0.293 0.148 0.395 0.517 0.437 nan nan 2.082 0.370 0.238 0.446 nan 0.102 0.089 0.340 1.027 0.898 0.776 8506 chr4 112711833 112717880 + 0 NA Intergenic Intergenic -351697 NM_152400 132720 Hs.23439 NM_152400 ENSG00000174749 FAM241A C4orf32 family with sequence similarity 241 member A protein-coding 0.688 0.782 0.480 0.059 0.083 0.009 0.020 0.090 0.217 0.031 0.066 0.047 0.029 0.033 0.014 0.148 0.112 0.161 0.053 0.031 0.021 0.333 0.124 0.041 0.020 0.011 0.021 0.012 0.067 0.035 0.053 0.044 0.058 0.214 0.072 0.009 0.046 0.035 0.075 0.019 0.027 0.016 0.010 0.013 0.028 0.013 0.095 0.066 0.013 0.036 0.039 0.099 0.148 0.024 0.015 0.020 0.014 0.039 0.012 0.013 1.853 0.061 0.008 1.798 1.689 12.416 8.944 0.112 0.250 0.090 0.019 0.396 0.430 0.196 0.284 0.206 0.271 0.372 0.105 0.774 2.683 0.163 0.176 0.246 0.924 0.048 0.129 8148 chr3 190277028 190286598 + 0 NA intron (NM_134470, intron 2 of 8) intron (NM_134470, intron 2 of 8) 49973 NM_001167931 3556 Hs.478673 NM_002182 ENSG00000196083 IL1RAP C3orf13|IL-1RAcP|IL1R3 interleukin 1 receptor accessory protein protein-coding nan 1.123 0.956 5.116 0.130 0.029 1.577 0.180 0.392 0.818 0.605 2.122 0.116 0.042 0.037 0.081 1.361 0.083 1.644 0.752 0.264 0.029 0.099 0.148 0.087 1.944 0.891 0.023 1.126 0.817 1.866 nan 0.779 nan 1.191 0.732 0.011 0.045 0.095 0.676 0.023 2.734 2.281 1.019 1.544 0.560 0.351 0.627 0.323 0.860 0.165 1.264 0.081 1.414 1.765 0.087 0.286 0.130 0.020 0.164 0.011 1.611 0.010 0.557 0.983 0.060 0.048 1.603 1.486 4.870 6.150 0.554 0.393 0.521 0.240 0.706 0.625 0.151 0.270 0.726 0.754 2.036 1.405 0.173 0.293 0.074 0.109 1.087 2.622 0.179 0.405 6573 chr2 200294981 200328812 + 0 NA intron (NM_001172509, intron 2 of 10) intron (NM_001172509, intron 2 of 10) 10923 NR_134967 23314 Hs.516617 NM_015265 ENSG00000119042 SATB2 GLSS SATB homeobox 2 protein-coding 0.836 nan 0.904 0.710 4.305 0.033 1.440 0.943 1.716 0.574 1.394 1.136 0.068 1.088 2.844 1.291 0.412 0.099 0.414 0.447 1.254 0.902 0.764 0.615 1.088 0.569 0.640 0.137 0.648 0.303 0.788 0.869 0.461 5.339 0.558 3.045 0.486 0.501 0.085 0.955 1.099 1.756 1.586 0.856 0.630 0.096 0.566 1.372 1.233 2.181 0.501 0.346 1.291 0.314 3.094 1.088 0.438 0.236 0.129 1.969 1.260 0.942 0.263 0.246 1.016 1.524 1.146 0.627 0.577 1.108 1.058 3.734 3.090 0.336 0.135 1.060 1.059 1.230 1.711 1.620 2.228 0.585 0.485 0.535 0.871 1.783 2.384 0.736 1.126 1.039 0.574 8207 chr3 197437283 197447294 + 0 NA intron (NM_001346873, intron 2 of 21) intron (NM_001346873, intron 2 of 21) 21509 NM_001346873 9711 Hs.478868 NM_014687 ENSG00000145016 RUBCN KIAA0226|RUBICON|SCAR15 RUN and cysteine rich domain containing beclin 1 interacting protein protein-coding nan 1.487 0.656 1.712 0.186 0.056 3.244 0.244 0.602 1.206 0.861 1.057 0.951 0.079 0.285 0.282 1.826 0.690 1.299 0.703 3.969 0.111 0.236 0.187 0.203 4.048 2.916 1.827 2.827 1.946 0.761 nan 0.752 nan 0.991 1.865 0.037 1.432 0.103 0.483 0.136 3.299 2.106 1.190 1.837 2.250 1.890 1.474 0.947 3.118 1.152 2.231 0.282 3.264 4.133 0.203 1.099 1.044 0.254 1.315 0.153 2.206 0.088 0.217 0.807 2.309 2.463 0.363 0.364 0.672 1.652 0.363 0.476 0.523 0.240 0.560 0.602 0.996 1.432 1.347 1.333 1.142 0.670 0.190 0.337 0.088 0.131 0.508 0.899 0.384 0.346 4686 chr17 29643388 29648271 + 0 NA exon (NM_014210, exon 2 of 2) exon (NM_014210, exon 2 of 2) 2938 NM_001003927 2123 Hs.591198 NM_014210 ENSG00000126860 EVI2A EVDA|EVI-2A|EVI2 ecotropic viral integration site 2A protein-coding nan nan nan 0.169 0.294 0.192 0.541 0.216 0.442 0.020 1.385 1.563 0.009 0.186 0.052 1.498 0.033 0.661 0.301 0.026 0.057 0.032 0.151 0.122 0.993 0.312 0.030 0.657 0.309 0.427 0.651 0.265 0.384 0.171 0.130 0.019 0.066 0.097 1.768 0.191 0.136 0.074 0.079 0.804 0.186 0.186 0.985 0.033 0.044 0.048 0.190 0.052 0.082 0.170 0.122 0.174 0.034 0.036 2.403 8.078 0.075 0.883 0.034 0.019 0.614 0.659 0.491 0.837 0.403 0.375 0.461 0.210 1.030 0.926 1.231 1.762 0.532 0.556 0.682 0.482 8.178 9.982 0.098 0.220 0.498 nan 0.592 0.479 9290 chr5 154906930 154926955 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR 523627 NM_001099293 285643 Hs.567824 NM_001099293 ENSG00000226650 KIF4B - kinesin family member 4B protein-coding 1.168 nan 1.163 0.076 0.153 0.136 0.043 0.224 0.363 0.010 0.074 0.060 0.015 0.025 0.088 0.184 0.079 0.088 0.027 0.009 0.016 0.014 0.133 0.057 0.143 0.007 0.025 0.018 0.095 0.011 0.052 0.080 0.063 0.339 0.015 0.064 0.939 0.049 0.156 0.018 0.039 0.064 0.030 0.012 0.016 0.030 0.072 0.080 0.035 0.021 0.061 0.046 0.184 0.028 0.042 0.143 0.018 0.037 0.248 0.044 0.032 0.028 0.054 0.822 0.011 0.017 0.007 0.202 0.129 0.286 0.627 0.327 0.338 0.371 0.118 0.089 0.086 0.512 0.733 0.367 0.323 0.675 0.399 0.099 0.151 2.188 2.863 0.390 1.291 0.546 0.462 1758 chr11 2268381 2294721 + 0 NA Intergenic Intergenic 10631 NM_005170 430 Hs.152475 NM_005170 ENSG00000183734 ASCL2 ASH2|HASH2|MASH2|bHLHa45 achaete-scute family bHLH transcription factor 2 protein-coding 0.406 1.288 0.877 0.120 0.073 0.541 0.275 0.122 0.252 0.323 0.041 0.052 0.499 0.441 0.054 0.131 0.065 0.098 0.107 0.014 0.017 0.032 0.082 0.107 0.118 0.048 0.030 0.095 0.052 0.044 0.321 1.480 0.888 0.792 0.111 0.065 0.022 0.054 0.053 0.005 0.015 0.177 0.170 0.087 0.016 0.064 0.368 0.098 0.100 0.022 0.021 0.528 0.131 0.358 0.007 0.118 0.191 1.050 0.015 0.214 0.008 0.051 5.394 0.028 0.040 0.020 0.013 6.525 9.576 4.480 3.016 0.265 0.330 0.506 0.142 8.919 8.986 0.154 0.192 0.204 0.300 0.223 0.102 4.529 8.155 0.243 0.159 0.073 0.093 0.304 0.288 3063 chr12 133286274 133288686 + 0 NA promoter-TSS (NM_001170544) promoter-TSS (NM_001170544) 87 NM_001170543 192111 Hs.102558 NM_138575 ENSG00000247077 PGAM5 BXLBV68 PGAM family member 5, mitochondrial serine/threonine protein phosphatase protein-coding 3.526 3.676 3.825 7.062 5.598 2.934 5.609 4.159 6.196 1.924 5.679 2.432 2.093 2.521 4.723 4.196 1.336 0.342 5.707 2.176 3.441 2.010 3.894 2.193 6.262 3.935 3.528 4.338 5.606 2.485 6.619 8.973 3.941 11.267 2.607 6.440 0.869 5.919 0.113 2.591 14.113 6.061 7.045 3.356 4.304 1.942 4.958 2.366 6.066 7.824 4.872 4.134 4.196 5.951 5.850 6.262 3.398 1.605 1.286 10.918 5.643 3.053 1.214 1.437 1.610 2.123 0.806 4.631 5.325 6.803 10.273 8.002 7.918 8.369 3.392 10.675 10.411 4.382 6.348 9.860 15.138 4.819 5.754 4.630 9.696 6.216 6.400 5.793 6.195 5.343 2.983 7216 chr21 40262485 40304440 + 0 NA intron (NR_120405, intron 2 of 3) L3|LINE|CR1 26891 NR_120405 400867 Hs.689509 NR_120405 LOC400867 - uncharacterized LOC400867 ncRNA nan 0.884 0.925 0.288 0.879 0.571 0.171 0.729 1.321 0.306 0.118 0.195 0.073 0.211 1.056 0.298 0.413 0.135 0.254 0.109 0.038 0.010 0.305 0.174 3.190 0.711 0.294 0.051 0.258 0.062 1.254 3.996 1.876 3.163 0.208 0.056 0.040 0.046 0.075 0.076 0.077 0.102 0.053 0.024 0.363 0.225 0.396 0.200 0.557 0.051 1.360 1.822 0.298 0.416 0.064 3.190 1.039 0.924 0.039 0.088 2.227 0.222 0.072 0.048 0.053 0.022 0.013 0.341 0.278 0.560 0.688 1.217 1.422 nan 0.315 0.309 0.272 0.192 nan 6.422 5.767 0.474 0.191 0.181 0.269 0.306 0.286 0.136 0.207 3.002 1.444 9676 chr6 45515203 45547430 + 0 NA Intergenic Intergenic 141002 NM_001278478 860 Hs.535845 NM_004348 ENSG00000124813 RUNX2 AML3|CBF-alpha-1|CBFA1|CCD|CCD1|CLCD|OSF-2|OSF2|PEA2aA|PEBP2aA runt related transcription factor 2 protein-coding 1.507 0.869 0.798 0.116 0.206 0.160 1.159 0.154 0.334 0.024 0.311 0.253 0.056 0.028 0.102 0.195 0.615 0.141 0.383 0.206 0.041 0.030 0.063 0.107 0.171 0.291 0.060 0.014 0.088 0.333 0.128 0.772 0.433 0.327 0.572 0.077 0.020 0.057 0.111 0.220 0.104 0.078 0.053 0.024 0.112 0.300 0.119 0.258 0.043 0.201 0.059 0.140 0.195 0.374 0.051 0.171 0.072 0.088 0.018 0.088 0.081 0.160 0.209 0.337 0.104 0.088 0.095 0.987 0.787 1.758 6.396 0.337 0.294 0.114 0.060 0.625 0.649 0.121 0.216 0.862 nan 0.384 0.209 0.354 0.503 0.095 0.106 0.481 1.405 0.541 0.585 6762 chr2 239142788 239168676 + 0 NA intron (NM_022817, intron 22 of 22) intron (NM_022817, intron 22 of 22) -6967 NM_001282434 55502 Hs.42949 NM_018645 ENSG00000144485 HES6 C-HAIRY1|HES-6|bHLHb41|bHLHc23 hes family bHLH transcription factor 6 protein-coding 2.381 nan 11.859 0.263 2.792 2.530 0.126 1.640 3.255 0.025 0.227 0.136 0.026 0.622 1.830 1.148 0.142 0.049 0.548 0.124 0.066 0.086 1.279 0.726 4.199 0.150 0.095 0.203 0.567 0.106 0.392 1.535 0.358 3.202 0.082 0.160 0.562 0.222 0.127 0.050 1.885 0.231 0.175 0.148 0.084 0.083 0.309 0.169 0.541 0.458 0.207 0.216 1.148 0.548 0.187 4.199 0.119 0.155 0.375 0.834 1.280 0.122 1.442 1.525 0.097 0.062 0.041 3.023 2.625 0.648 0.924 6.523 5.879 3.562 1.403 2.284 2.341 1.047 1.755 3.683 nan 4.080 5.122 2.250 3.204 1.616 1.406 2.495 5.272 1.128 0.629 10740 chr7 150699542 150727029 + 0 NA non-coding (NR_073169, exon 12 of 18) non-coding (NR_073169, exon 12 of 18) 8301 NM_001317056 285973 Hs.707300 NM_173681 ENSG00000181652 ATG9B APG9L2|NOS3AS|SONE autophagy related 9B protein-coding 1.342 0.855 nan 0.500 0.553 0.368 0.917 0.356 0.573 0.257 0.477 0.390 0.316 0.145 0.540 0.489 0.189 0.088 1.598 0.765 0.197 0.187 0.353 0.205 0.934 0.636 0.452 0.597 1.209 1.163 0.421 0.961 0.850 1.059 0.549 0.291 0.108 0.673 0.168 0.152 0.122 0.507 0.214 0.128 0.738 0.601 0.702 0.316 0.530 0.589 0.300 0.540 0.489 3.588 0.427 0.934 0.284 0.940 0.196 1.888 0.395 0.917 0.313 0.439 0.087 0.191 0.096 1.195 1.473 0.618 1.052 1.403 1.335 2.167 0.886 0.880 0.890 0.394 0.673 0.655 1.141 0.843 0.798 1.015 0.988 0.673 0.811 1.372 2.074 1.288 0.937 2258 chr11 112160010 112195146 + 0 NA intron (NR_126004, intron 2 of 3) intron (NR_126004, intron 2 of 3) 36106 NR_126004 283140 Hs.651827 NR_126004 ENSG00000250303 LOC283140 - uncharacterized LOC283140 ncRNA 0.478 0.904 0.539 0.134 0.167 0.060 0.350 0.227 0.457 0.082 3.315 2.445 0.032 0.017 0.206 0.313 0.502 0.028 0.103 0.027 2.940 0.028 0.111 0.160 0.511 0.854 0.448 0.096 0.175 0.054 0.237 0.397 0.464 0.596 0.113 1.504 0.032 0.074 0.117 0.165 0.101 0.347 0.170 0.104 0.186 0.078 0.291 0.735 0.284 0.111 1.122 1.158 0.313 0.074 0.207 0.511 0.456 0.484 0.072 0.172 0.092 0.349 0.096 0.067 0.271 0.023 0.009 1.469 nan 0.964 2.553 0.729 0.942 1.296 0.348 0.392 0.387 0.354 nan 0.508 0.675 0.436 0.158 0.510 0.684 0.149 0.298 0.208 0.399 0.474 0.430 9337 chr5 172057641 172076232 + 0 NA Intergenic Intergenic -1333 NM_001308178 54492 Hs.91521 NM_001142651 ENSG00000214357 NEURL1B NEURL3|RNF67B|hNeur2|neur2 neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1B protein-coding 1.588 2.203 1.038 0.194 1.393 2.386 0.278 1.467 2.502 0.108 0.239 0.177 0.074 0.439 2.786 0.357 0.725 0.234 0.672 0.249 0.105 0.119 0.699 0.409 2.895 0.364 0.217 0.198 1.558 0.683 1.662 3.744 0.452 7.710 0.126 0.226 0.276 0.532 0.129 0.210 0.463 0.184 0.236 0.134 0.494 0.226 0.266 0.598 0.718 0.520 0.411 0.494 0.357 1.363 0.348 2.895 0.284 0.201 0.296 0.707 0.967 0.072 2.240 0.027 0.234 0.273 0.129 0.856 1.195 1.539 nan 2.127 1.885 1.591 0.659 0.659 0.700 1.698 nan 3.993 3.635 1.813 1.707 1.651 2.292 1.033 1.000 0.253 0.257 1.433 0.770 8221 chr4 1709085 1717207 + 0 NA intron (NM_001306075, intron 1 of 6) intron (NM_001306075, intron 1 of 6) 1322 NM_001306074 7884 Hs.298345 NM_006527 ENSG00000163950 SLBP HBP stem-loop binding protein protein-coding 3.636 2.264 nan 2.643 4.168 2.243 1.967 2.043 3.666 0.940 3.047 1.102 4.079 1.246 4.672 3.145 1.657 0.219 5.554 1.282 1.831 1.511 1.332 1.068 3.777 1.256 1.641 2.616 3.631 1.092 2.444 4.901 1.865 5.631 1.004 1.969 0.677 2.741 0.075 0.913 2.784 5.092 3.051 1.544 1.384 1.927 3.328 2.637 2.345 5.637 1.961 1.473 3.145 9.040 2.876 3.777 1.265 1.899 0.288 3.715 0.938 1.602 1.746 1.573 1.443 1.340 0.830 5.074 5.007 5.296 7.198 4.423 4.910 nan 3.083 7.886 8.222 1.978 2.717 5.348 8.365 4.606 4.776 4.541 7.038 2.080 3.290 3.384 2.875 nan 1.140 11504 chr9 31020420 31038562 + 0 NA Intergenic Intergenic 351997 NR_135134 101929620 Hs.547175 NR_135134 ENSG00000260720 LINC01243 - long intergenic non-protein coding RNA 1243 ncRNA 0.627 nan 0.719 0.055 0.184 0.021 0.027 0.194 0.411 0.016 0.025 0.102 0.127 0.016 0.430 0.406 0.063 0.027 0.058 0.008 0.850 1.158 0.784 1.144 0.046 0.036 0.024 0.071 0.023 0.066 0.239 0.265 0.502 0.019 0.138 0.342 0.012 0.080 0.013 0.119 0.092 0.030 0.039 0.030 0.038 0.064 0.110 0.099 0.055 0.078 0.158 0.406 0.087 0.016 1.144 0.136 0.045 0.039 0.319 0.013 0.022 0.048 0.021 0.035 0.006 0.209 0.192 0.459 1.041 1.398 1.614 10.410 5.896 0.142 0.142 0.380 0.586 0.238 0.316 0.651 0.359 0.087 0.190 2.971 2.570 0.204 0.240 1.058 0.827 10565 chr7 102031883 102038267 + 0 NA intron (NR_038967, intron 4 of 8) AluSz|SINE|Alu -1729 NM_024653 79706 Hs.722104 NM_024653 ENSG00000128563 PRKRIP1 C114|KRBOX3 PRKR interacting protein 1 protein-coding nan 1.426 2.782 1.896 1.418 1.204 1.639 0.731 1.639 0.879 2.061 0.740 6.869 0.643 1.368 1.040 1.156 0.177 1.124 0.682 0.860 0.434 1.124 0.557 1.746 0.597 0.474 0.959 1.860 1.394 2.072 2.983 4.104 3.548 0.780 0.859 0.376 2.742 0.235 0.575 0.448 1.877 0.674 0.466 0.946 2.284 1.668 1.151 1.491 1.801 0.716 1.196 1.040 1.986 1.100 1.746 0.709 1.230 0.590 1.771 0.717 1.976 0.807 0.620 0.764 0.990 0.663 2.248 3.054 2.580 4.594 2.836 3.157 3.256 0.989 1.635 1.754 1.517 2.210 2.129 2.672 1.855 2.013 1.655 3.215 1.852 2.026 1.653 nan 1.985 1.051 796 chr1 157013017 157018628 + 0 NA promoter-TSS (NM_014784) promoter-TSS (NM_014784) -660 NM_014784 9826 Hs.516954 NM_014784 ENSG00000132694 ARHGEF11 GTRAP48|PDZ-RHOGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 11 protein-coding nan nan 2.724 1.912 1.867 1.109 0.710 1.226 2.033 0.615 2.510 1.320 0.562 3.120 3.334 2.963 1.615 0.120 2.162 0.271 2.061 1.954 1.462 0.871 3.456 1.650 1.775 1.596 0.668 0.506 1.390 2.471 1.308 5.255 0.181 2.329 0.270 3.077 0.136 1.179 0.518 2.667 2.555 1.138 0.657 0.178 2.133 1.802 2.326 2.520 0.801 1.548 2.963 2.048 0.872 3.456 0.814 1.356 0.296 6.660 2.533 1.422 3.267 0.840 0.355 1.006 0.652 6.305 5.955 9.708 7.392 6.785 nan 4.388 2.024 2.488 2.581 2.461 3.141 5.137 7.385 2.705 2.183 7.217 10.161 2.138 1.507 3.000 3.510 2.210 0.796 2349 chr11 126838910 126861034 + 0 NA intron (NM_032531, intron 1 of 16) L2c|LINE|L2 8466 NR_036126 100422918 NR_036126 ENSG00000266215 MIR3167 - microRNA 3167 ncRNA 0.588 1.681 0.631 0.081 1.661 1.414 0.051 0.391 0.713 0.008 0.044 0.029 0.031 0.009 0.684 0.551 0.044 0.029 0.043 0.192 0.603 0.339 2.455 0.013 0.010 0.205 0.094 0.176 0.084 0.065 0.044 2.150 0.033 0.042 0.176 0.045 0.108 0.178 0.089 0.132 0.011 0.008 0.044 0.088 0.035 0.176 0.085 0.040 0.487 0.057 0.551 0.052 0.021 2.455 0.074 0.044 0.074 0.018 0.028 0.093 0.095 0.275 0.034 0.012 0.450 0.439 0.403 0.350 3.660 4.891 2.577 0.838 0.091 0.099 0.194 0.324 2.532 2.703 0.372 0.213 0.457 0.573 0.625 0.669 0.201 nan 2.414 1.196 5512 chr19 5935330 5990734 + 0 NA intron (NM_007320, intron 1 of 15) intron (NM_007320, intron 1 of 15) 15288 NM_001300865 8498 Hs.531752 NM_003624 ENSG00000031823 RANBP3 - RAN binding protein 3 protein-coding 1.545 1.745 2.229 0.311 2.736 1.888 0.335 1.241 2.257 0.060 0.479 0.442 0.084 1.372 0.840 0.674 0.325 0.105 0.536 0.130 0.203 0.160 1.352 0.724 3.283 0.406 0.286 0.348 0.480 0.139 0.386 1.039 0.440 3.601 0.137 0.287 0.562 0.345 0.071 0.160 0.227 0.343 0.228 0.163 0.278 0.125 0.247 0.358 0.406 0.525 0.211 0.268 0.674 0.476 0.326 3.283 0.150 0.440 0.177 0.501 1.938 0.401 0.406 0.258 0.227 0.153 0.097 0.944 1.338 1.163 1.514 5.254 5.866 2.030 0.748 1.286 1.279 0.924 1.438 9.061 nan 1.363 1.071 0.690 1.095 1.808 2.554 0.597 0.804 3.171 1.560 6081 chr2 46523225 46566220 + 0 NA intron (NM_001430, intron 1 of 15) Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 20181 NM_001430 2034 Hs.468410 NM_001430 ENSG00000116016 EPAS1 ECYT4|HIF2A|HLF|MOP2|PASD2|bHLHe73 endothelial PAS domain protein 1 protein-coding 1.001 nan 1.075 0.378 1.172 0.051 1.425 0.547 0.998 0.946 2.041 0.148 0.107 0.685 0.222 0.319 1.870 0.194 1.233 0.547 1.179 0.019 0.361 0.211 0.242 1.665 1.136 0.899 0.838 0.310 4.184 7.575 1.838 1.060 0.629 1.801 0.011 0.066 0.095 0.689 0.040 2.021 0.263 0.182 0.950 0.593 1.570 0.791 2.390 0.135 2.475 2.127 0.319 0.678 0.390 0.242 0.973 1.425 0.114 1.336 1.134 1.051 0.062 0.158 1.094 0.110 0.068 0.312 0.256 0.693 1.268 nan 0.465 0.812 0.521 0.493 0.496 0.212 0.433 1.471 2.001 0.506 0.419 0.182 0.330 0.054 0.044 0.418 nan nan 0.660 11209 chr8 110336709 110349725 + 0 NA intron (NM_032869, intron 1 of 9) L1PA10|LINE|L1 -1055 NM_001128211 84955 Hs.380291 NM_032869 ENSG00000120526 NUDCD1 CML66|OVA66 NudC domain containing 1 protein-coding nan nan 2.004 0.703 1.620 0.483 0.833 0.738 1.459 0.411 1.439 0.702 0.277 0.330 0.818 0.611 1.003 0.236 1.033 0.379 0.440 0.298 0.494 0.263 1.068 0.544 0.508 0.607 1.086 0.381 0.952 1.042 0.544 3.848 0.649 0.523 0.139 0.841 0.153 0.371 0.721 0.780 1.489 0.707 0.687 0.218 1.046 1.158 0.832 1.527 0.442 0.818 0.611 1.582 1.052 1.068 0.333 0.435 0.135 0.709 0.904 0.388 0.429 0.455 0.351 0.643 0.375 1.476 1.171 1.412 1.899 3.228 3.075 nan 1.313 10.509 nan 2.224 nan 5.970 6.652 1.581 1.522 0.786 1.626 1.094 1.467 1.441 2.095 1.296 0.833 1541 chr10 78078044 78097282 + 0 NA intron (NM_001305581, intron 6 of 6) intron (NM_001305581, intron 6 of 6) 545144 NM_032024 83938 Hs.118161 NM_032024 ENSG00000148655 LRMDA C10orf11|CDA017 leucine rich melanocyte differentiation associated protein-coding 1.183 nan 1.185 0.139 0.084 0.034 0.572 0.156 0.318 0.005 0.113 1.415 0.029 0.077 0.135 0.086 0.189 0.100 0.198 0.247 0.037 0.036 0.122 0.074 0.323 0.324 0.057 0.034 0.088 0.094 0.088 0.168 0.074 0.378 0.023 0.072 0.065 0.068 0.063 0.266 0.127 0.115 0.063 0.065 0.142 0.020 0.325 0.195 0.104 0.032 0.016 0.117 0.086 0.119 0.169 0.323 0.140 0.039 0.276 0.039 0.053 0.087 0.041 0.182 0.098 0.027 0.021 0.309 0.243 0.159 0.211 0.260 0.356 0.442 0.157 0.102 0.158 4.609 5.235 0.579 nan 0.741 0.732 0.091 0.193 0.651 0.647 0.309 nan 1.190 0.721 4506 chr16 87810278 87908743 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 8756 NR_106833 102465464 NR_106833 ENSG00000278598 MIR6775 hsa-mir-6775 microRNA 6775 ncRNA nan 0.961 1.315 1.078 1.336 0.810 1.002 1.775 3.368 0.566 1.230 0.962 0.218 0.639 1.011 1.141 0.419 0.129 0.880 0.346 0.907 0.862 0.802 0.431 1.803 0.473 0.373 0.350 0.617 0.176 2.014 4.806 0.859 1.739 0.897 0.765 0.164 1.113 0.084 0.223 0.498 2.693 0.728 0.383 0.335 0.573 0.602 0.382 2.167 1.148 2.313 1.627 1.141 1.202 0.694 1.803 0.704 3.024 0.490 0.729 1.283 0.463 0.923 0.486 0.151 0.562 0.310 1.526 1.976 0.954 1.649 1.259 1.225 1.890 0.758 1.494 1.526 0.312 0.534 1.275 1.262 1.136 1.293 1.491 2.013 0.753 0.856 0.823 2.518 1.537 0.864 10444 chr7 77032463 77058744 + 0 NA exon (NM_001350899, exon 1 of 30) exon (NM_001350899, exon 1 of 30) 114 NM_001350900 54103 Hs.186649 NM_017439 ENSG00000186088 GSAP PION gamma-secretase activating protein protein-coding nan 0.791 1.019 1.434 0.425 0.040 1.615 0.456 0.943 0.091 1.578 1.071 0.217 0.199 0.318 0.307 0.624 0.131 0.786 0.456 2.521 0.105 0.214 0.228 0.935 1.870 1.708 0.390 4.349 1.318 1.036 1.733 2.530 0.490 0.940 8.518 0.051 0.214 0.161 1.796 0.250 4.846 0.397 0.223 2.778 0.505 1.769 2.934 2.101 1.149 0.471 0.935 0.307 0.474 0.799 0.935 0.634 0.371 0.018 0.525 0.588 1.203 0.180 0.100 0.799 0.066 0.025 0.720 0.898 0.733 nan 0.666 0.769 1.348 0.734 1.051 1.093 0.090 nan 0.835 nan 1.190 0.916 0.830 0.948 0.347 0.375 0.372 0.653 1.226 0.924 5136 chr18 7939727 7948586 + 0 NA intron (NM_001105244, intron 5 of 32) intron (NM_001105244, intron 5 of 32) 376842 NM_001105244 5797 Hs.49774 NM_002845 ENSG00000173482 PTPRM PTPRL1|R-PTP-MU|RPTPM|RPTPU|hR-PTPu protein tyrosine phosphatase, receptor type M protein-coding 0.680 0.673 0.874 0.528 0.080 0.045 0.391 0.469 0.928 0.635 0.053 0.345 0.021 0.643 0.211 0.288 0.037 0.109 0.821 0.771 1.132 0.964 0.460 0.936 1.185 0.621 0.042 0.679 0.439 0.597 1.765 0.503 nan 0.725 1.787 0.129 0.061 0.111 0.452 0.093 0.278 0.075 0.035 0.432 0.460 0.793 0.342 2.930 0.032 5.230 4.104 0.288 0.363 0.230 0.936 1.924 1.790 0.383 0.059 1.026 0.626 0.045 0.306 0.207 0.013 0.006 0.477 0.709 0.864 0.944 0.753 0.872 9.005 2.459 0.331 0.323 0.100 nan 3.341 2.188 nan 0.323 0.206 0.246 1.754 1.246 0.416 nan nan 1.955 5034 chr17 76272251 76278472 + 0 NA promoter-TSS (NR_073178) promoter-TSS (NR_073178) -788 NR_073178 100996291 Hs.744493 NR_073178 ENSG00000204277 LINC01993 - long intergenic non-protein coding RNA 1993 ncRNA 1.023 0.896 0.739 0.105 0.074 0.134 0.205 0.645 1.406 0.046 0.123 0.186 0.030 0.080 1.491 0.552 0.060 0.027 0.526 0.244 0.040 0.022 0.227 0.185 0.518 0.155 0.071 0.131 0.054 0.101 0.245 1.773 0.315 0.604 0.023 0.344 0.031 0.106 0.088 0.019 0.508 0.189 0.062 0.017 0.277 0.104 0.078 0.171 0.533 0.127 0.115 0.354 0.552 0.277 0.104 0.518 0.019 0.125 0.171 0.197 3.606 0.142 3.008 0.100 0.012 0.009 0.019 7.624 11.853 1.590 1.300 0.901 1.106 0.841 0.358 8.589 9.355 nan 0.502 3.169 4.748 1.361 0.901 3.155 5.724 0.155 0.163 0.749 1.263 nan 0.513 4113 chr15 85522159 85528366 + 0 NA promoter-TSS (NM_002605) promoter-TSS (NM_002605) 57 NM_173454 5151 Hs.9333 NM_002605 ENSG00000073417 PDE8A HsT19550 phosphodiesterase 8A protein-coding 2.796 nan 4.995 2.265 1.739 0.707 1.837 1.388 2.069 1.291 4.314 1.843 1.337 2.260 2.379 1.423 1.610 0.284 2.197 0.521 7.665 3.039 0.912 0.648 2.519 0.946 1.270 4.214 3.536 1.292 6.480 10.758 2.783 7.137 0.706 3.320 0.307 1.925 0.085 0.862 1.959 5.013 1.776 1.114 1.910 0.520 2.905 2.469 10.322 3.725 5.923 7.385 1.423 3.504 1.459 2.519 3.635 2.778 0.957 6.259 3.323 1.295 0.959 1.128 3.164 0.807 0.329 2.463 3.147 3.122 4.245 2.543 2.295 3.226 1.504 2.947 2.667 1.810 2.493 2.261 3.679 4.729 5.736 1.391 3.365 1.733 1.390 3.453 3.483 1.305 0.676 4889 chr17 57693664 57705339 + 0 NA intron (NM_001288653, intron 1 of 31) intron (NM_001288653, intron 1 of 31) 2451 NM_001288653 1213 Hs.491351 NM_004859 ENSG00000141367 CLTC CHC|CHC17|CLH-17|CLTCL2|Hc|MRD56 clathrin heavy chain protein-coding 3.825 3.640 3.692 2.375 3.966 1.896 3.278 2.870 4.962 1.136 3.848 2.053 3.678 0.848 2.693 2.856 2.933 0.384 3.202 0.974 3.158 2.660 2.537 1.153 3.139 2.594 3.430 1.534 2.817 1.337 5.059 6.727 3.161 6.655 1.667 3.709 1.232 4.086 0.186 2.142 1.734 2.825 2.430 0.869 2.003 1.740 2.523 4.840 3.144 3.842 2.356 2.067 2.856 3.869 1.950 3.139 1.558 2.241 0.841 2.595 1.906 2.739 1.930 1.685 1.803 4.287 3.488 5.693 5.001 4.594 6.205 5.747 5.277 6.385 3.931 nan 14.453 3.242 3.848 nan nan 6.917 6.167 3.134 5.709 5.421 7.406 5.457 5.814 2.824 1.559 3044 chr12 128074004 128080599 + 0 NA Intergenic LTR9|LTR|ERV1 43711 NR_120451 101927637 Hs.170413 NR_120451 ENSG00000256022 LINC02411 - long intergenic non-protein coding RNA 2411 ncRNA 0.815 0.655 0.721 0.077 5.930 0.730 0.075 0.607 1.483 0.014 0.012 0.056 0.019 1.100 0.162 0.537 0.077 0.085 0.016 0.029 0.063 0.643 0.257 1.233 0.010 0.033 0.082 0.012 0.096 0.096 0.842 0.044 0.074 0.201 0.049 0.138 0.036 0.049 0.072 0.032 0.012 0.016 0.035 0.030 0.203 0.025 0.149 0.044 0.070 0.537 0.043 0.014 1.233 0.037 0.038 0.057 0.018 0.229 0.012 0.059 0.037 0.046 0.017 0.375 0.262 0.192 0.212 2.534 2.129 nan 3.762 0.239 0.168 0.647 1.008 13.364 9.572 0.447 0.173 0.119 0.189 0.667 0.656 0.131 0.173 1.691 1.226 2108 chr11 75206708 75222010 + 0 NA intron (NM_001351168, intron 1 of 17) AluSx|SINE|Alu 22259 NM_030792 81544 Hs.503297 NM_030792 ENSG00000158555 GDPD5 GDE2|PP1665 glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 5 protein-coding nan 0.708 0.771 0.093 0.057 0.215 0.428 0.083 0.246 0.266 0.255 0.175 0.028 0.053 0.346 0.294 0.173 0.105 0.117 0.062 0.041 0.045 0.123 0.094 0.167 0.399 0.147 0.192 0.101 0.238 0.384 nan 0.325 0.429 0.096 0.138 0.031 0.071 0.080 0.046 0.068 0.353 0.106 0.071 0.156 0.160 0.291 0.250 0.676 0.056 0.134 1.756 0.294 0.169 0.165 0.167 0.064 2.787 0.055 0.271 0.149 0.358 0.226 0.603 0.178 0.045 0.020 0.934 1.644 0.270 0.408 0.628 0.722 0.645 0.343 1.187 1.335 0.368 0.592 1.138 1.169 0.838 0.690 0.592 0.702 0.126 0.211 0.749 2.539 0.570 0.496 6703 chr2 231916830 231924379 + 0 NA promoter-TSS (NM_002807) promoter-TSS (NM_002807) -974 NM_001191037 5707 Hs.3887 NM_002807 ENSG00000173692 PSMD1 P112|Rpn2|S1 proteasome 26S subunit, non-ATPase 1 protein-coding 2.740 nan 2.780 1.892 2.349 1.392 2.433 1.818 3.033 0.773 2.208 1.146 0.935 1.070 0.987 2.693 0.744 0.087 2.187 0.813 1.623 1.266 0.761 0.721 2.795 1.542 1.762 1.370 1.748 0.558 2.364 3.779 1.715 4.293 1.259 2.815 0.251 1.713 0.145 0.988 0.646 1.999 2.290 0.827 1.716 0.988 1.821 1.519 2.456 2.163 0.681 1.420 2.693 1.988 1.875 2.795 0.861 1.505 0.410 3.334 0.981 1.401 0.784 1.156 1.594 1.472 0.822 3.320 3.413 4.013 5.265 3.067 3.293 2.533 1.970 7.381 7.780 1.774 2.547 7.149 nan 3.556 3.545 3.087 4.580 1.066 1.383 4.950 3.132 1.368 0.602 7848 chr3 134122418 134129579 + 0 NA Intergenic Intergenic -30671 NR_039951 100616281 NR_039951 ENSG00000284561 MIR4788 - microRNA 4788 ncRNA 2.134 nan nan 0.465 1.324 1.507 0.173 1.477 2.720 0.040 0.150 0.116 0.027 0.893 1.267 0.176 0.241 0.220 0.105 0.059 0.019 0.745 0.484 9.751 0.039 0.010 0.071 0.063 0.104 0.079 0.189 0.147 2.468 0.021 0.039 0.013 0.031 0.080 2.183 0.133 0.042 0.021 0.107 0.074 0.068 0.098 0.052 0.098 0.100 0.214 1.267 0.121 0.116 9.751 0.068 0.092 0.272 0.100 1.765 0.061 0.220 1.785 0.053 0.008 0.007 2.858 4.068 0.353 0.442 17.576 19.271 2.831 0.944 0.931 0.958 1.477 2.074 3.550 3.824 nan 2.833 0.753 1.166 0.192 0.189 3.352 5.618 2.286 1.269 8231 chr4 3423505 3432396 + 0 NA intron (NM_198227, intron 12 of 15) G-rich|Low_complexity|Low_complexity -15710 NM_001297439 3083 Hs.104 NM_001528 ENSG00000109758 HGFAC HGFA HGF activator protein-coding 0.680 0.514 nan 0.033 0.468 1.875 0.027 0.216 0.563 0.088 0.031 0.021 6.099 0.341 0.110 0.072 0.144 0.043 0.014 0.015 0.173 0.165 1.440 0.032 0.041 0.057 0.068 0.073 0.237 0.047 0.236 0.049 0.061 0.072 0.085 0.013 0.368 0.203 0.047 0.035 0.012 0.052 0.054 0.147 0.085 0.145 0.007 0.053 0.341 0.145 0.072 1.440 0.097 0.075 0.048 0.118 0.068 0.035 0.234 0.081 0.051 0.032 0.017 0.481 0.756 0.286 0.600 0.902 0.929 nan 0.408 0.406 0.531 0.195 0.317 1.362 1.756 0.265 0.227 0.653 1.006 0.102 0.104 0.232 0.195 nan 0.581 888 chr1 174760111 174782470 + 0 NA intron (NM_001243765, intron 1 of 8) intron (NM_001243765, intron 1 of 8) 2255 NM_001243765 9910 Hs.585378 NM_014857 ENSG00000152061 RABGAP1L HHL|TBC1D18 RAB GTPase activating protein 1 like protein-coding nan nan nan 0.359 0.292 0.148 0.199 0.237 0.481 0.026 0.220 1.169 0.027 1.960 0.886 0.558 0.194 0.251 0.144 0.011 0.019 0.470 0.449 0.938 0.388 0.132 0.033 0.140 0.104 0.090 0.148 0.149 1.793 0.123 0.202 0.235 0.068 0.118 0.085 0.077 0.087 0.027 0.014 0.078 0.055 0.329 0.216 0.100 0.093 0.068 0.077 0.886 0.247 0.059 0.938 0.044 0.051 0.247 0.036 0.186 0.056 0.264 1.263 0.051 0.013 0.002 0.763 0.980 1.053 1.570 nan 1.483 1.434 0.530 0.604 0.621 0.922 1.311 1.027 1.503 1.302 1.073 0.525 0.854 0.909 0.837 1.795 nan 1.404 0.891 7541 chr3 21463340 21469100 + 0 NA intron (NM_024697, intron 6 of 7) intron (NM_024697, intron 6 of 7) 19002 NR_002311 391518 Hs.543226 NR_002311 VENTXP7 HPX42|VENTX1 VENT homeobox pseudogene 7 pseudo 0.561 0.639 0.557 0.062 0.061 0.048 0.028 0.051 0.033 0.027 0.047 0.022 0.112 0.104 0.156 0.314 0.057 0.036 0.025 0.054 0.262 0.084 0.012 0.012 0.034 0.028 0.017 0.111 0.050 0.018 0.019 0.076 0.041 0.048 0.021 0.027 0.013 0.033 0.103 0.028 0.025 0.024 0.156 0.063 0.016 0.084 0.014 0.010 0.064 0.055 0.119 0.043 0.040 0.009 0.184 0.144 9.059 6.214 0.207 0.207 0.083 0.054 0.199 0.137 0.413 0.629 0.308 0.397 nan 0.179 0.075 0.205 0.051 0.061 0.174 0.196 0.125 0.256 3743 chr14 87790244 87803353 + 0 NA Intergenic Intergenic 324840 NR_146551 105370611 Hs.691123 NR_146551 ENSG00000258770 LINC02330 - long intergenic non-protein coding RNA 2330 ncRNA nan 0.728 0.826 0.044 0.100 4.221 0.051 0.122 0.338 0.036 0.042 0.005 0.038 0.056 0.283 0.108 0.210 0.074 0.043 0.029 0.083 0.113 0.071 0.011 0.088 0.040 0.111 0.172 0.092 0.410 0.045 0.033 0.109 0.075 0.090 0.018 0.445 0.039 0.005 0.012 0.074 0.041 0.039 0.242 0.027 0.038 0.036 0.098 0.283 0.029 0.007 0.071 0.046 0.026 0.111 0.018 0.077 0.072 0.037 0.056 0.047 0.022 0.009 0.340 0.180 0.189 0.238 0.609 0.591 0.536 0.160 0.301 0.313 1.006 1.367 0.231 0.213 0.867 0.370 0.181 0.230 0.298 0.399 0.321 0.757 0.903 0.666 6123 chr2 53930536 53959895 + 0 NA intron (NM_001201965, intron 4 of 8) L1PA16|LINE|L1 -49705 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 6.156 3.604 5.799 0.105 0.152 0.034 0.146 0.120 0.254 0.036 0.121 0.031 0.025 0.139 0.099 0.227 0.150 0.144 0.126 0.039 0.036 0.014 0.144 0.186 0.129 0.113 0.030 0.037 0.102 0.018 0.140 0.154 0.098 0.307 0.046 0.090 1.821 0.089 0.131 0.028 0.084 0.108 0.031 0.019 0.019 0.029 0.235 0.116 0.067 0.051 0.017 0.130 0.227 0.071 0.057 0.129 0.050 0.116 0.030 0.079 0.246 0.081 0.074 0.139 0.051 0.026 0.012 0.417 0.236 0.285 0.398 0.424 0.505 0.292 0.140 0.405 0.496 0.642 0.784 0.431 0.351 0.442 0.241 0.196 0.329 10.980 10.400 0.351 0.840 0.490 0.337 9198 chr5 138050299 138073979 + 0 NA Intergenic Intergenic 26859 NR_134245 105379194 Hs.445981 NR_134244 ENSG00000253404 LOC105379194 - uncharacterized LOC105379194 ncRNA 1.243 2.851 nan 0.212 1.667 0.798 0.443 0.637 1.563 0.729 0.239 0.319 1.010 0.038 1.740 0.541 0.145 0.122 0.255 0.080 0.053 0.030 0.318 0.167 1.594 0.584 0.327 0.081 0.155 0.147 0.633 3.135 1.076 3.373 0.220 0.426 0.569 0.128 0.124 0.020 0.686 0.117 0.092 0.040 0.161 0.299 0.962 0.351 0.261 0.133 0.047 0.448 0.541 1.093 0.077 1.594 0.301 0.889 0.284 0.121 0.142 0.154 1.100 0.166 0.071 0.039 0.030 0.370 0.582 0.673 1.647 0.960 0.803 5.576 1.469 0.806 0.790 0.665 1.001 3.502 2.850 0.537 0.382 0.794 1.345 2.323 1.859 0.345 0.807 1.490 0.828 3683 chr14 73469021 73477433 + 0 NA intron (NM_001281734, intron 2 of 11) AluSz|SINE|Alu -19563 NM_001281735 53349 Hs.335106 NM_021260 ENSG00000165861 ZFYVE1 DFCP1|PPP1R172|SR3|TAFF1|ZNFN2A1 zinc finger FYVE-type containing 1 protein-coding 1.462 0.700 0.878 0.079 0.166 0.113 0.219 0.231 0.301 0.035 0.082 0.126 0.030 0.036 0.325 0.327 0.315 0.210 0.112 0.022 0.102 0.116 0.135 0.113 0.185 0.864 0.503 0.087 0.114 0.025 0.135 0.292 0.093 0.423 0.052 0.116 0.055 0.118 0.186 0.043 0.347 0.101 0.094 0.028 0.137 0.149 0.136 0.414 0.404 0.047 0.337 0.327 0.076 0.129 0.185 0.044 0.188 0.104 0.125 0.302 0.293 0.065 0.323 0.091 0.014 0.024 0.309 0.252 0.362 0.580 0.517 0.558 0.592 0.142 0.617 0.730 0.432 0.607 0.529 nan 0.802 0.521 0.305 0.262 0.258 0.238 0.566 1.004 4.644 nan 1161 chr1 225876938 225892547 + 0 NA Intergenic Intergenic -43897 NM_018212 55740 Hs.497893 NM_018212 ENSG00000154380 ENAH ENA|MENA|NDPP1 ENAH, actin regulator protein-coding 1.287 nan 1.202 0.209 0.360 0.089 0.773 0.275 0.470 0.220 0.688 3.086 0.099 0.275 0.051 0.567 1.406 0.340 0.448 0.133 1.078 0.027 0.243 0.210 0.191 3.437 2.408 0.061 0.876 0.492 0.939 4.213 2.036 0.495 0.365 1.820 0.018 0.132 0.160 0.493 0.853 1.547 0.224 0.134 0.856 0.385 0.278 0.703 0.939 0.205 0.203 0.814 0.567 1.072 0.065 0.191 0.267 0.459 0.099 0.112 0.158 1.452 0.050 0.192 0.352 0.941 0.576 0.494 0.361 2.784 9.055 0.514 nan 0.948 0.591 0.500 0.440 0.417 0.603 0.782 0.890 0.485 0.292 0.137 0.221 0.154 0.216 0.578 0.825 0.800 0.554 5940 chr2 19318845 19331438 + 0 NA Intergenic Intergenic -98415 NR_135287 400945 Hs.502854 NR_135287 ENSG00000236204 LINC01376 - long intergenic non-protein coding RNA 1376 ncRNA 0.735 0.431 0.643 0.355 0.062 0.016 2.215 0.076 0.296 0.122 0.169 1.717 0.034 0.075 0.106 0.132 0.171 0.047 0.248 0.152 0.184 0.011 0.087 0.170 0.118 0.163 0.143 0.012 0.178 0.867 0.362 1.671 0.278 0.459 0.662 0.213 0.053 0.129 2.312 0.101 0.574 0.086 0.074 0.354 0.164 0.558 1.488 0.213 0.114 0.243 0.578 0.132 0.286 0.854 0.118 0.490 0.305 0.077 0.112 0.065 0.263 0.031 0.108 0.840 0.155 0.145 0.291 0.165 0.306 0.695 0.253 0.291 0.106 0.068 0.285 0.284 0.147 0.251 0.530 nan 0.383 0.146 0.172 0.236 0.036 0.032 0.232 nan 0.692 0.565 6628 chr2 212789499 212796433 + 0 NA intron (NM_001042599, intron 3 of 26) intron (NM_001042599, intron 3 of 26) 498118 NR_031643 100313771 NR_031643 ENSG00000221782 MIR548F2 MIR548F-2|MIRN548F2|hsa-mir-548f-2 microRNA 548f-2 ncRNA nan 1.208 nan 0.135 0.104 0.024 0.052 0.368 0.756 0.054 0.239 0.170 0.051 0.294 0.094 0.123 0.027 0.035 0.791 0.410 0.328 0.010 0.011 0.042 0.049 0.009 0.139 0.323 0.401 0.345 0.084 0.030 0.908 0.552 0.105 0.114 0.062 0.017 0.032 0.022 0.045 0.058 0.035 0.031 0.034 0.047 0.294 0.031 0.040 0.328 0.320 0.033 0.087 0.022 0.201 0.092 0.033 0.025 0.785 1.443 6.646 7.366 0.193 0.251 7.985 4.389 0.520 0.392 0.924 1.154 0.752 nan 0.436 0.140 0.653 1.451 4.470 5.053 0.224 0.367 0.292 0.348 3406 chr14 23898937 23909299 + 0 NA intron (NM_000257, intron 1 of 39) intron (NM_000257, intron 1 of 39) 777 NM_000257 4625 Hs.719946 NM_000257 ENSG00000092054 MYH7 CMD1S|CMH1|MPD1|MYHCB|SPMD|SPMM myosin heavy chain 7 protein-coding nan 0.757 0.653 0.076 0.123 0.242 0.084 0.144 0.233 0.009 0.083 0.062 0.012 0.019 0.045 4.603 0.122 0.110 0.071 0.036 0.031 0.013 0.016 0.029 0.191 0.047 0.028 0.007 0.040 0.011 0.117 0.330 0.068 0.310 0.014 0.058 0.019 0.084 0.052 0.012 0.046 0.139 0.012 0.008 0.025 0.052 0.065 0.144 0.110 0.082 0.038 0.026 4.603 0.047 0.035 0.191 0.047 0.039 0.075 0.090 0.030 0.056 0.114 0.143 0.032 0.011 0.015 0.197 0.171 0.247 0.219 1.071 0.834 0.213 0.093 0.187 0.237 0.225 0.556 0.130 nan 0.641 0.547 0.275 0.378 0.127 0.068 0.266 0.608 0.470 0.525 2853 chr12 92258469 92299537 + 0 NA Intergenic Intergenic 256486 NR_046159 256021 Hs.651357 NM_001256373 ENSG00000257242 LINC01619 C12orf79 long intergenic non-protein coding RNA 1619 ncRNA 0.987 1.139 0.765 0.232 1.158 0.080 0.064 0.201 0.341 0.030 0.064 0.102 0.038 0.707 0.091 0.184 0.218 0.149 0.129 0.051 0.038 0.003 0.210 0.163 0.388 0.110 0.023 0.013 0.161 0.217 0.770 3.247 0.446 nan 0.118 0.079 0.065 0.051 0.121 0.046 0.121 0.047 0.028 0.028 0.043 0.077 0.155 0.165 0.198 0.069 0.046 0.144 0.184 0.083 0.135 0.388 0.176 0.382 0.052 0.056 0.134 0.056 0.063 0.238 0.030 0.032 0.011 0.338 0.251 0.783 0.769 0.941 1.067 2.800 1.655 0.245 0.298 0.477 nan 0.756 nan 0.991 0.688 0.166 0.248 0.522 0.940 0.435 0.982 0.625 0.553 1380 chr10 22533642 22542898 + 0 NA Intergenic Tigger3a|DNA|TcMar-Tigger -2731 NR_038921 100130992 Hs.48501 NR_038921 LOC100130992 - uncharacterized LOC100130992 ncRNA 1.671 1.601 0.482 2.382 2.683 1.344 0.528 1.170 2.424 0.259 3.913 2.439 0.207 0.117 0.816 1.053 1.223 0.373 0.847 0.699 1.917 0.592 0.387 0.347 2.275 1.943 2.124 0.487 0.484 0.512 1.339 2.244 0.685 1.870 0.344 1.933 0.041 1.303 0.107 1.699 0.608 0.317 4.284 1.827 1.710 0.648 1.021 2.181 1.574 0.352 1.356 0.939 1.053 0.669 2.978 2.275 0.699 1.724 0.916 0.241 0.488 0.235 1.341 9.281 8.671 1.964 1.641 0.743 1.280 2.462 2.679 0.731 0.214 1.808 2.203 1.710 2.106 4.521 6.925 1.064 0.947 1.185 1.077 0.472 0.344 0.213 0.242 1.588 0.862 990 chr1 194695808 194710280 + 0 NA Intergenic Intergenic 1354801 NR_146895 105371673 NR_146895 LINC01724 - long intergenic non-protein coding RNA 1724 ncRNA 0.990 nan 0.865 0.075 0.092 0.008 0.040 0.044 0.299 0.006 0.097 0.088 0.017 0.034 0.074 0.178 0.155 0.078 0.197 0.052 0.021 0.038 0.174 0.185 0.033 0.014 0.031 0.065 0.007 0.067 0.115 0.089 0.396 0.040 0.090 0.078 0.052 0.110 0.055 0.013 0.012 0.005 0.023 0.010 0.146 0.048 0.011 0.059 0.016 0.019 0.178 0.054 0.013 0.033 0.034 0.034 0.093 0.028 0.017 0.034 0.043 0.016 0.004 0.007 0.338 0.191 0.369 0.532 0.349 0.444 0.161 0.096 0.429 0.409 5.595 nan 0.372 0.311 1.167 0.957 0.039 0.132 0.720 0.892 0.276 0.373 0.361 0.398 349 chr1 45136973 45144267 + 0 NA promoter-TSS (NM_001300747) promoter-TSS (NM_001300747) 226 NM_001145636 339541 Hs.173679 NM_001004307 ENSG00000198520 ARMH1 C1orf228|NCRNA00082|p40 armadillo-like helical domain containing 1 protein-coding nan 1.887 nan 1.565 1.591 1.208 1.831 0.824 1.831 0.658 2.135 1.249 0.550 2.382 1.707 0.753 1.065 0.091 3.188 1.686 0.674 0.322 1.221 0.371 0.574 2.524 2.226 0.642 3.323 2.030 2.976 9.503 4.444 4.376 1.383 0.567 0.119 1.564 0.111 1.266 0.474 1.426 0.364 0.235 3.774 5.706 2.472 0.913 1.730 1.804 0.538 2.325 0.753 2.841 1.852 0.574 1.376 2.614 0.305 1.394 0.935 1.518 0.878 1.027 1.516 0.395 0.216 1.270 1.800 1.229 2.118 3.132 2.238 2.071 0.752 3.189 3.535 1.494 nan nan 5.392 1.115 1.174 1.309 nan 0.713 0.518 2.136 3.977 1.895 0.926 9445 chr6 13392022 13413894 + 0 NA intron (NM_018988, intron 1 of 1) L1MB8|LINE|L1 5411 NM_001242630 54438 Hs.484686 NM_018988 ENSG00000145990 GFOD1 ADG-90|C6orf114 glucose-fructose oxidoreductase domain containing 1 protein-coding 1.636 nan 1.136 1.121 0.157 0.128 0.308 0.322 0.506 1.106 0.930 3.478 0.054 0.060 0.110 0.440 0.286 0.125 0.403 0.243 0.078 0.032 0.201 0.169 0.606 0.566 0.328 0.030 0.141 0.082 0.150 0.245 0.242 0.175 0.014 1.058 0.043 0.056 0.095 0.011 0.102 0.160 0.129 0.093 0.515 0.083 0.835 0.141 1.366 0.090 0.047 1.133 0.440 0.358 0.063 0.606 0.732 0.098 0.120 0.085 0.142 0.264 0.140 1.226 0.346 0.011 0.009 0.677 0.842 2.090 3.805 0.681 0.812 0.848 0.248 0.592 0.642 0.548 0.971 0.503 0.466 1.039 0.816 0.318 0.461 0.306 0.444 1.645 2.809 0.744 0.623 4772 chr17 39927275 39958463 + 0 NA promoter-TSS (NM_001352777) promoter-TSS (NM_001352777) 151 NM_001352773 3728 Hs.514174 NM_002230 ENSG00000173801 JUP CTNNG|DP3|DPIII|PDGB|PKGB junction plakoglobin protein-coding nan 1.586 1.507 3.838 0.594 0.673 2.448 0.411 0.875 1.836 1.418 1.098 0.974 0.895 0.525 0.530 0.592 0.288 2.995 1.683 5.650 0.178 0.495 0.291 1.021 0.910 0.636 0.779 1.977 1.710 1.680 3.943 2.019 1.506 1.570 2.515 0.077 0.486 0.080 0.928 0.761 1.386 0.684 0.317 2.455 1.731 1.579 0.240 4.718 0.313 0.616 2.295 0.530 6.530 1.041 1.021 2.129 4.195 0.343 0.876 2.013 0.636 0.397 0.258 0.096 0.048 0.025 1.191 1.785 0.795 1.588 nan 1.281 1.850 0.564 1.915 2.030 0.253 0.487 3.386 3.477 nan 0.963 0.788 1.170 0.461 0.579 0.532 1.200 1.018 0.677 3970 chr15 57883482 57898705 + 0 NA intron (NM_001018100, intron 1 of 12) intron (NM_001018100, intron 1 of 12) 6991 NM_001018091 145781 Hs.437256 NM_001018090 ENSG00000137878 GCOM1 GRINL1A|Gcom2|MYZAP|MYZAP-POLR2M|gcom GRINL1A complex locus 1 protein-coding 0.721 0.678 1.893 0.375 0.265 0.040 0.473 0.160 0.283 0.153 0.401 0.559 0.041 0.079 0.113 0.157 0.151 0.127 0.345 0.125 0.033 0.018 0.127 0.182 0.110 0.251 0.035 0.078 0.129 0.197 0.239 0.653 0.088 0.607 0.177 0.111 0.019 0.050 0.082 0.031 0.036 0.110 0.091 0.103 0.675 0.036 0.571 0.177 0.246 0.115 0.073 0.387 0.157 0.391 0.025 0.110 0.468 0.130 0.038 0.099 0.119 0.130 0.266 0.071 0.025 0.011 0.015 4.319 4.291 1.280 0.925 0.293 0.337 1.887 0.378 0.212 0.257 0.306 0.600 0.406 0.407 0.594 0.396 1.016 1.053 0.127 0.161 0.158 0.337 0.806 0.539 5162 chr18 12278311 12297739 + 0 NA Intergenic Intergenic -19643 NM_001303524 84617 Hs.193491 NM_032525 ENSG00000176014 TUBB6 FPVEPD|HsT1601|TUBB-5 tubulin beta 6 class V protein-coding 0.714 0.760 0.752 0.297 0.162 0.054 0.277 0.157 0.282 0.030 0.270 0.095 0.434 0.083 0.091 0.111 0.745 0.252 0.417 0.211 0.039 0.064 0.056 0.092 0.148 0.199 0.093 0.329 0.137 0.574 0.135 0.345 0.146 0.377 0.180 0.058 0.015 0.412 0.131 0.048 0.025 1.391 4.021 1.759 0.275 0.220 0.169 1.571 0.310 1.170 0.057 0.113 0.111 0.759 0.047 0.148 0.121 0.068 0.080 0.260 0.072 0.092 0.025 0.088 0.177 0.033 0.015 0.350 0.274 0.250 0.382 0.716 0.612 1.126 0.351 0.348 0.339 0.090 0.234 0.285 0.382 0.398 0.295 0.150 0.165 0.127 0.172 0.184 0.399 0.585 0.571 3364 chr13 113539487 113549825 + 0 NA Intergenic Intergenic 78296 NR_034002 100289410 Hs.667436 NR_034002 MCF2L-AS1 - MCF2L antisense RNA 1 ncRNA 0.987 nan 1.816 0.194 3.858 1.392 0.136 0.481 0.938 0.019 0.247 0.044 0.096 0.310 2.327 2.339 0.036 0.031 0.600 0.202 0.178 0.214 1.059 0.459 2.167 0.108 0.028 0.171 0.087 0.123 0.506 1.386 0.308 4.550 0.028 0.042 0.589 0.294 0.063 0.092 0.269 0.303 0.128 0.121 0.063 0.096 0.149 0.087 0.976 0.329 0.403 0.496 2.339 1.272 0.107 2.167 0.213 0.505 0.488 0.810 0.477 0.054 1.672 0.023 0.052 0.022 0.015 2.068 3.004 0.586 0.832 2.740 2.239 7.174 2.068 0.894 0.811 0.060 0.119 3.354 4.515 0.511 0.350 1.047 1.712 4.085 3.796 0.301 0.427 0.493 0.284 5675 chr19 41046603 41055365 + 0 NA intron (NM_020971, intron 20 of 35) L1ME4a|LINE|L1 14589 NM_025213 57731 Hs.32706 NM_020971 ENSG00000160460 SPTBN4 CMND|QV|SPNB4|SPTBN3 spectrin beta, non-erythrocytic 4 protein-coding 1.517 0.764 2.003 0.100 0.186 1.637 0.082 0.292 0.644 0.011 0.188 0.166 0.014 0.023 0.153 0.126 0.222 0.260 0.193 0.065 0.065 0.111 0.110 0.067 0.287 0.121 0.075 0.184 0.069 0.036 0.112 nan 0.097 0.911 0.051 0.110 0.065 0.161 0.099 0.014 0.574 0.173 0.021 0.027 0.112 0.054 0.121 0.138 0.634 0.692 0.116 0.145 0.126 0.073 0.053 0.287 0.056 0.061 1.779 0.219 0.774 0.063 0.068 0.972 0.078 0.007 0.049 0.365 0.442 0.212 0.315 0.480 0.469 0.394 0.104 0.250 0.343 1.044 1.328 0.293 0.310 7.463 5.465 0.408 0.376 0.263 0.340 1.066 3.636 2.244 0.953 7101 chr20 61445365 61472321 + 0 NA intron (NM_001853, intron 16 of 31) intron (NM_001853, intron 16 of 31) 10429 NM_001853 1299 Hs.716639 NM_001853 ENSG00000092758 COL9A3 DJ885L7.4.1|EDM3|IDD|MED collagen type IX alpha 3 chain protein-coding 1.925 1.436 0.832 0.313 0.315 0.561 0.267 0.166 0.417 0.166 0.292 0.503 0.111 0.037 0.400 0.385 0.172 0.101 0.195 0.084 0.182 0.123 0.163 0.140 0.434 0.141 0.082 0.243 0.162 0.004 0.325 1.314 0.226 1.076 0.163 0.642 0.021 0.293 0.096 0.135 0.143 0.451 0.130 0.119 0.024 0.043 0.272 0.078 0.812 0.410 0.672 0.786 0.385 0.344 0.117 0.434 0.418 1.136 0.793 1.933 0.402 0.331 0.652 0.114 0.096 0.073 0.064 3.046 nan 0.907 1.224 0.890 0.819 0.865 0.261 0.827 0.953 0.388 0.679 0.347 0.347 0.780 0.702 1.009 1.433 0.131 0.167 0.336 0.521 0.808 0.632 3251 chr13 93867660 93897987 + 0 NA intron (NM_005708, intron 1 of 8) L3b|LINE|CR1 3762 NM_005708 10082 Hs.444329 NM_005708 ENSG00000183098 GPC6 OMIMD1 glypican 6 protein-coding 1.783 1.822 1.317 0.030 0.313 1.435 0.102 0.354 0.735 0.116 1.527 0.850 0.018 0.404 1.225 1.884 0.340 0.069 0.668 0.284 0.450 0.028 0.450 0.258 0.836 0.970 0.896 0.224 0.048 0.149 0.862 1.475 0.055 3.746 0.565 1.187 0.676 0.226 0.087 0.284 1.838 0.143 0.032 0.023 1.300 0.547 0.717 0.585 0.684 0.777 0.739 0.542 1.884 0.370 0.006 0.836 0.380 0.073 0.488 0.263 0.924 0.997 0.209 1.094 0.862 0.025 0.010 1.450 2.226 2.272 2.754 2.565 2.595 1.848 0.862 0.638 0.654 1.015 1.208 1.679 1.913 1.398 2.134 0.339 1.172 2.534 2.136 2.484 4.167 0.385 0.250 7689 chr3 89803952 89809697 + 0 NA Intergenic L1PA15-16|LINE|L1 650150 NM_182644 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.659 0.528 0.038 0.027 0.010 0.012 0.083 0.139 0.054 0.016 0.053 0.090 0.026 0.028 0.036 0.034 0.024 0.163 0.070 0.166 0.025 0.090 0.037 0.051 0.050 0.038 0.146 0.066 0.037 0.157 0.031 0.013 0.038 0.041 0.135 0.042 0.043 0.038 0.012 0.090 0.099 0.016 0.166 0.014 0.017 0.020 0.018 0.013 0.034 0.043 0.020 0.018 0.464 0.451 10.719 3.601 0.133 0.173 0.709 0.260 0.145 0.115 0.210 0.246 0.141 0.108 0.365 0.126 0.041 0.081 0.052 0.070 0.270 0.281 0.257 0.549 11348 chr8 142081818 142088672 + 0 NA Intergenic Intergenic -53466 NM_014957 22898 Hs.18166 NM_014957 ENSG00000105339 DENND3 - DENN domain containing 3 protein-coding 3.010 1.543 nan 3.075 2.426 1.690 8.054 0.611 1.608 2.051 0.967 0.686 0.376 0.907 1.905 0.707 0.549 0.215 3.264 1.335 2.525 0.060 0.387 0.221 1.344 2.056 1.333 0.582 5.390 4.137 1.700 7.904 4.518 3.097 2.161 3.620 0.387 0.096 0.054 2.131 0.630 2.069 1.530 0.879 3.412 2.401 3.499 0.481 3.112 1.890 1.899 3.723 0.707 2.205 2.311 1.344 0.641 1.729 1.055 1.629 2.063 0.783 0.822 0.667 1.185 0.731 0.496 1.151 2.498 0.979 2.490 nan 3.868 nan 0.991 1.192 1.532 0.548 0.862 5.198 5.444 2.395 3.181 0.981 1.047 1.535 1.596 1.312 2.617 1.142 0.849 5522 chr19 8743469 8749676 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 62608 NM_178525 284382 Hs.209206 NM_178525 ENSG00000181786 ACTL9 HSD21 actin like 9 protein-coding 0.423 0.560 0.381 0.116 0.085 0.045 0.577 0.103 0.160 0.031 0.112 0.048 0.029 0.062 0.181 0.455 0.077 0.030 0.706 0.020 0.077 0.127 0.067 0.335 0.127 0.024 0.055 0.034 0.049 0.276 0.068 0.231 0.023 0.075 0.016 0.035 0.086 0.038 0.051 0.283 6.233 2.405 0.050 0.079 0.258 4.520 0.057 1.104 1.925 0.062 0.186 0.045 0.067 0.019 0.067 0.031 0.131 0.127 0.279 0.032 0.013 0.675 0.315 0.132 0.202 0.172 0.084 0.149 0.193 0.392 0.060 0.066 0.098 0.177 0.188 0.317 0.160 nan 0.356 0.135 0.038 0.129 0.074 0.094 0.081 0.169 0.247 0.384 11771 chr9 127619485 127636432 + 0 NA intron (NM_030978, intron 2 of 5) AluSx1|SINE|Alu 3561 NM_030978 81873 Hs.132499 NM_030978 ENSG00000136950 ARPC5L ARC16-2 actin related protein 2/3 complex subunit 5 like protein-coding nan nan 2.666 1.704 3.023 2.094 2.307 1.067 2.303 1.203 2.069 1.840 0.597 0.673 1.268 2.125 1.328 0.350 4.487 1.512 1.548 0.925 1.211 0.597 2.586 2.296 2.589 1.687 5.518 1.113 2.959 4.545 1.883 nan 1.645 3.979 0.393 2.067 0.161 0.961 0.668 2.299 3.521 1.719 2.095 1.789 2.761 1.684 2.212 3.681 1.143 2.770 2.125 4.418 2.245 2.586 1.467 1.020 0.660 3.359 2.144 2.336 0.426 1.086 1.231 1.658 1.080 1.990 1.905 3.470 5.313 3.999 3.798 2.869 1.265 6.327 6.371 1.534 nan 4.061 6.476 5.142 5.562 1.640 2.685 2.758 3.103 3.143 3.367 nan 1.070 9958 chr6 138148497 138154696 + 0 NA intron (NR_049793, intron 3 of 3) intron (NR_049793, intron 3 of 3) -36729 NM_001270508 7128 Hs.211600 NM_006290 ENSG00000118503 TNFAIP3 A20|AISBL|OTUD7C|TNFA1P2 TNF alpha induced protein 3 protein-coding 0.729 0.706 0.788 0.127 0.063 0.089 2.787 0.130 0.173 0.356 0.969 1.928 0.050 0.032 0.086 0.316 0.116 0.051 5.614 2.545 0.133 0.112 0.075 0.077 0.115 2.321 2.014 0.023 4.608 3.209 0.418 1.596 0.665 0.273 0.930 0.851 0.104 0.097 1.478 0.035 1.771 0.306 0.206 5.793 3.710 1.977 0.418 0.056 0.108 0.013 0.443 0.316 2.174 0.051 0.115 0.577 0.147 0.075 0.356 0.050 0.946 0.016 0.130 0.593 0.102 0.032 0.212 0.173 0.421 0.912 0.333 0.310 nan 0.310 0.226 0.212 0.166 0.221 0.217 0.266 0.391 0.207 0.090 0.129 0.093 0.145 0.299 nan 0.299 0.292 860 chr1 167893351 167908625 + 0 NA intron (NM_015415, intron 2 of 5) intron (NM_015415, intron 2 of 5) 4451 NR_026550 25874 Hs.517768 NM_015415 ENSG00000143158 MPC2 BRP44|SLC54A2 mitochondrial pyruvate carrier 2 protein-coding 3.122 nan 3.207 1.765 1.772 1.001 0.961 1.007 1.875 0.594 1.551 1.235 1.252 0.498 3.755 1.965 1.804 0.230 1.983 0.683 2.425 1.498 1.513 0.864 1.793 1.115 1.241 1.059 1.407 0.683 1.259 2.002 1.513 4.535 0.840 1.866 0.513 2.322 0.164 0.587 1.532 1.665 1.323 0.652 1.313 0.674 1.603 1.048 2.503 1.471 1.533 1.140 1.965 2.140 1.809 1.793 1.016 0.847 0.374 1.286 1.286 0.790 5.303 1.086 0.580 1.164 0.651 2.616 2.899 4.019 5.624 4.932 nan 3.057 1.735 3.285 3.494 2.841 3.254 2.639 nan 2.393 2.443 4.690 7.921 2.385 2.145 3.461 3.696 1.600 0.996 11922 chrX 17047253 17065114 + 0 NA intron (NM_004726, intron 5 of 17) L2c|LINE|L2 91369 NM_001080975 9185 Hs.186810 NM_004726 ENSG00000169891 REPS2 POB1 RALBP1 associated Eps domain containing 2 protein-coding 0.677 nan 0.550 0.085 0.095 0.040 0.262 0.122 0.151 0.016 0.156 3.698 0.021 0.011 0.075 0.050 0.653 0.099 0.178 0.085 0.016 0.113 0.097 0.060 0.826 0.499 0.008 0.114 0.269 0.036 0.161 0.087 0.209 0.082 0.063 0.048 0.006 0.051 0.132 0.095 0.088 0.054 0.018 0.159 0.107 0.129 0.084 0.036 0.059 0.018 0.060 0.050 0.104 0.062 0.060 0.034 0.018 0.022 0.029 0.023 0.425 0.083 0.181 0.213 0.048 0.023 0.283 0.173 0.292 0.336 0.372 0.381 0.208 0.137 0.170 0.200 0.256 0.436 0.215 0.326 0.885 0.844 0.223 0.444 0.158 0.134 0.359 0.627 0.377 0.402 2308 chr11 118585032 118601994 + 0 NA Intergenic HERVK-int|LTR|ERVK -43132 NM_007180 11181 Hs.129712 NM_007180 ENSG00000118094 TREH TRE|TREA|TREHD trehalase protein-coding 0.929 1.016 0.880 0.094 0.176 0.079 1.154 0.217 0.432 0.028 0.126 0.159 6.865 0.071 0.240 0.584 0.070 0.077 0.213 0.067 0.041 0.100 0.147 0.180 0.099 0.624 0.358 0.048 0.305 1.090 0.191 0.657 1.651 0.902 0.085 0.343 0.050 0.078 0.147 0.146 0.074 0.197 0.107 0.073 0.749 1.056 0.517 0.239 0.199 0.047 0.056 0.611 0.584 0.840 0.121 0.099 0.764 0.346 0.160 0.082 0.049 0.349 1.111 0.812 0.040 0.044 0.035 4.807 nan 3.163 4.436 0.549 0.553 0.514 0.136 0.339 0.343 0.241 nan 0.639 0.821 0.674 0.351 2.741 2.768 0.127 0.197 1.415 2.914 0.654 0.542 4887 chr17 57428128 57488357 + 0 NA intron (NM_001005404, intron 2 of 4) MIR3|SINE|MIR 14798 NR_039882 100616204 NR_039882 ENSG00000263857 MIR4729 - microRNA 4729 ncRNA 2.231 1.526 1.522 0.053 0.678 0.131 0.222 0.904 1.883 0.045 0.251 0.300 0.208 0.265 1.672 0.417 0.912 0.291 0.180 0.133 0.061 0.030 0.883 0.301 1.728 0.217 0.085 0.072 0.130 0.150 0.257 0.907 0.556 0.901 0.070 0.127 0.205 0.116 0.108 0.043 0.182 0.103 0.052 0.044 0.065 0.167 0.299 0.206 0.440 0.162 0.167 0.234 0.417 0.320 0.052 1.728 0.097 0.698 0.549 0.099 0.280 0.208 3.581 1.274 0.033 0.027 0.014 3.800 4.018 0.475 0.470 1.333 1.558 1.595 0.630 nan 0.697 0.936 1.394 nan nan 3.126 2.785 2.109 3.609 0.738 0.664 0.982 2.730 1.278 0.849 1567 chr10 83633907 83645254 + 0 NA intron (NM_001165973, intron 1 of 10) intron (NM_001165973, intron 1 of 10) 2137 NM_001165973 10718 Hs.125119 NM_001010848 ENSG00000185737 NRG3 HRG3|pro-NRG3 neuregulin 3 protein-coding 0.539 0.710 0.696 1.134 0.047 0.005 0.025 0.056 0.195 0.017 0.048 0.016 0.033 0.071 0.028 0.022 0.047 0.031 0.006 0.012 0.097 0.073 0.053 0.006 0.013 0.054 0.078 0.074 0.038 1.537 0.026 0.024 0.015 0.067 0.081 0.021 0.035 0.073 0.046 0.069 0.029 0.033 0.101 0.049 0.050 0.250 0.024 0.022 0.045 0.008 0.053 0.011 0.022 0.197 0.061 0.017 0.014 0.035 0.186 0.041 0.010 0.018 0.283 0.235 5.785 3.895 0.092 0.163 0.150 0.116 0.081 0.073 2.130 2.534 0.502 0.771 1.606 1.879 0.085 0.133 0.033 0.053 0.519 0.982 0.080 0.159 1063 chr1 205710421 205720676 + 0 NA intron (NM_022731, intron 1 of 6) intron (NM_022731, intron 1 of 6) 3824 NM_022731 64710 Hs.213061 NM_022731 ENSG00000069275 NUCKS1 JC7|NUCKS nuclear casein kinase and cyclin dependent kinase substrate 1 protein-coding 2.876 2.953 3.512 2.007 1.664 1.746 1.639 2.327 4.168 1.079 1.741 1.407 1.793 0.720 3.515 3.098 1.942 0.125 1.669 0.479 1.542 1.910 1.884 0.851 2.614 1.918 2.147 1.322 1.644 0.788 1.638 4.019 2.313 5.786 0.568 3.003 0.575 2.905 0.151 0.392 1.350 2.183 1.941 0.866 1.386 1.085 1.584 2.374 1.949 1.588 1.628 1.576 3.098 1.981 1.449 2.614 1.110 1.390 0.529 1.892 1.120 0.940 0.744 1.413 1.301 1.252 0.962 2.919 2.960 5.754 7.694 4.986 5.409 3.405 2.768 nan nan 2.317 2.959 3.478 5.144 3.530 3.224 1.333 2.323 2.134 2.839 3.864 3.681 1.636 0.797 7113 chr20 62326408 62340520 + 0 NA intron (NM_001134758, intron 5 of 6) intron (NM_001134758, intron 5 of 6) -5330 NM_001083113 84619 Hs.590868 NM_032527 ENSG00000197114 ZGPAT GPATC6|GPATCH6|KIAA1847|ZC3H9|ZC3HDC9|ZIP zinc finger CCCH-type and G-patch domain containing protein-coding 1.712 1.870 1.719 3.751 1.136 0.705 2.534 0.702 1.136 0.780 6.026 1.221 0.166 0.574 1.084 1.089 0.933 0.124 3.470 1.218 4.348 0.885 0.635 0.264 1.194 2.215 2.688 1.033 1.839 1.208 4.678 8.073 2.602 2.034 2.077 1.364 0.088 1.190 0.087 3.597 0.507 13.862 6.862 2.941 2.844 1.641 2.149 5.642 2.250 5.855 0.944 1.097 1.089 2.265 5.563 1.194 1.253 0.797 0.281 6.290 1.406 2.616 0.335 0.383 3.762 3.026 2.474 1.894 nan 0.889 1.715 1.601 1.573 2.022 0.609 3.470 3.621 0.919 1.712 1.430 1.886 1.569 1.755 1.198 2.010 0.462 0.528 0.676 1.272 1.166 0.647 1776 chr11 8702677 8711527 + 0 NA TTS (NR_002977) TTS (NR_002977) 116 NR_002977 677826 Hs.745552 NR_002977 ENSG00000212607 SNORA3B ACA3-2|SNORA45|SNORA45B small nucleolar RNA, H/ACA box 3B snoRNA 3.385 3.654 3.707 3.239 5.731 2.856 4.450 2.482 4.247 0.940 4.331 2.398 1.543 2.526 3.707 3.661 2.105 0.235 2.891 1.199 2.902 1.704 2.029 1.280 5.722 2.117 2.424 2.022 2.564 2.331 5.983 7.290 4.803 8.411 1.372 4.649 1.038 2.900 0.118 1.603 1.232 6.043 7.580 3.194 3.120 1.723 3.660 3.182 3.301 3.151 3.101 2.464 3.661 3.644 6.338 5.722 2.070 1.864 1.189 3.955 1.564 4.062 2.145 2.191 2.455 2.375 1.999 9.160 8.790 5.902 8.811 7.883 8.203 8.498 4.820 11.449 11.923 4.779 7.017 6.332 8.347 6.220 6.665 5.313 9.516 4.727 5.931 6.196 5.937 3.398 1.793 7670 chr3 78943896 78969677 + 0 NA intron (NM_133631, intron 2 of 28) intron (NM_133631, intron 2 of 28) 111823 NM_001145845 6091 Hs.744218 NM_002941 ENSG00000169855 ROBO1 DUTT1|SAX3 roundabout guidance receptor 1 protein-coding 0.998 0.617 0.763 0.039 0.392 0.008 0.069 0.620 1.393 0.036 0.147 0.108 0.014 0.202 0.169 0.060 0.397 0.044 0.141 0.059 0.015 0.097 1.275 0.946 0.287 0.030 0.008 0.017 0.093 0.037 0.441 0.590 0.030 0.294 0.051 0.401 0.339 0.094 0.089 0.051 0.181 0.127 0.030 0.023 0.043 0.012 0.108 0.146 0.147 0.079 0.263 0.034 0.060 0.042 0.025 0.287 0.018 0.026 0.120 0.007 1.188 0.028 0.031 0.363 0.018 0.020 0.011 0.213 0.158 4.609 nan 0.475 0.532 2.008 0.653 0.121 0.127 0.642 0.772 0.789 0.712 11.515 9.388 0.117 0.157 1.438 2.315 0.716 nan 0.215 0.166 2565 chr12 27021286 27038558 + 0 NA Intergenic Tigger1|DNA|TcMar-Tigger -43791 NM_002223 3709 Hs.512235 NM_002223 ENSG00000123104 ITPR2 ANHD|CFAP48|INSP3R2|IP3R2 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 2 protein-coding nan nan nan 0.104 0.403 4.104 0.161 0.223 0.533 0.244 0.174 0.203 0.011 0.127 1.157 0.171 0.199 0.056 0.214 0.129 0.033 0.016 0.434 0.240 0.436 0.096 0.029 0.038 0.165 0.051 0.126 0.276 0.144 1.055 0.026 0.046 0.123 0.050 0.112 0.198 0.128 0.129 0.043 0.041 0.076 0.036 0.197 0.309 0.198 0.203 0.036 0.142 0.171 0.201 0.038 0.436 0.035 0.038 0.369 0.320 0.552 0.051 0.501 0.307 0.194 0.017 0.018 0.232 0.296 0.213 0.417 2.655 2.359 1.531 0.402 0.577 0.544 0.294 0.507 1.278 1.113 1.153 1.063 0.339 0.510 0.396 0.223 0.421 0.899 1.602 0.908 3047 chr12 129440234 129469040 + 0 NA intron (NM_144669, intron 7 of 7) intron (NM_144669, intron 7 of 7) 116658 NM_144669 144423 Hs.655668 NM_144669 ENSG00000151948 GLT1D1 - glycosyltransferase 1 domain containing 1 protein-coding 0.525 0.984 0.657 0.045 0.046 1.316 0.069 0.463 1.045 0.017 0.065 0.034 0.015 0.041 3.025 0.754 0.052 0.067 0.058 0.011 0.005 0.526 0.365 1.880 0.015 0.023 0.013 0.051 0.004 0.062 0.057 0.048 2.048 0.054 0.026 0.030 0.109 0.012 0.129 0.090 0.025 0.033 0.004 0.057 0.040 0.112 0.059 0.037 0.016 0.028 0.754 0.057 0.016 1.880 0.013 0.060 0.010 0.034 0.052 0.025 0.072 0.031 0.034 0.022 0.011 0.518 0.443 0.148 0.184 4.180 3.673 nan 0.534 1.198 1.257 0.163 0.178 4.957 4.190 0.413 0.365 0.308 0.357 0.327 0.164 0.188 0.316 1.702 1.113 2158 chr11 86509116 86518025 + 0 NA intron (NR_120591, intron 1 of 4) intron (NR_120591, intron 1 of 4) 2288 NM_001293178 11098 Hs.25338 NM_007173 ENSG00000150687 PRSS23 SIG13|SPUVE|ZSIG13 serine protease 23 protein-coding 1.102 1.613 0.872 1.649 1.256 0.186 4.184 0.305 0.876 1.081 2.085 2.382 0.048 0.198 0.238 0.978 0.330 0.054 2.835 0.893 1.617 0.353 0.167 0.148 3.290 3.596 0.281 1.309 1.937 1.423 2.425 1.240 3.038 2.803 1.784 0.076 0.328 0.119 1.507 0.444 6.106 0.982 0.543 2.253 2.231 3.957 8.592 2.540 2.416 0.194 2.619 0.978 3.838 8.861 0.148 2.595 1.350 1.172 0.239 2.879 0.323 0.124 2.025 0.601 0.264 4.244 4.321 2.399 4.094 1.968 1.751 0.935 0.288 1.910 1.834 0.291 0.567 1.366 1.945 0.616 0.528 1.088 1.544 0.567 0.568 0.575 0.848 0.712 0.811 3829 chr14 104058938 104065339 + 0 NA Intergenic Intergenic 32844 NM_001302653 84334 Hs.598441 NM_032374 ENSG00000256053 APOPT1 APOP|APOP1|C14orf153 apoptogenic 1, mitochondrial protein-coding 2.142 1.298 6.349 2.718 2.910 6.911 0.292 0.784 2.034 0.015 0.146 0.470 0.498 3.847 4.648 0.249 0.202 0.132 0.029 0.159 0.108 1.314 1.392 7.313 1.472 1.128 0.079 0.160 0.109 0.230 0.757 0.240 3.191 0.594 0.179 0.518 0.059 0.100 0.603 1.111 0.150 0.056 0.085 0.017 0.382 1.809 0.196 0.295 2.016 0.062 0.260 4.648 0.119 0.309 7.313 0.039 0.090 0.795 0.082 1.832 0.537 1.715 0.135 0.356 3.242 3.403 3.316 4.402 3.011 5.861 14.666 13.651 5.933 1.275 0.343 0.284 1.513 2.282 6.240 5.253 2.835 3.449 1.398 2.782 2.928 1.938 0.432 0.876 3.323 1.739 2362 chr11 129009215 129018621 + 0 NA intron (NM_001142685, intron 2 of 21) intron (NM_001142685, intron 2 of 21) 48175 NM_001142685 9743 Hs.440379 NM_014715 ENSG00000134909 ARHGAP32 GC-GAP|GRIT|PX-RICS|RICS|p200RhoGAP|p250GAP Rho GTPase activating protein 32 protein-coding 0.699 0.884 0.551 2.479 0.132 0.042 0.792 0.166 0.381 1.693 1.133 2.448 0.072 0.084 0.067 0.269 0.152 0.051 0.841 0.525 0.715 0.191 0.199 0.117 0.140 0.394 0.161 0.279 1.044 0.471 1.106 1.242 0.245 0.261 1.407 3.448 0.051 3.517 0.145 0.966 0.026 2.801 0.141 0.207 0.428 0.277 0.958 1.401 0.357 0.533 0.274 0.828 0.269 0.499 1.888 0.140 1.166 0.430 0.021 0.049 0.065 1.666 12.355 0.093 0.510 1.531 2.005 0.722 0.719 0.610 1.021 0.318 0.344 0.361 0.148 0.309 0.396 1.214 1.784 0.667 0.659 0.382 0.219 5.395 5.707 0.187 0.404 0.194 nan 0.155 0.170 7084 chr20 58614662 58638711 + 0 NA Intergenic Intergenic -4294 NM_001302815 284756 Hs.335319 NM_173644 C20orf197 - chromosome 20 open reading frame 197 protein-coding 1.455 1.309 0.625 0.365 0.274 1.648 0.484 0.911 1.954 0.087 0.116 0.046 0.373 0.042 2.301 0.367 0.129 0.094 0.339 0.134 0.097 0.052 0.121 1.628 1.168 0.950 0.034 0.580 1.018 0.273 0.803 2.391 0.357 0.079 0.117 0.016 0.066 0.087 0.025 0.046 0.234 0.446 0.334 0.764 0.559 0.477 0.129 0.095 0.053 0.078 0.082 0.367 0.464 0.185 1.628 0.132 0.097 0.707 0.167 2.266 0.232 0.370 0.416 0.089 0.115 0.067 1.283 nan 0.132 0.233 1.647 1.703 2.740 0.616 0.832 0.855 0.225 0.455 4.747 5.106 1.199 0.923 0.461 0.650 0.072 0.127 0.553 0.923 1.609 1.028 8659 chr4 182966522 183018245 + 0 NA Intergenic Intergenic 73285 NR_125905 90768 Hs.175465 NR_027107 LOC90768 - uncharacterized LOC90768 ncRNA nan 0.656 nan 0.224 0.030 0.124 0.201 0.152 0.301 0.024 0.125 0.061 0.010 0.031 0.177 0.104 0.072 0.088 0.138 0.029 0.007 0.014 0.040 0.061 0.072 0.237 0.045 0.028 0.056 0.006 0.063 0.050 0.056 0.155 0.071 0.106 0.031 4.943 0.165 0.043 0.136 0.080 0.040 0.023 0.041 0.013 0.056 0.365 0.057 0.067 0.015 0.020 0.104 0.083 0.018 0.072 0.010 0.056 0.024 0.035 0.006 0.136 0.030 0.036 0.770 0.017 0.008 0.192 0.097 0.208 0.361 0.267 0.285 0.762 0.412 0.120 0.153 0.082 0.143 0.419 0.339 0.373 0.229 0.068 0.119 0.110 0.178 0.082 0.157 0.444 0.375 2796 chr12 76088804 76128082 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -203025 NM_007043 11103 Hs.645517 NM_007043 ENSG00000111615 KRR1 HRB2|RIP-1 KRR1, small subunit processome component homolog protein-coding nan 1.414 0.903 0.829 0.414 0.091 0.925 0.297 0.660 0.304 0.451 3.348 0.095 0.208 0.196 1.626 1.843 0.255 0.750 0.554 0.153 0.177 0.269 0.185 0.343 0.474 0.167 0.071 0.295 0.533 1.641 3.724 0.699 0.981 1.528 1.734 0.234 0.207 0.083 1.204 0.133 0.215 0.268 0.215 0.539 0.210 0.240 4.752 0.734 0.857 0.656 0.556 1.626 0.529 1.424 0.343 2.199 0.196 0.394 0.576 0.911 0.574 0.081 0.160 1.619 0.403 0.417 0.362 0.271 0.329 0.514 0.667 0.720 0.963 0.281 0.244 0.229 2.797 2.918 nan 0.982 0.727 0.495 0.151 0.266 0.741 1.059 0.349 0.687 nan 0.872 11411 chr9 2282645 2304488 + 0 NA Intergenic Intergenic 135110 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 1.109 3.917 2.897 0.069 2.800 2.563 0.059 0.756 1.670 0.087 0.032 0.185 0.108 0.205 2.656 1.996 0.122 0.066 0.063 0.018 0.017 0.007 2.900 1.052 5.406 0.020 0.023 0.018 0.044 0.103 0.379 0.049 8.131 0.107 0.047 0.579 0.039 0.089 0.516 0.051 0.017 0.025 0.023 0.039 0.407 0.056 0.086 0.025 0.044 0.244 1.996 0.158 0.017 5.406 0.236 0.124 0.620 0.016 0.912 0.018 0.149 0.046 0.018 0.020 0.028 0.194 0.128 0.440 0.821 4.537 4.841 8.542 4.350 0.608 0.589 1.002 1.644 6.108 6.824 0.654 0.533 0.197 0.236 3.693 2.937 0.235 nan 6.041 3.619 7076 chr20 56820423 56847818 + 0 NA intron (NR_003505, intron 4 of 16) L1MC4|LINE|L1 -30411 NM_001304369 140731 Hs.266571 NM_080674 ENSG00000124227 ANKRD60 C20orf86|bA196N14.3 ankyrin repeat domain 60 protein-coding 0.794 1.090 0.537 0.199 0.112 0.099 0.707 0.129 0.250 0.014 0.341 0.265 0.014 0.041 0.166 0.093 0.189 0.129 0.342 0.181 0.078 0.025 0.121 0.133 0.066 0.187 0.060 0.035 0.158 0.181 2.803 7.187 0.570 0.260 0.538 0.472 0.011 0.095 0.125 0.660 0.098 0.162 0.129 0.094 0.167 0.104 0.309 0.146 0.299 0.137 0.310 0.873 0.093 0.538 0.139 0.066 0.615 0.317 0.032 0.127 0.186 0.190 0.148 0.044 0.121 0.029 0.017 0.857 nan 0.182 0.213 0.319 0.343 0.379 0.177 0.271 0.329 0.346 0.573 0.159 0.153 0.448 0.290 0.344 0.587 0.072 0.083 0.239 0.354 0.601 0.528 8932 chr5 58180794 58191508 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 109608 NM_001197223 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 1.015 0.087 0.057 0.053 0.059 0.176 0.331 0.276 0.247 0.233 0.051 0.055 0.150 0.373 0.119 0.106 0.048 0.018 6.788 0.441 0.190 0.094 0.100 0.045 0.041 2.684 0.147 0.030 0.186 0.464 0.065 0.936 0.136 14.216 0.068 0.962 0.087 0.055 0.082 2.391 0.084 0.058 0.041 0.021 0.099 0.065 4.741 0.273 0.921 0.910 0.373 0.101 0.070 0.100 0.505 3.890 0.018 8.258 0.616 0.073 0.028 0.421 0.099 0.025 0.033 0.174 0.085 0.209 0.322 0.362 0.388 nan 0.267 0.218 0.320 0.712 1.091 0.399 0.219 nan 0.544 0.071 0.149 0.281 0.369 0.577 1.219 0.336 0.382 5041 chr17 76833574 76838581 + 0 NA intron (NM_001321291, intron 1 of 20) CpG 532 NM_001321291 57602 Hs.464243 NM_025090 ENSG00000055483 USP36 DUB1 ubiquitin specific peptidase 36 protein-coding 5.724 4.655 4.270 4.363 5.733 2.086 3.304 2.751 4.882 0.704 4.186 1.803 0.544 2.431 4.320 5.775 3.385 0.449 3.575 1.289 6.706 1.413 3.472 1.272 4.285 2.471 2.736 2.880 4.142 0.804 7.770 8.682 3.749 7.495 2.232 3.697 0.858 2.632 0.136 1.544 2.738 3.825 2.248 1.201 3.065 1.343 1.841 3.519 4.539 4.257 4.284 4.867 5.775 9.836 1.928 4.285 2.726 2.937 1.274 6.953 6.147 1.821 1.222 1.605 1.496 1.127 0.915 7.363 6.911 4.789 7.505 8.669 6.934 8.317 5.021 12.447 12.350 nan 5.132 7.225 10.564 8.687 10.740 2.830 5.246 6.247 6.517 5.328 4.666 nan 2.542 7507 chr3 9610974 9617781 + 0 NA Intergenic LTR49-int|LTR|ERV1 -18891 NM_198560 375323 Hs.56782 NM_198560 ENSG00000156959 LHFPL4 - LHFPL tetraspan subfamily member 4 protein-coding 0.641 1.260 0.569 0.095 0.077 0.096 3.556 0.092 0.089 0.090 0.057 0.009 0.059 0.039 0.076 0.100 0.119 2.115 1.722 0.009 0.046 0.074 0.075 0.194 0.182 0.053 4.188 3.857 0.614 1.514 0.540 0.190 0.963 0.258 0.128 0.087 0.018 0.023 0.082 0.044 0.023 3.068 3.124 0.057 0.111 0.144 0.116 0.023 0.059 0.076 2.094 0.182 0.075 0.105 0.102 0.029 0.068 0.088 0.777 0.014 0.146 0.045 0.042 0.222 0.122 0.102 0.108 0.244 0.276 0.128 0.150 0.178 0.193 0.089 0.199 0.172 0.316 0.716 0.588 0.150 0.174 0.061 0.077 0.472 1.067 0.332 0.343 2142 chr11 82866173 82873457 + 0 NA intron (NM_001346415, intron 1 of 15) intron (NM_001346415, intron 1 of 15) 1678 NM_015885 51585 Hs.128959 NM_015885 ENSG00000165494 PCF11 - PCF11, cleavage and polyadenylation factor subunit protein-coding 2.777 2.131 2.603 2.392 3.740 2.391 2.772 1.804 3.952 1.666 3.017 2.441 2.280 2.018 2.467 2.254 2.367 0.484 2.615 0.889 2.820 1.315 2.490 1.310 3.385 2.757 2.673 1.377 2.380 1.723 5.259 6.318 3.255 8.080 1.990 2.411 1.369 4.037 0.201 1.817 2.150 8.737 4.297 2.172 3.760 2.419 6.777 6.126 3.733 2.916 4.132 3.837 2.254 3.006 4.889 3.385 2.089 2.543 0.335 2.910 2.218 2.657 2.371 1.456 3.103 1.447 1.090 5.066 5.309 4.728 6.585 6.633 6.067 6.393 2.329 18.388 19.940 4.283 4.732 4.435 6.601 5.539 5.365 3.525 6.204 4.643 5.676 3.173 4.461 2.434 1.404 1834 chr11 19259776 19267219 + 0 NA promoter-TSS (NM_001256372) promoter-TSS (NM_001256372) -295 NM_001256372 79733 Hs.523526 NM_024680 ENSG00000129173 E2F8 E2F-8 E2F transcription factor 8 protein-coding 1.494 nan 1.561 2.202 2.439 0.853 1.549 0.689 1.130 0.826 1.666 0.797 1.160 0.294 1.272 1.117 1.291 0.107 2.119 0.661 0.755 0.872 0.451 0.266 1.388 0.515 0.524 0.822 1.773 1.443 2.029 8.226 5.522 10.086 0.611 0.600 0.396 1.238 0.076 0.521 0.927 2.176 2.160 1.142 1.881 0.929 4.090 0.660 1.312 1.062 1.453 3.059 1.117 2.398 2.322 1.388 2.754 1.121 0.145 2.109 0.574 1.132 0.319 0.166 1.152 0.812 0.438 nan 2.858 2.839 4.070 1.488 1.412 2.153 1.308 5.305 5.091 1.145 nan 2.004 2.552 1.585 1.253 0.986 1.609 1.598 2.157 0.892 0.795 0.889 nan 545 chr1 98381861 98404783 + 0 NA Intergenic Intergenic -6707 NM_000110 1806 Hs.335034 NM_000110 ENSG00000188641 DPYD DHP|DHPDHASE|DPD dihydropyrimidine dehydrogenase protein-coding nan nan 1.250 1.472 0.120 0.024 0.653 0.525 1.102 0.414 0.591 1.175 0.087 0.179 0.132 0.398 1.164 0.233 1.348 0.657 0.136 0.006 0.288 0.218 0.066 0.889 0.586 0.222 0.617 0.260 0.451 1.167 0.848 1.037 0.579 0.204 0.225 0.412 0.111 0.382 0.198 0.708 0.367 0.218 0.895 0.366 1.004 0.565 0.281 0.353 0.355 0.565 0.398 0.492 0.791 0.066 0.145 0.040 0.114 0.167 0.231 0.797 0.082 0.265 0.685 0.052 0.025 0.335 0.356 0.578 0.988 1.141 nan 0.575 0.251 0.351 0.380 3.770 nan 0.606 0.899 nan 1.120 0.214 0.314 0.657 0.596 0.523 1.100 0.908 0.679 2733 chr12 59428863 59481120 + 0 NA Intergenic Intergenic -140672 NM_153377 121227 Hs.253736 NM_153377 ENSG00000139263 LRIG3 LIG3 leucine rich repeats and immunoglobulin like domains 3 protein-coding nan 0.889 0.689 7.070 0.199 0.018 0.409 0.202 0.280 0.171 0.242 0.505 0.030 0.092 0.144 0.429 0.772 0.120 0.282 0.166 1.523 0.016 0.269 0.215 0.067 0.662 0.242 0.042 0.335 0.196 0.603 1.994 5.299 0.678 0.544 0.280 0.180 0.037 0.079 0.218 0.062 0.221 0.089 0.072 0.332 0.163 0.328 0.526 0.107 0.034 0.232 0.310 0.429 0.146 0.283 0.067 0.307 0.102 0.059 0.053 0.326 0.423 0.090 0.092 0.125 0.024 0.012 nan 0.373 0.403 0.789 0.294 nan 1.761 0.477 0.275 0.255 0.491 nan 0.618 nan 0.368 0.143 0.206 0.315 0.639 0.725 0.148 0.212 0.820 0.624 10503 chr7 92775736 92781113 + 0 NA promoter-TSS (NM_001303500) promoter-TSS (NM_001303500) -712 NM_001350082 219285 Hs.489118 NM_152703 ENSG00000177409 SAMD9L ATXPC|C7orf6|DRIF2|UEF1 sterile alpha motif domain containing 9 like protein-coding nan 1.156 nan 1.261 0.151 0.041 2.628 0.238 0.438 0.610 0.439 3.251 0.034 0.076 0.089 0.167 1.054 0.179 1.184 0.705 0.224 0.173 0.166 0.244 1.742 1.000 0.328 0.951 0.359 0.730 2.736 1.947 0.338 2.493 1.775 0.030 0.477 0.142 3.547 0.030 0.347 0.313 0.276 1.996 4.819 0.324 2.010 0.298 0.321 0.236 0.211 0.167 0.529 0.602 0.244 0.891 0.076 0.036 0.032 0.189 0.236 0.017 0.383 2.090 0.021 0.019 0.431 0.240 1.171 1.745 0.159 0.375 1.665 0.391 0.305 0.455 0.180 0.388 0.346 0.371 0.647 0.385 0.295 0.431 0.273 0.339 0.759 3.814 0.797 0.801 10478 chr7 83684495 83692611 + 0 NA intron (NM_006080, intron 5 of 16) intron (NM_006080, intron 5 of 16) 135664 NM_006080 10371 Hs.252451 NM_006080 ENSG00000075213 SEMA3A COLL1|HH16|Hsema-I|Hsema-III|SEMA1|SEMAD|SEMAIII|SEMAL|SemD|coll-1 semaphorin 3A protein-coding 0.913 0.958 0.652 4.472 0.185 0.041 3.206 0.089 0.151 0.142 0.277 3.035 0.175 0.086 0.237 0.095 1.728 0.138 3.990 1.262 3.056 0.223 0.135 0.133 0.399 0.629 0.340 0.100 7.907 3.635 6.104 5.404 9.911 0.308 3.395 1.672 0.138 0.121 0.165 0.769 0.107 1.928 0.104 0.058 4.645 3.698 0.204 0.273 0.391 0.166 0.611 0.437 0.095 2.689 1.635 0.399 4.119 0.459 0.086 0.071 0.194 1.100 0.172 0.150 2.693 0.021 0.038 0.510 0.394 0.230 0.550 0.246 0.234 0.311 0.128 1.224 1.279 0.538 0.673 0.512 0.569 0.266 0.154 0.286 0.440 0.228 0.271 0.274 nan 0.585 0.489 7310 chr22 20099254 20107021 + 0 NA promoter-TSS (NM_001278639) promoter-TSS (NM_001278639) -324 NM_001278639 5902 Hs.24763 NM_002882 ENSG00000099901 RANBP1 HTF9A RAN binding protein 1 protein-coding 3.998 nan 2.430 3.199 1.656 0.821 0.588 2.160 3.765 0.864 4.613 1.352 2.909 0.629 1.293 3.709 1.063 0.125 2.784 0.756 2.120 0.806 0.976 0.544 3.518 0.785 1.097 4.259 2.960 0.754 2.756 nan 4.100 3.192 1.270 2.285 1.020 1.730 0.076 0.640 0.943 2.259 1.957 0.944 1.080 0.771 1.080 1.429 1.904 3.382 1.860 2.181 3.709 3.242 2.038 3.518 1.239 1.064 1.005 3.433 1.546 1.744 0.551 1.095 0.921 1.031 0.533 3.282 2.963 3.826 4.945 4.006 3.595 3.028 1.469 5.527 5.386 2.889 4.407 3.284 5.459 5.362 7.019 1.923 3.371 4.146 5.031 4.131 3.343 4.715 2.876 10872 chr8 29194263 29217399 + 0 NA 5' UTR (NM_057158, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_057158, exon 1 of 5) 491 NM_057158 1846 Hs.417962 NM_001394 ENSG00000120875 DUSP4 HVH2|MKP-2|MKP2|TYP dual specificity phosphatase 4 protein-coding nan 2.516 nan 3.215 1.443 1.864 2.016 1.966 3.242 0.210 3.838 3.026 0.035 2.175 0.123 0.996 0.213 0.083 1.225 0.484 3.085 0.066 0.224 0.112 2.095 3.738 4.548 0.042 1.615 1.449 2.500 3.707 1.254 6.140 1.871 4.386 0.218 0.085 0.107 0.750 0.114 3.496 2.027 1.047 0.396 0.382 4.469 0.557 4.546 0.135 4.071 4.023 0.996 1.450 0.048 2.095 4.559 2.812 0.310 2.789 2.965 1.218 0.056 0.251 3.674 0.050 0.024 1.133 1.253 2.127 3.597 nan 3.226 nan 1.992 0.387 0.401 0.170 0.310 3.341 3.830 2.869 2.505 0.285 0.357 2.017 1.899 0.487 1.068 nan nan 4625 chr17 17368296 17401231 + 0 NA intron (NM_018019, intron 1 of 1) L1MC4a|LINE|L1 4463 NM_018019 55090 Hs.244595 NM_018019 ENSG00000141026 MED9 MED25 mediator complex subunit 9 protein-coding 1.964 1.336 1.673 0.186 1.123 0.468 0.439 0.633 1.080 0.133 0.303 0.294 0.077 0.783 0.728 0.618 0.247 0.089 0.359 0.104 0.743 0.126 0.304 0.215 1.459 0.389 0.228 0.112 0.191 0.128 0.867 1.816 0.923 1.178 0.190 0.483 0.072 0.287 0.079 0.143 0.184 0.452 0.423 0.216 0.192 0.193 0.234 0.217 0.751 0.790 0.704 0.674 0.618 0.533 0.606 1.459 0.532 0.541 0.450 0.838 2.568 0.428 0.272 1.680 0.111 0.119 0.059 0.981 1.373 1.216 nan 1.595 1.843 2.205 0.977 0.709 0.682 1.351 1.910 2.015 2.642 nan 5.006 0.512 0.685 0.492 0.505 1.837 4.308 1.000 0.564 10352 chr7 47796076 47837619 + 0 NA intron (NM_138295, intron 56 of 56) MLT1L|LTR|ERVL-MaLR 15773 NR_038407 84847 Hs.488236 NR_038407 ENSG00000146666 LINC00525 - long intergenic non-protein coding RNA 525 ncRNA 1.625 0.992 nan 1.836 0.235 0.029 2.182 0.093 0.226 1.783 3.406 2.484 0.059 0.327 0.060 0.373 1.442 0.309 2.121 1.256 2.493 0.027 0.205 0.173 1.417 2.861 2.436 1.043 1.523 0.831 0.882 2.171 0.607 0.336 1.612 4.608 0.256 3.735 0.280 1.636 0.093 3.804 0.699 0.338 1.348 1.595 4.179 5.661 3.400 0.742 0.661 1.500 0.373 1.278 3.698 1.417 0.501 0.618 0.661 2.203 0.415 3.335 0.055 0.033 2.746 2.934 3.275 0.487 0.272 0.931 4.119 0.941 1.079 2.328 0.804 0.125 0.146 0.232 0.450 0.333 0.451 0.617 0.492 0.102 0.167 0.628 0.915 0.224 0.393 0.738 0.590 2326 chr11 121520046 121543949 + 0 NA Intergenic Intergenic 209085 NM_003105 6653 Hs.368592 NM_003105 ENSG00000137642 SORL1 C11orf32|LR11|LRP9|SORLA|SorLA-1|gp250 sortilin related receptor 1 protein-coding 1.085 0.764 1.939 0.078 0.112 1.210 0.178 0.246 0.353 0.065 0.192 0.183 0.478 0.038 0.380 0.298 0.724 0.126 0.260 0.119 0.134 0.023 1.170 1.206 0.063 0.200 0.115 0.079 0.438 0.270 0.262 0.342 0.278 1.092 0.244 0.113 1.186 0.354 0.117 0.250 0.093 0.731 0.103 0.043 0.209 0.147 0.193 0.380 0.153 0.260 0.149 0.107 0.298 0.493 0.248 0.063 0.164 0.242 0.032 0.226 0.223 0.163 0.145 0.176 0.124 0.048 0.034 0.388 0.230 0.264 0.343 0.713 0.684 2.675 0.575 0.829 0.950 0.236 0.467 0.122 0.170 0.812 0.599 0.561 0.591 3.530 2.938 0.209 nan 1.704 1.071 7166 chr21 30627099 30636022 + 0 NA intron (NR_027072, intron 1 of 1) intron (NR_027072, intron 1 of 1) -39556 NM_001186 571 Hs.154276 NM_001186 ENSG00000156273 BACH1 BACH-1|BTBD24 BTB domain and CNC homolog 1 protein-coding 0.996 0.821 4.273 0.169 1.079 0.037 1.184 0.271 0.569 1.236 0.848 0.647 0.097 0.011 0.090 0.073 0.243 0.036 0.498 0.361 0.361 0.473 0.287 0.272 1.100 0.748 0.451 0.684 0.306 1.172 0.393 0.687 0.459 0.189 0.525 0.072 0.101 0.172 0.026 1.705 0.595 0.323 1.616 0.325 0.577 1.730 0.307 0.120 0.151 3.203 0.073 0.161 0.082 0.272 0.534 0.593 0.120 0.043 0.092 0.293 0.055 0.207 0.571 0.006 0.006 0.346 0.379 0.222 0.460 2.104 2.144 0.186 0.101 0.199 0.294 1.276 2.032 0.324 0.261 1.180 0.544 0.143 0.258 1.605 2.312 0.514 1.326 nan 2.449 6419 chr2 152479413 152489832 + 0 NA intron (NM_001164508, intron 68 of 181) intron (NM_001164508, intron 68 of 181) 106379 NM_001164508 4703 Hs.588655 NM_004543 ENSG00000183091 NEB NEB177D|NEM2 nebulin protein-coding nan 0.720 nan 0.073 0.109 0.032 0.055 0.138 0.207 0.019 0.060 0.026 0.012 0.048 0.112 0.086 0.139 0.077 0.097 0.037 0.075 0.136 0.137 0.026 0.021 0.021 0.059 0.010 0.062 0.084 0.089 0.297 0.056 0.085 0.009 0.037 0.090 0.023 0.071 0.006 0.026 0.015 0.074 0.045 0.109 0.062 0.196 0.050 0.086 0.089 0.044 0.137 0.055 0.010 0.032 0.015 5.633 0.190 0.036 0.210 0.153 0.344 0.222 0.188 0.284 0.189 0.226 0.197 0.134 0.255 0.256 0.439 0.712 0.224 0.252 0.629 0.386 2.811 8.131 0.028 0.048 0.472 0.775 0.355 0.334 3089 chr13 25945571 25955572 + 0 NA intron (NM_016529, intron 1 of 36) MIRc|SINE|MIR 4422 NM_016529 51761 Hs.444957 NM_016529 ENSG00000132932 ATP8A2 ATP|ATPIB|CAMRQ4|IB|ML-1 ATPase phospholipid transporting 8A2 protein-coding 0.695 0.866 0.799 0.108 0.258 0.384 0.050 0.160 0.210 0.039 0.100 0.019 0.040 0.142 0.218 0.089 0.080 0.052 0.019 0.028 0.204 0.205 0.469 0.041 0.022 0.088 0.034 0.021 0.120 0.172 0.028 1.066 0.015 0.951 0.010 0.108 0.066 0.035 0.080 0.064 0.018 0.039 0.011 0.031 0.077 0.130 0.138 0.150 0.016 0.069 0.218 0.021 0.009 0.469 0.049 0.283 0.010 0.186 0.031 0.024 0.158 0.120 0.023 0.017 7.134 9.005 0.542 nan 1.665 1.518 0.655 0.141 0.133 0.117 0.122 0.285 0.321 0.341 0.913 0.810 0.405 0.887 0.034 0.069 0.500 1.164 1.256 0.889 7108 chr20 62150375 62153972 + 0 NA promoter-TSS (NM_024299) promoter-TSS (NM_024299) 79 NM_024299 79144 Hs.79625 NM_024299 ENSG00000125534 PPDPF C20orf149|dJ697K14.9|exdpf pancreatic progenitor cell differentiation and proliferation factor protein-coding 6.046 7.397 7.732 8.729 3.069 6.806 1.574 3.614 6.274 3.397 6.705 0.488 1.315 2.265 4.956 3.050 0.853 0.315 3.330 0.894 2.518 2.238 1.669 0.784 7.876 1.406 1.749 1.681 3.725 0.834 9.123 12.821 7.732 16.297 2.345 2.029 0.637 6.017 0.099 1.795 5.020 4.996 3.946 1.889 1.285 1.445 2.510 3.271 4.783 5.820 1.545 2.902 3.050 5.603 2.778 7.876 1.253 4.406 1.602 16.496 4.086 1.294 1.572 1.033 3.017 2.113 1.148 7.819 nan 4.572 4.403 9.223 6.640 8.625 4.098 8.753 8.930 3.033 4.659 0.399 0.411 3.921 5.211 3.398 7.453 2.625 2.777 2.430 2.664 2.643 1.595 2436 chr12 6371097 6397383 + 0 NA Intergenic Intergenic -35362 NM_018173 55200 Hs.631660 NM_018173 ENSG00000008323 PLEKHG6 MyoGEF pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G6 protein-coding 0.687 nan nan 1.118 1.201 2.160 2.104 0.146 0.275 0.952 0.521 1.011 1.444 0.449 1.097 0.371 0.148 0.043 1.441 0.619 0.516 0.084 0.179 0.165 0.737 1.006 0.624 0.372 2.509 2.189 1.154 4.702 3.718 1.422 0.704 0.504 0.039 0.307 0.104 0.396 0.172 1.109 1.856 0.699 1.200 2.170 2.236 2.871 1.499 1.527 0.195 1.080 0.371 3.386 1.535 0.737 0.578 1.100 0.193 2.937 0.058 0.620 0.257 0.117 0.251 0.708 0.498 0.458 0.722 0.861 1.638 nan 1.229 2.560 0.810 1.036 1.079 0.639 1.068 2.614 2.302 0.435 0.210 0.713 0.841 0.320 0.420 0.590 nan 0.291 0.286 8424 chr4 74511284 74522927 + 0 NA Intergenic Intergenic -30757 NM_001270392 166824 Hs.529677 NM_177532 ENSG00000169435 RASSF6 - Ras association domain family member 6 protein-coding 0.714 0.641 0.705 0.112 1.919 0.081 0.134 1.560 2.913 0.033 0.156 0.427 0.011 0.265 0.670 0.362 0.143 0.055 0.162 0.097 0.048 0.326 0.130 6.364 0.089 0.012 0.013 0.107 0.036 0.062 0.425 0.260 0.617 0.126 0.110 0.041 0.018 0.099 0.058 0.143 0.127 0.010 0.020 0.132 0.080 0.100 0.214 0.198 0.067 0.088 0.069 0.362 0.134 0.143 6.364 0.099 0.028 0.017 0.056 0.566 0.007 0.408 0.113 0.032 0.005 0.009 0.611 0.558 0.409 0.465 2.234 3.056 3.007 0.616 1.534 1.598 0.078 0.205 7.417 4.076 0.433 0.161 0.375 0.643 0.235 0.280 0.272 0.400 1.477 0.689 6766 chr2 240142148 240207789 + 0 NA intron (NM_006037, intron 2 of 26) intron (NM_006037, intron 2 of 26) -52189 NR_036229 100423043 NR_036229 ENSG00000265215 MIR4269 - microRNA 4269 ncRNA 1.019 nan 1.384 0.217 0.497 3.981 1.975 0.429 0.740 0.007 1.141 1.082 0.008 0.064 2.513 0.400 0.066 0.052 0.749 0.404 1.223 0.065 0.370 0.191 0.691 1.789 1.574 0.083 0.244 0.198 0.557 1.990 0.329 2.294 0.489 2.924 0.030 0.102 0.106 0.728 0.088 0.312 0.156 0.082 0.305 0.149 0.880 0.557 1.150 0.116 0.389 1.164 0.400 0.714 0.752 0.691 0.744 0.208 0.203 0.195 1.942 0.629 0.364 0.068 0.725 1.702 1.317 1.115 1.448 0.579 0.834 0.910 0.822 0.776 0.225 0.801 0.851 0.823 1.130 2.752 2.928 0.434 0.353 0.903 1.090 0.162 0.260 0.176 0.267 0.829 0.568 9571 chr6 32929757 32951537 + 0 NA promoter-TSS (NM_001199456) promoter-TSS (NM_001199456) -214 NM_001199456 6046 Hs.75243 NM_005104 ENSG00000204256 BRD2 BRD2-IT1|D6S113E|FSH|FSRG1|NAT|O27.1.1|RING3|RNF3 bromodomain containing 2 protein-coding nan 3.121 nan 3.701 5.499 4.040 4.184 3.104 5.438 1.397 4.014 1.938 3.435 2.105 4.377 5.414 3.398 0.363 3.212 1.035 5.587 4.693 2.240 0.974 6.617 2.718 4.467 1.183 2.717 1.661 4.051 5.516 4.970 9.538 2.007 3.620 1.770 4.385 0.177 1.534 3.141 6.976 4.701 1.625 1.999 2.540 3.206 7.011 3.002 4.962 3.636 2.876 5.414 4.234 3.548 6.617 1.750 2.801 1.420 4.736 2.250 2.930 2.639 3.338 2.590 3.477 2.622 5.728 5.053 5.696 nan nan 6.724 5.547 3.900 11.380 12.502 3.275 4.180 7.266 10.702 7.968 7.327 3.729 5.640 6.251 6.935 7.822 7.030 2.536 1.460 6390 chr2 141452402 141479177 + 0 NA intron (NM_018557, intron 37 of 90) intron (NM_018557, intron 37 of 90) -121535 NR_106979 102465692 NR_106979 ENSG00000283506 MIR7157 hsa-mir-7157 microRNA 7157 ncRNA 0.781 nan 0.697 0.086 0.128 0.019 0.066 0.144 0.355 0.005 0.058 0.089 0.035 0.052 0.027 0.223 0.073 0.060 0.079 0.028 0.031 0.016 0.141 0.155 0.204 0.009 0.003 0.056 0.019 0.066 0.121 0.071 0.282 0.066 0.075 0.124 0.028 0.072 0.013 0.097 0.031 0.009 0.002 0.037 0.014 0.094 0.101 0.082 0.059 0.009 0.035 0.223 0.024 0.041 0.204 0.018 0.043 0.047 0.030 0.049 0.015 0.152 0.060 0.029 0.009 0.006 0.323 0.201 0.523 0.369 0.255 0.298 0.191 0.054 0.105 0.132 5.248 4.837 0.410 0.346 0.834 0.465 0.130 0.268 0.721 0.797 0.420 0.701 0.311 0.262 4019 chr15 67354259 67474097 + 0 NA intron (NM_005902, intron 1 of 8) MIRb|SINE|MIR -3876 NM_001145102 4088 Hs.727986 NM_005902 ENSG00000166949 SMAD3 HSPC193|HsT17436|JV15-2|LDS1C|LDS3|MADH3 SMAD family member 3 protein-coding 0.934 0.971 nan 1.638 0.235 0.025 2.943 0.202 0.387 0.829 2.587 2.949 0.672 0.227 0.105 0.534 1.602 0.227 2.493 1.218 3.351 0.115 0.128 0.116 0.251 2.089 1.872 0.667 1.453 1.541 4.134 6.978 1.115 0.633 1.875 2.101 0.106 0.140 0.077 1.306 0.102 3.145 1.387 0.623 2.186 1.098 0.971 1.136 3.870 4.343 0.659 1.646 0.534 2.209 3.183 0.251 1.035 1.283 0.121 4.373 0.090 1.165 0.327 0.082 1.939 1.088 0.695 0.288 0.207 1.678 3.828 0.327 0.354 nan 0.214 0.373 0.370 0.322 0.584 0.809 0.879 0.476 0.303 0.432 0.569 0.470 0.807 0.174 0.227 0.412 0.371 6245 chr2 95686046 95701781 + 0 NA intron (NM_022440, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu 2513 NM_022438 4118 Hs.80395 NM_002371 ENSG00000172005 MAL - mal, T cell differentiation protein protein-coding 0.553 0.631 2.198 0.251 0.292 2.275 0.117 0.101 0.192 0.140 0.109 0.038 0.012 0.038 0.438 0.116 0.072 0.140 0.475 0.145 0.028 0.009 0.110 0.099 0.115 0.040 0.032 0.005 0.100 0.288 0.316 1.352 0.750 1.716 0.140 0.054 0.266 0.147 0.073 0.030 0.030 0.140 0.030 0.035 0.035 0.068 7.138 0.127 0.111 0.099 0.029 0.323 0.116 0.542 0.065 0.115 0.063 3.034 0.104 0.509 0.036 0.350 0.050 0.032 0.049 0.022 0.001 1.679 3.021 0.159 0.284 0.493 0.536 0.896 0.242 0.300 0.395 0.100 0.248 0.219 0.262 0.241 0.145 0.294 0.365 0.632 0.756 0.154 0.253 0.190 0.222 5416 chr18 68187752 68193869 + 0 NA Intergenic Intergenic 127283 NM_001278515 220158 Hs.448217 NM_178506 GTSCR1 - Gilles de la Tourette syndrome chromosome region, candidate 1 protein-coding 0.728 0.935 0.651 0.047 0.491 0.209 0.047 0.315 0.478 0.073 0.031 0.021 1.439 0.043 1.140 0.104 0.004 0.017 0.010 0.023 1.330 0.745 0.940 0.011 0.012 0.023 0.091 0.036 0.067 0.804 0.044 1.233 0.038 0.068 0.053 0.090 0.020 0.053 0.025 0.128 0.117 0.040 0.036 0.013 0.026 1.140 0.046 0.022 0.940 0.021 0.040 0.103 0.019 2.629 0.013 0.033 0.102 0.016 0.451 0.342 0.490 1.428 1.169 1.386 9.024 3.790 0.418 nan 0.244 nan 4.436 2.338 0.314 0.200 0.090 0.174 6.874 5.085 0.163 0.222 5.923 3.085 7354 chr22 26944461 26950010 + 0 NA intron (NM_003595, intron 1 of 6) AluSz6|SINE|Alu 4054 NR_031615 100313914 NR_031615 ENSG00000221760 MIR548J MIRN548J|hsa-mir-548j microRNA 548j ncRNA nan 0.720 0.549 0.197 0.380 1.406 4.696 0.203 0.363 0.137 2.632 1.905 0.067 0.036 0.060 0.506 0.502 0.415 0.918 0.614 0.161 0.039 0.085 0.181 0.550 2.801 2.551 2.185 6.676 1.699 0.129 nan 0.680 0.749 0.539 0.096 0.050 0.150 0.095 1.468 0.226 0.085 0.848 0.436 1.115 0.589 0.235 1.903 0.205 0.721 0.115 0.269 0.506 2.732 5.076 0.550 0.022 0.081 0.504 0.157 0.286 3.819 2.819 0.067 1.014 0.374 0.165 0.670 0.742 0.497 nan 0.944 0.812 2.535 0.706 0.612 0.693 0.354 nan 0.828 1.254 0.548 0.281 1.017 1.787 0.191 0.311 0.244 nan 0.794 0.774 11066 chr8 77686259 77707991 + 0 NA intron (NM_024721, intron 4 of 10) intron (NM_024721, intron 4 of 10) -101615 NR_024360 100192378 Hs.596420 NR_024360 ENSG00000253661 ZFHX4-AS1 - ZFHX4 antisense RNA 1 ncRNA 1.248 0.861 0.868 0.059 0.113 0.182 0.034 0.177 0.297 0.035 0.058 0.085 0.049 0.028 0.233 0.737 2.079 0.149 0.140 0.027 0.026 0.013 0.151 0.122 0.083 0.025 0.013 0.038 0.112 0.029 0.093 0.116 0.088 0.253 0.020 0.030 0.778 0.105 0.094 0.011 0.018 0.055 0.030 0.011 0.050 0.032 0.062 0.072 0.019 0.118 0.036 0.018 0.737 0.084 0.017 0.083 0.028 0.038 0.009 0.015 0.061 0.063 0.501 0.062 0.007 0.019 0.008 0.345 0.274 1.669 1.840 0.484 0.663 0.698 0.255 0.748 0.753 0.499 0.839 0.181 0.259 0.474 0.185 0.766 1.547 2.845 4.878 0.225 0.570 0.418 0.411 10856 chr8 23371031 23419588 + 0 NA intron (NM_001317814, intron 2 of 4) intron (NM_001317814, intron 2 of 4) 9001 NM_016612 51312 Hs.596025 NM_016612 ENSG00000147454 SLC25A37 HT015|MFRN|MFRN1|MSC|MSCP|PRO1278|PRO1584|PRO2217 solute carrier family 25 member 37 protein-coding nan 0.992 nan 1.753 0.125 0.152 2.354 0.152 0.327 0.516 1.462 1.528 0.043 0.068 0.114 0.570 0.311 0.139 1.247 0.507 2.603 0.100 0.131 0.092 0.080 2.745 2.560 0.264 1.250 1.099 0.822 1.599 0.728 0.213 1.461 1.402 0.017 0.223 0.102 0.591 0.091 3.705 1.752 0.684 1.565 0.549 1.276 2.847 1.672 1.238 0.775 1.338 0.570 0.695 1.547 0.080 0.928 0.587 0.068 1.384 0.277 0.913 0.104 0.316 2.223 0.478 0.329 0.706 0.806 0.472 0.712 nan 0.747 nan 0.097 0.233 0.286 0.232 0.410 0.357 0.462 0.523 0.533 0.244 0.507 0.139 0.166 0.507 0.788 nan nan 11110 chr8 94452916 94465062 + 0 NA intron (NR_033858, intron 7 of 10) intron (NR_033858, intron 7 of 10) 253672 NR_033858 642924 Hs.434882 NR_033858 ENSG00000246662 LINC00535 - long intergenic non-protein coding RNA 535 ncRNA nan 2.907 3.219 0.030 1.004 4.589 0.052 0.488 1.109 0.024 0.083 0.105 0.097 0.033 0.296 0.556 1.573 0.225 0.053 0.032 0.053 0.023 0.103 0.110 0.687 0.034 0.024 0.012 0.045 0.017 0.126 0.888 0.334 7.518 0.103 0.058 0.668 0.089 0.121 0.009 0.301 0.068 0.039 0.013 0.018 0.057 0.100 0.100 0.040 0.070 0.017 0.046 0.556 0.094 0.015 0.687 0.030 0.055 0.361 0.019 0.444 0.019 0.024 0.226 0.027 0.033 0.012 0.241 0.093 0.336 nan 1.669 1.920 0.130 0.094 0.243 0.280 0.894 1.429 3.989 3.840 1.172 0.945 0.124 0.256 1.763 1.598 0.414 0.925 1.890 0.817 2882 chr12 97374656 97418718 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR 95443 NM_001135175 121441 Hs.270084 NM_152905 ENSG00000139350 NEDD1 GCP-WD|TUBGCP7 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 1 protein-coding 0.810 0.859 0.734 0.085 0.325 1.693 0.036 0.612 1.183 0.015 0.057 0.059 0.018 0.075 0.837 0.241 0.198 0.128 0.079 0.021 0.021 0.003 0.881 0.662 1.578 0.018 0.018 0.016 0.056 0.005 0.084 0.132 0.075 nan 0.044 0.080 0.156 0.074 0.104 0.024 0.032 0.058 0.034 0.014 0.029 0.028 0.059 0.150 0.046 0.045 0.013 0.056 0.241 0.037 0.019 1.578 0.042 0.055 0.160 0.028 0.346 0.018 0.053 0.093 0.009 0.031 0.028 0.494 0.482 0.292 0.249 1.180 1.437 2.055 0.767 0.268 0.283 0.562 nan 1.196 nan 0.455 0.203 0.173 0.242 0.941 0.532 0.245 0.317 5.760 2.945 1662 chr10 115837677 115843646 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 36855 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.467 nan 0.548 0.707 0.125 0.009 0.690 0.321 0.385 0.119 0.169 0.010 0.033 0.057 0.086 0.145 0.215 0.122 0.157 0.042 0.026 0.130 0.081 0.040 0.394 0.133 0.084 0.114 0.052 0.094 0.505 0.248 0.227 0.193 0.145 0.032 0.023 0.062 0.039 0.025 0.078 0.050 0.039 0.165 0.077 0.063 0.126 0.245 0.097 0.052 0.697 0.086 0.108 0.188 0.040 0.184 0.027 0.033 0.108 0.068 0.224 0.049 0.046 0.063 0.019 0.371 0.382 9.851 3.626 0.120 0.117 5.996 2.292 1.242 1.259 0.219 0.355 0.527 0.578 0.211 0.075 0.186 0.188 0.119 0.201 0.164 0.220 0.303 0.346 10931 chr8 42574223 42601728 + 0 NA intron (NM_000749, intron 5 of 5) intron (NM_000749, intron 5 of 5) 35413 NM_000749 1142 Hs.654576 NM_000749 ENSG00000147432 CHRNB3 - cholinergic receptor nicotinic beta 3 subunit protein-coding 0.703 nan 0.669 0.313 0.130 0.061 0.181 0.140 0.324 0.004 0.116 0.213 0.059 0.033 2.781 0.343 0.098 0.147 0.124 0.041 0.089 0.076 0.125 0.122 0.800 0.258 0.155 0.254 0.116 0.137 0.074 0.141 0.155 0.385 0.092 0.072 0.052 0.067 0.117 0.064 0.058 0.486 0.127 0.096 0.032 0.089 0.088 0.204 0.184 0.066 0.037 0.118 0.343 0.148 0.078 0.800 0.071 0.435 0.081 0.185 0.100 0.135 0.050 0.530 0.047 0.124 0.079 0.403 0.405 0.384 0.855 1.379 1.534 1.453 0.498 0.287 0.315 0.178 0.265 0.271 0.287 1.315 1.128 0.163 0.211 0.145 0.141 0.718 2.106 0.798 0.725 9297 chr5 158122108 158133130 + 0 NA intron (NM_024007, intron 15 of 15) intron (NM_024007, intron 15 of 15) -290838 NR_109888 101927697 Hs.483960 NR_109888 ENSG00000276778 LINC02227 - long intergenic non-protein coding RNA 2227 ncRNA 0.866 nan 0.736 0.066 0.032 0.079 0.064 0.103 0.354 0.052 0.194 1.024 0.006 0.018 0.200 0.138 3.365 0.308 0.086 0.262 0.057 0.099 0.054 0.434 0.321 0.028 0.066 0.010 0.091 0.093 0.110 0.249 0.040 0.371 0.017 0.039 0.125 0.192 0.190 0.134 0.044 0.021 0.010 0.031 0.017 13.731 0.479 0.019 0.157 0.055 0.138 0.067 0.016 0.054 0.015 0.193 0.122 0.009 0.014 0.525 0.169 0.212 0.052 0.037 0.297 0.166 0.154 0.220 0.312 0.502 0.136 0.080 0.069 0.045 1.105 1.221 0.109 0.144 0.708 0.445 0.383 0.655 0.085 0.082 0.342 0.632 0.367 0.275 574 chr1 109631594 109644809 + 0 NA non-coding (NR_136242, exon 4 of 4) non-coding (NR_136242, exon 4 of 4) -4614 NR_003023 677766 Hs.550815 NR_003023 ENSG00000278249 SCARNA2 HBII-382|mgU2-25/61 small Cajal body-specific RNA 2 ncRNA 2.996 nan nan 1.993 2.019 1.409 1.294 1.127 2.386 0.665 1.452 1.857 0.548 0.995 2.228 1.739 1.630 0.369 1.746 0.630 3.907 2.791 0.709 0.415 1.774 1.087 1.295 0.940 1.756 0.409 2.279 2.880 1.488 4.848 0.855 1.989 0.281 2.225 0.200 0.508 1.245 4.187 1.639 0.781 1.305 0.974 4.051 1.568 1.581 2.390 1.043 2.635 1.739 1.823 4.663 1.774 0.793 0.890 0.620 5.215 1.043 1.192 1.314 1.327 0.769 5.734 6.658 2.268 2.787 2.467 3.531 2.932 nan 4.100 1.490 6.674 7.090 3.184 4.020 nan nan 3.128 3.440 1.894 3.279 1.222 1.189 3.878 nan 1.567 0.868 7874 chr3 139876074 139937863 + 0 NA intron (NM_022131, intron 2 of 16) L2c|LINE|L2 252941 NM_022131 64084 Hs.158529 NM_022131 ENSG00000158258 CLSTN2 ALC-GAMMA|CDHR13|CS2|CSTN2|alcagamma calsyntenin 2 protein-coding 1.334 nan nan 0.075 0.347 1.281 0.052 0.590 1.173 0.006 0.072 0.049 0.007 0.040 0.328 0.458 0.471 0.138 0.046 0.024 0.009 0.302 0.309 0.648 0.023 0.020 0.013 0.088 0.007 0.077 0.120 0.077 0.470 0.014 0.037 0.217 0.035 0.074 0.025 0.773 0.074 0.015 0.005 0.021 0.026 0.044 0.094 0.034 0.037 0.037 0.090 0.458 0.044 0.026 0.648 0.051 0.035 0.697 0.024 0.206 0.046 0.082 0.495 0.015 0.027 0.020 0.380 0.245 1.219 0.745 1.079 1.065 5.315 1.439 0.216 0.232 4.946 5.530 0.737 0.593 nan 1.634 0.299 0.475 0.665 0.553 0.835 2.470 0.780 0.527 8551 chr4 138044389 138055478 + 0 NA intron (NR_149105, intron 1 of 3) intron (NR_149105, intron 1 of 3) -64977 NR_134640 729307 Hs.552764 NR_134640 LINC02510 - long intergenic non-protein coding RNA 2510 ncRNA nan nan 0.532 0.214 0.160 0.031 0.160 0.101 0.304 0.026 0.147 0.358 0.006 0.048 0.093 0.601 0.087 0.132 0.068 0.005 0.087 0.199 0.177 0.151 0.012 0.058 0.009 0.073 0.092 0.013 0.192 0.039 0.282 0.024 0.020 0.069 0.021 0.146 0.022 0.005 0.007 0.029 0.014 0.026 0.100 0.051 0.007 0.043 0.024 0.093 0.058 0.025 0.151 0.110 0.059 0.026 0.037 0.050 0.027 0.034 0.021 0.016 0.305 0.226 6.093 4.245 0.163 0.357 0.288 0.114 0.136 0.160 0.512 0.719 0.451 0.475 0.445 0.198 0.179 0.273 0.162 0.136 0.307 nan 0.617 0.380 3397 chr14 23290063 23323214 + 0 NA intron (NM_004995, intron 1 of 9) CpG 896 NM_004995 4323 Hs.2399 NM_004995 ENSG00000157227 MMP14 MMP-14|MMP-X1|MT-MMP|MT-MMP 1|MT1-MMP|MT1MMP|MTMMP1|WNCHRS matrix metallopeptidase 14 protein-coding nan 0.793 1.410 0.926 0.580 0.695 2.599 0.164 0.393 0.160 0.863 1.981 0.097 0.123 0.185 0.356 4.003 0.389 0.760 0.687 1.152 0.481 0.194 0.138 0.318 1.246 0.879 0.149 0.439 1.481 1.697 5.053 0.542 0.919 0.645 0.421 0.080 1.014 0.142 1.271 0.168 3.057 1.251 0.631 1.174 0.477 0.553 6.094 0.991 1.749 0.478 0.549 0.356 0.553 0.618 0.318 0.383 0.236 0.372 0.902 0.365 1.368 0.077 0.212 2.134 4.717 4.592 0.276 0.243 1.482 2.444 0.706 0.759 1.548 0.509 0.719 0.724 1.331 1.822 0.412 nan 1.682 1.478 0.398 0.492 0.527 0.830 0.406 0.654 1.064 0.766 660 chr1 146640047 146647264 + 0 NA exon (NM_005399, exon 2 of 8) exon (NM_005399, exon 2 of 8) 513 NR_103871 5565 Hs.50732 NM_005399 ENSG00000131791 PRKAB2 - protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit beta 2 protein-coding 3.502 nan 3.229 2.330 1.914 2.275 3.227 1.110 2.347 1.375 2.386 2.242 0.925 1.442 3.378 0.865 1.870 0.490 3.043 1.190 2.676 0.574 3.300 1.420 1.127 2.988 2.999 1.109 1.394 1.181 6.241 9.305 2.178 11.497 2.144 3.157 0.458 2.560 0.137 2.471 0.516 1.608 2.869 1.476 2.019 1.243 1.672 1.788 2.527 2.516 0.986 3.643 0.865 3.116 1.722 1.127 1.796 2.627 0.603 3.637 3.908 2.805 5.655 1.231 1.360 2.249 1.562 4.081 5.198 5.721 4.717 4.837 3.998 4.583 1.101 6.551 6.497 2.310 3.010 3.508 4.960 4.550 5.086 10.129 13.919 3.136 3.323 2.917 5.382 2.391 1.248 6985 chr20 42643618 42651098 + 0 NA intron (NM_001098796, intron 3 of 8) intron (NM_001098796, intron 3 of 8) 72822 NM_001098798 84969 Hs.26608 NM_032883 ENSG00000124191 TOX2 C20orf100|GCX-1|GCX1|dJ1108D11.2|dJ495O3.1 TOX high mobility group box family member 2 protein-coding nan nan 0.641 0.143 2.072 4.022 1.506 1.052 2.759 0.165 0.489 1.944 0.033 0.645 2.162 0.537 0.911 0.151 0.355 0.406 0.126 0.018 0.136 0.130 2.200 0.642 0.264 0.029 0.308 0.099 0.110 0.416 0.178 3.854 0.567 0.106 0.038 0.029 0.118 1.498 0.065 0.464 0.360 0.335 0.306 0.118 0.512 0.875 0.199 0.455 0.248 0.444 0.537 0.208 6.090 2.200 0.261 0.098 0.013 0.217 1.775 1.386 0.105 0.065 2.320 0.094 0.060 0.620 0.618 0.143 0.306 1.831 1.819 nan 0.080 0.513 0.444 0.220 0.322 3.397 4.007 nan 0.348 0.414 0.427 0.145 0.115 0.157 0.168 0.322 0.266 977 chr1 190082755 190088210 + 0 NA intron (NM_199051, intron 7 of 7) intron (NM_199051, intron 7 of 7) 359658 NM_001317188 339479 Hs.65765 NM_199051 ENSG00000162670 BRINP3 DBCCR1L|DBCCR1L1|FAM5C BMP/retinoic acid inducible neural specific 3 protein-coding 0.836 nan 0.855 0.079 0.107 0.039 0.117 0.145 0.017 0.035 0.017 0.018 0.039 0.094 0.137 0.327 0.116 0.035 0.114 0.197 0.171 0.013 0.013 0.087 0.019 0.089 0.062 0.105 0.255 0.090 0.017 0.040 0.100 0.028 0.057 0.011 0.014 0.020 0.014 0.071 0.019 0.015 0.013 0.015 0.037 0.094 0.026 0.034 0.171 0.044 0.045 0.052 0.019 0.038 0.014 0.142 0.111 0.014 0.018 0.019 0.810 0.403 8.616 2.377 0.376 0.489 0.313 0.146 6.145 6.433 0.529 nan 0.281 0.267 0.493 0.202 0.346 0.688 0.207 0.185 0.674 1.238 0.405 0.364 9237 chr5 143743163 143786920 + 0 NA intron (NM_020768, intron 3 of 3) intron (NM_020768, intron 3 of 3) 214604 NM_020768 57528 Hs.7093 NM_020768 ENSG00000183775 KCTD16 - potassium channel tetramerization domain containing 16 protein-coding nan 0.856 0.668 0.043 0.228 0.157 0.021 0.120 0.289 0.007 0.053 0.062 0.021 0.042 0.357 0.076 0.075 0.052 0.041 0.009 0.021 0.006 0.397 0.225 0.139 0.009 0.030 0.013 0.058 0.014 0.056 0.071 0.071 1.042 0.020 0.077 0.661 0.037 0.106 0.008 0.054 0.076 0.019 0.002 0.030 0.035 0.065 0.094 0.030 0.042 0.011 0.032 0.076 0.041 0.034 0.139 0.014 0.032 0.035 0.020 0.060 0.025 0.031 0.144 0.018 0.021 0.008 0.153 0.086 0.220 0.316 0.496 0.471 1.817 0.524 0.079 0.076 3.217 3.491 0.412 0.517 0.414 0.204 0.110 0.167 1.956 1.919 0.284 0.723 0.775 0.538 6813 chr20 5585014 5788762 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -44145 NM_152504 149840 Hs.529340 NM_152504 ENSG00000171984 SHLD1 C20orf196|RINN3 shieldin complex subunit 1 protein-coding 1.026 1.976 0.878 0.148 0.393 0.197 0.335 0.211 0.401 0.096 0.613 0.272 0.045 0.788 0.207 0.346 0.277 0.182 0.387 0.213 0.084 0.086 0.197 0.172 0.279 0.771 0.517 0.086 0.150 0.274 2.284 6.902 1.318 0.708 0.258 0.287 0.077 0.097 0.088 0.086 0.084 0.253 0.221 0.123 0.511 0.592 0.385 0.220 2.795 0.190 0.711 0.954 0.346 0.597 0.293 0.279 0.678 1.674 0.143 0.164 0.473 0.407 0.315 0.239 0.159 0.074 0.052 1.061 0.961 0.414 0.676 0.516 0.554 1.219 0.476 0.436 0.434 0.564 0.874 2.593 2.042 0.815 0.509 0.361 0.595 0.426 0.573 0.527 1.078 0.630 0.513 9876 chr6 121850618 121855772 + 0 NA Intergenic Intergenic 96472 NM_000165 2697 Hs.74471 NM_000165 ENSG00000152661 GJA1 AVSD3|CMDR|CX43|EKVP|EKVP3|GJAL|HLHS1|HSS|ODDD|PPKCA gap junction protein alpha 1 protein-coding 1.564 0.922 0.834 0.042 0.204 0.041 0.041 0.752 1.403 0.019 0.076 0.190 0.048 0.059 0.104 3.924 0.036 0.156 0.078 0.037 0.136 0.774 0.673 0.353 0.209 0.053 0.014 0.014 0.117 0.088 0.211 0.190 0.154 0.031 3.037 1.201 0.101 0.046 0.031 0.075 0.015 0.021 0.059 0.168 0.058 0.237 0.195 0.092 0.186 3.924 0.055 0.075 0.209 0.047 0.032 0.034 0.039 0.031 0.038 0.025 0.037 0.034 0.026 0.265 0.146 0.396 0.947 0.201 0.203 4.583 1.050 0.264 0.234 0.103 0.134 0.252 0.181 0.446 0.186 0.062 0.114 9.889 10.482 0.203 0.379 1.511 0.761 566 chr1 107832296 107839271 + 0 NA intron (NM_001312688, intron 2 of 7) L1M5|LINE|L1 145092 NM_001113228 22854 Hs.133046 NM_014917 ENSG00000162631 NTNG1 Lmnt1 netrin G1 protein-coding 1.607 nan nan 0.072 0.125 0.036 0.021 0.183 0.340 0.028 0.023 0.075 0.103 0.220 0.118 0.107 0.136 0.027 0.018 0.068 0.035 0.017 0.020 0.033 0.108 0.015 0.079 0.063 0.040 0.513 0.021 0.054 0.163 0.016 0.090 0.102 0.053 0.026 0.011 0.110 0.061 0.035 0.011 0.103 0.220 0.030 0.053 0.017 0.059 0.180 0.041 0.029 0.046 0.084 0.196 0.043 0.007 0.321 0.131 0.244 0.162 0.317 nan 0.496 0.267 0.240 0.223 6.499 6.429 nan nan 0.450 0.316 0.114 0.161 0.661 0.472 0.407 nan 0.400 0.385 4067 chr15 74483891 74563071 + 0 NA Intergenic Intergenic -5149 NM_025055 80125 Hs.383206 NM_025055 ENSG00000140481 CCDC33 CT61|HP11097 coiled-coil domain containing 33 protein-coding 1.260 2.250 1.126 0.135 0.468 2.568 0.572 2.050 3.908 0.077 0.164 1.909 0.038 0.122 3.573 2.565 0.579 0.204 0.736 0.591 0.353 0.204 0.696 0.508 3.390 0.544 0.390 0.054 0.350 0.154 0.860 3.585 0.556 5.782 0.826 1.592 0.441 0.066 0.060 0.218 0.727 0.666 0.124 0.057 0.340 0.088 0.899 1.742 0.985 0.285 0.704 1.362 2.565 0.479 0.087 3.390 0.442 0.679 0.528 0.363 0.376 0.320 0.393 0.898 0.523 0.175 0.239 1.166 1.437 0.412 0.772 2.081 2.335 1.717 0.585 0.212 0.223 2.216 2.477 2.885 3.033 1.719 1.406 0.717 0.825 1.069 0.953 1.057 2.827 1.147 0.688 7349 chr22 25957281 25973042 + 0 NA intron (NM_005160, intron 1 of 20) intron (NM_005160, intron 1 of 20) 4300 NM_005160 157 Hs.657494 NM_005160 ENSG00000100077 GRK3 ADRBK2|BARK2 G protein-coupled receptor kinase 3 protein-coding 1.328 nan 1.134 0.372 0.294 0.109 0.096 0.747 1.417 0.103 0.207 0.083 0.075 0.083 0.390 0.438 0.449 0.185 0.060 0.012 0.120 0.088 0.186 0.087 0.327 0.131 0.045 0.325 0.409 0.014 0.562 nan 0.394 1.062 0.101 0.423 0.440 0.095 0.067 0.271 0.316 0.149 0.124 0.111 0.064 0.135 0.152 0.399 0.410 0.015 0.077 0.438 0.072 0.277 0.327 0.039 0.227 0.327 0.755 0.329 0.145 1.790 0.306 0.135 0.055 0.029 0.747 0.969 0.329 0.504 0.916 0.813 0.919 0.292 0.774 0.754 3.386 4.088 1.040 1.289 1.952 1.802 1.284 2.266 1.852 1.791 0.955 1.687 1.812 1.346 10002 chr6 148057523 148086878 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 242372 NM_001030060 389432 Hs.567973 NM_001030060 ENSG00000203727 SAMD5 dJ875H10.1 sterile alpha motif domain containing 5 protein-coding nan 0.824 nan 0.029 0.096 0.080 0.022 0.042 0.184 0.003 0.056 0.063 0.018 0.058 0.106 0.179 0.701 0.191 0.072 0.006 0.021 0.005 0.080 0.074 0.093 0.012 0.020 0.035 0.041 0.011 0.082 0.140 0.076 0.187 0.015 0.078 0.032 0.048 0.113 0.041 0.041 0.027 0.027 0.030 0.031 0.181 0.061 0.072 0.104 0.014 0.059 0.179 0.049 0.009 0.093 0.021 0.034 0.040 0.024 0.280 0.022 0.755 0.200 0.021 0.024 0.012 0.655 0.450 5.655 7.981 0.289 0.299 2.737 0.713 0.337 0.344 0.355 0.481 0.281 0.223 0.839 0.393 0.598 1.235 0.138 0.208 0.259 0.470 0.336 0.308 2765 chr12 67428283 67443029 + 0 NA Intergenic Intergenic 54408 NR_120490 102724421 Hs.135774 NR_120490 ENSG00000257083 LOC102724421 - uncharacterized LOC102724421 ncRNA 0.684 1.109 0.696 0.284 1.682 0.340 0.048 2.691 4.542 0.026 0.064 0.187 0.013 0.048 0.186 1.765 0.072 0.076 0.149 0.180 0.039 0.009 1.348 0.497 1.542 0.014 0.014 0.020 0.067 0.007 0.132 0.150 0.105 1.229 0.208 0.096 0.180 0.066 0.080 0.032 0.059 0.118 0.050 0.059 0.022 0.036 0.184 0.122 0.065 0.194 0.636 0.122 1.765 0.090 0.044 1.542 0.102 0.058 0.053 0.075 0.222 0.091 0.034 0.084 0.031 0.023 0.017 0.310 0.175 0.433 1.005 5.990 nan 6.256 2.341 0.243 0.332 0.778 1.112 0.889 0.883 0.370 0.187 0.177 0.219 1.346 1.875 0.249 0.388 2.168 1.462 5687 chr19 41826728 41835393 + 0 NA TTS (NM_052848) TTS (NM_052848) 14675 NM_001346100 90324 Hs.437497 NM_052848 ENSG00000142039 CCDC97 - coiled-coil domain containing 97 protein-coding 2.721 0.791 1.297 3.799 0.772 0.064 2.005 0.315 0.524 0.132 4.718 6.320 0.007 0.287 0.152 0.472 2.863 0.466 3.238 1.826 1.510 0.180 0.234 0.227 0.581 1.235 0.861 0.959 0.347 0.486 3.968 nan 3.262 0.708 0.677 0.988 0.186 0.378 0.096 2.959 0.094 2.548 1.135 0.449 0.672 1.596 0.510 0.185 2.123 5.659 0.046 0.884 0.472 4.937 0.096 0.581 0.777 0.302 0.503 0.737 0.118 0.945 0.091 0.102 3.496 0.080 0.076 0.620 1.269 0.310 0.678 1.277 1.505 2.176 0.566 1.661 1.674 0.281 0.650 1.197 1.777 0.933 0.726 0.794 1.031 1.194 2.400 0.419 0.851 1.927 1.138 11850 chr9 138232915 138273047 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 17886 NM_173520 157927 Hs.559511 NM_173520 C9orf62 - chromosome 9 open reading frame 62 protein-coding nan 0.816 0.805 0.055 0.063 4.119 0.069 0.146 0.254 0.019 0.077 0.056 0.006 0.018 0.171 0.070 0.074 0.064 0.055 0.019 0.022 0.028 0.066 0.076 0.083 0.034 0.031 0.015 0.068 0.003 0.080 0.333 0.058 1.835 0.022 0.078 0.219 0.046 0.061 0.006 0.032 0.165 0.034 0.018 0.003 0.044 0.044 0.102 0.136 0.037 0.467 0.059 0.070 0.100 0.018 0.083 0.018 0.055 1.121 0.133 0.490 0.139 0.027 0.021 0.036 0.027 0.009 0.225 0.310 0.066 0.116 0.393 0.422 nan 0.027 0.051 0.048 0.717 0.992 0.118 0.138 0.929 0.735 0.195 0.178 0.946 1.336 0.102 0.137 0.304 0.338 10579 chr7 105649199 105677574 + 0 NA intron (NM_152750, intron 14 of 18) intron (NM_152750, intron 14 of 18) 59729 NM_001301161 222256 Hs.150120 NM_152750 ENSG00000128536 CDHR3 CDH28 cadherin related family member 3 protein-coding nan 0.699 1.209 0.069 0.090 1.251 0.063 0.224 0.364 0.017 0.093 0.105 0.017 0.028 0.321 0.860 1.247 0.119 0.067 0.020 0.050 0.029 0.299 0.224 0.303 0.022 0.018 0.062 0.112 0.033 0.054 0.130 0.150 0.641 0.021 0.112 0.071 0.065 0.163 0.024 0.120 0.143 0.017 0.016 0.004 0.048 0.154 0.144 0.111 0.083 0.050 0.134 0.860 0.060 0.052 0.303 0.061 0.085 0.464 0.116 0.032 0.037 0.250 0.192 0.011 0.026 0.018 0.576 0.645 0.307 0.358 0.492 0.549 0.683 0.198 0.164 0.149 3.632 4.356 0.262 0.313 0.506 0.395 0.370 0.679 0.420 0.550 0.533 nan 0.603 0.589 2299 chr11 117621806 117653520 + 0 NA intron (NM_020693, intron 3 of 32) intron (NM_020693, intron 3 of 32) 30313 NM_020693 57453 Hs.659513 NM_020693 ENSG00000177103 DSCAML1 DSCAM2 DS cell adhesion molecule like 1 protein-coding 0.689 1.146 0.582 0.025 0.362 1.969 0.063 0.216 0.439 0.024 0.046 0.053 0.041 0.021 0.121 0.384 0.035 0.025 0.076 0.031 0.009 0.182 0.155 0.817 0.037 0.021 0.063 0.056 0.007 0.060 0.318 0.041 0.551 0.021 0.037 0.054 0.068 0.087 0.019 0.406 0.191 0.032 0.022 0.021 0.085 0.088 0.221 0.098 0.035 0.020 0.147 0.384 0.050 0.032 0.817 0.026 0.073 0.301 0.054 0.076 0.033 0.240 0.133 0.014 0.016 0.003 0.765 nan 0.237 0.336 1.148 1.380 2.707 0.644 0.307 0.302 0.471 nan 1.521 1.439 0.545 0.441 0.786 1.136 0.550 0.468 0.275 0.676 1.652 0.943 11816 chr9 133027329 133034998 + 0 NA intron (NM_001291815, intron 1 of 86) intron (NM_001291815, intron 1 of 86) 3005 NM_001291815 256158 Hs.32194 NM_144655 ENSG00000148357 HMCN2 - hemicentin 2 protein-coding nan 2.651 0.496 0.019 1.200 7.392 0.083 0.084 0.299 0.087 0.060 0.105 0.026 0.335 0.419 0.117 0.273 0.069 0.074 0.008 0.037 0.082 0.120 1.597 0.018 0.026 0.038 0.098 0.041 0.230 0.056 0.570 0.019 0.064 0.013 0.099 0.032 0.030 0.021 0.117 0.031 0.022 0.112 0.092 0.127 0.138 0.062 0.069 0.419 0.159 0.036 1.597 0.077 0.290 0.197 0.094 0.067 0.066 0.064 0.020 0.008 0.007 0.145 0.129 0.140 0.226 7.915 8.374 nan 0.368 0.116 0.088 0.184 0.264 2.162 3.288 2.048 2.234 0.103 0.277 0.214 0.399 0.226 0.424 1.695 0.940 8543 chr4 129553380 129560073 + 0 NA Intergenic Intergenic -174052 NM_199320 79960 Hs.12420 NM_024900 ENSG00000077684 JADE1 PHF17 jade family PHD finger 1 protein-coding 1.023 4.043 nan 0.200 2.795 0.794 0.201 0.813 1.412 0.028 0.535 0.629 0.005 0.495 0.965 0.250 0.342 0.071 0.196 0.019 0.796 0.271 0.279 0.320 0.086 0.132 0.144 0.072 0.338 0.170 4.035 0.088 3.997 0.285 0.016 0.080 0.052 0.101 0.042 0.100 0.105 0.112 0.069 0.060 0.211 2.413 0.053 5.748 1.363 0.250 0.053 0.097 0.279 0.291 0.112 0.072 0.023 2.628 0.153 0.089 0.093 0.103 0.026 0.016 0.262 0.136 0.273 0.249 0.585 0.587 0.373 0.176 0.140 0.115 0.662 0.699 3.151 2.209 0.337 0.116 0.321 0.424 1.785 1.999 0.225 0.479 1.886 1.478 108 chr1 15849338 15855577 + 0 NA promoter-TSS (NR_109898) promoter-TSS (NR_109898) -851 NM_001287811 23341 Hs.655410 NM_015291 ENSG00000116138 DNAJC16 - DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C16 protein-coding 3.055 2.423 nan 2.489 10.916 2.300 1.074 1.617 3.177 0.971 2.405 1.312 1.123 1.633 2.767 1.601 1.203 0.105 2.083 0.853 2.333 2.445 1.500 0.501 1.058 1.095 1.034 2.397 2.417 0.663 3.067 4.232 2.917 10.730 0.694 1.946 0.182 3.527 0.164 0.563 0.919 2.421 1.553 0.689 1.447 0.756 1.679 1.459 2.165 3.105 2.225 2.571 1.601 3.320 2.619 1.058 1.451 2.325 0.920 3.420 1.823 0.922 0.852 0.928 0.968 0.766 0.368 3.025 3.627 3.268 4.185 6.382 5.250 4.479 2.429 8.318 nan 3.365 nan 11.102 16.115 nan 2.337 1.775 2.514 2.236 1.694 4.190 4.388 2.832 1.091 2820 chr12 81169648 81175776 + 0 NA Intergenic Intergenic 15779 NR_120469 101928420 Hs.739989 NR_120468 ENSG00000257741 LINC01490 - long intergenic non-protein coding RNA 1490 ncRNA 1.796 2.300 0.989 0.640 2.787 2.149 0.904 0.956 2.043 0.111 0.533 3.342 0.060 0.563 0.838 2.499 1.624 0.237 0.242 0.215 0.320 0.771 0.579 1.013 2.459 1.630 0.060 0.334 0.674 0.819 2.970 0.291 4.070 0.583 2.892 2.038 0.058 0.402 1.021 0.442 0.069 0.063 0.335 0.038 0.598 0.900 0.624 0.242 0.786 0.621 2.499 0.176 0.166 1.013 1.224 0.161 0.689 0.076 2.665 0.015 0.113 0.182 0.445 0.066 0.066 0.359 0.383 1.773 3.536 2.758 2.887 10.148 2.023 0.897 1.198 3.607 4.171 6.097 4.309 1.371 0.657 0.299 0.314 9.473 14.073 0.583 1.068 1.557 1.094 604 chr1 114694378 114700661 + 0 NA Intergenic Intergenic -1047 NM_001270805 148281 Hs.370963 NM_205848 ENSG00000134207 SYT6 sytVI synaptotagmin 6 protein-coding nan 0.673 0.854 0.045 0.071 0.089 0.022 0.114 0.290 0.015 0.062 0.047 0.020 0.063 0.149 0.834 0.083 0.077 0.051 0.041 0.050 0.130 0.038 0.089 0.012 0.083 0.064 0.071 0.114 0.041 1.593 0.021 0.025 0.211 0.139 0.089 0.161 0.012 0.050 0.018 0.098 0.090 0.189 0.324 0.047 0.012 0.064 0.834 0.046 0.014 0.038 0.020 0.053 0.592 3.761 0.016 0.013 3.651 1.045 0.027 3.854 2.563 0.109 0.085 1.212 nan 0.660 0.233 0.440 0.421 0.599 1.113 0.574 0.865 1.031 1.690 6.021 8.556 0.046 0.040 1.930 2.139 0.528 0.462 6475 chr2 169890537 169905727 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -10298 NM_003742 8647 Hs.158316 NM_003742 ENSG00000073734 ABCB11 ABC16|BRIC2|BSEP|PFIC-2|PFIC2|PGY4|SPGP ATP binding cassette subfamily B member 11 protein-coding 0.665 0.797 nan 0.414 0.080 0.015 0.532 0.053 0.196 0.188 0.100 0.232 0.008 0.045 0.047 0.190 0.074 0.042 0.632 0.647 0.062 0.009 0.083 0.058 0.047 0.351 0.080 0.005 0.683 0.300 0.518 1.833 0.660 0.267 0.372 0.088 0.013 0.007 0.079 0.111 0.047 0.115 0.036 0.052 2.487 0.344 0.958 0.105 0.204 0.028 0.140 0.969 0.190 0.136 0.178 0.047 0.532 0.219 0.050 0.020 0.290 0.052 0.399 0.011 0.003 0.345 0.141 0.233 0.654 0.190 0.175 0.091 0.054 0.239 0.196 0.188 0.276 0.179 0.216 0.364 0.148 0.109 0.103 0.047 0.050 0.156 0.288 0.234 0.238 4880 chr17 55920132 56048574 + 0 NA intron (NM_001271875, intron 1 of 10) AluSq2|SINE|Alu -3603 NM_001292025 404093 Hs.46679 NM_001271875 ENSG00000180891 CUEDC1 - CUE domain containing 1 protein-coding 1.984 2.950 2.950 1.167 1.811 1.085 3.413 2.045 3.863 0.381 1.960 1.584 1.137 1.026 2.281 0.980 1.272 0.364 2.673 1.447 0.835 0.143 1.336 0.726 2.979 2.076 1.791 0.817 1.474 1.155 6.118 15.269 2.156 4.868 1.344 1.322 1.482 0.314 0.116 1.972 1.382 2.729 0.496 0.262 1.865 1.125 0.759 1.874 3.429 2.170 0.674 1.063 0.980 2.619 1.296 2.979 0.725 0.728 0.596 0.760 0.924 1.505 1.333 1.989 0.977 3.471 2.927 1.502 2.523 0.866 1.719 2.495 2.646 2.903 1.140 nan 1.497 1.687 2.260 nan nan 2.513 2.144 1.066 1.884 2.903 2.980 2.046 5.687 2.040 1.081 2623 chr12 43349942 43360481 + 0 NA Intergenic Intergenic -193907 NR_146866 105369740 Hs.577746 NR_146866 ENSG00000258331 LINC02461 - long intergenic non-protein coding RNA 2461 ncRNA 0.991 nan 0.978 0.750 0.058 0.016 4.282 0.076 0.183 1.170 1.344 1.325 1.768 0.047 0.050 0.122 0.600 0.092 2.224 1.152 2.449 0.201 0.202 0.011 1.867 1.297 0.091 1.763 2.269 0.847 1.067 0.775 0.103 2.201 0.090 0.100 0.557 0.066 0.622 0.159 0.959 0.785 0.570 2.813 0.763 0.707 2.545 0.131 0.195 0.113 0.574 0.122 2.063 0.577 0.011 0.709 0.405 0.167 0.093 0.082 3.885 0.028 0.105 2.158 1.514 1.104 0.243 0.268 0.880 4.594 0.206 0.355 0.310 0.148 0.305 0.313 0.729 1.146 0.160 0.175 0.430 0.182 0.097 0.240 0.656 0.540 0.135 0.244 0.174 0.246 330 chr1 43735092 43752508 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 7450 NM_182517 149466 Hs.158963 NM_182517 ENSG00000253313 C1orf210 TEMP chromosome 1 open reading frame 210 protein-coding nan 1.176 nan 0.589 0.529 0.834 0.449 0.349 0.681 0.038 0.120 0.095 0.616 2.224 0.581 0.158 0.099 0.102 0.802 0.261 0.058 0.032 0.400 0.179 0.833 0.210 0.087 0.136 0.933 0.489 0.983 3.462 0.887 1.013 0.306 0.067 0.027 0.082 0.079 0.061 0.127 0.497 0.094 0.050 0.604 1.148 0.647 0.201 0.084 0.149 0.054 0.646 0.158 1.099 0.080 0.833 0.407 0.533 0.113 0.247 0.060 0.077 1.277 0.093 0.078 0.017 0.023 0.673 1.122 0.597 0.748 1.215 1.250 1.569 0.462 0.794 0.763 0.207 nan nan 6.282 0.349 0.211 1.370 nan 0.209 0.175 0.229 0.326 0.779 0.571 7879 chr3 140968439 140992319 + 0 NA intron (NM_001037172, intron 2 of 5) intron (NM_001037172, intron 2 of 5) 29712 NM_001037172 92370 Hs.657887 NM_152282 ENSG00000155893 PXYLP1 ACPL2|HEL124|XYLP 2-phosphoxylose phosphatase 1 protein-coding 1.192 nan nan 0.129 0.181 0.116 0.075 0.242 0.375 0.012 0.096 0.089 0.005 0.093 0.159 0.263 0.208 0.148 0.110 0.016 0.023 0.006 0.497 0.393 0.196 0.055 0.043 0.046 0.080 0.026 0.071 0.214 0.131 0.211 0.024 0.054 0.024 0.045 0.084 0.010 0.036 0.134 0.048 0.049 0.032 0.029 0.112 0.092 0.099 0.072 0.020 0.154 0.263 0.078 0.070 0.196 0.031 0.055 0.102 0.115 0.458 0.070 0.043 0.130 0.037 0.019 0.020 0.328 0.310 0.300 0.517 0.892 0.785 nan 0.382 0.351 0.384 0.945 nan 0.308 nan nan 0.493 0.234 0.242 0.065 0.114 0.374 0.563 2.583 1.279 5734 chr19 45941184 45960584 + 0 NA Intergenic (TCTCTG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 10972 NR_106736 102464836 NR_106736 ENSG00000275726 MIR6088 hsa-mir-6088 microRNA 6088 ncRNA 2.496 1.435 1.926 3.685 0.594 0.261 1.194 0.521 1.106 0.915 1.095 2.918 0.490 0.658 0.748 0.675 0.622 0.241 1.309 0.558 1.704 0.959 0.374 0.237 0.579 0.499 0.418 0.465 1.349 0.485 1.599 nan 2.048 1.510 0.609 0.830 0.109 3.497 0.172 0.316 0.207 0.945 1.031 0.535 0.747 0.496 2.316 1.335 2.425 5.102 0.544 0.942 0.675 5.317 0.528 0.579 0.688 1.979 0.452 2.414 0.492 0.192 0.282 0.435 0.513 1.514 0.846 1.182 2.756 1.101 2.275 1.397 1.317 1.531 0.549 1.390 1.572 1.330 2.146 1.809 2.994 1.216 1.088 0.789 1.080 1.391 1.108 1.545 2.343 1.208 1.065 1857 chr11 27217874 27262318 + 0 NA intron (NR_125767, intron 1 of 4) intron (NR_125767, intron 1 of 4) 219 NR_125768 103695435 Hs.196133 NR_125766 ENSG00000254560 BBOX1-AS1 - BBOX1 antisense RNA 1 ncRNA 1.454 1.465 1.662 0.375 0.401 1.520 1.479 0.491 0.916 0.114 0.396 2.127 0.813 0.082 0.474 0.992 1.585 0.240 0.912 0.606 0.044 0.019 0.511 0.294 0.725 1.676 1.432 0.043 0.458 0.492 0.758 2.462 1.703 6.177 0.571 0.352 0.861 0.112 0.102 0.690 0.199 0.182 0.183 0.124 0.619 0.633 0.157 3.267 0.661 0.375 0.239 0.099 0.992 0.726 3.107 0.725 0.186 0.456 0.419 0.141 0.628 0.252 0.323 1.322 0.760 0.321 0.361 0.510 0.356 0.708 1.681 0.902 1.152 1.331 0.359 0.904 0.943 0.824 1.291 1.275 1.341 1.705 1.583 0.358 0.629 2.645 2.957 0.795 2.691 1.738 0.912 360 chr1 46824127 46847186 + 0 NA Intergenic Intergenic -24283 NM_001441 2166 Hs.720143 NM_001441 ENSG00000117480 FAAH FAAH-1|PSAB fatty acid amide hydrolase protein-coding nan 0.876 nan 0.190 0.111 0.051 0.129 0.202 0.327 0.025 0.127 0.103 0.048 0.048 0.104 0.214 0.188 0.182 0.124 0.025 0.030 0.066 0.184 0.186 0.083 0.048 0.025 0.089 0.061 0.014 0.048 0.238 0.101 0.304 0.032 0.073 0.017 0.108 0.147 0.015 0.070 0.140 0.040 0.034 0.014 0.102 0.142 0.175 0.092 0.094 0.027 0.051 0.214 0.094 0.032 0.083 0.053 0.065 0.025 0.063 0.044 0.055 0.030 1.941 0.020 0.025 0.022 0.280 0.347 0.293 0.367 0.551 0.654 0.370 0.133 0.371 0.388 0.437 nan nan 0.434 0.614 0.396 0.187 nan 0.067 0.046 1.529 7.101 0.366 0.318 9156 chr5 124436074 124492345 + 0 NA intron (NR_109882, intron 2 of 5) intron (NR_109882, intron 2 of 5) 91685 NR_109882 101927421 Hs.121305 NR_109882 LOC101927421 - uncharacterized LOC101927421 ncRNA nan 0.900 0.695 0.171 0.097 0.036 0.308 0.159 0.277 0.046 0.147 0.454 0.054 0.075 0.084 0.165 0.268 0.060 0.123 0.091 0.025 0.007 0.086 0.077 0.097 0.382 0.101 0.009 0.084 0.112 0.188 1.007 0.299 0.279 0.159 0.218 0.053 5.717 0.227 0.032 0.060 0.059 0.021 0.033 0.280 0.044 0.109 0.183 0.090 0.099 0.042 0.094 0.165 0.092 0.048 0.097 0.052 0.067 0.033 0.076 0.051 0.070 0.033 0.265 0.071 0.025 0.022 0.258 0.175 1.143 nan 0.183 0.244 0.305 0.120 0.261 0.287 0.486 0.679 0.338 0.317 0.399 0.169 0.100 0.143 0.297 0.475 0.402 1.558 0.318 0.344 11812 chr9 132310243 132375936 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -28074 NM_001286796 28989 Hs.744027 NM_014064 ENSG00000148335 NTMT1 AD-003|C9orf32|HOMT1A|METTL11A|NRMT|NRMT1|NTM1A N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 protein-coding nan 1.146 0.999 0.611 0.265 0.367 0.651 0.323 0.641 0.296 1.068 1.283 0.132 0.073 0.444 0.781 0.537 0.240 1.418 0.587 0.598 0.557 0.129 0.132 0.758 1.474 1.192 0.517 0.667 0.379 2.192 5.310 0.794 0.850 1.295 3.198 0.060 0.809 0.092 0.260 0.087 1.424 0.469 0.327 0.302 0.384 1.088 1.443 4.178 1.512 0.568 1.910 0.781 1.132 0.196 0.758 0.515 1.450 0.417 1.747 0.665 1.214 0.149 0.564 1.187 1.267 1.059 0.333 0.580 0.479 0.957 1.107 1.176 nan 0.100 0.401 0.465 0.268 0.468 1.048 1.347 1.081 0.729 0.389 0.430 0.293 0.357 0.698 1.750 0.535 0.448 10562 chr7 101510717 101534164 + 0 NA intron (NM_181552, intron 1 of 23) intron (NM_181552, intron 1 of 23) 61558 NM_181552 1523 Hs.191482 NM_001913 ENSG00000257923 CUX1 CASP|CDP|CDP/Cut|CDP1|COY1|CUTL1|CUX|Clox|Cux/CDP|GOLIM6|Nbla10317|p100|p110|p200|p75 cut like homeobox 1 protein-coding nan 0.706 1.086 0.289 0.232 0.397 1.622 0.362 0.605 0.423 0.455 0.511 2.034 0.178 0.311 0.387 0.726 0.195 1.115 0.462 2.556 0.059 0.253 0.293 0.531 0.367 0.268 0.595 1.244 0.477 1.056 3.064 1.647 1.062 0.379 1.163 0.030 0.232 0.157 0.215 0.138 0.931 0.531 0.224 0.632 1.087 0.791 1.138 3.823 2.032 0.590 1.688 0.387 2.129 1.299 0.531 1.034 3.352 0.058 1.140 0.342 0.748 0.711 0.168 0.221 1.258 1.228 0.590 0.632 0.643 1.887 0.507 0.457 0.824 0.279 0.365 0.361 0.758 1.076 0.872 1.063 0.484 0.305 0.744 1.365 0.213 0.659 0.379 nan 0.859 0.682 9357 chr5 175279808 175301647 + 0 NA intron (NM_006650, intron 2 of 4) L3|LINE|CR1 -7774 NM_001008220 10814 Hs.193235 NM_006650 ENSG00000145920 CPLX2 921-L|CPX-2|CPX2|Hfb1 complexin 2 protein-coding 1.036 1.584 1.011 0.056 0.153 1.058 0.078 0.206 0.326 0.004 0.136 0.103 0.008 0.329 0.245 0.463 0.080 0.059 0.039 0.009 0.026 0.006 1.040 0.476 1.202 0.041 0.029 0.045 0.071 0.010 0.059 0.072 0.054 3.342 0.013 4.481 1.109 0.040 0.104 0.005 0.494 0.102 0.041 0.043 0.030 0.049 0.833 0.255 6.462 0.048 0.194 1.501 0.463 0.061 0.038 1.202 4.460 0.080 0.423 0.066 2.987 0.040 0.143 0.113 0.034 1.524 1.746 0.282 0.415 0.130 nan 0.847 0.886 1.940 0.230 0.076 0.084 0.820 nan 0.460 0.486 1.565 1.399 0.303 0.414 4.271 6.253 0.293 0.459 1.014 0.718 7475 chr22 46894623 46911835 + 0 NA intron (NM_014246, intron 1 of 34) intron (NM_014246, intron 1 of 34) 29838 NM_014246 9620 Hs.252387 NM_014246 ENSG00000075275 CELSR1 ADGRC1|CDHF9|FMI2|HFMI2|ME2 cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 protein-coding 0.659 0.816 nan 0.193 0.115 0.286 1.143 0.102 0.275 0.067 0.783 0.824 0.007 0.017 0.026 4.405 0.091 0.094 0.945 0.598 0.122 0.024 0.063 0.071 0.606 1.006 0.790 0.056 0.303 0.572 0.314 1.258 0.237 0.296 0.735 0.597 0.054 0.133 0.106 0.445 0.184 0.382 0.084 0.041 0.235 0.303 0.829 0.260 1.017 0.183 0.170 0.556 4.405 0.528 0.839 0.606 0.354 0.154 0.085 0.172 0.065 0.820 0.029 0.014 1.035 0.030 0.024 0.327 0.284 0.272 0.360 0.462 0.548 0.875 0.316 0.365 0.418 0.137 0.288 0.343 0.484 0.461 0.316 0.180 0.216 0.272 0.394 0.079 0.127 0.355 0.407 10993 chr8 62049051 62056351 + 0 NA Intergenic Intergenic -147824 NM_173519 157807 Hs.591874 NM_173519 ENSG00000177182 CLVS1 C6orf212L|CRALBPL|RLBP1L1 clavesin 1 protein-coding 3.205 0.877 1.126 0.079 0.484 0.533 0.038 0.351 0.663 0.097 0.088 0.017 0.121 0.622 0.845 0.103 0.087 0.261 0.103 0.052 0.019 0.281 0.145 1.264 0.075 0.020 0.071 0.094 0.121 0.496 0.117 2.637 0.060 0.029 0.378 0.075 0.101 0.556 0.127 0.075 0.045 0.031 0.104 0.026 0.165 0.134 0.448 0.184 0.103 0.845 0.128 0.050 1.264 0.067 16.113 0.228 0.988 0.032 0.148 0.372 0.047 0.035 1.136 1.147 0.419 0.438 4.924 4.283 4.166 1.493 0.587 0.514 1.484 nan 1.723 2.596 nan 2.544 1.078 1.196 2.825 2.186 0.655 1.449 2.583 1.778 8449 chr4 81505054 81537127 + 0 NA intron (NM_152770, intron 3 of 5) intron (NM_152770, intron 3 of 5) 264216 NM_152770 255119 Hs.527104 NM_152770 ENSG00000197826 CFAP299 C4orf22 cilia and flagella associated protein 299 protein-coding 0.623 0.522 0.512 0.168 0.082 0.472 0.077 0.308 0.530 0.024 0.081 0.071 0.017 0.036 5.656 0.087 0.179 0.080 0.092 0.035 0.023 0.004 0.083 0.095 0.419 0.015 0.007 0.011 0.102 0.052 0.126 0.460 0.340 0.245 0.160 0.032 0.050 0.034 0.078 0.015 0.059 0.083 0.002 0.006 0.044 0.019 0.097 0.156 0.015 0.029 0.099 0.031 0.087 0.033 0.026 0.419 0.019 0.057 0.006 0.016 0.035 0.010 0.065 0.093 0.035 0.005 0.008 0.316 0.197 0.298 0.347 0.477 0.701 1.103 0.393 0.321 0.364 0.110 nan 0.532 0.577 0.289 0.143 0.123 0.196 0.253 0.292 0.174 nan 0.349 0.355 3160 chr13 50959484 50976272 + 0 NA intron (NR_109974, intron 3 of 6) MER1A|DNA|hAT-Charlie 133707 NR_125753 103689915 Hs.722230 NR_125753 ENSG00000229323 DLEU1-AS1 LINC01308 DLEU1 antisense RNA 1 ncRNA 1.951 nan nan 0.077 0.780 0.102 0.184 0.143 0.271 0.023 0.162 0.205 0.015 0.093 0.811 0.530 0.520 0.134 0.138 0.045 0.022 0.181 0.439 0.264 0.920 0.278 0.104 0.009 0.146 0.145 0.084 0.430 0.125 0.164 0.052 0.080 0.544 0.058 0.101 0.042 0.312 0.209 0.021 0.028 0.104 0.069 0.109 0.119 0.115 0.081 0.080 0.166 0.530 0.120 0.375 0.920 0.059 0.063 0.882 0.059 0.230 0.118 0.617 2.429 0.145 0.027 0.009 0.600 0.507 0.977 0.876 0.850 1.041 nan 0.702 0.964 0.994 2.577 2.860 1.597 1.702 2.360 2.049 0.423 0.952 1.771 1.987 1.856 nan 0.236 0.242 2321 chr11 120416466 120437003 + 0 NA intron (NM_014619, intron 1 of 20) intron (NM_014619, intron 1 of 20) -8411 NM_001282470 2900 Hs.538738 NM_014619 ENSG00000149403 GRIK4 EAA1|GRIK|GluK4|KA1 glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 4 protein-coding 0.767 0.833 0.659 0.114 0.060 0.179 0.514 0.419 0.674 0.023 0.214 0.399 0.052 0.034 0.165 0.854 0.306 0.148 0.186 0.073 0.056 0.019 0.092 0.132 0.052 0.581 0.368 0.061 0.341 0.621 0.150 0.391 0.054 0.783 0.043 0.057 0.042 0.133 0.088 0.321 0.078 0.613 1.162 0.499 0.413 0.104 0.047 2.209 0.067 0.153 0.047 0.143 0.854 0.163 0.090 0.052 0.092 0.471 0.090 0.255 0.112 0.471 4.944 0.118 1.698 0.993 0.792 1.196 2.008 0.296 0.453 0.895 0.760 0.411 0.092 1.205 1.373 0.844 1.296 0.133 0.156 0.633 0.569 3.586 5.967 0.316 0.312 0.233 nan 0.910 0.577 5798 chr19 51469208 51483133 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -3241 NM_001319948 5653 Hs.79361 NM_002774 ENSG00000167755 KLK6 Bssp|Klk7|PRSS18|PRSS9|SP59|hK6 kallikrein related peptidase 6 protein-coding 0.439 0.923 0.855 4.830 0.056 0.060 1.443 0.184 0.449 2.647 0.130 0.125 0.062 0.068 0.038 0.128 0.043 0.093 1.799 0.598 0.023 0.065 0.068 0.078 0.143 0.079 0.057 0.053 1.295 0.175 0.706 2.570 0.627 0.245 1.874 0.054 0.034 0.124 0.105 0.017 0.029 0.107 0.044 0.056 0.031 0.524 3.415 0.104 0.246 0.048 0.074 1.079 0.128 1.816 0.007 0.143 1.180 1.497 0.015 0.130 0.014 0.310 0.036 0.027 0.030 1.534 1.732 0.309 0.239 0.132 0.166 0.268 0.296 0.372 0.121 0.202 0.303 0.159 0.344 0.127 0.184 0.291 0.066 0.210 0.250 0.097 0.181 0.071 0.174 0.341 0.444 3082 chr13 23053379 23085750 + 0 NA Intergenic Intergenic 285140 NR_103810 100506622 Hs.255773 NR_103810 ENSG00000276476 LINC00540 - long intergenic non-protein coding RNA 540 ncRNA 0.463 0.639 0.566 0.083 0.129 0.098 0.061 0.049 0.118 0.006 0.060 0.014 0.013 0.025 0.083 0.047 0.102 0.097 0.107 0.053 0.084 1.319 0.053 0.058 0.074 0.004 0.009 0.014 0.035 0.010 0.055 0.131 0.039 0.258 0.023 0.051 0.023 7.395 0.202 0.004 0.223 0.040 0.026 0.027 0.013 0.029 0.045 0.090 0.055 0.035 0.002 0.025 0.047 0.110 0.017 0.074 0.071 0.057 0.015 0.023 0.085 0.017 0.095 0.026 0.021 0.068 0.053 0.413 0.262 0.235 nan 0.397 0.441 0.065 0.045 0.206 0.172 0.159 0.283 0.178 0.217 0.463 0.167 0.223 0.288 0.043 0.053 0.153 0.222 0.683 0.588 7517 chr3 12457870 12472817 + 0 NA intron (NM_005037, intron 6 of 6) intron (NM_005037, intron 6 of 6) -60588 NM_001321278 80746 Hs.335550 NM_025265 ENSG00000154743 TSEN2 PCH2B|SEN2|SEN2L tRNA splicing endonuclease subunit 2 protein-coding nan 0.680 0.467 0.150 0.117 0.011 0.219 0.108 0.155 0.013 0.370 3.953 0.045 0.027 0.071 0.077 0.203 0.092 0.078 0.050 0.033 0.009 0.109 0.070 0.093 0.171 0.092 0.034 0.085 0.025 0.129 0.745 0.071 0.228 0.108 0.553 0.019 0.022 0.091 0.039 0.058 0.099 0.145 0.083 0.022 0.026 0.519 0.140 0.328 0.066 0.037 0.107 0.077 0.081 0.053 0.093 0.073 0.360 0.013 0.050 0.082 0.260 0.053 0.108 0.437 0.192 0.438 0.186 0.097 0.146 0.266 0.280 0.343 0.365 0.164 0.172 0.234 0.368 0.542 0.245 0.258 0.371 0.138 0.155 0.173 0.069 0.077 0.274 0.473 0.399 0.380 4595 chr17 9951293 9979634 + 0 NA intron (NM_201433, intron 1 of 13) intron (NM_201433, intron 1 of 13) -25399 NM_201432 8522 Hs.462214 NM_003644 ENSG00000007237 GAS7 - growth arrest specific 7 protein-coding 0.665 0.751 0.561 0.043 0.065 0.106 0.090 0.034 0.155 0.030 0.065 0.049 0.017 0.035 0.050 0.063 0.061 0.080 0.033 0.034 0.044 0.062 0.032 0.038 0.027 0.023 0.016 0.053 0.011 0.114 0.321 0.049 0.175 0.016 0.074 0.010 0.045 0.101 0.013 0.022 0.127 0.021 0.016 0.020 0.079 0.024 0.106 0.095 0.023 0.011 0.073 0.063 0.075 0.023 0.038 0.095 0.076 0.017 0.113 0.039 0.098 0.283 0.201 0.024 0.024 0.025 1.193 1.995 2.026 4.192 0.160 0.215 0.098 0.049 0.074 0.090 0.084 0.192 0.147 0.178 0.472 0.287 0.404 0.634 0.021 0.050 0.252 0.403 0.074 0.107 11511 chr9 32663284 32675379 + 0 NA Intergenic Intergenic -33664 NM_153809 138474 Hs.591086 NM_153809 ENSG00000122728 TAF1L TAF(II)210|TAF2A2 TATA-box binding protein associated factor 1 like protein-coding 0.577 nan 0.636 0.075 0.073 0.020 2.093 0.145 0.208 0.039 0.844 0.076 0.005 0.025 0.030 0.084 0.045 0.067 0.239 0.236 0.332 0.023 0.064 0.111 0.098 4.605 4.044 0.030 0.260 1.386 0.854 3.710 0.595 0.249 0.364 0.077 0.032 0.040 0.062 0.885 0.020 0.122 0.273 0.153 0.470 0.945 0.265 0.133 0.067 0.058 1.360 3.472 0.084 0.230 0.785 0.098 1.737 0.608 0.032 0.015 0.008 1.442 0.025 0.113 0.985 0.014 0.017 0.211 0.186 0.215 0.226 0.208 0.318 0.163 0.120 0.142 0.122 0.206 0.329 0.112 0.141 0.394 0.357 0.185 0.228 0.057 0.121 0.163 0.273 0.571 0.630 7872 chr3 139786989 139835023 + 0 NA intron (NM_022131, intron 1 of 16) intron (NM_022131, intron 1 of 16) 156979 NM_022131 64084 Hs.158529 NM_022131 ENSG00000158258 CLSTN2 ALC-GAMMA|CDHR13|CS2|CSTN2|alcagamma calsyntenin 2 protein-coding 1.267 nan nan 0.072 0.111 0.222 0.062 0.308 0.590 0.008 0.068 0.061 0.004 0.027 0.078 0.390 0.260 0.154 0.026 0.004 0.025 0.006 0.166 0.225 0.153 0.007 0.024 0.023 0.081 0.004 0.064 0.059 0.081 0.279 0.015 0.043 0.065 0.014 0.066 0.027 0.141 0.126 0.024 0.013 0.016 0.037 0.044 0.114 0.032 0.050 0.049 0.050 0.390 0.034 0.034 0.153 0.031 0.019 0.542 0.040 0.091 0.046 0.134 0.199 0.021 0.010 0.009 0.478 0.466 1.474 0.837 0.406 0.479 3.367 1.218 0.230 0.246 2.307 3.271 0.225 0.236 nan 1.707 0.287 0.476 0.270 0.240 0.455 0.979 0.489 0.519 3506 chr14 37209691 37278936 + 0 NA intron (NM_030631, intron 3 of 9) intron (NM_030631, intron 3 of 9) 117540 NM_006194 5083 Hs.132576 NM_006194 ENSG00000198807 PAX9 STHAG3 paired box 9 protein-coding 1.290 0.897 1.077 0.190 1.092 6.929 0.215 0.676 1.337 0.036 0.070 0.120 0.942 0.190 1.904 0.358 0.155 0.121 0.630 0.276 0.032 0.036 0.305 0.242 0.748 0.123 0.028 0.010 0.400 0.222 2.117 9.205 0.636 4.817 0.642 0.157 0.921 0.048 0.122 0.031 0.124 0.069 0.027 0.014 0.115 0.404 0.141 0.144 0.088 0.042 0.031 0.204 0.358 0.513 0.076 0.748 0.301 0.273 0.109 0.062 0.405 0.094 0.300 0.139 0.018 0.023 0.017 0.233 0.164 0.196 0.301 1.806 1.893 1.644 0.499 0.268 0.292 0.505 0.757 2.380 2.291 0.626 0.257 0.309 0.378 2.735 2.885 0.154 0.244 0.707 0.539 10027 chr6 154279422 154321545 + 0 NA Intergenic L1P1|LINE|L1 -31148 NM_001145280 4988 Hs.2353 NM_000914 ENSG00000112038 OPRM1 LMOR|M-OR-1|MOP|MOR|MOR1|OPRM opioid receptor mu 1 protein-coding nan 0.831 0.570 0.113 0.106 0.032 0.098 0.126 0.167 0.002 0.060 0.151 0.330 0.026 0.088 0.102 0.126 0.110 0.234 0.103 0.042 0.023 0.056 0.096 0.055 0.020 0.015 0.016 0.091 0.020 0.828 nan 0.072 0.371 0.153 0.060 0.032 0.047 0.127 0.025 0.006 0.050 0.020 0.024 0.067 0.217 0.092 0.069 0.050 0.095 0.008 0.019 0.102 0.225 0.026 0.055 0.061 0.061 0.032 0.022 0.128 0.021 0.110 0.026 0.034 0.021 0.011 0.460 0.396 0.254 0.317 0.329 nan 0.269 0.148 0.298 0.275 0.232 0.373 0.456 0.401 0.777 0.436 0.207 0.374 0.451 0.339 0.196 nan 0.136 0.239 9903 chr6 126174138 126196564 + 0 NA intron (NM_001199619, intron 4 of 16) L1ME4a|LINE|L1 -45347 NR_126386 104355145 Hs.590370 NR_126386 ENSG00000232131 NCOA7-AS1 - NCOA7 antisense RNA 1 ncRNA 1.390 1.049 0.941 0.064 0.906 0.653 0.086 1.074 2.571 0.222 0.215 0.303 0.897 0.027 0.485 0.298 0.763 0.086 0.308 0.093 2.808 0.025 0.209 0.173 1.475 0.249 0.100 0.115 0.076 0.023 0.082 0.464 0.524 0.285 0.045 0.600 0.195 0.106 0.144 0.027 0.218 0.131 0.046 0.004 0.312 0.092 0.746 0.081 0.365 0.066 0.028 0.605 0.298 0.130 0.160 1.475 0.185 0.449 0.069 0.821 0.064 0.173 0.087 0.281 0.041 0.015 0.009 0.501 0.424 0.696 3.836 0.562 0.677 4.946 1.935 0.575 0.530 0.551 0.673 0.589 0.538 0.727 0.497 0.213 0.263 0.987 1.052 0.680 1.594 1.053 0.527 4587 chr17 8758135 8766303 + 0 NA intron (NM_001010855, intron 1 of 20) intron (NM_001010855, intron 1 of 20) 8775 NR_110865 146850 Hs.255809 NM_001010855 ENSG00000276231 PIK3R6 C17orf38|HsT41028|p84 PIKAP|p87(PIKAP)|p87PIKAP phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 6 protein-coding 1.693 0.505 0.581 0.070 0.043 0.014 0.086 0.178 0.185 0.036 0.057 0.022 0.015 0.036 0.055 0.328 0.027 0.137 0.090 6.916 0.017 0.098 0.162 0.059 0.008 0.009 0.091 0.059 0.080 0.430 0.104 1.300 0.054 0.060 0.512 0.199 0.163 0.040 0.010 0.887 0.029 0.019 0.013 0.076 0.023 0.271 0.239 0.026 0.049 0.065 0.328 0.087 0.079 0.059 0.015 0.071 0.036 0.255 0.162 0.231 0.049 1.005 0.177 0.035 0.013 0.987 2.240 0.302 0.504 0.276 0.250 5.988 1.470 0.356 0.331 0.096 0.323 0.096 0.164 0.529 0.383 0.301 0.433 1.129 1.059 0.267 0.405 0.385 0.233 682 chr1 149967235 149994516 + 0 NA intron (NM_020205, intron 1 of 11) intron (NM_020205, intron 1 of 11) 1811 NM_020205 56957 Hs.98322 NM_020205 ENSG00000264522 OTUD7B CEZANNE|ZA20D1 OTU deubiquitinase 7B protein-coding 2.125 nan 1.735 0.753 0.579 0.123 0.916 0.400 0.968 0.399 0.735 0.956 1.472 0.716 0.826 0.487 0.786 0.159 1.118 0.433 0.518 0.320 0.660 0.487 0.541 0.661 0.501 0.356 0.770 0.505 2.019 3.274 1.317 2.076 0.645 0.816 0.179 0.755 0.138 0.538 0.206 0.484 0.482 0.240 0.903 0.751 2.141 0.570 0.560 0.546 1.590 2.190 0.487 1.408 0.516 0.541 0.799 1.414 0.110 0.789 0.939 1.001 0.581 0.433 0.329 0.350 0.209 0.979 1.273 1.332 2.027 1.320 1.410 0.720 0.303 1.433 1.328 1.051 1.519 1.096 1.669 0.986 0.802 1.391 2.411 0.611 0.615 1.143 1.769 1.485 0.773 2971 chr12 116034931 116054672 + 0 NA Intergenic Intergenic 541658 NR_030351 693205 NR_030351 ENSG00000207967 MIR620 MIRN620|hsa-mir-620 microRNA 620 ncRNA nan nan 0.331 0.073 0.253 2.946 0.049 0.146 0.250 0.058 0.046 0.013 0.031 0.153 0.863 0.068 0.130 0.021 0.010 0.009 0.042 0.088 0.092 0.708 0.003 0.011 0.007 0.066 0.016 0.048 0.046 0.047 1.527 0.015 0.068 0.029 0.050 0.100 0.012 0.160 0.108 0.024 0.008 0.022 0.035 0.079 0.189 0.042 0.029 0.016 0.053 0.863 0.032 0.038 0.708 0.025 0.038 0.029 0.030 0.072 0.060 0.041 0.069 0.019 0.012 0.010 0.261 0.180 0.118 0.208 nan nan nan 0.072 0.554 0.620 0.170 0.243 nan nan 0.168 0.069 0.151 0.187 0.133 0.153 0.195 0.348 nan 0.301 353 chr1 45406906 45417149 + 0 NA intron (NM_020365, intron 3 of 11) intron (NM_020365, intron 3 of 11) 40367 NM_020365 8891 Hs.533549 NM_020365 ENSG00000070785 EIF2B3 EIF-2B|EIF2Bgamma eukaryotic translation initiation factor 2B subunit gamma protein-coding nan 0.985 nan 0.140 0.145 0.142 0.111 0.203 0.293 0.009 0.091 0.559 0.006 0.819 0.302 0.128 2.655 0.470 0.115 0.018 0.031 0.149 1.094 0.753 0.229 0.216 0.071 0.071 0.056 0.024 0.126 0.211 0.095 0.389 0.014 0.091 0.400 0.063 0.110 0.081 0.822 0.156 0.041 0.033 0.032 0.097 0.160 0.127 0.154 0.235 0.046 0.053 0.128 0.083 0.171 0.229 0.060 0.104 1.276 0.080 0.844 0.132 0.358 1.345 0.282 0.034 0.020 0.479 0.536 0.516 0.600 1.165 1.500 0.503 0.160 0.410 0.474 1.384 nan nan 0.770 7.099 6.082 0.465 nan 0.775 0.891 1.101 2.832 1.581 0.801 3633 chr14 64965907 64978684 + 0 NA promoter-TSS (NM_001304508) promoter-TSS (NM_001304508) -364 NM_001304508 7597 Hs.654571 NM_006977 ENSG00000089775 ZBTB25 C14orf51|KUP|ZNF46 zinc finger and BTB domain containing 25 protein-coding nan nan 4.562 3.772 4.389 6.327 2.081 2.117 4.335 1.812 2.673 1.902 7.385 1.295 5.495 3.637 3.847 0.492 2.162 0.668 6.792 1.628 1.707 0.931 3.877 3.645 4.338 1.312 5.152 1.354 3.772 6.351 4.098 6.760 1.522 3.861 1.578 3.631 0.155 1.208 3.343 3.238 3.273 1.544 2.699 2.114 3.816 3.172 4.756 4.338 3.130 3.904 3.637 2.051 4.425 3.877 2.094 2.604 0.891 6.106 1.999 5.265 1.405 1.773 4.277 1.361 0.978 2.902 3.533 4.619 6.911 7.499 6.475 3.658 1.607 nan 6.702 3.409 3.922 4.727 nan 4.997 6.485 1.635 3.733 5.749 5.850 2.888 3.312 3.385 1.768 375 chr1 51793848 51798376 + 0 NA promoter-TSS (NM_001297664) promoter-TSS (NM_001297664) 124 NM_001297663 22996 Hs.112949 NM_001080494 ENSG00000085831 TTC39A C1orf34|DEME-6 tetratricopeptide repeat domain 39A protein-coding 2.102 3.379 2.791 1.820 2.532 1.463 3.624 0.989 1.330 0.424 0.996 1.192 0.203 2.347 0.790 2.470 0.762 0.107 2.198 1.759 0.041 0.185 7.875 1.959 1.565 1.187 0.799 0.842 1.261 0.699 2.322 nan 2.783 3.658 1.513 0.656 0.506 0.452 0.064 0.232 1.232 0.182 0.163 0.121 1.425 1.163 1.272 0.331 2.247 1.309 3.990 2.352 2.470 2.355 0.819 1.565 0.836 4.258 1.038 1.181 4.011 0.610 0.304 0.328 0.085 0.064 0.056 0.868 1.470 1.144 2.096 4.121 3.359 8.605 2.466 6.729 5.929 0.369 0.869 9.744 14.283 3.440 3.523 0.910 1.170 4.631 4.137 1.051 nan 4.000 2.367 5774 chr19 49117102 49128663 + 0 NA promoter-TSS (NM_001270490) promoter-TSS (NM_001270490) 92 NM_001204159 56848 Hs.528006 NM_020126 ENSG00000063176 SPHK2 SK 2|SK-2|SPK 2|SPK-2 sphingosine kinase 2 protein-coding 3.704 1.630 2.535 1.903 2.513 1.294 1.716 3.209 5.884 1.061 3.005 2.314 0.220 2.992 3.384 2.393 1.118 0.209 1.547 0.574 1.672 0.656 1.083 0.442 3.205 0.862 0.738 0.708 1.834 0.835 2.773 nan 3.889 3.670 0.860 1.992 0.495 2.522 0.116 0.572 1.166 2.276 1.776 0.830 1.691 0.662 3.465 0.970 2.923 2.116 1.309 1.302 2.393 1.891 1.729 3.205 2.024 1.133 1.370 2.212 1.003 1.136 1.271 1.880 0.732 1.149 0.840 2.965 2.741 3.101 4.442 5.156 4.697 5.539 2.420 7.784 8.077 3.320 4.425 6.264 8.233 6.045 6.062 2.311 3.428 2.627 2.554 3.947 5.153 3.066 1.512 3944 chr15 47475531 47479188 + 0 NA intron (NM_001198999, intron 1 of 19) CpG 956 NM_001198999 80031 Hs.511265 NM_020858 ENSG00000137872 SEMA6D - semaphorin 6D protein-coding 5.325 3.598 nan 2.575 4.332 0.019 2.851 5.456 0.065 0.026 0.136 0.039 4.024 4.003 0.193 0.087 0.281 0.053 0.017 4.286 3.063 6.639 0.037 0.021 0.019 0.497 1.180 0.097 12.946 0.069 2.032 0.077 0.579 1.175 0.016 0.004 0.054 0.083 0.058 0.021 4.003 0.215 0.026 6.639 0.067 0.024 3.006 0.031 0.063 0.078 0.027 2.225 0.021 0.016 0.351 0.337 0.089 0.190 11.649 8.509 9.602 3.199 5.746 6.250 4.016 nan 2.277 4.878 16.154 19.910 0.111 0.202 13.590 8.847 10.969 11.059 5.177 3.520 2409 chr12 2413439 2438510 + 0 NA intron (NM_000719, intron 3 of 46) intron (NM_000719, intron 3 of 46) 47032 NR_046769 100874370 Hs.653548 NR_046769 CACNA1C-IT3 - CACNA1C intronic transcript 3 ncRNA 0.964 nan nan 0.076 0.101 1.341 0.034 1.865 3.571 0.008 0.108 0.043 0.012 0.248 0.089 0.536 0.206 0.058 0.025 0.008 0.018 1.167 0.590 8.761 0.022 0.006 0.015 0.073 0.004 0.100 0.197 0.076 2.930 0.050 0.043 0.039 0.085 0.018 0.164 0.095 0.068 0.047 0.035 0.049 0.057 0.264 0.069 0.076 0.013 0.040 0.536 0.043 0.011 8.761 0.029 0.056 0.155 0.152 0.775 0.019 0.146 0.231 0.030 0.025 0.008 0.254 0.372 0.179 0.225 nan 7.859 0.196 0.090 0.400 0.473 0.900 1.423 3.161 2.276 0.379 0.230 0.374 0.474 0.234 0.236 0.358 nan 1.706 0.756 8971 chr5 69195370 69201131 + 0 NA intron (NR_146391, intron 3 of 10) intron (NR_146391, intron 3 of 10) 57754 NR_146391 653080 Hs.582500 NR_146391 LOC653080 - glucuronidase beta pseudogene pseudo 3.624 8.398 2.891 0.127 0.979 0.385 0.599 0.306 0.518 0.041 0.233 0.175 0.032 0.142 0.453 0.617 0.310 0.306 0.246 0.033 0.011 1.187 0.807 0.386 0.410 0.270 0.227 0.305 0.070 0.054 0.140 0.635 0.200 0.430 0.140 0.217 2.111 0.130 0.103 0.020 0.454 0.177 0.241 0.151 0.056 0.155 0.200 0.086 0.238 0.414 0.081 0.187 0.617 0.286 0.089 0.410 0.071 0.186 0.323 0.282 0.195 0.110 0.066 0.277 0.067 0.070 0.035 0.526 0.784 1.011 1.298 0.949 0.813 4.379 1.474 0.985 0.818 1.290 2.109 1.075 2.108 1.842 1.559 0.291 0.469 4.354 4.412 0.704 1.024 1.530 1.047 4189 chr16 2722127 2736893 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -2985 NM_018992 54442 Hs.61960 NM_018992 ENSG00000167977 KCTD5 - potassium channel tetramerization domain containing 5 protein-coding 1.920 nan 1.451 1.710 1.349 0.475 4.714 0.784 1.333 0.454 2.421 2.571 0.058 0.278 2.680 1.502 0.735 0.130 3.533 1.541 0.772 0.450 0.727 0.379 0.643 1.829 1.826 0.752 2.238 0.772 2.713 4.399 0.914 2.853 1.189 2.432 0.193 0.858 0.094 0.762 0.411 0.888 1.106 0.782 1.750 1.184 2.692 0.887 1.378 1.608 1.461 2.362 1.502 2.943 2.630 0.643 0.469 0.665 0.387 1.497 0.730 2.209 0.249 0.404 1.358 0.503 0.412 1.438 1.454 0.904 1.516 1.495 1.546 nan 1.158 3.030 3.149 1.399 nan 1.463 2.249 2.149 1.840 0.906 1.272 1.109 1.583 1.657 1.812 1.337 0.726 10933 chr8 42763773 42774542 + 0 NA intron (NM_032410, intron 2 of 21) L2a|LINE|L2 17124 NM_032410 84376 Hs.162852 NM_032410 ENSG00000168172 HOOK3 HK3 hook microtubule tethering protein 3 protein-coding 0.700 nan 0.688 0.183 0.171 0.086 0.965 0.348 0.398 0.009 0.106 0.382 3.241 0.471 0.866 0.174 0.273 0.134 0.457 0.183 0.012 0.081 0.190 0.243 0.213 0.452 0.242 0.123 0.327 1.121 0.534 1.906 3.204 0.685 0.702 0.075 0.134 0.107 0.113 0.169 0.074 0.153 0.037 0.022 0.300 1.186 0.098 0.124 0.655 0.125 0.107 0.154 0.174 0.889 0.060 0.213 0.216 0.672 0.026 0.069 0.076 0.202 0.065 0.173 0.007 0.021 0.007 0.340 0.318 0.248 0.548 0.457 0.497 0.340 0.179 0.277 0.344 0.468 0.475 1.499 1.473 0.448 0.248 0.132 0.154 0.701 0.948 0.269 0.664 1.265 0.838 11776 chr9 128604569 128620130 + 0 NA intron (NR_024123, intron 2 of 6) intron (NR_024123, intron 2 of 6) 101871 NM_001134778 5090 Hs.428027 NM_006195 ENSG00000167081 PBX3 - PBX homeobox 3 protein-coding nan nan 1.429 0.073 0.388 0.057 0.055 0.228 0.375 0.019 0.133 0.058 0.004 0.051 0.206 0.436 0.297 0.079 0.120 0.049 0.008 0.481 0.358 0.318 0.169 0.130 0.009 0.047 0.084 0.014 0.103 0.113 0.068 nan 0.047 0.055 0.459 0.182 0.070 0.023 0.097 0.035 0.023 0.030 0.028 0.039 0.124 0.070 0.026 0.225 0.031 0.086 0.436 0.036 0.084 0.169 0.016 0.022 0.262 0.034 0.072 0.112 0.038 1.559 0.034 0.037 0.033 0.181 0.162 0.206 0.357 0.446 0.547 0.644 0.255 0.227 0.224 1.270 nan 0.528 0.552 6.314 4.242 0.096 0.174 1.508 1.612 1.962 4.317 nan 0.480 9729 chr6 56228183 56252086 + 0 NA intron (NM_001318752, intron 1 of 28) LTR33|LTR|ERVL 18792 NM_001318752 81578 Hs.47629 NM_030820 ENSG00000124749 COL21A1 COLA1L|FP633 collagen type XXI alpha 1 chain protein-coding 1.096 1.207 nan 0.153 0.215 0.364 0.454 0.358 0.633 0.157 0.183 0.336 0.021 0.078 0.250 0.705 0.891 0.136 0.355 0.278 0.069 0.017 0.164 0.154 0.219 0.212 0.079 0.016 0.179 0.119 0.206 1.801 0.193 0.561 0.569 0.593 0.047 0.091 0.133 0.218 0.150 0.181 0.038 0.029 0.243 0.078 0.196 0.305 0.225 0.226 2.403 1.167 0.705 0.194 0.411 0.219 0.685 0.520 0.033 0.116 0.912 0.238 0.037 0.140 0.373 0.065 0.040 0.583 0.434 2.501 4.326 1.516 1.384 1.542 0.755 0.270 0.309 0.498 0.735 1.890 1.729 0.463 0.181 0.299 0.293 0.325 0.330 0.308 0.638 0.858 0.564 501 chr1 87858159 87867696 + 0 NA Intergenic Intergenic -25589 NR_038324 100505768 Hs.125247 NR_038324 ENSG00000227290 LINC01364 - long intergenic non-protein coding RNA 1364 ncRNA 1.517 nan nan 0.734 3.199 1.033 0.973 2.708 5.407 0.267 0.129 0.282 0.611 0.053 1.417 0.364 0.119 0.033 1.598 1.092 0.019 0.014 0.890 0.303 0.460 0.116 0.046 0.023 0.415 0.056 0.161 0.443 0.271 3.905 0.208 0.130 0.930 0.062 0.142 0.037 0.074 0.222 0.018 0.014 0.656 0.380 0.353 0.127 0.094 0.096 0.083 0.537 0.364 1.785 0.047 0.460 0.320 0.101 0.046 0.057 0.447 1.322 0.604 0.048 0.018 0.001 0.288 0.400 0.482 0.838 1.252 1.426 2.182 0.847 0.315 0.327 1.702 2.157 3.290 2.957 0.500 0.336 0.307 0.834 4.122 5.699 0.484 0.861 2.123 1.283 5944 chr2 20248622 20253217 + 0 NA intron (NM_014713, intron 1 of 6) intron (NM_014713, intron 1 of 6) 870 NM_014713 9741 Hs.467807 NM_014713 ENSG00000068697 LAPTM4A HUMORF13|LAPTM4|MBNT|Mtrp lysosomal protein transmembrane 4 alpha protein-coding 4.652 2.508 3.560 3.857 4.762 6.562 2.367 1.956 4.078 2.239 4.250 2.205 0.676 1.044 7.689 5.118 5.256 0.352 2.650 0.620 5.826 1.442 2.869 1.419 3.180 1.511 1.555 1.637 2.941 1.149 5.320 8.062 3.706 19.568 1.174 2.749 0.868 4.658 0.158 2.079 2.704 7.634 2.865 1.272 2.088 1.758 4.689 4.744 5.399 2.919 3.284 4.137 5.118 3.704 3.552 3.180 1.623 3.111 1.911 4.637 2.580 2.767 2.241 2.140 2.635 1.692 1.225 2.140 2.928 3.194 5.492 12.367 8.950 5.780 2.175 9.648 10.135 5.165 5.602 6.798 13.137 8.382 8.167 1.782 3.559 3.695 4.578 5.936 7.888 3.712 1.605 2650 chr12 49579223 49629702 + 0 NA Intergenic MSTA|LTR|ERVL-MaLR -17247 NM_001303117 84790 Hs.652390 NM_032704 ENSG00000167553 TUBA1C TUBA6|bcm948 tubulin alpha 1c protein-coding 2.386 nan 1.186 0.194 1.653 5.218 0.318 2.801 4.863 0.158 0.499 0.504 0.165 0.289 6.227 3.837 0.720 0.333 0.327 0.122 0.270 0.307 2.200 1.619 4.150 0.758 0.453 0.166 0.222 0.148 0.354 0.720 0.515 2.431 0.264 3.568 1.039 0.346 0.111 0.304 0.934 0.302 0.245 0.142 0.203 0.237 0.301 0.904 0.777 0.664 0.503 0.360 3.837 0.268 0.331 4.150 0.080 0.221 0.774 0.676 0.777 0.563 1.662 0.852 0.321 0.412 0.248 4.461 5.880 0.910 1.249 7.949 6.618 4.517 2.319 1.944 1.935 3.892 4.502 2.508 3.875 2.456 2.172 1.258 2.172 4.592 3.927 2.218 5.213 5.170 2.620 9188 chr5 134811729 134849557 + 0 NA Intergenic Intergenic 40996 NM_006161 4762 Hs.248149 NM_006161 ENSG00000181965 NEUROG1 AKA|Math4C|NEUROD3|bHLHa6|ngn1 neurogenin 1 protein-coding 2.488 1.016 nan 0.053 0.123 0.340 0.923 0.331 0.690 0.122 0.119 0.307 0.029 0.092 2.597 1.754 0.081 0.093 0.064 0.045 0.061 0.007 0.096 0.077 2.726 0.851 0.571 0.062 0.106 0.098 0.245 0.388 0.159 1.320 0.394 0.646 0.282 0.057 0.088 0.287 1.245 0.155 0.059 0.053 0.222 0.065 0.066 0.200 0.170 0.060 0.124 0.580 1.754 0.071 0.186 2.726 0.356 0.040 0.961 0.055 0.043 0.262 0.136 1.903 0.414 0.044 0.027 0.284 0.279 0.351 0.979 3.183 3.419 2.246 0.549 0.176 0.248 1.805 2.283 0.397 0.379 2.772 3.005 0.168 0.359 1.080 0.680 1.162 3.820 0.508 0.368 155 chr1 22831596 22855547 + 0 NA intron (NM_001083621, intron 13 of 18) intron (NM_001083621, intron 13 of 18) -46424 NM_020526 2046 Hs.283613 NM_020526 ENSG00000070886 EPHA8 EEK|EK3|HEK3 EPH receptor A8 protein-coding 1.034 0.826 nan 0.060 0.710 1.564 0.061 0.131 0.382 0.016 0.103 0.066 0.049 0.063 4.003 0.354 0.097 0.091 0.048 0.039 0.032 0.029 0.325 0.247 0.030 0.055 0.030 0.049 0.063 0.009 0.063 0.127 0.174 1.067 0.031 0.053 0.131 0.095 0.120 0.005 0.084 0.115 0.035 0.019 0.018 0.045 0.105 0.112 0.092 0.072 0.003 0.061 0.354 0.050 0.065 0.030 0.010 0.041 0.252 0.075 0.110 0.049 0.050 0.268 0.035 0.014 0.013 0.322 0.440 0.266 0.387 1.106 1.106 0.423 0.175 0.354 0.383 0.671 0.899 1.946 2.232 0.520 0.353 0.251 0.326 0.281 0.293 0.456 1.042 1.246 0.675 11837 chr9 136794787 136817433 + 0 NA intron (NM_003371, intron 1 of 26) L1MC4|LINE|L1 51336 NM_003371 7410 Hs.369921 NM_003371 ENSG00000160293 VAV2 VAV-2 vav guanine nucleotide exchange factor 2 protein-coding nan 2.316 1.405 0.099 2.118 4.246 0.720 0.234 0.407 0.186 0.449 0.249 0.016 0.124 0.277 0.421 0.135 0.056 0.335 0.126 0.042 0.043 0.638 0.340 0.258 0.125 0.038 0.168 0.083 0.005 0.143 0.597 0.047 1.536 0.084 0.165 0.074 0.086 0.060 0.021 0.126 1.713 0.069 0.041 0.034 0.200 0.098 0.159 0.262 0.206 0.016 0.124 0.421 0.400 0.041 0.258 0.189 0.128 0.319 0.150 1.549 0.300 0.092 0.120 0.030 0.038 0.029 0.382 0.948 0.204 0.367 0.994 1.218 nan 0.279 0.388 0.400 0.248 0.423 3.263 3.026 1.183 1.147 0.325 0.415 0.425 0.521 0.380 0.637 2.141 0.981 626 chr1 118392009 118407082 + 0 NA Intergenic Tigger14a|DNA|TcMar-Tigger 72757 NM_017686 54834 Hs.310809 NM_017686 ENSG00000196505 GDAP2 MACROD3 ganglioside induced differentiation associated protein 2 protein-coding nan 0.806 0.837 0.111 0.157 0.029 0.042 0.134 0.208 0.013 0.062 0.124 0.050 0.061 0.074 0.126 0.219 0.128 0.049 0.013 0.025 0.018 0.094 0.076 0.079 0.027 0.014 0.010 0.064 0.035 0.043 0.136 0.071 0.470 0.036 0.071 0.089 0.087 0.146 0.048 0.881 0.067 0.016 0.026 0.015 0.015 0.154 0.152 0.082 0.052 0.021 0.057 0.126 0.057 0.129 0.079 0.033 0.033 0.337 0.061 0.027 0.031 0.065 0.163 0.040 0.019 0.010 0.378 0.267 0.195 0.287 0.208 nan 0.369 0.216 0.203 0.278 3.456 4.211 0.338 0.373 0.848 1.069 0.217 0.269 0.488 0.339 0.346 0.576 0.404 0.345 6175 chr2 68544954 68548262 + 0 NA 5' UTR (NM_015463, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_015463, exon 1 of 3) 575 NM_001111101 25927 Hs.212885 NM_015463 ENSG00000119865 CNRIP1 C2orf32|CRIP1 cannabinoid receptor interacting protein 1 protein-coding 10.088 2.240 nan 0.022 1.981 2.682 0.042 1.684 2.306 5.384 1.688 0.075 3.337 9.262 3.883 0.344 0.562 0.290 0.226 1.379 3.181 1.854 3.006 1.468 1.375 0.901 0.112 0.998 0.854 0.127 6.656 0.044 2.566 0.423 0.163 0.113 2.730 1.621 4.190 0.054 0.095 0.066 0.046 3.075 0.861 4.037 0.492 9.262 0.476 0.057 3.006 0.111 0.025 1.240 1.671 5.703 0.024 0.782 2.656 0.345 0.017 0.015 1.148 0.909 0.194 0.770 10.636 8.312 13.596 4.859 0.235 0.302 7.736 9.422 8.440 16.355 17.646 21.003 2.751 2.483 2.241 1.997 11.375 11.558 4.439 3.514 11128 chr8 97522369 97542354 + 0 NA intron (NM_002998, intron 1 of 4) intron (NM_002998, intron 1 of 4) 26479 NM_002998 6383 Hs.1501 NM_002998 ENSG00000169439 SDC2 CD362|HSPG|HSPG1|SYND2 syndecan 2 protein-coding nan 0.895 1.533 0.014 0.171 0.030 0.227 0.296 0.482 0.114 0.082 0.051 0.183 0.055 0.433 0.408 1.271 0.203 0.068 0.019 0.044 0.014 0.070 0.112 0.278 0.436 0.192 0.022 0.109 0.010 0.076 0.129 0.114 0.879 0.066 0.040 0.052 4.388 0.148 0.036 0.091 0.074 0.100 0.086 0.011 0.019 0.101 0.181 0.061 0.043 0.008 0.050 0.408 0.037 0.019 0.278 0.024 0.058 0.175 0.035 0.031 0.091 0.050 1.654 0.046 1.072 0.686 0.261 0.196 0.522 nan 0.711 0.880 0.486 0.320 0.295 0.354 0.327 0.471 0.783 0.832 3.631 2.945 0.217 0.283 0.466 0.632 1.835 4.003 0.326 0.384 9454 chr6 15384131 15415971 + 0 NA intron (NM_004973, intron 2 of 17) intron (NM_004973, intron 2 of 17) 150965 NM_001267040 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 1.397 nan 1.226 0.088 0.750 0.158 0.331 0.279 0.519 0.031 0.432 0.312 0.029 0.111 0.653 0.589 0.551 0.161 0.237 0.054 0.055 0.070 0.247 0.195 1.449 0.382 0.128 0.060 0.086 0.118 0.229 0.720 0.235 0.227 0.114 0.290 0.078 0.073 0.078 0.156 0.879 0.138 0.055 0.041 0.048 0.060 0.239 0.126 0.187 0.124 0.105 0.158 0.589 0.357 0.148 1.449 0.072 0.133 0.373 0.106 0.187 0.176 0.251 0.903 0.106 0.009 0.019 0.631 0.770 0.956 1.556 0.987 0.974 1.024 0.451 0.389 0.383 0.820 1.287 1.080 1.403 1.548 1.174 0.487 0.779 0.464 0.576 1.468 3.800 0.858 0.694 7726 chr3 107882689 107909288 + 0 NA intron (NM_018010, intron 6 of 10) intron (NM_018010, intron 6 of 10) 45429 NM_018010 55081 Hs.412196 NM_018010 ENSG00000114446 IFT57 ESRRBL1|HIPPI|MHS4R2|OFD18 intraflagellar transport 57 protein-coding nan nan 0.934 0.089 0.124 0.044 0.115 1.992 3.977 0.018 0.048 0.045 0.030 0.047 0.073 0.168 0.189 0.143 0.088 0.029 0.012 0.026 1.941 1.331 2.002 0.062 0.035 0.017 0.093 0.047 0.047 0.123 0.136 0.199 0.011 0.044 0.519 0.024 0.079 0.026 0.105 0.087 0.014 0.012 0.156 0.041 0.206 0.111 0.059 0.065 0.021 0.064 0.168 0.061 0.052 2.002 0.051 0.028 0.036 0.017 0.181 0.101 0.082 0.155 0.035 0.019 0.017 0.323 0.264 0.446 0.471 0.849 1.275 6.914 4.285 0.257 0.249 0.525 0.805 0.217 0.237 0.663 0.321 0.124 0.184 1.601 1.899 0.356 0.766 2.071 0.870 1156 chr1 224726727 224733663 + 0 NA intron (NM_001322304, intron 2 of 6) intron (NM_001322304, intron 2 of 6) -73984 NM_001322305 149111 Hs.731723 NM_152495 ENSG00000143786 CNIH3 CNIH-3 cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3 protein-coding 1.041 nan 1.268 0.271 0.138 0.029 4.057 0.209 0.422 0.013 0.748 6.815 0.033 0.038 0.570 1.606 0.117 0.900 0.683 0.018 0.179 0.180 0.173 2.038 1.220 0.021 0.561 2.528 0.359 1.535 0.205 0.532 1.304 0.094 0.014 0.032 0.093 2.243 0.080 1.458 0.335 0.156 1.239 0.409 1.668 11.259 0.027 1.352 0.106 0.492 0.570 0.306 1.142 0.173 0.335 0.059 0.028 0.225 0.132 2.850 0.057 0.126 3.406 2.929 3.135 0.447 0.326 1.173 2.438 0.401 nan 0.435 0.166 0.457 0.543 0.186 0.401 0.388 0.240 0.348 0.141 0.148 0.204 0.160 0.276 0.251 0.517 0.677 0.603 3614 chr14 61744438 61751691 + 0 NA 5' UTR (NM_001017970, exon 1 of 1) 5' UTR (NM_001017970, exon 1 of 1) 466 NM_001017970 161291 Hs.146180 NM_001017970 ENSG00000182107 TMEM30B CDC50B transmembrane protein 30B protein-coding nan nan 2.967 3.499 4.403 2.905 1.525 0.992 1.496 0.709 0.204 0.115 1.158 1.328 7.194 0.316 0.446 0.066 2.398 0.575 0.106 0.540 0.263 3.216 0.246 0.119 0.010 4.061 0.991 3.146 4.379 3.636 4.736 1.067 0.082 0.407 0.282 0.088 0.114 1.609 0.038 0.059 0.087 1.730 1.272 3.798 0.152 0.561 0.059 0.622 2.547 0.316 3.829 0.038 3.216 1.617 1.688 0.279 0.733 0.042 0.065 0.971 0.069 0.096 0.032 0.014 1.412 1.614 0.152 0.285 5.126 4.032 3.523 1.667 nan 4.892 0.274 0.452 4.330 nan 1.955 1.690 1.433 3.245 1.804 1.363 0.230 0.340 1.679 1.016 3057 chr12 132457094 132489053 + 0 NA intron (NM_015409, intron 7 of 52) intron (NM_015409, intron 7 of 52) 38608 NM_015409 57634 Hs.723478 NM_015409 ENSG00000183495 EP400 CAGH32|P400|TNRC12 E1A binding protein p400 protein-coding 0.826 0.723 0.697 0.225 0.455 0.085 0.147 0.176 0.361 0.029 0.213 0.161 0.043 0.062 0.282 0.882 0.102 0.128 0.185 0.054 0.049 0.064 0.235 0.206 0.172 0.182 0.115 0.106 0.083 0.010 0.153 0.244 0.071 0.438 0.055 0.289 0.039 0.106 0.133 0.044 15.450 0.110 0.133 0.095 0.041 0.038 0.174 0.122 0.237 0.128 0.050 0.143 0.882 0.143 0.095 0.172 0.111 0.039 0.250 0.109 0.075 0.074 0.086 0.101 0.019 0.058 0.052 0.371 0.433 0.436 0.519 1.052 0.987 2.028 0.503 0.434 0.400 0.452 0.690 nan 0.611 0.446 0.318 0.228 0.371 0.359 0.774 0.273 0.610 1.481 0.905 11141 chr8 98271417 98291360 + 0 NA intron (NR_125390, intron 2 of 2) intron (NR_125390, intron 2 of 2) 8788 NM_033512 85453 Hs.173094 NM_033512 ENSG00000180543 TSPYL5 - TSPY like 5 protein-coding nan 1.263 2.281 0.025 0.558 0.106 0.078 0.700 1.297 0.076 0.647 0.138 0.168 0.070 0.626 0.804 0.565 0.113 0.398 0.077 0.031 0.160 0.243 0.190 1.441 0.326 0.239 0.207 0.387 0.111 0.287 0.493 0.068 2.273 0.066 0.038 0.123 0.338 0.068 0.095 0.315 0.073 0.071 0.054 0.033 0.085 0.145 0.144 0.328 0.598 0.141 0.050 0.804 0.306 0.005 1.441 0.006 0.174 0.199 0.052 0.711 0.064 0.108 0.678 0.027 0.014 0.008 0.339 0.342 0.209 nan 1.776 1.934 3.912 1.140 2.080 2.161 0.753 1.282 1.855 2.572 1.278 1.419 0.394 0.754 0.910 0.906 1.412 2.787 0.505 0.428 7026 chr20 48285770 48348120 + 0 NA intron (NM_004776, intron 1 of 8) AluJb|SINE|Alu 13476 NM_004776 9334 Hs.370487 NM_004776 ENSG00000158470 B4GALT5 B4Gal-T5|BETA4-GALT-IV|beta4Gal-T5|beta4GalT-V|gt-V beta-1,4-galactosyltransferase 5 protein-coding nan nan 1.247 1.089 0.774 0.317 0.676 0.345 0.698 2.578 1.619 0.849 0.207 0.249 0.751 0.644 0.972 0.262 0.963 0.431 0.622 0.163 0.478 0.277 1.263 0.955 0.582 0.466 0.547 0.403 0.742 1.902 1.593 1.084 0.278 1.345 0.093 0.341 0.134 0.365 0.918 1.244 0.597 0.308 0.635 0.563 2.846 1.048 3.235 0.553 0.433 1.325 0.644 0.839 0.423 1.263 0.860 0.581 0.432 0.742 0.411 0.900 0.743 0.380 0.842 0.392 0.288 1.737 2.150 1.159 1.282 0.956 0.973 nan 0.815 2.061 2.062 1.642 1.967 1.650 1.897 nan 1.286 0.970 1.525 0.548 0.874 1.161 2.017 1.335 0.934 3812 chr14 101353118 101378626 + 0 NA intron (NR_146000, intron 5 of 50) intron (NR_146000, intron 5 of 50) 9886 NR_146000 79104 Hs.118101 NR_024149 MEG8 Bsr|Irm|LINC00024|NCRNA00024|Rian|SNHG23|SNHG24|lnc-MGC maternally expressed 8, small nucleolar RNA host gene ncRNA 1.177 1.248 0.498 0.217 0.061 1.177 0.089 1.324 2.712 0.004 0.047 0.050 0.007 0.396 0.263 2.226 0.110 0.063 0.033 0.022 0.054 0.003 0.143 0.109 0.432 0.212 0.096 0.075 0.075 0.004 0.149 0.814 0.087 2.371 0.017 0.163 0.045 0.069 0.098 0.133 0.271 0.141 0.052 0.009 0.004 0.096 0.091 0.164 0.188 0.110 0.161 0.110 2.226 0.033 0.058 0.432 0.058 0.175 0.497 0.240 1.769 0.087 0.023 0.014 0.059 0.009 0.010 0.192 0.072 0.136 0.192 1.200 1.250 0.866 0.295 0.058 0.043 0.144 0.283 1.330 1.869 1.533 1.177 0.154 0.142 0.381 0.370 0.166 0.210 0.693 0.420 10851 chr8 23074757 23088475 + 0 NA intron (NM_003844, intron 1 of 9) AluSc8|SINE|Alu 1064 NM_003844 8797 Hs.213467 NM_003844 ENSG00000104689 TNFRSF10A APO2|CD261|DR4|TRAILR-1|TRAILR1 TNF receptor superfamily member 10a protein-coding nan 1.480 nan 1.614 0.301 0.564 3.207 0.178 0.388 0.244 1.433 1.566 0.049 0.254 0.143 0.303 0.320 0.246 1.822 0.639 1.610 0.283 0.087 0.131 0.154 2.699 2.624 0.299 1.318 1.542 2.560 4.426 1.265 0.268 2.077 1.702 0.021 0.930 0.126 0.724 0.123 2.926 2.347 1.073 1.868 1.581 1.301 0.751 2.645 2.482 0.820 2.199 0.303 1.580 1.797 0.154 1.045 0.338 0.049 1.788 0.225 0.999 0.281 0.055 1.557 0.385 0.158 0.606 0.865 0.829 1.247 nan 0.710 nan 0.342 0.976 0.938 0.079 0.165 2.105 2.587 0.435 0.490 0.487 0.744 0.262 0.172 0.114 0.230 nan nan 9536 chr6 28317064 28325899 + 0 NA intron (NM_001242894, intron 2 of 6) L2|LINE|L2 491 NM_145909 64288 Hs.656413 NM_030899 ENSG00000235109 ZSCAN31 ZNF20-Lp|ZNF310P|ZNF323 zinc finger and SCAN domain containing 31 protein-coding 1.301 2.234 nan 1.078 2.857 2.144 2.837 1.854 3.137 0.877 6.957 3.758 1.352 0.753 0.514 0.989 0.939 0.230 2.457 1.180 5.711 0.422 1.518 1.050 3.991 2.002 1.834 0.224 0.506 0.422 1.487 2.077 1.582 nan 1.066 8.424 0.453 0.970 0.115 0.642 0.270 0.854 1.124 0.699 0.664 0.219 1.799 1.079 1.272 2.601 1.422 1.859 0.989 2.577 7.690 3.991 1.841 0.479 0.220 1.650 6.156 1.386 0.700 0.700 1.721 0.235 0.075 2.523 2.588 2.511 nan 2.765 1.818 nan 0.796 2.885 3.304 1.222 1.643 4.064 6.159 1.616 1.316 1.234 1.827 2.742 3.550 1.170 1.988 3.426 1.736 10009 chr6 149287316 149295304 + 0 NA intron (NM_005715, intron 5 of 7) intron (NM_005715, intron 5 of 7) -5490 NR_038408 100128176 Hs.557541 NR_038408 UST-AS1 - UST antisense RNA 1 ncRNA nan 1.050 nan 0.057 1.563 2.765 0.178 0.100 0.318 0.012 0.095 0.091 0.008 0.201 1.751 6.529 0.180 0.041 0.115 0.095 0.008 1.530 0.423 1.809 0.060 0.045 0.037 0.072 0.026 0.107 0.305 0.045 0.747 0.036 0.078 0.142 0.085 0.145 0.029 2.543 0.094 0.023 0.029 0.013 0.049 0.083 0.076 0.071 0.098 0.075 6.529 0.169 0.058 1.809 0.039 0.031 0.401 0.106 0.733 0.079 0.062 0.077 0.038 0.029 0.010 0.416 0.400 0.319 0.320 4.304 3.338 14.294 5.378 0.472 0.504 0.143 0.177 4.508 5.586 0.485 0.303 0.218 0.326 1.467 0.961 0.124 0.215 4.125 2.354 9310 chr5 162520852 162528923 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -339690 NM_199246 900 Hs.79101 NM_004060 ENSG00000113328 CCNG1 CCNG cyclin G1 protein-coding nan 0.665 0.416 0.036 0.032 0.007 0.035 0.112 0.150 0.038 0.034 0.025 0.011 0.009 0.075 0.020 0.025 0.031 0.053 0.116 0.060 0.015 0.011 0.124 0.080 0.048 0.070 0.193 0.066 0.053 0.090 0.015 0.019 0.011 0.015 0.041 0.048 0.069 0.089 0.040 0.026 0.010 0.040 0.009 0.045 0.012 0.015 0.076 0.041 0.007 0.038 0.049 0.061 0.137 0.019 0.014 1.026 0.535 8.550 1.521 0.142 0.140 0.069 0.053 0.120 0.055 0.803 1.002 0.127 0.137 0.570 0.145 0.226 0.444 0.050 0.109 0.084 0.156 0.196 0.221 3233 chr13 80905416 80921859 + 0 NA 5' UTR (NM_001318538, exon 1 of 2) 5' UTR (NM_001318538, exon 1 of 2) 157 NM_001318538 10253 Hs.18676 NM_005842 ENSG00000136158 SPRY2 IGAN3|hSPRY2 sprouty RTK signaling antagonist 2 protein-coding nan nan 2.421 1.377 2.547 0.031 1.857 1.044 2.099 0.412 1.866 1.240 0.894 1.270 0.076 1.853 1.145 0.165 1.024 0.162 1.427 6.218 0.326 0.204 1.346 1.660 2.018 0.190 1.793 0.992 5.009 8.668 5.980 4.240 1.001 0.918 0.012 0.297 0.085 1.460 3.049 4.137 2.348 1.139 1.300 1.320 1.011 2.150 1.619 2.692 2.139 0.944 1.853 1.302 1.588 1.346 1.057 1.650 0.047 2.885 0.833 1.322 0.607 0.098 2.697 1.100 1.139 2.235 3.902 2.305 3.354 1.735 1.231 1.222 0.476 1.624 1.591 0.191 0.298 0.905 1.313 0.707 0.875 1.129 2.908 0.097 0.089 0.255 0.397 0.266 0.211 5023 chr17 75522252 75526993 + 0 NA intron (NR_148967, intron 1 of 2) CpG 1539 NR_148967 400622 Hs.514516 NR_148967 LOC400622 - uncharacterized LOC400622 ncRNA 6.791 1.413 1.173 0.061 0.107 1.263 0.091 0.617 1.014 0.119 0.146 0.194 0.026 0.063 0.112 2.309 0.094 0.101 0.157 0.014 0.176 1.256 0.705 1.789 0.015 0.030 0.173 0.130 0.316 0.823 0.060 2.223 0.008 0.168 0.264 0.953 0.150 0.099 0.496 0.213 0.022 0.017 0.065 0.061 0.060 0.172 0.074 0.017 0.027 2.309 0.132 1.789 0.208 1.952 0.824 0.345 0.067 6.039 0.729 0.016 0.024 0.010 18.578 16.321 0.458 0.781 1.501 1.268 10.086 4.428 10.230 11.056 nan 9.161 3.470 5.504 3.519 4.789 8.336 10.839 1.563 1.469 4.139 5.623 nan 0.315 7295 chr22 18780040 18812860 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -16976 NR_003267 2679 Hs.595809 NR_003267 ENSG00000197421 GGT3P GGT3 gamma-glutamyltransferase 3 pseudogene pseudo 0.885 nan 1.032 0.507 0.316 0.317 0.153 0.234 0.423 0.276 0.138 0.104 0.172 0.125 0.204 0.942 0.130 0.155 1.297 0.708 0.058 0.063 0.129 0.164 0.084 0.182 0.090 0.138 0.707 0.199 1.323 7.451 6.865 2.263 0.829 0.074 0.050 0.132 0.244 0.014 0.129 0.163 0.055 0.045 0.150 0.476 1.365 0.151 0.582 0.067 0.966 1.953 0.942 1.136 0.059 0.084 1.196 2.942 1.353 0.059 0.177 0.207 0.066 0.117 0.095 0.025 0.012 0.374 0.295 0.330 0.515 0.765 0.831 1.517 0.289 0.567 0.643 0.347 0.666 0.560 0.634 1.402 2.412 0.348 0.450 0.190 0.374 0.298 0.463 2.447 1.739 5012 chr17 74728933 74737282 + 0 NA promoter-TSS (NM_001242533) promoter-TSS (NM_001242533) 386 NR_036608 6427 Hs.584801 NM_003016 ENSG00000161547 SRSF2 PR264|SC-35|SC35|SFRS2|SFRS2A|SRp30b serine and arginine rich splicing factor 2 protein-coding 5.519 4.510 4.732 3.939 6.380 3.186 3.205 4.139 6.962 1.570 5.450 2.391 1.685 1.389 4.762 3.368 3.459 0.309 4.506 1.456 2.811 2.085 3.346 2.142 4.601 2.231 2.661 1.858 3.533 1.603 7.231 8.257 4.179 12.372 2.397 4.725 1.815 4.421 0.201 2.048 3.380 4.994 2.613 1.404 2.933 1.711 2.690 5.073 4.505 4.973 2.504 3.006 3.368 5.156 2.824 4.601 2.198 2.482 0.785 4.667 3.687 1.801 2.618 3.077 2.010 2.182 1.766 8.125 8.112 5.172 7.549 8.163 7.638 7.274 4.298 11.630 12.098 nan 6.598 8.029 10.668 10.981 11.506 4.555 9.368 6.264 6.940 7.220 8.098 nan 1.916 1698 chr10 125847148 125854461 + 0 NA intron (NM_001270764, intron 1 of 7) intron (NM_001270764, intron 1 of 7) 1136 NM_015892 51363 Hs.287537 NM_014863 ENSG00000182022 CHST15 BRAG|GALNAC4S-6ST carbohydrate sulfotransferase 15 protein-coding nan 0.909 0.426 1.042 0.473 0.318 3.965 1.369 2.837 0.479 2.978 0.073 0.341 0.318 0.223 0.832 0.608 0.174 2.143 0.632 0.499 0.057 0.086 0.129 1.729 1.896 2.343 1.308 5.314 1.522 2.135 2.786 2.861 4.825 0.782 1.976 0.039 1.106 0.073 0.597 0.011 1.796 1.377 0.801 2.053 0.656 1.986 0.385 2.128 0.467 0.787 2.298 0.832 3.659 3.040 1.729 1.704 1.529 0.121 3.223 0.145 1.376 0.122 0.033 2.160 0.417 0.096 0.388 0.451 1.200 2.265 0.582 0.486 1.270 0.384 0.259 0.187 0.022 0.103 0.826 1.425 0.138 0.161 0.507 0.595 0.495 0.577 0.109 0.150 1.008 0.703 10524 chr7 96122371 96130463 + 0 NA intron (NM_001349702, intron 3 of 5) intron (NM_001349702, intron 3 of 5) 6418 NM_001201450 7979 Hs.489201 NM_006304 ENSG00000127922 SEM1 C7orf76|DSS1|ECD|SHFD1|SHFM1|SHSF1|Shfdg1 SEM1, 26S proteasome complex subunit protein-coding nan 1.268 nan 0.044 0.890 0.172 0.049 3.381 6.442 0.066 0.091 0.008 0.608 0.207 0.127 0.184 0.099 0.065 0.024 0.055 0.017 2.747 1.291 3.398 0.008 0.009 0.036 0.336 0.241 0.617 0.800 1.791 0.270 0.046 1.588 0.086 0.171 0.103 1.073 0.068 0.007 0.010 0.054 0.038 0.059 0.123 0.040 0.044 0.126 0.025 0.127 0.070 0.270 3.398 0.061 0.046 0.199 0.014 1.039 0.088 0.110 0.137 0.028 0.014 0.019 0.565 0.708 0.478 0.767 1.434 1.693 4.229 1.403 0.290 0.253 0.414 0.801 2.052 1.650 0.474 0.225 0.255 0.487 4.870 6.495 0.394 nan 2.693 1.420 4533 chr17 1010465 1030429 + 0 NA intron (NM_021962, intron 2 of 22) intron (NM_021962, intron 2 of 22) -8107 NM_001092 29 Hs.159306 NM_001092 ENSG00000159842 ABR MDB ABR, RhoGEF and GTPase activating protein protein-coding 1.759 2.348 1.452 2.007 1.778 1.520 2.460 0.908 1.718 0.353 1.426 2.442 0.155 2.759 1.146 3.383 0.461 0.161 2.959 1.481 0.803 0.201 1.103 0.381 2.352 1.111 1.330 0.374 2.609 0.903 3.365 5.866 3.801 3.790 1.081 1.229 0.478 0.418 0.086 2.042 0.235 5.973 3.453 1.366 1.607 3.852 1.205 3.387 3.626 4.846 0.725 0.680 3.383 3.637 8.173 2.352 0.863 0.955 0.333 1.874 4.014 2.146 1.020 0.272 1.868 1.526 1.241 0.710 1.270 1.045 2.141 2.072 2.198 3.134 1.426 0.758 0.893 0.696 1.229 3.061 4.449 0.934 0.964 0.912 1.645 1.305 1.278 0.780 1.085 1.032 0.667 7329 chr22 23798101 23804312 + 0 NA Intergenic Intergenic 25455 NR_110538 101929374 Hs.616963 NR_110538 ENSG00000234928 LINC01659 - long intergenic non-protein coding RNA 1659 ncRNA 1.763 nan 0.757 0.116 0.101 0.061 0.089 5.236 9.390 0.073 0.105 0.010 0.096 0.250 0.559 0.096 0.078 0.035 0.061 0.031 0.762 0.659 1.812 0.024 0.007 0.165 0.110 0.207 nan 0.205 0.428 0.183 1.299 0.088 0.067 0.058 1.375 0.103 0.019 0.046 0.119 0.522 0.092 0.089 0.044 0.559 0.046 0.045 1.812 0.138 0.718 0.808 0.186 1.238 0.024 0.627 0.270 0.075 0.010 0.546 0.998 0.241 0.542 0.664 0.733 1.399 0.376 0.499 0.469 0.543 0.832 0.599 1.166 0.859 0.672 0.499 1.011 3.142 2.832 0.479 0.650 1.893 1.323 8041 chr3 175984793 175996990 + 0 NA Intergenic Intergenic -242000 NR_107017 102465858 NR_107017 ENSG00000283333 MIR7977 hsa-mir-7977 microRNA 7977 ncRNA 0.995 1.996 1.290 0.159 4.605 0.944 0.058 1.920 3.734 0.008 0.076 0.046 0.026 0.789 0.590 0.388 0.191 0.156 0.079 0.031 0.031 0.023 2.479 1.057 2.661 0.023 0.032 0.018 0.045 0.173 1.089 0.172 2.082 0.012 0.035 0.729 0.036 0.140 0.020 0.109 0.068 0.035 0.019 0.027 0.064 0.173 0.074 0.013 0.070 0.013 0.088 0.388 0.042 0.015 2.661 0.010 0.068 0.049 0.028 1.049 0.045 0.137 0.081 0.019 0.013 0.391 0.255 0.474 0.754 3.305 4.035 13.340 7.470 0.408 0.295 0.673 0.731 4.854 4.126 0.701 0.246 0.212 0.391 3.187 2.766 0.285 0.501 0.840 0.351 9463 chr6 17468257 17497458 + 0 NA intron (NM_006366, intron 4 of 12) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 28639 NR_110855 101928491 Hs.622876 NR_110855 LOC101928491 - uncharacterized LOC101928491 ncRNA 1.091 nan 1.729 0.041 1.328 0.033 0.143 0.225 0.416 0.023 0.242 0.471 0.023 0.027 1.511 4.470 1.583 0.305 0.151 0.065 0.070 0.014 0.477 0.284 1.610 0.204 0.124 0.053 0.075 0.004 0.074 0.119 0.105 0.581 0.050 0.204 0.308 0.067 0.080 0.012 1.745 0.148 0.064 0.038 0.041 0.047 0.158 0.094 0.262 0.195 0.268 0.103 4.470 0.111 0.073 1.610 0.038 0.060 0.722 0.115 0.690 0.124 0.740 0.077 0.036 0.030 0.010 0.433 0.396 0.285 0.474 3.225 2.961 3.770 1.818 0.964 1.028 2.955 3.515 0.186 0.152 2.232 1.704 0.628 1.012 1.690 2.113 0.182 0.273 1.477 1.006 3820 chr14 103521962 103543003 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -8740 NM_006035 9578 Hs.654634 NM_006035 ENSG00000198752 CDC42BPB MRCKB CDC42 binding protein kinase beta protein-coding 1.773 0.899 1.492 3.736 0.466 0.284 1.289 0.225 0.563 0.894 1.007 0.316 0.510 0.180 0.728 0.910 0.644 0.322 0.668 0.359 0.914 0.296 0.252 0.249 1.159 3.194 2.878 0.427 1.649 0.619 1.487 2.972 1.491 1.406 1.085 2.590 0.078 0.835 0.132 0.246 0.113 0.579 0.916 0.508 1.443 1.819 3.566 0.656 4.042 2.007 2.018 6.232 0.910 0.769 0.833 1.159 1.163 3.175 0.198 0.991 0.333 1.310 0.118 0.222 0.798 0.212 0.114 0.410 0.525 0.614 1.004 1.969 1.992 1.691 0.452 0.519 0.519 0.594 0.977 0.726 1.317 1.338 1.058 0.484 0.744 0.419 0.413 0.481 0.795 0.873 0.583 7227 chr21 42538862 42544542 + 0 NA intron (NM_012105, intron 1 of 8) intron (NM_012105, intron 1 of 8) 1974 NM_138992 25825 Hs.43047 NM_012105 ENSG00000182240 BACE2 AEPLC|ALP56|ASP1|ASP21|BAE2|CDA13|CEAP1|DRAP beta-site APP-cleaving enzyme 2 protein-coding nan 1.179 2.330 1.089 0.140 2.503 0.867 0.962 1.575 0.859 1.398 1.502 0.160 0.969 0.301 0.519 0.066 0.112 0.074 1.156 1.169 0.329 0.160 0.400 1.830 1.412 0.296 0.937 0.473 2.027 3.470 1.510 8.004 0.026 1.954 0.157 0.593 0.077 0.778 0.056 2.816 2.999 1.472 2.914 0.083 1.518 1.300 1.612 0.174 6.380 4.066 0.519 0.099 1.329 0.400 4.554 1.673 0.051 2.624 2.285 0.056 3.132 0.022 1.771 1.318 0.663 0.381 0.659 1.914 4.838 1.453 1.097 nan 0.398 0.689 0.657 0.113 nan 2.675 4.051 0.739 0.413 1.640 5.439 1.442 1.312 0.143 0.250 1.270 1.028 7640 chr3 62780343 62826138 + 0 NA intron (NM_183394, intron 1 of 27) intron (NM_183394, intron 1 of 27) 57824 NM_003716 8618 Hs.654933 NM_003716 ENSG00000163618 CADPS CADPS1|CAPS|CAPS1|UNC-31 calcium dependent secretion activator protein-coding 1.106 nan 0.980 0.036 0.139 0.152 0.034 0.126 0.230 0.006 0.036 0.024 0.012 0.039 0.614 0.190 0.037 0.025 0.067 0.021 0.015 0.109 0.105 0.172 0.004 0.013 0.005 0.059 0.007 0.062 0.229 0.116 0.638 0.013 0.036 0.089 0.031 0.072 0.023 0.129 0.063 0.024 0.010 0.030 0.025 0.029 0.153 0.030 0.011 0.012 0.025 0.190 0.055 0.018 0.172 0.021 0.027 0.068 0.017 0.035 0.027 1.334 2.396 0.022 0.018 0.020 0.509 0.505 0.217 0.263 0.399 0.431 0.919 0.284 0.072 0.067 0.614 0.878 0.382 0.385 0.744 0.427 0.655 1.010 0.413 0.669 1.464 4.986 0.563 0.493 57 chr1 7700223 7717740 + 0 NA intron (NM_001349608, intron 6 of 21) intron (NM_001349608, intron 6 of 21) -20809 NM_001349620 23261 Hs.397705 NM_015215 ENSG00000171735 CAMTA1 CANPMR calmodulin binding transcription activator 1 protein-coding 1.042 nan 0.832 0.102 1.452 3.410 0.080 0.366 0.548 0.006 0.066 0.064 0.003 0.264 0.877 0.529 0.077 0.119 0.085 0.011 0.029 0.016 0.455 0.175 0.574 0.172 0.074 0.280 0.055 0.018 0.106 nan 0.108 2.032 0.008 0.157 0.093 0.068 0.082 0.020 0.073 0.104 0.028 0.022 0.032 0.032 0.016 0.178 0.204 0.138 0.099 0.137 0.529 0.081 0.057 0.574 0.119 0.227 0.232 0.444 0.780 0.090 0.040 0.162 0.034 0.026 0.009 0.287 0.254 0.171 0.265 1.956 2.067 2.012 0.885 0.183 0.246 0.383 nan nan 6.095 nan 0.681 0.438 0.392 0.244 0.264 0.430 0.850 1.157 0.714 9752 chr6 69417561 69440198 + 0 NA intron (NM_001704, intron 3 of 31) MER58A|DNA|hAT-Charlie 83247 NM_001704 577 Hs.13261 NM_001704 ENSG00000135298 ADGRB3 BAI3 adhesion G protein-coupled receptor B3 protein-coding nan 0.953 0.738 0.064 0.649 0.533 0.078 0.198 0.415 0.013 0.052 0.086 0.017 0.031 0.578 0.158 0.080 0.129 0.112 0.092 0.011 0.006 0.152 0.150 0.053 0.003 0.042 0.009 0.106 0.121 0.060 0.702 0.045 1.135 0.114 0.033 0.115 0.021 0.093 0.037 0.011 0.010 0.062 0.020 0.081 0.044 0.029 0.040 0.026 0.018 0.158 0.044 0.134 0.053 0.022 0.208 0.028 0.134 0.007 0.061 0.360 0.010 0.015 0.016 1.078 0.717 0.290 0.457 0.632 0.765 0.122 0.073 0.331 0.245 3.153 3.591 0.678 0.769 3.777 2.950 0.109 0.206 0.810 0.777 0.649 1.228 0.423 0.294 3790 chr14 96667668 96693622 + 0 NA intron (NM_000623, intron 1 of 2) intron (NM_000623, intron 1 of 2) 9510 NM_000623 624 Hs.654542 NM_000623 ENSG00000168398 BDKRB2 B2R|BK-2|BK2|BKR2|BRB2 bradykinin receptor B2 protein-coding 1.934 0.952 nan 0.167 0.550 0.178 0.123 0.242 0.445 0.022 0.236 0.097 0.046 0.234 0.354 0.389 0.801 0.150 0.049 0.015 0.030 0.027 0.298 0.102 0.349 0.612 0.343 0.026 0.098 0.245 0.869 2.103 0.651 1.445 0.057 0.060 0.158 0.063 0.080 0.132 0.100 0.057 0.098 0.081 0.573 0.104 0.397 0.272 0.912 0.088 0.559 0.868 0.389 0.030 0.032 0.349 0.528 3.412 0.223 0.076 1.005 0.258 0.108 0.038 0.560 0.009 0.010 0.247 0.254 0.167 0.358 1.087 0.926 0.926 0.318 0.769 0.773 0.407 0.709 1.141 1.322 3.631 4.583 0.338 0.408 0.976 1.181 0.131 0.279 nan 0.664 3660 chr14 69441272 69448828 + 0 NA intron (NM_001130004, intron 1 of 21) CpG 1033 NM_001130004 87 Hs.235750 NM_001102 ENSG00000072110 ACTN1 BDPLT15 actinin alpha 1 protein-coding 4.480 2.292 3.978 6.636 3.481 3.196 1.645 1.698 3.105 1.539 4.084 2.105 1.516 0.873 3.632 3.103 6.026 0.658 1.437 0.857 8.494 0.896 0.675 0.362 2.567 3.668 6.197 1.921 3.376 1.759 2.618 4.019 6.127 5.998 2.014 1.934 0.769 3.218 0.162 2.026 4.387 6.348 7.420 2.713 2.182 1.491 5.200 7.511 4.385 6.592 2.013 3.509 3.103 1.765 2.754 2.567 1.468 0.471 0.653 7.519 1.073 4.824 2.201 0.931 10.881 2.668 1.388 1.743 2.692 2.125 3.130 4.373 3.518 2.148 0.659 5.695 5.472 1.735 2.413 3.524 nan 2.877 3.525 1.387 3.827 2.059 1.865 0.973 2.114 1.346 nan 3435 chr14 29807269 29831826 + 0 NA Intergenic Intergenic -564554 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.316 0.834 0.710 0.059 0.193 0.036 0.249 0.163 0.252 0.004 0.045 0.131 0.018 0.057 0.148 0.211 0.249 0.099 0.156 0.157 0.026 0.006 0.090 0.134 0.210 0.170 0.050 0.003 0.085 0.043 0.440 0.974 0.112 0.322 0.220 0.039 0.225 0.080 0.130 0.236 0.184 0.034 0.025 0.013 0.048 0.031 0.090 0.128 0.030 0.038 0.010 0.046 0.211 0.070 0.060 0.210 0.030 0.027 0.075 0.024 0.074 0.103 0.020 0.126 0.044 0.012 0.014 0.233 0.115 0.227 0.226 0.410 0.589 1.574 0.500 0.122 0.137 7.157 7.419 0.292 0.341 0.975 0.600 0.105 0.155 0.510 0.555 0.288 0.465 0.532 0.465 6605 chr2 207903681 207912255 + 0 NA Intergenic Intergenic 66829 NR_036227 100423036 NR_036227 ENSG00000253008 MIR2355 mir-2355 microRNA 2355 ncRNA 0.914 nan 0.850 0.083 0.171 0.130 0.152 2.100 3.990 0.072 0.110 0.009 0.142 0.072 0.594 0.175 0.095 0.187 0.065 0.067 0.033 4.046 1.807 0.627 0.372 0.126 0.018 0.071 0.025 0.142 0.576 0.199 0.977 0.075 0.094 0.809 0.153 0.053 0.014 0.056 0.053 0.035 0.018 0.127 0.045 0.056 0.094 0.095 0.059 0.018 0.063 0.594 0.135 0.075 0.627 0.043 0.038 0.033 0.060 0.209 0.027 0.023 0.088 0.095 0.007 0.006 0.363 0.369 0.191 0.267 0.267 0.336 1.797 0.932 0.385 0.348 0.431 0.741 1.317 1.064 0.336 0.127 0.175 0.155 3.191 3.549 0.422 0.673 1.940 0.838 3307 chr13 103012299 103029757 + 0 NA intron (NR_125912, intron 1 of 1) intron (NR_125912, intron 1 of 1) 1148 NR_125912 100874081 Hs.569296 NR_125912 ENSG00000234445 FGF14-AS1 - FGF14 antisense RNA 1 ncRNA 0.816 0.970 0.731 0.038 0.838 0.160 0.107 0.147 0.223 0.189 0.306 0.007 0.017 0.196 0.427 0.077 0.077 0.132 0.066 0.065 0.016 0.092 0.065 0.137 0.191 0.116 0.008 0.032 0.034 0.119 0.092 0.049 0.531 0.042 0.780 0.408 0.044 0.097 0.040 0.590 0.170 0.031 0.031 0.062 0.014 0.115 0.149 0.140 0.041 0.059 0.313 0.427 0.071 0.059 0.137 0.295 0.061 0.211 0.033 0.238 0.013 0.039 0.078 0.048 0.013 0.009 0.667 0.553 0.143 0.285 0.370 0.501 1.778 0.229 0.305 0.302 0.241 nan 0.407 0.346 0.396 0.210 0.100 0.227 2.597 6.605 0.368 nan 0.229 0.212 7973 chr3 167809246 167815355 + 0 NA intron (NM_001308155, intron 1 of 14) intron (NM_001308155, intron 1 of 14) 1413 NM_014498 27333 Hs.143600 NM_014498 ENSG00000173905 GOLIM4 GIMPC|GOLPH4|GPP130|P138 golgi integral membrane protein 4 protein-coding 5.065 2.394 2.718 6.258 3.628 0.218 1.454 0.482 1.079 0.657 1.444 1.492 0.630 0.755 1.021 1.559 2.665 0.242 1.162 0.372 1.236 1.429 3.244 1.583 1.031 1.233 1.088 1.337 2.087 0.548 1.420 1.627 3.602 4.296 0.695 1.498 2.048 2.077 0.045 0.680 2.178 3.529 2.011 1.062 0.921 0.200 0.898 1.373 1.812 3.137 1.945 1.043 1.559 1.797 2.660 1.031 0.288 0.499 1.360 1.336 1.549 1.821 0.342 2.398 0.803 1.150 0.881 2.565 2.733 3.335 3.599 4.466 3.140 7.552 1.908 4.564 4.040 6.215 7.173 nan 4.663 11.441 12.976 0.516 0.874 7.524 6.633 5.223 5.771 1.907 1.141 35 chr1 3131713 3140351 + 0 NA intron (NM_022114, intron 2 of 16) intron (NM_022114, intron 2 of 16) 91493 NR_036215 100422968 NR_036215 ENSG00000283572 MIR4251 - microRNA 4251 ncRNA 0.664 nan 0.672 0.062 0.041 8.330 0.067 0.223 0.610 0.011 0.045 0.032 0.036 0.439 0.052 0.090 0.088 0.055 0.070 0.007 0.030 0.014 0.088 0.026 0.026 0.025 0.070 nan 0.073 0.411 0.017 0.045 0.055 0.025 0.073 0.013 0.018 0.055 0.071 0.009 0.012 0.053 0.068 0.119 0.035 0.017 0.028 0.023 0.090 0.037 0.014 0.019 0.171 0.087 0.035 0.045 0.023 0.009 0.013 0.205 0.147 0.098 0.096 0.298 0.346 0.041 0.078 0.115 0.083 0.207 nan nan 0.076 nan 0.097 0.071 0.122 0.102 0.041 0.079 0.090 0.098 0.262 9052 chr5 88165204 88180613 + 0 NA intron (NM_001193347, intron 2 of 11) UCON20|Unknown|Unknown -6239 NR_136218 101929423 Hs.130138 NR_104031 ENSG00000248309 MEF2C-AS1 - MEF2C antisense RNA 1 ncRNA 0.618 1.022 0.468 0.476 0.289 0.021 0.406 0.269 0.333 0.006 0.267 1.287 0.028 0.052 0.276 0.049 0.981 0.084 0.329 0.117 0.374 0.045 0.529 0.396 0.124 0.312 0.136 0.014 0.182 0.204 0.260 0.548 0.671 2.426 0.330 2.316 0.031 0.278 0.113 0.282 0.295 0.290 0.172 0.310 0.089 0.193 0.415 0.048 0.667 0.457 0.018 0.049 0.404 1.153 0.124 0.048 0.095 0.268 1.105 0.409 1.227 0.129 0.558 0.030 0.047 0.301 0.231 0.529 0.891 0.691 0.474 0.958 0.322 2.283 2.442 3.028 3.604 0.455 0.516 0.789 0.688 0.532 1.246 0.345 0.245 0.257 nan 0.819 0.463 2453 chr12 7068276 7083091 + 0 NA TTS (NR_003010) TTS (NR_003010) 1086 NR_003010 677777 Hs.689636 NR_003010 ENSG00000238795 SCARNA12 U89 small Cajal body-specific RNA 12 ncRNA 3.219 nan nan 4.113 11.413 5.407 2.701 2.999 5.688 1.513 2.181 2.603 1.110 2.899 4.745 1.986 0.329 0.130 3.770 1.615 2.543 0.724 4.280 1.817 4.916 2.112 2.041 0.761 6.058 1.759 6.737 9.176 5.403 10.184 1.459 5.009 1.655 1.848 0.184 1.302 4.663 1.628 1.939 0.841 3.402 3.383 5.803 2.646 3.674 2.714 2.444 3.241 1.986 3.788 1.971 4.916 2.710 2.382 12.876 6.106 1.275 1.876 2.279 1.179 0.245 1.073 0.720 3.000 3.163 5.529 8.279 nan 8.912 17.019 7.002 13.684 14.440 2.458 3.386 6.012 8.622 3.105 3.313 3.440 5.450 8.434 8.891 3.894 nan 2.340 1.267 6133 chr2 55841611 55847913 + 0 NA promoter-TSS (NM_001282850) promoter-TSS (NM_001282850) 98 NM_001122964 57223 Hs.516182 NM_020463 ENSG00000275052 PPP4R3B FLFL2|PP4R3B|PSY2|SMEK2|smk1 protein phosphatase 4 regulatory subunit 3B protein-coding 5.453 nan 4.820 2.896 4.828 2.788 2.858 2.014 4.399 1.739 3.220 1.417 1.586 1.623 5.008 2.948 3.136 0.181 3.774 1.603 2.276 2.339 3.779 1.330 5.394 2.490 3.086 1.473 3.952 1.272 5.749 6.095 3.503 9.566 1.902 3.319 0.392 4.285 0.170 1.650 2.081 5.639 3.917 1.667 2.773 1.845 5.863 2.799 4.010 4.303 2.139 2.310 2.948 5.815 3.255 5.394 1.878 1.803 1.402 4.855 2.879 2.281 1.801 1.943 2.033 1.636 1.338 5.838 6.092 8.679 11.489 9.200 8.706 8.576 5.331 21.885 22.941 4.589 5.467 6.543 13.891 9.555 10.176 4.219 7.088 3.279 3.747 9.178 7.378 2.303 1.408 2827 chr12 83073551 83085757 + 0 NA Intergenic Intergenic -1280 NM_001320322 160335 Hs.577775 NM_152588 ENSG00000179104 TMTC2 IBDBP1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 2 protein-coding 1.646 1.421 1.448 2.071 0.998 0.093 0.612 0.932 1.332 0.556 0.493 0.379 0.458 0.320 1.443 0.743 2.471 0.315 1.136 0.575 0.041 0.226 0.526 0.377 0.764 0.673 0.597 0.126 1.082 0.501 1.350 2.845 1.118 5.302 1.007 1.234 0.364 0.314 0.088 0.320 0.412 0.587 0.568 0.326 0.849 0.853 1.210 0.971 1.754 1.414 1.087 2.588 0.743 1.203 1.026 0.764 1.186 0.748 0.589 0.918 0.617 0.201 0.315 0.171 0.278 0.061 0.045 0.541 0.668 1.674 2.557 4.500 3.305 1.481 0.537 2.633 2.907 3.369 4.244 3.141 5.184 0.660 0.633 0.319 0.883 1.530 1.471 0.605 0.905 1.618 0.965 665 chr1 147509256 147512430 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 72 of 94) intron (NM_001351365, intron 72 of 94) -10710 NR_146087 728920 NR_146087 PDE4DIPP1 PDE4DIP1 phosphodiesterase 4D interacting protein pseudogene 1 pseudo 1.881 6.348 2.926 1.815 5.535 2.605 3.156 1.070 1.377 1.835 2.627 2.845 0.157 4.292 7.965 4.076 1.296 0.155 4.067 2.450 0.994 1.193 3.304 1.585 5.312 3.934 6.385 2.080 2.831 1.712 16.563 19.062 3.747 7.399 2.919 5.934 0.334 4.860 0.244 4.234 0.812 3.046 5.000 2.482 2.959 2.144 3.829 2.231 4.282 2.040 3.089 6.840 4.076 6.896 1.047 5.312 5.975 5.482 0.979 5.375 5.150 3.862 4.962 0.578 0.290 2.540 1.906 9.595 9.747 0.263 0.716 5.856 6.778 6.296 4.370 7.148 7.454 2.398 3.576 6.278 8.726 4.816 4.004 16.530 17.371 3.909 5.524 4.967 3.294 3.323 2.006 8997 chr5 71984075 71992140 + 0 NA Intergenic Intergenic -31611 NR_105007 102477328 Hs.254516 NR_105007 ENSG00000248371 LINC02056 - long intergenic non-protein coding RNA 2056 ncRNA 0.870 nan 0.651 0.081 0.032 0.097 0.047 4.036 8.055 0.012 0.085 0.079 0.008 0.093 1.566 1.767 0.138 0.040 0.084 0.071 0.015 0.117 0.152 0.416 0.054 0.009 0.009 0.085 0.042 0.118 0.115 0.053 0.625 0.018 0.046 0.059 0.053 0.072 0.015 1.746 0.091 0.022 0.010 0.027 0.031 0.131 0.124 0.050 0.018 0.048 0.021 1.767 0.069 0.062 0.416 0.045 0.092 0.145 0.036 0.076 0.030 0.036 0.138 0.036 0.006 0.227 0.306 0.210 0.241 0.916 0.839 nan 0.134 0.161 0.116 0.973 nan 0.277 0.257 0.379 0.261 0.148 0.189 0.340 0.470 0.349 1.045 0.694 0.413 9244 chr5 146675408 146692351 + 0 NA intron (NM_001287740, intron 4 of 13) L2|LINE|L2 69300 NM_145001 202374 Hs.585069 NM_145001 ENSG00000169302 STK32A YANK1 serine/threonine kinase 32A protein-coding nan 2.393 0.563 0.611 0.970 0.470 3.285 0.540 1.237 0.244 0.132 0.909 0.007 0.160 0.106 0.022 0.238 0.104 2.552 1.454 0.074 0.025 0.316 0.151 1.255 3.492 2.607 0.030 1.735 1.872 2.164 4.186 3.277 1.038 1.628 0.691 0.022 0.032 0.115 2.598 0.037 0.239 0.327 0.243 4.379 2.407 0.189 1.220 0.202 0.378 0.190 0.134 0.022 1.715 4.936 1.255 0.476 0.045 0.023 0.069 0.574 1.276 0.029 0.062 0.094 0.014 0.024 0.233 0.135 0.180 0.369 0.271 0.419 0.421 0.121 0.068 0.058 1.061 1.934 2.528 2.509 1.364 1.226 0.136 0.184 0.398 0.783 0.142 0.321 0.862 0.522 2758 chr12 65990048 66009358 + 0 NA intron (NR_146529, intron 1 of 2) MIR|SINE|MIR 3054 NR_146529 105369807 NR_146529 ENSG00000256268 LINC02454 - long intergenic non-protein coding RNA 2454 ncRNA 0.761 0.581 0.652 1.963 0.054 0.006 2.480 0.066 0.199 0.040 1.076 5.266 0.623 0.036 0.046 0.132 0.811 0.072 0.643 0.490 2.462 0.771 0.066 0.078 0.043 0.373 0.169 0.019 1.268 3.109 1.692 3.163 1.794 0.226 1.526 0.433 0.005 3.099 0.104 2.355 0.025 2.145 1.044 0.484 1.683 0.740 1.209 4.005 0.118 1.461 0.051 0.681 0.132 0.386 2.706 0.043 0.242 0.626 0.005 0.819 0.021 0.489 0.025 0.309 1.405 0.867 0.748 0.255 0.106 0.645 2.285 0.405 nan 0.143 0.076 0.126 0.129 0.214 0.379 0.311 0.402 0.430 0.150 0.099 0.179 0.032 0.063 0.513 1.176 0.225 0.393 1476 chr10 54229126 54236381 + 0 NA Intergenic Intergenic -2460 NR_120641 101928687 Hs.380362 NR_120641 ENSG00000231131 LINC01468 lnc-MBL2-4 long intergenic non-protein coding RNA 1468 ncRNA 0.492 nan 0.539 0.477 0.048 0.015 0.450 0.064 0.042 0.161 0.178 0.017 0.139 0.049 0.011 0.129 0.022 0.232 0.157 0.323 0.058 0.065 0.069 0.049 0.278 0.130 0.026 0.271 0.203 0.611 2.843 0.323 0.163 0.748 0.063 0.040 0.643 0.092 0.293 0.140 0.211 0.034 0.212 0.060 2.520 0.019 5.357 2.861 0.011 0.089 0.264 0.049 0.437 2.407 0.074 0.284 0.028 0.074 0.008 0.007 0.267 0.059 0.256 0.410 0.098 0.106 0.092 0.116 0.134 0.159 0.106 0.190 0.209 0.168 0.075 0.020 0.087 0.092 0.041 0.083 0.068 0.165 0.079 0.137 1207 chr1 234039850 234048612 + 0 NA intron (NM_173508, intron 2 of 7) intron (NM_173508, intron 2 of 7) 3773 NM_173508 148641 Hs.158748 NM_173508 ENSG00000183780 SLC35F3 - solute carrier family 35 member F3 protein-coding 1.187 1.421 1.046 0.862 0.159 0.156 1.770 0.314 0.493 0.296 0.195 0.010 0.007 0.047 0.891 0.059 0.130 0.204 0.108 2.007 0.533 0.270 0.054 3.335 2.711 0.624 0.048 0.140 0.206 0.081 0.803 0.129 0.124 0.262 0.142 0.103 0.647 0.054 2.966 5.231 2.104 2.771 0.105 0.469 1.095 1.259 0.480 2.384 0.933 0.891 0.204 2.183 0.054 0.160 0.912 0.145 0.685 0.023 1.911 0.011 0.113 2.703 5.157 4.378 0.337 0.233 0.588 1.224 0.904 0.986 nan 0.041 0.127 0.069 0.231 0.436 nan 1.027 0.686 0.632 0.055 0.091 1.154 1.252 0.388 0.509 nan 0.677 9203 chr5 138427109 138494226 + 0 NA intron (NM_001037633, intron 3 of 10) intron (NM_001037633, intron 3 of 10) 73398 NM_022464 64374 Hs.483521 NM_022464 ENSG00000120725 SIL1 BAP|MSS|ULG5 SIL1 nucleotide exchange factor protein-coding 1.141 2.070 nan 0.091 1.376 2.473 0.209 0.397 0.831 0.080 0.129 0.299 0.033 0.075 3.022 0.390 0.411 0.130 0.085 0.056 0.030 0.017 0.288 0.194 1.571 0.186 0.067 0.055 0.076 0.030 0.133 0.728 0.170 4.754 0.057 0.095 0.371 0.089 0.128 0.042 0.210 0.085 0.057 0.025 0.098 0.078 0.194 0.159 0.110 0.114 0.030 0.220 0.390 0.140 0.221 1.571 0.047 0.258 0.355 0.057 0.476 0.140 0.459 0.964 0.048 0.165 0.149 0.251 0.348 0.340 0.509 2.500 2.814 1.640 0.447 0.348 0.380 1.579 2.056 3.476 2.668 1.014 0.795 0.616 0.976 1.309 1.060 0.884 2.595 1.170 0.588 8405 chr4 66386971 66435867 + 0 NA intron (NM_001281765, intron 3 of 17) intron (NM_001281765, intron 3 of 17) 123787 NM_001318761 2044 Hs.654492 NM_004439 ENSG00000145242 EPHA5 CEK7|EHK-1|EHK1|EK7|HEK7|TYRO4 EPH receptor A5 protein-coding nan nan 0.443 0.068 0.144 0.016 0.030 0.082 0.187 0.006 0.075 0.064 0.003 0.012 0.102 0.113 0.098 0.062 0.046 0.016 0.264 0.008 0.045 0.070 0.103 0.003 0.006 0.006 0.052 0.015 0.049 0.104 0.048 0.163 0.039 5.021 0.096 0.035 0.078 0.015 0.085 0.044 0.009 0.009 0.025 0.005 0.047 0.063 0.025 0.020 0.005 0.016 0.113 0.031 0.023 0.103 0.035 0.012 0.015 0.046 0.032 0.039 0.025 0.019 0.009 0.007 0.375 0.295 0.251 0.236 0.310 0.385 0.162 0.116 0.211 0.219 0.438 0.504 0.328 0.334 0.417 0.203 0.117 0.168 0.540 0.848 0.164 0.312 0.233 0.221 2641 chr12 48133316 48171538 + 0 NA promoter-TSS (NM_001098532) promoter-TSS (NM_001098532) -183 NM_006105 10411 Hs.8578 NM_006105 ENSG00000079337 RAPGEF3 CAMP-GEFI|EPAC|EPAC1|HSU79275|bcm910 Rap guanine nucleotide exchange factor 3 protein-coding 1.369 nan 1.131 0.614 0.615 0.487 1.339 0.408 0.761 0.393 0.512 1.062 0.252 0.305 0.372 0.422 0.622 0.113 1.151 0.532 1.250 0.094 0.321 0.178 0.464 0.729 0.471 0.701 0.436 0.532 1.397 3.696 2.076 0.402 0.597 3.110 0.067 0.597 0.079 0.415 0.121 0.894 0.603 0.358 0.556 0.420 1.147 2.091 1.354 1.611 1.423 2.171 0.422 1.422 0.639 0.464 0.831 1.377 0.179 1.468 0.908 0.187 0.206 0.189 0.196 0.110 0.076 0.922 1.468 0.906 2.378 1.253 1.209 2.284 0.682 1.310 1.323 0.448 0.788 1.516 1.516 0.834 0.626 0.684 0.919 0.503 0.720 0.593 1.128 0.806 0.642 3007 chr12 121194523 121208077 + 0 NA 3' UTR (NM_139015, exon 11 of 11) 3' UTR (NM_139015, exon 11 of 11) 37759 NM_000017 35 Hs.507076 NM_000017 ENSG00000122971 ACADS ACAD3|SCAD acyl-CoA dehydrogenase short chain protein-coding 0.841 0.873 0.868 0.093 0.893 0.529 0.111 0.960 1.644 0.050 0.107 0.094 0.060 0.104 5.769 1.834 0.150 0.048 0.133 0.028 0.014 0.062 0.837 0.417 3.907 0.051 0.038 0.033 0.167 0.039 0.089 0.200 0.266 1.332 0.052 0.120 0.141 0.074 0.129 0.006 1.209 0.082 0.057 0.052 0.057 0.092 0.071 0.178 0.163 0.115 0.049 0.069 1.834 0.210 0.055 3.907 0.018 0.167 0.043 0.100 0.048 0.023 0.607 0.092 0.034 0.013 0.015 0.676 0.775 0.590 0.789 3.392 3.574 nan 0.689 0.475 0.461 0.296 0.508 2.469 3.691 0.317 0.198 0.593 0.915 0.933 1.185 0.269 0.514 2.085 1.236 904 chr1 178650361 178657688 + 0 NA Intergenic Intergenic 7140 NR_039622 100616328 NR_039622 ENSG00000266417 MIR4424 - microRNA 4424 ncRNA nan nan nan 1.307 0.071 0.023 4.431 0.234 0.260 0.429 1.280 2.058 0.033 0.054 0.098 0.226 0.669 0.109 5.556 2.724 0.265 0.006 0.085 0.159 0.082 2.348 1.645 0.142 2.760 4.001 0.425 1.284 1.159 0.291 2.891 0.102 0.013 0.044 0.111 0.563 0.075 0.603 0.396 0.277 4.059 3.596 1.958 2.438 0.067 0.147 0.034 0.623 0.226 3.956 0.570 0.082 1.122 0.125 0.038 0.071 0.041 1.763 0.074 0.467 0.934 0.998 0.596 0.458 0.425 0.627 1.631 nan 0.456 0.209 0.115 0.345 0.332 0.269 0.289 0.268 0.327 0.389 0.249 0.331 0.449 0.057 0.118 0.525 nan 0.349 0.368 6739 chr2 235857864 235920788 + 0 NA intron (NM_014521, intron 1 of 5) L1M5|LINE|L1 28698 NM_014521 23677 Hs.516777 NM_014521 ENSG00000130147 SH3BP4 BOG25|TTP SH3 domain binding protein 4 protein-coding 1.070 nan 1.498 0.636 3.402 1.674 2.741 1.171 2.122 0.309 2.321 1.942 0.483 0.778 0.447 1.401 0.567 0.092 1.762 0.599 1.745 0.042 1.114 0.620 4.412 1.854 1.592 0.257 1.226 0.508 0.819 2.452 1.296 4.596 0.846 0.518 0.106 0.183 0.090 0.535 0.700 1.878 0.528 0.344 0.755 0.595 2.282 1.051 1.078 0.716 0.464 1.389 1.401 2.226 2.225 4.412 0.656 1.742 0.229 1.062 0.600 0.860 0.412 0.291 0.880 2.511 2.190 1.018 1.510 3.656 8.564 3.021 2.960 2.210 0.653 0.786 0.802 0.985 1.650 3.389 nan 0.876 0.790 0.826 1.426 0.490 0.567 0.963 1.490 0.973 0.570 8238 chr4 5878345 5896777 + 0 NA intron (NM_001014809, intron 1 of 13) intron (NM_001014809, intron 1 of 13) 1979 NM_001288662 1400 Hs.135270 NM_001313 ENSG00000072832 CRMP1 CRMP-1|DPYSL1|DRP-1|DRP1|ULIP-3 collapsin response mediator protein 1 protein-coding 1.785 1.313 nan 0.049 2.505 1.133 0.019 0.817 1.470 0.010 0.072 0.035 0.028 0.082 4.587 1.637 0.048 0.026 0.057 0.007 0.015 0.861 0.737 3.713 0.019 0.027 0.048 0.074 0.249 0.135 0.061 4.468 0.008 0.027 0.594 0.871 0.078 0.032 1.359 0.105 0.055 0.030 0.006 0.043 0.064 0.179 0.044 0.081 0.004 0.019 1.637 0.062 0.020 3.713 0.086 0.031 0.338 0.583 0.697 0.004 0.668 0.691 0.033 0.057 0.025 1.165 2.102 0.234 0.404 2.652 2.340 nan 0.915 0.167 0.176 0.611 1.081 2.495 3.151 2.346 2.177 0.711 1.535 1.536 1.719 1.046 2.051 nan 0.906 9347 chr5 173219360 173235073 + 0 NA Intergenic Intergenic -9271 NR_108028 101928154 Hs.366725 NR_108028 LINC01485 - long intergenic non-protein coding RNA 1485 ncRNA 0.804 0.675 0.629 0.160 0.067 0.039 0.136 0.051 0.159 0.252 0.303 0.077 0.016 0.032 0.116 0.082 0.115 0.051 0.047 0.113 0.009 0.049 0.125 0.137 0.286 0.088 0.022 0.107 0.067 0.109 0.747 0.328 0.615 0.019 0.231 0.003 0.065 0.097 0.030 0.056 0.073 0.065 0.030 0.139 0.191 1.520 0.383 1.827 0.064 0.726 2.973 0.082 0.073 0.059 0.137 1.285 0.727 0.037 0.048 0.123 0.090 0.044 0.196 0.064 0.017 0.016 0.254 0.254 0.198 nan 0.177 0.279 0.251 0.076 0.156 0.146 0.244 nan 0.499 0.361 0.380 0.211 0.252 0.245 0.079 0.119 0.219 0.458 0.331 0.309 9884 chr6 123031490 123077127 + 0 NA Intergenic Intergenic -16038 NM_001319042 2173 Hs.26770 NM_001446 ENSG00000164434 FABP7 B-FABP|BLBP|FABPB|MRG fatty acid binding protein 7 protein-coding 1.415 1.602 1.471 0.066 0.236 1.764 0.072 1.102 2.134 0.013 0.065 0.081 0.013 0.044 4.075 0.430 0.104 0.056 0.100 0.062 0.036 0.043 1.079 0.450 1.438 0.091 0.065 0.013 0.158 0.023 0.142 0.358 0.169 3.046 0.109 0.030 0.732 0.033 0.110 0.018 0.651 0.053 0.029 0.029 0.299 0.084 0.213 0.258 0.041 0.160 0.156 0.102 0.430 0.060 0.116 1.438 0.035 0.111 0.155 0.032 0.209 0.022 0.395 0.181 0.020 0.019 0.015 0.297 0.147 0.337 0.499 2.876 2.847 6.100 4.008 0.300 0.318 0.722 0.936 1.432 2.662 1.286 1.219 0.213 0.511 3.052 4.101 0.574 1.157 1.462 0.779 2006 chr11 65055098 65086369 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -11556 NM_006779 10435 Hs.343380 NM_006779 ENSG00000149798 CDC42EP2 BORG1|CEP2 CDC42 effector protein 2 protein-coding nan 0.895 3.085 0.435 0.355 0.396 1.240 0.182 0.405 0.211 2.008 0.487 0.109 0.262 0.185 0.433 0.756 0.226 0.842 0.352 0.379 0.238 0.136 0.133 0.176 1.309 1.144 1.260 0.217 0.486 0.917 2.086 0.750 0.934 0.691 0.967 0.436 0.393 0.132 0.471 0.480 1.540 2.405 0.995 0.837 0.253 1.182 0.328 0.987 0.753 0.139 0.903 0.433 0.699 0.728 0.176 1.002 0.175 0.426 0.696 0.198 0.564 0.131 0.615 0.624 0.160 0.096 0.639 0.808 0.451 0.757 0.958 1.023 0.993 0.324 0.721 0.725 0.681 1.074 0.778 1.000 1.267 1.084 0.462 0.608 1.096 1.008 0.696 1.872 0.484 0.369 8176 chr3 194391935 194393969 + 0 NA 5' UTR (NM_018385, exon 1 of 14) 5' UTR (NM_018385, exon 1 of 14) 254 NM_018385 55341 Hs.744061 NM_018385 ENSG00000041802 LSG1 - large 60S subunit nuclear export GTPase 1 protein-coding 6.316 4.337 3.378 8.463 11.991 4.943 3.831 3.813 8.155 2.112 2.580 3.116 1.307 1.970 3.876 3.919 6.141 0.414 2.237 0.938 2.610 2.116 3.303 1.767 4.229 6.540 7.205 1.554 5.605 2.200 10.194 9.435 3.517 15.549 2.095 3.240 0.970 3.784 0.103 1.452 3.225 7.500 5.339 2.259 3.497 3.293 2.356 3.903 2.820 4.582 1.919 3.309 3.919 3.371 5.078 4.229 2.228 3.333 1.735 3.861 1.006 3.614 1.560 2.581 2.863 3.160 2.496 8.281 6.770 8.836 13.413 9.073 9.584 14.877 14.305 20.508 21.692 5.074 7.076 12.923 17.562 13.328 12.032 9.355 10.670 7.165 8.867 5.277 6.241 5.178 3.247 2245 chr11 111284943 111319737 + 0 NA Intergenic Intergenic -13429 NR_046085 100132078 Hs.672662 NR_046085 ENSG00000255428 LOC100132078 - uncharacterized LOC100132078 ncRNA 1.283 1.933 1.070 0.058 0.666 5.620 0.185 1.722 3.202 0.030 0.081 0.116 0.159 0.458 0.213 1.446 0.197 0.076 0.095 0.125 0.038 0.020 1.004 0.668 6.982 0.350 0.108 0.085 0.160 0.091 0.188 2.144 0.140 5.606 0.148 0.052 1.037 0.059 0.106 0.041 1.266 0.265 0.066 0.046 0.160 0.123 0.233 0.263 0.179 0.064 0.084 0.098 1.446 0.178 0.066 6.982 0.098 0.207 0.816 0.069 1.462 0.063 2.172 0.191 0.044 0.025 0.009 3.039 nan 3.145 5.923 7.793 9.732 4.140 1.035 0.793 0.750 1.711 nan 3.825 2.532 1.256 0.960 1.482 3.020 2.302 2.330 0.270 0.674 1.187 0.852 3178 chr13 60017346 60035716 + 0 NA Intergenic Intergenic -560321 NR_046539 100874195 Hs.664101 NR_046539 ENSG00000227528 DIAPH3-AS1 - DIAPH3 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.078 nan 0.137 0.426 0.045 0.086 0.393 0.795 0.011 0.081 0.035 0.030 0.011 0.150 1.756 0.057 0.061 0.034 0.041 0.010 0.023 0.076 0.152 0.778 0.362 0.240 0.004 0.041 0.252 0.228 1.334 0.038 0.917 0.255 0.055 1.156 0.024 0.079 0.214 1.218 0.253 0.031 0.025 0.137 0.101 0.044 0.505 0.027 0.047 0.134 0.051 1.756 0.019 0.025 0.778 0.020 0.027 1.469 0.042 0.454 0.133 0.032 0.450 0.446 0.056 0.003 0.588 0.393 0.393 1.924 1.884 1.658 4.742 1.582 0.117 0.168 0.586 0.860 0.947 0.662 1.293 1.463 0.096 0.214 4.369 3.440 1.139 2.564 0.375 0.253 2130 chr11 78166495 78188647 + 0 NA intron (NM_024678, intron 10 of 13) AluSx3|SINE|Alu -36689 NR_120564 101928865 Hs.407574 NR_120564 ENSG00000251323 LOC101928865 - uncharacterized LOC101928865 ncRNA nan 0.722 0.931 0.111 0.912 0.073 0.078 0.195 0.386 0.026 0.133 0.083 0.011 0.122 0.107 0.208 0.113 0.107 0.076 0.034 0.019 0.742 0.325 0.486 0.078 0.016 0.046 0.076 0.015 0.096 nan 0.084 0.297 0.060 0.072 0.179 0.130 0.102 0.021 0.418 0.186 0.066 0.042 0.089 0.031 0.216 0.143 0.104 0.087 1.170 0.277 0.208 0.061 0.075 0.486 0.066 0.113 0.097 0.037 0.110 0.079 0.201 0.131 0.045 0.023 0.011 1.759 1.972 0.511 0.433 0.597 0.770 4.663 1.906 1.385 1.181 0.523 0.706 1.111 1.295 0.442 0.218 0.325 0.817 1.093 1.069 0.254 0.783 1.091 0.756 1028 chr1 203219127 203301221 + 0 NA Intergenic Intergenic 3346 NR_117098 100506775 Hs.443859 NR_117097 ENSG00000231507 LINC01353 - long intergenic non-protein coding RNA 1353 ncRNA 3.160 2.745 3.522 0.166 1.450 1.485 0.221 1.880 3.505 0.096 0.250 0.262 0.122 0.636 2.918 1.229 0.340 0.127 0.213 0.113 0.108 0.071 1.684 0.840 3.561 0.402 0.221 0.219 0.303 0.133 0.422 1.437 0.317 2.848 0.055 0.337 0.752 0.322 0.115 0.078 1.278 0.200 0.134 0.123 0.214 0.427 0.184 0.211 0.647 0.152 0.199 0.279 1.229 0.232 0.147 3.561 0.327 0.364 0.752 0.418 2.199 0.106 0.317 1.424 0.152 0.158 0.085 1.833 2.431 1.137 1.794 4.994 4.853 2.606 0.894 nan nan 2.608 3.254 4.547 3.991 1.953 1.633 0.447 0.607 2.383 2.489 2.254 5.369 2.185 1.180 198 chr1 27665093 27678712 + 0 NA exon (NM_032872, exon 2 of 15) exon (NM_032872, exon 2 of 15) 3419 NM_032872 84958 Hs.469175 NM_032872 ENSG00000142765 SYTL1 JFC1|SLP1 synaptotagmin like 1 protein-coding 2.378 2.802 nan 1.359 1.589 5.066 2.377 0.456 1.134 1.108 0.436 0.270 0.469 0.353 3.594 0.866 0.126 0.165 2.402 1.309 0.057 0.101 0.657 0.309 0.656 1.132 0.927 0.600 2.569 1.696 3.021 8.539 1.596 4.132 1.575 0.111 0.119 0.318 0.086 0.297 0.215 0.358 0.194 0.172 1.040 1.663 0.550 0.205 0.554 0.802 0.365 0.996 0.866 2.349 0.358 0.656 0.798 0.391 0.541 1.475 0.963 0.465 0.849 1.012 0.129 0.021 0.030 1.161 1.900 1.232 1.784 2.542 2.610 2.214 0.622 1.036 0.951 0.861 1.337 3.263 3.783 1.397 1.591 1.386 2.002 0.951 0.726 1.982 3.220 1.813 0.991 2550 chr12 25463990 25468478 + 0 NA Intergenic HERVL-int|LTR|ERVL -62369 NM_033360 3845 Hs.505033 NM_004985 ENSG00000133703 KRAS C-K-RAS|CFC2|K-RAS2A|K-RAS2B|K-RAS4A|K-RAS4B|K-Ras|KI-RAS|KRAS1|KRAS2|NS|NS3|RALD|RASK2|c-Ki-ras2 KRAS proto-oncogene, GTPase protein-coding nan nan nan 0.095 0.099 0.049 0.158 0.015 0.226 0.161 0.082 0.044 0.059 0.116 0.056 0.071 0.236 0.211 0.043 0.031 0.049 0.220 0.031 0.241 0.095 0.035 0.315 0.048 0.311 0.878 0.047 0.020 0.184 7.248 0.018 0.020 0.041 0.027 0.034 0.101 0.344 0.109 0.079 0.017 0.089 0.116 0.175 0.020 0.031 0.028 0.040 0.103 0.023 0.053 0.220 0.012 0.205 0.084 0.157 0.241 0.312 0.296 0.167 0.119 0.518 0.492 0.140 0.288 0.275 0.289 0.390 0.185 0.124 0.250 0.066 0.055 0.278 0.586 0.307 0.357 6240 chr2 91840260 91849008 + 0 NA intron (NR_027238, intron 1 of 3) intron (NR_027238, intron 1 of 3) 3341 NR_027238 654342 Hs.469287 NR_027238 LOC654342 - lymphocyte-specific protein 1 pseudogene pseudo 2.439 1.510 5.127 0.147 0.502 0.516 7.370 0.306 1.019 0.730 4.668 2.691 0.297 5.331 0.217 0.806 0.180 0.253 5.222 2.846 0.620 1.269 1.346 0.722 1.559 1.196 1.332 1.540 1.196 0.242 0.482 1.563 1.098 5.568 4.665 1.064 0.054 2.455 0.264 0.584 0.281 1.526 9.948 4.888 0.474 6.941 0.702 0.675 2.485 8.517 0.658 0.504 0.806 3.392 4.142 1.559 0.195 1.018 1.008 3.821 3.083 0.865 0.725 0.677 4.591 0.731 0.400 1.380 2.238 0.617 0.809 2.374 2.377 2.268 0.798 0.887 0.765 1.966 2.542 2.108 2.406 1.518 1.295 1.641 2.961 0.240 0.318 1.220 2.177 3.255 2.149 9913 chr6 129808589 129829693 + 0 NA intron (NM_000426, intron 58 of 64) intron (NM_000426, intron 58 of 64) 212229 NM_033515 93663 Hs.486458 NM_033515 ENSG00000146376 ARHGAP18 MacGAP|SENEX|bA307O14.2 Rho GTPase activating protein 18 protein-coding 0.890 1.034 0.691 3.893 0.141 0.016 2.164 0.099 0.215 0.255 0.785 2.036 0.015 0.019 0.109 0.875 1.685 0.152 1.715 1.196 1.899 0.026 0.067 0.087 0.023 2.896 2.476 0.014 1.803 1.608 1.350 2.310 1.726 0.271 0.878 1.258 0.014 0.062 0.152 1.668 0.041 2.057 1.842 0.834 3.317 2.473 0.417 1.838 0.220 1.964 0.374 0.398 0.875 1.911 1.312 0.023 0.418 0.130 0.014 1.488 0.058 1.690 0.056 0.134 1.588 4.145 5.711 0.424 0.369 0.412 1.243 0.224 0.255 1.017 0.430 0.442 0.486 0.267 0.421 0.343 0.394 0.869 0.517 0.162 0.241 0.077 0.133 0.266 0.550 0.271 0.255 3713 chr14 78059041 78083452 + 0 NA intron (NM_004863, intron 1 of 11) intron (NM_004863, intron 1 of 11) 11864 NM_004863 9517 Hs.435661 NM_004863 ENSG00000100596 SPTLC2 HSN1C|LCB2|LCB2A|NSAN1C|SPT2|hLCB2a serine palmitoyltransferase long chain base subunit 2 protein-coding 1.569 0.996 0.886 1.091 0.623 0.336 0.498 0.234 0.458 0.263 0.256 0.280 0.426 0.152 0.503 0.503 0.540 0.158 0.451 0.142 0.269 0.079 0.218 0.174 0.434 0.529 0.279 0.687 0.662 0.382 0.662 1.554 0.992 1.086 0.240 0.246 0.101 3.798 0.184 0.198 0.465 0.321 0.747 0.450 0.705 0.292 1.563 0.554 0.578 0.909 0.176 0.987 0.503 0.256 0.378 0.434 0.164 0.443 0.223 0.563 0.208 0.636 0.123 0.226 0.936 0.342 0.158 0.626 0.579 2.118 2.097 0.889 0.898 0.678 0.236 1.009 1.019 0.678 0.983 1.000 nan 1.290 1.045 0.315 0.726 0.491 0.601 0.370 0.789 1.116 nan 913 chr1 180308382 180345047 + 0 NA intron (NM_032360, intron 6 of 7) intron (NM_032360, intron 6 of 7) 80811 NR_036067 100423032 NR_036067 ENSG00000265435 MIR3121 mir-3121 microRNA 3121 ncRNA nan nan 1.678 0.104 0.421 0.069 0.116 0.320 0.657 0.016 0.110 0.109 0.036 0.036 0.240 0.314 0.366 0.188 0.191 0.052 0.019 0.030 0.338 0.333 0.689 0.060 0.034 0.044 0.090 0.043 0.115 0.255 0.146 0.673 0.060 0.115 0.060 0.102 0.149 0.006 0.143 0.055 0.018 0.017 0.039 0.044 0.147 0.106 0.087 0.046 0.041 0.112 0.314 0.087 0.129 0.689 0.025 0.056 0.029 0.022 0.072 0.045 0.104 3.294 0.023 0.033 0.015 0.541 0.416 0.830 0.615 0.707 nan 0.803 0.258 nan 0.380 1.354 1.732 0.890 0.757 0.805 0.532 0.395 0.521 0.490 0.347 2.533 nan 0.967 0.553 7007 chr20 45931322 46026702 + 0 NA intron (NM_001281772, intron 2 of 23) intron (NM_001281772, intron 2 of 23) -2293 NR_134501 101927377 Hs.668465 NR_134501 ENSG00000231119 LOC101927377 - uncharacterized LOC101927377 ncRNA nan nan 1.510 2.921 2.323 1.465 1.990 1.271 2.315 2.310 2.643 2.097 1.391 0.812 1.973 1.316 1.142 0.250 2.760 1.402 2.333 1.018 0.817 0.469 2.150 1.717 1.721 1.261 2.789 1.440 2.323 4.713 4.359 4.588 1.431 3.149 0.192 1.344 0.133 1.920 0.677 2.707 2.676 1.076 1.882 2.136 3.023 4.971 5.527 3.339 1.151 3.084 1.316 3.093 2.866 2.150 1.254 2.767 0.722 2.025 0.653 2.589 2.043 0.876 2.608 1.874 1.675 2.634 3.034 1.554 3.607 2.727 2.767 nan 1.004 2.779 2.909 2.092 2.672 3.210 4.472 nan 2.236 1.945 2.748 0.791 0.937 1.512 2.533 1.175 0.655 3983 chr15 59815113 59930714 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -31069 NM_004751 9245 Hs.194710 NM_004751 ENSG00000140297 GCNT3 C2/4GnT|C24GNT|C2GNT2|C2GNTM|GNTM glucosaminyl (N-acetyl) transferase 3, mucin type protein-coding 0.620 1.036 0.630 0.115 0.193 0.123 0.383 0.164 0.343 0.060 0.104 0.202 0.021 0.080 0.149 0.184 0.116 0.114 0.636 0.385 0.097 0.016 0.125 0.122 0.119 1.081 0.758 0.052 0.343 0.374 4.367 10.222 1.184 0.714 0.409 0.116 0.033 0.036 0.087 0.065 0.071 0.135 0.037 0.032 0.740 0.481 0.185 0.179 1.655 0.079 0.231 1.894 0.184 0.745 0.121 0.119 0.829 1.960 0.039 0.058 0.065 0.139 0.194 0.060 0.027 0.022 0.010 0.334 0.243 0.310 0.478 0.283 0.344 0.619 0.156 0.224 0.212 0.147 0.264 0.526 0.511 0.503 0.265 0.373 0.457 0.212 0.364 0.175 0.258 0.336 0.316 4313 chr16 29603925 29628136 + 0 NA intron (NR_135317, intron 1 of 11) MER4D|LTR|ERV1 -5444 NR_049833 100847041 NR_049833 ENSG00000266758 MIR3680-2 - microRNA 3680-2 ncRNA 2.211 1.373 nan 2.363 1.879 1.571 1.464 0.780 1.517 1.356 2.980 1.480 1.076 1.213 0.893 1.479 0.726 0.220 1.719 0.415 0.959 1.220 0.673 0.390 1.517 1.356 1.385 1.621 1.612 0.344 1.632 3.435 1.541 4.177 0.646 2.970 0.873 2.456 0.130 0.424 1.179 2.523 1.731 1.090 1.104 1.121 2.442 1.382 3.502 2.025 2.427 2.415 1.479 2.741 1.515 1.517 0.949 0.827 0.907 1.841 2.056 1.377 1.326 0.864 1.165 1.766 1.193 1.459 2.137 1.797 2.988 1.616 1.488 nan 0.876 3.413 3.321 1.237 1.928 4.074 6.454 2.615 3.035 1.191 2.240 1.783 1.916 1.841 2.557 1.200 0.855 2468 chr12 9797551 9804844 + 0 NA non-coding (NR_002814, exon 1 of 4) non-coding (NR_002814, exon 1 of 4) 554 NR_046446 374443 Hs.569124 NR_002814 ENSG00000256594 LOC374443 - C-type lectin domain family 2 member D pseudogene pseudo 2.259 nan nan 2.659 2.941 0.876 2.806 0.527 0.872 1.613 0.726 4.297 0.958 0.302 0.329 0.985 0.812 0.109 3.447 1.558 0.337 0.514 0.600 0.285 1.639 1.995 1.790 0.507 5.765 2.475 3.458 7.322 7.128 4.522 1.541 0.710 0.078 1.709 0.176 1.560 0.475 3.486 1.993 0.951 2.824 2.658 6.110 12.927 2.076 3.721 0.529 3.124 0.985 2.282 2.615 1.639 1.513 1.725 0.187 2.706 0.540 0.944 0.460 0.577 1.278 0.758 0.294 0.745 0.697 2.422 3.581 nan 3.087 5.149 2.268 3.230 3.389 1.324 1.811 2.943 3.933 1.908 1.516 1.112 2.133 1.483 1.263 1.045 nan 0.952 0.539 4436 chr16 70777513 70788531 + 0 NA intron (NM_001351157, intron 11 of 17) MIRb|SINE|MIR -5941 NR_034083 100130894 Hs.678899 NR_034083 ENSG00000214353 VAC14-AS1 - VAC14 antisense RNA 1 ncRNA 0.906 1.360 nan 1.390 2.334 0.096 4.514 0.173 0.489 0.182 3.362 1.789 0.011 6.933 0.159 0.674 1.452 0.150 7.107 4.297 0.457 0.076 0.981 0.375 0.271 5.454 6.223 0.134 4.554 1.611 2.162 5.654 3.673 0.303 3.117 1.278 0.131 0.068 0.051 3.701 0.028 5.188 0.869 0.537 3.022 1.556 2.183 0.354 2.875 0.454 2.331 3.411 0.674 6.855 8.988 0.271 1.200 0.390 0.045 0.223 7.773 3.644 0.044 0.067 1.711 0.078 0.037 0.329 0.461 0.204 0.397 0.415 0.390 2.939 0.842 0.536 0.516 0.469 0.705 1.955 1.812 0.392 0.325 0.186 0.190 0.918 1.145 0.270 0.380 2.460 1.411 2183 chr11 94460854 94492563 + 0 NA Intergenic Intergenic -3187 NR_135096 105369438 Hs.568921 NR_135093 ENSG00000255929 LOC105369438 - uncharacterized LOC105369438 ncRNA 0.974 nan 0.882 0.146 0.386 0.804 1.407 0.480 0.940 1.374 0.197 0.292 0.232 0.063 0.202 0.964 0.252 0.082 1.101 0.408 1.481 0.018 0.444 0.244 0.284 0.513 0.278 0.490 0.273 0.776 0.132 0.273 0.483 2.245 0.936 0.826 0.786 0.082 0.112 0.112 0.605 3.854 0.194 0.138 0.158 0.660 3.594 0.211 1.425 0.164 0.418 3.430 0.964 1.408 0.798 0.284 1.409 4.101 0.313 1.087 0.061 0.335 0.085 0.438 0.219 0.122 0.051 0.867 0.748 0.649 nan 1.261 1.246 3.623 1.159 0.694 0.819 1.363 2.124 0.555 0.602 0.732 0.610 0.390 0.658 3.428 4.217 0.640 nan 1.228 0.898 1819 chr11 15580730 15590408 + 0 NA Intergenic Intergenic -79862 NM_001293172 102724957 Hs.512245 NM_001293172 LOC102724957 - uncharacterized LOC102724957 protein-coding 0.523 nan 0.631 0.037 1.471 1.849 0.058 0.465 0.939 0.010 0.089 0.029 0.019 0.010 0.610 0.839 0.031 0.118 0.055 0.019 0.013 0.029 0.412 0.145 3.871 0.028 0.015 0.023 0.042 0.011 0.100 0.329 0.161 2.445 0.135 0.039 0.039 0.034 0.079 0.229 0.112 0.025 0.032 0.069 0.178 0.076 0.008 0.025 0.035 0.839 0.060 0.019 3.871 0.037 0.068 0.010 0.048 0.062 0.025 0.071 0.038 0.024 0.012 0.011 nan 0.466 0.415 0.411 8.269 7.292 0.115 0.055 0.375 0.348 1.039 nan 0.692 0.732 0.405 0.197 0.214 0.416 0.374 0.188 0.165 0.152 2.092 nan 4801 chr17 42610706 42638099 + 0 NA Intergenic Intergenic -10410 NM_001466 2535 Hs.142912 NM_001466 ENSG00000180340 FZD2 Fz2|fz-2|fzE2|hFz2 frizzled class receptor 2 protein-coding 1.162 1.010 nan 4.551 0.391 0.089 3.085 0.463 0.987 0.656 2.009 1.388 0.437 0.022 0.167 0.690 0.734 0.234 0.825 0.449 1.740 0.542 0.430 0.278 0.229 2.151 1.730 1.257 0.686 2.046 0.472 nan 0.880 1.210 0.333 0.489 0.143 0.836 0.116 0.823 0.061 6.857 3.307 1.412 1.435 1.042 2.075 10.022 1.843 1.823 0.459 0.410 0.690 0.848 0.396 0.229 0.223 0.211 0.029 1.160 0.352 3.061 0.047 0.549 1.507 3.694 2.825 0.313 0.282 1.176 1.406 0.864 nan 0.871 0.307 0.596 0.641 0.353 0.562 0.764 nan 0.999 0.779 0.471 0.511 0.664 0.610 0.903 2.119 1.028 0.698 1459 chr10 46981753 47023104 + 0 NA 3' UTR (NM_014696, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_014696, exon 3 of 3) 8882 NM_014696 9721 Hs.523375 NM_014696 ENSG00000204175 GPRIN2 GRIN2|KIAA0514 G protein regulated inducer of neurite outgrowth 2 protein-coding 1.161 nan 1.367 1.263 0.170 0.158 0.989 0.415 0.688 0.238 0.752 0.408 0.175 0.194 0.219 0.096 0.148 0.134 0.186 0.086 0.141 0.054 0.113 0.148 0.104 0.819 0.382 0.134 0.238 0.264 0.235 0.355 0.414 0.435 0.035 0.266 0.023 0.297 0.195 0.114 0.073 1.582 0.133 0.111 0.436 0.148 0.720 0.287 6.275 0.234 0.044 0.681 0.096 0.259 0.714 0.104 0.136 0.895 0.073 1.163 0.032 0.214 0.105 0.048 0.206 0.072 0.034 0.600 0.677 0.694 1.102 0.328 0.340 0.373 0.177 1.328 1.513 0.312 0.525 1.455 1.624 0.453 0.368 0.523 0.701 0.089 0.153 0.228 0.315 0.384 0.439 5761 chr19 48268977 48283961 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -4372 NR_132382 106144593 Hs.421907 NR_132382 ENSG00000269656 NOP53-AS1 GLTSCR2-AS1 NOP53 antisense RNA 1 ncRNA 1.536 2.586 1.477 1.605 2.498 1.780 0.750 3.050 5.580 0.675 1.147 0.765 0.256 2.194 1.761 1.236 0.452 0.237 0.998 0.456 0.829 0.730 1.398 0.747 3.959 0.502 0.559 0.572 1.419 0.359 1.048 nan 1.406 3.840 0.810 0.579 0.310 1.955 0.150 0.290 0.217 1.687 0.825 0.482 1.005 0.714 1.536 0.563 1.577 0.870 0.779 0.692 1.236 1.096 0.526 3.959 0.734 1.107 0.355 1.381 0.834 0.576 0.399 0.926 0.539 0.492 0.285 1.145 1.567 1.317 1.981 3.095 3.867 5.545 3.467 2.204 2.313 0.822 1.325 4.759 6.892 1.913 1.610 1.368 1.896 1.918 1.615 1.365 2.440 3.167 1.771 9211 chr5 139397480 139424083 + 0 NA intron (NM_013982, intron 1 of 10) intron (NM_013982, intron 1 of 10) 12103 NM_004883 9542 Hs.408515 NM_004883 ENSG00000158458 NRG2 DON1|HRG2|NTAK neuregulin 2 protein-coding 1.671 1.367 nan 0.105 0.112 0.077 0.067 0.464 0.671 0.050 0.206 0.360 0.014 0.101 0.094 0.226 0.137 0.103 0.072 0.043 0.419 0.360 0.054 0.070 0.103 0.260 0.113 0.272 0.074 0.008 0.139 0.322 0.094 0.753 0.016 1.066 0.014 0.563 0.120 0.235 0.045 0.606 0.158 0.170 0.045 0.046 0.164 0.269 0.425 0.953 0.078 0.073 0.226 0.062 1.160 0.103 0.032 0.043 0.502 0.628 0.371 0.101 1.626 2.337 0.071 0.344 0.221 1.112 1.644 1.022 1.440 0.439 0.463 0.184 0.104 0.462 0.453 0.176 0.303 0.210 0.320 2.364 2.243 1.344 2.659 0.099 0.126 2.476 6.445 0.234 0.292 5279 chr18 40174191 40228006 + 0 NA intron (NR_046174, intron 7 of 9) intron (NR_046174, intron 7 of 9) 434465 NR_046454 284260 Hs.652819 NR_046174 ENSG00000267586 LINC00907 - long intergenic non-protein coding RNA 907 ncRNA nan 0.882 0.936 0.032 2.186 0.165 0.013 0.299 0.565 0.005 0.059 0.046 0.009 1.284 0.465 0.710 0.052 0.060 0.063 0.028 0.019 0.018 0.988 0.466 0.670 0.008 0.004 0.008 0.051 0.010 0.052 0.032 0.041 0.543 0.008 0.045 0.523 0.026 0.070 0.004 0.091 0.076 0.014 0.012 0.022 0.030 0.032 0.074 0.012 0.013 0.094 0.021 0.710 0.023 0.009 0.670 0.049 0.015 0.065 0.011 2.321 0.018 0.009 0.128 0.019 0.011 0.006 0.421 0.274 0.203 0.279 1.484 1.581 8.668 4.456 0.090 0.073 1.498 1.739 4.864 3.786 0.599 0.341 0.050 0.117 2.855 3.517 0.388 nan 3.374 1.933 8958 chr5 66595601 66613144 + 0 NA Intergenic MLT1I|LTR|ERVL-MaLR -111755 NM_005582 4064 Hs.87205 NM_005582 ENSG00000134061 CD180 LY64|Ly78|RP105 CD180 molecule protein-coding 0.749 1.197 0.617 0.345 0.094 0.067 0.848 0.146 0.257 0.032 0.155 0.598 0.028 0.040 0.071 0.265 1.134 0.119 0.216 0.435 0.024 0.098 0.045 0.056 0.034 1.221 0.704 0.013 0.321 0.457 0.096 0.251 0.064 0.311 0.191 0.838 0.043 0.035 0.102 0.180 0.031 1.641 0.482 0.263 0.499 0.084 0.090 5.472 0.144 0.271 0.089 0.094 0.265 0.074 0.074 0.034 0.210 0.028 0.006 0.054 0.035 0.126 0.058 0.099 0.151 0.033 0.023 0.239 0.149 0.646 0.503 0.209 0.238 0.133 0.080 0.174 0.151 0.819 1.012 0.254 0.278 0.328 0.115 0.122 0.167 0.143 0.213 0.201 0.360 0.315 0.280 6292 chr2 105983821 106029513 + 0 NA 5' UTR (NM_201555, exon 3 of 8) 5' UTR (NM_201555, exon 3 of 8) 8908 NM_001039492 2274 Hs.443687 NM_001450 ENSG00000115641 FHL2 AAG11|DRAL|FHL-2|SLIM-3|SLIM3 four and a half LIM domains 2 protein-coding 1.000 nan 1.715 1.707 0.128 0.104 2.605 0.210 0.316 0.828 0.226 1.496 0.067 0.578 0.062 0.224 0.497 0.120 1.502 0.704 6.051 0.018 0.203 0.183 0.057 1.179 0.979 0.587 3.366 1.334 0.778 1.228 0.901 0.434 0.947 0.154 0.033 0.123 0.079 0.788 0.151 5.908 0.382 0.255 1.744 1.275 2.115 0.960 0.747 1.290 0.582 0.936 0.224 1.029 3.261 0.057 0.437 1.780 0.153 5.301 0.396 1.652 0.081 0.299 0.393 1.581 1.157 0.305 0.264 0.768 1.309 0.870 0.879 0.279 0.138 0.736 0.791 0.582 1.010 0.766 0.753 0.545 0.439 0.332 0.491 0.164 0.157 0.590 0.965 0.473 0.388 11098 chr8 90768889 90772237 + 0 NA promoter-TSS (NR_125822) promoter-TSS (NR_125822) 588 NM_003821 8767 Hs.103755 NM_003821 ENSG00000104312 RIPK2 CARD3|CARDIAK|CCK|GIG30|RICK|RIP2 receptor interacting serine/threonine kinase 2 protein-coding 7.307 3.999 6.342 3.766 3.228 5.159 3.515 0.527 1.172 2.299 4.488 1.867 3.310 1.309 1.801 2.172 6.403 0.143 6.321 2.127 3.608 2.490 0.558 0.244 0.754 2.662 2.244 2.905 5.617 2.667 3.872 4.343 4.610 10.567 3.429 2.217 0.653 2.882 0.065 1.901 1.871 3.646 5.297 2.979 3.536 4.080 4.550 2.657 6.380 6.749 2.547 5.182 2.172 10.419 4.062 0.754 2.517 3.824 0.497 3.236 0.604 3.017 0.891 0.959 1.186 1.019 0.546 2.438 3.335 8.404 15.582 5.964 4.997 3.002 1.031 14.797 16.054 2.037 2.378 11.612 16.531 3.810 4.620 2.656 5.034 3.943 2.790 2.895 2.568 1.687 0.759 10548 chr7 99693552 99700858 + 0 NA intron (NM_182776, intron 3 of 13) intron (NM_182776, intron 3 of 13) 1198 NM_182776 4176 Hs.438720 NM_005916 ENSG00000166508 MCM7 CDC47|MCM2|P1.1-MCM3|P1CDC47|P85MCM|PNAS146|PPP1R104 minichromosome maintenance complex component 7 protein-coding nan 2.085 nan 1.420 5.637 3.726 2.205 3.520 6.214 1.164 3.418 1.673 0.755 2.092 4.677 3.550 2.055 0.285 2.221 0.646 3.163 2.424 3.524 1.251 4.498 0.880 0.982 2.266 4.869 0.779 3.004 5.172 5.242 8.315 1.361 2.903 1.722 6.072 0.226 1.526 3.022 5.053 2.605 1.179 1.621 2.447 2.259 2.962 2.939 5.465 1.228 2.172 3.550 3.857 3.075 4.498 2.565 2.587 1.174 5.409 1.789 2.313 2.302 2.029 1.134 3.072 2.269 7.250 6.225 5.183 7.390 9.394 10.608 5.826 4.648 10.657 10.662 2.606 3.923 6.287 9.845 6.458 6.999 5.242 7.557 6.129 7.177 7.330 nan 4.363 2.088 8437 chr4 77608449 77627448 + 0 NA intron (NM_020859, intron 2 of 10) intron (NM_020859, intron 2 of 10) 121244 NR_039655 100616254 NR_039655 ENSG00000283682 MIR548AH - microRNA 548ah ncRNA 1.397 1.009 1.343 2.795 1.395 0.191 2.425 0.692 1.274 0.942 0.763 0.118 1.020 0.436 1.774 0.693 0.447 0.136 1.769 0.518 0.261 0.015 0.805 0.397 1.761 1.129 0.732 0.575 1.934 1.186 1.975 4.221 1.496 2.634 1.633 0.068 0.075 0.880 0.075 0.491 0.410 0.720 0.324 0.189 2.108 1.378 1.499 0.509 1.765 0.357 0.391 2.647 0.693 1.683 2.120 1.761 0.815 3.013 0.036 0.390 1.041 0.979 0.142 0.111 0.349 0.052 0.021 1.227 1.246 1.930 5.027 2.102 1.962 3.109 1.658 0.656 0.608 0.241 0.331 2.191 4.531 0.485 0.300 0.329 0.684 0.560 0.535 0.267 0.599 1.148 0.759 5908 chr2 11236865 11275857 + 0 NA intron (NR_040080, intron 6 of 8) AluSz|SINE|Alu 15941 NR_040080 285150 Hs.329841 NM_182586 ENSG00000145063 FLJ33534 - uncharacterized LOC285150 ncRNA 0.889 0.583 0.943 0.119 0.950 1.472 0.615 0.675 1.314 0.029 0.186 0.129 0.026 0.562 0.434 0.191 0.099 0.098 0.270 0.083 0.179 0.043 0.505 0.323 2.253 0.127 0.048 0.103 0.115 0.196 0.412 1.558 0.168 1.598 0.202 0.122 0.020 0.147 0.121 0.533 0.088 0.402 0.153 0.104 0.210 0.130 0.190 0.190 0.342 0.311 0.146 0.242 0.191 0.328 1.632 2.253 0.088 0.219 0.122 0.432 0.463 0.318 0.083 0.131 0.094 0.047 0.013 0.278 0.280 0.332 0.514 1.868 2.043 1.880 0.583 0.158 0.161 0.296 0.666 4.222 nan 0.758 0.629 0.262 0.366 0.106 0.109 0.549 nan 1.292 0.874 6153 chr2 62172898 62178593 + 0 NA intron (NM_152516, intron 1 of 2) MER4-int|LTR|ERV1 42968 NM_152516 150684 Hs.468702 NM_152516 ENSG00000173163 COMMD1 C2orf5|MURR1 copper metabolism domain containing 1 protein-coding 0.870 0.838 nan 0.101 0.077 0.252 0.548 0.191 0.397 0.447 0.138 0.209 5.110 0.034 0.062 0.156 0.434 0.056 1.238 0.876 0.594 0.082 0.101 0.042 0.169 0.100 0.905 0.287 0.297 0.466 1.536 2.206 1.369 0.413 0.067 0.066 1.505 0.227 0.063 0.084 0.165 0.043 0.014 0.327 0.495 0.236 0.104 0.200 0.025 0.139 0.046 0.156 1.406 0.452 0.042 0.086 0.347 0.034 0.359 0.089 0.082 0.052 0.130 0.076 0.133 0.113 0.262 0.245 0.594 1.833 0.362 0.344 nan 0.148 0.324 0.361 0.525 0.668 0.527 0.681 0.377 0.162 0.130 0.314 0.145 0.264 0.360 0.902 0.636 0.690 2041 chr11 67270543 67277546 + 0 NA TTS (NR_073484) TTS (NR_073484) -1201 NM_004910 9600 Hs.372295 NM_004910 ENSG00000110697 PITPNM1 DRES9|NIR2|PITPNM|RDGB|RDGB1|RDGBA|RDGBA1|Rd9 phosphatidylinositol transfer protein membrane associated 1 protein-coding nan 3.835 2.150 3.008 3.839 2.310 1.885 1.330 2.133 1.475 4.380 6.328 0.485 1.884 2.756 2.017 1.301 0.147 2.637 0.758 3.452 1.533 0.883 0.520 2.053 1.739 1.673 2.024 1.419 1.069 5.661 6.502 4.310 8.897 1.816 2.978 1.302 3.403 0.069 1.388 1.654 8.997 1.722 1.180 1.867 1.345 3.070 2.807 5.580 4.442 7.373 4.161 2.017 4.809 3.306 2.053 1.886 5.353 0.639 15.997 4.293 3.342 1.015 0.774 2.020 1.159 0.662 2.098 3.945 2.652 4.832 4.896 4.182 8.518 5.879 3.329 3.543 1.591 2.345 5.333 9.425 1.711 1.464 2.105 3.423 4.002 3.893 2.506 4.159 1.278 0.874 1467 chr10 49195424 49203419 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 8404 NM_001137548 644054 Hs.99249 NM_001137548 ENSG00000276430 FAM25C bA164N7.4 family with sequence similarity 25 member C protein-coding 0.461 nan 0.547 4.195 0.076 0.041 5.036 0.161 0.399 1.484 3.474 1.813 1.548 0.050 0.045 0.161 0.019 0.080 0.911 1.571 1.091 0.034 0.097 0.052 0.045 1.574 2.245 0.186 2.415 5.016 0.255 0.233 0.604 0.204 0.182 0.170 0.036 0.103 0.063 0.825 0.140 15.914 9.031 3.595 2.978 3.147 4.819 2.285 4.378 0.714 0.030 2.011 0.161 0.481 2.943 0.045 2.159 1.094 0.096 1.821 0.012 1.907 0.049 0.047 4.625 3.928 2.866 0.246 0.201 0.521 1.529 0.132 0.140 0.271 0.113 0.479 0.428 0.084 0.162 0.147 0.233 0.167 0.136 0.119 0.181 0.053 0.038 0.156 0.195 0.192 0.249 4548 chr17 2852517 2871314 + 0 NA intron (NM_001100398, intron 4 of 23) MIR|SINE|MIR 7274 NR_110818 101927911 Hs.626373 NR_110818 ENSG00000262884 LOC101927911 - uncharacterized LOC101927911 ncRNA 1.308 1.124 1.043 0.830 0.294 0.086 1.380 0.154 0.323 1.167 0.095 0.706 0.777 0.202 0.147 1.050 0.056 0.112 2.216 1.005 2.057 0.030 0.166 0.062 0.187 0.446 0.199 0.341 1.445 0.869 2.307 6.254 3.326 0.304 0.622 0.593 0.076 0.075 0.093 0.539 0.170 1.973 0.176 0.137 1.708 2.286 1.103 0.649 4.009 0.658 0.816 1.176 1.050 2.923 3.308 0.187 0.893 1.794 0.341 0.634 0.457 1.844 0.058 0.420 0.057 0.227 0.146 0.461 0.568 1.862 3.864 0.392 0.419 1.126 0.301 0.472 0.492 0.460 0.756 0.527 0.770 1.317 0.889 0.265 0.352 0.376 0.554 1.010 2.130 0.373 0.343 4324 chr16 30568139 30587111 + 0 NA Intergenic Intergenic 6103 NM_001024683 146542 Hs.301463 NM_145271 ENSG00000229809 ZNF688 - zinc finger protein 688 protein-coding 2.971 1.998 1.963 2.498 4.239 1.848 1.142 1.251 2.728 0.691 2.177 0.987 0.524 3.476 1.607 2.101 0.662 0.268 1.204 0.788 1.233 0.627 0.559 0.413 2.611 1.172 1.458 0.791 1.202 0.438 1.636 2.529 1.150 6.578 0.550 1.413 0.657 1.122 0.109 0.274 1.192 1.490 0.882 0.478 1.237 0.775 1.865 1.145 2.141 2.499 1.509 2.437 2.101 0.989 1.502 2.611 0.419 0.915 1.099 2.284 1.319 1.560 0.712 1.012 0.713 0.626 0.421 2.552 2.487 1.423 2.311 3.120 2.929 4.771 1.909 4.246 4.457 1.889 2.514 4.906 6.792 3.794 3.659 1.882 2.493 2.849 2.923 2.279 3.476 1.771 1.077 704 chr1 151135204 151140432 + 0 NA promoter-TSS (NR_037937) promoter-TSS (NR_037937) 552 NM_212551 388695 Hs.591482 NM_212551 ENSG00000163155 LYSMD1 SB145 LysM domain containing 1 protein-coding nan 2.853 2.766 1.771 1.300 1.343 2.687 1.012 1.981 0.733 2.008 2.022 0.317 1.478 2.365 2.645 1.474 0.184 1.663 1.160 1.311 1.006 1.910 1.136 2.382 2.514 1.819 0.850 1.355 1.067 13.049 18.440 1.561 10.073 1.424 2.814 0.380 2.547 0.190 1.302 1.029 1.734 1.685 1.136 1.712 0.587 1.974 1.051 1.923 1.928 3.745 4.477 2.645 1.955 1.335 2.382 1.450 1.915 0.912 3.015 2.561 2.232 1.583 2.160 0.537 0.831 0.497 2.297 2.855 4.977 6.653 5.458 nan 4.413 1.619 4.225 4.670 2.758 3.510 3.371 3.824 3.792 3.203 3.408 5.387 2.434 2.495 3.588 6.402 2.320 0.942 5405 chr18 64189279 64202987 + 0 NA intron (NR_073130, intron 9 of 11) intron (NR_073130, intron 9 of 11) 75242 NR_073130 28513 Hs.42771 NM_021153 ENSG00000071991 CDH19 CDH7|CDH7L2 cadherin 19 protein-coding 0.798 0.762 0.624 0.104 0.070 0.020 0.041 0.124 0.191 0.085 0.007 0.029 0.066 0.039 0.264 0.073 0.046 0.047 0.028 0.398 0.413 0.403 0.035 0.040 0.010 0.039 0.023 0.017 0.080 0.126 0.320 0.021 0.090 0.188 0.063 0.080 0.017 0.070 0.053 0.022 0.006 0.024 0.011 0.126 0.058 0.125 0.036 0.142 0.012 0.264 0.036 0.014 0.035 0.036 0.015 0.111 0.141 0.048 0.009 0.016 0.004 0.004 0.395 0.290 0.215 0.250 0.360 0.377 8.330 4.876 0.402 nan 0.282 nan 0.550 0.534 0.337 0.155 0.128 0.170 1.327 0.905 0.221 0.356 0.832 0.528 1462 chr10 47150806 47154391 + 0 NA Intergenic Intergenic -1198 NR_033957 643650 Hs.744313 NR_033957 ENSG00000285294 LINC00842 - long intergenic non-protein coding RNA 842 ncRNA 0.931 nan 1.139 8.456 0.179 0.108 7.056 0.225 0.582 1.013 4.277 2.834 0.994 0.112 0.075 0.071 0.034 0.089 1.143 0.705 0.560 0.077 0.043 0.039 0.067 1.525 2.086 0.947 4.015 6.185 0.291 0.369 0.554 0.417 0.205 0.243 0.421 0.063 1.305 0.178 21.297 13.377 4.255 3.892 3.328 6.862 3.551 4.896 1.813 0.308 0.773 0.071 0.818 5.308 0.067 1.740 0.781 0.352 4.275 0.057 2.569 0.027 0.176 9.040 10.022 7.817 0.390 0.549 2.111 7.162 0.425 0.547 0.532 0.165 0.983 1.144 0.141 0.186 0.905 1.227 0.661 0.491 0.286 0.541 0.059 0.104 0.516 0.702 0.380 0.389 7060 chr20 53780686 53797167 + 0 NA Intergenic MER65A|LTR|ERV1 -250655 NR_110629 102723578 Hs.446269 NR_110629 ENSG00000235166 LINC01440 - long intergenic non-protein coding RNA 1440 ncRNA 0.601 0.994 0.410 0.053 0.091 0.027 0.022 0.093 0.134 0.006 0.079 0.023 0.004 0.047 0.108 0.187 0.073 0.107 0.038 0.012 0.031 0.025 0.170 0.136 0.044 0.013 0.004 0.066 0.066 0.068 0.112 0.203 0.009 0.043 0.121 0.046 0.130 0.007 0.049 0.073 0.018 0.019 0.013 0.028 0.105 0.254 0.020 0.034 0.019 0.049 0.187 0.017 0.017 0.044 0.038 0.045 0.006 0.028 0.061 0.082 0.018 0.030 0.203 0.024 0.022 0.750 nan 0.299 0.255 0.212 0.235 8.504 2.674 0.102 0.115 0.177 0.286 0.160 0.186 0.290 0.077 0.165 0.216 0.707 0.626 0.075 0.226 0.126 0.171 10068 chr6 162337423 162346490 + 0 NA intron (NM_013987, intron 5 of 10) Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger 449947 NR_134594 105378098 Hs.691066 NR_134593 LOC105378098 - uncharacterized LOC105378098 ncRNA 0.763 nan 0.787 0.713 0.108 0.025 0.445 0.141 0.421 0.032 0.069 0.013 0.020 0.597 0.020 1.326 0.106 0.146 0.035 0.250 0.015 0.956 0.330 0.514 0.144 0.089 0.074 0.285 0.435 0.843 0.062 0.390 0.112 6.518 1.535 0.025 0.156 0.103 0.018 0.587 0.053 0.048 0.600 0.034 0.032 0.231 0.530 0.087 0.104 0.424 1.326 0.024 0.021 0.514 0.444 0.082 0.047 0.219 0.615 0.178 0.054 0.096 0.075 0.019 0.006 0.554 0.405 0.639 0.984 1.059 1.156 4.507 1.531 0.310 0.284 0.208 0.269 0.875 0.976 nan 0.409 0.219 0.270 6.858 7.497 0.136 0.247 1.352 0.866 9329 chr5 169638890 169666375 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -7289 NR_131092 133874 Hs.519749 NM_001102609 ENSG00000234511 C5orf58 - chromosome 5 open reading frame 58 protein-coding nan 0.732 0.581 0.085 0.051 0.014 0.309 0.181 0.272 0.179 0.097 0.184 0.149 0.040 0.052 0.177 0.092 0.064 0.062 0.197 0.015 0.029 0.073 0.087 0.514 0.235 0.014 0.396 0.015 0.155 0.367 0.110 0.436 0.018 0.089 0.045 0.028 0.115 0.387 0.061 0.541 0.090 0.057 0.645 0.073 0.635 0.202 0.062 0.163 0.112 0.085 0.177 0.026 0.043 0.087 0.102 0.306 0.039 0.074 0.048 0.111 0.587 0.032 0.210 0.308 0.310 0.494 0.424 5.965 4.953 0.339 0.377 0.124 0.075 0.237 0.222 0.158 0.270 0.247 0.260 0.457 0.228 0.471 0.724 0.156 0.220 0.084 0.168 0.729 0.489 9838 chr6 109051639 109069211 + 0 NA Intergenic Charlie13a|DNA|hAT-Charlie -12432 NR_033376 387111 Hs.520310 NR_033376 ENSG00000203801 LINC00222 C6orf181|NCRNA00222|dJ354J5.2 long intergenic non-protein coding RNA 222 ncRNA 0.979 nan nan 1.115 0.130 0.031 2.757 0.149 0.320 0.208 0.367 0.992 0.025 0.035 0.117 0.261 0.431 0.100 2.023 1.842 0.032 0.024 0.045 0.051 0.233 1.728 1.303 0.025 1.681 1.514 1.198 4.613 0.332 0.512 0.899 0.086 0.108 0.056 0.099 0.476 0.099 0.839 1.944 0.796 3.372 1.933 5.469 1.431 0.144 0.416 0.167 0.871 0.261 1.480 1.010 0.233 1.226 1.068 0.083 0.069 0.076 1.294 0.033 0.100 0.696 0.036 0.017 0.666 0.483 0.360 0.493 0.447 nan 0.655 0.180 0.302 0.334 0.410 0.674 0.149 0.131 nan 0.508 0.259 0.376 0.273 0.347 0.272 0.486 0.373 0.390 4478 chr16 84625578 84656083 + 0 NA intron (NM_021149, intron 2 of 3) L2a|LINE|L2 10872 NM_021149 23406 Hs.289092 NM_021149 ENSG00000103187 COTL1 CLP coactosin like F-actin binding protein 1 protein-coding nan 0.995 0.732 0.632 0.827 0.645 1.398 1.386 2.629 0.314 1.589 1.666 0.018 0.214 0.890 1.752 0.325 0.167 1.487 0.554 1.382 0.118 0.298 0.250 1.270 1.799 1.486 0.562 1.110 0.470 0.134 0.347 0.179 2.322 0.641 0.316 0.031 0.235 0.095 0.634 0.063 2.756 2.687 1.396 0.565 0.506 1.038 1.475 1.329 2.137 0.491 0.497 1.752 0.938 1.390 1.270 0.197 0.160 0.127 0.957 0.083 1.143 0.056 0.318 0.682 1.093 0.813 0.747 0.953 0.292 0.495 1.061 1.102 0.903 0.260 0.450 0.457 0.348 0.582 4.631 3.866 0.797 0.559 0.240 0.299 0.248 0.269 0.686 1.413 1.065 0.560 4752 chr17 38247445 38282003 + 0 NA Intergenic Intergenic -7746 NM_021724 9572 Hs.724 NM_021724 ENSG00000126368 NR1D1 EAR1|REVERBA|REVERBalpha|THRA1|THRAL|ear-1|hRev nuclear receptor subfamily 1 group D member 1 protein-coding nan 2.331 1.818 11.135 1.131 1.486 1.951 1.861 3.262 0.912 3.735 1.274 4.094 0.897 2.550 1.910 3.371 0.625 2.253 0.822 3.143 1.561 1.271 0.687 2.271 1.747 1.664 1.511 1.910 1.136 2.012 3.922 2.277 3.544 1.239 3.018 0.283 1.297 0.108 1.483 1.065 2.557 1.348 0.598 1.745 1.021 1.487 3.155 3.317 1.502 2.673 2.549 1.910 2.806 1.862 2.271 1.216 1.391 0.632 3.137 1.515 1.372 0.852 1.326 2.041 0.977 0.718 1.799 2.050 1.604 2.570 nan 2.700 2.721 0.900 4.854 4.999 1.768 2.496 3.694 4.759 nan 2.727 1.353 1.970 0.889 1.030 1.876 3.799 1.662 0.976 2694 chr12 54517865 54543335 + 0 NA Intergenic Intergenic 10745 NR_026656 400043 Hs.19193 NR_026656 ENSG00000250742 LINC02381 - long intergenic non-protein coding RNA 2381 ncRNA nan 0.783 1.392 0.152 0.077 0.119 0.108 0.135 0.252 0.011 0.052 0.227 0.022 0.169 0.342 0.183 0.258 0.082 0.050 0.015 0.032 0.082 0.094 0.110 0.113 0.070 0.012 0.202 0.062 0.029 0.102 0.536 0.081 0.782 0.034 0.081 0.170 0.115 0.072 0.041 0.022 0.250 0.055 0.033 0.042 0.036 0.064 0.342 0.195 0.128 0.148 0.376 0.183 0.087 0.040 0.113 0.120 0.187 0.253 0.156 0.052 0.087 1.346 2.113 0.021 0.095 0.030 nan 3.309 0.786 1.049 0.309 nan 0.295 0.155 2.478 2.445 0.538 nan 0.928 nan 0.961 0.855 1.342 2.186 0.522 0.397 1.343 4.670 0.504 0.554 9164 chr5 126110465 126116807 + 0 NA intron (NR_134488, intron 1 of 11) CpG 791 NM_001198557 4001 Hs.89497 NM_005573 ENSG00000113368 LMNB1 ADLD|LMN|LMN2|LMNB lamin B1 protein-coding nan 6.246 4.323 5.295 5.125 5.074 4.643 5.479 9.981 1.849 4.906 2.298 2.346 1.318 8.602 3.542 2.227 0.499 4.276 1.585 5.158 2.343 2.649 1.310 4.239 3.869 4.704 2.465 4.333 1.576 3.373 7.636 3.244 12.232 2.178 6.174 4.256 9.233 0.255 1.602 4.968 6.518 6.076 2.570 3.839 1.991 2.957 4.966 5.409 5.084 3.987 3.175 3.542 5.480 6.245 4.239 2.244 1.231 1.376 6.151 4.212 3.463 2.443 3.373 4.055 5.278 3.507 4.057 4.824 7.437 nan 12.153 10.667 6.926 3.032 15.290 15.942 5.942 7.208 7.189 11.937 10.599 13.697 2.590 5.252 13.916 14.410 6.563 6.253 2.624 1.588 2657 chr12 50198890 50205451 + 0 NA intron (NM_001037806, intron 1 of 12) intron (NM_001037806, intron 1 of 12) 20038 NM_001037806 57701 Hs.143067 NM_001037806 ENSG00000167566 NCKAP5L Cep169|FP1193|KIAA1602 NCK associated protein 5 like protein-coding nan 0.635 0.803 0.073 0.094 0.128 0.137 0.146 0.266 0.155 0.212 8.216 0.060 0.164 0.156 0.252 0.012 0.228 0.029 0.049 0.043 0.169 0.139 0.140 0.228 0.093 0.337 0.083 0.033 0.136 0.555 0.204 0.163 0.044 0.145 0.043 0.116 0.062 0.053 0.980 0.154 0.055 0.048 0.017 0.017 0.125 0.184 0.228 0.292 0.036 0.121 0.156 0.371 0.069 0.140 0.037 0.112 0.340 0.307 0.031 0.216 0.015 0.626 0.032 0.018 0.016 nan 0.608 0.397 0.647 0.795 nan 0.740 0.369 0.411 0.526 0.537 nan 0.408 nan 1.615 1.406 0.386 0.512 0.149 0.182 1.413 2.388 0.611 0.466 7373 chr22 29612128 29624095 + 0 NA intron (NM_001267895, intron 3 of 14) AluJb|SINE|Alu 16210 NM_001267895 129080 Hs.289106 NM_133455 ENSG00000186998 EMID1 EMI5|EMU1 EMI domain containing 1 protein-coding nan 0.466 1.111 0.132 0.081 0.079 0.089 0.187 0.261 0.016 0.129 0.144 0.016 0.034 0.089 0.205 0.120 0.169 0.105 0.047 0.058 0.119 0.085 0.159 0.035 0.036 0.050 0.082 0.018 0.104 nan 0.090 0.319 0.024 0.083 0.063 0.080 0.054 0.053 0.181 0.044 0.052 0.036 0.044 0.113 0.067 0.129 0.054 0.020 0.216 0.205 0.120 0.038 0.159 0.051 0.070 0.187 0.207 1.247 0.126 0.033 0.031 0.032 0.010 0.008 0.345 0.448 0.281 nan 0.382 0.335 0.413 0.192 0.533 0.588 0.530 nan 0.320 0.341 0.491 0.299 0.278 0.221 0.150 0.278 0.247 nan 4.055 2.106 11757 chr9 124030264 124067253 + 0 NA promoter-TSS (NM_001258030) promoter-TSS (NM_001258030) -100 NM_001258030 2934 Hs.522373 NM_000177 ENSG00000148180 GSN ADF|AGEL gelsolin protein-coding nan nan 0.963 1.099 1.094 0.764 1.568 0.355 0.738 1.036 0.215 1.576 1.081 0.165 0.128 1.676 1.173 0.139 1.832 0.965 0.537 0.057 0.406 0.154 0.863 1.569 1.095 0.345 3.324 0.923 1.511 3.786 2.257 nan 1.259 1.281 0.515 0.217 0.063 1.185 0.300 1.076 0.478 0.330 0.630 1.213 0.660 1.078 1.918 3.209 0.336 0.704 1.676 2.832 2.629 0.863 0.260 1.628 0.543 0.996 0.231 1.088 0.122 0.161 1.095 0.253 0.235 0.487 0.847 1.120 2.049 0.711 0.718 0.912 0.213 0.782 0.760 0.627 nan 2.102 2.811 0.690 0.486 0.313 0.410 1.941 2.620 0.332 0.766 nan 0.680 1623 chr10 103453086 103455515 + 0 NA exon (NM_022039, exon 1 of 9) exon (NM_022039, exon 1 of 9) 443 NR_136613 6468 Hs.500822 NM_022039 ENSG00000107829 FBXW4 DAC|FBW4|FBWD4|SHFM3|SHSF3 F-box and WD repeat domain containing 4 protein-coding 7.764 5.258 8.439 4.029 4.699 2.570 4.867 5.288 8.793 2.904 8.988 3.863 1.964 3.359 4.197 5.229 4.827 0.594 4.551 1.406 6.687 8.566 3.613 1.158 11.816 2.843 4.714 7.026 7.889 2.478 9.629 10.170 5.456 10.647 1.504 6.286 0.985 5.218 0.064 1.985 3.613 10.992 9.704 3.538 3.739 3.141 4.586 3.345 10.084 7.714 3.360 7.174 5.229 4.856 7.663 11.816 5.884 5.222 1.751 6.935 5.647 4.854 1.683 1.231 3.193 4.726 3.120 14.315 14.356 17.160 20.684 15.208 18.366 15.721 10.550 17.787 17.626 5.160 6.829 18.163 27.066 6.969 7.610 9.147 12.872 6.579 5.063 6.314 4.846 4.365 2.232 890 chr1 174920204 174942493 + 0 NA intron (NM_001243765, intron 3 of 8) intron (NM_001243765, intron 3 of 8) -2557 NM_001243764 9910 Hs.585378 NM_014857 ENSG00000152061 RABGAP1L HHL|TBC1D18 RAB GTPase activating protein 1 like protein-coding nan nan nan 2.436 1.825 0.448 0.227 1.088 2.120 0.295 0.116 1.147 0.533 0.154 1.521 0.760 0.303 0.165 0.853 0.195 0.023 0.031 1.210 0.683 2.835 0.294 0.081 0.039 0.364 0.673 0.677 1.211 3.321 1.642 0.400 0.946 0.154 0.063 0.107 0.042 0.661 0.042 0.022 0.033 0.122 0.397 0.970 0.104 0.165 0.097 0.042 0.295 0.760 0.665 0.066 2.835 0.170 0.126 0.435 0.044 0.218 0.078 0.978 0.216 0.069 0.016 0.016 0.604 0.906 0.799 1.386 nan 2.891 1.234 1.012 0.455 0.462 1.028 1.365 2.513 4.827 1.053 0.711 0.899 1.118 0.705 0.484 0.584 nan 1.695 1.043 3699 chr14 75715538 75728216 + 0 NA Intergenic Intergenic -23604 NM_005252 2353 Hs.25647 NM_005252 ENSG00000170345 FOS AP-1|C-FOS|p55 Fos proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit protein-coding 4.050 3.132 2.049 0.542 2.293 1.497 0.431 1.237 2.380 0.407 0.448 0.481 0.588 0.293 2.286 1.802 0.891 0.329 0.308 0.224 0.519 0.498 0.814 0.339 2.108 0.817 0.529 0.316 0.252 0.359 0.623 2.957 0.970 3.840 0.299 0.412 0.894 0.669 0.130 0.317 1.089 0.880 1.022 0.591 0.473 0.314 2.139 0.537 1.277 1.542 0.491 2.204 1.802 0.733 0.716 2.108 0.571 2.179 0.691 1.075 0.863 0.310 1.201 0.400 0.432 0.250 0.113 0.932 2.714 1.276 2.366 3.268 2.795 1.747 1.732 3.991 4.316 1.734 2.251 3.700 nan 3.330 3.621 1.084 2.363 5.221 4.297 2.689 2.461 4.475 nan 1926 chr11 46140459 46145149 + 0 NA promoter-TSS (NM_001352029) promoter-TSS (NM_001352029) 181 NM_001352032 51317 Hs.502458 NM_016621 ENSG00000135365 PHF21A BHC80|BM-006 PHD finger protein 21A protein-coding nan 3.291 3.508 2.321 5.275 3.881 2.667 3.185 6.055 2.242 4.851 2.558 1.672 3.085 5.426 5.689 2.662 0.374 1.897 0.364 2.969 7.612 2.840 1.687 5.524 1.675 2.603 3.534 1.549 0.664 4.367 6.546 3.394 15.430 0.576 3.928 2.133 8.964 0.153 1.036 3.354 9.375 6.513 2.850 0.674 1.472 4.279 5.086 6.750 5.160 4.338 2.089 5.689 2.383 4.799 5.524 0.705 1.653 1.614 5.967 3.087 3.895 5.199 3.274 3.215 1.924 0.836 4.442 7.471 4.066 4.383 13.422 9.494 7.061 2.467 7.266 7.080 4.596 5.620 2.875 3.919 6.944 8.675 3.112 6.955 5.045 2.974 3.818 nan 2.160 1.193 1282 chr10 1450650 1530046 + 0 NA intron (NM_018702, intron 1 of 9) intron (NM_018702, intron 1 of 9) -78477 NR_033387 642394 Hs.568831 NM_001098830 ENSG00000205696 ADARB2-AS1 C10orf109|NCRNA00168 ADARB2 antisense RNA 1 ncRNA 0.483 0.444 0.725 0.039 0.539 0.813 0.040 2.138 4.121 0.007 0.041 0.045 0.009 0.116 4.051 0.492 0.138 0.105 0.050 0.014 0.031 0.007 1.249 0.574 5.488 0.005 0.012 0.025 0.042 0.004 0.042 0.066 0.061 0.537 0.009 0.048 0.007 0.031 0.076 0.012 0.050 0.048 0.027 0.011 0.015 0.018 0.017 0.118 0.052 0.039 0.087 1.768 0.492 0.052 0.017 5.488 0.262 0.064 0.192 0.085 0.184 0.024 2.278 0.017 0.014 0.025 0.009 0.803 1.330 0.117 0.150 1.999 2.122 0.267 0.134 0.739 0.773 0.105 0.191 3.573 3.818 0.166 0.082 0.933 1.852 0.029 0.045 0.084 0.110 0.044 0.053 6891 chr20 22460533 22517969 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 70029 NR_001558 140828 Hs.9842 NR_001558 ENSG00000259974 LINC00261 ALIEN|C20orf56|DEANR1|HCCDR1|NCRNA00261|TCONS_00027846|onco-lncRNA-17 long intergenic non-protein coding RNA 261 ncRNA 0.789 1.178 nan 0.038 2.429 0.013 0.176 0.847 1.749 0.013 0.125 0.156 0.012 1.981 0.186 0.261 0.077 0.081 0.043 0.020 0.022 0.017 1.771 0.819 1.343 0.069 0.028 0.009 0.078 0.017 0.132 0.660 0.272 0.925 0.084 0.056 0.667 0.037 0.071 0.072 0.018 0.088 0.029 0.019 0.049 0.055 0.089 0.132 0.508 0.025 0.409 0.044 0.261 0.023 0.019 1.343 0.096 0.052 0.012 0.026 2.480 0.078 0.148 0.054 0.085 0.011 0.017 0.451 0.217 0.122 0.174 2.404 2.199 7.259 2.819 0.089 0.121 0.134 0.241 2.912 2.808 0.344 0.102 0.246 0.299 2.622 2.328 0.405 0.898 2.809 1.489 5144 chr18 8933022 8954178 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -159028 NM_021074 4729 Hs.464572 NM_021074 ENSG00000178127 NDUFV2 CI-24k NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit V2 protein-coding 0.855 0.767 0.656 1.214 0.172 0.040 1.585 0.167 0.426 0.772 0.891 0.618 0.995 0.072 0.062 0.128 0.550 0.186 3.649 1.367 0.349 0.020 0.038 0.064 0.220 0.449 0.227 0.297 0.724 1.118 0.234 0.816 0.530 nan 1.648 0.268 0.050 0.026 0.148 0.470 0.093 0.743 0.625 0.369 1.779 1.299 0.414 0.397 0.106 0.352 0.301 0.278 0.128 4.698 0.400 0.220 0.139 0.266 0.209 0.237 0.062 1.439 0.019 0.057 0.695 1.054 0.726 0.617 0.526 0.528 0.844 0.707 0.717 nan 0.171 0.347 0.377 1.121 nan 0.788 1.066 nan 0.398 0.127 0.200 0.201 0.379 0.207 nan nan 0.920 9828 chr6 106949147 106979368 + 0 NA intron (NM_001624, intron 1 of 19) AluSz|SINE|Alu 4527 NM_001624 202 Hs.724262 NM_001624 ENSG00000112297 CRYBG1 AIM1|ST4 crystallin beta-gamma domain containing 1 protein-coding 0.897 nan nan 1.714 0.245 0.042 2.732 0.159 0.444 0.367 1.069 2.389 0.072 0.056 0.137 0.173 0.405 0.102 2.223 1.124 0.164 0.014 0.062 0.079 0.230 2.259 1.942 0.061 1.432 0.886 3.746 5.307 2.034 0.424 0.946 0.609 0.116 0.067 0.116 1.232 0.071 0.207 0.213 0.183 2.766 0.917 0.975 0.984 0.210 1.643 0.473 1.403 0.173 1.545 3.845 0.230 0.395 0.072 0.061 0.316 0.064 2.204 0.063 0.232 2.884 0.084 0.046 5.728 3.567 0.611 0.940 0.429 nan 0.670 0.227 0.290 0.269 0.247 0.356 0.459 0.434 nan 0.285 0.191 0.324 0.448 0.711 0.239 0.453 0.299 0.324 1694 chr10 124891741 124916470 + 0 NA Intergenic Intergenic -3533 NM_005519 3167 Hs.444756 NM_005519 ENSG00000188816 HMX2 H6L|Nkx5-2 H6 family homeobox 2 protein-coding nan 0.959 0.777 0.529 0.700 0.546 0.627 1.653 3.178 0.223 0.736 0.343 0.159 0.243 0.391 0.714 0.629 0.137 0.446 0.230 0.467 0.875 0.282 0.146 2.029 0.354 0.366 0.426 0.686 0.201 0.403 0.705 0.276 1.916 0.184 0.692 0.084 0.981 0.088 0.186 0.421 1.036 0.669 0.280 0.356 0.141 0.367 0.536 0.649 0.912 0.322 0.617 0.714 0.487 2.036 2.029 0.284 0.198 0.181 1.362 0.456 0.353 4.261 0.199 0.380 0.651 0.402 10.109 16.917 7.332 9.026 1.446 1.118 2.516 1.065 0.805 0.862 0.730 1.033 1.105 1.399 0.717 0.746 5.543 12.880 0.381 0.541 0.363 0.690 0.587 0.338 7321 chr22 21396526 21404166 + 0 NA promoter-TSS (NR_027006) promoter-TSS (NR_027006) 97 NR_110991 400891 Hs.291198 NM_001013675 ENSG00000187905 LRRC74B - leucine rich repeat containing 74B protein-coding 1.614 nan 3.653 0.255 1.727 0.634 0.540 0.253 0.536 0.013 3.118 1.017 0.194 1.105 1.236 0.923 0.409 0.065 0.464 0.612 0.091 0.056 0.511 0.209 0.563 0.362 0.229 0.807 0.099 0.083 0.170 nan 0.141 1.570 0.287 0.976 0.263 0.255 0.048 0.276 0.135 0.371 0.150 0.102 0.171 0.081 0.371 6.090 0.208 0.223 0.062 0.431 0.923 0.691 0.097 0.563 0.381 0.141 0.306 0.532 1.210 1.627 0.106 0.194 0.366 0.081 0.046 0.903 1.760 0.288 0.438 5.390 4.549 5.043 1.402 0.758 0.817 1.211 2.170 4.785 6.259 1.379 1.521 0.354 0.504 0.973 0.529 0.912 0.769 5.848 3.373 6820 chr20 6512088 6520019 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR 108674 NR_109953 101929244 Hs.542488 NR_109953 ENSG00000229876 CASC20 - cancer susceptibility 20 (non-protein coding) ncRNA 0.803 1.298 0.654 0.123 0.188 0.014 0.035 0.162 0.317 0.117 0.037 0.045 0.178 0.237 0.102 0.106 0.036 0.016 0.140 0.114 0.151 0.026 0.111 0.013 0.122 0.303 0.453 0.291 0.184 0.067 0.049 0.031 0.123 0.015 0.055 0.093 0.015 0.014 0.019 0.252 0.152 0.080 0.005 0.020 0.034 0.178 0.055 0.151 0.033 0.062 0.037 0.022 0.206 0.048 0.100 0.082 0.025 1.532 1.541 0.711 0.277 6.289 8.175 0.290 0.344 1.318 0.484 0.709 0.663 0.270 0.503 2.075 2.453 0.666 0.248 0.114 0.216 0.261 0.454 0.579 1.371 0.741 0.632 6266 chr2 99095371 99102578 + 0 NA intron (NM_001351426, intron 1 of 25) intron (NM_001351426, intron 1 of 25) 36501 NM_001351429 3631 Hs.469386 NM_001566 ENSG00000040933 INPP4A INPP4|TVAS1 inositol polyphosphate-4-phosphatase type I A protein-coding 0.954 0.874 1.283 4.030 0.129 0.471 1.454 0.178 0.238 1.636 0.241 0.316 4.267 0.027 0.074 0.478 0.228 0.133 1.149 0.743 0.069 0.086 0.161 0.538 0.402 0.215 0.103 1.572 1.850 1.559 5.926 7.643 0.997 2.257 0.104 0.032 0.042 0.067 0.278 0.099 0.191 0.058 0.075 1.090 2.433 2.385 0.145 0.203 0.069 0.033 0.386 0.478 4.551 0.039 0.538 0.225 0.840 0.340 0.201 0.496 0.153 0.152 0.188 0.063 0.032 0.007 0.517 1.002 0.471 1.057 1.288 1.182 0.843 0.427 0.443 0.499 0.589 0.916 0.916 1.017 0.868 0.870 0.398 0.441 0.299 0.325 0.809 1.096 0.740 0.487 9732 chr6 56547637 56559051 + 0 NA intron (NM_183380, intron 5 of 93) intron (NM_183380, intron 5 of 93) -45650 NM_001723 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.338 1.492 nan 1.894 0.284 0.101 2.769 0.140 0.171 0.260 0.878 1.353 0.060 0.214 0.070 0.300 3.388 0.182 1.696 0.482 1.732 0.708 0.303 0.181 0.115 1.683 0.973 0.045 1.912 1.483 3.507 4.222 4.841 0.702 1.649 1.645 0.087 0.266 0.201 1.142 0.104 0.121 0.232 0.116 1.508 1.353 0.180 0.694 0.563 0.222 3.399 1.233 0.300 1.010 2.513 0.115 0.462 0.835 0.069 0.116 0.195 0.671 0.070 0.683 2.104 0.119 0.036 0.460 0.282 0.542 1.145 0.363 0.456 1.128 0.289 0.353 0.388 1.611 2.301 1.117 1.025 0.592 0.270 0.158 0.346 0.513 1.957 1.207 3.678 0.728 0.610 7069 chr20 56232509 56295709 + 0 NA intron (NM_199171, intron 1 of 3) intron (NM_199171, intron 1 of 3) 1571 NM_001255976 56937 Hs.517155 NM_020182 ENSG00000124225 PMEPA1 STAG1|TMEPAI prostate transmembrane protein, androgen induced 1 protein-coding 1.411 2.159 0.996 13.897 0.060 0.709 1.560 0.510 1.005 0.997 0.493 0.906 0.375 0.051 0.310 0.444 0.253 0.094 1.160 0.634 5.026 0.101 0.396 0.186 0.925 0.483 0.316 0.048 2.187 1.115 2.274 3.611 1.982 0.400 1.494 0.187 0.083 0.316 0.100 1.355 0.093 1.554 0.241 0.155 1.321 0.994 3.770 0.917 0.733 0.841 0.438 1.299 0.444 1.289 0.399 0.925 0.728 2.571 0.382 4.541 1.668 0.473 0.219 0.312 3.664 3.411 2.901 1.376 nan 0.685 1.390 1.901 1.511 1.108 0.325 0.136 0.144 0.629 1.096 0.122 0.145 1.019 0.951 0.592 0.861 0.344 0.293 0.815 1.263 0.907 0.764 3183 chr13 62131168 62133906 + 0 NA Intergenic LTR17|LTR|ERV1 -130458 NR_134946 101926951 Hs.732367 NR_134946 ENSG00000279797 LINC02339 - long intergenic non-protein coding RNA 2339 ncRNA nan 1.082 nan 0.032 1.541 0.062 0.026 0.049 0.156 0.029 0.033 0.064 0.189 0.056 0.116 0.060 0.150 0.261 0.026 0.006 0.050 0.083 0.045 0.051 0.290 0.083 0.070 0.013 0.029 0.167 0.022 0.210 0.149 0.025 0.972 0.342 0.189 0.261 1.453 0.106 0.021 0.029 0.072 0.044 0.085 0.479 0.431 0.097 0.205 0.223 0.379 17.218 14.611 0.116 0.163 0.083 0.155 0.103 0.066 0.459 0.090 0.438 0.411 0.051 0.090 0.340 0.340 0.296 0.087 3079 chr13 22504106 22513425 + 0 NA Intergenic Intergenic -56466 NR_047040 100874182 Hs.148951 NR_047040 ENSG00000226722 LINC00424 - long intergenic non-protein coding RNA 424 ncRNA 0.612 1.004 0.813 0.038 0.302 4.037 0.031 0.602 1.145 0.057 0.010 0.020 0.065 0.162 0.378 0.103 0.064 0.071 0.020 0.007 0.433 0.254 3.043 0.045 0.023 0.016 0.056 0.191 1.087 0.031 1.136 0.029 0.053 0.082 0.070 0.051 0.013 0.059 0.039 0.026 0.008 0.042 0.093 0.118 0.061 0.015 0.029 0.378 0.138 0.010 3.043 0.066 0.027 0.021 0.044 0.130 0.026 0.206 0.053 0.017 0.012 0.022 0.746 1.273 0.327 nan 1.408 1.391 0.063 0.051 0.151 0.125 0.193 0.427 0.649 0.721 0.298 0.179 0.428 0.630 0.399 0.331 0.120 0.202 3.913 2.088 481 chr1 84626216 84634496 + 0 NA promoter-TSS (NM_001242861) promoter-TSS (NM_001242861) 33 NM_001300915 5567 Hs.487325 NM_002731 ENSG00000142875 PRKACB PKA C-beta|PKACB protein kinase cAMP-activated catalytic subunit beta protein-coding 1.095 nan nan 0.113 0.191 0.047 0.122 0.394 0.559 0.012 0.137 0.228 0.015 0.047 0.322 0.407 0.389 0.194 0.285 0.160 0.221 0.134 1.716 1.025 1.307 0.025 0.053 0.074 0.013 0.084 0.469 0.018 0.359 0.105 0.065 0.114 0.066 0.104 0.005 0.056 0.049 0.014 0.003 0.026 0.055 0.163 0.061 0.039 0.121 0.019 0.142 0.407 0.052 0.079 1.307 0.267 0.060 0.024 0.056 0.531 0.028 2.645 0.194 0.046 0.007 0.012 1.578 2.620 0.260 0.284 0.338 0.586 5.101 3.353 0.199 0.210 6.974 7.179 0.833 0.858 2.027 1.655 2.635 3.499 0.905 1.459 0.472 1.115 1.235 0.644 867 chr1 169854159 169864368 + 0 NA intron (NM_181093, intron 1 of 13) Charlie8|DNA|hAT-Charlie 3837 NM_181093 57147 Hs.435560 NM_020423 ENSG00000000457 SCYL3 PACE-1|PACE1 SCY1 like pseudokinase 3 protein-coding 2.810 nan 3.106 2.583 1.970 1.022 2.020 0.880 1.753 1.621 1.609 1.318 0.941 0.588 2.618 1.696 1.661 0.283 2.522 0.854 0.958 1.223 1.455 0.623 1.979 1.776 1.849 0.864 1.719 0.886 2.517 3.697 3.564 4.706 1.321 1.856 0.448 1.750 0.149 0.496 0.741 1.516 1.540 0.786 1.439 0.979 2.586 1.303 1.823 1.517 3.028 2.286 1.696 2.605 1.366 1.979 0.960 2.022 0.454 1.155 1.279 0.966 1.479 1.082 1.125 1.044 0.811 3.207 3.546 5.647 9.769 5.035 nan 3.180 2.477 2.980 3.515 2.310 2.777 4.158 nan 2.837 2.892 3.946 5.473 2.710 2.634 3.471 3.540 1.918 0.963 7728 chr3 108783633 108793283 + 0 NA intron (NM_014429, intron 9 of 27) intron (NM_014429, intron 9 of 27) -31845 NR_144461 100506506 Hs.278908 NR_144461 ENSG00000239314 MORC1-AS1 - MORC1 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.644 0.052 0.092 0.023 0.088 0.132 0.383 0.056 0.060 0.026 0.021 0.083 0.131 0.106 0.133 0.077 0.020 0.007 0.029 0.083 0.092 0.297 0.033 0.022 0.023 0.064 0.067 0.097 0.059 0.194 0.015 0.033 0.020 0.022 0.127 0.012 0.017 0.049 0.031 0.040 0.022 0.047 0.090 0.097 0.064 0.037 0.033 0.041 0.131 0.023 0.029 0.297 0.034 0.010 0.024 0.021 0.008 0.697 0.038 0.008 0.024 0.005 3.872 4.013 7.717 2.021 0.311 0.334 0.266 0.105 0.494 0.450 0.176 0.204 0.210 0.229 1.452 0.613 1.029 1.543 0.065 0.037 0.265 0.348 0.515 0.524 3669 chr14 70438406 70481400 + 0 NA intron (NM_001034852, intron 6 of 11) intron (NM_001034852, intron 6 of 11) 15053 NR_145786 109623479 NR_145786 SNORD169 - small nucleolar RNA, C/D box 169 snoRNA 1.392 1.469 0.992 0.731 1.190 0.085 0.064 0.192 0.351 0.004 0.129 0.077 0.018 1.464 0.118 0.676 0.176 0.105 0.032 0.025 1.695 0.016 1.129 0.505 0.117 0.058 0.025 0.015 0.153 0.428 1.295 5.451 0.440 0.456 0.041 0.754 1.094 0.042 0.111 0.014 0.127 0.097 0.174 0.082 0.208 0.059 0.215 0.167 0.578 0.066 1.675 3.361 0.676 0.043 0.026 0.117 0.860 1.290 0.041 0.080 2.224 0.554 0.586 0.165 0.162 0.019 0.013 0.379 0.203 0.266 0.547 0.371 0.347 2.780 1.329 0.228 0.184 0.540 0.939 1.035 nan 0.642 0.357 0.602 0.708 2.689 2.893 0.221 0.467 2.387 nan 3442 chr14 30353657 30380520 + 0 NA intron (NM_001330069, intron 1 of 18) intron (NM_001330069, intron 1 of 18) 29214 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.442 1.053 1.137 0.180 0.274 0.293 0.247 0.280 0.486 0.021 0.070 0.082 0.086 0.310 0.212 0.115 0.365 0.169 0.190 0.042 0.169 0.021 0.158 0.175 0.366 0.142 0.060 0.008 0.141 0.020 9.648 21.598 0.617 0.601 0.196 0.190 0.195 0.077 0.122 0.061 0.097 0.091 0.016 0.011 0.150 0.040 0.072 0.141 0.100 0.068 0.244 0.200 0.115 0.069 0.055 0.366 0.132 0.061 0.155 0.033 0.409 0.090 0.446 0.032 0.014 0.019 0.002 0.314 0.224 0.217 0.378 0.593 0.684 0.884 0.384 0.261 0.241 3.185 3.586 0.888 0.958 1.029 0.543 0.275 0.527 1.021 1.770 0.189 0.423 0.784 0.634 11537 chr9 36861879 36873739 + 0 NA intron (NM_001280549, intron 6 of 7) intron (NM_001280549, intron 6 of 7) -3504 NR_039766 100616278 NR_039766 ENSG00000264922 MIR4540 - microRNA 4540 ncRNA 0.874 nan 1.121 0.611 1.360 0.222 0.871 1.991 0.008 0.059 0.062 0.005 0.521 0.331 0.312 0.070 0.014 0.063 0.048 0.012 0.715 0.314 1.021 0.123 0.037 0.074 0.045 0.009 0.126 1.155 0.112 2.639 0.049 0.037 0.838 0.018 0.067 0.056 0.179 0.101 0.047 0.006 0.018 0.095 0.024 0.112 0.156 0.084 0.073 0.113 0.312 0.071 1.021 0.081 0.187 0.213 0.540 0.053 0.492 0.136 0.032 0.019 0.018 0.654 1.039 0.178 0.268 1.679 2.000 2.546 0.624 0.165 0.200 0.473 0.974 1.105 1.148 0.631 0.665 0.820 1.276 2.272 1.924 0.266 0.444 3.724 1.973 9759 chr6 72087526 72132079 + 0 NA Intergenic Intergenic 3522 NR_029504 407029 NR_029504 ENSG00000207827 MIR30A MIRN30A|mir-30a microRNA 30a ncRNA nan nan 0.676 3.715 0.209 0.384 0.479 0.076 0.178 0.314 1.146 1.120 0.718 0.018 0.080 0.151 1.725 0.196 0.967 0.439 4.324 0.065 0.154 0.173 0.070 0.152 0.044 0.484 0.344 0.575 0.181 0.400 0.549 0.568 1.067 1.262 0.017 2.548 0.149 0.448 0.236 2.381 1.159 0.547 0.741 0.195 1.215 0.559 0.725 1.306 0.580 0.052 0.151 0.459 0.021 0.070 0.401 0.035 0.037 2.198 0.091 1.015 0.043 0.067 1.100 2.594 2.596 1.004 0.895 0.684 1.313 0.204 0.241 0.162 0.121 2.172 2.221 0.809 1.122 0.354 0.393 0.512 0.330 0.193 0.218 0.099 0.143 0.190 0.307 0.514 0.442 11860 chr9 139419704 139442081 + 0 NA intron (NM_017617, intron 2 of 33) intron (NM_017617, intron 2 of 33) 9346 NM_017617 4851 Hs.495473 NM_017617 ENSG00000148400 NOTCH1 AOS5|AOVD1|TAN1|hN1 notch 1 protein-coding nan 1.361 3.095 0.469 0.825 1.351 0.562 0.218 0.427 0.333 1.338 0.505 0.025 0.322 0.417 0.721 0.709 0.173 1.221 0.475 0.164 0.173 0.035 0.056 0.292 0.640 0.635 0.724 1.352 0.263 0.945 2.421 0.595 1.069 0.555 1.089 0.047 0.500 0.072 0.206 1.044 1.504 0.801 0.508 0.302 0.355 0.834 0.417 1.469 1.246 0.737 1.160 0.721 1.691 0.640 0.292 0.566 0.400 0.718 1.510 0.164 1.269 0.800 0.182 0.472 0.275 0.140 1.877 3.011 2.002 3.227 1.557 1.309 nan 0.190 1.492 1.654 0.193 0.346 0.558 0.697 2.278 2.094 1.313 2.481 0.347 0.360 0.457 0.647 0.420 0.314 11942 chrX 46115347 46131802 + 0 NA Intergenic Intergenic 63535 NR_110388 101927574 Hs.350952 NR_110388 ENSG00000236751 LINC01186 - long intergenic non-protein coding RNA 1186 ncRNA 0.491 0.785 nan 0.564 0.037 0.024 2.628 0.097 0.116 0.372 0.123 0.771 1.708 0.019 0.048 0.117 0.139 0.048 4.569 2.475 0.066 0.008 0.068 0.100 0.016 2.761 2.204 0.055 2.598 2.599 0.186 0.727 1.727 0.588 1.681 0.663 0.011 0.256 0.052 0.180 0.033 1.349 0.066 0.038 3.222 3.098 1.940 0.194 0.380 0.076 0.125 1.071 0.117 3.794 0.909 0.016 1.014 0.402 0.006 0.036 0.012 1.578 0.006 0.060 0.583 0.052 0.053 0.115 0.052 0.612 2.314 0.152 0.277 0.356 0.082 0.193 0.188 0.066 0.148 0.149 0.130 0.355 0.131 0.053 0.072 0.071 0.178 0.166 0.504 0.408 0.341 7187 chr21 35756851 35784493 + 0 NA Intergenic Intergenic 2698 NM_001282537 101928147 Hs.303798 NM_001282537 ENSG00000222018 C21orf140 - chromosome 21 open reading frame 140 protein-coding 0.759 0.613 0.817 0.057 0.143 2.501 0.075 0.111 0.271 0.007 0.050 0.047 0.022 0.047 0.296 0.505 0.122 0.093 0.068 0.034 0.036 0.035 0.091 0.069 0.169 0.042 0.018 0.045 0.047 0.029 0.097 0.193 0.095 0.914 0.005 0.089 0.055 0.047 0.060 0.013 0.080 0.074 0.030 0.031 0.027 0.047 0.097 0.236 0.082 0.156 0.046 0.186 0.505 0.089 0.044 0.169 0.071 0.143 0.042 0.079 0.217 0.046 0.073 0.099 0.025 0.038 0.005 0.441 0.407 0.307 0.413 0.774 0.889 0.532 0.209 0.348 0.309 0.250 0.489 0.985 0.906 0.436 0.257 0.212 0.258 0.210 0.277 0.206 0.365 nan 0.557 229 chr1 32477964 32481829 + 0 NA exon (NM_001271878, exon 1 of 8) exon (NM_001271878, exon 1 of 8) 601 NR_073498 10657 Hs.445893 NM_006559 ENSG00000121774 KHDRBS1 Sam68|p62|p68 KH RNA binding domain containing, signal transduction associated 1 protein-coding 8.568 nan 6.547 8.297 14.778 8.853 3.227 3.710 6.581 2.066 4.931 2.403 3.338 2.447 6.256 5.254 3.951 0.208 4.710 1.127 4.652 5.121 4.898 2.417 13.970 2.687 3.764 3.865 5.919 1.394 5.097 7.958 4.972 15.890 2.992 2.663 1.063 8.230 0.261 1.276 4.066 7.593 4.887 1.977 2.257 1.794 4.864 6.016 3.554 6.114 2.330 1.847 5.254 6.557 5.337 13.970 1.618 1.933 2.155 6.479 4.023 2.386 2.468 3.146 2.791 4.380 2.619 7.081 7.054 12.146 14.517 17.900 14.681 7.417 3.155 18.145 18.800 6.369 7.816 6.349 10.196 nan 8.081 3.825 8.421 3.501 4.361 8.336 8.966 4.605 nan 11972 chrX 114953116 115017890 + 0 NA intron (NR_147172, intron 2 of 2) CpG 28206 NR_147173 106029310 Hs.571742 NR_147172 DANT1 - DXZ4 associated non-coding transcript 1, proximal ncRNA 1.081 1.169 3.465 0.061 8.892 0.057 0.112 2.183 4.464 0.047 22.735 0.194 0.186 7.235 11.869 14.758 3.525 1.015 0.118 0.020 0.679 0.150 1.829 1.232 4.216 0.249 0.448 0.079 0.460 0.016 13.508 17.133 2.300 0.573 0.183 0.092 2.131 10.865 0.422 0.007 6.789 16.594 1.126 0.490 0.090 2.133 16.754 0.275 2.875 3.470 0.468 0.076 14.758 0.179 0.136 4.216 1.232 9.214 9.585 17.378 5.171 0.115 4.058 1.121 0.152 0.024 0.005 6.907 6.799 3.767 5.824 0.529 0.554 1.169 0.618 11.925 11.619 10.040 11.524 8.081 9.465 16.202 16.250 7.538 9.141 3.022 2.683 2.509 2.527 0.807 0.480 10252 chr7 26475756 26501171 + 0 NA intron (NR_148501, intron 2 of 5) L2c|LINE|L2 -49425 NR_136272 105375304 Hs.735352 NR_136270 ENSG00000225792 LOC105375304 - uncharacterized LOC105375304 ncRNA 1.589 1.517 1.743 0.300 1.021 4.052 0.078 0.308 0.640 0.038 0.086 0.051 0.019 0.116 0.901 0.423 0.106 0.076 0.025 0.015 0.040 0.022 0.221 0.208 0.146 0.220 0.097 0.017 0.131 0.012 0.129 0.377 0.207 0.464 0.023 0.059 0.333 0.068 0.142 0.106 0.427 0.170 0.033 0.030 0.064 0.042 0.234 0.160 0.086 0.061 0.263 0.078 0.423 0.053 0.095 0.146 0.058 0.165 0.137 0.076 0.084 0.119 0.363 0.231 0.069 0.023 0.010 0.742 0.793 0.355 nan 0.765 0.625 1.682 0.635 0.284 0.298 0.663 0.866 1.944 1.313 0.792 0.594 0.600 1.023 1.118 1.108 0.761 nan 0.860 0.634 2059 chr11 69484296 69491199 + 0 NA intron (NM_153451, intron 2 of 4) AluSz|SINE|Alu 2418 NM_153451 220064 Hs.667996 NM_153451 ENSG00000149716 ORAOV1 TAOS1 oral cancer overexpressed 1 protein-coding nan 1.188 1.225 1.298 1.006 0.562 2.049 0.603 1.179 0.347 1.235 1.174 0.279 1.010 0.684 1.191 0.746 0.185 1.392 0.469 0.632 0.242 0.453 0.298 1.185 0.952 0.869 0.870 1.450 0.932 10.203 12.248 1.750 2.545 1.118 0.994 0.180 1.456 0.129 0.802 0.276 2.581 1.717 0.925 1.066 0.956 2.428 1.903 1.872 1.447 2.557 1.961 1.191 1.985 2.796 1.185 0.765 1.891 0.577 5.312 1.648 1.810 0.331 0.142 0.736 0.459 0.205 1.922 1.975 1.520 2.593 1.982 2.029 3.555 0.879 6.018 6.601 1.608 1.949 1.960 2.734 2.421 2.560 1.576 2.114 1.527 1.939 0.742 1.041 1.863 1.047 315 chr1 41429391 41452833 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie -3859 NR_125440 1503 Hs.473087 NM_001905 ENSG00000171793 CTPS1 CTPS|GATD5|IMD24 CTP synthase 1 protein-coding 19.152 1.405 nan 1.005 0.954 0.992 2.445 0.568 1.412 0.531 1.055 0.677 2.152 0.337 1.014 1.191 0.935 0.227 1.082 0.431 2.251 0.313 1.059 0.567 1.323 1.033 0.948 3.947 1.176 0.604 0.607 1.749 0.626 1.926 0.575 1.267 0.137 0.745 0.117 0.386 1.720 2.945 2.198 0.976 0.555 0.577 1.125 0.885 1.649 1.098 0.518 0.794 1.191 1.376 2.527 1.323 0.292 1.464 0.424 2.725 0.389 0.624 0.924 0.677 0.467 1.565 0.926 1.363 1.413 1.197 1.833 3.215 3.333 1.456 0.778 2.365 2.495 1.479 nan nan 4.849 2.374 2.320 1.805 nan 0.898 0.972 2.002 1.998 1.194 0.780 1827 chr11 17409401 17415811 + 0 NA Intergenic Intergenic -1728 NM_001166290 3767 Hs.248141 NM_000525 ENSG00000187486 KCNJ11 BIR|HHF2|IKATP|KIR6.2|MODY13|PHHI|TNDM3 potassium voltage-gated channel subfamily J member 11 protein-coding 1.061 nan 5.108 0.584 1.877 5.946 0.133 0.750 1.329 0.014 0.171 0.087 0.154 3.326 4.074 1.015 0.122 0.025 0.368 0.119 0.300 0.283 1.808 1.070 7.059 0.118 0.068 0.457 0.237 0.008 0.854 1.712 0.496 3.603 0.045 0.170 0.718 0.617 0.058 0.111 0.545 0.631 0.526 0.388 0.035 0.035 0.240 0.148 1.037 0.568 0.875 0.261 1.015 0.134 0.391 7.059 0.133 0.309 0.184 1.178 1.249 0.062 1.364 0.273 0.094 0.126 0.024 nan 3.438 1.525 1.411 6.750 5.881 5.456 0.959 12.590 12.810 0.833 nan 6.881 5.612 1.689 1.511 1.541 3.910 3.655 2.800 0.923 1.726 3.639 nan 4842 chr17 47957794 47990271 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -48653 NM_001077504 255061 Hs.652130 NM_170685 ENSG00000176358 TAC4 EK|HK-1|HK1|PPT-C tachykinin 4 protein-coding 0.903 0.731 nan 0.425 0.081 0.142 1.143 0.343 0.635 1.093 0.144 0.083 1.030 0.024 0.128 0.246 0.087 0.096 0.460 0.201 0.043 0.026 0.091 0.120 0.174 0.060 0.021 0.106 0.090 0.233 0.455 nan 0.832 0.602 0.203 0.071 0.112 0.117 0.093 0.037 0.034 0.135 0.084 0.077 0.115 0.342 2.781 0.171 0.282 0.113 0.046 1.144 0.246 1.054 0.037 0.174 0.169 2.908 0.357 0.293 0.047 0.164 0.039 0.672 0.053 0.043 0.018 0.506 0.745 0.271 0.888 0.638 nan 0.283 0.122 0.341 0.358 0.141 0.308 0.431 nan 0.985 0.693 0.352 0.435 0.431 0.517 0.650 1.163 0.913 0.584 2501 chr12 13528265 13544537 + 0 NA Intergenic LTR8A|LTR|ERV1 -6722 NR_036555 283422 Hs.448717 NM_182558 ENSG00000180861 LINC01559 C12orf36 long intergenic non-protein coding RNA 1559 ncRNA 0.750 0.445 1.578 1.199 0.086 1.423 0.083 0.048 0.198 0.023 0.081 0.120 0.019 0.043 0.136 1.040 0.055 0.029 0.181 0.039 0.017 0.147 0.130 0.074 0.180 0.080 0.050 2.447 0.117 0.125 0.386 0.470 0.682 0.027 0.047 0.052 0.067 0.117 0.050 0.209 0.250 0.071 0.014 0.322 0.094 2.410 0.261 0.236 0.136 0.015 2.017 1.040 0.065 0.074 0.583 0.484 0.272 0.119 0.155 0.097 0.128 0.028 0.018 0.006 0.192 0.181 0.262 0.477 nan 0.952 0.192 0.133 0.340 0.357 0.448 0.652 0.140 0.207 0.375 0.175 0.166 0.240 0.125 0.223 0.300 0.765 0.687 0.448 11060 chr8 74882812 74889948 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -1858 NM_001204860 6921 Hs.533437 NM_005648 ENSG00000154582 ELOC SIII|TCEB1 elongin C protein-coding 5.810 2.139 3.662 1.684 3.300 1.395 4.068 2.390 4.906 1.083 3.081 2.400 1.026 1.421 2.739 2.916 2.225 0.473 4.305 0.922 3.365 1.069 1.927 1.024 4.717 2.673 2.806 1.907 4.189 1.176 3.737 5.314 3.728 7.457 1.245 1.980 0.720 2.912 0.119 1.721 1.862 2.854 4.038 2.404 2.896 7.368 2.196 3.404 3.559 8.156 2.122 2.690 2.916 3.810 4.442 4.717 1.846 2.008 0.545 1.724 2.797 2.084 1.615 1.365 1.414 1.404 0.769 3.022 3.452 3.977 5.645 6.693 5.610 4.823 1.806 6.046 6.192 3.107 4.175 3.338 4.049 4.060 4.493 2.525 6.036 3.834 4.003 4.018 4.622 4.615 2.407 2270 chr11 113421311 113441610 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -85459 NM_000795 1813 Hs.73893 NM_000795 ENSG00000149295 DRD2 D2DR|D2R dopamine receptor D2 protein-coding 0.755 1.585 1.349 0.033 0.187 0.221 0.093 0.126 0.312 0.024 0.338 0.272 0.046 0.035 0.149 0.598 0.100 0.088 0.031 0.019 0.016 0.147 0.142 0.572 0.181 0.043 0.043 0.046 0.031 0.063 0.268 0.072 0.590 0.007 0.042 0.359 0.054 0.112 0.566 0.121 0.450 0.092 0.077 0.059 0.042 0.090 0.599 0.064 0.057 0.069 0.598 0.049 0.171 0.572 0.079 0.056 0.091 0.054 0.033 0.124 1.380 0.243 0.639 0.068 0.023 8.085 nan 0.601 0.719 0.639 0.666 1.040 0.323 0.279 0.332 0.338 nan 0.537 0.584 0.795 0.681 1.904 2.758 1.198 1.122 0.563 1.723 0.645 0.639 10529 chr7 96408277 96417378 + 0 NA Intergenic Intergenic -73624 NM_006304 7979 Hs.489201 NM_006304 ENSG00000127922 SEM1 C7orf76|DSS1|ECD|SHFD1|SHFM1|SHSF1|Shfdg1 SEM1, 26S proteasome complex subunit protein-coding nan 0.834 nan 0.080 0.146 0.103 0.086 0.344 0.912 0.021 0.096 0.060 0.028 0.076 0.140 0.225 0.107 0.071 0.081 0.014 0.015 0.975 0.569 0.225 0.008 0.024 0.082 0.012 0.081 0.080 0.131 0.300 0.016 0.083 1.535 0.073 0.122 0.148 0.091 0.007 0.009 0.012 0.058 0.110 0.087 0.036 0.047 0.017 0.014 0.225 0.062 0.051 0.225 0.083 0.073 0.042 0.064 0.066 0.035 0.043 0.162 0.025 0.019 0.325 0.254 0.267 0.324 0.333 0.336 2.026 0.744 0.255 0.268 0.553 0.638 0.181 0.241 0.345 0.129 0.176 0.304 7.989 7.928 0.298 nan 2.171 1.564 11802 chr9 131635451 131646328 + 0 NA intron (NM_001352997, intron 1 of 13) intron (NM_001352997, intron 1 of 13) 3465 NM_001352990 883 Hs.495250 NM_004059 ENSG00000171097 KYAT1 CCBL1|GTK|KAT1|KATI kynurenine aminotransferase 1 protein-coding nan 1.713 2.289 2.290 1.811 1.264 2.035 1.125 1.814 0.813 2.335 1.151 0.194 0.201 1.043 1.529 1.262 0.498 2.806 0.783 1.020 0.420 0.853 0.438 2.181 2.045 1.801 2.431 2.749 1.364 2.073 3.477 1.107 4.300 1.221 2.570 0.421 0.996 0.138 0.651 0.955 2.067 1.725 0.948 1.437 1.236 2.148 0.955 2.533 2.537 0.717 2.021 1.529 3.269 1.475 2.181 0.825 1.086 0.985 1.626 1.313 2.234 0.301 0.625 1.397 0.736 0.356 1.158 1.353 1.846 3.241 3.371 3.157 nan 0.856 1.517 1.736 1.197 1.682 2.180 3.214 3.423 3.362 0.575 1.486 1.886 2.019 1.527 2.262 1.807 0.894 6828 chr20 7716124 7724994 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 200534 NM_017545 54363 Hs.193640 NM_017545 ENSG00000101323 HAO1 GOX|GOX1|HAOX1 hydroxyacid oxidase 1 protein-coding 0.847 1.322 0.676 0.090 0.224 0.056 0.153 0.232 0.407 0.022 0.116 0.297 0.044 0.121 0.303 0.076 0.060 0.119 0.390 0.043 1.023 0.343 0.514 0.008 0.061 0.260 0.391 1.243 0.104 0.329 0.359 0.049 0.538 0.037 0.074 0.372 0.059 0.103 0.048 0.035 0.381 0.018 0.065 0.165 0.037 0.057 2.053 0.097 0.303 0.072 0.066 0.514 0.171 0.056 0.020 0.039 0.902 0.525 0.011 0.619 0.144 0.019 0.006 0.608 0.436 0.220 0.272 0.338 0.426 4.110 1.043 0.182 0.227 1.036 1.190 2.250 1.124 1.114 0.704 0.260 0.255 4.350 6.094 0.640 1.213 1.426 0.900 11662 chr9 97612563 97715988 + 0 NA intron (NM_032823, intron 5 of 14) MER5A1|DNA|hAT-Charlie 43561 NR_147614 101928119 Hs.630906 NR_147613 LOC101928119 - uncharacterized LOC101928119 ncRNA 0.821 nan 1.014 1.848 0.309 0.279 1.963 0.358 0.653 0.832 1.907 2.420 0.811 0.132 0.110 0.396 0.937 0.181 1.293 0.638 0.549 0.031 0.390 0.244 0.732 5.132 4.261 0.335 2.181 0.605 1.989 5.407 1.581 0.448 1.155 3.894 0.115 0.082 0.091 0.665 0.111 0.920 0.439 0.231 1.238 1.483 3.351 0.200 4.037 0.175 0.858 2.271 0.396 1.362 0.548 0.732 0.675 1.368 0.176 0.166 0.809 1.038 0.388 0.164 0.864 0.605 0.396 0.338 0.400 1.310 nan 0.503 0.614 0.695 0.270 0.197 0.190 0.333 0.578 1.606 1.560 0.800 0.466 0.415 0.671 0.513 0.743 0.417 0.836 1.289 0.867 4852 chr17 48860578 48882134 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu 25345 NR_107026 102466918 NR_107026 ENSG00000278672 MIR8059 hsa-mir-8059 microRNA 8059 ncRNA 2.267 1.139 nan 0.119 0.146 0.283 0.197 0.237 0.383 0.022 0.168 0.117 0.026 0.050 0.173 0.445 0.120 0.157 0.168 0.044 0.041 0.026 0.204 0.181 0.106 0.112 0.047 0.089 0.120 0.035 0.110 nan 0.089 0.755 0.020 0.184 0.089 0.111 0.104 0.022 0.151 0.209 0.084 0.044 0.016 0.082 0.201 0.228 0.510 0.142 0.063 0.145 0.445 0.157 0.056 0.106 0.034 0.109 0.573 0.194 0.321 0.081 0.082 5.674 0.014 0.039 0.019 0.473 0.369 0.331 0.422 0.493 nan 0.610 0.266 0.602 0.590 2.149 2.807 0.970 nan 1.567 1.702 0.281 0.461 0.430 0.548 2.440 9.720 0.711 0.478 10370 chr7 55494814 55509411 + 0 NA TTS (NM_018697) TTS (NM_018697) 68971 NM_018697 55915 Hs.595384 NM_018697 ENSG00000132434 LANCL2 GPR69B|TASP LanC like 2 protein-coding nan 1.882 1.412 0.103 0.820 1.221 0.120 0.320 0.467 0.020 0.131 0.146 0.038 0.316 0.309 0.313 0.165 0.121 0.100 0.026 0.013 0.036 0.973 0.386 1.780 0.088 0.050 0.070 0.166 0.014 0.099 0.369 1.074 1.794 0.030 0.041 0.033 0.129 0.131 0.008 0.130 0.152 0.043 0.005 0.032 0.450 0.362 0.251 0.149 0.081 0.032 0.060 0.313 0.101 0.120 1.780 0.008 0.029 0.061 0.203 2.162 0.201 0.048 0.175 0.073 0.037 0.010 0.574 0.680 0.344 0.404 4.300 3.537 2.100 0.570 0.146 0.232 0.383 0.627 3.648 5.076 0.445 0.252 0.273 0.344 0.160 0.139 0.402 0.736 3.540 1.848 6460 chr2 165743836 165774836 + 0 NA intron (NM_001199148, intron 10 of 10) intron (NM_001199148, intron 10 of 10) 52699 NM_001351538 151258 Hs.658702 NM_173512 ENSG00000169507 SLC38A11 AVT2 solute carrier family 38 member 11 protein-coding 1.578 1.374 nan 1.108 0.165 0.034 0.344 0.216 0.546 0.308 0.166 1.120 0.815 0.133 0.054 0.413 0.144 0.067 0.595 0.398 0.149 0.170 0.188 0.214 0.301 0.228 0.081 0.019 0.345 0.194 0.412 0.914 1.417 0.852 0.505 1.209 0.006 0.035 0.074 0.091 0.261 0.471 0.179 0.113 0.429 0.268 0.233 0.124 0.139 0.112 0.504 0.313 0.413 0.195 0.165 0.301 0.285 0.037 0.325 0.049 0.049 0.135 0.057 1.537 0.178 0.013 0.012 0.346 0.300 0.322 0.692 0.268 0.344 1.081 0.297 0.384 0.372 4.160 4.548 0.841 0.527 1.473 1.377 0.167 0.202 0.004 0.002 1.735 5.341 0.553 0.425 9121 chr5 112498234 112557252 + 0 NA intron (NM_001085377, intron 3 of 18) intron (NM_001085377, intron 3 of 18) 102869 NM_002387 4163 Hs.593171 NM_002387 ENSG00000171444 MCC MCC1 mutated in colorectal cancers protein-coding 1.466 0.850 1.250 0.104 0.049 0.029 0.160 0.101 0.195 0.172 0.100 0.797 0.032 0.024 0.065 0.286 0.143 0.060 0.232 0.133 0.126 0.014 0.069 0.076 0.024 0.068 0.033 0.032 0.109 0.082 0.175 0.482 0.153 0.206 0.217 1.060 0.278 0.060 0.120 0.040 0.934 0.089 0.054 0.034 0.213 0.078 0.092 0.136 0.080 0.084 0.167 0.349 0.286 0.138 0.034 0.024 0.255 0.039 0.288 0.031 0.066 0.274 0.039 1.433 0.208 0.347 0.327 0.263 0.238 0.718 1.909 0.190 0.222 0.169 0.094 0.159 0.154 1.036 nan 0.098 0.125 1.625 1.729 0.138 0.190 1.026 1.094 1.405 4.329 0.488 0.446 9855 chr6 112822350 112826975 + 0 NA Intergenic Intergenic 156130 NM_001013734 442247 Hs.448264 NM_001013734 ENSG00000251258 RFPL4B RNF211 ret finger protein like 4B protein-coding nan 0.830 nan 0.063 0.268 1.061 0.031 0.104 0.371 0.084 0.120 0.562 4.873 0.260 0.036 0.091 0.014 2.182 0.078 0.128 0.344 0.046 0.044 0.018 0.132 0.015 1.001 0.049 0.046 0.020 1.410 0.165 0.026 0.718 0.041 0.034 0.016 0.189 0.088 0.018 0.092 0.015 4.873 0.015 0.344 0.053 0.067 0.414 0.012 0.044 0.068 2.615 0.242 0.163 0.037 0.011 3.252 2.611 11.510 5.959 2.699 nan nan 0.487 0.349 0.249 1.250 nan 0.121 0.126 1.600 1.687 1.886 3.170 0.047 0.076 0.486 nan 0.448 0.548 5829 chr19 58173693 58179350 + 0 NA Intergenic Intergenic -3782 NM_152677 201516 Hs.469663 NM_152677 ENSG00000180532 ZSCAN4 ZNF494 zinc finger and SCAN domain containing 4 protein-coding 1.449 1.220 0.960 0.230 0.624 0.256 0.201 0.453 0.654 0.118 0.366 0.292 0.011 0.036 0.062 0.700 0.278 0.327 0.301 0.067 0.011 0.293 0.330 0.205 8.041 0.134 0.114 0.247 0.072 0.205 0.302 0.433 0.603 0.741 0.154 0.133 0.034 0.959 0.112 0.251 2.145 0.374 0.339 0.250 0.058 0.087 0.375 0.186 0.436 1.007 0.293 0.058 0.700 0.218 0.115 8.041 0.047 0.172 0.496 0.035 0.111 0.180 0.044 0.268 0.204 0.091 0.431 0.727 0.463 0.788 2.543 3.147 4.036 0.937 0.115 0.225 0.362 0.684 0.273 0.233 1.051 0.866 0.697 0.734 0.699 0.374 0.228 0.738 0.929 0.573 2648 chr12 49452094 49455556 + 0 NA Intergenic CpG -4718 NM_003482 8085 Hs.731384 NM_003482 ENSG00000167548 KMT2D AAD10|ALR|CAGL114|KABUK1|KMS|MLL2|MLL4|TNRC21 lysine methyltransferase 2D protein-coding 8.702 nan 5.017 5.714 6.236 5.922 6.827 4.421 7.703 3.193 5.197 3.724 4.400 3.191 8.296 6.346 4.834 0.513 8.666 2.914 6.509 6.948 3.845 2.626 9.376 4.493 6.782 5.300 8.344 3.247 13.358 14.300 12.321 4.282 3.510 9.403 2.183 5.630 0.079 3.164 3.210 8.385 11.334 4.720 4.169 4.888 6.411 10.600 10.904 11.097 4.429 7.070 6.346 6.761 7.830 9.376 3.202 7.322 2.694 14.595 4.318 7.468 2.890 5.940 4.019 5.333 2.875 10.223 9.879 7.969 12.380 15.299 15.453 11.554 6.268 18.207 18.384 6.235 7.343 9.997 14.935 10.187 10.654 6.535 11.431 7.167 8.765 11.972 11.280 5.771 2.497 7954 chr3 159740204 159749235 + 0 NA intron (NR_104132, intron 2 of 2) intron (NR_104132, intron 2 of 2) 6283 NR_104132 730109 Hs.99333 NR_104132 LINC01100 - long intergenic non-protein coding RNA 1100 ncRNA nan 0.890 0.589 0.445 0.140 0.056 5.149 0.142 0.371 0.011 0.231 1.121 0.020 0.045 0.178 0.184 0.265 0.335 0.820 0.907 0.122 0.157 0.238 0.093 0.951 0.490 0.048 0.165 0.477 0.464 1.226 0.469 0.243 0.619 0.341 0.042 0.048 0.055 0.378 0.154 0.168 0.153 0.103 0.396 0.145 0.181 1.482 0.288 0.141 0.108 0.455 0.184 0.707 1.131 0.093 0.297 0.133 0.043 0.161 0.057 0.375 0.043 0.124 0.263 0.026 0.011 0.376 0.172 0.208 0.371 0.354 0.322 0.996 0.295 0.254 0.213 0.220 nan 0.588 0.488 0.557 0.327 0.183 0.221 0.112 0.166 0.335 0.374 0.399 0.398 5877 chr2 7147236 7156706 + 0 NA intron (NM_014746, intron 3 of 8) intron (NM_014746, intron 3 of 8) 66040 NR_110252 101929452 NR_110252 ENSG00000223884 LOC101929452 - uncharacterized LOC101929452 ncRNA 1.096 0.906 1.473 0.110 1.415 0.553 0.284 0.421 0.925 0.020 0.074 3.101 0.013 0.064 1.288 0.612 0.696 0.103 0.115 0.221 0.027 0.041 0.751 0.309 2.115 0.007 0.008 0.015 0.029 0.022 0.120 0.234 0.061 3.169 0.031 0.122 0.051 0.069 0.123 0.024 0.143 0.126 0.090 0.033 0.057 0.057 0.071 0.158 0.071 0.008 0.311 0.007 0.612 0.059 0.010 2.115 0.027 0.035 0.224 0.086 4.378 0.109 0.030 1.564 0.936 0.043 0.016 0.347 0.374 0.258 0.651 3.352 2.959 2.443 0.670 0.152 0.168 1.012 1.370 2.306 3.420 2.017 2.029 0.261 0.213 0.201 0.271 0.780 1.767 4.520 2.067 5314 chr18 46350363 46370788 + 0 NA intron (NM_001142397, intron 11 of 12) MER58B|DNA|hAT-Charlie 108602 NM_001190823 4092 Hs.465087 NM_005904 ENSG00000101665 SMAD7 CRCS3|MADH7|MADH8 SMAD family member 7 protein-coding nan 0.797 0.958 0.433 0.163 0.944 2.798 0.329 0.483 0.305 1.503 2.158 0.018 0.112 0.196 5.719 0.779 0.110 0.851 0.520 0.912 0.048 0.121 0.136 1.302 1.305 1.130 0.160 0.274 0.806 1.037 3.165 1.281 0.825 0.917 0.108 0.218 0.070 0.066 1.699 0.209 1.190 1.944 0.852 1.647 0.417 1.336 3.269 0.343 1.518 0.050 1.369 5.719 0.863 1.005 1.302 0.353 0.097 0.404 0.957 0.184 0.731 0.550 0.188 2.714 0.378 0.276 0.518 0.646 0.355 0.764 1.322 1.610 2.862 0.761 0.187 0.202 0.457 0.641 0.286 0.524 0.510 0.426 0.296 0.723 1.502 1.213 0.350 nan 3.514 1.946 3784 chr14 95973290 95992817 + 0 NA Intergenic CpG 16913 NR_003002 677768 Hs.448753 NR_003002 ENSG00000252481 SCARNA13 U93 small Cajal body-specific RNA 13 ncRNA 1.325 1.142 nan 0.552 2.743 3.785 0.808 1.135 1.952 0.441 0.422 0.883 0.019 0.216 1.478 1.265 1.574 0.096 0.169 0.156 0.165 0.050 0.237 0.205 2.724 1.535 0.964 0.063 0.213 0.715 1.037 1.526 1.129 5.900 0.060 0.133 0.087 0.229 0.093 0.901 0.256 0.542 0.325 0.282 0.207 0.181 0.511 2.045 0.363 1.255 0.199 1.321 1.265 0.090 0.365 2.724 0.095 0.060 0.234 0.371 0.031 0.608 2.609 0.032 1.680 1.682 0.777 1.657 2.159 0.249 0.307 2.617 2.857 1.360 0.383 0.814 0.710 0.355 0.890 1.589 1.562 0.705 0.453 2.684 3.312 0.364 0.436 0.284 0.515 nan 0.574 4479 chr16 84673215 84683419 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -3800 NM_001303451 79786 Hs.222731 NM_024731 ENSG00000135686 KLHL36 C16orf44 kelch like family member 36 protein-coding nan 2.045 1.343 0.918 2.524 1.539 1.570 0.472 1.061 0.411 1.063 0.574 0.091 1.081 2.600 2.222 0.441 0.191 1.647 0.621 0.518 0.243 0.543 0.112 2.245 0.939 0.758 0.629 0.984 0.363 0.624 2.058 0.728 3.834 0.805 0.243 0.307 0.351 0.083 0.467 0.240 3.720 1.250 0.946 0.461 0.542 0.750 0.372 1.109 2.421 0.564 0.742 2.222 2.473 2.111 2.245 0.228 0.585 1.191 1.379 1.233 0.433 0.234 0.207 0.122 1.122 0.563 0.867 1.324 0.602 0.880 2.515 1.970 2.690 0.775 1.521 1.638 2.468 3.181 7.358 9.832 2.980 4.130 0.509 0.748 1.198 1.115 0.491 0.738 1.985 1.423 1851 chr11 23604900 23624713 + 0 NA Intergenic Intergenic -174070 NR_107021 102465860 NR_107021 ENSG00000275868 MIR8054 hsa-mir-8054 microRNA 8054 ncRNA 0.483 0.859 0.565 0.066 0.089 0.293 0.021 0.073 0.168 0.005 0.041 0.028 0.012 0.040 0.112 0.034 0.060 0.073 0.069 0.014 0.021 0.073 0.086 0.054 0.004 0.007 0.054 0.016 0.068 0.145 0.086 0.364 0.022 0.166 0.024 0.033 0.077 0.006 0.074 0.006 0.008 0.022 0.008 0.100 0.101 0.007 0.016 0.013 0.034 0.054 0.019 0.054 0.019 0.030 0.005 0.009 0.026 0.012 0.045 0.056 0.019 0.020 0.008 0.394 0.329 0.253 0.230 0.248 0.317 0.106 0.078 0.158 0.210 2.745 3.133 0.245 0.239 0.235 0.059 0.144 0.273 0.168 0.258 0.169 0.270 0.420 0.472 8772 chr5 13564951 13569709 + 0 NA Intergenic MER58A|DNA|hAT-Charlie 377259 NM_001369 1767 Hs.212360 NM_001369 ENSG00000039139 DNAH5 CILD3|DNAHC5|HL1|KTGNR|PCD dynein axonemal heavy chain 5 protein-coding nan nan 2.469 0.695 0.303 0.036 6.236 0.235 0.166 1.126 1.336 0.958 0.105 0.049 0.107 0.215 0.067 7.082 5.165 0.889 0.029 0.199 0.322 0.102 0.203 0.167 0.016 6.457 3.858 0.506 0.590 0.233 nan 4.078 0.957 0.114 0.117 2.275 3.551 1.026 0.607 1.659 0.617 0.343 0.670 0.086 1.600 0.432 0.211 0.107 1.986 0.349 0.102 0.973 0.397 0.061 0.479 0.022 10.002 0.105 0.051 1.832 3.110 3.619 0.470 0.169 0.424 0.916 0.261 0.318 0.099 0.066 0.081 0.139 nan 0.803 0.346 0.338 0.881 0.334 0.300 0.362 0.090 0.073 0.265 nan 1.020 0.808 4542 chr17 2074137 2086956 + 0 NA intron (NM_001256828, intron 4 of 10) intron (NM_001256828, intron 4 of 10) -55426 NR_110888 101927839 Hs.665648 NR_110888 ENSG00000225084 LOC101927839 - uncharacterized LOC101927839 ncRNA 1.026 0.786 1.083 0.062 0.501 0.191 0.923 0.375 0.654 0.008 0.888 6.657 0.024 1.442 0.097 0.228 1.167 0.068 0.460 0.414 0.024 0.032 0.746 0.240 0.690 0.298 0.197 0.040 0.461 0.024 0.171 0.244 1.106 0.283 0.285 0.100 0.104 0.085 0.123 0.747 0.074 0.172 0.203 0.080 0.343 0.090 0.158 0.832 0.343 0.143 0.025 0.105 0.228 0.256 0.210 0.690 0.038 0.038 0.023 0.114 0.994 0.801 0.045 0.561 0.931 0.036 0.012 0.408 1.045 0.588 0.904 0.585 0.679 1.936 0.564 0.408 0.464 0.343 0.599 2.662 2.961 0.404 0.252 0.154 0.206 0.252 0.357 0.569 1.205 1.198 0.736 3327 chr13 108025310 108031604 + 0 NA intron (NM_001080396, intron 1 of 2) MLT1F|LTR|ERVL-MaLR -55146 NR_145739 109616978 NR_145739 ENSG00000201847 SNORD31B - small nucleolar RNA, C/D box 31B snoRNA 0.766 1.553 0.835 0.045 0.856 0.088 0.035 3.216 6.372 0.035 0.014 0.014 0.222 1.740 2.187 0.024 0.154 0.010 0.066 2.036 1.049 2.176 0.189 0.023 0.047 0.043 0.017 0.064 0.194 0.032 0.794 3.700 0.804 0.018 0.081 0.037 0.881 0.161 0.034 0.013 0.168 1.080 0.052 0.034 4.244 0.022 2.187 0.014 0.044 2.176 0.038 0.041 0.015 0.009 0.372 0.012 0.038 0.060 0.061 0.009 0.018 1.676 1.122 1.223 0.680 0.871 0.986 0.217 0.058 0.114 0.061 0.767 nan 2.066 2.167 0.610 0.215 0.176 0.190 9.602 8.031 0.167 nan 0.894 0.429 5535 chr19 11842317 11850921 + 0 NA intron (NM_001297610, intron 1 of 2) intron (NM_001297610, intron 1 of 2) 3205 NM_017507 55552 Hs.142167 NM_017507 ENSG00000197933 ZNF823 HSZFP36 zinc finger protein 823 protein-coding 2.046 1.635 2.203 1.262 1.378 1.648 2.001 0.317 0.943 0.578 0.482 0.162 0.527 0.445 0.795 0.844 0.658 0.145 3.111 1.162 0.749 0.646 0.786 0.449 1.927 2.154 1.748 0.154 1.356 0.539 1.511 nan 1.317 1.537 1.051 0.075 0.165 0.903 0.105 0.381 0.915 1.670 1.024 0.667 1.079 1.756 2.053 1.134 1.319 2.387 1.512 0.796 0.844 4.537 0.464 1.927 0.591 0.998 0.351 1.062 0.840 4.052 0.611 0.374 0.540 0.787 0.468 1.322 1.803 1.669 3.172 2.410 2.413 3.654 1.209 2.168 1.926 1.225 1.655 1.993 2.333 1.777 1.583 0.765 1.453 1.199 1.127 0.484 0.821 1.542 0.978 7618 chr3 55649268 55663891 + 0 NA intron (NR_132749, intron 16 of 17) intron (NR_132749, intron 16 of 17) 36918 NR_024615 711 Hs.667161 NR_024615 ENSG00000281708 ERC2-IT1 C1orf1|C3orf51|Po42 ERC2 intronic transcript 1 ncRNA 0.763 0.711 nan 0.035 0.048 0.027 0.034 0.066 0.145 0.058 1.898 0.189 0.059 0.014 0.036 0.159 0.085 0.110 0.036 0.013 0.038 0.019 0.085 0.107 0.063 0.014 0.019 0.005 0.098 0.014 0.060 0.119 0.112 0.242 0.010 4.943 0.006 0.015 0.093 0.032 0.059 0.183 0.230 0.122 0.030 0.038 4.894 6.207 0.128 0.024 0.037 0.235 0.159 0.029 0.038 0.063 0.762 0.419 0.026 0.072 0.028 0.011 0.021 0.566 0.518 0.744 0.914 0.206 0.235 1.035 3.681 0.193 0.283 0.269 0.131 0.143 0.104 0.120 0.293 0.279 0.252 nan 0.196 0.081 0.179 0.049 0.065 0.510 1.093 0.311 0.365 2263 chr11 112865622 112888320 + 0 NA intron (NM_000615, intron 2 of 18) intron (NM_000615, intron 2 of 18) -42789 NR_120563 101928847 Hs.711235 NR_120563 ENSG00000247416 LOC101928847 - uncharacterized LOC101928847 ncRNA 0.847 1.208 0.829 0.069 1.087 0.864 0.025 0.743 1.557 0.017 0.181 0.081 0.119 0.040 0.321 0.490 0.200 0.064 0.042 0.017 0.025 0.018 1.410 0.635 0.712 0.003 0.022 0.013 0.083 0.005 0.074 0.032 0.147 1.388 0.006 0.034 0.648 0.048 0.122 0.031 0.349 0.142 0.027 0.003 0.024 0.030 0.140 0.081 0.029 0.024 0.014 0.047 0.490 0.029 0.025 0.712 0.044 0.054 0.647 0.005 0.671 0.021 0.357 0.933 0.057 0.020 0.014 2.739 nan 0.699 0.741 1.569 1.768 2.035 0.816 0.927 0.846 2.638 nan 1.381 2.171 2.606 1.984 0.597 0.981 2.436 3.899 0.814 1.900 2.397 1.093 10958 chr8 54424440 54438559 + 0 NA intron (NR_149032, intron 1 of 1) MER21C|LTR|ERVL 5026 NR_149032 100507516 Hs.597483 NR_149032 LOC100507516 - uncharacterized LOC100507516 ncRNA 1.161 nan 0.827 1.052 0.135 0.044 2.762 0.114 0.226 0.373 0.182 1.597 0.026 0.036 0.025 0.118 0.608 0.091 0.773 0.510 0.045 0.089 0.132 0.128 0.994 0.683 0.015 0.385 0.491 0.350 0.907 0.375 0.314 2.051 0.111 0.034 0.046 0.142 2.681 0.062 0.281 0.209 0.105 0.619 0.153 0.075 0.475 0.110 0.125 0.090 0.142 0.118 0.503 6.643 0.128 0.208 0.065 0.048 0.037 0.107 1.087 0.062 0.387 3.462 0.110 0.101 0.219 0.148 0.684 1.254 0.445 0.399 0.224 0.088 0.121 0.109 0.148 nan 0.255 0.235 0.425 0.232 0.112 0.194 0.087 0.137 0.539 1.341 0.314 0.486 3386 chr14 21173961 21189165 + 0 NA Intergenic PABL_B-int|LTR|ERV1 24627 NM_194431 6038 Hs.283749 NM_002937 ENSG00000258818 RNASE4 RAB1|RNS4 ribonuclease A family member 4 protein-coding nan 0.715 0.518 1.159 0.075 0.066 0.094 0.074 0.126 0.113 0.051 0.073 0.317 0.033 0.082 0.075 0.096 0.127 0.405 0.125 0.030 0.018 0.052 0.076 0.091 0.095 0.067 0.017 0.216 0.174 0.540 3.501 4.564 0.249 0.105 0.120 0.006 0.050 0.093 0.008 0.031 0.117 0.075 0.010 0.257 1.373 0.373 0.131 0.102 0.042 0.064 0.698 0.075 0.206 0.054 0.091 0.343 0.158 0.025 0.057 0.033 0.099 0.039 0.041 0.055 0.027 0.003 0.160 0.035 0.497 0.879 0.212 0.246 0.095 0.103 0.109 0.109 0.172 0.262 0.163 nan 0.380 0.132 0.126 0.162 0.051 0.047 0.077 0.166 0.171 0.279 9096 chr5 101987218 102007636 + 0 NA intron (NR_103753, intron 1 of 2) Arthur1|DNA|hAT-Tip100 9741 NR_103756 285708 Hs.533011 NR_103753 LINC00491 - long intergenic non-protein coding RNA 491 ncRNA 1.145 2.511 1.715 0.066 2.462 1.190 0.135 0.385 0.719 0.038 0.309 0.313 0.296 0.030 2.507 0.238 0.663 0.072 0.649 0.251 0.019 0.017 0.139 0.093 1.015 0.718 0.491 0.029 0.130 0.274 0.398 1.569 1.024 5.743 0.128 0.069 0.336 0.048 0.115 0.029 0.237 0.062 0.009 0.012 0.646 0.135 0.116 0.142 0.092 0.074 0.031 0.035 0.238 0.273 0.409 1.015 0.138 0.077 0.167 0.020 0.357 0.055 0.066 0.519 0.004 0.034 0.010 0.552 0.362 0.393 0.526 0.845 1.199 0.956 0.364 1.356 1.367 5.162 5.202 3.471 6.583 0.523 0.270 0.178 0.372 1.215 0.974 0.810 1.642 0.850 0.588 5302 chr18 43728799 43755958 + 0 NA Intergenic Intergenic -11610 NM_145055 147339 Hs.116486 NM_145055 ENSG00000152242 C18orf25 ARKL1|RNF111L1 chromosome 18 open reading frame 25 protein-coding nan 1.298 1.360 3.281 0.798 0.960 2.332 0.324 0.613 0.968 0.947 0.714 1.324 0.216 0.447 1.630 0.400 0.220 0.868 0.566 0.795 0.291 0.289 0.185 0.729 0.772 0.628 1.095 0.892 1.861 1.021 2.124 0.884 1.296 0.947 0.325 0.122 0.338 0.077 0.365 0.477 2.315 1.617 0.873 1.420 1.763 1.132 1.267 0.492 0.959 0.308 0.841 1.630 2.528 0.894 0.729 1.052 0.186 0.261 0.813 0.332 0.700 0.434 0.350 0.617 0.407 0.249 1.067 1.257 1.052 1.519 1.764 1.624 2.307 0.895 0.505 0.516 0.387 0.707 0.955 1.341 1.125 1.257 0.598 1.222 1.012 0.798 0.962 nan 2.263 1.533 317 chr1 41897357 41918458 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 42447 NM_001302269 1907 Hs.1407 NM_001956 ENSG00000127129 EDN2 ET-2|ET2|PPET2 endothelin 2 protein-coding 14.068 0.749 nan 0.266 0.207 3.514 0.579 0.198 0.343 0.231 0.188 0.411 0.006 0.043 0.145 0.254 0.397 0.199 0.224 0.143 0.042 0.040 0.164 0.233 0.191 0.202 0.108 0.072 0.123 0.060 0.071 0.334 0.561 1.020 0.237 0.150 0.091 0.083 0.076 0.100 0.038 0.231 0.063 0.041 0.062 0.150 0.284 0.171 0.116 0.143 0.080 0.180 0.254 0.220 0.853 0.191 0.105 3.245 0.702 0.179 0.111 0.198 0.060 0.159 0.126 0.142 0.082 0.337 0.459 0.246 0.496 0.867 0.969 0.935 0.236 0.392 0.486 1.373 nan nan 2.573 1.987 1.791 0.487 nan 0.291 0.310 0.423 0.745 1.243 0.759 9090 chr5 96267950 96273899 + 0 NA promoter-TSS (NM_005575) promoter-TSS (NM_005575) -422 NM_005575 4012 Hs.527199 NM_005575 ENSG00000113441 LNPEP CAP|IRAP|P-LAP|PLAP leucyl and cystinyl aminopeptidase protein-coding nan 6.374 3.840 3.791 3.414 5.775 2.627 2.293 4.985 1.792 3.546 2.285 1.681 1.042 6.316 3.875 3.083 0.358 2.955 1.083 3.966 3.000 2.189 1.253 2.715 2.632 2.955 1.927 3.277 2.141 4.006 6.177 3.951 10.459 1.581 3.749 2.361 5.255 0.259 1.330 2.333 4.194 4.207 1.927 2.515 1.320 2.812 1.763 4.195 6.406 3.482 2.374 3.875 3.222 4.042 2.715 1.460 1.323 1.256 3.586 3.322 2.008 2.560 1.448 2.704 3.998 2.226 3.171 4.511 4.551 6.745 8.646 6.685 4.995 1.916 8.480 8.591 5.787 6.301 5.438 8.680 6.595 8.026 2.584 3.910 8.936 8.865 3.184 nan 3.058 1.468 9700 chr6 50781507 50818926 + 0 NA intron (NM_003221, intron 3 of 6) intron (NM_003221, intron 3 of 6) 13777 NM_003221 7021 Hs.33102 NM_003221 ENSG00000008196 TFAP2B AP-2B|AP2-B|PDA2 transcription factor AP-2 beta protein-coding 0.760 1.403 nan 0.055 0.179 0.033 0.133 0.707 1.374 0.008 0.056 0.037 0.059 0.239 0.099 0.586 0.124 0.095 0.093 0.036 0.010 0.093 0.071 0.076 0.891 0.004 0.021 0.008 0.057 0.026 0.180 0.509 0.311 1.234 0.070 0.031 0.237 0.026 0.102 0.025 0.623 0.072 0.027 0.010 0.035 0.027 0.072 0.288 0.020 0.100 0.086 0.020 0.586 0.094 0.034 0.891 0.029 0.305 0.013 0.031 0.038 0.042 0.569 0.036 0.018 0.014 0.007 0.797 0.509 11.466 13.870 0.617 0.786 0.112 0.082 1.049 1.070 0.129 0.228 0.342 0.410 0.223 0.075 0.735 1.083 1.770 1.564 0.164 0.303 0.212 0.241 4555 chr17 4691835 4695499 + 0 NA 3' UTR (NM_001014985, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001014985, exon 4 of 4) 1413 NM_001014985 388323 Hs.131035 NM_001014985 ENSG00000182327 GLTPD2 - glycolipid transfer protein domain containing 2 protein-coding 4.138 2.297 2.330 1.021 1.741 2.251 0.754 0.960 2.899 1.277 1.523 1.470 0.522 3.438 2.284 2.754 0.483 0.133 1.475 0.644 3.482 0.793 1.197 0.768 3.514 0.955 0.776 1.048 1.189 0.285 2.150 3.231 3.159 4.078 0.518 3.397 0.156 3.959 0.156 0.450 0.455 3.521 1.759 0.746 1.072 0.525 2.827 1.589 5.535 2.898 1.721 1.572 2.754 2.462 3.944 3.514 1.801 1.890 1.563 6.838 6.977 1.991 0.889 0.579 0.833 1.257 0.725 3.631 4.816 3.239 4.733 4.852 3.867 5.766 2.006 0.960 1.352 3.194 3.989 7.976 10.489 2.053 2.200 1.261 1.473 1.491 0.962 1.607 2.503 1.836 1.228 9679 chr6 45663370 45684717 + 0 NA Intergenic Intergenic 231291 NR_045674 53405 Hs.485489 NM_016929 ENSG00000112782 CLIC5 DFNB102|DFNB103|MST130|MSTP130 chloride intracellular channel 5 protein-coding 1.177 0.817 0.717 0.171 0.077 0.089 2.252 0.162 0.324 0.053 2.497 3.095 0.029 0.031 0.117 0.283 0.829 0.083 0.514 0.445 0.061 0.058 0.066 0.084 0.148 0.298 0.085 0.018 0.094 0.988 0.434 1.855 0.551 0.391 1.369 0.629 0.023 0.072 0.101 0.530 0.037 0.121 0.611 0.186 0.246 0.248 0.491 1.574 0.069 0.248 0.542 0.257 0.283 0.339 0.052 0.148 0.288 0.070 0.009 0.141 0.062 0.897 0.536 0.251 1.774 0.121 0.127 0.692 0.576 2.235 6.661 0.322 0.371 0.136 0.094 0.575 0.677 0.132 0.227 0.395 nan 0.478 0.202 0.706 1.121 0.082 0.067 0.403 0.799 0.567 0.622 3954 chr15 52119437 52141217 + 0 NA intron (NM_014547, intron 1 of 9) intron (NM_014547, intron 1 of 9) 8502 NM_014547 29766 Hs.4998 NM_014547 ENSG00000138594 TMOD3 UTMOD tropomodulin 3 protein-coding 0.996 1.075 1.368 1.535 0.370 0.072 2.145 0.268 0.475 1.013 1.477 1.683 1.050 0.176 0.273 0.589 2.152 0.271 2.838 1.258 0.785 0.165 0.303 0.288 0.483 2.234 1.950 0.369 1.690 1.749 2.043 2.510 1.164 0.947 1.585 1.114 0.132 0.294 0.100 0.356 0.167 1.264 1.087 0.402 2.223 0.994 1.223 0.928 2.617 0.649 0.425 1.537 0.589 3.259 1.526 0.483 1.708 0.723 0.137 0.626 0.372 0.987 0.207 0.164 1.990 0.447 0.500 0.517 0.641 0.754 1.499 0.633 0.642 0.717 0.251 0.678 0.549 1.201 1.603 0.704 0.914 1.016 0.715 0.437 0.862 0.675 0.836 0.518 0.762 0.729 0.598 2071 chr11 70660218 70693485 + 0 NA intron (NM_012309, intron 8 of 22) intron (NM_012309, intron 8 of 22) -32044 NR_073536 220070 Hs.326766 NM_145308 ENSG00000171671 SHANK2-AS3 C11orf76 SHANK2 antisense RNA 3 ncRNA nan 0.605 0.741 0.074 0.056 3.016 0.099 0.322 0.573 0.003 0.062 0.033 0.013 0.054 2.061 0.676 0.052 0.077 0.058 0.011 0.027 0.012 0.425 0.276 2.484 0.042 0.049 0.007 0.057 0.006 0.063 nan 0.114 1.226 0.026 0.034 0.126 0.070 0.098 0.011 0.041 0.196 0.035 0.023 0.039 0.064 0.105 0.178 0.144 0.019 0.031 0.113 0.676 0.061 0.036 2.484 0.048 0.035 0.212 0.208 0.049 0.038 0.169 0.063 0.032 0.013 0.005 1.701 1.977 0.141 0.247 2.157 2.338 1.786 0.608 0.657 0.635 0.730 1.102 1.331 1.508 0.287 0.181 0.531 0.557 0.846 0.606 0.162 0.158 1.457 0.837 10366 chr7 55051878 55065911 + 0 NA Intergenic Intergenic -27820 NM_001346898 1956 Hs.488293 NM_005228 ENSG00000146648 EGFR ERBB|ERBB1|HER1|NISBD2|PIG61|mENA epidermal growth factor receptor protein-coding nan 0.897 0.857 0.873 0.073 0.032 2.357 0.171 0.208 0.511 0.460 1.189 0.040 0.078 0.037 0.164 0.336 0.091 0.928 0.632 1.109 0.020 0.101 0.082 0.093 1.916 1.003 0.042 1.709 1.079 1.380 3.062 4.876 0.407 0.793 0.096 0.020 0.054 0.185 0.605 0.029 3.144 0.649 0.378 1.561 4.037 4.031 0.463 0.666 0.066 1.461 1.248 0.164 0.244 3.069 0.093 0.540 1.334 0.020 0.647 0.065 1.787 0.028 0.079 1.658 0.148 0.169 0.393 0.191 0.272 0.291 0.367 0.478 0.122 0.075 0.050 0.034 0.205 0.334 0.451 0.378 0.383 0.172 0.102 0.129 0.058 0.103 0.122 0.200 0.342 0.444 10271 chr7 29279000 29394984 + 0 NA intron (NM_001293070, intron 2 of 13) MER61-int|LTR|ERV1 -88406 NR_120522 102724484 Hs.638665 NR_120522 LOC102724484 - uncharacterized LOC102724484 ncRNA 2.232 1.893 2.752 0.167 1.660 1.084 0.057 0.653 1.369 0.026 0.088 0.198 0.064 0.384 0.873 0.604 0.113 0.108 0.109 0.057 0.027 0.023 1.067 0.640 1.024 0.156 0.072 0.020 0.149 0.011 0.125 0.411 0.235 2.224 0.010 0.091 0.942 0.046 0.145 0.062 0.819 0.114 0.030 0.022 0.023 0.134 0.198 0.221 0.086 0.065 0.053 0.212 0.604 0.140 0.110 1.024 0.061 0.095 0.298 0.070 0.626 0.134 1.303 0.393 0.110 0.035 0.024 1.811 1.722 0.521 nan 0.725 0.818 3.903 1.545 6.162 6.436 0.170 0.309 2.710 3.481 0.552 0.333 1.237 2.051 2.896 3.991 0.490 nan 2.044 1.056 5816 chr19 55888717 55899559 + 0 NA intron (NM_001190764, intron 1 of 1) intron (NM_001190764, intron 1 of 1) 1489 NM_001190764 388564 Hs.534672 NM_001190764 ENSG00000233493 TMEM238 - transmembrane protein 238 protein-coding 2.775 2.067 3.387 4.401 2.710 2.527 1.748 1.638 3.747 1.562 3.681 2.073 1.046 1.554 2.857 2.661 1.009 0.149 2.383 0.862 2.806 0.821 1.668 0.882 2.821 0.964 0.939 2.079 3.372 1.126 3.161 4.480 3.563 4.304 1.281 2.457 0.744 2.674 0.086 1.482 1.671 3.908 2.182 1.134 4.620 1.723 4.090 1.060 3.436 1.921 2.947 1.550 2.661 1.843 2.477 2.821 2.002 2.364 1.220 3.547 1.764 3.148 1.449 1.280 1.132 0.893 0.539 4.709 5.908 2.587 3.934 4.821 4.780 6.082 2.731 2.715 2.604 2.807 3.957 5.488 8.183 5.259 6.103 2.024 4.239 3.119 2.887 2.750 4.301 2.642 1.621 10992 chr8 61986992 61993733 + 0 NA Intergenic Intergenic -110055 NR_034003 100130298 Hs.636194 NR_034003 LOC100130298 - hCG1816373-like ncRNA 2.937 1.072 5.097 0.063 3.166 0.248 0.471 1.903 2.960 0.014 0.148 0.276 0.045 1.078 1.224 2.520 0.067 0.119 0.315 0.460 0.027 3.046 1.116 1.368 0.187 0.022 0.011 0.144 0.033 0.132 0.279 0.075 3.211 0.479 0.072 2.913 0.048 0.080 0.158 0.128 0.096 0.063 0.012 0.066 0.093 0.057 0.353 0.036 0.073 0.059 0.139 2.520 0.071 1.368 0.238 0.073 14.794 0.069 4.984 0.094 0.073 0.405 0.180 0.009 0.015 0.418 0.363 0.245 0.251 2.627 2.156 9.666 2.541 0.096 0.058 1.834 nan 4.063 2.773 nan 2.310 0.298 0.326 9.475 10.121 0.531 1.402 5.720 2.810 6784 chr20 379770 397787 + 0 NA promoter-TSS (NM_001323956) promoter-TSS (NM_001323956) 84 NM_001323960 10616 Hs.29546 NM_006462 ENSG00000125826 RBCK1 C20orf18|HOIL-1|HOIL1|PBMEI|PGBM1|RBCK2|RNF54|UBCE7IP3|XAP3|XAP4|ZRANB4 RANBP2-type and C3HC4-type zinc finger containing 1 protein-coding 2.236 2.394 1.892 1.756 2.210 1.099 0.729 1.549 2.917 0.662 2.283 1.119 0.241 1.573 2.507 0.801 0.668 0.188 1.064 0.377 1.045 0.685 0.749 0.416 1.180 1.642 1.620 0.890 0.648 1.011 4.131 5.806 1.202 4.056 0.706 1.397 0.356 0.782 0.119 0.576 0.516 1.166 1.767 0.709 1.513 1.348 1.231 1.112 3.224 1.770 3.072 3.259 0.801 1.060 0.632 1.180 1.440 1.020 1.124 1.290 1.738 1.188 1.792 0.404 0.708 1.822 1.072 2.282 2.948 1.221 1.664 1.960 1.693 3.237 1.399 5.288 5.439 1.353 1.864 2.976 2.956 4.125 3.706 4.060 3.267 1.164 2.007 1.089 1.627 0.847 0.529 3896 chr15 33388737 33406278 + 0 NA intron (NM_001277313, intron 4 of 20) intron (NM_001277313, intron 4 of 20) -37274 NM_001103184 342184 Hs.657649 NM_198500 ENSG00000248905 FMN1 FMN|LD formin 1 protein-coding 0.611 nan nan 0.103 0.105 0.086 1.010 0.171 0.225 0.027 0.273 1.661 0.025 0.011 0.389 0.349 0.833 0.077 0.403 0.162 0.058 0.113 0.145 0.027 0.447 0.166 0.063 0.257 0.361 0.455 1.322 0.285 0.285 0.292 0.058 0.015 0.031 0.068 0.482 0.018 0.247 0.296 0.212 0.673 0.087 0.225 5.533 0.100 0.159 0.365 0.119 0.349 0.102 0.167 0.027 0.312 0.079 0.022 0.081 0.081 0.416 0.045 0.031 1.701 0.368 0.127 0.362 0.172 0.329 0.886 0.226 0.314 0.088 0.048 0.122 0.154 0.170 0.231 0.386 0.257 0.479 0.178 0.163 0.291 0.142 0.210 0.099 0.203 0.548 0.490 1007 chr1 200978870 201002743 + 0 NA intron (NM_001252103, intron 1 of 33) intron (NM_001252103, intron 1 of 33) 2022 NM_001252103 23046 Hs.169182 NM_017596 ENSG00000116852 KIF21B - kinesin family member 21B protein-coding 1.384 1.747 1.654 0.294 0.204 0.954 0.179 0.553 0.944 0.036 0.242 0.313 0.027 0.063 0.304 0.781 0.122 0.096 0.358 0.151 0.072 0.052 0.390 0.297 0.572 0.375 0.133 0.151 0.148 0.102 2.081 5.428 0.426 1.686 0.129 0.130 0.103 0.200 0.096 0.094 0.076 0.231 0.192 0.118 0.101 0.196 0.271 0.138 1.141 0.149 0.099 0.725 0.781 0.307 0.047 0.572 0.544 0.087 0.122 0.212 0.115 0.316 0.074 1.058 0.042 0.048 0.026 0.710 1.102 0.726 1.137 1.875 1.601 1.293 0.512 nan nan 0.761 1.200 1.003 1.156 0.999 0.711 0.236 0.329 0.468 0.399 2.025 4.528 0.824 0.598 1443 chr10 39076530 39082780 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 89928 NR_045000 399746 Hs.742607 NR_045000 ACTR3BP5 FKSG74 ACTR3B pseudogene 5 pseudo 4.320 5.604 4.404 0.254 0.371 0.090 0.182 1.049 1.703 0.061 0.583 0.213 0.040 0.530 0.557 1.313 1.008 4.668 0.576 0.030 0.061 0.305 0.500 1.759 0.478 0.033 0.151 0.023 0.665 0.034 0.361 0.328 0.601 1.601 0.687 0.457 0.229 1.224 0.282 0.594 0.193 0.150 0.035 0.610 0.277 1.427 0.339 0.147 0.126 0.412 1.313 0.399 0.148 0.478 0.157 0.214 0.124 0.056 0.193 0.267 0.141 0.258 0.168 0.175 0.163 2.195 0.921 0.847 nan 1.832 2.814 0.663 0.481 0.885 0.822 1.688 2.557 1.164 1.145 2.623 0.533 0.789 1.229 0.851 1.433 1.005 1.697 0.582 1.248 4441 chr16 72228825 72246855 + 0 NA Intergenic Intergenic -31491 NM_001160213 83449 Hs.714939 NM_031293 ENSG00000118557 PMFBP1 - polyamine modulated factor 1 binding protein 1 protein-coding 0.911 2.597 nan 0.101 2.095 0.056 0.071 2.662 4.382 0.026 0.225 0.169 0.205 0.330 1.328 0.087 0.068 0.327 0.474 0.024 0.038 0.255 0.172 2.918 0.073 0.021 0.061 0.087 0.035 0.049 0.106 0.051 3.155 0.048 0.084 0.079 0.072 0.065 0.117 0.242 0.180 0.275 0.147 0.302 0.042 0.059 0.212 0.035 0.270 0.004 0.052 1.328 0.142 0.041 2.918 0.157 0.041 0.602 0.035 0.209 0.065 0.017 0.090 0.037 0.016 0.017 0.363 0.376 0.141 0.219 0.592 0.769 6.217 1.645 0.571 0.596 0.361 0.606 3.985 4.048 1.351 1.030 0.121 0.256 0.635 0.571 0.137 0.225 4.232 1.914 6141 chr2 58030952 58040024 + 0 NA Intergenic Intergenic -99298 NM_001288837 7444 Hs.715298 NM_006296 ENSG00000028116 VRK2 - vaccinia related kinase 2 protein-coding 0.721 nan 0.635 0.072 0.106 0.019 0.097 0.174 0.288 0.069 0.081 0.014 0.043 0.168 0.098 0.124 0.128 0.059 0.021 0.028 0.109 0.157 0.207 0.146 0.089 0.023 0.008 0.128 0.012 0.053 0.064 0.054 0.289 0.016 0.060 0.062 0.036 0.102 0.013 0.018 0.041 0.007 0.009 0.061 0.043 0.130 0.055 0.081 0.031 0.027 0.050 0.098 0.059 0.072 0.146 0.014 0.028 0.054 0.013 0.045 0.114 0.283 0.060 0.017 0.044 0.005 1.283 0.876 6.790 6.376 0.340 0.480 0.459 0.193 0.203 0.183 0.623 0.686 0.384 0.364 0.528 0.168 0.409 0.875 0.092 0.105 0.307 0.411 0.447 0.353 1186 chr1 230958336 230963943 + 0 NA Intergenic Intergenic 30643 NM_001136495 84886 Hs.520494 NM_032800 ENSG00000119280 C1orf198 - chromosome 1 open reading frame 198 protein-coding 1.479 1.036 3.960 0.823 0.236 0.638 0.394 0.371 0.497 0.035 0.180 2.532 0.033 0.498 0.176 1.452 6.768 0.224 0.208 0.138 0.045 0.915 0.417 0.811 0.850 0.477 0.039 0.455 0.263 0.171 0.333 1.129 1.259 0.079 0.102 0.017 0.078 0.047 0.021 0.113 0.245 0.046 0.014 0.136 0.178 0.707 0.186 0.305 0.026 5.752 0.644 1.452 0.192 0.642 0.811 0.184 0.088 0.435 0.052 0.889 1.750 0.053 0.211 0.014 0.031 0.018 0.659 0.851 1.013 2.945 0.775 0.781 nan 0.473 0.496 0.672 0.617 0.868 nan 0.814 0.449 0.311 0.254 0.259 0.610 1.097 0.506 0.945 nan 0.858 8456 chr4 83315163 83329519 + 0 NA Intergenic Intergenic -27192 NM_002138 3184 Hs.480073 NM_002138 ENSG00000138668 HNRNPD AUF1|AUF1A|HNRPD|P37|hnRNPD0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D protein-coding 0.629 0.601 0.530 0.386 0.068 0.391 2.849 0.151 0.293 0.092 0.211 0.465 0.008 0.056 0.352 0.115 0.094 0.145 2.125 0.951 0.035 0.023 0.055 0.093 0.137 0.300 0.160 0.047 1.270 1.557 2.462 4.277 1.034 0.208 0.615 0.041 0.027 0.066 0.084 0.148 0.072 0.772 0.092 0.038 1.217 1.419 0.625 0.480 0.062 0.850 0.547 0.480 0.115 2.506 0.033 0.137 0.230 0.259 0.035 0.414 0.057 0.128 0.007 0.111 0.037 0.008 0.253 0.206 0.216 0.350 0.175 0.286 0.883 0.301 0.306 0.268 0.196 nan 0.756 1.191 0.244 0.135 0.091 0.115 0.071 0.141 0.190 nan 0.300 0.281 7220 chr21 40890134 40911020 + 0 NA Intergenic Intergenic 76797 NM_007341 6450 Hs.473847 NM_007341 ENSG00000185437 SH3BGR 21-GARP SH3 domain binding glutamate rich protein protein-coding nan 0.672 1.969 0.103 0.358 1.905 0.108 0.243 0.520 0.023 0.063 0.102 0.024 0.063 0.132 0.333 0.096 0.077 0.041 0.085 0.007 0.113 0.080 0.460 0.335 0.155 0.014 0.078 0.010 0.421 2.777 0.103 8.096 0.035 0.049 0.036 0.063 0.095 0.074 0.422 0.084 0.023 0.038 0.105 0.052 0.039 0.186 0.133 0.058 0.146 0.093 0.333 0.065 0.022 0.460 0.205 0.147 0.014 0.045 0.059 0.041 0.120 0.065 0.095 0.011 0.010 0.600 0.674 0.233 0.302 0.611 0.578 nan 0.190 0.238 0.243 0.225 nan 0.695 0.743 0.393 0.229 0.297 0.300 0.264 0.294 0.221 0.289 1.118 0.911 2240 chr11 110873899 110885505 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 88340 NR_149131 105369490 NR_149131 ENSG00000271584 LINC02550 - long intergenic non-protein coding RNA 2550 ncRNA 0.673 0.726 0.515 0.050 0.097 0.072 0.123 0.153 0.310 0.025 0.082 0.168 0.038 0.018 0.053 0.166 0.109 0.014 0.090 0.098 0.006 0.081 0.147 0.041 0.018 0.013 0.019 0.087 0.009 0.062 0.124 0.060 0.377 0.013 0.074 0.008 0.066 0.109 0.083 0.161 0.032 0.014 0.080 0.046 0.067 0.190 0.034 0.018 0.014 0.061 0.166 0.049 0.032 0.041 0.042 0.029 0.036 0.015 0.044 4.309 0.086 0.016 0.005 0.009 8.895 13.613 2.093 1.304 0.362 0.514 0.336 0.131 0.901 0.917 0.714 nan 0.343 0.357 0.329 0.136 2.821 4.578 0.153 0.167 0.196 0.465 0.661 0.700 9741 chr6 58160607 58168046 + 0 NA Intergenic L1MEf|LINE|L1 98881 NR_132999 375513 Hs.561539 NM_206908 GUSBP4 C6orf216|GUSBL2|SMA3-L|SMAC3L glucuronidase, beta pseudogene 4 pseudo 0.820 0.753 nan 0.097 7.369 0.059 0.048 0.324 0.675 0.115 0.025 0.020 2.528 0.575 0.195 0.086 0.107 0.029 0.027 0.780 0.612 3.693 0.042 0.039 0.054 0.031 0.066 0.085 0.306 2.332 0.072 0.064 0.043 0.131 0.022 0.067 0.032 0.010 0.044 0.010 0.066 0.108 0.044 0.043 0.032 0.043 0.195 0.077 0.074 3.693 0.005 0.066 0.124 3.715 0.021 0.026 0.049 0.010 0.054 0.014 0.490 0.296 0.196 0.237 3.252 2.848 0.888 0.360 0.247 0.310 0.143 0.340 15.249 11.014 0.348 0.111 0.223 0.090 0.174 0.147 0.132 0.287 3.222 1.659 5241 chr18 31315472 31345837 + 0 NA 3' UTR (NM_030632, exon 12 of 12) 3' UTR (NM_030632, exon 12 of 12) 172113 NM_030632 80816 Hs.464876 NM_030632 ENSG00000141431 ASXL3 BRPS|KIAA1713 additional sex combs like 3, transcriptional regulator protein-coding nan 0.893 0.777 0.045 1.210 1.568 0.012 1.747 3.300 0.076 0.154 0.022 0.122 3.170 0.497 0.049 0.032 0.024 0.050 0.027 0.005 0.452 0.495 5.521 0.002 0.005 0.029 0.017 0.058 0.146 0.012 1.357 0.043 0.048 0.253 0.050 0.083 0.039 0.174 0.058 0.014 0.010 0.050 0.015 0.038 0.148 0.029 0.066 0.044 0.018 0.497 0.038 0.104 5.521 0.032 0.019 0.305 0.008 0.197 0.046 0.030 0.134 0.020 0.009 0.003 0.429 0.246 0.369 0.382 19.959 20.902 1.356 0.427 0.156 0.126 1.246 1.550 nan 3.410 0.848 0.670 0.081 0.141 1.028 1.919 0.377 0.774 9.689 5.047 4222 chr16 9936463 9942438 + 0 NA intron (NM_000833, intron 6 of 13) L2a|LINE|L2 336474 NM_001134408 2903 Hs.411472 NM_000833 ENSG00000183454 GRIN2A EPND|FESD|GluN2A|LKS|NMDAR2A|NR2A glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2A protein-coding 0.475 nan 0.549 8.160 0.045 0.093 0.524 0.080 0.088 0.032 0.105 0.077 0.016 0.060 0.063 0.028 0.086 0.021 0.039 0.098 0.020 1.655 1.403 0.024 3.093 0.069 0.067 0.138 0.134 0.174 0.096 0.081 0.088 0.160 0.262 0.020 0.013 3.133 1.272 0.128 0.150 0.054 0.012 0.147 0.069 0.023 1.334 0.020 0.020 0.151 0.082 0.019 0.039 0.928 0.016 0.749 0.087 0.102 0.418 0.505 0.143 0.199 0.165 0.147 nan 0.113 0.112 0.112 0.164 nan 0.216 0.259 0.342 0.172 0.092 0.155 0.055 0.117 0.175 0.429 0.075 0.255 7748 chr3 112851434 112873172 + 0 NA non-coding (NR_110823, exon 4 of 4) non-coding (NR_110823, exon 4 of 4) 24275 NR_110823 101929717 Hs.638426 NR_110823 ENSG00000243795 LINC02044 - long intergenic non-protein coding RNA 2044 ncRNA 2.023 nan 1.616 0.053 0.967 0.138 0.200 0.424 0.780 0.119 0.108 0.503 0.017 0.129 0.099 1.482 1.335 0.157 0.087 0.047 0.029 0.026 0.627 0.488 0.992 0.124 0.040 0.024 0.095 0.032 0.176 0.865 0.069 1.916 0.081 0.047 0.588 0.040 0.084 0.076 0.131 0.151 0.025 0.014 0.040 0.042 0.080 0.152 0.124 0.172 0.036 0.150 1.482 0.072 0.015 0.992 0.028 0.102 0.152 0.043 0.140 0.048 0.077 0.154 0.040 0.024 0.005 0.681 0.904 4.586 6.267 0.596 nan 0.409 0.157 0.367 0.360 nan 4.070 1.851 1.787 0.681 0.337 0.142 0.219 1.323 1.552 0.276 0.439 0.755 0.610 2573 chr12 27855625 27865235 + 0 NA Intergenic Intergenic -3276 NM_021821 60488 Hs.714076 NM_021821 ENSG00000061794 MRPS35 HDCMD11P|MDS023|MRP-S28|MRPS28 mitochondrial ribosomal protein S35 protein-coding nan nan nan 1.336 2.497 0.435 1.376 0.532 0.729 0.500 1.812 1.671 0.264 0.396 0.584 0.922 0.382 0.101 2.012 0.849 1.020 0.447 0.901 0.471 1.313 0.933 0.858 0.293 1.288 0.440 1.548 2.384 1.574 2.759 0.712 1.001 0.119 2.050 0.167 3.904 0.696 0.815 0.769 0.382 0.922 0.703 0.997 1.914 1.410 2.032 0.673 0.737 0.922 1.793 1.500 1.313 0.660 0.752 3.098 2.482 1.256 0.658 0.431 0.634 1.729 0.437 0.305 1.088 1.167 1.855 2.940 2.380 2.398 3.927 1.278 6.053 6.114 1.513 1.803 1.492 2.462 2.143 1.945 0.997 1.653 0.837 0.788 1.975 2.162 1.604 1.028 11530 chr9 35656341 35666079 + 0 NA 3' UTR (NM_174923, exon 5 of 5) 3' UTR (NM_174923, exon 5 of 5) 2923 NM_174923 203260 Hs.745107 NM_174923 ENSG00000159884 CCDC107 PSEC0222 coiled-coil domain containing 107 protein-coding 2.346 5.974 3.076 1.884 3.324 3.014 2.444 1.911 3.571 1.002 2.966 1.022 0.726 2.727 2.321 2.210 2.619 0.516 1.662 0.742 2.934 1.067 1.983 1.200 3.475 2.283 2.270 1.801 1.444 0.711 2.586 5.654 4.075 8.194 1.658 1.840 0.839 2.504 0.093 1.098 1.713 3.354 2.862 1.210 2.126 1.199 1.544 3.241 3.809 4.094 1.458 2.532 2.210 2.553 3.392 3.475 1.181 1.461 0.408 9.572 1.341 1.697 0.964 0.796 2.285 2.117 1.497 2.258 2.933 4.272 5.601 5.387 6.202 5.924 3.806 3.505 3.641 3.749 4.402 3.236 5.176 3.966 3.727 2.962 4.155 3.386 4.321 2.548 2.507 3.569 1.889 2984 chr12 118117272 118137307 + 0 NA intron (NM_173598, intron 4 of 19) MER58A|DNA|hAT-Charlie 278739 NM_173598 283455 Hs.375836 NM_173598 ENSG00000171435 KSR2 - kinase suppressor of ras 2 protein-coding nan nan 0.541 0.164 0.118 3.745 0.233 0.184 0.370 0.116 0.059 0.065 0.022 0.215 0.282 0.463 0.045 0.153 0.037 0.025 0.028 0.210 0.198 0.398 0.429 0.360 0.011 0.075 0.011 0.246 0.265 0.078 1.079 0.015 0.068 0.095 0.062 0.119 0.224 0.090 0.083 0.065 0.062 0.016 0.452 0.074 0.244 0.715 0.032 1.789 0.080 0.463 0.046 0.032 0.398 0.043 0.161 0.092 0.064 0.386 0.283 0.055 0.048 0.068 0.138 0.039 0.357 0.259 0.225 0.444 nan nan nan 0.314 0.365 0.376 0.132 0.259 nan nan 0.454 0.233 0.206 0.226 0.269 0.774 0.112 0.151 nan 1.074 7930 chr3 154781478 154802258 + 0 NA intron (NM_001354642, intron 1 of 22) L1ME3E|LINE|L1 -5568 NM_000902 4311 Hs.307734 NM_000902 ENSG00000196549 MME CALLA|CD10|CMT2T|NEP|SCA43|SFE membrane metalloendopeptidase protein-coding nan 1.107 0.646 0.328 0.119 0.029 0.147 0.077 0.302 0.169 0.144 0.080 0.009 0.024 0.043 0.252 1.095 0.177 0.157 0.128 0.033 0.120 0.165 0.246 0.109 0.249 0.090 1.329 0.367 0.387 0.124 0.235 0.338 0.240 0.227 0.049 0.005 0.026 0.074 0.136 0.030 1.754 1.470 0.779 0.074 0.018 0.106 7.500 0.063 1.299 0.042 0.048 0.252 0.038 0.036 0.109 0.042 0.032 0.005 1.383 0.044 0.053 0.044 0.060 0.246 0.022 0.015 0.506 0.507 3.158 2.359 0.386 0.436 0.211 0.177 0.256 0.301 0.224 nan 0.214 0.180 0.719 0.513 0.267 0.462 0.038 0.029 0.201 0.273 0.147 0.192 9528 chr6 26913751 26944426 + 0 NA intron (NR_026775, intron 1 of 2) intron (NR_026775, intron 1 of 2) 4316 NR_026775 100133205 Hs.526951 NR_026775 ENSG00000224843 LINC00240 C6orf41|NCRNA00240|bA373D17.1 long intergenic non-protein coding RNA 240 ncRNA 1.208 1.502 nan 0.536 2.463 0.347 0.373 0.623 1.081 0.249 0.463 0.285 0.342 0.748 1.020 0.825 0.417 0.169 0.619 0.112 0.442 0.536 2.052 1.384 2.475 0.262 0.380 0.212 0.454 0.117 0.688 1.297 0.941 nan 0.281 0.325 2.143 0.510 0.168 0.108 0.814 0.577 0.361 0.211 0.107 0.307 0.536 0.189 0.342 0.704 0.424 0.525 0.825 0.691 0.519 2.475 0.266 0.596 0.405 0.632 0.960 0.456 0.809 0.263 0.188 0.156 0.127 1.138 1.220 1.141 nan 1.920 1.909 nan 1.517 2.320 2.218 2.249 2.264 2.042 2.679 1.678 1.342 0.535 0.948 2.976 4.225 0.539 0.844 2.190 1.042 10110 chr7 1013184 1033505 + 0 NA intron (NM_017781, intron 1 of 8) intron (NM_017781, intron 1 of 8) 509 NM_017781 54905 Hs.272795 NM_017781 ENSG00000073067 CYP2W1 - cytochrome P450 family 2 subfamily W member 1 protein-coding 2.313 1.039 5.719 2.590 0.484 0.447 0.352 0.348 0.602 0.198 0.810 0.970 0.121 0.733 0.328 0.772 0.459 0.158 0.663 0.233 0.265 0.323 0.515 0.297 0.999 0.382 0.293 0.471 0.872 0.176 0.875 nan 1.017 nan 0.238 0.395 0.076 0.971 0.140 0.261 0.273 0.916 0.333 0.237 0.318 0.326 0.567 0.372 0.875 1.226 0.221 0.402 0.772 0.771 0.583 0.999 0.373 0.411 0.892 1.446 0.791 0.442 0.858 0.583 0.245 0.184 0.136 1.652 2.665 0.682 nan 1.176 1.148 nan 0.444 2.115 2.055 1.172 1.613 nan 0.442 1.050 1.429 1.134 1.313 0.500 0.605 0.831 1.491 0.806 0.564 3988 chr15 60766910 60772108 + 0 NA intron (NM_001018089, intron 2 of 15) intron (NM_001018089, intron 2 of 15) 1850 NM_001276385 79664 Hs.200943 NM_024611 ENSG00000128915 ICE2 BRCC1|NARG2 interactor of little elongation complex ELL subunit 2 protein-coding 3.947 2.837 nan 2.679 2.442 1.373 1.302 1.354 3.607 0.958 2.471 2.225 0.905 1.036 1.472 2.892 1.364 0.172 1.578 0.547 2.580 1.813 2.148 0.872 4.262 1.401 1.113 1.230 1.309 0.731 2.829 4.114 1.784 6.423 1.378 3.085 0.750 2.163 0.082 1.034 0.766 2.171 1.841 0.602 1.716 0.812 1.452 1.951 3.885 2.346 1.288 2.020 2.892 2.486 3.021 4.262 1.973 1.936 1.109 1.992 1.997 1.093 1.137 1.091 1.008 1.674 1.284 4.052 3.758 10.318 11.204 3.784 3.595 nan 2.033 6.243 6.594 4.536 5.279 4.431 7.046 7.566 7.088 3.086 4.610 5.404 5.317 4.078 4.238 2.563 1.652 10094 chr6 170333976 170348513 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -134622 NR_125878 102724511 Hs.550045 NR_125878 LOC102724511 - uncharacterized LOC102724511 ncRNA nan 0.892 nan 0.212 0.449 3.970 0.767 0.409 1.106 0.270 0.033 0.038 0.379 0.214 0.221 0.686 0.072 0.011 0.130 0.039 0.030 0.237 0.231 5.809 0.314 0.106 0.005 0.836 0.159 0.364 0.706 0.358 1.476 0.523 0.058 0.203 0.067 0.095 0.024 0.283 0.076 0.096 0.034 1.081 1.472 0.026 0.069 0.050 0.049 0.011 0.538 0.686 0.504 0.052 5.809 0.324 1.038 0.159 0.050 0.608 0.076 0.095 0.076 0.058 0.024 0.018 0.573 0.769 0.439 0.849 nan 3.208 nan 0.989 0.983 1.132 0.079 0.152 nan 1.156 0.448 0.304 0.303 0.442 0.813 0.941 0.114 0.180 1.019 0.578 6167 chr2 65564222 65649867 + 0 NA intron (NM_181784, intron 1 of 5) intron (NM_181784, intron 1 of 5) -13113 NM_001128210 200734 Hs.59332 NM_181784 ENSG00000198369 SPRED2 Spred-2 sprouty related EVH1 domain containing 2 protein-coding 0.991 0.673 nan 0.290 0.310 0.143 1.527 0.236 0.541 0.193 0.252 1.929 0.219 0.485 0.099 0.234 0.347 0.117 1.262 0.659 0.570 0.104 0.099 0.082 0.335 0.747 0.466 0.157 0.663 0.455 3.025 5.039 1.945 0.545 0.470 0.263 0.018 0.159 0.144 0.674 0.070 0.272 0.145 0.119 0.669 0.406 0.319 0.909 0.493 0.374 0.310 0.294 0.234 1.308 2.023 0.335 0.236 0.276 0.065 0.326 0.292 0.425 0.069 0.185 0.335 0.141 0.102 0.362 0.293 0.374 0.598 0.484 0.549 nan 0.214 0.552 0.581 0.731 1.072 1.239 1.238 0.514 0.246 0.196 0.306 0.095 0.156 0.375 0.735 1.107 1.012 4347 chr16 48149550 48170543 + 0 NA intron (NM_033226, intron 9 of 28) intron (NM_033226, intron 9 of 28) 20635 NM_033226 94160 Hs.410111 NM_033226 ENSG00000140798 ABCC12 MRP9 ATP binding cassette subfamily C member 12 protein-coding 0.782 0.848 1.017 0.185 0.242 0.191 4.306 0.145 0.254 0.205 0.739 2.786 0.012 0.019 0.208 1.309 0.099 0.068 0.986 1.264 0.243 0.013 0.073 0.074 0.274 2.041 1.145 0.129 0.425 0.815 0.165 1.006 0.488 0.418 2.013 1.075 0.009 0.052 0.072 2.629 0.084 1.216 0.270 0.193 1.299 0.343 0.414 3.617 0.597 0.292 3.204 1.902 1.309 1.782 3.467 0.274 0.123 0.110 0.032 0.212 0.078 1.629 0.028 0.311 2.580 0.263 0.150 0.292 0.204 0.100 0.149 0.322 0.366 0.139 0.029 0.446 0.449 0.153 0.224 0.632 0.756 0.498 0.267 0.162 0.177 0.068 0.112 0.363 0.891 0.509 0.516 11642 chr9 93562171 93569916 + 0 NA intron (NM_001174168, intron 1 of 12) intron (NM_001174168, intron 1 of 12) 1834 NM_001174168 6850 Hs.371720 NM_003177 ENSG00000165025 SYK p72-Syk spleen associated tyrosine kinase protein-coding 3.028 nan 5.502 0.305 6.924 2.663 0.201 2.485 5.311 0.012 0.108 0.072 0.018 1.432 2.842 2.265 0.029 0.062 1.854 0.530 0.016 2.351 1.428 3.461 0.313 0.195 0.019 2.941 0.761 1.423 3.178 1.257 9.236 0.922 0.069 1.657 0.112 0.061 0.107 0.176 0.083 0.116 0.063 1.074 0.368 1.235 0.104 0.172 0.027 0.153 1.964 2.265 1.266 0.012 3.461 0.749 0.431 0.252 0.113 3.929 0.010 0.115 0.175 0.010 0.015 0.006 1.285 2.003 2.589 nan 15.019 13.639 7.014 2.852 1.555 1.544 0.942 1.309 7.360 10.214 2.550 2.351 0.582 0.857 6.385 6.649 1.359 2.450 4.524 2.260 10262 chr7 27773614 27785982 + 0 NA promoter-TSS (NM_006024) promoter-TSS (NM_006024) 84 NM_006024 8887 Hs.34576 NM_006024 ENSG00000106052 TAX1BP1 CALCOCO3|T6BP|TXBP151 Tax1 binding protein 1 protein-coding 2.662 2.135 3.115 3.017 1.384 1.217 1.506 0.539 0.895 2.179 1.448 1.304 3.547 0.510 0.976 0.631 1.379 0.180 1.628 0.508 1.468 0.606 0.662 0.312 1.294 2.417 1.998 0.504 2.048 0.860 3.675 6.334 7.244 3.567 1.030 2.631 0.162 1.539 0.175 0.639 0.540 1.446 0.536 0.303 1.371 1.309 3.482 1.197 1.297 0.827 1.574 2.163 0.631 2.315 3.110 1.294 1.496 0.783 0.259 1.179 1.150 2.096 0.768 1.907 0.917 0.447 0.235 3.454 3.993 2.732 nan 2.133 1.932 2.432 1.038 3.322 3.480 1.430 2.023 2.334 3.426 2.663 2.701 1.569 3.025 0.952 1.185 3.408 nan 1.318 0.921 4239 chr16 12397814 12416402 + 0 NA intron (NM_032167, intron 15 of 20) AluSx1|SINE|Alu 336517 NM_032167 92017 Hs.458401 NM_032167 ENSG00000048471 SNX29 A-388D4.1|RUNDC2A sorting nexin 29 protein-coding 1.051 0.710 nan 0.144 0.392 0.752 1.573 0.647 0.993 0.045 0.085 0.154 0.039 0.596 0.937 0.302 0.099 0.069 0.114 0.102 0.021 0.030 0.364 0.171 0.638 0.230 0.096 0.044 0.048 0.329 0.117 0.601 0.065 2.141 0.180 0.058 0.098 0.023 0.100 0.006 0.111 0.109 0.032 0.034 0.399 0.783 0.117 0.167 0.245 0.039 0.060 0.079 0.302 0.054 0.085 0.638 0.020 0.040 0.303 0.065 0.228 0.063 1.979 0.346 0.044 0.019 0.003 1.004 0.820 0.128 0.387 0.640 0.530 4.826 1.485 2.583 2.777 0.789 1.262 1.245 1.492 nan 0.920 1.813 2.307 0.699 0.960 0.930 1.330 2.851 1.367 908 chr1 179844719 179853757 + 0 NA Intergenic Intergenic -1939 NM_015602 26092 Hs.496459 NM_015602 ENSG00000143337 TOR1AIP1 LAP1|LAP1B|LGMD2Y torsin 1A interacting protein 1 protein-coding nan nan nan 3.216 2.887 1.820 2.152 1.551 2.962 0.939 3.195 2.159 1.011 0.764 4.254 2.944 3.525 0.522 4.453 1.575 1.512 1.597 2.043 1.154 3.197 2.169 2.159 1.525 2.917 1.864 2.757 3.572 3.338 6.374 1.841 4.527 0.580 3.792 0.196 0.848 2.024 2.507 3.091 1.245 3.373 1.523 3.166 1.992 2.685 1.777 2.267 2.195 2.944 5.230 3.639 3.197 1.906 1.608 0.614 2.268 1.924 1.958 3.297 1.395 1.687 2.881 2.904 5.286 5.585 6.642 10.673 nan 5.785 5.477 2.402 11.894 13.036 4.552 5.379 4.557 6.274 4.254 4.376 6.487 10.050 3.980 4.530 4.024 nan 2.765 1.246 10418 chr7 73232485 73272389 + 0 NA intron (NM_152559, intron 5 of 5) AluJo|SINE|Alu 4418 NM_152559 155368 Hs.647042 NM_152559 ENSG00000165171 METTL27 WBSCR27 methyltransferase like 27 protein-coding nan 1.883 1.368 1.727 2.539 2.445 4.295 1.175 2.254 1.170 1.855 2.805 0.834 1.057 3.959 1.223 1.184 0.342 1.637 0.995 0.193 0.069 1.289 0.708 2.775 1.053 0.976 0.178 4.522 2.126 2.868 6.565 6.052 3.565 1.514 2.955 0.638 0.323 0.138 1.508 0.643 1.541 0.472 0.230 1.954 3.121 2.913 1.802 1.631 1.800 0.682 2.172 1.223 2.786 3.088 2.775 2.144 2.690 0.694 0.659 0.777 2.164 1.810 0.235 0.862 1.272 1.145 2.258 3.145 1.796 nan 3.832 3.512 1.919 0.962 0.419 0.471 0.243 nan 4.946 nan 1.959 1.988 1.359 2.170 1.864 2.201 0.446 1.062 2.408 1.275 3127 chr13 39607898 39615201 + 0 NA promoter-TSS (NR_073109) promoter-TSS (NR_073109) 664 NM_025138 80209 Hs.318526 NM_025138 ENSG00000120685 PROSER1 C13orf23 proline and serine rich 1 protein-coding 3.414 2.973 3.784 2.392 2.814 2.336 1.344 0.978 1.611 0.248 2.193 0.832 1.759 1.196 2.680 1.348 1.385 0.110 2.262 0.703 0.258 0.588 1.969 0.949 4.815 0.739 0.782 0.554 1.170 0.737 3.364 4.482 1.309 5.352 1.001 1.248 1.128 2.813 0.145 0.518 1.161 2.713 2.389 1.277 1.239 0.779 2.884 1.220 1.393 1.852 1.061 1.161 1.348 1.943 1.978 4.815 0.869 1.544 0.386 1.471 1.197 0.721 2.695 1.684 1.264 0.489 0.376 7.218 7.522 2.406 3.640 10.665 10.096 10.712 4.013 5.741 5.740 3.509 4.392 2.632 4.226 4.382 4.831 4.741 7.911 6.382 6.416 5.302 6.399 2.319 1.370 284 chr1 39248849 39253515 + 0 NA Intergenic MamRep434|DNA|TcMar-Tigger 74313 NM_022157 64121 Hs.532461 NM_022157 ENSG00000116954 RRAGC GTR2|RAGC|TIB929 Ras related GTP binding C protein-coding 6.416 nan 0.652 0.094 0.208 0.024 0.229 0.344 0.470 0.069 0.067 0.078 0.086 0.057 0.598 0.081 0.124 0.046 0.012 0.014 0.089 0.345 0.193 0.238 0.089 0.077 0.111 0.101 0.187 0.691 0.112 0.575 0.031 0.045 0.171 0.109 0.051 0.134 0.058 0.023 0.016 0.062 0.079 0.052 0.046 0.806 0.087 0.598 0.048 0.090 0.238 0.213 2.898 0.049 0.307 0.101 0.235 0.081 0.017 0.012 0.049 0.194 0.219 0.034 0.264 0.539 0.451 nan 0.078 0.156 0.159 0.274 0.368 0.886 1.096 nan 1.220 0.495 0.847 0.053 0.507 0.504 1.218 1.083 nan 4151 chr15 96724284 96730152 + 0 NA intron (NR_125738, intron 3 of 4) intron (NR_125738, intron 3 of 4) -141939 NM_001145155 7026 Hs.347991 NM_021005 ENSG00000185551 NR2F2 ARP1|CHTD4|COUPTF2|COUPTFB|COUPTFII|NF-E3|NR2F1|SVP40|TFCOUP2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 protein-coding nan nan nan 0.312 0.089 0.145 0.082 0.051 0.050 0.066 0.182 0.043 0.069 0.022 1.101 0.108 0.635 0.023 0.107 0.069 0.061 0.257 0.024 0.063 0.045 0.096 0.190 0.121 0.618 0.004 0.103 0.037 0.073 0.020 0.124 0.063 0.010 0.013 0.052 0.150 0.243 3.974 0.073 4.800 4.356 0.022 0.072 0.016 0.061 0.503 3.422 0.016 0.110 0.034 0.014 0.033 0.104 0.087 0.010 0.008 0.320 0.160 0.245 0.341 0.250 0.244 nan 0.114 0.317 0.298 0.137 0.212 0.142 0.111 nan 0.205 0.107 0.178 0.029 0.026 0.245 nan 0.365 0.290 3870 chr15 26105013 26111979 + 0 NA promoter-TSS (NM_024490) promoter-TSS (NM_024490) -147 NM_024490 57194 Hs.638517 NM_024490 ENSG00000206190 ATP10A ATP10C|ATPVA|ATPVC ATPase phospholipid transporting 10A (putative) protein-coding nan 0.600 nan 0.010 0.012 5.045 0.046 0.092 0.152 0.078 0.039 0.018 0.022 0.410 0.095 0.069 0.683 0.246 1.577 0.020 0.089 0.115 0.047 1.299 1.493 1.527 1.723 0.752 1.345 0.385 0.121 0.211 0.147 0.046 0.054 0.605 0.066 0.145 0.018 0.011 4.752 0.484 0.069 0.575 1.245 0.050 1.697 0.526 0.410 0.704 11.982 0.047 0.104 0.014 0.116 0.015 3.329 0.014 0.017 3.025 0.291 0.044 0.272 0.082 1.627 2.288 1.752 1.343 0.058 0.035 0.092 0.159 0.106 0.129 0.097 0.158 nan 0.245 0.136 0.152 0.042 0.028 0.070 0.065 0.294 0.405 903 chr1 178619912 178627565 + 0 NA Intergenic Intergenic -23146 NR_039622 100616328 NR_039622 ENSG00000266417 MIR4424 - microRNA 4424 ncRNA nan nan nan 1.583 0.056 0.030 2.990 0.120 0.292 0.495 0.242 0.273 0.040 0.168 0.138 0.201 0.285 0.082 3.816 2.284 0.017 0.085 0.165 0.201 0.016 0.445 0.115 0.041 1.874 3.475 0.610 2.340 2.073 0.449 2.764 0.092 0.012 0.085 0.109 0.108 0.185 0.101 0.087 0.092 4.051 2.190 1.982 0.201 0.160 0.037 0.197 1.800 0.201 0.915 0.240 0.016 0.911 2.995 0.076 0.053 0.040 0.317 0.102 4.106 0.061 0.030 0.020 0.512 0.411 1.722 1.752 nan 0.546 0.726 0.199 0.359 0.330 0.199 0.463 0.468 0.541 2.010 1.226 0.497 0.592 0.067 0.139 3.620 6.683 0.540 0.538 5397 chr18 60796810 60830902 + 0 NA intron (NM_000633, intron 2 of 2) intron (NM_000633, intron 2 of 2) 172757 NM_000633 596 Hs.150749 NM_000633 ENSG00000171791 BCL2 Bcl-2|PPP1R50 BCL2, apoptosis regulator protein-coding 0.830 0.797 1.813 0.086 2.213 1.873 0.065 0.796 1.703 0.006 0.091 0.123 0.020 0.496 2.426 0.431 0.227 0.071 0.019 0.006 0.017 0.008 0.606 0.260 1.593 0.053 0.032 0.058 0.062 0.009 0.087 0.186 0.037 5.463 0.039 0.118 0.322 0.045 0.066 0.041 0.572 0.109 0.019 0.016 0.023 0.029 0.129 0.141 0.100 0.084 0.116 0.025 0.431 0.030 0.030 1.593 0.021 0.034 0.302 0.110 1.570 0.063 3.699 0.051 0.029 0.015 0.011 2.158 2.517 2.415 2.209 2.155 1.994 2.810 0.823 9.049 nan 0.209 nan 5.022 4.505 0.469 0.293 2.574 3.780 1.136 1.849 0.141 0.183 5.175 2.814 9899 chr6 125373294 125383009 + 0 NA intron (NR_136734, intron 3 of 6) intron (NR_136734, intron 3 of 6) 73641 NR_104440 154214 Hs.12876 NM_152553 ENSG00000146373 RNF217 C6orf172|IBRDC1|OSTL|dJ84N20.1 ring finger protein 217 protein-coding 1.099 1.081 1.083 0.045 0.136 0.075 0.036 0.066 0.216 0.108 0.079 0.371 0.006 0.020 0.092 0.224 0.292 0.017 0.088 0.482 0.097 0.110 0.062 0.247 0.112 0.024 0.042 0.165 0.994 0.109 0.364 0.015 2.550 0.118 0.034 0.119 0.036 0.039 0.031 0.024 0.091 0.040 0.218 0.071 0.285 0.142 0.024 0.124 0.224 0.051 0.019 0.062 1.056 0.129 0.021 0.030 0.042 0.016 0.040 0.832 0.024 0.005 0.504 0.351 0.474 0.718 0.293 0.448 0.712 0.373 0.318 0.304 0.448 0.558 0.212 0.256 2.363 1.229 0.115 0.227 0.729 0.780 3.183 8.659 0.255 0.276 3927 chr15 42382489 42388670 + 0 NA intron (NM_178034, intron 1 of 19) intron (NM_178034, intron 1 of 19) 1173 NM_178034 283748 Hs.380225 NM_178034 ENSG00000159337 PLA2G4D cPLA2delta phospholipase A2 group IVD protein-coding 0.803 0.656 nan 0.035 1.266 2.211 0.445 0.649 1.237 0.176 0.155 0.041 0.082 1.146 0.394 0.158 0.053 0.400 0.245 0.051 0.022 0.325 0.184 0.450 0.126 0.081 0.083 0.130 0.112 0.410 2.098 0.149 1.746 0.142 0.105 0.030 0.053 0.107 0.019 0.232 0.149 0.116 0.075 0.182 0.215 0.187 0.163 0.198 0.081 0.179 0.475 0.394 0.405 0.153 0.450 0.198 0.094 0.663 0.198 0.083 0.686 0.043 0.119 0.234 0.009 0.016 0.284 0.616 7.932 5.092 1.122 1.440 1.803 0.676 0.427 0.383 0.157 nan 1.768 1.697 0.691 0.438 0.249 0.299 0.121 0.075 0.419 0.534 1.464 0.704 8286 chr4 22264435 22271565 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR 73289 NR_037877 100505912 Hs.270471 NR_037877 LOC100505912 - uncharacterized LOC100505912 ncRNA 0.643 0.486 nan 0.091 0.150 0.109 1.220 0.045 0.138 0.098 0.179 0.018 0.014 0.388 0.232 0.094 0.045 0.339 0.214 0.017 0.198 0.201 0.017 0.194 0.152 0.067 0.366 0.128 0.376 0.029 10.832 0.348 0.195 0.027 0.045 0.055 0.183 0.246 0.091 0.109 0.033 0.660 0.042 0.081 0.128 0.034 0.051 0.012 0.223 0.232 0.230 0.016 0.017 0.825 0.046 0.054 0.008 0.043 0.045 0.027 0.016 0.192 0.016 0.014 0.457 0.128 0.230 0.357 1.034 0.955 1.995 0.262 0.288 0.399 0.140 0.219 0.257 0.186 0.349 0.164 0.044 0.162 0.831 1.006 0.158 0.118 nan 0.772 11255 chr8 124524973 124563814 + 0 NA promoter-TSS (NM_148177) promoter-TSS (NM_148177) -10 NM_148177 114907 Hs.403933 NM_058229 ENSG00000156804 FBXO32 Fbx32|MAFbx F-box protein 32 protein-coding nan nan nan 1.350 2.412 0.657 2.908 0.351 0.796 0.679 0.998 1.865 0.026 0.433 2.620 0.565 1.023 0.229 3.186 1.507 0.095 0.036 0.294 0.131 0.625 1.318 0.851 0.104 1.777 1.445 1.064 2.206 1.439 nan 1.754 0.063 0.171 0.073 0.079 1.294 1.580 1.010 0.191 0.145 2.255 3.379 1.243 5.379 0.498 0.686 0.441 1.549 0.565 3.406 7.635 0.625 0.267 1.871 0.135 0.165 0.310 0.912 0.655 0.194 1.020 0.142 0.139 0.709 1.008 0.458 0.952 2.279 1.875 4.293 2.337 nan nan 0.388 0.584 1.504 2.262 0.452 0.303 0.620 0.949 0.861 1.329 0.473 0.786 1.230 0.804 5504 chr19 5026974 5051126 + 0 NA intron (NM_015015, intron 3 of 22) intron (NM_015015, intron 3 of 22) 69926 NM_015015 23030 Hs.654816 NM_015015 ENSG00000127663 KDM4B JMJD2B|TDRD14B lysine demethylase 4B protein-coding 0.799 1.399 3.936 0.400 0.395 3.874 0.666 0.345 0.579 0.115 0.361 0.196 0.098 0.167 1.835 0.809 0.113 0.120 0.433 0.220 0.167 0.086 0.335 0.273 2.465 0.391 0.286 0.164 0.374 0.109 0.475 1.514 0.466 2.011 0.262 0.266 0.074 0.076 0.067 0.387 0.148 0.204 0.095 0.107 0.263 0.201 0.244 0.186 0.699 0.305 0.124 0.264 0.809 0.664 0.640 2.465 0.476 0.741 0.222 0.580 0.653 0.467 0.107 0.138 0.309 0.081 0.053 0.441 0.753 0.364 0.644 3.528 3.912 0.555 0.146 0.471 0.433 0.844 1.465 2.954 nan 2.152 2.452 0.294 0.469 0.292 0.342 0.300 0.466 1.428 0.881 7094 chr20 60840625 60883587 + 0 NA intron (NM_001278649, intron 11 of 12) intron (NM_001278649, intron 11 of 12) -15846 NM_175573 11047 Hs.90107 NM_007002 ENSG00000130706 ADRM1 ARM-1|ARM1|GP110 adhesion regulating molecule 1 protein-coding 1.171 1.330 1.377 0.897 0.488 1.189 0.498 0.358 0.684 0.541 0.859 0.272 0.302 0.244 3.711 0.497 0.446 0.165 0.663 0.168 0.829 0.319 0.336 0.205 0.537 0.241 0.327 0.466 0.621 0.169 0.788 1.422 0.823 8.536 0.285 0.751 0.084 0.436 0.111 0.199 0.348 1.249 0.842 0.400 0.210 0.215 0.484 0.338 0.762 0.578 5.272 0.462 0.497 0.759 0.276 0.537 0.373 0.408 0.188 1.665 0.571 0.361 0.210 0.215 0.279 0.298 0.163 1.448 nan 0.722 0.868 1.004 0.948 1.048 0.471 2.464 2.478 0.679 1.170 1.989 2.461 0.762 0.707 0.599 0.943 0.242 0.227 0.779 0.883 0.807 0.511 4411 chr16 67269849 67283961 + 0 NA intron (NM_013241, intron 1 of 21) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 4520 NM_013241 29109 Hs.95231 NM_013241 ENSG00000135723 FHOD1 FHOS formin homology 2 domain containing 1 protein-coding nan nan 1.633 1.423 1.463 0.546 3.617 0.422 0.686 2.662 2.920 3.765 0.502 1.126 0.505 0.683 0.842 0.365 4.576 1.866 5.658 1.484 0.291 0.163 0.595 4.192 4.666 1.958 3.640 1.227 3.782 5.885 4.908 0.994 2.216 3.895 0.095 0.778 0.062 2.127 0.372 5.258 3.142 1.732 2.259 2.093 3.252 2.393 3.150 2.004 1.779 5.164 0.683 4.935 4.115 0.595 1.180 2.185 0.148 2.737 0.471 2.638 0.191 0.438 1.397 0.400 0.267 1.130 1.801 0.700 1.094 1.102 0.850 1.664 0.412 1.895 1.757 0.576 nan 1.277 1.928 1.854 1.946 0.516 0.648 0.665 0.544 0.947 1.916 0.822 0.515 9429 chr6 11025934 11045149 + 0 NA intron (NM_017770, intron 1 of 7) intron (NM_017770, intron 1 of 7) -8450 NR_038964 100506409 Hs.43818 NR_038962 ELOVL2-AS1 - ELOVL2 antisense RNA 1 ncRNA 1.542 nan 1.134 0.098 0.498 0.137 0.192 0.308 0.585 0.010 0.181 0.330 0.029 0.062 0.608 0.722 0.212 0.175 0.143 0.045 0.159 0.029 0.269 0.359 1.011 0.049 0.022 0.185 0.184 0.373 0.118 0.184 0.181 0.419 0.038 0.098 0.099 0.184 0.090 0.104 0.683 0.141 0.041 0.048 0.239 0.064 0.065 0.145 0.450 1.260 0.101 0.021 0.722 0.173 1.428 1.011 0.045 0.076 0.005 0.391 0.111 0.235 1.157 2.235 0.107 0.012 0.005 1.319 1.223 2.013 0.904 1.686 1.528 1.157 0.515 1.924 2.004 0.869 1.206 0.092 0.099 2.673 2.548 1.526 2.736 0.721 0.636 3.225 5.810 1.151 0.804 3891 chr15 31689166 31696368 + 0 NA intron (NM_001302461, intron 1 of 1) L2a|LINE|L2 73709 NM_015995 51621 Hs.376443 NM_015995 ENSG00000169926 KLF13 BTEB3|FKLF2|NSLP1|RFLAT-1|RFLAT1 Kruppel like factor 13 protein-coding 1.280 nan nan 0.054 0.750 0.616 0.822 0.558 1.235 0.186 0.269 0.308 0.014 0.630 0.521 0.508 0.045 0.166 0.053 0.138 0.042 0.628 0.262 0.759 0.538 0.233 0.295 0.113 0.180 0.351 3.289 0.167 2.713 0.058 4.307 0.597 0.074 0.037 0.106 0.417 0.090 0.209 0.128 0.460 0.116 0.093 0.124 3.522 0.386 0.497 2.416 0.521 0.248 0.042 0.759 0.473 0.646 3.262 0.745 1.804 0.297 0.853 0.174 0.108 0.064 0.043 0.652 1.561 0.325 0.689 0.619 0.810 2.125 0.487 0.256 0.347 0.385 0.717 0.968 1.077 1.864 1.816 0.652 1.184 2.281 1.767 0.433 0.659 0.656 0.422 808 chr1 160211182 160233677 + 0 NA intron (NR_028104, intron 1 of 12) intron (NR_028104, intron 1 of 12) -9110 NR_147618 100287049 Hs.657648 NR_147618 ENSG00000228606 LOC100287049 - uncharacterized LOC100287049 ncRNA 2.195 nan 5.487 0.593 1.078 0.431 0.759 0.444 0.881 0.280 1.073 0.923 0.392 0.770 1.248 1.271 1.659 0.272 0.815 0.303 0.982 0.438 0.625 0.427 1.213 0.654 0.610 0.536 0.781 0.380 0.762 1.220 0.851 1.771 0.513 1.150 0.233 0.772 0.165 0.905 0.666 0.862 0.705 0.316 0.610 0.368 0.720 0.623 0.894 0.847 0.680 0.663 1.271 1.200 0.950 1.213 0.603 0.389 0.434 1.693 0.479 1.426 0.834 1.049 0.415 0.285 0.181 1.457 1.425 1.675 2.620 2.129 nan 1.542 0.761 2.122 2.142 2.046 2.451 1.537 nan 2.390 1.777 2.140 3.024 1.220 1.736 2.242 4.559 1.210 0.686 845 chr1 164556568 164632144 + 0 NA intron (NM_001353131, intron 2 of 7) intron (NM_001353131, intron 2 of 7) 65397 NM_001353130 5087 Hs.557097 NM_002585 ENSG00000185630 PBX1 CAKUHED PBX homeobox 1 protein-coding 1.446 nan 1.910 0.459 0.824 0.883 0.237 0.589 1.305 0.415 1.043 0.728 1.087 0.522 1.765 3.032 1.129 0.239 0.462 0.289 0.045 0.031 0.366 0.251 1.441 0.217 0.085 0.031 0.157 0.022 0.351 0.917 0.539 1.565 0.066 2.560 0.302 0.042 0.103 0.162 1.700 0.110 0.049 0.052 0.089 0.233 1.549 0.123 1.110 0.031 0.412 1.093 3.032 0.604 0.038 1.441 1.727 1.239 0.113 0.095 0.117 0.828 1.102 0.234 0.025 0.024 0.019 0.913 1.182 2.067 6.258 1.284 nan 1.770 1.192 0.484 0.499 3.156 3.754 1.671 nan 0.392 0.228 1.343 1.910 1.179 0.991 0.411 0.776 1.003 0.792 5997 chr2 28815606 28864803 + 0 NA intron (NM_001170585, intron 43 of 56) intron (NM_001170585, intron 43 of 56) 50980 NR_138141 151056 Hs.444933 NM_153021 ENSG00000163803 PLB1 PLB|PLB/LIP phospholipase B1 protein-coding 1.007 0.992 0.863 0.856 0.343 0.470 1.676 0.233 0.379 0.148 0.458 0.726 0.072 0.211 0.365 1.458 0.262 0.115 0.961 0.514 0.070 0.034 0.381 0.161 0.234 0.374 0.201 0.169 0.525 0.803 1.153 5.535 0.508 2.523 1.046 0.143 0.052 0.073 0.109 0.412 0.263 0.661 0.304 0.237 0.454 0.455 1.524 0.643 0.308 0.271 1.638 0.431 1.458 2.624 0.721 0.234 0.660 0.596 0.122 0.164 0.662 0.486 0.052 0.188 0.399 0.298 0.285 0.361 0.328 0.386 0.824 0.456 0.537 1.580 1.583 0.572 0.596 0.429 0.678 1.502 nan 0.558 0.330 0.329 0.336 0.225 0.308 0.409 0.970 0.908 0.744 1847 chr11 22355846 22370716 + 0 NA exon (NM_020346, exon 2 of 12) exon (NM_020346, exon 2 of 12) 3614 NM_020346 57084 Hs.242821 NM_020346 ENSG00000091664 SLC17A6 DNPI|VGLUT2 solute carrier family 17 member 6 protein-coding 0.762 0.895 0.630 0.063 0.129 8.718 0.014 0.097 0.179 0.101 0.056 0.016 0.033 1.470 0.181 0.095 0.043 0.057 0.019 0.019 0.105 0.071 0.073 0.005 0.014 0.015 0.032 0.014 0.061 0.062 0.070 0.448 0.010 0.029 1.439 0.014 0.075 0.014 0.985 0.107 0.009 0.021 0.015 0.020 0.045 0.088 0.016 0.011 0.031 0.181 0.020 0.006 0.073 0.016 2.099 0.016 0.041 0.015 0.087 0.041 0.005 0.008 0.007 0.531 0.365 0.136 0.146 0.400 0.465 0.261 0.141 0.133 0.093 4.441 5.948 0.232 0.249 0.676 0.432 0.251 0.323 3.259 2.795 0.114 0.255 0.549 0.566 7393 chr22 35746323 35784186 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -11806 NM_002133 3162 Hs.517581 NM_002133 ENSG00000100292 HMOX1 HMOX1D|HO-1|HSP32|bK286B10 heme oxygenase 1 protein-coding nan 0.948 0.982 0.506 0.204 0.290 1.286 0.367 0.642 0.578 0.799 1.563 0.313 0.079 0.223 0.736 0.536 0.217 1.713 0.973 2.058 0.352 0.168 0.122 0.562 0.710 0.496 0.587 0.971 0.605 0.621 nan 0.483 0.749 0.534 2.063 0.081 0.638 0.090 0.221 0.122 1.232 1.858 0.929 0.585 0.250 1.252 0.747 1.765 0.984 1.145 2.255 0.736 4.019 1.092 0.562 0.485 0.586 0.249 1.854 0.811 1.356 0.169 0.444 0.581 0.246 0.134 0.890 1.177 0.865 nan 0.727 0.667 2.699 0.330 0.732 0.744 0.757 nan 0.775 1.186 2.572 2.085 0.385 0.413 0.902 3.505 0.971 nan 0.762 0.509 11995 chrX 152225035 152248479 + 0 NA Intergenic Intergenic -4040 NM_032882 84968 Hs.533301 NM_032882 ENSG00000235961 PNMA6A MA6|PNMA6|PNMA6C PNMA family member 6A protein-coding 0.263 2.032 0.415 0.043 0.835 2.869 0.109 0.116 0.231 0.012 0.050 0.114 0.096 0.043 1.234 0.465 0.019 0.020 0.022 0.032 0.188 0.177 0.146 0.067 0.108 0.148 0.092 0.239 0.273 0.009 0.549 2.952 0.099 1.685 0.013 0.074 0.020 0.124 0.020 0.010 0.031 0.086 0.046 0.060 0.009 0.084 0.070 0.051 0.210 0.221 0.034 0.077 0.465 0.015 0.063 0.108 0.031 0.032 0.141 0.626 0.040 0.093 0.016 0.006 0.049 0.037 0.098 0.127 0.202 0.250 0.691 0.639 0.381 0.069 0.076 0.102 0.076 0.181 0.068 0.054 0.508 0.351 0.369 0.356 0.040 0.045 0.119 0.224 0.644 0.412 6788 chr20 813487 835092 + 0 NA promoter-TSS (NM_031424) promoter-TSS (NM_031424) -962 NM_031424 83541 Hs.574822 NM_031424 ENSG00000125898 FAM110A C20orf55|F10|bA371L19.3 family with sequence similarity 110 member A protein-coding 1.636 2.844 2.039 0.957 1.311 1.198 0.463 0.772 1.272 0.981 0.937 0.453 0.296 0.671 0.856 0.543 0.289 0.061 1.260 0.378 0.515 0.400 0.528 0.368 1.496 0.664 0.483 0.495 0.320 0.449 2.078 3.665 1.152 3.011 0.923 0.423 0.434 0.443 0.079 0.201 0.467 0.753 0.903 0.440 0.828 0.550 1.121 0.730 1.007 0.973 0.258 1.356 0.543 1.226 0.454 1.496 0.744 1.853 1.250 0.876 0.753 0.612 1.215 0.302 0.420 0.341 0.218 4.928 6.371 1.045 1.624 2.519 2.251 2.794 0.988 1.356 1.455 0.731 0.989 2.183 2.693 1.938 1.723 1.696 2.781 1.623 1.519 1.143 1.436 0.960 0.550 7782 chr3 118729404 118754965 + 0 NA intron (NM_001353318, intron 1 of 7) intron (NM_001353318, intron 1 of 7) 11629 NM_001353321 152404 Hs.112873 NM_152538 ENSG00000144847 IGSF11 BT-IgSF|CT119|CXADRL1|Igsf13|VSIG3 immunoglobulin superfamily member 11 protein-coding 1.141 nan 1.062 0.042 0.348 0.020 0.039 0.094 0.234 0.011 0.049 0.011 0.056 0.024 0.290 0.320 0.104 0.132 0.083 0.025 0.027 0.208 0.197 0.079 0.021 0.020 0.017 0.085 0.016 0.125 0.114 0.083 0.252 0.017 0.047 0.034 0.183 0.073 0.005 0.869 0.083 0.033 0.025 0.026 0.033 0.049 0.071 0.223 0.031 0.025 0.037 0.320 0.088 0.025 0.079 0.076 0.325 0.545 0.086 0.056 0.018 0.041 0.675 0.006 0.014 0.004 0.583 0.583 0.233 0.312 1.106 nan 0.446 0.154 0.367 0.322 nan 7.552 0.436 0.575 6.443 5.785 0.155 0.247 0.412 0.324 2.311 4.899 0.574 0.590 4952 chr17 70494378 70527783 + 0 NA intron (NR_036488, intron 1 of 3) intron (NR_036488, intron 1 of 3) 77863 NR_137281 100499467 Hs.157726 NR_036488 LINC00673 ERRLR01|HI-LNC75|HILNC75|LUCAIR1|SLNCR|SLNCR1 long intergenic non-protein coding RNA 673 ncRNA 1.312 0.851 0.881 0.183 0.693 0.816 0.699 1.829 3.670 0.178 0.149 0.712 0.037 0.260 0.585 0.642 0.162 0.116 0.453 0.091 0.087 0.042 0.445 0.285 0.960 0.516 0.275 0.037 0.164 0.076 1.466 3.969 0.247 2.162 0.179 0.141 0.134 0.068 0.119 0.221 0.302 0.208 0.034 0.038 0.139 0.087 0.303 0.257 2.426 0.252 0.325 0.419 0.642 0.298 0.119 0.960 0.158 0.252 0.503 0.136 0.146 0.179 0.943 0.035 0.550 0.100 0.067 1.009 1.343 0.810 1.322 0.617 0.760 0.940 0.307 0.345 0.351 nan 2.365 1.164 1.333 0.869 0.530 1.010 1.817 0.515 0.594 0.139 0.208 nan 0.651 9538 chr6 28889064 28893320 + 0 NA exon (NM_006510, exon 1 of 8).2 exon (NM_006510, exon 1 of 8).2 576 NM_006510 5987 Hs.440382 NM_006510 ENSG00000204713 TRIM27 RFP|RNF76 tripartite motif containing 27 protein-coding 7.501 3.611 nan 4.594 8.204 4.783 4.843 3.355 5.520 1.137 5.444 2.568 1.226 2.976 3.856 4.514 3.409 0.340 6.639 1.429 7.129 2.815 3.044 1.620 8.767 4.336 6.378 1.334 3.952 1.710 6.415 7.318 6.660 nan 2.982 3.506 1.116 4.497 0.165 2.016 2.527 6.603 6.393 2.527 3.380 2.410 4.942 2.272 3.762 8.986 7.674 4.539 4.514 8.262 8.533 8.767 2.686 3.563 2.186 7.188 3.215 4.060 1.783 2.291 2.464 1.339 0.943 6.555 6.427 4.420 nan 9.768 7.496 11.559 3.559 9.634 9.222 4.517 6.126 7.643 11.590 7.158 8.216 2.457 5.439 6.072 7.122 6.271 6.565 4.065 2.104 3227 chr13 79975241 79981891 + 0 NA intron (NM_001286632, intron 1 of 20) L2a|LINE|L2 1790 NM_001286632 64062 Hs.558528 NM_018605 ENSG00000139746 RBM26 ARRS2|C13orf10|PPP1R132|PRO1777|SE70-2|ZC3H17 RNA binding motif protein 26 protein-coding nan nan 3.419 1.446 5.679 1.550 2.093 2.309 4.195 0.504 3.167 1.529 0.756 1.189 5.067 6.380 1.931 0.096 1.254 0.400 1.275 1.770 2.094 1.021 4.139 1.508 1.970 0.788 0.911 0.760 4.077 6.085 2.203 6.647 1.092 3.573 0.458 2.088 0.081 0.744 5.070 8.336 3.226 1.169 1.329 1.219 3.235 1.936 2.287 1.927 2.806 1.907 6.380 1.644 2.291 4.139 1.522 1.939 0.961 2.468 1.206 1.559 3.380 2.184 1.599 0.909 0.571 10.031 8.079 5.843 7.218 9.546 8.329 9.925 5.727 8.621 8.997 1.692 2.136 2.274 4.905 8.411 9.414 7.140 12.319 2.804 3.027 11.247 8.434 1.228 0.700 7012 chr20 46434883 46451045 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -27604 NM_198596 55959 Hs.162016 NM_018837 ENSG00000196562 SULF2 HSULF-2 sulfatase 2 protein-coding nan nan 0.499 1.305 0.054 0.170 0.214 0.138 0.239 0.041 0.111 0.068 0.019 0.025 0.154 0.253 0.107 0.121 0.118 0.012 0.023 0.026 0.029 0.081 0.367 0.284 0.067 0.027 0.080 0.013 0.237 0.923 0.162 0.985 0.019 0.067 0.012 0.035 0.105 0.022 0.088 0.118 0.180 0.129 0.061 0.042 5.015 0.124 0.070 0.042 0.069 0.751 0.253 0.070 0.023 0.367 0.394 0.199 0.578 0.183 0.025 1.077 0.052 0.114 0.741 0.057 0.013 0.511 0.348 0.249 0.409 0.857 0.892 nan 0.096 0.178 0.191 0.648 1.159 0.151 0.167 nan 0.791 0.289 0.387 0.065 0.105 0.243 0.393 0.170 0.255 2960 chr12 113229263 113240163 + 0 NA intron (NM_001347955, intron 2 of 20) AluSz|SINE|Alu 5164 NM_001347954 22895 Hs.21239 NM_014954 ENSG00000089169 RPH3A - rabphilin 3A protein-coding nan nan 0.573 0.071 0.040 0.036 0.180 0.206 0.290 0.086 0.213 0.029 0.037 0.114 0.722 0.076 0.029 0.040 0.110 0.036 0.071 0.129 0.099 0.214 0.112 0.027 0.030 0.010 0.029 0.116 0.112 0.701 0.013 0.534 0.129 0.060 0.120 0.011 0.145 0.051 0.033 0.057 0.020 0.036 0.053 0.347 0.702 0.046 0.036 0.250 0.722 0.071 0.043 0.099 0.244 0.128 0.145 0.089 0.028 0.022 0.100 0.044 0.007 0.011 0.009 0.307 0.187 0.087 0.152 nan nan nan 0.345 0.203 0.283 3.439 4.724 nan nan 0.452 0.188 0.226 0.311 0.464 0.875 0.204 0.270 nan 0.582 5913 chr2 12067718 12081082 + 0 NA Intergenic Intergenic -72842 NR_110197 100506457 Hs.197824 NR_110196 ENSG00000224184 MIR3681HG - MIR3681 host gene ncRNA 0.680 0.583 0.633 0.059 0.158 0.062 0.404 0.108 0.128 0.007 0.119 0.117 0.023 0.224 0.174 0.181 0.106 0.105 0.229 0.058 0.040 0.028 0.070 0.080 0.165 0.047 0.006 0.017 0.325 0.016 0.829 4.794 0.355 0.789 0.229 0.100 0.014 0.038 0.113 0.353 0.030 0.166 0.040 0.018 0.032 0.069 0.122 0.140 0.116 0.085 0.012 0.148 0.181 0.235 0.336 0.165 0.413 0.081 0.146 0.070 5.034 0.095 0.023 0.046 0.079 0.015 0.008 0.314 0.141 0.199 0.253 0.337 0.324 0.127 0.080 0.094 0.111 0.358 0.600 0.936 nan 0.371 0.206 0.151 0.195 0.093 0.056 0.193 nan 0.546 0.471 4188 chr16 2562708 2571363 + 0 NA intron (NM_001198569, intron 2 of 3) intron (NM_001198569, intron 2 of 3) 3164 NM_001694 527 Hs.389107 NM_001694 ENSG00000185883 ATP6V0C ATP6C|ATP6L|ATPL|VATL|VPPC|Vma3 ATPase H+ transporting V0 subunit c protein-coding 3.374 nan 3.034 2.613 3.159 2.014 1.614 1.233 2.488 0.770 3.397 0.748 0.688 0.775 5.358 2.264 1.503 0.186 2.401 0.501 1.853 1.602 1.381 0.435 2.021 1.250 1.353 2.418 2.538 0.293 3.226 6.901 2.050 4.672 0.439 1.620 0.618 1.803 0.083 0.526 1.210 1.606 1.606 0.769 0.641 1.188 1.862 1.248 2.798 2.104 2.465 1.630 2.264 3.839 1.526 2.021 1.237 1.326 0.621 3.064 1.340 1.166 0.411 0.638 0.860 1.716 1.160 3.320 3.459 2.304 3.725 3.874 4.149 nan 3.728 7.789 7.440 1.570 nan 3.151 5.075 3.724 3.191 1.958 2.863 2.920 3.437 2.929 2.218 2.139 1.105 4522 chr16 89869351 89897109 + 0 NA promoter-TSS (NM_001351830) promoter-TSS (NM_001351830) -164 NM_000135 2175 Hs.744083 NM_000135 ENSG00000187741 FANCA FA|FA-H|FA1|FAA|FACA|FAH|FANCH Fanconi anemia complementation group A protein-coding nan 1.634 3.023 0.712 1.998 1.445 0.552 0.885 1.637 0.230 1.002 0.564 0.076 1.190 1.740 1.712 0.486 0.214 1.373 0.272 0.753 0.509 0.901 0.587 3.819 0.921 0.701 0.990 0.772 0.106 0.583 1.408 0.802 3.213 0.285 1.363 0.418 0.812 0.106 0.273 0.511 1.397 1.426 0.803 0.209 0.409 0.754 0.349 1.135 2.072 0.958 1.358 1.712 3.005 0.954 3.819 0.414 1.029 0.344 1.429 1.144 0.571 0.876 1.407 0.422 0.431 0.221 1.670 2.084 0.830 1.274 2.367 2.416 2.299 0.751 1.421 1.414 0.869 1.257 2.171 3.352 1.598 1.422 1.001 1.902 1.247 1.408 2.244 3.923 1.590 0.830 4250 chr16 14394370 14407939 + 0 NA intron (NR_132983, intron 1 of 1) intron (NR_132983, intron 1 of 1) -1988 NR_029854 100126355 NR_029854 ENSG00000199130 MIR365A MIR365-1|MIRN365-1|hsa-mir-365a|mir-365a microRNA 365a ncRNA 1.678 0.725 nan 1.337 1.036 0.201 3.451 0.285 0.896 5.136 6.096 4.080 0.032 0.053 0.340 0.667 1.218 0.212 1.081 0.279 1.701 0.326 0.324 0.191 0.701 1.547 1.587 1.514 0.561 0.186 1.056 1.703 0.729 1.440 0.495 9.799 0.056 1.166 0.066 0.087 0.326 6.457 0.832 0.605 0.395 0.068 6.850 10.746 5.241 0.776 0.424 5.837 0.667 0.724 0.939 0.701 2.082 3.436 0.789 1.274 0.328 0.760 0.335 0.238 0.624 0.284 0.239 1.816 1.317 0.612 0.678 0.726 0.662 1.682 0.485 5.771 5.624 0.931 1.543 1.033 1.515 nan 0.633 0.626 1.204 0.208 0.255 0.564 0.854 0.762 0.489 1493 chr10 63626324 63873506 + 0 NA intron (NM_032199, intron 3 of 9) intron (NM_032199, intron 3 of 9) -59055 NM_001244638 84159 Hs.535297 NM_032199 ENSG00000150347 ARID5B DESRT|MRF-2|MRF2 AT-rich interaction domain 5B protein-coding 0.790 nan 0.964 0.603 0.109 0.013 0.494 0.410 0.808 0.467 0.658 0.684 0.453 0.124 0.219 0.102 1.688 0.163 0.493 0.185 0.531 0.057 0.176 0.153 0.478 0.544 0.318 0.019 0.378 0.203 0.621 1.339 0.742 0.664 0.220 0.188 0.135 4.780 0.165 0.091 0.175 0.202 0.074 0.056 0.326 0.370 0.616 0.219 0.257 0.158 0.164 0.618 0.102 0.284 0.366 0.478 0.336 0.527 0.051 0.240 0.123 0.378 0.052 0.114 0.257 0.074 0.051 0.327 0.234 2.848 5.263 0.465 0.477 0.867 0.448 0.822 0.848 0.532 0.722 0.487 0.521 0.243 0.144 0.139 0.201 0.517 0.660 0.176 nan 0.632 0.463 5438 chr18 74763600 74784882 + 0 NA intron (NM_001025100, intron 3 of 3) intron (NM_001025100, intron 3 of 3) -45186 NM_001025092 4155 Hs.551713 NM_002385 ENSG00000197971 MBP - myelin basic protein protein-coding nan nan 0.812 1.939 0.386 0.214 3.272 0.346 0.800 0.085 2.340 3.654 0.009 1.422 0.436 0.842 1.153 0.166 1.380 0.812 0.834 0.013 0.478 0.235 1.460 1.828 1.813 0.159 0.598 0.797 0.856 2.056 0.480 0.385 0.846 2.555 0.121 0.010 0.073 1.598 0.559 2.282 0.812 0.377 2.218 1.284 1.432 9.731 1.961 1.564 0.143 0.415 0.842 1.582 1.588 1.460 0.225 0.113 0.159 0.572 2.295 1.375 0.042 0.026 2.677 1.266 1.299 0.553 0.912 0.588 1.645 1.480 nan 2.386 0.738 1.049 1.010 0.225 0.349 2.865 nan 0.479 0.424 0.194 0.277 0.771 0.706 0.063 0.136 0.828 0.523 5617 chr19 34840752 34858830 + 0 NA Intergenic FRAM|SINE|Alu -5854 NM_001184722 2821 Hs.466471 NM_000175 ENSG00000105220 GPI AMF|GNPI|NLK|PGI|PHI|SA-36|SA36 glucose-6-phosphate isomerase protein-coding 1.969 1.446 1.494 1.243 2.893 1.509 0.998 1.093 2.260 0.698 1.784 1.721 1.367 0.597 1.806 1.281 0.518 0.107 1.865 0.544 1.671 0.207 0.676 0.647 1.245 1.188 1.069 1.143 0.722 0.240 0.674 1.533 0.679 6.161 0.650 1.615 0.284 0.920 0.106 0.374 0.639 1.719 1.389 0.780 0.765 0.273 1.179 0.965 4.083 3.333 1.930 1.130 1.281 0.920 0.870 1.245 0.991 1.145 0.462 1.356 1.331 0.428 1.052 1.296 0.648 0.210 0.137 1.770 2.691 1.530 2.120 2.987 2.941 5.146 1.516 4.304 4.601 1.094 1.791 2.156 3.128 nan 3.163 1.533 2.816 1.197 1.512 1.560 2.458 2.480 1.263 6186 chr2 70607290 70616614 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -82732 NM_001329758 84908 Hs.516077 NM_032822 ENSG00000035141 FAM136A - family with sequence similarity 136 member A protein-coding nan nan 0.719 0.549 0.067 0.072 2.360 0.171 0.274 0.501 0.140 0.148 0.013 0.010 0.150 0.083 0.087 0.059 1.995 2.632 0.027 0.015 0.051 0.036 0.142 0.971 0.487 0.056 1.262 3.208 0.559 1.540 0.300 0.381 1.293 0.114 0.010 0.034 0.103 0.114 0.026 0.401 0.142 0.109 2.810 0.612 1.098 0.168 0.114 0.106 0.059 0.562 0.083 0.678 0.030 0.142 1.032 0.258 0.020 0.107 0.086 0.110 0.074 0.079 0.437 0.006 0.029 0.368 0.409 0.317 0.861 0.419 0.468 0.106 0.091 0.290 0.279 0.200 0.290 0.274 0.367 0.348 0.138 0.334 0.389 0.050 0.054 0.201 0.265 nan 0.732 8876 chr5 40832939 40843582 + 0 NA Intergenic Intergenic -2873 NM_000997 6167 Hs.447582 NM_000997 ENSG00000145592 RPL37 L37 ribosomal protein L37 protein-coding 1.994 2.552 3.820 2.259 2.239 0.589 4.105 0.913 1.357 1.582 1.968 3.163 0.629 0.331 0.216 1.373 4.481 0.609 6.127 3.089 1.916 1.649 1.563 0.754 1.447 2.590 2.230 0.693 3.838 2.213 5.182 7.731 4.290 0.781 1.934 6.232 0.215 1.463 0.191 1.750 0.458 1.872 3.008 1.633 2.252 1.944 6.643 1.345 2.235 1.882 4.110 4.674 1.373 5.272 2.255 1.447 2.873 1.702 0.727 4.369 2.500 4.282 0.519 1.095 1.644 1.391 1.125 2.964 2.470 3.346 4.615 2.768 3.181 2.347 1.153 3.880 4.073 3.487 4.323 6.294 7.409 6.756 7.177 2.291 3.249 1.842 2.017 3.228 3.200 2.318 1.464 2397 chr12 678430 686330 + 0 NA intron (NM_016533, intron 1 of 3) AluSx1|SINE|Alu 13272 NR_134624 105369595 Hs.504422 NR_134624 LOC105369595 - uncharacterized LOC105369595 ncRNA 1.661 nan nan 0.918 0.781 0.137 3.000 0.333 0.838 2.133 2.331 1.983 0.023 0.243 0.279 0.713 1.814 0.427 1.541 0.934 2.751 0.281 0.403 0.271 0.490 1.984 1.897 0.973 1.514 2.121 1.130 3.026 2.181 1.540 0.910 3.800 0.121 4.444 0.159 1.316 0.670 6.820 1.608 0.788 1.234 0.899 1.556 8.285 6.525 7.246 2.078 2.191 0.713 2.507 5.698 0.490 0.730 1.643 0.637 7.272 0.591 2.093 0.199 0.483 1.021 2.858 2.053 0.459 0.527 1.001 1.633 nan 1.638 2.465 0.605 1.067 1.145 1.650 2.467 0.940 1.209 0.920 0.921 0.951 0.972 0.727 0.923 0.866 nan 1.406 0.961 6105 chr2 50973621 50984628 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 5 of 23) intron (NM_001135659, intron 5 of 23) -55724 NR_130470 103504737 NR_130470 ENSG00000216191 MIR8485 hsa-mir-8485 microRNA 8485 ncRNA 1.399 nan 1.546 0.045 0.159 0.076 0.026 0.322 0.593 0.009 0.086 0.025 0.063 0.027 0.348 0.328 0.141 0.117 0.064 0.103 0.029 0.013 0.315 0.327 0.486 0.019 0.013 0.020 0.067 0.019 0.081 0.142 0.090 0.347 0.059 0.049 0.234 0.040 0.131 0.032 0.036 0.073 0.022 0.014 0.039 0.032 0.155 0.136 0.037 0.027 0.042 0.328 0.064 0.034 0.486 0.011 0.037 0.596 0.011 0.037 0.007 0.045 0.134 0.013 0.016 0.005 0.417 0.282 1.713 0.319 0.420 0.639 0.418 0.209 0.317 0.330 3.830 4.961 0.604 0.565 1.176 0.573 0.157 0.228 1.053 1.121 0.375 0.835 0.445 0.327 10147 chr7 6406128 6441042 + 0 NA intron (NM_006908, intron 1 of 5) AluSp|SINE|Alu 9459 NM_018890 5879 Hs.413812 NM_006908 ENSG00000136238 RAC1 MIG5|MRD48|Rac-1|TC-25|p21-Rac1 Rac family small GTPase 1 protein-coding 1.797 1.689 1.456 2.393 0.362 0.331 1.040 0.380 0.825 1.544 1.875 1.595 2.603 0.284 0.426 0.520 0.917 0.325 2.094 0.815 1.576 0.473 0.436 0.333 0.833 2.962 2.750 0.857 3.068 0.703 1.830 nan 2.119 nan 0.491 1.025 0.202 1.041 0.191 0.465 0.362 1.772 1.352 0.612 1.696 1.025 1.991 0.936 1.758 1.711 0.360 1.090 0.520 2.310 2.117 0.833 0.920 0.892 0.050 2.285 0.525 1.779 0.147 0.372 0.604 0.422 0.255 0.796 0.948 1.125 nan 1.148 1.124 nan 0.531 2.033 2.037 0.995 1.232 nan 1.575 0.518 0.437 0.459 0.850 0.681 0.910 0.865 1.306 0.675 0.496 4298 chr16 25056626 25067367 + 0 NA Intergenic Tigger3c|DNA|TcMar-Tigger -16212 NR_135196 283887 Hs.652665 NR_135196 ENSG00000262155 LINC02175 - long intergenic non-protein coding RNA 2175 ncRNA 0.878 1.189 nan 1.740 0.376 0.156 3.048 0.327 0.583 0.922 1.874 2.338 0.064 0.401 0.199 0.516 0.805 0.207 1.528 1.227 5.261 0.091 0.116 0.140 0.234 2.519 2.161 0.663 1.240 0.508 0.762 2.092 0.476 0.417 0.817 6.269 0.062 0.414 0.097 0.820 0.124 3.792 1.128 0.501 2.160 1.107 1.505 3.314 2.877 1.508 2.926 1.923 0.516 1.094 5.746 0.234 0.822 0.554 0.107 3.048 0.454 1.665 0.037 0.703 1.113 0.869 0.829 0.309 0.300 0.329 0.620 0.403 0.407 nan 0.362 0.322 0.404 0.191 0.375 1.402 1.364 0.740 0.307 0.333 0.339 0.917 1.741 1.146 2.182 0.742 0.595 8572 chr4 143389656 143401754 + 0 NA intron (NM_003866, intron 2 of 26) L1PA14|LINE|L1 371983 NM_003866 8821 Hs.176376 NM_003866 ENSG00000109452 INPP4B - inositol polyphosphate-4-phosphatase type II B protein-coding 0.621 1.130 1.611 4.445 2.055 0.005 1.021 0.133 0.281 0.610 0.263 0.708 0.214 0.740 0.110 0.032 0.097 0.026 2.423 0.846 0.057 0.040 0.194 0.082 2.926 0.045 0.006 0.024 1.299 1.754 3.166 4.119 2.382 1.357 1.814 0.072 0.096 0.027 0.087 0.039 0.108 0.082 0.036 0.039 1.012 1.655 2.966 0.124 0.270 0.105 0.020 1.123 0.032 1.501 0.029 2.926 0.778 1.582 0.016 0.038 0.112 0.118 0.033 0.113 0.063 0.005 0.215 0.169 0.469 0.850 2.083 2.653 0.125 0.049 0.607 0.631 0.483 0.594 8.486 10.045 0.475 0.182 0.125 0.152 0.480 0.454 0.314 0.704 0.794 0.537 6412 chr2 149632752 149690554 + 0 NA intron (NM_004522, intron 1 of 25) intron (NM_004522, intron 1 of 25) 28861 NM_004522 3800 Hs.435557 NM_004522 ENSG00000168280 KIF5C CDCBM2|KINN|NKHC|NKHC-2|NKHC2 kinesin family member 5C protein-coding 1.630 nan 1.682 0.093 1.264 0.256 0.052 2.632 5.131 0.003 0.136 0.065 0.007 0.102 0.215 2.122 0.125 0.103 0.106 0.023 0.013 0.012 1.496 0.793 1.359 0.034 0.025 0.024 0.072 0.011 0.081 0.232 0.077 2.648 0.038 0.070 0.876 0.073 0.101 0.018 1.217 0.102 0.035 0.028 0.025 0.031 0.073 0.067 0.103 0.185 0.032 0.045 2.122 0.081 0.034 1.359 0.034 0.034 0.352 0.086 0.145 0.018 0.734 0.099 0.037 0.025 0.014 0.951 1.269 0.221 0.354 1.148 0.910 2.911 0.991 0.429 0.461 0.845 1.245 1.106 1.657 0.919 1.040 0.591 0.906 2.772 3.689 0.366 0.574 1.934 0.976 7913 chr3 150077090 150092440 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -41357 NR_130136 9819 Hs.722470 NM_014779 ENSG00000196428 TSC22D2 TILZ4a|TILZ4b|TILZ4c TSC22 domain family member 2 protein-coding nan 1.103 0.793 2.788 0.154 0.040 3.256 0.192 0.389 0.822 1.146 1.601 0.777 0.079 0.104 0.257 1.791 0.179 2.502 1.270 1.385 0.189 0.170 0.172 0.070 2.423 1.821 0.440 4.172 1.987 1.043 1.662 1.797 0.232 1.907 1.142 0.006 0.368 0.094 0.787 0.047 1.736 1.335 0.686 1.966 1.993 1.159 1.067 0.615 1.060 0.330 1.295 0.257 2.293 2.866 0.070 0.358 0.576 0.044 0.912 0.033 2.211 0.116 0.112 1.212 2.079 2.353 0.352 0.171 0.614 1.718 0.282 0.332 0.532 0.245 0.258 0.282 0.721 nan 0.354 0.366 0.693 0.297 0.259 0.341 0.093 0.270 0.333 0.467 0.481 0.618 7081 chr20 58245224 58259657 + 0 NA intron (NM_001199506, intron 1 of 12) intron (NM_001199506, intron 1 of 12) 724 NM_001199506 116154 Hs.473218 NM_080672 ENSG00000087495 PHACTR3 C20orf101|H17739|PPP1R123|SCAPIN1|SCAPININ phosphatase and actin regulator 3 protein-coding 0.466 0.620 0.426 0.067 0.068 0.172 0.040 0.101 0.167 0.027 0.081 0.026 0.007 0.074 0.089 0.157 0.045 0.007 0.026 0.010 0.043 0.052 0.075 0.009 0.021 0.071 0.029 0.065 0.114 0.138 0.199 0.040 0.124 0.054 0.082 0.008 0.039 0.147 0.035 0.027 0.053 0.042 0.046 0.148 0.044 0.055 0.016 0.019 0.089 0.040 0.013 0.075 0.025 0.052 0.708 0.053 0.028 0.011 0.042 0.026 0.021 0.008 0.004 0.542 nan 0.081 0.115 0.421 0.436 0.165 0.070 0.166 0.183 4.131 4.831 0.135 0.178 0.569 0.427 0.165 0.246 0.040 0.034 0.107 0.168 0.211 0.404 1715 chr10 129763816 129812773 + 0 NA intron (NM_001316677, intron 1 of 20) intron (NM_001316677, intron 1 of 20) 2750 NM_001316677 5791 Hs.127022 NM_006504 ENSG00000132334 PTPRE HPTPE|PTPE|R-PTP-EPSILON protein tyrosine phosphatase, receptor type E protein-coding nan 0.683 0.627 0.458 0.036 0.041 1.363 0.138 0.253 0.166 1.504 1.406 0.022 0.271 0.034 0.102 1.724 0.208 1.648 1.031 0.039 0.009 0.080 0.063 0.037 1.555 1.161 0.041 0.936 0.475 1.488 3.401 1.477 0.251 0.457 0.050 0.012 0.035 0.082 0.505 0.024 1.035 0.159 0.134 0.765 0.364 0.206 0.396 0.077 0.113 0.039 0.331 0.102 1.661 1.142 0.037 0.314 0.273 0.012 0.073 0.019 0.948 1.056 0.119 0.550 0.481 0.414 1.034 1.578 0.161 0.190 0.145 0.160 0.128 0.071 0.204 0.204 0.093 0.148 0.162 0.144 0.169 0.101 0.978 1.232 0.038 0.043 0.258 0.430 0.381 0.352 9709 chr6 52214038 52228631 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -5592 NM_133367 85315 Hs.239388 NM_133367 ENSG00000170915 PAQR8 C6orf33|LMPB1|MPRB progestin and adipoQ receptor family member 8 protein-coding 2.010 1.414 nan 0.652 0.732 0.446 1.639 1.412 2.312 0.111 0.447 0.822 0.472 0.184 0.335 1.389 0.609 0.210 1.411 0.455 0.342 0.123 0.654 0.344 0.926 0.919 0.669 0.111 0.527 0.779 0.665 1.780 1.309 2.043 0.773 0.559 1.068 0.555 0.139 1.015 0.227 1.553 0.639 0.563 0.714 0.637 0.803 1.661 0.820 1.159 1.221 0.743 1.389 2.852 4.311 0.926 0.428 0.651 0.101 0.739 0.521 0.342 0.189 0.220 0.829 0.209 0.196 0.616 0.900 0.935 1.609 1.244 0.943 2.412 0.805 0.830 0.857 0.711 1.104 1.690 2.460 1.095 0.875 0.348 0.730 3.872 3.951 0.784 1.624 1.495 0.962 1613 chr10 101762256 101788312 + 0 NA Intergenic Intergenic -5574 NM_015221 23268 Hs.500771 NM_015221 ENSG00000107554 DNMBP ARHGEF36|TUBA dynamin binding protein protein-coding nan nan 0.908 0.327 0.495 3.023 1.736 0.510 1.081 0.543 1.608 1.340 0.379 0.288 1.612 0.257 0.377 0.105 1.500 0.546 1.853 0.405 0.280 0.158 1.838 1.245 1.151 0.837 1.262 0.903 0.818 1.649 0.243 3.101 0.487 0.980 0.354 0.896 0.089 0.788 0.091 3.017 1.963 0.788 0.586 0.600 0.610 1.804 1.733 1.530 0.584 0.648 0.257 1.604 3.817 1.838 0.473 0.479 0.223 1.248 1.003 1.060 0.160 0.181 1.355 3.149 3.901 0.716 1.129 0.756 0.851 2.472 2.290 4.717 1.428 0.455 0.444 0.968 nan 6.325 5.150 0.733 0.750 0.232 0.437 0.989 0.635 0.441 nan 1.636 0.849 9580 chr6 33774325 33843732 + 0 NA Intergenic Intergenic -37235 NM_002418 4295 Hs.2813 NM_002418 ENSG00000096395 MLN - motilin protein-coding nan 2.139 nan 0.072 0.291 2.336 0.926 0.256 0.484 0.118 0.337 0.229 0.032 0.119 0.659 0.811 0.099 0.100 0.236 0.142 1.027 0.034 0.143 0.124 0.526 0.638 0.359 0.045 0.111 0.042 0.434 1.738 0.708 0.774 0.164 0.528 0.182 0.108 0.102 0.172 0.522 0.518 0.351 0.183 0.107 0.192 0.233 0.674 0.419 0.302 0.793 0.490 0.811 0.541 0.592 0.526 0.130 0.382 0.270 0.802 0.423 0.289 0.144 1.465 0.157 0.061 0.040 0.794 1.028 0.236 nan nan 0.789 1.209 0.342 0.336 0.402 0.318 0.637 2.116 2.052 1.282 1.167 0.501 0.511 0.602 0.843 1.309 3.861 0.785 0.643 4247 chr16 14180347 14207940 + 0 NA intron (NM_014048, intron 2 of 16) L1ME1|LINE|L1 28972 NM_001308142 57496 Hs.49143 NM_014048 ENSG00000186260 MKL2 MRTF-B|MRTFB|NPD001 MKL1/myocardin like 2 protein-coding 0.893 1.337 nan 0.706 1.407 0.999 0.515 0.421 0.797 0.855 0.177 0.159 0.436 0.113 0.058 0.158 0.571 0.135 0.831 0.336 0.025 0.020 0.415 0.172 0.420 0.705 0.272 0.037 0.815 0.379 1.869 5.326 1.019 3.561 0.600 0.146 0.069 0.067 0.098 0.055 0.607 0.107 0.037 0.031 0.619 0.718 0.734 0.080 0.207 0.080 0.051 2.273 0.158 0.555 0.121 0.420 0.288 0.810 0.004 0.087 0.118 0.254 0.451 0.160 0.041 0.027 0.017 0.433 0.285 0.182 0.307 0.509 0.547 3.503 1.466 2.783 2.849 0.546 0.875 2.702 4.406 nan 0.176 0.816 0.929 0.309 0.425 0.355 0.538 1.007 0.724 10896 chr8 35572323 35579416 + 0 NA intron (NM_080872, intron 8 of 16) intron (NM_080872, intron 8 of 16) -8031 NR_125819 101929550 Hs.583803 NR_125819 LOC101929550 - uncharacterized LOC101929550 ncRNA 0.715 0.816 nan 0.080 0.341 0.023 0.080 0.045 0.129 0.014 0.131 0.103 0.096 0.971 0.050 0.144 0.116 0.092 0.030 0.004 0.019 0.065 0.125 0.034 0.021 0.135 1.553 3.513 9.230 0.828 0.020 0.190 0.014 0.016 0.116 0.016 0.033 0.090 0.036 0.026 0.016 0.043 0.027 0.134 0.138 0.020 0.180 0.074 0.144 0.010 0.013 0.034 0.035 0.012 0.017 0.071 0.027 0.014 0.155 0.008 0.007 0.455 0.618 0.182 0.180 0.585 0.713 0.174 0.068 0.098 0.109 0.224 0.543 0.359 0.352 1.075 1.385 0.101 0.184 0.059 0.063 0.702 1.413 0.441 0.508 5064 chr17 78636352 78682835 + 0 NA intron (NM_020761, intron 3 of 33) intron (NM_020761, intron 3 of 33) 119839 NR_110852 101928855 Hs.670692 NR_110852 ENSG00000262833 LOC101928855 - uncharacterized LOC101928855 ncRNA 1.254 1.037 1.721 0.096 0.967 1.773 0.584 0.313 0.518 0.033 0.338 0.336 0.024 0.198 1.844 0.719 0.218 0.135 0.359 0.175 0.135 0.045 0.199 0.199 0.619 0.467 0.255 0.095 0.127 0.032 0.296 1.475 0.212 1.489 0.326 0.324 0.166 0.073 0.118 0.127 0.152 0.165 0.047 0.037 0.099 0.115 0.100 0.228 0.477 0.160 0.143 0.492 0.719 0.388 0.080 0.619 0.132 0.129 0.323 0.169 2.579 0.095 0.595 0.208 0.113 0.274 0.168 0.541 0.793 0.284 0.453 1.171 1.239 1.496 0.342 0.433 0.449 nan 1.327 3.854 4.212 1.240 1.057 0.723 0.909 0.912 1.039 0.481 0.977 nan 0.686 6675 chr2 223723805 223731748 + 0 NA intron (NM_001354159, intron 1 of 14) intron (NM_001354159, intron 1 of 14) 2124 NM_001354159 2181 Hs.655772 NM_004457 ENSG00000123983 ACSL3 ACS3|FACL3|LACS 3|LACS3|PRO2194 acyl-CoA synthetase long chain family member 3 protein-coding nan 1.838 2.711 1.379 2.303 1.786 2.758 0.987 1.727 2.003 2.571 1.844 0.570 1.023 1.556 1.450 1.609 0.386 2.851 0.522 1.965 2.219 1.065 0.647 2.420 1.928 2.112 1.864 2.316 0.715 2.478 4.479 2.675 nan 0.789 3.136 0.675 1.735 0.151 0.581 0.827 2.022 1.873 0.867 0.922 1.325 5.215 1.892 2.810 1.981 1.776 2.037 1.450 2.786 2.569 2.420 0.971 1.325 0.402 2.253 1.387 1.517 0.995 1.294 2.026 0.769 0.583 1.460 2.095 2.379 3.928 2.086 1.609 1.752 0.507 3.132 3.185 1.235 1.541 2.794 nan 2.215 3.132 0.811 3.164 0.793 0.772 1.980 nan 0.700 0.528 1406 chr10 28838254 28856899 + 0 NA intron (NM_016628, intron 3 of 13) intron (NM_016628, intron 3 of 13) 25155 NM_100486 51322 Hs.743224 NM_016628 ENSG00000095787 WAC BM-016|DESSH|PRO1741|Wwp4 WW domain containing adaptor with coiled-coil protein-coding 0.706 0.745 0.703 0.206 0.142 0.057 0.138 0.230 0.435 0.035 0.243 0.201 3.156 0.038 0.062 0.061 0.507 0.216 0.214 0.041 0.071 0.030 0.190 0.173 0.237 0.085 0.043 0.083 0.048 0.062 0.099 0.207 0.094 0.293 0.016 0.089 0.021 0.122 0.089 0.013 0.141 0.087 0.065 0.057 0.082 0.050 0.139 0.097 0.149 0.118 0.034 0.107 0.061 0.069 0.119 0.237 0.092 0.076 0.005 0.063 0.038 0.136 0.106 0.150 0.069 0.028 0.019 0.703 0.621 1.226 1.065 0.353 0.389 0.500 0.193 0.934 0.979 0.615 0.816 0.749 0.857 0.216 0.169 0.238 0.337 0.081 0.070 0.348 0.672 0.474 0.326 1104 chr1 212657802 212664556 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 54950 NM_013349 29937 Hs.461787 NM_013349 ENSG00000117691 NENF CIR2|SCIRP10|SPUF neudesin neurotrophic factor protein-coding 2.833 3.771 5.242 1.078 1.788 0.301 0.884 2.411 5.126 0.367 0.561 1.735 0.018 0.400 0.196 2.375 0.705 0.094 0.282 0.311 0.616 0.021 4.684 1.100 4.629 0.753 0.308 0.201 0.234 0.403 2.505 4.609 0.776 nan 0.654 1.371 0.327 0.214 0.070 0.141 0.534 0.772 0.144 0.104 1.040 0.608 0.341 0.856 1.537 0.187 2.951 0.569 2.375 1.534 0.254 4.629 0.491 2.718 1.117 0.275 1.583 0.437 0.015 0.791 0.134 0.119 0.039 0.722 0.644 1.260 3.277 2.026 2.169 6.644 4.255 0.624 0.774 0.731 nan 2.052 3.363 1.766 2.079 0.187 0.244 3.701 5.472 1.462 3.421 2.120 1.371 11938 chrX 45356133 45377326 + 0 NA intron (NR_104644, intron 1 of 3) intron (NR_104644, intron 1 of 3) 2096 NR_104644 101927528 Hs.550772 NR_104644 ENSG00000229563 LINC01204 - long intergenic non-protein coding RNA 1204 ncRNA 0.502 0.873 nan 0.686 0.054 0.026 2.455 0.038 0.120 0.104 1.476 1.805 0.020 0.023 0.050 0.211 0.542 0.076 1.157 1.058 0.627 0.013 0.052 0.132 0.011 3.089 2.452 0.130 1.142 2.470 0.182 0.444 0.380 0.458 1.146 1.268 0.013 0.384 0.050 1.523 0.030 3.335 0.293 0.286 1.399 1.007 0.336 2.825 0.599 0.996 0.340 1.018 0.211 2.548 0.616 0.011 0.485 0.465 0.005 0.504 0.039 1.794 0.046 0.071 1.462 1.086 1.146 0.065 0.046 0.313 0.944 0.131 0.240 0.240 0.094 0.133 0.143 0.128 0.222 0.208 0.210 0.457 0.377 0.093 0.097 0.079 0.125 0.143 0.309 0.343 0.300 7120 chr20 62762889 62809524 + 0 NA Intergenic Intergenic -9621 NM_004535 4661 Hs.279562 NM_004535 ENSG00000196132 MYT1 C20orf36|MTF1|MYTI|NZF2|PLPB1|ZC2H2C1|ZC2HC4A myelin transcription factor 1 protein-coding 2.158 3.643 2.120 0.100 1.045 5.298 0.041 1.575 3.034 0.025 0.082 0.036 0.012 0.393 4.401 0.850 0.078 0.115 0.168 0.115 0.035 0.048 0.992 0.492 4.952 0.027 0.031 0.066 0.093 0.045 1.538 6.691 0.140 1.684 0.024 0.071 0.202 0.097 0.115 0.010 0.680 0.212 0.048 0.027 0.026 0.063 0.118 0.132 0.102 0.044 0.033 0.079 0.850 0.118 0.034 4.952 0.081 0.101 0.522 0.187 1.076 0.051 1.023 1.455 0.037 0.057 0.047 4.346 nan 0.107 0.139 4.360 4.437 2.868 1.210 0.477 0.566 0.720 1.068 2.743 3.813 2.430 2.394 1.518 1.850 0.900 0.673 2.037 3.647 1.887 1.207 11031 chr8 68402679 68421580 + 0 NA intron (NM_020361, intron 6 of 10) L1MD1|LINE|L1 156060 NR_136223 102724708 Hs.636330 NR_136223 LOC102724708 - uncharacterized LOC102724708 ncRNA 1.108 0.877 0.578 0.198 0.485 0.159 0.495 0.260 0.399 0.030 0.377 0.571 0.016 0.043 0.365 0.292 0.745 0.102 0.280 0.300 0.047 0.007 0.345 0.266 3.997 0.472 0.291 0.035 0.374 0.022 0.067 0.279 0.112 2.406 0.224 0.072 0.147 0.051 0.095 0.113 0.122 0.078 0.027 0.016 0.161 0.291 0.046 0.207 0.069 0.109 0.017 0.030 0.292 0.201 0.044 3.997 0.064 0.018 0.010 0.039 0.107 0.092 0.179 0.074 0.099 0.009 0.022 0.292 0.153 0.389 0.604 1.095 1.063 0.390 0.099 0.111 0.108 0.389 nan 0.130 0.138 nan 0.187 0.204 0.326 0.475 0.740 0.232 0.342 1.892 0.956 9552 chr6 30874900 30895799 + 0 NA intron (NM_020442, intron 9 of 29).6 intron (NM_020442, intron 9 of 29).6 3241 NM_001167734 57176 Hs.597526 NM_020442 ENSG00000137411 VARS2 COXPD20|VALRS|VARS2L|VARSL valyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding nan 0.901 nan 1.451 0.526 0.365 3.012 0.529 0.871 0.271 0.979 0.560 0.347 0.417 0.408 0.987 0.683 0.141 1.214 0.599 1.185 0.443 0.294 0.174 1.261 0.950 0.746 0.351 0.686 1.961 0.558 1.076 1.206 1.553 0.571 0.782 0.114 0.857 0.094 0.230 0.385 0.896 1.032 0.637 0.671 0.854 0.742 0.748 0.910 1.360 0.920 0.619 0.987 0.904 0.803 1.261 0.333 0.495 0.246 1.378 0.543 0.597 0.370 0.319 0.343 0.251 0.150 1.046 1.329 1.828 nan nan 1.544 1.587 0.417 1.389 1.623 1.019 1.499 1.288 1.588 1.062 0.737 0.706 1.061 0.501 0.592 0.686 1.336 1.038 0.506 5092 chr17 80589452 80614981 + 0 NA intron (NM_019613, intron 1 of 9) intron (NM_019613, intron 1 of 9) 4195 NM_019613 56270 Hs.132161 NM_019613 ENSG00000141580 WDR45B WDR45L|WIPI-3|WIPI3 WD repeat domain 45B protein-coding 1.212 1.067 1.267 0.924 0.866 0.168 0.540 0.854 1.668 0.150 0.872 0.282 0.472 0.271 0.710 0.931 0.662 0.224 1.881 0.327 0.262 0.228 0.461 0.279 1.012 0.446 0.441 0.618 0.617 0.170 1.522 nan 1.062 2.109 1.125 0.415 0.109 0.593 0.137 0.235 0.464 0.801 0.392 0.285 0.478 0.145 0.408 0.484 1.104 0.852 0.342 1.217 0.931 2.433 0.418 1.012 0.600 0.484 0.155 1.058 0.624 0.255 0.297 0.319 0.544 0.262 0.185 1.354 nan 1.111 1.856 nan 1.351 1.357 0.915 1.370 1.505 0.844 1.258 1.214 2.749 0.397 0.349 0.748 1.242 0.413 0.409 0.621 1.152 0.773 0.492 7534 chr3 18455902 18472899 + 0 NA intron (NM_001322874, intron 1 of 10) intron (NM_001322874, intron 1 of 10) 2429 NM_002971 6304 Hs.517717 NM_002971 ENSG00000182568 SATB1 - SATB homeobox 1 protein-coding nan 1.318 2.029 0.647 0.883 0.036 0.133 0.604 1.520 0.283 0.636 1.629 0.838 1.074 0.399 0.189 0.047 0.523 0.111 0.026 1.034 0.525 1.180 0.065 0.021 0.009 0.341 0.062 0.824 0.813 0.054 2.879 0.121 0.032 0.499 0.058 0.061 0.090 2.716 0.190 0.736 0.380 0.058 0.018 0.604 0.473 0.254 0.973 0.515 0.039 0.399 0.299 0.011 1.180 0.408 0.117 0.399 0.167 1.071 0.028 3.115 0.524 0.518 0.027 0.012 2.534 2.567 1.001 1.235 3.129 2.611 1.747 0.544 1.558 1.651 0.104 0.168 1.466 1.562 1.197 1.362 3.103 5.400 1.600 1.554 0.652 1.130 1.424 0.795 1905 chr11 35937952 35950238 + 0 NA Intergenic LTR37A|LTR|ERV1 -21436 NM_174902 143458 Hs.745134 NM_174902 ENSG00000179241 LDLRAD3 LRAD3 low density lipoprotein receptor class A domain containing 3 protein-coding 0.776 1.316 nan 0.405 2.719 0.289 0.192 0.963 2.288 0.443 0.396 0.100 0.035 0.017 0.412 2.068 0.166 0.078 0.120 0.068 0.061 0.230 0.253 4.042 0.274 0.187 0.035 0.529 0.052 0.342 0.391 0.301 0.947 0.012 0.426 0.132 0.079 0.125 0.058 0.552 0.201 0.111 0.082 0.445 0.043 1.020 0.161 0.174 0.057 0.161 0.665 2.068 0.046 0.059 4.042 0.322 0.132 0.133 0.057 0.131 0.122 0.120 0.140 0.155 0.014 0.008 0.578 0.389 0.658 0.642 3.240 2.688 3.822 1.339 0.560 0.557 0.902 1.503 0.650 0.841 0.404 0.222 0.308 0.427 0.767 1.186 0.238 nan 1.112 0.866 3203 chr13 72425118 72454466 + 0 NA intron (NM_004392, intron 2 of 7) CpG 1538 NM_080759 1602 Hs.129452 NM_004392 ENSG00000276644 DACH1 DACH dachshund family transcription factor 1 protein-coding nan 1.135 1.405 0.056 0.370 0.136 0.044 1.114 2.034 0.006 0.053 0.056 0.070 0.552 0.167 3.677 0.063 0.049 0.047 0.013 0.009 1.152 0.321 0.212 0.375 0.042 0.015 0.028 0.035 0.021 0.187 0.317 0.041 2.999 0.060 0.053 0.896 0.122 0.078 0.065 7.000 0.172 0.080 0.091 0.026 0.003 0.059 0.299 0.022 0.308 0.352 0.015 3.677 0.047 0.019 0.375 0.025 0.034 1.012 0.198 0.654 0.011 0.114 1.610 0.068 0.018 0.009 0.900 1.296 0.458 0.826 4.728 4.470 nan 0.733 0.179 0.221 1.224 1.480 0.561 0.627 nan 7.642 0.314 0.548 3.120 2.508 3.824 nan 0.566 0.261 10140 chr7 5547745 5554845 + 0 NA intron (NM_001321213, intron 1 of 4) AluY|SINE|Alu 2134 NM_024963 80028 Hs.623974 NM_024963 ENSG00000155034 FBXL18 Fbl18 F-box and leucine rich repeat protein 18 protein-coding 3.027 1.973 2.296 4.907 1.302 1.090 2.719 0.951 1.924 1.103 4.559 1.783 1.390 0.522 1.166 1.244 1.089 0.411 1.714 0.863 2.099 0.607 1.032 0.758 2.218 3.613 3.984 1.166 3.097 1.683 3.269 nan 4.672 nan 1.121 2.672 0.266 3.347 0.176 1.439 0.795 5.769 6.809 2.887 1.836 1.581 4.637 1.915 3.500 4.057 1.074 4.119 1.244 2.797 2.776 2.218 2.276 1.781 0.464 3.359 1.475 2.679 0.669 0.888 2.882 0.969 0.521 2.849 3.023 2.253 nan 3.294 3.030 nan 1.276 4.396 4.594 2.322 3.358 nan 3.870 1.897 2.024 2.252 2.979 1.825 2.032 1.935 3.180 1.442 0.819 8217 chr4 1032847 1040889 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 30616 NM_021923 53834 Hs.193326 NM_021923 ENSG00000127418 FGFRL1 FGFR5|FHFR fibroblast growth factor receptor like 1 protein-coding 0.625 0.460 nan 1.287 0.296 0.199 4.862 0.118 0.174 0.106 3.026 3.885 0.054 0.113 0.288 0.770 0.834 0.260 4.770 2.734 0.055 0.107 0.154 0.092 0.194 2.626 2.910 0.862 1.342 1.371 0.874 4.468 0.333 0.443 3.487 5.723 0.012 0.174 0.028 2.087 0.009 2.627 1.077 0.753 0.750 0.890 0.636 2.561 1.655 3.348 0.657 1.782 0.770 8.620 4.488 0.194 3.511 0.154 0.061 0.956 0.114 1.923 0.817 0.016 1.259 0.415 0.144 0.396 0.394 0.507 0.876 0.499 0.452 nan 0.076 0.424 0.529 0.057 0.144 0.168 0.204 0.301 0.208 1.073 1.343 0.125 0.252 0.123 0.091 nan 0.335 10580 chr7 105681053 105719089 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 52720 NM_182715 6856 Hs.80919 NM_006754 ENSG00000008282 SYPL1 H-SP1|SYPL synaptophysin like 1 protein-coding nan 1.081 1.633 0.301 0.159 1.506 1.732 0.299 0.670 0.648 0.386 0.524 0.284 0.039 0.685 0.454 0.636 0.160 0.375 0.255 0.040 0.029 0.292 0.226 0.438 0.282 0.235 0.046 0.686 0.394 0.326 2.578 1.380 2.500 0.623 0.134 0.854 0.117 0.170 0.266 0.227 0.349 0.090 0.053 0.496 0.143 1.301 0.331 0.283 0.235 0.757 1.747 0.454 0.254 0.182 0.438 0.631 1.313 0.703 0.135 0.080 0.635 0.228 0.135 0.202 0.088 0.052 0.376 0.422 0.509 0.734 0.660 0.769 1.643 0.451 0.218 0.209 2.990 3.572 0.493 0.671 1.459 1.830 0.397 0.704 3.462 2.950 0.507 nan 1.076 0.886 10384 chr7 57883564 57887781 + 0 NA Intergenic Intergenic 375789 NM_001159279 441234 Hs.533121 NM_001159279 ENSG00000182111 ZNF716 - zinc finger protein 716 protein-coding nan 1.212 1.611 0.154 0.083 0.027 0.083 0.105 0.459 0.276 0.110 0.139 0.070 0.042 0.144 0.161 0.038 0.143 0.105 0.095 0.113 0.140 0.142 0.024 0.066 0.086 0.279 0.399 0.174 0.419 0.491 0.034 0.053 0.091 0.091 0.278 0.113 0.289 0.043 0.056 0.200 0.250 0.357 0.178 0.053 0.161 0.262 0.144 0.087 0.142 0.039 0.045 0.087 0.024 0.111 0.175 0.118 0.071 0.055 0.024 2.326 5.209 11.652 2.252 0.366 0.493 0.260 0.160 0.541 0.665 0.376 0.801 0.132 0.221 0.753 0.360 0.623 1.109 0.080 0.119 0.220 0.429 0.397 0.363 10258 chr7 26955792 26965629 + 0 NA Intergenic Intergenic -56348 NM_003930 8935 Hs.200770 NM_003930 ENSG00000005020 SKAP2 PRAP|RA70|SAPS|SCAP2|SKAP-HOM|SKAP55R src kinase associated phosphoprotein 2 protein-coding 1.160 0.971 1.233 0.548 0.089 0.091 0.124 0.212 0.297 0.252 0.112 0.177 0.045 0.061 0.063 0.158 0.152 0.082 0.097 0.039 0.080 0.042 0.110 0.186 0.120 0.182 0.067 0.037 0.228 0.147 0.114 0.277 0.178 0.263 0.059 0.104 0.029 0.066 0.201 0.012 0.090 0.123 0.024 0.071 0.066 0.069 0.222 0.223 0.066 0.036 0.113 0.103 0.158 0.043 0.037 0.120 0.049 0.034 0.040 0.041 0.010 0.109 0.111 0.075 0.044 0.035 0.026 4.926 2.611 11.364 nan 0.455 0.463 0.120 0.074 1.141 1.141 0.670 1.034 0.386 0.373 0.311 0.140 0.523 0.750 0.121 0.178 0.388 nan 0.680 0.628 11211 chr8 110545091 110564611 + 0 NA intron (NM_001278938, intron 1 of 6) intron (NM_001278938, intron 1 of 6) 1996 NM_001278938 9166 Hs.409368 NM_004215 ENSG00000147654 EBAG9 EB9|PDAF estrogen receptor binding site associated, antigen, 9 protein-coding nan nan 2.460 0.423 1.378 1.530 0.588 0.814 1.518 0.260 0.752 0.412 0.474 0.455 1.085 0.737 0.551 0.116 0.876 0.281 0.634 0.399 0.423 0.290 1.863 0.391 0.467 0.502 0.781 0.351 0.986 1.188 0.710 3.295 0.449 0.537 1.138 0.467 0.067 0.279 0.702 0.613 0.534 0.297 0.481 0.216 0.788 0.804 0.705 1.082 0.509 0.696 0.737 1.228 0.829 1.863 0.276 1.155 0.188 0.503 1.181 0.279 0.313 0.747 0.265 0.342 0.252 1.027 1.188 0.748 0.913 2.977 2.559 nan 1.153 4.126 nan 5.108 nan 3.548 4.458 2.894 2.715 0.654 0.953 3.660 3.716 1.744 2.190 1.586 0.880 11566 chr9 67289766 67310150 + 0 NA intron (NR_136300, intron 3 of 3) AluSz|SINE|Alu 9507 NR_136300 102724580 Hs.494013 NR_136300 LOC102724580 - methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 1 like pseudogene pseudo 0.650 1.706 1.076 3.220 0.129 0.022 2.992 0.197 0.407 0.141 0.286 2.881 0.018 0.178 0.074 0.798 0.114 0.142 2.080 1.685 0.223 0.126 0.231 0.129 0.081 2.222 1.967 0.137 1.375 1.202 2.759 3.099 0.098 0.569 3.434 0.246 0.130 0.128 0.087 1.963 0.056 3.078 5.114 2.529 0.894 0.602 0.830 3.626 0.411 3.035 0.097 0.240 0.798 1.395 0.829 0.081 0.966 0.127 0.091 0.267 0.178 0.795 0.121 0.097 0.682 4.708 6.777 0.386 0.255 0.354 0.613 0.434 0.516 0.280 0.117 0.396 0.350 0.346 0.652 0.239 0.268 0.473 0.276 0.246 0.406 0.489 1.413 0.320 0.457 0.571 0.723 2472 chr12 10563516 10600294 + 0 NA Intergenic L1ME3A|LINE|L1 6687 NM_002260 3822 Hs.591157 NM_002260 ENSG00000205809 KLRC2 CD159c|NKG2-C|NKG2C killer cell lectin like receptor C2 protein-coding 0.648 0.453 0.698 0.132 0.935 0.026 0.162 0.126 0.169 0.499 0.910 2.013 0.150 0.796 0.391 0.070 0.262 0.044 0.198 0.165 2.948 2.659 0.234 0.248 0.075 0.598 0.309 0.328 0.530 0.203 0.199 0.460 0.159 0.383 0.335 0.500 0.010 0.039 0.112 0.434 0.022 1.899 0.322 0.258 0.305 0.173 0.089 0.419 0.509 0.215 0.330 0.527 0.070 0.170 1.918 0.075 0.057 0.135 0.005 2.482 0.647 0.260 0.328 0.102 0.319 0.081 0.075 0.210 0.146 0.886 1.046 nan 0.364 2.288 0.726 0.197 0.218 0.133 0.222 0.968 0.943 0.304 0.096 0.226 0.439 0.023 0.058 0.299 0.528 0.552 0.394 6597 chr2 205407152 205420168 + 0 NA intron (NM_057177, intron 1 of 21) intron (NM_057177, intron 1 of 21) 3144 NM_057177 117583 Hs.657382 NM_057177 ENSG00000116117 PARD3B ALS2CR19|PAR3B|PAR3L|PAR3beta par-3 family cell polarity regulator beta protein-coding 1.199 nan 1.919 0.873 0.498 0.621 0.367 0.654 1.219 0.148 0.522 0.170 1.368 0.201 0.232 0.500 0.526 0.107 0.721 0.117 0.402 0.160 0.355 0.140 0.913 0.302 0.272 1.163 0.832 0.259 0.481 0.537 0.389 1.878 0.202 0.153 0.112 0.091 0.094 0.118 1.348 0.313 0.349 0.221 0.310 0.059 0.733 0.193 0.969 0.824 0.280 0.047 0.500 0.772 0.709 0.913 0.262 0.312 0.142 0.733 0.047 0.079 0.061 0.057 0.146 0.150 0.086 0.852 0.652 1.488 2.299 1.316 1.135 0.842 0.300 17.814 18.140 0.611 0.826 1.216 1.674 0.401 0.234 0.356 0.506 0.255 0.164 0.204 0.269 0.609 0.466 9466 chr6 17862981 17890976 + 0 NA intron (NM_022113, intron 3 of 38) AluJb|SINE|Alu 110876 NM_001105568 63971 Hs.94499 NM_022113 ENSG00000137177 KIF13A RBKIN|bA500C11.2 kinesin family member 13A protein-coding 1.379 nan 1.941 0.244 0.098 0.012 0.498 0.166 0.244 1.090 1.108 1.069 0.447 0.057 0.089 0.279 0.338 0.126 1.372 0.518 0.177 0.030 0.106 0.128 0.240 3.757 3.114 0.032 0.454 0.501 0.118 0.181 0.424 0.366 0.434 0.077 0.030 0.111 0.108 0.189 0.117 0.629 0.310 0.212 0.370 0.208 0.865 0.812 0.826 0.380 0.041 0.173 0.279 1.766 0.257 0.240 0.442 0.686 0.244 0.226 0.022 0.831 0.053 1.559 0.312 0.547 0.403 0.350 0.307 0.522 1.304 0.330 0.383 0.140 0.075 0.298 0.288 3.044 3.601 0.229 0.282 1.241 0.895 0.209 0.278 0.059 0.114 1.268 3.415 0.380 0.412 11527 chr9 35161250 35181289 + 0 NA intron (NM_001330653, intron 1 of 39) AluSx1|SINE|Alu 9280 NM_006377 10497 Hs.493791 NM_006377 ENSG00000198722 UNC13B MUNC13|UNC13|Unc13h2 unc-13 homolog B protein-coding 0.818 nan 0.821 0.321 1.048 0.194 0.273 0.328 0.598 0.017 0.322 0.198 0.089 0.510 0.262 0.858 0.297 0.120 0.343 0.170 0.116 0.118 0.633 0.415 0.421 0.261 0.187 0.240 0.138 0.068 0.412 0.911 0.571 1.050 0.129 0.105 0.338 0.232 0.086 0.141 0.187 0.248 0.300 0.207 0.272 0.084 0.130 0.144 0.459 0.597 0.212 0.175 0.858 0.297 0.449 0.421 0.209 0.837 0.072 0.555 0.548 0.183 0.161 0.254 0.121 0.388 0.170 0.278 0.307 0.620 0.827 0.902 0.945 3.937 2.153 0.413 0.401 0.668 0.919 0.743 1.140 0.742 0.617 0.273 0.598 1.237 1.272 0.648 1.091 3.154 1.420 821 chr1 161367201 161370823 + 0 NA Intergenic CpG -31339 NM_001013625 257177 Hs.534593 NM_001013625 ENSG00000188931 CFAP126 C1orf192|Flattop|Fltp cilia and flagella associated protein 126 protein-coding 5.300 nan 7.870 4.275 2.140 1.445 4.115 3.137 4.698 1.707 5.065 4.248 3.742 2.316 6.718 3.693 3.326 0.711 6.783 2.205 14.994 2.909 2.553 1.655 3.636 4.742 5.222 2.161 4.481 1.908 7.576 9.870 6.895 11.381 2.794 8.634 0.527 5.364 0.244 4.824 1.559 5.954 5.941 2.116 4.790 1.240 6.124 2.318 6.966 4.895 3.422 7.253 3.693 7.477 6.094 3.636 3.548 4.904 1.093 12.030 4.610 8.741 3.883 2.367 2.609 1.590 1.349 2.561 5.843 0.837 1.760 3.614 nan 8.771 2.358 5.327 5.392 5.174 5.975 5.477 nan 6.986 7.178 5.097 10.041 4.640 4.630 4.605 7.605 4.289 1.885 696 chr1 150768602 150773809 + 0 NA intron (NM_000396, intron 7 of 7) MSTB|LTR|ERVL-MaLR 9712 NM_000396 1513 Hs.632466 NM_000396 ENSG00000143387 CTSK CTS02|CTSO|CTSO1|CTSO2|PKND|PYCD cathepsin K protein-coding nan nan 1.440 0.098 0.695 0.064 0.151 0.276 0.987 0.018 0.045 0.052 0.012 0.077 1.304 4.552 0.289 0.123 0.313 0.036 0.005 0.054 2.007 0.514 1.382 0.091 0.038 0.048 0.144 0.020 0.487 1.692 0.127 1.253 0.028 0.156 0.093 0.063 0.089 0.022 6.508 0.179 0.023 0.045 0.063 0.046 0.110 0.134 0.142 0.213 0.090 0.342 4.552 0.109 0.018 1.382 0.093 0.048 0.242 0.128 0.097 0.136 0.225 0.118 0.022 0.010 0.618 0.757 0.382 0.674 1.884 nan 8.816 7.641 0.404 0.472 0.500 1.044 2.155 2.506 0.550 0.421 0.471 0.970 0.882 1.508 0.618 1.165 2.086 1.297 8466 chr4 87844877 87859695 + 0 NA intron (NR_038841, intron 2 of 2) L2c|LINE|L2 3716 NR_038841 100506746 Hs.657766 NR_038841 AFF1-AS1 - AFF1 antisense RNA 1 ncRNA 1.086 0.742 0.968 1.254 1.285 0.333 2.293 0.602 1.071 0.839 2.167 1.149 0.226 0.332 1.095 0.398 1.067 0.174 1.630 0.628 1.600 0.197 0.201 0.204 0.525 1.377 1.294 0.745 2.274 1.923 1.377 2.748 1.624 2.902 1.784 0.370 0.058 0.499 0.106 0.901 0.167 3.208 2.280 1.063 1.663 0.958 1.568 3.203 1.396 1.278 1.081 1.617 0.398 1.773 1.423 0.525 1.197 1.359 0.092 1.125 1.123 1.189 1.321 0.416 0.915 0.556 0.370 0.818 1.119 2.275 1.830 0.710 0.639 0.304 0.081 0.664 0.655 0.541 nan 1.755 2.880 0.657 0.519 1.067 2.143 0.500 0.699 0.932 nan 0.582 0.461 6886 chr20 21550150 21579456 + 0 NA intron (NR_109880, intron 1 of 3) intron (NR_109880, intron 1 of 3) 14141 NR_109880 101929625 Hs.542413 NR_109880 LINC01727 - long intergenic non-protein coding RNA 1727 ncRNA 0.748 1.031 nan 0.039 0.288 0.025 0.068 1.405 2.287 0.003 0.072 0.035 0.014 0.076 0.109 0.192 0.094 0.083 0.014 0.028 0.024 0.824 0.536 1.143 0.045 0.037 0.023 0.067 0.007 0.071 0.056 0.114 1.085 0.050 0.109 0.177 0.044 0.081 0.032 0.071 0.075 0.031 0.024 0.048 0.037 0.026 0.131 0.061 0.041 0.030 0.051 0.192 0.029 0.016 1.143 0.096 0.060 0.168 0.038 0.881 0.032 0.047 0.038 0.077 0.020 0.009 0.625 0.460 0.134 0.201 2.437 2.562 2.864 1.167 0.154 0.163 0.202 0.306 0.391 1.129 0.574 0.338 0.176 0.258 0.584 0.611 0.111 0.184 3.570 1.600 1721 chr10 133021984 133038350 + 0 NA intron (NM_174937, intron 4 of 11) intron (NM_174937, intron 4 of 11) 79817 NM_174937 256536 Hs.126575 NM_174937 ENSG00000176769 TCERG1L - transcription elongation regulator 1 like protein-coding 0.523 0.646 0.630 0.022 0.102 0.292 0.026 1.803 3.779 0.053 0.039 0.027 0.025 0.163 0.187 0.037 0.019 0.078 0.042 0.034 0.172 0.186 1.405 0.009 0.032 0.065 0.007 0.051 0.091 0.062 0.324 0.027 0.063 0.228 0.007 0.067 0.014 0.010 0.085 0.022 0.019 0.013 0.031 0.023 0.036 0.075 0.035 0.005 0.020 0.187 0.052 0.011 1.405 0.030 0.076 0.218 0.025 0.013 0.019 0.054 0.053 0.005 0.011 0.210 0.091 0.054 0.086 0.484 0.571 1.596 0.658 0.048 0.067 0.065 0.118 0.471 0.526 0.139 0.105 0.174 0.243 0.732 0.622 0.090 0.087 1.259 0.721 6013 chr2 36578537 36617095 + 0 NA intron (NM_016441, intron 1 of 16) intron (NM_016441, intron 1 of 16) 14446 NM_016441 51232 Hs.699247 NM_016441 ENSG00000150938 CRIM1 CRIM-1|S52 cysteine rich transmembrane BMP regulator 1 protein-coding 1.137 nan nan 1.443 0.057 0.024 1.832 0.112 0.200 1.072 2.305 1.724 0.693 0.253 0.084 0.208 1.571 0.179 1.187 0.583 3.056 0.398 0.114 0.111 0.065 1.746 1.307 1.546 1.121 0.462 0.596 nan 0.989 0.450 0.576 1.525 0.013 1.073 0.121 0.877 0.078 4.693 1.733 0.796 1.373 0.524 1.221 1.388 2.230 1.393 1.550 1.194 0.208 1.095 2.814 0.065 0.692 0.729 0.007 2.083 0.177 2.218 0.277 0.243 1.419 1.932 1.617 1.160 0.674 1.807 5.355 0.250 0.314 0.279 0.120 1.954 nan 0.744 1.167 0.437 0.785 nan 0.291 0.310 0.816 0.074 0.087 0.809 1.046 0.240 0.368 11520 chr9 33758606 33782756 + 0 NA intron (NM_001197098, intron 1 of 4) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 19862 NM_001197098 5646 Hs.654513 NM_002771 ENSG00000010438 PRSS3 MTG|PRSS4|T9|TRY3|TRY4 serine protease 3 protein-coding 0.777 nan 0.749 1.028 0.145 0.133 3.459 0.066 0.325 0.150 0.374 0.549 0.031 0.041 0.312 0.206 0.113 0.126 0.915 0.884 0.036 0.041 0.111 0.174 0.198 2.138 1.566 0.076 0.706 0.662 0.923 2.260 0.999 0.504 0.994 0.141 0.048 0.089 0.115 0.360 0.066 0.206 0.333 0.240 1.112 1.240 0.979 0.145 0.300 0.198 0.078 1.099 0.206 0.485 0.665 0.198 0.542 0.424 0.012 0.085 0.067 0.598 0.505 0.226 0.344 0.043 0.025 0.261 0.171 0.259 0.423 0.416 0.491 1.006 0.284 0.394 0.406 0.274 0.491 0.297 0.388 0.431 0.176 0.431 0.566 0.353 0.637 0.418 1.324 1.073 0.884 9048 chr5 87867113 87876225 + 0 NA intron (NR_152235, intron 2 of 3) intron (NR_152235, intron 2 of 3) 91088 NR_030741 407047 NR_030741 ENSG00000284447 MIR9-2 MIRN9-2|hsa-mir-9-2|miRNA9-2|mir-9-2 microRNA 9-2 ncRNA 0.872 1.207 0.684 0.063 0.038 0.018 0.056 0.093 0.212 0.021 0.085 0.071 0.007 0.033 0.049 0.085 0.121 0.018 0.159 0.021 0.014 0.070 0.081 0.013 0.023 0.008 0.016 0.073 0.070 0.096 0.062 0.194 0.048 0.066 1.871 0.024 0.133 0.013 0.018 0.040 0.013 0.012 0.017 0.093 0.033 0.018 0.062 0.044 0.085 0.047 0.010 0.013 0.009 0.020 0.022 0.044 0.032 0.110 0.025 0.006 0.022 0.144 0.141 0.496 0.273 0.143 0.234 0.104 0.071 0.162 0.146 0.456 0.621 0.193 0.176 0.405 0.165 0.131 0.161 4.651 7.877 0.175 nan 0.732 0.484 8651 chr4 182390513 182456869 + 0 NA Intergenic Intergenic -237509 NR_149139 101928679 Hs.149643 NR_149139 LINC02500 - long intergenic non-protein coding RNA 2500 ncRNA nan 0.686 nan 0.069 0.035 0.475 0.069 2.087 4.175 0.017 0.074 0.032 0.006 0.075 1.137 0.240 0.061 0.083 0.057 0.006 0.011 0.495 0.616 0.389 0.200 0.008 0.012 0.011 0.058 0.011 0.068 0.036 0.053 0.154 0.033 0.084 1.084 0.106 0.089 0.012 0.111 0.038 0.033 0.021 0.033 0.017 0.035 0.161 0.025 0.037 0.008 0.015 0.240 0.043 0.003 0.200 0.011 0.033 0.013 0.020 0.325 0.027 0.039 0.015 0.032 0.012 0.008 0.203 0.111 0.210 0.305 0.410 0.468 13.383 6.052 0.137 0.136 0.091 0.139 0.630 0.499 0.435 0.192 0.085 0.124 3.293 4.207 0.093 0.144 0.751 0.451 3376 chr13 114630466 114640016 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -3277 NR_047495 100861555 Hs.353773 NR_047495 ENSG00000260910 LINC00565 - long intergenic non-protein coding RNA 565 ncRNA 1.271 nan 0.921 0.022 0.313 7.120 0.550 0.050 0.229 0.129 0.078 0.020 0.022 0.298 1.384 0.989 0.203 0.145 0.040 0.027 0.114 0.119 1.040 0.066 0.023 0.023 0.043 0.034 0.109 0.338 0.044 2.812 0.046 0.054 0.050 0.045 0.077 0.984 0.024 0.328 0.050 0.016 0.012 0.032 0.141 0.129 0.051 0.066 0.008 0.049 1.384 0.125 0.029 1.040 0.038 0.097 0.143 0.122 0.369 0.025 0.041 0.038 0.361 0.030 0.011 0.703 0.580 0.179 0.644 0.942 0.770 0.756 0.494 0.096 0.098 0.096 0.223 0.341 0.612 0.349 0.164 0.472 0.465 0.424 0.303 0.091 0.216 0.332 0.185 10849 chr8 22842614 22858135 + 0 NA intron (NM_001160036, intron 2 of 11) intron (NM_001160036, intron 2 of 11) -2987 NM_001160037 23221 Hs.372688 NM_015178 ENSG00000008853 RHOBTB2 DBC2 Rho related BTB domain containing 2 protein-coding nan 1.071 nan 0.719 0.276 0.307 1.337 0.301 0.562 0.408 0.461 0.403 0.601 0.320 0.379 0.732 0.273 0.086 0.328 0.159 1.076 0.134 0.226 0.137 0.307 1.844 1.192 0.760 0.804 1.244 1.543 3.914 1.097 0.449 0.644 2.546 0.111 0.381 0.099 0.126 0.106 5.406 0.376 0.263 1.005 1.606 1.079 0.596 1.788 0.449 0.905 3.589 0.732 0.650 0.533 0.307 1.802 2.452 0.087 1.732 0.546 0.590 0.186 0.095 0.388 0.128 0.052 0.687 1.144 0.733 1.029 nan 1.473 nan 0.558 0.357 0.317 0.191 0.299 0.650 1.023 0.690 0.740 0.301 0.437 0.323 0.377 0.518 0.659 nan nan 11467 chr9 14605162 14617365 + 0 NA non-coding (NR_148714, exon 11 of 11) non-coding (NR_148714, exon 11 of 11) 82281 NM_001354123 340481 Hs.649522 NM_178566 ENSG00000175893 ZDHHC21 DHHC-21|DHHC21|DNZ1|HSPC097 zinc finger DHHC-type containing 21 protein-coding nan nan 0.919 0.088 0.269 0.049 0.035 0.309 0.320 0.016 0.038 0.045 0.021 0.033 0.088 0.188 0.128 0.082 0.102 0.015 0.005 0.011 3.325 2.246 0.167 0.023 0.006 0.073 0.009 0.046 0.052 0.108 0.464 0.024 0.044 0.087 0.009 0.086 0.102 0.008 0.005 0.006 0.027 0.007 0.072 0.009 0.007 0.029 0.033 0.022 0.188 0.047 0.008 0.167 0.034 0.008 0.024 2.007 0.020 0.187 0.293 0.025 0.024 0.280 0.212 0.348 0.428 0.461 0.525 5.800 1.483 0.164 0.182 69.331 59.663 0.334 0.310 0.422 0.159 0.428 0.637 0.417 0.440 0.294 1.130 2.725 1.336 1431 chr10 34084401 34093613 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -27399 NR_038932 100505583 Hs.568804 NR_038932 ENSG00000261683 LINC00838 - long intergenic non-protein coding RNA 838 ncRNA 0.583 0.685 0.475 0.132 0.047 0.038 0.201 0.124 0.441 0.011 0.188 1.205 0.140 0.011 0.058 0.195 0.819 0.494 0.197 0.144 0.548 0.085 0.095 0.079 0.160 0.070 0.096 0.184 0.309 0.070 0.270 0.107 0.133 0.144 0.064 0.010 0.012 0.111 0.184 0.117 0.055 0.079 0.069 0.176 0.100 0.094 0.124 0.407 0.023 0.596 0.568 0.195 0.115 0.537 0.079 0.241 1.011 0.031 0.013 0.044 0.060 0.053 0.041 0.041 1.018 0.744 0.337 0.278 2.221 10.304 0.280 0.448 0.564 0.231 0.435 0.401 0.098 0.253 0.270 0.260 0.194 0.114 0.122 0.276 0.042 0.082 0.114 0.164 0.449 0.409 1489 chr10 62621028 62626246 + 0 NA Intergenic LTR16A2|LTR|ERVL 80396 NM_001350910 9886 Hs.737374 NM_014836 ENSG00000072422 RHOBTB1 - Rho related BTB domain containing 1 protein-coding 0.598 nan 0.551 0.070 0.034 0.021 0.096 0.154 0.305 0.092 0.063 0.024 0.020 0.089 0.024 0.252 0.125 0.102 0.090 0.135 0.091 0.052 0.014 0.014 0.065 0.021 0.005 0.156 0.083 0.178 0.056 0.146 0.017 0.021 0.115 0.031 0.146 0.054 0.030 0.021 0.015 0.112 0.096 0.156 0.069 0.015 0.065 0.024 0.097 0.035 0.091 0.023 0.126 0.041 0.079 0.020 0.046 2.999 0.024 0.029 0.022 0.019 0.965 1.140 9.993 1.767 0.251 0.223 0.293 0.166 1.458 1.772 0.203 0.429 0.209 0.285 0.221 0.064 1.703 2.973 0.041 0.048 0.250 nan 0.333 0.350 7997 chr3 170803147 170810889 + 0 NA intron (NM_001161561, intron 22 of 31) intron (NM_001161561, intron 22 of 31) 17530 NR_030295 693154 NR_030295 ENSG00000207963 MIR569 MIRN569|hsa-mir-569 microRNA 569 ncRNA 1.152 3.068 0.800 0.178 1.671 1.179 0.285 0.641 1.315 0.186 0.380 0.053 3.389 0.501 0.535 0.229 0.179 0.075 0.040 0.053 0.164 0.237 0.392 0.077 0.029 0.058 0.175 0.047 0.073 0.322 0.506 0.440 0.115 0.083 0.012 0.028 0.093 0.169 0.587 0.072 0.031 0.030 0.042 0.090 0.150 0.079 0.181 0.267 0.112 0.139 0.501 0.138 0.144 0.392 0.062 0.053 0.037 0.022 0.039 0.376 0.051 0.368 0.060 0.223 0.111 0.437 0.269 0.832 0.757 1.512 1.630 0.279 0.184 0.259 0.215 1.192 1.828 5.782 12.453 0.960 0.449 0.161 0.213 0.101 0.101 0.496 0.908 1.435 1.279 3050 chr12 131509822 131520860 + 0 NA intron (NM_001330497, intron 14 of 25) intron (NM_001330497, intron 14 of 25) -36820 NR_131950 105755954 Hs.677534 NR_131950 ADGRD1-AS1 LACAT8 ADGRD1 antisense RNA 1 ncRNA 0.516 1.304 0.345 0.120 0.063 0.309 1.998 0.124 0.218 0.035 0.094 0.033 0.329 0.165 0.143 0.101 0.029 0.058 0.018 0.006 0.056 0.089 0.108 0.408 0.223 0.034 0.715 0.115 2.133 7.357 0.522 0.358 0.039 6.374 0.017 0.063 0.103 0.032 0.007 0.100 0.030 0.014 0.118 0.482 0.036 0.151 0.399 0.011 0.086 0.915 0.143 0.073 0.109 0.108 0.056 1.365 0.106 0.079 3.696 0.321 1.686 0.050 0.014 0.003 0.009 0.624 1.402 0.130 0.243 0.445 0.435 0.125 0.095 0.115 0.110 0.055 0.197 nan 0.189 0.275 0.179 1.732 0.987 0.068 0.139 0.149 0.222 0.759 0.694 4565 chr17 6914292 6919480 + 0 NA intron (NR_037715, intron 2 of 3) intron (NR_037715, intron 2 of 3) 1150 NR_037715 440400 Hs.632232 NM_001004333 ENSG00000219200 RNASEK - ribonuclease K protein-coding 5.030 2.993 2.925 2.814 2.824 3.798 3.183 2.475 4.566 1.693 3.299 3.007 2.927 3.050 3.710 3.544 3.796 0.340 7.004 2.503 4.867 2.797 1.639 0.523 5.415 2.239 2.901 1.864 3.540 1.323 4.855 6.664 5.297 8.412 1.200 5.706 0.753 11.607 0.579 1.962 1.333 11.670 4.931 2.058 3.612 4.721 5.215 5.576 7.058 6.643 3.295 2.597 3.544 10.593 8.276 5.415 3.229 2.475 1.585 8.596 5.570 5.760 0.991 2.712 3.366 4.013 2.979 6.122 6.583 7.512 11.326 8.209 8.687 5.986 4.087 8.449 8.704 4.003 4.805 7.040 10.662 3.285 3.040 3.782 5.380 2.525 3.338 6.033 7.479 2.264 1.231 6752 chr2 237751033 237787398 + 0 NA Intergenic MER30|DNA|hAT-Charlie 195595 NR_135202 93463 Hs.652810 NR_135202 ENSG00000124835 LOC93463 - uncharacterized LOC93463 ncRNA 1.130 nan 0.962 0.068 0.408 3.373 0.537 0.149 0.284 0.065 0.197 0.357 0.019 0.033 0.174 0.961 0.077 0.027 0.064 0.026 0.042 0.023 0.052 0.066 0.271 0.438 0.205 0.028 0.111 0.009 0.231 1.272 0.480 0.749 0.720 0.160 0.045 0.066 0.091 0.239 0.069 0.153 0.161 0.133 0.240 0.122 0.244 0.306 0.065 0.031 0.106 0.828 0.961 0.045 0.476 0.271 0.158 0.282 0.095 0.054 0.457 0.056 1.055 0.064 0.167 0.024 0.007 1.969 2.996 0.265 0.653 0.686 0.786 0.128 0.083 0.320 0.373 0.545 0.773 0.484 nan 0.545 0.310 0.889 1.206 0.106 0.107 0.346 0.868 0.172 0.168 1805 chr11 12327522 12356284 + 0 NA intron (NM_032867, intron 4 of 8) intron (NM_032867, intron 4 of 8) 33456 NM_032867 84953 Hs.60371 NM_032867 ENSG00000133816 MICALCL Ebitein1 MICAL C-terminal like protein-coding 1.433 nan 1.959 0.091 2.746 6.734 0.090 1.566 2.919 0.029 0.111 0.122 0.035 0.362 2.170 2.498 1.096 0.163 0.099 0.033 0.015 0.029 1.321 0.696 10.673 0.041 0.020 0.030 0.064 0.033 0.081 0.180 0.112 5.768 0.046 0.112 1.200 0.034 0.085 0.016 2.421 0.083 0.033 0.038 0.015 0.015 0.100 0.112 0.060 0.047 0.014 0.060 2.498 0.044 0.029 10.673 0.043 0.043 0.313 0.030 0.897 0.030 2.476 0.605 0.050 0.010 0.020 nan 2.173 3.404 2.944 6.891 7.453 4.092 1.308 10.887 11.768 2.230 nan 2.085 1.245 3.479 3.203 2.028 3.251 3.533 3.754 0.830 1.403 3.699 nan 3226 chr13 79797575 79803710 + 0 NA Intergenic Intergenic 179714 NM_001286632 64062 Hs.558528 NM_018605 ENSG00000139746 RBM26 ARRS2|C13orf10|PPP1R132|PRO1777|SE70-2|ZC3H17 RNA binding motif protein 26 protein-coding nan nan 0.656 0.048 0.658 0.072 0.104 0.364 0.629 0.015 0.012 0.030 0.061 0.569 3.978 0.113 0.026 0.052 0.031 0.046 0.336 0.190 1.201 0.011 0.011 0.024 0.044 0.035 0.065 0.789 0.125 1.183 0.085 0.061 0.063 0.035 0.080 0.232 0.453 0.062 0.062 0.046 0.111 0.131 0.040 0.012 0.387 3.978 0.023 1.201 0.119 0.161 0.048 0.029 0.083 0.012 0.130 0.081 0.009 0.653 0.326 0.266 0.375 0.824 0.649 12.937 4.483 0.096 0.179 0.258 0.304 0.596 0.375 0.277 0.157 0.218 0.302 0.922 0.813 0.335 0.549 0.437 0.240 1727 chr10 134345238 134351105 + 0 NA Intergenic MER65A|LTR|ERV1 -3112 NM_005539 3632 Hs.523360 NM_005539 ENSG00000068383 INPP5A 5PTASE inositol polyphosphate-5-phosphatase A protein-coding 0.635 0.660 1.357 3.232 0.195 1.143 1.149 0.556 0.763 1.638 1.551 1.440 0.444 0.307 1.045 0.438 0.498 0.119 1.913 0.789 0.809 1.186 0.245 0.196 0.893 0.992 0.739 1.454 3.684 1.050 1.348 2.009 0.932 1.108 0.449 0.516 0.032 0.797 0.035 0.220 0.176 5.197 0.533 0.332 0.800 0.521 1.060 0.239 1.489 1.150 0.634 0.866 0.438 5.924 2.079 0.893 0.832 1.615 0.099 1.395 0.433 0.810 0.151 0.104 0.716 0.422 0.267 0.909 0.796 0.649 1.194 0.526 0.401 0.489 0.151 0.623 0.516 0.405 0.571 0.156 0.138 0.597 0.431 0.527 0.799 0.308 0.358 0.178 0.272 0.398 0.361 2922 chr12 106500177 106539854 + 0 NA intron (NM_014840, intron 1 of 6) intron (NM_014840, intron 1 of 6) 13796 NM_014840 9891 Hs.524692 NM_014840 ENSG00000074590 NUAK1 ARK5 NUAK family kinase 1 protein-coding 1.778 1.358 nan 1.435 1.643 2.833 1.176 0.973 1.913 0.313 1.159 1.744 3.412 0.590 0.897 1.467 2.063 0.317 0.500 0.224 1.714 0.042 0.701 0.489 2.825 0.858 0.670 2.042 0.831 0.627 0.714 0.836 0.538 2.151 0.217 2.116 0.487 1.723 0.139 0.408 0.725 0.678 1.059 0.487 0.370 0.307 1.106 1.602 3.843 0.698 0.582 1.048 1.467 0.720 0.294 2.825 0.405 1.251 0.378 0.791 0.586 0.412 0.170 0.577 0.830 0.840 0.552 0.349 0.249 0.762 1.533 3.370 3.728 0.682 0.220 1.541 1.607 0.754 1.300 1.723 2.179 1.186 1.069 0.464 0.739 1.063 0.923 0.555 0.843 0.997 0.835 6808 chr20 4125829 4156357 + 0 NA intron (NM_175839, intron 1 of 6) MIRb|SINE|MIR 11667 NM_175841 54498 Hs.433337 NM_175839 ENSG00000088826 SMOX C20orf16|PAO|PAO-1|PAO1|PAOH|PAOH1|SMO spermine oxidase protein-coding 1.123 1.234 0.836 0.881 0.166 0.636 0.758 0.337 0.540 0.216 3.165 0.941 0.016 0.521 0.391 0.538 0.294 0.147 0.637 0.230 1.038 0.097 0.200 0.099 0.113 0.985 0.716 0.276 0.160 0.208 0.931 2.570 0.205 1.218 0.993 1.598 0.028 0.246 0.070 0.221 0.039 0.402 0.409 0.232 0.507 0.196 0.553 0.704 4.588 0.915 0.844 1.892 0.538 0.422 0.317 0.113 1.183 0.393 0.345 0.606 0.338 0.589 1.288 0.117 0.943 0.328 0.188 4.164 5.638 1.096 1.375 0.995 0.869 0.432 0.144 1.010 1.112 0.364 0.665 1.298 1.684 0.785 0.587 2.036 3.052 0.108 0.155 0.415 0.730 0.573 0.475 9145 chr5 123138507 123157799 + 0 NA Intergenic Intergenic 267042 NM_004384 1456 Hs.129206 NM_004384 ENSG00000151292 CSNK1G3 CKI-gamma 3|CSNK1G3L casein kinase 1 gamma 3 protein-coding nan 1.923 0.901 0.116 0.459 0.307 0.126 0.921 1.697 0.348 0.345 0.960 0.672 0.124 0.176 0.563 0.399 0.108 0.141 0.059 0.066 3.021 0.069 0.132 0.359 0.036 0.015 0.041 0.049 0.016 0.388 1.861 0.205 1.271 0.174 2.895 0.055 0.479 0.143 0.018 0.242 0.097 0.113 0.040 0.028 0.016 0.090 0.134 0.135 0.162 2.291 2.081 0.563 0.092 0.053 0.359 1.668 1.320 0.105 0.279 0.519 0.033 0.072 0.941 0.623 0.027 0.021 0.390 0.323 2.274 nan 0.819 0.793 2.872 1.005 0.325 0.270 0.521 0.820 0.699 1.036 1.719 1.728 0.202 0.275 0.823 1.312 1.562 3.658 0.413 0.279 6094 chr2 48420961 48444303 + 0 NA Intergenic Intergenic -109163 NM_002158 3344 Hs.468478 NM_002158 ENSG00000170802 FOXN2 HTLF forkhead box N2 protein-coding 1.426 nan 1.596 0.093 0.150 0.045 0.128 0.124 0.342 0.012 0.127 0.047 0.005 0.021 0.118 0.231 0.137 0.041 0.141 0.049 0.041 0.006 0.155 0.189 0.148 0.070 0.025 0.060 0.139 0.050 0.103 nan 0.086 0.400 0.025 0.093 0.113 0.042 0.129 0.010 0.140 0.126 0.015 0.037 0.071 0.063 0.194 0.167 0.223 0.072 0.054 0.089 0.231 0.115 0.056 0.148 0.036 0.046 0.494 0.127 0.018 0.068 0.051 1.080 0.045 0.007 0.017 0.850 1.498 0.947 0.721 nan 0.679 2.009 0.608 0.381 0.474 1.611 1.783 0.339 0.445 2.085 1.774 0.217 0.281 0.458 0.415 1.508 nan nan 0.558 11480 chr9 18470200 18478184 + 0 NA 5' UTR (NM_052866, exon 1 of 13) 5' UTR (NM_052866, exon 1 of 13) 113 NM_001040272 92949 Hs.741483 NM_052866 ENSG00000178031 ADAMTSL1 ADAMTSL-1|ADAMTSR1|C9orf94|PUNCTIN ADAMTS like 1 protein-coding nan 2.436 0.892 0.156 0.549 0.036 0.445 0.541 0.779 0.012 0.087 0.787 0.052 0.088 0.594 1.341 0.097 0.080 0.047 0.016 0.295 0.293 2.998 0.191 0.027 0.196 0.077 0.060 0.020 0.031 0.053 2.717 0.073 0.054 0.571 0.014 0.113 0.044 1.227 0.023 0.015 0.048 0.110 0.096 0.012 1.030 0.031 0.178 0.020 0.594 0.055 2.998 0.021 0.074 0.015 0.089 0.030 0.012 0.216 0.077 0.058 0.019 0.163 0.081 0.315 0.279 12.638 9.698 3.197 0.966 0.029 0.069 0.287 0.364 0.703 0.673 1.050 1.005 0.060 0.117 2.823 2.778 0.414 0.752 0.970 0.943 4967 chr17 71731858 71769190 + 0 NA intron (NM_001278587, intron 4 of 5) AluSc8|SINE|Alu 16531 NM_001278587 100134391 Hs.694655 NM_001278587 LOC100134391 - uncharacterized LOC100134391 protein-coding 1.578 1.134 2.695 0.058 0.967 1.369 0.097 1.555 3.024 0.023 0.084 0.087 0.012 0.545 2.967 1.353 0.094 0.082 0.087 0.001 0.020 0.007 1.741 0.765 2.417 0.128 0.037 0.020 0.083 0.011 0.133 0.494 0.095 4.456 0.025 0.086 0.069 0.065 0.086 0.010 0.175 0.140 0.027 0.008 0.015 0.041 0.049 0.188 0.386 0.038 0.026 0.103 1.353 0.072 0.035 2.417 0.056 0.065 0.109 0.097 0.776 0.023 0.082 0.483 0.006 0.020 0.004 0.939 1.127 0.239 0.257 5.188 5.557 1.080 0.405 0.126 0.164 nan 1.473 6.916 6.862 1.662 1.077 0.386 0.473 0.411 0.494 0.916 2.921 nan 1.379 7754 chr3 114111722 114141429 + 0 NA intron (NM_001164345, intron 3 of 6) intron (NM_001164345, intron 3 of 6) -24086 NM_001164342 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.113 nan 1.006 0.508 0.176 0.325 0.136 0.497 0.780 0.013 0.103 0.250 0.006 0.047 1.104 0.456 1.170 0.132 0.110 0.032 0.036 0.028 0.360 0.316 3.191 0.109 0.027 0.022 0.106 0.050 0.060 0.071 0.074 1.070 0.128 0.067 0.026 0.019 0.083 0.045 0.107 0.102 0.012 0.016 0.059 0.049 0.078 0.228 0.107 0.221 0.037 0.045 0.456 0.060 0.065 3.191 0.045 0.033 0.094 0.053 0.178 0.069 1.662 0.391 0.010 0.033 0.048 1.840 2.549 3.160 4.324 2.514 nan 2.565 0.999 0.287 0.298 nan 2.735 0.297 0.339 0.678 0.335 1.536 2.134 0.146 0.205 0.508 1.056 1.488 1.114 1225 chr1 236061003 236097485 + 0 NA Intergenic L1PA7|LINE|L1 -32236 NM_001301365 1130 Hs.532411 NM_000081 ENSG00000143669 LYST CHS|CHS1 lysosomal trafficking regulator protein-coding 1.396 1.898 1.728 1.242 0.427 0.598 2.656 1.033 2.065 0.577 0.740 2.343 0.026 0.451 0.057 1.230 2.764 0.387 1.427 0.885 0.143 0.023 0.683 0.304 0.805 2.245 1.505 0.327 2.522 2.581 1.008 3.181 2.166 0.950 1.253 0.888 0.583 0.185 0.114 0.654 0.309 4.945 0.689 0.421 2.227 1.375 1.284 5.076 0.574 1.047 1.371 1.308 1.230 1.875 2.929 0.805 0.828 0.969 0.190 0.887 0.287 1.716 0.030 0.102 1.088 0.868 0.814 0.455 0.496 0.951 1.565 0.618 0.644 nan 0.606 0.308 0.336 0.738 1.067 nan 1.121 0.686 0.552 0.137 0.214 1.895 2.629 0.371 0.707 nan 0.625 6203 chr2 76976568 76997174 + 0 NA intron (NR_146416, intron 1 of 1) L2a|LINE|L2 -226220 NR_110284 101927907 Hs.382185 NR_110284 ENSG00000234653 LOC101927907 - uncharacterized LOC101927907 ncRNA nan nan 0.622 0.028 0.184 5.585 0.076 0.117 0.195 0.005 0.057 0.031 0.009 0.071 0.095 0.229 0.040 0.062 0.077 0.028 0.019 0.074 0.186 0.216 0.090 0.004 0.017 0.004 0.076 0.010 0.174 0.605 0.081 1.680 0.050 0.057 0.074 0.021 0.130 0.051 0.042 0.069 0.003 0.015 0.032 0.026 0.094 0.092 0.032 0.024 0.015 0.048 0.229 0.059 0.032 0.090 0.036 0.028 0.014 0.020 0.015 0.034 0.043 0.079 0.007 0.015 0.015 0.322 0.167 0.208 0.256 0.448 0.479 1.851 0.538 0.260 0.228 0.164 0.270 0.452 0.528 0.386 0.142 0.131 0.210 0.491 0.477 0.353 0.665 nan 0.570 2909 chr12 104447703 104459249 + 0 NA intron (NM_031302, intron 1 of 11) intron (NM_031302, intron 1 of 11) 4479 NM_001316967 83468 Hs.631650 NM_031302 ENSG00000120820 GLT8D2 - glycosyltransferase 8 domain containing 2 protein-coding 1.987 1.540 nan 1.049 1.111 1.571 0.576 0.235 0.554 0.313 0.668 0.616 0.251 0.234 1.736 0.991 1.479 0.259 0.822 0.359 0.539 0.545 0.991 0.551 1.582 0.496 0.403 0.848 0.580 0.369 0.849 1.098 0.483 1.916 0.350 0.494 1.510 0.980 0.139 0.448 0.422 0.643 0.586 0.352 0.407 0.133 0.478 1.447 0.945 1.372 0.732 0.379 0.991 0.481 0.750 1.582 0.254 0.286 0.514 1.787 1.172 0.423 0.454 1.195 0.557 0.474 0.194 0.777 1.101 0.882 1.525 2.263 2.337 4.725 1.375 1.562 1.579 1.309 1.888 1.816 1.956 5.346 5.120 0.651 1.155 4.755 4.146 1.330 3.290 4.287 2.168 210 chr1 29506119 29509294 + 0 NA intron (NM_005626, intron 1 of 5) intron (NM_005626, intron 1 of 5) 931 NM_005626 6429 Hs.469970 NM_005626 ENSG00000116350 SRSF4 SFRS4|SRP75 serine and arginine rich splicing factor 4 protein-coding 8.520 6.383 nan 7.727 12.181 9.416 3.249 4.426 8.110 2.842 6.369 3.525 4.784 3.426 6.444 6.539 4.450 0.587 5.570 1.651 5.853 3.000 4.231 2.307 7.926 2.786 3.828 3.851 7.134 2.438 6.169 10.942 5.965 13.800 2.386 4.283 1.382 6.960 0.252 1.880 3.228 9.663 5.215 1.709 4.094 2.355 4.002 6.360 4.521 6.323 2.855 3.236 6.539 6.447 5.224 7.926 2.146 3.227 1.807 6.864 5.201 3.324 2.942 4.234 2.974 3.394 2.287 9.618 8.150 11.617 16.716 14.757 15.444 7.595 5.169 19.958 21.073 8.739 10.025 7.562 12.872 11.087 10.613 6.404 11.146 5.873 8.005 11.295 9.284 4.224 2.513 5220 chr18 25683470 25711083 + 0 NA intron (NM_001792, intron 2 of 15) intron (NM_001792, intron 2 of 15) 60134 NM_001792 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.707 0.863 0.939 0.707 0.229 0.046 0.530 0.141 0.219 0.007 0.837 4.688 0.011 0.054 0.074 0.433 0.269 0.047 0.149 0.151 0.052 0.020 0.113 0.143 0.177 0.015 0.024 0.083 0.169 0.557 0.035 0.025 0.008 0.456 0.228 0.023 0.021 0.063 0.076 0.214 0.129 0.240 0.090 0.065 0.538 0.028 0.066 0.441 0.140 0.103 0.011 0.021 0.433 0.028 0.003 0.177 0.053 0.003 0.018 0.034 0.055 0.419 0.040 0.077 0.813 0.013 0.007 0.455 0.433 0.277 nan 0.523 0.693 0.323 0.160 0.811 0.764 0.573 0.779 0.888 0.901 0.410 0.250 0.115 0.225 0.126 0.169 0.346 0.545 0.648 0.643 5381 chr18 56861890 56876859 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -18026 NM_002091 2922 Hs.153444 NM_002091 ENSG00000134443 GRP BN|GRP-10|preproGRP|proGRP gastrin releasing peptide protein-coding nan 0.874 0.844 0.056 0.340 0.148 0.052 0.129 0.371 0.006 0.116 0.068 0.060 0.079 0.473 0.060 0.130 0.029 0.013 0.017 0.019 0.223 0.162 0.926 0.005 0.010 0.020 0.033 0.014 0.048 0.047 0.033 0.593 0.003 0.076 0.190 0.014 0.075 0.139 0.093 0.012 0.002 0.022 0.036 0.065 0.046 0.067 0.041 0.021 0.027 0.473 0.033 0.926 0.041 0.051 0.043 0.367 0.021 0.027 0.090 0.010 0.007 0.377 0.213 0.250 0.336 1.579 1.698 1.471 0.436 0.421 0.558 0.095 0.232 1.047 0.925 0.417 0.246 0.185 0.178 0.739 0.785 0.162 0.305 nan 2.119 6722 chr2 234381841 234405119 + 0 NA intron (NM_018218, intron 29 of 30) L1M5|LINE|L1 80756 NM_018218 55230 Hs.96513 NM_018218 ENSG00000085982 USP40 - ubiquitin specific peptidase 40 protein-coding 0.795 nan 1.344 0.767 0.225 0.156 1.884 0.221 0.489 0.029 0.795 3.236 0.637 0.164 0.061 0.170 0.305 0.097 0.887 0.400 0.950 0.012 0.183 0.171 0.219 4.365 4.832 0.174 1.846 1.029 1.380 1.871 5.682 0.414 0.350 1.070 0.041 0.079 0.111 0.745 0.126 1.453 0.215 0.117 2.179 0.692 1.437 0.198 2.225 0.094 0.129 1.666 0.170 0.315 0.314 0.219 0.116 0.960 0.012 0.373 0.098 1.002 0.056 0.165 1.514 1.185 0.565 0.361 0.378 0.764 3.072 0.375 0.297 0.544 0.179 0.381 0.319 0.338 0.567 1.421 nan 0.315 0.179 0.209 0.338 0.188 0.137 0.326 0.694 0.175 0.128 10517 chr7 95660911 95689328 + 0 NA intron (NM_004411, intron 14 of 16) intron (NM_004411, intron 14 of 16) 173949 NR_030322 693176 NR_030322 ENSG00000208025 MIR591 MIRN591|hsa-mir-591 microRNA 591 ncRNA nan 0.815 nan 0.063 0.605 0.201 0.075 0.169 0.343 0.066 0.081 0.013 0.055 0.837 0.320 0.108 0.130 0.094 0.013 0.027 0.083 0.633 0.472 0.371 0.007 0.013 0.008 0.076 0.022 0.057 0.116 0.160 1.291 0.026 0.050 0.338 0.057 0.168 0.008 0.059 0.094 0.006 0.003 0.042 0.054 0.075 0.135 0.037 0.058 0.028 0.051 0.320 0.071 0.023 0.371 0.047 0.043 0.373 0.037 0.086 0.039 0.105 0.131 0.043 0.020 0.012 0.501 0.305 0.453 0.706 0.455 0.473 3.233 1.444 0.281 0.311 0.661 1.056 0.703 0.830 0.888 0.781 0.211 0.371 1.186 1.060 0.314 nan 3.397 1.537 3365 chr13 113606024 113669981 + 0 NA intron (NM_001320816, intron 1 of 29) intron (NM_001320816, intron 1 of 29) 4376 NM_001320816 23263 Hs.170422 NM_024979 ENSG00000126217 MCF2L ARHGEF14|DBS|OST MCF.2 cell line derived transforming sequence like protein-coding 1.012 nan 1.667 0.038 2.201 2.870 0.079 0.581 1.057 0.012 0.067 0.014 0.016 0.779 2.714 1.149 0.056 0.045 0.134 0.054 0.017 0.017 0.661 0.313 2.995 0.062 0.030 0.058 0.044 0.026 0.378 1.036 0.140 1.383 0.025 0.055 0.135 0.073 0.060 0.024 0.630 0.195 0.050 0.036 0.012 0.040 0.343 0.107 0.074 0.033 0.267 0.089 1.149 0.198 0.015 2.995 0.048 1.343 0.411 0.075 1.937 0.052 0.901 0.033 0.037 0.014 0.008 4.074 6.249 0.582 0.828 3.081 2.645 2.963 0.948 0.514 0.510 0.038 0.065 3.852 4.707 0.647 0.698 1.841 2.496 1.258 0.960 0.156 0.199 0.585 0.421 9587 chr6 34356872 34362654 + 0 NA intron (NM_001202470, intron 5 of 8) CpG 694 NM_006703 11165 Hs.188882 NM_006703 ENSG00000272325 NUDT3 DIPP|DIPP-1|DIPP1 nudix hydrolase 3 protein-coding nan 2.331 nan 3.242 2.810 2.011 2.430 1.163 2.785 0.619 2.664 1.593 1.016 0.863 3.813 4.672 3.204 0.504 2.179 0.428 3.176 2.140 1.351 1.160 4.190 1.381 1.938 0.907 1.470 0.482 2.782 2.983 1.814 6.837 1.011 2.305 0.696 4.983 0.222 0.855 3.473 4.351 2.492 1.137 0.885 0.529 2.297 4.977 2.122 4.570 6.121 1.497 4.672 1.982 4.224 4.190 0.778 1.261 1.257 5.350 2.634 2.232 2.384 4.263 1.078 1.693 1.002 4.729 4.782 2.194 nan nan 5.203 5.142 1.893 8.643 8.713 4.246 5.409 4.661 7.734 7.157 9.811 2.065 5.358 4.223 3.397 9.918 9.171 2.154 1.389 9785 chr6 82458865 82500423 + 0 NA Intergenic Intergenic -17216 NM_017633 55603 Hs.10784 NM_017633 ENSG00000112773 TENT5A C6orf37|FAM46A|XTP11 terminal nucleotidyltransferase 5A protein-coding 1.088 1.223 nan 0.271 0.805 0.264 0.225 0.236 0.480 0.448 0.845 0.950 0.122 0.606 0.396 0.566 1.837 0.202 0.571 0.492 1.048 0.498 0.191 0.155 0.697 1.135 0.806 0.176 0.454 0.245 1.117 4.129 0.935 3.294 0.633 1.464 0.071 0.112 0.111 0.219 0.260 0.804 0.155 0.114 0.771 0.375 0.481 0.570 0.754 0.868 1.638 1.201 0.566 0.541 0.036 0.697 0.876 1.016 0.058 0.693 1.333 0.446 0.197 0.173 0.331 0.033 0.032 0.825 1.108 0.579 1.319 0.201 0.264 1.036 0.442 0.763 0.748 0.344 0.569 1.004 1.059 0.562 0.463 0.302 0.793 0.564 0.395 0.327 0.938 0.528 0.371 2702 chr12 55443508 55466869 + 0 NA Intergenic Intergenic 41459 NM_021191 58158 Hs.591024 NM_021191 ENSG00000123307 NEUROD4 ATH-3|ATH3|Atoh3|MATH-3|MATH3|bHLHa4 neuronal differentiation 4 protein-coding nan 1.065 1.679 0.059 0.053 0.009 0.065 0.398 0.618 0.012 0.031 0.025 0.019 0.042 0.175 0.808 0.109 0.118 0.050 0.024 0.027 0.012 0.114 0.102 0.220 0.030 0.015 0.003 0.064 0.090 0.092 0.073 0.507 0.006 0.119 2.120 0.037 0.086 0.005 1.606 0.055 0.013 0.013 0.028 0.036 0.066 0.188 0.063 0.025 0.027 0.037 0.808 0.040 0.028 0.220 0.052 0.051 1.745 0.047 0.109 0.023 0.030 0.703 0.007 0.010 0.013 nan 0.889 0.218 0.243 0.269 nan 0.242 0.147 0.154 0.193 5.508 6.073 0.453 nan 3.043 2.858 0.132 0.205 5.077 6.931 1.321 3.168 0.752 0.639 8902 chr5 51515385 51537678 + 0 NA Intergenic Intergenic 222666 NR_147166 105378960 Hs.639310 NR_147166 ENSG00000248789 LINC02118 - long intergenic non-protein coding RNA 2118 ncRNA nan nan 0.676 0.042 0.110 12.560 0.028 5.184 9.659 0.009 0.060 0.041 0.006 0.018 0.410 1.637 0.068 0.058 0.053 0.012 0.006 0.119 0.170 1.019 0.003 0.003 0.003 0.038 0.009 0.073 0.130 0.079 0.306 0.039 0.048 0.179 0.049 0.138 0.005 0.057 0.004 0.007 0.010 0.010 0.052 0.050 0.007 0.019 0.011 0.015 1.637 0.035 0.012 1.019 0.016 0.022 0.017 0.005 0.014 0.014 0.189 0.017 0.031 0.025 0.189 0.084 0.581 0.229 7.587 8.548 nan 1.165 0.083 0.054 0.419 0.634 0.267 0.282 nan 0.234 0.083 0.102 0.890 0.687 0.364 0.789 3.417 1.640 11388 chr8 144812725 144825640 + 0 NA intron (NR_033849, intron 2 of 3) intron (NR_033849, intron 2 of 3) 2872 NR_033849 100128338 Hs.493171 NR_033849 ENSG00000203499 FAM83H-AS1 onco-lncRNA-3 FAM83H antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 2.420 1.855 nan 5.015 3.699 6.075 3.666 0.886 1.294 5.044 1.445 0.321 3.756 3.421 0.777 0.463 0.070 0.102 5.523 1.586 2.642 0.032 0.511 0.284 3.446 0.712 0.830 0.844 6.609 2.387 9.104 16.258 4.762 6.964 3.677 0.810 0.245 0.638 0.040 0.164 0.264 0.495 0.695 0.457 2.598 1.887 8.828 0.172 2.647 1.180 1.173 5.135 0.463 6.064 0.789 3.446 3.593 6.625 0.787 3.447 1.241 0.416 0.943 0.066 0.042 0.049 0.004 2.641 3.456 1.194 2.034 nan 3.679 nan 0.777 10.981 11.513 0.082 0.267 4.487 5.860 0.981 1.177 2.173 3.142 1.868 1.127 0.209 0.301 1.967 1.076 11982 chrX 128220795 128227912 + 0 NA Intergenic Intergenic 433129 NM_001282874 6594 Hs.152292 NM_003069 ENSG00000102038 SMARCA1 ISWI|NURF140|SNF2L|SNF2L1|SNF2LB|SNF2LT|SWI|SWI2|hSNF2L SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 1 protein-coding 0.619 nan 1.320 0.066 0.500 0.008 0.010 3.653 7.777 0.077 0.013 0.014 0.981 0.023 0.060 0.026 0.027 2.952 1.652 0.799 0.010 0.021 0.037 0.014 0.051 0.041 0.039 0.196 0.071 1.136 0.016 0.061 0.016 0.150 0.104 0.008 0.022 0.015 0.096 0.013 0.071 0.023 0.020 0.011 0.074 0.981 0.031 0.009 0.799 0.058 0.125 0.008 0.072 0.087 0.011 0.280 0.211 0.318 0.530 0.160 0.229 4.412 1.903 0.134 0.117 0.202 0.215 0.209 0.195 0.341 0.255 0.023 0.112 4.301 3.514 0.321 0.364 1.574 0.887 3196 chr13 71292711 71308319 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 -288758 NR_047699 100885781 Hs.372660 NR_047699 ENSG00000226846 LINC00348 - long intergenic non-protein coding RNA 348 ncRNA nan 1.026 0.812 0.014 0.141 0.084 0.032 0.133 0.200 0.006 0.080 0.024 0.004 0.084 0.068 0.140 0.053 0.062 0.055 0.012 0.018 0.122 0.137 0.057 0.009 0.009 0.018 0.056 0.095 0.018 0.291 0.009 0.070 0.224 0.021 0.129 0.007 0.166 0.054 0.019 0.010 0.007 0.010 0.099 0.039 0.005 0.014 0.025 0.021 0.140 0.037 0.030 0.057 0.016 0.049 0.105 0.004 0.039 0.011 0.057 0.295 0.015 0.015 0.010 0.549 0.346 0.581 0.557 0.405 0.693 nan 0.662 0.133 0.099 3.727 4.426 0.227 0.222 nan 0.455 0.208 0.320 0.605 0.437 0.500 nan 0.173 0.201 1895 chr11 34995808 35002446 + 0 NA intron (NM_001135024, intron 7 of 10) Charlie7a|DNA|hAT-Charlie 35743 NR_039836 100616437 NR_039836 ENSG00000251862 MIR1343 - microRNA 1343 ncRNA 0.856 1.240 nan 2.475 0.097 0.051 2.362 0.216 0.226 1.578 3.309 3.620 0.028 0.165 0.137 0.114 0.619 0.024 1.435 0.886 3.189 0.021 0.056 0.124 0.144 2.289 1.783 0.486 0.859 0.826 0.378 0.307 0.949 0.361 0.385 3.408 0.029 0.260 0.123 1.904 0.072 4.151 3.372 1.524 1.232 0.221 2.226 5.362 0.858 1.442 0.320 0.572 0.114 0.151 6.763 0.144 0.533 0.186 0.029 1.252 0.046 3.510 0.114 0.224 4.390 3.409 3.835 0.547 0.582 1.269 3.309 0.397 0.390 0.441 0.277 0.464 0.439 0.679 0.969 0.573 0.551 0.333 0.198 0.226 0.433 0.203 0.261 0.402 nan 0.562 0.334 5074 chr17 79296554 79325741 + 0 NA Intergenic Intergenic -6673 NM_178520 284186 Hs.364191 NM_178520 ENSG00000185332 TMEM105 - transmembrane protein 105 protein-coding 3.462 4.235 4.288 1.842 1.941 2.250 3.205 1.143 1.935 1.697 3.200 0.504 1.250 2.511 1.844 4.351 1.211 0.207 3.458 1.547 2.536 1.188 0.493 0.174 2.369 2.886 3.900 0.741 3.607 1.954 4.024 8.274 3.403 3.971 2.559 1.620 0.503 1.521 0.101 1.841 1.338 1.562 1.193 0.607 3.197 2.370 2.513 2.376 4.523 2.055 1.011 1.588 4.351 3.335 2.192 2.369 1.243 2.650 0.939 2.046 1.361 1.588 1.772 0.118 3.198 0.827 0.447 5.517 5.678 2.019 3.016 3.492 2.949 2.324 0.798 3.214 3.164 nan 2.746 3.844 4.927 2.538 2.686 2.589 4.027 2.098 2.022 0.336 0.590 nan 0.556 7046 chr20 50409339 50434093 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2654 NM_001318031 57167 Hs.517113 NM_020436 ENSG00000101115 SALL4 DRRS|HSAL4|ZNF797 spalt like transcription factor 4 protein-coding 1.046 1.019 0.865 0.165 0.292 0.090 0.129 0.155 0.281 0.359 0.081 1.087 0.321 0.044 0.090 0.269 0.571 0.231 0.223 0.084 0.130 1.642 0.115 0.129 0.174 0.131 0.052 0.229 0.406 0.132 0.824 1.965 0.789 0.894 0.147 0.235 0.604 6.995 0.194 0.138 0.656 0.203 0.209 0.129 0.080 0.075 0.838 0.164 0.796 0.265 0.172 0.248 0.269 0.160 0.060 0.174 0.173 0.150 0.316 1.795 0.028 0.208 0.120 0.455 0.077 0.051 0.021 0.893 nan 0.231 0.422 0.394 0.383 1.948 0.508 1.337 1.348 0.496 0.778 0.590 0.975 1.695 1.738 0.560 0.686 1.456 1.170 1.217 1.737 0.335 0.430 5305 chr18 44333706 44356687 + 0 NA Intergenic Intergenic -8064 NM_001307987 29906 Hs.465025 NM_013305 ENSG00000101638 ST8SIA5 SIAT8-E|SIAT8E|ST8SiaV ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2,8-sialyltransferase 5 protein-coding nan 1.489 1.154 0.047 1.930 0.075 0.065 0.885 2.065 0.038 0.103 0.088 0.024 0.057 0.299 1.735 0.062 0.042 0.014 0.017 0.024 0.012 1.031 0.925 2.602 0.103 0.035 0.044 0.036 0.018 0.105 0.193 0.072 2.180 0.059 1.504 0.061 0.093 0.174 0.334 0.117 0.055 0.041 0.043 0.036 0.059 0.074 0.091 0.379 0.240 0.029 1.735 0.025 0.020 2.602 0.037 0.018 0.521 0.106 0.414 0.037 0.039 0.177 0.030 0.020 0.009 0.289 0.224 0.177 0.322 3.007 2.896 6.481 2.997 0.149 0.116 0.256 0.455 0.416 0.756 1.568 1.619 0.106 0.127 3.494 3.921 0.286 nan 5.563 2.572 9213 chr5 139629303 139642481 + 0 NA intron (NM_002622, intron 3 of 3) AluSx|SINE|Alu 46797 NM_002622 5201 Hs.483564 NM_002622 ENSG00000113068 PFDN1 PDF|PFD1 prefoldin subunit 1 protein-coding 0.885 1.185 nan 1.696 0.456 0.187 2.288 0.421 0.518 0.210 1.322 0.786 0.137 0.244 0.162 0.137 0.273 0.135 1.145 0.728 0.150 0.031 0.286 0.117 0.391 2.513 1.702 0.697 1.042 2.182 1.647 2.802 0.323 0.514 0.685 0.181 0.072 0.106 0.088 0.785 0.110 2.338 1.908 0.728 2.988 0.565 1.338 0.987 0.483 0.931 0.327 0.994 0.137 2.963 3.076 0.391 1.476 0.170 0.022 0.234 0.240 0.703 0.146 0.085 1.467 1.328 1.288 0.313 0.366 0.392 0.792 0.482 0.443 0.560 0.464 0.476 0.523 0.333 0.727 0.997 1.586 0.376 0.213 0.415 0.614 0.191 0.275 0.243 0.494 1.113 0.834 4465 chr16 81430579 81450718 + 0 NA Intergenic MER20B|DNA|hAT-Charlie 22025 NR_039871 100616150 NR_039871 ENSG00000284473 MIR4720 - microRNA 4720 ncRNA nan 0.610 1.144 0.777 0.326 0.027 1.335 0.124 0.291 0.660 0.806 1.980 0.019 0.070 0.106 0.895 0.112 0.129 0.976 0.848 12.828 0.076 0.117 0.073 0.436 1.599 1.154 0.850 0.790 0.372 0.191 0.642 0.158 0.475 0.720 1.665 0.010 0.639 0.093 0.241 0.072 3.608 2.485 1.270 0.774 0.404 1.013 0.679 3.699 0.790 0.898 1.180 0.895 1.081 2.772 0.436 1.295 1.348 0.212 1.870 0.207 1.235 0.239 0.023 0.513 3.069 2.435 0.451 0.456 0.500 0.538 0.436 0.515 0.614 0.183 1.966 1.909 0.341 0.487 0.258 0.425 0.720 0.496 0.330 0.468 0.145 0.280 0.138 0.246 0.876 0.600 9892 chr6 124308188 124338042 + 0 NA intron (NM_001040214, intron 1 of 6) L2c|LINE|L2 198124 NM_001040214 154215 Hs.656604 NM_153355 ENSG00000188580 NKAIN2 FAM77B|NKAIP2|TCBA|TCBA1 sodium/potassium transporting ATPase interacting 2 protein-coding 0.729 0.948 0.927 0.043 1.553 0.832 0.014 2.668 5.402 0.003 0.081 0.323 0.023 0.363 3.677 0.141 0.115 0.098 0.063 0.013 0.021 0.032 0.518 0.333 1.187 0.007 0.017 0.012 0.043 0.014 0.099 0.355 0.061 0.721 0.024 0.077 0.501 0.033 0.122 0.000 0.069 0.049 0.012 0.021 0.018 0.018 0.135 0.053 0.033 0.057 0.003 0.027 0.141 0.058 0.028 1.187 0.021 0.025 0.036 0.043 0.431 0.013 0.046 0.038 0.013 0.021 0.009 0.502 0.437 0.872 0.383 0.963 1.089 3.787 1.131 5.343 5.522 0.418 0.576 2.517 2.341 0.464 0.169 0.111 0.260 2.494 2.707 0.199 0.237 0.487 0.369 3799 chr14 100487905 100500616 + 0 NA intron (NM_001330221, intron 1 of 13) AluSz6|SINE|Alu -37491 NM_016337 51466 Hs.125867 NM_016337 ENSG00000196405 EVL RNB6 Enah/Vasp-like protein-coding 1.640 0.822 0.865 1.318 0.227 0.137 0.530 0.260 0.361 0.583 0.893 0.747 3.454 0.074 0.703 0.540 4.901 1.227 0.183 0.163 2.553 0.011 0.129 0.111 0.245 2.222 1.704 0.111 0.763 1.036 0.570 1.373 2.568 0.490 0.034 1.218 0.057 0.071 0.110 0.571 0.113 3.401 0.946 0.573 1.371 1.409 0.167 1.544 0.583 0.641 0.235 0.849 0.540 0.145 0.634 0.245 0.257 1.145 0.093 0.365 0.040 1.819 0.164 0.232 1.933 0.689 0.602 0.362 0.454 0.498 1.153 0.663 0.623 0.080 0.039 0.262 0.229 0.965 1.511 0.604 0.761 0.728 0.586 0.399 0.554 0.282 0.267 0.312 0.915 0.565 0.550 4283 chr16 20875152 20893898 + 0 NA intron (NM_173475, intron 1 of 2) intron (NM_173475, intron 1 of 2) -26665 NM_020424 57149 Hs.745012 NM_020424 ENSG00000102897 LYRM1 A211C6.1 LYR motif containing 1 protein-coding 1.149 0.757 nan 0.697 0.267 0.081 0.877 0.120 0.247 0.849 0.741 1.055 0.060 0.117 0.076 0.269 0.389 0.127 0.386 0.195 0.203 0.037 0.050 0.134 0.077 1.811 1.137 0.109 1.670 0.696 0.570 1.435 0.860 0.373 0.234 0.370 0.020 0.070 0.073 0.417 0.059 0.104 0.177 0.091 0.915 0.507 0.375 0.181 0.786 0.206 0.221 0.232 0.269 0.157 0.862 0.077 0.515 0.070 0.103 0.205 0.075 0.926 0.064 3.020 0.281 0.181 0.158 0.291 0.275 0.278 0.499 0.274 0.310 nan 0.199 0.415 0.426 0.797 1.457 1.238 2.065 3.568 2.223 0.233 0.316 0.101 0.056 2.276 6.903 0.742 0.542 4399 chr16 65435871 65454238 + 0 NA intron (NR_027755, intron 2 of 8) intron (NR_027755, intron 2 of 8) 165149 NR_027755 283867 Hs.444774 NM_001101346 ENSG00000261742 LINC00922 - long intergenic non-protein coding RNA 922 ncRNA nan nan 0.546 0.045 0.093 0.009 3.056 0.105 0.151 0.021 0.065 0.065 0.010 0.022 0.024 0.152 0.123 0.070 0.046 0.010 0.278 0.085 0.045 0.046 2.887 1.581 0.010 0.963 0.798 0.319 0.869 0.817 0.226 1.225 3.516 0.015 0.065 0.100 1.914 0.035 0.098 0.119 0.063 2.085 0.385 0.073 0.126 0.022 0.016 2.899 0.758 0.152 0.061 4.742 0.046 0.260 0.919 0.021 1.011 0.022 1.016 0.038 0.155 0.890 0.116 0.136 0.233 0.193 0.085 0.202 0.226 0.240 0.082 0.023 0.151 0.077 0.094 nan 0.267 0.218 0.368 0.201 0.095 0.144 0.027 0.024 0.205 0.464 0.319 0.389 2048 chr11 67885877 67897916 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -3038 NM_001277 1119 Hs.77221 NM_001277 ENSG00000110721 CHKA CHK|CK|CKI|EK choline kinase alpha protein-coding nan 1.485 1.336 4.472 1.514 0.593 4.547 0.345 0.735 2.490 2.832 0.921 4.148 0.350 0.856 0.998 0.836 0.162 2.777 0.724 0.446 0.502 0.371 0.176 1.103 1.306 1.383 1.027 2.046 1.856 1.171 1.897 3.672 2.746 1.538 0.672 0.149 1.613 0.175 0.352 0.960 5.794 2.525 1.262 2.072 2.547 8.078 0.773 2.157 1.910 3.317 2.535 0.998 5.953 1.038 1.103 0.834 3.466 0.195 3.185 1.711 3.870 0.602 0.520 0.398 0.329 0.257 1.409 2.059 1.144 2.032 1.946 1.603 2.162 0.908 1.713 1.888 0.964 1.669 2.443 3.952 1.273 1.208 1.136 2.197 1.141 0.857 1.275 1.884 1.095 0.564 11134 chr8 97807154 97851015 + 0 NA intron (NM_016134, intron 2 of 7) Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 171629 NM_016134 10404 Hs.156178 NM_016134 ENSG00000104324 CPQ LDP|PGCP carboxypeptidase Q protein-coding 7.389 4.198 7.008 0.034 0.205 0.028 0.078 0.159 0.304 0.013 0.122 0.030 0.009 0.062 0.159 0.151 0.984 0.125 0.043 0.009 0.020 0.009 0.050 0.072 0.313 0.027 0.007 0.010 0.079 0.007 0.062 0.065 0.114 0.470 0.060 0.037 0.045 0.064 0.103 0.013 0.067 0.064 0.015 0.013 0.020 0.016 0.066 0.137 0.039 0.032 0.009 0.050 0.151 0.049 0.027 0.313 0.006 0.042 0.055 0.005 0.049 0.050 0.043 2.652 0.029 0.070 0.017 0.377 0.203 0.264 nan 0.485 0.594 0.513 0.216 0.232 0.244 0.301 0.463 1.015 1.048 0.445 0.220 0.175 0.246 0.164 0.208 5.464 9.059 0.345 0.380 9632 chr6 40671301 40688372 + 0 NA Intergenic Intergenic -124633 NM_020737 57497 Hs.250015 NM_020737 ENSG00000156564 LRFN2 FIGLER2|KIAA1246|SALM1 leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 2 protein-coding 1.268 1.212 1.149 0.055 1.370 0.734 0.200 0.366 0.788 0.088 0.033 0.007 1.856 0.554 1.535 0.104 0.085 0.080 0.019 0.024 1.254 0.503 2.053 0.241 0.097 0.030 0.064 0.013 0.127 0.897 0.124 2.386 0.068 0.057 0.696 0.026 0.117 0.083 0.046 0.124 0.053 0.032 0.052 0.053 0.039 0.246 0.091 0.055 0.060 0.284 1.535 0.098 0.292 2.053 0.058 0.117 0.509 0.078 3.428 0.056 0.087 0.828 0.026 0.017 0.012 0.594 1.037 0.192 0.250 1.019 0.875 8.413 1.887 0.339 0.395 0.385 0.633 4.708 nan 1.250 1.347 0.285 0.391 3.124 2.747 0.826 1.976 1.736 1.176 655 chr1 145523402 145563259 + 0 NA 3' UTR (NM_003637, exon 30 of 30) 3' UTR (NM_003637, exon 30 of 30) -5879 NM_001280799 148741 Hs.710624 NM_144698 ENSG00000198483 ANKRD35 - ankyrin repeat domain 35 protein-coding 1.286 nan 1.575 0.352 1.257 0.787 1.402 0.357 0.681 0.082 0.432 1.079 0.375 0.392 2.463 2.374 0.410 0.173 0.512 0.333 0.579 0.100 1.236 0.680 2.334 0.594 0.325 0.154 0.145 0.363 1.592 7.567 1.759 5.733 0.756 0.414 0.862 0.110 0.106 1.239 0.671 0.560 0.453 0.223 0.367 0.436 0.662 1.583 0.706 0.850 0.480 2.493 2.374 0.551 1.273 2.334 0.857 0.494 0.076 0.600 0.390 0.591 0.188 0.100 0.560 0.549 0.493 0.554 0.657 0.681 0.831 2.969 3.398 3.012 0.995 0.410 0.458 0.737 1.171 2.066 1.904 0.421 0.219 0.688 0.793 2.156 2.117 0.346 0.610 1.652 0.871 421 chr1 61322879 61341413 + 0 NA Intergenic Intergenic -40890 NR_110628 101926964 Hs.650459 NR_110628 ENSG00000231252 LOC101926964 - uncharacterized LOC101926964 ncRNA 2.993 0.847 7.086 0.121 0.110 0.095 0.043 0.224 0.454 0.005 0.063 0.081 0.016 0.027 0.086 0.483 0.192 0.061 0.150 0.031 0.027 0.007 0.160 0.111 0.321 0.026 0.023 0.020 0.067 0.065 0.158 0.092 0.620 0.047 0.070 0.262 0.042 0.125 0.038 0.100 0.065 0.015 0.035 0.054 0.095 0.190 0.048 0.057 0.008 0.039 0.483 0.121 0.025 0.321 0.013 0.094 1.427 0.038 0.093 0.017 0.137 0.180 0.012 0.025 0.008 0.386 0.355 0.196 0.462 0.611 0.834 0.141 0.045 0.304 0.274 nan nan 0.497 nan 4.807 5.314 0.239 0.407 0.875 0.447 0.230 0.624 0.787 0.573 5717 chr19 44060404 44090493 + 0 NA intron (NM_006297, intron 2 of 16) L2a|LINE|L2 4282 NM_006297 7515 Hs.98493 NM_006297 ENSG00000073050 XRCC1 RCC|SCAR26 X-ray repair cross complementing 1 protein-coding 1.454 1.414 1.572 0.553 0.959 0.522 0.611 0.696 1.316 0.239 0.859 0.609 0.105 0.385 0.585 0.722 0.485 0.198 0.614 0.259 0.428 0.115 0.852 0.332 1.486 0.349 0.245 0.563 0.264 0.199 0.336 nan 0.514 1.131 0.242 0.246 0.335 0.480 0.134 0.458 0.338 1.270 0.299 0.184 0.181 0.136 0.314 0.381 0.583 3.109 0.250 0.191 0.722 0.738 0.124 1.486 0.106 0.298 0.223 0.439 0.611 0.362 0.259 0.292 0.354 0.279 0.253 0.652 0.797 0.922 1.353 1.329 1.329 3.752 2.093 2.008 2.142 1.161 1.581 1.588 2.303 1.264 0.985 0.760 1.087 1.718 1.699 1.174 1.497 3.280 1.644 8033 chr3 174153655 174164299 + 0 NA Intergenic CpG -418134 NM_207015 254827 Hs.565848 NM_207015 ENSG00000177694 NAALADL2 - N-acetylated alpha-linked acidic dipeptidase like 2 protein-coding 2.812 4.199 1.805 2.753 2.249 1.675 0.948 1.200 2.482 0.475 1.023 1.116 7.594 0.510 0.559 1.673 4.741 0.256 0.758 0.302 5.426 1.354 2.765 1.953 1.339 1.634 1.582 0.485 2.651 0.528 1.318 1.969 2.669 2.974 0.877 2.996 2.023 3.550 0.138 0.944 1.103 2.205 1.422 0.709 0.544 0.455 1.224 2.567 0.941 1.722 1.474 1.276 1.673 1.100 0.207 1.339 0.299 0.869 0.420 0.974 0.988 1.397 0.214 0.501 1.737 2.919 2.469 1.176 1.407 1.900 2.789 3.008 3.174 5.838 2.506 3.805 3.814 4.675 5.447 2.175 3.109 2.743 2.955 0.659 1.233 9.061 8.063 1.470 1.678 1.867 1.107 10687 chr7 137338520 137361889 + 0 NA intron (NM_001321708, intron 3 of 32) intron (NM_001321708, intron 3 of 32) 180874 NM_001321709 9162 Hs.242947 NM_004717 ENSG00000157680 DGKI DGK-IOTA diacylglycerol kinase iota protein-coding nan nan nan 0.083 0.041 0.047 0.070 0.261 0.536 0.012 0.255 0.079 0.013 0.034 0.153 0.262 0.235 0.089 0.123 0.089 0.064 0.006 0.199 0.173 0.067 0.048 0.025 0.019 0.376 0.149 0.072 0.180 0.224 0.259 0.031 0.151 0.020 0.047 0.156 0.035 0.028 0.264 0.103 0.063 0.067 0.049 0.084 0.265 0.063 0.034 0.533 0.134 0.262 0.104 0.031 0.067 0.084 0.105 0.146 0.062 0.035 0.229 3.907 0.063 0.254 0.025 0.016 2.216 4.411 1.988 2.135 0.396 0.531 nan 0.282 10.074 10.955 0.167 nan 0.182 0.158 nan 0.255 1.967 4.258 0.088 0.095 0.286 0.407 1.042 nan 271 chr1 37574224 37580686 + 0 NA Intergenic Intergenic -49709 NR_036217 100422898 NR_036217 ENSG00000264698 MIR4255 - microRNA 4255 ncRNA 0.993 nan 0.917 0.078 0.189 0.157 0.022 0.119 0.216 0.021 0.069 0.072 0.019 0.031 0.206 0.257 0.128 0.008 0.012 0.021 0.146 0.124 0.314 0.023 0.046 0.075 0.016 0.103 0.076 0.076 0.543 0.075 0.015 0.034 0.106 0.118 0.099 0.028 0.017 0.012 0.045 0.107 0.038 0.066 0.071 0.257 0.053 0.014 0.314 7.310 0.051 0.165 0.037 0.037 0.049 0.129 0.011 0.428 0.206 0.275 0.158 0.049 0.109 0.402 0.523 nan 0.227 0.145 0.094 0.319 0.665 1.375 1.923 nan 0.231 0.300 0.436 0.107 0.102 0.345 0.792 1.365 nan 8240 chr4 6391487 6397411 + 0 NA intron (NM_001206995, intron 2 of 9) L2a|LINE|L2 -10852 NM_181876 5522 Hs.479069 NM_020416 ENSG00000074211 PPP2R2C B55-GAMMA|B55gamma|IMYPNO|IMYPNO1|PR52|PR55G protein phosphatase 2 regulatory subunit Bgamma protein-coding 0.702 0.455 nan 0.654 0.075 0.047 0.829 0.027 0.033 0.016 0.132 0.032 0.017 0.143 0.215 0.076 0.442 0.495 0.065 0.085 0.105 0.070 0.135 0.242 0.122 0.025 0.160 0.143 0.215 0.528 0.106 0.640 0.197 0.018 0.015 0.037 0.077 0.013 0.064 0.140 0.082 0.052 0.203 0.142 0.634 0.168 0.234 0.166 5.006 1.898 0.215 0.218 0.135 1.988 0.334 0.038 0.244 0.086 0.067 0.667 0.020 0.077 0.019 0.033 0.798 0.983 0.289 0.429 0.276 0.354 nan 0.297 0.169 0.177 0.272 0.571 0.277 0.381 0.553 0.304 0.662 0.817 0.063 0.067 0.073 0.136 nan 0.574 3742 chr14 86440217 86679203 + 0 NA intron (NR_110155, intron 2 of 3) intron (NR_110155, intron 2 of 3) 158688 NR_110155 101928767 Hs.536380 NR_110155 LINC02328 - long intergenic non-protein coding RNA 2328 ncRNA nan 2.624 3.971 0.041 0.131 0.065 0.026 0.130 0.252 0.009 0.065 0.044 0.024 0.052 0.107 0.198 0.176 0.136 0.042 0.012 0.023 0.020 0.068 0.098 0.125 0.010 0.016 0.005 0.058 0.009 0.069 0.144 0.106 0.286 0.037 0.074 0.059 0.041 0.128 0.009 0.092 0.057 0.015 0.016 0.022 0.042 0.053 0.100 0.028 0.034 0.040 0.045 0.198 0.029 0.022 0.125 0.041 0.032 0.044 0.020 0.047 0.059 0.064 1.269 0.063 0.047 0.010 0.278 0.171 0.239 0.323 0.407 0.534 0.167 0.087 0.430 0.417 0.246 0.360 0.370 0.341 0.589 0.213 0.104 0.200 0.199 0.286 2.842 5.026 0.473 0.484 11407 chr9 2014025 2018947 + 0 NA intron (NM_003070, intron 1 of 33) CpG 1267 NM_139045 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 3.352 9.046 4.898 0.853 2.496 0.406 1.921 1.568 3.129 1.243 0.885 0.504 0.316 0.368 7.772 3.831 2.414 0.390 2.605 0.597 0.090 0.028 1.546 1.022 3.768 1.449 1.631 0.857 1.703 0.236 1.690 2.806 1.780 16.575 1.125 1.205 0.542 0.199 0.050 0.450 4.545 1.779 2.582 1.413 1.951 0.889 1.449 2.616 2.696 1.880 2.875 1.489 3.831 4.011 0.904 3.768 0.798 0.825 2.388 0.697 1.867 0.386 2.653 0.725 1.120 1.813 1.041 2.012 3.469 5.274 7.743 6.189 4.081 4.833 1.656 11.674 10.716 3.462 5.196 1.711 3.437 5.032 8.451 2.118 6.344 2.025 2.578 0.819 nan 3.122 2.547 3174 chr13 53224806 53228356 + 0 NA promoter-TSS (NM_006704) promoter-TSS (NM_006704) -245 NM_001130912 10910 Hs.281902 NM_006704 ENSG00000165416 SUGT1 SGT1 SGT1 homolog, MIS12 kinetochore complex assembly cochaperone protein-coding 5.763 6.435 5.151 4.802 4.978 4.668 2.957 2.518 5.166 0.999 4.951 1.637 1.535 2.213 5.154 2.611 3.710 0.137 4.572 2.502 2.191 1.892 1.981 1.455 7.188 0.857 1.487 1.228 1.757 1.841 7.988 8.663 2.307 10.767 2.144 4.419 1.065 4.875 0.136 1.899 4.954 10.381 5.095 2.406 2.755 1.730 4.841 4.167 3.159 3.685 2.927 2.907 2.611 3.741 3.829 7.188 1.878 3.966 3.040 3.492 1.666 2.508 4.894 3.302 3.779 3.422 2.726 14.787 14.263 6.694 9.857 13.994 13.738 13.547 10.118 13.377 14.211 5.776 6.960 10.122 15.456 13.135 13.684 11.065 16.335 6.227 7.287 12.678 13.034 1.809 1.064 4822 chr17 45680448 45702686 + 0 NA intron (NM_006310, intron 19 of 22) AluJb|SINE|Alu -35637 NM_002265 3837 Hs.532793 NM_002265 ENSG00000108424 KPNB1 IMB1|IPO1|IPOB|Impnb|NTF97 karyopherin subunit beta 1 protein-coding 1.062 1.178 nan 1.080 0.479 0.188 0.832 0.814 1.677 0.237 0.750 0.763 0.420 0.073 0.133 0.311 0.714 0.245 1.159 0.407 0.697 0.025 0.571 0.353 0.307 0.641 0.377 0.247 0.890 0.218 0.514 nan 0.718 0.471 0.325 1.642 0.554 0.249 0.149 0.313 0.150 0.468 0.250 0.199 0.401 0.344 0.643 0.989 0.582 0.741 0.106 0.382 0.311 0.573 0.272 0.307 0.176 0.175 0.145 0.272 0.393 0.538 0.085 0.410 0.476 0.254 0.204 0.458 0.565 0.651 0.911 0.864 nan 3.701 0.865 0.837 0.909 0.433 0.636 0.820 nan 1.054 0.795 0.339 0.505 1.028 1.920 0.522 1.339 1.997 0.870 7736 chr3 111452156 111467785 + 0 NA intron (NM_001134437, intron 1 of 17) intron (NM_001134437, intron 1 of 17) 8643 NM_001134437 90102 Hs.603252 NM_145753 ENSG00000144824 PHLDB2 LL5b|LL5beta pleckstrin homology like domain family B member 2 protein-coding 1.073 nan 0.903 1.682 0.276 0.813 1.466 0.194 0.502 0.494 0.856 1.583 3.785 0.248 0.171 0.209 2.411 0.196 1.341 0.590 0.524 0.080 0.111 0.283 1.798 1.162 0.132 2.585 2.441 1.233 3.106 0.865 0.441 0.947 0.193 0.018 0.035 0.065 0.241 0.123 2.235 0.838 0.543 1.602 0.508 1.265 0.184 0.638 0.073 0.297 1.135 0.209 1.491 0.446 0.283 0.458 0.216 0.044 0.406 0.265 1.716 0.222 0.245 0.410 2.248 2.713 0.274 0.244 0.751 2.897 0.327 nan 0.964 0.400 0.209 0.311 nan 0.295 0.670 0.610 0.804 0.465 0.176 0.211 0.145 0.213 0.439 1.121 0.630 0.596 491 chr1 85982878 85996763 + 0 NA intron (NM_001134445, intron 1 of 6) L2c|LINE|L2 54226 NM_001134445 23576 Hs.713411 NM_012137 ENSG00000153904 DDAH1 DDAH|DDAH-1|DDAHI|HEL-S-16 dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 protein-coding 1.711 nan nan 0.267 0.146 0.036 0.430 0.163 0.398 0.492 0.999 5.608 0.107 0.079 0.211 0.443 1.402 0.210 0.289 0.108 0.514 0.060 0.203 0.148 0.172 0.637 0.254 0.616 0.573 0.281 0.608 1.189 0.297 0.954 0.528 0.144 0.033 7.167 0.354 0.221 0.102 0.419 0.204 0.196 0.283 0.183 0.319 0.283 0.164 1.121 0.028 0.239 0.443 0.262 0.909 0.172 0.079 0.065 0.014 0.299 0.088 0.472 0.099 0.358 0.491 0.435 0.312 0.664 0.370 0.608 1.500 0.662 0.835 0.333 0.143 0.495 0.443 0.467 0.861 0.555 0.773 0.698 0.248 0.554 0.738 0.127 0.238 0.476 1.088 0.883 0.957 9382 chr6 1623625 1642513 + 0 NA intron (NM_001500, intron 9 of 10) AluJr|SINE|Alu 22388 NM_001453 2296 Hs.348883 NM_001453 ENSG00000054598 FOXC1 ARA|ASGD3|FKHL7|FREAC-3|FREAC3|IGDA|IHG1|IRID1|RIEG3 forkhead box C1 protein-coding 0.880 1.125 1.875 0.271 0.795 0.213 0.744 0.169 0.277 0.038 0.087 0.355 0.035 0.137 0.175 0.337 0.342 0.094 0.701 0.304 0.046 0.044 0.191 0.121 0.285 0.500 0.311 0.298 0.337 0.267 1.566 3.504 3.027 0.200 0.318 0.138 0.025 0.086 0.109 0.075 0.311 0.192 0.080 0.063 0.339 0.130 0.851 0.242 0.213 0.196 0.067 0.346 0.337 0.593 0.084 0.285 0.421 0.293 0.083 0.423 0.650 0.560 0.042 0.171 0.049 0.021 0.003 0.408 0.436 0.325 0.581 0.516 0.514 0.459 0.159 0.939 0.862 0.334 0.607 0.993 1.192 0.532 0.280 0.259 0.332 0.194 0.392 0.265 0.497 0.872 0.739 9302 chr5 159241520 159255330 + 0 NA intron (NR_109891, intron 2 of 2) MER102a|DNA|hAT-Charlie 49966 NR_109891 101927766 Hs.638568 NR_109891 ENSG00000253311 LINC01847 - long intergenic non-protein coding RNA 1847 ncRNA 0.570 nan 0.979 0.328 0.025 0.008 3.650 0.135 0.335 0.538 0.200 0.214 0.018 0.007 0.078 0.120 0.246 0.092 1.177 0.755 0.622 0.022 0.048 0.043 0.757 0.388 0.038 0.470 2.445 0.396 1.361 0.552 0.292 1.477 0.112 0.007 0.031 0.109 0.241 0.023 2.081 0.474 0.338 0.769 0.384 2.584 0.220 0.983 1.317 0.333 0.723 0.120 1.549 2.606 0.043 0.408 0.202 0.035 0.751 0.051 0.760 0.021 0.063 0.143 2.480 2.252 0.123 0.112 0.223 0.318 0.211 0.223 0.091 0.061 0.051 0.048 0.355 0.572 0.684 0.571 0.331 0.180 0.150 0.196 0.134 0.153 0.207 0.473 0.366 0.350 1863 chr11 28712790 28751701 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -233150 NR_107035 102466876 NR_107035 ENSG00000273912 MIR8068 hsa-mir-8068 microRNA 8068 ncRNA 0.526 0.865 0.659 0.298 0.351 0.023 1.219 0.103 0.183 0.039 0.372 0.707 0.006 0.043 0.062 0.234 0.203 0.099 0.523 0.234 0.214 0.011 0.125 0.091 0.314 1.192 0.676 0.427 0.272 0.802 0.482 1.100 0.312 0.332 0.276 5.862 0.037 0.042 0.079 0.393 0.080 0.675 1.466 0.775 0.731 0.220 0.146 0.364 0.318 0.146 0.260 0.265 0.234 0.160 1.059 0.314 0.252 0.039 0.007 0.087 0.171 0.309 0.051 0.035 0.825 0.019 0.016 0.430 0.214 0.193 0.259 0.237 0.315 0.739 0.295 0.228 0.189 0.214 0.322 0.124 0.130 0.474 0.213 0.108 0.194 0.155 0.222 0.194 0.323 0.594 0.579 9227 chr5 142189710 142212414 + 0 NA intron (NM_001349547, intron 1 of 21) intron (NM_001349547, intron 1 of 21) 47413 NR_046680 100874239 Hs.570896 NR_046680 ENSG00000226272 ARHGAP26-AS1 - ARHGAP26 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.963 0.794 1.595 0.066 0.027 3.828 0.190 0.306 0.804 1.046 3.158 0.238 0.031 0.090 0.401 0.663 0.080 1.711 1.170 0.840 0.018 0.097 0.051 0.356 1.980 1.070 0.180 0.531 1.370 0.596 2.544 0.398 0.438 1.523 0.119 0.063 0.096 0.124 1.710 0.025 3.490 0.574 0.319 2.635 0.769 1.291 0.529 2.166 0.323 1.319 1.398 0.401 0.964 2.403 0.356 0.659 0.223 0.069 0.234 0.143 1.590 0.074 0.093 1.843 1.218 0.971 0.197 0.112 0.323 0.567 0.354 0.394 0.348 0.079 0.308 0.309 0.271 0.441 0.260 0.274 0.353 0.232 0.218 0.272 0.364 0.509 0.184 0.377 0.550 0.462 4495 chr16 86596394 86625373 + 0 NA Intergenic Intergenic -1232 NM_005250 2300 Hs.533830 NM_005250 ENSG00000176678 FOXL1 FKH6|FKHL11|FREAC7 forkhead box L1 protein-coding nan 0.392 0.376 0.903 0.124 0.021 2.016 0.083 0.181 0.059 0.158 5.741 0.006 0.083 0.034 0.119 0.079 0.073 0.075 0.013 4.656 0.010 0.022 0.052 0.078 1.404 0.834 0.025 0.131 0.095 0.114 0.177 0.085 0.253 0.045 0.784 0.010 0.079 0.085 0.393 0.016 0.398 0.967 0.413 1.082 0.205 0.160 0.668 0.690 0.276 1.812 0.473 0.119 0.112 6.568 0.078 0.380 0.258 0.241 0.247 0.080 0.354 0.017 0.025 0.576 1.163 1.048 0.205 0.109 0.113 0.131 1.095 1.014 0.116 0.048 0.190 0.139 0.076 0.171 0.126 0.114 0.344 0.113 0.071 0.071 0.035 0.051 0.074 0.138 0.170 0.314 4672 chr17 27409766 27420353 + 0 NA intron (NM_001346765, intron 39 of 42) MIR|SINE|MIR -12432 NM_004740 9220 Hs.462590 NM_004740 ENSG00000221995 TIAF1 MAJN|SPR210 TGFB1-induced anti-apoptotic factor 1 protein-coding nan nan nan 0.082 0.965 1.197 0.114 0.379 0.958 0.018 0.190 0.026 0.735 1.219 2.189 0.141 0.045 0.269 0.072 0.018 0.034 2.112 1.164 2.015 0.071 0.027 0.076 0.096 0.137 0.325 0.186 1.663 0.014 0.091 0.826 0.092 0.105 0.011 0.218 0.174 0.074 0.037 0.031 0.022 0.173 0.122 0.223 0.041 0.030 0.070 2.189 0.214 0.026 2.015 0.012 0.070 0.448 0.148 2.685 0.098 3.064 1.705 0.043 0.027 1.419 2.740 0.319 0.457 1.883 2.106 3.985 1.615 0.461 0.520 0.976 1.313 5.550 5.878 2.192 1.458 1.646 3.041 1.384 1.627 0.788 nan 4.285 1.959 5852 chr2 2641645 2671458 + 0 NA Intergenic Intergenic -321466 NM_001303052 23040 Hs.434418 NM_015025 ENSG00000186487 MYT1L MRD39|NZF1|ZC2H2C2|ZC2HC4B|myT1-L myelin transcription factor 1 like protein-coding 0.460 0.612 1.149 0.037 0.470 2.477 0.281 0.448 0.833 0.003 0.047 0.050 0.002 0.023 1.298 0.437 0.035 0.059 0.032 0.019 0.027 0.019 0.590 0.256 2.266 0.005 0.010 0.007 0.046 0.007 0.312 0.213 0.072 2.747 0.039 0.071 0.039 0.040 0.066 0.004 0.059 0.155 0.173 0.108 0.022 0.041 0.052 0.112 0.104 0.026 1.357 0.700 0.437 0.043 0.071 2.266 0.070 0.055 0.572 0.027 2.363 0.013 0.047 0.025 0.133 0.056 0.076 0.433 0.689 0.247 0.231 2.490 2.609 1.339 0.432 0.358 0.366 0.427 0.785 2.909 2.628 1.598 1.680 0.287 0.349 0.284 0.197 0.152 0.225 1.329 0.864 4098 chr15 80675098 80712749 + 0 NA Intergenic Intergenic -2769 NM_014862 9915 Hs.459070 NM_014862 ENSG00000172379 ARNT2 WEDAS|bHLHe1 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator 2 protein-coding 0.908 nan 0.677 0.078 0.227 0.177 0.075 0.414 0.584 0.003 0.116 0.104 0.005 0.168 0.190 0.349 0.107 0.086 0.050 0.035 0.029 0.132 0.267 0.209 0.699 0.256 0.154 0.031 0.061 0.053 0.300 0.549 0.200 0.999 0.050 0.056 0.023 0.324 0.085 0.090 0.198 0.094 0.091 0.069 0.032 0.032 0.069 0.229 0.495 0.041 0.048 0.070 0.349 0.053 0.037 0.699 0.023 0.031 0.134 0.125 0.313 0.027 0.420 0.102 0.041 0.076 0.062 3.323 3.200 6.220 4.477 0.955 0.916 1.023 0.440 6.534 6.793 0.650 1.010 0.793 1.447 1.136 0.969 0.875 1.262 0.152 0.140 0.216 0.223 0.552 0.398 840 chr1 163472446 163483775 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -85129 NR_104294 100422212 Hs.556898 NR_104294 LOC100422212 - eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J pseudogene pseudo 0.939 nan 1.075 0.057 0.179 0.024 0.101 0.198 0.352 0.067 0.057 0.011 0.080 0.534 0.181 0.137 0.127 0.130 0.017 0.022 0.024 0.056 0.102 0.258 0.018 0.013 0.027 0.036 0.019 0.051 0.068 0.068 0.377 0.107 0.028 0.137 0.021 0.048 0.107 0.031 0.007 0.047 0.041 0.042 0.088 0.043 0.025 0.014 0.112 0.181 0.056 0.017 0.258 0.076 0.044 0.005 0.063 0.035 1.861 0.326 0.020 0.005 0.009 2.767 4.113 12.000 4.593 0.595 nan 0.383 0.159 0.138 0.135 0.435 0.635 0.520 nan 0.473 0.297 1.318 2.019 0.140 0.170 0.509 1.270 0.554 0.617 4693 chr17 30619352 30646337 + 0 NA intron (NM_138328, intron 7 of 8) AluY|SINE|Alu 36384 NM_022344 64149 Hs.655257 NM_022344 ENSG00000108666 C17orf75 NJMU-R1|SRI2 chromosome 17 open reading frame 75 protein-coding nan 1.164 1.045 0.076 0.229 0.243 0.093 0.244 0.503 0.039 0.111 0.038 0.025 0.053 0.159 0.409 0.106 0.119 0.186 0.021 0.046 0.027 0.301 0.185 0.369 0.074 0.039 0.041 0.071 0.016 0.074 0.137 0.115 0.787 0.032 0.108 0.135 0.144 0.156 0.017 0.288 0.187 0.041 0.046 0.044 0.072 0.079 0.203 0.205 0.063 0.032 0.089 0.409 0.108 0.029 0.369 0.023 0.053 0.195 0.173 0.067 0.070 0.183 2.645 0.020 0.032 0.014 0.521 0.484 0.243 0.412 nan 0.839 0.798 0.314 0.500 0.599 0.622 1.053 1.008 1.226 nan 2.817 0.313 0.434 0.505 0.580 2.331 6.723 1.233 0.686 10653 chr7 129353992 129369883 + 0 NA intron (NM_001040110, intron 9 of 10) intron (NM_001040110, intron 9 of 10) 48395 NR_029614 406958 NR_029614 ENSG00000207990 MIR182 MIRN182|miRNA182|mir-182 microRNA 182 ncRNA 1.068 0.664 0.953 0.112 1.272 0.115 0.094 0.525 1.178 0.037 0.260 0.266 0.020 0.108 0.447 0.274 0.249 0.081 0.112 0.110 0.044 0.035 0.404 0.252 1.687 0.232 0.110 0.070 0.137 0.071 0.137 0.213 0.610 0.027 0.470 0.096 0.116 0.145 0.037 0.649 0.177 0.053 0.030 0.048 0.111 0.168 0.164 0.258 0.094 0.035 0.187 0.274 0.108 0.099 1.687 0.054 0.083 0.595 0.070 0.659 0.126 0.205 0.202 0.053 0.025 0.022 0.760 0.749 0.348 0.419 0.872 1.146 4.837 1.563 0.487 0.382 0.450 0.610 1.648 1.283 0.423 0.230 0.493 0.831 0.897 1.477 0.397 0.935 1.545 1.000 4541 chr17 1943346 1946357 + 0 NA promoter-TSS (NM_080822) promoter-TSS (NM_080822) -426 NM_080822 124641 Hs.513856 NM_080822 ENSG00000262664 OVCA2 - OVCA2, serine hydrolase domain containing protein-coding 6.637 2.495 3.590 2.272 1.690 3.233 1.559 2.399 3.534 1.074 2.128 1.777 1.394 2.120 2.169 3.293 1.263 0.004 2.294 0.884 3.945 1.013 0.782 0.413 3.504 0.774 1.092 1.378 1.852 0.773 3.634 5.150 3.593 6.774 0.727 2.329 0.662 5.956 0.181 0.978 1.150 3.588 2.505 0.879 1.188 1.534 2.239 1.825 3.892 4.135 1.291 1.322 3.293 2.420 3.622 3.504 1.515 1.269 1.970 6.631 5.601 2.651 0.483 10.432 1.388 1.687 1.151 4.612 7.774 4.815 6.352 6.901 6.925 6.017 3.098 4.099 4.087 3.436 5.344 4.615 7.047 10.256 12.777 1.268 2.511 2.722 2.461 14.269 17.508 2.275 1.190 1411 chr10 29765282 29772681 + 0 NA intron (NM_021738, intron 29 of 37) intron (NM_021738, intron 29 of 37) 65045 NR_030335 693189 NR_030335 ENSG00000207612 MIR604 MIRN604|hsa-mir-604 microRNA 604 ncRNA 0.742 1.791 0.862 0.148 0.853 1.701 0.153 0.497 0.924 0.026 0.254 0.486 0.033 0.028 0.856 0.191 0.348 0.153 0.171 0.078 0.093 0.038 0.825 0.390 1.667 0.094 0.048 0.079 0.038 0.043 0.094 0.151 0.096 1.558 0.020 0.083 0.130 0.040 0.089 1.391 0.161 0.059 0.057 0.058 0.045 0.093 0.091 0.540 0.143 0.211 0.063 0.118 0.191 0.077 0.072 1.667 0.150 0.067 0.013 0.142 0.345 0.098 0.055 0.066 0.333 0.545 0.324 0.315 0.460 0.295 0.586 3.264 2.873 9.778 2.849 0.348 0.314 0.386 0.449 3.578 3.302 0.148 0.117 0.117 0.230 1.196 1.052 0.342 0.437 3.055 1.641 1480 chr10 60270944 60280220 + 0 NA intron (NM_001080512, intron 1 of 20) MIR|SINE|MIR 2678 NM_001080512 80114 Hs.100261 NM_001080512 ENSG00000122870 BICC1 BICC|CYSRD BicC family RNA binding protein 1 protein-coding 0.668 nan 0.705 6.780 0.277 0.018 0.046 0.432 0.813 0.237 1.500 0.743 0.056 0.028 0.290 1.315 0.208 0.285 0.185 5.532 0.045 0.303 0.233 0.142 0.037 0.016 0.033 0.088 0.023 0.243 0.358 0.408 1.423 0.031 0.023 0.143 0.035 0.026 0.127 0.430 0.815 0.454 0.411 0.012 0.207 0.062 0.323 2.175 0.782 2.376 0.073 0.290 0.247 0.030 0.142 0.185 0.072 0.493 0.055 0.120 0.166 0.354 0.885 0.471 0.247 0.191 0.727 1.720 0.854 0.834 0.404 0.159 0.412 0.530 0.678 1.106 0.433 0.524 0.785 0.952 0.069 0.175 0.919 0.555 0.517 nan 0.751 0.509 5785 chr19 49953829 49958325 + 0 NA promoter-TSS (NM_001145396) promoter-TSS (NM_001145396) -396 NM_153329 126133 Hs.719998 NM_153329 ENSG00000161618 ALDH16A1 - aldehyde dehydrogenase 16 family member A1 protein-coding 6.778 3.299 6.080 5.516 3.986 5.250 3.136 5.950 10.318 2.200 6.050 4.314 0.713 2.553 5.574 4.562 2.692 0.820 4.259 1.826 6.336 1.943 2.652 1.093 4.465 1.531 1.530 1.740 3.850 1.289 3.799 8.159 4.346 9.241 1.452 4.815 1.592 5.531 0.239 1.260 2.542 7.665 4.294 2.167 3.028 1.302 7.085 3.037 6.871 3.640 3.668 3.414 4.562 5.171 1.973 4.465 3.037 4.233 1.973 5.783 3.099 2.964 1.696 3.394 2.161 2.741 1.876 5.905 5.610 6.309 9.801 10.060 8.706 14.347 6.098 16.217 18.352 7.290 8.570 8.539 12.524 12.889 12.213 3.193 4.427 6.850 10.034 6.987 9.702 5.330 2.419 4793 chr17 41545039 41562946 + 0 NA Intergenic Intergenic -7241 NM_001322219 1659 Hs.463105 NM_004941 ENSG00000067596 DHX8 DDX8|Dhr2|HRH1|PRP22|PRPF22 DEAH-box helicase 8 protein-coding 2.556 1.703 nan 0.830 0.997 0.358 2.223 0.698 1.138 0.468 1.707 1.102 0.152 0.117 0.418 0.636 0.615 0.190 1.292 0.677 0.366 0.163 0.529 0.429 0.555 1.089 0.801 0.348 0.701 1.072 0.998 nan 0.619 1.574 1.085 0.921 1.158 0.407 0.104 0.655 0.311 1.838 0.474 0.228 0.721 1.286 0.997 3.215 2.086 0.460 0.349 0.634 0.636 1.461 0.663 0.555 0.585 0.382 0.546 0.819 0.554 0.913 0.228 1.595 0.831 1.749 1.568 1.039 0.890 1.152 1.761 1.675 nan 1.232 0.452 2.026 2.118 2.111 2.583 1.070 nan 3.877 2.966 0.699 1.012 2.256 3.297 1.349 5.163 1.173 0.749 6962 chr20 35916369 35926225 + 0 NA intron (NM_001003897, intron 1 of 2) L1MC3|LINE|L1 3246 NM_022077 63905 Hs.6126 NM_022077 ENSG00000101363 MANBAL - mannosidase beta like protein-coding 2.729 4.073 2.144 2.247 4.186 0.959 2.281 1.021 2.100 0.882 2.654 3.574 0.423 0.424 1.562 2.471 1.130 0.395 2.629 1.448 1.952 0.782 1.154 0.656 3.377 1.888 1.591 0.717 1.679 1.062 1.493 nan 1.360 4.720 1.183 3.272 0.217 1.510 0.132 1.436 0.917 2.040 2.001 1.010 1.679 1.559 1.514 2.241 3.246 2.471 0.632 1.623 2.471 4.175 5.292 3.377 1.255 1.364 0.786 2.916 1.172 3.988 0.583 0.703 2.639 1.753 1.066 3.226 3.161 1.511 2.959 3.474 nan 7.956 2.720 3.953 4.290 2.209 3.242 4.972 6.608 3.058 3.155 1.572 2.196 1.892 2.315 2.264 nan 1.995 1.142 3581 chr14 57957830 57964018 + 0 NA promoter-TSS (NM_018168) promoter-TSS (NM_018168) -343 NM_001283056 55195 Hs.659706 NM_018168 ENSG00000100557 CCDC198 C14orf105 coiled-coil domain containing 198 protein-coding nan nan 1.517 2.947 0.241 0.152 0.046 0.233 0.212 0.030 0.099 0.046 0.080 0.388 0.188 0.518 0.133 0.174 0.136 0.122 0.234 0.128 0.065 0.091 0.033 0.035 0.090 0.019 0.131 0.414 0.104 0.560 0.142 0.074 0.030 0.079 0.178 0.728 0.050 0.030 0.029 0.013 0.119 0.187 0.078 0.283 0.684 0.046 4.903 0.099 0.518 0.092 0.150 0.091 0.066 0.048 0.028 0.113 0.076 0.016 0.415 0.637 4.410 5.420 0.275 0.236 0.219 0.286 0.361 0.485 0.090 0.088 0.377 0.386 0.154 0.237 0.331 0.287 0.766 0.292 0.153 0.309 0.055 0.096 0.954 1.699 nan 0.406 3265 chr13 96254912 96261887 + 0 NA intron (NM_014934, intron 12 of 21) intron (NM_014934, intron 12 of 21) 38561 NM_014934 22873 Hs.656580 NM_014934 ENSG00000134874 DZIP1 DZIP|DZIPt1 DAZ interacting zinc finger protein 1 protein-coding 0.864 1.231 1.188 0.258 0.342 0.087 0.295 0.115 0.275 0.028 0.420 0.079 0.009 0.015 0.181 0.297 0.130 0.091 0.273 0.162 0.225 0.020 0.159 0.061 0.051 0.169 0.083 0.010 0.039 0.135 1.390 4.312 0.760 0.966 0.273 0.233 0.041 0.050 0.158 0.034 0.307 0.198 0.052 0.045 0.016 0.132 0.552 0.130 0.434 0.080 4.732 2.072 0.297 0.130 0.092 0.051 0.968 0.250 0.028 0.058 0.552 0.193 0.115 0.045 0.077 0.008 0.451 0.406 0.198 0.530 0.358 0.354 0.540 0.175 0.139 0.204 0.182 0.446 0.658 0.561 0.325 0.330 0.254 0.635 0.072 0.129 0.513 0.793 0.126 0.158 1588 chr10 93346552 93378142 + 0 NA intron (NR_024467, intron 1 of 4) MLT2C2|LTR|ERVL 8870 NR_024467 100188947 Hs.535293 NR_024467 HECTD2-AS1 - HECTD2 antisense RNA 1 ncRNA 0.593 0.614 1.261 0.434 0.273 0.093 1.644 0.163 0.359 0.247 1.136 3.045 0.025 0.076 0.277 0.256 2.686 0.194 2.034 1.134 0.048 0.022 0.138 0.066 0.238 1.182 0.655 0.035 0.635 0.840 1.227 2.976 0.486 1.709 0.722 4.771 0.087 0.038 0.093 0.506 0.563 0.200 0.218 0.124 0.736 0.327 0.208 0.300 1.381 0.156 1.481 2.078 0.256 1.822 0.592 0.238 2.124 0.724 0.130 0.085 0.097 0.776 0.025 0.069 0.503 0.029 0.024 0.288 0.150 0.239 0.639 0.327 0.298 4.127 1.629 0.125 0.167 0.551 0.769 nan 0.446 0.264 0.172 0.104 0.170 0.479 0.315 0.206 0.364 0.516 0.399 7092 chr20 60775474 60803472 + 0 NA TTS (NM_007232) TTS (NM_007232) 5850 NM_007232 11255 Hs.251399 NM_007232 ENSG00000101180 HRH3 GPCR97|HH3R histamine receptor H3 protein-coding 0.877 1.093 0.627 0.104 0.571 0.627 0.082 1.163 2.154 0.041 0.150 0.053 0.016 0.132 2.016 1.012 0.072 0.098 0.077 0.021 0.036 0.030 1.089 0.739 0.738 0.020 0.023 0.079 0.094 0.004 0.149 0.294 0.138 5.631 0.016 0.086 0.051 0.082 0.071 0.110 0.211 0.058 0.047 0.016 0.054 0.113 0.109 0.125 0.096 5.069 0.076 1.012 0.115 0.049 0.738 0.028 0.057 0.236 0.266 1.353 0.059 0.197 0.092 0.464 0.022 0.016 1.550 nan 0.107 0.179 1.135 1.098 2.212 0.716 0.476 0.594 0.395 0.645 2.242 1.959 0.497 0.376 0.606 0.761 0.248 0.268 0.477 0.599 2.378 1.234 9313 chr5 163075599 163089675 + 0 NA Intergenic L1MEd|LINE|L1 150103 NM_013283 27430 Hs.54642 NM_013283 ENSG00000038274 MAT2B MAT-II|MATIIbeta|Nbla02999|SDR23E1|TGR methionine adenosyltransferase 2B protein-coding nan 0.953 2.350 0.036 0.273 0.016 0.076 0.091 0.201 0.066 0.063 0.009 0.163 0.025 0.108 0.177 0.081 0.044 0.027 0.023 0.288 0.203 0.025 0.010 0.005 0.015 0.034 0.092 0.066 0.068 0.219 0.057 0.516 0.046 0.140 0.034 0.389 0.026 0.039 0.033 0.062 0.016 0.083 0.100 0.029 0.036 0.755 0.186 0.108 0.046 0.026 0.025 0.182 0.046 0.201 0.054 0.505 0.298 0.014 3.689 0.064 0.016 0.004 0.405 0.477 0.685 0.287 0.105 0.136 0.067 0.047 0.063 0.062 0.769 1.475 0.201 0.227 1.848 1.864 0.056 0.151 1.361 2.156 1.124 6.881 0.682 0.499 4138 chr15 91656509 91661909 + 0 NA intron (NM_001323039, intron 1 of 12) (CATA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 14323 NM_001323040 9899 Hs.21754 NM_014848 ENSG00000185518 SV2B HsT19680 synaptic vesicle glycoprotein 2B protein-coding nan nan nan 0.080 1.935 0.039 1.397 2.511 0.018 0.076 0.104 0.146 0.626 0.143 0.068 0.030 0.020 0.035 0.035 0.046 2.768 1.361 0.731 0.040 0.067 0.028 0.019 0.060 0.081 0.031 2.620 0.082 0.080 0.741 0.021 0.039 0.022 0.044 0.170 0.011 0.044 0.040 0.028 0.088 0.203 0.075 0.058 0.052 0.143 0.066 0.034 0.731 0.022 0.179 0.019 0.020 0.443 0.030 1.290 1.190 0.057 0.053 1.529 4.052 9.612 10.011 0.515 0.951 6.822 3.443 0.747 0.518 0.160 0.370 2.731 2.437 nan 0.826 2.918 2.953 2.670 2.617 1.504 5.444 2.554 0.992 5744 chr19 46752633 46776773 + 0 NA Intergenic Intergenic 31694 NM_198541 374918 Hs.546554 NM_198541 ENSG00000188293 IGFL1 APRG644|UNQ644 IGF like family member 1 protein-coding 0.603 1.654 0.693 0.108 0.760 0.089 0.203 0.167 0.570 0.337 0.131 0.376 0.072 0.075 0.210 0.777 0.172 0.120 0.090 0.016 0.138 0.034 0.099 0.165 1.327 0.126 0.069 0.056 0.478 0.103 2.741 nan 2.243 0.580 0.139 0.109 0.048 0.095 0.115 0.117 0.033 0.174 0.027 0.039 0.059 0.393 1.536 0.149 0.305 0.067 0.350 0.208 0.777 0.296 0.115 1.327 0.183 0.541 0.037 0.221 0.128 0.092 0.041 0.082 0.062 0.065 0.045 0.294 0.192 0.149 0.264 1.239 1.332 1.445 0.400 0.271 0.264 0.224 0.499 0.712 1.039 0.349 0.085 0.157 0.225 0.159 0.289 0.220 0.490 1.410 0.819 6213 chr2 85472567 85491967 + 0 NA intron (NM_031283, intron 3 of 11) intron (NM_031283, intron 3 of 11) 41492 NR_136323 102724579 Hs.669216 NR_136323 LOC102724579 - uncharacterized LOC102724579 ncRNA nan 0.936 nan 0.418 0.240 0.649 0.187 0.257 0.653 2.058 0.152 0.189 2.496 0.119 0.105 0.297 1.654 0.182 0.235 0.087 0.101 0.021 0.137 0.110 0.719 0.224 0.150 0.241 0.105 0.095 0.162 0.915 1.692 1.064 0.035 0.093 0.050 0.117 0.108 0.139 0.082 0.259 0.087 0.065 0.225 0.100 1.312 0.472 0.315 0.083 0.090 0.123 0.297 0.290 0.049 0.719 0.031 1.595 0.040 0.193 0.084 0.085 0.049 2.660 0.125 0.095 0.034 0.721 0.385 1.061 2.133 0.764 0.861 0.855 0.331 0.263 0.289 0.107 0.231 1.035 0.946 0.698 0.473 0.229 0.302 0.132 0.156 1.795 6.004 1.443 0.950 10554 chr7 100397812 100402687 + 0 NA TTS (NM_004444) TTS (NM_004444) 24894 NM_004444 2050 Hs.437008 NM_004444 ENSG00000196411 EPHB4 HFASD|HTK|MYK1|TYRO11 EPH receptor B4 protein-coding nan 2.039 5.057 1.702 0.472 0.733 4.343 0.219 0.554 2.825 0.963 1.992 2.603 0.123 0.099 0.156 0.782 0.460 2.284 1.047 5.424 0.085 0.513 0.255 0.171 1.111 0.916 0.106 4.278 1.328 5.471 9.883 12.970 3.019 2.013 2.855 0.498 0.199 0.209 2.417 0.114 5.278 0.448 0.174 0.985 1.993 1.927 0.260 4.056 1.100 2.181 3.173 0.156 2.176 3.127 0.171 1.956 1.950 1.514 1.843 1.378 6.623 0.405 0.230 3.571 0.378 0.148 0.444 0.496 0.268 0.738 0.506 0.526 1.799 0.410 0.245 0.329 1.573 2.415 0.494 0.415 1.203 0.933 0.593 1.041 1.164 1.212 0.825 nan 0.917 0.670 9643 chr6 41680710 41704054 + 0 NA intron (NM_001167827, intron 1 of 8) intron (NM_001167827, intron 1 of 8) 9757 NM_001271945 7942 Hs.485360 NM_007162 ENSG00000112561 TFEB ALPHATFEB|BHLHE35|TCFEB transcription factor EB protein-coding 1.660 2.115 1.147 0.611 3.334 0.657 0.755 0.412 0.845 0.657 0.913 0.421 0.048 1.322 1.084 0.592 1.076 0.132 0.491 0.137 0.680 0.671 2.478 1.201 1.747 1.027 0.764 0.135 0.245 0.161 0.856 1.573 0.989 2.130 0.212 0.636 0.652 0.888 0.104 0.296 0.265 0.961 0.406 0.261 0.209 0.072 0.385 0.805 0.960 0.568 0.685 0.609 0.592 0.385 0.210 1.747 0.314 0.715 0.175 1.314 1.007 0.449 0.304 0.148 0.709 0.170 0.087 0.750 1.692 0.480 0.884 1.305 1.575 5.971 2.434 0.639 0.646 0.965 1.428 4.231 nan 0.760 0.815 0.466 0.704 2.155 1.749 0.427 0.778 2.940 1.326 1795 chr11 11299127 11304427 + 0 NA intron (NM_198516, intron 10 of 10) intron (NM_198516, intron 10 of 10) 73127 NM_001256686 283106 Hs.654675 NM_001256686 ENSG00000254598 CSNK2A3 CSNK2A1P casein kinase 2 alpha 3 protein-coding 0.665 nan 1.720 0.041 2.382 0.084 1.149 1.254 2.220 0.059 0.053 0.012 5.044 0.179 0.251 0.111 0.084 0.159 0.108 1.965 0.985 10.178 0.432 0.409 0.014 0.094 0.116 0.624 2.757 0.225 0.747 0.522 0.071 0.267 0.040 0.069 0.870 0.060 0.105 0.103 0.044 0.102 0.030 0.090 0.132 0.068 0.027 0.014 0.092 0.251 0.107 0.053 10.178 0.255 0.031 0.060 0.100 1.721 0.075 0.018 1.237 0.011 0.010 nan 0.341 0.278 0.312 5.356 6.254 4.862 2.403 0.518 0.586 0.391 nan 4.801 2.901 0.316 0.248 0.232 0.391 1.481 2.124 0.185 0.285 1.410 nan 7387 chr22 32339266 32349833 + 0 NA intron (NM_003405, intron 1 of 1) AluJr|SINE|Alu -3201 NR_126507 25775 Hs.627602 NM_015372 ENSG00000128254 C22orf24 HSN44A4A chromosome 22 open reading frame 24 protein-coding nan 1.821 1.977 2.939 1.775 1.531 1.276 1.505 2.281 0.807 1.497 1.041 0.541 0.568 2.479 2.850 1.796 0.290 2.118 0.645 2.449 0.969 1.154 0.678 3.834 0.909 0.912 0.987 3.945 0.835 1.514 nan 2.263 3.683 0.595 1.830 1.118 1.987 0.067 0.701 1.314 2.283 1.532 0.684 0.864 0.523 1.676 1.615 1.868 2.324 1.479 1.649 2.850 1.888 2.046 3.834 0.465 1.275 0.746 3.035 1.784 3.329 1.016 1.074 1.385 0.851 0.543 2.181 2.716 3.049 nan 3.403 3.007 3.331 1.901 3.436 3.421 2.336 nan 2.599 4.287 3.332 3.562 1.385 2.603 2.889 3.595 2.465 nan 1.324 0.699 6869 chr20 19736211 19767916 + 0 NA Intergenic Intergenic -115102 NM_001242581 54453 Hs.472270 NM_018993 ENSG00000132669 RIN2 MACS|RASSF4 Ras and Rab interactor 2 protein-coding 2.000 nan 2.189 0.196 0.384 0.527 0.708 0.294 0.592 0.774 1.332 0.003 1.976 0.142 0.340 0.722 1.322 0.199 0.595 0.257 0.452 0.024 0.203 0.164 0.601 1.165 1.083 0.246 0.495 0.917 0.950 2.442 6.968 2.472 1.103 2.072 0.080 0.105 0.084 0.388 0.304 0.352 0.377 0.274 0.479 0.866 1.984 1.389 1.546 0.559 0.422 1.018 0.722 0.808 0.369 0.601 0.750 3.921 1.246 0.435 0.371 0.629 0.419 0.355 0.826 0.465 0.302 1.907 2.551 0.699 1.451 1.308 1.273 1.949 0.566 0.761 0.872 0.990 1.560 1.369 1.676 1.943 1.898 0.714 1.073 0.440 0.382 1.027 2.145 0.918 0.738 11337 chr8 140609288 140624933 + 0 NA intron (NR_104210, intron 3 of 3) intron (NR_104210, intron 3 of 3) 98189 NR_104210 51305 Hs.493037 NM_001282534 ENSG00000169427 KCNK9 K2p9.1|KT3.2|TASK-3|TASK3 potassium two pore domain channel subfamily K member 9 protein-coding 1.519 1.922 nan 0.121 0.307 2.460 0.063 0.112 0.267 0.006 0.082 0.059 0.015 0.096 1.543 2.311 0.052 0.083 0.067 0.048 0.023 0.018 0.130 0.084 0.260 0.013 0.046 0.009 0.091 0.020 0.082 0.150 0.064 9.358 0.019 0.020 0.042 0.035 0.063 0.007 0.409 0.141 0.028 0.025 0.041 0.029 0.063 0.140 0.109 0.050 0.025 0.038 2.311 0.059 0.018 0.260 0.031 0.064 0.587 0.086 0.207 0.010 0.045 0.887 0.039 0.029 0.013 0.223 0.206 0.134 0.169 nan 1.046 nan 0.385 0.190 0.180 0.150 0.286 0.473 0.507 3.358 3.339 0.187 0.196 0.215 0.341 0.669 1.547 0.690 0.482 11266 chr8 125573818 125588578 + 0 NA intron (NM_001282974, intron 6 of 13) intron (NM_001282974, intron 6 of 13) 29855 NM_001278645 4715 Hs.15977 NM_005005 ENSG00000147684 NDUFB9 B22|CI-B22|LYRM3|UQOR22 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9 protein-coding nan nan nan 0.121 1.835 0.268 0.286 0.763 1.581 0.026 0.149 0.068 0.013 1.246 0.492 0.333 0.151 0.087 0.085 0.039 0.038 0.263 0.164 2.564 0.046 0.053 0.020 0.101 0.032 0.099 0.535 0.140 nan 0.033 0.058 0.060 0.022 0.083 0.008 0.069 0.163 0.033 0.016 0.059 0.016 0.118 0.265 0.083 0.102 0.021 0.307 0.333 0.213 0.114 2.564 0.025 0.163 0.092 0.040 1.261 0.075 0.073 0.145 0.005 0.039 0.021 0.314 0.436 0.248 0.420 1.034 1.202 7.316 2.335 nan nan 0.439 0.708 2.290 2.140 0.479 0.285 0.328 0.437 0.294 0.367 0.319 0.689 1.333 0.812 9950 chr6 136921393 136947804 + 0 NA intron (NM_005923, intron 16 of 29) intron (NM_005923, intron 16 of 29) -15654 NR_125858 101928461 Hs.666518 NR_125858 LOC101928461 - uncharacterized LOC101928461 ncRNA 0.888 1.183 1.502 0.364 1.608 0.050 1.107 0.248 0.418 0.094 0.176 1.086 0.016 0.582 0.064 0.611 0.399 0.158 0.529 0.245 0.750 0.024 0.368 0.121 0.482 0.556 0.391 0.041 0.367 0.243 0.978 3.121 1.001 1.708 0.244 0.605 0.243 0.086 0.128 0.582 0.490 0.436 0.242 0.151 0.733 0.409 0.454 0.468 0.523 1.219 0.266 0.762 0.611 0.368 1.299 0.482 0.222 0.360 0.059 0.662 0.619 0.332 0.037 0.131 0.589 0.133 0.113 0.448 0.266 0.331 0.588 0.400 0.488 nan 1.423 0.272 0.267 0.362 0.591 1.186 1.664 0.547 0.274 0.159 0.227 0.783 1.760 0.186 nan 0.774 0.421 5662 chr19 39648822 39659312 + 0 NA intron (NM_001014832, intron 1 of 8) intron (NM_001014832, intron 1 of 8) -33537 NM_001001414 342897 Hs.726934 NM_001001414 ENSG00000188505 NCCRP1 FBXO50|NCCRP-1 non-specific cytotoxic cell receptor protein 1 homolog (zebrafish) protein-coding 1.600 1.747 3.748 0.487 2.972 1.114 0.571 0.184 0.258 2.085 0.515 0.192 0.420 0.057 0.160 0.098 0.180 0.084 2.008 0.453 0.168 0.054 0.089 0.069 0.428 0.119 0.055 0.366 0.259 0.030 2.452 4.624 2.694 6.148 0.750 0.119 0.037 0.192 0.101 0.011 0.099 0.256 0.253 0.108 0.076 0.439 0.871 0.075 0.736 0.635 0.045 1.304 0.098 2.236 0.097 0.428 0.735 4.126 0.416 0.250 0.261 0.076 0.528 0.107 0.014 0.033 0.024 1.766 1.792 0.384 0.766 0.633 0.579 0.447 0.163 2.203 2.272 0.478 0.871 1.895 3.116 nan 0.911 0.915 1.456 0.144 0.168 0.326 0.580 0.649 0.626 3273 chr13 98595763 98602393 + 0 NA Intergenic (GGAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -6851 NM_002271 3843 Hs.712598 NM_002271 ENSG00000065150 IPO5 IMB3|KPNB3|Pse1|RANBP5|imp5 importin 5 protein-coding 0.621 1.136 0.649 0.130 0.262 0.205 3.252 0.072 0.322 0.088 1.704 0.041 0.075 0.039 0.085 1.600 0.148 0.024 6.758 4.672 0.038 0.037 0.047 0.086 0.091 0.324 0.264 0.034 1.087 1.415 0.824 2.284 1.110 0.498 1.477 0.044 0.029 0.066 0.048 0.513 0.133 3.668 1.562 0.837 2.358 1.280 0.987 0.524 0.086 0.063 0.012 0.360 1.600 3.101 1.089 0.091 0.037 0.050 0.089 0.012 0.046 0.993 0.074 0.112 3.515 0.008 0.515 0.316 0.260 0.508 0.403 0.270 0.514 0.133 0.216 0.134 0.315 0.391 0.237 0.233 0.590 0.276 0.204 0.361 0.129 0.175 0.280 0.448 0.160 0.188 7277 chr21 46736371 46751267 + 0 NA Intergenic Intergenic 18086 NR_103811 388830 Hs.592162 NR_103811 ENSG00000237664 LINC00316 C21orf111|NCRNA00316|PRED59 long intergenic non-protein coding RNA 316 ncRNA nan 0.558 1.004 0.378 0.137 1.880 2.211 0.182 0.236 0.065 1.564 0.223 0.016 0.007 0.149 0.662 1.804 0.323 1.388 0.848 0.523 0.084 0.052 0.039 0.081 0.722 0.538 0.139 0.389 0.444 0.172 1.225 0.152 0.874 1.368 0.514 0.071 0.073 0.050 0.422 0.021 3.226 0.367 0.246 0.080 0.749 0.285 0.195 2.268 0.365 1.069 0.371 0.662 5.319 2.171 0.081 0.091 0.112 0.339 0.211 0.326 1.515 0.034 0.066 0.077 1.703 1.075 0.283 0.151 0.297 0.647 0.555 0.501 nan 0.085 0.167 0.220 0.110 nan 0.153 0.168 1.043 0.918 0.138 0.235 0.275 0.382 0.100 0.134 0.467 0.480 10706 chr7 139702198 139720453 + 0 NA intron (NM_001061, intron 10 of 12) ALINE|LINE|RTE 52196 NM_022750 64761 Hs.12646 NM_022750 ENSG00000059378 PARP12 ARTD12|MST109|MSTP109|ZC3H1|ZC3HDC1 poly(ADP-ribose) polymerase family member 12 protein-coding nan nan nan 0.072 0.221 0.110 0.132 0.167 0.353 0.005 0.115 0.156 0.003 0.127 0.224 0.168 0.150 0.098 0.151 0.032 0.028 0.023 0.311 0.202 7.999 0.131 0.048 0.074 0.140 0.023 0.075 0.491 0.155 0.288 0.060 0.217 0.021 0.095 0.130 0.039 0.061 0.188 0.031 0.021 0.088 0.092 0.167 0.178 0.143 0.084 0.053 0.157 0.168 0.130 0.197 7.999 0.027 0.086 0.069 0.159 0.078 0.087 0.033 0.089 0.049 0.016 0.022 0.460 0.396 0.276 0.327 0.826 0.770 nan 0.277 0.571 0.585 0.148 nan 0.383 0.738 nan 0.240 0.375 0.355 0.151 0.208 0.322 0.674 1.696 nan 11070 chr8 80522684 80528101 + 0 NA intron (NM_007029, intron 1 of 4) CpG 2343 NM_001199214 11075 Hs.521651 NM_007029 ENSG00000104435 STMN2 SCG10|SCGN10 stathmin 2 protein-coding 5.441 nan nan 0.027 0.831 2.095 0.032 0.448 0.674 0.056 0.096 0.012 0.073 0.987 0.400 1.030 0.240 0.233 0.021 0.047 0.842 0.702 0.241 0.025 0.013 0.075 0.356 0.599 0.141 14.415 0.153 0.493 0.577 0.519 0.081 0.217 0.471 0.085 0.044 0.040 0.014 0.129 0.148 0.179 0.800 0.082 0.048 0.400 0.119 0.013 0.241 0.023 0.151 0.253 0.163 0.092 0.057 0.145 0.862 0.010 0.399 0.614 0.107 0.153 4.222 2.972 8.171 2.126 0.319 0.330 3.534 3.422 nan 3.589 5.630 7.458 0.446 0.554 2.244 1.547 2.678 4.181 0.628 0.612 1689 chr10 123990572 124006293 + 0 NA intron (NM_001291878, intron 12 of 16) intron (NM_001291878, intron 12 of 16) -32379 NM_001318189 118663 Hs.422466 NM_144587 ENSG00000138152 BTBD16 C10orf87 BTB domain containing 16 protein-coding nan 2.560 0.914 0.039 0.665 0.690 0.157 1.911 3.560 0.006 0.220 0.117 0.020 1.246 2.764 0.322 0.251 0.133 0.102 0.024 0.048 0.062 1.658 0.803 6.143 0.075 0.050 0.053 0.082 0.104 0.278 0.088 0.504 0.056 0.078 0.012 0.041 0.075 0.022 0.822 0.259 0.023 0.020 0.049 0.019 0.099 0.095 0.254 0.122 0.040 0.121 0.322 0.059 0.074 6.143 0.070 0.026 0.018 0.082 0.942 0.106 0.377 0.126 0.050 0.004 0.010 0.369 0.545 0.335 0.432 4.258 4.553 4.546 1.185 0.272 0.224 0.523 0.734 1.153 1.186 0.491 0.379 0.373 0.485 0.136 0.190 0.230 0.437 2.324 1.285 7713 chr3 104311628 104324479 + 0 NA Intergenic Intergenic -371948 NR_030330 693127 NR_030330 ENSG00000208032 MIR548A3 MIRN548A3 microRNA 548a-3 ncRNA nan nan 0.808 0.100 0.499 0.307 0.043 2.719 5.006 0.049 0.074 0.029 0.064 0.213 0.351 0.181 0.113 0.079 0.068 0.075 1.358 0.725 1.247 0.049 0.017 0.028 0.263 0.180 1.020 3.031 0.321 2.740 0.344 0.044 0.606 0.017 0.096 0.009 0.055 0.086 0.024 0.012 0.203 0.018 0.151 0.070 0.038 0.039 0.019 0.228 0.351 0.062 0.051 1.247 0.266 0.283 0.146 0.018 0.063 0.025 0.246 0.099 0.029 0.022 0.012 0.348 0.316 0.365 0.499 0.834 0.852 8.112 3.105 0.185 0.258 0.479 0.692 0.599 0.604 0.893 0.390 0.419 0.593 2.700 2.710 0.284 0.482 1.475 0.757 10962 chr8 54854393 54859756 + 0 NA intron (NM_170587, intron 3 of 5) AluSg|SINE|Alu 63642 NM_003702 8601 Hs.368733 NM_003702 ENSG00000147509 RGS20 RGSZ1|ZGAP1|g(z)GAP|gz-GAP regulator of G protein signaling 20 protein-coding 1.143 nan 0.545 1.243 0.216 0.183 2.926 0.060 0.277 1.319 2.348 2.810 2.404 0.057 0.117 0.715 1.856 0.387 2.956 0.851 8.306 0.258 0.177 0.046 0.134 3.103 2.606 1.014 3.298 2.558 1.329 2.045 1.037 1.124 2.291 2.571 0.017 8.952 0.484 2.349 0.080 4.706 5.633 2.384 2.117 1.120 1.509 3.705 3.210 4.498 1.763 1.436 0.715 4.640 9.146 0.134 2.012 1.435 0.037 3.324 0.380 2.278 0.037 0.114 1.990 3.382 3.009 0.331 0.222 3.273 6.971 0.603 0.575 0.229 0.111 0.112 0.163 0.497 nan 0.494 0.658 0.506 0.376 0.372 0.175 0.077 0.152 0.447 0.909 0.673 0.537 1861 chr11 27922467 27939714 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -147272 NR_030341 693195 NR_030341 ENSG00000207874 MIR610 MIRN610|hsa-mir-610 microRNA 610 ncRNA 0.588 0.777 0.604 0.100 0.092 0.016 4.138 0.047 0.225 0.125 0.535 0.006 0.042 0.062 0.195 0.073 0.084 1.930 1.432 0.037 0.024 0.127 0.087 0.083 1.183 0.487 0.170 0.412 1.577 0.139 0.476 0.239 0.259 1.121 0.053 0.028 0.012 0.075 1.362 0.021 0.225 0.089 0.082 0.505 0.965 0.100 4.339 0.170 0.683 0.027 0.128 0.195 0.686 0.660 0.083 0.078 0.072 0.028 0.074 0.029 1.470 0.011 0.035 0.857 0.110 0.069 0.420 0.202 0.157 0.266 0.198 0.273 0.161 0.091 0.242 0.266 0.283 0.476 0.124 0.113 0.343 0.120 0.130 0.213 0.059 0.076 0.156 0.322 0.325 0.426 2825 chr12 82714875 82735437 + 0 NA Intergenic Intergenic 27043 NM_014167 29080 Hs.582627 NM_014167 ENSG00000133773 CCDC59 BR22|HSPC128|TAP26 coiled-coil domain containing 59 protein-coding 0.735 0.876 0.621 0.098 0.318 0.019 0.035 0.156 0.341 0.014 0.061 0.053 0.033 0.024 0.121 0.881 0.196 0.086 0.041 0.028 0.012 0.027 0.618 0.550 0.590 0.007 0.007 0.008 0.067 0.021 0.081 0.083 0.065 0.526 0.050 0.055 1.502 0.021 0.102 0.012 0.112 0.036 0.018 0.019 0.010 0.026 0.093 0.113 0.028 0.045 0.076 0.029 0.881 0.024 0.036 0.590 0.042 0.045 0.103 0.031 0.103 0.015 0.048 0.078 0.026 0.031 0.010 0.303 0.204 0.208 0.350 1.586 2.393 1.398 0.454 0.246 0.271 0.921 1.115 0.613 0.706 0.556 0.333 0.144 0.194 3.820 4.874 0.181 0.309 1.605 0.893 3312 chr13 105165548 105171758 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -949563 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.555 0.731 0.535 0.035 0.186 0.054 0.057 0.103 0.211 0.037 0.010 0.092 0.261 0.121 0.077 0.170 0.061 0.078 0.069 0.096 0.023 0.011 0.017 0.076 0.087 0.058 0.310 0.024 0.026 0.047 0.052 0.100 0.030 0.206 0.030 0.019 0.013 0.050 0.077 0.032 0.066 0.012 0.013 0.044 0.261 0.034 0.096 0.020 0.019 0.078 0.019 0.082 0.016 0.079 0.024 0.009 0.008 0.845 0.411 7.845 3.144 0.265 0.301 0.184 0.087 0.534 0.535 0.120 nan 0.358 0.290 0.461 0.197 0.228 0.395 0.068 0.065 0.338 nan 0.070 0.171 3415 chr14 25403786 25429942 + 0 NA intron (NM_014178, intron 2 of 5) intron (NM_014178, intron 2 of 5) 101342 NM_001304477 29091 Hs.508958 NM_014178 ENSG00000168952 STXBP6 HSPC156|amisyn syntaxin binding protein 6 protein-coding nan 1.026 0.818 0.102 0.647 5.761 0.033 0.154 0.271 0.011 0.084 0.049 0.126 0.061 0.320 0.800 1.007 0.160 0.040 0.031 0.071 0.110 0.146 0.013 0.005 0.032 0.054 0.008 0.534 2.312 0.098 1.295 0.044 0.143 0.047 0.016 0.125 0.005 0.103 0.063 0.016 0.030 0.050 0.061 0.073 0.161 0.047 0.016 0.024 0.031 0.800 0.046 0.035 0.146 0.052 0.029 0.034 0.039 0.023 0.023 0.123 0.032 0.024 0.021 0.157 0.099 0.350 0.436 0.730 0.791 0.749 0.266 0.120 0.133 0.243 0.479 1.842 nan 0.603 0.245 0.146 0.179 0.356 0.502 0.113 0.168 0.589 0.591 7195 chr21 36417805 36426316 + 0 NA promoter-TSS (NM_001754) promoter-TSS (NM_001754) -465 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 1.044 0.826 1.576 4.042 0.164 3.075 4.811 0.374 0.421 1.409 0.684 2.600 0.366 0.059 0.982 0.690 1.992 0.095 4.234 1.985 0.067 0.017 0.056 0.038 0.500 3.016 3.224 0.356 3.953 3.302 2.132 5.324 4.075 0.905 3.335 0.842 0.033 0.025 0.069 2.597 0.196 4.772 0.368 0.175 3.691 2.823 5.267 2.101 0.569 3.470 0.676 2.185 0.690 3.701 6.371 0.500 1.383 0.790 1.042 0.139 2.507 0.232 0.160 2.064 1.522 0.998 4.206 5.763 1.636 2.819 0.843 0.961 0.633 0.284 2.145 2.475 0.146 0.298 1.335 1.217 0.987 0.915 0.885 0.732 0.092 0.145 0.212 0.449 nan 0.623 8797 chr5 17111959 17131392 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -95257 NM_001271606 10409 Hs.201641 NM_006317 ENSG00000176788 BASP1 CAP-23|CAP23|NAP-22|NAP22 brain abundant membrane attached signal protein 1 protein-coding nan nan nan 0.648 0.230 0.020 3.723 0.156 0.263 0.088 0.286 2.245 0.026 0.046 0.087 0.401 0.429 0.222 1.731 1.056 1.869 0.029 0.177 0.207 0.268 1.408 0.596 0.075 0.896 1.065 1.279 4.268 1.782 nan 1.653 0.652 0.019 0.068 0.113 1.664 0.062 0.604 0.940 0.592 0.867 0.884 1.472 1.926 1.549 0.371 1.747 0.928 0.401 1.768 0.943 0.268 0.352 0.563 0.059 0.299 0.088 1.260 0.061 0.082 0.760 0.119 0.120 0.342 0.119 0.330 0.409 0.545 0.623 0.628 0.232 0.139 0.145 nan 1.192 0.546 0.607 0.570 0.262 0.210 0.238 0.090 0.146 0.307 nan 0.455 0.527 2897 chr12 103341697 103366172 + 0 NA 3' UTR (NM_004316, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_004316, exon 2 of 2) -1746 NM_001354304 5053 Hs.560019 NM_000277 ENSG00000171759 PAH PH|PKU|PKU1 phenylalanine hydroxylase protein-coding 1.546 3.783 nan 0.062 8.288 11.692 0.032 5.148 9.521 0.008 0.080 0.053 0.023 2.847 11.270 1.919 0.134 0.119 0.056 0.008 0.015 5.975 3.019 7.511 0.006 0.015 0.030 0.064 0.004 0.073 0.168 0.059 14.604 0.006 0.062 0.669 0.040 0.086 0.058 0.178 0.056 0.015 0.010 0.013 0.044 0.067 0.212 0.080 0.049 0.023 0.044 1.919 0.061 0.019 7.511 0.015 0.024 0.091 0.086 3.827 0.013 0.014 0.091 0.006 0.021 0.019 0.183 0.108 0.141 0.181 17.159 14.254 7.101 2.826 0.115 0.133 0.153 0.260 12.639 11.184 0.652 0.449 0.081 0.085 5.191 2.553 0.474 1.101 5.433 2.844 4051 chr15 71564731 71596761 + 0 NA intron (NM_024817, intron 5 of 16) MIR3|SINE|MIR -99348 NR_120350 101929196 Hs.680472 NR_120348 THSD4-AS1 - THSD4 antisense RNA 1 ncRNA 0.571 0.854 0.801 0.496 0.115 0.005 0.669 0.252 0.405 0.506 0.764 1.374 1.520 0.019 0.109 0.283 1.143 0.136 0.525 0.355 7.169 0.009 0.103 0.096 0.288 0.809 0.483 0.348 0.829 0.554 0.776 1.416 0.581 0.385 0.470 2.040 0.009 0.031 0.078 0.269 0.042 2.344 0.765 0.322 0.885 0.310 1.212 0.765 4.368 0.688 1.210 2.109 0.283 0.594 1.405 0.288 0.626 2.054 0.042 2.593 0.013 0.726 0.041 0.058 0.472 0.566 0.819 0.291 0.181 0.703 3.676 0.303 0.301 0.627 0.220 0.130 0.125 0.119 0.219 0.288 0.295 0.505 0.247 0.213 0.269 0.068 0.050 0.171 0.349 0.268 0.312 7940 chr3 156527757 156546602 + 0 NA Intergenic Intergenic -2328 NR_038387 730091 Hs.659905 NR_038387 ENSG00000240875 LINC00886 - long intergenic non-protein coding RNA 886 ncRNA nan 2.138 1.244 6.106 1.489 0.274 3.219 0.992 1.629 0.981 1.602 2.105 1.401 1.373 0.656 1.354 1.563 0.231 2.013 1.146 5.785 0.324 1.283 0.579 0.984 3.071 3.343 1.098 4.101 1.614 2.426 5.134 1.932 1.886 1.026 1.723 0.125 1.543 0.108 1.298 0.287 6.269 1.913 0.918 3.127 1.198 2.597 1.500 1.994 3.490 1.996 2.967 1.354 2.902 1.451 0.984 1.326 1.899 0.217 5.933 1.776 1.081 0.320 0.145 1.313 1.005 1.027 0.485 0.467 1.591 3.491 2.105 1.644 5.133 2.708 2.579 2.815 1.491 nan 2.188 3.461 2.077 1.733 0.533 0.918 1.390 1.065 0.472 0.766 1.839 1.306 4195 chr16 3054048 3064673 + 0 NA Intergenic Intergenic -3097 NM_020982 9080 Hs.296949 NM_020982 ENSG00000213937 CLDN9 - claudin 9 protein-coding 0.951 nan 1.166 11.343 0.824 3.735 3.312 2.452 4.070 2.681 0.340 0.217 2.072 0.263 6.722 1.300 0.064 0.106 2.964 1.323 0.082 0.299 0.843 0.518 4.119 0.469 0.197 0.638 2.237 1.224 3.942 7.880 3.988 2.527 2.013 0.093 0.285 0.866 0.083 0.200 2.509 0.928 0.256 0.206 0.484 2.088 4.165 0.280 0.391 0.597 0.565 1.374 1.300 4.724 0.452 4.119 0.504 3.191 0.941 1.069 0.383 0.603 0.354 0.128 0.107 0.060 0.033 0.920 1.749 0.245 0.438 5.227 5.582 nan 0.484 0.419 0.424 0.431 nan 1.827 2.883 0.770 0.504 0.417 0.709 1.258 0.846 0.433 0.898 1.634 1.003 1654 chr10 114707999 114725250 + 0 NA intron (NM_001198530, intron 3 of 10) intron (NM_001198530, intron 3 of 10) 6615 NM_001146286 6934 Hs.593995 NM_030756 ENSG00000148737 TCF7L2 TCF-4|TCF4 transcription factor 7 like 2 protein-coding 1.572 nan 2.143 2.357 0.462 0.046 3.070 0.826 1.427 1.671 4.829 2.861 2.770 0.986 0.308 0.491 2.215 0.271 2.226 0.824 3.194 1.930 0.183 0.090 0.367 1.340 1.498 1.598 2.395 1.297 0.823 1.952 1.659 0.876 0.390 2.251 0.027 1.915 0.077 1.141 0.206 2.844 2.394 1.088 1.756 1.949 1.226 1.352 3.918 2.164 1.046 1.695 0.491 1.857 3.266 0.367 1.818 0.680 0.113 1.618 0.089 2.079 0.170 0.745 1.808 0.929 0.635 0.314 0.326 3.163 5.200 0.452 0.351 0.888 0.225 0.368 0.456 0.693 1.147 1.733 2.120 0.471 0.420 0.285 0.537 0.075 0.061 1.585 2.952 0.372 0.320 4738 chr17 37018039 37063663 + 0 NA intron (NM_001271608, intron 2 of 5) AluSq|SINE|Alu 14739 NM_006148 3927 Hs.741156 NM_006148 ENSG00000002834 LASP1 Lasp-1|MLN50 LIM and SH3 protein 1 protein-coding nan 1.260 1.196 4.019 0.428 0.432 2.621 0.702 1.323 1.096 4.296 0.583 0.799 0.449 0.687 0.864 0.829 0.230 1.815 0.801 4.046 0.493 0.412 0.267 0.556 1.303 1.070 1.894 1.102 0.865 0.516 0.838 0.905 2.488 0.695 1.381 0.153 1.246 0.093 1.075 0.307 5.055 2.139 0.863 1.235 0.845 1.838 3.237 2.488 1.097 0.339 0.816 0.864 1.460 0.961 0.556 0.542 0.713 0.206 2.095 0.459 1.155 0.501 0.787 2.032 1.791 0.952 1.391 1.979 0.828 1.262 nan 1.058 1.417 0.432 2.026 2.232 0.634 0.949 1.303 1.690 nan 0.997 0.658 1.207 0.726 0.877 0.941 2.333 0.714 0.471 5432 chr18 74197939 74209857 + 0 NA intron (NR_136504, intron 1 of 1) CpG 290 NR_136504 101927989 Hs.665186 NR_136504 ENSG00000265778 LOC101927989 - uncharacterized LOC101927989 ncRNA nan nan 1.408 1.238 2.722 0.206 1.010 2.131 3.782 0.048 2.839 1.748 0.119 1.414 2.415 4.105 0.025 0.027 0.980 0.334 0.026 4.362 2.702 1.212 7.220 0.818 0.929 0.125 0.572 0.380 1.438 1.599 0.899 7.793 0.503 3.319 0.848 0.745 0.083 0.368 2.291 0.023 0.460 0.289 1.219 0.385 2.715 0.923 1.856 1.159 1.796 1.179 4.105 0.888 0.318 7.220 0.299 0.124 0.861 3.373 2.209 1.161 1.682 1.889 0.644 0.739 0.383 2.358 3.275 4.367 4.999 6.460 nan 7.781 4.023 4.319 4.142 0.100 0.230 6.357 nan 3.645 3.545 0.980 2.816 5.313 3.891 3.257 4.501 1.945 1.213 6740 chr2 235927900 235938879 + 0 NA intron (NM_014521, intron 2 of 5) intron (NM_014521, intron 2 of 5) 72761 NM_014521 23677 Hs.516777 NM_014521 ENSG00000130147 SH3BP4 BOG25|TTP SH3 domain binding protein 4 protein-coding 1.203 nan 0.896 0.841 0.915 0.907 5.649 0.540 0.861 0.734 2.410 2.262 0.011 0.528 0.227 0.817 0.716 0.055 2.620 1.272 1.190 0.050 1.326 0.553 1.835 2.131 1.998 0.113 3.279 2.135 2.008 4.508 1.042 3.570 1.674 0.411 0.165 0.113 0.089 1.539 0.206 6.706 0.559 0.263 1.761 1.966 4.481 0.756 0.771 0.297 0.811 1.071 0.817 3.161 1.687 1.835 0.824 2.143 0.671 0.860 1.068 2.373 0.063 0.420 1.944 0.687 0.370 0.520 0.362 1.060 3.025 0.737 0.675 0.747 0.226 0.373 0.446 2.137 3.185 2.036 nan 0.477 0.433 0.288 0.395 0.895 1.291 0.535 1.191 1.440 0.932 10781 chr7 158744747 158752148 + 0 NA Intergenic Intergenic -52598 NR_024394 154822 Hs.544783 NM_198345 ENSG00000231419 LINC00689 - long intergenic non-protein coding RNA 689 ncRNA 0.993 0.768 nan 0.098 0.334 0.338 0.156 0.173 0.497 0.026 0.063 0.062 0.017 0.082 2.460 0.227 0.080 0.108 0.157 0.102 0.034 0.315 0.232 0.897 0.170 0.029 0.050 0.083 0.100 0.109 0.419 0.266 1.322 0.047 0.122 0.026 0.147 0.145 0.078 0.171 0.236 0.024 0.073 0.125 0.066 0.135 0.253 0.029 6.318 0.788 0.227 0.207 0.050 0.897 0.134 1.025 0.356 0.319 0.165 0.095 0.358 0.034 0.010 0.021 0.400 0.413 0.407 0.706 2.441 2.130 2.095 0.511 0.324 0.265 0.120 0.235 0.923 1.566 0.554 0.529 0.642 0.799 1.338 1.104 0.247 0.302 2.045 1.150 5719 chr19 44122173 44131121 + 0 NA 3' UTR (NM_145296, exon 9 of 9) 3' UTR (NM_145296, exon 9 of 9) -2633 NM_182498 126299 Hs.99093 NM_182498 ENSG00000131116 ZNF428 C19orf37|Zfp428 zinc finger protein 428 protein-coding 3.366 1.908 3.162 1.829 2.366 2.544 0.412 1.808 3.128 0.505 2.223 0.854 0.716 1.155 2.511 2.246 0.821 0.176 2.566 0.850 1.684 0.182 0.845 0.461 2.095 0.805 0.795 1.559 1.604 0.360 1.274 nan 2.069 2.871 0.699 0.780 0.492 1.587 0.139 0.661 1.086 2.280 0.659 0.392 0.571 0.247 1.162 0.552 2.018 5.286 1.085 0.948 2.246 2.703 0.444 2.095 0.630 1.061 0.913 1.924 1.158 0.748 1.805 0.941 0.640 0.953 0.484 4.788 5.412 5.175 5.933 4.971 4.353 5.741 2.260 4.820 5.030 2.688 3.555 3.717 4.747 4.195 4.496 3.202 5.515 2.902 2.756 3.082 3.763 2.396 1.229 10059 chr6 160141650 160153096 + 0 NA promoter-TSS (NM_001270532) promoter-TSS (NM_001270532) 603 NM_001322820 6648 Hs.487046 NM_000636 ENSG00000112096 SOD2 IPO-B|IPOB|MNSOD|MVCD6|Mn-SOD superoxide dismutase 2 protein-coding 4.326 nan 3.954 1.803 4.074 3.039 1.290 1.711 3.767 0.802 1.761 1.087 0.871 0.883 2.708 3.134 1.283 0.196 1.752 0.696 1.596 1.370 1.024 0.695 3.221 0.972 1.394 1.170 1.563 0.410 3.454 3.942 1.886 5.746 0.574 1.769 0.910 2.636 0.117 0.582 1.468 2.204 2.405 1.365 1.101 1.018 1.656 0.788 1.547 3.275 0.412 1.415 3.134 2.311 1.545 3.221 0.772 1.136 0.681 1.498 1.870 1.047 1.450 1.581 1.052 1.258 0.961 6.012 4.945 4.923 6.972 6.957 6.728 7.592 5.021 10.010 9.957 2.182 2.750 3.933 6.499 nan 8.406 3.591 6.085 4.266 4.941 6.500 5.038 1.587 0.956 4638 chr17 18962251 19001166 + 0 NA Intergenic (TGGG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -11066 NM_001291904 79999 Hs.677375 NM_024934 LOC79999 - uncharacterized protein ENSP00000382033 protein-coding 1.519 0.842 0.859 0.414 0.898 0.409 4.447 1.871 3.251 0.617 0.655 0.521 0.565 0.411 0.913 2.120 0.596 0.277 1.457 0.699 0.926 1.111 0.271 0.273 1.359 0.878 1.163 0.678 0.893 0.535 1.018 2.362 0.795 2.556 0.861 1.563 0.384 2.160 0.211 0.503 0.764 1.695 2.813 1.600 0.485 1.272 0.850 0.849 3.234 2.919 0.583 1.166 2.120 1.501 6.933 1.359 0.982 0.692 0.616 1.572 1.143 1.820 0.385 0.581 2.026 0.318 0.301 2.424 2.720 1.361 nan 5.098 4.822 1.990 1.851 2.252 2.216 1.507 1.793 2.570 3.645 nan 2.147 1.096 1.310 1.278 1.355 2.000 2.126 0.460 0.395 10077 chr6 166431626 166444157 + 0 NA Intergenic LTR1D|LTR|ERV1 -36364 NR_026860 90632 Hs.31917 NR_026860 ENSG00000223414 LINC00473 C6orf176|bA142J11.1 long intergenic non-protein coding RNA 473 ncRNA 0.471 nan 0.558 0.046 0.105 0.022 0.051 0.064 0.183 0.007 0.663 0.029 0.005 0.036 0.123 0.073 0.116 0.051 0.594 0.033 0.025 0.053 0.141 0.027 0.017 1.233 0.054 0.122 0.405 0.079 0.185 0.012 1.736 0.015 0.009 0.078 0.179 0.019 0.184 0.153 0.086 0.088 0.049 0.049 0.096 1.000 0.085 0.056 0.671 0.123 0.028 0.007 0.141 0.127 0.080 0.008 1.197 3.599 0.114 0.039 0.040 0.315 0.138 0.024 0.419 0.307 0.233 0.285 0.269 0.372 0.205 0.112 0.098 0.113 0.095 0.155 0.129 0.209 nan 0.138 0.096 0.174 0.061 0.056 0.110 0.206 0.145 0.196 3268 chr13 97860589 97880755 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -3871 NM_001306070 10150 Hs.657347 NM_144778 ENSG00000139793 MBNL2 MBLL|MBLL39|PRO2032 muscleblind like splicing regulator 2 protein-coding 1.690 1.901 2.246 0.874 1.143 0.260 0.525 0.882 1.551 0.311 1.351 0.676 1.217 0.109 0.965 1.910 0.857 0.129 1.169 0.469 0.059 0.020 0.590 0.311 1.588 0.580 0.390 0.157 0.371 0.318 0.929 1.471 0.655 2.485 0.528 0.436 0.402 0.408 0.097 0.269 2.689 1.943 0.440 0.282 0.412 0.235 2.776 0.522 0.453 0.233 0.841 0.478 1.910 1.429 0.308 1.588 0.225 0.472 0.465 0.590 0.738 0.625 1.996 0.886 0.952 0.406 0.231 2.001 3.554 4.628 9.601 1.343 1.775 1.022 0.582 0.309 0.269 0.392 0.550 1.689 3.851 2.092 1.968 1.903 3.516 2.285 1.995 2.481 3.702 0.701 0.442 10674 chr7 133283871 133299317 + 0 NA intron (NM_021807, intron 9 of 17) L2|LINE|L2 218047 NR_120513 101928861 Hs.675747 NR_120513 LOC101928861 - uncharacterized LOC101928861 ncRNA nan nan nan 0.094 0.108 0.213 0.059 0.116 0.461 0.006 0.096 0.129 0.024 0.045 0.139 0.180 0.381 0.084 0.159 0.037 0.033 0.027 0.243 0.344 0.606 0.027 0.010 0.024 0.111 0.021 0.063 0.119 0.219 0.355 0.009 0.139 0.103 0.147 0.143 0.031 0.041 0.093 0.023 0.020 0.050 0.044 0.144 0.137 0.063 0.051 0.015 0.082 0.180 0.069 0.068 0.606 0.016 0.081 0.044 0.042 0.105 0.051 0.038 0.129 0.010 0.007 0.007 0.441 0.334 0.199 0.337 0.607 0.873 nan 0.192 0.225 0.304 3.155 nan 0.293 0.302 nan 0.244 0.191 0.304 0.656 0.473 0.348 0.873 0.980 nan 3016 chr12 122499944 122504577 + 0 NA intron (NR_135044, intron 1 of 3) MLT1K|LTR|ERVL-MaLR 1064 NR_135044 100506691 Hs.536336 NR_135044 ENSG00000256546 LOC100506691 - uncharacterized LOC100506691 ncRNA 1.859 4.371 1.678 0.541 1.633 3.868 3.971 1.314 2.552 0.124 3.281 3.469 0.041 3.232 2.605 0.588 0.163 0.068 3.135 1.665 0.644 0.030 0.925 0.654 1.218 2.285 1.801 1.713 1.283 0.810 2.301 7.527 1.557 1.813 4.900 3.740 2.093 0.255 0.139 1.760 0.308 0.395 0.534 0.287 1.180 2.381 3.129 0.777 3.724 2.548 0.836 1.912 0.588 2.149 2.038 1.218 0.625 1.131 0.354 0.539 4.236 3.604 2.614 2.142 1.385 0.044 0.022 1.053 1.884 0.710 1.388 1.683 1.838 nan 0.860 0.651 0.606 1.635 2.247 9.619 10.931 6.962 7.517 1.898 2.992 6.322 7.213 0.932 2.139 5.993 3.055 6725 chr2 234644953 234680054 + 0 NA TTS (NR_037694) TTS (NR_037694) 1488 NR_037696 100286922 Hs.124112 NR_037694 ENSG00000178836 LOC100286922 - DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B3 pseudogene pseudo 0.634 nan 0.660 0.220 0.081 0.033 0.060 0.091 0.203 0.003 0.093 2.392 0.003 0.023 0.051 0.131 0.036 0.036 0.060 0.029 0.012 0.067 0.084 0.086 0.204 0.089 0.021 0.075 0.012 0.071 0.134 0.071 0.280 0.025 0.161 0.050 0.116 0.041 0.038 0.113 0.081 0.031 0.019 0.038 0.315 0.120 3.778 0.043 0.133 0.260 0.131 0.047 0.029 0.086 0.032 0.117 0.014 0.067 0.043 0.061 0.042 0.053 0.030 0.131 0.081 0.351 0.156 0.179 0.254 0.186 0.209 0.069 0.038 0.238 0.260 0.155 0.240 0.205 nan 0.310 0.130 0.141 0.170 0.053 0.059 0.257 0.509 0.319 0.297 7406 chr22 37713014 37735878 + 0 NA Intergenic Intergenic 26433 NR_110515 100506271 Hs.220558 NR_110515 ENSG00000237862 LOC100506271 - uncharacterized LOC100506271 ncRNA 0.731 nan 0.375 1.032 0.031 0.132 3.829 0.193 0.359 0.234 0.441 0.448 0.025 0.171 0.159 0.628 0.091 0.080 2.150 1.503 0.055 0.066 0.054 0.051 0.105 1.236 1.032 0.046 0.303 1.536 0.559 2.976 0.425 0.579 1.701 0.106 0.045 0.105 0.111 0.110 0.184 1.076 1.170 0.733 0.270 0.826 5.806 0.537 1.146 0.808 0.442 2.871 0.628 2.750 0.414 0.105 0.381 1.225 1.020 0.323 0.079 2.200 0.954 0.027 1.464 0.055 0.056 0.829 1.204 0.132 0.185 0.492 0.474 0.128 0.077 0.141 0.145 0.141 nan 0.128 0.173 nan 0.339 0.700 0.927 0.101 0.128 0.125 0.184 0.269 0.223 2855 chr12 92498109 92504848 + 0 NA intron (NR_046160, intron 1 of 5) intron (NR_046160, intron 1 of 5) 34011 NR_046159 256021 Hs.651357 NM_001256373 ENSG00000257242 LINC01619 C12orf79 long intergenic non-protein coding RNA 1619 ncRNA 1.861 1.151 1.092 0.110 4.042 0.459 0.253 0.333 0.732 0.043 0.071 0.273 0.009 0.489 0.515 0.432 1.388 0.310 0.093 2.991 0.746 0.501 0.727 0.194 0.064 0.043 0.060 0.032 0.082 0.846 0.168 nan 0.147 0.177 0.571 0.064 0.103 1.550 0.041 0.009 0.023 0.050 0.046 0.187 0.178 2.029 0.295 0.188 0.741 0.432 0.084 0.276 0.727 0.158 0.200 0.159 0.111 0.272 0.082 5.793 0.713 0.057 0.009 0.015 4.017 6.539 9.788 8.640 5.275 6.014 4.103 1.390 12.112 11.997 2.122 nan 2.557 nan 3.454 3.687 3.776 5.604 1.987 2.419 1.300 2.720 2.721 1.229 8908 chr5 52311718 52341527 + 0 NA intron (NR_073104, intron 2 of 28) intron (NR_073104, intron 2 of 28) 41466 NR_073106 3673 Hs.482077 NM_002203 ENSG00000164171 ITGA2 BR|CD49B|GPIa|HPA-5|VLA-2|VLAA2 integrin subunit alpha 2 protein-coding nan nan 1.363 0.609 0.074 0.296 1.927 0.148 0.340 0.314 1.059 2.552 0.160 0.118 0.195 0.358 0.822 0.157 0.433 0.370 0.152 0.005 0.085 0.091 0.020 1.075 0.497 0.027 1.168 1.022 2.155 4.485 1.196 1.147 0.270 0.175 0.038 0.055 0.135 2.100 0.107 0.770 0.378 0.267 0.698 0.299 0.353 0.393 0.544 0.223 0.074 0.377 0.358 0.116 0.124 0.020 0.676 0.089 0.022 0.502 0.034 0.786 0.033 0.075 0.485 0.087 0.229 0.167 0.099 0.346 0.904 0.296 0.251 nan 0.205 0.129 0.108 0.490 0.730 0.226 0.208 nan 0.156 0.109 0.191 0.177 0.290 0.118 0.154 0.362 0.379 11529 chr9 35509088 35527646 + 0 NA intron (NM_001330740, intron 1 of 10) intron (NM_001330740, intron 1 of 10) -20262 NM_001135999 9853 Hs.493796 NM_014806 ENSG00000198853 RUSC2 Iporin|MRT61 RUN and SH3 domain containing 2 protein-coding 0.693 nan 1.216 1.210 0.146 0.074 3.771 0.146 0.321 1.314 2.925 2.605 1.853 0.065 0.091 0.170 1.409 0.391 1.097 0.532 2.972 0.030 0.103 0.160 0.142 3.123 2.498 1.609 0.641 0.863 0.985 0.681 0.479 0.288 0.931 0.575 0.016 0.940 0.111 0.706 0.089 6.842 6.770 2.488 1.919 1.146 1.111 2.612 2.534 1.524 1.652 0.857 0.170 1.126 4.595 0.142 0.205 1.053 0.011 3.006 0.028 1.645 0.058 0.160 1.902 4.137 3.592 0.210 0.205 1.352 3.376 0.344 0.458 0.568 0.265 0.177 0.210 0.627 1.075 0.266 0.293 0.401 0.195 0.277 0.327 0.083 0.099 0.307 0.579 0.792 0.817 6662 chr2 220136829 220146017 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2617 NM_001039550 3300 Hs.77768 NM_006736 ENSG00000135924 DNAJB2 CMT2T|DSMA5|HSJ-1|HSJ1|HSPF3 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B2 protein-coding nan 1.956 1.985 2.893 1.092 1.381 3.863 0.380 1.071 1.967 1.573 1.361 1.040 0.493 1.073 1.853 0.841 0.262 2.583 2.045 8.908 0.437 0.392 0.257 1.173 2.850 3.231 1.884 4.405 1.996 3.059 3.454 2.682 nan 1.537 0.684 0.084 1.815 0.112 1.038 0.459 5.354 1.065 0.560 1.474 3.115 2.005 2.360 2.789 1.908 0.550 1.039 1.853 3.879 1.443 1.173 0.801 2.253 1.088 4.646 1.266 1.600 0.558 0.576 1.627 1.520 0.937 1.759 2.908 1.321 2.246 1.399 1.278 1.606 0.665 1.653 1.609 1.459 1.921 2.406 nan 1.538 1.453 0.610 1.065 0.519 0.631 1.268 nan 0.862 0.616 4810 chr17 43356336 43401943 + 0 NA intron (NM_003954, intron 1 of 15) L1ME4a|LINE|L1 15291 NM_003954 9020 Hs.404183 NM_003954 ENSG00000006062 MAP3K14 FTDCR1B|HS|HSNIK|NIK mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 protein-coding 1.459 2.466 nan 2.500 1.195 0.507 2.817 0.748 1.283 1.416 2.257 2.104 0.695 0.256 0.997 0.557 1.423 0.407 1.595 1.085 1.567 0.465 0.656 0.357 0.506 1.824 1.307 1.080 0.438 0.464 0.808 nan 0.419 1.999 0.831 2.070 0.176 1.292 0.140 1.082 0.446 4.776 0.668 0.346 0.777 0.595 1.332 2.726 2.903 2.682 0.911 0.838 0.557 1.796 2.142 0.506 0.426 0.946 0.706 3.074 0.447 2.047 0.221 1.196 1.030 1.860 1.521 1.049 1.506 0.667 1.591 1.465 nan 1.827 0.718 1.503 1.536 1.459 1.853 2.481 nan 3.439 3.587 0.542 0.842 0.785 0.882 1.392 3.132 1.602 0.932 2145 chr11 84123491 84133060 + 0 NA intron (NM_001364, intron 2 of 22) MIRb|SINE|MIR -99893 NM_001206769 1740 Hs.367656 NM_001364 ENSG00000150672 DLG2 PPP1R58|PSD-93|PSD93|chapsyn-110 discs large MAGUK scaffold protein 2 protein-coding 0.660 0.791 0.616 0.015 0.075 0.017 0.037 0.285 0.387 0.010 0.065 0.048 0.026 0.021 0.084 0.903 0.063 0.152 0.088 0.020 0.014 0.116 0.234 0.061 0.014 0.015 0.015 0.028 0.127 0.203 0.087 0.350 0.031 0.039 0.020 0.125 0.125 0.037 0.084 0.119 0.025 0.040 0.023 0.016 0.069 0.130 0.026 0.044 0.008 0.014 0.903 0.059 0.107 0.061 0.017 0.020 0.018 0.149 0.033 1.082 0.208 0.023 0.006 0.716 0.488 6.225 5.014 0.330 0.415 0.676 0.217 0.743 0.724 0.553 0.737 0.410 0.468 0.407 0.222 0.742 1.268 0.136 0.154 0.448 1.513 0.737 0.629 11803 chr9 131653354 131680132 + 0 NA intron (NM_001127244, intron 2 of 3) AluSx|SINE|Alu -16431 NM_174933 254295 Hs.709447 NM_174933 ENSG00000175287 PHYHD1 - phytanoyl-CoA dioxygenase domain containing 1 protein-coding nan 0.661 1.124 2.560 0.771 0.496 2.613 0.203 0.438 0.153 1.163 0.569 0.420 0.066 0.182 0.434 0.405 0.127 3.198 1.394 0.125 0.041 0.234 0.152 0.277 2.429 2.358 0.353 1.269 1.528 3.135 4.617 1.532 0.561 2.433 0.161 0.049 0.145 0.069 1.309 0.103 0.744 1.217 0.536 1.705 1.782 1.186 0.206 0.818 0.481 0.062 0.389 0.434 4.395 0.964 0.277 0.804 0.491 0.192 0.165 0.337 1.236 0.063 0.155 1.662 0.149 0.081 0.197 0.326 0.428 0.655 1.031 1.024 nan 0.140 0.456 0.433 0.345 0.559 0.716 0.784 0.634 0.410 0.170 0.249 0.173 0.211 0.325 0.667 0.668 0.378 8355 chr4 44997905 45009996 + 0 NA Intergenic Intergenic -275299 NM_138335 132789 Hs.21398 NM_138335 ENSG00000163281 GNPDA2 GNP2|SB52 glucosamine-6-phosphate deaminase 2 protein-coding 0.435 nan nan 0.059 0.072 0.005 0.634 0.131 0.158 0.143 0.120 0.008 0.026 0.059 0.030 0.138 0.097 0.080 3.038 1.192 0.010 0.011 0.134 0.135 0.059 0.294 0.155 0.012 2.008 0.897 0.060 0.040 0.100 0.127 1.184 0.041 0.045 0.071 0.300 0.020 0.084 0.064 0.074 1.378 0.255 0.120 0.152 0.034 0.117 0.026 0.028 0.138 0.224 0.038 0.059 0.174 0.162 0.032 0.034 0.032 0.276 0.009 0.010 0.050 0.014 0.019 0.357 0.231 0.181 0.321 0.126 0.154 0.153 0.111 0.212 0.175 0.603 0.638 0.249 0.197 0.329 0.175 0.130 0.169 0.028 0.038 0.231 0.412 0.430 0.437 9685 chr6 46995179 47016726 + 0 NA intron (NM_153840, intron 1 of 14) intron (NM_153840, intron 1 of 14) 4147 NM_025048 266977 Hs.733762 NM_025048 ENSG00000153292 ADGRF1 GPR110|KPG_012|PGR19|hGPCR36 adhesion G protein-coupled receptor F1 protein-coding 1.254 1.399 0.940 2.308 0.253 0.063 5.799 0.431 0.813 0.950 0.198 0.249 2.173 0.033 0.070 0.634 1.037 0.225 3.714 1.426 0.125 0.007 0.117 0.130 0.089 5.216 4.962 0.010 3.794 2.208 4.747 7.176 5.223 0.319 1.899 0.045 0.018 0.070 0.114 2.430 0.115 0.783 0.330 0.276 3.201 2.259 5.142 5.113 0.165 0.309 0.166 1.181 0.634 2.607 7.453 0.089 0.776 2.008 0.112 0.116 0.236 1.352 2.194 0.051 0.513 0.056 0.054 0.668 0.562 1.399 3.029 0.355 0.409 0.192 0.126 1.460 1.747 0.185 0.275 0.914 nan 0.393 0.202 0.886 1.495 0.447 0.457 0.268 0.395 0.563 0.479 3693 chr14 75099632 75109559 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -25561 NM_000428 4053 Hs.512776 NM_000428 ENSG00000119681 LTBP2 C14orf141|GLC3D|LTBP3|MSPKA|MSTP031|WMS3 latent transforming growth factor beta binding protein 2 protein-coding 2.205 1.155 1.728 0.128 0.891 0.381 0.266 0.083 0.245 0.020 0.236 0.194 0.018 0.080 0.407 0.728 0.165 0.097 0.084 0.038 0.133 0.118 0.135 0.158 0.175 0.037 0.007 0.107 0.085 0.114 0.474 0.107 0.571 0.178 0.102 0.231 0.064 0.096 0.059 0.086 0.213 0.048 0.015 0.034 0.109 0.262 0.271 0.172 0.202 0.040 0.115 0.728 0.057 0.062 0.158 0.049 0.050 1.134 0.211 0.052 0.103 0.010 8.638 0.230 0.023 0.020 0.401 0.287 0.166 0.279 0.528 0.631 1.154 0.286 0.630 0.682 0.292 0.681 1.901 nan 6.253 6.056 0.217 0.261 0.757 0.627 1.675 6.381 1.681 nan 8717 chr5 2728474 2762778 + 0 NA TTS (NM_001134222) TTS (NM_001134222) 6143 NM_001134222 153572 Hs.282089 NM_033267 ENSG00000170561 IRX2 IRXA2 iroquois homeobox 2 protein-coding 0.355 0.765 0.727 0.050 0.095 1.088 0.908 0.636 1.092 0.915 0.088 0.062 0.256 2.457 1.006 0.811 0.119 0.146 0.108 0.028 0.013 0.327 0.097 0.144 9.003 1.025 0.904 0.009 6.488 0.285 0.535 1.081 0.942 1.648 0.026 0.645 0.016 0.389 0.119 0.738 1.581 0.110 0.039 0.026 1.883 0.065 0.193 0.213 0.102 0.035 0.016 0.128 0.811 0.098 0.016 9.003 0.026 1.108 0.232 0.337 0.018 0.090 0.508 0.022 0.813 0.015 0.009 0.267 0.162 0.219 nan 6.451 5.907 0.071 0.040 0.048 0.040 0.128 0.264 nan 0.133 nan 2.042 0.862 1.713 0.048 0.077 0.178 0.188 0.131 nan 739 chr1 153746845 153769382 + 0 NA Intergenic LTR38B|LTR|ERV1 -8310 NR_126565 343052 Hs.516530 NR_126565 ENSG00000231827 LOC343052 - immunoglobulin superfamily DCC subclass member 3 pseudogene pseudo nan nan 1.725 0.521 1.459 0.931 0.471 0.462 0.837 0.281 0.725 0.567 0.207 1.174 1.679 1.106 2.446 0.465 0.826 0.437 0.443 0.474 0.662 0.475 1.502 0.551 0.441 0.306 0.498 0.182 3.851 7.655 0.678 4.872 0.453 0.557 0.244 0.619 0.127 0.456 0.622 0.612 0.360 0.169 0.588 0.157 0.466 0.385 0.712 0.591 0.905 1.577 1.106 0.833 0.464 1.502 0.423 0.868 0.315 2.477 4.117 0.568 0.628 0.331 0.450 0.192 0.089 1.461 1.721 1.157 1.914 2.720 nan 2.163 0.835 0.891 0.968 1.076 1.556 2.721 3.457 1.136 0.989 1.333 1.946 1.346 1.163 0.940 1.304 1.972 1.004 7437 chr22 40883522 40935889 + 0 NA intron (NM_001282662, intron 3 of 14) intron (NM_001282662, intron 3 of 14) -8099 NR_109965 101927257 Hs.662725 NR_109965 ENSG00000232564 LOC101927257 - uncharacterized LOC101927257 ncRNA 1.056 nan 0.871 1.447 0.231 0.068 0.788 0.187 0.336 0.950 0.648 1.149 1.642 0.042 0.230 0.184 1.431 0.336 0.379 0.206 3.536 0.037 0.189 0.099 0.307 0.574 0.303 0.167 0.674 0.368 0.865 0.977 0.653 0.310 0.435 0.765 0.073 0.131 0.129 0.293 0.197 1.375 0.176 0.110 0.313 0.431 1.310 0.362 1.396 0.323 0.866 1.070 0.184 0.338 1.120 0.307 0.140 1.057 0.069 0.641 0.053 1.129 0.023 1.135 0.799 0.529 0.442 0.291 0.316 0.361 0.772 0.474 0.508 0.598 0.250 0.186 0.207 0.708 nan 0.698 0.944 nan 0.386 0.145 0.135 0.195 0.266 0.822 2.831 0.283 0.160 8984 chr5 71076487 71087992 + 0 NA Intergenic Intergenic 67249 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 0.966 nan 1.171 0.378 0.180 0.377 0.337 0.961 1.865 0.041 0.162 0.282 0.021 0.069 0.649 0.695 0.204 0.070 0.199 0.148 0.022 0.012 0.203 0.120 0.270 0.728 0.219 0.045 0.095 0.174 0.160 0.501 0.090 1.482 0.131 0.061 0.447 0.087 0.112 0.133 0.110 0.064 0.048 0.014 0.085 0.113 0.142 0.216 0.219 0.106 0.165 0.116 0.695 0.114 0.538 0.270 0.053 0.121 0.050 0.078 0.362 0.117 0.086 0.662 0.031 0.020 0.029 0.424 0.451 0.227 0.313 0.676 0.674 10.259 3.615 0.180 0.173 0.600 nan 0.819 0.677 1.544 1.385 0.282 0.301 2.214 2.883 0.622 1.269 1.206 0.759 876 chr1 172309714 172332489 + 0 NA intron (NM_015569, intron 17 of 20) intron (NM_015569, intron 17 of 20) -68727 NM_139240 92346 Hs.517991 NM_139240 ENSG00000180999 C1orf105 - chromosome 1 open reading frame 105 protein-coding nan nan nan 1.335 0.144 0.129 1.652 0.176 0.370 1.483 3.102 4.669 0.735 0.074 0.125 1.640 5.962 0.382 2.229 1.085 3.040 6.278 0.313 0.295 0.184 2.068 1.253 0.379 1.915 1.283 1.409 1.776 1.395 1.883 2.298 5.183 0.309 0.157 0.097 0.703 0.073 1.236 0.133 0.034 1.869 0.866 0.306 4.439 1.130 0.524 1.040 1.247 1.640 1.134 0.938 0.184 0.511 0.673 0.154 0.364 0.485 1.116 3.282 0.088 1.296 0.040 0.040 0.716 0.764 2.040 4.582 nan 0.584 0.946 0.326 0.340 0.352 2.822 3.252 0.993 1.011 0.362 0.197 2.825 5.332 1.855 1.782 0.378 nan 0.813 0.556 7795 chr3 123450712 123460651 + 0 NA intron (NM_053027, intron 8 of 32) intron (NM_053027, intron 8 of 32) 47190 NR_046629 100873940 Hs.667316 NR_046629 ENSG00000250174 MYLK-AS2 - MYLK antisense RNA 2 ncRNA 1.032 nan 0.609 0.197 0.128 0.045 5.325 0.228 0.334 0.010 0.778 0.269 0.012 0.040 0.096 0.116 0.585 0.113 1.280 1.107 0.121 0.070 0.107 0.120 0.474 2.380 1.598 0.200 3.545 3.526 0.353 1.233 0.400 0.189 1.627 0.043 0.010 0.022 0.070 1.807 0.112 0.242 0.394 0.180 1.869 2.413 0.116 2.913 0.414 0.214 0.665 0.329 0.116 0.825 0.743 0.474 0.037 0.083 0.124 0.020 3.784 0.050 0.086 0.677 0.701 0.363 0.437 0.353 0.269 0.461 0.689 0.739 0.858 0.420 0.340 0.398 0.288 nan 0.217 0.200 0.569 0.217 0.225 0.260 0.034 0.102 0.328 0.458 0.366 0.493 5636 chr19 36979210 36984328 + 0 NA promoter-TSS (NM_001300970) SVA_D|Other|Other -965 NM_001300970 84924 Hs.533939 NM_032838 ENSG00000186017 ZNF566 - zinc finger protein 566 protein-coding 4.220 3.135 3.003 2.189 9.480 3.574 1.652 1.959 3.329 1.259 2.324 1.495 1.466 0.924 3.264 3.089 1.562 0.249 3.624 0.853 1.985 1.519 1.516 0.647 4.670 1.905 2.204 1.213 1.925 0.584 2.732 4.100 1.792 16.978 1.510 1.417 0.786 4.918 0.192 0.622 2.183 4.384 4.317 2.074 0.897 1.153 1.430 2.076 2.688 9.899 1.484 0.921 3.089 4.308 0.846 4.670 1.027 1.711 1.019 2.008 1.439 1.607 2.978 1.341 0.788 6.255 4.419 5.343 4.922 1.210 1.942 8.793 7.083 7.070 2.140 13.166 13.664 2.210 2.758 6.004 8.155 nan 6.093 6.188 9.107 4.750 4.265 3.958 4.457 3.723 1.872 7989 chr3 169939144 169959730 + 0 NA intron (NM_002740, intron 1 of 17) AluSx|SINE|Alu 9217 NM_002740 5584 Hs.478199 NM_002740 ENSG00000163558 PRKCI DXS1179E|PKCI|nPKC-iota protein kinase C iota protein-coding 1.752 1.515 1.548 3.109 0.720 0.382 0.876 0.569 0.967 1.231 0.397 0.390 1.617 0.224 0.481 0.629 0.810 0.262 0.620 0.268 0.539 0.289 0.488 0.357 0.657 1.004 0.991 0.627 0.868 0.341 0.636 1.180 3.418 0.890 0.228 0.361 0.166 0.647 0.100 0.236 0.457 0.823 0.711 0.379 0.619 0.554 1.515 0.597 1.059 0.968 0.591 0.979 0.629 0.707 0.669 0.657 0.357 0.670 0.291 0.308 0.261 0.563 0.212 0.644 0.306 0.308 0.192 0.978 1.221 1.124 1.537 1.352 1.490 2.010 1.224 1.336 1.339 1.471 1.760 nan 1.623 nan 2.590 1.033 1.553 1.058 1.054 1.393 1.827 0.925 0.703 8878 chr5 42940052 42955790 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL 45514 NR_104643 643977 Hs.535791 NR_104643 FLJ32255 - uncharacterized LOC643977 ncRNA 0.601 3.759 1.058 1.040 0.382 1.986 4.871 0.114 0.191 0.815 1.077 2.412 2.190 0.229 4.038 0.159 1.622 0.360 2.710 1.529 3.836 0.070 0.239 0.248 0.618 7.192 8.372 0.347 1.951 1.141 1.837 3.308 4.808 4.361 1.385 2.483 0.012 1.737 0.134 2.022 0.470 1.850 1.583 0.814 2.314 2.256 1.885 3.317 2.224 2.924 1.863 2.389 0.159 6.188 6.152 0.618 1.672 1.295 0.012 1.692 1.902 4.225 0.167 0.015 1.040 0.996 0.805 0.232 0.126 0.235 0.494 0.365 0.378 0.090 0.071 0.361 0.415 0.172 0.343 0.448 0.464 0.482 0.245 0.458 0.690 0.064 0.064 0.098 0.152 0.304 0.299 7367 chr22 28789359 28816736 + 0 NA intron (NM_001145418, intron 2 of 22) intron (NM_001145418, intron 2 of 22) -52810 NR_106713 102466081 NR_106713 ENSG00000276162 MIR5739 hsa-mir-5739 microRNA 5739 ncRNA nan 0.665 0.828 0.064 0.106 0.022 0.021 0.140 0.312 0.028 0.122 0.052 0.001 0.021 0.065 0.167 0.347 0.114 0.062 0.014 0.258 0.015 0.057 0.051 0.118 0.030 0.010 0.030 0.082 0.012 0.090 nan 0.076 0.208 0.005 0.043 0.080 0.099 0.118 0.017 0.113 0.060 0.029 0.011 0.032 0.025 0.070 0.085 0.068 0.053 0.020 0.042 0.167 0.041 0.047 0.118 0.036 0.129 0.176 0.048 0.089 0.130 0.036 0.154 0.011 0.360 0.323 0.331 0.241 0.168 nan 0.235 0.340 0.290 0.100 0.280 0.333 3.934 nan 0.190 0.258 1.082 0.844 0.139 0.152 0.272 0.261 0.433 nan 0.880 0.781 9640 chr6 41377866 41399089 + 0 NA Intergenic AluSc5|SINE|Alu -81705 NR_120347 103106903 Hs.563396 NR_120347 ENSG00000226917 LINC01276 - long intergenic non-protein coding RNA 1276 ncRNA 1.701 0.925 1.213 0.531 0.959 0.869 0.544 1.226 2.271 0.018 0.231 0.284 0.009 0.324 0.205 0.591 0.175 0.106 0.186 0.089 0.054 0.020 0.361 0.201 1.644 0.210 0.101 0.035 0.135 0.099 0.448 1.150 0.410 1.203 0.469 0.239 0.477 0.182 0.103 0.185 0.064 0.279 0.100 0.098 0.017 0.040 0.127 0.360 0.178 0.124 0.301 0.404 0.591 0.199 0.140 1.644 0.092 0.086 0.437 0.755 0.407 0.231 4.290 0.134 0.271 0.027 0.013 2.028 2.794 0.695 0.750 1.192 1.287 3.071 1.013 1.219 1.284 0.182 0.337 2.054 nan 0.802 0.515 2.059 4.660 1.182 1.302 0.485 0.943 1.608 1.085 4751 chr17 38218216 38233477 + 0 NA intron (NM_199334, intron 1 of 8) intron (NM_199334, intron 1 of 8) 6778 NM_001190918 7067 Hs.724 NM_003250 ENSG00000126351 THRA AR7|CHNG6|EAR7|ERB-T-1|ERBA|ERBA1|NR1A1|THRA1|THRA2|c-ERBA-1 thyroid hormone receptor alpha protein-coding nan 3.184 1.372 5.666 1.402 4.056 0.872 1.598 3.163 0.138 3.735 1.170 0.342 1.181 2.309 4.170 2.686 0.366 0.789 0.125 0.664 1.126 1.943 1.148 2.849 0.705 0.385 0.962 0.383 0.414 1.155 3.191 0.829 3.989 0.401 2.891 0.560 1.379 0.089 0.542 0.255 0.421 0.173 0.169 0.421 0.412 0.261 0.505 5.110 1.067 1.523 1.338 4.170 0.636 0.370 2.849 0.315 0.391 1.468 1.223 1.401 0.707 2.010 1.294 0.804 0.377 0.214 3.048 5.039 1.116 1.444 nan 3.158 1.462 0.490 1.772 1.845 2.019 2.601 5.240 4.749 nan 2.667 1.383 2.574 1.622 1.334 1.353 2.690 2.023 1.095 3913 chr15 39845175 39851431 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -24977 NM_003246 7057 Hs.164226 NM_003246 ENSG00000137801 THBS1 THBS|THBS-1|TSP|TSP-1|TSP1 thrombospondin 1 protein-coding 1.569 nan nan 0.091 0.395 0.293 0.216 0.206 0.563 0.107 0.149 0.251 0.010 0.298 1.506 0.247 0.104 0.118 0.040 0.504 0.244 2.594 0.110 0.046 0.012 0.087 0.017 0.092 0.398 0.095 6.392 0.076 0.627 0.036 0.076 0.038 3.837 0.073 0.048 0.024 0.092 0.111 0.117 0.069 0.076 0.276 1.506 0.057 0.029 2.594 0.079 0.165 2.328 0.083 0.988 0.101 0.031 0.041 0.147 0.020 0.466 0.369 0.228 1.022 0.727 1.103 1.009 0.161 0.184 0.194 2.125 2.821 0.662 0.467 1.190 1.012 0.139 0.280 3.773 2.701 0.188 0.265 3.018 1.325 7151 chr21 24842358 24862632 + 0 NA Intergenic Intergenic -95339 NR_040254 266917 Hs.145622 NR_040254 ENSG00000228592 D21S2088E - D21S2088E ncRNA 0.883 0.878 0.747 0.025 0.056 0.011 0.034 0.239 0.432 0.014 0.049 0.045 0.031 0.040 0.030 0.314 0.059 0.024 0.083 0.028 0.013 0.371 0.217 0.041 0.003 0.026 0.005 0.037 0.048 0.047 0.415 0.007 0.048 1.041 0.032 0.086 0.227 0.044 0.006 0.012 0.011 0.008 0.099 0.064 0.008 0.032 0.012 0.027 0.314 0.028 0.004 0.041 0.024 0.024 0.017 0.211 0.019 0.049 0.489 0.004 0.020 0.005 0.332 0.212 0.163 0.258 0.302 0.403 2.257 1.207 0.063 0.052 0.643 0.886 0.287 0.264 0.623 0.347 0.110 0.141 5.411 4.439 0.896 nan 9.349 4.093 3624 chr14 62833460 62842390 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -231234 NR_104063 101954204 Hs.607093 NR_104063 ENSG00000259142 LINC00644 - long intergenic non-protein coding RNA 644 ncRNA 3.273 nan 2.919 0.056 0.138 0.044 0.028 0.135 0.213 0.011 0.034 0.042 0.014 0.012 0.130 0.157 0.075 0.216 0.224 0.042 0.021 0.015 0.125 0.125 0.129 0.008 0.008 0.103 0.012 0.080 0.054 0.174 0.248 0.017 0.117 0.032 0.048 0.101 0.013 0.292 0.081 0.034 0.035 0.049 0.086 0.075 0.068 0.036 0.047 0.133 0.045 0.157 0.187 0.129 0.068 0.058 0.316 0.032 0.068 0.079 0.033 6.198 0.034 0.032 0.017 0.243 0.204 0.139 0.271 0.332 0.465 0.429 0.137 nan 0.295 0.229 0.364 0.253 nan 0.857 0.626 0.107 0.150 0.178 0.194 4.419 10.653 0.443 0.563 7266 chr21 46083849 46092043 + 0 NA intron (NM_144991, intron 1 of 11) L1M3|LINE|L1 -1102 NM_181684 353323 Hs.567902 NM_181684 ENSG00000221864 KRTAP12-2 KAP12.2|KRTAP12.2 keratin associated protein 12-2 protein-coding nan 0.842 1.984 0.018 0.246 1.229 0.087 0.097 0.349 0.022 0.033 0.015 0.025 0.109 0.094 0.082 0.040 0.089 0.008 0.017 0.307 0.245 0.205 0.017 0.009 0.027 0.042 0.013 0.019 0.154 0.053 3.262 0.019 0.198 0.040 0.088 0.015 0.010 0.090 0.022 0.009 0.014 0.019 0.035 0.121 0.040 0.043 0.020 0.033 0.094 0.052 0.022 0.205 0.090 0.045 0.190 0.056 0.619 0.010 0.024 0.015 0.009 0.007 0.018 0.215 0.092 0.120 0.148 0.523 0.502 nan 0.157 0.132 0.122 0.126 nan 0.262 0.244 0.600 0.332 0.081 0.233 1.636 1.241 0.139 0.207 4.717 1.749 8393 chr4 56812287 56816999 + 0 NA promoter-TSS (NM_025009) promoter-TSS (NM_025009) -331 NM_025009 9662 Hs.518767 NM_014645 ENSG00000174799 CEP135 CEP4|KIAA0635|MCPH8 centrosomal protein 135 protein-coding nan 1.388 1.087 1.989 2.479 0.836 2.246 0.952 1.475 0.812 4.714 3.294 0.932 0.465 1.471 1.190 1.760 0.182 3.396 1.529 3.947 1.086 0.756 0.472 1.352 2.001 2.218 1.567 2.902 2.396 0.968 2.216 2.573 3.385 1.862 1.570 0.225 3.564 0.149 2.036 0.598 10.335 10.286 3.471 2.909 1.637 1.747 9.416 1.513 1.881 2.186 1.348 1.190 2.184 6.786 1.352 0.752 0.929 0.165 5.818 2.745 2.064 0.797 0.530 2.073 1.149 0.807 6.290 5.385 7.352 7.394 2.305 2.144 5.218 2.631 8.188 7.939 2.442 3.095 5.306 7.479 2.284 2.592 1.231 2.764 1.609 1.817 2.124 1.989 4.905 3.141 3803 chr14 100770856 100781649 + 0 NA Intergenic Intergenic 2056 NR_029906 442910 NR_029906 ENSG00000198984 MIR345 MIRN345|hsa-mir-345|mir-345 microRNA 345 ncRNA 5.958 2.291 2.139 1.057 3.085 2.529 0.374 0.966 1.914 0.169 0.454 0.156 0.305 0.598 5.359 2.553 1.048 0.104 0.353 0.149 1.015 0.360 1.510 0.795 2.099 1.236 1.045 0.617 0.743 0.341 1.875 4.483 3.201 6.331 0.487 0.742 0.561 1.510 0.096 0.220 1.170 1.022 0.429 0.397 0.430 0.461 0.115 0.545 1.255 1.939 0.270 1.211 2.553 0.823 0.500 2.099 0.171 0.733 0.969 1.448 1.184 0.428 0.313 0.617 1.228 0.374 0.201 1.633 1.895 1.853 2.735 4.348 3.996 2.513 0.815 1.327 1.145 0.955 1.669 2.610 4.022 2.071 1.835 0.726 1.397 2.166 2.161 1.522 2.402 2.251 1.339 772 chr1 155558152 155581788 + 0 NA Intergenic LTR5_Hs|LTR|ERVK -9991 NR_146908 55154 Hs.656547 NM_018116 ENSG00000125459 MSTO1 LST005|MMYAT|MST misato 1, mitochondrial distribution and morphology regulator protein-coding nan nan 1.504 0.426 0.573 0.455 1.153 0.351 0.721 0.094 0.535 0.518 0.986 0.355 1.145 1.197 0.404 0.190 1.282 0.633 0.358 0.270 0.412 0.389 0.517 0.743 0.678 0.323 0.577 0.701 0.753 1.736 1.116 2.530 0.494 0.840 0.112 0.422 0.142 0.444 0.303 0.523 0.419 0.263 0.564 0.701 0.317 0.312 0.479 0.628 0.294 0.377 1.197 3.633 0.625 0.517 0.321 0.424 0.375 1.284 0.678 1.017 0.456 1.474 0.203 0.251 0.176 0.923 0.957 1.035 2.047 1.491 nan 2.957 1.239 0.701 0.807 1.028 1.536 1.086 1.946 1.241 1.082 1.297 1.662 0.784 0.845 2.095 4.102 0.973 0.612 8053 chr3 177789315 177808558 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 264283 NR_110826 102724550 Hs.570526 NR_110826 ENSG00000231574 LINC02015 KCCAT211 long intergenic non-protein coding RNA 2015 ncRNA 1.991 2.589 1.822 0.157 2.943 1.290 0.110 3.478 6.898 0.035 0.398 0.982 0.019 0.952 1.319 1.165 0.905 0.150 0.080 0.029 0.046 2.502 3.000 1.500 2.106 0.360 0.101 0.015 0.138 0.022 0.104 0.209 0.306 4.330 0.153 1.761 0.890 0.056 0.076 0.012 0.536 0.086 0.022 0.024 0.062 0.031 0.244 0.101 0.169 0.106 0.020 0.417 1.165 0.070 0.072 2.106 0.166 0.039 0.238 0.048 0.922 0.074 0.565 1.371 0.067 0.014 0.013 0.442 0.628 0.370 0.646 3.021 3.025 8.203 4.515 0.280 0.265 3.303 3.575 3.140 3.326 1.365 1.459 0.368 0.599 3.067 3.302 1.969 4.483 2.387 1.630 4514 chr16 88989954 88996502 + 0 NA intron (NM_005187, intron 1 of 11) intron (NM_005187, intron 1 of 11) -13217 NM_001290330 100129697 Hs.689377 NM_001290330 LOC100129697 - uncharacterized LOC100129697 protein-coding nan 0.480 3.329 0.459 1.386 0.887 0.883 0.341 0.553 0.044 0.125 0.396 3.116 0.291 0.348 0.035 0.024 1.235 0.798 0.086 0.021 1.059 0.324 3.031 0.196 0.044 0.159 0.041 0.080 0.089 0.469 0.109 0.297 1.968 0.669 0.175 0.115 0.081 0.486 0.593 0.954 0.563 0.356 0.066 0.082 0.531 0.350 0.535 0.499 3.619 1.990 0.348 1.364 0.622 3.031 0.056 0.858 0.326 0.436 4.323 1.390 0.460 0.039 0.058 1.073 0.762 0.690 1.003 0.197 0.336 1.930 1.690 2.100 0.273 0.234 0.215 0.311 0.552 0.444 0.686 0.916 1.062 0.680 0.986 0.950 0.992 0.141 0.171 2.663 1.234 7536 chr3 20205743 20229020 + 0 NA intron (NM_001012409, intron 5 of 7) intron (NM_001012409, intron 5 of 7) 1603 NR_132785 100874028 Hs.105153 NR_046723 ENSG00000231304 SGO1-AS1 SGOL1-AS1 SGO1 antisense RNA 1 ncRNA 1.137 1.145 1.510 0.644 0.464 0.274 0.347 0.241 0.572 0.200 0.543 0.360 0.187 0.245 0.530 0.286 0.486 0.187 0.386 0.171 0.347 0.177 0.362 0.261 0.386 0.241 0.217 0.105 0.670 0.213 0.346 0.698 0.305 1.175 0.168 0.303 0.135 0.546 0.093 0.230 0.279 0.518 0.698 0.290 0.349 0.194 0.408 0.558 0.528 0.487 0.251 0.378 0.286 0.510 0.549 0.386 0.173 0.193 0.159 0.407 0.257 0.299 0.247 1.651 0.494 0.203 0.126 0.825 1.016 1.617 2.005 2.312 3.037 1.051 0.490 3.210 3.240 1.077 1.324 1.065 1.463 nan 2.669 0.498 0.970 0.700 0.613 1.659 3.877 0.592 0.444 4651 chr17 21109620 21119446 + 0 NA non-coding (NR_024547, exon 2 of 3) non-coding (NR_024547, exon 2 of 3) 3375 NR_024547 8834 Hs.592945 NM_003876 ENSG00000178307 TMEM11 C17orf35|PM1|PMI transmembrane protein 11 protein-coding nan nan nan 0.821 2.595 1.214 1.559 1.724 3.041 0.729 1.007 0.857 2.911 0.809 1.276 1.647 0.911 0.228 1.676 0.615 1.470 0.464 0.993 0.386 2.084 0.644 0.793 0.714 2.074 0.480 1.776 2.592 2.231 2.726 0.921 2.129 0.475 1.798 0.130 0.961 0.823 2.668 2.298 1.350 1.731 1.754 1.698 1.220 2.441 2.657 1.108 1.007 1.647 2.038 2.457 2.084 1.193 1.087 0.799 2.980 2.111 1.816 0.595 1.518 1.665 1.108 0.564 3.503 3.844 2.964 4.410 2.761 2.840 3.386 1.414 2.652 2.659 2.051 2.855 4.454 5.753 5.591 5.731 1.089 2.512 1.368 1.497 3.990 nan 1.290 0.847 6775 chr2 242030338 242043310 + 0 NA exon (NM_182501, exon 3 of 4) exon (NM_182501, exon 3 of 4) 4923 NR_138463 130916 Hs.159556 NM_182501 ENSG00000122085 MTERF4 MTERFD2 mitochondrial transcription termination factor 4 protein-coding 1.570 nan 1.206 0.742 2.457 1.054 2.465 0.679 0.981 0.236 0.737 0.510 0.178 0.802 0.931 1.016 0.307 0.037 0.955 0.277 0.335 0.235 0.551 0.438 2.124 2.634 2.884 0.483 0.745 0.350 1.433 2.643 2.978 5.880 0.445 1.347 0.073 0.946 0.133 0.713 0.287 0.560 0.683 0.461 0.801 0.692 1.305 0.440 2.892 1.095 0.968 3.184 1.016 0.669 1.042 2.124 0.434 2.745 0.299 1.108 1.202 0.656 1.283 0.433 0.579 0.295 0.215 1.972 1.851 1.582 2.431 1.463 1.368 2.555 0.691 2.272 2.069 0.860 1.280 3.229 4.218 1.777 1.643 1.673 3.428 0.666 0.615 1.086 1.467 0.992 0.591 2032 chr11 66884664 66889541 + 0 NA non-coding (NR_027473, exon 1 of 21) non-coding (NR_027473, exon 1 of 21) 362 NR_027473 22992 Hs.124147 NM_012308 ENSG00000173120 KDM2A CXXC8|FBL11|FBL7|FBXL11|JHDM1A|LILINA lysine demethylase 2A protein-coding nan 4.686 2.992 5.076 5.038 3.287 3.385 3.011 5.110 3.206 5.843 8.267 3.615 2.435 4.862 3.220 2.791 0.151 4.677 0.821 2.253 4.123 2.280 0.968 5.138 3.871 4.989 2.780 4.411 1.810 7.751 9.904 4.751 7.611 1.282 3.387 0.975 3.520 0.197 0.823 3.494 10.599 4.357 2.810 2.678 2.184 6.167 4.097 5.207 3.914 6.892 5.870 3.220 5.047 5.096 5.138 1.547 3.976 0.714 16.429 5.250 7.642 2.845 1.966 2.819 1.213 0.711 5.862 6.672 3.876 6.416 11.205 11.768 6.646 3.095 11.280 10.572 3.324 3.878 9.725 14.259 4.546 4.197 4.539 9.231 3.882 4.008 3.557 4.739 2.852 0.952 8256 chr4 8200558 8240814 + 0 NA intron (NR_134639, intron 6 of 14) intron (NR_134639, intron 6 of 14) 19715 NM_018986 54436 Hs.479116 NM_018986 ENSG00000125089 SH3TC1 - SH3 domain and tetratricopeptide repeats 1 protein-coding 1.083 0.538 nan 0.152 0.894 1.642 0.537 0.159 0.254 0.012 0.514 0.255 0.014 0.082 0.430 0.407 0.123 0.076 0.461 0.193 0.225 0.028 0.846 0.528 2.628 0.344 0.199 0.062 0.155 0.081 0.267 1.146 0.223 0.921 0.155 0.195 0.250 0.062 0.061 0.101 0.098 0.251 0.196 0.105 0.106 0.121 0.252 0.288 0.584 0.076 0.628 0.303 0.407 0.560 0.183 2.628 0.198 0.284 0.209 0.157 0.806 0.216 0.197 0.052 0.066 0.020 0.019 0.390 0.455 0.231 0.377 3.358 3.407 nan 0.618 0.655 0.666 0.232 0.326 1.670 2.249 0.652 0.541 0.450 0.594 0.776 0.990 0.120 0.152 nan 1.030 7813 chr3 127253762 127267271 + 0 NA Intergenic Intergenic -3893 NR_125397 101927149 Hs.407798 NR_125397 ENSG00000239921 LINC01471 - long intergenic non-protein coding RNA 1471 ncRNA 1.772 nan 1.760 0.175 1.303 1.496 0.215 1.065 1.820 0.076 0.131 0.142 0.032 0.089 1.313 1.594 0.178 0.060 0.171 0.042 0.207 0.072 3.586 1.220 2.787 0.132 0.094 0.238 0.220 0.082 0.317 1.170 0.319 3.257 0.076 0.116 0.156 0.176 0.053 0.047 0.223 0.356 0.165 0.105 0.046 0.108 0.079 0.202 0.356 0.466 0.301 0.362 1.594 0.083 0.324 2.787 0.162 0.292 0.332 0.983 0.707 0.117 0.191 1.451 0.034 0.057 0.023 0.451 0.667 0.329 0.387 4.941 5.321 2.407 0.670 0.554 0.597 0.906 nan 1.041 1.936 2.855 3.404 0.892 0.931 0.871 0.545 2.759 4.256 1.697 0.891 653 chr1 145469445 145475328 + 0 NA 5' UTR (NM_001039888, exon 3 of 4) 5' UTR (NM_001039888, exon 3 of 4) 1878 NM_001039888 284615 Hs.620591 NM_001039888 ENSG00000272031 ANKRD34A ANKRD34 ankyrin repeat domain 34A protein-coding 3.447 nan 2.668 0.806 1.625 1.729 1.936 0.593 1.217 0.340 2.579 2.921 0.526 2.437 7.305 2.085 1.983 0.138 1.042 0.739 1.541 2.018 1.452 0.791 1.867 1.402 0.901 1.423 0.475 0.697 9.013 14.320 1.521 15.300 1.110 2.055 0.193 3.181 0.113 2.353 0.743 2.192 2.604 1.384 0.687 0.286 0.926 0.968 2.505 5.245 1.424 2.062 2.085 0.971 6.488 1.867 0.542 1.024 0.954 5.294 4.333 1.222 1.980 1.271 1.476 1.459 0.770 2.452 4.219 1.703 2.546 4.943 4.692 5.750 1.311 0.975 1.195 2.386 3.286 2.879 3.500 2.502 2.077 2.277 3.843 1.344 1.531 3.507 5.644 2.688 1.394 7582 chr3 46421243 46468998 + 0 NA intron (NR_125406, intron 1 of 3) LTR41|LTR|ERVL 3430 NR_125406 102724297 Hs.622021 NR_125406 LOC102724297 - uncharacterized LOC102724297 ncRNA 0.547 nan nan 0.117 0.623 0.016 0.653 0.158 0.253 0.092 0.068 0.041 0.003 0.069 0.520 0.107 0.092 0.086 0.426 0.334 0.029 0.017 0.296 0.108 0.118 0.393 0.240 0.016 0.347 0.923 1.205 3.925 0.825 0.414 0.523 0.061 0.094 0.030 0.080 0.315 0.053 0.351 0.133 0.119 0.236 0.434 1.953 0.273 0.065 0.046 0.502 0.323 0.107 0.616 0.049 0.118 0.174 0.141 0.130 0.079 0.066 0.593 0.033 0.045 0.190 0.021 0.014 0.151 0.097 0.184 0.302 0.510 0.501 2.793 0.675 0.149 0.169 0.088 0.175 1.431 1.322 0.705 0.613 0.160 0.198 0.944 0.940 0.102 0.141 1.668 0.928 8274 chr4 14166733 14186576 + 0 NA Intergenic HERVH-int|LTR|ERV1 63062 NR_033931 152742 Hs.135435 NR_033931 ENSG00000248698 LINC01085 - long intergenic non-protein coding RNA 1085 ncRNA nan nan nan 0.272 0.146 0.005 3.840 0.057 0.130 0.260 0.541 1.004 0.025 0.035 0.063 0.240 0.117 0.049 0.755 0.866 0.060 0.028 0.200 0.118 0.215 1.243 0.670 0.008 0.213 0.947 0.081 0.127 0.186 0.348 1.018 0.593 0.028 0.033 0.082 1.140 0.056 0.437 0.241 0.193 0.628 0.108 1.519 1.025 0.320 0.040 2.257 1.341 0.240 0.273 2.286 0.215 0.605 0.345 0.029 0.064 0.066 0.475 0.050 0.140 0.542 0.035 0.018 0.388 0.200 0.220 0.347 0.257 0.245 0.814 0.307 0.163 0.138 0.213 0.395 0.640 0.405 0.408 0.193 0.099 0.178 0.107 0.065 0.338 0.816 nan 0.677 1692 chr10 124604573 124612059 + 0 NA TTS (NR_037911) TTS (NR_037911) -2625 NM_022034 50624 Hs.647182 NM_022034 ENSG00000138161 CUZD1 ERG-1|ERG1|ITMAP1|UO-44 CUB and zona pellucida like domains 1 protein-coding nan 0.579 0.811 0.073 0.636 1.742 1.053 0.236 0.313 0.072 0.303 1.057 0.017 0.772 0.306 0.050 0.403 0.086 0.339 0.126 0.268 0.074 0.167 0.055 0.192 0.621 0.327 0.049 0.676 0.151 0.182 0.386 0.159 0.238 0.219 0.115 0.013 0.056 0.088 0.127 0.189 0.485 0.229 0.138 0.194 0.214 0.074 0.080 0.215 0.346 0.042 0.405 0.050 0.100 2.760 0.192 0.244 0.092 0.053 0.131 4.788 0.535 0.013 0.627 0.294 0.015 0.004 0.362 0.244 0.189 0.222 0.839 0.765 1.288 0.161 0.297 0.185 0.279 0.437 9.529 7.161 2.008 1.677 0.203 0.174 0.038 0.014 0.346 1.350 0.634 0.403 2677 chr12 52509911 52526296 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 30750 NR_120440 26628 Hs.524431 NR_120437 ENSG00000257542 OR7E47P OR7E141 olfactory receptor family 7 subfamily E member 47 pseudogene pseudo nan 2.415 1.341 0.092 0.959 2.503 0.312 0.481 0.863 0.053 0.071 0.150 0.227 0.709 1.621 1.093 0.092 0.157 0.200 0.171 0.059 0.025 0.990 0.637 2.073 0.110 0.027 0.076 0.106 0.087 0.123 0.815 0.134 1.774 0.095 0.151 0.948 0.007 0.079 0.029 0.595 0.155 0.149 0.138 0.154 0.074 0.223 0.220 0.362 0.156 0.097 0.205 1.093 0.283 0.062 2.073 0.080 0.445 1.044 0.295 0.471 0.056 0.158 0.091 0.041 0.046 0.049 nan 1.293 0.374 0.686 1.794 nan 5.208 1.203 0.371 0.381 0.495 nan 4.062 nan 0.690 0.729 0.417 0.462 2.396 1.995 0.181 0.260 3.421 1.905 4866 chr17 54669969 54680544 + 0 NA Intergenic Intergenic 4196 NM_005450 9241 Hs.248201 NM_005450 ENSG00000183691 NOG SYM1|SYNS1|SYNS1A noggin protein-coding 1.918 0.808 2.507 0.330 0.159 0.084 0.699 0.271 0.338 0.507 1.309 0.199 0.035 0.018 0.078 0.654 0.355 0.168 0.130 0.053 0.806 0.536 0.133 0.132 0.159 2.081 2.623 0.261 0.910 0.219 1.038 1.869 0.139 1.067 0.111 0.086 0.045 0.362 0.089 0.767 1.028 3.518 0.212 0.199 0.052 0.080 2.423 1.892 0.500 0.827 0.165 0.161 0.654 0.188 2.749 0.159 0.208 0.319 0.183 3.755 0.010 1.735 0.038 2.229 1.958 2.634 1.701 0.321 0.239 2.740 3.029 1.112 0.673 0.192 0.057 nan 0.192 0.661 1.080 nan nan 1.380 2.066 0.135 0.213 0.087 0.142 5.566 6.359 0.200 0.216 4273 chr16 19247238 19260184 + 0 NA intron (NM_016524, intron 7 of 7) L2b|LINE|L2 -43394 NM_001256720 728276 Hs.632180 NM_001256720 ENSG00000261210 CLEC19A - C-type lectin domain containing 19A protein-coding 0.689 0.867 nan 0.244 1.068 1.954 0.653 0.336 0.696 0.081 0.097 0.071 0.618 0.728 0.267 0.074 0.095 0.425 0.307 0.024 0.073 0.171 2.177 0.123 0.096 0.017 0.135 0.318 0.200 0.683 0.115 2.373 0.520 0.105 0.051 0.017 0.094 0.018 0.239 0.092 0.079 0.048 0.520 0.244 0.504 0.132 0.113 0.049 0.320 0.283 0.267 0.620 0.221 2.177 0.095 0.076 0.127 0.070 0.039 0.468 0.031 0.029 0.094 0.041 0.027 0.200 0.108 0.104 0.123 0.773 0.891 3.596 1.233 0.121 0.155 0.166 0.273 10.865 9.447 nan 0.152 0.080 0.145 0.257 0.277 0.200 0.252 0.841 0.575 5439 chr18 74794459 74828798 + 0 NA intron (NM_001025100, intron 2 of 3) intron (NM_001025100, intron 2 of 3) 33146 NM_001025101 4155 Hs.551713 NM_002385 ENSG00000197971 MBP - myelin basic protein protein-coding nan nan 0.926 1.616 0.239 0.105 1.974 0.287 0.513 0.462 1.330 1.757 0.248 0.274 0.168 0.784 2.103 0.131 0.991 0.525 1.209 0.004 0.266 0.236 0.472 1.246 1.058 0.379 0.673 0.974 0.567 0.784 0.355 0.625 0.639 1.055 0.084 0.033 0.081 0.739 0.127 2.084 0.598 0.280 1.484 1.155 1.123 3.200 0.910 1.138 0.576 0.318 0.784 1.324 0.800 0.472 0.231 0.130 0.037 1.453 0.304 0.856 0.479 0.029 1.036 1.144 1.294 0.623 0.807 1.533 1.896 0.907 nan 2.845 0.795 0.796 0.698 0.224 0.398 0.670 nan 0.648 0.311 0.720 0.646 0.547 0.857 0.084 0.134 1.326 0.767 8283 chr4 17284324 17292105 + 0 NA Intergenic Intergenic 34291 NR_145770 109616994 NR_145770 ENSG00000206780 SNORA75B - small nucleolar RNA, H/ACA box 75B snoRNA nan nan nan 0.101 0.021 0.118 0.052 0.061 0.024 0.065 0.046 0.054 0.174 0.103 0.041 0.041 0.483 0.274 0.015 0.036 0.028 0.019 0.035 0.085 0.038 0.027 0.188 0.050 0.012 0.081 0.120 0.010 0.167 0.054 0.005 0.098 0.030 0.137 0.263 0.063 0.074 0.020 0.017 0.054 0.017 0.012 0.015 0.032 0.024 0.161 0.023 0.223 0.040 0.077 0.066 0.013 0.059 0.370 0.159 0.547 0.525 0.191 0.135 0.118 0.078 0.278 0.475 0.079 0.193 0.091 0.084 0.392 0.380 0.130 0.095 0.064 0.046 0.071 0.164 5.076 2.509 6834 chr20 10307139 10320070 + 0 NA Intergenic Intergenic 98969 NM_018848 8195 Hs.472119 NM_018848 ENSG00000125863 MKKS BBS6|HMCS|KMS|MKS McKusick-Kaufman syndrome protein-coding 1.225 nan 1.886 0.056 0.260 0.579 0.231 0.361 0.439 0.022 0.524 0.660 0.010 0.008 0.871 0.307 3.400 1.199 0.070 0.030 0.020 0.022 0.074 0.153 0.897 0.102 0.078 0.203 0.052 0.008 0.222 0.567 0.131 0.984 0.189 0.591 0.036 0.076 0.088 0.155 0.657 0.086 0.384 0.128 0.034 0.077 0.067 1.529 1.439 0.676 0.153 0.052 0.307 0.067 0.014 0.897 0.076 0.154 0.269 0.293 0.715 0.152 1.027 0.100 0.176 0.062 0.063 0.810 1.029 0.123 0.236 1.524 1.326 0.546 0.244 0.240 0.289 3.652 4.570 0.609 0.681 1.365 1.048 0.519 0.890 0.508 0.951 0.143 0.332 0.805 0.541 11321 chr8 135718661 135748452 + 0 NA Intergenic Intergenic -8264 NR_110323 57623 Hs.446172 NM_020863 ENSG00000066827 ZFAT AITD3|ZFAT1|ZNF406 zinc finger and AT-hook domain containing protein-coding nan 1.150 1.764 0.989 2.810 1.155 0.731 0.881 1.657 0.427 0.781 0.372 0.491 0.619 1.573 0.763 0.556 0.181 0.579 0.281 0.705 0.860 0.147 0.170 2.231 0.461 0.483 0.326 0.823 0.432 0.865 2.366 1.348 2.730 0.428 0.394 0.192 0.485 0.077 0.246 0.637 0.716 0.759 0.344 0.587 0.832 0.700 0.693 0.872 0.826 0.636 0.751 0.763 0.712 0.404 2.231 0.325 0.740 0.172 0.995 0.695 0.356 0.518 0.670 0.285 0.398 0.310 1.260 1.288 0.739 1.096 2.998 3.173 4.053 2.098 nan 3.960 0.634 0.871 2.511 2.813 1.313 1.078 1.279 1.631 0.944 0.920 1.412 2.119 1.507 1.029 367 chr1 48142262 48157194 + 0 NA Intergenic L3|LINE|CR1 -246739 NR_126355 102724077 Hs.159718 NR_126355 LINC01389 - long intergenic non-protein coding RNA 1389 ncRNA nan 0.729 nan 0.024 0.064 0.157 0.209 0.198 0.384 0.006 0.040 0.049 1.092 0.072 0.189 0.464 0.096 0.141 0.192 0.087 0.059 0.046 0.095 0.178 0.064 0.088 0.037 0.459 0.063 0.077 0.694 0.109 0.413 0.049 0.031 0.024 5.680 0.161 0.008 0.084 0.117 0.032 0.021 0.036 0.138 0.080 0.145 0.131 0.048 0.032 0.076 0.464 0.101 0.310 0.064 0.024 0.078 0.058 0.140 0.020 0.031 0.039 0.034 0.023 0.020 0.328 0.315 0.187 0.306 0.531 0.646 0.116 0.052 0.314 0.292 0.159 nan nan 0.576 0.329 0.169 0.232 nan 0.137 0.132 0.222 0.329 0.632 0.603 6790 chr20 1370147 1385394 + 0 NA Intergenic LTR3|LTR|ERVK -3954 NM_000801 2280 Hs.471933 NM_000801 ENSG00000088832 FKBP1A FKBP-12|FKBP-1A|FKBP1|FKBP12|PKC12|PKCI2|PPIASE FK506 binding protein 1A protein-coding 1.235 1.893 1.025 0.669 1.539 0.843 0.555 0.305 0.695 0.506 0.974 0.993 0.187 0.195 0.942 0.523 0.403 0.064 1.198 0.549 0.180 0.274 0.759 0.409 0.745 0.710 0.389 0.368 0.354 0.941 0.763 1.962 0.804 2.238 1.207 0.478 0.193 0.298 0.085 0.558 0.156 1.991 1.041 0.594 0.627 0.508 1.981 7.776 0.907 0.968 0.476 1.007 0.523 1.178 0.565 0.745 0.546 4.508 0.420 0.793 0.824 1.195 0.168 0.171 1.014 0.370 0.322 1.145 1.443 0.486 0.750 1.483 1.599 4.319 1.135 1.097 1.175 0.863 1.295 1.493 1.950 2.277 2.169 0.745 1.294 1.023 1.380 0.690 1.035 0.536 0.448 1821 chr11 15727598 15742049 + 0 NA Intergenic MSTB|LTR|ERVL-MaLR 69392 NM_001293172 102724957 Hs.512245 NM_001293172 LOC102724957 - uncharacterized LOC102724957 protein-coding 0.811 nan 1.292 0.075 1.644 5.026 0.030 0.366 0.670 0.007 0.097 0.051 0.021 0.794 0.614 0.378 0.077 0.100 0.037 0.026 0.010 0.217 0.166 1.274 0.025 0.021 0.065 0.022 0.367 1.158 0.152 1.186 0.050 0.044 0.039 0.030 0.066 0.008 0.028 0.121 0.009 0.022 0.007 0.048 0.154 0.172 0.068 0.044 0.016 0.088 0.378 0.042 0.039 1.274 0.102 0.028 0.033 0.037 0.944 0.006 0.088 0.318 0.043 0.008 0.010 nan 0.410 0.188 0.401 1.751 1.891 0.152 0.076 0.388 0.367 0.266 nan 2.160 2.260 0.759 0.646 0.210 0.263 0.327 0.317 0.206 0.317 1.330 nan 10494 chr7 90580226 90603381 + 0 NA intron (NM_001287135, intron 9 of 14) AluSx|SINE|Alu 252673 NM_001287136 5218 Hs.258576 NM_012395 ENSG00000058091 CDK14 PFTAIRE1|PFTK1 cyclin dependent kinase 14 protein-coding nan 0.779 nan 0.112 0.353 0.274 0.075 0.105 0.369 0.020 0.225 0.229 0.008 0.039 0.172 0.763 1.237 0.236 0.064 0.016 0.025 0.018 0.346 0.398 0.398 0.018 0.012 0.028 0.102 0.018 0.073 0.101 0.132 0.755 0.019 0.156 0.254 0.083 0.185 0.010 0.319 0.102 0.024 0.017 0.019 0.036 0.098 0.116 0.040 0.058 0.014 0.035 0.763 0.043 0.069 0.398 0.137 0.055 0.093 0.038 0.777 0.062 0.103 0.183 0.037 0.024 0.020 0.414 0.280 0.215 0.373 0.635 0.971 3.726 1.495 0.540 0.424 1.219 1.583 0.505 0.651 0.848 0.435 0.217 0.338 1.341 1.309 0.658 nan 1.441 0.747 5741 chr19 46267137 46287514 + 0 NA intron (NM_001081560, intron 9 of 14) AluSp|SINE|Alu -4828 NM_175875 147912 Hs.43314 NM_175875 ENSG00000177045 SIX5 BOR2|DMAHP SIX homeobox 5 protein-coding 1.803 0.939 3.903 0.948 2.709 2.781 0.873 0.990 1.968 1.831 3.146 1.142 0.153 1.570 2.422 0.698 1.212 0.198 2.996 0.895 1.776 1.015 1.934 0.732 3.138 0.435 0.571 2.011 1.117 0.363 1.642 nan 2.511 2.400 0.965 0.697 0.308 2.373 0.117 0.931 0.480 6.560 1.103 0.497 0.568 0.338 2.159 0.831 3.144 6.450 1.527 1.608 0.698 2.800 0.624 3.138 0.787 2.281 0.288 3.870 1.591 1.359 0.317 0.332 0.617 0.551 0.277 0.623 1.034 1.009 1.476 4.855 4.972 3.139 0.637 3.457 3.505 1.107 1.754 4.636 4.620 0.834 0.794 0.498 0.838 1.428 1.384 0.918 1.519 2.326 1.207 5599 chr19 30152120 30182064 + 0 NA TTS (NM_024310) TTS (NM_024310) 10765 NM_024310 79156 Hs.466383 NM_024310 ENSG00000166289 PLEKHF1 APPD|LAPF|PHAFIN1|ZFYVE15 pleckstrin homology and FYVE domain containing 1 protein-coding 0.633 0.755 0.960 0.218 0.302 0.122 0.689 0.150 0.296 0.628 2.921 1.047 0.071 0.043 0.104 0.430 2.008 0.386 1.566 0.836 0.147 0.064 0.084 0.090 0.226 0.560 0.375 0.325 0.202 0.306 1.061 2.365 1.192 1.840 0.464 0.256 0.035 0.178 0.108 0.103 0.252 1.565 0.838 0.439 0.324 0.436 1.117 2.696 0.962 1.753 0.216 0.496 0.430 1.431 0.480 0.226 0.229 0.358 0.113 0.812 0.169 0.994 0.112 0.037 0.771 0.490 0.339 0.486 0.672 0.526 0.790 0.421 0.380 1.563 0.248 0.251 0.327 0.224 0.425 0.238 0.300 nan 0.206 0.390 0.481 0.126 0.347 0.191 0.289 0.553 0.524 7756 chr3 114264017 114308735 + 0 NA intron (NR_121662, intron 3 of 6) intron (NR_121662, intron 3 of 6) 56677 NM_001164347 26137 Hs.202577 NM_015642 ENSG00000181722 ZBTB20 DPZF|HOF|ODA-8S|PRIMS|ZNF288 zinc finger and BTB domain containing 20 protein-coding 1.001 nan 0.692 0.235 0.102 0.051 0.282 0.218 0.411 0.004 0.207 0.361 0.010 0.039 0.093 0.115 0.567 0.158 0.343 0.195 0.055 0.006 0.108 0.119 0.190 0.279 0.110 0.030 0.473 0.234 0.075 0.155 0.057 0.221 0.186 0.041 0.013 0.039 0.088 0.077 0.055 0.082 0.077 0.054 0.242 0.094 0.099 0.121 0.077 0.067 0.014 0.104 0.115 0.100 0.127 0.190 0.052 0.020 0.037 0.023 0.027 0.120 0.106 0.123 0.040 0.048 0.052 0.810 0.474 4.705 4.566 0.328 nan 0.633 0.280 0.246 0.292 nan 1.025 0.211 0.230 0.744 0.304 0.242 0.305 0.065 0.097 0.324 0.559 0.508 0.471 743 chr1 153929412 153942068 + 0 NA promoter-TSS (NR_106795) promoter-TSS (NR_106795) 104 NM_001271957 27173 Hs.7854 NM_014437 ENSG00000143570 SLC39A1 ZIP1|ZIRTL solute carrier family 39 member 1 protein-coding nan nan 6.312 3.097 3.574 3.016 3.228 1.599 2.996 1.787 3.930 2.113 3.373 2.651 5.984 3.755 2.492 0.437 5.343 2.194 4.218 1.766 2.553 1.374 3.187 2.980 3.218 2.204 3.415 2.500 24.942 31.030 4.313 14.009 2.669 4.495 1.093 4.713 0.158 3.164 2.314 7.266 4.828 2.099 4.197 2.488 4.029 1.960 3.369 3.457 11.241 11.042 3.755 5.887 4.205 3.187 2.729 7.136 1.073 11.478 3.841 4.300 4.269 1.830 2.293 2.011 1.126 5.072 5.176 6.390 9.996 7.865 nan 5.111 1.950 5.759 6.233 4.331 5.428 5.762 8.921 4.179 3.755 5.637 9.587 3.933 4.826 4.538 6.359 3.091 1.252 6037 chr2 40420666 40435814 + 0 NA intron (NM_001351488, intron 2 of 8) intron (NM_001351488, intron 2 of 8) 229204 NM_001112800 6546 Hs.31961 NM_021097 ENSG00000183023 SLC8A1 NCX1 solute carrier family 8 member A1 protein-coding 1.397 nan 1.378 0.100 0.149 0.128 0.056 0.232 0.200 0.019 0.114 0.043 0.012 0.019 0.200 0.300 0.154 0.064 0.133 0.013 0.038 0.019 0.165 0.241 0.135 0.005 0.024 0.639 0.090 0.007 0.090 nan 0.092 0.299 0.049 0.044 0.007 0.047 0.134 0.008 0.105 0.085 0.034 0.010 0.015 0.031 0.134 0.132 0.064 0.074 0.184 0.049 0.300 0.072 0.042 0.135 0.098 0.055 0.025 0.058 0.027 0.021 0.046 2.654 0.046 0.019 0.013 0.357 0.259 0.208 0.445 nan 0.445 0.687 0.289 0.261 0.200 0.752 1.189 0.421 0.367 0.418 0.162 0.091 0.179 0.076 0.148 2.240 7.540 nan 0.394 7342 chr22 25092007 25104007 + 0 NA Intergenic Intergenic -42893 NR_024593 646074 Hs.531306 NM_001025230 POM121L10P - POM121 transmembrane nucleoporin like 10, pseudogene pseudo 1.129 nan 1.261 0.067 0.777 2.047 0.066 0.260 0.433 0.024 0.070 0.104 0.035 0.043 0.919 0.235 0.116 0.053 0.105 0.016 0.016 0.034 0.104 0.091 0.432 0.035 0.054 0.242 0.091 0.037 0.066 nan 0.274 0.792 0.071 0.237 0.045 0.052 0.206 0.100 0.045 0.038 0.018 0.033 0.058 0.138 0.142 0.051 0.276 0.105 0.235 0.109 0.046 0.432 0.041 0.127 0.529 0.092 0.542 0.060 0.058 0.036 0.032 0.014 0.004 0.383 0.476 0.234 0.295 0.739 0.550 2.212 1.028 0.363 0.453 0.159 0.441 3.617 3.058 1.172 1.117 0.166 0.254 1.416 1.067 0.124 0.259 3.014 1.797 11013 chr8 65517570 65531941 + 0 NA intron (NM_004820, intron 4 of 5) L3|LINE|CR1 -30306 NR_152770 401463 Hs.651960 NR_015374 ENSG00000254102 LOC401463 - uncharacterized LOC401463 ncRNA 1.635 0.746 0.760 0.099 0.085 0.020 0.020 0.580 1.072 0.013 0.076 0.032 0.139 0.021 0.024 0.151 0.094 0.166 0.133 0.066 0.009 0.019 0.182 0.215 0.167 0.010 0.005 0.161 0.047 0.113 0.088 0.053 0.276 0.166 0.015 1.405 0.053 0.085 0.029 0.104 0.069 0.010 0.011 0.018 0.011 0.054 0.092 0.021 0.005 0.037 0.151 0.083 0.052 0.167 0.069 0.035 0.040 0.005 0.138 0.027 0.074 0.026 0.005 0.024 0.004 0.279 0.228 0.333 0.488 0.469 0.733 4.045 1.986 0.203 0.144 1.303 nan 0.097 0.121 nan 0.361 0.168 0.221 2.980 3.606 0.210 0.339 3.157 1.404 10625 chr7 116410437 116423215 + 0 NA intron (NM_000245, intron 15 of 20) intron (NM_000245, intron 15 of 20) -85737 NM_006136 830 Hs.446123 NM_006136 ENSG00000198898 CAPZA2 CAPPA2|CAPZ capping actin protein of muscle Z-line subunit alpha 2 protein-coding nan 0.636 0.940 2.926 0.198 0.071 2.819 0.037 0.224 0.340 0.972 2.195 0.092 0.079 0.118 0.280 1.459 0.202 2.404 1.533 4.715 0.011 0.222 0.175 0.151 1.161 0.737 0.154 3.771 2.032 0.403 1.033 1.795 0.462 1.349 0.120 0.030 0.144 0.187 1.992 0.074 4.083 0.349 0.220 2.093 1.993 1.192 0.445 1.301 0.347 2.279 2.277 0.280 1.419 0.395 0.151 0.517 2.051 0.023 0.462 0.024 1.622 0.094 0.098 1.124 0.464 0.395 0.447 0.306 0.738 1.623 0.168 0.232 0.205 0.131 0.471 0.398 0.257 0.450 0.311 0.446 0.351 0.154 0.193 0.347 0.292 0.300 0.136 0.277 0.950 0.946 8835 chr5 32310999 32314625 + 0 NA intron (NM_001040446, intron 1 of 15) CpG 302 NM_001040446 54545 Hs.481836 NM_019061 ENSG00000150712 MTMR12 3-PAP|PIP3AP myotubularin related protein 12 protein-coding 3.224 4.970 9.734 2.647 6.350 2.517 3.165 1.490 2.787 1.952 3.252 1.819 0.851 1.074 3.947 2.737 3.652 1.409 8.335 1.999 2.902 2.022 2.389 1.640 5.643 2.363 2.788 1.640 5.327 1.427 6.719 9.663 6.715 9.891 1.250 1.776 1.312 3.008 0.236 1.164 1.447 1.995 5.044 3.343 1.411 1.858 3.793 0.817 4.233 5.275 3.505 1.761 2.737 14.065 3.013 5.643 1.448 4.633 1.710 7.092 3.584 3.070 1.507 0.917 1.403 1.715 0.759 5.283 7.207 5.766 8.712 8.015 5.808 6.210 1.855 4.769 5.033 3.586 5.036 5.501 9.171 6.098 6.967 3.442 8.916 5.325 6.403 2.554 3.571 2.727 1.615 11352 chr8 142230372 142257039 + 0 NA intron (NM_001286646, intron 1 of 7) AluSz6|SINE|Alu -5032 NM_001286648 57210 Hs.372492 NM_001080431 ENSG00000022567 SLC45A4 - solute carrier family 45 member 4 protein-coding 1.379 1.104 nan 0.445 1.149 4.972 2.876 0.678 1.313 0.350 0.175 0.142 0.086 2.094 2.702 0.504 0.124 0.054 2.025 1.195 0.579 0.062 0.230 0.120 2.008 0.942 0.626 0.089 1.284 0.768 3.010 7.021 1.714 2.029 0.653 0.430 0.028 0.057 0.063 0.414 0.443 0.785 0.140 0.140 1.440 0.472 1.640 0.322 3.317 0.189 1.399 0.857 0.504 2.773 1.644 2.008 0.725 0.705 0.230 0.384 0.796 0.291 0.544 0.168 0.189 0.015 0.006 0.623 0.944 0.356 0.529 nan 2.385 nan 0.728 1.182 1.250 0.283 0.503 5.120 7.674 0.531 0.485 1.120 1.403 0.549 0.464 0.387 0.433 1.130 0.781 6753 chr2 237808758 237828487 + 0 NA Intergenic Intergenic 146188 NR_135202 93463 Hs.652810 NR_135202 ENSG00000124835 LOC93463 - uncharacterized LOC93463 ncRNA 1.152 nan 0.699 0.070 0.529 0.199 0.130 0.122 0.289 0.005 0.070 0.169 0.006 0.025 0.141 0.242 0.088 0.008 0.054 0.010 0.019 0.014 0.024 0.066 0.170 0.137 0.049 0.011 0.041 0.027 0.061 0.419 0.093 0.767 0.059 0.083 0.038 0.067 0.107 0.024 0.060 0.073 0.031 0.016 0.054 0.082 0.174 0.087 0.074 0.036 0.056 0.331 0.242 0.044 0.047 0.170 0.043 0.092 0.152 0.064 0.175 0.016 0.826 0.073 0.042 0.023 0.018 5.182 4.480 0.199 0.328 0.381 0.436 0.167 0.068 3.083 3.224 0.946 1.286 0.648 nan 1.280 0.779 1.424 1.289 0.083 0.131 0.248 0.546 0.281 0.321 10837 chr8 20358965 20374808 + 0 NA Intergenic Intergenic 105551 NR_145737 109616983 NR_145737 SNORD3F - small nucleolar RNA, C/D box 3F snoRNA nan 0.649 nan 0.028 0.027 0.063 0.031 0.224 0.249 0.020 0.034 0.011 0.019 0.051 0.176 0.033 0.102 0.027 0.016 0.009 0.099 0.072 0.024 0.009 0.013 0.005 0.027 0.007 0.015 0.084 0.026 0.110 0.061 0.030 0.045 0.108 0.013 0.035 0.064 0.015 0.015 0.035 0.029 0.067 0.071 0.041 0.009 0.010 0.013 0.176 0.006 0.018 0.024 0.044 0.021 0.043 0.029 0.032 0.020 0.025 0.206 0.014 0.004 0.006 0.591 0.640 0.127 0.169 nan 0.483 nan 0.316 0.096 0.122 0.194 0.322 0.220 0.231 0.450 0.186 0.150 0.176 0.170 0.246 0.354 0.530 nan nan 1755 chr11 1967186 1972927 + 0 NA promoter-TSS (NR_132974) promoter-TSS (NR_132974) -505 NR_132974 106635549 NR_132974 SNORD131 - small nucleolar RNA, C/D box 131 snoRNA 3.789 2.893 4.704 2.521 0.688 1.158 4.795 0.979 1.850 0.699 2.960 1.387 0.659 0.716 1.595 3.507 0.912 0.111 2.038 0.529 2.132 1.904 1.063 0.486 3.519 1.793 2.094 2.757 1.756 0.661 4.931 11.163 3.179 3.603 1.040 2.794 0.615 1.925 0.065 1.211 0.541 3.016 4.203 1.900 2.127 1.034 1.799 2.000 4.031 2.059 2.612 1.589 3.507 3.610 7.006 3.519 2.154 2.056 0.810 4.901 0.885 2.441 0.675 0.826 2.812 1.334 0.947 3.429 3.478 2.339 4.348 4.116 3.328 3.128 1.094 4.450 5.026 2.002 3.108 1.752 2.383 3.236 3.439 2.843 4.701 3.249 3.663 2.561 2.266 1.770 1.221 1138 chr1 220920072 220925990 + 0 NA intron (NM_017898, intron 1 of 7) AluSx|SINE|Alu 1443 NM_001331042 54996 Hs.369042 NM_017898 ENSG00000117791 MARC2 MOSC2 mitochondrial amidoxime reducing component 2 protein-coding 2.389 nan 2.207 0.896 1.101 0.321 0.873 0.843 1.925 0.329 0.331 0.748 0.168 0.034 0.135 1.045 0.635 0.109 0.466 0.289 0.117 0.235 0.499 0.487 1.394 2.377 1.942 0.760 0.665 0.768 0.613 1.338 1.051 1.785 0.049 1.400 0.065 0.824 0.129 0.180 0.802 0.425 0.744 0.449 0.811 0.162 1.040 0.840 1.807 0.048 5.230 1.216 1.045 0.770 1.394 0.825 0.685 0.032 0.400 0.588 0.214 0.469 0.251 0.307 0.311 0.077 2.336 2.702 3.463 5.770 2.458 nan 0.620 0.194 3.434 4.008 0.670 0.945 1.660 2.408 1.415 1.459 1.044 1.682 0.635 0.469 0.816 1.124 2.146 1.330 488 chr1 85753493 85766517 + 0 NA Intergenic Intergenic -17418 NM_001320715 8915 Hs.193516 NM_003921 ENSG00000142867 BCL10 CARMEN|CIPER|CLAP|IMD37|c-E10|mE10 B cell CLL/lymphoma 10 protein-coding 0.941 nan nan 2.862 0.229 0.282 3.747 0.173 0.259 0.337 0.795 2.274 0.052 0.085 0.157 0.343 0.831 0.135 3.013 2.032 1.094 0.043 0.097 0.064 0.267 1.334 0.840 0.249 4.466 3.459 1.164 3.450 0.898 0.801 1.930 0.112 0.007 0.067 0.117 0.842 0.128 2.392 0.374 0.245 4.940 5.524 2.639 0.417 0.488 1.642 0.225 2.619 0.343 4.249 5.708 0.267 0.472 0.268 0.045 0.406 0.063 1.791 0.030 0.104 0.945 0.702 0.508 0.284 0.251 0.614 1.940 0.597 0.596 0.989 0.282 0.259 0.298 0.339 0.571 1.273 1.304 0.367 0.158 0.189 0.189 0.152 0.186 0.263 0.559 0.874 0.655 1012 chr1 201499844 201542263 + 0 NA Intergenic Intergenic 32021 NR_026667 376693 Hs.605989 NR_026667 RPS10P7 RPS10_2_147 ribosomal protein S10 pseudogene 7 pseudo 1.904 1.608 1.360 0.659 0.544 0.554 0.494 1.319 2.403 0.092 1.025 1.512 0.044 0.179 0.701 1.141 0.546 0.164 0.272 0.282 0.138 0.044 0.585 0.323 1.388 0.799 0.347 0.162 0.237 0.199 0.129 0.485 0.123 1.534 0.477 0.150 0.305 0.143 0.119 0.669 0.451 0.339 0.357 0.237 0.173 0.170 0.565 1.486 0.402 0.623 0.504 0.504 1.141 0.141 0.447 1.388 0.088 0.145 0.436 0.243 0.939 0.239 0.464 0.126 0.784 0.747 0.604 1.359 2.106 1.563 2.092 3.104 2.445 4.337 1.412 nan nan 1.953 2.814 2.355 2.909 0.912 0.646 0.456 0.829 1.362 1.877 0.408 0.749 1.827 1.073 9350 chr5 173906467 173951273 + 0 NA intron (NR_125806, intron 2 of 5) intron (NR_125806, intron 2 of 5) 165513 NR_125806 101928176 Hs.436014 NR_125806 ENSG00000249306 LINC01411 - long intergenic non-protein coding RNA 1411 ncRNA 0.568 0.573 0.578 0.172 0.064 0.034 0.238 0.476 0.822 0.030 0.144 0.478 0.012 0.027 0.138 1.407 0.093 0.057 0.033 0.004 0.024 0.006 0.042 0.089 0.102 0.538 0.281 0.016 0.086 0.014 0.107 0.221 0.074 1.374 0.013 0.469 0.677 0.038 0.103 0.026 0.016 0.058 0.056 0.035 0.085 0.106 0.252 0.242 0.147 0.041 0.250 0.216 1.407 0.036 0.010 0.102 0.923 0.079 0.015 0.050 0.059 0.117 0.088 0.039 0.335 0.449 0.410 0.243 0.143 5.491 nan 0.313 0.362 0.075 0.041 0.051 0.062 0.472 nan 0.414 0.423 0.177 0.074 0.222 0.304 2.034 2.349 0.088 0.215 0.180 0.185 1032 chr1 203456280 203469117 + 0 NA promoter-TSS (NM_014359) promoter-TSS (NM_014359) -573 NM_014359 26254 Hs.632468 NM_014359 ENSG00000188770 OPTC OPT opticin protein-coding 2.309 1.082 7.237 0.164 0.131 0.030 0.250 0.243 0.680 0.045 0.250 0.196 0.064 0.618 0.872 0.221 0.135 0.135 0.134 0.069 0.039 0.466 0.230 0.816 0.232 0.102 0.271 0.402 0.098 0.475 0.795 0.172 0.863 0.091 0.114 0.553 0.126 0.076 0.156 0.180 0.416 0.261 0.145 0.212 0.090 0.166 0.241 0.328 0.215 0.274 0.204 0.872 0.155 0.228 0.816 0.161 0.116 1.022 0.500 0.040 0.147 0.177 0.433 0.220 0.099 0.045 0.824 1.413 0.717 0.938 1.344 1.562 2.363 0.821 nan nan 2.739 3.435 0.331 0.583 2.681 2.739 0.357 0.550 1.313 0.842 0.670 1.919 1.902 1.110 6701 chr2 231567364 231605609 + 0 NA intron (NM_001130849, intron 1 of 8) intron (NM_001130849, intron 1 of 8) 8223 NM_001130849 51719 Hs.603930 NM_016289 ENSG00000135932 CAB39 CGI-66|MO25 calcium binding protein 39 protein-coding 1.023 nan 1.152 1.100 0.270 0.092 2.057 0.265 0.423 0.444 0.561 0.438 1.568 0.099 0.144 0.420 0.174 0.084 2.156 0.798 0.336 0.101 0.225 0.193 0.392 1.198 0.886 0.261 1.426 0.633 1.399 2.536 1.852 0.908 0.821 0.277 0.030 0.258 0.160 0.491 0.143 1.150 0.377 0.221 0.636 1.077 0.909 0.439 0.505 0.617 0.475 1.051 0.420 1.766 0.826 0.392 0.166 1.927 0.043 0.530 0.194 0.594 0.127 0.140 0.511 0.253 0.186 0.698 0.715 0.881 1.374 0.644 0.624 0.506 0.185 0.905 0.920 0.469 0.769 1.079 nan 0.696 0.597 0.466 0.895 0.149 0.178 0.656 0.824 0.404 0.364 4071 chr15 74709890 74730958 + 0 NA intron (NM_001146029, intron 1 of 12) intron (NM_001146029, intron 1 of 12) 5621 NM_001146030 8482 Hs.24640 NM_003612 ENSG00000138623 SEMA7A CD108|CDw108|H-SEMA-K1|H-Sema-L|JMH|SEMAK1|SEMAL semaphorin 7A (John Milton Hagen blood group) protein-coding 0.931 0.632 0.723 4.636 0.130 0.021 2.083 0.281 0.362 0.751 0.736 0.652 0.053 0.037 0.193 0.298 0.146 0.100 1.118 0.482 0.662 0.144 0.179 0.131 0.200 0.729 0.383 0.577 1.421 0.960 0.322 0.717 0.196 0.523 0.787 0.130 0.031 0.196 0.077 0.224 0.102 1.524 0.315 0.232 1.139 0.266 0.788 2.939 0.201 0.556 0.104 0.288 0.298 1.481 0.222 0.200 0.157 0.859 0.119 0.518 0.155 0.674 0.320 0.340 2.145 1.493 0.783 1.418 2.741 0.469 0.706 0.477 0.415 0.523 0.252 0.320 0.315 0.207 0.442 0.286 0.377 0.816 0.639 0.896 1.221 0.088 0.075 0.685 1.125 0.300 0.274 6584 chr2 201932280 201938205 + 0 NA intron (NM_001321622, intron 1 of 12) AluSp|SINE|Alu 1109 NM_001321622 285172 Hs.24701 NM_173822 ENSG00000155744 FAM126B HYCC2 family with sequence similarity 126 member B protein-coding 2.917 nan 2.417 2.820 3.353 1.592 2.142 1.221 2.647 0.646 1.885 1.493 0.511 0.855 1.097 1.576 1.493 0.109 2.448 0.894 7.321 1.053 0.980 0.909 2.283 1.575 1.633 0.678 2.196 1.045 3.138 3.121 2.380 4.707 1.285 1.865 0.228 1.278 0.100 1.132 0.938 2.312 1.661 0.957 1.315 1.149 2.391 1.228 1.058 1.591 1.068 1.010 1.576 1.661 2.847 2.283 0.473 0.862 0.899 1.316 0.924 1.377 1.397 1.103 1.827 1.225 0.920 3.596 2.452 5.451 7.687 3.536 3.423 4.015 1.337 9.480 10.747 2.249 3.123 3.343 4.921 5.332 4.134 2.959 5.073 1.957 2.638 3.502 4.928 1.751 0.930 8474 chr4 90720093 90725873 + 0 NA intron (NM_000345, intron 4 of 5) intron (NM_000345, intron 4 of 5) -34569 NR_045481 644248 Hs.553954 NR_045481 ENSG00000247775 SNCA-AS1 - SNCA antisense RNA 1 ncRNA 0.745 0.736 0.650 0.484 0.210 0.059 0.012 0.222 0.384 0.049 0.079 1.801 0.022 0.017 0.140 0.145 0.678 0.091 0.022 0.028 0.056 0.125 0.041 0.012 0.039 0.035 0.036 0.017 0.077 0.079 0.212 0.100 6.974 0.066 0.039 0.085 0.020 0.055 0.063 0.032 0.014 0.019 0.052 0.050 0.103 0.028 0.049 0.022 0.145 0.099 0.004 0.041 0.105 1.011 0.033 0.050 0.082 0.040 0.718 0.064 0.027 0.505 1.358 1.444 1.634 9.374 6.196 0.303 0.294 0.156 0.067 4.008 3.667 0.466 0.813 0.404 0.348 0.361 0.177 1.332 2.289 0.138 0.099 0.183 0.552 0.371 0.420 3855 chr14 106156429 106169359 + 0 NA Intergenic Intergenic -23750 NR_046211 2003 Hs.744419 NR_046211 ELK2AP ELK2|ELK2.1|ELK2P1 ELK2A, member of ETS oncogene family, pseudogene pseudo 3.199 1.578 2.368 0.083 0.096 15.830 0.022 0.099 0.282 0.036 0.042 0.057 0.030 0.577 0.076 0.884 0.076 0.038 0.049 0.015 0.127 0.121 0.122 0.117 0.108 0.038 0.073 0.017 0.063 0.025 0.411 1.855 0.241 0.430 0.068 0.158 0.728 0.134 0.091 0.019 0.056 0.071 0.056 0.048 0.021 0.136 0.091 0.195 0.237 0.066 0.037 0.394 0.884 0.067 0.059 0.108 0.415 0.284 2.971 0.121 0.219 0.245 0.605 0.009 0.055 0.022 0.016 1.343 1.171 0.227 0.291 0.409 0.430 0.489 0.136 0.138 0.167 0.569 0.952 0.201 0.189 2.206 2.519 1.192 1.647 1.457 1.807 0.098 0.140 0.134 0.116 342 chr1 44488810 44499573 + 0 NA intron (NM_001024845, intron 1 of 13) AluSq2|SINE|Alu 2604 NM_001328629 6536 Hs.442590 NM_006934 ENSG00000196517 SLC6A9 GCENSG|GLYT1 solute carrier family 6 member 9 protein-coding nan 1.218 5.140 1.677 1.215 0.646 2.902 0.804 1.350 1.000 1.528 0.971 0.259 0.550 2.097 1.470 1.113 0.135 3.178 1.548 1.188 1.197 1.123 0.351 3.013 1.458 0.928 1.352 2.689 0.784 1.436 3.854 1.522 2.638 1.345 0.764 0.139 2.692 0.137 0.240 1.377 1.641 0.728 0.390 2.391 2.682 3.056 0.788 1.496 1.353 0.830 2.097 1.470 3.250 2.543 3.013 1.434 4.604 0.678 2.674 0.729 1.327 1.129 1.009 0.728 0.955 0.518 2.648 3.861 1.159 1.693 2.656 2.464 1.763 0.679 2.005 1.938 1.070 nan nan 11.034 1.603 1.764 3.013 nan 0.850 0.795 1.394 3.520 1.400 0.849 11612 chr9 86115398 86128346 + 0 NA intron (NM_001244959, intron 1 of 14) Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger 31476 NM_001244959 257019 Hs.127535 NM_174938 ENSG00000172159 FRMD3 4.1O|EPB41L4O|EPB41LO|P410 FERM domain containing 3 protein-coding 1.128 0.967 1.276 0.088 2.637 1.177 0.462 0.348 0.727 0.007 0.075 0.178 0.005 0.039 1.973 0.218 0.334 0.199 0.255 0.074 0.024 0.032 0.363 0.212 0.500 0.453 0.222 0.045 0.100 0.402 0.055 0.384 0.054 0.332 0.090 0.063 0.067 0.108 0.053 0.203 0.450 0.092 0.058 0.048 0.110 0.072 0.119 0.109 0.311 0.237 0.030 0.231 0.218 0.126 0.050 0.500 0.112 0.115 0.551 0.032 0.357 0.074 0.030 0.828 0.129 0.018 0.016 0.316 0.153 0.197 0.245 1.525 1.745 1.347 0.368 0.303 0.260 0.697 0.894 8.429 6.412 0.709 0.647 0.030 0.187 0.374 0.293 0.600 2.047 2.323 1.294 4943 chr17 68648782 68666892 + 0 NA Intergenic Intergenic 492161 NM_000891 3759 Hs.1547 NM_000891 ENSG00000123700 KCNJ2 ATFB9|HHBIRK1|HHIRK1|IRK1|KIR2.1|LQT7|SQT3 potassium voltage-gated channel subfamily J member 2 protein-coding 0.996 nan 0.763 0.064 0.274 0.040 0.031 0.186 0.324 0.011 0.105 0.071 0.015 0.106 0.128 0.614 0.146 0.141 0.115 0.053 0.052 1.259 0.638 0.560 0.008 0.020 0.079 0.018 0.117 0.117 0.082 0.628 0.040 0.074 0.539 0.030 0.080 0.026 0.101 0.101 0.023 0.013 0.036 0.034 0.080 0.099 0.149 0.040 0.400 0.052 0.614 0.039 0.015 0.560 0.054 0.064 0.061 0.054 0.033 0.031 0.105 0.065 0.004 0.019 0.011 1.060 1.513 0.255 0.248 0.376 0.425 2.195 0.730 0.237 0.240 1.190 nan 1.407 1.326 0.491 0.235 0.175 0.396 3.956 2.764 0.143 0.251 0.949 0.542 7588 chr3 48594555 48605450 + 0 NA 3' UTR (NM_033199, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_033199, exon 2 of 2) 1199 NM_033199 90226 Hs.631914 NM_033199 ENSG00000145040 UCN2 SRP|UCN-II|UCNI|UR|URP urocortin 2 protein-coding 1.657 nan nan 0.849 0.527 0.412 2.214 0.352 0.610 0.525 4.059 2.343 0.466 0.177 0.498 0.610 0.358 0.089 1.935 0.678 0.708 0.179 0.373 0.243 0.208 0.386 0.267 0.163 0.635 0.715 0.831 3.036 0.270 1.384 2.846 0.784 0.149 0.344 0.066 1.922 0.284 2.484 0.776 0.384 0.677 0.196 0.363 11.756 0.960 1.189 0.253 0.452 0.610 1.160 1.249 0.208 0.303 0.125 0.319 1.049 1.716 2.681 0.358 0.760 2.664 1.363 1.413 1.027 1.964 0.730 1.090 1.660 1.543 1.849 0.568 0.681 0.645 0.646 0.884 1.177 1.725 1.752 2.441 0.596 0.835 0.654 0.920 1.016 2.334 1.071 0.631 11701 chr9 111518858 111530454 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 93619 NM_006686 10880 Hs.534390 NM_006686 ENSG00000148156 ACTL7B Tact1 actin like 7B protein-coding 0.888 0.983 nan 0.075 1.181 0.159 0.116 0.125 0.338 0.017 0.100 0.095 0.051 0.399 0.243 0.162 0.069 0.172 0.131 0.016 0.012 0.350 0.274 0.968 0.048 0.019 0.096 0.124 0.082 0.118 nan 0.136 0.941 0.127 0.111 0.090 0.047 0.058 0.062 0.327 0.151 0.041 0.033 0.038 0.100 0.118 0.215 0.105 0.062 0.040 0.069 0.243 0.146 0.020 0.968 0.116 0.506 0.127 0.071 0.104 0.039 0.085 0.086 0.046 0.040 0.035 0.248 0.245 0.421 0.783 1.276 0.994 6.535 2.384 1.490 1.574 0.142 0.207 2.098 nan 0.690 0.431 0.212 0.252 1.457 0.937 0.279 0.676 nan 1.052 11277 chr8 127510668 127523307 + 0 NA Intergenic Intergenic 53724 NM_174911 157638 Hs.741352 NM_174911 ENSG00000168672 FAM84B BCMP101|NSE2 family with sequence similarity 84 member B protein-coding nan nan nan 3.194 0.640 0.048 4.737 0.179 0.387 0.722 0.198 0.072 0.050 0.087 0.125 0.806 0.201 0.063 3.076 1.934 0.164 0.087 0.078 1.802 2.638 1.745 0.046 2.664 3.587 0.841 2.969 1.556 nan 3.124 0.098 0.035 0.043 0.084 4.146 0.082 1.618 0.396 0.258 2.623 6.059 1.673 0.626 0.061 0.107 0.728 5.166 0.806 6.509 3.032 1.802 0.786 0.877 0.015 0.193 0.048 1.066 0.016 0.166 0.078 0.005 0.012 0.257 0.166 0.354 1.068 2.329 2.788 1.108 0.386 nan nan 4.955 8.153 1.630 1.426 35.801 20.721 0.157 0.202 0.172 0.247 0.239 0.633 1.010 0.807 8928 chr5 57071257 57087859 + 0 NA Intergenic Intergenic 115431 NR_109900 101928539 Hs.639385 NR_109900 ENSG00000249584 LINC02225 - long intergenic non-protein coding RNA 2225 ncRNA nan nan 0.732 0.213 0.049 0.023 0.730 0.174 0.229 0.436 0.201 1.342 0.034 0.786 0.102 0.184 1.042 0.171 0.198 0.137 0.040 0.017 0.057 0.094 0.029 0.713 0.271 0.073 0.187 0.955 0.098 0.297 0.586 0.392 0.716 0.214 0.006 4.338 0.183 0.209 0.043 0.327 0.250 0.253 0.269 0.083 0.498 2.246 0.426 0.114 0.174 0.156 0.184 0.103 0.145 0.029 0.221 1.000 0.035 0.080 0.018 0.208 0.018 0.430 0.204 0.097 0.049 0.205 0.117 0.606 2.314 0.136 0.210 nan 0.092 0.127 0.169 0.313 0.423 0.170 0.186 nan 0.171 0.060 0.129 0.101 0.145 0.409 1.094 0.310 0.441 2883 chr12 97603879 97624391 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -242419 NR_152618 196475 Hs.652568 NR_024037 ENSG00000255794 RMST LINC00054|NCRMS|NCRNA00054 rhabdomyosarcoma 2 associated transcript (non-protein coding) ncRNA 0.748 0.751 0.558 0.039 0.994 1.654 0.031 1.268 2.286 0.024 0.083 0.049 0.015 0.102 1.066 0.356 0.160 0.174 0.039 0.037 0.028 0.007 0.916 0.610 2.293 0.010 0.034 0.021 0.040 0.005 0.066 0.069 0.048 nan 0.014 0.079 0.135 0.042 0.129 0.006 0.046 0.063 0.026 0.026 0.027 0.023 0.061 0.109 0.064 0.038 0.008 0.066 0.356 0.038 0.027 2.293 0.036 0.068 0.149 0.017 0.277 0.015 0.029 0.092 0.007 0.017 0.020 0.307 0.238 1.717 0.534 1.885 2.287 2.970 1.046 0.269 0.283 0.876 nan 2.921 nan 0.325 0.170 0.113 0.162 0.560 0.508 0.195 0.370 2.568 1.190 10799 chr8 8142691 8156910 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 63708 NR_024363 286042 Hs.656318 NR_024361 ENSG00000173295 FAM86B3P - family with sequence similarity 86, member A pseudogene pseudo 0.565 0.784 0.546 1.302 0.049 0.051 3.748 0.045 0.182 0.877 1.417 3.171 0.026 0.407 0.101 0.360 0.282 0.068 1.167 0.906 0.369 0.066 0.076 0.116 1.605 1.204 0.093 1.469 1.853 1.732 3.213 0.363 0.168 1.803 0.188 0.041 0.061 0.137 0.725 0.044 2.202 0.640 0.224 1.131 0.932 1.608 4.299 2.996 0.640 2.736 1.805 0.360 1.561 1.213 0.116 2.157 0.459 0.027 0.205 0.792 1.965 0.216 0.069 2.237 0.725 0.722 0.771 0.986 0.471 1.065 0.535 0.534 0.781 0.274 0.609 0.617 0.278 0.483 0.325 0.324 nan 0.131 0.490 0.306 0.221 0.562 0.082 0.194 0.286 0.423 2540 chr12 24607781 24664869 + 0 NA intron (NM_152989, intron 1 of 17) intron (NM_152989, intron 1 of 17) 79199 NM_152989 6660 Hs.434948 NM_006940 ENSG00000134532 SOX5 L-SOX5|L-SOX5B|L-SOX5F|LAMSHF SRY-box 5 protein-coding nan nan nan 0.051 0.234 0.019 0.296 0.442 0.928 0.008 0.032 0.056 0.024 0.030 0.094 0.161 0.052 0.031 0.204 0.083 0.024 0.002 0.126 0.160 0.319 0.005 0.009 0.008 0.151 0.028 0.071 0.270 0.089 0.335 1.008 0.052 0.094 2.277 0.164 0.044 0.123 0.085 0.023 0.012 0.034 0.058 0.057 0.321 0.036 0.099 0.012 0.014 0.161 0.179 0.028 0.319 0.067 0.030 0.008 0.044 0.038 0.035 0.109 0.174 0.072 0.015 0.016 0.319 0.227 0.231 0.418 0.481 0.626 0.161 0.084 0.400 0.370 0.207 0.340 0.277 0.343 0.362 0.151 0.195 0.325 0.509 0.722 0.704 1.581 0.449 0.375 8622 chr4 167008438 167019707 + 0 NA intron (NM_012464, intron 19 of 20) MIR3|SINE|MIR 219662 NM_001204760 7092 Hs.106513 NM_012464 ENSG00000038295 TLL1 ASD6|TLL tolloid like 1 protein-coding nan nan nan 0.160 0.086 0.020 0.119 0.113 0.376 0.051 0.104 0.048 0.011 0.009 0.047 0.126 0.187 0.057 0.056 0.017 0.023 0.037 0.292 0.258 0.201 0.036 0.012 0.013 0.084 0.065 0.057 0.163 0.075 0.203 0.052 0.053 0.060 0.030 0.047 0.011 0.064 0.041 0.027 0.004 0.068 0.021 0.111 0.062 0.036 0.035 0.030 0.126 0.038 0.016 0.201 0.077 0.146 0.018 0.045 0.028 0.051 0.076 0.054 0.005 0.207 0.167 10.267 12.997 0.136 0.217 1.044 0.406 0.272 0.298 0.257 0.380 0.414 0.353 0.300 0.134 0.155 0.281 0.371 0.365 0.182 0.252 0.820 0.348 3793 chr14 99732075 99741792 + 0 NA intron (NM_138576, intron 1 of 3) CpG 1117 NM_022898 64919 Hs.709690 NM_022898 ENSG00000127152 BCL11B ATL1|ATL1-alpha|ATL1-beta|ATL1-delta|ATL1-gamma|CTIP-2|CTIP2|IMD49|RIT1|ZNF856B|hRIT1-alpha B cell CLL/lymphoma 11B protein-coding 1.037 0.629 0.719 0.267 0.415 5.081 0.499 2.613 5.380 0.089 0.047 0.172 0.122 0.094 0.686 6.049 0.131 0.033 0.055 0.019 0.059 0.185 0.080 0.196 6.347 0.590 0.305 0.093 0.538 0.313 1.861 2.617 0.407 12.826 0.046 0.156 0.030 0.196 0.068 0.315 5.659 0.095 0.305 0.322 0.021 0.086 0.036 0.181 2.270 0.665 0.041 0.463 6.049 0.014 0.353 6.347 0.226 0.238 2.657 3.650 0.021 0.062 2.785 2.402 3.531 0.089 0.044 2.510 3.578 0.067 0.111 14.344 10.945 0.385 0.141 2.652 2.499 3.386 4.639 4.698 6.288 3.429 4.166 2.082 5.319 0.109 0.192 4.404 6.166 0.252 0.251 2284 chr11 115826107 115847879 + 0 NA Intergenic Intergenic -206075 NR_034148 283143 Hs.130499 NR_034148 LINC00900 - long intergenic non-protein coding RNA 900 ncRNA 0.894 0.779 0.895 0.050 1.006 1.195 0.053 1.282 2.171 0.013 0.219 0.072 0.020 0.574 0.297 0.646 0.036 0.073 0.049 0.026 0.023 0.038 1.667 0.971 4.276 0.219 0.140 0.021 0.066 0.015 0.096 0.804 0.075 2.369 0.007 0.045 0.184 0.045 0.099 0.038 2.595 0.140 0.036 0.022 0.332 0.137 0.109 0.206 0.056 0.049 0.015 0.061 0.646 0.046 0.030 4.276 0.101 0.065 0.713 0.037 1.037 0.040 0.668 1.028 0.088 0.022 0.009 0.783 nan 0.222 0.333 0.879 0.886 3.854 0.992 0.149 0.104 1.312 nan 4.551 3.212 0.717 0.387 1.213 1.575 1.016 1.029 1.171 2.650 2.052 1.010 5830 chr19 58304011 58318356 + 0 NA Intergenic HERVIP10F-int|LTR|ERV1 15098 NM_024762 79818 Hs.560727 NM_024762 ENSG00000178935 ZNF552 - zinc finger protein 552 protein-coding 0.801 2.625 0.630 0.391 0.251 0.485 0.759 0.290 0.332 0.746 0.139 0.861 1.424 0.062 0.136 0.098 0.119 0.145 2.174 0.676 0.070 0.038 0.120 0.137 0.436 0.866 0.657 0.076 1.029 0.736 1.528 3.321 5.718 0.299 0.570 0.070 0.034 0.651 0.140 0.379 0.133 0.183 0.160 0.076 0.707 2.032 1.098 0.517 0.068 0.283 0.082 0.037 0.098 2.282 0.244 0.436 0.392 0.052 0.019 0.056 0.029 1.154 0.075 0.053 0.947 0.060 0.018 0.517 0.601 1.383 2.812 0.392 0.394 0.642 0.193 0.260 0.207 0.164 0.315 0.467 0.499 0.567 0.277 0.216 0.392 0.207 0.254 0.263 0.442 0.923 0.589 8677 chr4 187759666 187768277 + 0 NA Intergenic L1PA4|LINE|L1 -118984 NM_005245 2195 Hs.481371 NM_005245 ENSG00000083857 FAT1 CDHF7|CDHR8|FAT|ME5|hFat1 FAT atypical cadherin 1 protein-coding nan 0.517 nan 4.435 0.031 0.013 1.233 0.119 0.072 0.419 0.377 1.909 0.029 0.024 0.104 0.235 0.113 0.038 2.174 1.027 0.029 0.037 0.086 0.083 3.975 4.432 0.077 0.585 1.054 0.315 0.753 0.131 0.319 0.610 2.478 0.010 0.026 0.063 0.288 0.074 0.161 0.561 0.416 1.310 2.831 0.090 5.100 0.785 1.381 0.064 0.334 0.235 1.062 0.243 0.083 0.695 0.067 0.195 0.307 0.228 0.023 0.043 0.399 3.772 4.204 0.304 0.187 0.363 0.992 0.151 0.315 0.083 0.028 0.173 0.125 0.073 0.171 0.178 0.155 0.269 0.154 0.085 0.189 0.121 0.093 0.104 0.178 0.042 0.091 64 chr1 8848302 8851917 + 0 NA intron (NM_001042681, intron 1 of 22) intron (NM_001042681, intron 1 of 22) 27590 NM_012102 473 Hs.463041 NM_012102 ENSG00000142599 RERE ARG|ARP|ATN1L|DNB1|NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein-coding 1.155 nan 2.347 0.338 2.862 0.091 0.257 0.132 0.382 1.448 0.048 0.205 9.242 0.137 0.198 0.134 0.309 0.090 0.205 0.082 0.038 0.043 0.295 0.264 0.038 0.039 0.034 0.037 0.028 0.845 nan 2.191 0.622 0.446 0.105 0.027 0.160 0.169 0.197 0.153 0.043 0.061 0.127 0.187 0.196 0.158 0.100 0.141 0.134 1.756 0.177 0.264 0.068 2.312 0.026 0.080 0.085 0.131 0.057 0.171 0.066 0.395 0.361 0.398 0.936 0.644 1.067 0.322 0.145 0.548 0.576 0.689 nan nan 3.284 nan 0.409 0.272 0.456 0.142 0.167 0.715 1.364 0.724 0.690 10170 chr7 12472305 12479541 + 0 NA Intergenic Intergenic -32356 NR_144534 221806 Hs.669526 NM_001135924 ENSG00000146530 VWDE - von Willebrand factor D and EGF domains protein-coding nan 1.207 nan 0.419 0.287 0.027 0.079 1.796 3.782 0.066 0.119 0.292 0.008 0.097 0.123 0.089 0.128 0.111 0.239 0.236 0.043 0.025 1.432 0.603 2.660 0.250 0.065 0.010 0.576 0.073 0.134 0.169 0.198 0.730 0.020 0.105 0.118 0.165 0.123 0.384 0.051 0.343 0.031 0.239 0.124 0.045 0.038 0.022 0.400 0.089 0.066 0.013 2.660 0.243 0.011 0.027 0.057 0.872 0.044 0.109 0.042 0.032 0.014 nan 0.606 0.351 0.390 6.244 5.899 5.121 1.562 0.726 0.730 1.745 2.041 0.543 0.449 0.343 0.196 0.199 0.390 1.284 1.405 0.229 0.331 5.068 2.447 4085 chr15 76725393 76733633 + 0 NA intron (NR_148227, intron 25 of 32) HAL1|LINE|L1 100448 NM_145805 64843 Hs.444677 NM_145805 ENSG00000159556 ISL2 - ISL LIM homeobox 2 protein-coding 0.625 0.902 0.866 0.609 0.046 0.041 0.069 0.136 0.218 0.192 0.104 0.034 3.312 0.024 0.075 0.156 0.300 0.135 0.064 0.115 0.076 0.049 0.131 0.034 0.042 0.604 0.125 0.128 0.071 0.171 0.182 0.356 0.071 0.077 0.023 0.203 0.098 0.014 0.045 0.101 0.632 0.335 0.066 0.055 0.350 0.157 0.093 0.086 0.029 0.133 0.156 0.111 0.053 0.131 0.147 0.157 0.121 0.012 0.039 0.048 0.226 0.009 0.063 0.043 0.241 0.246 0.254 0.526 0.244 0.273 0.316 0.139 0.146 0.162 0.359 0.598 0.215 0.208 0.685 0.322 0.204 0.369 0.142 0.124 0.329 0.767 0.391 0.340 5590 chr19 28777559 28817319 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -300156 NR_135636 102724908 NR_135636 ENSG00000266976 LOC102724908 - uncharacterized LOC102724908 ncRNA nan 0.633 0.770 0.027 0.064 0.084 0.038 0.197 0.430 0.048 0.097 0.061 0.023 0.046 0.076 0.129 0.069 0.114 0.066 0.009 0.022 0.007 0.032 0.079 1.282 0.002 0.021 0.017 0.071 0.011 0.061 0.053 0.062 6.184 0.023 0.026 0.015 0.060 0.089 0.006 0.020 0.081 0.032 0.018 0.017 0.019 0.085 0.140 0.072 0.066 0.015 0.010 0.129 0.047 0.009 1.282 0.019 0.078 0.182 0.054 0.491 0.022 0.384 0.164 0.096 0.016 0.010 0.293 0.328 0.617 1.150 0.175 0.216 0.139 0.081 0.102 0.095 0.163 0.301 0.110 0.150 0.297 0.086 0.324 0.561 0.059 0.085 0.133 0.188 1.541 1.079 11920 chrX 13669526 13690261 + 0 NA intron (NM_001297563, intron 4 of 4) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 8583 NM_152634 170082 Hs.222855 NM_152634 ENSG00000176896 TCEANC - transcription elongation factor A N-terminal and central domain containing protein-coding 0.952 nan 0.804 0.382 0.677 0.201 0.346 0.209 0.321 0.495 0.604 1.485 0.840 0.072 0.296 0.314 2.052 0.295 0.725 0.356 3.549 0.226 0.235 0.213 0.468 0.378 0.305 0.157 0.430 0.293 0.223 0.654 0.386 2.139 0.423 1.037 0.069 0.377 0.054 0.240 0.313 0.866 0.437 0.273 0.317 0.486 0.861 0.443 0.624 0.684 0.384 1.270 0.314 1.479 0.496 0.468 0.189 0.715 0.132 0.334 0.218 0.603 0.363 0.238 0.239 0.357 0.290 0.256 0.254 1.514 3.562 0.949 0.850 0.884 0.405 2.175 2.304 0.760 0.925 1.332 1.607 1.076 0.711 0.593 0.733 0.340 0.443 0.618 1.010 0.597 0.346 45 chr1 6256045 6270425 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 2605 NR_125997 102724450 Hs.669107 NR_125997 ENSG00000226944 LOC102724450 - uncharacterized LOC102724450 ncRNA 2.605 nan 1.834 2.263 0.378 1.380 2.239 0.747 1.733 1.501 1.771 1.914 1.216 1.609 0.878 0.726 0.967 0.180 2.252 0.810 3.512 0.937 0.640 0.355 0.827 1.150 1.367 1.818 2.362 0.803 2.153 nan 1.394 2.979 1.464 2.638 0.212 3.914 0.212 0.762 0.408 2.486 2.307 1.170 1.532 0.626 1.886 1.523 2.361 2.302 1.787 1.836 0.726 1.710 3.639 0.827 1.217 2.305 0.472 4.342 1.308 1.572 0.703 1.765 0.933 0.905 0.849 2.424 2.049 1.648 2.202 2.722 3.570 2.288 0.983 4.372 4.361 1.905 nan nan 9.211 nan 3.378 1.996 2.903 1.061 1.094 3.508 4.859 1.758 0.822 5124 chr18 3698900 3734013 + 0 NA intron (NM_001308390, intron 4 of 10) AluJr|SINE|Alu 112721 NR_119377 84777 Hs.659053 NM_032691 DLGAP1-AS2 - DLGAP1 antisense RNA 2 ncRNA 0.980 1.285 0.983 0.112 0.573 4.701 0.059 0.390 0.791 0.011 0.106 0.099 0.016 0.394 2.431 0.303 0.134 0.090 0.096 0.011 0.108 0.059 0.698 0.294 9.160 0.059 0.029 0.118 0.126 0.015 0.144 0.846 0.200 nan 0.046 0.228 0.297 0.430 0.151 0.034 0.246 0.280 0.050 0.040 0.043 0.154 0.143 0.143 0.492 0.117 0.155 0.349 0.303 0.088 0.055 9.160 0.109 0.454 0.113 0.671 0.095 0.050 0.166 0.156 0.076 0.010 0.013 0.433 0.356 0.279 0.409 3.388 4.405 nan 0.529 0.518 0.577 0.505 nan 2.739 2.427 nan 0.486 0.192 0.334 2.023 1.576 0.213 nan nan 0.602 4172 chr16 754359 761631 + 0 NA Intergenic Intergenic -2170 NM_153350 146330 Hs.513244 NM_153350 ENSG00000127585 FBXL16 C16orf22|Fbl16|c380A1.1 F-box and leucine rich repeat protein 16 protein-coding 4.046 nan 1.329 0.060 1.470 3.028 0.517 0.761 1.727 0.110 1.461 0.079 0.726 5.798 6.767 0.048 0.086 0.099 0.076 0.612 0.241 2.626 0.144 0.067 0.439 0.102 0.015 0.518 0.674 0.057 5.175 0.081 0.098 1.522 0.840 0.033 0.035 0.677 0.101 0.316 0.193 0.032 0.064 0.321 0.055 0.320 0.859 0.731 0.344 6.767 0.275 0.219 2.626 0.033 0.854 2.009 0.782 1.333 0.306 0.790 0.239 0.556 0.247 2.620 4.237 0.091 0.149 4.000 3.503 6.792 2.791 0.265 0.241 1.302 nan 0.656 1.126 3.228 3.791 0.735 1.678 4.368 3.799 1.409 1.726 0.961 0.613 4426 chr16 69425267 69460826 + 0 NA Intergenic Intergenic -15452 NM_030579 80777 Hs.461131 NM_030579 ENSG00000103018 CYB5B CYB5-M|CYPB5M|OMB5 cytochrome b5 type B protein-coding nan nan 0.797 0.433 0.440 0.139 0.315 0.229 0.603 0.255 0.721 1.660 0.046 0.735 0.195 0.489 0.683 0.160 0.595 0.194 5.299 0.242 0.155 0.120 0.285 0.517 0.301 0.379 0.388 0.163 0.168 0.389 0.470 0.584 0.206 0.898 0.062 1.383 0.122 0.179 0.120 0.574 0.424 0.286 0.153 0.232 1.466 0.366 4.964 0.606 3.293 1.276 0.489 0.542 0.572 0.285 0.716 0.181 0.115 0.755 0.553 0.463 0.184 0.216 0.218 1.653 2.598 0.413 0.442 0.500 0.821 0.634 0.690 0.774 0.321 0.836 0.938 0.605 nan 0.785 0.935 1.157 0.779 0.282 0.449 0.260 0.306 0.541 1.037 1.091 0.629 5334 chr18 48083989 48118785 + 0 NA intron (NM_001292039, intron 1 of 4) MLT1A1|LTR|ERVL-MaLR 14903 NM_001292040 5596 Hs.433728 NM_002747 ENSG00000141639 MAPK4 ERK-4|ERK4|PRKM4|p63-MAPK|p63MAPK mitogen-activated protein kinase 4 protein-coding nan 1.203 1.358 0.068 0.452 1.666 0.024 0.250 0.643 0.011 0.078 0.037 0.039 0.043 0.493 1.645 0.048 0.046 0.027 0.018 0.012 0.245 0.110 0.745 0.012 0.023 0.021 0.035 0.006 0.067 0.085 0.076 1.651 0.025 0.043 0.464 0.069 0.072 0.007 0.131 0.066 0.066 0.067 0.012 0.031 0.080 0.077 0.157 0.043 0.497 0.655 1.645 0.016 0.005 0.745 0.060 0.306 0.344 0.214 0.023 0.014 0.174 0.149 0.011 0.015 0.007 1.218 1.126 0.645 0.853 1.516 1.423 7.985 2.283 0.322 0.308 0.166 0.270 0.779 0.975 0.762 0.639 0.514 0.681 2.491 1.795 0.404 nan 2.377 1.680 6346 chr2 127818006 127823938 + 0 NA intron (NM_001320633, intron 9 of 14) intron (NM_001320633, intron 9 of 14) 18669 NM_001320634 274 Hs.193163 NM_004305 ENSG00000136717 BIN1 AMPH2|AMPHL|CNM2|SH3P9 bridging integrator 1 protein-coding 2.814 nan nan 1.272 0.283 0.019 3.124 0.170 0.220 1.190 1.974 1.539 0.084 0.223 0.165 1.468 1.485 0.157 2.419 1.092 5.321 0.046 0.027 0.019 0.020 2.121 2.128 1.871 1.214 0.769 0.959 2.958 1.269 0.317 1.609 6.227 0.053 0.041 2.288 0.053 6.300 6.637 3.004 1.087 1.192 1.802 3.855 4.494 6.305 1.091 1.253 1.468 2.797 5.320 0.020 1.053 1.295 0.263 5.164 0.866 1.531 0.033 1.588 2.038 2.039 1.387 0.644 0.679 0.610 1.558 0.312 0.394 0.291 0.093 1.379 1.427 0.221 0.488 1.716 3.421 3.450 3.860 0.299 0.210 0.028 0.068 1.721 3.421 0.244 0.300 6526 chr2 182848444 182856751 + 0 NA exon (NM_001261424, exon 2 of 6) exon (NM_001261424, exon 2 of 6) 2046 NM_001080545 151242 Hs.10941 NM_001080545 ENSG00000150722 PPP1R1C IPP5 protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 1C protein-coding 1.075 1.206 0.890 0.181 0.076 1.903 0.167 0.663 1.054 0.023 0.083 0.523 0.022 0.103 0.044 0.354 0.244 0.019 0.153 0.069 0.045 0.033 0.151 0.116 0.247 0.545 0.087 0.009 0.099 0.076 0.312 1.296 0.174 0.383 0.316 0.105 0.035 0.039 0.066 0.221 0.066 0.014 0.091 0.018 0.265 0.083 0.071 0.087 0.028 0.055 0.354 0.042 0.034 0.247 0.050 0.058 0.028 0.037 0.086 0.060 0.252 0.074 0.049 0.036 0.683 0.465 0.230 0.245 0.408 0.521 2.092 0.745 0.487 0.540 nan 5.115 0.709 0.719 0.607 0.253 0.134 0.249 0.494 0.516 0.390 nan 0.864 0.543 10442 chr7 76300290 76313143 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -50096 NM_012230 22932 Hs.488877 NM_012230 ENSG00000146707 POMZP3 POM-ZP3|POM121 POM121 and ZP3 fusion protein-coding nan 0.744 0.903 0.117 0.488 0.952 0.068 0.271 0.402 0.008 0.091 0.065 0.029 0.069 1.726 0.171 0.167 0.088 0.119 0.015 0.019 0.429 0.250 0.875 0.016 0.005 0.017 0.063 0.016 0.107 0.343 0.264 0.942 0.057 0.055 0.601 0.068 0.201 0.018 0.080 0.086 0.024 0.068 0.005 0.187 0.142 0.063 0.078 0.033 0.025 0.171 0.066 0.057 0.875 0.067 0.058 0.061 0.014 0.016 0.037 0.524 0.066 0.006 0.013 0.019 2.246 2.632 0.603 nan 1.786 1.776 8.560 3.086 1.011 0.873 0.194 nan 1.949 nan 0.450 0.231 0.757 1.333 2.765 2.764 0.378 0.946 1.178 0.745 1173 chr1 228100868 228136514 + 0 NA intron (NM_003395, intron 1 of 3) AluSz|SINE|Alu 10693 NR_049806 100847072 NR_049806 ENSG00000264483 MIR5008 - microRNA 5008 ncRNA 2.144 nan 3.129 0.107 0.921 3.451 1.108 0.280 0.600 0.554 0.333 0.238 0.201 0.191 0.555 0.845 0.251 0.103 1.682 0.590 0.464 0.117 0.473 0.382 0.605 0.670 0.602 0.204 0.612 0.160 0.312 0.919 0.286 1.946 1.585 0.140 0.266 0.283 0.088 0.138 0.105 1.615 0.117 0.072 1.129 0.134 0.342 0.160 0.320 0.518 0.230 0.201 0.845 1.854 0.151 0.605 0.161 0.839 0.681 1.189 0.314 1.395 0.029 0.307 0.054 0.104 0.074 0.456 0.461 0.526 0.821 1.518 nan 1.668 0.577 0.741 0.774 0.191 0.382 1.749 2.463 1.688 2.049 0.206 0.235 1.142 0.786 0.666 0.979 0.720 0.462 11606 chr9 84160428 84183080 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 132696 NM_001303104 7088 Hs.197320 NM_005077 ENSG00000196781 TLE1 ESG|ESG1|GRG1 transducin like enhancer of split 1 protein-coding 0.754 0.787 0.949 0.681 0.237 0.032 5.355 0.092 0.302 0.341 0.773 1.070 0.033 0.062 0.027 0.305 0.608 0.128 1.582 0.955 0.070 0.024 0.054 0.102 0.100 1.442 0.756 0.583 1.643 1.469 0.178 1.019 0.396 0.285 0.991 0.062 0.101 0.043 0.082 0.693 0.046 2.340 0.500 0.348 0.699 0.540 0.677 2.465 0.539 1.236 1.344 2.545 0.305 1.665 0.183 0.100 0.806 0.333 0.064 0.102 0.306 1.197 0.044 0.126 0.953 2.807 3.042 0.203 0.118 0.498 1.147 0.311 0.348 0.165 0.071 0.133 0.110 0.415 0.583 0.315 0.309 0.240 0.071 0.094 0.129 0.360 0.581 0.345 0.686 0.662 0.511 1963 chr11 61193049 61205992 + 0 NA intron (NM_017841, intron 1 of 3) AluJb|SINE|Alu 1923 NM_017841 54949 Hs.313247 NM_017841 ENSG00000167985 SDHAF2 C11orf79|PGL2|SDH5 succinate dehydrogenase complex assembly factor 2 protein-coding nan 1.770 1.635 0.953 2.700 2.418 1.121 1.364 2.463 0.406 1.370 0.678 0.475 0.820 1.787 1.783 1.019 0.173 1.196 0.248 0.981 0.761 1.176 0.499 2.362 0.591 0.773 1.036 0.845 0.531 1.235 1.831 1.248 3.940 0.712 0.967 0.311 1.432 0.169 0.265 1.182 1.775 1.782 0.946 0.599 0.518 1.596 1.251 1.374 1.269 0.603 0.642 1.783 1.627 0.821 2.362 0.633 0.467 0.655 1.231 0.955 0.913 1.040 0.460 0.659 0.441 0.389 4.122 3.379 3.059 3.764 7.771 8.400 3.484 2.163 4.890 5.497 2.226 2.853 4.083 6.019 2.742 2.681 3.032 4.228 2.234 2.968 2.155 2.114 1.935 1.146 4656 chr17 25619776 25623187 + 0 NA promoter-TSS (NR_039748) promoter-TSS (NR_039748) 434 NM_001348350 26118 Hs.446017 NM_015626 ENSG00000109046 WSB1 SWIP1|WSB-1 WD repeat and SOCS box containing 1 protein-coding nan nan nan 4.462 3.917 4.374 3.402 5.219 10.695 2.752 6.585 1.637 2.079 1.157 6.685 3.806 4.596 0.504 2.273 0.918 2.821 2.474 1.757 0.794 5.166 3.147 3.579 2.227 4.891 1.749 8.556 10.187 6.344 16.462 2.237 4.549 1.426 6.751 0.346 3.084 4.559 6.585 7.444 3.566 2.562 1.988 3.688 7.121 6.485 3.910 3.113 3.631 3.806 2.533 3.612 5.166 1.232 3.246 1.560 9.371 3.403 2.824 3.959 4.331 2.340 2.406 1.463 8.851 9.863 11.840 14.594 9.654 6.828 13.314 5.357 16.295 16.887 4.042 4.772 7.815 11.456 8.406 9.809 6.447 9.493 7.247 7.950 6.967 8.614 3.820 1.642 10905 chr8 37739460 37775192 + 0 NA promoter-TSS (NM_025151) promoter-TSS (NM_025151) -311 NM_001002814 80223 Hs.191179 NM_025151 ENSG00000156675 RAB11FIP1 NOEL1A|RCP|rab11-FIP1 RAB11 family interacting protein 1 protein-coding 1.176 2.159 nan 4.640 2.869 0.165 1.303 0.331 0.639 0.219 0.291 0.257 2.364 0.472 0.935 1.132 0.189 0.118 0.708 0.377 0.078 0.245 0.496 0.259 0.981 1.158 0.779 0.118 1.832 1.664 0.989 2.392 2.502 1.059 0.791 0.106 0.152 0.954 0.129 0.155 0.097 0.379 0.276 0.281 1.714 1.167 1.600 0.221 0.799 0.340 0.124 0.602 1.132 1.873 0.770 0.981 0.752 0.930 0.090 0.315 0.229 0.359 0.144 0.170 0.141 0.069 0.033 0.846 1.099 1.173 3.122 0.965 0.995 2.027 1.072 0.628 0.696 0.335 0.595 1.860 2.668 0.559 0.449 0.396 0.571 0.797 1.169 0.564 1.099 1.459 1.099 2085 chr11 72516436 72546675 + 0 NA intron (NM_033388, intron 3 of 17) intron (NM_033388, intron 3 of 17) 6104 NM_001318766 89849 Hs.653186 NM_033388 ENSG00000168010 ATG16L2 ATG16B|WDR80 autophagy related 16 like 2 protein-coding nan 1.271 1.654 0.659 1.325 1.323 0.986 0.318 0.766 0.167 1.398 0.613 0.341 0.670 1.027 0.905 0.620 0.139 0.669 0.305 0.739 0.325 0.390 0.255 1.231 1.192 1.187 0.679 0.584 0.519 0.942 nan 0.764 2.221 0.477 1.345 0.183 0.866 0.130 0.366 0.719 2.191 0.916 0.463 0.905 0.480 1.448 1.035 1.509 1.179 0.767 2.242 0.905 1.130 1.272 1.231 0.510 0.765 0.276 2.391 1.069 0.511 0.512 0.408 0.879 0.390 0.258 1.828 2.371 1.839 2.446 2.634 2.629 2.717 1.343 3.778 4.186 1.402 1.967 2.366 3.663 1.354 1.329 1.255 1.591 1.095 1.115 1.070 1.306 1.144 0.662 1733 chr11 317828 322767 + 0 NA intron (NM_021034, intron 1 of 1) intron (NM_021034, intron 1 of 1) 617 NR_049759 10410 Hs.374650 NM_021034 ENSG00000142089 IFITM3 1-8U|DSPA2b|IP15 interferon induced transmembrane protein 3 protein-coding 1.212 2.376 1.220 0.660 0.114 0.450 4.404 0.432 0.769 2.091 2.920 3.528 1.378 2.870 0.839 0.804 7.039 0.392 3.792 1.888 6.607 0.900 0.254 0.161 0.646 3.815 4.824 5.819 2.487 2.310 2.697 5.105 7.069 1.547 1.187 4.175 0.057 3.160 0.105 2.711 0.048 10.704 13.803 6.198 4.240 2.899 0.703 3.540 5.378 5.224 4.846 4.079 0.804 2.084 10.186 0.646 1.359 1.007 0.140 7.763 1.209 4.383 0.438 0.076 6.497 4.395 2.276 0.511 1.158 3.561 6.174 1.046 0.760 2.017 0.773 2.852 2.606 0.106 0.407 0.999 1.344 0.615 0.462 1.541 2.113 0.251 0.276 0.376 0.786 0.345 0.449 6943 chr20 32933472 32957043 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -5784 NM_001324197 83737 Hs.632272 NM_031483 ENSG00000078747 ITCH ADMFD|AIF4|AIP4|NAPP1 itchy E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 1.355 1.482 1.044 1.302 0.446 0.199 1.384 0.310 0.553 0.834 0.907 0.803 0.205 0.234 0.394 0.388 0.485 0.264 2.852 0.923 0.847 0.358 0.260 0.104 0.509 1.070 0.792 0.534 0.885 1.153 1.055 nan 1.001 1.249 0.931 0.466 0.105 0.554 0.141 0.210 0.268 1.788 0.597 0.320 0.850 0.681 2.115 0.727 1.020 1.265 0.378 0.885 0.388 2.732 1.371 0.509 0.348 1.829 0.131 0.933 0.267 1.032 0.202 0.387 0.512 0.230 0.106 1.078 1.016 0.931 1.316 0.649 nan 1.337 0.549 1.595 1.591 0.797 1.138 0.807 1.266 1.174 0.771 0.639 1.103 0.464 0.584 0.906 nan 0.498 0.380 5028 chr17 75873694 75911450 + 0 NA Intergenic Intergenic -12403 NR_028337 400624 Hs.514521 NM_001001685 ENSG00000204283 LINC01973 - long intergenic non-protein coding RNA 1973 ncRNA 1.326 0.958 0.656 0.078 0.098 1.544 0.073 0.314 0.624 0.020 0.068 0.085 0.011 0.043 0.560 1.016 0.400 0.128 0.098 0.038 0.020 0.042 0.146 0.154 0.761 0.090 0.033 0.047 0.112 0.022 0.277 0.785 0.098 1.566 0.043 0.405 0.028 0.101 0.107 0.082 0.266 0.186 0.058 0.054 0.044 0.053 0.031 0.220 0.104 0.072 0.898 0.178 1.016 0.106 0.020 0.761 0.101 0.075 0.439 0.140 0.616 0.040 0.270 0.124 0.333 0.023 0.011 1.724 2.391 0.990 0.800 1.245 1.191 0.797 0.237 0.488 0.533 nan 0.818 1.573 1.757 2.251 2.113 0.650 0.900 0.136 0.210 0.459 0.767 nan 0.556 2113 chr11 75916363 75922294 + 0 NA Intergenic CpG -1754 NM_004626 7481 Hs.108219 NM_004626 ENSG00000085741 WNT11 HWNT11 Wnt family member 11 protein-coding nan 1.051 2.165 0.264 2.112 3.043 0.350 0.589 0.951 0.048 0.652 0.670 0.042 0.604 0.379 0.323 0.522 0.136 0.179 0.064 0.053 0.070 2.319 0.729 2.212 0.351 0.086 0.309 0.194 0.250 0.930 nan 0.215 10.850 0.420 0.164 0.351 0.930 0.138 0.179 0.281 0.775 0.328 0.459 0.201 0.078 1.038 0.271 1.667 1.234 8.694 0.765 0.323 0.278 0.342 2.212 0.453 0.530 0.245 5.324 1.544 0.013 0.316 0.318 0.197 0.009 0.009 0.471 1.201 0.566 0.751 2.056 1.901 2.378 0.682 3.745 4.116 0.834 1.162 1.229 2.506 1.129 1.606 0.737 1.149 1.910 1.205 0.556 1.448 1.912 1.197 2153 chr11 86297205 86301328 + 0 NA intron (NM_001014811, intron 1 of 13) intron (NM_001014811, intron 1 of 13) 83974 NR_147831 10873 Hs.199743 NM_006680 ENSG00000151376 ME3 NADP-ME malic enzyme 3 protein-coding 0.724 1.280 0.726 0.068 1.232 0.815 2.046 0.995 1.867 0.056 1.353 0.166 0.050 0.152 0.972 0.198 1.433 0.635 0.236 0.033 0.341 0.243 0.263 1.130 0.242 0.142 0.379 0.592 0.390 1.557 1.079 1.749 0.583 0.078 0.324 0.015 0.106 0.206 0.294 0.357 0.103 0.095 0.534 1.231 0.511 0.596 0.704 0.461 0.114 0.327 0.972 3.084 1.385 0.263 0.089 0.381 3.556 0.253 0.049 0.285 0.024 0.090 0.055 0.126 0.049 0.867 0.743 0.585 1.718 2.041 2.126 0.671 0.218 0.494 0.617 0.316 0.458 0.626 0.690 0.453 0.201 0.265 0.295 1.194 2.399 0.225 0.723 2.080 1.027 3383 chr14 20760298 20774619 + 0 NA exon (NM_138376, exon 4 of 10) exon (NM_138376, exon 4 of 10) 6695 NM_138376 91875 Hs.98553 NM_138376 ENSG00000136319 TTC5 Strap tetratricopeptide repeat domain 5 protein-coding nan 0.641 0.838 0.358 0.402 0.126 1.210 0.193 0.420 0.053 0.243 0.546 0.017 0.041 0.199 0.162 0.350 0.147 0.847 0.623 0.101 0.061 0.110 0.164 0.159 0.305 0.165 0.066 0.352 0.384 1.252 2.442 0.386 0.834 0.928 0.542 0.033 0.204 0.112 0.083 0.138 0.133 0.127 0.114 0.962 0.530 0.229 0.267 0.230 0.204 0.088 0.257 0.162 0.362 2.940 0.159 0.119 0.104 0.167 0.183 0.202 0.835 0.076 0.163 0.127 0.044 0.021 0.270 0.334 0.527 0.724 0.574 0.623 0.679 0.304 0.675 0.710 0.808 0.995 0.602 nan 0.937 0.588 0.293 0.516 0.297 0.198 0.455 0.691 0.627 0.451 6534 chr2 183898684 183904562 + 0 NA intron (NM_205842, intron 1 of 31) intron (NM_205842, intron 1 of 31) 1963 NM_205842 10787 Hs.603732 NM_013436 ENSG00000061676 NCKAP1 HEM2|NAP1|NAP125|p125Nap1 NCK associated protein 1 protein-coding 3.511 2.861 3.606 3.184 2.500 1.402 2.453 1.666 3.203 1.448 3.626 1.653 1.648 1.053 1.321 2.638 2.091 0.218 4.470 0.905 2.810 2.214 1.437 0.801 3.057 1.752 2.398 1.975 4.259 1.131 4.934 5.147 3.570 5.406 0.968 2.920 0.339 2.321 0.071 1.105 1.556 3.443 2.637 1.372 2.062 1.737 9.362 2.210 3.491 2.793 1.641 3.538 2.638 3.832 2.641 3.057 1.683 1.572 0.996 4.060 1.363 1.838 0.975 1.292 2.099 0.999 0.574 2.309 2.834 4.252 5.880 4.082 3.827 2.794 1.435 12.597 12.311 nan 3.734 9.600 14.626 4.320 4.602 2.053 4.780 1.715 1.707 5.592 nan 1.513 0.676 120 chr1 17452206 17457749 + 0 NA Intergenic LTR24B|LTR|ERV1 -9029 NM_007365 11240 Hs.33455 NM_007365 ENSG00000117115 PADI2 PAD-H19|PAD2|PDI2 peptidyl arginine deiminase 2 protein-coding 0.723 2.024 nan 7.246 0.220 0.030 3.072 0.175 0.252 1.823 0.964 2.572 2.469 0.147 0.081 1.583 1.423 0.703 1.751 1.261 5.714 0.025 0.034 0.105 0.022 3.256 3.120 1.440 4.214 3.047 2.776 4.371 2.080 0.457 2.642 0.287 0.035 0.783 0.087 1.394 0.014 6.202 7.318 2.817 3.041 2.611 2.735 8.886 0.845 1.388 3.718 0.890 1.583 2.172 0.920 0.022 0.753 1.308 0.087 2.433 0.108 3.220 0.074 0.067 2.655 5.408 4.988 0.328 0.273 0.332 0.552 0.464 0.764 2.140 0.517 0.321 nan 0.300 nan 0.412 0.793 nan 0.302 0.407 0.363 0.187 0.372 0.159 0.217 0.520 0.408 8645 chr4 181583758 181603118 + 0 NA Intergenic Intergenic 486864 NR_033918 728081 Hs.535735 NR_033918 ENSG00000248197 LINC00290 NCRNA00290 long intergenic non-protein coding RNA 290 ncRNA nan 0.652 nan 0.126 0.034 0.093 0.114 0.100 0.206 0.005 0.053 0.026 0.069 0.079 0.077 0.058 0.055 0.068 0.013 1.148 0.428 0.062 0.043 0.019 0.004 0.066 0.039 0.070 0.066 0.059 0.218 0.099 0.654 0.436 0.208 0.070 0.018 0.132 0.052 0.012 0.020 0.073 0.028 0.030 0.144 0.021 0.029 0.029 0.024 0.079 0.037 0.009 0.062 0.025 0.060 0.036 0.257 0.008 0.023 0.096 0.035 0.015 0.005 0.273 0.222 0.224 0.405 0.388 0.350 4.623 1.305 0.161 0.162 0.092 0.149 0.494 0.342 0.673 0.383 0.121 0.105 1.439 1.667 0.147 0.242 1.537 0.841 2568 chr12 27328140 27348352 + 0 NA Intergenic Intergenic -58832 NM_015000 23012 Hs.184523 NM_015000 ENSG00000211455 STK38L NDR2 serine/threonine kinase 38 like protein-coding nan nan nan 0.897 0.206 0.025 0.886 0.111 0.185 0.123 0.200 4.393 0.012 0.025 0.115 0.425 0.584 0.096 0.860 0.872 0.236 0.116 0.118 0.095 0.279 0.108 0.051 0.589 0.438 0.402 0.582 0.473 0.650 0.926 0.167 0.075 0.059 0.115 0.929 0.074 0.087 0.069 0.056 0.426 0.282 0.945 0.856 0.206 0.137 0.086 0.468 0.425 1.203 0.469 0.095 0.188 0.279 0.081 0.076 0.090 0.267 0.039 0.086 0.449 0.028 0.020 0.247 0.122 0.499 1.612 0.346 0.483 0.340 0.154 0.421 0.442 0.219 0.360 0.245 0.266 0.359 0.208 0.126 0.246 0.192 0.302 0.245 0.354 0.356 0.389 7238 chr21 43779106 43802011 + 0 NA Intergenic Intergenic -3914 NM_003225 7031 Hs.162807 NM_003225 ENSG00000160182 TFF1 BCEI|D21S21|HP1.A|HPS2|pNR-2|pS2 trefoil factor 1 protein-coding nan 0.573 0.981 0.103 0.184 0.598 0.220 0.177 0.523 0.033 0.150 0.077 0.019 0.252 0.461 0.223 0.063 0.035 0.097 0.107 0.028 0.049 0.090 0.104 0.414 0.540 0.414 0.054 0.072 0.065 2.089 7.974 0.126 0.607 0.026 0.059 0.021 0.081 0.096 0.010 0.124 0.264 0.066 0.064 0.101 0.034 0.332 0.170 0.426 0.028 0.661 3.035 0.223 0.096 0.099 0.414 2.104 1.291 0.288 0.119 0.093 0.151 1.201 0.140 0.033 0.013 0.002 1.027 1.415 0.438 0.542 1.021 1.035 nan 0.270 0.775 0.834 0.131 nan 0.377 0.564 0.994 0.953 1.320 2.224 0.178 0.165 0.245 0.512 1.019 0.790 2841 chr12 86258944 86272791 + 0 NA Intergenic Intergenic -2206 NM_006183 4922 Hs.80962 NM_006183 ENSG00000133636 NTS NMN-125|NN|NT|NT/N|NTS1 neurotensin protein-coding 0.798 0.695 0.759 0.207 0.092 0.081 0.150 0.463 0.007 0.083 0.285 0.027 0.406 0.084 0.055 0.234 0.157 0.054 0.023 0.851 0.760 0.486 0.225 0.030 0.016 0.021 0.073 0.046 0.112 0.421 0.164 0.606 0.116 0.108 0.262 0.054 0.125 0.043 0.080 0.010 0.011 0.032 0.044 0.070 0.166 0.296 0.042 0.587 0.124 0.055 0.024 0.041 0.225 0.123 0.030 0.021 0.067 0.320 0.029 0.022 0.081 0.028 0.018 0.011 0.358 0.182 0.496 0.267 0.368 0.557 3.305 1.117 0.392 0.422 4.973 5.304 0.523 0.425 0.533 0.276 0.155 0.265 1.431 1.655 0.299 0.519 1.254 0.831 7773 chr3 116102046 116137614 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 1 of 8) intron (NM_001318915, intron 1 of 8) 40959 NR_109998 101926903 Hs.26479 NR_109998 ENSG00000240922 LSAMP-AS1 - LSAMP antisense RNA 1 ncRNA 1.375 nan 0.909 0.049 0.122 0.071 0.040 0.793 1.444 0.008 0.048 0.031 0.019 0.023 0.082 0.671 0.103 0.117 0.046 0.016 0.011 0.008 0.985 0.887 0.232 0.014 0.008 0.004 0.049 0.043 0.084 0.055 0.170 0.014 0.038 0.483 0.274 0.081 0.007 0.495 0.094 0.014 0.022 0.012 0.037 0.046 0.108 0.037 0.034 0.009 0.036 0.671 0.063 0.023 0.232 0.045 0.026 0.549 0.026 0.069 0.025 0.109 0.142 0.012 0.015 0.003 0.602 0.590 1.401 0.790 0.391 nan 1.335 0.410 0.395 0.428 nan 4.053 0.239 0.256 1.933 1.539 0.114 0.267 1.314 1.491 0.294 0.494 1.433 0.939 6280 chr2 102047823 102070562 + 0 NA intron (NM_001145664, intron 2 of 11) L1MD2|LINE|L1 31973 NM_001145664 731220 Hs.662488 NM_207403 ENSG00000196460 RFX8 - RFX family member 8, lacking RFX DNA binding domain protein-coding 0.637 nan 0.670 0.101 0.069 0.022 2.546 0.077 0.191 0.008 0.927 2.104 0.011 0.039 0.066 0.241 0.326 0.092 0.478 0.611 0.047 0.006 0.063 0.075 0.042 0.262 0.077 0.029 0.165 0.423 0.050 0.264 0.128 0.353 0.508 0.094 0.017 0.010 0.083 2.471 0.049 0.173 0.093 0.067 0.671 0.357 0.190 6.645 0.122 0.512 0.014 0.173 0.241 0.107 0.265 0.042 0.037 0.153 0.046 0.061 0.036 0.716 0.043 0.060 3.999 0.213 0.260 0.213 0.134 0.211 0.379 0.379 0.472 0.115 0.060 0.307 0.266 0.149 0.273 0.250 0.309 0.302 0.150 0.107 0.201 0.048 0.064 0.175 0.268 0.162 0.251 10104 chr7 576849 583977 + 0 NA Intergenic Intergenic 20385 NR_033963 441307 Hs.521334 NR_033963 ENSG00000223855 HRAT92 - heart tissue-associated transcript 92 ncRNA 1.291 0.467 0.817 7.848 0.136 0.978 2.959 0.179 0.231 4.116 4.923 6.758 3.595 0.103 0.050 0.036 0.112 0.092 3.595 2.060 0.211 0.040 0.066 0.044 0.070 2.456 2.346 0.601 7.673 4.109 3.810 7.053 4.014 nan 2.731 1.234 0.014 0.198 0.105 2.411 0.079 21.360 6.380 2.356 3.829 3.761 3.406 4.062 4.608 0.278 0.044 3.448 0.036 5.367 1.330 0.070 3.386 2.123 0.449 1.017 0.090 1.497 0.290 0.036 2.375 3.978 2.094 0.716 0.808 0.216 nan 0.482 0.390 nan 0.052 1.073 0.781 0.078 0.236 nan 0.045 0.294 0.247 0.556 0.508 0.072 0.042 0.112 0.114 0.367 0.304 4670 chr17 27319761 27348623 + 0 NA promoter-TSS (NM_001290202) promoter-TSS (NM_001290202) -734 NM_001290202 124925 Hs.21837 NM_178860 ENSG00000063015 SEZ6 BSRPC seizure related 6 homolog protein-coding nan nan nan 0.060 0.348 2.055 0.059 1.130 2.182 0.151 0.038 0.007 0.146 0.847 1.107 0.086 0.067 0.117 0.072 0.020 0.024 0.563 0.326 1.435 0.053 0.030 0.033 0.128 0.051 0.123 0.283 0.136 1.483 0.137 0.074 0.738 0.086 0.149 0.045 0.278 0.284 0.083 0.030 0.034 0.050 0.094 0.257 0.161 0.034 0.035 0.046 1.107 0.168 0.032 1.435 0.030 0.072 0.288 0.140 0.457 0.120 2.388 0.637 0.029 0.038 0.018 1.488 2.046 1.211 0.455 1.245 1.372 4.895 1.164 0.205 0.238 0.761 1.132 1.614 2.073 3.365 3.344 1.952 4.186 2.151 2.211 0.931 nan 2.146 1.158 2442 chr12 6676363 6678418 + 0 NA 5' UTR (NM_001258310, exon 1 of 17) 5' UTR (NM_001258310, exon 1 of 17) 108 NM_001033714 4839 Hs.534334 NM_006170 ENSG00000111641 NOP2 NOL1|NOP120|NSUN1|p120 NOP2 nucleolar protein protein-coding 3.439 nan 3.411 4.846 8.637 3.185 2.804 2.484 3.365 1.969 3.343 4.098 1.260 2.630 3.484 3.680 0.913 0.233 3.559 0.736 3.992 1.342 2.802 1.603 3.198 3.406 3.876 2.441 6.567 1.560 7.519 8.572 5.185 9.618 1.394 4.673 1.116 6.066 0.260 1.350 2.571 4.974 3.684 1.766 3.515 2.082 5.852 6.043 6.308 8.801 2.777 1.863 3.680 4.597 4.514 3.198 1.547 2.773 6.798 14.095 0.905 2.877 1.251 2.419 1.114 2.203 1.558 3.129 3.234 5.027 7.854 7.173 6.787 11.517 4.181 7.387 8.026 5.864 7.479 5.288 6.442 5.652 5.950 3.027 5.390 4.744 5.764 5.995 7.827 2.247 0.970 1987 chr11 63374597 63382472 + 0 NA intron (NM_007069, intron 1 of 3) intron (NM_007069, intron 1 of 3) 3375 NM_007069 11145 Hs.502775 NM_007069 ENSG00000176485 PLA2G16 AdPLA|H-REV107|H-REV107-1|HRASLS3|HREV107|HREV107-1|HREV107-3|HRSL3 phospholipase A2 group XVI protein-coding nan 2.142 0.639 6.601 0.534 0.768 0.884 0.539 1.275 0.170 1.045 1.823 0.378 0.063 2.532 1.067 1.675 0.309 0.605 0.214 1.713 0.518 0.476 0.197 0.255 1.654 1.451 0.540 1.495 1.182 0.522 0.987 2.055 1.850 0.218 0.233 1.208 0.091 0.344 0.133 1.343 1.530 0.986 1.183 1.543 5.101 0.466 2.548 1.090 0.180 0.374 1.067 1.079 0.737 0.255 0.265 0.813 0.074 0.711 0.142 0.414 0.202 0.078 0.152 0.205 0.059 0.471 0.452 0.216 0.436 1.227 1.113 2.711 0.612 0.434 0.515 0.373 0.582 0.918 1.971 0.502 0.441 0.628 0.997 0.164 0.146 0.149 0.262 1.557 1.000 11622 chr9 90078260 90082607 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -31710 NM_001288731 1612 Hs.380277 NM_004938 ENSG00000196730 DAPK1 DAPK|ROCO3 death associated protein kinase 1 protein-coding 0.581 nan 0.560 0.132 0.081 0.026 0.107 0.110 0.279 0.262 0.070 0.050 0.058 0.021 0.117 1.385 0.110 0.195 0.085 0.190 0.281 0.211 0.823 0.316 0.033 0.124 0.183 0.067 1.424 0.279 0.167 0.136 0.089 0.049 0.103 0.192 0.018 0.106 0.055 0.003 0.225 0.230 0.288 0.070 0.375 0.049 0.018 0.136 0.117 0.083 0.022 0.211 0.028 0.178 0.041 0.024 0.217 0.545 0.028 0.036 0.053 1.729 2.064 9.891 8.671 0.366 0.352 0.090 0.084 0.843 0.840 0.080 0.089 0.204 0.190 0.282 0.113 0.546 1.186 0.201 0.396 0.085 0.228 1.276 0.892 4920 chr17 62801773 62814169 + 0 NA intron (NR_024386, intron 4 of 10) L2a|LINE|L2 10249 NR_036199 100423004 NR_036199 ENSG00000284055 MIR4315-1 - microRNA 4315-1 ncRNA 1.006 nan 1.219 3.274 0.599 0.241 2.532 0.977 1.864 2.101 0.812 0.618 1.663 0.517 0.337 0.291 0.218 0.116 1.961 0.763 0.111 0.133 0.444 0.291 0.384 1.556 1.171 0.137 0.743 0.928 2.184 7.080 3.750 1.103 2.351 0.557 0.077 0.122 0.108 1.267 0.128 0.810 0.535 0.310 1.320 1.089 3.414 0.313 1.688 0.717 0.624 3.497 0.291 4.726 2.066 0.384 1.583 4.777 0.101 0.239 0.549 0.784 0.048 0.141 1.033 0.107 0.094 1.035 0.776 2.035 3.713 0.551 0.540 0.580 0.251 0.633 0.533 0.257 nan 1.614 1.621 0.848 0.726 0.433 0.437 0.187 0.241 0.359 0.823 0.847 0.643 5931 chr2 16429243 16440206 + 0 NA Intergenic Intergenic 244175 NR_126559 104797537 Hs.435748 NR_126559 ENSG00000236289 GACAT3 LINC01458|lncRNA-AC130710 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) ncRNA 0.576 0.368 0.601 0.131 0.377 0.145 0.032 0.117 0.085 0.009 0.089 0.042 4.952 0.037 0.162 0.070 0.082 0.118 0.039 0.023 0.011 0.086 0.099 0.022 0.050 0.010 0.139 0.426 0.175 0.320 0.026 0.029 0.010 0.100 0.037 0.126 0.005 0.030 0.064 0.035 0.091 0.097 0.017 0.144 0.066 0.070 0.033 0.009 0.022 0.100 0.076 0.053 0.032 0.046 0.057 0.018 0.045 0.055 0.037 0.014 0.306 0.261 0.156 0.240 0.271 0.257 0.140 0.082 0.164 0.148 0.140 0.233 0.191 nan 0.343 0.173 0.138 0.168 0.049 0.041 0.198 nan 0.117 0.299 11479 chr9 18389689 18405453 + 0 NA Intergenic Intergenic -76508 NM_052866 92949 Hs.741483 NM_052866 ENSG00000178031 ADAMTSL1 ADAMTSL-1|ADAMTSR1|C9orf94|PUNCTIN ADAMTS like 1 protein-coding nan nan 0.986 0.109 1.651 0.145 0.313 2.315 4.242 0.048 0.319 0.726 0.101 0.141 2.832 0.840 0.081 0.450 0.385 0.048 0.815 0.465 3.760 0.244 0.124 0.019 0.085 0.020 0.137 0.319 0.077 1.450 0.232 0.621 1.102 0.055 0.071 0.202 0.856 0.315 0.057 0.050 0.291 0.062 0.116 0.216 0.145 0.178 0.020 0.004 2.832 0.199 3.760 0.155 0.005 0.154 0.063 1.190 0.050 0.013 0.126 0.161 0.062 0.058 0.170 0.133 0.371 1.159 4.755 4.944 2.985 2.679 0.058 0.078 0.274 0.499 1.813 1.806 0.416 0.201 0.090 0.142 3.985 4.711 0.144 0.373 3.794 1.747 8862 chr5 36739912 36747571 + 0 NA Intergenic Intergenic 133055 NR_046262 646719 Hs.355684 NR_046262 NIPBL-DT NIPBL-AS|NIPBL-AS1 NIPBL divergent transcript ncRNA 1.402 2.905 7.634 0.625 3.818 0.160 0.773 0.167 0.510 0.312 0.307 0.672 0.817 0.053 0.314 0.267 0.837 0.169 2.111 0.691 0.082 0.040 0.570 0.277 2.364 0.208 0.086 0.123 1.361 0.440 3.060 5.885 2.274 5.237 0.437 0.069 0.013 0.298 0.084 0.170 1.231 0.199 0.167 0.184 0.372 0.989 1.761 0.222 0.372 0.695 0.443 1.228 0.267 1.449 0.120 2.364 0.895 1.566 0.139 1.002 0.199 0.125 11.824 0.778 0.179 0.045 0.007 2.904 2.179 2.912 3.762 2.768 2.039 0.536 0.143 6.256 6.125 0.653 0.895 6.241 8.702 3.598 3.208 7.399 11.622 0.117 0.138 0.956 2.141 0.711 0.747 4911 chr17 61914761 61928952 + 0 NA Intergenic Intergenic -1505 NM_001098426 6603 Hs.250581 NM_003077 ENSG00000108604 SMARCD2 BAF60B|CRACD2|PRO2451|Rsc6p|SGD2 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 2 protein-coding 2.731 nan 4.520 1.166 2.300 0.791 1.552 2.265 4.620 1.246 2.201 0.877 0.550 0.932 1.411 0.777 0.811 0.224 2.574 0.736 0.759 0.567 1.945 0.974 2.871 1.137 1.011 1.050 2.038 0.915 2.480 5.866 2.638 3.571 1.798 1.869 0.506 1.482 0.123 0.563 1.284 0.753 0.972 0.543 1.053 0.389 2.178 1.781 2.686 2.798 0.994 2.015 0.777 2.102 0.850 2.871 0.656 1.668 0.478 2.342 0.754 1.811 0.627 1.065 0.921 0.556 0.345 3.995 5.369 1.302 2.034 3.110 3.016 3.238 1.130 8.435 9.047 1.324 nan 4.963 5.471 3.309 3.344 0.825 2.236 1.897 1.953 1.945 3.903 1.538 0.837 2602 chr12 32019861 32032088 + 0 NA Intergenic LTR1B|LTR|ERV1 14163 NR_135029 105369723 Hs.736954 NR_135029 ENSG00000255760 LINC02422 - long intergenic non-protein coding RNA 2422 ncRNA 1.566 nan 1.368 0.434 0.617 0.109 0.406 0.211 0.230 0.039 0.261 0.713 0.020 0.042 0.276 0.726 0.099 0.066 1.142 0.868 0.036 0.045 0.332 0.225 0.488 0.509 0.276 0.036 0.118 0.112 0.138 0.874 0.184 0.599 0.299 0.477 1.207 0.071 0.121 0.156 0.404 1.023 0.586 0.358 0.410 0.101 0.063 0.335 0.413 0.570 0.064 0.146 0.726 0.471 0.144 0.488 0.060 0.122 0.183 0.547 0.232 0.240 0.201 0.112 0.324 0.005 0.013 0.392 0.277 0.239 0.469 0.539 0.623 1.280 0.157 0.440 0.469 0.489 0.847 0.344 0.304 0.627 0.506 0.175 0.408 8.246 8.992 0.222 0.426 1.513 0.734 399 chr1 55881589 55900802 + 0 NA Intergenic Intergenic 199881 NR_039618 100616272 NR_039618 ENSG00000265822 MIR4422 mir-4422 microRNA 4422 ncRNA 1.389 0.903 1.236 0.218 0.116 0.047 5.859 0.150 0.224 0.104 1.270 1.409 0.155 0.052 0.060 0.273 0.363 0.141 1.342 1.254 2.555 0.007 0.092 0.046 0.100 2.067 1.498 0.686 0.930 1.954 0.267 nan 0.639 0.400 1.279 0.728 0.039 0.116 0.909 0.054 2.949 1.689 0.819 2.161 2.449 0.393 1.718 1.839 0.637 0.447 0.993 0.273 1.239 3.481 0.100 0.891 1.382 0.090 1.380 0.069 1.423 0.041 2.646 1.437 1.145 0.921 0.318 0.192 0.306 0.830 0.471 0.577 0.119 0.078 0.283 0.293 0.748 1.168 0.461 1.075 0.496 0.338 0.108 0.197 0.026 0.054 1.004 nan 0.594 0.551 11842 chr9 137257445 137277715 + 0 NA intron (NM_002957, intron 1 of 9) intron (NM_002957, intron 1 of 9) -3561 NM_001291920 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 0.899 1.005 0.588 0.091 1.135 2.209 0.159 0.312 1.135 2.200 0.644 0.030 0.030 0.044 0.982 1.217 0.206 2.785 1.196 0.158 0.055 0.077 0.085 0.319 1.953 1.858 0.163 0.324 0.026 1.461 3.451 0.195 1.557 1.401 4.359 0.118 0.128 0.047 0.595 0.035 2.460 2.071 1.048 0.153 0.897 1.948 0.084 2.485 0.179 0.019 0.281 0.982 3.019 0.150 0.319 1.113 0.577 0.946 0.225 0.959 1.099 0.136 0.025 0.108 0.730 0.342 0.411 0.789 0.346 0.723 0.608 0.672 nan 0.045 0.292 0.417 0.758 1.125 0.260 0.307 2.074 2.122 0.537 0.511 0.475 0.581 0.254 0.216 0.477 0.437 436 chr1 65719263 65734086 + 0 NA Intergenic Intergenic -3703 NM_001256865 9829 Hs.647643 NM_014787 ENSG00000116675 DNAJC6 DJC6|PARK19 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C6 protein-coding 2.243 1.317 nan 0.480 1.801 0.824 0.610 0.726 1.233 0.192 0.760 0.707 0.058 0.309 1.562 1.785 0.291 0.130 0.816 0.410 0.369 0.121 0.895 0.645 1.773 0.356 0.229 0.622 0.475 0.212 0.262 0.438 0.296 2.648 0.423 1.762 0.211 0.400 0.132 0.231 1.509 0.577 0.227 0.163 0.307 0.356 0.326 0.282 0.423 0.541 0.308 0.300 1.785 1.258 1.692 1.773 0.140 0.426 0.521 0.580 1.346 0.193 1.729 1.281 0.221 0.186 0.089 2.410 2.695 0.555 1.138 4.869 4.344 5.047 1.478 1.693 1.652 nan nan 3.466 nan 2.959 3.639 2.015 2.967 1.123 0.918 2.284 2.944 2.456 1.668 7837 chr3 132820981 132861627 + 0 NA intron (NM_001136469, intron 2 of 5) intron (NM_001136469, intron 2 of 5) -2361 NM_001282865 66000 Hs.191616 NM_023943 ENSG00000144868 TMEM108 CT124|RTLN transmembrane protein 108 protein-coding 1.051 nan nan 0.083 0.173 0.452 0.077 2.162 3.973 0.002 0.046 0.045 0.009 0.020 0.657 0.893 0.422 0.115 0.154 0.145 0.022 0.010 0.551 0.248 2.065 0.007 0.014 0.014 0.084 0.003 0.095 0.285 0.096 0.855 0.212 0.045 0.152 0.027 0.075 0.087 0.272 0.113 0.028 0.019 0.013 0.032 0.040 0.120 0.022 0.037 0.015 0.050 0.893 0.072 0.029 2.065 0.006 0.032 0.194 0.036 0.053 0.066 0.046 0.245 0.045 0.150 0.203 0.318 0.248 0.587 0.604 1.847 1.965 6.469 3.132 0.570 0.529 1.453 2.061 0.988 1.619 nan 0.451 0.117 0.242 0.783 0.806 0.564 1.207 3.163 1.501 213 chr1 29816730 29834815 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -149146 NR_110758 101928460 Hs.434659 NR_110758 ENSG00000230523 LINC01756 - long intergenic non-protein coding RNA 1756 ncRNA 1.027 0.742 nan 0.088 1.268 1.113 0.092 1.545 2.767 0.021 0.052 0.101 0.017 0.050 0.873 0.300 0.041 0.027 0.064 0.021 0.032 0.023 0.376 0.273 3.717 0.050 0.032 0.033 0.042 0.012 0.063 0.179 0.059 2.794 0.039 0.030 0.090 0.060 0.109 0.026 0.030 0.117 0.027 0.017 0.031 0.051 0.043 0.143 0.063 0.055 0.023 0.029 0.300 0.062 0.041 3.717 0.017 0.036 0.245 0.066 1.568 0.030 0.093 0.212 0.013 0.006 0.020 0.273 0.329 0.120 0.183 4.331 4.870 1.566 0.230 0.128 0.119 0.204 0.357 2.283 2.168 0.969 0.761 0.368 0.475 0.242 0.207 0.337 0.777 2.219 1.123 5114 chr18 2998081 3016692 + 0 NA intron (NM_014646, intron 1 of 19) AluY|SINE|Alu 4559 NM_014646 9663 Hs.132342 NM_014646 ENSG00000101577 LPIN2 - lipin 2 protein-coding 1.519 1.563 1.446 0.500 1.073 0.979 2.178 0.336 0.863 0.260 1.125 0.761 0.390 0.539 0.688 0.389 1.804 0.426 3.804 1.461 0.136 0.374 0.321 0.299 1.369 1.122 0.858 0.670 1.391 0.809 2.498 3.660 1.831 nan 0.784 0.507 0.424 0.655 0.099 0.906 0.618 1.219 1.066 0.489 1.163 0.619 0.825 1.043 0.736 1.971 0.535 0.688 0.389 3.209 3.018 1.369 0.407 0.353 0.136 1.161 0.399 0.850 0.069 0.297 0.212 0.141 0.090 0.658 1.029 0.815 1.795 3.179 3.121 nan 0.841 1.333 1.384 0.820 nan 1.545 2.156 nan 0.874 0.274 0.659 2.007 1.787 1.110 nan nan 0.947 6424 chr2 155915702 155933373 + 0 NA Intergenic L1PB3|LINE|L1 369444 NM_001260509 3760 Hs.591606 NM_002239 ENSG00000162989 KCNJ3 GIRK1|KGA|KIR3.1 potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 protein-coding nan 0.667 nan 0.053 0.159 0.057 0.025 0.156 0.258 0.061 0.026 0.017 0.037 0.050 0.116 0.072 0.073 0.080 0.034 0.012 0.089 0.147 0.155 0.016 0.004 0.077 0.006 0.073 0.075 0.064 0.227 0.025 0.036 0.060 0.018 0.068 0.014 0.217 0.063 0.021 0.018 0.034 0.038 0.074 0.014 0.060 0.018 0.030 0.116 0.041 0.016 0.155 0.041 0.047 0.352 0.023 0.035 0.014 0.034 0.099 0.013 0.003 0.015 0.319 0.211 0.171 0.263 0.135 0.168 0.254 0.082 0.240 0.255 4.432 5.229 0.303 0.267 0.994 0.781 0.161 0.237 0.221 0.238 0.300 0.743 0.276 0.341 8030 chr3 173915532 173928379 + 0 NA intron (NM_014932, intron 4 of 6) intron (NM_014932, intron 4 of 6) -283369 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 0.963 1.406 0.722 0.318 0.198 0.100 0.089 0.537 1.085 0.008 0.080 0.010 0.060 0.034 0.041 0.474 0.168 0.100 0.041 0.015 0.014 0.011 1.411 1.032 0.065 0.016 0.011 0.034 0.077 0.017 0.043 0.121 0.120 0.440 0.068 0.055 0.523 0.025 0.081 0.072 0.086 0.014 0.020 0.009 0.066 0.075 0.114 0.019 0.098 0.024 0.037 0.474 0.039 0.007 0.065 0.038 0.019 0.015 0.045 0.048 0.041 0.031 0.154 0.013 0.284 0.284 1.142 1.602 0.406 0.405 9.941 3.107 0.251 0.297 3.592 4.173 0.365 0.356 0.560 0.291 0.143 0.191 3.233 3.880 0.773 1.332 0.855 0.618 5597 chr19 29797962 29820749 + 0 NA intron (NR_040029, intron 9 of 9) intron (NR_040029, intron 9 of 9) -105219 NM_006003 7386 Hs.743307 NM_006003 ENSG00000169021 UQCRFS1 RIP1|RIS1|RISP|UQCR5 ubiquinol-cytochrome c reductase, Rieske iron-sulfur polypeptide 1 protein-coding nan 0.796 0.547 0.054 0.078 1.315 0.043 0.874 1.709 0.013 0.082 0.089 0.005 0.039 2.522 3.240 0.092 0.064 0.061 0.008 0.033 0.012 0.104 0.110 1.277 0.009 0.019 0.029 0.075 0.005 0.075 0.058 0.077 6.374 0.013 0.033 0.021 0.033 0.071 0.005 0.424 0.103 0.037 0.055 0.005 0.038 0.068 0.162 0.124 0.081 0.024 0.030 3.240 0.072 0.004 1.277 0.032 0.029 1.400 0.046 0.036 0.031 0.256 0.050 0.023 0.010 0.010 1.607 2.174 0.235 0.182 1.992 1.967 0.156 0.091 0.085 0.088 0.210 0.324 0.113 0.158 0.596 0.507 0.480 0.890 0.101 0.060 0.100 0.173 0.707 0.651 1450 chr10 42596540 42601681 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 264383 NR_024380 441666 Hs.255729 NR_024380 ENSG00000215146 LOC441666 - zinc finger protein 91 pseudogene pseudo 35.865 nan 34.136 15.155 23.132 12.922 10.498 39.620 51.436 7.465 17.620 24.619 3.170 34.898 26.928 41.369 33.118 110.074 27.205 4.427 5.801 23.295 38.832 52.791 19.016 3.808 17.907 3.186 23.922 1.988 28.608 9.124 27.936 61.239 7.537 32.269 19.819 23.190 39.909 2.157 13.270 28.363 15.298 8.630 4.867 35.592 28.524 43.755 10.355 4.763 3.505 15.971 41.369 18.967 8.607 19.016 12.247 17.205 7.144 6.849 12.671 19.961 26.187 31.565 8.390 8.569 4.592 31.505 17.412 14.913 16.094 26.762 32.546 15.537 17.885 17.345 16.269 27.329 28.324 25.535 23.524 31.941 14.217 22.433 31.608 14.207 21.232 27.532 29.808 8.182 11.390 4818 chr17 44437208 44454120 + 0 NA Intergenic Intergenic -4515 NR_033799 728806 Hs.735097 NR_033799 NSFP1 NSFP N-ethylmaleimide-sensitive factor pseudogene 1 pseudo 3.443 2.704 nan 2.456 1.492 0.872 2.295 2.303 4.452 2.087 1.411 1.853 0.993 0.396 2.921 0.975 0.522 0.216 0.919 0.460 0.646 0.460 1.910 1.057 3.256 1.431 1.347 0.911 0.652 0.565 2.373 nan 1.343 3.883 0.666 1.980 1.336 1.081 0.069 0.348 0.769 2.144 0.702 0.337 1.061 0.538 3.872 1.030 1.260 2.550 1.064 2.354 0.975 1.144 1.184 3.256 1.882 1.536 0.471 1.990 2.021 0.499 1.064 1.250 0.764 0.759 0.412 1.762 1.577 2.624 3.315 1.442 nan 2.894 0.911 12.648 13.011 1.841 2.215 2.323 nan 3.636 3.509 1.573 2.526 4.025 5.405 3.049 4.386 3.150 1.602 3011 chr12 122109365 122135307 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -14776 NM_173855 283385 Hs.434154 NM_173855 ENSG00000139714 MORN3 - MORN repeat containing 3 protein-coding 1.327 1.464 1.492 0.446 1.053 0.615 0.578 0.556 0.996 0.157 0.333 0.334 0.175 0.178 1.017 1.113 0.252 0.245 0.398 0.131 0.294 0.149 0.357 0.357 0.885 0.277 0.178 0.339 0.315 0.130 0.450 1.445 0.234 1.530 0.214 0.471 0.501 0.482 0.141 0.154 0.550 0.394 0.242 0.181 0.219 0.210 0.532 0.343 0.708 0.777 0.397 0.503 1.113 0.550 0.563 0.885 0.278 0.143 0.250 1.077 0.516 0.228 0.271 0.329 0.135 0.100 0.098 1.119 1.591 1.706 1.748 1.373 1.273 nan 1.208 1.038 1.115 0.636 1.105 2.999 3.636 1.037 0.736 0.617 0.728 1.975 2.183 0.668 1.318 1.820 0.989 10881 chr8 30577563 30587502 + 0 NA intron (NM_000637, intron 1 of 12) MER4C|LTR|ERV1 2984 NM_001195104 2936 Hs.271510 NM_000637 ENSG00000104687 GSR GR|HEL-75|HEL-S-122m glutathione-disulfide reductase protein-coding 1.929 1.446 nan 2.687 0.906 1.221 3.974 0.742 1.232 0.905 2.920 3.312 2.418 0.505 0.894 1.418 0.950 0.292 1.266 0.507 3.361 0.642 0.727 0.390 1.593 3.936 4.521 0.473 1.664 1.397 0.954 2.002 1.380 4.369 1.828 4.125 0.385 1.349 0.169 1.071 0.386 1.247 1.119 0.664 1.195 1.358 3.108 1.681 4.864 1.405 2.113 2.534 1.418 1.511 1.017 1.593 2.493 2.712 0.235 1.294 1.248 1.378 0.199 0.867 1.278 0.283 0.134 2.738 2.918 2.913 5.657 3.985 3.245 3.336 1.148 11.892 12.386 1.432 1.930 1.767 2.870 2.043 1.931 0.797 1.384 2.188 3.099 3.047 2.590 1.920 1.212 3250 chr13 93472535 93477099 + 0 NA intron (NM_004466, intron 7 of 7) intron (NM_004466, intron 7 of 7) -100950 NR_046520 100873969 Hs.577863 NR_046520 ENSG00000235984 GPC5-AS1 - GPC5 antisense RNA 1 ncRNA 1.094 1.180 1.070 0.032 1.462 0.147 0.047 0.531 1.831 0.041 0.051 0.280 3.130 1.101 0.561 0.165 0.105 0.047 0.042 2.117 0.756 3.719 0.015 0.001 0.104 0.335 0.772 0.016 1.045 0.064 0.012 0.189 0.047 0.070 0.026 0.385 0.100 0.013 0.017 0.018 0.051 0.082 0.018 0.062 0.052 0.015 0.561 0.031 0.040 3.719 0.036 0.049 0.013 5.079 0.070 0.108 0.054 0.017 0.625 0.553 0.669 0.474 2.423 3.306 11.160 9.908 0.185 0.155 0.345 0.443 13.490 6.822 0.372 0.190 0.226 0.369 2.139 3.459 0.292 1.075 0.969 0.484 3098 chr13 27551314 27559846 + 0 NA Intergenic Intergenic -144090 NR_046547 100874070 Hs.524923 NR_046547 USP12-AS1 - USP12 antisense RNA 1 ncRNA 0.664 0.573 1.023 0.092 0.266 0.026 0.869 0.112 0.145 0.090 0.737 1.082 5.512 0.535 0.072 0.111 0.255 0.132 0.260 0.401 0.038 0.092 0.143 0.131 0.991 0.856 0.856 0.281 0.371 0.099 0.218 0.198 0.320 0.069 5.148 0.026 0.060 2.235 0.111 2.441 0.412 0.155 0.860 0.278 0.246 1.803 3.055 0.206 1.245 0.733 0.111 0.142 4.472 0.131 0.199 2.254 0.092 2.282 1.227 1.499 0.284 0.072 0.426 0.263 0.064 0.833 0.862 0.382 nan 0.882 1.162 0.561 0.193 0.152 0.162 0.316 0.712 0.708 0.771 1.178 0.761 0.640 0.690 0.039 0.045 0.159 0.342 0.595 0.316 2411 chr12 3065853 3070926 + 0 NA promoter-TSS (NM_003213) promoter-TSS (NM_003213) -89 NM_003213 7004 Hs.94865 NM_003213 ENSG00000197905 TEAD4 EFTR-2|RTEF1|TCF13L1|TEF-3|TEF3|TEFR-1|hRTEF-1B TEA domain transcription factor 4 protein-coding 2.591 nan nan 4.389 2.627 0.841 1.635 0.380 0.949 1.350 4.920 1.833 2.754 0.685 1.383 1.315 0.094 2.058 0.746 4.294 1.526 1.079 0.682 0.930 1.893 2.664 2.734 4.721 1.016 2.216 5.173 1.706 4.051 0.636 2.523 0.189 6.465 0.188 0.795 1.447 5.515 5.356 2.078 2.628 2.135 2.983 3.599 6.484 7.313 2.143 1.871 1.383 3.088 3.185 0.930 1.035 2.362 0.671 14.773 0.019 1.591 1.998 1.345 1.345 3.323 2.011 2.792 3.564 4.062 6.191 nan 1.856 4.771 1.316 3.297 2.591 3.328 5.170 1.988 3.577 2.574 2.877 1.860 3.084 1.650 1.026 3.246 nan 0.774 0.942 3905 chr15 37383875 37406845 + 0 NA Intergenic Intergenic -1860 NM_001220482 4212 Hs.510989 NM_002399 ENSG00000134138 MEIS2 CPCMR|HsT18361|MRG1 Meis homeobox 2 protein-coding 2.871 nan nan 0.707 0.818 0.630 1.396 0.623 1.154 0.895 0.793 1.505 0.281 0.324 1.180 1.762 2.115 0.315 1.177 0.446 0.087 3.580 1.376 1.060 0.459 0.628 0.633 0.337 0.859 0.165 1.618 2.855 0.901 2.800 0.535 1.350 2.818 4.433 0.128 0.361 1.573 0.798 1.282 0.651 0.631 0.448 0.982 2.021 1.095 2.031 1.035 0.955 1.762 0.816 1.365 0.459 0.990 0.817 0.314 1.499 0.194 1.035 1.349 1.679 1.477 0.426 0.233 1.250 2.091 0.647 0.996 2.794 2.525 1.391 0.544 1.519 1.576 2.259 3.084 1.230 2.031 2.067 2.178 1.473 3.295 8.401 6.860 4.072 4.156 1.094 0.706 1129 chr1 218646002 218676751 + 0 NA intron (NR_031644, intron 2 of 6) MIR3|SINE|MIR -22061 NR_146760 440714 Hs.146774 NR_146760 ENSG00000228208 C1orf143 - chromosome 1 open reading frame 143 (putative) ncRNA 1.235 1.138 1.118 1.917 0.478 0.049 2.150 0.340 0.709 0.486 2.640 3.473 0.847 0.046 0.035 0.952 1.327 0.257 1.087 0.568 2.668 0.402 0.247 0.202 0.085 5.129 3.167 0.339 1.094 2.183 0.354 0.708 0.734 nan 1.060 1.238 0.223 0.120 0.100 0.564 0.098 1.518 1.628 0.770 2.403 0.837 1.697 1.775 0.977 0.257 0.141 1.078 0.952 0.853 1.008 0.085 0.231 0.893 0.038 0.665 0.126 1.903 0.029 0.133 1.473 3.289 2.615 0.438 0.372 2.004 7.488 0.569 0.700 nan 0.625 0.414 0.420 0.183 nan 0.441 0.398 0.391 0.210 0.114 0.144 0.788 1.104 0.288 0.527 0.875 0.692 1143 chr1 222883802 222887847 + 0 NA promoter-TSS (NM_001288580) promoter-TSS (NM_001288580) 40 NM_022831 64853 Hs.156625 NM_022831 ENSG00000186063 AIDA C1orf80 axin interactor, dorsalization associated protein-coding 7.154 nan 5.998 4.853 10.151 5.709 4.873 4.163 8.543 2.375 5.077 4.718 2.928 1.686 4.154 5.129 4.969 0.549 4.445 1.029 2.753 3.154 4.938 2.023 7.136 5.346 6.462 3.188 4.390 2.835 5.442 7.908 4.098 17.213 2.377 6.653 1.926 5.030 0.124 1.966 3.400 6.160 5.998 2.813 5.773 3.418 4.265 6.766 5.042 3.945 4.040 4.039 5.129 3.759 4.556 7.136 2.746 2.760 1.250 4.746 3.835 5.815 1.989 2.648 2.776 4.142 2.726 8.535 9.862 11.780 16.118 14.312 nan 10.976 5.009 20.704 21.935 4.283 5.545 10.283 14.105 7.078 7.092 1.835 3.645 7.072 9.195 5.876 8.200 4.015 1.804 7178 chr21 34481525 34491856 + 0 NA intron (NR_109961, intron 2 of 2) intron (NR_109961, intron 2 of 2) 9316 NR_109961 101928107 Hs.382669 NR_109961 ENSG00000226527 LOC101928107 - uncharacterized LOC101928107 ncRNA 1.600 0.560 0.890 0.042 0.419 0.054 0.045 0.171 0.378 0.009 0.068 0.044 0.018 0.029 0.093 0.295 0.101 0.141 0.041 0.024 0.045 0.056 0.149 0.027 0.042 0.083 0.060 0.129 0.254 0.124 0.635 0.014 0.031 0.009 0.084 0.040 0.012 0.181 0.119 0.023 0.046 0.022 0.015 0.019 0.173 0.047 0.061 0.053 0.032 0.295 0.063 0.027 0.149 0.011 0.806 0.099 0.033 0.031 0.552 0.167 0.022 0.011 0.005 6.586 7.757 2.945 1.968 0.727 0.629 0.055 0.098 2.339 2.125 0.225 0.383 1.763 1.797 2.664 2.847 1.894 1.922 0.044 0.064 0.303 0.551 nan 0.518 6964 chr20 36005295 36028210 + 0 NA intron (NM_198291, intron 5 of 13) intron (NM_198291, intron 5 of 13) 42221 NM_198291 6714 Hs.195659 NM_005417 ENSG00000197122 SRC ASV|SRC1|THC6|c-SRC|p60-Src SRC proto-oncogene, non-receptor tyrosine kinase protein-coding 1.647 1.196 0.842 0.352 0.824 0.426 2.005 0.346 0.664 0.104 1.594 2.862 0.013 0.060 0.508 1.907 0.172 0.091 0.475 0.331 1.144 0.163 0.118 0.101 1.745 1.034 1.127 0.203 0.187 0.110 0.263 nan 0.195 0.984 0.161 6.922 0.046 0.348 0.132 0.170 0.905 0.385 0.369 0.189 0.338 0.522 0.235 0.459 6.579 0.697 0.076 0.310 1.907 0.373 2.208 1.745 0.796 0.159 0.331 0.581 0.453 0.389 0.698 0.507 0.462 0.186 0.079 1.884 2.703 0.454 0.577 1.670 nan 1.101 0.367 1.288 1.393 0.623 1.165 1.839 2.526 1.493 1.616 0.833 1.334 0.188 0.388 1.018 nan 0.398 0.313 2848 chr12 89545281 89676299 + 0 NA Intergenic Intergenic 135846 NM_001946 1848 Hs.298654 NM_001946 ENSG00000139318 DUSP6 HH19|MKP3|PYST1 dual specificity phosphatase 6 protein-coding 0.728 1.114 0.709 0.259 0.314 0.176 0.600 0.135 0.257 0.078 0.219 0.130 0.072 0.130 0.082 0.251 0.420 0.156 0.361 0.292 0.087 0.271 0.093 0.161 0.185 0.451 0.186 0.035 0.654 0.525 2.556 5.421 2.252 0.998 0.436 0.233 0.033 0.166 0.150 0.420 0.034 0.255 0.051 0.041 0.458 0.201 0.553 0.387 0.288 0.194 0.272 0.892 0.251 0.298 0.135 0.185 0.412 0.203 0.026 0.196 0.092 0.095 0.038 0.080 0.097 0.027 0.033 0.363 0.222 0.288 0.472 0.420 0.499 0.582 0.220 0.281 0.284 0.415 0.616 1.284 0.979 0.423 0.195 0.109 0.199 0.114 0.217 0.168 0.220 0.782 0.774 6802 chr20 3174539 3207561 + 0 NA intron (NM_001267623, intron 1 of 5) intron (NM_001267623, intron 1 of 5) 1044 NM_181493 3704 Hs.415299 NM_033453 ENSG00000125877 ITPA C20orf37|HLC14-06-P|ITPase|My049|NTPase|dJ794I6.3 inosine triphosphatase protein-coding 1.543 3.116 1.409 0.733 1.394 1.301 0.858 0.587 1.003 0.347 1.148 0.615 0.254 1.683 1.610 0.982 0.462 0.148 0.735 0.264 0.422 0.530 1.193 0.560 2.622 1.123 1.064 0.751 0.287 0.505 2.132 3.904 1.394 3.916 0.515 1.328 0.373 0.659 0.110 0.286 0.529 0.787 1.451 0.699 1.029 0.624 0.717 0.576 1.595 0.984 0.408 1.129 0.982 0.476 0.724 2.622 0.708 1.139 0.590 0.942 1.432 1.098 0.402 0.485 0.319 0.412 0.222 2.507 2.764 1.336 1.868 3.426 3.261 4.585 1.227 2.484 2.731 1.520 2.100 5.147 5.314 1.886 1.784 1.152 1.715 1.654 1.847 1.005 1.773 1.680 0.685 1961 chr11 60666239 60682850 + 0 NA promoter-TSS (NM_014502) promoter-TSS (NM_014502) -483 NM_014502 27339 Hs.502705 NM_014502 ENSG00000110107 PRPF19 NMP200|PRP19|PSO4|SNEV|UBOX4|hPSO4 pre-mRNA processing factor 19 protein-coding nan 1.881 2.879 1.321 2.581 1.878 1.097 0.968 1.732 0.339 1.249 0.807 0.298 0.663 1.247 1.708 0.974 0.117 0.972 0.407 1.122 0.577 0.969 0.425 1.813 0.720 0.627 0.738 0.874 0.492 0.961 1.840 1.109 2.904 0.617 1.034 0.436 1.210 0.147 0.354 0.583 1.675 1.467 0.748 0.749 0.539 1.532 1.492 1.318 1.118 0.510 0.617 1.708 1.032 1.247 1.813 0.565 0.573 0.756 1.295 0.921 1.110 0.560 0.533 0.841 0.510 0.328 2.788 2.743 2.031 3.116 4.480 3.942 4.455 1.898 2.928 3.115 2.683 3.541 3.095 4.259 3.140 3.585 1.438 2.129 2.546 2.912 2.131 2.382 2.168 1.277 386 chr1 53994282 54014858 + 0 NA intron (NM_147193, intron 3 of 9) intron (NM_147193, intron 3 of 9) 79498 NM_033067 63948 Hs.131654 NM_033067 ENSG00000143006 DMRTB1 - DMRT like family B with proline rich C-terminal 1 protein-coding 1.469 0.700 0.996 0.056 0.094 0.193 0.234 0.116 0.248 0.070 0.317 1.044 0.018 0.029 0.120 0.553 0.715 0.155 0.149 0.051 0.046 0.027 0.121 0.109 0.087 0.912 0.785 0.050 0.063 0.082 nan 0.065 0.472 0.007 0.252 0.056 0.084 0.092 0.006 0.117 0.641 0.082 0.030 0.063 0.108 0.716 0.136 0.332 0.028 0.038 0.501 0.553 0.077 0.050 0.087 0.047 0.141 1.317 0.111 0.079 0.124 0.091 0.281 0.074 0.048 0.017 0.497 0.660 0.424 0.836 0.793 0.759 0.726 0.289 0.469 0.488 3.030 3.454 0.275 0.482 1.727 2.337 0.408 0.413 0.276 0.336 0.710 nan 0.469 0.552 6256 chr2 96808491 96815144 + 0 NA promoter-TSS (NM_004418) promoter-TSS (NM_004418) -638 NM_004418 1844 Hs.1183 NM_004418 ENSG00000158050 DUSP2 PAC-1|PAC1 dual specificity phosphatase 2 protein-coding 1.954 0.741 3.030 1.228 0.882 6.132 0.739 0.240 0.871 0.042 0.700 3.792 0.018 0.074 0.308 0.388 1.385 0.267 0.406 0.171 0.095 0.499 1.553 0.603 1.157 0.208 0.055 1.081 0.918 0.144 0.602 2.406 0.254 1.071 0.197 2.561 0.287 0.229 0.060 0.231 0.118 0.290 0.858 0.323 0.408 0.206 1.247 0.165 0.477 1.155 0.607 1.403 0.388 0.686 0.997 1.157 0.718 0.247 1.395 11.999 1.554 0.797 0.889 1.228 0.344 0.035 0.015 4.711 5.523 1.578 2.818 1.219 1.166 3.453 1.170 3.718 3.445 1.501 2.115 2.064 3.136 2.509 3.478 1.455 2.592 1.486 1.202 0.475 0.682 2.256 1.289 11302 chr8 131262482 131284698 + 0 NA intron (NM_001247996, intron 4 of 30) MamRep137|DNA|TcMar? 35189 NR_002765 29065 Hs.639318 NR_002765 ASAP1-IT1 ASAP1-IT|ASAP1IT|ASAP1IT1|DDEF1IT1|HSPC054|NCRNA00050 ASAP1 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.858 0.937 2.958 0.163 0.083 2.847 0.180 0.387 1.811 3.357 1.297 0.933 0.090 0.139 0.237 1.863 0.342 2.074 0.982 0.566 0.075 0.063 0.110 0.129 1.215 0.703 0.113 1.351 2.479 0.472 1.554 0.435 0.512 1.706 0.090 0.047 0.078 0.087 0.319 0.100 0.582 2.503 0.908 2.102 2.308 3.468 3.607 0.568 0.568 0.049 0.988 0.237 1.886 0.184 0.129 0.369 0.122 0.056 0.073 0.089 0.623 0.082 0.206 0.818 1.004 0.474 0.368 0.276 0.427 0.741 0.511 0.569 0.504 0.202 nan 1.050 0.900 1.144 0.250 0.270 0.377 0.197 0.264 0.475 0.278 0.568 0.311 0.782 0.700 0.534 1457 chr10 45864613 45873856 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320862) promoter-TSS (NM_001320862) -380 NM_001256154 240 Hs.89499 NM_000698 ENSG00000012779 ALOX5 5-LO|5-LOX|5LPG|LOG5 arachidonate 5-lipoxygenase protein-coding 0.790 nan 1.255 0.295 0.151 0.415 0.122 0.087 0.217 0.010 0.042 0.079 0.014 0.011 0.472 0.097 0.079 0.017 0.063 0.062 0.027 0.030 0.120 0.108 1.036 0.231 0.125 0.024 0.496 0.115 0.106 0.216 0.061 2.266 0.016 0.053 0.010 0.070 0.088 0.039 0.156 0.135 0.053 0.084 1.673 0.554 2.120 0.097 0.413 0.084 0.236 0.389 0.097 0.077 0.059 1.036 0.212 0.080 0.053 0.245 0.340 0.034 1.308 0.119 0.019 0.039 5.646 2.824 8.573 4.257 0.195 0.161 0.527 0.160 0.989 0.927 0.183 0.390 1.163 1.499 0.910 1.035 2.223 2.493 0.096 0.116 0.408 0.949 1.356 0.557 1261 chr1 245125869 245138402 + 0 NA non-coding (NR_111907, exon 2 of 2) non-coding (NR_111907, exon 2 of 2) -1036 NM_032328 84288 Hs.134857 NM_032328 ENSG00000203666 EFCAB2 CFAP200|DRC8 EF-hand calcium binding domain 2 protein-coding nan 5.223 nan 3.272 6.299 4.073 2.817 3.699 6.350 1.002 2.778 3.013 1.090 0.955 2.961 4.347 3.316 0.528 2.456 0.937 1.846 2.952 3.258 1.666 4.770 3.101 3.918 1.692 3.776 2.425 3.031 4.340 3.658 6.913 1.310 5.423 1.112 3.581 0.181 1.377 2.785 3.648 3.760 1.430 2.315 2.549 2.305 4.131 3.355 2.365 4.048 4.431 4.347 3.184 2.654 4.770 1.151 2.598 1.041 2.026 2.169 3.509 1.330 1.998 1.910 2.863 1.943 6.114 6.873 7.491 10.278 10.292 10.093 7.148 6.643 14.458 15.615 4.166 4.760 4.836 8.669 5.872 6.158 2.930 3.781 6.005 4.932 7.605 5.939 2.234 1.493 5155 chr18 10656127 10662976 + 0 NA Intergenic Intergenic -2379 NR_110777 101927410 Hs.436902 NR_110777 ENSG00000260779 LOC101927410 - uncharacterized LOC101927410 ncRNA 2.854 1.116 0.820 0.148 0.452 0.334 0.072 0.002 0.236 0.014 0.068 0.027 0.027 0.015 0.131 0.036 0.097 0.118 0.091 0.045 0.041 0.113 0.203 0.052 0.091 0.017 0.011 0.280 0.031 0.106 1.012 0.115 0.480 0.021 0.063 0.028 0.064 0.118 0.133 0.122 0.018 0.023 0.479 0.048 0.028 0.193 0.036 0.031 0.183 0.058 0.036 0.042 0.027 0.052 0.088 0.048 0.228 0.094 0.075 0.093 0.116 0.018 0.022 0.008 4.285 8.150 0.593 0.446 0.643 0.704 23.660 19.487 0.301 0.289 0.333 0.573 0.748 0.839 0.562 0.214 0.211 0.288 0.233 0.213 0.072 0.188 1.224 0.978 11248 chr8 123134329 123164362 + 0 NA Intergenic Intergenic 431538 NR_131202 105375734 Hs.628341 NR_131202 SMILR - smooth muscle induced lncRNA, enhancer of proliferation ncRNA nan nan nan 0.296 0.089 0.022 0.339 0.123 0.273 0.006 0.220 2.069 0.014 0.037 0.091 0.068 0.206 0.096 0.327 0.290 0.085 0.641 0.021 0.083 0.064 0.046 0.027 0.010 0.315 0.775 0.304 0.642 0.236 nan 0.731 0.060 0.013 0.058 0.078 0.614 0.013 0.135 0.189 0.182 0.834 0.133 0.414 4.165 0.062 0.176 0.021 0.115 0.068 0.650 0.120 0.064 0.212 0.069 0.010 0.046 0.037 0.238 0.039 0.029 0.900 0.303 0.509 0.278 0.125 0.194 0.335 0.323 0.426 0.172 0.109 nan nan 0.186 0.314 0.113 0.134 0.344 0.068 0.144 0.237 0.076 0.130 0.135 0.191 0.184 0.305 11843 chr9 137295839 137307277 + 0 NA intron (NM_001291920, intron 4 of 9) MIRb|SINE|MIR 3130 NM_001291921 6256 Hs.590886 NM_002957 ENSG00000186350 RXRA NR2B1 retinoid X receptor alpha protein-coding nan 2.347 0.900 0.440 0.183 3.386 2.279 0.451 1.073 1.194 2.479 2.193 0.049 0.105 1.411 2.769 1.709 0.466 1.795 0.915 2.366 0.093 0.081 0.079 3.101 3.019 3.564 0.226 0.783 0.268 1.372 4.459 0.469 4.163 1.245 9.539 0.310 0.186 0.049 1.089 0.209 0.884 0.776 0.425 0.418 0.456 2.224 0.960 5.170 0.352 0.905 3.078 2.769 3.487 2.320 3.101 2.020 4.386 0.884 0.354 2.667 1.463 0.250 0.064 0.603 0.053 0.027 0.863 0.796 1.532 3.855 2.311 2.476 nan 0.132 1.362 1.259 0.671 1.058 2.757 4.107 1.168 1.092 0.639 0.708 1.542 2.309 0.331 0.208 1.573 0.786 11318 chr8 134777632 134784923 + 0 NA Intergenic Intergenic 8318 NR_125422 101927798 Hs.615036 NR_125422 ENSG00000253165 LOC101927798 - uncharacterized LOC101927798 ncRNA nan 0.565 1.496 1.096 0.100 0.066 0.428 0.061 0.260 1.013 0.202 0.050 0.055 0.073 0.155 0.093 0.068 0.029 0.052 0.058 0.021 0.034 0.033 0.113 0.054 0.093 0.043 0.210 0.749 0.127 0.448 0.080 0.096 0.013 0.044 0.052 0.032 0.054 0.148 0.042 0.032 0.120 0.497 1.808 0.274 0.212 0.040 0.109 0.477 0.155 0.088 0.051 0.033 0.050 6.430 0.041 0.055 0.014 0.033 0.755 0.033 0.031 0.047 0.007 0.288 0.446 0.325 0.569 0.286 0.508 0.134 0.083 nan 1.025 0.093 0.231 0.096 0.110 0.480 0.234 0.630 0.565 0.110 0.107 0.233 0.307 0.266 0.295 2970 chr12 116004160 116024146 + 0 NA Intergenic Intergenic 572306 NR_030351 693205 NR_030351 ENSG00000207967 MIR620 MIRN620|hsa-mir-620 microRNA 620 ncRNA nan nan 0.366 0.054 0.192 3.590 0.067 0.153 0.315 0.005 0.071 0.051 0.012 0.030 0.199 0.647 0.102 0.057 0.037 0.009 0.028 0.039 0.117 0.592 0.010 0.040 0.011 0.037 0.077 0.051 0.057 0.508 0.008 0.069 0.010 0.038 0.111 0.023 0.212 0.092 0.015 0.023 0.016 0.046 0.116 0.209 0.126 0.039 0.107 0.159 0.647 0.028 0.026 0.592 0.086 0.058 0.010 0.038 0.091 0.012 0.099 0.080 0.065 0.020 0.013 0.314 0.188 0.116 0.137 nan nan nan 0.044 0.568 0.597 0.142 0.212 nan nan 0.215 0.073 0.194 0.265 0.073 0.092 0.274 0.362 nan 0.332 4467 chr16 81612558 81621050 + 0 NA intron (NM_030629, intron 1 of 20) intron (NM_030629, intron 1 of 20) -28149 NR_106759 102465251 NR_106759 ENSG00000275109 MIR6504 hsa-mir-6504 microRNA 6504 ncRNA nan 0.879 1.378 2.017 0.820 0.170 4.593 0.151 0.306 2.137 0.476 0.676 0.029 0.166 0.154 0.817 0.194 0.038 4.719 2.476 1.630 0.065 0.145 0.124 1.319 3.078 2.026 0.322 4.222 2.607 2.192 6.946 3.399 0.926 4.603 0.113 0.045 0.090 0.102 1.540 0.102 0.317 1.887 0.850 3.466 4.165 1.653 0.209 1.281 0.293 0.102 3.338 0.817 7.071 6.559 1.319 1.888 3.585 0.230 0.372 0.072 1.355 0.105 0.230 0.125 0.393 0.234 0.447 0.411 0.291 0.578 0.643 0.484 0.363 0.205 1.715 1.573 1.016 1.272 0.828 1.776 1.112 1.327 0.421 0.452 0.133 0.249 0.467 0.974 0.713 0.698 11328 chr8 136637306 136645294 + 0 NA intron (NM_006558, intron 7 of 8) intron (NM_006558, intron 7 of 8) 171592 NM_006558 10656 Hs.444558 NM_006558 ENSG00000131773 KHDRBS3 Etle|SALP|SLM-2|SLM2|T-STAR|TSTAR|etoile KH RNA binding domain containing, signal transduction associated 3 protein-coding nan 0.679 1.203 0.140 0.120 0.062 0.027 0.180 0.309 0.024 0.097 0.067 0.070 0.101 0.066 0.146 0.133 0.121 0.013 0.071 0.023 0.118 0.051 0.121 0.017 0.028 0.057 0.094 0.091 0.110 0.159 0.511 0.070 0.012 0.055 0.055 0.011 0.096 0.115 0.038 0.038 0.013 0.153 0.132 0.138 0.061 0.027 7.535 0.072 0.146 0.080 0.035 0.121 0.108 0.064 0.049 0.022 0.025 0.048 0.113 0.216 0.029 0.022 0.006 0.297 0.202 0.224 0.480 0.466 0.426 0.719 0.275 nan 0.788 0.518 0.724 0.239 0.269 0.448 0.141 0.150 0.333 0.112 0.191 0.358 0.661 0.572 0.544 161 chr1 23511438 23530267 + 0 NA 5' UTR (NM_000864, exon 1 of 1) 5' UTR (NM_000864, exon 1 of 1) 370 NM_000864 3352 Hs.121482 NM_000864 ENSG00000179546 HTR1D 5-HT1D|HT1DA|HTR1DA|HTRL|RDC4 5-hydroxytryptamine receptor 1D protein-coding 0.795 0.773 nan 1.836 0.157 0.068 3.629 0.094 0.250 1.013 2.646 3.438 0.429 0.038 0.133 0.292 0.481 0.369 1.384 0.925 1.168 0.051 0.133 0.186 0.076 2.820 2.571 1.659 2.275 1.754 0.272 0.803 0.850 0.568 1.578 2.720 0.010 0.106 0.156 0.865 0.072 6.436 2.032 1.044 1.387 1.581 2.022 5.245 1.403 1.575 0.804 1.290 0.292 3.500 4.469 0.076 0.512 0.356 0.063 2.488 0.027 1.513 0.026 0.033 1.768 1.126 1.019 0.270 0.176 0.274 0.524 0.610 0.681 0.522 0.170 0.336 0.416 0.397 0.771 0.301 0.439 0.435 0.225 0.238 0.205 0.147 0.259 0.298 0.442 0.317 0.455 7881 chr3 141079198 141090395 + 0 NA intron (NM_001080412, intron 1 of 7) L2|LINE|L2 -20492 NM_001350099 253461 Hs.518301 NM_152535 ENSG00000177311 ZBTB38 CIBZ|PPP1R171|ZNF921 zinc finger and BTB domain containing 38 protein-coding 1.177 nan nan 5.264 0.765 0.062 5.169 0.215 0.384 1.053 2.835 2.604 0.126 0.797 0.105 0.182 2.804 0.157 3.187 1.235 5.590 0.074 0.154 0.277 0.195 2.467 2.465 0.324 7.002 4.329 2.017 4.397 2.221 0.252 1.428 7.718 0.038 0.071 0.081 2.046 0.050 8.776 3.029 1.114 3.708 2.735 0.516 4.946 4.787 3.551 1.685 5.174 0.182 2.616 7.619 0.195 2.078 2.855 0.035 0.507 0.654 3.524 0.062 0.351 3.188 5.787 6.814 0.426 0.350 0.451 1.355 0.285 0.396 nan 0.596 0.390 0.396 0.319 nan 0.546 nan nan 0.479 0.191 0.297 0.090 0.145 0.493 1.537 0.771 0.537 11548 chr9 38224866 38235805 + 0 NA Intergenic Intergenic -161125 NM_003028 6461 Hs.521482 NM_003028 ENSG00000107338 SHB bA3J10.2 SH2 domain containing adaptor protein B protein-coding 1.305 nan 3.666 0.099 1.188 2.191 0.808 0.699 1.345 0.646 0.945 0.488 0.097 0.102 1.031 2.120 0.643 0.074 1.701 0.982 0.069 0.026 0.346 0.263 1.414 0.228 0.067 0.108 0.340 0.338 1.069 3.903 0.252 3.034 1.121 0.187 0.260 0.109 0.057 0.172 0.160 2.583 0.177 0.136 0.915 0.524 0.887 0.250 0.446 0.230 0.108 0.993 2.120 1.733 0.034 1.414 0.146 0.437 0.071 0.736 0.317 0.658 0.126 1.531 0.132 0.037 0.009 0.322 0.529 0.610 1.456 2.505 2.044 6.435 1.548 0.464 0.588 0.246 0.500 3.199 2.991 1.158 1.053 0.435 0.578 1.367 1.624 0.896 3.067 2.773 1.553 11340 chr8 140833176 140878300 + 0 NA intron (NM_001321646, intron 20 of 21) MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -140439 NM_001282534 51305 Hs.493037 NM_001282534 ENSG00000169427 KCNK9 K2p9.1|KT3.2|TASK-3|TASK3 potassium two pore domain channel subfamily K member 9 protein-coding 1.389 0.890 nan 0.088 1.649 1.510 0.104 0.278 0.548 0.015 0.086 0.078 0.010 2.334 1.600 0.272 0.070 0.054 0.073 0.013 0.028 0.037 0.142 0.074 1.413 0.053 0.044 0.039 0.077 0.012 0.093 0.294 0.068 3.011 0.039 0.046 0.105 0.039 0.067 0.018 0.063 0.183 0.043 0.012 0.027 0.039 0.071 0.199 0.162 0.074 0.035 0.065 0.272 0.102 0.043 1.413 0.011 0.087 0.191 0.112 3.135 0.026 0.105 0.085 0.017 0.022 0.008 0.329 0.326 0.214 0.279 nan 1.368 nan 0.960 0.386 0.401 0.350 0.524 1.856 2.008 0.809 0.919 0.396 0.489 0.462 0.674 0.196 0.258 0.625 0.468 10080 chr6 167615181 167620399 + 0 NA Intergenic L4|LINE|RTE 33709 NM_001145121 401285 Hs.691976 NM_001013683 ENSG00000166984 TCP10L2 - t-complex 10 like 2 protein-coding 0.761 nan 0.798 0.062 0.389 0.187 4.065 0.092 0.197 0.119 0.767 0.035 0.074 0.208 2.795 0.159 0.691 0.731 0.012 0.176 0.063 0.150 8.183 9.628 0.056 0.196 0.403 0.681 1.869 0.256 3.734 1.265 0.050 0.073 0.043 0.131 1.705 0.015 0.045 0.116 0.116 0.441 3.672 0.037 0.095 0.346 0.042 0.153 0.064 2.795 1.287 0.409 0.150 0.117 0.158 0.149 0.061 0.020 2.621 0.019 0.072 2.072 0.240 0.125 0.477 0.401 0.377 0.443 0.625 0.533 0.168 0.106 0.161 0.073 0.107 0.144 1.329 2.733 nan 0.256 0.277 0.317 0.218 0.301 0.105 0.154 0.768 0.617 8490 chr4 102563075 102574063 + 0 NA Intergenic Intergenic -143195 NM_017935 55024 Hs.480400 NM_017935 ENSG00000153064 BANK1 BANK B cell scaffold protein with ankyrin repeats 1 protein-coding 0.714 nan nan 0.105 0.265 0.020 0.123 0.189 0.283 0.278 0.070 0.084 0.034 0.009 0.056 0.108 0.089 0.044 0.086 0.035 0.028 0.013 0.184 0.138 0.240 0.006 0.013 0.020 0.075 0.044 0.102 0.688 0.173 0.632 0.242 0.054 0.018 0.065 0.071 0.080 0.051 0.011 0.021 0.115 0.035 0.219 0.127 0.077 0.032 0.018 0.109 0.108 0.052 0.034 0.240 0.090 0.240 0.072 0.037 0.102 0.036 0.045 0.034 0.028 0.010 0.005 0.183 0.109 0.338 nan 0.178 0.241 0.182 0.055 0.102 0.151 5.209 5.501 0.307 0.295 0.440 0.188 0.130 0.115 0.100 0.078 0.208 nan 0.427 0.292 6168 chr2 65656349 65666482 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -1759 NM_181784 200734 Hs.59332 NM_181784 ENSG00000198369 SPRED2 Spred-2 sprouty related EVH1 domain containing 2 protein-coding 5.605 2.366 nan 2.192 2.806 3.134 3.873 2.133 3.490 1.075 3.505 6.185 1.061 3.250 2.694 2.621 3.544 0.223 3.750 1.344 6.679 5.677 0.960 0.469 2.540 2.314 2.583 1.908 3.793 1.080 7.955 11.801 6.088 8.790 1.169 3.233 0.236 6.200 0.205 2.574 2.060 3.037 3.279 1.315 1.702 0.920 2.907 3.401 5.236 4.992 5.780 2.069 2.621 6.367 4.769 2.540 1.664 1.119 0.941 7.490 4.133 1.641 0.302 0.645 2.043 1.916 1.139 1.238 2.331 3.525 5.249 4.251 2.935 nan 2.016 8.505 8.885 2.759 3.284 5.212 7.507 3.472 2.852 0.668 1.292 1.233 1.209 1.443 1.753 3.318 2.145 2318 chr11 119990709 120009916 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330382) promoter-TSS (NM_001330382) -691 NM_001330382 23650 Hs.504115 NM_012101 ENSG00000137699 TRIM29 ATDC tripartite motif containing 29 protein-coding 0.556 0.929 0.522 0.183 0.030 0.198 0.193 0.133 0.330 0.754 0.160 0.058 0.322 0.005 0.202 0.829 0.030 0.957 0.336 0.046 0.007 0.196 0.183 0.221 0.162 0.094 0.054 0.198 0.494 0.890 1.800 0.192 1.512 0.092 0.042 0.060 0.073 0.093 0.012 0.033 0.230 0.047 0.094 0.131 0.395 2.124 0.167 0.370 0.040 0.078 2.215 0.829 1.826 0.058 0.221 1.598 5.313 0.054 0.057 0.021 0.145 2.770 0.034 0.032 0.018 0.008 0.722 nan 0.275 0.641 0.472 0.551 0.610 0.155 0.390 0.454 0.227 nan 0.167 0.307 0.398 0.220 3.143 5.268 0.508 0.397 0.118 0.228 1.074 0.663 9140 chr5 121645504 121668890 + 0 NA intron (NM_001308107, intron 1 of 8) L2c|LINE|L2 9433 NM_001308100 9627 Hs.426463 NM_005460 ENSG00000064692 SNCAIP SYPH1|Sph1 synuclein alpha interacting protein protein-coding nan 1.196 1.117 0.108 1.489 1.189 0.079 1.171 2.419 0.012 0.097 0.067 0.029 0.039 3.585 0.176 0.087 0.109 0.122 0.033 0.019 0.036 0.961 0.649 2.706 0.026 0.037 0.054 0.058 0.018 0.118 0.151 0.073 5.627 0.050 0.080 0.848 0.070 0.123 0.020 0.264 0.071 0.207 0.151 0.065 0.033 0.066 0.157 0.178 0.248 0.047 0.051 0.176 0.098 0.032 2.706 0.026 0.039 0.012 0.116 1.793 0.013 0.036 0.032 0.043 0.017 0.015 0.233 0.342 0.370 nan 6.720 7.456 0.947 0.217 0.549 0.568 2.380 3.092 2.616 2.415 0.423 0.213 0.112 0.275 3.004 2.625 0.168 0.217 1.687 0.780 4526 chr16 90084293 90090357 + 0 NA promoter-TSS (NM_001288708) promoter-TSS (NM_001288708) -786 NM_001288709 79007 Hs.301394 NM_024043 ENSG00000003249 DBNDD1 - dysbindin domain containing 1 protein-coding nan nan nan 3.222 6.095 2.576 2.547 3.728 6.322 1.161 4.027 2.395 0.388 3.862 3.266 9.358 0.814 0.106 4.610 1.241 2.987 2.152 1.318 0.813 8.497 2.722 2.140 2.027 4.907 1.078 1.550 3.676 3.266 7.178 1.978 3.936 1.838 0.767 0.069 0.780 1.393 4.723 3.327 2.588 2.063 1.638 2.742 1.109 3.959 7.016 3.091 3.705 9.358 5.935 5.536 8.497 1.817 1.948 1.508 4.750 4.486 1.651 2.219 0.939 1.474 0.969 0.590 nan 4.370 3.721 5.527 5.817 5.174 6.615 1.960 nan 4.707 2.632 nan 2.956 5.576 nan 3.834 2.340 5.642 4.437 7.114 3.894 4.276 nan 1.774 7395 chr22 35930256 35951112 + 0 NA intron (NM_014310, intron 1 of 2) intron (NM_014310, intron 1 of 2) 3332 NM_014310 23551 Hs.474711 NM_014310 ENSG00000100302 RASD2 MGC:4834|Rhes|TEM2 RASD family member 2 protein-coding nan 0.712 0.984 0.394 0.140 0.238 0.303 0.313 0.535 0.055 1.068 0.292 0.024 0.047 0.299 0.393 0.123 0.123 0.343 0.064 0.070 0.020 0.236 0.141 0.477 0.259 0.083 0.082 0.500 0.142 0.252 nan 0.241 1.535 0.133 0.170 0.100 0.117 0.079 0.073 0.538 0.225 0.087 0.086 0.125 0.090 0.543 0.456 0.435 0.403 0.299 0.401 0.393 0.246 0.214 0.477 0.101 0.099 0.231 0.721 0.225 0.271 1.257 0.083 0.219 0.064 0.024 1.602 3.224 0.727 nan 0.777 0.731 0.814 0.316 0.695 0.717 0.303 nan 0.425 0.674 0.874 0.553 1.834 3.342 0.489 0.563 0.307 nan 0.983 0.491 11684 chr9 104383455 104402596 + 0 NA intron (NM_133445, intron 3 of 8) MIRb|SINE|MIR -35742 NM_147180 5535 Hs.151167 NM_147180 ENSG00000188386 PPP3R2 PPP3RL protein phosphatase 3 regulatory subunit B, beta protein-coding 0.663 0.736 1.192 0.076 0.291 0.056 0.086 0.231 0.332 0.005 0.063 0.101 0.003 0.021 0.065 0.166 0.102 0.092 0.182 0.026 0.003 0.014 0.130 0.087 0.105 0.015 0.011 0.023 0.064 0.027 0.042 0.070 0.089 0.381 0.031 0.063 0.607 0.011 0.082 0.024 0.091 0.135 0.025 0.037 0.083 0.016 0.041 0.888 0.038 0.082 0.016 0.025 0.166 0.067 0.048 0.105 0.038 0.017 0.043 0.027 0.069 0.021 0.047 0.064 0.032 0.018 0.013 0.196 0.169 0.163 0.266 0.332 0.431 0.465 0.153 0.107 0.112 0.433 0.583 0.632 nan 0.580 0.389 0.092 0.112 1.603 3.194 0.187 0.343 nan 0.597 7415 chr22 38282627 38304181 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -8751 NM_033386 85377 Hs.517610 NM_033386 ENSG00000100139 MICALL1 MICAL-L1|MIRAB13 MICAL like 1 protein-coding 1.837 nan 2.130 3.257 0.192 0.262 1.271 0.387 0.799 2.342 1.478 0.613 0.296 0.365 0.198 0.805 0.572 0.277 1.582 0.758 0.361 0.277 0.154 0.118 0.609 0.238 0.229 0.411 1.489 0.812 2.028 3.462 1.589 0.837 0.744 0.281 0.079 1.020 0.142 0.329 0.206 1.111 0.791 0.380 0.399 0.827 4.582 1.253 1.281 1.247 0.330 1.039 0.805 1.543 0.525 0.609 0.850 0.661 0.427 1.358 0.561 1.359 0.166 0.132 0.426 0.385 0.275 0.691 0.991 1.338 3.541 0.725 0.621 0.766 0.272 0.650 0.671 0.621 nan 0.871 1.297 nan 0.856 0.604 0.702 0.354 0.813 0.502 0.918 0.382 0.315 6699 chr2 230270482 230285699 + 0 NA intron (NM_139072, intron 9 of 12) AluSg|SINE|Alu -142033 NM_017933 55022 Hs.745038 NM_017933 ENSG00000153823 PID1 HMFN2073|NYGGF4|P-CLI1|PCLI1 phosphotyrosine interaction domain containing 1 protein-coding 0.931 nan 0.537 0.360 0.100 1.313 2.462 1.088 2.079 0.809 1.611 1.370 0.591 0.159 0.972 4.083 1.069 0.171 2.105 1.357 0.498 0.009 0.602 0.225 1.153 2.390 1.728 0.446 1.250 1.224 0.749 1.712 1.326 1.710 1.123 8.483 0.019 0.032 0.103 0.627 0.084 1.691 0.832 0.472 1.801 1.432 0.388 0.642 1.448 0.042 0.109 1.240 4.083 1.246 0.601 1.153 0.442 1.309 0.026 0.149 1.668 1.045 0.020 0.047 1.196 0.015 0.016 0.318 0.162 1.104 1.922 2.304 2.426 1.953 0.962 0.090 0.120 0.143 0.224 2.442 nan 0.360 0.208 0.099 0.132 0.088 0.158 0.185 0.283 1.229 0.802 5051 chr17 77801141 77831555 + 0 NA Intergenic CpG -3135 NM_003655 8535 Hs.405046 NM_003655 ENSG00000141582 CBX4 NBP16|PC2 chromobox 4 protein-coding 1.683 1.808 1.834 1.346 1.344 1.821 2.364 1.032 2.199 0.949 2.383 0.663 0.244 1.561 2.035 1.229 0.855 0.271 1.525 0.663 0.652 1.244 0.551 0.326 0.769 1.521 1.362 0.389 1.978 0.656 5.553 11.208 2.241 3.165 1.649 2.121 0.066 1.501 0.125 0.628 0.437 1.127 0.366 0.206 1.048 0.475 0.807 1.116 3.196 0.949 2.183 1.878 1.229 2.619 1.465 0.769 0.732 1.460 0.424 3.275 1.289 0.286 0.531 0.219 0.509 0.197 0.102 1.191 1.806 1.302 2.079 1.650 1.478 1.686 0.479 1.604 1.505 nan 1.153 1.938 2.166 1.308 0.930 1.144 1.378 0.439 0.606 0.523 1.248 nan 0.469 8974 chr5 69646395 69654006 + 0 NA intron (NR_027386, intron 3 of 5).2 intron (NR_027386, intron 3 of 5).2 -60997 NR_033417 653238 Hs.607501 NM_001098729 GTF2H2B - general transcription factor IIH subunit 2B (pseudogene) pseudo 0.618 1.173 0.372 0.086 0.127 0.007 0.132 0.112 0.285 0.013 0.071 0.049 0.016 0.169 0.163 0.355 0.060 0.063 0.042 0.025 0.041 0.073 1.856 1.170 0.141 0.027 0.019 0.038 0.107 0.028 0.043 0.110 0.055 0.244 0.019 0.056 3.679 0.043 0.108 0.025 0.085 0.024 0.041 0.072 0.041 0.113 0.013 0.064 0.085 0.031 0.061 0.355 0.064 0.012 0.141 0.048 0.065 0.088 0.023 0.013 0.031 0.039 0.017 0.010 0.023 0.007 0.268 0.236 0.126 0.303 0.253 0.354 6.826 6.391 0.121 0.115 2.433 2.752 0.192 0.201 0.424 0.131 0.052 0.141 6.091 7.914 0.114 0.178 0.933 0.481 11270 chr8 126007640 126014666 + 0 NA promoter-TSS (NR_134457) promoter-TSS (NR_134457) 433 NM_003129 6713 Hs.71465 NM_003129 ENSG00000104549 SQLE - squalene epoxidase protein-coding nan nan nan 4.941 3.656 1.915 1.897 1.292 2.513 1.346 1.146 2.209 0.353 0.986 3.179 2.579 3.086 0.235 2.505 0.539 0.798 1.431 0.627 0.514 5.215 1.253 0.770 0.818 1.717 2.049 0.653 2.629 1.508 nan 0.773 0.796 0.720 0.969 0.118 0.320 1.406 3.544 2.776 1.358 1.176 0.144 1.817 2.185 1.251 3.477 0.904 2.529 2.579 1.766 6.569 5.215 0.226 0.783 0.539 1.288 1.905 0.530 2.022 1.730 0.475 0.577 0.254 1.643 2.032 1.276 1.411 4.775 5.158 4.264 2.546 nan 13.787 2.639 2.672 1.468 2.196 2.469 2.428 2.364 5.086 1.104 1.121 2.157 4.115 1.374 0.746 9766 chr6 73771432 73799109 + 0 NA intron (NM_001160134, intron 3 of 11) intron (NM_001160134, intron 3 of 11) 67967 NR_046621 100873997 Hs.741819 NR_046621 ENSG00000229154 KCNQ5-AS1 - KCNQ5 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.608 0.333 0.155 0.030 2.606 0.133 0.221 0.007 0.208 0.505 0.020 0.015 0.067 0.166 0.862 0.135 0.640 0.240 0.025 0.020 0.091 0.128 0.134 1.705 1.181 0.008 0.975 1.086 3.134 5.035 0.474 0.353 1.699 0.078 0.047 0.098 0.129 1.155 0.017 0.087 0.050 0.050 0.300 0.506 0.096 0.083 0.124 0.242 0.017 0.085 0.166 0.250 0.167 0.134 0.084 0.030 0.007 0.118 0.037 0.338 0.050 0.175 1.470 4.343 5.690 0.790 0.721 1.287 0.554 0.430 0.456 0.165 0.083 0.342 0.322 0.393 0.559 0.285 0.286 0.416 0.193 0.200 0.262 0.154 0.151 0.236 0.576 0.275 0.337 3378 chr13 114799801 114844487 + 0 NA 5' UTR (NM_001320821, exon 4 of 26) 5' UTR (NM_001320821, exon 4 of 26) 21310 NM_001320822 22821 Hs.593075 NM_007368 ENSG00000185989 RASA3 GAP1IP4BP|GAPIII RAS p21 protein activator 3 protein-coding 0.942 nan 0.587 0.129 1.340 0.845 0.911 0.144 0.289 0.248 1.471 0.589 0.015 0.042 0.407 1.702 0.840 0.087 1.332 0.744 0.619 0.016 0.092 0.093 0.310 0.933 1.042 0.409 0.125 0.128 1.368 4.086 0.252 0.524 0.470 2.477 0.049 0.134 0.058 0.499 0.074 1.878 1.300 0.478 0.246 0.412 0.661 1.596 1.251 1.321 0.534 0.883 1.702 1.292 1.196 0.310 0.294 2.152 0.435 1.405 0.771 0.849 0.319 0.167 1.080 0.637 0.397 1.401 1.449 0.215 0.422 0.598 0.635 0.823 0.338 0.150 0.163 0.196 0.306 1.030 1.343 0.488 0.348 0.836 0.839 0.469 0.468 0.548 0.720 0.100 0.110 4034 chr15 69358717 69367981 + 0 NA intron (NR_031680, intron 3 of 4) MSTB|LTR|ERVL-MaLR -9841 NR_026949 283673 Hs.177927 NM_173610 ENSG00000212766 EWSAT1 LINC00277|NCRNA00277|TMEM84 Ewing sarcoma associated transcript 1 ncRNA 1.664 1.379 nan 0.257 0.183 0.275 0.344 0.327 0.560 0.163 0.287 0.666 0.024 0.053 0.478 1.066 0.090 0.052 0.418 0.129 0.142 0.075 0.101 0.097 0.507 0.373 0.313 0.240 0.243 0.261 0.664 1.273 0.517 1.832 0.142 3.453 0.431 0.445 0.086 0.139 2.144 0.328 0.170 0.160 0.614 0.180 0.607 0.474 1.398 0.067 1.323 1.687 1.066 0.252 0.070 0.507 0.645 0.259 1.995 0.567 0.132 0.818 1.408 0.395 0.231 0.094 0.066 3.154 3.016 0.183 0.309 1.613 1.527 nan 0.501 0.529 0.489 1.775 1.916 0.696 0.952 1.656 1.838 1.723 2.080 1.725 1.819 0.896 1.357 0.546 0.518 7467 chr22 46168962 46184273 + 0 NA intron (NM_001167621, intron 8 of 10) intron (NM_001167621, intron 8 of 10) 20213 NR_039919 100616253 NR_039919 ENSG00000264160 MIR4762 - microRNA 4762 ncRNA 0.941 0.683 nan 2.123 0.086 0.022 0.245 0.324 0.487 0.125 0.339 0.169 0.531 0.026 0.053 0.092 0.265 0.032 0.712 0.174 3.257 0.072 0.135 0.246 0.947 0.599 0.047 0.538 0.063 0.646 2.628 2.163 0.287 0.525 0.093 0.063 0.106 0.111 0.023 0.044 0.101 0.024 0.010 0.486 0.136 0.739 0.137 0.568 0.070 0.622 1.197 0.092 1.574 0.092 0.246 0.553 3.914 0.025 0.065 0.112 0.607 0.363 0.122 0.044 0.113 0.047 0.322 0.328 2.458 2.118 0.353 0.358 0.278 0.096 0.702 0.714 0.463 0.703 0.308 0.422 0.398 0.197 0.198 0.484 0.279 0.257 0.231 0.476 0.654 0.560 10590 chr7 107629289 107646281 + 0 NA intron (NM_002291, intron 4 of 33) AluSc8|SINE|Alu 6019 NM_002291 3912 Hs.650585 NM_002291 ENSG00000091136 LAMB1 CLM|LIS5 laminin subunit beta 1 protein-coding nan 0.798 2.462 2.655 0.227 0.870 1.896 0.188 0.309 1.572 2.901 4.375 0.749 0.026 0.310 0.563 2.535 0.323 2.625 1.037 5.431 0.010 0.306 0.274 0.120 0.775 0.548 0.407 2.265 1.491 0.746 0.679 3.024 0.771 1.488 1.862 0.713 0.144 0.164 2.179 0.520 3.929 0.345 0.237 1.761 1.795 0.953 2.668 2.200 0.832 4.249 0.952 0.563 0.770 5.193 0.120 0.475 1.105 0.699 2.152 0.024 2.446 0.122 0.633 2.838 0.139 0.113 0.464 0.481 1.255 2.994 0.877 0.897 2.709 0.648 0.242 0.300 0.880 1.523 0.257 0.252 1.320 1.471 0.387 0.603 2.830 3.134 1.899 nan 3.217 1.744 4454 chr16 76992553 77015271 + 0 NA Intergenic Intergenic 101079 NR_039870 100616172 NR_039870 ENSG00000266426 MIR4719 - microRNA 4719 ncRNA 0.494 0.581 nan 0.149 0.090 0.017 0.101 0.170 0.339 0.067 0.124 0.091 0.006 0.050 0.074 0.178 0.073 0.057 0.149 0.058 0.123 0.006 0.104 0.040 0.106 0.049 0.022 0.010 0.096 0.009 0.078 0.056 0.069 0.182 0.084 0.218 0.015 0.028 0.098 0.005 0.017 0.118 0.035 0.010 0.019 0.033 0.093 0.094 0.087 0.037 0.087 0.128 0.178 0.159 0.057 0.106 0.033 0.086 0.039 0.043 0.072 0.073 0.065 0.028 0.023 0.015 0.011 0.616 0.458 0.103 0.067 0.336 0.382 3.427 0.949 0.484 0.535 0.087 0.170 0.322 0.322 0.437 0.138 0.157 0.191 0.127 0.239 0.103 0.177 0.635 0.587 9942 chr6 135496932 135527180 + 0 NA intron (NM_001130173, intron 5 of 15) AluJr|SINE|Alu 9603 NM_001130172 4602 Hs.606320 NM_005375 ENSG00000118513 MYB Cmyb|c-myb|c-myb_CDS|efg MYB proto-oncogene, transcription factor protein-coding 1.490 1.122 2.161 0.171 0.783 0.556 0.117 0.465 0.829 0.022 0.099 0.118 0.096 0.103 0.613 0.595 0.113 0.101 0.204 0.087 0.025 0.087 0.311 0.227 1.171 0.062 0.045 0.056 0.326 0.038 0.305 0.841 0.334 2.059 0.043 0.103 0.089 0.570 0.157 0.047 0.532 0.215 0.099 0.082 0.184 0.116 0.224 0.063 0.220 0.512 0.104 0.148 0.595 0.200 0.667 1.171 0.077 0.167 0.202 0.353 0.301 0.039 10.820 0.316 0.025 0.044 0.029 2.162 2.351 2.315 2.291 2.152 1.752 nan 0.706 3.339 3.297 0.444 0.676 0.943 1.268 1.332 1.227 13.791 20.603 0.905 0.528 1.144 nan 0.621 0.513 5282 chr18 40469705 40477719 + 0 NA intron (NM_002930, intron 4 of 4) intron (NM_002930, intron 4 of 4) 221945 NM_001272077 6014 Hs.464985 NM_002930 ENSG00000152214 RIT2 RIBA|RIN|ROC2 Ras like without CAAX 2 protein-coding nan 0.922 0.894 0.018 1.129 0.014 0.036 0.393 0.402 0.039 0.046 0.641 0.090 0.443 0.028 0.100 0.026 0.004 0.508 0.315 0.179 0.018 0.059 0.071 0.045 0.030 0.410 0.028 0.053 0.238 0.041 0.077 0.099 0.012 0.015 0.010 0.029 0.038 0.025 0.062 0.030 0.039 0.017 0.443 0.035 0.179 0.010 0.048 0.014 4.465 0.011 0.012 0.024 0.007 0.007 0.345 0.241 0.210 0.230 0.725 0.836 11.067 5.499 0.088 0.055 0.522 0.607 4.134 2.456 0.383 0.134 0.064 0.107 1.291 1.394 0.376 nan 1.852 1.453 5563 chr19 16176884 16224238 + 0 NA intron (NM_003290, intron 5 of 7) AluJb|SINE|Alu 13426 NM_003290 7171 Hs.631618 NM_003290 ENSG00000167460 TPM4 HEL-S-108 tropomyosin 4 protein-coding 2.011 1.143 1.933 1.148 0.571 0.604 1.297 0.610 1.063 0.612 1.479 0.920 1.638 0.284 0.344 0.837 2.616 0.694 1.769 0.651 1.798 0.363 0.481 0.284 0.998 1.404 1.760 0.827 1.494 0.588 1.166 nan 1.462 1.160 0.478 1.222 0.187 0.917 0.102 0.322 0.372 2.128 1.011 0.472 1.174 0.553 1.562 1.572 2.533 1.282 0.500 1.331 0.837 2.317 1.700 0.998 0.777 2.173 0.356 1.650 0.635 1.656 0.159 1.164 0.747 0.566 0.442 0.839 0.884 1.407 2.505 1.691 1.566 1.671 0.806 1.231 1.213 1.328 2.037 0.979 1.545 1.570 1.376 0.408 0.674 0.829 0.839 1.781 3.392 1.013 0.744 6884 chr20 21069268 21087714 + 0 NA intron (NR_147212, intron 1 of 2) intron (NR_147212, intron 1 of 2) 8508 NR_147212 105372556 Hs.371339 NR_147212 ENSG00000225127 LINC00237 NCRNA00237 long intergenic non-protein coding RNA 237 ncRNA 1.068 0.984 nan 0.027 0.409 0.081 0.035 0.906 1.821 0.002 0.080 0.041 0.013 0.022 0.654 0.547 0.160 0.070 0.029 0.010 0.007 1.123 0.690 4.264 0.056 0.032 0.059 0.078 0.195 0.330 0.165 0.988 0.032 0.084 0.031 0.130 0.095 0.019 0.235 0.035 0.020 0.021 0.038 0.021 0.047 0.196 0.172 0.120 0.051 0.040 0.547 0.023 0.015 4.264 0.026 0.160 0.084 0.727 0.497 0.026 0.571 0.246 0.021 0.012 0.011 1.894 2.650 0.992 0.998 0.659 0.844 3.981 1.395 0.624 0.639 0.363 0.512 1.821 2.742 2.255 1.830 3.161 2.269 0.487 0.580 0.186 0.451 1.815 1.050 7631 chr3 59751961 59768096 + 0 NA intron (NM_001354590, intron 7 of 8) MER58A|DNA|hAT-Charlie -115805 NR_149028 339902 Hs.132446 NR_149028 LOC339902 - hCG1813818 ncRNA 1.436 0.968 nan 0.032 0.066 0.049 0.189 0.060 0.119 0.006 0.108 0.068 0.038 0.031 0.094 0.127 0.124 0.048 0.058 0.106 0.043 0.068 0.072 0.104 0.017 0.018 0.962 0.098 0.085 0.094 0.215 0.113 0.328 0.190 0.073 0.012 0.027 0.076 0.116 0.290 0.051 0.088 0.029 0.023 0.070 0.106 0.061 0.049 0.054 0.155 0.127 0.097 0.046 0.104 0.038 0.061 0.138 0.033 0.057 0.030 0.018 4.630 0.024 0.999 0.646 0.239 0.173 0.212 0.369 0.274 0.321 0.319 0.154 0.159 0.153 0.546 0.695 0.195 0.231 nan 0.378 0.089 0.103 0.086 0.148 1.524 5.197 0.557 0.343 10315 chr7 39758538 39762621 + 0 NA Intergenic Intergenic -12588 NR_026999 349114 Hs.414183 NM_198284 LINC00265 NCRNA00265 long intergenic non-protein coding RNA 265 ncRNA 1.840 2.700 3.443 1.529 2.814 3.034 1.551 0.148 0.191 1.634 0.057 0.208 0.999 0.097 0.426 0.098 0.158 1.357 0.466 0.016 0.034 0.137 0.202 4.404 0.117 0.071 0.056 2.463 1.476 1.537 4.829 3.369 9.648 0.491 0.090 0.047 0.052 0.192 0.121 0.309 0.202 0.088 0.019 0.983 3.438 1.044 0.343 0.100 0.074 1.213 0.426 2.781 0.072 4.404 0.930 0.592 0.023 0.086 0.149 0.058 0.462 3.062 0.130 0.014 0.632 0.492 0.937 2.598 1.701 nan 0.338 0.149 2.043 1.758 0.352 nan nan 20.464 0.376 0.209 0.590 1.218 0.275 0.247 3.013 nan 0.584 0.572 3153 chr13 49202691 49207883 + 0 NA Intergenic Intergenic -22560 NM_001308469 57105 Hs.253706 NM_020377 ENSG00000152207 CYSLTR2 CYSLT2|CYSLT2R|GPCR21|HG57|HPN321|KPG_011|PSEC0146|hGPCR21 cysteinyl leukotriene receptor 2 protein-coding 0.666 nan nan 0.097 0.050 0.065 0.027 0.061 0.156 0.044 0.179 0.024 0.058 0.018 0.221 0.087 0.094 0.037 0.027 0.089 0.048 0.138 0.026 0.014 0.072 0.034 0.066 0.273 0.056 0.038 0.061 0.041 0.068 0.023 0.004 0.170 0.058 0.016 0.117 0.154 0.063 0.083 0.031 0.039 0.221 0.018 0.138 0.036 0.018 0.056 0.031 0.114 0.237 0.071 0.033 0.010 1.437 1.397 8.872 4.089 0.362 0.413 nan 0.058 0.607 0.476 0.099 0.171 0.054 0.055 0.340 0.219 0.306 0.422 0.049 0.057 0.822 nan 0.056 0.165 4787 chr17 41183244 41195212 + 0 NA Intergenic Intergenic 11970 NM_005440 8153 Hs.603111 NM_005440 ENSG00000108830 RND2 ARHN|RHO7|RhoN Rho family GTPase 2 protein-coding 1.470 1.022 nan 0.173 0.395 0.255 0.171 0.258 0.601 0.040 0.299 0.057 0.031 0.067 0.208 0.548 0.106 0.108 0.269 0.016 0.063 0.046 0.234 0.193 0.282 0.110 0.054 0.133 0.124 0.009 0.115 nan 0.114 0.668 0.037 0.168 0.072 0.127 0.102 1.913 0.177 0.030 0.032 0.064 0.109 0.186 0.223 0.286 0.154 0.059 0.117 0.548 0.210 0.099 0.282 0.031 0.090 0.056 0.204 0.074 0.153 0.796 0.690 0.035 0.038 0.038 4.245 6.611 1.065 0.861 0.856 nan 0.707 0.303 1.182 1.233 0.450 1.013 0.430 nan 1.960 1.859 1.027 1.639 0.369 0.316 1.337 2.162 0.814 0.608 911 chr1 180133998 180141877 + 0 NA intron (NM_001004128, intron 2 of 12) intron (NM_001004128, intron 2 of 12) 13969 NM_001004128 5768 Hs.744925 NM_002826 ENSG00000116260 QSOX1 Q6|QSCN6 quiescin sulfhydryl oxidase 1 protein-coding nan nan 4.279 1.353 0.936 0.064 1.601 0.102 0.151 1.756 0.574 0.272 0.031 0.127 0.662 0.681 0.487 0.136 4.732 1.976 0.043 0.053 0.198 0.135 0.152 0.506 0.418 0.152 0.514 1.536 1.172 5.034 0.993 0.632 1.277 0.173 0.060 0.091 0.120 0.268 0.202 0.117 0.185 0.216 2.955 1.041 1.077 0.241 0.465 0.135 0.745 1.125 0.681 2.706 0.457 0.152 1.071 1.390 0.754 0.218 0.053 0.437 0.113 0.455 0.753 0.058 0.084 0.719 0.866 1.041 2.982 0.907 nan 0.634 0.225 nan 1.968 0.753 1.501 5.130 5.420 0.432 0.280 0.675 1.153 0.538 0.593 0.857 nan 0.399 0.375 8589 chr4 151198904 151240833 + 0 NA intron (NM_001199282, intron 53 of 56) intron (NM_001199282, intron 53 of 56) 220442 NR_036614 166614 Hs.591683 NM_152619 ENSG00000170390 DCLK2 CL2|CLICK-II|CLICK2|CLIK2|DCAMKL2|DCDC3|DCDC3B|DCK2 doublecortin like kinase 2 protein-coding nan 0.824 0.706 0.221 0.152 0.117 0.301 0.150 0.328 0.039 0.249 8.117 0.016 0.021 0.300 0.137 0.533 0.108 0.205 0.118 0.080 0.020 0.112 0.101 0.266 0.129 0.064 0.067 0.292 0.249 0.104 0.141 0.074 0.258 0.300 0.127 0.084 0.059 0.099 0.377 0.501 0.297 0.164 0.106 0.164 0.072 0.127 0.688 0.091 0.118 0.036 0.094 0.137 0.068 0.066 0.266 0.076 0.063 0.102 0.078 0.027 0.263 0.313 0.440 0.342 0.008 0.011 0.299 0.374 0.580 0.683 0.303 0.360 0.379 0.158 0.182 0.197 1.068 1.332 0.292 0.297 1.073 0.809 0.558 0.724 0.427 0.495 0.729 1.897 0.315 0.282 11897 chrUn_gl000218 19197 31181 + 0 NA Intergenic Intergenic 29860 NR_027420 389834 Hs.720653 NR_027420 LOC389834 - ankyrin repeat domain 57 pseudogene pseudo nan 0.808 nan 0.048 0.170 0.023 0.041 0.173 0.327 0.008 0.091 0.069 0.026 0.109 0.082 0.194 0.139 0.147 0.089 0.021 0.023 0.093 0.206 0.120 0.007 0.021 0.019 0.120 0.009 0.548 1.178 0.107 0.466 0.024 0.297 0.339 0.054 0.088 0.067 0.077 0.005 0.033 0.027 0.044 0.040 0.066 0.041 0.077 0.020 0.017 0.194 0.041 0.055 0.120 0.061 0.049 0.016 0.152 0.429 0.059 0.018 0.052 0.032 0.038 0.008 0.457 0.312 0.226 0.316 0.196 0.274 0.166 0.096 0.354 0.348 0.208 nan 0.154 0.176 0.839 0.245 0.239 0.290 0.887 0.995 0.201 0.263 nan nan 6253 chr2 96417382 96442981 + 0 NA Intergenic Intergenic 62548 NR_103734 150759 Hs.503463 NR_103734 LINC00342 NCRNA00342 long intergenic non-protein coding RNA 342 ncRNA 0.890 0.711 1.071 0.053 0.235 0.113 0.206 0.094 0.255 0.011 0.096 0.125 0.027 0.020 0.197 0.315 0.094 0.050 0.090 0.044 0.029 0.022 0.723 0.480 0.891 0.108 0.073 0.029 0.093 0.033 0.114 0.879 0.121 0.896 0.080 0.091 0.163 0.034 0.056 0.060 0.096 0.150 0.054 0.037 0.060 0.080 0.100 0.156 0.149 0.086 0.049 0.128 0.315 0.103 0.033 0.891 0.081 0.052 0.182 0.249 0.290 0.136 0.023 0.121 0.051 0.031 0.004 0.761 0.775 0.256 0.336 1.736 1.693 3.228 0.744 0.446 0.386 0.164 0.320 0.202 0.252 0.449 0.303 0.274 0.324 0.625 0.433 0.325 0.575 1.147 0.689 7523 chr3 14437362 14506651 + 0 NA intron (NM_001134367, intron 10 of 22) intron (NM_001134367, intron 10 of 22) 27930 NM_001134368 6533 Hs.529488 NM_003043 ENSG00000131389 SLC6A6 TAUT solute carrier family 6 member 6 protein-coding nan 1.989 0.815 0.752 0.519 0.729 1.842 0.334 0.645 0.429 2.062 2.000 0.029 0.291 0.245 0.449 0.426 0.079 1.518 0.744 1.978 0.050 0.247 0.166 0.190 1.010 0.776 0.144 1.100 0.486 1.756 5.646 0.633 2.113 0.918 2.744 0.039 0.159 0.070 0.717 0.131 1.186 0.972 0.538 0.686 0.556 0.820 0.888 2.062 0.834 1.787 1.159 0.449 2.103 1.625 0.190 0.774 0.359 0.123 0.326 1.491 0.788 0.143 0.360 1.184 0.197 0.140 0.527 0.577 0.493 0.880 0.776 0.813 0.988 0.328 1.202 1.241 0.237 0.492 1.188 1.842 0.751 0.761 0.379 0.527 0.182 0.306 0.630 1.301 0.622 0.401 4079 chr15 75315011 75361072 + 0 NA intron (NM_001301104, intron 2 of 3) intron (NM_001301104, intron 2 of 3) 2431 NM_001301105 60490 Hs.458922 NM_021823 ENSG00000138621 PPCDC MDS018|PPC-DC|coaC phosphopantothenoylcysteine decarboxylase protein-coding 1.014 1.162 1.386 1.007 0.341 0.814 1.369 0.505 0.967 0.282 0.743 1.709 0.716 0.228 0.593 0.836 0.880 0.213 1.425 0.868 0.314 0.225 0.262 0.215 0.923 1.118 0.807 0.343 1.844 1.648 2.186 6.133 1.257 1.513 1.166 0.720 0.060 0.241 0.089 0.371 0.116 0.322 0.354 0.184 1.302 0.669 0.979 0.384 0.922 0.399 0.271 1.841 0.836 1.841 0.873 0.923 1.131 1.553 0.226 0.360 0.275 0.557 0.126 0.327 0.589 0.079 0.065 0.987 1.108 0.887 1.411 1.534 1.550 0.836 0.393 0.679 0.681 0.791 1.225 1.367 1.375 1.277 1.205 0.661 0.865 0.327 0.398 0.789 1.036 0.748 0.476 2965 chr12 114367631 114374022 + 0 NA intron (NM_016196, intron 16 of 23) intron (NM_016196, intron 16 of 23) 33350 NM_001146698 9904 Hs.7482 NM_016196 ENSG00000122965 RBM19 Mrd1 RNA binding motif protein 19 protein-coding nan nan 0.578 0.107 0.055 0.034 0.165 0.100 0.173 0.014 0.097 0.085 0.088 0.015 0.236 6.975 0.188 0.100 0.232 0.029 0.039 0.123 0.195 0.093 0.098 0.080 0.093 0.084 0.088 0.191 0.176 0.283 0.023 0.279 0.060 0.101 0.115 0.125 0.047 0.057 0.025 0.034 0.083 0.076 0.157 0.229 0.089 0.087 0.073 6.975 0.088 0.072 0.093 0.019 0.078 0.015 0.137 0.024 0.149 0.476 0.850 0.023 0.009 0.008 0.417 0.373 0.157 0.309 nan nan nan 0.100 0.476 0.596 0.241 0.384 nan nan 0.254 0.304 0.495 0.751 0.152 0.103 1.931 1.935 nan 0.455 8871 chr5 39622871 39641895 + 0 NA Intergenic MER8|DNA|TcMar-Tigger 111850 NR_104632 101926940 Hs.436359 NR_104632 ENSG00000271334 LINC02104 - long intergenic non-protein coding RNA 2104 ncRNA 0.450 0.994 nan 0.445 0.139 0.018 0.920 0.151 0.153 0.423 0.155 0.204 0.013 0.106 0.080 0.148 0.215 0.153 3.561 2.579 0.069 0.051 0.075 0.158 0.076 0.007 0.019 0.008 0.908 1.126 0.284 0.749 1.125 0.326 1.457 0.157 0.035 0.023 0.134 0.049 0.004 0.073 0.032 0.024 0.173 0.456 1.723 0.042 0.180 0.056 0.228 0.609 0.148 0.510 0.030 0.076 0.310 0.326 0.005 0.067 0.391 0.332 0.026 0.052 0.092 0.024 0.013 0.351 0.195 0.182 0.422 0.293 0.303 0.113 0.089 0.198 0.216 0.325 0.419 0.246 0.247 0.411 0.123 0.142 0.293 0.075 0.069 0.114 0.153 0.197 0.362 9794 chr6 87860600 87867389 + 0 NA Intergenic Intergenic -1273 NM_015021 23036 Hs.444800 NM_015021 ENSG00000188994 ZNF292 Nbla00365|ZFP292|ZN-16|Zn-15|bA393I2.3 zinc finger protein 292 protein-coding 6.332 3.628 nan 1.933 6.424 3.687 1.171 4.276 7.945 1.524 2.619 1.806 1.674 1.111 4.520 5.770 1.571 0.070 3.392 1.397 0.659 6.049 2.724 1.955 7.766 1.138 1.256 0.836 1.855 0.658 4.361 5.157 1.623 12.154 1.055 1.261 2.335 5.260 0.180 0.953 4.392 3.811 1.630 0.669 2.073 1.193 1.194 1.589 1.595 7.750 1.607 1.135 5.770 3.664 3.266 7.766 0.797 0.768 0.629 1.875 3.743 1.314 4.021 1.369 2.035 1.594 1.179 9.596 10.298 3.886 5.371 12.216 11.344 9.267 4.600 10.501 11.092 3.878 4.458 6.192 10.558 11.259 12.887 6.248 10.282 8.752 9.238 3.943 3.251 3.021 1.432 7829 chr3 129294239 129298439 + 0 NA intron (NM_015103, intron 9 of 35) intron (NM_015103, intron 9 of 35) 29111 NM_001308262 132243 Hs.97358 NM_153833 ENSG00000178804 H1FOO H1.8|H1oo|osH1 H1 histone family member O oocyte specific protein-coding 2.982 nan 4.079 0.323 3.326 0.105 0.289 0.840 1.552 0.176 0.271 0.110 4.755 0.439 0.185 0.509 0.076 0.100 0.046 0.046 0.066 2.137 1.061 3.224 0.161 0.073 0.138 0.016 0.025 0.169 0.647 0.106 0.496 0.035 0.076 0.499 0.233 0.071 0.646 0.096 0.086 0.075 0.026 0.054 0.091 0.156 0.521 0.187 0.019 0.336 0.185 0.077 0.043 3.224 0.086 0.178 3.978 0.244 4.671 0.146 0.118 2.066 0.017 0.027 0.012 0.645 1.028 0.227 0.412 4.151 4.033 3.804 1.540 0.570 0.651 1.256 nan 10.314 9.636 1.879 2.473 0.691 0.336 1.194 1.517 2.102 3.538 2.096 1.249 7909 chr3 149681149 149696471 + 0 NA promoter-TSS (NM_053024) promoter-TSS (NM_053024) -69 NM_053024 5217 Hs.91747 NM_002628 ENSG00000070087 PFN2 D3S1319E|PFL profilin 2 protein-coding 5.673 nan nan 3.535 3.949 4.952 1.941 2.089 3.500 0.884 2.073 1.563 1.476 0.861 2.637 2.671 3.600 0.480 1.561 0.433 2.164 1.049 2.523 1.368 2.436 1.390 1.654 1.106 0.783 0.606 0.855 1.131 0.846 10.420 0.706 2.493 0.889 1.486 0.108 0.687 1.705 3.128 2.256 0.778 0.176 0.204 1.554 1.977 2.014 2.113 0.341 1.872 2.671 1.487 2.941 2.436 0.776 0.615 0.988 2.159 2.907 0.946 2.075 1.619 1.212 0.380 0.208 2.397 2.026 2.859 4.148 5.551 4.476 nan 4.383 9.404 9.622 3.447 nan 6.263 nan nan 8.140 2.634 6.203 3.841 4.334 5.661 4.625 2.393 1.362 4907 chr17 61588800 61609717 + 0 NA Intergenic Intergenic -1437 NM_001278920 81033 Hs.591177 NM_030779 ENSG00000173826 KCNH6 ERG-2|ERG2|HERG2|Kv11.2|hERG-2 potassium voltage-gated channel subfamily H member 6 protein-coding 1.438 nan 1.328 0.048 1.803 1.049 0.217 1.009 2.259 0.014 0.119 0.075 0.018 0.335 1.874 0.153 0.136 0.108 0.071 0.081 0.045 0.038 0.556 0.306 3.724 0.142 0.090 0.105 0.220 0.121 0.158 0.375 0.116 1.872 0.140 0.088 0.163 0.083 0.114 0.074 4.125 0.148 0.052 0.026 0.182 0.124 0.069 0.138 0.160 0.061 0.075 0.096 0.153 0.132 0.053 3.724 0.041 0.032 0.649 0.151 0.384 0.219 0.945 0.784 0.098 0.052 0.024 1.101 2.027 0.185 0.238 1.678 1.998 2.204 0.669 0.791 0.970 0.439 nan 4.755 5.601 2.036 1.718 0.726 0.787 0.877 0.550 1.241 3.924 1.340 0.936 8803 chr5 19168148 19181779 + 0 NA Intergenic Intergenic 711418 NM_001291957 1016 Hs.317632 NM_004934 ENSG00000145526 CDH18 CDH14|CDH14L|CDH24 cadherin 18 protein-coding nan nan nan 0.064 0.385 0.025 0.109 0.090 0.176 0.007 0.115 0.089 0.082 0.059 0.065 0.122 0.224 0.224 0.204 0.056 0.042 0.132 0.177 0.225 0.114 0.021 0.104 0.027 0.133 0.109 0.152 nan 0.021 0.049 0.296 0.034 0.099 0.009 0.029 0.020 0.009 0.011 0.040 0.045 0.134 0.058 0.024 0.016 0.052 0.087 0.122 0.067 0.014 0.114 0.063 0.036 0.362 0.017 0.425 0.060 0.051 0.558 0.005 0.021 0.007 0.349 0.257 0.481 0.421 0.513 0.654 0.159 0.132 0.162 0.133 7.051 6.217 0.600 0.592 3.652 2.645 0.156 0.277 1.154 1.466 0.866 nan 0.757 0.756 5058 chr17 78224589 78239963 + 0 NA Intergenic LTR7|LTR|ERV1 -2384 NM_001256071 57674 Hs.195642 NM_020914 ENSG00000173821 RNF213 ALO17|C17orf27|KIAA1618|MYMY2|MYSTR|NET57 ring finger protein 213 protein-coding 2.097 2.711 2.029 2.163 1.604 0.733 4.999 0.884 1.657 1.524 4.773 3.614 0.347 0.856 1.539 1.884 2.539 0.495 3.307 1.618 7.700 0.658 0.757 0.409 2.515 5.159 6.268 2.926 5.077 1.635 4.904 10.173 4.306 2.626 2.028 8.818 0.316 1.689 0.121 2.819 0.345 5.785 3.392 1.418 3.821 2.570 1.506 6.105 8.144 2.446 3.564 6.221 1.884 4.125 3.531 2.515 3.062 2.708 0.650 5.297 6.973 2.728 0.695 0.841 3.066 2.420 1.779 1.344 1.977 1.354 2.813 2.171 2.029 2.623 0.659 2.824 2.955 nan 1.517 3.847 6.962 2.857 2.519 1.337 1.811 1.336 2.485 1.542 3.256 nan 0.699 9267 chr5 149431227 149448308 + 0 NA intron (NM_001349736, intron 15 of 22) AluSc8|SINE|Alu 26436 NR_109969 1436 Hs.586219 NM_005211 ENSG00000182578 CSF1R C-FMS|CD115|CSF-1R|CSFR|FIM2|FMS|HDLS|M-CSF-R colony stimulating factor 1 receptor protein-coding nan 0.478 0.464 0.149 0.072 0.016 1.681 0.180 0.206 0.034 0.932 0.228 0.011 0.147 0.099 0.083 0.109 0.047 0.468 0.864 0.056 0.032 0.089 0.054 0.076 0.326 0.128 0.117 0.236 0.376 0.169 0.442 0.100 0.323 0.557 0.143 0.039 0.078 0.097 1.745 0.065 0.195 0.251 0.123 0.577 0.095 0.135 3.138 0.185 0.304 0.019 0.214 0.083 0.154 0.109 0.076 0.043 0.053 0.046 0.150 0.054 0.588 0.035 0.043 0.653 0.044 0.021 0.192 0.154 0.225 0.347 0.240 0.322 0.310 0.151 0.183 0.220 0.182 0.470 0.427 0.460 0.362 0.180 0.202 0.190 0.148 0.115 0.179 0.276 0.339 0.312 7130 chr21 16236173 16261677 + 0 NA intron (NR_146322, intron 1 of 3) intron (NR_146322, intron 1 of 3) 42064 NR_146322 107987295 NR_146322 LINC02246 - long intergenic non-protein coding RNA 2246 ncRNA 1.064 0.662 nan 0.456 0.178 0.013 2.064 0.188 0.444 0.379 0.075 0.081 0.059 0.037 0.144 0.008 0.025 2.750 1.596 1.582 0.033 0.087 0.069 0.023 0.282 0.102 0.120 1.235 1.489 1.530 3.016 1.421 0.322 1.428 0.075 0.149 0.055 0.071 0.399 0.098 2.398 0.430 0.316 1.944 1.723 1.274 0.202 0.723 0.194 0.287 1.682 0.144 0.363 0.104 0.023 0.532 1.660 0.063 0.484 0.077 0.045 0.165 0.023 0.032 0.340 0.250 0.446 1.248 0.302 0.340 0.628 0.182 0.113 0.119 0.180 0.308 0.213 0.194 0.614 0.329 0.149 0.205 0.549 0.589 0.219 0.478 0.717 0.604 7285 chr22 16191714 16193850 + 0 NA intron (NR_122113, intron 1 of 7) CpG 227 NR_122113 503637 Hs.744284 NR_122113 ENSG00000206195 DUXAP8 - double homeobox A pseudogene 8 pseudo 2.536 nan 3.424 0.202 0.611 0.884 0.688 2.714 4.549 2.450 4.348 4.043 1.166 1.097 0.962 2.153 6.307 0.306 7.347 3.023 3.049 10.769 2.540 1.221 0.842 0.406 0.576 4.091 0.317 0.345 2.362 3.988 1.152 5.117 4.980 3.080 1.117 5.026 0.258 1.033 0.038 7.430 6.757 3.754 2.653 1.648 10.706 10.820 6.509 3.276 4.941 2.153 5.947 3.701 0.842 0.457 2.143 9.888 11.065 5.651 4.077 4.648 2.852 4.249 1.877 1.685 5.307 7.662 5.806 9.793 0.497 0.495 7.152 2.013 5.856 6.143 8.822 9.791 9.308 11.516 4.708 6.557 5.140 9.381 3.533 2.364 2.946 4.392 6.907 3.660 7016 chr20 46754525 46800559 + 0 NA Intergenic Intergenic -158681 NR_110027 101927457 Hs.445823 NR_110027 LINC01522 - long intergenic non-protein coding RNA 1522 ncRNA nan nan 0.965 0.135 0.084 0.810 0.029 0.275 0.442 0.027 0.097 0.056 0.008 0.045 0.935 0.720 0.319 0.105 0.044 0.017 0.042 0.021 0.120 0.092 1.779 0.035 0.013 0.014 0.060 0.009 0.098 0.169 0.129 5.247 0.013 0.054 0.045 0.043 0.085 0.020 0.381 0.154 0.031 0.026 0.017 0.048 0.704 0.148 0.054 0.034 0.023 0.185 0.720 0.059 0.016 1.779 0.058 0.077 0.257 0.108 0.024 0.185 0.355 0.211 0.261 0.024 0.012 1.112 2.116 0.210 0.322 3.598 3.999 nan 0.093 0.126 0.126 0.664 1.088 0.143 0.168 nan 1.045 1.260 1.054 0.078 0.096 0.440 0.939 0.145 0.238 7609 chr3 53265164 53310740 + 0 NA intron (NM_001258028, intron 1 of 14) intron (NM_001258028, intron 1 of 14) 2178 NM_001135055 7086 Hs.89643 NM_001064 ENSG00000163931 TKT HEL-S-48|HEL107|SDDHD|TK|TKT1 transketolase protein-coding 1.029 1.852 nan 0.981 0.853 0.654 2.376 0.148 0.377 1.113 2.395 2.080 0.150 0.400 0.491 0.312 0.419 0.219 1.617 0.586 3.371 0.271 0.206 0.181 0.255 1.350 1.271 0.655 2.348 1.018 1.725 3.327 1.922 0.880 0.850 3.409 0.087 0.274 0.089 0.746 0.407 2.018 0.919 0.491 0.889 0.835 2.522 2.238 3.971 0.800 1.818 2.624 0.312 1.568 1.883 0.255 1.519 1.757 0.209 0.998 1.474 1.701 0.187 0.330 1.069 0.738 0.585 0.542 0.632 0.954 1.867 0.717 0.601 2.607 0.570 1.760 1.786 0.397 0.632 1.332 1.809 nan 1.026 0.550 0.612 0.688 1.371 0.714 1.044 0.798 0.488 9455 chr6 15722419 15740555 + 0 NA Intergenic Intergenic -68198 NM_001271669 84062 Hs.571148 NM_032122 ENSG00000047579 DTNBP1 BLOC1S8|DBND|HPS7|My031|SDY dystrobrevin binding protein 1 protein-coding 1.122 nan 0.871 0.060 0.568 0.031 0.067 2.042 3.793 0.011 0.106 0.331 0.014 0.811 0.142 0.966 0.134 0.036 0.297 0.157 0.021 0.061 0.284 0.150 5.546 0.088 0.036 0.037 0.124 0.035 0.448 1.627 0.148 0.199 0.048 0.486 0.073 0.035 0.063 0.026 0.325 0.132 0.043 0.022 0.012 0.102 0.053 0.107 0.090 0.082 0.052 0.076 0.966 0.706 0.041 5.546 0.040 0.055 0.070 0.114 0.157 0.083 0.060 0.403 0.050 0.025 0.011 0.347 0.361 0.179 0.379 1.604 1.583 3.050 1.832 0.325 0.241 0.352 0.536 0.593 0.579 0.670 0.329 0.135 0.249 0.531 0.523 0.498 1.355 0.725 0.514 8841 chr5 33047999 33052067 + 0 NA Intergenic L1M2a|LINE|L1 102484 NR_033832 340113 Hs.434404 NR_033832 ENSG00000248279 LINC02120 - long intergenic non-protein coding RNA 2120 ncRNA 0.431 0.900 nan 1.330 0.152 0.014 4.849 0.106 0.212 0.408 0.716 0.882 0.025 0.112 0.161 0.606 0.119 5.646 5.319 0.479 0.035 0.254 0.063 0.074 2.777 2.466 0.055 4.499 4.160 0.614 1.991 0.203 0.536 2.570 0.106 0.024 0.053 0.106 3.106 0.019 1.630 11.308 4.757 3.853 0.489 0.471 1.744 0.200 1.255 0.214 0.463 0.161 3.864 1.320 0.074 0.933 0.463 0.025 0.370 0.050 2.217 0.024 0.061 0.767 3.284 3.414 0.405 0.264 0.241 0.485 0.248 0.306 0.186 0.162 0.113 0.109 0.167 0.412 0.348 0.169 0.457 0.220 0.311 0.426 0.060 0.071 0.168 0.294 0.294 0.482 8497 chr4 106063431 106069861 + 0 NA promoter-TSS (NM_017628) promoter-TSS (NM_017628) -386 NM_017628 54790 Hs.367639 NM_017628 ENSG00000168769 TET2 KIAA1546|MDS tet methylcytosine dioxygenase 2 protein-coding 2.923 nan nan 3.338 2.891 0.785 2.290 2.075 3.995 1.189 2.178 2.282 1.127 0.866 1.902 2.494 2.187 0.299 1.386 0.619 0.690 1.208 0.782 0.588 3.333 1.244 0.632 0.756 1.422 1.001 2.844 4.337 2.378 8.599 1.097 1.531 0.324 2.100 0.088 1.140 1.654 1.161 1.257 0.913 1.207 0.681 1.018 1.951 2.216 1.932 1.067 1.398 2.494 1.096 1.457 3.333 1.088 1.570 0.316 1.628 1.179 0.771 1.172 0.977 1.831 0.618 0.370 4.000 4.019 13.356 11.857 5.257 4.291 2.365 0.885 7.466 7.703 2.149 nan 2.531 4.595 3.751 4.290 1.812 3.804 2.158 1.533 3.128 nan 2.087 1.139 8698 chr5 656140 665948 + 0 NA 3' UTR (NM_007030, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_007030, exon 4 of 4) 32466 NM_007030 11076 Hs.481466 NM_007030 ENSG00000171368 TPPP TPPP/p25|TPPP1|p24|p25|p25alpha tubulin polymerization promoting protein protein-coding 0.560 1.003 1.510 0.137 0.420 0.123 1.990 0.204 0.309 0.030 0.152 0.525 0.022 0.051 0.506 0.183 0.114 0.147 1.500 1.355 0.045 0.070 0.685 0.356 0.315 0.164 0.140 0.202 0.090 0.033 0.239 0.418 0.180 1.437 0.733 0.149 0.059 0.123 0.070 0.588 0.089 0.179 0.534 0.294 0.154 0.071 0.196 0.313 0.153 0.462 1.086 4.771 0.183 1.906 0.095 0.315 0.788 0.127 0.109 0.079 0.202 1.127 0.020 0.026 0.070 0.029 0.011 0.402 0.500 0.376 nan 0.869 0.878 0.197 0.107 0.263 0.284 0.399 0.688 nan 1.158 nan 0.353 0.210 0.298 0.104 0.108 0.089 0.191 0.770 nan 6285 chr2 102714792 102745811 + 0 NA intron (NM_001320980, intron 1 of 11) intron (NM_001320980, intron 1 of 11) 9267 NM_001320986 3554 Hs.701982 NM_000877 ENSG00000115594 IL1R1 CD121A|D2S1473|IL-1R-alpha|IL1R|IL1RA|P80 interleukin 1 receptor type 1 protein-coding 0.462 nan 0.655 0.250 0.065 0.023 0.428 0.111 0.181 0.136 0.318 1.301 0.010 0.026 0.023 0.125 1.013 0.083 0.215 0.202 0.160 0.018 0.056 0.052 0.054 0.581 0.256 0.022 0.097 0.055 0.187 0.602 3.363 0.442 0.149 0.151 0.012 0.022 0.087 0.129 0.028 0.211 0.101 0.053 0.458 0.178 0.435 0.277 1.449 0.050 1.065 0.752 0.125 0.301 0.291 0.054 0.078 0.547 0.003 0.041 0.080 0.297 0.039 0.028 1.047 0.143 0.096 0.322 0.140 0.377 0.891 0.400 0.489 0.120 0.059 0.286 0.248 0.116 0.232 0.353 0.312 0.279 0.096 0.123 0.169 0.030 0.040 0.126 0.166 0.163 0.195 8439 chr4 78062490 78119557 + 0 NA 3' UTR (NM_004354, exon 8 of 8) 3' UTR (NM_004354, exon 8 of 8) 12666 NM_004354 901 Hs.740456 NM_004354 ENSG00000138764 CCNG2 - cyclin G2 protein-coding 1.273 0.849 1.998 0.488 0.636 0.413 0.543 0.379 0.730 0.298 0.321 0.136 0.616 0.129 0.728 0.472 0.229 0.138 0.753 0.340 0.408 0.162 0.260 0.129 0.558 0.098 0.129 0.208 0.673 0.689 0.485 1.248 0.729 1.187 0.416 0.116 0.131 0.262 0.075 0.108 0.554 0.543 0.228 0.122 0.479 0.434 0.595 0.671 0.265 0.310 0.195 0.402 0.472 0.458 0.162 0.558 0.137 0.365 0.070 0.419 0.225 0.158 0.266 1.021 0.218 0.086 0.059 0.751 0.743 1.326 2.817 0.827 0.872 1.257 0.530 1.042 1.086 0.521 0.661 0.908 1.167 1.255 1.012 0.245 0.483 0.462 0.483 1.304 4.017 0.599 0.411 11137 chr8 97967458 98011770 + 0 NA intron (NM_016134, intron 5 of 7) L1PB1|LINE|L1 300562 NM_033512 85453 Hs.173094 NM_033512 ENSG00000180543 TSPYL5 - TSPY like 5 protein-coding 5.839 3.225 5.600 0.041 0.313 0.034 0.061 0.167 0.408 0.019 0.201 0.044 0.025 0.057 0.127 0.170 0.750 0.181 0.043 0.013 0.028 0.064 0.054 0.543 0.028 0.013 0.010 0.067 0.005 0.052 0.058 0.098 0.481 0.055 0.057 0.052 0.069 0.081 0.016 0.046 0.072 0.027 0.032 0.022 0.010 0.089 0.143 0.051 0.032 0.012 0.062 0.170 0.057 0.056 0.543 0.013 0.043 0.024 0.013 0.032 0.052 0.060 3.343 0.055 0.049 0.017 0.330 0.195 0.231 nan 0.562 0.651 1.373 0.502 0.266 0.217 0.365 0.595 0.791 0.758 0.575 0.309 0.190 0.254 0.176 0.213 5.419 11.704 0.281 0.356 10951 chr8 53109908 53143700 + 0 NA exon (NM_001352871, exon 4 of 22) exon (NM_001352871, exon 4 of 22) 19882 NR_134310 101929341 Hs.147170 NR_134310 ENSG00000253551 LOC101929341 - uncharacterized LOC101929341 ncRNA 1.556 nan 0.798 0.039 0.542 0.021 0.036 0.457 0.997 0.006 0.105 0.027 0.022 0.110 0.288 0.242 0.066 0.114 0.127 0.028 0.043 0.016 0.594 0.353 1.718 0.010 0.015 0.015 0.088 0.012 0.078 0.142 0.069 0.415 0.043 0.100 0.226 0.039 0.109 0.011 0.152 0.060 0.021 0.018 0.026 0.025 0.068 0.136 0.051 0.047 0.014 0.046 0.242 0.067 0.112 1.718 0.033 0.015 0.203 0.023 0.174 0.019 0.055 0.160 0.024 0.020 0.004 0.415 0.275 0.217 0.320 1.136 1.340 1.291 0.511 0.221 0.206 0.988 nan 0.718 0.681 0.655 0.405 0.204 0.288 0.877 0.974 0.334 0.710 1.794 0.982 4531 chr17 932252 955379 + 0 NA intron (NM_021962, intron 16 of 22) intron (NM_021962, intron 16 of 22) -8734 NM_001256847 29 Hs.159306 NM_001092 ENSG00000159842 ABR MDB ABR, RhoGEF and GTPase activating protein protein-coding 1.545 0.656 1.416 0.058 0.129 0.529 0.076 0.228 0.435 0.008 0.087 0.124 0.048 0.047 0.223 0.387 0.100 0.031 0.127 0.016 0.038 0.036 0.136 0.107 0.870 0.051 0.035 0.041 0.071 0.145 0.315 0.107 0.295 0.036 0.105 0.054 0.084 0.077 0.011 0.804 0.197 0.034 0.010 0.024 0.106 0.067 0.159 0.165 0.177 0.014 0.038 0.387 0.148 0.098 0.870 0.042 0.032 0.634 0.157 0.113 0.183 0.133 0.922 0.020 0.021 0.018 1.994 3.206 0.342 0.552 0.757 0.693 0.425 0.170 0.443 0.450 0.387 0.755 0.187 0.432 3.770 3.312 0.247 0.395 0.117 0.150 0.941 2.483 0.400 0.209 5568 chr19 17344286 17372543 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -2263 NM_005234 2063 Hs.466148 NM_005234 ENSG00000160113 NR2F6 EAR-2|EAR2|ERBAL2 nuclear receptor subfamily 2 group F member 6 protein-coding 2.091 1.464 2.615 1.054 1.379 1.188 1.070 0.430 0.858 1.248 1.483 0.783 0.781 0.957 0.663 0.772 0.566 0.276 1.855 0.469 1.944 1.037 0.623 0.360 1.266 1.297 1.231 1.317 1.020 0.589 2.061 nan 2.220 1.224 0.569 1.414 0.228 1.371 0.097 0.205 0.360 1.028 1.468 0.785 0.789 1.604 3.207 0.567 3.071 2.247 1.120 1.124 0.772 1.531 1.158 1.266 0.916 1.760 0.261 2.533 0.931 1.190 0.410 3.082 0.088 0.224 0.122 0.912 1.684 0.838 1.316 1.856 1.683 2.793 0.690 1.641 1.475 0.775 1.264 3.759 4.550 1.406 1.216 0.508 0.860 1.027 0.792 3.574 9.993 1.597 1.056 3005 chr12 120962383 120993014 + 0 NA intron (NM_014868, intron 1 of 16) AluSx1|SINE|Alu 5565 NM_001330474 9921 Hs.442798 NM_014868 ENSG00000022840 RNF10 RIE2 ring finger protein 10 protein-coding 1.568 1.515 1.183 1.325 1.171 1.517 1.862 0.534 1.076 0.697 1.120 1.053 1.378 0.471 1.803 0.655 0.717 0.274 1.593 0.545 0.865 0.531 0.694 0.505 1.247 1.158 0.899 0.672 1.328 0.503 2.381 4.838 1.786 2.153 0.834 1.124 0.407 1.056 0.167 0.486 0.357 0.682 0.950 0.537 0.941 0.726 1.004 0.762 1.275 1.135 0.844 1.143 0.655 1.553 1.599 1.247 0.722 0.771 0.298 1.128 0.624 0.623 0.495 0.464 0.449 0.338 0.228 1.378 1.384 1.522 2.610 2.231 2.279 nan 1.127 3.596 3.682 1.291 1.642 2.625 3.363 1.965 1.525 1.067 1.664 2.092 2.743 1.140 1.434 1.539 0.881 9602 chr6 35789674 35826950 + 0 NA intron (NM_003137, intron 14 of 15) intron (NM_003137, intron 14 of 15) 35241 NM_182548 222662 Hs.367947 NM_182548 ENSG00000197753 LHFPL5 DFNB67|TMHS|dJ510O8.8 LHFPL tetraspan subfamily member 5 protein-coding nan 0.814 nan 0.075 0.151 0.061 0.133 0.147 0.325 0.013 0.512 0.109 0.031 0.045 0.122 0.219 0.173 0.164 0.156 0.020 0.156 0.011 0.127 0.155 0.163 0.132 0.077 0.024 0.066 0.017 0.083 0.151 0.157 0.343 0.027 0.397 0.022 0.084 0.151 0.016 0.208 0.111 0.042 0.021 0.038 0.056 0.577 0.232 0.105 0.128 0.083 0.305 0.219 0.111 0.087 0.163 0.118 0.037 0.029 0.061 0.038 0.108 1.296 0.096 0.041 0.025 0.011 1.232 1.019 0.953 nan nan 0.481 0.465 0.169 5.971 6.082 0.431 0.579 0.577 0.570 0.397 0.210 1.470 1.862 0.117 0.142 0.354 0.914 0.467 0.339 956 chr1 185613125 185627821 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -22853 NR_110793 101929093 Hs.535227 NR_110793 ENSG00000228309 LINC01350 GS1-204I12.1 long intergenic non-protein coding RNA 1350 ncRNA nan nan 0.879 0.489 0.093 0.030 0.076 0.131 0.305 0.562 0.153 0.198 1.854 0.081 0.127 0.399 0.690 0.165 0.378 0.219 3.083 0.019 0.093 0.161 0.146 0.085 0.045 0.990 0.232 0.086 0.081 0.169 0.221 0.455 0.709 0.228 0.013 0.839 0.135 0.162 0.114 2.831 0.106 0.122 0.120 0.005 0.092 0.184 0.233 0.073 0.516 0.055 0.399 0.207 0.006 0.146 0.124 0.090 0.047 1.393 0.124 0.262 0.099 0.159 0.223 1.825 1.896 0.868 0.855 5.349 12.840 0.446 nan 0.218 0.099 nan 0.308 0.476 0.834 0.323 0.267 0.338 0.174 0.379 0.629 0.060 0.121 0.548 nan 0.535 0.410 11194 chr8 106561006 106630543 + 0 NA intron (NM_012082, intron 4 of 7) intron (NM_012082, intron 4 of 7) 264627 NM_012082 23414 Hs.431009 NM_012082 ENSG00000169946 ZFPM2 DIH3|FOG2|SRXY9|ZC2HC11B|ZNF89B|hFOG-2 zinc finger protein, FOG family member 2 protein-coding 0.941 nan nan 0.048 0.103 0.033 0.066 0.152 0.296 0.012 0.164 0.104 0.061 0.042 0.054 0.081 0.151 0.090 0.105 0.027 0.026 0.018 0.056 0.058 0.076 0.007 0.012 0.011 0.085 0.018 0.075 0.129 0.071 0.438 0.059 0.104 0.007 0.128 0.074 0.012 0.021 0.054 0.025 0.023 0.035 0.011 0.117 0.112 0.040 0.084 0.009 0.054 0.081 0.067 0.044 0.076 0.016 0.032 0.248 0.021 0.035 0.032 0.063 0.304 0.018 0.020 0.015 0.316 0.235 0.204 0.227 0.347 0.425 nan 0.126 0.403 0.384 4.866 nan 1.161 nan nan 1.082 0.190 0.268 0.055 0.071 0.444 nan 0.442 0.519 3933 chr15 45100720 45125425 + 0 NA Intergenic Intergenic 61745 NR_146393 653381 Hs.878 NR_146393 ENSG00000259479 SORD2P SORD2 sorbitol dehydrogenase 2, pseudogene pseudo 1.562 1.062 nan 0.174 0.712 2.022 0.507 0.604 1.056 0.010 0.132 0.485 0.017 1.118 1.700 0.477 0.091 0.111 0.254 0.138 0.070 0.017 1.034 0.537 2.103 0.396 0.228 0.063 0.298 0.069 0.254 1.031 0.100 2.940 0.057 0.076 1.002 0.048 0.088 0.043 0.399 0.074 0.056 0.044 1.305 0.135 0.086 0.166 0.263 0.068 0.048 0.124 0.477 0.120 0.053 2.103 0.169 0.093 0.692 0.080 0.324 0.105 0.867 0.094 0.117 0.035 0.070 0.305 0.276 0.297 0.747 4.809 5.657 3.180 1.114 0.159 0.154 0.315 nan 1.819 2.006 2.448 2.271 0.343 0.649 2.893 3.264 0.229 0.260 1.485 0.965 4915 chr17 62317615 62342209 + 0 NA intron (NM_018469, intron 1 of 11) AluJr|SINE|Alu 10771 NM_001288732 55852 Hs.175414 NM_018469 ENSG00000136478 TEX2 HT008|TMEM96 testis expressed 2 protein-coding 1.551 nan 1.421 0.291 1.102 0.366 0.440 0.450 0.641 1.212 0.539 0.348 0.088 1.291 0.391 0.265 0.298 0.105 0.549 0.224 0.094 0.113 0.320 0.248 0.579 0.272 0.135 0.542 0.366 0.191 0.680 1.265 0.489 1.050 0.226 0.314 0.112 0.309 0.132 0.181 0.268 0.244 0.184 0.080 0.307 0.121 0.474 0.334 0.493 0.504 0.394 0.444 0.265 0.512 0.162 0.579 0.268 0.362 0.122 0.688 0.343 0.401 0.241 1.062 0.250 0.089 0.043 1.129 1.233 0.712 0.990 1.106 1.073 3.250 0.871 1.459 1.778 0.712 nan 6.637 5.868 1.499 1.322 0.596 1.052 0.882 0.598 1.811 4.095 1.031 0.836 10736 chr7 150053936 150087547 + 0 NA 3' UTR (NM_013400, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_013400, exon 4 of 4) 2483 NM_014374 29803 Hs.647086 NM_013400 ENSG00000214022 REPIN1 AP4|RIP60|ZNF464|Zfp464 replication initiator 1 protein-coding 3.208 1.431 nan 1.399 2.708 2.296 0.645 1.560 3.145 0.383 1.627 1.276 1.021 1.627 2.914 2.592 0.961 0.158 1.704 0.471 1.690 2.191 2.721 1.340 6.764 1.013 1.116 1.492 2.155 0.313 1.144 1.590 2.053 3.805 0.496 1.499 1.164 2.046 0.134 0.606 0.745 2.031 0.972 0.459 0.841 0.935 1.592 1.010 1.807 1.182 1.676 1.166 2.592 1.597 1.463 6.764 0.586 1.194 0.779 2.717 3.336 1.491 3.439 1.425 0.220 0.816 0.485 4.730 5.081 2.194 3.083 4.458 4.208 4.156 1.837 3.933 4.100 1.593 2.184 3.899 4.995 3.199 2.956 3.380 5.310 4.020 3.770 3.028 4.708 4.126 1.968 2951 chr12 110839766 110842629 + 0 NA intron (NM_016238, intron 1 of 10) CpG 338 NM_001137664 51434 Hs.719935 NM_016238 ENSG00000196510 ANAPC7 APC7 anaphase promoting complex subunit 7 protein-coding 7.119 nan 3.522 8.452 8.601 6.615 6.054 4.021 6.369 2.208 2.785 3.940 4.564 2.866 7.870 7.782 5.241 0.454 4.310 2.447 5.554 3.193 3.119 2.044 7.310 3.799 4.072 2.846 6.435 3.722 8.861 10.546 4.444 11.916 3.369 7.497 1.656 5.997 0.330 2.305 3.655 5.079 5.077 2.499 4.534 2.828 4.410 5.863 6.005 6.589 4.503 4.825 7.782 4.564 8.980 7.310 4.254 3.382 3.089 7.473 3.203 3.958 4.495 3.413 2.087 2.993 2.453 12.681 8.674 11.103 15.798 nan nan 12.269 10.683 23.691 25.981 7.931 9.026 nan 19.036 15.036 12.272 12.109 13.369 9.310 12.810 10.016 8.142 7.415 4.871 10829 chr8 17778496 17783379 + 0 NA intron (NM_001352647, intron 1 of 36) CpG 571 NM_001352647 5108 Hs.491148 NM_006197 ENSG00000078674 PCM1 PTC4|RET/PCM-1 pericentriolar material 1 protein-coding 5.452 3.868 nan 3.300 4.076 4.544 1.393 3.689 7.382 0.647 2.008 1.619 0.797 2.341 4.073 3.961 1.756 0.365 1.433 0.271 1.995 3.415 2.999 1.404 10.415 1.050 1.346 1.007 3.734 1.188 2.922 3.385 1.538 5.226 0.908 2.148 1.112 4.497 0.160 0.588 1.858 3.225 2.529 1.070 2.236 1.265 2.427 2.520 3.842 3.171 1.919 1.628 3.961 1.781 1.376 10.415 2.227 1.337 0.911 2.959 3.713 1.435 2.108 1.717 1.109 0.979 0.584 7.836 7.685 7.788 10.540 16.043 12.789 9.888 5.998 25.188 27.465 3.068 3.364 6.100 11.370 5.526 6.155 2.903 5.163 6.191 6.493 6.257 5.728 5.240 2.985 10602 chr7 111716019 111728633 + 0 NA intron (NM_014705, intron 1 of 51) intron (NM_014705, intron 1 of 51) 124136 NM_014705 9732 Hs.654652 NM_014705 ENSG00000128512 DOCK4 - dedicator of cytokinesis 4 protein-coding nan 0.685 0.875 0.503 0.104 0.102 0.134 0.115 0.350 0.656 1.648 0.010 0.056 0.133 0.224 0.336 0.165 0.389 0.196 4.986 0.159 0.257 0.228 0.554 0.396 0.023 0.253 0.124 1.737 2.840 0.773 0.265 0.406 4.129 0.030 0.111 0.202 0.149 0.114 1.876 1.674 0.611 0.260 0.104 0.115 1.227 0.536 0.102 1.137 0.690 0.224 0.227 2.097 0.228 0.331 0.124 0.038 0.069 0.104 0.251 0.048 0.088 0.725 0.005 0.020 0.369 0.322 0.263 0.369 0.327 0.393 0.321 0.207 0.315 0.265 0.821 1.034 0.558 0.439 0.392 0.176 0.122 0.305 0.206 0.281 0.359 0.922 0.555 0.547 3204 chr13 73628143 73689118 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 25700 NM_001730 688 Hs.508234 NM_001730 ENSG00000102554 KLF5 BTEB2|CKLF|IKLF Kruppel like factor 5 protein-coding nan 2.597 0.859 1.721 0.516 0.395 0.768 0.487 0.822 0.391 0.763 0.361 1.622 0.275 1.432 1.176 0.402 0.111 0.488 0.188 0.749 0.034 0.080 0.076 0.783 0.691 0.477 0.155 0.391 0.442 3.430 5.973 1.203 4.151 0.503 0.442 0.045 0.929 0.082 0.131 1.035 0.662 0.286 0.207 0.679 0.421 1.504 0.479 0.743 0.305 0.477 1.224 1.176 0.481 0.054 0.783 1.167 0.786 0.037 0.260 0.148 0.319 0.436 0.083 0.433 0.148 0.098 0.492 0.445 0.850 2.209 0.644 0.659 nan 0.845 0.247 0.273 0.106 0.167 1.495 1.768 nan 0.291 0.598 1.226 0.364 0.478 0.351 nan 0.313 0.224 9936 chr6 134735772 134875660 + 0 NA intron (NR_038219, intron 4 of 4) L1MC4a|LINE|L1 -5681 NR_125852 101928231 Hs.634168 NR_125852 LOC101928231 - uncharacterized LOC101928231 ncRNA 0.773 0.925 1.019 0.073 0.253 0.103 0.371 0.203 0.331 0.079 0.132 0.799 0.050 0.019 0.099 0.494 0.244 0.102 0.365 0.322 0.105 0.021 0.093 0.087 0.141 0.258 0.098 0.426 0.124 0.126 0.194 0.910 0.281 0.586 0.167 0.457 0.024 6.442 0.253 0.155 0.104 0.438 0.459 0.255 0.211 0.200 0.326 0.668 0.453 0.405 0.054 0.165 0.494 0.327 0.052 0.141 0.092 0.055 0.109 0.602 0.355 0.257 0.081 0.085 0.103 0.237 0.125 0.474 0.373 0.380 0.448 0.399 0.457 nan 0.402 0.268 0.307 0.295 0.480 0.364 0.343 0.576 0.251 0.208 0.266 0.105 0.115 0.305 nan 0.430 0.387 8488 chr4 102118073 102145211 + 0 NA intron (NM_000944, intron 1 of 13) MIR|SINE|MIR 30387 NR_107033 102465868 NR_107033 ENSG00000273882 MIR8066 hsa-mir-8066 microRNA 8066 ncRNA 0.748 nan nan 0.215 0.902 0.025 0.592 0.732 1.494 0.138 0.234 0.438 0.002 0.106 0.313 0.189 0.268 0.136 0.499 0.398 0.122 0.010 0.723 0.470 0.250 0.516 0.183 0.057 0.218 0.219 0.273 1.029 0.151 0.407 0.557 0.966 0.436 0.060 0.088 0.323 0.100 0.140 0.071 0.055 0.353 0.081 0.113 0.276 0.722 0.289 1.589 1.120 0.189 0.149 0.916 0.250 0.360 0.182 0.127 0.050 0.183 0.295 0.051 0.191 0.211 0.017 0.013 0.346 0.218 0.504 nan 0.392 0.517 0.930 0.358 0.370 0.437 1.040 nan 0.603 0.798 1.331 1.065 0.121 0.209 1.471 2.562 0.372 nan 0.551 0.410 1330 chr10 12668291 12699117 + 0 NA intron (NM_153498, intron 2 of 10) intron (NM_153498, intron 2 of 10) 11492 NR_039701 100616320 NR_039701 ENSG00000283699 MIR4481 - microRNA 4481 ncRNA nan 1.309 0.708 0.075 2.217 2.068 0.246 0.379 0.722 0.022 0.075 0.215 0.022 0.094 1.299 0.405 0.236 0.147 0.212 0.090 0.145 0.023 0.923 0.513 1.966 0.119 0.024 0.127 0.108 0.076 0.105 0.670 0.190 2.672 0.227 0.044 0.312 0.071 0.075 0.144 0.082 0.042 0.061 0.028 0.110 0.017 0.152 0.150 0.520 0.051 0.105 0.880 0.405 0.583 1.236 1.966 0.123 0.185 0.330 0.113 1.018 0.121 0.134 0.285 0.076 0.045 0.033 0.440 0.442 0.260 0.444 1.597 1.392 4.791 1.350 0.114 0.145 1.326 1.745 4.488 5.155 0.332 0.340 0.142 0.309 1.078 1.035 0.400 0.959 1.128 0.622 1284 chr10 1577524 1618524 + 0 NA intron (NR_152792, intron 2 of 2) AluSx|SINE|Alu 9069 NR_152792 642394 Hs.568831 NM_001098830 ENSG00000205696 ADARB2-AS1 C10orf109|NCRNA00168 ADARB2 antisense RNA 1 ncRNA 0.497 0.389 0.629 0.034 0.776 0.944 0.040 0.356 0.819 0.002 0.050 0.049 0.009 0.173 0.871 0.270 0.086 0.137 0.044 0.009 0.032 0.017 0.689 0.364 3.736 0.007 0.021 0.014 0.045 0.003 0.033 0.056 0.043 0.832 0.011 0.092 0.009 0.043 0.089 0.009 0.051 0.058 0.031 0.023 0.008 0.017 0.021 0.106 0.062 0.064 0.038 0.175 0.270 0.054 0.018 3.736 0.033 0.053 0.103 0.091 0.332 0.042 0.280 0.027 0.017 0.022 0.014 0.610 0.837 0.123 0.161 1.601 1.466 0.710 0.275 0.219 0.267 0.099 0.194 2.463 3.196 0.193 0.105 0.394 0.712 0.030 0.036 0.082 0.111 0.649 0.444 4771 chr17 39843436 39847683 + 0 NA intron (NM_005801, intron 1 of 3) CpG 432 NM_005801 10209 Hs.150580 NM_005801 ENSG00000173812 EIF1 A121|EIF-1|EIF1A|ISO1|SUI1 eukaryotic translation initiation factor 1 protein-coding nan 4.921 4.045 5.971 3.198 3.939 3.782 5.660 9.797 1.594 6.018 1.891 1.854 1.770 4.639 4.097 4.803 0.311 5.851 1.958 5.980 4.726 4.391 1.829 5.210 2.754 3.867 2.256 4.792 1.737 4.732 5.477 5.889 12.349 1.725 4.401 1.443 5.862 0.120 3.326 4.042 5.985 2.852 1.211 3.261 2.095 4.041 5.927 5.118 2.440 3.235 2.629 4.097 8.894 3.436 5.210 3.162 2.923 1.560 4.997 2.756 2.989 1.913 2.129 1.919 2.925 1.874 7.618 9.184 7.271 9.002 nan 8.292 8.917 6.306 19.744 21.589 3.240 3.910 11.515 13.396 nan 9.628 4.213 6.470 9.351 9.006 5.077 8.774 3.938 1.623 10730 chr7 148578618 148583069 + 0 NA promoter-TSS (NM_001203249) promoter-TSS (NM_001203249) -242 NM_001203249 2146 Hs.444082 NM_004456 ENSG00000106462 EZH2 ENX-1|ENX1|EZH2b|KMT6|KMT6A|WVS|WVS2 enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit protein-coding 9.125 3.625 6.518 5.759 6.902 5.175 3.610 3.885 7.359 1.435 5.796 2.421 1.460 1.777 7.131 7.379 3.124 0.802 6.453 1.786 2.722 3.174 4.167 1.997 11.420 3.358 4.538 3.857 8.308 1.320 3.613 8.088 7.374 11.423 1.574 4.498 3.551 8.264 0.270 1.243 3.774 7.711 3.866 1.878 1.651 2.818 4.665 5.571 5.540 6.149 3.638 4.027 7.379 9.605 6.281 11.420 1.620 3.406 1.913 10.469 5.488 4.455 3.096 2.133 2.528 3.325 2.450 7.551 8.676 8.158 10.353 11.949 9.792 9.880 5.232 18.773 19.553 4.411 6.261 6.010 11.153 8.469 10.232 7.200 13.268 12.910 14.284 11.469 8.267 4.694 nan 9495 chr6 21497066 21543209 + 0 NA Intergenic Intergenic -8014 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.158 1.057 nan 0.113 1.034 4.304 0.133 0.807 1.547 0.010 0.084 0.075 0.037 0.124 0.331 0.533 0.230 0.153 0.165 0.086 0.068 0.021 0.886 0.766 1.620 0.172 0.071 0.019 0.072 0.087 0.095 0.430 0.321 nan 0.228 0.057 0.376 0.068 0.090 0.054 0.126 0.126 0.032 0.027 0.038 0.062 0.107 0.104 0.071 0.119 0.022 0.120 0.533 0.110 0.036 1.620 0.054 0.045 0.175 0.049 0.292 0.045 2.036 0.188 0.039 0.012 0.012 1.116 0.732 4.706 nan 3.283 2.995 nan 0.427 10.348 10.772 0.438 0.644 1.748 1.388 0.563 0.312 1.884 3.680 1.508 1.069 0.375 0.974 2.304 1.282 9123 chr5 113223386 113249915 + 0 NA Intergenic Intergenic 387291 NM_022828 64848 Hs.231942 NM_022828 ENSG00000047188 YTHDC2 CAHL YTH domain containing 2 protein-coding 0.641 0.785 1.608 0.040 0.187 0.014 0.027 0.054 0.144 0.003 0.080 0.056 0.030 0.023 0.057 0.111 0.076 0.043 0.053 0.014 0.024 0.118 0.099 0.045 0.013 0.016 0.005 0.054 0.012 0.085 0.050 0.064 0.168 0.006 0.034 0.086 0.025 0.100 0.022 0.012 0.056 0.023 0.009 0.008 0.046 0.047 0.079 0.046 0.033 0.027 0.035 0.111 0.058 0.031 0.045 0.009 0.034 0.033 0.031 0.024 0.015 0.047 0.015 0.035 0.019 0.147 0.101 0.209 0.300 0.149 0.152 7.605 1.883 0.127 0.137 0.657 nan 0.133 0.106 0.381 0.204 0.066 0.135 1.027 0.484 0.158 0.401 1.074 0.693 3772 chr14 93342147 93359510 + 0 NA Intergenic Intergenic 22999 NR_135253 101929002 Hs.639356 NR_135253 ENSG00000258499 LINC02287 - long intergenic non-protein coding RNA 2287 ncRNA 1.246 1.228 nan 0.108 0.748 1.286 0.070 2.013 4.383 0.059 0.064 0.021 0.075 1.340 2.409 0.133 0.162 0.019 0.011 0.047 0.008 0.840 0.575 2.752 0.064 0.029 0.008 0.047 0.031 0.106 0.160 0.158 2.636 0.101 0.066 0.126 0.038 0.105 0.892 0.085 0.031 0.005 0.057 0.044 0.062 0.190 0.127 0.087 0.023 0.073 2.409 0.016 0.021 2.752 0.033 0.063 0.028 0.054 0.380 0.053 0.063 0.639 0.097 0.023 0.001 0.295 0.189 0.139 0.191 3.464 3.973 1.032 0.433 0.311 0.242 0.307 0.479 1.118 1.554 1.002 0.635 0.249 0.274 0.586 0.621 0.864 2.483 nan 1.836 3526 chr14 46661912 46675163 + 0 NA intron (NR_102702, intron 1 of 3) intron (NR_102702, intron 1 of 3) 135175 NR_102702 100506412 Hs.207545 NR_102699 ENSG00000258700 LINC00871 - long intergenic non-protein coding RNA 871 ncRNA nan 0.771 nan 0.054 0.143 0.038 0.038 0.184 0.367 0.014 0.077 0.021 0.033 0.076 0.080 0.097 0.095 0.096 0.112 0.071 0.021 0.039 0.086 0.116 0.005 0.016 0.057 0.032 0.075 0.044 0.107 0.294 0.061 0.041 0.051 0.106 0.048 0.014 0.009 0.006 0.033 0.017 0.068 0.068 0.012 0.000 0.048 0.097 0.048 0.042 0.116 0.019 0.050 0.014 0.023 0.024 0.030 0.167 0.006 0.022 0.008 0.312 0.113 0.249 0.254 0.239 0.353 0.149 0.106 0.245 0.276 4.207 4.547 0.221 0.238 0.569 0.222 0.131 0.182 0.086 0.117 0.368 0.857 0.366 0.400 4935 chr17 65370195 65390720 + 0 NA intron (NM_012417, intron 1 of 8) intron (NM_012417, intron 1 of 8) 7060 NM_012417 26207 Hs.591185 NM_012417 ENSG00000154217 PITPNC1 M-RDGB-beta|MRDGBbeta|RDGB-BETA|RDGBB|RDGBB1 phosphatidylinositol transfer protein cytoplasmic 1 protein-coding 2.232 nan 2.104 0.613 0.379 0.201 2.252 0.547 0.993 0.280 0.763 0.848 0.042 1.085 0.571 0.372 0.953 0.285 1.314 0.563 3.918 0.702 0.562 0.430 1.470 0.436 0.201 0.266 0.712 0.453 3.255 8.285 1.078 1.505 1.061 0.799 0.121 1.052 0.118 0.953 0.274 0.556 0.399 0.293 0.697 0.413 0.498 0.710 1.220 3.185 1.757 2.030 0.372 1.191 4.147 1.470 0.583 0.825 0.156 1.814 1.518 0.622 0.443 0.390 0.645 0.404 0.451 0.993 1.153 1.177 1.776 0.996 0.875 2.325 0.607 0.775 0.702 1.058 nan 1.141 1.481 1.064 0.954 0.746 1.785 0.745 0.785 0.626 1.400 1.101 0.823 5604 chr19 31173034 31188485 + 0 NA intron (NM_001352260, intron 5 of 5) intron (NM_001352260, intron 5 of 5) 317459 NM_001352260 9745 Hs.378901 NM_014717 ENSG00000198597 ZNF536 - zinc finger protein 536 protein-coding 1.962 0.947 1.627 0.074 0.098 0.286 0.047 0.177 0.326 0.007 0.150 0.107 0.020 0.032 0.075 1.168 0.122 0.074 0.109 0.008 0.018 0.051 0.059 0.387 0.004 0.024 0.014 0.097 0.014 0.073 0.070 0.102 0.517 0.009 0.043 0.012 0.069 0.088 0.015 0.115 0.030 0.035 0.045 0.029 0.030 0.025 0.163 0.184 0.129 0.102 0.030 1.168 0.075 0.012 0.387 0.016 0.104 0.529 0.045 0.052 0.015 0.083 2.643 0.010 0.011 0.003 0.651 0.837 0.367 0.446 0.176 0.257 0.216 0.082 0.080 0.090 0.405 0.810 0.121 0.153 nan 0.151 0.342 0.403 0.046 0.128 2.689 6.745 0.439 0.553 11237 chr8 119906835 119930152 + 0 NA Intergenic Intergenic 45890 NM_002546 4982 Hs.81791 NM_002546 ENSG00000164761 TNFRSF11B OCIF|OPG|PDB5|TR1 TNF receptor superfamily member 11b protein-coding nan nan 2.444 0.105 0.280 0.026 0.765 0.136 0.296 0.077 1.499 0.621 0.021 4.996 0.103 0.033 0.147 0.076 0.995 0.658 0.314 0.030 0.148 0.099 0.102 0.453 0.127 0.019 0.760 1.387 0.928 2.894 2.131 1.134 1.393 0.341 0.294 0.032 0.064 0.375 0.013 0.586 0.738 0.642 0.693 0.372 0.644 1.810 0.230 0.082 0.081 0.098 0.033 0.440 0.107 0.102 0.146 0.245 0.029 0.142 2.536 0.693 0.042 0.091 0.368 0.151 0.082 0.243 0.152 0.221 0.434 0.438 0.551 nan 0.759 0.688 nan 0.551 nan 1.267 1.012 0.496 0.245 0.170 0.275 0.917 1.997 0.281 0.711 0.911 0.683 10354 chr7 48120760 48140496 + 0 NA intron (NR_109837, intron 2 of 6) intron (NR_109837, intron 2 of 6) 1777 NM_001287430 7378 Hs.488240 NM_003364 ENSG00000183696 UPP1 UDRPASE|UP|UPASE|UPP uridine phosphorylase 1 protein-coding 1.221 1.367 nan 4.771 0.110 0.088 3.744 0.332 0.562 2.250 3.018 1.399 1.839 0.654 0.054 0.197 2.294 0.604 2.380 1.028 2.951 0.056 0.216 0.172 0.163 2.095 2.023 0.519 6.605 2.238 3.735 4.912 5.163 1.464 1.320 3.895 0.058 4.156 0.209 1.358 0.538 5.590 2.544 0.961 2.352 2.658 4.463 6.209 1.986 1.155 1.860 1.618 0.197 2.820 4.797 0.163 1.282 0.751 0.156 2.483 0.620 4.776 0.040 0.300 1.940 0.476 0.198 0.302 0.209 0.794 1.519 0.677 0.695 0.490 0.099 0.410 0.400 0.205 0.323 0.515 0.849 0.563 0.422 0.176 0.213 0.232 0.391 0.662 1.164 0.428 0.488 6441 chr2 161054287 161115367 + 0 NA Intergenic Intergenic -28003 NM_001282388 3694 Hs.470399 NM_000888 ENSG00000115221 ITGB6 AI1H integrin subunit beta 6 protein-coding 1.116 1.287 nan 1.877 0.123 0.030 2.996 0.139 0.265 1.202 1.588 2.830 0.059 0.176 0.070 0.386 0.637 0.082 2.836 2.167 1.498 0.014 0.083 0.103 0.073 2.569 1.998 0.114 1.763 1.151 0.992 2.617 1.856 0.604 2.211 0.854 0.013 0.027 0.068 2.105 0.060 3.866 0.508 0.339 1.711 1.438 1.137 3.836 1.793 1.939 1.334 1.808 0.386 1.289 2.232 0.073 0.747 1.958 0.132 0.617 0.042 1.175 0.104 0.249 2.109 0.317 0.210 0.493 0.566 1.502 6.625 0.214 0.260 0.088 0.068 0.255 0.260 0.483 0.835 0.422 0.425 0.478 0.247 0.260 0.463 0.044 0.059 0.497 1.079 0.286 0.345 11876 chr9 140373005 140390392 + 0 NA intron (NM_001098537, intron 20 of 34) intron (NM_001098537, intron 20 of 34) -27912 NM_001130969 26012 Hs.455336 NM_015537 ENSG00000165802 NSMF HH9|NELF NMDA receptor synaptonuclear signaling and neuronal migration factor protein-coding 0.766 0.711 2.305 0.071 1.737 0.497 0.886 0.294 0.463 0.026 0.327 0.360 0.007 0.379 0.568 0.280 0.090 0.055 0.989 0.651 0.029 0.040 0.660 0.356 4.131 0.866 0.629 0.098 0.107 0.100 0.667 2.336 0.106 0.505 0.395 1.160 0.072 0.043 0.065 0.191 0.103 2.867 0.711 0.333 0.057 0.093 0.182 0.157 0.457 0.153 0.417 1.231 0.280 1.803 0.143 4.131 0.373 0.615 0.369 0.238 4.156 0.590 0.023 0.085 0.297 0.033 0.023 0.349 0.407 0.206 nan 4.211 nan 1.385 0.394 0.114 0.179 0.175 0.329 6.070 7.138 1.100 1.032 0.278 0.234 0.620 0.673 0.336 0.423 1.867 1.068 9920 chr6 132266286 132285883 + 0 NA Intergenic Intergenic -3566 NM_001901 1490 Hs.410037 NM_001901 ENSG00000118523 CTGF CCN2|HCS24|IGFBP8|NOV2 connective tissue growth factor protein-coding 0.698 0.672 0.883 2.049 0.067 0.023 0.523 0.112 0.188 0.111 0.746 2.079 0.162 0.368 0.050 0.194 1.245 0.139 0.275 0.029 1.503 0.071 0.080 0.115 0.031 0.392 0.178 0.482 0.555 0.091 0.697 1.616 0.819 0.219 0.209 0.711 0.005 8.510 0.202 0.241 0.110 1.391 2.384 1.232 0.279 0.109 0.182 0.963 0.656 1.339 0.190 0.363 0.194 1.044 0.576 0.031 0.243 0.156 0.650 0.130 0.444 0.025 0.044 0.542 1.164 1.149 0.506 0.312 0.593 1.287 0.234 0.326 nan 0.348 0.339 0.365 0.125 0.275 0.081 0.108 0.921 0.667 0.134 0.201 0.084 0.109 0.104 nan 0.442 0.408 1592 chr10 95091580 95097793 + 0 NA intron (NM_013451, intron 41 of 53) MER117|DNA|hAT-Charlie 147388 NM_133337 26509 Hs.602086 NM_013451 ENSG00000138119 MYOF FER1L3 myoferlin protein-coding 0.744 1.393 0.697 0.391 0.128 0.018 1.475 0.155 0.253 0.553 0.302 0.193 3.018 0.033 0.054 0.896 1.072 0.026 2.797 1.588 0.521 0.003 0.007 0.055 0.230 0.839 0.581 0.141 0.899 1.236 0.361 1.888 0.333 0.426 0.425 0.203 0.016 0.035 0.088 0.076 0.038 0.465 0.243 0.164 0.422 0.947 0.356 0.080 0.375 0.114 0.076 0.866 0.896 6.504 0.715 0.230 1.023 1.194 0.123 0.169 0.108 0.916 0.059 0.442 0.037 0.033 0.221 0.229 1.496 6.400 0.271 0.394 1.924 0.361 0.193 0.159 0.330 0.467 nan 0.485 0.136 0.078 0.026 0.053 0.169 0.172 0.192 0.267 0.483 0.391 9715 chr6 52776078 52797121 + 0 NA Intergenic LTR17|LTR|ERV1 -12103 NM_000847 2940 Hs.102484 NM_000847 ENSG00000174156 GSTA3 GSTA3-3|GTA3 glutathione S-transferase alpha 3 protein-coding 1.042 1.070 nan 0.076 0.488 0.232 1.777 0.084 0.222 0.031 0.111 0.554 0.690 0.071 0.097 0.338 0.139 0.083 0.466 0.171 0.193 0.060 0.200 0.098 0.090 1.192 0.508 0.014 0.129 0.105 0.388 1.290 5.610 0.358 0.431 0.382 0.027 0.067 0.110 0.208 0.042 0.228 0.083 0.060 0.352 0.885 0.350 0.451 0.445 0.132 1.249 0.516 0.338 1.683 0.244 0.090 0.226 0.682 0.046 0.199 0.357 0.603 0.040 0.867 0.167 0.027 0.031 0.500 0.364 0.532 0.563 0.231 0.291 0.928 0.163 0.297 0.313 0.460 0.763 0.755 0.787 0.840 0.472 0.174 0.218 0.247 0.344 0.855 2.073 1.553 1.067 6833 chr20 10285761 10295919 + 0 NA Intergenic Intergenic -90686 NR_040710 100131208 Hs.658178 NR_040710 ENSG00000227906 SNAP25-AS1 - SNAP25 antisense RNA 1 ncRNA 1.103 nan 0.637 0.374 0.221 0.049 0.333 0.128 0.169 0.010 3.987 2.241 0.030 0.116 0.152 1.800 0.289 0.062 0.056 0.181 0.027 0.094 0.114 0.170 0.061 0.036 0.015 0.101 0.298 0.104 0.139 0.159 0.364 0.361 2.004 0.011 0.079 1.538 0.118 2.329 0.821 0.522 0.064 0.031 0.144 7.736 0.511 1.394 0.050 0.092 0.152 0.036 0.146 0.170 0.049 0.073 0.086 0.334 0.088 3.543 0.094 0.184 6.651 7.574 8.944 0.499 0.452 0.226 0.330 0.379 0.453 0.504 0.257 0.243 0.207 1.066 1.903 0.435 0.416 0.574 0.386 0.163 0.397 0.080 0.139 0.489 1.104 0.451 0.381 10247 chr7 26104004 26145661 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -67015 NM_004289 9603 Hs.404741 NM_004289 ENSG00000050344 NFE2L3 NRF3 nuclear factor, erythroid 2 like 3 protein-coding 1.564 1.059 1.495 0.135 0.141 0.164 0.128 0.185 0.335 0.153 0.103 0.064 0.036 0.075 0.158 0.852 0.104 0.127 0.051 0.031 0.057 0.020 0.136 0.143 0.132 0.202 0.069 0.021 0.171 0.101 0.232 1.476 0.460 0.450 0.014 0.131 0.039 0.104 0.159 0.133 0.130 0.144 0.030 0.030 0.060 0.265 0.709 0.189 0.115 0.046 0.087 0.204 0.852 0.048 0.066 0.132 0.088 0.170 0.102 0.119 0.042 0.099 0.055 1.305 0.051 0.025 0.015 0.624 0.490 0.245 nan 0.432 0.566 1.131 0.352 0.432 0.481 0.646 0.962 0.475 0.546 1.295 1.025 0.230 0.288 0.151 0.197 1.149 nan 0.394 0.401 5005 chr17 74377468 74395864 + 0 NA 3' UTR (NM_022066, exon 18 of 18) 3' UTR (NM_022066, exon 18 of 18) 5377 NM_001142602 8877 Hs.68061 NM_021972 ENSG00000176170 SPHK1 SPHK sphingosine kinase 1 protein-coding 1.597 1.042 1.570 0.250 0.277 0.145 1.429 0.273 0.666 0.197 1.242 0.480 0.108 0.156 0.242 0.412 0.532 0.219 0.908 0.403 0.051 0.216 0.244 0.175 0.352 0.940 1.120 0.812 1.094 0.436 2.896 6.644 1.297 1.761 0.870 0.500 0.071 0.903 0.114 0.348 0.136 2.204 0.503 0.339 0.435 0.250 0.273 0.836 1.312 0.887 1.195 0.818 0.412 1.250 0.382 0.352 0.565 0.757 0.133 2.708 0.529 0.363 0.054 0.109 0.715 0.153 0.063 0.788 0.797 0.709 1.343 0.725 0.736 0.804 0.265 0.437 0.531 nan 1.108 0.845 1.057 1.053 0.862 0.337 0.426 0.269 0.409 0.592 0.830 nan 0.436 10357 chr7 50595619 50630985 + 0 NA intron (NM_001082971, intron 1 of 14) AluSq2|SINE|Alu 13845 NR_033845 100129427 Hs.680434 NR_033845 ENSG00000226122 DDC-AS1 - DDC antisense RNA 1 ncRNA nan 2.324 1.298 1.365 3.088 0.560 1.142 2.277 4.441 0.230 0.243 0.669 0.045 1.021 1.402 2.617 0.068 0.132 0.401 0.206 0.291 0.024 3.177 1.744 4.038 0.505 0.233 0.270 0.843 0.280 0.211 0.679 0.193 3.281 0.422 0.383 0.942 0.058 0.136 0.060 0.400 0.954 0.341 0.170 0.442 0.378 0.707 0.467 0.463 0.046 0.331 0.407 2.617 0.752 0.451 4.038 0.305 0.357 0.414 0.341 3.900 1.621 0.062 0.421 0.345 0.381 0.226 0.483 0.277 0.269 0.506 4.611 4.729 6.592 2.751 0.098 0.077 0.335 0.581 4.594 4.658 1.116 1.165 0.161 0.229 2.542 2.658 0.831 1.861 3.148 1.580 10894 chr8 33739892 33754730 + 0 NA Intergenic Intergenic -289687 NM_024025 78986 Hs.8719 NM_024025 ENSG00000133878 DUSP26 DSP-4|DUSP24|LDP-4|MKP-8|MKP8|NATA1|NEAP|SKRP3 dual specificity phosphatase 26 protein-coding 0.517 0.865 nan 5.686 0.041 0.037 0.029 0.109 0.240 0.007 0.074 0.043 0.021 0.040 0.012 0.309 0.086 0.062 0.009 0.013 0.009 0.116 0.112 0.040 0.009 0.005 0.136 0.043 0.060 0.036 0.128 0.330 0.029 0.062 0.069 0.022 0.112 0.055 0.016 0.043 0.004 0.011 0.007 0.005 0.097 0.080 0.022 0.024 0.011 0.027 0.309 0.014 0.040 0.008 0.039 0.045 0.041 0.064 0.013 0.075 0.190 0.008 0.007 0.282 0.225 0.416 2.091 0.304 0.421 0.754 0.145 0.137 0.152 0.565 0.691 0.113 0.174 0.600 0.331 0.102 0.138 0.513 0.647 0.297 0.575 0.485 0.407 2997 chr12 120030432 120035637 + 0 NA intron (NM_001136534, intron 1 of 2) CpG 1770 NM_001136534 387890 Hs.530965 NM_001136534 ENSG00000224982 TMEM233 DSPB2|IFITMD2 transmembrane protein 233 protein-coding nan nan 0.415 0.070 0.085 0.064 0.187 0.260 0.497 0.105 0.071 0.012 0.116 0.050 0.443 0.043 0.063 0.041 0.036 0.012 0.062 0.094 0.160 0.241 0.139 0.139 0.244 0.063 1.756 0.001 0.186 0.082 0.021 0.115 0.069 0.062 0.018 0.127 0.120 0.062 0.073 0.055 0.233 0.156 0.054 5.954 1.061 0.443 0.052 0.071 0.160 0.071 0.079 0.038 0.744 0.031 0.019 0.044 0.033 0.010 0.152 0.088 0.052 0.061 nan nan nan 0.241 0.118 0.084 0.164 0.353 nan nan 0.473 0.161 0.174 0.165 0.042 0.077 0.094 0.174 nan 0.529 10558 chr7 100727125 100787826 + 0 NA Intergenic Intergenic -12895 NM_000602 5054 Hs.414795 NM_000602 ENSG00000106366 SERPINE1 PAI|PAI-1|PAI1|PLANH1 serpin family E member 1 protein-coding nan 0.977 0.669 0.638 0.245 0.322 2.795 0.322 0.696 0.745 2.040 3.441 0.181 0.222 0.451 0.948 1.107 0.334 0.593 0.543 1.502 0.049 0.299 0.194 0.241 0.958 0.756 0.861 1.160 0.904 0.710 1.730 1.043 0.451 0.616 3.021 0.072 0.406 0.155 1.258 0.051 4.924 2.166 0.946 0.844 1.109 1.476 3.825 2.033 5.230 0.703 0.782 0.948 1.186 1.895 0.241 0.798 0.829 0.180 2.716 0.413 1.814 0.143 0.032 0.927 4.111 3.404 0.365 0.301 0.488 0.992 0.443 0.474 0.967 0.232 0.383 0.420 0.174 0.332 0.297 0.331 0.401 0.180 0.446 0.459 0.435 0.813 0.187 nan 0.923 0.749 11363 chr8 143072397 143113440 + 0 NA Intergenic Intergenic -13261 NR_130468 100616374 NR_130468 ENSG00000265612 MIR4539 - microRNA 4539 ncRNA 1.252 0.717 nan 0.077 0.073 2.649 0.153 0.230 0.422 0.028 0.070 0.034 0.018 0.578 0.719 0.340 0.073 0.074 0.075 0.060 0.030 0.020 0.038 0.063 0.427 0.105 0.036 0.041 0.187 0.034 0.911 2.582 0.865 1.015 0.108 0.047 0.044 0.048 0.061 0.041 0.033 0.119 0.063 0.047 0.184 0.034 0.061 0.154 0.256 0.073 0.021 0.166 0.340 0.071 0.129 0.427 0.131 0.084 0.354 0.130 0.030 0.021 0.065 0.051 0.035 0.015 0.010 0.230 0.257 0.112 0.152 nan 3.033 nan 0.072 0.136 0.154 0.921 1.167 0.724 0.660 0.749 0.699 0.288 0.336 0.259 0.338 0.282 0.493 0.298 0.325 6570 chr2 198360091 198373053 + 0 NA intron (NM_001202485, intron 2 of 8) intron (NM_001202485, intron 2 of 8) -1574 NM_199440 3329 Hs.595053 NM_002156 ENSG00000144381 HSPD1 CPN60|GROEL|HLD4|HSP-60|HSP60|HSP65|HuCHA60|SPG13 heat shock protein family D (Hsp60) member 1 protein-coding 2.799 nan 2.201 2.047 2.967 1.458 2.233 2.469 4.632 0.626 1.926 1.210 0.479 0.701 1.481 1.793 0.864 0.199 2.668 0.878 1.583 1.091 1.081 0.894 2.244 1.370 1.357 0.892 1.921 0.627 2.108 2.550 1.805 7.052 1.272 3.611 0.442 1.526 0.123 0.929 1.615 3.253 2.036 1.104 1.507 0.838 2.439 1.328 2.052 2.273 1.516 1.213 1.793 2.123 2.257 2.244 0.843 0.893 0.772 2.684 1.388 1.576 1.230 4.128 1.156 1.472 0.915 1.792 2.585 2.275 3.606 3.153 3.319 2.899 1.588 7.497 7.236 2.211 2.558 3.914 5.318 5.308 5.887 3.445 8.101 2.092 2.010 5.397 6.375 1.475 0.710 1770 chr11 6460102 6481933 + 0 NA intron (NM_033278, intron 10 of 11) L2b|LINE|L2 -8763 NM_000613 3263 Hs.426485 NM_000613 ENSG00000110169 HPX HX hemopexin protein-coding 0.591 0.741 0.860 0.094 0.998 1.149 0.157 0.312 0.495 0.013 0.103 0.051 0.278 0.042 2.131 0.221 0.127 0.118 0.110 0.026 0.052 0.019 0.165 0.132 4.873 0.060 0.032 0.081 0.083 0.048 0.126 0.190 0.440 0.411 0.020 0.061 0.030 0.049 0.056 0.011 0.127 0.173 0.058 0.025 0.054 0.091 0.101 0.168 0.175 0.066 0.047 0.093 0.221 0.175 0.042 4.873 0.050 0.101 0.013 0.069 0.037 0.047 0.077 0.160 0.045 0.008 0.009 0.572 0.536 0.368 0.409 4.983 6.367 1.163 0.261 0.522 0.568 0.330 0.537 1.862 1.477 0.363 0.168 0.373 0.368 0.163 0.168 0.275 0.714 0.941 0.589 4494 chr16 85960894 85982383 + 0 NA Intergenic MLT1L|LTR|ERVL-MaLR 19685 NR_106832 102466732 NR_106832 ENSG00000274134 MIR6774 hsa-mir-6774 microRNA 6774 ncRNA nan 0.542 0.619 0.147 0.074 4.210 0.105 0.082 0.154 0.005 0.090 0.081 0.003 0.051 0.042 0.118 0.070 0.037 0.044 0.018 0.047 0.013 0.014 0.021 0.051 0.153 0.060 0.031 0.071 0.005 0.063 0.064 0.079 0.206 0.025 0.037 0.022 0.045 0.062 0.016 0.022 0.090 0.051 0.047 0.043 0.126 0.058 0.137 0.089 0.080 0.173 0.050 0.118 0.123 0.013 0.051 0.057 0.066 0.265 0.087 0.019 0.125 0.009 0.023 0.053 0.024 0.019 0.171 0.107 0.067 0.114 0.139 0.228 0.108 0.048 0.112 0.177 0.084 0.194 0.151 0.170 0.372 0.194 0.070 0.108 0.049 0.038 0.049 0.186 0.229 0.340 5458 chr19 373123 389846 + 0 NA Intergenic Intergenic -5471 NM_199202 51298 Hs.250002 NM_016585 ENSG00000105549 THEG CT56|THEG1 theg spermatid protein protein-coding 0.724 0.960 3.809 0.094 0.210 1.353 0.855 0.306 0.757 0.006 0.042 0.070 0.838 0.071 1.123 0.242 0.045 0.067 0.160 0.136 0.042 0.058 0.200 0.073 0.802 0.349 0.200 0.093 0.240 0.164 0.334 0.971 0.297 0.965 0.151 0.090 0.040 0.032 0.091 0.035 0.099 0.166 0.040 0.046 0.046 0.501 0.104 0.206 0.220 0.077 0.052 0.079 0.242 0.818 0.033 0.802 0.087 0.010 0.569 0.272 0.085 0.240 0.302 0.200 0.095 0.031 0.024 0.409 0.597 0.179 0.298 2.945 2.699 0.836 0.133 0.218 0.282 0.222 0.500 4.096 nan 0.872 0.786 0.352 0.410 0.531 0.791 0.897 1.562 1.775 1.077 2735 chr12 59675021 59690125 + 0 NA Intergenic Intergenic -307248 NM_001270622 9194 Hs.88156 NM_004731 ENSG00000118596 SLC16A7 MCT2 solute carrier family 16 member 7 protein-coding nan 0.632 0.477 0.128 0.214 0.007 0.028 0.117 0.172 0.006 0.041 0.024 0.021 0.046 0.108 0.161 0.120 0.043 0.082 0.012 0.021 0.009 0.094 0.170 0.064 0.005 0.015 0.039 0.072 0.014 0.096 0.088 0.084 0.343 0.010 0.064 0.006 0.043 0.099 0.008 0.111 0.067 0.024 0.016 0.015 0.011 0.026 0.113 0.027 0.019 0.005 0.048 0.161 0.067 0.012 0.064 0.008 0.038 0.084 0.027 0.034 0.058 0.054 0.016 0.030 0.011 0.007 nan 0.198 0.173 0.223 0.173 nan 8.439 2.494 0.452 0.410 0.184 nan 0.720 nan 0.412 0.179 0.126 0.192 0.106 0.193 0.112 0.182 0.618 0.577 1209 chr1 234395512 234402631 + 0 NA intron (NM_001300845, intron 2 of 6) intron (NM_001300845, intron 2 of 6) -43142 NR_039818 100616380 NR_039818 ENSG00000264377 MIR4671 - microRNA 4671 ncRNA 0.955 1.139 1.793 0.303 0.422 0.023 0.482 0.136 0.334 0.014 0.139 0.064 0.169 0.113 0.663 0.126 0.223 0.254 0.319 0.018 0.528 0.214 0.756 0.595 0.202 0.031 0.749 0.222 1.427 6.234 0.109 0.900 0.786 0.150 0.054 0.061 0.040 0.150 0.033 0.320 0.195 0.142 0.770 0.151 0.076 0.140 0.274 0.030 0.234 6.139 0.663 0.184 0.091 0.756 0.363 1.473 0.097 0.114 0.171 0.224 0.048 0.086 0.097 0.024 0.022 0.348 0.239 0.501 0.594 0.567 0.880 nan 0.111 0.103 0.191 0.175 0.407 nan 1.462 0.424 0.142 0.210 0.120 0.574 0.829 0.497 0.883 nan 0.666 5622 chr19 35644226 35661928 + 0 NA intron (NM_144779, intron 5 of 8) intron (NM_144779, intron 5 of 8) 7232 NM_001164605 53827 Hs.333418 NM_014164 ENSG00000089327 FXYD5 DYSAD|HSPC113|IWU1|KCT1|OIT2|PRO6241|RIC FXYD domain containing ion transport regulator 5 protein-coding 0.791 0.872 0.725 5.727 0.278 0.179 0.908 0.076 0.267 4.243 0.892 0.780 0.930 0.058 0.070 0.100 0.072 0.118 2.461 0.735 3.345 0.008 0.062 0.093 0.048 0.387 0.522 0.547 1.097 0.619 0.323 0.798 0.270 2.447 1.836 0.329 0.027 0.215 0.091 0.294 0.014 10.477 3.165 1.419 0.407 1.705 3.603 0.642 1.173 2.416 0.054 1.182 0.100 2.940 0.382 0.048 0.841 2.966 0.075 0.954 0.040 1.071 0.236 0.144 0.463 0.127 0.036 0.220 0.124 0.511 1.087 0.226 0.271 0.279 0.137 0.203 0.218 0.106 0.332 0.163 0.188 nan 0.259 0.443 0.594 0.129 0.139 0.185 0.458 1.339 0.738 6898 chr20 24940620 24954992 + 0 NA intron (NM_020531, intron 8 of 8) AluSx3|SINE|Alu 17940 NM_003650 8530 Hs.143212 NM_003650 ENSG00000077984 CST7 CMAP cystatin F protein-coding 1.666 1.440 nan 0.035 0.146 0.116 0.153 0.111 0.176 0.037 0.136 0.052 0.035 0.042 0.154 0.170 0.157 0.100 0.132 0.054 0.068 0.190 0.120 0.283 0.082 0.041 0.056 0.081 0.007 0.230 0.620 1.342 0.442 0.051 0.114 0.073 0.062 0.080 0.008 0.050 0.096 0.044 0.022 0.030 0.064 0.260 0.159 0.125 0.110 0.016 0.060 0.170 0.144 0.058 0.283 0.017 0.057 1.014 0.081 0.105 0.082 0.048 2.125 0.047 0.016 0.024 0.633 0.722 0.354 0.367 0.885 0.788 0.551 0.192 0.433 0.427 0.557 0.839 1.370 1.691 5.654 5.266 0.328 0.502 0.309 0.361 1.701 3.889 1.040 0.751 6655 chr2 219248028 219273440 + 0 NA 3' UTR (NM_000578, exon 15 of 15) 3' UTR (NM_000578, exon 15 of 15) -2327 NM_001206878 58190 Hs.444468 NM_021198 ENSG00000144579 CTDSP1 NIF3|NLI-IF|NLIIF|SCP1 CTD small phosphatase 1 protein-coding nan 1.692 nan 1.724 2.408 2.264 2.443 1.304 2.840 1.481 3.186 1.195 1.859 1.736 1.011 1.027 1.216 0.290 2.753 1.164 5.070 3.198 0.685 0.522 2.101 1.776 2.373 2.398 2.902 0.851 4.729 7.724 2.824 5.649 1.641 3.397 0.086 4.400 0.167 1.714 0.505 3.525 1.643 0.709 1.920 1.166 2.181 1.536 4.951 3.753 1.594 2.251 1.027 2.000 3.252 2.101 1.214 2.083 0.716 7.767 2.443 1.220 0.826 0.845 3.607 0.777 0.441 0.941 2.103 1.428 2.044 1.543 1.329 2.112 0.569 1.990 2.073 1.011 1.427 4.733 nan 1.656 1.709 0.780 1.350 0.620 0.656 1.261 1.935 1.085 0.595 6629 chr2 213128743 213179268 + 0 NA intron (NM_001042599, intron 1 of 26) intron (NM_001042599, intron 1 of 26) 137079 NR_031643 100313771 NR_031643 ENSG00000221782 MIR548F2 MIR548F-2|MIRN548F2|hsa-mir-548f-2 microRNA 548f-2 ncRNA nan 0.988 nan 0.108 0.131 0.095 0.054 0.171 0.248 0.002 0.058 0.071 0.012 0.052 0.048 0.200 0.095 0.073 0.133 0.022 0.028 0.008 0.208 0.194 0.059 0.003 0.003 0.031 0.044 0.023 0.063 0.061 0.072 0.416 0.043 0.054 0.250 0.251 0.085 0.014 0.049 0.055 0.014 0.011 0.011 0.025 0.057 0.048 0.023 0.045 0.020 0.026 0.200 0.038 0.014 0.059 0.019 0.031 0.070 0.017 0.054 0.022 0.039 0.257 0.022 0.014 0.016 0.403 0.288 0.424 0.825 0.210 0.251 0.530 0.266 0.259 0.273 2.559 2.699 0.361 nan 0.585 0.279 0.124 0.253 0.869 1.622 0.497 1.123 0.302 0.234 7077 chr20 57224183 57229648 + 0 NA non-coding (NR_037945, exon 1 of 23) non-coding (NR_037945, exon 1 of 23) 606 NM_003763 8675 Hs.307913 NM_003763 ENSG00000124222 STX16 SYN16 syntaxin 16 protein-coding 4.981 3.258 3.410 5.875 2.430 2.033 2.699 0.908 1.945 3.695 5.588 2.363 1.362 1.158 1.970 2.628 2.588 0.175 3.330 1.246 5.303 1.346 1.759 0.899 3.693 2.788 3.186 2.156 6.338 1.081 5.911 8.036 4.614 4.884 1.586 3.074 0.098 3.189 0.143 4.142 1.163 5.627 4.647 2.203 1.756 1.617 4.820 4.092 3.351 5.096 5.154 3.265 2.628 3.127 2.031 3.693 1.659 3.330 1.196 7.269 2.950 3.982 1.864 1.185 5.453 1.897 1.286 6.793 nan 7.669 8.809 5.423 4.871 5.924 2.267 5.762 6.176 2.794 4.309 2.726 4.180 6.067 6.370 4.988 8.253 1.342 1.621 4.057 4.499 2.490 1.412 6275 chr2 100899631 100910570 + 0 NA intron (NM_198461, intron 10 of 11) L1ME2|LINE|L1 34095 NM_198461 164832 Hs.21380 NM_198461 ENSG00000170500 LONRF2 RNF192 LON peptidase N-terminal domain and ring finger 2 protein-coding 0.829 nan 0.724 0.970 0.291 0.887 2.279 0.059 0.195 0.138 0.580 2.400 0.719 0.460 0.276 1.801 0.150 0.140 0.866 0.615 0.282 0.055 0.149 0.201 1.453 1.194 1.044 2.307 0.377 0.939 2.623 1.180 1.163 0.133 3.765 0.026 0.089 0.084 0.992 0.078 1.801 0.094 0.107 0.558 0.810 0.089 0.660 2.376 0.156 2.757 0.595 1.801 1.679 2.765 0.201 0.718 0.467 0.054 4.452 0.418 0.814 0.082 0.101 0.175 2.509 2.655 0.413 0.373 0.376 1.033 0.657 0.647 0.540 0.172 0.388 0.379 0.387 0.647 0.886 1.249 0.639 0.673 0.217 0.317 0.049 0.110 0.153 0.159 0.305 0.287 11785 chr9 130417430 130427572 + 0 NA intron (NM_001032221, intron 5 of 18) intron (NM_001032221, intron 5 of 18) 30573 NR_037473 100500872 NR_037473 ENSG00000283874 MIR3911 mir-3911 microRNA 3911 ncRNA nan 0.861 5.427 0.065 0.321 0.098 0.111 0.372 0.538 0.056 0.091 0.074 0.012 0.030 0.264 0.163 0.200 0.162 0.137 0.019 0.037 0.502 0.187 0.474 0.048 0.007 0.067 0.106 0.010 0.102 0.256 0.081 0.333 0.058 0.064 0.302 0.022 0.080 1.700 0.147 0.053 0.023 0.075 0.083 0.120 0.118 0.048 0.124 0.032 0.099 0.163 0.071 0.028 0.474 0.048 0.105 2.344 0.053 0.250 0.054 0.039 1.012 0.037 0.045 0.015 0.487 1.032 0.271 0.359 2.146 2.265 nan 0.188 0.386 0.346 2.366 2.666 2.760 3.379 8.131 7.424 0.203 0.342 1.213 1.621 2.405 5.118 2.377 1.418 5727 chr19 45293987 45313736 + 0 NA TTS (NM_012116) TTS (NM_012116) -8455 NM_005581 4059 Hs.625725 NM_005581 ENSG00000187244 BCAM AU|CD239|LU|MSK19 basal cell adhesion molecule (Lutheran blood group) protein-coding 0.667 0.816 1.208 0.406 1.298 0.056 0.349 0.203 0.416 0.310 0.789 0.541 0.054 1.302 0.082 0.562 0.167 0.150 1.008 0.364 0.514 0.190 0.773 0.478 0.965 0.286 0.110 0.924 0.486 0.144 0.791 nan 0.954 0.982 0.242 0.101 0.058 0.964 0.109 0.232 0.024 0.553 0.192 0.170 0.311 0.175 1.020 0.167 2.000 1.977 0.722 0.203 0.562 1.190 0.390 0.965 0.179 0.343 0.141 0.592 1.137 0.382 0.210 0.101 0.273 0.085 0.049 0.636 1.252 0.568 0.883 1.193 1.441 4.804 1.353 0.616 0.761 0.167 0.400 5.435 5.594 0.433 0.241 0.524 0.757 0.364 0.403 0.273 0.553 2.535 1.168 11214 chr8 110697167 110706961 + 0 NA intron (NM_001099744, intron 1 of 7) (A)n|Simple_repeat|Simple_repeat 1956 NM_001099743 55638 Hs.390738 NM_017786 ENSG00000147642 SYBU GOLSYN|OCSYN|SNPHL syntabulin protein-coding nan nan 0.875 0.117 0.510 3.054 0.044 0.113 0.281 0.040 0.058 0.095 0.045 0.063 5.098 0.040 0.085 0.116 0.141 0.040 0.019 0.086 0.479 0.261 0.144 0.007 0.022 0.263 0.112 0.011 0.173 0.183 0.050 1.145 0.075 0.072 0.439 0.056 0.048 0.157 0.470 0.047 0.025 0.012 0.096 0.133 0.066 0.675 0.121 0.047 0.040 0.065 0.047 0.144 0.362 0.110 0.089 0.036 1.428 0.018 0.060 0.354 0.007 0.024 0.005 0.359 0.373 0.054 0.059 0.636 0.713 nan 1.528 0.702 nan 2.786 nan 0.818 1.034 2.736 2.986 0.210 0.372 1.551 1.305 0.467 0.607 0.671 0.386 7714 chr3 104519638 104540961 + 0 NA Intergenic L1MA6|LINE|L1 -555258 NM_001243283 214 Hs.591293 NM_001627 ENSG00000170017 ALCAM CD166|MEMD activated leukocyte cell adhesion molecule protein-coding nan nan 0.770 0.058 0.204 0.048 0.033 1.957 3.817 0.004 0.058 0.035 0.006 0.047 0.093 0.108 0.106 0.136 0.065 0.009 0.015 0.046 2.754 1.291 1.631 0.006 0.014 0.003 0.079 0.005 0.060 0.101 0.083 0.212 0.014 0.032 0.316 0.035 0.065 0.094 0.082 0.003 0.011 0.026 0.028 0.167 0.060 0.011 0.033 0.019 0.024 0.108 0.030 0.053 1.631 0.034 0.038 0.069 0.024 0.128 0.026 0.154 0.715 0.028 0.005 0.002 0.358 0.311 0.245 0.270 0.474 0.646 6.986 2.746 0.217 0.233 0.502 0.677 0.585 0.497 0.934 0.458 0.213 0.348 1.237 1.043 0.775 1.387 1.800 0.926 5620 chr19 35484462 35500559 + 0 NA intron (NM_001136199, intron 1 of 17) AluSx|SINE|Alu 1286 NM_001320035 57655 Hs.515351 NM_020895 ENSG00000089351 GRAMD1A KIAA1533 GRAM domain containing 1A protein-coding 3.110 1.696 2.183 2.258 2.574 0.961 1.120 0.527 1.074 0.541 1.226 1.028 1.312 0.305 0.082 0.621 0.566 0.100 1.494 0.567 1.627 0.328 0.711 0.354 1.077 2.366 2.311 1.116 1.428 0.627 2.050 4.789 2.257 4.149 0.878 1.594 0.207 1.463 0.143 0.927 0.257 2.414 1.656 0.678 1.045 0.720 0.898 0.490 9.285 2.784 2.935 1.535 0.621 2.389 0.941 1.077 0.554 2.209 0.284 1.562 1.346 0.738 0.677 0.677 1.116 0.347 0.218 0.843 1.031 1.133 1.857 1.822 1.676 2.845 1.013 2.056 2.122 1.075 1.587 1.395 2.713 nan 2.428 1.033 2.185 1.237 0.939 1.144 1.906 1.668 1.018 931 chr1 182807310 182812469 + 0 NA intron (NM_001357, intron 1 of 27) MIRb|SINE|MIR -1163 NR_148933 647070 Hs.191518 NR_148933 LOC647070 - uncharacterized LOC647070 ncRNA nan 4.388 5.194 3.060 3.222 2.646 1.728 2.423 4.685 1.075 2.796 2.032 0.961 0.353 4.173 3.283 2.275 0.560 4.206 1.223 1.786 1.531 3.036 1.575 3.761 2.088 2.205 1.455 2.725 1.145 2.021 3.823 2.297 7.830 1.159 3.782 1.759 3.462 0.189 0.752 2.697 2.548 2.584 1.223 2.234 0.979 2.425 2.595 2.114 2.246 1.451 1.469 3.283 3.964 2.634 3.761 1.229 1.187 0.716 3.062 1.552 1.182 3.578 2.591 0.919 1.540 0.779 7.619 6.685 8.649 12.112 8.724 nan 7.730 3.774 nan 11.602 4.125 5.581 5.831 9.378 6.830 7.078 7.857 12.777 7.625 10.011 7.819 8.419 3.685 2.066 11827 chr9 135867777 135872754 + 0 NA Intergenic Intergenic 16167 NM_001135031 8328 Hs.553160 NM_004188 ENSG00000165702 GFI1B BDPLT17|ZNF163B growth factor independent 1B transcriptional repressor protein-coding nan 0.393 0.589 0.115 0.223 0.346 0.114 0.207 0.284 0.030 0.044 0.025 0.054 0.093 0.046 0.096 0.126 0.151 0.064 0.127 0.067 0.120 0.056 0.073 0.058 0.160 0.076 0.144 0.815 0.100 0.637 0.147 0.076 0.051 0.044 0.157 0.198 0.097 0.030 0.045 0.108 0.058 0.145 0.196 0.057 0.064 0.054 0.093 0.329 0.120 0.005 0.016 0.081 0.061 0.081 0.086 4.410 0.050 0.045 0.012 0.010 2.364 3.982 11.883 7.549 0.566 0.579 nan 0.179 3.422 3.442 0.070 0.145 0.780 0.737 0.455 0.242 2.994 5.918 0.119 0.190 0.057 0.142 0.313 0.394 6903 chr20 25288569 25311239 + 0 NA intron (NM_001042472, intron 4 of 12) intron (NM_001042472, intron 4 of 12) 71198 NM_002862 5834 Hs.368157 NM_002862 ENSG00000100994 PYGB GPBB glycogen phosphorylase B protein-coding 1.207 3.016 nan 0.119 0.927 1.588 1.520 0.262 0.507 0.578 1.230 0.446 0.044 0.242 1.584 0.755 0.965 0.192 1.387 1.080 0.103 0.116 0.374 0.205 0.608 1.222 1.115 0.627 0.253 0.759 0.641 1.473 0.677 0.907 2.437 0.315 0.181 0.078 0.086 1.351 0.066 0.304 0.215 0.154 0.480 0.846 0.358 1.808 1.483 0.400 0.951 0.288 0.755 1.804 0.898 0.608 0.520 0.357 0.265 0.116 0.368 2.259 0.189 0.256 1.036 2.311 1.956 1.059 1.690 0.508 1.062 1.914 1.829 1.564 0.430 0.520 0.504 0.511 0.902 5.521 5.966 0.542 0.454 0.517 0.717 0.862 1.287 0.552 1.171 1.446 1.074 7185 chr21 35339824 35351001 + 0 NA Intergenic Intergenic -3271 NR_134561 101928126 Hs.436879 NR_134561 LOC101928126 - uncharacterized LOC101928126 ncRNA 0.955 0.730 1.035 0.876 0.185 0.079 3.300 0.245 0.406 0.060 0.691 2.736 0.396 0.125 0.183 0.255 1.168 0.172 2.268 0.848 0.976 0.136 0.088 0.198 0.277 2.558 2.114 0.218 1.519 2.422 0.989 4.339 0.377 1.196 1.755 0.067 0.035 0.096 0.064 2.262 0.049 0.263 1.143 0.655 2.783 1.760 0.138 6.355 0.255 1.900 0.506 0.237 0.255 0.842 0.940 0.277 1.085 0.149 0.122 0.178 1.644 1.733 0.132 0.156 2.101 1.895 1.550 0.360 0.390 0.212 0.331 0.401 0.550 0.369 0.198 0.440 0.491 0.450 0.947 0.814 1.238 0.628 0.660 0.184 0.477 0.155 0.225 0.304 0.712 nan 0.791 4505 chr16 87733191 87777437 + 0 NA intron (NM_001184856, intron 6 of 10) intron (NM_001184856, intron 6 of 10) 44284 NM_001351938 54758 Hs.123450 NM_017566 ENSG00000104731 KLHDC4 - kelch domain containing 4 protein-coding nan 0.466 0.573 0.053 0.411 0.548 0.261 0.380 0.593 0.011 0.145 0.123 0.014 0.758 0.851 0.927 0.075 0.080 0.187 0.026 0.060 0.064 0.238 0.157 5.410 0.093 0.042 0.099 0.102 0.100 0.202 0.224 0.408 0.036 0.067 0.094 0.073 0.081 0.013 0.065 0.191 0.058 0.071 0.017 0.090 0.084 0.141 0.139 0.205 0.031 0.060 0.927 0.159 0.044 5.410 0.044 0.030 0.204 0.103 0.749 0.082 0.051 0.105 0.053 0.040 0.017 0.361 0.496 0.194 0.301 1.632 1.548 0.570 0.205 0.460 0.459 0.248 0.441 2.156 2.603 0.371 0.340 0.180 0.229 0.191 0.348 0.348 0.724 1.164 0.581 8854 chr5 34655326 34658780 + 0 NA intron (NM_001145520, intron 1 of 17) CpG 457 NM_001145520 26064 Hs.431400 NM_015577 ENSG00000039560 RAI14 NORPEG|RAI13 retinoic acid induced 14 protein-coding 4.437 4.169 nan 4.242 2.426 0.178 3.850 1.716 3.696 1.703 5.449 4.377 0.161 0.929 0.051 3.069 13.506 0.512 8.375 3.301 1.856 0.363 2.442 1.319 0.970 2.841 2.369 2.294 5.742 3.609 5.671 9.480 14.376 1.825 2.175 2.198 1.331 2.328 0.153 3.561 4.568 3.611 10.188 5.490 2.945 1.515 11.187 4.432 5.440 6.952 3.358 3.588 3.069 5.384 2.617 0.970 2.793 1.634 0.139 11.245 1.684 0.688 0.472 2.985 5.965 4.016 5.360 4.781 4.777 6.963 5.801 3.599 3.349 0.963 3.098 2.861 3.318 4.614 5.237 7.976 6.497 8.659 1.706 3.931 5.535 4.250 2.055 2.851 2.251 1.590 3319 chr13 106013682 106018380 + 0 NA Intergenic Intergenic -102185 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.734 0.929 0.556 0.046 0.207 0.035 0.097 0.272 0.615 0.081 0.135 0.027 0.042 0.075 0.724 0.016 0.201 0.040 0.013 0.029 0.033 0.119 1.184 0.045 0.029 0.051 0.063 0.918 0.062 0.069 0.023 0.046 0.103 0.089 0.033 0.046 0.143 0.049 0.017 0.015 0.042 0.724 0.087 0.024 1.184 0.071 0.084 0.050 0.152 0.034 0.021 0.032 0.012 0.011 6.403 4.546 10.743 5.452 0.993 1.067 0.159 0.092 21.469 21.256 0.577 nan 0.389 0.401 0.522 0.253 0.152 0.266 0.009 0.042 0.221 nan 0.246 0.224 7975 chr3 168172583 168179053 + 0 NA intron (NR_021485, intron 3 of 15) intron (NR_021485, intron 3 of 15) -93824 NR_030294 693136 NR_030294 ENSG00000207717 MIR551B MIRN551B|mir-551b microRNA 551b ncRNA 1.069 1.026 0.891 0.146 0.125 0.009 0.077 0.132 0.235 0.084 0.071 0.009 0.030 0.291 0.397 0.766 0.173 0.049 0.030 0.029 0.235 0.459 0.257 0.037 0.011 0.022 0.145 0.017 0.120 0.227 0.150 0.194 0.068 0.026 0.794 0.085 0.083 0.019 0.218 0.028 0.012 0.017 0.012 0.059 0.093 0.050 0.066 0.012 0.397 0.067 0.029 0.037 0.075 0.039 0.136 0.018 0.172 0.046 0.194 0.011 0.009 0.262 0.238 0.164 0.246 0.417 0.603 1.289 0.549 0.282 0.259 8.436 7.997 nan 0.558 nan 0.358 0.152 0.275 2.494 6.201 0.441 0.938 1.193 0.507 8326 chr4 39610395 39625737 + 0 NA intron (NM_001317896, intron 1 of 5) intron (NM_001317896, intron 1 of 5) 10651 NM_001317897 201895 Hs.205952 NM_174921 ENSG00000163683 SMIM14 C4orf34 small integral membrane protein 14 protein-coding 0.609 0.534 0.527 1.235 0.232 0.036 3.820 0.157 0.219 0.280 1.180 1.990 0.061 0.148 0.105 0.209 0.450 0.178 1.451 1.014 1.197 0.027 0.132 0.106 0.162 1.904 1.231 0.172 0.611 0.788 0.541 1.458 1.432 0.250 2.522 3.286 0.013 0.063 0.122 1.216 0.068 0.168 0.173 0.158 1.180 0.493 0.665 1.823 1.226 1.068 0.467 0.922 0.209 1.247 9.890 0.162 1.049 1.202 0.039 0.090 0.065 1.793 0.065 0.071 0.710 0.206 0.130 0.429 0.329 0.426 0.749 0.179 0.270 0.334 0.180 0.175 0.191 0.304 0.431 0.302 0.364 0.375 0.153 0.121 0.249 0.057 0.052 0.217 0.341 0.897 0.651 3755 chr14 90862681 90873728 + 0 NA intron (NM_006888, intron 3 of 5) AluSx3|SINE|Alu 4877 NM_006888 801 Hs.282410 NM_006888 ENSG00000198668 CALM1 CALML2|CAMI|CPVT4|DD132|LQT14|PHKD|caM calmodulin 1 protein-coding 5.043 3.024 nan 1.413 2.221 3.228 0.579 0.640 1.215 0.442 0.898 0.549 0.122 0.435 4.239 2.600 0.999 0.203 0.575 0.070 0.915 0.452 0.983 0.693 2.068 0.991 0.671 0.302 0.635 0.402 1.215 2.085 1.906 6.030 0.449 0.895 0.743 1.585 0.126 0.478 2.175 1.260 1.300 0.805 0.515 0.412 0.715 0.947 1.534 3.136 0.490 1.421 2.600 0.565 1.347 2.068 0.727 0.922 0.760 1.737 0.824 1.125 0.928 0.292 1.253 0.315 0.137 1.777 2.377 2.170 3.219 4.132 3.162 4.270 1.286 2.697 2.778 2.691 4.052 3.063 4.144 3.057 3.260 2.157 2.996 2.519 1.835 1.151 1.442 nan 1.217 7444 chr22 42143023 42161354 + 0 NA intron (NM_152513, intron 17 of 30) AluSz6|SINE|Alu -44438 NM_001304797 79879 Hs.474991 NM_024821 ENSG00000100147 CCDC134 - coiled-coil domain containing 134 protein-coding 0.866 nan 0.670 0.110 0.349 0.033 0.116 0.132 0.381 0.026 0.081 0.055 0.025 0.033 0.174 0.647 0.073 0.077 0.105 0.052 0.034 0.071 0.231 0.160 0.235 0.069 0.016 0.020 0.122 0.011 0.106 0.413 0.086 0.990 0.040 0.085 0.525 0.065 0.134 0.020 0.070 0.116 0.083 0.030 0.081 0.065 0.194 0.116 0.115 0.112 0.050 0.202 0.647 0.075 0.052 0.235 0.026 0.077 0.048 0.086 0.066 0.096 0.038 0.290 0.033 0.019 0.011 0.363 0.315 0.244 0.422 0.353 0.454 5.270 1.500 0.229 0.209 0.303 nan 0.427 0.593 nan 0.269 0.157 0.186 1.660 1.482 0.381 0.937 0.603 0.488 2219 chr11 105745254 105754065 + 0 NA intron (NM_000829, intron 5 of 16) L1PA7|LINE|L1 143355 NM_001318750 84437 Hs.266782 NM_032424 ENSG00000170903 MSANTD4 KIAA1826 Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils protein-coding 0.533 0.835 0.467 0.024 0.069 0.069 0.088 0.127 0.115 0.021 0.098 0.094 0.036 0.057 0.051 0.116 0.025 0.068 0.095 0.007 0.015 0.053 0.114 0.149 0.008 0.017 0.033 0.031 0.060 0.082 0.613 0.067 0.344 0.066 0.054 0.031 0.030 0.127 0.027 0.124 0.126 0.007 0.044 0.025 0.070 0.155 0.237 0.039 0.072 0.009 0.061 0.116 0.056 0.053 0.149 0.112 0.046 0.026 0.012 0.090 0.423 0.028 0.035 0.020 0.017 8.433 5.517 1.572 0.513 0.202 0.340 0.253 0.103 1.623 1.571 0.537 0.579 0.435 0.340 0.284 0.169 0.647 1.097 0.116 0.144 0.253 0.348 0.354 0.476 11826 chr9 135842554 135860075 + 0 NA intron (NM_004188, intron 3 of 10) intron (NM_004188, intron 3 of 10) -2784 NM_001135031 8328 Hs.553160 NM_004188 ENSG00000165702 GFI1B BDPLT17|ZNF163B growth factor independent 1B transcriptional repressor protein-coding nan 0.568 0.546 0.108 0.232 0.206 0.093 0.228 0.305 0.017 0.072 0.089 0.014 0.017 0.081 0.213 0.123 0.211 0.138 0.065 0.013 0.024 0.115 0.160 0.144 0.078 0.037 0.067 0.124 0.018 0.079 0.212 0.069 0.463 0.041 0.062 0.016 0.075 0.067 0.033 0.022 0.176 0.069 0.058 0.019 0.058 0.067 0.114 0.158 0.117 0.023 0.082 0.213 0.093 0.054 0.144 0.022 0.052 0.061 0.146 0.069 0.072 4.935 0.046 0.026 0.030 0.023 3.072 5.291 6.633 3.027 0.516 0.589 nan 0.117 1.680 1.502 0.135 0.255 0.392 0.525 0.509 0.215 3.294 5.055 0.114 0.136 0.148 0.184 0.377 0.407 8917 chr5 55926836 55948308 + 0 NA Intergenic Intergenic -35513 NM_001287053 101928448 Hs.208052 NM_001287053 ENSG00000225940 C5orf67 - chromosome 5 open reading frame 67 protein-coding nan nan 1.080 1.097 0.149 0.273 0.277 0.240 0.533 0.062 0.112 0.227 0.327 0.041 0.113 0.280 0.188 0.075 0.103 0.080 0.115 0.033 0.182 0.104 0.117 0.106 0.052 0.248 0.157 0.738 0.113 0.546 0.568 1.208 0.068 0.080 0.178 0.081 0.113 0.032 0.059 0.046 0.264 0.137 0.136 0.506 0.318 0.251 0.531 0.043 0.628 0.299 0.280 0.156 0.013 0.117 0.319 0.096 0.073 0.073 0.029 0.096 0.023 0.149 0.152 0.593 0.368 0.243 0.199 1.415 5.574 0.289 0.300 nan 1.109 0.243 0.217 0.204 0.284 0.349 0.524 nan 0.166 0.067 0.105 1.190 0.792 0.213 0.432 0.711 0.445 5482 chr19 2150013 2177397 + 0 NA promoter-TSS (NM_032482) promoter-TSS (NM_032482) -443 NM_032482 84444 Hs.713641 NM_032482 ENSG00000104885 DOT1L DOT1|KMT4 DOT1 like histone lysine methyltransferase protein-coding 1.778 2.061 1.985 2.028 1.186 0.910 1.509 0.755 1.374 0.879 1.191 1.552 2.151 0.443 1.618 1.298 1.179 0.377 2.325 0.851 1.824 0.867 0.613 0.355 1.477 1.685 1.528 1.174 1.850 0.595 2.175 4.550 1.485 2.269 0.820 1.335 0.255 0.819 0.108 0.602 0.390 3.262 1.174 0.549 2.244 0.942 1.287 4.069 2.505 3.767 0.931 1.201 1.298 4.543 1.843 1.477 0.706 2.682 0.319 3.418 1.188 2.088 0.391 0.315 1.054 1.715 0.855 1.121 1.438 1.789 3.010 1.789 1.892 1.247 0.610 2.538 2.355 1.647 2.400 1.161 nan 1.728 1.667 0.621 1.127 0.950 1.385 0.963 1.025 1.550 0.897 10448 chr7 77419260 77429735 + 0 NA intron (NM_032936, intron 1 of 1) intron (NM_032936, intron 1 of 1) 3250 NM_032936 85025 Hs.19025 NM_032936 ENSG00000135211 TMEM60 C7orf35|DC32 transmembrane protein 60 protein-coding nan 1.637 1.462 1.146 1.425 1.863 1.139 0.799 1.378 0.551 0.954 1.593 0.563 0.460 2.725 1.199 2.636 0.370 0.868 0.375 0.745 0.514 1.470 0.864 1.678 0.481 0.386 1.478 2.010 0.573 1.906 3.687 5.880 3.459 0.599 1.095 0.732 1.818 0.153 0.632 1.346 1.614 0.920 0.461 1.032 0.614 1.241 1.752 1.666 3.022 0.961 0.844 1.199 1.104 1.278 1.678 0.843 1.053 0.427 2.129 0.919 1.190 0.945 0.659 0.980 0.808 0.473 2.201 2.758 2.481 nan 3.224 2.706 2.930 1.268 2.073 2.106 1.523 nan 1.194 nan 2.536 2.700 1.611 3.492 2.616 2.697 2.301 2.759 1.879 0.951 2464 chr12 8393578 8397144 + 0 NA TTS (NR_120454) TTS (NR_120454) 181 NR_024254 653113 Hs.661749 NR_024254 FAM86FP - family with sequence similarity 86, member A pseudogene pseudo 2.214 nan nan 2.115 0.849 0.977 2.382 0.594 0.933 1.017 1.639 1.598 0.866 0.778 2.042 1.098 0.364 2.153 0.588 1.580 1.127 0.463 0.299 1.342 2.080 2.321 1.199 5.632 1.282 3.263 4.549 2.245 8.146 0.983 1.245 0.114 2.419 0.067 0.738 0.178 3.056 2.183 1.202 1.488 1.545 3.256 7.587 3.339 3.709 3.469 1.240 1.098 3.449 2.646 1.342 1.421 0.753 4.462 7.929 0.929 1.560 0.525 0.620 0.630 3.532 2.096 0.656 1.015 2.661 3.375 nan 2.277 1.855 0.315 4.033 4.221 1.103 1.401 1.335 1.976 1.899 2.390 0.668 1.253 0.366 0.382 2.600 nan 0.964 0.545 1077 chr1 207912049 207930397 + 0 NA Intergenic HUERS-P3b-int|LTR|ERV1 -4160 NM_002389 4179 Hs.510402 NM_002389 ENSG00000117335 CD46 AHUS2|MCP|MIC10|TLX|TRA2.10 CD46 molecule protein-coding 1.688 2.254 1.814 1.890 1.312 0.790 1.419 1.075 2.004 0.582 0.891 0.782 0.540 0.602 0.426 0.786 1.355 0.203 1.146 0.293 0.354 0.521 1.091 0.782 1.805 1.413 1.186 0.272 2.323 1.139 2.246 4.509 5.458 2.621 0.602 1.291 0.223 0.739 0.149 0.187 0.457 0.929 0.703 0.348 3.047 1.205 1.697 0.540 1.950 0.496 2.814 2.004 0.786 1.454 0.661 1.805 1.493 1.290 0.233 0.466 0.855 0.500 1.838 0.822 0.393 0.138 0.103 5.594 5.627 5.754 5.443 2.358 2.481 3.463 1.240 nan nan 1.174 1.490 2.084 3.543 1.679 1.647 2.049 2.864 1.079 0.974 1.568 2.630 1.307 0.737 5413 chr18 67418701 67429197 + 0 NA intron (NM_152721, intron 6 of 7) intron (NM_152721, intron 6 of 7) 191140 NM_001303618 10666 Hs.660130 NM_006566 ENSG00000150637 CD226 DNAM-1|DNAM1|PTA1|TLiSA1 CD226 molecule protein-coding 0.805 0.799 0.909 0.040 0.311 0.077 0.094 0.246 0.403 0.080 0.052 0.012 0.087 0.103 0.929 0.284 0.015 0.036 0.060 0.053 0.590 0.450 0.237 0.276 0.097 0.035 0.080 0.010 0.131 0.590 0.054 0.493 0.124 3.367 0.655 0.031 0.099 0.011 0.096 0.052 0.017 0.007 0.270 0.029 0.120 0.047 0.171 0.055 0.052 0.102 0.929 0.019 0.017 0.237 0.081 0.008 0.010 0.049 0.067 0.045 0.095 0.094 0.029 0.005 0.005 0.507 0.312 1.482 1.506 0.428 0.573 9.556 2.301 0.890 nan 0.389 nan 1.113 1.181 0.265 0.117 0.189 0.377 2.849 2.924 0.334 0.602 1.022 0.967 6178 chr2 69951580 69986388 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320702) promoter-TSS (NM_001320702) -122 NM_001320702 307 Hs.422986 NM_001153 ENSG00000196975 ANXA4 ANX4|HEL-S-274|P32.5|PAP-II|PIG28|PP4-X|ZAP36 annexin A4 protein-coding 0.990 0.732 nan 0.848 0.410 0.035 0.655 0.213 0.406 0.658 0.435 0.479 0.130 0.179 0.215 0.255 0.453 0.125 0.696 0.289 0.903 0.048 0.122 0.116 0.265 1.225 0.985 0.408 0.712 0.312 0.628 1.103 0.724 0.777 0.318 0.518 0.035 0.487 0.136 0.362 0.094 0.858 0.452 0.257 0.583 0.529 0.715 0.856 3.771 0.930 1.530 1.232 0.255 0.580 1.008 0.265 0.376 0.570 0.081 0.998 0.111 0.595 2.286 0.301 0.437 0.438 0.342 0.704 0.563 2.895 2.078 0.610 0.666 nan 0.266 5.167 5.220 1.087 1.419 0.904 1.086 0.611 0.393 1.360 2.522 0.235 0.244 0.482 0.849 0.421 0.372 1299 chr10 4804191 4829579 + 0 NA Intergenic L1MC3|LINE|L1 -51484 NM_001271021 83592 Hs.657944 NM_031436 ENSG00000165568 AKR1E2 AKR1CL2|AKRDC1|LoopADR|TAKR|hTSP|htAKR aldo-keto reductase family 1 member E2 protein-coding 0.394 0.704 0.551 2.003 0.115 0.015 2.088 0.145 0.272 0.178 0.178 2.237 0.007 0.020 0.046 0.393 1.012 0.179 2.291 1.278 0.616 1.883 0.068 0.096 0.090 1.771 1.110 0.017 1.095 1.632 0.308 0.437 0.344 0.214 1.414 0.069 0.015 2.912 0.127 4.134 0.022 0.277 0.305 0.209 2.159 0.156 0.137 3.084 0.236 0.449 0.296 0.623 0.393 0.931 1.387 0.090 0.128 0.292 0.004 0.711 0.016 0.786 0.039 0.039 0.638 0.490 0.689 0.416 0.258 1.951 3.540 0.247 0.282 0.298 0.155 0.218 0.246 0.293 0.418 0.226 0.258 0.178 0.061 0.125 0.149 0.026 0.082 0.079 0.130 0.391 0.368 9289 chr5 154845669 154866148 + 0 NA Intergenic MLT1G|LTR|ERVL-MaLR 462593 NM_001099293 285643 Hs.567824 NM_001099293 ENSG00000226650 KIF4B - kinesin family member 4B protein-coding 1.463 nan 1.242 0.042 0.131 0.199 0.021 0.157 0.264 0.014 0.091 0.027 0.015 0.039 0.161 0.118 0.060 0.039 0.062 0.016 0.021 0.367 0.246 0.362 0.010 0.011 0.053 0.010 0.047 0.043 0.055 0.641 0.022 0.037 0.582 0.058 0.145 0.006 0.108 0.041 0.009 0.043 0.037 0.061 0.064 0.028 0.021 0.015 0.026 0.118 0.035 0.018 0.362 0.018 0.020 0.204 0.012 0.228 0.039 0.063 3.473 0.022 0.022 0.012 0.214 0.128 0.140 0.246 0.245 0.347 0.655 0.926 0.050 0.094 0.697 0.889 0.567 0.497 1.950 1.687 0.093 0.135 1.313 1.914 1.456 5.392 1.469 0.812 967 chr1 187033110 187051300 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 -19769 NR_126347 104169671 NR_126347 ENSG00000230426 LINC01036 - long intergenic non-protein coding RNA 1036 ncRNA nan nan 1.027 0.062 0.294 0.155 0.040 0.193 0.343 0.005 0.205 0.087 0.034 0.007 1.200 0.729 0.226 0.160 0.197 0.062 0.024 0.429 0.564 0.433 0.582 0.050 0.016 0.113 0.111 0.035 0.085 0.172 0.085 3.407 0.073 0.113 0.394 0.066 0.105 0.009 0.078 0.228 0.027 0.009 0.030 0.030 0.042 0.055 0.067 0.146 0.022 0.055 0.729 0.067 0.061 0.582 0.033 0.232 0.550 0.019 0.246 0.022 0.038 0.170 0.009 0.009 0.003 0.526 0.380 0.364 0.454 0.674 nan 5.764 2.117 nan 0.378 8.106 8.415 0.301 0.295 0.816 0.745 0.202 0.382 2.374 2.614 0.447 nan 0.690 0.473 9853 chr6 112236493 112279792 + 0 NA Intergenic Intergenic -27542 NR_149099 105377946 NR_149099 LINC02527 - long intergenic non-protein coding RNA 2527 ncRNA nan 1.725 nan 0.073 0.925 0.314 0.108 0.511 1.137 0.007 0.066 0.100 0.004 0.055 0.222 1.947 0.510 0.115 0.105 0.026 0.023 0.019 0.235 0.220 0.694 0.018 0.017 0.015 0.074 0.038 0.101 0.536 0.117 1.858 0.081 0.048 0.311 0.051 0.136 0.052 0.912 0.098 0.043 0.033 0.029 0.044 0.183 0.079 0.038 0.100 0.009 0.021 1.947 0.098 0.026 0.694 0.046 0.021 0.584 0.030 0.211 0.016 0.091 0.097 0.027 0.031 0.019 0.427 0.286 0.349 0.361 0.989 nan nan 1.294 0.222 0.284 0.416 nan 0.518 0.396 1.212 1.193 0.220 0.286 1.065 1.273 0.215 nan 1.867 0.756 1611 chr10 101527611 101549973 + 0 NA Intergenic L1MCa|LINE|L1 -3563 NM_000392 1244 Hs.368243 NM_000392 ENSG00000023839 ABCC2 ABC30|CMOAT|DJS|MRP2|cMRP ATP binding cassette subfamily C member 2 protein-coding nan nan 0.813 0.361 0.047 0.062 4.209 0.129 0.245 0.983 3.299 4.267 0.656 0.135 0.074 0.364 0.156 0.159 1.685 0.978 6.049 0.025 0.049 0.080 0.139 3.329 3.786 0.193 2.466 1.193 1.075 1.660 0.824 0.228 0.700 8.691 0.026 0.078 0.094 0.643 0.050 5.735 1.517 0.688 1.378 1.391 3.533 3.736 5.590 0.658 2.675 3.816 0.364 0.862 3.038 0.139 3.425 2.376 0.031 1.303 0.123 2.820 0.031 0.094 1.096 0.662 0.511 0.319 0.221 0.236 0.372 0.172 0.230 0.870 0.173 0.146 0.170 0.256 nan 0.293 0.340 0.186 0.086 0.074 0.135 0.066 0.219 0.209 nan 0.241 0.279 5109 chr18 1990818 2004451 + 0 NA Intergenic Intergenic 573868 NM_001308401 64863 Hs.126888 NM_022840 ENSG00000101574 METTL4 HsT661 methyltransferase like 4 protein-coding 1.335 1.218 1.143 0.095 0.175 0.028 0.198 0.059 0.163 0.014 0.108 0.047 0.096 0.095 0.104 0.113 0.089 0.157 0.280 0.333 0.019 0.031 0.046 0.131 0.272 0.325 0.117 0.022 0.298 0.348 0.101 0.223 0.167 nan 0.022 0.057 0.028 0.022 0.131 0.052 0.071 0.115 0.027 0.012 0.463 0.598 0.143 0.074 0.119 0.042 0.168 0.067 0.113 0.520 0.027 0.272 0.009 0.066 0.057 0.038 0.105 0.075 0.007 2.367 0.017 0.008 0.019 0.319 0.184 0.207 0.280 0.461 0.427 nan 0.356 0.327 0.345 0.223 nan 0.382 0.312 nan 0.345 0.108 0.106 0.185 0.240 2.398 6.756 nan 0.822 11499 chr9 24034910 24046503 + 0 NA Intergenic Intergenic -190068 NM_001351460 1993 Hs.166109 NM_004432 ENSG00000107105 ELAVL2 HEL-N1|HELN1|HUB ELAV like RNA binding protein 2 protein-coding 0.825 nan nan 0.031 0.053 0.019 0.036 0.138 0.130 0.008 0.015 0.017 0.023 0.240 0.067 0.056 0.122 0.049 0.012 0.394 0.229 0.031 0.006 0.041 0.041 0.017 0.247 0.013 0.020 1.630 0.037 0.075 0.014 0.010 0.010 0.014 0.047 0.053 0.033 0.049 0.019 0.023 0.240 0.049 0.008 0.031 0.021 0.014 0.284 0.015 0.194 0.014 0.067 0.127 0.019 0.020 0.001 0.168 0.115 0.189 0.352 0.553 0.469 0.160 0.057 0.079 0.037 1.700 2.239 0.113 0.143 3.007 2.935 0.177 0.214 4.568 7.720 0.681 1.689 1.202 1.100 322 chr1 42792635 42811991 + 0 NA promoter-TSS (NM_001198850) promoter-TSS (NM_001198850) -765 NM_001198850 22887 Hs.26023 NM_014947 ENSG00000198815 FOXJ3 - forkhead box J3 protein-coding 19.941 3.672 nan 1.112 5.896 6.337 1.414 3.401 6.993 0.380 0.937 0.579 0.275 2.840 3.603 1.838 0.771 0.167 1.096 0.226 0.639 0.639 4.244 2.020 11.308 0.770 0.671 0.511 0.984 0.541 1.412 3.856 1.339 9.114 0.731 0.648 1.180 0.964 0.134 0.489 0.962 1.403 0.766 0.436 0.765 1.049 1.548 0.774 0.944 0.927 0.799 0.778 1.838 1.182 1.392 11.308 0.412 2.397 0.387 1.197 2.433 0.649 0.917 3.914 0.468 0.428 0.264 0.887 1.045 1.151 1.787 6.202 6.914 5.777 2.219 2.379 2.373 2.448 nan nan 11.039 2.725 2.472 1.762 nan 3.043 3.785 4.032 9.031 3.977 1.736 6689 chr2 227273427 227280495 + 0 NA Intergenic Intergenic 246548 NR_049887 100847053 NR_049887 ENSG00000263363 MIR5702 - microRNA 5702 ncRNA nan 0.600 0.699 0.781 0.013 0.040 4.495 0.120 0.242 0.027 0.254 0.263 0.027 0.029 0.452 0.551 0.045 3.115 1.524 0.263 0.039 0.111 0.130 0.051 1.686 0.948 0.062 1.289 2.018 0.526 1.469 0.668 nan 2.245 0.158 0.014 0.216 0.142 0.297 0.011 0.287 0.772 0.608 4.304 1.800 0.435 0.316 0.530 0.080 0.144 0.610 0.452 1.327 0.632 0.051 0.522 0.309 0.028 0.188 0.014 0.608 0.029 0.174 0.430 0.130 0.122 0.256 0.182 0.287 0.579 0.203 0.328 0.089 0.061 0.211 0.240 0.930 1.094 0.260 nan 0.587 0.311 0.089 0.148 0.072 0.071 0.353 nan 0.256 0.382 4101 chr15 80898543 80912990 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 32322 NR_049837 100847042 NR_049837 ENSG00000284059 MIR5572 - microRNA 5572 ncRNA 0.642 nan 0.631 0.136 0.188 2.208 0.792 0.609 1.281 0.258 0.178 0.134 0.013 0.099 1.616 0.388 0.526 0.066 0.367 0.211 0.021 0.010 0.303 0.228 1.445 0.785 0.334 0.046 0.113 0.087 0.336 4.030 0.405 1.959 0.263 0.063 0.060 0.037 0.076 0.099 0.074 0.161 0.034 0.038 0.090 0.068 0.260 0.202 0.228 0.044 1.502 3.599 0.388 0.174 0.169 1.445 1.151 1.293 0.309 0.077 1.931 0.091 0.921 0.020 0.063 0.020 0.010 0.737 1.337 0.748 1.356 0.358 0.337 3.079 0.689 0.236 0.323 2.744 4.037 1.942 1.317 0.666 0.632 0.841 1.279 0.261 0.391 0.164 0.259 1.225 0.652 3850 chr14 105876651 105889365 + 0 NA TTS (NR_125384) TTS (NR_125384) 3068 NR_125384 100507437 Hs.676548 NR_125384 ENSG00000251602 LOC100507437 - uncharacterized LOC100507437 ncRNA 4.282 1.620 3.202 1.164 2.114 2.202 0.875 0.918 1.949 0.465 1.016 0.643 0.287 0.575 1.493 3.138 1.069 0.257 0.730 0.224 1.943 1.273 1.220 0.517 3.193 1.464 1.401 0.781 0.707 0.308 2.207 3.863 2.035 2.871 0.540 1.532 0.422 1.593 0.117 0.417 1.207 1.194 1.528 0.905 0.421 0.526 0.750 0.488 2.377 4.165 0.535 1.834 3.138 0.541 1.803 3.193 0.605 1.392 0.834 2.634 0.974 0.726 0.621 0.790 1.311 0.634 0.272 1.957 2.542 1.578 2.200 5.373 5.231 5.910 1.751 1.831 1.713 1.750 2.540 2.939 4.588 4.876 5.243 1.442 2.532 1.703 1.770 1.330 1.724 0.690 0.351 11890 chrGL000226.1 2974 8629 + 0 NA NA NA NA NA 10956 chr8 53469224 53480019 + 0 NA intron (NM_207413, intron 1 of 4) intron (NM_207413, intron 1 of 4) 3400 NM_207413 389658 Hs.527111 NM_207413 ENSG00000196711 ALKAL1 AUGA|AUGB|FAM150A|UNQ9433 ALK and LTK ligand 1 protein-coding 0.803 nan 0.828 0.127 0.243 0.020 0.047 0.105 0.215 0.009 0.065 0.042 0.029 0.046 0.091 0.191 0.083 0.078 0.234 0.105 0.012 0.787 0.176 0.105 0.133 0.097 0.060 0.020 0.101 0.147 0.443 0.802 0.443 1.397 0.027 0.074 0.028 0.141 0.123 0.032 0.140 0.102 0.207 0.318 0.041 0.021 0.062 0.102 0.242 0.095 0.054 0.018 0.191 0.291 0.017 0.133 0.239 0.031 0.009 0.156 0.038 0.029 6.748 0.058 0.014 0.005 0.005 6.535 9.457 1.443 0.384 0.733 0.732 0.392 0.152 8.997 9.342 0.112 nan 0.190 0.234 0.480 0.440 6.131 12.714 0.106 0.134 0.315 0.480 0.574 0.613 9130 chr5 118650735 118665947 + 0 NA intron (NM_001286815, intron 2 of 2) L2b|LINE|L2 -10529 NM_001286814 25816 Hs.618488 NM_014350 ENSG00000145779 TNFAIP8 GG2-1|MDC-3.13|NDED|SCC-S2|SCCS2 TNF alpha induced protein 8 protein-coding 1.587 1.755 1.187 0.362 0.362 0.762 1.488 0.346 0.685 0.676 0.739 3.004 0.550 0.040 0.146 0.472 0.827 0.176 0.886 0.390 1.138 0.055 0.400 0.339 0.039 2.042 1.607 0.523 0.803 0.678 1.116 3.788 1.180 2.160 0.500 3.227 1.236 0.174 0.115 0.355 0.400 1.136 0.555 0.396 0.824 0.509 0.728 1.270 1.977 1.172 0.598 0.820 0.472 0.404 1.000 0.039 0.795 0.278 0.400 1.401 0.206 0.660 0.020 0.356 1.032 0.303 0.326 0.248 0.143 0.480 1.685 0.562 0.696 1.678 0.399 0.143 0.155 2.010 nan 1.107 1.342 1.345 1.081 0.120 0.200 3.546 5.239 0.332 1.359 1.896 0.978 9444 chr6 13350141 13372027 + 0 NA Intergenic Intergenic -32269 NM_001258457 51256 Hs.484678 NM_016495 ENSG00000145979 TBC1D7 MGCPH|PIG51|TBC7 TBC1 domain family member 7 protein-coding 1.123 nan 0.999 0.281 0.153 0.015 0.354 0.110 0.263 0.113 0.403 3.496 0.060 0.045 0.114 0.247 0.230 0.071 0.688 0.200 0.192 0.025 0.144 0.088 0.345 0.389 0.221 0.014 0.418 0.362 0.191 0.283 0.408 0.116 0.300 0.088 0.026 0.059 0.083 0.315 0.112 0.222 0.223 0.146 0.464 0.267 0.260 0.302 0.149 0.125 0.043 0.165 0.247 0.788 0.224 0.345 0.151 0.045 0.184 0.154 0.051 0.550 0.059 0.310 0.581 0.150 0.123 0.466 0.454 0.515 1.920 0.601 0.758 0.369 0.167 0.339 0.290 0.536 0.934 0.302 0.398 0.421 0.244 0.231 0.333 0.126 0.239 0.387 0.916 0.604 0.549 6866 chr20 18231721 18237844 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -34090 NM_001282996 7692 Hs.472221 NM_003434 ENSG00000125846 ZNF133 ZNF150|pHZ-13|pHZ-66 zinc finger protein 133 protein-coding 0.780 nan 0.616 0.788 0.136 0.054 3.460 0.026 0.246 1.195 0.494 0.245 2.376 0.026 0.080 0.189 0.199 0.079 1.038 0.497 0.052 0.085 0.146 0.126 3.423 2.907 0.024 1.056 1.626 1.834 2.518 6.172 0.543 3.580 0.044 0.017 0.067 0.444 0.026 0.105 0.613 0.414 1.747 4.691 2.334 0.491 0.386 0.116 0.026 0.868 0.189 2.547 1.597 0.126 1.260 0.391 0.044 0.047 0.033 2.244 0.033 0.121 2.084 0.565 0.491 0.599 0.545 0.160 0.346 0.281 0.507 0.238 0.139 0.306 0.271 0.231 0.353 0.339 0.459 0.593 0.433 0.221 0.420 0.087 0.073 0.312 0.271 0.487 0.565 699 chr1 150937753 150962085 + 0 NA Intergenic Intergenic -2440 NM_181746 29956 Hs.744017 NM_013384 ENSG00000143418 CERS2 L3|LASS2|SP260|TMSG1 ceramide synthase 2 protein-coding nan nan 1.873 2.021 0.805 1.197 2.927 0.541 0.934 0.550 1.850 1.153 0.092 1.084 2.721 1.124 1.009 0.304 2.076 0.858 2.196 0.927 0.875 0.512 1.663 2.126 2.020 1.277 0.798 1.151 13.109 19.549 2.490 3.119 1.310 2.458 0.197 1.141 0.144 1.808 0.978 2.945 2.397 1.232 1.533 0.812 1.663 1.246 2.909 3.470 9.675 4.815 1.124 1.993 2.567 1.663 1.423 1.629 0.290 4.258 1.812 2.174 0.961 0.562 0.749 0.933 0.779 1.744 2.194 1.533 2.549 2.671 nan 2.443 0.922 2.374 2.357 1.193 1.722 2.950 3.415 0.974 1.028 1.958 3.005 0.979 0.954 1.681 1.759 1.450 0.767 960 chr1 186387638 186474539 + 0 NA promoter-TSS (NM_002597) promoter-TSS (NM_002597) -848 NM_002597 5132 Hs.654381 NM_002597 ENSG00000116703 PDC MEKA|PHD|PhLOP|PhLP phosducin protein-coding nan nan 1.156 0.835 0.133 0.031 0.099 0.123 0.245 0.007 0.172 0.245 0.182 0.021 0.128 0.205 0.299 0.147 0.189 0.102 0.043 0.017 0.198 0.197 0.080 0.282 0.087 0.018 0.366 0.501 0.186 0.451 1.688 0.298 0.110 0.403 0.021 0.055 0.121 0.026 0.031 0.050 0.031 0.025 0.305 0.120 0.109 0.087 0.285 0.018 0.047 0.169 0.205 0.118 0.063 0.080 0.252 0.139 0.017 0.037 0.141 0.056 0.115 1.439 0.051 0.028 0.018 0.540 0.409 0.442 0.702 0.405 nan 0.344 0.159 nan 0.484 0.488 0.709 0.501 0.591 0.497 0.240 0.328 0.486 0.110 0.146 1.587 nan 0.834 0.541 5195 chr18 20859857 20866218 + 0 NA Intergenic MER4D|LTR|ERV1 127248 NM_138375 91768 Hs.11108 NM_138375 ENSG00000134508 CABLES1 CABL1|CABLES|HsT2563|IK3-1 Cdk5 and Abl enzyme substrate 1 protein-coding 0.906 0.993 2.097 2.579 0.180 0.565 1.292 0.607 1.084 1.459 1.709 1.710 0.078 0.062 0.465 1.450 0.384 0.025 0.847 0.440 0.128 0.094 0.074 0.065 0.906 1.071 0.589 0.058 0.132 2.213 0.179 0.465 1.064 0.722 0.380 0.069 0.151 0.067 0.069 0.391 0.138 4.209 0.731 0.730 1.067 0.756 2.449 0.236 0.474 0.191 6.488 0.921 1.450 0.628 0.108 0.906 0.116 1.424 0.061 0.420 0.032 2.013 0.093 0.117 3.821 0.534 0.374 0.435 0.398 1.393 nan 0.951 1.016 0.820 0.286 0.216 0.188 0.186 0.522 0.418 0.477 0.313 0.237 0.149 0.282 1.117 1.585 0.244 0.628 1.039 0.992 818 chr1 161122628 161130321 + 0 NA intron (NM_016406, intron 1 of 5) AluSx|SINE|Alu -2780 NM_001319847 27005 Hs.8015 NM_012475 ENSG00000143258 USP21 USP16|USP23 ubiquitin specific peptidase 21 protein-coding 5.352 nan 4.464 2.780 3.790 2.718 2.576 2.282 3.990 0.795 2.621 1.952 0.732 4.124 4.720 4.767 2.313 0.399 2.753 1.231 5.261 1.458 2.894 1.396 4.502 2.368 2.016 1.519 1.996 1.272 3.055 5.377 2.665 7.735 1.740 3.924 0.808 3.342 0.193 2.720 1.506 2.998 2.216 1.407 2.077 1.118 2.519 1.699 3.045 2.654 1.609 2.598 4.767 3.090 2.855 4.502 2.389 1.949 1.022 6.661 2.519 3.167 2.612 1.683 1.384 1.251 0.880 6.269 6.277 6.064 8.862 7.704 nan 8.123 5.502 7.501 7.636 4.879 5.942 7.164 nan 5.451 4.873 7.899 8.981 6.062 6.053 6.803 6.303 3.646 2.251 9761 chr6 72307809 72322148 + 0 NA Intergenic Intergenic 184248 NR_121615 102724000 Hs.145785 NR_121615 LINC01626 - long intergenic non-protein coding RNA 1626 ncRNA nan nan 0.538 3.993 0.132 0.015 0.034 0.080 0.175 0.100 0.126 0.053 0.009 0.021 0.086 0.098 0.330 0.078 0.058 0.079 0.076 0.065 0.092 0.083 0.010 0.010 0.035 0.080 0.052 0.141 0.553 0.179 0.212 0.113 0.030 0.020 0.122 0.114 0.017 0.044 0.128 0.030 0.043 0.704 0.043 0.067 0.049 0.017 0.064 0.023 0.098 0.061 0.032 0.083 0.025 0.029 0.081 0.043 0.033 0.076 0.037 0.039 0.011 0.437 0.270 0.332 0.347 0.200 0.209 0.136 0.067 0.218 0.287 0.826 1.004 0.215 0.219 0.387 0.089 0.094 0.173 0.082 0.100 0.124 0.156 0.388 0.315 9660 chr6 43592496 43608790 + 0 NA intron (NM_001003690, intron 1 of 3) AluSq2|SINE|Alu -2934 NM_014628 9587 Hs.122346 NM_014628 ENSG00000124688 MAD2L1BP CMT2 MAD2L1 binding protein protein-coding 3.638 3.056 2.093 2.716 4.452 2.524 3.801 1.368 2.628 0.833 1.598 1.235 0.937 1.133 2.646 3.260 3.300 0.553 2.631 0.954 1.860 1.232 1.968 0.795 3.969 1.902 1.929 0.705 1.938 1.136 3.993 5.405 3.078 6.900 1.267 1.328 0.718 2.456 0.146 1.185 1.624 2.637 2.246 0.998 1.129 1.466 2.177 3.765 1.849 4.107 2.598 1.367 3.260 4.120 3.138 3.969 0.947 0.875 0.583 3.560 1.647 1.281 1.284 2.018 1.341 1.566 1.033 2.610 3.012 2.440 3.631 3.589 3.297 8.229 4.789 4.140 4.192 2.233 2.629 6.191 nan 3.743 4.081 1.304 2.150 3.622 5.645 2.645 5.918 2.548 1.323 8263 chr4 10519871 10532594 + 0 NA intron (NM_052964, intron 14 of 18) intron (NM_052964, intron 14 of 18) -67200 NM_053042 85460 Hs.455089 NM_053042 ENSG00000178163 ZNF518B - zinc finger protein 518B protein-coding nan nan nan 0.045 0.278 0.039 0.073 0.139 0.313 0.008 0.062 0.348 0.059 0.021 0.295 0.578 0.035 0.063 0.050 0.024 0.022 0.883 0.233 1.092 0.032 0.011 0.029 0.059 0.017 0.077 0.076 0.067 0.207 0.011 0.025 0.075 0.008 0.059 0.037 0.237 0.094 0.035 0.006 0.008 0.073 0.031 0.126 0.019 0.017 0.019 0.031 0.578 0.079 0.037 1.092 0.053 0.034 0.030 0.055 0.093 0.031 0.058 0.017 0.086 0.207 0.314 0.173 0.224 0.953 0.504 0.624 2.991 2.984 0.204 0.178 0.106 0.174 0.288 0.409 0.476 0.341 0.133 0.137 1.148 0.997 0.170 0.541 4.338 1.972 10410 chr7 70076172 70098421 + 0 NA intron (NM_001127231, intron 5 of 17) intron (NM_001127231, intron 5 of 17) -510227 NM_022479 64409 Hs.488591 NM_022479 ENSG00000185274 GALNT17 GALNACT17|GALNT16|GALNT20|GALNTL3|GalNAc-T17|GalNAc-T19|GalNAc-T5L|WBSCR17 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 17 protein-coding nan 1.534 0.858 0.039 0.044 0.090 0.089 0.498 1.059 0.013 0.049 0.078 0.011 0.018 1.144 3.014 0.444 0.145 0.024 0.017 0.014 0.044 0.626 0.377 0.320 0.019 0.010 0.010 0.119 0.010 0.119 0.251 0.232 1.412 0.033 0.066 1.001 0.049 0.114 0.011 1.415 0.110 0.038 0.018 0.029 0.045 0.035 0.162 0.102 0.037 0.011 0.032 3.014 0.032 0.025 0.320 0.050 0.039 0.955 0.021 0.050 0.029 0.044 0.084 0.081 0.010 0.016 0.481 0.350 0.263 nan 2.198 2.075 3.522 0.684 0.120 0.139 0.970 nan 0.195 nan 2.397 2.944 0.213 0.310 2.457 3.498 0.291 0.674 1.246 0.882 2908 chr12 104349323 104361681 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -4091 NM_003211 6996 Hs.584809 NM_003211 ENSG00000139372 TDG hTDG thymine DNA glycosylase protein-coding 3.204 2.098 nan 2.719 2.783 2.733 1.915 1.543 3.127 0.744 2.162 1.914 1.400 0.655 2.599 2.349 2.148 0.418 2.425 1.030 2.739 1.260 1.520 0.981 2.940 1.590 1.444 1.478 2.127 1.033 2.833 3.230 1.997 5.693 1.114 2.681 0.732 3.126 0.161 1.109 1.201 1.846 1.753 0.920 1.779 1.078 2.408 2.434 2.685 2.595 2.207 1.862 2.349 2.248 2.381 2.940 1.399 0.864 1.031 2.586 1.545 1.139 1.148 1.364 1.111 1.278 0.912 3.780 3.396 4.113 5.469 5.361 5.593 5.622 2.566 9.131 9.851 3.137 3.901 5.685 7.899 6.547 6.233 2.689 4.027 4.325 4.569 3.451 4.405 3.843 1.950 9516 chr6 26018576 26061015 + 0 NA Intergenic LTR51|LTR|ERV1 4090 NM_021062 3018 Hs.553494 NM_021062 ENSG00000276410 HIST1H2BB H2B.1|H2B/f|H2BFF histone cluster 1 H2B family member b protein-coding 4.083 2.182 nan 3.302 3.492 1.227 1.912 2.146 4.081 1.103 3.711 2.903 1.666 1.394 3.892 1.759 2.045 0.367 2.875 1.351 3.810 1.552 1.008 0.574 3.652 2.343 2.261 0.635 1.961 1.118 1.962 5.043 3.323 nan 2.015 4.875 0.601 6.294 0.237 1.299 1.842 3.691 2.538 1.030 1.174 1.086 2.887 2.380 2.689 2.405 2.046 1.602 1.759 3.449 4.600 3.652 1.101 1.425 0.755 3.240 1.723 3.643 0.767 1.309 1.443 1.394 1.312 4.920 5.457 4.900 nan 4.752 3.441 nan 5.893 5.784 5.602 2.246 2.700 4.471 5.298 3.560 4.029 0.867 1.559 4.517 3.700 4.228 6.425 2.420 1.476 4483 chr16 85060448 85072461 + 0 NA intron (NM_001286566, intron 1 of 11) AluY|SINE|Alu 5097 NM_014732 9764 Hs.301658 NM_014732 ENSG00000135709 KIAA0513 - KIAA0513 protein-coding nan 0.977 1.580 0.731 0.467 0.168 0.640 0.214 0.576 0.192 0.894 1.282 0.318 0.260 0.252 2.685 0.440 0.108 0.959 0.520 0.394 0.231 0.320 0.139 0.925 1.153 0.792 0.313 0.758 0.211 0.620 0.958 0.672 0.915 0.598 0.286 0.102 0.298 0.098 0.187 0.270 0.519 0.536 0.402 0.524 0.419 1.013 0.225 0.670 1.131 1.010 1.387 2.685 1.329 0.877 0.925 0.214 0.711 0.332 0.532 3.616 0.624 0.190 0.267 0.228 0.105 0.089 0.750 0.927 0.592 0.784 0.903 0.899 1.087 0.345 0.819 0.982 0.399 0.677 0.581 0.931 1.035 0.808 0.487 0.560 0.436 0.595 0.617 0.905 0.841 0.601 11886 chrGL000205.1 83764 89929 + 0 NA NA NA NA NA 5291 chr18 42373212 42386249 + 0 NA intron (NM_015559, intron 2 of 5) LTR33|LTR|ERVL 118867 NM_015559 26040 Hs.435458 NM_015559 ENSG00000152217 SETBP1 MRD29|SEB SET binding protein 1 protein-coding nan 0.970 1.470 0.116 0.223 0.159 0.033 0.268 0.385 0.056 0.134 0.005 0.468 0.164 0.893 0.226 0.062 0.016 0.005 0.021 0.439 0.222 0.309 0.010 0.006 0.021 0.008 0.074 0.019 0.033 0.453 0.022 0.062 1.052 0.025 0.099 0.028 0.369 0.092 0.037 0.012 0.008 0.023 0.193 0.031 0.154 0.016 0.230 0.358 0.893 0.027 0.022 0.309 0.009 0.006 0.200 0.005 0.408 0.037 0.196 0.350 0.052 0.004 0.610 0.662 0.278 0.565 0.770 0.868 3.105 1.599 0.072 0.064 0.673 0.923 0.528 0.558 1.107 0.757 0.183 0.292 3.302 4.192 0.471 nan 2.031 1.633 4758 chr17 38567865 38577173 + 0 NA intron (NM_001067, intron 3 of 34) intron (NM_001067, intron 3 of 34) 1683 NM_001067 7153 Hs.156346 NM_001067 ENSG00000131747 TOP2A TOP2|TP2A DNA topoisomerase II alpha protein-coding nan 4.102 1.605 12.521 1.212 2.795 2.856 1.793 3.714 0.616 3.188 0.626 0.592 0.821 2.713 1.575 0.972 0.450 2.991 0.937 3.555 0.732 1.303 0.741 2.918 2.888 3.146 1.040 3.721 1.368 0.977 3.112 3.196 6.629 1.116 2.667 0.791 1.480 0.130 1.958 1.757 3.027 1.405 0.620 2.300 1.800 1.149 2.494 3.180 1.349 1.397 1.444 1.575 4.300 2.245 2.918 0.973 0.550 0.614 2.902 1.144 1.404 0.698 1.234 1.249 1.250 0.870 2.355 2.535 2.448 3.720 nan 4.365 3.701 1.209 4.977 5.097 2.277 2.657 3.450 4.679 nan 3.647 1.025 2.041 2.285 3.551 2.112 3.399 1.737 0.916 7070 chr20 56490852 56519591 + 0 NA Intergenic Intergenic 34771 NR_039757 1.364 2.122 1.179 0.186 0.046 0.039 0.370 0.390 0.548 0.040 0.109 0.164 0.013 0.028 0.067 0.067 0.100 0.096 0.063 0.073 0.064 0.015 1.023 0.311 0.083 0.048 0.028 0.013 0.068 0.231 0.123 0.280 0.172 0.492 0.173 0.070 0.431 0.072 0.088 0.090 0.016 0.244 0.052 0.022 0.034 0.061 0.492 0.181 0.099 0.176 0.182 0.146 0.067 0.059 0.025 0.083 0.051 0.184 0.305 0.513 0.155 0.086 0.055 0.280 0.099 0.038 0.012 1.004 nan 0.326 0.731 0.187 0.251 5.026 1.234 0.099 0.143 0.293 0.472 0.113 0.149 0.554 0.470 0.278 0.421 1.181 1.288 0.454 0.943 2.569 1.459 3288 chr13 100504522 100530705 + 0 NA intron (NR_104592, intron 5 of 9) intron (NR_104592, intron 5 of 9) 91806 NR_120421 101927437 Hs.619936 NR_120421 LOC101927437 - uncharacterized LOC101927437 ncRNA 1.958 5.332 4.557 0.039 0.947 0.115 0.036 0.208 0.315 0.089 0.032 0.010 0.019 0.203 10.913 0.175 0.092 0.179 0.065 0.010 0.011 1.495 0.974 0.399 0.029 0.013 0.014 0.036 0.008 0.105 0.215 0.067 1.054 0.052 0.084 1.039 0.058 0.128 0.027 0.169 0.126 0.030 0.036 0.025 0.027 0.081 0.137 0.040 0.040 0.045 0.033 10.913 0.122 0.025 0.399 0.009 0.041 0.767 0.033 0.977 0.052 0.129 0.165 0.009 0.024 0.010 0.686 0.466 0.197 0.141 1.150 1.232 2.543 0.866 0.195 0.153 2.888 nan 1.066 1.327 0.923 0.813 0.228 0.506 3.390 4.656 0.458 nan 1.765 0.917 6124 chr2 54195490 54199799 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320586) promoter-TSS (NM_001320586) 333 NM_014614 23198 Hs.413801 NM_014614 ENSG00000068878 PSME4 PA200 proteasome activator subunit 4 protein-coding 6.987 nan 6.308 3.292 4.299 1.260 2.911 1.749 3.159 1.223 3.677 1.747 0.975 1.113 3.180 2.518 3.225 0.226 5.096 1.410 2.015 1.253 3.298 1.678 4.118 3.044 2.690 1.863 3.083 1.077 5.242 5.964 3.039 9.025 1.428 3.746 0.376 3.011 0.177 1.660 1.698 4.065 3.384 1.908 1.528 1.824 4.805 3.146 4.910 4.219 3.274 2.718 2.518 7.935 3.244 4.118 2.019 2.397 1.086 5.269 6.552 2.326 1.641 2.378 2.330 1.363 0.968 5.071 4.489 6.631 9.044 7.192 5.024 9.631 4.254 22.361 22.459 4.673 5.762 9.106 14.789 7.013 8.035 2.909 6.193 2.933 4.303 7.872 7.448 2.510 1.277 11080 chr8 81657782 81667464 + 0 NA intron (NM_001033723, intron 2 of 8) MER33|DNA|hAT-Charlie 124393 NM_001033723 619279 Hs.434957 NM_032651 ENSG00000164684 ZNF704 Gig1 zinc finger protein 704 protein-coding 1.249 nan nan 0.135 1.305 0.863 0.372 0.579 0.871 1.437 0.170 0.824 3.728 0.083 0.138 0.200 1.635 0.265 0.896 0.274 0.500 0.014 0.291 0.328 3.516 0.469 0.238 0.023 0.679 0.087 1.964 6.302 4.120 4.456 1.221 0.085 0.070 0.058 0.050 0.121 0.065 0.066 0.056 0.032 0.675 0.483 3.466 0.247 0.572 0.191 0.342 2.622 0.200 0.859 0.048 3.516 0.853 1.855 0.039 0.066 0.032 0.138 0.071 0.026 0.055 0.042 0.021 0.412 0.348 1.199 3.183 1.361 1.367 0.231 0.068 0.332 0.347 1.340 1.794 nan 2.087 0.408 0.195 0.262 0.614 0.237 0.281 0.379 0.525 1.304 1.175 2527 chr12 19281776 19289025 + 0 NA intron (NM_001143821, intron 3 of 27) intron (NM_001143821, intron 3 of 27) 2774 NM_001190860 54477 Hs.188614 NM_019012 ENSG00000052126 PLEKHA5 PEPP-2|PEPP2 pleckstrin homology domain containing A5 protein-coding 2.167 2.471 3.799 3.049 4.619 4.390 2.686 1.105 1.912 0.418 3.804 2.120 0.318 0.495 1.864 1.811 0.656 0.022 2.955 1.185 0.479 1.672 1.605 0.861 2.009 0.802 0.390 0.091 2.685 1.166 1.965 3.410 2.991 7.512 0.746 1.390 0.171 1.228 0.114 0.494 5.821 0.852 1.722 0.908 0.717 1.049 2.140 3.533 2.751 3.132 0.774 1.213 1.811 3.118 0.992 2.009 0.876 0.435 0.066 3.666 0.842 0.969 0.383 2.586 0.909 0.638 0.329 0.767 1.185 2.258 3.421 nan 5.487 6.427 2.799 3.449 3.450 1.776 2.518 3.547 5.054 3.284 3.415 0.461 1.775 0.858 1.050 4.840 6.453 1.413 0.750 6581 chr2 201725381 201730400 + 0 NA intron (NM_004071, intron 1 of 12) HY4|scRNA|scRNA 1394 NM_001162407 1195 Hs.433732 NM_004071 ENSG00000013441 CLK1 CLK|CLK/STY|STY CDC like kinase 1 protein-coding 7.927 nan 6.671 4.423 7.187 5.050 4.677 3.969 7.067 1.853 4.204 2.603 1.436 2.406 3.781 4.822 3.073 0.342 4.950 1.966 3.660 2.877 3.057 1.942 6.476 2.917 3.364 1.674 4.847 1.509 6.309 7.109 3.799 11.635 2.439 4.930 0.569 3.361 0.134 1.996 3.259 7.215 5.342 2.435 2.906 1.824 4.477 3.524 3.957 5.018 2.186 3.271 4.822 5.360 6.389 6.476 1.928 2.863 1.678 5.277 2.993 2.028 2.886 3.618 3.318 2.731 1.890 6.799 7.097 8.456 12.044 10.639 9.338 7.583 5.586 24.509 25.956 4.910 6.121 7.578 13.163 11.118 14.536 6.352 12.419 4.861 5.335 11.707 10.255 3.093 1.924 6974 chr20 37509319 37523128 + 0 NA intron (NM_015568, intron 2 of 10) MER3|DNA|hAT-Charlie -38732 NM_030919 81610 Hs.726442 NM_030919 ENSG00000101447 FAM83D C20orf129|CHICA|dJ616B8.3 family with sequence similarity 83 member D protein-coding 1.094 1.097 1.962 0.113 0.266 0.144 0.104 0.161 0.319 0.020 0.073 0.041 0.009 0.030 0.197 0.250 0.070 0.118 0.190 0.097 0.031 0.010 0.194 0.108 0.078 0.048 0.031 0.073 0.084 0.015 0.098 nan 0.134 0.757 0.159 0.077 0.116 0.079 0.103 0.017 0.496 0.153 0.043 0.011 0.039 0.079 0.121 0.347 0.200 0.097 0.525 0.141 0.250 0.149 0.081 0.078 0.063 0.126 0.754 0.263 0.242 0.029 0.340 0.142 0.043 0.021 0.019 4.409 5.045 0.512 0.214 0.654 nan 1.525 0.480 0.209 0.221 1.212 1.667 0.479 0.660 3.052 3.689 1.092 1.141 0.401 0.396 0.489 nan 0.627 0.455 11634 chr9 92213309 92227056 + 0 NA intron (NM_006705, intron 1 of 3) CpG 255 NM_006705 10912 Hs.9701 NM_006705 ENSG00000130222 GADD45G CR6|DDIT2|GADD45gamma|GRP17 growth arrest and DNA damage inducible gamma protein-coding 1.390 nan 7.176 0.394 5.568 1.688 0.689 1.609 3.028 0.070 0.634 0.175 0.023 0.766 2.638 1.969 0.157 0.046 1.012 0.304 0.018 0.010 1.483 0.844 3.325 0.447 0.428 0.035 0.738 0.138 1.456 2.364 1.364 5.450 0.544 0.873 0.976 0.147 0.092 0.198 2.087 0.422 0.207 0.153 0.175 0.341 0.070 0.152 0.424 0.057 1.280 0.935 1.969 1.283 0.917 3.325 0.577 0.739 0.835 0.530 1.630 0.155 0.662 0.618 0.011 0.067 0.040 1.040 1.406 0.890 nan 8.023 5.833 4.898 1.295 0.726 0.792 0.792 1.254 4.813 7.777 1.927 2.825 0.591 1.098 3.244 2.992 1.403 2.681 2.129 1.013 8987 chr5 71196518 71205204 + 0 NA Intergenic Intergenic 185871 NM_004291 9607 Hs.1707 NM_004291 ENSG00000164326 CARTPT CART CART prepropeptide protein-coding 1.453 nan 1.227 0.073 0.102 0.287 0.325 3.379 6.179 0.011 0.209 0.197 0.117 1.107 3.688 0.252 0.038 0.170 0.176 0.029 0.032 0.616 0.316 0.128 0.216 0.044 0.034 0.162 0.340 0.242 1.292 0.170 1.550 0.134 0.186 3.127 0.025 0.068 0.059 0.458 0.063 0.025 0.009 0.053 0.079 0.119 0.058 0.262 0.008 0.091 0.160 3.688 0.091 0.370 0.128 0.252 0.038 0.224 0.053 0.233 0.033 2.457 1.371 0.026 0.020 0.023 0.267 0.572 0.511 0.559 0.422 0.455 10.475 3.860 0.128 0.158 0.828 nan 0.644 0.674 1.978 1.764 0.599 1.669 8.781 12.082 0.896 3.404 2.414 0.944 1346 chr10 14509199 14552136 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu 44042 NM_001320741 83641 Hs.446315 NM_031453 ENSG00000065809 FAM107B C10orf45|HITS family with sequence similarity 107 member B protein-coding nan 0.866 0.563 0.069 0.638 0.031 0.079 0.380 0.623 0.018 0.084 0.237 0.012 0.037 0.161 0.081 1.032 0.128 0.091 0.058 0.238 0.026 0.289 0.324 2.137 0.090 0.039 0.044 0.075 0.020 0.060 0.136 0.048 0.380 0.030 0.066 0.208 0.051 0.090 0.030 0.058 0.128 0.135 0.080 0.133 0.027 0.072 0.079 0.157 0.041 0.033 0.124 0.081 0.071 0.013 2.137 0.046 0.125 0.023 0.089 0.167 0.179 0.073 0.066 0.285 0.166 0.072 0.594 0.493 0.476 0.503 0.745 0.871 3.981 1.180 0.196 0.191 0.539 0.806 0.861 1.091 0.194 0.098 0.147 0.238 0.920 0.805 0.187 0.258 1.314 0.679 8004 chr3 171586623 171603188 + 0 NA intron (NR_046852, intron 2 of 2) intron (NR_046852, intron 2 of 2) 23625 NR_046852 100874219 Hs.730556 NR_046852 ENSG00000234717 TMEM212-AS1 - TMEM212 antisense RNA 1 ncRNA 1.182 1.236 0.869 1.645 0.200 0.365 0.853 0.110 0.399 0.438 1.103 1.462 9.558 0.042 0.133 0.301 2.855 0.282 2.269 1.202 2.905 0.042 0.161 0.148 0.122 2.350 1.614 0.315 2.329 2.096 0.145 0.480 4.321 0.190 0.520 1.626 0.006 0.261 0.101 0.675 0.019 0.644 3.116 1.318 3.727 1.226 0.303 1.625 2.033 0.169 2.043 0.819 0.301 1.816 0.082 0.122 0.251 0.132 0.018 0.193 0.024 0.599 0.048 0.157 0.290 0.320 0.076 0.359 0.175 4.046 7.208 0.415 0.485 0.245 0.136 0.242 0.290 0.378 0.628 1.674 1.680 0.586 0.293 0.205 0.348 0.084 0.140 0.236 0.381 0.470 0.548 10395 chr7 65564191 65581495 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -6962 NM_001142414 27297 Hs.300684 NM_014478 ENSG00000241258 CRCP CGRP-RCP|CGRPRCP|RCP|RCP9|RPC9 CGRP receptor component protein-coding nan nan nan 1.282 1.046 0.877 4.195 0.667 1.188 0.750 1.473 1.818 0.745 0.844 1.408 1.013 0.923 0.335 2.501 1.191 1.089 0.499 0.877 0.553 1.282 0.817 0.796 0.928 3.432 1.760 2.066 4.274 2.411 2.276 1.032 2.131 0.402 1.430 0.172 0.659 0.722 1.750 1.445 0.644 1.683 2.225 1.417 3.063 1.931 5.255 0.737 2.705 1.013 2.198 1.524 1.282 1.320 1.295 0.404 1.631 1.080 2.501 0.521 0.350 0.991 2.869 2.240 2.282 2.577 1.269 1.976 2.236 1.903 3.691 1.406 2.546 2.865 0.957 1.421 1.964 2.759 1.531 1.616 1.237 1.915 2.376 2.135 1.294 1.594 2.245 1.200 10156 chr7 8292399 8305703 + 0 NA intron (NM_001350826, intron 1 of 14) intron (NM_001350826, intron 1 of 14) 2631 NM_001350824 3382 Hs.487561 NM_004968 ENSG00000003147 ICA1 ICA69|ICAp69 islet cell autoantigen 1 protein-coding 2.149 2.756 3.933 2.266 3.721 0.963 0.357 4.522 8.505 0.151 0.414 0.625 1.906 1.821 1.900 0.691 0.092 0.061 0.780 0.229 0.191 0.083 3.985 1.938 7.654 0.616 0.444 0.491 1.608 0.334 2.297 nan 2.186 nan 0.143 0.310 1.342 0.345 0.103 0.382 1.762 1.324 1.138 0.644 0.794 0.679 1.403 0.773 0.376 1.401 1.168 1.644 0.691 1.478 1.704 7.654 1.092 1.728 0.499 0.683 2.482 0.047 1.032 0.065 0.337 0.043 0.034 4.150 4.511 1.084 nan 5.224 4.816 nan 4.936 12.285 12.746 0.340 0.634 nan 7.198 0.667 0.642 1.429 2.984 6.369 6.539 0.696 1.202 2.799 1.475 2818 chr12 80971564 80993440 + 0 NA intron (NM_001145026, intron 23 of 41) MamGypLTR1a|LTR|Gypsy -118906 NM_002469 4618 Hs.35937 NM_002469 ENSG00000111046 MYF6 CNM3|MRF4|bHLHc4|myf-6 myogenic factor 6 protein-coding 0.714 0.750 0.588 0.148 0.080 0.061 0.055 0.117 0.196 0.013 0.147 1.104 0.023 0.024 0.094 0.160 2.010 0.233 0.101 0.060 0.011 0.006 0.130 0.157 0.087 0.054 0.020 0.040 0.053 0.087 0.061 0.085 0.075 0.313 0.144 0.059 0.053 0.079 0.098 0.159 0.044 0.076 0.019 0.018 0.080 0.039 0.106 7.403 0.045 0.189 0.032 0.034 0.160 0.039 0.004 0.087 0.028 0.042 0.018 0.027 0.033 0.040 0.050 0.091 0.292 0.018 0.007 0.327 0.212 0.232 0.364 0.467 0.558 0.399 0.229 0.245 0.252 0.288 0.430 0.440 0.455 0.370 0.154 0.109 0.200 0.256 0.231 0.261 0.396 0.618 0.629 7356 chr22 27287229 27305734 + 0 NA Intergenic Intergenic -2774 NR_110540 101929539 Hs.517505 NR_110540 ENSG00000235271 LINC01422 - long intergenic non-protein coding RNA 1422 ncRNA nan 0.707 0.461 0.449 0.698 0.113 0.148 0.390 0.830 0.192 0.219 0.957 0.105 0.646 0.175 2.150 0.383 0.095 0.051 0.283 0.304 0.362 3.094 0.322 0.121 0.026 0.243 0.109 0.689 nan 1.245 1.702 0.064 0.047 0.046 0.064 0.052 0.090 0.073 0.115 0.036 0.017 0.110 0.228 0.225 0.811 0.414 0.062 0.936 0.388 2.150 0.058 0.060 3.094 0.053 0.147 0.179 0.028 0.176 0.520 0.041 0.080 0.668 0.165 0.134 0.769 0.834 2.394 nan 1.888 1.903 2.517 0.674 2.592 2.620 0.549 nan 1.994 2.596 0.706 0.399 0.291 0.283 0.341 0.327 0.109 nan 2.786 1.473 2424 chr12 4414972 4441816 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -1965 NM_020375 57103 Hs.504545 NM_020375 ENSG00000078237 TIGAR C12orf5|FR2BP TP53 induced glycolysis regulatory phosphatase protein-coding 1.083 nan nan 0.388 0.688 0.124 0.213 0.131 0.401 0.147 0.093 0.175 0.331 0.123 0.093 0.239 0.265 0.126 0.378 0.155 0.180 0.067 0.196 0.238 0.230 0.281 0.170 0.135 0.542 0.130 0.437 0.641 0.384 0.998 0.033 0.215 0.035 0.450 0.138 0.097 0.107 0.251 0.278 0.163 0.208 0.192 0.402 0.401 0.542 0.643 0.159 0.130 0.239 0.385 0.203 0.230 0.204 0.355 0.301 1.196 0.114 0.153 0.124 0.960 0.065 0.296 0.240 0.295 0.240 0.719 1.451 nan 0.798 0.822 0.215 0.653 0.653 0.743 1.168 0.491 0.693 0.718 0.589 0.354 0.586 0.364 0.303 1.411 nan 0.404 0.342 3471 chr14 34398526 34427361 + 0 NA intron (NM_001308103, intron 1 of 4) intron (NM_001308103, intron 1 of 4) 7089 NM_001308103 112399 Hs.135507 NM_022073 ENSG00000129521 EGLN3 HIFP4H3|HIFPH3|PHD3 egl-9 family hypoxia inducible factor 3 protein-coding 2.232 1.043 1.014 0.227 1.427 3.235 1.815 0.673 1.494 0.588 0.416 1.283 0.051 0.131 1.313 1.416 0.919 0.279 1.551 0.448 0.026 0.010 0.206 0.354 0.846 1.184 0.731 0.039 0.357 0.102 1.593 9.396 0.690 2.932 1.195 1.264 0.240 0.128 0.107 0.081 0.272 0.102 0.138 0.070 1.215 0.603 0.836 0.340 0.720 0.067 1.119 2.092 1.416 0.718 3.447 0.846 0.713 0.181 0.287 0.204 1.864 1.156 3.367 0.282 0.532 0.014 0.012 1.046 1.328 2.845 3.243 1.316 1.195 0.154 0.091 5.342 5.690 1.841 2.697 1.421 1.845 1.442 1.214 3.002 6.643 1.029 1.226 0.721 1.345 0.921 0.724 891 chr1 174958765 174978552 + 0 NA promoter-TSS (NM_014412) promoter-TSS (NM_014412) 87 NM_001007214 27101 Hs.508524 NM_014412 ENSG00000116161 CACYBP GIG5|PNAS-107|S100A6BP|SIP calcyclin binding protein protein-coding nan nan nan 1.875 1.940 1.349 1.082 1.476 2.280 0.450 1.299 1.490 0.374 0.430 2.338 1.921 1.426 0.236 1.927 0.883 0.669 0.666 1.433 0.730 1.632 1.305 1.273 0.544 1.301 0.746 1.219 1.770 1.226 3.670 0.912 2.325 0.389 1.457 0.090 0.330 1.040 1.094 1.253 0.582 1.292 0.730 1.272 1.156 1.189 1.136 0.975 0.953 1.921 1.725 1.678 1.632 0.550 0.603 0.452 0.811 0.813 0.992 1.128 0.863 0.722 0.792 0.558 3.173 3.089 5.249 7.267 nan 5.194 3.115 2.153 3.647 3.959 2.663 3.233 3.966 5.639 3.013 2.891 3.286 4.888 2.401 2.723 3.543 nan 1.966 1.100 8730 chr5 4568257 4579188 + 0 NA Intergenic Intergenic -199872 NR_104619 101929153 Hs.385526 NR_104619 ENSG00000249521 LINC02114 - long intergenic non-protein coding RNA 2114 ncRNA 0.469 0.941 0.787 0.033 0.160 0.015 0.149 0.191 0.468 0.009 0.071 0.239 0.006 0.028 0.234 0.163 0.144 0.117 0.495 0.191 0.052 0.034 0.156 0.190 0.099 0.013 0.020 0.007 0.547 0.088 0.067 0.118 0.555 0.107 0.145 0.029 0.123 0.054 0.051 0.110 0.027 0.070 0.030 0.071 0.080 0.037 0.030 0.043 0.031 0.163 0.137 0.017 0.099 0.068 0.017 0.011 0.055 0.015 0.100 0.063 0.053 0.051 0.337 0.221 6.850 12.047 0.483 0.545 0.410 0.134 0.069 0.086 0.152 0.297 nan 0.344 nan 0.305 0.116 0.236 0.066 0.046 0.085 0.167 0.200 nan 2106 chr11 75033923 75064439 + 0 NA intron (NM_004041, intron 1 of 15) L2b|LINE|L2 -2951 NR_029891 442900 NR_029891 ENSG00000199090 MIR326 MIRN326|hsa-mir-326|mir-326 microRNA 326 ncRNA nan 1.925 1.365 0.177 0.571 2.145 2.459 0.327 0.454 1.188 1.385 0.837 0.086 2.288 1.031 0.535 0.128 0.063 1.781 1.106 0.233 0.068 0.246 0.159 0.678 1.363 0.875 0.338 0.222 0.727 2.236 7.660 2.454 1.615 0.969 0.353 0.134 0.389 0.113 0.638 0.128 3.306 0.472 0.342 1.016 0.813 1.281 0.272 1.714 0.471 1.168 4.531 0.535 1.959 6.420 0.678 0.265 4.458 0.506 2.601 1.411 1.734 5.703 0.579 0.275 0.059 0.027 2.361 3.475 0.523 0.882 0.978 0.985 2.023 0.595 2.125 2.373 1.340 2.211 2.835 2.893 1.249 1.071 3.000 5.675 0.429 0.556 0.744 2.008 0.653 0.528 9607 chr6 36559865 36570417 + 0 NA intron (NM_003017, intron 2 of 5) AluSx|SINE|Alu 3051 NM_003017 6428 Hs.405144 NM_003017 ENSG00000112081 SRSF3 SFRS3|SRp20 serine and arginine rich splicing factor 3 protein-coding nan 3.144 nan 2.786 4.311 2.811 3.038 2.585 4.472 0.955 2.299 1.661 1.601 1.051 3.139 2.976 2.156 0.353 2.676 0.629 2.138 1.504 2.101 0.868 5.181 1.957 1.924 0.486 2.028 1.247 2.640 3.198 3.748 8.353 0.875 1.418 0.994 3.612 0.234 0.808 2.445 2.540 1.969 1.191 1.287 1.016 3.071 3.103 1.765 3.187 1.883 1.883 2.976 3.380 2.752 5.181 1.011 1.458 0.838 2.174 1.451 1.540 2.490 2.019 1.265 1.976 1.336 5.492 5.755 5.751 nan nan 6.827 6.511 3.698 11.650 12.037 3.539 4.689 6.913 8.962 6.293 7.199 3.738 8.453 6.799 5.817 6.944 6.098 2.818 1.843 10927 chr8 42041909 42073335 + 0 NA intron (NM_000930, intron 1 of 13) intron (NM_000930, intron 1 of 13) 7620 NM_001319189 5327 Hs.491582 NM_000930 ENSG00000104368 PLAT T-PA|TPA plasminogen activator, tissue type protein-coding 0.767 nan 0.638 0.444 0.144 0.035 1.553 0.141 0.294 0.341 0.941 0.026 0.060 0.620 0.658 0.245 0.144 1.733 0.761 0.036 0.080 0.139 0.129 0.225 1.388 0.841 0.066 0.850 0.919 0.375 1.542 0.678 0.405 0.977 0.310 0.039 0.075 0.109 0.379 0.038 3.035 1.872 0.883 0.786 0.356 0.439 1.147 0.497 0.863 0.063 1.038 0.658 1.263 1.076 0.225 0.300 0.129 0.056 0.269 0.590 0.527 0.025 0.212 0.650 0.310 0.207 0.414 0.391 0.325 0.789 0.583 0.626 3.133 1.029 0.326 0.327 0.252 0.530 0.347 0.388 0.746 0.500 0.189 0.238 0.268 0.326 0.407 0.610 1.258 0.850 8233 chr4 4480748 4487013 + 0 NA promoter-TSS (NR_126434) promoter-TSS (NR_126434) -453 NR_126434 104472519 Hs.691848 NR_126434 ENSG00000248221 STX18-IT1 - STX18 intronic transcript 1 ncRNA 0.863 0.403 nan 0.046 0.126 0.111 0.025 0.145 0.137 0.179 0.017 0.062 0.384 0.106 0.025 0.187 0.030 0.015 0.022 0.075 0.171 0.230 0.078 0.011 0.020 0.022 0.021 0.171 0.068 0.320 0.024 0.036 0.061 0.070 0.083 0.038 0.659 0.225 0.029 0.035 0.060 0.136 0.209 0.130 0.081 0.075 0.087 0.384 0.098 0.088 0.230 0.005 0.031 0.056 0.033 0.050 1.517 0.196 0.048 0.064 0.025 7.677 7.179 8.237 6.279 0.792 0.966 nan 0.194 0.969 1.147 0.792 1.138 0.371 0.527 0.627 0.399 2.067 2.884 0.264 0.290 0.450 0.772 nan 0.759 7538 chr3 20720423 20744442 + 0 NA Intergenic Intergenic 348472 NR_110814 101927829 Hs.639381 NR_110814 ENSG00000231304 LOC101927829 - uncharacterized LOC101927829 ncRNA 0.616 0.638 0.548 0.328 0.079 0.007 0.015 0.054 0.213 0.004 0.089 0.084 0.010 0.054 0.045 0.187 0.240 0.086 0.089 0.008 0.031 0.006 0.085 0.099 0.020 0.009 0.009 0.006 0.068 0.013 0.027 0.053 0.068 0.154 0.012 0.048 0.043 0.032 0.092 0.025 0.033 0.065 0.013 0.026 0.004 0.009 0.075 0.051 0.027 0.026 0.021 0.022 0.187 0.035 0.022 0.020 0.015 0.007 0.025 0.024 0.038 0.026 0.058 0.037 0.038 0.019 0.015 0.223 0.161 5.427 7.165 0.127 0.190 0.166 0.071 0.138 0.144 0.674 0.820 0.231 0.262 nan 0.152 0.129 0.215 0.142 0.125 0.134 0.270 0.332 0.267 10034 chr6 155580133 155595876 + 0 NA intron (NM_001001346, intron 1 of 1) AluY|SINE|Alu 2857 NM_001001346 49861 Hs.567491 NM_001001346 ENSG00000171217 CLDN20 - claudin 20 protein-coding nan 1.038 1.257 0.118 0.561 0.103 0.212 0.142 0.259 0.024 0.129 0.891 0.066 0.036 0.136 0.361 0.625 0.082 0.101 0.036 0.117 0.039 0.130 0.110 0.122 0.210 0.106 0.071 0.090 0.020 0.213 nan 0.147 0.305 0.056 0.199 0.030 0.103 0.116 0.169 0.187 0.082 0.037 0.087 0.097 0.112 0.103 0.600 0.126 0.305 0.015 0.077 0.361 0.302 0.106 0.122 0.034 0.116 0.106 0.048 0.116 0.176 0.113 2.075 0.484 0.048 0.023 0.450 0.461 0.426 0.590 0.534 nan 1.185 0.488 0.428 0.529 0.662 0.848 0.445 0.987 0.712 0.506 0.349 0.379 0.205 0.258 2.358 nan 0.579 0.431 8247 chr4 7193587 7222278 + 0 NA intron (NM_020777, intron 1 of 26) intron (NM_020777, intron 1 of 26) 13558 NM_020777 57537 Hs.479099 NM_020777 ENSG00000184985 SORCS2 - sortilin related VPS10 domain containing receptor 2 protein-coding 0.953 0.464 nan 0.283 0.055 0.875 0.929 0.050 0.140 0.193 4.472 0.398 0.211 0.017 0.530 0.547 0.070 0.079 0.177 0.337 0.031 0.014 0.109 0.090 0.233 1.898 1.543 0.026 0.078 0.195 0.182 0.657 0.797 1.339 0.066 0.057 0.020 0.060 0.067 0.653 0.069 0.190 0.074 0.044 2.351 0.080 1.746 0.268 0.304 1.748 0.103 0.514 0.547 0.132 0.039 0.233 0.268 0.093 0.126 0.196 0.048 0.613 0.034 1.435 0.842 0.034 0.021 0.270 0.174 0.201 0.272 0.977 0.760 nan 0.074 0.127 0.118 0.092 0.202 0.443 0.533 1.980 2.106 0.266 0.363 0.065 0.086 1.109 2.208 nan 0.481 11423 chr9 4661365 4667532 + 0 NA 3' UTR (NM_203453, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_203453, exon 1 of 1) 2001 NR_148446 55064 Hs.179615 NM_017985 ENSG00000106686 SPATA6L C9orf68|bA6J24.2 spermatogenesis associated 6 like protein-coding 2.961 7.542 3.896 1.435 3.343 0.975 1.451 1.194 2.623 0.296 0.620 0.330 0.221 0.887 1.354 2.372 0.779 0.131 1.470 0.704 0.920 0.316 5.365 1.528 2.872 0.468 0.373 0.619 1.333 0.377 1.153 2.074 0.670 7.318 1.169 0.232 0.742 1.235 0.094 0.263 1.183 1.017 0.792 0.403 2.663 1.106 1.206 0.244 2.629 1.613 1.717 1.339 2.372 1.435 1.362 2.872 1.070 0.880 0.715 0.605 1.583 0.206 1.423 0.100 0.396 0.387 0.117 2.659 4.228 2.307 3.432 4.700 4.181 9.298 4.303 3.955 3.841 4.004 4.875 3.464 5.672 3.679 4.759 1.751 3.619 5.829 4.516 0.471 nan 6.278 3.918 10322 chr7 41730961 41746841 + 0 NA intron (NR_027118, intron 1 of 3) intron (NR_027118, intron 1 of 3) 3805 NM_002192 3624 Hs.28792 NM_002192 ENSG00000122641 INHBA EDF|FRP inhibin subunit beta A protein-coding 0.742 1.177 nan 1.176 0.156 0.028 0.619 0.101 0.151 0.332 0.615 0.271 0.051 0.847 0.040 0.040 1.475 0.223 0.379 0.178 0.636 0.009 0.159 0.094 0.092 0.144 0.104 0.080 1.596 0.621 0.527 0.936 0.848 0.257 0.369 0.870 0.108 0.141 0.125 0.643 0.030 1.696 0.133 0.108 0.219 0.197 2.135 5.522 0.267 0.138 0.759 0.463 0.040 0.309 0.141 0.092 0.226 0.543 0.085 0.545 4.092 0.180 0.056 0.164 1.089 0.468 0.403 0.364 0.203 1.001 3.008 0.221 0.280 0.140 0.077 0.945 0.941 0.164 0.290 0.123 0.184 0.651 0.497 0.121 0.159 0.487 0.333 0.224 0.310 0.189 0.301 1738 chr11 605401 617048 + 0 NA intron (NM_001286581, intron 17 of 17) intron (NM_001286581, intron 17 of 17) 4504 NM_004031 3665 Hs.166120 NM_001572 ENSG00000185507 IRF7 IMD39|IRF-7H|IRF7A|IRF7B|IRF7C|IRF7H interferon regulatory factor 7 protein-coding 0.816 2.007 2.293 0.673 0.527 0.429 1.438 0.364 0.912 0.033 1.145 0.269 0.271 0.643 1.027 0.455 0.868 0.153 1.391 0.384 0.492 0.095 0.371 0.217 0.739 0.419 0.434 0.434 0.932 0.542 1.312 2.646 2.376 1.636 0.351 0.212 0.106 0.325 0.059 0.415 0.054 0.960 0.794 0.424 0.514 0.741 0.240 0.703 0.804 0.863 0.223 0.454 0.455 3.131 1.082 0.739 0.190 0.199 0.041 1.067 0.271 0.400 0.220 0.140 0.645 0.287 0.246 1.063 1.433 1.242 2.362 1.946 1.619 0.732 0.297 0.450 0.344 0.249 0.486 1.159 1.972 0.254 0.128 0.619 0.795 0.537 0.733 0.323 0.394 0.292 0.257 2025 chr11 66484870 66497133 + 0 NA Intergenic Intergenic -2131 NM_006946 6712 Hs.26915 NM_006946 ENSG00000173898 SPTBN2 GTRAP41|SCA5|SCAR14 spectrin beta, non-erythrocytic 2 protein-coding nan 2.406 2.533 1.987 2.114 1.446 1.409 1.176 2.240 0.157 0.828 2.441 0.926 0.594 2.531 2.161 0.251 0.117 1.674 0.618 0.017 0.260 1.637 0.756 6.083 0.842 0.472 0.240 0.555 0.397 3.766 8.434 2.204 2.666 2.159 0.260 0.537 0.618 0.081 0.569 4.352 3.044 0.226 0.311 1.265 0.945 1.932 0.220 0.916 0.569 1.376 4.454 2.161 1.869 0.610 6.083 1.434 2.234 0.476 0.868 1.290 0.681 0.764 0.332 1.760 0.009 0.020 2.120 2.769 0.999 1.662 8.526 8.910 3.703 1.136 2.257 2.185 0.883 1.769 5.623 7.043 2.146 2.571 1.175 2.222 2.218 1.932 1.306 1.441 2.056 1.247 10834 chr8 19510474 19549836 + 0 NA intron (NR_148897, intron 1 of 9) intron (NR_148897, intron 1 of 9) 9939 NM_018371 55790 Hs.613729 NM_018371 ENSG00000147408 CSGALNACT1 CSGalNAcT-1|ChGn|ChGn-1|beta4GalNAcT chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 protein-coding 0.700 0.599 nan 0.297 0.029 0.014 0.594 0.110 0.161 0.257 1.389 2.813 0.033 0.199 0.075 0.150 0.208 0.081 0.290 0.265 3.736 0.007 0.076 0.108 0.042 0.964 0.534 0.951 0.158 0.428 0.347 0.758 0.112 0.139 0.300 3.151 0.029 0.083 0.104 0.111 0.097 1.516 0.348 0.154 0.655 0.133 0.954 0.263 4.115 0.173 2.362 2.484 0.150 0.134 0.663 0.042 1.509 1.394 0.040 2.822 0.100 0.551 0.030 0.038 0.544 0.011 0.008 0.356 0.208 0.329 1.136 0.452 nan 0.125 0.099 0.117 0.133 0.112 0.171 0.203 0.203 0.346 0.197 0.087 0.146 0.096 0.129 0.198 0.256 0.698 0.790 7820 chr3 127818792 127834361 + 0 NA intron (NM_001319084, intron 3 of 9) intron (NM_001319084, intron 3 of 9) 16095 NM_003707 8607 Hs.272822 NM_003707 ENSG00000175792 RUVBL1 ECP-54|ECP54|INO80H|NMP 238|NMP238|PONTIN|Pontin52|RVB1|TIH1|TIP49|TIP49A RuvB like AAA ATPase 1 protein-coding 1.035 nan 0.725 0.204 0.202 0.038 0.401 0.257 0.439 0.018 0.260 0.250 0.004 0.136 0.257 0.464 0.484 0.279 0.160 0.073 0.123 0.011 0.521 0.286 0.131 0.200 0.064 0.080 0.148 0.062 0.187 0.357 0.298 0.260 0.151 0.301 0.111 0.077 0.105 0.121 0.222 0.145 0.066 0.040 0.071 0.134 0.136 0.173 0.147 0.254 0.081 0.307 0.464 0.219 0.341 0.131 0.134 0.043 0.013 0.183 0.118 0.400 0.120 0.048 0.105 0.018 0.019 0.350 0.440 0.364 0.481 0.577 0.563 1.372 0.376 0.454 0.444 0.463 nan 0.352 0.330 0.770 0.538 0.439 0.623 0.675 0.699 0.330 0.582 2.780 1.279 3920 chr15 41135036 41174082 + 0 NA Intergenic Intergenic 11928 NM_133639 171177 Hs.447901 NM_133639 ENSG00000104140 RHOV ARHV|CHP|WRCH2 ras homolog family member V protein-coding 1.036 1.153 nan 0.430 0.834 0.375 1.336 0.544 0.954 1.200 0.226 0.161 1.181 0.477 0.337 0.407 0.115 0.140 1.387 0.503 3.139 0.039 0.466 0.264 1.158 0.674 0.430 0.200 0.909 0.383 2.703 4.976 2.310 2.731 0.711 0.117 0.166 0.109 0.069 0.124 0.280 1.572 0.113 0.096 1.171 0.760 0.908 0.171 1.653 0.461 0.254 6.410 0.407 2.523 0.178 1.158 1.473 3.340 0.167 2.019 0.348 0.398 0.304 0.736 0.439 0.044 0.021 1.013 1.318 1.073 1.940 1.009 1.042 1.236 0.364 0.767 0.763 0.309 nan 1.555 2.022 1.348 1.212 0.771 1.241 0.697 0.782 0.613 1.841 1.070 0.627 5842 chr2 738569 743204 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -63418 NM_152834 129787 Hs.6729 NM_152834 ENSG00000151353 TMEM18 lncND transmembrane protein 18 protein-coding 2.079 0.737 0.778 0.149 0.362 0.823 0.243 0.590 0.999 0.186 3.168 0.118 0.095 0.129 14.447 3.707 0.048 0.139 0.230 0.041 3.580 3.291 0.338 0.392 0.749 0.180 0.126 1.805 0.292 0.046 0.523 0.242 0.227 21.755 0.728 0.891 0.021 0.533 0.136 0.587 0.360 0.380 3.226 1.915 0.067 0.065 0.051 0.237 8.342 0.921 1.121 1.615 3.707 0.094 2.156 0.749 0.187 0.640 0.313 6.992 0.815 1.919 6.111 0.509 1.711 0.398 0.219 1.151 1.538 1.938 2.999 4.802 4.400 0.800 0.312 0.904 1.002 1.336 1.848 3.773 5.154 1.319 1.718 2.087 5.342 0.107 0.065 0.751 1.105 1.193 0.722 8513 chr4 116243984 116254079 + 0 NA Intergenic Intergenic -213999 NM_022569 64579 Hs.591700 NM_022569 ENSG00000138653 NDST4 N-HSST|N-HSST 4|NDST-4|NHSST4 N-deacetylase and N-sulfotransferase 4 protein-coding 0.602 4.654 0.438 0.085 0.155 0.016 0.049 0.234 0.307 0.010 0.093 0.336 0.012 0.030 0.111 0.431 0.268 0.111 0.095 0.019 0.025 0.055 0.076 0.119 0.480 0.014 0.021 0.007 0.061 0.031 0.070 0.061 0.092 0.358 0.029 0.103 0.009 0.032 0.059 0.011 0.220 0.006 0.016 0.032 0.115 0.059 0.008 0.007 0.016 0.026 0.431 0.054 0.037 0.480 0.024 0.009 0.020 0.098 0.007 0.039 0.012 0.023 0.006 0.010 0.206 0.193 0.184 0.205 0.399 0.365 0.450 0.187 0.127 0.124 0.294 0.343 0.352 0.289 0.258 0.081 0.094 0.188 0.253 0.251 0.122 0.231 0.370 0.227 11644 chr9 93694203 93734781 + 0 NA Intergenic L1M7|LINE|L1 122922 NR_033912 100129316 Hs.458154 NR_033912 LOC100129316 - uncharacterized LOC100129316 ncRNA 0.594 nan 0.820 0.072 0.241 3.195 0.568 0.176 0.342 0.028 0.129 0.112 0.087 0.030 0.568 0.306 0.076 0.059 0.232 0.142 0.033 0.021 0.135 0.101 0.158 0.303 0.090 0.049 0.373 0.429 0.317 2.301 0.259 1.212 0.929 0.097 0.035 0.024 0.062 0.096 0.163 0.121 0.027 0.029 0.116 0.186 0.423 0.109 0.106 0.042 0.025 0.638 0.306 0.395 0.062 0.158 0.156 0.992 0.126 0.044 0.553 0.128 0.037 0.049 0.037 0.021 0.011 0.238 0.200 0.375 nan 0.516 0.558 1.342 0.715 0.139 0.124 0.097 0.167 1.195 1.586 0.555 0.379 0.117 0.166 0.454 0.392 0.167 0.220 0.721 0.625 11227 chr8 117882194 117888136 + 0 NA intron (NM_006265, intron 1 of 13) MIRb|SINE|MIR -1498 NR_033886 644660 Hs.706174 NR_033886 ENSG00000253327 RAD21-AS1 C8orf81|NCRNA00255 RAD21 antisense RNA 1 ncRNA 5.593 nan 4.062 2.167 6.723 3.970 2.812 2.698 4.821 2.720 3.729 1.674 2.360 1.757 2.842 2.542 2.381 0.309 3.436 0.957 2.813 3.010 1.165 0.616 5.838 1.446 1.814 1.534 3.718 1.290 3.385 5.825 2.687 11.667 1.371 2.031 1.400 1.908 0.158 1.304 2.565 4.662 4.526 1.680 1.687 0.838 2.588 4.471 2.617 3.634 1.434 2.742 2.542 4.610 2.223 5.838 1.032 1.810 0.553 2.483 2.439 1.737 2.181 2.494 1.511 1.522 1.164 2.939 3.010 4.363 4.431 8.980 8.804 nan 3.142 19.315 20.257 2.902 nan 3.225 4.988 7.050 5.913 2.458 5.134 3.456 4.108 5.808 6.008 2.084 0.848 6645 chr2 217479365 217502834 + 0 NA Intergenic Intergenic -6452 NM_001313992 3485 Hs.438102 NM_000597 ENSG00000115457 IGFBP2 IBP2|IGF-BP53 insulin like growth factor binding protein 2 protein-coding nan 1.788 nan 0.096 0.918 1.384 0.506 3.468 6.725 0.523 0.080 0.023 0.019 0.177 0.198 1.251 0.574 0.160 0.108 0.049 0.062 0.101 2.173 1.040 2.825 0.363 0.177 0.050 0.082 0.009 0.747 3.479 0.364 1.828 0.278 0.153 1.024 0.295 0.133 0.096 3.065 0.146 0.098 0.080 0.023 0.058 1.191 0.115 0.610 0.078 0.168 0.734 1.251 0.074 1.233 2.825 0.053 0.657 0.482 0.966 1.918 0.253 0.336 2.855 0.065 0.049 0.015 0.513 0.690 1.538 1.668 2.918 2.702 2.986 1.035 0.253 0.256 0.545 0.973 3.235 nan 1.716 2.428 0.350 0.790 2.461 2.184 2.470 5.595 1.070 0.618 511 chr1 91965429 91969236 + 0 NA exon (NM_003503, exon 2 of 12) exon (NM_003503, exon 2 of 12) 667 NM_001134420 8317 Hs.533573 NM_003503 ENSG00000097046 CDC7 CDC7L1|HsCDC7|Hsk1|huCDC7 cell division cycle 7 protein-coding nan 4.702 4.876 3.875 5.167 7.099 1.912 3.444 7.031 1.040 3.283 2.300 2.845 1.526 3.153 6.212 4.421 0.295 3.505 2.137 5.015 2.224 1.769 1.043 5.425 2.458 2.434 2.427 3.728 1.797 2.383 5.021 1.131 12.907 2.075 4.188 0.992 5.037 0.296 1.395 5.003 6.793 4.182 1.556 3.041 2.015 4.479 4.860 2.730 3.433 1.689 1.900 6.212 3.574 9.236 5.425 1.349 0.871 1.837 4.300 2.855 1.778 3.009 3.802 2.881 3.252 2.129 7.489 6.063 8.120 11.436 11.493 nan 12.778 8.665 14.222 15.580 9.267 11.120 12.785 19.335 nan 11.406 4.500 7.390 5.483 5.823 10.946 10.528 5.244 3.069 9119 chr5 111146588 111152262 + 0 NA intron (NM_001142474, intron 2 of 3) intron (NM_001142474, intron 2 of 3) -55510 NM_001142476 9315 Hs.36053 NM_004772 ENSG00000134986 NREP C5orf13|D4S114|P311|PRO1873|PTZ17|SEZ17 neuronal regeneration related protein protein-coding 0.884 0.973 0.543 0.076 0.079 0.026 0.012 0.113 0.251 0.029 0.097 0.161 0.022 0.017 0.062 0.023 0.238 0.199 0.074 0.066 0.056 0.025 0.027 0.100 0.024 0.012 0.013 0.048 0.018 0.071 0.103 0.196 0.184 0.046 0.034 0.038 0.126 0.020 0.126 0.032 0.019 0.052 0.036 0.043 0.028 0.059 0.023 0.092 0.017 0.021 0.014 0.051 0.014 0.279 0.153 0.039 0.020 0.027 0.851 0.558 8.828 5.434 0.123 0.298 0.148 0.074 1.494 1.531 0.566 nan 0.205 0.263 0.495 0.178 0.358 0.547 0.090 0.081 0.514 0.955 0.437 0.357 2367 chr11 129256152 129265150 + 0 NA intron (NM_003658, intron 1 of 3) intron (NM_003658, intron 1 of 3) 14770 NM_003658 8538 Hs.591944 NM_003658 ENSG00000043039 BARX2 - BARX homeobox 2 protein-coding 0.636 0.773 0.608 0.933 0.103 0.260 0.151 0.213 0.378 1.529 0.122 0.064 4.157 0.035 0.079 0.057 0.091 0.140 0.022 0.049 0.173 0.128 0.182 0.046 0.016 0.113 0.023 0.061 0.079 0.407 0.229 0.416 0.115 0.043 0.021 0.109 0.069 0.066 0.153 0.013 0.026 0.131 0.256 0.155 0.054 0.204 0.035 0.201 0.057 0.071 0.113 0.182 0.068 0.476 0.011 0.117 0.133 0.123 0.254 0.014 0.042 0.013 0.017 0.362 0.320 0.177 0.581 0.271 0.394 0.116 0.093 0.343 0.284 0.174 0.309 1.286 1.347 0.330 0.134 0.556 0.891 0.075 0.090 0.051 nan 0.395 0.326 899 chr1 178297555 178330322 + 0 NA intron (NM_004841, intron 1 of 15) intron (NM_004841, intron 1 of 15) 3332 NM_004841 9462 Hs.496139 NM_004841 ENSG00000075391 RASAL2 NGAP RAS protein activator like 2 protein-coding nan nan nan 0.540 0.150 0.086 0.262 0.094 0.302 0.353 0.240 1.121 0.970 0.034 0.223 0.273 1.513 0.201 0.646 0.227 0.185 0.026 0.173 0.201 0.047 0.701 0.315 0.128 0.349 0.206 0.133 0.247 0.385 0.421 0.174 0.384 0.017 0.242 0.136 0.061 0.070 0.062 0.033 0.052 0.304 0.060 0.351 0.184 0.137 0.030 0.089 0.299 0.273 0.448 0.172 0.047 0.187 0.291 0.027 0.037 0.078 0.343 0.127 0.227 0.081 0.058 0.023 0.532 0.311 2.665 8.009 nan 0.475 0.482 0.173 0.397 0.390 0.542 0.748 0.441 0.497 0.386 0.197 0.481 0.712 0.078 0.125 0.482 nan 0.454 0.443 2689 chr12 53757097 53784907 + 0 NA Intergenic Intergenic -2977 NM_138473 6667 Hs.620754 NM_003109 ENSG00000185591 SP1 - Sp1 transcription factor protein-coding nan 1.516 1.104 1.178 1.238 0.516 2.699 0.674 1.333 0.753 1.816 3.079 2.865 0.676 1.131 1.322 0.655 0.386 2.232 0.981 1.786 1.052 0.835 0.452 1.512 2.459 2.328 1.137 1.735 1.259 1.886 4.419 1.889 2.243 0.746 3.280 0.314 1.412 0.117 0.692 0.428 1.925 1.677 0.767 1.278 1.802 3.269 2.350 4.299 3.509 1.380 2.651 1.322 1.999 1.646 1.512 1.309 2.327 0.134 2.447 0.801 2.378 0.930 0.827 1.033 0.628 0.496 nan 1.679 1.506 2.238 2.091 nan 2.448 1.207 2.976 3.049 1.142 nan 2.361 nan 1.659 1.432 1.145 1.539 1.003 1.191 1.259 2.268 1.794 0.948 9106 chr5 106713841 106731921 + 0 NA intron (NM_001962, intron 4 of 4) intron (NM_001962, intron 4 of 4) 283715 NM_001962 1946 Hs.288741 NM_001962 ENSG00000184349 EFNA5 AF1|EFL5|EPLG7|GLC1M|LERK7|RAGS ephrin A5 protein-coding 0.895 1.111 0.643 1.041 0.082 0.016 2.073 0.338 0.572 0.761 2.480 2.518 1.341 0.354 0.060 0.212 0.223 0.100 2.355 0.786 5.456 0.023 0.332 0.163 0.046 1.461 0.713 0.376 1.002 1.271 2.845 4.196 1.709 0.304 1.326 4.928 0.111 0.169 0.109 0.711 0.355 1.927 0.224 0.155 1.560 0.775 1.200 1.687 1.534 0.255 0.973 1.946 0.212 1.768 0.103 0.046 0.812 1.719 0.101 0.929 1.263 0.721 0.072 0.117 1.191 1.822 1.262 0.210 0.196 0.748 2.141 0.323 0.389 0.351 0.125 0.138 0.134 1.569 2.415 0.764 0.783 0.494 0.319 0.114 0.359 0.853 1.101 0.341 0.725 0.603 0.560 3765 chr14 92202248 92224704 + 0 NA Intergenic Intergenic -15046 NM_024764 79820 Hs.131755 NM_024764 ENSG00000133962 CATSPERB C14orf161|CatSper(beta) cation channel sperm associated auxiliary subunit beta protein-coding 0.940 0.851 nan 0.664 0.150 0.109 0.481 0.093 0.224 0.013 0.136 0.058 0.547 0.022 0.109 0.189 0.167 0.109 0.413 0.237 0.073 0.012 0.126 0.145 0.059 2.689 1.552 0.020 1.255 1.157 2.951 6.415 2.228 0.447 0.796 0.300 0.013 0.049 0.135 0.360 0.021 0.082 0.172 0.121 2.196 1.234 0.355 0.146 0.534 0.047 1.683 3.170 0.189 0.220 0.025 0.059 1.660 1.163 0.062 0.032 0.059 0.377 0.053 0.066 0.406 0.013 0.009 0.399 0.179 1.072 2.517 0.462 0.482 0.108 0.049 0.445 0.447 0.221 0.387 0.525 0.449 0.718 0.326 0.157 0.233 0.086 0.090 0.251 0.500 nan 0.591 10769 chr7 156887384 156892397 + 0 NA Intergenic Intergenic -41765 NM_014671 9690 Hs.118351 NM_014671 ENSG00000009335 UBE3C HECTH2 ubiquitin protein ligase E3C protein-coding 0.793 0.498 nan 0.058 0.516 2.080 0.056 6.151 12.577 0.019 0.095 0.079 0.062 0.081 6.746 0.462 0.163 0.064 0.063 0.038 0.013 0.573 0.245 2.161 0.028 0.029 0.118 0.109 0.100 0.192 0.157 0.311 0.085 0.057 0.109 0.127 0.164 0.200 0.024 0.045 0.044 0.030 0.077 0.239 0.065 0.079 0.031 0.053 0.462 0.028 0.011 2.161 0.083 0.252 0.130 0.123 0.064 3.274 0.025 0.045 0.011 0.010 0.435 0.734 0.144 0.154 2.630 2.081 0.732 0.118 0.109 0.165 0.101 0.225 5.778 5.452 0.507 0.293 3.318 3.665 0.313 0.270 0.198 0.209 1.318 0.917 5924 chr2 15821308 15836508 + 0 NA Intergenic Intergenic -1998 NR_110201 101926966 Hs.502835 NR_110201 ENSG00000231031 LINC01804 - long intergenic non-protein coding RNA 1804 ncRNA 0.646 0.422 0.549 0.048 0.231 0.271 0.164 0.084 0.184 0.012 0.041 0.052 0.016 0.020 0.101 0.085 0.075 0.011 0.041 0.042 0.018 0.054 0.093 0.032 0.022 0.019 0.044 0.066 0.007 0.140 0.597 0.073 0.353 0.019 0.054 0.024 0.057 0.118 0.008 0.021 0.158 0.036 0.010 0.036 0.076 0.032 0.105 0.186 0.037 0.010 0.031 0.085 0.071 0.042 0.032 0.056 0.088 0.021 0.061 0.080 0.032 3.527 0.082 0.030 0.019 0.010 0.357 0.173 0.188 0.344 0.261 0.288 0.376 0.131 0.144 0.136 0.118 0.233 0.214 nan 0.574 0.281 6.056 9.218 0.036 0.053 0.307 nan 0.323 0.354 11855 chr9 138969725 139014923 + 0 NA Intergenic Intergenic -5193 NM_144653 138151 Hs.112895 NM_144653 ENSG00000148411 NACC2 BEND9|BTBD14|BTBD14A|BTBD31|NAC-2|RBB NACC family member 2 protein-coding nan 2.742 3.219 0.567 1.939 6.409 0.559 1.330 2.387 0.735 1.458 0.491 0.212 0.799 2.298 1.861 0.985 0.252 1.318 0.281 0.817 0.432 0.692 0.465 2.906 0.822 0.924 1.100 2.201 0.293 2.188 5.588 0.763 4.349 0.502 1.822 0.677 0.727 0.081 0.316 0.507 1.645 0.935 0.541 0.335 0.411 0.741 0.427 2.351 2.474 0.674 0.879 1.861 1.121 0.981 2.906 0.470 0.956 0.627 1.970 1.993 0.856 0.872 0.180 0.503 0.586 0.297 1.024 1.663 1.330 2.934 4.946 4.194 nan 0.659 0.421 0.405 0.789 1.121 4.980 5.897 2.451 2.800 1.007 1.743 1.924 1.832 0.518 0.604 1.128 0.660 11758 chr9 124102501 124137429 + 0 NA intron (NM_004099, intron 1 of 6) AluSx1|SINE|Alu 12617 NR_073037 2040 Hs.253903 NM_004099 ENSG00000148175 STOM BND7|EPB7|EPB72 stomatin protein-coding nan nan 1.120 0.316 0.628 0.801 0.289 0.232 0.327 0.490 0.105 0.570 0.354 0.026 0.310 2.252 2.157 0.268 1.149 0.289 0.231 0.035 0.221 0.118 1.415 0.747 0.387 0.389 2.085 0.338 1.188 2.263 1.833 nan 0.807 0.939 0.019 0.279 0.087 0.236 0.550 0.193 0.081 0.065 0.907 0.371 0.176 0.160 1.048 0.936 0.549 0.739 2.252 1.008 1.171 1.415 0.294 0.493 0.346 0.345 0.046 0.688 0.047 0.265 0.094 0.056 0.023 0.264 0.301 0.857 1.644 1.786 2.083 0.143 0.071 0.627 0.603 0.490 nan 0.850 0.628 0.879 0.605 0.165 0.185 0.101 0.146 0.306 0.793 nan 0.574 10785 chr8 1425228 1436949 + 0 NA intron (NM_001346810, intron 3 of 14) CpG 138742 NR_103863 100507435 Hs.667133 NR_103863 ENSG00000253267 DLGAP2-AS1 - DLGAP2 antisense RNA 1 ncRNA 0.359 0.966 0.460 0.025 0.022 6.620 0.072 0.150 0.119 0.008 0.027 0.048 0.026 0.311 2.103 0.070 0.068 0.016 0.012 0.119 0.111 1.119 0.018 0.006 0.059 0.028 0.059 0.048 0.097 0.013 0.064 0.008 0.083 0.155 0.034 0.063 0.005 0.007 0.033 0.016 0.121 0.083 0.061 0.007 0.022 2.103 0.008 1.119 0.031 0.057 0.020 0.043 0.014 0.511 0.064 0.045 0.005 0.786 1.353 1.132 0.634 2.436 1.809 0.164 0.067 0.136 0.155 0.067 0.089 0.088 0.112 nan 0.277 0.495 0.856 0.100 0.113 0.093 0.126 0.476 0.476 10325 chr7 42923109 42934761 + 0 NA Intergenic MER107|DNA|DNA 22754 NM_001099858 79020 Hs.698120 NM_024054 ENSG00000136197 C7orf25 - chromosome 7 open reading frame 25 protein-coding 0.851 1.677 nan 0.302 0.544 5.153 1.056 0.097 0.275 0.599 1.792 0.261 0.138 0.256 1.321 0.621 0.129 0.014 1.001 0.520 0.314 0.024 0.135 0.139 0.359 1.273 0.935 0.241 1.111 0.234 0.934 1.273 0.670 1.888 0.289 1.565 0.041 0.316 0.134 0.254 0.034 1.392 0.441 0.228 0.871 0.289 1.797 0.404 1.376 0.090 0.615 1.221 0.621 0.579 0.533 0.359 0.398 0.296 0.051 0.648 1.416 0.953 0.136 0.117 0.183 0.084 0.022 0.407 0.209 0.306 0.371 0.683 0.678 0.826 0.224 1.870 2.112 0.241 0.360 1.040 1.440 0.464 0.296 0.387 0.442 0.197 0.394 0.264 0.520 0.935 0.738 1979 chr11 62431582 62434780 + 0 NA promoter-TSS (NM_001286086) promoter-TSS (NM_001286086) 287 NR_004390 692158 Hs.687390 NR_004390 ENSG00000206597 SNORA57 U99 small nucleolar RNA, H/ACA box 57 snoRNA nan 2.762 3.396 4.136 4.064 2.880 6.260 1.658 3.215 2.411 6.178 3.774 1.515 2.837 2.800 1.959 1.875 0.577 3.986 1.642 4.202 3.960 2.635 1.060 5.043 2.117 2.254 3.718 3.093 1.965 7.055 7.990 3.753 12.067 2.743 6.310 1.070 7.752 0.284 2.193 1.317 6.875 8.955 4.596 3.484 2.804 9.114 5.588 6.227 5.927 2.443 3.089 1.959 2.865 4.101 5.043 3.366 2.486 1.066 7.549 3.186 5.297 2.000 3.044 3.843 3.293 2.358 7.712 11.754 3.431 6.125 6.227 6.324 8.716 3.433 5.853 6.094 4.943 6.876 8.313 6.921 5.340 6.353 3.450 7.460 4.088 4.574 5.358 7.946 3.528 1.425 6341 chr2 121790675 121799321 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 240131 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 1.412 nan nan 0.086 0.106 9.311 0.097 0.166 0.200 0.127 0.023 0.027 0.070 1.522 0.241 0.080 0.074 0.037 0.022 0.051 0.032 0.059 0.152 0.186 0.126 0.058 0.026 0.072 0.025 0.102 0.499 0.233 2.096 0.080 0.383 0.038 0.065 0.042 0.192 0.192 0.028 0.018 0.051 0.089 0.123 0.139 0.188 0.050 0.064 0.063 0.241 0.083 0.010 0.186 0.042 0.047 0.621 0.137 0.106 0.073 0.205 0.128 0.026 0.020 0.018 0.491 0.428 0.202 0.405 0.459 0.693 0.964 0.259 0.587 0.587 0.469 1.008 4.319 4.929 1.245 1.652 0.278 0.374 0.984 0.713 0.208 0.339 1.121 0.773 11346 chr8 141826374 141832588 + 0 NA intron (NM_001352716, intron 8 of 34) intron (NM_001352716, intron 8 of 34) -100648 NM_001352752 5747 Hs.395482 NM_005607 ENSG00000169398 PTK2 FADK|FAK|FAK1|FRNK|PPP1R71|p125FAK|pp125FAK protein tyrosine kinase 2 protein-coding 1.365 1.341 nan 0.383 1.520 0.390 0.241 0.458 1.313 0.169 0.553 0.246 0.030 0.130 0.215 0.655 2.368 0.156 0.187 0.061 0.140 0.022 0.077 0.065 0.934 0.196 0.058 0.084 0.099 0.016 0.141 0.328 0.125 2.261 0.232 0.184 0.061 0.211 0.098 0.153 0.322 0.089 0.049 0.035 0.063 0.154 0.147 0.288 0.394 14.165 0.192 0.655 0.185 0.058 0.934 0.039 0.066 0.110 0.083 0.099 0.048 0.269 0.199 0.037 0.009 0.016 0.474 0.814 6.224 5.616 nan 1.839 nan 0.294 0.798 1.032 0.986 1.078 1.432 1.413 0.451 0.335 0.588 0.928 0.447 0.905 0.483 0.811 1.087 0.863 5648 chr19 38683144 38705206 + 0 NA intron (NM_015073, intron 20 of 21) intron (NM_015073, intron 20 of 21) 20715 NM_001289978 8193 Hs.631576 NM_004647 ENSG00000011332 DPF1 BAF45b|NEUD4|neuro-d4 double PHD fingers 1 protein-coding 1.344 1.982 1.436 0.143 2.544 1.746 0.126 0.349 0.499 0.035 0.241 0.162 0.022 0.172 0.517 1.426 0.184 0.080 0.220 0.069 0.029 0.050 0.356 0.267 0.873 0.119 0.059 0.192 0.086 0.015 0.086 0.349 0.121 5.023 0.050 0.061 0.561 0.274 0.111 0.077 0.045 0.205 0.118 0.070 0.025 0.063 0.092 0.098 0.349 0.429 0.036 0.119 1.426 0.500 0.050 0.873 0.055 0.101 0.557 0.119 0.880 0.054 0.085 0.196 0.056 0.026 0.007 0.612 0.738 0.290 0.398 1.578 1.295 2.519 0.981 0.652 0.697 0.427 0.803 3.358 4.585 nan 0.990 0.373 0.413 2.323 1.413 0.395 0.638 2.823 1.453 3066 chr12 133403197 133407187 + 0 NA promoter-TSS (NM_005895) promoter-TSS (NM_005895) 96 NM_005895 2802 Hs.507333 NM_005895 ENSG00000090615 GOLGA3 GCP170|MEA-2 golgin A3 protein-coding 3.252 3.318 1.814 4.351 3.749 3.463 2.424 1.404 3.240 1.424 3.199 1.574 2.140 1.804 5.535 2.545 2.012 0.325 2.192 1.059 2.044 1.653 2.166 0.761 2.563 2.082 2.981 1.958 4.057 1.109 4.801 5.561 3.897 5.484 1.176 2.707 0.643 2.424 0.087 0.946 17.366 2.306 2.582 1.442 1.825 1.905 2.154 2.901 3.786 4.067 2.102 2.296 2.545 4.521 2.789 2.563 1.835 1.233 0.660 3.934 2.796 2.228 0.894 0.870 1.631 1.789 1.287 3.760 3.738 4.407 6.488 4.798 4.402 6.289 3.634 9.903 10.782 2.722 3.268 nan 9.518 3.516 3.469 2.966 5.457 3.022 4.092 3.512 3.043 2.911 1.545 1948 chr11 57225022 57229776 + 0 NA promoter-TSS (NM_178570) promoter-TSS (NM_178570) -611 NM_178570 349667 Hs.502618 NM_178570 ENSG00000186907 RTN4RL2 NGRH1|NgR2 reticulon 4 receptor like 2 protein-coding 1.841 1.025 0.769 0.513 0.994 1.604 0.587 0.404 1.180 0.141 0.971 0.535 0.026 0.652 0.334 1.968 0.192 0.113 0.081 0.052 0.029 0.461 0.196 0.328 0.355 0.122 0.279 0.345 0.333 0.407 0.855 0.774 2.242 0.092 0.094 0.272 0.551 0.092 0.049 4.068 0.334 0.242 0.375 0.205 0.049 0.507 0.310 5.737 0.829 1.315 0.812 1.968 0.144 0.583 0.328 0.105 0.070 3.146 1.641 0.199 0.132 0.103 0.574 0.596 0.170 0.054 0.536 0.874 1.841 2.584 1.533 1.130 4.521 0.937 1.473 1.441 2.533 2.997 1.965 2.552 2.620 2.086 0.282 0.501 1.315 2.015 1.051 2.646 1.026 0.591 10808 chr8 10505423 10519633 + 0 NA promoter-TSS (NM_178857) promoter-TSS (NM_178857) 89 NM_178857 94137 Hs.33538 NM_178857 ENSG00000183638 RP1L1 DCDC4B RP1 like 1 protein-coding 1.765 0.928 nan 0.092 0.080 0.368 1.611 0.273 0.644 0.027 0.218 0.571 0.031 0.070 0.446 0.948 0.126 0.079 0.290 0.214 0.059 0.010 0.265 0.277 0.199 0.423 0.259 0.021 0.072 0.598 0.338 0.760 0.177 0.123 0.041 0.216 0.187 0.053 0.082 0.100 0.017 2.579 0.182 0.131 0.245 0.350 1.075 2.385 0.414 0.030 0.656 0.892 0.948 0.305 0.982 0.199 1.300 0.058 0.428 0.135 0.370 0.921 0.063 3.331 1.456 1.054 0.777 0.434 0.376 0.215 0.405 1.615 nan 0.254 0.106 0.482 0.560 0.120 0.154 0.846 1.247 1.435 1.627 0.185 0.220 1.148 0.948 3.289 8.623 1.238 0.918 9964 chr6 138698252 138710896 + 0 NA Intergenic Intergenic -20094 NM_001326380 23593 Hs.486589 NM_014320 ENSG00000051620 HEBP2 C6ORF34B|C6orf34|PP23|SOUL heme binding protein 2 protein-coding 0.969 0.817 1.200 0.062 1.467 0.149 0.084 0.925 1.315 0.030 0.068 0.087 0.071 0.147 0.252 0.084 0.116 0.135 0.015 0.070 0.033 0.632 0.267 0.384 0.027 0.052 0.023 0.095 0.017 0.075 0.470 0.200 0.506 0.046 0.075 0.363 0.066 0.124 0.009 0.050 0.073 0.062 0.031 0.009 0.055 0.358 0.058 0.116 0.152 0.019 0.214 0.252 0.090 0.022 0.384 0.087 0.537 0.078 0.030 1.354 0.050 0.070 0.078 0.018 0.055 0.028 0.452 0.305 0.242 0.317 0.612 0.560 8.133 2.372 0.349 0.325 0.188 0.381 1.757 1.647 0.790 0.273 0.169 0.316 2.069 1.638 0.360 nan 2.090 0.853 10115 chr7 1492864 1502454 + 0 NA intron (NM_182924, intron 1 of 16) intron (NM_182924, intron 1 of 16) 1450 NM_182924 79778 Hs.376617 NM_024723 ENSG00000164877 MICALL2 JRAB|MICAL-L2 MICAL like 2 protein-coding 2.498 1.311 5.753 6.672 1.236 0.424 1.990 0.404 0.968 0.928 2.345 4.195 0.150 0.561 0.614 0.505 1.563 0.247 2.968 1.106 0.478 0.316 0.673 0.241 1.021 1.766 1.883 0.908 3.983 0.797 3.173 nan 7.641 nan 1.644 1.209 0.138 1.187 0.147 1.169 0.107 2.637 0.486 0.439 2.229 1.517 1.738 1.153 1.556 3.074 0.599 1.638 0.505 3.909 1.699 1.021 1.937 1.579 0.344 2.682 1.770 1.617 0.236 0.051 0.658 0.886 0.487 1.309 1.798 0.719 nan 1.013 1.317 nan 0.950 1.527 1.647 0.712 1.225 nan 3.397 0.493 0.309 0.615 0.733 1.115 1.576 0.260 0.440 1.616 0.819 4402 chr16 66410740 66419046 + 0 NA intron (NM_001795, intron 2 of 11) intron (NM_001795, intron 2 of 11) 14383 NM_001795 1003 Hs.76206 NM_001795 ENSG00000179776 CDH5 7B4|CD144 cadherin 5 protein-coding nan nan 0.882 0.214 0.060 0.127 0.301 0.192 0.259 0.341 1.796 1.711 0.081 0.084 0.055 0.456 0.188 0.038 1.138 0.615 2.281 0.034 0.094 0.127 0.159 1.529 1.135 1.006 0.467 0.582 0.755 2.224 1.478 0.381 1.178 0.141 0.091 0.053 0.060 0.908 0.085 8.859 11.072 4.101 1.121 1.156 2.276 0.358 0.294 0.559 0.151 1.538 0.456 2.461 0.954 0.159 0.250 4.828 0.046 2.532 0.025 3.009 0.024 0.072 0.927 3.945 3.177 0.274 0.213 0.460 1.350 0.247 0.380 0.325 0.121 0.251 0.218 0.470 nan 0.241 0.247 0.540 0.265 0.073 0.152 0.177 0.334 0.189 0.157 0.482 0.546 1609 chr10 100061437 100155375 + 0 NA Intergenic LTR17|LTR|ERV1 46658 NR_031619 100302133 NR_031619 ENSG00000284415 MIR1287 MIRN1287|hsa-mir-1287|mir-1287 microRNA 1287 ncRNA nan nan 0.687 0.083 0.375 0.046 1.218 0.583 1.099 0.097 0.442 0.746 0.009 0.160 0.295 0.216 0.180 0.069 0.297 0.131 0.032 0.028 0.147 0.074 1.017 0.682 0.309 0.047 0.170 0.155 1.252 4.732 0.438 0.558 0.110 0.106 0.015 0.033 0.080 0.110 0.035 0.314 0.087 0.058 0.420 0.056 0.607 0.866 0.157 0.049 0.025 0.329 0.216 0.173 0.079 1.017 0.158 0.165 0.124 0.058 0.344 0.248 0.047 0.111 0.030 0.032 0.019 0.386 0.439 0.176 0.279 0.517 0.626 1.580 0.576 0.137 0.144 0.282 nan 2.628 2.729 0.222 0.206 0.179 0.229 0.105 0.095 0.255 nan 0.391 0.360 794 chr1 156771073 156786583 + 0 NA intron (NM_001161442, intron 7 of 8) intron (NM_001161442, intron 7 of 8) -6714 NM_001007792 4914 Hs.406293 NM_002529 ENSG00000198400 NTRK1 MTC|TRK|TRK1|TRKA|Trk-A|p140-TrkA neurotrophic receptor tyrosine kinase 1 protein-coding nan nan 2.525 0.310 0.406 3.870 0.376 0.187 0.447 0.019 0.109 0.590 0.024 0.214 4.178 0.651 2.068 0.425 0.268 0.402 0.098 0.072 0.435 0.284 0.185 0.405 0.167 0.185 0.270 0.346 0.218 0.745 0.146 0.741 0.179 0.797 0.431 0.196 0.119 0.168 0.187 1.261 0.283 0.132 0.303 0.104 0.487 0.369 0.476 0.360 0.330 0.437 0.651 0.193 0.209 0.185 0.481 0.144 1.035 1.491 0.188 0.300 0.358 3.716 0.078 0.082 0.102 0.826 0.920 0.678 1.021 1.149 nan 1.116 0.381 0.354 0.444 1.601 2.137 1.916 2.766 1.910 2.280 1.309 1.373 1.366 1.488 3.352 8.031 1.487 1.003 4983 chr17 73054436 73058490 + 0 NA intron (NM_015353, intron 4 of 5) intron (NM_015353, intron 4 of 5) 13184 NR_110834 23510 Hs.514468 NM_015353 ENSG00000180901 KCTD2 - potassium channel tetramerization domain containing 2 protein-coding 1.884 1.153 1.500 0.108 0.215 0.855 0.333 0.394 0.651 0.035 0.441 0.119 0.116 0.215 0.189 0.245 0.277 0.285 0.093 0.094 0.069 0.345 0.345 0.138 0.129 0.212 0.073 0.100 0.276 0.452 0.070 0.505 0.109 0.348 0.024 0.144 0.126 0.117 0.126 0.158 0.072 0.058 0.081 0.066 0.288 0.221 0.422 0.244 0.115 0.189 0.232 0.023 0.138 0.060 0.102 0.264 0.169 0.673 0.114 0.388 2.931 0.084 0.014 0.062 0.797 0.908 0.387 0.606 0.718 0.866 0.340 0.154 0.495 0.502 nan 0.655 1.380 1.744 15.164 15.405 0.626 0.699 0.104 0.176 4.463 8.031 nan 0.346 10237 chr7 24859283 24873843 + 0 NA intron (NR_104112, intron 14 of 20) intron (NR_104112, intron 14 of 20) 65677 NR_104111 26031 Hs.520259 NM_015550 ENSG00000070882 OSBPL3 ORP-3|ORP3|OSBP3 oxysterol binding protein like 3 protein-coding 1.374 1.712 1.220 7.717 0.354 0.138 2.237 0.264 0.459 1.717 1.376 2.048 0.132 0.069 0.371 0.943 1.448 0.342 1.713 1.445 0.412 0.065 0.341 0.325 0.671 2.575 2.288 0.147 3.371 2.061 1.824 3.402 2.699 1.476 2.458 0.747 0.052 0.135 0.147 2.522 0.778 2.247 0.681 0.306 1.812 2.205 1.112 3.689 1.662 1.175 1.164 1.692 0.943 2.259 2.264 0.671 1.177 0.690 0.024 0.212 0.073 2.927 0.041 0.118 3.771 3.825 3.252 0.405 0.197 1.545 nan 0.678 0.862 1.737 1.019 0.508 0.581 0.712 1.149 1.203 1.155 0.509 0.218 0.183 0.248 0.286 0.356 0.234 nan 1.690 0.900 1780 chr11 9334636 9342740 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -2373 NR_028491 440026 Hs.594563 NM_015012 ENSG00000166471 TMEM41B - transmembrane protein 41B protein-coding 2.392 3.984 2.429 1.719 3.527 2.344 3.203 1.269 2.868 0.329 1.768 0.990 2.877 0.705 2.896 2.079 1.624 0.246 2.195 0.935 1.235 1.895 1.139 0.907 3.878 2.139 2.103 1.188 2.249 2.462 5.224 8.015 4.176 5.264 0.623 1.375 0.667 1.899 0.108 0.816 1.029 3.003 2.032 0.994 2.158 1.287 1.396 2.666 2.783 0.588 1.332 1.245 2.079 5.557 2.070 3.878 0.912 1.234 0.696 2.292 1.139 1.477 0.963 2.585 1.534 0.941 0.628 3.939 4.318 2.849 3.860 4.483 4.257 5.816 2.717 6.355 6.856 3.123 3.384 3.422 4.993 4.114 3.824 2.423 3.661 2.534 3.210 3.613 5.746 2.877 1.248 11199 chr8 107187248 107223722 + 0 NA Intergenic Intergenic -76921 NM_018002 55074 Hs.127286 NM_018002 ENSG00000164830 OXR1 Nbla00307|TLDC3 oxidation resistance 1 protein-coding 1.540 nan nan 0.133 0.193 0.023 0.261 0.121 0.294 0.204 0.162 0.329 0.048 0.039 0.063 0.196 0.373 0.124 0.378 0.208 0.035 0.011 0.048 0.099 0.295 0.120 0.040 0.014 0.288 0.239 0.230 0.899 0.586 0.713 0.369 0.074 0.028 0.012 0.077 0.258 0.039 0.081 0.050 0.033 0.293 0.100 0.290 0.608 0.094 0.056 0.429 0.324 0.196 0.170 0.151 0.295 0.108 0.058 0.136 0.006 0.092 0.075 0.076 0.163 0.150 0.049 0.022 0.356 0.234 0.236 0.337 0.322 0.474 nan 0.141 0.546 0.544 4.294 nan 0.958 nan nan 0.295 0.172 0.248 0.152 0.208 0.410 nan 0.379 0.483 674 chr1 148597433 148607094 + 0 NA intron (NR_104217, intron 2 of 17).3 LOR1b|LTR|ERV1 41416 NM_173638 284565 Hs.523572 NM_173638 ENSG00000266338 NBPF15 AB14|AG3|NBPF16 NBPF member 15 protein-coding 1.715 nan 1.546 0.872 2.174 1.657 1.459 0.448 1.049 0.545 1.368 1.661 0.604 2.906 2.282 1.181 0.634 0.099 2.009 0.803 2.467 4.840 2.164 1.414 1.571 1.434 1.998 1.395 0.991 0.645 11.446 13.797 1.845 7.622 1.183 2.692 0.601 2.077 0.167 2.097 0.343 1.553 2.515 1.170 1.040 1.114 1.354 1.281 2.191 2.967 2.033 2.984 1.181 2.466 2.912 1.571 2.925 2.568 0.698 3.760 3.687 1.179 3.423 0.757 0.794 1.088 0.707 2.093 3.270 0.637 0.851 1.445 1.601 3.248 1.617 2.775 2.765 1.069 1.541 3.538 4.158 2.724 3.314 5.254 8.068 1.413 1.347 1.835 3.305 1.084 0.677 5107 chr18 922627 937225 + 0 NA Intergenic Intergenic -1932 NR_146724 388456 Hs.407666 NR_146724 ENSG00000259837 LINC01904 - long intergenic non-protein coding RNA 1904 ncRNA 1.102 1.913 0.838 0.050 1.965 6.869 0.029 0.209 0.213 0.007 0.066 0.158 0.004 0.595 0.736 0.077 0.107 0.076 0.130 0.013 0.030 0.172 0.158 0.433 0.033 0.005 0.024 0.107 0.089 0.098 0.058 nan 0.020 0.063 0.072 0.022 0.105 0.016 0.065 0.144 0.054 0.043 0.007 0.016 0.079 0.103 0.028 0.043 0.033 0.059 0.077 0.124 0.031 0.433 0.017 0.028 0.060 0.051 0.587 0.038 0.007 0.075 0.005 0.016 0.336 0.132 0.179 0.228 1.041 0.986 nan 0.972 0.207 0.153 0.250 nan 2.552 2.531 nan 0.247 0.038 0.077 0.405 0.620 0.212 nan nan 1.373 1317 chr10 10826081 10848696 + 0 NA promoter-TSS (NR_027082) promoter-TSS (NR_027082) -511 NR_027082 207107 Hs.31562 NR_027082 ENSG00000225383 SFTA1P SFTPF surfactant associated 1, pseudogene pseudo nan 0.592 0.475 1.431 0.074 0.005 1.665 0.156 0.165 0.426 0.282 0.054 0.413 0.022 0.059 0.236 1.317 0.158 0.737 0.354 3.306 0.019 0.055 0.089 0.026 0.252 0.121 0.020 2.634 1.702 0.941 1.249 2.984 0.288 0.413 0.036 0.013 4.521 0.165 0.925 0.133 1.285 2.453 0.928 2.179 0.251 0.765 0.073 0.018 0.078 0.033 0.059 0.236 0.646 2.623 0.026 0.266 0.041 0.017 0.166 0.018 1.069 0.052 0.033 0.323 0.743 0.440 0.507 0.547 1.323 1.773 0.225 0.357 0.224 0.098 0.221 0.227 0.412 0.747 0.109 0.104 0.227 0.102 0.109 0.227 0.039 0.033 0.181 0.287 0.097 0.143 5298 chr18 43371552 43387153 + 0 NA Intergenic L1PA4|LINE|L1 -26193 NM_213602 284266 Hs.287692 NM_213602 ENSG00000197046 SIGLEC15 CD33L3|HsT1361|SIGLEC-15 sialic acid binding Ig like lectin 15 protein-coding nan 0.836 0.758 1.310 0.267 0.084 2.572 0.183 0.439 0.367 0.304 1.685 0.309 0.083 0.063 0.457 0.141 0.041 0.941 0.468 1.036 0.044 0.071 0.143 0.100 0.868 0.866 0.067 0.898 1.187 0.996 1.993 0.518 0.515 0.557 0.275 0.313 0.007 0.094 1.351 0.161 2.987 2.952 1.196 2.834 1.396 3.301 1.969 0.166 1.708 0.579 1.719 0.457 0.416 0.700 0.100 0.567 0.244 0.444 0.324 0.097 2.476 0.013 0.031 0.855 0.026 0.015 0.365 0.229 0.503 0.583 0.393 0.405 0.264 0.122 0.184 0.162 0.249 0.308 0.186 0.159 0.488 0.449 0.091 0.172 1.134 1.174 0.142 nan 1.576 1.087 9299 chr5 158486248 158501462 + 0 NA intron (NM_182708, intron 5 of 14) intron (NM_182708, intron 5 of 14) 32915 NM_001324101 1879 Hs.573143 NM_024007 ENSG00000164330 EBF1 COE1|EBF|O/E-1|OLF1 early B cell factor 1 protein-coding 1.007 nan 1.186 0.060 0.063 0.694 0.069 0.243 0.510 0.082 0.858 0.017 0.020 1.691 0.783 0.547 0.085 0.098 0.012 0.025 0.370 0.290 0.528 0.310 0.090 0.010 0.053 0.021 0.105 0.136 0.074 0.314 0.039 0.693 0.025 0.051 0.108 0.070 3.222 0.024 0.008 0.031 0.042 0.035 0.057 0.684 0.120 0.041 0.072 0.048 0.783 0.034 0.036 0.528 0.072 0.033 0.158 0.023 0.020 0.026 1.092 0.492 0.025 0.025 0.020 0.796 0.670 0.097 0.104 1.879 2.042 0.068 0.045 0.069 0.058 0.506 0.783 0.088 0.129 1.810 1.519 0.531 0.916 0.159 0.115 1.080 2.822 0.920 0.532 8533 chr4 124464452 124486806 + 0 NA Intergenic Intergenic -95517 NR_027105 285419 Hs.535763 NR_027105 ENSG00000249464 LINC01091 - long intergenic non-protein coding RNA 1091 ncRNA 0.626 1.020 nan 1.233 0.614 0.093 0.897 0.392 0.887 0.189 0.206 1.662 1.566 0.399 0.223 0.125 1.017 0.151 0.403 0.135 0.559 0.062 0.056 0.092 0.342 1.126 0.851 0.023 1.017 1.054 2.119 5.812 4.472 0.408 0.816 0.099 0.043 0.069 0.090 0.701 0.093 0.041 0.038 0.052 0.659 1.356 0.486 0.172 0.933 0.188 3.157 0.430 0.125 0.523 0.137 0.342 0.613 0.199 0.043 0.208 0.068 0.153 0.584 0.044 0.091 0.013 0.009 0.250 0.157 0.999 2.372 0.628 0.622 1.203 0.406 0.258 0.261 0.100 0.178 0.885 0.922 0.258 0.123 0.670 0.953 0.128 0.109 0.168 0.254 0.435 0.422 2430 chr12 5339065 5355067 + 0 NA TTS (NR_120477) TTS (NR_120477) 5251 NR_120476 101929584 Hs.436529 NR_120476 ENSG00000256115 LINC02443 - long intergenic non-protein coding RNA 2443 ncRNA 0.814 nan nan 0.046 1.283 0.055 0.188 0.170 0.345 0.006 0.029 0.109 0.016 0.034 0.300 0.315 0.057 0.084 0.052 0.012 0.016 0.026 0.576 0.304 0.813 0.014 0.014 0.076 0.070 0.116 0.083 1.034 0.009 0.036 0.452 0.081 0.134 0.022 0.490 0.070 0.030 0.010 0.007 0.057 0.078 0.175 0.046 0.053 0.020 0.033 0.315 0.044 0.006 0.813 0.023 0.036 0.031 0.072 0.038 0.040 0.062 0.217 0.033 0.018 0.007 0.201 0.168 0.203 0.559 nan 0.556 10.729 3.282 0.291 0.348 0.719 0.911 1.055 0.721 0.373 0.279 0.178 0.247 1.520 1.072 0.364 nan 0.683 0.436 2943 chr12 110300177 110319201 + 0 NA intron (NM_016433, intron 1 of 4) intron (NM_016433, intron 1 of 4) 8604 NM_016433 51228 Hs.381256 NM_016433 ENSG00000139433 GLTP - glycolipid transfer protein protein-coding nan nan 0.867 0.632 0.347 2.240 0.830 0.387 0.770 0.815 0.347 0.307 1.543 0.068 0.554 0.467 0.540 0.220 0.751 0.245 0.269 0.095 0.404 0.219 0.611 0.751 0.636 0.243 0.452 0.245 1.030 4.799 1.943 5.480 0.519 1.578 0.059 0.418 0.090 0.217 1.382 0.332 0.370 0.328 0.322 0.356 1.796 0.365 0.673 0.810 0.179 2.225 0.467 1.110 1.284 0.611 0.963 2.268 0.331 0.771 0.342 0.133 0.140 0.195 0.172 0.097 0.048 0.515 0.607 0.743 1.668 nan nan nan 0.413 0.908 1.085 1.442 1.836 nan nan 0.634 0.613 0.510 0.833 0.309 0.404 0.533 0.900 nan 0.846 2596 chr12 31494410 31525107 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 12477 NR_146469 101929027 Hs.266041 NR_146469 ENSG00000256232 LINC02387 - long intergenic non-protein coding RNA 2387 ncRNA 1.872 nan 1.712 0.127 3.082 2.356 0.250 0.929 1.759 0.028 0.218 0.175 0.464 0.160 1.231 0.838 0.066 0.100 0.680 0.166 0.033 0.041 1.235 0.513 1.329 0.248 0.146 0.057 0.303 0.179 0.977 2.699 0.215 1.299 0.234 0.496 2.399 0.124 0.143 0.092 1.766 0.126 0.110 0.079 0.096 0.839 0.510 0.428 0.528 0.203 0.054 0.822 0.838 0.886 0.024 1.329 0.084 0.063 0.618 0.356 2.460 0.044 0.557 0.246 0.245 0.034 0.015 0.544 0.845 0.306 0.626 1.690 1.642 5.025 1.748 0.467 0.546 0.497 0.716 1.512 1.239 1.409 1.266 0.530 0.907 7.753 7.208 0.690 1.436 1.934 1.093 1503 chr10 71074949 71123698 + 0 NA intron (NM_000188, intron 1 of 17) intron (NM_000188, intron 1 of 17) 20720 NM_000188 3098 Hs.370365 NM_000188 ENSG00000156515 HK1 HK|HK1-ta|HK1-tb|HK1-tc|HKD|HKI|HMSNR|HXK1|RP79|hexokinase hexokinase 1 protein-coding 1.504 nan 2.151 0.795 0.595 1.152 1.338 0.490 0.956 1.159 3.008 1.404 0.488 0.218 0.593 0.326 0.349 0.151 0.673 0.343 0.257 0.076 0.351 0.252 1.578 1.873 1.559 0.259 0.727 0.459 1.317 3.474 1.899 1.811 0.186 0.431 0.173 0.156 0.063 0.337 1.062 2.237 0.630 0.369 0.973 0.225 2.180 0.497 1.258 0.240 0.528 2.769 0.326 0.708 1.418 1.578 1.457 1.597 0.460 0.406 0.525 0.573 0.447 0.548 0.947 0.122 0.078 0.486 0.666 0.669 1.399 0.693 0.761 1.302 0.341 0.324 0.337 0.893 1.217 2.812 nan 0.599 0.506 0.490 0.795 0.750 0.749 0.580 nan 1.388 0.664 6366 chr2 133327664 133349206 + 0 NA intron (NM_001508, intron 1 of 1) AluSg|SINE|Alu 89508 NM_144586 116372 Hs.432395 NM_144586 ENSG00000150551 LYPD1 LYPDC1|PHTS LY6/PLAUR domain containing 1 protein-coding nan 0.805 nan 0.106 0.900 3.795 0.170 0.558 0.997 0.004 0.091 0.043 0.020 0.213 0.786 0.226 0.055 0.097 0.187 0.035 0.039 0.109 0.091 0.862 0.205 0.074 0.011 0.105 0.020 0.097 0.153 0.150 2.501 0.142 0.078 0.013 0.020 0.066 0.016 0.007 0.077 0.039 0.015 0.132 0.075 0.098 0.148 0.110 0.157 0.029 0.067 0.226 0.157 0.095 0.862 0.062 0.042 0.004 0.073 0.399 0.081 0.051 0.118 0.028 0.016 0.010 0.347 0.282 0.196 0.297 2.672 2.744 0.137 0.084 0.172 0.181 0.176 0.206 4.054 nan 0.462 0.379 0.179 0.209 0.031 0.035 0.323 0.543 1.499 0.814 7792 chr3 122784278 122845921 + 0 NA intron (NR_028444, intron 3 of 15) AluJb|SINE|Alu 29243 NR_028444 10954 Hs.477352 NM_006810 ENSG00000065485 PDIA5 PDIR protein disulfide isomerase family A member 5 protein-coding 1.596 nan 1.514 0.143 0.409 0.610 0.614 0.465 0.778 0.048 0.196 0.471 0.010 0.069 0.317 0.732 0.736 0.165 0.328 0.175 0.132 0.063 0.456 0.349 0.215 0.253 0.116 0.236 0.224 0.121 0.169 0.354 0.200 0.957 0.124 0.173 0.061 0.111 0.070 0.093 0.107 0.251 0.235 0.127 0.193 0.124 0.142 0.180 0.323 0.275 0.170 0.318 0.732 0.240 0.363 0.215 0.107 0.109 0.447 0.515 0.296 0.413 0.102 2.657 0.088 0.150 0.122 0.604 0.725 0.422 0.659 1.541 1.372 2.443 0.841 0.572 0.633 1.209 nan 0.488 0.631 5.048 4.826 0.364 0.530 0.325 0.380 2.198 6.122 0.659 0.592 2512 chr12 15506300 15518816 + 0 NA intron (NM_030667, intron 1 of 26) AluSx|SINE|Alu 37367 NM_002848 5800 Hs.160871 NM_002848 ENSG00000151490 PTPRO GLEPP1|NPHS6|PTP-OC|PTP-U2|PTPROT|PTPU2|R-PTP-O protein tyrosine phosphatase, receptor type O protein-coding 0.792 1.267 1.864 0.105 1.542 0.089 0.079 0.952 1.470 0.222 0.044 0.272 0.055 0.032 0.613 2.003 0.426 0.060 0.015 0.030 0.011 1.191 0.752 0.086 0.006 0.012 0.115 0.033 0.071 0.140 0.092 2.531 0.066 0.047 0.335 0.035 0.115 0.009 0.506 0.022 0.010 0.006 0.041 0.055 0.123 0.096 0.052 0.067 0.056 0.045 2.003 0.034 0.068 0.086 0.013 0.032 0.154 0.045 0.016 0.167 0.009 0.023 0.008 0.286 0.330 0.144 0.798 nan 3.400 6.244 1.502 0.256 0.278 0.435 0.687 0.308 0.555 0.424 0.162 0.096 0.219 1.626 2.404 0.316 0.572 1.631 1.018 7637 chr3 62583948 62598796 + 0 NA intron (NM_183394, intron 6 of 27) MIR|SINE|MIR -232182 NM_018008 55079 Hs.241523 NM_018008 ENSG00000153266 FEZF2 FEZ|FEZL|FKSG36|TOF|ZFP312|ZNF312 FEZ family zinc finger 2 protein-coding 0.915 nan 0.688 0.944 0.053 0.030 4.440 0.086 0.237 0.032 0.624 0.180 0.130 0.040 0.055 0.378 0.471 0.044 1.638 0.697 0.330 0.019 0.021 0.100 0.137 1.848 1.324 0.025 3.470 5.187 1.336 2.409 1.416 0.271 1.457 0.113 0.071 0.036 0.058 1.059 0.490 0.093 1.265 0.724 2.437 1.911 0.216 7.971 0.038 0.209 0.016 0.166 0.378 2.271 0.835 0.137 0.425 0.022 0.339 0.032 0.069 1.206 1.567 0.924 1.122 0.334 0.242 0.392 0.723 0.223 0.529 0.424 0.386 0.315 0.195 0.140 0.074 1.064 1.637 0.231 0.391 1.668 1.495 0.918 1.183 0.121 0.161 1.686 nan 0.391 0.432 10280 chr7 30503652 30519279 + 0 NA intron (NM_001354849, intron 1 of 12) intron (NM_001354849, intron 1 of 12) 7017 NM_001354849 10392 Hs.405153 NM_006092 ENSG00000106100 NOD1 CARD4|CLR7.1|NLRC1 nucleotide binding oligomerization domain containing 1 protein-coding 3.930 2.654 2.732 0.887 1.216 0.641 0.709 0.462 0.849 0.509 1.337 1.459 0.126 0.319 0.586 0.518 0.740 0.135 0.432 0.201 0.488 0.301 0.458 0.358 2.273 0.961 0.670 0.787 0.828 0.566 1.217 3.545 3.786 2.216 0.308 0.682 0.224 1.302 0.175 1.101 0.352 0.839 0.436 0.253 0.615 0.613 1.112 0.928 1.062 0.855 0.446 0.778 0.518 1.028 2.730 2.273 0.399 0.377 0.314 1.009 0.724 0.849 1.492 0.554 0.546 0.313 0.227 0.993 1.294 0.875 1.320 1.309 nan 1.232 0.392 1.491 1.652 2.366 nan nan nan 3.517 3.512 1.092 2.124 1.095 1.176 0.924 nan 2.131 1.282 1286 chr10 2650283 2674641 + 0 NA Intergenic MER44C|DNA|TcMar-Tigger -118808 NR_136146 105376351 Hs.343482 NR_136146 LOC105376351 - uncharacterized LOC105376351 ncRNA 0.332 0.549 0.521 0.056 0.049 0.012 0.035 1.035 2.483 0.012 0.035 0.046 0.005 0.016 0.610 0.584 0.171 0.140 0.026 0.013 0.041 0.011 0.172 0.114 3.578 0.006 0.012 0.018 0.047 0.009 0.013 0.038 0.076 0.401 0.012 0.101 0.004 0.054 0.065 0.014 0.189 0.065 0.025 0.035 0.009 0.019 0.047 0.074 0.050 0.044 0.019 0.060 0.584 0.029 0.027 3.578 0.030 0.027 0.040 0.136 0.021 0.029 0.428 0.056 0.025 0.012 0.006 0.411 0.234 0.151 0.178 2.532 2.751 0.178 0.117 0.038 0.066 0.138 0.183 0.316 0.351 0.236 0.124 0.301 0.570 0.026 0.048 0.405 0.543 1.011 0.502 6993 chr20 44399826 44423575 + 0 NA intron (NM_080614, intron 4 of 6) L2a|LINE|L2 8847 NM_080614 140686 Hs.419126 NM_080614 ENSG00000124116 WFDC3 WAP14|dJ447F3.3 WAP four-disulfide core domain 3 protein-coding nan nan 1.060 2.590 0.547 0.138 5.460 0.236 0.551 0.767 2.298 1.008 0.368 0.223 0.329 0.668 1.455 0.351 5.087 2.605 1.592 0.163 0.159 0.155 0.469 2.010 1.820 0.263 3.582 2.873 1.651 4.278 2.124 1.694 3.956 1.317 0.039 0.329 0.123 4.301 0.136 6.787 0.717 0.375 3.242 4.062 2.972 3.637 0.626 3.246 0.208 2.390 0.668 3.293 13.680 0.469 0.619 3.107 0.197 2.401 0.256 4.383 0.129 0.230 4.324 3.014 3.378 0.932 0.873 1.122 2.544 0.742 0.766 nan 0.646 0.820 0.904 0.599 0.839 1.245 1.485 nan 0.538 0.568 0.759 0.201 0.307 0.642 1.179 0.572 0.433 9786 chr6 83072444 83080447 + 0 NA 3' UTR (NM_006670, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_006670, exon 3 of 3) 2484 NM_001166392 7162 Hs.71947 NM_006670 ENSG00000146242 TPBG 5T4|5T4AG|M6P1|WAIF1 trophoblast glycoprotein protein-coding 0.766 1.481 nan 1.365 1.576 0.508 1.717 0.526 1.131 0.860 2.654 0.997 0.683 0.831 0.332 0.873 3.751 0.420 2.948 0.971 2.942 1.246 0.568 0.273 0.912 1.746 2.240 0.516 3.686 0.740 5.357 7.602 2.615 13.903 1.780 0.294 0.716 0.991 0.147 0.928 0.429 3.611 2.107 0.858 2.231 1.518 2.434 1.542 1.876 3.699 1.553 2.189 0.873 2.211 1.123 0.912 1.069 1.231 3.496 1.091 0.997 0.298 1.094 2.615 0.396 0.312 2.482 2.756 2.989 4.754 1.225 1.064 4.342 1.410 1.087 1.327 0.118 0.185 3.067 4.010 0.619 0.475 0.913 2.012 3.421 1.919 0.401 0.676 0.754 0.487 4744 chr17 37854967 37864419 + 0 NA intron (NM_001289937, intron 1 of 25) intron (NM_001289937, intron 1 of 25) 3462 NR_110535 2064 Hs.446352 NM_004448 ENSG00000141736 ERBB2 CD340|HER-2|HER-2/neu|HER2|MLN 19|NEU|NGL|TKR1 erb-b2 receptor tyrosine kinase 2 protein-coding nan 3.623 2.322 73.418 0.566 0.206 2.125 0.237 0.454 1.955 0.239 0.361 4.705 0.150 0.102 0.134 0.599 0.137 4.619 1.905 0.737 0.337 0.198 0.130 0.190 0.692 0.304 1.391 2.387 1.833 2.847 5.750 7.903 0.755 1.499 0.538 0.041 1.946 0.109 0.476 0.084 0.643 0.573 0.297 2.420 2.945 3.161 0.356 2.499 0.932 0.582 3.859 0.134 4.013 0.177 0.190 2.084 6.269 0.041 1.338 0.247 0.521 0.094 0.145 0.145 0.256 0.123 0.774 1.167 0.532 1.150 nan 0.562 0.482 0.287 1.851 1.739 0.201 0.472 4.645 4.643 nan 0.353 0.403 0.507 0.116 0.111 0.405 0.598 0.665 0.568 6680 chr2 224586811 224592687 + 0 NA Intergenic Intergenic 112570 NR_110906 130340 Hs.632555 NM_178814 ENSG00000152056 AP1S3 PSORS15 adaptor related protein complex 1 subunit sigma 3 protein-coding nan 1.449 0.868 1.197 0.239 0.066 1.713 0.610 0.987 1.105 4.289 1.971 0.053 0.783 0.106 2.349 0.687 0.112 0.631 0.650 4.974 0.350 0.194 0.349 1.747 0.942 1.204 0.456 0.541 0.716 2.213 0.235 nan 1.203 16.177 0.016 0.169 0.093 1.692 0.259 5.677 1.736 0.857 0.346 0.196 0.656 0.936 4.108 4.531 1.628 1.457 2.349 1.224 1.256 0.349 1.042 1.691 0.145 8.356 4.873 1.433 0.084 0.166 1.719 0.206 0.323 0.543 0.303 2.089 2.333 0.294 0.320 3.461 1.105 0.341 0.342 1.543 2.055 0.906 nan 0.428 0.265 0.271 0.227 0.351 0.836 0.483 nan 0.594 0.401 5339 chr18 48553783 48559348 + 0 NA promoter-TSS (NM_005359) promoter-TSS (NM_005359) -18 NM_005359 4089 Hs.75862 NM_005359 ENSG00000141646 SMAD4 DPC4|JIP|MADH4|MYHRS SMAD family member 4 protein-coding nan 3.024 4.101 2.035 4.050 2.389 1.484 2.013 3.512 0.619 3.084 1.209 1.365 1.384 2.477 5.554 1.536 0.057 0.932 0.273 0.951 1.794 1.327 0.634 6.346 0.659 0.872 1.780 0.875 0.529 1.326 2.073 1.500 6.216 0.445 1.311 1.813 2.018 0.080 0.505 2.411 2.266 0.098 1.056 0.756 2.982 1.110 1.813 2.718 0.992 1.785 5.554 1.613 0.784 6.346 0.881 0.371 0.616 2.599 1.623 1.250 1.458 2.009 1.051 0.010 5.333 5.403 6.686 10.506 9.138 8.641 8.681 4.413 5.983 5.934 3.001 3.369 3.656 6.958 4.970 4.850 2.550 5.552 7.689 9.667 4.904 nan 5.267 2.752 2638 chr12 47634996 47647241 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -30892 NR_026544 100233209 Hs.657722 NR_026544 ENSG00000247774 PCED1B-AS1 - PCED1B antisense RNA 1 ncRNA 0.844 nan 0.689 0.346 0.138 0.009 4.745 0.223 0.304 0.859 0.214 1.723 0.041 0.073 0.066 0.064 0.143 0.131 1.873 1.056 0.256 0.022 0.090 0.123 0.312 3.699 3.716 0.173 0.607 0.990 2.220 4.363 0.931 0.171 1.461 1.191 0.062 0.045 0.098 0.493 0.078 0.424 0.188 0.076 1.730 0.551 1.614 0.309 2.471 0.343 0.071 3.721 0.064 1.193 0.053 0.312 1.409 1.241 0.031 0.157 0.569 0.503 0.071 0.169 0.996 0.019 0.021 0.385 0.234 0.306 0.592 0.289 0.313 0.271 0.142 0.401 0.413 0.151 0.182 0.726 0.596 0.330 0.229 0.176 0.227 0.128 0.144 0.257 0.565 0.487 0.394 11368 chr8 143368852 143384905 + 0 NA intron (NM_001291931, intron 8 of 10) intron (NM_001291931, intron 8 of 10) 97161 NR_024378 619434 Hs.393308 NR_024378 ENSG00000254008 LINC00051 C8orf43|NCRNA00051 long intergenic non-protein coding RNA 51 ncRNA 1.374 1.212 nan 0.071 0.928 5.404 0.215 0.449 0.795 0.030 0.092 0.052 0.019 0.041 2.538 0.440 0.042 0.020 0.150 0.030 0.062 0.043 0.283 0.219 1.684 0.082 0.045 0.055 0.083 0.092 0.110 0.417 0.074 3.811 0.054 0.048 0.048 0.047 0.061 0.059 0.114 0.225 0.302 0.206 0.026 0.031 0.084 0.197 0.122 0.249 0.034 0.021 0.440 0.155 0.080 1.684 0.064 0.464 0.194 0.172 0.084 0.067 0.133 0.014 0.241 0.257 0.529 0.818 0.109 0.202 nan 5.350 nan 0.245 0.391 0.431 0.625 0.829 0.828 1.332 1.040 1.001 0.454 0.617 0.367 0.268 0.274 0.374 1.713 0.969 355 chr1 46048463 46052465 + 0 NA intron (NM_152298, intron 1 of 13) CpG 804 NM_002482 4678 Hs.319334 NM_002482 ENSG00000132780 NASP FLB7527|HMDRA1|PRO1999 nuclear autoantigenic sperm protein protein-coding nan 3.886 nan 3.105 5.465 5.762 2.018 2.286 6.049 1.146 2.935 1.381 0.809 1.306 5.566 2.774 3.046 0.880 3.135 0.850 1.386 2.637 4.530 1.656 2.568 1.070 1.195 1.464 2.132 0.521 2.778 6.064 2.637 17.090 1.349 1.294 0.682 3.664 0.159 0.555 3.464 4.408 1.866 1.034 1.398 1.514 2.255 2.090 1.902 3.622 1.140 1.064 2.774 5.025 2.305 2.568 0.675 1.593 1.629 4.188 2.029 1.234 3.136 2.987 0.969 1.655 1.030 9.617 8.081 6.833 8.884 15.710 13.824 7.610 4.782 13.769 14.158 5.807 nan nan 15.518 10.578 12.126 6.637 nan 4.801 4.783 13.424 10.008 3.854 1.913 553 chr1 100090500 100140379 + 0 NA intron (NM_017734, intron 1 of 7) intron (NM_017734, intron 1 of 7) 4008 NM_017734 54873 Hs.483993 NM_017734 ENSG00000099260 PALMD C1orf11|PALML palmdelphin protein-coding 1.332 nan nan 0.193 0.074 0.500 0.097 0.148 0.229 0.134 0.098 0.360 0.036 0.052 0.080 0.198 0.866 0.119 0.159 0.059 1.108 0.044 0.079 0.089 0.081 0.017 0.010 0.030 0.083 0.013 0.126 0.322 0.263 0.400 0.147 0.414 0.029 0.100 0.129 0.031 0.024 0.092 0.035 0.016 0.055 0.022 0.774 0.126 0.136 0.033 0.593 0.340 0.198 0.305 0.058 0.081 0.169 0.048 0.043 0.186 0.191 0.188 0.068 3.575 0.026 0.025 0.011 0.332 0.197 1.946 1.843 0.447 nan 0.133 0.095 0.275 0.247 1.062 1.330 nan nan 0.877 0.596 0.163 0.287 0.089 0.097 2.289 nan 0.697 0.666 3546 chr14 51972164 51990566 + 0 NA intron (NM_001042481, intron 1 of 14) AluSz|SINE|Alu 25526 NM_001042481 122786 Hs.434914 NM_152330 ENSG00000139926 FRMD6 C14orf31|EX1|Willin|c14_5320 FERM domain containing 6 protein-coding nan nan 1.558 0.184 0.238 3.788 0.155 0.148 0.437 0.031 0.262 0.427 0.024 0.056 0.309 0.677 0.962 0.190 0.132 0.062 0.138 0.045 0.214 0.203 0.234 0.125 0.051 0.028 0.109 0.206 0.171 0.742 0.233 1.815 0.269 0.128 0.383 0.065 0.119 0.013 0.124 0.310 0.065 0.060 0.089 0.062 0.194 0.158 0.066 0.127 0.043 0.117 0.677 0.117 0.157 0.234 0.047 0.089 0.242 0.127 0.166 0.099 0.070 0.148 0.461 0.034 0.019 0.374 0.241 0.368 0.718 0.927 0.760 0.120 0.050 0.362 0.441 1.703 2.610 0.351 0.388 0.926 0.538 0.125 0.258 1.288 1.292 0.255 0.484 nan 0.411 8811 chr5 22207923 22218084 + 0 NA promoter-TSS (NM_001317227) promoter-TSS (NM_001317227) -125 NM_001317227 1010 Hs.113684 NM_004061 ENSG00000154162 CDH12 CDHB cadherin 12 protein-coding 0.774 2.240 1.158 0.085 0.252 0.033 0.049 0.142 0.227 0.107 0.053 0.037 0.122 0.422 0.162 0.184 0.112 0.209 0.056 0.073 0.601 0.842 0.722 0.248 0.007 0.081 0.122 0.051 0.341 1.036 0.097 0.631 0.057 0.107 2.045 0.054 0.114 0.069 0.084 0.064 0.047 0.015 0.087 0.046 0.114 0.019 0.016 0.037 0.737 0.020 0.162 0.106 0.009 0.248 0.073 0.144 0.023 0.553 0.055 0.136 0.196 0.030 0.028 0.015 0.498 0.327 0.354 0.402 0.541 0.575 0.971 0.453 0.181 0.151 nan 6.698 0.551 0.535 1.601 0.910 0.205 0.345 5.889 4.838 0.294 0.438 nan 1.047 1252 chr1 244079301 244091754 + 0 NA intron (NR_033883, intron 1 of 11) intron (NR_033883, intron 1 of 11) 4823 NR_033883 339529 Hs.209374 NR_033883 ENSG00000226828 LOC339529 - uncharacterized LOC339529 ncRNA nan 1.159 nan 0.950 0.353 0.018 0.740 0.438 0.661 0.527 0.536 0.097 0.015 0.032 0.057 0.597 0.883 0.170 0.213 0.107 0.045 0.251 0.199 0.434 0.344 0.197 0.238 0.111 1.065 0.032 0.067 0.085 0.688 0.035 0.270 0.054 0.218 0.064 0.159 0.170 1.690 5.276 2.493 0.366 0.161 3.632 1.888 0.471 0.371 0.032 0.059 0.597 0.391 0.031 0.434 0.049 0.093 0.164 0.265 0.056 0.403 0.079 0.303 0.849 0.273 0.077 0.384 0.263 0.501 0.844 1.109 1.145 1.295 0.321 0.190 0.235 0.782 1.189 0.459 0.432 1.545 1.307 0.229 0.350 0.577 0.477 1.367 1.785 0.614 0.695 7649 chr3 67695141 67706051 + 0 NA intron (NM_003848, intron 1 of 10) intron (NM_003848, intron 1 of 10) 4442 NM_003848 8801 Hs.644919 NM_003848 ENSG00000172340 SUCLG2 G-SCS|GBETA|GTPSCS succinate-CoA ligase GDP-forming beta subunit protein-coding 1.229 nan 1.298 1.117 0.587 0.349 2.299 0.278 0.664 0.920 2.300 1.107 0.272 0.546 0.197 0.354 0.581 0.029 1.335 0.630 1.642 0.471 0.332 0.257 0.515 2.218 2.001 0.593 2.583 1.267 1.411 2.033 0.831 0.218 1.058 2.941 0.181 0.675 0.048 1.038 0.349 4.965 2.058 0.855 2.277 1.052 0.796 1.217 2.994 1.090 5.700 2.154 0.354 1.661 4.357 0.515 0.808 0.697 0.222 1.869 0.103 2.679 0.252 0.397 2.167 1.345 0.751 0.413 0.462 1.722 2.741 0.801 0.865 1.548 0.759 1.098 1.135 1.087 1.467 1.163 1.757 1.851 1.755 0.756 1.063 0.796 1.387 1.004 nan 0.801 0.649 10739 chr7 150658029 150686327 + 0 NA intron (NM_000238, intron 1 of 14) CpG 3224 NM_172056 3757 Hs.647099 NM_000238 ENSG00000055118 KCNH2 ERG-1|ERG1|H-ERG|HERG|HERG1|Kv11.1|LQT2|SQT1 potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 protein-coding 1.620 0.840 nan 0.115 2.441 2.518 0.139 1.037 2.114 0.054 0.112 0.120 0.037 1.806 4.386 0.916 0.093 0.096 0.437 0.110 0.071 0.122 1.970 0.890 5.765 0.144 0.067 0.217 0.237 0.107 0.313 0.689 0.346 3.780 0.099 0.093 0.525 0.411 0.128 0.033 0.249 0.202 0.100 0.066 0.050 0.100 0.143 0.142 0.309 0.206 0.204 0.066 0.916 0.538 0.121 5.765 0.065 0.199 0.579 0.891 1.878 0.302 0.680 0.184 0.016 0.031 0.025 1.594 3.029 0.798 0.890 5.917 5.395 3.140 0.845 0.591 0.568 0.738 1.091 3.435 3.393 1.391 1.370 1.019 1.351 2.128 1.621 0.995 1.848 2.278 1.143 8443 chr4 80304660 80319570 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 17257 NM_033214 2712 Hs.98008 NM_033214 ENSG00000196475 GK2 GKP2|GKTA glycerol kinase 2 protein-coding 1.114 0.591 1.060 0.058 0.071 0.023 0.038 0.162 0.287 0.058 0.191 0.013 0.113 0.400 0.131 0.011 0.071 0.013 0.084 0.131 0.088 0.005 0.005 0.010 0.055 0.007 0.033 0.046 0.076 0.263 0.039 0.029 0.224 0.029 0.056 0.008 0.101 0.055 0.008 0.014 0.011 0.065 0.128 0.011 0.038 0.013 0.400 0.024 0.018 0.088 0.016 0.022 0.626 0.004 0.040 0.014 0.053 0.166 0.010 0.019 0.003 0.269 0.263 0.128 0.223 0.234 0.295 0.374 0.182 0.224 0.211 3.671 nan 0.382 0.302 1.923 1.439 0.113 0.137 1.265 1.284 0.225 nan 0.427 0.296 2877 chr12 96610455 96615106 + 0 NA intron (NM_005230, intron 1 of 4) intron (NM_005230, intron 1 of 4) 24620 NM_005230 2004 Hs.46523 NM_005230 ENSG00000111145 ELK3 ERP|NET|SAP-2|SAP2 ELK3, ETS transcription factor protein-coding 2.077 2.444 2.497 5.982 0.855 0.999 6.503 0.206 0.573 1.911 1.478 2.342 0.950 0.021 0.356 0.218 0.667 0.460 3.472 1.791 0.163 0.119 0.101 0.196 0.734 5.114 5.839 1.451 5.760 4.485 4.247 7.923 3.642 nan 2.852 0.418 0.082 0.108 0.115 2.842 0.101 6.697 2.987 1.273 4.225 6.051 3.235 8.966 3.833 3.368 0.034 0.897 0.218 5.736 9.167 0.734 1.892 0.606 0.480 2.514 0.940 2.357 0.360 0.504 1.721 6.530 7.439 0.282 0.191 0.528 1.496 1.519 1.637 4.071 0.932 0.417 0.250 1.294 2.761 2.157 nan 2.483 2.700 0.290 0.512 0.910 1.258 1.396 1.892 1.184 0.932 2643 chr12 48289417 48299882 + 0 NA intron (NM_001017535, intron 1 of 10) intron (NM_001017535, intron 1 of 10) 4165 NM_001017536 7421 Hs.524368 NM_000376 ENSG00000111424 VDR NR1I1|PPP1R163 vitamin D receptor protein-coding 1.069 nan 1.245 1.165 0.479 0.967 1.692 0.231 0.424 0.450 0.511 0.576 0.113 0.316 0.505 0.415 0.099 0.077 3.957 1.418 2.903 0.040 0.271 0.308 0.080 1.212 0.750 0.071 2.770 0.705 1.838 3.808 3.280 0.330 0.758 0.313 0.059 0.135 0.060 0.328 0.053 2.598 0.382 0.283 1.362 1.020 1.511 2.646 0.648 3.603 1.615 1.724 0.415 2.222 0.903 0.080 0.768 0.547 0.097 1.026 0.019 0.700 0.179 0.071 0.427 0.281 0.184 1.055 1.268 1.006 2.040 0.823 0.744 4.221 1.154 1.168 1.250 0.308 0.404 0.936 1.112 0.639 0.559 0.519 0.814 0.833 1.512 0.189 0.350 1.318 1.086 555 chr1 100300025 100325880 + 0 NA Intergenic Intergenic -2688 NM_000642 178 Hs.904 NM_000028 ENSG00000162688 AGL GDE amylo-alpha-1, 6-glucosidase, 4-alpha-glucanotransferase protein-coding 1.775 nan nan 0.461 0.549 0.325 0.256 0.341 0.733 0.122 0.196 0.356 0.104 0.236 0.272 0.466 0.391 0.211 0.514 0.162 0.139 0.129 0.237 0.111 0.510 0.286 0.162 0.239 0.267 0.159 0.342 0.896 0.301 1.387 0.209 0.224 0.096 0.398 0.134 0.161 0.218 0.303 0.173 0.148 0.265 0.245 0.670 0.286 0.328 0.514 0.311 0.443 0.466 0.585 0.555 0.510 0.194 0.199 0.170 0.289 0.256 0.184 0.184 3.794 0.118 0.100 0.055 0.687 0.610 0.621 0.980 0.993 nan 1.610 0.580 1.096 1.117 1.052 1.540 nan nan 1.258 1.098 0.435 0.746 0.532 0.406 4.308 nan 1.052 0.783 1037 chr1 203617861 203633794 + 0 NA intron (NM_001001396, intron 1 of 21) intron (NM_001001396, intron 1 of 21) 29912 NM_001684 493 Hs.343522 NM_001684 ENSG00000058668 ATP2B4 ATP2B2|MXRA1|PMCA4|PMCA4b|PMCA4x ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 4 protein-coding 1.357 1.504 1.769 0.164 0.210 0.282 1.050 0.281 0.619 0.335 0.405 0.707 0.023 0.012 0.415 1.576 0.391 0.319 0.678 0.328 0.079 0.052 0.196 0.187 0.624 0.725 0.230 0.101 0.373 0.685 0.105 0.459 0.207 0.592 0.478 0.120 0.054 0.114 0.133 0.260 0.402 0.386 0.232 0.215 0.658 0.185 0.366 0.996 0.148 0.389 0.037 0.281 1.576 0.559 0.425 0.624 0.141 0.093 0.229 0.212 0.089 0.300 2.494 0.207 0.396 0.422 0.248 1.782 3.493 4.575 8.309 0.899 1.105 2.279 0.920 nan nan 0.522 0.890 0.639 0.789 0.443 0.333 1.615 2.361 0.395 0.564 0.381 0.844 0.645 0.518 6508 chr2 178071211 178080502 + 0 NA Intergenic Intergenic -1566 NM_001330251 220988 Hs.516539 NM_194247 ENSG00000170144 HNRNPA3 2610510D13Rik|D10S102|FBRNP|HNRPA3 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A3 protein-coding 5.109 3.772 4.254 2.990 4.092 3.565 3.212 3.289 6.205 1.740 3.491 1.911 1.799 1.580 1.744 3.430 2.043 0.335 3.057 1.082 3.178 2.190 2.008 1.005 3.373 2.689 3.279 1.286 3.279 1.218 4.300 5.959 3.537 6.799 1.386 4.511 0.998 2.287 0.106 1.320 2.118 4.380 3.518 1.509 1.701 1.672 5.068 2.869 2.409 2.764 1.656 2.452 3.430 3.859 4.091 3.373 1.571 1.296 1.379 3.257 1.050 2.229 2.479 2.032 2.143 2.058 1.310 4.681 3.548 5.657 7.633 4.721 4.477 5.284 4.900 13.234 14.018 4.089 4.878 10.310 15.266 8.417 9.721 4.237 6.350 4.190 5.272 8.372 6.861 2.142 1.159 5814 chr19 55784654 55796593 + 0 NA intron (NM_001130106, intron 3 of 8) intron (NM_001130106, intron 3 of 8) 602 NM_001297600 23640 Hs.53066 NM_012267 ENSG00000133265 HSPBP1 FES1 HSPA (Hsp70) binding protein 1 protein-coding 2.369 1.181 1.806 0.635 1.055 3.241 0.370 1.493 2.986 0.271 1.373 0.878 0.089 0.475 1.357 1.912 0.475 0.149 0.654 0.159 0.555 0.500 1.062 0.566 2.472 0.191 0.134 1.609 0.285 0.106 0.672 1.620 0.614 2.104 0.232 0.546 0.321 1.502 0.081 0.352 0.832 0.818 0.242 0.145 0.631 0.154 0.439 0.235 1.465 1.073 0.954 0.262 1.912 0.857 0.388 2.472 0.344 0.442 0.715 1.516 1.522 0.468 0.662 0.573 0.278 0.191 0.112 2.139 2.667 1.191 1.336 3.334 2.867 3.292 1.554 1.333 1.305 1.654 2.192 2.198 3.232 2.585 2.377 1.363 1.850 1.289 0.929 1.515 2.633 3.062 1.821 10716 chr7 141436555 141441546 + 0 NA intron (NM_001256510, intron 2 of 6) intron (NM_001256510, intron 2 of 6) 643 NM_001256510 6742 Hs.490394 NM_003143 ENSG00000106028 SSBP1 Mt-SSB|SOSS-B1|SSBP|mtSSB single stranded DNA binding protein 1 protein-coding 2.750 1.300 2.026 2.224 2.463 1.376 1.052 1.218 2.319 0.571 1.882 1.636 0.609 0.702 1.103 1.409 1.318 0.192 1.691 0.533 0.830 0.612 1.066 1.115 2.722 1.649 1.333 0.722 2.551 0.836 1.953 2.705 3.385 3.506 0.852 1.903 0.552 4.458 0.270 0.804 0.901 2.021 1.207 0.545 1.290 0.982 2.200 1.542 1.709 2.007 0.998 1.955 1.409 2.040 2.565 2.722 0.964 2.902 0.293 2.282 1.055 1.569 1.132 0.568 0.397 0.831 0.758 3.145 2.937 3.223 5.728 2.794 3.106 5.399 1.848 20.634 21.402 2.233 3.173 4.262 5.005 3.708 3.284 3.065 4.184 3.083 3.373 2.830 3.980 4.639 nan 6879 chr20 20569645 20595029 + 0 NA exon (NM_020343, exon 16 of 40) exon (NM_020343, exon 16 of 40) 110929 NM_020343 57186 Hs.472285 NM_020343 ENSG00000188559 RALGAPA2 AS250|C20orf74|bA287B20.1|dJ1049G11|dJ1049G11.4|p220 Ral GTPase activating protein catalytic alpha subunit 2 protein-coding 1.887 1.572 nan 0.040 0.367 0.498 0.056 0.310 0.696 0.004 0.106 0.055 0.013 0.067 0.463 0.197 0.222 0.158 0.046 0.030 0.018 0.011 0.354 0.310 0.552 0.038 0.037 0.035 0.072 0.017 0.113 0.172 0.229 0.858 0.035 0.064 0.747 0.030 0.094 0.009 0.122 0.091 0.029 0.015 0.026 0.048 0.126 0.180 0.109 0.067 0.032 0.036 0.197 0.020 0.048 0.552 0.062 0.104 0.905 0.028 0.239 0.050 0.251 0.266 0.033 0.014 0.014 0.686 0.795 0.260 0.468 0.838 1.271 1.045 0.324 0.286 0.299 3.757 4.577 2.486 2.219 2.579 2.006 0.399 0.612 1.284 1.274 0.329 0.824 1.379 0.770 4164 chr16 277875 286550 + 0 NA Intergenic AluYc|SINE|Alu -2333 NM_032039 83986 Hs.513225 NM_032039 ENSG00000167930 FAM234A C16orf9|ITFG3|gs19 family with sequence similarity 234 member A protein-coding 3.349 nan 2.247 3.178 4.218 2.320 1.603 1.938 3.654 0.779 3.186 1.442 0.433 0.655 4.692 3.097 1.508 0.467 1.899 0.876 1.513 1.951 1.513 0.679 3.150 1.432 1.605 1.741 2.204 0.573 3.871 4.665 1.779 7.675 0.723 2.269 0.691 2.584 0.069 0.711 1.182 2.206 1.569 0.826 1.005 0.779 1.988 0.984 2.806 2.138 2.442 1.726 3.097 3.615 1.446 3.150 0.817 1.448 1.062 1.802 2.167 2.085 0.647 0.871 0.736 1.142 0.834 4.250 3.736 1.975 3.315 4.804 4.430 nan 4.850 7.559 8.456 2.912 nan 4.557 7.153 4.380 4.293 1.519 2.540 4.699 4.544 3.900 3.588 2.883 1.669 7926 chr3 152875417 152884352 + 0 NA promoter-TSS (NM_002886) promoter-TSS (NM_002886) -117 NM_002886 5912 Hs.98643 NM_002886 ENSG00000181467 RAP2B - RAP2B, member of RAS oncogene family protein-coding nan 1.714 1.332 7.593 1.364 0.106 4.867 0.445 0.787 1.616 2.134 1.970 4.247 0.200 0.109 1.307 2.210 0.293 2.921 1.147 0.902 0.139 1.304 0.480 0.174 2.745 2.765 0.884 6.784 2.800 1.792 2.661 4.092 1.704 1.849 1.405 0.894 0.866 0.091 1.538 1.100 4.976 2.788 1.364 2.235 2.427 4.868 2.580 3.729 4.629 1.149 2.221 1.307 3.611 4.331 0.174 1.438 1.160 0.044 4.727 0.019 2.079 0.046 0.959 2.284 1.540 1.147 0.215 0.174 1.773 4.368 2.108 1.569 0.554 0.171 1.572 1.731 2.124 nan 1.020 1.594 3.189 3.951 0.243 0.289 2.933 2.449 2.303 2.867 0.203 0.258 195 chr1 27372175 27399245 + 0 NA Intergenic Intergenic -46377 NM_052943 115572 Hs.632378 NM_052943 ENSG00000158246 TENT5B FAM46B terminal nucleotidyltransferase 5B protein-coding 1.501 1.128 nan 0.100 0.439 2.394 0.307 0.368 1.002 0.127 0.131 0.115 0.041 0.041 2.108 0.806 0.099 0.137 0.160 0.070 0.072 0.046 0.064 0.066 0.164 0.175 0.086 0.133 0.121 0.074 0.157 0.775 0.136 0.692 0.082 0.255 0.099 0.092 0.090 0.020 0.291 0.187 0.062 0.061 0.044 0.127 0.121 0.210 0.346 0.182 0.049 0.109 0.806 0.300 0.164 0.164 0.091 0.193 0.783 0.300 0.124 0.123 1.394 1.245 0.039 0.047 0.031 1.687 2.088 0.547 0.577 1.109 1.052 1.181 0.425 0.386 0.430 1.149 1.588 0.479 0.706 1.388 1.361 0.928 1.583 0.363 0.285 1.522 4.739 1.053 0.742 5321 chr18 47085981 47090323 + 0 NA promoter-TSS (NM_006033) promoter-TSS (NM_006033) -249 NM_006033 9388 Hs.465102 NM_006033 ENSG00000101670 LIPG EDL|EL|PRO719 lipase G, endothelial type protein-coding nan 1.290 1.119 3.550 2.087 0.865 1.640 0.750 1.308 0.198 0.090 2.512 1.036 0.857 5.306 0.640 0.073 0.724 0.350 0.043 0.216 0.057 1.094 0.563 0.267 0.235 1.126 1.748 0.241 1.622 0.672 4.220 0.467 0.430 0.117 0.102 0.046 0.538 1.043 0.680 0.360 0.365 1.941 0.629 2.953 0.199 0.319 0.278 1.039 0.782 5.306 0.963 0.640 1.094 0.589 0.230 0.871 0.763 0.186 1.533 0.030 0.059 0.443 0.159 0.187 0.479 0.729 3.302 6.555 3.048 2.164 16.002 4.227 3.045 3.037 0.369 0.750 2.927 4.610 1.176 1.318 0.419 0.534 0.693 0.957 0.356 nan 1.176 1.093 5800 chr19 52190629 52196543 + 0 NA intron (NM_001316994, intron 1 of 8) MSR1|Satellite|Satellite 899 NM_001316994 147650 Hs.467174 NM_207324 ENSG00000182310 SPACA6 LET7EH|LINC00085|NCRNA00085|SPACA6P sperm acrosome associated 6 protein-coding 3.569 2.230 1.277 5.834 2.109 3.858 3.148 3.661 6.578 7.261 9.401 5.324 1.809 2.133 0.009 6.068 2.606 0.383 4.588 1.028 7.678 4.426 0.742 0.306 5.836 1.572 2.356 2.854 2.581 0.663 4.166 5.481 7.606 0.153 1.967 5.118 1.999 11.048 0.186 0.620 0.081 6.689 5.517 2.181 0.018 1.349 2.591 0.102 9.958 4.682 3.706 1.632 6.068 2.106 1.016 5.836 0.113 0.708 6.997 3.278 2.158 3.030 1.002 5.860 4.887 2.400 0.424 1.252 1.821 2.928 9.560 9.253 4.718 1.362 0.198 0.329 3.857 5.196 5.956 7.802 0.357 0.215 1.694 4.090 4.058 1.932 1.318 3.651 3.486 1.337 679 chr1 149572633 149594112 + 0 NA intron (NR_111957, intron 2 of 3) intron (NR_111957, intron 2 of 3) 6905 NR_024511 728855 Hs.456578 NR_024510 LINC00623 CH17-118O6.2 long intergenic non-protein coding RNA 623 ncRNA 2.531 nan 1.842 1.267 0.958 0.766 0.941 0.187 0.394 0.244 0.662 1.565 1.141 2.203 2.202 0.351 0.433 0.189 1.433 1.190 2.699 3.917 0.622 0.481 0.618 0.271 0.245 0.537 0.390 0.479 5.340 8.159 0.654 4.756 1.974 0.484 0.634 1.689 0.155 1.511 0.159 1.465 1.548 0.890 1.563 0.467 0.933 0.934 0.288 0.895 1.921 2.445 0.351 1.494 1.318 0.618 1.469 1.128 0.041 1.439 2.578 0.499 3.214 0.345 0.871 0.054 0.024 1.516 1.653 1.830 2.823 2.419 2.007 1.119 0.478 12.069 10.028 0.931 1.225 1.672 2.432 0.944 0.776 4.557 6.083 1.489 1.575 0.903 1.411 0.951 0.801 6195 chr2 74404329 74439396 + 0 NA Intergenic LTR8|LTR|ERV1 -3828 NR_027405 10797 Hs.469030 NM_006636 ENSG00000065911 MTHFD2 NMDMC methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 2, methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase protein-coding nan nan 2.442 0.880 1.560 0.811 0.979 0.904 1.786 1.014 1.003 0.598 0.230 0.294 0.573 0.749 1.078 0.198 1.652 0.432 2.156 0.842 0.666 0.414 1.613 0.763 0.637 0.689 0.780 0.271 1.261 2.137 1.222 2.468 0.512 0.783 0.185 1.452 0.149 0.377 1.070 1.330 0.671 0.319 0.578 0.462 1.392 0.727 1.385 1.073 1.283 1.616 0.749 1.609 0.787 1.613 0.834 1.328 0.342 1.592 0.733 0.524 0.644 1.143 0.641 0.453 0.365 1.417 1.528 1.583 2.809 1.896 1.820 3.886 1.479 2.707 2.812 1.936 2.423 2.705 3.082 2.059 2.196 1.129 1.778 1.066 1.330 2.174 3.790 nan 0.790 7943 chr3 156829280 156862172 + 0 NA Intergenic Intergenic -4935 NR_034007 339894 Hs.478050 NR_034007 ENSG00000243629 LINC00880 - long intergenic non-protein coding RNA 880 ncRNA nan 1.960 1.008 4.965 0.473 1.146 8.641 0.601 1.063 0.078 0.741 1.229 0.468 0.363 1.201 1.679 0.289 0.206 2.931 1.730 0.087 0.034 0.572 0.341 0.488 3.031 3.017 0.090 5.979 4.457 1.900 3.721 1.803 1.156 1.913 0.079 0.082 0.063 0.091 0.864 0.207 2.521 0.401 0.218 5.400 2.846 1.609 2.902 0.447 0.657 1.029 0.435 1.679 2.123 4.635 0.488 0.316 0.098 0.134 0.896 0.367 1.654 1.204 0.325 1.396 1.378 1.318 0.744 0.771 1.154 1.994 1.221 1.146 4.042 1.188 0.470 0.553 0.557 nan 2.028 2.346 0.843 0.473 0.980 1.516 0.401 0.478 0.617 1.210 1.193 0.797 2355 chr11 128041812 128053615 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -30948 NR_146647 105369564 Hs.591937 NR_146647 ENSG00000272575 LINC02098 - long intergenic non-protein coding RNA 2098 ncRNA 0.753 1.041 0.711 0.780 0.329 0.036 1.528 1.524 2.793 0.380 0.638 0.674 0.063 0.035 0.120 0.544 0.388 0.111 0.583 0.610 1.004 0.378 0.159 1.720 1.340 0.493 0.468 0.522 2.091 0.181 0.406 0.068 0.587 0.933 0.036 0.032 0.312 0.134 0.911 0.101 10.532 5.262 2.557 2.975 0.633 0.212 6.331 0.214 1.608 0.033 0.293 0.544 0.121 4.776 1.720 0.141 0.354 0.008 0.517 0.034 0.671 0.149 0.124 1.072 0.268 0.103 0.778 0.932 0.595 0.626 1.185 1.078 2.996 0.914 0.299 0.273 0.178 0.287 1.148 1.123 0.418 0.241 0.672 0.929 0.301 0.322 0.189 nan 1.125 0.898 1241 chr1 243522585 243531733 + 0 NA intron (NM_001350248, intron 13 of 18) intron (NM_001350248, intron 13 of 18) 17681 NR_039824 100616343 NR_039824 ENSG00000265201 MIR4677 mir-4677 microRNA 4677 ncRNA nan 1.144 nan 0.103 0.230 0.036 0.076 0.124 0.494 0.011 0.076 0.060 0.121 0.069 0.124 0.098 0.105 0.092 0.034 0.015 0.120 0.162 0.287 0.065 0.031 0.016 0.105 0.046 0.026 0.101 0.093 0.268 0.048 0.100 0.011 0.035 0.045 0.013 0.052 0.080 0.005 0.008 0.036 0.034 0.105 0.078 0.053 0.040 0.051 0.079 0.124 0.031 0.030 0.287 0.041 0.049 0.126 0.026 0.034 0.095 0.139 0.160 0.033 0.019 0.017 0.504 0.322 0.432 0.505 0.392 0.577 0.346 0.225 0.432 0.415 5.603 5.556 0.200 0.222 0.675 0.329 0.130 0.206 0.143 0.164 0.429 0.577 0.453 0.461 5495 chr19 4050068 4068908 + 0 NA intron (NM_015898, intron 1 of 2) intron (NM_015898, intron 1 of 2) 6039 NM_001317990 51341 Hs.591384 NM_015898 ENSG00000178951 ZBTB7A FBI-1|FBI1|LRF|TIP21|ZBTB7|ZNF857A|pokemon zinc finger and BTB domain containing 7A protein-coding 1.944 1.266 4.705 5.203 1.164 0.523 2.165 0.783 1.357 1.153 3.486 1.373 0.632 0.898 2.560 1.388 0.876 0.154 2.701 0.796 1.766 1.549 1.134 0.536 2.212 1.878 2.261 1.691 1.885 0.715 3.014 4.295 1.728 2.754 0.900 3.326 0.471 1.737 0.081 0.731 0.810 5.345 2.186 0.917 1.165 0.505 2.557 2.099 3.798 4.495 1.499 1.317 1.388 2.903 1.072 2.212 1.989 1.474 0.501 5.907 1.084 1.870 0.588 0.919 1.574 1.064 0.655 1.629 2.427 1.456 2.102 2.051 1.772 1.049 0.453 3.176 3.029 1.136 1.725 3.389 nan 2.879 3.010 0.702 1.259 1.276 1.011 1.500 2.355 1.082 0.577 9720 chr6 53185760 53225871 + 0 NA intron (NM_001242828, intron 1 of 8) intron (NM_001242828, intron 1 of 8) -3400 NR_046241 647190 Hs.520189 NR_046241 RPS16P5 RPS16_3_702 ribosomal protein S16 pseudogene 5 pseudo 1.998 1.620 nan 0.657 1.491 0.925 2.041 0.652 1.207 0.515 0.598 0.960 0.458 0.245 0.737 1.299 1.177 0.169 1.294 0.327 1.917 0.615 0.552 0.288 1.692 0.920 0.853 0.266 0.786 0.455 0.401 1.093 1.256 2.049 0.671 1.442 0.365 0.755 0.120 0.546 0.578 2.796 0.695 0.337 0.315 0.412 0.904 1.409 0.862 1.695 1.177 0.831 1.299 1.521 1.500 1.692 0.177 0.466 0.258 1.776 0.736 1.011 0.369 0.495 1.065 0.690 0.526 0.970 1.187 0.803 1.377 1.944 1.631 1.901 0.885 1.885 1.878 1.171 1.503 4.181 5.419 1.227 1.106 0.538 0.930 1.483 1.333 0.962 1.490 1.283 0.815 1441 chr10 38773943 38786155 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite 62975 NR_024497 399744 Hs.497951 NM_001013665 LINC00999 - long intergenic non-protein coding RNA 999 ncRNA 3.096 4.645 3.380 0.153 0.562 0.100 0.165 0.409 0.814 0.087 0.369 0.280 0.025 0.311 0.445 0.668 0.496 3.114 0.240 0.015 0.026 0.216 0.349 0.991 0.389 0.017 0.124 0.043 0.493 0.211 0.235 0.367 0.937 0.037 0.404 0.298 0.143 0.911 0.019 0.273 0.357 0.162 0.102 0.009 0.548 0.197 0.712 0.253 0.168 0.072 0.274 0.668 0.210 0.151 0.389 0.190 0.198 0.072 0.071 0.110 0.161 0.161 0.224 0.138 0.113 0.125 1.216 0.479 0.513 nan 1.017 1.859 0.548 0.363 0.784 0.873 1.181 1.763 0.669 0.708 1.716 0.326 0.331 0.778 0.350 0.806 0.435 0.997 0.569 0.844 647 chr1 144974320 145047820 + 0 NA intron (NM_001198832, intron 3 of 45) intron (NM_001198832, intron 3 of 45) -13959 NM_001195260 9659 Hs.584841 NM_014644 ENSG00000178104 PDE4DIP CMYA2|MMGL phosphodiesterase 4D interacting protein protein-coding 3.626 nan 2.972 0.559 1.321 0.547 0.830 0.678 1.281 0.206 1.263 2.038 0.215 0.313 2.634 2.097 1.935 0.509 1.045 0.771 0.195 0.085 0.766 0.734 0.643 0.588 0.284 0.210 0.626 0.337 1.130 3.875 0.959 7.705 0.959 0.912 1.210 0.271 0.440 0.934 0.123 0.411 0.173 0.129 0.312 0.277 0.991 1.123 0.200 0.312 0.083 0.636 2.097 0.480 0.675 0.643 0.299 0.440 0.097 0.382 2.142 0.748 3.306 0.980 0.644 0.101 0.054 0.997 0.784 1.294 1.807 2.389 3.081 2.590 0.709 1.411 1.481 4.732 6.456 2.978 4.501 1.340 0.629 2.229 3.656 2.830 4.266 1.565 3.415 4.012 2.426 10185 chr7 14979714 15017318 + 0 NA intron (NM_001350711, intron 1 of 24) intron (NM_001350711, intron 1 of 24) 15886 NM_001350717 1607 Hs.567255 NM_004080 ENSG00000136267 DGKB DAGK2|DGK|DGK-BETA diacylglycerol kinase beta protein-coding nan 1.116 nan 0.164 0.110 0.025 0.014 0.196 0.378 0.015 0.100 0.020 0.015 0.041 0.071 0.153 0.153 0.094 0.076 0.016 0.010 0.229 0.146 0.168 0.158 0.022 0.013 0.006 0.105 0.005 0.090 0.060 0.112 0.301 0.019 0.077 0.238 0.089 0.164 0.006 0.089 0.056 0.002 0.004 0.029 0.027 0.129 0.101 0.019 0.028 0.023 0.032 0.153 0.030 0.022 0.158 0.023 0.033 0.024 0.017 0.119 0.027 0.039 0.066 0.028 0.009 0.005 nan 0.345 1.574 0.862 0.349 0.500 0.330 0.179 0.327 0.301 0.878 1.099 0.343 0.389 0.560 0.277 0.101 0.168 2.411 1.770 0.418 0.912 0.529 0.462 9257 chr5 148375028 148385823 + 0 NA 3' UTR (NM_024577, exon 17 of 17) 3' UTR (NM_024577, exon 17 of 17) 62312 NM_024577 79628 Hs.483784 NM_024577 ENSG00000169247 SH3TC2 CMT4C|MNMN SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 protein-coding nan 0.762 0.790 0.546 0.048 0.015 3.543 0.075 0.306 0.097 1.117 0.803 1.033 0.018 0.149 0.107 2.199 0.171 2.015 1.452 0.725 0.088 0.056 0.044 4.416 3.105 0.048 0.749 2.752 0.126 0.462 0.272 0.520 1.149 0.171 0.052 0.031 0.106 1.064 0.015 5.792 0.552 0.430 6.196 1.685 1.263 1.038 0.136 0.429 0.096 0.294 0.107 2.006 1.397 0.044 0.237 0.822 0.009 0.140 0.035 1.185 0.028 0.067 0.701 0.976 0.607 0.182 0.094 0.832 1.993 0.206 0.267 0.105 0.111 0.047 0.102 0.259 0.389 0.258 0.310 0.568 0.569 0.163 0.236 0.228 0.325 0.177 0.252 0.377 0.487 4368 chr16 54314552 54326587 + 0 NA promoter-TSS (NM_024336) promoter-TSS (NM_024336) -191 NM_024336 79191 Hs.499205 NM_024336 ENSG00000177508 IRX3 IRX-1|IRXB1 iroquois homeobox 3 protein-coding nan nan nan 0.125 0.505 1.778 0.201 0.494 1.143 1.589 6.166 1.459 0.124 0.872 0.072 2.851 0.830 0.121 0.035 0.016 0.251 0.460 0.080 0.087 2.553 2.620 3.354 0.271 0.663 0.140 0.973 1.947 2.354 2.775 1.103 0.703 0.063 0.207 0.056 1.042 0.943 1.664 1.333 0.966 0.951 0.064 4.169 0.332 1.066 1.347 2.958 5.412 2.851 0.083 0.101 2.553 0.325 1.328 0.415 3.964 0.093 2.072 0.008 0.031 3.134 1.321 1.021 0.229 0.183 0.546 0.829 2.181 1.851 1.232 0.553 1.132 1.152 0.593 nan nan nan nan 1.103 0.099 0.131 0.440 0.281 0.031 nan nan 0.441 5328 chr18 47678328 47722286 + 0 NA intron (NM_001080467, intron 1 of 39) MLT2B2|LTR|ERVL 21144 NM_001080467 4645 Hs.720076 NM_001080467 ENSG00000167306 MYO5B - myosin VB protein-coding nan 0.995 1.406 0.698 0.455 0.331 0.363 0.193 0.357 0.260 0.078 0.046 0.187 0.140 0.317 0.639 0.046 0.051 0.238 0.152 0.029 0.009 0.109 0.069 0.890 0.075 0.049 0.027 0.179 0.225 0.342 1.307 0.376 2.292 0.339 0.120 1.322 0.039 0.064 0.052 1.311 0.072 0.033 0.023 0.413 0.289 1.013 0.087 0.072 0.048 0.186 1.409 0.639 0.523 0.046 0.890 0.330 0.391 0.060 0.077 0.025 0.052 0.695 0.062 0.043 0.024 0.025 0.548 0.712 0.534 1.249 1.138 1.016 0.431 0.155 0.711 0.694 0.186 0.267 0.907 1.146 0.347 0.190 0.625 1.160 2.537 3.400 0.186 nan 0.873 1.063 11104 chr8 92077590 92086176 + 0 NA promoter-TSS (NM_016023) promoter-TSS (NM_016023) 534 NR_110439 100506365 Hs.153412 NR_110438 ENSG00000253738 OTUD6B-AS1 GS1-251I9.4 OTUD6B antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan 1.598 2.302 0.781 3.052 1.324 1.395 1.363 2.577 0.245 1.167 0.919 0.316 0.806 1.545 1.028 1.114 0.117 1.418 0.532 0.550 0.226 0.544 0.368 1.866 0.944 0.646 0.368 1.448 0.671 1.369 1.109 1.218 3.838 0.987 0.800 0.431 0.851 0.114 0.654 0.656 0.924 0.962 0.554 1.051 0.377 1.882 0.944 0.977 1.149 0.695 1.243 1.028 1.430 1.687 1.866 0.600 0.858 0.201 0.536 1.190 0.810 0.818 0.677 0.565 0.455 0.343 1.779 2.122 2.020 nan 3.688 3.372 3.241 1.476 5.375 5.535 2.162 2.597 10.631 12.193 1.917 1.876 1.683 2.870 2.913 2.765 1.739 3.017 1.291 0.876 11969 chrX 112050033 112057932 + 0 NA intron (NM_133265, intron 4 of 11) intron (NM_133265, intron 4 of 11) 12372 NM_001113490 154796 Hs.528051 NM_133265 ENSG00000126016 AMOT - angiomotin protein-coding 0.633 0.595 0.508 0.046 0.067 0.042 0.027 0.102 0.311 0.157 0.059 0.047 0.142 0.034 0.058 0.067 0.082 0.013 0.008 0.080 0.101 0.015 0.017 0.009 0.009 0.067 0.014 0.061 0.092 0.152 0.212 0.033 0.032 0.119 0.081 0.093 0.008 0.010 0.041 0.049 0.359 0.038 0.041 0.037 0.210 0.017 0.058 0.036 0.012 0.015 0.015 0.021 0.061 0.022 0.012 0.200 0.007 0.414 0.550 7.004 7.574 0.216 0.335 0.242 0.092 0.174 0.172 0.403 0.599 0.204 0.230 0.458 0.222 0.082 0.119 0.082 0.070 0.234 0.698 0.037 0.117 11655 chr9 96212128 96216636 + 0 NA promoter-TSS (NR_136235) promoter-TSS (NR_136235) 404 NM_001286722 23196 Hs.372003 NM_014612 ENSG00000048828 FAM120A C9orf10|HBVPTPAP|OSSA family with sequence similarity 120A protein-coding 4.830 nan 4.374 4.607 9.194 3.008 5.115 2.838 5.119 1.845 4.710 2.268 1.242 1.375 3.372 4.626 2.425 0.217 5.596 1.928 2.265 1.977 3.057 1.314 6.745 4.020 5.454 2.608 7.216 1.413 7.871 9.319 5.455 9.954 2.929 4.650 2.208 3.082 0.091 1.733 4.026 5.255 5.024 2.837 3.030 3.215 5.596 2.619 5.564 6.727 2.854 4.631 4.626 8.259 3.879 6.745 2.372 3.393 1.591 5.615 3.242 3.535 1.620 1.530 2.771 2.542 1.515 4.476 4.341 6.410 nan 9.253 8.175 7.143 2.710 7.936 7.522 2.834 4.125 7.134 11.608 13.030 14.117 2.619 5.604 6.465 6.667 5.871 5.138 3.313 1.728 11782 chr9 130061723 130076208 + 0 NA intron (NM_001286779, intron 3 of 28) AluY|SINE|Alu 42209 NM_032293 84253 Hs.29304 NM_032293 ENSG00000136895 GARNL3 bA356B19.1 GTPase activating Rap/RanGAP domain like 3 protein-coding nan 1.058 0.993 0.136 0.327 0.091 0.241 0.176 0.379 0.062 0.150 0.312 0.266 0.276 0.098 0.131 0.342 0.146 0.247 0.159 0.069 0.019 0.075 0.098 0.373 0.584 0.195 0.025 0.218 0.066 0.229 1.255 0.242 0.983 0.322 0.241 0.040 0.045 0.074 0.082 0.093 0.083 0.062 0.054 0.045 0.155 0.280 0.118 0.253 0.091 0.076 0.378 0.131 0.300 0.145 0.373 0.092 0.136 0.732 0.077 0.358 0.215 0.034 1.704 0.063 0.040 0.017 0.251 0.175 0.256 0.472 0.552 0.741 nan 0.195 0.328 0.367 0.727 1.107 1.605 1.707 6.682 5.540 0.154 0.196 0.158 0.181 2.528 4.800 0.744 0.575 11839 chr9 137022606 137031282 + 0 NA Intergenic L1MC5|LINE|L1 2742 NR_023344 100151684 Hs.545589 NR_023344 ENSG00000221676 RNU6ATAC RNU6ATAC1|U6ATAC RNA, U6atac small nuclear (U12-dependent splicing) snRNA nan 2.184 1.881 0.976 2.897 5.118 1.421 2.420 4.661 0.837 1.678 1.147 0.459 0.561 2.379 1.570 1.084 0.093 2.311 0.916 0.694 0.690 0.668 0.455 1.520 1.349 1.529 0.541 3.221 0.642 3.040 4.162 0.818 3.495 0.972 1.419 0.648 1.154 0.084 0.787 1.343 3.233 1.168 0.548 0.881 0.743 1.130 1.937 1.339 1.412 0.831 1.351 1.570 2.598 1.068 1.520 0.608 1.468 1.077 1.944 1.517 2.554 1.070 0.467 0.753 0.770 0.653 2.103 2.846 1.938 2.953 4.463 5.246 nan 2.340 2.270 2.742 1.025 1.456 2.895 3.467 4.584 4.669 2.975 3.585 3.503 3.864 2.298 1.891 1.680 0.970 11166 chr8 102240966 102279971 + 0 NA Intergenic Intergenic -42176 NM_001267709 51123 Hs.374485 NM_016096 ENSG00000120963 ZNF706 HSPC038|PNAS-106|PNAS-113 zinc finger protein 706 protein-coding 2.201 nan nan 0.048 2.867 2.707 0.113 2.652 4.755 0.036 0.165 0.095 0.019 1.428 2.727 0.491 0.150 0.095 0.082 0.048 0.032 0.032 0.563 0.356 3.946 0.052 0.043 0.042 0.082 0.046 0.144 0.327 0.086 11.410 0.075 0.053 0.817 0.032 0.075 0.018 0.299 0.083 0.043 0.020 0.045 0.097 0.136 0.203 0.074 0.085 0.128 0.062 0.491 0.100 0.038 3.946 0.028 0.077 0.545 0.045 1.254 0.037 0.089 0.270 0.039 0.025 0.012 0.355 0.285 0.182 0.238 3.515 3.514 nan 1.465 0.389 0.449 1.297 nan 12.479 nan nan 0.873 0.262 0.384 2.655 2.358 0.532 nan 3.054 1.549 3473 chr14 34503272 34533451 + 0 NA Intergenic Intergenic -98077 NM_022073 112399 Hs.135507 NM_022073 ENSG00000129521 EGLN3 HIFP4H3|HIFPH3|PHD3 egl-9 family hypoxia inducible factor 3 protein-coding 1.514 0.899 0.886 0.592 0.630 0.381 2.556 0.112 0.297 0.484 0.371 0.940 0.844 0.092 0.323 0.380 0.290 0.171 2.051 0.854 0.194 0.037 0.077 0.107 0.487 1.070 0.598 0.162 0.835 0.635 2.963 14.337 0.870 0.887 1.944 0.481 0.013 0.337 0.116 0.281 0.149 0.360 0.517 0.320 1.796 1.079 0.402 0.396 1.308 0.125 0.350 1.577 0.380 1.289 1.057 0.487 0.980 0.340 0.041 0.686 1.311 0.793 0.606 0.178 0.745 0.063 0.037 0.361 0.368 0.336 0.654 0.511 0.529 0.220 0.090 1.326 1.381 0.427 0.727 1.054 1.323 0.942 0.730 0.698 1.248 0.125 0.199 0.374 0.677 0.525 0.522 7884 chr3 141654599 141661463 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 61198 NM_001178140 7029 Hs.379018 NM_006286 ENSG00000114126 TFDP2 DP2 transcription factor Dp-2 protein-coding 1.529 nan nan 0.346 0.076 0.990 2.269 0.236 0.354 0.727 0.346 1.050 0.425 0.059 0.066 0.362 0.242 0.186 1.063 0.693 0.690 0.060 0.192 0.218 0.182 0.996 0.673 0.277 2.359 1.782 0.323 0.774 2.124 0.517 0.447 2.175 0.028 0.127 0.072 0.809 0.149 1.748 0.441 0.295 1.174 1.370 1.314 0.438 0.179 0.425 1.045 0.302 0.362 1.493 6.362 0.182 0.260 0.269 1.270 6.554 0.088 1.830 0.057 0.144 0.909 1.317 1.121 0.367 0.437 0.423 1.446 0.315 0.456 nan 1.302 0.332 0.365 2.434 nan 0.206 nan nan 0.954 0.222 0.396 0.148 0.087 0.456 0.545 1.071 0.743 5868 chr2 5505075 5531375 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR 313025 NR_110580 102723818 Hs.128107 NR_110580 LINC01248 - long intergenic non-protein coding RNA 1248 ncRNA 0.831 0.596 0.741 0.030 0.153 0.042 0.056 0.322 0.663 0.007 0.084 0.056 0.012 0.038 0.169 0.521 0.048 0.061 0.041 0.007 0.017 0.016 0.196 0.141 0.329 0.005 0.017 0.011 0.238 0.004 0.214 0.780 0.138 0.498 0.150 0.072 0.051 0.046 0.094 0.031 0.362 0.121 0.032 0.020 0.079 0.070 0.062 0.118 0.096 0.027 0.030 0.031 0.521 0.041 0.018 0.329 0.014 0.041 0.312 0.031 0.061 0.036 0.147 0.128 0.140 0.031 0.010 0.931 0.885 3.011 5.164 0.552 0.581 0.846 0.393 0.090 0.038 0.176 0.309 0.759 0.834 0.515 0.195 0.231 0.325 0.152 0.289 0.378 0.697 0.164 0.226 9275 chr5 151149328 151154063 + 0 NA promoter-TSS (NR_132346) promoter-TSS (NR_132346) 42 NR_132345 100652758 Hs.587054 NM_001278082 LOC100652758 - uncharacterized LOC100652758 ncRNA 6.417 nan 4.533 7.601 4.323 3.900 2.827 3.389 7.552 2.079 6.932 3.260 2.991 1.183 5.354 2.808 2.779 0.340 5.124 1.183 2.135 1.521 1.190 0.808 5.102 4.091 6.473 2.790 4.435 2.310 3.702 6.000 2.633 11.819 2.208 4.992 2.056 5.866 0.184 2.824 4.410 5.819 7.617 2.700 4.443 2.281 5.364 4.130 5.458 7.192 3.537 3.971 2.808 5.710 5.932 5.102 2.823 2.166 1.188 5.016 4.237 3.962 2.739 2.059 3.797 6.188 5.074 5.252 5.248 9.215 12.489 8.954 7.375 6.823 2.969 9.045 9.186 4.626 5.839 10.740 16.126 8.412 10.452 5.950 11.209 8.410 8.505 7.763 5.981 2.360 1.153 174 chr1 25235013 25299831 + 0 NA intron (NM_001031680, intron 1 of 5) L1ME3D|LINE|L1 -10652 NM_004350 864 Hs.170019 NM_004350 ENSG00000020633 RUNX3 AML2|CBFA3|PEBP2aC runt related transcription factor 3 protein-coding 0.661 0.716 nan 0.428 0.139 0.411 0.336 0.193 0.364 0.037 0.145 0.270 0.027 0.063 0.188 0.318 0.188 0.052 0.090 0.041 0.057 0.109 0.154 0.128 0.031 0.197 0.084 0.219 0.064 0.096 0.661 3.801 0.266 1.091 0.140 0.385 0.012 0.240 0.107 0.135 0.082 1.066 0.147 0.087 0.059 0.143 0.085 0.126 0.261 0.420 0.041 0.274 0.318 0.132 0.040 0.031 0.107 0.139 0.199 0.608 0.091 0.167 0.135 0.057 0.348 0.019 0.015 0.319 0.255 0.525 0.764 0.909 0.896 0.684 0.184 0.333 0.380 0.198 0.426 0.420 0.689 0.473 0.368 0.390 0.448 0.055 0.061 0.171 0.262 0.367 0.401 11232 chr8 119010277 119048890 + 0 NA intron (NM_000127, intron 1 of 10) intron (NM_000127, intron 1 of 10) 94475 NM_000127 2131 Hs.492618 NM_000127 ENSG00000182197 EXT1 EXT|LGCR|LGS|TRPS2|TTV exostosin glycosyltransferase 1 protein-coding nan nan 1.055 0.251 0.247 0.575 2.664 0.162 0.368 0.744 2.227 1.590 0.211 0.047 0.217 0.185 1.965 0.267 2.082 1.461 0.541 0.028 0.077 0.077 0.065 1.781 1.118 0.680 0.638 1.870 0.802 2.503 0.252 0.791 2.183 0.488 0.032 0.073 0.068 1.049 0.162 1.578 1.174 0.576 2.707 0.955 0.471 2.722 0.662 0.412 0.689 2.375 0.185 1.846 0.209 0.065 0.359 0.221 0.035 0.253 0.113 1.703 0.126 0.583 2.015 0.392 0.264 0.344 0.243 0.539 1.476 0.608 0.658 nan 0.100 0.717 nan 0.539 nan 0.474 0.574 0.715 0.537 0.233 0.393 0.145 0.209 0.660 1.598 0.901 0.768 9280 chr5 153568218 153583167 + 0 NA intron (NM_198321, intron 1 of 11) AluSp|SINE|Alu 5397 NM_198321 55568 Hs.631797 NM_017540 ENSG00000164574 GALNT10 GALNACT10|PPGALNACT10|PPGANTASE10 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10 protein-coding 1.055 nan 1.326 0.999 0.945 0.882 4.014 0.611 1.537 0.381 0.635 2.761 0.095 0.550 0.489 0.335 0.936 0.137 1.009 0.330 0.437 0.102 0.115 0.084 2.183 2.014 2.007 0.810 1.030 1.596 2.247 3.935 1.884 2.813 0.990 0.458 0.019 0.657 0.134 2.069 0.143 0.621 0.659 0.407 0.868 1.063 1.292 1.010 1.887 1.692 2.013 0.843 0.335 1.631 4.233 2.183 0.447 0.830 0.085 1.030 0.301 0.965 0.092 0.149 0.529 0.674 0.409 0.277 0.338 0.580 1.028 1.035 1.208 0.938 0.454 0.512 0.373 0.620 1.072 1.617 2.359 0.858 0.780 0.613 0.856 0.197 0.187 0.445 0.747 1.217 0.659 6793 chr20 1461970 1484370 + 0 NA promoter-TSS (NM_001122962) promoter-TSS (NM_001122962) -937 NM_001122962 284759 Hs.721685 NM_001122962 ENSG00000196209 SIRPB2 PTPN1L|PTPNS1L3|dJ776F14.2 signal regulatory protein beta 2 protein-coding 0.644 1.125 0.509 0.657 0.093 0.030 0.244 0.064 0.177 0.617 0.077 0.029 0.006 0.045 0.087 0.063 0.073 0.096 0.712 0.847 0.045 0.006 0.049 0.095 0.086 0.853 0.400 0.026 0.372 2.537 0.155 0.154 1.400 0.285 0.137 0.077 0.034 0.029 0.069 0.041 0.028 0.168 0.148 0.126 2.719 1.824 1.380 0.176 0.105 0.031 0.039 0.406 0.063 0.249 0.126 0.086 0.334 0.288 0.052 0.055 0.018 0.236 1.370 0.057 0.021 0.029 0.021 1.050 0.829 0.228 0.261 0.212 0.282 0.263 0.145 6.413 6.594 0.179 0.360 0.274 0.301 0.384 0.122 0.863 1.345 0.062 0.102 0.174 0.246 0.232 0.307 1571 chr10 86023734 86035061 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -10339 NR_038220 170425 Hs.434131 NR_038220 ENSG00000229404 LINC00858 - long intergenic non-protein coding RNA 858 ncRNA 0.651 0.801 0.805 0.108 7.326 0.185 0.305 0.452 0.940 0.009 0.139 0.073 0.022 1.884 0.161 0.226 0.118 0.086 0.176 0.167 0.028 0.037 0.427 0.124 0.650 0.091 0.051 0.027 0.587 0.597 1.450 3.215 0.387 0.518 0.077 0.028 0.017 0.077 0.077 0.098 0.007 0.187 0.102 0.068 0.503 0.095 0.204 0.272 0.113 0.070 0.133 0.226 0.107 0.066 0.650 0.043 0.088 0.087 0.041 0.187 0.133 0.043 0.295 0.067 0.478 0.215 0.364 0.231 0.146 0.308 0.702 0.686 7.125 2.819 0.144 0.190 0.521 0.755 6.224 6.778 0.530 0.481 0.223 0.341 0.237 0.220 0.401 1.212 2.669 1.324 10187 chr7 15364834 15379025 + 0 NA intron (NM_001004320, intron 12 of 12) intron (NM_001004320, intron 12 of 12) 229711 NM_001004320 392636 Hs.670634 NM_001004320 ENSG00000187546 AGMO TMEM195 alkylglycerol monooxygenase protein-coding nan 1.125 nan 0.147 0.182 0.027 0.026 0.573 0.977 0.007 0.125 0.013 0.349 0.120 0.632 3.265 0.121 0.057 0.067 0.040 0.022 0.085 3.391 1.718 0.768 0.005 0.016 0.092 0.030 0.085 0.138 0.109 0.462 0.031 0.065 0.152 0.069 0.160 0.025 0.078 0.074 0.026 0.005 0.008 0.027 0.096 0.134 0.046 0.005 0.017 0.038 3.265 0.025 0.007 0.768 0.009 0.041 0.118 0.041 0.365 0.031 0.021 0.053 0.021 0.016 0.015 nan 0.374 0.251 0.323 0.696 1.290 10.670 8.465 0.446 0.376 0.563 0.820 1.658 1.154 0.445 0.245 0.102 0.186 0.561 0.409 0.259 0.427 4.228 1.835 7421 chr22 38899238 38904047 + 0 NA intron (NM_001098504, intron 1 of 12) CpG 703 NM_006386 10521 Hs.528305 NM_006386 ENSG00000100201 DDX17 P72|RH70 DEAD-box helicase 17 protein-coding 7.647 nan 4.527 7.502 4.872 3.041 2.564 4.504 8.245 3.193 5.929 3.207 4.139 2.457 5.100 7.194 3.153 0.430 3.735 1.109 4.584 3.721 2.675 1.246 9.995 1.816 3.246 2.298 6.761 1.821 8.138 11.579 5.507 9.861 2.005 2.333 2.855 8.261 0.259 1.449 4.780 7.503 5.680 2.414 2.703 2.285 9.337 4.921 4.504 5.009 4.034 4.382 7.194 6.057 3.587 9.995 1.452 3.884 2.398 6.356 4.313 4.603 3.056 3.698 2.736 1.952 1.389 8.658 7.501 10.361 14.702 7.356 6.679 9.020 7.504 16.503 16.196 4.985 6.736 8.747 15.902 nan 15.426 7.429 9.217 8.962 12.426 11.421 7.312 2.254 1.044 10607 chr7 114169048 114174938 + 0 NA intron (NM_148898, intron 2 of 17) intron (NM_148898, intron 2 of 17) 105436 NM_001172767 93986 Hs.282787 NM_014491 ENSG00000128573 FOXP2 CAGH44|SPCH1|TNRC10 forkhead box P2 protein-coding 2.072 1.008 2.514 0.111 0.208 0.142 0.012 0.766 1.796 0.120 0.419 0.778 0.136 2.330 0.435 1.726 0.219 0.066 0.032 0.023 0.374 0.364 3.152 0.212 0.069 0.017 0.151 0.463 0.235 0.899 0.174 0.183 0.861 0.095 0.173 0.656 0.031 0.011 0.018 0.159 0.017 0.193 0.012 0.120 0.068 0.435 0.049 0.032 3.152 0.182 3.536 0.247 0.059 0.275 0.013 0.118 1.102 0.013 0.010 0.575 0.339 0.363 1.631 0.399 0.561 5.129 8.641 0.262 0.383 2.588 3.306 2.409 6.321 1.010 0.696 0.148 0.402 3.752 4.315 1.357 2.485 0.907 0.721 7554 chr3 30100137 30132161 + 0 NA Intergenic L1ME1|LINE|L1 -140502 NR_046556 100873977 Hs.581453 NR_046556 ENSG00000235593 RBMS3-AS1 - RBMS3 antisense RNA 1 ncRNA 0.469 0.798 0.515 0.043 0.070 0.022 0.104 0.095 0.119 0.140 0.112 0.127 0.045 0.053 0.031 0.056 0.156 0.066 0.128 0.077 0.035 4.214 0.030 0.067 0.071 0.043 0.013 0.009 0.078 0.056 0.075 0.306 0.051 0.260 0.223 0.042 0.059 0.085 0.097 0.007 0.092 0.052 0.034 0.025 0.034 0.060 0.069 0.145 0.231 0.042 0.042 0.197 0.056 0.129 0.026 0.071 0.134 0.298 0.014 0.064 0.032 0.101 0.050 0.034 0.145 0.025 0.037 0.203 0.144 0.231 0.371 0.285 0.285 0.414 0.119 0.167 0.181 1.053 nan 0.204 0.189 0.349 0.157 0.114 0.189 0.204 0.228 0.131 0.212 0.283 0.249 9909 chr6 128631038 128642101 + 0 NA intron (NM_001291983, intron 2 of 18) intron (NM_001291983, intron 2 of 18) 205250 NM_001291983 5796 Hs.155919 NM_002844 ENSG00000152894 PTPRK R-PTP-kappa protein tyrosine phosphatase, receptor type K protein-coding 1.222 0.890 0.981 0.170 0.198 0.030 0.065 0.171 0.409 0.009 0.070 0.179 0.006 0.031 0.077 0.283 0.095 0.118 0.182 0.052 0.046 0.013 0.199 0.149 0.130 0.044 0.020 0.068 0.115 0.140 0.082 0.256 0.025 0.914 0.030 0.081 0.032 0.085 0.058 0.022 0.028 0.039 0.021 0.265 0.054 0.122 0.089 0.029 0.090 0.283 0.083 0.034 0.130 0.077 0.030 0.052 0.011 0.028 0.035 0.027 0.187 0.048 0.010 0.584 0.344 0.590 0.691 0.479 0.426 2.383 0.772 0.485 0.488 0.942 1.154 0.754 1.009 2.012 1.809 0.149 0.222 4.055 6.498 0.473 0.950 0.398 0.381 3681 chr14 73101455 73119701 + 0 NA intron (NM_001280542, intron 8 of 10) intron (NM_001280542, intron 8 of 10) 127050 NR_106994 102465832 NR_106994 ENSG00000273830 MIR7843 hsa-mir-7843 microRNA 7843 ncRNA 2.256 0.560 2.268 0.122 0.073 0.054 0.027 0.115 0.099 0.011 0.055 0.111 0.020 0.038 0.078 0.098 0.163 0.079 0.040 0.356 0.009 0.035 0.096 0.033 0.027 0.024 0.004 0.089 0.017 0.057 0.128 0.127 0.277 0.016 0.062 0.010 0.054 0.091 0.252 0.080 0.355 0.335 0.261 0.012 0.046 0.060 4.623 0.067 0.393 0.060 0.069 0.098 0.039 0.015 0.033 0.047 0.145 0.289 0.169 0.033 1.125 0.022 0.915 0.986 0.158 0.137 0.290 0.194 0.159 0.161 0.273 0.265 0.067 0.042 0.389 0.395 0.116 0.259 0.194 nan 1.820 2.098 0.165 0.191 0.074 0.078 0.640 1.115 0.327 nan 7805 chr3 124909169 124914668 + 0 NA intron (NM_024628, intron 2 of 13) intron (NM_024628, intron 2 of 13) 18325 NM_001195483 84561 Hs.658514 NM_024628 ENSG00000221955 SLC12A8 CCC9 solute carrier family 12 member 8 protein-coding 1.220 nan 2.139 0.053 0.099 0.161 0.168 0.029 0.258 0.051 0.114 0.246 0.134 0.073 0.098 0.163 0.272 0.119 0.092 0.034 0.034 0.085 0.193 0.109 0.138 0.026 0.079 0.073 0.038 0.095 0.358 0.246 0.160 0.027 0.090 0.018 0.001 0.046 0.010 0.068 0.087 0.044 0.057 0.041 0.031 0.073 0.059 0.169 0.157 0.163 0.117 0.119 0.109 0.002 0.070 0.129 0.036 0.071 0.144 0.222 0.063 0.032 0.978 1.180 8.699 6.346 0.396 0.639 1.304 0.482 0.882 1.002 0.556 nan 0.365 0.288 0.946 0.741 0.546 0.913 0.054 0.051 0.408 0.647 0.488 0.470 52 chr1 7005386 7026286 + 0 NA intron (NM_001349608, intron 2 of 21) intron (NM_001349608, intron 2 of 21) 170452 NR_146202 23261 Hs.397705 NM_015215 ENSG00000171735 CAMTA1 CANPMR calmodulin binding transcription activator 1 protein-coding 1.144 nan 0.794 0.059 0.639 1.759 0.044 0.213 0.507 0.014 0.236 0.084 0.080 0.034 2.328 0.294 0.133 0.085 0.039 0.021 0.053 0.121 0.095 0.224 0.060 0.021 0.268 0.042 0.020 0.081 nan 0.061 2.471 0.070 0.460 0.018 0.161 0.112 0.017 0.174 0.222 0.026 0.023 0.026 0.033 0.034 0.152 0.568 0.248 0.694 0.375 0.294 0.031 0.035 0.224 0.082 0.285 0.149 0.441 0.286 0.238 0.352 0.533 0.223 0.006 0.012 0.229 0.190 0.270 0.351 0.972 0.883 0.264 0.072 0.289 0.272 0.267 nan nan 3.447 nan 0.401 0.918 1.017 0.073 0.089 2.021 6.319 0.839 0.589 8115 chr3 185253318 185282464 + 0 NA intron (NM_139248, intron 1 of 9) intron (NM_139248, intron 1 of 9) 2478 NM_139248 200879 Hs.68864 NM_139248 ENSG00000163898 LIPH AH|ARWH2|HYPT7|LAH2|LPDLR|PLA1B|mPA-PLA1 lipase H protein-coding 1.094 2.612 0.862 6.250 0.274 0.076 2.508 0.266 0.450 0.721 0.364 0.534 3.071 0.229 0.169 0.422 0.378 0.307 2.442 1.083 0.117 0.034 0.265 0.262 0.163 3.380 2.490 0.120 3.616 2.271 3.370 6.700 3.466 1.114 1.021 0.941 0.066 0.063 0.105 0.333 0.098 0.873 0.477 0.268 1.626 2.377 3.801 0.149 1.444 0.117 0.377 2.352 0.422 3.911 3.464 0.163 1.099 2.796 0.086 0.171 0.112 0.851 0.378 0.305 0.196 0.065 0.049 0.423 0.445 0.655 1.567 0.374 0.458 1.185 0.334 0.436 0.382 0.415 0.735 0.615 0.687 0.824 0.486 0.430 0.571 0.390 0.320 0.627 0.955 0.519 0.433 10468 chr7 81858242 81930116 + 0 NA intron (NM_000722, intron 3 of 38) intron (NM_000722, intron 3 of 38) 178943 NM_000722 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 1.127 0.845 0.938 0.057 0.240 0.623 0.065 0.685 1.496 0.011 0.089 0.157 0.019 0.072 0.144 0.899 0.190 0.134 0.056 0.032 0.025 0.017 0.870 0.609 0.385 0.005 0.014 0.008 0.083 0.015 0.053 0.083 0.123 0.560 0.028 0.079 0.855 0.092 0.133 0.026 0.787 0.067 0.016 0.005 0.032 0.036 0.084 0.106 0.141 0.099 0.038 0.038 0.899 0.059 0.039 0.385 0.039 0.055 0.237 0.034 0.075 0.036 0.082 0.335 0.022 0.013 0.013 0.959 1.054 0.388 0.341 0.988 1.090 3.125 1.249 0.128 0.133 2.364 2.554 0.536 0.549 0.938 0.611 0.208 0.316 2.889 4.072 0.895 nan 1.627 0.860 11695 chr9 110242339 110253605 + 0 NA 3' UTR (NM_001314052, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001314052, exon 4 of 4) 4029 NM_001314052 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 2.070 1.594 nan 0.942 3.440 0.064 1.460 2.760 4.602 0.406 0.892 1.233 0.465 0.348 0.558 0.918 0.920 0.142 3.330 1.265 0.486 0.013 1.187 0.579 2.915 1.402 1.198 0.394 2.781 0.542 1.432 nan 0.935 3.283 1.324 3.987 0.618 0.107 0.050 0.708 1.153 0.574 1.867 1.038 0.936 0.661 2.424 0.921 2.395 1.204 1.617 2.149 0.918 4.136 2.202 2.915 1.499 2.962 0.414 1.268 1.044 0.718 1.368 0.023 0.140 0.271 0.180 0.807 0.981 2.943 3.900 1.559 1.095 2.292 1.202 10.829 10.948 0.096 0.238 1.594 nan 0.976 0.714 1.951 4.058 3.162 2.670 0.334 0.337 nan 0.954 3842 chr14 105137455 105164940 + 0 NA Intergenic MER82|DNA|TcMar-Tigger -4746 NM_032714 64423 Hs.24956 NM_022489 ENSG00000203485 INF2 C14orf151|C14orf173|CMTDIE|FSGS5|pp9484 inverted formin, FH2 and WH2 domain containing protein-coding 3.095 1.251 0.888 4.029 1.495 3.625 3.153 0.649 1.311 0.446 2.772 1.576 1.505 1.009 0.328 1.834 0.948 0.194 1.885 0.587 1.152 0.184 0.395 0.239 0.622 4.064 4.979 1.112 2.024 1.739 3.881 7.621 1.566 1.425 2.506 6.029 0.104 0.683 0.086 1.754 0.093 5.090 2.533 1.246 1.748 3.431 1.663 2.965 6.612 1.694 2.014 6.307 1.834 1.913 4.237 0.622 2.623 3.171 0.751 2.828 1.363 2.083 0.410 0.303 5.949 1.303 0.840 1.431 2.014 1.144 1.752 2.851 2.665 3.231 1.268 0.735 0.770 0.711 1.137 4.403 6.388 1.890 1.775 1.087 1.314 0.778 0.855 0.980 0.940 1.842 1.154 11162 chr8 102083270 102132224 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 43465 NR_033962 441374 Hs.652045 NR_033962 ENSG00000248599 FLJ42969 - uncharacterized LOC441374 ncRNA 1.911 nan nan 0.230 0.845 2.624 4.414 0.335 0.657 0.342 0.706 1.495 0.052 0.133 0.830 1.174 0.626 0.131 1.278 1.265 0.073 0.020 0.298 0.151 0.843 1.728 1.199 0.097 0.991 1.657 0.869 2.541 0.303 1.978 1.696 0.331 0.280 0.064 0.071 0.358 0.190 1.051 0.321 0.262 1.290 1.444 1.214 1.703 0.633 0.169 1.898 0.934 1.174 1.360 0.259 0.843 0.343 0.545 0.335 0.119 0.698 0.802 0.679 0.093 0.532 0.060 0.036 1.225 1.588 2.083 3.268 2.104 1.980 nan 1.118 3.569 3.772 0.559 nan 3.150 nan nan 0.352 1.140 1.474 1.707 1.914 0.364 nan 2.222 1.211 3358 chr13 112560044 112635967 + 0 NA Intergenic Intergenic -28619 NR_120392 100505996 Hs.654853 NR_120392 ENSG00000224243 SOX1-OT LINC00403 SOX1 overlapping transcript ncRNA 0.588 nan 0.786 0.031 0.762 1.231 0.032 0.510 1.033 0.065 0.023 0.002 0.025 1.143 1.324 0.066 0.068 0.075 0.002 0.012 0.005 0.273 0.164 3.266 0.002 0.012 0.008 0.030 0.010 0.132 0.501 0.036 1.902 0.052 0.039 0.037 0.033 0.067 0.006 0.190 0.160 0.030 0.017 0.013 0.053 0.068 0.113 0.040 0.018 0.019 0.032 1.324 0.071 0.015 3.266 0.021 0.039 0.013 0.038 0.034 0.024 0.139 0.036 0.044 0.017 0.009 0.452 0.236 0.119 0.232 6.825 6.286 0.715 0.292 0.049 0.055 0.042 0.069 2.732 2.718 0.292 0.160 0.369 0.443 0.260 0.249 0.115 0.169 0.499 0.305 593 chr1 113159612 113165678 + 0 NA promoter-TSS (NM_138728) promoter-TSS (NM_138728) 570 NM_006135 829 Hs.744974 NM_006135 ENSG00000116489 CAPZA1 CAPPA1|CAPZ|CAZ1 capping actin protein of muscle Z-line subunit alpha 1 protein-coding nan 3.747 3.890 5.135 4.398 3.758 2.938 1.715 3.921 1.993 3.192 3.893 1.913 2.050 3.462 4.407 4.299 0.360 3.216 0.907 5.677 3.205 1.830 0.875 4.164 2.910 3.596 3.166 4.682 1.876 5.523 8.131 2.770 8.473 2.484 4.026 0.586 4.872 0.234 1.889 3.024 9.108 5.496 1.800 3.721 2.782 5.899 4.938 3.160 5.085 2.051 5.651 4.407 4.015 7.386 4.164 2.263 1.976 1.794 10.953 2.617 2.832 2.577 2.694 3.056 3.808 2.313 5.547 4.620 6.706 9.725 7.988 nan 8.243 4.710 15.924 17.109 6.380 7.658 7.325 9.560 6.722 6.085 5.939 9.213 3.650 4.319 6.187 6.888 3.774 1.937 188 chr1 26944889 26950453 + 0 NA Intergenic CpG 66638 NR_031740 100302190 NR_031740 ENSG00000238705 MIR1976 hsa-mir-1976 microRNA 1976 ncRNA 5.171 4.320 nan 4.969 9.074 6.308 3.007 4.325 7.593 2.813 4.562 3.680 10.514 2.433 5.599 5.465 3.791 0.523 3.740 1.771 5.707 5.013 1.740 0.964 2.641 2.837 3.859 3.502 5.561 2.714 4.354 9.269 5.068 11.336 2.428 4.768 1.215 9.429 0.250 2.039 2.355 9.603 5.240 1.774 2.760 1.845 3.090 4.851 3.814 5.061 2.444 2.954 5.465 5.064 5.631 2.641 1.705 2.342 1.351 7.879 2.207 3.398 3.238 3.370 3.601 1.987 1.151 6.173 5.954 6.334 9.659 14.126 12.722 5.996 4.009 14.896 15.943 5.475 6.436 10.164 15.479 5.657 5.876 5.089 5.851 4.422 4.744 7.285 8.069 3.526 1.926 7472 chr22 46493274 46506240 + 0 NA intron (NR_027033, intron 4 of 5) intron (NR_027033, intron 4 of 5) -8872 NR_029478 406883 NR_029478 ENSG00000283990 MIRLET7A3 LET7A3|MIRNLET7A3|let-7a-3 microRNA let-7a-3 ncRNA 1.511 3.107 nan 0.957 1.182 1.090 0.322 1.357 2.968 0.302 0.674 0.136 0.043 0.054 0.314 0.793 0.606 0.111 0.489 0.147 0.694 0.086 1.322 0.682 0.890 0.118 0.084 0.252 0.258 0.082 0.236 0.677 0.306 1.737 0.068 0.311 0.440 0.475 0.085 0.073 0.911 0.337 0.210 0.169 0.076 0.108 0.199 0.350 2.180 0.309 0.049 0.192 0.793 0.442 0.158 0.890 0.434 1.517 0.506 0.413 1.559 0.396 0.244 0.019 0.462 0.184 0.125 2.258 3.463 0.715 1.929 7.157 6.605 0.637 0.196 0.849 0.722 1.023 1.623 1.026 1.344 1.574 1.238 0.550 0.765 1.286 1.281 0.114 0.148 2.570 1.390 10123 chr7 2280390 2311165 + 0 NA intron (NM_013321, intron 10 of 10) intron (NM_013321, intron 10 of 10) 1435 NR_106895 102465503 NR_106895 ENSG00000284047 MIR6836 hsa-mir-6836 microRNA 6836 ncRNA 1.958 1.139 1.965 1.164 0.407 0.330 1.396 0.333 0.640 1.181 0.789 1.162 0.122 0.204 0.479 0.698 0.473 0.179 1.164 0.406 0.538 0.316 0.308 0.296 0.943 0.560 0.438 0.401 1.027 0.341 0.815 nan 2.050 nan 0.665 0.675 0.139 0.698 0.125 0.396 0.296 1.944 0.520 0.289 0.440 0.812 2.074 0.388 0.563 0.906 0.290 0.569 0.698 1.447 0.688 0.943 0.442 0.814 0.243 1.104 0.442 1.461 0.122 1.713 0.408 1.248 0.972 1.107 1.083 0.801 nan 1.263 1.231 nan 0.413 1.516 1.566 0.817 1.386 nan 2.112 1.098 1.077 0.540 0.847 0.533 0.697 1.558 3.254 0.606 0.413 8604 chr4 155530335 155544160 + 0 NA Intergenic Intergenic -3287 NM_000509 2266 Hs.727584 NM_000509 ENSG00000171557 FGG - fibrinogen gamma chain protein-coding nan 0.682 0.518 0.141 0.114 0.016 0.134 0.104 0.238 0.028 0.078 0.040 0.018 0.029 0.006 0.046 0.108 0.070 0.084 0.014 3.762 0.046 0.064 0.073 0.020 0.016 0.030 0.077 0.180 0.812 0.214 0.126 0.042 0.471 0.007 0.110 0.093 0.009 0.006 0.053 0.017 0.028 0.040 0.023 0.083 0.152 0.433 0.036 0.713 1.234 0.046 0.041 0.059 0.073 0.054 0.269 0.012 0.029 0.057 0.021 0.035 0.011 0.017 0.015 0.263 0.178 0.239 0.318 0.157 0.149 0.135 0.065 0.165 0.138 0.108 0.194 0.186 0.197 0.226 0.056 0.197 0.272 0.048 0.072 0.127 0.197 0.226 0.256 402 chr1 56177363 56195494 + 0 NA Intergenic Intergenic 224208 NR_147162 105378739 Hs.98895 NR_147162 ENSG00000230250 LINC01753 - long intergenic non-protein coding RNA 1753 ncRNA 1.021 0.736 0.901 0.055 0.159 0.070 4.799 0.080 0.273 0.164 1.447 0.533 0.229 0.028 0.064 0.135 0.713 0.127 2.092 1.172 0.279 0.031 0.103 0.117 0.112 3.382 2.875 0.036 1.828 1.613 0.341 nan 2.699 0.419 1.883 0.038 0.010 0.036 0.098 0.918 0.066 0.219 0.233 0.147 4.762 2.632 1.051 3.318 0.139 0.061 0.256 1.058 0.135 1.975 1.045 0.112 0.444 0.804 0.113 0.054 0.045 1.148 0.047 0.156 2.249 0.032 0.014 0.371 0.263 2.035 5.341 0.433 0.482 0.118 0.072 0.470 0.500 0.563 0.877 0.383 0.450 0.389 0.159 0.148 0.263 0.047 0.039 0.437 nan 0.540 0.482 5221 chr18 25741739 25769009 + 0 NA intron (NM_001792, intron 1 of 15) intron (NM_001792, intron 1 of 15) 2036 NM_001792 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.876 1.234 0.791 0.248 1.198 0.651 0.083 0.418 0.952 0.017 1.412 2.722 0.018 0.305 0.681 2.610 0.262 0.061 0.092 0.035 0.049 0.641 0.539 0.431 1.283 0.018 0.346 0.231 0.118 0.065 0.057 0.015 4.577 0.097 0.035 0.070 0.203 0.083 0.095 0.944 0.037 0.261 0.163 0.052 0.008 0.025 0.108 0.442 0.516 0.011 0.020 2.610 0.074 0.007 1.283 0.029 0.012 0.306 0.352 0.844 0.086 0.120 0.162 0.436 0.005 0.007 1.254 1.421 0.393 nan 4.481 3.552 0.868 0.303 1.674 1.548 0.835 1.156 2.529 3.653 1.049 1.529 0.224 0.575 0.661 0.353 0.845 0.939 2.268 1.463 1940 chr11 47934096 47971921 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -49102 NM_001098503 5795 Hs.318547 NM_002843 ENSG00000149177 PTPRJ CD148|DEP1|HPTPeta|R-PTP-ETA|SCC1 protein tyrosine phosphatase, receptor type J protein-coding nan 1.918 0.845 0.395 0.141 3.537 2.111 0.326 0.603 0.366 1.068 1.657 0.094 0.071 1.692 0.585 0.565 0.279 1.037 0.772 0.806 0.040 0.154 0.177 0.408 1.804 1.429 0.176 0.621 0.867 0.901 3.149 1.459 1.452 0.763 2.255 0.080 0.193 0.120 0.584 0.054 1.790 0.552 0.344 0.717 0.758 1.001 2.065 3.257 0.750 0.255 0.458 0.585 1.051 2.988 0.408 0.317 0.468 0.467 0.516 0.079 0.957 0.138 0.284 0.961 0.105 0.134 0.937 1.217 0.545 0.903 0.954 1.018 1.130 0.281 0.428 0.488 0.774 1.190 1.276 1.287 0.779 0.640 0.401 0.522 0.481 0.397 0.331 nan 0.845 0.651 10748 chr7 151382919 151402703 + 0 NA intron (NM_001040633, intron 3 of 15) intron (NM_001040633, intron 3 of 15) 40589 NM_001304527 51422 Hs.647072 NM_016203 ENSG00000106617 PRKAG2 AAKG|AAKG2|CMH6|H91620p|WPWS protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit gamma 2 protein-coding 0.998 1.623 nan 0.625 1.964 2.162 1.590 0.333 0.657 0.564 1.018 1.764 0.025 0.151 3.698 0.460 0.439 0.195 1.243 0.788 0.968 0.014 2.312 0.612 1.579 1.424 1.219 1.246 1.062 0.907 0.321 1.046 1.845 4.093 0.579 2.573 0.703 0.439 0.158 0.676 0.344 3.238 1.893 0.922 1.091 0.852 0.881 1.098 1.363 1.023 1.566 0.630 0.460 2.279 0.973 1.579 0.320 0.701 0.827 1.286 0.252 1.250 0.929 0.038 1.414 1.665 1.060 0.986 1.570 0.730 2.276 1.566 1.411 3.149 0.759 0.507 0.546 0.498 0.805 1.479 2.063 0.332 0.234 1.158 1.421 3.274 3.835 0.133 0.165 2.306 1.435 1641 chr10 111642936 111663732 + 0 NA intron (NM_020383, intron 3 of 20) intron (NM_020383, intron 3 of 20) 29670 NM_001324136 7511 Hs.390623 NM_020383 ENSG00000108039 XPNPEP1 APP1|SAMP|XPNPEP|XPNPEPL|XPNPEPL1 X-prolyl aminopeptidase 1 protein-coding 0.871 nan 1.640 0.090 0.064 0.179 0.238 0.275 0.440 0.079 0.373 3.161 0.063 0.058 0.166 0.289 0.623 0.177 0.179 0.068 0.065 0.020 0.128 0.085 0.115 0.166 0.063 0.142 0.105 0.025 0.105 0.301 0.074 0.255 0.057 0.186 0.019 0.073 0.086 0.047 0.091 0.242 0.130 0.067 0.106 0.079 0.121 0.142 0.218 0.183 0.042 0.123 0.289 0.092 0.153 0.115 0.094 0.040 0.153 0.081 0.071 0.182 0.033 0.190 0.143 0.017 0.020 0.321 0.299 0.371 0.605 0.154 0.192 0.473 0.171 0.180 0.159 0.860 1.163 0.226 0.248 0.260 0.203 0.115 0.196 0.084 0.074 0.313 0.838 0.417 0.407 7005 chr20 45752240 45775519 + 0 NA intron (NM_172110, intron 9 of 13) intron (NM_172110, intron 9 of 13) -31730 NR_037410 100500814 NR_037410 ENSG00000264901 MIR3616 mir-3616 microRNA 3616 ncRNA nan nan 0.773 1.248 0.137 0.019 2.488 0.123 0.212 0.568 0.414 0.088 0.021 0.030 0.105 0.192 0.318 0.111 1.922 0.870 0.802 0.048 0.068 0.149 0.167 0.114 0.061 0.035 1.632 0.569 0.148 0.286 2.039 0.379 1.218 0.083 0.074 0.098 0.106 0.842 0.075 0.294 0.452 0.291 1.346 0.162 0.665 1.085 0.163 0.207 0.071 1.145 0.192 1.173 0.066 0.167 0.255 0.810 0.176 0.254 0.043 0.806 0.101 0.532 1.769 0.877 0.575 0.574 0.349 0.292 0.635 0.362 0.461 nan 0.209 0.303 0.363 0.356 0.570 0.392 0.435 nan 1.649 0.324 0.391 0.139 0.096 0.447 1.543 0.554 0.370 640 chr1 144026348 144032409 + 0 NA Intergenic MSTB|LTR|ERVL-MaLR -114531 NR_144320 728833 Hs.535577 NM_207418 ENSG00000215784 FAM72D GCUD2 family with sequence similarity 72 member D protein-coding 2.846 2.880 7.289 2.868 1.791 0.959 3.620 0.291 0.540 2.793 0.470 1.940 1.762 0.114 0.265 0.501 1.284 0.241 4.432 2.369 0.196 0.068 0.209 0.157 2.262 1.151 0.885 0.217 3.484 5.016 5.359 8.818 1.501 2.510 3.141 0.182 0.080 0.269 0.208 0.136 2.960 0.945 0.489 0.349 2.948 6.366 5.693 0.297 0.188 0.164 0.039 1.762 0.501 3.599 0.350 2.262 1.436 2.990 1.842 0.197 0.121 0.914 2.420 1.448 0.181 0.238 0.177 6.722 6.489 2.176 10.174 2.456 3.013 0.467 0.244 2.514 2.429 2.184 3.797 7.981 9.090 5.490 4.102 2.324 3.720 0.132 0.327 1.395 3.269 1.046 0.854 6139 chr2 57937139 57954393 + 0 NA Intergenic L1MB3|LINE|L1 -189020 NM_001288837 7444 Hs.715298 NM_006296 ENSG00000028116 VRK2 - vaccinia related kinase 2 protein-coding 0.724 nan 0.695 0.106 0.198 0.049 0.107 0.503 0.888 0.061 0.052 0.015 0.040 0.334 0.236 0.095 0.056 0.129 0.066 0.131 0.048 0.209 0.167 0.603 0.044 0.033 0.017 0.120 0.049 0.109 0.093 0.094 0.391 0.059 0.055 0.154 0.057 0.137 0.054 0.184 0.155 0.164 0.086 0.089 0.040 0.117 0.150 0.079 0.049 0.036 0.027 0.236 0.074 0.054 0.603 0.036 0.024 0.023 0.051 0.106 0.023 0.929 0.122 0.036 0.043 0.018 0.848 1.088 9.664 7.365 1.312 1.393 0.769 0.246 0.379 0.373 1.454 1.369 0.461 0.429 0.543 0.253 1.292 2.094 0.363 0.389 0.275 0.495 0.927 0.687 1384 chr10 22950623 22976148 + 0 NA intron (NM_005028, intron 1 of 9) intron (NM_005028, intron 1 of 9) 39652 NM_001330062 5305 Hs.57079 NM_005028 ENSG00000150867 PIP4K2A PI5P4KA|PIP5K2A|PIP5KII-alpha|PIP5KIIA|PIPK phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase type 2 alpha protein-coding 0.629 0.817 0.728 0.239 0.244 0.036 1.361 0.251 0.454 0.030 0.477 1.156 0.034 0.036 0.073 0.075 0.783 0.272 1.060 0.505 0.284 0.016 0.134 0.051 0.133 0.492 0.350 0.067 0.302 0.232 0.369 0.940 0.787 0.310 0.430 0.592 0.008 0.059 0.086 0.610 0.308 0.220 0.149 0.080 0.601 0.982 0.473 0.379 0.313 0.412 1.519 0.907 0.075 1.069 2.027 0.133 0.781 0.260 0.061 0.042 0.461 0.682 0.272 0.170 0.804 0.293 0.166 1.539 2.704 0.591 0.703 0.261 0.287 1.100 0.347 0.239 0.190 1.186 1.632 0.696 0.759 0.226 0.148 0.306 0.424 0.109 0.113 0.202 0.558 0.684 0.437 9055 chr5 90351302 90358763 + 0 NA intron (NR_003149, intron 85 of 89) MIR|SINE|MIR 255187 NR_103548 100505994 Hs.628363 NR_103548 ENSG00000248323 LUCAT1 SCAL1 lung cancer associated transcript 1 (non-protein coding) ncRNA nan 1.161 0.686 0.463 0.142 0.015 0.439 0.323 0.731 0.064 0.678 0.138 0.093 0.106 0.256 0.121 0.022 2.572 1.500 0.056 0.018 0.180 0.075 0.112 0.020 0.010 0.580 1.173 0.271 1.840 0.410 0.232 0.530 0.051 0.039 0.061 0.117 0.016 0.060 0.320 0.313 0.241 5.272 0.545 1.589 0.055 0.214 0.040 0.042 1.944 0.256 0.232 0.049 0.649 0.310 0.025 0.054 0.027 0.021 0.013 0.132 0.010 0.023 0.014 0.220 0.137 0.351 0.383 0.185 0.197 0.790 0.219 0.105 0.222 0.510 0.788 0.255 0.243 0.408 0.208 0.084 0.189 0.433 0.440 0.231 nan 0.359 0.426 11919 chrX 13429230 13452783 + 0 NA Intergenic Intergenic 87646 NR_045260 100133123 Hs.449499 NR_045260 ENSG00000226985 LINC01203 - long intergenic non-protein coding RNA 1203 ncRNA 0.851 nan 0.844 0.098 0.171 0.047 0.755 0.102 0.205 0.045 0.331 3.134 0.005 0.030 0.034 0.544 1.442 0.308 0.428 0.298 0.432 0.006 0.090 0.106 0.178 0.689 0.414 0.078 0.136 0.315 0.069 0.210 0.259 0.813 0.334 0.338 0.085 0.019 0.053 0.306 0.149 0.663 0.399 0.254 0.482 0.250 0.272 0.670 0.376 0.296 0.070 0.192 0.544 0.167 0.795 0.178 0.114 0.067 0.053 0.228 0.151 1.633 0.046 0.481 0.252 0.098 0.064 0.125 0.119 0.665 1.144 0.211 0.327 1.053 0.405 0.248 0.275 1.959 2.036 0.283 0.348 0.943 0.655 0.145 0.209 0.505 0.841 0.887 2.512 0.401 0.396 5205 chr18 22855783 22869956 + 0 NA intron (NM_015461, intron 3 of 7) intron (NM_015461, intron 3 of 7) 69345 NM_015461 25925 Hs.116935 NM_015461 ENSG00000198795 ZNF521 EHZF|Evi3 zinc finger protein 521 protein-coding 1.335 0.997 0.990 0.050 0.044 3.392 0.015 0.239 0.326 0.050 0.098 0.013 0.022 1.403 6.214 1.101 0.103 0.026 0.009 0.156 0.129 0.067 0.015 0.005 0.020 0.068 0.031 0.085 1.949 0.010 0.031 0.061 0.038 0.082 0.008 0.033 0.046 0.026 0.016 0.008 0.006 0.054 0.096 0.025 0.034 0.046 6.214 0.031 0.067 0.052 0.047 0.501 0.004 0.029 0.008 0.301 0.357 0.011 0.003 0.466 0.412 0.242 nan 3.122 3.225 0.214 0.142 0.143 0.148 0.903 0.963 0.321 0.455 0.764 0.560 0.285 0.627 0.444 0.499 0.298 0.636 1.353 1.313 7565 chr3 35680689 35708150 + 0 NA intron (NM_016300, intron 1 of 19) intron (NM_016300, intron 1 of 19) 10570 NM_016300 10777 Hs.475902 NM_016300 ENSG00000172995 ARPP21 ARPP-21|R3HDM3|RCS|TARPP cAMP regulated phosphoprotein 21 protein-coding 0.800 1.478 0.764 0.065 0.143 0.292 0.034 0.123 0.161 0.094 0.484 0.014 0.033 0.084 0.153 0.098 0.035 0.091 0.035 0.018 0.025 0.080 0.100 0.048 0.003 0.003 0.062 0.008 0.075 0.062 0.044 0.947 0.027 0.025 0.007 0.027 0.085 0.147 0.211 0.037 0.011 0.011 0.012 0.016 0.084 0.047 0.176 0.073 0.006 0.024 0.153 0.056 0.023 0.048 0.045 0.018 0.070 0.015 0.540 0.032 0.086 0.238 0.090 0.021 0.014 0.371 0.332 0.181 0.257 0.726 0.612 0.136 0.071 0.283 0.301 4.065 nan 0.712 0.574 0.739 0.451 0.144 0.258 0.047 0.047 0.402 1.105 0.587 0.462 9158 chr5 124646969 124689401 + 0 NA intron (NR_109882, intron 5 of 5) intron (NR_109882, intron 5 of 5) -160769 NR_109887 101927460 Hs.407582 NR_109887 ENSG00000260192 LINC02240 - long intergenic non-protein coding RNA 2240 ncRNA nan 0.973 0.788 0.077 0.120 0.060 0.547 0.375 0.643 0.016 0.173 0.479 0.025 0.204 0.134 0.314 0.270 0.072 0.179 0.176 0.031 0.085 0.188 0.171 0.201 0.359 0.133 0.012 0.140 0.112 0.087 0.419 0.095 0.454 0.097 0.073 0.515 3.620 0.191 0.060 0.116 0.067 0.062 0.061 0.412 0.068 0.112 0.134 0.058 0.107 0.045 0.086 0.314 0.054 0.110 0.201 0.043 0.045 0.116 0.111 0.166 0.217 0.030 0.234 0.192 0.020 0.017 0.313 0.233 0.423 nan 0.342 0.399 0.560 0.246 0.244 0.243 1.702 2.004 0.424 0.415 0.953 0.633 0.082 0.148 1.648 2.436 0.503 1.303 0.399 0.258 2068 chr11 70240127 70252611 + 0 NA intron (NM_138565, intron 1 of 16) AluJr|SINE|Alu 1757 NM_138565 2017 Hs.596164 NM_005231 ENSG00000085733 CTTN EMS1 cortactin protein-coding nan 1.070 1.331 2.051 0.975 0.607 2.385 0.563 1.454 0.641 1.738 1.379 0.338 0.528 0.988 0.903 0.966 0.182 1.728 0.541 1.193 0.443 0.513 0.323 1.046 1.883 2.110 1.486 2.056 0.839 12.048 17.620 2.234 2.846 0.572 1.165 0.223 1.422 0.133 1.003 0.477 5.413 2.822 1.500 1.793 1.825 2.067 3.540 1.674 2.140 2.405 2.411 0.903 2.587 3.189 1.046 1.374 1.467 0.272 4.745 1.119 2.739 0.532 0.403 1.351 1.241 1.041 2.115 2.198 1.488 2.083 2.054 2.130 2.467 0.980 5.558 5.455 1.711 2.307 2.005 3.312 1.932 2.002 1.070 1.921 1.119 1.190 1.154 1.542 1.266 0.708 8531 chr4 124313318 124346342 + 0 NA Intergenic MER5B|DNA|hAT-Charlie 9185 NM_005841 10252 Hs.744854 NM_005841 ENSG00000164056 SPRY1 hSPRY1 sprouty RTK signaling antagonist 1 protein-coding 0.893 1.089 nan 1.037 0.800 0.069 2.387 0.388 0.714 0.407 0.332 1.996 0.665 0.472 0.735 0.573 1.268 0.146 0.768 0.201 3.782 0.122 0.385 0.198 0.624 1.348 1.093 0.168 1.363 1.440 3.783 6.338 6.796 1.031 1.726 0.178 0.173 0.610 0.088 2.768 0.382 1.347 0.166 0.127 0.704 0.771 2.399 1.272 0.859 0.914 1.440 0.492 0.573 0.844 0.846 0.624 0.670 0.636 0.085 1.757 0.455 0.860 0.392 0.232 1.262 0.199 0.107 0.295 0.336 1.748 2.829 1.216 1.048 1.412 0.446 2.319 2.172 0.096 0.194 0.437 0.585 0.799 0.779 0.648 1.158 0.752 0.547 0.363 0.609 0.830 0.550 9287 chr5 154345450 154350840 + 0 NA 3' UTR (NM_014180, exon 7 of 7) 3' UTR (NM_014180, exon 7 of 7) 27512 NM_014180 29093 Hs.483924 NM_014180 ENSG00000082515 MRPL22 HSPC158|L22mt|MRP-L22|MRP-L25|RPML25 mitochondrial ribosomal protein L22 protein-coding 0.652 nan 0.742 0.119 0.124 0.130 0.118 0.178 0.029 0.059 0.104 0.007 0.060 0.107 0.187 0.085 0.203 0.079 0.070 0.011 0.026 0.057 0.075 0.142 0.131 0.014 0.041 0.089 0.181 0.261 0.093 0.354 0.050 0.018 0.060 0.132 0.088 0.030 0.051 0.056 0.087 0.118 0.098 0.071 0.204 0.181 0.103 0.094 0.187 0.092 0.131 0.142 0.054 0.017 0.119 0.091 0.137 0.096 0.032 0.009 1.633 1.095 10.186 2.194 0.220 0.326 0.192 0.078 0.178 0.156 0.299 0.559 0.188 0.246 0.434 0.254 0.460 0.555 0.141 0.270 0.229 0.804 0.388 0.320 6800 chr20 3019978 3032646 + 0 NA promoter-TSS (NM_030811) promoter-TSS (NM_030811) -363 NM_030811 64949 Hs.18946 NM_030811 ENSG00000125901 MRPS26 C20orf193|GI008|MRP-S13|MRP-S26|MRPS13|NY-BR-87|RPMS13|dJ534B8.3 mitochondrial ribosomal protein S26 protein-coding 1.792 2.904 1.961 0.690 2.430 1.069 0.475 0.871 1.310 0.308 1.115 0.604 0.108 2.208 3.158 1.131 0.443 0.141 0.523 0.165 0.333 0.438 1.140 0.466 1.833 0.402 0.448 0.628 0.267 0.275 0.994 1.914 0.929 3.567 0.618 0.955 0.208 0.407 0.070 0.252 0.385 0.793 0.933 0.527 0.461 0.345 0.570 0.672 1.382 0.792 0.974 0.820 1.131 0.507 0.520 1.833 0.887 0.839 0.558 1.238 1.467 0.778 0.766 0.653 0.290 0.268 0.190 2.480 3.179 1.248 1.679 3.484 3.120 3.774 1.590 2.480 2.607 1.547 2.101 9.639 10.901 2.159 2.220 1.235 2.344 1.628 1.049 1.325 1.641 1.787 0.874 1464 chr10 47766652 47770368 + 0 NA Intergenic Intergenic 21660 NM_001098845 728113 Hs.705389 NM_001630 ENSG00000264230 ANXA8L1 ANXA8|ANXA8L2|VAC-beta|bA145E20.2 annexin A8 like 1 protein-coding 0.525 nan 0.824 6.225 0.119 0.105 6.555 0.301 0.668 0.818 5.006 3.099 1.781 0.136 0.120 0.173 0.121 0.040 1.599 1.182 1.009 0.074 0.083 0.065 0.128 2.376 2.494 0.792 4.459 4.978 0.259 0.369 0.650 0.752 0.395 0.348 0.466 0.029 1.594 0.216 24.302 13.828 5.137 3.012 3.589 7.109 3.536 5.593 1.552 0.509 1.462 0.173 0.920 5.992 0.128 2.035 0.447 0.288 3.632 0.082 2.797 0.079 0.267 7.539 9.936 6.472 0.223 0.382 0.812 2.806 0.267 0.391 0.530 0.164 0.963 1.010 0.169 0.278 1.003 0.852 0.580 0.569 0.261 0.483 0.035 0.054 0.277 0.682 0.352 0.411 10632 chr7 120360395 120385475 + 0 NA intron (NM_012281, intron 1 of 5) intron (NM_012281, intron 1 of 5) 125242 NM_012338 23554 Hs.16529 NM_012338 ENSG00000106025 TSPAN12 EVR5|NET-2|NET2|TM4SF12 tetraspanin 12 protein-coding 1.117 0.634 1.100 0.103 1.111 0.034 0.071 0.185 0.328 0.004 0.152 0.154 0.012 0.535 0.334 0.072 0.186 0.120 0.232 0.113 0.058 0.336 0.774 0.265 1.470 0.041 0.017 0.006 0.351 0.186 0.077 0.358 0.462 0.861 0.123 0.601 0.929 0.054 0.142 0.024 0.118 0.051 0.019 0.022 0.104 0.200 0.134 0.265 0.120 0.104 0.031 0.096 0.072 0.080 0.041 1.470 0.269 0.095 0.035 0.049 1.723 0.031 0.071 0.123 0.024 0.016 0.004 0.450 0.469 0.282 0.393 0.538 0.550 3.484 0.998 0.345 0.330 1.944 2.380 1.358 1.792 0.585 0.276 0.193 0.340 5.045 8.173 0.650 1.175 1.847 1.242 3440 chr14 30259234 30300089 + 0 NA intron (NM_001330069, intron 1 of 18) intron (NM_001330069, intron 1 of 18) 116641 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.263 1.222 0.873 0.078 0.280 1.317 0.101 0.349 0.786 0.012 0.071 0.183 0.030 0.054 0.413 0.222 0.772 0.185 0.109 0.005 0.051 0.112 0.226 0.241 0.438 0.071 0.032 0.007 0.120 0.016 4.015 12.971 0.164 1.402 0.046 0.200 0.267 0.103 0.111 0.066 0.147 0.056 0.022 0.013 0.029 0.038 0.066 0.083 0.056 0.045 0.087 0.045 0.222 0.087 0.045 0.438 0.070 0.041 0.037 0.019 0.246 0.065 0.036 0.056 0.034 0.027 0.009 0.259 0.201 0.458 0.412 0.697 0.776 0.854 0.295 0.354 0.273 4.325 4.671 0.810 0.755 0.640 0.330 0.134 0.250 1.075 1.205 0.188 0.314 0.679 0.439 4428 chr16 69597206 69603801 + 0 NA promoter-TSS (NR_031719) promoter-TSS (NR_031719) 634 NM_001113178 10725 Hs.371987 NM_006599 ENSG00000102908 NFAT5 NF-AT5|NFATL1|NFATZ|OREBP|TONEBP nuclear factor of activated T cells 5 protein-coding nan nan 1.981 4.285 2.447 0.790 2.296 0.875 1.641 3.230 6.346 3.008 1.635 1.889 0.960 1.788 2.672 0.303 4.481 1.489 7.061 3.486 0.795 0.277 1.760 4.292 4.648 3.547 4.630 1.315 2.161 2.540 3.509 3.644 1.910 2.159 0.217 6.339 0.184 1.775 1.696 8.590 10.089 4.528 1.589 2.759 5.480 3.938 6.377 5.025 2.942 3.700 1.788 6.381 4.628 1.760 1.575 1.757 0.774 5.222 2.819 2.992 1.078 0.319 2.129 2.585 1.938 2.028 2.634 2.812 5.467 2.718 2.434 2.473 0.815 5.937 5.801 1.372 nan 2.879 4.427 3.895 3.488 1.488 3.138 0.888 0.828 0.674 1.391 1.613 0.973 7058 chr20 53596286 53635028 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 -423924 NR_110629 102723578 Hs.446269 NR_110629 ENSG00000235166 LINC01440 - long intergenic non-protein coding RNA 1440 ncRNA 0.626 1.041 0.469 0.073 0.091 0.013 0.024 0.111 0.195 0.010 0.076 0.021 0.006 0.041 0.087 0.049 0.090 0.098 0.044 0.023 0.014 0.266 0.264 0.049 0.005 0.011 0.010 0.084 0.014 0.077 0.058 0.093 0.236 0.027 0.094 0.144 0.036 0.105 0.043 0.021 0.103 0.023 0.018 0.028 0.036 0.057 0.218 0.034 0.024 0.012 0.028 0.049 0.033 0.012 0.049 0.016 0.040 0.007 0.025 0.050 0.035 0.033 0.057 0.043 0.016 0.014 0.674 nan 0.139 0.199 0.180 0.234 8.503 3.146 0.107 0.150 0.202 0.321 0.151 0.191 0.293 0.091 0.145 0.183 0.702 0.618 0.160 0.287 0.171 0.227 4354 chr16 49729148 49738739 + 0 NA intron (NM_015069, intron 3 of 7) intron (NM_015069, intron 3 of 7) -35801 NM_001330533 23090 Hs.443715 NM_015069 ENSG00000102935 ZNF423 Ebfaz|JBTS19|NPHP14|OAZ|Roaz|ZFP423|Zfp104|hOAZ zinc finger protein 423 protein-coding 1.537 3.042 1.076 0.053 0.045 0.006 0.051 0.413 1.024 0.040 0.123 0.088 0.013 0.032 0.065 11.800 0.071 0.017 0.040 0.020 0.088 0.083 0.017 0.133 0.029 0.038 0.055 0.102 0.059 0.081 0.044 0.393 0.061 0.089 0.863 0.092 0.072 0.012 0.365 0.096 0.050 0.081 0.011 0.047 0.086 0.084 0.085 0.044 0.082 0.045 11.800 0.051 0.010 0.133 0.025 0.120 1.644 0.146 0.021 0.033 0.128 0.016 0.090 0.036 0.193 0.210 0.092 0.146 1.725 1.724 4.959 1.778 0.121 0.063 0.734 1.116 0.199 0.316 1.993 1.827 0.123 0.193 2.697 2.840 0.727 1.292 2.056 0.957 5835 chr19 59082969 59088320 + 0 NA promoter-TSS (NM_003422) promoter-TSS (NM_003422) -702 NM_001267033 7593 Hs.399810 NM_003422 ENSG00000099326 MZF1 MZF-1|MZF1B|ZFP98|ZNF42|ZSCAN6 myeloid zinc finger 1 protein-coding 5.251 3.368 4.421 4.465 5.385 4.561 1.569 5.116 9.713 1.848 5.081 3.797 0.614 2.281 6.665 4.821 2.537 0.464 2.939 1.034 3.674 2.928 2.222 0.820 4.370 1.125 1.160 2.263 2.969 0.927 3.695 5.918 3.598 10.193 1.806 2.700 1.296 5.421 0.284 1.438 3.109 6.968 2.882 1.184 0.798 1.610 0.018 2.692 4.710 3.459 3.005 1.510 4.821 4.270 2.367 4.370 1.813 2.662 2.110 4.342 2.707 3.622 1.637 2.411 1.981 2.589 1.642 7.007 8.718 3.257 5.790 9.166 8.283 13.462 9.256 6.310 6.971 6.208 8.256 9.844 13.157 8.292 8.676 2.278 3.708 7.023 6.198 7.307 8.615 5.582 3.420 3426 chr14 29338440 29351094 + 0 NA Intergenic Intergenic -89774 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.588 1.438 0.848 0.063 3.146 0.106 0.079 0.624 1.106 0.054 0.065 0.064 0.095 3.601 2.695 0.172 0.179 0.108 0.060 0.022 0.033 0.719 0.608 1.667 0.050 0.023 0.006 0.097 0.008 0.641 3.010 0.250 6.604 0.081 0.073 1.862 0.034 0.134 0.009 1.856 0.022 0.010 0.012 0.009 0.006 0.065 0.079 0.022 0.075 0.031 2.695 0.050 0.029 1.667 0.010 0.072 0.199 0.041 0.857 0.105 0.016 0.249 0.031 0.018 0.004 0.217 0.136 0.207 0.247 2.344 3.524 7.996 3.585 0.142 0.179 4.012 4.439 1.827 2.330 0.700 0.249 0.076 0.142 7.093 8.605 0.543 1.027 3.928 1.794 2018 chr11 65773379 65790753 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 2604 NM_001323 1474 Hs.139389 NM_001323 ENSG00000175315 CST6 - cystatin E/M protein-coding nan 0.706 0.675 4.633 0.168 0.096 3.928 0.249 0.296 0.898 2.470 0.541 0.918 0.155 0.215 0.206 0.436 0.147 1.814 0.743 0.174 0.056 0.108 0.058 0.230 1.960 1.754 0.376 0.784 1.847 1.902 3.843 1.214 0.621 1.179 0.117 0.033 0.144 0.104 1.422 0.090 5.894 5.304 2.394 4.291 1.107 1.648 4.453 0.423 1.566 0.068 0.787 0.206 1.802 2.655 0.230 0.317 0.684 0.179 0.422 0.265 0.766 0.068 0.007 1.270 1.203 0.847 0.550 0.609 0.488 0.552 0.994 1.056 1.104 0.340 0.374 0.484 0.632 1.038 0.436 0.588 0.501 0.294 0.625 0.502 0.159 0.180 0.257 0.665 0.649 0.511 8374 chr4 53924757 53931227 + 0 NA intron (NM_152540, intron 5 of 8) intron (NM_152540, intron 5 of 8) 199497 NM_023940 65997 Hs.8035 NM_023940 ENSG00000128045 RASL11B - RAS like family 11 member B protein-coding nan 0.540 0.540 0.077 0.190 0.152 0.066 0.223 0.410 0.107 0.471 0.010 0.046 0.069 0.184 0.127 0.100 0.131 0.030 0.019 0.192 0.117 0.184 0.053 0.011 0.064 0.028 0.063 0.061 0.078 0.205 0.046 0.064 0.074 0.034 0.076 0.012 0.157 0.028 0.012 0.050 0.032 0.030 0.122 0.038 0.033 0.012 0.073 0.184 0.110 0.022 0.184 0.025 0.040 0.045 0.086 0.037 0.954 0.144 0.024 0.015 1.865 1.038 8.401 6.752 0.229 0.371 0.825 0.413 0.383 0.357 2.074 2.208 0.437 0.452 1.216 1.054 1.195 1.706 0.105 0.169 0.206 0.497 1.339 1.134 464 chr1 72741796 72757716 + 0 NA Intergenic Intergenic -1479 NM_173808 257194 Hs.146542 NM_173808 ENSG00000172260 NEGR1 DMML2433|IGLON4|KILON|Ntra neuronal growth regulator 1 protein-coding nan 0.953 1.139 2.855 1.124 2.948 0.598 0.756 1.391 0.037 0.996 1.454 0.027 0.698 1.195 1.128 0.459 0.152 0.323 0.119 3.812 0.272 1.104 0.807 2.361 0.135 0.077 0.587 0.556 0.682 0.193 0.144 0.124 4.599 0.359 0.479 0.287 0.368 0.111 0.268 0.709 1.131 0.690 0.352 0.653 0.029 0.533 1.478 0.128 1.123 0.257 0.028 1.128 0.287 0.052 2.361 0.123 0.072 0.062 0.358 0.490 0.222 0.379 0.574 0.446 2.362 1.986 1.307 1.887 0.641 1.112 5.872 nan 5.447 1.866 2.488 2.536 4.153 nan 2.225 3.504 1.693 2.302 0.234 0.785 0.956 0.459 1.313 2.023 1.816 1.081 2977 chr12 116860549 116874782 + 0 NA Intergenic Intergenic -1542 NR_039683 100616309 NR_039683 ENSG00000264037 MIR4472-2 - microRNA 4472-2 ncRNA nan nan 0.558 0.246 0.155 0.055 0.585 0.068 0.309 1.502 0.436 0.644 2.529 0.042 0.160 0.340 0.903 0.329 0.096 0.040 0.434 0.088 0.110 0.088 0.167 0.229 0.133 1.472 0.100 0.148 0.107 0.303 0.163 0.342 0.164 0.242 0.033 0.395 0.130 0.099 0.039 3.646 1.709 0.742 0.187 0.141 1.617 4.265 4.632 0.445 0.342 0.677 0.340 0.076 0.046 0.167 0.121 0.685 0.041 5.887 0.060 1.294 0.089 0.035 0.354 2.727 2.113 0.492 0.411 1.457 3.936 nan nan nan 0.089 0.482 0.414 0.802 0.963 nan nan 0.319 0.124 0.201 0.344 0.061 0.092 0.227 0.371 nan 0.506 2011 chr11 65374790 65384200 + 0 NA intron (NM_002419, intron 1 of 9) intron (NM_002419, intron 1 of 9) 2225 NM_002419 4296 Hs.502872 NM_002419 ENSG00000173327 MAP3K11 MEKK11|MLK-3|MLK3|PTK1|SPRK mitogen-activated protein kinase kinase kinase 11 protein-coding nan 2.004 1.515 2.468 2.732 2.268 2.074 1.696 3.044 1.165 2.882 1.482 0.842 1.884 2.560 2.409 1.825 0.291 2.601 0.762 2.697 1.740 1.193 0.872 2.856 1.752 1.775 2.234 1.776 0.997 4.084 5.196 2.731 5.951 1.407 2.124 0.397 3.057 0.194 1.086 1.702 7.844 3.534 1.879 2.345 1.883 3.210 2.242 3.465 3.644 1.024 2.510 2.409 4.216 3.418 2.856 1.321 2.326 0.964 3.727 1.693 1.513 1.287 0.697 1.577 1.156 0.764 3.286 4.374 3.736 6.068 5.039 4.621 3.822 1.453 5.473 5.247 2.513 3.743 3.845 5.496 2.123 2.338 1.877 3.693 2.203 2.242 1.227 2.269 1.644 0.707 9901 chr6 126049464 126074767 + 0 NA Intergenic Intergenic -8617 NM_012259 23493 Hs.144287 NM_012259 ENSG00000135547 HEY2 CHF1|GRIDLOCK|GRL|HERP1|HESR2|HRT2|bHLHb32 hes related family bHLH transcription factor with YRPW motif 2 protein-coding 1.425 1.422 1.265 0.080 0.936 0.288 0.050 0.164 0.342 0.019 0.060 0.167 0.022 0.475 0.182 0.637 1.775 0.152 0.124 0.035 0.042 1.085 0.217 0.122 0.360 0.052 0.020 0.029 0.083 0.021 0.398 0.730 0.089 2.097 0.040 0.045 1.909 0.167 0.113 0.023 0.025 0.182 0.224 0.203 0.030 0.030 0.271 0.166 0.154 0.674 0.108 0.024 0.637 0.175 0.194 0.360 0.140 0.283 0.658 0.487 0.597 0.031 0.043 1.373 0.075 0.025 0.016 0.348 0.197 0.313 0.641 0.681 0.583 3.684 1.285 0.476 0.536 0.523 0.794 0.909 0.948 7.520 8.162 0.100 0.146 6.402 6.842 1.021 1.666 0.773 0.472 3452 chr14 31490881 31540976 + 0 NA intron (NM_001254728, intron 1 of 5) AluY|SINE|Alu 20079 NM_001254728 11154 Hs.293411 NM_007077 ENSG00000100478 AP4S1 AP47B|CLA20|CLAPS4|CPSQ6|SPG52 adaptor related protein complex 4 subunit sigma 1 protein-coding 1.909 1.131 1.145 0.720 0.664 0.530 1.633 0.362 0.706 0.221 0.482 0.476 3.755 0.210 0.607 0.578 1.161 0.383 1.824 0.549 0.893 0.374 0.229 0.226 0.546 0.757 0.588 0.182 1.630 0.705 6.955 12.426 1.828 1.113 0.774 0.461 0.243 0.656 0.144 0.233 0.577 0.664 0.645 0.396 1.054 1.327 0.413 0.606 1.189 0.654 1.228 1.227 0.578 1.836 1.469 0.546 0.635 0.277 0.178 0.679 0.356 0.748 0.270 0.295 0.485 0.523 0.354 0.496 0.471 0.872 1.421 1.108 1.075 0.815 0.232 1.785 1.817 1.068 1.375 0.948 1.301 1.862 1.625 0.561 1.189 0.904 1.043 0.827 1.350 0.777 0.569 6 chr1 947649 961732 + 0 NA promoter-TSS (NM_001305275) promoter-TSS (NM_001305275) -813 NM_198576 375790 Hs.273330 NM_198576 ENSG00000188157 AGRN AGRIN|CMS8|CMSPPD agrin protein-coding 2.136 nan 1.743 4.654 1.197 1.518 2.630 0.714 1.107 1.075 3.367 1.023 3.332 1.126 1.055 0.456 3.147 0.565 3.151 1.033 3.563 0.582 0.190 0.094 0.065 1.103 1.324 2.531 3.736 1.541 3.416 nan 2.898 2.667 1.943 0.972 0.074 3.271 0.162 0.745 1.823 3.794 3.376 1.545 1.647 1.834 2.213 1.136 2.383 2.681 1.255 1.482 0.456 4.816 3.050 0.065 1.083 2.095 0.325 6.129 1.204 1.352 0.422 0.105 2.509 1.767 0.894 1.471 2.098 1.584 3.034 1.218 1.029 0.681 0.190 3.697 3.872 0.859 nan nan 5.144 nan 0.353 0.806 0.894 0.202 0.168 0.369 0.442 0.565 0.398 8334 chr4 40577254 40583688 + 0 NA intron (NM_001098634, intron 1 of 6) LTR54|LTR|ERV1 51412 NM_001098634 54502 Hs.518727 NM_019027 ENSG00000163694 RBM47 NET18 RNA binding motif protein 47 protein-coding 0.871 nan nan 1.868 0.642 0.370 5.553 0.723 0.955 1.461 0.948 1.404 1.195 0.575 0.889 0.238 0.373 0.102 3.218 1.484 0.358 0.396 0.211 0.297 3.254 2.936 0.207 4.454 2.522 1.319 3.720 1.863 1.128 0.661 0.413 0.090 0.101 0.076 1.116 0.112 0.323 0.196 0.061 3.414 5.005 1.065 2.519 2.126 0.255 2.957 1.154 0.238 1.860 4.619 0.297 0.814 0.966 0.262 0.032 1.797 0.284 0.487 0.258 0.349 0.366 0.498 0.384 1.271 3.694 0.317 0.354 0.819 0.222 0.628 0.531 0.165 0.259 1.656 2.260 0.402 0.221 0.283 0.579 0.648 0.730 0.491 1.297 2.467 2.046 3867 chr15 21891137 21928759 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu 30791 NR_027053 646214 Hs.510697 NR_027053 LOC646214 - p21 protein (Cdc42/Rac)-activated kinase 2 pseudogene pseudo nan 1.562 nan 0.044 0.124 0.021 0.093 0.386 0.614 0.137 0.115 0.201 0.016 0.109 0.106 0.223 0.119 0.152 0.335 0.116 0.453 0.276 0.130 0.141 0.121 0.136 0.045 0.023 0.104 0.031 0.187 0.106 0.111 0.763 0.035 6.365 0.023 0.061 0.148 0.022 0.021 0.579 0.054 0.064 0.055 0.043 0.343 0.259 0.149 0.072 0.134 0.151 0.223 0.186 0.057 0.121 0.160 0.066 0.059 0.100 0.102 0.172 0.161 1.037 0.155 0.028 0.023 0.764 0.421 0.598 0.826 0.212 0.271 0.378 0.180 0.810 0.798 0.462 0.792 0.392 0.525 nan 0.863 0.327 0.468 0.141 0.248 1.476 3.360 0.981 0.872 8194 chr3 196357289 196390611 + 0 NA intron (NM_198565, intron 1 of 2) L1ME4a|LINE|L1 7383 NM_198565 375387 Hs.702186 NM_198565 ENSG00000174004 NRROS ELLP3030|GARPL1|LRRC33|UNQ3030 negative regulator of reactive oxygen species protein-coding nan 2.866 1.842 0.336 1.324 3.675 1.172 1.149 2.432 0.120 0.235 0.477 0.153 0.182 1.826 0.734 0.378 0.180 0.350 0.119 0.468 0.029 0.555 0.292 1.073 1.076 0.957 0.449 0.857 0.339 0.627 nan 0.338 nan 0.237 0.664 0.131 0.446 0.078 0.371 0.404 0.717 0.565 0.298 0.408 0.356 0.534 0.531 0.391 0.908 0.374 0.560 0.734 0.980 2.397 1.073 0.173 0.278 0.287 0.684 0.366 0.517 1.073 0.952 0.270 0.143 0.074 1.129 1.067 0.434 0.642 1.868 1.512 2.328 0.769 2.085 2.239 0.736 1.224 2.786 3.284 1.382 0.995 1.340 1.660 0.779 0.708 1.075 1.740 0.964 0.767 1304 chr10 5323018 5337787 + 0 NA Intergenic Intergenic -17203 NR_149060 110806285 NR_149060 ENSG00000224034 LINC02561 - long intergenic non-protein coding RNA 2561 ncRNA 0.452 1.006 0.636 0.959 0.713 0.008 0.567 0.805 1.334 0.020 1.390 5.437 0.025 0.047 0.132 1.784 0.296 0.109 0.648 0.628 0.379 0.038 0.276 0.128 0.819 4.638 4.551 0.035 0.152 0.214 0.479 1.971 0.311 0.411 0.296 6.294 0.142 0.045 0.067 0.727 0.156 0.717 0.608 0.328 0.733 0.056 0.869 2.839 4.513 0.100 0.870 5.077 1.784 0.677 0.088 0.819 4.107 0.478 0.033 0.110 0.762 0.205 0.040 0.016 0.314 0.035 0.010 0.364 0.200 0.343 0.519 0.370 0.327 3.903 1.216 0.203 0.229 0.207 0.326 0.856 0.447 0.214 0.119 0.156 0.188 0.689 1.081 0.134 0.158 0.677 0.464 8523 chr4 117671734 117682670 + 0 NA Intergenic (T)n|Simple_repeat|Simple_repeat 329534 NM_152402 133022 Hs.570737 NM_152402 ENSG00000174599 TRAM1L1 - translocation associated membrane protein 1 like 1 protein-coding 0.431 0.648 0.434 0.060 0.120 0.015 0.136 0.102 0.146 0.058 0.033 0.018 0.011 0.106 0.054 0.032 0.078 0.052 0.006 0.013 0.029 0.109 0.099 0.006 0.055 0.020 0.066 0.049 0.052 0.148 0.067 0.029 0.009 0.030 0.094 0.022 0.022 0.042 0.005 0.099 0.021 0.062 0.081 0.022 0.027 0.007 0.006 0.106 0.066 0.025 0.099 0.011 0.007 0.013 0.021 0.027 0.096 0.007 0.011 0.009 0.226 0.182 0.087 0.182 0.124 0.165 0.076 0.038 0.122 0.135 6.568 6.690 0.189 0.205 0.325 0.157 0.101 0.138 0.054 0.046 0.175 0.386 0.159 0.224 8570 chr4 142251825 142267442 + 0 NA Intergenic LOR1-int|LTR|ERV1 -5862 NR_121625 100507639 Hs.535010 NR_121625 LINC02432 - long intergenic non-protein coding RNA 2432 ncRNA 0.917 0.885 0.803 1.861 0.135 0.003 0.081 0.123 0.185 0.159 0.324 0.107 0.008 0.025 0.067 0.073 0.106 0.062 0.747 0.182 0.044 0.717 0.051 0.113 0.139 0.040 0.023 0.024 0.062 0.014 0.077 0.057 0.054 0.233 0.019 0.331 0.218 0.770 0.065 0.023 0.021 0.088 0.166 0.090 0.072 0.024 0.293 0.115 0.417 0.638 0.060 0.227 0.073 0.483 0.018 0.139 0.062 0.032 0.013 0.044 0.019 0.015 0.032 2.051 0.020 0.007 0.010 0.214 0.158 0.230 0.527 0.289 0.356 2.077 0.799 0.243 0.222 0.127 0.173 0.480 0.562 0.270 0.119 0.107 0.246 1.495 1.385 2.809 5.878 0.487 0.463 7656 chr3 71347623 71360206 + 0 NA promoter-TSS (NM_001244812) promoter-TSS (NM_001244812) -3 NM_001244812 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 1.669 0.756 1.901 0.338 0.294 0.036 0.073 0.448 0.649 0.038 0.192 0.125 0.010 0.055 0.213 0.264 0.077 0.039 0.137 0.010 0.043 0.033 0.474 0.204 0.983 0.168 0.052 0.043 0.034 0.090 0.471 0.102 0.500 0.060 0.031 0.068 0.060 0.075 0.167 1.313 0.089 0.044 0.025 0.009 0.024 0.084 0.159 0.065 0.011 0.031 0.119 0.264 0.040 0.144 0.983 0.019 0.065 0.285 0.039 0.113 0.095 0.226 0.255 0.055 0.009 0.012 1.274 0.940 3.845 nan 0.784 0.876 0.805 0.451 1.314 1.282 0.087 0.154 0.953 1.453 11.655 10.938 0.362 0.855 0.273 0.277 0.283 nan 0.677 0.449 9649 chr6 42279661 42291838 + 0 NA intron (NM_033502, intron 3 of 17) AluSx1|SINE|Alu -100116 NM_018141 55173 Hs.380887 NM_018141 ENSG00000048544 MRPS10 MRP-S10|PNAS-122 mitochondrial ribosomal protein S10 protein-coding 1.325 0.758 0.811 1.177 0.143 0.036 5.084 0.101 0.323 0.392 0.824 1.945 0.010 0.050 0.095 0.326 0.786 0.147 1.843 0.775 1.367 0.057 0.051 0.104 0.281 2.637 2.121 0.411 0.605 2.131 0.341 0.793 0.260 0.340 1.055 0.186 0.048 0.071 0.143 0.845 0.091 0.922 2.252 1.115 0.528 1.122 1.255 4.981 0.976 1.673 1.497 1.308 0.326 2.298 5.176 0.281 0.579 0.688 0.168 0.124 0.050 2.434 0.033 0.254 1.601 2.223 1.931 0.467 0.436 0.280 0.366 0.388 0.469 0.706 0.286 0.377 0.332 0.519 0.726 0.462 nan 0.505 0.369 0.180 0.258 0.201 0.253 0.422 1.076 0.617 0.489 8017 chr3 172553014 172589940 + 0 NA Intergenic Intergenic 102735 NM_001349099 1894 Hs.518299 NM_018098 ENSG00000114346 ECT2 ARHGEF31 epithelial cell transforming 2 protein-coding 0.963 1.404 0.748 0.165 0.182 0.160 0.191 0.318 0.620 0.005 0.179 0.834 0.059 0.033 0.082 0.551 0.162 0.096 0.386 0.299 0.029 0.019 0.128 0.168 0.296 0.250 0.078 0.038 0.188 0.029 0.090 0.171 0.160 0.261 0.052 0.212 0.088 0.041 0.078 0.032 0.055 0.264 0.218 0.161 0.550 0.046 0.138 0.095 0.093 0.127 0.057 0.062 0.551 0.060 0.035 0.296 0.069 0.025 0.190 0.032 0.049 0.146 0.035 0.178 0.031 0.023 0.012 0.352 0.247 0.750 1.103 0.497 0.455 6.757 1.738 0.218 0.239 0.594 0.805 0.320 0.285 0.695 0.254 0.136 0.190 0.506 0.651 0.282 0.542 0.947 0.800 10306 chr7 36442307 36449784 + 0 NA exon (NM_001284302, exon 4 of 23) exon (NM_001284302, exon 4 of 23) -16311 NM_001100425 23366 Hs.6224 NM_015314 ENSG00000164542 KIAA0895 - KIAA0895 protein-coding 1.186 1.053 1.184 0.862 0.154 0.148 0.144 0.321 0.484 0.383 0.272 0.136 0.025 0.066 0.174 0.244 0.328 0.066 0.177 0.026 0.076 0.292 0.261 0.399 0.694 0.124 0.168 0.183 0.071 0.236 0.293 0.132 0.493 0.157 0.095 0.064 0.160 0.167 0.112 0.200 0.123 0.040 0.052 0.193 0.133 0.298 0.326 0.152 0.352 0.053 0.294 0.244 0.104 0.274 0.399 0.098 0.033 0.025 0.100 0.163 0.388 2.759 0.100 0.469 0.054 0.048 4.615 4.108 8.018 3.341 0.510 nan 0.523 0.171 3.549 3.300 1.206 nan nan nan 0.505 0.249 1.814 4.656 0.293 0.556 0.284 nan 0.974 0.671 11285 chr8 129042750 129049814 + 0 NA intron (NR_003367, intron 5 of 8) intron (NR_003367, intron 5 of 8) -15116 NR_031612 100302175 NR_031612 ENSG00000221176 MIR1207 MIRN1207|hsa-mir-1207 microRNA 1207 ncRNA nan nan nan 0.486 0.219 0.603 1.835 0.456 0.661 0.054 0.697 43.791 0.017 0.451 0.127 0.036 0.592 0.114 1.989 1.162 0.527 0.099 0.067 0.116 0.084 1.299 0.500 0.198 0.966 0.806 2.569 4.561 1.033 nan 0.579 4.533 0.002 0.064 0.067 0.953 0.056 0.480 0.316 0.202 0.587 0.259 0.545 0.593 1.648 0.589 0.391 1.030 0.036 5.969 2.114 0.084 0.086 0.593 0.028 1.835 0.561 4.641 0.056 0.202 0.290 0.065 0.036 2.519 2.220 0.965 3.276 0.651 0.661 1.485 0.409 nan nan 0.759 1.000 1.919 2.272 0.274 0.248 0.191 0.308 0.232 0.539 0.254 0.609 0.264 0.420 10778 chr7 158279191 158294227 + 0 NA intron (NM_130843, intron 1 of 21) intron (NM_130843, intron 1 of 21) 38796 NR_030325 693180 NR_030325 ENSG00000207637 MIR595 MIRN595|hsa-mir-595 microRNA 595 ncRNA 0.743 0.430 nan 0.063 0.579 0.394 0.076 0.623 1.308 0.013 0.041 0.060 0.008 0.053 0.763 3.070 0.070 0.085 0.021 0.021 0.009 0.417 0.421 1.892 0.225 0.087 0.039 0.066 0.021 0.064 0.347 0.123 1.250 0.039 0.184 0.110 0.063 0.134 0.008 0.160 0.104 0.060 0.041 0.022 0.046 0.064 0.166 0.320 0.023 0.042 0.176 3.070 0.038 0.024 1.892 0.074 0.077 0.161 0.377 0.061 0.037 0.079 0.015 0.011 0.023 0.333 0.390 0.110 0.181 2.109 2.084 1.888 0.548 0.066 0.061 0.326 0.447 1.253 1.467 0.519 0.325 0.465 0.459 0.539 0.777 0.096 0.181 1.402 0.708 11056 chr8 74216186 74288784 + 0 NA intron (NR_125388, intron 3 of 5) intron (NR_125388, intron 3 of 5) 16211 NR_125388 101926926 Hs.640090 NR_125388 ENSG00000250295 RDH10-AS1 - RDH10 antisense RNA 1 ncRNA 1.636 1.210 1.188 0.161 0.727 0.090 0.839 0.770 1.286 0.025 0.149 2.074 0.038 0.463 0.389 0.333 0.242 0.106 0.344 0.190 0.230 0.019 0.166 0.164 0.478 0.763 0.354 0.059 0.367 0.265 1.419 5.088 1.006 0.763 0.195 0.241 0.130 0.501 0.086 0.155 0.173 0.224 0.183 0.080 0.393 1.061 0.398 0.292 1.175 0.155 0.855 3.180 0.333 0.203 0.076 0.478 0.495 1.251 0.066 0.092 0.950 0.139 0.059 0.128 0.136 0.027 0.019 0.354 0.285 0.391 0.766 0.850 0.938 1.176 0.422 0.283 0.303 0.465 0.771 1.116 1.260 0.495 0.339 0.249 0.372 0.840 0.763 0.320 0.566 2.571 1.686 5763 chr19 48315738 48333302 + 0 NA promoter-TSS (NM_000554) promoter-TSS (NM_000554) -577 NM_000554 1406 Hs.617342 NM_000554 ENSG00000105392 CRX CORD2|CRD|LCA7|OTX3 cone-rod homeobox protein-coding 1.139 0.774 1.124 0.090 0.076 0.025 0.072 0.238 0.316 0.039 0.068 0.094 0.007 0.028 0.035 0.079 0.068 0.118 0.048 0.011 0.047 0.024 0.055 0.066 0.061 0.055 0.031 0.021 0.046 0.024 0.068 nan 0.124 0.212 0.025 0.049 0.016 0.161 0.112 0.007 0.032 0.154 0.034 0.027 0.012 0.049 0.114 0.102 0.181 0.085 0.065 0.046 0.079 0.020 0.045 0.061 0.049 0.076 0.022 0.159 0.029 0.022 0.061 4.030 0.021 0.013 0.011 0.165 0.171 0.175 0.271 0.295 0.333 0.290 0.174 0.261 0.327 0.194 0.380 0.142 0.226 1.257 0.791 0.141 0.158 0.084 0.114 3.108 10.542 0.363 0.423 4381 chr16 57306875 57319392 + 0 NA intron (NM_015993, intron 1 of 3) MIRb|SINE|MIR 5451 NM_015993 51090 Hs.632215 NM_015993 ENSG00000102934 PLLP PMLP|TM4SF11 plasmolipin protein-coding nan nan nan 0.243 0.713 0.160 3.177 0.197 0.507 0.069 0.567 0.503 0.104 0.104 0.949 0.369 0.134 0.055 0.872 0.366 7.932 0.099 0.164 0.118 0.579 1.663 0.819 0.317 1.427 0.952 1.215 2.607 0.634 0.645 0.942 0.267 0.061 0.194 0.076 0.603 0.107 1.677 0.751 0.559 1.747 1.179 0.587 0.439 0.995 0.720 0.433 1.850 0.369 2.241 5.862 0.579 0.432 0.196 0.149 0.793 0.127 0.788 0.087 0.029 0.954 0.249 0.110 0.309 0.386 0.223 0.356 0.595 0.533 0.975 0.296 0.356 0.360 0.199 nan nan nan nan 0.405 0.266 0.365 0.377 0.248 0.217 nan nan 0.643 5953 chr2 23602130 23610083 + 0 NA Intergenic Intergenic -2192 NM_052920 114818 Hs.130593 NM_025067 ENSG00000119771 KLHL29 KBTBD9 kelch like family member 29 protein-coding 1.854 1.723 1.177 1.989 1.387 0.195 3.259 0.627 1.271 0.287 0.916 1.454 0.008 0.151 0.200 0.754 1.805 0.163 0.925 0.407 0.165 0.053 2.133 1.038 3.028 1.115 0.849 0.350 4.101 0.455 0.584 0.560 0.691 7.051 0.037 0.269 0.120 0.271 0.076 1.036 0.729 5.632 4.856 2.396 1.770 0.958 1.355 0.530 1.528 1.658 2.700 1.680 0.754 0.868 0.715 3.028 0.680 0.168 0.998 1.977 2.600 1.898 0.414 0.187 1.269 0.572 0.355 1.273 1.874 1.547 3.221 1.914 1.279 3.024 0.908 3.211 3.251 1.220 1.840 1.970 nan 1.711 2.180 0.776 2.080 0.724 0.845 0.803 1.348 2.264 1.798 3053 chr12 131884250 131888980 + 0 NA Intergenic MLT1K|LTR|ERVL-MaLR 54600 NR_103736 338797 Hs.592007 NM_001025466 LINC02370 - long intergenic non-protein coding RNA 2370 ncRNA 0.603 0.882 0.410 0.045 0.055 0.093 0.091 0.050 0.546 0.101 0.068 0.078 0.022 0.056 0.187 0.031 0.068 0.044 0.066 0.101 0.117 0.050 0.392 0.258 0.077 0.057 0.103 1.647 0.059 0.338 0.031 2.852 0.020 0.070 0.081 0.017 0.100 0.063 0.033 0.024 0.064 0.085 2.409 0.029 7.434 5.134 0.187 0.105 0.019 0.050 1.161 1.763 0.474 0.217 0.475 0.200 0.126 0.027 0.024 0.277 0.522 0.102 0.175 0.270 0.325 0.086 0.064 0.156 0.081 0.157 0.283 nan 0.168 0.599 0.444 0.319 0.280 0.185 0.185 0.169 0.321 0.628 0.504 9137 chr5 121126878 121145279 + 0 NA Intergenic Intergenic -51572 NM_177478 94033 Hs.105324 NM_177478 ENSG00000181867 FTMT MTF ferritin mitochondrial protein-coding nan 0.736 0.609 0.043 0.106 0.015 0.035 0.052 0.136 0.010 0.094 0.075 0.007 0.022 0.053 0.049 0.115 0.052 0.075 0.010 0.017 0.007 0.110 0.085 0.058 0.007 0.008 0.016 0.067 0.017 0.092 0.050 0.054 0.168 0.008 0.079 0.026 0.053 0.128 0.013 0.034 0.075 0.023 0.013 0.006 0.017 0.069 0.142 0.034 0.042 0.008 0.018 0.049 0.057 0.032 0.058 0.007 0.023 0.015 0.022 0.036 0.034 0.054 0.053 0.012 0.013 0.006 0.217 0.175 5.219 4.754 0.119 0.164 0.088 0.069 0.154 0.163 0.172 0.248 0.152 0.179 0.422 0.158 0.079 0.103 0.152 0.142 0.210 0.370 0.108 0.214 2206 chr11 102211326 102222165 + 0 NA Intergenic Intergenic -1168 NM_001256166 329 Hs.696238 NM_001166 ENSG00000110330 BIRC2 API1|HIAP2|Hiap-2|MIHB|RNF48|c-IAP1|cIAP1 baculoviral IAP repeat containing 2 protein-coding 1.166 1.464 1.335 1.361 1.140 0.701 1.552 0.771 1.499 0.784 2.868 1.501 1.167 0.860 0.903 1.042 1.126 0.051 1.785 1.032 5.092 0.634 0.812 0.393 1.119 1.796 2.044 0.873 2.040 1.553 1.188 1.533 1.343 2.888 1.587 1.990 0.241 3.527 0.154 2.298 0.536 8.988 3.958 1.581 3.655 1.211 2.147 6.402 1.450 2.298 1.258 1.762 1.042 1.447 4.067 1.119 0.565 1.413 0.108 3.432 0.844 1.455 3.056 0.452 2.548 1.886 1.970 1.509 2.197 3.942 5.069 3.246 2.475 2.306 1.062 7.590 7.512 1.699 1.889 1.856 2.921 1.334 1.247 3.151 6.238 1.452 1.347 1.272 1.266 1.094 0.917 2177 chr11 92919917 92962230 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -9932 NM_152313 120103 Hs.148766 NM_152313 ENSG00000180773 SLC36A4 PAT4 solute carrier family 36 member 4 protein-coding 0.836 nan 1.015 0.157 4.563 6.386 0.161 4.370 8.731 0.109 0.320 0.199 0.095 1.463 2.107 0.879 0.147 0.057 0.234 0.099 0.281 0.082 1.216 0.532 7.405 0.165 0.171 0.160 0.221 0.087 0.265 0.711 0.173 11.008 0.187 0.207 1.243 0.300 0.124 0.095 1.845 0.666 0.262 0.114 0.183 0.096 0.392 0.447 0.282 0.251 0.207 0.328 0.879 0.418 0.325 7.405 0.202 0.328 0.059 0.264 2.379 0.162 0.600 0.149 0.115 0.150 0.130 1.829 1.813 0.262 nan 5.054 6.705 3.220 1.329 1.887 2.040 0.999 1.285 7.560 6.158 0.911 0.743 0.763 1.190 3.404 3.959 0.521 nan 2.066 0.988 5550 chr19 13895588 13915672 + 0 NA promoter-TSS (NM_023072) promoter-TSS (NM_023072) -644 NM_023072 65249 Hs.466015 NM_023072 ENSG00000132003 ZSWIM4 - zinc finger SWIM-type containing 4 protein-coding 1.956 1.345 1.735 3.126 0.485 0.466 1.835 0.430 0.894 1.273 1.645 1.460 0.358 0.209 0.577 0.705 1.943 0.561 1.629 0.651 1.773 0.400 0.435 0.235 0.918 2.356 2.295 1.278 1.883 0.975 0.720 nan 0.703 1.010 0.323 0.265 0.118 1.621 0.094 0.339 0.233 3.014 1.706 0.727 1.721 1.099 3.012 3.289 1.335 2.367 0.192 1.048 0.705 1.811 1.003 0.918 0.372 1.399 0.206 1.722 0.487 1.429 0.093 0.590 1.626 0.347 0.284 0.482 0.762 0.993 1.878 1.579 1.541 2.201 0.728 0.859 0.775 0.739 1.140 1.528 1.940 1.330 0.923 0.294 0.284 0.555 0.535 0.919 2.223 1.105 0.695 7841 chr3 133156102 133173162 + 0 NA intron (NR_135277, intron 2 of 3) MER2|DNA|TcMar-Tigger 9988 NR_135278 85003 Hs.659202 NR_135276 ENSG00000249993 BFSP2-AS1 - BFSP2 antisense RNA 1 ncRNA 0.938 nan nan 0.185 0.251 0.214 0.637 1.497 2.943 0.388 0.148 0.145 0.312 0.034 0.177 0.277 0.324 0.236 0.173 0.111 0.068 0.359 0.238 0.324 0.248 0.093 0.131 0.139 0.087 0.184 0.914 0.163 0.432 0.214 0.601 0.084 0.038 0.067 0.133 0.167 0.156 0.046 0.052 0.224 0.077 0.133 0.235 0.307 0.089 1.168 0.515 0.277 0.092 0.114 0.324 0.158 0.398 0.131 0.096 0.317 0.120 0.040 0.053 0.086 0.027 0.015 0.344 0.305 0.881 1.630 0.499 0.503 6.841 0.859 0.519 0.549 0.702 1.025 0.678 0.457 nan 0.318 0.153 0.308 0.791 1.338 0.280 0.583 1.436 0.657 7330 chr22 23842816 23886144 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -35313 NR_110539 388882 Hs.542766 NR_110539 ENSG00000178248 LINC01658 - long intergenic non-protein coding RNA 1658 ncRNA 1.710 nan 0.712 0.161 0.761 1.483 0.229 2.972 5.802 0.117 0.409 0.406 0.427 0.588 1.462 3.051 0.329 0.175 0.217 0.129 0.831 0.483 0.609 0.374 4.286 0.165 0.172 2.168 0.174 0.054 0.347 nan 0.647 5.450 0.226 1.375 1.074 0.843 0.074 0.342 1.383 0.642 0.092 0.070 0.040 0.087 0.062 0.922 3.861 0.987 1.679 0.655 3.051 0.537 0.278 4.286 0.119 1.067 0.813 1.421 1.163 0.240 2.715 0.396 0.539 0.057 0.021 2.662 2.933 1.725 3.024 2.222 2.558 1.964 1.133 1.920 2.122 1.698 2.098 1.014 1.544 1.455 1.207 1.974 3.174 1.922 2.304 1.269 1.562 2.036 1.311 8695 chr5 471968 474846 + 0 NA promoter-TSS (NR_024158) promoter-TSS (NR_024158) 56 NR_125375 100288152 Hs.535801 NR_125375 SLC9A3-AS1 UC011CLY.2 SLC9A3 antisense RNA 1 ncRNA 3.319 7.486 7.715 3.626 9.981 8.387 4.427 2.330 4.676 3.687 3.645 2.261 0.428 3.438 7.046 7.226 4.760 0.443 10.652 2.237 1.527 3.514 4.360 2.635 10.592 3.911 3.436 4.066 8.829 2.557 8.831 12.205 8.025 4.711 2.229 4.571 1.122 3.664 0.095 1.688 1.460 5.580 7.090 5.363 2.655 2.850 5.671 4.153 5.121 5.874 4.168 6.033 7.226 8.286 3.205 10.592 4.473 4.251 3.329 3.435 5.643 4.162 0.757 0.644 1.479 1.896 1.445 6.581 6.119 6.160 9.381 14.448 14.820 6.608 3.289 3.153 2.625 6.377 8.600 nan 14.369 nan 10.529 2.919 5.150 5.731 5.417 2.860 2.399 5.244 nan 785 chr1 156250748 156254606 + 0 NA promoter-TSS (NM_001323615) promoter-TSS (NM_001323615) 4 NM_001323615 23381 Hs.516837 NM_015327 ENSG00000198952 SMG5 EST1B|LPTS-RP1|LPTSRP1|SMG-5 SMG5, nonsense mediated mRNA decay factor protein-coding 5.708 nan 5.331 4.423 3.686 2.320 3.414 1.843 3.928 1.527 3.299 2.532 0.995 3.281 3.797 3.735 3.038 0.291 5.030 1.905 3.734 1.799 3.429 1.831 3.873 2.932 2.268 2.136 3.156 2.344 4.100 6.606 3.695 25.096 2.836 4.909 0.742 4.162 0.184 3.404 1.685 4.633 3.483 1.637 4.361 1.622 4.831 1.380 4.030 3.253 1.756 3.234 3.735 5.010 4.073 3.873 3.281 2.055 1.082 7.986 3.502 2.917 2.956 2.031 1.607 1.642 1.089 6.458 6.754 8.831 11.664 7.299 nan 8.398 3.546 6.151 6.312 4.884 6.862 10.320 13.909 5.430 5.543 6.388 10.951 3.721 5.447 8.059 8.450 3.650 1.776 6621 chr2 210366006 210379098 + 0 NA intron (NM_001039538, intron 2 of 14) intron (NM_001039538, intron 2 of 14) -71851 NM_031845 4133 Hs.368281 NM_002374 ENSG00000078018 MAP2 MAP2A|MAP2B|MAP2C microtubule associated protein 2 protein-coding nan 1.017 nan 0.160 0.375 0.123 0.114 0.252 0.339 0.022 0.126 0.310 0.033 0.076 0.102 0.388 0.401 0.202 0.137 0.706 0.042 0.337 0.291 0.724 0.169 0.022 0.006 0.052 0.025 0.080 0.127 0.162 0.482 0.089 0.178 0.273 0.431 0.111 0.009 0.479 0.042 0.009 0.012 0.042 0.012 0.073 0.099 0.187 0.043 0.042 0.132 0.388 0.065 0.063 0.724 0.084 0.096 0.052 0.063 0.132 0.024 0.068 0.216 0.063 0.006 0.008 0.215 0.263 0.247 0.356 0.318 0.419 1.334 0.580 0.529 0.525 3.345 3.631 0.530 nan 0.623 0.263 0.218 0.267 0.880 1.379 0.406 0.903 0.426 0.320 599 chr1 113931403 113945888 + 0 NA intron (NM_001142782, intron 1 of 20) intron (NM_001142782, intron 1 of 20) 5170 NM_152900 260425 Hs.486189 NM_020965 ENSG00000081026 MAGI3 MAGI-3|dJ730K3.2 membrane associated guanylate kinase, WW and PDZ domain containing 3 protein-coding nan 1.553 1.779 1.703 1.031 2.215 0.822 0.432 0.961 0.267 0.701 0.910 0.411 1.062 2.345 0.813 0.416 0.144 1.389 0.313 0.285 0.383 0.511 0.211 0.850 0.686 0.426 0.330 1.051 0.311 1.673 2.632 1.640 3.401 0.968 1.063 0.303 0.750 0.144 0.516 1.175 0.975 0.434 0.249 0.992 0.600 1.631 0.575 0.896 0.951 1.267 2.323 0.813 1.442 3.724 0.850 0.591 0.384 0.283 1.536 0.791 0.763 0.543 0.442 0.717 0.601 0.423 0.719 1.051 1.339 1.672 2.195 nan 1.998 0.608 2.284 2.296 4.331 5.165 1.208 1.796 3.443 2.837 0.902 2.065 1.126 1.059 0.825 1.456 1.091 0.681 4574 chr17 7482145 7493223 + 0 NA promoter-TSS (NM_001322800) promoter-TSS (NM_001322800) -287 NR_136401 100996842 Hs.720681 NM_001322800 ENSG00000233223 LOC100996842 - uncharacterized LOC100996842 protein-coding 2.859 1.625 2.983 1.289 1.415 2.251 1.994 1.983 3.228 1.037 2.494 1.316 2.055 2.115 1.138 1.609 0.531 0.072 2.579 1.208 4.807 0.626 0.619 0.402 2.469 0.868 0.670 0.517 2.622 0.934 1.717 3.746 1.759 2.529 0.653 3.291 0.313 2.950 0.283 0.749 1.461 2.737 2.058 0.860 0.947 1.517 2.177 1.202 3.286 3.219 1.963 1.355 1.609 2.229 4.247 2.469 1.504 1.262 0.779 3.926 3.376 2.539 0.756 2.519 1.937 1.310 0.950 5.971 6.017 5.537 7.276 4.068 3.969 4.894 2.916 3.308 3.736 3.372 4.462 6.079 7.332 1.992 1.817 2.118 2.517 1.881 2.509 4.224 5.175 1.289 0.791 587 chr1 111741367 111747686 + 0 NA intron (NM_001271833, intron 1 of 11) intron (NM_001271833, intron 1 of 11) -1201 NM_024901 79961 Hs.557850 NM_024901 ENSG00000162777 DENND2D - DENN domain containing 2D protein-coding nan 1.542 1.614 2.114 2.282 0.769 1.151 0.405 0.901 1.546 0.330 0.423 2.061 1.597 0.728 0.246 0.238 0.050 2.012 0.481 0.100 0.818 0.340 0.535 1.748 1.658 0.557 1.648 1.326 1.637 4.493 1.011 2.881 1.063 0.128 0.075 0.035 0.050 1.029 0.176 0.247 0.313 0.173 2.323 0.460 4.101 0.579 0.734 0.158 2.532 7.554 0.246 1.478 0.117 0.535 2.206 3.117 0.147 1.556 0.043 0.125 0.497 0.155 0.121 0.009 0.008 0.747 1.154 1.371 1.902 1.173 nan 3.967 1.370 3.791 3.782 0.214 0.542 3.826 5.927 0.469 0.366 1.763 1.444 0.268 0.465 0.352 0.568 0.654 0.693 1235 chr1 241800416 241808032 + 0 NA promoter-TSS (NM_014322) promoter-TSS (NM_014322) -523 NM_014322 23596 Hs.409081 NM_014322 ENSG00000054277 OPN3 ECPN|PPP1R116 opsin 3 protein-coding nan 1.626 nan 1.653 1.864 0.474 1.288 0.869 1.764 0.537 1.567 1.148 0.097 0.381 0.933 1.532 0.415 0.085 1.338 0.359 1.343 0.399 1.071 0.580 1.494 1.070 0.889 0.599 1.927 1.306 3.013 4.640 3.172 3.449 0.694 7.819 0.160 0.898 0.149 0.478 0.761 1.836 1.009 0.644 1.058 0.771 2.846 0.677 3.300 0.762 3.652 6.905 1.532 1.672 0.667 1.494 2.250 6.002 0.215 1.023 0.869 0.741 0.299 0.452 1.149 0.295 0.147 2.005 2.628 2.367 4.117 3.088 2.770 3.184 0.868 2.507 2.418 1.042 1.193 2.187 2.179 1.567 2.032 0.546 1.333 0.963 0.684 1.569 2.272 1.416 0.979 10757 chr7 153127425 153138448 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 -23617 NR_125776 103724390 Hs.614280 NR_125776 ENSG00000234722 LINC01287 TCONS_l2_00027522 long intergenic non-protein coding RNA 1287 ncRNA 0.518 0.515 nan 0.052 0.040 0.012 0.026 0.204 0.342 0.009 0.077 0.033 0.004 0.037 0.032 1.226 0.061 0.145 0.028 0.242 0.096 0.109 0.006 0.026 0.007 0.118 0.065 0.043 0.103 0.226 0.054 0.025 0.059 0.151 0.011 0.028 0.126 0.011 0.007 0.014 0.041 0.094 0.100 0.037 0.045 0.085 0.025 1.226 0.025 0.017 0.109 0.034 0.030 0.035 0.042 0.027 0.014 0.063 0.045 0.013 0.016 0.009 0.854 0.832 0.364 0.260 0.473 0.554 6.594 2.527 0.071 0.100 0.139 0.337 0.101 0.126 0.251 0.134 0.093 0.198 0.075 0.123 0.113 0.255 0.596 0.687 3814 chr14 102426294 102448451 + 0 NA intron (NM_001376, intron 1 of 77) intron (NM_001376, intron 1 of 77) 6507 NM_001376 1778 Hs.614080 NM_001376 ENSG00000197102 DYNC1H1 CMT2O|DHC1|DHC1a|DNCH1|DNCL|DNECL|DYHC|Dnchc1|HL-3|SMALED1|p22 dynein cytoplasmic 1 heavy chain 1 protein-coding 3.084 1.305 1.451 1.411 1.819 1.961 1.814 0.462 0.972 0.899 1.397 1.582 1.370 0.273 1.110 1.955 2.489 0.414 0.701 0.222 3.785 0.446 0.609 0.488 1.072 3.084 2.696 0.426 1.161 1.047 1.434 2.080 2.649 2.617 0.875 4.488 0.210 0.748 0.137 0.876 0.520 1.863 2.132 1.069 0.793 0.725 3.345 2.039 1.812 3.026 1.091 2.054 1.955 0.698 3.205 1.072 0.922 0.669 0.525 0.980 0.788 2.034 0.479 0.570 4.044 1.575 1.523 1.051 0.991 2.100 3.698 2.796 2.673 1.564 0.499 1.398 1.374 1.963 2.702 2.989 5.073 2.892 2.483 0.980 1.874 1.282 1.925 1.178 1.486 1.107 0.615 298 chr1 40404541 40430028 + 0 NA Intergenic THE1D|LTR|ERVL-MaLR -3500 NM_001349821 84879 Hs.655177 NM_032793 ENSG00000168389 MFSD2A MCPH15|MFSD2|NLS1 major facilitator superfamily domain containing 2A protein-coding 12.221 1.380 nan 0.274 5.473 1.557 0.679 0.572 0.978 0.068 0.408 0.253 0.019 0.467 0.882 9.449 0.250 0.158 0.334 0.164 0.058 0.076 0.343 0.279 2.175 0.297 0.183 0.179 0.321 0.133 0.531 2.631 1.363 1.735 0.217 0.187 0.038 0.183 0.121 0.047 8.110 0.314 0.073 0.055 0.189 0.171 0.310 0.208 0.294 0.277 0.056 0.392 9.449 0.366 0.192 2.175 0.245 0.185 0.247 0.397 0.266 0.093 0.237 0.243 0.069 0.173 0.074 0.648 0.885 0.676 1.293 3.435 2.422 1.077 0.263 0.626 0.684 0.843 nan nan 4.693 0.547 0.518 0.754 nan 0.227 0.179 0.658 1.040 1.612 1.136 95 chr1 12647083 12681503 + 0 NA intron (NM_004753, intron 1 of 5) intron (NM_004753, intron 1 of 5) -7884 NM_001324370 9249 Hs.289347 NM_004753 ENSG00000162496 DHRS3 DD83.1|RDH17|Rsdr1|SDR1|SDR16C1|retSDR1 dehydrogenase/reductase 3 protein-coding 1.397 1.241 nan 2.330 0.926 0.108 1.681 0.498 0.878 1.445 0.820 4.054 0.413 0.300 0.067 0.403 0.680 0.187 1.356 0.821 0.858 0.242 0.082 0.114 0.216 0.472 0.352 0.414 1.317 0.619 1.519 2.672 1.950 1.128 0.939 1.325 0.277 0.170 0.107 0.748 0.088 3.743 0.286 0.188 1.669 0.595 2.272 1.270 3.110 1.933 1.397 2.505 0.403 0.525 2.473 0.216 1.075 2.615 0.116 0.514 0.162 0.452 0.384 0.201 1.467 0.609 0.555 1.073 2.051 0.829 2.470 2.634 2.450 0.433 0.098 0.501 nan 0.449 nan 1.023 1.158 nan 0.829 0.542 0.710 1.007 0.433 0.279 0.617 0.264 0.381 8742 chr5 8455648 8466581 + 0 NA promoter-TSS (NR_039663) promoter-TSS (NR_039663) 76 NR_039663 100616142 NR_039663 ENSG00000284000 MIR4458 mir-4458 microRNA 4458 ncRNA 0.798 1.021 1.355 0.804 3.194 0.748 1.484 0.516 1.221 0.492 0.889 1.207 0.290 0.326 0.927 0.515 1.701 0.206 1.501 0.505 0.023 0.177 1.887 1.030 0.492 0.272 0.205 0.149 1.672 0.752 1.443 2.077 1.440 2.466 0.380 1.115 0.271 0.786 0.130 0.474 0.356 1.382 0.888 0.478 0.308 0.162 1.253 0.144 0.402 0.019 0.847 0.055 0.515 1.570 0.050 0.492 0.873 0.189 0.578 0.944 1.801 0.815 0.390 0.022 0.334 0.442 0.374 0.990 0.864 0.884 nan 0.339 0.464 1.779 0.693 0.137 0.086 1.781 2.161 4.657 5.407 nan 4.440 0.876 1.365 1.964 2.701 0.124 0.186 3.717 nan 3291 chr13 100749357 100755450 + 0 NA intron (NM_001127692, intron 1 of 22) MIRc|SINE|MIR 11134 NM_001352606 5095 Hs.80741 NM_000282 ENSG00000175198 PCCA - propionyl-CoA carboxylase subunit alpha protein-coding 0.990 1.686 0.988 0.141 0.626 0.563 0.291 0.263 0.300 0.032 0.204 0.243 0.020 0.067 0.597 0.766 1.845 0.578 0.223 0.031 0.070 0.273 0.390 0.080 0.138 0.521 0.221 0.083 0.067 0.208 0.355 0.470 0.092 1.534 0.097 0.035 0.313 0.291 0.116 0.211 0.682 0.227 0.079 0.102 0.306 0.105 0.181 1.016 0.347 0.257 4.971 0.104 0.766 0.157 0.076 0.138 0.101 0.095 0.080 0.076 0.267 0.220 0.113 0.368 0.389 1.172 1.236 0.706 0.483 0.357 0.621 0.411 0.476 1.887 0.472 0.164 0.213 0.462 nan 0.921 0.467 0.366 0.254 0.522 0.519 2.030 6.679 0.347 nan 0.203 0.235 8088 chr3 182127901 182136137 + 0 NA Intergenic Intergenic 72131 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.139 1.234 0.858 0.403 0.506 0.080 0.164 0.274 0.364 0.115 0.105 0.034 0.038 0.036 0.537 0.109 0.072 0.116 0.154 0.046 0.019 0.133 0.191 0.233 0.025 0.009 0.037 0.125 0.071 0.118 0.469 0.149 0.430 0.177 0.182 0.026 0.064 0.076 5.852 0.090 0.035 0.010 0.014 0.032 0.292 0.122 0.040 0.043 0.066 0.078 0.109 0.207 0.011 0.233 0.201 0.058 0.007 0.050 0.049 0.108 0.089 0.021 0.019 0.255 0.165 0.182 0.370 0.416 0.640 0.925 0.325 0.117 0.104 0.475 1.023 0.514 0.562 0.803 0.326 0.273 0.433 0.454 0.318 0.225 0.236 0.824 0.768 243 chr1 33633627 33652355 + 0 NA promoter-TSS (NM_001330483) promoter-TSS (NM_001330483) -840 NM_001330483 55223 Hs.656006 NM_018207 ENSG00000116525 TRIM62 DEAR1 tripartite motif containing 62 protein-coding 2.316 nan 5.032 0.377 1.121 0.459 0.189 0.308 0.520 0.110 0.301 0.178 0.043 0.080 0.752 0.402 0.183 0.112 0.150 0.030 0.158 0.096 0.318 0.192 0.810 0.048 0.027 0.263 0.113 0.034 0.215 0.590 0.279 2.134 0.109 0.051 0.025 0.285 0.099 0.032 0.831 0.407 0.074 0.041 0.056 0.037 0.392 0.198 0.209 0.546 0.258 0.167 0.402 0.262 0.242 0.810 0.026 0.252 0.280 0.397 1.002 0.064 0.420 0.908 0.101 0.058 0.035 0.724 0.987 0.529 0.549 1.892 1.582 nan 0.245 0.896 0.971 1.236 1.604 1.480 2.155 nan 2.595 0.479 0.794 0.241 0.206 1.262 2.332 1.280 nan 3835 chr14 104685290 104696957 + 0 NA intron (NR_146612, intron 1 of 2) intron (NR_146612, intron 1 of 2) 1202 NR_146611 145195 Hs.534297 NR_146611 ENSG00000258913 C14orf144 - chromosome 14 open reading frame 144 (putative) ncRNA 1.474 1.053 0.775 0.129 0.338 7.661 0.061 0.083 0.125 0.016 0.086 0.008 0.157 2.120 1.527 0.197 0.065 0.027 0.028 0.017 0.016 0.072 0.337 0.133 6.130 0.060 0.081 0.038 0.092 0.045 0.199 1.093 0.094 4.820 0.153 0.084 0.247 0.074 0.105 0.055 0.103 0.042 0.060 0.047 0.192 0.025 0.107 0.091 0.056 0.034 1.028 0.197 0.330 0.016 6.130 0.640 0.127 0.300 0.110 3.795 0.215 0.879 1.716 0.013 0.020 0.004 2.488 3.542 0.591 0.424 4.513 3.577 0.197 0.111 0.036 0.060 3.472 4.030 8.582 9.958 1.502 1.319 1.443 1.966 0.843 1.083 1.624 3.386 2.253 1.382 4731 chr17 36708673 36717164 + 0 NA intron (NM_025248, intron 11 of 18) intron (NM_025248, intron 11 of 18) 49265 NM_025248 80725 Hs.448872 NM_025248 ENSG00000277363 SRCIN1 P140|SNIP SRC kinase signaling inhibitor 1 protein-coding nan 1.703 2.464 1.746 0.671 1.285 1.828 5.423 9.298 0.192 1.589 0.283 0.022 0.669 0.653 1.101 0.328 0.114 1.226 1.004 2.040 0.065 4.676 2.352 0.943 0.679 0.377 0.428 0.564 0.825 0.349 0.677 0.567 3.633 0.686 0.960 0.895 0.166 0.068 0.333 0.692 1.355 0.106 0.157 1.683 0.234 1.303 0.577 1.392 0.437 0.811 0.785 1.101 0.478 0.546 0.943 0.275 0.350 1.794 1.916 2.814 0.501 0.362 1.207 0.459 0.075 0.029 0.757 1.094 0.923 1.481 nan 1.638 4.168 0.949 1.354 1.396 1.945 3.072 6.017 6.657 nan 1.882 0.675 0.720 4.233 4.271 1.643 3.207 4.732 2.263 11536 chr9 36757570 36775482 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu 57070 NR_039686 100616289 NR_039686 ENSG00000266255 MIR4475 - microRNA 4475 ncRNA 0.601 nan 0.724 0.024 0.605 0.430 0.091 0.770 1.517 0.161 0.117 0.021 0.242 2.705 0.321 0.055 0.064 0.135 0.053 0.023 0.393 0.296 2.917 0.057 0.032 0.067 0.061 0.106 0.133 0.118 2.467 0.025 0.088 0.155 0.351 0.070 0.013 0.588 0.092 0.125 0.074 0.012 0.034 0.021 0.133 0.313 0.403 0.189 0.093 0.321 0.132 0.021 2.917 0.020 0.166 0.152 0.247 0.295 0.057 0.376 0.069 0.017 0.019 0.014 0.657 0.932 0.343 0.402 1.748 1.611 3.538 0.967 0.237 0.256 0.731 1.126 2.429 2.460 1.747 1.898 0.578 0.732 0.781 0.575 0.306 0.475 2.385 1.648 8241 chr4 6688325 6698391 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -1112 NR_147207 339988 Hs.434746 NR_147207 ENSG00000246526 LINC002481 - long intergenic non-protein coding RNA 2481 ncRNA 0.700 0.695 nan 1.692 1.114 0.288 1.865 0.048 0.088 0.704 1.497 0.329 5.700 0.518 0.199 0.493 0.112 0.080 2.767 1.003 0.082 0.041 0.234 0.125 0.301 1.124 0.556 0.097 1.593 1.363 5.250 10.470 5.509 0.408 2.802 1.548 0.038 0.096 0.071 1.161 0.127 1.627 0.463 0.325 1.012 2.230 4.363 0.963 3.132 0.993 0.332 4.772 0.493 6.127 0.441 0.301 3.561 6.363 0.068 0.358 0.582 1.141 0.088 0.061 0.795 0.223 0.137 0.541 0.568 0.535 1.276 0.432 0.472 nan 0.289 0.539 0.413 0.178 0.387 1.445 1.904 0.354 0.356 0.424 0.401 0.138 0.279 0.190 0.310 nan 0.442 2682 chr12 53287527 53352113 + 0 NA intron (NM_001256293, intron 1 of 8) intron (NM_001256293, intron 1 of 8) 433 NM_001256282 3856 Hs.533782 NM_002273 ENSG00000170421 KRT8 CARD2|CK-8|CK8|CYK8|K2C8|K8|KO keratin 8 protein-coding nan 1.659 0.780 1.957 2.230 0.973 2.384 1.194 2.307 1.125 1.336 1.089 4.217 1.495 2.988 0.587 0.199 0.152 2.017 0.823 0.641 0.034 0.689 0.473 3.704 1.337 1.233 0.738 2.403 1.703 4.001 7.422 2.403 4.426 1.489 2.466 0.209 0.077 0.090 0.532 0.942 3.318 2.817 1.177 1.749 2.162 3.415 2.667 4.499 1.342 1.002 2.309 0.587 2.951 2.266 3.704 1.010 3.917 0.277 2.573 0.553 1.878 0.788 0.027 0.618 2.723 2.331 nan 3.243 1.238 1.813 2.866 nan 4.014 1.399 1.819 1.887 0.199 nan 6.693 nan 0.573 0.388 1.036 1.691 0.837 0.955 0.166 0.225 1.708 0.993 6222 chr2 86175958 86208776 + 0 NA Intergenic L1PA4|LINE|L1 75964 NR_110569 101928113 Hs.625888 NR_110569 ST3GAL5-AS1 - ST3GAL5 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan 0.660 nan 0.097 0.615 2.259 1.542 0.151 0.343 0.014 0.210 0.329 0.107 0.100 0.166 0.183 0.380 0.161 0.798 0.613 0.131 0.021 0.104 0.112 0.150 1.138 0.621 0.034 0.618 0.421 2.220 5.767 2.198 2.711 0.709 0.455 0.048 0.053 0.116 0.076 0.044 0.548 0.120 0.062 0.735 0.643 0.229 0.260 2.264 0.156 0.912 2.179 0.183 1.237 0.096 0.150 0.704 1.025 0.167 0.138 0.411 0.202 0.027 0.078 0.088 0.021 0.019 0.313 0.170 0.223 0.286 0.451 0.492 0.239 0.126 0.199 0.236 0.338 0.549 1.700 1.794 0.791 0.619 0.120 0.198 0.167 0.244 0.160 0.309 1.217 0.894 6338 chr2 121624193 121659449 + 0 NA intron (NM_005270, intron 1 of 12) intron (NM_005270, intron 1 of 12) 86954 NM_005270 2736 Hs.111867 NM_005270 ENSG00000074047 GLI2 CJS|HPE9|PHS2|THP1|THP2 GLI family zinc finger 2 protein-coding 1.353 nan nan 0.095 0.063 2.601 0.143 0.100 0.179 0.016 0.284 0.063 0.012 0.023 0.452 2.175 0.172 0.064 0.051 0.016 0.050 0.020 0.058 0.085 0.085 0.518 0.284 0.104 0.108 0.042 0.071 0.391 0.090 1.081 0.029 0.144 0.054 0.037 0.075 0.113 0.066 0.147 0.036 0.045 0.041 0.070 0.104 0.255 0.399 0.038 0.047 0.113 2.175 0.057 0.026 0.085 0.118 0.046 0.643 0.106 0.023 0.127 0.112 0.179 0.080 0.038 0.027 0.548 0.562 0.313 0.354 1.229 1.403 0.152 0.102 0.606 0.625 0.510 0.732 2.720 2.277 0.901 0.935 0.270 0.365 0.149 0.121 0.364 0.658 0.591 0.397 5791 chr19 50368598 50374288 + 0 NA promoter-TSS (NM_007254) promoter-TSS (NM_007254) -621 NM_007254 11284 Hs.78016 NM_007254 ENSG00000039650 PNKP AOA4|EIEE10|MCSZ|PNK polynucleotide kinase 3'-phosphatase protein-coding 4.914 4.024 3.386 5.574 4.865 4.539 2.447 5.252 9.340 2.338 5.278 2.934 0.838 2.808 5.778 3.219 1.681 0.657 3.852 0.933 3.834 1.537 1.856 0.809 4.068 1.129 1.137 3.405 3.843 0.968 3.526 6.379 4.090 9.898 1.844 2.815 1.618 4.753 0.190 1.432 2.116 6.865 2.088 1.191 1.973 1.468 2.942 2.463 5.574 4.372 4.342 1.864 3.219 5.234 1.835 4.068 1.490 3.345 1.781 5.386 3.331 2.161 1.570 1.976 2.410 1.842 1.321 2.301 3.471 4.135 6.023 7.835 4.943 11.748 5.157 9.025 9.571 5.066 6.190 7.882 12.235 7.008 6.124 1.165 3.036 5.440 4.946 3.686 6.359 4.744 2.264 753 chr1 154578976 154582765 + 0 NA promoter-TSS (NM_015840) promoter-TSS (NM_015840) -146 NM_001111 103 Hs.12341 NM_001111 ENSG00000160710 ADAR ADAR1|AGS6|DRADA|DSH|DSRAD|G1P1|IFI-4|IFI4|K88DSRBP|P136 adenosine deaminase, RNA specific protein-coding nan 5.013 5.167 3.293 3.717 4.254 3.580 2.333 4.857 3.436 3.220 3.489 2.499 1.876 10.167 5.203 7.660 1.246 5.904 2.151 6.098 3.837 4.179 2.340 5.105 3.303 3.887 3.086 3.295 1.250 3.774 7.091 5.949 15.702 2.201 6.277 0.832 6.998 0.351 3.176 2.426 10.599 5.116 2.180 2.867 4.225 2.943 3.303 4.082 3.945 9.399 7.533 5.203 6.761 6.540 5.105 3.427 3.507 0.696 8.741 2.862 5.507 6.370 0.195 2.207 2.797 1.839 3.670 4.331 8.270 13.118 10.982 nan 7.736 2.466 4.213 4.671 2.550 4.182 9.607 15.292 5.925 5.561 10.661 12.753 5.658 6.323 0.667 0.882 3.590 1.749 10920 chr8 39890692 39925322 + 0 NA Intergenic L1MDa|LINE|L1 -102980 NM_020130 56892 Hs.591849 NM_020130 ENSG00000176907 TCIM C8orf4|TC-1|TC1 transcriptional and immune response regulator protein-coding 0.512 0.982 nan 0.318 2.179 0.385 0.496 0.314 0.501 0.055 0.154 0.307 0.022 0.393 0.072 0.433 0.061 0.106 0.414 0.319 0.383 0.040 0.150 0.109 1.297 1.044 0.526 0.019 0.334 0.587 2.389 6.501 1.415 2.861 0.810 0.219 0.278 0.175 0.139 0.371 0.089 0.141 0.048 0.057 0.766 0.372 0.669 0.126 2.726 0.033 0.200 4.355 0.433 0.277 0.024 1.297 1.279 1.851 0.980 0.252 0.213 0.338 0.060 0.013 0.017 0.018 0.477 0.476 1.078 1.934 0.778 0.854 0.135 0.094 1.217 1.162 0.129 0.251 1.295 1.406 0.422 0.202 0.376 0.462 0.914 1.013 0.175 0.271 0.259 0.368 11373 chr8 143749987 143765103 + 0 NA intron (NR_033343, intron 1 of 2) intron (NR_033343, intron 1 of 2) -4329 NM_005672 8000 Hs.652235 NM_005672 ENSG00000167653 PSCA PRO232 prostate stem cell antigen protein-coding 2.233 0.961 nan 4.402 0.566 0.793 4.023 0.565 1.104 3.470 2.487 1.808 0.143 0.329 0.400 1.118 1.024 0.169 2.465 1.033 2.681 0.790 0.245 0.049 1.084 2.173 1.728 1.033 1.729 1.830 1.451 3.736 0.877 2.009 2.582 1.276 0.175 0.614 0.082 1.157 0.190 5.446 2.127 1.172 1.244 0.748 6.965 2.718 2.092 2.253 1.212 3.870 1.118 3.262 3.877 1.084 1.691 6.401 0.377 3.739 0.505 1.538 0.223 0.328 0.632 0.899 0.660 0.826 1.002 0.892 1.207 nan 2.908 nan 0.497 1.759 1.771 0.526 0.929 0.627 0.926 1.642 2.141 1.177 1.447 1.178 1.039 1.586 1.655 0.835 0.550 8077 chr3 181324158 181369386 + 0 NA intron (NR_075093, intron 4 of 4) MIRb|SINE|MIR 18650 NR_004053 347689 Hs.654932 NR_004053 SOX2-OT NCRNA00043|SOX2OT SOX2 overlapping transcript ncRNA 0.828 1.159 0.657 0.251 0.210 0.027 0.347 0.259 0.607 0.013 0.092 0.037 0.168 0.022 0.102 0.195 0.114 0.175 0.113 0.105 0.028 0.015 0.388 0.323 0.166 0.162 0.066 0.013 0.252 0.144 0.124 0.354 0.100 0.468 0.184 0.068 0.033 3.340 0.128 0.039 0.244 0.108 0.206 0.181 0.379 0.098 0.145 0.239 0.034 0.084 0.019 0.050 0.195 0.107 0.037 0.166 0.149 0.026 0.013 0.012 0.016 0.034 0.044 0.070 0.136 0.027 0.017 0.262 0.193 0.152 0.296 0.521 0.632 3.298 1.543 0.169 0.132 0.198 0.378 0.526 0.577 0.778 0.336 0.100 0.152 0.196 0.222 0.146 0.249 0.656 0.575 11296 chr8 130884433 130903622 + 0 NA intron (NM_001353310, intron 3 of 12) intron (NM_001353310, intron 3 of 12) 58091 NM_001353313 51571 Hs.126941 NM_016623 ENSG00000153310 FAM49B BM-009|L1 family with sequence similarity 49 member B protein-coding nan 0.805 1.346 3.793 0.211 0.146 0.259 0.259 0.448 0.228 0.400 0.344 0.062 0.089 0.168 0.154 0.813 0.085 0.489 0.138 0.374 0.058 0.269 0.222 0.157 0.231 0.101 0.149 0.220 0.397 0.227 0.436 0.233 0.599 0.265 0.091 0.035 0.136 0.100 0.107 0.133 0.932 1.112 0.602 0.248 0.293 0.380 0.190 0.556 0.222 0.142 0.266 0.154 0.813 0.175 0.157 0.229 0.376 0.040 0.143 0.063 0.144 0.087 0.231 0.310 0.042 0.034 0.307 0.274 0.496 0.558 0.526 0.701 0.459 0.259 nan 1.232 0.751 1.014 0.330 0.352 0.647 0.375 0.229 0.420 0.351 0.234 0.389 0.791 2.133 0.925 8293 chr4 24884381 24895918 + 0 NA intron (NM_001130726, intron 1 of 11) intron (NM_001130726, intron 1 of 11) 24451 NM_001330644 91050 Hs.106432 NM_173463 ENSG00000181982 CCDC149 - coiled-coil domain containing 149 protein-coding 0.908 0.572 nan 0.119 0.152 2.485 0.222 0.139 0.340 0.008 0.075 0.024 0.061 4.843 0.134 0.136 0.028 0.212 0.042 0.022 0.012 0.111 0.129 0.233 0.113 0.012 0.019 0.054 0.027 0.042 0.157 0.073 0.232 0.063 0.047 0.032 0.023 0.065 0.020 0.097 0.143 0.005 0.020 0.028 0.075 0.092 0.201 0.092 0.064 0.032 0.072 0.134 0.105 0.031 0.233 0.013 0.062 0.025 0.026 0.027 0.028 0.043 0.441 0.054 0.010 0.005 0.321 0.284 0.148 0.294 0.239 0.400 0.261 0.094 0.297 0.235 0.246 0.454 0.975 0.949 0.580 0.453 0.205 0.184 0.064 0.070 0.477 1.011 nan 0.961 2171 chr11 92331693 92348493 + 0 NA intron (NM_001008781, intron 2 of 24) intron (NM_001008781, intron 2 of 24) 254831 NM_001008781 120114 Hs.98523 NM_001008781 ENSG00000165323 FAT3 CDHF15|CDHR10|hFat3 FAT atypical cadherin 3 protein-coding 0.686 nan 0.543 0.069 0.255 0.165 0.042 0.162 0.253 0.023 0.098 0.020 0.019 0.059 0.154 0.236 0.112 0.067 0.070 0.054 0.030 0.020 0.056 0.104 0.095 0.045 0.017 0.009 0.049 0.018 0.091 0.044 0.084 0.474 0.035 0.074 0.068 0.058 0.108 0.007 0.181 0.143 0.038 0.009 0.058 0.019 0.155 0.221 0.034 0.034 0.005 0.051 0.236 0.036 0.028 0.095 0.073 0.049 0.006 0.007 0.054 0.038 2.708 0.160 0.031 0.007 0.009 9.059 5.908 1.589 nan 0.383 0.560 0.150 0.110 13.371 14.016 0.738 0.994 1.225 0.807 0.381 0.185 6.307 7.142 0.553 0.776 0.298 nan 0.855 0.608 106 chr1 15724776 15759466 + 0 NA intron (NM_024329, intron 1 of 3) AluSz|SINE|Alu 5730 NM_024329 79180 Hs.465374 NM_024329 ENSG00000142634 EFHD2 SWS1 EF-hand domain family member D2 protein-coding 1.400 2.233 nan 0.990 7.094 2.179 2.092 0.679 1.418 0.137 1.660 1.170 0.034 0.471 1.388 0.715 0.231 0.097 2.476 1.080 0.365 0.216 0.498 0.246 0.945 0.866 0.802 0.443 0.378 0.738 0.800 2.832 0.272 4.247 0.772 3.419 0.132 0.389 0.115 0.514 0.124 3.195 1.421 0.739 0.950 0.340 0.546 1.187 1.481 1.592 0.207 0.393 0.715 1.705 3.174 0.945 0.545 0.453 0.407 1.019 0.949 0.424 0.426 0.543 1.315 0.040 0.026 0.894 1.011 0.767 1.036 3.475 3.417 2.601 0.665 1.157 nan 0.647 nan 7.269 7.614 nan 0.755 0.603 0.934 0.712 0.611 1.066 2.596 2.176 1.112 8158 chr3 192160543 192165477 + 0 NA intron (NM_004113, intron 2 of 5) intron (NM_004113, intron 2 of 5) -36172 NM_021032 2257 Hs.390250 NM_004113 ENSG00000114279 FGF12 EIEE47|FGF12B|FHF1 fibroblast growth factor 12 protein-coding nan 1.095 0.834 0.359 0.251 0.086 0.069 0.388 0.900 0.153 0.064 0.074 0.025 0.083 0.125 0.466 0.168 0.195 0.086 0.076 0.025 0.352 0.235 0.315 0.014 0.029 0.125 0.022 0.066 nan 0.099 nan 0.059 0.133 0.059 0.243 0.076 0.436 0.019 0.049 0.032 0.044 0.046 0.136 0.183 0.033 0.072 0.303 0.075 0.466 0.114 0.019 0.315 0.049 0.034 0.060 0.047 0.104 0.009 0.061 0.403 0.016 0.058 0.091 0.970 0.618 15.428 12.017 0.797 0.815 1.940 0.551 1.279 1.666 0.700 1.409 0.656 0.555 1.390 1.178 0.226 0.480 0.291 0.816 0.780 1.669 1.226 0.951 11464 chr9 14336924 14355612 + 0 NA intron (NM_001190738, intron 1 of 8) CpG -32223 NM_001190737 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 2.491 0.143 0.962 2.067 0.137 0.306 0.567 0.050 0.080 0.568 0.014 0.048 0.081 0.511 1.018 0.163 0.125 0.031 0.054 0.029 1.392 0.976 1.259 0.073 0.027 0.009 0.110 0.052 0.376 1.122 0.456 2.163 0.141 0.237 0.133 0.179 0.080 0.031 0.166 0.079 0.038 0.025 0.170 0.061 0.088 0.123 0.318 0.137 0.384 0.147 0.511 0.091 0.472 1.259 0.098 0.093 0.041 0.268 0.223 0.106 0.063 0.053 0.061 0.018 0.011 0.228 0.115 1.137 1.853 1.460 1.264 2.188 0.752 0.194 0.189 47.709 48.713 0.698 0.683 0.341 0.271 0.288 0.421 0.535 0.375 0.184 0.454 8.146 4.948 203 chr1 28572742 28588682 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -5251 NM_031459 83667 Hs.469543 NM_031459 ENSG00000130766 SESN2 HI95|SES2|SEST2 sestrin 2 protein-coding 2.011 1.327 nan 1.870 2.110 0.759 1.025 0.926 1.401 0.893 1.179 1.701 0.308 0.482 1.021 0.487 1.144 0.231 1.143 0.407 0.507 1.485 0.640 0.290 0.466 1.066 0.632 0.692 1.275 0.497 2.353 5.395 1.283 2.862 0.409 2.087 0.197 2.550 0.162 0.312 1.206 1.286 0.691 0.380 0.697 0.500 0.980 1.714 1.333 2.011 0.844 0.974 0.487 1.078 1.940 0.466 1.020 0.459 0.353 1.376 0.651 0.623 0.417 0.388 0.748 0.407 0.226 0.709 0.940 1.236 2.090 1.640 1.569 1.871 0.373 2.951 2.998 1.439 2.103 2.477 3.089 1.577 1.461 0.750 1.422 1.124 1.345 1.705 5.694 1.146 0.621 6114 chr2 53489769 53533846 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -483113 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 5.790 nan 5.379 0.091 0.092 0.038 0.169 0.117 0.194 0.017 0.078 0.021 0.013 0.084 0.135 0.128 0.183 0.067 0.217 0.137 0.019 0.019 0.089 0.161 0.097 0.062 0.025 0.015 0.129 0.297 0.121 0.106 0.085 0.287 0.083 0.062 1.100 0.047 0.119 0.016 0.067 0.115 0.027 0.011 0.037 0.050 0.150 0.122 0.059 0.031 0.037 0.203 0.128 0.089 0.021 0.097 0.109 0.058 0.051 0.033 0.143 0.063 0.036 0.065 0.026 0.016 0.009 0.319 0.180 0.164 0.235 0.280 0.362 0.137 0.066 0.371 0.346 0.392 0.645 0.378 0.339 0.430 0.279 0.122 0.221 7.236 9.191 0.275 0.434 0.311 0.317 10762 chr7 154989986 155020360 + 0 NA Intergenic Intergenic -84309 NM_001346590 3638 Hs.520819 NM_005542 ENSG00000186480 INSIG1 CL6 insulin induced gene 1 protein-coding 0.697 1.102 nan 2.284 0.061 1.869 0.221 0.159 0.324 0.034 0.361 0.877 0.366 0.080 1.643 0.392 0.747 0.122 0.216 0.162 0.021 0.023 0.166 0.155 0.493 0.567 0.341 0.034 0.099 0.076 0.318 2.254 0.254 1.821 0.087 0.300 0.849 0.157 0.129 0.264 0.070 1.226 0.454 0.240 0.342 0.306 0.575 0.310 0.223 1.063 0.130 0.320 0.392 0.285 0.518 0.493 0.133 2.423 0.460 0.587 0.036 0.520 0.851 0.097 0.298 0.596 0.431 0.486 0.584 0.552 0.951 0.686 0.604 0.382 0.073 0.127 0.172 0.137 0.214 0.145 0.150 0.444 0.303 0.827 1.182 2.965 2.586 0.257 0.548 2.038 1.075 8942 chr5 59079977 59097473 + 0 NA intron (NM_001349241, intron 4 of 17) L2|LINE|L2 -24287 NM_001197218 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 2.169 1.056 0.078 0.131 1.491 0.348 0.518 0.671 0.141 0.972 0.110 0.057 0.086 0.308 0.290 0.140 1.044 0.586 5.806 0.466 0.135 0.127 0.164 0.458 0.240 0.025 0.883 0.200 0.945 3.147 0.929 0.741 1.472 1.425 0.272 0.311 0.129 0.498 0.050 3.902 0.313 0.161 0.891 0.605 0.969 2.019 1.593 0.085 3.183 2.672 0.308 0.578 0.075 0.164 1.680 1.317 0.011 0.362 0.151 1.228 0.023 0.129 0.291 0.020 0.014 0.542 0.311 0.573 2.331 0.274 0.322 nan 0.305 0.003 0.003 1.077 1.582 0.587 1.131 nan 0.193 0.089 0.101 1.496 2.242 0.280 0.857 0.402 0.375 4373 chr16 56633854 56651220 + 0 NA promoter-TSS (NM_005953) promoter-TSS (NM_005953) 92 NM_005953 4502 Hs.534330 NM_005953 ENSG00000125148 MT2A MT-2|MT-II|MT2 metallothionein 2A protein-coding nan nan nan 0.944 1.771 0.518 4.890 0.361 0.493 1.221 4.348 2.344 0.607 0.330 0.576 1.354 2.224 0.205 2.687 1.214 9.252 0.231 0.145 0.086 0.838 2.499 2.381 0.935 4.137 1.307 0.793 1.651 1.691 1.793 3.003 1.942 0.044 0.543 0.086 2.887 0.166 8.846 10.377 3.851 6.453 1.823 1.442 5.549 1.300 2.214 3.143 3.394 1.354 2.878 8.314 0.838 0.381 1.476 0.147 3.190 0.935 2.495 0.425 0.165 3.063 4.437 4.817 1.090 1.419 0.472 0.913 1.417 0.653 2.058 0.347 1.123 1.136 0.824 nan nan nan nan 1.234 0.959 0.848 0.790 0.848 0.267 nan nan 0.725 8967 chr5 68787441 68799757 + 0 NA intron (NM_001205254, intron 1 of 8) intron (NM_001205254, intron 1 of 8) 5009 NM_001205254 100506658 Hs.592605 NM_002538 ENSG00000197822 OCLN BLCPMG|PPP1R115|PTORCH1 occludin protein-coding 1.199 2.248 1.131 3.851 1.343 0.652 2.626 0.661 1.384 1.088 1.393 0.665 4.795 0.716 0.749 0.602 0.489 0.144 1.008 0.653 1.526 0.686 0.479 0.241 0.593 4.480 4.264 1.661 3.087 4.473 2.646 3.921 2.618 2.383 0.955 0.202 0.426 1.761 0.153 0.144 0.926 1.712 1.527 0.901 3.365 1.729 2.542 0.544 1.243 2.056 0.252 1.531 0.602 3.239 2.651 0.593 0.934 1.644 0.172 1.729 0.446 0.960 0.553 0.061 0.482 2.213 1.868 0.742 0.911 1.928 3.309 1.055 1.149 4.321 0.909 0.930 0.994 0.536 0.952 2.256 3.405 0.905 0.757 0.819 1.741 1.793 2.225 0.191 0.335 1.233 0.640 1023 chr1 202774365 202781138 + 0 NA 5' UTR (NM_001314042, exon 1 of 28) 5' UTR (NM_001314042, exon 1 of 28) 847 NM_006618 10765 Hs.18891 NM_006618 ENSG00000117139 KDM5B CT31|JARID1B|PLU-1|PLU1|PPP1R98|PUT1|RBBP2H1A|RBP2-H1 lysine demethylase 5B protein-coding 4.929 3.745 3.978 3.373 3.233 4.713 2.420 2.714 4.791 1.611 3.788 2.342 1.422 0.632 8.519 4.774 1.839 0.259 2.815 0.978 2.605 2.544 3.715 1.371 4.727 2.829 3.368 2.514 1.458 1.371 3.391 4.252 4.477 10.399 1.344 1.875 0.339 3.660 0.203 0.855 1.751 2.928 3.045 1.519 3.005 0.892 3.271 2.759 4.224 2.668 1.810 2.944 4.774 2.636 1.691 4.727 1.484 1.933 0.927 3.189 3.292 1.326 1.932 1.048 1.982 1.148 0.480 2.283 3.516 7.453 9.481 7.715 6.953 7.945 2.757 nan nan 3.357 4.098 6.631 9.033 3.647 3.802 1.467 3.951 1.819 2.067 3.395 5.114 2.822 1.621 5705 chr19 43347644 43362863 + 0 NA intron (NR_026824, intron 2 of 6) intron (NR_026824, intron 2 of 6) 4617 NR_026824 653492 Hs.655399 NM_176809 PSG10P PSG10|PSG12 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 10, pseudogene pseudo 0.540 0.698 0.621 4.128 0.058 0.033 3.070 0.100 0.165 1.482 1.568 0.844 0.034 0.079 0.059 0.116 0.545 0.085 1.562 1.321 0.997 0.009 0.031 0.046 0.088 3.907 3.721 4.758 2.847 1.395 0.345 nan 0.669 0.168 0.960 0.062 0.018 0.071 0.125 1.182 0.047 2.544 2.032 0.793 0.445 1.074 1.209 0.013 1.851 0.079 2.006 0.614 0.116 1.684 0.887 0.088 0.546 1.402 0.013 0.454 0.059 1.516 0.031 0.066 0.610 3.531 4.183 0.278 0.330 1.252 1.395 0.233 0.290 0.193 0.090 0.181 0.222 0.226 0.382 0.130 0.208 0.020 0.016 0.234 0.208 0.083 0.101 0.147 0.227 0.287 0.460 4702 chr17 32575988 32585570 + 0 NA Intergenic Intergenic -1517 NM_002982 6347 Hs.303649 NM_002982 ENSG00000108691 CCL2 GDCF-2|HC11|HSMCR30|MCAF|MCP-1|MCP1|SCYA2|SMC-CF C-C motif chemokine ligand 2 protein-coding nan 0.941 0.406 0.053 0.046 1.669 0.066 0.151 0.346 0.069 1.442 0.531 0.072 0.032 0.284 0.669 6.421 0.186 0.078 7.941 0.020 0.048 0.113 0.037 2.180 1.779 0.054 0.338 0.022 0.060 0.072 1.058 1.527 0.030 0.451 0.170 0.133 0.412 0.025 5.267 0.038 0.041 3.354 0.095 0.050 0.150 0.901 0.081 1.512 0.039 0.669 0.117 3.166 0.037 0.025 0.026 0.061 1.965 0.041 1.796 0.134 0.090 0.141 0.769 0.670 0.356 0.453 0.561 2.105 nan 0.271 0.136 0.107 0.124 0.184 0.102 0.303 0.148 0.168 nan 0.111 0.283 0.636 0.210 0.281 0.176 0.298 0.182 0.303 9988 chr6 144962755 144988659 + 0 NA intron (NM_007124, intron 50 of 73) intron (NM_007124, intron 50 of 73) 248916 NR_132778 106635530 NR_132778 SNORA98 - small nucleolar RNA, H/ACA box 98 snoRNA nan 0.976 nan 0.145 0.214 0.052 0.142 0.203 0.381 0.011 0.077 0.085 0.092 0.027 0.096 0.677 0.303 0.051 0.097 0.022 0.089 0.048 0.609 0.577 0.555 0.045 0.031 0.048 0.058 0.008 0.112 0.313 0.161 0.889 0.101 0.040 1.214 0.075 0.156 0.036 0.080 0.073 0.033 0.018 0.081 0.216 0.120 0.070 0.242 0.134 0.112 0.080 0.677 0.071 0.046 0.555 0.052 0.032 0.124 0.038 0.063 0.077 0.096 0.100 0.061 0.033 0.008 0.593 0.292 7.794 6.782 0.434 0.623 3.933 1.125 0.286 0.240 0.090 0.170 0.111 0.122 0.741 0.401 0.196 0.381 3.663 4.036 0.288 0.400 0.325 0.297 86 chr1 11066855 11077456 + 0 NA promoter-TSS (NM_007375) promoter-TSS (NM_007375) -524 NM_007375 23435 Hs.300624 NM_007375 ENSG00000120948 TARDBP ALS10|TDP-43 TAR DNA binding protein protein-coding 2.459 1.713 nan 1.338 8.716 1.824 0.858 1.302 2.084 0.638 1.428 0.808 0.640 1.082 1.160 1.801 1.333 0.274 1.328 0.574 1.202 0.797 0.521 0.393 1.264 0.839 1.056 1.148 1.397 0.458 1.890 2.687 1.419 3.967 0.799 1.014 0.251 1.507 0.145 0.478 0.360 1.349 0.984 0.457 0.804 0.557 0.790 1.426 0.920 1.778 0.425 0.846 1.801 1.834 1.300 1.264 0.715 0.882 0.531 1.806 0.872 0.853 0.344 0.771 0.615 0.619 0.467 2.833 2.511 3.380 4.632 5.069 6.054 2.142 2.160 7.150 nan 1.948 nan 9.452 11.480 nan 3.357 2.602 2.778 1.293 1.860 4.044 2.766 2.046 0.927 9860 chr6 114745325 114754518 + 0 NA Intergenic Intergenic -365880 NM_153612 222537 Hs.645477 NM_153612 ENSG00000249853 HS3ST5 3-OST-5|3OST5|HS3OST5|NBLA04021 heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 5 protein-coding nan 0.560 nan 0.048 0.098 0.024 0.077 0.262 0.546 0.021 0.072 0.089 0.020 0.049 0.250 0.089 0.006 0.069 0.062 0.076 0.120 0.132 0.199 0.101 0.139 0.024 0.056 0.012 0.114 0.196 0.100 0.208 0.044 0.061 0.047 0.128 0.039 0.089 0.080 0.020 0.033 0.024 0.085 0.083 0.121 0.018 0.113 0.009 0.080 0.250 0.072 0.045 0.199 0.124 0.009 0.971 0.019 0.043 0.068 0.033 0.282 0.073 0.038 0.020 0.397 0.344 0.166 0.211 0.345 nan nan 0.066 0.176 0.278 1.562 nan 0.409 0.371 8.116 6.622 0.130 0.180 0.246 0.292 0.661 nan 0.230 0.315 1158 chr1 225750024 225773024 + 0 NA intron (NM_001008493, intron 1 of 14) intron (NM_001008493, intron 1 of 14) 79321 NM_001008493 55740 Hs.497893 NM_018212 ENSG00000154380 ENAH ENA|MENA|NDPP1 ENAH, actin regulator protein-coding 1.792 nan 1.460 0.138 0.341 0.161 0.133 0.359 0.532 0.029 0.209 0.255 0.129 0.052 0.142 0.230 0.355 0.200 0.152 0.050 0.076 0.042 0.239 0.279 0.224 0.228 0.090 0.196 0.107 0.028 0.134 0.319 0.177 0.387 0.051 0.192 0.037 0.424 0.155 0.041 0.630 0.128 0.042 0.034 0.064 0.043 0.293 0.147 0.276 0.101 0.076 0.104 0.230 0.058 0.076 0.224 0.106 0.050 0.058 0.054 0.040 0.168 0.129 1.535 0.023 0.023 0.011 0.580 0.678 0.600 0.899 0.592 nan 0.510 0.240 0.964 0.884 1.061 1.312 0.734 0.686 1.612 1.106 0.224 0.427 0.158 0.169 2.747 6.823 0.535 0.447 8687 chr5 39116 57822 + 0 NA Intergenic Intergenic -43797 NM_052909 153478 Hs.535800 NM_052909 ENSG00000153404 PLEKHG4B - pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G4B protein-coding 0.591 1.289 2.382 0.123 0.958 0.487 0.156 0.318 0.826 0.092 0.121 0.078 0.079 0.759 0.445 0.274 0.252 0.191 0.130 0.031 0.084 0.171 0.904 0.594 4.234 0.060 0.035 0.240 0.149 0.028 0.280 0.376 0.223 1.404 0.055 0.067 0.036 0.952 0.114 0.051 0.056 0.202 0.452 0.249 0.017 0.098 0.108 0.210 0.178 0.072 0.034 0.067 0.274 0.114 0.030 4.234 0.066 0.217 0.084 0.388 0.495 0.156 0.106 0.020 0.037 0.262 0.169 1.416 1.617 0.204 nan 2.581 2.292 2.270 0.665 0.107 0.111 0.530 0.942 nan 9.748 nan 0.371 0.386 0.528 0.272 0.227 0.116 0.119 2.314 nan 2170 chr11 92254663 92292567 + 0 NA intron (NM_001008781, intron 2 of 24) intron (NM_001008781, intron 2 of 24) 188353 NM_001008781 120114 Hs.98523 NM_001008781 ENSG00000165323 FAT3 CDHF15|CDHR10|hFat3 FAT atypical cadherin 3 protein-coding 0.698 nan 0.584 0.051 0.248 0.192 0.039 0.105 0.233 0.100 0.075 0.058 0.028 0.047 0.188 0.264 0.145 0.051 0.075 0.010 0.045 0.007 0.115 0.131 0.120 0.024 0.017 0.017 0.063 0.019 0.063 0.033 0.060 0.758 0.035 0.036 0.103 0.075 0.119 0.012 0.071 0.156 0.017 0.018 0.023 0.057 0.114 0.171 0.051 0.041 0.006 0.059 0.264 0.041 0.012 0.120 0.010 0.040 0.015 0.020 0.115 0.029 2.582 0.166 0.062 0.018 0.006 4.150 3.637 3.063 nan 0.606 0.734 0.154 0.067 5.220 5.222 0.589 0.882 0.824 0.623 0.348 0.189 4.087 4.884 0.466 0.521 0.264 nan 0.796 0.571 9182 chr5 133798349 133823525 + 0 NA Intergenic L1ME4a|LINE|L1 -31306 NR_105045 101927934 Hs.535775 NR_105045 ENSG00000251169 LINC01843 - long intergenic non-protein coding RNA 1843 ncRNA 0.896 0.926 nan 0.295 0.280 0.080 0.847 0.385 0.714 0.280 0.703 0.513 0.335 0.169 0.212 0.174 0.465 0.243 0.528 0.349 0.759 0.089 0.093 0.075 0.351 0.470 0.597 0.510 0.499 0.286 0.697 1.712 0.713 0.633 0.465 0.972 0.069 1.406 0.168 0.337 0.092 0.713 0.778 0.303 0.416 0.289 0.314 0.608 1.154 4.694 0.612 0.540 0.174 0.662 0.423 0.351 0.247 0.143 0.138 0.743 0.445 0.295 0.159 0.535 0.647 0.652 0.415 0.282 0.247 0.549 0.599 0.384 0.458 0.576 0.190 1.075 1.234 0.471 0.638 0.855 1.071 0.579 0.363 0.274 0.302 0.238 0.393 0.860 1.201 0.378 0.310 2335 chr11 123214457 123237442 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR 26271 NR_039714 100616319 NR_039714 ENSG00000265357 MIR4493 - microRNA 4493 ncRNA 1.068 0.990 1.863 0.066 0.092 0.448 0.067 0.196 0.373 0.013 0.098 0.028 0.024 0.013 0.145 0.297 0.078 0.105 0.041 0.035 0.018 0.422 0.309 0.591 0.039 0.032 0.038 0.065 0.009 0.031 0.068 0.052 0.873 0.026 0.077 0.253 0.052 0.103 0.041 0.031 0.289 0.029 0.038 0.052 0.054 0.116 0.201 0.064 0.055 0.051 0.085 0.297 0.038 0.024 0.591 0.062 0.107 0.299 0.275 0.058 0.038 0.831 0.505 0.040 0.003 0.009 0.608 0.537 0.180 0.155 0.437 0.565 0.124 0.109 0.343 0.359 3.428 4.036 0.113 0.144 1.923 1.655 0.591 1.101 0.656 0.528 0.649 nan 2.113 1.161 11304 chr8 131453483 131458915 + 0 NA promoter-TSS (NM_018482) promoter-TSS (NM_018482) -293 NM_018482 50807 Hs.655552 NM_018482 ENSG00000153317 ASAP1 AMAP1|CENTB4|DDEF1|PAG2|PAP|ZG14P ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat and PH domain 1 protein-coding nan 1.872 1.149 4.232 1.879 3.050 3.255 0.797 2.329 1.481 10.107 2.943 0.595 0.018 0.377 3.182 7.432 0.772 4.915 1.360 8.313 3.037 0.492 0.482 0.199 5.164 7.600 2.734 9.932 3.769 3.481 4.377 2.539 2.716 1.561 3.304 0.544 1.835 0.070 2.579 1.255 17.013 13.065 5.397 2.666 4.105 8.764 7.323 6.869 7.239 2.849 4.684 3.182 9.749 4.300 0.199 0.875 3.796 0.559 5.906 5.112 1.059 0.659 0.681 5.770 9.150 7.819 1.017 1.116 3.225 5.679 2.037 1.765 4.898 2.041 nan 16.476 3.812 5.368 2.491 4.016 2.712 2.657 2.889 4.545 2.967 2.329 2.218 1.618 2.771 1.689 9078 chr5 95027329 95074251 + 0 NA intron (NM_001349303, intron 2 of 8) AluSc|SINE|Alu -16060 NM_014899 22836 Hs.445030 NM_014899 ENSG00000164292 RHOBTB3 - Rho related BTB domain containing 3 protein-coding nan 2.704 1.689 0.368 0.379 1.591 2.423 0.273 0.400 0.912 1.003 2.977 3.441 0.117 0.609 0.779 1.044 0.148 0.970 0.456 0.543 0.198 0.377 0.180 0.284 1.388 1.096 0.886 1.005 1.329 1.032 2.230 3.170 2.466 0.569 0.559 0.400 0.335 0.133 0.532 0.151 1.192 0.549 0.269 0.442 0.704 0.637 0.256 0.422 0.664 1.194 0.912 0.779 1.241 0.795 0.284 0.780 0.858 0.053 0.345 0.431 1.150 0.065 0.206 0.997 0.732 0.719 0.467 0.398 6.265 8.147 1.067 0.871 1.038 0.336 0.288 0.301 0.734 1.097 1.478 1.849 0.736 0.671 0.157 0.337 1.528 2.356 0.504 nan 1.191 0.688 10655 chr7 129463340 129506926 + 0 NA intron (NM_182697, intron 3 of 4) intron (NM_182697, intron 3 of 4) -70279 NR_029615 406959 NR_029615 ENSG00000207691 MIR183 MIRN183|miR-183|miRNA183 microRNA 183 ncRNA 1.213 0.816 1.417 0.550 0.763 1.069 1.250 0.384 0.604 0.541 1.389 2.163 0.070 0.112 0.390 0.406 2.856 0.424 1.334 0.949 1.816 0.099 0.497 0.320 0.957 3.440 2.881 0.182 2.661 0.901 0.406 0.708 1.566 0.998 0.564 1.977 0.125 0.646 0.200 0.786 0.364 2.634 0.426 0.224 1.220 1.400 1.250 1.839 0.700 0.566 1.204 0.936 0.406 1.445 2.504 0.957 0.581 0.619 0.190 3.440 0.516 2.427 0.245 0.365 0.623 1.866 1.255 0.737 0.829 0.852 1.661 1.209 0.995 3.925 1.233 0.865 0.945 0.530 0.721 1.377 1.505 0.621 0.519 0.515 0.795 0.715 1.121 0.657 1.556 2.484 1.345 6516 chr2 179340508 179350335 + 0 NA 5' UTR (NM_019091, exon 1 of 8) 5' UTR (NM_019091, exon 1 of 8) 222 NM_019091 65977 Hs.41086 NM_019091 ENSG00000116095 PLEKHA3 FAPP1 pleckstrin homology domain containing A3 protein-coding 3.381 1.843 2.226 1.347 2.336 1.205 1.184 1.322 2.239 0.310 2.034 1.084 0.216 0.630 1.107 1.897 1.030 0.147 1.487 0.457 1.182 0.367 1.303 0.661 2.392 1.121 0.905 0.753 1.088 0.344 1.473 1.930 1.161 6.269 0.813 1.431 0.165 0.938 0.083 0.612 1.310 1.343 0.742 0.554 0.678 0.312 2.616 0.814 1.915 1.802 0.923 1.119 1.897 2.069 1.439 2.392 0.399 0.674 0.857 1.521 0.816 0.677 1.107 1.041 0.713 0.615 0.390 2.598 3.130 2.612 3.934 3.744 2.641 3.797 1.307 8.987 9.485 3.305 3.351 7.636 11.905 3.290 4.119 1.531 2.781 1.690 1.609 3.213 3.754 1.764 1.095 6560 chr2 192856239 192866677 + 0 NA intron (NM_016192, intron 7 of 9) L1MC5|LINE|L1 -149452 NM_004657 8436 Hs.26530 NM_004657 ENSG00000168497 CAVIN2 PS-p68|SDPR|SDR|cavin-2 caveolae associated protein 2 protein-coding 0.798 nan 0.824 0.089 0.100 0.064 0.111 0.048 0.211 0.083 0.097 0.029 0.029 0.086 0.098 0.138 0.078 0.204 0.054 0.100 0.023 0.165 0.124 0.023 0.086 0.021 0.014 0.072 0.038 0.039 0.227 0.080 0.301 0.146 0.068 0.033 0.031 0.075 0.056 0.046 0.070 0.018 0.023 0.083 0.031 0.058 0.048 0.055 0.043 0.015 0.038 0.098 0.049 0.113 0.023 0.036 0.016 0.102 0.037 0.039 0.091 0.047 0.202 0.058 0.044 0.005 0.313 0.262 0.223 0.400 0.235 0.288 0.234 0.208 0.356 0.337 6.327 6.640 0.492 0.331 1.546 1.027 0.190 0.190 0.076 0.094 0.473 1.249 0.411 0.166 6304 chr2 110851235 110886375 + 0 NA intron (NM_005434, intron 1 of 3) L1PB1|LINE|L1 5338 NM_005434 7851 Hs.185055 NM_005434 ENSG00000144063 MALL BENE mal, T cell differentiation protein like protein-coding 0.781 nan 0.698 2.383 0.214 0.193 3.372 0.211 0.439 1.664 1.150 3.801 0.074 0.163 0.101 0.479 0.612 0.097 4.948 2.405 1.447 0.024 0.156 0.190 0.252 3.235 3.443 0.486 4.154 1.263 2.020 3.723 4.269 nan 1.759 4.670 0.111 0.054 0.089 2.624 0.052 4.791 2.112 0.835 2.444 1.647 2.320 4.934 5.428 3.565 1.103 2.466 0.479 4.548 6.266 0.252 1.258 1.866 0.114 1.561 1.385 1.846 0.222 0.025 2.435 3.885 3.931 0.335 0.286 0.472 1.750 0.477 nan 0.209 0.115 0.377 0.411 0.950 1.472 1.214 1.122 0.248 0.170 0.384 0.503 0.439 0.669 0.150 0.254 0.514 0.417 11600 chr9 80925755 80931565 + 0 NA intron (NM_058179, intron 6 of 8) AluJr4|SINE|Alu 16669 NM_021154 29968 Hs.494261 NM_021154 ENSG00000135069 PSAT1 EPIP|NLS2|PSA|PSAT|PSATD phosphoserine aminotransferase 1 protein-coding 0.662 0.813 1.135 0.062 0.450 0.110 0.250 0.269 0.522 0.017 0.135 0.080 0.010 0.086 0.176 0.226 0.154 0.027 0.222 0.021 0.043 0.352 0.258 0.231 0.216 0.062 0.227 0.154 0.018 0.165 0.295 0.075 0.496 0.051 0.157 0.050 0.094 0.121 0.041 0.111 0.041 0.054 0.039 0.132 0.174 0.371 0.319 0.136 0.226 0.150 0.064 0.231 0.200 0.478 0.089 0.035 0.040 0.492 0.087 0.039 0.059 1.876 2.772 9.018 4.434 0.460 0.560 0.402 0.084 2.245 2.306 0.344 0.725 1.206 2.093 0.327 0.320 0.955 1.304 0.238 0.252 0.140 0.347 0.641 0.532 8296 chr4 25431686 25443329 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 58659 NM_001286756 29945 Hs.152173 NM_013367 ENSG00000053900 ANAPC4 APC4 anaphase promoting complex subunit 4 protein-coding 0.631 0.712 nan 0.049 0.234 0.272 0.159 0.207 0.345 0.024 0.106 0.048 0.045 0.017 0.424 0.208 0.142 0.128 0.121 0.068 0.032 0.036 0.460 0.290 0.132 0.088 0.043 0.032 0.058 0.073 0.096 0.306 0.126 0.295 0.012 0.054 0.008 0.009 0.052 0.031 0.109 0.098 0.011 0.027 0.242 0.054 0.077 0.146 0.100 0.104 0.088 0.075 0.208 0.079 0.055 0.132 0.031 0.093 0.050 0.075 0.018 0.034 0.017 0.043 0.021 0.015 0.021 0.295 0.194 0.241 0.304 0.233 0.385 1.498 0.422 0.302 0.329 0.400 0.651 0.508 0.464 0.754 0.524 0.096 0.230 0.127 0.077 0.187 0.238 nan 1.336 11545 chr9 37937217 38056238 + 0 NA intron (NM_003028, intron 2 of 5) intron (NM_003028, intron 2 of 5) 72483 NM_003028 6461 Hs.521482 NM_003028 ENSG00000107338 SHB bA3J10.2 SH2 domain containing adaptor protein B protein-coding 0.769 nan 2.025 0.423 0.565 0.620 2.763 0.407 0.824 0.412 0.880 1.306 0.633 0.240 0.145 0.665 0.886 0.159 1.992 0.986 1.101 0.038 0.484 0.232 0.631 1.251 0.825 0.436 0.647 0.467 2.024 4.167 0.487 0.907 0.994 0.941 0.159 0.131 0.071 0.809 0.371 1.390 1.140 0.524 0.807 0.771 0.745 0.937 1.310 2.081 0.690 1.278 0.665 2.108 1.003 0.631 0.643 0.559 0.107 2.426 1.096 0.602 0.322 0.144 1.589 1.563 1.265 0.613 0.817 1.104 2.213 0.850 0.757 1.897 0.567 0.424 0.455 0.786 1.253 1.294 1.551 0.885 0.733 0.606 0.868 0.660 0.904 0.279 0.573 3.127 1.752 1709 chr10 127747744 127756368 + 0 NA intron (NM_001288973, intron 14 of 22) intron (NM_001288973, intron 14 of 22) -90214 NR_102707 101410540 Hs.557889 NR_102707 ENSG00000233409 FANK1-AS1 - FANK1 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.553 1.028 1.008 0.041 0.159 5.852 0.213 0.339 0.044 2.011 3.527 0.022 2.410 0.072 0.502 1.176 0.112 2.914 2.909 0.226 0.016 0.109 0.030 0.028 2.020 2.125 0.017 1.585 1.187 0.475 0.761 0.073 0.290 1.796 0.075 0.050 0.051 0.085 1.102 0.067 0.246 0.357 0.164 2.744 0.771 0.411 3.024 0.368 0.299 0.073 0.634 0.502 1.604 0.065 0.028 0.807 0.124 0.012 0.135 0.538 3.105 0.023 0.043 0.726 0.073 0.081 0.226 0.138 0.202 0.355 0.153 0.153 1.027 0.379 0.218 0.240 0.060 0.118 0.450 0.549 0.243 0.142 0.083 0.100 0.218 0.598 0.152 0.276 0.716 0.522 9433 chr6 11677974 11688590 + 0 NA Intergenic Cheshire|DNA|hAT-Charlie 95998 NM_001143948 84830 Hs.126409 NM_032744 ENSG00000111863 ADTRP AIG1L|C6orf105|dJ413H6.1 androgen dependent TFPI regulating protein protein-coding 0.831 nan 0.549 0.211 0.041 0.016 0.368 0.155 0.252 0.802 0.476 0.380 5.646 0.028 0.066 0.145 0.219 0.122 0.250 0.214 3.041 0.104 0.095 0.056 0.734 0.346 0.435 0.591 0.707 0.205 0.152 0.821 0.067 0.262 0.148 0.009 0.051 0.065 0.011 0.030 2.222 0.300 0.205 0.367 6.652 0.798 0.113 0.077 0.133 0.030 0.116 0.145 1.030 0.023 0.056 0.012 0.839 0.018 0.984 0.019 0.372 0.110 0.046 0.221 0.179 0.056 0.389 0.224 1.044 1.393 0.275 0.332 0.081 0.063 0.230 0.222 0.244 0.387 0.109 0.105 0.391 0.142 0.218 0.347 0.049 0.072 0.164 0.317 0.213 0.368 4896 chr17 58819339 58827029 + 0 NA intron (NM_001099432, intron 5 of 24) intron (NM_001099432, intron 5 of 24) 68048 NM_001353146 54828 Hs.655028 NM_017679 ENSG00000141376 BCAS3 GAOB1|MAAB BCAS3, microtubule associated cell migration factor protein-coding 0.964 1.060 1.041 1.188 0.227 0.007 0.149 0.311 0.379 0.421 0.093 0.086 0.202 0.039 0.081 0.116 1.812 0.107 0.205 0.074 0.033 5.876 0.223 0.254 0.157 0.036 0.009 0.049 0.100 0.068 0.146 0.505 1.168 0.646 0.227 0.034 0.013 0.140 0.102 0.201 0.616 0.016 0.030 0.047 0.062 0.522 0.091 0.053 0.056 0.041 0.121 0.116 0.177 0.012 0.157 0.206 0.270 0.012 0.023 0.051 1.206 0.141 0.020 0.052 0.053 4.206 2.663 8.794 11.969 0.388 0.393 0.378 0.203 nan 5.259 0.391 0.677 nan nan 0.539 0.267 2.095 3.782 0.119 0.197 0.342 0.499 0.471 0.536 339 chr1 44397906 44422114 + 0 NA Intergenic L1MEd|LINE|L1 -2468 NM_014652 9670 Hs.158497 NM_014652 ENSG00000117408 IPO13 IMP13|KAP13|LGL2|RANBP13 importin 13 protein-coding nan 2.211 nan 0.863 0.796 2.805 0.946 1.624 2.494 0.379 1.135 0.594 0.223 0.607 2.587 1.999 1.031 0.153 1.149 0.439 0.579 0.372 0.564 0.367 2.327 0.417 0.456 0.556 0.572 0.331 0.914 2.045 0.516 1.965 0.568 1.122 0.207 0.654 0.095 0.269 0.639 1.856 0.567 0.307 0.534 0.507 1.048 0.801 0.609 0.973 0.473 1.499 1.999 0.945 0.777 2.327 0.455 0.825 0.974 2.209 0.821 0.920 1.619 1.016 0.836 1.375 1.117 1.545 2.162 1.316 2.055 3.608 3.443 1.617 0.890 1.686 1.826 1.464 nan nan 10.018 3.078 3.136 2.330 nan 0.846 1.034 1.860 3.350 1.549 0.865 7949 chr3 159475301 159485399 + 0 NA intron (NM_001197108, intron 1 of 6) intron (NM_001197108, intron 1 of 6) 6051 NR_121669 100874433 Hs.601476 NR_121669 IQCJ-SCHIP1-AS1 uaz98 IQCJ-SCHIP1 readthrough antisense RNA 1 ncRNA nan 3.047 1.268 9.314 1.192 1.691 4.111 0.715 1.483 1.801 2.193 1.966 3.947 0.117 2.977 2.764 2.565 0.335 2.520 1.155 4.099 0.014 1.164 0.556 1.058 2.514 3.230 2.625 5.860 2.746 1.105 1.796 4.289 4.208 2.438 1.634 0.914 3.660 0.104 1.235 2.985 8.355 2.970 1.272 2.229 1.692 1.482 3.620 4.359 3.511 1.713 2.934 2.764 4.466 3.137 1.058 0.618 1.034 0.450 4.101 0.935 2.437 1.143 0.943 2.040 2.350 1.729 1.008 1.208 3.889 7.341 2.593 1.891 5.680 2.156 0.646 0.664 0.959 nan 2.018 3.072 3.432 4.247 0.517 1.037 2.118 1.658 1.447 2.953 1.586 0.947 6355 chr2 129162434 129184565 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 -97328 NM_004807 9394 Hs.512841 NM_004807 ENSG00000136720 HS6ST1 HH15|HS6ST heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 1 protein-coding 1.156 nan nan 0.182 0.068 0.468 0.482 0.109 0.191 0.026 0.067 0.071 0.034 0.041 0.157 0.379 0.088 0.051 0.057 0.035 0.054 0.069 0.036 0.091 0.049 0.063 0.079 0.100 0.083 0.029 0.194 0.460 0.128 0.345 0.033 0.083 0.038 0.069 0.063 0.059 0.032 0.187 0.082 0.089 0.115 0.108 0.760 0.181 0.251 0.148 0.026 0.052 0.379 0.248 0.046 0.049 0.034 0.171 0.285 0.098 0.037 0.406 0.078 2.671 0.175 0.055 0.032 0.402 0.591 0.181 0.301 0.345 0.370 1.531 0.274 0.257 0.263 0.222 0.427 0.399 0.488 0.621 0.451 0.334 0.323 0.136 0.155 1.737 7.387 0.405 0.342 8124 chr3 186581898 186615192 + 0 NA Intergenic Intergenic -19388 NR_046662 100874095 Hs.638968 NR_046662 ENSG00000226482 ADIPOQ-AS1 - ADIPOQ antisense RNA 1 ncRNA 1.457 2.108 1.084 0.135 0.209 0.112 0.901 0.236 0.411 0.024 0.262 0.199 0.977 0.063 1.183 0.357 0.115 0.116 0.372 0.217 0.049 0.058 0.080 0.150 0.088 0.605 0.276 0.106 0.357 0.393 0.832 1.723 0.426 0.655 0.163 0.096 0.051 0.059 0.083 0.106 0.275 0.183 0.092 0.065 0.102 0.675 0.155 0.161 0.251 0.152 0.118 0.259 0.357 2.061 0.098 0.088 0.156 0.269 0.226 0.120 0.043 0.332 0.196 2.457 0.066 0.061 0.035 0.618 0.595 0.175 0.444 0.319 0.380 0.250 0.108 0.276 0.235 0.145 0.293 0.415 0.515 1.144 0.725 0.293 0.282 0.117 0.128 1.864 4.892 0.244 0.300 268 chr1 37315726 37328411 + 0 NA intron (NM_000831, intron 7 of 15) intron (NM_000831, intron 7 of 15) 177776 NM_000831 2899 Hs.128848 NM_000831 ENSG00000163873 GRIK3 EAA5|GLR7|GLUR7|GluK3|GluR7a glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 protein-coding 1.294 nan 1.597 0.062 0.241 1.039 0.102 1.794 3.082 0.015 0.050 0.086 0.010 0.209 0.927 0.545 0.071 0.051 0.050 0.030 0.019 0.022 0.199 0.215 5.895 0.005 0.006 0.029 0.086 0.008 0.052 0.243 0.527 1.659 0.043 0.253 0.103 0.113 0.051 0.120 0.052 0.006 0.026 0.054 0.076 0.134 0.051 0.022 0.013 0.074 0.545 0.050 0.015 5.895 0.019 0.110 0.359 0.111 0.176 0.026 0.288 0.941 0.024 0.022 0.004 0.309 0.224 0.084 0.128 4.063 3.665 nan 0.790 0.154 0.152 1.213 1.728 40.900 33.117 nan 0.704 0.866 1.156 0.475 0.565 1.252 3.804 1.452 nan 7281 chr21 47472336 47483258 + 0 NA Intergenic Intergenic -40236 NM_001849 1292 Hs.420269 NM_001849 ENSG00000142173 COL6A2 BTHLM1|PP3610|UCMD1 collagen type VI alpha 2 chain protein-coding nan 0.483 0.590 0.204 0.107 0.050 2.887 0.176 0.232 0.035 2.726 0.868 0.011 0.040 0.492 0.137 0.088 1.367 1.736 0.015 0.051 0.049 0.022 0.098 2.750 2.165 0.068 0.278 1.770 0.145 0.294 0.078 0.419 0.975 0.084 0.026 0.040 0.080 2.394 0.043 0.835 0.299 0.239 1.079 0.133 0.618 3.831 0.030 0.584 0.091 0.492 1.738 0.042 0.098 0.012 0.044 0.075 0.056 0.456 0.036 0.023 2.136 0.680 0.420 0.247 0.115 0.184 0.385 0.497 0.306 nan 0.093 0.126 0.106 0.125 nan 0.176 0.115 0.400 0.233 0.108 0.128 0.084 0.106 0.097 0.160 0.272 0.425 8833 chr5 32250175 32257494 + 0 NA intron (NM_001040446, intron 8 of 15) AluJr|SINE|Alu 59280 NM_001040446 54545 Hs.481836 NM_019061 ENSG00000150712 MTMR12 3-PAP|PIP3AP myotubularin related protein 12 protein-coding 1.430 1.747 6.638 0.127 0.333 0.160 0.165 0.219 0.523 0.118 0.169 0.113 0.051 0.068 0.421 0.367 0.446 0.160 0.434 0.051 0.038 0.039 0.881 0.588 0.252 0.093 0.033 0.050 0.142 0.029 0.159 0.573 0.264 1.053 0.221 0.122 2.298 0.088 0.126 0.099 0.088 0.036 0.063 0.018 0.073 0.277 0.043 0.135 0.069 0.118 0.127 0.367 0.336 0.076 0.252 0.268 0.188 0.079 0.041 0.178 0.433 0.425 0.031 0.053 0.739 1.150 0.816 1.960 0.547 0.715 2.094 0.852 0.290 0.412 1.616 2.278 0.453 0.635 1.415 0.962 0.521 0.810 6.669 7.761 0.723 1.781 2.244 1.374 3677 chr14 71786376 71792576 + 0 NA intron (NM_001354288, intron 2 of 23) intron (NM_001354288, intron 2 of 23) 2282 NM_001354289 26037 Hs.654657 NM_015556 ENSG00000197555 SIPA1L1 E6TP1 signal induced proliferation associated 1 like 1 protein-coding 5.691 2.810 3.173 3.601 4.346 4.627 1.495 2.208 3.634 1.932 2.548 1.476 6.501 0.846 5.549 5.169 4.571 0.414 1.452 0.514 2.908 0.845 1.384 0.507 3.769 1.630 1.690 0.821 6.360 1.914 5.856 7.126 6.648 11.321 1.243 0.992 1.274 3.714 0.147 1.559 4.577 2.691 2.684 1.130 1.089 2.669 4.649 1.231 1.856 5.447 1.763 2.090 5.169 2.292 4.151 3.769 1.152 1.845 0.798 4.160 1.363 3.673 0.622 1.052 6.535 0.929 0.589 1.455 1.697 4.139 5.655 7.799 5.751 3.309 1.343 7.609 7.445 2.774 3.796 5.436 nan 4.290 5.852 0.973 2.579 5.009 3.508 2.258 2.886 3.510 nan 2872 chr12 95976121 95989936 + 0 NA Intergenic Intergenic -37762 NM_032147 84101 Hs.646421 NM_032147 ENSG00000136014 USP44 - ubiquitin specific peptidase 44 protein-coding 0.736 0.758 0.884 0.447 0.140 0.032 0.485 0.127 0.307 0.096 0.094 0.182 0.028 0.065 0.085 0.152 0.264 0.220 0.118 0.032 0.165 0.512 0.389 0.562 0.105 0.027 0.038 0.132 0.046 0.089 0.270 0.140 nan 0.074 0.108 0.028 0.054 0.142 0.077 0.057 0.106 0.088 0.046 0.040 0.055 0.244 0.224 0.395 0.114 0.057 0.174 0.152 0.133 0.360 0.562 0.075 0.336 0.028 0.099 0.632 0.114 0.044 0.099 0.022 0.038 0.022 0.313 0.194 0.285 0.829 0.543 0.585 0.769 0.180 0.279 0.281 0.690 nan 0.489 nan 0.388 0.171 0.172 0.282 0.182 0.213 0.341 0.671 3.351 1.594 11088 chr8 82641285 82646158 + 0 NA promoter-TSS (NM_152284) promoter-TSS (NM_152284) -967 NM_152284 92421 Hs.183861 NM_152284 ENSG00000164695 CHMP4C SNF7-3|Shax3|VPS32C charged multivesicular body protein 4C protein-coding 2.230 nan nan 1.802 11.054 5.644 2.774 4.883 8.386 0.489 0.834 0.610 0.945 2.439 4.719 1.078 0.897 0.098 4.014 1.577 1.014 0.074 2.442 1.310 2.162 1.068 1.178 0.425 3.313 2.042 7.353 6.714 2.450 12.578 1.893 0.581 0.585 0.403 0.113 0.709 2.637 1.003 2.140 1.118 2.429 5.030 2.843 0.505 2.052 1.954 1.921 3.019 1.078 4.289 2.310 2.162 2.383 1.798 0.080 0.407 3.267 0.927 3.994 0.077 0.265 0.484 0.252 5.332 6.151 5.124 5.784 8.690 4.125 11.119 4.398 19.974 21.371 0.252 0.388 13.679 13.933 1.092 0.729 8.440 8.876 6.034 7.402 0.325 0.685 8.503 4.652 596 chr1 113403372 113417507 + 0 NA Intergenic Intergenic -17174 NR_103746 100996702 Hs.632431 NR_103746 ENSG00000215866 LINC01356 - long intergenic non-protein coding RNA 1356 ncRNA nan 0.738 0.748 0.330 0.050 0.068 0.823 0.137 0.327 1.283 0.150 0.215 3.348 0.114 0.057 0.190 0.133 0.197 0.375 0.067 0.049 0.029 0.056 0.095 0.067 0.436 0.226 0.132 0.785 0.715 0.085 0.262 0.106 0.303 0.124 0.092 0.034 0.146 0.143 0.017 0.365 0.319 1.011 0.539 0.202 1.330 0.747 0.223 0.143 0.203 0.028 0.201 0.190 0.958 0.163 0.067 0.052 0.070 0.082 0.329 0.050 0.222 0.087 0.206 0.053 0.086 0.054 0.308 0.302 0.372 0.833 0.294 nan 0.421 0.180 0.416 0.374 0.470 0.792 0.227 0.311 0.369 0.194 0.293 0.346 0.131 0.111 0.358 0.910 0.476 0.451 8068 chr3 179369518 179374442 + 0 NA intron (NM_003940, intron 1 of 20) AluSx1|SINE|Alu 1047 NM_003940 8975 Hs.175322 NM_003940 ENSG00000058056 USP13 ISOT3|IsoT-3 ubiquitin specific peptidase 13 protein-coding 5.746 3.237 4.363 4.546 3.814 2.025 2.066 1.609 2.588 0.897 2.105 1.949 1.824 1.424 3.523 3.301 2.986 0.588 1.118 0.425 1.632 1.463 2.998 1.860 3.648 2.161 1.799 1.956 2.241 0.619 2.388 3.795 1.917 10.794 0.979 1.142 1.273 1.656 0.083 0.816 2.083 6.139 4.538 2.065 0.836 1.382 2.908 3.165 3.629 4.530 1.266 1.758 3.301 2.648 3.583 3.648 0.345 1.312 0.791 3.779 1.151 1.249 0.950 3.381 1.483 1.286 0.977 3.545 3.995 4.843 5.963 6.636 5.722 12.893 4.848 4.053 4.076 3.872 5.241 4.051 7.173 6.578 7.613 1.744 4.203 4.582 4.519 7.875 6.618 2.648 1.567 9033 chr5 81138094 81155955 + 0 NA Intergenic Intergenic -99952 NM_001345886 23635 Hs.102735 NM_012446 ENSG00000145687 SSBP2 HSPC116|SOSS-B2 single stranded DNA binding protein 2 protein-coding 1.507 2.532 1.146 0.282 1.440 1.073 1.003 0.440 0.990 0.597 0.739 0.855 0.258 0.117 1.985 1.992 1.151 0.128 0.363 0.208 0.049 0.630 0.806 0.437 1.010 0.900 0.665 0.450 0.635 0.592 0.504 1.781 0.989 4.399 0.755 1.033 0.502 1.141 0.159 0.478 0.855 0.186 0.212 0.166 0.366 0.190 1.032 0.676 0.675 0.522 1.522 0.841 1.992 0.502 0.057 1.010 0.349 0.477 0.207 0.372 0.926 0.605 1.270 0.278 0.746 0.193 0.096 0.523 0.760 0.963 1.822 0.946 1.137 1.864 0.643 1.310 1.374 3.936 4.975 2.909 4.735 2.627 2.542 0.590 1.120 1.652 1.169 0.614 nan 1.016 0.621 1297 chr10 4457750 4490180 + 0 NA Intergenic Intergenic 25304 NR_108056 100507059 Hs.158438 NR_108054 ENSG00000224382 LINC00703 - long intergenic non-protein coding RNA 703 ncRNA 0.418 0.694 0.443 0.051 0.069 0.014 0.066 0.114 0.202 0.006 0.052 0.210 0.006 0.022 0.033 0.099 0.238 0.148 0.075 0.018 0.056 4.349 0.041 0.090 0.097 0.043 0.015 0.009 0.034 0.016 0.055 0.061 0.058 0.176 0.032 0.042 0.003 3.211 0.143 0.015 0.024 0.023 0.028 0.024 0.047 0.010 0.092 0.083 0.050 0.050 0.048 0.085 0.099 0.031 0.112 0.097 0.030 0.039 0.003 0.079 0.006 0.051 0.033 0.042 0.038 0.279 0.284 0.390 0.298 0.279 0.385 0.151 0.210 0.192 0.160 0.102 0.103 0.486 0.637 0.183 0.177 0.153 0.057 0.127 0.129 0.033 0.059 0.113 0.159 0.214 0.224 5776 chr19 49196703 49202423 + 0 NA intron (NM_000511, intron 1 of 1) intron (NM_000511, intron 1 of 1) 335 NM_001097638 2524 Hs.579928 NM_000511 ENSG00000176920 FUT2 B12QTL1|SE|SEC2|Se2|sej fucosyltransferase 2 protein-coding 1.174 2.009 1.076 1.768 0.509 1.142 2.734 0.517 1.266 0.037 0.533 0.575 0.066 0.351 3.184 0.428 0.108 0.254 4.565 2.900 0.054 0.048 0.631 0.511 1.047 1.571 1.713 0.105 0.930 1.069 1.701 nan 0.578 0.399 1.969 0.076 0.214 0.216 0.087 0.316 0.070 0.366 0.116 0.106 1.695 0.524 0.658 0.532 0.310 0.342 0.083 2.741 0.428 5.731 0.085 1.047 1.388 0.349 0.684 0.173 0.089 1.534 0.674 0.178 0.133 0.333 0.278 0.363 1.221 0.380 0.442 2.605 2.521 2.554 0.543 3.555 3.854 0.269 0.668 2.740 4.186 1.220 0.886 1.026 1.471 0.864 0.966 0.312 0.728 1.851 1.240 2090 chr11 72895621 72931057 + 0 NA Intergenic Intergenic -16004 NM_176072 5029 Hs.339 NM_002564 ENSG00000175591 P2RY2 HP2U|P2RU1|P2U|P2U1|P2UR|P2Y2|P2Y2R purinergic receptor P2Y2 protein-coding nan 0.797 0.703 0.321 0.126 0.251 3.631 0.105 0.243 1.354 0.171 0.195 0.076 0.056 0.105 0.175 0.156 0.077 2.187 1.199 0.527 0.020 0.094 0.137 0.166 1.471 0.837 0.104 0.675 1.690 1.860 nan 2.902 0.945 1.961 0.087 0.043 0.117 0.116 0.480 0.148 0.598 0.156 0.144 1.935 0.816 2.976 0.445 0.602 0.131 0.735 2.801 0.175 1.656 2.037 0.166 0.860 4.240 0.079 0.588 0.033 0.534 0.062 0.731 0.173 0.028 0.013 0.526 0.491 0.365 0.655 0.539 0.652 1.016 0.359 0.748 0.910 0.379 0.613 0.630 0.898 1.104 0.832 0.270 0.292 0.215 0.249 0.911 2.717 0.524 0.515 3495 chr14 36535732 36540653 + 0 NA Intergenic Intergenic -1441 NR_073454 101101773 Hs.640678 NR_073454 ENSG00000257585 LINC00609 - long intergenic non-protein coding RNA 609 ncRNA 1.125 1.695 0.823 1.494 0.440 3.862 3.494 0.838 1.170 0.061 0.507 0.113 0.245 2.684 0.495 0.475 0.162 1.074 0.231 0.038 0.158 0.182 0.194 1.602 1.073 2.388 1.027 20.188 38.239 2.082 2.555 3.269 0.130 0.872 0.111 0.133 0.506 0.132 0.544 0.049 0.016 1.708 2.945 0.159 0.143 0.132 0.014 0.119 0.174 0.495 4.151 0.617 0.194 0.174 0.286 0.079 0.908 0.092 0.755 0.109 0.026 0.248 0.047 0.010 0.200 0.142 0.529 0.591 0.778 0.894 0.419 0.173 0.260 0.443 0.839 1.447 2.866 3.658 1.189 0.587 0.185 0.219 3.194 2.814 0.164 0.245 2.886 1.631 7574 chr3 42839139 42873030 + 0 NA intron (NM_001296, intron 1 of 2) intron (NM_001296, intron 1 of 2) 5120 NM_001296 1238 Hs.146346 NM_001296 ENSG00000144648 ACKR2 CCBP2|CCR10|CCR9|CMKBR9|D6|hD6 atypical chemokine receptor 2 protein-coding 1.124 nan nan 0.372 0.477 1.109 0.304 0.090 0.225 0.259 0.339 0.294 1.364 0.190 0.272 0.556 0.726 0.214 0.574 0.331 0.146 0.106 0.352 0.262 0.470 0.129 0.101 0.109 0.325 0.324 0.807 3.766 0.402 2.325 0.337 0.290 0.718 0.282 0.114 0.171 0.178 0.253 0.431 0.255 0.237 0.141 1.110 0.330 0.363 0.355 0.897 0.899 0.556 0.620 0.191 0.470 0.506 0.337 0.069 0.375 0.504 0.290 0.169 0.380 0.130 0.124 0.065 0.358 0.348 0.727 1.247 2.151 2.239 0.871 0.244 0.917 0.864 1.241 1.632 1.199 2.162 1.359 1.296 0.321 0.593 1.871 2.563 0.707 1.120 0.521 0.328 11453 chr9 13427030 13452477 + 0 NA Intergenic Intergenic -8425 NR_033863 401492 Hs.632651 NR_033863 ENSG00000270547 LINC01235 - long intergenic non-protein coding RNA 1235 ncRNA nan nan 1.748 0.079 0.548 0.797 0.072 0.325 0.536 0.019 0.037 0.123 0.017 0.027 0.077 0.488 0.205 0.082 0.083 0.022 0.025 0.556 2.194 1.358 1.143 0.013 0.006 0.006 0.032 0.004 0.047 0.132 0.066 16.337 0.080 0.051 0.390 0.046 0.103 0.023 0.133 0.058 0.014 0.009 0.021 0.039 0.098 0.084 0.035 0.039 0.043 0.008 0.488 0.049 0.057 1.143 0.005 0.052 0.057 0.023 0.419 0.022 0.050 0.020 0.033 0.014 0.012 0.241 0.133 2.428 2.559 0.852 1.023 2.256 0.536 0.097 0.083 27.019 26.772 0.646 0.546 0.440 0.151 0.143 0.281 3.641 2.617 0.214 0.330 6.462 3.312 6515 chr2 179312871 179318221 + 0 NA promoter-TSS (NM_001353777) promoter-TSS (NM_001353777) -62 NM_001139517 8575 Hs.570274 NM_003690 ENSG00000180228 PRKRA DYT16|HSD14|PACT|RAX protein activator of interferon induced protein kinase EIF2AK2 protein-coding 5.311 3.580 4.324 2.632 4.788 4.817 2.297 3.272 5.568 1.182 3.129 1.140 0.902 1.281 2.193 3.755 1.639 0.322 3.656 1.312 2.782 2.027 1.811 1.173 4.677 2.263 2.826 1.735 2.816 1.096 3.455 4.248 2.409 10.241 1.339 2.109 0.802 2.845 0.112 0.858 1.962 3.942 2.866 1.458 1.143 1.203 5.790 1.138 3.880 3.727 1.144 1.864 3.755 4.429 2.681 4.677 0.752 1.725 1.517 4.770 1.447 2.207 1.292 1.040 1.341 1.571 0.813 5.241 4.491 6.832 8.929 6.261 5.962 8.011 5.182 16.499 17.137 3.038 4.127 14.698 20.405 5.322 5.265 3.542 5.249 4.914 5.427 6.788 6.380 2.492 1.459 6237 chr2 89864862 89880154 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 760624 NR_039635 100616399 NR_039635 ENSG00000265510 MIR4436A mir-4436a microRNA 4436a ncRNA nan 17.058 nan 1.853 6.063 0.823 1.789 5.058 8.654 0.938 3.240 4.258 0.705 4.087 6.011 6.083 3.191 17.469 2.548 0.087 0.603 2.953 3.664 8.972 2.813 0.394 1.848 0.607 5.456 0.062 3.068 1.587 4.164 11.142 0.132 4.016 2.728 2.271 8.491 0.008 1.691 4.537 2.290 1.073 0.071 5.673 2.765 7.572 2.859 1.682 1.031 2.582 6.083 2.556 1.529 2.813 1.868 2.199 1.639 0.807 1.801 1.810 1.849 2.612 1.368 1.650 1.370 8.104 3.255 3.121 4.029 6.806 10.480 3.283 2.626 4.731 4.459 7.116 9.475 4.763 4.568 9.065 2.640 2.994 4.911 2.557 4.865 3.668 5.907 3.396 5.335 5572 chr19 17565114 17583034 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -2349 NM_138454 115861 Hs.661836 NM_138454 ENSG00000171773 NXNL1 RDCVF|TXNL6 nucleoredoxin like 1 protein-coding 1.418 0.926 1.346 0.574 0.221 0.193 0.279 0.170 0.484 0.128 0.376 0.314 0.073 0.114 0.477 0.361 0.351 0.135 0.365 0.116 0.397 0.294 0.141 0.129 0.180 0.346 0.139 0.443 0.302 0.136 0.372 nan 0.251 1.309 0.089 0.916 0.064 0.478 0.072 0.113 0.058 0.642 0.207 0.139 0.121 0.108 0.533 0.288 0.799 0.888 0.286 0.276 0.361 0.425 0.284 0.180 0.133 0.194 0.273 1.030 0.365 0.301 0.077 1.239 0.213 0.064 0.046 0.728 0.728 0.544 0.813 0.785 0.731 1.147 0.363 0.547 0.435 0.600 1.064 0.795 1.193 2.159 2.420 0.178 0.240 0.215 0.174 2.346 6.787 0.732 0.542 11446 chr9 11272729 11283821 + 0 NA Intergenic Intergenic 665069 NR_110696 101929428 Hs.434446 NR_110696 ENSG00000226717 PTPRD-AS2 - PTPRD antisense RNA 2 (head to head) ncRNA nan nan 0.465 0.026 0.135 0.020 0.032 0.661 1.224 0.017 0.029 0.016 0.031 0.009 0.032 0.162 0.074 0.104 0.095 0.034 0.006 0.175 0.182 0.129 0.006 0.007 0.031 0.010 0.051 0.014 0.025 0.296 0.040 0.039 0.009 0.068 0.118 0.022 0.067 0.005 0.007 0.010 0.014 0.035 0.065 0.022 0.162 0.019 0.129 0.005 0.028 0.007 0.026 0.014 0.021 0.003 0.211 0.155 0.270 0.436 0.148 0.261 6.742 2.328 0.067 0.148 0.621 0.762 0.159 0.197 0.287 0.133 0.079 0.191 0.110 0.110 0.078 0.145 1.005 0.662 7477 chr22 47121305 47135821 + 0 NA intron (NM_022766, intron 1 of 12) L1M5|LINE|L1 5589 NM_022766 64781 Hs.200668 NM_022766 ENSG00000100422 CERK LK4|dA59H18.2|dA59H18.3|hCERK ceramide kinase protein-coding 1.555 1.223 nan 1.479 0.484 1.580 0.851 1.082 1.859 0.230 1.948 0.712 0.111 0.530 0.381 1.436 0.626 0.155 0.674 0.248 0.201 0.235 0.941 0.528 2.455 0.454 0.603 0.328 0.516 0.094 1.263 3.365 1.166 2.033 0.371 0.981 0.164 0.767 0.109 0.308 0.607 0.673 0.635 0.382 0.364 0.261 0.550 0.421 1.193 0.991 1.007 1.200 1.436 0.723 1.035 2.455 0.902 1.147 0.770 0.976 2.169 0.647 1.373 0.265 0.506 0.258 0.146 3.522 4.838 1.541 1.939 2.804 2.524 1.600 0.435 1.412 1.400 0.983 1.497 1.822 2.329 1.337 1.493 1.431 2.198 1.269 1.079 0.721 0.710 1.799 1.114 9417 chr6 7412144 7419915 + 0 NA intron (NM_031480, intron 16 of 16) Tigger7|DNA|TcMar-Tigger 25967 NM_031480 83732 Hs.437474 NM_031480 ENSG00000124784 RIOK1 AD034|RIO1|RRP10|bA288G3.1 RIO kinase 1 protein-coding 0.920 0.907 0.798 0.074 0.170 0.048 0.211 0.185 0.313 0.076 0.076 0.070 5.397 0.064 0.136 0.146 0.164 0.063 0.178 0.048 0.087 0.035 0.020 0.094 0.185 0.091 0.073 0.019 0.088 0.054 0.600 2.408 1.712 0.161 0.395 0.042 0.037 0.092 0.145 0.030 0.092 0.117 0.078 0.040 0.014 0.065 0.112 0.167 0.348 0.155 0.465 1.145 0.146 0.072 0.095 0.185 0.079 0.619 0.286 0.026 0.284 0.057 0.048 0.170 0.104 0.360 0.483 0.616 1.205 0.394 0.509 0.457 0.299 0.421 0.310 0.315 0.462 0.441 0.410 0.442 0.229 0.255 0.411 0.148 0.170 0.290 0.849 0.458 0.452 7486 chr22 49624625 49633560 + 0 NA Intergenic Intergenic 308022 NR_037440 100500882 NR_037440 ENSG00000264139 MIR3667 - microRNA 3667 ncRNA 0.550 0.320 nan 0.072 0.039 0.988 0.040 3.220 6.699 0.032 0.062 0.083 0.014 2.496 0.923 0.028 0.041 0.018 0.058 0.031 0.946 0.294 1.217 0.008 0.076 0.094 0.141 0.118 2.406 0.016 0.036 0.424 0.024 0.087 0.013 0.017 0.113 0.007 0.035 0.051 0.011 0.047 0.128 0.041 0.009 0.044 0.028 0.024 0.031 1.217 0.028 0.046 0.314 0.059 2.230 0.026 0.097 0.017 0.045 0.029 0.197 0.168 0.053 0.093 0.903 0.926 4.501 1.894 0.063 0.075 0.117 0.178 5.632 5.051 0.410 0.349 0.862 0.481 1.215 1.815 0.089 0.078 2.528 1.324 494 chr1 86062381 86084146 + 0 NA Intergenic Intergenic 26819 NM_001554 3491 Hs.8867 NM_001554 ENSG00000142871 CYR61 CCN1|GIG1|IGFBP10 cysteine rich angiogenic inducer 61 protein-coding 0.931 nan nan 2.498 0.162 0.032 3.740 0.110 0.199 0.775 2.716 2.041 1.729 0.078 0.077 0.118 1.636 0.140 1.702 1.088 3.130 0.038 0.087 0.076 0.099 2.431 2.009 0.883 2.018 2.112 0.352 0.935 1.519 0.292 1.064 0.286 0.017 0.126 0.117 0.816 0.055 5.312 2.823 1.087 2.208 3.072 1.109 4.801 0.432 1.258 0.634 0.956 0.118 2.446 2.732 0.099 0.298 0.224 0.031 0.998 0.023 0.866 0.030 0.090 0.939 2.781 2.484 0.307 0.215 1.082 4.230 0.359 0.302 0.175 0.113 0.347 0.270 0.245 0.491 0.444 0.653 0.320 0.169 0.143 0.145 0.068 0.056 0.229 0.453 0.535 0.541 9345 chr5 172897525 172904073 + 0 NA Intergenic Intergenic -105838 NR_027108 285593 Hs.409730 NR_027108 ENSG00000253955 LOC285593 - uncharacterized LOC285593 ncRNA 0.522 0.550 1.651 0.603 0.141 0.008 3.896 0.073 0.149 0.058 0.846 2.643 0.019 0.073 0.078 1.015 0.362 0.460 0.463 0.118 0.021 0.024 0.038 0.018 2.442 1.403 0.057 0.429 2.073 0.242 0.852 0.109 0.589 0.973 4.444 0.029 0.046 0.080 4.720 0.588 0.305 0.233 0.913 0.081 0.344 14.267 0.224 1.014 0.355 0.455 0.078 0.436 2.507 0.018 0.458 0.189 0.003 0.120 0.428 1.673 0.030 0.019 1.848 1.858 2.364 0.143 0.090 0.248 nan 0.158 0.177 0.115 0.055 0.106 0.092 0.933 nan 0.312 0.252 0.175 0.068 0.149 0.181 0.227 0.252 0.095 0.125 0.210 0.236 3333 chr13 109792916 109816528 + 0 NA intron (NM_001198950, intron 32 of 34) intron (NM_001198950, intron 32 of 34) 14929 NR_047700 100885782 Hs.655942 NR_047700 ENSG00000236242 MYO16-AS1 - MYO16 antisense RNA 1 ncRNA 0.654 nan 0.660 0.861 0.101 0.033 2.252 0.115 0.270 0.528 1.273 0.576 0.050 0.187 0.184 0.168 0.124 0.076 1.656 0.983 0.423 0.012 0.085 0.084 0.147 1.780 1.227 0.423 0.310 1.697 0.099 0.177 0.156 0.371 0.347 2.986 0.020 7.680 0.177 0.196 0.124 3.374 1.626 0.601 1.746 1.392 1.894 2.006 0.974 0.031 0.313 0.506 0.168 1.704 1.487 0.147 0.425 0.835 0.012 0.161 1.518 1.641 0.068 0.263 1.184 1.607 1.248 1.149 0.730 1.174 2.287 0.363 0.460 0.197 0.101 0.106 0.136 0.070 0.107 0.327 0.374 0.453 0.231 0.309 0.431 0.068 0.119 0.367 0.587 0.349 0.212 1956 chr11 59294239 59334407 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 31937 NM_001004711 390199 Hs.553757 NM_001004711 ENSG00000172742 OR4D9 OR11-253 olfactory receptor family 4 subfamily D member 9 protein-coding 1.138 1.031 1.036 1.263 0.705 0.578 1.219 0.518 1.144 0.416 1.903 2.151 0.405 0.279 0.864 0.438 0.694 0.257 1.158 0.595 2.114 0.472 0.511 0.437 0.799 0.567 0.456 0.785 0.484 0.378 0.802 1.330 0.678 2.000 0.793 3.130 0.218 1.413 0.154 0.223 0.273 1.618 1.734 0.880 0.395 0.314 0.937 1.904 2.363 2.346 0.442 0.703 0.438 1.245 1.230 0.799 0.503 0.406 0.138 1.379 0.235 1.372 0.661 0.880 0.725 0.932 0.967 0.774 0.834 0.379 0.514 1.049 1.124 2.955 0.683 0.880 0.916 1.397 1.763 1.284 1.684 2.009 1.723 0.616 0.944 1.531 1.643 1.236 3.017 0.896 0.669 10332 chr7 44251225 44327924 + 0 NA intron (NM_001220, intron 5 of 23) intron (NM_001220, intron 5 of 23) 48996 NM_006555 10652 Hs.520794 NM_006555 ENSG00000106636 YKT6 - YKT6 v-SNARE homolog protein-coding 2.261 1.745 nan 0.170 0.315 1.715 0.192 0.184 0.379 0.022 0.171 0.118 0.016 0.135 0.255 0.606 0.124 0.082 0.151 0.091 0.038 0.056 0.559 0.425 0.510 0.242 0.129 0.079 0.142 0.055 0.177 0.757 0.177 0.605 0.109 0.076 0.265 0.092 0.100 0.132 0.187 0.173 0.044 0.023 0.070 0.097 0.161 0.189 0.144 0.109 0.041 0.140 0.606 0.184 0.093 0.510 0.073 0.059 0.544 0.199 0.232 0.162 0.050 0.619 0.025 0.030 0.013 0.671 0.870 0.251 0.357 2.065 1.851 2.464 0.685 0.577 0.591 0.370 0.671 1.646 2.104 2.110 2.335 0.387 0.403 1.158 1.089 0.804 1.562 1.682 0.930 10024 chr6 153300923 153307881 + 0 NA promoter-TSS (NM_012177) promoter-TSS (NM_012177) -185 NM_012177 26271 Hs.520506 NM_012177 ENSG00000112029 FBXO5 EMI1|FBX5|Fbxo31 F-box protein 5 protein-coding nan 4.018 4.111 2.405 7.001 6.669 2.462 3.656 6.748 1.443 2.958 1.843 1.114 0.617 4.081 6.260 2.051 0.359 3.185 1.203 4.424 2.636 1.899 1.041 5.999 1.946 2.649 2.255 1.950 0.756 1.882 nan 2.038 12.577 1.173 3.850 2.396 5.310 0.164 1.502 3.043 4.989 5.492 2.332 1.877 1.302 2.159 3.129 2.256 6.428 0.824 1.626 6.260 3.092 4.205 5.999 0.929 1.427 1.543 7.863 3.353 1.945 1.424 3.540 3.213 4.228 3.831 5.944 5.340 5.773 6.672 11.151 nan 9.894 6.562 8.700 9.003 3.479 4.087 4.324 7.643 11.958 13.694 2.374 5.388 9.338 10.347 6.452 nan 2.071 0.875 2778 chr12 69631721 69636422 + 0 NA intron (NM_007007, intron 1 of 9) CpG 754 NM_007007 11052 Hs.369606 NM_007007 ENSG00000111605 CPSF6 CFIM|CFIM68|CFIM72|HPBRII-4|HPBRII-7 cleavage and polyadenylation specific factor 6 protein-coding 4.989 2.910 2.677 4.389 4.659 1.763 1.399 2.119 4.586 0.817 3.076 2.275 1.528 1.540 4.757 5.893 2.138 0.205 2.499 0.566 1.682 2.186 2.658 1.621 4.434 1.403 1.475 1.519 2.663 0.831 4.342 4.764 2.329 8.774 0.835 2.069 0.665 2.470 0.043 0.707 2.495 2.197 2.180 1.043 1.158 0.766 2.331 2.848 3.723 4.386 2.148 2.505 5.893 4.232 2.699 4.434 0.857 2.011 0.868 4.335 2.441 0.958 2.255 0.861 0.987 1.078 0.872 5.867 5.503 10.445 11.222 12.792 nan 7.853 4.460 19.741 19.520 3.799 4.564 8.471 13.250 7.311 9.345 4.236 9.042 3.493 3.477 5.640 3.978 4.619 2.727 2235 chr11 110063348 110072193 + 0 NA intron (NM_001260496, intron 7 of 7) AluJb|SINE|Alu 99667 NM_001260495 5962 Hs.263671 NM_002906 ENSG00000137710 RDX DFNB24 radixin protein-coding 0.508 0.815 0.566 0.735 0.156 0.069 5.443 0.162 0.230 0.607 1.894 2.926 0.028 0.034 0.101 0.273 0.476 0.108 2.024 1.530 0.704 0.016 0.119 0.167 0.082 2.551 2.306 0.076 1.877 2.517 0.802 1.261 0.329 0.371 1.902 0.673 0.010 0.149 0.120 0.831 0.171 5.421 0.779 0.416 2.417 2.659 4.095 1.447 0.976 0.233 0.053 5.158 0.273 1.053 4.294 0.082 4.777 3.090 0.033 0.053 0.045 2.357 0.127 0.058 1.152 0.111 0.074 1.828 nan 0.367 0.853 0.486 0.815 0.323 0.159 0.246 0.337 0.535 nan 0.351 0.354 0.362 0.226 0.558 0.876 0.169 0.194 0.196 0.333 0.518 0.392 238 chr1 33218528 33236036 + 0 NA intron (NM_020888, intron 1 of 6) MIRc|SINE|MIR -3953 NM_001198973 57648 Hs.591502 NM_020888 ENSG00000162522 KIAA1522 - KIAA1522 protein-coding 1.951 nan 1.955 5.674 0.709 0.552 2.851 0.320 0.540 2.915 1.543 1.356 3.344 0.102 0.233 0.390 0.377 0.110 3.337 1.370 3.034 0.055 0.176 0.215 1.709 1.730 1.595 0.337 2.369 1.390 4.869 8.965 3.454 3.026 2.232 0.204 0.038 1.939 0.141 0.128 1.065 2.389 0.522 0.324 2.121 1.955 4.283 0.273 2.055 0.517 1.268 2.367 0.390 3.333 0.824 1.709 1.725 2.931 0.726 0.641 0.156 1.808 0.339 0.178 1.077 0.099 0.067 1.164 1.414 1.047 1.645 1.322 1.453 nan 0.248 0.833 0.856 1.557 2.009 0.891 1.295 nan 0.734 0.579 0.977 0.161 0.184 0.617 1.184 0.627 nan 873 chr1 171401410 171412285 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -47819 NM_015172 23215 Hs.494614 NM_015172 ENSG00000117523 PRRC2C BAT2-iso|BAT2D1|BAT2L2|XTP2 proline rich coiled-coil 2C protein-coding nan nan nan 1.064 0.065 0.065 2.592 0.166 0.194 0.123 0.550 0.758 0.017 0.028 0.106 0.300 1.074 0.311 1.097 1.103 0.087 0.004 0.290 0.217 0.056 4.802 3.594 0.054 2.195 0.506 0.610 1.866 0.573 0.356 0.552 0.213 0.017 0.070 0.110 0.669 0.066 0.442 0.733 0.431 3.478 0.713 0.080 1.057 0.210 0.426 0.087 0.769 0.300 0.421 0.229 0.056 0.531 0.032 0.037 0.059 0.075 1.047 0.109 0.182 0.791 0.037 0.018 0.384 0.316 0.680 1.059 nan 0.420 0.209 0.131 0.278 0.185 0.344 0.527 0.266 0.320 0.310 0.186 0.283 0.344 0.113 0.210 0.369 nan 0.373 0.476 8613 chr4 160015812 160164996 + 0 NA intron (NM_001351724, intron 1 of 30) intron (NM_001351724, intron 1 of 30) -40358 NR_037459 100500881 NR_037459 ENSG00000264105 MIR3688-1 MIR3688|mir-3688-1 microRNA 3688-1 ncRNA nan nan nan 0.277 0.489 0.058 0.242 0.227 0.462 0.065 0.215 0.232 0.289 0.054 0.122 0.159 0.373 0.117 0.219 0.066 0.056 0.034 0.193 0.114 0.347 0.127 0.058 0.069 0.237 0.110 0.175 0.403 0.212 0.548 0.114 0.373 0.045 2.699 0.122 0.065 0.371 0.121 0.077 0.067 0.105 0.084 0.200 0.147 0.159 0.124 0.089 0.144 0.159 0.245 0.077 0.347 0.099 0.104 0.027 0.075 0.092 0.108 0.121 0.103 0.077 0.019 0.015 0.281 0.248 0.454 0.716 0.407 0.467 0.673 0.357 0.312 0.307 0.683 0.929 0.669 0.787 0.477 0.299 0.223 0.403 0.177 0.255 0.292 0.497 0.357 0.288 9554 chr6 30959492 30981144 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -3411 NM_001318484 100507679 Hs.582967 NM_001198815 ENSG00000261272 MUC22 PBMUCL1 mucin 22 protein-coding nan 0.976 nan 0.755 0.111 0.023 3.236 0.104 0.255 0.031 0.304 0.059 0.168 0.046 0.150 0.142 0.142 0.151 1.674 0.926 0.049 0.057 0.072 0.084 0.155 1.094 0.458 0.044 1.468 2.563 0.221 0.935 2.881 0.378 0.324 0.055 0.034 0.055 0.146 0.279 0.033 0.169 0.095 0.043 1.881 1.575 0.285 0.238 0.188 0.128 0.267 0.263 0.142 1.059 0.068 0.155 0.124 0.195 0.032 0.124 0.038 0.316 0.087 0.062 0.042 0.019 0.012 0.306 0.193 0.304 nan nan 0.221 0.128 0.088 0.205 0.161 0.142 0.267 0.244 0.264 0.321 0.127 0.114 0.205 0.077 0.100 0.210 0.414 0.293 0.403 448 chr1 67893636 67897939 + 0 NA exon (NM_015640, exon 1 of 8) exon (NM_015640, exon 1 of 8) 336 NM_001018069 26135 Hs.530412 NM_015640 ENSG00000142864 SERBP1 CGI-55|CHD3IP|HABP4L|PAI-RBP1|PAIRBP1 SERPINE1 mRNA binding protein 1 protein-coding 8.663 4.381 6.083 5.975 5.636 3.330 3.975 2.325 4.886 1.601 3.933 3.104 1.425 2.927 5.290 3.949 4.242 0.374 5.590 2.270 3.556 3.039 3.161 1.118 5.650 2.501 2.920 2.734 5.951 1.781 5.101 9.068 4.544 12.249 3.148 5.682 1.075 4.675 0.161 2.002 3.201 7.117 4.027 2.137 4.544 4.594 4.653 3.781 2.459 4.354 2.735 2.620 3.949 7.222 6.519 5.650 2.584 4.236 2.144 5.663 3.147 2.587 2.583 3.475 1.646 3.045 2.012 6.021 5.939 7.497 11.539 8.823 8.251 10.161 4.346 15.353 15.345 nan 10.163 12.697 16.992 11.452 15.502 3.824 8.984 6.421 6.122 11.915 9.504 4.438 2.641 9987 chr6 144933936 144947417 + 0 NA intron (NM_007124, intron 50 of 73) intron (NM_007124, intron 50 of 73) 213885 NR_132778 106635530 NR_132778 SNORA98 - small nucleolar RNA, H/ACA box 98 snoRNA nan 0.889 nan 0.054 0.097 0.029 0.094 0.107 0.370 0.021 0.064 0.074 0.028 0.052 0.139 0.255 0.206 0.096 0.078 0.028 0.014 0.018 0.152 0.123 0.424 0.041 0.011 0.060 0.008 0.054 0.150 0.079 0.347 0.043 0.036 1.678 0.096 0.105 0.017 0.029 0.054 0.014 0.007 0.057 0.023 0.129 0.059 0.036 0.070 0.012 0.054 0.255 0.074 0.082 0.424 0.019 0.012 0.041 0.026 0.038 0.030 0.044 0.094 0.011 0.013 0.034 0.455 0.251 0.815 0.678 0.496 0.622 0.814 0.416 0.250 0.251 0.079 0.170 0.142 0.128 0.631 0.271 0.134 0.254 4.065 5.701 0.187 0.295 0.287 0.273 2631 chr12 46649523 46668617 + 0 NA intron (NM_001278387, intron 1 of 17) MIRb|SINE|MIR 1208 NM_001278389 81539 Hs.533770 NM_030674 ENSG00000111371 SLC38A1 ATA1|NAT2|SAT1|SNAT1 solute carrier family 38 member 1 protein-coding 2.841 nan 1.831 2.179 2.496 2.802 1.784 1.477 3.066 1.530 1.568 0.816 6.151 1.129 1.401 1.353 1.670 0.185 2.014 0.852 1.919 0.371 1.635 1.012 2.015 1.102 1.038 1.320 2.679 1.012 2.399 4.253 1.926 2.216 0.973 1.507 1.156 2.596 0.097 0.923 1.364 2.745 3.253 1.241 1.553 0.518 3.249 1.364 1.951 3.680 2.110 2.569 1.353 2.913 1.998 2.015 1.288 4.565 0.156 2.145 1.712 0.551 1.245 5.293 0.490 1.587 1.529 3.788 4.220 2.999 6.075 3.498 2.687 5.206 2.267 4.194 4.502 1.370 1.894 3.917 5.151 3.732 4.536 1.798 3.739 5.529 4.959 6.261 9.520 1.702 1.129 10294 chr7 32696400 32733024 + 0 NA intron (NR_036680, intron 5 of 16) intron (NR_036680, intron 5 of 16) 44068 NR_036680 100129460 Hs.633705 NR_036680 DPY19L1P1 - DPY19L1 pseudogene 1 pseudo 1.373 1.313 1.284 2.520 0.331 0.150 1.902 0.210 0.437 0.888 0.391 1.234 0.039 0.363 0.146 0.265 0.329 0.141 1.371 0.958 0.936 0.094 0.129 0.154 0.288 2.082 1.349 0.193 1.441 0.793 1.755 4.473 3.318 0.553 1.486 4.286 0.125 0.074 0.131 0.840 0.128 0.294 0.158 0.059 1.185 1.779 1.572 1.455 1.458 0.291 0.482 0.941 0.265 1.103 1.938 0.288 1.080 0.209 0.189 0.088 0.812 1.013 0.279 0.154 0.515 0.805 0.801 0.627 0.577 0.571 1.390 0.376 nan 0.906 0.189 0.978 0.952 0.748 nan nan nan 0.416 0.208 0.375 0.580 0.802 1.679 0.314 nan 0.945 0.672 7571 chr3 41235370 41242752 + 0 NA Intergenic Intergenic -1854 NM_001330729 1499 Hs.476018 NM_001904 ENSG00000168036 CTNNB1 CTNNB|EVR7|MRD19|armadillo catenin beta 1 protein-coding 2.022 nan nan 1.435 1.418 0.832 0.954 0.591 1.080 0.613 2.691 0.550 0.631 0.735 1.082 1.353 1.164 0.109 2.389 0.538 0.865 1.159 1.289 0.812 1.038 0.440 0.460 0.730 3.296 1.181 3.533 4.760 3.976 4.886 0.750 0.813 1.261 1.521 0.133 0.917 0.909 1.994 2.856 1.528 1.116 0.914 1.687 2.096 1.774 2.383 0.850 1.435 1.353 2.535 1.073 1.038 0.817 0.729 0.370 2.077 1.266 0.782 0.550 0.582 1.105 0.491 0.426 1.237 1.939 3.083 3.445 4.113 3.630 2.505 1.192 3.525 3.394 1.460 1.925 2.808 4.272 8.966 9.802 1.467 2.968 6.073 5.463 2.186 1.776 1.128 0.562 9869 chr6 119201893 119236507 + 0 NA intron (NM_014034, intron 1 of 3) intron (NM_014034, intron 1 of 3) 3959 NM_014034 25842 Hs.292316 NM_014034 ENSG00000111875 ASF1A CGI-98|CIA|HSPC146 anti-silencing function 1A histone chaperone protein-coding nan 1.491 nan 0.552 1.686 2.222 0.527 0.435 0.803 0.155 0.822 1.004 0.202 0.132 0.936 0.999 0.663 0.126 0.559 0.192 1.323 0.481 0.493 0.342 0.979 0.730 0.642 0.130 0.523 0.155 1.021 1.301 0.737 1.865 0.236 1.059 0.384 0.759 0.140 0.324 0.761 0.423 0.441 0.223 0.425 0.350 1.650 0.670 0.435 1.234 0.150 0.628 0.999 0.559 0.725 0.979 0.478 0.244 0.405 0.347 0.747 0.623 0.292 0.789 0.568 0.285 0.196 1.745 1.492 1.273 2.140 2.663 nan nan 0.501 3.998 4.117 0.955 nan 1.292 2.046 2.694 2.304 0.597 1.383 1.623 2.571 2.161 nan 1.218 0.723 9804 chr6 90924973 90930635 + 0 NA intron (NM_001170794, intron 1 of 6) intron (NM_001170794, intron 1 of 6) 78823 NM_021813 60468 Hs.269764 NM_021813 ENSG00000112182 BACH2 BTBD25 BTB domain and CNC homolog 2 protein-coding nan 1.902 nan 1.360 0.577 0.889 1.576 0.424 0.650 0.676 0.703 2.494 8.708 0.166 0.771 2.505 2.082 0.311 2.677 1.339 0.034 0.024 0.616 0.331 1.218 0.997 0.902 0.014 1.838 0.706 3.978 6.592 1.910 3.847 1.810 1.322 0.034 0.039 0.135 0.807 1.204 0.787 0.203 0.164 2.387 2.994 0.646 1.891 1.071 1.745 0.868 0.629 2.505 4.816 0.424 1.218 0.576 0.912 0.876 0.088 0.867 1.331 0.404 0.548 0.443 0.651 0.726 2.214 3.022 5.420 10.948 2.680 1.999 nan 0.071 0.421 0.507 1.114 nan 1.184 1.045 nan 2.587 0.333 0.818 0.563 0.876 1.035 2.226 1.015 0.766 10948 chr8 50307900 50315050 + 0 NA Intergenic Intergenic 113264 NR_134294 100507464 Hs.245745 NR_134294 ENSG00000253380 LOC100507464 - uncharacterized LOC100507464 ncRNA 0.744 nan 0.614 0.061 0.086 0.008 0.040 0.135 0.141 0.040 0.198 0.332 0.014 0.199 0.243 0.061 0.136 0.030 0.027 0.062 0.039 0.044 0.079 0.100 0.078 0.040 0.047 0.103 0.124 0.089 0.248 0.061 0.070 0.108 0.015 0.123 0.017 0.143 0.093 0.042 0.061 0.040 0.259 0.146 0.108 0.122 0.054 0.243 0.062 0.026 0.100 0.006 0.046 0.042 0.169 3.857 0.011 0.041 0.329 0.011 0.016 0.021 0.348 0.209 0.276 0.223 0.213 0.290 0.267 0.112 0.141 0.131 0.342 nan 0.372 0.192 0.358 0.152 0.101 0.129 0.424 0.347 0.120 0.205 0.635 0.620 10436 chr7 75697530 75760356 + 0 NA intron (NR_135079, intron 3 of 5) intron (NR_135079, intron 3 of 5) 9137 NR_135079 101927126 Hs.632320 NR_135079 GTF2IP7 - general transcription factor IIi pseudogene 7 pseudo nan 0.674 0.803 0.232 0.294 0.074 2.720 0.208 0.383 0.320 0.458 0.915 0.330 0.151 0.124 0.300 0.186 0.151 1.762 0.954 0.085 0.037 0.265 0.216 0.127 0.526 0.324 0.088 1.594 0.834 2.202 5.412 3.476 0.338 0.960 0.702 0.088 0.104 0.163 0.821 0.081 0.444 0.051 0.053 0.737 1.019 0.807 0.554 0.823 0.407 0.267 1.398 0.300 1.903 1.324 0.127 0.755 1.406 0.059 0.199 0.111 0.924 0.943 0.101 0.399 0.076 0.042 1.857 2.051 0.329 nan 0.407 0.418 1.088 0.484 0.282 0.280 0.310 nan 0.724 nan 0.383 0.240 1.176 1.555 0.538 0.875 0.333 0.661 0.926 0.726 3297 chr13 101797612 101812145 + 0 NA intron (NM_001350748, intron 15 of 44) intron (NM_001350748, intron 15 of 44) -208260 NR_047015 100874161 Hs.143791 NR_047015 LINC00411 - long intergenic non-protein coding RNA 411 ncRNA 0.679 0.823 0.526 0.055 0.106 6.569 0.239 0.232 0.378 0.006 0.203 0.306 0.017 0.021 0.377 0.811 0.107 0.035 0.169 0.079 0.030 0.098 0.063 0.140 0.242 0.066 0.005 0.065 0.086 0.093 0.141 0.063 0.512 0.119 0.418 0.013 0.015 0.064 0.065 0.223 0.222 0.010 0.022 0.067 0.052 0.205 0.130 0.045 0.039 0.011 0.036 0.811 0.161 0.019 0.140 0.076 0.057 0.200 0.044 0.135 0.021 0.029 0.240 0.137 0.016 0.014 1.390 0.818 0.859 0.548 0.507 0.569 0.802 0.243 0.146 0.195 0.609 nan 0.260 0.247 0.572 0.388 0.110 0.244 0.081 0.068 0.481 nan 0.307 0.267 4647 chr17 20752779 20781888 + 0 NA 3' UTR (NM_001004306, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001004306, exon 4 of 4) -4413 NR_104185 440416 Hs.661076 NR_104185 ENSG00000233098 CCDC144NL-AS1 - CCDC144NL antisense RNA 1 ncRNA nan nan nan 0.054 0.102 0.033 0.032 0.275 0.691 0.003 0.329 0.049 0.026 0.055 0.077 0.154 0.103 0.083 0.233 0.058 0.033 0.005 0.140 0.093 0.078 0.012 0.010 0.018 0.101 0.007 0.170 0.179 0.110 0.553 0.190 0.096 0.248 0.287 0.186 0.020 0.044 0.161 0.035 0.029 0.022 0.053 0.134 0.120 0.101 0.051 0.141 0.118 0.154 0.265 0.083 0.078 0.067 0.153 0.102 0.219 0.052 0.220 0.044 3.024 0.050 0.032 0.012 0.630 0.498 0.795 0.902 0.244 0.372 0.663 0.227 0.154 0.174 0.577 0.859 1.490 1.538 2.695 1.828 0.169 0.305 1.011 1.105 5.775 7.997 0.390 0.380 9428 chr6 10554943 10560608 + 0 NA intron (NM_001491, intron 1 of 2) AluJr|SINE|Alu 1826 NM_001491 2651 Hs.519884 NM_001491 ENSG00000111846 GCNT2 CCAT|CTRCT13|GCNT2C|GCNT5|IGNT|II|NACGT1|NAGCT1|ULG3|bA360O19.2|bA421M1.1 glucosaminyl (N-acetyl) transferase 2 (I blood group) protein-coding 2.421 nan 1.398 0.102 3.671 0.845 0.090 1.132 1.708 0.206 0.065 0.022 0.124 1.807 3.405 0.136 0.105 0.242 0.033 0.057 0.024 1.439 1.204 7.409 0.146 0.064 0.052 0.106 0.018 0.057 0.169 0.129 3.182 0.056 0.803 0.213 0.122 0.367 0.195 0.042 0.042 0.068 0.042 0.119 0.122 0.161 0.285 0.031 0.118 3.405 0.096 0.050 7.409 0.072 0.342 0.194 1.185 0.125 3.291 0.558 0.027 0.030 6.652 9.375 5.209 7.285 8.131 7.212 7.931 2.352 2.547 2.888 4.677 5.133 2.341 3.046 2.467 2.337 3.044 6.380 4.833 4.265 0.828 0.987 3.351 1.967 8757 chr5 10625482 10638206 + 0 NA intron (NM_001164440, intron 2 of 3) MER72|LTR|ERV1 67409 NM_001164440 651746 Hs.26039 NM_001164440 ENSG00000164236 ANKRD33B - ankyrin repeat domain 33B protein-coding nan nan nan 0.174 0.229 0.057 5.311 0.150 0.385 0.112 0.295 0.537 0.010 0.047 0.383 0.211 0.527 0.316 4.861 4.195 0.210 0.044 0.236 0.297 0.151 0.789 0.402 0.295 0.228 1.411 0.498 1.488 0.314 nan 0.954 0.200 0.037 0.136 0.121 0.472 0.031 1.395 1.950 0.980 2.360 0.845 0.181 0.179 0.499 0.473 0.199 0.174 0.211 4.176 0.732 0.151 0.144 0.160 0.183 0.274 0.168 0.713 0.147 0.253 0.161 0.172 0.121 0.720 0.668 0.818 1.348 0.801 0.751 0.295 0.115 0.332 0.317 nan 1.786 0.459 0.638 0.913 0.800 0.458 0.719 0.185 0.264 0.637 nan 0.728 0.885 713 chr1 151508192 151526042 + 0 NA intron (NM_001126337, intron 1 of 11) AluSp|SINE|Alu -1155 NR_030280 693139 NR_030280 ENSG00000207606 MIR554 MIRN554|hsa-mir-554 microRNA 554 ncRNA nan nan 3.272 2.619 0.924 1.359 2.941 0.512 0.984 1.557 1.600 0.842 1.741 0.748 2.715 0.637 0.754 0.354 2.126 1.626 3.271 0.117 1.238 0.490 1.806 1.552 1.083 1.457 1.661 1.374 8.606 14.598 1.704 6.296 1.226 1.392 0.297 0.652 0.141 1.015 0.430 2.515 2.169 1.147 2.080 1.079 2.608 0.708 1.204 1.021 1.984 4.500 0.637 3.201 1.207 1.806 1.326 4.464 0.310 0.828 1.029 2.047 0.994 0.436 0.649 1.706 0.802 1.223 1.672 1.344 2.968 2.795 nan 3.059 1.197 2.900 3.007 0.687 1.092 2.419 2.998 0.796 0.725 1.330 2.791 1.269 1.385 0.883 2.895 1.173 0.767 9974 chr6 141387116 141406212 + 0 NA Intergenic L1PA15-16|LINE|L1 391713 NR_039675 100616180 NR_039675 ENSG00000264390 MIR4465 - microRNA 4465 ncRNA nan 0.827 nan 0.023 0.512 0.073 0.115 0.176 0.607 0.015 0.057 0.057 0.006 0.021 0.065 0.285 0.146 0.093 0.121 0.069 0.013 0.016 0.073 0.107 0.311 0.029 0.015 0.023 0.081 0.011 0.092 0.406 0.107 0.308 0.062 0.060 0.079 0.054 0.096 0.019 0.088 0.044 0.041 0.052 0.061 0.126 0.037 0.060 0.099 0.008 0.039 0.285 0.041 0.029 0.311 0.032 0.030 0.081 0.043 0.080 0.021 0.026 0.038 0.024 0.021 0.013 0.414 0.292 0.327 0.341 0.441 0.462 4.857 2.149 0.232 0.278 0.333 0.467 0.386 0.382 0.768 0.480 0.105 0.146 0.376 0.316 0.225 0.254 0.400 0.336 9680 chr6 46009902 46020980 + 0 NA intron (NM_001114086, intron 1 of 5) Arthur1B|DNA|hAT-Tip100 -31815 NM_016929 53405 Hs.485489 NM_016929 ENSG00000112782 CLIC5 DFNB102|DFNB103|MST130|MSTP130 chloride intracellular channel 5 protein-coding 0.731 0.982 0.610 0.104 0.288 0.030 0.082 0.262 0.784 0.069 0.063 0.166 1.721 0.035 0.095 0.277 0.665 0.101 0.151 0.017 0.058 0.051 0.225 0.207 0.119 0.139 0.047 0.067 0.046 0.160 0.546 1.727 0.389 0.727 0.058 0.060 0.019 0.137 0.110 0.044 0.075 0.016 0.035 0.097 0.167 0.065 0.488 0.049 0.064 0.128 0.070 0.277 0.845 0.058 0.119 0.086 0.111 0.100 0.019 0.086 1.744 0.049 0.103 0.010 0.014 1.073 1.279 7.642 3.321 0.268 0.426 0.143 0.119 0.945 1.040 0.152 0.269 0.605 nan 0.436 0.168 1.613 3.524 0.179 0.223 0.146 0.285 0.885 0.653 7746 chr3 112490983 112500719 + 0 NA Intergenic Intergenic -25474 NR_149027 100129297 Hs.570655 NR_149026 LOC100129297 - uncharacterized LOC100129297 ncRNA 1.199 nan 0.767 0.592 0.117 0.017 3.741 0.486 0.595 0.519 1.046 2.254 0.044 0.051 0.071 0.244 1.866 0.331 3.852 2.228 0.059 0.241 0.102 0.611 1.855 1.025 0.077 5.023 1.228 2.327 4.669 1.757 0.303 2.015 0.162 0.020 0.022 0.086 0.170 0.074 0.227 0.156 0.096 5.075 1.744 1.940 0.266 1.514 0.133 0.008 1.888 0.244 2.017 0.067 0.611 0.530 0.822 0.053 0.063 2.084 0.021 0.229 0.532 0.035 0.005 0.240 0.265 0.251 0.390 0.258 nan 1.646 0.448 0.391 0.330 nan 0.427 0.465 0.438 0.658 0.353 0.082 0.132 0.394 0.530 0.269 0.613 0.744 0.623 11658 chr9 97400333 97420734 + 0 NA Intergenic Intergenic -8002 NM_001127628 2203 Hs.494496 NM_000507 ENSG00000165140 FBP1 FBP fructose-bisphosphatase 1 protein-coding 0.883 nan 0.688 0.145 0.543 0.172 6.216 0.173 0.325 0.706 0.191 0.506 0.058 0.098 0.105 0.200 0.100 0.132 2.736 1.403 0.056 0.027 0.154 0.125 0.522 2.790 2.600 0.149 3.185 0.785 0.248 1.155 0.671 0.253 0.459 0.132 0.014 0.075 0.062 0.064 0.055 2.935 0.135 0.081 0.929 0.116 2.676 0.119 0.120 0.066 0.093 0.781 0.200 4.101 0.238 0.522 0.072 2.103 0.153 0.110 0.080 1.521 0.068 0.120 0.115 0.028 0.020 0.187 0.195 0.320 nan 0.525 0.604 0.248 0.120 0.252 0.270 0.153 0.310 1.231 2.008 1.725 1.928 0.223 0.255 0.118 0.158 0.178 0.239 0.524 0.504 3557 chr14 55030813 55038819 + 0 NA exon (NM_001161576, exon 1 of 11) exon (NM_001161576, exon 1 of 11) 486 NM_015589 23034 Hs.98259 NM_015589 ENSG00000020577 SAMD4A SAMD4|SMAUG|SMAUG1|SMG|SMGA sterile alpha motif domain containing 4A protein-coding nan nan 3.207 3.565 0.737 0.195 2.438 0.299 0.666 1.161 3.237 0.761 3.108 0.779 0.581 1.444 3.070 0.360 3.173 0.925 5.400 0.313 0.703 0.395 0.524 4.894 5.588 1.205 7.635 2.501 2.843 2.141 4.777 2.675 2.196 1.394 0.178 1.471 0.133 1.781 0.307 5.401 5.339 2.424 3.316 3.632 2.341 2.525 2.796 3.971 1.986 2.748 1.444 7.719 6.285 0.524 1.362 0.886 0.206 7.031 0.101 2.429 0.062 0.154 3.047 2.011 1.725 0.356 0.455 0.899 3.739 1.250 0.940 1.334 0.412 3.364 3.769 0.195 0.410 0.485 0.855 1.969 1.815 0.318 0.540 0.988 0.940 0.208 0.412 nan 0.539 2839 chr12 86187234 86215241 + 0 NA intron (NM_005447, intron 1 of 1) L2a|LINE|L2 29081 NM_005447 9182 Hs.527881 NM_005447 ENSG00000198774 RASSF9 P-CIP1|PAMCI|PCIP1 Ras association domain family member 9 protein-coding 0.702 0.733 0.764 0.179 0.147 0.022 0.047 0.173 0.275 0.013 0.086 0.695 0.144 0.069 0.061 0.088 0.766 0.214 0.061 0.063 0.045 0.310 0.252 0.296 0.147 0.018 0.018 0.026 0.063 0.011 0.168 0.317 0.162 0.368 0.052 0.088 0.232 0.051 0.130 0.088 0.046 0.066 0.013 0.030 0.039 0.027 0.114 0.466 0.221 0.035 0.308 0.113 0.088 0.060 0.039 0.147 0.160 0.050 0.007 0.029 0.104 0.073 0.039 0.045 0.054 0.156 0.143 0.272 0.218 0.215 0.350 0.280 0.340 0.811 0.263 0.238 0.237 5.807 6.229 0.388 0.381 0.377 0.159 0.154 0.232 0.827 1.456 0.274 0.460 0.601 0.517 10794 chr8 5818522 5836411 + 0 NA Intergenic MER132|DNA|TcMar 436603 NR_040040 100287015 Hs.156928 NR_040040 ENSG00000246089 LOC100287015 - uncharacterized LOC100287015 ncRNA 0.451 1.104 0.510 0.048 0.295 3.377 0.024 0.098 0.144 0.035 0.041 0.007 0.062 0.675 0.150 0.100 0.036 0.006 0.014 0.125 0.161 1.239 0.004 0.017 0.057 0.012 0.037 0.011 0.028 1.424 0.016 0.028 0.011 0.055 0.110 0.013 0.044 0.046 0.027 0.013 0.018 0.013 0.027 0.096 0.032 0.012 0.009 0.041 0.150 0.012 1.239 0.014 0.014 0.017 0.013 0.096 0.004 0.022 0.055 0.021 0.013 0.006 0.320 0.159 0.223 0.296 2.141 2.279 0.804 0.132 0.202 0.157 0.447 0.657 0.463 0.497 nan 0.338 0.035 0.085 0.035 0.087 0.153 0.204 1.228 0.972 1679 chr10 122737356 122753185 + 0 NA Intergenic Intergenic -134579 NR_033850 283089 Hs.568750 NR_033850 ENSG00000227165 WDR11-AS1 - WDR11 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.015 1.081 0.352 0.056 0.053 0.061 0.172 0.302 0.018 0.044 0.028 1.317 0.025 0.286 0.138 0.097 0.110 0.040 0.024 0.016 0.040 0.010 0.043 0.061 0.004 0.014 0.023 0.077 0.013 0.061 0.079 0.072 0.446 0.025 0.055 0.018 0.049 0.075 0.015 0.092 0.072 0.031 0.039 0.014 0.063 0.018 0.081 0.831 0.018 0.010 0.067 0.138 0.048 0.035 0.061 0.093 0.125 0.283 0.029 0.036 0.035 0.044 4.061 0.024 0.022 0.013 0.302 0.170 0.803 2.591 0.255 0.274 0.963 0.284 0.149 0.132 0.863 0.898 0.880 1.103 0.852 0.707 0.135 0.182 0.111 0.106 1.722 5.997 0.109 0.164 10817 chr8 12723167 12737269 + 0 NA Intergenic Intergenic -61231 NR_015383 340357 Hs.434302 NR_015383 ENSG00000254813 LOC340357 - uncharacterized LOC340357 ncRNA 2.325 1.644 nan 0.035 0.237 0.056 1.955 4.445 0.066 0.026 0.004 0.022 0.885 2.159 0.100 0.029 0.030 0.013 0.026 0.979 0.697 3.659 0.005 0.010 0.005 0.072 0.015 0.034 0.028 0.035 0.598 0.010 0.054 1.116 0.061 0.158 0.214 0.052 0.009 0.022 0.016 0.041 0.128 0.069 0.040 0.062 0.016 2.159 0.015 0.020 3.659 0.029 0.041 0.587 0.041 0.072 0.033 0.043 0.326 0.027 0.065 0.018 0.450 0.327 0.789 2.024 2.258 nan 1.644 0.780 0.451 0.448 6.717 6.740 0.067 0.096 1.481 1.034 0.124 0.240 2.692 2.411 0.707 1.555 3.919 1.805 4215 chr16 7351590 7375131 + 0 NA intron (NM_001142334, intron 2 of 13) intron (NM_001142334, intron 2 of 13) -19391 NM_145891 54715 Hs.459842 NM_018723 ENSG00000078328 RBFOX1 2BP1|A2BP1|FOX-1|FOX1|HRNBP1 RNA binding fox-1 homolog 1 protein-coding 0.670 nan 0.492 0.070 0.075 0.047 0.033 2.796 5.554 0.004 0.046 0.024 0.011 0.017 0.053 0.087 0.038 0.116 0.022 0.008 0.016 0.023 3.825 1.449 0.609 0.012 0.015 0.009 0.058 0.004 0.052 0.062 0.047 0.249 0.031 0.052 0.205 0.019 0.064 0.005 1.809 0.055 0.010 0.016 0.020 0.032 0.049 0.122 0.031 0.009 0.010 0.028 0.087 0.033 0.020 0.609 0.005 0.071 0.008 0.017 0.028 0.023 0.109 0.286 0.010 0.015 0.007 0.553 0.616 0.040 0.035 0.666 0.953 nan 0.735 0.078 0.089 0.102 nan 0.111 0.102 0.232 0.071 0.327 0.482 1.204 1.285 0.529 2.120 2.736 1.466 6845 chr20 11870755 11907404 + 0 NA intron (NM_001282550, intron 1 of 4) intron (NM_001282550, intron 1 of 4) -9434 NM_001282554 22903 Hs.709366 NM_014962 ENSG00000132640 BTBD3 dJ742J24.1 BTB domain containing 3 protein-coding 2.029 nan 1.738 0.384 1.990 1.712 0.345 0.772 1.628 0.374 0.479 0.219 0.212 0.675 1.090 0.694 0.540 0.126 0.590 0.203 0.121 0.485 0.936 0.536 0.674 0.243 0.170 0.220 0.193 0.080 1.911 2.814 0.475 4.131 1.130 0.243 0.695 0.354 0.085 0.386 0.372 0.424 0.317 0.221 0.164 0.328 0.351 0.387 0.584 0.496 0.329 0.138 0.694 0.452 0.311 0.674 0.127 0.803 0.329 0.311 1.791 0.331 0.915 1.483 0.305 0.251 0.161 1.740 2.303 1.676 3.336 2.552 2.352 3.901 2.104 0.908 0.996 1.264 1.712 2.490 3.466 2.947 2.694 0.744 1.564 2.852 2.810 2.170 4.028 1.726 1.049 1262 chr1 245328495 245353685 + 0 NA intron (NM_018012, intron 2 of 14) intron (NM_018012, intron 2 of 14) 22803 NM_018012 55083 Hs.143134 NM_018012 ENSG00000162849 KIF26B - kinesin family member 26B protein-coding nan 1.757 nan 0.162 1.154 0.029 0.115 0.382 0.537 0.008 0.092 0.091 0.017 0.748 0.142 1.577 0.134 0.109 0.118 0.030 0.020 0.011 0.151 0.216 0.304 0.057 0.049 0.026 0.122 0.063 0.080 0.367 0.111 0.394 0.029 0.112 0.109 0.082 0.110 0.010 0.076 0.154 0.062 0.059 0.083 0.187 0.127 0.192 0.068 0.082 0.132 0.134 1.577 0.059 0.044 0.304 0.072 0.076 0.050 0.060 1.511 0.075 0.142 0.123 0.027 0.039 0.020 0.452 0.300 0.625 0.671 0.552 0.628 7.098 2.429 0.630 0.647 0.202 0.262 2.777 2.557 0.351 0.186 0.161 0.328 0.681 1.001 0.352 0.762 0.311 0.422 8952 chr5 63940362 63962765 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -34572 NM_001164442 100132916 Hs.591776 NM_001164442 ENSG00000145642 SHISAL2B FAM159B shisa like 2B protein-coding 0.654 1.244 0.594 0.068 0.146 0.014 0.079 0.149 0.246 0.009 0.106 0.053 0.024 0.049 0.103 0.172 0.114 0.092 0.104 0.008 0.028 0.012 0.077 0.085 0.027 0.080 0.037 0.043 0.096 0.042 0.085 0.298 0.109 0.218 0.046 0.046 0.181 0.135 0.127 0.010 0.068 0.069 0.031 0.021 0.078 0.041 0.065 0.116 0.055 0.029 0.011 0.036 0.172 0.067 0.051 0.027 0.088 0.030 0.017 0.044 0.027 0.031 0.044 0.110 0.014 0.026 0.011 0.219 0.122 0.216 0.213 0.242 0.318 4.185 1.058 0.129 0.152 0.186 0.302 0.445 0.336 0.316 0.143 0.131 0.160 1.057 0.601 0.204 0.325 0.789 0.520 1290 chr10 3405389 3410347 + 0 NA intron (NR_131187, intron 1 of 1) intron (NR_131187, intron 1 of 1) 46981 NR_131187 105376360 Hs.212226 NR_131187 LOC105376360 - uncharacterized LOC105376360 ncRNA 0.366 2.323 1.584 0.217 5.366 0.011 0.157 2.174 3.528 0.019 0.139 0.223 0.973 1.146 0.874 0.492 0.195 0.105 0.057 0.051 0.028 2.685 0.922 5.375 0.223 0.074 0.015 0.089 0.022 0.145 1.491 0.188 4.639 0.148 0.054 0.959 0.835 0.088 0.262 0.064 0.111 0.049 0.016 0.044 0.031 0.019 0.200 0.072 0.015 0.430 0.376 0.874 0.274 0.019 5.375 0.116 0.161 0.038 0.218 1.018 0.151 0.020 0.139 0.038 0.020 0.426 0.355 0.220 0.527 1.425 2.074 12.137 10.918 0.142 0.135 0.100 0.232 3.571 4.863 0.109 0.030 0.111 0.249 3.490 5.433 0.103 0.184 3.102 1.423 7024 chr20 47892144 47900592 + 0 NA promoter-TSS (NR_003695) promoter-TSS (NR_003695) -482 NR_003695 100113393 Hs.711216 NR_003695 ENSG00000222365 SNORD12B - small nucleolar RNA, C/D box 12B snoRNA nan nan 2.918 5.252 3.866 1.946 2.740 1.528 3.261 2.798 4.362 3.041 2.079 1.745 2.590 3.119 2.847 0.366 3.560 0.988 3.051 2.563 1.722 0.778 3.488 1.729 1.724 2.321 3.563 1.206 3.289 4.659 5.282 8.084 1.968 6.521 0.372 4.051 0.107 1.804 3.233 7.816 5.111 2.469 4.463 2.065 4.798 3.712 3.834 4.049 1.878 4.039 3.119 2.652 3.064 3.488 3.040 2.906 1.063 6.774 1.849 3.468 1.789 3.235 4.109 3.500 2.489 8.524 7.344 3.741 5.272 5.119 4.599 6.477 2.837 7.094 7.351 3.093 4.429 5.751 6.327 nan 6.950 3.280 5.590 1.266 1.628 11.559 8.116 3.357 1.465 1527 chr10 75333070 75353341 + 0 NA intron (NM_001350995, intron 1 of 21) AluSq2|SINE|Alu -7772 NM_152586 159195 Hs.657355 NM_152586 ENSG00000166348 USP54 C10orf29|bA137L10.3|bA137L10.4 ubiquitin specific peptidase 54 protein-coding 0.629 nan 0.709 0.419 0.078 0.177 0.614 0.198 0.383 0.629 0.498 1.169 3.486 0.089 0.097 0.101 1.069 0.215 0.671 0.272 0.050 0.068 0.119 0.101 0.258 0.520 0.212 0.058 1.070 0.372 0.650 1.088 1.563 0.376 0.130 0.117 0.019 0.059 0.113 0.157 0.098 0.182 0.157 0.042 0.338 0.364 0.885 0.178 0.253 0.355 0.375 0.338 0.101 1.267 0.508 0.258 0.289 0.362 0.039 0.095 0.050 0.512 0.167 0.128 0.142 0.170 0.115 0.405 0.368 0.338 0.798 0.297 0.324 0.698 0.291 0.182 0.211 0.276 0.414 0.871 nan 0.224 0.121 0.201 0.303 0.103 0.124 0.325 nan 0.549 0.360 2162 chr11 89336024 89350451 + 0 NA Intergenic MLT1E2|LTR|ERVL-MaLR -20458 NM_001143837 50507 Hs.371036 NM_016931 ENSG00000086991 NOX4 KOX|KOX-1|RENOX NADPH oxidase 4 protein-coding 0.569 0.801 0.666 0.070 0.152 0.023 0.088 0.133 0.176 0.013 0.059 0.104 0.017 3.662 0.124 0.151 0.036 0.044 0.096 0.052 0.031 0.171 0.175 0.116 0.009 0.015 0.066 0.070 0.087 0.049 0.108 0.118 0.285 0.216 0.138 0.020 0.052 0.086 0.154 0.055 0.390 0.029 0.027 0.182 0.218 0.107 0.584 0.062 0.044 0.044 0.055 0.151 0.049 0.032 0.116 0.931 0.195 0.014 0.036 0.156 0.022 0.067 0.197 0.074 0.008 0.014 0.774 0.465 0.339 0.841 0.238 0.258 0.381 0.207 0.570 0.485 0.222 0.333 0.570 0.506 0.458 0.163 0.215 0.335 0.262 0.269 0.284 0.468 1.047 0.785 10179 chr7 13933848 13950921 + 0 NA intron (NM_001163149, intron 10 of 11) intron (NM_001163149, intron 10 of 11) 83755 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.494 nan 0.194 0.186 0.081 0.167 0.586 1.098 0.272 0.164 0.194 0.037 0.139 0.346 0.554 0.622 0.056 0.118 0.045 0.071 0.024 1.829 0.966 0.762 0.744 0.262 0.061 0.107 0.037 0.405 0.785 2.452 1.974 0.249 2.171 0.568 0.072 0.122 0.452 0.116 0.187 0.035 0.023 0.082 0.041 0.143 0.188 0.059 0.092 0.296 0.028 0.554 0.046 0.095 0.762 0.036 0.019 0.062 0.034 0.179 0.129 0.052 0.109 0.481 0.051 0.051 nan 0.686 2.048 2.232 0.722 0.885 1.093 0.441 0.330 0.364 0.923 1.247 0.727 0.560 0.278 0.114 0.330 0.243 2.316 3.457 0.224 0.274 0.719 0.469 1132 chr1 218873233 218887723 + 0 NA intron (NR_031644, intron 4 of 6) intron (NR_031644, intron 4 of 6) 197041 NR_146760 440714 Hs.146774 NR_146760 ENSG00000228208 C1orf143 - chromosome 1 open reading frame 143 (putative) ncRNA 1.055 0.978 1.018 1.088 0.177 0.023 4.515 0.088 0.310 0.192 2.769 2.573 0.215 0.021 0.042 0.213 0.488 0.045 1.793 1.178 2.662 0.307 0.097 0.179 0.016 4.919 3.571 0.293 2.094 2.889 0.957 1.440 1.366 nan 1.250 1.678 0.013 0.045 0.106 1.217 0.072 1.715 0.428 0.288 3.777 1.578 1.076 2.006 1.318 0.225 0.358 1.427 0.213 1.553 3.311 0.016 0.841 0.388 0.019 0.178 0.041 1.266 0.020 0.162 2.143 1.936 1.735 0.417 0.210 1.250 5.600 0.387 0.356 nan 0.062 0.350 0.327 0.137 nan 0.432 0.373 0.345 0.156 0.060 0.099 0.137 0.291 0.290 0.449 0.455 0.518 4308 chr16 28739497 28746985 + 0 NA exon (NM_001099661, exon 16 of 21).2 exon (NM_001099661, exon 16 of 21).2 7668 NR_107058 102465907 NR_107058 ENSG00000278340 MIR6862-2 hsa-mir-6862-2 microRNA 6862-2 ncRNA 0.574 0.781 nan 0.764 0.289 0.073 4.259 0.171 0.226 0.594 3.219 3.331 0.025 0.161 0.190 0.456 0.200 0.256 1.525 0.506 0.419 0.030 0.077 0.127 2.141 3.025 0.259 2.734 1.110 0.521 0.784 0.673 0.393 1.292 1.507 0.063 0.130 0.072 1.578 0.084 0.795 2.875 1.094 0.188 4.310 0.348 1.359 0.261 0.315 0.153 0.277 0.456 3.843 8.640 0.127 0.603 0.123 0.013 0.173 0.068 3.081 0.049 0.083 1.644 0.683 0.572 0.238 0.215 0.326 0.487 0.274 0.333 nan 0.196 0.277 0.220 0.164 0.394 0.260 0.272 0.304 0.196 0.131 0.187 0.068 0.114 0.281 0.449 0.356 0.272 7890 chr3 143688607 143699600 + 0 NA intron (NM_001134470, intron 1 of 2) intron (NM_001134470, intron 1 of 2) 1936 NM_001134470 205428 Hs.288954 NM_173552 ENSG00000181744 C3orf58 DIA1|GoPro49|HASF chromosome 3 open reading frame 58 protein-coding 4.348 nan nan 3.842 5.702 1.125 0.460 2.900 5.885 0.425 1.743 1.000 0.706 0.939 1.289 1.874 1.234 0.233 1.787 0.690 1.057 0.818 2.141 1.171 0.219 1.229 1.166 0.939 2.054 0.665 1.576 1.954 0.491 7.815 0.731 1.415 0.483 1.532 0.072 0.655 3.072 2.576 1.779 1.044 1.377 0.740 1.715 1.521 2.414 2.976 0.938 1.646 1.874 1.603 2.391 0.219 0.802 0.632 0.374 2.709 1.086 1.003 0.751 3.093 0.685 0.299 0.249 1.784 2.706 3.216 4.553 3.258 2.713 nan 4.001 4.117 4.191 4.723 nan 2.788 nan nan 6.684 0.840 2.882 2.302 1.620 5.972 8.236 2.256 1.436 4707 chr17 33046338 33051611 + 0 NA Intergenic Intergenic 141206 NM_001304438 124842 Hs.310482 NM_207313 ENSG00000181291 TMEM132E DFNB99 transmembrane protein 132E protein-coding nan 0.701 0.438 3.890 0.082 2.918 2.196 0.729 1.181 0.128 0.124 0.053 0.076 0.710 1.086 0.072 0.121 0.906 1.121 0.100 0.052 0.143 0.764 3.414 2.850 0.070 0.176 0.101 1.111 2.133 0.319 1.781 0.028 0.041 0.054 0.075 0.098 0.471 0.030 0.185 0.069 0.068 5.630 0.276 0.932 0.170 0.175 0.055 1.477 2.913 1.086 0.094 2.272 0.764 0.742 0.131 0.074 0.076 0.047 2.136 0.070 0.372 0.029 0.808 1.643 0.687 0.852 0.121 0.109 nan 1.298 0.177 0.075 0.123 0.156 0.147 0.235 0.386 0.233 nan 0.194 0.277 0.502 0.133 0.228 0.561 1.222 1.106 0.629 8666 chr4 185296310 185325772 + 0 NA intron (NM_002199, intron 8 of 8) intron (NM_002199, intron 8 of 8) -7581 NR_125933 102723766 Hs.432281 NR_125933 ENSG00000249096 LINC02362 - long intergenic non-protein coding RNA 2362 ncRNA nan 1.033 nan 0.374 0.178 0.531 0.726 0.190 0.304 0.065 0.487 0.662 0.025 0.041 1.423 1.594 1.379 0.104 0.273 0.168 0.397 0.014 0.144 0.085 0.679 0.789 0.523 0.123 0.509 0.461 0.258 0.928 0.331 0.996 0.460 0.640 0.052 0.037 0.064 0.220 0.318 0.407 0.972 0.470 0.458 0.203 0.327 1.405 0.229 0.171 0.262 0.283 1.594 0.169 0.232 0.679 0.187 0.053 0.049 0.124 0.097 0.464 1.415 0.101 0.263 0.115 0.087 0.735 0.614 4.249 5.811 1.116 1.026 0.533 0.106 0.203 0.206 0.071 0.142 0.845 0.992 0.307 0.178 1.247 1.649 0.334 0.490 0.149 0.257 0.599 0.491 3847 chr14 105551929 105561581 + 0 NA Intergenic Intergenic -3729 NR_110546 102723354 Hs.569410 NR_110546 LINC02298 - long intergenic non-protein coding RNA 2298 ncRNA 3.685 1.159 1.227 4.177 0.800 2.734 2.614 0.382 1.010 4.361 3.624 0.985 3.765 1.045 0.276 0.358 1.786 0.370 1.754 0.373 21.100 1.120 0.195 0.281 0.792 2.554 2.303 3.140 5.103 2.782 4.091 5.923 2.720 3.628 2.999 7.827 0.227 9.935 0.167 1.370 0.329 6.449 1.768 1.016 2.046 5.011 3.623 0.828 10.094 7.788 1.700 13.130 0.358 1.579 4.279 0.792 2.408 1.790 1.189 9.019 0.074 3.332 1.068 0.229 8.534 4.911 2.816 0.798 1.665 1.216 3.161 1.991 1.666 2.301 0.741 0.481 0.639 0.376 0.600 0.575 0.841 1.558 1.626 1.460 2.168 1.378 0.691 0.644 1.324 0.172 0.158 9242 chr5 146045577 146055316 + 0 NA intron (NR_073526, intron 4 of 8) MER113|DNA|hAT-Charlie -154770 NM_194251 134391 Hs.483732 NM_194251 ENSG00000173250 GPR151 GALR4|GALRL|GPCR|GPCR-2037|PGR7 G protein-coupled receptor 151 protein-coding nan 0.950 0.694 0.037 0.148 0.499 0.128 0.271 0.422 0.119 0.282 0.013 0.135 0.704 0.936 0.068 0.100 0.141 0.194 0.039 0.203 0.245 1.064 0.255 0.058 0.008 0.079 0.022 0.075 0.045 0.077 0.811 0.027 0.067 0.225 0.068 0.092 0.025 0.025 0.124 0.012 0.008 0.123 0.016 0.085 0.104 0.011 0.030 0.008 0.048 0.936 0.073 0.056 1.064 0.051 0.040 0.488 0.006 0.324 0.107 0.020 0.141 0.023 0.059 0.036 0.760 0.457 0.558 0.647 0.697 0.687 3.022 1.325 0.052 0.051 4.849 4.894 0.609 0.506 0.681 0.512 0.106 0.136 0.820 1.189 0.257 0.602 1.099 0.680 6552 chr2 191743330 191759844 + 0 NA intron (NM_001256310, intron 1 of 14) AluSx1|SINE|Alu 6040 NM_014905 2744 Hs.116448 NM_014905 ENSG00000115419 GLS AAD20|GAC|GAM|GLS1|KGA glutaminase protein-coding 1.862 nan 1.783 2.081 0.984 0.603 1.575 0.591 1.241 0.663 1.751 1.045 1.535 0.375 0.809 0.668 1.628 0.233 1.874 0.541 0.893 0.362 0.767 0.475 1.904 2.424 3.174 0.894 3.722 0.956 1.259 1.660 1.146 2.648 0.540 1.041 0.133 0.761 0.098 0.957 0.603 1.668 1.297 0.538 1.688 1.191 1.107 1.029 1.257 1.236 0.702 0.500 0.668 1.904 3.853 1.904 0.282 0.276 0.246 1.542 0.852 1.327 0.367 0.719 1.125 1.587 1.115 1.098 1.366 1.525 2.579 1.516 1.196 1.457 0.598 3.617 3.518 1.785 2.166 1.649 2.284 1.421 1.255 0.602 1.464 0.817 0.796 1.590 2.537 1.057 0.633 6927 chr20 31240087 31276705 + 0 NA intron (NM_182584, intron 1 of 5) AluSg|SINE|Alu 3347 NM_182584 284805 Hs.353262 NM_182584 ENSG00000198547 C20orf203 - chromosome 20 open reading frame 203 protein-coding 1.022 2.100 1.272 0.182 1.877 0.616 0.244 0.287 0.546 0.165 0.204 0.172 0.019 1.584 1.010 0.247 0.175 0.260 0.279 0.187 0.055 0.121 1.121 0.510 0.925 0.174 0.066 0.113 0.171 0.190 0.286 nan 0.258 2.002 0.088 0.103 0.149 0.102 0.124 0.071 0.148 0.208 0.079 0.064 0.107 0.237 0.239 0.313 0.299 0.153 0.216 0.238 0.247 0.327 0.079 0.925 0.181 0.210 0.096 0.230 0.782 0.259 0.102 0.187 0.073 0.035 0.025 0.927 1.244 0.320 0.435 0.635 nan 3.454 0.889 0.527 0.637 0.385 0.624 4.693 3.361 0.841 0.629 0.458 0.628 0.715 0.799 0.413 nan 1.509 0.746 547 chr1 98777408 98803520 + 0 NA Intergenic GA-rich|Low_complexity|Low_complexity 114197 NR_046088 729987 Hs.683961 NR_046088 ENSG00000226053 LINC01776 - long intergenic non-protein coding RNA 1776 ncRNA nan nan 0.768 2.263 0.070 0.017 0.914 0.196 0.373 0.326 0.619 2.359 0.463 0.081 0.092 0.220 2.004 0.174 0.533 0.245 2.198 0.016 0.091 0.078 0.049 1.060 0.697 0.169 1.344 1.319 0.114 0.243 0.508 0.280 0.790 0.764 0.105 1.429 0.131 0.691 0.027 2.314 1.084 0.560 1.184 0.578 1.151 3.646 0.571 0.463 0.324 0.418 0.220 0.229 2.009 0.049 0.311 0.025 0.011 0.140 0.062 0.740 0.031 0.089 1.773 1.081 1.039 0.323 0.211 0.204 0.283 0.316 nan 0.100 0.092 0.249 0.188 2.832 nan 0.337 0.313 nan 0.212 0.113 0.183 0.462 0.419 0.235 0.503 0.575 0.473 631 chr1 120320454 120332252 + 0 NA Intergenic T-rich|Low_complexity|Low_complexity -14798 NM_001166107 3158 Hs.59889 NM_005518 ENSG00000134240 HMGCS2 - 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 2 protein-coding 1.223 1.116 1.744 1.627 0.231 0.218 0.390 0.109 0.256 0.146 0.086 0.110 0.056 0.068 0.169 0.101 0.134 0.191 1.081 0.416 0.008 0.047 0.106 0.119 0.204 0.041 0.030 0.050 0.068 0.329 1.947 7.127 4.513 3.036 1.471 0.060 0.016 0.116 0.118 0.121 0.496 0.117 0.056 0.020 0.047 0.065 1.832 0.110 0.166 0.048 0.906 2.495 0.101 1.235 0.051 0.204 0.773 1.005 0.036 0.113 0.043 0.039 0.126 0.080 0.039 0.027 0.021 0.295 0.195 0.253 0.811 0.506 0.611 0.159 0.051 0.370 0.406 0.268 0.447 0.757 0.967 0.366 0.101 0.222 0.345 0.067 0.155 0.245 0.546 0.709 0.549 1422 chr10 32248850 32255440 + 0 NA Intergenic L1M1|LINE|L1 -34341 NM_001270698 94134 Hs.499264 NM_018287 ENSG00000165322 ARHGAP12 - Rho GTPase activating protein 12 protein-coding 0.931 1.746 1.062 0.371 0.213 1.462 0.445 0.146 0.511 0.309 0.247 0.207 0.365 0.134 0.174 0.421 0.050 1.217 0.200 0.229 0.042 0.337 0.186 0.310 0.673 0.253 0.090 0.891 1.896 0.459 1.773 1.948 1.131 0.245 0.272 0.129 0.066 0.077 0.090 0.242 2.661 0.110 0.166 0.258 3.231 1.856 0.151 0.769 0.130 3.335 6.608 0.174 1.721 0.128 0.310 2.030 1.216 0.164 0.381 0.108 1.063 0.074 0.244 0.353 0.163 0.168 0.369 0.336 0.400 nan 0.764 0.759 2.868 0.684 0.224 0.288 0.796 1.329 0.842 0.874 0.821 0.687 0.120 0.225 0.612 0.465 0.248 0.487 0.716 0.475 7856 chr3 135909905 135917793 + 0 NA promoter-TSS (NM_001145417) promoter-TSS (NM_001145417) -539 NM_001145417 55167 Hs.18631 NM_018133 ENSG00000174579 MSL2 MSL-2|MSL2L1|RNF184 MSL complex subunit 2 protein-coding 8.196 nan nan 7.688 6.921 5.497 3.687 3.884 8.150 1.985 3.487 2.150 2.070 1.514 5.330 3.927 4.528 0.614 3.246 1.059 3.696 2.742 4.300 2.505 5.222 1.406 2.237 2.728 5.611 1.748 4.828 6.561 4.655 6.928 1.188 3.147 0.967 3.933 0.121 1.223 5.457 6.177 4.477 1.934 2.020 2.135 3.361 3.460 3.475 7.061 1.726 3.915 3.927 3.691 4.496 5.222 1.505 2.236 1.751 6.337 1.840 3.776 5.447 3.264 2.469 2.088 1.378 5.800 6.589 6.137 8.594 12.473 11.473 11.321 5.596 15.538 16.142 5.292 6.771 4.766 7.657 nan 12.695 6.356 11.998 3.646 3.282 7.579 6.864 3.055 1.661 949 chr1 185317032 185340547 + 0 NA Intergenic L1P4a|LINE|L1 -24618 NR_038424 100288079 Hs.131220 NR_038424 ENSG00000261024 GS1-279B7.1 - microtubule associated protein 1 light chain 3 beta pseudogene pseudo nan nan 0.984 0.242 0.126 0.030 0.176 0.109 0.281 0.043 0.120 0.069 0.026 0.021 0.207 0.300 0.209 0.144 0.244 0.217 0.099 0.012 0.126 0.130 0.204 0.135 0.058 0.053 0.129 0.171 0.079 0.209 0.108 0.378 0.087 0.096 0.024 0.129 0.144 0.022 0.247 0.137 0.087 0.069 0.218 0.042 0.062 0.178 0.066 0.085 0.124 0.235 0.300 0.151 0.046 0.204 0.073 0.039 0.070 0.074 0.043 0.034 0.989 0.111 0.051 0.017 0.011 1.592 1.587 6.611 10.045 0.461 nan 0.405 0.205 nan 0.841 0.486 0.747 0.319 0.401 0.332 0.190 2.245 1.916 0.078 0.095 0.324 nan 0.481 0.513 4713 chr17 34889195 34892573 + 0 NA 5' UTR (NM_001163735, exon 2 of 27) 5' UTR (NM_001163735, exon 2 of 27) 295 NM_178517 284098 Hs.378885 NM_178517 ENSG00000277161 PIGW Gwt1|HPMRS5 phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class W protein-coding nan 6.448 4.895 15.019 5.688 9.724 5.903 6.401 11.643 2.355 6.566 1.532 1.119 1.732 8.647 7.289 3.592 0.522 7.067 2.918 8.687 2.666 5.844 2.857 6.126 3.173 5.558 2.853 6.839 2.789 4.455 8.639 4.801 16.154 4.105 6.303 2.119 6.033 0.168 3.555 5.030 8.049 4.859 1.852 5.531 2.941 4.536 5.613 6.960 3.856 5.201 4.273 7.289 12.123 4.985 6.126 3.489 4.020 2.101 9.481 4.685 6.121 3.123 4.294 3.928 3.733 2.343 13.092 10.103 7.842 11.855 8.989 7.256 12.765 6.103 17.516 18.495 7.526 8.975 14.200 20.348 nan 15.842 6.158 9.573 12.761 14.211 10.552 10.292 6.208 3.069 9071 chr5 93325318 93330790 + 0 NA intron (NR_028080, intron 3 of 8) L1MEc|LINE|L1 119350 NM_001163417 83989 Hs.600086 NM_032042 ENSG00000113391 FAM172A C5orf21 family with sequence similarity 172 member A protein-coding nan 1.684 0.875 0.066 0.259 0.090 0.053 0.089 0.347 0.018 0.112 0.065 0.034 0.111 0.895 0.280 0.568 0.148 0.118 0.066 0.221 0.045 0.050 0.013 0.041 0.086 0.019 0.192 1.005 0.066 0.780 0.081 0.078 1.714 0.020 0.123 0.143 0.051 0.011 0.014 0.042 0.097 0.097 0.025 0.087 0.170 0.280 0.027 0.030 0.022 0.137 0.071 0.208 0.028 0.036 0.274 0.027 0.063 0.018 0.303 0.269 0.214 0.368 0.208 0.360 3.892 1.355 0.195 0.175 0.942 1.101 2.513 2.225 0.973 0.510 0.086 0.176 5.655 11.255 0.509 nan 0.356 0.306 8995 chr5 71736516 71770453 + 0 NA intron (NM_152625, intron 2 of 4) intron (NM_152625, intron 2 of 4) 49765 NM_152625 167465 Hs.224794 NM_152625 ENSG00000178175 ZNF366 DC-SCRIPT|DCSCRIPT zinc finger protein 366 protein-coding 0.813 nan 0.620 0.070 0.055 0.115 0.598 0.222 0.329 0.489 0.955 2.677 0.025 0.026 0.109 0.177 1.229 0.100 0.241 0.119 0.134 0.020 0.037 0.049 0.063 2.253 1.391 0.091 0.141 0.589 0.102 0.541 0.136 0.305 0.353 0.220 0.023 0.045 0.108 0.310 0.063 0.926 0.385 0.240 0.437 0.222 0.874 1.055 0.322 0.071 0.143 0.163 0.177 0.125 0.125 0.063 0.158 0.168 0.020 0.079 0.054 1.016 0.023 0.127 0.502 0.071 0.036 0.238 0.158 0.281 0.670 0.280 0.270 nan 0.065 0.120 0.132 0.742 nan 0.212 0.202 0.322 0.195 0.117 0.152 0.089 0.161 0.251 0.589 0.323 0.356 5262 chr18 35062752 35108418 + 0 NA intron (NM_001025087, intron 1 of 12) intron (NM_001025087, intron 1 of 12) -19765 NM_001353760 56853 Hs.435976 NM_020180 ENSG00000101489 CELF4 BRUNOL4|CELF-4 CUGBP Elav-like family member 4 protein-coding nan 0.911 0.612 0.027 0.461 2.892 0.045 0.494 1.035 0.013 0.053 0.055 0.024 0.157 1.211 2.038 0.043 0.056 0.025 0.018 0.015 0.591 0.349 1.026 0.012 0.011 0.026 0.033 0.007 0.055 0.066 0.012 0.826 0.006 0.037 0.407 0.055 0.063 0.005 0.161 0.113 0.032 0.009 0.017 0.041 0.023 0.088 0.073 0.029 0.012 0.104 2.038 0.025 0.010 1.026 0.035 0.016 0.219 0.083 0.058 0.016 0.103 0.160 0.012 0.008 0.003 0.627 0.854 0.660 0.483 1.278 1.252 4.976 1.257 0.140 0.122 0.366 0.521 nan 1.681 0.624 0.601 0.217 0.318 1.608 1.397 0.373 0.564 2.483 1.703 9292 chr5 156071202 156129142 + 0 NA intron (NM_000337, intron 7 of 8) intron (NM_000337, intron 7 of 8) -177325 NM_206858 153743 Hs.567727 NM_206858 ENSG00000231989 PPP1R2B PPP1R2P3 PPP1R2 family member B protein-coding 0.815 nan 0.684 0.066 0.070 0.082 0.088 0.128 0.281 0.011 0.080 0.046 0.062 0.017 0.128 0.221 0.082 0.100 0.101 0.016 0.015 0.019 0.095 0.122 0.194 0.082 0.101 0.015 0.102 0.029 0.466 2.243 0.196 0.293 0.045 0.070 0.059 0.060 0.096 0.016 0.047 0.097 0.024 0.014 0.034 0.336 0.058 0.137 0.218 0.031 0.377 0.040 0.221 0.242 0.039 0.194 0.040 0.026 0.049 0.021 0.019 0.075 0.043 0.305 0.017 0.021 0.008 0.237 0.171 0.251 0.239 0.248 0.296 0.098 0.050 0.093 0.091 0.215 0.310 0.160 0.164 0.555 0.323 0.116 0.160 0.164 0.261 0.362 0.749 0.387 0.382 8760 chr5 10717833 10728289 + 0 NA intron (NM_004394, intron 2 of 3) intron (NM_004394, intron 2 of 3) 38326 NM_004394 1611 Hs.75189 NM_004394 ENSG00000112977 DAP - death associated protein protein-coding nan nan nan 1.282 0.661 0.043 5.672 0.127 0.268 0.228 0.582 2.008 0.018 0.452 0.084 0.038 1.002 0.138 5.709 3.451 2.088 0.040 0.722 0.319 0.412 1.617 1.251 0.064 3.498 2.493 1.524 4.020 1.279 nan 1.865 0.389 0.018 0.031 0.109 2.464 0.087 1.173 2.192 1.168 2.379 1.856 2.339 1.718 0.397 0.235 0.764 1.070 0.038 3.498 5.588 0.412 1.123 1.055 0.389 0.075 0.137 3.371 0.057 0.283 0.608 4.233 4.991 0.487 0.405 0.471 1.331 0.436 0.449 0.294 0.132 0.176 0.200 nan 2.387 0.276 0.328 0.820 0.642 0.160 0.238 0.390 0.462 0.239 nan 1.983 1.394 4970 chr17 72074014 72123716 + 0 NA Intergenic Intergenic -100930 NM_000999 6169 Hs.380953 NM_000999 ENSG00000172809 RPL38 L38 ribosomal protein L38 protein-coding 1.347 0.907 1.718 0.043 0.221 0.263 0.078 0.184 0.454 0.011 0.101 0.030 0.014 0.135 0.195 1.096 0.095 0.088 0.068 0.027 0.029 0.011 0.249 0.145 0.352 0.042 0.032 0.023 0.093 0.009 0.140 0.267 0.089 1.208 0.032 0.081 0.025 0.046 0.093 0.005 0.298 0.135 0.033 0.008 0.039 0.036 0.041 0.173 0.092 0.043 0.048 0.078 1.096 0.074 0.011 0.352 0.044 0.184 0.141 0.080 1.495 0.037 0.064 1.441 0.007 0.021 0.014 0.753 0.871 0.311 0.353 0.977 1.189 0.686 0.267 0.060 0.078 nan 0.687 1.212 0.938 1.612 1.750 0.346 0.386 0.180 0.196 1.225 3.856 nan 0.873 8367 chr4 49156059 49157084 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 167912 NM_001286791 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 16.352 21.384 17.408 2.775 9.714 1.359 3.974 6.855 11.622 1.305 5.931 6.010 1.037 6.885 9.475 11.407 4.722 27.504 4.338 0.546 5.941 5.761 13.762 5.194 0.657 2.801 1.508 9.423 0.104 4.919 1.759 6.112 18.387 0.092 7.028 4.782 4.820 13.804 0.112 2.466 8.450 4.462 1.043 0.094 9.580 3.947 13.768 4.285 2.282 1.485 3.996 11.407 3.505 2.905 5.194 2.760 3.652 2.061 1.424 3.979 2.841 2.879 3.060 2.672 2.821 1.958 10.066 4.126 3.905 4.892 8.081 13.474 3.575 2.845 5.056 5.062 8.393 12.933 4.666 5.234 11.764 3.642 3.917 5.670 3.326 5.966 4.398 7.540 4.253 6.668 7591 chr3 49025465 49046116 + 0 NA intron (NM_177938, intron 2 of 8) intron (NM_177938, intron 2 of 8) 8449 NM_177939 54681 Hs.654944 NM_017732 ENSG00000178467 P4HTM EGLN4|HIFPH4|P4H-TM|PH-4|PH4|PHD4 prolyl 4-hydroxylase, transmembrane protein-coding 2.125 nan nan 1.054 2.020 4.601 0.837 0.513 0.963 0.457 1.777 0.742 0.466 0.727 2.941 1.338 0.921 0.169 1.132 0.505 1.216 0.698 0.892 0.419 1.206 0.573 0.594 0.655 1.771 0.671 1.502 2.424 0.767 4.193 0.482 0.984 0.278 1.520 0.091 0.430 0.913 1.815 1.581 0.882 0.607 0.390 1.393 0.998 1.355 0.864 0.796 0.909 1.338 1.322 1.047 1.206 0.619 0.524 0.315 1.568 0.894 1.218 1.341 0.310 0.798 1.080 0.736 1.563 2.146 1.945 2.693 3.316 3.353 1.887 0.790 2.307 2.290 1.176 1.506 3.610 4.853 2.376 2.542 1.716 2.938 1.366 1.335 1.621 1.784 1.693 1.016 7731 chr3 110788466 110809997 + 0 NA intron (NM_001243288, intron 1 of 8) intron (NM_001243288, intron 1 of 8) 8216 NM_001243288 25945 Hs.293917 NM_015480 ENSG00000177707 NECTIN3 CD113|CDW113|NECTIN-3|PPR3|PRR3|PVRL3|PVRR3 nectin cell adhesion molecule 3 protein-coding 1.067 nan 1.074 3.068 0.084 0.118 0.679 0.163 0.378 0.462 0.664 0.277 0.116 0.265 0.656 1.158 0.253 0.690 0.150 0.079 0.071 0.205 0.156 1.309 0.631 0.682 0.318 0.981 0.385 0.587 1.125 0.498 0.182 0.184 0.071 0.092 0.146 0.066 0.542 0.022 0.749 0.526 0.329 0.228 0.068 0.162 1.235 0.790 0.902 0.290 0.046 0.656 0.649 0.370 1.309 0.170 0.046 0.018 0.745 0.383 0.359 0.092 0.299 0.605 0.209 0.219 0.574 0.471 1.447 1.858 0.317 nan 0.622 0.229 0.847 0.819 nan 0.283 0.511 0.666 1.151 1.090 0.308 0.625 0.444 0.332 0.420 0.658 0.646 0.522 7903 chr3 149079039 149123535 + 0 NA intron (NR_109810, intron 1 of 1) intron (NR_109810, intron 1 of 1) -5719 NM_014220 4071 Hs.351316 NM_014220 ENSG00000169908 TM4SF1 H-L6|L6|M3S1|TAAL6 transmembrane 4 L six family member 1 protein-coding 0.963 nan nan 4.736 1.318 0.119 3.893 0.382 0.771 0.761 0.534 2.130 0.551 0.877 0.144 0.377 1.512 0.199 1.122 0.626 2.247 0.467 0.922 0.621 0.484 1.735 1.106 1.111 2.686 2.184 1.762 4.091 3.662 1.672 1.945 3.078 0.270 0.039 0.074 1.017 0.093 1.770 0.877 0.469 2.030 1.376 1.361 1.444 2.971 1.973 1.893 4.251 0.377 2.135 8.400 0.484 1.104 3.081 0.007 1.350 1.088 1.202 0.763 0.111 1.184 1.102 1.152 0.463 0.385 1.880 3.728 0.565 0.538 nan 0.971 0.378 0.391 0.362 nan 2.102 nan nan 0.281 0.768 1.561 1.229 2.255 0.298 0.490 1.023 0.768 1276 chr10 178020 183214 + 0 NA promoter-TSS (NM_001202464) promoter-TSS (NM_001202464) 193 NM_001202465 10771 Hs.292265 NM_006624 ENSG00000015171 ZMYND11 BRAM1|BS69|MRD30 zinc finger MYND-type containing 11 protein-coding 4.278 2.954 3.946 4.318 3.491 1.283 1.592 2.379 4.162 1.210 3.616 2.373 2.166 0.478 4.337 3.055 3.558 0.621 3.374 0.548 6.018 3.501 2.193 0.609 8.420 1.714 2.343 4.645 3.410 0.708 3.010 3.644 3.172 7.688 0.477 2.828 0.585 3.215 0.156 1.455 2.953 3.445 6.254 2.418 1.149 0.661 2.676 2.464 6.005 3.797 2.905 4.757 3.055 4.393 8.849 8.420 1.871 2.741 0.490 7.274 1.955 3.268 1.468 0.986 2.184 4.158 3.099 6.943 6.859 5.278 8.350 7.799 6.494 10.254 5.472 8.011 7.782 2.959 4.621 4.209 8.049 3.440 4.151 3.378 6.403 2.812 2.128 3.221 1.361 0.991 0.653 5958 chr2 24231328 24244896 + 0 NA intron (NM_001346880, intron 2 of 13) AluJb|SINE|Alu 5155 NM_001346880 388931 Hs.407482 NM_001080473 ENSG00000205639 MFSD2B - major facilitator superfamily domain containing 2B protein-coding 0.845 0.534 0.930 0.159 0.132 0.088 1.437 0.142 0.273 0.225 0.291 0.226 0.046 0.045 0.132 0.150 0.100 0.162 0.534 0.112 4.188 0.030 0.106 0.117 0.468 0.239 0.148 0.304 1.150 0.467 0.598 1.739 1.137 0.433 0.378 1.759 0.036 0.058 0.090 0.652 0.052 1.255 0.391 0.275 0.234 0.759 0.663 0.159 1.806 0.156 0.642 1.367 0.150 0.436 2.152 0.468 0.216 1.294 0.071 1.220 0.083 0.840 0.073 0.267 0.355 0.764 0.492 0.504 0.712 0.450 0.470 0.763 0.956 0.748 0.297 0.603 0.610 0.214 0.494 0.374 nan 0.459 0.272 0.474 0.573 0.078 0.108 0.352 0.386 0.550 0.547 11310 chr8 133371537 133386817 + 0 NA intron (NM_004519, intron 1 of 14) L1M5|LINE|L1 80332 NM_001204824 3786 Hs.374023 NM_004519 ENSG00000184156 KCNQ3 BFNC2|EBN2|KV7.3 potassium voltage-gated channel subfamily Q member 3 protein-coding nan 0.461 0.697 0.168 0.600 0.051 0.121 0.142 0.307 0.032 0.072 0.059 0.004 0.019 0.079 0.059 0.088 0.179 0.105 0.025 0.031 0.018 0.051 0.042 0.063 0.236 0.080 0.085 0.014 0.110 0.227 0.153 0.558 0.057 0.032 0.150 0.050 0.060 0.008 0.109 0.115 0.035 0.020 0.078 0.203 0.126 0.221 0.122 0.060 0.021 0.034 0.059 0.084 0.006 0.063 0.032 0.027 0.025 0.054 0.047 0.015 0.045 0.098 0.005 0.019 0.026 0.329 0.137 0.170 0.257 0.323 0.335 0.154 0.091 nan 0.690 0.135 0.222 8.768 7.683 0.335 0.150 0.152 0.272 0.660 1.118 0.261 0.374 0.258 0.398 7560 chr3 30721179 30731583 + 0 NA intron (NM_001024847, intron 6 of 7) intron (NM_001024847, intron 6 of 7) 78387 NM_003242 7048 Hs.82028 NM_003242 ENSG00000163513 TGFBR2 AAT3|FAA3|LDS1B|LDS2|LDS2B|MFS2|RIIC|TAAD2|TBR-ii|TBRII|TGFR-2|TGFbeta-RII transforming growth factor beta receptor 2 protein-coding 0.626 1.357 0.763 0.524 0.044 0.060 0.576 0.184 0.136 0.421 0.239 1.143 0.085 0.077 0.017 0.056 0.524 0.172 0.488 0.215 1.193 0.094 0.120 0.111 0.161 0.395 0.211 0.014 0.460 0.352 0.359 0.889 0.196 0.397 0.282 0.166 0.100 0.083 0.108 0.762 0.030 0.533 3.371 1.597 0.222 0.354 0.241 0.731 0.985 0.467 0.174 0.403 0.056 0.273 1.005 0.161 0.635 0.276 0.028 0.240 0.077 0.561 0.047 0.070 1.626 0.031 0.019 0.233 0.183 0.923 1.449 0.257 0.290 0.816 0.182 0.096 0.112 0.726 nan 0.261 0.257 0.433 0.173 0.184 0.222 0.401 0.444 0.156 0.300 0.552 0.478 9814 chr6 100998211 101015175 + 0 NA intron (NM_006828, intron 36 of 41) intron (NM_006828, intron 36 of 41) -95142 NM_005068 6492 Hs.520293 NM_005068 ENSG00000112246 SIM1 bHLHe14 SIM bHLH transcription factor 1 protein-coding 1.091 nan nan 0.091 0.541 0.016 0.046 0.521 0.615 0.006 0.059 0.082 0.014 0.088 0.094 0.318 0.158 0.142 0.130 0.011 0.026 0.008 0.609 0.602 0.297 0.082 0.013 0.039 0.080 0.025 0.072 0.124 0.296 0.495 0.053 0.366 1.949 0.069 0.109 0.041 0.078 0.048 0.025 0.014 0.084 0.009 0.175 0.094 0.048 0.093 0.088 0.056 0.318 0.054 0.055 0.297 0.065 0.019 0.023 0.017 0.309 0.057 0.081 0.715 0.041 0.031 0.024 0.457 0.322 0.186 0.256 0.440 nan 0.844 0.431 0.516 0.422 0.711 0.925 0.362 0.378 nan 0.104 0.187 0.197 4.118 4.744 0.900 2.889 0.696 0.315 11961 chrX 99890492 99920116 + 0 NA intron (NM_014467, intron 2 of 10) intron (NM_014467, intron 2 of 10) 6141 NM_014467 27286 Hs.306339 NM_014467 ENSG00000102359 SRPX2 BPP|CBPS|PMGX|RESDX|SRPUL sushi repeat containing protein, X-linked 2 protein-coding 1.247 0.858 2.163 0.693 0.446 0.056 1.159 0.222 0.389 0.098 0.226 0.615 0.046 0.010 0.081 0.452 0.100 0.027 1.763 0.575 0.073 0.051 0.185 0.118 0.154 0.622 0.408 0.045 1.744 0.916 2.054 4.937 5.551 0.419 0.697 0.819 0.387 0.349 0.147 0.136 0.158 0.721 0.100 0.073 0.693 2.216 1.356 0.487 0.530 0.229 0.048 0.750 0.452 1.644 0.234 0.154 0.207 0.134 0.129 0.237 0.096 0.522 0.077 0.752 0.193 0.216 0.186 0.457 0.358 0.562 0.733 0.584 0.572 1.085 0.445 0.545 0.581 0.719 0.933 0.532 0.837 0.874 0.829 0.250 0.392 1.467 1.722 0.765 1.495 0.078 0.107 4121 chr15 88140964 88164503 + 0 NA Intergenic MamRep137|DNA|TcMar? 32573 NR_026869 145978 Hs.350808 NM_152454 ENSG00000259527 LINC00052 NCRNA00052|TMEM83 long intergenic non-protein coding RNA 52 ncRNA 0.509 nan 0.568 0.015 0.052 0.023 0.051 0.102 0.255 0.008 0.430 2.459 0.008 0.043 0.073 0.102 0.096 0.061 0.041 0.008 0.059 0.006 0.093 0.067 0.128 0.018 0.022 0.060 0.004 0.092 0.060 0.063 0.262 0.037 0.363 0.004 0.005 0.089 0.040 0.034 0.240 0.008 0.007 0.009 0.025 0.102 3.031 0.086 0.036 0.014 0.039 0.102 0.027 0.244 0.128 0.005 0.066 0.022 0.020 0.043 0.832 0.037 0.040 0.376 0.012 0.013 0.371 0.233 0.379 0.422 0.214 0.215 0.115 0.057 0.074 0.091 0.149 0.333 0.273 0.283 0.571 0.196 0.155 0.181 0.038 0.026 0.155 0.202 0.436 0.485 9472 chr6 18421749 18441394 + 0 NA intron (NM_182757, intron 3 of 7) intron (NM_182757, intron 3 of 7) 43990 NM_182757 255488 Hs.148741 NM_182757 ENSG00000137393 RNF144B IBRDC2|PIR2|bA528A10.3|p53RFP ring finger protein 144B protein-coding 0.929 nan 0.962 0.272 0.165 0.080 0.239 0.122 0.276 0.190 0.527 0.052 4.372 0.041 0.181 0.203 0.526 0.140 0.582 0.212 0.314 0.021 0.079 0.134 0.305 0.335 0.177 0.067 0.625 0.289 0.488 1.237 2.450 0.662 0.275 0.111 0.029 0.044 0.114 0.072 0.093 0.372 0.134 0.111 0.755 0.140 0.720 0.137 0.054 0.047 0.008 0.216 0.203 1.353 0.106 0.305 0.118 1.307 0.049 0.062 0.041 0.080 0.025 0.076 0.066 0.015 0.010 0.407 0.339 1.511 1.718 0.346 0.431 0.218 0.120 0.300 0.285 0.342 0.649 0.275 0.287 0.452 0.165 0.159 0.240 0.161 0.208 0.347 0.739 0.586 0.584 4315 chr16 30005206 30017611 + 0 NA intron (NM_173618, intron 3 of 6) intron (NM_173618, intron 3 of 6) 3878 NM_001304563 283899 Hs.434864 NM_173618 ENSG00000169592 INO80E CCDC95 INO80 complex subunit E protein-coding 2.703 1.903 nan 1.946 5.117 3.886 0.773 2.035 4.434 0.452 1.908 0.789 0.350 5.353 2.197 2.539 0.718 0.169 1.175 0.643 1.954 0.545 1.007 0.474 2.973 0.611 0.846 0.869 1.311 0.440 1.381 2.817 1.203 6.563 0.914 1.785 0.627 1.032 0.067 0.456 1.019 2.084 0.884 0.326 1.412 0.618 1.188 1.079 1.362 1.655 1.420 1.300 2.539 1.589 1.782 2.973 0.552 0.629 0.874 2.267 1.924 1.376 1.349 1.097 1.059 0.826 0.630 3.229 2.810 2.110 2.950 5.186 4.650 nan 3.217 4.062 4.389 2.538 3.309 7.188 8.421 3.924 3.489 2.781 3.229 2.985 3.523 2.007 2.386 2.607 1.371 5583 chr19 18805119 18821764 + 0 NA intron (NM_001098482, intron 1 of 14) AluSp|SINE|Alu 19016 NM_001098482 23373 Hs.371096 NM_015321 ENSG00000105662 CRTC1 MECT1|TORC-1|TORC1|WAMTP1 CREB regulated transcription coactivator 1 protein-coding 1.255 1.616 2.465 0.115 0.744 2.511 0.078 0.385 0.723 0.029 0.108 0.100 0.011 0.451 0.383 0.342 0.130 0.078 0.126 0.057 0.050 0.058 0.293 0.283 1.021 0.089 0.069 0.119 0.110 0.031 0.643 nan 0.103 0.661 0.044 0.094 0.091 0.039 0.094 0.007 0.052 0.160 0.232 0.113 0.020 0.050 0.140 0.120 0.112 0.143 0.023 0.070 0.342 0.167 0.077 1.021 0.095 0.061 0.123 0.104 0.188 0.208 0.052 0.309 0.032 0.066 0.019 0.487 0.842 0.477 0.777 2.549 2.001 2.254 0.567 0.615 0.696 0.668 1.159 5.488 6.429 0.894 0.884 0.251 0.291 0.381 0.496 0.640 1.484 1.447 0.958 75 chr1 9870707 9936068 + 0 NA Intergenic Intergenic -18803 NM_014944 22883 Hs.29665 NM_014944 ENSG00000171603 CLSTN1 ALC-ALPHA|CDHR12|CST-1|CSTN1|PIK3CD|XB31alpha|alcalpha1|alcalpha2 calsyntenin 1 protein-coding 1.937 nan 1.683 0.451 2.184 2.189 0.947 0.324 0.683 0.120 0.226 0.171 0.048 0.282 0.447 0.777 0.253 0.187 0.666 0.325 0.086 0.117 0.461 0.230 0.521 0.188 0.102 0.237 0.602 0.361 0.491 nan 0.359 3.757 0.408 0.106 0.125 0.271 0.115 0.047 0.190 0.277 0.338 0.191 0.433 0.188 0.342 0.195 0.409 0.466 0.282 0.489 0.777 0.630 0.529 0.521 0.143 0.485 0.715 0.408 0.451 0.126 0.134 0.901 0.086 0.034 0.030 0.835 1.200 0.521 0.791 1.533 1.532 0.498 0.161 0.621 0.629 2.401 nan nan 3.922 nan 2.106 0.403 0.562 0.460 0.424 1.726 3.882 1.607 0.876 7642 chr3 64171341 64184440 + 0 NA intron (NR_046702, intron 2 of 3) intron (NR_046702, intron 2 of 3) 4670 NR_046702 100874243 Hs.670840 NR_046702 ENSG00000226017 PRICKLE2-AS3 - PRICKLE2 antisense RNA 3 ncRNA 0.943 nan 0.982 0.148 0.140 0.192 1.360 0.122 0.171 0.704 1.260 1.001 0.013 0.069 0.033 0.275 0.903 0.066 1.352 1.135 0.108 0.097 0.176 0.091 0.983 0.767 0.006 1.295 1.276 0.209 0.622 0.361 0.488 0.981 0.739 0.035 0.017 0.087 1.268 0.048 0.190 0.723 0.346 3.630 0.289 0.424 1.907 0.738 0.033 0.734 0.470 0.275 0.481 1.668 0.091 0.232 0.050 0.107 0.044 0.848 3.647 0.038 0.836 1.466 3.724 4.296 0.215 0.061 0.659 2.209 0.159 0.234 0.307 0.145 0.120 0.130 1.350 1.648 0.495 0.688 0.432 0.240 0.103 0.110 0.262 0.463 0.739 nan 0.398 0.373 2588 chr12 30943592 30951537 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -1051 NR_040245 100287314 Hs.355210 NR_040245 ENSG00000235884 LINC00941 lncRNA-MUF long intergenic non-protein coding RNA 941 ncRNA 1.517 nan 1.166 6.289 1.220 0.106 7.029 0.202 0.228 0.194 7.527 7.058 0.024 0.114 0.083 2.441 0.526 0.040 4.289 2.651 0.032 0.012 0.256 0.179 0.030 2.802 3.905 0.241 4.181 2.923 0.996 0.894 0.089 1.737 2.481 3.834 1.370 0.109 0.152 3.319 0.210 8.112 12.957 4.997 1.803 1.911 4.095 18.900 2.439 9.963 0.677 1.005 2.441 2.135 4.513 0.030 1.498 0.124 0.183 5.951 2.873 2.730 0.025 0.031 21.318 6.474 5.787 0.300 0.215 0.166 0.344 1.365 1.050 5.061 1.302 0.641 0.581 0.174 0.329 0.364 0.522 0.591 0.605 0.310 0.208 5.622 6.239 0.153 0.230 1.201 0.769 1163 chr1 225997263 226022628 + 0 NA intron (NM_001291163, intron 1 of 8) intron (NM_001291163, intron 1 of 8) -3057 NM_000120 2052 Hs.89649 NM_000120 ENSG00000143819 EPHX1 EPHX|EPOX|HYL1|MEH epoxide hydrolase 1 protein-coding 1.761 nan 2.829 0.272 1.859 1.663 1.997 2.266 3.893 0.251 2.596 2.794 0.127 0.072 0.594 2.483 1.193 0.485 0.668 0.306 0.587 0.175 1.512 0.796 3.924 3.539 3.403 0.319 1.034 0.559 0.642 2.243 0.845 2.132 0.397 5.633 0.240 0.454 0.138 0.327 1.784 0.527 0.221 0.154 0.674 0.387 1.576 1.279 2.667 0.335 0.234 1.771 2.483 1.200 0.652 3.924 1.318 0.329 0.528 0.355 0.885 1.006 0.215 0.249 0.687 0.704 0.528 0.749 1.056 0.917 1.494 2.676 nan 3.226 1.126 1.015 1.021 0.565 1.054 2.709 3.969 0.874 0.999 0.365 0.517 1.211 1.192 0.669 1.202 2.076 1.199 8163 chr3 193453621 193465090 + 0 NA Intergenic L1MC2|LINE|L1 102443 NR_146718 105374285 Hs.552531 NR_146718 LINC02038 - long intergenic non-protein coding RNA 2038 ncRNA nan 2.526 0.825 0.576 4.503 0.754 0.174 3.256 6.255 0.008 0.117 0.088 0.013 2.514 1.087 0.464 0.181 0.125 0.229 0.165 0.028 4.711 1.946 3.163 0.513 0.232 0.026 0.101 0.156 1.755 nan 1.148 nan 0.276 0.066 1.095 0.029 0.073 0.010 0.697 0.121 0.037 0.048 0.367 0.160 0.092 0.071 0.227 0.093 1.528 2.324 0.464 0.156 0.072 3.163 0.032 0.167 0.161 0.045 1.754 0.083 0.141 0.258 0.034 0.021 0.018 0.279 0.440 0.257 0.555 1.027 1.081 11.982 8.084 0.374 0.502 0.201 0.424 7.026 8.117 0.570 0.288 0.354 0.502 4.651 3.414 0.457 0.616 3.422 1.432 11150 chr8 99828174 99849224 + 0 NA promoter-TSS (NM_006281) promoter-TSS (NM_006281) -790 NM_006281 6788 Hs.492333 NM_006281 ENSG00000104375 STK3 KRS1|MST2 serine/threonine kinase 3 protein-coding nan 0.860 2.382 1.012 0.623 0.109 1.921 0.402 0.704 1.808 0.573 0.427 1.314 0.198 0.229 0.322 0.740 0.122 1.933 0.521 0.944 0.218 0.202 0.113 0.572 0.301 0.223 0.888 1.670 1.810 1.490 2.267 1.072 1.474 0.977 0.261 0.018 0.365 0.104 0.220 0.407 1.372 1.001 0.730 1.017 0.548 1.511 0.609 0.716 1.055 0.322 1.329 0.322 2.216 0.518 0.572 0.190 1.252 0.064 0.552 0.424 0.609 0.094 0.318 0.144 0.353 0.274 0.344 0.372 0.836 nan 0.858 0.864 0.563 0.283 1.266 1.234 0.605 0.884 1.301 1.897 0.607 0.613 0.324 0.519 0.178 0.165 0.880 1.259 0.831 0.679 8398 chr4 57588897 57631804 + 0 NA Intergenic MER119|DNA|hAT-Charlie -62478 NM_032495 84525 Hs.619396 NM_032495 ENSG00000171476 HOPX CAMEO|HOD|HOP|LAGY|NECC1|OB1|SMAP31|TOTO HOP homeobox protein-coding nan 0.603 0.885 0.319 0.465 0.218 1.095 0.101 0.172 0.025 0.424 0.801 0.067 0.104 0.133 0.131 0.201 0.128 0.696 0.376 0.022 0.025 0.077 0.120 0.137 0.933 0.653 0.033 1.370 0.935 0.944 3.311 2.121 0.414 0.637 0.078 0.018 0.048 0.079 0.891 0.083 0.200 0.138 0.095 1.004 0.670 0.538 0.551 0.091 0.046 0.103 0.354 0.131 0.799 2.883 0.137 0.157 0.067 0.070 0.131 0.125 0.295 0.032 0.189 0.223 0.032 0.018 0.328 0.171 0.309 0.553 0.196 0.237 0.183 0.081 0.312 0.309 0.184 0.304 1.950 1.919 0.537 0.362 0.114 0.181 0.046 0.048 0.199 0.617 0.941 1.041 1702 chr10 126372058 126417603 + 0 NA intron (NR_120631, intron 1 of 1) intron (NR_120631, intron 1 of 1) 2233 NR_120630 101927944 Hs.437448 NR_120630 FAM53B-AS1 - FAM53B antisense RNA 1 ncRNA nan 0.716 1.299 0.098 0.405 1.083 0.216 4.279 7.620 0.034 0.221 0.171 0.052 0.169 2.328 0.512 0.125 0.067 0.190 0.088 0.057 0.088 0.577 0.327 1.144 0.254 0.125 0.114 0.075 0.021 0.238 0.488 0.126 0.613 0.029 0.159 0.237 0.081 0.062 0.025 0.148 0.126 0.047 0.050 0.250 0.062 0.099 0.115 0.204 0.112 0.037 0.228 0.512 0.153 0.093 1.144 0.202 0.062 0.126 0.067 0.390 0.129 0.208 0.178 0.036 0.019 0.005 0.517 0.693 0.408 0.704 0.650 0.691 3.152 1.164 0.641 0.687 0.344 0.608 3.580 3.529 0.259 0.297 0.390 0.551 0.626 0.424 0.382 0.565 1.285 0.706 4518 chr16 89379761 89401831 + 0 NA exon (NM_001242885, exon 3 of 3) exon (NM_001242885, exon 3 of 3) 3255 NM_001242885 100287036 Hs.656995 NM_001242885 LOC100287036 - uncharacterized LOC100287036 protein-coding nan 1.227 1.576 1.496 0.568 0.283 4.343 0.283 0.494 0.576 3.063 4.833 0.034 0.533 0.468 0.683 0.505 0.088 3.320 1.658 3.089 0.151 0.278 0.204 0.610 3.788 3.739 0.583 0.970 0.970 0.787 2.200 0.671 0.624 2.630 2.998 0.047 0.163 0.060 2.833 0.478 4.102 9.204 3.732 0.864 0.808 1.186 7.056 2.370 2.833 3.280 1.739 0.683 3.688 7.692 0.610 0.950 0.779 0.409 0.916 2.204 2.562 0.237 0.308 2.827 2.771 3.556 0.638 0.953 0.456 0.806 0.564 0.551 0.949 0.220 1.430 1.318 0.587 0.847 1.526 2.216 1.804 1.559 0.457 0.670 0.361 1.109 0.822 1.076 0.579 0.507 3118 chr13 36043170 36109397 + 0 NA intron (NM_001204197, intron 1 of 17) L2b|LINE|L2 25397 NM_001204197 26960 Hs.491172 NM_015678 ENSG00000172915 NBEA BCL8B|LYST2 neurobeachin protein-coding 1.314 1.026 1.099 0.061 0.138 0.026 0.021 0.068 0.175 0.007 0.078 0.100 0.009 0.034 0.251 0.073 0.089 0.070 0.075 0.017 0.004 0.025 0.139 0.127 0.321 0.019 0.010 0.007 0.034 0.016 0.065 0.224 0.042 0.203 0.035 0.045 0.141 0.041 0.094 0.018 1.797 0.035 0.018 0.010 0.030 0.017 0.097 0.154 0.031 0.031 0.021 0.034 0.073 0.034 0.035 0.321 0.031 0.040 0.161 0.027 0.052 0.026 0.094 1.705 0.097 0.024 0.013 0.831 0.808 0.225 0.258 0.495 0.524 1.408 0.530 0.166 0.169 1.965 1.917 0.292 0.397 0.627 0.374 0.232 0.360 0.539 0.442 3.549 6.266 0.266 0.219 4141 chr15 92452089 92474256 + 0 NA intron (NM_013272, intron 2 of 9) intron (NM_013272, intron 2 of 9) 65642 NR_135775 28232 Hs.311187 NM_013272 ENSG00000176463 SLCO3A1 OATP-D|OATP-RP3|OATP3A1|OATPD|OATPRP3|SLC21A11 solute carrier organic anion transporter family member 3A1 protein-coding nan nan nan 0.156 2.448 0.522 0.174 1.173 2.129 0.026 0.211 0.239 0.006 1.171 2.613 0.306 0.221 0.094 0.062 0.017 0.026 0.044 2.098 1.186 3.879 0.302 0.102 0.017 0.095 0.005 0.076 0.282 0.140 4.639 0.082 0.073 0.945 0.020 0.075 0.025 0.082 0.138 0.019 0.012 0.280 0.059 0.197 0.139 0.173 0.026 0.007 0.147 0.306 0.016 0.025 3.879 0.099 0.108 0.123 0.060 0.978 0.073 1.298 0.023 0.052 0.010 0.004 0.649 0.998 0.294 0.559 1.390 1.389 nan 1.534 0.601 0.587 0.929 1.853 3.112 4.533 nan 1.061 0.983 1.985 2.409 3.047 0.062 nan 1.619 1.000 9743 chr6 61910543 61914861 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr -371306 NM_001190706 100463487 NM_001190706 MTRNR2L9 HN9 MT-RNR2 like 9 protein-coding nan 13.230 11.276 0.766 1.654 0.233 1.085 1.082 2.578 0.332 1.030 1.384 0.331 0.838 0.823 1.804 1.593 8.313 0.985 0.177 0.856 1.084 1.190 3.224 1.318 0.819 0.879 0.430 1.414 0.466 1.410 3.039 3.262 2.858 0.375 1.099 0.176 1.090 3.196 0.817 0.657 1.341 0.463 0.454 0.406 0.955 2.283 1.915 0.662 0.690 0.528 1.088 1.804 0.594 1.242 1.318 1.096 1.285 0.230 1.094 0.590 0.807 0.763 0.428 0.492 0.333 0.399 7.787 4.576 6.944 9.124 7.067 8.667 3.360 2.656 6.573 6.436 4.646 5.795 5.466 4.907 9.840 3.847 4.137 6.354 1.848 3.035 3.796 4.935 3.281 4.865 5212 chr18 24387247 24396038 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu 51232 NM_004028 361 Hs.315369 NM_001650 ENSG00000171885 AQP4 MIWC|WCH4 aquaporin 4 protein-coding 0.662 0.881 0.737 0.098 0.119 0.013 0.024 0.036 0.238 0.032 0.053 0.175 0.007 0.035 0.050 0.460 0.076 0.054 0.012 0.042 0.017 0.053 0.123 0.014 0.008 0.008 0.024 0.045 0.228 0.032 0.325 0.033 0.076 0.043 0.012 0.082 0.014 0.082 0.095 0.031 0.009 0.027 0.017 0.044 0.149 0.046 0.016 0.018 0.046 0.460 0.032 0.021 0.014 0.038 0.199 0.023 0.018 0.078 0.028 0.015 0.033 0.006 0.448 0.318 8.211 nan 0.414 0.490 2.034 0.563 0.251 0.218 0.096 0.243 0.277 0.160 0.342 0.140 0.127 0.182 0.178 0.371 0.229 0.593 1.274 1.311 6313 chr2 112729177 112742212 + 0 NA intron (NM_006343, intron 7 of 18) AluJb|SINE|Alu -77106 NM_032824 84910 Hs.656298 NM_032824 ENSG00000153214 TMEM87B - transmembrane protein 87B protein-coding 0.793 nan 0.769 0.383 0.114 0.293 2.873 0.177 0.253 0.074 0.127 1.341 0.084 0.038 0.082 0.138 0.272 0.086 1.515 0.638 0.589 0.021 0.108 0.112 0.064 0.754 0.447 0.260 2.098 2.709 0.648 1.185 0.656 nan 0.561 0.153 0.030 0.066 0.098 1.387 0.024 1.471 0.742 0.462 2.362 1.260 0.357 1.855 0.160 0.738 0.170 0.216 0.138 2.307 2.553 0.064 0.094 0.095 0.052 0.562 0.808 0.038 0.425 0.372 0.813 0.903 0.319 0.165 0.245 0.544 0.420 nan 0.264 0.116 0.244 0.316 0.357 0.496 0.425 0.384 0.366 0.174 0.223 0.218 0.125 0.185 0.349 0.976 0.463 0.397 6565 chr2 197813513 197831242 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu -30922 NM_001321100 80055 Hs.229988 NM_024989 ENSG00000197121 PGAP1 Bst1|ISPD3024|MRT42|SPG67 post-GPI attachment to proteins 1 protein-coding 0.823 nan 1.322 0.051 0.684 0.079 0.380 0.282 0.528 0.038 0.060 0.226 0.004 0.074 0.199 0.368 0.140 0.146 0.221 0.193 0.025 0.016 0.678 0.412 1.194 0.242 0.065 0.042 0.108 0.055 0.091 0.258 0.261 1.650 0.193 0.079 0.232 0.049 0.074 0.033 0.255 0.146 0.024 0.013 0.074 0.069 0.060 0.188 0.106 0.109 0.050 0.096 0.368 0.099 0.107 1.194 0.082 0.047 0.060 0.071 0.057 0.072 0.070 0.092 0.067 0.023 0.006 0.421 0.436 0.720 0.732 0.724 0.644 4.691 3.540 0.469 0.493 0.442 0.683 0.757 0.839 0.436 0.283 0.281 0.350 1.124 1.623 0.289 0.442 0.513 0.526 146 chr1 21577541 21597596 + 0 NA intron (NM_001113348, intron 4 of 18) intron (NM_001113348, intron 4 of 18) 18615 NM_001113347 1889 Hs.195080 NM_001397 ENSG00000117298 ECE1 ECE endothelin converting enzyme 1 protein-coding 1.530 1.139 nan 0.798 0.682 4.167 0.987 0.216 0.400 0.355 0.795 1.551 0.009 0.503 0.698 0.890 0.436 0.145 0.765 0.468 0.717 0.049 0.278 0.196 0.267 0.704 0.507 0.128 0.335 0.299 1.440 3.730 0.435 0.894 0.863 0.679 0.076 0.120 0.097 0.241 0.162 1.146 0.581 0.251 0.647 0.114 0.392 0.402 0.667 0.417 0.474 0.652 0.890 1.001 1.111 0.267 0.538 0.551 0.281 0.382 0.136 0.559 0.040 0.648 0.646 0.267 0.195 0.351 0.658 0.335 0.605 1.611 1.664 0.598 0.197 0.426 0.439 0.843 1.396 2.146 2.199 0.928 1.086 0.277 0.239 0.183 0.253 0.746 1.645 0.913 0.591 5343 chr18 49568438 49589473 + 0 NA Intergenic Intergenic -287587 NM_005215 1630 Hs.162025 NM_005215 ENSG00000187323 DCC CRC18|CRCR1|HGPPS2|IGDCC1|MRMV1|NTN1R1 DCC netrin 1 receptor protein-coding nan 0.907 0.842 0.058 0.083 0.013 0.033 0.152 0.289 0.009 0.048 0.022 0.003 0.028 0.097 0.913 0.053 0.023 0.015 0.009 0.020 0.049 0.087 0.074 0.003 0.010 0.029 0.005 0.023 0.016 0.033 0.250 0.041 0.451 0.026 0.051 0.011 0.212 0.062 0.014 0.031 0.026 0.078 0.038 0.015 0.027 0.004 0.025 0.913 0.007 0.009 0.074 0.035 0.004 0.082 0.014 0.015 0.030 0.057 0.158 0.026 0.008 0.381 0.229 0.126 0.209 0.503 0.669 5.109 1.459 0.066 0.078 0.244 0.319 0.273 0.266 1.342 0.935 0.136 0.132 1.587 1.479 0.492 nan 1.857 1.170 7214 chr21 40053629 40074184 + 0 NA Intergenic Intergenic -30202 NM_004449 2078 Hs.473819 NM_004449 ENSG00000157554 ERG erg-3|p55 ERG, ETS transcription factor protein-coding nan 0.553 0.912 0.038 1.163 0.022 0.031 0.258 0.363 0.004 0.066 0.054 0.021 0.074 0.108 0.138 0.065 0.135 0.061 0.010 0.031 0.034 0.435 0.254 1.774 0.047 0.014 0.018 0.059 0.010 0.058 0.335 0.072 0.523 0.007 0.037 0.070 0.032 0.093 0.012 0.027 0.078 0.015 0.008 0.037 0.052 0.066 0.136 0.040 0.067 0.062 0.078 0.138 0.024 0.047 1.774 0.018 0.060 0.090 0.051 0.663 0.019 0.038 0.072 0.019 0.011 0.003 0.348 0.205 0.151 0.245 0.930 1.482 nan 1.088 0.138 0.100 0.126 nan 1.402 1.911 0.444 0.160 0.167 0.172 0.348 0.502 0.139 0.184 3.531 1.800 1351 chr10 14878027 14882089 + 0 NA promoter-TSS (NR_103464) promoter-TSS (NR_103464) -75 NM_001029954 441549 Hs.559067 NM_001029954 ENSG00000185267 CDNF ARMETL1 cerebral dopamine neurotrophic factor protein-coding nan 3.617 6.207 3.150 4.329 0.819 1.811 1.815 3.235 0.893 4.738 3.276 0.368 0.446 1.745 2.237 4.019 0.514 2.891 0.826 2.899 2.798 1.963 0.480 4.770 1.800 1.938 2.055 3.282 0.784 2.167 3.084 2.007 5.296 1.085 2.142 0.699 2.113 0.196 1.744 2.255 1.749 4.658 1.962 2.333 0.620 2.973 1.910 3.634 2.840 2.636 3.344 2.237 4.868 2.173 4.770 3.206 2.331 0.667 5.210 2.272 1.907 1.164 1.644 1.784 1.646 1.014 5.535 6.175 6.732 10.165 6.840 5.799 15.400 7.302 5.892 6.714 4.786 6.118 5.370 9.243 4.803 5.731 2.128 4.194 4.564 5.154 6.648 5.740 3.159 1.770 9406 chr6 5199314 5219987 + 0 NA intron (NM_001164840, intron 2 of 2) intron (NM_001164840, intron 2 of 2) 51533 NM_001164840 57128 Hs.387755 NM_020408 ENSG00000214113 LYRM4 C6orf149|CGI-203|COXPD19|ISD11 LYR motif containing 4 protein-coding 1.446 0.969 1.205 0.056 0.719 0.059 0.107 0.224 0.337 0.005 0.252 0.117 0.037 0.033 0.265 0.262 0.646 0.122 0.151 0.009 0.064 0.058 0.282 0.206 0.516 0.110 0.045 0.057 0.043 0.031 0.160 0.360 0.136 0.518 0.043 0.181 0.018 0.079 0.101 0.023 0.092 0.161 0.044 0.038 0.063 0.037 0.116 0.226 0.102 0.150 0.050 0.119 0.262 0.118 0.106 0.516 0.021 0.036 0.128 0.056 0.055 0.115 0.153 1.273 0.033 0.008 0.007 0.462 0.545 1.687 1.045 0.597 0.530 0.758 0.241 0.394 0.411 0.825 1.219 0.831 0.882 1.347 1.234 0.325 0.602 0.183 0.265 1.940 4.968 0.744 0.634 2720 chr12 58143405 58151152 + 0 NA Intergenic Intergenic -1048 NM_000075 1019 Hs.95577 NM_000075 ENSG00000135446 CDK4 CMM3|PSK-J3 cyclin dependent kinase 4 protein-coding nan 2.441 2.094 2.833 3.514 1.008 1.182 2.127 4.062 0.369 2.012 3.341 0.392 1.864 4.865 3.589 1.788 0.207 1.561 0.586 0.671 2.056 2.356 0.980 4.404 1.251 1.120 1.292 1.797 0.815 2.417 3.850 2.421 6.249 0.908 1.642 0.899 1.062 0.062 0.578 1.108 1.584 2.076 1.226 0.921 6.672 1.489 3.276 2.722 3.076 2.637 1.233 3.589 2.039 13.587 4.404 0.978 0.656 1.199 2.535 2.184 1.040 1.321 1.313 0.679 1.383 0.891 nan 3.681 2.697 3.898 5.353 nan 5.527 2.468 4.507 5.037 3.123 nan 9.093 nan 4.243 4.378 1.948 3.468 3.718 4.415 4.222 6.002 4.103 1.941 528 chr1 94511275 94539308 + 0 NA intron (NM_000350, intron 14 of 49) intron (NM_000350, intron 14 of 49) 61414 NM_000350 24 Hs.416707 NM_000350 ENSG00000198691 ABCA4 ABC10|ABCR|ARMD2|CORD3|FFM|RMP|RP19|STGD|STGD1 ATP binding cassette subfamily A member 4 protein-coding nan nan 2.115 0.566 0.267 0.097 1.665 0.120 0.209 0.074 0.122 0.478 0.020 8.502 0.107 0.182 0.576 0.109 1.494 0.704 0.174 0.010 0.145 0.085 0.117 1.312 0.644 0.116 1.863 1.003 1.329 3.654 2.638 0.595 1.058 0.154 0.026 0.046 0.095 0.463 0.048 0.262 0.202 0.109 1.338 1.441 1.323 0.144 0.513 0.151 1.028 1.081 0.182 2.220 3.135 0.117 0.162 0.491 0.065 0.307 0.267 0.411 0.025 0.199 0.288 0.888 0.706 0.250 0.172 0.475 0.816 0.407 nan 0.309 0.115 0.306 0.291 0.268 nan 1.467 1.356 nan 0.216 0.181 0.235 0.094 0.237 0.397 0.829 0.680 0.626 8700 chr5 890125 897898 + 0 NA intron (NM_001166260, intron 1 of 8) intron (NM_001166260, intron 1 of 8) 1042 NM_004237 9319 Hs.436187 NM_004237 ENSG00000071539 TRIP13 16E1BP|MVA3 thyroid hormone receptor interactor 13 protein-coding 2.275 2.137 5.586 1.715 3.932 1.178 2.594 1.093 2.010 1.291 2.160 1.977 0.288 0.953 1.920 2.389 2.002 0.165 6.332 1.873 2.628 2.364 3.278 1.152 3.092 1.247 1.678 2.141 2.669 1.018 4.107 6.654 2.934 4.525 1.523 3.067 0.448 2.219 0.124 1.138 0.685 2.629 6.207 3.178 1.553 1.321 2.434 1.978 2.265 2.942 2.041 6.282 2.389 8.767 3.228 3.092 2.433 2.121 1.259 1.683 2.166 1.897 0.611 0.590 0.644 1.808 0.676 3.421 2.985 3.067 nan 4.997 4.504 4.057 1.326 2.349 2.405 3.974 6.342 nan 9.236 nan 4.801 1.345 2.881 2.461 2.526 1.431 1.869 2.844 nan 8556 chr4 139784423 139801934 + 0 NA intron (NR_133945, intron 2 of 2) intron (NR_133945, intron 2 of 2) 140622 NR_133945 105377448 Hs.200280 NR_133945 ENSG00000250195 LOC105377448 - uncharacterized LOC105377448 ncRNA nan nan 0.954 0.095 0.534 4.868 0.175 0.636 1.469 0.016 0.107 0.232 0.014 0.103 1.092 0.161 0.138 0.037 0.249 0.216 0.035 0.032 0.887 0.361 1.885 0.095 0.033 0.076 0.124 0.096 0.074 0.752 0.056 3.540 0.112 0.064 0.129 0.056 0.081 0.053 0.072 0.289 0.093 0.071 0.261 0.061 0.033 0.149 0.200 0.063 0.099 0.127 0.161 0.143 0.058 1.885 0.070 0.462 0.022 0.050 0.191 0.055 0.108 1.217 0.061 0.132 0.083 0.187 0.110 0.355 0.991 0.515 0.813 1.292 0.429 0.153 0.108 0.389 0.622 0.636 0.724 0.398 0.248 0.241 0.283 0.736 0.408 0.545 nan 1.291 0.703 164 chr1 23849870 23859199 + 0 NA non-coding (NR_110799, exon 3 of 3) non-coding (NR_110799, exon 3 of 3) 3178 NM_004091 1870 Hs.194333 NM_004091 ENSG00000007968 E2F2 E2F-2 E2F transcription factor 2 protein-coding 4.742 2.867 nan 0.819 6.536 8.036 1.044 1.858 3.385 0.787 1.641 1.403 0.266 0.488 5.953 2.017 0.769 0.103 0.485 0.164 2.192 0.862 3.195 1.135 3.458 0.873 0.631 0.940 0.867 0.384 0.777 4.999 0.744 11.450 0.595 2.665 1.325 2.680 0.123 0.334 3.121 0.900 0.342 0.225 0.560 0.302 1.072 0.476 2.778 2.164 1.361 1.483 2.017 1.031 2.970 3.458 0.848 0.797 1.560 3.442 1.742 0.654 0.444 1.368 0.560 0.074 0.033 3.416 3.081 1.956 3.623 14.043 12.059 5.081 1.696 4.026 4.600 4.540 5.611 6.626 8.636 5.270 5.201 1.448 2.013 4.548 5.170 3.742 5.392 3.218 1.635 7803 chr3 124823441 124851531 + 0 NA intron (NM_024628, intron 8 of 13) intron (NM_024628, intron 8 of 13) 32910 NR_049815 100847039 NR_049815 ENSG00000264986 MIR5092 - microRNA 5092 ncRNA 1.110 nan 0.930 0.136 0.181 0.178 1.765 0.199 0.406 0.518 0.778 3.658 0.203 0.111 0.136 0.424 0.881 0.279 1.289 0.690 0.072 0.025 0.205 0.202 0.145 2.554 1.975 0.088 0.471 0.455 0.278 1.561 0.253 0.281 0.859 1.054 0.010 0.038 0.080 0.424 0.102 1.024 0.425 0.184 0.502 0.722 0.494 1.196 0.151 0.230 0.031 0.635 0.424 0.750 1.812 0.145 0.375 0.312 0.201 0.139 0.433 1.875 0.032 0.478 0.404 0.066 0.048 0.597 0.726 0.547 1.108 0.825 0.768 1.822 0.711 0.374 0.359 2.004 nan 0.483 0.552 1.543 1.363 0.189 0.268 0.077 0.104 0.950 1.817 0.431 0.471 8728 chr5 4508362 4520519 + 0 NA Intergenic Intergenic -259154 NR_104619 101929153 Hs.385526 NR_104619 ENSG00000249521 LINC02114 - long intergenic non-protein coding RNA 2114 ncRNA 0.472 1.158 0.854 0.028 0.153 0.023 0.058 0.864 1.838 0.024 0.064 0.089 0.010 0.033 0.360 0.710 0.210 0.172 0.083 0.016 0.026 0.116 0.169 0.429 0.006 0.151 0.018 0.130 0.111 0.083 2.864 0.024 0.067 0.007 0.026 0.104 0.019 0.083 0.068 0.020 0.013 0.009 0.058 0.071 0.058 0.047 0.035 0.124 0.033 0.710 0.113 0.016 0.429 0.082 0.072 0.029 0.176 0.032 0.294 0.041 0.020 0.028 0.004 0.750 0.624 6.147 nan 1.278 1.070 1.045 0.561 0.073 0.072 0.177 0.360 nan 0.668 nan 1.741 0.462 0.806 0.041 0.109 0.102 0.189 0.297 nan 5030 chr17 76075313 76082097 + 0 NA intron (NM_018996, intron 11 of 20) MER11D|LTR|ERVK 29175 NR_040071 100131096 Hs.635442 NR_040071 ENSG00000204282 TNRC6C-AS1 - TNRC6C antisense RNA 1 ncRNA 1.163 1.055 0.933 0.096 0.335 0.354 0.119 0.120 0.540 0.000 0.135 0.138 0.028 0.044 0.302 3.527 0.166 0.213 0.108 0.029 0.037 0.041 0.326 0.231 0.215 0.105 0.021 0.044 0.094 0.016 0.146 0.250 0.134 3.229 0.065 0.126 0.014 0.047 0.078 0.164 0.177 0.009 0.012 0.048 0.023 0.069 0.176 0.081 0.085 0.082 0.069 3.527 0.086 0.108 0.215 0.036 0.037 0.758 0.086 4.348 0.047 0.116 0.201 0.091 0.017 0.023 0.524 0.588 0.251 0.356 1.163 1.216 5.531 1.090 0.504 0.454 nan 0.772 2.994 3.514 0.918 0.666 0.502 0.520 0.308 0.343 0.301 0.857 nan 1.367 7249 chr21 44749453 44791690 + 0 NA Intergenic Intergenic 11658 NR_131902 101928399 Hs.517319 NR_131902 ENSG00000237989 LINC01679 TCONS_00029157 long intergenic non-protein coding RNA 1679 ncRNA nan 1.122 2.922 0.491 0.377 2.995 0.952 0.520 1.055 0.029 0.236 0.114 0.348 0.185 0.833 0.855 0.090 0.072 0.353 0.251 0.140 0.062 0.188 0.106 0.677 0.380 0.203 1.125 0.422 0.394 0.380 1.121 0.581 1.812 0.336 0.470 0.517 0.052 0.072 0.207 0.164 1.038 0.239 0.140 0.139 0.257 0.307 0.163 2.519 0.079 0.598 1.347 0.855 1.018 0.044 0.677 0.831 1.670 0.388 0.600 3.380 0.175 0.823 0.100 0.228 0.015 0.008 1.453 2.267 0.576 1.074 0.962 0.989 nan 0.306 4.132 4.239 1.257 nan 1.865 2.368 0.983 0.950 0.997 1.415 2.179 2.247 0.380 0.364 1.890 1.171 2898 chr12 103419093 103426965 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -70841 NM_001354304 5053 Hs.560019 NM_000277 ENSG00000171759 PAH PH|PKU|PKU1 phenylalanine hydroxylase protein-coding 0.903 1.618 nan 0.046 1.503 6.742 0.054 0.601 1.060 0.040 0.035 0.008 0.089 7.609 1.187 0.096 0.045 0.055 0.016 0.427 0.397 1.401 0.009 0.045 0.082 0.105 0.046 6.640 0.019 0.077 0.121 0.070 0.113 0.015 0.031 0.058 0.008 0.010 0.041 0.011 0.147 0.076 0.072 0.021 0.020 0.076 1.187 0.082 0.035 1.401 0.015 0.010 0.112 0.022 0.467 0.030 0.012 0.109 0.022 0.007 0.273 0.089 0.140 0.225 1.889 1.845 1.143 0.391 0.136 0.201 0.180 0.375 1.850 1.926 0.594 0.354 0.046 0.138 0.568 0.307 0.292 0.629 2.846 1.784 10165 chr7 11335572 11384082 + 0 NA Intergenic LTR33|LTR|ERVL 346328 NR_033435 9678 Hs.655688 NM_014660 ENSG00000106443 PHF14 - PHD finger protein 14 protein-coding nan 1.055 nan 0.079 0.174 0.078 0.029 0.148 0.252 0.025 0.135 0.093 0.094 0.027 0.109 0.211 0.142 0.077 0.066 0.004 0.035 0.048 0.026 0.032 0.232 0.013 0.022 0.020 0.102 0.020 0.092 0.169 0.155 0.470 0.039 0.054 0.072 0.050 0.150 0.012 0.070 0.114 0.014 0.008 0.020 0.049 0.117 0.138 0.034 0.055 0.023 0.084 0.211 0.047 0.043 0.232 0.023 0.099 0.108 0.035 0.104 0.023 0.055 0.117 0.037 0.017 0.011 nan 0.280 0.594 0.456 0.472 0.557 0.251 0.104 14.739 16.024 0.951 1.352 0.372 0.352 0.333 0.169 0.144 0.266 0.271 0.358 0.341 0.604 0.588 0.508 8647 chr4 182206525 182253902 + 0 NA Intergenic Intergenic -44031 NR_149139 101928679 Hs.149643 NR_149139 LINC02500 - long intergenic non-protein coding RNA 2500 ncRNA nan 0.775 nan 0.067 0.048 0.856 0.087 1.264 2.701 0.006 0.052 0.023 0.035 0.041 1.950 0.194 0.049 0.067 0.055 0.013 0.008 0.038 0.586 0.318 0.169 0.004 0.005 0.050 0.007 0.056 0.043 0.051 0.139 0.025 0.020 0.738 0.090 0.085 0.017 0.116 0.029 0.022 0.017 0.051 0.010 0.037 0.160 0.027 0.021 0.007 0.016 0.194 0.033 0.002 0.169 0.008 0.037 0.012 0.012 0.140 0.021 0.056 0.021 0.016 0.010 0.003 0.223 0.164 0.300 0.304 0.477 0.582 4.338 1.783 0.158 0.165 0.093 0.148 0.741 0.673 0.342 0.182 0.138 0.193 2.288 2.899 0.096 0.170 0.697 0.389 882 chr1 173223308 173249936 + 0 NA intron (NR_037845, intron 2 of 2) Charlie25|DNA|hAT-Charlie -60170 NM_003326 7292 Hs.181097 NM_003326 ENSG00000117586 TNFSF4 CD134L|CD252|GP34|OX-40L|OX4OL|TNLG2B|TXGP1 TNF superfamily member 4 protein-coding nan nan nan 0.218 0.122 0.017 0.104 0.111 0.166 0.079 0.389 1.257 0.021 0.019 0.056 0.222 0.520 0.133 0.133 0.093 0.026 0.021 0.099 0.146 0.032 0.060 0.016 0.080 0.083 0.080 0.063 0.179 0.075 0.310 0.039 1.010 0.018 0.064 0.115 0.036 0.033 0.143 0.161 0.103 0.025 0.040 0.148 0.143 0.127 0.059 0.036 0.047 0.222 0.068 0.033 0.032 0.203 0.050 0.019 0.046 0.127 0.327 0.079 0.026 0.015 0.012 0.586 0.572 6.653 5.089 nan 0.376 0.146 0.083 0.238 0.266 0.209 0.374 0.248 0.280 0.349 0.141 0.440 0.833 0.065 0.095 0.170 nan 0.220 0.347 8938 chr5 58778472 58790282 + 0 NA intron (NM_001349242, intron 1 of 16) intron (NM_001349242, intron 1 of 16) 97947 NM_001349242 5144 Hs.117545 NM_006203 ENSG00000113448 PDE4D ACRDYS2|DPDE3|HSPDE4D|PDE43|PDE4DN2|STRK1 phosphodiesterase 4D protein-coding nan nan 1.033 0.094 0.095 0.066 0.048 0.299 0.350 0.024 0.058 0.124 0.041 0.084 0.114 0.217 0.201 0.127 0.138 0.048 2.460 0.106 0.229 0.247 0.152 0.023 0.006 0.938 0.087 0.017 0.087 0.359 0.112 0.232 0.046 1.402 0.274 0.341 0.092 0.010 0.074 0.171 0.097 0.054 0.036 0.026 0.114 0.093 1.020 0.078 2.946 0.231 0.217 0.048 0.070 0.152 0.031 0.213 0.424 0.165 0.034 0.025 0.376 0.019 0.010 0.022 0.320 0.295 0.415 0.899 0.226 0.271 5.854 3.774 0.377 0.356 4.393 4.576 0.368 0.289 nan 0.348 0.067 0.169 1.120 2.052 0.371 1.349 0.490 0.411 11506 chr9 31388123 31394540 + 0 NA Intergenic Intergenic -9843 NR_135134 101929620 Hs.547175 NR_135134 ENSG00000260720 LINC01243 - long intergenic non-protein coding RNA 1243 ncRNA 0.777 nan 0.896 0.098 0.192 0.053 0.023 0.161 0.501 0.023 0.291 0.047 0.055 0.419 0.047 0.101 0.130 1.652 0.250 0.220 0.094 0.053 0.011 0.073 0.033 0.087 0.152 0.083 1.134 0.023 0.050 0.089 0.017 0.105 0.018 0.267 0.043 0.009 0.073 0.051 0.156 0.078 0.051 0.157 0.037 0.052 0.419 0.056 0.029 0.094 0.079 0.013 0.018 0.047 0.025 0.080 0.009 0.008 0.185 0.173 0.411 1.416 0.332 0.409 10.974 5.263 0.107 0.133 2.016 2.442 0.168 0.258 0.527 0.217 0.111 0.267 1.336 0.908 0.295 0.322 0.918 0.900 5936 chr2 17751912 17785871 + 0 NA intron (NM_003385, intron 1 of 3) L2c|LINE|L2 47084 NM_003385 7447 Hs.444212 NM_003385 ENSG00000163032 VSNL1 HLP3|HPCAL3|HUVISL1|VILIP|VILIP-1 visinin like 1 protein-coding 0.696 0.534 0.751 0.051 0.173 0.411 0.430 0.094 0.133 0.008 0.076 0.047 0.038 0.033 0.147 0.220 0.089 0.067 0.034 0.011 0.040 0.020 0.105 0.098 0.046 0.020 0.011 0.017 0.054 0.031 1.105 3.841 1.339 1.186 0.271 0.068 0.006 0.022 0.119 0.025 0.035 0.151 0.034 0.027 0.080 0.435 0.116 0.132 0.105 0.027 0.159 0.158 0.220 0.038 0.050 0.046 0.508 0.039 0.115 0.054 0.045 0.105 0.056 0.102 0.172 0.008 0.015 0.375 0.310 1.390 3.530 0.208 0.282 0.194 0.094 0.317 0.287 0.723 1.105 0.394 nan 0.413 0.212 0.261 0.287 0.036 0.048 0.142 nan 0.306 0.361 10361 chr7 53337269 53344622 + 0 NA Intergenic Intergenic 237596 NM_182595 285877 Hs.381970 NM_182595 ENSG00000221900 POM121L12 - POM121 transmembrane nucleoporin like 12 protein-coding nan 0.824 0.857 0.039 0.024 0.099 0.010 0.130 0.155 0.116 0.051 0.012 0.081 0.012 0.277 0.102 0.087 0.014 0.044 0.065 0.077 0.098 0.051 0.122 0.055 0.100 0.427 0.494 0.020 0.007 0.013 0.117 0.168 0.053 0.037 0.016 0.015 0.042 0.315 0.103 0.021 0.040 0.277 0.029 0.012 0.098 0.050 0.046 0.081 0.138 0.067 0.053 0.082 0.016 0.007 1.299 0.593 8.702 6.145 0.296 0.529 0.091 0.106 0.094 0.022 0.170 0.318 0.541 0.555 0.502 0.228 0.238 0.383 0.046 0.068 0.237 0.700 0.513 0.629 8774 chr5 13993756 14016257 + 0 NA Intergenic Intergenic -60417 NM_001369 1767 Hs.212360 NM_001369 ENSG00000039139 DNAH5 CILD3|DNAHC5|HL1|KTGNR|PCD dynein axonemal heavy chain 5 protein-coding nan nan nan 0.645 3.031 1.769 3.547 0.159 0.223 0.195 0.540 0.860 0.119 0.785 0.947 0.557 0.650 0.180 4.321 1.600 0.555 0.137 0.829 0.524 0.303 1.899 1.489 0.250 2.744 1.065 1.567 4.181 2.728 nan 0.878 0.646 0.017 1.358 0.149 0.515 0.248 1.011 0.744 0.492 1.568 1.034 0.813 0.288 0.885 0.947 1.246 1.120 0.557 3.094 3.019 0.303 0.413 1.966 0.280 0.884 1.881 1.027 1.111 0.050 0.159 0.328 0.230 1.316 1.523 0.952 1.003 1.297 1.144 0.303 0.131 0.441 0.459 nan 1.657 5.992 8.400 1.084 0.899 0.661 1.242 0.301 0.254 0.252 nan 2.546 1.681 7217 chr21 40307107 40382177 + 0 NA Intergenic LTR85a|LTR|Gypsy? 5058 NR_109962 101928435 Hs.385528 NR_109962 ENSG00000232837 LINC01700 - long intergenic non-protein coding RNA 1700 ncRNA nan 0.696 0.896 0.186 1.849 1.104 0.086 0.778 1.602 0.057 0.110 0.343 0.044 0.661 2.910 0.786 0.434 0.085 0.152 0.091 0.032 0.030 0.632 0.386 5.317 0.389 0.157 0.056 0.134 0.011 0.178 1.177 0.410 2.908 0.092 0.045 0.123 0.051 0.076 0.052 0.295 0.126 0.052 0.043 0.218 0.085 0.180 0.151 0.206 0.040 0.607 0.525 0.786 0.126 0.043 5.317 0.200 0.140 0.115 0.065 1.734 0.141 0.194 0.116 0.037 0.012 0.008 0.451 0.431 0.293 0.480 4.110 4.595 nan 0.786 0.289 0.284 0.136 nan 6.481 6.902 0.513 0.336 0.265 0.404 0.657 0.523 0.154 0.246 3.631 1.886 4585 chr17 8277309 8290173 + 0 NA intron (NM_000987, intron 2 of 3) intron (NM_000987, intron 2 of 3) 2741 NM_001315530 6154 Hs.482144 NM_000987 ENSG00000161970 RPL26 DBA11|L26 ribosomal protein L26 protein-coding 2.815 1.694 1.795 1.286 1.285 0.703 1.761 1.376 2.238 1.002 1.422 1.296 2.037 0.815 0.921 1.364 0.645 0.150 1.972 0.692 1.987 0.656 0.523 0.570 1.924 0.897 0.900 0.611 1.921 0.793 2.036 2.851 2.501 3.301 1.160 2.579 0.244 3.846 0.231 0.689 0.628 3.224 2.372 1.094 1.850 2.432 1.570 0.860 2.152 2.499 0.796 0.938 1.364 2.357 4.234 1.924 1.056 1.179 0.507 2.989 2.132 2.765 0.523 2.018 0.807 1.979 1.104 2.566 2.942 3.124 4.593 3.626 3.963 4.260 1.484 1.947 1.853 1.788 2.600 3.592 3.944 1.833 1.871 1.099 1.738 1.178 1.356 4.025 6.383 0.697 0.362 11852 chr9 138425423 138459442 + 0 NA TTS (NR_120603) TTS (NR_120603) 4447 NM_001293189 29991 Hs.567489 NM_014582 ENSG00000122136 OBP2A LCN13|OBP|OBP2C|OBPIIa|hOBPIIa odorant binding protein 2A protein-coding nan 0.548 0.517 0.042 0.095 0.204 0.163 0.132 0.212 0.014 0.092 0.043 0.007 0.157 0.037 0.109 0.095 0.133 0.114 0.229 0.007 0.016 0.025 0.081 0.074 0.091 0.062 0.046 0.087 0.022 1.414 4.255 0.210 0.277 0.090 0.127 0.019 0.035 0.090 0.014 0.037 0.176 0.053 0.014 0.025 0.258 0.094 0.144 0.084 0.073 0.460 0.309 0.109 0.087 0.008 0.074 0.058 0.140 0.051 0.069 0.702 0.268 0.024 0.029 0.408 0.025 0.011 0.349 0.610 0.111 0.151 0.309 0.337 nan 0.075 0.114 0.097 0.077 0.163 0.147 0.217 0.398 0.189 0.205 0.176 0.098 0.131 0.118 0.101 0.266 0.331 9695 chr6 48791076 48798372 + 0 NA Intergenic Intergenic 636317 NM_000255 4594 Hs.485527 NM_000255 ENSG00000146085 MUT MCM methylmalonyl-CoA mutase protein-coding 0.772 0.826 0.789 1.460 0.132 0.046 6.011 0.066 0.268 0.980 1.102 2.889 0.050 0.027 0.063 0.386 2.363 0.245 2.593 1.298 4.565 0.022 0.133 0.082 3.608 2.855 0.383 2.345 1.886 0.594 0.588 1.056 0.256 1.997 2.942 0.040 0.044 0.071 2.013 0.098 2.966 1.668 1.012 2.350 1.156 1.133 3.135 0.803 1.231 0.098 0.753 0.386 1.163 1.755 0.082 0.443 0.386 1.945 0.027 2.692 0.069 0.120 1.754 1.058 1.469 0.394 0.257 0.281 0.525 0.316 0.217 0.405 0.219 0.320 0.279 0.203 0.373 0.474 nan 0.284 0.103 0.110 0.179 0.159 0.290 0.275 0.737 0.452 0.444 6849 chr20 12905925 12919505 + 0 NA intron (NR_109868, intron 4 of 11) L1MB8|LINE|L1 4896 NR_109872 102606466 Hs.602196 NR_109872 LOC102606466 - uncharacterized LOC102606466 ncRNA 0.750 nan 0.750 0.263 0.123 0.065 1.545 0.106 0.184 0.007 0.138 0.197 0.005 0.022 0.079 0.152 0.116 0.094 0.406 0.378 0.130 0.051 0.120 0.141 0.164 0.173 0.075 0.011 0.205 0.210 0.769 2.281 0.987 0.324 2.004 0.060 0.014 0.040 0.066 0.597 0.018 0.149 0.422 0.240 1.286 0.226 0.170 1.045 0.165 0.047 0.041 0.279 0.152 0.185 0.116 0.164 0.269 0.248 0.107 0.026 0.125 1.138 0.043 0.182 0.554 0.157 0.213 0.748 0.562 0.328 0.503 0.430 0.491 0.512 0.158 0.283 0.246 0.314 0.671 0.513 0.523 0.828 0.483 0.176 0.478 0.141 0.162 0.383 0.617 0.564 0.506 3401 chr14 23463851 23505692 + 0 NA Intergenic Intergenic -5361 NM_001282970 60686 Hs.255874 NM_021944 ENSG00000100802 C14orf93 RTFC chromosome 14 open reading frame 93 protein-coding nan 1.332 1.418 0.760 2.062 1.692 1.021 0.688 1.221 0.252 0.647 0.743 0.359 0.430 1.376 1.066 0.913 0.290 0.789 0.368 1.165 0.690 0.484 0.346 1.362 0.700 0.727 0.348 0.690 0.399 1.805 3.099 0.992 2.256 0.616 1.361 0.339 1.412 0.158 0.434 1.246 1.236 0.715 0.328 0.617 0.515 0.661 1.045 0.954 0.798 0.818 0.788 1.066 0.595 1.349 1.362 0.535 0.444 1.994 1.172 0.873 0.995 0.549 1.951 0.608 0.358 0.212 1.156 1.225 1.692 2.208 1.909 2.128 1.977 0.935 3.793 4.033 2.557 3.002 2.184 nan 7.695 7.277 1.218 1.527 1.536 1.755 2.374 4.412 1.921 0.975 8657 chr4 182773294 182784908 + 0 NA Intergenic Intergenic -27975 NR_147188 105377573 Hs.333288 NR_147188 ENSG00000251336 TEMN3-AS1 - TENM3 antisense transcript 1 ncRNA nan 0.637 nan 0.112 0.053 0.100 0.068 0.262 0.389 0.008 0.045 0.055 0.011 0.261 0.045 0.110 0.116 0.014 0.054 0.006 0.036 0.270 0.113 0.152 0.008 0.007 0.023 0.055 0.025 0.055 0.157 0.013 0.089 0.065 0.141 0.088 0.010 0.103 0.032 0.026 0.056 0.046 0.041 0.087 0.014 0.024 0.012 0.110 0.061 0.152 0.043 0.005 0.007 0.031 0.020 0.010 0.233 0.137 0.364 0.694 0.287 0.352 7.389 2.337 0.140 0.146 0.096 0.141 2.814 1.188 0.345 0.168 0.129 0.150 0.467 0.506 0.074 0.118 0.630 0.442 3139 chr13 42966706 42989100 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -21125 NR_135319 105370177 NR_135319 ENSG00000283554 LINC02341 - long intergenic non-protein coding RNA 2341 ncRNA 0.832 0.917 0.685 0.065 0.145 4.187 0.149 0.086 0.245 0.017 0.132 0.092 0.013 0.650 0.091 0.061 0.058 0.236 0.279 0.006 0.025 0.056 0.074 0.134 0.019 0.016 0.013 0.058 0.179 0.113 0.542 0.051 0.353 0.164 0.040 0.017 0.010 0.079 0.037 0.112 0.251 0.261 0.122 0.029 0.055 0.056 0.118 0.051 0.038 0.024 0.190 0.091 0.133 0.042 0.134 0.508 0.108 0.039 0.036 0.077 0.018 0.088 0.138 0.065 0.023 0.002 0.598 0.377 0.122 0.188 0.408 0.448 0.477 0.263 0.182 0.200 0.207 0.350 0.195 0.117 0.448 0.250 0.238 0.397 0.056 0.108 0.472 1.160 0.360 0.398 2538 chr12 23784011 23797604 + 0 NA intron (NM_001261415, intron 8 of 14) intron (NM_001261415, intron 8 of 14) -53261 NM_178010 6660 Hs.434948 NM_006940 ENSG00000134532 SOX5 L-SOX5|L-SOX5B|L-SOX5F|LAMSHF SRY-box 5 protein-coding nan nan nan 0.101 2.694 0.025 0.074 1.651 3.345 0.014 0.028 0.033 0.005 0.118 0.246 1.693 0.045 0.071 0.117 0.014 0.009 0.020 0.589 0.302 3.896 0.011 0.084 0.063 0.140 0.078 0.376 0.076 0.020 0.400 0.088 0.168 0.018 1.143 0.027 0.004 0.012 0.021 0.034 0.063 0.176 0.048 0.063 0.035 1.693 0.100 0.007 3.896 0.054 0.030 0.072 0.034 0.007 0.006 0.205 0.175 0.024 0.034 0.022 0.389 0.186 1.526 0.802 4.720 5.890 3.649 1.363 1.340 1.337 1.143 1.271 0.451 0.450 0.568 0.288 0.245 0.442 1.413 2.233 0.437 0.924 0.516 0.339 1364 chr10 17099191 17119656 + 0 NA intron (NM_001081, intron 21 of 66) L1ME4a|LINE|L1 62393 NM_001081 8029 Hs.166206 NM_001081 ENSG00000107611 CUBN IFCR|MGA1|gp280 cubilin protein-coding nan 0.679 0.527 1.202 0.111 0.022 1.551 0.094 0.195 0.019 1.382 2.933 0.134 0.010 0.030 0.063 3.742 0.496 0.853 0.687 0.275 0.724 0.054 0.101 0.058 1.181 0.649 0.050 1.542 0.934 0.106 0.093 0.146 0.159 0.847 0.148 0.005 0.026 0.072 1.123 0.015 0.441 0.392 0.172 1.194 0.387 0.141 2.066 0.077 0.483 0.029 0.075 0.063 0.480 0.761 0.058 0.101 0.060 0.415 0.030 1.552 0.051 0.054 2.657 0.615 0.465 0.373 0.228 0.500 1.776 0.182 0.251 0.203 0.130 0.165 0.138 1.227 1.701 0.188 0.245 0.152 0.111 0.129 0.130 0.050 0.076 0.090 0.188 0.123 0.222 7074 chr20 56702030 56718355 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 -15791 NM_178456 128602 Hs.43977 NM_178456 ENSG00000124237 C20orf85 LLC1|bA196N14.1 chromosome 20 open reading frame 85 protein-coding 1.040 3.084 0.613 1.655 0.055 0.064 0.866 0.256 0.519 0.064 0.076 0.594 0.056 0.049 0.043 0.117 0.190 0.109 0.059 0.074 0.065 0.385 0.396 0.175 0.074 0.071 0.041 0.018 0.063 0.434 2.042 5.219 3.674 0.312 2.467 0.115 0.509 0.053 0.127 4.143 0.005 1.286 0.155 0.114 0.033 0.174 3.578 3.600 0.111 1.469 0.024 0.310 0.117 0.074 0.023 0.074 0.932 0.147 0.232 0.371 0.074 0.362 0.104 0.160 4.889 4.452 5.117 0.858 nan 0.243 0.747 0.237 0.240 3.718 1.114 0.107 0.155 0.200 0.429 0.128 0.134 0.426 0.270 0.406 0.561 1.458 1.392 0.517 0.991 1.519 0.883 7866 chr3 138998576 139005198 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -49523 NR_027070 140464 Hs.721270 NR_027070 PISRT1 NCRNA00195 polled intersex syndrome regulated transcript 1 (non-protein coding RNA) ncRNA 2.484 nan nan 0.212 0.189 0.111 0.492 0.193 0.350 0.129 0.265 0.019 0.061 0.067 0.589 0.112 0.087 0.064 0.038 0.167 0.161 0.058 0.284 0.153 0.129 0.071 0.079 0.048 0.169 0.108 0.194 0.022 0.032 0.057 0.017 0.038 0.090 0.146 0.213 0.055 0.070 0.066 0.034 0.043 0.199 0.074 0.213 0.040 0.589 0.080 0.281 0.058 0.074 0.015 1.138 0.117 0.046 0.114 0.104 1.396 0.023 0.026 0.039 0.716 0.616 0.142 0.231 0.430 0.480 0.780 0.269 0.307 0.329 2.472 3.275 0.098 0.117 nan 10.360 0.281 0.340 0.166 0.297 1.408 1.408 0.641 0.637 11207 chr8 109983660 109991947 + 0 NA Intergenic Intergenic -111850 NM_003301 7201 Hs.3022 NM_003301 ENSG00000174417 TRHR TRH-R thyrotropin releasing hormone receptor protein-coding 0.996 nan nan 0.078 0.124 0.054 0.146 0.232 0.266 0.046 0.084 0.033 0.008 0.025 0.164 0.266 0.097 0.078 0.102 0.046 0.017 0.057 0.059 0.030 0.017 0.018 0.057 0.063 0.069 0.190 0.066 0.821 0.053 0.051 0.046 0.052 0.089 0.028 0.067 0.037 0.019 0.039 0.019 0.107 0.146 0.079 0.051 0.010 0.056 0.266 0.052 0.034 0.030 0.029 0.070 0.012 0.024 0.012 0.029 0.024 0.119 0.021 0.025 0.248 0.253 0.160 0.334 0.411 0.430 10.281 3.275 0.665 0.549 0.410 nan 0.608 nan nan 0.358 0.089 0.206 0.326 0.328 0.595 nan 0.391 0.464 8731 chr5 4625692 4641054 + 0 NA Intergenic Intergenic -140221 NR_104619 101929153 Hs.385526 NR_104619 ENSG00000249521 LINC02114 - long intergenic non-protein coding RNA 2114 ncRNA 0.484 0.978 0.976 0.061 0.200 0.011 0.133 2.157 4.326 0.025 0.128 0.024 0.017 0.954 1.176 0.469 0.118 0.147 0.227 0.037 0.016 0.003 0.306 0.214 0.133 0.009 0.024 0.024 0.168 0.021 0.211 0.399 0.149 3.584 0.038 0.123 0.019 0.056 0.147 0.050 0.144 0.096 0.012 0.020 0.065 0.069 0.137 0.039 0.031 0.569 0.057 0.469 0.111 0.012 0.133 0.048 0.106 0.056 0.023 0.541 0.051 4.452 0.056 0.010 0.015 0.010 1.439 2.473 0.798 nan 0.767 0.851 2.916 0.688 0.077 0.057 0.196 0.321 nan 0.607 nan 0.635 3.481 4.111 0.065 0.106 0.178 0.250 0.288 nan 7378 chr22 30161909 30184246 + 0 NA Intergenic Intergenic 9719 NM_001003684 29796 Hs.284292 NM_013387 ENSG00000184076 UQCR10 HSPC051|HSPC119|HSPC151|QCR9|UCCR7.2|UCRC ubiquinol-cytochrome c reductase, complex III subunit X protein-coding nan 0.739 1.441 3.264 0.519 0.587 1.772 0.417 0.988 0.790 0.623 0.757 0.248 0.237 0.529 1.285 0.468 0.158 1.825 0.874 0.703 0.205 0.218 0.180 0.587 0.543 0.478 0.243 1.365 1.055 0.979 nan 0.807 1.551 0.602 0.587 0.178 0.504 0.092 0.318 0.181 0.723 0.425 0.310 0.996 0.818 2.243 0.981 0.590 0.537 0.628 0.921 1.285 1.349 0.635 0.587 0.356 0.634 0.318 0.793 0.498 2.022 0.172 0.426 0.545 0.387 0.242 0.997 0.896 1.073 nan 1.066 1.093 1.222 0.558 1.882 2.095 1.578 nan 1.202 1.727 1.570 1.309 0.589 0.931 0.862 1.215 0.961 nan 1.833 1.125 978 chr1 190418048 190449870 + 0 NA intron (NM_199051, intron 1 of 7) intron (NM_199051, intron 1 of 7) 11181 NM_001317188 339479 Hs.65765 NM_199051 ENSG00000162670 BRINP3 DBCCR1L|DBCCR1L1|FAM5C BMP/retinoic acid inducible neural specific 3 protein-coding 0.797 nan 0.823 0.084 0.132 0.056 0.168 0.121 0.170 0.006 0.130 0.785 0.018 0.063 0.097 0.225 0.119 0.091 0.149 0.090 0.025 0.117 0.178 0.206 0.083 0.059 0.021 0.097 0.078 0.017 0.129 0.283 0.055 1.239 0.055 0.255 0.072 0.082 0.104 0.019 0.075 0.026 0.013 0.014 0.051 0.024 0.067 0.072 0.120 0.022 0.055 0.188 0.225 0.078 0.020 0.083 0.077 0.075 0.080 0.265 0.189 0.017 0.044 0.039 0.007 0.024 0.010 0.638 0.445 2.800 3.335 0.466 0.558 0.639 0.215 2.173 2.324 0.874 nan 0.434 0.475 0.754 0.456 0.095 0.177 0.291 0.250 0.459 0.777 0.340 0.356 4774 chr17 40061434 40077041 + 0 NA intron (NM_001096, intron 2 of 28) L3|LINE|CR1 6035 NM_198830 47 Hs.387567 NM_001096 ENSG00000131473 ACLY ACL|ATPCL|CLATP ATP citrate lyase protein-coding 2.316 1.315 nan 1.922 0.535 2.404 1.357 0.653 1.364 0.500 2.039 0.534 0.352 0.480 1.612 1.962 1.002 0.270 1.700 0.875 1.488 0.482 0.825 0.478 1.128 0.605 0.638 0.928 0.873 0.743 0.545 nan 0.917 2.982 0.477 1.314 0.451 0.931 0.097 1.505 0.569 1.865 0.839 0.464 1.079 1.034 0.925 1.848 4.671 0.957 1.167 0.887 1.962 1.655 0.933 1.128 0.502 0.716 0.522 2.053 0.592 1.327 0.507 1.657 1.033 0.952 0.455 1.516 1.715 1.230 2.111 1.928 nan 1.970 0.809 2.843 2.800 1.488 1.933 1.872 nan 3.996 4.528 0.684 1.405 1.425 1.281 2.622 3.765 1.155 0.671 3752 chr14 89762720 89773481 + 0 NA intron (NM_001085471, intron 3 of 6) AluSg4|SINE|Alu 115354 NM_005197 1112 Hs.434286 NM_005197 ENSG00000053254 FOXN3 C14orf116|CHES1|PRO1635 forkhead box N3 protein-coding 1.847 2.482 nan 0.037 3.215 5.191 0.621 0.439 0.979 0.018 0.359 0.367 0.048 0.429 2.991 1.107 1.688 0.179 0.294 0.089 0.073 0.013 1.730 0.577 2.941 1.340 1.023 0.048 0.635 0.375 0.563 1.711 1.711 8.259 0.381 0.066 0.142 0.090 0.142 0.531 0.148 0.222 0.253 0.153 0.143 0.738 0.048 0.334 0.091 0.316 0.045 0.162 1.107 0.426 1.612 2.941 0.115 0.062 0.022 0.059 0.969 0.815 0.073 0.093 1.339 1.434 2.964 0.280 0.193 0.704 0.548 5.346 4.193 1.616 1.951 0.421 0.459 1.425 1.994 5.289 11.284 0.766 0.420 0.120 0.198 0.475 0.553 0.295 0.454 nan 2.571 2144 chr11 83384082 83394651 + 0 NA intron (NM_001364, intron 13 of 22) intron (NM_001364, intron 13 of 22) 4102 NM_001142702 1740 Hs.367656 NM_001364 ENSG00000150672 DLG2 PPP1R58|PSD-93|PSD93|chapsyn-110 discs large MAGUK scaffold protein 2 protein-coding 1.011 0.754 0.676 0.034 0.231 0.027 0.027 0.942 1.910 0.009 0.081 0.033 0.018 0.057 4.129 1.562 0.085 0.046 0.063 0.036 0.018 0.013 0.667 0.456 0.045 0.046 0.014 0.028 0.080 0.010 0.091 0.101 0.041 2.944 0.041 4.938 1.371 0.052 0.140 0.270 0.148 0.046 0.030 0.052 0.052 0.117 0.340 0.015 0.027 0.022 0.175 1.562 0.047 0.035 0.045 0.128 0.078 0.083 0.033 0.068 0.052 5.428 0.036 0.007 0.005 0.010 0.885 1.006 5.329 3.074 5.633 5.034 0.318 0.113 1.276 1.066 1.306 1.444 0.607 0.837 0.816 0.743 4.769 7.115 5.032 4.838 0.204 0.663 2.612 1.535 10421 chr7 73645896 73651006 + 0 NA intron (NM_181471, intron 10 of 10) L1ME1|LINE|L1 20337 NM_001278791 5982 Hs.647062 NM_002914 ENSG00000049541 RFC2 RFC40 replication factor C subunit 2 protein-coding nan 0.519 0.687 0.125 0.136 0.110 0.115 0.117 0.297 0.000 0.117 0.278 0.138 0.191 0.118 0.300 0.221 0.117 0.037 0.100 0.032 0.122 0.163 0.070 0.067 0.071 0.161 0.079 0.020 0.080 0.152 0.206 0.280 0.145 0.019 0.168 0.210 0.142 0.194 0.070 0.015 0.022 0.124 0.075 0.278 0.112 0.306 0.047 0.052 0.118 0.147 0.142 0.070 0.074 0.050 0.057 0.040 0.047 0.231 0.096 0.120 0.026 0.040 0.547 0.624 8.633 6.173 0.283 0.511 0.496 0.224 0.263 0.187 0.220 nan 0.292 nan 0.318 0.162 0.447 0.501 0.121 0.178 0.202 0.341 0.539 0.310 378 chr1 52340336 52346325 + 0 NA intron (NM_001101662, intron 1 of 30) intron (NM_001101662, intron 1 of 30) 382 NM_001242361 4898 Hs.584782 NM_002525 ENSG00000078618 NRDC NRD1|hNRD1|hNRD2 nardilysin convertase protein-coding 5.913 3.232 4.152 3.024 3.684 2.690 3.671 2.119 4.144 1.385 4.874 3.426 2.040 1.687 2.199 2.914 3.251 0.191 4.146 1.644 3.714 1.736 3.170 1.459 2.187 1.767 1.986 1.898 2.288 1.037 2.846 nan 2.590 7.040 1.415 6.091 0.334 3.767 0.150 0.908 1.733 4.633 3.308 1.545 2.432 1.778 3.625 3.939 3.181 3.138 1.500 2.288 2.914 5.827 3.451 2.187 1.659 3.270 1.447 3.770 1.914 1.577 1.292 1.922 1.689 1.774 1.316 5.372 4.354 5.861 8.691 8.927 8.292 7.691 5.111 13.453 14.518 5.035 5.918 7.495 12.589 5.722 5.862 3.459 4.879 2.878 3.645 8.906 7.241 3.592 2.315 889 chr1 174836623 174852311 + 0 NA promoter-TSS (NM_001035230) promoter-TSS (NM_001035230) -189 NM_001035230 9910 Hs.585378 NM_014857 ENSG00000152061 RABGAP1L HHL|TBC1D18 RAB GTPase activating protein 1 like protein-coding nan nan nan 4.415 1.832 0.127 0.178 1.151 1.939 0.159 0.080 0.287 1.735 0.154 2.352 0.510 0.211 0.288 0.956 0.229 0.016 0.035 1.983 1.024 2.717 0.131 0.073 0.051 0.205 0.167 0.380 0.624 1.745 3.594 0.643 0.096 0.348 0.076 0.121 0.045 0.473 0.141 0.012 0.035 0.215 0.453 2.314 0.093 0.106 0.032 0.036 0.114 0.510 1.027 0.058 2.717 0.320 0.074 0.037 0.026 0.227 0.045 2.961 0.204 0.029 0.015 0.016 1.352 1.293 8.069 11.610 nan 1.704 7.764 3.876 3.562 3.609 0.718 0.914 2.566 3.893 0.351 0.225 2.113 4.250 2.142 1.800 0.390 nan 2.130 1.253 4926 chr17 63874889 63902709 + 0 NA intron (NM_001353129, intron 20 of 26) intron (NM_001353129, intron 20 of 26) -66138 NR_126542 201134 Hs.408676 NM_145036 ENSG00000154240 CEP112 CCDC46|MACOCO centrosomal protein 112 protein-coding 0.797 nan 0.637 0.057 0.269 0.014 0.090 0.226 0.558 0.007 0.133 0.094 0.007 0.555 0.079 0.488 0.296 0.125 0.102 0.048 0.020 4.996 1.752 1.000 0.354 0.037 0.013 0.029 0.081 0.041 0.116 0.248 0.149 1.018 0.058 0.084 0.433 0.090 0.130 0.013 0.020 0.063 0.007 0.006 0.181 0.061 0.107 0.083 0.091 0.056 0.032 0.067 0.488 0.063 0.020 0.354 0.048 0.054 0.021 0.027 0.233 0.068 0.039 0.049 0.025 0.021 0.026 0.426 0.218 0.178 0.246 0.396 0.450 4.399 1.812 0.237 0.236 0.142 nan 1.212 1.558 0.445 0.182 0.151 0.155 2.707 2.816 0.131 0.203 1.088 0.691 3390 chr14 22756326 22766384 + 0 NA Intergenic Intergenic 140390 NR_148363 105370401 Hs.435144 NR_148361 LOC105370401 - uncharacterized LOC105370401 ncRNA nan 0.757 0.618 1.329 0.108 0.033 3.756 0.111 0.130 0.190 0.123 0.243 0.264 0.061 0.064 0.194 0.146 1.961 0.966 0.151 0.042 0.109 0.114 0.048 0.338 0.167 0.022 4.772 2.885 1.013 1.734 2.044 0.204 2.477 0.106 0.029 0.032 0.155 0.117 0.079 0.094 0.060 0.086 3.352 1.366 0.560 0.110 0.097 0.035 0.371 1.579 0.064 1.580 0.203 0.048 0.502 1.132 0.048 0.064 0.010 2.066 0.029 0.012 1.520 0.029 0.015 0.175 0.101 0.207 0.888 0.204 0.296 0.110 0.047 0.103 0.131 0.536 0.649 0.222 nan 0.428 0.180 0.112 0.173 0.084 0.090 0.118 0.188 0.145 0.297 5135 chr18 7915125 7928230 + 0 NA intron (NM_001105244, intron 4 of 32) AluY|SINE|Alu 354363 NM_001105244 5797 Hs.49774 NM_002845 ENSG00000173482 PTPRM PTPRL1|R-PTP-MU|RPTPM|RPTPU|hR-PTPu protein tyrosine phosphatase, receptor type M protein-coding 0.790 0.775 1.332 0.629 0.077 0.038 1.084 0.159 0.302 1.455 0.182 0.547 0.019 1.112 0.061 0.176 0.067 0.049 1.215 0.896 4.880 0.021 0.276 0.242 0.211 1.244 0.949 0.045 1.345 1.610 0.447 1.248 0.422 nan 0.973 6.398 0.044 0.028 0.094 0.505 0.060 1.812 0.953 0.418 0.416 0.283 2.310 0.523 3.068 0.036 4.252 5.948 0.176 0.453 0.025 0.211 2.176 3.047 0.205 0.257 0.295 1.383 0.045 0.381 0.904 0.009 0.004 0.600 0.460 1.838 0.942 0.526 0.502 nan 2.034 0.311 0.326 0.100 nan 1.140 0.821 nan 0.645 0.259 0.187 0.863 0.592 0.458 nan nan 0.878 6121 chr2 53808941 53815354 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -182773 NM_001346127 494143 Hs.585944 NM_001008708 ENSG00000143942 CHAC2 GCG1 ChaC cation transport regulator homolog 2 protein-coding 7.755 nan 7.422 0.057 0.231 0.060 0.226 1.025 2.220 0.030 0.465 0.043 0.117 0.094 0.171 0.413 0.642 0.251 0.215 0.060 0.019 0.162 0.141 0.265 0.290 0.067 0.035 0.150 0.164 0.389 0.933 0.884 0.421 0.091 0.119 17.497 0.102 0.081 0.018 0.063 1.144 0.107 0.055 0.478 0.061 0.199 0.127 0.423 0.052 0.161 0.413 0.255 0.015 0.265 0.171 0.842 0.079 0.117 1.773 0.123 0.108 0.249 0.024 0.027 0.016 0.330 0.251 0.224 0.278 0.411 0.467 4.819 2.581 9.374 9.984 0.456 0.807 4.821 6.500 0.524 0.282 0.333 0.564 37.890 41.824 0.455 0.915 0.472 0.351 11068 chr8 77909692 77914614 + 0 NA intron (NM_000318, intron 1 of 3) CpG 371 NM_001079867 5828 Hs.437966 NM_000318 ENSG00000164751 PEX2 PAF1|PBD5A|PBD5B|PMP3|PMP35|PXMP3|RNF72|ZWS3 peroxisomal biogenesis factor 2 protein-coding 5.054 2.572 4.667 2.008 4.893 2.098 3.778 2.348 4.438 1.147 3.324 1.885 2.694 1.577 3.164 2.568 5.318 0.330 3.550 1.888 2.997 2.988 1.461 0.837 5.053 2.788 3.066 1.769 5.825 2.010 3.105 4.284 3.803 6.380 1.576 1.910 1.429 4.102 0.102 1.544 1.225 2.952 4.153 1.943 2.110 1.433 2.334 3.226 2.646 5.581 2.152 3.285 2.568 4.738 4.117 5.053 1.388 2.500 0.295 1.230 3.172 2.549 1.753 0.817 1.377 1.767 1.116 2.561 3.849 6.891 9.467 9.304 8.280 6.677 4.147 23.560 23.512 4.029 5.033 5.722 10.281 4.370 4.297 2.987 6.405 6.038 5.399 4.797 5.664 3.063 1.583 10583 chr7 105982764 105989483 + 0 NA Intergenic Charlie6|DNA|hAT-Charlie -60485 NM_005746 10135 Hs.489615 NM_005746 ENSG00000105835 NAMPT 1110035O14Rik|PBEF|PBEF1|VF|VISFATIN nicotinamide phosphoribosyltransferase protein-coding nan 0.652 0.730 0.966 0.079 0.033 2.855 0.120 0.272 0.029 1.730 1.383 0.009 0.044 0.053 0.170 0.574 0.158 1.842 0.662 0.111 0.021 0.116 0.160 0.036 3.029 2.880 0.044 5.017 2.239 8.604 7.423 12.037 0.272 1.134 1.963 0.029 0.096 0.166 4.600 0.048 1.192 1.660 0.706 3.127 0.742 1.738 5.164 0.194 0.074 0.397 3.191 0.170 1.334 0.150 0.036 2.633 0.281 0.029 0.199 0.044 1.392 0.030 0.935 2.614 2.805 0.422 0.168 0.172 0.333 0.357 0.377 0.211 0.116 0.173 0.093 0.276 0.379 0.161 0.172 0.380 0.325 0.188 0.246 0.107 0.167 0.198 nan 0.467 0.635 3972 chr15 58614549 58629046 + 0 NA Intergenic L1MA5|LINE|L1 -102378 NM_000236 3990 Hs.654472 NM_000236 ENSG00000166035 LIPC HDLCQ12|HL|HTGL|LIPH lipase C, hepatic type protein-coding 1.154 2.823 1.911 0.584 0.865 1.328 0.992 1.362 2.401 1.173 0.811 1.810 1.263 0.857 0.474 0.874 2.414 0.122 1.426 0.775 0.166 0.019 0.592 0.232 1.520 1.799 1.831 0.050 1.376 1.277 4.866 7.916 3.725 1.924 1.279 0.892 0.461 0.038 0.076 0.538 0.072 0.541 0.150 0.135 1.866 1.859 1.831 4.163 2.932 0.392 0.820 2.149 0.874 1.643 1.741 1.520 0.666 5.531 0.141 0.092 0.113 0.895 0.171 0.513 0.673 0.282 0.379 0.652 0.979 0.815 2.771 0.663 0.673 0.509 0.246 0.324 0.352 0.700 0.997 2.322 3.773 2.575 2.542 0.212 0.465 1.771 2.265 0.750 1.085 0.563 0.501 684 chr1 150119099 150126805 + 0 NA 5' UTR (NM_001304723, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_001304723, exon 1 of 5) 176 NM_001304723 51177 Hs.438824 NM_016274 ENSG00000023902 PLEKHO1 CKIP-1|CKIP1|JBP|OC120 pleckstrin homology domain containing O1 protein-coding nan nan 2.164 0.654 2.081 1.822 0.600 2.224 3.554 0.112 0.797 1.529 0.048 0.146 5.214 4.406 1.914 0.327 0.973 0.291 0.016 1.724 2.188 1.240 5.346 1.490 0.907 0.856 0.398 0.536 1.834 4.043 0.457 9.135 0.223 0.474 0.666 2.167 0.136 0.408 1.924 0.117 0.359 0.244 0.182 0.099 0.125 1.469 1.680 1.443 8.120 0.734 4.406 0.984 0.214 5.346 0.284 0.420 1.335 2.525 3.718 0.584 2.660 1.973 0.285 0.568 0.309 3.795 4.258 4.494 6.326 10.831 nan 3.824 1.385 4.270 3.828 3.961 5.112 3.432 6.382 3.005 3.057 4.038 9.851 2.669 1.820 4.271 3.236 2.312 1.241 9624 chr6 38133044 38167157 + 0 NA intron (NM_152733, intron 9 of 9) intron (NM_152733, intron 9 of 9) -299272 NR_144472 101929425 Hs.665280 NR_144472 ENSG00000226533 BTBD9-AS1 - BTBD9 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.260 nan 0.064 0.256 0.606 0.330 0.572 1.011 0.008 0.094 0.082 0.022 0.121 1.043 2.019 0.114 0.075 0.162 0.022 0.032 0.020 0.309 0.308 3.518 0.112 0.040 0.035 0.071 0.025 0.100 0.301 0.092 0.873 0.030 0.050 0.573 0.098 0.118 0.024 0.215 0.139 0.044 0.025 0.022 0.043 0.087 0.234 0.069 0.116 0.034 0.063 2.019 0.146 0.068 3.518 0.033 0.046 0.137 0.120 0.078 0.081 0.218 0.423 0.014 0.020 0.015 0.592 0.607 0.328 nan nan 3.932 4.609 1.270 0.386 0.400 0.432 0.779 0.665 1.130 0.463 0.346 0.339 0.516 1.168 0.979 0.480 0.983 1.169 0.877 6041 chr2 41941875 41956883 + 0 NA Intergenic A-rich|Low_complexity|Low_complexity -155316 NR_033996 388942 Hs.631883 NR_033996 ENSG00000214691 LINC01913 - long intergenic non-protein coding RNA 1913 ncRNA 1.032 nan 0.972 0.228 0.498 0.118 0.302 1.270 2.209 0.038 0.146 0.068 0.012 0.033 3.521 0.766 0.392 0.150 0.198 0.071 0.046 0.046 0.302 0.349 1.037 0.221 0.111 0.083 0.063 0.021 0.182 nan 0.181 2.975 0.087 0.079 0.451 0.051 0.144 0.024 0.048 0.200 0.093 0.057 0.087 0.166 0.186 0.960 0.401 0.170 0.126 0.067 0.766 0.076 0.018 1.037 0.057 0.073 0.154 0.284 0.041 0.086 0.492 0.055 0.031 0.034 0.315 0.254 0.319 0.420 nan 0.968 3.949 1.414 0.283 0.277 0.182 0.374 0.876 1.077 0.410 0.197 0.168 0.336 1.346 1.300 0.576 nan nan 1.169 7168 chr21 31088730 31099565 + 0 NA intron (NM_000830, intron 1 of 16) intron (NM_000830, intron 1 of 16) -26347 NR_027021 642976 Hs.473554 NR_027021 GRIK1-AS1 C21orf9|GRIK1-AS|GRIK1AS|NCRNA00110 GRIK1 antisense RNA 1 ncRNA 0.872 0.679 0.925 0.044 0.331 0.015 0.046 0.532 1.318 0.009 0.036 0.052 0.017 1.387 0.050 0.131 0.083 0.029 0.058 0.024 0.013 0.361 0.099 0.276 0.018 0.013 0.014 0.149 0.010 0.052 0.120 0.062 0.569 0.008 0.036 0.027 0.005 0.097 0.011 0.044 0.081 0.017 0.021 0.215 0.007 0.072 0.159 0.023 0.047 0.036 0.061 0.131 0.039 0.051 0.276 0.295 0.053 0.018 0.016 5.021 0.051 0.009 0.091 0.049 0.021 0.009 0.444 0.219 0.225 0.260 0.141 0.240 0.183 0.070 0.241 0.234 0.208 0.357 0.172 0.202 0.534 0.160 0.141 0.202 0.221 0.127 0.356 0.937 nan 1.753 8223 chr4 1752472 1797835 + 0 NA Intergenic Intergenic -19886 NM_000142 2261 Hs.1420 NM_000142 ENSG00000068078 FGFR3 ACH|CD333|CEK2|HSFGFR3EX|JTK4 fibroblast growth factor receptor 3 protein-coding 1.085 0.445 nan 0.535 0.403 0.380 0.194 0.247 0.398 0.032 0.151 0.091 0.297 0.099 0.256 0.341 0.059 0.063 0.491 0.096 0.046 0.061 0.159 0.138 0.483 0.093 0.050 0.283 0.142 0.075 1.436 4.103 2.391 0.642 0.125 0.369 0.033 0.323 0.055 0.029 0.321 0.314 0.174 0.127 0.043 0.178 0.387 0.185 1.327 0.437 0.097 0.279 0.341 1.161 0.169 0.483 0.143 0.783 0.390 0.666 0.116 0.286 0.666 0.134 0.037 0.029 0.018 1.140 2.656 0.583 0.921 1.031 0.877 nan 0.241 0.792 0.757 0.142 0.301 0.570 1.089 1.090 0.999 0.994 1.326 0.119 0.118 0.412 0.508 nan 0.421 1924 chr11 45906524 45923146 + 0 NA intron (NM_005456, intron 1 of 11) intron (NM_005456, intron 1 of 11) 7788 NM_005456 9479 Hs.234249 NM_005456 ENSG00000121653 MAPK8IP1 IB1|JIP-1|JIP1|PRKM8IP mitogen-activated protein kinase 8 interacting protein 1 protein-coding nan 2.599 0.891 0.161 1.570 1.172 0.116 0.801 1.698 0.092 0.380 0.193 0.246 0.743 3.513 3.274 0.139 0.005 0.323 0.128 0.136 0.316 1.594 0.772 2.835 0.142 0.096 0.563 0.225 0.057 0.795 1.480 0.213 2.921 0.132 0.118 0.541 0.668 0.083 0.135 0.688 0.388 0.167 0.188 0.046 0.122 0.255 0.175 0.359 0.646 0.119 0.044 3.274 0.708 0.273 2.835 0.015 0.124 0.819 0.451 1.930 0.132 0.464 0.273 0.242 0.052 0.061 2.158 3.601 0.593 0.839 4.760 4.938 3.458 1.713 0.436 0.432 2.100 2.755 1.160 1.767 1.675 1.990 1.043 1.713 2.092 1.427 1.301 nan 2.023 1.131 5032 chr17 76163975 76173435 + 0 NA 3' UTR (NM_004710, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_004710, exon 4 of 4) 4079 NM_001320523 9144 Hs.464210 NM_004710 ENSG00000108639 SYNGR2 - synaptogyrin 2 protein-coding 2.021 3.737 5.071 1.218 1.699 0.708 1.680 0.627 1.248 0.213 0.969 0.281 0.570 1.644 1.171 1.217 1.069 0.084 3.236 0.901 1.030 0.504 1.294 0.616 1.662 1.165 1.056 1.184 1.417 0.294 5.088 9.862 4.437 3.715 1.060 0.920 0.080 1.292 0.087 0.449 0.380 1.958 0.867 0.394 1.923 0.585 0.415 0.206 3.462 2.288 0.637 1.616 1.217 3.442 0.703 1.662 0.740 1.539 0.350 2.749 2.995 0.407 0.252 0.484 0.254 0.268 0.188 2.433 3.467 1.310 2.288 2.301 2.228 2.252 0.635 3.463 3.597 nan 2.807 3.692 4.563 3.529 3.768 0.973 1.402 0.681 0.562 1.038 1.363 nan 1.220 3042 chr12 127965346 127984434 + 0 NA Intergenic Intergenic 146122 NR_120451 101927637 Hs.170413 NR_120451 ENSG00000256022 LINC02411 - long intergenic non-protein coding RNA 2411 ncRNA 0.551 0.527 0.466 0.112 0.941 0.044 0.617 0.186 0.467 0.010 0.050 0.126 0.006 4.107 0.085 0.322 0.047 0.067 0.022 0.026 0.312 0.249 0.726 0.169 0.065 0.019 0.053 0.039 0.084 0.196 0.063 0.293 0.084 0.050 0.029 0.034 0.081 0.408 0.029 0.101 0.016 0.012 0.057 0.020 0.071 0.220 0.200 0.299 0.359 0.049 0.322 0.015 0.015 0.726 0.039 0.030 0.005 0.036 0.366 0.033 0.290 0.026 0.056 0.012 0.008 0.376 0.304 0.158 0.250 0.769 0.910 nan 0.440 1.299 1.362 0.394 0.582 4.272 4.404 0.230 0.133 0.338 0.220 0.111 0.211 0.117 0.147 1.273 0.863 5689 chr19 41902068 41905393 + 0 NA promoter-TSS (NM_001164783) promoter-TSS (NM_001164783) 36 NM_001164783 593 Hs.433307 NM_000709 ENSG00000248098 BCKDHA BCKDE1A|MSU|MSUD1|OVD1A branched chain keto acid dehydrogenase E1, alpha polypeptide protein-coding 5.203 2.657 4.535 4.077 5.882 3.627 2.801 1.965 4.770 1.854 4.428 4.294 0.950 1.536 7.356 3.917 3.488 0.053 3.882 2.224 1.468 1.501 1.831 0.922 3.027 3.700 3.537 2.237 3.143 1.193 3.463 nan 3.235 5.384 1.098 1.784 0.975 3.325 0.194 2.055 1.259 4.468 1.911 1.314 3.570 1.345 3.095 3.088 5.425 6.422 2.380 2.264 3.917 4.687 1.422 3.027 1.988 2.862 1.428 2.707 1.720 2.521 3.912 3.923 2.106 1.611 1.682 7.446 7.034 6.399 9.344 7.258 10.283 9.460 6.902 17.828 20.195 5.769 7.134 9.117 12.870 17.682 16.904 9.898 12.358 5.540 7.729 10.430 9.421 5.709 3.963 1214 chr1 234804051 234812956 + 0 NA Intergenic Intergenic 26468 NR_125944 101927787 Hs.520658 NR_125944 ENSG00000228044 LOC101927787 - uncharacterized LOC101927787 ncRNA 1.924 1.874 1.597 0.476 1.985 0.270 0.431 1.142 2.608 0.065 0.445 0.446 0.021 2.194 1.791 0.467 0.279 0.036 0.313 0.148 0.106 0.108 1.585 0.453 2.282 0.361 0.106 0.090 0.130 0.467 0.718 3.266 1.363 4.589 0.327 0.307 0.158 0.063 0.133 0.106 0.223 0.259 0.088 0.052 0.850 0.061 0.261 0.179 0.466 0.474 0.345 1.414 0.467 0.064 0.326 2.282 0.138 0.249 0.044 0.384 0.800 0.273 0.133 4.913 0.068 0.031 0.040 0.705 1.075 0.501 0.936 1.662 2.300 nan 0.702 0.411 0.437 0.912 1.207 nan 3.387 2.038 2.022 0.321 0.394 0.965 0.955 2.385 7.437 nan 1.349 10712 chr7 140766752 140776911 + 0 NA Intergenic Intergenic -2201 NM_001195278 100507421 Hs.283851 NM_001195278 ENSG00000261115 TMEM178B - transmembrane protein 178B protein-coding 3.996 1.403 1.022 0.099 2.981 3.850 0.087 1.321 2.624 0.527 0.178 0.064 0.036 1.026 7.429 2.765 0.105 0.016 0.198 0.019 0.446 0.422 1.708 0.888 6.603 0.299 0.211 0.666 0.079 0.020 0.617 0.870 0.155 14.820 0.062 0.266 0.533 1.661 0.162 0.093 1.742 3.071 0.410 0.245 0.021 0.129 0.028 0.157 0.489 0.391 0.116 0.097 2.765 0.169 0.027 6.603 0.165 1.424 1.357 0.757 1.903 0.031 2.208 0.049 0.030 0.028 0.010 3.531 4.972 0.192 0.382 6.394 5.418 5.781 1.916 4.805 4.632 1.930 2.525 2.995 5.136 2.914 3.448 2.771 6.026 2.838 2.148 0.244 0.387 2.242 nan 5510 chr19 5860933 5885117 + 0 NA Intergenic AluSg7|SINE|Alu -2474 NM_002034 2527 Hs.631843 NM_002034 ENSG00000130383 FUT5 FUC-TV fucosyltransferase 5 protein-coding 1.618 1.352 1.401 0.060 0.205 0.073 0.377 0.246 0.409 0.012 0.119 0.137 0.015 0.116 0.121 0.370 0.071 0.166 0.268 0.172 0.023 0.040 0.201 0.139 0.173 0.263 0.092 0.123 0.166 0.175 0.571 2.315 0.320 0.585 0.266 0.092 1.720 0.050 0.091 0.044 0.033 0.095 0.037 0.010 0.161 0.189 0.164 0.217 0.424 0.129 0.314 0.291 0.370 0.663 0.080 0.173 0.021 0.099 0.964 0.188 0.331 1.145 0.057 0.087 0.035 0.026 0.019 0.286 0.356 0.241 0.480 0.527 0.701 1.245 0.313 0.427 0.492 0.306 0.582 0.844 nan 1.455 1.047 0.302 0.353 3.696 4.698 0.332 0.483 1.297 0.819 1660 chr10 115802153 115813038 + 0 NA TTS (NM_000684) TTS (NM_000684) 3789 NM_000684 153 Hs.99913 NM_000684 ENSG00000043591 ADRB1 ADRB1R|B1AR|BETA1AR|RHR adrenoceptor beta 1 protein-coding 0.504 nan 0.525 0.152 0.178 0.057 0.602 0.308 0.473 0.298 0.072 0.039 3.583 0.599 0.260 0.106 0.599 0.193 0.303 0.139 0.035 0.025 1.142 0.441 0.066 0.598 0.495 0.841 1.194 0.098 1.097 1.875 0.662 2.011 0.309 0.228 0.070 0.120 0.094 0.054 0.639 0.263 0.419 0.298 0.321 0.098 0.097 0.138 0.411 0.615 0.044 0.245 0.106 0.405 4.557 0.066 0.155 0.113 0.017 0.637 0.028 0.224 0.526 0.091 0.021 0.042 0.018 0.385 0.363 1.918 1.972 0.172 0.106 3.630 1.548 1.506 1.240 0.163 0.213 1.040 2.053 0.255 0.258 0.704 1.278 0.880 0.783 0.091 0.210 0.812 0.530 7082 chr20 58394378 58425539 + 0 NA intron (NM_001281507, intron 8 of 12) MER30|DNA|hAT-Charlie 98760 NM_014258 10388 Hs.202676 NM_014258 ENSG00000196074 SYCP2 SCP-2|SCP2 synaptonemal complex protein 2 protein-coding 1.358 2.292 0.750 1.915 0.802 0.458 0.334 0.251 0.492 0.018 0.137 0.030 0.016 0.785 2.077 0.189 0.137 0.067 0.413 0.098 0.030 0.009 0.173 0.154 2.295 0.040 0.026 0.030 0.741 1.129 6.718 5.392 2.432 0.528 0.220 0.045 0.009 0.091 0.087 0.034 0.036 0.121 0.062 0.035 1.096 0.549 0.587 0.152 0.076 0.064 0.028 0.094 0.189 0.298 0.027 2.295 0.345 0.095 0.236 0.099 0.101 0.040 0.077 0.067 0.037 0.015 0.006 0.648 nan 0.124 0.202 1.757 1.901 1.458 0.410 0.358 0.393 0.603 1.050 3.290 3.693 0.643 0.478 0.400 0.481 0.073 0.088 0.134 0.192 0.787 0.740 9339 chr5 172157981 172169231 + 0 NA Intergenic Intergenic -18900 NM_001287812 101928093 Hs.646902 NM_001287812 LOC101928093 - uncharacterized LOC101928093 protein-coding 0.779 0.570 0.771 1.037 0.125 0.030 1.554 0.072 0.152 1.392 0.249 0.212 0.453 0.152 0.125 0.161 1.618 0.204 1.211 0.904 0.129 0.086 0.069 0.118 0.194 1.728 1.471 0.237 0.459 1.582 0.172 1.193 0.176 0.363 0.207 0.139 0.025 0.184 0.074 0.303 0.029 0.974 0.298 0.207 1.606 0.264 0.778 7.600 0.452 1.107 0.529 0.540 0.161 1.793 0.365 0.194 0.774 0.550 0.077 0.224 0.421 0.346 0.035 0.032 0.476 2.078 1.302 0.222 0.272 0.392 nan 0.359 0.367 0.448 0.152 0.231 0.213 0.281 nan 0.259 0.350 0.579 0.439 0.193 0.125 0.078 0.203 0.186 0.258 0.368 0.354 6177 chr2 69868323 69873121 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320698) promoter-TSS (NM_001320698) -215 NM_001320698 307 Hs.422986 NM_001153 ENSG00000196975 ANXA4 ANX4|HEL-S-274|P32.5|PAP-II|PIG28|PP4-X|ZAP36 annexin A4 protein-coding 4.010 2.282 nan 3.337 3.110 2.136 5.360 2.114 3.578 3.148 4.202 3.219 0.893 1.270 5.196 2.941 2.935 0.337 4.861 1.448 2.925 2.268 1.113 0.588 4.221 3.844 4.294 2.501 4.881 1.387 4.550 7.322 4.665 11.302 1.942 3.114 0.318 4.517 0.093 3.297 1.426 5.956 3.471 1.778 2.722 2.494 4.570 6.145 4.207 6.398 5.978 2.750 2.941 5.795 4.210 4.221 1.121 2.936 0.470 6.629 1.467 3.467 2.151 1.398 3.200 3.396 1.688 3.093 3.881 4.223 6.307 7.250 5.880 6.645 3.172 5.278 5.550 4.468 5.507 4.930 6.761 4.574 4.913 2.384 4.637 2.739 2.659 3.287 4.865 2.215 1.040 3887 chr15 31548453 31575133 + 0 NA Intergenic Intergenic -38739 NM_001243538 283710 Hs.591097 NM_001243538 LOC283710 - uncharacterized LOC283710 protein-coding 1.200 nan nan 0.062 0.805 1.340 0.218 0.505 0.906 0.015 0.170 0.135 0.019 0.485 0.648 0.471 0.134 0.102 0.063 0.007 0.038 0.057 1.452 0.752 1.860 0.316 0.166 0.030 0.038 0.099 0.261 2.258 0.086 3.118 0.033 0.089 1.047 0.036 0.070 0.009 0.679 0.031 0.072 0.038 0.119 0.151 0.043 0.176 1.009 0.064 0.062 0.795 0.471 0.053 0.065 1.860 0.397 0.162 0.963 0.122 1.303 0.054 0.549 0.845 0.085 0.022 0.009 1.885 2.758 0.525 1.000 3.140 4.021 1.249 0.378 0.240 0.258 0.392 0.603 1.473 1.549 5.184 5.456 0.799 0.951 2.337 1.997 0.824 1.903 0.551 0.379 9154 chr5 124222766 124275545 + 0 NA Intergenic LTR1|LTR|ERV1 -123369 NR_109882 101927421 Hs.121305 NR_109882 LOC101927421 - uncharacterized LOC101927421 ncRNA nan 1.194 0.762 0.148 0.193 0.140 0.244 0.264 0.688 0.067 0.162 0.902 0.015 0.304 0.252 0.320 0.474 0.113 0.239 0.186 0.022 0.042 0.461 0.268 0.261 0.360 0.131 0.021 0.091 0.095 0.188 1.224 0.494 1.149 0.142 0.109 0.842 3.588 0.215 0.096 0.213 0.163 0.036 0.033 0.246 0.091 0.082 0.161 0.226 0.167 0.095 0.272 0.320 0.088 0.028 0.261 0.113 0.129 0.075 0.074 0.103 0.139 0.212 0.250 0.183 0.027 0.012 0.268 0.292 0.733 nan 0.313 0.371 1.461 0.866 0.331 0.321 0.996 1.206 0.387 0.345 0.490 0.255 0.127 0.227 2.233 3.092 0.311 0.965 0.563 0.349 5875 chr2 6896662 6913974 + 0 NA intron (NR_038369, intron 1 of 5) intron (NR_038369, intron 1 of 5) 5124 NR_038369 400941 Hs.446195 NM_001001695 ENSG00000205837 LINC00487 - long intergenic non-protein coding RNA 487 ncRNA 0.650 0.530 0.845 0.068 0.365 0.103 0.070 0.237 0.482 0.011 0.072 0.040 0.007 0.035 0.257 0.272 0.077 0.074 0.051 0.011 0.004 0.024 0.224 0.164 0.331 0.004 0.017 0.006 0.070 0.012 0.748 2.819 0.091 1.506 0.203 0.057 0.038 0.038 0.106 0.021 0.228 0.123 0.021 0.014 0.037 0.066 0.066 0.072 0.057 0.025 0.077 0.066 0.272 0.043 0.037 0.331 0.007 0.048 0.286 0.070 0.211 0.032 0.034 0.163 0.066 0.053 0.029 0.758 1.023 0.811 1.474 0.778 0.603 4.432 1.647 0.064 0.067 2.048 2.633 1.480 1.717 1.170 1.185 0.114 0.144 0.178 0.116 0.368 0.616 0.374 0.423 11312 chr8 133530255 133535211 + 0 NA Intergenic MER74A|LTR|ERVL -39729 NM_004519 3786 Hs.374023 NM_004519 ENSG00000184156 KCNQ3 BFNC2|EBN2|KV7.3 potassium voltage-gated channel subfamily Q member 3 protein-coding nan 0.507 0.670 1.811 0.165 0.011 0.144 0.162 0.243 0.020 0.048 0.075 0.037 0.080 0.005 0.104 0.123 0.098 0.121 0.115 0.051 0.096 0.080 0.024 0.802 0.276 0.015 0.149 0.048 0.099 0.081 0.584 0.029 0.087 0.056 0.022 0.040 0.049 0.059 0.049 0.048 1.358 7.891 0.119 0.283 0.197 0.029 0.053 0.104 0.072 0.037 0.024 0.034 0.038 0.047 0.101 0.031 0.141 0.101 0.031 0.035 0.020 0.473 0.223 3.678 1.123 0.276 0.460 0.126 0.065 nan 0.957 0.110 0.226 0.921 1.065 0.305 0.148 0.288 0.387 0.070 0.123 0.264 0.390 0.154 0.358 5146 chr18 9014476 9030524 + 0 NA Intergenic MLT1H|LTR|ERVL-MaLR -80128 NM_021074 4729 Hs.464572 NM_021074 ENSG00000178127 NDUFV2 CI-24k NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit V2 protein-coding 0.981 1.066 0.822 0.988 0.462 0.034 1.729 0.120 0.218 0.965 0.990 1.450 0.058 0.081 0.137 0.364 1.082 0.181 2.427 1.333 1.578 0.029 0.083 0.162 0.867 0.735 0.225 0.099 0.170 0.240 1.251 0.115 nan 2.022 1.750 0.047 0.093 0.134 0.088 0.118 3.625 1.767 0.759 0.034 0.117 0.993 5.297 0.563 2.967 0.925 1.158 0.364 3.538 2.252 0.162 0.472 0.607 0.277 2.481 0.158 1.440 0.031 0.306 1.007 1.306 1.414 0.383 0.252 0.265 0.415 0.447 0.521 nan 0.183 0.485 0.566 0.439 nan 0.442 0.574 nan 0.484 0.104 0.183 0.188 0.346 0.610 nan nan 0.672 992 chr1 197236692 197257631 + 0 NA intron (NM_201253, intron 1 of 11) MLT1I|LTR|ERVL-MaLR 9827 NR_047564 23418 Hs.126135 NM_012076 ENSG00000134376 CRB1 LCA8|RP12 crumbs 1, cell polarity complex component protein-coding 1.156 nan 1.362 0.110 0.412 0.026 0.064 0.708 1.444 0.009 0.127 0.057 0.052 0.354 0.381 0.199 0.153 0.065 0.045 0.039 0.013 1.415 0.847 0.276 0.036 0.007 0.045 0.120 0.055 0.124 0.074 0.080 0.892 0.047 0.090 0.344 0.088 0.130 0.017 0.046 0.018 0.017 0.011 0.094 0.022 0.107 0.084 0.054 0.061 0.790 0.102 0.381 0.021 0.033 0.276 0.100 0.020 0.018 0.028 0.355 0.008 0.468 0.797 0.018 0.019 0.015 0.428 0.431 0.348 0.513 1.715 1.678 0.190 0.098 0.362 0.406 1.812 nan 0.501 0.592 1.104 0.810 0.247 0.517 2.897 3.474 1.904 3.605 1.332 0.930 9447 chr6 13722819 13727904 + 0 NA Intergenic Intergenic -13565 NM_005493 10048 Hs.708182 NM_005493 ENSG00000010017 RANBP9 BPM-L|BPM90|RANBPM|RanBP7 RAN binding protein 9 protein-coding 1.105 nan 0.803 0.548 0.137 0.013 3.617 0.094 0.291 0.624 0.463 0.201 0.049 0.040 0.142 0.075 0.135 0.285 3.075 0.967 0.560 0.184 0.113 0.226 1.514 1.159 0.029 2.637 2.771 3.781 6.952 7.144 0.135 1.951 0.074 0.019 0.084 0.118 0.851 0.157 1.364 0.276 0.154 1.862 1.464 4.483 0.117 0.192 0.198 0.094 2.128 0.075 7.196 0.331 0.226 1.833 3.854 0.019 0.125 0.031 0.423 0.097 0.099 0.553 0.102 0.060 0.348 0.258 0.315 0.981 0.326 0.360 0.397 0.277 0.199 0.325 0.277 0.537 0.294 0.345 0.309 0.157 0.156 0.323 0.123 0.131 0.326 0.847 0.363 0.393 9355 chr5 175222886 175225945 + 0 NA intron (NM_006650, intron 1 of 4) CpG 805 NM_006650 10814 Hs.193235 NM_006650 ENSG00000145920 CPLX2 921-L|CPX-2|CPX2|Hfb1 complexin 2 protein-coding 5.428 4.691 0.829 0.094 1.838 4.269 0.047 2.502 3.702 0.104 0.061 4.148 10.430 3.926 0.097 0.068 0.021 4.200 2.101 10.199 0.138 0.071 0.049 0.122 0.117 0.132 0.071 24.073 0.047 1.583 4.243 0.042 0.039 6.437 0.031 0.138 0.051 0.107 0.125 0.031 0.268 0.506 0.023 0.051 0.132 3.926 0.140 0.044 10.199 0.135 2.323 0.113 6.466 0.107 2.115 1.246 0.024 0.019 0.049 1.608 5.026 0.121 nan 13.042 10.403 8.421 3.348 0.030 0.094 7.062 9.030 7.775 11.746 10.976 13.277 2.250 5.233 11.421 10.095 5.508 5.945 1.992 1.058 10476 chr7 83152427 83160658 + 0 NA intron (NM_012431, intron 1 of 16) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 114205 NM_001178129 9723 Hs.528721 NM_012431 ENSG00000170381 SEMA3E M-SEMAH|M-SemaK|SEMAH|coll-5 semaphorin 3E protein-coding 0.848 0.636 0.815 2.072 0.096 0.041 0.680 0.087 0.267 0.759 0.093 0.486 3.666 0.061 0.125 0.255 0.198 0.059 0.347 0.184 0.061 0.025 0.116 0.121 0.043 0.084 0.018 1.016 1.840 0.371 0.098 0.187 0.507 0.335 0.249 0.138 0.092 0.145 0.210 0.057 0.142 0.435 0.303 0.345 0.132 0.164 0.094 0.055 0.227 0.048 0.113 0.255 0.319 0.104 0.043 0.044 0.050 0.012 0.073 0.062 0.226 0.046 0.104 0.147 0.061 0.340 0.293 0.225 1.071 0.231 0.416 0.289 0.096 0.280 0.242 0.389 0.600 0.236 0.224 0.271 0.107 0.163 0.214 0.196 0.281 0.235 nan 0.391 0.409 9783 chr6 80504257 80525930 + 0 NA intron (NR_131786, intron 4 of 4) MER103C|DNA|hAT-Charlie 6870 NR_131786 89758 Hs.288213 NM_001243308 LINC01621 C6orf7 long intergenic non-protein coding RNA 1621 ncRNA 1.320 0.926 nan 0.063 0.762 4.478 0.026 0.407 1.005 0.009 0.092 0.050 0.023 0.038 5.147 3.981 0.137 0.185 0.088 0.035 0.006 1.204 0.730 4.539 0.009 0.010 0.016 0.057 0.005 0.097 0.162 0.072 1.414 0.047 0.058 1.249 0.086 0.132 0.011 0.390 0.077 0.018 0.004 0.055 0.040 0.058 0.060 0.031 0.079 0.011 0.040 3.981 0.049 0.039 4.539 0.011 0.030 0.054 0.024 0.103 0.011 0.046 0.115 0.007 0.032 0.005 0.428 0.318 0.248 0.388 3.874 4.713 4.291 1.922 0.295 0.259 0.361 0.559 0.536 0.531 0.889 0.762 0.142 0.242 3.471 3.470 0.592 1.458 1.916 0.982 1954 chr11 58903325 58918074 + 0 NA promoter-TSS (NR_110184) promoter-TSS (NR_110184) -418 NR_110184 101927204 Hs.659259 NR_110184 ENSG00000245571 FAM111A-DT - FAM111A divergent transcript ncRNA 0.875 1.713 1.442 2.019 1.699 2.205 1.232 1.112 2.164 0.849 1.425 0.450 1.269 0.679 1.172 0.157 1.580 0.087 1.095 0.426 0.902 0.498 0.997 0.414 0.480 0.814 0.777 0.607 1.217 0.744 1.007 2.410 1.401 5.424 0.642 0.813 0.386 2.125 0.112 0.424 0.037 2.522 2.215 0.946 1.068 0.810 1.061 2.459 0.753 1.014 0.762 0.696 0.157 1.183 1.355 0.480 0.340 0.573 0.039 0.728 0.048 0.544 0.094 0.068 1.621 0.734 0.530 0.534 0.353 6.770 7.033 3.131 2.980 2.084 0.583 4.608 4.694 0.288 0.383 1.705 2.314 0.421 0.139 0.419 0.462 1.677 2.336 0.113 0.257 0.825 0.727 9343 chr5 172737281 172768349 + 0 NA intron (NM_003714, intron 2 of 3) intron (NM_003714, intron 2 of 3) 3691 NM_003714 8614 Hs.233160 NM_003714 ENSG00000113739 STC2 STC-2|STCRP stanniocalcin 2 protein-coding 1.066 1.666 0.787 0.338 1.032 0.876 2.566 0.236 0.532 0.495 2.202 1.167 0.215 0.126 0.808 0.579 1.119 0.140 1.089 0.355 1.218 0.263 0.425 0.194 0.543 2.155 2.184 0.238 0.119 1.165 2.845 4.600 0.591 3.651 0.845 1.168 0.701 1.180 0.120 0.998 0.896 0.902 0.247 0.176 1.346 0.642 1.667 5.730 0.411 0.605 1.093 1.469 0.579 0.799 2.330 0.543 1.008 0.190 0.209 0.943 0.714 0.899 0.504 0.098 1.450 0.465 0.261 0.694 0.921 0.699 nan 1.377 1.299 1.022 0.359 1.392 1.431 0.427 nan 1.762 2.166 1.471 2.425 0.657 1.392 2.444 2.222 0.173 0.372 0.376 0.313 2843 chr12 88205500 88222771 + 0 NA Intergenic Intergenic -35647 NR_033410 400058 Hs.572212 NR_033410 MKRN9P MKRN5|MKRN9|MKRNP6|RNF65|ZNF127L3 makorin ring finger protein 9, pseudogene pseudo 0.630 0.873 0.573 0.695 0.164 0.028 0.302 0.065 0.326 0.571 0.216 0.839 0.022 0.058 0.098 0.186 0.647 0.223 0.239 0.131 5.561 0.109 0.152 0.097 0.739 0.207 1.468 0.354 0.422 0.144 0.467 0.082 0.383 0.456 0.472 0.044 0.145 0.101 0.206 0.041 0.283 0.172 0.192 0.678 0.258 0.117 0.232 0.453 0.098 0.036 0.382 0.186 0.291 0.662 0.097 1.086 0.371 0.028 0.467 0.072 0.549 0.035 0.028 0.048 0.096 0.057 0.261 0.218 0.398 1.114 0.234 0.391 0.810 0.263 0.270 0.220 0.963 1.431 0.354 0.401 0.331 0.142 0.101 0.135 0.281 0.298 0.154 0.168 0.628 0.715 7127 chr21 11143080 11152672 + 0 NA Intergenic Intergenic -48939 NM_001187 574 Hs.545789 NM_001187 BAGE BAGE1|CT2.1 B melanoma antigen protein-coding 2.427 1.772 nan 0.138 0.686 0.216 0.155 0.652 0.925 0.069 0.545 0.116 0.103 0.893 2.429 0.471 0.275 0.398 0.132 0.032 0.143 0.101 0.254 0.369 0.897 0.014 0.045 0.069 0.511 0.044 0.946 0.566 0.377 1.017 3.051 0.231 0.050 0.124 0.374 0.037 0.139 0.316 0.107 0.057 0.171 0.184 0.262 0.250 0.178 0.165 0.189 0.160 0.471 0.148 0.102 0.897 0.064 0.501 0.041 0.043 0.127 0.100 0.184 0.258 0.174 0.108 0.090 1.090 0.683 1.607 2.822 0.773 1.027 0.816 0.310 0.612 0.457 0.727 1.303 8.694 6.434 1.594 0.460 0.439 0.633 0.201 0.352 0.436 0.725 2.869 2.127 9573 chr6 33171556 33177676 + 0 NA promoter-TSS (NR_029633) promoter-TSS (NR_029633) -996 NR_029633 407002 NR_029633 ENSG00000199036 MIR219A1 MIR219-1|MIRN219-1|MRI219-1|hsa-mir-219a-1|mir-219|mir-219a-1 microRNA 219a-1 ncRNA nan 2.635 nan 4.362 2.518 2.070 5.581 1.021 2.670 0.587 5.801 2.486 0.792 2.042 2.437 9.503 2.120 0.316 3.890 1.642 6.379 2.535 1.558 0.659 5.443 1.589 1.511 1.273 1.962 1.222 3.870 5.494 3.373 5.491 3.416 1.303 0.671 3.248 0.132 1.268 2.807 3.570 2.717 1.401 1.242 1.707 1.811 2.266 2.087 5.543 3.043 2.252 9.503 7.803 2.584 5.443 1.830 1.520 1.302 5.554 2.840 2.218 1.303 1.394 2.462 5.053 2.636 3.071 5.006 3.993 nan nan 4.186 4.122 1.539 6.904 7.650 2.542 3.411 4.573 6.208 4.456 4.640 1.519 2.970 3.328 3.107 2.443 4.147 2.759 1.270 3391 chr14 22894690 22906201 + 0 NA intron (NR_148363, intron 1 of 2) intron (NR_148363, intron 1 of 2) 1300 NR_148363 105370401 Hs.435144 NR_148361 LOC105370401 - uncharacterized LOC105370401 ncRNA nan 0.940 2.145 0.155 0.103 0.058 1.897 0.125 0.173 0.058 0.597 0.737 0.090 0.008 0.067 0.286 1.659 0.335 1.205 0.987 0.066 0.054 0.077 0.044 1.139 0.510 0.006 0.308 0.193 1.852 9.180 1.612 0.321 0.635 1.422 0.298 0.057 0.112 0.215 0.157 0.074 0.063 0.034 0.874 0.119 0.620 0.855 0.438 0.037 1.021 3.432 0.286 0.255 0.796 0.044 1.559 0.201 1.337 0.086 0.079 0.303 0.034 0.052 1.972 0.080 0.031 0.205 0.131 0.206 0.633 0.143 0.308 0.130 0.100 0.133 0.099 2.641 3.702 0.147 nan 1.022 0.696 0.118 0.132 0.660 1.014 0.134 0.344 0.222 0.398 5418 chr18 68396499 68402960 + 0 NA Intergenic Intergenic -81636 NM_001278515 220158 Hs.448217 NM_178506 GTSCR1 - Gilles de la Tourette syndrome chromosome region, candidate 1 protein-coding 0.618 0.759 0.592 0.034 0.506 0.017 0.028 0.434 0.884 0.015 0.084 0.019 0.015 0.055 0.476 0.073 0.048 0.020 0.043 1.189 0.598 2.323 0.024 0.022 0.041 0.017 0.034 0.008 0.031 0.341 0.022 0.049 0.323 0.033 0.077 0.025 0.028 0.012 0.017 0.023 0.100 0.031 0.011 0.024 0.010 0.476 0.011 2.323 0.058 0.009 0.032 0.012 0.015 0.113 0.036 0.008 0.342 0.385 0.346 0.377 2.044 1.874 7.527 5.612 0.413 nan 0.069 nan 0.722 0.628 0.262 0.092 0.061 0.215 3.000 4.193 0.047 0.163 7.224 3.837 2973 chr12 116298328 116336195 + 0 NA Intergenic Intergenic 269198 NR_030351 693205 NR_030351 ENSG00000207967 MIR620 MIRN620|hsa-mir-620 microRNA 620 ncRNA nan nan 1.204 0.088 2.328 7.530 0.204 0.212 0.414 0.043 0.082 0.041 0.110 0.034 0.632 0.184 0.063 0.059 0.062 0.020 0.022 0.018 0.070 0.110 1.688 0.007 0.023 0.016 0.099 0.167 0.378 1.728 0.815 4.539 0.236 0.059 0.033 0.031 0.112 0.006 0.343 0.073 0.019 0.010 0.029 0.548 0.221 0.194 0.318 0.022 0.032 1.629 0.184 0.051 0.022 1.688 0.206 0.826 0.008 0.072 0.048 0.037 0.086 0.170 0.004 0.026 0.008 0.268 0.117 0.182 0.375 nan nan nan 0.053 2.087 2.213 0.185 0.294 nan nan 0.331 0.182 0.168 0.340 0.074 0.104 0.512 1.156 nan 0.509 2999 chr12 120515057 120525886 + 0 NA intron (NM_207311, intron 7 of 8) AluJb|SINE|Alu 34172 NM_001167606 11021 Hs.524788 NM_006861 ENSG00000111737 RAB35 H-ray|RAB1C|RAY RAB35, member RAS oncogene family protein-coding 1.001 0.807 0.966 0.431 0.405 0.616 1.179 0.324 0.683 0.168 0.460 0.409 0.252 0.127 0.686 0.412 0.278 0.106 0.226 0.369 0.786 0.256 0.304 0.295 0.608 0.606 0.395 0.452 0.319 0.152 0.192 0.567 0.261 1.006 0.178 1.702 0.124 0.631 0.118 0.116 0.103 0.425 0.263 0.165 0.290 0.086 1.393 0.361 1.502 0.545 0.559 1.764 0.412 0.467 0.876 0.608 0.930 3.909 0.217 0.809 0.486 0.154 0.469 0.272 0.084 0.253 0.101 1.127 1.139 0.947 1.356 1.112 1.176 nan 0.486 1.406 1.262 0.723 1.149 1.873 2.723 0.605 0.415 0.630 0.926 0.498 0.907 1.127 1.027 1.052 0.643 4602 chr17 14635110 14652742 + 0 NA Intergenic Intergenic -274196 NR_135638 101928475 Hs.638944 NR_135638 ENSG00000232058 LOC101928475 - uncharacterized LOC101928475 ncRNA 0.590 0.406 0.496 0.217 0.020 0.003 0.459 0.206 0.302 0.513 0.114 0.228 0.010 0.044 0.050 0.059 0.068 0.055 0.044 0.011 0.969 0.008 0.044 0.084 0.034 0.356 0.233 0.040 0.018 0.271 0.863 3.449 0.161 0.005 1.316 0.005 0.012 0.073 0.087 0.068 3.975 0.219 0.098 1.331 0.252 0.144 0.079 1.417 0.032 0.671 1.231 0.059 0.044 0.083 0.034 0.635 0.884 0.005 0.300 0.031 0.355 0.017 0.047 0.260 0.078 0.043 0.409 0.409 0.480 nan 0.176 0.247 0.099 0.082 0.155 0.138 0.067 0.141 0.137 0.197 nan 0.118 0.131 0.142 0.044 0.060 0.153 0.250 0.066 0.159 9295 chr5 157025644 157036443 + 0 NA Intergenic Intergenic -28212 NM_033274 8728 Hs.483944 NM_023038 ENSG00000135074 ADAM19 FKSG34|MADDAM|MLTNB ADAM metallopeptidase domain 19 protein-coding 0.703 nan 0.549 3.569 0.082 0.027 4.444 0.119 0.286 0.065 0.596 1.174 0.017 0.019 0.155 0.080 0.117 0.122 2.419 1.499 0.368 0.115 0.114 0.134 0.698 0.294 0.057 0.057 4.487 1.685 2.135 0.665 0.311 2.662 0.738 0.018 0.060 0.142 5.020 0.142 3.444 1.527 0.848 2.591 0.220 1.407 5.477 0.143 0.851 0.080 0.535 0.080 0.797 2.528 0.134 1.052 0.154 0.061 0.070 0.075 1.612 0.027 0.045 4.084 4.704 5.499 0.238 0.165 0.202 0.337 0.268 0.339 0.104 0.027 0.081 0.138 0.225 0.379 0.107 0.115 0.488 0.195 0.185 0.216 0.089 0.128 0.207 0.379 0.460 0.411 11309 chr8 133327265 133336697 + 0 NA intron (NM_004519, intron 1 of 14) intron (NM_004519, intron 1 of 14) 127528 NM_001204824 3786 Hs.374023 NM_004519 ENSG00000184156 KCNQ3 BFNC2|EBN2|KV7.3 potassium voltage-gated channel subfamily Q member 3 protein-coding nan 0.504 0.705 0.703 0.141 0.042 4.454 0.017 0.336 0.041 0.136 0.019 0.026 0.032 0.066 0.080 0.158 0.153 2.644 1.647 0.034 0.044 0.016 0.017 0.051 4.604 4.020 0.008 4.410 2.962 1.228 4.353 3.347 0.573 1.318 0.040 0.031 0.011 0.051 1.526 0.090 0.242 1.248 0.752 5.502 7.936 0.805 0.571 0.224 0.045 0.025 0.303 0.080 1.506 1.019 0.051 0.026 0.096 0.041 0.031 0.022 0.419 0.042 0.130 0.185 0.024 0.048 0.271 0.142 0.334 0.628 0.340 0.340 0.181 0.077 nan 1.102 0.190 0.194 2.298 3.199 0.265 0.205 0.159 0.240 0.119 0.103 0.271 0.632 0.205 0.363 8447 chr4 81174476 81190151 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -5429 NM_033143 2250 Hs.37055 NM_004464 ENSG00000138675 FGF5 HBGF-5|Smag-82|TCMGLY fibroblast growth factor 5 protein-coding 1.039 0.557 0.734 0.220 0.141 0.036 0.395 2.048 3.914 0.137 0.475 0.040 0.026 0.125 0.547 1.060 0.113 0.284 0.242 0.016 0.009 1.501 0.711 0.618 0.089 0.055 0.024 0.261 0.450 0.123 0.294 0.065 0.442 0.207 0.068 0.340 0.104 0.071 0.254 0.914 1.284 0.224 0.155 0.129 0.040 0.079 0.961 0.094 1.338 0.283 0.022 0.547 0.187 0.029 0.618 0.117 0.058 0.068 1.125 0.195 0.051 0.025 0.134 0.306 0.004 0.010 0.237 0.120 0.401 0.810 0.834 0.910 3.717 2.101 0.409 0.347 0.439 nan 0.270 0.301 0.567 0.576 0.060 0.110 2.125 1.939 0.391 nan 2.515 1.434 11733 chr9 116325006 116346499 + 0 NA intron (NM_001351526, intron 2 of 8) intron (NM_001351526, intron 2 of 8) -7405 NM_001282922 5998 Hs.494875 NM_017790 ENSG00000138835 RGS3 C2PA|RGP3 regulator of G protein signaling 3 protein-coding 0.952 1.481 nan 1.668 0.732 1.963 6.663 0.529 1.072 1.155 0.638 2.316 0.012 0.065 0.522 0.570 0.722 0.105 2.848 1.615 0.203 0.026 0.330 0.170 0.556 2.622 2.395 0.203 2.349 0.990 3.182 nan 3.441 2.269 2.536 0.153 0.067 0.060 0.058 1.602 0.190 3.210 0.436 0.247 1.339 1.604 1.722 4.426 0.344 0.715 0.168 2.009 0.570 2.582 1.514 0.556 0.673 1.205 0.312 0.476 2.194 1.953 0.452 0.098 1.770 1.696 1.370 1.235 1.751 1.186 1.904 0.762 0.738 0.440 0.154 1.705 1.834 0.164 0.306 1.665 nan 0.964 0.885 1.009 1.436 0.346 0.493 0.344 0.507 nan 0.973 3158 chr13 50644722 50659506 + 0 NA intron (NR_152566, intron 1 of 13) intron (NR_152566, intron 1 of 13) 4063 NR_152571 8847 Hs.547964 NR_002612 ENSG00000231607 DLEU2 ALT1|BCMSUN|DLB2|LEU2|LINC00022|MIR15AHG|NCRNA00022|RFP2|RFP2OS|TRIM13OS deleted in lymphocytic leukemia 2 (non-protein coding) ncRNA 3.465 nan nan 2.222 1.932 2.083 1.063 0.705 1.632 0.518 2.420 0.895 1.282 0.886 2.714 0.909 2.834 0.239 2.047 0.901 1.080 1.309 1.200 0.773 2.789 1.053 1.100 0.453 0.792 0.796 2.187 4.144 1.045 3.484 0.811 1.608 0.632 1.513 0.103 1.000 1.190 4.046 1.756 0.750 1.115 0.453 2.080 2.078 1.116 1.053 0.994 1.241 0.909 1.653 2.958 2.789 1.132 0.553 0.704 1.386 0.777 1.103 1.715 2.019 2.864 1.139 0.651 4.427 3.763 1.968 3.055 6.721 6.518 nan 2.372 5.676 5.843 2.788 3.512 2.355 4.051 8.085 6.985 2.786 4.893 3.038 3.358 7.661 nan 0.730 0.301 11881 chr9_gl000201_random 28329 35740 + 0 NA NA L2c|LINE|L2 NA NA 0.452 0.511 1.347 0.029 3.302 4.810 0.009 1.310 2.659 0.073 0.037 0.093 1.787 2.272 0.019 0.067 0.025 0.038 1.588 0.860 7.728 0.056 0.019 0.020 0.046 0.032 0.193 2.284 0.020 0.043 0.760 0.043 0.017 0.203 0.130 0.024 0.021 0.021 0.111 0.044 0.019 0.011 0.045 2.272 0.038 0.037 7.728 0.082 0.033 0.287 0.031 3.012 0.022 0.613 0.016 0.026 0.023 0.373 0.695 0.094 0.112 9.035 9.574 nan 0.484 0.049 0.045 0.061 0.077 4.279 3.766 0.651 0.483 0.428 0.614 1.532 1.261 0.267 0.373 0.972 0.589 9452 chr6 15087090 15092240 + 0 NA Intergenic Intergenic -156541 NM_004973 3720 Hs.269059 NM_004973 ENSG00000008083 JARID2 JMJ jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 protein-coding 1.956 nan 2.867 0.098 0.441 3.752 0.138 0.341 0.660 0.204 0.068 0.179 0.109 0.077 4.088 0.435 0.160 0.156 0.082 0.184 0.107 0.027 0.091 0.142 0.812 0.243 0.086 0.014 0.079 0.061 0.481 1.733 0.536 0.274 0.141 0.053 0.517 0.022 0.083 0.028 6.029 0.140 0.105 0.061 0.022 0.059 1.571 0.077 0.111 0.051 0.061 0.985 0.435 0.259 0.126 0.812 0.030 1.674 0.076 0.079 0.059 0.067 0.172 0.311 0.015 0.011 0.029 0.506 0.268 0.287 0.693 0.879 0.917 1.364 0.393 0.363 0.355 0.699 1.027 8.047 7.129 0.719 0.539 0.174 0.568 2.722 2.292 0.599 1.996 1.523 1.004 9774 chr6 76551613 76568276 + 0 NA intron (NM_004999, intron 11 of 34) intron (NM_004999, intron 11 of 34) 101035 NM_004999 4646 Hs.149387 NM_004999 ENSG00000196586 MYO6 DFNA22|DFNB37|Myo6-007|Myo6-008 myosin VI protein-coding nan nan 0.807 0.436 0.158 0.040 0.910 0.142 0.138 0.006 0.117 0.127 1.846 0.018 0.140 0.171 0.185 0.111 0.450 0.137 0.023 0.017 0.131 0.092 0.093 0.166 0.091 0.003 0.195 0.418 0.414 1.366 0.622 0.450 0.403 0.075 0.046 0.063 0.149 0.134 0.163 0.077 0.217 0.137 0.669 0.247 0.529 0.077 0.161 0.081 0.024 0.741 0.171 0.099 0.111 0.093 0.176 0.508 0.029 0.064 0.049 0.071 0.062 0.086 0.106 0.021 0.016 0.368 0.322 0.353 0.715 0.317 0.327 0.453 0.185 0.285 0.289 0.107 0.193 0.384 0.388 0.480 0.148 0.128 0.256 0.123 0.188 0.257 0.628 0.273 0.272 7990 chr3 170071831 170083324 + 0 NA 5' UTR (NM_001145098, exon 2 of 8) 5' UTR (NM_001145098, exon 2 of 8) 166 NM_001248008 6498 Hs.536655 NM_005414 ENSG00000136603 SKIL SNO|SnoA|SnoI|SnoN SKI like proto-oncogene protein-coding 5.054 2.839 2.804 6.959 2.484 2.455 2.345 1.119 2.522 1.258 1.829 1.846 4.478 1.104 0.997 1.964 1.651 0.169 1.916 0.592 4.435 2.110 1.911 1.076 2.646 1.665 1.731 1.872 2.825 1.106 2.303 3.169 6.275 2.556 0.674 1.231 0.903 3.536 0.139 0.546 1.934 3.484 3.898 1.490 0.841 0.868 3.292 2.617 4.941 3.645 2.079 2.750 1.964 2.664 1.630 2.646 0.862 3.574 0.660 1.476 1.396 0.789 1.197 2.189 1.097 1.153 0.846 1.563 2.614 2.125 3.090 3.299 3.094 4.894 1.519 4.412 4.491 2.594 3.685 3.988 4.877 6.120 6.483 1.293 2.702 2.815 2.322 3.911 5.720 1.391 0.771 8388 chr4 56242720 56252807 + 0 NA intron (NR_037969, intron 1 of 3) MER45R|DNA|hAT-Tip100 3984 NR_037969 100506462 Hs.718667 NR_037969 ENSG00000249700 SRD5A3-AS1 - SRD5A3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.585 0.606 0.204 0.262 0.084 0.435 0.063 0.287 0.558 0.195 0.492 2.694 0.029 0.124 0.166 0.236 0.096 0.290 0.019 0.027 0.014 0.046 0.099 0.153 0.195 0.063 0.051 0.277 0.237 0.152 0.638 0.590 0.283 0.231 0.183 0.010 0.089 0.079 0.062 0.086 0.283 0.067 0.054 0.281 0.153 0.657 0.208 0.226 0.057 0.140 0.972 0.166 0.212 0.146 0.153 0.218 1.482 0.019 0.317 0.076 0.164 0.114 0.135 0.136 0.006 0.015 0.557 0.386 0.339 0.796 0.312 0.379 0.356 0.214 0.392 0.278 0.482 0.665 0.453 0.482 0.356 0.196 0.252 0.290 0.071 0.085 0.262 0.685 1.283 1.390 2767 chr12 67661389 67666266 + 0 NA intron (NM_001329676, intron 1 of 15) CpG 766 NM_018448 55832 Hs.546407 NM_018448 ENSG00000111530 CAND1 TIP120|TIP120A cullin associated and neddylation dissociated 1 protein-coding 6.735 4.295 5.040 6.351 6.136 3.285 1.992 4.599 9.102 1.492 3.695 2.140 2.491 1.591 7.051 8.298 3.284 0.132 3.815 1.093 3.552 2.047 4.198 2.395 6.300 2.364 3.578 2.022 4.427 1.321 4.866 6.815 3.770 14.496 2.391 3.817 1.854 3.471 0.119 1.612 2.838 5.023 4.081 1.845 2.491 2.154 4.250 4.871 4.924 5.144 2.534 3.441 8.298 3.632 3.828 6.300 1.704 3.239 2.304 4.992 3.119 1.919 2.561 2.250 1.809 2.734 2.005 7.168 7.285 8.984 13.163 20.093 nan 11.063 6.708 17.809 18.742 9.799 11.216 12.761 18.800 13.113 14.032 7.046 10.419 6.522 7.108 9.746 7.021 6.282 2.791 5685 chr19 41722111 41740508 + 0 NA intron (NM_001699, intron 4 of 18) intron (NM_001699, intron 4 of 18) -1351 NM_001278599 558 Hs.590970 NM_001699 ENSG00000167601 AXL ARK|JTK11|Tyro7|UFO AXL receptor tyrosine kinase protein-coding 0.622 0.580 0.529 5.558 0.067 0.045 4.255 0.122 0.220 0.784 4.735 3.856 0.077 0.065 0.058 0.146 1.054 0.335 3.299 1.333 4.480 0.128 0.052 0.077 0.052 3.379 4.057 3.041 3.468 1.883 0.548 nan 0.686 0.235 1.209 0.927 0.010 2.247 0.134 2.849 0.026 9.304 6.427 2.164 1.750 1.345 1.283 6.269 4.541 11.853 0.317 0.458 0.146 4.769 1.781 0.052 0.606 0.239 0.026 3.348 0.011 1.290 0.032 0.020 3.062 5.698 4.004 0.185 0.195 0.192 0.433 0.220 0.306 0.229 0.082 0.309 0.290 0.184 0.304 0.182 0.197 0.411 0.113 0.143 0.252 0.082 0.096 0.175 0.283 0.357 0.454 6769 chr2 241365586 241383882 + 0 NA promoter-TSS (NM_002081) promoter-TSS (NM_002081) -381 NM_002081 2817 Hs.328232 NM_002081 ENSG00000063660 GPC1 glypican glypican 1 protein-coding 1.187 nan 1.595 1.148 0.471 3.464 1.660 0.237 0.568 0.344 2.295 1.342 0.064 0.105 0.716 0.734 0.256 0.080 0.641 0.334 0.280 0.272 0.147 0.136 1.021 1.821 2.528 0.637 1.830 0.457 1.302 2.763 0.636 1.967 0.224 3.139 0.073 0.587 0.094 0.135 0.139 0.317 0.425 0.298 0.358 0.251 1.904 0.338 2.105 0.623 0.302 1.895 0.734 1.148 0.288 1.021 1.049 0.366 0.340 1.660 0.648 0.807 0.147 0.095 0.781 0.321 0.160 1.820 2.231 0.633 0.937 1.348 1.042 0.690 0.185 0.562 0.562 0.402 0.757 0.745 0.991 1.262 1.734 0.595 0.763 0.298 0.260 0.277 0.323 0.230 0.194 3667 chr14 70232757 70235598 + 0 NA non-coding (NR_029378, exon 1 of 1) non-coding (NR_029378, exon 1 of 1) 253 NR_029378 100289511 Hs.729250 NR_029378 LOC100289511 - uncharacterized LOC100289511 ncRNA 12.484 6.013 8.227 5.663 11.239 7.009 2.938 4.119 9.675 1.949 3.024 3.046 3.289 2.508 6.501 8.445 5.293 0.799 2.095 1.536 5.685 2.568 2.328 1.395 6.794 5.326 5.287 1.276 5.404 2.352 7.782 10.386 8.211 16.683 2.719 4.513 1.196 6.603 0.247 1.861 4.920 5.349 5.861 2.366 2.847 2.862 6.191 3.969 5.503 7.736 3.449 5.605 8.445 4.085 4.777 6.794 3.225 3.682 2.292 7.154 2.488 6.465 2.555 2.386 6.563 2.655 1.931 7.437 6.393 11.361 15.349 15.350 14.557 9.581 8.832 24.422 25.738 5.853 6.943 10.993 16.980 20.185 19.123 7.045 10.474 8.791 10.309 8.919 8.073 5.429 nan 7509 chr3 10227677 10249918 + 0 NA intron (NM_001570, intron 2 of 12) AluSz|SINE|Alu 32234 NM_001570 3656 Hs.449207 NM_001570 ENSG00000134070 IRAK2 IRAK-2 interleukin 1 receptor associated kinase 2 protein-coding nan 0.951 1.614 1.314 0.320 0.038 2.089 0.101 0.159 0.209 3.452 3.649 0.067 0.611 0.044 0.190 2.250 0.192 3.545 2.394 3.471 0.043 0.326 0.164 0.161 1.648 1.356 0.139 2.306 2.034 0.796 2.820 0.185 1.427 1.697 1.103 0.138 0.082 0.093 1.555 0.064 4.764 2.157 0.981 2.070 0.737 1.134 6.546 2.271 3.021 0.561 1.087 0.190 1.234 3.516 0.161 0.892 0.628 0.109 1.488 1.156 2.056 0.049 0.139 1.775 0.731 0.607 0.248 0.233 0.438 1.133 0.314 0.348 1.151 0.564 0.405 0.388 0.275 0.601 0.681 1.037 0.503 0.476 0.210 0.251 0.693 0.747 0.283 0.510 0.732 0.510 1859 chr11 27405254 27420811 + 0 NA intron (NM_018490, intron 3 of 17) intron (NM_018490, intron 3 of 17) -28237 NM_080654 91057 Hs.143733 NM_030771 ENSG00000109881 CCDC34 L15|NY-REN-41|RAMA3 coiled-coil domain containing 34 protein-coding 1.361 1.233 0.886 0.203 0.161 0.068 1.534 0.225 0.422 0.135 0.196 1.485 0.742 0.174 0.169 0.205 0.918 0.113 0.507 0.268 4.706 0.018 0.222 0.206 0.140 0.857 0.370 0.876 0.466 0.634 0.618 2.162 1.573 0.739 0.338 6.312 0.209 0.035 0.106 0.440 0.158 0.219 0.077 0.080 0.453 0.438 0.572 0.198 3.408 0.054 5.074 2.376 0.205 0.532 3.396 0.140 1.553 1.448 0.330 0.090 0.043 0.654 0.165 0.318 0.282 0.022 0.007 0.589 0.505 0.761 1.007 0.351 0.552 0.561 0.313 0.250 0.314 1.473 2.027 0.301 0.261 2.741 2.492 0.256 0.412 0.639 1.067 0.400 1.117 0.686 0.498 8171 chr3 194157888 194175788 + 0 NA intron (NM_024524, intron 13 of 31) intron (NM_024524, intron 13 of 31) 22130 NM_024524 79572 Hs.529609 NM_024524 ENSG00000133657 ATP13A3 AFURS1 ATPase 13A3 protein-coding nan 1.380 0.730 0.173 2.748 0.121 0.218 0.801 1.568 0.027 0.169 0.201 0.010 0.146 0.879 0.129 0.564 0.135 0.159 0.053 0.028 0.031 0.700 0.572 1.507 0.093 0.081 0.046 0.163 0.047 0.180 nan 0.188 nan 0.065 0.085 0.112 0.030 0.071 0.020 0.257 0.119 0.054 0.026 0.079 0.055 0.328 0.139 0.089 0.194 0.017 0.145 0.129 0.091 0.078 1.507 0.068 0.068 0.108 0.069 0.017 0.097 0.061 0.250 0.059 0.061 0.031 0.310 0.376 0.367 0.583 1.656 1.726 2.636 1.436 0.737 0.766 0.844 1.046 5.146 6.082 1.119 0.720 0.288 0.361 0.524 0.812 0.391 0.985 1.388 0.645 10480 chr7 83731446 83746322 + 0 NA intron (NM_006080, intron 4 of 16) intron (NM_006080, intron 4 of 16) 85333 NM_006080 10371 Hs.252451 NM_006080 ENSG00000075213 SEMA3A COLL1|HH16|Hsema-I|Hsema-III|SEMA1|SEMAD|SEMAIII|SEMAL|SemD|coll-1 semaphorin 3A protein-coding 1.223 0.975 1.112 0.097 0.136 0.048 0.433 0.119 0.188 0.134 0.084 0.770 0.008 0.041 0.102 0.181 0.507 0.098 0.334 0.038 3.493 0.327 0.021 0.177 0.064 0.098 0.037 0.065 0.975 0.196 1.422 2.109 0.599 0.161 0.617 0.198 0.043 0.131 0.197 0.071 0.032 0.119 0.004 0.011 0.508 0.278 0.201 0.086 0.170 0.091 0.037 0.067 0.181 0.215 0.262 0.064 0.319 0.062 0.125 0.141 0.123 0.464 0.173 0.129 0.127 0.027 0.024 0.575 0.592 0.248 0.390 0.316 0.315 0.140 0.061 0.351 0.245 1.749 2.426 0.272 0.299 0.486 0.203 0.243 0.537 0.155 0.267 0.471 nan 0.537 0.570 3782 chr14 95713590 95741235 + 0 NA intron (NM_024734, intron 1 of 12) MER82|DNA|TcMar-Tigger 58833 NM_024734 79789 Hs.301478 NM_024734 ENSG00000165959 CLMN - calmin protein-coding 1.299 2.375 nan 2.524 0.458 0.131 0.947 0.941 1.647 0.326 0.302 0.506 0.406 0.577 0.764 1.523 1.838 0.450 0.304 0.206 0.832 0.020 0.215 0.157 0.846 1.877 1.097 0.010 1.093 1.010 1.173 3.618 2.603 2.153 1.052 0.131 0.087 0.059 0.138 0.665 0.146 0.406 1.108 0.554 0.755 1.463 0.341 0.969 1.049 0.883 0.228 0.750 1.523 0.466 1.594 0.846 0.222 1.154 0.064 0.126 0.048 0.625 5.432 0.282 1.381 0.594 0.550 1.199 1.845 1.098 3.376 0.705 0.759 1.495 0.364 1.279 1.360 0.160 0.350 1.273 1.783 0.655 0.388 3.209 4.515 0.541 0.566 0.622 1.347 nan 0.882 7835 chr3 131850489 131857159 + 0 NA Intergenic Intergenic -95374 NM_153429 131034 Hs.199877 NM_130808 ENSG00000196353 CPNE4 COPN4|CPN4 copine 4 protein-coding 0.778 nan nan 10.477 0.151 0.125 4.454 0.613 0.988 0.500 0.664 1.036 0.019 0.059 0.115 0.270 0.224 0.192 1.344 1.052 1.701 0.167 0.270 0.259 0.712 0.759 0.022 6.923 6.331 1.584 2.070 2.584 0.384 2.211 1.959 0.071 0.033 0.104 1.076 0.036 1.324 1.091 0.655 6.151 2.109 2.609 2.255 1.173 0.714 0.851 3.445 0.270 1.204 4.716 0.259 0.904 1.457 0.130 0.122 0.092 0.970 0.148 0.038 0.938 1.243 1.475 0.237 0.272 0.267 0.559 0.440 0.416 0.415 0.209 0.753 0.530 0.328 0.433 0.654 0.910 nan 0.331 0.238 0.322 0.095 0.059 0.171 0.219 0.824 0.640 9897 chr6 125265927 125290134 + 0 NA intron (NR_026876, intron 1 of 6) L1MA4A|LINE|L1 -5661 NM_001286398 154214 Hs.12876 NM_152553 ENSG00000146373 RNF217 C6orf172|IBRDC1|OSTL|dJ84N20.1 ring finger protein 217 protein-coding 0.982 1.426 2.405 0.432 0.460 0.555 0.070 0.172 0.233 0.548 0.799 1.053 0.207 0.265 0.134 0.847 0.764 0.113 1.036 0.289 1.140 0.445 0.155 0.149 0.480 0.742 0.784 0.198 0.472 0.222 2.588 4.701 0.742 2.101 0.127 0.754 0.711 0.543 0.109 0.277 0.029 1.350 0.132 0.067 0.756 0.361 1.810 0.383 1.268 1.802 0.147 0.874 0.847 0.519 0.450 0.480 0.557 0.554 0.269 0.723 0.025 0.030 0.037 0.625 0.464 0.024 0.016 1.125 1.179 2.634 2.516 1.500 1.437 4.222 1.391 1.525 1.503 0.464 0.706 0.620 0.825 1.359 1.423 0.128 0.309 2.863 2.799 2.325 3.958 0.577 0.457 1048 chr1 204375217 204421647 + 0 NA intron (NM_002646, intron 30 of 33) intron (NM_002646, intron 30 of 33) -17487 NM_032833 84919 Hs.304376 NM_032833 ENSG00000158615 PPP1R15B CREP|MSSGM2 protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B protein-coding 2.003 1.499 2.111 1.354 0.676 0.601 1.897 0.726 1.414 1.202 1.843 1.957 0.776 0.205 1.752 1.145 1.157 0.277 1.744 0.825 0.312 0.382 0.703 0.410 0.845 1.879 1.446 0.415 0.743 0.961 0.896 2.513 1.049 1.441 0.655 6.630 0.152 0.582 0.126 0.231 0.543 1.812 0.610 0.324 1.370 0.759 2.218 1.062 1.836 0.471 0.871 1.745 1.145 1.606 0.442 0.845 1.197 0.963 0.441 1.126 0.364 0.782 0.334 0.665 0.544 0.434 0.293 1.580 1.690 1.914 3.099 2.073 2.132 1.329 0.772 nan nan 1.271 1.876 1.408 1.821 1.640 1.366 0.657 1.072 0.891 1.076 1.345 2.657 1.044 0.643 7350 chr22 26323849 26354053 + 0 NA intron (NM_032608, intron 34 of 43) MIR|SINE|MIR 200840 NM_001318245 84700 Hs.417959 NM_032608 ENSG00000133454 MYO18B KFS4 myosin XVIIIB protein-coding nan 1.089 0.972 0.078 1.293 0.072 0.021 0.648 1.361 0.009 0.075 0.045 0.014 0.033 0.352 0.724 0.084 0.059 0.049 0.019 0.017 0.009 0.753 0.251 0.782 0.018 0.019 0.027 0.095 0.093 nan 0.056 2.980 0.024 0.035 0.563 0.040 0.079 0.004 0.084 0.098 0.024 0.010 0.014 0.046 0.048 0.116 0.046 0.075 0.006 0.041 0.724 0.038 0.015 0.782 0.020 0.063 0.449 0.052 0.626 0.021 0.033 1.104 0.017 0.010 0.008 0.238 0.410 0.082 nan 0.653 0.711 3.367 1.116 0.124 0.113 2.027 nan 0.990 1.256 2.291 2.310 0.129 0.217 1.378 1.656 1.004 nan 4.064 1.891 11543 chr9 37616307 37624826 + 0 NA Intergenic Intergenic -27930 NM_001134484 401505 Hs.130774 NM_001001790 ENSG00000175768 TOMM5 C9orf105|Tom5|bA613M10.3 translocase of outer mitochondrial membrane 5 protein-coding 1.013 nan 0.959 0.017 0.147 0.007 0.059 0.301 0.601 0.022 0.110 0.064 0.015 0.082 0.240 0.144 0.057 0.102 0.064 0.022 0.032 0.176 0.117 0.393 0.016 0.008 0.047 0.061 0.025 0.045 0.120 0.108 0.357 0.051 0.069 0.112 0.038 0.051 0.094 0.108 0.077 0.045 0.077 0.023 0.034 0.163 0.148 0.100 0.095 0.240 0.075 0.011 0.393 0.098 0.126 0.184 0.072 0.028 0.081 0.957 0.009 0.889 0.335 0.202 0.170 0.256 0.352 0.611 0.591 2.999 0.818 0.100 0.182 0.285 0.499 0.288 0.317 1.984 2.361 0.192 0.300 0.922 1.141 0.521 1.337 5.625 2.359 1061 chr1 205598947 205607048 + 0 NA promoter-TSS (NM_021795) promoter-TSS (NM_021795) -997 NM_021795 2005 Hs.497520 NM_001973 ENSG00000158711 ELK4 SAP1 ELK4, ETS transcription factor protein-coding 5.144 4.839 6.827 2.857 2.485 2.304 1.228 1.905 3.659 0.629 2.242 1.699 1.171 0.595 4.650 2.905 2.182 0.238 1.630 0.517 1.656 1.833 1.825 0.980 3.156 1.765 2.103 1.456 2.046 0.643 2.230 3.574 2.734 4.818 0.566 2.548 2.427 2.488 0.182 0.351 1.199 1.868 2.512 1.059 1.601 1.018 2.474 2.012 2.222 1.824 1.294 1.527 2.905 3.074 2.350 3.156 0.907 1.305 0.936 2.151 1.681 1.218 0.756 1.183 0.859 0.892 0.737 3.110 3.480 5.231 8.219 6.126 5.373 3.694 2.282 nan nan 2.586 3.556 4.936 7.741 3.336 4.066 1.404 2.106 8.551 8.585 3.700 3.926 2.480 1.609 5039 chr17 76697849 76743625 + 0 NA promoter-TSS (NM_001292018) promoter-TSS (NM_001292018) -905 NM_001292018 9267 Hs.191215 NM_004762 ENSG00000108669 CYTH1 B2-1|CYTOHESIN-1|D17S811E|PSCD1|SEC7 cytohesin 1 protein-coding 1.632 1.143 0.997 0.611 0.538 0.134 0.547 0.412 0.669 0.131 0.516 0.489 0.250 0.244 1.102 0.667 0.325 0.145 0.761 0.340 3.339 0.070 0.363 0.218 0.673 0.472 0.238 0.110 0.321 0.228 1.408 3.128 0.886 0.899 0.308 1.153 0.066 0.104 0.125 0.160 0.254 1.157 0.112 0.077 0.398 0.176 0.320 0.373 0.675 0.142 0.313 0.668 0.667 0.738 0.206 0.673 0.390 0.322 0.246 0.652 0.244 0.136 1.265 0.510 0.150 0.035 0.013 2.425 2.535 0.743 1.099 0.974 1.025 1.797 0.794 0.545 0.574 nan 2.305 1.406 1.748 2.721 2.156 1.239 1.887 0.392 0.598 0.759 1.389 nan 0.780 3792 chr14 97746891 97752377 + 0 NA Intergenic Intergenic 128440 NR_146554 105370648 NR_146554 ENSG00000259110 LINC02304 - long intergenic non-protein coding RNA 2304 ncRNA 0.756 0.424 nan 0.026 0.114 0.070 0.026 0.058 0.342 0.069 0.017 0.008 0.161 0.093 0.096 0.118 0.058 0.092 0.173 0.074 0.043 0.076 0.026 0.014 0.063 0.015 0.080 0.039 0.391 0.026 0.078 0.039 0.144 0.065 0.050 0.231 0.287 0.020 0.041 0.017 0.126 0.030 0.083 0.029 0.073 0.093 0.067 0.043 0.022 0.075 0.141 0.011 0.019 0.086 3.178 0.045 3.923 0.168 0.043 1.339 1.751 3.909 0.233 0.638 0.718 0.059 0.078 20.168 21.581 0.187 0.218 0.370 0.399 0.578 0.285 2.629 3.587 0.038 0.093 0.238 0.260 nan 0.230 2054 chr11 69139849 69202909 + 0 NA Intergenic Intergenic -69060 NM_001319657 102724265 Hs.448669 NM_001319657 LOC102724265 - uncharacterized LOC102724265 protein-coding nan 0.638 0.657 0.443 0.072 0.026 1.819 0.102 0.163 0.046 0.237 0.520 0.017 0.117 0.065 0.150 0.075 0.071 0.446 0.250 0.325 0.022 0.052 0.072 0.063 0.719 0.356 0.113 0.477 0.456 6.304 12.322 1.415 0.432 0.510 0.235 0.012 0.086 0.101 0.374 0.034 0.880 0.466 0.282 0.866 0.306 0.584 1.433 0.447 0.357 0.228 0.711 0.150 0.421 0.898 0.063 0.415 0.365 0.305 0.739 0.239 0.444 0.154 0.026 0.330 0.439 0.429 0.989 0.997 0.138 0.267 0.398 0.376 0.164 0.096 3.422 3.670 0.157 0.301 0.390 0.464 0.855 0.679 0.487 0.639 0.115 0.140 0.091 0.098 0.255 0.299 2785 chr12 71353881 71366183 + 0 NA Intergenic Intergenic -45448 NM_002849 5801 Hs.506076 NM_002849 ENSG00000153233 PTPRR EC-PTP|PCPTP1|PTP-SL|PTPBR7|PTPRQ protein tyrosine phosphatase, receptor type R protein-coding nan 1.042 0.561 0.100 0.128 0.052 0.065 0.217 0.099 0.382 0.010 0.057 0.133 0.313 1.631 0.133 0.059 0.077 0.015 0.440 0.099 0.126 0.117 0.061 0.012 0.168 0.106 0.009 0.125 0.282 0.109 0.438 0.166 0.075 0.007 0.105 0.072 0.127 0.052 0.023 0.009 0.037 0.133 0.154 0.040 0.098 0.045 0.088 0.313 0.069 0.007 0.117 0.059 0.087 0.032 0.014 0.042 0.051 0.032 0.081 0.142 0.014 0.266 0.131 0.214 0.362 0.366 0.472 0.109 0.122 0.362 0.401 3.388 4.166 nan 0.733 0.505 0.255 0.130 0.150 0.044 0.086 0.208 0.353 nan 0.527 11126 chr8 96280012 96283803 + 0 NA promoter-TSS (NM_177965) promoter-TSS (NM_177965) -445 NM_177965 157657 Hs.548157 NM_177965 ENSG00000156172 C8orf37 BBS21|CORD16|RP64|smalltalk chromosome 8 open reading frame 37 protein-coding nan 2.658 6.391 1.780 7.467 3.728 2.564 2.625 6.318 1.178 4.837 3.355 1.493 2.508 5.138 2.821 2.271 0.170 3.582 1.845 6.024 4.313 1.530 0.798 4.259 1.973 2.017 2.275 3.262 1.645 3.240 4.358 2.469 19.588 2.931 3.838 1.558 5.167 0.056 2.027 2.310 5.601 4.445 2.407 2.026 2.148 4.230 4.458 6.005 7.875 3.372 3.403 2.821 2.683 5.329 4.259 2.000 3.160 0.974 4.379 3.911 3.447 2.564 3.265 1.668 2.461 1.758 4.581 5.521 3.020 nan 9.081 8.137 9.984 3.801 9.720 10.952 6.137 7.219 20.181 22.798 9.682 9.725 3.006 6.175 8.187 7.305 6.348 8.122 3.823 2.141 10858 chr8 23808765 23841622 + 0 NA Intergenic Intergenic -112873 NM_003155 6781 Hs.25590 NM_003155 ENSG00000159167 STC1 STC stanniocalcin 1 protein-coding nan 2.427 nan 0.171 0.043 0.333 0.089 0.098 0.171 0.028 0.090 0.508 0.275 0.030 0.561 4.120 0.057 0.089 0.054 0.034 0.041 0.008 0.095 0.107 0.055 0.099 0.029 0.016 0.048 0.013 0.069 0.339 0.058 0.878 0.067 0.054 0.519 0.056 0.093 0.011 0.070 0.100 0.026 0.017 0.060 0.040 0.194 0.182 0.304 0.071 0.042 0.143 4.120 0.037 0.014 0.055 0.067 0.069 0.044 0.150 1.064 0.048 0.622 0.206 0.026 0.019 0.009 0.733 0.500 0.609 0.678 nan 0.688 nan 0.095 0.058 0.062 0.188 0.314 0.891 0.820 1.173 0.878 0.550 0.788 1.819 2.641 0.428 0.944 nan nan 3635 chr14 65089273 65105038 + 0 NA Intergenic MER2|DNA|TcMar-Tigger -73971 NM_001308147 26030 Hs.509637 NM_015549 ENSG00000126822 PLEKHG3 ARHGEF43|KIAA0599 pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G3 protein-coding nan nan 4.968 0.123 0.260 0.225 0.276 0.306 0.464 0.145 0.187 0.122 0.149 0.063 0.666 0.318 0.277 0.163 0.141 0.132 0.131 0.017 0.267 0.131 0.264 0.350 0.087 0.233 0.210 0.100 0.351 2.473 0.946 0.391 0.288 0.135 0.577 0.165 0.130 0.090 0.244 0.111 0.092 0.054 0.138 0.126 0.299 0.148 0.844 0.200 0.060 0.877 0.318 0.145 0.216 0.264 0.378 0.249 0.221 0.301 0.090 0.379 0.088 0.883 0.081 0.057 0.010 0.344 0.293 0.300 0.361 0.497 0.548 0.778 0.282 nan 0.567 0.332 0.541 0.661 nan 1.066 0.936 0.254 0.278 1.649 2.400 0.671 1.621 1.224 0.937 3224 chr13 78733086 78737516 + 0 NA intron (NR_047001, intron 1 of 5) intron (NR_047001, intron 1 of 5) 106311 NR_047001 100874222 Hs.493062 NR_047001 ENSG00000234377 RNF219-AS1 POU4F1-AS1 RNF219 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.882 0.544 0.099 0.025 0.017 0.180 0.158 0.125 0.021 0.782 0.461 0.285 0.147 0.029 0.036 0.073 0.111 0.192 0.015 0.091 0.091 0.849 0.033 0.698 0.085 0.022 0.048 0.055 0.160 0.225 0.128 0.017 0.081 0.046 0.049 0.018 0.091 0.461 0.033 0.020 0.192 0.089 0.055 0.066 0.116 0.177 13.948 0.072 10.382 8.716 3.657 2.435 0.234 0.429 nan 0.081 1.338 1.281 0.167 0.159 0.148 0.181 nan 0.132 13.235 13.868 0.029 0.067 0.262 nan 0.115 0.102 10853 chr8 23187744 23215965 + 0 NA intron (NM_002318, intron 3 of 13) intron (NM_002318, intron 3 of 13) 8133 NR_038323 100507156 Hs.661130 NR_038323 ENSG00000253837 LOC100507156 - uncharacterized LOC100507156 ncRNA nan 0.656 nan 0.423 0.093 0.096 2.906 0.159 0.314 0.700 1.802 3.321 0.242 0.056 0.066 0.409 1.412 0.333 0.934 0.636 1.997 0.020 0.082 0.079 0.123 2.813 2.827 0.905 0.947 1.398 0.186 0.460 0.173 0.123 1.896 1.501 0.067 0.089 0.099 0.660 0.055 6.378 2.733 0.988 1.010 0.627 1.063 4.358 1.346 0.928 0.245 0.944 0.409 0.529 1.192 0.123 0.286 0.252 0.118 3.927 0.698 2.061 0.039 0.679 2.893 2.553 2.336 0.410 0.548 0.547 1.515 nan 0.668 nan 0.185 0.128 0.179 0.352 0.557 0.362 0.590 0.677 0.570 0.158 0.185 0.237 0.269 0.785 1.934 nan nan 1555 chr10 80416247 80426370 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 394223 NR_073447 414243 Hs.55047 NR_073447 ENSG00000230417 LINC00595 C10orf101 long intergenic non-protein coding RNA 595 ncRNA 0.567 1.442 0.680 0.063 0.175 0.115 0.106 0.236 0.486 0.038 0.101 0.054 0.019 0.089 0.145 0.139 0.103 0.032 0.042 0.025 0.027 0.062 0.050 1.078 0.021 0.029 0.073 0.010 0.078 0.199 0.126 0.740 0.043 0.070 0.094 0.076 0.058 0.078 0.118 0.018 0.007 0.152 0.059 0.056 0.036 0.070 0.145 0.139 0.049 0.350 1.078 0.024 0.040 0.267 0.028 0.085 0.077 1.652 0.123 0.022 0.028 0.005 3.144 2.940 13.487 5.195 0.472 0.616 3.126 1.059 9.441 8.923 0.519 0.672 0.869 0.738 0.216 0.107 2.016 2.899 0.527 0.392 0.228 0.382 0.906 0.536 10086 chr6 169310494 169317674 + 0 NA Intergenic Intergenic 50393 NR_136248 105378146 Hs.343631 NR_136248 LOC105378146 - uncharacterized LOC105378146 ncRNA 0.484 nan 1.572 0.061 0.720 0.077 0.039 0.160 0.404 0.064 0.026 0.043 0.087 0.262 0.373 0.042 0.178 0.035 0.009 0.019 0.110 0.102 6.146 0.042 0.090 0.038 0.091 0.132 0.042 0.481 0.023 0.045 0.081 0.088 0.096 0.034 0.044 0.003 0.053 0.040 0.062 0.091 0.089 0.037 0.373 0.010 6.146 0.037 0.035 0.029 0.016 0.017 0.040 0.002 0.307 0.153 0.184 0.204 2.058 2.126 2.171 0.746 0.147 0.101 0.063 0.093 1.144 2.752 nan 0.169 0.202 0.145 0.075 0.150 0.094 0.065 0.529 0.557 2870 chr12 95489996 95515258 + 0 NA intron (NM_018351, intron 9 of 20) intron (NM_018351, intron 9 of 20) -35223 NM_001032287 7181 Hs.108301 NM_003297 ENSG00000120798 NR2C1 TR2 nuclear receptor subfamily 2 group C member 1 protein-coding 0.784 0.944 0.854 2.784 0.146 0.093 2.200 0.140 0.283 0.197 0.626 1.434 0.064 0.173 0.093 0.332 1.492 0.292 1.704 0.923 4.477 0.016 0.087 0.165 0.173 1.864 1.675 0.768 2.500 1.300 2.458 4.387 1.524 nan 0.848 0.208 0.060 0.086 0.121 0.860 0.056 1.006 1.064 0.491 2.116 1.884 0.744 1.096 0.951 1.072 0.234 0.645 0.332 1.678 2.613 0.173 0.275 2.902 0.054 1.041 0.081 0.320 0.051 0.068 0.257 1.092 1.041 0.359 0.238 0.299 0.675 0.569 0.707 0.425 0.155 0.255 0.274 0.644 nan 0.571 nan 0.428 0.215 0.192 0.335 0.168 0.216 0.302 0.624 0.574 0.494 11675 chr9 100983213 100995861 + 0 NA intron (NR_051978, intron 4 of 11) L2a|LINE|L2 1962 NR_106913 102465514 NR_106913 ENSG00000278412 MIR6854 hsa-mir-6854 microRNA 6854 ncRNA 0.840 0.823 3.315 0.769 0.194 0.020 2.366 0.088 0.302 1.159 1.622 1.295 0.775 0.055 0.118 0.143 0.602 0.214 1.813 0.649 0.634 0.011 0.092 0.077 0.333 4.003 3.191 2.449 0.803 1.370 0.687 1.701 0.817 0.449 0.990 0.745 0.437 0.103 0.097 0.709 0.201 3.994 3.487 1.628 1.465 0.055 1.434 2.397 0.631 0.388 1.563 5.020 0.143 1.997 0.099 0.333 0.793 2.085 0.139 0.217 0.072 1.038 0.046 0.484 1.929 2.651 1.742 0.259 0.321 1.195 5.306 0.632 0.607 0.372 0.090 0.246 0.257 0.282 0.421 0.338 nan 2.123 1.928 0.214 0.228 1.293 1.353 0.474 1.476 nan 0.455 10560 chr7 101370164 101378230 + 0 NA Intergenic Intergenic -84987 NM_001913 1523 Hs.191482 NM_001913 ENSG00000257923 CUX1 CASP|CDP|CDP/Cut|CDP1|COY1|CUTL1|CUX|Clox|Cux/CDP|GOLIM6|Nbla10317|p100|p110|p200|p75 cut like homeobox 1 protein-coding nan 0.618 0.946 0.107 0.219 0.027 3.071 0.101 0.323 0.177 1.032 2.188 0.038 0.063 0.186 0.239 0.908 0.711 1.064 0.925 0.015 0.017 0.173 0.186 0.067 1.640 1.129 0.028 4.901 1.919 0.773 2.924 2.094 0.240 0.874 2.587 0.023 0.121 0.114 0.678 0.039 1.890 0.270 0.146 1.459 3.113 0.728 1.630 0.807 0.080 0.029 1.829 0.239 2.444 0.080 0.067 1.855 1.302 0.229 0.187 0.164 2.756 0.050 0.360 0.198 1.936 1.535 0.325 0.203 0.238 0.669 0.265 0.243 1.700 0.387 0.227 0.189 0.126 0.564 1.149 1.293 1.124 0.900 0.456 0.327 0.661 0.586 0.884 nan 0.880 0.738 4337 chr16 33606681 33620748 + 0 NA Intergenic Intergenic 41870 NR_130772 104644205 Hs.742548 NR_130771 ENPP7P13 DUNQU1 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 7 pseudogene 13 pseudo 0.748 0.511 0.437 0.077 0.104 0.016 0.015 0.092 0.150 0.132 0.052 0.013 0.050 0.019 0.063 0.048 0.061 0.030 0.024 0.010 0.146 0.030 0.042 0.010 0.021 0.010 0.112 0.063 0.066 0.110 0.415 0.011 0.107 0.014 0.062 0.093 0.008 0.023 0.107 0.056 0.068 0.015 0.060 0.200 0.235 0.058 0.071 0.028 0.056 0.063 0.056 0.040 0.042 0.077 0.042 0.029 0.050 0.045 0.014 0.017 0.027 0.004 0.289 0.195 0.330 0.373 0.246 0.336 12.994 5.171 0.194 0.179 0.297 0.601 0.142 0.194 0.328 0.125 0.119 0.158 0.139 0.133 0.118 0.113 0.134 0.243 2859 chr12 92932186 92956708 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 83992 NR_144532 100507616 Hs.339918 NR_144532 LINC02397 - long intergenic non-protein coding RNA 2397 ncRNA 1.481 1.358 0.862 0.892 0.341 1.138 0.199 0.281 0.538 0.296 0.339 1.661 0.038 0.114 0.185 0.349 0.681 0.250 0.862 0.596 0.053 0.028 0.180 0.146 0.290 0.228 0.121 0.024 0.475 0.774 0.552 2.078 0.270 nan 0.665 0.066 0.043 0.049 0.122 0.187 0.349 0.819 0.118 0.067 0.754 0.175 0.650 0.329 0.242 0.142 0.731 0.531 0.349 0.197 0.045 0.290 0.607 0.243 0.406 0.085 0.182 0.495 0.708 0.136 0.152 0.023 0.021 0.427 0.381 0.625 1.920 0.760 0.891 0.563 0.233 0.323 0.394 3.104 nan 0.870 nan 0.602 0.572 0.545 1.043 0.401 0.392 0.371 0.849 1.841 1.063 6764 chr2 239310249 239352626 + 0 NA Intergenic Intergenic -4132 NM_001330196 51665 Hs.516788 NM_016114 ENSG00000065802 ASB1 ASB-1 ankyrin repeat and SOCS box containing 1 protein-coding 1.363 nan 1.250 1.791 1.486 0.674 1.044 0.578 0.812 0.131 0.836 0.609 0.151 0.395 0.716 0.545 0.220 0.050 1.062 0.393 0.757 0.308 0.315 0.258 1.077 0.314 0.304 0.345 0.499 0.179 1.045 1.868 0.790 2.227 0.214 0.722 0.056 0.420 0.108 0.304 0.271 0.930 1.051 0.433 0.375 0.364 0.583 0.374 0.695 0.916 0.180 0.457 0.545 0.803 2.024 1.077 0.260 0.360 0.075 1.131 0.544 0.594 0.289 0.312 1.787 0.845 0.700 2.443 2.151 1.928 1.526 0.688 0.763 0.804 0.335 1.198 1.240 0.887 1.236 3.109 nan 0.718 0.731 1.035 1.220 0.376 0.406 0.511 0.927 1.094 0.714 999 chr1 198794323 198802500 + 0 NA intron (NR_040073, intron 2 of 2) HUERS-P2-int|LTR|ERV1 29700 NR_029612 406955 NR_029612 ENSG00000207975 MIR181B1 MIRN181B1|mir-181b-1 microRNA 181b-1 ncRNA 0.819 nan 1.012 0.189 0.145 0.008 0.217 0.118 0.353 0.035 0.134 0.258 0.015 0.012 0.055 0.439 0.237 0.078 0.014 0.070 0.053 0.067 0.232 0.237 0.190 0.176 0.071 0.027 0.046 0.019 0.082 0.180 0.219 0.348 0.076 0.150 0.046 0.055 0.089 0.029 0.079 0.022 0.067 0.040 0.056 0.047 0.087 0.070 0.078 0.020 0.025 0.439 0.061 0.056 0.190 0.119 0.020 0.078 0.024 0.049 0.050 0.212 0.092 0.014 0.025 0.536 0.347 0.812 1.008 0.465 0.533 0.212 0.153 0.297 0.282 5.127 4.822 0.332 0.327 0.280 0.188 0.068 0.293 0.165 0.136 0.407 0.645 0.490 0.643 8749 chr5 9923614 9929323 + 0 NA Intergenic Intergenic -22532 NR_027112 285692 Hs.651487 NR_027112 ENSG00000249781 LINC02112 - long intergenic non-protein coding RNA 2112 ncRNA 0.695 0.956 1.539 1.712 0.141 0.204 4.135 0.113 0.203 0.657 0.309 0.403 0.035 0.094 0.024 0.198 0.113 4.590 3.716 0.078 0.024 0.136 0.188 0.084 1.116 0.734 2.510 3.117 1.378 5.502 4.571 0.433 3.767 0.797 0.033 0.077 0.147 1.882 0.040 0.488 1.039 0.648 2.249 0.310 0.992 0.069 0.071 0.025 0.553 1.657 0.024 5.756 0.077 0.084 1.722 0.189 0.041 1.509 0.053 0.208 1.680 0.030 0.017 0.462 0.216 0.256 nan 0.392 0.507 0.174 0.070 0.057 0.060 0.302 0.566 nan 0.423 nan 0.354 0.092 0.140 0.082 0.086 0.298 0.451 0.490 nan 7706 chr3 101404031 101412673 + 0 NA Intergenic Intergenic -2789 NM_000986 6152 Hs.477028 NM_000986 ENSG00000114391 RPL24 HEL-S-310|L24 ribosomal protein L24 protein-coding nan nan 2.479 1.110 1.451 1.389 3.886 1.471 2.820 0.585 0.981 1.870 4.340 0.854 1.238 1.850 2.216 0.576 1.159 0.504 1.016 0.465 1.310 0.864 2.965 1.438 1.228 0.661 3.575 2.171 3.970 4.750 3.035 2.202 0.695 1.058 0.229 1.225 0.126 0.962 0.630 2.164 1.540 0.755 2.561 1.885 2.945 1.691 1.243 1.633 1.515 1.329 1.850 3.061 4.003 2.965 0.461 0.982 0.697 1.723 0.806 2.242 0.668 2.145 0.826 0.753 0.585 2.298 2.254 3.924 5.749 4.427 3.856 4.170 2.360 6.513 6.820 2.102 2.872 2.437 3.815 6.043 5.538 1.971 3.239 1.854 2.295 4.988 5.829 2.359 1.365 9112 chr5 107751289 107758292 + 0 NA Intergenic Intergenic -36991 NM_001163315 64839 Hs.657225 NM_022824 ENSG00000145743 FBXL17 FBXO13|Fbl17|Fbx13 F-box and leucine rich repeat protein 17 protein-coding 0.639 0.647 0.574 0.042 0.069 0.008 0.110 0.138 0.286 0.078 0.107 5.134 0.028 0.078 0.147 0.073 0.092 0.061 0.027 0.063 0.020 0.060 0.097 0.017 0.049 0.031 0.002 0.028 0.015 0.379 2.507 0.162 0.194 0.144 0.104 0.014 0.092 0.129 0.056 0.039 0.043 0.078 0.033 0.069 0.090 0.070 0.061 0.059 0.086 0.147 0.194 0.053 0.017 0.018 0.060 0.075 0.073 0.022 0.113 0.035 0.033 0.025 0.007 0.206 0.156 0.242 0.485 0.278 0.221 0.218 0.079 0.166 0.118 0.694 0.719 0.186 0.218 0.389 0.170 0.102 0.160 0.091 0.223 0.088 0.207 0.239 0.287 10840 chr8 20543834 20559096 + 0 NA Intergenic Intergenic -79028 NR_145737 109616983 NR_145737 SNORD3F - small nucleolar RNA, C/D box 3F snoRNA nan 0.991 nan 0.051 0.030 1.209 0.032 0.482 1.089 0.015 0.041 0.177 0.053 0.292 0.049 0.074 0.014 0.008 0.018 0.224 0.200 0.047 0.001 0.024 0.020 0.040 0.007 0.019 0.039 0.037 0.335 0.040 0.160 0.028 0.094 0.046 0.084 0.004 0.010 0.025 0.024 0.086 0.059 0.009 0.031 0.018 0.292 0.019 0.047 0.040 0.011 0.008 0.091 0.014 0.077 0.113 0.005 0.004 0.007 0.447 0.443 0.077 0.109 nan 0.765 nan 0.203 0.168 0.129 0.113 0.187 0.641 0.525 0.392 0.189 0.172 0.204 0.509 0.733 0.268 0.392 nan nan 2169 chr11 92180438 92245236 + 0 NA intron (NM_001008781, intron 1 of 24) LTR53|LTR|ERVL 127575 NM_001008781 120114 Hs.98523 NM_001008781 ENSG00000165323 FAT3 CDHF15|CDHR10|hFat3 FAT atypical cadherin 3 protein-coding 0.600 nan 0.561 0.131 0.220 0.095 0.090 0.104 0.167 0.104 0.070 0.050 0.019 0.047 0.106 0.162 0.090 0.055 0.078 0.061 0.027 0.006 0.070 0.106 0.105 0.045 0.025 0.013 0.070 0.005 0.056 0.031 0.068 0.446 0.160 0.074 0.111 0.075 0.115 0.011 0.118 0.155 0.019 0.012 0.059 0.038 0.121 0.153 0.051 0.029 0.021 0.124 0.162 0.042 0.038 0.105 0.089 0.045 0.017 0.020 0.058 0.026 3.730 0.092 0.046 0.010 0.006 5.469 4.568 4.675 nan 0.546 0.644 0.134 0.069 6.214 6.290 0.817 1.070 0.770 0.642 0.434 0.193 3.353 4.927 0.684 0.793 0.260 nan 0.679 0.623 4211 chr16 4815501 4827864 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -4463 NM_021646 26048 Hs.513316 NM_021646 ENSG00000103199 ZNF500 ZKSCAN18|ZSCAN50 zinc finger protein 500 protein-coding 1.837 nan 1.516 1.458 1.477 0.395 1.414 0.589 1.097 0.462 1.784 0.779 0.130 0.331 0.671 0.653 0.441 0.222 0.994 0.247 1.069 0.303 0.346 0.263 0.996 0.929 0.938 0.797 1.015 0.341 2.100 3.275 0.707 3.073 0.505 0.923 0.222 0.841 0.082 0.268 0.342 1.022 0.712 0.372 0.584 0.616 1.332 0.670 1.664 1.039 0.947 3.585 0.653 0.782 1.018 0.996 0.535 0.781 0.298 1.524 0.648 0.742 0.200 2.905 0.424 0.340 0.206 0.666 0.936 0.582 1.094 1.150 1.120 nan 0.735 1.850 1.974 1.183 nan 1.699 2.051 2.234 2.041 0.495 0.791 0.982 1.086 2.475 7.440 1.342 0.796 10753 chr7 152156085 152162849 + 0 NA Intergenic Intergenic -1742 NR_027387 100128822 Hs.647112 NR_027387 ENSG00000261455 LINC01003 - long intergenic non-protein coding RNA 1003 ncRNA 4.178 3.009 nan 2.273 3.086 4.787 1.089 2.093 3.227 0.707 2.342 1.131 1.560 1.409 5.438 4.845 2.635 0.423 2.651 0.821 1.325 2.148 2.290 1.311 4.650 1.235 1.493 1.667 2.722 0.526 2.689 3.385 6.599 5.878 0.565 1.626 2.141 2.909 0.167 0.868 1.979 1.743 1.754 0.814 0.818 1.775 2.151 2.290 2.130 2.622 1.642 2.130 4.845 3.433 2.248 4.650 0.743 1.619 1.191 3.820 2.070 2.353 3.356 0.808 1.145 1.311 0.939 4.364 5.368 3.198 5.089 4.964 3.856 5.141 2.516 4.535 4.885 2.773 3.169 3.920 6.497 5.003 5.680 4.619 7.811 7.476 7.917 5.452 5.221 4.532 2.468 8545 chr4 130152798 130172149 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 145191 NM_001099783 132321 Hs.567679 NM_173487 ENSG00000151470 C4orf33 - chromosome 4 open reading frame 33 protein-coding nan nan 0.615 0.041 3.677 0.087 0.040 0.174 0.340 0.005 0.142 0.095 0.010 1.018 0.143 0.183 0.081 0.033 0.055 0.037 0.010 0.021 0.057 0.093 0.383 0.014 0.019 0.004 0.049 0.032 0.134 0.773 0.241 0.883 0.060 0.055 0.344 0.084 0.060 0.025 0.085 0.052 0.009 0.008 0.040 0.024 0.080 0.094 0.034 0.030 0.114 0.010 0.183 0.037 0.015 0.383 0.026 0.047 0.015 0.009 0.813 0.020 0.030 0.105 0.024 0.006 0.009 0.194 0.133 0.140 0.283 0.423 0.826 0.761 0.253 0.122 0.122 0.155 0.173 0.802 2.912 0.320 0.142 0.164 0.261 0.625 0.575 0.316 nan 0.533 0.348 1315 chr10 10565494 10570349 + 0 NA intron (NM_001326317, intron 1 of 14) L1MA7|LINE|L1 63443 NM_001326321 10659 Hs.309288 NM_006561 ENSG00000048740 CELF2 BRUNOL3|CELF-2|CUG-BP2|CUGBP2|ETR-3|ETR3|NAPOR CUGBP Elav-like family member 2 protein-coding nan 0.601 0.481 0.045 0.074 0.023 0.069 0.296 0.201 0.065 0.038 0.025 0.073 0.265 0.187 0.191 0.065 0.026 0.053 0.049 0.015 0.031 0.028 0.067 0.106 0.117 0.277 0.036 0.020 0.022 0.094 0.032 0.057 0.016 0.039 0.020 0.067 0.074 0.047 0.265 0.052 0.049 0.026 0.018 0.048 0.061 0.077 0.016 0.024 4.181 5.090 11.709 2.362 0.124 0.240 0.542 0.272 0.162 0.069 0.353 0.445 0.086 0.113 0.190 0.060 0.324 0.664 0.044 0.074 0.256 0.378 0.090 0.097 6983 chr20 42183510 42189922 + 0 NA promoter-TSS (NM_170693) promoter-TSS (NM_170693) -919 NM_170693 10110 Hs.300863 NM_016276 ENSG00000101049 SGK2 H-SGK2|dJ138B7.2 SGK2, serine/threonine kinase 2 protein-coding nan nan 0.642 1.055 0.123 0.017 0.601 0.052 0.254 0.387 0.645 0.205 0.590 0.070 0.121 0.190 0.398 0.202 0.118 0.117 0.087 0.024 0.012 0.056 1.719 1.727 0.171 0.106 0.684 0.112 0.251 0.229 0.414 0.014 0.320 0.087 0.074 0.788 0.050 0.243 0.057 0.061 0.697 0.657 0.588 0.125 4.204 0.103 6.176 2.546 0.121 0.212 0.273 0.056 0.439 0.092 0.320 0.095 0.199 0.293 0.116 0.048 0.602 0.489 0.577 0.527 0.282 0.347 0.203 0.238 nan 0.189 1.127 1.215 0.246 0.493 0.377 0.433 nan 0.289 0.470 0.481 0.085 0.048 0.396 0.451 0.180 0.261 9911 chr6 128807325 128843587 + 0 NA intron (NM_002844, intron 1 of 29) intron (NM_002844, intron 1 of 29) 16363 NM_001291983 5796 Hs.155919 NM_002844 ENSG00000152894 PTPRK R-PTP-kappa protein tyrosine phosphatase, receptor type K protein-coding 1.781 0.877 1.752 3.777 0.384 0.171 0.884 0.336 0.685 0.426 0.603 1.615 0.106 0.598 0.123 0.503 0.962 0.142 1.562 0.669 0.328 0.145 0.247 0.174 0.125 0.792 0.642 0.020 1.203 0.565 1.749 3.200 1.051 0.301 0.487 0.406 0.556 0.293 0.106 0.633 0.380 0.873 0.488 0.260 1.519 0.854 1.766 0.835 0.835 0.802 0.539 0.824 0.503 1.243 0.059 0.125 0.409 0.432 0.318 0.350 0.056 1.183 0.044 0.251 0.806 0.238 0.223 0.862 0.721 2.142 4.605 0.706 0.552 1.872 0.677 1.880 1.887 1.583 1.855 1.265 2.443 2.561 2.492 0.128 0.281 1.900 2.717 0.471 0.598 0.625 0.493 4599 chr17 11387264 11423657 + 0 NA intron (NM_001173462, intron 3 of 4) AluY|SINE|Alu -96288 NM_001372 1770 Hs.567259 NM_001372 ENSG00000007174 DNAH9 DNAH17L|DNEL1|DYH9|Dnahc9|HL-20|HL20 dynein axonemal heavy chain 9 protein-coding 1.355 0.690 1.014 0.024 0.036 0.003 0.023 0.084 0.140 0.013 0.036 0.043 0.005 0.047 0.024 0.074 0.031 0.066 0.029 0.005 0.007 0.064 0.065 0.046 0.011 0.022 0.008 0.032 0.003 0.053 0.046 0.064 0.257 0.004 0.052 0.013 0.015 0.032 0.006 0.026 0.129 0.010 0.004 0.010 0.082 0.040 0.098 0.056 0.068 0.009 0.018 0.074 0.040 0.023 0.046 0.037 0.051 0.288 0.033 0.025 0.033 0.011 2.845 0.017 0.028 0.013 0.737 0.662 0.179 nan 0.160 0.220 0.105 0.075 0.054 0.057 0.079 0.178 0.127 0.137 nan 0.084 0.076 0.106 0.018 0.035 1.159 3.745 0.106 0.160 10952 chr8 53153225 53169856 + 0 NA promoter-TSS (NM_001352857) promoter-TSS (NM_001352857) -336 NM_001352869 9705 Hs.655499 NM_014682 ENSG00000147488 ST18 NZF3|ZC2H2C3|ZC2HC10|ZNF387 ST18, C2H2C-type zinc finger protein-coding 4.082 nan 1.991 0.031 5.022 0.020 0.046 3.615 6.322 0.017 0.075 0.055 0.014 2.526 4.737 1.586 0.095 0.087 0.084 0.023 0.019 0.042 3.853 1.880 5.430 0.012 0.004 0.009 0.048 0.006 0.019 0.123 0.042 8.696 0.053 0.082 1.598 0.026 0.108 0.007 0.544 0.039 0.007 0.005 0.026 0.014 0.035 0.096 0.015 0.026 0.042 0.024 1.586 0.040 0.061 5.430 0.045 1.261 0.021 2.814 0.012 1.284 1.015 0.023 0.017 0.006 0.524 0.988 0.478 0.677 11.490 11.369 6.185 3.962 0.482 0.483 5.642 nan 3.094 4.741 8.235 8.999 1.053 2.000 6.980 6.193 3.409 5.484 5.121 2.808 3810 chr14 101241929 101257141 + 0 NA Intergenic Intergenic -31293 NR_039729 100616495 NR_039729 ENSG00000266461 MIR2392 - microRNA 2392 ncRNA 1.573 1.593 0.541 0.052 0.112 5.201 0.096 0.591 1.416 0.003 0.046 0.079 0.016 0.160 1.139 1.914 0.089 0.191 0.041 0.012 0.050 0.073 0.205 0.186 2.947 0.204 0.090 0.019 0.066 0.014 0.154 0.953 0.163 5.269 0.010 0.117 0.615 0.050 0.100 0.054 1.643 0.091 0.043 0.031 0.007 0.074 0.064 0.111 0.139 0.205 0.057 0.127 1.914 0.038 0.098 2.947 0.013 0.114 0.490 0.095 1.792 0.104 0.065 0.051 0.020 0.015 0.007 0.202 0.088 0.183 0.193 5.131 5.671 4.220 2.367 0.040 0.067 0.120 0.326 2.319 4.185 5.164 4.455 0.157 0.290 2.866 2.002 0.330 0.398 2.089 1.200 7682 chr3 89002444 89011598 + 0 NA Intergenic Intergenic -149653 NM_005233 2042 Hs.123642 NM_005233 ENSG00000044524 EPHA3 EK4|ETK|ETK1|HEK|HEK4|TYRO4 EPH receptor A3 protein-coding nan 0.668 0.461 0.725 0.049 0.012 0.085 0.035 0.044 0.075 1.246 0.011 0.112 0.106 0.017 0.462 0.227 0.144 0.046 0.103 0.106 0.052 0.008 0.008 0.718 0.647 0.066 0.074 0.047 0.171 0.433 0.041 0.047 0.138 0.129 0.080 0.059 0.111 0.274 0.025 0.094 0.537 0.027 0.066 0.009 0.014 0.112 0.040 0.068 0.052 0.018 0.038 0.034 0.767 0.011 0.054 0.470 0.151 0.112 0.197 0.123 0.394 0.898 0.209 0.247 0.142 0.073 0.172 0.096 5.255 6.031 0.096 0.145 0.350 0.187 0.103 0.116 0.023 0.066 0.287 0.518 0.320 0.350 4099 chr15 80768645 80787754 + 0 NA intron (NM_014862, intron 5 of 18) L2b|LINE|L2 77086 NR_120363 101929586 Hs.569426 NR_120363 ENSG00000259175 LOC101929586 - uncharacterized LOC101929586 ncRNA 0.534 nan 0.637 0.381 0.101 0.644 0.090 0.161 0.319 0.005 0.256 1.484 0.029 0.052 0.356 0.200 1.113 0.185 0.078 0.070 0.202 0.043 0.082 0.089 0.075 0.117 0.102 0.019 0.053 0.976 0.118 1.081 0.240 0.396 0.138 0.068 0.060 0.039 0.071 0.340 0.080 0.456 0.145 0.131 0.251 0.061 0.121 6.574 0.415 0.034 0.165 0.115 0.200 0.030 0.100 0.075 0.115 0.065 0.066 0.069 0.064 0.240 0.067 0.129 0.595 0.605 0.353 0.358 0.347 0.620 0.917 0.279 0.310 2.090 0.526 0.360 0.393 0.433 0.598 0.641 0.718 0.520 0.271 0.215 0.249 0.286 0.470 0.251 0.360 0.553 0.415 1832 chr11 18402474 18418867 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu -5266 NM_001165416 3939 Hs.2795 NM_005566 ENSG00000134333 LDHA GSD11|HEL-S-133P|LDHM|PIG19 lactate dehydrogenase A protein-coding 1.574 nan 1.718 2.977 1.549 1.079 4.185 0.918 2.125 0.968 2.672 2.236 0.968 1.520 1.820 1.335 1.000 0.216 2.958 1.596 4.665 0.982 0.786 0.422 2.195 2.095 2.107 1.744 1.975 1.601 1.446 3.528 2.755 3.733 1.472 2.503 0.721 1.316 0.097 1.568 0.817 10.314 3.138 1.218 2.029 1.346 4.469 8.054 5.413 1.712 3.860 3.008 1.335 2.415 6.503 2.195 1.092 2.711 0.344 4.784 0.839 3.358 1.455 0.935 3.929 2.444 1.728 nan 3.187 1.704 2.780 3.646 3.440 3.057 0.973 2.538 2.545 2.148 nan 1.853 2.572 2.255 3.121 1.738 3.000 2.184 2.273 1.890 2.472 1.437 nan 6392 chr2 142277585 142295424 + 0 NA intron (NM_018557, intron 2 of 90) intron (NM_018557, intron 2 of 90) 602766 NM_018557 53353 Hs.656461 NM_018557 ENSG00000168702 LRP1B LRP-1B|LRP-DIT|LRPDIT LDL receptor related protein 1B protein-coding 0.932 nan 0.799 0.044 0.063 0.012 0.056 0.162 0.301 0.044 0.099 0.007 0.056 0.035 0.123 0.058 0.054 0.101 0.011 0.032 0.016 0.072 0.102 0.104 0.004 0.023 0.018 0.054 0.139 0.055 0.283 0.024 0.051 0.022 0.024 0.091 0.020 0.106 0.041 0.003 0.009 0.031 0.017 0.043 0.095 0.067 0.040 0.026 0.081 0.123 0.044 0.022 0.104 0.020 0.051 0.095 0.020 0.017 0.018 0.033 0.160 0.034 0.013 0.003 0.258 0.232 0.260 0.301 0.254 0.220 0.106 0.040 0.148 0.149 3.890 3.762 0.361 0.287 0.404 0.265 0.102 0.249 0.052 0.085 0.357 0.598 0.105 0.144 10008 chr6 149185087 149201005 + 0 NA intron (NM_005715, intron 1 of 7) MIRc|SINE|MIR 92774 NR_038408 100128176 Hs.557541 NR_038408 UST-AS1 - UST antisense RNA 1 ncRNA nan 0.684 nan 0.041 0.348 0.488 0.512 0.051 0.165 0.012 0.113 0.764 0.014 0.048 0.509 1.535 0.179 0.041 0.318 0.346 0.032 0.017 0.099 0.114 0.080 0.086 0.076 0.061 0.051 0.026 0.170 0.398 0.100 0.926 0.194 0.061 0.048 0.054 0.078 0.037 0.174 0.063 0.159 0.137 0.240 0.147 0.072 0.289 0.074 0.381 0.025 0.049 1.535 0.140 0.070 0.080 0.133 0.036 0.215 0.088 0.017 0.166 0.493 0.091 0.109 0.022 0.022 0.365 0.305 0.531 1.029 0.446 0.478 4.857 1.254 0.281 0.306 0.090 0.163 0.976 0.774 0.490 0.261 0.341 0.667 0.193 0.139 0.210 0.238 0.528 0.438 9327 chr5 169573066 169592841 + 0 NA Intergenic Intergenic 43192 NR_108022 100507267 Hs.634846 NR_108022 LINC01187 CTB-27N1.1|KIDR long intergenic non-protein coding RNA 1187 ncRNA nan 0.702 0.566 0.354 0.044 0.026 1.041 0.065 0.127 0.770 0.202 0.568 1.355 0.046 0.094 0.071 0.163 0.033 0.071 0.019 1.839 0.014 0.008 0.074 0.054 1.246 0.842 0.675 1.362 0.016 0.114 0.092 0.273 0.401 0.203 0.009 0.121 0.088 0.351 0.016 4.147 1.131 0.641 1.789 0.436 2.248 0.506 0.424 0.720 0.252 0.065 0.071 0.036 1.633 0.054 0.192 0.541 0.078 1.321 0.030 0.827 0.140 0.122 0.080 0.970 0.856 0.403 0.339 12.986 10.383 0.199 0.268 0.110 0.054 0.952 0.949 0.126 0.227 0.285 0.437 0.634 0.539 0.186 0.637 0.108 0.152 0.131 0.188 0.508 0.368 2704 chr12 56319662 56332724 + 0 NA intron (NM_001351040, intron 1 of 22) CpG 381 NM_201554 1606 Hs.524488 NM_001345 ENSG00000065357 DGKA DAGK|DAGK1|DGK-alpha diacylglycerol kinase alpha protein-coding nan 1.725 1.670 3.180 1.686 0.890 3.037 1.215 2.190 1.546 1.540 0.747 1.516 0.976 1.854 2.001 1.332 0.199 2.207 0.764 2.225 1.231 1.138 0.691 2.088 2.115 1.848 1.185 2.967 2.259 4.650 8.079 3.741 4.080 1.585 2.002 0.335 1.975 0.093 1.146 0.932 2.080 3.004 1.367 1.609 1.711 2.897 2.158 3.041 3.053 1.538 2.654 2.001 2.050 2.814 2.088 1.769 1.829 0.683 3.455 1.335 2.051 1.117 0.881 1.431 1.283 0.817 nan 2.887 2.494 3.477 3.271 nan 4.638 1.767 4.680 5.008 2.333 nan 3.213 nan 3.089 2.938 1.781 2.941 1.885 2.242 1.681 2.687 1.972 1.302 6191 chr2 72337775 72344680 + 0 NA Intergenic Intergenic 33764 NM_001277742 56603 Hs.91546 NM_019885 ENSG00000003137 CYP26B1 CYP26A2|P450RAI-2|P450RAI2|RHFCA cytochrome P450 family 26 subfamily B member 1 protein-coding nan nan 0.878 1.765 0.113 0.658 4.271 0.140 0.477 1.431 0.801 1.078 0.441 0.030 0.077 0.575 0.088 0.046 3.819 3.285 1.003 0.022 0.060 0.166 2.016 2.170 0.138 3.488 1.004 0.797 2.116 1.623 1.253 3.981 1.166 0.055 0.096 2.235 0.134 2.952 1.658 0.908 1.518 2.640 0.863 0.412 1.412 0.372 1.163 2.162 0.575 3.948 3.598 0.166 0.904 0.776 0.057 1.144 0.414 2.472 0.043 0.018 2.416 0.115 0.073 0.293 0.135 0.229 0.738 0.420 0.428 0.426 0.234 0.145 0.150 0.498 0.801 0.201 0.354 0.272 0.241 0.221 0.209 0.040 0.056 0.054 0.193 nan 0.467 5946 chr2 20375828 20443482 + 0 NA intron (NM_001006946, intron 2 of 5) intron (NM_001006946, intron 2 of 5) 15272 NM_002997 6382 Hs.224607 NM_002997 ENSG00000115884 SDC1 CD138|SDC|SYND1|syndecan syndecan 1 protein-coding 1.199 0.920 1.245 1.081 0.758 1.796 2.371 0.201 0.484 0.846 0.358 0.217 0.270 0.632 1.356 0.318 0.226 0.121 1.138 0.567 0.469 0.123 0.288 0.161 0.326 0.765 0.842 0.258 2.234 0.798 6.678 14.940 4.400 3.117 1.399 0.366 0.056 0.454 0.108 0.899 0.317 0.733 0.204 0.132 1.361 1.183 0.919 2.695 1.938 0.348 1.266 1.473 0.318 1.931 1.297 0.326 1.320 2.506 0.420 0.843 0.435 0.986 0.262 0.073 0.778 0.274 0.206 0.563 0.606 0.584 0.864 0.907 0.800 1.406 0.415 0.684 0.725 0.413 0.698 3.833 nan 0.945 0.755 0.495 0.721 0.286 0.254 0.270 0.440 0.934 0.675 7254 chr21 45184455 45210993 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -1468 NM_000100 1476 Hs.695 NM_000100 ENSG00000160213 CSTB CPI-B|CST6|EPM1|EPM1A|PME|STFB|ULD cystatin B protein-coding nan 1.252 2.231 1.100 0.828 0.502 4.241 0.445 0.889 0.940 1.446 0.802 0.387 0.213 0.673 1.269 0.562 0.243 2.990 1.559 1.088 0.841 0.222 0.168 1.215 2.070 2.155 0.818 1.001 1.485 1.832 3.715 1.860 2.386 0.787 2.244 0.250 0.674 0.078 0.629 0.430 1.704 0.850 0.462 2.981 0.911 4.534 2.679 1.601 1.276 0.439 1.540 1.269 2.829 1.559 1.215 1.557 0.877 0.310 1.136 0.808 1.033 0.237 0.358 0.412 0.390 0.220 1.143 1.335 1.549 1.829 1.595 1.381 nan 0.460 1.517 1.481 0.937 nan 1.840 2.396 1.584 1.534 0.793 1.150 1.318 1.540 1.057 1.511 1.339 1.046 3176 chr13 53347920 53363727 + 0 NA Intergenic Intergenic -28362 NR_031582 100313778 NR_031582 ENSG00000211579 MIR759 hsa-mir-759 microRNA 759 ncRNA 0.773 nan nan 0.178 0.081 2.522 0.093 0.112 0.265 0.073 0.029 0.004 0.019 0.743 0.847 0.086 0.092 0.095 0.096 0.016 0.009 0.159 0.113 0.374 0.017 0.004 0.020 0.042 0.033 0.318 1.179 0.057 0.653 0.009 0.048 0.175 0.041 0.094 0.756 0.128 0.199 0.050 0.005 0.103 0.025 0.068 0.127 0.062 0.112 0.028 0.033 0.847 0.076 0.023 0.374 0.020 0.052 0.074 0.033 0.122 0.074 0.124 0.310 0.029 0.929 1.931 0.736 0.748 0.557 1.016 0.650 0.713 nan 1.499 0.062 0.078 0.186 0.443 0.854 0.774 0.369 0.249 0.462 0.659 0.859 0.974 0.605 nan 0.609 0.324 1424 chr10 33232411 33305617 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -21721 NM_002211 3688 Hs.643813 NM_002211 ENSG00000150093 ITGB1 CD29|FNRB|GPIIA|MDF2|MSK12|VLA-BETA|VLAB integrin subunit beta 1 protein-coding 1.049 1.106 1.126 2.167 0.232 0.207 2.427 0.374 0.727 0.873 2.714 1.793 0.546 0.099 0.552 0.266 1.979 0.358 1.522 0.822 6.701 2.250 0.342 0.223 0.639 1.512 1.449 0.915 1.513 1.265 0.443 1.032 0.657 1.492 0.684 2.179 0.165 1.409 0.140 0.990 0.281 2.290 1.672 0.741 1.528 1.417 1.144 4.266 4.700 2.682 2.158 3.331 0.266 1.722 2.833 0.639 2.144 1.382 0.094 2.927 0.299 1.522 0.818 0.181 1.309 1.877 2.025 1.181 1.205 1.092 nan 0.942 0.844 1.300 0.521 1.475 1.496 0.667 0.858 0.931 1.211 0.488 0.503 0.541 0.991 0.711 0.760 0.654 0.782 0.718 0.484 11817 chr9 133336512 133378178 + 0 NA intron (NM_000050, intron 12 of 15) intron (NM_000050, intron 12 of 15) 37251 NM_000050 445 Hs.160786 NM_000050 ENSG00000130707 ASS1 ASS|CTLN1 argininosuccinate synthase 1 protein-coding nan 0.594 1.176 0.076 0.261 1.019 0.198 0.254 0.437 0.018 0.088 0.055 0.009 0.110 0.220 0.887 0.115 0.066 0.214 0.096 0.024 0.023 0.141 0.100 1.039 0.116 0.083 0.071 0.157 0.048 0.180 0.622 0.076 0.571 0.035 0.099 0.242 0.086 0.056 0.003 0.881 0.199 0.045 0.026 0.058 0.120 0.122 0.137 0.107 0.078 0.380 0.089 0.887 0.310 0.020 1.039 0.050 0.058 1.783 0.120 0.087 0.143 0.047 1.281 0.027 0.023 0.015 0.220 0.228 0.176 0.293 3.897 4.600 nan 0.125 0.166 0.200 1.891 2.256 0.583 1.088 2.998 2.505 0.206 0.194 0.553 0.536 1.251 2.553 0.504 0.430 8109 chr3 184078205 184090307 + 0 NA intron (NM_001278714, intron 3 of 3) AluY|SINE|Alu 3485 NM_001278714 5437 Hs.432574 NM_006232 ENSG00000163882 POLR2H RPABC3|RPB17|RPB8 RNA polymerase II subunit H protein-coding 3.941 3.391 2.199 4.308 2.507 1.656 1.426 2.350 4.526 1.198 1.460 1.043 0.670 1.148 1.807 1.490 1.809 0.362 2.027 0.575 1.666 1.373 2.287 1.277 1.835 2.246 2.866 1.634 2.632 0.808 2.095 2.495 1.841 8.561 0.733 1.520 0.620 1.726 0.106 0.871 1.991 3.450 3.671 1.583 1.562 1.264 2.447 1.750 1.754 2.780 0.641 1.585 1.490 1.940 3.152 1.835 0.658 1.145 0.707 1.860 1.548 1.738 0.936 1.786 1.028 1.332 0.768 2.082 2.659 2.602 3.668 3.984 3.311 6.520 2.972 3.822 3.965 2.523 3.459 4.208 5.554 4.032 4.621 1.158 2.530 2.531 2.460 2.983 3.757 1.831 1.023 6198 chr2 75058264 75096290 + 0 NA intron (NM_000189, intron 1 of 17) intron (NM_000189, intron 1 of 17) 17495 NM_000189 3099 Hs.406266 NM_000189 ENSG00000159399 HK2 HKII|HXK2 hexokinase 2 protein-coding nan nan 1.005 1.830 0.224 0.357 2.869 0.270 0.462 0.761 0.655 1.128 0.256 0.155 0.208 0.583 0.595 0.106 1.437 0.823 0.383 0.124 0.262 0.239 0.284 1.036 0.626 0.257 1.047 1.000 1.603 4.164 1.753 1.133 1.043 0.380 0.020 0.203 0.093 0.801 0.296 0.869 1.288 0.648 1.278 1.358 1.760 1.590 0.475 1.328 1.624 1.235 0.583 2.000 1.940 0.284 0.724 2.013 0.240 1.243 0.077 0.852 0.099 0.659 1.915 0.151 0.090 0.622 0.724 0.797 0.908 0.636 0.665 1.464 0.441 1.153 1.215 0.831 1.290 0.659 0.770 0.892 1.343 0.285 0.536 0.128 0.135 0.990 1.661 nan 0.598 7115 chr20 62518757 62545818 + 0 NA intron (NM_025219, intron 1 of 4) intron (NM_025219, intron 1 of 4) 5832 NM_025219 80331 Hs.164419 NM_025219 ENSG00000101152 DNAJC5 CLN4|CLN4B|CSP|DNAJC5A|NCL|mir-941-2|mir-941-3|mir-941-4|mir-941-5 DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C5 protein-coding 1.236 1.748 1.565 1.009 1.260 0.760 1.834 0.361 0.473 0.346 0.826 0.198 0.771 0.689 1.044 0.384 0.382 0.255 1.238 0.490 0.358 0.148 0.541 0.324 0.760 0.829 0.633 0.459 1.106 0.881 1.103 3.016 0.931 1.107 0.577 0.422 0.045 0.296 0.121 0.321 0.176 1.008 1.378 0.719 1.083 0.820 1.283 0.565 0.578 1.077 0.556 0.785 0.384 2.197 3.501 0.760 0.367 0.460 0.205 1.056 0.677 0.835 0.303 0.804 0.349 0.165 0.122 1.181 nan 0.474 0.841 1.003 1.122 1.628 0.615 2.129 2.156 0.888 1.546 1.849 2.940 0.845 0.745 0.763 1.156 0.338 0.430 0.965 2.256 1.150 0.712 9831 chr6 107244178 107253566 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -13456 NR_147986 100422737 Hs.634681 NR_015365 ENSG00000235142 LINC02532 - long intergenic non-protein coding RNA 2532 ncRNA 0.854 nan nan 0.744 0.171 0.123 0.258 0.342 0.521 0.762 0.281 0.492 3.701 0.053 0.253 0.137 0.150 0.035 0.325 0.364 0.658 0.044 0.100 0.091 0.354 1.079 0.623 0.015 0.051 0.392 0.296 1.440 2.834 0.393 0.530 0.217 0.021 0.069 0.101 0.038 0.099 0.265 0.116 0.075 0.834 0.480 2.025 0.060 1.075 0.090 0.725 1.615 0.137 1.367 0.354 0.507 1.541 0.050 0.153 0.092 0.127 0.092 0.276 0.018 0.027 7.332 6.070 1.044 3.263 0.403 nan 0.469 0.272 0.222 0.295 0.196 0.281 0.359 0.375 nan 0.225 0.227 0.204 0.162 0.097 0.178 0.282 0.518 0.468 11895 chrUn_gl000216 17710 25525 + 0 NA NA Intergenic NA NA nan 10.366 nan 0.465 1.928 0.426 0.393 1.680 nan 0.361 1.054 1.054 0.111 1.208 2.004 nan 1.037 7.244 0.541 0.072 1.045 0.863 3.180 0.985 0.141 0.342 0.237 1.680 0.618 0.489 1.441 4.816 0.037 1.334 0.673 0.717 3.330 0.753 1.213 0.756 0.281 0.014 1.738 0.651 2.502 0.984 0.375 0.233 0.592 nan 0.718 0.463 0.985 0.550 0.614 0.465 0.216 0.625 0.645 0.733 0.676 0.410 0.509 0.343 2.786 0.838 0.853 1.078 2.293 3.993 0.920 0.596 1.373 1.121 nan 3.642 1.579 1.863 nan 0.739 0.757 1.623 0.615 1.193 1.267 2.224 0.742 1.254 10767 chr7 155742799 155758765 + 0 NA Intergenic (TATAG)n|Simple_repeat|Simple_repeat -3131 NR_144629 389602 Hs.583071 NM_001291913 LOC389602 - uncharacterized LOC389602 protein-coding 0.443 0.420 nan 1.278 0.068 0.294 2.671 0.200 0.427 0.534 1.043 1.999 0.008 0.050 0.491 0.457 0.112 0.030 0.099 0.142 0.380 0.009 0.069 0.081 0.659 1.330 0.989 0.266 3.634 1.019 0.408 0.859 0.540 0.403 0.019 0.309 0.018 0.027 0.122 2.207 0.016 5.467 1.589 0.730 1.848 1.390 1.917 0.906 0.795 3.416 1.288 2.168 0.457 0.036 4.140 0.659 0.959 1.127 0.024 4.621 0.032 2.082 0.056 0.016 0.681 1.827 1.769 0.437 0.326 0.254 0.475 0.938 0.896 0.165 0.077 0.073 0.055 0.102 0.193 0.107 0.175 0.245 0.159 0.299 0.471 0.071 0.117 0.093 0.132 0.337 0.367 4623 chr17 17276065 17292867 + 0 NA Intergenic Intergenic 77786 NM_020201 56953 Hs.513977 NM_020201 ENSG00000205309 NT5M dNT-2|dNT2|mdN 5',3'-nucleotidase, mitochondrial protein-coding 1.499 0.798 1.940 0.170 0.617 1.158 0.397 0.602 0.864 0.028 0.112 0.095 0.022 0.351 1.034 0.319 0.053 0.038 0.333 0.226 0.060 0.033 0.102 0.065 1.819 0.119 0.052 0.022 0.283 0.195 0.691 2.563 0.516 0.411 0.269 0.102 0.075 0.084 0.108 0.077 0.773 0.110 0.043 0.065 0.188 0.292 0.092 0.119 0.266 0.059 0.071 0.549 0.319 0.322 0.648 1.819 0.698 0.443 0.473 0.128 0.554 0.132 0.047 2.931 0.031 0.032 0.012 0.575 0.776 0.311 nan 0.960 1.118 1.399 0.438 0.294 0.285 0.608 1.198 2.137 2.130 nan 2.786 0.254 0.307 0.275 0.360 2.406 6.194 0.799 0.560 9030 chr5 79781983 79791056 + 0 NA intron (NM_205548, intron 1 of 5) L1MB7|LINE|L1 2719 NM_205548 167555 Hs.338182 NM_205548 ENSG00000152380 FAM151B UNQ9217 family with sequence similarity 151 member B protein-coding 1.145 nan 1.162 1.335 0.795 0.655 1.508 0.509 0.952 2.232 0.896 0.489 7.383 0.107 0.688 0.648 0.313 0.160 2.640 1.249 1.167 0.681 0.221 0.229 0.475 1.436 1.380 0.670 0.859 1.163 2.247 5.218 2.160 2.337 1.259 0.804 0.043 2.863 0.166 0.379 0.475 1.414 1.042 0.593 0.649 0.355 4.144 0.770 0.817 1.348 0.828 3.280 0.648 1.872 1.457 0.475 2.214 2.090 0.074 0.937 0.807 0.801 0.372 0.054 0.326 0.781 0.392 0.914 0.952 3.235 5.025 1.195 1.005 nan 0.668 0.864 0.832 1.194 nan 3.644 4.124 0.960 0.918 0.378 0.839 0.657 0.543 0.210 0.401 0.943 0.538 4388 chr16 57820214 57860428 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -3385 NM_001318710 3801 Hs.23131 NM_005550 ENSG00000140859 KIFC3 - kinesin family member C3 protein-coding nan nan nan 1.167 1.400 1.552 2.329 0.215 0.490 1.672 2.064 1.381 0.502 0.893 1.122 0.847 0.230 0.104 2.184 0.915 7.347 0.145 0.074 0.109 1.806 2.797 2.482 1.321 1.277 0.982 0.946 1.687 2.004 3.136 1.254 6.558 0.031 0.202 0.071 0.818 0.101 4.056 3.790 1.670 1.957 0.955 1.298 2.185 6.049 0.742 3.059 2.803 0.847 2.780 1.426 1.806 0.978 1.760 0.073 4.410 0.518 0.968 0.096 0.123 1.112 1.060 0.493 0.476 0.549 0.443 1.009 1.021 1.044 0.741 0.182 0.235 0.239 0.236 nan nan nan nan 0.848 0.233 0.291 0.102 0.147 0.443 nan nan 0.841 3819 chr14 103452105 103491104 + 0 NA intron (NM_006035, intron 3 of 36) intron (NM_006035, intron 3 of 36) 52138 NM_006035 9578 Hs.654634 NM_006035 ENSG00000198752 CDC42BPB MRCKB CDC42 binding protein kinase beta protein-coding 1.390 1.310 1.349 0.339 0.491 0.539 1.091 0.180 0.420 0.093 0.312 0.379 0.051 0.046 0.291 0.449 0.184 0.178 0.542 0.177 0.277 0.099 0.315 0.293 0.298 1.202 0.725 0.088 0.193 0.271 1.007 4.227 1.412 0.644 0.825 0.336 0.088 0.107 0.107 0.324 0.228 0.506 0.467 0.243 0.190 0.611 1.941 0.218 0.734 0.622 0.069 1.504 0.449 0.669 1.350 0.298 0.534 0.732 0.070 0.119 0.059 0.705 0.071 0.089 0.589 0.097 0.066 0.337 0.398 0.345 0.605 1.408 1.388 1.426 0.479 0.236 0.260 0.479 0.836 1.147 1.931 0.597 0.436 0.265 0.390 0.557 0.589 0.228 0.392 0.934 0.786 2798 chr12 76204933 76215598 + 0 NA Intergenic Intergenic 215291 NM_007350 22822 Hs.602085 NM_007350 ENSG00000139289 PHLDA1 DT1P1B11|PHRIP|TDAG51 pleckstrin homology like domain family A member 1 protein-coding nan 1.649 0.700 0.241 0.311 0.142 1.635 0.331 0.518 0.054 0.147 1.452 0.047 0.236 0.286 1.235 0.405 0.224 0.377 0.498 0.065 0.013 0.384 0.389 0.587 0.549 0.136 0.136 0.394 0.417 0.644 2.076 0.261 0.634 1.129 0.132 0.417 0.041 0.061 1.479 0.364 0.215 0.192 0.180 0.407 0.215 0.443 0.821 0.310 0.668 0.176 0.500 1.235 0.206 0.515 0.587 0.489 0.102 0.778 0.390 0.277 0.207 0.068 0.393 0.756 0.081 0.048 0.436 0.316 0.353 0.543 2.286 2.090 0.786 0.436 0.280 0.203 3.754 4.715 nan 1.028 2.796 2.756 0.209 0.299 1.014 1.203 0.453 0.933 nan 1.388 734 chr1 153597762 153610888 + 0 NA 3' UTR (NM_006271, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_006271, exon 3 of 3) -2133 NM_001206612 26097 Hs.611057 NM_015607 ENSG00000160679 CHTOP C10orf77|C1orf77|FL-SRAG|FOP|SRAG|SRAG-3|SRAG-5|pp7704 chromatin target of PRMT1 protein-coding nan nan 2.789 1.835 1.911 1.387 2.097 0.671 1.910 0.970 1.346 1.978 1.416 1.454 2.845 2.351 1.453 0.276 2.829 1.504 1.326 0.931 1.260 0.625 2.029 2.063 2.248 1.412 2.254 1.477 14.106 23.869 2.319 7.017 1.694 2.692 0.482 1.470 0.144 2.074 0.842 4.086 2.721 1.261 2.026 1.381 2.231 1.892 2.562 2.436 2.857 5.564 2.351 2.907 2.240 2.029 1.787 3.192 0.594 3.713 1.823 2.065 1.537 2.695 1.086 1.365 1.008 2.258 1.968 3.109 4.668 3.969 nan 4.380 2.409 4.311 4.662 1.622 2.387 2.664 4.145 2.987 3.116 3.688 4.849 2.039 2.655 4.324 6.816 1.623 0.945 7724 chr3 107835942 107858316 + 0 NA intron (NR_110028, intron 1 of 2) intron (NR_110028, intron 1 of 2) 2461 NR_110028 101929623 Hs.570653 NR_110028 ENSG00000271856 LINC01215 - long intergenic non-protein coding RNA 1215 ncRNA nan nan 0.771 0.794 0.224 0.268 1.346 2.660 4.470 0.069 0.156 0.283 1.238 0.023 0.337 0.380 0.548 0.130 1.417 0.869 0.076 0.012 1.859 1.214 1.178 1.259 0.719 0.089 3.205 3.218 0.255 1.062 1.866 0.439 0.490 0.046 0.279 0.034 0.076 0.206 0.188 1.050 0.257 0.189 4.307 1.881 0.512 0.912 0.106 0.365 0.074 0.417 0.380 0.226 0.294 1.178 0.442 0.288 0.086 0.184 0.081 0.406 0.080 0.171 0.061 0.016 0.011 0.719 0.857 3.168 2.784 0.901 0.799 7.196 3.544 0.346 0.367 0.295 0.529 0.971 0.990 0.548 0.266 0.149 0.266 1.261 1.236 0.376 0.644 3.151 1.516 2621 chr12 42310023 42336854 + 0 NA Intergenic L1ME3B|LINE|L1 165447 NR_135040 101927038 Hs.98588 NR_135040 ENSG00000257784 LINC02400 - long intergenic non-protein coding RNA 2400 ncRNA 0.994 nan 0.634 0.114 1.620 1.513 0.106 0.671 1.392 0.007 0.090 0.021 0.024 0.044 2.481 1.712 0.086 0.096 0.162 0.071 0.019 0.019 1.169 0.451 3.558 0.033 0.027 0.061 0.079 0.020 0.078 0.221 0.118 1.185 0.028 0.054 0.332 0.032 0.093 0.044 0.950 0.069 0.029 0.026 0.053 0.026 0.086 0.213 0.129 0.087 0.059 0.029 1.712 0.116 0.025 3.558 0.032 0.046 0.094 0.063 0.585 0.047 0.059 0.079 0.011 0.009 0.010 0.452 0.441 0.543 0.375 5.782 5.343 4.707 2.280 0.330 0.320 1.377 1.604 0.986 1.278 0.770 0.729 0.127 0.273 1.756 1.876 0.370 0.750 1.197 0.738 11091 chr8 85083977 85106766 + 0 NA promoter-TSS (NM_001354310) promoter-TSS (NM_001354310) -70 NM_001354318 138046 Hs.121663 NM_173848 ENSG00000184672 RALYL HNRPCL3 RALY RNA binding protein like protein-coding 1.238 nan nan 0.060 0.702 4.530 0.025 0.586 1.058 0.017 0.045 0.044 0.052 0.037 1.051 0.755 0.095 0.096 0.157 0.017 0.022 0.025 0.384 0.165 0.398 0.010 0.006 0.069 0.014 0.152 0.259 0.041 6.248 0.045 0.040 0.619 0.052 0.086 0.058 0.657 0.037 0.024 0.020 0.019 0.014 0.071 0.166 0.057 0.472 0.029 0.027 0.755 0.122 0.020 0.398 0.016 0.061 0.097 0.035 1.483 0.020 1.045 1.073 0.007 0.028 0.013 0.740 0.716 0.223 0.319 3.710 3.288 2.780 1.136 5.363 5.121 5.570 6.613 nan 4.074 1.123 1.039 0.968 2.252 2.142 1.752 2.792 4.217 1.503 0.941 9890 chr6 124205559 124237594 + 0 NA intron (NM_001040214, intron 1 of 6) AluSc|SINE|Alu 96585 NM_001040214 154215 Hs.656604 NM_153355 ENSG00000188580 NKAIN2 FAM77B|NKAIP2|TCBA|TCBA1 sodium/potassium transporting ATPase interacting 2 protein-coding 0.760 0.816 0.844 0.040 0.454 1.349 0.036 1.160 2.434 0.006 0.041 0.126 0.003 0.324 2.791 0.136 0.109 0.071 0.076 0.024 0.014 0.509 0.323 0.566 0.002 0.018 0.005 0.057 0.006 0.089 0.275 0.038 0.679 0.005 0.190 0.253 0.034 0.129 0.007 0.044 0.040 0.024 0.020 0.031 0.021 0.117 0.060 0.018 0.049 0.005 0.027 0.136 0.054 0.020 0.566 0.029 0.018 0.024 0.029 0.598 0.022 0.043 0.047 0.012 0.014 0.008 0.426 0.314 0.320 0.333 0.590 0.683 6.988 2.317 0.849 0.917 0.367 0.469 1.654 1.213 0.411 0.144 0.116 0.209 1.251 2.126 0.165 0.219 0.787 0.491 6736 chr2 235745996 235751368 + 0 NA Intergenic Intergenic -111946 NM_014521 23677 Hs.516777 NM_014521 ENSG00000130147 SH3BP4 BOG25|TTP SH3 domain binding protein 4 protein-coding 0.711 nan 0.548 0.067 0.199 0.125 1.508 0.238 0.330 0.303 1.889 1.898 0.184 0.314 1.203 0.753 0.150 0.257 0.283 0.246 0.051 0.202 0.075 0.558 1.428 0.792 0.069 0.168 0.149 0.420 1.734 0.145 0.452 1.555 4.940 0.080 0.108 0.614 0.064 0.351 0.350 0.218 0.141 0.204 1.062 5.027 0.730 0.170 2.409 0.874 1.203 0.092 1.976 0.558 0.136 1.927 0.074 0.172 0.365 0.974 0.038 0.046 0.554 0.650 0.378 0.439 0.380 11.558 13.680 0.204 0.336 0.384 0.256 0.375 0.298 0.304 0.717 0.475 nan 0.304 0.127 0.278 0.275 0.070 0.107 0.311 0.411 0.483 0.430 7543 chr3 23846692 23853103 + 0 NA intron (NM_182666, intron 2 of 4) intron (NM_182666, intron 2 of 4) -1501 NR_046652 100874092 Hs.695913 NR_046652 ENSG00000223791 UBE2E1-AS1 - UBE2E1 antisense RNA 1 ncRNA 3.862 2.383 4.793 2.854 3.172 0.157 2.831 0.845 1.399 1.569 3.203 2.687 1.816 2.196 1.931 1.719 2.494 0.329 3.228 0.813 2.659 2.269 2.156 1.181 2.798 0.945 0.522 1.390 3.732 1.737 3.592 5.997 1.653 4.759 1.065 1.937 0.459 2.373 0.072 0.796 2.463 2.685 5.277 2.653 2.025 1.296 2.886 1.356 5.927 5.351 1.176 2.303 1.719 3.337 4.350 2.798 1.345 1.774 0.544 2.783 2.003 1.845 1.869 1.309 1.583 0.934 0.438 2.557 3.516 5.532 8.116 5.537 4.704 3.206 1.288 7.904 8.491 2.897 3.804 4.895 7.668 nan 4.045 3.744 6.367 2.109 1.698 3.266 3.692 1.430 1.035 11235 chr8 119781869 119795275 + 0 NA Intergenic Intergenic -154338 NR_109794 401474 Hs.359393 NM_207506 ENSG00000177570 SAMD12 - sterile alpha motif domain containing 12 protein-coding nan nan 2.062 0.038 0.183 0.025 0.076 0.132 0.237 0.007 0.233 0.076 0.009 0.380 0.081 0.094 0.139 0.120 0.127 0.043 0.051 0.021 0.093 0.098 0.053 0.036 0.014 0.100 0.024 0.109 0.273 0.146 0.704 0.011 0.080 0.099 0.049 0.090 0.026 0.018 0.063 0.117 0.127 0.125 0.017 0.190 0.174 0.067 0.047 0.024 0.058 0.094 0.096 0.028 0.053 0.031 0.094 0.015 0.048 0.561 0.035 0.028 0.065 0.012 0.017 0.019 0.326 0.172 0.203 0.272 1.021 1.342 nan 2.205 0.694 nan 0.390 nan 0.315 0.316 0.387 0.202 0.089 0.243 0.615 0.611 0.301 0.402 0.789 0.870 2524 chr12 18391881 18474137 + 0 NA intron (NM_004570, intron 1 of 31) intron (NM_004570, intron 1 of 31) 18535 NM_004570 5288 Hs.22500 NM_004570 ENSG00000139144 PIK3C2G PI3K-C2-gamma|PI3K-C2GAMMA phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase catalytic subunit type 2 gamma protein-coding 0.717 1.054 0.957 3.485 0.283 0.103 0.033 0.136 0.257 0.073 0.255 0.194 0.045 0.030 0.074 0.178 0.120 0.053 0.162 0.049 0.297 0.483 0.112 0.157 0.140 0.014 0.012 0.009 0.120 0.031 0.119 0.289 0.178 0.375 0.064 0.163 0.003 0.046 0.120 0.017 0.139 0.066 0.015 0.017 0.038 0.030 0.095 0.154 0.056 0.053 0.068 0.054 0.178 0.088 0.024 0.140 0.074 0.030 0.007 0.093 0.064 0.050 0.037 0.113 0.019 0.046 0.051 0.235 0.149 1.525 1.563 nan 0.573 1.167 0.452 0.405 0.378 0.641 0.852 0.427 0.418 0.409 0.176 0.129 0.186 0.048 0.061 0.347 0.749 0.306 0.292 9917 chr6 130920549 130926925 + 0 NA Intergenic Intergenic 165475 NM_052913 114801 Hs.591341 NM_052913 ENSG00000164484 TMEM200A KIAA1913|TTMA|TTMC transmembrane protein 200A protein-coding 0.689 0.593 0.569 0.281 0.075 0.018 1.113 0.126 0.237 0.153 2.297 0.010 0.032 0.181 0.904 0.047 1.115 0.744 0.059 0.022 0.076 0.180 0.075 0.846 0.499 0.024 0.095 0.428 0.266 0.572 0.046 0.164 0.666 0.059 0.030 0.035 0.153 3.729 0.013 1.057 3.502 1.736 0.675 0.084 0.367 0.875 0.038 2.977 0.019 0.904 0.113 0.035 0.075 0.096 0.051 0.235 0.192 0.460 0.062 0.115 0.883 3.828 2.956 0.278 0.258 0.231 0.509 0.179 0.224 nan 0.129 0.268 0.208 0.083 0.174 0.117 0.147 0.551 0.192 0.076 0.197 0.059 0.120 0.232 nan 0.459 0.439 1471 chr10 50802172 50823208 + 0 NA Intergenic L1ME3C|LINE|L1 -4451 NM_020984 1103 Hs.302002 NM_020549 ENSG00000070748 CHAT CHOACTASE|CMS1A|CMS1A2|CMS6 choline O-acetyltransferase protein-coding 0.758 nan 0.439 0.034 0.130 3.197 0.064 0.129 0.323 0.045 0.095 0.048 0.041 0.028 0.017 0.146 0.068 0.038 0.043 0.036 0.060 0.020 0.052 0.069 0.097 0.108 0.061 0.445 0.075 0.065 0.046 0.077 0.051 3.930 0.002 0.054 0.023 0.036 0.062 0.033 0.175 0.491 0.057 0.055 0.099 0.022 0.201 0.090 0.093 0.055 0.049 0.048 0.146 0.062 0.056 0.097 0.029 0.020 0.097 0.748 0.112 0.572 0.094 0.088 0.015 0.071 0.041 1.481 1.994 0.182 0.177 0.393 0.367 0.428 0.136 0.823 0.790 0.444 0.752 0.205 0.316 0.225 0.123 0.482 0.504 0.066 0.089 0.301 0.535 0.355 0.420 5806 chr19 54691638 54696710 + 0 NA promoter-TSS (NM_001282333) promoter-TSS (NM_001282333) 55 NM_001282333 79042 Hs.15580 NM_024075 ENSG00000170892 TSEN34 LENG5|PCH2C|SEN34|SEN34L tRNA splicing endonuclease subunit 34 protein-coding 6.523 3.819 6.721 6.397 4.595 3.970 3.028 4.534 9.535 3.633 8.097 3.237 2.550 2.912 7.566 3.270 2.454 0.284 4.907 1.518 4.211 2.373 1.577 0.736 4.537 1.152 1.728 2.631 6.182 1.118 4.072 6.041 6.056 9.141 1.811 3.023 1.030 5.949 0.174 2.740 2.634 9.417 4.142 2.078 4.995 1.614 7.354 2.415 7.090 3.758 3.363 2.081 3.270 6.655 3.031 4.537 2.318 4.052 0.861 7.172 2.732 5.222 3.670 2.285 2.598 3.171 1.722 4.752 5.998 5.522 7.973 10.706 8.329 9.464 7.324 23.833 25.286 4.535 6.044 8.723 15.510 7.076 7.071 7.153 9.314 5.079 5.660 7.394 6.731 3.877 1.754 5340 chr18 48720231 48725815 + 0 NA exon (NM_016626, exon 1 of 2) exon (NM_016626, exon 1 of 2) 1028 NM_016626 51320 Hs.465144 NM_016626 ENSG00000176624 MEX3C BM-013|MEX-3C|RKHD2|RNF194 mex-3 RNA binding family member C protein-coding nan 4.011 6.210 4.920 4.593 4.181 1.353 2.010 4.270 1.332 3.970 1.771 1.084 1.883 4.642 10.665 1.823 0.258 1.480 0.444 1.927 2.678 1.279 0.784 6.597 0.844 1.333 2.425 1.548 0.963 3.498 3.950 2.845 10.841 0.940 2.191 2.216 4.047 0.124 0.758 5.308 4.978 0.975 0.518 1.272 0.989 3.346 1.689 3.680 3.914 1.888 2.179 10.665 1.768 0.944 6.597 0.787 0.458 1.894 4.444 2.184 1.935 2.696 2.101 1.793 0.010 0.027 7.998 9.277 8.996 12.470 14.776 9.412 14.119 6.013 8.914 8.157 2.213 2.794 4.953 7.992 6.805 9.678 4.005 9.982 10.032 8.271 5.726 nan 7.321 3.990 9659 chr6 43223274 43228233 + 0 NA intron (NM_032538, intron 10 of 14) intron (NM_032538, intron 10 of 14) 14335 NM_032538 84630 Hs.485436 NM_032538 ENSG00000146216 TTBK1 BDTK tau tubulin kinase 1 protein-coding 0.968 0.536 1.014 0.044 0.072 0.034 0.156 0.097 0.363 0.060 0.045 0.037 0.039 0.172 0.348 0.152 0.096 0.148 0.038 0.004 0.139 0.189 0.067 0.089 0.042 0.014 0.089 0.042 0.021 0.113 0.336 0.129 0.390 0.059 0.049 0.019 0.087 0.092 0.047 0.081 0.074 0.024 0.044 0.019 0.117 0.322 0.082 0.029 0.033 0.084 0.348 0.099 0.089 0.099 0.067 0.136 0.189 0.045 0.058 0.893 0.152 0.031 0.030 2.099 3.253 8.780 7.298 0.416 0.527 0.540 0.281 2.300 2.469 0.235 0.457 0.440 nan 0.525 0.236 2.233 1.999 0.093 0.161 0.361 0.482 0.762 0.584 3379 chr13 114859903 114866702 + 0 NA intron (NM_001320821, intron 1 of 25) intron (NM_001320821, intron 1 of 25) -19848 NM_001320822 22821 Hs.593075 NM_007368 ENSG00000185989 RASA3 GAP1IP4BP|GAPIII RAS p21 protein activator 3 protein-coding 0.806 nan 0.464 0.032 1.766 8.780 0.596 0.095 0.251 0.197 2.055 0.512 0.058 0.525 1.172 0.447 0.268 0.334 0.188 0.161 0.048 0.337 0.642 0.556 0.493 0.071 0.030 0.242 0.860 0.043 2.188 0.141 1.053 0.028 0.079 0.140 0.381 0.118 1.000 0.404 0.172 0.016 0.068 0.128 0.601 0.863 1.984 0.338 0.312 1.172 0.408 0.647 0.337 0.091 0.325 0.172 1.246 2.670 0.354 0.209 0.073 0.332 0.362 0.136 0.925 0.958 0.200 0.425 0.730 0.532 0.871 0.283 0.122 0.148 0.020 0.074 0.880 1.128 0.418 0.288 0.640 0.553 0.348 0.237 0.254 0.267 0.151 0.124 373 chr1 51423949 51452470 + 0 NA intron (NM_078626, intron 1 of 1) intron (NM_078626, intron 1 of 1) 2567 NM_078626 1031 Hs.525324 NM_001262 ENSG00000123080 CDKN2C INK4C|p18|p18-INK4C cyclin dependent kinase inhibitor 2C protein-coding 5.805 5.913 2.823 4.227 3.776 7.417 1.530 2.534 4.932 0.369 2.825 2.061 0.735 2.211 5.833 5.091 4.496 0.384 1.403 0.579 3.335 2.792 5.442 3.034 4.112 1.784 2.080 1.332 1.644 0.531 0.816 nan 1.090 14.234 0.670 2.659 1.570 3.053 0.151 1.041 4.880 2.853 1.710 0.692 0.945 0.487 0.888 2.253 1.850 2.478 2.552 0.708 5.091 1.944 6.075 4.112 0.661 0.741 1.099 1.690 2.142 1.988 0.833 1.118 2.297 2.332 1.626 2.895 2.879 3.034 3.986 17.178 17.051 6.527 3.180 4.012 3.962 8.031 9.377 3.005 4.019 11.455 13.230 1.314 2.375 7.055 5.964 2.362 nan 5.145 3.000 2078 chr11 71747103 71755538 + 0 NA intron (NM_006185, intron 2 of 26) intron (NM_006185, intron 2 of 26) 25983 NR_104178 100128494 Hs.713607 NR_104178 ENSG00000251143 LOC100128494 - uncharacterized LOC100128494 ncRNA nan 2.659 2.792 1.507 3.594 9.949 2.091 3.540 6.752 0.748 2.144 1.972 0.309 1.581 4.244 4.168 2.668 0.268 1.390 0.606 1.926 0.936 2.798 1.414 5.120 1.992 1.974 0.893 1.099 0.539 3.628 nan 3.089 11.128 1.059 1.069 1.538 2.681 0.140 1.104 1.670 0.305 0.567 0.270 1.343 1.811 0.649 3.043 2.548 1.325 3.757 1.918 4.168 1.557 1.779 5.120 0.608 0.432 1.920 0.309 3.176 1.241 2.772 0.830 2.114 0.225 0.108 3.554 4.602 3.771 5.825 12.118 12.476 4.534 1.902 4.741 5.095 5.431 6.108 5.897 8.492 3.473 2.812 3.049 4.636 4.326 5.061 1.632 3.675 3.762 1.944 10475 chr7 82292263 82308480 + 0 NA Intergenic MLT1A|LTR|ERVL-MaLR -227249 NM_001302890 781 Hs.282151 NM_000722 ENSG00000153956 CACNA2D1 CACNA2|CACNL2A|CCHL2A|LINC01112|lncRNA-N3 calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 1 protein-coding 1.169 0.881 1.209 0.067 0.097 0.303 0.040 0.197 0.367 0.012 0.067 0.108 0.030 0.031 0.116 0.222 0.161 0.100 0.138 0.023 0.016 0.008 0.250 0.174 0.184 0.004 0.005 0.170 0.081 0.184 0.373 0.683 0.561 0.132 0.072 0.210 0.135 0.176 0.094 0.074 0.074 0.007 0.005 0.014 0.052 0.074 0.080 0.070 0.062 0.014 0.041 0.222 0.031 0.029 0.184 0.061 0.091 0.036 0.036 0.050 0.019 0.031 0.212 0.094 0.046 0.009 0.419 0.252 0.236 0.327 0.377 0.426 1.416 0.393 0.121 0.112 4.249 4.407 0.521 0.445 1.032 0.827 0.157 0.323 0.889 0.758 0.443 nan 0.665 0.592 5359 chr18 54575810 54587776 + 0 NA intron (NM_052834, intron 20 of 26) intron (NM_052834, intron 20 of 26) 157557 NR_152602 100885779 Hs.565136 NR_048536 ENSG00000258609 LINC-ROR ROR|lincRNA-RoR|lincRNA-ST8SIA3 long intergenic non-protein coding RNA, regulator of reprogramming ncRNA nan 1.060 0.900 0.198 0.688 0.061 0.065 0.361 0.618 0.016 0.138 0.085 0.015 0.251 0.253 1.853 0.069 0.068 0.043 0.016 0.027 0.339 0.147 0.432 0.006 0.012 0.031 0.045 0.035 0.055 0.034 0.047 0.749 0.036 0.092 1.062 0.035 0.081 0.029 0.153 0.076 0.018 0.019 0.009 0.026 0.185 0.100 0.054 0.034 0.316 0.089 1.853 0.012 0.015 0.432 0.030 0.007 0.032 0.034 0.128 0.040 0.025 0.134 0.013 0.005 0.004 0.517 0.489 0.273 0.327 1.166 1.269 1.577 0.513 0.482 0.444 0.544 0.541 0.761 0.952 0.336 0.259 0.183 0.403 2.994 4.766 0.278 0.672 nan 1.798 5609 chr19 33181336 33187162 + 0 NA intron (NM_001105570, intron 1 of 2) LTR12|LTR|ERV1 1382 NM_001105570 390916 Hs.203961 NM_001105570 ENSG00000213965 NUDT19 RP2 nudix hydrolase 19 protein-coding 3.044 1.559 3.463 2.925 3.607 0.995 1.191 0.743 1.760 1.608 3.000 2.057 0.645 0.554 3.210 2.820 1.106 0.137 2.072 0.521 1.537 0.687 1.176 0.854 2.694 1.209 1.325 2.074 1.621 0.488 1.963 3.889 2.973 7.922 0.025 1.498 0.033 2.214 0.097 1.133 0.828 3.678 2.881 1.462 1.370 0.721 2.680 1.047 3.605 9.795 3.636 1.212 2.820 2.145 2.197 2.694 1.365 1.748 0.750 2.690 1.639 0.232 2.856 0.978 0.645 0.769 0.430 3.006 3.222 2.513 5.984 3.121 3.607 2.529 0.842 7.362 7.351 2.004 3.694 4.677 7.234 nan 3.386 5.720 9.827 0.486 0.435 4.164 4.129 2.278 1.650 7319 chr22 21298367 21313067 + 0 NA 3' UTR (NM_005207, exon 3 of 3) 3' UTR (NM_005207, exon 3 of 3) -5663 NR_110537 101928891 Hs.648264 NR_110537 ENSG00000237476 LINC01637 - long intergenic non-protein coding RNA 1637 ncRNA 0.919 nan 0.720 1.066 0.241 0.075 1.442 0.120 0.330 1.091 1.081 0.528 1.370 1.065 0.156 0.172 0.201 0.043 2.279 0.903 0.613 0.151 0.298 0.150 0.350 0.632 0.708 1.318 3.091 1.220 1.084 nan 0.921 0.421 0.276 0.934 0.038 0.396 0.111 0.634 0.134 1.321 0.936 0.403 1.130 0.923 0.782 0.177 1.694 2.481 1.016 1.051 0.172 1.731 2.712 0.350 0.491 0.366 0.006 1.209 0.752 1.203 0.780 0.149 0.041 0.683 0.392 0.316 0.440 0.350 0.572 0.400 0.482 0.824 0.201 0.826 0.821 0.634 0.996 1.100 1.432 0.769 0.538 0.494 0.831 0.192 0.240 0.218 0.580 1.169 0.717 8403 chr4 62064724 62081311 + 0 NA intron (NM_001322246, intron 1 of 25) L1PA7|LINE|L1 6043 NM_015236 23284 Hs.28391 NM_015236 ENSG00000150471 ADGRL3 CIRL3|CL3|LEC3|LPHN3 adhesion G protein-coupled receptor L3 protein-coding nan nan 1.027 0.156 0.781 0.034 0.042 0.145 0.438 0.011 0.066 0.094 0.030 0.103 1.006 0.643 0.077 0.106 0.115 0.057 0.015 0.042 1.105 0.645 0.498 0.025 0.017 0.063 0.113 0.070 0.218 0.524 0.251 5.273 0.203 0.029 0.545 0.051 0.055 0.085 1.543 0.102 0.037 0.033 0.059 0.019 0.023 0.278 0.083 0.017 0.014 0.012 0.643 0.091 0.005 0.498 0.044 0.030 0.024 0.119 1.411 0.005 0.054 0.023 0.004 0.010 0.012 0.916 1.303 1.849 2.744 1.740 1.415 7.482 2.489 8.005 8.504 2.375 3.052 0.500 0.576 0.983 1.383 0.206 0.534 2.085 2.398 0.127 0.307 0.820 0.545 6148 chr2 61230484 61247297 + 0 NA intron (NM_144709, intron 2 of 17) (A)n|Simple_repeat|Simple_repeat 5457 NM_001322124 150962 Hs.368348 NM_144709 ENSG00000162927 PUS10 CCDC139|DOBI pseudouridylate synthase 10 protein-coding 1.900 1.082 nan 1.607 1.257 0.619 1.497 0.611 1.233 1.320 1.178 3.420 0.738 0.359 0.911 0.767 0.681 0.157 1.908 0.967 1.742 0.981 0.680 0.486 1.110 1.363 1.296 0.575 2.009 0.760 4.196 6.586 3.728 3.042 1.571 1.053 0.136 1.720 0.124 0.779 0.618 1.518 0.927 0.565 0.967 1.542 5.326 1.164 1.603 1.329 1.316 2.090 0.767 1.364 1.194 1.110 0.919 1.312 0.398 1.518 1.081 1.001 0.563 0.617 0.886 0.593 0.386 1.216 1.366 2.000 2.848 1.493 1.590 nan 0.698 3.621 3.946 1.359 1.893 2.482 3.636 1.724 1.611 0.929 2.064 0.615 0.580 1.350 1.919 1.637 0.897 1309 chr10 6315349 6324918 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -48374 NR_040079 399715 NR_040079 ENSG00000215244 LOC399715 - uncharacterized LOC399715 ncRNA 0.500 0.825 0.533 3.130 0.101 0.040 1.526 0.034 0.173 0.322 0.837 1.288 0.013 0.020 0.075 0.602 0.390 0.186 1.912 1.473 6.138 0.014 0.053 0.095 0.037 2.083 1.696 0.108 1.281 0.862 0.722 1.619 1.734 0.233 0.920 0.547 0.010 0.057 0.133 1.335 0.008 1.751 1.428 0.762 4.758 0.403 0.957 1.463 4.680 1.161 4.367 3.197 0.602 1.452 0.763 0.037 0.705 0.398 0.020 3.421 0.212 1.618 0.041 0.064 0.573 4.279 6.878 0.448 0.325 0.278 0.780 0.157 0.149 0.813 0.217 0.100 0.133 0.254 0.336 0.096 0.081 0.201 0.070 0.100 0.221 0.057 0.110 0.182 0.429 0.174 0.194 1752 chr11 1648242 1675045 + 0 NA Intergenic Intergenic 10610 NM_001001480 439915 Hs.653467 NM_001001480 ENSG00000185940 KRTAP5-5 KRTAP5-11|KRTAP5.5 keratin associated protein 5-5 protein-coding 0.748 1.095 0.452 0.046 0.353 0.271 0.108 1.212 2.513 0.014 0.072 0.052 0.018 0.086 0.678 0.422 0.067 0.083 0.098 0.028 0.012 0.016 0.640 0.406 5.540 0.044 0.008 0.044 0.064 0.028 0.098 0.466 0.122 1.903 0.005 0.038 0.372 0.049 0.063 0.013 0.054 0.148 0.070 0.036 0.012 0.049 0.061 0.142 0.091 0.035 0.109 0.052 0.422 0.119 0.042 5.540 0.036 0.065 0.051 0.145 0.056 0.052 0.063 0.014 0.026 0.028 0.004 0.441 0.447 0.162 0.233 4.965 4.879 1.450 0.718 0.169 0.193 0.155 0.253 0.175 0.265 0.455 0.699 0.314 0.313 1.314 1.099 0.083 0.122 1.115 0.755 4508 chr16 87955743 87991327 + 0 NA Intergenic (TAGA)n|Simple_repeat|Simple_repeat -3423 NM_001739 763 Hs.177446 NM_001739 ENSG00000174990 CA5A CA5|CA5AD|CAV|CAVA|GS1-21A4.1 carbonic anhydrase 5A protein-coding nan 1.933 1.704 0.772 3.013 1.510 0.763 1.172 2.353 0.479 0.422 0.707 0.462 0.922 1.804 3.114 0.379 0.117 1.240 0.491 1.032 0.459 0.843 0.500 2.395 0.665 0.805 0.553 0.692 0.184 0.822 1.984 0.952 4.137 0.501 0.570 0.468 0.561 0.083 0.172 0.696 1.043 1.022 0.535 0.307 0.631 0.984 0.663 0.955 1.092 1.439 1.174 3.114 2.290 0.793 2.395 0.398 1.592 0.617 0.869 3.936 0.528 0.426 0.342 0.298 0.330 0.223 1.322 1.432 1.031 1.817 4.748 3.934 5.704 2.493 2.011 2.157 0.618 0.933 3.010 4.275 2.736 3.054 1.037 1.394 2.197 2.269 1.277 1.350 3.273 1.766 2874 chr12 96108954 96120029 + 0 NA intron (NM_001329702, intron 3 of 9) intron (NM_001329702, intron 3 of 9) 69482 NM_001329702 59277 Hs.201034 NM_021229 ENSG00000074527 NTN4 PRO3091 netrin 4 protein-coding 0.797 0.937 0.730 0.313 0.127 0.035 0.122 0.106 0.244 0.398 0.098 0.133 0.017 0.026 0.087 0.128 1.408 0.407 0.163 0.051 0.318 0.012 0.184 0.127 0.210 0.188 0.039 0.020 0.070 0.029 0.189 1.178 0.724 nan 0.068 0.151 0.009 0.039 0.125 0.032 0.007 0.041 0.005 0.035 0.106 0.089 0.338 0.232 0.456 0.090 0.586 0.734 0.128 0.071 0.278 0.210 0.255 3.599 0.018 0.048 0.138 0.062 0.054 0.044 0.021 0.031 0.030 0.230 0.165 3.507 11.424 0.479 0.540 0.175 0.105 0.233 0.262 0.457 nan 0.357 nan 0.311 0.128 0.171 0.190 0.072 0.139 0.384 0.720 0.875 0.755 5352 chr18 53195061 53225285 + 0 NA intron (NM_001348219, intron 2 of 18) intron (NM_001348219, intron 2 of 18) -32173 NM_001243231 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 0.868 0.905 0.059 0.162 0.101 0.028 0.186 0.336 0.009 0.105 0.205 0.005 0.027 0.313 0.315 0.156 0.049 0.035 0.012 0.015 0.014 0.394 0.281 0.288 0.034 0.017 0.014 0.020 0.017 0.048 0.027 0.030 0.550 0.005 0.071 0.777 0.449 0.095 0.043 0.144 0.067 0.004 0.008 0.014 0.015 0.160 0.089 0.041 0.086 0.016 0.020 0.315 0.017 0.009 0.288 0.004 0.019 0.013 0.019 0.833 0.018 0.419 0.201 0.032 0.013 0.005 0.750 0.596 4.699 2.732 0.939 1.081 4.246 1.474 2.345 2.339 0.856 1.026 0.493 0.515 0.528 0.301 0.443 0.772 3.885 4.181 0.351 0.652 nan 1.011 8925 chr5 56863392 56868521 + 0 NA promoter-TSS (NR_120607) promoter-TSS (NR_120607) -213 NR_120607 100996645 Hs.582496 NR_120607 LINCR-0003 - uncharacterized LincR-0003 ncRNA nan nan 0.655 0.083 0.035 0.011 0.187 0.125 0.158 0.089 0.235 0.085 0.051 0.162 0.157 0.045 0.012 0.007 0.094 0.023 0.081 0.014 0.034 0.080 0.104 0.032 0.118 0.066 0.245 0.004 0.093 0.074 0.227 0.110 0.078 0.090 0.070 0.046 0.064 0.030 0.112 0.098 0.127 0.070 0.030 0.064 0.051 0.096 0.055 0.023 0.119 0.038 0.041 0.020 0.019 0.024 0.030 0.034 0.010 0.562 0.644 10.078 9.376 0.187 0.178 nan 0.111 0.124 0.226 0.476 0.698 0.112 0.141 nan 0.190 0.092 0.116 0.065 0.074 0.202 0.305 0.737 0.520 6918 chr20 30696496 30699521 + 0 NA intron (NM_014742, intron 1 of 17) intron (NM_014742, intron 1 of 17) 699 NM_014742 9777 Hs.654665 NM_014742 ENSG00000101337 TM9SF4 dJ836N17.2 transmembrane 9 superfamily member 4 protein-coding 8.174 6.139 3.952 6.165 5.564 4.684 2.919 2.492 6.630 3.507 3.628 2.806 1.886 4.644 3.119 2.343 4.425 0.269 3.762 2.071 5.779 4.938 2.491 1.095 5.332 3.073 4.776 3.146 3.715 2.226 6.171 nan 4.924 11.279 2.855 5.786 1.263 4.545 0.211 3.431 2.250 7.336 5.501 2.196 3.576 3.597 2.721 6.995 3.767 4.985 2.430 2.563 2.343 5.083 5.534 5.332 2.629 3.411 3.240 5.348 2.148 4.627 1.668 2.978 5.465 3.435 2.596 13.536 9.298 8.822 12.053 6.869 nan 15.892 13.103 14.833 17.502 6.818 7.455 10.463 14.305 13.956 11.769 5.837 9.019 6.984 9.865 11.068 8.740 3.664 1.859 1622 chr10 103235727 103256033 + 0 NA intron (NM_003939, intron 3 of 13) intron (NM_003939, intron 3 of 13) 102147 NM_001308382 27343 Hs.523230 NM_013274 ENSG00000166169 POLL BETAN|POLKAPPA DNA polymerase lambda protein-coding nan nan 1.400 0.028 0.225 0.139 0.084 0.284 0.541 0.176 0.073 0.003 0.039 0.618 1.176 0.155 0.110 0.094 0.009 0.041 0.020 0.463 0.388 0.391 0.031 0.025 0.029 0.090 0.010 0.067 0.127 0.080 0.530 0.015 0.082 0.756 0.054 0.095 0.006 0.258 0.063 0.033 0.023 0.033 0.019 0.090 0.054 0.084 0.052 0.027 0.069 1.176 0.070 0.060 0.391 0.036 0.045 0.081 0.046 0.065 0.047 0.174 1.823 0.026 0.020 0.017 0.437 0.407 0.631 0.809 0.874 1.201 1.549 0.425 0.218 0.135 3.912 nan 0.897 1.070 0.459 0.384 0.262 0.363 2.533 3.183 2.133 nan 1.320 0.595 8060 chr3 178300091 178326201 + 0 NA intron (NM_001278911, intron 1 of 4) MIRc|SINE|MIR 36658 NM_001278911 10242 Hs.478368 NM_005832 ENSG00000197584 KCNMB2 - potassium calcium-activated channel subfamily M regulatory beta subunit 2 protein-coding 1.387 2.493 1.000 0.119 0.454 0.089 0.038 2.321 4.094 0.015 0.075 0.095 0.042 0.042 0.465 0.544 0.181 0.197 0.065 0.007 0.023 0.011 1.997 1.179 0.461 0.005 0.014 0.022 0.103 0.012 0.052 0.163 0.203 1.232 0.045 0.081 0.427 0.087 0.097 0.009 0.806 0.070 0.023 0.015 0.067 0.050 0.169 0.078 0.025 0.044 0.009 0.046 0.544 0.057 0.025 0.461 0.029 0.251 0.020 0.255 0.015 0.031 0.175 0.012 0.033 0.010 0.326 0.187 0.253 0.309 0.856 1.028 5.935 1.807 0.228 0.223 0.577 0.817 2.110 1.434 0.585 0.244 0.158 0.257 2.143 2.198 0.352 0.691 1.353 0.824 11462 chr9 14236695 14264430 + 0 NA intron (NM_001190737, intron 2 of 10) intron (NM_001190737, intron 2 of 10) 63483 NM_005596 4781 Hs.644095 NM_005596 ENSG00000147862 NFIB CTF|HMGIC/NFIB|NF-I/B|NF1-B|NFI-B|NFI-RED|NFIB2|NFIB3 nuclear factor I B protein-coding nan nan 1.079 0.465 0.267 0.289 0.803 0.197 0.448 0.384 0.289 0.706 0.369 0.015 0.089 0.223 0.966 0.133 0.445 0.123 0.917 0.025 0.186 0.268 0.275 0.276 0.080 0.005 0.433 0.141 0.446 0.836 1.232 0.872 0.573 0.166 0.031 0.144 0.127 0.059 0.080 0.180 0.143 0.087 0.488 0.338 0.625 0.341 0.299 0.115 0.529 0.337 0.223 0.416 0.257 0.275 0.115 0.400 0.021 0.149 0.059 0.205 0.096 0.097 0.457 0.058 0.060 0.212 0.165 2.125 5.907 0.467 0.600 0.625 0.277 0.224 0.245 6.091 9.234 0.805 0.916 0.376 0.192 0.354 0.425 0.262 0.397 0.355 0.834 1.167 0.954 3685 chr14 73796110 73813736 + 0 NA intron (NM_001005743, intron 4 of 12) AluJr|SINE|Alu -92214 NR_135248 101928123 Hs.660593 NR_135248 LOC101928123 - uncharacterized LOC101928123 ncRNA 2.172 0.937 1.141 0.082 0.229 0.103 0.102 0.145 0.286 0.038 0.096 0.068 0.082 0.023 0.120 0.150 0.270 0.198 0.071 0.032 0.071 0.023 0.071 0.068 0.200 0.146 0.070 0.029 0.143 0.018 0.079 0.248 0.168 0.315 0.016 0.099 0.032 0.122 0.142 0.014 0.117 0.079 0.024 0.016 0.031 0.061 0.180 0.146 0.160 0.145 0.045 0.162 0.150 0.040 0.102 0.200 0.062 0.047 0.200 0.053 0.030 0.095 0.096 1.931 0.056 0.016 0.003 0.467 0.551 0.247 0.361 0.355 0.432 0.235 0.126 0.573 0.580 1.757 2.075 0.739 nan 4.320 3.718 0.230 0.428 0.155 0.181 2.613 7.188 0.856 nan 4457 chr16 77534233 77551373 + 0 NA Intergenic MamRep38|DNA|hAT -73792 NM_199355 170692 Hs.188746 NM_139054 ENSG00000140873 ADAMTS18 ADAMTS21|KNO2|MMCAT ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 18 protein-coding 0.672 0.675 nan 0.050 0.238 0.278 0.038 0.188 0.415 0.016 0.090 0.053 0.007 0.018 0.094 0.296 0.087 0.113 0.074 0.011 0.114 0.101 0.116 0.253 0.012 0.004 0.004 0.068 0.026 0.030 0.093 0.236 0.017 0.080 0.019 0.083 0.028 0.033 0.120 0.031 0.018 0.006 0.027 0.102 0.056 0.043 0.058 0.014 0.050 0.296 0.045 0.033 0.253 0.014 0.048 0.011 0.087 0.018 0.034 4.024 0.137 0.009 0.007 0.006 2.118 2.047 5.888 4.105 0.278 0.438 0.203 0.065 0.412 0.442 0.088 0.169 0.293 0.331 0.419 0.198 4.106 5.430 0.053 0.052 0.221 0.640 0.557 0.561 3605 chr14 60812240 60825521 + 0 NA Intergenic Intergenic 28966 NR_146481 101927729 NR_146481 ENSG00000258556 LINC02322 - long intergenic non-protein coding RNA 2322 ncRNA nan nan 0.946 0.080 0.346 0.756 0.059 0.914 1.877 0.022 0.054 0.070 0.047 0.045 1.009 1.137 0.214 0.062 0.083 0.028 0.019 0.238 0.130 0.207 0.049 0.028 0.005 0.073 0.024 0.115 0.227 0.181 1.097 0.044 0.053 1.422 0.115 0.110 0.036 0.115 0.076 0.011 0.049 0.029 0.137 0.097 0.065 0.049 0.059 0.085 1.137 0.081 0.028 0.207 0.009 0.047 0.081 0.031 0.152 0.065 0.045 0.907 0.040 0.009 0.012 0.270 0.319 0.241 0.312 0.718 0.913 3.972 1.331 nan 0.442 0.259 0.380 1.501 nan 1.275 0.877 0.163 0.300 4.502 4.830 1.327 4.342 1.197 1.034 975 chr1 188804060 188815487 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 1397013 NR_132374 106144535 Hs.568709 NR_132374 LINC01037 - long intergenic non-protein coding RNA 1037 ncRNA nan nan 1.033 0.095 0.092 0.054 0.025 0.098 0.306 0.025 0.074 0.088 0.038 0.037 0.102 0.154 0.128 0.125 0.121 0.016 0.023 0.048 0.096 0.130 0.206 0.127 0.013 0.038 0.144 0.009 0.050 0.116 0.076 0.264 0.026 1.254 0.033 0.038 0.088 0.031 0.209 0.073 0.021 0.021 0.020 0.040 0.063 0.052 0.050 0.025 0.007 0.062 0.154 0.050 0.032 0.206 0.106 0.036 0.120 0.021 0.027 0.028 0.105 0.097 0.027 0.005 0.411 0.230 0.317 0.376 0.463 nan 1.097 0.357 nan 0.314 0.638 0.802 0.451 0.525 6.160 4.443 0.236 0.376 0.161 0.214 0.292 nan 0.317 0.310 5753 chr19 47512980 47541761 + 0 NA intron (NM_002517, intron 3 of 11) AluSx3|SINE|Alu 4269 NM_002517 4861 Hs.79564 NM_002517 ENSG00000130751 NPAS1 MOP5|PASD5|bHLHe11 neuronal PAS domain protein 1 protein-coding 1.091 0.911 1.035 0.319 0.353 0.128 0.432 0.246 0.474 0.136 0.306 0.482 0.029 0.128 0.536 0.329 0.143 0.141 0.188 0.092 0.233 0.067 0.099 0.143 0.324 0.202 0.139 0.434 0.271 0.136 0.389 nan 0.380 0.753 0.157 0.163 0.043 0.408 0.126 0.119 0.110 0.338 0.103 0.083 0.141 0.115 0.509 0.182 0.964 0.470 0.364 0.252 0.329 0.362 0.212 0.324 0.282 0.295 0.081 0.719 0.217 0.228 0.079 1.133 0.149 0.070 0.039 0.335 0.388 0.409 0.669 0.720 0.757 1.271 0.302 0.742 0.800 0.439 0.773 0.677 1.036 0.613 0.335 0.363 0.345 0.247 0.325 1.312 3.890 0.910 0.677 9820 chr6 105388715 105409035 + 0 NA Intergenic Intergenic -6048 NM_001004317 389421 Hs.23616 NM_001004317 ENSG00000187772 LIN28B CSDD2 lin-28 homolog B protein-coding 0.764 nan nan 0.042 0.153 0.030 0.028 0.072 0.185 0.014 0.639 0.100 0.274 0.029 0.236 0.176 0.067 0.055 0.208 0.028 0.056 3.752 0.786 0.592 0.601 0.003 0.017 0.187 0.070 0.133 0.066 0.091 0.042 0.445 0.029 0.103 0.487 0.609 0.138 0.006 0.357 0.059 0.027 0.012 0.005 0.015 0.132 0.044 0.829 1.263 0.047 0.016 0.176 0.322 0.025 0.601 0.012 0.098 0.024 0.118 0.650 0.016 0.459 0.126 0.004 0.015 0.010 9.461 9.221 0.114 0.150 0.273 nan 0.307 0.105 0.436 0.478 3.719 4.135 1.084 1.495 nan 1.785 0.534 0.881 3.156 3.017 0.322 0.569 0.249 0.235 7901 chr3 149026970 149035990 + 0 NA Intergenic L1PA17|LINE|L1 19779 NM_001184723 116441 Hs.22026 NM_138786 ENSG00000163762 TM4SF18 L6D transmembrane 4 L six family member 18 protein-coding 0.826 nan nan 1.833 0.156 0.031 3.279 0.267 0.322 0.426 0.480 1.772 0.048 0.055 0.128 0.096 0.425 0.106 1.293 0.862 0.155 0.046 0.241 0.230 0.103 5.104 4.590 0.073 3.076 2.244 0.415 1.561 0.849 0.164 1.561 0.798 0.061 0.048 0.053 1.063 0.070 0.279 0.333 0.234 2.956 0.887 0.651 1.775 2.243 0.628 0.560 2.835 0.096 0.457 0.738 0.103 0.477 0.641 0.011 0.232 0.102 0.948 0.044 0.081 1.339 0.045 0.062 0.283 0.216 0.328 0.309 0.313 0.442 nan 0.420 0.276 0.221 0.206 nan 0.421 nan nan 0.252 0.177 0.291 0.563 0.471 0.269 0.430 0.603 0.604 11317 chr8 134579819 134586417 + 0 NA intron (NM_003033, intron 1 of 8) CpG 1065 NM_173344 6482 Hs.374257 NM_003033 ENSG00000008513 ST3GAL1 Gal-NAc6S|SIAT4A|SIATFL|ST3GalA|ST3GalA.1|ST3GalIA|ST3GalIA,1|ST3O ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 1 protein-coding nan 1.181 8.849 9.667 0.862 0.363 5.157 0.449 0.712 3.189 5.489 2.130 0.076 0.111 0.094 1.266 2.322 0.244 0.271 0.289 0.173 0.063 0.271 0.075 0.145 2.243 2.152 0.592 3.468 1.888 3.252 3.994 1.413 7.123 0.445 4.531 0.174 0.444 0.040 2.018 1.034 4.285 3.007 2.174 5.591 5.137 6.848 2.360 3.613 0.536 4.047 4.302 1.266 0.308 2.525 0.145 2.175 8.298 0.614 5.096 0.524 1.511 3.580 0.433 2.081 0.349 0.170 2.162 4.217 2.145 3.045 1.747 1.391 1.331 0.312 nan 9.536 1.004 1.632 1.196 2.178 1.858 2.793 3.789 7.320 0.850 0.402 1.135 1.739 0.974 0.781 3709 chr14 77606058 77625965 + 0 NA Intergenic Intergenic -7877 NM_174976 283576 Hs.525485 NM_174976 ENSG00000177108 ZDHHC22 C14orf59 zinc finger DHHC-type containing 22 protein-coding 2.998 1.232 0.925 0.093 0.807 2.419 0.153 0.411 0.795 0.034 0.244 0.246 0.022 0.100 0.288 1.721 0.146 0.167 0.053 0.019 0.057 0.077 0.426 0.267 0.800 0.338 0.209 0.052 0.141 0.032 0.164 0.492 0.159 1.699 0.106 0.733 0.172 0.295 0.114 0.131 0.396 0.106 0.100 0.075 0.044 0.084 0.204 0.140 0.249 0.153 0.281 1.721 0.043 0.128 0.800 0.086 0.066 0.562 0.451 1.139 0.142 0.101 0.559 0.080 0.138 0.083 0.527 0.523 0.140 0.208 2.172 2.185 2.240 0.549 0.346 0.374 1.249 1.793 2.969 nan 4.389 5.139 0.374 0.491 0.919 0.904 1.318 2.205 2.779 nan 10914 chr8 38780035 38797774 + 0 NA intron (NM_021623, intron 2 of 12) intron (NM_021623, intron 2 of 12) 30151 NM_021623 59339 Hs.369123 NM_021623 ENSG00000169499 PLEKHA2 TAPP2 pleckstrin homology domain containing A2 protein-coding 1.619 1.365 nan 7.676 1.704 1.205 1.918 0.212 0.488 1.369 2.566 2.431 0.922 0.139 0.390 0.261 1.956 0.322 0.416 0.331 0.274 0.070 0.434 0.208 0.317 1.932 1.857 1.582 0.289 0.221 0.167 0.584 1.015 0.634 0.465 0.595 0.060 0.162 0.114 0.403 0.102 1.237 1.544 0.827 0.874 0.605 2.130 2.430 0.471 0.430 0.036 0.620 0.261 0.520 0.021 0.317 0.582 0.126 0.115 0.161 1.049 1.749 0.140 0.111 2.528 1.179 0.649 0.452 0.430 0.557 1.238 1.385 1.487 2.590 0.762 0.422 0.452 0.382 0.589 1.468 1.434 1.052 1.026 0.277 0.410 0.468 0.575 0.227 0.474 1.502 0.968 3113 chr13 34441568 34451060 + 0 NA intron (NM_181558, intron 8 of 8) intron (NM_181558, intron 8 of 8) 54108 NM_181558 5983 Hs.115474 NM_002915 ENSG00000133119 RFC3 RFC38 replication factor C subunit 3 protein-coding 1.078 1.054 3.039 0.028 0.195 0.129 0.052 0.133 0.148 0.010 0.125 0.067 0.006 0.116 0.107 0.194 0.144 0.079 0.100 0.020 0.007 0.015 2.242 0.672 5.934 0.051 0.016 0.039 0.050 0.044 0.109 0.395 0.119 2.147 0.015 0.079 0.302 0.034 0.072 0.024 0.566 0.068 0.038 0.025 0.081 0.057 0.141 0.105 0.197 0.059 0.016 0.086 0.194 0.090 0.049 5.934 0.039 0.094 0.184 0.055 0.833 0.017 0.240 2.707 0.039 0.032 0.021 1.031 1.714 0.196 0.327 2.360 3.409 4.961 4.169 0.234 0.226 0.795 1.067 0.431 0.416 3.001 1.951 0.452 1.160 0.730 1.256 0.914 1.843 3.117 1.212 10432 chr7 75240214 75257376 + 0 NA intron (NM_005338, intron 1 of 30) AluSz|SINE|Alu -91342 NR_028059 5387 Hs.659871 NM_005395 ENSG00000127957 PMS2P3 PMS2L3|PMS2L9|PMS5|PMSR3 PMS1 homolog 2, mismatch repair system component pseudogene 3 pseudo nan 0.526 0.890 0.096 0.203 0.149 0.609 0.177 0.291 0.072 1.200 0.248 0.079 0.053 0.195 0.247 0.358 0.233 0.180 0.110 0.080 0.081 0.073 0.133 0.167 0.496 0.310 0.090 0.871 0.178 0.213 0.577 7.317 0.354 0.034 0.396 0.050 0.272 0.133 0.614 0.156 0.220 0.081 0.027 0.235 0.237 0.432 0.287 0.332 0.203 0.051 0.176 0.247 0.349 0.567 0.167 0.282 0.082 0.074 0.176 0.033 0.731 0.052 0.129 0.258 0.037 0.012 0.445 0.485 0.233 nan 0.375 0.474 0.846 0.305 0.194 0.236 0.378 nan 0.244 nan 0.382 0.370 0.578 0.637 0.138 0.151 0.340 0.829 0.904 0.653 1893 chr11 34699383 34708255 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity 49808 NM_001206616 26298 Hs.653859 NM_012153 ENSG00000135373 EHF ESE3|ESE3B|ESEJ ETS homologous factor protein-coding 0.547 2.036 nan 0.778 0.418 0.287 1.120 0.181 0.380 0.356 1.111 2.242 0.056 0.134 0.101 0.332 0.344 0.127 0.919 0.948 0.385 0.016 0.263 0.159 0.643 0.642 0.211 0.008 0.512 1.258 0.946 2.331 0.510 0.825 0.856 6.345 0.054 0.037 0.114 0.546 0.081 1.972 0.824 0.721 0.566 0.145 1.150 1.223 1.370 0.024 0.741 0.442 0.332 1.224 0.021 0.643 0.317 0.521 0.065 0.833 0.103 0.594 0.022 0.096 0.556 0.266 0.251 0.549 0.629 1.334 4.767 0.423 0.438 10.733 4.748 0.317 0.280 0.246 0.421 0.440 0.487 0.276 0.122 0.136 0.255 0.384 0.835 0.145 nan 0.456 0.296 9375 chr5 180610562 180620173 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 3541 NR_108031 102577426 Hs.277359 NR_108031 ENSG00000248473 LINC01962 - long intergenic non-protein coding RNA 1962 ncRNA 1.869 2.940 2.936 1.735 1.710 1.203 2.191 0.801 1.357 1.109 2.996 1.872 1.075 1.118 4.406 0.961 1.130 0.365 2.247 0.765 2.656 0.954 1.434 0.811 1.629 1.685 1.424 1.713 2.076 1.194 4.886 7.516 1.925 10.620 0.984 2.877 0.693 3.939 0.210 1.380 0.893 2.641 2.498 1.664 2.330 0.676 2.658 3.740 6.661 6.140 2.773 2.922 0.961 1.759 4.016 1.629 2.169 1.692 0.466 4.960 2.259 1.369 1.649 0.785 1.730 1.414 0.899 2.175 3.503 1.636 2.870 1.956 1.862 3.704 0.944 2.248 2.063 2.929 3.580 3.018 3.222 3.289 3.093 2.269 3.226 4.661 3.790 1.555 3.044 1.512 0.659 9300 chr5 158508656 158534063 + 0 NA intron (NM_001324106, intron 4 of 16) intron (NM_001324106, intron 4 of 16) 5411 NM_001324101 1879 Hs.573143 NM_024007 ENSG00000164330 EBF1 COE1|EBF|O/E-1|OLF1 early B cell factor 1 protein-coding 2.561 nan 3.797 0.051 0.035 2.615 0.097 0.333 0.664 0.015 0.103 1.293 0.025 0.004 2.998 1.284 1.377 0.203 0.149 0.045 0.376 0.301 0.279 0.532 0.341 0.174 0.011 0.056 0.017 0.166 0.221 0.069 0.485 0.051 2.881 0.038 0.051 0.106 0.198 4.169 0.098 0.033 0.025 0.027 0.045 0.106 1.753 1.267 0.116 0.583 0.155 1.284 0.128 0.037 0.532 0.193 0.053 0.715 0.218 0.040 0.025 1.181 1.280 0.031 0.045 0.036 0.636 0.737 0.230 0.316 7.323 6.745 0.149 0.057 0.055 0.035 1.005 1.554 0.095 0.111 6.803 6.720 1.264 1.973 0.165 0.128 1.756 3.657 0.741 0.489 11425 chr9 5491397 5514365 + 0 NA Intergenic L1PREC2|LINE|L1 -7664 NM_025239 80380 Hs.532279 NM_025239 ENSG00000197646 PDCD1LG2 B7DC|Btdc|CD273|PD-L2|PDCD1L2|PDL2|bA574F11.2 programmed cell death 1 ligand 2 protein-coding 0.713 1.497 0.857 1.370 0.134 0.070 4.598 0.076 0.188 0.154 0.676 0.467 0.015 0.013 0.062 0.274 0.500 0.079 1.102 0.951 0.134 0.030 0.109 0.200 0.088 1.787 1.678 0.112 2.013 0.731 0.193 0.530 0.340 0.586 1.185 0.547 0.029 0.061 0.103 1.176 0.100 0.280 1.203 0.623 3.503 1.226 0.511 1.298 0.124 0.311 0.055 0.326 0.274 0.434 0.437 0.088 0.160 0.036 0.105 0.087 0.035 0.738 0.026 0.437 0.667 1.409 1.451 0.223 0.152 0.237 0.275 0.298 0.438 0.177 0.093 0.385 0.384 0.396 0.651 0.202 0.191 1.056 0.695 0.186 0.210 0.124 0.119 0.691 nan 1.226 1.033 9461 chr6 16843975 16858455 + 0 NA Intergenic Intergenic -89494 NM_001357857 6310 Hs.434961 NM_000332 ENSG00000124788 ATXN1 ATX1|D6S504E|SCA1 ataxin 1 protein-coding 1.433 nan 0.667 0.087 0.060 0.015 0.462 0.433 0.797 0.020 0.359 3.105 0.107 0.041 0.130 2.139 1.407 0.154 0.686 0.498 0.114 0.029 0.227 0.127 0.339 2.364 1.717 0.020 0.206 0.175 0.732 1.711 0.694 0.146 1.112 1.090 0.767 0.045 0.070 0.147 0.198 0.108 0.250 0.070 0.142 0.091 1.070 0.096 0.163 0.043 1.148 0.693 2.139 0.779 0.116 0.339 0.204 0.971 0.144 0.042 0.174 0.171 0.248 0.750 0.008 0.007 0.455 0.297 0.404 0.894 0.463 0.395 1.618 0.309 0.280 0.317 1.097 1.259 0.162 0.159 1.095 0.884 0.270 0.237 3.263 5.346 0.394 0.860 2.348 1.246 3572 chr14 57044922 57061294 + 0 NA intron (NM_017799, intron 3 of 15) intron (NM_017799, intron 3 of 15) 6597 NM_017799 54916 Hs.497253 NM_017799 ENSG00000070269 TMEM260 C14orf101|SHDRA transmembrane protein 260 protein-coding nan nan 2.937 0.607 3.022 1.020 0.308 4.691 8.639 0.151 0.410 0.239 0.395 0.173 1.306 2.139 0.454 0.088 0.478 0.082 0.170 0.187 0.863 0.495 3.041 0.287 0.344 0.168 0.636 0.235 1.453 2.011 0.841 1.774 0.268 0.424 0.473 0.475 0.151 0.202 0.899 0.416 0.302 0.190 0.315 0.430 0.689 0.481 0.592 0.415 0.304 0.797 2.139 0.635 0.373 3.041 0.344 0.496 0.274 0.755 0.514 0.457 0.315 1.354 0.519 0.143 0.140 2.144 1.783 3.239 2.742 2.934 2.950 2.963 1.313 7.922 8.705 0.751 0.959 1.687 2.680 2.791 1.870 2.026 2.058 3.731 5.993 4.641 7.999 nan 0.920 534 chr1 95062460 95093860 + 0 NA Intergenic Intergenic -70747 NM_001993 2152 Hs.62192 NM_001993 ENSG00000117525 F3 CD142|TF|TFA coagulation factor III, tissue factor protein-coding nan nan 0.917 4.041 0.149 0.041 3.986 0.117 0.261 0.382 0.548 1.013 0.220 0.317 0.075 0.224 0.186 0.082 2.215 1.088 0.046 0.005 0.055 0.073 0.115 2.548 1.660 0.117 1.137 2.163 0.239 0.925 0.818 0.368 1.493 0.072 0.024 0.069 0.101 0.396 0.058 0.949 0.720 0.400 2.930 2.925 4.128 0.444 0.226 0.081 0.332 1.099 0.224 1.939 0.180 0.115 1.435 0.076 0.080 0.074 0.167 0.439 0.063 0.151 2.634 0.800 0.665 0.339 0.234 0.289 0.705 0.729 nan 0.267 0.094 0.292 0.286 0.253 nan 0.374 0.510 nan 0.340 0.155 0.239 0.047 0.081 0.302 0.580 0.471 0.522 746 chr1 154153369 154164475 + 0 NA TTS (NR_103460) TTS (NR_103460) -3197 NM_001349679 7170 Hs.535581 NM_152263 ENSG00000143549 TPM3 CAPM1|CFTD|HEL-189|HEL-S-82p|NEM1|OK/SW-cl.5|TM-5|TM3|TM30|TM30nm|TM5|TPM3nu|TPMsk3|TRK|hscp30 tropomyosin 3 protein-coding nan nan 2.276 1.721 2.169 1.374 1.331 0.968 1.661 0.619 1.444 1.031 0.686 0.947 2.364 2.542 1.608 0.441 1.951 0.873 2.685 0.683 1.421 0.812 1.493 1.301 1.303 0.712 1.554 0.881 1.325 3.369 2.471 7.493 1.134 1.646 0.329 1.781 0.148 1.550 1.331 2.292 1.847 0.839 1.093 0.877 1.162 1.211 1.789 1.434 3.791 2.822 2.542 2.915 1.422 1.493 0.916 1.228 0.511 4.020 1.810 1.103 0.882 0.709 0.662 0.824 0.444 1.635 1.953 2.661 3.631 4.427 nan 5.241 2.846 2.356 2.533 2.030 2.445 3.051 4.684 1.743 1.470 2.249 3.533 1.790 2.054 1.657 3.204 2.015 0.918 9061 chr5 91884815 91901603 + 0 NA Intergenic Intergenic 1013840 NR_109825 441094 Hs.457407 NR_015369 ENSG00000237187 NR2F1-AS1 - NR2F1 antisense RNA 1 ncRNA nan 4.509 0.583 0.111 0.073 0.275 0.187 0.267 0.357 0.052 0.091 0.394 0.015 0.078 0.090 2.325 1.728 0.077 0.127 0.045 7.504 0.544 0.121 0.136 0.540 0.218 0.499 0.406 0.427 1.187 1.978 1.582 0.575 0.442 1.480 0.256 0.208 0.129 0.155 0.016 0.115 0.040 0.037 0.299 0.073 0.224 0.179 1.178 0.232 0.216 0.064 2.325 0.059 5.971 0.087 0.054 0.058 1.445 0.424 0.259 0.036 0.022 0.064 0.552 0.625 0.179 0.155 0.247 0.561 0.231 0.366 2.094 0.607 0.142 0.158 0.735 0.805 0.282 0.295 0.311 0.162 0.090 0.148 1.126 1.310 0.068 nan 0.389 0.350 5701 chr19 42770547 42791763 + 0 NA intron (NM_001304815, intron 2 of 20) MIR3|SINE|MIR -7662 NM_015125 23152 Hs.388236 NM_015125 ENSG00000079432 CIC MRD45 capicua transcriptional repressor protein-coding 4.605 2.370 3.192 2.724 2.184 3.564 1.407 1.699 3.076 1.655 4.687 3.032 0.699 1.092 3.143 3.876 1.348 0.236 3.295 1.101 2.405 0.889 1.811 0.946 3.736 1.385 1.543 3.004 1.701 0.589 2.048 nan 3.022 5.461 1.159 2.443 2.345 4.038 0.144 2.582 1.176 2.484 1.255 0.707 0.867 0.528 1.021 1.809 5.310 8.587 1.600 0.915 3.876 3.338 0.964 3.736 0.907 1.081 1.890 3.135 1.615 0.669 2.334 1.115 2.245 1.278 0.822 2.389 3.455 2.799 4.444 4.740 4.477 3.752 2.202 5.470 5.778 3.881 5.153 2.744 4.225 3.843 3.326 2.453 3.776 5.479 5.717 2.771 3.697 2.775 1.253 11558 chr9 45433535 45451004 + 0 NA intron (NR_148348, intron 1 of 2) SST1|Satellite|centr 384 NR_148348 107984035 Hs.649184 NR_148348 LOC107984035 - uncharacterized LOC107984035 ncRNA 1.412 3.694 2.235 1.109 1.802 0.276 0.886 0.476 1.228 0.741 1.248 0.478 0.719 0.733 0.846 0.981 0.370 0.106 2.282 0.940 1.160 0.729 1.393 0.786 1.226 0.897 1.158 1.123 1.315 0.394 2.882 3.681 0.174 2.474 0.547 0.691 0.960 0.247 0.078 0.521 1.081 2.141 1.245 0.783 1.073 0.744 0.265 0.516 1.510 3.713 0.619 1.062 0.981 2.061 0.663 1.226 0.335 0.944 1.479 1.306 1.750 0.796 1.353 1.016 0.383 0.300 0.181 2.107 2.613 1.198 1.534 2.292 2.249 4.891 2.061 6.677 5.800 2.403 2.652 0.906 1.619 2.136 2.046 2.640 4.806 3.252 3.183 2.438 3.028 2.458 1.496 8478 chr4 91102429 91113758 + 0 NA intron (NM_001145065, intron 1 of 10) intron (NM_001145065, intron 1 of 10) -48089 NM_207491 401145 Hs.654735 NM_207491 ENSG00000184305 CCSER1 FAM190A coiled-coil serine rich protein 1 protein-coding 0.852 1.741 1.499 0.133 0.271 0.276 0.284 1.840 3.785 0.249 0.055 0.098 0.052 0.078 0.691 0.683 0.100 0.085 0.393 0.117 0.011 0.722 0.512 0.201 0.268 0.130 0.572 1.128 0.423 2.915 0.841 0.095 0.521 0.019 0.080 0.011 0.446 0.089 0.014 0.106 0.141 0.077 0.026 0.043 0.032 0.021 0.021 0.683 0.264 0.201 0.054 0.196 0.300 0.010 0.072 0.028 0.308 0.177 0.040 0.006 0.018 0.683 0.494 1.331 3.198 0.557 0.631 0.063 0.037 0.769 0.685 3.384 3.853 0.613 0.666 3.887 2.722 0.307 0.567 2.280 6.163 0.706 1.454 0.603 0.426 8184 chr3 195423131 195460799 + 0 NA Intergenic Tigger5|DNA|TcMar-Tigger -5788 NM_152673 200958 Hs.308992 NM_020790 ENSG00000176945 MUC20 MUC-20 mucin 20, cell surface associated protein-coding nan 2.207 1.586 0.829 0.774 0.659 2.055 0.867 1.510 0.093 0.557 1.062 0.243 0.071 0.691 0.261 0.221 0.244 0.255 0.101 0.050 0.051 0.438 0.342 0.295 1.856 1.687 0.185 0.917 1.300 2.691 nan 0.943 nan 0.325 0.493 0.045 0.072 0.117 0.084 0.254 0.432 0.139 0.097 1.968 1.294 2.468 0.349 0.614 0.336 0.122 0.921 0.261 0.458 0.106 0.295 0.546 0.296 0.309 0.148 0.075 0.346 0.330 3.670 0.022 0.058 0.035 0.579 0.565 0.964 0.905 1.029 1.053 2.392 0.451 1.354 1.475 0.579 1.003 2.048 2.682 0.686 0.485 0.705 1.038 0.246 0.598 1.957 5.333 1.530 1.252 7734 chr3 111392251 111397974 + 0 NA TTS (NR_046733) TTS (NR_046733) 1168 NR_046733 100874115 Hs.626740 NR_046733 PLCXD2-AS1 - PLCXD2 antisense RNA 1 ncRNA 2.125 2.942 1.641 2.334 0.950 0.435 1.709 2.811 5.989 0.163 1.113 1.015 0.433 0.417 0.635 1.454 0.525 0.085 1.868 0.828 1.169 1.540 0.920 2.726 2.058 1.486 0.373 4.118 1.909 1.532 2.563 1.091 4.331 0.334 0.609 0.317 0.060 0.067 0.352 0.705 4.817 1.210 0.607 2.420 1.379 2.747 0.873 1.991 0.930 0.730 1.096 1.454 1.141 1.521 2.726 0.672 0.531 0.393 1.442 0.481 0.824 0.380 1.538 0.785 2.271 3.027 1.885 2.579 2.632 6.012 4.690 nan 13.281 2.488 1.196 1.635 nan 0.729 0.959 1.159 5.176 5.386 0.468 1.085 1.723 2.134 2.706 3.443 2.515 1.368 151 chr1 21948032 21969560 + 0 NA intron (NM_001145657, intron 3 of 26) intron (NM_001145657, intron 3 of 26) 19552 NM_001145658 5909 Hs.148178 NM_002885 ENSG00000076864 RAP1GAP RAP1GA1|RAP1GAP1|RAP1GAPII|RAPGAP RAP1 GTPase activating protein protein-coding 0.977 1.316 nan 0.747 0.574 0.977 1.225 0.298 0.529 0.961 0.781 1.089 0.029 0.895 0.239 1.496 0.101 0.105 0.575 0.304 0.191 0.045 0.117 0.139 0.112 1.811 1.468 0.127 0.296 0.303 2.632 8.669 2.153 1.326 0.858 1.318 0.022 0.169 0.075 0.132 0.162 0.272 0.162 0.120 0.149 0.437 1.291 0.169 2.340 0.279 3.086 3.324 1.496 1.076 0.768 0.112 0.890 3.547 0.197 0.387 0.992 0.865 0.092 0.144 0.246 0.027 0.026 0.989 2.081 0.375 0.861 0.658 0.749 0.574 0.228 0.510 0.473 0.703 1.337 0.789 0.909 0.414 0.206 0.309 0.385 0.125 0.351 0.396 0.562 1.185 0.703 3822 chr14 103619266 103629696 + 0 NA Intergenic L1MEc|LINE|L1 30884 NR_033938 100131366 Hs.147881 NR_033938 ENSG00000251533 LINC00605 - long intergenic non-protein coding RNA 605 ncRNA 0.831 0.541 0.531 0.208 0.129 0.062 0.803 0.077 0.200 1.323 0.498 0.096 0.071 0.040 0.126 0.259 0.830 0.243 0.475 0.311 0.089 0.053 0.097 0.047 0.195 0.971 0.447 0.049 0.229 0.222 0.413 3.207 0.324 0.398 1.902 1.202 0.082 0.063 0.103 0.124 0.045 0.199 0.094 0.048 0.250 0.126 5.990 0.144 1.350 0.262 0.469 2.719 0.259 0.436 0.097 0.195 0.703 1.836 0.018 0.095 0.043 0.442 0.124 0.024 0.254 0.017 0.041 0.308 0.401 0.350 0.505 0.456 0.624 0.164 0.117 0.322 0.277 0.190 0.332 0.304 0.474 0.675 0.423 0.379 0.503 0.093 0.088 0.219 0.319 0.367 0.501 11910 chrX 10530693 10559456 + 0 NA promoter-TSS (NM_001193277) promoter-TSS (NM_001193277) -117 NM_001193277 4281 Hs.27695 NM_000381 ENSG00000101871 MID1 BBBG1|FXY|GBBB1|MIDIN|OGS1|OS|OSX|RNF59|TRIM18|XPRF|ZNFXY midline 1 protein-coding 0.667 nan 0.618 0.791 0.602 0.017 0.167 0.168 0.254 0.453 0.209 1.105 0.071 0.021 0.068 0.196 0.694 0.140 0.464 0.225 2.548 0.034 0.131 0.180 0.158 0.280 0.118 0.792 0.101 0.058 0.162 0.459 0.304 0.450 0.119 1.559 0.023 1.449 0.059 0.025 0.044 0.058 0.055 0.057 0.038 0.144 0.259 0.097 1.702 0.064 0.562 0.876 0.196 0.630 0.051 0.158 0.442 0.799 0.032 0.204 0.227 0.190 0.091 0.090 0.045 0.555 0.567 0.137 0.086 1.486 2.348 0.301 0.408 0.925 0.382 0.438 0.427 0.135 0.251 1.129 2.645 0.445 0.203 0.231 0.297 0.192 0.248 0.183 0.383 0.407 0.422 5347 chr18 52946803 52961028 + 0 NA intron (NM_001243228, intron 8 of 19) intron (NM_001243228, intron 8 of 19) 15937 NM_001243236 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 1.037 0.863 0.057 0.143 0.087 0.030 0.214 0.438 0.007 0.154 0.188 0.004 0.028 0.176 0.287 0.478 0.057 0.045 0.013 0.031 0.198 0.214 0.461 0.133 0.077 0.026 0.053 0.008 0.028 0.052 0.078 0.289 0.037 0.090 0.067 0.186 0.082 0.025 0.261 0.026 0.013 0.027 0.142 0.063 0.040 0.059 0.028 0.287 0.020 0.013 0.461 0.009 0.006 0.230 0.040 0.107 0.005 0.052 0.155 0.011 0.008 0.004 0.437 0.430 0.321 0.672 1.171 1.365 0.694 0.373 0.573 0.490 1.174 1.344 0.625 0.521 1.577 1.030 0.190 0.330 0.617 0.934 0.404 0.657 nan 1.895 11909 chrX 10463193 10488992 + 0 NA intron (NM_001193281, intron 2 of 2) intron (NM_001193281, intron 2 of 2) 59551 NM_001193279 4281 Hs.27695 NM_000381 ENSG00000101871 MID1 BBBG1|FXY|GBBB1|MIDIN|OGS1|OS|OSX|RNF59|TRIM18|XPRF|ZNFXY midline 1 protein-coding 0.643 nan 0.659 0.210 0.109 0.009 0.056 0.118 0.160 0.030 0.070 0.520 0.007 0.012 0.062 0.084 0.948 0.106 0.131 0.022 0.243 0.079 0.189 0.065 0.086 0.028 0.112 0.034 0.016 0.031 0.088 0.129 0.197 0.068 0.108 0.022 0.223 0.070 0.014 0.025 0.064 0.026 0.018 0.021 0.042 0.052 0.074 0.231 0.041 0.168 0.121 0.084 0.098 0.039 0.065 0.071 0.076 0.008 0.034 0.016 0.077 0.041 0.104 0.077 0.176 0.092 0.104 0.099 1.472 4.777 0.193 0.243 0.207 0.087 0.386 0.433 0.128 0.173 0.330 0.276 0.326 0.202 0.120 0.201 0.049 0.057 0.226 0.429 0.223 0.258 10616 chr7 115542221 115552315 + 0 NA Intergenic Intergenic 61099 NM_001244583 22797 Hs.125962 NM_012252 ENSG00000105967 TFEC TCFEC|TFE-C|TFEC-L|TFECL|bHLHe34|hTFEC-L transcription factor EC protein-coding nan 0.558 0.774 0.150 0.135 0.045 0.014 0.111 0.246 0.171 0.330 0.019 0.039 0.139 0.164 0.180 0.175 0.044 0.037 0.342 0.111 0.285 0.260 0.037 0.107 0.025 0.127 0.169 0.243 0.342 0.112 0.043 1.152 0.053 0.118 0.035 0.055 0.044 0.012 0.016 0.022 0.023 0.106 0.204 0.082 0.042 0.296 0.027 0.164 0.063 0.028 0.260 0.012 0.134 0.049 0.027 0.101 0.054 0.069 0.102 0.023 0.023 0.025 0.423 0.287 0.243 0.344 0.145 0.227 0.141 0.110 0.350 0.333 0.666 0.781 0.407 0.342 0.426 0.146 0.173 0.269 3.979 5.976 0.338 0.486 0.459 0.583 10801 chr8 8644578 8668000 + 0 NA intron (NM_004225, intron 1 of 2) AluSg4|SINE|Alu 94842 NM_004225 9258 Hs.379414 NM_004225 ENSG00000147324 MFHAS1 LRRC65|MASL1|ROCO4 malignant fibrous histiocytoma amplified sequence 1 protein-coding 0.747 1.176 1.049 0.575 0.124 1.939 0.522 0.206 0.394 0.008 0.219 1.229 0.466 0.221 0.575 0.212 0.546 0.150 0.312 0.170 3.657 0.040 0.280 0.209 0.400 0.497 0.268 0.337 0.768 0.698 0.447 1.060 0.643 0.185 0.250 0.136 0.053 0.107 0.119 0.085 0.177 0.227 0.302 0.203 1.043 0.536 0.185 0.229 0.531 0.103 0.922 0.448 0.212 0.349 0.064 0.400 0.328 0.077 0.211 0.140 0.126 0.149 0.055 0.158 0.052 0.577 0.300 0.741 1.169 0.500 0.660 0.734 0.742 0.964 0.329 0.447 0.417 0.374 0.535 0.652 1.005 nan 0.367 0.203 0.341 0.288 0.276 0.351 0.473 1.392 1.130 1952 chr11 57935047 57942426 + 0 NA intron (NM_001005212, intron 2 of 2) intron (NM_001005212, intron 2 of 2) -19170 NM_001005283 219957 Hs.553643 NM_001005283 ENSG00000186513 OR9Q2 OR9Q2P olfactory receptor family 9 subfamily Q member 2 protein-coding 0.472 0.670 0.383 0.078 0.070 0.015 0.058 0.065 0.182 0.105 0.126 0.017 0.013 0.024 0.087 0.113 0.022 0.042 0.019 0.044 0.079 0.048 0.010 0.009 0.055 0.015 0.055 0.033 0.021 0.234 0.020 0.023 0.013 0.037 0.149 0.016 0.011 0.081 0.033 0.011 0.010 0.026 0.149 0.032 0.028 0.032 0.036 0.087 0.020 0.038 0.048 0.060 0.008 0.007 0.040 0.010 0.016 0.018 1.722 1.564 8.042 3.289 0.286 0.306 0.091 0.066 0.105 0.172 0.214 0.260 0.214 0.231 0.188 0.074 0.151 0.200 0.080 0.089 0.060 0.195 0.227 0.276 9978 chr6 142669757 142711358 + 0 NA intron (NM_001032394, intron 3 of 24) MIR|SINE|MIR 67501 NM_001032395 57211 Hs.743302 NM_020455 ENSG00000112414 ADGRG6 APG1|DREG|GPR126|LCCS9|PR126|PS1TP2|VIGR adhesion G protein-coupled receptor G6 protein-coding nan 0.765 nan 0.361 0.225 0.110 0.586 0.170 0.276 0.298 0.468 0.238 0.271 0.058 0.055 0.226 0.693 0.123 0.453 0.301 2.852 0.103 0.057 0.075 0.115 0.354 0.191 1.113 0.394 0.264 0.349 0.944 0.598 1.008 0.207 0.897 0.018 6.581 0.206 0.281 0.038 0.789 0.488 0.317 0.542 0.314 0.295 0.064 1.124 0.766 0.057 0.365 0.226 0.290 1.046 0.115 0.299 0.220 0.058 1.087 0.100 0.593 0.041 0.103 0.409 1.800 1.922 0.392 0.337 0.625 1.210 0.328 0.382 0.223 0.127 0.248 0.227 0.115 0.203 0.258 0.301 0.683 0.343 0.170 0.213 0.163 0.146 0.159 0.291 0.181 0.227 10635 chr7 121154167 121173336 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -127329 NM_001040020 10447 Hs.434053 NM_014888 ENSG00000196937 FAM3C GS3786|ILEI family with sequence similarity 3 member C protein-coding 0.842 0.562 0.736 1.066 0.108 0.012 1.522 0.096 0.247 0.084 0.304 1.425 0.042 0.031 0.088 0.132 1.036 0.102 3.213 1.598 0.547 0.022 0.084 0.131 0.031 1.595 0.543 0.023 2.971 1.898 0.548 1.146 2.176 0.204 1.378 0.127 0.030 0.068 0.119 1.326 0.033 0.627 0.098 0.073 1.665 1.569 0.653 1.344 0.076 0.757 0.197 0.710 0.132 1.290 0.848 0.031 0.312 0.415 0.010 0.219 0.032 1.385 0.052 0.045 0.571 0.484 0.624 0.420 0.256 0.181 0.336 0.276 0.309 0.235 0.153 0.206 0.255 0.851 1.217 0.193 0.247 0.509 0.248 0.165 0.260 0.120 0.135 0.286 0.550 0.626 0.684 7831 chr3 129342970 129362733 + 0 NA Intergenic Intergenic -27269 NM_015103 23129 Hs.301685 NM_015103 ENSG00000004399 PLXND1 PLEXD1 plexin D1 protein-coding 2.122 nan 1.240 2.556 0.775 0.559 1.855 0.433 0.671 0.860 0.987 0.857 0.512 0.634 0.669 0.329 0.819 0.424 1.130 0.356 1.970 0.014 0.245 0.256 0.574 1.856 1.928 0.638 2.004 1.213 1.987 4.245 2.121 1.059 0.599 1.837 0.122 0.400 0.076 0.484 0.197 0.841 1.684 0.592 0.996 1.259 1.116 1.790 2.942 0.597 0.998 2.075 0.329 1.802 1.657 0.574 0.651 0.411 0.755 2.391 0.889 1.505 0.046 1.345 0.630 0.361 0.190 0.519 0.550 0.324 0.459 0.758 0.813 2.222 0.532 1.125 1.075 0.408 nan 2.245 2.723 1.824 2.051 0.194 0.248 0.365 0.342 2.366 5.317 0.722 0.623 475 chr1 78955565 78966834 + 0 NA intron (NM_000959, intron 2 of 2) intron (NM_000959, intron 2 of 2) 4471 NM_000959 5737 Hs.654365 NM_000959 ENSG00000122420 PTGFR FP prostaglandin F receptor protein-coding nan 0.771 1.096 0.242 0.161 0.010 0.207 0.169 0.215 0.026 0.347 0.473 0.033 0.054 0.039 0.184 0.673 0.057 0.201 0.034 0.847 0.098 0.078 0.021 0.043 0.026 0.027 0.078 0.065 0.142 0.975 0.265 1.291 0.117 0.045 0.009 0.076 0.134 0.074 0.147 0.327 0.064 0.049 0.097 0.081 0.064 0.364 0.036 0.335 0.114 0.132 0.184 0.108 0.057 0.021 0.033 0.089 0.083 0.054 0.063 0.017 2.033 0.204 0.015 0.009 0.257 0.289 0.245 0.270 0.425 nan 0.115 0.056 0.322 0.311 4.877 5.205 0.595 0.686 0.670 0.365 0.114 0.261 0.030 0.022 2.545 5.177 0.142 0.286 6032 chr2 39728192 39736241 + 0 NA intron (NR_037875, intron 3 of 5) intron (NR_037875, intron 3 of 5) 67659 NR_037875 728730 Hs.655344 NR_037875 ENSG00000231312 LOC728730 - uncharacterized LOC728730 ncRNA 0.817 nan nan 1.222 0.109 0.041 1.270 0.238 0.212 0.057 0.569 0.396 0.039 0.039 0.123 0.048 1.565 0.139 0.415 0.306 0.077 0.034 0.156 0.165 0.149 0.862 0.376 2.535 0.314 0.664 0.189 nan 0.175 0.374 0.109 0.163 0.332 0.113 0.511 0.049 0.634 0.186 0.165 0.642 0.162 0.216 0.235 1.188 0.026 5.423 0.621 0.048 0.158 0.312 0.149 0.089 0.375 0.012 0.173 0.025 0.187 0.027 0.153 0.382 0.032 0.006 0.252 0.200 1.416 2.271 0.303 0.339 0.746 0.152 0.369 nan 0.559 1.007 0.268 0.274 nan 0.189 0.167 0.123 0.058 0.107 0.270 0.628 0.583 0.632 8624 chr4 167318939 167326162 + 0 NA Intergenic Intergenic 528140 NM_001204760 7092 Hs.106513 NM_012464 ENSG00000038295 TLL1 ASD6|TLL tolloid like 1 protein-coding nan nan nan 0.040 0.294 0.015 0.050 0.597 1.405 0.013 0.022 0.077 0.619 0.061 0.088 0.088 0.088 0.059 0.008 1.521 1.137 5.305 0.020 0.010 0.038 0.084 0.122 0.050 0.630 0.121 0.022 0.353 0.045 0.118 0.043 0.022 0.077 0.033 0.080 0.082 0.045 0.010 0.011 0.009 0.088 0.029 5.305 0.017 0.023 0.026 0.008 0.913 0.055 0.396 0.034 0.021 0.008 0.007 0.280 0.141 0.219 0.304 0.993 1.236 1.835 1.002 0.123 0.132 0.268 0.270 1.454 1.377 0.220 0.136 0.274 0.689 1.358 0.977 0.195 0.246 1.259 0.638 9037 chr5 82767506 82772618 + 0 NA intron (NM_001126336, intron 1 of 12) G-rich|Low_complexity|Low_complexity 2569 NM_001164097 1462 Hs.643801 NM_004385 ENSG00000038427 VCAN CSPG2|ERVR|GHAP|PG-M|WGN|WGN1 versican protein-coding 3.794 1.732 1.382 5.210 1.095 0.022 2.255 0.366 0.650 0.208 4.200 2.858 0.326 1.011 0.555 1.908 4.580 0.346 1.350 0.866 3.092 0.217 0.372 0.243 0.094 1.268 0.987 1.268 8.932 2.888 3.053 4.065 6.147 4.549 2.382 1.268 0.204 0.212 0.101 1.201 0.305 3.118 1.299 0.715 1.851 2.248 0.301 1.450 2.390 2.670 1.862 1.542 1.908 1.667 1.161 0.094 1.625 0.080 1.730 0.763 4.607 0.019 0.932 2.458 4.505 4.205 0.337 0.273 3.765 3.270 0.593 0.522 0.523 0.108 0.595 0.603 2.924 4.165 3.554 4.790 4.180 5.885 0.171 0.160 0.899 0.521 0.637 nan 1.729 1.212 1525 chr10 74435135 74455408 + 0 NA Intergenic Intergenic -6618 NR_073062 90550 Hs.591366 NM_138357 ENSG00000156026 MCU C10orf42|CCDC109A|HsMCU mitochondrial calcium uniporter protein-coding 0.959 nan 1.032 2.472 0.217 0.115 2.243 0.301 0.507 0.792 1.191 1.455 0.997 0.538 0.251 0.305 0.636 0.149 1.773 0.560 0.183 0.207 0.147 0.106 0.744 2.800 2.440 0.272 2.399 1.084 1.768 3.330 0.866 0.908 0.535 2.066 0.061 0.277 0.090 0.378 0.210 0.677 0.450 0.387 1.428 1.426 1.606 0.562 4.188 0.564 0.728 2.040 0.305 2.783 3.521 0.744 1.668 1.113 0.129 0.470 0.155 1.548 0.137 0.146 0.369 0.176 0.105 0.670 0.702 1.340 2.484 0.837 0.827 1.132 0.380 0.463 0.512 0.492 0.692 0.878 nan 0.540 0.421 0.353 0.722 0.260 0.336 0.454 nan 0.450 0.334 10195 chr7 16684025 16711456 + 0 NA intron (NR_027624, intron 1 of 10) intron (NR_027624, intron 1 of 10) 11981 NM_001159767 28969 Hs.487635 NM_014038 ENSG00000136261 BZW2 HSPC028|MST017|MSTP017 basic leucine zipper and W2 domains 2 protein-coding nan 1.426 nan 1.761 0.665 0.693 0.821 0.450 0.919 2.667 1.321 0.811 1.438 0.288 0.940 0.594 0.829 0.179 1.077 0.532 0.915 0.399 0.702 0.514 0.984 1.381 1.134 0.440 1.340 0.396 1.730 3.430 2.917 2.795 0.536 2.904 0.266 0.665 0.166 0.757 0.358 1.296 0.400 0.217 0.766 0.579 1.846 0.988 1.618 0.581 0.704 1.413 0.594 1.125 1.587 0.984 0.832 2.052 0.337 0.977 0.722 1.278 0.408 0.557 0.756 0.233 0.186 nan 1.923 1.575 2.252 1.567 1.602 1.850 1.026 2.217 2.306 1.660 2.143 1.618 2.057 1.218 1.381 0.819 1.391 1.238 1.089 1.576 2.190 1.187 0.908 4047 chr15 71077945 71105370 + 0 NA Intergenic Intergenic -35725 NM_018003 55075 Hs.108049 NM_018003 ENSG00000137831 UACA NUCLING uveal autoantigen with coiled-coil domains and ankyrin repeats protein-coding 0.697 0.755 0.729 0.125 0.080 0.026 0.981 0.123 0.219 0.310 0.866 3.660 0.022 0.095 0.101 0.224 0.744 0.250 0.371 0.408 0.279 0.031 0.126 0.144 0.183 0.615 0.412 0.229 0.174 0.725 0.181 0.686 0.083 0.328 0.981 0.129 0.020 0.225 0.092 1.005 0.035 1.036 0.838 0.529 0.317 0.521 0.260 1.974 0.971 1.380 0.069 0.307 0.224 0.355 0.530 0.183 0.179 0.072 0.057 0.290 0.026 0.975 0.047 0.099 1.140 3.963 3.618 0.315 0.194 0.301 0.495 0.261 0.296 0.419 0.162 0.154 0.174 0.165 0.261 0.254 0.287 0.569 0.310 0.239 0.252 0.041 0.064 0.208 0.397 0.303 0.296 7199 chr21 37355893 37369272 + 0 NA intron (NR_110418, intron 1 of 5) intron (NR_110418, intron 1 of 5) 14383 NR_110418 101928269 Hs.589909 NR_110418 LOC101928269 - uncharacterized LOC101928269 ncRNA 0.681 0.588 0.603 0.074 0.104 0.126 0.021 0.203 0.297 0.007 0.023 0.069 0.352 0.045 0.086 0.239 0.527 0.252 0.063 0.014 0.014 0.032 0.094 0.037 0.387 0.037 0.016 0.011 0.161 0.463 2.394 4.626 0.645 0.022 0.056 0.014 0.032 0.106 0.042 0.085 0.041 0.012 0.040 0.012 0.043 0.126 0.061 0.016 0.041 0.049 0.239 0.075 0.035 0.387 0.101 0.040 0.022 0.052 0.121 0.047 0.052 0.019 0.034 0.030 0.004 0.395 0.341 0.238 0.329 0.528 0.740 0.583 0.183 0.289 0.333 0.185 0.308 0.383 0.427 0.444 0.221 0.152 0.210 0.117 0.169 0.089 0.245 nan 0.782 2545 chr12 25096915 25103991 + 0 NA intron (NM_001178091, intron 1 of 9) intron (NM_001178091, intron 1 of 9) 1940 NM_001178091 586 Hs.438993 NM_005504 ENSG00000060982 BCAT1 BCATC|BCT1|ECA39|MECA39|PNAS121|PP18 branched chain amino acid transaminase 1 protein-coding nan nan 8.558 1.070 0.883 0.024 1.993 0.068 0.182 0.421 3.643 4.782 1.377 0.268 0.087 0.182 1.223 0.050 2.088 0.588 0.029 1.352 1.990 1.101 0.232 0.250 0.103 0.114 2.310 1.130 0.835 2.032 0.195 0.488 1.899 1.304 0.608 3.027 0.131 12.034 4.630 0.651 0.266 0.077 0.093 0.294 0.451 4.586 1.093 1.876 0.384 0.166 0.182 2.275 3.387 0.232 0.365 0.070 0.081 1.819 0.014 0.796 1.683 0.114 11.071 0.049 0.022 1.436 1.208 0.399 0.782 0.271 0.403 0.170 0.084 20.396 20.968 1.261 1.529 1.035 1.082 5.724 7.941 2.976 4.761 2.186 1.826 0.496 1.552 2.724 1.474 138 chr1 19921625 19926380 + 0 NA promoter-TSS (NR_135054) promoter-TSS (NR_135054) 531 NM_001204082 440574 Hs.466662 NM_001032363 ENSG00000173436 MINOS1 C1orf151|MIO10|Mic10 mitochondrial inner membrane organizing system 1 protein-coding 4.305 2.921 nan 2.765 4.890 1.780 1.652 1.486 2.313 1.192 3.019 2.389 0.861 1.575 3.839 2.197 2.078 0.171 2.454 1.119 2.371 2.417 1.000 0.448 1.411 1.348 1.309 1.995 2.146 0.934 2.628 4.620 1.923 9.125 1.383 2.772 0.440 3.082 0.119 0.921 1.037 2.838 2.269 1.112 1.883 0.966 2.129 2.869 1.421 3.838 2.738 1.455 2.197 4.556 3.612 1.411 1.307 1.424 1.059 4.399 1.809 1.674 1.759 1.277 1.097 1.041 0.512 3.125 4.170 5.356 8.188 5.736 5.121 5.290 2.008 8.455 nan 3.660 nan 12.109 16.748 nan 5.430 2.491 4.318 3.025 2.754 6.179 4.906 2.642 1.935 9596 chr6 35107954 35119552 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -4566 NM_001261819 6954 Hs.435371 NM_018679 ENSG00000124678 TCP11 D6S230E|FPPR t-complex 11 protein-coding nan 0.666 nan 0.204 0.190 0.076 2.747 0.166 0.273 0.041 0.165 0.145 0.037 0.045 0.125 0.323 0.243 0.084 0.511 0.350 0.054 0.012 0.073 0.142 0.359 0.400 0.168 0.119 0.761 2.100 0.166 0.358 0.213 0.458 0.816 0.095 0.049 0.085 0.166 0.470 0.096 0.309 0.423 0.297 0.319 0.178 0.299 0.856 0.190 0.964 0.085 0.194 0.323 0.481 1.773 0.359 0.063 0.256 0.084 0.291 0.026 0.339 0.064 0.084 0.243 0.854 0.377 0.378 0.398 0.640 nan nan 0.538 0.395 0.155 0.573 0.623 0.265 0.579 0.603 0.735 0.383 0.249 0.320 0.313 0.186 0.284 0.371 0.536 0.592 0.466 724 chr1 152080543 152085239 + 0 NA exon (NM_007113, exon 3 of 3) exon (NM_007113, exon 3 of 3) 5039 NM_007113 7062 Hs.432416 NM_007113 ENSG00000159450 TCHH THH|THL|TRHY|UHS3 trichohyalin protein-coding nan 2.713 7.047 0.200 0.390 0.793 0.683 1.341 0.322 0.342 0.118 0.119 0.066 0.913 0.191 0.080 0.103 0.295 0.122 0.029 0.297 0.263 0.462 2.117 2.075 0.270 0.687 0.114 11.242 28.745 0.689 0.872 0.248 0.324 0.119 0.277 0.153 1.624 0.092 1.356 0.308 0.286 0.723 0.035 0.575 0.919 0.920 0.504 4.801 1.448 0.191 0.171 0.295 0.462 0.417 1.509 0.496 8.375 0.859 0.304 0.114 0.105 0.972 0.368 0.184 0.250 0.235 0.305 0.475 0.486 nan 1.213 0.320 0.152 0.243 0.477 0.720 0.965 1.257 0.395 0.669 0.672 1.118 0.573 0.417 0.289 0.367 0.126 0.156 3598 chr14 59947508 59952385 + 0 NA intron (NM_144581, intron 1 of 4) MIR|SINE|MIR 347 NM_001331159 112849 Hs.729061 NM_144581 ENSG00000126790 L3HYPDH C14orf149 trans-L-3-hydroxyproline dehydratase protein-coding nan nan 4.434 4.166 4.111 3.653 3.514 1.482 2.663 1.625 5.867 5.275 1.382 1.266 3.651 3.811 6.425 0.317 4.417 1.396 9.751 1.468 1.515 1.005 2.454 7.799 10.669 1.571 7.553 1.941 4.052 4.262 5.021 7.712 3.639 10.498 0.664 3.133 0.157 2.846 1.522 6.609 5.829 2.562 4.998 2.957 6.005 9.110 5.713 4.756 5.396 5.880 3.811 4.654 6.919 2.454 4.553 3.292 1.481 8.350 4.443 9.849 0.975 1.357 7.214 4.581 3.145 3.296 3.741 5.521 12.211 4.563 3.341 4.501 1.547 13.671 14.958 4.845 6.286 4.220 nan 8.536 11.346 1.603 3.320 4.818 5.172 4.664 4.468 3.429 2.128 3534 chr14 50357351 50366879 + 0 NA 3' UTR (NM_001663, exon 2 of 2) 3' UTR (NM_001663, exon 2 of 2) 2379 NM_001663 382 Hs.525330 NM_001663 ENSG00000165527 ARF6 - ADP ribosylation factor 6 protein-coding nan nan 3.877 6.397 3.946 3.512 2.017 1.872 3.130 1.945 2.295 2.540 4.123 0.826 3.346 3.255 2.371 0.388 4.596 1.074 3.969 1.282 1.411 0.671 3.318 5.245 6.664 0.823 7.043 1.816 4.430 5.705 5.809 7.027 2.854 2.518 1.241 2.350 0.215 2.484 2.364 2.792 3.332 1.484 2.107 2.559 4.610 5.160 2.811 2.341 1.878 3.147 3.255 5.144 6.922 3.318 1.758 1.851 1.060 3.636 1.577 3.115 1.097 1.182 4.114 2.152 2.119 2.983 2.439 4.493 6.257 5.459 5.227 4.307 2.329 7.550 7.412 2.322 2.980 4.709 6.805 7.721 7.662 2.602 4.361 4.379 4.680 2.852 3.631 nan 1.489 1195 chr1 232054824 232078591 + 0 NA intron (NR_126441, intron 1 of 3) intron (NR_126441, intron 1 of 3) 5127 NR_126441 104472714 NR_126441 ENSG00000226758 DISC1-IT1 - DISC1 intronic transcript 1 ncRNA 1.426 1.149 2.514 0.082 1.983 1.363 0.096 0.382 0.892 0.020 0.169 0.823 0.003 0.075 0.162 0.716 0.272 0.197 0.120 0.035 0.040 0.017 0.738 0.259 1.143 0.038 0.039 0.019 0.074 0.030 0.095 0.181 0.139 1.318 0.043 0.111 0.040 0.036 0.100 0.035 1.497 0.132 0.033 0.029 0.053 0.080 0.130 0.152 0.091 0.030 0.070 0.131 0.716 0.042 0.043 1.143 0.197 0.053 0.294 0.044 2.630 0.030 0.083 0.159 0.053 0.027 0.011 0.377 0.512 0.780 2.716 0.890 0.883 nan 3.890 0.259 0.222 0.705 1.091 nan 2.537 0.619 0.374 0.152 0.200 0.642 0.538 0.548 1.154 nan 0.918 5646 chr19 38476244 38499352 + 0 NA intron (NM_015073, intron 1 of 21) MIRc|SINE|MIR 89937 NM_015073 23094 Hs.655502 NM_015073 ENSG00000105738 SIPA1L3 CTRCT45|SPAL3|SPAR3 signal induced proliferation associated 1 like 3 protein-coding 2.568 1.510 3.671 0.298 2.234 1.110 0.885 0.500 0.879 1.206 0.723 0.992 0.695 0.511 0.702 1.150 0.925 0.232 1.087 0.483 0.647 0.030 0.828 0.445 0.792 0.770 0.709 0.141 0.508 0.242 0.282 1.272 0.619 4.106 0.158 0.424 0.310 0.134 0.104 0.936 0.331 2.893 11.262 4.322 0.406 0.354 0.244 2.119 1.448 5.071 0.344 0.201 1.150 1.342 1.108 0.792 0.270 0.336 0.770 0.118 1.161 0.984 0.356 0.767 1.098 2.909 3.032 1.125 1.359 1.618 2.812 2.019 1.631 2.099 0.734 4.750 5.068 1.808 2.564 2.512 3.339 nan 3.016 0.766 0.702 1.491 1.466 1.484 2.596 1.828 1.096 5082 chr17 79815488 79832689 + 0 NA Intergenic Intergenic 4762 NM_001185077 396 Hs.159161 NM_004309 ENSG00000141522 ARHGDIA GDIA1|HEL-S-47e|NPHS8|RHOGDI|RHOGDI-1 Rho GDP dissociation inhibitor alpha protein-coding 3.883 3.075 3.968 2.800 3.431 1.488 3.532 3.122 5.531 1.084 6.059 2.249 1.454 2.384 2.676 5.763 2.212 0.431 4.546 1.248 9.864 2.046 3.647 1.595 4.168 1.887 2.665 2.609 2.882 1.369 5.320 7.276 3.344 6.140 2.228 3.882 0.856 3.578 0.137 1.862 1.995 4.424 3.269 1.183 2.705 1.119 1.391 3.414 4.659 5.927 2.222 4.034 5.763 6.018 2.821 4.168 2.122 2.321 0.941 7.741 3.354 1.528 1.012 1.801 3.360 2.471 1.310 4.457 4.937 3.114 4.979 5.470 4.683 4.716 2.682 6.555 6.388 nan 4.245 4.492 7.056 5.762 6.564 2.674 5.041 3.866 4.295 3.927 4.578 nan 1.431 10174 chr7 12745025 12781423 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 36313 NM_005738 10124 Hs.245540 NM_005738 ENSG00000122644 ARL4A ARL4 ADP ribosylation factor like GTPase 4A protein-coding nan 1.496 nan 0.406 0.390 0.035 0.717 0.221 0.501 0.132 0.459 1.625 0.639 0.066 0.063 0.593 0.640 0.150 0.523 0.288 0.045 4.376 0.215 0.233 0.788 1.381 0.749 0.056 0.498 0.334 1.623 4.144 0.785 0.769 0.818 1.380 0.063 1.753 0.182 0.681 0.213 0.468 0.071 0.052 0.431 0.150 0.241 1.009 1.064 0.366 0.071 0.499 0.593 0.419 0.699 0.788 0.570 0.169 0.069 0.079 0.307 0.797 0.060 0.176 0.405 0.024 0.009 nan 0.439 0.280 0.406 0.528 0.667 1.162 0.332 0.613 0.601 0.393 0.636 1.102 1.181 0.425 0.207 0.149 0.253 0.286 0.514 0.382 1.030 0.553 0.450 1327 chr10 12506794 12529152 + 0 NA intron (NM_001351032, intron 3 of 11) intron (NM_001351032, intron 3 of 11) 86992 NM_001351032 57118 Hs.600547 NM_020397 ENSG00000183049 CAMK1D CKLiK|CaM-K1|CaMKID calcium/calmodulin dependent protein kinase ID protein-coding nan 1.169 0.606 0.103 2.338 0.722 0.172 0.660 1.265 0.008 0.105 0.479 0.008 0.274 1.663 0.636 0.193 0.124 0.232 0.118 0.123 0.031 0.992 0.533 2.036 0.133 0.042 0.039 0.061 0.033 0.174 0.933 0.123 1.751 0.155 0.079 0.174 0.067 0.094 0.039 0.247 0.074 0.050 0.045 0.058 0.028 0.065 0.162 0.166 0.048 0.018 0.600 0.636 0.259 0.468 2.036 0.093 0.148 0.301 0.143 1.185 0.132 0.164 0.160 0.034 0.018 0.038 0.457 0.439 0.237 0.443 1.385 1.299 4.939 1.836 0.146 0.109 0.572 0.947 4.697 5.156 0.483 0.424 0.233 0.334 0.927 1.001 0.185 0.479 0.865 0.531 7785 chr3 119181074 119188764 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -2390 NM_018266 55254 Hs.594171 NM_018266 ENSG00000176142 TMEM39A - transmembrane protein 39A protein-coding 3.836 nan 1.933 1.406 2.392 2.490 1.672 1.251 2.282 0.427 1.412 1.084 0.178 1.094 1.546 1.777 2.142 0.293 0.960 0.583 0.748 0.814 0.871 0.577 2.241 1.116 1.071 1.219 1.653 0.479 2.009 2.589 1.523 2.955 0.876 1.283 0.186 1.396 0.088 0.600 1.408 1.678 2.246 0.982 1.090 0.388 0.774 0.822 1.967 2.436 1.063 1.511 1.777 1.477 1.963 2.241 0.691 0.903 0.659 2.630 1.394 1.128 0.413 1.022 0.834 0.547 0.392 3.157 3.052 2.573 3.948 3.839 nan 9.961 4.337 7.508 8.299 nan 4.563 3.349 5.245 6.866 6.458 1.861 1.943 1.989 2.302 4.375 4.877 3.478 2.081 9865 chr6 118649490 118659258 + 0 NA Intergenic Intergenic -168162 NR_002730 23629 Hs.648050 NR_002730 BRD7P3 BP75 bromodomain containing 7 pseudogene 3 pseudo nan 1.108 nan 0.044 0.826 5.583 0.091 0.082 0.227 0.031 0.047 0.032 0.021 1.354 0.509 0.084 0.065 0.008 0.020 0.033 0.035 0.241 0.185 0.135 0.007 0.015 0.015 0.042 0.025 0.174 0.076 3.513 0.030 0.050 0.059 0.044 0.170 0.012 0.041 0.047 0.025 0.016 0.022 0.023 0.080 0.062 0.017 0.060 0.048 0.509 0.020 0.015 0.135 0.014 0.017 0.030 0.353 0.033 0.021 0.038 0.023 0.018 0.010 0.457 0.247 0.120 0.183 1.206 nan nan 0.151 0.360 0.293 0.335 nan 3.089 2.142 0.517 0.316 0.150 0.183 0.248 0.309 0.123 nan 1.107 0.512 2667 chr12 51413097 51427534 + 0 NA promoter-TSS (NM_001174127) promoter-TSS (NM_001174127) -116 NM_001174127 4891 Hs.505545 NM_000617 ENSG00000110911 SLC11A2 AHMIO1|DCT1|DMT1|NRAMP2 solute carrier family 11 member 2 protein-coding nan 1.812 1.004 1.024 1.679 0.389 1.104 0.618 1.427 0.901 0.888 0.678 2.841 0.355 1.343 1.156 1.579 0.261 2.016 0.618 1.810 0.806 0.654 0.537 1.975 1.190 0.847 0.840 1.117 0.948 2.064 3.414 1.949 1.059 0.557 1.247 0.737 0.874 0.101 0.638 0.596 1.691 1.225 0.671 1.671 0.741 2.537 1.483 1.545 1.982 1.022 2.402 1.156 2.979 0.968 1.975 0.661 1.163 0.424 1.197 0.535 1.305 0.853 0.427 0.447 0.459 0.216 nan 1.855 2.632 3.990 3.124 nan 5.292 1.747 2.846 2.940 0.893 nan 1.776 nan 1.744 1.560 0.943 1.702 2.777 3.411 1.163 1.596 1.457 0.873 11900 chrUn_gl000220 4229 20304 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -84863 NR_038958 100507412 Hs.426704 NR_038958 LOC100507412 - uncharacterized LOC100507412 ncRNA 3.379 nan 3.370 1.458 2.380 8.268 0.940 0.816 nan 0.092 1.428 1.185 0.623 8.070 1.293 1.279 0.614 0.310 0.721 0.294 1.242 0.985 1.152 nan 1.302 1.541 1.145 1.043 1.439 0.497 2.244 8.273 1.131 6.232 0.546 2.301 0.553 1.360 0.271 1.117 0.428 3.171 5.781 4.122 0.413 1.879 1.198 0.827 2.987 1.771 2.375 1.081 1.279 0.386 0.461 1.302 1.893 0.736 0.295 1.011 2.211 1.884 1.136 0.842 1.584 0.975 0.634 1.854 1.952 2.134 3.553 0.984 1.064 1.387 0.317 3.405 3.527 1.733 2.630 0.542 0.552 nan 2.146 1.213 1.935 3.373 nan 1.205 nan 1.710 1.710 7144 chr21 20975971 20981161 + 0 NA Intergenic MER57A-int|LTR|ERV1 293503 NR_146910 105372746 Hs.580899 NR_146910 ENSG00000233480 LINC01683 C21orf40 long intergenic non-protein coding RNA 1683 ncRNA 0.856 0.766 0.668 0.014 0.002 0.011 0.027 0.062 0.134 0.019 0.059 0.006 0.039 0.036 0.150 0.021 0.026 0.095 0.054 2.111 1.580 0.046 0.027 0.027 0.122 0.189 0.134 0.457 0.029 0.052 2.148 0.041 0.123 0.061 0.035 0.024 0.015 0.021 0.015 0.056 0.019 0.031 0.028 0.031 0.025 0.150 0.029 0.017 0.046 0.022 0.020 0.031 0.095 0.014 0.400 0.365 1.402 1.309 0.328 0.402 0.438 0.261 0.088 0.126 8.602 8.537 0.186 0.193 0.733 0.325 0.123 0.166 10.612 8.223 0.300 nan 5.654 2.385 6945 chr20 33847906 33853425 + 0 NA intron (NM_006690, intron 4 of 8) LTR5_Hs|LTR|ERVK 15316 NR_149148 101410538 Hs.356273 NM_001355003 ENSG00000126005 MMP24OS MMP24-AS1 MMP24 opposite strand protein-coding 1.620 2.762 1.348 2.510 0.239 0.111 1.071 0.145 0.192 0.207 0.565 0.299 4.480 0.162 0.114 0.440 0.338 0.198 2.410 1.589 0.401 0.025 0.029 0.075 0.109 2.385 2.419 0.239 5.640 3.317 0.276 nan 2.821 0.502 0.132 0.087 0.069 0.251 0.096 0.256 0.058 0.317 0.142 0.129 2.830 6.372 0.168 0.324 6.910 0.257 0.697 0.133 0.440 8.980 0.101 0.109 0.022 0.135 0.142 0.326 0.056 4.705 0.053 4.196 0.041 11.441 9.705 0.744 0.766 0.423 0.809 0.377 nan 0.616 0.164 0.419 0.469 0.514 0.759 0.384 0.428 0.993 0.935 0.329 0.512 0.176 0.165 4.385 8.574 0.456 0.376 11183 chr8 103873103 103878362 + 0 NA promoter-TSS (NR_126338) promoter-TSS (NR_126338) 696 NM_001301668 51582 Hs.459106 NM_015878 ENSG00000155096 AZIN1 AZI|AZI1|AZIA1|OAZI|OAZIN|ODC1L antizyme inhibitor 1 protein-coding 11.106 nan 7.798 3.071 8.064 7.537 4.496 3.525 6.431 2.662 5.598 2.765 3.825 2.210 6.517 4.454 3.925 0.461 5.650 1.186 5.568 2.503 2.395 1.033 8.327 2.315 3.024 2.628 5.734 2.349 5.741 7.866 3.410 14.982 2.220 3.343 1.450 3.487 0.076 1.838 3.062 5.086 7.236 3.094 2.203 8.970 6.033 5.442 5.170 9.258 2.942 4.968 4.454 9.503 4.042 8.327 1.461 4.575 0.706 5.457 4.124 2.679 2.750 2.641 1.822 3.616 3.151 6.190 6.113 6.240 8.500 13.710 11.275 nan 3.013 17.600 18.289 3.907 nan 5.658 nan nan 7.411 4.983 11.467 6.862 5.254 6.879 6.286 3.799 2.239 9738 chr6 56761948 56787714 + 0 NA intron (NM_001144769, intron 2 of 96) intron (NM_001144769, intron 2 of 96) 44595 NM_001144769 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.775 0.791 nan 0.209 0.126 0.043 2.468 0.074 0.155 0.115 0.286 1.144 0.022 0.032 0.053 0.281 0.486 0.093 1.196 0.532 0.218 0.082 0.080 0.119 0.061 1.448 0.885 0.048 1.015 0.610 0.080 0.232 0.288 0.441 0.283 0.092 0.059 0.085 0.113 0.633 0.031 0.126 0.047 0.082 0.464 0.496 0.225 0.186 0.155 0.380 0.132 0.180 0.281 0.899 3.359 0.061 0.061 0.090 0.086 0.109 0.095 0.442 0.066 0.163 0.095 0.034 0.035 0.369 0.278 0.356 0.551 0.309 0.348 0.617 0.221 0.304 0.335 2.673 3.376 0.629 0.645 1.614 1.101 0.191 0.262 0.117 0.207 0.312 0.567 0.581 0.514 4080 chr15 75486139 75497715 + 0 NA Intergenic Intergenic -2294 NM_015492 56905 Hs.17936 NM_015492 ENSG00000167173 C15orf39 - chromosome 15 open reading frame 39 protein-coding 2.023 2.477 2.574 3.502 1.528 1.739 2.260 1.934 3.557 0.693 2.115 1.917 0.414 0.795 1.816 1.670 0.979 0.249 2.907 0.802 1.096 0.448 1.845 1.078 1.943 1.333 1.434 0.779 4.976 1.675 4.216 5.387 1.208 3.910 2.087 1.695 0.825 0.609 0.084 0.866 0.331 1.028 0.874 0.473 2.212 1.559 2.282 0.983 2.798 1.236 1.967 3.631 1.670 3.240 1.820 1.943 2.138 2.768 1.586 1.765 1.875 0.929 1.264 0.698 1.486 0.254 0.127 3.123 4.531 1.703 2.610 2.632 2.533 3.735 1.215 1.713 1.745 1.660 2.411 5.870 6.795 3.394 4.275 1.345 2.583 3.008 2.850 1.480 2.098 2.199 1.020 4040 chr15 70373807 70394953 + 0 NA intron (NM_001105192, intron 4 of 19) intron (NM_001105192, intron 4 of 19) 2744 NM_001282982 7090 Hs.287362 NM_005078 ENSG00000140332 TLE3 ESG|ESG3|GRG3|HsT18976 transducin like enhancer of split 3 protein-coding 2.017 1.682 2.548 1.532 2.009 1.723 1.136 0.857 1.609 0.728 2.398 1.762 1.776 0.878 2.712 2.688 1.431 0.083 1.258 0.367 0.836 1.365 0.639 0.390 2.915 0.675 0.509 0.069 0.929 0.440 2.398 2.910 2.420 6.143 1.232 2.314 0.337 1.096 0.077 0.738 1.465 0.678 0.245 0.122 0.708 0.396 1.283 0.171 2.199 2.140 1.632 1.589 2.688 2.284 1.194 2.915 1.312 0.967 0.834 2.432 0.607 0.523 2.649 1.426 0.971 0.532 0.306 2.923 3.193 3.452 4.995 3.019 2.278 1.983 0.727 2.398 2.370 0.961 1.409 2.251 3.695 3.138 3.451 2.072 4.211 1.220 1.224 1.770 2.738 0.959 0.583 7149 chr21 24127045 24136695 + 0 NA Intergenic Intergenic -319736 NR_106746 102466967 NR_106746 ENSG00000275469 MIR6130 hsa-mir-6130 microRNA 6130 ncRNA 0.565 0.748 0.573 0.030 0.083 0.034 0.051 0.142 0.413 0.105 0.096 0.039 0.020 0.055 0.518 0.078 0.184 0.043 0.039 0.013 0.015 0.212 0.201 0.075 0.007 0.037 0.068 0.021 0.032 0.067 0.035 0.055 0.372 0.061 0.028 0.107 0.011 0.100 0.012 0.032 0.019 0.031 0.022 0.032 0.070 0.145 0.034 0.015 0.017 0.014 0.518 0.029 0.008 0.075 0.076 0.030 0.018 0.063 0.008 0.010 0.077 0.016 0.018 0.016 0.464 0.222 0.717 0.866 0.356 0.413 4.789 2.623 0.123 0.097 0.572 0.792 0.227 0.223 0.484 0.146 0.115 0.205 0.926 2.214 0.116 nan 4.431 1.676 11441 chr9 8844799 8871731 + 0 NA non-coding (NR_121599, exon 1 of 3) non-coding (NR_121599, exon 1 of 3) 247 NR_121599 101929407 Hs.649971 NR_121599 PTPRD-AS1 - PTPRD antisense RNA 1 ncRNA 0.687 1.937 0.958 0.035 0.182 0.865 0.045 0.303 0.517 0.055 0.010 0.012 0.022 0.237 0.736 0.105 0.073 0.169 0.042 0.019 0.021 0.555 0.303 0.535 0.008 0.014 0.019 0.149 0.063 0.073 0.100 0.881 1.757 0.743 0.065 0.091 0.079 0.307 0.363 0.016 0.012 0.016 0.029 0.056 0.187 0.097 0.027 0.018 0.010 0.736 0.113 0.014 0.535 0.009 0.034 0.072 0.166 0.566 0.003 0.070 0.114 0.056 0.026 0.007 0.199 0.102 0.253 0.360 1.065 1.136 1.717 0.524 0.329 0.349 1.279 2.012 0.549 0.641 1.420 1.123 0.150 0.345 2.626 2.609 0.602 nan 1.224 1.002 3985 chr15 60281213 60301541 + 0 NA Intergenic Intergenic -5044 NM_012182 27023 Hs.734475 NM_012182 ENSG00000171956 FOXB1 FKH5|HFKH-5 forkhead box B1 protein-coding 0.674 1.291 nan 0.239 1.676 4.587 0.129 0.292 0.494 0.902 0.068 0.072 0.153 0.054 0.875 1.938 0.089 0.110 0.339 0.112 0.186 0.027 0.185 0.114 0.082 0.058 0.039 0.040 0.280 0.140 1.323 2.302 2.041 9.329 0.007 0.109 0.278 0.080 0.079 0.058 0.047 0.122 0.113 0.072 0.156 0.114 0.677 0.326 0.148 0.053 0.559 0.124 1.938 0.280 0.045 0.082 0.396 0.765 0.028 0.469 0.181 0.249 0.014 0.012 0.030 0.042 0.027 0.244 0.127 0.172 0.304 0.653 0.604 nan 0.775 0.078 0.097 0.175 0.311 2.496 5.404 0.649 0.326 0.147 0.166 1.335 1.857 0.212 0.397 1.334 0.770 8508 chr4 113801817 113831771 + 0 NA intron (NM_001354261, intron 1 of 44) intron (NM_001354261, intron 1 of 44) 34651 NM_001354261 287 Hs.620557 NM_001148 ENSG00000145362 ANK2 ANK-2|LQT4|brank-2 ankyrin 2 protein-coding 1.325 0.905 0.730 0.067 0.120 0.033 0.076 0.123 0.257 0.022 0.117 0.059 0.006 0.017 0.112 0.290 0.095 0.069 0.116 0.019 0.009 0.552 0.139 0.099 0.289 0.016 0.026 0.257 0.079 0.014 0.059 0.108 0.060 0.239 0.029 0.045 0.054 0.072 0.089 0.075 0.084 0.074 0.032 0.020 0.018 0.034 0.048 0.157 0.043 0.125 0.013 0.027 0.290 0.050 0.068 0.289 0.012 0.041 0.153 0.031 0.030 0.031 0.056 1.339 0.015 0.012 0.003 0.217 0.183 0.220 0.255 0.151 0.182 0.111 0.069 0.103 0.137 1.361 1.491 0.355 0.328 4.684 4.163 0.166 0.272 0.383 0.401 0.772 2.382 0.445 0.368 9309 chr5 161748098 161754723 + 0 NA Intergenic Intergenic 256762 NM_198904 2566 Hs.7195 NM_000816 ENSG00000113327 GABRG2 CAE2|ECA2|GEFSP3 gamma-aminobutyric acid type A receptor gamma2 subunit protein-coding nan 0.738 0.488 0.048 0.040 0.016 0.011 0.067 0.152 0.046 0.014 0.168 0.062 0.054 0.056 0.147 0.016 0.026 0.048 0.048 0.123 0.073 0.033 0.011 0.010 0.061 0.007 0.075 0.145 0.580 0.143 0.054 0.036 0.028 0.009 0.012 0.017 0.034 0.114 0.153 0.025 0.043 4.382 0.041 0.032 0.014 0.073 0.018 0.012 0.014 0.215 0.024 0.016 0.019 0.122 0.035 0.008 0.205 0.113 0.265 0.732 0.216 0.164 0.054 0.029 0.070 0.092 1.085 1.549 0.169 0.115 0.358 0.163 0.083 0.198 0.026 0.114 0.216 0.291 0.131 0.141 2780 chr12 70077669 70138021 + 0 NA Intergenic Intergenic -14649 NM_001282615 144453 Hs.280782 NM_032735 ENSG00000127325 BEST3 VMD2L3 bestrophin 3 protein-coding nan 1.306 0.704 0.505 0.855 0.485 0.146 1.505 2.717 0.032 0.198 0.313 0.129 0.118 1.222 0.391 0.211 0.073 0.220 0.098 0.069 0.083 1.334 0.922 1.764 0.146 0.045 0.188 0.197 0.133 0.288 0.555 0.184 2.448 0.092 0.085 0.348 0.096 0.079 0.150 0.232 0.443 0.670 0.294 0.149 0.097 0.268 0.553 0.246 0.643 0.349 0.173 0.391 0.275 0.522 1.764 0.140 0.218 0.131 0.363 0.276 0.148 0.171 0.074 0.110 0.291 0.219 0.512 0.492 0.623 0.879 2.952 3.205 1.472 0.573 1.225 1.152 0.989 1.473 nan 2.250 0.430 0.261 0.351 0.580 1.247 1.203 0.261 0.406 nan 2.862 446 chr1 67407173 67420734 + 0 NA TTS (NM_001278215) TTS (NM_001278215) 18027 NM_001077704 57708 Hs.605432 NM_020948 ENSG00000198160 MIER1 ER1|MI-ER1 MIER1 transcriptional regulator protein-coding 1.229 0.958 nan 0.476 0.182 0.073 1.152 0.213 0.362 0.261 0.433 0.296 0.275 0.296 0.335 0.190 0.421 0.059 1.368 0.614 0.180 0.041 0.358 0.243 0.202 0.519 0.283 0.331 3.254 1.059 0.279 0.482 0.712 0.417 0.335 0.214 0.028 0.136 0.138 0.340 0.199 0.154 0.394 0.288 1.096 2.537 0.263 0.593 0.177 0.410 1.092 0.339 0.190 1.300 5.539 0.202 0.072 0.098 0.058 0.081 0.045 1.082 0.052 0.126 0.231 0.293 0.277 0.395 0.428 0.588 0.815 0.494 0.583 0.477 0.250 0.667 0.614 nan nan 0.697 nan 0.556 0.289 0.176 0.385 0.104 0.218 0.369 1.010 0.503 0.463 5942 chr2 20081674 20114707 + 0 NA intron (NM_001008237, intron 1 of 2) intron (NM_001008237, intron 1 of 2) 3557 NM_001008237 130502 Hs.591547 NM_001008237 ENSG00000183891 TTC32 - tetratricopeptide repeat domain 32 protein-coding 1.750 0.975 1.385 0.719 0.989 0.597 0.773 0.472 0.711 0.211 0.858 0.662 0.178 0.273 0.748 0.760 1.072 0.148 0.523 0.189 3.881 0.227 0.633 0.394 0.883 0.399 0.395 0.297 0.858 0.389 1.114 1.653 0.611 2.066 0.411 1.413 0.083 0.690 0.136 0.547 0.437 1.335 0.701 0.278 0.528 0.450 1.100 1.299 0.779 0.683 0.676 0.535 0.760 0.618 1.740 0.883 0.290 0.464 0.305 0.833 0.356 1.046 0.428 1.041 0.706 0.534 0.345 1.299 1.228 1.480 1.988 2.114 2.118 1.970 0.976 3.329 3.669 1.050 1.346 1.863 nan 2.117 1.871 1.020 1.514 0.557 0.648 2.247 3.252 1.328 0.834 2181 chr11 94275585 94288101 + 0 NA 3' UTR (NM_002033, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_002033, exon 1 of 1) 4826 NM_002033 2526 Hs.390420 NM_002033 ENSG00000196371 FUT4 CD15|ELFT|FCT3A|FUC-TIV|FUTIV|LeX|SSEA-1 fucosyltransferase 4 protein-coding 1.386 nan 1.146 1.166 1.293 1.234 0.522 0.951 1.284 0.205 1.000 0.981 0.383 0.503 0.802 1.126 0.275 0.129 0.936 0.332 0.369 0.022 0.490 0.311 1.447 0.718 1.019 0.795 0.705 0.228 0.443 0.712 0.448 1.799 0.361 0.373 0.289 0.609 0.125 0.468 5.085 3.708 1.959 0.959 0.540 0.293 1.362 1.188 0.820 2.001 0.626 1.047 1.126 1.229 1.353 1.447 1.424 0.777 0.496 1.143 0.429 0.580 0.809 0.498 0.723 0.469 0.255 1.783 1.956 0.272 nan 2.758 3.087 1.734 0.948 6.565 6.786 2.260 2.931 2.010 2.923 3.191 4.106 1.633 2.473 1.480 1.370 1.258 nan 1.130 0.794 9068 chr5 93123240 93146309 + 0 NA intron (NM_001163417, intron 7 of 9) intron (NM_001163417, intron 7 of 9) -57465 NM_153216 134187 Hs.678995 NM_153216 ENSG00000248483 POU5F2 SPRM-1 POU domain class 5, transcription factor 2 protein-coding nan 4.159 1.208 0.137 0.103 0.061 0.115 0.288 0.472 0.037 0.126 0.261 0.073 0.165 0.290 2.879 0.231 0.083 0.068 0.033 0.269 0.283 0.218 0.124 0.119 0.019 0.086 0.118 0.127 0.344 0.979 0.717 0.324 0.183 0.149 1.541 0.555 0.150 0.036 0.101 0.064 0.013 0.034 0.052 0.033 0.342 0.060 0.176 0.040 0.054 0.167 2.879 0.037 0.265 0.610 0.058 0.042 0.108 0.453 0.058 0.074 0.097 0.040 0.025 0.030 0.240 0.202 0.255 0.342 0.281 0.343 2.351 0.797 0.297 0.289 0.813 1.051 0.878 0.654 0.535 0.220 0.124 0.198 5.855 8.606 0.281 nan 1.577 0.697 2229 chr11 107726854 107731253 + 0 NA intron (NM_017515, intron 1 of 7) CpG 861 NM_017515 54733 Hs.524014 NM_017515 ENSG00000110660 SLC35F2 HSNOV1 solute carrier family 35 member F2 protein-coding 1.910 1.713 2.557 2.495 2.158 1.093 4.537 0.826 1.389 1.784 2.418 2.600 0.409 0.090 2.342 1.487 0.359 0.074 3.182 0.863 3.735 1.043 1.545 1.133 0.745 3.138 3.358 1.633 3.080 1.640 2.824 3.273 1.048 6.411 2.026 1.953 0.779 4.470 0.269 2.807 1.405 19.056 8.479 3.764 4.109 1.950 6.442 5.957 2.779 7.950 3.046 5.106 1.487 3.503 8.846 0.745 2.473 1.565 1.472 6.083 1.422 3.161 6.020 1.014 2.892 0.982 0.544 12.583 16.240 1.866 3.030 5.345 3.385 6.165 1.144 4.161 4.341 2.928 4.601 5.010 6.456 5.277 6.082 3.772 7.802 4.692 2.854 2.258 3.401 2.351 1.173 9650 chr6 42368285 42377302 + 0 NA intron (NM_033502, intron 2 of 17) intron (NM_033502, intron 2 of 17) 46996 NM_001297573 55809 Hs.485392 NM_018415 ENSG00000124496 TRERF1 BCAR2|HSA277276|RAPA|TREP132|TReP-132|dJ139D8.5 transcriptional regulating factor 1 protein-coding 1.050 0.821 0.747 0.280 0.118 0.044 7.714 0.201 0.310 0.212 0.242 1.033 0.028 0.022 0.119 0.519 0.316 0.088 2.886 1.238 0.099 0.015 0.088 0.113 0.302 3.403 3.164 0.040 1.117 1.777 0.204 0.625 0.111 0.310 0.972 0.197 0.063 0.095 0.139 0.825 0.124 0.460 0.482 0.328 0.822 0.604 0.949 3.288 0.398 1.223 0.071 0.401 0.519 2.829 10.853 0.302 0.217 0.320 0.036 0.109 0.095 2.739 0.078 0.135 1.089 0.051 0.023 0.445 0.435 0.224 0.460 0.407 0.528 0.678 0.315 0.592 0.531 0.494 0.728 0.413 nan 0.482 0.297 0.308 0.391 0.197 0.375 0.387 0.689 0.510 0.424 1599 chr10 97147008 97171147 + 0 NA intron (NM_001034954, intron 9 of 30) intron (NM_001034954, intron 9 of 30) 41860 NM_001034955 10580 Hs.38621 NM_006434 ENSG00000095637 SORBS1 CAP|FLAF2|R85FL|SH3D5|SH3P12|SORB1 sorbin and SH3 domain containing 1 protein-coding 1.083 0.656 0.742 0.290 0.081 0.023 1.279 0.127 0.253 0.159 0.148 0.164 0.008 0.058 0.118 0.229 0.084 0.053 0.911 1.147 0.045 0.052 0.143 0.097 0.134 2.289 1.769 0.024 1.804 0.663 0.376 1.313 0.475 0.702 0.199 0.099 0.075 0.045 0.081 0.127 0.102 0.817 0.175 0.120 2.916 0.953 1.349 0.357 0.324 0.067 0.160 0.332 0.229 0.221 0.061 0.134 0.233 0.041 0.226 0.077 0.182 1.693 0.045 0.246 0.108 0.415 0.533 0.339 0.379 0.343 0.814 0.197 0.226 0.531 0.187 0.136 0.148 0.357 0.504 nan 0.533 0.241 0.145 0.112 0.171 0.468 0.917 0.549 1.149 0.427 0.304 6283 chr2 102416159 102440253 + 0 NA intron (NM_145687, intron 3 of 30) intron (NM_145687, intron 3 of 30) 113668 NM_145687 9448 Hs.701013 NM_004834 ENSG00000071054 MAP4K4 FLH21957|HEL-S-31|HGK|MEKKK4|NIK mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 protein-coding 1.484 nan 2.564 0.609 0.070 0.376 0.470 0.173 0.221 0.151 0.504 1.369 0.077 0.051 0.177 0.314 0.745 0.086 0.358 0.126 0.293 0.011 0.117 0.128 0.169 0.211 0.048 0.131 0.143 0.169 0.150 0.347 0.137 0.874 0.186 0.149 0.267 0.104 0.089 0.281 0.352 2.827 1.164 0.467 0.131 0.144 0.766 1.344 0.564 0.332 0.036 0.242 0.314 0.263 0.131 0.169 0.153 0.137 0.472 0.335 0.092 0.197 1.631 0.565 0.799 0.136 0.065 0.488 0.640 0.791 1.035 1.004 0.991 0.778 0.186 0.407 0.380 3.213 3.772 0.680 0.975 2.104 1.648 1.363 1.904 1.177 1.415 1.053 1.840 0.819 0.475 11431 chr9 6407411 6415738 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -1577 NM_152896 115426 Hs.493401 NM_152896 ENSG00000147854 UHRF2 NIRF|RNF107|TDRD23|URF2 ubiquitin like with PHD and ring finger domains 2 protein-coding 2.594 4.262 2.576 1.444 2.249 1.365 1.578 1.172 2.213 0.577 0.731 0.314 0.940 0.205 1.543 2.723 0.982 0.232 1.791 0.367 0.478 0.596 1.601 0.714 1.852 0.905 0.790 0.833 1.463 0.214 1.029 1.364 0.458 3.680 0.911 0.710 0.592 0.950 0.127 0.644 1.414 1.164 1.113 0.577 1.026 0.877 0.854 1.214 2.191 2.641 1.298 0.511 2.723 1.674 2.034 1.852 0.623 0.351 0.376 1.076 1.415 0.531 0.773 0.426 0.680 0.567 0.396 1.580 1.575 3.065 4.299 4.225 3.716 4.919 2.028 2.618 2.564 5.301 7.373 2.261 3.548 3.165 3.773 1.674 3.369 3.205 3.018 2.795 nan 2.767 2.152 3013 chr12 122218190 122251735 + 0 NA intron (NR_152740, intron 3 of 3) intron (NR_152740, intron 3 of 3) -3368 NM_019034 54509 Hs.707579 NM_019034 ENSG00000139725 RHOF ARHF|RIF ras homolog family member F, filopodia associated protein-coding 3.372 2.728 3.425 5.819 3.722 4.591 4.561 2.090 4.128 2.246 2.991 1.810 4.095 1.883 5.772 3.303 1.474 0.264 3.612 1.312 5.021 2.308 2.416 1.217 5.334 2.658 3.472 2.975 4.075 2.038 6.258 8.555 3.890 9.020 2.475 5.389 1.726 4.947 0.146 1.474 2.563 6.570 4.898 2.181 2.546 2.761 3.636 2.495 6.975 5.849 3.219 4.091 3.303 6.067 6.653 5.334 2.319 2.919 1.049 8.450 2.677 2.161 2.273 1.473 1.889 1.829 1.117 3.346 3.960 3.799 5.776 7.202 6.662 nan 2.365 7.246 7.482 2.424 3.306 6.295 7.288 4.755 4.653 2.898 4.958 5.041 4.755 3.812 4.147 2.822 1.542 2306 chr11 118304219 118311154 + 0 NA intron (NM_005933, intron 1 of 35) CpG-4806 481 NM_005933 4297 Hs.258855 NM_005933 ENSG00000118058 KMT2A ALL-1|CXXC7|HRX|HTRX1|MLL|MLL1|MLL1A|TRX1|WDSTS lysine methyltransferase 2A protein-coding 3.073 2.658 2.334 1.315 4.604 3.843 1.805 2.240 3.597 1.821 3.127 1.303 1.576 0.852 5.303 4.198 0.702 0.046 2.160 0.820 2.471 2.482 2.874 1.490 4.619 2.004 2.401 2.383 2.685 0.851 1.598 2.803 0.991 11.651 1.265 2.347 1.631 4.366 0.165 1.361 3.601 11.011 3.689 1.476 1.318 1.448 2.674 3.460 2.031 4.035 2.115 1.968 4.198 2.838 3.693 4.619 0.710 1.847 0.800 5.005 2.947 3.120 7.554 2.081 2.460 2.342 1.330 7.479 nan 9.174 5.662 8.674 7.198 7.758 2.730 11.788 11.164 4.540 nan 5.405 6.877 5.752 6.719 9.734 16.500 4.553 2.979 4.716 5.441 2.944 1.505 1149 chr1 224031578 224035164 + 0 NA exon (NM_001031685, exon 1 of 18) exon (NM_001031685, exon 1 of 18) 303 NM_001031685 7159 Hs.523968 NM_005426 ENSG00000143514 TP53BP2 53BP2|ASPP2|BBP|P53BP2|PPP1R13A tumor protein p53 binding protein 2 protein-coding 10.099 7.357 9.405 6.298 10.795 5.516 4.155 3.627 6.487 2.260 6.086 3.242 3.927 1.342 2.647 7.650 5.056 0.615 4.271 1.264 2.241 4.286 4.775 1.967 6.276 4.706 5.656 3.101 7.389 2.611 6.088 8.379 5.143 15.582 2.427 4.289 1.070 4.399 0.178 1.255 3.362 7.843 6.325 2.679 5.271 2.995 5.770 5.687 5.722 4.058 4.754 4.325 7.650 7.795 4.213 6.276 2.594 2.891 1.522 6.042 2.872 5.261 0.913 2.966 2.183 2.489 1.847 11.073 9.256 14.337 21.402 15.570 nan 8.967 4.215 26.259 26.870 5.110 6.435 10.615 18.196 7.230 7.634 2.915 5.477 8.182 7.117 10.787 8.066 4.247 2.893 9167 chr5 131400341 131442206 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 11788 NM_000758 1437 Hs.1349 NM_000758 ENSG00000164400 CSF2 CSF|GMCSF colony stimulating factor 2 protein-coding 0.837 0.639 nan 0.840 0.063 0.036 3.994 0.151 0.230 0.064 1.824 1.979 0.033 0.015 0.140 0.085 0.915 0.077 1.651 1.979 0.154 0.017 0.060 0.053 0.108 2.301 1.698 0.068 1.370 2.313 0.612 2.399 0.527 0.346 1.073 0.240 0.052 0.060 0.110 1.066 0.085 0.901 0.917 0.584 3.439 0.654 0.319 0.927 0.278 0.564 0.188 0.561 0.085 0.429 1.112 0.108 0.519 0.083 0.060 0.150 0.077 0.437 0.021 0.065 1.622 0.124 0.108 0.222 0.197 0.273 0.567 0.225 0.280 0.267 0.120 0.357 0.453 1.094 1.714 0.450 0.548 0.830 0.730 0.144 0.121 0.164 0.292 0.200 0.268 0.426 0.373 8210 chr4 50227 55838 + 0 NA promoter-TSS (NM_182524) promoter-TSS (NM_182524) -147 NM_182524 152687 Hs.709469 NM_182524 ENSG00000272602 ZNF595 - zinc finger protein 595 protein-coding 3.244 2.110 3.142 0.784 1.562 0.485 1.697 0.944 2.015 0.272 5.671 0.870 1.634 0.697 1.204 1.060 1.732 0.583 8.364 2.306 0.124 1.185 2.608 1.494 3.926 0.665 0.607 0.105 1.473 0.563 1.176 2.342 0.744 0.768 2.061 0.814 0.101 1.912 0.343 0.459 0.509 1.938 1.579 0.796 1.024 0.551 0.593 1.460 1.999 3.379 2.662 0.700 1.060 6.182 1.250 3.926 0.391 1.363 0.458 0.508 2.911 0.848 0.494 0.287 0.778 0.144 0.063 4.065 3.731 9.274 13.440 1.810 2.063 nan 1.424 2.568 2.389 3.541 5.223 1.917 3.024 1.714 0.806 1.366 1.958 0.279 0.520 0.950 1.216 nan 1.978 10727 chr7 147737403 147758612 + 0 NA intron (NM_014141, intron 15 of 23) Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger 121322 NR_036093 100422849 NR_036093 ENSG00000221296 MIR548T - microRNA 548t ncRNA 1.090 2.249 1.896 0.353 3.331 1.059 0.030 0.825 1.684 0.070 0.040 0.006 0.046 0.395 0.843 0.092 0.060 0.100 0.009 0.024 0.026 2.798 1.793 6.238 0.006 0.014 0.038 0.054 0.015 0.118 0.205 1.431 5.361 0.028 0.074 1.124 0.067 0.145 0.017 0.235 0.093 0.031 0.007 0.020 0.033 0.059 0.094 0.073 0.038 0.069 0.843 0.054 0.035 6.238 0.035 0.066 0.332 0.077 1.202 0.030 0.051 0.076 0.018 0.014 0.014 0.498 0.397 0.322 1.005 5.081 4.500 2.563 1.164 0.116 0.129 0.739 0.915 3.219 4.337 0.454 0.217 0.187 0.233 4.875 4.096 0.350 0.752 2.884 nan 2407 chr12 2185069 2193822 + 0 NA intron (NM_000719, intron 1 of 46) AluSz|SINE|Alu 26994 NM_199460 775 Hs.118262 NM_000719 ENSG00000151067 CACNA1C CACH2|CACN2|CACNL1A1|CCHL1A1|CaV1.2|LQT8|TS calcium voltage-gated channel subunit alpha1 C protein-coding 1.612 nan nan 0.017 0.170 0.146 0.074 0.251 0.225 0.011 0.053 0.060 0.045 0.144 0.175 0.237 0.182 0.043 0.020 0.623 0.459 0.626 0.024 0.025 0.017 0.070 0.057 0.133 0.078 1.199 0.068 0.918 0.111 0.117 0.202 0.063 0.014 0.061 0.109 0.205 0.080 0.049 0.045 0.039 0.175 0.073 0.021 0.626 0.014 0.048 2.630 0.111 0.047 0.027 0.056 0.315 0.009 0.026 0.006 0.193 0.331 0.190 0.206 nan 1.682 0.123 0.091 0.223 0.263 1.289 1.876 0.279 0.537 0.833 0.992 0.132 0.239 3.168 2.955 0.807 nan 0.976 0.530 11516 chr9 33400230 33465216 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 14908 NM_004925 360 Hs.234642 NM_004925 ENSG00000165272 AQP3 AQP-3|GIL aquaporin 3 (Gill blood group) protein-coding 0.766 nan 0.954 0.186 0.147 0.043 1.546 0.168 0.271 0.102 0.248 0.311 0.029 0.407 0.107 0.241 0.104 0.134 0.294 0.294 0.052 0.041 0.171 0.158 0.237 0.706 0.292 0.171 0.192 0.409 2.244 8.448 1.202 0.441 0.135 0.342 0.072 0.077 0.074 0.162 0.102 0.436 0.144 0.100 0.520 0.462 0.243 0.161 1.333 0.160 0.655 2.767 0.241 0.490 0.217 0.237 0.935 1.308 0.090 0.202 0.248 0.543 0.056 0.559 0.145 0.130 0.143 0.233 0.210 0.295 0.454 0.532 0.551 1.019 0.414 0.230 0.229 0.292 0.634 0.672 0.619 0.878 0.731 0.307 0.329 0.317 0.339 0.628 1.546 1.214 0.964 2866 chr12 94166449 94186434 + 0 NA intron (NM_001320100, intron 2 of 2) L1MC5|LINE|L1 -44842 NR_110092 101928731 Hs.659971 NR_110092 ENSG00000258274 LOC101928731 - uncharacterized LOC101928731 ncRNA 0.789 0.716 0.672 1.403 0.118 0.727 2.762 0.117 0.242 0.450 1.623 2.025 0.053 0.030 0.213 0.218 3.473 0.355 1.571 0.615 3.408 0.014 0.077 0.178 0.153 2.142 1.323 0.552 1.579 1.275 0.769 1.017 0.476 nan 0.986 2.135 0.052 0.060 0.127 1.066 0.096 0.806 0.791 0.553 1.453 0.825 0.587 8.075 1.090 0.393 0.884 1.633 0.218 0.635 1.857 0.153 0.895 1.415 0.253 1.709 0.087 1.094 0.118 0.161 1.438 0.890 0.745 0.354 0.242 0.695 1.452 0.630 0.746 0.433 0.190 0.270 0.293 1.897 nan 0.298 nan 0.535 0.271 0.175 0.335 0.132 0.208 0.294 0.532 0.646 0.671 2443 chr12 6711332 6728256 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -3195 NM_001273 1108 Hs.162233 NM_001273 ENSG00000111642 CHD4 CHD-4|Mi-2b|Mi2-BETA|SIHIWES chromodomain helicase DNA binding protein 4 protein-coding 3.019 nan nan 1.506 5.592 2.964 1.268 1.784 3.417 0.339 1.816 1.213 0.191 1.456 4.004 3.618 0.944 0.142 0.987 0.224 0.518 0.810 1.676 0.969 4.111 0.776 0.447 0.670 0.580 0.391 2.155 6.330 1.501 5.823 0.752 1.199 0.717 1.139 0.119 0.460 3.105 0.819 0.645 0.445 0.445 0.320 1.657 0.881 1.809 2.618 0.899 1.509 3.618 1.007 0.533 4.111 0.572 0.546 2.350 2.826 1.168 0.589 2.483 2.464 0.547 0.316 0.162 2.409 3.086 1.497 1.945 nan 6.627 6.820 2.314 3.873 3.893 2.568 3.385 4.946 5.034 5.323 4.589 2.012 3.299 2.306 2.041 2.675 nan 1.773 0.774 11768 chr9 127041740 127074089 + 0 NA intron (NM_001145001, intron 2 of 10) MIRb|SINE|MIR 3215 NM_001166169 10783 Hs.197071 NM_014397 ENSG00000119408 NEK6 SID6-1512 NIMA related kinase 6 protein-coding nan nan 1.137 2.292 0.326 0.206 2.394 0.153 0.364 0.996 0.961 1.876 0.036 0.043 0.066 0.190 0.711 0.121 1.012 0.310 0.650 0.026 0.184 0.152 0.181 1.767 1.283 1.253 0.416 0.282 0.243 0.511 0.292 nan 1.011 0.189 0.036 0.094 0.054 0.645 0.094 1.526 1.187 0.584 0.823 1.205 0.554 2.858 0.848 2.702 0.027 0.176 0.190 1.391 1.159 0.181 0.068 0.102 0.051 0.735 0.082 1.927 0.049 0.114 1.246 5.432 4.055 0.460 0.663 0.237 0.445 0.621 0.593 0.427 0.200 0.523 0.548 0.351 nan 0.538 0.826 0.519 0.393 0.301 0.313 0.206 0.200 0.237 0.324 nan 0.684 5559 chr19 15176681 15188631 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -15221 NM_001004713 126370 Hs.631610 NM_001004713 ENSG00000094661 OR1I1 OR19-20|OR1I1P|OR1I1Q olfactory receptor family 1 subfamily I member 1 protein-coding 0.814 0.558 0.650 0.423 0.111 0.018 0.084 0.094 0.159 3.386 0.077 0.039 1.176 0.017 0.037 0.126 0.044 0.122 0.125 0.048 0.035 0.091 0.088 0.110 0.006 0.035 0.023 0.119 0.017 0.065 nan 0.100 0.203 0.024 0.036 0.032 0.073 0.104 0.010 0.014 4.355 0.171 0.071 0.038 10.598 0.068 0.061 0.055 0.506 1.040 0.126 0.048 0.008 0.110 0.031 1.475 0.016 1.854 0.017 0.066 0.013 0.093 0.272 0.005 0.013 0.259 0.169 0.145 0.217 0.221 0.209 0.178 0.111 0.145 0.120 0.226 0.270 0.128 0.230 0.389 0.132 0.066 0.094 0.071 0.100 0.172 0.254 0.312 0.423 7339 chr22 24638070 24645840 + 0 NA promoter-TSS (NM_001099782) promoter-TSS (NM_001099782) -845 NM_001099782 2687 Hs.437156 NM_004121 ENSG00000099998 GGT5 GGL|GGT 5|GGT-REL|GGTLA1 gamma-glutamyltransferase 5 protein-coding 0.882 nan 3.686 0.768 0.180 0.115 1.160 0.237 0.323 0.719 1.105 0.393 0.048 0.091 0.280 0.956 0.145 0.569 0.237 2.698 0.036 0.080 0.044 0.169 0.465 0.158 0.435 0.301 1.232 0.495 2.418 7.568 0.627 0.757 0.298 0.109 0.138 0.026 0.636 0.256 2.335 0.362 0.327 0.435 0.269 0.486 0.311 1.758 0.285 0.102 0.679 0.280 2.059 3.508 0.169 0.126 0.703 1.113 1.839 0.144 1.628 0.140 0.362 0.626 0.282 0.279 0.950 1.469 0.337 0.386 0.616 0.740 0.458 0.127 0.548 0.601 0.712 1.231 0.581 0.993 2.895 4.801 0.422 0.520 0.377 0.336 0.803 1.756 1.392 1.104 8146 chr3 190032056 190047785 + 0 NA exon (NM_021101, exon 1 of 4) exon (NM_021101, exon 1 of 4) 315 NM_021101 9076 Hs.439060 NM_021101 ENSG00000163347 CLDN1 CLD1|ILVASC|SEMP1 claudin 1 protein-coding 0.812 1.298 0.539 1.225 0.156 0.312 0.297 0.201 0.279 0.103 0.907 0.269 0.039 0.076 0.492 0.167 0.627 0.133 0.135 0.083 0.844 0.018 0.167 0.137 0.038 1.558 0.933 0.347 1.485 1.413 0.963 2.285 1.431 4.651 0.307 0.387 0.018 0.301 0.085 0.068 0.060 2.274 1.025 0.584 1.711 0.195 0.760 0.102 0.818 0.547 0.280 0.572 0.167 0.145 0.417 0.038 0.351 0.226 0.018 1.132 0.091 0.165 0.239 0.086 0.024 0.146 0.071 0.323 0.244 9.145 7.131 0.441 0.458 2.406 0.623 0.362 0.428 0.214 0.317 0.758 1.039 0.674 0.480 0.267 0.564 0.070 0.084 0.181 0.372 0.315 0.407 255 chr1 36164384 36185360 + 0 NA Intergenic Intergenic 7640 NM_001348691 127703 Hs.112023 NM_152374 ENSG00000142686 C1orf216 - chromosome 1 open reading frame 216 protein-coding 1.773 nan 2.052 0.629 1.962 1.897 0.704 0.474 1.102 0.234 0.726 0.538 0.248 0.204 0.733 0.898 0.720 0.207 0.342 0.127 0.774 0.330 0.651 0.453 3.541 0.490 0.428 0.639 0.391 0.250 0.471 0.989 0.473 1.939 0.237 0.589 0.036 1.017 0.114 0.203 0.237 0.912 0.597 0.272 0.266 0.092 0.211 0.648 0.681 0.983 0.268 0.325 0.898 0.348 0.845 3.541 0.140 0.329 0.251 1.049 0.547 0.338 0.854 0.396 0.344 0.420 0.236 2.212 2.623 0.609 0.431 3.456 2.939 nan 0.514 0.962 1.078 0.544 0.947 5.430 7.669 nan 0.699 1.273 2.150 0.254 0.217 1.185 1.943 1.075 nan 4688 chr17 29884847 29912014 + 0 NA Intergenic Intergenic -3858 NR_039878 100616449 NR_039878 ENSG00000265976 MIR4725 mir-4725 microRNA 4725 ncRNA nan nan nan 1.120 0.363 0.181 1.416 0.224 0.387 1.457 2.263 0.712 0.030 0.250 0.092 0.323 2.356 0.373 2.551 1.097 1.565 0.117 0.145 0.087 0.282 1.035 0.926 0.814 0.732 0.354 0.255 0.587 0.382 0.666 0.668 0.279 0.028 0.519 0.119 0.935 0.284 4.099 0.500 0.247 0.908 0.221 1.614 8.099 1.055 2.391 0.741 1.137 0.323 1.146 0.402 0.282 0.315 2.357 0.101 1.744 0.527 1.865 0.094 0.160 1.531 0.473 0.310 0.974 1.527 0.379 0.795 0.513 0.530 1.253 0.410 1.196 1.323 0.372 0.709 0.535 0.777 1.056 1.019 0.677 0.658 0.265 0.300 0.416 nan 1.104 0.799 11028 chr8 67973073 67978381 + 0 NA promoter-TSS (NM_024790) promoter-TSS (NM_024790) -876 NM_024790 79848 Hs.370147 NM_024790 ENSG00000104218 CSPP1 CSPP|JBTS21 centrosome and spindle pole associated protein 1 protein-coding 7.533 3.040 3.433 2.518 5.346 2.626 5.697 1.796 4.097 1.580 4.797 4.708 1.296 1.960 5.375 2.942 4.776 0.296 4.600 1.216 7.101 1.568 2.396 1.242 3.871 3.676 3.855 1.986 4.944 1.727 5.387 7.197 3.507 11.551 2.515 4.313 2.006 2.882 0.093 2.228 2.068 5.196 7.450 3.293 2.875 6.191 2.662 6.949 4.357 10.062 4.170 2.407 2.942 4.258 6.210 3.871 2.276 1.898 0.608 3.690 4.487 6.123 2.661 1.845 2.321 3.103 2.309 4.851 4.297 6.823 10.298 8.169 8.406 9.262 3.916 9.078 9.708 5.392 6.274 4.991 7.697 nan 6.079 5.061 8.146 9.265 10.460 4.608 4.848 5.004 2.635 2230 chr11 107799091 107801174 + 0 NA intron (NM_017516, intron 1 of 1) intron (NM_017516, intron 1 of 1) 931 NM_017516 54734 Hs.354906 NM_017516 ENSG00000179331 RAB39A RAB39 RAB39A, member RAS oncogene family protein-coding 7.627 6.613 0.710 0.035 5.746 7.154 0.036 3.361 6.585 0.638 0.337 0.043 0.120 0.660 5.071 6.727 1.543 0.027 0.103 0.090 0.364 0.667 3.224 2.041 3.837 0.066 0.034 0.526 0.033 0.051 0.348 0.803 0.098 15.703 0.142 3.077 3.359 0.140 0.055 5.323 0.249 0.286 0.075 0.052 0.180 0.092 0.577 0.693 3.647 0.026 0.017 6.727 0.408 0.134 3.837 0.556 2.999 2.640 2.974 0.074 3.963 3.377 0.035 24.656 27.378 2.113 3.607 14.122 11.023 9.152 3.938 0.679 0.639 9.990 12.921 9.357 14.946 16.281 20.106 8.135 16.415 11.350 9.565 8.531 6.899 4.821 2.759 5364 chr18 55364656 55387501 + 0 NA intron (NM_005603, intron 2 of 27) intron (NM_005603, intron 2 of 27) 78544 NM_001242804 100505549 Hs.660645 NM_001242804 LOC100505549 - uncharacterized LOC100505549 protein-coding nan 1.026 1.075 0.185 0.290 0.188 0.240 0.445 0.808 0.440 0.133 0.225 0.240 0.227 0.308 0.658 0.245 0.085 0.145 0.025 0.080 0.018 0.324 0.207 2.382 0.112 0.104 0.199 0.104 0.078 0.238 0.813 0.425 0.487 0.128 0.064 0.359 0.066 0.082 0.050 0.289 0.111 0.029 0.014 0.141 0.263 1.190 0.142 0.566 0.130 0.685 0.455 0.658 0.136 0.033 2.382 0.136 0.479 0.064 0.057 0.357 0.277 0.618 0.251 0.036 0.018 0.009 0.505 0.472 0.516 1.621 0.674 0.898 8.494 4.500 3.711 4.055 0.265 0.403 1.289 1.364 0.574 0.768 1.049 1.495 1.314 1.887 0.296 0.522 nan 1.973 11339 chr8 140783482 140791863 + 0 NA intron (NM_001321646, intron 20 of 21) intron (NM_001321646, intron 20 of 21) -72373 NM_001282534 51305 Hs.493037 NM_001282534 ENSG00000169427 KCNK9 K2p9.1|KT3.2|TASK-3|TASK3 potassium two pore domain channel subfamily K member 9 protein-coding 1.986 0.589 nan 0.103 0.611 0.490 0.051 1.568 2.657 0.114 0.088 0.022 1.122 1.687 0.244 0.053 0.078 0.113 0.038 0.049 0.094 0.019 1.730 0.047 0.069 0.035 0.089 0.050 0.115 0.354 0.095 1.245 0.035 0.019 0.055 0.053 0.056 0.102 0.126 0.021 0.009 0.026 0.092 0.226 0.223 0.025 0.009 0.088 0.244 0.135 0.022 1.730 0.102 0.069 0.302 0.069 10.951 0.028 0.208 0.059 0.027 0.007 0.006 0.337 0.371 0.185 0.289 nan 1.216 nan 0.567 0.458 0.409 0.318 0.530 2.367 2.005 0.940 0.781 0.362 0.583 0.271 0.434 0.362 0.411 0.704 0.518 6026 chr2 38618376 38637670 + 0 NA Intergenic L1ME3A|LINE|L1 -22297 NM_001330462 64225 Hs.594950 NM_022374 ENSG00000119787 ATL2 ARL3IP2|ARL6IP2|aip-2|atlastin2 atlastin GTPase 2 protein-coding 0.799 nan nan 0.373 0.131 0.055 0.290 0.075 0.276 0.144 0.141 0.302 0.045 0.032 0.174 0.283 0.140 0.177 0.294 0.268 0.023 0.043 0.111 0.158 0.129 0.097 0.112 0.050 0.116 0.124 0.279 nan 1.482 1.245 0.371 0.115 0.034 0.091 0.115 0.147 0.079 1.966 0.094 0.065 0.045 0.298 0.335 0.295 0.181 0.262 0.041 0.059 0.283 0.383 0.052 0.129 0.063 0.081 0.070 0.211 0.031 0.543 0.458 0.117 0.599 0.501 0.387 1.515 1.478 3.571 8.134 0.311 0.338 0.222 0.099 2.484 nan 0.200 0.400 0.283 0.258 nan 0.248 1.283 1.293 0.044 0.034 0.227 0.520 0.354 0.409 3422 chr14 29037183 29050999 + 0 NA Intergenic Intergenic 190434 NR_125758 103695363 Hs.569360 NR_125758 FOXG1-AS1 FOXG1-AS FOXG1 antisense RNA 1 ncRNA 0.867 0.691 0.656 1.102 0.115 0.069 0.989 0.081 0.186 0.022 0.542 1.578 0.027 0.007 0.064 0.122 0.224 0.126 0.788 0.178 2.111 0.020 0.056 0.088 0.113 1.201 0.901 0.011 0.496 0.624 8.096 8.711 1.061 0.247 2.306 0.663 0.048 0.039 0.113 1.146 0.121 0.393 0.423 0.305 0.585 0.100 0.063 1.751 0.059 0.036 0.006 0.124 0.122 0.274 0.034 0.113 0.132 0.054 0.160 0.022 0.957 0.087 0.074 3.327 2.989 3.935 0.163 0.165 0.264 0.263 0.260 0.402 0.727 0.241 0.297 0.258 0.729 1.233 0.232 0.298 0.585 0.223 0.097 0.170 0.197 0.273 0.181 0.209 0.742 0.343 4740 chr17 37599859 37627831 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -3919 NM_016507 51755 Hs.345028 NM_015083 ENSG00000167258 CDK12 CRK7|CRKR|CRKRS cyclin dependent kinase 12 protein-coding nan 1.666 1.455 3.986 0.716 0.678 1.032 1.101 2.115 0.523 1.386 0.556 0.379 0.283 0.833 1.105 0.785 0.372 1.488 0.522 1.409 0.693 0.785 0.534 1.208 0.975 0.970 0.653 0.923 0.366 0.530 0.949 0.847 2.423 0.507 1.190 0.228 0.749 0.117 0.528 0.651 1.551 0.965 0.513 0.728 0.499 1.268 1.124 1.476 0.962 0.700 0.964 1.105 1.861 0.860 1.208 0.531 0.674 0.315 1.315 0.537 1.090 0.551 0.696 0.432 0.519 0.339 2.314 1.986 2.357 3.162 nan 2.587 2.841 1.526 8.047 8.784 1.537 2.121 2.712 4.378 nan 3.203 1.922 2.783 1.371 2.148 2.486 2.778 1.731 0.996 11117 chr8 95650202 95657534 + 0 NA intron (NM_001034915, intron 1 of 15) intron (NM_001034915, intron 1 of 15) 504 NM_001034915 54845 Hs.487471 NM_017697 ENSG00000104413 ESRP1 RBM35A|RMB35A epithelial splicing regulatory protein 1 protein-coding nan 3.779 6.867 2.694 9.693 7.354 3.849 4.843 8.445 2.583 0.127 0.050 3.713 2.597 8.602 0.539 0.083 0.109 5.674 2.292 0.009 2.069 0.901 10.235 0.112 0.030 0.130 7.956 3.148 4.891 7.323 5.025 20.529 3.384 0.073 2.279 0.147 0.074 0.079 5.055 0.126 0.025 0.106 3.373 4.924 6.122 0.190 0.469 0.281 0.645 5.953 0.539 7.022 0.051 10.235 3.022 5.773 0.384 0.405 0.070 0.098 4.497 0.017 0.021 0.031 0.014 4.242 5.254 4.372 nan 11.526 9.617 8.239 2.902 10.885 11.521 0.200 0.292 6.658 9.361 0.650 0.402 4.180 7.457 8.338 8.355 0.198 0.753 2.276 1.287 4146 chr15 93420505 93434653 + 0 NA intron (NR_037601, intron 2 of 5) intron (NR_037601, intron 2 of 5) 1053 NR_037602 100507217 Hs.622504 NR_037600 LINC01578 - long intergenic non-protein coding RNA 1578 ncRNA nan nan nan 2.028 2.826 1.802 1.855 2.264 4.121 1.352 3.193 1.281 0.894 1.204 6.818 2.258 2.409 0.289 2.438 0.509 2.316 2.595 2.075 1.161 4.471 2.142 2.572 1.394 4.340 1.941 2.934 3.295 3.383 7.579 1.003 2.701 0.452 2.538 0.112 1.096 1.981 1.550 1.165 0.524 2.837 1.060 3.295 3.194 3.371 1.632 2.335 3.187 2.258 2.113 2.711 4.471 1.845 3.565 0.551 1.854 2.032 2.237 1.784 1.312 2.691 0.704 0.586 2.628 3.361 3.892 5.792 5.388 5.449 nan 1.855 9.096 9.156 3.216 3.905 5.089 6.849 nan 9.943 2.753 5.836 2.655 2.256 4.893 nan 2.284 1.110 7380 chr22 30571355 30660660 + 0 NA Intergenic T-rich|Low_complexity|Low_complexity -19176 NR_149070 110806283 NR_149070 ENSG00000232530 LIF-AS1 Lnc-LIF-AS LIF antisense RNA 1 ncRNA nan 0.927 0.592 7.612 0.195 0.068 2.125 0.249 0.495 0.600 1.378 1.682 0.279 1.948 0.095 0.376 1.351 0.184 2.544 1.334 3.818 0.041 0.101 0.092 0.219 0.718 0.526 0.386 1.780 1.580 4.509 nan 0.896 0.444 1.902 5.078 0.034 0.218 0.080 1.237 0.028 5.590 1.539 0.632 1.512 1.060 2.925 1.132 4.107 1.964 1.578 1.460 0.376 3.129 2.663 0.219 0.791 1.207 0.140 7.321 4.043 2.492 0.029 0.240 1.505 3.688 3.246 0.341 0.384 0.698 nan 0.345 0.377 0.620 0.217 0.429 0.496 0.393 nan 1.117 1.320 0.487 0.340 0.212 0.222 0.127 0.290 0.459 nan 1.809 1.155 8253 chr4 7924978 7944022 + 0 NA intron (NM_198595, intron 1 of 16) AluSg|SINE|Alu -6228 NM_203423 389199 Hs.375210 NM_203423 LOC389199 - uncharacterized LOC389199 protein-coding 1.414 0.777 nan 0.686 0.326 0.316 1.547 0.168 0.365 0.865 1.139 0.445 3.621 0.047 0.921 0.463 1.079 0.327 2.031 0.649 0.462 0.058 0.404 0.296 1.018 0.506 0.333 0.151 0.646 0.298 1.096 2.598 1.220 1.377 1.204 0.385 0.141 0.215 0.082 0.422 0.215 6.398 0.406 0.324 0.229 0.246 1.565 0.234 0.838 1.523 0.374 0.511 0.463 2.139 0.185 1.018 0.367 1.257 0.219 0.734 0.086 0.933 0.207 0.123 0.410 0.124 0.051 1.319 1.590 1.908 3.767 1.060 1.046 nan 0.440 1.444 1.363 0.920 1.222 1.008 1.171 1.351 1.212 0.689 1.194 0.579 0.764 0.376 0.468 nan 0.713 11171 chr8 102613377 102622015 + 0 NA intron (NM_001330593, intron 8 of 15) intron (NM_001330593, intron 8 of 15) 113028 NM_024915 79977 Hs.661088 NM_024915 ENSG00000083307 GRHL2 BOM|DFNA28|ECTDS|TFCP2L3 grainyhead like transcription factor 2 protein-coding 1.325 nan nan 0.689 1.023 0.401 3.684 0.927 1.434 2.433 0.341 0.699 3.530 0.150 0.445 1.067 0.262 0.130 1.338 0.704 0.057 0.016 0.181 0.133 2.382 0.918 0.417 0.034 0.485 1.487 2.407 7.860 3.275 2.120 2.477 0.563 0.996 0.091 0.055 0.490 0.222 0.107 0.091 0.082 0.805 1.079 2.352 0.186 0.829 0.066 1.892 4.828 1.067 1.532 0.882 2.382 1.273 3.450 0.074 0.877 0.647 0.470 0.128 1.887 0.045 0.023 0.722 1.069 5.585 10.443 3.047 3.081 5.570 2.548 0.587 0.606 0.709 nan 1.921 nan nan 0.170 0.971 1.904 3.679 3.625 0.150 nan 1.804 1.058 9591 chr6 34621012 34633708 + 0 NA intron (NM_024294, intron 1 of 4) intron (NM_024294, intron 1 of 4) -36571 NR_134625 101929243 Hs.643498 NR_134625 ENSG00000272288 LOC101929243 - uncharacterized LOC101929243 ncRNA nan 2.254 nan 1.435 3.682 1.792 4.390 1.061 2.287 0.872 2.312 2.693 1.088 0.693 0.687 0.838 2.431 0.570 1.233 0.644 3.003 0.197 0.813 0.478 2.000 3.475 2.942 0.406 0.928 0.831 1.280 2.077 1.463 2.172 0.772 4.728 0.215 0.721 0.153 0.742 0.396 2.098 2.089 0.870 1.143 1.112 1.893 4.288 1.815 1.546 1.965 1.580 0.838 1.454 3.250 2.000 1.091 1.086 0.152 0.558 0.879 1.551 2.322 0.561 0.964 0.336 0.207 1.837 1.850 2.744 nan nan 1.443 7.662 3.025 6.018 6.267 1.674 2.252 7.373 11.187 0.742 0.355 1.341 1.873 1.950 3.950 1.009 2.160 1.880 1.048 5176 chr18 18510907 18520549 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 176084 NM_005406 6093 Hs.306307 NM_005406 ENSG00000067900 ROCK1 P160ROCK|ROCK-I Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1 protein-coding 29.278 30.163 28.534 3.737 6.904 2.411 4.820 8.384 15.616 1.278 5.858 5.094 2.187 6.394 4.891 12.863 8.529 19.913 4.538 3.004 8.526 4.199 7.763 11.620 7.434 2.807 2.600 1.188 6.389 4.334 10.114 4.837 6.737 21.606 6.580 7.043 2.994 4.307 11.888 6.487 3.525 8.637 3.790 2.555 4.809 10.396 13.282 15.124 3.386 2.951 2.465 6.029 12.863 3.614 3.692 7.434 3.932 5.579 1.752 3.319 2.789 4.056 3.823 4.597 2.966 1.995 1.196 24.044 13.505 17.081 21.674 21.356 25.157 11.393 9.552 14.694 14.248 12.867 15.327 13.385 11.329 25.171 9.523 12.072 18.081 8.220 12.488 15.470 18.684 11.697 15.437 7945 chr3 157499189 157510132 + 0 NA Intergenic Intergenic 243527 NM_001130002 152078 Hs.259046 NM_001099777 ENSG00000174899 PQLC2L C3orf55 PQ loop repeat containing 2 like protein-coding nan 1.211 0.680 0.237 0.169 0.005 5.388 0.262 0.242 0.933 0.403 0.760 0.023 0.045 0.067 0.205 3.433 0.279 1.065 0.934 0.264 0.013 0.129 0.088 0.177 1.962 1.430 0.674 2.346 1.167 0.163 0.541 0.610 0.219 1.243 0.068 0.009 0.010 0.064 0.564 0.109 1.464 1.113 0.604 1.386 0.675 0.423 1.707 0.064 0.525 0.137 0.504 0.205 0.352 1.429 0.177 0.034 0.106 0.036 0.256 0.019 2.546 0.054 0.023 1.226 0.089 0.047 0.353 0.265 0.637 1.071 0.419 0.477 0.244 0.111 0.207 0.388 0.491 nan 0.237 0.258 0.486 0.278 0.124 0.275 0.050 0.041 0.259 0.311 0.533 0.481 9674 chr6 45342345 45346581 + 0 NA intron (NM_181356, intron 1 of 12) L3|LINE|CR1 792 NR_146635 8464 Hs.368325 NM_003599 ENSG00000196284 SUPT3H SPT3|SPT3L SPT3 homolog, SAGA and STAGA complex component protein-coding 5.118 2.429 2.669 2.766 4.023 4.051 3.642 1.632 3.813 1.188 3.083 2.726 1.971 1.831 2.336 3.652 4.130 0.152 2.875 1.109 3.551 2.677 1.518 0.714 3.230 2.165 2.976 0.970 2.077 1.773 2.875 4.608 3.442 6.819 1.404 2.687 0.158 3.866 0.150 2.094 2.093 3.257 3.514 1.670 1.543 1.214 3.126 5.439 2.479 4.112 3.427 1.835 3.652 3.484 4.809 3.230 1.629 1.964 1.204 4.627 2.701 2.112 3.519 3.905 2.056 2.775 1.559 4.560 5.926 12.554 14.766 4.751 3.844 2.195 0.678 13.501 14.609 3.240 4.335 10.734 nan 7.899 8.587 2.919 6.324 3.124 1.468 8.636 9.083 3.686 1.922 7210 chr21 39224335 39244235 + 0 NA intron (NM_002240, intron 1 of 3) intron (NM_002240, intron 1 of 3) 54456 NM_002240 3763 Hs.626242 NM_002240 ENSG00000157542 KCNJ6 BIR1|GIRK-2|GIRK2|KATP-2|KATP2|KCNJ7|KIR3.2|KPLBS|hiGIRK2 potassium voltage-gated channel subfamily J member 6 protein-coding 1.476 0.756 1.640 0.040 0.145 0.034 0.028 0.210 0.222 0.005 0.063 0.042 0.012 0.030 0.085 0.077 0.064 0.068 0.022 0.009 0.047 0.021 0.110 0.058 0.433 0.014 0.022 0.011 0.041 0.005 0.052 0.157 0.091 0.342 0.044 0.057 0.070 0.071 0.069 0.024 0.139 0.051 0.018 0.024 0.011 0.027 0.058 0.095 0.045 0.039 0.071 0.145 0.077 0.034 0.019 0.433 0.068 0.046 0.962 0.053 0.189 0.012 0.080 1.267 0.046 0.014 0.013 0.557 0.644 0.121 0.178 1.061 1.295 0.113 0.042 0.140 0.119 3.086 3.705 0.527 0.505 4.427 4.074 0.209 0.288 0.141 0.144 0.825 2.355 nan 0.792 11175 chr8 103247831 103253743 + 0 NA promoter-TSS (NR_125415) promoter-TSS (NR_125415) 272 NM_001172477 50484 Hs.512592 NM_015713 ENSG00000048392 RRM2B MTDPS8A|MTDPS8B|P53R2 ribonucleotide reductase regulatory TP53 inducible subunit M2B protein-coding 4.576 nan nan 0.706 2.633 1.121 0.971 1.323 2.373 0.734 2.102 1.297 0.956 0.744 1.881 0.604 2.255 0.162 1.973 0.673 1.318 0.751 0.504 0.308 2.348 1.162 0.873 1.285 2.879 2.000 1.893 3.145 1.111 6.308 0.591 1.095 0.288 1.184 0.085 1.036 0.980 2.018 2.428 1.410 1.069 1.591 2.035 1.547 2.872 2.936 1.907 0.950 0.604 2.304 2.071 2.348 0.992 0.923 0.307 2.033 2.254 0.961 1.240 0.672 0.668 2.242 1.797 2.043 2.589 2.440 3.768 4.553 4.266 nan 1.804 8.004 8.245 1.577 nan 8.853 14.983 nan 2.227 1.270 2.990 1.521 1.279 2.173 nan 1.972 1.095 7431 chr22 39744923 39762363 + 0 NA intron (NM_145731, intron 1 of 3) LTR12C|LTR|ERV1 -6532 NM_145738 9145 Hs.216226 NM_004711 ENSG00000100321 SYNGR1 - synaptogyrin 1 protein-coding 2.352 nan 2.722 0.275 0.201 0.345 0.151 0.415 0.776 0.642 0.381 0.229 0.089 0.029 0.218 0.817 0.160 0.037 0.248 0.109 0.198 0.127 0.120 0.172 1.006 0.071 0.050 0.178 0.077 0.054 0.244 0.713 0.170 1.144 0.084 0.196 0.136 0.601 0.123 0.048 0.487 0.347 0.100 0.084 0.013 0.035 0.510 0.206 0.504 0.580 0.565 0.350 0.817 0.295 0.161 1.006 0.140 1.132 1.568 0.618 0.682 0.443 0.159 2.192 0.184 0.076 0.026 0.677 1.244 0.924 1.490 1.225 1.116 0.839 0.345 0.446 0.451 1.577 nan 1.015 1.517 nan 4.336 0.462 0.784 0.585 0.596 2.586 5.787 0.620 0.463 692 chr1 150513670 150559813 + 0 NA intron (NR_104133, intron 2 of 3) intron (NR_104133, intron 2 of 3) 10287 NR_104133 574406 Hs.516243 NM_001025493 ENSG00000203804 ADAMTSL4-AS1 C1orf138 ADAMTSL4 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 2.859 1.753 1.741 0.650 1.895 0.911 1.768 0.768 1.762 1.266 1.555 1.065 1.383 1.264 1.598 0.436 2.515 1.147 1.914 0.705 2.584 1.371 2.167 1.992 2.075 0.860 2.256 1.272 11.998 13.833 2.549 4.880 1.132 1.911 0.500 2.720 0.158 1.533 0.971 2.379 2.260 0.948 1.756 1.400 1.466 1.312 1.980 2.701 4.139 4.571 1.264 2.760 2.086 2.167 1.097 1.927 0.347 4.099 2.670 2.469 1.442 0.580 1.062 1.193 0.962 1.680 2.081 2.891 5.707 3.591 nan 2.578 1.128 3.792 4.012 1.696 2.188 2.398 3.859 1.879 1.682 1.943 3.388 1.985 2.344 2.107 2.706 2.170 1.119 8598 chr4 154122387 154156719 + 0 NA intron (NM_001302693, intron 1 of 2) AluJo|SINE|Alu 13987 NM_015271 23321 Hs.435711 NM_015271 ENSG00000109654 TRIM2 CMT2R|RNF86 tripartite motif containing 2 protein-coding nan 1.584 0.766 0.631 0.364 0.140 1.162 0.500 0.801 0.468 0.581 0.400 0.999 0.107 0.268 0.452 0.734 0.090 1.223 0.580 0.713 0.016 0.143 0.066 0.684 1.246 0.781 0.052 0.825 0.545 2.366 4.357 1.311 0.826 0.950 0.825 0.053 0.174 0.095 0.183 0.187 0.819 0.547 0.279 1.424 0.839 0.646 0.421 0.128 0.047 0.865 0.682 0.452 1.371 2.226 0.684 0.254 0.430 0.079 0.238 0.089 0.504 2.147 0.206 0.178 0.206 0.112 1.250 1.116 4.104 6.619 0.695 0.706 0.602 0.164 0.629 0.645 0.388 0.585 0.562 0.625 1.510 1.406 2.013 3.609 0.384 0.527 0.799 1.074 0.473 0.474 7697 chr3 98673235 98713417 + 0 NA Intergenic Intergenic -72793 NM_080927 131566 Hs.203691 NM_080927 ENSG00000057019 DCBLD2 CLCP1|ESDN discoidin, CUB and LCCL domain containing 2 protein-coding 0.800 0.917 0.738 1.054 0.070 0.023 5.239 0.127 0.248 0.092 0.597 1.317 0.022 0.025 0.049 0.229 1.319 0.224 1.063 0.698 1.494 0.018 0.091 0.128 0.068 2.106 1.372 0.215 3.931 3.184 3.428 4.521 1.113 0.165 1.773 0.719 0.021 0.038 0.105 2.080 0.034 3.349 0.371 0.194 3.957 1.493 0.411 1.037 1.501 1.973 0.542 0.393 0.229 0.255 0.159 0.068 0.614 0.063 0.014 0.301 0.021 1.110 0.040 0.095 2.485 4.167 4.848 0.250 0.138 0.302 0.517 0.188 0.275 0.119 0.099 0.223 0.224 0.757 1.040 0.206 0.180 0.576 0.237 0.121 0.145 0.040 0.072 0.303 0.440 0.819 0.561 6487 chr2 173839349 174091562 + 0 NA intron (NM_016653, intron 2 of 19) intron (NM_016653, intron 2 of 19) 24890 NM_133646 51776 Hs.444451 NM_016653 ENSG00000091436 MAP3K20 AZK|CNM6|MLK7|MLT|MLTK|MLTKalpha|MLTKbeta|MRK|SFMMP|ZAK|mlklak|pk mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20 protein-coding 1.263 0.963 0.964 0.378 0.147 1.929 0.556 0.207 0.408 0.347 0.438 0.328 0.132 0.060 0.078 0.373 0.614 0.128 0.342 0.217 1.489 0.041 0.246 0.186 0.290 0.534 0.294 0.123 0.190 0.155 0.183 0.544 0.321 0.493 0.238 1.088 0.042 3.544 0.139 0.147 0.129 0.892 0.156 0.102 0.305 0.125 0.748 0.219 1.018 0.246 0.165 0.539 0.373 0.237 0.236 0.290 0.189 0.185 0.101 0.578 0.108 0.334 0.073 0.439 0.369 0.073 0.043 0.372 0.278 0.649 0.968 0.333 0.377 0.427 0.182 0.397 0.402 1.487 1.728 1.004 1.143 0.565 0.370 0.206 0.338 0.196 0.346 0.826 1.978 0.572 0.391 11456 chr9 13852512 13860962 + 0 NA Intergenic Intergenic -71233 NR_038194 100113404 Hs.149786 NR_038194 ENSG00000205636 LINC00583 C9orf146 long intergenic non-protein coding RNA 583 ncRNA nan nan 0.723 0.051 0.136 0.273 0.099 0.228 0.442 0.011 0.056 0.076 0.085 0.222 0.093 0.038 0.050 0.068 0.015 0.050 0.222 0.213 0.328 0.008 0.009 0.073 0.024 0.086 0.389 0.292 0.480 0.034 0.041 0.052 0.076 0.067 0.043 0.019 0.013 0.019 0.125 0.057 0.048 0.084 0.028 0.043 0.222 0.093 0.016 0.328 0.029 0.034 0.007 0.036 0.009 0.101 0.029 0.021 0.014 0.006 0.265 0.140 9.453 5.166 0.373 0.386 0.464 0.215 0.149 0.091 3.425 5.099 0.446 0.356 0.252 0.115 0.133 0.230 0.171 0.254 0.155 0.365 0.957 0.864 1907 chr11 40198884 40212557 + 0 NA intron (NM_020929, intron 3 of 4) intron (NM_020929, intron 3 of 4) 108960 NR_047674 57689 Hs.745123 NM_020929 ENSG00000148948 LRRC4C NGL-1|NGL1 leucine rich repeat containing 4C protein-coding nan 1.640 0.663 0.047 0.067 1.618 0.041 0.175 0.250 0.014 0.068 0.027 0.009 0.014 0.143 0.074 0.066 0.088 0.046 0.028 0.018 0.160 0.171 0.026 0.012 0.027 0.060 0.008 0.072 0.039 0.082 2.187 0.032 0.040 1.647 0.048 0.109 0.017 0.018 0.115 0.022 0.029 0.016 0.034 0.050 0.183 0.023 0.047 0.023 0.019 0.074 0.047 0.022 0.026 0.018 0.006 0.022 0.496 0.052 0.050 0.160 0.022 0.008 0.004 0.442 0.311 0.176 0.381 0.247 0.264 0.385 0.198 0.123 0.142 0.173 0.372 1.149 1.532 0.220 0.075 0.110 0.181 3.842 4.595 0.323 nan 1.506 1.009 4961 chr17 71329644 71344423 + 0 NA intron (NM_001144952, intron 44 of 44) AluSp|SINE|Alu -28890 NM_012121 23580 Hs.3903 NM_012121 ENSG00000179604 CDC42EP4 BORG4|CEP4|KAIA1777 CDC42 effector protein 4 protein-coding 2.321 1.078 2.787 0.722 0.905 0.437 0.686 0.454 0.999 0.217 0.900 2.177 0.017 0.053 0.482 1.724 0.462 0.185 0.474 0.379 0.042 0.112 2.332 0.584 0.349 1.306 0.684 0.111 0.165 0.430 0.273 1.236 0.182 2.133 0.168 0.767 1.479 0.184 0.100 0.255 2.854 5.069 0.265 0.243 0.592 0.063 0.437 1.439 1.912 0.131 0.080 1.347 1.724 0.485 0.027 0.349 0.343 0.085 0.499 0.413 0.303 0.409 0.709 1.683 0.108 0.058 0.020 0.974 1.617 0.434 0.937 2.171 2.113 1.052 0.475 0.800 0.876 nan 1.132 0.470 0.815 3.893 3.263 0.715 1.240 3.891 3.918 2.294 5.269 nan 0.573 8083 chr3 181952917 181979259 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR 238062 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.251 1.365 0.942 0.225 1.421 0.064 0.109 0.226 0.369 0.011 0.085 0.063 0.039 0.123 0.145 0.214 0.128 0.146 0.089 0.043 0.021 0.026 0.215 0.196 0.246 0.032 0.019 0.012 0.110 0.019 0.159 0.636 0.105 0.519 0.128 0.064 0.047 2.830 0.102 0.022 1.139 0.081 0.030 0.021 0.042 0.064 0.131 0.129 0.090 0.074 0.069 0.120 0.214 0.079 0.035 0.246 0.033 0.031 0.044 0.029 0.188 0.024 0.068 0.089 0.041 0.020 0.004 0.271 0.227 0.261 0.268 0.420 0.532 1.255 0.456 0.113 0.137 0.765 1.227 1.011 1.056 0.938 0.573 0.123 0.249 0.302 0.309 0.177 0.230 1.073 0.721 11716 chr9 113016074 113021805 + 0 NA promoter-TSS (NM_001244938) promoter-TSS (NM_001244938) -19 NM_001244938 7295 Hs.435136 NM_003329 ENSG00000136810 TXN TRDX|TRX|TRX1 thioredoxin protein-coding 2.695 2.687 nan 3.048 4.123 1.894 6.486 1.256 2.595 1.583 7.394 4.543 0.940 0.503 1.442 1.087 1.756 0.209 5.157 1.969 4.144 1.452 1.065 0.545 2.629 6.421 8.988 2.741 7.673 1.322 3.836 5.244 4.043 8.861 1.683 14.370 0.431 2.433 0.054 1.296 1.447 7.649 5.398 2.125 2.242 1.311 6.872 8.219 7.829 4.738 2.612 4.991 1.087 5.444 2.453 2.629 4.029 2.498 0.924 4.735 2.910 3.203 0.734 0.987 2.905 2.449 1.696 1.825 2.388 4.810 7.457 4.622 3.352 3.437 0.854 12.988 13.053 1.545 2.325 4.409 nan 4.881 6.850 0.859 2.073 2.856 3.524 2.269 1.883 nan 1.252 854 chr1 167050181 167055432 + 0 NA intron (NM_005814, intron 1 of 6) L2b|LINE|L2 7062 NM_005814 10223 Hs.651244 NM_005814 ENSG00000143167 GPA33 A33 glycoprotein A33 protein-coding 1.658 nan 6.123 0.674 0.118 0.064 0.975 0.336 0.533 0.296 0.455 0.012 1.091 0.490 0.560 0.213 0.062 0.739 0.684 0.024 0.357 0.188 0.057 1.573 1.048 0.070 0.102 0.701 0.267 2.837 0.109 0.760 0.224 0.093 2.959 0.062 0.097 0.023 0.275 0.106 0.057 0.090 0.480 1.576 1.819 0.117 0.527 0.054 1.020 0.842 0.560 0.189 0.052 0.057 0.940 0.143 0.999 0.055 0.192 0.675 8.161 0.870 0.014 0.033 0.010 0.697 0.992 0.491 1.200 0.847 nan 5.292 0.809 0.225 0.205 0.600 0.977 0.986 nan 1.017 1.566 4.663 5.435 8.340 9.433 0.804 1.808 0.703 0.727 11359 chr8 142834283 142884721 + 0 NA Intergenic Intergenic 8172 NR_031636 100302147 NR_031636 ENSG00000221768 MIR1302-7 MIRN1302-7|hsa-mir-1302-7 microRNA 1302-7 ncRNA 1.468 0.607 nan 0.049 0.062 4.194 0.070 0.241 0.470 0.008 0.073 0.073 0.006 0.057 1.840 0.884 0.088 0.086 0.044 0.026 0.027 0.027 0.062 0.079 0.327 0.023 0.023 0.019 0.077 0.004 0.094 0.178 0.063 1.261 0.032 0.042 0.051 0.039 0.050 0.012 0.052 0.110 0.029 0.018 0.020 0.029 0.050 0.198 0.074 0.050 0.014 0.029 0.884 0.079 0.011 0.327 0.024 0.042 0.238 0.115 0.024 0.109 0.045 1.514 0.014 0.024 0.014 0.236 0.142 0.129 0.145 nan 3.986 nan 0.071 0.140 0.170 0.638 0.862 0.337 0.588 1.141 1.488 0.373 0.353 0.176 0.171 1.144 2.275 0.286 0.316 3120 chr13 36358130 36366542 + 0 NA intron (NM_001330072, intron 16 of 16) intron (NM_001330072, intron 16 of 16) 67662 NM_001195415 9201 Hs.507755 NM_004734 ENSG00000133083 DCLK1 CL1|CLICK1|DCAMKL1|DCDC3A|DCLK doublecortin like kinase 1 protein-coding 1.253 0.979 1.035 0.052 0.042 0.040 0.042 0.076 0.132 0.012 0.066 0.066 0.015 0.036 0.116 0.157 0.079 0.057 0.064 0.022 0.008 0.016 0.075 0.167 0.428 0.017 0.057 0.013 0.143 0.176 0.084 0.425 0.017 0.090 0.192 0.039 0.068 0.888 0.033 0.041 0.037 0.045 0.079 0.118 0.058 0.042 0.025 0.056 0.157 0.083 0.066 0.428 0.030 0.432 0.021 0.072 0.009 0.093 1.411 0.061 0.021 0.018 0.505 0.511 0.146 0.061 0.701 0.808 0.427 0.215 0.141 0.095 5.014 4.933 0.234 0.334 1.611 1.520 0.236 0.292 0.463 0.457 1.546 5.044 0.440 0.345 6072 chr2 45497588 45504851 + 0 NA Intergenic Intergenic -19139 NR_033831 400952 Hs.468368 NR_033831 ENSG00000205054 LINC01121 UNQ6975 long intergenic non-protein coding RNA 1121 ncRNA 0.957 nan 1.615 1.709 1.494 0.497 0.127 0.720 0.855 0.039 0.333 0.434 0.009 2.088 0.221 0.889 0.457 0.177 0.174 0.052 0.043 0.732 0.298 1.438 0.067 0.060 0.041 0.066 1.411 5.833 1.651 2.392 0.120 0.153 0.341 0.128 0.110 0.099 0.166 0.152 0.179 0.171 0.105 0.106 1.157 0.125 0.291 0.109 4.339 0.686 0.889 0.205 0.077 1.438 0.436 0.076 0.174 0.083 2.014 0.295 0.036 0.102 0.147 0.040 0.028 0.461 0.591 0.272 0.333 nan 0.869 2.327 0.750 0.419 0.619 0.357 0.744 5.295 5.827 0.460 0.256 0.192 0.377 0.896 0.838 0.314 nan nan 0.846 3769 chr14 93152386 93166117 + 0 NA Intergenic Intergenic 55796 NM_005606 5641 Hs.18069 NM_005606 ENSG00000100600 LGMN AEP|LGMN1|PRSC1 legumain protein-coding 1.794 2.026 nan 0.095 2.519 1.329 0.316 0.564 1.063 0.049 0.131 0.135 0.388 0.333 1.309 1.371 0.174 0.124 0.270 0.124 0.791 0.030 1.038 0.618 1.435 0.553 0.244 0.235 0.331 0.302 0.194 0.893 0.322 5.833 0.374 0.106 0.639 0.342 0.108 0.137 0.879 0.121 0.084 0.095 0.094 0.117 0.133 0.138 0.219 0.332 0.126 0.892 1.371 0.307 0.202 1.435 0.044 0.089 0.232 0.690 0.555 0.266 0.136 0.182 0.116 0.055 0.048 0.442 0.923 0.271 0.377 2.521 2.429 3.245 0.714 2.134 2.358 0.480 0.749 1.697 3.193 1.990 2.075 0.341 0.565 1.386 1.454 0.527 1.100 nan 1.610 6575 chr2 201215036 201223354 + 0 NA intron (NM_001282743, intron 2 of 11) AluSx1|SINE|Alu 45522 NM_001282744 26010 Hs.120323 NM_015535 ENSG00000196141 SPATS2L DNAPTP6|SGNP spermatogenesis associated serine rich 2 like protein-coding 0.745 nan 1.651 2.266 1.417 0.208 0.611 0.270 0.591 0.322 0.269 0.722 4.014 0.071 0.321 0.203 0.787 0.116 0.688 0.091 0.076 0.050 0.132 0.090 1.825 0.267 0.089 0.141 0.572 0.294 0.394 1.824 0.418 5.496 0.281 0.110 0.011 0.221 0.104 0.126 1.565 0.189 0.058 0.133 0.184 0.129 0.565 0.171 0.179 0.309 0.029 0.448 0.203 0.395 0.345 1.825 0.251 1.075 0.023 0.098 0.097 0.139 0.538 0.261 0.481 0.118 0.048 0.779 1.141 1.616 4.697 1.766 1.109 0.212 0.122 0.977 1.025 0.198 0.266 1.408 1.415 0.362 0.203 0.641 1.679 0.020 0.073 0.388 1.075 0.373 0.303 10533 chr7 97744757 97764951 + 0 NA intron (NM_014916, intron 1 of 13) intron (NM_014916, intron 1 of 13) 18657 NM_014916 22853 Hs.444179 NM_014916 ENSG00000164715 LMTK2 AATYK2|BREK|KPI-2|KPI2|LMR2|PPP1R100|cprk|hBREK lemur tyrosine kinase 2 protein-coding nan 0.622 nan 0.397 0.216 0.104 1.987 0.198 0.476 0.754 0.542 1.484 0.412 0.056 0.186 0.304 0.212 0.223 1.428 0.533 0.108 0.014 0.297 0.202 0.337 0.917 0.644 0.134 3.260 1.149 0.550 1.034 1.361 0.356 0.619 1.900 0.029 0.120 0.169 0.397 0.187 0.451 0.104 0.101 1.800 1.593 1.810 0.621 1.281 0.482 0.092 0.538 0.304 1.526 1.650 0.337 0.484 0.427 0.063 0.130 0.077 2.166 0.127 0.061 0.170 0.277 0.179 0.515 0.473 0.430 0.915 0.626 0.699 0.452 0.175 0.538 0.501 0.440 0.645 0.382 0.486 0.391 0.238 0.330 0.580 0.179 0.220 0.342 nan 1.021 0.845 4023 chr15 68174769 68178552 + 0 NA Intergenic Intergenic -44277 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 1.316 1.492 nan 0.398 0.343 0.146 0.816 0.015 0.443 0.405 1.424 1.183 12.119 0.053 0.093 0.511 0.879 0.042 0.535 0.350 0.032 2.561 0.374 0.136 0.284 1.430 0.522 1.231 0.522 0.555 1.214 2.442 1.118 1.996 1.653 2.689 1.803 0.089 0.251 0.166 0.342 0.334 0.104 0.721 0.100 0.428 0.451 6.103 1.128 1.480 2.472 0.511 0.720 0.074 0.284 1.167 0.523 0.128 0.923 0.404 0.250 0.947 0.707 0.475 0.015 0.907 1.117 1.080 1.718 0.478 0.712 nan 0.349 0.594 0.730 0.658 0.705 0.644 0.710 0.877 0.760 1.339 1.528 0.201 0.173 1.971 2.838 0.485 0.377 3020 chr12 123007960 123013482 + 0 NA intron (NM_023012, intron 1 of 9) intron (NM_023012, intron 1 of 9) 839 NR_036434 65117 Hs.432996 NM_023012 ENSG00000111011 RSRC2 - arginine and serine rich coiled-coil 2 protein-coding 5.258 3.041 3.061 4.678 5.256 3.863 3.849 3.454 6.209 1.584 2.747 2.687 2.803 1.590 4.150 3.673 2.816 0.376 2.840 1.058 3.776 2.337 2.711 1.623 5.087 2.954 3.376 1.434 3.985 2.306 4.073 7.111 2.958 11.970 1.640 5.943 1.477 5.590 0.155 2.213 1.899 4.188 3.904 1.926 2.769 1.781 3.486 4.538 2.943 3.047 1.830 2.611 3.673 3.468 4.181 5.087 2.468 0.998 1.339 3.477 2.507 2.364 2.923 1.972 2.503 3.110 2.257 8.046 6.178 8.659 11.188 10.018 10.440 nan 6.762 16.673 17.646 6.008 8.036 10.641 14.813 10.764 9.375 6.915 10.868 7.785 11.502 11.086 9.084 4.817 2.857 3550 chr14 53157197 53179702 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -5447 NM_002806 5706 Hs.156171 NM_002806 ENSG00000100519 PSMC6 CADP44|HEL-S-73|P44|SUG2|p42 proteasome 26S subunit, ATPase 6 protein-coding nan nan 1.710 1.798 1.969 1.338 1.650 0.754 1.380 0.878 0.889 0.721 0.733 0.838 1.158 1.353 1.126 0.222 3.352 1.030 1.545 0.302 0.523 0.344 1.305 1.802 1.397 0.279 3.207 1.479 3.229 4.903 3.473 2.526 1.757 1.021 0.286 0.963 0.157 0.527 1.032 1.205 1.149 0.522 3.530 1.922 1.720 0.945 1.407 0.872 1.210 2.462 1.353 2.424 1.709 1.305 1.070 1.622 0.271 1.491 0.911 1.154 0.433 0.587 1.006 0.402 0.242 1.948 1.835 2.424 4.082 2.403 2.382 2.301 1.070 4.881 5.333 1.502 1.972 2.341 3.646 3.431 3.092 1.200 2.124 1.657 1.727 1.399 1.924 nan 0.803 7276 chr21 46706652 46715866 + 0 NA non-coding (NR_026943, exon 3 of 3) non-coding (NR_026943, exon 3 of 3) 3292 NR_026943 642852 Hs.11637 NR_026943 ENSG00000223768 LOC642852 - uncharacterized LOC642852 ncRNA nan 0.894 1.522 0.468 0.459 1.600 0.805 0.471 0.746 0.362 1.367 0.518 0.101 0.143 0.964 0.768 0.464 0.149 2.554 1.125 0.406 0.510 0.033 0.098 0.596 0.352 0.471 0.744 0.323 0.182 0.891 1.584 0.997 3.186 0.382 0.377 0.134 0.462 0.105 0.552 0.173 1.177 0.433 0.296 0.191 0.250 0.355 0.416 0.901 1.363 0.379 0.557 0.768 4.778 2.291 0.596 0.546 0.396 0.328 1.130 1.802 0.261 0.086 0.175 1.257 0.431 0.155 0.617 0.744 0.926 1.298 1.248 1.219 nan 0.308 1.117 0.884 0.463 nan 1.104 1.604 1.049 0.846 0.379 0.662 0.947 0.921 0.443 0.726 1.193 0.797 4392 chr16 59558926 59564439 + 0 NA Intergenic Intergenic 227413 NR_028471 644649 Hs.250392 NR_028471 APOOP5 - apolipoprotein O pseudogene 5 pseudo nan nan nan 1.492 0.033 0.030 0.721 0.116 0.110 0.034 0.284 0.026 0.169 0.035 0.043 0.071 0.069 0.118 0.929 0.448 0.034 0.058 0.092 0.043 0.025 0.013 0.692 1.085 0.307 0.218 0.262 0.570 0.160 0.532 4.440 0.124 0.107 0.044 0.101 0.022 0.014 6.717 0.307 0.105 0.037 0.133 0.026 0.015 0.133 0.071 0.374 0.017 0.043 0.222 0.059 0.053 0.046 0.100 0.072 0.086 0.334 0.042 0.252 0.175 0.533 3.567 0.078 0.189 0.099 0.085 0.276 0.235 0.154 nan nan nan nan 0.125 0.144 0.201 0.015 0.027 0.157 nan nan 0.291 5989 chr2 28107058 28116675 + 0 NA TTS (NR_028308) TTS (NR_028308) 290 NM_001329112 9577 Hs.258314 NM_004899 ENSG00000158019 BABAM2 BRCC4|BRCC45|BRE BRISC and BRCA1 A complex member 2 protein-coding 1.611 1.086 1.294 2.633 1.307 0.712 1.584 0.995 1.783 1.254 4.399 1.477 0.748 0.672 1.145 0.923 0.990 0.207 1.481 0.588 4.872 0.822 1.299 0.359 1.095 1.527 1.733 1.280 2.405 0.666 2.439 2.909 1.382 4.337 0.961 1.051 0.118 1.165 0.113 0.933 0.526 2.556 1.449 0.657 1.466 0.870 2.563 1.059 1.876 1.232 3.737 1.162 0.923 2.248 1.929 1.095 0.737 0.965 0.503 1.714 1.161 1.746 0.267 0.348 1.423 1.027 0.681 1.685 1.915 1.596 3.340 2.321 2.189 3.980 2.715 5.777 6.414 1.635 2.295 2.345 nan 2.166 1.813 1.244 1.766 1.345 1.416 0.751 1.054 1.535 1.330 3034 chr12 124980447 125078131 + 0 NA intron (NM_001077261, intron 1 of 47) intron (NM_001077261, intron 1 of 47) 22721 NM_006312 9612 Hs.137510 NM_006312 ENSG00000196498 NCOR2 CTG26|N-CoR2|SMAP270|SMRT|SMRTE|SMRTE-tau|TNRC14|TRAC|TRAC-1|TRAC1 nuclear receptor corepressor 2 protein-coding 1.631 1.740 1.464 1.214 0.729 1.273 1.257 0.537 1.104 0.526 0.385 0.745 0.441 0.363 1.661 1.697 0.789 0.142 1.082 0.476 0.254 0.265 0.720 0.481 2.286 0.630 0.479 0.355 0.538 0.275 1.937 4.464 1.133 2.998 0.713 0.473 0.328 0.727 0.096 0.432 0.455 0.395 0.351 0.217 0.330 0.347 0.611 0.682 0.953 1.765 0.248 0.367 1.697 1.700 0.514 2.286 0.570 0.461 0.850 1.100 1.068 0.245 0.483 0.617 0.493 0.308 0.177 1.324 2.084 1.211 2.232 2.250 2.402 nan 0.660 0.772 0.774 1.577 2.300 2.737 3.666 3.425 3.243 0.641 1.055 1.024 1.137 1.320 2.849 1.648 1.026 2891 chr12 98766265 98796620 + 0 NA Intergenic Intergenic 69481 NR_033801 121456 Hs.620643 NR_033801 ENSG00000227825 SLC9A7P1 - solute carrier family 9 member 7 pseudogene 1 pseudo 1.106 0.856 0.811 0.144 0.302 0.245 0.535 0.211 0.318 0.019 0.188 0.278 0.102 0.040 0.288 0.655 0.246 0.207 0.227 0.183 0.272 0.270 0.534 0.452 0.591 0.535 0.347 0.086 0.118 0.070 0.109 0.243 0.088 nan 0.115 1.127 0.191 0.075 0.108 0.085 0.164 0.196 0.083 0.080 0.142 0.071 0.166 0.344 0.976 0.268 0.218 0.553 0.655 0.127 0.116 0.591 0.493 0.154 0.064 0.194 0.501 0.034 0.048 0.188 0.070 1.176 1.402 0.317 0.204 0.541 0.508 0.917 1.017 4.426 0.782 0.344 0.338 0.490 nan 0.804 nan 0.678 0.476 0.164 0.266 1.114 1.391 0.303 0.453 3.146 1.573 9559 chr6 31506258 31511458 + 0 NA promoter-TSS (NR_003065) promoter-TSS (NR_003065) 97 NR_003065 692199 NR_003065 ENSG00000265236 SNORD84 U84 small nucleolar RNA, C/D box 84 snoRNA nan 4.192 5.137 4.982 7.528 4.844 6.109 5.062 8.044 1.056 3.956 2.577 2.265 3.062 4.460 8.399 3.933 0.589 3.491 0.876 5.117 3.971 2.889 1.577 8.779 3.349 4.236 0.967 2.244 2.356 4.810 6.776 5.309 13.279 2.528 4.004 1.504 5.411 0.293 1.252 3.974 7.531 5.475 2.307 1.957 1.723 3.953 5.677 2.292 4.340 4.745 3.084 8.399 4.915 5.563 8.779 1.833 2.339 1.645 5.334 3.715 3.150 3.774 3.739 2.758 1.894 1.160 10.781 8.748 10.205 nan nan 12.893 9.847 7.982 15.836 17.029 6.208 7.270 13.771 19.154 12.196 11.255 8.368 12.604 8.565 10.508 8.618 9.174 5.137 2.117 1520 chr10 73827801 73849768 + 0 NA intron (NM_001244950, intron 1 of 10) MIR|SINE|MIR 9747 NM_001244950 9806 Hs.523009 NM_014767 ENSG00000107742 SPOCK2 testican-2 SPARC (osteonectin), cwcv and kazal like domains proteoglycan 2 protein-coding 1.337 nan 1.160 3.914 0.128 0.235 0.686 0.240 0.441 0.959 0.154 0.113 0.322 0.050 0.182 0.319 0.098 0.037 0.204 0.043 0.677 0.070 0.433 0.232 0.452 0.145 0.059 0.209 0.582 0.285 0.153 0.804 0.148 0.566 0.114 0.309 0.290 0.045 0.075 0.011 0.264 0.222 0.055 0.050 0.179 0.223 2.241 0.068 1.092 0.100 0.078 0.428 0.319 0.661 0.089 0.452 0.406 3.774 0.685 3.105 0.129 0.207 0.194 0.218 0.044 0.016 0.005 0.709 1.544 0.269 0.433 1.183 1.056 4.823 1.378 0.449 0.482 0.439 0.743 0.535 nan 0.770 0.956 0.369 0.417 0.776 0.722 0.423 nan 0.692 0.576 303 chr1 40604671 40609347 + 0 NA Intergenic Intergenic -20032 NM_012421 6018 Hs.205627 NM_012421 ENSG00000117000 RLF ZN-15L|ZNF292L rearranged L-myc fusion protein-coding 6.179 0.714 nan 1.291 0.494 0.024 0.712 0.171 0.151 0.968 0.148 0.099 9.117 0.128 0.057 17.387 0.063 0.070 0.179 0.122 0.257 0.215 0.222 0.357 0.603 0.232 0.064 0.453 0.605 0.261 0.769 2.119 0.475 0.063 0.436 0.094 0.109 0.749 0.177 0.232 0.216 0.844 1.729 6.156 0.159 0.487 0.045 0.170 0.641 17.387 0.201 0.236 0.357 0.106 10.361 0.041 0.149 0.043 0.034 0.085 0.106 0.065 0.062 0.055 0.259 0.207 0.192 0.745 0.517 0.629 0.235 0.137 0.332 0.365 0.234 nan nan 0.862 0.359 0.188 0.332 nan 0.036 0.098 0.144 0.399 16.030 14.966 6268 chr2 99481849 99500136 + 0 NA intron (NM_207362, intron 1 of 9) intron (NM_207362, intron 1 of 9) 61692 NM_207362 343990 Hs.469398 NM_207362 ENSG00000196872 KIAA1211L C2orf55 KIAA1211 like protein-coding 1.272 1.527 3.089 1.159 2.482 5.729 0.660 1.996 3.714 0.052 0.076 0.065 0.047 0.420 3.245 0.521 0.099 0.079 0.174 0.083 0.083 0.023 0.925 0.707 5.532 0.762 0.688 0.092 1.220 0.481 0.387 1.046 1.148 5.683 0.542 0.112 0.244 0.029 0.082 0.072 0.152 0.376 0.069 0.039 0.822 0.482 0.948 0.270 0.258 0.035 0.120 0.579 0.521 0.304 0.031 5.532 0.275 1.210 0.311 0.313 0.621 0.078 0.158 0.054 0.060 0.019 0.020 0.297 0.203 0.211 0.485 8.903 8.124 4.093 1.257 0.886 0.838 0.171 0.377 3.674 5.056 0.435 0.298 0.247 0.413 1.228 0.945 0.213 0.337 1.980 1.162 614 chr1 116847794 116880282 + 0 NA Intergenic MIRc|SINE|MIR -51757 NM_000701 476 Hs.371889 NM_000701 ENSG00000163399 ATP1A1 - ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 1 protein-coding nan 1.189 1.480 0.103 0.928 0.573 0.087 0.324 0.611 0.302 0.051 0.138 0.158 1.054 0.208 0.363 0.151 0.075 0.116 0.052 0.045 0.017 0.163 0.117 0.724 0.051 0.011 0.032 0.078 0.036 0.336 1.932 0.911 1.049 0.221 0.111 0.085 0.074 0.112 0.022 0.896 0.133 0.024 0.007 0.053 0.049 1.607 0.218 0.080 0.024 0.049 1.342 0.363 0.193 0.062 0.724 0.237 0.137 0.107 0.098 0.349 0.051 4.993 0.141 0.017 0.030 0.017 1.006 1.221 4.376 5.539 0.652 nan 1.473 0.503 0.430 0.500 0.409 0.688 3.191 2.443 0.518 0.286 3.536 5.765 0.440 0.355 0.381 0.851 0.834 0.589 6931 chr20 31955901 31963716 + 0 NA intron (NM_016082, intron 10 of 13) intron (NM_016082, intron 10 of 13) 29567 NM_016082 51654 Hs.435952 NM_016082 ENSG00000101391 CDK5RAP1 C20orf34|C42|CGI-05|HSPC167 CDK5 regulatory subunit associated protein 1 protein-coding 0.912 1.690 0.732 0.189 1.011 0.659 1.517 0.189 0.356 0.503 2.901 0.200 0.039 2.141 0.210 0.115 0.180 0.176 2.696 1.266 0.320 0.071 0.780 0.168 0.183 2.111 1.394 0.085 3.794 2.188 3.795 7.278 4.581 0.366 1.668 0.343 0.231 0.069 0.154 0.786 0.116 0.341 0.254 0.140 1.708 3.446 0.490 0.354 0.219 0.218 0.163 2.453 0.115 3.564 7.564 0.183 0.299 0.844 0.088 0.148 0.934 1.578 0.076 0.180 0.405 0.095 0.072 0.570 0.653 0.288 0.403 0.405 nan 5.740 1.950 0.490 0.530 0.410 0.752 2.495 2.435 0.552 0.308 0.459 0.521 0.812 1.713 0.380 nan 1.205 0.709 2963 chr12 113649180 113688463 + 0 NA intron (NM_001143819, intron 3 of 28) intron (NM_001143819, intron 3 of 28) 9578 NM_001351346 53373 Hs.524763 NM_017901 ENSG00000186815 TPCN1 TPC1 two pore segment channel 1 protein-coding nan nan 2.389 1.134 0.949 3.160 2.998 0.391 0.648 0.766 2.055 0.906 0.538 1.405 2.046 0.782 1.964 0.390 3.553 1.521 2.260 0.070 0.490 0.298 1.334 2.883 2.412 0.275 2.378 2.272 2.968 6.344 2.043 3.186 1.288 0.474 0.167 0.242 0.118 1.108 0.420 2.474 0.940 0.456 2.683 1.603 0.969 2.113 1.036 0.518 0.874 1.257 0.782 5.257 2.082 1.334 1.020 1.760 0.861 0.961 2.015 1.278 0.367 0.302 0.631 0.237 0.126 1.197 1.580 0.622 1.553 nan nan nan 1.130 2.407 2.603 1.270 1.816 nan nan 1.578 1.485 0.485 0.835 0.874 1.218 0.760 1.098 nan 1.174 1765 chr11 3143855 3189743 + 0 NA intron (NM_145638, intron 1 of 20) intron (NM_145638, intron 1 of 20) 19783 NM_020896 114879 Hs.436166 NM_020896 ENSG00000021762 OSBPL5 OBPH1|ORP5 oxysterol binding protein like 5 protein-coding 0.694 1.011 1.538 0.083 0.106 0.227 0.938 0.194 0.320 0.021 1.297 0.257 0.017 0.091 0.184 0.357 0.606 0.145 0.143 0.095 0.114 0.151 0.058 0.048 3.559 0.235 0.097 0.305 0.062 0.069 0.593 2.113 0.360 0.773 0.248 0.445 0.021 0.187 0.058 0.117 0.114 0.495 0.301 0.197 0.024 0.136 0.080 0.190 0.403 0.180 0.279 0.386 0.357 0.212 0.139 3.559 0.189 0.148 0.142 0.542 0.126 0.215 0.159 0.089 0.176 0.063 0.023 0.677 0.866 0.456 0.625 1.412 1.226 0.438 0.154 0.238 0.250 0.668 1.047 0.140 0.260 0.962 1.229 0.638 0.735 0.163 0.189 0.259 0.303 0.430 0.437 6521 chr2 181381559 181391388 + 0 NA Intergenic Intergenic -170358 NR_104322 101669767 NR_104319 ENSG00000281131 SCHLAP1 LINC00913|PCAT11|PCAT114 SWI/SNF complex antagonist associated with prostate cancer 1 (non-protein coding) ncRNA 1.139 0.884 0.944 0.666 0.359 0.127 5.226 0.418 0.563 0.019 0.190 3.274 0.027 0.056 0.172 0.398 0.234 0.066 2.317 1.983 0.064 0.194 0.135 0.237 1.190 0.492 0.019 1.457 1.752 0.706 1.660 0.932 0.450 4.091 0.457 0.088 0.055 0.077 3.852 0.033 0.456 0.204 0.103 1.533 0.584 0.225 7.041 0.099 0.526 0.537 0.506 0.398 1.240 0.296 0.237 0.597 0.322 0.188 0.083 0.093 1.871 0.031 0.098 2.507 0.035 0.010 0.516 0.619 0.293 0.460 0.412 0.352 1.517 0.327 0.410 0.511 nan 0.839 1.810 1.417 0.845 0.435 0.150 0.297 0.601 1.140 0.512 nan 0.641 0.474 6446 chr2 162926841 162932693 + 0 NA intron (NM_001935, intron 2 of 25) intron (NM_001935, intron 2 of 25) 1285 NM_001935 1803 Hs.368912 NM_001935 ENSG00000197635 DPP4 ADABP|ADCP2|CD26|DPPIV|TP103 dipeptidyl peptidase 4 protein-coding 1.504 1.048 nan 1.367 0.225 0.010 1.136 0.153 0.394 0.464 0.369 0.316 0.812 0.046 0.371 0.460 0.136 1.601 1.154 0.022 0.024 0.106 0.227 0.082 4.611 5.811 0.063 1.083 1.401 0.317 1.326 1.192 0.857 0.276 0.055 0.074 0.047 0.080 0.297 0.368 0.083 0.147 3.493 1.863 0.089 0.118 0.552 0.942 0.499 0.438 0.371 0.475 0.047 0.082 0.106 0.137 0.496 0.189 1.275 0.069 2.678 0.104 0.030 0.009 0.189 0.143 0.280 0.261 0.402 0.422 0.684 0.162 0.526 0.435 0.451 0.752 0.293 0.204 0.658 0.637 0.135 0.406 0.057 0.075 0.874 2.109 0.320 0.292 7741 chr3 111803209 111813191 + 0 NA intron (NM_001171747, intron 1 of 3) AluSp|SINE|Alu 3018 NM_024616 79669 Hs.434247 NM_024616 ENSG00000114529 C3orf52 TTMP chromosome 3 open reading frame 52 protein-coding 1.296 nan 1.251 1.065 3.260 0.051 1.468 0.272 0.412 0.173 0.357 0.946 1.654 1.772 0.159 0.312 1.272 0.145 1.219 0.571 0.550 0.028 0.441 0.157 1.504 1.287 1.235 0.460 2.539 1.174 2.160 5.717 1.884 1.379 0.615 0.367 0.067 0.097 0.057 0.259 0.143 0.824 0.579 0.342 1.333 0.684 0.851 0.319 1.019 1.424 0.432 0.792 0.312 2.224 1.333 1.504 0.526 0.537 0.113 1.520 0.874 0.435 0.049 0.310 0.433 0.635 0.617 0.291 0.360 1.281 2.509 0.749 nan 9.061 2.536 1.059 1.215 nan 0.317 3.187 3.347 0.795 0.361 0.240 0.312 0.499 0.571 0.602 0.991 0.870 0.697 9017 chr5 74343406 74350883 + 0 NA intron (NR_126375, intron 1 of 1) intron (NR_126375, intron 1 of 1) 1324 NR_126375 104326191 Hs.582288 NR_126375 ENSG00000250889 LINC01336 - long intergenic non-protein coding RNA 1336 ncRNA 0.813 nan 0.685 1.486 0.224 0.022 0.372 0.366 0.823 0.837 0.867 0.127 0.549 0.160 0.143 0.273 2.570 0.174 0.185 0.050 0.217 0.037 0.126 0.110 0.128 1.631 1.511 1.273 1.046 0.889 0.648 1.033 1.336 0.881 0.019 0.217 0.025 3.123 0.155 0.158 0.062 0.357 1.030 0.605 0.233 0.104 0.615 0.547 1.894 1.193 0.864 0.321 0.273 0.201 1.038 0.128 0.296 0.485 0.065 1.633 0.014 0.241 0.041 0.084 0.162 0.401 0.100 0.400 0.194 11.583 4.783 0.555 0.506 nan 0.139 0.242 0.219 0.219 nan 0.217 0.394 0.685 0.518 0.202 0.089 0.136 0.105 0.274 0.519 0.341 0.339 6850 chr20 13502793 13507806 + 0 NA intron (NR_136628, intron 9 of 12) intron (NR_136628, intron 9 of 12) 114284 NM_001323602 55617 Hs.348297 NM_017714 ENSG00000089123 TASP1 C20orf13|dJ585I14.2 taspase 1 protein-coding 0.892 nan 0.687 0.172 0.156 0.011 0.070 0.127 0.238 0.095 0.217 0.110 0.040 0.106 0.052 0.181 0.018 0.148 0.113 0.095 0.164 0.115 0.083 0.029 0.116 0.088 0.021 0.063 0.095 0.146 0.337 0.205 0.486 0.029 0.027 0.065 0.141 0.147 0.055 0.047 0.076 0.061 0.145 0.199 0.472 0.104 8.943 0.292 0.052 0.056 0.019 0.115 0.146 0.180 0.057 0.037 0.031 0.349 0.080 0.171 0.092 0.046 0.543 0.390 0.200 0.356 0.292 0.419 0.291 0.122 0.298 0.323 0.305 0.861 0.383 0.312 0.496 0.250 0.268 0.217 0.126 0.100 0.306 0.608 0.422 0.463 10879 chr8 30238638 30257519 + 0 NA intron (NM_001008711, intron 1 of 9) intron (NM_001008711, intron 1 of 9) -5161 NR_046205 100128750 Hs.126813 NR_046205 ENSG00000254109 RBPMS-AS1 - RBPMS antisense RNA 1 ncRNA 0.723 0.793 nan 2.005 0.136 0.048 0.218 0.289 0.367 0.535 0.308 0.647 2.859 0.331 0.067 0.239 1.370 0.262 0.574 0.061 0.749 0.007 0.167 0.173 0.108 1.469 1.365 0.149 0.151 0.346 0.704 1.178 1.042 1.317 0.451 0.185 0.020 0.143 0.137 0.637 0.031 0.542 0.395 0.256 0.825 0.724 0.441 0.296 2.637 0.152 1.870 0.453 0.239 0.345 0.128 0.108 0.312 0.839 0.041 0.363 0.086 0.644 0.026 0.315 0.222 0.198 0.105 0.491 0.367 1.185 1.979 0.800 0.692 0.620 0.265 0.242 0.250 0.131 0.138 0.381 0.484 0.718 0.513 0.158 0.238 0.135 0.164 0.425 1.043 0.636 0.573 5046 chr17 77454574 77464547 + 0 NA intron (NM_001082575, intron 2 of 14) (CCA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 19120 NM_001350451 146713 Hs.135229 NM_001025448 ENSG00000167281 RBFOX3 FOX-3|FOX3|HRNBP3|NEUN RNA binding fox-1 homolog 3 protein-coding 1.046 0.552 0.861 0.050 0.089 0.154 0.043 0.104 0.292 0.062 0.046 0.020 0.079 0.375 0.074 0.106 0.043 0.038 0.045 0.031 0.047 0.098 0.036 0.062 0.014 0.015 0.043 0.097 0.297 0.097 0.400 0.124 0.010 0.044 0.074 0.012 0.048 0.097 0.024 0.022 0.023 0.010 0.190 1.232 0.029 0.008 0.272 0.375 0.084 0.022 0.036 0.344 0.025 0.931 0.087 0.041 0.008 0.867 0.022 0.017 0.015 0.315 0.209 0.069 0.057 3.480 3.608 0.109 0.056 0.092 0.131 nan 1.661 0.102 0.136 6.829 10.348 0.101 0.167 0.063 0.096 0.294 0.476 nan 0.228 7091 chr20 60715642 60724789 + 0 NA intron (NM_198935, intron 1 of 10) MIR|SINE|MIR 1439 NR_125981 26039 Hs.154429 NM_015558 ENSG00000184402 SS18L1 CREST|LP2261 SS18L1, nBAF chromatin remodeling complex subunit protein-coding 3.784 3.656 2.333 4.474 2.675 1.669 1.311 1.667 2.678 2.048 3.746 0.827 1.497 1.713 3.335 3.014 2.343 0.262 2.156 0.227 4.570 2.285 1.250 0.642 3.937 0.936 1.791 2.674 2.991 0.459 4.477 5.852 3.714 5.236 0.289 2.805 0.465 2.542 0.122 0.566 1.613 4.256 3.693 1.806 0.610 1.096 2.660 1.965 3.526 3.194 2.845 2.486 3.014 3.320 1.528 3.937 0.721 2.407 0.553 6.390 3.137 1.613 1.256 0.745 1.874 2.188 1.383 4.782 nan 2.858 3.822 4.803 5.316 3.923 2.127 10.871 10.776 1.797 2.720 3.700 5.777 3.609 4.002 3.430 7.068 1.685 1.610 3.383 2.370 1.717 0.997 6005 chr2 30858515 30894290 + 0 NA Intergenic Intergenic 153909 NM_144575 92291 Hs.660911 NM_144575 ENSG00000162949 CAPN13 - calpain 13 protein-coding 1.396 nan nan 0.336 0.122 0.301 0.945 0.197 0.397 0.013 0.219 0.392 0.017 0.425 0.261 0.358 0.136 0.090 0.967 0.598 0.036 0.027 0.667 0.403 0.599 0.182 0.142 0.033 0.925 0.615 1.015 nan 0.466 0.529 0.769 0.078 0.393 0.046 0.117 0.405 0.289 0.165 0.281 0.136 0.729 0.557 0.234 0.224 0.157 0.181 0.868 0.710 0.358 1.007 0.305 0.599 0.321 0.088 0.057 0.070 0.382 0.866 0.080 0.197 0.430 0.035 0.014 0.305 0.207 0.267 0.389 0.328 0.409 1.543 0.566 0.391 nan 0.566 0.887 1.291 1.535 nan 0.279 0.214 0.278 0.959 0.782 0.355 0.587 1.120 0.837 6436 chr2 160337603 160355875 + 0 NA intron (NM_001329858, intron 2 of 36) intron (NM_001329858, intron 2 of 36) -125066 NR_110588 643072 Hs.632541 NR_110587 LOC643072 - uncharacterized LOC643072 ncRNA 0.941 0.936 nan 0.233 0.449 0.041 0.372 2.371 4.104 0.042 0.179 0.091 0.024 0.180 0.078 0.077 0.167 0.124 0.307 0.062 0.048 0.023 0.807 0.547 0.774 0.209 0.103 0.020 0.235 0.161 0.150 0.456 0.132 0.222 0.128 0.079 0.088 0.047 0.104 0.207 0.200 0.081 0.310 0.136 0.461 0.106 0.121 0.131 0.089 0.128 0.013 0.203 0.077 0.086 0.196 0.774 0.054 0.064 0.048 0.029 0.033 0.125 0.082 0.169 0.138 0.038 0.014 0.293 0.248 0.296 0.479 0.498 0.759 1.068 0.439 0.272 0.284 0.370 0.557 1.085 1.150 0.340 0.176 0.174 0.257 0.439 0.611 0.351 0.733 0.224 0.207 6320 chr2 113633655 113642737 + 0 NA Intergenic Intergenic -32352 NM_173203 27178 Hs.166371 NM_014439 ENSG00000125571 IL37 FIL1|FIL1(ZETA)|FIL1Z|IL-1F7|IL-1H|IL-1H4|IL-1RP1|IL-37|IL1F7|IL1H4|IL1RP1 interleukin 37 protein-coding 0.766 nan 1.687 0.533 0.193 0.011 1.759 0.072 0.275 0.021 0.220 2.365 0.034 0.033 0.029 0.895 0.140 0.018 0.701 1.131 0.042 0.015 0.083 0.080 0.926 0.336 0.080 0.217 1.075 0.168 0.501 0.194 nan 0.740 0.505 0.021 0.083 0.108 1.535 0.053 11.463 5.854 2.719 0.613 0.723 0.240 7.470 0.314 0.483 0.027 0.375 0.895 0.117 0.031 0.080 0.598 0.055 0.163 0.168 0.108 0.383 0.032 0.237 0.434 0.247 0.174 0.326 0.271 0.348 0.329 0.352 nan 0.150 0.065 0.250 0.261 0.173 0.315 0.198 0.308 0.545 0.429 0.158 0.240 0.045 0.061 0.306 1.162 0.243 0.350 9086 chr5 95898301 95940841 + 0 NA intron (NR_130776, intron 4 of 4) MIR3|SINE|MIR -78170 NM_001042442 831 Hs.436186 NM_001750 ENSG00000153113 CAST BS-17|PLACK calpastatin protein-coding nan 1.332 0.639 0.111 0.120 0.267 0.174 0.156 0.309 0.046 0.178 0.391 0.043 0.261 0.146 1.916 0.116 0.102 0.157 0.120 0.064 0.003 0.081 0.118 0.101 0.070 0.024 0.029 0.105 0.045 0.130 0.952 0.115 0.368 0.166 4.919 0.058 0.059 0.123 0.111 0.049 0.091 0.050 0.031 0.041 0.038 0.109 0.126 0.437 0.093 0.648 0.212 1.916 0.111 0.085 0.101 0.072 0.105 0.030 0.157 1.175 0.108 0.023 0.078 0.098 0.019 0.017 0.208 0.135 0.166 0.264 0.373 0.430 0.182 0.062 0.248 0.205 1.056 1.426 0.415 0.320 0.423 0.178 0.104 0.180 0.291 0.694 0.158 nan 0.701 0.527 1302 chr10 5074311 5088345 + 0 NA Intergenic HERVK13-int|LTR|ERVK -9630 NM_001253908 8644 Hs.78183 NM_003739 ENSG00000196139 AKR1C3 DD3|DDX|HA1753|HAKRB|HAKRe|HSD17B5|PGFS|hluPGFS aldo-keto reductase family 1 member C3 protein-coding 0.343 0.663 0.476 0.194 0.308 0.008 0.263 0.092 0.335 0.088 0.990 0.009 0.021 0.116 0.141 0.385 0.126 0.098 0.041 2.996 0.025 0.065 0.070 0.371 2.928 2.836 0.021 0.092 0.148 0.091 0.303 0.262 0.299 0.072 2.766 0.020 0.054 0.095 0.278 0.636 0.046 0.245 0.150 0.094 0.033 0.577 3.015 1.120 0.066 0.874 5.592 0.141 0.097 0.112 0.371 2.740 0.111 0.049 0.046 0.109 0.241 0.021 0.027 0.244 0.033 0.018 0.308 0.204 0.258 0.549 0.363 0.342 8.261 0.741 0.096 0.165 0.114 0.211 0.277 0.265 0.176 0.070 0.067 0.126 0.130 0.210 0.092 0.123 0.213 0.153 9971 chr6 139610427 139618482 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -1246 NM_153235 167838 Hs.535820 NM_153235 ENSG00000164440 TXLNB C6orf198|LST001|MDP77|dJ522B19.2 taxilin beta protein-coding 1.787 1.617 0.912 0.062 0.148 0.058 0.079 0.215 0.654 0.222 1.161 0.031 0.037 0.079 2.017 1.233 0.059 0.276 0.179 0.040 0.035 0.663 0.339 0.200 0.137 0.037 0.009 0.033 0.039 0.180 0.357 0.028 0.879 0.254 0.096 0.638 0.150 0.123 0.540 0.196 0.068 0.037 0.023 0.041 0.048 0.179 0.334 0.051 0.581 0.470 0.057 2.017 0.062 0.035 0.200 0.076 0.030 0.155 0.064 0.138 0.045 0.061 0.031 0.142 0.014 0.013 1.607 1.073 6.055 1.516 0.510 0.481 nan 3.502 0.216 0.349 1.000 1.364 0.849 0.797 0.716 0.318 0.368 0.250 4.412 4.388 0.167 nan 0.737 0.479 2239 chr11 110580514 110585087 + 0 NA promoter-TSS (NM_001258415) promoter-TSS (NM_001258415) -27 NM_001258415 57569 Hs.6136 NM_020809 ENSG00000137727 ARHGAP20 RARHOGAP Rho GTPase activating protein 20 protein-coding 1.969 2.063 1.894 0.612 8.002 0.449 0.316 0.810 0.021 0.069 0.545 0.444 0.044 0.115 2.414 1.159 0.035 0.851 0.165 0.026 0.410 0.753 1.045 0.150 0.095 0.032 3.397 0.667 0.515 0.724 1.692 7.440 0.248 0.073 2.068 0.071 0.135 0.670 0.863 0.485 0.013 0.034 3.135 0.050 0.084 0.240 0.125 0.359 0.051 0.087 2.414 0.637 0.059 1.045 0.188 0.089 0.233 0.345 0.054 0.017 4.896 0.836 0.066 8.680 nan 1.932 2.096 4.549 4.019 2.054 0.605 9.838 9.804 2.828 nan 1.075 2.186 1.017 1.618 5.548 12.232 4.337 2.776 1.469 2.540 1.202 0.705 7488 chr22 50462708 50469749 + 0 NA intron (NM_001350317, intron 13 of 13) intron (NM_001350317, intron 13 of 13) -15173 NM_001001694 400935 Hs.526712 NM_001001694 ENSG00000188263 IL17REL - interleukin 17 receptor E like protein-coding 0.586 0.815 nan 0.477 0.337 0.308 0.381 0.249 0.522 0.054 0.508 0.026 0.014 0.088 1.292 0.026 0.045 0.332 0.081 0.027 0.061 0.155 0.105 0.574 0.145 0.144 0.094 0.520 0.105 0.294 1.001 0.895 0.483 0.228 0.088 0.046 0.120 0.100 0.076 0.432 0.187 0.056 0.093 0.124 0.122 0.091 0.367 0.411 5.209 0.880 1.292 0.639 0.040 0.574 0.035 1.557 0.180 0.460 0.490 0.551 0.017 0.054 0.008 0.015 0.223 0.198 0.233 0.525 1.387 1.332 0.611 0.251 0.256 0.275 0.086 0.202 0.288 0.706 0.531 0.439 0.280 0.171 0.269 0.426 0.043 0.163 1.952 0.886 8640 chr4 176682837 176714280 + 0 NA intron (NM_201592, intron 1 of 6) intron (NM_201592, intron 1 of 6) 10269 NM_001261448 2823 Hs.75819 NM_005277 ENSG00000150625 GPM6A GPM6|M6A glycoprotein M6A protein-coding nan nan 0.583 0.167 0.223 0.012 0.183 0.128 0.208 0.003 0.157 0.132 0.018 0.031 0.066 0.053 0.079 0.102 0.147 0.018 0.044 0.009 1.283 0.843 0.077 0.134 0.076 0.028 0.063 0.041 0.102 0.166 0.068 0.437 0.075 0.090 0.064 0.045 0.075 0.082 0.028 0.044 0.125 0.064 0.059 0.039 0.095 0.246 0.083 0.127 0.062 0.056 0.053 0.081 0.029 0.077 0.020 0.044 0.044 0.135 0.030 0.126 0.032 0.014 0.018 0.013 0.287 0.192 2.929 nan 0.179 0.222 0.100 0.048 0.215 0.243 3.748 3.861 0.305 0.409 1.256 0.997 0.204 0.321 0.654 0.619 0.248 0.421 0.601 0.441 10979 chr8 59912150 59978077 + 0 NA intron (NM_014729, intron 1 of 8) intron (NM_014729, intron 1 of 8) 86654 NM_014729 9760 Hs.491805 NM_014729 ENSG00000198846 TOX TOX1 thymocyte selection associated high mobility group box protein-coding 1.732 nan 1.381 0.062 0.926 0.494 0.054 0.896 1.905 0.017 0.118 0.202 0.019 0.417 0.523 0.539 0.112 0.075 0.116 0.034 0.048 0.019 0.517 0.266 1.149 0.172 0.045 0.016 0.081 0.016 0.086 0.331 0.167 1.314 0.051 0.042 1.078 0.197 0.084 0.014 0.717 0.050 0.023 0.023 0.023 0.066 0.056 0.114 0.048 0.134 0.036 0.029 0.539 0.074 0.025 1.149 0.030 0.016 0.044 0.063 1.216 0.025 0.025 0.101 0.036 0.019 0.012 0.368 0.427 0.251 0.416 1.468 1.506 0.932 0.542 0.084 0.066 2.097 nan 0.746 0.741 0.445 0.220 0.086 0.138 3.793 5.153 0.149 0.247 1.622 0.833 3341 chr13 110504630 110525755 + 0 NA Intergenic Intergenic -76278 NM_003749 8660 Hs.442344 NM_003749 ENSG00000185950 IRS2 IRS-2 insulin receptor substrate 2 protein-coding 0.636 nan 0.760 0.096 1.204 0.907 1.956 0.159 0.360 0.009 0.899 0.685 0.012 0.238 1.117 0.212 0.068 0.068 2.866 1.491 0.015 0.036 0.071 0.525 0.858 0.616 0.038 0.157 1.004 0.764 2.696 0.343 1.518 0.669 0.097 0.009 0.098 0.081 0.967 0.307 0.231 0.072 0.037 0.673 0.479 1.154 0.265 0.200 0.027 0.857 0.757 0.212 2.284 0.303 0.525 0.409 0.497 0.050 0.122 0.538 0.202 0.122 0.052 0.427 0.008 0.012 0.544 0.234 0.213 0.386 0.819 0.876 1.874 0.685 0.178 0.171 0.056 0.069 0.621 0.677 0.668 0.515 0.506 0.696 0.098 0.152 0.226 0.406 0.313 0.262 3029 chr12 123941957 123944612 + 0 NA promoter-TSS (NM_180699) promoter-TSS (NM_180699) 633 NM_022717 11066 Hs.632738 NM_007020 ENSG00000184209 SNRNP35 HM-1|U1SNRNPBP small nuclear ribonucleoprotein U11/U12 subunit 35 protein-coding 6.670 4.377 4.975 6.998 6.795 7.063 5.744 4.334 8.657 3.160 4.616 3.905 6.300 4.524 7.543 5.637 4.069 2.362 3.522 1.925 7.058 5.284 3.836 2.597 9.657 5.404 6.905 4.396 6.096 3.302 9.506 12.458 5.454 14.759 2.710 7.268 2.395 9.054 0.399 3.275 3.526 6.957 7.095 3.083 3.981 4.676 5.866 6.373 9.042 7.400 3.853 5.451 5.637 5.754 6.526 9.657 5.623 3.121 2.520 9.434 4.052 4.298 2.717 3.124 3.309 3.556 3.215 7.958 9.512 8.195 11.944 12.646 12.355 13.102 7.694 24.623 26.893 6.360 8.445 16.351 23.125 10.341 11.085 7.789 11.864 11.998 11.835 9.842 9.822 7.864 3.965 8145 chr3 189712973 189737232 + 0 NA intron (NM_001134418, intron 1 of 14) intron (NM_001134418, intron 1 of 14) -113651 NR_126419 101929152 NR_126419 ENSG00000225764 P3H2-AS1 LEPREL1-AS1 P3H2 antisense RNA 1 ncRNA 1.061 0.992 0.641 0.544 0.137 0.023 2.201 0.121 0.303 0.413 0.273 1.059 0.397 0.033 0.073 0.131 0.712 0.211 1.080 0.578 3.713 0.077 0.128 0.030 2.084 0.981 0.161 1.151 0.673 0.267 0.624 0.248 0.405 1.037 4.227 0.016 0.068 0.082 0.399 0.036 0.789 0.428 0.322 0.931 0.211 0.528 2.272 0.558 0.267 0.655 0.596 0.131 0.575 1.150 0.030 0.181 0.106 0.060 0.268 0.033 1.451 0.029 0.107 0.891 0.189 0.107 0.304 0.150 0.368 0.752 0.265 0.308 0.316 0.159 0.269 0.271 0.204 0.311 0.296 0.399 0.948 0.515 0.149 0.152 0.068 0.104 0.268 0.503 0.244 0.352 3587 chr14 58563497 58569779 + 0 NA intron (NM_001001872, intron 4 of 7) L2a|LINE|L2 52319 NM_001001872 145407 Hs.26766 NM_001001872 ENSG00000139971 ARMH4 C14orf37|UT2|c14_5376 armadillo-like helical domain containing 4 protein-coding nan nan 1.809 0.080 0.382 0.045 0.032 0.254 0.528 0.015 0.100 0.118 0.029 0.177 0.111 0.346 0.072 0.124 0.071 0.030 0.054 0.223 0.164 0.381 0.165 0.081 0.044 0.152 0.351 0.157 0.314 0.023 0.076 0.040 0.084 0.119 0.019 0.074 0.044 0.038 0.037 0.087 0.040 0.046 0.156 0.110 0.124 0.076 0.084 0.346 0.113 0.044 0.381 0.663 0.080 0.063 0.058 4.908 0.112 0.078 0.416 0.012 0.009 0.033 0.412 0.316 0.250 0.351 0.395 0.598 0.214 0.104 0.435 0.427 0.221 0.433 1.155 0.725 0.543 0.283 0.263 0.473 0.101 0.200 1.429 2.747 nan 0.661 4255 chr16 15236954 15248828 + 0 NA Intergenic Intergenic 5968 NR_037466 100500852 NR_037466 ENSG00000264115 MIR3180-4 mir-3180-4 microRNA 3180-4 ncRNA 1.889 1.575 nan 0.645 2.098 0.693 1.090 1.122 2.213 0.623 2.755 0.571 0.037 0.958 1.302 1.981 0.969 0.354 1.076 0.304 0.254 1.250 1.106 0.540 1.425 1.021 1.033 1.138 0.606 0.044 1.091 3.767 0.365 2.871 0.062 0.835 0.363 1.771 0.152 0.060 0.812 1.185 0.618 0.599 0.208 0.555 0.583 0.461 1.902 1.456 0.438 0.772 1.981 1.113 0.671 1.425 0.321 0.481 0.525 1.411 3.124 0.613 0.871 0.438 0.343 0.301 0.141 1.565 2.400 0.526 0.743 1.437 1.396 2.531 0.928 1.913 1.889 1.096 1.542 5.084 6.535 nan 1.537 1.011 1.920 0.966 0.973 0.995 1.336 1.239 0.811 11867 chr9 139837470 139845886 + 0 NA TTS (NM_000606) TTS (NM_000606) 1980 NM_000606 733 Hs.1285 NM_000606 ENSG00000176919 C8G C8C complement C8 gamma chain protein-coding nan 2.758 3.910 2.451 3.259 3.580 1.249 1.693 3.375 0.978 3.527 0.777 0.686 1.715 2.876 3.266 1.601 0.337 3.758 0.966 2.684 1.282 1.520 0.919 4.282 2.078 2.614 2.954 4.829 0.916 3.592 6.160 2.645 8.248 1.295 3.223 0.756 2.199 0.097 0.594 1.406 5.189 2.651 1.460 1.180 1.750 2.040 1.280 6.245 5.747 2.638 3.206 3.266 4.206 2.023 4.282 0.966 5.358 1.050 7.882 3.234 1.335 0.730 0.332 1.155 1.218 0.613 1.930 2.488 3.152 4.663 7.296 6.604 nan 1.445 1.950 1.811 0.833 1.433 5.384 9.344 2.506 2.614 1.750 2.214 2.371 1.800 1.343 1.902 2.128 1.099 1879 chr11 33059923 33068504 + 0 NA intron (NM_001145541, intron 1 of 9) AluSx|SINE|Alu 2652 NM_001145541 55346 Hs.655341 NM_018393 ENSG00000176148 TCP11L1 dJ85M6.3 t-complex 11 like 1 protein-coding 2.151 2.838 nan 2.897 2.947 2.039 1.230 1.102 1.967 2.493 1.825 1.024 5.279 1.014 2.620 2.197 1.295 0.302 0.956 0.509 3.347 1.012 1.170 0.532 2.410 1.337 1.524 2.630 0.921 0.452 1.348 2.463 2.803 5.809 0.545 0.802 0.676 1.791 0.169 0.682 1.124 2.796 1.723 0.879 0.708 0.503 1.747 2.129 4.392 1.873 1.619 0.744 2.197 3.972 1.981 2.410 0.702 3.430 1.581 2.195 1.349 2.649 1.418 0.835 1.172 1.530 0.772 4.794 5.601 4.298 4.837 5.081 4.830 4.113 1.594 5.275 5.529 3.520 4.299 3.016 4.261 3.264 3.638 2.352 4.002 3.362 3.823 2.073 nan 1.820 1.049 11196 chr8 106742237 106793371 + 0 NA intron (NM_012082, intron 5 of 7) intron (NM_012082, intron 5 of 7) 304927 NR_125797 102723356 Hs.571413 NR_125796 ZFPM2-AS1 - ZFPM2 antisense RNA 1 ncRNA 1.040 nan nan 0.054 0.155 0.038 0.097 0.129 0.288 0.011 0.439 0.122 0.020 0.045 0.050 0.055 0.291 0.110 0.108 0.033 0.028 0.044 0.046 0.081 0.070 0.030 0.027 0.014 0.168 0.018 0.341 0.933 0.274 0.857 0.094 0.093 0.015 0.106 0.103 0.055 0.045 0.058 0.029 0.026 0.162 0.018 0.109 0.281 0.049 0.066 0.026 0.069 0.055 0.050 0.040 0.070 0.062 0.034 0.375 0.026 0.070 0.034 0.049 0.205 0.015 0.033 0.008 0.319 0.199 0.320 0.331 0.344 0.415 nan 0.171 0.424 0.446 4.906 nan 0.178 nan nan 0.663 0.135 0.273 0.069 0.096 0.490 nan 0.717 0.560 2917 chr12 105409436 105420965 + 0 NA non-coding (NR_027752, exon 23 of 23) non-coding (NR_027752, exon 23 of 23) 35102 NM_152318 121053 Hs.295563 NM_152318 ENSG00000151131 C12orf45 - chromosome 12 open reading frame 45 protein-coding 0.885 1.034 nan 0.168 0.549 0.105 0.131 0.173 0.322 0.024 0.142 0.143 0.403 0.078 0.131 0.245 0.646 0.196 0.232 0.057 0.022 0.036 0.233 0.185 0.788 0.066 0.015 0.038 0.117 0.028 0.217 0.942 0.391 0.574 0.190 0.083 0.058 0.122 0.130 0.048 0.077 0.026 0.034 0.038 0.060 0.168 0.149 0.106 0.062 0.027 0.195 0.245 0.155 0.047 0.788 0.095 0.072 0.101 0.060 0.089 0.075 0.017 0.139 0.013 0.025 0.004 0.246 0.260 0.252 0.512 0.708 0.863 0.556 0.173 0.402 0.358 2.606 3.347 1.021 0.896 1.026 1.175 0.154 0.212 0.287 0.395 0.263 0.558 3.421 1.584 2342 chr11 125931275 125963083 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -13992 NM_001243597 50937 Hs.38034 NM_016952 ENSG00000064309 CDON CDO|CDON1|HPE11|ORCAM cell adhesion associated, oncogene regulated protein-coding 1.150 1.096 0.911 0.476 1.333 2.628 0.830 0.887 1.812 0.086 0.371 0.200 0.201 0.138 0.455 0.678 0.276 0.096 0.312 0.214 0.107 0.127 1.443 0.718 1.994 0.525 0.375 0.210 0.222 0.095 0.296 0.786 0.169 2.120 0.060 0.191 0.081 0.290 0.126 0.134 0.434 0.672 0.279 0.174 0.171 0.328 0.779 0.376 0.425 0.355 0.129 0.400 0.678 0.317 0.235 1.994 0.314 0.515 0.116 0.323 0.587 0.278 0.478 0.253 0.145 0.105 0.065 1.023 1.316 1.168 2.395 1.253 1.487 2.604 2.215 1.120 1.101 0.720 0.980 3.142 3.948 0.849 0.752 1.421 1.886 0.497 0.462 0.584 nan 1.936 1.083 3516 chr14 39410626 39422427 + 0 NA Intergenic MLT2D|LTR|ERVL -30440 NR_039982 283547 Hs.675941 NR_039982 ENSG00000259070 LINC00639 - long intergenic non-protein coding RNA 639 ncRNA nan 0.716 nan 0.757 0.096 0.039 0.175 0.149 0.228 0.024 0.106 0.243 0.047 0.033 0.098 0.076 3.204 1.137 0.117 0.027 0.107 0.064 0.103 0.069 0.049 0.012 0.179 0.090 0.371 0.803 0.126 0.297 0.137 0.050 0.024 0.064 0.065 0.252 0.048 0.102 0.056 0.009 0.033 0.065 0.195 0.090 0.055 0.033 0.079 0.076 0.068 0.071 0.103 0.031 0.063 0.008 0.050 0.095 0.468 0.100 0.042 0.356 0.088 0.026 0.442 0.315 5.566 8.091 0.317 0.348 0.243 0.096 0.283 0.270 1.848 1.923 0.234 0.234 0.597 0.300 0.305 0.560 0.128 0.121 0.169 0.209 0.532 0.568 832 chr1 162789237 162795263 + 0 NA Intergenic CpG 31758 NM_001304513 51478 Hs.492925 NM_016371 ENSG00000132196 HSD17B7 PRAP|SDR37C1 hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 7 protein-coding 1.785 nan 1.403 0.199 0.354 0.056 0.297 0.400 0.765 0.031 0.081 0.427 0.010 0.200 0.193 0.771 0.246 0.167 0.634 0.566 0.010 0.023 0.337 0.462 0.596 0.140 0.031 0.097 0.251 0.070 0.039 0.137 0.128 1.315 0.163 0.062 0.047 0.071 0.095 0.097 0.236 0.316 0.080 0.065 0.161 0.076 0.191 0.083 0.189 0.059 0.146 0.168 0.771 0.142 0.092 0.596 0.100 0.109 0.208 0.251 0.068 0.200 3.839 0.690 0.050 0.067 0.042 0.993 0.891 12.726 12.465 2.747 nan 7.135 1.729 0.533 0.614 1.091 1.520 1.079 nan 0.702 0.840 4.432 7.292 0.611 0.545 0.972 2.595 2.404 1.382 11402 chr8 146027442 146057125 + 0 NA intron (NR_147501, intron 1 of 4) L1MA4|LINE|L1 10142 NR_147501 100130027 Hs.639618 NR_147501 LOC100130027 - uncharacterized LOC100130027 ncRNA 1.863 0.859 nan 0.570 2.516 0.931 1.072 0.821 1.405 0.298 1.124 0.274 0.136 0.392 1.968 0.961 0.478 0.191 0.995 0.350 0.580 0.524 0.566 0.355 14.417 0.402 0.426 0.406 1.741 0.699 0.801 1.229 0.499 2.574 0.354 0.373 0.236 0.383 0.104 0.311 0.808 0.781 0.898 0.436 0.298 0.160 0.899 0.619 1.050 1.331 0.354 0.414 0.961 1.269 0.343 14.417 0.198 0.455 0.240 1.096 1.160 0.282 0.599 0.304 0.269 0.411 0.303 1.087 1.575 0.831 1.371 nan 10.317 nan 0.846 2.965 3.131 0.630 1.070 1.842 2.467 0.823 0.738 1.301 1.891 1.097 0.923 0.759 0.944 1.908 0.993 2135 chr11 79635958 79661914 + 0 NA Intergenic Intergenic -497241 NM_001098816 26011 Hs.213087 NM_001098816 ENSG00000149256 TENM4 Doc4|ETM5|ODZ4|TNM4|Ten-M4|ten-4 teneurin transmembrane protein 4 protein-coding nan 0.740 0.568 0.044 0.071 0.032 0.028 0.099 0.194 0.007 0.048 0.039 0.022 0.050 1.590 0.242 0.043 0.054 0.081 0.029 0.017 0.021 0.526 0.335 1.365 0.011 0.019 0.008 0.058 0.008 0.167 nan 0.179 0.430 0.343 0.055 0.066 0.042 0.106 0.004 0.215 0.140 0.023 0.122 0.035 0.118 0.115 0.025 0.016 0.042 0.028 0.242 0.035 0.030 1.365 0.033 0.044 0.028 0.013 0.015 0.018 3.074 0.053 0.027 0.006 0.010 0.572 0.370 0.173 0.240 0.515 0.744 0.126 0.060 19.696 20.693 0.226 0.290 0.692 0.887 0.347 0.132 3.668 5.688 0.736 0.466 0.126 0.198 0.528 0.510 828 chr1 162506507 162512979 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu -21487 NM_001324116 6675 Hs.492859 NM_003115 ENSG00000117143 UAP1 AGX|AGX1|AGX2|SPAG2 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase 1 protein-coding 0.978 nan 0.782 1.743 0.108 0.049 3.446 0.049 0.229 1.374 0.862 1.524 0.077 0.078 0.165 0.262 0.354 0.322 1.847 0.868 1.855 0.043 0.048 0.262 0.111 2.385 1.861 1.235 3.673 2.664 0.234 0.332 0.442 0.280 1.105 0.150 0.014 0.419 0.150 2.356 0.099 12.153 9.179 3.292 3.763 1.386 0.611 3.072 0.075 3.465 0.049 0.052 0.262 0.569 2.430 0.111 0.255 0.101 0.046 0.986 0.047 3.486 0.046 0.155 1.478 7.967 7.673 0.385 0.483 0.621 1.480 0.515 nan 0.377 0.110 0.101 0.152 0.552 0.796 0.242 nan 0.361 0.167 0.406 0.521 0.038 0.109 0.373 0.764 0.419 0.382 1831 chr11 18331923 18351826 + 0 NA intron (NM_181507, intron 1 of 22) L3|LINE|CR1 1847 NM_181508 11234 Hs.437599 NM_007216 ENSG00000110756 HPS5 AIBP63|BLOC2S2 HPS5, biogenesis of lysosomal organelles complex 2 subunit 2 protein-coding 1.240 nan 1.203 2.111 1.366 0.598 1.415 0.723 1.225 0.461 1.472 1.075 2.194 0.533 0.912 0.825 1.208 0.254 0.951 0.392 3.083 0.460 0.473 0.354 1.239 1.369 1.207 1.949 1.130 0.413 0.960 1.425 1.503 1.933 0.324 1.439 0.220 0.523 0.110 0.320 0.378 5.476 1.972 0.953 0.624 0.421 2.888 1.225 1.058 0.724 0.718 0.767 0.825 1.054 1.426 1.239 0.685 0.628 0.121 0.999 0.306 1.044 0.639 0.355 0.952 0.555 0.446 nan 1.950 1.974 4.181 2.097 2.247 1.785 1.192 3.272 3.275 1.852 nan 1.551 2.000 1.844 1.369 1.861 2.373 1.430 2.006 1.099 1.439 1.288 nan 3949 chr15 49918830 49923563 + 0 NA intron (NM_020234, intron 3 of 5) L1PA7|LINE|L1 7970 NM_020234 56986 Hs.127432 NM_020234 ENSG00000104047 DTWD1 MDS009 DTW domain containing 1 protein-coding 0.703 0.818 nan 0.422 0.166 0.035 0.678 0.238 0.279 0.323 0.691 0.796 0.065 0.090 0.075 0.028 0.205 0.067 0.467 0.187 0.531 0.029 0.099 0.201 0.077 0.506 0.124 0.484 0.534 0.370 0.085 0.117 0.168 0.250 0.526 0.216 0.020 0.091 0.096 0.360 0.068 0.586 0.267 0.207 0.189 0.080 0.102 0.744 0.069 0.268 0.034 0.227 0.028 0.105 1.458 0.077 0.224 0.052 0.060 0.061 0.064 0.551 0.333 0.079 0.862 0.377 0.450 0.375 0.530 10.820 5.620 0.195 0.280 0.231 0.012 0.206 0.164 0.413 nan 0.254 0.357 0.516 0.218 0.507 0.885 0.124 0.199 0.263 0.416 0.488 0.349 6590 chr2 203129017 203133159 + 0 NA intron (NM_015934, intron 1 of 14) AluSq|SINE|Alu 649 NM_015934 51602 Hs.471104 NM_015934 ENSG00000055044 NOP58 HSPC120|NOP5|NOP5/NOP58 NOP58 ribonucleoprotein protein-coding 7.113 4.858 5.897 4.677 7.001 4.262 6.292 3.553 7.617 1.953 4.163 2.735 1.880 1.733 3.079 5.523 2.300 0.966 5.156 1.640 5.732 3.262 2.615 1.697 5.682 4.230 5.914 2.282 4.761 1.857 5.371 8.011 4.700 12.247 2.613 6.190 0.940 3.769 0.167 2.537 2.788 7.610 5.905 2.385 3.914 3.134 3.444 3.918 3.596 4.283 2.615 2.582 5.523 6.412 6.352 5.682 2.337 2.695 2.273 5.574 2.601 3.862 2.964 2.927 3.673 3.319 2.101 6.718 7.329 9.018 13.338 8.773 7.766 8.760 4.991 23.452 25.497 7.110 9.004 12.222 17.267 12.367 16.780 6.960 11.438 6.061 6.140 12.974 11.372 4.246 2.149 6247 chr2 95939148 95945452 + 0 NA intron (NM_144707, intron 4 of 23) intron (NM_144707, intron 4 of 23) 2104 NM_001165977 150696 Hs.437376 NM_144707 ENSG00000155066 PROM2 PROML2 prominin 2 protein-coding 0.680 1.938 2.329 0.464 0.863 1.813 6.399 0.076 0.160 1.240 0.062 0.102 0.081 0.016 0.156 0.143 0.059 7.793 3.127 0.057 0.065 0.060 0.012 0.626 0.997 0.659 0.058 1.616 1.343 2.591 8.023 2.384 1.106 5.956 0.086 0.015 0.052 0.062 0.056 0.025 0.626 0.220 0.195 3.113 1.141 11.212 1.029 0.116 0.158 0.263 5.951 0.143 3.619 0.043 0.626 2.334 2.073 0.109 0.229 0.097 2.660 2.027 0.077 0.896 0.082 0.057 5.691 8.348 0.442 0.856 0.688 0.710 0.649 0.222 2.400 2.336 0.157 0.287 0.612 0.915 0.341 0.294 2.700 3.692 0.077 0.089 0.282 0.354 0.197 0.211 8587 chr4 151036539 151073252 + 0 NA intron (NM_001040261, intron 2 of 16) intron (NM_001040261, intron 2 of 16) 55469 NR_036614 166614 Hs.591683 NM_152619 ENSG00000170390 DCLK2 CL2|CLICK-II|CLICK2|CLIK2|DCAMKL2|DCDC3|DCDC3B|DCK2 doublecortin like kinase 2 protein-coding nan 0.765 0.490 0.144 0.131 0.042 0.328 0.190 0.245 0.198 0.572 5.450 0.020 0.046 0.059 0.094 1.198 0.202 0.225 0.134 0.717 0.027 0.085 0.079 0.117 1.117 0.529 0.564 0.301 0.094 0.094 0.338 0.342 0.310 0.385 1.131 0.042 0.068 0.083 0.260 0.037 0.829 0.084 0.083 0.185 0.035 0.116 1.338 0.217 0.290 0.063 0.081 0.094 0.144 0.282 0.117 0.060 0.128 0.045 0.046 0.030 0.680 0.035 0.054 0.852 0.038 0.028 0.313 0.227 0.980 0.965 0.228 0.339 0.255 0.140 0.177 0.160 1.140 1.526 0.248 0.259 0.332 0.208 0.165 0.262 0.139 0.177 0.215 0.594 0.316 0.363 8093 chr3 182449056 182460397 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -56565 NM_014616 23200 Hs.478429 NM_014616 ENSG00000058063 ATP11B ATPIF|ATPIR ATPase phospholipid transporting 11B (putative) protein-coding 1.043 1.019 1.091 0.870 0.805 0.034 0.931 0.539 1.119 0.118 0.068 0.188 0.398 0.034 0.165 0.783 0.553 0.283 1.228 1.052 0.039 0.385 0.182 0.986 0.848 0.363 0.071 0.653 0.437 0.519 1.722 0.422 0.577 0.400 1.249 0.025 0.047 0.075 0.041 1.142 0.185 0.046 0.020 0.732 0.729 1.991 0.097 0.182 0.089 0.021 1.187 0.783 1.152 0.041 0.986 1.192 0.783 0.637 0.036 0.054 0.048 0.120 0.092 0.041 0.020 0.005 0.265 0.170 0.314 0.782 0.849 0.809 6.666 1.200 0.930 1.161 0.303 0.367 3.306 3.049 0.676 0.339 0.245 0.280 0.259 0.501 0.236 0.317 0.475 0.615 4614 chr17 16340081 16346502 + 0 NA promoter-TSS (NR_002744) promoter-TSS (NR_002744) -59 NR_002744 26800 NR_002744 ENSG00000277370 SNORD49A RNU49|U49|U49A small nucleolar RNA, C/D box 49A snoRNA 3.108 1.639 3.045 1.300 1.984 1.080 2.611 1.852 3.339 1.028 1.805 2.275 0.772 1.387 1.804 3.144 1.201 0.226 1.838 0.861 1.941 1.544 1.276 0.674 4.043 0.848 0.944 0.953 1.066 1.400 3.088 3.737 2.363 4.376 1.620 8.229 0.268 1.346 0.075 1.338 0.765 4.277 6.364 3.076 2.638 1.850 2.179 2.872 3.779 3.467 2.004 2.258 3.144 1.548 6.988 4.043 3.558 1.598 1.225 4.384 6.737 4.535 0.818 4.340 1.597 3.376 2.906 6.355 7.101 3.468 nan 5.167 5.119 6.725 3.134 3.695 4.122 1.971 2.898 7.787 7.295 9.854 9.762 2.487 4.270 1.935 2.255 10.375 10.708 2.222 1.133 5519 chr19 8038913 8051857 + 0 NA intron (NM_001419, intron 3 of 5) intron (NM_001419, intron 3 of 5) 25144 NM_001419 1994 Hs.184492 NM_001419 ENSG00000066044 ELAVL1 ELAV1|HUR|Hua|MelG ELAV like RNA binding protein 1 protein-coding 0.747 0.559 1.204 0.069 0.396 4.704 0.183 0.211 0.312 0.022 0.144 0.036 0.042 0.062 0.294 0.193 0.158 0.016 0.296 0.044 0.101 0.033 0.194 0.070 0.101 0.118 0.050 0.182 0.105 0.080 0.057 0.160 0.146 0.486 0.056 0.107 0.029 0.151 0.058 0.081 0.102 0.208 0.064 0.058 0.026 0.101 0.152 0.209 0.214 0.209 0.055 0.046 0.193 0.215 0.043 0.101 0.033 0.035 0.122 0.180 0.046 0.187 0.069 0.086 0.130 0.053 0.027 0.276 0.449 0.403 0.895 0.551 0.688 0.351 0.171 0.404 0.493 0.286 0.537 0.827 nan 0.573 0.532 0.206 0.317 0.208 0.167 0.195 0.286 0.600 0.444 1404 chr10 28503315 28509902 + 0 NA intron (NM_001318170, intron 2 of 16) intron (NM_001318170, intron 2 of 16) 64418 NM_173496 143098 Hs.499159 NM_173496 ENSG00000150054 MPP7 - membrane palmitoylated protein 7 protein-coding 0.499 0.834 0.663 0.144 0.027 0.017 0.699 0.104 0.367 0.392 0.073 0.100 4.848 0.015 0.088 0.071 1.560 0.418 0.747 0.426 0.068 0.096 0.065 0.037 0.094 0.045 0.586 0.424 0.578 0.123 0.488 0.843 1.861 0.222 0.090 0.015 0.049 0.106 0.178 0.084 0.056 0.024 0.380 1.901 0.591 0.037 0.011 0.029 0.052 0.071 0.368 0.029 0.037 0.233 0.741 0.044 0.015 0.716 0.030 0.075 7.228 5.829 0.311 0.199 0.484 1.031 0.280 0.149 0.062 0.085 0.329 0.324 0.119 0.161 0.673 0.771 0.134 0.104 0.048 0.089 0.025 0.047 0.264 0.434 0.395 0.537 10860 chr8 25027224 25063711 + 0 NA intron (NM_001322810, intron 1 of 3) intron (NM_001322810, intron 1 of 3) 3229 NM_001322810 80005 Hs.195403 NM_024940 ENSG00000147459 DOCK5 - dedicator of cytokinesis 5 protein-coding nan 0.904 nan 1.208 0.192 0.190 2.200 0.273 0.559 0.796 1.383 1.790 1.334 0.515 0.176 0.461 0.272 0.150 1.188 0.478 4.358 0.102 0.043 0.089 0.059 1.877 1.468 0.756 0.805 1.243 0.957 1.904 0.489 0.401 1.348 1.861 0.055 0.214 0.123 0.374 0.067 6.088 1.193 0.552 1.462 1.190 1.685 1.472 3.783 0.972 0.610 1.584 0.461 1.064 1.886 0.059 1.231 1.820 0.053 2.049 0.434 1.067 0.027 0.082 1.293 1.370 1.398 0.386 0.362 0.394 0.768 nan 0.757 nan 0.080 0.094 0.044 0.166 0.313 0.468 0.578 0.493 0.319 0.094 0.184 0.328 0.327 0.186 0.284 nan nan 9225 chr5 141759450 141789411 + 0 NA intron (NR_120664, intron 3 of 3) AluJb|SINE|Alu 69572 NR_120664 101926941 Hs.658945 NR_120664 ENSG00000231185 SPRY4-AS1 THCAT68 SPRY4 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.251 0.664 0.094 0.296 0.109 1.531 0.169 0.281 0.073 0.188 0.263 0.031 0.230 0.083 0.125 0.092 0.215 0.234 0.202 0.122 0.102 0.073 0.101 0.391 0.633 0.283 0.091 0.200 0.615 2.080 6.168 2.596 2.805 0.337 0.318 0.035 0.119 0.108 0.634 0.074 0.153 0.086 0.078 0.342 0.292 1.338 0.188 0.514 0.474 0.139 1.507 0.125 0.473 0.694 0.391 0.453 0.240 0.016 0.461 0.126 0.105 0.073 0.267 0.080 0.056 0.027 0.204 0.138 0.357 0.860 0.349 0.349 0.265 0.109 0.275 0.338 0.411 0.635 0.968 0.937 0.385 0.152 0.235 0.395 0.114 0.123 0.313 0.783 0.434 0.419 1543 chr10 78911190 78926193 + 0 NA intron (NM_001014797, intron 5 of 28) intron (NM_001014797, intron 5 of 28) 18102 NR_120654 101929310 Hs.666457 NR_120654 ENSG00000225497 KCNMA1-AS2 - KCNMA1 antisense RNA 2 ncRNA 0.766 nan 0.832 1.922 0.591 0.072 2.388 0.481 0.856 0.272 0.983 3.960 0.012 0.039 0.225 0.255 0.090 0.075 0.506 0.779 0.219 0.028 0.595 0.163 1.084 1.762 1.490 0.035 0.838 0.247 0.402 0.972 0.071 0.761 0.651 0.522 0.470 0.058 0.044 1.571 0.244 0.942 0.433 0.224 0.508 0.277 0.180 1.112 0.445 0.350 1.108 0.283 0.255 0.475 2.134 1.084 0.122 1.005 0.033 0.264 0.653 0.525 0.020 0.146 1.038 0.176 0.233 0.317 0.247 0.174 0.443 0.640 0.825 3.743 1.254 0.190 0.207 0.271 0.616 0.905 nan 0.289 0.133 0.201 0.214 2.099 3.313 0.320 nan 2.197 1.067 9501 chr6 22140473 22153297 + 0 NA intron (NR_034143, intron 2 of 2) intron (NR_034143, intron 2 of 2) 537 NR_034143 729177 Hs.730673 NR_034143 ENSG00000260455 NBAT1 CASC14|NBAT-1 neuroblastoma associated transcript 1 ncRNA 2.974 1.392 nan 0.153 4.286 3.023 0.071 0.541 0.966 0.013 0.164 0.246 0.034 0.944 0.234 1.641 1.738 0.151 0.204 0.030 1.541 0.097 1.107 0.529 5.622 0.146 0.079 0.013 0.048 0.041 0.559 1.543 0.364 nan 0.526 0.230 0.847 0.659 0.113 0.037 0.043 0.069 0.042 0.037 0.051 0.042 0.105 0.063 0.346 0.073 0.226 0.414 1.641 0.283 0.022 5.622 0.181 0.269 0.074 0.040 1.611 0.152 0.484 0.741 0.035 0.018 0.004 0.808 1.109 1.031 nan 3.935 3.595 nan 1.492 0.562 0.587 1.664 2.610 3.277 3.401 1.057 0.536 0.360 0.788 3.488 3.782 0.682 1.460 1.470 0.812 8366 chr4 49150738 49153616 + 0 NA Intergenic (CATTC)n|Satellite|Satellite 163518 NM_001286791 80157 Hs.479703 NM_025087 ENSG00000109182 CWH43 CWH43-C|PGAP2IP cell wall biogenesis 43 C-terminal homolog protein-coding 14.676 18.173 15.617 2.592 8.875 1.328 2.611 7.866 13.743 1.367 5.499 6.738 0.946 5.221 9.929 9.416 4.417 21.143 3.925 0.835 3.562 5.454 13.302 4.461 0.687 2.748 0.884 7.852 0.110 5.597 1.970 5.930 15.710 0.151 6.558 3.965 4.061 11.973 0.163 2.550 7.567 3.263 1.492 8.806 5.426 11.168 4.536 2.509 1.660 4.349 9.416 4.637 2.460 4.461 2.363 3.681 2.475 1.368 2.220 3.108 2.685 4.038 2.037 3.107 1.939 9.153 3.910 3.785 4.695 7.386 10.977 3.771 3.105 5.191 4.734 7.793 10.835 5.135 5.008 11.364 3.140 3.364 6.066 3.126 5.970 4.333 6.575 4.989 6.249 424 chr1 61582202 61614305 + 0 NA intron (NM_001134673, intron 2 of 10) intron (NM_001134673, intron 2 of 10) 50273 NM_001134673 4774 Hs.740757 NM_005595 ENSG00000162599 NFIA BRMUTD|CTF|NF-I/A|NF1-A|NFI-A|NFI-L nuclear factor I A protein-coding 1.162 1.461 nan 0.240 0.419 2.136 0.264 0.757 1.369 0.103 0.329 0.449 0.069 0.136 0.643 0.342 1.784 0.166 0.354 0.097 0.053 0.026 0.884 0.459 0.186 0.643 0.449 0.039 0.129 0.013 1.149 2.364 0.509 0.950 0.215 0.991 0.330 0.105 0.128 0.011 0.362 0.138 0.034 0.015 0.205 0.207 0.578 0.100 0.557 0.117 0.359 0.385 0.342 0.197 0.112 0.186 0.255 1.397 0.136 0.276 0.958 0.202 0.145 0.073 0.050 0.032 0.008 0.568 0.975 0.692 1.121 0.507 0.563 0.133 0.077 0.300 0.285 nan nan 3.019 nan 0.703 0.516 0.275 0.438 1.391 2.354 0.206 0.475 2.351 1.222 6786 chr20 649925 658457 + 0 NA intron (NM_033129, intron 1 of 1) intron (NM_033129, intron 1 of 1) 2632 NM_033129 85508 Hs.355284 NM_033129 ENSG00000215397 SCRT2 ZNF898B scratch family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.994 2.182 0.494 0.095 0.297 0.962 0.008 0.247 0.731 0.022 0.109 0.054 0.001 0.047 0.094 1.618 0.088 0.033 0.012 0.029 1.103 0.601 0.070 0.114 0.034 0.043 0.032 0.013 0.104 0.233 0.057 2.393 0.199 0.033 0.088 0.059 0.028 0.046 0.147 0.035 0.055 0.018 0.079 0.175 0.851 0.049 0.019 0.101 1.618 0.097 0.032 0.070 0.043 0.071 2.120 0.130 0.155 0.055 2.530 0.201 0.018 0.034 10.622 12.765 0.164 0.157 0.641 0.509 0.700 0.200 0.224 0.167 3.126 3.540 0.285 0.302 5.359 5.991 3.409 5.421 0.161 0.192 2.629 2.437 0.231 0.192 7500 chr3 7003975 7011860 + 0 NA intron (NM_000844, intron 1 of 9) intron (NM_000844, intron 1 of 9) -72213 NR_131906 105376946 Hs.616038 NR_131906 ENSG00000237665 GRM7-AS2 - GRM7 antisense RNA 2 ncRNA 0.433 0.619 0.565 0.063 0.079 0.021 0.103 0.161 0.069 0.041 0.026 0.016 0.086 0.122 0.110 0.024 0.112 0.129 0.091 0.009 0.009 0.010 0.085 0.051 0.037 0.018 0.271 0.021 0.054 0.014 0.091 0.030 0.056 0.054 0.010 0.019 0.061 0.085 0.030 0.016 0.010 0.025 0.016 0.072 0.012 0.091 0.047 0.021 0.044 0.073 0.010 0.076 0.016 0.010 0.157 0.095 2.342 11.191 0.327 0.345 0.100 0.101 0.182 0.238 0.050 0.163 0.345 0.278 0.282 0.113 0.201 0.159 0.043 0.046 0.179 0.266 0.429 0.301 1402 chr10 27441914 27446624 + 0 NA promoter-TSS (NM_001253866) promoter-TSS (NM_001253866) 516 NR_135469 84930 Hs.276905 NM_032844 ENSG00000120539 MASTL GREATWALL|GW|GWL|MAST-L|THC2 microtubule associated serine/threonine kinase like protein-coding 5.062 8.843 5.426 4.521 1.724 2.271 3.059 3.030 5.734 2.395 5.806 3.524 2.665 0.851 3.724 2.726 10.781 1.503 3.978 1.714 5.459 3.967 2.547 1.041 5.930 2.638 2.355 2.017 3.532 1.793 3.176 4.720 3.168 10.377 1.308 4.124 0.586 5.698 0.184 2.223 2.091 3.021 6.543 3.100 3.317 2.775 3.397 3.481 4.107 4.856 2.676 3.431 2.726 8.803 3.527 5.930 2.776 2.370 1.300 4.449 2.027 2.803 1.919 1.788 2.715 3.520 2.623 7.375 6.907 11.320 16.890 6.599 4.545 11.412 6.400 13.460 14.642 5.916 7.212 5.347 10.192 4.270 4.421 2.821 5.276 4.660 5.927 6.831 6.878 3.093 1.811 6333 chr2 119974308 120003537 + 0 NA intron (NM_182915, intron 2 of 5) (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 7538 NM_138637 55240 Hs.647822 NM_018234 ENSG00000115107 STEAP3 AHMIO2|STMP3|TSAP6|dudlin-2|dudulin-2|pHyde STEAP3 metalloreductase protein-coding 1.684 nan 2.004 0.408 1.247 0.857 1.207 0.416 0.905 0.085 0.587 1.054 0.045 0.104 2.242 0.740 0.791 0.089 1.206 0.716 0.112 0.019 1.309 0.788 1.830 0.978 0.611 0.246 0.957 0.278 0.577 2.750 0.726 nan 1.202 0.261 0.483 0.123 0.081 0.634 0.506 0.469 0.229 0.219 0.560 0.393 0.768 3.395 0.804 1.792 0.577 0.531 0.740 0.864 1.580 1.830 0.331 0.124 0.655 1.037 1.511 0.612 1.101 0.249 1.267 0.116 0.109 0.700 1.194 0.256 0.452 2.235 nan 3.239 0.866 1.289 1.165 1.416 1.822 3.330 5.043 1.514 1.410 0.865 1.395 1.327 1.322 0.655 1.324 2.156 0.920 11399 chr8 145741803 145750620 + 0 NA intron (NM_014665, intron 3 of 3) intron (NM_014665, intron 3 of 3) 2862 NM_014665 9684 Hs.459391 NM_014665 ENSG00000160959 LRRC14 LRRC14A leucine rich repeat containing 14 protein-coding 4.317 2.302 nan 5.693 7.034 2.537 2.668 0.726 1.530 0.806 4.645 1.359 0.488 2.400 2.443 0.764 0.324 3.590 0.922 4.305 0.519 0.909 0.409 3.058 1.801 2.061 1.299 4.249 1.190 3.685 6.081 3.141 3.886 1.535 2.335 0.662 0.703 0.054 1.101 1.067 1.112 2.735 1.375 1.215 0.235 4.996 2.563 3.478 1.737 2.472 2.102 0.764 3.440 2.465 3.058 0.970 2.404 1.048 0.739 1.747 1.229 1.391 0.519 1.323 1.951 0.864 3.446 3.921 2.267 3.908 nan 3.972 nan 1.083 5.127 5.801 1.792 2.928 3.553 4.581 2.915 3.118 3.210 6.080 3.272 3.011 1.249 1.217 2.019 1.132 2402 chr12 1637586 1650558 + 0 NA Intergenic Intergenic 34415 NR_028415 100292680 Hs.391695 NR_028415 LINC00942 - long intergenic non-protein coding RNA 942 ncRNA 1.035 nan nan 0.151 0.397 0.039 0.246 0.170 0.427 0.022 0.101 0.782 0.005 0.023 0.075 0.462 0.553 0.301 0.156 0.151 0.113 0.043 0.158 0.122 0.359 0.104 0.055 0.067 0.265 0.083 0.451 0.883 0.305 1.015 0.186 0.166 0.037 0.468 0.094 0.092 0.295 1.592 1.382 0.668 0.051 0.270 0.086 2.512 0.552 2.612 0.043 0.174 0.462 0.185 0.407 0.359 0.178 0.172 0.173 1.434 0.078 0.085 3.868 0.075 0.172 0.040 0.016 0.126 0.270 0.410 0.545 nan 0.752 0.831 0.283 2.245 2.353 0.897 1.231 0.321 0.481 0.410 0.362 4.137 8.797 0.207 0.242 0.128 nan 0.317 0.339 10453 chr7 80348230 80355682 + 0 NA Intergenic MamGypLTR1a|LTR|Gypsy 75987 NM_001289908 948 Hs.120949 NM_000072 ENSG00000135218 CD36 BDPLT10|CHDS7|FAT|GP3B|GP4|GPIV|PASIV|SCARB3 CD36 molecule protein-coding 1.361 0.691 1.358 0.601 0.155 0.090 4.127 0.129 0.396 2.286 3.402 3.458 0.017 0.054 0.527 2.254 1.071 0.304 1.292 0.661 7.216 0.932 0.272 0.140 0.209 1.869 1.728 1.814 3.183 2.120 0.053 0.137 0.371 0.183 1.476 5.494 0.795 1.529 0.183 1.885 0.128 6.791 2.131 0.998 1.878 1.197 1.682 11.856 1.944 2.223 2.654 0.897 2.254 0.363 3.166 0.209 2.051 0.621 0.066 4.258 0.052 5.777 0.093 0.282 2.668 7.156 7.931 0.386 0.353 0.220 0.480 0.569 0.574 0.416 0.091 0.148 0.135 0.468 0.849 0.268 0.216 0.923 0.600 0.128 0.340 2.944 2.955 0.651 nan 0.655 0.678 1841 chr11 20177583 20189681 + 0 NA Intergenic Intergenic -1762 NM_001029865 120237 NM_001029865 ENSG00000109851 DBX1 - developing brain homeobox 1 protein-coding 0.598 0.697 0.441 0.078 0.409 0.115 0.024 0.527 1.418 0.008 0.058 0.076 0.015 0.016 0.055 0.232 0.057 0.068 0.088 0.016 0.005 0.011 0.130 0.089 0.171 0.051 0.006 0.037 0.068 0.073 0.138 0.081 0.326 0.024 0.065 0.047 0.018 0.069 0.010 6.137 0.137 0.055 0.013 0.018 0.031 0.025 0.162 0.081 0.019 0.013 0.017 0.232 0.071 0.054 0.171 0.020 0.020 0.049 0.259 0.017 0.026 0.041 0.255 0.006 0.014 0.008 0.422 0.300 0.114 0.176 0.591 0.597 1.691 0.362 0.156 0.178 0.499 0.742 0.998 1.498 0.708 0.535 0.180 0.272 0.236 0.206 0.174 0.506 0.631 0.560 7771 chr3 116031238 116050972 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 1 of 8) intron (NM_001318915, intron 1 of 8) -37766 NR_109998 101926903 Hs.26479 NR_109998 ENSG00000240922 LSAMP-AS1 - LSAMP antisense RNA 1 ncRNA 1.204 nan 0.679 0.059 0.149 0.061 0.058 0.227 0.624 0.027 0.061 0.029 0.046 0.072 0.187 0.095 0.170 0.027 0.019 0.003 0.042 0.410 0.331 0.152 0.014 0.015 0.008 0.069 0.011 0.065 0.082 0.028 0.153 0.088 0.141 0.198 0.083 0.012 0.124 0.071 0.015 0.004 0.011 0.039 0.054 0.056 0.025 0.014 0.006 0.037 0.187 0.043 0.043 0.152 0.006 0.017 0.230 0.033 0.102 0.035 0.060 0.101 0.015 0.020 0.010 0.344 0.248 0.355 0.347 0.347 nan 0.889 0.343 0.284 0.290 nan 3.987 0.206 0.194 1.162 0.794 0.133 0.164 0.605 0.644 0.198 0.338 0.602 0.536 347 chr1 45031769 45055253 + 0 NA intron (NM_001319957, intron 1 of 13) AluJb|SINE|Alu 32346 NR_049849 100847089 NR_049849 ENSG00000263381 MIR5584 - microRNA 5584 ncRNA nan 0.749 nan 0.071 0.558 0.038 0.812 0.110 0.192 0.020 0.093 0.122 0.018 0.047 0.103 0.260 0.196 0.089 0.081 0.074 0.035 0.018 0.180 0.222 0.056 0.041 0.040 0.075 0.058 0.036 0.093 0.395 0.084 0.303 0.125 0.096 0.126 0.068 0.112 0.020 0.054 0.185 0.033 0.020 0.047 0.108 0.140 0.136 0.052 0.052 0.023 0.098 0.260 0.072 0.102 0.056 0.021 0.059 0.142 0.087 0.256 0.104 0.501 0.163 0.039 0.037 0.017 0.923 1.147 0.211 0.301 0.486 0.561 3.552 0.961 0.401 0.468 0.209 nan nan 0.404 0.421 0.252 0.899 nan 0.463 0.595 0.310 0.551 1.241 0.793 434 chr1 65612494 65625422 + 0 NA intron (NM_001330616, intron 1 of 4) AluJb|SINE|Alu 4272 NM_001330616 205 Hs.10862 NM_013410 ENSG00000162433 AK4 AK 4|AK3|AK3L1|AK3L2 adenylate kinase 4 protein-coding 2.383 1.180 nan 0.787 0.762 0.233 1.138 0.562 1.048 0.370 0.486 1.066 0.226 0.061 0.323 0.692 0.256 0.151 1.275 0.190 0.623 0.289 0.471 0.401 0.871 0.397 0.305 0.467 0.266 0.229 0.278 0.750 0.462 2.023 0.373 0.593 0.059 0.898 0.127 0.292 1.730 1.526 0.499 0.344 0.742 0.237 0.483 0.495 1.019 1.949 0.341 0.838 0.692 0.311 1.990 0.871 0.313 0.283 0.352 2.176 0.464 0.698 1.832 1.658 1.066 0.429 0.184 4.419 5.593 1.976 1.874 2.519 2.293 3.035 0.575 3.037 3.169 nan nan 1.237 nan 1.125 2.094 1.875 4.366 0.484 0.188 1.625 2.661 1.080 0.853 11377 chr8 144072279 144076919 + 0 NA intron (NR_026913, intron 1 of 1) AluSx|SINE|Alu -2646 NR_102426 100128627 NR_102426 CDC42P3 - cell division cycle 42 pseudogene 3 pseudo 1.138 0.589 nan 0.853 0.133 0.024 0.138 0.208 0.239 0.236 0.332 0.138 8.113 0.086 0.172 1.367 0.146 0.070 0.116 0.054 0.030 0.089 0.078 0.105 0.031 0.534 0.101 0.289 0.105 0.461 0.793 0.787 0.154 0.070 0.078 0.051 0.045 0.290 1.873 1.117 0.094 0.050 2.338 0.172 0.439 0.113 0.018 0.156 1.367 0.030 0.078 0.676 0.061 0.424 0.066 0.906 0.043 0.055 0.231 0.006 0.315 0.240 0.092 0.220 nan 1.145 nan 0.249 0.118 0.128 0.145 0.362 0.096 0.117 0.353 0.187 0.325 0.337 0.216 0.182 0.295 0.420 0.715 0.531 10260 chr7 27221434 27229721 + 0 NA promoter-TSS (NM_005523) promoter-TSS (NM_005523) 550 NR_002795 221883 Hs.587427 NR_002795 ENSG00000240990 HOXA11-AS HOXA-AS5|HOXA11-AS1|HOXA11AS|HOXA11S|NCRNA00076 HOXA11 antisense RNA ncRNA 12.518 1.416 1.483 0.604 0.405 1.525 0.466 0.368 0.579 0.313 0.140 2.707 0.112 0.183 0.685 0.400 0.576 0.174 0.448 0.206 0.024 2.618 1.175 0.760 0.623 1.037 0.849 0.960 0.180 0.013 0.204 0.420 0.440 1.273 0.018 1.535 1.214 0.932 0.139 0.071 0.361 0.320 0.203 0.066 0.027 0.115 0.827 1.014 0.873 0.788 0.759 0.305 0.400 0.380 1.587 0.623 0.428 0.520 0.918 2.796 0.137 0.104 1.157 0.761 0.065 3.552 2.668 1.648 2.168 2.785 nan 2.583 2.176 2.999 0.553 0.739 0.773 3.209 4.238 1.739 1.753 1.341 1.522 2.325 3.986 3.688 2.818 0.567 nan 2.458 1.470 865 chr1 169067127 169090477 + 0 NA intron (NM_001677, intron 1 of 5) intron (NM_001677, intron 1 of 5) 2855 NM_001677 481 Hs.291196 NM_001677 ENSG00000143153 ATP1B1 ATP1B ATPase Na+/K+ transporting subunit beta 1 protein-coding 2.621 nan 3.673 2.851 1.372 1.926 3.041 1.548 2.700 0.558 2.667 2.678 0.091 1.179 5.013 2.099 1.108 0.255 3.732 1.527 2.100 0.161 1.559 0.958 1.947 2.746 2.350 1.149 2.647 2.447 1.931 3.624 2.443 9.609 1.613 3.690 0.246 0.440 0.116 0.760 0.782 2.203 2.503 1.203 3.841 2.114 2.093 1.007 3.489 1.708 3.843 2.220 2.099 2.552 2.017 1.947 1.268 1.329 0.370 0.879 1.520 1.220 1.231 0.255 1.544 1.445 1.276 2.552 3.216 3.846 6.608 4.446 nan 3.003 1.140 2.287 2.212 2.392 2.933 3.056 nan 1.438 1.752 1.851 3.256 1.324 1.211 1.446 2.171 1.391 1.020 5982 chr2 27112530 27145666 + 0 NA intron (NM_001253723, intron 2 of 12) AluSc|SINE|Alu 57806 NM_001253724 56896 Hs.299315 NM_020134 ENSG00000157851 DPYSL5 CRAM|CRMP-5|CRMP5|Ulip6 dihydropyrimidinase like 5 protein-coding 1.040 0.917 0.823 0.067 0.294 0.738 0.096 0.217 0.379 0.009 0.082 0.062 0.004 0.018 0.653 2.507 0.075 0.058 0.114 0.017 0.032 0.042 0.280 0.249 0.429 0.013 0.015 0.052 0.089 0.006 0.095 0.227 0.069 1.379 0.040 0.083 0.032 0.063 0.114 0.021 0.769 0.196 0.025 0.016 0.047 0.051 0.110 0.194 0.154 0.062 0.033 0.048 2.507 0.065 0.025 0.429 0.007 0.045 0.367 0.104 0.040 0.072 0.198 0.320 0.032 0.031 0.017 3.505 3.661 0.432 0.448 1.924 1.705 1.233 0.513 0.480 0.520 0.641 1.021 0.542 nan 0.810 0.716 1.118 1.104 0.195 0.250 0.456 1.182 1.564 0.910 6651 chr2 218781139 218809659 + 0 NA intron (NM_022648, intron 1 of 32) intron (NM_022648, intron 1 of 32) -10440 NM_001308022 7145 Hs.471381 NM_022648 ENSG00000079308 TNS1 MST091|MST122|MST127|MSTP091|MSTP122|MSTP127|MXRA6|PPP1R155|TNS tensin 1 protein-coding nan 1.043 nan 0.073 0.569 2.159 0.100 0.213 0.529 0.014 0.310 0.129 0.053 0.028 0.209 0.188 0.192 0.046 0.059 0.020 0.028 0.014 0.181 0.116 0.525 0.046 0.018 0.049 0.060 0.216 1.213 0.397 0.827 0.010 0.061 0.016 0.068 0.091 0.025 0.069 0.061 0.036 0.028 0.038 0.045 0.064 0.070 0.265 0.032 0.024 0.114 0.188 0.047 0.016 0.525 0.017 0.075 0.255 0.126 0.046 0.071 0.125 0.112 0.070 0.004 0.011 0.614 0.924 0.226 0.336 0.561 0.529 0.189 0.071 0.642 0.663 0.678 1.213 5.167 nan 0.442 0.331 0.471 0.533 0.058 0.064 0.370 0.534 0.575 0.438 3165 chr13 51596349 51617852 + 0 NA intron (NR_003923, intron 4 of 16) MIRb|SINE|MIR 33193 NR_003923 2974 Hs.411573 NM_004129 ENSG00000123201 GUCY1B2 GC-SB2 guanylate cyclase 1 soluble subunit beta 2 (pseudogene) pseudo 0.931 nan nan 0.033 0.149 0.033 0.053 0.142 0.288 0.005 0.080 0.048 0.143 0.119 0.116 0.144 0.041 0.088 0.035 0.021 0.038 0.392 0.714 1.529 0.042 0.037 0.017 0.035 0.010 0.130 0.464 0.073 1.543 0.020 0.035 0.943 0.020 0.078 0.033 0.497 0.137 0.028 0.007 0.020 0.032 0.072 0.098 0.049 0.043 0.024 0.037 0.116 0.039 0.047 1.529 0.028 0.046 0.054 0.022 0.274 0.022 0.069 0.178 0.007 0.013 0.012 0.595 0.325 0.129 0.094 1.385 1.437 nan 0.357 0.141 0.144 3.443 3.603 2.377 2.459 0.677 0.438 0.275 0.314 1.854 2.159 0.445 nan 0.911 0.318 5557 chr19 14528408 14531328 + 0 NA intron (NR_046366, intron 1 of 9) CpG 327 NM_005804 10212 Hs.311609 NM_005804 ENSG00000123136 DDX39A BAT1|BAT1L|DDX39|DDXL|URH49 DExD-box helicase 39A protein-coding 8.522 6.017 6.683 5.031 6.337 9.167 4.044 4.045 7.684 2.327 4.174 3.479 2.738 1.447 4.308 8.509 4.529 1.381 4.238 2.298 5.541 3.305 3.749 1.984 8.861 4.042 4.271 2.863 6.900 2.346 2.668 6.645 2.990 10.510 1.730 5.033 3.061 4.282 0.206 1.836 4.179 7.366 5.046 2.129 3.451 1.757 4.200 8.743 4.076 7.737 5.735 2.650 8.509 6.035 5.262 8.861 1.629 1.849 2.621 7.081 3.147 4.762 2.817 4.206 3.511 2.938 1.898 5.859 5.571 9.830 12.266 13.507 9.438 11.726 5.869 21.190 23.048 6.734 8.907 8.329 12.932 14.829 14.117 4.076 4.020 12.625 17.168 8.081 13.139 7.664 3.578 8127 chr3 187216903 187228637 + 0 NA Intergenic Intergenic 57936 NR_146716 105374261 Hs.535726 NR_146716 LINC02041 - long intergenic non-protein coding RNA 2041 ncRNA 0.806 0.959 0.627 0.208 0.085 0.019 0.094 0.234 0.441 0.008 0.087 0.047 0.053 0.042 0.076 0.165 0.210 0.136 0.089 0.016 0.149 0.036 0.121 0.181 0.061 0.048 0.006 0.019 0.063 0.009 0.020 0.158 0.078 0.324 0.074 0.009 0.025 0.056 0.078 0.075 0.063 0.031 0.027 0.037 0.059 0.090 0.119 0.243 0.018 3.181 0.046 0.165 0.066 0.039 0.061 0.021 0.008 0.020 0.052 0.052 0.033 0.105 0.019 0.015 0.004 0.244 0.197 0.191 0.407 0.235 0.302 0.142 0.186 0.186 0.182 0.167 0.333 0.297 0.234 0.642 0.300 0.165 0.189 0.046 0.108 0.243 0.268 0.193 0.306 4216 chr16 7409519 7423826 + 0 NA intron (NM_145891, intron 1 of 12) intron (NM_145891, intron 1 of 12) 33921 NM_145893 54715 Hs.459842 NM_018723 ENSG00000078328 RBFOX1 2BP1|A2BP1|FOX-1|FOX1|HRNBP1 RNA binding fox-1 homolog 1 protein-coding 0.871 nan 0.762 0.050 0.049 0.090 0.025 0.727 1.149 0.087 0.019 0.013 0.014 0.229 0.143 0.051 0.067 0.022 0.014 0.009 0.019 0.733 0.414 0.209 0.019 0.030 0.011 0.028 0.107 0.071 0.055 0.278 0.010 0.056 0.133 0.015 0.077 0.254 0.098 0.025 0.031 0.021 0.054 0.035 0.085 0.015 0.027 0.051 0.143 0.039 0.032 0.209 0.105 0.013 0.017 0.014 0.041 2.353 0.011 0.024 0.014 0.357 0.352 0.044 0.042 0.172 0.225 nan 0.133 0.143 0.140 0.149 nan 0.098 0.117 0.239 0.072 0.173 0.214 0.565 0.318 1.748 6.910 1.163 0.803 4134 chr15 91190779 91210651 + 0 NA intron (NR_120372, intron 2 of 3) L1M5|LINE|L1 -2750 NR_120371 101929765 Hs.615348 NR_120371 ENSG00000245479 LINC01585 - long intergenic non-protein coding RNA 1585 ncRNA nan nan nan 0.360 0.300 0.134 0.558 0.531 0.956 0.289 0.570 0.829 0.128 0.291 2.652 0.533 0.493 0.106 0.476 0.191 0.942 0.043 0.205 0.180 0.956 0.565 0.350 0.549 0.582 0.346 0.973 1.559 0.438 0.980 0.502 0.539 0.019 0.420 0.066 0.292 0.235 0.458 0.393 0.201 0.447 0.105 0.685 0.496 1.279 0.329 0.544 0.807 0.533 0.575 0.210 0.956 0.338 1.117 0.170 0.995 0.536 0.484 8.024 0.069 0.729 0.128 0.054 2.359 3.168 0.821 1.442 0.667 0.704 nan 0.408 1.335 1.433 0.313 0.455 1.456 2.001 nan 0.534 5.253 5.734 0.307 0.210 0.252 nan 0.934 0.581 11532 chr9 35769774 35779847 + 0 NA Intergenic Intergenic -17596 NM_003995 4882 Hs.78518 NM_000907 ENSG00000159899 NPR2 AMDM|ANPRB|ANPb|ECDM|GUC2B|GUCY2B|NPRB|NPRBi|SNSK natriuretic peptide receptor 2 protein-coding 1.060 nan 1.279 0.189 2.847 2.121 0.181 1.344 2.952 0.010 0.178 0.174 0.031 0.408 2.191 1.458 0.334 0.143 0.178 0.037 0.357 0.028 1.824 1.198 4.041 0.248 0.098 0.081 0.068 0.126 0.088 0.391 0.637 4.825 0.058 0.114 0.976 0.074 0.122 0.036 1.761 0.057 0.293 0.224 0.304 0.038 0.173 0.199 0.210 0.113 1.655 0.224 1.458 0.078 0.065 4.041 0.145 0.082 0.278 0.164 2.882 0.047 0.424 0.316 0.151 0.023 0.020 0.459 0.509 0.410 0.531 2.985 3.800 5.891 2.108 0.477 0.406 1.311 1.672 4.993 4.507 1.292 1.032 0.514 0.721 2.773 3.199 0.517 1.994 6.228 2.803 11107 chr8 93063521 93084477 + 0 NA intron (NM_001198633, intron 1 of 10) intron (NM_001198633, intron 1 of 10) 1192 NM_004349 862 Hs.368431 NM_004349 ENSG00000079102 RUNX1T1 AML1-MTG8|AML1T1|CBFA2T1|CDR|ETO|MTG8|ZMYND2 RUNX1 translocation partner 1 protein-coding nan 0.955 3.387 0.065 0.330 0.218 0.037 0.153 0.364 0.009 0.039 0.079 0.187 0.190 0.898 1.699 0.122 0.086 0.036 0.112 0.150 0.099 0.846 0.003 0.003 0.031 0.104 0.050 0.108 0.372 1.264 0.695 0.298 0.034 0.154 0.018 0.092 0.062 0.501 0.070 0.011 0.019 0.052 0.070 0.073 0.145 0.019 0.061 0.041 0.041 0.898 0.051 0.022 0.846 0.023 0.048 0.237 0.017 0.276 0.053 0.061 1.409 0.011 0.016 0.015 0.309 0.156 0.218 nan 1.363 1.333 1.154 0.400 0.188 0.198 1.046 1.328 1.316 1.334 3.346 3.028 0.179 0.235 0.451 0.304 1.012 2.808 0.420 0.369 4654 chr17 22251070 22261893 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 234044 NM_001190452 100462977 Hs.740185 NM_001190452 ENSG00000256618 MTRNR2L1 HN1 MT-RNR2 like 1 protein-coding 26.010 28.719 20.185 3.923 3.538 1.292 2.136 16.315 29.324 1.568 4.375 11.256 3.318 5.349 3.973 13.071 9.058 18.154 1.241 0.562 3.937 5.362 5.406 9.234 3.096 2.530 4.024 2.193 6.288 1.010 9.867 2.777 6.745 18.565 3.838 7.281 3.051 4.677 11.291 3.591 4.473 15.729 6.478 3.833 2.678 8.025 10.636 24.380 6.822 4.435 2.328 4.606 13.071 1.166 2.479 3.096 6.056 4.024 2.752 4.577 4.055 5.073 5.334 4.173 2.474 2.140 1.206 21.369 10.069 9.257 14.285 13.630 17.701 7.335 5.788 9.212 8.006 8.496 12.253 8.960 7.795 27.256 7.091 10.072 17.191 3.934 6.997 7.281 10.598 4.506 6.514 5920 chr2 15586786 15603030 + 0 NA intron (NM_015909, intron 21 of 51) Tigger9b|DNA|TcMar-Tigger 106564 NR_052013 51594 Hs.467759 NM_015909 ENSG00000151779 NBAS ILFS2|NAG|SOPH neuroblastoma amplified sequence protein-coding 0.917 0.858 0.791 0.098 0.359 0.261 0.123 0.148 0.303 0.036 0.115 0.096 0.019 0.056 0.131 0.235 0.382 0.108 0.064 0.012 0.020 0.017 0.087 0.162 0.072 0.026 0.018 0.014 0.112 0.019 0.193 0.366 0.109 0.480 0.081 0.083 0.006 0.074 0.142 0.014 0.160 0.142 0.022 0.029 0.013 0.044 0.102 0.126 0.105 0.088 0.034 0.049 0.235 0.070 0.102 0.072 0.098 0.048 0.118 0.025 0.124 0.076 6.680 0.162 0.051 0.035 0.038 0.361 0.226 0.248 0.311 0.260 0.328 0.293 0.176 0.142 0.114 0.556 0.802 0.448 nan 0.392 0.186 8.887 12.854 0.065 0.097 0.404 nan 0.458 0.463 7298 chr22 19158114 19167325 + 0 NA TTS (NM_005984) TTS (NM_005984) 3299 NM_001287387 6576 Hs.111024 NM_005984 ENSG00000100075 SLC25A1 CTP|D2L2AD|SEA|SLC20A3 solute carrier family 25 member 1 protein-coding 3.187 nan 2.543 3.305 1.736 0.695 0.838 1.185 2.605 1.285 3.285 1.851 0.652 0.706 2.227 2.372 1.219 0.190 3.331 0.925 2.905 0.874 1.088 0.454 3.008 0.948 0.869 2.347 3.204 0.896 4.121 nan 2.895 3.895 1.022 2.834 0.463 1.963 0.080 0.700 0.870 2.891 2.226 1.258 1.339 0.806 2.506 1.443 2.435 4.913 1.997 2.465 2.372 3.617 2.097 3.008 1.504 1.462 0.928 4.881 1.854 2.286 0.634 0.792 1.526 0.694 0.513 3.067 3.312 3.247 5.479 2.631 2.369 3.104 0.971 5.181 5.114 2.452 4.022 2.913 4.066 3.083 3.538 1.361 2.766 2.097 1.968 1.599 2.316 3.274 1.768 3929 chr15 42556274 42579015 + 0 NA intron (NM_198141, intron 1 of 23) intron (NM_198141, intron 1 of 23) 1278 NM_198141 2595 Hs.730806 NM_198141 ENSG00000214013 GANC - glucosidase alpha, neutral C protein-coding 1.611 1.080 nan 0.616 0.695 0.653 1.142 0.739 1.263 0.490 1.324 1.014 0.387 0.397 0.793 0.706 1.029 0.221 0.938 0.384 1.249 0.396 0.659 0.519 1.536 0.814 0.875 0.541 0.953 0.344 1.158 1.391 1.675 1.508 0.546 1.850 0.109 1.155 0.096 0.520 0.486 0.681 0.914 0.392 1.071 0.519 0.729 1.185 0.707 1.278 0.519 1.311 0.706 0.810 2.340 1.536 0.863 0.691 0.247 0.619 0.731 1.049 4.213 0.386 1.588 0.797 0.582 5.895 6.716 8.080 5.007 1.748 1.620 1.604 0.646 8.226 8.451 1.346 nan 2.107 2.814 2.636 1.868 5.055 7.637 0.499 0.602 1.163 1.873 1.485 0.868 3129 chr13 40022521 40143427 + 0 NA intron (NM_005780, intron 2 of 3) L1ME1|LINE|L1 94382 NM_005780 10186 Hs.507798 NM_005780 ENSG00000183722 LHFPL6 LHFP LHFPL tetraspan subfamily member 6 protein-coding 0.929 1.298 0.936 0.115 0.444 0.348 0.133 0.131 0.220 0.148 0.212 0.045 0.527 0.127 0.113 0.181 0.247 0.088 0.144 0.042 0.099 0.007 0.318 0.167 1.078 0.143 0.049 0.066 0.055 0.026 0.074 0.074 0.127 0.563 0.052 0.095 0.087 2.491 0.084 0.093 0.046 0.164 0.060 0.053 0.059 0.033 0.135 0.316 0.044 0.104 0.016 0.024 0.181 0.079 0.079 1.078 0.029 0.038 0.013 0.088 0.075 0.110 0.377 0.435 0.155 0.096 0.055 0.572 0.406 0.373 0.553 0.741 0.962 3.909 1.317 0.141 0.152 1.609 1.971 0.528 0.476 0.506 0.291 0.388 0.812 0.395 0.541 0.680 1.799 0.769 0.488 689 chr1 150458783 150461466 + 0 NA intron (NM_001271895, intron 1 of 15) intron (NM_001271895, intron 1 of 15) 284 NR_073514 80222 Hs.288974 NM_025150 ENSG00000143374 TARS2 COXPD21|TARSL1|thrRS threonyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding nan nan 3.001 2.380 2.969 1.301 2.747 0.952 2.298 0.757 2.418 2.761 0.231 3.633 3.491 2.389 2.769 0.280 2.373 1.574 1.628 0.989 2.640 1.030 3.172 2.553 1.911 1.052 2.042 0.786 20.940 25.336 2.549 9.499 1.451 2.260 0.534 3.220 0.167 1.711 0.801 2.302 2.715 1.195 2.283 1.205 1.960 1.356 2.093 3.714 6.264 6.759 2.389 2.163 3.193 3.172 1.865 2.960 1.302 4.025 2.519 2.906 2.066 1.691 0.877 1.330 0.871 3.483 3.913 5.312 7.208 5.279 nan 5.482 2.211 6.448 6.767 3.170 4.852 5.053 5.292 5.495 4.132 5.401 8.098 3.468 2.970 3.335 5.335 3.496 2.403 9806 chr6 94001706 94019144 + 0 NA intron (NM_001288629, intron 5 of 16) intron (NM_001288629, intron 5 of 16) 118875 NM_001288630 2045 Hs.73962 NM_004440 ENSG00000135333 EPHA7 EHK-3|EHK3|EK11|HEK11 EPH receptor A7 protein-coding nan 0.929 nan 0.041 1.045 0.058 0.032 0.901 1.806 0.067 0.026 0.021 0.035 0.066 0.408 0.073 0.065 0.042 0.022 0.003 0.063 0.931 0.633 0.540 0.008 0.008 0.004 0.039 0.006 0.088 0.119 0.066 0.411 0.008 0.047 0.279 0.050 0.104 0.069 0.053 0.003 0.005 0.044 0.022 0.027 0.057 0.023 0.065 0.004 0.011 0.408 0.033 0.016 0.540 0.021 0.015 0.011 0.017 0.146 0.014 0.022 0.134 0.017 0.003 0.486 0.459 0.166 0.245 0.588 0.814 nan 2.350 0.861 0.750 0.496 nan 0.540 0.499 nan 0.204 0.101 0.174 1.866 2.295 0.220 0.584 0.362 0.364 3462 chr14 32767231 32776197 + 0 NA Intergenic MLT1A1|LTR|ERVL-MaLR -26765 NM_004274 9472 Hs.509083 NM_004274 ENSG00000151320 AKAP6 ADAP100|ADAP6|AKAP100|PRKA6|mAKAP A-kinase anchoring protein 6 protein-coding 2.008 0.923 0.823 0.072 0.118 0.052 0.079 0.107 0.226 0.022 0.119 0.461 0.026 0.022 0.120 0.265 0.336 0.130 0.190 0.148 0.035 0.052 0.084 0.160 0.131 0.024 0.008 0.084 0.011 0.418 1.399 0.111 0.493 0.098 0.037 0.317 0.036 0.128 0.013 0.230 0.061 0.033 0.026 0.073 0.068 0.064 0.123 0.251 0.031 0.150 0.157 0.265 0.101 0.104 0.160 0.081 0.093 0.762 0.050 0.091 0.141 0.044 0.276 0.051 0.019 0.006 0.207 0.108 0.194 0.383 0.319 0.412 0.364 0.162 0.232 0.237 1.989 1.829 0.307 0.386 8.974 7.481 0.123 0.153 1.074 0.963 0.534 1.269 0.781 0.894 5994 chr2 28597147 28636649 + 0 NA intron (NM_005253, intron 1 of 3) intron (NM_005253, intron 1 of 3) 641 NR_103831 403150 Hs.562970 NR_103831 ENSG00000229951 FLJ31356 - uncharacterized protein FLJ31356 ncRNA 1.373 1.012 1.422 1.547 1.328 1.604 2.266 0.718 1.377 0.955 3.785 2.327 0.656 0.328 0.676 1.261 1.290 0.130 2.570 1.183 2.274 0.575 0.599 0.278 0.630 1.123 1.415 0.976 3.453 1.239 2.316 5.380 1.488 4.895 1.314 1.192 0.177 2.096 0.125 1.623 1.719 4.131 1.350 0.615 1.568 0.922 2.310 3.467 2.769 1.781 2.834 3.349 1.261 3.262 2.245 0.630 2.217 1.303 0.822 2.737 1.090 1.636 0.136 0.178 3.025 4.050 3.844 0.624 0.938 1.067 2.631 1.212 1.127 1.831 0.646 2.333 2.408 0.894 1.334 1.443 nan 1.510 1.759 0.400 0.676 0.830 0.672 0.227 0.371 1.049 0.756 11664 chr9 97849871 97872493 + 0 NA TTS (NM_001243743) TTS (NM_001243743) -12806 NR_036109 100422842 NR_036109 ENSG00000207617 MIR3074 mir-3074 microRNA 3074 ncRNA 1.065 nan 4.518 0.964 0.572 0.468 1.697 0.114 0.421 0.304 0.261 0.487 0.145 0.075 0.311 0.537 0.270 0.022 0.953 0.403 0.228 0.043 0.195 0.106 0.196 0.455 0.264 0.107 0.177 0.065 0.546 1.288 0.266 0.572 1.445 0.277 0.110 0.076 0.065 0.224 0.154 0.224 0.098 0.052 0.140 0.136 0.786 0.489 0.699 0.143 0.167 0.304 0.537 0.925 0.149 0.196 0.244 0.679 0.219 0.141 0.230 0.298 0.131 0.192 0.423 0.112 0.088 0.250 0.303 0.882 nan 0.897 0.931 0.270 0.141 0.223 0.181 0.375 0.577 1.013 1.349 1.000 1.094 0.266 0.501 0.432 0.635 0.315 0.436 0.682 0.523 1116 chr1 214562005 214670199 + 0 NA intron (NM_005401, intron 3 of 18) intron (NM_005401, intron 3 of 18) 108922 NM_005401 5784 Hs.193557 NM_005401 ENSG00000152104 PTPN14 CATLPH|PEZ|PTP36 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14 protein-coding 1.328 1.278 1.446 0.658 0.185 0.022 1.115 0.226 0.493 0.590 0.742 1.006 0.267 0.099 0.115 0.251 1.077 0.208 0.744 0.378 1.897 0.033 0.145 0.189 0.214 0.710 0.338 0.209 0.528 0.797 0.279 0.699 0.404 nan 0.542 1.999 0.043 2.466 0.165 0.363 0.131 0.376 0.220 0.138 0.676 0.379 0.367 1.405 0.199 0.412 0.436 0.237 0.251 0.728 0.503 0.214 0.424 0.362 0.165 0.091 0.306 0.726 0.159 0.623 0.824 2.801 2.699 0.934 0.744 2.017 3.990 0.475 0.600 nan 0.122 1.698 1.869 1.235 nan 0.489 0.559 1.627 1.413 0.186 0.305 0.239 0.321 1.069 2.731 0.717 0.657 10501 chr7 92435997 92470327 + 0 NA intron (NM_001259, intron 2 of 7) AluJo|SINE|Alu 10102 NM_001259 1021 Hs.119882 NM_001259 ENSG00000105810 CDK6 MCPH12|PLSTIRE cyclin dependent kinase 6 protein-coding nan 0.822 nan 1.864 0.424 0.018 1.412 0.411 0.611 0.785 1.361 1.868 0.486 0.201 0.153 0.391 1.075 0.136 1.180 0.481 1.662 0.958 0.252 0.195 0.052 0.338 0.251 0.226 1.238 0.555 0.410 0.599 1.487 0.638 0.732 1.678 0.182 4.759 0.226 0.960 0.153 2.623 0.770 0.397 0.870 0.658 1.006 2.043 1.236 2.870 2.003 0.767 0.391 1.122 0.277 0.052 1.128 0.860 0.110 0.776 0.314 0.730 0.870 0.425 2.056 1.827 1.473 0.551 0.481 0.791 1.377 0.242 0.301 1.214 0.288 7.128 7.111 1.120 1.425 0.727 0.671 2.053 1.828 0.801 1.681 0.893 1.362 0.988 nan 0.956 0.845 10310 chr7 37039064 37051866 + 0 NA intron (NR_104120, intron 2 of 2) intron (NR_104120, intron 2 of 2) 8064 NR_104120 100861514 Hs.627775 NR_104120 ENSG00000224101 ELMO1-AS1 - ELMO1 antisense RNA 1 ncRNA 2.467 0.902 2.487 0.057 0.158 0.022 0.056 0.200 0.230 0.007 0.086 0.064 0.015 0.088 0.172 0.437 0.113 0.161 0.021 0.010 0.022 0.147 0.247 0.810 0.102 0.034 0.011 0.074 0.113 0.164 0.200 0.390 0.011 0.094 0.044 0.034 0.153 0.018 0.354 0.089 0.014 0.051 0.059 0.106 0.179 0.138 0.084 0.086 0.041 0.437 0.072 0.142 0.810 0.060 0.084 0.880 0.105 0.294 0.025 2.409 0.193 0.042 0.013 0.020 6.361 5.850 3.556 2.111 0.560 nan 0.705 0.289 3.534 3.437 3.152 nan nan nan 1.843 1.812 2.345 3.856 0.420 0.299 0.273 nan 0.795 0.652 4413 chr16 67412117 67441389 + 0 NA intron (NM_015964, intron 1 of 3) intron (NM_015964, intron 1 of 3) 685 NM_015964 51673 Hs.534458 NM_015964 ENSG00000159713 TPPP3 CGI-38|TPPP/p20|p20|p25gamma tubulin polymerization promoting protein family member 3 protein-coding nan nan 2.340 0.219 1.234 1.377 0.365 0.767 1.658 0.140 0.413 0.352 0.055 0.164 3.260 1.528 0.116 0.039 0.876 0.452 0.086 0.052 0.826 0.336 2.822 0.230 0.128 0.111 0.330 0.205 0.224 0.851 0.600 1.681 0.707 0.220 0.245 0.100 0.067 0.028 0.962 0.161 0.088 0.040 0.089 0.331 0.311 0.134 0.311 0.229 0.054 1.132 1.528 2.074 0.029 2.822 0.263 1.454 0.639 0.204 0.403 0.108 0.521 0.287 0.026 0.031 1.064 1.554 0.285 0.621 2.328 2.458 2.153 1.103 1.863 1.948 0.758 nan 1.683 3.277 1.498 1.640 0.509 0.931 1.227 0.874 1.094 1.582 2.117 1.225 5231 chr18 29670088 29675175 + 0 NA promoter-TSS (NM_001191324) promoter-TSS (NM_001191324) 62 NM_001191324 51444 Hs.302408 NM_016271 ENSG00000134758 RNF138 HSD-4|NARF|STRIN|hNARF ring finger protein 138 protein-coding 4.801 4.347 5.627 3.271 5.945 3.871 2.082 2.868 5.927 0.867 3.700 2.533 2.310 2.373 4.331 9.767 1.760 0.348 1.519 0.223 0.933 3.082 2.773 0.991 5.195 1.250 1.475 2.398 1.979 0.972 3.496 3.885 2.224 10.216 0.691 2.244 2.068 2.114 0.103 0.904 4.304 4.726 5.035 2.411 1.982 1.012 1.741 2.475 2.368 3.566 2.266 2.142 9.767 2.698 1.037 5.195 1.247 0.468 1.601 5.298 3.106 2.082 1.122 2.050 1.166 1.947 1.411 7.621 7.029 6.918 nan 12.958 10.861 13.558 9.770 8.814 9.482 2.704 3.714 11.626 16.469 7.465 8.308 1.994 4.028 10.279 9.302 7.298 6.011 6.780 4.267 1725 chr10 134197032 134267406 + 0 NA TTS (NM_138499) TTS (NM_138499) 21517 NM_001098637 170394 Hs.527751 NM_138499 ENSG00000171813 PWWP2B PWWP2|bA432J24.1|pp8607 PWWP domain containing 2B protein-coding 0.885 1.660 2.088 0.548 1.176 2.151 1.689 0.785 1.508 1.067 1.758 0.593 0.820 0.298 1.826 0.493 0.095 0.041 2.248 0.921 0.229 0.256 0.185 0.135 1.555 0.572 0.503 0.458 1.359 0.480 2.169 4.544 1.625 3.931 0.543 1.894 0.160 0.271 0.062 0.338 0.728 0.859 0.290 0.182 0.351 0.541 0.886 0.133 2.262 1.080 0.958 1.944 0.493 3.393 0.508 1.555 1.290 1.987 0.228 0.781 0.852 0.784 0.782 0.319 0.083 0.069 0.035 1.374 2.779 0.555 1.141 0.721 0.589 1.015 0.338 0.474 0.510 0.205 0.375 4.260 4.608 0.702 0.713 0.709 1.116 0.765 0.669 0.569 1.091 0.764 0.475 4965 chr17 71690137 71707143 + 0 NA Intergenic Tigger1|DNA|TcMar-Tigger -35353 NM_001278587 100134391 Hs.694655 NM_001278587 LOC100134391 - uncharacterized LOC100134391 protein-coding 0.966 1.115 1.198 0.038 0.339 0.292 0.055 0.859 1.448 0.055 0.048 0.005 0.098 0.555 1.725 0.120 0.028 0.068 0.023 0.019 0.008 0.666 0.363 0.963 0.012 0.017 0.017 0.066 0.127 0.212 0.066 2.380 0.026 0.060 0.033 0.051 0.111 0.014 0.087 0.104 0.028 0.014 0.038 0.045 0.028 0.136 0.175 0.025 0.024 0.066 1.725 0.046 0.038 0.963 0.015 0.048 0.034 0.038 1.675 0.041 0.111 0.094 0.040 0.027 0.006 0.823 0.832 0.310 0.299 1.748 1.931 1.406 0.484 0.139 0.138 nan 0.556 1.808 1.656 0.728 0.365 0.283 0.454 0.435 0.400 0.292 0.528 nan 1.880 6978 chr20 40598088 40610064 + 0 NA Intergenic Intergenic -356943 NM_032221 84181 Hs.740645 NM_032221 ENSG00000124177 CHD6 CHD-6|CHD5|RIGB chromodomain helicase DNA binding protein 6 protein-coding nan nan 0.880 0.113 0.066 0.260 0.110 0.093 0.208 0.008 0.071 0.053 0.171 0.025 0.112 0.194 0.068 0.053 0.133 0.047 0.026 0.023 0.135 0.078 0.110 0.121 0.019 0.153 0.158 0.107 0.329 0.254 0.366 0.061 0.081 0.039 0.045 0.090 0.030 0.094 0.144 0.040 0.013 0.165 0.381 0.080 0.194 0.102 0.071 0.045 0.049 0.194 0.253 0.039 0.078 0.041 0.070 0.008 0.077 0.055 0.086 0.074 3.755 0.051 0.024 0.026 0.550 0.384 0.150 0.234 0.136 0.220 nan 0.075 0.155 0.166 0.207 0.402 0.247 0.370 nan 1.200 0.232 0.385 0.081 0.081 1.603 4.571 0.258 0.376 2379 chr11 132100455 132115607 + 0 NA intron (NM_001048209, intron 4 of 7) intron (NM_001048209, intron 4 of 7) -46165 NR_046820 100874281 NR_046820 NTM-IT NTM-IT3 NTM intronic transcript ncRNA 0.464 nan 0.626 0.038 0.748 0.168 0.033 0.541 0.874 0.012 0.077 0.055 0.012 0.040 0.323 0.551 0.034 0.032 0.028 0.004 0.009 1.188 1.126 1.363 0.009 0.023 0.026 0.021 0.026 0.032 0.047 nan 0.057 0.039 0.326 0.050 0.078 0.094 0.167 0.009 0.021 0.043 0.036 0.057 0.108 0.027 0.058 0.010 0.053 0.551 0.056 0.025 1.363 0.040 0.038 0.027 0.047 0.016 0.052 0.106 0.035 0.008 0.003 0.477 0.430 0.123 0.181 2.293 2.598 1.379 0.596 0.217 0.193 0.162 0.263 0.975 1.679 0.268 0.129 0.186 0.299 1.581 1.396 0.133 0.152 3.197 1.475 727 chr1 153000231 153017298 + 0 NA Intergenic L1PA16|LINE|L1 4830 NM_006945 6703 Hs.505327 NM_006945 ENSG00000163216 SPRR2D - small proline rich protein 2D protein-coding nan nan 0.872 0.206 0.073 0.964 0.195 0.094 0.220 0.095 0.082 0.136 0.007 0.058 2.461 0.341 0.120 0.113 0.053 0.022 0.033 0.016 0.175 0.141 0.042 0.016 0.021 0.009 0.451 0.043 3.006 8.473 0.204 0.955 0.017 0.150 0.017 0.050 0.123 0.332 0.060 0.091 0.021 0.005 1.904 0.291 0.156 0.118 0.052 0.029 0.073 0.208 0.341 0.105 0.060 0.042 0.201 0.126 0.023 0.116 0.065 0.083 0.122 0.225 0.013 0.013 0.006 0.393 0.233 0.222 0.312 0.273 nan 0.210 0.093 0.140 0.119 0.333 0.461 0.152 0.208 0.234 0.083 0.334 0.295 0.096 0.103 0.316 0.560 0.201 0.352 9147 chr5 123381159 123398386 + 0 NA Intergenic Intergenic 384441 NR_125774 103724389 Hs.582211 NR_125774 LINC01170 - long intergenic non-protein coding RNA 1170 ncRNA nan 1.186 0.858 0.071 0.214 0.225 0.095 0.771 1.007 0.022 0.082 1.164 0.039 0.034 0.135 0.193 0.429 0.121 0.037 0.044 0.029 0.465 0.201 0.244 0.280 0.104 0.055 0.079 0.006 0.173 0.883 0.279 1.189 0.060 0.078 0.182 0.176 0.146 0.041 0.087 0.059 0.021 0.005 0.077 0.053 0.128 0.117 0.036 0.185 0.110 0.166 0.193 0.061 0.011 0.280 0.057 0.105 0.040 0.026 0.123 0.051 0.213 0.259 0.066 0.021 0.018 0.373 0.296 2.311 6.087 0.382 0.494 1.551 0.407 0.417 0.385 0.285 0.591 0.691 0.450 0.575 0.358 0.107 0.429 0.737 0.641 0.511 1.166 0.542 0.376 5827 chr19 57789608 57793985 + 0 NA promoter-TSS (NM_006635) promoter-TSS (NM_006635) -57 NM_006635 10794 Hs.99971 NM_006635 ENSG00000197714 ZNF460 HZF8|ZNF272 zinc finger protein 460 protein-coding 6.266 4.500 4.062 5.094 4.568 4.215 2.531 5.169 8.662 1.927 4.637 4.138 1.610 1.900 5.080 4.893 2.386 0.147 2.484 1.182 3.162 1.618 3.012 1.236 4.342 1.570 2.031 2.344 4.027 1.460 4.962 6.001 4.851 7.603 1.790 2.440 0.946 4.931 0.141 2.510 3.349 5.372 2.370 1.143 7.528 3.126 5.466 2.678 4.228 3.042 3.547 1.406 4.893 4.807 2.662 4.342 2.352 1.754 1.910 3.193 2.785 3.783 1.671 2.203 1.750 2.302 1.439 9.551 8.298 6.839 10.052 7.321 7.527 10.649 6.911 10.957 11.860 3.690 4.773 8.192 14.223 9.867 9.948 5.049 6.335 6.806 8.367 5.606 6.145 6.011 3.419 11924 chrX 20270277 20285740 + 0 NA intron (NM_004586, intron 1 of 21) intron (NM_004586, intron 1 of 21) 6742 NM_004586 6197 Hs.445387 NM_004586 ENSG00000177189 RPS6KA3 CLS|HU-3|ISPK-1|MAPKAPK1B|MRX19|RSK|RSK2|S6K-alpha3|p90-RSK2|pp90RSK2 ribosomal protein S6 kinase A3 protein-coding 1.394 1.941 0.864 0.319 1.144 0.407 0.328 0.422 0.965 0.223 0.714 1.173 0.153 0.767 0.709 0.517 0.734 0.101 1.769 0.422 0.094 0.116 0.582 0.378 0.656 0.669 0.804 0.375 1.153 0.340 0.543 1.200 0.865 6.941 0.406 0.600 0.129 0.322 0.082 0.249 0.774 1.104 0.712 0.449 0.557 0.712 0.950 0.302 1.180 1.067 0.492 0.619 0.517 1.700 0.733 0.656 0.287 0.437 0.084 0.585 0.512 1.051 0.085 0.335 0.234 0.179 0.108 0.424 0.528 0.879 1.147 1.842 1.512 1.947 0.895 1.132 1.179 0.969 1.279 1.479 2.357 1.130 0.932 0.336 0.588 0.512 0.595 1.119 1.442 0.867 0.373 10483 chr7 85211343 85228463 + 0 NA Intergenic Intergenic 169465 NR_134240 105375380 Hs.679608 NR_134240 ENSG00000225128 LINC00972 - long intergenic non-protein coding RNA 972 ncRNA 0.846 0.681 0.814 0.075 0.143 0.046 0.025 0.056 0.178 0.597 0.045 0.082 4.750 0.065 0.073 0.097 0.493 0.170 0.068 0.206 0.138 0.101 0.142 0.070 0.008 0.004 0.104 0.099 0.025 0.123 0.297 0.358 0.182 0.025 0.080 0.022 0.279 0.170 0.007 0.021 0.048 0.011 0.032 0.014 0.060 0.041 0.019 0.067 0.023 0.043 0.097 0.016 0.038 0.070 0.093 0.049 0.011 0.072 0.077 0.023 0.190 0.143 0.031 0.010 0.012 0.577 0.442 0.828 0.878 0.153 0.252 0.177 0.081 0.310 0.265 0.809 0.842 0.299 0.329 0.475 0.251 0.256 0.419 0.126 0.167 0.458 nan 0.481 0.463 8196 chr3 196594020 196603874 + 0 NA intron (NM_152699, intron 1 of 9) intron (NM_152699, intron 1 of 9) 4220 NM_152699 205564 Hs.240770 NM_152699 ENSG00000119231 SENP5 - SUMO specific peptidase 5 protein-coding nan 1.807 1.330 0.977 1.760 0.831 0.759 0.962 1.503 0.420 0.777 0.524 3.788 0.377 0.793 0.651 1.047 0.227 0.740 0.229 0.389 0.324 0.662 0.652 0.929 0.886 0.753 0.650 1.046 0.331 1.581 nan 0.545 nan 0.207 0.453 0.096 0.840 0.111 0.191 0.581 1.122 0.881 0.682 0.332 0.320 0.952 0.614 0.644 1.921 0.303 0.638 0.651 1.730 0.821 0.929 0.288 0.399 0.217 1.095 0.187 0.550 0.360 0.541 0.303 0.240 0.113 1.522 1.473 1.820 2.635 2.159 2.203 2.199 1.000 4.423 4.514 1.619 2.160 2.680 3.433 2.557 2.578 1.084 1.815 1.038 1.110 1.640 2.032 1.077 0.741 4600 chr17 12658549 12672296 + 0 NA non-coding (NR_104607, exon 2 of 2) non-coding (NR_104607, exon 2 of 2) -27407 NM_001321166 9912 Hs.499758 NM_014859 ENSG00000006740 ARHGAP44 NPC-A-10|RICH2 Rho GTPase activating protein 44 protein-coding 0.619 0.414 0.458 0.016 1.369 0.024 0.031 1.858 4.547 0.007 0.068 0.034 0.027 0.022 0.020 0.066 0.043 0.058 0.046 0.042 0.018 0.020 0.058 0.052 0.095 0.005 0.016 0.021 0.040 0.075 0.085 0.071 0.257 0.011 0.054 0.025 0.045 0.017 0.006 0.167 0.040 0.040 0.055 0.061 0.045 0.110 0.113 0.042 0.011 0.068 0.066 0.042 0.060 0.095 0.062 0.062 0.007 0.081 0.030 0.035 0.021 0.030 0.011 0.029 0.008 0.437 0.398 0.187 nan 0.850 0.840 0.101 0.071 0.122 0.084 0.091 0.178 0.165 0.145 nan 0.549 0.074 0.087 0.045 0.036 0.153 0.212 0.100 0.131 2619 chr12 40007222 40015899 + 0 NA intron (NM_005164, intron 1 of 9) intron (NM_005164, intron 1 of 9) 2283 NM_005164 225 Hs.117852 NM_005164 ENSG00000173208 ABCD2 ABC39|ALDL1|ALDR|ALDRP|hALDR ATP binding cassette subfamily D member 2 protein-coding 0.929 nan 0.618 0.159 0.050 0.138 0.242 0.218 0.348 0.192 0.099 0.023 0.308 0.221 0.761 0.113 0.146 0.131 1.531 0.879 0.251 0.314 0.069 0.103 0.025 0.623 0.149 0.121 0.203 0.214 0.344 2.949 0.151 0.101 0.460 0.064 0.176 0.101 0.381 0.147 0.099 0.050 0.018 0.233 0.470 0.238 2.375 0.110 0.093 0.221 0.204 0.107 0.069 0.084 0.067 0.057 0.423 0.211 0.105 0.025 0.101 0.157 0.106 0.099 0.466 0.440 0.437 0.551 0.409 0.633 0.327 0.091 0.495 0.504 5.534 5.500 0.398 0.364 7.608 8.053 0.133 0.308 0.033 0.081 0.272 0.551 0.727 0.628 10208 chr7 18392000 18399147 + 0 NA intron (NM_001321896, intron 1 of 12) L1MB8|LINE|L1 65858 NM_001321896 9734 Hs.196054 NM_014707 ENSG00000048052 HDAC9 HD7|HD7b|HD9|HDAC|HDAC7|HDAC7B|HDAC9B|HDAC9FL|HDRP|MITR histone deacetylase 9 protein-coding nan 1.468 nan 1.554 0.165 0.156 0.138 0.237 0.384 0.347 0.165 1.175 0.042 0.424 0.285 0.996 0.112 0.162 0.186 2.482 0.354 0.539 0.498 0.131 0.135 0.051 0.082 0.353 0.117 0.286 1.186 0.786 0.830 0.350 0.245 0.201 1.187 0.162 0.083 0.140 0.154 0.025 0.033 0.138 0.099 0.335 0.395 0.908 0.119 1.101 0.103 0.285 0.040 0.103 0.131 0.120 0.662 0.066 0.497 0.417 0.211 0.071 0.154 0.138 0.032 0.014 nan 0.302 8.137 9.670 0.635 0.865 1.218 0.373 0.377 0.469 1.752 2.410 0.436 0.483 0.557 0.191 0.130 0.317 0.826 1.139 0.349 1.133 2.025 0.729 10092 chr6 170054155 170071115 + 0 NA intron (NM_001350623, intron 3 of 20) CpG 39524 NM_001350624 253769 Hs.131903 NM_182552 ENSG00000184465 WDR27 - WD repeat domain 27 protein-coding nan nan nan 0.072 2.253 1.360 0.164 0.611 1.191 0.050 0.362 0.153 0.132 1.739 0.279 0.139 0.047 0.158 0.056 0.033 0.025 0.232 0.122 2.384 0.164 0.055 0.039 0.145 0.031 0.152 0.314 0.064 0.903 0.034 0.096 0.062 0.275 0.112 0.189 1.364 0.150 0.092 0.041 0.064 0.060 0.057 0.133 0.120 0.498 0.048 0.051 0.279 0.088 0.098 2.384 0.007 0.078 0.108 0.048 0.048 0.183 0.205 0.065 0.031 0.130 0.135 0.712 1.356 0.393 0.466 nan 4.577 nan 1.096 0.329 0.305 0.183 0.317 nan 2.465 nan 0.279 0.656 0.743 0.271 0.343 0.260 0.412 0.764 0.509 4858 chr17 49193264 49206122 + 0 NA Intergenic Intergenic -1467 NM_003971 9043 Hs.463439 NM_003971 ENSG00000008294 SPAG9 CT89|HLC-6|HLC4|HLC6|JIP-4|JIP4|JLP|PHET|PIG6 sperm associated antigen 9 protein-coding 3.066 2.001 nan 2.575 2.142 0.685 3.272 1.220 2.510 0.663 2.183 1.408 3.587 0.605 1.333 1.016 2.248 0.369 2.693 1.151 1.495 0.355 1.354 0.357 1.400 2.168 1.830 0.876 2.032 1.287 2.516 nan 2.187 2.454 0.792 2.315 0.282 1.064 0.126 0.983 1.162 3.175 1.195 0.607 1.589 1.402 1.878 3.400 3.111 3.098 3.029 1.677 1.016 5.028 2.099 1.400 0.621 1.434 0.648 2.447 0.900 1.587 0.787 0.825 0.670 1.130 1.024 2.007 2.005 1.751 2.510 2.678 nan 3.231 1.327 5.207 5.430 1.545 1.895 2.984 nan 3.322 2.997 1.540 2.304 1.506 2.053 2.230 2.753 1.466 0.757 2834 chr12 85231537 85244268 + 0 NA Intergenic Tigger1|DNA|TcMar-Tigger 68706 NM_018057 55117 Hs.44424 NM_018057 ENSG00000072041 SLC6A15 NTT73|SBAT1|V7-3|hv7-3 solute carrier family 6 member 15 protein-coding 0.790 0.836 0.922 0.113 0.104 0.018 0.028 0.145 0.252 0.006 0.069 0.036 0.019 0.047 0.069 0.170 0.213 0.113 0.125 0.015 0.020 0.109 0.123 0.183 0.132 0.011 0.006 0.053 0.008 0.044 0.038 0.113 0.265 0.046 0.059 0.076 0.042 0.119 0.018 0.086 0.086 0.019 0.018 0.009 0.018 0.072 0.094 0.026 0.045 0.013 0.020 0.170 0.050 0.007 0.132 0.019 0.039 0.138 0.054 0.031 0.019 0.171 0.029 0.006 0.018 0.333 0.239 0.201 0.229 0.651 1.027 0.414 0.197 0.234 0.254 6.904 7.081 0.422 0.403 1.602 1.296 0.118 0.228 0.464 0.425 0.234 0.369 1.001 0.769 6720 chr2 234144379 234163573 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -6241 NM_001190266 55054 Hs.529322 NM_017974 ENSG00000085978 ATG16L1 APG16L|ATG16A|ATG16L|IBD10|WDR30 autophagy related 16 like 1 protein-coding 0.833 nan 1.008 1.166 0.348 0.153 7.157 0.264 0.485 0.425 0.851 0.309 0.049 0.058 0.148 0.908 0.137 0.075 2.109 1.497 0.593 0.151 0.204 0.201 0.405 2.458 1.836 0.256 2.243 1.690 1.066 3.034 1.088 1.238 2.319 0.490 0.045 0.287 0.119 1.452 0.108 1.559 0.367 0.231 1.585 1.687 3.322 0.395 1.041 0.445 0.205 1.165 0.908 1.906 1.747 0.405 0.345 0.696 0.076 0.892 0.228 1.324 0.118 0.161 2.196 0.192 0.152 0.903 0.827 0.850 1.372 0.640 0.533 0.505 0.193 1.008 1.077 0.580 0.805 1.031 nan 0.708 0.527 0.581 0.690 0.235 0.253 0.598 0.732 0.275 0.212 10696 chr7 139022627 139028261 + 0 NA promoter-TSS (NM_197964) promoter-TSS (NM_197964) 248 NR_073059 154791 Hs.718441 NM_197964 ENSG00000164898 FMC1 C7orf55|HSPC268 formation of mitochondrial complex V assembly factor 1 homolog protein-coding 6.415 nan nan 3.217 5.009 4.016 2.290 3.441 6.952 1.114 3.399 2.773 2.181 1.800 6.072 3.892 2.580 0.371 3.393 1.663 2.812 2.161 2.912 1.565 5.840 2.665 3.494 1.899 4.599 1.255 3.824 5.217 5.280 8.632 1.089 4.396 1.263 6.199 0.237 1.633 2.399 5.494 2.844 1.079 2.196 2.532 3.598 4.396 3.835 4.669 3.195 2.926 3.892 5.956 4.065 5.840 0.866 2.454 1.306 6.231 2.360 4.242 4.091 3.297 2.087 3.015 2.102 8.681 8.796 6.357 8.789 9.261 8.739 nan 6.173 24.906 26.977 4.337 nan 6.102 9.486 nan 10.564 6.384 9.174 7.404 8.465 8.941 13.061 5.991 nan 1127 chr1 218503480 218572841 + 0 NA intron (NM_001135599, intron 2 of 7) intron (NM_001135599, intron 2 of 7) -19140 NR_046268 728463 Hs.568469 NR_046268 ENSG00000232480 TGFB2-AS1 - TGFB2 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 1.654 1.119 1.437 1.739 1.642 0.039 1.609 0.649 1.420 0.484 2.145 1.827 0.178 0.231 0.116 0.621 1.063 0.246 0.543 0.263 2.191 0.722 0.519 0.310 0.200 1.842 1.548 0.344 0.962 0.917 0.130 0.317 0.524 nan 0.567 2.881 0.417 0.128 0.112 0.482 0.200 1.388 0.128 0.096 0.993 0.498 1.215 0.847 1.355 0.407 0.274 0.875 0.621 0.645 1.982 0.200 0.122 0.632 0.112 0.661 0.429 1.354 0.048 0.300 0.984 1.047 0.935 0.570 0.653 0.998 3.558 0.864 0.874 nan 0.499 0.523 0.499 0.343 nan 2.138 1.615 0.779 0.590 0.129 0.198 1.638 2.056 0.560 1.108 0.959 0.662 4237 chr16 12038990 12045432 + 0 NA intron (NM_001355514, intron 3 of 8) L1MC5|LINE|L1 16084 NM_001355514 729978 Hs.730028 NM_001355514 ENSG00000234719 NPIPB2 - nuclear pore complex interacting protein family, member B2 protein-coding 0.791 0.547 nan 0.109 0.273 0.034 0.231 0.173 0.376 0.197 0.221 0.119 8.700 0.077 0.083 0.212 0.127 0.125 0.132 0.128 0.059 0.015 0.227 0.079 0.206 0.194 0.090 0.125 0.062 0.066 0.124 0.378 0.112 0.298 0.023 0.116 0.015 0.117 0.078 0.036 0.123 0.152 0.059 0.048 0.034 0.071 0.197 0.124 0.177 0.077 0.085 0.175 0.212 0.100 0.122 0.206 0.038 0.051 0.058 0.081 0.031 0.171 0.119 0.057 0.018 0.008 0.550 0.382 0.117 0.228 0.312 0.348 0.729 0.252 0.502 0.448 0.320 0.610 0.335 0.311 nan 0.201 0.175 0.413 0.103 0.219 0.326 0.595 0.518 0.682 10018 chr6 151356455 151394765 + 0 NA intron (NM_001350492, intron 26 of 27) intron (NM_001350492, intron 26 of 27) 47466 NM_001350490 25902 Hs.591343 NM_015440 ENSG00000120254 MTHFD1L FTHFSDC1|MTC1THFS|dJ292B18.2 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 1 like protein-coding nan 1.195 0.890 1.339 0.275 0.113 2.545 0.226 0.416 0.241 0.548 2.158 0.315 0.259 0.126 0.899 0.959 0.189 1.559 0.935 4.833 0.029 0.151 0.145 0.172 1.511 1.170 1.578 0.905 0.521 1.380 nan 0.279 0.612 0.924 0.552 0.123 0.134 0.128 0.622 0.127 2.352 1.717 0.774 1.021 1.120 1.007 0.988 2.465 2.976 0.107 1.030 0.899 1.127 1.342 0.172 0.863 1.633 0.130 7.886 0.132 0.847 0.100 0.159 0.512 3.989 4.427 0.399 0.427 0.476 0.758 0.431 nan 1.856 0.819 0.423 0.428 0.141 0.283 0.242 0.386 0.541 0.376 0.182 0.333 0.485 0.954 0.397 nan 0.360 0.352 4415 chr16 67875020 67882626 + 0 NA TTS (NM_020457) TTS (NM_020457) -1812 NM_005796 10204 Hs.356630 NM_005796 ENSG00000102898 NUTF2 NTF-2|NTF2|PP15 nuclear transport factor 2 protein-coding nan nan 3.395 3.745 5.198 2.231 2.079 2.617 4.735 2.590 5.676 3.055 0.709 2.616 2.918 3.756 1.701 0.420 4.357 1.374 10.087 2.805 1.373 0.522 5.592 2.902 3.856 3.674 2.736 0.680 2.126 3.548 3.032 6.197 2.055 5.523 0.452 3.457 0.104 1.721 1.696 7.304 6.295 3.450 1.492 1.624 3.236 3.220 5.080 5.727 2.535 3.936 3.756 4.751 4.289 5.592 0.672 3.127 1.147 5.756 3.169 2.492 1.001 1.727 2.094 2.062 1.143 3.617 3.844 2.153 3.766 4.847 4.431 4.338 1.964 6.418 6.716 2.358 nan 4.337 7.832 5.021 5.236 1.605 3.281 1.705 1.962 3.679 5.029 2.694 1.311 4850 chr17 48679217 48690407 + 0 NA intron (NM_001256330, intron 24 of 34) AluJr|SINE|Alu -27406 NM_001144070 8714 Hs.463421 NM_003786 ENSG00000108846 ABCC3 ABC31|EST90757|MLP2|MOAT-D|MRP3|cMOAT2 ATP binding cassette subfamily C member 3 protein-coding 0.963 0.695 nan 0.102 0.539 1.760 0.189 0.257 0.595 0.043 0.300 0.213 0.049 0.045 0.867 0.584 0.121 0.101 0.132 0.067 0.057 0.062 0.378 0.214 0.821 0.140 0.039 0.096 0.106 0.038 0.172 nan 0.127 1.329 0.039 0.159 0.095 0.136 0.090 0.064 0.135 0.149 0.054 0.035 0.016 0.088 0.060 0.268 0.386 0.107 0.064 0.119 0.584 0.127 0.058 0.821 0.079 0.089 0.277 0.265 0.216 0.091 0.053 0.110 0.106 0.005 0.772 0.798 0.401 0.347 9.975 nan 1.667 0.660 0.600 0.663 0.308 0.614 1.291 nan 2.379 2.554 0.306 0.385 0.295 0.264 0.826 1.281 1.293 0.901 9946 chr6 136424961 136437612 + 0 NA intron (NM_018945, intron 3 of 12) intron (NM_018945, intron 3 of 12) -37321 NR_149042 644135 Hs.126980 NR_149042 ENSG00000237596 LOC644135 - uncharacterized LOC644135 ncRNA 1.461 1.350 1.256 0.057 0.759 0.194 0.033 2.311 4.336 0.026 0.181 0.149 0.039 0.024 0.817 1.588 0.207 0.038 0.066 0.015 0.011 0.807 0.397 0.979 0.017 0.046 0.037 0.231 2.391 0.961 2.236 0.081 0.549 1.142 0.034 0.091 0.028 0.158 0.108 0.048 0.037 0.051 0.030 0.140 0.079 0.187 0.136 0.019 0.062 1.588 0.051 0.015 0.979 0.087 0.032 0.046 0.119 0.218 0.082 0.047 0.293 0.098 0.018 0.004 0.452 0.525 0.274 0.625 0.814 0.814 nan 1.487 0.205 0.276 0.671 0.800 1.019 1.204 0.553 0.296 0.170 0.205 4.129 3.625 0.805 nan 2.179 1.263 2222 chr11 106257532 106273108 + 0 NA Intergenic LTR78|LTR|ERV1 143186 NR_120551 101928535 Hs.409078 NR_120551 ENSG00000254811 LOC101928535 - uncharacterized LOC101928535 ncRNA 0.544 0.672 0.636 0.904 0.139 0.021 3.943 0.041 0.168 1.464 0.594 2.100 0.008 0.006 0.067 0.111 0.115 0.020 1.581 1.046 0.097 0.018 0.070 0.095 0.062 0.181 0.088 0.194 2.056 1.665 0.063 0.185 0.099 0.229 3.809 0.120 0.012 0.048 0.112 1.821 0.045 2.864 0.077 0.068 2.149 1.039 0.546 7.899 0.078 0.283 0.061 0.056 0.111 0.563 1.453 0.062 0.134 0.153 0.337 0.033 2.842 0.032 0.187 2.089 0.614 0.528 1.588 0.742 0.199 0.596 0.212 0.275 0.169 0.061 0.261 0.323 0.242 0.382 0.264 0.235 0.344 0.134 0.127 0.315 0.084 0.190 0.387 1.180 0.196 0.312 1900 chr11 35235126 35261420 + 0 NA intron (NM_001001392, intron 3 of 3) intron (NM_001001392, intron 3 of 3) 63776 NR_145794 109623487 NR_145794 SNORD164 - small nucleolar RNA, C/D box 164 snoRNA 0.770 1.409 nan 0.628 0.344 0.201 0.843 0.108 0.217 0.120 0.693 0.481 0.064 0.050 0.278 1.622 0.272 0.129 0.435 0.436 0.158 0.005 0.148 0.171 0.087 0.719 0.430 0.081 0.645 0.165 0.402 0.619 0.735 0.792 0.344 0.080 0.127 0.038 0.118 0.296 0.063 0.258 0.075 0.104 0.240 0.168 0.736 0.585 0.434 0.415 0.801 0.226 1.622 0.153 0.455 0.087 0.207 0.173 0.030 0.197 0.027 0.457 0.030 0.089 0.728 0.344 0.445 0.486 0.214 1.271 3.878 0.365 0.418 0.411 0.163 0.285 0.272 0.502 0.758 0.234 0.235 0.438 0.266 0.180 0.263 0.420 0.417 0.361 nan 0.641 0.528 5915 chr2 12487036 12497039 + 0 NA intron (NR_110196, intron 4 of 5) intron (NR_110196, intron 4 of 5) 152781 NR_037452 100500884 NR_037452 ENSG00000264089 MIR3681 - microRNA 3681 ncRNA 0.762 0.854 0.864 0.036 2.127 0.244 0.080 0.218 0.278 0.029 0.124 0.155 0.007 0.841 1.394 0.127 0.154 0.097 0.077 0.053 0.031 0.026 0.451 0.352 3.142 0.037 0.014 0.007 0.040 0.032 0.307 1.468 0.401 0.835 0.257 0.049 0.021 0.135 0.059 0.079 0.258 0.024 0.008 0.051 0.045 0.279 0.091 0.033 0.014 0.161 0.117 0.127 0.029 0.054 3.142 0.049 0.099 0.069 0.064 4.742 0.140 0.010 0.086 0.113 0.035 0.010 0.805 0.637 0.190 0.248 1.317 1.253 0.139 0.060 0.121 0.114 0.222 0.524 9.595 nan 0.427 0.127 0.064 0.119 0.084 0.049 0.216 nan 2.973 1.621 6154 chr2 62515233 62537122 + 0 NA Intergenic MER91B|DNA|hAT-Tip100 83521 NM_001319075 10678 Hs.173203 NM_006577 ENSG00000170340 B3GNT2 3-Gn-T1|3-Gn-T2|B3GN-T2|B3GNT|B3GNT-2|B3GNT1|BETA3GNT|BGNT2|BGnT-2|beta-1|beta3Gn-T1|beta3Gn-T2 UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 protein-coding 1.283 1.707 nan 0.982 0.982 1.529 2.552 0.291 0.639 0.780 0.203 0.593 0.083 1.047 0.816 1.276 0.255 0.155 3.017 1.525 0.062 0.044 0.578 0.265 0.776 0.364 0.245 0.058 0.251 1.231 0.770 4.025 2.362 2.632 1.530 0.123 0.074 0.104 0.110 0.270 0.113 0.182 0.118 0.136 0.533 0.939 3.737 0.165 0.301 0.213 0.824 1.510 1.276 2.861 0.034 0.776 1.588 1.882 0.248 0.176 0.628 0.170 0.181 0.068 0.483 0.037 0.037 0.576 0.688 0.386 0.811 1.008 0.951 nan 0.854 0.873 0.918 0.444 0.781 5.945 4.962 0.417 0.324 0.420 0.476 0.522 0.446 0.429 0.965 1.826 1.252 7495 chr3 395054 402387 + 0 NA intron (NM_001253387, intron 10 of 26) L2a|LINE|L2 28758 NR_110739 101927193 Hs.677744 NR_110739 ENSG00000234661 CHL1-AS1 - CHL1 antisense RNA 1 ncRNA 0.393 0.848 0.505 0.101 0.071 1.211 0.213 0.087 0.149 0.032 0.033 0.042 1.630 0.110 0.060 0.066 0.144 0.122 0.034 0.214 0.023 0.081 0.006 1.758 0.411 0.339 1.965 0.360 11.220 0.299 0.088 0.015 0.069 0.114 0.064 0.013 0.163 0.072 0.028 0.047 0.211 0.030 0.086 0.100 0.110 0.130 0.012 0.081 0.303 0.079 0.014 0.024 0.069 0.044 0.061 0.033 0.008 0.021 0.284 0.146 0.516 0.581 0.298 0.566 0.410 0.236 0.295 0.218 0.100 0.157 0.318 0.264 0.401 0.205 0.194 0.262 0.029 0.055 0.170 0.230 0.392 0.326 3460 chr14 32669212 32676454 + 0 NA promoter-TSS (NR_125730).4 promoter-TSS (NR_125730).4 -358 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 6.163 2.208 2.832 1.163 5.445 1.395 1.389 1.596 3.268 0.474 1.315 2.148 4.120 1.159 1.955 3.164 4.735 0.268 2.118 1.174 2.013 2.927 1.275 0.892 2.957 1.184 1.117 0.460 2.520 1.006 12.588 12.656 2.448 7.226 1.576 1.507 0.342 1.650 0.186 0.833 3.407 2.278 1.332 0.603 1.348 0.923 0.866 1.089 2.911 2.183 2.156 0.871 3.164 2.172 2.740 2.957 0.728 0.769 0.981 2.439 2.545 1.862 0.560 1.771 1.105 0.509 0.360 1.781 2.964 1.615 2.595 6.948 7.242 4.851 3.044 4.859 5.259 3.435 4.214 4.482 7.231 11.553 11.634 2.747 3.565 4.308 3.813 5.042 5.180 3.241 2.535 954 chr1 185446337 185458882 + 0 NA Intergenic L1MC4a|LINE|L1 145011 NR_110793 101929093 Hs.535227 NR_110793 ENSG00000228309 LINC01350 GS1-204I12.1 long intergenic non-protein coding RNA 1350 ncRNA nan nan 1.526 0.104 2.076 0.120 0.311 0.562 1.077 0.171 0.223 0.624 0.281 0.008 0.822 5.639 0.376 0.254 0.471 0.243 0.136 0.055 0.342 0.262 1.479 0.687 0.306 0.158 0.160 0.126 0.313 0.964 0.180 2.281 0.234 1.341 0.158 1.243 0.075 0.132 2.608 0.154 0.034 0.019 0.192 0.055 0.099 0.572 0.240 0.102 0.182 0.270 5.639 0.398 0.103 1.479 0.360 0.073 0.613 0.203 0.284 0.678 0.421 0.084 0.046 0.021 1.517 2.231 0.815 2.051 4.280 nan 3.005 0.617 nan 0.685 1.849 1.954 0.924 0.721 3.103 2.459 2.003 3.180 0.657 0.816 1.263 nan 1.821 1.189 10404 chr7 68066517 68093220 + 0 NA Intergenic Intergenic 594628 NR_120514 102723427 Hs.583491 NR_120514 ENSG00000225209 LOC102723427 - uncharacterized LOC102723427 ncRNA nan nan nan 0.022 0.072 0.544 0.143 0.720 1.596 0.007 0.080 0.235 0.011 0.060 0.157 0.168 0.091 0.155 0.028 0.015 0.017 0.041 0.170 0.197 0.917 0.067 0.021 0.028 0.053 0.012 0.079 0.053 0.087 0.436 0.004 0.063 0.028 0.024 0.145 0.004 0.334 0.103 0.016 0.009 0.012 0.036 0.119 0.157 0.122 0.035 0.026 0.045 0.168 0.058 0.011 0.917 0.023 0.065 0.168 0.004 0.008 0.041 0.070 0.074 0.110 0.026 0.009 0.542 0.490 1.256 0.767 0.775 0.783 3.208 1.173 0.268 0.255 0.074 0.119 0.341 0.329 0.815 0.500 0.131 0.213 0.136 0.133 0.222 0.309 2.641 1.380 4524 chr16 89982777 89993329 + 0 NA promoter-TSS (NM_001197181) promoter-TSS (NM_001197181) -364 NM_001197181 10381 Hs.511743 NM_006086 ENSG00000258947 TUBB3 CDCBM|CDCBM1|CFEOM3|CFEOM3A|FEOM3|TUBB4|beta-4 tubulin beta 3 class III protein-coding nan 2.517 0.820 1.972 3.090 2.806 2.340 1.667 2.986 1.119 4.000 2.643 0.047 2.985 2.280 3.928 0.777 0.270 4.686 1.819 6.502 1.299 0.763 0.716 4.178 3.534 4.480 1.954 4.250 0.709 2.652 4.808 3.049 6.406 1.941 4.932 0.701 2.792 0.099 2.216 1.401 6.293 6.437 2.529 2.025 2.904 0.512 3.029 5.562 10.155 1.418 2.802 3.928 4.882 5.193 4.178 0.828 0.331 1.076 5.752 4.248 3.453 1.174 0.818 3.151 3.253 2.344 3.818 5.412 1.713 2.742 3.795 2.825 4.144 1.345 1.107 1.108 1.191 1.721 1.605 3.264 2.107 2.333 0.856 1.688 2.594 2.325 2.221 2.818 2.075 1.101 801 chr1 159141322 159159133 + 0 NA intron (NM_001346510, intron 1 of 8) intron (NM_001346510, intron 1 of 8) 8678 NM_001346510 57863 Hs.365689 NM_021189 ENSG00000162706 CADM3 BIgR|IGSF4B|NECL1|Necl-1|TSLL1|synCAM3 cell adhesion molecule 3 protein-coding nan nan 1.318 0.048 0.039 0.216 0.052 0.144 0.189 0.005 0.203 0.103 0.021 0.080 0.119 0.079 0.097 0.090 0.065 0.011 0.056 0.010 0.124 0.186 0.054 0.124 0.040 0.025 0.056 0.049 0.063 0.074 0.521 0.024 0.125 0.026 0.062 0.091 0.026 0.045 0.110 0.027 0.018 0.031 0.017 0.049 0.151 0.128 0.052 0.035 0.044 0.079 0.064 0.026 0.054 0.056 0.028 0.148 0.102 0.029 0.063 0.390 0.217 0.013 0.026 0.011 0.571 0.610 0.366 0.454 0.297 nan 0.166 0.095 0.054 0.068 4.012 4.653 0.717 0.951 2.105 2.026 0.790 1.153 0.089 0.090 0.685 1.439 0.669 0.589 5376 chr18 56511969 56538901 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -4397 NM_001318726 55205 Hs.529023 NM_018181 ENSG00000074657 ZNF532 - zinc finger protein 532 protein-coding nan 1.917 2.311 1.751 1.608 1.945 4.622 1.131 1.955 0.511 0.326 1.264 0.216 0.558 1.705 4.726 0.472 0.167 0.376 0.366 0.098 0.094 0.798 0.408 4.782 2.937 3.342 0.479 0.614 0.520 0.255 0.648 0.141 3.341 0.639 0.315 0.942 0.720 0.078 0.022 1.449 0.490 0.426 0.191 1.359 1.146 0.643 0.646 2.122 0.623 0.377 1.412 4.726 0.215 0.796 4.782 0.259 0.095 0.296 0.846 0.897 1.714 0.683 1.226 1.855 0.133 0.099 2.363 2.884 2.173 2.503 7.111 6.560 3.769 1.778 4.945 5.263 1.147 1.475 3.502 4.568 1.883 1.867 1.499 2.288 2.941 2.579 2.507 3.559 nan 2.077 10577 chr7 105277002 105296962 + 0 NA intron (NM_138495, intron 2 of 9) AluSx1|SINE|Alu 32627 NM_138495 222255 Hs.745056 NM_020725 ENSG00000146776 ATXN7L1 ATXN7L4 ataxin 7 like 1 protein-coding nan 1.765 2.684 0.136 0.544 3.075 0.915 0.217 0.520 0.048 0.234 0.350 0.025 0.102 1.783 1.558 0.273 0.146 0.185 0.142 0.155 0.042 0.667 0.409 1.756 0.341 0.155 0.059 0.219 0.085 0.169 0.518 0.330 1.700 0.087 0.871 0.119 0.179 0.144 0.118 0.267 0.203 0.030 0.028 0.159 0.112 0.328 0.276 0.408 0.103 0.346 0.395 1.558 0.302 0.770 1.756 0.294 0.381 0.386 0.152 0.208 0.474 1.771 0.454 0.053 0.020 0.026 3.763 4.660 0.436 0.843 1.656 1.521 3.910 0.774 0.528 0.508 1.254 1.665 1.468 2.369 1.063 0.884 1.717 2.992 1.166 2.826 1.348 nan 1.334 0.958 9527 chr6 26700797 26710664 + 0 NA Intergenic Intergenic -45750 NM_001242799 79692 Hs.126280 NM_024639 ENSG00000181315 ZNF322 HCG12|ZNF322A|ZNF388|ZNF489 zinc finger protein 322 protein-coding 1.408 1.360 nan 0.132 11.922 0.033 0.036 0.293 0.747 0.175 0.056 0.038 4.870 1.744 0.173 0.222 0.141 0.096 0.052 0.030 1.336 0.698 7.136 0.042 0.015 0.037 0.096 0.086 0.115 0.116 0.600 nan 0.067 0.206 0.106 0.078 0.252 0.024 0.008 0.204 0.037 0.031 0.077 0.038 0.206 0.133 0.239 0.122 0.079 0.053 0.173 0.170 0.104 7.136 0.088 0.118 0.041 0.172 4.714 0.044 0.100 0.114 0.047 0.035 0.026 0.717 0.281 0.282 nan 4.474 4.172 nan 0.912 0.484 0.444 0.322 0.509 15.910 13.031 0.441 0.200 0.249 0.415 0.378 0.285 0.259 0.788 3.417 1.894 10149 chr7 6534692 6545001 + 0 NA intron (NM_001145118, intron 20 of 21) AluSx3|SINE|Alu -15997 NM_006854 11014 Hs.654552 NM_006854 ENSG00000136240 KDELR2 ELP-1|ERD2.2 KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 2 protein-coding 1.520 1.756 7.631 1.709 1.216 1.452 0.226 1.068 1.447 0.185 0.440 0.096 0.366 0.698 1.652 0.213 0.117 0.157 0.864 0.167 0.234 0.121 1.108 0.413 1.413 0.285 0.150 0.228 1.678 0.199 1.756 nan 2.353 nan 0.200 0.153 0.203 0.697 0.134 0.092 0.734 0.806 0.175 0.129 0.454 0.651 1.060 0.186 0.805 0.759 0.177 0.503 0.213 0.885 0.484 1.413 0.544 0.386 0.450 0.812 0.542 0.245 0.333 0.119 0.133 0.061 0.024 1.951 3.035 0.792 nan 2.427 1.961 nan 1.272 4.129 4.423 0.493 0.689 nan 3.775 0.540 0.433 0.552 0.741 1.014 0.734 0.383 0.676 0.860 0.578 3151 chr13 48634299 48648215 + 0 NA Intergenic MER61-int|LTR|ERV1 -10016 NR_046511 100873965 Hs.616241 NR_046511 ENSG00000229111 MED4-AS1 MED4-AS MED4 antisense RNA 1 ncRNA 1.129 0.927 1.105 0.063 0.083 0.183 0.046 0.058 0.166 0.014 0.067 0.013 0.021 0.091 0.086 0.087 0.117 0.130 0.027 0.023 0.020 0.057 0.073 0.292 0.029 0.010 0.026 0.049 0.022 0.095 0.299 0.055 0.500 0.042 0.351 0.007 0.078 0.095 0.034 0.069 0.128 0.026 0.023 0.031 0.039 0.083 0.086 0.567 0.062 0.124 0.044 0.086 0.115 0.016 0.292 0.316 0.101 0.850 0.503 0.088 0.040 0.050 0.810 0.061 0.153 0.128 0.445 0.375 0.128 0.192 0.447 0.588 0.234 0.158 0.182 0.194 0.177 0.428 0.099 0.164 5.112 4.966 0.149 0.272 0.103 0.105 1.460 4.144 0.604 0.524 8165 chr3 193520505 193631194 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -14051 NR_146718 105374285 Hs.552531 NR_146718 LINC02038 - long intergenic non-protein coding RNA 2038 ncRNA nan 2.340 0.816 1.421 0.830 1.746 1.729 0.506 0.949 0.309 0.097 0.207 0.165 0.048 0.252 0.279 0.321 0.169 0.715 0.650 0.035 0.029 0.202 0.191 0.266 1.017 0.496 0.033 0.338 0.929 1.205 nan 0.472 nan 0.754 0.068 0.121 0.037 0.081 0.139 0.549 0.396 0.159 0.109 0.752 0.383 2.722 0.394 0.278 0.183 0.159 1.300 0.279 1.487 0.650 0.266 0.450 1.347 0.175 0.102 0.260 0.318 0.129 0.240 0.196 0.150 0.091 0.724 0.873 0.378 0.929 0.674 0.603 2.901 1.037 0.411 0.459 0.504 0.794 0.866 0.873 0.841 0.636 0.379 0.451 0.729 0.841 0.330 0.453 1.404 0.917 5680 chr19 41247272 41262498 + 0 NA intron (NM_001353809, intron 1 of 7) intron (NM_001353809, intron 1 of 7) 1573 NM_198476 284325 Hs.585105 NM_198476 ENSG00000188493 C19orf54 - chromosome 19 open reading frame 54 protein-coding 3.363 1.731 2.896 2.433 2.060 2.045 1.492 1.398 2.534 1.166 2.203 1.725 0.484 1.038 1.765 1.618 1.261 0.277 2.202 0.796 1.508 0.755 1.295 0.547 1.943 2.236 2.063 1.588 1.644 0.727 1.295 nan 1.743 8.035 0.750 1.575 0.510 2.180 0.159 0.910 0.803 2.137 1.474 0.618 1.597 0.873 1.749 1.227 3.051 4.534 1.895 1.752 1.618 3.021 0.827 1.943 1.262 1.428 0.846 1.535 2.409 0.505 1.018 1.337 0.843 0.888 0.651 2.816 2.180 3.660 5.087 4.328 4.048 4.461 2.666 6.998 7.892 2.860 4.046 4.307 6.689 5.017 4.983 2.641 3.364 3.340 4.387 4.478 4.134 2.591 1.624 10973 chr8 58899240 58912513 + 0 NA Intergenic Intergenic -1237 NM_147189 90362 Hs.154652 NM_147189 ENSG00000169122 FAM110B C8orf72 family with sequence similarity 110 member B protein-coding 0.813 nan 1.697 0.103 0.090 0.021 0.054 0.412 1.012 0.526 0.060 0.373 2.041 0.475 0.049 0.309 2.574 0.195 0.096 1.352 0.956 0.600 0.182 0.131 0.028 0.077 0.356 0.305 0.170 1.982 0.022 0.361 0.079 0.088 0.077 0.142 0.089 0.396 0.351 0.306 0.017 0.040 0.073 0.121 0.227 0.263 1.498 0.045 0.309 0.053 0.014 0.182 0.228 0.144 0.015 0.733 0.046 0.053 0.194 0.055 0.119 0.143 0.060 0.242 0.153 0.679 1.076 2.027 1.984 2.223 0.778 0.473 0.444 1.051 nan 0.358 0.640 1.111 1.091 0.442 0.781 0.751 0.530 0.108 0.185 3.448 1.698 3061 chr12 133169347 133188367 + 0 NA TTS (NM_001195520) TTS (NM_001195520) 8180 NM_001195520 100507055 Hs.282811 NM_001195520 ENSG00000204583 LRCOL1 - leucine rich colipase like 1 protein-coding 0.913 0.879 0.627 0.118 0.588 2.018 0.758 0.220 0.526 0.130 0.489 0.156 0.020 0.141 0.889 0.303 0.076 0.042 0.324 0.149 0.061 0.313 0.510 0.398 0.290 0.192 0.065 0.266 0.411 0.178 0.250 0.687 0.233 1.427 0.123 0.176 0.080 0.525 0.131 0.148 0.405 0.303 0.136 0.115 0.298 0.138 0.071 0.122 0.548 0.545 0.095 0.119 0.303 0.470 1.058 0.290 0.043 0.087 0.376 1.000 0.920 0.339 1.208 0.046 0.012 0.088 0.096 0.407 0.480 0.365 0.489 5.112 4.082 3.301 0.575 0.556 0.638 0.310 0.541 nan 2.262 0.495 0.311 1.319 1.944 0.335 0.475 0.238 0.482 1.367 0.963 10925 chr8 41591147 41613841 + 0 NA intron (NM_000037, intron 2 of 42) L1MC4a|LINE|L1 52646 NM_000037 286 Hs.654438 NM_000037 ENSG00000029534 ANK1 ANK|SPH1|SPH2 ankyrin 1 protein-coding 0.812 nan 0.682 0.205 0.276 1.882 0.278 1.183 2.095 0.034 0.103 0.348 0.016 0.017 2.719 0.307 0.326 0.099 0.140 0.133 0.040 0.061 0.520 0.320 1.802 0.246 0.108 0.026 0.093 0.056 0.068 0.166 0.127 1.695 0.084 0.059 0.106 0.072 0.079 0.125 0.031 0.787 0.324 0.178 0.072 0.062 0.114 0.178 0.233 0.194 0.152 0.283 0.307 0.151 0.061 1.802 0.123 0.047 0.260 0.141 0.442 0.142 0.412 0.487 0.963 0.187 0.148 0.847 1.440 0.420 0.519 1.905 1.713 2.954 0.907 0.298 0.293 0.360 0.519 1.207 0.830 0.962 0.745 0.381 0.534 0.675 0.466 0.459 1.038 1.993 1.253 1563 chr10 81946287 81972456 + 0 NA intron (NM_001278408, intron 1 of 16) AluSz6|SINE|Alu 4876 NM_001278408 311 Hs.530291 NM_001157 ENSG00000122359 ANXA11 ALS23|ANX11|CAP-50|CAP50 annexin A11 protein-coding 0.799 1.173 1.635 5.959 0.614 0.159 2.387 0.291 0.549 0.885 1.209 1.279 1.242 0.934 0.780 0.108 0.468 0.173 2.366 0.717 2.030 1.522 0.468 0.222 0.898 1.460 1.426 0.507 4.051 1.707 3.091 5.514 2.214 1.601 0.620 1.632 0.138 1.596 0.103 0.585 0.185 3.090 2.096 0.831 2.924 1.501 3.050 1.170 2.712 1.730 1.124 2.028 0.108 4.046 2.159 0.898 1.726 1.675 0.204 1.037 0.200 1.308 0.496 0.170 0.738 1.360 1.264 0.598 1.232 0.833 1.426 0.639 0.634 2.076 0.851 0.673 0.716 0.647 1.010 2.673 2.795 0.288 0.182 0.438 0.769 0.475 0.388 0.339 0.540 0.983 0.544 1003 chr1 199880768 199885514 + 0 NA Intergenic Intergenic -113589 NM_003822 2494 Hs.33446 NM_003822 ENSG00000116833 NR5A2 B1F|B1F2|CPF|FTF|FTZ-F1|FTZ-F1beta|LRH-1|LRH1|hB1F-2 nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 protein-coding 0.620 nan 0.948 0.077 0.220 0.047 0.162 0.169 0.312 0.051 0.175 0.052 0.239 0.140 0.171 0.090 0.085 0.053 0.029 0.068 0.219 0.151 0.029 0.124 0.066 0.139 0.138 0.074 0.284 0.061 0.124 0.020 0.023 0.104 0.069 0.135 0.052 0.017 0.069 0.080 0.119 0.191 0.240 0.074 0.066 0.072 0.239 0.089 0.019 0.151 0.076 0.052 0.081 0.156 0.063 0.072 0.085 0.058 0.002 0.397 0.452 11.436 3.283 0.357 0.570 0.141 0.065 1.027 1.094 0.280 nan 0.425 0.375 0.240 0.104 0.151 0.278 0.106 0.138 0.222 0.296 0.271 0.354 5845 chr2 938351 959955 + 0 NA intron (NM_018968, intron 1 of 16) intron (NM_018968, intron 1 of 16) -2075 NR_136151 101060391 Hs.120377 NR_136151 LOC101060391 - uncharacterized LOC101060391 ncRNA 0.468 0.446 0.437 0.056 0.069 2.488 0.066 0.215 0.375 0.004 0.057 0.026 0.026 0.022 5.065 0.522 0.038 0.104 0.025 0.035 0.090 0.858 0.565 1.704 0.009 0.023 0.117 0.057 0.068 0.068 0.082 3.538 0.045 0.004 0.080 0.125 0.006 0.011 0.093 0.045 0.014 0.041 0.032 0.036 0.079 0.068 0.082 0.220 0.031 0.522 0.039 0.021 1.704 0.034 0.473 0.463 0.097 0.033 0.026 0.423 0.023 0.021 0.019 0.007 0.208 0.178 0.261 0.435 5.845 4.890 0.105 0.084 0.506 0.474 0.154 0.264 2.190 2.821 0.479 0.402 0.501 0.866 0.061 0.053 0.068 0.164 1.875 1.119 6055 chr2 43263258 43270214 + 0 NA promoter-TSS (NR_110585) promoter-TSS (NR_110585) -54 NR_110585 102723854 Hs.570165 NR_110585 ENSG00000231826 LINC01819 - long intergenic non-protein coding RNA 1819 ncRNA 1.058 nan 0.677 0.739 0.073 0.081 2.711 0.300 0.324 1.826 0.860 0.915 0.085 0.140 0.755 0.374 0.231 1.227 0.883 0.037 0.044 0.023 0.189 0.103 0.289 0.136 0.088 0.122 0.597 0.542 nan 0.153 0.403 0.475 0.055 0.068 0.047 0.101 1.985 0.024 3.688 0.514 0.358 0.109 0.586 9.053 3.320 0.703 1.385 0.022 0.200 0.755 0.754 0.169 0.103 0.070 2.376 0.140 0.409 0.146 1.213 0.057 0.158 0.919 0.182 0.066 0.433 0.478 0.336 1.056 nan 0.413 0.420 0.243 0.640 0.676 0.242 0.563 0.244 0.352 0.296 0.244 0.226 0.231 0.114 0.138 0.532 nan nan 0.559 1800 chr11 12083720 12118180 + 0 NA Intergenic L1PA10|LINE|L1 -31173 NM_001346299 9645 Hs.501928 NM_014632 ENSG00000133816 MICAL2 MICAL-2|MICAL2PV1|MICAL2PV2 microtubule associated monooxygenase, calponin and LIM domain containing 2 protein-coding 0.976 nan 0.977 2.321 0.577 2.359 2.991 0.229 0.381 0.408 1.294 1.617 0.118 0.299 0.832 0.818 0.852 0.130 1.659 1.293 0.231 0.016 0.150 0.130 0.507 2.181 1.885 0.890 1.616 1.970 2.816 5.359 2.705 4.751 1.163 1.183 0.524 0.013 0.061 0.903 0.085 8.170 3.538 1.461 2.215 0.897 1.317 5.567 2.306 0.473 0.705 1.590 0.818 1.913 2.438 0.507 0.490 0.392 0.140 0.734 0.137 0.743 0.178 0.352 2.698 3.491 3.853 nan 1.028 0.649 0.690 1.115 1.154 3.300 0.671 0.612 0.643 0.369 nan 1.205 0.822 0.932 0.825 0.466 0.688 2.159 2.465 0.290 0.755 0.727 nan 4230 chr16 11675048 11682348 + 0 NA intron (NR_024320, intron 1 of 3) intron (NR_024320, intron 1 of 3) 1531 NM_004862 9516 Hs.459940 NM_004862 ENSG00000189067 LITAF PIG7|SIMPLE|TP53I7 lipopolysaccharide induced TNF factor protein-coding 2.444 2.506 nan 4.234 2.461 1.595 1.238 0.657 1.862 3.040 2.773 0.719 10.772 0.070 0.682 1.773 1.433 0.220 2.247 0.468 3.113 0.589 1.328 0.490 4.214 1.460 1.373 2.488 1.961 0.536 4.205 6.776 2.543 5.721 0.541 3.120 0.356 1.855 0.111 0.305 0.644 1.842 1.113 0.695 1.198 0.612 2.496 0.248 6.115 1.576 8.897 4.705 1.773 2.614 0.227 4.214 1.087 3.248 0.574 1.773 0.873 1.000 0.638 0.051 1.709 0.418 0.218 1.716 2.920 0.948 1.816 3.887 3.804 5.476 2.358 1.951 2.169 1.872 2.689 2.272 3.216 nan 2.419 1.575 2.731 1.272 1.479 0.204 0.118 1.093 0.637 1717 chr10 131659291 131689009 + 0 NA intron (NM_001005463, intron 7 of 15) intron (NM_001005463, intron 7 of 15) -32512 NR_036179 100422873 NR_036179 ENSG00000266676 MIR4297 - microRNA 4297 ncRNA 1.108 0.669 1.907 0.043 0.042 0.127 0.055 2.649 4.283 0.006 0.047 0.062 0.004 0.017 0.069 0.604 0.066 0.060 0.054 0.011 0.021 0.023 0.116 0.061 1.388 0.009 0.017 0.012 0.078 0.007 0.054 0.056 0.071 0.432 0.025 0.045 0.388 0.036 0.088 0.008 2.111 0.102 0.023 0.013 0.010 0.026 0.032 0.061 0.069 0.019 0.016 0.036 0.604 0.075 0.043 1.388 0.017 0.017 0.588 0.060 0.038 0.024 1.034 0.506 0.098 0.017 0.009 1.998 2.734 0.119 0.184 1.096 0.926 0.056 0.036 0.383 0.391 0.584 0.836 0.113 0.127 0.644 0.953 0.663 1.058 0.946 0.710 1.769 2.668 1.567 0.867 4349 chr16 48639858 48658111 + 0 NA intron (NR_039970, intron 4 of 4) intron (NR_039970, intron 4 of 4) -4864 NM_153029 9683 Hs.511839 NM_153029 ENSG00000102921 N4BP1 - NEDD4 binding protein 1 protein-coding 1.924 1.159 1.677 1.735 1.442 0.428 1.065 0.869 1.555 0.946 1.437 0.676 2.101 0.243 0.611 1.838 1.148 0.255 1.455 0.337 0.942 0.441 0.513 0.270 1.245 1.279 1.040 0.544 2.046 0.868 0.774 1.573 2.909 2.127 0.575 0.530 0.089 0.812 0.075 0.324 0.507 0.944 0.939 0.606 2.694 2.252 1.356 0.901 1.289 0.857 1.033 1.548 1.838 2.158 0.933 1.245 0.763 1.006 0.429 1.128 0.817 0.614 0.320 0.381 0.492 0.242 0.195 1.189 1.078 0.878 1.267 1.480 1.395 2.051 0.894 3.539 3.628 0.907 1.145 3.998 5.577 2.052 2.125 0.729 1.113 0.871 0.996 1.463 1.676 1.134 0.706 2557 chr12 26250010 26282030 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 11983 NM_030762 79365 Hs.177841 NM_030762 ENSG00000123095 BHLHE41 BHLHB3|DEC2|SHARP1|hDEC2 basic helix-loop-helix family member e41 protein-coding nan nan nan 0.982 2.908 0.052 0.555 0.080 0.195 0.265 1.504 2.486 0.144 0.282 0.418 0.064 0.831 0.056 0.573 0.462 0.262 0.165 0.259 0.162 0.056 0.481 0.388 0.113 0.970 0.197 0.353 0.774 0.545 0.978 0.507 0.873 0.050 0.173 0.120 2.318 0.102 0.679 0.288 0.188 0.238 0.154 3.570 2.272 0.505 1.529 0.849 0.218 0.064 0.959 1.032 0.056 0.167 0.522 0.233 3.923 0.533 0.364 5.094 0.414 3.609 0.214 0.097 0.732 1.335 0.758 1.465 0.361 0.389 0.662 0.183 5.703 6.122 1.067 1.348 1.092 1.544 0.889 0.657 4.021 5.613 0.095 0.197 0.723 1.087 0.406 0.305 9171 chr5 131778369 131787719 + 0 NA intron (NM_001207001, intron 2 of 3) intron (NM_001207001, intron 2 of 3) 36579 NM_001207001 441108 Hs.658288 NM_001013717 C5orf56 - chromosome 5 open reading frame 56 protein-coding 0.716 1.045 nan 0.313 0.114 0.274 0.782 0.188 0.344 2.487 0.565 0.410 7.201 0.085 0.157 0.028 1.033 0.243 0.345 0.299 0.094 0.029 0.153 0.130 0.141 0.332 0.107 0.078 0.088 0.214 0.124 0.430 0.811 0.639 0.379 0.087 0.021 0.058 0.122 0.038 0.060 0.934 0.091 0.108 0.582 0.140 1.012 0.214 0.205 0.288 0.404 2.977 0.028 0.298 0.118 0.141 0.835 1.927 0.011 0.159 0.054 0.364 0.021 0.102 0.101 0.049 0.033 0.175 0.344 0.460 1.953 0.250 0.351 0.333 0.194 0.391 0.489 0.350 0.581 0.464 0.444 0.359 0.219 0.170 0.177 0.130 0.234 0.243 0.314 0.532 0.457 1634 chr10 105497778 105509604 + 0 NA intron (NM_014631, intron 3 of 13) intron (NM_014631, intron 3 of 13) -2846 NR_038940 100505839 Hs.655149 NR_038940 ENSG00000280693 SH3PXD2A-AS1 - SH3PXD2A antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.869 0.268 0.097 0.019 3.993 0.149 0.301 1.242 0.257 0.204 0.011 0.060 0.075 0.120 0.057 0.055 1.879 1.252 0.059 0.071 0.081 0.033 0.202 0.299 0.162 0.111 0.218 1.143 0.930 4.111 0.300 0.265 1.040 0.100 0.016 0.063 0.052 0.927 0.093 0.569 0.089 0.053 0.433 0.486 0.912 1.018 0.461 0.223 0.046 1.627 0.120 1.146 0.314 0.202 1.864 1.741 0.087 0.142 0.120 0.505 0.058 0.073 0.636 0.156 0.095 0.412 0.571 0.590 0.892 0.309 0.340 0.589 0.193 0.437 0.508 0.348 nan 0.677 0.840 0.194 0.200 0.221 0.218 0.079 0.151 0.387 nan 0.514 0.425 1848 chr11 22576704 22584182 + 0 NA Intergenic Intergenic -66878 NR_120583 102723378 Hs.374255 NR_120583 ENSG00000255323 LINC01495 - long intergenic non-protein coding RNA 1495 ncRNA 1.839 0.851 1.914 0.068 0.190 0.108 0.038 0.046 0.177 0.013 0.070 0.025 0.017 0.201 0.513 0.298 0.066 0.071 0.037 0.461 0.357 0.351 0.010 0.054 0.014 0.021 0.026 0.095 0.489 0.021 0.051 1.045 0.053 0.074 0.503 0.074 0.020 0.029 0.020 0.078 0.067 0.044 0.009 0.048 0.053 0.513 0.047 0.062 0.351 0.011 1.103 0.008 0.041 0.031 0.039 0.280 0.010 0.007 0.896 1.998 0.385 0.568 2.717 3.728 0.111 0.089 0.219 0.243 8.996 9.696 0.238 0.330 3.358 3.121 0.147 0.335 3.063 3.457 0.678 0.923 0.541 0.514 4882 chr17 56377645 56417874 + 0 NA intron (NM_001261835, intron 11 of 31) intron (NM_001261835, intron 11 of 31) -5052 NR_038410 100506779 Hs.718477 NR_038410 ENSG00000265148 TSPOAP1-AS1 BZRAP1-AS1 TSPOAP1 antisense RNA 1 ncRNA 1.505 0.940 1.207 0.060 0.207 0.256 0.269 0.195 0.492 0.010 0.834 0.258 0.019 0.032 0.172 0.560 0.485 0.092 0.219 0.056 0.140 0.034 0.243 0.162 0.491 0.151 0.079 0.083 0.109 0.126 0.303 1.151 0.182 0.451 0.072 0.084 0.021 0.070 0.090 0.035 0.249 0.118 0.037 0.031 0.101 0.093 0.079 0.224 0.354 0.130 0.061 0.115 0.560 0.208 0.060 0.491 0.067 0.058 0.675 0.237 0.043 0.287 0.853 1.829 0.129 0.159 0.054 4.029 6.290 0.556 0.867 0.978 1.152 0.980 0.409 nan 2.090 0.145 0.379 nan nan 3.138 3.004 1.200 1.951 0.167 0.214 2.350 5.177 0.458 0.472 7067 chr20 55944631 56078183 + 0 NA Intergenic Intergenic -43295 NR_149006 100291105 Hs.638423 NR_149006 ENSG00000218018 LOC100291105 - uncharacterized LOC100291105 ncRNA 1.357 1.507 1.082 0.207 0.747 0.661 0.167 0.296 0.534 0.171 0.156 0.183 0.093 0.071 0.500 0.521 0.313 0.124 0.118 0.054 0.099 0.088 0.277 0.192 0.433 0.077 0.049 0.121 0.129 0.046 0.312 1.104 0.304 0.977 0.188 0.213 0.030 0.216 0.093 0.095 0.244 0.296 0.195 0.142 0.067 0.067 0.208 0.165 0.225 0.167 0.151 0.360 0.521 0.152 0.057 0.433 0.130 0.150 0.261 0.423 0.477 0.139 5.265 0.087 0.148 0.066 0.039 5.685 nan 1.822 1.596 0.918 0.908 1.400 0.431 7.994 8.175 0.297 0.522 1.375 1.999 0.607 0.467 4.301 6.682 0.191 0.171 0.361 0.488 1.137 0.876 8288 chr4 22847623 22855735 + 0 NA Intergenic Intergenic 135967 NM_001277225 57733 Hs.653107 NM_020973 ENSG00000249948 GBA3 CBG|CBGL1|GLUC|KLRP glucosylceramidase beta 3 (gene/pseudogene) protein-coding 1.426 0.491 nan 0.036 0.109 0.143 0.061 0.198 0.275 0.096 0.012 0.022 0.219 0.168 0.112 0.062 0.128 0.023 0.015 1.118 1.150 0.059 0.009 0.009 0.034 0.013 0.060 0.036 0.061 0.590 0.018 0.052 0.270 0.061 0.079 0.057 0.019 0.081 0.019 0.048 0.098 0.020 0.018 0.030 0.016 0.168 0.053 0.023 0.059 0.075 0.062 0.021 0.013 0.010 0.061 0.046 0.028 0.013 0.474 0.342 0.197 0.260 0.615 0.865 0.776 0.395 0.289 0.228 0.198 0.368 0.268 0.369 0.788 0.648 0.127 0.267 0.702 0.417 0.099 0.265 5.757 2.697 4706 chr17 32959896 32987448 + 0 NA Intergenic MamRep434|DNA|TcMar-Tigger 65904 NM_001304438 124842 Hs.310482 NM_207313 ENSG00000181291 TMEM132E DFNB99 transmembrane protein 132E protein-coding nan 0.751 0.771 0.055 0.035 2.814 0.088 0.244 0.443 0.011 0.076 0.020 0.009 0.018 0.443 0.779 0.046 0.057 0.054 0.028 0.051 0.028 0.040 0.116 0.297 0.070 0.026 0.037 0.074 0.008 0.058 0.069 0.095 1.612 0.005 0.041 0.083 0.075 0.077 0.013 0.043 0.117 0.026 0.009 0.063 0.056 0.038 0.227 0.115 0.031 0.040 0.057 0.779 0.105 0.047 0.297 0.050 0.036 0.261 0.118 0.029 0.051 0.040 0.481 0.022 0.010 0.009 0.561 0.760 0.108 0.139 nan 1.470 0.151 0.061 0.137 0.129 0.148 0.272 0.121 0.168 nan 0.391 0.319 0.394 0.249 0.273 0.640 1.862 0.988 0.739 2486 chr12 12096563 12110286 + 0 NA Intergenic Intergenic -120454 NM_138723 79370 Hs.210343 NM_030766 ENSG00000121380 BCL2L14 BCLG BCL2 like 14 protein-coding 1.034 0.943 1.580 0.207 2.231 1.621 0.376 0.176 0.531 0.014 0.068 0.247 0.013 0.234 0.105 0.128 0.049 0.059 0.190 0.091 0.018 0.010 0.782 0.268 0.244 0.296 0.084 0.032 0.070 0.157 0.082 0.501 0.129 1.608 0.111 0.032 0.021 0.024 0.117 0.100 0.018 0.081 0.063 0.023 0.099 0.116 0.169 0.301 0.178 0.094 0.006 0.064 0.128 0.089 0.201 0.244 0.170 0.096 0.028 0.102 0.451 0.047 0.962 0.080 0.110 0.017 0.004 1.502 2.182 0.421 0.593 nan 1.044 4.383 0.964 0.447 0.594 0.367 0.628 6.565 6.658 0.930 0.766 1.180 1.728 0.198 0.201 0.225 0.412 2.076 0.934 5793 chr19 50422202 50429461 + 0 NA intron (NM_001193357, intron 1 of 1) intron (NM_001193357, intron 1 of 1) -6128 NM_012068 22809 Hs.9754 NM_012068 ENSG00000169136 ATF5 ATFX|HMFN0395 activating transcription factor 5 protein-coding 1.444 0.770 1.053 0.248 0.333 2.537 0.198 7.187 13.275 0.058 0.368 0.285 0.111 3.198 1.740 0.237 0.140 0.306 0.182 0.169 1.277 0.353 0.080 2.287 0.076 0.037 0.506 0.160 0.030 0.263 0.554 0.146 0.957 0.021 0.172 0.144 1.641 0.100 0.097 3.236 0.206 0.100 0.055 0.105 0.042 0.275 0.581 0.505 0.480 0.194 0.185 1.740 0.180 0.039 2.287 0.017 0.050 1.869 0.358 0.161 0.288 2.537 0.269 0.052 0.111 0.070 1.880 2.943 0.477 0.799 4.708 4.364 0.758 0.290 3.621 3.763 1.045 1.405 0.614 0.787 0.874 0.936 5.050 5.828 0.418 0.603 0.410 1.485 1.008 0.488 8931 chr5 57744916 57758954 + 0 NA exon (NM_001252226, exon 11 of 15) exon (NM_001252226, exon 11 of 15) 4031 NM_006622 10769 Hs.398157 NM_006622 ENSG00000145632 PLK2 SNK|hPlk2|hSNK polo like kinase 2 protein-coding nan nan 1.951 1.994 0.062 0.213 1.229 0.149 0.200 1.171 2.585 1.484 0.412 1.868 0.511 0.647 1.131 0.114 1.415 0.473 0.772 0.029 0.122 0.087 0.042 2.841 3.321 0.471 2.529 1.926 2.104 2.891 2.473 2.666 1.176 2.132 0.157 4.565 0.157 0.723 0.527 2.088 2.578 1.192 1.003 0.651 3.824 5.160 1.983 1.681 0.996 2.369 0.647 1.760 1.039 0.042 3.127 1.655 0.130 1.468 0.527 1.108 0.021 0.273 0.794 4.311 4.702 0.175 0.110 2.397 6.302 0.261 0.269 nan 0.903 1.469 1.541 0.685 0.820 0.505 0.788 nan 0.875 0.123 0.165 1.948 1.884 0.569 1.026 0.533 0.434 3277 chr13 98923778 98950590 + 0 NA intron (NM_005766, intron 2 of 26) intron (NM_005766, intron 2 of 26) 76406 NR_036129 100422881 NR_036129 ENSG00000263399 MIR3170 mir-3170 microRNA 3170 ncRNA 1.492 1.691 1.497 0.057 1.299 1.135 0.100 1.364 2.446 0.014 0.090 0.014 0.093 0.045 2.433 3.059 0.097 0.109 0.255 0.044 0.021 0.026 0.721 0.406 2.404 0.049 0.038 0.027 0.038 0.012 0.362 1.351 0.068 0.772 0.033 0.064 0.632 0.061 0.083 0.040 1.374 0.193 0.058 0.014 0.022 0.026 0.199 0.119 0.142 0.074 0.056 0.061 3.059 0.173 0.049 2.404 0.059 0.065 0.670 0.051 1.326 0.791 0.808 0.031 0.855 0.771 1.539 1.768 0.397 0.799 2.566 2.207 5.514 1.973 0.170 0.164 0.470 0.535 2.344 2.669 1.088 0.772 1.311 1.766 2.876 3.450 1.455 3.113 0.718 0.417 2317 chr11 119926837 119944408 + 0 NA Intergenic MER21C|LTR|ERVL 63999 NM_001330382 23650 Hs.504115 NM_012101 ENSG00000137699 TRIM29 ATDC tripartite motif containing 29 protein-coding 0.873 0.555 0.891 0.025 0.054 0.964 0.064 0.201 0.340 0.016 0.049 0.053 0.014 0.006 0.264 0.422 0.034 0.028 0.024 0.011 0.025 0.020 0.097 0.107 0.434 0.033 0.066 0.017 0.090 0.078 0.106 0.045 0.319 0.040 0.027 0.068 0.108 0.007 0.045 0.188 0.031 0.027 0.031 0.091 0.110 0.150 0.070 0.023 0.021 0.091 0.422 0.069 0.021 0.434 0.081 0.085 0.161 0.057 0.029 0.045 3.426 0.853 0.013 0.026 0.020 3.015 nan 0.369 0.822 0.771 0.927 0.561 0.201 0.272 0.307 0.294 nan 0.227 0.341 1.071 0.879 2.513 4.092 0.146 0.217 0.582 2.822 1.073 0.750 6015 chr2 36703040 36721184 + 0 NA intron (NM_016441, intron 7 of 16) intron (NM_016441, intron 7 of 16) 113220 NM_005102 9637 Hs.258563 NM_005102 ENSG00000171055 FEZ2 HUM3CL fasciculation and elongation protein zeta 2 protein-coding 0.828 nan nan 1.997 0.059 0.037 0.704 0.088 0.144 0.190 0.958 1.059 0.424 0.039 0.059 0.088 1.013 0.134 0.338 0.094 4.974 0.061 0.096 0.122 0.027 0.886 0.606 1.553 0.880 0.615 0.138 nan 0.460 0.315 0.372 0.412 0.005 1.758 0.115 0.422 0.038 0.716 1.459 0.722 0.313 0.148 0.646 0.778 0.565 0.687 0.404 0.327 0.088 0.233 0.685 0.027 0.235 0.474 0.010 0.593 0.039 1.188 0.028 0.131 0.927 4.868 4.402 0.364 0.244 1.407 6.009 0.225 0.243 0.123 0.083 0.520 nan 0.385 0.589 0.255 0.245 nan 0.106 0.140 0.252 0.031 0.060 0.352 0.655 0.149 0.325 9582 chr6 33954113 33963965 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR 8789 NR_031681 100302123 NR_031681 ENSG00000221697 MIR1275 MIRN1275|hsa-mir-1275|mir-1275 microRNA 1275 ncRNA nan 2.343 nan 0.051 0.528 0.435 0.078 0.668 1.235 0.080 0.037 0.132 0.495 2.499 1.352 0.136 0.098 0.064 0.023 0.084 0.065 0.445 0.287 5.810 0.063 0.029 0.030 0.097 0.516 1.909 1.942 0.992 0.029 0.110 1.050 0.044 0.089 0.012 0.362 0.159 0.062 0.040 0.022 0.055 0.010 0.216 0.196 0.065 0.225 0.334 1.352 0.058 0.032 5.810 0.012 1.213 0.347 0.112 1.115 0.056 0.743 0.389 0.024 0.012 0.415 0.593 0.157 nan nan 1.784 2.973 0.866 0.281 0.364 0.291 0.590 2.121 2.484 1.530 1.191 0.609 0.987 2.055 1.794 0.856 2.215 2.092 1.238 1433 chr10 34806423 34819449 + 0 NA intron (NM_019619, intron 2 of 24) intron (NM_019619, intron 2 of 24) 291317 NM_001184791 56288 Hs.131489 NM_019619 ENSG00000148498 PARD3 ASIP|Baz|PAR3|PAR3alpha|PARD-3|PARD3A|PPP1R118|SE2-5L16|SE2-5LT1|SE2-5T2 par-3 family cell polarity regulator protein-coding 0.763 1.322 0.781 0.637 0.048 0.085 0.994 1.709 2.840 1.418 1.160 2.183 0.052 0.053 0.080 0.265 4.721 0.250 0.729 0.175 3.838 0.070 0.507 0.337 0.477 1.282 0.785 1.141 0.941 0.479 0.133 0.467 0.203 0.274 0.348 2.269 0.109 0.208 0.078 1.105 0.104 0.898 0.403 0.281 0.434 0.650 0.260 2.636 2.344 0.328 0.255 0.778 0.265 1.242 17.576 0.477 0.732 0.209 0.446 0.296 1.325 0.235 0.124 0.735 1.636 0.748 0.428 0.332 1.949 nan 0.415 0.473 4.562 1.282 2.595 2.468 0.461 0.914 0.692 0.959 0.204 0.120 0.256 0.478 0.582 1.077 0.304 0.601 0.536 0.356 8919 chr5 56466886 56473572 + 0 NA intron (NM_001331037, intron 1 of 12) CpG 454 NM_001203246 65056 Hs.444279 NM_022913 ENSG00000062194 GPBP1 GPBP|SSH6|VASCULIN GC-rich promoter binding protein 1 protein-coding nan nan 3.661 4.702 2.344 1.437 4.105 2.132 4.134 1.633 2.953 1.361 2.049 1.105 5.376 2.492 3.186 0.308 3.583 0.994 2.117 1.076 1.224 0.638 1.430 2.555 2.839 1.584 4.616 2.826 3.376 4.679 3.810 6.587 1.285 3.140 0.882 3.637 0.158 1.801 1.935 2.605 3.546 1.857 2.596 1.763 3.810 3.116 2.848 3.434 1.989 2.359 2.492 6.952 3.920 1.430 1.846 1.623 0.639 3.117 1.911 2.001 1.515 1.927 1.388 2.808 1.656 2.952 2.834 8.364 12.850 5.239 4.442 nan 3.834 8.941 9.088 3.297 4.198 3.462 7.188 nan 6.989 2.388 5.026 4.619 6.375 6.010 5.341 1.739 1.019 1666 chr10 119016692 119028975 + 0 NA intron (NM_003054, intron 10 of 15) intron (NM_003054, intron 10 of 15) 22249 NM_003054 6571 Hs.596992 NM_003054 ENSG00000165646 SLC18A2 SVAT|SVMT|VAT2|VMAT2 solute carrier family 18 member A2 protein-coding 0.599 nan 2.053 0.023 0.451 0.009 0.035 0.302 0.607 0.018 0.071 0.067 0.025 0.453 0.129 0.063 0.080 0.053 0.026 0.026 0.067 0.230 0.093 0.195 0.028 0.006 0.012 0.061 0.014 0.033 0.151 0.075 0.410 0.012 0.035 0.140 0.088 0.079 0.019 0.091 0.167 0.034 0.006 0.018 0.025 0.058 0.119 0.045 0.124 0.087 0.063 0.041 0.015 0.195 0.040 0.047 0.040 0.052 2.395 0.065 0.016 0.050 0.019 0.028 0.021 0.322 0.230 0.240 0.264 0.084 0.118 6.199 2.403 0.158 0.152 0.135 0.259 0.391 0.476 0.358 0.409 0.148 0.195 0.885 1.050 0.135 0.168 2.101 1.196 11575 chr9 71783336 71803966 + 0 NA intron (NM_004817, intron 1 of 22) intron (NM_004817, intron 1 of 22) 4680 NM_004817 9414 Hs.50382 NM_004817 ENSG00000119139 TJP2 C9DUPq21.11|DFNA51|DUP9q21.11|PFIC4|X104|ZO2 tight junction protein 2 protein-coding nan nan nan 1.381 0.963 0.043 3.416 0.194 0.378 0.370 0.713 1.230 0.886 0.082 0.176 0.435 0.605 0.126 2.242 1.305 0.055 0.007 0.312 0.164 0.434 2.426 1.636 0.347 3.320 1.160 0.901 1.805 0.732 0.618 1.047 0.693 0.042 0.116 0.101 0.313 0.228 1.037 0.485 0.264 1.216 1.049 1.862 0.161 0.264 0.703 0.575 0.802 0.435 3.010 1.097 0.434 0.245 0.353 0.052 0.285 0.045 1.613 0.468 0.120 0.713 1.159 0.894 0.378 0.432 1.558 nan 0.664 nan 0.735 0.268 0.790 0.876 0.201 0.260 0.973 1.465 0.315 0.292 0.822 1.350 0.124 0.165 0.272 0.425 0.564 0.482 6477 chr2 171003129 171022878 + 0 NA Intergenic MER5A|DNA|hAT-Charlie -21652 NR_045684 140469 Hs.671900 NM_138995 ENSG00000071909 MYO3B - myosin IIIB protein-coding 1.160 1.075 0.907 0.372 0.299 0.209 2.556 0.333 0.568 0.019 0.193 0.122 0.010 0.091 0.158 0.312 0.086 0.041 0.904 0.691 0.034 0.056 0.064 0.115 0.143 1.179 0.622 0.090 0.447 0.722 0.273 1.531 0.236 0.705 1.218 0.106 0.034 0.060 0.069 0.827 0.147 0.168 0.061 0.039 1.210 1.133 0.620 0.218 0.243 0.226 0.040 0.203 0.312 0.614 1.667 0.143 0.031 0.042 0.034 0.097 0.226 0.602 0.115 0.703 0.499 0.029 0.021 0.260 0.204 0.210 0.246 0.335 0.457 0.641 0.211 0.244 0.282 1.528 1.807 0.915 0.962 0.633 0.672 0.150 0.247 0.133 0.237 0.626 1.530 0.444 0.386 10535 chr7 97976605 98006089 + 0 NA intron (NM_018842, intron 2 of 13) intron (NM_018842, intron 2 of 13) 39080 NM_018842 55971 Hs.656063 NM_018842 ENSG00000006453 BAIAP2L1 IRTKS BAI1 associated protein 2 like 1 protein-coding nan 0.616 nan 0.590 0.192 0.182 2.484 0.103 0.342 1.082 0.951 1.631 0.668 0.096 0.163 0.195 0.191 0.203 1.264 0.585 2.688 0.080 0.302 0.284 0.411 1.040 0.846 0.823 1.711 0.403 2.606 4.219 3.473 0.418 0.922 0.819 0.113 0.236 0.170 0.862 0.176 2.020 0.347 0.185 0.756 0.943 1.780 2.375 1.455 2.364 1.328 1.332 0.195 1.859 2.022 0.411 1.775 2.895 0.099 0.780 0.048 0.957 0.123 0.054 0.483 0.867 0.627 0.391 0.391 0.421 0.810 0.426 0.486 0.414 0.174 0.457 0.477 0.468 0.787 0.578 0.845 0.631 0.469 0.257 0.472 0.447 0.582 0.349 nan 0.865 0.635 922 chr1 181469952 181491784 + 0 NA intron (NM_000721, intron 3 of 46) intron (NM_000721, intron 3 of 46) 28182 NM_001205294 777 Hs.437444 NM_000721 ENSG00000198216 CACNA1E BII|CACH6|CACNL1A6|Cav2.3|gm139 calcium voltage-gated channel subunit alpha1 E protein-coding nan nan 0.808 0.043 0.500 0.330 0.124 0.337 0.520 0.022 0.067 0.051 0.014 0.032 0.540 0.935 0.088 0.073 0.077 0.031 0.020 0.019 0.295 0.170 0.102 0.025 0.030 0.014 0.086 0.029 0.078 0.426 0.122 0.759 0.080 0.119 0.433 0.036 0.139 0.162 0.113 0.093 0.036 0.014 0.045 0.077 0.035 0.261 0.080 0.033 0.068 0.055 0.935 0.065 0.166 0.102 0.057 0.064 0.098 0.059 0.061 0.232 0.072 0.079 0.063 0.026 0.012 0.506 0.356 0.344 0.492 0.901 nan 5.103 1.918 nan 0.236 0.219 0.427 1.749 1.735 0.429 0.165 0.342 0.393 1.772 2.219 0.221 nan 1.752 1.110 3740 chr14 85008434 85015046 + 0 NA Intergenic Intergenic -726536 NR_145983 26843 NR_145983 SNORD3P3 RNU3P3|U3|U3.5|u3.7 small nucleolar RNA, C/D box 3 pseudogene 3 snoRNA nan 0.596 0.662 0.044 0.237 0.059 0.032 0.121 0.151 0.051 0.055 0.009 0.130 0.290 0.080 0.057 0.032 0.021 0.104 0.048 0.019 0.108 0.021 0.042 0.032 0.085 0.056 0.098 0.315 0.110 0.057 0.043 0.032 0.091 0.109 0.084 0.018 0.012 0.017 0.048 0.014 0.091 0.049 0.022 0.024 0.044 0.290 0.108 0.018 0.025 0.009 0.015 0.059 0.050 0.058 0.008 0.256 0.089 9.202 1.659 0.388 0.417 0.249 0.092 0.769 0.756 0.208 0.257 0.243 0.224 0.460 0.265 0.049 0.190 0.159 0.237 0.148 0.216 0.730 0.731 2741 chr12 63300370 63329906 + 0 NA intron (NM_020700, intron 1 of 9) intron (NM_020700, intron 1 of 9) 13527 NM_020700 57460 Hs.435479 NM_020700 ENSG00000111110 PPM1H ARHCL1|NERPP-2C|URCC2 protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1H protein-coding 1.754 0.993 2.045 0.727 0.940 0.098 0.201 0.141 0.327 0.515 0.179 0.326 1.941 0.200 1.652 1.052 0.506 0.137 0.414 0.186 0.408 0.042 0.703 0.629 0.860 0.419 0.265 0.377 0.579 0.190 0.240 0.282 0.062 1.284 0.150 0.159 0.223 0.048 0.091 0.070 0.159 0.175 0.192 0.143 0.296 0.136 0.529 0.331 0.419 0.544 0.450 0.228 1.052 0.193 0.150 0.860 0.129 0.498 0.197 0.271 0.400 0.177 1.875 0.262 0.026 0.117 0.108 0.908 1.394 1.218 1.993 1.051 nan 5.075 1.408 0.629 0.657 0.993 1.247 2.417 2.212 1.143 0.870 1.271 2.351 1.515 1.572 0.174 0.233 3.078 1.533 2628 chr12 46116875 46129226 + 0 NA promoter-TSS (NM_152641) promoter-TSS (NM_152641) -442 NM_001347839 196528 Hs.317304 NM_152641 ENSG00000189079 ARID2 BAF200|CSS6|p200 AT-rich interaction domain 2 protein-coding 5.145 nan 3.346 3.094 4.520 4.466 2.456 3.077 5.350 1.493 3.208 1.556 4.263 1.622 5.474 3.568 2.622 0.300 4.374 1.371 2.973 2.492 2.111 1.660 5.396 2.081 2.690 1.857 3.971 1.572 4.699 5.738 4.677 4.654 1.455 3.714 1.538 2.859 0.141 1.480 2.759 3.850 3.962 1.712 1.942 1.624 3.286 4.570 4.080 8.306 2.663 2.948 3.568 4.304 4.561 5.396 1.288 3.046 1.340 4.621 2.377 1.866 3.181 2.500 1.836 2.476 1.815 5.941 7.075 6.764 7.863 11.013 9.960 6.250 3.488 19.245 19.603 4.120 4.723 5.617 9.435 7.430 7.875 3.761 7.983 5.742 5.730 7.230 5.857 2.550 1.356 2470 chr12 10505614 10528040 + 0 NA intron (NR_120430, intron 1 of 3) HERV15-int|LTR|ERV1 459 NR_120430 101928100 Hs.638425 NR_120430 ENSG00000245648 LOC101928100 - uncharacterized LOC101928100 ncRNA 0.887 1.779 0.858 2.255 4.573 2.778 1.460 0.449 0.901 1.024 1.103 3.967 1.615 1.020 4.001 0.097 0.540 0.051 1.168 0.550 3.242 3.592 1.323 0.645 0.599 3.099 3.077 0.665 3.717 1.435 3.603 7.465 3.502 3.739 1.014 0.471 0.026 0.464 0.146 1.142 0.032 1.258 0.729 0.323 2.191 3.166 0.511 1.261 1.311 2.151 0.365 1.521 0.097 1.497 2.806 0.599 0.769 0.267 0.009 3.400 1.289 0.564 0.746 0.066 0.807 0.187 0.153 0.310 0.294 2.973 4.847 nan 1.907 8.396 2.549 1.782 2.050 0.132 0.235 4.270 5.804 0.325 0.080 0.725 1.094 0.154 0.131 0.296 0.371 1.455 0.828 9195 chr5 137798903 137802414 + 0 NA promoter-TSS (NM_001964) promoter-TSS (NM_001964) -523 NM_001964 1958 Hs.326035 NM_001964 ENSG00000120738 EGR1 AT225|G0S30|KROX-24|NGFI-A|TIS8|ZIF-268|ZNF225 early growth response 1 protein-coding 5.632 5.125 nan 3.739 3.602 2.389 2.591 2.006 5.116 2.017 3.536 2.246 3.053 2.041 5.786 2.256 4.771 0.690 3.320 0.973 4.602 3.109 1.288 0.675 3.845 2.805 2.445 3.980 2.670 0.932 9.547 13.482 6.992 17.942 1.412 3.982 0.846 5.635 0.217 1.420 2.268 2.938 4.001 1.891 3.337 1.225 3.568 1.921 5.661 6.365 2.378 4.498 2.256 10.120 3.723 3.845 2.573 2.743 1.386 7.748 3.866 2.281 2.475 1.676 3.197 2.788 1.604 2.638 4.111 8.913 13.236 9.738 8.265 7.937 4.860 21.979 23.135 3.553 3.716 9.089 9.353 6.065 7.246 2.865 4.776 7.671 8.474 4.486 5.754 2.429 1.343 7044 chr20 50137181 50160203 + 0 NA intron (NM_001136021, intron 1 of 10) MIR|SINE|MIR 10566 NM_001258297 4773 Hs.744148 NM_012340 ENSG00000101096 NFATC2 NFAT1|NFATP nuclear factor of activated T cells 2 protein-coding 0.823 1.184 0.544 1.204 0.139 0.785 1.032 0.778 1.532 0.179 0.575 0.230 0.107 0.048 1.156 0.251 0.254 0.105 0.773 0.578 0.080 0.042 2.937 1.466 2.622 0.422 0.286 0.082 1.162 1.013 0.478 0.809 0.479 1.902 0.484 0.103 0.058 0.192 0.092 0.251 0.024 0.437 2.674 1.291 1.204 0.711 0.589 0.415 0.244 0.126 0.068 0.211 0.251 0.840 2.164 2.622 0.079 0.162 0.068 0.535 0.532 0.198 0.704 0.016 0.594 0.028 0.018 0.638 nan 0.327 0.627 2.116 2.613 1.229 0.490 0.534 0.619 0.294 0.442 0.636 0.890 0.432 0.262 0.828 1.221 0.435 0.241 0.207 0.332 3.240 1.647 3456 chr14 31908474 31916169 + 0 NA intron (NR_110045, intron 2 of 3) intron (NR_110045, intron 2 of 3) 14359 NM_080664 112487 Hs.116014 NM_080664 ENSG00000129480 DTD2 C14orf126 D-tyrosyl-tRNA deacylase 2 (putative) protein-coding 1.140 0.721 0.653 0.196 0.189 0.058 0.148 0.241 0.271 0.337 0.242 2.116 6.402 0.039 0.102 0.101 1.081 0.333 0.260 0.024 1.498 0.018 0.112 0.142 0.124 1.205 0.818 0.942 0.142 0.019 0.448 0.973 0.655 0.286 0.048 2.284 0.540 0.152 0.031 0.267 0.095 0.032 0.051 0.014 0.040 0.350 0.077 1.924 0.082 0.063 0.941 0.101 0.241 0.157 0.124 0.493 0.584 0.038 0.113 0.119 0.105 0.038 0.160 0.088 0.022 0.006 0.212 0.183 0.483 1.461 0.258 0.414 0.145 0.093 0.358 0.308 0.617 0.895 0.381 0.366 0.624 0.343 0.187 0.156 0.092 0.118 0.194 0.479 0.531 0.398 2251 chr11 111748023 111751203 + 0 NA promoter-TSS (NM_022761) promoter-TSS (NM_022761) -335 NM_001330371 64776 Hs.17546 NM_022761 ENSG00000137720 C11orf1 - chromosome 11 open reading frame 1 protein-coding 3.233 3.331 3.058 2.033 4.870 5.229 3.279 2.778 5.754 1.110 3.111 2.610 2.229 1.325 3.480 3.781 0.735 0.100 2.188 0.955 2.830 0.957 2.630 1.410 6.734 3.572 3.294 1.721 3.105 1.884 2.478 4.522 2.013 10.417 1.886 3.672 1.698 3.900 0.114 1.518 3.042 6.656 2.963 1.545 3.488 2.648 5.566 3.580 2.958 3.539 2.332 4.075 3.781 4.152 5.414 6.734 2.265 2.006 1.934 3.199 2.489 2.599 5.427 1.943 2.135 1.032 0.749 21.131 21.868 8.848 12.735 10.221 8.682 11.705 6.672 15.289 16.604 6.294 7.663 8.298 11.641 8.494 8.983 9.083 10.321 9.499 8.746 4.840 5.634 5.360 3.223 11578 chr9 73020399 73039181 + 0 NA promoter-TSS (NM_001206) promoter-TSS (NM_001206) -217 NM_001206 687 Hs.150557 NM_001206 ENSG00000119138 KLF9 BTEB|BTEB1 Kruppel like factor 9 protein-coding nan nan nan 1.925 4.278 1.630 2.600 3.039 5.905 1.360 2.499 2.496 1.315 0.943 3.800 2.839 3.066 0.351 3.761 1.636 1.286 3.001 3.019 1.455 6.868 3.010 3.612 0.994 6.032 1.101 4.150 6.751 2.349 6.267 2.002 1.687 1.982 3.318 0.132 1.441 2.467 3.139 1.580 0.578 1.295 0.709 1.379 2.138 3.238 5.374 1.519 2.952 2.839 6.049 3.404 6.868 1.087 2.088 1.253 2.050 3.069 1.549 2.567 1.879 1.260 3.751 3.157 2.447 3.087 5.681 nan 4.985 nan 2.353 1.250 8.164 8.435 2.678 3.274 4.721 7.293 3.480 4.611 2.806 3.784 5.916 5.658 3.038 4.673 1.549 1.059 9384 chr6 1756109 1773054 + 0 NA intron (NM_001500, intron 7 of 10) intron (NM_001500, intron 7 of 10) 153900 NM_001453 2296 Hs.348883 NM_001453 ENSG00000054598 FOXC1 ARA|ASGD3|FKHL7|FREAC-3|FREAC3|IGDA|IHG1|IRID1|RIEG3 forkhead box C1 protein-coding 1.150 1.359 1.213 1.672 1.315 0.210 0.517 0.998 1.759 0.198 0.134 0.203 0.043 0.480 0.553 0.483 0.662 0.095 0.680 0.246 0.029 0.013 0.490 0.299 0.401 0.135 0.043 0.026 0.252 0.142 3.394 7.076 3.122 0.317 1.230 0.075 0.011 0.057 0.120 0.060 0.224 0.143 0.032 0.023 0.186 0.208 0.486 0.143 0.106 0.120 0.214 0.245 0.483 0.716 0.082 0.401 0.174 0.337 0.051 0.138 0.383 0.112 0.141 0.249 0.117 0.017 0.003 0.725 0.692 3.209 6.874 0.497 0.519 1.358 0.306 0.509 0.551 0.486 0.806 2.051 1.818 0.339 0.253 0.460 0.589 0.284 0.470 0.437 1.222 1.313 0.798 1086 chr1 209527689 209550671 + 0 NA Intergenic Intergenic -6220 NR_146491 101929476 Hs.568721 NR_146491 LINC01698 - long intergenic non-protein coding RNA 1698 ncRNA 0.921 1.286 1.863 0.550 0.130 0.298 1.552 0.216 0.417 0.795 0.192 0.088 2.694 0.021 0.055 0.551 0.112 0.099 0.827 0.312 0.033 0.024 0.204 0.184 0.119 0.487 0.194 0.019 0.316 2.335 0.484 0.394 2.409 0.844 0.708 0.119 0.008 0.019 0.129 0.405 0.044 0.257 0.041 0.064 1.230 0.578 0.730 0.307 0.113 0.031 0.044 0.477 0.551 0.751 0.048 0.119 0.703 0.133 0.083 0.033 0.022 0.306 0.064 0.081 1.786 0.030 0.016 0.483 0.353 0.747 2.585 0.474 0.594 1.576 0.563 nan nan 2.618 3.243 0.457 0.455 0.286 0.134 0.156 0.244 0.098 0.151 0.355 0.622 0.675 0.726 8304 chr4 26192372 26203273 + 0 NA Intergenic L1MB8|LINE|L1 -123510 NM_203283 3516 Hs.479396 NM_005349 ENSG00000168214 RBPJ AOS3|CBF1|IGKJRB|IGKJRB1|KBF2|RBP-J|RBPJK|RBPSUH|SUH|csl recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region protein-coding 0.664 0.578 nan 0.284 0.146 0.005 4.119 0.108 0.341 0.052 0.159 0.868 0.011 0.046 0.162 0.181 0.144 0.088 0.978 0.918 0.398 0.013 0.130 0.240 0.486 1.129 0.659 0.028 0.357 0.636 0.560 1.341 0.298 0.280 1.047 0.049 0.035 0.051 0.065 2.566 0.065 0.613 0.454 0.223 0.646 0.749 0.266 2.844 0.068 0.790 0.088 0.134 0.181 0.281 2.488 0.486 0.112 0.045 0.036 0.995 0.130 0.428 0.041 0.047 0.454 0.951 0.921 0.293 0.158 0.174 0.260 0.240 0.329 0.326 0.144 0.191 0.202 0.235 0.475 0.424 0.379 0.367 0.208 0.087 0.213 0.074 0.097 0.200 0.214 nan 1.023 8721 chr5 3487901 3493139 + 0 NA intron (NR_033898, intron 2 of 4) intron (NR_033898, intron 2 of 4) 13598 NR_104618 102467075 Hs.652949 NR_104618 ENSG00000250716 LINC01017 - long intergenic non-protein coding RNA 1017 ncRNA 0.559 0.690 0.743 0.055 0.065 0.027 0.040 0.148 0.746 0.060 0.069 0.022 0.239 1.274 0.129 0.091 0.047 0.036 0.024 0.105 0.061 0.111 0.526 0.014 0.014 0.079 0.019 0.112 0.093 0.199 1.099 0.042 0.017 0.041 0.116 0.726 0.053 0.070 0.014 0.043 0.044 0.055 0.299 0.043 0.028 0.050 1.274 0.142 0.054 0.526 0.047 2.572 0.023 0.037 0.015 0.112 0.024 0.014 0.011 0.010 0.655 0.430 0.247 nan 8.690 7.414 0.142 0.055 0.054 0.021 0.255 0.260 nan 0.097 12.803 15.220 0.251 0.404 0.033 0.039 0.096 0.168 0.194 nan 10843 chr8 22295990 22311780 + 0 NA intron (NM_001243975, intron 1 of 12) intron (NM_001243975, intron 1 of 12) 5402 NM_001243974 5533 Hs.731683 NM_005605 ENSG00000120910 PPP3CC CALNA3|CNA3|PP2Bgamma protein phosphatase 3 catalytic subunit gamma protein-coding nan 1.399 nan 1.286 0.516 0.511 0.564 0.457 1.009 0.204 1.137 1.136 2.851 0.780 0.523 0.956 1.216 0.184 0.316 0.132 1.016 0.440 0.698 0.366 1.509 1.520 1.449 0.453 0.767 0.425 0.565 0.868 0.419 0.642 0.411 0.802 0.144 0.864 0.172 0.186 0.151 1.103 0.812 0.543 0.535 0.262 0.602 1.018 1.330 1.040 1.951 1.393 0.956 0.545 0.610 1.509 0.727 0.523 0.257 1.142 1.194 1.103 0.154 0.109 0.784 0.120 0.139 0.311 0.288 2.015 2.347 nan 2.270 nan 0.733 1.540 1.594 1.101 1.378 1.277 2.399 0.820 0.764 0.696 0.852 1.043 1.002 0.757 1.154 nan nan 5854 chr2 2847142 2856266 + 0 NA Intergenic (CA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 278094 NR_110228 101927554 Hs.638446 NR_110228 ENSG00000234423 LINC01250 - long intergenic non-protein coding RNA 1250 ncRNA 1.863 1.928 2.630 0.063 2.246 10.889 0.023 1.972 4.172 0.021 0.016 0.068 0.013 0.021 4.996 2.879 0.092 0.017 0.011 0.007 0.016 2.299 1.337 6.984 0.032 0.016 0.067 0.026 0.085 0.056 12.683 0.016 0.036 0.336 0.047 0.085 0.013 0.224 0.151 0.035 0.009 0.024 0.025 0.129 0.066 0.089 0.015 0.026 0.022 2.879 0.039 0.020 6.984 0.014 0.055 3.713 0.039 6.772 0.009 0.605 0.082 0.008 0.025 0.017 2.212 4.753 4.493 1.840 13.316 11.993 4.972 1.339 2.706 2.937 3.150 3.533 10.326 8.504 3.581 4.672 0.990 1.949 1.890 1.125 0.346 0.606 3.225 1.876 9178 chr5 133249934 133263447 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 7322 NR_131252 105664404 Hs.582536 NR_131252 ENSG00000249073 WSPAR LncTCF7|TCONS_00009511 WNT signaling pathway activating non-coding RNA ncRNA 1.290 1.057 nan 0.135 0.248 0.568 0.102 0.206 0.340 0.022 0.092 0.121 0.032 0.031 0.065 0.313 0.105 0.096 0.071 0.043 0.037 0.010 0.220 0.208 0.266 0.123 0.054 0.076 0.081 0.031 0.077 0.333 0.095 1.076 0.043 0.089 2.311 0.062 0.114 0.009 1.039 0.143 0.043 0.029 0.048 0.049 0.779 0.074 0.397 0.079 0.275 0.117 0.313 0.065 0.028 0.266 0.045 0.086 0.289 0.078 0.313 0.041 0.083 0.154 0.061 0.043 0.008 0.419 0.477 0.266 0.374 2.940 2.695 2.616 0.694 0.461 0.487 1.238 1.648 2.280 1.774 0.955 1.290 0.170 0.224 4.604 3.768 0.250 0.474 0.884 0.465 7532 chr3 17448142 17474638 + 0 NA intron (NM_001349089, intron 3 of 20) AluJr|SINE|Alu 280122 NM_001134381 9779 Hs.475629 NM_014744 ENSG00000131374 TBC1D5 - TBC1 domain family member 5 protein-coding nan 0.863 0.770 0.087 0.134 0.029 0.053 0.097 0.224 0.011 0.142 0.132 0.016 0.076 0.064 0.058 0.113 0.073 0.119 0.014 0.090 0.016 0.090 0.094 0.041 0.048 0.017 0.003 0.096 0.020 0.045 0.070 0.058 0.203 0.033 0.319 0.475 0.055 0.102 0.017 0.058 0.052 0.025 0.018 0.050 0.011 0.094 0.126 0.106 0.050 0.047 0.126 0.058 0.051 0.063 0.041 0.048 0.062 0.015 0.020 0.084 0.048 0.038 0.725 0.040 0.009 0.016 0.198 0.199 0.222 0.368 0.296 0.416 0.645 0.269 0.190 0.212 0.704 0.792 0.565 0.480 0.613 0.251 0.144 0.212 1.703 2.695 0.759 1.961 0.554 0.377 564 chr1 107680731 107731786 + 0 NA intron (NM_001312688, intron 2 of 7) intron (NM_001312688, intron 2 of 7) 15567 NM_001113228 22854 Hs.133046 NM_014917 ENSG00000162631 NTNG1 Lmnt1 netrin G1 protein-coding 1.052 nan nan 0.579 0.370 0.746 0.038 0.709 1.337 0.008 0.066 0.041 0.013 0.091 0.050 0.745 0.113 0.063 0.580 0.337 0.016 0.008 0.154 0.076 0.094 0.003 0.016 0.020 0.051 0.052 0.198 0.339 0.055 4.391 0.384 0.036 0.161 0.049 0.095 0.083 0.156 0.082 0.038 0.012 0.077 0.079 0.104 0.187 0.029 0.026 0.124 0.043 0.745 0.218 0.033 0.094 0.083 0.038 0.097 0.068 0.203 0.042 0.032 0.181 0.231 0.030 0.018 0.308 0.198 0.510 0.467 0.560 nan 4.050 1.839 0.260 0.249 6.905 7.722 nan nan 0.448 0.221 0.248 0.271 0.787 0.859 0.434 nan 0.548 0.493 5839 chr2 564456 571617 + 0 NA Intergenic Intergenic 9835 NR_136168 105373352 NR_136168 LOC105373352 - uncharacterized LOC105373352 ncRNA 0.471 0.392 0.477 0.084 0.074 0.094 0.080 0.067 0.151 0.014 0.032 0.064 0.035 0.027 0.268 0.144 0.073 0.095 0.029 0.017 0.044 0.142 0.167 0.010 0.021 0.050 0.014 0.112 0.068 0.020 0.409 0.041 0.053 0.013 0.015 0.103 0.033 0.205 0.034 0.044 0.031 0.085 0.748 0.084 0.068 0.039 8.348 1.241 0.144 0.010 0.026 0.167 0.068 0.163 0.014 0.179 0.073 0.067 0.138 0.017 0.011 0.040 0.028 0.338 0.344 1.019 3.346 0.525 0.771 0.109 0.058 0.090 0.085 0.212 0.227 0.216 0.309 0.381 0.137 0.222 0.454 0.017 0.046 0.113 0.165 0.377 0.350 3070 chr12 133531026 133534110 + 0 NA intron (NM_183238, intron 1 of 4) C-rich|Low_complexity|Low_complexity 300 NM_183238 100289635 Hs.29698 NM_183238 ENSG00000196458 ZNF605 - zinc finger protein 605 protein-coding 2.238 1.244 1.489 2.441 1.568 2.421 1.938 0.677 1.880 0.684 1.385 0.363 0.620 0.420 0.551 1.842 0.707 0.103 2.159 0.431 0.607 3.862 1.473 0.670 2.469 1.080 1.746 0.936 1.341 0.475 1.615 2.460 0.660 3.849 0.239 1.477 0.217 3.769 0.147 0.459 12.570 0.988 1.691 1.140 0.773 0.501 0.963 0.813 1.663 2.416 0.616 1.028 1.842 2.032 1.891 2.469 0.276 0.376 0.712 3.144 1.976 0.955 0.805 1.248 0.515 1.662 1.000 0.315 0.661 0.348 0.372 3.186 2.594 3.651 1.300 4.959 4.873 0.796 1.367 nan 3.969 1.917 2.414 1.247 1.817 1.367 0.862 1.747 2.376 0.143 0.174 4488 chr16 85354761 85437822 + 0 NA Intergenic MER91C|DNA|hAT-Tip100 -56360 NR_049816 100847022 NR_049816 ENSG00000266307 MIR5093 - microRNA 5093 ncRNA nan 1.322 2.323 0.068 0.790 1.716 0.670 0.730 1.353 0.225 0.478 1.689 0.201 0.227 0.385 3.156 0.326 0.169 0.963 0.437 0.061 0.785 0.294 0.229 1.388 0.330 0.162 0.100 0.123 0.150 0.378 1.399 0.289 4.089 0.266 0.128 0.281 0.286 0.072 0.086 0.329 0.198 0.343 0.183 0.144 0.382 0.500 0.293 0.257 1.291 0.191 0.330 3.156 1.802 0.280 1.388 0.055 0.909 1.157 0.193 1.677 0.280 0.267 0.178 0.261 0.033 0.021 1.413 2.581 0.212 0.382 2.231 2.068 1.474 0.362 0.697 0.741 1.090 1.507 1.569 1.758 2.140 1.787 0.464 0.576 1.004 0.774 0.417 0.902 1.537 0.840 6599 chr2 206583799 206607737 + 0 NA intron (NM_201264, intron 7 of 8) intron (NM_201264, intron 7 of 8) 48544 NM_201264 8828 Hs.471200 NM_003872 ENSG00000118257 NRP2 NP2|NPN2|PRO2714|VEGF165R2 neuropilin 2 protein-coding 1.171 nan 1.148 0.118 0.208 0.752 1.079 0.154 0.277 0.016 0.921 0.441 0.005 0.037 0.086 0.593 0.133 0.054 0.434 0.160 0.069 0.064 0.072 0.084 0.255 0.587 0.458 0.052 0.108 0.168 0.140 0.549 0.139 0.566 0.159 0.672 0.012 0.023 0.075 0.138 0.540 0.157 0.063 0.092 0.137 0.155 0.178 0.262 0.562 0.045 0.095 0.484 0.593 0.178 0.217 0.255 0.169 0.159 0.422 0.083 0.089 0.175 0.066 1.330 0.146 0.038 0.023 0.272 0.195 0.284 0.589 0.391 0.428 0.371 0.113 0.804 0.732 1.107 1.507 0.731 0.814 1.366 1.371 0.162 0.259 0.065 0.166 1.778 4.467 0.346 0.352 7359 chr22 27596622 27622848 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 10953 NM_001350812 105372978 NM_001350812 LINC01638 - long intergenic non-protein coding RNA 1638 protein-coding nan 0.412 0.473 0.391 0.123 0.015 0.253 0.163 0.314 0.223 0.505 1.216 0.047 0.039 0.061 0.480 1.304 0.129 0.084 0.171 0.010 0.048 0.074 0.161 0.886 0.509 0.025 0.202 0.028 0.245 nan 0.102 0.426 0.039 0.405 0.011 0.054 0.082 0.252 0.085 0.088 0.089 0.074 0.071 0.035 0.327 3.325 0.361 0.041 0.658 0.413 0.480 0.036 0.039 0.161 0.121 0.118 0.207 0.031 0.020 1.076 0.030 0.033 1.103 0.358 0.322 0.386 0.300 0.631 nan 0.198 0.271 0.087 0.073 0.441 0.430 0.625 nan 0.218 0.306 0.535 0.177 0.155 0.122 0.074 0.071 0.107 nan 0.354 0.540 6294 chr2 106239648 106251886 + 0 NA Intergenic Intergenic -18751 NR_038891 285000 Hs.737917 NR_038891 LOC285000 - uncharacterized LOC285000 ncRNA 0.781 nan 0.720 0.077 0.108 0.122 0.111 0.186 0.294 0.008 0.044 0.106 0.056 0.044 0.114 0.091 0.190 0.124 0.046 0.021 0.023 0.051 0.135 0.138 0.045 0.018 0.018 0.072 0.052 0.096 0.114 0.325 0.024 0.052 0.008 0.027 0.071 0.022 0.170 0.144 0.055 0.032 0.018 0.057 0.060 0.129 0.093 0.023 0.026 0.037 0.114 0.089 0.038 0.138 0.041 0.076 0.079 0.040 0.118 0.038 0.847 0.079 0.019 0.019 0.008 2.648 2.230 9.868 1.642 0.688 0.727 0.481 0.225 2.091 2.097 0.274 0.476 0.367 0.371 0.309 0.149 1.199 2.093 0.040 0.091 0.197 0.382 0.210 0.330 2850 chr12 89840540 89859522 + 0 NA intron (NR_037659, intron 10 of 11) AluSx|SINE|Alu 68552 NM_003774 8693 Hs.25130 NM_003774 ENSG00000257594 GALNT4 GALNAC-T4|GALNACT4 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4 protein-coding 0.727 0.855 0.663 0.374 0.162 0.059 0.682 0.164 0.321 0.060 0.318 0.239 0.457 0.187 0.065 0.236 1.279 0.212 0.240 0.100 0.157 3.526 0.123 0.174 0.173 0.320 0.129 0.685 0.573 0.529 2.712 3.864 4.624 0.308 0.580 0.896 0.010 5.692 0.258 0.883 0.021 0.151 0.589 0.366 0.190 0.208 0.218 0.336 0.309 0.303 0.228 0.268 0.236 0.306 0.786 0.173 0.085 0.295 0.031 0.356 0.091 0.054 0.068 0.105 0.123 0.048 0.038 0.331 0.281 0.318 0.463 0.395 0.559 0.520 0.174 0.319 0.276 0.642 0.941 0.577 0.441 0.446 0.202 0.133 0.283 0.120 0.213 0.212 0.393 0.948 0.737 1967 chr11 61446884 61501865 + 0 NA intron (NM_006133, intron 1 of 19) intron (NM_006133, intron 1 of 19) 26469 NM_006133 747 Hs.241564 NM_006133 ENSG00000134780 DAGLA C11orf11|DAGL(ALPHA)|DAGLALPHA|NSDDR diacylglycerol lipase alpha protein-coding nan 1.894 2.761 0.972 1.568 1.795 2.127 1.019 2.028 0.406 0.852 0.384 0.258 0.688 1.691 0.866 0.167 0.067 1.763 1.014 0.106 0.053 0.959 0.745 2.555 0.610 0.422 0.194 0.726 0.865 0.981 2.681 0.816 4.030 1.591 0.128 0.744 0.212 0.100 0.315 1.113 1.192 0.226 0.143 0.437 0.913 0.778 0.360 0.655 0.166 0.216 0.644 0.866 2.987 0.283 2.555 0.689 0.499 0.674 0.386 0.373 0.660 0.129 0.359 0.238 0.070 0.056 0.768 1.315 0.404 0.797 7.065 7.615 2.164 0.562 0.586 0.662 1.799 2.558 3.626 3.448 0.983 1.063 0.693 0.842 1.997 1.922 0.610 1.096 1.600 0.912 657 chr1 145609381 145623222 + 0 NA intron (NM_014455, intron 1 of 8) L1P4|LINE|L1 -5257 NM_006468 10623 Hs.515768 NM_006468 ENSG00000186141 POLR3C RPC3|RPC62 RNA polymerase III subunit C protein-coding 2.166 nan 1.700 1.140 1.193 0.456 2.597 0.652 1.106 0.443 1.229 2.671 1.304 0.710 1.583 1.147 2.183 0.222 2.831 1.301 1.489 0.801 0.552 0.600 1.005 2.270 2.266 0.656 1.311 1.097 3.272 4.324 1.287 4.137 1.872 2.291 0.227 1.284 0.155 2.030 0.939 0.818 1.321 0.723 2.165 0.840 1.625 0.794 1.206 1.297 0.431 3.096 1.147 2.300 1.582 1.005 0.788 1.206 0.161 1.704 1.258 3.315 0.753 0.396 1.108 1.079 0.721 2.112 1.996 1.901 2.811 2.745 2.606 1.661 0.623 2.787 2.809 1.542 2.033 1.734 2.764 1.582 1.407 2.782 3.821 1.072 1.231 1.789 1.816 1.099 0.898 7611 chr3 53871223 53886224 + 0 NA intron (NM_018397, intron 1 of 8) intron (NM_018397, intron 1 of 8) 1697 NM_018397 55349 Hs.126688 NM_018397 ENSG00000016391 CHDH - choline dehydrogenase protein-coding 1.147 1.073 nan 1.022 0.487 0.644 0.141 0.117 0.191 0.038 0.081 0.283 0.006 1.000 0.312 0.120 0.111 0.044 0.364 0.101 0.042 0.037 0.200 0.169 0.287 0.170 0.101 0.133 0.339 0.183 0.262 0.465 0.158 0.845 0.098 0.136 0.082 0.123 0.086 0.119 0.280 0.074 0.357 0.239 0.189 0.234 0.045 0.152 0.456 0.195 0.278 0.359 0.120 0.345 0.056 0.287 0.245 0.149 0.045 0.465 0.204 0.242 3.803 0.099 0.020 0.504 0.309 3.204 4.197 3.281 3.696 0.706 0.581 1.235 0.442 1.895 1.985 0.859 1.187 1.405 1.712 nan 0.706 4.707 8.781 0.437 0.454 0.241 0.314 1.097 0.621 11000 chr8 62456174 62476781 + 0 NA intron (NM_004318, intron 19 of 24) intron (NM_004318, intron 19 of 24) 135931 NM_001164752 444 Hs.332422 NM_004318 ENSG00000198363 ASPH AAH|BAH|CASQ2BP1|FDLAB|HAAH|JCTN|junctin aspartate beta-hydroxylase protein-coding 2.505 0.766 1.083 0.077 0.107 0.049 0.093 0.124 0.233 0.014 0.181 0.138 0.027 0.047 0.242 0.297 0.123 0.038 0.232 0.037 0.052 0.020 0.138 0.197 0.162 0.140 0.060 0.021 0.110 0.010 0.113 0.147 0.079 0.333 0.054 0.099 0.111 0.026 0.079 0.029 0.277 0.081 0.047 0.038 0.053 0.060 0.091 0.138 0.107 0.106 0.035 0.121 0.297 0.074 0.063 0.162 0.053 0.028 13.340 0.022 0.079 0.055 0.060 0.380 0.022 0.022 0.012 0.336 0.263 0.234 0.329 0.736 0.929 0.409 0.138 0.136 0.164 5.659 nan 0.267 0.298 nan 3.162 0.181 0.335 0.577 0.531 0.601 2.092 0.878 0.751 5616 chr19 34764561 34770687 + 0 NA intron (NM_014686, intron 1 of 13) intron (NM_014686, intron 1 of 13) 22168 NM_014686 9710 Hs.330073 NM_014686 ENSG00000166398 KIAA0355 - KIAA0355 protein-coding 1.136 0.877 0.950 0.183 0.469 0.101 0.046 0.126 0.482 0.124 0.923 1.068 0.020 0.049 0.150 0.184 0.293 0.104 0.311 0.066 0.023 0.177 0.145 0.196 0.045 0.059 0.094 0.055 0.052 0.067 0.168 0.093 1.446 0.095 0.054 0.047 0.090 0.163 0.174 0.077 0.120 0.059 0.038 0.053 0.052 0.252 0.359 0.153 0.322 0.026 0.054 0.184 0.193 0.074 0.196 0.138 0.013 0.163 0.086 0.033 0.117 0.717 0.123 1.311 1.509 0.895 6.002 6.027 8.308 7.219 0.381 0.504 0.890 0.238 0.745 0.786 0.481 0.787 0.890 1.101 nan 0.305 2.086 3.135 0.215 0.321 0.432 0.814 1.085 0.719 9412 chr6 6800447 6863945 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -209137 NR_026970 285780 Hs.655737 NM_173675 ENSG00000216863 LY86-AS1 LY86-AS|LY86AS LY86 antisense RNA 1 ncRNA 0.921 1.574 1.029 0.467 1.175 0.647 0.817 0.266 0.449 0.080 0.110 0.109 0.028 0.344 0.778 1.110 0.125 0.145 0.828 0.533 0.107 0.015 0.456 0.169 2.752 1.300 0.769 0.029 0.759 0.509 0.915 4.316 0.311 1.089 0.525 0.426 0.060 0.053 0.121 0.105 0.146 0.142 0.144 0.108 0.937 0.403 0.477 0.375 0.363 0.101 0.509 1.802 1.110 0.991 0.061 2.752 1.171 0.458 0.222 0.104 0.994 0.228 0.072 0.168 0.151 0.052 0.061 0.621 0.779 0.382 0.642 1.414 1.174 1.905 0.791 0.463 0.527 0.240 0.467 1.463 1.629 0.568 0.330 0.254 0.357 0.372 0.694 0.345 0.594 1.378 0.978 503 chr1 88837230 88845145 + 0 NA Intergenic Intergenic -308640 NM_001320709 5586 Hs.440833 NM_006256 ENSG00000065243 PKN2 PAK2|PRK2|PRKCL2|PRO2042|Pak-2|STK7 protein kinase N2 protein-coding 0.966 nan nan 0.119 0.200 0.063 0.018 0.350 0.419 0.053 0.036 0.024 6.028 0.034 0.209 0.191 0.078 0.099 0.020 0.042 0.199 0.158 0.151 0.038 0.093 0.051 0.112 0.073 0.451 0.015 0.028 0.024 0.049 0.095 0.015 0.152 0.091 0.015 0.010 0.017 0.039 0.171 0.127 0.062 0.036 0.010 0.076 0.209 0.066 0.011 0.151 0.025 0.015 0.141 0.020 0.012 0.148 0.020 0.029 0.056 0.258 0.125 0.317 0.438 0.568 0.521 0.133 0.123 0.256 0.214 0.201 0.319 1.963 1.332 0.494 0.195 0.040 0.171 0.032 0.052 0.455 0.723 0.496 0.629 10099 chr6 170856335 170865638 + 0 NA intron (NM_002793, intron 1 of 5) intron (NM_002793, intron 1 of 5) 1431 NM_002793 5689 Hs.352768 NM_002793 ENSG00000008018 PSMB1 HC5|PMSB1|PSC5 proteasome subunit beta 1 protein-coding nan 1.895 nan 0.919 3.546 1.491 1.222 1.173 2.720 0.595 1.176 1.407 0.490 0.420 2.615 2.449 1.396 0.087 1.491 0.529 1.270 0.611 0.995 0.433 2.314 1.732 1.866 0.483 0.886 0.315 2.476 2.373 1.372 4.707 0.927 1.404 0.378 1.914 0.103 0.708 0.845 1.930 2.457 1.146 1.135 0.437 1.502 0.935 1.199 3.493 0.405 0.876 2.449 2.244 1.490 2.314 0.615 0.835 0.670 1.350 1.059 0.962 0.752 1.060 0.671 1.065 0.581 3.453 2.728 4.499 5.930 nan 4.231 9.088 4.380 8.716 8.754 1.585 2.146 nan 4.702 5.968 5.556 1.581 2.860 3.345 5.515 3.923 4.099 1.794 0.682 5383 chr18 57042577 57063651 + 0 NA Intergenic Intergenic -26606 NM_005570 3998 Hs.465295 NM_005570 ENSG00000074695 LMAN1 ERGIC-53|ERGIC53|F5F8D|FMFD1|MCFD1|MR60|gp58 lectin, mannose binding 1 protein-coding nan 1.053 1.065 0.065 0.465 0.095 0.057 0.115 0.334 0.005 0.058 0.084 0.017 0.114 0.688 1.146 0.062 0.061 0.046 0.007 0.021 0.033 0.453 0.295 0.705 0.016 0.017 0.017 0.039 0.010 0.049 0.122 0.080 1.131 0.021 0.156 2.079 0.010 0.059 0.220 0.076 0.014 0.022 0.021 0.027 0.068 0.100 0.052 0.057 0.034 0.047 1.146 0.054 0.017 0.705 0.029 0.020 0.156 0.055 0.505 0.026 0.071 0.714 0.003 0.341 0.256 0.173 0.284 1.309 1.728 1.711 0.404 0.465 0.486 0.200 0.361 1.392 1.411 1.042 0.596 0.171 0.182 5.051 5.723 1.181 3.259 nan 1.848 7811 chr3 126852908 126902626 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -34207 NM_001007534 285311 Hs.591284 NM_001007534 ENSG00000214324 C3orf56 - chromosome 3 open reading frame 56 protein-coding 1.346 nan 1.330 0.081 1.453 2.793 0.093 0.506 0.941 0.011 0.053 0.046 0.009 0.415 3.017 1.467 0.172 0.133 0.049 0.016 0.015 0.036 1.078 0.482 2.149 0.055 0.043 0.033 0.073 0.008 0.104 0.327 0.102 2.549 0.030 0.033 0.164 0.030 0.058 0.031 0.638 0.139 0.052 0.022 0.044 0.044 0.048 0.119 0.046 0.062 0.017 0.056 1.467 0.058 0.015 2.149 0.024 0.037 0.346 0.077 0.389 0.039 0.280 0.178 0.012 0.016 0.011 0.337 0.525 0.098 0.134 5.291 4.698 4.122 1.514 0.125 0.120 0.736 nan 3.207 3.035 0.964 0.758 0.491 0.657 0.696 0.685 0.643 1.506 2.278 1.251 10825 chr8 17460254 17479048 + 0 NA intron (NM_006207, intron 3 of 6) intron (NM_006207, intron 3 of 6) 35709 NM_006207 5157 Hs.458573 NM_006207 ENSG00000104213 PDGFRL PDGRL|PRLTS platelet derived growth factor receptor like protein-coding 0.848 0.999 nan 0.217 0.711 0.109 0.690 0.737 1.646 0.046 0.154 2.425 0.227 5.063 0.076 0.211 1.546 0.427 0.228 0.081 1.008 0.029 0.381 0.265 1.966 0.301 0.185 0.024 0.496 1.152 0.915 1.945 0.780 0.979 0.490 1.449 0.152 0.052 0.103 0.126 0.013 0.071 0.093 0.079 0.366 0.963 0.440 0.143 2.537 0.106 1.447 0.777 0.211 0.672 1.523 1.966 0.567 0.198 0.021 0.090 5.269 0.378 0.080 0.344 0.584 0.015 0.005 0.427 0.340 0.637 1.139 1.009 nan 2.019 0.377 0.336 0.432 0.207 0.413 2.325 3.488 0.562 0.294 0.169 0.207 0.680 0.864 0.571 1.209 2.648 1.411 1483 chr10 61750671 61757827 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -33578 NR_024340 283025 Hs.522955 NM_001017982 ENSG00000235931 LINC01553 C10orf40 long intergenic non-protein coding RNA 1553 ncRNA 0.573 nan 0.731 1.627 0.934 2.264 3.059 0.283 0.539 0.067 0.110 0.142 0.409 0.127 1.634 0.028 0.304 0.089 3.497 1.448 0.008 0.035 0.220 0.102 0.168 1.433 0.752 0.011 4.946 1.939 3.716 8.087 3.401 5.659 1.539 0.075 0.187 0.030 0.046 0.083 0.469 0.140 0.068 0.032 3.179 4.242 0.783 0.086 0.284 0.080 0.033 0.749 0.028 2.897 0.026 0.168 0.433 0.463 0.040 0.009 0.029 0.207 2.679 0.036 0.021 3.261 3.738 0.392 1.113 1.864 1.765 1.764 0.498 4.706 5.350 0.418 0.704 2.822 3.913 0.297 0.131 1.082 2.039 1.083 0.818 0.154 nan 0.740 0.462 5769 chr19 48819625 48855267 + 0 NA exon (NM_018273, exon 7 of 8) exon (NM_018273, exon 7 of 8) 8190 NM_001313905 2014 Hs.9999 NM_001425 ENSG00000142227 EMP3 YMP epithelial membrane protein 3 protein-coding 2.104 1.354 3.653 1.267 1.179 1.800 0.914 1.484 2.867 0.348 1.646 1.527 0.146 0.506 2.877 0.946 0.929 0.253 0.835 0.473 1.548 0.325 0.572 0.398 1.206 0.623 0.690 0.375 0.861 0.565 0.691 nan 1.076 2.441 0.807 1.151 1.256 1.376 0.127 0.686 0.715 2.281 0.878 0.361 0.640 0.278 0.739 1.514 2.142 2.395 1.164 0.607 0.946 1.261 1.287 1.206 0.387 0.437 1.250 1.598 0.843 0.636 1.436 0.749 1.051 0.769 0.580 1.081 1.526 1.067 1.368 2.835 2.272 3.694 1.303 1.997 2.108 3.148 4.119 2.066 2.793 3.581 3.218 0.897 1.321 2.925 2.938 1.506 2.878 2.232 1.051 4069 chr15 74666009 74681440 + 0 NA intron (NR_146881, intron 1 of 3) intron (NR_146881, intron 1 of 3) 2301 NR_146881 105370894 NR_146881 LINC02255 - long intergenic non-protein coding RNA 2255 ncRNA 0.828 0.717 1.172 3.886 0.119 0.116 2.310 0.357 0.523 0.632 0.281 0.349 0.428 0.209 0.400 0.349 0.120 0.063 1.303 1.431 0.366 0.090 0.587 0.370 0.272 0.623 0.431 0.380 2.829 1.874 1.153 1.602 0.235 1.221 1.402 0.235 0.099 0.167 0.061 0.327 0.066 0.458 0.127 0.122 1.592 0.503 0.980 0.718 0.238 0.433 0.154 0.390 0.349 1.680 0.426 0.272 0.635 2.661 0.126 0.444 0.167 0.446 0.463 0.064 0.675 0.093 0.054 1.087 1.783 0.580 1.412 0.855 0.630 1.141 0.416 0.430 0.439 0.393 0.594 0.671 0.945 1.043 0.938 0.672 0.861 0.503 0.321 0.391 0.647 0.799 0.540 10685 chr7 135512413 135531098 + 0 NA Intergenic MLT2B1|LTR|ERVL -88161 NM_205855 389558 Hs.55200 NM_205855 ENSG00000189320 FAM180A UNQ1940 family with sequence similarity 180 member A protein-coding nan nan nan 0.058 0.141 0.100 0.071 0.214 0.331 0.025 0.092 0.070 0.024 0.064 0.512 0.212 0.124 0.035 0.111 0.071 0.014 0.022 0.152 0.171 0.301 0.037 0.023 0.008 0.095 0.015 0.069 0.320 0.166 0.259 0.069 0.097 0.061 0.150 0.006 0.209 0.187 0.039 0.008 0.018 0.037 0.177 0.198 0.078 0.041 0.013 0.071 0.212 0.126 0.061 0.301 0.091 0.089 0.280 0.075 0.065 0.061 0.088 0.225 0.037 0.006 0.018 0.580 0.420 0.238 0.368 0.265 0.310 nan 1.166 0.253 0.343 0.221 nan 0.415 0.338 nan 0.168 0.229 0.329 0.407 0.396 0.673 1.671 1.387 nan 10667 chr7 130847505 130865160 + 0 NA intron (NM_001145354, intron 2 of 18) AluSq2|SINE|Alu 61477 NM_001145354 4289 Hs.44693 NM_013255 ENSG00000128585 MKLN1 TWA2 muskelin 1 protein-coding nan nan nan 0.136 0.179 0.016 1.461 0.118 0.330 0.081 1.263 2.023 0.011 0.045 0.118 0.277 1.714 0.410 0.610 0.387 2.732 0.008 0.106 0.164 0.114 2.015 1.621 0.743 1.421 1.007 0.086 0.509 0.224 0.240 0.169 3.036 0.059 0.092 0.177 0.503 0.036 2.063 1.522 0.600 0.841 0.614 1.759 2.625 2.435 0.594 0.706 1.426 0.277 0.231 0.269 0.114 0.293 0.667 0.033 1.042 0.075 1.269 0.051 0.028 0.529 1.034 0.577 0.446 0.337 0.293 0.411 0.301 0.365 nan 0.162 0.253 0.305 0.177 nan 0.231 0.287 nan 0.142 0.207 0.288 0.098 0.141 0.311 0.458 0.913 nan 11522 chr9 34046566 34050867 + 0 NA intron (NM_018449, intron 1 of 28) CpG 231 NM_001282529 55833 Hs.493739 NM_018449 ENSG00000137073 UBAP2 UBAP-2 ubiquitin associated protein 2 protein-coding 5.478 9.196 4.543 3.753 7.836 5.651 3.945 2.940 6.257 1.760 4.782 2.670 1.409 1.441 4.202 4.205 3.700 0.359 4.024 1.367 2.161 1.961 3.695 1.827 4.891 3.289 3.446 3.651 3.085 1.276 5.393 9.363 6.454 13.428 3.158 3.228 1.264 4.128 0.149 1.441 3.116 4.197 3.695 1.745 3.557 2.434 2.663 2.895 4.353 5.744 2.559 4.127 4.205 5.199 5.789 4.891 1.682 3.196 0.563 4.112 2.168 3.004 3.175 2.904 2.358 2.905 2.017 7.058 5.927 8.224 11.323 11.679 8.890 12.817 10.112 12.172 13.745 8.009 9.386 8.225 12.201 8.336 9.136 7.260 8.085 10.008 12.283 8.220 6.488 8.384 4.585 9514 chr6 25623078 25674986 + 0 NA Intergenic Intergenic -3397 NM_006998 10590 Hs.116428 NM_006998 ENSG00000079689 SCGN CALBL|DJ501N12.8|SECRET|SEGN|setagin secretagogin, EF-hand calcium binding protein protein-coding 1.098 1.110 nan 0.075 1.644 0.095 0.035 0.164 0.373 0.071 0.069 0.025 0.613 0.597 0.448 0.123 0.093 0.138 0.058 0.026 0.032 1.245 0.451 0.588 0.041 0.020 0.014 0.065 0.002 0.081 0.066 0.092 nan 0.051 0.051 0.703 0.044 0.131 0.005 0.353 0.142 0.022 0.018 0.007 0.027 0.100 0.084 0.155 0.066 0.129 0.041 0.448 0.075 0.030 0.588 0.024 0.060 0.159 0.106 1.477 0.098 0.202 0.222 0.018 0.017 0.003 0.856 0.912 0.168 nan 0.778 0.812 nan 1.351 0.255 0.250 0.744 1.077 2.729 2.354 0.466 0.233 0.257 0.455 3.037 3.584 0.562 1.133 2.147 1.117 1996 chr11 64033576 64045916 + 0 NA intron (NM_004322, intron 1 of 2) AluSc8|SINE|Alu -12065 NM_001170726 56834 Hs.523763 NM_020155 ENSG00000173264 GPR137 C11orf4|GPR137A|TM7SF1L1 G protein-coupled receptor 137 protein-coding nan 1.596 2.329 1.552 1.907 2.478 1.671 0.831 1.716 1.140 3.118 1.260 1.080 1.697 1.971 1.462 0.928 0.315 1.472 0.589 3.440 1.751 0.757 0.490 1.329 1.742 1.650 1.366 1.221 0.437 3.701 6.103 2.111 6.518 1.231 2.422 0.516 3.101 0.182 1.005 1.125 5.203 4.137 1.704 0.915 0.988 2.829 1.988 3.107 2.449 1.503 1.109 1.462 1.724 1.385 1.329 1.040 1.331 0.904 3.411 1.572 2.132 2.373 0.893 2.779 0.863 0.474 2.646 3.928 2.035 3.027 2.926 2.794 3.374 1.159 3.605 3.657 2.461 3.784 3.115 3.927 2.175 2.349 1.901 3.521 1.973 2.177 1.744 2.835 1.915 0.914 10386 chr7 61739953 61758364 + 0 NA Intergenic HSATII|Satellite|Satellite 1015276 NR_003952 643955 Hs.583308 NR_003952 ENSG00000185037 ZNF733P ZNF733 zinc finger protein 733, pseudogene pseudo nan nan nan 0.285 0.449 0.137 0.100 0.574 0.991 0.093 0.405 0.300 0.064 0.464 0.276 0.598 0.514 4.314 0.253 0.072 0.064 0.324 0.393 1.313 0.273 0.038 0.204 0.043 0.519 0.040 0.315 0.160 0.986 1.797 0.159 0.430 0.268 0.282 1.658 0.032 0.190 0.554 0.145 0.080 0.048 0.622 0.324 1.042 0.146 0.166 0.094 0.210 0.598 0.247 0.192 0.273 0.060 0.260 0.079 0.088 0.199 0.312 0.333 0.431 0.128 0.130 0.110 1.717 0.694 0.363 0.401 1.026 1.779 0.549 0.441 0.697 0.666 1.289 1.746 1.115 1.190 1.960 0.454 0.551 1.270 0.373 0.698 0.707 1.404 0.413 0.688 8965 chr5 68529445 68536821 + 0 NA intron (NM_001324070, intron 2 of 8) L2a|LINE|L2 2511 NM_001324075 1022 Hs.184298 NM_001799 ENSG00000134058 CDK7 CAK|CAK1|CDKN7|HCAK|MO15|STK1|p39MO15 cyclin dependent kinase 7 protein-coding 1.169 1.720 0.891 1.719 0.583 0.211 2.044 0.544 0.901 0.415 1.689 0.990 0.376 0.284 0.861 0.505 0.952 0.242 1.703 0.525 1.092 0.224 0.233 0.147 0.326 1.940 1.552 1.389 1.575 1.939 1.027 1.236 0.880 2.009 0.474 0.781 0.245 0.897 0.207 0.590 0.128 1.312 1.552 0.872 1.055 0.664 1.815 0.529 0.889 2.098 0.491 1.031 0.505 1.696 5.705 0.326 0.512 0.571 0.106 0.974 0.494 1.383 0.228 0.233 0.567 1.557 1.446 0.740 0.687 1.416 2.366 0.877 1.112 2.214 0.982 1.599 1.742 1.343 1.505 1.150 2.162 1.277 0.968 0.356 0.836 0.939 1.565 1.217 1.226 0.847 0.447 11357 chr8 142668886 142680689 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -157457 NR_102364 389690 Hs.689547 NM_207414 ENSG00000226807 MROH5 - maestro heat like repeat family member 5 protein-coding 1.388 0.731 nan 0.062 0.075 4.757 0.048 0.190 0.333 0.024 0.111 0.024 0.010 0.076 0.695 0.196 0.051 0.041 0.055 0.032 0.039 0.058 0.053 0.090 0.121 0.047 0.036 0.032 0.098 0.035 0.088 0.149 0.073 0.878 0.062 0.041 0.064 0.028 0.034 0.028 0.117 0.056 0.047 0.028 0.019 0.066 0.195 0.124 0.046 0.027 0.062 0.196 0.094 0.024 0.121 0.020 0.028 0.537 0.108 0.138 0.014 0.050 0.070 0.007 0.048 0.013 0.189 0.168 0.082 0.151 nan 2.078 nan 0.080 0.169 0.188 0.568 0.901 1.105 1.839 0.903 1.091 0.373 0.359 0.243 0.277 0.411 0.320 0.307 0.374 4695 chr17 30842478 30848410 + 0 NA intron (NM_015194, intron 21 of 21) L2c|LINE|L2 31339 NM_003885 8851 Hs.500015 NM_003885 ENSG00000176749 CDK5R1 CDK5P35|CDK5R|NCK5A|p23|p25|p35|p35nck5a cyclin dependent kinase 5 regulatory subunit 1 protein-coding 3.862 2.267 1.188 0.360 2.855 3.258 0.391 5.507 10.251 0.097 0.128 0.090 0.031 0.033 0.180 7.227 0.163 0.133 0.467 0.223 0.022 0.663 0.977 0.754 4.606 0.128 0.060 0.163 0.140 0.199 0.260 0.477 0.118 7.223 0.148 0.101 0.709 0.937 0.104 0.079 0.401 0.247 0.275 0.211 0.128 0.106 0.178 0.134 0.149 0.168 0.013 0.057 7.227 0.761 4.606 0.123 0.028 0.976 0.502 0.610 0.013 0.633 0.816 0.088 0.097 0.026 1.773 1.475 1.103 1.841 nan 4.801 6.031 2.286 0.807 0.869 0.826 1.120 3.515 6.326 nan 2.941 0.466 0.814 2.378 1.779 2.768 4.544 4.382 2.144 9436 chr6 12285631 12293481 + 0 NA promoter-TSS (NM_001955) promoter-TSS (NM_001955) -973 NM_001168319 1906 Hs.511899 NM_001955 ENSG00000078401 EDN1 ARCND3|ET1|HDLCQ7|PPET1|QME endothelin 1 protein-coding 0.568 nan 0.599 3.425 0.548 0.014 1.999 0.144 0.386 2.025 0.594 2.342 7.580 0.051 0.260 0.277 2.213 0.302 1.855 0.410 3.141 0.018 0.279 0.148 0.164 3.370 3.299 0.019 3.868 3.312 2.427 2.611 4.627 1.057 1.292 2.081 0.036 0.629 0.058 0.537 0.010 1.629 0.890 0.487 2.660 2.546 5.008 0.470 5.405 0.478 1.959 2.685 0.277 3.628 1.535 0.164 0.898 6.164 0.025 0.801 0.026 1.821 0.089 0.063 0.667 0.732 0.543 0.567 0.602 0.976 3.841 1.081 1.025 0.211 0.065 0.980 1.083 0.153 0.249 0.154 0.137 0.542 0.424 0.374 0.546 0.138 0.185 0.111 0.335 0.662 0.607 5781 chr19 49519961 49534967 + 0 NA 5' UTR (NM_000737, exon 1 of 3) 5' UTR (NM_000737, exon 1 of 3) 168 NM_000737 1082 Hs.446683 NM_000737 ENSG00000104827 CGB3 CGB|CGB5|CGB7|CGB8|hCGB chorionic gonadotropin subunit beta 3 protein-coding 0.857 0.711 0.867 5.580 0.310 0.071 1.400 0.356 0.764 0.184 0.795 1.184 0.095 0.167 0.249 0.237 0.174 0.107 0.793 0.519 0.641 0.046 0.251 0.083 0.303 0.133 0.143 0.152 0.386 0.390 0.851 nan 0.395 0.462 1.184 0.090 0.019 0.384 0.094 0.355 0.016 0.380 0.202 0.135 0.232 0.285 0.199 0.410 0.374 0.885 0.615 0.208 0.237 0.762 0.316 0.303 0.351 0.391 0.083 1.838 0.610 0.616 0.053 0.130 0.353 0.242 0.157 0.194 0.223 0.628 0.923 0.645 0.611 1.015 0.326 0.600 0.666 0.189 0.370 0.265 0.298 0.685 0.441 0.281 0.288 0.235 0.340 0.303 0.657 0.601 0.457 6143 chr2 58266226 58285487 + 0 NA intron (NM_006296, intron 1 of 12) intron (NM_006296, intron 1 of 12) 2009 NM_001130481 7444 Hs.715298 NM_006296 ENSG00000028116 VRK2 - vaccinia related kinase 2 protein-coding 1.444 nan 1.893 0.938 0.576 0.585 1.046 0.433 1.013 0.204 0.940 1.530 0.263 0.134 0.162 0.768 0.697 0.091 0.892 0.501 0.918 0.266 1.041 0.905 1.173 0.846 0.650 0.311 1.385 0.410 0.790 1.272 0.625 0.380 0.890 1.291 0.280 0.591 0.157 0.545 0.562 1.217 0.510 0.304 0.890 0.403 0.884 0.640 1.247 0.779 0.631 0.820 0.768 0.986 1.258 1.173 0.623 0.336 0.020 0.984 0.912 0.579 0.530 0.316 0.603 0.389 0.291 1.007 1.051 2.833 3.304 1.403 1.423 3.772 1.455 2.244 2.251 4.819 6.012 2.092 2.600 0.724 0.385 0.596 1.156 1.088 1.051 0.575 0.685 1.326 0.753 10658 chr7 129780881 129795502 + 0 NA Intergenic Intergenic 6620 NR_149034 100128325 Hs.105944 NR_149033 ENSG00000229196 LOC100128325 - uncharacterized LOC100128325 ncRNA 1.788 1.622 3.679 0.273 0.734 2.975 0.092 0.329 0.674 0.856 0.915 0.153 0.081 0.588 0.590 0.824 0.261 0.153 0.406 0.156 0.397 0.086 1.355 0.910 1.812 0.775 0.317 0.257 0.128 0.051 0.306 1.023 0.255 1.526 0.282 0.145 0.475 0.298 0.135 0.212 0.293 2.333 0.063 0.030 0.887 0.137 0.171 0.164 0.128 0.167 0.038 0.122 0.824 0.355 0.204 1.812 0.058 0.119 0.722 0.203 0.863 0.135 0.459 0.208 0.056 0.922 0.520 0.602 1.280 0.417 1.141 1.816 1.668 2.480 0.594 0.557 0.577 0.625 1.194 2.046 1.980 4.435 4.970 1.351 1.903 1.512 1.457 0.467 0.891 3.158 1.390 5285 chr18 41138683 41175547 + 0 NA Intergenic L3b|LINE|CR1 -299500 NM_020783 6860 Hs.8059 NM_020783 ENSG00000132872 SYT4 HsT1192 synaptotagmin 4 protein-coding nan 0.847 1.233 0.062 0.251 0.017 0.045 0.391 0.709 0.003 0.065 0.120 0.005 0.079 0.061 0.314 0.107 0.044 0.017 0.014 0.019 0.464 0.236 0.104 0.109 0.049 0.012 0.051 0.008 0.057 0.041 0.042 0.312 0.008 0.612 0.468 0.035 0.063 0.010 0.079 0.042 0.013 0.015 0.032 0.029 0.065 0.065 0.052 0.021 0.019 0.101 0.314 0.020 0.015 0.104 0.182 0.009 0.058 0.021 0.236 0.021 0.013 0.110 0.021 0.005 0.008 0.399 0.234 0.207 0.329 0.563 0.679 5.699 3.841 0.084 0.087 0.446 0.597 0.678 0.621 0.444 0.248 0.103 0.127 2.189 2.140 0.244 nan 4.480 2.151 6956 chr20 35345497 35378870 + 0 NA intron (NM_032013, intron 1 of 15) intron (NM_032013, intron 1 of 15) 12358 NM_032013 57446 Hs.437338 NM_022477 ENSG00000101079 NDRG3 - NDRG family member 3 protein-coding 1.235 1.438 1.012 0.465 0.434 0.112 0.455 0.284 0.439 0.282 0.389 0.580 0.033 0.348 0.245 0.280 0.306 0.246 0.583 0.239 0.123 0.116 0.216 0.203 0.438 0.297 0.176 0.246 0.253 0.111 0.220 nan 0.332 0.874 0.259 0.291 0.043 0.269 0.117 0.369 0.147 0.284 0.222 0.164 0.226 0.136 0.298 0.381 0.327 0.478 0.497 0.367 0.280 0.424 0.493 0.438 0.205 0.245 0.116 0.609 0.234 0.378 0.152 2.040 0.597 0.081 0.057 0.946 1.108 0.463 0.660 0.594 nan 1.187 0.525 0.814 0.803 0.839 1.245 0.995 1.199 1.063 0.763 0.587 0.812 0.192 0.235 1.782 nan 0.477 0.357 10651 chr7 128466377 128474641 + 0 NA promoter-TSS (NM_001458) promoter-TSS (NM_001458) 26 NM_001127487 2318 Hs.58414 NM_001458 ENSG00000128591 FLNC ABP-280|ABP280A|ABPA|ABPL|CMH26|FLN2|MFM5|MPD4|RCM5 filamin C protein-coding 3.061 0.736 1.045 1.120 0.191 0.825 3.580 0.136 0.314 0.079 4.628 4.208 0.068 0.013 0.170 1.442 0.777 0.274 2.488 1.886 0.036 0.285 0.229 0.093 0.253 0.636 0.349 2.705 0.231 2.107 2.001 3.119 0.203 0.364 0.124 0.157 0.082 3.848 0.170 0.994 2.435 0.191 2.014 1.103 0.394 1.162 0.372 0.313 0.463 8.338 0.048 0.154 1.442 1.563 3.721 0.253 0.149 0.080 2.258 0.694 0.531 1.945 0.049 1.401 1.633 0.035 0.012 0.498 0.895 0.662 0.971 0.581 0.626 1.255 0.473 0.487 0.599 0.849 1.227 0.287 0.383 4.624 5.790 0.533 0.448 0.694 0.916 2.089 3.822 0.705 0.479 3253 chr13 94678435 94687167 + 0 NA intron (NM_005708, intron 4 of 8) intron (NM_005708, intron 4 of 8) 157444 NR_046535 100873972 Hs.670344 NR_046535 ENSG00000236520 GPC6-AS1 - GPC6 antisense RNA 1 ncRNA 0.936 1.513 0.833 0.040 0.051 0.264 0.033 0.288 0.793 0.011 0.125 0.240 0.021 0.022 0.357 1.291 0.399 0.158 0.087 0.015 0.071 0.065 0.326 0.048 0.017 0.025 0.047 0.075 0.162 0.049 0.471 0.084 0.034 0.252 0.025 0.033 0.013 0.662 0.169 0.021 0.018 0.025 0.017 0.132 0.114 0.056 0.057 0.045 0.038 1.291 0.089 0.326 0.014 0.028 0.076 0.053 0.058 0.027 0.137 0.140 0.044 0.013 0.006 0.672 0.479 8.980 9.018 0.468 0.646 0.733 0.314 0.102 0.139 0.372 0.309 0.282 0.321 0.344 0.213 0.390 0.591 1.638 2.006 0.479 1.011 0.214 0.128 11583 chr9 75048244 75062127 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -75022 NM_006007 7763 Hs.406096 NM_006007 ENSG00000107372 ZFAND5 ZA20D2|ZFAND5A|ZNF216 zinc finger AN1-type containing 5 protein-coding nan nan nan 0.528 0.075 0.004 6.531 0.070 0.204 0.648 0.718 1.119 0.067 0.026 0.129 0.164 0.139 0.197 2.106 1.544 0.373 0.010 0.056 0.130 0.060 2.143 1.461 0.447 1.505 1.680 1.445 3.143 0.720 0.255 1.664 0.164 0.014 0.077 0.077 1.165 0.040 2.317 1.725 0.910 0.911 1.567 0.947 1.671 1.216 1.335 0.159 1.397 0.164 1.723 1.042 0.060 0.858 1.038 0.027 0.310 0.014 0.812 0.043 0.133 1.236 0.632 0.402 0.193 0.197 0.293 nan 0.298 nan 0.080 0.060 0.242 0.212 0.217 0.296 0.326 0.277 0.136 0.056 0.045 0.105 0.147 0.196 0.202 0.516 0.397 0.518 11418 chr9 3872529 4001246 + 0 NA intron (NM_001042413, intron 5 of 10) intron (NM_001042413, intron 5 of 10) 38241 NR_026663 84850 Hs.676113 NM_032764 ENSG00000237009 GLIS3-AS1 C9orf70 GLIS3 antisense RNA 1 ncRNA 0.820 1.910 0.742 0.247 0.229 0.229 0.642 0.180 0.404 0.018 0.260 0.084 0.018 0.027 0.279 0.293 0.392 0.095 0.371 0.230 0.151 0.009 0.281 0.178 0.198 0.225 0.106 0.011 0.168 0.061 0.123 0.617 0.123 0.702 0.369 0.354 0.126 0.113 0.084 0.484 0.119 0.127 0.080 0.046 0.341 0.088 0.148 0.164 0.186 0.285 0.182 0.464 0.293 0.116 0.084 0.198 0.089 0.082 0.182 0.081 0.171 0.133 0.262 0.083 0.291 0.155 0.161 0.341 0.361 7.367 12.743 0.462 0.556 0.168 0.111 0.266 0.277 1.070 1.658 0.549 0.754 0.841 0.646 0.376 0.684 0.578 0.534 0.248 nan 1.313 1.082 1114 chr1 214400250 214411133 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu -48874 NM_020197 56950 Hs.66170 NM_020197 ENSG00000143499 SMYD2 HSKM-B|KMT3C|ZMYND14 SET and MYND domain containing 2 protein-coding 1.451 2.309 1.243 0.077 0.753 0.031 0.079 0.517 0.923 0.009 0.095 0.034 0.012 0.084 1.605 0.547 0.138 0.103 0.102 0.040 0.023 2.030 1.297 0.659 0.064 0.033 0.014 0.074 0.028 0.126 0.742 0.181 nan 0.040 0.093 1.108 0.049 0.118 0.011 0.088 0.034 0.028 0.011 0.034 0.028 0.151 0.176 0.097 0.038 0.141 0.547 0.073 0.026 0.659 0.040 0.107 0.054 0.054 1.475 0.044 0.036 0.239 0.007 0.011 0.014 0.323 0.316 0.350 0.474 1.036 1.242 nan 0.926 0.446 0.370 1.919 nan 2.530 3.078 0.458 0.355 0.116 0.129 2.595 3.767 0.566 1.099 4.010 1.745 2389 chr11 134580805 134609020 + 0 NA Intergenic Intergenic -10927 NR_147836 729305 Hs.148365 NR_147836 ENSG00000251226 LOC729305 - uncharacterized LOC729305 ncRNA 0.375 nan 0.536 0.036 0.056 6.392 0.053 0.109 0.202 0.013 0.035 0.039 0.022 0.021 0.316 0.871 0.026 0.028 0.030 0.007 0.018 0.015 0.073 0.086 0.051 0.012 0.023 0.005 0.068 0.019 0.037 0.062 0.088 nan 0.048 0.027 0.061 0.111 0.008 0.045 0.156 0.035 0.008 0.011 0.062 0.079 0.138 0.029 0.040 0.050 0.085 0.871 0.020 0.041 0.051 0.009 0.088 0.031 0.050 0.025 0.017 0.323 0.013 0.011 0.012 0.007 0.676 1.106 0.146 0.160 0.234 0.265 0.163 0.103 0.110 0.094 0.165 0.275 0.292 0.342 0.433 0.383 0.883 1.024 0.070 0.091 0.064 0.123 0.241 0.338 3657 chr14 69141194 69204450 + 0 NA Intergenic Intergenic -77318 NR_135816 100996664 NR_135816 LOC100996664 - uncharacterized LOC100996664 ncRNA 1.237 0.801 0.822 1.208 0.208 0.555 1.767 0.104 0.282 0.166 0.732 0.989 0.051 0.060 0.151 0.771 0.489 0.161 0.560 0.649 0.120 0.037 0.064 0.078 0.135 1.968 1.102 0.048 1.466 2.097 1.671 4.166 2.291 0.530 1.323 0.072 0.020 0.153 0.097 2.342 0.089 1.256 2.296 1.031 1.167 1.253 1.255 4.132 0.259 1.216 0.229 0.613 0.771 0.302 0.512 0.135 0.279 0.267 0.060 0.178 0.053 1.858 0.098 0.162 2.748 2.198 2.211 0.304 0.221 0.352 0.517 0.335 0.409 0.432 0.117 0.487 0.525 0.300 0.458 0.586 nan 0.613 0.368 0.236 0.387 0.119 0.146 0.302 0.649 0.607 nan 4497 chr16 86695462 86703310 + 0 NA Intergenic AluSx4|SINE|Alu 56179 NR_135181 101928614 Hs.399823 NR_135181 ENSG00000260026 LINC02189 - long intergenic non-protein coding RNA 2189 ncRNA nan 0.395 0.363 2.972 0.080 0.021 4.661 0.020 0.126 0.108 2.325 5.699 0.016 0.050 0.022 0.213 0.190 0.020 1.381 1.592 9.325 0.012 0.061 5.366 5.118 0.009 1.581 0.940 0.606 1.309 0.073 0.174 2.622 1.333 0.027 0.099 2.532 0.010 5.773 6.474 2.394 2.259 2.498 1.220 5.970 2.598 2.708 5.186 1.485 0.213 0.515 4.235 0.061 1.699 0.558 0.026 0.243 0.013 1.755 0.026 0.032 3.265 3.499 3.299 0.146 0.102 0.076 0.073 0.154 0.292 0.055 0.038 0.094 0.120 0.121 0.225 0.152 0.121 0.256 0.115 0.088 0.042 0.032 0.064 0.087 0.233 0.167 0.244 6452 chr2 164310437 164332682 + 0 NA Intergenic Intergenic 270958 NM_018086 55137 Hs.593650 NM_018086 ENSG00000182263 FIGN - fidgetin, microtubule severing factor protein-coding 1.081 0.817 nan 0.084 0.097 0.102 0.048 0.347 0.575 0.017 0.073 0.079 0.008 0.036 0.056 0.173 0.105 0.072 0.099 0.017 0.028 0.087 0.532 0.250 0.101 0.022 0.010 0.046 0.067 0.014 0.036 0.121 0.082 0.365 0.039 0.075 0.847 0.239 0.101 0.005 0.036 0.097 0.008 0.021 0.015 0.027 0.062 0.081 0.059 0.062 0.014 0.090 0.173 0.054 0.041 0.101 0.011 0.048 0.022 0.204 0.064 0.043 0.071 0.310 0.027 0.026 0.378 0.251 0.563 0.393 0.881 0.720 0.094 0.071 0.283 0.239 0.612 0.840 0.223 0.288 0.408 0.157 0.175 0.266 3.355 3.712 0.907 2.440 0.612 0.455 8019 chr3 173111057 173123678 + 0 NA intron (NM_014932, intron 1 of 6) L3|LINE|CR1 1129 NM_014932 22871 Hs.478289 NM_014932 ENSG00000169760 NLGN1 NL1 neuroligin 1 protein-coding 1.002 3.282 1.134 1.915 0.897 1.065 1.334 1.904 3.568 0.023 0.425 0.110 2.812 1.113 0.749 1.205 0.141 0.089 0.764 0.211 0.785 0.033 1.967 1.339 1.587 1.319 1.242 0.491 0.915 0.295 0.549 0.776 0.181 5.792 0.430 0.772 1.420 0.325 0.061 0.635 0.593 0.710 0.258 0.171 0.026 0.048 0.496 1.338 0.077 1.486 1.288 0.053 1.205 0.701 0.120 1.587 0.450 0.054 0.023 0.779 1.109 0.038 0.126 0.256 0.634 0.055 0.105 0.714 0.730 0.161 0.236 4.299 3.215 6.800 2.899 2.150 2.464 6.445 6.907 1.205 2.015 1.683 1.958 0.370 0.600 5.617 6.133 0.641 0.929 1.881 1.208 11044 chr8 72739575 72780062 + 0 NA intron (NR_033651, intron 1 of 2) intron (NR_033651, intron 1 of 2) -3087 NM_005098 9242 Hs.442619 NM_005098 ENSG00000178860 MSC ABF-1|ABF1|MYOR|bHLHa22 musculin protein-coding 1.087 0.701 0.521 0.131 0.147 0.639 0.669 0.230 0.427 0.012 1.782 3.880 0.029 0.031 1.253 0.314 3.908 0.283 0.212 0.286 2.364 0.007 0.159 0.139 0.100 1.299 0.760 0.024 0.126 0.057 0.142 0.184 0.084 0.663 0.242 1.308 0.021 0.034 0.070 0.265 2.002 0.342 0.058 0.052 0.200 0.025 0.166 2.538 0.909 0.309 0.074 0.483 0.314 0.082 0.052 0.100 0.483 0.045 0.077 0.091 0.315 0.213 0.073 0.074 0.354 0.020 0.015 0.487 0.314 0.576 0.852 0.907 0.864 1.423 0.533 0.405 0.378 0.204 0.338 0.192 0.205 0.479 0.343 0.231 0.317 0.107 0.136 0.267 0.561 1.196 1.050 122 chr1 17759961 17779375 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -3418 NM_018715 55920 Hs.380857 NM_018715 ENSG00000179051 RCC2 TD-60 regulator of chromosome condensation 2 protein-coding 3.060 2.857 nan 2.618 2.832 2.264 1.258 1.528 2.715 1.638 1.566 1.027 2.528 0.671 3.269 2.399 0.904 0.215 1.725 0.342 1.498 2.317 1.321 0.667 1.596 0.791 0.899 1.145 2.470 0.679 4.916 9.171 2.931 7.096 0.882 1.356 0.363 4.404 0.155 0.425 2.065 1.755 1.421 0.587 0.960 0.998 1.371 2.201 1.382 2.321 0.922 1.279 2.399 2.087 1.513 1.596 1.207 1.122 0.825 2.931 0.784 0.781 1.107 1.085 0.656 0.727 0.539 2.696 2.763 2.958 3.876 4.725 4.723 1.901 0.792 5.142 nan 1.941 nan 3.355 4.355 nan 2.949 2.597 3.582 1.561 1.546 3.047 2.847 1.458 0.850 5783 chr19 49651407 49662125 + 0 NA exon (NM_002152, exon 1 of 6) exon (NM_002152, exon 1 of 6) 1915 NM_002152 3270 Hs.436885 NM_002152 ENSG00000130528 HRC - histidine rich calcium binding protein protein-coding 2.783 1.964 3.395 1.001 0.960 1.466 0.422 0.991 1.854 1.657 1.611 0.745 0.559 1.528 5.052 0.632 0.378 0.120 0.806 0.403 0.690 1.032 0.612 0.292 1.271 0.322 0.162 0.631 1.075 0.329 2.290 nan 1.892 4.560 0.829 0.877 0.233 1.932 0.102 0.474 0.282 1.359 0.956 0.543 0.855 0.424 1.499 0.391 2.640 2.108 2.418 1.000 0.632 0.951 1.020 1.271 1.101 3.757 0.930 2.881 0.870 0.531 1.315 1.092 0.730 0.505 0.292 1.380 2.246 1.236 2.047 2.440 2.400 1.677 0.750 3.960 4.019 1.234 1.852 1.595 2.070 3.832 4.080 1.242 1.998 1.026 0.992 2.867 3.255 1.434 0.999 9589 chr6 34503004 34540356 + 0 NA intron (NM_001252294, intron 1 of 4) intron (NM_001252294, intron 1 of 4) 2430 NM_012391 25803 Hs.485158 NM_012391 ENSG00000124664 SPDEF PDEF|bA375E1.3 SAM pointed domain containing ETS transcription factor protein-coding nan 1.504 nan 0.315 0.573 0.240 2.994 0.202 0.408 0.026 0.289 0.106 0.013 0.134 0.233 0.343 0.164 0.130 0.281 0.274 0.066 0.026 0.498 0.261 0.349 1.348 0.815 0.055 0.153 0.386 0.706 3.335 0.764 1.063 0.353 0.161 0.601 0.131 0.093 0.234 0.098 0.310 0.320 0.181 0.444 0.260 0.609 0.180 1.680 0.162 0.613 1.875 0.343 0.343 0.763 0.349 0.320 1.519 0.586 0.221 1.051 0.411 0.029 0.335 0.709 0.028 0.018 0.542 0.664 0.271 nan nan 0.770 0.891 0.314 0.525 0.536 0.775 1.277 2.021 2.072 1.182 1.198 0.317 0.344 1.489 1.231 0.931 1.291 1.825 0.973 11409 chr9 2228243 2244466 + 0 NA Intergenic Intergenic 77898 NM_001289400 6595 Hs.298990 NM_003070 ENSG00000080503 SMARCA2 BAF190|BRM|NCBRS|SNF2|SNF2L2|SNF2LA|SWI2|Sth1p|hBRM|hSNF2a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 2 protein-coding 1.137 2.227 1.693 0.296 1.048 1.890 0.157 0.675 1.254 0.082 0.072 0.182 0.252 0.055 3.316 0.979 0.325 0.150 0.201 0.058 0.047 0.008 1.371 0.661 1.877 0.048 0.017 0.095 0.101 0.020 0.164 0.293 0.061 4.950 0.255 0.120 0.195 0.081 0.069 0.124 0.250 0.057 0.059 0.072 0.067 0.042 0.160 0.296 0.381 0.083 0.281 0.074 0.979 0.358 0.011 1.877 0.280 0.055 0.898 0.086 0.598 0.014 0.583 0.139 0.102 0.317 0.242 0.406 0.348 0.701 1.190 3.334 3.154 3.977 2.156 0.550 0.699 1.677 2.255 2.201 3.194 1.611 2.012 0.724 1.123 1.462 0.996 0.864 nan 2.600 1.682 878 chr1 172443256 172450744 + 0 NA Intergenic MER39B|LTR|ERV1 24967 NM_001300760 92346 Hs.517991 NM_139240 ENSG00000180999 C1orf105 - chromosome 1 open reading frame 105 protein-coding nan nan nan 0.369 0.141 0.023 1.128 0.148 0.186 0.503 0.092 0.149 8.987 0.040 0.096 0.203 0.199 0.086 1.166 0.776 0.034 0.018 0.166 0.145 0.191 0.031 0.019 0.049 0.693 1.867 0.921 2.661 1.677 0.413 0.820 0.233 0.038 0.043 0.065 0.047 0.054 0.260 0.242 0.188 1.474 1.285 0.492 0.120 0.152 0.028 0.125 0.413 0.203 0.610 0.012 0.191 0.294 0.585 0.069 0.027 0.053 0.082 0.016 0.075 0.092 0.060 0.383 0.443 0.794 3.684 nan 0.568 0.343 0.131 0.230 0.302 0.222 0.359 0.453 0.673 0.284 0.228 0.359 0.362 0.073 0.121 0.181 nan 0.468 0.718 5421 chr18 68573231 68579011 + 0 NA Intergenic Intergenic -258028 NM_001278515 220158 Hs.448217 NM_178506 GTSCR1 - Gilles de la Tourette syndrome chromosome region, candidate 1 protein-coding 0.680 0.867 0.665 0.074 0.830 1.023 0.231 0.304 0.850 0.233 1.250 0.243 0.437 1.708 0.077 0.193 0.019 0.075 0.695 0.951 0.771 2.701 0.537 0.150 0.025 0.035 0.037 0.125 0.101 0.137 2.930 3.841 0.164 0.102 0.103 0.014 0.056 0.026 0.112 0.250 0.209 0.352 0.062 0.336 0.235 1.708 0.013 0.048 2.701 0.170 0.042 0.153 0.140 2.500 0.052 0.042 0.027 0.009 0.503 0.316 0.526 0.921 2.363 2.925 10.090 2.766 2.615 nan 0.166 nan 3.064 2.349 0.781 0.433 0.082 0.161 3.255 6.196 0.160 0.337 6.245 3.072 2277 chr11 114266901 114273274 + 0 NA 3' UTR (NM_001271562, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_001271562, exon 1 of 1) -1164 NM_001286045 10179 Hs.7527 NM_016090 ENSG00000076053 RBM7 - RNA binding motif protein 7 protein-coding 2.914 2.812 2.927 2.202 5.308 3.651 2.824 2.594 4.873 1.415 4.170 2.010 3.096 0.872 3.738 2.634 1.138 0.075 2.623 0.833 4.317 0.998 2.897 1.616 3.680 2.952 3.760 1.763 4.467 2.125 3.484 3.570 2.084 7.517 1.259 2.353 2.028 3.271 0.170 2.301 2.292 7.020 4.369 1.722 4.537 2.329 6.088 4.022 2.483 2.330 1.429 3.772 2.634 2.839 4.296 3.680 1.869 2.881 0.957 2.187 2.299 3.031 4.051 1.427 2.794 2.312 1.639 7.478 nan 5.162 7.544 9.647 9.537 9.056 5.466 12.670 13.245 3.915 nan 7.754 11.029 6.353 6.612 7.010 11.775 8.777 12.482 4.675 5.109 3.929 1.804 2353 chr11 127314353 127333415 + 0 NA Intergenic Intergenic 182919 NR_120580 101929497 Hs.737442 NR_120580 ENSG00000273409 LOC101929497 - uncharacterized LOC101929497 ncRNA 0.531 0.705 1.023 0.026 0.281 0.079 0.041 1.683 3.309 0.082 0.029 0.013 0.015 0.168 0.500 0.020 0.033 0.050 0.001 0.017 0.022 0.230 0.250 0.960 0.011 0.023 0.060 0.016 0.055 0.033 0.035 1.021 0.015 0.040 0.737 0.045 0.118 0.019 0.282 0.152 0.036 0.008 0.029 0.082 0.056 0.137 0.030 0.030 0.004 0.057 0.500 0.026 0.032 0.960 0.025 0.037 0.059 0.012 0.027 0.021 0.104 0.129 0.028 0.018 0.013 0.571 0.658 0.194 0.244 0.988 1.085 4.819 1.364 0.168 0.164 1.062 1.540 1.414 1.557 0.420 0.249 0.442 0.537 2.338 1.812 0.175 nan 1.444 0.849 12002 chrX 153616842 153628906 + 0 NA Intergenic Intergenic -3532 NM_001256580 6134 Hs.534404 NM_006013 ENSG00000147403 RPL10 AUTSX5|DXS648|DXS648E|L10|MRXS35|NOV|QM ribosomal protein L10 protein-coding 3.215 2.447 4.007 3.536 2.510 2.047 2.754 2.368 4.707 0.729 3.312 1.484 2.297 2.319 3.997 3.476 0.996 0.187 1.462 0.615 2.873 1.376 0.846 0.419 2.387 1.781 2.378 1.328 2.601 0.994 3.408 4.162 2.481 6.426 1.074 3.752 0.567 1.693 0.092 0.954 1.739 4.870 1.790 0.746 1.738 2.364 2.549 2.892 3.106 2.678 1.223 2.268 3.476 2.347 1.384 2.387 0.702 2.047 0.718 4.174 1.328 2.716 2.075 1.452 2.888 1.722 1.071 4.576 5.291 2.830 4.347 5.843 4.858 4.725 2.551 8.301 8.348 1.776 2.770 4.878 6.843 5.099 6.135 4.361 5.957 3.515 2.831 4.939 4.413 1.798 1.084 3198 chr13 71462957 71471684 + 0 NA Intergenic Intergenic -121953 NR_047699 100885781 Hs.372660 NR_047699 ENSG00000226846 LINC00348 - long intergenic non-protein coding RNA 348 ncRNA nan 1.072 0.666 0.082 0.067 0.032 0.017 0.074 0.250 0.054 0.051 0.078 0.115 0.091 0.172 0.069 0.091 0.085 0.022 0.016 0.035 0.066 0.042 0.047 0.054 0.166 0.348 0.207 0.101 0.030 0.011 0.037 0.108 0.026 0.150 0.095 0.002 0.009 0.099 0.058 0.009 0.015 0.172 0.033 0.042 0.071 0.009 0.011 0.037 0.009 0.163 0.113 0.026 0.020 1.733 1.264 8.409 7.036 0.281 0.393 nan 0.221 0.243 0.158 0.394 0.373 0.195 0.200 nan 0.174 0.939 1.093 0.062 0.052 0.426 nan 0.064 0.083 3215 chr13 75957828 75961108 + 0 NA intron (NM_014832, intron 1 of 20) intron (NM_014832, intron 1 of 20) 96836 NM_001286658 9882 Hs.210891 NM_014832 ENSG00000136111 TBC1D4 AS160|NIDDM5 TBC1 domain family member 4 protein-coding nan 0.991 0.725 0.089 0.738 0.087 1.170 2.733 0.030 0.208 0.130 0.037 0.861 0.867 0.317 0.124 0.194 0.065 0.057 1.289 0.860 0.879 0.085 0.021 0.063 0.098 0.208 0.064 2.485 0.099 0.085 0.099 0.094 0.195 0.318 0.018 0.024 0.034 0.023 0.180 0.060 0.074 0.086 0.081 0.317 0.045 0.029 0.879 0.026 0.028 0.086 0.155 0.057 1.586 0.113 0.024 4.251 5.366 0.544 0.544 1.139 1.874 16.723 13.326 0.089 0.174 0.192 0.227 1.332 1.283 nan 0.195 1.653 3.189 2.383 1.755 0.457 nan 1.776 0.787 5834 chr19 59065151 59076044 + 0 NA promoter-TSS (NR_027334) promoter-TSS (NR_027334) 44 NR_027334 100131691 Hs.743767 NR_027334 ENSG00000267858 MZF1-AS1 - MZF1 antisense RNA 1 ncRNA 4.116 3.167 3.807 3.606 4.316 3.890 1.578 3.867 7.002 1.788 5.324 2.642 1.337 2.535 4.148 3.417 1.757 0.136 2.404 0.905 3.719 1.633 1.954 0.955 4.627 1.093 1.523 2.466 3.141 1.057 3.048 4.872 3.454 5.174 0.951 2.555 1.177 2.911 0.121 1.443 2.206 5.165 2.761 1.240 0.958 1.608 0.331 1.701 4.386 2.516 3.016 1.932 3.417 3.082 2.259 4.627 1.771 3.064 0.839 4.008 3.501 3.427 1.778 2.058 1.719 1.877 1.103 8.090 11.105 3.752 5.860 7.323 6.899 9.061 5.075 4.059 4.084 4.129 5.418 6.346 8.739 6.771 6.169 3.184 5.639 4.548 4.015 4.691 5.809 5.010 2.368 8464 chr4 85502413 85506092 + 0 NA 5' UTR (NM_001263, exon 1 of 13) 5' UTR (NM_001263, exon 1 of 13) 195 NM_001263 1040 Hs.654899 NM_001263 ENSG00000163624 CDS1 CDS CDP-diacylglycerol synthase 1 protein-coding 1.136 1.401 1.625 3.967 1.095 3.296 3.876 1.236 1.991 1.425 0.362 0.427 2.935 0.408 2.517 0.383 0.081 0.043 4.523 1.604 0.051 0.037 0.612 0.203 1.646 0.526 0.353 0.182 4.496 2.002 4.024 5.267 3.904 4.584 2.546 0.060 0.051 0.146 0.077 0.227 1.466 1.001 0.115 0.188 2.380 2.587 5.174 0.745 0.708 1.466 0.772 2.111 0.383 9.628 0.897 1.646 1.416 3.634 0.526 0.836 1.131 0.213 0.563 0.236 0.415 0.043 5.096 5.962 5.969 7.871 2.465 1.946 0.686 0.131 9.776 10.057 0.215 nan 4.733 6.843 0.773 0.734 1.164 2.342 0.350 0.209 0.673 nan 0.707 0.485 6687 chr2 226977424 226984129 + 0 NA Intergenic Intergenic -26734 NR_046102 646736 Hs.712836 NR_046102 LOC646736 - uncharacterized LOC646736 ncRNA nan 0.472 0.609 1.123 0.092 0.025 6.949 0.144 0.241 0.251 4.450 1.796 0.037 0.030 0.027 0.461 1.399 0.072 3.683 2.956 2.325 2.364 0.117 0.133 0.043 3.252 2.260 1.016 1.841 0.945 1.254 0.825 nan 4.163 7.110 0.014 0.293 0.185 2.822 0.070 4.391 0.170 0.230 3.035 0.900 2.794 3.179 1.647 0.540 0.751 0.902 0.461 0.537 0.331 0.043 1.016 0.421 2.228 0.045 3.365 0.092 3.271 2.134 2.400 0.270 0.152 0.688 1.940 0.163 0.147 0.130 0.018 0.207 0.195 0.601 0.887 0.227 nan 0.352 0.168 0.117 0.123 0.093 0.166 0.283 nan 0.371 0.247 2159 chr11 86624383 86631191 + 0 NA intron (NR_120592, intron 2 of 2) intron (NR_120592, intron 2 of 2) 38653 NM_012193 8322 Hs.591968 NM_012193 ENSG00000174804 FZD4 CD344|EVR1|FEVR|FZD4S|Fz-4|Fz4|FzE4|GPCR|hFz4 frizzled class receptor 4 protein-coding 0.683 0.784 0.465 0.540 0.178 0.041 4.560 0.188 0.359 0.498 0.835 3.975 0.028 0.058 0.129 0.553 1.370 0.319 1.087 0.585 2.019 0.138 0.107 0.206 2.706 1.794 0.324 1.208 2.047 0.325 1.036 0.802 0.359 2.650 0.571 0.014 0.128 0.095 1.592 0.071 3.440 3.586 1.467 1.441 2.383 0.977 4.353 0.430 0.956 0.232 1.114 0.553 2.032 6.265 0.206 0.463 0.901 0.029 0.257 0.029 2.794 0.029 0.109 2.689 0.288 0.201 0.578 0.337 0.643 3.905 0.471 0.582 0.168 0.104 0.505 0.638 0.395 0.598 0.447 0.465 0.399 0.192 0.380 0.310 0.215 0.207 0.196 0.358 0.926 0.757 3059 chr12 132625558 132630328 + 0 NA intron (NM_175066, intron 2 of 14) CpG 937 NM_175066 317781 Hs.445168 NM_175066 ENSG00000185163 DDX51 - DEAD-box helicase 51 protein-coding 2.416 1.827 2.437 3.150 1.531 0.628 1.007 1.040 1.471 0.503 1.766 0.871 0.026 0.634 1.751 1.975 0.828 0.102 1.494 0.398 0.475 0.550 1.187 0.706 1.997 0.668 0.820 1.902 1.314 0.356 2.321 3.113 1.331 2.632 0.397 1.398 0.220 1.410 0.097 0.373 13.430 0.790 1.129 0.805 0.865 0.485 1.717 0.465 2.440 2.524 1.088 1.077 1.975 2.869 1.333 1.997 1.054 0.814 0.689 3.535 1.383 0.797 0.082 0.391 0.429 0.386 0.309 1.953 2.330 2.339 3.986 3.490 2.702 4.962 1.543 3.259 3.390 1.324 2.065 nan 4.486 2.639 3.583 1.740 2.691 3.297 2.810 2.025 2.075 2.772 1.866 6161 chr2 64833158 64883354 + 0 NA TTS (NM_014755) TTS (NM_014755) 22790 NM_014755 9792 Hs.591569 NM_014755 ENSG00000179833 SERTAD2 Sei-2|TRIP-Br2|TRIPBR2 SERTA domain containing 2 protein-coding 2.056 0.985 nan 1.191 0.842 0.851 1.574 0.198 0.584 0.982 1.191 1.803 0.700 0.254 2.721 1.159 0.729 0.093 2.210 0.704 1.120 0.600 0.462 0.338 0.451 1.064 1.054 0.525 1.231 0.370 1.422 2.859 1.458 2.106 0.852 1.772 0.163 1.006 0.139 0.594 0.674 1.280 0.781 0.388 0.804 0.683 1.730 1.347 1.717 0.798 0.902 1.045 1.159 2.688 2.216 0.451 0.805 1.307 0.444 0.936 0.680 0.761 0.603 0.804 0.638 0.654 0.415 0.631 0.756 1.021 1.823 1.066 0.984 nan 0.571 1.369 1.348 0.571 0.800 2.528 3.354 1.538 1.514 0.577 1.156 0.699 0.733 2.012 3.817 1.756 1.286 8031 chr3 173958489 173973217 + 0 NA intron (NM_014932, intron 4 of 6) intron (NM_014932, intron 4 of 6) -327267 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 1.131 1.204 0.769 0.126 0.137 0.139 0.073 0.304 0.404 0.013 0.080 0.014 0.029 0.048 0.092 0.270 0.301 0.093 0.050 0.026 0.047 0.009 0.320 0.247 0.195 0.014 0.015 0.020 0.107 0.050 0.071 0.057 0.126 0.180 0.036 0.040 0.124 0.015 0.115 0.008 0.102 0.081 0.017 0.011 0.015 0.037 0.092 0.089 0.017 0.092 0.005 0.049 0.270 0.049 0.013 0.195 0.017 0.034 0.012 0.062 0.038 0.047 0.104 0.005 0.043 0.007 0.379 0.214 0.275 0.360 0.399 0.459 4.121 0.839 0.250 0.233 5.598 6.016 0.358 0.285 0.776 0.451 0.157 0.211 1.166 1.321 0.370 0.625 0.542 0.496 5243 chr18 31373827 31426055 + 0 NA Intergenic LTR12D|LTR|ERV1 228635 NM_001198549 8715 Hs.514795 NM_003787 ENSG00000101746 NOL4 CT125|HRIHFB2255|NOLP nucleolar protein 4 protein-coding nan 0.975 0.924 0.055 2.902 0.997 0.025 1.565 3.295 0.007 0.062 0.042 0.011 0.454 3.207 0.984 0.072 0.052 0.037 0.014 0.010 0.019 0.538 0.482 5.855 0.004 0.018 0.006 0.058 0.004 0.055 0.171 0.007 1.310 0.065 0.038 0.832 0.029 0.088 0.011 0.199 0.071 0.020 0.025 0.065 0.026 0.055 0.159 0.023 0.071 0.033 0.043 0.984 0.025 0.013 5.855 0.007 0.007 0.186 0.011 0.440 0.021 0.060 0.087 0.009 0.009 0.001 0.445 0.328 0.303 0.342 6.012 7.421 1.792 0.507 0.211 0.206 0.353 0.464 nan 7.919 0.571 0.375 0.120 0.189 3.295 3.447 0.285 0.583 8.472 4.185 11564 chr9 66970858 66974282 + 0 NA intron (NR_136299, intron 3 of 3) ALR/Alpha|Satellite|centr 49603 NR_121570 101928381 Hs.708686 NR_121570 LOC101928381 - uncharacterized LOC101928381 ncRNA 12.324 14.741 11.427 1.705 2.251 0.972 2.133 2.903 6.750 0.780 2.665 1.863 1.042 3.537 1.846 6.431 3.396 12.067 1.603 0.994 2.187 3.382 3.935 6.019 2.234 1.413 1.661 0.749 2.693 1.386 3.884 2.342 2.338 7.570 2.403 2.856 2.086 1.137 4.553 2.121 1.368 3.777 1.424 1.054 1.462 3.316 4.531 6.189 1.045 1.458 1.267 1.936 6.431 1.297 2.186 2.234 2.880 2.005 0.969 1.623 1.210 1.802 1.037 1.040 1.400 0.689 0.729 10.052 5.658 6.193 8.591 7.328 9.487 3.816 3.310 6.084 6.038 4.760 6.416 5.726 4.853 9.160 3.613 4.049 6.247 1.958 3.572 4.174 5.370 4.095 5.131 9393 chr6 3134441 3164754 + 0 NA intron (NM_004332, intron 6 of 6) intron (NM_004332, intron 6 of 6) 8186 NM_001069 7280 Hs.654543 NM_001069 ENSG00000137267 TUBB2A CDCBM5|TUBB|TUBB2 tubulin beta 2A class IIa protein-coding 1.674 1.612 1.365 0.242 0.957 0.269 0.352 0.961 1.890 0.102 0.801 0.509 0.039 1.451 1.420 1.279 0.535 0.178 0.572 0.194 0.729 0.471 1.016 0.619 1.843 0.550 0.517 0.244 0.322 0.174 0.815 1.933 0.529 0.817 0.173 1.050 0.286 0.780 0.125 0.230 0.324 0.537 0.402 0.230 0.123 0.111 0.348 0.588 0.830 1.742 0.342 0.393 1.279 0.882 0.592 1.843 0.089 0.289 0.199 1.022 1.786 0.376 0.510 0.245 0.423 1.115 0.905 1.055 1.457 1.041 1.444 1.499 1.335 3.357 1.141 1.795 1.928 0.653 1.030 1.994 2.358 0.797 0.756 0.675 1.061 1.270 1.356 0.665 1.061 3.185 1.485 4834 chr17 46867743 46887932 + 0 NA intron (NM_001130918, intron 5 of 15) intron (NM_001130918, intron 5 of 15) -6151 NM_173623 284076 Hs.91930 NM_173623 ENSG00000170703 TTLL6 TTL.6 tubulin tyrosine ligase like 6 protein-coding 0.721 0.900 nan 0.178 0.173 0.083 0.120 0.208 0.405 0.033 0.139 0.087 0.018 0.098 0.176 0.144 0.103 0.176 0.059 0.047 0.178 0.070 0.167 0.207 0.047 0.292 0.100 0.074 0.094 0.078 0.155 nan 0.105 0.404 0.022 0.097 0.024 0.118 0.090 0.175 0.027 0.201 0.042 0.047 0.160 0.169 0.084 0.199 4.026 0.198 3.037 0.446 0.144 0.067 0.064 0.047 0.072 0.111 0.043 0.256 0.131 0.083 0.103 0.080 0.083 1.016 0.665 0.295 0.170 0.247 0.375 0.521 nan 0.237 0.090 0.299 0.353 0.141 0.273 0.602 nan 0.411 0.184 0.216 0.307 0.082 0.111 0.296 0.572 0.407 0.430 4725 chr17 36386178 36393112 + 0 NA intron (NR_036750, intron 2 of 11) AluSp|SINE|Alu 23611 NR_036750 440434 Hs.443837 NR_036750 ENSG00000274487 LOC440434 - aminopeptidase puromycin sensitive pseudogene pseudo nan 1.557 1.221 9.547 0.177 0.112 0.912 0.560 0.971 5.236 1.486 0.703 0.685 0.085 0.275 0.419 0.494 0.313 2.002 0.962 1.752 0.040 0.397 0.657 0.155 1.016 0.488 0.897 1.499 0.457 0.359 0.674 0.733 0.438 0.680 0.817 0.115 0.166 0.126 0.393 0.147 1.594 0.252 0.281 0.663 0.431 3.281 2.385 0.908 0.513 3.275 1.105 0.419 0.852 0.187 0.155 1.438 5.479 0.130 1.734 0.073 5.599 0.185 0.160 1.349 0.307 0.309 0.779 0.784 0.772 1.410 nan 1.481 0.655 0.317 3.243 2.799 0.629 0.929 0.649 0.941 nan 0.447 0.405 0.816 0.196 0.235 0.599 1.176 1.045 0.808 4538 chr17 1546608 1550594 + 0 NA TTS (NM_031430) TTS (NM_031430) 482 NR_028075 8578 Hs.647430 NM_003693 ENSG00000074660 SCARF1 SREC|SREC-I|SREC1 scavenger receptor class F member 1 protein-coding 0.981 0.850 0.998 0.579 0.310 0.056 2.613 0.162 0.376 0.133 1.285 0.371 0.236 0.310 0.203 0.353 0.062 0.040 3.210 1.920 0.170 0.139 0.276 0.228 0.511 0.351 0.234 0.097 2.258 0.505 1.319 2.784 1.925 0.503 0.695 0.144 0.024 0.081 0.094 1.125 0.079 4.599 0.592 0.392 2.021 2.954 0.700 0.958 0.674 2.838 0.139 0.182 0.353 2.498 11.697 0.511 0.554 0.415 0.148 3.191 0.263 0.495 0.123 0.061 0.498 0.708 0.406 1.031 1.156 0.479 0.819 0.768 1.042 1.476 0.348 0.482 0.608 0.204 0.349 0.338 0.534 0.366 0.258 0.316 0.431 0.198 0.201 0.459 0.644 0.400 0.270 11395 chr8 145638477 145672313 + 0 NA intron (NM_013432, intron 25 of 25) intron (NM_013432, intron 25 of 25) -1449 NM_183057 51160 Hs.418175 NM_016208 ENSG00000160948 VPS28 - VPS28, ESCRT-I subunit protein-coding 2.915 1.558 nan 3.459 2.963 2.386 2.873 1.047 1.841 1.431 1.931 0.645 1.782 1.297 1.995 1.240 0.654 0.334 2.990 1.117 1.906 0.716 0.379 0.221 2.293 0.841 0.989 0.937 1.452 1.198 2.213 4.155 0.954 4.192 2.411 0.712 0.265 1.024 0.097 0.560 0.731 4.398 1.611 0.844 0.923 0.877 3.750 1.116 1.804 2.481 0.790 0.909 1.240 4.479 0.887 2.293 0.402 1.192 0.343 3.158 1.484 1.109 1.134 0.670 0.681 0.883 0.529 1.473 1.758 1.472 2.235 nan 3.689 nan 0.803 3.510 3.716 0.939 1.456 1.897 2.668 1.438 1.464 1.677 2.662 0.962 1.068 1.392 1.831 1.364 0.633 4062 chr15 73938134 73948508 + 0 NA Intergenic MLT1L|LTR|ERVL-MaLR -17568 NM_001161364 27020 Hs.744867 NM_012428 ENSG00000156642 NPTN GP55|GP65|SDFR1|SDR1|np55|np65 neuroplastin protein-coding 0.580 0.789 0.610 0.096 0.068 0.043 0.132 0.061 0.353 0.780 0.130 0.070 4.681 0.038 0.102 0.304 0.144 0.124 0.135 0.110 0.031 0.053 0.137 0.144 0.079 0.133 0.063 0.029 0.105 0.051 0.062 0.397 0.064 0.605 0.313 0.057 0.028 0.084 0.081 0.035 0.015 0.109 0.040 0.038 0.284 0.193 0.474 0.192 0.447 0.089 0.030 1.289 0.304 0.244 0.045 0.079 0.071 0.778 0.066 0.101 0.019 0.098 0.019 0.047 0.058 0.022 0.005 0.265 0.235 0.278 0.596 0.199 0.296 0.452 0.145 0.147 0.079 0.243 0.289 0.230 0.237 0.625 0.267 0.206 0.180 0.068 0.111 0.262 0.387 0.422 0.423 6096 chr2 50126241 50143046 + 0 NA Intergenic Intergenic 66698 NM_001320157 9378 Hs.637685 NM_004801 ENSG00000179915 NRXN1 Hs.22998|PTHSL2|SCZD17 neurexin 1 protein-coding 1.208 nan 1.127 0.043 0.089 4.571 0.071 0.152 0.150 0.073 0.011 0.019 0.030 0.196 0.412 0.072 0.057 0.031 0.068 0.019 0.139 0.132 0.158 0.004 0.003 0.065 0.048 0.058 0.052 0.300 0.122 0.059 0.026 0.023 0.125 0.104 0.019 0.346 0.022 0.005 0.050 0.032 0.074 0.125 0.061 0.017 0.113 0.027 0.412 0.025 0.038 0.158 0.020 0.052 0.413 0.055 0.009 0.018 1.207 0.031 0.062 0.021 0.287 0.160 0.212 0.383 0.348 0.468 0.430 0.143 0.398 0.434 0.595 0.682 0.391 0.389 2.493 1.743 0.099 0.220 0.058 0.120 1.316 3.073 0.505 0.476 7629 chr3 58545370 58553065 + 0 NA TTS (NM_007177) TTS (NM_007177) 14274 NM_001076778 11170 Hs.506357 NM_007177 ENSG00000168309 FAM107A DRR1|TU3A family with sequence similarity 107 member A protein-coding 0.722 0.678 nan 0.974 0.079 0.162 1.235 0.021 0.116 0.126 0.409 0.323 0.217 0.098 0.101 0.270 0.146 0.095 0.122 0.558 0.015 0.102 0.095 0.078 0.280 0.141 0.382 0.194 2.094 0.084 0.284 0.091 0.339 0.247 0.097 0.062 0.128 0.046 0.691 0.063 0.659 10.760 4.271 0.780 0.288 0.175 1.657 0.201 0.268 0.030 0.157 0.101 0.232 0.998 0.078 0.079 0.032 0.241 0.093 0.469 0.013 0.348 1.988 4.335 2.649 0.242 0.160 0.316 1.081 0.285 0.359 0.333 0.122 0.252 0.157 0.126 0.267 0.221 0.214 nan 0.254 0.198 0.225 0.060 0.078 0.418 0.892 0.443 0.325 3591 chr14 59101011 59150122 + 0 NA Intergenic Intergenic 20011 NR_046095 51339 Hs.48950 NM_016651 ENSG00000165617 DACT1 DAPPER|DAPPER1|DPR1|FRODO|HDPR1|TBS2|THYEX3 dishevelled binding antagonist of beta catenin 1 protein-coding nan nan 1.721 0.102 0.784 0.880 0.061 0.196 0.458 0.008 0.195 0.241 0.078 0.053 0.324 0.845 0.538 0.210 0.127 0.019 0.036 0.096 0.134 0.164 0.271 0.048 0.031 0.025 0.085 0.006 0.104 0.114 0.097 0.414 0.039 0.059 1.720 0.091 0.113 0.058 1.709 0.115 0.047 0.038 0.033 0.055 0.067 0.302 0.085 0.529 0.029 0.045 0.845 0.104 0.098 0.271 0.040 0.040 0.164 0.210 0.269 0.110 0.058 1.964 0.029 0.048 0.024 0.337 0.329 0.596 1.017 0.965 0.916 1.422 0.492 nan 0.391 0.538 0.813 1.659 nan 1.333 1.177 0.223 0.394 4.325 3.737 1.366 4.282 1.183 0.600 9566 chr6 31780349 31806676 + 0 NA Intergenic Intergenic -2000 NM_005346 3304 Hs.274402 NM_005346 ENSG00000204388 HSPA1B HSP70-1B|HSP70-2|HSP70.2 heat shock protein family A (Hsp70) member 1B protein-coding nan 2.417 nan 4.280 3.255 2.020 5.250 1.729 3.612 1.512 4.101 1.987 1.882 1.054 2.328 4.255 2.428 0.793 3.771 1.037 3.175 2.171 1.112 0.880 3.902 3.051 2.985 0.715 1.979 1.858 2.335 4.214 3.928 6.600 1.653 3.723 0.805 3.886 0.203 1.029 1.755 5.724 3.257 1.848 1.714 1.652 5.014 4.569 2.639 5.934 3.703 3.115 4.255 3.537 4.163 3.902 1.743 4.025 0.786 5.098 1.652 2.734 1.817 1.731 1.834 1.768 1.280 3.594 4.049 2.311 nan nan 3.749 5.011 1.890 3.310 3.472 2.251 2.856 4.934 5.983 3.634 2.949 2.976 7.724 3.059 3.757 3.174 5.300 2.405 1.157 11807 chr9 132037202 132053202 + 0 NA intron (NR_121587, intron 1 of 2) intron (NR_121587, intron 1 of 2) 507 NR_121587 101929331 Hs.522428 NR_121587 ENSG00000224307 LOC101929331 - uncharacterized LOC101929331 ncRNA nan 0.748 0.846 0.355 0.852 6.268 0.481 0.300 0.641 0.284 0.231 0.194 0.244 0.056 1.615 0.276 0.093 0.086 0.587 0.518 0.043 0.044 0.420 0.193 1.455 0.147 0.032 0.250 1.253 0.164 0.511 2.338 0.210 1.142 0.528 0.152 0.095 0.068 0.061 0.094 0.055 0.282 0.132 0.145 0.582 0.641 1.392 0.153 0.541 0.385 0.340 0.579 0.276 0.498 0.063 1.455 0.338 0.274 0.629 0.241 0.278 0.221 1.071 0.070 0.125 0.065 0.028 0.757 1.306 0.353 0.645 2.584 2.778 nan 0.080 0.152 0.277 0.173 0.395 6.924 6.310 0.631 0.458 0.752 1.195 0.528 0.491 0.314 0.572 0.937 0.619 10066 chr6 161854320 161866929 + 0 NA intron (NM_013987, intron 8 of 10) intron (NM_013987, intron 8 of 10) -31385 NR_134593 105378098 Hs.691066 NR_134593 LOC105378098 - uncharacterized LOC105378098 ncRNA 0.899 nan 0.708 0.553 0.125 0.027 0.348 1.311 2.133 1.358 0.442 0.022 0.010 0.285 0.028 0.488 1.818 0.458 0.075 0.195 0.105 0.011 0.297 0.162 0.269 0.154 0.040 0.228 0.043 0.133 0.482 0.033 0.242 0.023 0.158 0.152 0.120 0.082 0.338 0.019 0.482 0.163 0.179 0.217 0.036 0.122 0.150 0.213 0.088 0.044 0.052 0.488 0.057 0.037 0.269 0.127 0.355 0.453 0.088 1.591 1.528 1.702 0.036 0.146 0.822 0.610 2.172 3.135 7.507 8.842 0.369 0.309 3.589 1.454 0.611 0.643 0.093 0.239 0.202 0.248 nan 0.403 1.327 1.982 1.332 1.428 0.132 0.178 1.312 0.858 1632 chr10 105248971 105275740 + 0 NA intron (NR_120675, intron 2 of 3) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 8620 NM_004210 9148 Hs.594708 NM_004210 ENSG00000107954 NEURL1 NEUR1|NEURL|RNF67|bA416N2.1|neu|neu-1 neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding nan nan 0.601 0.027 0.312 0.254 0.329 0.750 1.458 0.018 0.188 0.165 0.014 0.565 2.964 0.471 0.204 0.144 0.088 0.064 0.030 0.037 0.123 0.122 1.941 0.187 0.098 0.133 0.241 0.133 0.171 0.392 0.119 0.887 0.071 0.058 0.043 0.093 0.066 0.087 1.185 1.062 0.064 0.064 0.074 0.216 0.297 0.108 0.186 0.130 0.086 0.085 0.471 0.388 0.854 1.941 0.041 0.095 0.057 0.180 0.208 0.652 0.144 0.074 0.062 0.077 0.042 0.581 0.966 0.261 0.489 2.504 2.688 1.850 0.760 0.275 0.315 0.131 nan 8.708 7.526 0.224 0.138 0.330 0.395 0.199 0.188 0.270 nan 0.929 0.534 8135 chr3 188689456 188700314 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -29457 NR_046873 100874043 Hs.616287 NR_046873 ENSG00000234076 TPRG1-AS1 - TPRG1 antisense RNA 1 ncRNA 1.667 2.802 0.903 0.080 0.204 7.293 0.131 2.967 6.136 0.009 0.130 0.215 0.040 0.009 0.215 0.354 0.303 0.118 0.123 0.030 0.051 0.100 0.283 1.035 0.115 0.040 0.021 0.111 0.058 0.104 0.741 0.130 3.540 0.176 0.066 0.096 0.040 0.075 0.054 0.081 0.118 0.035 0.014 0.060 0.063 0.195 0.119 0.127 0.105 0.102 0.184 0.354 0.057 0.077 1.035 0.023 0.107 0.916 0.027 0.747 0.093 0.057 0.261 0.048 0.014 0.270 0.111 0.373 0.829 0.400 0.497 0.249 0.045 0.349 0.353 3.117 3.783 0.560 0.350 0.543 0.250 0.132 0.208 1.443 0.845 0.199 0.170 3.224 1.802 3352 chr13 111789598 111807616 + 0 NA intron (NR_046516, intron 1 of 2) MER5A|DNA|hAT-Charlie 2305 NR_046516 100874226 Hs.577834 NR_046516 ARHGEF7-AS1 - ARHGEF7 antisense RNA 1 ncRNA 2.154 nan 3.113 0.287 2.113 0.712 0.382 0.516 1.062 0.112 0.719 0.194 0.151 0.321 1.432 1.794 0.460 0.110 1.233 0.338 0.179 0.146 0.661 0.312 3.847 0.368 0.437 0.336 0.347 0.188 0.910 1.047 0.316 1.722 0.166 0.420 0.696 0.431 0.074 0.232 2.331 1.554 0.697 0.303 0.238 0.152 0.745 0.417 0.528 0.504 0.536 0.433 1.794 2.096 0.434 3.847 0.327 0.538 0.306 0.719 1.267 0.371 0.352 0.274 0.315 0.360 0.274 2.289 2.174 1.318 1.984 3.842 3.981 2.800 1.311 1.101 1.237 0.190 0.339 3.132 4.013 1.274 1.253 1.383 2.104 1.741 2.009 1.269 1.047 0.515 0.327 667 chr1 147748616 147754286 + 0 NA intron (NM_001351365, intron 71 of 94) L1MEc|LINE|L1 -32109 NR_120331 101927468 Hs.515867 NR_120331 LOC101927468 - uncharacterized LOC101927468 ncRNA 0.912 nan 0.859 0.279 0.140 0.147 0.414 0.056 0.151 0.924 1.835 1.335 0.070 2.024 0.090 0.103 0.171 0.281 0.068 0.156 0.123 0.121 0.145 0.262 0.899 0.840 0.142 0.170 0.019 0.849 3.585 2.274 0.599 0.077 2.825 0.050 1.042 0.146 0.144 0.039 2.131 1.178 0.728 1.027 0.460 3.309 0.924 4.710 1.315 0.890 8.534 0.090 0.121 0.083 0.262 0.880 1.755 0.018 2.829 1.453 0.042 0.134 0.143 0.027 0.518 0.186 0.442 0.280 0.309 0.477 0.368 0.478 0.643 0.136 0.285 0.335 0.222 0.584 1.051 1.283 0.790 0.390 0.441 0.423 0.173 0.396 0.448 0.684 0.295 0.344 11021 chr8 66931655 66936777 + 0 NA intron (NR_146171, intron 1 of 6) intron (NR_146171, intron 1 of 6) 436 NM_033105 85479 Hs.491885 NM_033105 ENSG00000147570 DNAJC5B CSP-beta DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C5 beta protein-coding 1.175 0.671 0.988 0.156 0.223 0.338 1.260 0.218 0.176 0.113 0.244 1.189 0.275 0.020 0.053 0.137 1.269 0.126 0.393 0.184 0.281 0.027 0.095 0.149 0.056 1.297 0.506 0.014 0.305 0.452 0.374 2.027 2.245 0.494 0.704 2.270 0.019 0.021 0.121 0.464 0.045 0.054 0.070 0.046 0.530 0.344 0.431 1.290 3.401 0.127 5.897 3.514 0.137 0.196 0.234 0.056 1.078 1.746 0.038 0.034 0.219 0.512 0.019 0.050 0.120 0.056 0.020 0.215 0.126 0.319 0.435 0.496 0.506 0.163 0.120 0.045 0.204 0.394 nan 0.119 0.087 nan 0.125 0.186 0.182 0.069 0.139 0.157 0.341 0.895 0.707 1280 chr10 1092014 1109100 + 0 NA intron (NM_001317955, intron 1 of 5) intron (NM_001317955, intron 1 of 5) 2099 NM_001317955 3422 Hs.283652 NM_004508 ENSG00000067064 IDI1 IPP1|IPPI1 isopentenyl-diphosphate delta isomerase 1 protein-coding 1.498 1.784 2.451 2.175 1.764 0.941 0.964 1.542 2.491 0.564 1.132 1.300 0.545 0.322 1.998 1.583 2.756 0.503 1.590 0.347 1.593 1.119 0.866 0.476 2.669 0.823 0.892 1.069 1.557 0.505 1.042 1.482 1.469 4.398 0.443 1.051 0.273 1.258 0.124 0.663 0.920 1.282 2.480 1.124 0.900 0.315 1.178 1.347 1.680 1.745 1.339 1.845 1.583 2.588 2.377 2.669 1.116 1.079 0.354 2.410 0.856 1.132 0.694 0.724 2.139 2.627 2.460 2.656 2.804 2.758 4.267 2.516 2.207 4.680 3.394 3.017 3.174 2.020 2.312 1.686 2.826 1.350 1.287 1.259 2.532 1.081 1.457 1.453 1.999 0.463 0.290 9836 chr6 107973299 107997222 + 0 NA Intergenic Intergenic 68340 NM_001286409 256380 Hs.486109 NM_198081 ENSG00000146285 SCML4 dJ47M23.1 Scm polycomb group protein like 4 protein-coding 3.203 nan nan 0.216 1.256 0.343 0.048 0.418 0.953 0.016 0.143 1.530 1.432 0.438 2.729 2.072 1.134 0.124 0.110 0.032 0.047 0.087 0.262 0.163 0.908 0.751 0.491 0.043 0.079 0.013 0.979 4.154 0.626 0.749 0.086 0.087 0.228 0.105 0.127 0.030 0.099 0.121 0.101 0.059 0.041 0.067 0.282 0.103 0.125 0.222 0.082 0.048 2.072 0.230 0.062 0.908 0.026 0.059 0.335 0.090 1.991 0.039 0.702 0.229 0.768 0.031 0.009 0.785 0.999 0.646 1.017 1.277 nan 4.485 1.485 0.897 1.028 1.226 1.504 0.881 0.983 nan 0.769 0.656 1.066 1.295 1.289 0.378 0.734 1.210 0.730 313 chr1 41361702 41370384 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -38025 NM_133467 163732 Hs.355820 NM_133467 ENSG00000179862 CITED4 - Cbp/p300 interacting transactivator with Glu/Asp rich carboxy-terminal domain 4 protein-coding 12.642 0.676 nan 3.846 0.094 0.076 2.383 0.092 0.317 2.654 0.344 0.489 4.063 0.023 0.030 0.164 0.241 0.074 1.897 1.173 1.053 0.164 0.234 0.234 0.399 0.150 0.375 0.235 2.777 0.686 2.549 2.966 0.488 2.305 0.186 0.063 0.103 0.502 0.151 6.364 0.209 0.216 0.899 0.652 3.974 1.135 0.503 0.425 1.842 3.201 0.164 2.988 0.244 0.234 1.612 10.209 0.124 0.566 0.035 0.407 0.080 0.101 0.078 0.033 0.053 0.369 0.347 0.577 1.676 0.427 0.565 0.287 0.242 0.417 0.392 0.330 nan nan 0.854 0.497 0.242 0.373 nan 0.057 0.121 0.243 0.428 0.401 0.465 4322 chr16 30437069 30460935 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -7629 NR_134470 79077 Hs.632191 NM_024096 ENSG00000179958 DCTPP1 CDA03|RS21C6|XTP3TPA dCTP pyrophosphatase 1 protein-coding 1.476 1.088 1.298 0.970 1.503 0.742 0.476 0.568 0.961 0.228 1.150 0.497 0.091 1.247 0.661 1.080 0.425 0.136 0.787 0.223 0.948 0.505 0.553 0.311 1.038 0.447 0.440 0.505 0.590 0.146 0.696 1.319 0.550 3.298 0.320 0.789 0.201 0.809 0.100 0.242 0.392 0.753 0.576 0.271 0.807 0.380 0.874 0.612 1.057 1.365 1.516 0.955 1.080 0.727 1.004 1.038 0.246 0.471 0.221 0.987 0.739 0.509 0.572 0.384 0.262 0.376 0.239 0.897 1.147 0.922 1.166 1.073 1.040 3.697 1.124 2.623 2.737 0.933 1.363 2.699 4.500 1.324 1.393 1.467 1.845 1.351 1.453 1.240 1.847 1.176 0.714 3023 chr12 123422160 123437087 + 0 NA intron (NM_001243014, intron 6 of 11) intron (NM_001243014, intron 6 of 11) 21433 NM_203444 23457 Hs.511951 NM_019624 ENSG00000150967 ABCB9 EST122234|TAPL ATP binding cassette subfamily B member 9 protein-coding 1.410 0.790 1.126 3.269 0.176 0.113 3.673 0.130 0.230 0.987 0.416 1.409 0.074 0.040 0.148 0.675 0.458 0.245 1.587 1.117 0.143 0.037 0.138 0.154 0.178 2.140 1.668 0.219 1.862 2.216 1.530 5.863 0.789 0.522 1.886 0.569 0.026 0.036 0.124 1.407 0.139 2.408 0.378 0.241 1.422 2.431 0.586 7.697 0.997 1.255 0.779 1.060 0.675 2.787 2.242 0.178 1.063 0.427 0.104 0.466 0.054 1.432 0.936 0.173 0.615 0.675 0.633 2.089 2.168 0.671 1.905 0.639 0.640 nan 0.277 1.599 1.643 0.912 1.454 0.503 0.816 0.416 0.293 1.746 1.898 0.233 0.818 0.581 1.370 0.567 0.421 6876 chr20 20338373 20397011 + 0 NA Intergenic Intergenic 18927 NM_002196 3642 Hs.89584 NM_002196 ENSG00000173404 INSM1 IA-1|IA1 INSM transcriptional repressor 1 protein-coding 3.247 1.939 nan 0.037 3.539 1.893 0.058 1.867 3.671 0.008 0.105 0.043 0.009 0.592 4.018 2.224 0.107 0.080 0.033 0.010 0.015 0.019 1.874 0.924 4.851 0.054 0.028 0.025 0.081 0.009 0.091 0.122 0.145 6.220 0.027 0.074 1.545 0.046 0.072 0.006 1.177 0.080 0.037 0.029 0.015 0.039 0.104 0.131 0.112 0.049 0.023 0.034 2.224 0.029 0.027 4.851 0.029 0.058 1.454 0.083 2.390 0.046 1.131 0.661 0.027 0.018 0.010 1.705 2.151 0.314 0.383 6.638 5.414 6.226 2.422 0.586 0.589 2.975 4.196 5.819 6.617 5.821 7.590 1.212 2.276 6.224 5.686 0.659 1.029 2.025 1.163 7136 chr21 17904931 17911002 + 0 NA promoter-TSS (NR_136547) promoter-TSS (NR_136547) 74 NR_136547 388815 Hs.473394 NR_027790 MIR99AHG C21orf34|C21orf35|LINC00478|MONC mir-99a-let-7c cluster host gene ncRNA 1.417 2.119 9.275 0.178 0.154 3.131 0.800 0.397 0.692 0.067 0.051 0.655 0.396 0.021 0.173 0.067 0.063 0.821 2.009 0.758 0.534 1.913 0.363 0.178 0.204 0.067 0.035 0.185 0.409 0.092 3.035 0.290 6.853 0.016 1.596 0.123 0.079 0.030 0.099 0.115 0.071 0.037 0.241 0.315 0.912 0.514 0.260 0.011 0.021 0.035 0.028 1.913 0.423 0.096 0.077 0.026 1.282 0.089 0.013 0.009 0.025 0.556 0.424 2.593 4.255 0.674 0.873 0.097 0.020 0.201 0.285 2.432 3.124 0.081 0.119 11.198 12.494 2.010 2.514 0.076 0.117 0.346 0.796 1.294 0.729 7980 chr3 168667462 168671829 + 0 NA Intergenic Intergenic 49912 NR_109989 100507661 Hs.65918 NR_109989 ENSG00000242268 LINC02082 - long intergenic non-protein coding RNA 2082 ncRNA 1.176 1.128 0.910 10.741 0.119 0.085 5.070 0.294 0.317 0.373 0.036 0.419 0.068 0.204 0.258 1.039 0.354 1.559 0.883 0.015 0.179 0.096 0.082 0.031 0.033 0.057 2.837 2.956 0.092 0.145 0.629 0.293 3.583 0.062 0.039 0.102 0.054 0.091 0.102 0.055 1.623 1.851 1.258 0.184 0.111 0.114 0.018 0.059 0.258 0.769 0.064 0.082 0.310 0.056 0.027 0.069 1.370 0.046 0.115 1.272 0.026 0.011 0.434 0.356 0.959 0.699 0.431 0.622 0.452 0.217 0.355 0.332 0.486 1.021 nan 0.347 nan 0.249 0.291 0.452 0.155 0.170 0.316 0.485 0.652 0.562 5712 chr19 43767547 43773055 + 0 NA intron (NM_002784, intron 2 of 5) intron (NM_002784, intron 2 of 5) 3414 NM_001301708 5678 Hs.502092 NM_002784 ENSG00000183668 PSG9 PS34|PSBG-11|PSBG-9|PSG11|PSGII pregnancy specific beta-1-glycoprotein 9 protein-coding 0.703 0.623 0.752 10.183 0.047 0.010 3.387 0.145 0.162 3.537 0.631 0.614 0.832 0.018 0.079 0.068 0.463 0.117 2.926 1.896 1.478 0.113 0.078 0.043 3.627 3.804 5.681 3.661 1.205 0.766 nan 2.048 0.245 2.015 0.088 0.035 0.060 0.117 0.768 0.029 10.620 4.450 1.753 1.825 1.720 3.253 0.504 0.224 1.331 10.595 1.065 0.068 2.655 0.085 0.043 1.154 6.759 0.014 5.767 0.036 5.046 0.053 0.358 1.631 10.092 11.761 0.368 0.280 2.140 5.408 0.248 0.243 0.338 0.119 0.295 0.304 0.133 0.280 0.126 0.181 0.291 0.072 0.130 0.235 0.184 0.522 0.283 1.058 0.583 0.765 11433 chr9 6562328 6570123 + 0 NA intron (NM_000170, intron 15 of 24) AluSx3|SINE|Alu 79467 NM_000170 2731 Hs.584238 NM_000170 ENSG00000178445 GLDC GCE|GCSP|HYGN1 glycine decarboxylase protein-coding 0.622 1.834 0.630 1.909 0.190 0.078 6.066 0.205 0.319 0.381 0.435 0.601 0.013 0.092 0.429 0.200 0.124 2.188 1.539 1.416 0.071 0.072 0.148 0.150 1.898 1.791 0.181 2.838 0.894 0.495 1.190 0.237 0.440 3.076 0.926 0.035 0.044 0.105 3.489 0.130 2.045 2.703 0.989 3.576 1.562 0.842 3.916 0.415 4.932 0.222 0.206 0.429 0.701 6.099 0.150 0.534 0.052 0.050 1.529 0.591 1.134 0.051 0.127 2.317 3.273 4.275 0.235 0.131 0.315 0.307 0.481 0.531 1.077 0.311 0.160 0.160 0.665 1.180 0.247 0.347 0.524 0.202 0.125 0.317 0.180 0.171 0.230 nan 1.355 1.065 7035 chr20 49027517 49081316 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -72442 NM_002827 5770 Hs.417549 NM_002827 ENSG00000196396 PTPN1 PTP1B protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 protein-coding nan nan 0.778 0.844 0.356 0.083 1.259 0.180 0.246 0.553 1.259 0.806 0.513 0.067 0.148 0.285 0.476 0.174 1.060 0.772 0.359 0.042 0.108 0.093 0.202 1.000 0.572 0.223 0.991 1.099 1.075 4.095 2.044 1.248 1.096 1.350 0.012 0.101 0.102 0.772 0.074 1.633 0.742 0.407 1.141 1.048 0.655 2.092 2.157 0.404 1.412 2.954 0.285 1.289 0.238 0.202 0.892 1.961 0.155 3.380 0.505 0.698 0.090 0.104 0.850 0.488 0.580 0.590 0.569 0.270 0.590 0.420 0.480 nan 0.327 0.350 0.424 0.363 0.786 0.783 0.835 nan 0.419 0.364 0.389 0.106 0.162 0.352 0.682 0.695 0.709 10413 chr7 72857773 72866556 + 0 NA intron (NM_032408, intron 15 of 19) intron (NM_032408, intron 15 of 19) 14055 NM_003508 8326 Hs.647029 NM_003508 ENSG00000188763 FZD9 CD349|FZD3 frizzled class receptor 9 protein-coding nan 1.305 1.370 0.057 1.477 0.315 0.182 1.854 3.396 0.053 0.173 0.229 0.045 2.570 1.155 0.280 0.109 0.205 0.043 0.036 0.048 2.547 1.228 2.687 0.008 0.017 0.135 0.148 0.024 0.109 0.173 0.448 2.673 0.034 0.152 2.256 0.271 0.200 0.027 3.795 0.231 0.034 0.036 0.102 0.079 0.143 0.216 0.241 0.438 0.045 0.106 1.155 0.113 0.123 2.687 0.041 0.038 0.044 0.074 0.093 0.149 0.056 0.086 0.061 0.112 0.138 0.515 0.669 0.803 nan 3.480 4.682 5.967 1.393 0.161 0.212 0.288 nan 1.573 nan 0.497 0.381 0.317 0.457 4.076 3.904 0.197 0.601 5.021 1.977 6600 chr2 206608344 206624275 + 0 NA intron (NM_018534, intron 11 of 15) intron (NM_018534, intron 11 of 15) 69085 NM_201264 8828 Hs.471200 NM_003872 ENSG00000118257 NRP2 NP2|NPN2|PRO2714|VEGF165R2 neuropilin 2 protein-coding 1.481 nan 1.404 1.972 0.237 0.690 6.988 0.201 0.374 0.766 1.096 0.544 0.020 0.038 0.083 0.596 0.216 0.010 3.919 2.304 0.044 0.052 0.099 0.094 0.324 3.119 2.322 0.033 1.734 1.436 1.149 4.194 0.190 0.408 3.122 0.088 0.210 0.048 0.075 0.460 0.674 0.447 0.189 0.106 3.529 2.464 1.682 0.249 1.087 0.081 0.149 2.621 0.596 2.953 0.104 0.324 2.095 2.823 0.672 0.109 0.032 1.186 0.077 1.336 0.460 0.036 0.032 0.252 0.189 0.413 0.956 0.273 0.313 0.865 0.401 0.632 0.641 0.803 1.186 0.913 1.002 1.861 1.812 0.144 0.250 0.749 1.157 0.756 2.567 0.516 0.373 8869 chr5 39091727 39121572 + 0 NA 3' UTR (NM_001243093, exon 19 of 19) 3' UTR (NM_001243093, exon 19 of 19) -32139 NM_001285439 253260 Hs.407926 NM_152756 ENSG00000164327 RICTOR AVO3|PIA|hAVO3 RPTOR independent companion of MTOR complex 2 protein-coding 0.646 1.106 nan 0.388 0.304 0.013 1.539 0.092 0.178 0.061 0.268 3.404 0.058 0.040 0.041 0.184 0.392 0.237 1.297 0.859 1.141 0.046 0.217 0.171 0.104 0.909 0.423 0.022 0.671 0.898 0.560 1.889 0.834 0.332 1.067 2.690 0.025 0.053 0.130 0.612 0.021 0.537 0.165 0.094 0.472 1.036 0.950 0.673 2.578 0.144 0.863 2.886 0.184 1.259 0.353 0.104 1.304 1.161 0.058 0.394 0.496 1.944 0.056 0.058 0.319 0.023 0.019 0.437 0.270 0.209 0.416 0.297 0.339 0.245 0.112 0.356 0.419 0.857 0.991 0.723 0.571 0.577 0.185 0.244 0.336 0.150 0.220 0.182 0.330 0.374 0.467 3077 chr13 22235421 22253615 + 0 NA promoter-TSS (NM_002010) promoter-TSS (NM_002010) -697 NM_002010 2254 Hs.111 NM_002010 ENSG00000102678 FGF9 FGF-9|GAF|HBFG-9|HBGF-9|SYNS3 fibroblast growth factor 9 protein-coding 0.990 1.652 2.867 0.170 2.852 5.150 0.773 1.543 2.676 0.121 0.066 0.038 1.485 3.855 0.660 0.142 0.088 0.344 0.184 0.031 1.043 1.658 0.822 3.941 1.004 1.083 0.033 0.325 0.429 2.215 4.060 0.376 8.618 0.506 0.060 0.592 2.904 0.095 0.526 2.792 0.071 0.088 0.086 0.102 1.162 0.053 0.186 0.157 0.008 0.156 0.073 0.660 1.868 2.035 3.941 0.054 0.068 0.080 0.380 2.183 0.083 1.090 0.021 0.132 0.066 0.055 1.962 2.419 0.994 nan 6.537 4.534 0.359 0.117 1.054 0.988 1.231 1.783 2.741 3.980 1.203 0.725 0.992 2.604 2.379 1.813 0.200 0.224 4.391 2.415 3305 chr13 102674271 102699572 + 0 NA intron (NM_001321945, intron 2 of 5) MER96B|DNA|hAT 11433 NR_039854 100616239 NR_039854 ENSG00000264482 MIR4705 - microRNA 4705 ncRNA 0.840 1.006 0.854 0.026 0.489 7.896 0.067 0.709 1.295 0.068 0.047 0.020 0.106 1.739 2.283 0.059 0.090 0.180 0.043 0.022 0.082 0.121 2.021 0.016 0.008 0.003 0.043 0.053 0.181 0.980 0.057 9.123 0.086 0.045 0.328 0.026 0.087 0.009 0.340 0.113 0.024 0.022 0.060 0.031 0.061 0.055 0.019 0.020 0.013 0.042 2.283 0.078 0.018 2.021 0.010 0.026 0.023 0.011 0.040 0.028 0.035 0.175 0.012 0.023 0.012 0.640 0.310 0.153 0.228 1.852 1.868 3.286 1.062 0.093 0.072 0.221 nan 0.646 1.117 0.380 0.174 0.148 0.226 0.813 1.027 0.778 nan 0.313 0.204 3433 chr14 29673068 29713474 + 0 NA Intergenic Intergenic -438278 NR_135255 105370424 Hs.375809 NR_135255 ENSG00000257056 LINC02282 - long intergenic non-protein coding RNA 2282 ncRNA 1.716 0.997 0.850 0.088 0.442 0.105 0.460 0.266 0.587 0.005 0.234 1.150 0.011 0.027 1.864 2.896 2.029 0.239 0.566 0.347 0.037 0.014 0.287 0.301 1.490 1.037 0.584 0.009 0.203 0.068 0.792 2.760 0.142 2.791 0.828 0.809 1.856 0.289 0.160 0.991 0.657 0.157 0.116 0.105 0.208 0.038 0.038 0.625 0.016 0.065 0.300 0.043 2.896 0.163 0.044 1.490 0.270 0.008 0.442 0.085 0.978 0.449 0.035 0.148 0.714 0.013 0.008 0.252 0.147 0.254 0.200 2.472 2.569 5.122 2.765 0.150 0.125 8.523 9.463 1.181 1.371 1.120 0.603 0.126 0.147 4.969 6.984 0.509 1.266 2.289 1.104 10039 chr6 156598840 156604840 + 0 NA Intergenic Intergenic -98044 NR_145751 109617011 NR_145751 ENSG00000212295 SNORD28B - small nucleolar RNA, C/D box 28B snoRNA nan 0.709 0.936 6.081 1.900 0.047 0.203 0.497 0.064 0.030 0.010 0.065 2.147 0.761 0.349 0.096 0.106 0.993 0.663 1.971 0.012 0.045 0.008 0.066 nan 0.169 1.843 0.062 0.943 0.018 0.136 0.020 0.265 0.077 0.030 0.013 0.036 0.013 0.093 0.086 0.027 0.060 0.017 0.761 0.108 0.027 1.971 0.020 0.081 0.098 0.029 0.905 0.039 0.988 0.591 0.039 0.010 0.051 2.806 4.192 0.248 0.318 4.382 nan 11.890 7.880 0.166 0.272 0.198 0.200 4.533 5.324 1.210 0.818 0.250 0.661 2.723 3.394 0.864 nan 0.915 0.569 6607 chr2 208115713 208131765 + 0 NA Intergenic Intergenic -1430 NR_146973 105373852 Hs.516721 NR_146973 LINC01802 - long intergenic non-protein coding RNA 1802 ncRNA 1.469 nan 2.449 0.005 0.301 1.988 1.799 1.026 2.163 0.356 0.462 0.378 0.042 0.050 1.025 0.543 0.788 0.160 1.531 0.872 0.808 0.009 0.166 0.132 0.399 2.255 1.459 0.051 1.185 0.658 1.837 3.946 2.377 4.045 1.485 0.182 1.296 0.195 0.074 0.663 0.149 2.029 0.754 0.505 0.845 1.086 0.168 2.870 0.213 0.541 0.221 0.439 0.543 1.018 0.998 0.399 0.106 1.057 0.503 0.384 0.360 0.900 0.819 0.854 1.722 0.104 0.038 2.176 2.645 0.579 0.885 0.261 0.306 0.535 0.198 1.497 1.606 6.217 6.493 0.460 0.464 1.186 1.441 0.698 1.108 3.311 4.107 1.264 3.756 0.369 0.284 9201 chr5 138277142 138328369 + 0 NA intron (NM_001037633, intron 8 of 10) intron (NM_001037633, intron 8 of 10) 91666 NM_001323989 1495 Hs.445981 NM_001903 ENSG00000044115 CTNNA1 CAP102|MDPT2 catenin alpha 1 protein-coding 1.303 1.468 nan 0.084 0.552 1.010 0.202 0.313 0.535 0.009 0.198 0.200 0.006 0.148 1.532 0.212 0.362 0.097 0.075 0.029 0.038 0.030 0.398 0.208 1.033 0.179 0.068 0.075 0.065 0.025 0.108 0.700 0.146 1.991 0.049 0.120 1.090 0.110 0.092 0.014 0.453 0.089 0.053 0.027 0.121 0.087 0.156 0.138 0.113 0.112 0.045 0.150 0.212 0.107 0.045 1.033 0.117 0.067 0.387 0.105 2.508 0.130 0.178 1.413 0.079 0.038 0.020 0.298 0.341 0.302 0.440 1.099 1.202 1.036 0.434 0.404 0.421 1.865 2.305 2.535 2.277 1.408 1.137 0.363 0.563 2.173 2.184 1.128 4.959 1.079 0.615 11200 chr8 107279826 107288798 + 0 NA intron (NM_001198533, intron 1 of 16) intron (NM_001198533, intron 1 of 16) 1906 NM_001198533 55074 Hs.127286 NM_018002 ENSG00000164830 OXR1 Nbla00307|TLDC3 oxidation resistance 1 protein-coding 2.968 nan nan 0.939 0.969 0.075 0.793 0.262 0.767 0.256 1.254 1.523 0.159 0.045 0.139 1.752 2.275 0.413 1.580 0.574 0.077 0.587 0.332 0.350 4.589 0.463 0.323 0.693 2.185 0.722 1.342 2.282 0.823 5.878 1.450 0.246 0.095 0.611 0.070 0.977 0.786 1.012 0.760 0.511 1.109 0.078 0.686 3.099 0.764 2.473 1.461 0.215 1.752 0.978 1.189 4.589 0.399 0.120 0.291 1.049 1.448 0.255 0.386 1.853 0.966 0.424 0.307 1.188 1.914 2.451 2.421 0.589 0.463 nan 0.601 6.457 7.034 4.647 6.656 5.158 nan nan 2.096 0.689 1.956 0.270 0.302 3.199 nan 0.857 0.818 5021 chr17 75345646 75397203 + 0 NA promoter-TSS (NM_001113494) promoter-TSS (NM_001113494) -741 NM_001113494 10801 Hs.440932 NM_006640 ENSG00000184640 SEPT9 AF17q25|MSF|MSF1|NAPB|PNUTL4|SINT1|SeptD1 septin 9 protein-coding 2.116 1.965 2.112 0.788 0.818 0.998 0.819 0.448 0.944 0.491 1.296 1.097 0.048 0.246 0.373 0.622 1.112 0.243 0.605 0.192 0.244 0.433 0.641 0.384 1.311 0.957 0.580 0.285 0.164 0.070 1.509 4.271 0.988 3.676 0.313 0.414 0.146 0.430 0.114 0.421 0.173 0.764 0.138 0.085 0.213 0.191 0.140 0.284 2.262 0.978 0.266 0.306 0.622 0.629 0.321 1.311 0.124 0.189 0.550 0.364 0.685 0.507 0.574 0.712 1.026 0.075 0.056 2.784 4.204 0.569 1.022 1.306 1.333 1.434 0.483 1.341 1.320 nan 2.758 1.713 2.539 4.478 5.098 1.226 1.819 0.723 0.887 1.187 2.336 nan 0.717 11632 chr9 91967117 91978653 + 0 NA intron (NM_001354697, intron 15 of 16) intron (NM_001354697, intron 15 of 16) 39119 NM_001282690 79048 Hs.59804 NM_024077 ENSG00000187742 SECISBP2 SBP2 SECIS binding protein 2 protein-coding 0.853 nan 1.779 0.063 1.199 1.018 0.128 0.194 0.243 0.017 0.149 0.104 0.011 0.132 0.132 0.320 0.097 0.126 0.219 0.017 0.016 0.024 0.553 0.471 0.352 0.135 0.038 0.057 0.112 0.091 0.111 0.103 1.270 0.038 0.112 0.033 0.103 0.073 0.020 0.089 0.122 0.036 0.007 0.002 0.021 0.110 0.120 0.090 0.140 0.034 0.099 0.320 0.148 0.016 0.352 0.021 0.050 0.178 0.075 0.220 0.061 0.035 0.140 0.066 0.050 0.022 0.318 0.247 4.483 nan 1.053 1.028 3.348 0.815 0.279 0.296 1.215 1.166 3.573 3.418 0.196 0.209 0.215 0.247 0.467 0.303 0.311 0.694 3.945 2.055 8025 chr3 173604746 173623203 + 0 NA intron (NM_014932, intron 4 of 6) intron (NM_014932, intron 4 of 6) 24612 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 0.890 1.305 0.771 0.210 0.133 0.369 0.116 0.420 0.877 0.005 0.076 0.020 0.037 0.049 0.099 0.132 0.111 0.176 0.080 0.123 0.038 0.204 0.275 0.163 0.022 0.008 0.016 0.088 0.006 0.058 0.085 0.104 0.545 0.080 0.050 0.083 0.053 0.072 0.032 0.116 0.070 0.075 0.081 0.112 0.021 0.131 0.076 0.022 0.124 0.022 0.044 0.132 0.058 0.020 0.163 0.033 0.072 0.051 0.025 0.009 0.037 0.054 0.021 0.047 0.096 0.419 0.356 0.480 0.451 0.426 0.438 0.707 0.317 0.302 0.305 3.695 3.870 0.382 0.365 0.594 0.325 0.176 0.278 0.433 0.550 0.351 0.579 0.412 0.432 7197 chr21 36584164 36613480 + 0 NA Intergenic Intergenic -177227 NM_001754 861 Hs.149261 NM_001754 ENSG00000159216 RUNX1 AML1|AML1-EVI-1|AMLCR1|CBF2alpha|CBFA2|EVI-1|PEBP2aB|PEBP2alpha runt related transcription factor 1 protein-coding 0.774 0.714 1.158 1.408 0.482 2.321 2.756 0.509 1.340 0.798 0.085 0.532 1.667 0.038 2.938 0.415 0.993 0.137 1.365 0.982 0.116 0.272 0.102 2.510 1.056 0.634 0.202 0.868 1.621 0.710 1.447 0.863 2.158 1.383 0.103 0.026 0.037 0.051 0.445 0.062 0.565 0.073 0.064 1.413 0.971 1.981 0.501 0.036 0.721 0.362 0.717 0.415 1.866 1.178 2.510 0.525 0.650 0.016 0.084 0.139 1.067 0.128 0.047 0.106 0.507 0.496 1.048 1.304 0.924 1.751 2.713 2.320 3.329 0.932 1.019 1.039 0.146 0.277 4.022 3.645 0.608 0.294 0.276 0.450 0.127 0.165 0.156 0.213 nan 0.981 7182 chr21 34912025 34918441 + 0 NA promoter-TSS (NM_001291411) promoter-TSS (NM_001291411) -35 NM_001136006 2618 Hs.473648 NM_000819 ENSG00000159131 GART AIRS|GARS|GARTF|PAIS|PGFT|PRGS phosphoribosylglycinamide formyltransferase, phosphoribosylglycinamide synthetase, phosphoribosylaminoimidazole synthetase protein-coding 6.739 3.432 5.888 2.987 5.824 4.561 2.514 3.147 6.101 1.939 2.711 2.788 3.056 1.379 5.964 5.116 3.308 0.176 3.523 1.329 4.560 3.410 2.715 0.979 5.813 2.415 3.124 2.013 3.038 1.661 5.849 6.912 4.732 14.380 1.459 3.489 1.676 4.092 0.106 1.949 3.259 5.036 4.107 1.653 2.750 1.728 4.747 5.674 2.682 4.306 3.586 2.054 5.116 4.912 5.010 5.813 2.279 1.997 1.832 3.521 2.801 2.498 2.844 2.694 2.257 2.657 2.107 10.674 8.355 7.591 9.967 9.588 10.036 6.252 4.475 19.606 21.441 6.589 8.226 8.788 13.499 14.648 13.793 5.494 9.013 8.591 11.471 10.381 9.497 nan 2.906 4267 chr16 18798763 18817521 + 0 NA intron (NM_001313858, intron 3 of 5) intron (NM_001313858, intron 3 of 5) 4550 NM_001313858 23204 Hs.634882 NM_015161 ENSG00000170540 ARL6IP1 AIP1|ARL6IP|ARMER|SPG61 ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 1 protein-coding 2.326 1.453 nan 2.504 2.133 1.510 1.825 1.132 2.013 1.241 3.820 1.808 0.625 0.449 0.875 1.321 0.798 0.129 1.884 0.627 1.159 0.481 0.982 0.582 2.170 1.526 1.433 1.006 1.737 0.417 1.991 3.630 1.033 4.967 0.950 4.001 0.454 1.671 0.127 0.767 1.021 2.781 1.329 0.782 1.465 0.829 1.910 1.599 1.929 1.831 1.613 2.120 1.321 1.786 3.678 2.170 0.702 0.764 0.529 1.535 0.866 1.848 0.546 1.398 0.681 1.164 0.943 1.798 2.185 1.730 2.280 3.266 3.021 4.200 1.524 3.935 3.772 2.051 2.659 5.937 8.005 nan 3.313 1.590 2.632 1.933 2.697 2.359 3.208 1.874 0.935 7055 chr20 52712234 52794913 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 36943 NM_000782 1591 Hs.89663 NM_000782 ENSG00000019186 CYP24A1 CP24|CYP24|HCAI|HCINF1|P450-CC24 cytochrome P450 family 24 subfamily A member 1 protein-coding 0.678 1.131 0.541 3.442 0.086 0.064 0.834 0.114 0.208 1.088 0.369 0.108 0.820 0.056 0.167 0.138 0.680 0.115 0.729 0.520 4.883 0.023 0.074 0.095 0.053 0.562 0.310 0.031 0.859 0.664 0.829 2.520 2.262 0.268 0.913 0.355 0.014 0.127 0.128 0.549 0.056 0.286 3.372 1.389 1.510 0.729 2.187 1.061 5.030 0.087 1.094 3.168 0.138 0.738 0.172 0.053 1.455 2.086 0.046 0.518 0.040 0.578 0.152 0.118 0.847 3.025 3.376 0.557 nan 0.289 0.576 0.178 0.238 0.146 0.083 0.400 0.405 0.209 0.347 0.270 0.292 0.630 0.432 0.263 0.377 0.027 0.047 0.262 0.460 0.260 0.383 7323 chr22 22005040 22013282 + 0 NA Intergenic AluSg|SINE|Alu 1568 NR_029845 406920 NR_029845 ENSG00000283871 MIR130B MIRN130B|mir-130b microRNA 130b ncRNA 3.436 nan 1.993 2.901 2.068 1.324 0.871 1.705 3.108 0.613 4.078 0.790 0.699 0.606 1.544 3.069 0.595 0.058 2.445 0.993 1.661 0.420 0.890 0.476 3.632 0.774 0.632 2.291 2.253 0.818 1.824 nan 2.444 6.428 1.014 0.724 0.742 1.328 0.071 0.889 1.568 1.380 0.446 0.342 1.038 0.300 0.467 1.119 1.046 2.651 0.759 0.950 3.069 1.807 2.262 3.632 0.608 1.411 1.237 2.233 1.558 0.510 0.725 1.509 1.015 0.454 0.372 1.854 2.080 2.446 3.541 4.386 4.062 3.752 0.933 2.980 2.886 2.845 4.065 3.566 4.716 3.791 3.302 0.773 1.600 2.904 2.803 2.561 4.158 4.464 2.292 8436 chr4 77593611 77602524 + 0 NA intron (NM_020859, intron 2 of 10) AluY|SINE|Alu 101363 NR_039655 100616254 NR_039655 ENSG00000283682 MIR548AH - microRNA 548ah ncRNA 0.573 0.760 0.783 0.621 0.245 0.089 1.361 0.090 0.314 0.333 0.120 0.051 3.767 0.046 0.423 0.144 0.117 0.036 0.586 0.192 0.036 0.054 0.092 0.406 0.747 0.461 0.149 1.309 0.776 0.722 2.581 3.041 0.821 0.871 0.024 0.032 0.208 0.077 0.197 0.072 0.134 0.040 0.018 1.060 0.290 0.130 0.240 0.135 0.055 0.026 0.275 0.144 0.497 0.310 0.406 0.123 0.771 0.092 0.034 0.246 0.012 0.056 0.040 0.006 0.300 0.147 0.290 0.494 0.427 0.507 0.475 0.224 0.226 0.274 0.136 0.231 1.462 1.224 0.222 0.116 0.108 0.164 0.034 0.052 0.117 0.179 0.722 0.423 3715 chr14 78328287 78352221 + 0 NA intron (NM_020421, intron 4 of 10) intron (NM_020421, intron 4 of 10) 73828 NM_020421 57143 Hs.413208 NM_020421 ENSG00000063761 ADCK1 - aarF domain containing kinase 1 protein-coding 2.430 0.749 1.053 0.165 0.129 3.406 0.072 0.234 0.450 0.016 0.068 0.094 0.021 0.037 0.390 1.126 0.125 0.094 0.088 0.009 0.046 0.006 0.168 0.157 0.145 0.113 0.058 0.037 0.088 0.009 0.094 0.244 0.138 0.904 0.110 0.082 0.608 0.063 0.076 0.010 0.103 0.119 0.045 0.026 0.032 0.074 0.197 0.142 0.109 0.142 0.059 0.091 1.126 0.042 0.045 0.145 0.063 0.038 0.492 0.126 0.051 0.122 0.033 0.334 0.118 0.031 0.004 0.307 0.269 0.259 0.335 0.549 0.705 0.907 0.262 0.420 0.496 0.424 0.683 0.712 nan 0.702 0.566 0.185 0.287 2.612 2.445 0.495 0.716 2.812 nan 1495 chr10 64132777 64148853 + 0 NA intron (NM_014951, intron 2 of 4) intron (NM_014951, intron 2 of 4) -5929 NR_104162 283045 NR_104162 LOC283045 - uncharacterized LOC283045 ncRNA 0.787 nan 0.540 1.950 0.093 0.017 0.628 0.177 0.253 0.434 0.830 3.430 0.023 0.055 0.022 0.086 0.670 0.120 1.105 0.926 0.098 0.017 0.117 0.128 0.127 1.357 0.760 0.023 0.156 0.013 0.344 0.914 0.287 0.498 0.633 0.735 0.024 0.290 0.133 0.567 0.039 0.183 0.094 0.048 0.034 0.243 0.617 0.888 0.198 0.289 0.088 0.169 0.086 1.136 0.098 0.127 0.175 0.903 0.349 0.038 1.599 0.049 0.031 0.644 0.691 0.912 0.316 0.233 0.342 0.516 0.357 0.448 0.317 0.190 0.336 0.287 0.621 0.847 0.272 0.424 0.405 0.363 0.114 0.294 0.078 0.076 0.081 nan 0.371 0.345 3187 chr13 67404615 67417873 + 0 NA intron (NR_046527, intron 1 of 5) L1M5|LINE|L1 11943 NR_046527 100874064 Hs.569284 NR_046527 ENSG00000228842 PCDH9-AS2 - PCDH9 antisense RNA 2 ncRNA nan 1.317 nan 0.022 0.250 0.008 0.026 0.048 0.198 0.063 0.194 0.014 0.236 0.173 0.753 0.074 0.037 0.032 0.014 1.357 0.191 0.216 0.408 0.015 0.007 0.000 0.051 0.008 0.067 0.079 0.038 1.330 0.044 0.119 1.451 0.029 0.090 0.708 0.083 0.032 0.024 0.008 0.012 0.109 0.068 0.338 0.048 0.084 0.085 0.753 0.011 0.007 0.408 0.102 0.081 0.865 0.035 0.415 0.011 0.079 0.442 0.018 0.009 0.486 0.544 0.085 0.176 0.576 0.718 0.723 0.178 0.102 0.122 0.371 0.566 1.007 1.088 0.607 0.353 0.143 0.358 3.456 4.786 0.892 1.757 0.195 0.130 5055 chr17 78074403 78084926 + 0 NA exon (NM_001079804, exon 3 of 20) exon (NM_001079804, exon 3 of 20) 4339 NM_001079803 2548 Hs.1437 NM_000152 ENSG00000171298 GAA LYAG glucosidase alpha, acid protein-coding 2.723 3.167 2.584 0.566 1.461 2.088 1.030 0.853 1.895 0.228 1.198 0.676 0.130 0.399 2.634 2.034 0.884 0.184 0.948 0.411 0.924 0.621 0.820 0.462 1.598 0.606 0.418 0.826 0.650 0.308 1.793 3.148 0.675 8.638 0.415 0.850 0.437 1.054 0.089 0.448 1.397 0.822 0.464 0.297 0.435 0.189 0.356 0.825 1.413 1.138 0.893 0.864 2.034 0.767 0.543 1.598 0.594 0.707 1.278 1.725 2.303 0.331 0.289 0.703 0.387 0.301 0.199 2.980 4.167 1.191 1.843 2.857 2.726 3.453 1.141 2.623 2.357 nan 2.225 2.889 4.614 4.537 4.997 0.873 1.672 2.374 2.063 2.756 2.784 nan 0.863 8178 chr3 194836591 194842304 + 0 NA intron (NM_152531, intron 3 of 3) intron (NM_152531, intron 3 of 3) 15862 NR_036089 100422926 NR_036089 ENSG00000265333 MIR3137 - microRNA 3137 ncRNA nan 0.803 0.751 2.596 0.274 0.126 4.247 0.279 0.568 0.017 0.068 1.786 0.096 0.175 0.261 0.245 0.833 0.310 2.253 1.396 0.133 0.049 0.097 0.172 0.508 0.488 0.159 0.154 0.381 1.905 2.698 7.157 0.310 nan 1.320 0.094 0.050 0.075 0.080 0.730 0.320 5.540 11.125 3.773 1.760 2.710 1.601 0.087 0.142 1.330 0.014 0.371 0.245 1.712 0.988 0.508 0.451 0.097 0.466 0.214 0.018 0.164 0.138 0.325 1.770 4.834 5.290 0.329 0.283 0.379 0.771 0.616 0.731 1.174 0.495 0.749 0.627 0.754 1.022 0.553 0.709 0.875 0.349 0.565 0.524 0.142 0.142 0.572 0.708 0.585 0.482 2756 chr12 65915917 65934183 + 0 NA intron (NR_120432, intron 4 of 4) MIRb|SINE|MIR 26041 NR_135033 105369187 Hs.738044 NR_135033 ENSG00000250748 LOC105369187 - uncharacterized LOC105369187 ncRNA 0.705 0.451 0.505 0.662 0.092 0.003 1.150 0.061 0.206 0.037 1.214 7.379 0.241 0.043 0.067 0.119 0.840 0.107 1.682 0.987 1.718 1.691 0.059 0.099 0.046 0.352 0.154 0.004 1.262 1.057 2.462 4.330 3.899 0.253 1.510 0.569 0.005 0.272 0.077 1.840 2.472 0.386 0.188 1.147 1.086 0.105 1.833 0.120 0.137 0.017 0.128 0.119 1.885 0.880 0.046 0.094 0.045 0.474 0.034 0.516 0.033 0.068 1.604 8.772 9.282 0.200 0.153 0.704 2.324 0.320 nan 0.106 0.070 0.142 0.147 0.171 0.221 0.178 0.210 0.312 0.137 0.160 0.240 0.028 0.036 0.225 0.390 0.207 0.325 1919 chr11 45292072 45308748 + 0 NA intron (NM_001247987, intron 1 of 7) intron (NM_001247987, intron 1 of 7) 7474 NM_020826 57586 Hs.436643 NM_020826 ENSG00000019505 SYT13 - synaptotagmin 13 protein-coding nan 1.842 0.616 0.647 2.357 0.525 0.173 1.349 2.582 0.056 0.083 0.033 1.946 0.235 0.425 0.066 0.079 0.069 0.011 0.038 0.017 0.301 0.179 2.719 0.062 0.022 0.013 0.041 0.026 0.339 2.015 0.072 2.941 0.026 0.067 0.036 0.071 0.105 0.036 0.205 0.099 0.040 0.019 0.072 0.065 0.046 0.182 0.239 0.032 2.222 1.068 0.425 0.047 0.011 2.719 0.153 0.095 0.092 0.063 3.636 0.104 0.244 0.045 0.065 0.014 0.012 1.002 1.741 0.382 0.563 1.549 1.573 0.335 0.109 0.154 0.135 0.718 1.162 1.253 1.648 0.576 0.320 0.551 0.983 0.141 0.223 0.146 nan 1.625 1.068 1938 chr11 47784481 47791202 + 0 NA intron (NM_015308, intron 1 of 16) AluJb|SINE|Alu 1189 NM_001318339 23360 Hs.6834 NM_015308 ENSG00000109920 FNBP4 FBP30 formin binding protein 4 protein-coding nan 3.978 3.772 3.543 7.165 5.157 4.187 3.353 6.536 1.780 4.000 2.223 2.784 2.503 5.894 5.999 2.771 0.670 3.136 1.180 2.293 2.021 3.584 1.970 6.269 2.640 3.703 2.617 3.167 2.010 5.723 7.649 4.303 10.386 1.293 3.617 1.627 4.838 0.209 1.633 2.112 5.262 5.703 2.500 1.822 2.314 4.882 7.238 4.158 3.512 3.082 2.333 5.999 5.086 4.898 6.269 1.459 1.452 1.805 3.692 2.647 4.493 3.739 2.618 2.975 3.007 2.591 11.059 8.549 7.970 12.665 10.995 10.742 8.409 5.711 14.935 15.653 5.512 6.837 8.755 13.072 8.024 9.278 6.609 9.330 7.656 8.981 6.155 5.597 3.704 2.130 7654 chr3 71074869 71122884 + 0 NA intron (NM_001244812, intron 4 of 15) intron (NM_001244812, intron 4 of 15) 15198 NM_001349344 27086 Hs.59368 NM_032682 ENSG00000114861 FOXP1 12CC4|HSPC215|MFH|QRF1|hFKH1B forkhead box P1 protein-coding 0.861 0.618 1.463 1.022 0.821 0.036 0.789 0.358 0.719 0.091 0.726 0.432 0.265 0.186 0.337 0.300 0.307 0.033 1.024 0.490 0.039 0.035 0.607 0.333 0.575 0.388 0.300 0.005 0.495 0.246 2.638 4.131 0.498 0.968 0.447 0.280 0.169 0.036 0.067 0.470 0.223 0.286 0.248 0.157 1.032 0.153 0.071 0.352 0.192 0.080 0.461 0.321 0.300 0.579 0.759 0.575 0.430 0.499 0.079 0.098 0.613 0.668 0.107 0.108 0.691 0.095 0.056 0.305 0.230 1.772 nan 0.636 0.671 0.874 0.466 0.164 0.178 0.411 0.640 0.906 1.666 1.129 0.917 0.185 0.418 0.750 1.476 0.211 nan 0.844 0.540 5545 chr19 13249759 13293790 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 10492 NM_004907 9592 Hs.501629 NM_004907 ENSG00000160888 IER2 ETR101 immediate early response 2 protein-coding 4.110 2.589 2.778 2.650 1.469 3.124 3.215 1.339 2.820 2.275 2.126 2.254 1.356 0.538 1.152 1.460 2.076 0.634 3.224 1.709 4.187 1.983 1.018 0.535 2.224 3.649 4.067 1.446 4.173 1.583 4.197 nan 3.985 1.571 1.630 2.838 0.716 2.639 0.122 1.399 1.005 4.287 2.985 1.205 2.077 2.074 4.548 5.142 3.687 6.396 1.522 2.710 1.460 4.231 3.079 2.224 1.579 3.320 0.746 4.813 1.637 6.047 1.253 1.368 2.577 0.806 0.667 2.601 2.871 1.901 3.625 2.009 1.770 4.626 2.284 2.827 2.980 1.483 1.981 3.865 4.436 3.166 2.927 1.071 2.080 3.175 2.791 2.551 4.613 1.936 1.157 5277 chr18 39518149 39521818 + 0 NA Intergenic Intergenic -15180 NM_001308020 5289 Hs.464971 NM_002647 ENSG00000078142 PIK3C3 VPS34|Vps34|hVps34 phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 protein-coding nan 0.680 0.852 0.278 0.118 0.061 0.115 0.263 0.429 0.598 0.073 0.033 0.088 0.049 0.521 0.133 0.089 0.029 0.053 0.033 0.106 0.178 0.032 0.093 0.609 0.054 0.255 0.022 0.066 0.272 0.079 0.116 0.077 0.058 0.079 0.652 0.044 1.366 10.140 4.348 0.263 0.021 0.387 1.792 0.067 0.510 0.021 0.073 0.521 0.038 0.032 0.066 0.022 0.220 0.027 0.173 0.081 0.068 0.145 1.208 0.693 0.452 0.317 0.332 0.536 0.475 0.524 2.150 0.995 0.153 0.086 0.158 0.650 nan 0.348 0.459 0.316 0.086 0.090 0.250 0.131 0.263 0.438 1.232 1.219 11955 chrX 73461431 73473499 + 0 NA intron (NR_028379, intron 5 of 6) intron (NR_028379, intron 5 of 6) -29012 NR_030620 100126317 NR_030620 ENSG00000212027 MIR374B MIRN374B|mir-374b microRNA 374b ncRNA 0.631 1.040 nan 0.276 0.116 0.051 0.229 0.325 0.333 0.229 0.855 0.519 0.274 0.029 0.038 0.106 0.118 0.013 0.202 0.079 0.412 0.046 0.052 0.125 0.060 0.650 0.471 0.171 0.090 0.017 0.086 0.085 0.212 0.269 0.073 2.858 0.220 0.089 0.068 0.059 0.040 0.214 0.095 0.051 0.104 0.160 0.776 0.449 2.449 0.163 0.288 2.220 0.106 0.107 0.077 0.060 0.680 3.828 0.016 0.178 0.076 0.132 0.054 0.103 0.145 0.158 0.119 0.207 0.289 0.212 0.568 0.226 0.245 0.356 0.090 0.210 0.298 0.385 0.490 0.363 0.303 0.475 0.286 0.072 0.237 1.085 2.167 0.245 0.622 0.304 0.254 9390 chr6 2979793 3000000 + 0 NA non-coding (NR_026856, exon 2 of 3) non-coding (NR_026856, exon 2 of 3) 1695 NR_026856 401232 Hs.720158 NM_207495 LINC01011 - long intergenic non-protein coding RNA 1011 ncRNA 2.425 1.972 2.089 0.911 1.887 1.100 1.728 1.007 1.735 0.491 2.091 1.970 0.900 0.876 2.959 2.754 1.440 0.293 2.167 1.032 1.894 1.184 0.645 0.432 2.727 1.823 1.788 0.362 1.434 0.904 2.637 4.424 2.296 1.625 1.371 1.282 0.117 2.800 0.119 0.646 0.778 2.486 1.706 0.686 1.148 0.788 1.610 2.591 1.365 3.051 1.553 1.252 2.754 2.652 2.560 2.727 0.591 1.043 0.432 1.977 1.227 1.872 1.617 0.507 1.987 0.630 0.434 3.304 4.356 2.306 3.493 3.184 2.668 1.700 0.668 2.893 3.049 1.160 1.372 2.609 4.223 1.377 1.655 1.988 3.192 1.049 0.833 1.838 2.289 1.090 0.821 516 chr1 93543376 93547737 + 0 NA intron (NM_001164393, intron 1 of 12) intron (NM_001164393, intron 1 of 12) 764 NM_001164392 22823 Hs.31016 NM_007358 ENSG00000143033 MTF2 M96|PCL2|TDRD19A|dJ976O13.2 metal response element binding transcription factor 2 protein-coding nan nan 3.594 4.123 3.961 3.814 1.735 2.331 5.440 1.237 2.000 2.252 1.743 1.897 3.346 2.582 4.611 0.452 3.583 1.177 2.144 1.845 1.621 0.801 4.541 1.854 1.543 1.363 3.178 1.170 3.402 6.348 3.022 10.586 1.543 2.011 0.388 5.089 0.219 0.922 2.781 4.006 2.795 1.326 1.716 3.081 5.151 3.301 1.654 3.233 1.319 3.131 2.582 3.528 7.138 4.541 1.127 0.873 0.891 2.800 1.510 1.760 2.154 2.395 1.004 2.440 1.556 6.621 5.537 7.188 9.650 9.781 nan 7.857 3.716 14.645 15.543 6.936 nan 11.562 17.170 nan 9.117 4.476 7.374 2.912 2.826 9.513 8.896 3.713 1.661 7229 chr21 43032547 43065578 + 0 NA Intergenic L1M2|LINE|L1 -50400 NR_024367 54090 Hs.570442 NR_024367 LINC00111 C21orf21|NCRNA00111 long intergenic non-protein coding RNA 111 ncRNA nan 0.542 0.802 1.328 0.117 1.007 1.470 0.151 0.270 1.294 0.614 1.584 0.925 0.043 0.156 0.136 1.346 0.180 1.185 0.878 0.293 0.013 0.085 0.048 0.148 0.917 0.556 0.029 0.847 0.967 0.378 1.453 0.949 0.830 0.733 0.294 0.011 0.066 0.079 1.170 0.041 1.839 0.216 0.111 1.274 0.907 3.046 3.262 0.585 1.504 0.292 0.422 0.136 1.959 1.575 0.148 0.222 1.383 0.003 0.629 0.049 1.218 0.055 0.045 1.226 0.626 0.552 0.350 0.263 0.762 2.751 0.414 0.388 nan 0.141 0.337 0.300 0.157 nan 0.668 0.597 0.378 0.207 0.268 0.358 0.106 0.141 0.144 0.189 0.695 0.677 1813 chr11 13115590 13139183 + 0 NA Intergenic Intergenic 96416 NM_001080521 644943 Hs.134650 NM_001080521 ENSG00000189431 RASSF10 - Ras association domain family member 10 protein-coding 0.716 nan 1.213 0.324 1.621 0.340 0.668 0.632 0.939 0.056 0.106 0.681 0.010 0.207 0.562 0.709 0.129 0.048 0.453 0.580 0.163 0.023 0.600 0.274 5.293 0.317 0.108 0.094 0.143 0.960 0.113 0.956 0.542 1.733 0.368 0.061 0.141 0.037 0.081 0.296 0.839 0.818 0.056 0.061 0.490 0.133 0.135 0.291 0.343 0.158 0.195 0.411 0.709 0.367 0.107 5.293 0.193 0.252 0.095 0.243 0.095 0.522 0.357 0.179 0.200 0.072 0.113 nan 1.773 1.131 1.799 4.569 4.712 3.346 1.206 0.700 0.693 0.310 nan 1.942 1.426 0.999 0.852 0.506 0.654 0.981 0.649 0.450 1.302 1.703 nan 2004 chr11 64972239 65002028 + 0 NA intron (NR_033396, intron 3 of 9) L2a|LINE|L2 5822 NR_033396 440044 Hs.532372 NM_001004326 ENSG00000197847 SLC22A20P Oat6|SLC22A20 solute carrier family 22 member 20, pseudogene pseudo nan 0.653 0.595 0.116 0.216 0.067 0.821 0.188 0.263 0.042 0.217 0.103 0.019 0.048 0.161 0.284 0.136 0.119 0.540 0.246 0.076 0.088 0.121 0.080 0.138 0.148 0.116 0.129 0.748 0.362 2.417 5.958 0.884 0.443 0.373 0.111 0.025 0.226 0.097 0.060 0.056 0.171 0.089 0.074 0.444 0.147 1.548 0.266 0.213 0.213 0.053 0.158 0.284 0.398 0.106 0.138 0.140 0.060 0.085 0.288 0.116 0.158 0.047 0.123 0.074 0.041 0.017 0.549 0.613 0.263 0.428 0.708 0.852 0.487 0.194 0.382 0.465 0.255 0.474 1.165 1.082 0.449 0.221 0.414 0.502 0.153 0.220 0.323 0.868 0.419 0.508 4754 chr17 38323909 38337554 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -2532 NM_001303533 51195 Hs.632254 NM_016339 ENSG00000108352 RAPGEFL1 Link-GEFII Rap guanine nucleotide exchange factor like 1 protein-coding nan 1.083 1.214 2.831 0.555 0.710 0.447 0.416 0.631 0.489 0.563 0.208 5.832 0.044 0.770 0.437 0.268 0.154 0.449 0.153 0.243 0.103 0.368 0.312 0.421 0.228 0.116 0.298 0.275 0.163 0.293 0.684 0.356 1.259 0.088 0.312 0.070 0.349 0.107 0.224 0.226 1.140 0.115 0.051 0.121 0.219 0.868 0.250 0.429 0.438 0.226 0.403 0.437 0.875 0.230 0.421 0.622 0.360 0.996 0.990 0.157 0.546 0.378 0.182 0.066 0.215 0.086 0.810 1.029 0.604 0.957 nan 1.185 1.174 0.298 0.871 0.924 0.341 0.617 1.369 1.862 nan 0.405 0.621 0.735 0.527 0.355 0.626 0.930 1.021 0.582 10613 chr7 115102111 115139010 + 0 NA Intergenic Intergenic 100935 NR_145801 109623459 NR_145801 ENSG00000202377 SNORA25B - small nucleolar RNA, H/ACA box 25B snoRNA nan 0.629 0.899 0.084 0.112 0.041 0.056 0.126 0.272 0.010 0.144 0.446 0.013 0.038 0.093 0.742 0.182 0.104 0.091 0.026 0.019 0.034 0.195 0.208 0.517 0.015 0.008 0.006 0.116 0.017 0.110 0.180 0.288 0.245 0.088 0.092 2.431 0.059 0.175 0.026 0.069 0.055 0.007 0.004 0.012 0.023 0.083 0.101 0.046 0.040 0.032 0.075 0.742 0.054 0.027 0.517 0.026 0.045 0.050 0.030 0.036 0.017 0.053 0.081 0.020 0.014 0.004 0.431 0.231 0.167 0.280 0.161 0.219 0.116 0.088 0.228 0.242 0.402 0.585 0.302 0.364 0.415 0.218 0.160 0.262 7.471 8.437 0.292 0.594 0.517 0.498 6128 chr2 55224997 55243131 + 0 NA intron (NM_153828, intron 1 of 6) intron (NM_153828, intron 1 of 6) 3406 NM_007008 57142 Hs.637850 NM_007008 ENSG00000115310 RTN4 ASY|NI220/250|NOGO|NSP|NSP-CL|Nbla00271|Nbla10545|RTN-X|RTN4-A|RTN4-B1|RTN4-B2|RTN4-C reticulon 4 protein-coding 1.228 nan 1.028 0.699 0.203 0.083 0.207 0.301 0.554 0.373 0.267 0.146 3.951 0.049 0.275 0.191 1.142 0.115 0.467 0.115 0.195 0.053 0.369 0.310 0.224 0.353 0.107 0.126 0.197 0.111 0.222 0.377 0.503 0.513 0.097 0.332 0.021 0.422 0.147 0.316 0.631 0.204 0.073 0.107 0.168 0.164 0.483 0.359 0.400 0.302 0.565 0.397 0.191 0.229 0.249 0.224 0.162 0.201 0.049 0.035 0.113 0.169 0.678 0.464 0.147 0.139 0.122 0.535 0.826 0.589 1.101 0.691 0.793 0.353 0.192 1.151 1.200 2.034 2.663 0.630 0.634 1.277 0.616 0.707 1.267 0.183 0.166 0.864 1.745 0.302 0.274 9506 chr6 24301467 24336234 + 0 NA intron (NM_001195610, intron 3 of 10) L1PB4|LINE|L1 -38281 NM_181337 353219 Hs.697888 NM_181337 ENSG00000146049 KAAG1 RU2AS kidney associated antigen 1 protein-coding 0.938 0.805 nan 0.692 0.153 0.055 0.061 0.115 0.278 0.003 0.078 0.040 0.193 0.046 0.108 0.251 0.137 0.140 0.104 0.016 0.062 0.115 0.143 0.115 0.351 0.024 0.024 0.644 0.072 0.006 0.062 0.089 0.088 nan 0.038 0.048 0.014 2.471 0.155 0.010 0.070 0.097 0.053 0.078 0.050 0.004 0.431 0.184 0.349 0.110 0.204 0.048 0.251 0.066 0.026 0.351 0.035 0.040 0.026 0.039 0.020 0.023 0.060 0.047 0.029 0.164 0.119 0.433 0.334 3.676 nan 0.294 0.364 nan 0.175 0.262 0.255 0.253 0.380 0.282 0.348 0.370 0.135 0.148 0.253 0.137 0.137 0.296 0.437 0.514 0.629 702 chr1 151022128 151038070 + 0 NA intron (NM_001038707, intron 1 of 5) AluJo|SINE|Alu 2026 NM_020239 56882 Hs.22065 NM_020239 ENSG00000197622 CDC42SE1 SCIP1|SPEC1 CDC42 small effector 1 protein-coding nan nan 3.569 1.555 2.186 2.237 2.005 0.996 2.218 0.978 3.398 2.887 0.677 0.934 2.548 2.262 1.563 0.395 1.532 0.438 3.299 1.055 1.870 0.943 2.309 1.911 1.706 1.057 1.060 0.634 10.741 16.730 1.426 9.201 0.962 6.601 0.523 2.089 0.128 0.676 1.054 1.387 1.778 0.921 1.027 0.640 1.068 0.876 2.300 1.408 2.796 3.219 2.262 1.362 0.758 2.309 0.976 1.401 0.635 2.773 2.333 0.911 1.957 1.238 0.852 0.922 0.440 3.952 3.483 2.205 3.354 5.497 nan 4.664 1.304 8.047 8.730 3.075 3.951 5.075 7.074 2.601 2.398 2.649 4.898 2.826 3.275 3.140 4.170 1.947 0.841 2297 chr11 117440141 117473475 + 0 NA intron (NM_020693, intron 3 of 32) MIR3|SINE|MIR 211168 NM_020693 57453 Hs.659513 NM_020693 ENSG00000177103 DSCAML1 DSCAM2 DS cell adhesion molecule like 1 protein-coding 0.663 0.661 0.535 0.026 0.131 2.240 0.045 0.216 0.456 0.009 0.059 0.047 0.029 0.021 0.226 0.199 0.031 0.037 0.035 0.023 0.013 0.253 0.238 0.441 0.040 0.028 0.044 0.055 0.006 0.084 0.173 0.038 0.507 0.030 0.032 0.065 0.046 0.114 0.025 0.152 0.199 0.041 0.026 0.057 0.095 0.066 0.224 0.049 0.035 0.014 0.048 0.199 0.032 0.022 0.441 0.047 0.102 0.076 0.049 0.036 0.026 2.133 0.624 0.021 0.019 0.005 1.790 nan 0.144 0.185 0.481 0.617 1.638 0.582 0.136 0.185 0.493 nan 1.059 0.847 0.801 0.685 2.481 3.256 0.335 0.311 0.506 0.960 0.932 0.679 6896 chr20 23950499 23966211 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 9157 NM_178312 92086 Hs.355394 NM_080920 ENSG00000149435 GGTLC1 GGTL6|GGTLA3|GGTLA4|dJ831C21.1|dJ831C21.2 gamma-glutamyltransferase light chain 1 protein-coding 0.680 0.908 nan 0.023 0.106 0.066 0.059 0.092 0.261 0.018 0.089 0.042 0.031 0.115 0.169 0.188 0.083 0.144 0.060 0.012 0.036 0.061 0.060 0.067 0.071 0.176 0.129 0.098 0.069 0.014 0.063 0.423 0.968 0.600 0.084 0.069 0.048 0.040 0.081 0.038 0.211 0.088 0.062 0.030 0.014 0.049 0.155 0.158 1.250 0.023 0.111 0.124 0.188 0.082 0.138 0.071 0.078 0.120 1.188 0.097 0.033 0.091 1.874 0.534 0.068 0.037 0.006 6.569 8.258 0.301 0.191 0.368 0.369 0.226 0.089 0.259 0.328 0.253 0.457 0.240 0.324 2.150 2.624 3.571 2.948 0.088 0.137 0.508 0.872 0.400 0.409 6799 chr20 2631606 2635141 + 0 NA promoter-TSS (NR_031699) promoter-TSS (NR_031699) -50 NR_031699 100302138 NR_031699 ENSG00000284481 MIR1292 MIRN1292|hsa-mir-1292|mir-1292 microRNA 1292 ncRNA 6.644 5.548 3.618 4.496 8.355 3.771 2.368 3.683 6.705 1.602 7.137 2.738 0.660 1.893 8.175 4.679 1.896 0.339 4.011 1.409 1.827 5.470 3.282 1.874 7.218 3.014 3.110 2.877 1.800 1.815 5.299 6.906 2.840 11.859 3.052 7.389 1.689 5.254 0.103 2.460 2.676 5.588 6.808 3.279 3.818 1.856 5.185 4.644 7.274 6.297 4.086 3.950 4.679 2.825 4.822 7.218 3.951 4.245 2.471 6.242 5.257 6.520 3.795 3.728 1.644 3.830 2.916 12.488 11.690 5.411 7.352 10.067 9.191 11.998 4.758 9.071 8.271 6.097 8.360 13.068 16.129 15.732 19.743 6.539 15.232 9.536 8.349 9.312 8.626 3.002 1.859 9750 chr6 66403985 66419872 + 0 NA intron (NM_001292009, intron 1 of 43) intron (NM_001292009, intron 1 of 43) 5190 NM_001142801 346007 Hs.25067 NM_198283 ENSG00000188107 EYS C6orf178|C6orf179|C6orf180|EGFL10|EGFL11|RP25|SPAM|bA166P24.2|bA307F22.3|bA74E24.1|dJ1018A4.2|dJ22I17.2|dJ303F19.1 eyes shut homolog (Drosophila) protein-coding nan 0.995 0.947 0.058 0.679 0.046 0.054 2.626 4.817 0.068 0.006 0.019 0.328 0.033 4.375 0.110 0.102 0.066 0.012 0.009 0.424 0.288 0.312 0.005 0.027 0.032 0.042 0.006 0.056 0.094 0.040 0.468 0.018 0.023 1.501 0.055 0.109 0.015 1.009 0.058 0.008 0.010 0.028 0.029 0.072 0.053 0.026 0.018 0.015 0.021 4.375 0.036 0.059 0.312 0.008 0.015 0.359 0.033 0.127 0.020 0.061 2.861 0.015 0.025 0.013 0.498 0.609 0.192 0.200 3.257 3.805 1.355 0.717 0.227 0.226 3.499 3.445 0.270 0.257 8.977 7.989 0.124 0.217 5.928 6.196 3.758 4.975 0.532 0.311 357 chr1 46594540 46603938 + 0 NA promoter-TSS (NM_001303429) promoter-TSS (NM_001303429) 196 NR_125987 101929626 Hs.534951 NR_125987 ENSG00000227857 LOC101929626 - uncharacterized LOC101929626 ncRNA 6.498 4.614 nan 3.067 3.757 7.595 1.733 3.308 6.464 1.859 1.160 1.578 2.119 1.520 5.277 4.930 5.426 0.362 2.366 1.008 2.015 1.547 4.209 2.265 2.827 1.594 1.533 1.162 3.339 0.840 2.909 6.105 4.028 16.656 1.750 1.639 1.715 2.653 0.152 0.781 2.843 2.109 1.358 0.582 1.329 3.025 4.080 2.807 1.213 2.714 1.530 2.461 4.930 2.805 3.702 2.827 0.730 2.590 1.623 2.510 3.159 1.942 3.502 1.764 1.639 1.648 1.213 4.550 4.398 5.021 6.876 14.541 12.375 6.280 2.885 8.847 9.273 8.513 9.781 nan 7.518 7.814 8.222 6.079 nan 6.915 6.636 6.651 7.673 4.236 2.057 4679 chr17 28254690 28265338 + 0 NA intron (NM_001145053, intron 1 of 14) intron (NM_001145053, intron 1 of 14) -2768 NM_001282130 85464 Hs.654754 NM_033389 ENSG00000141298 SSH2 SSH-2|SSH-2L slingshot protein phosphatase 2 protein-coding nan nan nan 1.739 0.898 2.297 1.265 1.779 3.068 0.755 1.496 0.524 0.437 0.415 2.438 1.560 1.390 0.257 2.825 0.853 0.860 0.837 0.756 0.264 2.065 1.167 1.208 0.696 1.971 0.453 2.108 3.304 2.519 6.249 0.872 1.906 0.984 1.734 0.185 0.941 1.578 2.695 0.946 0.520 1.593 0.513 1.719 2.394 1.835 1.049 0.970 1.436 1.560 1.852 1.390 2.065 0.701 0.685 0.974 1.909 1.027 1.216 2.641 1.285 0.789 1.247 0.704 3.096 3.803 2.690 3.210 3.857 3.274 2.678 0.886 2.926 3.026 1.763 2.126 2.073 3.324 6.382 6.050 2.148 3.855 3.193 3.134 2.380 nan 1.227 0.678 3236 chr13 86155112 86175822 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 208016 NM_032229 84189 Hs.525105 NM_032229 ENSG00000184564 SLITRK6 DFNMYP SLIT and NTRK like family member 6 protein-coding nan nan 0.604 0.091 0.132 0.014 0.417 0.112 0.219 0.328 0.130 0.206 0.027 0.029 0.064 0.226 0.229 0.116 0.496 0.394 0.707 0.013 0.084 0.115 0.127 0.101 0.024 0.033 0.322 0.134 2.996 4.098 0.908 0.418 1.081 0.122 0.028 0.047 0.084 0.393 0.164 1.213 0.082 0.030 0.158 0.214 0.121 0.125 0.261 0.031 0.084 0.243 0.226 0.328 0.027 0.127 0.189 0.774 0.014 0.177 0.162 0.780 0.057 0.023 0.209 0.006 0.526 0.392 0.480 0.994 0.242 0.299 0.662 0.255 0.128 0.125 0.068 0.087 0.483 0.469 0.323 0.183 0.207 0.366 0.057 0.080 0.260 0.402 0.084 0.124 7106 chr20 61982641 61999642 + 0 NA promoter-TSS (NR_110634) promoter-TSS (NR_110634) -199 NR_110634 100130587 Hs.640129 NR_110634 ENSG00000203900 LOC100130587 - uncharacterized LOC100130587 ncRNA 0.692 0.922 1.214 0.126 0.082 3.571 0.067 0.435 0.823 0.017 0.083 0.022 0.025 0.029 0.318 0.513 0.091 0.094 0.069 0.033 0.073 0.056 0.066 0.592 0.041 0.029 0.075 0.052 0.179 0.628 0.097 0.729 0.026 0.079 0.056 0.274 0.072 0.035 0.069 0.206 0.028 0.014 0.013 0.050 0.040 0.130 0.148 0.088 0.019 0.075 0.513 0.060 0.027 0.592 0.015 0.087 0.417 0.439 0.137 0.070 0.350 0.036 0.013 0.017 0.012 0.612 nan 0.068 0.139 0.692 0.515 0.541 0.201 0.389 0.360 0.198 0.367 0.132 0.206 0.634 0.414 0.472 0.710 0.095 0.100 0.120 0.158 0.676 0.451 455 chr1 68843042 68854517 + 0 NA Intergenic Intergenic 66863 NM_000329 6121 Hs.2133 NM_000329 ENSG00000116745 RPE65 BCO3|LCA2|RP20|mRPE65|p63|rd12|sRPE65 RPE65, retinoid isomerohydrolase protein-coding 1.051 0.966 nan 0.786 0.076 0.038 3.469 0.057 0.263 0.183 0.394 2.644 0.032 0.046 0.048 1.068 0.366 0.112 2.646 2.153 0.165 0.036 0.177 0.115 0.104 1.593 0.815 0.265 1.078 1.434 0.406 1.154 0.277 0.399 1.485 0.821 0.050 0.048 0.087 1.065 0.145 1.456 0.200 0.130 0.982 2.958 0.219 0.454 0.234 1.757 0.269 0.221 1.068 3.780 3.648 0.104 0.552 0.624 0.009 2.099 0.078 1.237 0.052 0.205 0.397 4.190 4.131 0.301 0.168 0.258 0.661 0.372 0.386 0.236 0.083 0.246 0.241 nan nan 0.372 nan 0.375 0.187 0.103 0.115 0.037 0.136 0.493 2.007 0.514 0.600 9050 chr5 87949007 87999117 + 0 NA intron (NR_146284, intron 1 of 3) CpG 203 NR_152238 645323 Hs.12827 NR_015436 ENSG00000245526 LINC00461 ECONEXIN|EyeLinc1|VISC long intergenic non-protein coding RNA 461 ncRNA 1.957 2.348 0.792 0.474 0.340 0.948 0.374 0.096 0.230 0.101 0.741 0.664 0.335 0.281 1.762 0.083 1.623 0.241 0.497 0.250 0.693 0.059 1.150 0.733 0.191 0.228 0.204 0.261 0.128 0.286 0.646 1.173 0.284 1.923 0.330 1.318 3.469 0.109 0.105 0.313 0.267 0.838 0.073 0.061 0.050 0.107 0.409 0.405 0.114 0.977 0.427 0.037 0.083 0.573 0.444 0.191 0.100 0.234 0.276 0.980 1.011 0.170 1.404 0.218 0.076 0.043 0.020 1.931 2.412 5.690 6.602 1.687 1.565 1.443 0.528 2.783 2.818 2.689 3.202 1.851 2.322 3.146 3.540 0.979 2.470 15.047 13.012 0.306 nan 0.743 0.536 5395 chr18 60376353 60390580 + 0 NA exon (NM_194449, exon 1 of 17) exon (NM_194449, exon 1 of 17) 794 NM_194449 23239 Hs.465337 NM_194449 ENSG00000081913 PHLPP1 PHLPP|PLEKHE1|PPM3A|SCOP PH domain and leucine rich repeat protein phosphatase 1 protein-coding 2.286 2.060 2.120 3.120 1.324 0.759 0.630 0.322 0.679 0.369 1.314 0.420 0.291 0.424 2.221 2.082 0.648 0.102 0.697 0.080 0.058 0.331 1.266 0.531 1.998 0.340 0.294 0.479 0.721 0.334 0.896 1.437 0.787 3.516 0.463 0.195 1.728 0.525 0.061 0.175 0.727 0.544 0.161 0.120 1.112 0.475 1.767 0.268 1.076 0.927 0.343 0.397 2.082 1.076 0.341 1.998 0.188 0.162 0.298 1.154 0.870 0.560 1.072 0.633 0.327 0.150 0.068 2.499 3.192 2.165 3.277 3.662 2.922 6.458 2.599 8.657 nan 1.314 nan 3.095 5.158 1.669 2.075 1.291 3.253 5.542 6.175 1.882 1.907 3.124 2.045 7371 chr22 29416655 29430594 + 0 NA intron (NR_046851, intron 2 of 2) intron (NR_046851, intron 2 of 2) 3840 NR_046851 100874123 Hs.674708 NR_046851 ENSG00000177993 ZNRF3-AS1 - ZNRF3 antisense RNA 1 ncRNA nan 0.865 0.680 2.862 0.118 0.356 1.343 0.173 0.347 0.219 0.892 2.022 0.009 0.158 0.122 0.588 0.317 0.126 1.814 0.940 0.340 0.059 0.023 0.124 0.300 0.880 0.921 0.059 2.327 1.079 1.294 nan 0.718 0.202 0.952 0.204 0.177 0.085 0.067 0.754 0.142 0.495 0.875 0.302 0.525 0.538 0.910 2.087 2.886 0.344 3.844 1.548 0.588 2.974 0.838 0.300 0.735 0.439 0.098 0.066 0.867 2.211 0.220 0.123 1.330 1.624 1.219 0.621 0.870 0.752 nan 0.220 0.337 0.420 0.148 0.458 0.404 0.647 nan 1.296 1.467 0.598 0.369 0.449 0.533 0.558 1.124 0.236 nan 1.070 0.855 4472 chr16 82725596 82737560 + 0 NA intron (NM_001220488, intron 2 of 14) intron (NM_001220488, intron 2 of 14) 9042 NR_107025 102465863 NR_107025 ENSG00000277387 MIR8058 hsa-mir-8058 microRNA 8058 ncRNA nan 0.557 0.573 0.067 0.132 0.019 0.071 0.222 0.492 0.316 5.082 0.062 0.052 0.701 1.465 0.053 0.053 0.016 0.057 0.012 0.101 0.070 0.380 0.052 0.030 0.013 0.158 0.162 0.146 0.045 0.300 0.012 2.868 0.046 0.068 0.198 0.145 0.077 0.060 0.052 0.018 0.051 0.080 0.050 0.048 0.041 0.052 0.045 0.701 0.029 0.038 0.380 0.010 0.021 0.008 0.028 0.034 0.166 0.033 0.051 0.046 0.014 0.271 0.154 0.224 0.317 0.211 0.262 0.096 0.077 0.296 0.329 0.075 0.213 0.367 0.212 0.412 0.253 0.053 0.179 0.103 0.179 0.300 0.702 0.151 0.265 7939 chr3 156390395 156411373 + 0 NA intron (NM_015508, intron 2 of 5) intron (NM_015508, intron 2 of 5) 6431 NM_001184718 25976 Hs.744050 NM_015508 ENSG00000163659 TIPARP ARTD14|PARP7|pART14 TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase protein-coding nan 1.742 1.754 2.067 1.208 0.329 1.537 0.917 1.629 0.247 0.688 1.288 0.254 0.467 0.564 0.659 1.665 0.231 1.075 0.325 0.998 0.132 1.809 1.139 1.112 1.207 1.086 0.500 2.038 0.769 0.989 1.619 1.017 1.700 0.474 0.745 0.224 0.580 0.106 0.657 0.478 2.021 0.646 0.336 1.062 0.557 1.315 0.848 1.039 1.145 0.387 0.888 0.659 1.241 1.523 1.112 0.337 0.587 0.190 1.466 0.372 0.700 0.656 1.011 0.581 0.387 0.248 0.969 1.763 1.927 2.882 1.547 1.627 7.746 4.615 3.490 3.223 2.794 nan 1.631 3.636 2.449 2.050 0.682 1.606 1.029 1.198 2.099 3.018 2.045 1.393 3181 chr13 60853426 60868461 + 0 NA Intergenic LTR9B|LTR|ERV1 -18705 NR_047022 100874169 Hs.171027 NR_047022 LINC00434 - long intergenic non-protein coding RNA 434 ncRNA nan 2.336 nan 0.043 2.101 0.479 0.043 1.183 2.107 0.006 0.079 0.049 0.034 4.408 0.841 0.096 0.096 0.035 0.025 0.026 0.387 0.235 2.531 0.023 0.014 0.010 0.029 0.014 0.069 0.126 0.052 5.358 0.006 0.054 1.676 0.022 0.087 0.352 0.190 0.028 0.031 0.043 0.030 0.052 0.121 0.016 0.028 0.036 0.017 0.841 0.052 0.031 2.531 0.033 0.013 0.031 0.068 0.016 0.204 0.083 0.020 0.022 0.017 1.576 1.172 0.471 0.270 10.547 10.125 9.612 2.819 0.251 0.238 0.057 0.110 2.398 2.410 0.333 0.225 0.333 0.565 4.955 4.779 0.306 0.513 1.294 0.554 2612 chr12 33041466 33055686 + 0 NA intron (NM_001005242, intron 1 of 12) intron (NM_001005242, intron 1 of 12) 1204 NM_004572 5318 Hs.164384 NM_004572 ENSG00000057294 PKP2 ARVD9 plakophilin 2 protein-coding 1.192 nan 1.368 5.317 3.768 0.065 1.638 0.709 1.187 1.191 0.627 0.254 1.140 0.417 0.031 0.343 0.047 0.080 1.994 0.715 1.300 0.058 0.867 0.420 1.500 0.117 0.050 0.105 1.310 1.448 0.205 0.318 1.852 2.174 0.694 0.368 0.034 0.204 0.118 0.091 0.802 1.081 2.372 1.208 1.428 0.391 1.577 0.317 0.750 1.025 0.250 0.763 0.343 0.952 10.158 1.500 0.928 0.460 0.232 0.858 0.266 0.116 0.447 0.357 2.243 1.041 0.580 1.299 1.794 2.355 4.682 3.390 3.209 3.855 1.439 2.908 2.978 0.355 0.643 1.271 1.830 1.128 1.023 0.691 1.199 0.146 0.209 1.227 3.446 1.551 0.938 5537 chr19 12842894 12849454 + 0 NA promoter-TSS (NM_024038) promoter-TSS (NM_024038) -585 NR_138095 79002 Hs.515155 NM_024038 ENSG00000123144 TRIR C19orf43|TERCIR|fSAP18 telomerase RNA component interacting RNase protein-coding 6.834 3.904 4.942 2.882 4.934 4.540 2.819 2.789 5.483 1.789 2.814 2.052 1.143 1.610 2.168 4.031 2.144 0.407 3.758 1.304 2.721 2.366 1.940 1.116 4.872 2.417 2.669 2.611 3.730 1.062 3.595 nan 2.960 3.209 1.406 3.661 1.194 2.988 0.112 1.044 1.338 4.073 2.764 1.486 2.511 1.406 5.068 4.073 2.502 4.260 2.514 2.205 4.031 4.013 2.803 4.872 1.536 2.307 1.479 4.586 2.805 7.688 1.078 3.111 1.686 1.172 0.786 5.787 5.538 6.874 10.200 7.200 7.867 11.923 8.361 10.937 12.073 4.900 6.021 8.113 11.665 10.513 9.420 3.757 4.929 5.911 7.936 11.566 10.446 4.235 2.329 2272 chr11 113642587 113654309 + 0 NA Intergenic LTR5A|LTR|ERVK -2070 NM_001101389 644672 Hs.705360 NM_001101389 ENSG00000228607 CLDN25 - claudin 25 protein-coding 1.108 1.197 1.173 0.510 0.747 0.505 0.623 0.564 0.875 0.261 0.745 0.441 0.395 0.155 0.303 0.612 0.300 0.137 0.684 0.244 0.354 0.142 0.807 0.349 0.592 0.478 0.511 0.314 0.485 0.303 0.428 0.792 0.314 2.176 0.237 0.343 0.089 0.633 0.091 0.312 0.249 1.170 0.718 0.458 0.587 0.280 0.954 0.755 0.417 0.609 0.290 0.446 0.612 0.473 0.921 0.592 0.302 0.409 0.314 0.436 0.347 0.491 1.152 0.210 0.551 0.314 0.161 6.039 nan 2.253 3.142 1.642 1.533 1.853 0.666 1.270 1.307 1.360 nan 1.435 1.676 1.180 1.173 1.757 2.859 0.609 0.769 0.698 1.172 1.835 1.222 1889 chr11 34521146 34526016 + 0 NA intron (NM_198381, intron 2 of 6) intron (NM_198381, intron 2 of 6) 9765 NM_001243081 2001 Hs.11713 NM_001422 ENSG00000135374 ELF5 ESE2 E74 like ETS transcription factor 5 protein-coding 0.595 1.547 nan 0.252 0.156 0.626 0.595 0.164 0.245 2.136 0.581 0.400 0.051 0.020 0.108 0.232 4.802 0.329 0.085 0.077 0.039 0.063 0.085 0.213 1.048 0.802 0.106 0.567 0.173 0.294 0.615 0.771 1.120 0.053 0.501 0.038 0.090 0.110 0.074 0.033 1.401 0.339 0.368 0.558 0.031 4.490 14.908 0.580 0.175 0.130 0.555 0.232 0.102 0.075 0.213 0.176 0.153 0.099 0.190 0.063 0.274 0.081 0.076 0.137 5.301 5.265 0.454 0.383 0.515 0.883 0.296 0.507 0.473 0.243 0.524 0.428 0.664 0.962 0.229 0.412 0.321 0.111 0.180 0.248 0.199 0.228 0.228 nan 0.801 0.820 8006 chr3 171754947 171765290 + 0 NA intron (NM_001135095, intron 1 of 25) intron (NM_001135095, intron 1 of 25) 1774 NM_001135095 64778 Hs.744888 NM_022763 ENSG00000075420 FNDC3B FAD104|PRO4979|YVTM2421 fibronectin type III domain containing 3B protein-coding 3.376 2.195 2.110 8.115 1.935 0.715 2.617 0.852 1.649 1.356 2.605 1.697 6.562 0.367 0.824 1.598 3.888 0.327 3.686 1.373 3.945 0.567 0.749 0.695 1.952 2.836 3.974 1.986 5.454 1.426 2.517 2.986 7.457 0.908 0.902 1.670 0.607 2.148 0.132 0.818 0.819 3.465 3.495 1.718 1.874 1.370 5.528 2.187 2.826 3.837 2.103 3.780 1.598 3.880 2.612 1.952 1.011 1.537 0.160 2.228 0.784 1.469 0.792 0.874 1.278 0.672 0.347 0.592 0.882 3.899 7.164 1.539 1.321 1.916 0.533 2.363 2.100 2.474 3.279 2.883 4.412 1.784 2.130 0.729 2.336 1.682 1.812 1.764 2.402 1.145 0.758 2692 chr12 54365768 54433269 + 0 NA Intergenic CpG -3372 NM_022658 3224 Hs.664500 NM_022658 ENSG00000037965 HOXC8 HOX3|HOX3A homeobox C8 protein-coding nan 1.429 1.295 0.191 0.084 1.236 0.225 0.188 0.346 0.454 0.082 1.973 1.123 0.861 4.561 0.185 1.096 0.127 0.083 0.011 1.682 4.179 0.221 0.157 0.262 0.463 0.424 1.560 0.088 0.042 2.614 5.680 0.196 1.691 0.043 0.697 0.633 2.069 0.069 0.336 0.016 2.247 1.032 0.549 0.044 0.806 0.631 2.310 1.804 3.860 0.481 0.792 0.185 0.070 0.546 0.262 0.322 1.566 0.456 3.857 0.671 0.415 6.875 0.878 0.222 2.961 1.971 nan 13.344 5.778 8.132 0.516 nan 0.251 0.129 4.541 4.755 1.457 nan 1.107 nan 0.995 0.735 7.421 14.129 1.710 1.785 1.459 2.877 0.549 0.488 2646 chr12 48586916 48594604 + 0 NA Intergenic AluSp|SINE|Alu 6315 NM_001004134 121275 Hs.446790 NM_001004134 ENSG00000172640 OR10AD1 OR10AD1P|OR12-1 olfactory receptor family 10 subfamily AD member 1 protein-coding 1.196 nan 0.748 1.265 0.437 1.513 0.651 0.424 0.828 0.187 0.940 0.587 3.696 0.976 1.858 0.100 0.184 1.837 0.349 1.344 0.266 0.964 0.767 0.140 1.496 1.522 0.115 2.050 0.838 3.197 5.838 5.470 0.117 0.687 1.684 0.038 0.706 0.076 0.968 0.010 0.586 1.170 0.604 0.942 1.898 0.616 1.958 1.493 1.401 1.351 1.717 0.100 2.260 1.314 0.140 0.493 0.947 0.038 1.055 1.530 0.360 0.090 0.080 0.645 0.472 0.379 1.068 1.794 2.625 3.883 0.573 0.669 0.190 0.103 1.567 1.648 0.230 0.357 2.831 3.284 0.635 0.538 0.329 0.627 0.802 0.784 0.202 0.369 0.313 0.443 7414 chr22 38170416 38184716 + 0 NA Intergenic Intergenic -23548 NM_005318 3005 Hs.745024 NM_005318 ENSG00000189060 H1F0 H10|H1FV H1 histone family member 0 protein-coding 0.873 nan 1.698 0.406 0.740 0.267 3.418 0.168 0.329 0.515 0.250 0.479 0.117 0.405 0.514 0.314 0.220 0.067 3.295 1.869 0.091 0.058 0.164 0.064 0.334 0.632 0.401 0.068 2.383 1.285 2.140 7.305 0.760 0.992 1.623 0.083 0.094 0.106 0.136 1.175 0.121 0.791 0.176 0.135 0.647 0.640 1.152 0.163 0.337 0.263 0.324 1.329 0.314 2.776 1.462 0.334 0.992 2.288 0.217 0.251 0.234 0.712 0.408 0.164 0.205 0.072 0.108 0.492 0.657 0.334 0.575 0.499 0.464 0.603 0.208 0.641 0.581 0.213 nan 1.064 1.086 nan 0.534 0.649 0.590 0.414 0.685 0.310 0.933 0.618 0.399 11993 chrX 149999718 150031640 + 0 NA intron (NM_001184808, intron 1 of 7) intron (NM_001184808, intron 1 of 7) 51610 NM_001184808 83692 Hs.522805 NM_031462 ENSG00000102181 CD99L2 CD99B|MIC2L1 CD99 molecule like 2 protein-coding nan 0.964 1.394 0.099 1.080 0.144 1.142 0.618 1.166 0.015 0.820 0.153 0.004 1.941 0.703 0.176 0.077 0.060 0.308 0.131 1.102 0.022 0.119 0.156 0.688 0.984 0.699 0.035 0.289 0.718 1.713 6.243 1.151 0.518 0.468 0.415 0.217 0.030 0.048 0.299 0.118 0.075 0.140 0.054 0.709 1.255 0.193 0.103 1.096 0.049 0.710 1.868 0.176 0.173 1.506 0.688 0.232 0.765 0.046 0.036 1.883 0.302 0.034 0.166 1.115 0.023 0.002 0.222 0.155 0.172 0.315 1.321 1.171 0.923 0.164 0.303 0.286 0.207 0.351 6.348 6.228 0.609 0.555 0.080 0.164 0.956 1.266 0.187 0.292 1.357 0.719 8211 chr4 200126 208231 + 0 NA Intergenic Intergenic -2211 NR_027481 642280 Hs.673877 NM_001039758 ENSG00000198155 ZNF876P - zinc finger protein 876, pseudogene pseudo 0.525 0.418 nan 0.054 0.287 0.021 0.131 0.099 0.111 0.177 0.057 0.056 0.092 0.075 0.243 0.191 0.056 0.059 4.579 1.861 0.016 0.359 0.045 0.158 0.133 0.072 0.010 0.117 0.058 0.273 1.421 0.139 0.208 0.506 0.059 0.012 0.373 0.082 0.015 0.069 0.136 0.067 0.058 0.295 0.453 0.010 0.777 0.110 0.141 0.078 0.083 0.191 4.051 0.065 0.133 0.121 0.031 0.061 0.028 0.290 0.037 0.062 0.014 0.013 0.654 0.642 0.287 0.487 0.234 0.275 nan 0.159 0.246 0.245 0.077 0.095 0.361 0.435 0.365 0.224 0.117 0.155 0.047 0.038 0.145 0.174 nan 0.429 10 chr1 1108157 1115650 + 0 NA intron (NM_001130045, intron 3 of 15) intron (NM_001130045, intron 3 of 15) 2617 NM_001130045 254173 Hs.454835 NM_153254 ENSG00000162571 TTLL10 TTLL5 tubulin tyrosine ligase like 10 protein-coding 0.735 nan 1.255 0.116 2.888 7.545 0.152 0.884 1.716 0.012 0.021 0.013 0.016 2.458 4.121 0.257 0.101 0.106 0.169 0.075 0.009 0.056 0.769 0.443 2.409 0.074 0.047 0.096 0.110 0.029 0.125 nan 0.057 2.126 0.039 0.050 0.013 0.100 0.086 1.058 0.086 0.008 0.021 0.062 0.038 0.147 0.087 0.104 0.011 0.027 0.257 0.154 0.054 2.409 0.048 0.037 0.171 0.390 0.037 0.105 0.016 0.708 1.341 0.209 0.408 13.153 10.356 0.876 0.248 1.780 1.746 0.135 nan nan 17.265 nan 0.130 0.458 0.519 0.077 0.101 0.123 0.167 1.269 0.863 4762 chr17 38801129 38806144 + 0 NA intron (NM_003079, intron 1 of 10) MIRb|SINE|MIR 467 NM_003079 6605 Hs.743978 NM_003079 ENSG00000073584 SMARCE1 BAF57|CSS5 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 protein-coding nan 4.899 4.433 18.761 2.684 4.519 2.556 5.218 9.727 1.357 4.454 1.116 1.001 0.899 3.891 4.179 3.331 0.097 4.291 1.400 2.859 2.786 3.292 1.956 7.231 3.108 4.719 2.292 3.859 1.682 3.056 4.082 4.517 10.621 1.926 4.032 0.908 2.820 0.107 2.474 2.152 4.634 6.808 3.279 3.702 2.393 4.054 5.147 5.613 2.505 2.407 4.059 4.179 4.843 2.459 7.231 2.458 3.448 1.666 4.390 2.595 2.726 1.916 2.027 1.654 1.780 1.357 11.700 10.853 10.949 13.817 nan 13.799 9.731 7.716 25.049 26.858 4.744 5.662 11.302 17.536 nan 11.364 8.915 12.134 7.348 7.522 10.288 4.730 4.000 2.481 5574 chr19 18051964 18064110 + 0 NA Intergenic Intergenic -4074 NM_002248 3780 Hs.158173 NM_002248 ENSG00000105642 KCNN1 KCa2.1|SK1|SKCA1|hSK1 potassium calcium-activated channel subfamily N member 1 protein-coding 2.553 1.375 1.675 0.290 0.730 4.197 0.321 1.850 3.637 0.267 0.375 0.216 0.127 0.109 2.158 1.694 0.202 0.080 0.415 0.165 0.270 0.117 0.323 0.252 2.795 0.296 0.166 0.643 0.258 0.074 0.555 nan 0.298 2.226 0.097 0.413 0.558 0.502 0.094 0.057 1.058 0.621 0.384 0.199 0.216 0.083 0.339 0.177 1.076 1.542 0.493 0.252 1.694 0.468 0.343 2.795 0.142 0.281 2.204 1.783 0.223 0.254 0.138 2.796 0.126 0.123 0.046 0.974 1.086 0.456 0.656 7.382 5.903 1.983 0.680 0.479 0.460 1.305 1.687 1.943 3.887 4.035 3.697 0.319 0.399 2.747 2.131 4.072 6.061 1.341 0.767 1081 chr1 208349721 208358820 + 0 NA intron (NM_025179, intron 3 of 31) intron (NM_025179, intron 3 of 31) 63395 NM_025179 5362 Hs.497626 NM_025179 ENSG00000076356 PLXNA2 OCT|PLXN2 plexin A2 protein-coding 1.296 1.820 0.948 0.087 1.931 4.228 1.562 3.654 7.669 0.876 0.497 0.986 0.389 0.521 3.153 1.407 1.597 0.264 0.035 0.042 0.028 0.015 0.689 0.548 2.264 3.025 1.620 0.016 2.117 0.954 0.388 1.847 1.476 6.953 0.058 3.844 0.386 0.059 0.090 0.220 0.191 1.388 0.146 0.086 0.357 0.555 1.376 0.263 1.331 0.016 0.347 1.609 1.407 0.055 0.630 2.264 0.653 1.150 0.137 0.065 0.167 0.852 2.861 0.249 0.559 0.013 0.017 1.724 2.489 0.935 1.474 4.326 3.998 2.580 0.708 nan nan 1.216 1.536 4.019 4.063 0.600 0.325 1.282 2.451 1.266 0.881 0.578 1.561 2.321 1.176 4769 chr17 39764144 39783352 + 0 NA Intergenic Intergenic -4669 NM_005557 3868 Hs.655160 NM_005557 ENSG00000186832 KRT16 CK16|FNEPPK|K16|K1CP|KRT16A|NEPPK|PC1 keratin 16 protein-coding nan 0.597 0.574 4.948 0.078 0.087 0.377 0.250 0.480 0.183 0.238 0.097 0.009 0.016 0.087 0.186 0.123 0.042 0.506 0.446 0.060 0.022 0.098 0.104 0.180 0.353 0.215 0.088 0.526 0.198 0.632 1.564 0.306 0.486 0.182 0.121 0.020 0.057 0.050 0.080 0.265 0.292 0.101 0.028 0.312 0.291 0.687 0.171 0.343 0.051 0.025 0.423 0.186 0.821 0.154 0.180 0.901 0.409 0.091 0.224 0.074 0.325 0.041 0.045 0.321 0.033 0.016 0.672 1.008 0.298 1.014 nan 0.449 0.907 0.336 0.438 0.575 0.110 0.264 0.446 0.560 nan 0.216 0.354 0.315 0.164 0.167 0.139 0.207 0.597 0.487 7666 chr3 77540005 77558364 + 0 NA intron (NM_001290039, intron 5 of 26) intron (NM_001290039, intron 5 of 26) 402021 NM_001128929 6092 Hs.13305 NM_002942 ENSG00000185008 ROBO2 SAX3 roundabout guidance receptor 2 protein-coding 0.689 0.549 0.807 0.024 0.114 0.100 0.032 0.088 0.246 0.011 0.026 0.031 0.017 0.006 0.053 0.063 0.082 0.061 0.087 0.031 0.007 0.008 0.119 0.142 0.072 0.004 0.016 0.064 0.006 0.055 0.080 0.042 0.176 0.032 0.044 0.094 0.030 0.076 0.013 0.112 0.075 0.017 0.026 0.082 0.004 0.052 0.032 0.023 0.019 0.038 0.025 0.063 0.061 0.015 0.072 0.013 0.031 0.064 0.009 0.044 0.017 0.001 0.109 0.004 0.016 0.003 0.166 0.132 0.186 nan 0.538 0.725 0.275 0.123 0.099 0.117 3.059 2.861 0.272 0.222 0.441 0.159 0.053 0.116 0.550 0.373 0.219 nan 0.427 0.318 7340 chr22 24803874 24818601 + 0 NA 3' UTR (NM_001254733, exon 9 of 9) 3' UTR (NM_001254733, exon 9 of 9) -8328 NM_001278500 135 Hs.197029 NM_000675 ENSG00000128271 ADORA2A A2aR|ADORA2|RDC8 adenosine A2a receptor protein-coding 0.630 nan 3.035 0.142 1.142 0.045 0.279 0.188 0.335 0.079 0.165 0.125 0.019 0.203 0.145 0.352 0.163 0.088 0.347 0.120 0.165 0.057 0.192 0.074 0.365 0.095 0.089 0.309 0.125 0.050 0.185 nan 0.242 0.490 0.050 0.064 0.212 0.080 0.075 0.024 0.068 0.207 0.070 0.048 0.051 0.047 0.098 0.135 0.219 0.133 0.035 0.181 0.352 0.213 0.071 0.365 0.046 0.323 0.086 0.098 0.925 0.164 0.048 0.135 0.062 0.033 0.007 0.433 0.509 0.179 0.317 0.492 0.469 3.655 1.255 0.362 0.461 0.556 1.008 1.221 1.361 0.756 1.440 0.202 0.307 0.833 0.911 0.196 0.501 4.879 2.480 10839 chr8 20484423 20490519 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -15034 NR_145737 109616983 NR_145737 SNORD3F - small nucleolar RNA, C/D box 3F snoRNA nan 2.673 nan 0.048 0.087 4.545 0.026 1.029 2.125 0.016 0.032 0.061 1.380 0.220 0.414 0.049 0.034 1.435 0.767 0.039 0.050 0.018 0.064 0.040 0.047 1.612 0.026 0.201 0.036 0.110 0.020 0.103 0.046 0.010 0.013 0.032 0.116 0.027 0.046 0.026 0.022 0.414 0.012 0.039 0.020 0.054 0.019 2.626 0.039 0.552 0.203 0.016 0.008 3.169 7.705 0.117 0.146 nan 3.384 nan 0.482 0.159 0.046 0.152 0.195 5.096 5.024 0.660 0.624 0.431 0.542 0.670 0.637 0.395 0.994 nan nan 4111 chr15 85290222 85297632 + 0 NA intron (NM_014630, intron 1 of 10) L2a|LINE|L2 2109 NM_014630 9640 Hs.79347 NM_014630 ENSG00000166716 ZNF592 CAMOS|SCAR5 zinc finger protein 592 protein-coding 3.017 nan 5.437 3.476 1.357 1.037 2.160 1.367 1.883 1.517 3.355 1.950 1.262 0.873 1.323 2.039 1.910 0.318 2.930 0.643 3.230 2.163 0.867 0.421 3.724 1.851 1.846 1.811 2.759 0.971 2.933 4.650 2.066 4.828 1.208 1.995 0.194 2.253 0.092 0.780 1.201 1.943 1.899 1.082 1.899 1.182 2.983 2.853 6.611 2.505 3.451 6.505 2.039 3.676 1.769 3.724 1.602 1.610 0.342 3.028 1.694 1.528 0.947 0.765 2.586 1.065 0.609 2.058 3.383 3.237 4.354 3.405 3.035 2.643 1.070 3.519 3.306 2.074 2.481 2.951 4.424 4.794 4.648 2.125 4.273 0.929 0.577 2.602 2.802 1.095 0.747 5445 chr18 75562015 75572924 + 0 NA Intergenic Intergenic 138214 NR_104127 101927715 Hs.385670 NR_104127 LINC01029 - long intergenic non-protein coding RNA 1029 ncRNA nan nan 0.474 0.033 0.064 0.098 0.006 3.279 7.252 0.018 0.043 0.033 0.005 0.027 0.539 0.836 0.062 0.044 0.017 0.012 0.025 0.302 0.181 4.449 0.013 0.006 0.047 0.043 0.015 0.014 0.032 0.777 0.053 0.018 0.040 0.093 0.639 0.067 0.011 0.014 0.035 0.009 0.128 0.030 0.078 0.007 0.019 0.836 0.013 4.449 0.027 0.028 0.007 0.018 0.044 0.007 0.014 0.245 0.192 0.206 0.233 3.648 nan 7.300 2.910 0.125 0.178 0.092 0.187 3.345 nan 0.368 0.196 0.066 0.163 0.423 0.224 0.125 0.175 1.728 1.194 4903 chr17 61041968 61058624 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 28720 NR_030363 693218 NR_030363 ENSG00000207552 MIR633 MIRN633|hsa-mir-633 microRNA 633 ncRNA 1.580 nan 2.149 0.718 0.560 0.163 0.889 0.543 0.973 0.482 2.122 1.024 0.227 0.271 1.355 0.655 0.628 0.097 1.108 0.356 0.246 0.208 0.600 0.394 1.340 0.550 0.450 0.544 1.198 0.313 2.797 3.688 1.415 2.209 0.908 0.375 0.779 0.151 0.632 0.705 0.989 0.304 0.154 0.595 0.245 1.800 0.827 0.977 0.763 0.692 0.894 0.655 1.201 1.155 1.340 0.494 1.234 0.217 1.039 0.573 1.018 1.123 0.268 0.748 0.705 0.565 2.249 2.733 2.720 2.118 1.224 1.276 0.660 0.218 22.762 23.888 0.382 nan 1.702 2.666 1.527 1.432 1.112 2.087 0.185 0.219 0.820 1.184 1.090 0.721 11936 chrX 41189143 41195875 + 0 NA promoter-TSS (NR_126094) promoter-TSS (NR_126094) -52 NR_126093 1654 Hs.728563 NM_001356 ENSG00000215301 DDX3X CAP-Rf|DBX|DDX14|DDX3|HLP2|MRX102 DEAD-box helicase 3, X-linked protein-coding 5.302 5.600 nan 2.558 6.118 2.904 2.056 2.358 4.618 1.806 4.243 2.823 2.837 1.296 4.483 2.607 3.885 0.265 5.337 1.350 3.101 4.321 3.173 1.305 4.320 2.798 3.815 2.117 3.346 2.400 2.207 3.616 6.272 10.354 2.722 6.545 0.779 4.959 0.143 1.420 3.153 14.834 8.960 3.863 2.618 5.716 2.294 5.255 6.352 4.805 2.008 5.388 2.607 8.335 4.165 4.320 2.471 3.038 0.722 3.682 2.232 4.930 5.449 2.539 2.522 3.489 2.361 4.513 5.485 13.795 16.980 10.641 9.970 9.503 6.690 18.569 19.251 3.195 3.908 9.255 14.133 10.836 11.938 8.549 11.037 6.230 5.690 9.953 7.503 2.511 1.798 2364 chr11 129142176 129170300 + 0 NA Intergenic Intergenic -3179 NR_145484 399975 NM_207431 LOC399975 - uncharacterized LOC399975 ncRNA 0.956 1.081 2.540 0.275 2.088 0.458 0.563 0.650 1.327 0.251 0.400 0.576 0.066 0.408 0.656 0.474 0.106 0.017 0.380 0.125 0.066 0.074 1.043 0.779 1.532 0.275 0.145 0.944 0.316 0.135 0.332 1.062 0.216 3.807 0.359 0.311 0.373 1.220 0.119 0.084 0.181 0.616 0.205 0.221 0.295 0.276 0.543 0.376 0.648 0.587 0.188 1.098 0.474 0.392 0.404 1.532 0.440 0.797 0.117 0.421 1.682 0.236 3.131 0.210 0.183 0.403 0.151 1.791 1.780 0.812 0.776 1.690 1.680 2.910 0.859 0.892 0.850 0.843 1.171 6.739 7.500 1.090 1.173 2.594 4.950 1.936 1.702 0.763 nan 2.278 1.185 173 chr1 25090759 25130414 + 0 NA intron (NM_013943, intron 1 of 5) intron (NM_013943, intron 1 of 5) 38826 NM_013943 25932 Hs.440544 NM_013943 ENSG00000169504 CLIC4 CLIC4L|H1|MTCLIC|huH1|p64H1 chloride intracellular channel 4 protein-coding 1.187 0.908 nan 0.127 0.203 0.093 0.235 0.201 0.314 0.088 0.408 0.592 0.026 0.068 0.144 0.305 0.625 0.199 0.291 0.063 0.307 0.063 0.179 0.194 0.085 0.690 0.365 0.442 0.154 0.101 0.116 0.365 0.168 0.400 0.074 0.325 0.030 0.102 0.135 0.102 0.102 0.413 0.090 0.084 0.149 0.091 0.146 0.300 0.213 0.388 0.032 0.102 0.305 0.212 0.230 0.085 0.052 0.050 0.049 0.152 0.069 0.216 0.058 1.152 0.123 0.029 0.017 0.312 0.225 0.312 0.592 0.523 0.616 0.280 0.147 0.396 0.369 0.903 1.204 0.490 0.549 0.438 0.216 0.232 0.305 0.067 0.106 1.021 3.335 0.530 0.454 4118 chr15 86426700 86436110 + 0 NA Intergenic Intergenic 62539 NR_049805 100847084 NR_049805 ENSG00000264406 MIR548AP - microRNA 548ap ncRNA 1.270 nan 1.502 0.080 0.037 0.012 0.061 0.224 0.010 0.066 0.069 0.013 0.032 0.138 0.504 0.040 0.017 0.023 0.020 0.034 0.017 0.093 0.114 0.015 0.031 0.024 0.050 0.015 0.103 0.110 0.071 0.485 0.015 0.068 0.010 0.023 0.079 0.060 0.058 0.007 0.033 0.049 0.113 0.154 0.069 0.027 0.008 0.035 0.504 0.060 0.017 0.114 0.013 0.027 1.463 0.037 0.044 0.025 0.063 0.273 0.049 0.031 0.016 0.456 0.248 0.222 0.216 0.408 0.371 0.072 0.064 0.084 0.059 4.403 5.593 0.133 0.153 2.772 3.547 0.303 0.398 0.013 0.062 0.268 0.754 0.231 0.313 66 chr1 8927744 8979016 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 14486 NR_038351 100505975 Hs.429843 NR_038351 ENSG00000230679 ENO1-AS1 - ENO1 antisense RNA 1 ncRNA 1.830 nan 1.805 1.590 2.616 0.669 2.843 0.647 1.136 1.539 1.866 1.335 1.562 0.567 0.789 1.105 1.443 0.548 2.376 0.820 1.946 0.435 0.517 0.397 0.289 2.885 3.054 0.574 3.072 0.846 1.992 nan 3.456 1.574 1.954 3.946 0.158 0.601 0.121 1.397 0.424 4.058 1.896 0.822 2.245 1.548 1.335 3.217 2.780 2.948 1.478 2.052 1.105 2.304 5.387 0.289 0.671 1.625 0.243 3.309 0.859 2.099 0.493 0.725 1.951 0.828 0.665 0.925 1.151 1.425 3.438 2.279 2.058 0.787 0.297 2.132 2.192 1.829 nan nan 5.319 nan 2.353 0.760 1.435 0.717 0.731 1.492 1.606 0.872 0.676 2709 chr12 56908041 56925041 + 0 NA intron (NM_002898, intron 1 of 13) intron (NM_002898, intron 1 of 13) 932 NM_002898 5939 Hs.505729 NM_002898 ENSG00000076067 RBMS2 SCR3 RNA binding motif single stranded interacting protein 2 protein-coding nan 0.849 0.755 3.394 0.212 0.052 3.945 0.234 0.387 0.877 1.382 0.659 3.172 0.048 0.240 0.400 0.855 0.392 2.442 0.901 4.172 0.144 0.136 0.202 0.187 3.604 3.253 1.522 5.072 4.162 2.581 2.746 2.414 0.679 1.035 1.889 0.028 0.482 0.092 0.969 0.093 2.491 5.327 2.055 3.735 2.424 2.455 2.650 1.711 1.224 0.558 1.863 0.400 2.442 4.052 0.187 1.741 1.139 0.034 0.860 0.210 1.597 0.081 0.168 1.603 1.782 1.365 nan 0.279 1.185 3.555 0.775 nan 0.423 0.177 0.342 0.330 0.720 nan 0.735 nan 0.616 0.360 0.283 0.377 0.112 0.128 0.302 0.875 0.402 0.543 10372 chr7 55600235 55608158 + 0 NA intron (NM_001321243, intron 1 of 5) AluSx1|SINE|Alu 1191 NM_001321242 81552 Hs.488307 NM_030796 ENSG00000154978 VOPP1 ECOP|GASP|WBP1L2 VOPP1, WBP1/VOPP1 family member protein-coding nan 0.924 1.209 0.546 0.278 0.411 1.060 0.303 0.433 0.518 0.256 0.884 0.243 0.050 0.091 0.396 0.558 0.233 0.745 0.667 0.143 0.076 0.885 0.391 0.850 0.676 0.217 0.338 0.918 1.786 0.173 0.481 1.711 0.618 0.300 0.021 0.036 0.191 0.150 0.118 0.321 1.089 0.175 0.098 1.206 4.881 1.649 0.191 0.259 0.377 0.070 0.167 0.396 1.293 0.241 0.850 0.141 0.124 0.514 0.586 1.247 1.063 0.051 0.187 0.144 0.211 0.180 0.810 1.050 0.403 0.882 1.466 1.727 1.493 0.420 0.287 0.277 0.761 1.174 1.284 1.131 0.437 0.303 0.321 0.328 0.372 0.455 0.421 0.751 1.387 1.071 3130 chr13 40631204 40647147 + 0 NA Intergenic Intergenic -116771 NR_046870 100874127 Hs.578028 NR_046870 ENSG00000230710 LINC00332 NCRNA00332 long intergenic non-protein coding RNA 332 ncRNA 0.822 0.883 0.968 0.094 0.234 0.341 0.045 0.151 0.202 0.006 0.093 0.769 0.886 0.119 0.149 1.248 0.162 0.099 0.024 0.024 0.079 0.072 0.991 0.035 0.009 0.033 0.060 0.013 0.100 0.125 0.040 0.662 0.037 0.273 0.024 0.055 0.092 0.067 0.020 0.150 0.053 0.020 0.014 0.019 0.055 0.219 0.240 0.041 0.412 0.199 0.149 0.085 0.017 0.991 0.083 0.160 0.247 0.036 0.128 0.025 0.136 0.116 0.324 0.010 0.012 0.508 0.427 0.133 0.218 0.440 0.675 0.193 0.117 0.127 0.142 4.565 4.258 0.204 0.206 1.041 0.726 0.283 0.480 0.058 0.062 0.512 0.742 0.227 0.190 5272 chr18 38948759 38961739 + 0 NA Intergenic Intergenic 145392 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 1.159 0.746 0.027 0.478 0.293 0.016 5.224 9.527 0.044 0.063 0.185 0.254 0.180 0.936 0.078 0.025 0.042 0.015 0.532 0.858 0.515 1.109 0.005 0.035 0.036 0.017 0.044 0.041 0.054 1.260 0.011 0.042 0.302 0.075 0.062 0.027 0.092 0.113 0.023 0.012 0.008 0.024 0.038 0.202 0.013 0.005 0.019 0.049 0.936 0.005 0.021 1.109 0.047 0.032 0.045 0.027 1.192 0.018 0.054 0.020 0.024 0.018 0.008 0.429 0.323 0.428 0.432 0.593 0.767 9.424 6.798 0.107 0.077 0.502 0.591 nan 0.494 0.398 0.211 0.085 0.174 2.602 2.703 0.339 0.542 1.796 1.217 7673 chr3 79167821 79177631 + 0 NA intron (NM_002941, intron 3 of 30) intron (NM_002941, intron 3 of 30) -104117 NM_133631 6091 Hs.744218 NM_002941 ENSG00000169855 ROBO1 DUTT1|SAX3 roundabout guidance receptor 1 protein-coding 0.553 0.607 0.610 0.081 0.108 0.006 0.019 0.049 0.092 0.008 0.080 0.019 0.032 0.040 0.101 0.066 0.083 0.084 0.074 0.019 0.026 0.028 0.049 0.050 0.073 0.005 0.008 0.003 0.055 0.010 0.068 0.124 0.014 0.256 0.050 0.107 0.022 0.116 0.025 0.019 0.015 0.015 0.011 0.025 0.079 0.082 0.033 0.007 0.008 0.041 0.066 0.022 0.029 0.073 0.008 0.020 0.012 0.039 0.030 0.116 0.039 0.022 0.004 0.192 0.120 0.162 nan 0.427 0.510 0.146 0.043 0.120 0.095 4.917 5.697 0.235 0.228 0.388 0.130 0.048 0.119 0.144 0.087 0.185 nan 0.284 0.305 9723 chr6 53472614 53500457 + 0 NA Intergenic Intergenic -6643 NR_125841 101927171 Hs.334005 NR_125841 ENSG00000235899 LINC01564 TCONS_00011314|XLOC_005327 long intergenic non-protein coding RNA 1564 ncRNA 1.212 1.456 nan 0.423 0.684 0.074 6.304 0.117 0.219 0.034 0.713 1.851 0.076 0.072 0.096 0.425 0.508 0.162 0.946 0.463 1.144 0.015 0.224 0.139 0.352 2.581 2.020 0.018 0.434 0.892 0.507 1.608 3.574 0.685 0.866 2.229 0.130 0.063 0.113 0.330 0.094 0.374 0.202 0.109 1.057 0.579 2.639 1.379 1.324 0.083 0.678 0.931 0.425 1.110 1.457 0.352 0.983 0.589 0.094 0.068 1.145 0.324 0.754 0.198 0.645 0.159 0.168 0.830 0.734 0.669 1.374 0.374 0.450 1.643 0.221 1.419 1.357 0.274 0.450 2.381 2.148 0.433 0.161 0.495 0.736 1.949 3.007 0.380 0.847 1.758 0.803 1696 chr10 125231441 125246683 + 0 NA Intergenic MIR3|SINE|MIR -186809 NM_153442 2849 Hs.12751 NM_153442 ENSG00000154478 GPR26 - G protein-coupled receptor 26 protein-coding nan 0.491 0.534 0.028 0.076 0.083 0.047 0.565 0.740 0.006 0.057 0.055 0.032 0.128 0.310 0.078 0.073 0.056 0.025 0.039 0.010 0.060 0.198 0.004 0.013 0.014 0.064 0.014 0.058 0.070 0.049 0.297 0.019 0.049 0.006 0.021 0.079 0.015 0.085 0.097 0.036 0.021 0.022 0.030 0.032 0.111 0.053 0.038 0.036 0.040 0.310 0.070 0.024 0.198 0.043 0.165 0.045 0.054 3.230 0.025 0.005 0.030 0.010 6.883 6.195 7.682 2.557 0.275 0.326 1.432 0.661 1.263 1.444 0.105 0.144 0.221 0.328 0.250 0.154 3.223 4.363 0.048 0.055 0.077 0.153 0.478 0.409 3168 chr13 52089349 52135089 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -14506 NR_039852 100616423 NR_039852 ENSG00000266611 MIR4703 - microRNA 4703 ncRNA 0.950 nan nan 0.120 0.187 0.024 0.335 0.081 0.174 0.015 0.367 0.178 0.042 0.036 0.105 0.139 0.392 0.137 0.335 0.362 0.032 0.015 0.034 0.085 0.179 0.086 0.041 0.016 0.114 0.219 1.561 4.537 0.227 0.246 0.160 1.595 0.015 0.026 0.102 0.039 0.256 0.182 0.130 0.098 0.112 0.142 0.196 0.173 0.551 0.070 0.226 1.115 0.139 0.156 0.089 0.179 0.719 0.063 0.055 0.064 0.125 0.075 0.254 0.244 0.157 0.013 0.004 0.956 1.443 0.346 0.242 0.425 0.445 nan 0.253 0.202 0.199 0.509 0.748 0.332 0.301 0.482 0.260 0.655 0.793 0.067 0.080 0.652 nan 0.141 0.171 9734 chr6 56605121 56627518 + 0 NA intron (NM_001144770, intron 2 of 94) intron (NM_001144770, intron 2 of 94) 92144 NM_183380 667 Hs.604915 NM_001723 ENSG00000151914 DST BP240|BPA|BPAG1|CATX-15|CATX15|D6S1101|DMH|DT|EBSB2|HSAN6|MACF2 dystonin protein-coding 1.560 1.287 nan 0.897 0.209 0.107 2.529 0.100 0.166 0.534 0.312 1.004 1.297 0.014 0.215 0.365 0.560 0.150 1.732 0.448 0.599 1.615 0.175 0.142 0.080 1.178 0.700 0.315 1.105 1.426 0.254 0.583 1.143 0.469 0.901 0.129 0.093 1.086 0.158 1.109 0.152 1.103 0.348 0.219 0.503 0.675 0.210 0.623 0.244 0.607 0.109 0.283 0.365 1.721 4.507 0.080 0.284 0.758 0.142 0.272 0.061 0.885 0.049 1.851 0.710 0.229 0.176 0.406 0.340 0.343 0.686 0.458 0.508 0.465 0.190 0.410 0.356 1.992 2.758 0.807 0.920 1.426 0.848 0.180 0.273 0.390 0.698 1.601 4.346 0.639 0.607 5486 chr19 2487965 2556922 + 0 NA intron (NM_052847, intron 3 of 4) intron (NM_052847, intron 3 of 4) 46320 NM_015675 4616 Hs.110571 NM_015675 ENSG00000099860 GADD45B GADD45BETA|MYD118 growth arrest and DNA damage inducible beta protein-coding 0.495 1.212 1.033 1.321 0.320 0.288 1.861 0.359 0.640 0.480 0.975 1.337 1.394 0.172 0.264 0.360 0.504 0.328 1.848 0.719 1.443 0.213 0.182 0.120 0.608 2.041 1.764 1.182 1.271 0.655 2.068 4.954 1.119 0.958 0.676 1.444 0.025 1.410 0.111 0.526 0.036 2.434 1.685 0.686 1.363 0.521 0.938 1.887 1.753 2.286 0.734 1.300 0.360 4.544 1.783 0.608 0.687 1.785 0.225 2.612 1.048 1.788 0.070 0.036 0.919 3.915 3.049 0.281 0.217 0.503 1.184 0.513 0.501 0.244 0.090 0.221 0.195 0.253 0.508 0.372 nan 0.455 0.206 0.214 0.258 0.204 0.248 0.104 0.165 1.245 0.783 9094 chr5 98103149 98112196 + 0 NA intron (NR_033932, intron 1 of 1) intron (NR_033932, intron 1 of 1) 1116 NR_033932 503569 Hs.586188 NR_033932 ENSG00000246763 RGMB-AS1 - RGMB antisense RNA 1 ncRNA nan 2.898 2.855 4.066 1.728 1.589 2.123 1.772 3.178 0.297 2.529 1.494 1.667 1.121 5.279 2.623 2.884 0.342 2.114 0.794 1.121 1.133 1.391 0.840 1.666 2.395 2.333 0.773 2.398 1.352 3.903 5.461 3.177 11.752 1.313 1.191 2.784 2.061 0.116 1.408 2.281 1.639 3.149 1.689 1.951 0.488 1.926 1.747 2.403 4.931 2.386 1.214 2.623 2.479 2.641 1.666 1.312 0.670 0.825 2.649 2.358 1.494 0.174 0.725 1.689 1.018 0.575 0.657 0.476 5.166 4.638 4.672 3.062 2.606 0.643 1.799 1.942 3.707 4.758 2.546 3.908 2.720 4.125 0.294 0.825 11.683 8.748 1.571 nan 1.676 1.055 3469 chr14 33738423 33780918 + 0 NA intron (NM_173159, intron 3 of 11) intron (NM_173159, intron 3 of 11) 351211 NM_173159 64067 Hs.657892 NM_022123 ENSG00000151322 NPAS3 MOP6|PASD6|bHLHe12 neuronal PAS domain protein 3 protein-coding 1.539 0.738 0.918 0.049 0.154 0.036 0.047 0.126 0.241 0.002 0.050 0.119 0.022 0.047 0.134 0.236 0.236 0.121 0.121 0.022 0.016 0.003 0.111 0.119 0.281 0.023 0.007 0.012 0.085 0.015 0.201 0.351 0.103 0.331 0.034 0.062 0.015 1.898 0.116 0.011 0.124 0.051 0.024 0.022 0.025 0.066 0.032 0.130 0.044 0.047 0.026 0.044 0.236 0.067 0.085 0.281 0.031 0.019 0.050 0.032 0.150 0.036 0.063 0.088 0.025 0.028 0.007 0.214 0.153 0.261 0.917 0.353 0.366 0.131 0.077 0.235 0.203 0.166 0.298 0.329 0.386 0.619 0.266 0.157 0.288 0.101 0.113 0.226 0.457 0.442 0.563 5580 chr19 18432194 18455353 + 0 NA Intergenic Intergenic -7624 NM_001308366 54858 Hs.131776 NM_017712 ENSG00000130517 PGPEP1 PAP-I|PGI|PGP|PGP-I|PGPI|Pcp pyroglutamyl-peptidase I protein-coding 2.170 1.403 1.893 0.875 1.188 1.135 0.720 0.954 1.571 0.517 0.773 0.638 0.314 0.454 0.614 0.996 0.540 0.277 1.027 0.350 1.109 0.300 0.582 0.343 0.991 0.662 0.656 0.759 0.930 0.567 0.914 nan 0.987 1.987 0.334 1.034 0.264 0.775 0.093 0.307 0.250 1.020 0.916 0.472 0.540 0.335 2.659 0.520 1.523 1.644 1.002 0.699 0.996 1.113 0.906 0.991 0.427 0.838 0.461 1.414 0.697 0.942 0.201 1.086 0.430 0.251 0.168 1.096 1.253 1.440 2.113 2.056 2.117 2.729 0.982 1.978 2.053 1.624 2.229 2.965 3.665 2.514 1.948 0.641 0.899 1.206 1.297 1.938 3.075 1.855 0.983 6822 chr20 6540315 6545469 + 0 NA Intergenic Intergenic 135513 NR_109953 101929244 Hs.542488 NR_109953 ENSG00000229876 CASC20 - cancer susceptibility 20 (non-protein coding) ncRNA 0.694 1.221 0.640 0.291 0.185 0.011 0.068 0.106 0.225 0.019 0.104 0.224 0.211 0.082 0.112 0.023 0.100 0.113 0.093 0.027 0.022 0.014 0.053 0.061 0.109 0.283 0.628 0.257 0.169 0.074 0.019 0.074 0.119 0.035 0.030 0.042 0.074 0.094 0.307 0.016 0.028 0.046 0.025 0.224 0.054 0.036 0.093 0.095 0.239 0.018 0.063 0.158 0.071 0.038 0.024 0.045 0.025 0.020 0.463 0.306 10.516 7.394 0.301 0.315 0.577 0.272 0.483 0.421 0.188 0.392 0.406 0.565 0.443 0.249 0.261 0.284 0.183 0.270 0.220 0.506 0.579 0.590 59 chr1 8065036 8328205 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -72112 NR_125998 102724539 Hs.516816 NR_125998 ENSG00000227634 LINC01714 - long intergenic non-protein coding RNA 1714 ncRNA 0.899 nan 1.017 1.302 1.051 0.479 2.721 0.235 0.432 0.789 1.764 1.899 1.140 0.469 0.337 0.297 1.357 0.331 2.085 1.191 1.472 0.037 0.197 0.153 0.214 2.558 2.100 0.229 1.754 1.461 2.834 nan 1.991 1.753 1.214 0.922 0.056 0.449 0.128 1.384 0.100 1.464 0.620 0.347 2.133 1.134 1.809 1.075 1.812 1.832 0.616 2.004 0.297 1.819 3.833 0.214 0.733 0.975 0.138 3.211 0.364 0.998 0.251 0.068 1.153 0.291 0.252 0.445 0.612 0.520 0.878 0.879 1.001 0.963 0.342 0.388 0.411 0.616 nan nan 4.056 nan 0.324 0.460 0.593 0.256 0.373 0.201 0.312 1.054 0.676 4572 chr17 7379117 7391434 + 0 NA intron (NM_001102614, intron 1 of 1) intron (NM_001102614, intron 1 of 1) 554 NM_001102614 643664 Hs.632234 NM_001102614 ENSG00000259224 SLC35G6 AMAC1L3|TMEM21B solute carrier family 35 member G6 protein-coding 3.982 2.228 2.601 1.806 1.645 3.341 1.852 1.795 2.908 1.899 2.405 1.817 2.610 1.402 2.198 2.444 1.749 0.354 2.978 0.926 3.169 3.094 1.267 0.573 4.089 1.391 1.467 1.171 1.298 0.684 3.115 6.152 3.516 4.929 0.722 3.324 0.341 10.503 0.489 1.497 0.956 4.198 2.441 1.062 0.902 1.554 1.957 2.455 4.914 4.348 1.434 1.537 2.444 3.748 4.782 4.089 2.342 1.551 0.820 4.243 3.825 3.102 1.716 4.260 1.907 1.969 1.314 5.341 6.272 4.175 6.025 7.570 6.899 5.094 3.245 5.397 5.656 3.407 4.098 6.112 7.712 2.804 2.754 3.317 4.452 2.158 2.269 5.387 8.960 1.537 0.932 8345 chr4 41506037 41517675 + 0 NA intron (NM_001112717, intron 2 of 25) intron (NM_001112717, intron 2 of 25) -28318 NM_001330786 22998 Hs.335163 NM_014988 ENSG00000064042 LIMCH1 LIMCH1A|LMO7B LIM and calponin homology domains 1 protein-coding 0.865 nan nan 1.400 0.315 0.214 0.378 0.259 0.456 0.117 4.540 2.038 0.005 0.035 0.099 0.110 1.307 0.138 0.205 0.098 0.011 0.287 0.165 0.133 1.100 0.628 2.153 0.088 0.299 0.070 0.210 0.109 0.417 0.128 3.248 0.008 0.037 0.078 0.040 0.078 0.889 4.012 1.813 0.113 0.046 0.171 2.966 0.930 0.079 0.616 0.515 0.110 0.115 0.111 0.133 2.346 0.064 0.042 0.015 0.191 0.027 0.053 0.365 0.797 0.025 0.009 0.697 0.623 1.877 2.117 0.213 0.287 0.088 0.073 0.107 0.163 1.434 1.950 0.346 0.323 0.565 0.350 0.109 0.185 0.046 0.070 0.418 1.040 2.592 1.620 3388 chr14 21731491 21749331 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -2773 NM_031314 3183 Hs.508848 NM_004500 ENSG00000092199 HNRNPC C1|C2|HNRNP|HNRPC|SNRPC heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C (C1/C2) protein-coding nan 1.472 2.060 1.530 2.110 1.655 1.405 1.091 2.071 0.264 0.750 1.146 0.498 0.492 1.320 1.219 1.594 0.243 1.552 0.467 1.178 0.689 0.565 0.449 1.275 1.102 0.876 0.319 1.280 0.453 1.760 2.477 1.534 2.647 0.860 1.479 0.368 1.274 0.149 0.338 1.082 1.156 0.748 0.402 0.812 0.831 1.394 1.356 0.972 0.767 0.738 1.047 1.219 1.131 1.546 1.275 0.637 0.413 1.622 1.124 0.641 1.253 0.616 2.268 0.783 0.591 0.391 1.485 1.308 2.459 3.342 2.758 2.887 2.559 1.771 5.016 5.571 3.064 3.849 2.822 nan 8.542 7.540 1.778 2.647 2.317 2.550 4.513 5.333 1.464 0.921 4546 chr17 2495125 2507653 + 0 NA intron (NM_000430, intron 1 of 10) AluSq2|SINE|Alu 4466 NM_000430 5048 Hs.77318 NM_000430 ENSG00000007168 PAFAH1B1 LIS1|LIS2|MDCR|MDS|NudF|PAFAH platelet activating factor acetylhydrolase 1b regulatory subunit 1 protein-coding 4.197 1.692 2.069 1.087 1.229 1.798 1.190 1.434 2.578 0.836 1.278 1.727 0.659 0.793 1.851 1.972 0.969 0.258 1.800 0.567 1.887 0.791 0.799 0.459 2.794 0.537 0.676 0.792 1.199 0.232 1.739 2.101 1.751 4.223 0.490 2.091 0.404 1.494 0.097 0.503 1.237 3.241 1.553 0.789 0.818 1.054 1.342 1.611 2.898 2.456 0.716 0.941 1.972 2.303 3.373 2.794 0.967 0.840 0.863 3.160 1.921 1.755 0.693 2.103 1.031 1.168 0.655 2.504 2.677 2.383 3.330 3.882 3.502 3.213 1.790 5.029 5.000 1.987 2.312 2.086 3.406 3.312 3.051 1.278 2.198 1.216 1.541 4.252 5.286 1.064 0.593 10623 chr7 116310302 116358140 + 0 NA intron (NM_001324402, intron 1 of 19) intron (NM_001324402, intron 1 of 19) 21777 NM_001324401 4233 Hs.132966 NM_000245 ENSG00000105976 MET AUTS9|DFNB97|HGFR|RCCP2|c-Met MET proto-oncogene, receptor tyrosine kinase protein-coding nan 0.656 0.896 3.859 1.584 0.723 2.573 0.121 0.164 0.860 1.097 2.269 0.051 0.073 1.439 0.240 1.322 0.128 3.153 1.521 2.066 0.017 1.553 0.952 0.098 1.193 0.944 0.488 5.650 1.641 2.229 2.625 3.355 2.233 1.063 1.071 0.325 1.207 0.189 0.972 0.063 2.317 0.912 0.454 3.581 2.500 0.634 1.779 1.193 0.691 0.971 1.284 0.240 1.080 2.816 0.098 0.668 0.438 0.179 0.779 0.116 1.530 0.226 0.160 1.163 0.966 1.247 0.563 0.368 2.117 1.893 0.231 0.336 0.556 0.315 0.793 0.754 0.237 0.452 1.658 2.109 0.443 0.287 0.337 0.673 1.920 1.854 0.242 0.404 1.292 0.982 5951 chr2 22894783 22927002 + 0 NA Intergenic Intergenic 151541 NR_110577 102723362 Hs.502887 NR_110577 ENSG00000233587 LINC01884 - long intergenic non-protein coding RNA 1884 ncRNA 0.607 0.492 0.567 0.060 0.090 0.017 0.029 0.134 0.324 0.006 0.072 0.032 0.011 0.016 0.075 0.095 0.077 0.099 0.039 0.006 0.019 0.009 0.145 0.167 0.033 0.006 0.009 0.009 0.101 0.003 0.082 0.051 0.057 0.431 0.009 0.059 0.036 0.044 0.097 0.011 0.058 0.071 0.011 0.010 0.021 0.029 0.086 0.109 0.071 0.021 0.015 0.041 0.095 0.057 0.023 0.033 0.019 0.036 0.157 0.016 0.034 0.034 0.052 0.119 0.021 0.021 0.013 0.407 0.418 3.205 3.470 0.356 0.400 0.202 0.105 1.675 1.732 0.490 0.719 0.276 nan 0.510 0.259 0.199 0.263 0.130 0.096 0.176 0.300 0.737 0.548 7461 chr22 45723376 45735291 + 0 NA intron (NM_001104595, intron 7 of 9) AluY|SINE|Alu 15009 NM_001349913 55007 Hs.265018 NM_017911 ENSG00000100376 FAM118A C22orf8 family with sequence similarity 118 member A protein-coding 1.478 nan 2.367 0.132 0.207 0.055 0.071 0.175 0.655 0.008 0.098 0.061 0.021 0.109 0.067 0.286 0.157 0.131 0.189 0.015 0.048 0.047 1.662 0.713 2.756 0.042 0.024 0.057 0.104 0.017 0.140 0.264 0.113 0.346 0.037 0.054 0.040 0.082 0.099 0.106 0.155 0.040 0.020 0.045 0.026 0.184 0.163 0.116 0.060 0.033 0.116 0.286 0.126 0.031 2.756 0.048 0.795 0.156 4.990 0.082 0.033 0.052 0.064 0.005 0.009 0.334 0.409 0.343 0.474 0.898 1.249 0.379 0.168 0.506 0.440 1.435 nan 1.443 1.894 nan 1.893 0.167 0.256 0.273 0.418 0.133 0.330 3.276 1.662 9840 chr6 109405071 109417971 + 0 NA intron (NM_014454, intron 1 of 9) Tigger3b|DNA|TcMar-Tigger 4187 NM_014454 27244 Hs.591336 NM_014454 ENSG00000080546 SESN1 PA26|SEST1 sestrin 1 protein-coding 2.875 nan nan 0.814 2.155 1.348 0.578 1.021 1.815 0.169 0.727 0.702 0.370 0.324 1.733 1.083 1.033 0.138 0.869 0.324 0.697 0.678 0.574 0.243 1.677 0.546 0.455 0.258 0.792 0.271 1.480 1.963 0.846 4.040 0.307 0.490 0.867 1.374 0.150 0.312 0.538 1.027 0.812 0.471 0.558 0.406 1.509 0.583 0.738 1.896 0.312 0.552 1.083 1.039 0.709 1.677 0.369 0.513 0.377 0.855 0.842 0.628 1.019 0.883 0.515 0.759 0.448 2.114 2.900 1.926 2.618 3.924 nan 3.838 1.621 4.278 4.382 1.888 2.104 1.041 1.551 nan 2.400 1.128 2.123 4.178 4.442 2.148 3.059 1.910 0.851 5316 chr18 46446758 46489753 + 0 NA intron (NM_001190823, intron 1 of 1) intron (NM_001190823, intron 1 of 1) 922 NM_001190823 4092 Hs.465087 NM_005904 ENSG00000101665 SMAD7 CRCS3|MADH7|MADH8 SMAD family member 7 protein-coding nan 1.268 1.965 2.440 2.874 1.255 2.031 0.541 1.142 0.530 3.373 3.679 0.325 1.722 0.278 3.395 0.955 0.202 0.545 0.278 4.373 0.531 0.892 0.333 2.775 1.686 1.740 0.684 0.706 1.023 1.525 2.682 1.212 2.369 0.528 0.617 0.705 0.579 0.078 1.127 0.777 1.254 0.652 0.325 1.749 1.054 1.402 3.106 2.000 1.728 1.154 1.205 3.395 0.693 0.225 2.775 0.744 0.254 0.372 0.907 1.769 0.710 1.563 0.272 1.585 1.759 1.527 2.058 2.899 2.435 4.006 2.269 2.363 3.264 1.248 1.186 1.182 0.613 0.890 1.576 1.835 1.086 1.014 1.254 2.439 2.516 2.759 0.677 nan 2.945 1.657 2358 chr11 128159245 128173442 + 0 NA Intergenic Intergenic 87682 NR_146647 105369564 Hs.591937 NR_146647 ENSG00000272575 LINC02098 - long intergenic non-protein coding RNA 2098 ncRNA 1.058 1.516 0.940 0.147 1.438 1.557 0.416 1.986 3.897 0.073 0.164 0.405 0.013 0.085 0.044 0.340 0.571 0.022 0.186 0.165 0.116 0.010 3.835 1.814 2.253 0.231 0.103 0.082 0.261 0.652 0.163 1.282 0.111 0.786 0.299 0.050 0.689 0.128 0.131 0.185 0.094 0.427 0.084 0.082 0.405 0.261 0.119 0.176 0.084 0.254 0.034 0.085 0.340 0.060 0.993 2.253 0.026 0.081 0.014 0.156 0.301 0.109 0.686 0.373 0.127 0.032 0.021 1.745 3.239 2.994 0.699 3.133 3.192 4.786 3.042 0.227 0.295 0.225 0.303 5.740 9.412 0.471 0.401 1.281 1.791 2.014 1.681 0.236 nan 3.265 1.822 9099 chr5 102756667 102781079 + 0 NA Intergenic Intergenic 108813 NR_104670 102467212 Hs.641885 NR_104670 ENSG00000248757 LINC02115 - long intergenic non-protein coding RNA 2115 ncRNA 0.790 1.155 0.598 0.091 0.097 0.121 0.314 0.125 0.306 0.187 0.288 0.389 0.023 0.016 0.179 0.402 0.234 0.085 0.113 0.039 0.038 0.017 0.058 0.110 0.079 0.116 0.030 0.015 0.300 0.151 0.053 0.062 0.083 0.234 0.114 0.235 0.012 0.049 0.124 0.076 0.052 0.038 0.035 0.019 0.103 0.032 0.174 0.121 0.080 0.049 0.139 0.207 0.402 0.040 0.045 0.079 0.080 0.082 0.020 0.015 0.150 0.061 0.082 0.066 0.010 0.028 0.008 0.459 0.608 2.241 6.073 0.293 0.365 0.162 0.074 0.096 0.097 0.962 1.120 0.249 0.226 0.386 0.182 0.137 0.181 0.114 0.189 0.169 0.277 0.364 0.351 2498 chr12 13243812 13257700 + 0 NA intron (NM_001206842, intron 1 of 5) intron (NM_001206842, intron 1 of 5) -2016 NM_001206845 83445 Hs.240053 NM_031289 ENSG00000111305 GSG1 - germ cell associated 1 protein-coding 2.564 2.193 1.810 3.061 2.945 4.098 2.743 0.207 0.475 1.371 1.836 7.382 1.715 0.174 1.351 3.150 1.202 0.057 1.544 0.826 0.529 0.577 0.554 0.310 0.395 2.918 2.737 0.512 3.607 2.028 2.574 4.046 3.016 5.240 1.023 3.669 0.275 1.476 0.112 1.327 0.316 2.661 2.018 0.995 2.431 1.788 2.866 10.840 2.698 3.055 0.438 1.316 3.150 2.530 0.626 0.395 0.685 2.657 0.461 3.089 0.205 1.508 0.428 2.020 1.017 1.775 1.669 0.547 0.955 1.444 2.671 nan 2.696 0.550 0.286 2.189 2.214 1.434 2.096 0.944 1.880 1.749 2.038 0.510 0.872 1.404 1.548 3.435 5.602 0.692 0.612 2247 chr11 111599142 111609635 + 0 NA intron (NM_181699, intron 15 of 15) intron (NM_181699, intron 15 of 15) 32781 NM_001177562 5519 Hs.269128 NM_002716 ENSG00000137713 PPP2R1B PP2A-Abeta|PR65B protein phosphatase 2 scaffold subunit Abeta protein-coding 1.784 2.590 2.203 0.118 2.422 0.598 1.069 1.436 1.953 0.100 3.845 1.682 0.076 0.755 0.773 0.462 0.927 0.122 0.967 0.616 0.188 0.053 2.423 0.805 3.503 1.896 1.851 2.339 0.311 0.030 0.092 0.319 0.197 2.483 0.154 2.746 0.155 0.194 0.081 0.541 0.281 5.024 0.419 0.243 0.689 0.206 0.861 1.018 0.398 0.723 2.572 1.830 0.462 0.816 0.146 3.503 0.432 0.410 1.025 0.361 5.818 1.737 0.699 0.094 0.050 0.214 0.112 6.869 12.785 1.312 3.057 6.960 8.381 0.956 0.483 0.824 0.939 4.119 nan 8.860 9.754 0.481 0.381 1.845 2.454 1.208 1.402 0.325 0.601 4.178 2.789 5739 chr19 46192811 46202935 + 0 NA intron (NM_001163377, intron 2 of 5) AluSx|SINE|Alu 2132 NM_017659 54814 Hs.631556 NM_017659 ENSG00000011478 QPCTL gQC glutaminyl-peptide cyclotransferase like protein-coding 2.694 1.434 1.758 1.940 1.757 1.059 1.828 0.924 1.768 0.726 1.925 1.642 0.117 0.488 2.038 1.594 0.863 0.176 1.643 0.509 1.172 0.513 0.861 0.393 1.116 0.500 0.477 0.571 1.017 0.396 0.995 nan 1.611 2.815 0.534 0.886 0.273 1.427 0.142 0.738 0.650 2.929 1.226 0.560 0.894 0.348 1.568 1.235 1.568 4.907 1.375 0.811 1.594 3.203 0.615 1.116 0.644 0.852 0.734 1.972 0.764 0.908 0.479 0.878 0.599 0.859 0.506 1.685 1.914 1.900 3.146 2.712 2.518 4.624 1.975 5.516 5.500 2.441 2.869 4.158 5.810 2.187 2.370 1.127 1.651 2.576 3.234 2.726 3.514 1.764 1.193 219 chr1 31496554 31508831 + 0 NA intron (NM_001020658, intron 2 of 21) AluJr|SINE|Alu 35872 NM_001020658 9698 Hs.281707 NM_014676 ENSG00000134644 PUM1 HSPUM|PUMH|PUMH1|PUML1 pumilio RNA binding family member 1 protein-coding 1.130 nan 0.949 0.376 0.309 0.658 0.156 0.367 0.540 0.327 0.357 0.187 3.611 0.097 0.144 0.177 0.251 0.177 0.271 0.031 0.088 0.034 0.307 0.264 0.416 0.182 0.065 0.248 0.100 0.043 0.246 0.478 0.138 0.601 0.131 0.178 0.039 0.282 0.146 0.057 0.174 0.152 0.050 0.045 0.079 0.037 0.158 0.203 0.232 0.229 0.058 0.172 0.177 0.353 0.129 0.416 0.130 0.220 0.045 0.294 0.091 0.045 0.384 0.183 0.051 0.052 0.045 0.464 0.555 1.989 3.063 0.679 0.761 nan 0.146 0.727 0.640 0.938 1.349 0.594 0.597 nan 0.459 0.782 1.534 0.168 0.218 0.533 1.044 0.516 nan 1016 chr1 201883458 201915718 + 0 NA intron (NM_012134, intron 1 of 2) L2c|LINE|L2 16128 NM_012134 25802 Hs.519075 NM_012134 ENSG00000163431 LMOD1 1D|64kD|D1|SM-LMOD|SMLMOD leiomodin 1 protein-coding 2.028 1.368 1.564 0.105 0.264 0.101 0.363 0.218 0.499 0.048 0.251 0.746 0.098 0.031 0.253 0.271 0.516 0.210 0.203 0.063 0.049 0.043 0.155 0.147 0.218 0.284 0.122 0.098 0.081 0.118 0.212 1.176 0.300 0.294 0.118 0.354 0.059 0.076 0.091 0.029 0.470 0.126 0.082 0.077 0.108 0.083 0.399 0.247 0.341 0.039 0.151 0.325 0.271 0.409 0.052 0.218 0.099 0.110 0.369 0.116 0.081 0.188 0.089 3.465 0.042 0.073 0.049 0.414 0.391 0.405 0.585 0.647 0.775 0.653 0.224 nan nan 0.605 1.025 0.753 0.910 1.276 1.026 0.186 0.263 0.249 0.253 2.669 9.708 0.552 0.526 4958 chr17 71150309 71164510 + 0 NA Intergenic Intergenic -3751 NM_001050 6752 Hs.514451 NM_001050 ENSG00000180616 SSTR2 - somatostatin receptor 2 protein-coding 1.825 0.952 2.703 0.139 0.247 0.815 0.223 0.349 0.585 0.007 0.462 0.163 0.022 0.056 0.081 1.011 0.208 0.159 0.224 0.094 0.031 0.010 0.197 0.169 0.329 0.165 0.066 0.083 0.097 0.037 0.226 0.582 0.104 3.465 0.114 0.123 1.533 0.099 0.108 0.125 2.125 0.171 0.051 0.055 0.046 0.070 0.108 0.193 0.299 0.258 0.077 0.084 1.011 0.123 0.078 0.329 0.043 0.082 0.942 0.350 0.279 0.073 0.077 0.647 0.102 0.024 0.018 0.792 1.209 0.342 0.615 1.234 1.423 1.318 0.454 0.301 0.354 nan 2.734 0.838 1.124 5.608 6.949 0.356 0.527 2.733 2.637 1.324 3.925 nan 0.850 10151 chr7 7592136 7622271 + 0 NA intron (NM_019005, intron 1 of 12) intron (NM_019005, intron 1 of 12) 587 NM_019005 54468 Hs.520215 NM_019005 ENSG00000164654 MIOS MIO|Sea4|Yulink meiosis regulator for oocyte development protein-coding 2.350 1.863 1.914 1.423 0.532 0.195 0.471 0.485 0.958 0.257 0.464 0.419 1.110 0.200 0.253 0.686 0.489 0.155 0.587 0.213 0.421 0.133 0.417 0.378 2.531 0.372 0.323 0.218 0.998 0.273 1.494 nan 2.179 nan 0.268 0.626 0.350 0.425 0.163 0.260 0.655 0.375 0.337 0.165 0.643 0.734 1.557 0.325 0.489 0.613 0.472 0.598 0.686 0.996 1.017 2.531 0.434 1.353 0.135 0.481 0.346 0.376 0.164 2.201 0.260 0.140 0.103 1.128 1.075 1.424 nan 1.099 1.216 nan 0.622 2.112 2.138 0.956 1.230 nan 1.209 0.858 0.707 0.514 0.779 1.098 1.440 2.441 5.780 0.923 0.472 3734 chr14 81386928 81409539 + 0 NA intron (NM_152446, intron 1 of 23) Charlie3|DNA|hAT-Charlie 7651 NM_152446 145508 Hs.162889 NM_152446 ENSG00000100629 CEP128 C14orf145|C14orf61|LEDP/132 centrosomal protein 128 protein-coding nan 0.873 1.022 0.497 0.368 0.291 0.337 0.369 0.548 0.075 0.405 0.536 0.088 0.057 0.420 0.395 0.374 0.093 0.157 0.033 0.148 0.104 0.152 0.163 0.261 0.259 0.182 0.092 0.361 0.136 0.294 0.711 0.238 1.034 0.187 0.236 0.240 0.383 0.112 0.104 0.885 0.269 0.254 0.107 0.174 0.116 0.371 0.366 0.264 0.553 0.077 0.387 0.395 0.132 0.277 0.261 0.102 0.117 0.132 0.262 0.157 0.411 0.163 1.476 0.635 0.127 0.067 0.401 0.494 0.454 0.747 1.060 1.204 0.502 0.200 1.467 1.357 0.757 1.004 0.629 0.666 2.038 1.818 0.296 0.566 0.901 0.904 1.658 6.174 1.340 0.966 10588 chr7 106584249 106607437 + 0 NA Intergenic MLT1A0|LTR|ERVL-MaLR -89335 NM_002736 5577 Hs.433068 NM_002736 ENSG00000005249 PRKAR2B PRKAR2|RII-BETA protein kinase cAMP-dependent type II regulatory subunit beta protein-coding nan 0.576 0.649 0.047 0.114 0.041 0.128 0.117 0.296 0.012 0.095 0.086 0.005 0.013 0.168 0.520 0.110 0.069 0.100 0.008 0.027 0.012 0.081 0.150 0.133 0.021 0.009 0.058 0.141 0.014 0.045 0.157 0.115 0.301 0.038 0.071 0.004 0.066 0.134 0.005 0.075 0.133 0.021 0.027 0.028 0.059 0.041 0.189 0.091 0.074 0.038 0.103 0.520 0.075 0.040 0.133 0.026 0.043 0.013 0.061 0.045 0.048 0.034 0.032 0.010 0.032 0.029 0.539 0.303 0.257 0.337 0.416 0.442 3.452 1.184 0.216 0.198 0.373 0.547 0.143 0.224 0.325 0.184 0.233 0.300 0.080 0.076 0.173 nan 1.054 0.901 390 chr1 54354925 54380533 + 0 NA intron (NM_001324316, intron 1 of 1) L2a|LINE|L2 7869 NM_213593 1733 Hs.251415 NM_000792 ENSG00000211452 DIO1 5DI|TXDI1 iodothyronine deiodinase 1 protein-coding 1.228 0.877 1.274 0.266 0.273 2.687 0.593 0.286 0.371 0.052 0.394 0.354 0.051 0.145 0.305 0.273 0.688 0.289 0.447 0.172 0.085 0.124 0.129 0.130 0.107 0.452 0.268 0.124 0.235 0.128 0.277 nan 0.303 1.228 0.227 0.113 0.030 0.249 0.115 0.119 0.077 0.255 0.147 0.095 0.228 0.236 0.464 0.160 0.337 0.276 0.089 0.353 0.273 0.507 0.245 0.107 0.201 0.302 0.113 0.340 0.301 0.217 0.081 0.217 0.217 0.085 0.095 0.488 0.479 0.444 0.664 0.924 0.952 0.858 0.392 0.762 0.774 0.773 1.203 0.769 1.264 0.463 0.300 0.280 0.424 0.130 0.150 0.448 nan 1.712 0.851 5319 chr18 47015598 47021445 + 0 NA promoter-TSS (NM_001199355) promoter-TSS (NM_001199355) 313 NM_001199341 6139 Hs.293653 NM_000985 ENSG00000265681 RPL17 L17|PD-1|RPL23 ribosomal protein L17 protein-coding nan 2.240 3.147 2.155 2.216 1.027 2.311 1.121 2.266 0.491 2.204 1.915 0.476 1.707 0.914 5.144 0.869 0.139 1.053 0.551 1.820 0.995 0.645 0.435 2.696 0.971 1.042 1.334 0.533 1.266 1.174 2.069 0.714 10.867 0.901 2.868 0.584 1.798 0.122 0.977 0.814 2.462 3.408 1.732 1.836 1.331 4.141 1.235 1.295 1.551 1.155 2.044 5.144 0.877 1.081 2.696 1.089 0.453 0.928 2.015 1.167 1.664 0.819 1.332 0.799 1.113 0.945 2.936 3.281 5.473 7.929 6.048 5.977 11.798 4.431 3.991 3.980 1.895 2.604 3.871 4.956 4.515 4.940 2.432 4.262 3.911 4.097 3.623 nan 5.849 2.996 1515 chr10 73078738 73108449 + 0 NA intron (NR_033414, intron 2 of 3) intron (NR_033414, intron 2 of 3) 14583 NM_018344 55315 Hs.438419 NM_018344 ENSG00000198246 SLC29A3 ENT3|HCLAP|HJCD|PHID solute carrier family 29 member 3 protein-coding 1.033 nan 0.807 0.394 0.938 1.983 1.771 0.173 0.375 0.153 0.269 0.356 0.158 0.317 2.236 0.194 0.089 0.076 0.484 0.229 0.141 0.069 0.169 0.142 0.545 0.419 0.254 0.061 0.287 0.589 0.476 1.938 0.423 2.876 0.433 0.210 0.080 0.156 0.079 0.076 0.120 0.227 0.147 0.120 0.625 0.551 1.912 0.115 0.933 0.103 0.406 2.970 0.194 0.581 0.195 0.545 0.607 3.430 0.382 0.296 0.383 0.701 0.213 0.684 0.046 0.071 0.029 0.843 1.055 0.475 0.707 1.642 1.267 2.870 0.701 0.521 0.545 0.386 0.652 3.326 nan 0.696 0.786 0.475 0.656 0.429 0.521 0.673 nan 0.656 0.475 9757 chr6 71814762 71825869 + 0 NA Intergenic Intergenic -153527 NM_080742 135152 Hs.713609 NM_080742 ENSG00000112309 B3GAT2 GLCATS beta-1,3-glucuronyltransferase 2 protein-coding nan nan 0.714 0.123 0.342 0.025 0.147 0.060 0.163 0.017 0.246 0.488 0.039 0.027 0.064 0.458 0.769 0.173 0.305 0.188 0.035 0.013 0.134 0.087 0.057 0.438 0.149 0.027 0.219 0.141 0.202 0.460 0.440 1.047 0.277 0.073 0.095 0.099 0.097 0.212 0.050 0.330 0.120 0.126 0.597 0.027 0.066 0.251 0.032 0.122 0.056 0.030 0.458 0.128 0.099 0.057 0.011 0.045 0.043 0.203 0.262 0.050 0.738 0.111 0.021 0.026 0.014 0.556 0.565 0.317 0.622 0.177 0.246 0.146 0.098 0.368 0.317 4.326 4.650 0.415 0.419 0.624 0.384 0.743 0.878 0.692 0.651 0.290 0.700 0.817 0.503 9218 chr5 140936647 140945263 + 0 NA intron (NR_038333, intron 1 of 2) intron (NR_038333, intron 1 of 2) 3077 NR_038333 100505658 Hs.655458 NR_038333 ENSG00000246422 LOC100505658 - uncharacterized LOC100505658 ncRNA nan 2.129 1.797 1.161 1.211 1.296 1.260 1.807 3.386 0.334 0.824 1.061 0.410 0.447 1.970 0.762 1.221 0.057 1.552 0.623 1.222 0.064 0.838 0.612 3.624 1.243 0.716 0.043 0.807 0.173 3.404 3.938 0.454 4.927 0.891 1.686 0.609 1.884 0.137 0.560 1.353 0.570 0.287 0.154 0.887 0.400 0.339 0.848 0.274 0.558 0.484 0.541 0.762 1.789 0.731 3.624 0.438 0.154 0.791 0.232 2.285 1.352 0.175 0.703 0.734 0.612 0.514 2.456 1.895 4.028 6.568 6.041 5.422 6.071 4.307 8.815 9.849 4.283 4.411 0.855 0.917 5.997 5.192 0.794 0.946 3.919 5.594 3.019 3.909 3.458 1.737 9533 chr6 27772945 27810365 + 0 NA promoter-TSS (NM_021968) promoter-TSS (NM_021968) -248 NM_021968 8363 Hs.278483 NM_021968 ENSG00000197238 HIST1H4J H4/e|H4F2iv|H4FE|dJ160A22.2 histone cluster 1 H4 family member j protein-coding 3.579 3.018 nan 3.610 4.649 1.439 2.266 2.165 4.175 1.193 5.176 1.814 1.432 1.347 3.851 0.664 1.763 0.296 3.349 1.411 4.993 1.922 1.633 0.954 4.797 1.827 1.636 0.599 1.666 1.124 1.523 4.729 3.572 nan 1.664 5.651 0.599 7.522 0.260 1.705 1.666 3.654 2.244 0.964 1.235 1.536 1.331 1.659 2.063 4.008 3.694 2.015 0.664 3.819 2.629 4.797 1.170 1.029 0.804 4.751 1.919 3.428 1.829 3.148 1.411 1.254 0.965 7.226 8.957 5.363 nan 6.150 3.768 nan 5.327 10.111 9.821 2.874 3.589 4.898 6.125 1.712 1.913 1.343 3.082 4.573 3.740 8.367 9.165 2.590 1.415 9619 chr6 37444776 37486259 + 0 NA intron (NM_138493, intron 1 of 3) AluSx1|SINE|Alu 2183 NM_138493 154467 Hs.284207 NM_138493 ENSG00000198937 CCDC167 C6orf129|HSPC265 coiled-coil domain containing 167 protein-coding nan 1.329 nan 0.200 1.024 2.727 0.387 1.550 3.016 0.067 0.278 0.210 0.048 0.159 1.148 3.204 0.304 0.073 0.429 0.105 0.233 0.110 0.855 0.423 3.255 0.201 0.113 0.073 0.125 0.053 0.223 0.535 0.343 3.209 0.236 0.173 0.458 0.287 0.103 0.128 0.550 0.404 0.170 0.118 0.058 0.053 0.209 0.718 0.175 0.341 0.466 0.170 3.204 0.468 0.285 3.255 0.112 0.082 0.584 0.470 0.568 0.338 0.447 0.766 0.081 0.144 0.093 1.066 1.633 0.642 nan nan 1.673 3.080 1.449 1.102 1.191 2.251 2.772 2.017 2.922 2.205 2.343 0.554 0.826 1.518 1.106 1.103 1.847 2.778 1.267 945 chr1 184019360 184034444 + 0 NA intron (NM_001127394, intron 3 of 3) intron (NM_001127394, intron 3 of 3) 6117 NR_125335 116461 Hs.548197 NM_052965 ENSG00000198860 TSEN15 C1orf19|PCH2F|sen15 tRNA splicing endonuclease subunit 15 protein-coding nan nan 2.403 1.882 1.332 0.772 0.777 0.384 0.877 0.400 0.938 1.092 2.229 0.162 0.842 0.953 3.013 0.267 0.905 0.301 1.007 0.651 0.880 0.423 0.873 1.130 0.870 0.634 1.291 0.703 1.129 1.846 1.008 1.853 0.358 0.611 0.341 6.286 0.191 0.392 0.611 0.623 1.088 0.558 0.580 0.290 0.907 1.203 0.653 0.668 0.485 0.459 0.953 0.669 1.666 0.873 0.763 0.432 0.303 0.581 0.444 0.419 0.676 0.695 0.444 1.695 1.528 1.842 2.062 2.453 3.287 2.395 nan 1.332 0.464 nan 3.778 2.645 3.072 1.915 1.762 1.536 1.378 2.089 3.341 1.526 1.305 1.551 nan 1.066 0.675 8805 chr5 19973429 19982504 + 0 NA intron (NM_001349562, intron 2 of 13) intron (NM_001349562, intron 2 of 13) 10387 NM_001349559 1016 Hs.317632 NM_004934 ENSG00000145526 CDH18 CDH14|CDH14L|CDH24 cadherin 18 protein-coding nan nan nan 0.092 0.314 0.037 0.101 0.054 0.133 0.064 0.086 0.102 0.048 0.056 0.126 0.126 0.295 0.187 0.286 0.021 0.014 0.107 0.311 0.308 0.106 0.024 0.033 0.082 0.023 0.185 0.340 0.170 nan 0.078 0.064 0.031 0.047 0.119 0.039 0.071 0.033 0.017 0.051 0.042 0.055 0.027 0.040 0.043 0.081 0.126 0.128 0.010 0.106 0.027 0.109 0.084 0.038 0.122 0.096 0.058 0.842 0.009 0.019 0.005 0.456 0.272 0.254 0.170 0.375 0.549 0.140 0.086 0.139 0.110 7.121 7.244 0.472 0.446 2.446 1.339 0.078 0.205 0.117 0.175 0.986 nan 0.910 0.687 5153 chr18 10005193 10036581 + 0 NA Intergenic Intergenic 106932 NM_194434 9218 Hs.165195 NM_003574 ENSG00000101558 VAPA VAP-33|VAP-A|VAP33|hVAP-33 VAMP associated protein A protein-coding 1.141 1.097 1.223 0.362 0.234 0.041 0.276 0.307 0.639 0.021 0.285 0.385 0.235 0.090 0.170 0.107 0.574 0.180 0.270 0.066 0.084 0.018 0.190 0.166 1.634 0.423 0.206 0.031 0.196 0.202 0.290 2.099 1.300 nan 0.593 0.052 0.437 0.045 0.112 0.124 0.156 0.144 0.044 0.038 0.239 0.073 0.582 0.335 0.096 0.072 1.259 0.274 0.107 0.274 0.055 1.634 0.097 0.103 0.120 0.081 0.097 0.466 0.028 1.121 0.520 0.059 0.073 0.440 0.372 0.418 0.747 0.575 0.597 nan 1.609 0.229 0.247 0.411 nan 0.561 0.806 nan 1.025 0.167 0.249 1.615 1.031 0.613 nan nan 0.900 5543 chr19 13104024 13173869 + 0 NA intron (NM_001271043, intron 2 of 10) intron (NM_001271043, intron 2 of 10) 3551 NM_001271043 4784 Hs.257970 NM_002501 ENSG00000008441 NFIX CTF|MRSHSS|NF-I/X|NF1-X|NF1A|SOTOS2 nuclear factor I X protein-coding 1.967 0.935 7.016 1.361 0.375 3.348 0.859 0.599 1.126 0.397 0.558 1.022 0.048 0.066 0.763 1.173 1.366 0.203 0.119 0.098 0.062 0.141 0.210 0.160 1.224 0.232 0.112 0.464 0.304 0.488 0.256 nan 0.197 0.459 0.226 0.226 0.273 0.395 0.063 0.458 0.296 1.110 0.510 0.306 0.071 0.051 0.135 2.467 0.335 0.823 0.076 0.121 1.173 0.171 0.079 1.224 0.081 0.266 0.635 0.378 0.324 1.095 0.599 0.105 1.202 0.713 0.451 1.847 2.839 1.427 3.236 1.627 1.820 1.159 0.369 0.365 0.418 1.983 2.826 1.062 1.031 1.099 0.743 0.785 1.331 0.691 0.934 0.441 0.658 1.731 0.968 9629 chr6 39163907 39199666 + 0 NA intron (NM_003740, intron 1 of 4) AluSx3|SINE|Alu 15465 NM_003740 8645 Hs.444448 NM_003740 ENSG00000164626 KCNK5 K2p5.1|KCNK5b|TASK-2|TASK2 potassium two pore domain channel subfamily K member 5 protein-coding nan 1.240 nan 0.985 0.178 2.676 1.563 0.198 0.459 0.770 0.101 0.207 0.233 0.045 0.174 0.173 0.086 0.126 0.957 0.319 0.257 0.131 0.101 0.116 0.094 2.030 1.471 0.146 0.827 0.336 1.198 3.420 3.881 1.622 0.417 0.076 0.024 0.215 0.094 0.069 0.033 0.097 0.111 0.094 0.713 0.527 1.140 0.247 1.125 0.087 1.304 0.852 0.173 1.432 0.297 0.094 0.449 0.208 0.054 0.480 0.040 0.556 0.773 0.351 0.032 0.029 0.014 0.567 0.685 0.242 nan nan 0.514 1.942 0.692 0.756 0.801 0.370 0.577 2.216 2.151 0.689 0.524 0.766 1.015 0.087 0.079 0.699 1.626 0.663 0.627 959 chr1 186342831 186346237 + 0 NA promoter-TSS (NM_003292) promoter-TSS (NM_003292) -77 NM_003292 7175 Hs.279640 NM_003292 ENSG00000047410 TPR - translocated promoter region, nuclear basket protein protein-coding nan 5.344 4.623 4.538 5.743 2.312 2.500 2.282 4.413 1.349 3.587 3.112 0.799 0.957 6.756 3.788 4.636 0.285 4.744 2.179 2.841 2.076 3.651 1.489 3.786 3.427 3.202 1.760 3.846 1.720 4.116 5.827 3.759 12.282 2.006 4.089 0.918 4.694 0.200 0.998 2.145 3.225 4.136 1.999 3.321 1.225 3.782 2.934 2.768 2.192 2.429 2.734 3.788 6.385 5.376 3.786 2.140 1.650 1.280 2.834 1.645 1.572 5.042 2.178 1.811 2.333 1.571 8.066 8.428 13.571 18.889 12.387 10.867 8.642 4.446 21.793 22.684 7.956 8.105 8.372 10.347 7.114 8.517 7.670 15.265 6.493 6.779 7.523 8.526 3.657 1.570 3194 chr13 69987827 69993027 + 0 NA Intergenic Tigger3a|DNA|TcMar-Tigger 193949 NR_125752 103689913 Hs.585628 NR_125752 LINC00383 LINC00401 long intergenic non-protein coding RNA 383 ncRNA nan 0.903 0.528 0.014 0.069 0.010 0.054 0.123 0.298 0.078 0.017 0.036 0.039 0.018 0.295 0.028 0.153 0.021 0.012 0.061 0.048 0.047 0.014 0.014 0.014 0.013 0.095 0.085 0.027 0.300 0.042 0.030 0.043 0.070 0.167 0.054 0.012 0.015 0.021 0.088 0.295 0.047 0.064 0.033 0.015 0.178 0.047 0.022 0.020 1.221 0.541 9.234 3.318 0.399 0.345 nan 0.167 0.474 0.434 0.121 0.163 0.195 0.167 nan 0.255 0.623 0.493 0.024 0.030 0.337 nan 0.098 0.219 4917 chr17 62499092 62505028 + 0 NA promoter-TSS (NM_001316990) promoter-TSS (NM_001316990) 14 NM_001320597 1655 Hs.279806 NM_004396 ENSG00000108654 DDX5 G17P1|HLR1|HUMP68|p68 DEAD-box helicase 5 protein-coding 7.494 nan 5.106 3.020 6.987 2.035 3.564 4.819 8.212 1.723 5.294 2.550 1.483 1.682 4.407 4.431 4.608 0.517 4.815 1.492 2.673 3.545 3.971 1.722 5.670 3.090 3.783 1.923 3.201 1.879 7.740 11.170 4.860 14.023 2.785 4.464 1.522 5.956 0.167 3.042 3.169 3.802 3.029 1.341 3.326 1.924 3.905 4.405 5.292 4.356 2.686 3.190 4.431 9.050 2.267 5.670 2.763 3.087 1.213 5.270 3.046 3.702 2.391 2.212 4.352 2.881 1.844 9.537 10.470 8.160 10.955 12.071 10.897 8.452 5.154 24.737 25.025 4.246 nan 9.935 14.405 11.833 13.731 4.470 8.124 7.483 7.191 7.221 7.312 3.611 2.031 7827 chr3 129028010 129036853 + 0 NA Intergenic Intergenic -2683 NR_026991 339942 Hs.450096 NM_001025468 H1FX-AS1 C3orf47 H1FX antisense RNA 1 ncRNA 5.141 nan 3.476 2.198 2.683 3.205 3.230 3.122 5.833 0.777 2.022 0.832 0.084 0.565 4.090 4.050 2.312 0.274 0.993 0.452 1.587 1.486 2.320 1.291 4.076 1.267 1.412 1.568 1.987 0.744 1.196 3.227 1.160 5.260 0.677 1.370 0.731 1.526 0.076 0.799 2.603 1.280 1.307 0.879 0.881 0.641 0.839 0.902 2.351 3.753 1.287 1.794 4.050 1.719 1.142 4.076 0.316 0.801 0.916 5.593 1.676 0.760 1.533 1.338 0.933 0.710 0.426 2.721 3.894 3.497 4.577 6.697 5.619 7.441 3.074 3.118 3.153 2.654 nan 3.357 4.814 6.172 6.684 2.273 4.016 2.733 2.059 4.087 3.866 2.749 1.361 11142 chr8 98434676 98448468 + 0 NA intron (NR_125390, intron 1 of 2) L1PA5|LINE|L1 17153 NR_125390 101927066 Hs.732112 NR_125390 LOC101927066 - uncharacterized LOC101927066 ncRNA nan 0.951 1.442 0.047 0.353 0.020 0.122 0.232 0.489 0.007 0.116 0.093 0.093 0.136 0.546 0.452 0.127 0.061 0.032 0.020 0.102 0.059 0.167 0.040 0.016 0.026 0.094 0.023 0.049 0.102 0.052 0.790 0.021 0.177 0.200 0.055 0.072 0.171 0.069 0.194 0.066 0.046 0.016 0.039 0.042 0.471 0.425 0.082 0.407 0.087 0.546 0.053 0.189 0.167 0.027 0.116 0.050 0.064 2.739 0.319 0.716 0.291 0.016 0.772 0.605 0.270 0.191 0.512 nan 0.495 0.532 3.181 0.855 0.257 0.235 0.395 0.422 0.914 0.683 0.459 0.290 0.201 0.567 0.677 1.241 0.414 1.204 0.591 0.537 8963 chr5 67821449 67848362 + 0 NA Intergenic Intergenic 246509 NM_001242466 5295 Hs.132225 NM_181504 ENSG00000145675 PIK3R1 AGM7|GRB1|IMD36|p85|p85-ALPHA phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1 protein-coding 0.743 1.497 0.748 0.080 0.483 1.251 0.244 0.513 0.818 0.021 0.055 1.179 0.002 0.130 0.526 0.366 0.214 0.084 0.723 0.395 0.033 0.010 0.477 0.189 0.658 0.044 0.020 0.008 0.048 0.059 1.532 5.189 0.174 3.086 0.704 0.209 0.197 0.044 0.120 0.048 0.029 0.092 0.047 0.049 0.028 0.464 0.125 0.123 0.175 0.035 1.490 0.393 0.366 0.317 0.076 0.658 0.214 0.328 0.071 0.035 0.132 0.026 0.155 0.117 0.107 0.045 0.046 0.262 0.325 0.413 1.698 0.622 0.697 0.218 0.105 0.157 0.141 0.813 1.033 0.985 0.985 0.377 0.172 0.201 0.338 1.285 1.673 0.214 0.534 0.612 0.399 737 chr1 153668456 153684101 + 0 NA Intergenic AluJr4|SINE|Alu -14009 NR_107050 102466879 NR_107050 ENSG00000274940 MIR8083 hsa-mir-8083 microRNA 8083 ncRNA nan nan 0.919 0.165 0.055 0.031 2.354 0.327 0.439 0.231 0.140 0.778 0.027 0.058 0.129 0.443 0.149 0.223 0.885 0.582 0.064 0.097 0.120 0.221 0.285 0.568 0.356 0.491 0.096 0.241 0.638 1.932 0.105 0.608 0.140 5.045 0.067 0.174 0.139 0.030 0.350 0.668 0.552 0.289 0.070 0.063 1.252 0.173 0.526 0.272 0.111 5.373 0.443 1.342 0.076 0.285 0.141 0.668 0.037 1.152 0.207 1.064 0.080 0.196 0.034 0.029 0.023 0.332 0.391 0.564 1.005 0.519 nan 1.227 0.366 0.312 0.372 0.291 0.632 0.276 0.432 0.438 0.202 0.579 0.811 0.214 0.192 0.472 0.877 0.593 0.560 5284 chr18 40850238 40861020 + 0 NA intron (NM_020783, intron 1 of 3) intron (NM_020783, intron 1 of 3) 1986 NM_020783 6860 Hs.8059 NM_020783 ENSG00000132872 SYT4 HsT1192 synaptotagmin 4 protein-coding nan 0.821 1.112 0.052 6.607 0.217 0.026 0.891 1.828 0.032 0.051 0.002 1.076 0.751 1.842 0.034 0.030 0.039 0.035 1.031 0.758 1.355 0.013 0.047 0.030 0.023 0.007 3.690 0.013 0.036 0.607 0.006 0.081 0.011 0.581 0.043 0.017 0.015 0.020 0.007 0.045 0.047 0.015 0.025 0.022 0.013 1.842 0.005 0.008 1.355 0.046 0.038 0.477 0.005 2.877 0.007 0.009 0.275 0.008 0.011 0.793 0.700 0.101 0.248 4.142 4.563 7.098 3.716 0.081 0.052 2.610 2.993 6.909 7.857 2.984 2.619 0.030 0.097 3.571 3.285 1.384 nan 6.775 3.391 4338 chr16 33864818 33884305 + 0 NA Intergenic (GAATG)n|Satellite|Satellite 302717 NR_130772 104644205 Hs.742548 NR_130771 ENPP7P13 DUNQU1 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 7 pseudogene 13 pseudo 3.671 4.077 3.527 0.293 0.568 0.160 0.208 0.707 1.234 0.143 0.523 0.522 0.045 0.858 0.621 0.893 0.556 5.183 0.365 0.010 0.029 0.518 0.573 1.514 0.386 0.028 0.330 0.094 0.619 0.016 0.350 0.417 0.651 1.713 0.030 0.809 0.478 0.264 1.703 0.012 0.374 0.720 0.336 0.192 0.023 0.907 0.208 1.205 0.375 0.230 0.110 0.282 0.893 0.348 0.133 0.386 0.339 0.339 0.140 0.125 0.177 0.268 0.500 0.572 0.179 0.151 0.124 1.276 0.519 0.375 0.497 0.893 1.527 0.486 0.342 0.642 0.622 1.100 1.519 0.798 0.857 1.631 0.524 0.509 1.045 0.408 0.693 0.523 1.032 0.471 0.740 3037 chr12 125388768 125426483 + 0 NA Intergenic Intergenic 7532 NR_049820 100847004 NR_049820 ENSG00000265345 MIR5188 mir-5188 microRNA 5188 ncRNA 2.350 2.602 1.924 3.775 1.513 2.396 3.665 1.804 3.197 1.927 2.154 2.166 2.883 1.001 2.475 1.954 1.566 0.368 3.277 1.104 3.803 1.838 1.277 0.935 1.870 3.115 3.333 1.106 4.201 2.620 3.472 5.873 2.305 5.992 1.915 5.351 0.383 3.568 0.172 1.360 0.757 4.485 3.243 1.290 3.409 2.643 2.797 2.874 4.999 3.639 2.286 3.017 1.954 3.307 6.491 1.870 2.195 1.566 0.462 4.248 1.913 1.967 1.750 1.053 1.986 1.839 1.630 2.381 3.677 2.263 3.415 3.747 3.690 nan 2.626 4.333 4.581 2.256 2.956 4.381 7.055 2.991 2.897 1.910 3.563 2.237 2.725 2.238 3.852 2.689 1.501 5099 chr17_gl000205_random 32337 39946 + 0 NA Intergenic L1M3a|LINE|L1 -80482 NR_003682 403340 Hs.572501 NR_003682 MGC70870 - C-terminal binding protein 2 pseudogene pseudo nan 1.362 4.233 1.766 2.686 1.220 1.418 1.055 1.878 0.175 1.798 1.693 0.174 0.902 1.159 2.036 1.031 0.294 0.516 0.157 1.162 2.077 1.521 0.991 2.448 0.462 0.512 1.119 1.555 1.277 0.586 1.483 0.379 4.097 0.308 3.101 0.591 1.387 0.147 0.487 2.236 3.951 9.445 6.409 0.516 1.520 1.445 1.318 2.049 1.703 1.682 1.304 2.036 0.663 0.304 2.448 1.404 0.510 1.215 1.049 1.201 2.066 1.679 1.822 1.282 1.234 0.952 2.756 2.434 nan nan 2.480 2.454 5.122 1.818 5.292 5.943 2.578 3.553 0.900 1.234 nan 6.736 2.176 3.686 1.569 1.986 5.658 5.107 2.280 1.306 7161 chr21 29298306 29340151 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -66454 NR_027246 246705 Hs.505079 NM_145180 ENSG00000178457 LINC00314 C21orf94|NCRNA00314 long intergenic non-protein coding RNA 314 ncRNA 0.607 0.581 0.615 0.077 0.118 0.025 0.090 0.111 0.193 0.009 0.061 0.165 0.049 0.028 0.058 0.153 0.295 0.074 0.158 0.084 0.012 4.983 0.057 0.077 0.046 0.015 0.009 0.022 0.097 0.079 0.036 0.034 0.301 0.288 0.072 0.036 0.030 0.023 0.082 0.090 0.031 0.070 0.024 0.024 0.094 0.022 0.067 0.110 0.018 0.027 0.008 0.025 0.153 0.089 0.022 0.046 0.061 0.020 0.024 0.033 0.034 0.019 0.021 0.024 0.046 0.011 0.006 0.390 0.249 0.848 0.357 0.186 0.242 0.114 0.046 0.215 0.199 0.681 0.905 0.189 0.197 0.442 0.159 0.097 0.138 0.054 0.062 0.092 nan 0.509 0.548 9531 chr6 27438975 27453112 + 0 NA Intergenic Intergenic -5146 NR_144687 7738 Hs.158174 NM_007149 ENSG00000096654 ZNF184 kr-ZNF3 zinc finger protein 184 protein-coding 2.374 1.940 nan 1.169 2.128 0.464 0.992 1.024 1.893 0.381 1.178 0.859 0.635 0.424 0.972 1.035 1.426 0.253 1.860 0.467 2.209 0.984 0.993 0.664 1.845 0.994 0.832 0.297 1.140 0.396 0.994 1.913 1.383 nan 0.693 0.868 0.447 2.084 0.165 0.427 0.648 1.975 0.930 0.521 0.531 0.629 1.493 0.902 1.170 3.503 1.307 0.751 1.035 2.623 2.268 1.845 0.392 0.565 0.403 2.219 0.960 0.905 0.535 1.001 0.599 0.656 0.514 1.134 1.234 2.148 nan 2.853 1.990 nan 1.478 2.659 3.001 1.330 1.735 2.270 2.949 2.079 1.886 0.623 1.192 2.927 2.500 1.640 3.906 1.677 0.869 7465 chr22 46066503 46096106 + 0 NA intron (NM_001167621, intron 1 of 10) intron (NM_001167621, intron 1 of 10) 13626 NM_013236 25814 Hs.475125 NM_013236 ENSG00000130638 ATXN10 E46L|HUMEEP|SCA10 ataxin 10 protein-coding 1.395 0.810 nan 2.762 0.507 0.218 1.333 0.455 0.826 1.156 2.445 1.585 1.696 0.161 0.388 0.692 0.758 0.185 1.761 0.659 3.744 0.150 0.335 0.197 0.781 1.583 1.375 0.603 2.680 0.727 0.847 1.292 2.803 1.014 0.340 0.613 0.177 0.816 0.147 0.601 0.270 3.018 0.802 0.382 1.143 0.493 4.392 1.514 2.072 0.524 0.330 0.897 0.692 1.014 0.603 0.781 0.405 3.436 0.167 1.016 0.475 1.949 0.232 0.328 0.675 0.827 0.578 0.953 0.869 1.900 5.391 1.036 1.023 0.899 0.438 1.988 2.076 1.076 1.524 0.948 1.578 1.314 1.159 0.662 0.810 0.691 1.265 0.794 0.801 0.793 0.601 5366 chr18 55433753 55471911 + 0 NA intron (NM_005603, intron 1 of 27) AluSz|SINE|Alu 17715 NM_005603 5205 Hs.216623 NM_005603 ENSG00000081923 ATP8B1 ATPIC|BRIC|FIC1|ICP1|PFIC|PFIC1 ATPase phospholipid transporting 8B1 protein-coding nan 1.336 1.493 1.245 1.079 0.408 0.693 0.858 1.677 0.922 0.735 2.013 0.614 1.107 0.288 0.939 1.248 0.207 0.511 0.264 0.182 0.014 0.485 0.269 2.196 0.829 0.502 0.657 0.301 0.324 0.756 2.517 0.514 1.173 0.320 0.127 0.283 0.057 0.090 0.221 0.166 0.403 0.158 0.086 1.410 0.452 2.518 0.312 1.243 0.350 0.695 0.929 0.939 0.332 0.080 2.196 0.492 0.476 0.086 0.132 1.613 0.968 0.204 0.113 0.272 0.029 0.023 0.719 0.797 1.025 2.271 1.248 1.327 6.130 2.080 1.725 1.979 0.365 0.565 1.851 2.603 0.560 0.505 0.405 0.750 1.880 2.414 0.231 0.480 nan 1.699 3830 chr14 104089399 104100147 + 0 NA promoter-TSS (NM_182923) promoter-TSS (NM_182923) -752 NM_001130107 3831 Hs.20107 NM_005552 ENSG00000126214 KLC1 KLC|KNS2|KNS2A kinesin light chain 1 protein-coding 4.466 2.092 3.415 2.624 3.392 2.283 2.749 1.001 1.908 1.013 2.271 1.339 0.791 1.610 2.568 3.061 1.663 0.511 0.909 0.457 3.001 0.902 1.501 0.791 2.957 5.277 6.220 0.902 2.743 2.498 3.033 4.996 2.948 3.563 1.637 2.729 0.459 1.845 0.165 2.055 1.089 3.838 4.878 2.199 1.738 1.112 4.043 2.082 3.771 7.133 1.109 3.837 3.061 1.752 2.999 2.957 1.981 1.531 0.739 2.609 2.408 1.697 0.311 0.451 2.493 0.986 0.686 2.061 1.977 2.645 3.888 4.943 4.113 8.061 3.201 2.977 3.205 1.705 2.329 6.162 6.296 4.113 4.185 1.805 2.274 2.330 2.702 1.979 2.262 3.676 1.834 6131 chr2 55361075 55369746 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321904) promoter-TSS (NM_001321904) -443 NM_001321904 57142 Hs.637850 NM_007008 ENSG00000115310 RTN4 ASY|NI220/250|NOGO|NSP|NSP-CL|Nbla00271|Nbla10545|RTN-X|RTN4-A|RTN4-B1|RTN4-B2|RTN4-C reticulon 4 protein-coding 1.216 nan 1.211 0.119 0.302 0.182 0.614 4.045 7.696 0.250 0.342 0.021 0.037 0.492 0.675 0.765 0.149 0.345 0.152 0.074 0.048 0.380 0.217 0.415 1.445 0.737 0.088 0.181 0.101 0.309 2.078 0.171 1.000 0.140 0.179 0.022 0.125 0.108 0.068 0.183 0.223 0.055 0.025 0.219 0.088 0.309 0.486 0.600 0.329 0.222 0.628 0.675 0.271 0.101 0.415 0.113 0.029 0.089 0.148 0.175 0.055 6.623 0.229 0.069 0.013 0.024 4.861 5.170 2.062 2.197 0.433 0.493 2.076 0.617 0.456 0.543 0.346 0.600 0.747 0.651 0.671 0.282 4.385 7.218 0.235 0.401 0.510 1.023 0.589 0.496 9934 chr6 134565830 134641773 + 0 NA intron (NM_001143676, intron 1 of 13) AluSz|SINE|Alu 35395 NM_001143676 6446 Hs.510078 NM_005627 ENSG00000118515 SGK1 SGK serum/glucocorticoid regulated kinase 1 protein-coding 0.765 0.981 1.089 0.066 0.295 0.216 0.156 0.207 0.316 0.051 0.139 0.472 0.015 0.025 0.097 0.491 0.371 0.108 0.277 0.195 0.085 0.024 0.068 0.076 0.176 0.093 0.037 1.052 0.081 0.037 0.102 0.584 0.149 0.730 0.044 0.137 0.017 4.076 0.217 0.022 0.171 0.330 0.115 0.077 0.313 0.122 0.284 0.166 0.384 0.203 0.031 0.110 0.491 0.096 0.030 0.176 0.052 0.060 0.093 0.500 0.102 0.108 0.040 0.083 0.037 0.030 0.022 0.396 0.288 0.310 0.759 0.532 0.589 nan 0.334 0.257 0.272 0.424 0.664 0.347 0.350 0.617 0.263 0.144 0.256 0.102 0.107 0.309 nan 0.366 0.337 220 chr1 31533865 31544693 + 0 NA promoter-TSS (NM_014676) promoter-TSS (NM_014676) -715 NM_014676 9698 Hs.281707 NM_014676 ENSG00000134644 PUM1 HSPUM|PUMH|PUMH1|PUML1 pumilio RNA binding family member 1 protein-coding 3.302 nan 3.581 2.876 3.122 1.661 0.935 1.129 2.532 0.608 1.325 0.775 1.013 0.727 1.302 1.674 0.726 0.074 1.230 0.491 0.893 1.217 1.322 0.930 5.087 0.972 0.998 0.672 1.376 0.614 1.898 3.430 1.279 4.331 0.607 1.018 0.326 1.949 0.187 0.425 1.388 2.118 0.934 0.420 0.992 0.685 1.284 1.037 1.208 1.299 0.474 1.055 1.674 1.139 1.277 5.087 0.383 0.835 0.558 1.552 1.154 0.722 2.467 0.953 0.512 0.840 0.517 2.665 2.802 3.703 5.062 5.406 5.463 nan 1.639 8.208 8.389 2.814 3.830 3.079 5.237 nan 3.674 5.422 8.502 2.310 2.311 4.357 4.656 2.040 nan 7283 chr21 47736285 47748164 + 0 NA intron (NM_001286477, intron 1 of 7) intron (NM_001286477, intron 1 of 7) -1485 NM_001286462 54058 Hs.236572 NM_058180 ENSG00000160298 C21orf58 - chromosome 21 open reading frame 58 protein-coding nan 2.645 6.579 1.626 3.925 3.189 2.794 1.918 3.443 0.798 1.804 0.882 1.070 0.702 5.194 2.554 1.221 0.263 1.970 0.832 1.706 1.260 1.655 0.610 4.653 1.071 1.428 1.740 1.682 0.871 1.436 3.754 2.321 9.294 1.106 1.921 0.677 2.086 0.114 1.522 2.543 3.527 1.618 0.888 1.225 0.833 2.168 2.459 1.537 2.833 1.555 1.653 2.554 3.792 2.448 4.653 1.320 0.975 1.104 2.778 1.349 1.156 1.433 1.062 1.214 1.081 0.585 4.343 4.613 4.738 5.693 6.230 6.282 nan 2.037 6.193 5.720 2.805 nan 4.413 7.548 5.398 5.976 2.304 3.935 2.442 2.767 4.527 3.431 3.139 1.853 8592 chr4 151952361 151968337 + 0 NA Intergenic MER41B|LTR|ERV1 -23700 NM_006726 987 Hs.480938 NM_006726 ENSG00000198589 LRBA BGL|CDC4L|CVID8|LAB300|LBA LPS responsive beige-like anchor protein protein-coding nan 1.032 0.821 0.209 2.979 0.620 0.382 1.426 2.648 0.054 0.238 0.157 0.175 0.230 0.501 0.154 0.119 0.130 0.208 0.130 0.039 0.026 0.611 0.380 5.350 0.333 0.166 0.027 0.068 0.092 0.197 1.126 0.300 1.715 0.128 0.090 0.091 0.047 0.093 0.066 0.605 0.467 0.215 0.152 0.172 0.073 0.497 0.253 0.117 0.151 0.034 0.258 0.154 0.359 0.064 5.350 0.191 0.192 0.025 0.022 0.132 0.061 0.279 0.069 0.038 0.040 0.012 0.208 0.151 0.294 0.466 2.889 3.047 2.763 1.103 1.004 1.192 0.190 0.338 3.164 3.959 0.359 0.150 0.320 0.631 0.614 0.296 0.264 0.452 1.159 0.648 9492 chr6 21100891 21118284 + 0 NA intron (NM_017774, intron 13 of 15) intron (NM_017774, intron 13 of 15) 402536 NR_103790 100874531 Hs.112750 NR_103790 ENSG00000280989 LINC00581 linc-MBOAT1-4 long intergenic non-protein coding RNA 581 ncRNA 1.254 1.447 nan 0.273 1.491 1.135 0.851 0.866 1.781 0.038 0.239 0.862 0.046 0.052 0.646 0.548 0.534 0.120 1.079 0.219 0.271 0.430 0.675 0.607 1.984 0.912 0.281 0.047 0.566 0.263 3.318 5.587 3.712 nan 1.310 0.056 0.490 0.169 0.085 0.351 0.087 0.159 0.136 0.112 0.484 0.230 0.278 0.213 0.075 0.201 0.059 0.158 0.548 0.427 0.114 1.984 0.351 0.315 0.039 0.125 0.192 0.711 0.102 0.235 0.425 0.772 0.997 0.481 0.359 0.623 nan 0.741 1.203 nan 0.428 0.682 0.734 1.031 1.349 1.587 1.230 0.616 0.346 0.175 0.356 1.482 2.234 0.379 0.972 2.427 0.995 6065 chr2 44768688 44778398 + 0 NA intron (NM_024766, intron 3 of 10) intron (NM_024766, intron 3 of 10) 184500 NM_024766 79823 Hs.468349 NM_024766 ENSG00000143919 CAMKMT C2orf34|CLNMT|CaM KMT|Cam|KMT calmodulin-lysine N-methyltransferase protein-coding 1.262 nan 1.711 0.152 0.099 0.338 0.335 0.231 0.465 0.924 0.355 0.396 0.013 0.053 0.882 5.240 1.176 0.184 0.110 0.098 0.930 1.040 0.504 1.022 0.103 0.029 0.113 0.182 0.111 0.096 nan 0.109 1.500 0.142 0.163 1.416 0.055 0.150 0.325 0.114 3.482 0.099 0.129 0.175 0.095 2.107 0.309 0.176 0.071 1.556 0.210 5.240 0.155 0.057 1.022 0.113 0.250 0.029 0.946 0.053 1.362 0.093 0.104 0.652 0.047 0.036 0.329 0.261 0.360 1.430 nan 2.304 4.592 2.174 0.445 0.440 0.589 0.715 0.338 0.367 0.590 0.246 0.253 0.343 3.614 4.926 0.518 nan nan 0.662 6882 chr20 20888120 20894212 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 195833 NR_147212 105372556 Hs.371339 NR_147212 ENSG00000225127 LINC00237 NCRNA00237 long intergenic non-protein coding RNA 237 ncRNA 0.619 0.994 nan 0.024 1.329 0.044 0.023 0.509 1.139 0.051 0.046 0.081 0.032 0.116 0.504 0.070 0.214 0.017 0.042 1.434 0.785 6.761 0.034 0.044 0.040 0.056 0.115 0.640 0.024 0.062 0.016 0.018 0.090 0.171 0.105 0.049 0.013 0.035 0.038 0.032 0.163 0.040 0.046 0.039 0.022 0.504 0.048 6.761 0.020 0.054 0.047 0.094 0.067 0.039 0.009 0.062 0.038 0.009 0.017 0.558 0.546 0.199 0.306 0.973 0.923 8.816 5.678 0.256 0.269 0.207 0.344 0.581 0.869 0.471 0.193 0.196 0.250 0.418 0.346 0.092 0.145 3.432 1.448 5386 chr18 57546889 57551183 + 0 NA Intergenic Intergenic -18156 NM_021127 5366 Hs.96 NM_021127 ENSG00000141682 PMAIP1 APR|NOXA phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 protein-coding nan 1.543 0.729 0.667 3.333 0.067 2.732 0.411 0.890 0.199 0.419 2.039 0.014 1.619 0.144 1.923 0.260 0.059 1.671 0.737 0.116 0.403 0.152 0.099 1.454 1.140 0.035 1.222 2.662 1.331 3.377 0.889 0.788 1.262 0.190 0.459 0.051 0.095 1.345 0.150 0.085 0.168 0.055 1.985 2.198 2.735 3.063 1.807 0.203 0.036 0.749 1.923 0.812 0.111 0.099 1.279 0.098 0.068 0.067 1.734 0.516 0.092 0.087 1.391 0.191 0.094 0.580 0.212 1.776 1.423 0.569 0.830 15.991 4.320 0.792 1.041 0.214 0.283 7.341 8.016 0.280 0.107 0.287 0.276 4.871 5.810 0.256 0.322 nan 3.288 11076 chr8 81109798 81125018 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -33514 NM_001287144 7163 Hs.368433 NM_005079 ENSG00000076554 TPD52 D52|N8L|PC-1|PrLZ|hD52 tumor protein D52 protein-coding 1.645 nan nan 0.063 1.236 0.851 0.144 0.792 1.859 0.032 0.107 0.181 0.021 2.514 0.315 0.320 0.305 0.138 0.166 0.038 0.321 0.009 0.411 0.323 0.717 0.074 0.033 0.132 0.089 0.021 0.223 0.519 0.164 1.075 0.110 0.043 0.125 0.150 0.090 0.008 1.014 0.127 0.059 0.007 0.079 0.190 0.240 0.169 0.257 0.199 0.057 0.151 0.320 0.116 0.433 0.717 0.040 0.094 0.037 0.046 1.710 0.094 0.120 0.087 0.025 0.026 0.020 0.746 0.745 0.369 0.703 0.835 1.175 6.370 2.071 0.251 0.250 1.494 1.911 nan 3.478 1.180 1.241 0.214 0.450 0.750 0.635 0.604 1.025 3.832 1.976 7460 chr22 45105685 45112697 + 0 NA intron (NM_001017528, intron 2 of 8) intron (NM_001017528, intron 2 of 8) 11113 NM_181333 55615 Hs.102336 NM_015366 ENSG00000186654 PRR5 FLJ20185k|PP610|PROTOR-1|PROTOR1 proline rich 5 protein-coding 1.055 nan 1.187 0.112 0.371 0.362 0.132 0.237 0.329 0.027 0.087 0.079 0.036 0.028 0.594 0.215 0.075 0.115 0.125 0.055 0.062 0.059 0.312 0.153 0.443 0.089 0.021 0.076 0.067 0.030 0.286 1.260 0.131 0.847 0.008 0.139 0.041 0.263 0.067 0.017 0.068 0.144 0.035 0.034 0.031 0.122 0.192 0.124 0.421 0.080 0.022 0.323 0.215 0.266 0.082 0.443 0.243 0.130 0.138 0.144 4.636 0.252 0.043 0.069 0.043 0.033 0.507 0.541 0.352 0.456 0.622 0.569 2.731 0.936 3.196 3.109 0.070 nan 3.027 2.992 nan 0.515 0.365 0.496 0.389 0.334 0.262 0.463 1.336 1.088 10182 chr7 14530061 14536245 + 0 NA intron (NM_001350718, intron 19 of 24) Tigger7|DNA|TcMar-Tigger 347922 NM_145695 1607 Hs.567255 NM_004080 ENSG00000136267 DGKB DAGK2|DGK|DGK-BETA diacylglycerol kinase beta protein-coding nan 0.896 nan 0.063 0.071 0.116 0.011 0.077 0.229 0.090 0.025 0.017 0.042 0.123 0.096 0.061 0.030 0.072 0.245 0.176 0.136 0.023 0.132 0.063 0.032 0.125 0.280 0.044 0.053 0.124 0.019 0.091 0.026 0.007 0.036 0.093 0.048 0.026 0.023 0.013 0.032 0.123 0.035 0.030 0.136 0.012 0.022 0.031 0.010 0.090 0.032 0.117 0.024 0.008 0.025 nan 0.317 8.225 1.981 0.421 0.558 0.284 0.096 1.208 1.204 1.145 1.146 0.350 0.327 0.208 0.079 0.077 0.148 0.116 0.107 0.229 0.379 0.421 0.317 8386 chr4 56035213 56051942 + 0 NA Intergenic AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -51815 NM_002253 3791 Hs.479756 NM_002253 ENSG00000128052 KDR CD309|FLK1|VEGFR|VEGFR2 kinase insert domain receptor protein-coding nan 0.558 0.412 1.172 0.163 0.027 2.242 0.155 0.211 0.080 0.418 2.803 0.022 0.074 0.101 0.382 0.284 0.048 2.591 1.148 0.030 0.017 0.038 0.140 0.128 1.310 0.860 0.079 3.155 2.261 0.863 2.704 1.852 0.297 2.035 0.404 0.022 0.033 0.092 2.295 0.033 1.952 5.360 2.002 3.291 1.883 0.334 3.275 0.073 0.314 0.179 0.650 0.382 2.277 0.829 0.128 0.573 0.110 0.012 0.409 0.061 1.588 0.024 0.059 0.945 0.103 0.055 0.360 0.167 0.385 0.813 0.269 0.229 0.254 0.116 0.308 0.245 0.152 0.354 0.522 0.580 0.328 0.126 0.138 0.194 0.034 0.067 0.090 0.156 0.979 1.091 4612 chr17 16281254 16291645 + 0 NA TTS (NM_018955) TTS (NM_018955) 1670 NM_001281717 7314 Hs.356190 NM_018955 ENSG00000170315 UBB HEL-S-50 ubiquitin B protein-coding 2.238 1.585 1.695 0.736 1.267 0.792 1.193 1.747 3.235 0.771 1.232 1.712 1.601 0.664 1.118 1.640 0.854 0.278 2.159 0.920 1.872 0.613 0.817 0.465 2.586 1.176 1.019 0.556 0.952 0.325 1.240 2.527 1.423 5.308 1.013 2.458 0.301 1.430 0.082 0.524 1.091 4.284 2.525 1.284 1.026 1.185 1.348 1.950 3.886 4.800 1.138 1.535 1.640 3.139 3.450 2.586 1.213 0.862 0.479 4.800 5.158 2.395 0.801 0.306 0.723 1.907 1.250 3.225 3.241 3.621 nan 3.431 3.504 3.150 1.724 4.599 4.767 1.783 2.226 3.627 5.258 nan 5.922 2.629 4.524 1.766 2.307 0.771 1.134 1.282 0.856 4170 chr16 690550 700101 + 0 NA intron (NR_138611, intron 1 of 3) AluSx1|SINE|Alu 2271 NR_138611 84331 Hs.706105 NM_032371 ENSG00000172366 MCRIP2 C16orf14|FAM195A|c349E10.1 MAPK regulated corepressor interacting protein 2 protein-coding 2.488 nan 2.131 2.997 3.182 1.828 2.792 0.908 2.201 0.452 6.033 1.192 0.234 1.166 5.711 2.910 0.869 0.150 3.319 0.716 2.755 0.272 1.782 0.679 2.621 1.541 2.098 1.926 3.256 0.688 5.184 10.619 2.384 5.524 1.017 3.828 0.817 1.121 0.069 0.650 0.568 1.841 0.554 0.471 1.293 1.711 3.285 0.346 3.335 2.520 4.390 2.560 2.910 5.232 2.427 2.621 1.481 1.135 1.694 4.973 1.887 3.258 0.759 0.679 0.560 1.297 0.915 3.112 3.268 1.626 2.521 2.392 2.590 nan 2.489 4.755 5.016 2.215 nan 3.156 4.809 2.955 3.136 1.550 2.650 4.188 4.142 1.940 2.022 2.015 1.207 8541 chr4 129473341 129498384 + 0 NA Intergenic LTR81C|LTR|Gypsy 136691 NR_125882 100507487 Hs.549644 NR_125882 ENSG00000251432 LOC100507487 - uncharacterized LOC100507487 ncRNA 1.006 2.096 nan 1.386 0.806 0.494 1.072 0.295 0.635 0.201 0.488 1.643 0.170 0.279 0.475 0.342 1.174 0.109 0.401 0.257 2.144 0.032 0.379 0.194 0.443 0.961 0.597 0.212 0.685 0.783 0.436 1.220 0.607 0.971 0.452 1.123 0.137 0.065 0.081 0.698 0.137 0.361 0.298 0.162 0.609 0.674 0.295 3.400 1.918 0.336 2.699 0.759 0.342 0.312 0.899 0.443 0.234 0.263 0.050 0.104 0.449 0.575 0.149 0.217 0.183 0.915 0.683 0.233 0.126 0.513 0.746 0.953 1.020 0.391 0.139 0.165 0.128 0.512 0.756 1.111 1.470 1.038 0.774 0.402 0.439 0.779 0.856 0.554 1.019 0.812 0.568 4017 chr15 67219547 67229170 + 0 NA intron (NR_135687, intron 2 of 2) intron (NR_135687, intron 2 of 2) 24495 NR_135687 102723481 Hs.512978 NR_135687 ENSG00000259289 LINC02206 - long intergenic non-protein coding RNA 2206 ncRNA 1.023 0.978 nan 0.784 0.055 0.023 2.262 0.150 0.212 1.376 0.670 1.109 0.444 0.415 0.074 0.205 0.958 0.251 1.493 1.043 5.540 0.043 0.113 0.093 0.084 0.923 0.535 0.718 0.823 1.621 1.424 4.389 1.339 0.490 2.013 1.952 0.019 0.114 0.047 0.600 0.099 0.260 0.193 0.106 0.807 0.814 1.761 0.376 3.985 0.226 3.762 3.632 0.205 1.023 1.611 0.084 2.532 4.262 0.063 0.573 0.212 0.305 0.072 0.144 0.579 0.036 0.031 0.264 0.218 0.584 2.251 0.226 0.254 nan 0.169 0.166 0.131 0.279 0.524 0.240 0.379 0.982 0.889 0.363 0.368 0.218 0.311 0.194 0.400 0.416 0.385 7921 chr3 151982676 151991734 + 0 NA intron (NM_001314057, intron 1 of 11) CpG-19061 210 NR_027038 401093 Hs.725347 NR_027037 ENSG00000229619 MBNL1-AS1 - MBNL1 antisense RNA 1 ncRNA nan 3.078 1.845 6.861 3.375 2.695 6.862 1.330 2.536 1.339 3.430 2.982 4.564 0.884 2.465 2.405 6.154 0.446 2.540 1.128 3.043 1.027 2.360 1.391 2.775 3.769 4.701 1.388 7.547 2.845 2.066 3.958 4.760 3.886 1.307 3.106 0.198 1.461 0.084 1.832 2.229 4.256 3.181 1.305 4.581 2.542 2.531 3.462 3.155 3.589 1.360 3.431 2.405 2.841 7.300 2.775 1.481 2.296 0.843 3.425 1.109 3.483 2.984 0.733 2.034 0.903 0.674 2.908 3.857 4.459 6.857 5.135 4.521 5.527 2.549 5.053 4.959 4.130 nan 3.948 5.641 3.782 3.676 3.517 6.825 1.258 0.930 1.727 1.763 2.051 1.272 10734 chr7 149569857 149577826 + 0 NA intron (NM_001100592, intron 2 of 2) Charlie2a|DNA|hAT-Charlie -2890 NR_027040 401431 Hs.556998 NM_001008745 ENSG00000204934 ATP6V0E2-AS1 - ATP6V0E2 antisense RNA 1 ncRNA 3.601 1.435 4.520 0.976 1.525 1.446 0.158 0.768 1.617 0.202 0.786 0.959 0.421 0.837 2.063 1.994 0.609 0.082 1.052 0.276 0.638 0.508 1.563 0.832 2.305 0.513 0.385 0.678 0.701 0.238 0.608 0.548 1.084 3.669 0.227 1.239 0.364 0.913 0.104 0.430 0.947 1.197 0.949 0.486 0.490 0.317 0.482 0.565 0.721 1.164 1.378 0.308 1.994 1.921 1.359 2.305 0.338 0.468 1.886 2.296 1.051 0.655 1.123 0.656 0.258 0.835 0.489 3.038 4.565 4.017 3.664 3.208 2.339 3.259 1.283 2.372 2.483 2.613 3.696 2.125 3.131 4.015 4.467 1.905 3.111 2.340 1.789 1.629 2.127 2.459 nan 8954 chr5 65152345 65175490 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -58465 NM_001253701 55914 Hs.591774 NM_018695 ENSG00000112851 ERBIN ERBB2IP|HEL-S-78|LAP2 erbb2 interacting protein protein-coding 0.648 1.184 0.552 2.424 0.158 0.050 3.684 0.194 0.308 0.128 0.970 1.124 1.715 0.013 0.058 0.182 0.625 0.181 1.211 0.728 2.784 0.012 0.082 0.087 0.041 3.163 1.910 0.553 2.323 3.042 0.166 0.396 0.884 0.214 0.701 0.135 0.036 0.094 0.131 0.360 0.051 4.285 1.191 0.634 1.798 1.383 1.284 1.135 0.120 1.054 0.045 0.523 0.182 1.138 1.269 0.041 0.100 0.097 0.012 0.258 0.018 0.740 0.073 0.086 0.391 0.956 0.577 0.176 0.181 0.408 1.331 0.272 0.305 0.316 0.134 0.128 0.152 0.252 0.435 0.231 0.233 0.359 0.186 0.069 0.151 0.123 0.188 0.219 0.438 0.336 0.311 11101 chr8 91329763 91339110 + 0 NA intron (NR_051989, intron 2 of 3) intron (NR_051989, intron 2 of 3) 100720 NR_051989 100874052 Hs.571514 NR_051989 ENSG00000253394 LINC00534 - long intergenic non-protein coding RNA 534 ncRNA nan 2.592 2.700 0.032 2.435 0.402 0.106 0.068 0.380 0.010 0.174 0.068 0.039 0.124 0.440 4.106 0.206 0.034 0.225 0.103 0.027 0.045 0.351 0.135 0.090 0.007 0.016 0.024 0.059 0.055 0.076 0.105 0.097 4.380 0.172 0.042 2.264 0.006 0.069 0.012 0.559 0.029 0.058 0.042 0.059 0.017 0.163 0.129 0.087 0.122 0.051 0.171 4.106 0.192 0.010 0.090 0.065 0.035 0.032 0.043 0.512 0.373 0.021 2.101 0.016 0.025 0.005 0.228 0.155 0.264 nan 2.200 1.953 2.972 1.041 0.243 0.243 0.179 0.280 6.433 7.221 1.078 0.768 0.077 0.200 6.299 7.655 1.116 3.540 1.408 0.923 6814 chr20 5807862 5818993 + 0 NA intron (NM_001303478, intron 3 of 3) L1PA12|LINE|L1 -78547 NM_001819 1114 Hs.516874 NM_001819 ENSG00000089199 CHGB SCG1 chromogranin B protein-coding 1.995 1.537 2.114 0.052 0.134 0.010 0.159 0.160 0.480 0.026 0.118 0.143 0.005 0.258 0.169 0.374 0.114 0.029 0.125 0.051 0.017 0.012 0.492 0.203 0.140 0.318 0.158 0.029 0.079 0.028 0.431 2.710 0.357 0.422 0.454 0.110 0.505 0.039 0.087 0.138 0.043 0.124 0.038 0.049 0.186 0.146 0.119 0.108 0.601 0.180 0.228 0.457 0.374 0.121 0.196 0.140 0.177 0.121 0.977 0.058 2.621 0.517 0.304 0.301 0.054 0.036 0.014 0.895 1.260 0.210 0.326 0.392 0.464 1.007 0.434 0.244 0.229 3.901 4.494 0.706 0.685 1.420 1.073 0.390 0.462 1.888 1.348 1.228 2.163 1.242 0.859 8261 chr4 10107000 10126364 + 0 NA intron (NM_017491, intron 2 of 14) intron (NM_017491, intron 2 of 14) 1891 NM_005112 9948 Hs.128548 NM_005112 ENSG00000071127 WDR1 AIP1|HEL-S-52|NORI-1 WD repeat domain 1 protein-coding nan nan nan 0.865 1.199 0.531 1.982 0.308 0.554 0.321 1.527 0.617 1.018 0.340 0.871 1.016 0.615 0.100 1.814 0.771 0.550 0.229 0.578 0.343 0.881 0.935 0.989 0.858 1.232 0.530 0.847 1.274 1.098 2.109 0.747 0.217 0.106 0.586 0.036 0.806 0.361 3.155 1.219 0.527 0.607 0.672 0.942 1.906 0.690 1.799 0.492 0.444 1.016 3.644 1.360 0.881 0.328 0.424 0.125 1.572 0.288 0.627 0.141 0.530 1.088 0.657 0.297 0.737 0.787 1.200 2.049 1.138 1.169 1.413 0.550 2.946 2.978 0.619 0.818 1.077 1.295 0.746 0.507 0.425 0.968 0.376 0.330 0.566 1.003 nan 0.707 5253 chr18 32816384 32822851 + 0 NA Intergenic MLT1H|LTR|ERVL-MaLR -1377 NM_032347 84307 Hs.591061 NM_032347 ENSG00000186812 ZNF397 ZNF47|ZSCAN15 zinc finger protein 397 protein-coding nan 2.707 2.656 1.158 3.513 2.074 1.051 3.101 5.181 0.149 1.853 1.371 0.940 1.559 1.421 5.500 1.615 0.332 0.935 0.411 1.110 1.759 1.332 0.670 6.032 0.860 0.683 0.011 0.747 0.701 1.929 1.796 1.047 5.762 0.610 1.559 0.724 1.712 0.132 0.529 1.231 1.640 2.042 0.823 1.079 0.615 1.303 2.925 0.982 1.546 1.351 1.089 5.500 0.907 0.872 6.032 0.641 0.347 0.658 1.357 1.575 0.729 0.624 1.236 0.975 0.935 0.556 4.457 4.028 3.222 4.958 7.266 6.370 7.301 3.884 4.336 4.087 1.991 2.273 nan 12.289 4.225 4.499 0.883 2.055 4.501 4.606 3.431 3.245 6.243 3.161 5269 chr18 38713043 38733020 + 0 NA Intergenic Intergenic 377610 NR_002838 641516 Hs.116612 NR_002838 ENSG00000267313 KC6 - keratoconus gene 6 ncRNA nan 0.807 0.776 0.046 0.139 0.103 0.011 5.189 9.808 0.024 0.107 0.175 0.012 0.120 0.198 2.110 0.097 0.064 0.053 0.019 0.006 0.361 0.093 0.113 0.067 0.010 0.022 0.008 0.023 0.005 0.040 0.032 0.053 0.420 0.022 0.043 0.072 0.039 0.069 0.006 0.242 0.055 0.012 0.012 0.038 0.008 0.058 0.071 0.008 0.018 0.008 0.044 2.110 0.039 0.009 0.067 0.012 0.020 0.059 0.020 0.051 0.016 0.074 0.031 0.015 0.009 0.010 0.315 0.237 0.588 1.042 0.630 0.654 6.068 1.889 0.097 0.094 0.364 0.585 nan 0.452 0.375 0.132 0.103 0.259 0.614 0.915 0.294 0.656 1.422 1.253 6483 chr2 172914181 172972082 + 0 NA intron (NM_199227, intron 7 of 9) intron (NM_199227, intron 7 of 9) -7077 NM_178120 1745 Hs.407015 NM_178120 ENSG00000144355 DLX1 - distal-less homeobox 1 protein-coding 1.357 0.911 1.086 0.165 1.014 0.188 0.455 6.227 12.061 0.615 0.850 0.953 0.168 0.173 0.137 2.185 0.953 0.178 0.316 0.223 0.432 2.097 0.509 0.375 0.971 0.415 0.304 0.458 0.229 0.084 0.462 0.588 0.276 1.705 0.177 1.207 0.140 1.542 0.099 0.369 0.038 2.543 0.520 0.299 0.109 0.111 0.793 1.062 0.645 1.520 0.255 0.357 2.185 0.309 0.405 0.971 0.062 0.198 0.287 2.225 0.235 0.223 0.241 0.097 0.259 0.597 0.342 0.310 0.260 0.797 1.503 0.889 0.817 4.846 1.768 0.515 0.545 1.040 1.500 0.953 1.258 1.090 1.053 0.540 0.703 2.055 0.901 0.303 0.594 2.737 1.444 3795 chr14 99878316 99895239 + 0 NA intron (NM_199123, intron 6 of 8) intron (NM_199123, intron 6 of 8) 60449 NM_032233 84193 Hs.510407 NM_032233 ENSG00000183576 SETD3 C14orf154 SET domain containing 3 protein-coding 1.627 0.918 1.266 0.106 0.161 0.618 0.107 0.256 0.458 0.017 0.120 0.046 0.114 0.177 0.275 0.546 0.207 0.067 0.107 0.022 0.062 0.033 0.239 0.148 0.218 0.074 0.043 0.057 0.071 0.040 0.141 0.361 0.274 0.382 0.052 0.067 0.045 0.140 0.149 0.014 0.118 0.103 0.086 0.032 0.058 0.065 0.052 0.136 0.106 0.163 0.047 0.114 0.546 0.042 0.087 0.218 0.037 0.076 0.046 0.046 0.226 0.084 0.333 1.957 0.081 0.037 0.006 0.454 0.708 0.226 0.439 0.672 0.891 1.047 0.211 0.179 0.207 0.906 1.183 1.418 1.189 2.003 2.010 0.412 1.012 0.224 0.196 2.014 5.915 1.955 0.914 1448 chr10 42395680 42410094 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 460606 NR_024380 441666 Hs.255729 NR_024380 ENSG00000215146 LOC441666 - zinc finger protein 91 pseudogene pseudo 15.665 nan 15.871 5.468 10.526 3.496 8.455 11.758 18.462 2.993 6.906 9.126 1.301 9.723 7.610 12.554 10.783 34.751 8.535 2.045 3.602 7.367 10.743 17.321 7.464 5.264 6.168 2.126 8.952 2.597 7.283 4.635 9.179 19.750 3.463 10.302 4.194 6.486 12.625 3.625 4.250 10.487 4.844 3.291 2.960 8.920 8.357 16.480 5.202 4.394 3.307 8.712 12.554 5.716 6.321 7.464 7.038 8.735 2.467 6.417 4.733 6.071 6.459 6.616 3.452 3.571 2.545 11.796 6.321 8.060 10.582 9.835 11.868 5.261 4.655 7.655 7.289 7.526 9.409 7.748 6.981 12.322 4.868 6.456 9.997 3.014 4.720 6.972 8.447 2.963 4.584 8086 chr3 182091041 182098987 + 0 NA Intergenic Intergenic 109136 NR_040105 401103 Hs.591304 NR_040105 ENSG00000241098 LINC01994 - long intergenic non-protein coding RNA 1994 ncRNA 1.017 1.205 0.592 0.288 0.987 0.056 0.210 0.203 0.384 0.024 0.118 0.139 0.126 0.411 0.192 0.131 0.125 0.108 0.048 0.032 0.035 0.309 0.235 0.281 0.026 0.019 0.054 0.027 0.081 0.281 0.080 0.447 0.037 0.109 0.079 0.041 0.088 0.030 4.760 0.081 0.031 0.020 0.041 0.049 0.133 0.087 0.051 0.071 0.010 0.076 0.192 0.098 0.011 0.281 0.077 0.051 0.037 0.044 0.077 0.020 0.051 0.112 0.057 0.022 0.025 0.315 0.196 0.143 0.278 0.354 0.599 0.842 0.446 0.203 0.164 0.427 0.590 0.780 0.809 0.625 0.204 0.079 0.166 0.254 0.282 0.173 0.272 0.663 0.619 3146 chr13 45283605 45295885 + 0 NA Intergenic Intergenic 75240 NR_149082 106144541 Hs.578031 NR_149082 LINC00407 - long intergenic non-protein coding RNA 407 ncRNA 0.720 0.925 0.660 1.723 0.079 0.063 2.246 0.078 0.098 0.825 2.503 3.131 0.071 0.049 0.137 0.146 2.285 0.811 1.261 0.867 2.450 0.034 0.025 0.101 0.243 2.294 2.421 0.995 0.938 1.726 0.763 1.596 0.541 0.245 1.424 0.271 0.015 0.187 0.091 2.474 0.026 4.563 5.179 2.307 1.585 1.288 3.073 7.086 0.371 2.363 1.417 1.180 0.146 0.701 1.923 0.243 0.209 1.236 0.111 1.287 0.041 1.899 0.064 0.049 5.255 5.372 5.646 0.333 0.170 0.213 0.488 0.345 0.425 0.313 0.147 0.123 0.131 0.313 0.502 0.166 0.145 0.426 0.163 0.188 0.276 0.041 0.070 0.223 0.356 0.474 0.333 4913 chr17 62149854 62209573 + 0 NA intron (NM_001433, intron 1 of 21) intron (NM_001433, intron 1 of 21) 27789 NM_001433 2081 Hs.133982 NM_001433 ENSG00000178607 ERN1 IRE1|IRE1P|IRE1a|hIRE1p endoplasmic reticulum to nucleus signaling 1 protein-coding 1.508 nan 2.035 0.207 1.227 0.177 0.716 0.389 0.784 0.083 0.674 0.556 0.144 0.754 0.422 0.261 0.278 0.117 0.632 0.387 0.243 0.091 0.931 0.424 1.320 0.477 0.268 0.189 0.514 0.502 2.464 5.620 1.356 1.410 0.267 0.272 0.111 0.216 0.121 0.212 0.405 0.313 0.236 0.148 1.259 0.356 0.843 0.390 1.342 0.673 1.498 1.562 0.261 0.431 0.153 1.320 0.476 0.557 0.156 0.461 0.555 0.335 0.121 1.309 0.607 0.124 0.060 0.637 0.872 0.410 0.742 0.934 1.196 2.859 1.119 0.765 0.855 0.513 nan 4.063 4.088 1.289 1.048 0.509 0.636 0.758 1.109 1.433 5.695 1.484 0.904 9108 chr5 106789097 106817207 + 0 NA intron (NM_001962, intron 1 of 4) intron (NM_001962, intron 1 of 4) 203444 NM_001962 1946 Hs.288741 NM_001962 ENSG00000184349 EFNA5 AF1|EFL5|EPLG7|GLC1M|LERK7|RAGS ephrin A5 protein-coding 0.915 1.192 0.724 2.858 0.126 0.052 1.995 0.607 1.081 0.840 1.511 2.729 0.309 0.103 0.158 0.209 0.104 0.058 0.924 0.243 3.596 0.025 0.212 0.111 0.047 2.071 1.100 0.218 0.701 1.614 1.577 2.793 1.459 0.526 0.878 2.688 0.111 0.158 0.099 0.469 0.279 1.132 0.201 0.139 0.757 0.581 1.947 1.098 1.399 0.158 0.146 1.779 0.209 1.021 0.023 0.047 1.079 1.128 0.155 0.515 0.169 0.598 0.219 0.127 0.793 0.313 0.322 0.246 0.211 1.646 4.745 0.413 0.504 0.520 0.326 0.160 0.194 1.374 1.707 0.563 0.848 0.493 0.280 0.266 0.426 0.822 1.277 0.249 0.491 0.455 0.410 1573 chr10 87400078 87407546 + 0 NA intron (NM_017551, intron 13 of 15) intron (NM_017551, intron 13 of 15) 66324 NR_038986 100507470 Hs.585483 NR_038986 ENSG00000234942 GRID1-AS1 - GRID1 antisense RNA 1 ncRNA 0.531 1.994 0.487 0.709 0.048 0.193 3.506 0.151 0.337 0.664 1.320 1.994 1.070 0.080 1.023 0.099 1.229 1.043 5.103 0.018 0.108 0.079 0.112 3.108 3.025 0.208 3.134 1.896 1.702 2.212 1.511 0.795 1.116 0.573 0.090 0.044 0.071 1.642 0.031 4.546 1.613 0.780 1.442 2.423 1.780 0.334 2.169 0.049 0.692 1.410 1.023 2.117 6.494 0.112 1.081 1.259 2.899 0.041 1.244 0.013 0.032 0.685 2.074 1.879 0.246 0.187 3.128 8.997 0.308 0.229 2.061 0.292 0.031 0.059 0.720 1.092 0.515 0.431 0.204 0.116 0.087 0.114 0.407 1.169 0.107 0.176 0.711 0.402 5484 chr19 2324100 2346943 + 0 NA intron (NM_001077238, intron 2 of 15) intron (NM_001077238, intron 2 of 15) 6892 NM_152988 56928 Hs.744026 NM_152988 ENSG00000005206 SPPL2B IMP-4|IMP4|PSH4|PSL1 signal peptide peptidase like 2B protein-coding 1.225 1.472 2.074 0.428 2.322 4.573 0.354 2.091 3.897 0.189 0.492 0.391 0.464 2.130 4.339 1.780 0.418 0.120 0.713 0.232 0.386 0.346 1.215 0.710 7.493 0.465 0.404 0.535 0.528 0.148 0.813 1.702 0.552 3.517 0.263 0.574 0.250 0.642 0.064 0.186 0.771 0.941 0.398 0.198 0.646 0.164 0.387 0.627 0.545 1.031 0.421 0.420 1.780 0.815 0.515 7.493 0.242 0.329 0.559 1.488 1.632 0.791 0.367 0.358 0.210 0.353 0.257 1.298 1.419 1.397 2.360 7.652 7.817 2.048 0.578 2.902 3.003 0.927 1.430 3.535 nan 1.578 1.529 0.798 1.261 1.178 1.226 0.656 0.886 2.449 1.255 11230 chr8 118233270 118254338 + 0 NA Intergenic Intergenic 96467 NM_001172814 169026 Hs.532270 NM_173851 ENSG00000164756 SLC30A8 ZNT8|ZnT-8 solute carrier family 30 member 8 protein-coding nan nan 0.953 0.045 0.202 8.965 0.058 0.129 0.249 0.013 0.148 0.154 0.021 0.062 0.101 0.290 0.142 0.069 0.090 0.027 3.006 0.164 0.125 0.086 0.003 0.010 0.017 0.107 0.005 0.092 0.174 0.084 1.116 0.094 0.294 0.466 0.038 0.064 0.028 0.124 0.106 0.020 0.012 0.047 0.029 0.103 0.125 0.019 0.027 0.060 0.051 0.290 0.120 0.022 0.086 0.057 0.039 0.014 0.034 0.019 0.061 0.141 0.018 0.142 0.589 0.299 0.143 0.152 0.345 1.286 1.422 nan 0.484 0.646 nan 0.344 nan 0.274 0.253 0.367 0.165 0.105 0.222 1.700 1.227 0.257 0.494 1.317 0.916 2020 chr11 65867856 65895267 + 0 NA intron (NM_018026, intron 1 of 23) intron (NM_018026, intron 1 of 23) 43737 NM_018026 55690 Hs.644326 NM_018026 ENSG00000175115 PACS1 MRD17|SHMS phosphofurin acidic cluster sorting protein 1 protein-coding nan 1.287 0.936 0.215 0.176 0.896 2.224 0.187 0.329 0.262 1.164 2.409 0.074 0.224 0.353 0.225 0.720 0.205 1.745 0.923 0.297 0.066 0.080 0.123 0.334 1.787 1.128 1.028 0.385 0.797 1.574 3.561 0.756 0.611 1.462 1.163 0.032 0.115 0.150 0.474 0.116 2.131 0.634 0.387 1.018 2.068 0.605 0.471 1.648 0.440 0.571 4.889 0.225 1.077 3.015 0.334 1.298 4.022 0.096 0.361 0.317 0.777 1.242 0.538 0.372 0.851 0.570 0.653 0.634 0.471 0.844 0.662 0.813 0.563 0.226 0.351 0.385 0.767 1.269 1.431 1.508 0.421 0.220 0.794 1.104 0.171 0.174 0.725 2.238 0.873 0.648 7155 chr21 27484585 27502004 + 0 NA intron (NM_001136131, intron 1 of 15) intron (NM_001136131, intron 1 of 15) 19414 NM_001136016 351 Hs.434980 NM_000484 ENSG00000142192 APP AAA|ABETA|ABPP|AD1|APPI|CTFgamma|CVAP|PN-II|PN2|preA4 amyloid beta precursor protein protein-coding 1.240 1.000 1.342 0.243 0.695 0.317 0.078 0.911 1.815 0.626 0.107 0.222 1.351 0.098 0.283 0.505 1.137 0.194 0.240 0.022 0.091 0.048 1.192 0.615 2.069 0.075 0.029 0.111 0.033 0.037 0.141 0.264 0.093 0.862 0.095 0.185 0.174 0.181 0.083 0.041 0.112 0.042 0.031 0.009 0.050 0.030 0.542 0.155 0.174 0.159 0.066 0.172 0.505 0.148 0.246 2.069 0.035 0.426 0.240 0.044 0.088 0.072 0.123 0.164 0.039 0.017 0.020 0.598 0.665 1.704 5.602 1.388 1.639 2.346 1.961 0.684 0.651 1.951 2.564 0.907 1.804 0.809 0.540 0.341 0.620 1.000 1.322 0.461 nan 2.905 1.601 3770 chr14 93185641 93196574 + 0 NA intron (NM_001008530, intron 3 of 14) intron (NM_001008530, intron 3 of 14) 23940 NM_005606 5641 Hs.18069 NM_005606 ENSG00000100600 LGMN AEP|LGMN1|PRSC1 legumain protein-coding 1.136 0.919 nan 0.452 0.701 0.370 0.714 0.165 0.508 0.008 0.227 0.447 1.026 0.146 0.284 0.257 0.355 0.207 0.204 0.191 0.132 0.051 0.270 0.198 0.285 1.901 1.293 0.053 0.455 0.866 2.362 7.309 5.621 0.695 0.334 0.240 0.043 0.138 0.122 0.280 0.131 0.188 0.126 0.100 0.369 0.669 0.881 0.208 1.433 0.262 0.224 2.861 0.257 0.396 0.182 0.285 1.429 0.309 0.187 0.085 0.064 0.713 0.113 0.231 0.458 0.026 0.005 0.355 0.274 0.361 0.504 0.672 0.781 0.530 0.160 0.486 0.561 0.463 0.743 0.665 0.928 0.492 0.368 0.274 0.362 0.175 0.259 0.537 1.400 nan 0.711 3524 chr14 45718331 45725053 + 0 NA intron (NM_018353, intron 1 of 16) L1ME4a|LINE|L1 913 NM_018353 55320 Hs.732769 NM_018353 ENSG00000129534 MIS18BP1 C14orf106|HSA242977|KNL2|M18BP1 MIS18 binding protein 1 protein-coding nan 1.819 nan 2.894 3.372 1.351 2.647 1.309 2.561 1.147 2.158 2.948 2.391 1.288 3.096 1.144 3.322 0.478 2.947 1.019 3.574 0.269 1.332 0.744 1.231 2.625 3.134 0.646 5.908 2.622 3.617 5.144 3.052 4.660 1.735 2.267 0.651 3.812 0.196 2.187 2.508 2.819 4.368 1.556 1.659 3.025 3.746 5.601 2.983 2.050 1.951 2.608 1.144 3.594 7.270 1.231 2.447 1.452 0.378 3.197 2.070 4.317 2.583 1.121 3.013 1.259 1.069 3.719 4.010 6.973 9.233 3.316 3.055 1.769 0.551 11.004 11.329 3.901 4.721 7.031 9.675 4.866 4.445 1.895 3.807 4.093 4.396 2.049 2.455 2.149 1.349 4485 chr16 85251638 85272595 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -54448 NR_038859 197196 Hs.679002 NM_153238 ENSG00000179219 LINC00311 NCRNA00311|TMEM148 long intergenic non-protein coding RNA 311 ncRNA nan 1.061 1.685 0.099 1.267 2.170 0.310 0.303 0.621 0.019 0.366 0.558 0.003 0.067 0.514 3.449 0.510 0.199 0.184 0.117 0.060 0.203 0.315 0.243 4.806 0.342 0.245 0.683 0.120 0.025 0.122 0.353 0.086 3.090 0.077 0.129 0.380 1.113 0.064 0.034 0.265 0.154 0.086 0.097 0.104 0.074 0.106 0.150 0.303 0.806 0.052 0.136 3.449 0.363 0.334 4.806 0.024 0.063 1.321 0.573 3.165 0.098 0.141 0.417 0.066 0.104 0.083 0.615 0.911 0.168 0.231 2.428 2.612 0.913 0.274 0.469 0.475 0.757 1.337 1.900 2.110 2.766 2.570 0.291 0.464 0.842 0.866 1.170 2.391 1.926 1.148 9414 chr6 6926520 6948230 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -170455 NM_001168344 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 1.059 1.207 0.858 0.079 0.600 0.523 0.111 0.245 0.459 0.048 0.082 0.055 0.017 0.138 0.614 0.353 0.101 0.090 0.100 0.026 0.032 0.026 0.260 0.225 5.755 0.508 0.314 0.024 0.071 0.015 0.097 0.621 0.125 0.448 0.074 0.299 0.021 0.040 0.095 0.006 1.619 0.174 0.050 0.014 0.170 0.077 0.125 0.217 0.191 0.095 0.153 0.854 0.353 0.139 0.120 5.755 0.219 0.213 0.050 0.075 0.743 0.144 0.109 0.529 0.038 0.024 0.005 1.626 1.931 0.241 0.392 1.935 1.933 1.152 0.697 0.416 0.485 0.249 0.428 0.947 0.744 1.024 0.740 0.261 0.456 0.198 0.247 0.850 1.179 1.264 0.806 3725 chr14 79061817 79114924 + 0 NA intron (NM_004796, intron 1 of 16) intron (NM_004796, intron 1 of 16) 218296 NM_004796 9369 Hs.368307 NM_004796 ENSG00000021645 NRXN3 C14orf60 neurexin 3 protein-coding nan 0.813 0.718 0.053 0.059 1.532 0.036 0.256 0.452 0.004 0.057 0.024 0.024 0.064 1.041 1.095 0.091 0.126 0.020 0.007 0.098 0.018 0.112 0.125 0.210 0.009 0.025 0.014 0.155 0.012 0.070 0.095 0.146 2.121 0.017 0.078 0.136 0.076 0.142 0.020 0.238 0.064 0.017 0.012 0.031 0.055 0.070 0.172 0.049 0.031 0.007 0.056 1.095 0.024 0.028 0.210 0.016 0.022 0.034 0.038 0.029 0.055 0.041 0.053 0.035 0.015 0.013 0.331 0.266 0.124 0.152 0.717 0.856 0.977 0.360 0.177 0.225 0.418 0.648 0.465 0.477 0.589 0.270 0.136 0.146 0.660 0.730 0.193 0.333 3.330 1.955 7521 chr3 13890278 13900053 + 0 NA intron (NM_004625, intron 3 of 3) intron (NM_004625, intron 3 of 3) 26453 NM_004625 7476 Hs.72290 NM_004625 ENSG00000154764 WNT7A - Wnt family member 7A protein-coding nan 0.464 0.395 4.125 0.029 0.006 3.773 0.033 0.133 1.164 0.074 0.104 1.398 0.051 0.027 0.079 0.068 0.033 3.723 2.174 0.161 0.056 0.047 0.033 0.061 0.184 0.096 0.015 5.443 3.327 1.682 4.068 0.870 0.262 3.001 0.078 0.079 0.063 0.290 0.025 4.395 5.731 2.264 2.412 1.758 1.925 0.152 0.119 0.079 0.056 0.634 0.079 4.071 0.114 0.061 1.064 1.018 0.199 0.143 0.020 2.468 0.031 0.026 0.660 0.742 0.489 0.193 0.140 0.229 0.437 0.200 0.213 0.137 0.056 0.132 0.125 0.041 0.182 0.255 0.272 0.432 0.394 0.101 0.186 0.037 0.108 0.088 0.121 0.172 0.266 10388 chr7 61966987 61981369 + 0 NA Intergenic ALR/Alpha|Satellite|centr 790256 NR_003952 643955 Hs.583308 NR_003952 ENSG00000185037 ZNF733P ZNF733 zinc finger protein 733, pseudogene pseudo nan nan nan 10.206 17.911 5.626 16.387 20.634 29.415 4.690 14.003 14.332 5.578 16.964 14.421 22.216 21.372 59.477 11.702 2.912 9.614 11.098 20.850 26.368 14.996 10.468 10.011 5.142 16.451 3.927 12.015 9.140 15.924 27.693 5.544 9.477 7.385 16.183 20.656 7.797 7.479 21.200 7.708 4.457 6.379 18.734 15.453 34.544 9.147 12.385 7.206 14.564 22.216 9.358 14.075 14.996 13.416 15.467 4.250 10.530 10.958 13.090 10.220 7.991 6.326 7.717 6.283 21.477 13.799 15.849 21.029 16.740 18.516 8.510 7.920 14.539 14.568 12.488 13.873 12.025 10.314 18.679 8.403 13.499 17.440 7.275 10.132 12.729 12.817 9.612 12.317 1772 chr11 7533816 7551739 + 0 NA intron (NR_147792, intron 1 of 24) L2c|LINE|L2 7781 NM_001351854 8495 Hs.655714 NM_003621 ENSG00000166387 PPFIBP2 Cclp1 PPFIA binding protein 2 protein-coding 0.558 1.268 1.111 0.096 0.296 0.365 0.083 0.112 0.245 0.027 0.201 0.072 0.094 0.200 0.153 0.090 0.776 0.045 0.100 0.011 0.127 0.038 0.087 0.093 0.562 0.074 0.102 0.267 0.095 0.023 0.357 0.404 0.569 1.733 0.016 0.078 0.037 0.098 0.069 0.082 0.094 0.623 0.310 0.221 0.086 0.043 0.186 0.229 0.622 0.159 0.435 0.148 0.090 0.102 0.315 0.562 0.048 0.133 0.070 0.547 0.017 0.088 0.756 0.208 0.106 0.042 0.029 3.795 6.091 0.796 1.387 0.288 0.269 0.236 0.124 0.758 0.811 0.429 0.656 0.682 0.935 0.260 0.173 1.022 1.532 0.151 0.133 0.388 1.040 0.212 0.353 418 chr1 60548762 60568910 + 0 NA Intergenic Intergenic -19394 NM_152377 127795 Hs.47385 NM_152377 ENSG00000162598 C1orf87 CREF chromosome 1 open reading frame 87 protein-coding 1.019 0.817 nan 0.078 0.418 0.194 0.032 0.207 0.404 0.005 0.058 0.036 0.009 0.039 0.151 0.159 0.120 0.089 0.069 0.028 0.025 0.207 0.125 0.407 0.007 0.078 0.036 0.084 0.031 0.513 0.014 0.024 0.019 0.054 0.103 0.018 0.056 0.082 0.015 0.016 0.030 0.077 0.114 0.020 0.021 0.012 0.017 0.159 0.086 0.032 0.407 0.041 0.067 0.017 0.048 0.008 0.035 0.117 0.015 0.020 0.020 0.426 0.384 0.139 0.177 0.880 1.057 4.491 2.624 0.213 0.269 nan nan 1.214 nan 0.427 0.186 0.185 0.234 0.140 0.177 0.335 0.495 1.877 0.793 2324 chr11 121315840 121359372 + 0 NA intron (NM_003105, intron 1 of 47) intron (NM_003105, intron 1 of 47) 14694 NM_003105 6653 Hs.368592 NM_003105 ENSG00000137642 SORL1 C11orf32|LR11|LRP9|SORLA|SorLA-1|gp250 sortilin related receptor 1 protein-coding 0.952 1.931 1.148 0.054 0.608 1.585 1.622 0.409 0.760 0.581 0.210 0.483 1.057 0.147 0.867 0.546 0.274 0.156 1.029 0.593 0.160 0.006 0.376 0.244 0.121 0.892 0.663 0.237 0.863 0.223 3.587 6.333 1.044 2.060 1.045 0.111 0.292 0.217 0.115 0.687 0.184 1.413 0.687 0.346 0.377 1.187 0.644 0.228 0.393 0.616 0.223 0.914 0.546 0.985 3.420 0.121 0.412 2.849 0.132 0.342 0.446 0.560 1.356 0.130 0.740 0.369 0.215 0.525 0.692 0.345 0.697 0.646 0.614 2.640 0.912 0.389 0.425 1.244 1.885 0.136 0.153 0.892 0.662 1.653 2.275 1.070 1.136 0.179 nan 1.296 0.841 933 chr1 183038521 183042111 + 0 NA intron (NM_002293, intron 1 of 27) (TG)n|Simple_repeat|Simple_repeat 47721 NM_002293 3915 Hs.609663 NM_002293 ENSG00000135862 LAMC1 LAMB2 laminin subunit gamma 1 protein-coding nan nan 1.251 1.192 0.171 0.062 0.563 0.222 0.676 0.054 0.205 0.533 0.238 0.042 0.149 0.714 1.195 0.034 0.531 0.317 0.364 0.277 0.215 0.186 0.039 0.466 0.157 0.082 0.096 0.029 0.201 0.840 0.197 0.782 0.367 0.178 0.076 0.031 0.086 0.152 0.194 0.282 0.084 0.108 0.419 0.193 0.242 0.305 0.295 0.197 0.280 0.150 0.714 0.595 0.336 0.039 0.321 0.348 0.135 0.059 0.243 0.242 0.055 0.208 0.442 0.239 0.142 4.315 4.536 12.522 18.907 0.703 nan 1.345 0.326 nan 0.670 0.827 1.410 1.318 0.915 0.803 0.748 0.790 1.655 0.881 1.915 0.514 nan 0.665 0.574 4174 chr16 1337951 1362333 + 0 NA Intergenic Intergenic -9012 NM_194261 7329 Hs.302903 NM_003345 ENSG00000103275 UBE2I C358B7.1|P18|UBC9 ubiquitin conjugating enzyme E2 I protein-coding 1.432 nan 1.451 2.096 2.176 1.626 3.072 0.867 1.765 0.712 1.466 0.417 0.163 1.246 5.035 1.855 0.502 0.093 1.498 0.879 0.769 0.600 1.014 0.428 2.803 2.346 2.334 0.854 2.221 0.731 2.523 6.329 1.152 2.877 1.016 0.978 0.549 0.671 0.084 0.485 0.344 1.005 0.816 0.399 1.199 2.263 1.634 0.601 1.677 1.958 3.048 2.026 1.855 1.936 1.310 2.803 0.616 1.415 0.343 1.690 0.594 2.377 0.408 0.456 0.425 0.921 0.702 1.368 1.353 0.964 1.209 2.849 2.909 nan 2.044 2.840 2.649 0.665 nan 3.977 5.351 1.968 1.767 1.327 1.825 2.138 2.092 1.442 0.916 1.609 0.763 2217 chr11 105296615 105306163 + 0 NA Intergenic Intergenic -179411 NM_000829 2893 Hs.503743 NM_000829 ENSG00000152578 GRIA4 GLUR4|GLUR4C|GLURD|GluA4|NEDSGA glutamate ionotropic receptor AMPA type subunit 4 protein-coding 0.388 0.675 0.490 0.022 0.102 0.038 0.050 0.100 0.163 0.010 0.073 0.067 0.039 0.119 0.068 0.078 0.066 0.007 0.101 0.177 0.059 0.008 0.019 0.022 0.048 0.022 0.041 0.131 0.094 0.236 0.046 0.017 0.020 0.048 0.098 0.025 0.077 0.025 0.025 0.023 0.017 0.211 0.156 0.022 0.108 0.009 0.085 0.068 0.007 0.058 0.059 0.013 0.078 0.010 0.022 0.106 0.033 0.042 0.053 0.032 0.012 0.008 10.133 10.880 0.170 0.343 0.189 0.180 0.371 0.206 0.334 0.309 1.415 1.438 0.347 0.372 0.716 0.548 0.186 0.336 0.079 0.079 0.269 0.490 0.356 0.379 11494 chr9 22330682 22346699 + 0 NA Intergenic Intergenic -108150 NM_022160 63951 Hs.371976 NM_022160 ENSG00000176399 DMRTA1 DMO|DMRT4 DMRT like family A1 protein-coding 0.970 nan nan 0.068 0.220 0.018 0.120 0.110 0.157 0.024 0.025 0.063 0.008 0.062 0.184 0.544 0.101 0.066 0.020 0.138 0.122 0.082 0.005 0.014 0.022 0.045 0.101 0.008 0.266 0.147 0.047 0.457 0.013 0.105 0.085 0.023 0.015 0.028 0.014 0.038 0.066 0.019 0.076 0.046 0.015 0.025 0.184 0.080 0.017 0.082 0.015 0.004 0.056 0.015 0.031 0.146 0.114 0.004 0.168 0.104 0.192 0.342 0.281 0.347 0.636 0.216 0.064 0.050 3.991 4.934 0.109 0.133 1.183 0.710 0.159 0.239 1.271 2.255 0.256 0.573 1.313 0.842 2333 chr11 122982413 123018520 + 0 NA intron (NM_024769, intron 1 of 6) MIR3|SINE|MIR 65547 NM_024769 79827 Hs.591949 NM_024769 ENSG00000166250 CLMP ACAM|ASAM|CSBM|CSBS CXADR like membrane protein protein-coding 0.895 0.894 0.834 0.190 0.248 1.145 1.876 0.133 0.259 0.146 2.149 0.375 0.020 0.033 0.142 0.429 0.477 0.210 0.361 0.295 0.201 0.042 0.122 0.139 0.063 2.454 1.898 0.047 0.585 0.384 0.233 1.011 0.107 0.303 0.335 0.637 0.076 0.057 0.134 0.311 0.029 3.032 0.248 0.199 1.394 0.571 1.387 0.623 0.507 1.149 0.205 1.464 0.429 0.330 0.622 0.063 0.561 0.648 0.129 0.345 0.126 0.442 0.093 0.164 0.276 0.024 0.029 0.339 0.273 0.193 0.210 0.263 0.299 0.552 0.145 0.307 0.282 0.889 1.302 0.181 0.138 0.554 0.339 0.429 0.518 0.354 0.356 0.259 nan 1.033 0.592 6386 chr2 140560242 140565633 + 0 NA Intergenic Intergenic 781317 NR_106979 102465692 NR_106979 ENSG00000283506 MIR7157 hsa-mir-7157 microRNA 7157 ncRNA 0.769 nan 0.920 0.067 0.194 0.010 0.019 0.148 0.151 0.081 0.034 0.166 0.032 0.186 0.056 0.031 0.088 0.048 0.030 0.124 0.449 0.014 0.089 0.035 0.055 0.117 0.227 0.061 9.241 0.041 0.127 0.772 0.051 0.081 0.042 0.108 0.055 0.015 0.054 0.029 0.033 0.186 0.013 0.052 0.449 0.270 0.030 0.055 0.244 0.014 0.011 0.009 0.331 0.187 0.133 0.164 0.848 0.991 0.409 0.132 0.076 0.133 2.260 3.072 0.370 0.345 0.684 0.653 0.055 0.178 34.101 42.978 0.737 1.118 0.164 0.293 10630 chr7 117436439 117460173 + 0 NA intron (NM_033427, intron 3 of 22) intron (NM_033427, intron 3 of 22) 65255 NM_033427 83992 Hs.592285 NM_033427 ENSG00000077063 CTTNBP2 C7orf8|CORTBP2|Orf4 cortactin binding protein 2 protein-coding nan 0.736 0.801 0.078 0.140 2.942 0.120 0.095 0.149 0.118 0.051 0.013 0.102 0.601 0.049 0.681 0.088 0.160 0.040 0.024 0.012 0.125 0.184 0.076 0.006 0.003 0.016 0.176 0.063 0.151 0.474 0.263 1.172 0.329 0.050 0.080 0.076 0.178 0.015 0.046 0.062 0.015 0.003 0.032 0.206 0.065 0.552 0.034 0.042 0.040 0.030 0.049 0.081 0.094 0.076 0.015 0.035 0.012 0.027 0.047 0.056 0.117 0.032 0.006 0.022 0.006 0.365 0.248 0.198 0.229 0.273 0.283 0.118 0.098 0.262 0.220 0.218 0.344 0.807 0.871 0.453 0.227 0.193 0.268 0.142 0.183 0.094 0.223 0.627 0.532 6020 chr2 37809811 37818053 + 0 NA Intergenic Intergenic 85410 NM_006449 10602 Hs.369574 NM_006449 ENSG00000163171 CDC42EP3 BORG2|CEP3|UB1 CDC42 effector protein 3 protein-coding 1.337 nan nan 1.786 0.531 0.196 5.442 0.368 0.599 0.305 0.912 5.081 0.045 0.097 0.880 0.522 2.336 0.214 4.043 3.015 0.694 0.033 0.618 0.425 0.431 3.520 1.888 0.108 2.691 1.346 3.900 7.539 1.148 1.471 2.840 0.713 0.487 0.079 0.149 4.900 0.376 2.433 0.482 0.417 2.605 2.088 2.118 4.434 0.405 1.895 3.323 2.038 0.522 2.643 1.453 0.431 1.346 0.623 0.240 0.402 1.383 2.502 0.276 0.239 5.242 4.547 6.674 0.341 0.300 0.393 0.726 0.613 0.671 1.542 0.674 2.926 nan 1.809 2.533 4.451 3.850 nan 0.623 0.309 0.660 1.694 2.146 0.474 0.949 1.990 1.213 7053 chr20 52463563 52566437 + 0 NA Intergenic Intergenic -22752 NR_002189 391257 Hs.449977 NR_002189 SUMO1P1 PIC1L|UBL2|UBL6 SUMO1 pseudogene 1 pseudo 1.179 1.557 1.069 1.241 0.422 0.585 1.136 0.570 0.985 0.784 0.800 0.794 0.373 0.101 1.012 0.652 1.050 0.202 1.632 1.106 0.286 0.419 0.067 0.081 0.188 1.079 0.677 0.298 0.964 0.940 1.926 4.604 1.987 0.346 0.818 0.647 0.014 4.660 0.209 1.136 0.343 0.879 0.440 0.298 1.207 1.256 1.578 4.898 0.892 1.521 0.210 0.981 0.652 1.215 0.582 0.188 0.411 1.064 0.374 3.272 0.224 0.487 0.560 0.347 1.120 0.779 0.861 0.719 nan 0.878 2.458 1.016 1.068 0.154 0.084 0.545 0.574 0.688 0.985 1.392 1.557 1.631 1.422 0.496 0.828 0.043 0.057 0.571 1.433 0.238 0.345 2052 chr11 68878421 68900309 + 0 NA Intergenic Intergenic 38721 NR_036122 100422846 NR_036122 ENSG00000265539 MIR3164 - microRNA 3164 ncRNA nan 0.592 0.639 0.962 0.068 0.020 3.218 0.139 0.279 0.568 0.399 0.420 0.510 1.289 0.036 0.223 0.085 0.081 0.750 0.466 1.111 0.019 0.065 0.067 0.049 1.724 1.145 0.629 1.212 1.258 5.104 11.832 1.180 0.356 1.147 1.250 0.022 0.194 0.092 0.381 0.029 1.150 0.531 0.257 1.052 0.802 1.661 0.908 2.276 0.164 1.599 1.668 0.223 1.648 1.942 0.049 1.038 2.740 0.079 1.286 0.379 1.129 0.059 0.140 0.573 0.189 0.097 0.536 0.614 0.189 0.484 0.388 0.410 0.201 0.135 1.025 1.215 0.144 0.286 0.294 0.338 1.684 1.746 0.395 0.319 0.069 0.090 0.171 0.225 0.243 0.297 4785 chr17 40818631 40835446 + 0 NA intron (NR_073573, intron 1 of 12) intron (NR_073573, intron 1 of 12) 1070 NR_073574 79990 Hs.632251 NM_024927 ENSG00000068137 PLEKHH3 - pleckstrin homology, MyTH4 and FERM domain containing H3 protein-coding 3.499 3.372 nan 2.747 4.233 5.418 2.788 1.833 3.293 1.776 5.005 0.791 0.845 1.048 3.291 2.667 2.890 0.607 3.455 1.093 4.784 1.826 2.265 1.147 2.511 1.468 1.159 2.228 2.515 1.013 1.681 nan 2.586 7.079 1.248 4.705 0.986 2.550 0.080 1.836 2.009 5.960 0.865 0.494 1.955 1.073 1.652 3.585 4.953 3.120 1.611 2.310 2.667 3.992 1.975 2.511 1.207 2.116 1.051 5.721 2.746 1.993 2.398 1.176 1.817 1.596 0.878 1.979 3.262 1.842 3.160 3.567 nan 4.141 1.409 6.286 6.270 1.657 2.191 5.394 nan 2.988 2.617 1.244 2.521 2.670 2.379 1.875 3.505 2.018 0.915 7423 chr22 39090123 39103850 + 0 NA promoter-TSS (NM_001360236) promoter-TSS (NM_001360236) -14 NM_014876 9929 Hs.3094 NM_014876 ENSG00000100221 JOSD1 dJ508I15.2 Josephin domain containing 1 protein-coding 2.984 nan 2.027 4.186 1.806 1.159 2.216 1.376 2.408 0.956 2.764 1.594 1.088 0.522 1.735 2.235 1.692 0.282 2.383 1.130 1.707 0.768 0.912 0.356 2.744 0.924 0.929 0.971 4.866 1.030 3.709 5.479 2.370 3.885 1.065 0.932 0.748 2.303 0.186 0.567 1.205 2.852 1.696 0.849 1.338 0.955 5.138 1.293 1.863 2.654 1.911 2.934 2.235 5.015 3.748 2.744 1.123 2.210 0.635 3.773 1.908 1.865 1.073 0.655 1.050 0.456 0.337 2.961 3.049 3.521 5.504 2.687 2.177 3.622 1.795 2.870 2.898 3.429 nan 2.574 4.964 nan 3.484 1.508 2.515 3.162 4.295 2.124 2.635 1.544 0.867 2868 chr12 94690891 94700181 + 0 NA intron (NR_037687, intron 9 of 11) intron (NR_037687, intron 9 of 11) 39239 NR_037687 10154 Hs.584845 NM_005761 ENSG00000136040 PLXNC1 CD232|PLXN-C1|VESPR plexin C1 protein-coding 0.722 0.640 0.615 0.062 0.119 0.173 0.116 0.155 0.185 0.135 0.068 0.033 0.054 0.124 0.138 0.806 0.208 0.137 0.021 0.027 0.015 0.034 0.114 0.116 0.067 0.015 0.031 0.118 0.012 0.112 0.256 0.537 nan 0.031 0.105 0.010 0.024 0.035 0.012 0.068 0.100 0.039 0.008 0.058 0.033 0.084 0.116 0.113 0.081 0.017 0.075 0.138 0.039 0.020 0.116 0.045 0.053 0.011 0.025 0.011 0.049 0.053 0.053 0.042 0.037 0.343 0.223 5.484 1.090 0.552 0.627 0.174 0.108 0.174 0.282 0.511 nan 0.591 nan 0.291 0.194 0.110 0.265 0.123 0.126 0.220 0.465 0.731 0.678 5357 chr18 54302582 54307089 + 0 NA intron (NR_024546, intron 1 of 8) intron (NR_024546, intron 1 of 8) 1085 NM_004786 9352 Hs.114412 NM_004786 ENSG00000091164 TXNL1 HEL-S-114|TRP32|TXL-1|TXNL|Txl thioredoxin like 1 protein-coding nan 2.992 4.390 3.262 4.694 1.660 1.897 2.120 3.662 1.035 3.983 2.409 0.907 2.330 1.895 5.137 1.855 0.102 1.246 0.460 2.305 1.310 1.503 0.607 4.428 1.351 1.814 1.582 1.205 1.445 2.050 2.548 1.191 6.987 0.910 3.583 1.285 2.677 0.125 0.944 2.134 3.113 0.929 0.775 2.425 0.883 4.724 2.632 1.904 2.161 1.468 1.534 5.137 1.707 0.812 4.428 1.389 0.534 1.030 2.063 2.442 1.900 2.168 1.920 1.271 0.971 0.486 5.363 5.440 6.260 9.430 9.457 8.747 12.112 6.222 20.706 22.206 2.779 3.522 6.512 9.754 6.643 6.203 3.403 6.431 6.462 7.995 6.021 4.765 nan 3.704 2503 chr12 14404062 14439493 + 0 NA Intergenic AluSq4|SINE|Alu -96789 NM_018179 55729 Hs.504856 NM_018179 ENSG00000171681 ATF7IP AM|ATF-IP|MCAF|MCAF1|p621 activating transcription factor 7 interacting protein protein-coding 1.407 1.074 0.876 0.678 1.843 1.242 0.743 0.325 0.705 0.189 0.110 1.106 1.072 0.093 0.933 1.385 0.415 0.146 1.157 0.638 0.756 1.025 0.251 0.259 1.345 1.212 0.837 0.040 1.315 1.041 3.170 7.450 2.315 1.156 0.880 1.046 0.039 2.450 0.143 0.208 1.612 0.360 0.420 0.224 0.622 1.062 0.480 1.439 0.587 1.633 0.182 0.310 1.385 1.475 0.460 1.345 0.393 0.258 0.269 1.469 0.505 0.967 1.414 0.398 0.549 0.114 0.089 0.358 0.485 1.942 2.404 nan 1.343 3.100 1.017 1.161 1.145 1.055 1.297 2.120 3.251 0.999 0.783 0.771 1.251 0.431 0.418 0.638 1.586 0.987 0.547 4100 chr15 80842064 80893475 + 0 NA intron (NM_014862, intron 14 of 18) intron (NM_014862, intron 14 of 18) -5675 NR_049837 100847042 NR_049837 ENSG00000284059 MIR5572 - microRNA 5572 ncRNA 0.532 nan 0.614 0.598 0.122 1.148 2.237 0.249 0.426 0.089 0.249 0.573 0.074 0.152 0.280 0.167 0.302 0.094 0.642 0.489 0.182 0.046 0.105 0.124 0.192 1.291 0.838 0.024 0.193 1.401 1.019 6.416 1.379 0.628 1.047 0.065 0.018 0.044 0.074 0.534 0.062 0.600 0.184 0.116 0.897 0.368 0.680 1.035 0.580 0.040 2.244 3.976 0.167 0.426 1.501 0.192 2.079 1.687 0.032 0.128 0.107 0.383 0.061 0.034 0.474 0.055 0.033 0.356 0.450 0.340 0.522 0.287 0.292 0.621 0.241 0.282 0.262 0.732 1.143 0.428 0.416 0.444 0.261 0.288 0.319 0.073 0.086 0.169 0.208 0.432 0.369 388 chr1 54082862 54098564 + 0 NA intron (NM_147193, intron 1 of 9) intron (NM_147193, intron 1 of 9) 109164 NM_147193 148979 Hs.306691 NM_147193 ENSG00000174332 GLIS1 - GLIS family zinc finger 1 protein-coding 1.324 0.616 0.883 0.041 0.100 0.068 0.042 0.265 0.331 0.006 0.059 0.117 0.016 0.064 0.125 0.171 0.248 0.113 0.054 0.036 0.009 0.091 0.102 0.094 0.027 0.023 0.058 0.057 0.013 0.045 nan 0.068 0.490 0.018 0.052 0.016 0.055 0.081 0.110 0.088 0.042 0.010 0.028 0.053 0.093 0.090 0.073 0.053 0.056 0.034 0.171 0.086 0.035 0.094 0.024 0.043 0.507 0.056 0.045 0.046 0.032 0.172 0.015 0.032 0.016 0.373 0.444 0.309 0.401 0.554 0.648 0.370 0.229 0.357 0.330 3.285 3.310 0.303 0.508 1.545 1.627 0.267 0.348 0.088 0.103 0.369 nan 0.515 0.484 5350 chr18 53066819 53093924 + 0 NA intron (NM_001348219, intron 4 of 18) intron (NM_001348219, intron 4 of 18) -9145 NM_001306208 6925 Hs.605153 NM_003199 ENSG00000196628 TCF4 E2-2|FECD3|ITF-2|ITF2|PTHS|SEF-2|SEF2|SEF2-1|SEF2-1A|SEF2-1B|SEF2-1D|TCF-4|bHLHb19 transcription factor 4 protein-coding nan 1.028 1.287 0.048 0.214 0.664 0.018 0.364 0.696 0.011 0.195 0.650 0.073 0.051 1.185 2.278 1.260 0.093 0.039 0.012 0.015 1.023 0.683 1.091 0.053 0.035 0.089 0.032 0.030 0.022 0.088 1.362 0.016 0.574 1.704 2.378 0.110 0.022 0.926 0.048 0.005 0.006 0.020 0.014 0.185 0.118 0.069 0.111 0.041 0.010 2.278 0.018 0.014 1.091 0.004 0.019 1.030 0.052 2.653 0.017 1.380 0.119 0.045 0.007 0.002 0.615 0.505 4.367 5.518 2.832 2.412 6.579 2.869 0.737 0.868 3.187 3.553 0.645 0.641 2.785 2.286 1.131 1.656 5.847 6.012 0.337 0.652 nan 3.157 10177 chr7 13755643 13768193 + 0 NA Intergenic MER103C|DNA|hAT-Charlie 264221 NM_001163150 2115 Hs.22634 NM_004956 ENSG00000006468 ETV1 ER81 ETS variant 1 protein-coding nan 1.055 nan 0.163 0.126 0.040 0.115 0.178 0.249 0.045 0.099 0.162 0.015 0.144 0.128 0.246 0.264 0.166 0.110 0.031 0.037 0.066 0.592 0.530 0.388 0.196 0.047 0.018 0.162 0.008 0.096 0.148 0.433 0.328 0.055 0.111 0.290 0.043 0.112 0.065 0.451 0.088 0.019 0.024 0.061 0.024 0.047 0.079 0.084 0.039 0.025 0.036 0.246 0.051 0.037 0.388 0.029 0.079 0.117 0.032 0.108 0.101 0.039 0.051 0.098 0.005 0.012 nan 0.291 0.356 0.352 0.342 0.551 0.755 0.212 0.342 0.425 4.432 4.978 0.426 0.377 1.101 0.613 0.126 0.078 1.511 1.301 0.132 0.240 0.654 0.593 5053 chr17 77957675 77981604 + 0 NA intron (NM_019020, intron 3 of 11) L1MD1|LINE|L1 40018 NM_019020 125058 Hs.369819 NM_019020 ENSG00000167291 TBC1D16 - TBC1 domain family member 16 protein-coding 1.484 1.685 1.379 0.624 2.059 1.300 0.898 1.792 3.724 0.092 0.650 0.524 0.023 0.635 2.051 1.050 0.333 0.154 0.450 0.332 0.143 0.278 0.403 0.223 1.504 0.704 0.430 0.113 0.465 0.194 5.202 10.883 1.433 4.299 0.863 0.906 0.232 0.658 0.088 0.256 0.550 0.411 0.143 0.143 0.430 0.123 0.237 0.196 1.688 0.244 3.000 1.314 1.050 0.461 0.198 1.504 0.614 0.748 0.547 0.672 1.298 0.367 0.811 0.178 0.328 0.043 0.021 1.010 1.313 0.504 0.742 1.119 1.018 2.042 0.637 0.839 0.884 nan 0.821 2.569 2.595 0.935 0.689 1.416 1.705 1.201 2.194 0.564 1.360 nan 0.661 5888 chr2 9132754 9146263 + 0 NA intron (NM_001321267, intron 1 of 13) intron (NM_001321267, intron 1 of 13) 4371 NM_001321265 129642 Hs.467634 NM_138799 ENSG00000143797 MBOAT2 LPAAT|LPCAT4|LPEAT|LPLAT 2|OACT2 membrane bound O-acyltransferase domain containing 2 protein-coding 1.505 0.849 2.127 1.842 1.161 0.727 3.691 0.937 1.549 0.557 0.691 0.597 0.958 0.105 1.183 1.440 0.811 0.119 2.285 0.568 0.561 0.617 1.008 0.630 2.293 1.265 1.434 0.615 3.022 1.026 5.309 7.992 1.944 3.526 1.032 0.419 0.340 1.148 0.144 0.454 0.877 3.121 0.946 0.462 2.555 1.414 2.494 0.785 1.286 1.587 0.452 1.724 1.440 2.147 0.816 2.293 0.551 1.469 0.324 1.260 0.896 1.361 0.417 0.446 1.634 0.674 0.557 1.084 1.281 1.751 3.196 1.526 1.556 2.225 0.912 1.156 1.171 1.084 1.549 1.634 2.333 1.648 1.583 0.884 1.610 0.873 1.180 1.037 1.249 1.033 0.783 9180 chr5 133557501 133563587 + 0 NA promoter-TSS (NR_037434) promoter-TSS (NR_037434) 701 NM_001355019 5515 Hs.105818 NM_002715 ENSG00000113575 PPP2CA PP2Ac|PP2CA|PP2Calpha|RP-C protein phosphatase 2 catalytic subunit alpha protein-coding 4.475 4.542 nan 3.638 3.087 2.163 2.599 3.146 4.817 1.759 4.174 1.442 2.021 1.254 4.420 2.124 2.353 0.263 3.294 1.121 3.323 1.479 2.204 0.910 5.303 2.672 3.480 2.417 3.042 1.588 5.920 6.861 3.506 5.742 1.710 3.496 1.044 3.440 0.182 1.182 2.407 3.167 3.317 1.590 3.486 1.798 3.877 2.458 3.506 4.195 2.382 2.774 2.124 5.580 3.823 5.303 2.313 1.695 0.833 3.473 2.887 1.670 1.300 1.350 2.119 2.226 1.440 3.206 3.264 6.862 10.320 7.395 5.864 6.674 4.117 17.014 17.763 4.188 4.587 4.913 8.993 7.577 7.497 2.388 5.153 6.041 7.819 5.090 5.468 2.671 1.130 4190 chr16 2763194 2774383 + 0 NA intron (NM_031948, intron 1 of 5) intron (NM_031948, intron 1 of 5) 1764 NM_001318395 83886 Hs.332878 NM_031948 ENSG00000172382 PRSS27 CAPH2|MPN serine protease 27 protein-coding 1.331 nan 1.280 1.726 1.762 0.547 1.192 0.502 0.853 1.715 1.074 0.534 0.398 0.260 1.008 0.946 0.300 0.244 2.678 0.761 0.918 0.396 0.630 0.269 0.613 0.879 0.846 0.687 1.444 0.321 4.704 10.133 1.124 2.099 1.032 0.867 0.289 0.754 0.066 0.338 0.241 1.012 0.722 0.299 0.674 0.550 1.836 0.608 1.557 1.229 0.831 2.224 0.946 2.750 1.069 0.613 0.689 1.919 0.329 1.518 0.735 0.905 0.370 0.385 0.415 0.324 0.191 1.113 1.211 0.395 0.518 1.210 1.391 nan 1.131 1.325 1.334 0.646 nan 1.697 2.380 1.543 1.239 0.675 0.749 1.168 0.968 0.925 1.133 1.026 0.660 9944 chr6 135583126 135595161 + 0 NA Intergenic Intergenic 28845 NR_030317 693126 NR_030317 ENSG00000207689 MIR548A2 MIRN548A2 microRNA 548a-2 ncRNA 0.866 1.224 2.855 0.126 1.292 0.561 0.053 1.685 2.979 0.008 0.065 0.084 0.067 0.491 0.435 0.478 0.050 0.094 0.080 0.016 0.021 0.057 0.468 0.358 4.541 0.020 0.030 0.019 0.051 0.026 0.200 1.071 0.190 0.801 0.024 0.036 0.115 0.090 0.113 0.010 0.473 0.062 0.014 0.020 0.218 0.051 0.351 0.042 0.068 0.095 0.006 0.254 0.478 0.083 0.208 4.541 0.184 0.396 0.162 0.058 0.194 0.020 0.111 0.140 0.025 0.010 0.013 1.028 0.855 2.243 3.378 4.908 5.114 6.813 1.937 1.513 1.689 0.205 0.363 2.560 1.542 0.588 0.237 0.500 0.557 0.690 0.590 0.270 nan 1.437 0.844 6197 chr2 74959852 74974816 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR 85979 NM_001271661 10505 Hs.25887 NM_004263 ENSG00000135622 SEMA4F M-SEMA|PRO2353|S4F|SEMAM|SEMAW|m-Sema-M ssemaphorin 4F protein-coding nan nan 1.144 0.836 0.315 1.922 2.654 0.310 0.765 1.301 0.809 0.448 0.008 0.039 0.142 1.796 0.241 0.097 0.760 0.608 0.312 0.009 0.219 0.183 0.152 0.773 0.435 0.467 0.425 0.696 0.383 2.299 0.227 1.896 0.841 0.465 0.051 0.102 0.111 0.426 0.168 2.246 1.395 0.653 0.948 0.377 0.652 1.791 0.300 0.698 0.461 0.794 1.796 0.902 0.871 0.152 0.565 1.092 0.161 1.520 0.122 0.472 0.033 3.187 0.666 0.427 0.271 0.295 0.278 0.246 0.553 0.800 0.791 5.368 1.296 0.306 0.320 0.679 0.973 0.418 0.436 1.380 1.455 0.197 0.196 0.127 0.298 1.537 5.603 nan 0.834 6530 chr2 183382123 183389814 + 0 NA intron (NM_001003683, intron 2 of 14) intron (NM_001003683, intron 2 of 14) 1368 NM_005019 5136 Hs.191046 NM_005019 ENSG00000115252 PDE1A CAM-PDE-1A|HCAM-1|HCAM1|HSPDE1A phosphodiesterase 1A protein-coding 1.989 0.966 1.264 0.056 0.526 0.138 0.064 1.586 2.143 0.062 0.016 0.026 0.069 0.833 0.147 0.167 0.149 0.074 0.057 0.012 1.911 0.793 0.563 0.018 0.029 0.027 0.075 0.108 0.073 1.372 0.038 0.104 0.198 0.028 0.092 0.023 0.114 0.024 0.023 0.014 0.150 0.079 0.121 0.035 0.061 0.059 0.833 0.028 0.024 0.563 0.021 0.745 0.015 0.185 0.010 0.329 0.200 0.030 0.037 0.007 0.393 0.335 0.224 0.284 3.381 3.670 7.508 3.837 0.324 0.275 7.573 8.729 0.924 0.992 0.904 0.971 0.238 0.395 1.955 1.288 0.680 nan 2.052 1.560 485 chr1 85663346 85669460 + 0 NA exon (NM_032184, exon 1 of 7) exon (NM_032184, exon 1 of 7) 325 NM_032184 84144 Hs.533853 NM_032184 ENSG00000097096 SYDE2 - synapse defective Rho GTPase homolog 2 protein-coding 2.484 nan nan 4.465 3.672 5.009 1.450 0.500 1.098 0.909 2.219 1.449 4.651 0.493 4.254 0.860 2.806 0.291 3.959 0.775 2.749 2.653 0.845 0.506 3.662 1.065 1.229 3.864 3.128 0.636 3.112 3.447 3.959 6.990 0.809 0.860 0.078 7.954 0.164 1.021 2.219 4.088 2.989 1.583 1.885 1.961 6.765 1.046 2.594 3.685 2.188 4.617 0.860 5.241 3.160 3.662 1.204 2.931 0.129 4.766 1.093 0.556 0.600 1.034 0.560 2.041 1.174 0.878 1.280 3.593 6.703 2.789 2.691 4.443 1.336 5.139 5.432 2.375 3.193 5.062 6.895 1.909 2.197 1.137 2.723 0.934 0.577 2.043 3.107 1.568 1.117 9925 chr6 133505822 133513281 + 0 NA Intergenic MER102a|DNA|hAT-Charlie -52944 NM_172103 2070 Hs.596680 NM_004100 ENSG00000112319 EYA4 CMD1J|DFNA10 EYA transcriptional coactivator and phosphatase 4 protein-coding 0.766 0.841 0.973 0.107 0.084 0.007 0.078 0.043 0.217 0.038 0.175 0.307 4.104 0.041 0.036 1.166 0.215 0.087 0.042 0.025 1.453 0.093 0.139 0.186 0.054 0.244 0.009 0.055 0.029 0.145 0.539 0.189 0.234 0.079 0.129 0.052 0.058 0.132 0.104 0.362 0.049 0.016 0.074 0.059 0.022 0.143 0.040 0.055 0.087 0.010 0.027 1.166 0.029 0.049 0.054 0.033 0.138 0.031 0.068 0.064 0.053 0.067 0.150 0.008 0.027 0.372 0.331 0.304 0.616 0.368 0.429 nan 0.349 0.206 0.238 1.926 2.327 0.138 0.148 0.795 0.523 0.106 0.230 0.073 0.085 0.132 nan 0.981 0.508 3316 chr13 105934658 105940053 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -180861 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.838 0.773 0.478 0.040 0.064 0.021 0.053 0.090 0.232 0.044 0.102 0.019 0.082 0.707 0.056 0.120 0.255 0.057 0.072 0.088 0.051 0.040 0.064 0.019 0.117 0.087 0.027 0.598 0.027 0.030 0.021 0.075 0.034 0.136 0.171 0.014 0.072 0.094 0.015 0.013 0.030 0.027 0.707 0.107 0.086 0.088 0.022 0.045 0.072 0.032 0.019 0.054 0.022 0.070 0.021 0.009 0.706 0.767 7.901 4.761 0.303 0.291 0.127 0.157 0.314 0.275 0.125 nan 0.163 0.307 0.317 0.127 0.161 0.147 0.032 0.064 0.253 nan 0.147 0.172 8886 chr5 43552690 43560159 + 0 NA intron (NM_183323, intron 1 of 10) CpG 771 NM_182789 10605 Hs.482038 NM_006451 ENSG00000172239 PAIP1 - poly(A) binding protein interacting protein 1 protein-coding 3.315 3.510 7.537 2.500 6.468 1.718 1.602 1.309 3.505 1.329 2.124 1.529 0.958 1.317 4.815 2.938 4.601 0.366 5.779 1.268 2.551 3.193 2.403 1.309 4.279 2.083 2.541 1.833 4.171 1.071 6.422 5.698 5.174 7.057 0.687 2.139 0.555 3.933 0.180 0.808 1.258 2.001 2.879 1.578 1.081 2.210 4.404 0.764 3.148 3.750 2.573 3.113 2.938 7.377 2.477 4.279 1.641 1.884 1.038 5.855 2.818 2.136 2.433 1.289 0.859 1.689 1.288 4.954 5.365 5.616 7.240 7.542 7.083 5.962 2.144 6.570 6.613 3.417 4.397 6.253 9.238 4.825 5.148 5.066 8.822 3.268 2.704 3.333 2.537 2.866 1.635 1270 chr1 246459874 246491336 + 0 NA intron (NM_022743, intron 5 of 11) intron (NM_022743, intron 5 of 11) 105109 NM_022743 64754 Hs.567571 NM_022743 ENSG00000185420 SMYD3 KMT3E|ZMYND1|ZNFN3A1|bA74P14.1 SET and MYND domain containing 3 protein-coding nan 1.369 nan 0.096 0.281 0.065 0.646 0.213 0.455 0.003 0.247 0.979 0.022 0.038 0.103 0.341 0.193 0.119 0.295 0.201 0.042 0.031 0.154 0.212 0.320 0.647 0.386 0.057 0.104 0.100 0.101 0.173 0.128 0.421 0.056 11.070 0.028 0.231 0.134 0.053 0.088 0.096 0.051 0.027 0.065 0.132 0.126 0.509 0.214 0.011 0.163 0.708 0.341 0.102 0.144 0.320 0.946 0.095 0.074 0.031 0.107 0.287 0.138 0.695 0.043 0.053 0.016 0.448 0.367 0.774 0.981 0.558 0.802 0.678 0.259 0.613 0.686 0.993 1.108 0.295 0.319 0.639 0.464 0.186 0.271 0.138 0.268 1.477 3.361 0.512 0.478 10708 chr7 139863649 139878302 + 0 NA intron (NM_030647, intron 1 of 19) L1ME3|LINE|L1 5766 NM_030647 80853 Hs.308710 NM_030647 ENSG00000006459 KDM7A JHDM1D lysine demethylase 7A protein-coding nan nan nan 0.586 1.265 0.556 0.225 0.561 0.810 0.183 0.655 0.493 0.364 0.728 1.339 0.698 0.488 0.121 0.910 0.155 0.210 0.777 0.637 0.490 3.730 0.406 0.325 0.682 0.813 0.187 1.008 1.827 2.252 1.949 0.139 0.151 0.135 1.516 0.186 0.280 0.535 0.770 0.498 0.319 0.499 0.235 0.606 0.546 1.016 0.989 0.876 0.956 0.698 1.344 0.291 3.730 0.166 0.934 0.133 2.074 0.859 0.549 0.445 0.118 0.228 0.616 0.362 1.002 1.473 1.508 2.124 1.478 1.490 nan 0.456 4.252 3.991 0.977 nan 1.316 1.797 nan 0.998 1.121 1.951 0.581 0.441 1.035 1.636 1.533 nan 11599 chr9 80407984 80423970 + 0 NA intron (NM_002072, intron 3 of 6) intron (NM_002072, intron 3 of 6) -152745 NM_004297 9630 Hs.657795 NM_004297 ENSG00000156049 GNA14 - G protein subunit alpha 14 protein-coding 0.752 2.080 0.808 0.144 4.803 0.181 0.249 0.422 0.694 0.146 0.208 0.227 0.125 0.335 0.497 0.284 0.347 0.131 0.279 0.083 0.039 0.009 0.424 0.176 0.425 0.225 0.063 0.056 0.200 0.098 0.105 0.393 0.146 1.434 0.128 0.439 0.065 0.089 0.084 0.029 0.070 0.443 0.049 0.039 0.129 0.146 0.451 0.596 0.199 0.062 0.025 0.141 0.284 0.107 0.078 0.425 0.100 0.248 0.030 0.062 0.222 0.136 0.054 0.048 0.043 0.018 0.022 0.222 0.242 0.739 0.691 0.431 0.568 0.937 0.566 0.182 0.190 0.341 0.479 2.046 2.939 0.201 0.096 0.129 0.302 0.864 1.354 0.310 0.437 1.731 1.200 1645 chr10 112214377 112221847 + 0 NA Intergenic Intergenic -39513 NM_004419 1847 Hs.2128 NM_004419 ENSG00000138166 DUSP5 DUSP|HVH3 dual specificity phosphatase 5 protein-coding 1.462 nan 4.046 0.222 0.566 0.060 2.258 0.129 0.308 0.245 0.697 0.622 0.059 0.902 0.119 0.241 0.230 0.064 0.460 0.133 0.641 0.019 0.146 0.098 0.031 0.911 0.550 0.267 0.309 0.813 0.807 2.539 0.721 1.128 0.358 0.350 0.038 0.043 0.048 0.286 0.075 1.384 0.241 0.219 0.377 0.216 3.411 0.162 2.261 0.402 4.556 2.146 0.241 0.445 0.393 0.031 0.395 0.332 0.374 0.214 2.054 1.752 0.052 0.134 0.275 0.046 0.016 0.295 0.417 0.215 0.474 0.112 0.141 0.477 0.155 0.154 0.148 0.652 1.198 0.222 0.205 0.635 0.706 0.235 0.231 0.402 0.817 0.371 0.495 0.910 0.754 3508 chr14 37331702 37353033 + 0 NA intron (NM_030631, intron 2 of 9) intron (NM_030631, intron 2 of 9) 79229 NR_039725 100616280 NR_039725 ENSG00000266327 MIR4503 - microRNA 4503 ncRNA 1.091 0.789 0.647 0.155 0.276 0.263 0.150 0.210 0.275 0.036 0.054 0.082 0.079 0.105 0.134 0.161 0.157 0.113 0.185 0.044 0.027 0.013 0.117 0.147 0.157 0.078 0.027 0.024 0.118 0.075 1.597 12.195 0.167 0.474 0.746 0.064 0.062 0.076 0.125 0.016 0.066 0.073 0.028 0.029 0.075 0.119 0.077 0.112 0.111 0.030 0.048 0.165 0.161 0.100 0.044 0.157 0.276 0.085 0.036 0.049 0.171 0.056 0.311 0.140 0.018 0.016 0.009 0.304 0.430 0.299 0.262 0.389 0.530 0.760 0.179 0.316 0.257 0.265 0.470 1.008 0.833 0.571 0.217 0.213 0.372 0.234 0.252 0.154 0.144 0.621 0.461 324 chr1 43145876 43158924 + 0 NA intron (NM_004559, intron 2 of 7) MIR|SINE|MIR 3742 NR_132737 4904 Hs.473583 NM_004559 ENSG00000065978 YBX1 BP-8|CBF-A|CSDA2|CSDB|DBPB|EFI-A|MDR-NF1|NSEP-1|NSEP1|YB-1|YB1 Y-box binding protein 1 protein-coding 19.720 1.530 nan 2.243 1.418 1.283 1.373 0.850 1.794 0.610 1.540 1.109 0.904 0.696 1.400 1.685 1.127 0.161 1.347 0.321 0.964 0.978 2.022 1.092 3.081 0.711 0.809 1.023 1.397 0.363 1.331 2.114 1.043 2.795 0.697 1.222 0.279 1.589 0.162 0.551 0.785 1.957 1.331 0.543 0.819 1.052 1.515 1.479 1.210 1.833 0.927 0.679 1.685 1.379 2.261 3.081 0.618 1.388 0.669 2.512 0.996 0.661 2.167 1.509 0.581 1.042 0.576 2.430 2.231 1.969 2.872 4.025 3.794 2.399 0.819 5.374 5.509 2.440 nan nan 4.010 4.961 5.479 3.657 nan 1.500 1.467 4.009 4.550 2.101 1.107 1389 chr10 24982681 24991405 + 0 NA intron (NM_020824, intron 2 of 25) intron (NM_020824, intron 2 of 25) 25554 NM_020824 57584 Hs.524195 NM_020824 ENSG00000107863 ARHGAP21 ARHGAP10 Rho GTPase activating protein 21 protein-coding 0.690 0.745 1.730 0.182 0.151 0.032 0.715 0.074 0.311 0.186 0.208 0.368 4.972 0.023 0.112 0.118 0.707 0.226 0.272 0.107 0.063 0.064 0.071 0.038 0.167 0.221 0.092 0.174 0.078 0.207 0.074 0.222 0.094 0.155 0.034 0.096 0.031 0.086 0.108 0.041 0.432 0.074 0.069 0.081 0.251 0.263 0.265 0.156 0.373 0.137 0.065 0.275 0.118 0.229 0.064 0.167 0.126 0.085 0.088 0.060 0.047 0.267 0.034 0.311 0.194 0.040 0.604 0.520 0.306 0.494 0.281 0.306 0.618 0.271 0.155 0.161 0.669 1.262 0.212 0.227 0.330 0.305 0.210 0.274 0.054 0.081 0.398 1.079 0.289 0.276 7564 chr3 34214355 34229435 + 0 NA Intergenic Intergenic 381832 NM_001162429 10015 Hs.475896 NM_013374 ENSG00000170248 PDCD6IP AIP1|ALIX|DRIP4|HP95 programmed cell death 6 interacting protein protein-coding 0.873 3.042 3.609 0.024 2.307 1.036 0.052 0.128 0.199 0.036 0.048 0.025 0.779 0.879 0.501 0.084 0.050 0.077 0.009 0.009 0.991 0.635 0.340 0.009 0.005 0.014 0.077 0.000 0.086 0.233 0.113 7.776 0.039 0.046 0.474 0.021 0.084 0.015 1.047 0.049 0.016 0.005 0.029 0.020 0.044 0.139 0.086 0.043 0.063 0.026 0.501 0.056 0.025 0.340 0.057 0.044 0.406 0.023 0.169 0.021 0.046 0.196 0.015 0.038 0.003 0.247 0.221 0.456 0.656 3.664 3.553 6.440 2.201 0.171 0.162 0.138 nan 2.586 2.628 0.710 0.557 0.148 0.205 2.164 2.549 0.275 0.729 1.123 0.521 5987 chr2 27973679 27997585 + 0 NA Intergenic AluSx3|SINE|Alu -8952 NM_004891 9553 Hs.515879 NM_004891 ENSG00000243147 MRPL33 C2orf1|L33mt|MRP-L33|RPL33L mitochondrial ribosomal protein L33 protein-coding 1.115 1.031 1.028 2.289 1.341 2.030 1.311 0.992 1.824 0.829 1.398 1.024 2.159 0.660 2.325 1.169 0.326 0.073 1.939 0.705 1.164 0.185 0.328 0.255 1.830 1.019 0.623 0.771 2.951 1.534 1.645 2.554 1.645 3.795 1.119 0.592 0.102 0.554 0.106 0.493 0.563 2.361 0.607 0.298 3.170 1.105 3.890 0.524 0.971 0.739 1.248 0.877 1.169 1.863 1.175 1.830 0.992 0.421 0.498 1.266 1.097 1.860 0.668 0.374 1.050 0.407 0.317 0.995 1.043 1.458 3.198 1.572 1.506 3.463 1.408 4.662 4.693 0.807 1.099 3.480 nan 1.186 0.753 1.733 2.271 0.888 0.912 0.750 1.452 1.060 0.703 9667 chr6 44182305 44195758 + 0 NA intron (NM_001304466, intron 1 of 12) intron (NM_001304466, intron 1 of 12) 1789 NM_001304466 2030 Hs.25450 NM_004955 ENSG00000112759 SLC29A1 ENT1 solute carrier family 29 member 1 (Augustine blood group) protein-coding 2.880 1.655 3.377 1.511 1.183 0.833 0.845 0.465 0.923 0.092 0.872 1.135 0.214 0.797 0.898 1.528 1.106 0.180 0.519 0.070 2.868 2.498 1.283 0.600 1.497 0.434 0.225 0.415 0.403 0.204 0.616 1.464 1.059 1.803 0.186 0.535 0.383 1.841 0.134 0.361 0.697 1.293 0.869 0.540 0.307 0.085 0.916 0.652 1.577 3.122 1.641 0.672 1.528 0.612 1.741 1.497 0.145 0.350 0.353 2.822 1.030 0.265 3.614 0.937 0.181 0.428 0.162 20.552 21.937 2.941 2.124 1.804 1.658 8.362 2.402 5.729 6.292 0.830 1.620 3.311 nan 1.976 1.865 3.902 5.859 1.472 1.138 2.358 4.717 1.823 0.721 637 chr1 143726904 143751100 + 0 NA intron (NR_027468, intron 1 of 4) L2b|LINE|L2 5517 NR_104014 388685 Hs.713362 NM_207400 ENSG00000274020 LINC01138 LINC00875 long intergenic non-protein coding RNA 1138 ncRNA 1.490 nan 1.301 1.718 1.142 0.911 1.394 0.259 0.528 0.388 0.844 1.901 1.634 2.578 3.001 0.410 0.518 0.186 1.684 0.674 3.334 3.679 0.978 0.696 0.869 0.424 0.400 0.692 0.534 0.328 8.003 7.870 0.819 6.810 0.870 0.785 0.624 2.143 0.174 1.432 0.207 1.706 1.888 1.031 1.115 0.691 1.372 1.240 0.720 1.095 2.342 3.534 0.410 2.200 1.373 0.869 1.706 1.877 0.024 2.057 3.325 0.902 4.049 0.511 0.993 0.127 0.049 1.440 1.574 1.529 2.691 1.926 1.831 0.873 0.316 8.896 8.578 0.620 0.853 1.402 1.861 0.712 0.525 4.006 5.045 0.818 0.999 0.681 1.387 0.711 0.574 5566 chr19 16827403 16849546 + 0 NA intron (NM_001007525, intron 2 of 18) intron (NM_001007525, intron 2 of 18) -3529 NM_001347994 284434 Hs.406014 NM_001007525 ENSG00000188039 NWD1 - NACHT and WD repeat domain containing 1 protein-coding 1.860 2.166 1.768 0.855 0.803 2.013 1.208 0.224 0.475 0.859 0.070 0.096 0.008 0.040 0.433 1.173 0.570 0.269 0.488 0.171 0.251 0.025 0.220 0.340 0.336 0.727 0.522 0.057 1.359 0.742 0.098 nan 0.281 1.400 0.166 0.163 0.129 0.689 0.114 0.138 0.050 0.909 2.709 1.013 0.830 0.220 1.849 0.194 0.176 0.580 0.342 0.698 1.173 0.567 0.240 0.336 0.167 0.526 0.260 0.119 0.843 0.607 0.111 0.145 0.217 0.039 0.016 0.277 0.259 0.301 0.909 1.187 1.259 1.960 0.745 0.191 0.155 0.332 0.617 0.247 0.402 0.501 0.392 0.130 0.213 1.434 0.962 0.295 0.579 3.895 1.791 2066 chr11 70115266 70117971 + 0 NA promoter-TSS (NM_003626) promoter-TSS (NM_003626) -188 NR_045286 8500 Hs.530749 NM_003626 ENSG00000131626 PPFIA1 LIP.1|LIP1|LIPRIN PTPRF interacting protein alpha 1 protein-coding nan 2.670 2.259 3.582 3.994 1.718 4.268 1.850 2.669 1.373 2.394 1.469 0.353 1.141 3.117 3.305 1.972 0.177 4.207 0.627 0.444 0.409 2.147 0.526 3.773 2.193 2.986 2.363 3.843 1.933 27.647 25.900 5.406 8.425 0.701 0.958 1.154 2.522 0.182 0.526 0.822 4.453 2.887 2.135 3.179 2.259 4.683 1.814 3.731 3.618 4.079 4.548 3.305 7.348 2.780 3.773 1.802 4.278 0.361 10.362 2.127 3.446 1.326 0.742 1.123 0.617 0.735 3.501 5.106 5.960 6.844 7.462 5.097 12.073 5.900 12.981 13.291 1.513 2.461 3.600 4.935 2.289 2.717 2.769 6.807 3.549 3.100 1.175 1.465 2.273 0.990 8027 chr3 173732123 173743861 + 0 NA intron (NM_014932, intron 4 of 6) intron (NM_014932, intron 4 of 6) -99406 NR_046664 100874010 Hs.624265 NR_046664 ENSG00000228213 NLGN1-AS1 - NLGN1 antisense RNA 1 ncRNA 1.080 1.061 0.697 0.054 0.105 0.155 0.147 0.214 0.533 0.008 0.067 0.087 0.016 0.042 0.046 0.129 0.154 0.054 0.091 0.032 0.017 0.146 0.219 0.112 0.017 0.006 0.026 0.045 0.045 0.093 0.079 0.114 0.345 0.025 0.032 0.414 0.028 0.050 0.010 0.027 0.071 0.026 0.013 0.039 0.026 0.163 0.425 0.035 0.201 0.007 0.017 0.129 0.048 0.024 0.112 0.010 0.014 0.042 0.020 0.044 0.044 0.025 0.127 0.020 0.015 0.009 0.264 0.105 0.228 0.206 0.505 0.596 0.610 0.303 0.251 0.187 5.902 6.184 0.344 0.300 0.611 0.408 0.102 0.219 1.508 1.385 0.285 0.541 0.251 0.389 10556 chr7 100485507 100495481 + 0 NA intron (NM_000665, intron 2 of 4) (CAGA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 3098 NM_000665 43 Hs.154495 NM_000665 ENSG00000087085 ACHE ACEE|ARACHE|N-ACHE|YT acetylcholinesterase (Cartwright blood group) protein-coding nan 1.320 1.618 1.295 1.592 1.712 2.112 0.402 1.188 0.968 1.524 1.147 1.060 0.491 0.542 1.043 0.678 0.145 1.665 0.572 1.901 0.432 0.538 0.432 1.054 0.546 0.672 1.133 5.045 0.740 2.737 3.999 4.924 2.041 0.836 2.212 0.221 1.849 0.133 1.050 0.327 2.750 0.605 0.530 0.940 2.093 1.497 1.398 2.035 4.833 1.374 1.405 1.043 1.541 1.794 1.054 1.841 2.118 0.846 6.008 1.008 2.419 0.594 0.268 0.685 1.064 0.745 2.135 1.889 1.236 1.883 1.544 1.482 3.098 1.091 1.766 1.892 0.773 1.245 2.092 2.950 1.987 1.856 1.559 2.056 1.565 1.424 1.405 nan 1.544 0.899 10286 chr7 31714011 31733209 + 0 NA Intergenic Intergenic -3021 NM_006658 10842 Hs.227011 NM_006658 ENSG00000106341 PPP1R17 C7orf16|GSBS protein phosphatase 1 regulatory subunit 17 protein-coding 5.269 0.958 1.210 0.112 0.114 0.020 0.022 0.143 0.278 0.002 0.072 0.033 0.026 0.026 0.042 0.362 0.189 0.049 0.039 0.010 0.013 0.114 0.090 0.306 0.025 0.015 0.110 0.005 0.087 0.208 0.143 0.327 0.008 0.099 0.604 0.028 0.135 0.018 0.099 0.115 0.016 0.008 0.017 0.028 0.110 0.084 0.042 0.015 0.025 0.061 0.362 0.034 0.019 0.306 0.038 0.009 1.796 0.027 0.037 0.025 0.041 1.318 0.008 0.032 0.013 1.481 1.464 0.228 0.236 1.273 nan 0.132 0.114 0.621 0.653 6.569 nan nan nan 11.728 15.829 0.192 0.231 1.802 1.615 0.795 nan 1.072 0.781 2679 chr12 52653030 52685100 + 0 NA intron (NM_001320198, intron 1 of 10) intron (NM_001320198, intron 1 of 10) 636 NM_001320198 3892 Hs.278658 NM_002284 ENSG00000170442 KRT86 HB6|Hb1|K86|KRTHB1|KRTHB6|MNX keratin 86 protein-coding nan 0.910 0.791 1.005 0.247 0.128 1.985 0.229 0.475 0.551 1.490 1.122 0.612 0.577 0.172 0.349 1.150 0.146 0.839 0.538 1.766 0.043 0.220 0.185 0.361 1.708 1.273 1.266 1.696 2.055 2.054 3.879 1.648 0.792 0.715 4.553 0.069 0.074 0.076 0.412 0.484 1.660 0.322 0.153 1.266 1.008 1.259 2.209 6.444 0.268 1.443 4.280 0.349 2.157 2.131 0.361 1.806 4.132 0.287 0.221 0.462 0.661 0.182 0.057 0.704 2.037 1.260 nan 0.975 4.743 4.812 0.890 nan 1.310 0.472 0.317 0.291 0.324 nan 1.313 nan 0.619 0.603 0.836 0.737 0.352 0.549 0.307 0.487 1.048 0.810 1232 chr1 240718686 240778397 + 0 NA intron (NM_022469, intron 1 of 1) intron (NM_022469, intron 1 of 1) 26921 NM_022469 64388 Hs.98206 NM_022469 ENSG00000180875 GREM2 CKTSF1B2|DAND3|PRDC|STHAG9 gremlin 2, DAN family BMP antagonist protein-coding nan 1.235 nan 0.067 0.153 0.029 0.162 0.240 0.511 0.029 0.077 0.080 0.006 0.025 0.083 0.230 0.134 0.129 0.081 0.022 0.070 0.014 0.158 0.186 0.152 0.241 0.084 0.085 0.116 0.030 0.129 0.533 0.289 0.408 0.022 5.630 0.035 0.076 0.112 0.022 0.080 0.100 0.033 0.018 0.102 0.045 0.050 0.238 0.273 0.052 0.066 0.115 0.230 0.082 0.011 0.152 0.113 0.079 0.023 0.060 0.087 0.048 0.033 0.197 0.036 0.265 0.182 0.256 0.157 0.452 0.653 0.555 0.662 0.599 0.173 0.122 0.117 0.134 0.219 0.209 0.216 0.924 0.655 0.079 0.094 0.150 0.194 0.378 0.968 0.567 0.547 6554 chr2 192078626 192086402 + 0 NA Intergenic Intergenic -27488 NM_001130158 4430 Hs.439620 NM_012223 ENSG00000128641 MYO1B MMI-alpha|MMIa|MYH-1c|myr1 myosin IB protein-coding 1.023 nan 0.939 0.220 0.124 0.265 3.768 0.213 0.362 2.104 0.858 1.558 1.251 0.064 0.046 0.033 0.511 0.145 1.969 1.486 3.323 0.054 0.061 0.115 0.138 2.576 1.604 0.134 2.720 1.464 1.085 2.620 2.388 0.824 2.112 5.282 0.045 0.083 0.651 0.041 0.166 0.217 0.110 2.393 1.149 1.054 0.566 2.127 0.074 0.450 2.267 0.033 1.783 3.087 0.138 1.094 5.706 0.138 0.187 0.259 0.776 0.029 0.016 1.107 0.044 0.026 0.328 0.166 0.972 3.184 0.236 0.224 0.346 0.061 0.574 0.444 0.466 0.756 1.210 1.219 0.491 0.164 0.204 0.342 0.032 0.083 0.321 0.482 0.500 0.317 2941 chr12 110018074 110045959 + 0 NA intron (NM_000431, intron 9 of 10) L2c|LINE|L2 20516 NM_001114185 4598 Hs.130607 NM_000431 ENSG00000110921 MVK LRBP|MK|MVLK|POROK3 mevalonate kinase protein-coding 1.165 0.711 nan 0.116 0.235 0.080 0.668 0.138 0.492 0.086 0.108 0.081 0.117 0.207 0.317 0.355 0.174 0.070 0.247 0.102 0.066 0.030 0.487 0.398 0.477 0.178 0.139 0.153 0.229 0.446 0.307 1.005 0.292 0.455 0.325 0.122 0.072 0.090 0.078 0.102 0.527 0.144 0.037 0.037 0.219 0.277 0.294 0.176 0.212 0.154 0.323 0.129 0.355 0.247 0.103 0.477 0.106 0.075 0.823 0.207 0.846 0.062 0.095 0.810 0.030 0.035 0.016 0.505 0.891 0.277 0.475 1.218 1.123 0.925 0.257 0.541 0.577 0.347 0.640 1.013 1.235 2.810 2.489 0.440 0.559 0.431 0.554 1.242 2.633 1.438 0.800 5978 chr2 26906426 26917276 + 0 NA Intergenic Intergenic -3730 NM_002246 3777 Hs.24040 NM_002246 ENSG00000171303 KCNK3 K2p3.1|OAT1|PPH4|TASK|TASK-1|TBAK1 potassium two pore domain channel subfamily K member 3 protein-coding 1.407 2.218 3.657 0.053 3.563 6.581 0.255 0.487 1.092 0.026 0.057 0.068 0.480 5.793 0.608 0.074 0.154 0.084 0.029 0.025 2.966 0.734 3.307 0.108 0.022 0.067 0.074 0.028 0.185 0.495 0.039 6.175 0.135 0.080 0.747 0.082 0.076 0.060 0.749 0.330 0.013 0.022 0.053 0.043 0.159 0.314 0.524 0.418 0.092 0.109 0.608 0.215 0.093 3.307 0.045 0.086 0.860 0.097 3.300 0.211 0.497 0.202 0.069 0.050 0.051 0.810 1.586 0.122 0.129 2.691 2.714 9.221 2.501 0.197 0.230 1.061 1.551 9.441 nan 0.970 0.996 0.793 1.441 2.824 1.671 0.866 1.778 4.197 2.064 10546 chr7 99538684 99555083 + 0 NA Intergenic Intergenic -19640 NM_181538 349149 Hs.647524 NM_181538 ENSG00000176402 GJC3 CX29|CX30.2|CX31.3|GJE1 gap junction protein gamma 3 protein-coding nan 0.533 nan 0.250 1.053 0.078 1.095 0.135 0.336 0.175 0.080 0.111 0.022 0.079 0.116 0.149 0.136 0.128 0.892 0.544 0.038 0.010 0.455 0.229 0.299 0.116 0.084 0.027 1.811 0.559 0.861 4.802 1.698 0.412 0.259 0.073 0.070 0.074 0.185 0.021 0.054 0.208 0.018 0.047 1.298 1.116 0.129 0.229 0.129 0.119 0.116 2.912 0.149 1.044 0.085 0.299 0.908 2.212 0.018 0.067 0.050 0.169 2.173 0.023 0.042 0.021 0.025 4.929 4.973 5.766 7.320 2.641 2.702 5.604 2.813 0.304 0.408 0.176 0.251 0.204 0.220 0.367 0.143 3.175 4.416 0.428 0.425 0.163 nan 0.840 0.794 7668 chr3 78770519 78793921 + 0 NA intron (NM_133631, intron 3 of 28) intron (NM_133631, intron 3 of 28) 286389 NM_001145845 6091 Hs.744218 NM_002941 ENSG00000169855 ROBO1 DUTT1|SAX3 roundabout guidance receptor 1 protein-coding 1.054 1.412 1.051 0.102 0.509 0.019 0.031 1.202 2.415 0.102 0.076 0.055 0.050 0.265 0.190 0.158 0.245 0.069 0.037 0.049 0.008 0.113 1.125 0.937 0.583 0.012 0.003 0.012 0.068 0.031 0.100 0.214 0.049 1.243 0.031 0.667 0.728 0.083 0.091 0.054 0.200 0.102 0.010 0.020 0.028 0.012 0.180 0.075 0.186 0.046 0.017 0.023 0.158 0.033 0.023 0.583 0.047 0.028 0.125 0.025 0.808 0.058 0.131 1.966 0.013 0.002 0.009 0.239 0.232 2.034 nan 0.976 1.069 3.289 1.732 0.142 0.122 0.602 0.851 0.959 1.003 3.252 2.594 0.173 0.406 2.388 3.081 1.725 nan 0.842 0.369 1639 chr10 106199693 106206238 + 0 NA intron (NM_001008723, intron 15 of 17) intron (NM_001008723, intron 15 of 17) 37068 NR_120624 101927523 Hs.407539 NR_120624 ENSG00000225768 LOC101927523 - uncharacterized LOC101927523 ncRNA nan nan 0.623 0.011 0.045 0.009 0.044 0.112 0.277 0.015 0.117 0.042 0.019 0.084 0.035 0.020 0.114 0.024 0.065 0.058 0.048 0.025 0.110 0.017 0.023 0.196 0.016 0.061 0.073 0.046 0.188 0.025 0.074 0.044 0.050 0.083 0.018 0.012 0.390 0.064 0.078 0.033 0.059 0.152 0.044 0.032 0.012 0.061 0.020 0.021 0.066 0.110 0.062 0.015 0.126 0.031 0.853 1.272 0.220 0.290 1.787 1.767 1.330 1.509 7.307 8.097 0.200 0.133 0.205 0.074 0.419 0.285 0.468 nan 0.161 0.251 0.145 0.082 0.704 1.051 0.032 0.062 0.297 nan 0.257 0.306 3872 chr15 26189701 26194478 + 0 NA intron (NR_040082, intron 1 of 4) intron (NR_040082, intron 1 of 4) 44582 NR_040082 100128714 Hs.587854 NR_040082 ENSG00000206187 LINC02346 - long intergenic non-protein coding RNA 2346 ncRNA nan 1.157 nan 0.015 0.056 0.192 0.808 0.134 0.220 0.142 0.017 0.038 0.013 0.020 0.073 1.134 0.031 0.033 0.328 0.120 0.054 0.920 0.570 0.634 0.544 0.212 0.016 1.140 0.198 0.538 0.840 0.800 0.255 0.038 0.035 0.020 0.068 0.019 0.420 0.017 0.019 0.013 0.033 1.082 0.291 0.284 0.170 0.044 0.060 0.099 1.134 0.148 3.408 0.634 0.025 0.086 0.020 0.036 0.085 0.929 0.165 0.096 0.036 0.032 0.331 0.154 9.022 4.536 1.828 1.767 0.100 0.036 0.127 0.125 0.036 0.181 1.343 2.246 nan 0.416 0.266 0.710 0.128 0.180 0.098 0.208 2.116 1.134 1035 chr1 203556708 203579724 + 0 NA Intergenic Intergenic -27699 NM_001001396 493 Hs.343522 NM_001684 ENSG00000058668 ATP2B4 ATP2B2|MXRA1|PMCA4|PMCA4b|PMCA4x ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 4 protein-coding 1.333 1.153 1.110 0.094 0.089 0.070 0.426 0.214 0.449 0.054 0.321 0.657 0.014 0.030 0.286 4.731 0.224 0.204 0.142 0.140 0.066 0.024 0.123 0.186 0.242 0.299 0.109 0.099 0.162 0.170 0.133 0.488 0.136 0.681 0.095 0.122 0.070 0.076 0.112 0.119 0.187 0.248 0.063 0.058 0.180 0.204 0.238 0.261 0.265 0.145 0.041 0.485 4.731 0.134 0.597 0.242 0.138 0.071 0.047 0.273 0.049 0.127 0.081 0.650 0.070 0.033 0.009 0.638 0.909 0.611 1.223 0.563 0.646 2.003 0.731 nan nan 0.747 1.157 0.261 0.412 0.911 0.694 0.352 0.389 0.256 0.255 0.923 2.564 0.752 0.572 5197 chr18 21152047 21176977 + 0 NA intron (NM_000271, intron 1 of 24) intron (NM_000271, intron 1 of 24) 2069 NM_000271 4864 Hs.464779 NM_000271 ENSG00000141458 NPC1 NPC|SLC65A1 NPC intracellular cholesterol transporter 1 protein-coding 1.228 1.137 1.090 0.883 0.655 0.336 1.028 0.458 0.831 0.338 2.589 1.132 0.448 0.310 0.354 1.331 1.063 0.201 1.194 0.770 0.717 0.311 0.264 0.159 0.910 1.120 0.880 0.380 0.896 0.875 0.630 1.085 2.645 1.782 0.391 0.474 0.225 0.363 0.095 0.990 0.334 0.698 2.839 1.645 1.940 0.642 0.576 1.345 0.572 0.907 2.743 1.303 1.331 1.236 0.692 0.910 0.226 0.752 0.168 0.639 0.436 1.586 0.147 0.262 1.656 0.282 0.156 0.835 0.993 1.309 nan 1.790 1.421 2.182 1.355 0.946 0.889 0.658 0.858 1.061 1.382 0.661 0.514 0.265 0.508 0.906 0.903 0.534 0.686 1.287 1.202 3367 chr13 113730991 113742135 + 0 NA intron (NM_001320815, intron 16 of 30) intron (NM_001320815, intron 16 of 30) -23539 NR_051961 2155 Hs.36989 NM_000131 ENSG00000057593 F7 SPCA coagulation factor VII protein-coding 0.672 nan 1.127 0.033 0.348 9.255 0.089 1.425 2.386 0.084 0.008 0.177 0.143 2.913 1.068 0.020 0.029 0.333 0.101 0.017 0.012 0.128 0.067 4.490 0.192 0.077 0.080 0.091 0.010 0.275 0.847 0.134 1.458 0.102 0.061 0.020 0.037 0.011 0.222 0.206 0.038 0.028 0.019 0.076 0.106 0.107 0.173 0.026 0.056 0.113 1.068 1.357 0.058 4.490 0.110 0.172 0.061 0.104 0.155 0.071 0.053 0.033 0.027 0.010 0.637 0.601 0.219 0.382 2.491 1.700 1.108 0.375 0.176 0.148 0.035 0.044 0.700 1.422 1.124 1.457 0.261 0.324 0.239 0.330 0.173 0.160 0.156 0.122 3964 chr15 56533139 56548992 + 0 NA Intergenic Intergenic -5582 NM_022841 64864 Hs.745089 NM_022841 ENSG00000181827 RFX7 RFXDC2 regulatory factor X7 protein-coding 1.779 1.464 2.544 1.310 0.747 0.315 0.603 1.121 1.832 0.681 0.950 0.948 0.156 0.394 0.651 1.415 0.821 0.122 0.518 0.204 0.504 0.524 0.931 0.739 1.233 0.412 0.446 0.645 0.925 0.479 0.995 2.606 1.101 2.549 0.278 1.342 1.595 0.919 0.082 0.284 0.433 0.837 0.912 0.340 0.634 0.310 0.578 1.013 2.008 1.702 0.369 0.658 1.415 0.409 1.362 1.233 0.564 0.518 0.442 1.100 0.993 0.473 1.105 0.838 0.575 0.409 0.224 0.805 1.236 0.878 1.336 1.651 1.691 1.877 0.681 2.072 2.001 2.329 2.756 1.336 1.994 5.762 6.224 0.943 1.977 4.056 3.962 1.682 2.698 1.072 0.640 6537 chr2 187405782 187411303 + 0 NA Intergenic Intergenic -46248 NM_001145000 3685 Hs.436873 NM_002210 ENSG00000138448 ITGAV CD51|MSK8|VNRA|VTNR integrin subunit alpha V protein-coding 1.055 0.832 0.911 0.758 0.143 0.041 2.444 0.173 0.180 0.553 4.278 3.692 0.179 0.100 0.033 0.374 5.838 0.765 4.587 3.774 0.837 0.303 0.058 0.203 0.067 4.551 3.117 0.878 2.150 2.114 1.126 2.247 3.551 0.538 1.858 4.072 0.034 1.075 0.097 2.393 0.143 5.264 1.419 1.078 2.816 0.988 0.401 3.566 1.454 0.641 0.158 0.408 0.374 1.451 1.335 0.067 0.200 0.384 2.041 0.197 1.665 0.044 1.114 0.125 0.130 0.225 0.224 0.812 2.528 0.139 0.232 0.466 0.095 0.516 0.368 nan 0.523 0.482 0.384 0.506 0.169 0.086 0.310 0.145 0.203 0.406 nan 0.242 0.235 6901 chr20 25200846 25237067 + 0 NA Intergenic Intergenic -9750 NM_002862 5834 Hs.368157 NM_002862 ENSG00000100994 PYGB GPBB glycogen phosphorylase B protein-coding 1.596 3.137 nan 1.326 0.677 0.986 2.800 0.270 0.516 0.401 1.057 1.710 0.233 0.218 0.457 0.725 0.893 0.209 2.373 1.341 2.593 0.210 0.356 0.218 0.588 2.345 2.011 0.333 0.662 2.100 3.109 5.019 1.493 1.536 4.171 5.055 0.132 0.219 0.086 1.815 0.099 1.424 0.977 0.618 1.186 1.851 1.234 2.118 4.298 1.697 1.483 1.957 0.725 5.280 5.497 0.588 1.072 1.827 0.219 1.445 0.733 3.091 0.199 2.390 1.543 0.779 0.594 1.379 1.628 1.239 2.212 1.102 1.026 1.925 0.630 0.740 0.700 0.928 1.386 1.491 1.870 0.887 0.581 0.703 0.837 0.518 1.036 1.993 4.543 1.070 0.715 11147 chr8 99054716 99059464 + 0 NA intron (NM_000989, intron 3 of 4) intron (NM_000989, intron 3 of 4) 728 NM_000989 6156 Hs.400295 NM_000989 ENSG00000156482 RPL30 L30 ribosomal protein L30 protein-coding nan 2.221 6.411 1.885 6.598 1.843 5.145 2.672 4.953 1.266 4.894 2.878 0.694 2.155 2.977 3.024 2.584 0.373 4.335 1.811 2.634 1.254 1.487 1.014 6.006 2.788 2.485 1.783 3.431 2.267 3.783 4.134 2.501 11.135 3.223 2.921 0.699 2.537 0.125 2.143 1.297 3.005 6.223 3.231 2.756 1.036 5.122 3.367 3.357 5.298 2.460 4.132 3.024 3.998 5.124 6.006 1.906 3.072 0.561 3.179 3.416 3.757 1.637 2.189 1.332 2.082 1.524 4.521 4.190 6.114 nan 8.130 7.863 11.631 4.713 9.335 9.892 3.765 5.016 14.466 17.345 6.272 6.444 4.465 8.388 3.913 4.548 7.485 7.352 3.802 2.035 11697 chr9 110801782 110822312 + 0 NA Intergenic Intergenic -560046 NM_004235 9314 Hs.376206 NM_004235 ENSG00000136826 KLF4 EZF|GKLF Kruppel like factor 4 protein-coding 0.575 0.682 nan 0.504 0.217 0.021 1.782 0.365 0.664 0.505 0.444 0.859 0.021 0.010 0.047 0.643 0.818 0.085 1.706 1.249 0.160 0.007 0.104 0.109 0.485 0.675 0.347 0.067 1.237 0.665 0.899 nan 0.289 0.380 0.824 1.031 0.042 0.027 0.071 0.396 0.155 1.922 0.725 0.465 1.614 0.419 0.415 2.015 0.334 0.350 0.323 0.926 0.643 1.030 0.250 0.485 1.265 0.756 0.167 0.395 0.114 0.587 0.154 0.042 0.259 0.182 0.179 0.230 0.180 0.419 0.948 0.391 0.421 0.261 0.101 0.382 0.513 0.058 0.160 0.392 nan 0.542 0.275 0.245 0.391 0.128 0.163 0.132 0.198 nan 0.442 4378 chr16 57017052 57026198 + 0 NA Intergenic Intergenic -1772 NM_001330552 84166 Hs.528836 NM_032206 ENSG00000140853 NLRC5 CLR16.1|NOD27|NOD4 NLR family CARD domain containing 5 protein-coding nan nan nan 0.441 0.653 0.181 3.227 0.879 1.678 0.660 2.984 1.495 1.239 0.306 0.567 1.885 0.212 3.919 2.233 0.489 0.060 0.138 0.089 0.302 4.825 4.320 0.984 6.857 1.139 0.501 2.037 0.687 0.814 1.958 1.616 0.032 0.248 0.041 1.343 0.150 1.280 0.805 0.647 10.257 3.712 1.274 1.736 1.521 0.912 4.447 2.091 0.567 4.044 3.616 0.302 0.362 0.263 0.548 0.517 0.624 2.616 0.508 0.029 0.342 0.643 0.272 2.824 3.213 1.015 1.449 0.812 0.981 1.210 0.293 0.967 1.002 0.219 nan nan nan nan 1.362 1.144 0.985 0.112 0.268 0.149 nan nan 0.792 5529 chr19 10847234 10876099 + 0 NA intron (NM_001005360, intron 1 of 20) intron (NM_001005360, intron 1 of 20) -29264 NR_039903 100616425 NR_039903 ENSG00000265879 MIR4748 mir-4748 microRNA 4748 ncRNA 0.776 0.663 1.382 0.254 0.468 0.674 1.205 0.367 0.670 0.245 0.231 0.530 0.877 0.152 0.136 0.499 0.228 0.167 1.314 0.377 0.223 0.111 0.174 0.183 0.278 1.110 0.830 0.204 0.237 0.110 1.095 nan 0.326 2.001 0.692 0.357 0.092 0.128 0.081 0.115 0.111 0.169 0.253 0.170 1.047 0.598 0.769 0.277 1.964 0.278 0.075 0.787 0.499 1.508 0.359 0.278 0.521 0.201 0.245 0.176 0.369 1.723 0.055 0.150 0.584 0.042 0.027 0.454 0.709 0.391 0.694 0.622 0.677 0.701 0.301 0.856 0.876 1.062 1.453 0.641 0.761 0.667 0.618 0.210 0.289 0.545 0.815 0.383 0.829 1.031 0.604 11102 chr8 91795170 91806688 + 0 NA Intergenic Intergenic -2992 NM_022351 64168 Hs.719466 NM_022351 ENSG00000123119 NECAB1 EFCBP1|STIP-1 N-terminal EF-hand calcium binding protein 1 protein-coding nan 1.342 1.291 0.093 0.528 0.049 0.117 3.051 5.548 0.088 0.056 0.027 0.070 0.078 0.204 0.227 0.098 0.211 0.115 0.022 0.040 0.051 0.104 0.006 0.012 0.025 0.087 0.194 0.098 0.292 0.098 1.043 0.100 0.057 0.322 0.047 0.065 0.020 0.082 0.064 0.031 0.041 0.114 0.040 0.135 0.199 0.071 0.247 0.021 0.064 0.204 0.094 0.040 0.104 0.011 0.028 0.058 0.060 0.071 0.049 0.034 0.076 0.026 0.020 0.018 0.170 0.107 0.255 nan 0.791 0.752 0.165 0.074 0.221 0.294 0.130 0.237 1.603 1.839 0.599 0.346 0.090 0.199 1.232 0.913 0.380 0.715 0.961 0.740 2995 chr12 119788606 119852048 + 0 NA intron (NM_178499, intron 1 of 13) L2b|LINE|L2 47810 NM_178499 160777 Hs.98188 NM_178499 ENSG00000183273 CCDC60 - coiled-coil domain containing 60 protein-coding nan nan 0.578 0.067 0.067 1.563 0.065 0.357 0.695 0.018 0.066 0.048 0.014 0.039 1.491 0.448 0.057 0.082 0.052 0.009 0.021 0.018 0.263 0.251 2.007 0.018 0.034 0.022 0.067 0.020 0.088 0.152 0.067 5.852 0.014 0.067 0.170 0.062 0.103 0.006 0.261 0.083 0.023 0.012 0.021 0.067 0.064 0.191 0.090 0.047 0.022 0.046 0.448 0.097 0.028 2.007 0.012 0.101 0.075 0.033 0.206 0.031 0.213 0.193 0.028 0.019 0.015 0.346 0.318 0.179 0.357 nan nan nan 0.807 0.094 0.106 1.166 1.428 nan nan 0.576 0.245 0.311 0.520 0.728 0.618 0.390 0.799 nan 1.273 5729 chr19 45376959 45395978 + 0 NA intron (NM_001042724, intron 6 of 8) LTR23|LTR|ERV1 -8009 NM_001128917 10452 Hs.655909 NM_006114 ENSG00000130204 TOMM40 C19orf1|D19S1177E|PER-EC1|PEREC1|TOM40 translocase of outer mitochondrial membrane 40 protein-coding 1.693 1.018 1.413 1.050 0.946 0.481 1.400 0.452 1.158 0.627 1.174 0.993 0.143 0.312 0.836 1.104 0.429 0.137 1.173 0.369 1.632 0.292 0.465 0.315 0.854 0.523 0.536 1.148 0.698 0.367 1.410 nan 1.067 1.410 0.672 0.751 0.245 0.758 0.133 1.150 0.209 2.230 0.848 0.401 0.447 0.242 1.103 0.569 0.904 2.103 0.855 0.381 1.104 2.262 1.332 0.854 0.502 0.813 0.381 1.523 0.489 0.913 0.261 2.061 1.100 1.093 0.643 1.044 1.177 1.415 2.273 1.755 1.603 2.387 1.054 2.510 2.687 0.910 1.330 1.834 2.480 1.545 1.505 0.705 1.066 1.193 1.249 1.690 5.159 1.429 0.932 7928 chr3 154040705 154044683 + 0 NA promoter-TSS (NM_020865) promoter-TSS (NM_020865) -408 NM_001114397 170506 Hs.446270 NM_020865 ENSG00000174953 DHX36 DDX36|G4R1|MLEL1|RHAU DEAH-box helicase 36 protein-coding nan 3.036 1.823 3.890 5.627 1.412 2.557 2.375 4.410 0.456 1.457 1.157 0.998 0.603 1.647 2.638 2.131 0.212 1.752 0.570 0.440 0.277 2.733 1.268 3.039 1.756 1.465 1.005 2.414 1.196 1.522 2.904 1.789 2.860 0.824 1.313 0.215 1.436 0.105 0.709 2.230 1.460 1.653 0.782 1.123 0.576 1.961 1.259 1.555 2.596 0.635 1.215 2.638 2.454 2.233 3.039 0.996 0.871 0.905 2.110 1.124 0.895 3.559 1.116 0.609 0.463 0.345 7.239 6.621 14.419 11.467 5.425 4.115 10.061 4.614 11.024 10.649 4.001 nan 3.455 6.555 8.857 8.312 6.086 9.889 1.979 2.462 4.770 4.126 3.256 2.412 10338 chr7 44884890 44896941 + 0 NA Intergenic Intergenic -3190 NM_201516 94239 Hs.488189 NM_012412 ENSG00000105968 H2AFV H2A.Z-2|H2AV H2A histone family member V protein-coding 3.967 3.286 nan 2.626 2.381 3.397 1.826 1.393 2.911 1.231 3.146 0.735 0.490 0.731 2.289 2.257 1.702 0.362 1.730 0.800 1.413 0.823 1.686 0.881 2.355 1.441 1.264 0.833 2.886 0.644 1.496 4.575 2.562 5.962 0.628 1.465 0.771 2.631 0.204 0.925 1.609 2.388 0.938 0.445 0.771 0.693 1.951 1.813 1.396 2.041 1.391 1.961 2.257 2.389 2.325 2.355 0.375 0.991 0.522 2.306 1.551 1.341 0.819 1.161 1.056 0.843 0.617 3.991 4.020 2.580 3.590 5.359 5.136 4.376 2.675 4.029 4.213 2.864 3.393 3.469 5.716 3.757 4.059 2.365 3.511 4.336 4.860 4.112 3.605 1.978 1.232 1712 chr10 128394395 128406482 + 0 NA Intergenic L1MC4|LINE|L1 -41359 NR_146939 118611 Hs.587663 NM_001004298 ENSG00000154493 C10orf90 FATS|bA422P15.2 chromosome 10 open reading frame 90 protein-coding nan 0.600 0.856 0.018 0.175 0.005 0.071 0.102 0.464 0.024 0.026 0.031 0.075 0.037 0.032 0.049 0.067 0.053 0.016 0.041 0.143 0.075 0.039 0.018 0.030 0.012 0.079 0.066 0.085 0.064 0.243 0.030 0.055 0.041 0.077 0.070 0.107 0.023 0.013 0.018 0.013 0.048 0.080 0.067 0.053 0.055 0.032 0.071 0.023 0.039 0.041 0.024 0.010 0.034 0.046 0.025 0.065 0.018 0.010 0.008 0.214 0.124 0.269 0.158 0.153 0.136 6.393 2.353 0.126 0.164 0.098 0.165 0.194 0.312 0.119 0.081 0.079 0.085 0.221 0.154 0.123 0.204 0.698 0.457 8821 chr5 28372011 28377316 + 0 NA Intergenic MSTD-int|LTR|ERVL-MaLR -86891 NR_134265 105374698 Hs.124461 NR_134265 ENSG00000249785 LINC02103 - long intergenic non-protein coding RNA 2103 ncRNA 0.590 1.010 1.020 0.136 0.220 0.022 1.040 0.181 0.284 2.916 0.333 0.068 7.800 0.056 0.017 0.507 0.331 0.090 5.080 2.810 0.738 0.889 0.059 0.094 0.067 0.958 0.705 0.084 1.663 0.787 1.179 2.515 3.408 0.320 1.160 0.072 0.062 0.129 0.133 1.094 0.034 0.015 0.807 0.480 0.055 0.276 0.015 0.076 0.507 2.849 1.498 0.067 0.483 0.062 0.176 0.041 1.054 0.018 0.024 0.258 0.011 0.009 0.448 0.321 0.554 2.149 0.300 0.370 0.201 0.080 0.167 0.114 nan 1.038 0.314 0.365 1.043 0.231 0.120 0.201 0.025 0.095 0.185 0.345 nan 0.329 8243 chr4 6779793 6786117 + 0 NA Intergenic Intergenic -1504 NM_014743 9778 Hs.79276 NM_014743 ENSG00000170871 KIAA0232 - KIAA0232 protein-coding 3.194 2.886 nan 2.134 7.280 1.417 0.995 1.430 2.068 0.879 3.032 0.925 1.591 1.172 10.653 3.608 1.988 0.204 2.956 0.389 1.156 2.017 3.848 1.284 4.898 1.137 1.587 2.043 2.180 0.374 3.276 4.294 2.343 5.871 0.576 1.034 0.538 2.606 0.106 0.762 2.180 2.656 1.897 1.161 0.540 0.768 2.813 1.499 3.175 4.905 2.246 1.857 3.608 5.316 1.665 4.898 1.217 2.717 0.664 3.783 1.964 0.822 1.985 1.094 0.563 1.232 0.627 5.916 7.059 4.034 6.746 6.615 5.256 6.525 2.520 10.014 10.027 1.297 1.780 5.295 8.323 4.701 6.399 2.447 6.013 2.044 1.697 3.709 3.066 nan 2.058 2344 chr11 126172748 126189822 + 0 NA intron (NM_014026, intron 2 of 5) L2b|LINE|L2 7638 NM_001350236 28960 Hs.504249 NM_014026 ENSG00000110063 DCPS ARS|DCS1|HINT-5|HINT5|HSL1|HSPC015 decapping enzyme, scavenger protein-coding 1.311 1.331 0.908 0.481 1.088 2.135 1.685 0.706 1.020 0.448 1.400 1.657 0.269 0.170 0.605 1.146 0.396 0.066 0.836 0.589 0.789 0.162 0.701 0.486 1.193 1.046 0.936 0.503 0.477 0.308 0.740 2.011 0.304 2.987 0.778 0.708 0.273 1.066 0.130 0.635 0.595 1.667 0.814 0.420 0.865 0.351 0.958 0.748 0.668 0.811 0.624 1.247 1.146 0.780 1.318 1.193 0.717 2.520 0.256 0.748 0.451 0.783 1.362 0.687 0.753 0.439 0.241 3.696 4.506 5.598 5.220 1.796 1.997 1.867 0.774 1.581 1.584 2.284 2.814 2.002 2.335 1.794 1.784 2.451 3.538 1.083 1.222 0.845 nan 1.359 0.872 5624 chr19 35756990 35761305 + 0 NA promoter-TSS (NM_001321150) promoter-TSS (NM_001321150) -734 NM_001321150 7392 Hs.454534 NM_003367 ENSG00000105698 USF2 FIP|bHLHb12 upstream transcription factor 2, c-fos interacting protein-coding 6.940 3.017 6.736 4.915 8.408 5.196 1.801 2.982 4.725 3.168 7.205 2.925 3.148 2.667 5.709 5.889 2.414 0.338 5.672 1.146 5.759 2.312 2.767 1.197 6.994 3.463 5.955 5.498 4.757 0.709 6.195 10.198 5.467 13.907 0.608 2.738 1.346 5.573 0.092 1.562 2.567 6.010 5.518 2.906 1.111 2.402 4.171 3.371 13.142 15.400 6.072 3.550 5.889 4.456 3.196 6.994 2.112 4.124 2.122 7.537 2.677 2.278 2.604 2.657 2.006 1.455 0.829 3.399 5.680 5.063 6.954 9.077 8.937 5.135 2.334 12.323 11.427 2.902 4.833 6.369 9.892 nan 10.805 5.599 11.287 4.592 3.428 5.582 5.480 2.810 1.235 9966 chr6 139131886 139144145 + 0 NA intron (NM_001077706, intron 4 of 21) L1MB8|LINE|L1 20767 NM_001195037 345930 Hs.660603 NM_001077706 ENSG00000203734 ECT2L ARHGEF32|C6orf91|FBXO49|LFDH|dJ509I19.2|dJ509I19.3|dJ509I19.5 epithelial cell transforming 2 like protein-coding 3.572 2.595 3.390 0.723 1.695 2.301 1.560 2.545 4.379 1.267 0.109 0.180 1.733 0.186 0.267 0.464 0.129 0.052 1.226 0.804 0.051 0.057 0.910 0.484 2.324 0.039 0.023 0.018 0.875 0.828 2.401 9.596 2.485 5.489 0.980 0.110 2.663 0.168 0.154 0.096 0.717 0.081 0.064 0.044 0.836 1.232 1.242 0.180 0.093 0.317 0.103 0.954 0.464 1.901 0.060 2.324 0.488 1.731 0.423 0.104 1.011 0.064 0.357 0.110 0.037 0.038 0.021 0.637 0.582 2.591 8.418 2.166 2.098 nan 3.307 0.784 0.776 1.940 2.063 5.321 6.402 3.527 3.560 0.387 0.807 7.735 8.521 0.335 nan 1.533 0.867 2552 chr12 25608830 25613836 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 94884 NM_001145728 160492 Hs.44647 NM_152590 ENSG00000152936 LMNTD1 IFLTD1|LMNARS1|PAS1C1 lamin tail domain containing 1 protein-coding nan nan nan 0.214 0.406 0.033 0.522 0.129 0.148 0.383 0.902 2.017 0.025 0.232 0.058 0.333 0.444 0.064 0.973 1.007 2.626 0.028 0.096 0.231 0.095 0.027 0.045 0.640 0.084 0.461 1.062 0.370 0.457 2.799 3.022 0.043 0.091 10.029 0.048 1.527 0.144 0.109 0.086 0.106 0.288 0.759 0.081 0.456 0.851 0.788 0.333 0.912 1.146 0.095 0.246 0.429 5.258 0.345 0.678 0.039 0.100 1.751 0.058 0.030 0.262 0.150 0.277 0.598 0.242 0.439 0.181 0.108 0.460 0.311 0.156 0.257 0.451 0.398 0.291 0.158 0.128 0.266 0.085 0.099 0.226 0.653 0.136 0.224 5007 chr17 74485134 74498388 + 0 NA intron (NM_024599, intron 1 of 18) intron (NM_024599, intron 1 of 18) 5748 NM_024599 79651 Hs.464157 NM_024599 ENSG00000129667 RHBDF2 RHBDL5|RHBDL6|TEC|TOC|TOCG|iRhom2 rhomboid 5 homolog 2 protein-coding 1.852 1.377 1.946 0.597 0.424 0.694 1.185 0.557 0.711 0.196 2.546 0.754 0.028 0.227 0.586 0.435 1.042 0.158 2.292 0.827 0.151 0.220 0.496 0.296 0.317 2.356 2.129 0.482 0.484 0.726 1.251 3.509 0.455 2.670 0.860 0.897 0.050 0.466 0.122 0.880 0.066 4.145 1.412 0.781 2.800 0.261 0.204 0.654 1.427 2.664 0.302 0.473 0.435 1.238 0.478 0.317 0.341 0.368 0.272 1.893 0.678 0.396 0.187 0.299 0.934 1.534 1.020 1.136 2.242 0.563 0.894 1.230 1.163 1.821 0.657 1.146 1.235 nan 1.095 0.914 1.310 1.458 1.559 0.651 0.939 0.631 0.875 1.003 1.859 nan 0.537 6933 chr20 32102978 32123988 + 0 NA intron (NM_001032999, intron 1 of 10) AluJr|SINE|Alu 35555 NM_001032999 9139 Hs.153934 NM_005093 ENSG00000078699 CBFA2T2 EHT|MTGR1|ZMYND3|p85 CBFA2/RUNX1 translocation partner 2 protein-coding 1.412 2.302 3.378 0.347 2.623 0.811 0.250 1.062 2.297 0.077 0.442 0.589 0.068 0.607 1.351 0.367 0.895 0.398 0.396 0.216 0.114 0.036 1.310 0.669 1.732 0.619 0.330 0.155 0.090 0.106 0.155 nan 0.140 1.601 0.090 0.270 0.399 0.133 0.151 0.163 0.521 0.197 0.092 0.095 0.125 0.209 0.455 0.747 0.267 0.165 0.071 0.240 0.367 0.697 0.121 1.732 0.221 0.133 0.184 0.123 0.750 0.337 0.170 0.694 0.145 0.095 0.069 0.987 1.111 0.555 0.722 2.773 nan 4.901 2.036 1.374 1.407 2.175 2.703 4.752 5.606 1.942 1.177 0.422 0.644 1.125 2.077 0.923 nan 1.710 0.904 7751 chr3 112958147 112963712 + 0 NA intron (NM_001301861, intron 2 of 19) intron (NM_001301861, intron 2 of 19) 29585 NM_001301861 91653 Hs.591318 NM_033254 ENSG00000144857 BOC CDON2 BOC cell adhesion associated, oncogene regulated protein-coding 1.797 nan 1.115 0.076 0.140 0.098 0.231 0.225 0.612 0.298 0.732 0.011 0.054 0.232 1.252 2.655 0.057 0.095 0.034 0.019 0.142 0.149 0.751 0.074 0.026 0.079 0.074 0.056 0.088 0.348 0.025 0.469 0.288 0.019 0.288 0.020 0.016 0.021 5.863 0.067 0.086 0.084 0.019 0.014 0.034 0.215 0.088 0.181 0.061 0.084 1.252 0.091 0.099 0.751 0.110 0.071 0.104 0.114 0.018 0.029 0.054 1.233 0.357 0.021 0.012 0.450 0.519 0.490 1.033 0.568 nan 0.527 0.258 0.317 0.384 2.809 3.212 0.485 0.590 1.598 1.170 0.212 0.212 0.663 0.615 1.995 3.857 0.552 0.610 11829 chr9 136125075 136129005 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 23590 NM_020469 28 Hs.654423 NM_020469 ENSG00000175164 ABO A3GALNT|A3GALT1|GTB|NAGAT ABO, alpha 1-3-N-acetylgalactosaminyltransferase and alpha 1-3-galactosyltransferase protein-coding nan 3.357 0.672 0.273 1.194 1.476 2.020 0.041 0.402 1.185 0.067 0.024 4.131 0.076 0.045 0.225 0.077 4.059 0.979 0.016 0.039 0.184 0.324 0.897 0.846 0.055 2.734 2.275 5.003 13.590 1.321 4.750 3.870 0.069 0.025 0.093 0.110 0.030 0.233 0.015 0.097 0.139 6.709 3.716 0.079 0.301 0.037 1.840 0.225 2.074 0.324 1.988 1.798 0.048 0.090 0.103 0.114 0.100 0.031 0.015 0.230 0.355 0.148 0.146 0.371 0.461 nan 0.047 0.322 0.286 0.071 0.170 1.403 1.489 0.356 0.174 0.285 0.405 0.160 0.130 0.074 0.132 0.395 0.406 4452 chr16 75974158 75985425 + 0 NA Intergenic Intergenic -219403 NM_001355613 105371346 NM_001355613 ENSG00000283755 CPHXL - cytoplasmic polyadenylated homeobox like protein-coding 0.517 0.498 nan 0.050 0.110 0.020 0.025 0.227 0.440 0.009 0.107 0.074 0.169 0.112 0.918 0.054 0.129 0.160 0.017 0.058 0.152 0.155 0.131 0.012 0.026 0.006 0.018 0.036 0.107 0.037 0.217 0.026 0.177 0.009 0.038 0.069 0.011 0.064 0.114 0.021 0.021 0.010 0.007 0.068 0.097 0.081 0.032 0.105 0.066 0.918 0.068 0.025 0.131 0.033 0.044 0.165 0.011 0.009 0.028 0.341 0.055 0.014 0.024 0.023 1.046 0.848 0.069 0.085 0.386 0.491 8.107 4.113 0.453 0.436 0.125 0.174 0.389 0.378 0.536 0.349 0.332 0.672 0.070 0.044 0.104 0.162 0.877 0.751 5456 chr19 247560 257520 + 0 NA Intergenic THE1C|LTR|ERVL-MaLR 38629 NM_177543 8612 Hs.465506 NM_003712 ENSG00000141934 PLPP2 LPP2|PAP-2c|PAP2-g|PPAP2C phospholipid phosphatase 2 protein-coding 0.929 0.937 0.928 0.086 0.166 0.043 0.090 0.210 0.370 0.010 0.093 0.074 0.025 0.134 0.212 0.104 0.112 0.097 0.134 0.038 0.026 0.042 0.394 0.318 0.169 0.021 0.015 0.015 0.095 0.010 0.080 0.216 0.164 0.350 0.015 0.110 0.038 0.077 0.104 0.024 0.056 0.148 0.033 0.008 0.033 0.061 0.081 0.160 0.057 0.064 0.024 0.068 0.104 0.057 0.074 0.169 0.049 0.033 0.093 0.030 0.093 0.096 0.020 0.126 0.016 0.029 0.010 0.468 0.400 0.352 0.551 0.362 0.578 1.410 0.466 0.374 0.325 0.290 0.480 0.467 nan 0.797 0.304 0.167 0.231 0.153 0.230 0.218 0.515 3.833 1.526 10946 chr8 49819643 49838543 + 0 NA Intergenic Intergenic 4906 NM_003068 6591 Hs.360174 NM_003068 ENSG00000019549 SNAI2 SLUG|SLUGH|SLUGH1|SNAIL2|WS2D snail family transcriptional repressor 2 protein-coding 1.721 nan 2.109 0.128 0.085 0.003 0.695 0.084 0.193 0.030 0.602 0.846 0.020 0.037 0.137 0.413 0.803 0.111 0.484 0.320 0.048 0.829 0.400 0.044 0.978 0.735 0.132 0.554 0.299 0.305 0.041 1.319 0.862 0.970 0.510 0.027 0.134 0.551 0.117 0.341 0.112 0.103 0.220 0.115 0.453 3.492 0.119 0.080 0.293 0.173 0.413 0.498 0.035 0.044 0.330 0.174 0.221 0.235 2.545 0.397 0.031 0.248 1.056 0.277 0.252 0.411 0.334 0.706 1.555 1.535 1.171 2.378 0.485 0.432 0.446 0.500 0.720 0.109 0.113 0.816 0.603 0.143 0.187 2.574 3.757 0.370 0.605 2.211 1.465 5585 chr19 19169034 19176501 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -2003 NM_001321544 284439 Hs.303669 NM_178526 ENSG00000181035 SLC25A42 - solute carrier family 25 member 42 protein-coding 1.768 1.095 1.593 0.406 4.912 0.933 0.132 0.473 0.992 0.141 0.410 0.332 0.166 1.997 1.501 0.551 0.421 0.144 0.640 0.254 0.341 0.166 0.421 0.222 1.201 0.416 0.231 0.453 0.537 0.155 0.520 nan 0.512 2.132 0.060 0.226 0.090 0.463 0.072 0.204 0.276 0.777 0.397 0.252 0.190 0.125 0.496 0.282 0.595 1.333 0.696 0.245 0.551 0.651 1.313 1.201 0.164 0.299 0.196 0.606 3.948 0.769 0.145 0.795 0.318 0.154 0.076 0.857 1.391 0.951 1.237 1.929 1.948 1.776 0.524 0.819 0.869 1.106 1.473 8.773 14.570 2.612 2.887 0.535 0.702 0.577 0.607 1.561 3.132 5.471 2.268 3749 chr14 89421088 89427232 + 0 NA Intergenic Intergenic 133663 NM_144596 123016 Hs.303055 NM_144596 ENSG00000165533 TTC8 BBS8|RP51 tetratricopeptide repeat domain 8 protein-coding 1.439 0.735 nan 0.012 0.157 0.045 0.046 0.079 0.295 0.051 0.060 0.040 0.033 0.073 0.291 0.221 0.101 0.017 0.021 0.022 0.203 0.223 0.039 0.011 0.023 0.012 0.087 0.052 0.048 0.117 0.252 0.024 0.086 0.078 0.052 0.135 0.092 0.104 0.059 0.013 0.137 0.047 0.081 0.053 0.047 0.013 0.032 0.291 0.046 0.030 0.039 0.039 0.003 0.127 0.019 1.760 0.116 0.081 0.061 0.214 0.037 0.264 0.092 0.155 0.207 0.530 0.483 4.945 0.851 0.234 0.250 0.470 1.161 1.360 0.715 1.729 1.708 0.180 0.231 0.623 0.746 0.271 0.834 nan 2.756 6029 chr2 39345849 39352953 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -1797 NM_005633 6654 Hs.709893 NM_005633 ENSG00000115904 SOS1 GF1|GGF1|GINGF|HGF|NS4|SOS-1 SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1 protein-coding 4.460 nan nan 3.339 6.095 3.655 3.174 2.734 4.558 1.627 3.810 1.862 1.502 1.731 6.729 4.095 1.868 0.297 3.987 1.414 4.057 2.420 4.137 1.708 6.064 2.767 2.545 2.271 3.814 1.320 5.962 nan 3.767 8.480 1.976 3.017 0.560 4.915 0.196 1.881 2.444 5.613 3.029 1.703 1.903 1.918 4.671 2.815 6.530 5.325 4.466 3.509 4.095 6.125 5.335 6.064 1.757 3.517 1.536 7.714 3.553 3.453 2.226 3.887 2.661 1.605 0.869 6.688 7.380 7.759 11.556 10.870 8.444 11.785 5.150 9.455 nan 3.888 5.760 8.667 11.928 nan 6.550 3.701 6.878 2.216 1.845 6.483 8.043 4.246 2.362 11497 chr9 23817928 23832142 + 0 NA intron (NM_001351462, intron 2 of 8) intron (NM_001351462, intron 2 of 8) 1269 NM_001351468 1993 Hs.166109 NM_004432 ENSG00000107105 ELAVL2 HEL-N1|HELN1|HUB ELAV like RNA binding protein 2 protein-coding 1.990 nan nan 0.025 0.080 0.591 0.035 0.429 0.872 0.262 0.007 0.305 0.169 1.531 0.683 0.107 0.102 0.497 0.199 0.004 1.290 0.827 0.236 0.034 0.025 0.031 0.555 0.163 0.051 0.102 3.133 0.165 0.298 1.402 0.091 0.052 0.008 0.011 0.078 0.008 0.022 0.008 0.070 0.067 0.092 0.005 0.043 0.023 0.683 0.537 0.006 0.236 0.061 0.019 0.075 0.098 2.175 0.011 0.334 0.399 0.038 0.024 0.007 1.546 1.669 0.864 1.281 2.807 2.059 0.377 0.159 0.040 0.031 4.357 5.270 1.085 1.315 3.691 5.753 0.683 1.225 6.147 4.967 2.001 2.300 4.169 2.783 3115 chr13 34726102 34743215 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -187522 NR_146542 105370158 NR_146542 LINC02343 - long intergenic non-protein coding RNA 2343 ncRNA 1.317 1.290 1.249 4.212 0.363 0.085 1.194 0.131 0.196 0.056 0.331 2.138 0.029 1.078 0.600 0.367 0.962 0.095 0.804 0.576 0.092 0.008 1.478 0.724 0.496 1.060 0.817 0.099 0.308 0.499 2.075 4.382 0.461 1.193 1.143 1.332 0.156 0.050 0.062 1.288 0.060 1.672 1.740 0.726 0.455 0.369 1.441 3.148 1.062 0.820 1.811 0.420 0.367 1.171 0.715 0.496 0.281 1.290 0.176 0.698 1.813 0.531 0.115 0.297 1.075 1.387 2.000 0.647 0.511 0.625 2.252 0.569 0.605 4.712 3.234 0.116 0.122 1.224 1.655 0.960 1.122 0.553 0.287 0.267 0.388 0.679 1.490 0.539 1.133 0.905 0.642 380 chr1 52411877 52446398 + 0 NA intron (NM_002867, intron 2 of 4) L2b|LINE|L2 27299 NM_002867 5865 Hs.123072 NM_002867 ENSG00000169213 RAB3B - RAB3B, member RAS oncogene family protein-coding 1.268 1.635 1.861 0.084 1.870 2.570 0.334 2.761 5.475 0.053 0.376 0.194 0.066 0.651 3.571 0.915 0.146 0.135 0.187 0.165 0.076 0.040 2.292 0.912 1.332 0.062 0.034 0.155 0.081 0.534 0.135 nan 0.094 2.064 0.030 5.434 0.088 0.056 0.125 0.102 2.429 0.200 0.072 0.045 0.326 0.208 0.134 0.229 0.208 0.401 0.069 0.172 0.915 0.159 0.075 1.332 0.149 0.142 0.289 0.128 0.867 0.059 0.437 0.396 0.070 0.861 0.464 1.093 1.147 0.329 0.485 4.195 4.646 4.791 2.500 2.191 2.247 0.292 0.583 4.149 5.559 0.733 0.563 0.722 0.930 0.793 1.023 0.765 nan 3.010 1.414 3206 chr13 73725725 73753598 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 106731 NM_001730 688 Hs.508234 NM_001730 ENSG00000102554 KLF5 BTEB2|CKLF|IKLF Kruppel like factor 5 protein-coding nan 1.696 0.743 1.049 0.250 0.594 0.325 0.422 0.740 0.168 0.192 0.229 0.031 0.025 0.962 0.382 0.196 0.087 0.110 0.061 0.068 0.015 0.034 0.021 0.756 0.347 0.115 0.045 0.063 0.106 1.146 5.496 0.344 2.602 0.288 0.131 0.017 0.074 0.095 0.034 0.573 0.176 0.035 0.031 0.208 0.279 0.733 0.118 0.362 0.042 0.090 0.739 0.382 0.120 0.033 0.756 1.312 0.273 0.042 0.067 0.022 0.031 0.135 0.084 0.098 0.012 0.005 0.958 1.092 0.462 0.799 0.805 0.850 nan 0.404 0.292 0.233 0.063 0.100 1.659 2.147 nan 0.114 0.296 0.599 0.112 0.097 0.262 nan 0.163 0.199 965 chr1 186797594 186820032 + 0 NA intron (NM_024420, intron 1 of 17) intron (NM_024420, intron 1 of 17) 10781 NM_001311193 5321 Hs.497200 NM_024420 ENSG00000116711 PLA2G4A PLA2G4|cPLA2|cPLA2-alpha phospholipase A2 group IVA protein-coding nan nan 1.156 0.311 0.071 0.022 0.067 0.093 0.152 0.004 0.161 0.541 0.209 0.036 0.055 0.176 0.238 0.130 0.420 0.135 0.061 0.031 0.141 0.109 0.106 0.043 0.029 0.036 0.218 0.112 1.658 3.898 2.592 0.307 0.123 1.412 0.009 0.039 0.148 0.042 0.046 0.066 0.043 0.059 0.145 0.048 0.150 0.131 1.524 0.032 0.197 2.337 0.176 0.226 0.057 0.106 1.352 0.048 0.013 0.041 0.100 0.025 3.441 0.790 0.042 0.039 0.009 0.700 0.624 6.140 5.485 0.346 nan 0.156 0.096 nan 0.601 0.516 0.624 0.361 0.311 0.394 0.219 3.366 4.853 0.101 0.134 0.989 nan 0.287 0.448 1279 chr10 1028240 1036522 + 0 NA Intergenic Intergenic -1968 NM_012341 23560 Hs.215766 NM_012341 ENSG00000107937 GTPBP4 CRFG|NGB|NOG1 GTP binding protein 4 protein-coding 1.837 1.740 1.964 8.541 1.595 3.070 1.161 0.941 2.203 0.472 1.378 1.866 0.324 0.593 1.399 1.654 2.070 0.324 1.418 0.435 2.526 0.940 0.625 0.268 2.028 0.837 0.944 2.523 1.172 0.688 1.209 1.819 1.147 3.360 0.247 1.510 0.137 1.218 0.101 0.685 0.503 1.562 3.733 1.617 1.410 0.285 1.249 1.377 1.918 1.803 1.518 1.686 1.654 2.260 2.877 2.028 2.182 0.721 0.296 3.016 0.829 1.034 0.291 0.525 1.167 9.132 8.601 2.353 2.138 2.644 4.611 2.252 1.886 4.929 1.606 3.101 3.109 1.975 2.764 2.811 3.770 1.800 1.840 0.903 1.982 1.296 1.441 1.997 2.176 0.804 0.502 286 chr1 39449107 39466252 + 0 NA intron (NM_001136275, intron 1 of 3) intron (NM_001136275, intron 1 of 3) 763 NM_001136275 79647 Hs.293563 NM_024595 ENSG00000174574 AKIRIN1 C1orf108|STRF2 akirin 1 protein-coding 13.137 nan 1.473 1.055 2.804 0.787 2.232 0.409 1.084 0.543 1.022 0.481 1.122 0.919 0.676 0.797 0.797 0.245 1.462 0.454 0.782 0.712 0.704 0.520 2.164 0.733 0.602 1.100 1.267 0.505 1.466 2.502 1.674 2.424 0.494 0.986 0.116 1.845 0.201 0.242 0.453 0.980 0.594 0.272 1.019 0.639 1.073 0.559 1.358 1.152 0.792 0.852 0.797 1.434 3.058 2.164 0.771 1.112 0.327 1.476 0.600 0.490 0.623 0.941 0.350 0.383 0.188 0.874 0.833 1.421 1.534 2.089 2.128 nan 0.432 2.002 1.917 1.235 1.696 7.726 8.880 nan 1.243 1.071 1.932 0.545 0.504 1.459 3.269 29.422 18.536 1395 chr10 25346773 25358634 + 0 NA Intergenic Intergenic -1495 NM_001270383 219670 Hs.534486 NM_145010 ENSG00000151023 ENKUR C10orf63|CFAP106 enkurin, TRPC channel interacting protein protein-coding 0.669 1.267 0.868 0.521 0.170 0.075 1.528 0.412 0.856 0.853 1.782 1.645 3.520 0.017 0.097 0.510 0.575 0.203 2.827 1.772 0.159 0.035 0.192 0.168 0.086 1.985 1.583 0.068 1.743 1.644 0.502 1.667 0.339 0.443 1.294 1.731 0.040 0.036 0.061 1.780 0.027 0.972 0.852 0.516 2.366 1.035 0.611 0.430 1.891 0.210 0.951 1.866 0.510 2.014 0.365 0.086 2.183 1.897 0.041 0.251 0.515 0.805 0.008 0.090 1.151 0.032 0.013 0.297 0.222 1.000 3.488 0.219 0.229 7.315 2.288 0.157 0.129 0.778 1.084 0.128 0.165 0.291 0.243 0.185 0.144 0.513 0.795 0.187 0.307 0.617 0.543 1075 chr1 207389158 207422824 + 0 NA Intergenic LTR86C|LTR|ERVL -88826 NM_000574 1604 Hs.126517 NM_000574 ENSG00000196352 CD55 CHAPLE|CR|CROM|DAF|TC CD55 molecule (Cromer blood group) protein-coding 0.772 1.161 0.783 0.528 0.101 0.028 2.968 0.157 0.320 0.244 0.231 0.703 0.601 0.021 0.135 0.217 0.233 0.108 1.697 1.323 0.068 0.029 0.089 0.148 0.068 2.587 1.707 0.465 1.764 1.942 2.216 4.704 2.984 0.305 0.686 0.529 0.025 0.039 0.142 0.358 0.059 0.175 0.127 0.081 3.819 0.814 0.546 0.175 0.450 0.026 0.100 1.029 0.217 0.785 2.140 0.068 0.916 0.303 0.009 0.086 0.051 0.324 0.041 0.059 0.120 0.031 0.017 0.376 0.266 0.423 0.840 0.389 0.492 0.114 0.079 nan nan 0.223 0.326 0.278 0.312 0.323 0.138 0.101 0.127 0.069 0.101 0.195 0.302 0.263 0.363 10606 chr7 114046090 114073649 + 0 NA intron (NM_148898, intron 1 of 17) intron (NM_148898, intron 1 of 17) 4817 NM_014491 93986 Hs.282787 NM_014491 ENSG00000128573 FOXP2 CAGH44|SPCH1|TNRC10 forkhead box P2 protein-coding nan 0.862 2.680 0.116 0.164 0.068 0.042 0.728 1.326 0.010 0.097 0.127 0.016 0.055 3.095 0.506 0.292 0.082 0.077 0.027 0.025 0.287 1.133 0.807 3.061 0.015 0.010 0.066 0.091 0.027 0.097 0.181 0.328 3.425 0.048 0.061 0.929 0.157 0.142 0.009 0.610 0.047 0.007 0.006 0.024 0.031 0.137 0.083 0.130 0.132 0.129 0.170 0.506 0.023 0.034 3.061 0.049 0.438 0.141 0.055 0.493 0.034 0.061 0.625 0.011 0.008 0.013 3.033 2.508 1.735 1.548 0.354 0.523 3.538 3.739 0.275 0.280 3.218 3.781 0.736 1.097 1.666 1.319 0.337 0.563 3.625 4.289 1.237 1.852 0.848 0.649 2426 chr12 5017674 5024850 + 0 NA exon (NM_000217, exon 2 of 2) exon (NM_000217, exon 2 of 2) 2189 NM_000217 3736 Hs.416139 NM_000217 ENSG00000111262 KCNA1 AEMK|EA1|HBK1|HUK1|KV1.1|MBK1|MK1|RBK1 potassium voltage-gated channel subfamily A member 1 protein-coding 0.630 nan nan 0.020 1.292 0.031 1.273 2.074 0.013 0.033 0.055 0.055 1.248 0.820 0.032 0.069 0.015 0.026 0.040 4.865 2.551 5.498 0.020 0.030 0.029 0.058 0.040 0.079 5.662 0.029 1.478 0.061 0.080 0.122 0.089 0.025 0.011 0.016 0.064 0.053 0.208 0.034 0.030 0.009 0.820 0.049 5.498 0.011 0.163 0.014 0.021 0.014 0.053 0.008 0.014 0.128 0.067 0.088 0.089 nan 1.495 3.021 1.856 0.142 0.129 1.993 2.651 0.169 0.100 0.271 0.158 0.095 0.181 2.842 2.298 0.103 nan 1.907 0.922 9922 chr6 132546395 132564618 + 0 NA Intergenic Intergenic 100388 NR_146223 100507254 Hs.103070 NR_038981 ENSG00000228495 LINC01013 - long intergenic non-protein coding RNA 1013 ncRNA 0.731 0.711 0.644 0.079 0.107 0.020 0.020 0.114 0.193 0.011 0.047 0.081 0.003 0.027 0.045 0.147 0.332 0.105 0.082 0.010 0.017 0.008 0.077 0.085 0.046 0.004 0.004 0.292 0.080 0.029 0.048 0.134 0.070 0.225 0.032 0.027 0.016 5.179 0.174 0.013 0.013 0.061 0.043 0.034 0.024 0.027 0.132 0.039 0.045 0.073 0.017 0.037 0.147 0.043 0.046 0.020 0.014 0.007 0.034 0.047 0.033 0.041 0.017 0.022 0.017 0.388 0.249 0.185 0.316 0.238 0.250 nan 0.242 0.247 0.231 0.193 0.285 0.100 0.138 0.561 0.222 0.108 0.193 0.087 0.142 0.125 nan 0.413 0.431 11059 chr8 74842507 74848811 + 0 NA Intergenic LTR8A|LTR|ERV1 38484 NM_001204862 6921 Hs.533437 NM_005648 ENSG00000154582 ELOC SIII|TCEB1 elongin C protein-coding 1.058 0.876 0.749 0.220 0.087 4.215 0.229 0.348 0.015 1.594 1.070 0.216 0.050 0.089 0.184 0.154 0.172 2.309 1.445 0.117 0.022 0.120 0.131 0.187 1.536 1.091 0.035 3.117 1.867 1.383 2.782 2.279 0.295 0.950 0.256 0.015 0.069 0.131 0.934 0.064 1.138 0.984 0.570 1.063 9.213 0.200 3.413 0.347 2.774 0.075 0.499 0.184 3.315 5.354 0.187 0.214 0.118 0.076 0.016 1.089 0.028 0.191 1.003 0.238 0.089 0.280 0.283 0.190 0.622 0.297 0.427 0.413 0.216 0.311 0.307 0.472 0.770 0.178 0.275 0.296 0.133 0.163 0.304 0.076 0.112 0.283 0.369 0.651 0.679 3125 chr13 39515441 39529011 + 0 NA Intergenic Intergenic 42770 NM_145286 161003 Hs.327794 NM_145286 ENSG00000133115 STOML3 Epb7.2l|SRO stomatin like 3 protein-coding 0.755 1.009 0.967 0.042 0.069 0.012 0.063 0.024 0.100 0.062 0.007 0.013 0.022 0.113 0.364 0.093 0.117 0.082 0.004 0.196 0.088 0.147 0.011 0.011 0.084 0.031 0.560 1.241 0.141 0.271 0.451 0.036 0.496 0.062 0.082 0.009 0.187 0.061 0.031 0.005 0.088 0.080 0.077 0.071 0.018 0.026 0.027 0.284 0.364 0.098 0.007 0.147 0.099 0.043 0.022 0.037 0.255 0.046 0.052 0.082 0.022 0.013 0.019 0.573 0.358 0.131 0.164 0.365 0.413 2.557 0.824 0.146 0.139 0.221 0.497 0.105 0.101 0.365 0.155 0.165 0.294 1.994 4.567 0.290 0.480 0.441 0.422 4469 chr16 81735895 81786524 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -51654 NM_002661 5336 Hs.372303 NM_002661 ENSG00000197943 PLCG2 APLAID|FCAS3|PLC-IV|PLC-gamma-2 phospholipase C gamma 2 protein-coding nan 0.810 0.935 0.200 0.597 0.243 0.357 0.291 0.590 0.247 0.355 0.552 0.018 0.204 0.285 2.138 0.110 0.077 0.681 0.409 2.689 0.036 0.134 0.135 1.109 0.744 0.522 0.157 0.266 0.098 0.135 0.579 0.137 0.985 0.353 0.725 0.093 0.116 0.079 0.143 0.194 0.558 0.118 0.131 0.105 0.130 0.158 0.168 2.090 0.257 0.272 0.901 2.138 0.621 0.237 1.109 0.341 0.136 0.242 0.441 0.727 0.383 0.123 0.051 0.125 0.487 0.299 1.138 1.091 0.574 0.593 0.886 0.888 1.343 0.505 2.784 2.896 0.417 0.710 0.707 0.837 0.720 0.453 0.482 0.561 0.374 0.393 0.223 0.353 0.822 0.595 6443 chr2 161246360 161268509 + 0 NA intron (NM_016836, intron 1 of 13) intron (NM_016836, intron 1 of 13) 6959 NR_039946 100616364 NR_039946 ENSG00000283734 MIR4785 mir-4785 microRNA 4785 ncRNA 1.199 0.955 nan 2.296 0.313 0.023 0.884 0.237 0.398 0.542 1.784 1.022 0.221 0.031 0.181 0.539 0.998 0.189 0.778 0.326 0.517 0.149 0.134 0.086 1.230 0.899 0.482 0.905 0.390 0.458 1.216 0.621 1.207 0.290 1.613 0.004 0.665 0.072 0.407 0.280 0.979 1.002 0.506 0.948 0.771 0.603 0.835 1.621 1.730 0.189 0.629 0.539 0.842 0.393 0.086 1.178 0.599 0.160 0.611 0.146 0.760 0.120 0.166 1.004 0.135 0.064 0.279 0.177 1.992 3.571 0.609 0.544 0.123 0.069 0.788 0.760 0.757 1.187 0.491 0.770 0.603 0.452 0.244 0.502 0.051 0.065 0.456 0.651 0.499 0.421 6277 chr2 101468016 101523387 + 0 NA intron (NM_002518, intron 1 of 20) L1MA9|LINE|L1 59088 NM_002518 4862 Hs.156832 NM_002518 ENSG00000170485 NPAS2 MOP4|PASD4|bHLHe9 neuronal PAS domain protein 2 protein-coding 0.500 nan 0.582 0.290 0.054 0.029 1.880 0.111 0.193 0.022 0.273 1.211 0.030 0.275 0.189 0.217 0.198 0.087 0.278 0.397 0.732 0.013 0.062 0.092 0.067 0.603 0.214 0.054 0.495 0.432 3.069 5.634 1.091 0.922 0.590 2.905 0.012 0.031 0.078 0.901 0.019 2.054 0.292 0.165 0.102 0.369 0.885 0.842 2.480 0.070 1.226 2.190 0.217 0.560 2.062 0.067 0.844 1.073 0.046 1.146 0.602 0.262 0.492 0.040 0.600 0.254 0.278 0.302 0.211 0.389 0.780 0.685 0.662 0.162 0.084 0.261 0.310 0.109 0.205 0.438 0.507 0.267 0.147 0.490 0.698 0.113 0.150 0.096 0.201 0.172 0.261 6258 chr2 97532197 97574006 + 0 NA intron (NM_001122646, intron 14 of 16) intron (NM_001122646, intron 14 of 16) 7798 NM_001172667 51252 Hs.107922 NM_016490 ENSG00000168754 FAM178B - family with sequence similarity 178 member B protein-coding 1.946 1.162 2.237 0.573 1.359 2.802 2.120 0.679 1.187 0.417 0.990 0.621 0.111 0.804 1.546 1.192 0.202 0.138 1.840 1.040 0.685 0.739 1.325 0.512 1.906 1.265 1.012 0.596 1.472 0.526 3.215 9.914 2.397 3.179 1.685 0.546 0.198 0.656 0.058 0.381 0.439 1.136 0.902 0.399 0.481 1.410 2.478 0.948 1.005 1.094 0.182 2.417 1.192 1.253 0.644 1.906 0.587 1.688 0.450 3.122 1.384 0.919 0.387 0.410 0.333 0.406 0.294 1.944 2.447 0.913 1.475 2.965 2.368 1.899 0.702 2.162 2.236 0.875 1.421 5.005 5.055 0.896 0.854 0.798 1.266 0.765 0.618 0.958 1.235 1.053 0.672 1779 chr11 9156944 9164778 + 0 NA non-coding (NR_145966, exon 23 of 23) non-coding (NR_145966, exon 23 of 23) 44951 NR_027713 283102 Hs.689472 NR_027713 ENSG00000213538 KRT8P41 - keratin 8 pseudogene 41 pseudo 0.942 4.575 1.891 0.318 3.612 2.869 0.970 0.858 2.029 0.049 0.288 0.306 0.016 3.013 0.556 1.644 0.545 0.081 0.785 0.292 1.308 0.054 1.528 0.626 3.440 0.491 0.166 0.085 0.815 0.455 1.988 10.126 4.537 7.245 0.635 0.357 0.998 0.134 0.108 0.405 0.092 0.256 0.263 0.173 0.571 0.943 1.051 0.403 0.630 0.852 6.507 0.896 1.644 1.446 2.000 3.440 0.453 0.631 0.359 0.423 1.070 0.475 0.206 0.141 0.613 0.603 0.394 0.608 1.280 1.033 2.583 5.613 5.437 5.130 3.072 0.377 0.450 1.224 1.786 2.978 6.433 0.415 0.235 0.523 0.748 3.106 5.503 0.261 0.577 2.694 1.050 4563 chr17 6424057 6429172 + 0 NA intron (NM_001165966, intron 2 of 18) MIRb|SINE|MIR 33263 NM_001165966 83394 Hs.183983 NM_031220 ENSG00000091622 PITPNM3 ACKR6|CORD5|NIR1|RDGBA3 PITPNM family member 3 protein-coding 0.633 0.648 0.590 0.279 0.053 0.011 4.937 0.049 0.196 0.262 0.229 0.053 0.048 0.038 0.052 0.302 0.102 0.056 5.290 3.640 0.062 0.092 0.049 0.106 3.154 3.962 0.014 5.538 2.032 0.267 1.195 0.869 0.263 2.954 0.074 0.106 0.169 0.329 0.092 0.180 0.224 0.106 7.112 4.861 1.760 0.099 0.255 0.070 0.708 0.575 0.302 4.007 3.452 0.106 0.334 0.069 0.019 0.102 0.101 5.943 0.024 0.103 0.585 0.270 0.437 0.483 0.135 0.261 0.297 0.352 0.460 0.133 0.090 0.097 0.345 0.692 0.203 0.297 0.264 0.203 0.078 0.128 0.024 0.058 0.181 0.282 0.274 0.232 607 chr1 115973442 115991575 + 0 NA Intergenic Intergenic -101651 NM_002506 4803 Hs.2561 NM_002506 ENSG00000134259 NGF Beta-NGF|HSAN5|NGFB nerve growth factor protein-coding nan 1.204 0.828 0.139 0.080 1.638 0.273 1.211 2.019 0.005 0.108 0.366 0.048 0.131 1.075 0.760 0.252 0.062 0.199 0.171 0.042 0.015 0.103 0.103 1.772 0.452 0.220 0.040 0.102 0.187 0.063 0.294 0.125 1.213 0.298 0.146 0.024 0.146 0.257 0.057 0.261 0.013 0.025 0.230 0.093 0.458 0.489 0.049 0.047 0.022 0.259 0.760 0.106 0.059 1.772 0.027 0.064 0.149 0.271 0.463 0.153 0.175 0.185 0.147 0.028 0.020 0.284 0.163 1.055 1.465 3.813 nan 1.183 0.389 0.639 0.652 0.208 0.336 0.582 0.678 0.417 0.170 0.362 0.424 0.044 0.087 0.229 0.279 2.872 1.486 1807 chr11 12688752 12722817 + 0 NA intron (NM_021961, intron 2 of 12) intron (NM_021961, intron 2 of 12) 9815 NM_021961 7003 Hs.655331 NM_021961 ENSG00000187079 TEAD1 AA|NTEF-1|REF1|TCF-13|TCF13|TEAD-1|TEF-1 TEA domain transcription factor 1 protein-coding 1.427 nan 2.535 2.136 2.864 3.268 2.437 0.642 1.121 0.594 1.946 1.678 1.289 0.882 1.283 1.175 1.900 0.169 2.070 0.813 1.557 0.644 1.515 0.765 3.493 1.840 1.541 1.022 2.322 1.724 2.520 5.112 3.226 4.699 0.700 3.699 0.622 0.728 0.093 1.158 0.686 1.894 1.550 0.764 1.943 1.301 1.943 2.335 2.803 1.031 1.060 1.768 1.175 2.430 2.869 3.493 1.547 1.454 0.182 1.225 0.615 1.108 0.869 0.298 1.387 0.814 0.790 nan 1.830 1.187 2.149 3.938 3.844 1.767 0.643 2.078 2.023 3.003 nan 2.510 3.409 1.253 0.993 0.896 1.640 2.465 2.831 1.053 1.916 2.450 nan 11884 chrGL000199.1 155464 168936 + 0 NA NA NA NA NA 9101 chr5 103001461 103020912 + 0 NA Intergenic Intergenic -112684 NM_031438 83594 Hs.434289 NM_031438 ENSG00000112874 NUDT12 - nudix hydrolase 12 protein-coding 0.784 1.954 0.838 0.059 5.211 0.700 0.092 5.561 9.973 0.020 0.124 0.156 0.047 0.338 4.928 0.156 0.062 0.074 0.065 0.068 0.016 0.007 0.925 0.430 0.250 0.025 0.022 0.023 0.059 0.032 0.080 0.153 0.079 1.976 0.022 0.092 0.244 0.034 0.119 0.143 0.090 0.032 0.012 0.028 0.020 0.129 0.123 0.092 0.066 0.012 0.038 0.156 0.055 0.021 0.250 0.056 0.056 0.025 0.016 2.494 0.016 0.020 0.108 0.012 0.056 0.037 0.239 0.224 0.338 0.302 1.910 2.487 1.139 0.434 0.172 0.150 0.422 0.631 4.537 6.531 1.118 1.158 0.094 0.143 1.743 1.456 0.250 0.657 1.174 0.740 2902 chr12 103762292 103801326 + 0 NA intron (NM_001278419, intron 3 of 6) MamGypLTR2c|LTR|Gypsy 107979 NR_103526 374470 Hs.534649 NM_198521 ENSG00000179088 C12orf42 - chromosome 12 open reading frame 42 protein-coding 0.856 1.642 nan 0.118 4.411 4.473 0.055 1.490 2.853 0.007 0.066 0.067 0.030 0.198 2.659 0.650 0.071 0.095 0.046 0.020 0.029 0.008 2.645 1.198 3.024 0.013 0.011 0.030 0.075 0.005 0.102 0.430 0.071 2.678 0.030 0.109 0.190 0.048 0.116 0.024 0.256 0.061 0.022 0.016 0.017 0.026 0.080 0.206 0.065 0.022 0.018 0.044 0.650 0.064 0.028 3.024 0.060 0.038 0.194 0.027 0.292 0.012 0.028 0.079 0.020 0.012 0.013 0.270 0.152 0.179 0.237 1.801 1.913 8.523 3.488 0.158 0.154 0.453 0.739 4.920 3.087 0.503 0.344 0.096 0.159 1.240 1.620 0.280 0.613 3.716 1.608 10359 chr7 51410916 51425909 + 0 NA Intergenic Intergenic -33854 NM_001287436 23242 Hs.99141 NM_015198 ENSG00000106078 COBL - cordon-bleu WH2 repeat protein protein-coding nan 1.268 2.972 0.847 1.077 0.230 0.530 0.417 0.754 0.013 0.176 0.037 0.281 0.159 1.344 0.177 0.089 0.173 0.475 0.189 0.038 0.009 0.583 0.296 1.482 0.361 0.131 0.025 0.363 0.370 0.140 0.851 0.775 1.839 0.118 0.774 0.634 0.102 0.134 0.027 1.950 0.119 0.036 0.015 0.787 0.144 0.386 0.371 0.125 0.009 0.113 0.390 0.177 0.536 0.025 1.482 0.165 0.227 0.383 0.058 0.107 0.602 0.796 0.081 0.026 0.020 0.007 2.574 2.916 0.223 0.475 2.804 2.805 3.370 0.667 0.142 0.150 0.793 1.183 3.784 3.689 1.318 1.128 0.951 1.653 2.774 3.744 0.256 0.521 1.868 1.148 5472 chr19 1353806 1363947 + 0 NA intron (NR_024247, intron 4 of 13) intron (NR_024247, intron 4 of 13) 2553 NR_024247 84939 Hs.515016 NM_032853 ENSG00000160953 MUM1 EXPAND1|HSPC211|MUM-1 melanoma associated antigen (mutated) 1 protein-coding 1.499 1.845 1.704 0.582 0.604 1.425 0.473 1.061 2.260 0.160 0.720 0.563 0.249 0.318 1.806 6.275 0.872 0.096 0.742 0.244 0.705 0.533 0.558 0.521 3.712 0.637 0.626 0.776 0.564 0.219 1.608 2.693 0.791 3.720 0.663 0.578 0.254 1.206 0.073 0.251 0.328 1.459 1.062 0.483 0.582 0.445 0.496 0.602 0.947 1.335 0.828 0.466 6.275 0.960 0.755 3.712 0.253 0.726 0.565 2.711 1.811 0.854 0.186 0.541 0.235 0.273 0.135 0.653 0.841 1.314 2.405 5.737 5.973 1.193 0.643 1.568 1.470 1.361 2.017 1.106 nan 1.827 1.437 1.174 2.102 1.365 1.336 0.896 1.359 1.449 0.746 3093 chr13 26819805 26831840 + 0 NA Intergenic LTR85c|LTR|Gypsy? -2419 NM_001346501 1024 Hs.382306 NM_001260 ENSG00000132964 CDK8 K35 cyclin dependent kinase 8 protein-coding 2.022 1.526 2.949 0.746 2.081 0.343 0.513 0.333 0.511 0.195 0.870 0.298 0.215 0.600 1.070 0.299 0.451 0.160 0.685 0.237 0.078 0.324 0.651 0.460 1.283 0.247 0.265 0.254 0.356 0.245 1.524 1.939 0.406 2.250 0.207 0.418 0.220 0.646 0.109 0.206 0.706 0.590 0.602 0.303 0.408 0.336 0.850 0.622 0.622 0.496 0.438 0.450 0.299 0.526 0.440 1.283 0.427 0.673 0.282 0.963 0.848 0.555 0.874 0.899 0.317 0.268 0.168 2.710 3.039 1.671 nan 3.700 3.231 2.736 1.061 1.234 1.045 1.675 2.173 1.361 2.243 4.111 4.821 1.497 3.329 1.067 0.957 2.982 3.074 4.205 2.246 2508 chr12 14946777 14959135 + 0 NA intron (NM_016312, intron 3 of 11) intron (NM_016312, intron 3 of 11) 3445 NM_016312 51729 Hs.655138 NM_016312 ENSG00000084463 WBP11 NPWBP|PPP1R165|SIPP1|WBP-11 WW domain binding protein 11 protein-coding 2.542 1.187 1.820 1.012 1.988 0.559 0.617 0.716 1.462 0.210 0.752 1.376 0.170 0.467 0.625 0.696 0.434 0.052 0.602 0.353 0.373 0.236 1.278 0.736 1.017 0.661 0.471 0.119 1.097 0.341 1.039 1.428 0.751 2.177 0.237 0.634 0.111 0.973 0.159 0.211 1.032 0.688 0.506 0.367 0.407 0.281 1.083 1.225 0.777 1.303 0.371 0.380 0.696 1.065 0.783 1.017 0.347 0.335 0.101 1.315 0.524 0.347 0.511 2.896 0.211 0.335 0.236 1.056 0.886 1.639 2.533 nan 3.028 4.387 1.705 3.299 3.493 1.554 2.006 1.716 2.468 2.644 2.091 1.222 1.885 1.010 1.267 4.631 9.068 1.168 0.694 7397 chr22 35997360 36009917 + 0 NA intron (NM_203377, intron 3 of 3) MIR|SINE|MIR 9746 NM_005368 4151 Hs.517586 NM_005368 ENSG00000198125 MB PVALB|myoglobgin myoglobin protein-coding nan 0.462 0.924 1.211 0.070 0.110 0.931 0.153 0.312 0.328 2.912 1.017 0.044 0.049 0.220 0.095 0.026 0.831 0.482 0.081 0.125 0.052 0.181 0.685 0.271 0.076 0.677 0.524 0.140 nan 0.319 0.462 0.710 0.115 0.008 0.121 0.075 0.076 0.082 2.945 0.379 0.241 0.780 0.165 4.653 0.103 0.236 0.073 0.058 1.029 0.220 0.460 0.750 0.181 0.146 0.172 0.069 1.057 0.308 1.877 0.014 0.066 1.107 0.009 0.352 0.419 0.327 nan 0.390 0.378 0.480 0.223 0.243 0.264 0.232 nan 0.311 0.368 0.489 0.335 0.230 0.258 0.137 0.210 0.172 nan 0.548 0.357 9408 chr6 5604677 5616933 + 0 NA intron (NM_006567, intron 5 of 6) MER2|DNA|TcMar-Tigger 84700 NR_110842 101927950 Hs.571136 NR_110842 ENSG00000270174 LOC101927950 - uncharacterized LOC101927950 ncRNA 1.061 0.743 1.028 0.064 0.558 0.018 0.151 0.274 0.386 0.015 0.075 0.091 0.020 0.115 0.094 0.189 0.157 0.118 0.140 0.015 0.026 0.011 0.399 0.287 0.329 0.141 0.029 0.024 0.037 0.011 0.117 0.638 0.162 0.159 0.060 0.044 0.156 0.071 0.080 0.051 0.090 0.064 0.006 0.027 0.019 0.063 0.213 0.045 0.082 0.013 0.060 0.189 0.075 0.340 0.329 0.071 0.048 0.072 0.042 2.988 0.071 0.024 0.107 0.032 0.005 0.382 0.324 0.203 0.269 0.414 0.467 3.334 0.802 0.269 0.224 0.489 0.661 1.122 0.925 0.478 0.156 0.121 0.210 1.040 1.215 0.335 0.996 1.756 0.993 1073 chr1 207173759 207209935 + 0 NA TTS (NM_001083924) TTS (NM_001083924) 14254 NM_023938 79098 Hs.32417 NM_023938 ENSG00000182795 C1orf116 SARG chromosome 1 open reading frame 116 protein-coding 0.853 1.102 1.601 3.682 0.399 0.094 5.483 0.316 0.612 0.671 0.814 0.833 0.382 0.210 0.272 0.210 0.149 0.119 1.600 0.925 0.050 0.008 0.732 0.216 0.354 4.422 3.555 0.283 3.320 4.378 2.197 4.815 4.269 0.527 1.835 0.174 0.323 0.051 0.121 0.796 0.057 0.543 0.390 0.282 5.874 1.880 1.144 0.858 0.965 0.079 1.050 2.248 0.210 3.491 0.197 0.354 2.043 1.605 0.056 0.057 0.076 0.976 0.038 0.076 1.101 0.559 0.373 0.426 0.450 1.894 5.336 0.617 0.771 1.170 0.284 nan nan 0.280 0.544 1.246 1.049 0.332 0.152 0.120 0.164 1.085 1.416 0.177 0.281 1.303 0.842 5264 chr18 36912114 36932171 + 0 NA intron (NR_024391, intron 3 of 3) intron (NR_024391, intron 3 of 3) 279997 NR_030628 100126323 NR_030628 ENSG00000283615 MIR924 MIRN924|hsa-mir-924 microRNA 924 ncRNA nan 1.019 0.747 0.086 1.617 0.081 0.054 0.156 0.376 0.014 0.081 0.092 0.019 0.140 0.060 0.772 0.052 0.024 0.058 0.003 0.007 0.087 0.132 0.393 0.028 0.011 0.011 0.058 0.005 0.040 0.075 0.050 0.368 0.007 0.084 0.171 0.050 0.086 0.006 0.103 0.037 0.027 0.020 0.033 0.031 0.059 0.090 0.045 0.018 0.016 0.061 0.772 0.032 0.019 0.393 0.006 0.021 0.015 0.020 0.320 0.051 0.007 0.031 0.027 0.011 0.005 0.313 0.147 0.154 0.327 0.601 0.636 5.550 2.066 0.196 0.156 0.318 0.496 nan 1.058 0.353 0.177 0.115 0.132 0.580 0.995 0.183 0.245 1.609 1.053 2187 chr11 94980077 95000463 + 0 NA Intergenic MLT1C|LTR|ERVL-MaLR -24565 NM_001271594 143686 Hs.120633 NM_144665 ENSG00000149212 SESN3 SEST3 sestrin 3 protein-coding 1.050 nan 0.867 0.060 0.113 2.839 0.241 0.516 1.134 0.005 0.126 0.181 0.036 0.079 0.575 0.544 0.059 0.134 0.160 0.121 0.019 0.014 0.354 0.238 0.106 0.160 0.039 0.018 0.108 0.076 0.130 0.378 0.132 1.852 0.139 0.314 0.578 0.027 0.133 0.157 1.063 0.200 0.044 0.011 0.080 0.135 0.104 0.327 0.196 0.087 0.054 0.157 0.544 0.136 0.167 0.106 0.120 0.106 0.191 0.028 0.335 0.155 2.781 0.309 0.041 0.014 0.010 0.728 0.629 0.351 nan 0.997 1.125 0.140 0.121 0.574 0.570 2.309 2.695 0.733 0.786 0.739 0.539 1.198 2.127 2.500 1.927 0.527 nan 2.389 1.433 8279 chr4 15902711 15928669 + 0 NA Intergenic Intergenic 24673 NM_005130 9982 Hs.1690 NM_005130 ENSG00000137440 FGFBP1 FGF-BP|FGF-BP1|FGFBP|FGFBP-1|HBP17 fibroblast growth factor binding protein 1 protein-coding nan nan nan 2.489 0.209 0.036 4.934 0.062 0.129 0.552 0.385 0.988 0.100 0.058 0.097 0.476 0.136 0.110 1.414 0.959 0.295 0.016 0.084 0.137 0.132 1.715 0.865 0.031 1.116 1.926 0.307 2.117 0.690 0.559 3.178 0.305 0.015 0.046 0.062 0.921 0.044 3.402 1.082 0.756 1.336 0.925 1.954 2.063 0.336 1.080 0.159 0.658 0.476 3.890 0.877 0.132 0.664 0.775 0.004 0.325 0.020 0.928 0.011 0.052 1.440 0.060 0.065 0.311 0.170 0.320 0.694 0.206 0.244 0.224 0.083 0.258 0.261 0.180 0.323 0.311 0.270 0.340 0.166 0.071 0.146 0.050 0.077 0.092 0.204 nan 0.527 3860 chr14 106650491 106668918 + 0 NA Intergenic HERVS71-int|LTR|ERV1 -84565 NR_033375 338004 Hs.569411 NR_033375 LINC00226 C14orf97|NCRNA00226 long intergenic non-protein coding RNA 226 ncRNA 0.704 0.511 0.428 0.035 0.078 0.073 0.069 0.159 0.256 0.015 0.051 0.037 1.024 0.043 0.112 0.093 0.100 0.079 0.006 0.021 0.034 0.022 0.026 0.068 0.058 0.012 0.020 0.004 0.059 0.006 7.950 8.458 0.230 0.287 0.047 0.082 0.051 0.065 0.077 0.084 0.038 0.075 0.026 0.012 0.080 0.063 0.190 0.040 0.047 0.008 0.083 0.093 0.046 0.235 0.058 0.026 0.162 0.005 0.022 0.039 0.052 0.091 0.027 0.046 0.153 0.123 0.341 0.390 0.093 0.090 0.245 0.405 0.210 0.150 0.113 0.153 0.111 0.235 0.141 0.243 0.320 0.115 0.277 0.372 0.144 0.233 0.087 0.152 0.059 0.052 11845 chr9 137585120 137602740 + 0 NA intron (NM_000093, intron 4 of 65) intron (NM_000093, intron 4 of 65) -49241 NR_138049 414316 Hs.571561 NR_138049 ENSG00000204011 COL5A1-AS1 C9orf104|bA54A22.4 COL5A1 antisense RNA 1 ncRNA nan 1.286 1.453 0.049 0.035 3.888 0.036 0.385 0.677 0.354 0.451 0.226 0.028 0.017 0.086 0.094 0.373 0.201 0.072 0.096 0.032 0.088 0.077 0.136 0.324 0.180 0.033 0.066 0.095 0.249 0.089 3.772 0.025 0.125 0.648 0.049 0.065 0.046 0.200 0.052 0.053 0.074 0.096 0.164 0.179 0.048 0.036 0.140 0.094 0.090 0.026 0.136 0.127 1.080 0.151 0.052 0.328 0.332 1.509 0.361 0.121 0.061 0.260 0.396 0.174 0.293 0.286 0.262 nan 0.051 0.059 0.051 0.746 0.932 0.137 0.165 2.626 2.497 0.203 0.357 1.500 1.549 1.483 2.790 0.319 0.355 9797 chr6 88867211 88877439 + 0 NA intron (NM_001160226, intron 1 of 2) intron (NM_001160226, intron 1 of 2) 3442 NM_001160259 1268 Hs.75110 NM_016083 ENSG00000118432 CNR1 CANN6|CB-R|CB1|CB1A|CB1K5|CB1R|CNR cannabinoid receptor 1 protein-coding 2.622 1.365 nan 0.133 0.601 0.163 0.078 0.234 0.508 0.019 0.091 0.073 0.012 0.049 0.157 0.922 0.117 0.063 0.290 0.074 0.043 0.322 0.341 1.826 0.127 0.084 0.212 0.010 0.747 1.019 0.283 2.800 0.257 0.032 0.358 0.105 0.138 0.115 2.378 0.063 0.077 0.021 0.022 0.047 0.030 0.247 0.647 0.054 0.008 0.922 0.216 0.018 1.826 0.023 0.417 0.153 0.179 0.008 1.468 0.073 0.008 0.017 0.010 5.507 6.890 3.741 3.548 3.029 1.892 0.791 0.244 0.953 0.909 4.096 5.010 1.402 3.083 1.166 1.078 3.322 4.911 1.293 0.570 0.275 0.494 0.820 0.685 816 chr1 161049777 161071006 + 0 NA Intergenic Intergenic -1006 NM_030916 81607 Hs.492490 NM_030916 ENSG00000143217 NECTIN4 EDSS1|LNIR|PRR4|PVRL4|nectin-4 nectin cell adhesion molecule 4 protein-coding 0.949 nan 1.065 1.675 0.335 0.204 2.619 0.310 0.497 1.345 0.640 0.299 0.539 0.254 0.857 0.410 0.109 0.113 2.834 2.303 0.269 0.033 0.348 0.218 0.541 1.154 0.487 0.177 1.409 2.612 4.591 10.168 3.154 1.552 2.807 0.222 0.080 0.312 0.094 0.831 0.139 1.435 0.243 0.209 3.407 0.857 1.095 0.348 0.547 0.497 0.521 3.163 0.410 4.171 0.128 0.541 1.744 2.278 0.193 0.404 0.310 0.722 0.243 0.157 0.143 0.068 0.052 0.881 0.826 1.125 1.881 1.136 nan 1.207 0.314 0.647 0.677 0.326 0.568 1.125 nan 0.469 0.329 0.934 1.284 0.445 0.406 0.633 1.062 0.620 0.515 5307 chr18 45215197 45230487 + 0 NA Intergenic Intergenic 234128 NM_005901 4087 Hs.12253 NM_005901 ENSG00000175387 SMAD2 JV18|JV18-1|MADH2|MADR2|hMAD-2|hSMAD2 SMAD family member 2 protein-coding nan 0.868 1.070 0.052 0.087 0.018 0.042 0.180 0.296 0.077 0.066 0.012 0.065 0.052 0.635 0.069 0.053 0.021 0.012 0.021 0.009 0.052 0.076 0.110 0.022 0.014 0.029 0.040 0.037 0.137 0.069 0.319 0.009 0.080 0.037 0.021 0.093 0.036 0.060 0.067 0.036 0.007 0.020 0.062 0.072 0.037 0.009 0.005 0.044 0.635 0.009 0.030 0.110 0.008 0.011 0.007 0.019 0.013 0.026 0.013 3.545 0.010 0.015 0.007 0.382 0.189 0.148 0.240 0.535 0.525 0.824 0.279 0.116 0.156 0.083 0.185 0.187 0.170 0.318 0.144 0.156 0.091 0.127 0.239 0.755 nan 0.496 0.748 4260 chr16 15990041 15997669 + 0 NA Intergenic Intergenic -11349 NR_130755 123811 Hs.514179 NM_144600 ENSG00000133393 FOPNL C16orf63|FOR20|PHSECRG2 FGFR1OP N-terminal like protein-coding 0.633 0.973 nan 0.934 0.183 0.110 6.676 0.084 0.407 1.404 1.457 1.499 0.106 0.105 0.112 0.169 0.189 0.074 1.570 1.296 0.229 0.034 0.020 0.097 0.076 4.873 4.370 0.195 2.092 2.090 0.730 3.363 0.607 0.800 1.420 1.330 0.063 0.072 0.063 0.958 0.042 0.881 0.611 0.327 3.034 2.112 1.795 5.385 2.470 0.486 1.315 2.378 0.169 1.570 5.259 0.076 1.347 1.019 0.039 0.121 0.067 1.684 0.090 0.097 1.641 4.963 4.063 0.163 0.134 0.160 0.211 0.300 0.248 0.929 0.188 0.321 0.356 0.133 0.309 1.377 1.537 nan 0.187 0.134 0.218 0.167 0.332 0.194 0.284 0.626 0.514 4010 chr15 66245073 66264933 + 0 NA intron (NM_032445, intron 9 of 22) intron (NM_032445, intron 9 of 22) -77568 NR_036196 100422905 NR_036196 ENSG00000263512 MIR4311 - microRNA 4311 ncRNA 0.990 1.621 nan 0.225 1.099 0.744 0.085 1.003 1.969 0.039 0.051 0.124 0.006 1.156 1.308 0.986 0.109 0.081 0.234 0.173 0.042 0.077 0.581 0.328 1.236 0.017 0.025 0.033 0.065 0.016 0.432 1.078 0.104 1.768 0.035 0.071 0.111 0.082 0.066 0.021 0.479 0.102 0.041 0.016 0.071 0.019 0.044 0.141 0.153 0.179 0.063 0.088 0.986 0.076 0.009 1.236 0.105 0.058 0.451 0.076 1.557 0.250 0.438 0.268 0.011 0.029 0.026 1.328 2.323 0.855 1.972 1.573 1.476 nan 0.668 0.379 0.472 0.359 0.626 5.548 4.079 0.834 0.688 1.137 1.425 0.818 1.079 0.565 1.799 1.010 0.665 10245 chr7 25920750 25934496 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu 61983 NR_029597 406940 NR_029597 ENSG00000199085 MIR148A MIRN148|MIRN148A|hsa-mir-148|mir-148a microRNA 148a ncRNA 2.320 1.165 2.777 0.214 0.313 0.123 0.036 0.275 0.400 0.083 0.082 0.081 0.010 0.102 0.148 0.550 0.097 0.140 0.054 0.014 0.244 0.064 0.356 0.249 0.314 0.165 0.068 0.037 0.154 0.023 0.507 0.926 0.220 0.482 0.032 0.319 0.028 0.177 0.155 0.077 0.752 0.175 0.048 0.058 0.072 0.061 0.182 0.210 0.113 0.160 0.185 0.116 0.550 0.010 0.108 0.314 0.107 0.101 0.169 0.222 0.209 0.057 5.694 0.804 0.061 0.025 0.018 3.172 3.034 0.697 nan 0.734 0.892 5.557 1.917 0.925 0.973 1.416 1.929 0.809 0.942 2.853 2.031 4.594 5.374 0.360 0.369 1.276 nan 0.700 0.564 6864 chr20 17944815 17955829 + 0 NA promoter-TSS (NM_152227) promoter-TSS (NM_152227) -688 NM_152227 27131 Hs.316890 NM_014426 ENSG00000089006 SNX5 - sorting nexin 5 protein-coding 5.681 nan 3.399 1.668 4.881 2.657 2.273 2.198 4.036 1.552 5.393 1.677 1.561 1.196 1.874 3.071 4.275 0.579 1.400 0.601 1.610 2.879 2.161 1.237 3.272 2.411 2.949 1.792 1.484 1.701 3.160 5.482 5.118 7.291 2.644 4.953 1.189 3.080 0.131 1.389 1.685 3.967 4.810 2.133 2.807 1.903 4.125 4.834 4.172 3.393 1.506 2.246 3.071 1.825 4.217 3.272 2.375 2.511 1.404 2.713 2.661 3.406 3.869 3.355 2.748 3.435 3.176 9.120 7.306 5.342 8.092 6.335 6.524 6.649 4.663 13.704 13.778 5.730 6.741 7.589 10.444 11.144 11.628 7.230 11.357 5.007 5.794 10.297 8.739 2.568 1.609 6362 chr2 132242914 132252506 + 0 NA intron (NM_001085365, intron 2 of 2) intron (NM_001085365, intron 2 of 2) 1099 NR_039945 100616378 NR_039945 ENSG00000284149 MIR4784 - microRNA 4784 ncRNA nan 1.939 nan 1.851 2.364 4.173 1.851 1.981 3.721 0.856 2.492 1.190 0.430 0.587 1.470 3.078 0.768 0.135 2.190 0.357 2.232 0.906 1.273 1.045 3.966 1.731 2.389 1.751 4.055 0.594 1.535 2.838 2.302 5.584 0.959 3.182 0.537 1.782 0.065 1.021 1.333 2.475 2.721 1.642 1.367 0.962 1.759 1.610 3.021 4.281 1.132 2.339 3.078 2.585 2.399 3.966 1.412 1.109 2.660 3.225 1.598 1.117 1.422 1.602 1.424 1.321 0.757 3.803 4.142 4.028 5.486 5.342 4.448 5.749 2.483 4.325 4.063 2.537 3.478 4.264 nan 6.281 8.073 2.925 6.115 2.816 2.802 4.666 5.093 1.261 0.663 1700 chr10 126305444 126320739 + 0 NA intron (NM_014661, intron 4 of 4) intron (NM_014661, intron 4 of 4) -79506 NR_120631 101927944 Hs.437448 NR_120630 FAM53B-AS1 - FAM53B antisense RNA 1 ncRNA nan 0.537 2.408 0.430 0.311 4.895 0.371 0.683 1.115 0.006 0.242 0.097 0.004 0.086 2.009 0.190 0.141 0.052 0.195 0.036 0.004 0.127 0.329 0.198 0.917 0.170 0.095 0.174 0.072 0.007 0.209 0.873 0.353 1.560 0.182 0.092 0.025 0.134 0.058 0.092 0.377 0.129 0.055 0.036 0.035 0.055 0.277 0.052 0.218 0.093 0.016 0.126 0.190 0.270 0.049 0.917 0.336 0.054 0.533 0.121 0.225 0.184 0.473 0.049 0.102 0.008 0.013 0.857 1.733 0.476 1.266 1.357 1.140 1.165 0.384 0.518 0.462 0.282 0.545 1.403 1.780 0.265 0.254 0.785 1.165 0.205 0.171 0.246 0.267 1.351 0.753 6723 chr2 234464100 234475893 + 0 NA intron (NM_018218, intron 2 of 30) L1PA3|LINE|L1 4240 NM_018218 55230 Hs.96513 NM_018218 ENSG00000085982 USP40 - ubiquitin specific peptidase 40 protein-coding 1.572 nan 1.679 0.910 1.117 0.283 1.780 0.529 1.023 0.231 1.578 4.052 0.347 0.450 0.193 0.716 0.521 0.055 1.230 0.547 1.196 0.408 0.613 0.486 1.134 4.157 4.248 0.497 1.027 0.311 1.579 1.524 3.070 2.003 0.520 5.543 0.152 0.718 0.120 0.831 0.398 0.976 1.177 0.451 0.661 0.567 4.086 1.060 3.134 1.136 0.727 0.719 0.716 0.624 1.341 1.134 0.862 0.815 0.088 1.058 0.596 0.914 0.199 0.561 0.949 0.788 0.757 0.974 1.087 1.600 2.807 0.857 0.914 0.123 0.041 2.904 3.083 1.070 1.367 2.459 nan 1.541 1.316 0.749 1.112 0.586 0.799 1.538 2.301 0.915 0.491 10102 chr7 148605 151716 + 0 NA promoter-TSS (NR_134325) promoter-TSS (NR_134325) 442 NR_108064 100507642 Hs.557780 NR_108064 LOC100507642 - uncharacterized LOC100507642 ncRNA 5.774 4.780 6.469 5.561 3.721 7.124 3.567 2.748 5.141 1.998 1.908 8.694 2.818 2.136 3.060 4.826 0.293 0.156 2.484 0.835 3.830 3.686 3.050 1.724 1.732 3.862 5.220 2.114 14.628 2.298 5.510 8.778 7.484 nan 1.308 3.327 5.495 0.170 2.122 0.792 5.650 1.686 1.054 4.196 2.504 6.578 3.751 4.481 1.560 3.507 3.434 4.826 2.226 4.574 1.732 2.670 3.015 2.098 8.892 2.109 4.637 2.037 2.338 3.587 2.265 1.429 9.320 8.940 6.757 9.433 6.830 6.874 nan 5.192 11.023 11.581 6.142 6.197 nan 1.341 7.110 5.713 4.060 5.496 0.581 0.931 4.117 5.004 1.522 0.965 8450 chr4 81942042 81961369 + 0 NA promoter-TSS (NM_001201) promoter-TSS (NM_001201) -414 NM_001201 651 Hs.387411 NM_001201 ENSG00000152785 BMP3 BMP-3A bone morphogenetic protein 3 protein-coding 0.675 0.597 0.713 0.193 0.185 0.533 0.135 0.400 0.782 0.025 0.059 0.028 0.183 0.056 5.119 0.238 0.088 0.050 0.837 0.221 0.016 0.036 0.114 0.089 0.230 0.032 0.026 0.011 0.805 0.059 0.472 1.394 0.755 0.773 0.734 0.019 0.020 0.045 0.073 0.012 0.111 0.143 0.038 0.012 1.511 0.346 0.410 0.228 0.025 0.125 0.037 0.078 0.238 0.250 0.010 0.230 0.215 2.182 0.010 0.073 0.084 0.016 0.010 0.077 0.012 0.009 0.005 0.248 0.133 0.330 0.974 1.621 1.114 1.561 0.485 0.227 0.255 0.100 nan 0.382 0.385 0.375 0.198 0.090 0.102 0.301 0.185 0.266 nan 0.368 0.404 4240 chr16 12422224 12436320 + 0 NA intron (NM_032167, intron 15 of 20) AluJr|SINE|Alu 358681 NM_032167 92017 Hs.458401 NM_032167 ENSG00000048471 SNX29 A-388D4.1|RUNDC2A sorting nexin 29 protein-coding 0.774 0.559 nan 0.148 0.232 0.582 0.722 0.263 0.463 0.034 0.220 0.111 0.066 0.078 0.233 0.301 0.100 0.068 0.181 0.181 0.018 0.020 0.133 0.148 0.299 0.174 0.055 0.042 0.151 0.257 0.143 0.226 0.075 1.059 0.309 0.051 0.014 0.054 0.059 0.025 0.129 0.111 0.069 0.049 0.239 0.170 0.225 0.106 0.092 0.044 0.214 0.193 0.301 0.162 0.176 0.299 0.067 0.097 0.037 0.065 0.292 0.317 0.132 0.038 0.025 0.007 0.421 0.370 0.097 0.133 0.488 0.497 1.837 0.611 0.570 0.671 0.447 0.906 0.394 0.503 nan 0.293 0.526 0.794 0.175 0.330 0.332 0.503 2.710 1.204 10599 chr7 111152928 111160279 + 0 NA intron (NM_001350959, intron 4 of 7) L1MC4|LINE|L1 45744 NM_032549 83943 Hs.655722 NM_032549 ENSG00000184903 IMMP2L IMMP2L-IT1|IMP2|IMP2-LIKE inner mitochondrial membrane peptidase subunit 2 protein-coding nan 0.674 0.791 0.734 0.120 0.007 0.038 0.087 0.260 0.038 0.107 0.145 0.017 0.067 0.085 0.071 0.255 0.023 0.043 0.026 0.085 0.087 0.192 0.065 0.009 0.010 0.082 0.015 0.043 0.047 0.151 0.187 0.060 0.045 0.026 0.104 0.164 0.016 0.055 0.019 0.016 0.011 0.119 0.052 0.119 0.082 0.835 0.039 4.401 2.557 0.071 0.030 0.075 0.065 0.810 0.022 0.027 0.023 0.041 0.059 0.074 0.169 0.021 0.024 0.014 0.265 0.309 1.197 1.882 0.217 0.246 0.183 0.189 0.238 0.298 0.622 0.521 0.172 0.227 0.526 0.180 0.175 0.261 0.076 0.125 0.407 1.198 0.585 0.488 9315 chr5 163613884 163619209 + 0 NA Intergenic Intergenic 277862 NR_105064 101927835 Hs.735171 NR_105064 ENSG00000253236 LINC02143 - long intergenic non-protein coding RNA 2143 ncRNA nan 0.592 0.583 0.133 0.067 0.021 0.053 0.099 0.319 0.043 0.137 0.385 0.048 0.848 1.526 0.329 0.031 0.006 0.053 0.117 0.121 0.067 0.026 0.013 0.014 0.128 0.019 0.061 0.082 0.040 0.265 0.166 0.553 0.085 0.042 0.097 0.045 0.015 0.015 0.039 0.033 0.036 0.076 0.046 0.026 3.435 0.050 0.848 0.094 0.067 0.069 0.032 0.011 0.115 0.137 0.037 0.087 0.222 0.022 0.783 0.624 8.371 10.241 0.086 0.067 0.084 0.044 0.063 0.072 0.134 0.282 0.114 0.074 0.754 0.387 0.165 0.376 0.646 1.097 0.319 0.790 0.283 0.284 3261 chr13 95738882 95791615 + 0 NA intron (NM_001105515, intron 20 of 20) intron (NM_001105515, intron 20 of 20) -97350 NR_145733 109616987 NR_145733 SNORD13G - small nucleolar RNA, C/D box 13G snoRNA 0.778 1.373 0.812 0.113 0.147 0.042 2.076 0.103 0.245 0.022 0.182 0.151 0.013 0.056 0.143 0.407 0.075 0.094 3.452 2.427 0.265 0.024 0.062 0.081 0.220 1.057 0.649 0.033 0.394 0.412 2.090 7.509 0.606 0.382 1.071 1.067 0.020 0.121 0.084 0.515 0.103 0.148 0.114 0.056 0.829 0.869 0.119 0.110 1.425 0.117 1.050 1.814 0.407 2.398 1.468 0.220 1.407 0.705 0.034 0.046 0.136 0.722 0.062 0.146 0.507 0.046 0.049 0.474 0.307 0.201 0.279 0.331 0.384 0.730 0.286 0.153 0.121 0.109 0.206 0.327 0.410 0.324 0.195 0.248 0.350 0.097 0.129 0.355 0.654 0.155 0.160 8116 chr3 185445559 185456627 + 0 NA intron (NM_001007225, intron 2 of 14) intron (NM_001007225, intron 2 of 14) 20053 NR_126326 646600 Hs.647949 NR_027317 ENSG00000163915 IGF2BP2-AS1 C3orf65 IGF2BP2 antisense RNA 1 ncRNA 1.016 1.025 0.879 0.473 0.102 0.055 1.803 0.262 0.416 0.148 1.274 0.946 0.129 0.027 0.098 0.173 0.135 0.146 0.440 0.103 0.244 0.088 0.085 0.148 0.065 0.213 0.073 0.193 0.189 0.409 0.219 0.501 0.122 0.501 0.259 1.439 0.060 0.235 0.117 0.192 0.085 2.503 3.454 1.499 0.259 0.107 0.696 0.923 0.125 0.515 0.043 0.590 0.173 0.342 1.364 0.065 0.328 0.131 0.018 0.247 0.027 0.522 0.036 0.279 0.999 0.174 0.128 0.423 0.316 0.327 0.593 0.309 0.386 0.296 0.131 0.355 0.306 0.547 0.905 0.347 0.393 0.629 0.475 0.194 0.314 0.077 0.110 0.799 1.381 0.272 0.424 2131 chr11 78492197 78535240 + 0 NA intron (NM_001098816, intron 15 of 33) intron (NM_001098816, intron 15 of 33) -227809 NM_024678 79731 Hs.503389 NM_024678 ENSG00000137513 NARS2 DFNB94|SLM5|asnRS asparaginyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding nan 1.085 0.757 0.045 0.240 0.080 0.889 0.190 0.402 0.014 0.078 1.618 0.108 0.749 0.105 0.472 0.165 0.072 0.027 0.018 0.040 0.006 0.120 0.103 0.242 2.835 2.214 0.021 0.168 0.015 1.985 7.321 3.462 0.381 0.754 0.055 0.067 0.053 0.119 1.243 0.187 0.197 0.035 0.024 0.066 0.142 0.130 0.193 0.159 0.041 1.859 0.808 0.472 0.028 1.933 0.242 0.065 0.330 0.238 0.043 0.090 0.283 0.090 0.135 0.071 0.011 0.013 0.582 0.433 0.224 0.274 0.616 0.724 0.883 0.216 0.672 0.689 0.381 0.611 1.412 1.236 0.478 0.266 0.238 0.440 0.354 0.425 0.193 0.320 0.541 0.481 10423 chr7 73864632 73905454 + 0 NA intron (NM_001199207, intron 1 of 26) L1MB7|LINE|L1 16923 NM_001199207 9569 Hs.647056 NM_005685 ENSG00000006704 GTF2IRD1 BEN|CREAM1|GTF3|MUSTRD1|RBAP2|WBS|WBSCR11|WBSCR12|hMusTRD1alpha1 GTF2I repeat domain containing 1 protein-coding nan 1.194 1.107 1.929 0.782 0.825 2.277 1.394 2.611 1.145 2.112 0.930 0.917 0.167 2.089 1.390 1.462 0.454 1.433 0.690 0.485 0.149 1.061 0.584 3.903 0.977 1.003 2.504 3.517 0.558 3.850 6.504 2.924 2.294 0.712 3.807 0.246 3.618 0.244 0.243 1.233 0.275 0.559 0.328 1.045 0.956 1.435 0.277 1.716 1.075 0.903 2.936 1.390 2.963 1.043 3.903 2.126 1.312 0.585 0.428 0.641 1.302 1.252 0.430 0.482 2.281 1.673 1.025 1.416 1.601 nan 2.621 2.350 1.170 0.446 0.833 0.875 0.416 nan 2.665 nan 1.366 1.355 1.056 1.681 1.261 1.412 1.292 1.612 1.539 0.920 1339 chr10 13796759 13820593 + 0 NA intron (NM_018027, intron 6 of 24) intron (NM_018027, intron 6 of 24) -59109 NM_001318338 55691 Hs.330463 NM_018027 ENSG00000151474 FRMD4A CCAFCA|FRMD4|bA295P9.4 FERM domain containing 4A protein-coding nan 0.668 0.716 0.076 0.144 0.021 0.134 0.121 0.219 0.024 0.852 0.280 0.011 0.017 0.049 0.145 0.989 0.337 0.040 0.008 0.073 0.023 0.079 0.069 0.125 0.082 0.043 0.071 0.065 0.048 0.051 0.086 0.047 0.205 0.018 0.119 0.032 0.041 0.085 0.124 0.050 0.066 0.066 0.062 0.052 0.025 0.234 0.335 0.403 0.093 1.255 0.081 0.145 0.033 0.054 0.125 0.087 0.077 0.073 0.116 0.013 0.189 0.092 0.094 0.696 0.058 0.041 0.556 0.662 2.254 6.398 0.297 0.341 0.655 0.265 0.190 0.176 0.444 0.762 0.339 0.440 0.172 0.099 0.193 0.285 0.057 0.110 0.212 0.450 0.363 0.367 11072 chr8 80864322 80879893 + 0 NA intron (NM_014018, intron 2 of 2) intron (NM_014018, intron 2 of 2) 70399 NM_014018 28957 Hs.521124 NM_014018 ENSG00000147586 MRPS28 HSPC007|MRP-S28|MRP-S35|MRPS35 mitochondrial ribosomal protein S28 protein-coding 1.652 nan nan 0.074 3.266 0.194 0.419 1.696 3.127 0.012 0.229 0.234 0.028 0.089 0.162 1.192 0.505 0.072 0.434 0.270 0.049 0.027 0.906 0.479 2.397 0.182 0.056 0.047 0.075 0.063 0.347 1.162 0.092 1.960 0.639 0.067 1.162 1.246 0.086 0.196 0.318 0.045 0.100 0.085 0.065 0.541 0.229 0.220 0.257 0.408 0.061 0.325 1.192 0.677 0.287 2.397 0.268 0.121 0.352 0.008 0.711 0.295 0.126 0.436 0.087 0.011 0.013 0.479 0.412 0.341 0.662 2.243 1.959 5.288 2.025 0.293 0.291 1.579 1.826 nan 2.452 1.626 1.195 0.297 0.546 3.596 5.612 0.881 2.156 2.621 1.557 9952 chr6 137206740 137220121 + 0 NA intron (NM_000288, intron 8 of 9) intron (NM_000288, intron 8 of 9) -29949 NM_001008783 340146 Hs.369703 NM_001008783 ENSG00000182747 SLC35D3 FRCL1 solute carrier family 35 member D3 protein-coding 0.973 0.966 2.448 0.044 0.318 0.041 0.043 0.276 0.417 0.003 0.058 0.119 0.026 0.037 0.134 0.112 0.134 0.061 0.087 0.041 0.257 0.218 0.163 0.052 0.022 0.033 0.026 0.023 0.194 0.694 0.186 0.355 0.011 0.074 0.100 0.032 0.118 0.035 0.071 0.062 0.013 0.023 0.048 0.045 0.268 0.030 0.049 0.127 0.006 0.110 0.112 0.032 0.048 0.163 0.082 0.090 0.044 0.039 0.864 0.024 0.067 0.140 0.005 0.009 0.030 0.446 0.345 0.261 0.378 0.376 0.299 nan 1.892 0.245 0.262 0.395 0.528 0.406 0.530 0.614 0.268 0.194 0.283 0.714 0.795 0.249 nan 0.562 0.406 2338 chr11 124764626 124772256 + 0 NA promoter-TSS (NM_019055) promoter-TSS (NM_019055) -610 NM_001301088 54538 Hs.524121 NM_019055 ENSG00000154133 ROBO4 ECSM4|MRB roundabout guidance receptor 4 protein-coding 0.480 0.513 0.459 0.066 0.057 0.037 2.360 0.084 0.141 0.225 1.662 0.351 0.045 0.117 0.048 0.021 0.110 0.595 0.083 0.037 0.042 0.149 0.047 0.936 0.719 0.250 0.108 0.357 0.127 0.135 0.046 0.332 0.438 0.233 0.035 0.014 0.134 2.133 0.073 23.351 9.028 3.376 1.652 0.110 0.293 7.265 0.107 0.552 0.010 0.321 0.117 0.037 0.140 0.047 0.049 0.109 0.038 1.228 0.106 2.155 0.078 0.197 3.474 1.600 1.354 0.369 0.290 0.259 0.551 0.220 0.285 0.385 0.221 0.258 0.312 1.138 1.851 0.173 0.164 0.959 1.132 0.487 0.597 0.090 0.117 0.202 nan 0.413 0.508 2120 chr11 76836524 76867302 + 0 NA intron (NM_000260, intron 2 of 48) intron (NM_000260, intron 2 of 48) 12597 NM_001127180 4647 Hs.370421 NM_000260 ENSG00000137474 MYO7A DFNA11|DFNB2|MYOVIIA|MYU7A|NSRD2|USH1B myosin VIIA protein-coding nan 0.953 1.852 0.074 0.512 3.871 0.249 0.151 0.290 0.025 0.196 0.147 0.010 0.086 0.134 0.201 0.151 0.063 0.155 0.093 0.051 0.027 0.193 0.124 0.317 0.189 0.080 0.110 0.086 0.028 0.246 nan 0.177 1.450 0.086 0.059 0.193 0.106 0.094 0.069 0.778 0.278 0.079 0.033 0.064 0.154 0.172 0.218 0.193 0.161 0.116 0.138 0.201 0.276 0.214 0.317 0.071 0.091 0.628 0.627 0.366 0.169 0.219 0.358 0.054 0.024 0.013 0.733 1.044 0.346 0.375 1.869 1.850 1.889 0.626 1.951 2.119 1.470 2.044 1.029 1.601 2.265 2.570 0.866 0.838 0.878 0.891 0.648 1.069 1.148 0.717 8784 chr5 14727171 14774616 + 0 NA intron (NM_054027, intron 5 of 11) intron (NM_054027, intron 5 of 11) 38090 NR_046285 100130744 Hs.660550 NR_046285 LOC100130744 - uncharacterized LOC100130744 ncRNA nan nan nan 0.056 0.740 0.028 0.495 0.236 0.400 0.131 0.171 0.238 0.016 0.082 2.830 0.422 0.224 0.180 0.273 0.114 0.053 0.023 0.570 0.401 0.163 0.170 0.082 0.054 0.141 0.067 0.168 0.454 0.167 nan 0.018 0.109 0.151 0.087 0.104 0.269 0.321 0.214 0.212 0.142 0.044 0.073 0.136 0.120 0.174 0.181 0.136 0.108 0.422 0.197 0.133 0.163 0.093 0.174 0.713 0.083 0.467 0.121 0.146 0.158 0.059 0.038 0.021 0.546 0.776 1.016 0.784 0.757 0.695 1.957 0.641 0.385 0.358 nan 2.314 1.132 1.545 3.026 2.713 0.278 0.489 0.773 0.598 0.433 nan 3.650 1.765 8511 chr4 115518456 115538737 + 0 NA intron (NM_001322114, intron 1 of 5) intron (NM_001322114, intron 1 of 5) 8155 NM_001322114 7368 Hs.144197 NM_003360 ENSG00000174607 UGT8 CGT|UGT4 UDP glycosyltransferase 8 protein-coding 0.855 1.599 0.949 1.696 2.005 0.030 0.845 0.277 0.846 0.010 0.416 0.340 0.015 0.446 0.102 0.819 0.073 0.079 0.265 0.243 0.025 0.027 1.462 0.644 4.882 0.051 0.014 0.196 0.278 0.396 0.445 0.859 0.338 2.752 0.468 0.156 0.667 0.289 0.062 0.338 0.989 0.703 0.529 0.266 0.307 0.249 0.133 0.646 0.076 0.571 0.735 0.050 0.819 0.219 0.137 4.882 0.205 0.061 0.146 0.364 0.747 0.012 5.211 0.159 0.128 0.017 0.003 3.408 3.470 3.476 4.356 1.529 1.170 3.436 1.113 1.061 1.023 0.642 0.968 0.988 1.306 1.245 1.216 4.366 7.405 3.047 3.289 0.146 0.241 1.177 0.746 8129 chr3 187660356 187674373 + 0 NA Intergenic Intergenic 26831 NR_135538 105374266 Hs.570518 NR_135537 LINC01991 - long intergenic non-protein coding RNA 1991 ncRNA 0.998 1.459 0.663 0.179 0.238 0.354 0.233 1.266 2.017 0.098 0.151 0.376 0.038 0.078 0.903 0.269 0.195 0.137 0.234 0.188 0.189 0.010 0.145 0.116 0.222 3.587 2.053 0.058 0.271 0.192 0.494 3.004 0.308 0.804 0.316 0.619 0.027 0.031 0.079 0.017 0.193 0.143 0.068 0.028 0.242 0.126 4.482 0.261 1.040 0.088 0.511 2.048 0.269 0.197 0.060 0.222 0.599 0.257 0.042 0.038 0.095 0.118 0.056 0.094 0.081 0.016 0.007 0.325 0.226 0.221 0.336 0.639 0.578 0.276 0.222 0.421 0.456 0.492 0.804 1.346 1.397 0.625 0.270 0.202 0.222 0.164 0.225 0.145 0.236 0.195 0.358 11264 chr8 125482630 125490888 + 0 NA promoter-TSS (NM_007218) promoter-TSS (NM_007218) 45 NR_108047 101927612 Hs.633137 NR_108047 ENSG00000245149 RNF139-AS1 - RNF139 antisense RNA 1 (head to head) ncRNA nan nan nan 3.316 5.312 3.284 2.436 2.717 5.000 1.628 3.217 1.687 0.879 1.788 3.671 2.061 2.382 0.364 2.716 0.884 2.653 2.351 1.403 0.688 3.916 1.695 1.398 1.139 3.075 1.605 4.229 5.116 2.992 nan 1.401 1.315 0.863 1.785 0.111 1.096 2.208 2.911 2.660 1.483 1.701 0.873 3.144 2.443 2.229 3.692 2.083 3.369 2.061 6.099 3.890 3.916 0.487 1.859 0.692 1.872 2.711 1.640 2.376 1.597 1.042 1.262 0.827 3.494 4.030 4.023 5.899 9.648 7.443 9.250 4.121 nan 26.591 3.462 3.672 3.231 6.098 5.625 6.782 4.110 6.713 5.460 5.761 5.279 5.872 2.835 1.294 8335 chr4 40611165 40635824 + 0 NA intron (NM_001098634, intron 1 of 6) intron (NM_001098634, intron 1 of 6) 8389 NM_001098634 54502 Hs.518727 NM_019027 ENSG00000163694 RBM47 NET18 RNA binding motif protein 47 protein-coding 1.008 nan nan 3.293 0.578 0.254 4.125 0.371 0.740 0.751 1.676 1.166 0.999 0.503 0.249 0.255 0.332 0.117 2.678 1.165 0.454 0.028 0.181 0.140 0.360 2.013 1.959 0.120 3.012 1.856 2.600 4.483 2.745 0.846 1.394 2.548 0.042 0.202 0.100 0.604 0.258 0.302 0.286 0.208 3.296 1.840 3.470 0.676 1.872 0.103 1.692 2.087 0.255 2.022 3.222 0.360 1.946 2.415 0.047 0.402 0.027 1.254 1.149 1.658 0.498 0.056 0.033 0.391 0.311 4.124 7.665 0.352 0.357 0.382 0.122 2.604 2.583 0.131 0.228 1.283 1.661 0.386 0.213 1.036 3.011 0.199 0.266 0.596 2.512 1.084 0.977 11115 chr8 95251082 95256392 + 0 NA Intergenic Intergenic 20810 NM_181702 2669 Hs.654463 NM_005261 ENSG00000164949 GEM KIR GTP binding protein overexpressed in skeletal muscle protein-coding nan 1.171 3.598 0.135 0.401 0.189 4.347 0.424 1.285 1.510 1.438 2.684 0.033 1.981 0.379 0.120 0.873 0.716 0.083 0.295 0.294 0.781 1.929 1.484 0.263 1.792 1.226 1.674 3.372 0.400 2.410 2.999 1.703 3.605 0.082 0.034 1.374 0.044 0.748 0.260 0.133 1.069 1.130 0.525 4.527 2.729 1.158 4.164 4.221 1.981 0.925 3.095 0.781 0.619 2.644 0.987 0.362 3.365 1.159 0.169 0.116 0.729 0.163 0.271 0.629 0.726 0.421 nan 0.960 1.466 0.580 0.148 0.410 0.325 3.456 3.688 0.802 1.353 0.907 0.828 0.179 0.486 12.947 13.017 0.336 0.338 1.107 0.795 4636 chr17 18620344 18630267 + 0 NA promoter-TSS (NM_001353225) promoter-TSS (NM_001353225) -31 NM_001353225 147166 Hs.164324 NM_001037330 ENSG00000108448 TRIM16L TRIM70 tripartite motif containing 16 like protein-coding 1.391 1.403 1.079 1.300 0.726 0.157 4.509 0.126 0.467 2.253 3.985 4.326 0.945 0.071 0.143 0.399 0.739 0.131 2.413 1.988 4.416 0.098 0.111 0.091 0.337 3.316 4.368 0.052 1.585 1.684 2.029 4.016 5.658 0.631 4.563 12.407 0.106 0.208 0.256 1.182 0.112 10.244 2.647 1.321 3.276 1.319 8.422 6.456 8.680 1.329 1.262 4.769 0.399 2.347 2.598 0.337 5.791 3.989 0.524 1.296 5.443 2.707 0.050 0.336 6.590 1.899 1.142 0.494 0.481 1.727 nan 0.521 0.453 3.789 1.362 1.765 1.713 1.022 1.461 2.179 3.119 nan 0.326 0.160 0.164 0.639 1.456 0.566 1.245 0.526 0.492 6664 chr2 220549170 220557820 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 61203 NR_048551 6508 Hs.1176 NM_005070 ENSG00000114923 SLC4A3 AE3|CAE3/BAE3|SLC2C solute carrier family 4 member 3 protein-coding nan 1.775 1.948 4.749 0.469 0.813 6.334 0.460 0.657 1.802 0.388 1.140 0.165 0.069 0.207 0.330 0.431 0.279 1.891 1.100 4.353 0.016 0.348 0.204 0.542 1.925 1.418 0.236 0.339 1.947 0.440 1.015 0.361 nan 1.740 0.296 0.011 0.062 0.101 1.492 0.270 2.814 2.031 0.978 1.107 2.152 4.302 6.013 0.242 0.258 0.319 0.325 0.330 1.931 0.801 0.542 0.325 0.250 0.249 0.807 0.213 2.918 0.182 0.385 1.676 8.794 9.347 0.529 0.720 0.806 1.430 1.012 0.970 0.761 0.192 0.323 0.252 0.205 0.318 1.403 nan 0.538 0.386 0.295 0.554 0.035 0.119 0.417 nan 0.593 0.419 10057 chr6 159266048 159300968 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -4844 NR_028496 202459 Hs.487035 NM_145303 ENSG00000243775 OSTCP1 DC2L|OSTCL oligosaccharyltransferase complex subunit pseudogene 1 pseudo nan 1.247 1.462 2.829 0.890 0.738 2.625 0.478 0.995 0.733 0.477 0.900 2.396 0.170 0.803 1.308 0.314 0.115 2.336 1.147 0.633 0.040 0.325 0.128 1.015 1.640 1.264 0.591 1.585 1.024 3.749 nan 4.145 1.621 1.091 2.298 0.134 0.600 0.124 0.461 0.320 0.688 1.421 0.813 2.326 2.743 2.895 0.946 1.950 2.081 0.154 1.249 1.308 4.507 1.917 1.015 1.338 1.985 0.320 0.358 0.461 0.809 0.163 0.606 1.411 2.340 1.460 1.245 1.299 1.684 3.893 1.504 nan 5.297 3.888 3.520 3.775 0.502 0.768 1.234 2.041 2.124 1.776 0.405 0.645 1.315 1.344 1.329 nan 1.103 0.771 2147 chr11 85369660 85377818 + 0 NA 3' UTR (NM_001039618, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_001039618, exon 1 of 1) 2443 NR_028027 58487 Hs.535319 NM_021212 ENSG00000137504 CREBZF SMILE|ZF CREB/ATF bZIP transcription factor protein-coding 2.802 2.828 1.893 1.717 3.099 2.612 1.753 1.662 3.645 0.900 2.077 1.434 0.888 1.217 2.870 2.287 0.886 0.039 2.020 0.557 1.772 0.896 1.458 0.943 3.106 1.925 1.966 1.179 1.846 1.059 2.050 2.511 1.984 5.791 1.527 2.402 0.925 2.413 0.167 1.024 2.314 5.062 2.663 1.569 2.287 1.284 4.304 3.920 1.869 2.306 1.055 2.222 2.287 2.636 3.611 3.106 1.231 1.906 2.484 1.684 1.715 1.842 1.746 0.989 1.067 1.129 0.857 5.185 4.966 4.351 6.395 6.785 6.978 5.790 3.628 15.233 16.105 3.440 4.102 4.950 7.632 5.533 5.632 4.994 7.853 4.127 5.252 3.660 3.410 2.782 1.465 1581 chr10 90638214 90644870 + 0 NA intron (NM_020799, intron 1 of 10) intron (NM_020799, intron 1 of 10) 1598 NM_020799 57559 Hs.16229 NM_020799 ENSG00000138134 STAMBPL1 ALMalpha|AMSH-FP|AMSH-LP|bA399O19.2 STAM binding protein like 1 protein-coding 3.236 1.418 3.447 1.739 1.422 1.516 4.522 1.515 2.311 0.506 7.346 4.037 0.108 1.554 2.227 0.193 3.233 0.359 3.385 2.115 3.271 0.437 1.219 0.386 0.072 1.928 1.827 1.618 4.330 2.274 2.931 3.007 0.868 3.182 1.391 3.371 1.016 0.082 0.110 2.074 0.564 9.728 5.821 2.133 3.083 1.009 1.933 1.856 4.055 2.818 3.269 3.682 0.193 2.447 8.865 0.072 2.003 2.557 2.946 1.268 3.954 4.290 1.173 3.024 4.144 3.839 2.279 2.000 1.448 1.546 2.539 2.253 3.717 1.170 2.647 2.250 2.782 3.275 nan 5.214 1.893 2.486 2.860 5.472 4.011 4.437 2.340 2.846 2.100 1.528 3997 chr15 63378887 63407203 + 0 NA Intergenic Charlie1a|DNA|hAT-Charlie -20954 NM_032857 114294 Hs.410388 NM_032857 ENSG00000103642 LACTB G24|MRPL56 lactamase beta protein-coding 0.973 0.807 nan 0.305 0.100 0.904 0.277 0.158 0.257 0.051 0.928 2.330 0.162 0.074 0.161 0.200 0.619 0.308 0.161 0.082 1.732 0.059 0.082 0.169 0.130 1.977 1.281 0.232 0.084 0.643 0.126 0.367 0.687 0.627 0.412 0.097 0.037 0.096 0.069 0.525 0.101 0.559 0.141 0.119 0.246 0.086 0.173 5.771 1.929 0.315 0.017 0.210 0.200 0.393 0.078 0.130 0.100 0.126 0.329 0.086 0.298 0.419 0.080 0.202 0.456 1.070 1.003 0.230 0.188 0.474 0.706 0.221 0.260 nan 0.168 0.196 0.204 0.315 0.587 0.315 0.387 0.974 0.845 0.228 0.302 0.173 0.308 0.371 1.077 0.402 0.340 1507 chr10 71560619 71612790 + 0 NA intron (NM_080798, intron 3 of 34) MLT1J|LTR|ERVL-MaLR 25060 NM_080805 1305 Hs.695934 NM_005203 ENSG00000197467 COL13A1 CMS19|COLXIIIA1 collagen type XIII alpha 1 chain protein-coding 0.632 nan 1.353 0.091 0.071 0.168 1.325 0.129 0.242 0.007 0.207 0.291 0.008 0.030 0.155 0.094 0.089 0.069 0.294 0.163 0.056 0.032 0.102 0.079 0.087 0.325 0.172 0.084 0.204 0.560 0.191 0.631 0.143 0.303 0.143 0.048 0.004 0.040 0.056 0.433 0.064 1.212 0.532 0.299 0.059 0.069 0.344 0.080 0.129 0.349 0.042 0.115 0.094 0.225 0.674 0.087 0.057 0.036 0.125 0.271 0.014 0.369 1.576 0.049 0.312 3.633 3.390 1.671 2.292 0.219 0.344 0.309 0.363 0.339 0.174 0.270 0.280 0.098 0.227 0.670 nan 0.419 0.377 1.223 2.089 0.053 0.071 0.162 nan 0.477 0.349 1604 chr10 99299032 99304438 + 0 NA intron (NM_024954, intron 1 of 2) AluSq2|SINE|Alu -30463 NM_001291218 26287 Hs.73708 NM_020349 ENSG00000165887 ANKRD2 ARPP ankyrin repeat domain 2 protein-coding 1.677 1.310 1.465 1.942 0.131 0.176 6.448 0.253 0.475 3.167 2.629 3.187 0.080 0.114 0.082 1.157 0.527 0.093 2.794 1.946 1.147 0.345 0.057 0.046 0.221 1.532 1.235 0.725 2.036 2.247 1.996 4.836 1.045 0.652 1.890 1.402 0.243 0.044 2.380 0.102 8.648 9.766 3.402 2.145 2.046 1.921 6.512 1.046 5.398 0.525 0.923 1.157 3.929 5.668 0.221 0.742 2.704 0.054 2.629 0.750 3.941 0.052 0.770 3.782 6.658 6.105 0.691 0.690 0.399 1.241 0.344 0.241 1.073 0.215 0.361 0.288 1.067 1.642 nan 1.890 0.808 0.885 0.133 0.334 0.208 0.214 0.690 2.426 0.717 0.580 6163 chr2 65056865 65070037 + 0 NA Intergenic Intergenic 27314 NR_110224 101927438 Hs.580313 NR_110224 ENSG00000234572 LINC01800 - long intergenic non-protein coding RNA 1800 ncRNA 0.932 0.606 nan 1.320 0.120 0.063 5.627 0.145 0.219 0.712 1.450 3.391 0.024 0.067 0.322 0.214 0.507 0.231 5.172 2.003 0.077 0.021 0.120 0.106 0.076 4.861 4.712 0.278 4.418 2.165 2.150 4.413 0.707 0.427 1.420 1.077 0.022 0.141 0.093 1.795 0.031 3.953 2.728 1.187 3.370 3.213 1.960 5.202 2.435 2.612 0.550 1.971 0.214 4.092 4.794 0.076 1.267 0.764 0.015 0.531 0.161 2.252 0.045 0.214 1.088 1.089 0.870 0.295 0.238 0.309 0.624 0.608 0.488 nan 0.634 0.508 0.412 0.314 0.500 0.490 0.585 0.361 0.174 0.281 0.251 0.095 0.137 0.341 0.947 1.067 0.821 7589 chr3 48631079 48637956 + 0 NA Intergenic Intergenic -1924 NM_000094 1294 Hs.476218 NM_000094 ENSG00000114270 COL7A1 EBD1|EBDCT|EBR1|NDNC8 collagen type VII alpha 1 chain protein-coding 0.803 nan nan 1.393 0.189 0.040 1.155 0.023 0.168 0.792 3.801 3.102 0.333 0.087 0.117 0.731 0.808 0.093 0.969 0.724 1.933 0.101 0.114 0.094 0.174 0.450 0.558 0.075 0.238 0.274 2.429 3.605 0.864 1.170 4.109 1.132 0.332 0.173 0.030 1.166 0.092 3.754 0.736 0.371 0.191 0.134 1.887 3.560 1.693 0.310 0.578 0.910 0.731 1.162 0.054 0.174 0.249 0.181 0.162 0.763 0.099 1.898 0.331 0.054 2.631 0.209 0.207 0.587 0.899 0.740 1.552 0.502 0.525 0.515 0.161 0.389 0.367 0.141 0.234 0.237 0.269 0.477 0.321 0.863 0.641 0.573 1.659 0.169 0.282 0.284 0.256 4592 chr17 9547153 9554370 + 0 NA intron (NM_153210, intron 1 of 14) MIR|SINE|MIR 1907 NM_001267576 124739 Hs.709621 NM_153210 ENSG00000154914 USP43 - ubiquitin specific peptidase 43 protein-coding 1.051 1.569 1.723 1.950 1.427 1.141 2.171 0.887 1.621 1.905 1.157 0.270 8.439 0.763 1.558 0.143 0.101 0.023 2.671 0.712 4.660 0.614 0.480 0.426 0.199 1.802 1.513 0.929 1.928 0.820 2.352 2.709 3.120 3.885 1.068 1.595 0.423 3.319 0.153 0.523 0.119 5.852 4.443 1.598 2.018 3.151 1.587 1.835 3.769 3.761 1.519 1.438 0.143 4.846 3.210 0.199 1.237 1.695 0.456 2.967 0.028 3.121 1.756 0.154 1.734 4.333 2.522 2.853 3.406 1.635 3.056 0.823 0.637 4.528 1.351 2.651 2.676 0.201 0.208 3.268 4.650 2.874 3.391 0.686 1.807 2.039 1.376 0.215 0.461 0.636 0.379 4096 chr15 80210125 80218114 + 0 NA promoter-TSS (NR_028330) promoter-TSS (NR_028330) -994 NR_028330 283687 Hs.722219 NM_175898 ST20-AS1 C15orf37 ST20 antisense RNA 1 ncRNA 2.298 nan 2.433 1.699 1.732 0.855 1.504 1.002 2.210 0.647 1.665 0.832 1.080 0.875 1.071 1.264 0.845 0.163 4.897 1.682 1.953 0.935 1.133 0.835 2.322 0.667 0.898 1.233 1.576 0.724 2.255 2.919 1.346 5.267 2.826 1.018 0.167 1.588 0.103 0.489 1.126 1.730 1.282 0.624 1.188 0.652 1.363 1.052 2.660 1.816 1.155 1.339 1.264 5.255 1.169 2.322 0.950 0.859 0.648 1.873 1.080 1.423 0.890 0.681 0.987 0.441 0.265 2.387 2.424 1.700 2.488 2.575 1.880 2.963 1.157 3.012 2.907 1.250 1.652 2.477 3.884 3.102 3.324 1.218 2.312 1.117 0.863 1.607 1.739 1.104 0.727 8272 chr4 13902515 13912859 + 0 NA intron (NR_121681, intron 3 of 3) intron (NR_121681, intron 3 of 3) -205905 NR_033931 152742 Hs.135435 NR_033931 ENSG00000248698 LINC01085 - long intergenic non-protein coding RNA 1085 ncRNA nan nan nan 0.522 0.092 0.016 4.313 0.032 0.075 0.130 0.972 1.216 0.072 0.010 0.034 0.757 0.146 0.047 0.790 0.661 0.336 0.090 0.172 0.047 1.341 0.574 0.007 0.354 1.069 0.077 0.244 0.148 0.208 1.115 0.725 0.019 0.011 0.066 1.197 0.062 1.604 0.331 0.227 0.518 0.587 1.129 4.304 0.498 0.110 1.335 0.734 0.757 0.950 2.351 0.047 0.464 0.175 0.090 0.040 0.835 0.019 0.036 1.476 0.356 0.267 0.396 0.183 0.214 0.366 0.201 0.198 0.208 0.148 0.120 0.170 0.119 0.198 0.157 0.171 0.300 0.114 0.061 0.134 0.029 0.035 0.155 0.279 nan 0.548 1140 chr1 221880247 221926947 + 0 NA intron (NR_111940, intron 1 of 2) intron (NR_111940, intron 1 of 2) 6645 NR_111939 11221 Hs.497822 NM_007207 ENSG00000143507 DUSP10 MKP-5|MKP5 dual specificity phosphatase 10 protein-coding 2.421 nan 2.892 1.342 1.416 0.333 0.392 1.115 2.198 0.239 0.550 0.538 0.373 0.417 0.332 1.159 0.122 0.103 0.773 0.273 0.217 0.009 2.271 0.834 2.608 0.694 0.464 0.164 0.696 0.885 0.508 1.266 0.860 2.286 0.248 0.310 0.687 0.051 0.117 0.144 0.752 0.233 0.332 0.209 0.581 0.318 0.484 0.546 0.535 0.349 0.442 0.537 1.159 0.920 0.173 2.608 0.363 0.372 0.141 0.329 1.144 0.597 0.055 2.113 0.313 0.091 0.057 0.852 0.756 2.242 3.703 2.851 nan 3.342 2.596 2.684 2.922 1.299 1.537 2.865 3.974 1.389 1.474 0.200 0.229 2.922 3.265 2.352 5.218 2.320 1.350 4736 chr17 36979281 36983577 + 0 NA promoter-TSS (NR_039880) promoter-TSS (NR_039880) 174 NM_017748 54883 Hs.406223 NM_017748 ENSG00000273559 CWC25 CCDC49 CWC25 spliceosome associated protein homolog protein-coding nan 3.894 3.298 7.306 2.533 2.436 2.440 4.066 7.262 2.089 3.564 1.330 1.765 0.871 2.058 3.815 2.496 0.262 2.252 1.331 6.666 1.641 2.286 1.001 4.065 2.449 2.730 3.133 2.086 0.787 1.552 2.634 2.308 7.979 0.990 4.044 0.648 2.203 0.138 1.621 1.671 4.808 2.408 1.088 2.564 1.533 3.031 4.049 3.533 2.475 1.322 2.115 3.815 6.998 2.190 4.065 1.425 2.335 1.789 4.364 2.238 2.599 1.153 2.678 1.027 1.756 0.803 6.149 4.987 7.644 11.588 nan 5.157 8.451 7.435 23.600 26.457 3.890 4.337 9.056 13.767 nan 6.793 2.937 3.390 7.611 8.186 12.499 11.406 3.267 2.516 3417 chr14 25929844 25942586 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -416712 NM_001351940 29091 Hs.508958 NM_014178 ENSG00000168952 STXBP6 HSPC156|amisyn syntaxin binding protein 6 protein-coding nan 0.631 0.539 0.056 0.083 0.104 0.039 0.089 0.165 0.015 0.049 0.014 0.039 0.054 0.048 0.099 0.132 0.139 0.033 0.010 0.011 0.074 0.064 0.059 0.011 0.023 0.011 0.091 0.235 0.419 0.100 0.323 0.023 0.055 0.007 0.045 0.103 0.009 0.023 0.051 0.005 0.009 0.030 0.066 0.125 0.045 0.022 0.018 0.043 0.099 0.068 0.044 0.059 0.029 0.019 0.023 0.009 0.040 0.055 0.101 0.095 0.012 0.018 0.639 1.019 6.431 3.278 0.266 0.360 0.186 0.047 0.515 0.669 0.252 0.336 0.216 nan 0.546 0.284 0.237 0.364 0.070 0.116 0.227 0.581 0.324 0.379 4922 chr17 63050778 63062850 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -3894 NM_006572 10672 Hs.515018 NM_006572 ENSG00000120063 GNA13 G13 G protein subunit alpha 13 protein-coding 2.628 nan 2.354 1.186 2.273 0.457 3.077 1.482 2.401 1.169 3.021 1.495 0.529 0.483 1.583 1.293 2.081 0.378 2.199 0.898 1.226 1.151 1.019 0.532 1.761 3.474 3.497 1.357 1.761 0.811 3.122 5.059 2.052 4.346 1.330 5.056 0.637 1.512 0.142 1.012 1.051 2.801 1.539 0.768 1.029 1.367 1.869 2.144 3.331 2.242 1.130 2.230 1.293 3.037 1.815 1.761 1.976 1.183 0.392 2.327 1.423 1.937 1.014 0.842 1.328 0.748 0.480 2.329 2.598 2.305 3.289 2.556 2.299 3.535 1.306 5.803 6.166 1.111 nan 3.397 5.842 2.614 2.516 1.530 2.568 2.365 3.953 2.031 2.865 1.175 0.929 275 chr1 38016701 38032710 + 0 NA intron (NM_003462, intron 2 of 5) intron (NM_003462, intron 2 of 5) 2185 NM_003462 7802 Hs.406050 NM_003462 ENSG00000163879 DNALI1 P28|dJ423B22.5|hp28 dynein axonemal light intermediate chain 1 protein-coding 1.566 nan 1.578 0.604 2.719 0.310 0.895 0.360 0.863 0.108 0.629 0.358 0.104 0.488 0.638 0.438 0.365 0.142 0.376 0.094 0.256 0.138 0.685 0.465 1.515 0.280 0.185 0.226 0.341 0.164 0.503 0.986 0.398 1.229 0.228 0.302 0.042 0.665 0.158 0.103 0.387 0.472 0.268 0.136 0.450 0.143 0.476 0.393 0.407 0.459 0.173 0.313 0.438 0.799 0.538 1.515 0.178 0.181 0.195 0.525 0.439 0.253 0.274 0.392 0.118 0.173 0.092 0.741 0.687 1.247 2.009 1.685 1.765 nan 0.738 1.453 1.359 0.848 1.434 9.888 10.460 nan 0.944 1.030 1.610 0.587 0.571 1.056 1.934 1.496 nan 9630 chr6 39269674 39338593 + 0 NA 3' UTR (NM_145027, exon 23 of 23) 3' UTR (NM_145027, exon 23 of 23) -13803 NM_001135106 83795 Hs.287765 NM_032115 ENSG00000095981 KCNK16 K2p16.1|TALK-1|TALK1 potassium two pore domain channel subfamily K member 16 protein-coding nan 0.791 nan 0.067 0.300 2.496 0.147 0.257 0.414 0.019 0.154 0.043 0.014 0.060 0.602 0.174 0.139 0.108 0.097 0.022 0.035 0.010 0.387 0.179 0.057 0.066 0.050 0.027 0.063 0.014 0.098 0.235 0.114 5.657 0.034 0.042 0.057 0.049 0.084 0.087 0.022 0.138 0.041 0.024 0.037 0.054 0.083 0.197 0.077 0.064 0.108 0.054 0.174 0.086 0.021 0.057 0.039 0.042 0.294 0.135 0.265 0.034 0.067 0.191 0.018 0.025 0.014 0.459 0.395 0.184 nan nan 1.041 3.681 1.268 0.395 0.428 0.442 0.745 3.258 2.822 0.919 0.770 0.252 0.303 0.171 0.149 0.328 0.793 2.129 1.171 8755 chr5 10546767 10568144 + 0 NA Intergenic Intergenic -6980 NM_001164440 651746 Hs.26039 NM_001164440 ENSG00000164236 ANKRD33B - ankyrin repeat domain 33B protein-coding nan nan nan 0.558 0.481 0.078 6.888 0.233 0.390 0.367 0.995 1.369 0.032 0.019 0.394 0.262 1.437 0.487 4.141 2.218 1.551 0.078 0.278 0.227 0.224 2.873 2.567 2.205 2.388 2.723 0.425 1.016 0.316 nan 1.356 1.508 0.125 0.610 0.089 1.065 0.130 2.972 4.591 2.542 1.288 1.636 0.678 1.095 3.042 1.916 0.673 0.727 0.262 8.194 2.673 0.224 0.614 0.289 0.335 2.214 0.246 2.984 0.777 0.389 0.437 1.253 0.961 1.207 1.155 1.761 3.657 1.124 1.036 0.345 0.099 1.014 1.010 nan 3.011 0.466 0.907 1.527 1.601 1.095 1.976 0.584 0.616 0.522 nan 0.370 0.652 10133 chr7 3792753 3807923 + 0 NA intron (NM_152744, intron 4 of 44) Ricksha_0|DNA|MuDR -368979 NM_001079653 221935 Hs.653013 NM_152744 ENSG00000146555 SDK1 - sidekick cell adhesion molecule 1 protein-coding 1.125 1.262 1.447 0.889 0.306 0.044 0.160 0.153 0.227 0.006 0.128 1.086 0.020 0.033 0.109 0.159 0.094 0.085 0.092 0.025 0.046 0.223 0.230 0.492 0.576 0.286 0.104 0.174 nan 0.455 nan 1.735 0.063 0.049 0.164 0.094 0.200 0.140 0.020 0.015 0.010 0.107 0.126 0.123 0.052 0.016 0.205 0.159 0.141 1.121 0.492 0.241 0.071 0.045 0.050 0.126 0.131 3.006 0.057 0.030 0.008 0.017 5.959 4.918 5.741 nan 0.436 0.622 nan 0.458 0.787 0.767 0.246 0.257 nan 0.493 0.243 0.132 2.713 4.030 0.812 1.303 0.094 0.221 1.063 0.711 3626 chr14 63740158 63754872 + 0 NA intron (NM_020663, intron 2 of 4) intron (NM_020663, intron 2 of 4) 38078 NM_145171 122876 Hs.375028 NM_145171 ENSG00000179600 GPHB5 B5|GPB5|ZLUT1 glycoprotein hormone beta 5 protein-coding nan nan 1.121 0.061 0.917 0.555 0.068 0.298 0.520 0.074 0.050 0.004 0.047 0.424 0.609 0.112 0.120 0.036 0.013 0.042 0.009 0.512 0.292 1.302 0.023 0.010 0.088 0.015 0.081 0.106 0.095 0.895 0.040 0.062 0.292 0.533 0.140 0.024 0.384 0.089 0.021 0.011 0.022 0.059 0.146 0.165 0.072 0.057 0.016 0.077 0.609 0.015 1.302 0.008 0.044 0.106 0.050 0.083 0.054 0.041 0.223 0.041 0.039 0.003 0.270 0.128 0.318 0.553 1.885 2.370 3.856 0.610 nan 0.361 0.479 0.679 2.385 nan 0.926 0.430 0.114 0.232 1.415 1.538 0.209 0.465 3.624 1.547 3314 chr13 105736304 105745664 + 0 NA Intergenic MLT1D|LTR|ERVL-MaLR -377232 NM_001161814 267012 Hs.381382 NM_172370 ENSG00000182346 DAOA LG72|SG72 D-amino acid oxidase activator protein-coding 0.794 0.821 0.681 0.031 0.160 0.030 0.010 0.240 0.634 0.084 0.020 0.149 0.485 0.289 0.096 0.119 0.146 0.040 0.007 0.015 0.084 0.124 0.681 0.036 0.039 0.008 0.061 0.182 0.371 0.046 1.097 0.044 0.045 0.060 0.035 0.102 0.013 0.084 0.088 0.019 0.008 0.011 0.024 0.113 0.053 0.017 0.031 0.025 0.029 0.289 0.077 0.020 0.681 0.013 0.017 0.123 0.044 0.107 0.026 0.092 0.621 0.025 0.025 0.005 1.041 0.670 9.099 5.572 1.073 1.255 0.176 0.123 9.835 9.838 0.325 nan 1.042 1.196 0.849 0.541 0.143 0.263 0.050 0.059 0.746 nan 0.118 0.160 2208 chr11 102420925 102437319 + 0 NA Intergenic LTR27B|LTR|ERV1 -27638 NM_002423 4316 Hs.2256 NM_002423 ENSG00000137673 MMP7 MMP-7|MPSL1|PUMP-1 matrix metallopeptidase 7 protein-coding 0.585 0.870 0.491 1.027 0.091 0.010 1.767 0.133 0.349 0.321 0.380 2.231 3.243 0.036 0.084 0.103 0.315 0.068 0.882 0.791 0.247 0.017 0.134 0.117 0.073 2.873 1.931 0.058 1.769 2.250 0.659 1.791 1.683 0.523 2.366 0.383 0.012 0.957 0.156 0.659 0.045 0.781 0.136 0.076 3.580 1.285 1.527 1.098 0.997 0.469 0.188 1.090 0.103 1.071 0.966 0.073 0.352 2.099 0.322 0.012 1.075 0.072 0.129 0.782 0.527 0.580 0.339 0.228 0.698 3.187 0.419 0.493 0.134 0.063 0.533 0.580 0.142 0.343 0.300 0.328 0.274 0.189 0.211 0.300 0.085 0.099 0.246 0.563 0.284 0.439 4459 chr16 79023704 79049238 + 0 NA intron (NM_016373, intron 8 of 8) intron (NM_016373, intron 8 of 8) 598151 NM_005360 4094 Hs.134859 NM_005360 ENSG00000178573 MAF AYGRP|CCA4|CTRCT21|c-MAF MAF bZIP transcription factor protein-coding 0.594 0.724 nan 0.043 2.716 1.710 0.033 2.399 4.580 0.015 0.042 0.053 0.002 0.161 1.768 0.568 0.044 0.031 0.095 0.022 0.017 0.005 0.589 0.256 2.791 0.315 0.107 0.009 0.165 0.004 0.041 0.050 0.067 1.405 0.042 0.043 0.007 0.017 0.064 0.009 0.183 0.180 0.050 0.040 0.013 0.081 0.075 0.082 0.099 0.028 0.019 0.074 0.568 0.117 0.018 2.791 0.029 0.062 0.373 0.021 0.056 0.071 0.027 0.053 0.109 0.027 0.010 0.309 0.216 0.390 1.511 0.897 0.907 3.659 1.342 0.339 0.294 0.074 0.147 3.284 4.287 0.793 0.616 0.112 0.181 0.002 0.002 0.191 0.308 3.896 1.748 1731 chr11 206194 211363 + 0 NA promoter-TSS (NR_106801) promoter-TSS (NR_106801) -558 NR_106801 102465445 NR_106801 ENSG00000283920 MIR6743 hsa-mir-6743 microRNA 6743 ncRNA 4.062 4.353 4.580 4.620 2.719 1.619 5.938 3.078 5.622 1.312 6.376 2.572 1.702 2.247 6.632 4.351 3.451 0.217 4.969 1.645 4.119 2.921 2.454 1.102 7.155 2.669 3.739 3.902 4.698 2.669 6.861 8.627 7.147 11.305 1.766 3.759 0.850 2.917 0.113 1.709 1.421 8.609 7.695 3.618 3.096 2.537 4.023 4.272 5.844 4.143 3.832 2.902 4.351 8.407 5.877 7.155 2.354 2.590 0.926 6.761 1.745 2.880 2.649 1.519 3.844 2.852 1.543 6.387 7.033 6.556 9.602 7.936 7.013 7.599 2.652 12.855 12.759 3.849 5.052 2.360 3.691 3.227 3.745 3.574 7.047 4.292 4.754 3.247 4.533 2.697 1.074 7158 chr21 28081554 28095110 + 0 NA Intergenic Intergenic 129396 NM_006988 9510 Hs.643357 NM_006988 ENSG00000154734 ADAMTS1 C3-C5|METH1 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 1 protein-coding 0.761 0.597 1.104 0.064 0.073 0.036 0.071 0.036 0.193 0.029 0.048 0.014 0.029 0.033 0.444 0.107 0.095 0.071 0.042 0.078 0.010 0.266 0.141 0.026 0.005 0.016 0.043 0.075 0.008 0.093 0.097 0.073 0.476 0.021 0.031 0.301 0.048 0.076 0.035 0.094 0.055 0.009 0.012 0.040 0.028 0.079 0.149 0.036 0.063 0.100 0.030 0.444 0.063 0.027 0.026 0.055 0.108 0.051 0.128 0.018 0.042 0.045 0.028 0.013 0.015 0.280 0.198 0.229 0.401 0.306 0.333 0.192 0.062 0.299 0.302 0.841 1.308 0.164 0.206 0.712 0.383 0.117 0.147 1.908 1.400 0.137 nan 3.632 1.926 5820 chr19 56055929 56074845 + 0 NA Intergenic T-rich|Low_complexity|Low_complexity -8478 NM_001199824 100130827 Hs.712129 NM_001199824 ENSG00000231274 SBK3 SGK110 SH3 domain binding kinase family member 3 protein-coding 1.089 0.817 1.877 2.784 0.516 0.153 0.881 0.441 0.715 0.065 1.752 1.778 0.874 0.147 0.094 0.206 0.298 0.197 1.113 0.620 1.590 0.058 0.780 0.511 0.392 0.751 0.784 1.118 1.175 0.561 1.621 3.341 0.460 0.333 1.050 0.675 0.050 3.892 0.202 0.485 0.046 1.277 0.494 0.226 1.818 1.334 2.788 0.202 2.923 0.723 0.926 0.898 0.206 1.509 1.192 0.392 0.355 2.141 0.274 0.988 0.215 1.529 0.074 0.156 1.358 0.225 0.129 0.456 0.333 0.170 0.302 0.734 0.902 2.421 0.683 0.162 0.130 0.436 0.659 0.351 0.528 1.043 0.676 0.499 0.461 0.416 0.435 0.442 0.997 1.569 0.844 10032 chr6 154903973 154941524 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -90955 NM_173515 154043 Hs.16064 NM_173515 ENSG00000153721 CNKSR3 CNK3|CNK3/IPCEF1|MAGI1 CNKSR family member 3 protein-coding nan 1.654 0.915 0.053 2.208 0.879 0.240 0.749 1.537 0.088 0.056 0.256 0.005 1.086 0.968 0.475 0.145 0.129 0.237 0.167 0.035 0.007 1.146 0.511 1.053 0.197 0.093 0.065 0.112 0.102 0.158 nan 0.149 2.547 0.047 0.073 0.117 0.055 0.127 0.132 0.081 0.051 0.066 0.042 0.117 0.058 0.062 0.096 0.141 0.120 0.069 0.073 0.475 0.116 0.177 1.053 0.059 0.108 0.054 0.057 2.290 0.218 0.050 0.084 0.069 0.025 0.014 0.541 0.349 2.159 1.924 0.903 nan 4.610 3.778 0.435 0.459 0.113 0.177 5.405 5.520 0.548 0.222 0.156 0.218 0.572 0.717 0.317 nan 2.119 0.917 1500 chr10 69842780 69870503 + 0 NA Intergenic Intergenic -9233 NM_001256267 84665 Hs.55205 NM_032578 ENSG00000138347 MYPN CMD1DD|CMH22|MYOP|NEM11|RCM4 myopalladin protein-coding 0.693 nan 0.692 2.124 0.070 0.008 2.991 0.175 0.260 1.984 1.278 3.126 0.025 0.062 0.055 0.257 0.371 0.237 0.483 0.492 1.837 0.391 0.079 0.132 0.116 0.958 0.558 0.867 0.625 0.795 0.113 0.186 0.146 0.216 0.418 3.750 0.021 0.144 0.091 0.307 0.058 6.317 1.854 0.810 1.065 0.431 5.712 2.328 1.509 1.505 0.102 2.372 0.257 0.326 1.331 0.116 0.648 2.545 0.032 2.626 0.029 1.340 0.036 0.081 0.723 0.370 0.200 0.305 0.254 0.549 1.491 0.202 0.265 0.219 0.103 0.143 0.156 0.207 0.389 0.297 0.345 0.189 0.102 0.113 0.133 0.082 0.122 0.312 nan 0.304 0.298 4275 chr16 19420500 19449617 + 0 NA intron (NM_001261841, intron 1 of 21) MER21C|LTR|ERVL 6040 NM_001261841 79838 Hs.115838 NM_024780 ENSG00000103534 TMC5 - transmembrane channel like 5 protein-coding 0.642 2.069 nan 1.400 0.625 0.177 1.656 0.248 0.535 1.080 0.182 0.085 0.632 0.713 0.073 0.158 0.077 0.123 1.657 0.553 0.313 0.015 0.195 0.159 0.399 2.161 1.671 0.051 1.771 0.468 2.499 5.521 1.471 0.586 0.666 0.085 0.079 0.067 0.073 0.012 0.087 0.424 0.126 0.093 3.008 1.053 1.663 0.134 1.322 0.598 1.900 4.068 0.158 1.534 0.689 0.399 0.564 1.035 0.020 0.299 0.230 1.372 0.048 0.034 0.081 0.014 0.015 0.213 0.109 0.530 0.903 0.307 0.306 2.148 0.599 0.174 0.155 0.122 0.227 4.540 6.230 nan 0.142 0.128 0.168 0.820 1.143 0.139 0.254 0.341 0.333 4812 chr17 43440784 43463648 + 0 NA Intergenic (TTTA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 50796 NM_199282 201176 Hs.205326 NM_174919 ENSG00000159314 ARHGAP27 CAMGAP1|PP905|SH3D20|SH3P20 Rho GTPase activating protein 27 protein-coding 0.911 1.241 nan 2.822 0.491 0.051 2.958 0.618 1.075 0.993 2.099 2.675 2.962 0.017 0.132 0.672 1.028 0.318 1.067 0.673 4.626 2.293 0.282 0.195 0.356 2.305 1.911 2.590 0.940 0.814 0.534 nan 0.869 0.646 0.652 3.018 0.046 5.296 0.269 1.293 0.076 6.489 2.457 1.055 1.009 0.802 1.431 4.276 5.273 3.270 0.735 0.833 0.672 1.671 2.117 0.356 0.699 1.824 0.098 7.717 0.102 1.685 0.102 0.130 0.878 2.103 1.764 0.538 0.589 1.029 3.334 0.952 nan 2.317 0.514 0.656 0.697 0.284 0.541 1.187 nan 0.879 0.527 0.456 0.449 0.298 0.541 0.376 0.699 0.988 0.704 4103 chr15 80982858 81006343 + 0 NA intron (NM_021214, intron 1 of 2) AluJo|SINE|Alu 6948 NM_021214 58489 Hs.459072 NM_021214 ENSG00000136379 ABHD17C FAM108C1 abhydrolase domain containing 17C protein-coding 0.958 nan 1.221 1.306 0.879 0.521 1.389 0.491 1.105 0.163 0.521 0.467 0.911 0.387 0.584 0.582 0.484 0.164 0.915 0.284 0.210 0.094 0.380 0.316 1.227 0.888 0.784 0.226 0.563 0.751 1.988 5.640 1.305 2.411 0.418 0.403 0.049 0.412 0.079 0.186 0.197 0.465 0.294 0.215 0.757 0.388 1.546 0.491 1.397 0.582 1.268 3.061 0.582 0.878 0.782 1.227 1.457 1.897 0.133 0.644 0.915 0.272 0.248 0.148 0.269 0.098 0.033 1.013 1.223 1.089 1.579 0.762 0.659 1.331 0.475 0.696 0.712 1.843 2.615 1.633 2.376 0.908 1.039 0.648 1.215 0.392 0.308 0.409 0.425 0.802 0.509 4175 chr16 1458243 1478720 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu 2320 NM_001272051 283951 Hs.58373 NM_001010878 ENSG00000174109 C16orf91 CCSMST1|URLC5|gs103 chromosome 16 open reading frame 91 protein-coding 1.913 nan 1.436 1.090 2.011 1.212 1.010 0.839 1.553 0.538 1.823 0.774 0.378 0.501 2.410 1.688 0.515 0.141 0.768 0.260 0.682 0.224 0.755 0.401 1.535 1.595 1.399 0.798 1.031 0.233 2.133 4.254 1.060 2.878 0.675 1.074 0.167 1.378 0.117 0.393 0.605 1.106 0.641 0.391 0.560 0.628 1.554 0.684 1.901 1.235 0.666 1.305 1.688 1.090 1.076 1.535 0.402 0.840 0.421 2.069 0.546 0.930 0.408 0.411 0.338 0.554 0.425 1.767 1.438 0.834 1.460 1.234 1.243 nan 1.180 2.564 2.641 0.884 nan 1.924 2.053 1.336 1.340 1.230 1.249 1.175 1.369 1.017 1.216 1.242 0.737 5693 chr19 42363029 42369172 + 0 NA intron (NM_001321485, intron 3 of 5) intron (NM_001321485, intron 3 of 5) 1584 NM_001321483 6223 Hs.438429 NM_001022 ENSG00000105372 RPS19 DBA|DBA1|S19|eS19 ribosomal protein S19 protein-coding 5.040 2.881 4.890 4.341 3.265 2.985 2.373 1.460 3.466 1.782 3.857 3.046 1.160 1.759 4.182 2.322 1.451 0.132 4.065 1.340 2.819 1.581 2.344 1.048 3.290 2.121 2.633 3.234 3.689 1.000 3.731 nan 4.997 4.785 1.167 3.570 0.571 4.571 0.169 1.711 0.813 4.936 3.473 1.463 2.245 1.273 4.027 1.936 8.242 6.624 3.254 1.940 2.322 3.436 1.446 3.290 2.749 2.448 0.916 4.497 2.000 0.981 2.468 2.075 1.154 2.306 1.557 4.375 3.812 4.727 6.256 6.134 6.506 7.174 3.673 12.580 13.323 3.501 5.694 8.580 10.564 7.819 8.784 6.564 10.823 4.302 5.325 7.953 6.708 3.603 2.122 8213 chr4 773870 777900 + 0 NA promoter-TSS (NR_036511) promoter-TSS (NR_036511) -249 NR_036512 100129917 Hs.731755 NR_036511 ENSG00000249592 LOC100129917 - uncharacterized LOC100129917 ncRNA 5.683 2.884 nan 2.471 5.126 2.824 2.651 3.162 4.422 1.020 4.091 1.627 3.123 2.579 6.877 3.252 2.218 0.256 9.229 3.417 1.859 1.544 3.202 1.840 4.028 1.536 1.344 3.087 3.305 1.832 4.604 6.546 3.330 7.831 3.457 2.753 0.923 1.908 0.088 1.964 2.203 4.502 3.007 1.859 2.591 1.712 5.310 2.443 2.885 5.773 3.394 2.711 3.252 10.704 2.742 4.028 2.568 2.293 0.701 4.051 1.655 1.645 1.692 1.738 1.833 1.376 0.719 5.075 5.271 6.850 9.565 6.459 5.694 nan 4.534 7.167 7.452 2.215 2.615 5.733 12.359 5.184 7.437 6.238 10.500 3.661 4.559 7.077 4.138 nan 1.370 4073 chr15 74924303 74969112 + 0 NA intron (NM_001142444, intron 5 of 7) intron (NM_001142444, intron 5 of 7) 39372 NM_001130028 1198 Hs.511790 NM_001292 ENSG00000179335 CLK3 PHCLK3|PHCLK3/152 CDC like kinase 3 protein-coding 0.804 1.363 0.830 0.193 0.383 0.573 0.265 0.275 0.503 0.090 0.166 0.221 2.842 0.060 0.668 0.410 0.205 0.112 0.327 0.111 0.075 0.065 0.287 0.271 0.843 0.087 0.047 0.082 0.183 0.142 1.167 4.338 0.675 3.932 0.166 0.161 0.167 0.087 0.082 0.019 0.074 0.092 0.040 0.028 0.095 0.455 0.188 0.175 0.102 0.105 0.023 0.278 0.410 0.674 0.116 0.843 0.079 0.139 0.238 0.060 0.076 0.090 0.265 0.052 0.042 0.021 0.011 0.426 0.559 3.583 8.996 1.027 1.256 0.855 0.423 0.217 0.231 0.452 0.722 2.679 3.076 0.979 0.820 0.471 0.794 0.470 0.673 0.298 0.494 1.374 0.617 3410 chr14 24546766 24565374 + 0 NA intron (NM_006177, intron 1 of 3) intron (NM_006177, intron 1 of 3) -7270 NM_001018073 5106 Hs.75812 NM_004563 ENSG00000100889 PCK2 PEPCK|PEPCK-M|PEPCK2 phosphoenolpyruvate carboxykinase 2, mitochondrial protein-coding nan 1.871 2.196 0.793 2.088 3.493 0.630 0.923 1.572 0.225 0.472 0.689 0.107 0.533 2.033 0.954 1.729 0.301 0.702 0.275 1.938 1.661 0.607 0.319 1.543 0.555 0.288 0.322 0.849 0.358 2.596 6.293 1.175 3.020 0.377 1.015 0.544 2.088 0.130 0.350 1.693 0.659 0.528 0.315 0.562 0.321 0.452 0.613 1.790 0.914 0.840 1.022 0.954 0.491 1.357 1.543 0.811 0.330 0.477 2.554 1.081 0.403 1.118 3.604 0.412 0.288 0.084 1.098 1.691 1.085 1.770 2.235 2.164 3.241 1.032 2.329 2.379 2.478 3.237 3.176 nan 8.474 7.663 1.284 2.076 1.620 1.390 1.429 5.224 1.473 0.804 11121 chr8 95955082 95973654 + 0 NA intron (NR_148904, intron 2 of 5) intron (NR_148904, intron 2 of 5) 2560 NR_148909 137682 Hs.435500 NM_152416 ENSG00000156170 NDUFAF6 C8orf38 NADH:ubiquinone oxidoreductase complex assembly factor 6 protein-coding nan 1.361 3.032 0.164 1.276 1.567 0.191 0.922 1.386 0.154 0.442 0.237 0.188 0.564 0.259 0.759 1.212 0.228 0.512 0.124 0.037 0.045 0.263 0.280 2.257 0.319 0.233 0.345 0.513 0.324 0.482 1.796 0.983 4.842 0.141 0.286 0.856 0.239 0.118 0.082 1.289 0.132 0.283 0.209 0.233 0.252 0.294 0.178 1.039 0.882 0.360 0.332 0.759 0.858 0.204 2.257 0.464 0.437 0.470 0.394 0.966 0.140 1.110 0.266 0.098 0.540 0.395 1.268 1.284 1.625 nan 2.865 2.876 2.605 0.782 1.183 1.069 2.051 2.776 4.113 6.611 0.900 0.670 1.053 2.262 2.175 2.460 0.811 1.795 0.731 0.495 1295 chr10 4277347 4296864 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL -1001 NR_108040 100652988 Hs.433011 NR_108040 LINC00702 - long intergenic non-protein coding RNA 702 ncRNA 0.337 0.794 0.577 0.435 0.255 0.009 0.690 0.099 0.206 0.138 0.215 3.822 0.006 0.032 0.053 0.308 2.998 0.199 0.509 0.564 0.149 1.518 0.080 0.064 0.116 1.121 0.563 0.038 0.609 0.452 0.074 0.342 0.217 0.241 0.564 0.050 0.015 3.700 0.115 1.266 0.028 0.420 0.167 0.116 0.785 0.173 0.129 3.115 0.067 0.605 0.068 0.201 0.308 0.292 1.475 0.116 0.069 0.152 0.015 0.312 0.021 0.874 0.031 0.038 2.095 2.715 3.181 0.408 0.288 0.302 0.762 0.237 0.286 0.186 0.164 0.107 0.100 0.366 0.427 0.286 0.289 0.140 0.048 0.064 0.156 0.017 0.049 0.090 0.130 0.306 0.334 8679 chr4 188520330 188530427 + 0 NA intron (NR_110436, intron 2 of 2) HAL1-3A_ME|LINE|L1 68417 NR_110436 100506272 Hs.508163 NR_110436 ENSG00000250590 LINC02492 - long intergenic non-protein coding RNA 2492 ncRNA nan 0.575 nan 0.087 0.140 0.018 0.245 0.080 0.099 0.048 0.157 0.043 0.030 0.035 0.356 0.045 0.056 0.168 0.170 0.019 0.041 0.109 0.074 0.301 0.408 0.219 0.068 0.043 0.088 0.404 0.098 0.326 0.043 0.127 0.103 0.107 0.087 0.100 0.063 0.129 4.127 1.989 0.474 0.023 0.047 0.227 0.113 0.353 0.023 0.033 0.356 0.078 0.046 0.301 0.029 0.161 0.309 0.368 0.022 0.010 0.099 0.083 1.452 1.691 0.297 0.221 1.000 1.153 0.259 0.347 0.068 0.048 0.174 0.191 0.072 0.155 0.569 0.557 0.384 0.117 0.165 0.132 0.385 0.478 0.160 0.438 0.178 0.199 2832 chr12 85011958 85064874 + 0 NA Intergenic Intergenic 268192 NM_018057 55117 Hs.44424 NM_018057 ENSG00000072041 SLC6A15 NTT73|SBAT1|V7-3|hv7-3 solute carrier family 6 member 15 protein-coding 0.781 0.738 0.618 0.079 0.137 0.023 0.033 0.310 0.547 0.009 0.067 0.031 0.013 0.021 0.086 0.121 0.279 0.149 0.076 0.011 0.032 1.103 0.109 0.150 0.114 0.009 0.003 0.018 0.058 0.030 0.072 0.055 0.260 0.299 0.020 0.350 0.383 0.043 0.123 0.016 0.053 0.038 0.009 0.004 0.019 0.011 0.085 0.116 0.026 0.050 0.021 0.038 0.121 0.030 0.012 0.114 0.032 0.033 0.088 0.057 0.047 0.029 0.108 0.092 0.013 0.018 0.011 0.321 0.195 0.640 0.565 0.502 0.586 0.600 0.237 0.415 0.383 6.560 6.527 0.403 0.397 0.557 0.286 0.188 0.326 2.079 2.083 0.309 0.557 0.681 0.573 5403 chr18 61630146 61640648 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -1866 NR_145571 5271 Hs.368077 NM_002640 ENSG00000166401 SERPINB8 C18orf53|CAP2|HMSD|HSMD-v|PI-8|PI8|PSS5 serpin family B member 8 protein-coding 1.124 2.138 0.990 1.350 3.366 2.209 0.495 0.962 1.759 0.118 1.630 0.613 1.187 1.514 0.930 3.214 0.700 0.060 0.665 0.271 2.913 0.462 0.890 0.435 0.539 0.528 0.468 1.374 0.446 0.282 1.193 1.386 0.610 4.114 0.251 1.768 0.696 0.600 0.112 0.495 0.726 4.215 0.866 0.342 1.064 0.285 1.394 0.913 1.641 1.268 1.017 0.846 3.214 0.830 0.423 0.539 0.513 0.173 0.427 2.595 1.460 0.751 0.038 0.142 0.935 0.389 0.270 0.666 0.744 3.671 4.939 6.600 5.581 9.938 4.355 4.674 nan 0.851 nan 5.494 6.503 1.929 1.880 0.204 0.362 4.480 3.533 0.608 0.799 4.084 2.744 3281 chr13 99609757 99631679 + 0 NA intron (NM_001130049, intron 1 of 32) AluSz6|SINE|Alu 9620 NM_001130048 23348 Hs.596105 NM_015296 ENSG00000088387 DOCK9 ZIZ1|ZIZIMIN1 dedicator of cytokinesis 9 protein-coding 0.977 1.451 1.335 0.246 0.247 0.555 0.234 1.571 3.052 0.017 0.144 0.081 0.043 0.014 0.442 0.669 0.290 0.066 0.573 0.089 0.003 0.025 0.493 0.392 0.427 0.270 0.165 0.186 0.162 0.497 0.162 0.639 0.117 0.523 0.106 0.052 0.816 0.054 0.064 0.082 0.452 0.247 0.429 0.313 0.094 0.079 0.447 0.348 0.121 0.103 0.038 0.090 0.669 0.296 0.127 0.427 0.082 0.246 0.160 0.065 0.129 0.093 0.207 0.332 0.431 1.053 1.256 0.846 0.896 0.450 0.714 0.543 0.671 2.204 0.643 0.179 0.224 0.264 nan 0.966 1.101 0.917 0.778 0.453 0.622 3.914 3.438 0.885 nan 1.360 0.685 8702 chr5 955542 960272 + 0 NA Intergenic Intergenic 39548 NR_104614 100506688 Hs.532063 NM_001242737 ENSG00000215246 LOC100506688 - uncharacterized LOC100506688 ncRNA 0.780 1.171 1.983 0.110 0.817 0.070 5.701 0.204 0.299 0.369 1.337 1.477 0.129 0.041 0.209 0.461 0.766 0.307 1.845 0.726 0.931 0.350 0.214 0.171 0.493 0.554 0.261 2.404 0.086 0.110 1.794 8.836 0.378 1.163 2.837 0.688 0.122 0.137 0.090 1.624 0.033 2.397 9.564 3.695 0.046 0.575 0.066 0.508 0.579 0.402 0.473 5.336 0.461 5.359 0.257 0.493 0.283 0.430 0.213 0.296 0.237 0.519 0.041 0.079 1.632 2.593 1.747 0.622 1.021 1.451 6.799 1.541 1.436 0.904 0.152 0.066 0.101 0.234 0.431 nan 0.634 nan 0.692 0.402 0.381 0.385 0.744 0.065 0.145 0.683 nan 6018 chr2 37599524 37625400 + 0 NA Intergenic HERVH-int|LTR|ERV1 40709 NM_012413 25797 Hs.79033 NM_012413 ENSG00000115828 QPCT GCT|QC|sQC glutaminyl-peptide cyclotransferase protein-coding 1.059 nan nan 0.114 0.166 0.071 0.907 0.156 0.239 0.095 0.376 0.498 0.012 0.100 0.100 1.395 0.329 0.093 1.109 1.006 0.049 0.599 0.169 0.149 0.268 0.432 0.260 0.063 0.243 0.508 0.215 nan 0.271 0.476 0.288 10.775 0.018 0.042 0.118 0.497 0.052 1.340 0.422 0.289 1.379 0.213 0.200 0.436 0.261 0.196 0.168 0.319 1.395 0.359 0.251 0.268 0.275 0.135 0.037 0.534 0.188 0.247 0.019 0.275 0.536 3.537 4.764 0.258 0.184 0.688 1.628 0.458 0.477 0.446 0.218 0.479 nan 0.538 0.903 0.699 0.566 nan 0.288 0.196 0.222 0.131 0.175 0.358 0.997 0.736 0.612 10964 chr8 55011460 55023463 + 0 NA Intergenic LTR12C|LTR|ERV1 -2884 NM_006330 10434 Hs.744046 NM_006330 ENSG00000120992 LYPLA1 APT-1|APT1|LPL-I|LPL1|hAPT1 lysophospholipase I protein-coding 1.953 nan 1.013 1.155 0.867 0.346 0.846 0.375 0.909 0.925 0.927 0.525 0.351 0.350 0.950 0.634 0.462 0.137 2.380 0.680 1.020 0.485 0.496 0.288 0.739 0.508 0.554 0.376 1.224 1.363 0.991 1.564 0.713 1.808 0.583 0.618 0.222 1.522 0.135 0.402 0.517 0.829 1.242 0.643 0.837 0.759 1.741 0.735 1.444 1.622 0.755 0.547 0.634 2.138 1.056 0.739 0.795 0.427 0.339 1.042 1.192 0.540 2.980 0.667 0.305 0.376 0.270 6.091 5.508 3.428 2.132 1.708 1.715 1.605 0.541 3.374 3.247 0.727 nan 0.901 1.179 1.391 1.754 2.638 5.164 1.092 0.926 1.477 2.359 1.317 0.858 4055 chr15 72263700 72269281 + 0 NA intron (NM_006901, intron 12 of 41) MER21-int|LTR|ERVL -140109 NM_001166340 123228 Hs.513002 NM_145204 ENSG00000166192 SENP8 DEN1|NEDP1|PRSC2 SUMO peptidase family member, NEDD8 specific protein-coding 0.625 0.680 0.595 2.398 0.125 0.031 0.278 0.118 0.245 2.339 0.126 0.182 5.436 0.160 0.115 0.123 0.114 0.226 0.061 0.045 0.049 0.139 0.100 0.083 0.062 0.039 0.207 0.208 0.122 0.259 0.764 0.355 0.079 0.060 0.017 0.021 0.070 0.043 0.059 0.032 0.014 0.059 0.274 2.491 0.232 0.160 0.077 0.019 0.495 0.115 0.783 0.034 0.083 0.413 1.655 0.042 0.038 0.050 0.035 0.066 0.041 0.040 0.009 0.268 0.279 0.287 0.881 0.246 0.272 0.170 0.118 0.173 0.250 0.287 0.422 0.219 0.274 0.440 0.176 0.156 0.260 0.023 0.036 0.276 0.432 0.299 0.264 3271 chr13 98122482 98155680 + 0 NA Intergenic MER91A|DNA|hAT-Tip100 52606 NM_021033 5911 Hs.508480 NM_021033 ENSG00000125249 RAP2A K-REV|KREV|RAP2|RbBP-30 RAP2A, member of RAS oncogene family protein-coding 0.882 1.000 0.833 0.035 0.724 0.067 0.143 0.180 0.258 0.006 0.059 0.072 0.024 0.084 0.179 0.236 0.119 0.077 0.260 0.074 0.031 0.008 0.076 0.083 0.173 0.054 0.032 0.022 0.041 0.010 0.801 4.349 0.226 0.319 0.224 0.073 0.034 0.045 0.081 0.014 0.157 0.166 0.031 0.015 0.020 0.028 0.137 0.072 0.056 0.039 0.086 0.410 0.236 0.208 0.036 0.173 0.095 0.118 0.035 0.042 0.856 0.041 0.089 0.130 0.255 0.009 0.012 0.652 0.532 0.541 0.445 0.303 0.389 0.534 0.161 0.159 0.161 0.127 0.210 1.001 0.666 0.364 0.187 0.227 0.360 0.172 0.411 0.405 0.790 0.144 0.107 7408 chr22 37802248 37836749 + 0 NA intron (NM_052906, intron 1 of 2) MIR|SINE|MIR 4007 NM_052906 114794 Hs.344170 NM_052906 ENSG00000166897 ELFN2 LRRC62|PPP1R29 extracellular leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 2 protein-coding 0.883 nan 0.777 0.790 0.081 1.693 1.599 0.195 0.432 0.086 0.572 0.363 0.011 0.020 0.289 0.345 0.099 0.074 0.622 0.472 0.326 0.028 0.061 0.037 0.104 0.584 0.424 0.051 1.083 1.021 0.909 3.022 0.929 0.659 0.781 0.072 0.030 0.239 0.116 0.380 0.578 0.614 0.372 0.208 0.193 0.331 1.329 0.347 0.470 0.252 0.085 0.476 0.345 1.891 0.826 0.104 0.120 0.339 1.384 0.417 0.055 0.740 0.871 0.044 1.216 0.406 0.215 1.370 2.423 0.199 0.452 1.136 0.936 0.189 0.062 0.167 0.188 0.190 nan 0.258 0.333 nan 1.398 0.798 1.276 0.106 0.183 0.180 0.273 0.432 0.313 11670 chr9 100457988 100487137 + 0 NA intron (NR_147055, intron 9 of 10) intron (NR_147055, intron 9 of 10) -12871 NM_000380 7507 Hs.654364 NM_000380 ENSG00000136936 XPA XP1|XPAC XPA, DNA damage recognition and repair factor protein-coding 0.693 1.188 0.864 0.719 0.609 0.093 2.627 0.274 0.634 0.178 0.805 0.368 0.302 0.065 0.196 0.490 0.363 0.077 1.559 0.713 0.253 0.124 0.330 0.195 0.410 2.377 1.281 0.351 1.067 1.263 0.921 2.100 0.689 1.469 1.057 0.396 0.200 0.200 0.084 0.355 0.114 0.693 0.484 0.276 1.045 0.498 0.748 0.915 0.516 0.543 0.693 1.028 0.490 3.485 0.486 0.410 0.642 0.188 0.157 0.424 0.257 0.524 0.088 0.068 0.425 0.604 0.512 0.461 0.438 0.729 1.187 0.892 0.938 0.713 0.275 0.374 0.393 0.348 0.470 0.638 nan 1.024 0.781 0.272 0.427 1.039 1.100 0.350 0.455 nan 0.695 12004 chrX 153823241 153835787 + 0 NA Intergenic Intergenic 16096 NM_139250 246100 Hs.534310 NM_139250 ENSG00000268651 CTAG1A CT6.1|ESO1|LAGE-2|LAGE2A|NY-ESO-1 cancer/testis antigen 1A protein-coding 0.442 0.742 0.517 0.465 0.077 0.061 3.133 0.127 0.104 1.284 1.605 0.736 0.948 0.008 0.042 0.125 0.301 0.051 0.592 0.392 0.060 0.069 0.080 0.086 4.189 4.095 0.065 0.048 0.874 0.293 1.486 0.155 0.255 1.329 0.077 0.015 0.026 0.440 0.032 4.023 0.202 0.161 0.885 0.091 2.948 2.941 0.071 0.183 0.371 0.125 1.916 0.368 0.086 0.088 1.254 0.023 0.182 0.024 1.507 0.032 0.067 2.764 0.275 0.244 0.192 0.188 0.781 3.188 0.241 0.292 0.319 0.097 0.174 0.128 0.087 0.190 0.149 0.153 0.317 0.178 0.313 0.312 0.061 0.128 0.103 0.193 0.192 0.177 6219 chr2 85959433 86027026 + 0 NA intron (NM_032827, intron 2 of 2) MIR|SINE|MIR 12320 NM_032827 84913 Hs.135569 NM_032827 ENSG00000168874 ATOH8 HATH6|bHLHa21 atonal bHLH transcription factor 8 protein-coding nan 0.712 nan 0.112 0.250 2.766 0.603 0.201 0.470 0.282 1.484 1.872 0.059 0.383 0.249 0.871 0.912 0.149 0.314 0.314 0.120 0.043 0.155 0.167 1.029 0.760 0.453 0.331 0.228 0.100 0.260 1.127 0.362 1.725 0.138 1.788 0.126 0.114 0.105 0.581 0.098 0.279 0.216 0.102 0.322 0.067 0.139 0.330 1.995 0.588 1.038 1.336 0.871 0.226 0.367 1.029 0.354 2.049 1.027 0.659 0.510 0.264 0.060 0.889 0.320 0.036 0.023 0.770 1.306 0.694 2.421 1.953 1.483 0.699 0.188 0.488 0.581 2.941 3.999 1.045 0.773 1.801 1.980 0.329 0.340 0.376 0.466 1.136 2.877 2.016 1.168 8236 chr4 5708524 5714333 + 0 NA promoter-TSS (NM_001166136) promoter-TSS (NM_001166136) -153 NM_001166136 132884 Hs.87306 NM_147127 ENSG00000173040 EVC2 LBN|WAD EvC ciliary complex subunit 2 protein-coding 2.100 0.694 nan 0.063 1.672 0.019 0.672 0.027 0.175 0.182 0.839 1.008 0.433 0.005 0.140 1.168 1.417 0.303 1.441 1.122 0.262 2.098 0.027 0.153 1.409 1.385 1.467 1.493 1.078 0.250 1.368 1.363 0.073 3.583 0.075 0.431 0.033 1.921 0.136 0.566 2.064 5.070 0.287 0.094 0.528 0.144 0.648 2.625 2.340 7.874 2.047 0.471 1.168 1.103 0.446 1.409 0.210 0.743 0.066 3.605 0.614 0.405 0.256 0.212 1.468 0.109 0.132 0.428 0.564 1.074 1.888 0.695 0.532 nan 0.721 3.494 3.212 0.438 0.858 2.815 3.084 1.351 1.414 1.256 1.517 0.303 0.225 0.706 1.082 nan 0.592 4807 chr17 43223494 43277145 + 0 NA Intergenic Intergenic -1467 NR_135646 105371795 Hs.569733 NR_135646 ENSG00000267288 LOC105371795 - uncharacterized LOC105371795 ncRNA 1.952 1.786 nan 2.934 1.244 0.950 2.432 1.098 2.231 1.385 2.934 1.433 1.676 0.477 0.925 1.334 1.413 0.416 1.630 0.721 1.966 1.080 0.705 0.437 1.429 1.582 1.804 1.321 1.018 1.427 2.907 nan 2.769 2.445 1.050 2.945 0.316 2.950 0.193 1.448 0.637 4.319 1.202 0.539 0.976 0.950 3.981 3.297 5.231 2.016 1.770 2.010 1.334 2.636 0.950 1.429 1.119 1.790 0.379 2.940 0.886 1.866 0.640 0.918 1.661 1.048 0.818 1.569 1.776 1.624 2.567 1.870 nan 2.093 1.464 4.208 4.499 1.200 1.663 2.510 nan 2.631 2.103 1.741 2.288 1.246 1.608 1.886 2.681 1.083 0.617 10113 chr7 1262580 1269371 + 0 NA Intergenic Intergenic -6043 NM_001080461 340260 NM_001080461 ENSG00000164853 UNCX UNCX4.1 UNC homeobox protein-coding 5.535 0.623 13.860 0.056 0.052 0.030 0.062 0.118 0.224 0.105 0.269 0.028 0.015 0.052 0.107 0.089 0.032 0.062 0.019 0.041 0.140 0.072 0.123 0.092 0.033 0.022 0.080 0.094 nan 0.189 nan 0.021 0.134 0.017 0.098 0.142 0.018 0.047 0.192 0.035 0.002 0.034 0.071 0.105 0.144 0.085 0.035 0.049 0.107 0.031 0.041 0.123 0.048 1.102 0.357 0.075 0.070 0.007 0.091 0.011 0.017 0.023 0.246 0.198 0.111 nan 0.467 0.269 nan 0.097 0.246 0.310 0.126 0.226 nan 0.281 2.215 2.661 0.158 0.146 0.148 0.202 0.139 0.538 0.293 0.207 2938 chr12 109740283 109750577 + 0 NA intron (NM_213596, intron 2 of 9) intron (NM_213596, intron 2 of 9) 1595 NM_213596 121643 Hs.528316 NM_213596 ENSG00000139445 FOXN4 - forkhead box N4 protein-coding 2.335 1.586 nan 0.182 1.238 0.726 0.082 1.503 2.450 0.027 0.044 0.018 0.084 0.047 6.859 0.799 0.180 0.108 0.042 0.018 0.043 0.793 0.599 0.302 2.290 0.054 0.063 0.315 0.183 0.010 0.134 0.304 0.082 2.207 0.014 0.134 1.322 0.704 0.094 0.046 2.878 0.132 0.153 0.152 0.031 0.584 0.198 0.918 0.145 0.344 0.128 0.799 0.070 0.045 2.290 0.190 0.768 0.537 1.148 0.020 0.016 2.963 0.831 0.008 0.090 0.020 1.657 2.357 0.648 2.097 2.561 2.418 4.057 1.542 0.497 0.647 1.353 1.965 1.624 2.223 1.846 2.309 1.403 3.672 3.812 3.248 1.234 1.620 2.148 1.032 3915 chr15 40441546 40455172 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -4851 NM_001211 701 Hs.513645 NM_001211 ENSG00000156970 BUB1B BUB1beta|BUBR1|Bub1A|MAD3L|MVA1|SSK1|hBUBR1 BUB1 mitotic checkpoint serine/threonine kinase B protein-coding 1.298 1.191 nan 0.880 1.644 1.715 1.431 0.540 1.012 0.281 0.710 0.976 0.150 0.169 0.422 1.381 0.411 0.177 1.083 0.529 0.664 0.173 0.830 0.346 4.254 0.442 0.514 0.378 0.508 0.526 1.495 6.538 1.180 4.166 0.772 0.770 0.181 0.459 0.106 0.365 0.665 0.334 0.555 0.361 1.022 0.454 0.746 0.591 0.436 0.591 0.348 1.138 1.381 0.854 0.517 4.254 0.682 0.692 0.320 0.716 0.563 0.494 1.399 0.199 0.753 0.194 0.127 2.167 1.943 1.845 3.268 3.979 3.034 1.740 0.403 1.873 2.086 1.122 nan 4.124 4.716 1.962 1.973 1.648 2.262 1.125 1.085 1.242 1.167 1.580 0.992 5126 chr18 5139875 5145301 + 0 NA TTS (NM_001330553) TTS (NM_001330553) 54667 NM_001145194 642597 Hs.437160 NM_001145194 ENSG00000231824 AKAIN1 C18orf42 A-kinase anchor inhibitor 1 protein-coding 0.755 0.755 1.903 0.131 0.064 0.011 0.013 0.036 0.186 0.035 0.043 0.052 0.019 0.092 0.082 0.056 0.060 0.040 0.034 0.077 0.144 0.179 0.004 0.014 0.037 0.015 0.100 0.065 nan 0.039 0.946 0.040 0.107 0.022 0.015 0.069 0.029 0.020 0.043 0.071 0.147 0.016 0.014 0.015 0.068 0.026 0.035 0.004 0.016 0.291 0.053 0.019 0.015 0.046 0.011 0.402 0.161 0.281 0.359 0.462 0.696 13.007 3.945 0.148 0.142 0.083 nan 0.935 0.697 nan 0.433 0.044 0.186 4.192 4.889 0.293 nan nan 0.467 4516 chr16 89155160 89190720 + 0 NA intron (NM_174917, intron 4 of 10) AluSx3|SINE|Alu 12723 NR_147928 197322 Hs.461727 NM_174917 ENSG00000176715 ACSF3 - acyl-CoA synthetase family member 3 protein-coding nan 1.171 1.298 0.205 1.177 2.307 0.169 0.288 0.594 0.057 0.259 0.246 0.078 0.748 3.050 1.096 0.144 0.073 0.328 0.075 0.170 0.090 0.221 0.130 1.592 0.211 0.206 0.230 0.260 0.032 0.240 0.524 0.223 1.045 0.107 0.137 0.022 0.141 0.069 0.040 0.104 0.298 0.346 0.218 0.065 0.130 0.157 0.194 0.323 0.510 0.168 0.230 1.096 0.415 0.275 1.592 0.031 0.137 0.131 0.393 0.364 0.131 0.420 0.087 0.077 0.081 0.050 1.270 1.842 0.405 0.536 2.001 1.606 0.821 0.264 0.627 0.653 0.178 0.385 0.859 0.995 0.867 0.687 0.722 1.150 0.168 0.175 0.228 0.333 0.949 0.595 10462 chr7 81285799 81342124 + 0 NA intron (NR_126025, intron 1 of 10) intron (NR_126025, intron 1 of 10) 6761 NR_126025 100128317 Hs.571267 NR_126025 ENSG00000233491 LOC100128317 - uncharacterized LOC100128317 ncRNA 0.968 0.698 0.857 0.091 0.123 0.141 0.127 0.152 0.380 0.019 0.157 1.540 0.012 0.080 0.095 0.252 0.597 0.117 0.090 0.077 0.040 1.065 0.125 0.176 0.142 0.043 0.012 0.008 0.115 0.075 0.086 0.392 0.124 0.272 0.307 0.244 0.036 0.174 0.166 0.124 0.140 0.172 0.017 0.010 0.075 0.153 0.092 0.213 0.422 0.148 0.989 0.237 0.252 0.063 0.094 0.142 0.110 0.073 0.182 0.338 0.867 0.158 0.104 0.212 0.301 0.026 0.015 0.485 0.332 0.268 0.347 0.320 0.476 0.164 0.104 0.164 0.155 8.711 9.499 0.521 0.348 0.660 0.259 0.190 0.372 0.208 0.296 0.475 nan 0.607 0.626 10892 chr8 33194079 33218837 + 0 NA Intergenic Intergenic 124206 NM_032664 84750 Hs.458713 NM_032664 ENSG00000172728 FUT10 FUCTX fucosyltransferase 10 protein-coding 1.009 1.247 nan 0.254 0.259 0.052 0.116 0.151 0.300 0.004 0.102 0.083 0.003 0.083 0.047 1.811 0.114 0.124 0.039 0.015 0.053 0.006 0.100 0.161 0.247 0.108 0.035 0.012 0.097 0.017 0.081 0.088 0.060 0.768 0.058 0.138 0.481 0.056 0.153 0.019 0.212 0.059 0.011 0.031 0.022 0.031 0.093 0.255 0.115 0.051 0.019 0.081 1.811 0.040 0.008 0.247 0.167 0.045 0.142 0.028 0.049 0.039 0.040 0.392 0.028 0.019 0.010 0.336 0.157 0.175 0.281 1.311 1.355 4.931 2.580 0.185 0.166 0.445 0.676 0.303 0.249 1.745 1.884 0.106 0.152 1.757 1.885 0.330 0.948 2.042 1.308 4136 chr15 91397981 91419098 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -3283 NM_002569 5045 Hs.513153 NM_002569 ENSG00000140564 FURIN FUR|PACE|PCSK3|SPC1 furin, paired basic amino acid cleaving enzyme protein-coding nan nan nan 2.084 0.787 0.222 1.468 0.826 1.613 0.557 1.664 1.754 0.613 1.024 1.625 0.746 0.834 0.107 1.456 0.675 1.741 0.282 0.534 0.349 1.752 0.953 0.733 0.787 1.885 1.024 4.078 8.515 1.120 4.034 1.695 1.171 0.359 0.370 0.108 0.665 0.646 1.968 1.596 0.698 0.780 0.622 1.573 1.462 2.329 1.932 0.934 6.481 0.746 1.684 1.975 1.752 2.570 3.042 0.184 1.163 1.784 0.911 1.353 0.101 1.914 1.235 1.152 2.571 3.111 1.046 1.679 1.488 1.487 nan 0.516 2.791 2.870 0.534 0.902 4.559 5.351 nan 1.148 1.749 3.122 1.174 1.070 0.448 nan 1.367 0.627 5151 chr18 9822649 9839242 + 0 NA intron (NM_006868, intron 5 of 6) L1ME3B|LINE|L1 -54778 NM_032243 84203 Hs.98712 NM_032243 ENSG00000168454 TXNDC2 SPTRX|SPTRX1 thioredoxin domain containing 2 protein-coding 1.360 1.616 1.551 0.341 0.250 0.093 1.704 0.107 0.257 1.635 1.566 1.646 1.062 0.121 0.138 0.131 0.495 0.116 2.299 1.211 3.670 0.025 0.178 0.122 0.315 1.382 1.173 0.092 1.594 0.939 1.240 3.807 3.805 nan 1.094 1.634 0.161 0.072 0.106 0.632 0.039 4.173 0.355 0.239 1.168 1.277 1.912 1.050 2.317 0.672 2.879 3.120 0.131 4.567 2.321 0.315 1.108 3.737 0.047 2.438 0.171 1.212 0.077 1.456 0.824 0.229 0.169 0.491 0.629 0.803 2.916 0.530 0.574 nan 0.134 0.376 0.435 0.281 nan 0.737 1.106 nan 0.305 0.132 0.227 0.578 1.130 0.859 nan nan 0.678 10277 chr7 30024972 30030747 + 0 NA intron (NM_001145514, intron 1 of 7) intron (NM_001145514, intron 1 of 7) 1566 NM_001145515 9805 Hs.520740 NM_014766 ENSG00000136193 SCRN1 SES1 secernin 1 protein-coding 5.246 3.194 4.911 9.944 1.165 1.751 4.248 1.334 2.765 4.723 5.781 2.628 4.922 1.924 3.549 2.310 3.586 0.283 5.353 1.543 7.319 3.468 2.655 1.696 8.167 6.278 8.136 3.044 10.414 2.760 7.930 10.351 8.320 5.243 2.152 0.346 1.200 6.180 0.244 2.746 3.270 11.706 6.145 2.393 4.990 5.766 6.254 8.795 5.839 4.891 1.992 4.347 2.310 4.750 9.395 8.167 1.914 3.307 1.191 6.226 3.974 6.292 3.165 1.516 6.368 7.842 6.681 2.725 6.203 3.993 8.452 4.097 nan 6.503 2.687 1.928 1.860 5.337 nan nan nan 5.150 6.357 4.467 8.205 5.768 5.158 3.903 nan 1.578 1.014 3801 chr14 100695117 100714264 + 0 NA promoter-TSS (NM_003403) promoter-TSS (NM_003403) -412 NM_003403 7528 Hs.388927 NM_003403 ENSG00000100811 YY1 DELTA|GADEVS|INO80S|NF-E1|UCRBP|YIN-YANG-1 YY1 transcription factor protein-coding 3.662 1.736 2.010 1.754 2.465 1.944 0.704 1.184 2.011 0.613 1.160 0.627 0.881 0.703 2.060 2.084 1.575 0.317 0.912 0.110 1.766 1.131 1.252 0.568 2.287 1.321 1.483 0.643 1.396 0.375 2.229 2.918 2.622 3.279 0.416 1.286 0.558 1.671 0.135 0.469 1.788 1.678 1.669 0.873 0.459 0.778 0.820 1.541 1.935 3.429 0.751 2.134 2.084 0.991 1.466 2.287 0.513 1.043 0.325 1.975 0.628 1.215 2.486 0.575 1.888 0.705 0.351 1.757 2.035 2.495 3.546 4.247 4.246 1.783 0.966 2.825 2.923 1.627 2.307 2.536 3.954 3.908 4.121 2.653 4.494 1.885 2.375 1.964 1.926 1.100 0.707 6692 chr2 227511824 227529936 + 0 NA Intergenic Intergenic 2629 NR_049887 100847053 NR_049887 ENSG00000263363 MIR5702 - microRNA 5702 ncRNA nan 0.770 0.756 0.737 0.118 0.025 4.677 0.187 0.362 0.068 0.885 2.334 0.086 0.127 0.029 0.726 1.254 0.243 2.718 1.354 1.130 1.178 0.122 0.108 0.079 2.159 1.145 0.223 1.968 2.138 1.007 2.808 4.054 nan 2.412 1.079 0.064 0.138 0.114 2.405 0.044 0.794 0.446 0.431 3.715 1.395 0.652 1.672 0.589 1.048 0.245 0.591 0.726 2.382 2.586 0.079 0.546 0.083 0.043 0.164 0.146 1.582 0.005 0.369 2.788 2.211 2.624 0.289 0.160 0.376 0.627 0.462 0.412 0.100 0.043 0.598 0.652 0.500 0.893 0.269 nan 0.432 0.152 0.083 0.126 0.285 0.385 0.550 nan 0.326 0.375 10552 chr7 100179019 100185089 + 0 NA intron (NM_001289934, intron 1 of 17) intron (NM_001289934, intron 1 of 17) 1757 NM_002319 4034 Hs.125742 NM_002319 ENSG00000077454 LRCH4 LRN|LRRN1|LRRN4|PP14183 leucine rich repeats and calponin homology domain containing 4 protein-coding nan 1.558 4.312 1.454 2.416 2.740 4.948 0.924 2.161 1.417 3.201 0.928 1.477 1.481 5.166 1.882 1.436 0.236 4.179 1.407 1.191 0.981 1.163 0.589 2.784 0.430 0.477 1.633 7.476 2.742 6.154 7.734 14.261 5.491 3.104 1.127 0.422 2.814 0.184 1.144 1.380 2.591 1.151 0.861 1.134 3.331 2.629 1.150 2.385 3.998 1.453 2.052 1.882 5.357 1.887 2.784 1.893 2.438 1.512 3.536 0.879 1.167 1.317 0.507 2.017 0.911 0.693 2.884 4.020 4.263 4.662 4.122 4.136 3.542 2.109 4.946 5.114 1.643 2.167 2.574 3.539 2.509 2.509 2.402 3.995 2.322 1.850 2.423 nan 1.992 1.050 251 chr1 35653504 35663986 + 0 NA promoter-TSS (NR_136702) promoter-TSS (NR_136702) 1 NR_136702 6421 Hs.355934 NM_005066 ENSG00000116560 SFPQ POMP100|PPP1R140|PSF splicing factor proline and glutamine rich protein-coding 4.018 nan 3.688 2.714 4.546 2.681 2.137 1.936 3.466 0.709 2.369 1.098 1.076 0.973 2.852 2.780 1.768 0.387 1.601 0.542 1.424 1.216 3.052 1.388 7.030 1.000 1.255 1.216 2.092 0.501 2.376 3.314 2.232 4.764 0.755 1.344 0.457 3.011 0.179 0.641 1.945 2.851 1.506 0.788 0.666 0.578 2.003 2.010 1.685 2.662 0.990 1.361 2.780 2.964 1.957 7.030 0.795 0.837 0.916 3.135 1.316 0.704 0.913 1.143 0.906 1.203 0.773 3.519 3.394 3.954 5.652 7.818 7.752 nan 2.121 7.657 7.802 2.980 3.795 10.219 14.214 nan 5.809 3.535 6.768 3.041 2.964 5.668 4.143 1.778 nan 1594 chr10 95183890 95257488 + 0 NA intron (NM_013451, intron 1 of 53) AluSq2|SINE|Alu 21385 NM_133337 26509 Hs.602086 NM_013451 ENSG00000138119 MYOF FER1L3 myoferlin protein-coding 0.905 1.746 1.379 2.092 0.732 0.418 4.710 0.218 0.380 1.715 3.291 2.507 1.311 0.083 0.557 0.261 1.781 0.379 2.354 1.254 3.632 0.045 0.153 0.123 0.423 2.908 3.260 1.248 2.973 2.076 1.265 2.184 1.564 1.454 0.980 3.772 0.041 0.258 0.084 1.366 0.162 4.859 2.596 1.086 2.638 1.530 1.052 3.051 3.320 1.978 0.886 1.841 0.261 3.082 5.404 0.423 1.332 2.462 0.103 1.913 0.374 3.343 0.084 0.098 2.363 3.148 3.032 0.473 0.542 0.939 2.552 0.593 0.511 1.750 0.362 0.415 0.362 0.406 0.696 nan 2.799 0.346 0.220 0.177 0.290 0.213 0.233 0.294 0.480 0.535 0.390 10648 chr7 127656072 127694145 + 0 NA intron (NM_014390, intron 16 of 23) intron (NM_014390, intron 16 of 23) -4106 NM_022143 64101 Hs.655003 NM_022143 ENSG00000128594 LRRC4 NAG14|NGL-2 leucine rich repeat containing 4 protein-coding 1.099 0.670 1.275 0.278 0.285 1.876 0.474 0.169 0.358 0.274 0.408 0.268 0.143 0.086 0.165 0.524 0.273 0.115 1.494 0.836 0.047 0.033 0.136 0.143 0.320 2.681 1.866 0.072 0.907 0.380 0.298 0.833 1.096 0.417 0.273 0.152 0.103 0.184 0.140 0.052 0.097 0.237 0.067 0.031 0.904 0.594 0.418 0.171 0.123 0.095 0.118 0.514 0.524 0.853 0.495 0.320 0.161 0.527 0.324 0.140 0.138 0.437 0.055 0.133 0.164 0.020 0.017 0.534 0.458 0.279 0.463 0.558 0.573 0.581 0.208 0.412 0.383 0.650 1.012 0.442 0.613 0.781 0.678 0.331 0.449 0.439 0.520 0.534 0.822 1.685 1.052 10492 chr7 90031585 90042855 + 0 NA intron (NM_001185073, intron 2 of 2) L2c|LINE|L2 4572 NM_012129 9069 Hs.731917 NM_012129 ENSG00000157224 CLDN12 - claudin 12 protein-coding nan 2.882 nan 0.497 1.273 0.834 1.768 0.956 1.554 0.144 0.757 0.806 0.115 0.577 1.079 0.680 1.546 0.216 1.689 0.671 0.363 0.098 1.256 0.683 1.008 0.901 0.726 0.354 5.285 0.927 1.876 4.542 3.720 2.475 0.532 0.343 0.156 0.845 0.225 0.507 0.414 0.881 0.369 0.205 3.983 3.555 0.613 1.010 0.693 1.486 1.036 1.035 0.680 0.891 2.364 1.008 0.987 0.418 0.276 0.569 0.556 0.716 0.668 0.196 0.747 0.363 0.158 1.020 1.510 1.677 2.801 1.715 1.446 2.329 0.867 2.023 1.973 1.418 1.630 1.389 2.344 1.206 1.372 0.578 1.372 1.200 1.848 0.937 nan 2.155 1.371 369 chr1 49380983 49405745 + 0 NA intron (NM_001323575, intron 5 of 12) intron (NM_001323575, intron 5 of 12) -150723 NR_146232 79656 Hs.475348 NM_024603 ENSG00000162373 BEND5 C1orf165 BEN domain containing 5 protein-coding nan 0.969 nan 0.305 0.265 0.075 0.046 0.231 0.315 0.012 0.194 0.345 0.062 0.109 0.109 0.356 0.081 0.136 0.064 0.030 0.043 0.186 0.192 0.149 0.112 0.050 0.021 0.050 0.008 0.078 0.312 0.082 0.464 0.077 0.801 0.015 0.077 0.084 0.201 0.557 0.119 0.024 0.019 0.022 0.050 0.055 0.198 0.184 0.035 0.098 0.035 0.356 0.034 0.015 0.149 0.054 0.111 0.219 0.061 0.102 0.039 0.044 0.866 0.099 0.079 0.037 0.477 0.360 0.292 0.372 0.609 0.717 0.295 0.100 0.239 0.331 1.141 nan nan 0.509 0.639 0.566 0.132 nan 0.088 0.132 1.361 4.099 0.743 0.545 4986 chr17 73142883 73158794 + 0 NA promoter-TSS (NR_109933) promoter-TSS (NR_109933) -60 NM_001288611 51155 Hs.532803 NM_016185 ENSG00000189159 JPT1 ARM2|HN1|HN1A Jupiter microtubule associated homolog 1 protein-coding 3.166 1.806 1.828 3.040 1.509 1.164 4.687 1.134 2.050 0.260 1.378 0.892 0.476 0.244 1.387 1.285 0.870 0.320 2.564 0.869 0.782 0.401 1.666 0.796 1.497 1.057 0.838 0.484 1.137 1.968 2.299 3.811 1.640 4.303 1.718 1.573 0.451 1.312 0.157 0.534 1.030 1.182 0.800 0.454 1.008 0.703 1.451 0.734 1.908 1.336 0.719 1.234 1.285 3.150 2.230 1.497 0.870 1.091 0.447 1.414 1.385 1.191 0.693 0.638 0.757 0.510 0.242 2.819 3.363 1.633 2.314 3.296 2.494 2.801 0.849 2.818 3.042 nan 3.153 2.091 3.870 4.904 5.977 1.311 2.527 2.840 2.403 2.433 2.763 nan 1.211 7861 chr3 136937749 136952756 + 0 NA Intergenic Intergenic 268545 NM_144717 53833 Hs.61232 NM_144717 ENSG00000174564 IL20RB DIRS1|FNDC6|IL-20R2 interleukin 20 receptor subunit beta protein-coding 0.727 nan nan 0.101 0.082 4.154 0.081 0.213 0.328 0.006 0.085 0.061 0.021 0.033 0.118 1.846 0.081 0.107 0.035 0.017 0.125 0.114 0.048 0.018 0.019 0.015 0.068 0.074 0.071 0.076 0.595 0.019 0.046 0.043 0.070 0.216 0.117 0.016 0.021 0.007 0.036 0.032 0.073 0.065 0.033 0.025 0.040 1.846 0.019 0.037 0.048 0.049 0.061 0.190 0.035 0.007 0.036 0.086 0.124 0.005 0.015 0.009 0.309 0.258 0.436 0.349 4.817 4.330 0.197 0.153 0.189 0.170 0.189 0.335 0.460 0.710 nan 0.352 0.160 0.274 0.031 0.080 0.284 0.303 0.180 0.305 1548 chr10 79439216 79452338 + 0 NA Intergenic Intergenic -48200 NM_001271522 3778 Hs.144795 NM_002247 ENSG00000156113 KCNMA1 BKTM|CADEDS|KCa1.1|MaxiK|PNKD3|SAKCA|SLO|SLO-ALPHA|SLO1|bA205K10.1|hSlo|mSLO1 potassium calcium-activated channel subfamily M alpha 1 protein-coding 0.701 nan 0.955 0.631 0.737 0.110 0.137 0.239 0.470 0.014 0.076 0.066 0.014 0.038 0.128 0.735 0.088 0.086 0.056 0.053 0.031 0.287 0.145 0.119 0.043 0.011 0.025 0.098 0.024 0.049 0.137 0.058 7.927 0.023 0.097 0.686 0.066 0.062 0.018 0.114 0.207 0.055 0.024 0.140 0.035 0.081 0.106 0.072 0.106 0.054 0.085 0.735 0.059 0.021 0.119 0.056 0.019 0.082 0.036 0.008 0.024 0.053 0.216 0.017 0.013 0.016 0.338 0.200 0.154 0.189 0.633 0.860 5.944 1.131 0.091 0.139 0.151 0.252 0.318 nan 0.226 0.135 0.176 0.146 2.170 2.129 0.336 nan 1.686 0.845 3900 chr15 36642622 36708252 + 0 NA Intergenic Intergenic -196367 NM_001321756 84529 Hs.48348 NM_032499 ENSG00000186073 C15orf41 HH114 chromosome 15 open reading frame 41 protein-coding 0.735 nan nan 0.084 0.124 0.044 1.100 0.098 0.250 0.182 0.154 2.815 0.043 0.031 0.136 0.474 0.880 0.118 1.235 0.691 0.060 0.036 0.115 0.138 0.046 0.182 0.056 0.006 0.215 0.084 0.167 0.225 0.078 0.277 0.274 0.945 0.146 5.276 0.150 0.119 0.106 0.104 0.042 0.050 0.503 0.051 0.734 0.159 0.100 0.091 0.461 0.159 0.474 0.069 0.084 0.046 0.581 0.348 0.051 0.093 0.023 0.708 0.033 0.060 0.473 0.024 0.013 0.363 0.210 0.238 0.754 0.245 0.315 0.102 0.063 0.108 0.134 0.703 0.912 0.219 0.251 0.716 0.396 0.148 0.220 0.542 1.050 0.240 0.409 0.351 0.421 5634 chr19 36704481 36708053 + 0 NA promoter-TSS (NM_152477) promoter-TSS (NM_152477) -281 NM_001042474 147929 Hs.596338 NM_152477 ENSG00000196357 ZNF565 - zinc finger protein 565 protein-coding 9.106 2.507 4.808 4.749 10.974 3.619 2.199 3.806 6.329 1.981 6.168 4.338 2.043 1.697 4.776 3.726 3.170 0.272 3.954 1.378 3.954 1.627 3.066 0.934 4.910 3.889 3.331 3.314 2.963 0.975 4.064 6.053 3.042 20.728 1.554 4.596 1.282 9.299 0.240 1.220 2.205 5.310 4.931 2.109 1.922 1.201 2.618 3.145 6.862 9.507 3.307 1.508 3.726 5.196 3.574 4.910 1.650 2.306 1.847 3.504 2.370 2.218 2.508 3.074 2.142 1.993 1.493 7.000 5.810 7.226 9.222 10.378 10.104 11.734 4.713 25.076 27.171 5.948 8.183 9.414 14.182 nan 12.595 5.476 8.920 8.651 9.024 9.282 9.393 6.984 3.819 5434 chr18 74322243 74336307 + 0 NA Intergenic MLT1F|LTR|ERVL-MaLR -2459 NR_120419 400660 Hs.131718 NR_120419 ENSG00000266256 LINC00683 - long intergenic non-protein coding RNA 683 ncRNA nan nan 0.636 0.083 1.065 0.212 0.200 0.997 2.035 0.456 0.420 0.044 0.064 1.183 2.105 0.069 0.036 0.189 0.054 0.017 0.344 0.680 0.399 3.995 0.986 0.787 0.047 0.528 0.376 0.085 0.377 0.142 1.071 0.021 0.665 0.054 0.046 0.094 0.050 0.220 0.101 0.030 0.022 0.496 0.043 0.112 0.330 0.133 0.025 0.202 0.127 2.105 0.171 0.013 3.995 0.048 0.024 0.041 0.146 0.935 0.173 0.558 0.088 0.207 0.004 0.007 0.540 0.513 0.470 0.557 1.926 nan 7.037 2.873 0.422 0.389 0.048 0.139 5.549 nan 1.230 1.077 0.513 1.031 0.588 0.633 0.295 0.672 2.462 1.371 4053 chr15 71716864 71742409 + 0 NA intron (NM_024817, intron 6 of 16) MSTB|LTR|ERVL-MaLR -109905 NM_001286429 79875 Hs.387057 NM_024817 ENSG00000187720 THSD4 ADAMTSL-6|ADAMTSL6|FVSY9334|PRO34005 thrombospondin type 1 domain containing 4 protein-coding 0.586 0.729 0.786 0.184 0.083 0.013 0.496 0.162 0.279 0.200 0.203 0.384 0.219 0.031 0.116 0.260 0.294 0.166 0.369 0.282 1.133 0.044 0.162 0.152 0.181 0.538 0.229 0.092 0.522 0.552 0.485 0.825 0.577 0.521 0.804 0.298 0.011 0.064 0.080 0.221 0.087 0.511 0.061 0.024 0.359 0.670 0.504 0.163 2.671 0.118 0.229 0.772 0.260 0.876 0.466 0.181 0.299 1.441 0.076 0.802 0.016 0.354 0.068 0.084 0.131 0.032 0.038 0.318 0.240 2.082 4.587 0.272 0.375 1.210 0.574 0.168 0.156 0.194 0.301 0.237 0.301 0.636 0.314 0.280 0.394 0.073 0.079 0.234 0.428 0.398 0.374 11677 chr9 101102023 101109304 + 0 NA intron (NM_005458, intron 13 of 18) intron (NM_005458, intron 13 of 18) -87660 NM_018421 55357 Hs.371016 NM_018421 ENSG00000095383 TBC1D2 PARIS-1|PARIS1|TBC1D2A TBC1 domain family member 2 protein-coding 1.541 0.837 1.722 0.049 0.144 0.015 0.202 0.153 0.397 0.013 0.075 0.051 0.009 0.040 0.037 0.104 0.031 0.044 0.029 0.109 0.104 0.066 0.048 0.050 0.041 0.103 0.015 0.103 0.240 0.047 0.352 0.041 0.075 0.209 0.015 0.085 0.139 0.101 0.016 0.032 0.017 0.145 0.123 0.022 0.048 0.022 0.019 0.104 0.049 0.066 0.039 0.399 0.032 0.014 0.044 0.055 1.678 0.011 0.008 0.296 0.160 0.125 0.184 0.292 0.353 0.266 0.057 0.093 0.061 0.376 0.811 0.232 nan 8.937 9.217 0.087 0.127 0.884 0.682 0.925 3.014 nan 0.546 1823 chr11 16625562 16636539 + 0 NA Intergenic Intergenic -129098 NM_014267 10944 Hs.368226 NM_014267 ENSG00000110696 C11orf58 IMAGE145052|SMAP chromosome 11 open reading frame 58 protein-coding 1.008 nan 2.856 0.831 4.042 2.023 0.162 1.874 3.070 0.121 0.109 0.068 0.347 0.251 0.529 0.159 0.062 0.352 0.106 0.046 0.138 0.184 0.141 1.756 0.099 0.073 0.087 0.145 0.110 1.011 1.423 0.536 7.479 0.253 0.615 0.069 0.322 0.071 0.344 0.058 0.243 0.599 0.347 0.020 0.042 1.220 0.696 0.423 0.296 0.831 0.123 0.529 0.221 0.042 1.756 0.156 0.288 0.036 0.386 1.410 0.015 0.117 0.647 0.793 0.157 0.079 nan 0.434 5.098 6.932 9.544 7.016 0.413 0.138 0.868 0.743 1.376 nan 2.014 2.449 1.055 0.635 0.752 1.301 0.555 0.305 0.253 0.742 1.120 nan 5026 chr17 75717346 75746582 + 0 NA Intergenic Intergenic -7323 NR_104134 100132174 Hs.640110 NR_104134 ENSG00000267790 LINC01987 - long intergenic non-protein coding RNA 1987 ncRNA 1.544 1.153 1.196 0.049 0.099 3.917 0.051 0.845 1.508 0.020 0.071 0.048 0.006 0.031 2.818 1.300 0.432 0.094 0.079 0.026 0.022 0.028 0.530 0.412 5.052 0.033 0.025 0.026 0.079 0.004 0.196 0.551 0.099 2.900 0.030 0.101 0.023 0.054 0.089 0.072 0.076 0.117 0.035 0.019 0.041 0.047 0.020 0.181 0.085 0.039 0.110 0.083 1.300 0.069 0.014 5.052 0.055 0.048 0.307 0.106 0.517 0.046 1.000 0.287 0.245 0.022 0.010 2.062 4.665 0.165 0.245 3.374 3.397 0.257 0.111 0.334 0.406 nan 0.879 4.355 4.418 1.448 1.121 0.902 1.306 0.164 0.184 0.847 2.286 nan 0.478 5999 chr2 28931166 28942158 + 0 NA intron (NR_145832, intron 1 of 1) intron (NR_145832, intron 1 of 1) 22409 NR_145832 100505774 Hs.595909 NR_145832 ENSG00000226833 LOC100505774 - uncharacterized LOC100505774 ncRNA 1.017 1.617 1.203 0.213 0.769 0.512 2.989 0.219 0.336 0.829 0.884 0.563 0.015 0.086 2.442 0.700 0.711 0.265 1.815 1.158 0.041 0.050 0.487 0.240 0.398 0.430 0.132 0.075 0.720 0.707 3.703 9.141 2.085 8.231 1.167 2.960 0.086 0.118 0.117 0.537 0.188 0.235 0.193 0.170 0.475 0.600 1.416 2.072 0.711 0.148 1.539 2.159 0.700 2.317 1.023 0.398 0.654 1.003 0.129 0.144 0.839 0.673 0.073 0.091 0.326 0.325 0.302 0.358 0.291 0.346 1.405 0.458 0.488 1.611 0.475 0.459 0.461 1.033 1.401 3.856 nan 0.447 0.249 0.224 0.335 0.869 1.371 0.439 1.234 1.114 0.756 5975 chr2 26463543 26476657 + 0 NA intron (NM_000183, intron 1 of 15) (CCCTA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 2484 NM_001281512 3032 Hs.515848 NM_000183 ENSG00000138029 HADHB ECHB|MSTP029|MTPB|TP-BETA hydroxyacyl-CoA dehydrogenase trifunctional multienzyme complex subunit beta protein-coding 1.751 1.105 1.550 1.629 1.468 1.311 1.329 0.710 1.594 0.874 1.718 1.742 0.406 0.487 1.347 0.953 0.834 0.098 1.992 0.515 1.359 0.849 1.242 0.702 1.507 0.441 0.536 1.040 1.265 0.523 1.639 2.198 1.026 7.452 0.658 1.497 0.121 1.762 0.153 0.722 0.813 1.749 1.237 0.766 0.683 0.685 1.882 1.354 1.750 1.964 1.639 0.976 0.953 1.716 1.636 1.507 0.541 0.833 0.502 1.540 1.062 1.342 0.910 1.089 1.173 0.944 0.629 2.379 2.512 1.622 2.523 2.206 2.726 2.587 1.257 7.592 8.347 1.918 2.466 3.076 nan 2.629 2.135 1.761 3.129 1.061 1.227 2.580 3.916 1.275 0.895 6613 chr2 208391340 208399107 + 0 NA intron (NM_004379, intron 1 of 7) GC_rich|Low_complexity|Low_complexity 607 NM_004379 1385 Hs.516646 NM_004379 ENSG00000118260 CREB1 CREB|CREB-1 cAMP responsive element binding protein 1 protein-coding 3.423 nan 2.756 3.410 2.225 1.645 4.307 1.961 3.055 1.320 4.200 1.488 1.752 0.877 1.450 1.998 2.902 0.289 5.251 1.806 3.816 1.000 0.888 0.610 2.751 3.590 3.852 1.824 4.302 1.610 3.658 6.447 3.346 6.121 1.928 7.685 0.404 2.012 0.152 2.077 1.064 6.491 5.593 2.288 3.287 2.554 2.323 3.656 3.201 4.150 1.231 1.623 1.998 4.956 5.346 2.751 1.069 1.684 0.622 5.563 1.980 2.523 0.995 1.304 3.318 1.779 1.026 3.207 3.477 4.996 6.433 4.106 3.914 2.627 1.526 11.636 11.490 3.404 3.781 4.325 6.407 3.045 3.668 1.853 4.085 1.958 2.000 4.709 5.364 0.754 0.371 5520 chr19 8266164 8282473 + 0 NA 5' UTR (NM_024552, exon 1 of 12) 5' UTR (NM_024552, exon 1 of 12) 101 NM_024552 79603 Hs.515111 NM_024552 ENSG00000090661 CERS4 LASS4|Trh1 ceramide synthase 4 protein-coding 1.194 2.239 2.760 0.150 4.120 3.900 0.183 1.044 1.959 0.462 0.162 0.091 0.300 0.642 1.235 0.345 0.069 0.132 0.291 0.002 0.178 0.281 0.830 0.332 1.808 0.569 0.543 0.311 0.134 0.085 0.650 1.800 0.705 5.211 0.072 0.750 0.098 0.521 0.093 0.051 0.031 0.103 0.155 0.119 0.007 0.099 1.599 0.165 0.614 0.559 0.097 0.402 0.345 0.532 0.148 1.808 0.023 0.082 0.317 0.831 0.372 0.475 0.303 0.265 0.097 0.064 0.034 0.503 0.708 0.680 0.918 3.256 3.262 1.209 0.373 0.179 0.129 0.630 1.099 7.606 nan 1.363 1.316 0.471 0.773 0.654 0.384 0.628 1.236 2.279 0.903 8527 chr4 119261615 119276836 + 0 NA intron (NM_003619, intron 1 of 12) AluJb|SINE|Alu 4697 NM_003619 8492 Hs.445857 NM_003619 ENSG00000164099 PRSS12 BSSP-3|BSSP3|MRT1 serine protease 12 protein-coding 0.681 2.004 0.641 1.789 0.391 0.102 0.126 0.147 0.225 0.057 0.182 0.417 3.146 0.040 0.339 0.485 0.924 0.149 0.378 0.163 0.029 0.027 0.293 0.130 0.079 0.049 0.019 0.091 0.357 0.229 0.255 0.531 0.077 2.238 0.198 0.073 0.182 0.100 0.071 0.070 0.142 0.247 0.095 0.083 0.875 0.188 0.278 0.354 0.278 0.583 0.109 0.047 0.485 0.328 0.031 0.079 0.385 0.049 0.026 0.359 0.007 0.005 0.291 0.188 0.025 0.008 0.019 0.386 0.692 0.780 1.623 0.553 0.491 0.146 0.132 0.232 0.230 2.009 2.792 0.489 0.630 0.599 0.568 1.100 0.809 1.250 0.947 0.676 0.827 0.765 0.584 8051 chr3 177269395 177346628 + 0 NA intron (NR_047568, intron 2 of 3) intron (NR_047568, intron 2 of 3) 148302 NR_047568 100505566 Hs.581170 NR_047568 LINC00578 - long intergenic non-protein coding RNA 578 ncRNA 1.353 2.028 1.384 0.328 1.164 0.396 0.388 1.077 2.139 0.504 0.892 1.565 0.444 1.062 0.191 0.388 1.616 0.287 0.327 0.140 0.061 0.131 1.029 0.482 0.689 2.134 0.995 0.026 0.402 0.277 1.010 3.522 4.376 1.199 0.833 0.200 0.124 0.066 0.129 0.115 0.159 0.142 0.069 0.046 0.489 0.199 1.223 0.113 0.396 0.122 0.083 2.316 0.388 0.309 0.247 0.689 0.502 0.768 0.063 0.085 0.820 0.393 0.253 0.381 0.414 0.021 0.020 0.605 0.774 1.218 3.675 0.873 0.995 4.772 2.463 0.278 0.283 0.598 0.921 2.065 1.263 0.706 0.317 0.285 0.488 0.761 1.034 0.510 1.431 1.841 0.988 10121 chr7 2028016 2043575 + 0 NA intron (NM_001013836, intron 14 of 18) intron (NM_001013836, intron 14 of 18) -55609 NM_001304525 8379 Hs.654838 NM_003550 ENSG00000002822 MAD1L1 MAD1|PIG9|TP53I9|TXBP181 mitotic arrest deficient 1 like 1 protein-coding 1.471 1.699 2.228 0.123 0.787 4.567 0.140 0.134 0.346 0.018 0.149 0.237 0.020 0.052 0.314 0.971 0.206 0.088 0.101 0.016 0.054 0.141 0.126 1.489 0.069 0.036 0.137 0.118 0.087 nan 0.159 nan 0.009 0.079 0.067 0.091 0.088 0.031 0.215 0.184 0.054 0.015 0.021 0.055 0.099 0.108 0.110 0.141 0.038 0.064 0.971 0.146 0.071 1.489 0.063 0.064 0.126 0.146 2.302 0.092 0.044 0.285 0.020 0.030 0.013 0.521 0.749 0.213 nan 5.065 4.104 nan 0.564 0.718 0.783 0.472 0.798 nan 6.333 0.409 0.338 0.282 0.376 0.300 0.334 0.572 1.010 0.608 0.448 1496 chr10 65272214 65284041 + 0 NA intron (NM_001322258, intron 1 of 24) intron (NM_001322258, intron 1 of 24) -2996 NM_001001330 221035 Hs.499833 NM_001001330 ENSG00000165476 REEP3 C10orf74|Yip2b receptor accessory protein 3 protein-coding 2.309 nan 2.537 2.573 1.482 1.840 2.396 1.220 2.142 1.530 2.574 1.115 3.018 0.498 1.228 0.627 1.198 0.122 1.493 0.586 2.615 0.915 0.993 0.565 2.336 1.016 1.243 0.512 2.905 1.477 2.045 3.329 1.134 4.316 0.530 0.852 0.435 2.018 0.098 0.718 1.043 4.913 2.439 1.124 1.587 0.624 2.756 1.475 2.189 1.232 0.762 2.017 0.627 2.303 3.844 2.336 1.034 0.968 0.362 1.459 0.679 1.414 0.757 0.859 1.797 1.251 0.760 2.601 3.068 2.919 4.616 3.487 3.031 3.349 2.088 5.615 5.673 2.853 3.038 3.300 5.506 1.689 1.919 1.133 2.291 1.979 1.790 2.391 nan 1.430 0.824 8864 chr5 38420757 38429486 + 0 NA exon (NM_001205301, exon 13 of 23) exon (NM_001205301, exon 13 of 23) -20457 NM_182801 133584 Hs.20103 NM_152403 ENSG00000164318 EGFLAM AGRINL|AGRNL|PIKA EGF like, fibronectin type III and laminin G domains protein-coding 2.714 1.378 nan 0.067 0.314 0.042 0.186 0.221 0.309 0.108 0.594 0.021 0.092 0.214 0.327 0.185 0.204 0.576 0.260 0.072 0.048 0.180 0.187 0.221 0.135 0.025 0.033 0.281 0.121 0.457 1.822 0.316 0.496 0.067 0.312 0.219 0.063 0.115 0.080 2.478 0.064 0.028 0.009 0.037 0.061 0.077 0.437 0.140 0.074 0.216 0.101 0.327 0.287 0.243 0.221 0.196 0.069 2.261 0.466 0.117 0.099 0.011 1.740 0.105 0.079 0.018 0.401 0.129 0.307 0.375 0.347 0.397 0.181 0.105 0.306 0.297 0.292 0.650 0.775 0.716 13.209 14.341 0.201 0.267 0.473 0.640 1.369 4.086 0.830 0.790 9772 chr6 76309934 76313973 + 0 NA 5' UTR (NM_015571, exon 1 of 24) 5' UTR (NM_015571, exon 1 of 24) 728 NM_001100409 26054 Hs.485784 NM_015571 ENSG00000112701 SENP6 SSP1|SUSP1 SUMO specific peptidase 6 protein-coding 8.247 nan 6.000 4.859 8.310 5.843 3.858 4.082 6.968 1.039 5.125 2.841 2.520 1.613 5.419 9.801 5.016 0.479 2.936 1.271 4.894 5.179 2.875 1.501 12.119 2.601 3.506 1.840 3.222 2.225 8.363 10.458 5.074 10.388 2.538 4.290 1.793 7.237 0.189 1.984 6.397 4.155 5.275 2.601 2.768 2.530 5.512 2.377 4.849 9.466 2.640 3.618 9.801 4.745 3.630 12.119 2.446 2.762 2.238 11.658 3.570 2.989 4.350 3.286 1.742 2.395 1.457 12.970 13.777 10.667 14.101 14.590 17.216 11.828 8.771 23.402 24.604 4.823 5.800 8.168 13.387 15.545 15.238 10.429 18.649 9.206 8.671 10.905 8.334 3.087 1.911 10049 chr6 158394178 158408002 + 0 NA Intergenic MER104|DNA|TcMar-Tc2 -1798 NM_003898 8871 Hs.434494 NM_003898 ENSG00000078269 SYNJ2 INPP5H synaptojanin 2 protein-coding nan 1.145 1.676 0.671 1.377 1.286 1.669 0.511 1.017 0.325 0.698 1.403 0.359 0.505 0.753 1.358 0.584 0.106 1.410 0.452 0.257 0.301 0.452 0.338 1.840 1.018 0.939 0.561 0.466 0.267 1.012 nan 0.711 1.680 0.622 0.277 0.836 0.979 0.075 0.455 0.276 0.923 1.290 0.762 0.512 0.463 0.892 0.217 1.184 2.052 0.205 0.666 1.358 1.678 1.221 1.840 0.381 1.077 0.190 1.282 0.573 0.513 0.437 0.250 0.734 0.912 1.145 1.291 1.742 1.637 3.516 1.678 nan 5.893 1.718 2.659 2.796 0.306 0.686 1.640 2.350 1.072 0.944 0.806 1.366 2.185 3.132 0.769 nan 0.692 0.478 11181 chr8 103793961 103808556 + 0 NA Intergenic Intergenic -17792 NR_149020 401472 NR_149020 GASAL1 GASL1 growth arrest associated lncRNA 1 ncRNA 2.011 nan nan 0.607 1.276 0.893 3.682 1.437 2.774 1.814 4.817 3.941 1.803 0.555 0.529 0.505 2.782 0.521 2.963 2.172 1.560 0.123 0.579 0.391 0.849 4.330 4.291 1.191 1.437 2.486 0.220 1.136 0.292 1.817 2.130 7.665 0.248 0.342 0.085 1.912 0.191 2.277 4.554 1.872 1.863 1.928 1.810 2.625 4.874 3.976 0.092 3.425 0.505 2.255 0.441 0.849 0.686 2.602 0.520 3.878 9.017 0.978 0.155 0.197 1.455 0.426 0.359 0.400 0.771 0.518 1.484 2.370 1.867 nan 1.105 0.860 0.943 0.690 nan 3.639 nan nan 0.969 0.369 0.523 1.611 2.244 0.441 nan 2.527 1.297 1108 chr1 212869248 212874059 + 0 NA intron (NM_018664, intron 1 of 2) MIRb|SINE|MIR 1674 NM_018664 55509 Hs.62919 NM_018664 ENSG00000123685 BATF3 JDP1|JUNDM1|SNFT basic leucine zipper ATF-like transcription factor 3 protein-coding 1.761 1.543 1.511 0.526 0.717 0.279 0.350 0.620 1.397 0.059 0.650 0.233 0.051 0.095 0.284 0.612 0.948 0.234 0.223 0.521 0.549 0.309 0.491 0.286 0.179 0.602 0.511 0.261 0.484 1.173 0.627 nan 0.183 0.377 0.060 0.603 0.083 0.251 0.182 0.540 1.025 0.614 0.577 0.275 0.061 0.396 2.485 1.227 0.771 0.181 0.612 0.367 1.236 0.491 0.102 0.207 0.323 3.176 0.064 0.180 0.057 0.560 0.063 0.048 0.021 0.355 0.410 9.795 5.039 1.504 1.235 nan 0.263 2.126 2.409 0.913 nan 0.662 1.050 1.232 0.757 0.272 0.253 0.452 0.432 1.414 2.158 0.658 0.543 2282 chr11 115529551 115554045 + 0 NA Intergenic Intergenic 63682 NR_135066 101928985 Hs.398155 NR_135066 LOC101928985 - uncharacterized LOC101928985 ncRNA 0.962 0.737 1.226 0.032 0.223 3.936 0.056 0.331 0.789 0.023 0.117 0.034 0.013 0.037 0.181 0.631 0.034 0.111 0.030 0.008 0.021 0.011 0.456 0.239 0.610 0.014 0.018 0.033 0.075 0.030 0.178 0.299 0.049 2.388 0.006 0.049 0.417 0.097 0.090 0.198 0.584 0.163 0.073 0.060 0.107 0.090 0.110 0.224 0.070 0.037 0.055 0.040 0.631 0.050 0.034 0.610 0.035 0.040 0.564 0.064 0.294 0.022 0.231 0.122 0.119 0.120 0.054 0.688 nan 0.364 0.957 3.826 3.779 1.054 0.326 0.095 0.077 2.851 nan 1.294 1.208 0.873 0.711 0.554 0.971 1.572 1.236 0.343 0.637 1.291 0.801 1014 chr1 201616436 201707278 + 0 NA intron (NR_046696, intron 2 of 2) intron (NR_046696, intron 2 of 2) -26779 NR_049823 100847050 NR_049823 ENSG00000264802 MIR5191 - microRNA 5191 ncRNA 2.074 1.811 1.760 0.142 0.307 0.406 0.775 0.835 1.417 0.180 0.643 1.034 0.025 0.229 0.614 1.643 0.907 0.269 0.237 0.198 0.115 0.038 0.524 0.360 0.686 1.280 1.049 0.143 0.267 0.327 0.166 0.594 0.157 1.359 0.219 0.699 0.398 0.113 0.109 0.226 0.301 0.568 0.453 0.200 0.416 0.376 0.197 0.954 0.572 0.392 0.445 0.465 1.643 0.240 0.676 0.686 0.098 0.094 0.663 0.209 0.491 0.505 0.214 0.444 0.270 0.359 0.216 1.098 1.594 0.779 1.119 2.056 1.824 1.390 0.475 nan nan 1.448 2.421 1.044 1.678 1.810 1.697 0.361 0.588 1.179 1.093 0.639 1.344 1.344 0.858 2760 chr12 66111338 66138473 + 0 NA Intergenic Intergenic -88753 NR_120431 100507065 Hs.591038 NR_120431 LOC100507065 - uncharacterized LOC100507065 ncRNA 0.723 0.580 0.632 0.485 0.069 0.008 0.211 0.065 0.161 0.011 0.954 1.725 0.062 0.039 0.049 0.081 0.150 0.047 0.292 0.126 0.220 2.050 0.058 0.107 0.053 0.132 0.061 0.042 0.075 0.198 0.408 0.876 0.407 0.228 0.324 0.141 0.007 6.094 0.166 0.142 0.041 0.158 0.209 0.160 0.105 0.168 0.156 0.737 0.411 2.993 0.070 0.058 0.081 0.376 0.356 0.053 0.059 0.098 0.018 0.905 0.019 0.055 0.070 0.475 0.239 0.240 0.183 0.231 0.126 0.252 0.443 0.331 nan 0.116 0.060 0.136 0.129 0.156 0.237 0.405 0.504 0.775 0.624 0.196 0.316 0.035 0.056 0.752 1.304 0.185 0.332 843 chr1 163939560 163954143 + 0 NA Intergenic L2|LINE|L2 -553870 NR_104294 100422212 Hs.556898 NR_104294 LOC100422212 - eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J pseudogene pseudo 0.899 nan 1.186 0.040 3.147 0.123 0.029 0.560 1.377 0.007 0.069 0.025 0.029 0.179 0.347 0.369 0.112 0.066 0.059 0.022 0.050 0.573 0.238 1.424 0.005 0.015 0.005 0.060 0.007 0.042 0.021 0.107 1.195 0.020 0.089 0.254 0.059 0.084 0.016 0.870 0.132 0.025 0.011 0.026 0.036 0.053 0.096 0.061 0.010 0.081 0.078 0.369 0.039 0.051 1.424 0.041 0.034 0.026 0.004 0.487 0.037 0.105 0.132 0.005 0.012 0.014 0.914 0.601 3.690 1.083 0.577 nan 5.303 1.831 0.226 0.200 0.584 0.806 2.319 nan 0.470 0.204 0.525 0.608 1.114 2.157 0.420 1.045 2.182 1.056 2529 chr12 19839784 19846218 + 0 NA Intergenic MER50|LTR|ERV1 249486 NM_001267043 121536 Hs.126497 NM_153207 ENSG00000139154 AEBP2 - AE binding protein 2 protein-coding 0.662 0.704 1.010 0.397 0.332 0.061 0.318 0.099 0.264 0.014 0.133 0.187 0.030 0.055 0.096 0.174 0.026 0.253 0.114 0.067 0.021 0.293 0.152 0.130 0.033 0.011 0.011 0.126 0.049 0.102 0.191 0.077 0.426 0.023 0.094 0.014 0.055 0.086 0.074 0.062 0.057 0.015 0.153 0.012 0.015 0.232 0.076 0.044 4.011 1.279 0.096 0.201 0.043 0.130 3.317 0.116 0.035 0.142 0.073 0.030 0.078 0.011 0.045 0.016 0.155 0.132 0.247 0.402 nan 0.528 0.510 0.350 0.223 0.296 0.823 1.135 0.369 0.333 0.335 0.157 0.148 0.174 0.117 0.111 0.196 0.324 0.499 0.272 6499 chr2 176044362 176047566 + 0 NA intron (NM_001190329, intron 2 of 3) intron (NM_001190329, intron 2 of 3) 427 NM_001002258 518 Hs.429 NM_001689 ENSG00000154518 ATP5MC3 ATP5G3|P3 ATP synthase membrane subunit c locus 3 protein-coding 3.727 3.070 2.761 2.230 2.469 1.628 3.262 2.593 3.539 1.251 2.817 2.240 0.579 1.439 2.375 2.757 1.416 0.527 3.517 1.013 2.590 1.517 1.817 1.292 3.851 2.355 2.029 1.720 2.122 0.990 3.072 4.297 2.466 9.282 1.963 4.957 0.355 1.767 0.039 1.758 1.636 3.901 2.407 1.556 2.521 1.415 6.282 2.154 3.379 2.994 3.714 2.720 2.757 2.199 3.025 3.851 1.340 1.240 1.197 4.305 1.652 1.693 2.191 2.980 2.184 1.624 1.187 3.247 3.953 7.716 10.168 4.891 4.337 5.044 1.899 8.544 9.788 3.210 4.004 14.418 21.937 5.548 5.618 3.162 6.036 2.306 2.255 4.965 6.875 2.834 1.078 8926 chr5 56985511 56997924 + 0 NA Intergenic MamRep1527|LTR|LTR 45230 NR_104668 101928505 Hs.119998 NR_104668 LOC101928505 - uncharacterized LOC101928505 ncRNA nan nan 0.750 1.826 0.014 0.049 3.425 0.130 0.154 0.792 0.290 3.016 0.050 0.080 0.086 0.268 0.433 0.103 0.947 0.734 0.353 0.051 0.053 0.019 1.802 0.607 0.118 1.086 1.836 0.327 0.781 0.490 0.350 2.004 1.501 0.031 6.592 0.204 1.111 0.044 0.957 1.281 0.911 2.019 0.804 0.700 2.826 0.800 1.682 0.196 0.384 0.268 0.420 2.843 0.019 0.287 0.228 0.031 0.346 0.082 1.012 0.024 0.071 0.269 3.048 3.484 0.247 0.195 1.449 2.274 0.141 0.135 nan 0.043 0.125 0.128 0.331 0.541 0.155 0.182 nan 0.122 0.064 0.106 0.096 0.147 0.224 0.484 0.335 0.312 7846 chr3 134026883 134060511 + 0 NA Intergenic Intergenic 11279 NR_146711 105374119 NR_146711 ENSG00000240006 LINC02004 - long intergenic non-protein coding RNA 2004 ncRNA 1.082 nan nan 2.374 0.179 0.064 3.719 0.283 0.425 2.508 1.816 1.061 1.962 0.048 0.096 0.160 1.388 0.397 1.268 0.761 2.294 0.029 0.144 0.168 0.111 3.574 3.479 3.163 3.128 3.445 1.103 2.632 3.063 0.308 0.627 2.128 0.025 0.796 0.086 0.616 0.224 9.936 4.268 1.627 2.440 1.528 2.931 2.129 1.992 2.093 0.168 1.933 0.160 1.137 1.667 0.111 0.541 3.137 0.075 4.580 0.055 1.711 0.124 0.154 1.651 2.264 1.494 0.415 0.447 1.110 3.159 0.624 0.702 0.871 0.289 0.516 0.537 0.514 0.905 0.276 0.333 nan 0.446 0.402 0.454 0.038 0.051 0.410 0.630 0.459 0.515 2315 chr11 119550765 119611650 + 0 NA intron (NM_002855, intron 1 of 5) L2c|LINE|L2 18228 NM_203286 5818 Hs.334846 NM_002855 ENSG00000110400 NECTIN1 CD111|CLPED1|ED4|HIgR|HV1S|HVEC|OFC7|PRR|PRR1|PVRL1|PVRR|PVRR1|SK-12|nectin-1 nectin cell adhesion molecule 1 protein-coding 1.072 0.730 0.918 0.144 0.645 2.865 0.890 0.469 0.733 0.507 0.352 0.211 0.064 0.218 0.900 1.172 0.046 0.056 0.420 0.262 0.078 0.050 0.477 0.245 0.923 0.379 0.214 0.131 0.291 0.768 2.583 5.285 0.852 2.122 0.314 0.096 0.144 0.376 0.098 0.264 1.152 0.400 0.275 0.173 0.515 0.190 0.996 0.307 0.411 0.199 0.089 0.506 1.172 0.544 0.577 0.923 0.528 0.622 0.350 0.495 0.819 0.272 1.909 0.570 0.220 0.041 0.020 1.210 nan 0.459 1.013 1.915 1.742 2.180 0.773 0.645 0.649 0.780 nan 2.525 2.823 1.645 1.966 2.115 3.219 0.579 0.526 0.820 2.521 1.357 0.916 4677 chr17 27884344 27896645 + 0 NA intron (NM_198147, intron 1 of 1) AluJb|SINE|Alu 3548 NM_198147 116236 Hs.106510 NM_198147 ENSG00000168792 ABHD15 - abhydrolase domain containing 15 protein-coding nan nan nan 1.077 0.509 0.937 0.732 1.234 1.995 0.558 2.535 0.255 0.110 0.495 0.252 0.672 0.514 0.211 1.794 0.620 0.572 0.511 0.294 0.178 1.243 1.007 1.051 0.976 1.264 0.506 1.771 2.360 1.793 1.840 0.580 1.416 0.318 2.593 0.194 0.931 0.716 2.670 0.761 0.444 1.162 0.119 1.555 1.115 3.867 1.336 1.137 1.402 0.672 1.590 0.540 1.243 0.783 1.174 0.512 3.049 0.840 0.594 0.845 4.141 0.775 0.685 0.363 0.837 1.440 1.214 1.652 1.385 0.933 2.272 0.786 1.586 1.746 1.190 1.912 1.716 2.076 6.046 6.034 1.163 2.497 0.970 0.782 2.257 nan 0.576 0.567 11438 chr9 7363987 7380205 + 0 NA Intergenic AluYf4|SINE|Alu 427710 NM_001318058 90871 Hs.7517 NM_033428 ENSG00000137038 DMAC1 C9orf123|TMEM261 distal membrane arm assembly complex 1 protein-coding 0.686 1.817 0.797 0.053 0.195 4.344 0.052 0.158 0.342 0.018 0.142 0.006 0.011 0.025 0.294 0.378 1.024 0.098 0.059 0.031 0.193 0.144 0.452 0.034 0.018 0.009 0.034 0.007 0.060 0.039 0.017 0.675 0.018 0.116 0.117 0.027 0.079 0.007 0.319 0.079 0.048 0.014 0.007 0.028 0.030 0.141 0.072 0.039 0.019 0.013 0.378 0.044 0.452 0.041 0.047 0.014 0.735 0.005 1.646 0.077 0.019 0.014 0.157 0.152 0.181 0.306 0.453 0.472 2.790 0.742 0.157 0.135 0.492 0.798 0.498 0.496 0.350 0.189 0.729 1.397 0.382 0.462 0.298 nan 2.294 1.376 11306 chr8 132823310 132831588 + 0 NA Intergenic Intergenic -88886 NR_136615 23167 Hs.204564 NM_015137 ENSG00000132294 EFR3A - EFR3 homolog A protein-coding nan 0.638 0.659 0.402 0.088 0.041 1.834 0.097 0.267 0.290 2.280 1.544 0.015 0.049 0.065 0.046 0.819 0.039 0.626 0.732 0.190 0.120 0.069 1.941 1.159 0.045 0.659 0.947 0.312 0.380 0.179 0.354 0.781 2.014 0.026 0.052 0.669 0.049 0.590 0.248 0.113 0.500 0.565 0.245 15.422 0.236 0.482 1.153 0.378 0.046 0.165 0.145 0.069 0.458 0.059 0.063 0.074 1.179 0.012 0.074 0.368 0.174 0.166 0.291 0.078 0.195 0.260 0.317 0.386 0.432 0.156 nan 0.716 0.172 0.342 0.279 0.399 0.361 0.124 0.146 0.213 0.153 0.159 0.134 0.371 0.592 0.472 610 chr1 116650784 116657043 + 0 NA promoter-TSS (NM_152367) promoter-TSS (NM_152367) -463 NM_152367 126868 Hs.376194 NM_152367 ENSG00000173212 MAB21L3 C1orf161 mab-21 like 3 protein-coding nan 0.694 0.780 1.128 0.192 0.035 0.668 0.153 0.349 0.259 0.349 0.378 0.591 0.272 0.029 0.183 0.378 0.158 1.406 0.511 0.060 0.049 0.050 0.095 1.714 1.245 0.023 0.849 0.572 2.162 5.590 2.183 0.337 1.158 0.412 0.015 0.052 0.164 0.095 0.059 0.500 0.048 0.013 1.315 1.383 0.173 0.095 0.949 0.012 0.062 7.196 0.183 0.820 0.044 0.095 0.587 0.618 0.029 0.102 0.144 0.330 0.651 0.039 0.281 0.009 0.016 0.334 0.600 0.797 1.619 0.325 nan 0.229 0.173 0.548 0.462 0.234 0.498 0.506 0.510 0.262 0.187 0.492 0.887 0.182 0.152 0.381 0.766 0.550 0.598 514 chr1 93386674 93428096 + 0 NA intron (NM_001006605, intron 1 of 4) intron (NM_001006605, intron 1 of 4) 19694 NM_001252269 388650 Hs.180946 NM_001006605 ENSG00000154511 FAM69A - family with sequence similarity 69 member A protein-coding nan nan 1.177 0.317 0.414 0.107 0.199 0.263 0.507 0.280 0.314 2.220 0.121 0.375 0.232 0.390 1.692 0.395 0.607 0.186 0.190 0.387 0.083 0.088 0.353 0.533 0.424 0.176 0.344 0.094 0.380 0.707 0.425 1.265 0.240 2.235 0.039 0.439 0.142 0.074 0.432 0.560 0.239 0.154 0.116 0.183 1.274 0.720 0.751 0.492 0.165 1.302 0.390 0.416 0.474 0.353 0.298 0.146 0.225 0.449 0.253 0.274 0.144 0.990 0.141 0.528 0.526 0.490 0.567 0.437 0.619 0.587 nan 1.270 0.396 0.762 0.742 1.547 nan 1.874 1.695 nan 0.702 0.278 0.462 0.100 0.108 1.374 3.023 0.592 0.511 11477 chr9 17517289 17534346 + 0 NA Intergenic Intergenic -53135 NM_003026 6456 Hs.75149 NM_003026 ENSG00000107295 SH3GL2 CNSA2|EEN-B1|SH3D2A|SH3P4 SH3 domain containing GRB2 like 2, endophilin A1 protein-coding nan nan 1.159 0.050 0.282 0.036 0.050 0.301 0.499 0.050 0.018 0.087 0.032 0.090 0.068 0.255 0.087 0.085 0.107 0.022 0.026 0.008 0.249 0.288 0.217 0.049 0.008 0.013 0.039 0.052 0.046 0.100 0.449 0.017 0.061 0.369 0.031 0.075 0.035 0.078 0.043 0.014 0.028 0.019 0.018 0.040 0.142 0.076 0.076 0.023 0.008 0.255 0.063 0.025 0.217 0.043 0.049 0.046 0.020 0.089 0.022 0.052 0.145 0.018 0.024 0.015 0.172 0.145 0.352 0.367 0.584 0.717 7.114 2.647 0.116 0.122 0.540 0.937 0.352 0.393 0.814 0.607 0.190 0.219 2.083 1.268 0.222 0.607 1.824 1.205 6426 chr2 156063180 156081360 + 0 NA Intergenic Intergenic 517177 NM_001260509 3760 Hs.591606 NM_002239 ENSG00000162989 KCNJ3 GIRK1|KGA|KIR3.1 potassium voltage-gated channel subfamily J member 3 protein-coding nan 0.867 nan 0.048 0.133 0.034 0.035 0.133 0.265 0.010 0.073 0.030 0.007 0.011 0.024 0.099 0.156 0.097 0.134 0.031 0.017 0.134 0.092 0.073 0.004 0.056 0.012 0.067 0.062 0.078 0.260 0.032 0.053 0.016 0.030 0.078 0.006 0.044 0.030 0.013 0.009 0.018 0.012 0.064 0.033 0.018 0.016 0.043 0.022 0.099 0.029 0.010 0.073 0.047 0.019 0.076 0.020 0.067 0.035 0.049 0.103 0.009 0.022 0.005 0.249 0.192 0.167 0.217 0.195 0.186 0.421 0.214 0.325 0.306 4.201 4.398 0.299 0.325 0.648 0.259 0.144 0.223 0.104 0.087 0.319 0.456 0.352 0.283 10718 chr7 141664730 141677078 + 0 NA Intergenic L1MEf|LINE|L1 2669 NM_176817 5726 Hs.647085 NM_176817 ENSG00000257138 TAS2R38 PTC|T2R38|T2R61 taste 2 receptor member 38 protein-coding 0.696 0.514 0.813 0.263 0.164 0.050 0.006 0.092 0.163 0.070 0.065 0.037 0.030 0.058 0.152 0.155 0.066 0.065 0.095 0.024 0.022 0.203 0.196 0.116 0.045 0.024 0.040 0.270 0.009 0.092 0.353 0.369 0.232 0.061 0.047 0.052 0.166 0.058 0.064 0.126 0.048 0.019 0.114 0.054 0.038 0.145 0.271 0.075 0.045 0.066 0.155 0.066 0.015 0.116 0.030 0.107 0.047 0.081 0.049 0.038 0.071 0.030 0.009 0.017 0.671 0.403 0.227 0.370 0.172 0.165 0.197 0.111 45.747 50.015 0.160 0.220 0.170 0.241 0.397 0.305 0.217 0.409 0.429 0.352 0.166 0.342 1.679 nan 1994 chr11 63951571 63955826 + 0 NA 5' UTR (NM_001282653, exon 1 of 14) 5' UTR (NM_001282653, exon 1 of 14) 111 NM_001282653 10963 Hs.337295 NM_006819 ENSG00000168439 STIP1 HEL-S-94n|HOP|IEF-SSP-3521|P60|STI1|STI1L stress induced phosphoprotein 1 protein-coding nan 2.591 3.664 3.958 5.406 3.610 3.643 2.984 6.219 1.523 4.590 2.411 1.365 2.630 3.375 5.509 2.024 0.452 3.441 1.338 3.270 2.290 1.864 1.114 5.460 2.524 3.074 3.198 2.851 1.317 4.125 5.361 3.857 12.213 2.505 3.471 1.452 4.933 0.186 1.415 2.917 7.416 6.654 3.598 1.694 2.023 4.335 5.284 4.344 5.420 1.613 1.899 5.509 3.547 2.907 5.460 1.394 1.800 1.615 5.709 2.864 2.628 2.348 2.395 2.561 2.398 1.585 8.135 7.769 4.528 5.421 8.567 7.187 7.876 3.225 8.855 9.199 3.587 5.161 6.791 11.507 4.408 5.414 6.603 11.673 5.301 5.603 6.031 5.535 2.877 1.632 7336 chr22 24350919 24374812 + 0 NA intron (NR_003081, intron 2 of 3) intron (NR_003081, intron 2 of 3) -10236 NM_001144931 391322 Hs.678440 NM_001144931 LOC391322 - D-dopachrome tautomerase-like protein-coding 2.046 nan 1.710 0.554 0.932 0.017 0.063 0.013 0.033 0.239 0.068 0.023 0.005 0.422 0.008 1.006 0.010 0.021 1.575 0.921 0.859 0.012 0.353 0.208 0.055 0.031 0.024 0.730 0.699 0.500 2.622 nan 1.276 2.218 0.374 1.187 0.309 0.576 0.083 0.420 0.026 0.440 0.664 0.311 0.552 0.481 0.028 0.025 0.017 0.015 0.017 0.385 1.006 2.519 0.992 0.055 0.031 0.471 0.004 0.010 1.158 0.020 0.107 0.600 0.575 0.007 0.823 0.959 1.153 1.707 0.715 0.674 0.013 0.011 1.099 1.158 0.024 0.061 0.049 0.053 0.046 0.012 0.207 0.356 1.208 1.863 1.037 1.881 1.971 1.187 6083 chr2 47073120 47087755 + 0 NA intron (NR_024452, intron 1 of 2) MLT1C|LTR|ERVL-MaLR 25434 NR_024452 100134259 Hs.114449 NR_024452 ENSG00000239332 LINC01119 - long intergenic non-protein coding RNA 1119 ncRNA 0.998 nan 1.011 1.528 0.132 0.518 4.771 0.242 0.321 1.747 2.962 2.312 0.013 0.020 0.111 0.508 1.735 0.111 1.859 1.522 2.781 0.037 0.095 0.129 0.131 3.218 2.046 0.172 2.205 1.571 0.516 nan 0.776 0.708 1.572 0.170 0.033 0.052 0.101 2.468 0.118 7.676 2.012 0.997 4.216 1.057 1.737 8.306 2.543 0.380 0.910 2.488 0.508 1.132 2.683 0.131 0.350 0.534 0.254 2.036 0.146 4.243 0.048 0.051 3.459 2.522 2.106 0.315 0.359 0.358 0.966 nan 0.408 0.420 0.107 0.469 0.496 0.518 0.796 0.324 0.377 0.443 0.285 0.341 0.381 0.130 0.172 0.257 nan nan 0.531 3907 chr15 38052846 38098283 + 0 NA Intergenic Intergenic -151244 NM_001330255 145942 Hs.179646 NM_152453 ENSG00000166069 TMCO5A TMCO5 transmembrane and coiled-coil domains 5A protein-coding 0.622 nan nan 0.082 0.376 0.013 0.191 0.124 0.263 0.006 0.120 0.307 0.010 0.287 0.056 0.169 0.098 0.085 0.239 0.146 0.026 2.676 0.379 0.157 0.050 0.043 0.022 0.003 0.075 0.012 0.108 0.303 0.062 0.225 0.326 0.078 0.044 0.055 0.085 0.140 0.053 0.031 0.024 0.016 0.073 0.018 0.081 0.192 0.025 0.056 0.021 0.032 0.169 0.066 0.031 0.050 0.032 0.038 0.010 0.023 0.143 0.042 0.028 0.039 0.248 0.018 0.016 0.260 0.130 0.186 0.331 0.335 0.463 0.100 0.049 0.122 0.110 0.172 0.292 0.616 0.664 0.432 0.190 0.100 0.167 0.169 0.236 0.238 0.301 0.831 0.620 3857 chr14 106234091 106243781 + 0 NA Intergenic Intergenic 85408 NR_039730 100616135 NR_039730 ENSG00000264024 MIR4507 - microRNA 4507 ncRNA 1.228 0.473 3.792 0.030 0.117 6.311 0.052 0.016 0.104 0.010 0.024 0.018 0.013 0.031 0.037 0.102 0.078 0.033 0.076 0.019 0.019 0.057 0.048 0.050 0.025 0.014 0.037 0.015 0.049 0.011 0.117 0.240 0.168 0.273 0.062 0.068 0.033 0.072 0.012 0.041 0.076 0.031 0.008 0.126 0.048 0.176 0.058 0.065 0.016 0.027 0.102 0.010 0.025 0.063 0.059 0.359 0.036 0.011 0.016 0.041 0.052 0.039 0.018 0.005 0.416 0.348 0.100 0.157 0.247 0.345 0.350 0.139 0.096 0.055 0.170 0.311 0.125 0.157 0.437 0.574 0.418 0.235 0.233 0.192 0.085 0.067 0.075 0.104 8416 chr4 70409844 70418345 + 0 NA Intergenic HAL1b|LINE|L1 -22362 NM_001297616 7363 Hs.285887 NM_021139 ENSG00000156096 UGT2B4 HLUG25|UDPGT2B4|UDPGTH1|UDPGTh-1|UGT2B11 UDP glucuronosyltransferase family 2 member B4 protein-coding 0.402 0.548 0.410 0.086 0.388 0.013 0.084 0.169 0.244 0.011 0.059 0.041 0.198 0.073 0.060 0.057 0.065 0.099 0.089 0.023 0.093 0.107 0.075 0.009 0.026 0.032 0.063 0.029 0.167 0.068 0.143 0.031 0.044 0.031 0.043 0.055 0.114 0.054 0.042 0.026 0.038 0.057 0.467 0.086 0.047 0.023 0.060 0.066 0.075 0.057 0.014 0.048 0.019 0.012 0.044 0.009 0.290 0.240 0.187 0.272 0.309 0.391 9.093 3.702 0.181 0.331 0.057 0.153 1.612 1.895 0.434 0.183 0.056 0.162 0.030 0.036 0.175 0.286 0.318 0.252 1136 chr1 219870637 219888036 + 0 NA Intergenic L1PA11|LINE|L1 -92849 NM_001355457 643136 Hs.647764 NM_001085394 ENSG00000215817 ZC3H11B ZC3HDC11B zinc finger CCCH-type containing 11B protein-coding 1.022 1.119 1.750 0.083 0.346 0.010 0.240 0.223 0.445 0.011 0.142 3.433 0.021 0.018 0.056 0.297 0.163 0.130 0.115 0.109 0.024 0.032 0.154 0.136 0.076 0.036 0.025 0.017 0.050 0.055 0.051 0.265 0.109 nan 0.630 0.208 0.044 0.031 0.090 0.163 0.440 0.085 0.031 0.009 0.038 0.048 0.177 0.209 0.047 0.041 0.032 0.019 0.297 0.064 0.025 0.076 0.042 0.038 0.022 0.023 0.063 0.059 0.028 0.100 0.287 1.936 2.684 0.392 0.228 0.492 0.865 0.450 0.523 nan 0.095 0.374 0.362 0.151 nan 0.282 0.225 0.435 0.169 0.076 0.133 0.267 0.278 0.317 0.531 0.791 0.592 1175 chr1 228317152 228321245 + 0 NA Intergenic MSTC|LTR|ERVL-MaLR -8587 NM_001242839 2987 Hs.376933 NM_000858 ENSG00000143774 GUK1 GMK guanylate kinase 1 protein-coding 0.902 nan 1.584 1.329 0.379 0.193 0.618 0.422 0.504 0.491 0.172 0.159 7.694 0.073 0.171 0.344 0.153 0.314 0.853 0.416 0.149 0.068 0.232 0.363 0.234 0.182 0.036 0.072 0.932 0.639 0.471 1.186 2.328 1.371 0.250 0.200 0.024 0.262 0.091 0.029 0.072 0.225 0.132 0.038 0.773 0.642 2.034 0.138 0.410 0.297 0.901 0.607 0.344 1.623 0.091 0.234 0.924 0.937 0.097 0.528 0.266 0.116 0.050 0.210 0.038 0.070 0.038 0.530 0.695 2.136 5.571 1.244 nan 0.985 0.240 0.633 0.758 0.350 0.547 0.882 0.769 0.917 0.359 0.324 0.391 0.210 0.292 0.509 1.195 1.290 0.601 9235 chr5 143683677 143697386 + 0 NA intron (NM_020768, intron 3 of 3) intron (NM_020768, intron 3 of 3) 140094 NM_020768 57528 Hs.7093 NM_020768 ENSG00000183775 KCTD16 - potassium channel tetramerization domain containing 16 protein-coding nan 0.915 0.854 0.052 0.550 0.077 0.052 0.082 0.312 0.108 0.034 0.014 0.326 0.137 0.074 0.119 0.106 0.070 0.014 0.028 0.010 1.490 1.237 0.236 0.010 0.015 0.005 0.072 0.015 0.048 0.082 0.062 2.711 0.011 0.095 1.602 0.048 0.109 0.362 0.047 0.022 0.011 0.024 0.045 0.105 0.131 0.053 0.036 0.029 0.053 0.074 0.062 0.041 0.236 0.018 0.036 0.154 0.021 0.082 0.017 0.043 0.190 0.011 0.021 0.011 0.184 0.090 0.210 0.389 0.412 0.487 3.916 1.014 0.063 0.040 3.524 4.192 0.800 0.736 1.034 0.978 0.151 0.147 5.747 6.680 0.526 1.532 0.669 0.451 1683 chr10 123311568 123314984 + 0 NA intron (NM_001144916, intron 1 of 14) intron (NM_001144916, intron 1 of 14) -22448 NM_001320654 2263 Hs.533683 NM_000141 ENSG00000066468 FGFR2 BBDS|BEK|BFR-1|CD332|CEK3|CFD1|ECT1|JWS|K-SAM|KGFR|TK14|TK25 fibroblast growth factor receptor 2 protein-coding nan 1.046 1.056 1.305 0.091 0.293 0.322 0.586 0.046 0.045 3.200 0.012 0.128 0.300 0.127 0.061 0.019 0.045 0.012 0.021 0.099 0.090 0.071 0.157 0.779 0.664 0.127 0.063 0.056 0.031 0.104 0.069 0.054 0.018 0.089 0.119 0.022 0.185 0.077 0.300 0.084 0.012 0.106 0.145 0.114 0.017 0.012 0.116 0.057 0.176 0.021 0.118 0.135 1.126 1.178 12.590 18.868 0.127 0.159 1.271 0.651 0.463 0.421 0.441 0.779 0.675 0.818 0.134 0.130 0.255 0.309 0.167 0.294 0.273 0.679 0.151 0.208 11491 chr9 22096620 22125828 + 0 NA intron (NR_047532, intron 9 of 13) MIR|SINE|MIR -101912 NM_078487 1030 Hs.72901 NM_004936 ENSG00000147883 CDKN2B CDK4I|INK4B|MTS2|P15|TP15|p15INK4b cyclin dependent kinase inhibitor 2B protein-coding 0.729 nan nan 1.119 0.133 0.039 1.877 0.162 0.249 0.006 0.013 0.735 1.936 0.024 0.255 0.214 1.475 0.143 0.917 0.619 1.070 0.028 0.091 0.174 0.070 0.237 0.791 0.945 1.181 1.637 0.010 0.460 1.232 0.026 0.156 0.079 0.087 0.404 0.517 0.275 0.775 1.448 0.933 0.007 0.061 0.573 0.059 0.214 1.100 0.107 0.070 0.607 0.003 0.010 0.194 0.153 0.568 0.071 0.132 0.902 0.267 0.173 1.086 4.400 0.283 0.355 0.397 0.119 0.153 0.147 0.547 0.814 0.260 0.268 0.470 0.172 0.243 0.393 0.193 0.386 0.229 0.516 1.030 1.002 1382 chr10 22621613 22630578 + 0 NA Intergenic Intergenic -8279 NM_172242 9576 Hs.655170 NM_012443 ENSG00000077327 SPAG6 CT141|Repro-SA-1|pf16 sperm associated antigen 6 protein-coding 2.282 1.726 2.165 0.730 3.643 0.487 0.345 1.525 2.729 0.181 1.559 1.608 0.484 0.401 1.385 0.857 1.428 0.251 1.365 0.467 1.176 2.531 0.433 0.292 3.241 0.545 0.637 0.558 5.124 1.295 1.056 1.283 1.514 2.957 0.210 0.663 0.075 1.314 0.096 0.961 1.256 0.710 1.901 0.745 0.435 0.359 0.715 1.237 1.688 1.538 1.529 1.072 0.857 2.375 1.177 3.241 0.657 0.989 0.282 2.342 1.658 0.990 0.277 0.178 0.996 0.911 0.606 2.557 2.443 1.430 2.547 3.016 2.398 3.813 1.165 1.797 1.802 1.570 2.078 2.412 4.148 0.629 0.651 0.902 1.171 0.768 0.557 0.427 0.482 1.396 0.676 1452 chr10 43424645 43429526 + 0 NA Intergenic Intergenic 49870 NR_126352 104266963 Hs.559152 NR_126352 ENSG00000229630 LINC01264 - long intergenic non-protein coding RNA 1264 ncRNA 0.695 nan 0.574 0.015 1.091 0.130 0.043 0.164 0.121 0.048 0.038 1.340 0.055 0.043 0.032 0.033 0.088 0.012 0.142 0.065 0.085 0.070 0.045 0.033 0.104 0.022 0.117 0.316 0.102 2.473 0.057 0.020 0.088 0.026 0.121 0.037 0.032 0.022 0.063 0.046 0.143 0.083 0.029 0.080 0.439 0.043 0.059 0.019 0.085 0.025 0.102 0.041 0.040 6.485 0.082 0.041 0.016 0.012 0.011 0.303 0.631 0.143 0.402 0.487 0.310 1.708 0.324 0.230 0.220 0.056 0.144 1.049 1.038 0.106 0.051 0.146 0.149 0.385 0.269 0.033 0.093 0.801 0.458 2384 chr11 133797617 133828073 + 0 NA intron (NM_001277285, intron 3 of 19) intron (NM_001277285, intron 3 of 19) 13804 NM_001277285 22997 Hs.204121 NM_014987 ENSG00000080854 IGSF9B - immunoglobulin superfamily member 9B protein-coding 1.125 nan 1.044 0.335 0.356 2.167 0.147 0.545 1.169 0.032 0.144 0.052 0.027 0.091 1.714 1.743 0.024 0.039 0.035 0.013 0.029 0.035 1.032 0.524 1.411 0.220 0.150 0.147 0.115 0.021 0.240 0.388 0.114 nan 0.012 0.060 0.251 0.288 0.103 0.137 0.536 0.188 0.135 0.085 0.079 0.071 0.044 0.092 0.181 0.101 0.043 0.055 1.743 0.046 0.234 1.411 0.020 0.103 0.456 0.534 0.398 0.160 1.201 0.830 0.135 0.036 0.026 1.785 2.712 0.128 0.170 1.740 1.701 1.438 0.390 0.106 0.094 0.786 1.286 2.108 3.540 2.166 2.237 1.854 3.142 1.076 0.825 1.058 2.580 1.074 0.723 5771 chr19 48891695 48905844 + 0 NA intron (NM_000836, intron 1 of 12) intron (NM_000836, intron 1 of 12) 637 NM_000836 2906 Hs.445015 NM_000836 ENSG00000105464 GRIN2D EB11|EIEE46|GluN2D|NMDAR2D|NR2D glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2D protein-coding 2.487 1.455 2.004 1.525 1.170 0.912 1.096 1.872 2.975 1.190 4.273 2.274 0.163 0.563 3.002 1.949 0.645 0.212 1.907 0.494 1.508 0.451 0.539 0.260 1.576 0.836 0.886 0.916 1.830 0.490 1.139 nan 1.809 2.828 0.965 1.234 0.626 2.773 0.108 0.183 0.636 2.238 1.268 0.727 0.670 0.690 2.203 0.841 4.526 4.102 0.984 1.024 1.949 2.461 1.140 1.576 0.546 1.444 1.234 4.230 1.340 1.138 0.641 1.177 0.651 0.887 0.595 1.458 2.177 1.824 2.836 3.175 3.109 9.159 3.609 4.818 5.391 2.822 3.794 2.819 3.983 3.759 2.741 1.704 2.084 1.699 1.986 2.581 4.461 2.440 1.354 9042 chr5 86481526 86493829 + 0 NA intron (NR_105018, intron 2 of 3) intron (NR_105018, intron 2 of 3) 47341 NR_130914 55338 Hs.677194 NM_018382 LINC01949 - long intergenic non-protein coding RNA 1949 ncRNA 0.660 1.986 0.544 0.488 0.057 0.005 3.502 0.143 0.161 0.031 0.369 0.772 0.015 0.018 0.087 0.083 0.141 0.026 0.617 0.539 0.021 0.011 0.088 0.101 0.039 1.051 0.481 0.012 1.295 3.035 0.320 1.400 0.799 0.322 1.806 0.075 0.031 0.036 0.133 0.788 0.103 0.112 0.054 0.056 1.548 0.518 0.155 0.277 0.033 0.145 0.045 0.234 0.083 0.463 0.132 0.039 0.287 0.027 0.008 0.043 0.016 0.268 0.032 0.166 0.185 0.023 0.008 0.181 0.113 0.302 0.350 0.161 0.183 0.080 0.062 0.136 0.137 0.466 0.659 0.221 0.208 0.620 0.326 0.090 0.172 0.095 0.082 0.204 nan 0.206 0.333 11283 chr8 128655923 128659434 + 0 NA Intergenic Intergenic 88535 NR_117102 100270680 Hs.333720 NR_117101 ENSG00000249375 CASC11 CARLO7|CARLo-7|LINC00990|TCONS_00014535 cancer susceptibility 11 (non-protein coding) ncRNA 22.474 11.806 20.608 0.190 0.459 0.063 0.080 0.374 1.114 0.026 0.090 12.279 0.036 0.029 0.397 0.145 0.215 0.045 0.060 0.072 0.179 0.166 0.102 0.078 0.062 0.064 0.137 0.037 0.321 0.099 nan 0.030 1.226 0.125 0.093 0.033 0.873 0.204 0.052 0.045 0.203 0.171 0.270 0.171 0.742 0.122 0.156 1.174 0.145 0.142 0.210 0.102 0.034 0.214 7.950 0.113 0.224 2.067 0.553 85.790 0.021 0.035 0.014 0.447 0.550 0.840 1.593 0.834 0.799 2.804 0.665 nan nan 43.817 45.785 5.708 6.518 95.099 80.157 0.491 1.080 2.879 2.683 52.647 68.564 0.869 0.585 1337 chr10 13388141 13394443 + 0 NA promoter-TSS (NM_001195602) promoter-TSS (NM_001195602) -994 NM_012247 22929 Hs.124027 NM_012247 ENSG00000086475 SEPHS1 SELD|SPS|SPS1 selenophosphate synthetase 1 protein-coding nan 3.524 5.315 3.627 5.442 2.756 1.802 2.965 4.465 1.317 4.038 3.472 0.353 0.905 2.778 6.664 4.852 0.584 2.785 0.932 5.808 5.547 2.072 0.901 6.074 2.171 2.593 3.512 4.196 0.746 2.475 3.681 2.632 5.720 1.032 4.072 0.471 4.330 0.117 1.857 2.869 1.781 4.359 1.834 2.006 0.512 2.448 4.564 5.222 3.403 4.745 3.925 6.664 3.212 3.423 6.074 1.786 2.490 0.988 8.314 2.636 3.180 1.425 2.146 4.636 3.475 2.155 7.600 6.796 6.906 9.683 7.326 5.807 11.709 4.249 7.809 7.410 3.884 5.064 9.142 13.387 4.012 5.245 2.089 4.821 2.813 2.268 5.218 3.590 1.822 1.162 11416 chr9 3489693 3532568 + 0 NA intron (NM_134428, intron 1 of 17) intron (NM_134428, intron 1 of 17) 14871 NM_001282116 5991 Hs.136829 NM_002919 ENSG00000080298 RFX3 - regulatory factor X3 protein-coding 1.719 3.461 2.370 0.602 1.197 1.573 0.514 1.634 3.208 0.174 0.027 0.133 0.260 0.184 1.297 1.631 1.031 0.108 0.486 0.173 1.507 0.362 2.388 1.281 2.055 0.195 0.260 0.408 0.390 0.069 0.521 0.774 0.133 2.960 0.422 1.559 1.326 1.576 0.109 0.226 1.249 0.365 0.591 0.227 0.348 0.406 0.411 0.347 0.942 0.618 0.471 0.378 1.631 0.742 0.323 2.055 0.331 0.383 0.371 0.291 0.883 0.198 1.060 0.202 0.388 0.517 0.378 1.958 1.719 5.347 7.224 2.945 2.906 5.643 3.280 3.626 3.787 5.271 6.041 2.376 4.056 1.681 1.598 1.308 2.121 6.207 6.868 1.363 nan 2.672 1.692 8710 chr5 1495806 1527469 + 0 NA promoter-TSS (NR_106723) promoter-TSS (NR_106723) -666 NR_106723 102466103 NR_106723 ENSG00000273742 MIR6075 hsa-mir-6075 microRNA 6075 ncRNA 0.931 1.398 3.650 0.171 0.621 0.589 2.870 0.623 1.105 0.878 0.433 0.448 0.084 0.360 1.598 0.914 0.477 0.126 3.012 0.876 0.671 0.386 0.491 0.350 6.000 0.782 0.823 0.494 3.401 0.543 1.942 3.859 3.593 1.305 0.718 0.601 0.135 0.370 0.097 0.267 0.110 0.518 1.283 0.761 0.976 1.704 0.935 0.486 0.830 0.743 2.680 3.518 0.914 5.596 3.647 6.000 0.196 2.399 0.333 0.431 0.573 0.997 0.078 0.317 0.304 0.237 0.169 0.574 0.776 0.569 nan 2.818 2.404 1.061 0.334 0.402 0.402 1.120 1.951 nan 3.093 nan 1.861 0.383 0.695 0.359 0.362 0.443 0.820 1.302 nan 11604 chr9 81624978 81644493 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu 125846 NR_109771 101927450 Hs.738041 NR_109771 ENSG00000260995 LOC101927450 - uncharacterized LOC101927450 ncRNA 0.688 1.310 1.154 0.568 2.741 0.535 0.828 2.581 4.835 0.147 0.183 0.441 0.010 0.020 0.866 1.201 0.160 0.132 0.108 0.068 0.900 0.036 1.033 0.556 0.595 0.293 0.077 0.163 0.678 0.362 0.075 0.276 0.063 1.613 0.705 0.369 0.823 0.044 0.082 0.233 0.340 2.219 5.267 2.209 0.163 0.082 0.074 1.039 0.367 0.073 0.089 0.224 1.201 0.073 0.085 0.595 0.069 0.255 0.190 0.221 0.032 0.706 0.035 0.064 0.246 0.396 0.440 0.190 0.105 0.235 0.676 1.263 1.388 3.368 1.385 0.100 0.085 0.078 0.154 2.116 2.556 0.215 0.125 0.065 0.137 3.550 3.554 0.196 0.429 1.297 0.806 11355 chr8 142397655 142431817 + 0 NA Intergenic Intergenic -16752 NM_007079 11156 Hs.43666 NM_007079 ENSG00000184489 PTP4A3 PRL-3|PRL-R|PRL3 protein tyrosine phosphatase type IVA, member 3 protein-coding 3.070 0.740 nan 0.289 1.567 4.549 0.314 0.892 1.450 0.120 0.305 0.328 0.033 2.762 3.420 0.784 1.182 0.213 0.210 0.066 0.237 0.171 0.847 0.428 2.714 0.253 0.162 0.363 0.454 0.209 0.553 1.599 0.399 3.999 0.180 0.224 0.300 0.599 0.054 0.229 0.145 0.159 0.274 0.242 0.125 0.047 0.149 0.258 0.922 1.802 0.303 0.224 0.784 0.296 0.317 2.714 0.086 0.203 0.804 1.234 1.530 0.196 0.359 0.666 0.051 0.137 0.049 1.500 1.915 0.504 0.703 nan 4.579 nan 0.812 5.026 5.104 0.785 1.088 5.971 8.743 3.430 3.155 1.241 1.507 1.226 1.163 1.204 1.825 2.321 1.200 6524 chr2 182472520 182525345 + 0 NA intron (NM_001030313, intron 1 of 10) intron (NM_001030313, intron 1 of 10) 22902 NM_001160277 375298 Hs.732358 NM_201548 ENSG00000188452 CERKL RP26 ceramide kinase like protein-coding 2.685 1.083 1.476 0.112 0.122 0.219 0.091 0.468 0.991 0.013 0.084 0.078 0.015 0.059 0.041 0.273 0.084 0.092 0.137 0.047 0.021 0.008 0.178 0.169 0.210 0.038 0.021 0.012 0.096 0.032 0.086 0.291 0.095 0.363 0.042 0.062 0.871 0.029 0.077 0.027 0.183 0.110 0.046 0.044 0.048 0.044 0.153 0.129 0.106 0.154 0.031 0.048 0.273 0.080 0.030 0.210 0.032 0.041 0.777 0.109 0.039 0.021 0.051 1.527 0.033 0.029 0.014 0.322 0.199 0.181 0.224 0.238 0.295 0.958 0.232 0.352 0.333 nan 6.355 0.680 0.719 11.052 11.829 0.127 0.212 2.449 2.165 1.406 nan 0.614 0.431 11944 chrX 48322344 48336304 + 0 NA promoter-TSS (NM_033518) promoter-TSS (NM_033518) -680 NM_033518 92745 Hs.195155 NM_033518 ENSG00000017483 SLC38A5 JM24|SN2|SNAT5|pp7194 solute carrier family 38 member 5 protein-coding 1.554 1.075 nan 0.692 0.534 0.195 0.488 0.240 0.444 0.254 0.487 1.184 0.249 0.108 0.255 0.322 0.346 0.011 0.757 0.337 0.421 0.159 0.328 0.250 0.454 0.655 0.537 0.280 0.398 0.719 0.353 0.698 0.372 1.379 0.769 1.917 0.109 0.356 0.062 0.321 0.260 0.896 0.641 0.383 0.561 0.516 0.369 1.211 0.679 0.533 0.668 0.757 0.322 0.935 0.463 0.454 0.667 0.490 0.180 0.481 0.306 0.681 0.291 5.175 0.659 0.363 0.165 0.477 0.540 0.844 1.324 1.383 1.333 1.609 0.532 1.621 1.575 0.904 1.212 1.177 1.922 5.868 7.245 1.000 1.242 0.901 0.863 3.426 8.787 0.701 0.463 3101 chr13 27936002 27950071 + 0 NA Intergenic Intergenic -55645 NM_002097 2971 Hs.445977 NM_002097 ENSG00000122034 GTF3A AP2|TFIIIA general transcription factor IIIA protein-coding 0.691 0.784 1.377 0.057 3.203 0.222 0.277 0.743 1.620 0.014 0.104 0.063 0.021 4.168 0.285 0.091 0.153 0.092 0.172 0.067 0.036 0.020 0.770 0.290 1.602 0.109 0.066 0.067 0.058 0.190 0.251 1.262 0.090 1.342 0.031 0.128 0.055 0.092 0.067 0.059 0.022 0.164 0.111 0.100 0.163 0.041 0.143 0.284 0.428 0.106 0.366 0.341 0.091 0.041 0.202 1.602 0.297 0.119 0.028 0.322 5.412 0.073 0.276 0.043 0.033 0.025 0.022 0.756 0.816 2.646 nan 2.374 2.264 1.927 0.388 0.131 0.183 0.261 0.363 6.579 5.308 0.995 0.825 0.757 0.952 0.396 0.309 0.220 0.364 2.225 1.241 2098 chr11 73689147 73722676 + 0 NA Intergenic Intergenic -12022 NM_003355 7351 Hs.80658 NM_003355 ENSG00000175567 UCP2 BMIQ4|SLC25A8|UCPH uncoupling protein 2 protein-coding nan 1.594 1.564 0.369 1.913 3.107 0.527 0.724 1.522 0.179 0.430 0.407 0.333 0.609 3.341 0.772 0.446 0.106 0.366 0.136 0.156 0.235 1.201 0.528 1.737 0.390 0.271 0.473 0.516 0.287 0.413 nan 0.538 3.848 0.320 0.179 0.664 0.388 0.126 0.060 0.835 1.283 0.488 0.244 0.306 0.296 0.710 0.319 0.723 0.615 0.626 0.714 0.772 0.484 0.776 1.737 0.117 0.913 0.405 1.091 1.026 0.313 0.971 0.549 0.220 0.211 0.102 1.986 2.617 0.861 1.262 2.995 2.856 3.225 1.278 3.853 4.186 1.874 2.274 5.559 7.543 1.277 1.077 1.021 1.695 1.898 1.920 0.860 1.449 1.491 0.879 3837 chr14 104756432 104767231 + 0 NA Intergenic Intergenic 71910 NR_146611 145195 Hs.534297 NR_146611 ENSG00000258913 C14orf144 - chromosome 14 open reading frame 144 (putative) ncRNA 1.175 1.146 0.730 0.080 0.424 0.549 0.039 0.179 0.169 0.026 0.051 0.042 0.046 1.094 0.321 0.124 0.080 0.059 0.042 0.051 0.276 0.200 0.764 0.189 0.127 0.021 0.051 0.010 0.134 0.578 0.085 3.230 0.027 2.088 0.036 0.030 0.088 0.032 0.074 0.060 0.011 0.035 0.030 0.102 0.045 0.130 0.151 0.039 0.312 0.124 0.040 0.008 0.764 0.451 0.092 0.098 0.081 3.240 0.064 0.220 0.920 0.042 0.016 0.009 1.094 1.922 0.252 0.265 0.873 1.035 1.198 0.270 0.072 0.104 1.509 1.898 1.968 2.471 0.988 0.676 0.986 0.866 0.404 0.427 1.202 3.169 3.345 1.520 6215 chr2 85723040 85735072 + 0 NA Intergenic Intergenic 36953 NR_038942 100630918 Hs.66049 NR_038942 PARTICL PARTICLE promoter of MAT2A antisense radiation-induced circulating long non-coding RNA ncRNA nan 1.058 nan 0.185 0.260 0.265 4.632 0.133 0.325 1.347 1.071 4.054 0.016 0.083 0.067 0.653 0.892 0.189 1.822 1.637 0.424 0.046 0.208 0.120 0.079 2.782 1.931 0.261 0.828 0.704 0.941 4.643 0.306 0.364 1.204 0.841 0.048 0.063 0.141 1.779 0.336 10.444 1.304 0.679 1.106 0.750 0.970 7.365 1.983 2.538 3.607 1.899 0.653 1.592 1.556 0.079 1.237 1.434 0.444 0.567 1.378 1.785 0.099 2.539 1.758 0.836 0.877 0.380 0.321 0.329 0.713 0.394 0.314 1.358 0.327 0.349 0.421 0.736 1.302 0.938 0.937 1.306 1.805 0.228 0.307 0.316 0.293 2.547 6.984 1.985 1.326 3018 chr12 122580622 122611297 + 0 NA intron (NM_014938, intron 1 of 16) intron (NM_014938, intron 1 of 16) -56307 NM_152759 254050 Hs.374856 NM_152759 ENSG00000158113 LRRC43 - leucine rich repeat containing 43 protein-coding 1.340 2.047 1.227 0.553 1.277 2.317 1.127 1.415 2.699 0.106 0.177 0.270 0.372 0.973 2.551 0.479 0.150 0.162 0.881 0.469 0.123 0.072 0.889 0.562 1.520 0.735 0.398 0.172 0.272 0.178 0.564 2.320 0.222 2.339 0.284 0.499 0.428 0.149 0.151 0.085 0.350 0.165 0.252 0.161 0.249 0.232 0.342 0.170 1.542 0.444 0.126 0.471 0.479 0.752 0.276 1.520 0.291 0.850 0.300 0.267 0.312 0.753 5.151 0.206 0.116 0.158 0.125 1.996 2.345 0.450 0.838 1.630 1.730 nan 0.819 0.916 0.992 1.158 1.465 3.105 4.076 0.719 0.618 3.994 4.523 1.695 2.228 0.295 0.562 2.588 1.275 9645 chr6 41928299 41939450 + 0 NA intron (NM_001136017, intron 1 of 4) intron (NM_001136017, intron 1 of 4) -24288 NM_001136125 896 Hs.534307 NM_001760 ENSG00000112576 CCND3 - cyclin D3 protein-coding 1.027 0.800 0.789 0.729 0.117 0.040 3.050 0.123 0.287 0.495 0.940 2.415 0.354 0.036 0.088 0.241 0.243 0.144 0.684 0.224 5.340 0.074 0.061 0.060 0.165 1.829 0.856 0.803 0.224 1.193 0.180 0.497 0.876 0.298 0.396 4.435 0.025 0.136 0.096 0.729 0.080 0.606 0.820 0.480 0.723 0.172 1.729 3.724 4.446 0.276 0.319 2.361 0.241 0.924 0.413 0.165 1.297 1.150 0.141 0.353 0.118 0.961 0.062 0.211 0.883 2.096 1.744 0.490 0.325 0.296 0.685 0.457 0.413 1.388 0.389 0.564 0.543 0.318 0.558 0.690 nan 0.539 0.243 0.240 0.297 0.098 0.333 0.449 0.746 0.410 0.419 11594 chr9 79176726 79194438 + 0 NA Intergenic Intergenic 70033 NM_001097636 2650 Hs.521568 NM_001490 ENSG00000187210 GCNT1 C2GNT|C2GNT-L|C2GNT1|G6NT|NACGT2|NAGCT2 glucosaminyl (N-acetyl) transferase 1, core 2 protein-coding nan nan nan 0.552 0.193 0.022 0.859 0.153 0.216 0.024 0.464 0.598 0.039 0.034 0.050 0.173 0.148 0.146 0.648 0.246 0.025 0.016 0.112 0.099 0.216 2.984 2.221 0.021 0.276 0.161 0.421 1.842 0.272 0.362 2.185 0.079 0.049 0.031 0.085 0.675 0.056 0.135 0.187 0.071 0.592 0.585 0.567 0.958 0.103 0.069 0.018 0.053 0.173 1.323 0.010 0.216 0.049 0.084 0.006 0.083 0.109 1.152 0.028 0.049 1.207 0.034 0.020 0.225 0.179 0.311 nan 0.318 nan 0.745 0.201 0.238 0.277 0.134 0.191 0.572 0.668 0.212 0.101 0.063 0.205 0.177 0.251 0.188 0.279 0.829 0.550 2604 chr12 32240906 32247244 + 0 NA Intergenic Intergenic -15666 NR_148725 636 Hs.505202 NM_001714 ENSG00000151746 BICD1 BICD BICD cargo adaptor 1 protein-coding 1.839 nan 1.869 0.113 0.186 0.044 0.214 0.102 0.240 0.151 0.255 0.145 0.070 0.095 0.183 0.317 0.046 0.176 0.283 0.091 0.099 0.156 0.157 0.193 0.055 0.045 0.046 0.063 0.051 0.086 0.271 0.088 0.439 0.138 0.025 3.466 0.018 0.088 0.150 0.276 0.511 0.019 0.037 0.052 0.072 0.199 0.768 0.226 0.271 0.050 0.043 0.317 0.348 0.132 0.193 0.055 0.291 0.304 0.016 0.634 0.046 0.339 0.739 0.036 0.024 0.734 0.434 0.267 0.471 0.575 0.596 1.376 0.489 0.417 0.426 0.663 0.987 0.230 0.254 1.621 1.624 0.307 0.199 11.112 16.124 0.478 1.659 0.452 0.501 8795 chr5 16930354 16938185 + 0 NA intron (NM_012334, intron 1 of 40) intron (NM_012334, intron 1 of 40) 2116 NM_012334 4651 Hs.481720 NM_012334 ENSG00000145555 MYO10 - myosin X protein-coding nan nan 11.834 2.517 2.776 0.902 3.173 0.184 0.260 0.770 2.111 3.249 0.127 0.712 1.722 0.474 2.585 0.329 6.065 2.728 0.202 0.035 1.291 0.501 1.042 1.924 0.898 0.195 4.501 1.716 4.943 7.542 5.595 nan 2.258 0.787 0.053 0.139 0.137 1.901 1.614 0.933 1.120 0.717 2.275 1.895 2.091 1.839 2.837 0.745 2.564 1.367 0.474 6.399 0.739 1.042 1.544 1.949 0.570 1.428 0.193 1.718 1.367 0.206 1.700 0.272 0.102 0.316 0.241 1.652 2.431 2.452 1.625 4.806 1.088 0.637 0.658 nan 4.521 3.136 4.050 1.473 1.523 1.299 4.313 0.574 0.780 1.556 nan 0.539 0.481 4974 chr17 72348381 72377091 + 0 NA promoter-TSS (NM_001331077) promoter-TSS (NM_001331077) -909 NM_181790 350383 Hs.574368 NM_181790 ENSG00000257008 GPR142 GPRg1b|PGR2 G protein-coupled receptor 142 protein-coding 2.335 1.178 2.541 0.058 0.666 1.186 0.165 0.427 1.051 0.013 0.094 0.058 0.026 0.529 0.843 0.837 0.080 0.079 0.085 0.026 0.029 0.039 0.136 0.098 0.683 0.143 0.082 0.049 0.136 0.044 0.340 0.888 0.280 2.971 0.094 0.128 0.178 0.061 0.087 0.182 0.279 0.160 0.036 0.046 0.046 0.136 0.087 0.205 0.392 0.084 0.083 0.115 0.837 0.075 0.020 0.683 0.107 0.161 0.586 0.358 0.472 0.073 0.098 0.117 0.109 0.029 0.009 0.749 0.969 0.229 0.283 3.510 3.174 0.549 0.140 0.076 0.079 nan 0.848 2.136 3.064 3.760 4.423 0.396 0.403 0.773 0.850 0.458 1.044 nan 0.691 7171 chr21 32923049 32933111 + 0 NA intron (NM_001353691, intron 1 of 29) intron (NM_001353691, intron 1 of 29) 3320 NM_001353692 7074 Hs.517228 NM_003253 ENSG00000156299 TIAM1 TIAM-1 T cell lymphoma invasion and metastasis 1 protein-coding 3.356 2.591 3.073 0.905 1.573 2.264 0.263 1.590 2.952 0.623 0.171 0.062 0.524 0.159 1.882 3.130 0.052 0.080 0.560 0.170 0.144 0.288 0.699 0.428 2.402 0.143 0.144 0.095 1.078 0.669 0.433 2.119 0.465 8.490 0.408 0.160 0.975 0.738 0.086 0.340 1.037 0.761 0.449 0.435 0.347 0.148 1.160 0.257 0.154 1.307 0.008 0.046 3.130 0.774 2.070 2.402 0.012 0.424 0.426 0.461 0.432 0.281 0.507 0.548 0.408 1.271 0.816 3.424 3.413 1.757 2.852 4.819 3.959 2.782 1.218 3.575 3.760 2.647 3.883 3.294 4.963 3.061 3.834 1.288 2.612 4.319 3.470 2.792 2.619 nan 1.610 6690 chr2 227285672 227297638 + 0 NA Intergenic Intergenic 231854 NR_049887 100847053 NR_049887 ENSG00000263363 MIR5702 - microRNA 5702 ncRNA nan 0.500 0.642 0.714 0.045 0.023 4.174 0.121 0.165 0.095 1.557 0.855 1.472 0.034 0.022 0.185 0.361 0.083 2.848 1.286 0.745 0.127 0.026 0.142 0.020 1.356 0.760 0.099 1.383 2.602 0.348 0.959 1.787 nan 1.689 1.606 0.008 0.325 0.106 1.208 0.007 2.646 1.330 0.874 4.262 1.302 0.685 3.759 0.320 0.225 0.040 0.368 0.185 1.479 2.975 0.020 0.388 0.111 0.008 0.440 0.040 1.222 0.008 0.070 1.310 0.039 0.022 0.283 0.157 0.743 1.669 0.185 0.253 0.059 0.045 0.227 0.202 0.381 0.716 0.241 nan 0.331 0.136 0.099 0.169 0.036 0.071 0.327 nan 0.182 0.316 8357 chr4 48179839 48201282 + 0 NA intron (NM_003215, intron 2 of 17) intron (NM_003215, intron 2 of 17) -54287 NM_003328 7294 Hs.479669 NM_003328 ENSG00000074966 TXK BTKL|PSCTK5|PTK4|RLK|TKL TXK tyrosine kinase protein-coding 0.631 nan nan 0.086 2.199 0.021 0.375 2.045 3.823 0.009 0.223 0.266 0.040 0.056 0.091 0.083 0.214 0.099 0.236 0.071 0.012 0.045 1.904 0.774 0.665 0.294 0.121 0.038 0.080 0.163 0.072 0.270 0.101 0.271 0.068 0.068 0.234 0.045 0.084 0.072 0.015 0.123 0.028 0.007 0.168 0.182 0.132 0.169 0.049 0.077 0.081 0.075 0.083 0.160 0.111 0.665 0.095 0.046 0.009 0.052 0.588 0.096 0.028 0.231 0.050 0.032 0.007 0.366 0.243 0.169 0.281 0.519 0.469 3.587 0.942 0.259 0.284 0.284 0.391 2.637 2.830 0.914 0.660 0.162 0.209 1.068 0.931 0.363 0.986 2.766 1.530 5651 chr19 38825903 38828592 + 0 NA intron (NM_001330496, intron 1 of 27) CpG 804 NM_021185 57828 Hs.324335 NM_021185 ENSG00000099338 CATSPERG C19orf15 cation channel sperm associated auxiliary subunit gamma protein-coding 3.165 2.645 3.493 3.115 6.208 2.862 0.640 2.349 2.948 0.780 1.351 0.907 2.941 0.664 5.322 1.011 1.956 0.475 3.309 0.623 2.615 0.769 1.221 0.459 2.401 0.599 0.375 2.240 2.125 1.003 2.142 4.029 2.700 23.259 0.500 0.429 0.486 3.807 0.166 0.737 1.413 3.951 1.968 1.191 0.940 0.777 1.529 0.678 4.475 7.818 1.963 0.542 1.011 4.746 2.392 2.401 0.901 1.057 0.540 3.569 2.504 0.877 1.377 0.730 0.401 0.479 0.151 1.408 2.770 3.490 4.249 5.197 3.675 8.171 3.385 7.715 9.707 1.933 3.124 5.929 7.327 nan 2.728 1.769 2.571 2.757 2.053 1.701 3.655 2.849 1.147 9479 chr6 19749607 19756644 + 0 NA intron (NR_134651, intron 2 of 3) L2c|LINE|L2 51865 NR_134649 100506885 Hs.346489 NR_134649 ENSG00000228412 LOC100506885 - uncharacterized LOC100506885 ncRNA 2.316 nan 6.800 0.082 1.243 0.071 0.181 1.198 2.058 0.069 0.142 0.082 0.008 0.580 0.586 0.962 0.046 0.156 0.085 0.237 2.354 0.882 6.045 0.209 0.071 0.032 0.078 0.045 0.057 0.400 0.895 1.739 0.145 0.087 0.893 0.199 0.075 0.034 1.688 0.289 0.009 0.011 0.165 0.164 0.045 0.135 0.111 0.033 0.102 0.586 0.125 0.026 6.045 0.187 2.259 0.033 0.144 0.056 0.225 3.627 0.076 0.016 0.566 0.738 0.330 0.678 2.251 2.752 5.210 1.273 0.365 0.308 1.982 2.307 0.486 0.482 4.026 3.449 0.382 0.755 5.336 6.850 2.671 7.277 0.994 0.700 10676 chr7 133441392 133560651 + 0 NA intron (NR_120513, intron 3 of 3) Tigger6a|DNA|TcMar-Tigger 8620 NR_120513 101928861 Hs.675747 NR_120513 LOC101928861 - uncharacterized LOC101928861 ncRNA nan nan nan 0.163 0.109 4.191 0.081 0.214 0.353 0.018 0.128 0.127 0.015 0.038 0.603 0.197 0.205 0.114 0.118 0.037 0.025 0.013 0.159 0.219 0.285 0.034 0.017 0.032 0.146 0.048 0.063 0.107 0.192 1.405 0.026 0.100 0.655 0.094 0.154 0.021 0.063 0.113 0.027 0.014 0.076 0.066 0.129 0.137 0.088 0.053 0.148 0.095 0.197 0.101 0.040 0.285 0.033 0.068 0.054 0.055 0.117 0.054 0.073 0.149 0.029 0.030 0.019 0.423 0.308 0.405 0.570 0.430 0.547 nan 0.134 0.269 0.275 2.529 nan 0.267 0.342 nan 0.212 0.194 0.324 1.723 1.945 0.456 1.029 1.639 nan 332 chr1 43854429 43872473 + 0 NA intron (NM_015284, intron 1 of 70) AluSx|SINE|Alu 7895 NM_015284 23334 Hs.643560 NM_015284 ENSG00000198198 SZT2 C1orf84|EIEE18|KIAA0467|SZT2A|SZT2B SZT2, KICSTOR complex subunit protein-coding nan 1.102 nan 0.798 0.789 0.703 0.543 0.470 0.846 0.175 0.627 0.384 0.175 0.362 0.818 0.639 0.690 0.232 0.588 0.116 0.307 0.304 0.706 0.397 1.097 0.333 0.346 0.404 0.579 0.213 0.639 1.301 0.791 1.711 0.315 0.423 0.095 0.919 0.114 0.177 0.402 0.839 0.394 0.204 0.409 0.358 0.644 0.510 0.365 0.805 0.227 0.363 0.639 0.422 0.640 1.097 0.231 0.517 0.162 0.764 0.304 0.292 0.405 0.273 0.266 0.389 0.160 0.830 0.920 1.247 1.681 2.083 1.833 0.928 0.376 1.346 1.497 1.092 nan nan 4.347 1.097 0.819 1.155 nan 0.366 0.382 0.852 1.780 2.695 1.102 1965 chr11 61294813 61371573 + 0 NA intron (NM_004200, intron 1 of 8) intron (NM_004200, intron 1 of 8) 15151 NM_004200 9066 Hs.131188 NM_004200 ENSG00000011347 SYT7 IPCA-7|IPCA7|PCANAP7|SYT-VII|SYTVII synaptotagmin 7 protein-coding nan 1.038 1.226 0.110 0.651 1.315 0.382 0.284 0.508 0.058 0.113 0.122 0.080 0.916 1.501 0.295 0.087 0.044 0.351 0.181 0.046 0.034 0.398 0.201 0.621 0.062 0.040 0.104 0.084 0.158 0.799 3.455 0.360 1.668 0.176 0.067 0.267 0.123 0.079 0.020 0.151 0.159 0.074 0.040 0.037 0.146 0.216 0.206 0.295 0.094 0.117 0.519 0.295 0.340 0.037 0.621 0.101 0.287 0.281 0.319 1.807 0.191 0.299 0.200 0.036 0.017 0.011 1.318 2.153 0.162 0.249 1.472 1.596 1.979 0.587 0.232 0.273 0.718 1.077 5.250 5.403 0.761 0.641 0.800 1.012 0.896 0.727 0.529 1.079 1.768 0.996 745 chr1 153956522 153966616 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -1662 NM_001349946 6232 Hs.546291 NM_001030 ENSG00000177954 RPS27 DBA17|MPS-1|MPS1|S27 ribosomal protein S27 protein-coding nan nan 2.192 1.709 1.905 1.258 2.298 0.859 1.622 0.758 2.302 2.261 0.456 1.801 1.828 2.056 1.621 0.351 1.918 0.960 1.851 1.207 1.425 0.944 2.123 2.139 1.929 0.843 1.289 1.344 13.338 16.751 1.586 6.598 1.885 4.036 0.489 2.248 0.169 2.402 0.768 4.458 2.571 1.332 2.146 0.906 1.834 1.792 2.422 2.362 4.493 5.301 2.056 1.918 2.796 2.123 1.405 2.194 0.566 6.597 3.324 2.498 1.878 1.126 1.687 1.250 0.953 2.277 2.329 3.782 5.338 3.883 nan 4.677 1.966 4.191 4.379 3.694 4.844 4.291 4.758 2.990 2.515 3.168 4.783 2.609 2.801 2.449 3.631 2.086 1.069 11330 chr8 139141752 139159056 + 0 NA intron (NM_015912, intron 18 of 19) LTR16A|LTR|ERVL -54616 NM_001354876 401478 Hs.654931 NM_001354876 LOC401478 - uncharacterized LOC401478 protein-coding nan 0.641 1.101 0.062 0.086 0.032 0.053 0.115 0.278 0.011 0.085 0.054 0.014 0.068 0.133 0.208 0.056 0.120 0.049 0.011 0.029 0.016 0.018 0.066 0.076 0.004 0.021 0.017 0.055 0.006 0.068 0.056 0.073 0.518 0.025 0.038 0.094 0.019 0.084 0.007 0.055 0.090 0.032 0.022 0.006 0.027 0.089 0.162 0.061 0.032 0.057 0.035 0.208 0.061 0.016 0.076 0.028 0.019 0.017 0.040 0.064 0.040 0.108 0.227 0.019 0.013 0.012 0.289 0.184 0.108 0.154 0.397 0.484 5.785 3.132 nan 0.181 0.152 0.213 0.203 0.214 0.333 0.169 0.165 0.207 0.540 0.849 0.369 0.637 0.410 0.471 3691 chr14 75024247 75055138 + 0 NA intron (NM_000428, intron 3 of 35) intron (NM_000428, intron 3 of 35) 39342 NM_000428 4053 Hs.512776 NM_000428 ENSG00000119681 LTBP2 C14orf141|GLC3D|LTBP3|MSPKA|MSTP031|WMS3 latent transforming growth factor beta binding protein 2 protein-coding 1.857 0.797 1.325 1.564 0.257 0.292 3.229 0.125 0.259 0.432 1.570 2.034 1.225 0.032 0.296 0.421 2.070 0.362 1.402 1.029 3.474 0.022 0.098 0.067 0.073 4.302 3.738 0.145 3.891 3.027 2.300 5.018 3.161 0.749 2.524 0.421 0.025 0.109 0.111 1.417 0.062 2.868 1.204 0.610 1.860 2.300 5.719 3.315 0.461 1.674 0.043 1.966 0.421 1.147 1.873 0.073 0.797 0.314 0.046 0.637 0.095 2.189 0.093 0.225 5.623 6.634 5.977 0.336 0.421 0.369 0.595 0.506 0.547 0.394 0.152 0.590 0.667 0.319 0.643 0.767 nan 0.944 0.727 0.292 0.308 0.183 0.201 0.479 0.976 0.746 nan 7779 chr3 117229847 117353146 + 0 NA Intergenic Intergenic 118276 NR_146652 105374057 Hs.518179 NR_146652 ENSG00000241213 LINC02024 - long intergenic non-protein coding RNA 2024 ncRNA 0.831 nan 0.670 0.039 0.154 1.095 0.183 0.360 0.660 0.010 0.051 0.040 0.043 0.093 0.551 0.342 0.090 0.102 0.119 0.095 0.029 0.021 0.174 0.170 0.171 0.132 0.057 0.014 0.126 0.012 0.089 0.344 0.145 0.474 0.099 0.257 0.014 4.709 0.172 0.025 0.248 0.103 0.028 0.025 0.204 0.042 0.061 0.127 0.077 0.019 0.047 0.060 0.342 0.061 0.024 0.171 0.038 0.028 0.012 0.034 0.114 0.157 0.028 0.224 0.025 0.068 0.057 0.442 0.309 0.344 0.379 0.451 nan 0.447 0.202 0.269 0.264 nan 0.694 0.674 0.604 0.765 0.339 0.104 0.176 0.048 0.071 0.413 0.896 1.311 0.843 11809 chr9 132139490 132157452 + 0 NA Intergenic Intergenic 49269 NR_120686 100506119 Hs.624047 NR_120685 ENSG00000233901 LINC01503 - long intergenic non-protein coding RNA 1503 ncRNA nan 1.886 1.724 0.687 1.978 4.505 0.641 0.659 1.207 0.857 0.741 0.343 0.862 0.112 0.769 1.156 0.294 0.199 1.250 0.537 0.035 0.023 0.223 0.074 4.319 0.417 0.342 0.316 1.565 0.342 1.595 3.715 1.161 3.516 0.767 0.362 0.063 0.416 0.080 0.151 0.573 0.287 0.118 0.087 0.366 0.839 1.543 0.199 0.690 0.451 0.452 1.414 1.156 1.403 0.057 4.319 0.586 1.988 0.254 0.929 0.080 0.409 1.210 0.118 0.060 0.022 0.014 1.306 1.600 1.043 2.197 4.033 4.223 nan 0.057 1.643 1.669 0.235 0.365 3.934 5.891 1.200 0.954 1.305 1.792 0.183 0.234 0.392 0.504 0.359 0.361 3650 chr14 68399302 68417219 + 0 NA intron (NM_002877, intron 7 of 10) intron (NM_002877, intron 7 of 10) 117951 NM_001321815 5890 Hs.172587 NM_002877 ENSG00000182185 RAD51B R51H2|RAD51L1|REC2 RAD51 paralog B protein-coding nan nan 0.904 0.366 0.200 0.698 0.441 0.143 0.376 0.597 0.318 1.684 1.019 0.063 0.183 0.395 3.080 0.153 0.264 0.216 1.163 1.460 0.062 0.101 0.221 2.227 1.390 0.173 1.359 0.638 1.415 3.259 4.049 0.903 0.909 0.952 0.095 4.408 0.173 0.665 0.125 0.144 0.084 0.039 0.713 1.071 0.994 0.942 0.580 0.442 1.006 1.682 0.395 0.151 1.562 0.221 0.082 1.391 0.011 0.530 0.078 1.821 0.132 0.084 0.705 0.077 0.068 0.256 0.224 0.525 2.237 0.400 0.525 0.310 0.146 nan 0.532 0.437 0.745 0.498 nan 0.631 0.359 0.280 0.413 0.429 0.347 0.207 0.606 1.765 1.024 5673 chr19 40764978 40793529 + 0 NA intron (NM_001626, intron 1 of 13) AluSg|SINE|Alu -7995 NM_001330511 208 Hs.631535 NM_001626 ENSG00000105221 AKT2 HIHGHH|PKBB|PKBBETA|PRKBB|RAC-BETA AKT serine/threonine kinase 2 protein-coding 2.274 1.225 1.978 0.717 0.901 1.615 0.427 0.567 0.991 0.284 0.889 0.742 0.157 0.337 2.628 1.172 0.537 0.119 0.828 0.232 0.475 0.592 0.617 0.359 1.039 0.488 0.458 0.827 0.473 0.140 0.563 nan 0.480 4.170 0.266 0.459 0.264 0.804 0.143 0.268 0.517 0.932 0.433 0.219 0.282 0.180 0.621 0.618 1.589 2.224 0.682 0.471 1.172 1.006 0.227 1.039 0.435 0.373 1.209 0.617 0.765 0.183 1.011 1.019 0.267 0.270 0.203 1.311 1.959 1.074 1.543 1.893 1.948 1.886 1.104 3.185 3.373 1.311 1.849 1.401 2.217 4.511 4.604 1.474 2.495 1.212 1.274 1.280 2.432 1.814 0.964 2082 chr11 72279346 72284841 + 0 NA non-coding (NR_126364, exon 2 of 2) non-coding (NR_126364, exon 2 of 2) 393 NR_126364 101928555 Hs.376950 NR_126364 ENSG00000227467 LINC01537 - long intergenic non-protein coding RNA 1537 ncRNA nan 0.543 0.496 0.580 0.049 0.071 0.801 0.058 0.316 0.052 0.210 0.135 0.023 0.037 0.099 0.230 0.107 0.174 0.463 0.898 0.011 0.162 0.151 0.130 0.476 0.356 0.148 0.199 0.844 0.162 nan 0.078 0.487 0.134 0.173 0.050 0.113 0.134 0.278 0.108 0.982 8.080 3.206 0.570 0.485 0.655 3.403 0.059 0.929 0.471 0.969 0.230 0.195 0.336 0.130 2.990 0.424 0.175 0.216 0.167 0.171 0.071 0.092 0.234 0.021 0.022 0.920 1.027 0.490 0.494 0.704 0.753 0.207 0.164 0.834 0.600 0.280 0.602 0.444 0.585 0.953 0.781 0.233 0.373 0.102 0.164 0.225 0.547 0.372 0.441 11619 chr9 89327320 89339178 + 0 NA Intergenic Intergenic 228855 NM_002048 2619 Hs.65029 NM_002048 ENSG00000180447 GAS1 - growth arrest specific 1 protein-coding 0.422 0.596 0.763 0.278 0.097 0.019 0.137 0.140 0.187 1.328 0.091 0.023 0.037 0.017 0.070 0.065 1.883 0.178 0.044 0.033 0.045 0.012 0.013 0.085 0.040 0.087 0.049 0.131 0.018 0.081 0.041 0.066 0.180 0.025 0.048 0.008 0.018 0.086 0.290 0.040 2.393 0.397 0.249 0.449 0.032 0.991 6.049 0.021 0.053 0.013 0.113 0.065 0.047 0.023 0.040 0.052 0.174 0.162 0.026 0.402 0.050 0.020 0.070 0.214 0.231 0.204 0.122 0.278 0.806 0.225 0.212 0.063 0.037 0.103 0.140 0.143 0.296 0.133 0.135 0.161 0.032 0.114 0.225 0.074 0.098 0.094 0.167 0.143 0.303 3789 chr14 96630584 96636546 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 -37570 NM_000623 624 Hs.654542 NM_000623 ENSG00000168398 BDKRB2 B2R|BK-2|BK2|BKR2|BRB2 bradykinin receptor B2 protein-coding 1.325 0.630 nan 0.072 0.132 0.055 0.071 0.027 0.118 0.032 0.146 0.093 0.062 0.083 0.076 0.343 0.630 0.162 0.018 0.031 0.134 0.123 0.241 0.957 0.423 0.104 0.106 0.255 1.837 0.688 0.649 0.049 0.084 0.020 0.055 0.082 0.100 0.040 0.062 0.283 0.171 0.254 0.052 0.340 0.161 1.051 0.048 0.200 1.304 0.343 0.032 0.016 0.241 0.246 7.973 0.050 0.059 0.164 0.144 0.106 0.320 0.010 0.023 0.325 0.155 0.314 0.748 0.512 0.568 0.503 0.270 0.532 0.454 0.172 0.556 0.529 0.458 1.015 0.507 0.202 0.116 0.201 0.272 0.195 0.440 nan 0.397 2713 chr12 57470968 57489256 + 0 NA Intergenic Intergenic -2565 NM_005967 4665 Hs.159223 NM_005967 ENSG00000166886 NAB2 MADER NGFI-A binding protein 2 protein-coding nan 1.799 1.283 2.802 0.966 0.862 1.225 1.008 1.618 1.028 2.728 0.691 3.816 0.433 1.178 2.040 2.098 0.351 1.778 0.654 2.341 3.865 0.532 0.399 1.030 1.410 1.809 2.859 2.834 1.595 2.114 4.097 2.332 3.255 1.064 2.472 0.238 4.158 0.151 1.096 0.773 3.130 1.852 0.842 1.914 1.340 1.259 3.199 3.264 3.558 1.471 2.168 2.040 2.511 2.437 1.030 0.821 1.500 0.741 6.049 0.872 1.599 1.049 1.029 1.215 1.581 0.925 nan 2.347 2.882 4.115 2.789 nan 1.813 0.881 1.828 2.019 1.155 nan 1.706 nan 2.578 2.866 0.878 1.585 1.019 1.380 2.386 3.076 1.092 0.700 4182 chr16 2166345 2186937 + 0 NA intron (NM_000296, intron 1 of 45) intron (NM_000296, intron 1 of 45) -6479 NR_039741 100616258 NR_039741 ENSG00000265867 MIR4516 mir-4516 microRNA 4516 ncRNA 2.253 nan 4.865 0.736 1.951 0.657 1.247 0.619 1.244 0.544 3.589 0.427 0.054 1.295 1.988 2.206 1.108 0.410 0.863 0.196 0.252 1.154 1.499 0.712 0.848 0.718 0.747 1.108 0.672 0.101 1.440 3.940 0.446 2.948 0.276 0.863 0.291 1.798 0.132 0.264 0.482 0.947 0.580 0.430 0.300 0.449 0.569 0.559 1.842 2.155 0.496 0.829 2.206 0.953 0.606 0.848 0.233 0.575 0.540 1.298 2.029 0.644 0.536 0.396 0.494 0.290 0.196 1.695 2.678 0.529 0.811 1.390 1.318 nan 0.911 1.569 1.615 1.176 nan 1.988 2.943 1.473 1.702 0.653 1.153 0.922 0.862 1.203 1.983 1.080 0.548 6279 chr2 101854792 101870872 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -6513 NM_017546 55571 Hs.744080 NM_017546 ENSG00000158435 CNOT11 C2orf29|C40 CCR4-NOT transcription complex subunit 11 protein-coding 1.231 nan 1.385 1.710 0.922 0.713 0.993 0.427 0.805 0.395 0.941 0.713 0.284 1.473 0.397 0.693 0.521 0.090 0.905 0.286 0.925 0.267 0.382 0.279 0.937 1.043 0.772 0.517 1.660 0.740 0.960 2.215 1.606 2.155 0.391 0.628 0.098 0.566 0.100 1.030 0.385 0.980 0.788 0.449 1.462 1.550 1.362 0.816 1.458 1.063 0.988 2.814 0.693 1.318 0.843 0.937 0.853 0.868 0.234 1.243 0.555 0.372 1.379 0.536 0.454 0.244 0.168 1.090 1.295 1.196 1.676 2.298 2.127 2.354 0.743 3.367 3.540 0.851 1.095 1.765 2.657 1.244 1.161 1.027 1.369 0.620 0.603 1.296 2.463 0.942 0.570 10755 chr7 152619893 152635383 + 0 NA Intergenic L1MA4A|LINE|L1 170804 NR_146951 57180 Hs.647117 NM_020445 ENSG00000133627 ACTR3B ARP11|ARP3BETA ARP3 actin related protein 3 homolog B protein-coding 0.555 0.768 nan 0.074 0.697 0.205 0.044 2.297 4.555 0.067 0.083 0.008 0.019 0.319 1.106 0.074 0.146 0.054 0.036 0.036 0.242 0.248 1.501 0.019 0.024 0.098 0.007 0.073 0.116 0.109 1.994 0.009 0.042 0.461 0.099 0.123 0.008 0.097 0.157 0.008 0.010 0.014 0.054 0.099 0.140 0.042 0.068 0.056 0.039 1.106 0.067 0.030 1.501 0.016 0.048 0.012 0.063 0.026 0.051 1.022 0.047 0.010 0.007 0.017 1.066 1.379 0.476 0.458 1.382 1.341 0.320 0.101 0.084 0.064 0.118 0.200 0.072 0.104 0.438 0.474 1.484 1.677 1.632 2.313 0.161 0.179 0.794 0.661 5461 chr19 569128 577818 + 0 NA intron (NM_001322243, intron 1 of 7) intron (NM_001322243, intron 1 of 7) 1019 NM_001322243 682 Hs.501293 NM_001728 ENSG00000172270 BSG 5F7|CD147|EMMPRIN|EMPRIN|OK|TCSF basigin (Ok blood group) protein-coding 3.469 2.621 3.045 2.577 2.784 3.769 2.642 1.864 3.800 0.991 3.093 1.784 2.049 1.069 3.676 3.419 1.175 0.391 3.884 1.295 4.766 3.808 1.591 1.008 3.920 2.821 3.244 2.391 3.154 0.815 2.150 5.061 3.085 8.921 1.240 2.263 0.810 4.959 0.177 0.967 1.322 8.362 5.111 2.704 4.254 1.086 3.549 1.571 3.577 6.789 1.623 2.425 3.419 4.986 4.705 3.920 1.564 0.573 1.142 7.898 1.938 3.988 1.301 1.344 1.751 2.313 1.322 2.027 2.196 3.997 6.005 4.624 4.221 2.872 0.760 4.285 4.524 3.531 4.932 4.071 nan 4.650 4.746 1.170 2.381 4.749 4.638 2.635 3.060 2.510 1.497 10289 chr7 32107989 32117213 + 0 NA intron (NM_001191058, intron 3 of 18) intron (NM_001191058, intron 3 of 18) -1553 NM_005020 5137 Hs.143821 NM_005020 ENSG00000154678 PDE1C Hcam3|cam-PDE 1C|hCam-3 phosphodiesterase 1C protein-coding 1.951 0.941 1.772 6.239 0.038 0.024 0.015 0.087 0.260 0.021 0.059 0.057 0.026 0.022 0.039 0.222 1.040 0.210 0.093 0.055 0.118 0.062 0.634 2.705 2.282 0.008 0.103 0.424 1.154 0.235 0.923 0.128 1.712 0.031 0.023 0.150 0.102 3.812 0.169 0.026 0.067 0.023 0.042 0.052 0.162 0.859 0.031 0.265 0.225 0.222 0.117 0.010 0.634 0.357 0.054 0.202 0.059 0.600 0.077 0.022 0.188 0.038 0.031 0.530 0.506 0.307 0.499 0.363 nan 0.100 0.053 4.994 5.565 1.745 nan nan nan 0.531 0.538 0.137 0.209 0.055 0.074 0.181 nan 0.454 0.392 9822 chr6 105836615 105854894 + 0 NA exon (NM_002726, exon 2 of 15) exon (NM_002726, exon 2 of 15) 5245 NM_002726 5550 Hs.436564 NM_002726 ENSG00000085377 PREP PE|PEP prolyl endopeptidase protein-coding 1.528 nan nan 0.704 0.576 0.206 0.335 0.483 0.725 0.151 0.469 0.547 0.037 0.148 0.439 0.867 0.355 0.071 0.598 0.114 0.481 0.250 0.172 0.250 0.432 0.264 0.320 0.152 0.293 0.098 0.812 1.006 0.633 1.198 0.129 0.334 0.167 0.824 0.127 0.110 0.412 0.943 0.521 0.286 0.317 0.217 0.967 0.266 0.493 1.195 0.129 0.373 0.867 0.289 0.413 0.432 0.181 0.312 0.121 0.747 0.255 0.258 0.184 0.149 0.382 0.265 0.163 14.666 16.232 0.735 1.730 1.195 nan 0.930 0.322 0.852 0.921 0.801 1.113 0.862 1.083 nan 1.317 0.486 1.269 0.919 0.804 0.594 0.817 0.736 0.602 1619 chr10 102818979 102833769 + 0 NA intron (NR_135068, intron 1 of 1) CpG 318 NR_135068 81621 Hs.534859 NM_030929 ENSG00000107821 KAZALD1 BONO1|FKSG28|FKSG40|IGFBP-rP10 Kazal type serine peptidase inhibitor domain 1 protein-coding nan nan 2.711 1.360 1.336 1.906 2.980 1.571 3.440 0.807 3.988 2.334 1.329 2.733 2.339 0.867 1.722 0.251 2.055 0.806 4.066 2.532 0.899 0.312 2.982 1.676 2.376 3.141 5.682 1.525 4.753 9.160 1.560 3.512 0.881 5.185 0.346 2.194 0.104 1.327 0.873 4.099 3.060 1.359 2.313 1.246 1.457 1.448 5.048 4.049 2.031 4.217 0.867 2.788 4.707 2.982 2.201 3.053 0.471 3.998 2.228 2.877 1.168 0.611 2.090 2.021 1.141 2.277 2.590 3.409 4.496 2.831 2.229 4.342 1.910 3.484 3.666 1.185 nan 5.950 7.231 1.253 1.123 0.909 1.764 1.285 1.478 1.689 nan 1.505 0.743 6034 chr2 39914111 39934882 + 0 NA intron (NM_152390, intron 1 of 3) intron (NM_152390, intron 1 of 3) 31461 NM_152390 130733 Hs.40808 NM_152390 ENSG00000152154 TMEM178A TMEM178 transmembrane protein 178A protein-coding 1.417 nan nan 0.104 0.847 0.080 0.108 0.848 1.700 0.023 0.098 0.094 0.021 0.033 0.120 0.272 0.184 0.116 0.190 0.064 0.024 0.020 0.738 0.316 1.636 0.030 0.010 0.101 0.076 0.031 0.104 nan 0.104 0.480 0.127 0.060 0.531 0.047 0.121 0.040 0.344 0.097 0.029 0.023 0.031 0.026 0.144 0.101 0.102 0.058 0.129 0.259 0.272 0.243 0.036 1.636 0.065 0.296 0.308 0.045 0.029 0.073 0.048 0.320 0.066 0.019 0.022 0.306 0.194 0.243 0.328 0.871 0.810 6.941 3.871 0.512 nan 2.125 2.731 0.585 0.658 nan 1.111 0.147 0.238 2.219 2.300 0.323 0.569 1.200 0.915 5881 chr2 7832911 7848647 + 0 NA Intergenic L1PA15|LINE|L1 199007 NR_110256 101929551 Hs.116006 NR_110256 ENSG00000226506 LOC101929551 - uncharacterized LOC101929551 ncRNA 0.690 0.635 0.776 0.205 0.174 0.051 0.081 0.571 0.905 0.042 0.041 0.012 0.016 0.051 0.216 0.235 0.072 0.092 0.067 0.036 0.016 0.018 0.859 0.458 4.554 0.013 0.005 0.018 0.326 0.096 0.041 0.084 0.072 0.642 0.009 1.927 0.079 0.062 0.122 0.083 0.105 0.130 0.087 0.128 0.420 0.049 0.049 0.114 0.041 0.013 0.045 0.059 0.235 0.046 0.053 4.554 0.062 0.102 0.116 0.116 0.139 0.025 0.618 0.023 0.125 0.029 0.016 0.997 1.373 0.695 0.667 1.449 1.723 3.970 1.323 0.125 0.182 0.469 0.678 0.419 0.283 0.715 0.316 0.450 0.817 0.263 0.341 0.122 0.188 1.913 0.923 4265 chr16 18235128 18250838 + 0 NA Intergenic Intergenic 183536 NM_001282507 101059938 Hs.634612 NM_001282507 ENSG00000214967 NPIPA7 - nuclear pore complex interacting protein family member A7 protein-coding 0.999 1.577 nan 0.087 2.482 0.480 0.009 0.164 0.390 0.006 0.084 0.018 0.008 0.057 0.735 1.070 0.058 0.102 0.020 0.012 0.044 0.290 0.222 0.030 0.013 0.018 0.033 0.052 0.007 0.165 0.916 0.050 9.381 0.096 0.584 0.041 0.075 0.008 1.370 0.088 0.019 0.015 0.056 0.064 0.080 0.081 0.082 0.037 0.010 0.043 1.070 0.046 0.036 0.030 0.040 0.026 0.308 0.033 0.579 0.035 0.044 0.190 0.029 0.026 0.016 0.355 0.366 0.161 0.166 1.653 1.888 0.290 0.130 0.137 0.136 0.330 0.516 5.464 7.628 nan 0.654 0.121 0.152 1.295 1.430 0.206 0.274 1.907 0.924 5219 chr18 25653192 25672614 + 0 NA intron (NM_001792, intron 2 of 15) intron (NM_001792, intron 2 of 15) -46354 NM_001308176 1000 Hs.464829 NM_001792 ENSG00000170558 CDH2 CD325|CDHN|CDw325|NCAD cadherin 2 protein-coding 0.776 0.838 0.835 0.139 0.226 0.054 0.102 0.189 0.367 0.005 0.408 3.909 0.082 0.055 0.621 0.315 0.051 0.069 0.039 0.084 0.036 0.106 0.129 0.136 0.014 0.008 0.068 0.045 0.032 0.053 0.018 0.014 0.498 0.023 0.222 0.044 0.094 0.076 0.018 0.144 0.076 0.034 0.024 0.091 0.008 0.055 0.114 0.411 0.070 0.012 0.017 0.621 0.022 0.014 0.136 0.101 0.021 0.065 0.021 0.477 0.082 0.305 0.126 0.078 0.003 0.008 3.246 3.745 1.739 nan 0.539 0.744 0.612 0.252 1.421 1.418 0.692 0.879 0.991 0.930 0.399 0.208 0.598 0.801 0.253 0.321 0.339 0.536 0.734 0.805 7598 chr3 50272645 50308984 + 0 NA intron (NM_001166425, intron 4 of 8) intron (NM_001166425, intron 4 of 8) 6488 NM_001166425 2771 Hs.77269 NM_002070 ENSG00000114353 GNAI2 GIP|GNAI2B|H_LUCA15.1|H_LUCA16.1 G protein subunit alpha i2 protein-coding 2.069 1.303 nan 1.821 0.641 1.452 1.131 0.455 0.763 0.326 2.559 0.626 0.380 0.331 0.543 1.629 0.740 0.195 1.427 0.817 0.993 0.275 0.434 0.290 0.695 0.673 0.480 0.505 1.857 1.326 0.880 2.212 0.578 2.201 0.668 0.617 0.205 1.037 0.078 0.517 0.474 1.667 1.487 0.804 0.929 0.580 1.271 0.713 1.651 1.833 0.258 0.677 1.629 2.264 0.885 0.695 0.849 0.528 0.453 1.256 0.655 1.439 0.552 0.242 0.720 0.992 0.761 1.833 2.466 1.969 3.217 1.898 1.997 1.707 0.791 1.513 1.600 0.571 0.902 1.152 1.850 nan 0.907 1.430 1.790 0.757 0.677 0.791 1.186 0.970 0.465 7569 chr3 39181687 39196348 + 0 NA promoter-TSS (NM_001320559) promoter-TSS (NM_001320559) -96 NM_001320559 64651 Hs.370950 NM_033027 ENSG00000144655 CSRNP1 AXUD1|CSRNP-1|FAM130B|TAIP-3|URAX1 cysteine and serine rich nuclear protein 1 protein-coding 1.617 2.429 2.258 3.482 1.044 1.761 1.874 0.187 0.569 1.753 2.352 3.671 1.329 0.758 0.253 0.700 1.530 0.286 2.293 0.898 2.104 0.460 0.996 0.550 0.278 0.654 0.521 0.720 3.357 1.894 3.937 6.866 2.601 2.521 1.611 1.069 0.481 0.721 0.092 0.861 0.528 2.629 3.013 1.241 1.079 1.428 2.237 2.917 2.047 1.990 1.057 1.284 0.700 4.479 0.954 0.278 0.623 1.405 0.285 2.162 1.007 1.516 0.150 1.403 2.693 1.340 0.768 0.819 1.701 1.066 2.382 0.941 0.917 0.940 0.322 0.860 0.832 0.810 nan 2.913 2.645 2.948 2.715 0.507 0.613 1.346 1.513 1.548 4.107 1.929 0.988 4007 chr15 65697429 65715327 + 0 NA intron (NM_020962, intron 1 of 19) intron (NM_020962, intron 1 of 19) 9032 NM_020962 57722 Hs.458607 NM_020962 ENSG00000103742 IGDCC4 DDM36|NOPE immunoglobulin superfamily DCC subclass member 4 protein-coding 1.417 0.948 nan 0.175 0.115 0.062 1.938 0.249 0.372 0.059 1.812 1.301 0.066 0.057 0.154 0.718 0.179 0.099 0.436 0.540 0.050 0.194 0.229 0.166 0.308 0.638 0.580 0.297 0.111 2.743 0.211 0.492 0.083 0.606 0.123 0.084 0.053 0.408 0.071 0.263 0.406 0.114 0.336 0.182 0.860 1.357 0.086 0.905 0.813 0.539 0.474 0.115 0.718 0.514 0.083 0.308 0.137 0.079 0.250 0.249 0.295 0.291 0.282 1.055 0.428 0.039 0.011 0.630 0.950 0.486 0.897 0.689 0.698 nan 0.318 0.417 0.465 0.760 1.111 0.473 0.527 3.399 2.982 0.605 0.857 0.175 0.214 2.540 5.862 0.495 0.400 6567 chr2 198015623 198027264 + 0 NA intron (NM_153697, intron 2 of 9) L1ME1|LINE|L1 -41272 NR_135584 101927596 NR_135584 ENSG00000231621 LOC101927596 - uncharacterized LOC101927596 ncRNA 0.682 nan 0.774 0.398 0.180 0.028 0.917 0.164 0.275 0.008 0.522 2.240 0.060 0.076 0.164 0.219 0.069 0.365 0.261 0.276 0.024 0.081 0.107 0.195 0.375 0.235 0.050 0.141 0.307 0.219 0.523 0.133 0.390 0.401 3.427 0.017 0.038 0.092 0.619 0.054 0.379 0.227 0.174 0.309 0.177 0.147 0.326 0.418 0.097 2.110 0.597 0.164 0.123 4.462 0.195 0.084 0.084 0.041 0.080 0.044 0.095 0.054 0.096 0.602 0.045 0.026 0.281 0.207 0.259 0.301 0.214 0.266 0.319 0.124 0.361 0.342 0.438 0.757 0.416 0.348 0.359 0.176 0.156 0.194 0.064 0.092 0.161 0.241 0.307 0.256 9845 chr6 110839783 110891389 + 0 NA Intergenic Intergenic -67742 NM_033125 85413 Hs.520319 NM_033125 ENSG00000004809 SLC22A16 CT2|FLIPT2|HEL-S-18|OAT6|OCT6|OKB1|dJ261K5.1 solute carrier family 22 member 16 protein-coding nan 0.860 nan 0.204 0.151 0.166 0.502 0.771 1.496 0.049 0.094 0.516 0.028 0.019 0.165 1.510 0.640 0.113 0.616 0.316 0.062 0.011 0.097 0.103 1.657 0.204 0.089 0.104 0.260 0.237 0.252 0.906 0.353 0.610 0.399 0.058 0.096 0.059 0.118 0.379 0.268 0.279 0.428 0.257 0.365 0.270 0.247 0.286 0.128 0.297 0.100 0.213 1.510 0.647 0.217 1.657 0.110 0.078 0.197 0.112 0.059 0.553 0.117 0.060 0.202 0.806 0.921 0.529 0.448 0.465 0.879 0.865 nan nan 0.285 0.484 0.531 0.233 nan 0.203 0.254 0.455 0.235 0.213 0.324 0.422 0.442 0.190 nan 0.418 0.303 10903 chr8 37671209 37684334 + 0 NA intron (NM_032777, intron 2 of 18) MLT2C1|LTR|ERVL 23370 NM_032777 25960 Hs.274136 NM_032777 ENSG00000020181 ADGRA2 GPR124|TEM5 adhesion G protein-coupled receptor A2 protein-coding 1.158 0.574 nan 0.151 0.769 0.034 0.168 0.127 0.346 0.014 0.240 0.123 0.019 0.022 0.205 0.233 2.103 0.531 0.069 0.045 0.029 0.246 0.036 0.113 0.237 0.132 0.081 0.059 0.072 0.032 0.091 0.183 0.136 0.352 0.045 0.087 0.051 0.090 0.088 0.009 0.072 0.254 0.153 0.124 0.058 0.064 0.037 0.206 0.344 0.086 0.024 0.067 0.233 0.083 0.061 0.237 0.021 0.062 0.134 0.194 0.200 0.054 2.118 0.512 0.041 0.041 0.012 4.185 4.866 4.138 3.611 0.574 0.659 1.130 0.330 2.367 2.668 0.192 0.445 0.427 0.560 0.540 0.516 1.664 2.625 0.272 0.268 0.961 1.865 0.587 0.697 11241 chr8 120655896 120663529 + 0 NA intron (NM_001330600, intron 1 of 25) intron (NM_001330600, intron 1 of 25) -8606 NM_006209 5168 Hs.190977 NM_006209 ENSG00000136960 ENPP2 ATX|ATX-X|AUTOTAXIN|LysoPLD|NPP2|PD-IALPHA|PDNP2 ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 2 protein-coding nan nan nan 0.034 0.133 0.015 0.131 0.149 0.188 0.013 0.113 0.023 0.066 0.057 0.114 0.227 0.108 0.056 0.025 0.031 0.018 0.062 0.044 0.047 0.036 0.019 0.010 0.107 0.028 0.116 0.533 0.066 nan 0.019 0.092 0.086 0.085 0.073 0.015 0.072 0.097 0.031 0.041 0.086 0.012 0.088 0.118 0.096 0.121 0.031 0.133 0.114 0.094 0.119 0.047 0.016 0.076 0.025 0.030 0.173 0.096 0.237 0.306 0.020 0.038 0.013 0.619 0.612 6.293 1.042 0.415 0.467 0.210 0.143 nan nan 0.167 0.317 0.300 0.227 0.572 0.530 0.451 0.571 0.369 0.489 0.214 0.401 1.007 0.822 10022 chr6 152527506 152531494 + 0 NA intron (NM_182961, intron 124 of 145) intron (NM_182961, intron 124 of 145) -22987 NM_001347701 23345 Hs.12967 NM_015293 ENSG00000131018 SYNE1 8B|ARCA1|C6orf98|CPG2|EDMD4|KASH1|MYNE1|Nesp1|SCAR8|dJ45H2.2 spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1 protein-coding nan 0.931 0.748 0.108 2.348 0.042 0.143 0.324 0.478 0.024 0.081 0.071 0.894 0.200 1.155 0.130 0.124 0.201 0.016 0.035 1.545 0.429 0.270 0.052 0.036 0.091 0.101 0.026 0.177 nan 0.052 1.682 0.036 0.054 0.028 0.097 0.059 0.046 0.045 0.039 0.082 0.041 0.097 0.099 0.041 0.018 0.033 1.155 0.072 0.023 0.270 0.122 0.247 0.049 0.134 0.511 0.040 0.060 0.053 0.033 0.556 0.232 0.294 0.415 0.521 nan 14.162 15.188 0.498 0.449 0.151 0.269 1.201 1.899 0.470 0.357 0.161 0.193 0.916 0.354 0.193 nan 0.450 0.315 8615 chr4 166120063 166145567 + 0 NA intron (NM_001161521, intron 1 of 14) intron (NM_001161521, intron 1 of 14) 1644 NM_001161522 11275 Hs.388668 NM_007246 ENSG00000109466 KLHL2 ABP-KELCH|MAV|MAYVEN kelch like family member 2 protein-coding nan nan nan 0.594 0.678 0.988 1.229 0.352 0.650 0.621 0.486 0.471 0.085 0.209 0.358 0.245 1.026 0.132 1.494 0.655 0.188 0.049 0.264 0.205 1.028 0.681 0.478 0.110 0.765 0.467 0.937 2.597 1.239 2.139 1.475 0.166 0.242 0.194 0.095 0.181 0.276 0.227 0.196 0.113 1.185 0.346 0.994 0.212 0.485 0.432 0.197 1.745 0.245 0.932 0.316 1.028 1.037 0.975 0.126 0.194 0.742 0.631 0.485 0.234 0.219 0.059 0.034 0.761 1.002 1.697 2.720 1.098 0.852 1.413 0.573 0.497 0.425 0.978 1.436 0.609 0.978 0.803 0.639 0.525 1.371 0.876 1.038 0.676 1.156 0.827 0.527 2740 chr12 63259062 63270027 + 0 NA intron (NM_020700, intron 1 of 9) L1MB7|LINE|L1 64121 NM_020700 57460 Hs.435479 NM_020700 ENSG00000111110 PPM1H ARHCL1|NERPP-2C|URCC2 protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1H protein-coding 0.824 0.580 0.833 1.146 0.072 0.026 0.265 0.160 0.147 0.945 0.306 1.465 3.199 0.018 0.129 0.376 0.484 0.161 0.139 0.052 1.010 0.114 0.151 0.109 1.168 0.637 1.005 0.329 0.503 0.080 0.171 0.058 0.317 0.067 0.272 0.009 0.010 0.081 0.097 0.071 0.285 0.439 0.255 0.481 0.070 0.765 0.247 0.282 0.064 0.081 0.121 0.376 0.191 0.078 0.109 0.190 0.769 0.061 0.114 0.051 0.380 0.126 0.109 0.163 2.419 2.894 0.364 0.264 1.039 2.599 0.298 nan 0.596 0.151 0.282 0.221 0.286 0.475 0.551 0.560 0.362 0.176 0.302 0.435 0.149 0.189 0.141 0.192 0.832 0.892 5703 chr19 43036433 43042115 + 0 NA intron (NR_073180, intron 2 of 2) L1MA2|LINE|L1 -6613 NM_001024912 634 Hs.512682 NM_001712 ENSG00000079385 CEACAM1 BGP|BGP1|BGPI carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 1 protein-coding 0.856 0.937 0.851 0.058 0.079 0.030 0.041 0.154 0.295 0.111 0.131 0.054 0.047 0.068 0.108 0.053 0.144 0.171 0.066 0.014 0.177 0.063 0.075 0.015 0.024 0.120 0.046 0.089 nan 0.255 0.231 0.052 0.048 0.027 0.038 0.114 0.021 0.124 0.022 0.014 0.065 0.079 0.117 0.282 0.126 0.028 0.117 0.068 0.188 0.063 0.065 0.059 0.017 0.092 0.036 0.056 4.488 0.022 0.038 0.039 0.027 8.455 4.429 9.383 1.382 0.333 0.352 0.443 0.274 0.283 0.311 0.290 0.387 0.181 0.253 0.278 0.165 3.819 6.635 0.082 0.115 0.227 0.217 0.940 0.604 208 chr1 29060737 29065522 + 0 NA promoter-TSS (NM_001173128) promoter-TSS (NM_001173128) -4 NM_001173128 51441 Hs.532286 NM_016258 ENSG00000198492 YTHDF2 CAHL|HGRG8|NY-REN-2 YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 2 protein-coding 6.995 3.233 nan 4.011 9.404 3.478 2.037 2.649 5.061 1.455 3.584 2.889 6.069 2.760 3.326 5.218 2.025 0.371 3.625 0.951 5.527 2.924 3.153 1.530 3.067 1.818 2.130 2.435 3.981 1.605 4.950 7.350 4.275 8.272 1.972 3.693 0.560 5.066 0.150 1.283 1.923 5.035 3.237 1.400 2.423 1.461 2.999 2.356 2.892 4.160 1.878 2.004 5.218 3.556 3.768 3.067 1.432 1.609 1.625 4.839 2.101 1.564 2.119 3.078 1.258 1.167 0.807 6.338 5.853 6.838 8.283 11.996 12.131 5.766 2.357 14.522 14.696 4.309 6.251 6.530 12.268 7.925 7.940 4.241 7.416 3.683 3.800 7.962 7.904 3.647 2.453 6318 chr2 113518502 113526021 + 0 NA promoter-TSS (NM_001304361) promoter-TSS (NM_001304361) -7 NM_152515 150468 Hs.434250 NM_152515 ENSG00000169607 CKAP2L - cytoskeleton associated protein 2 like protein-coding 1.909 nan 2.099 1.871 1.823 1.790 2.309 1.258 1.970 0.419 1.512 1.412 0.149 0.281 1.186 1.717 0.896 0.215 1.357 0.781 2.171 0.295 0.686 0.562 2.405 2.143 1.734 0.855 1.773 0.909 0.426 1.549 1.021 nan 1.429 1.741 0.228 0.924 0.135 1.302 0.888 3.994 4.789 2.150 1.376 0.632 0.940 3.877 1.592 2.777 0.786 1.584 1.717 1.190 2.107 2.405 0.552 0.495 0.347 2.266 0.906 0.949 0.447 0.967 1.774 0.881 0.622 1.038 1.149 1.920 2.233 5.388 nan 1.867 1.185 2.624 2.847 1.276 1.743 2.198 3.298 1.506 1.139 0.698 1.308 0.788 1.098 1.215 2.532 0.867 0.469 2773 chr12 68785664 68800530 + 0 NA Intergenic MLT1F2|LTR|ERVL-MaLR 52167 NR_120458 100507195 Hs.450772 NR_120458 ENSG00000251301 LINC02384 - long intergenic non-protein coding RNA 2384 ncRNA 0.802 1.144 0.617 0.077 0.191 0.162 0.062 0.508 0.877 0.054 0.230 0.542 0.020 0.101 0.275 1.225 0.330 0.115 0.117 0.034 0.134 0.202 0.226 0.158 0.029 0.044 0.062 0.070 0.112 0.090 1.263 0.030 0.109 0.090 0.036 0.133 0.071 2.134 0.142 0.051 0.031 0.040 0.015 0.116 0.189 1.133 0.115 0.053 0.095 1.225 0.054 0.050 0.226 0.067 0.089 0.164 0.127 0.140 0.069 0.020 0.091 0.043 0.019 0.024 0.564 0.491 0.812 0.826 1.058 nan 1.621 0.422 0.449 0.435 1.624 2.234 0.852 0.861 0.389 0.206 0.267 0.313 0.420 0.466 0.234 0.324 2.591 1.212 292 chr1 39972267 40006411 + 0 NA non-coding (NR_144355, exon 11 of 12) non-coding (NR_144355, exon 11 of 12) 8801 NR_132962 192217 Hs.472491 NR_132962 ENSG00000237624 OXCT2P1 OXCT2P 3-oxoacid CoA-transferase 2 pseudogene 1 pseudo 9.756 nan 0.801 0.122 1.034 0.101 0.192 0.152 0.242 0.050 0.146 0.142 0.024 0.343 0.133 0.251 0.161 0.118 0.100 0.034 0.061 0.045 0.365 0.249 0.743 0.077 0.061 0.142 0.116 0.012 0.148 0.926 0.393 0.901 0.056 0.123 0.039 0.115 0.084 0.017 0.095 0.217 0.048 0.066 0.019 0.093 0.130 0.172 0.145 0.139 0.070 0.095 0.251 0.147 0.165 0.743 0.025 0.085 0.074 0.289 0.173 0.112 0.153 0.105 0.222 0.032 0.018 0.293 0.279 0.270 0.414 0.888 0.925 nan 0.181 0.444 0.478 0.388 0.786 5.110 6.609 nan 0.274 0.634 0.692 0.142 0.130 0.285 0.538 3.901 nan 9540 chr6 29715779 29728998 + 0 NA Intergenic AluSq|SINE|Alu -3463 NR_001590 340198 Hs.450189 NR_001590 ENSG00000235821 IFITM4P dJ377H14.5 interferon induced transmembrane protein 4 pseudogene pseudo 0.700 1.169 nan 0.339 0.293 0.063 0.380 0.231 0.351 0.204 0.355 0.349 0.207 0.252 0.047 0.204 1.024 0.134 0.932 0.363 0.682 0.639 0.355 0.354 0.154 1.038 0.992 0.208 0.643 0.578 0.390 0.793 0.198 nan 1.114 0.411 0.036 0.617 0.121 0.259 0.042 0.968 0.663 0.270 0.641 0.385 0.320 0.406 0.653 1.357 0.895 0.676 0.204 0.711 1.166 0.154 0.168 0.088 0.060 1.258 0.215 0.598 0.015 0.422 0.541 0.170 0.100 0.256 0.175 0.599 nan 0.265 0.301 nan 1.960 0.132 0.201 1.249 1.690 0.214 0.214 0.230 0.100 0.114 0.185 0.139 0.219 0.395 1.054 0.711 0.511 10082 chr6 168456887 168468573 + 0 NA intron (NM_024919, intron 7 of 10) intron (NM_024919, intron 7 of 10) 13816 NM_001122841 79981 Hs.266746 NM_024919 ENSG00000153303 FRMD1 bA164L23.1 FERM domain containing 1 protein-coding 0.770 nan 1.655 0.012 3.181 4.076 0.195 0.728 1.632 0.016 0.100 0.047 0.539 2.512 1.221 0.020 0.027 0.101 0.026 0.024 0.295 0.303 5.844 0.689 0.184 0.019 0.053 0.018 0.159 1.497 0.096 2.923 0.051 0.019 0.074 0.093 0.067 0.010 0.367 0.142 0.051 0.047 0.039 0.092 0.016 0.069 0.331 0.239 0.088 0.084 1.221 0.110 0.177 5.844 0.063 0.056 0.109 0.205 0.087 0.115 0.076 0.022 0.032 0.113 0.053 0.440 0.402 0.267 0.398 9.931 10.721 1.562 0.265 0.142 0.128 0.029 0.147 4.477 4.682 nan 0.330 0.508 0.584 0.263 0.151 0.101 0.102 1.098 0.718 6455 chr2 164556728 164600216 + 0 NA intron (NM_001321825, intron 1 of 1) intron (NM_001321825, intron 1 of 1) 14045 NM_018086 55137 Hs.593650 NM_018086 ENSG00000182263 FIGN - fidgetin, microtubule severing factor protein-coding 1.956 0.974 nan 0.879 0.801 0.175 0.527 0.695 1.298 0.311 0.351 0.408 0.214 0.164 0.290 0.494 0.404 0.096 0.463 0.149 0.672 0.255 1.526 1.151 0.096 0.247 0.175 0.303 0.474 0.146 0.300 0.626 0.411 1.542 0.245 0.526 1.188 1.321 0.116 0.152 0.011 0.640 0.040 0.034 0.251 0.229 0.246 0.407 0.424 0.476 0.244 0.424 0.494 0.320 0.404 0.096 0.170 0.276 0.013 0.815 0.392 0.431 0.045 0.801 0.270 0.012 0.016 0.563 0.377 1.157 1.372 0.978 0.794 0.115 0.072 0.481 0.464 1.718 2.130 0.652 0.899 2.537 2.593 0.222 0.405 4.616 5.172 2.290 3.453 1.088 0.595 4039 chr15 69976089 69996345 + 0 NA intron (NR_126437, intron 5 of 5) LTR50|LTR|ERVL 101678 NR_126437 104472713 Hs.430824 NR_126437 ENSG00000245750 PCAT29 - prostate cancer associated transcript 29 (non-protein coding) ncRNA 0.658 1.137 nan 0.051 0.712 1.848 0.062 0.915 1.803 0.014 0.074 0.080 1.219 0.049 0.642 0.208 0.151 0.079 0.105 0.034 0.007 0.257 0.179 3.235 0.010 0.021 0.024 0.088 0.638 0.147 2.774 0.067 0.096 0.066 0.029 0.067 0.006 0.845 0.085 0.015 0.004 0.016 0.045 0.110 0.187 0.101 0.060 0.027 0.091 0.208 0.103 0.018 3.235 0.104 0.089 0.219 0.055 0.025 0.036 0.469 0.073 0.019 0.017 0.015 1.070 1.082 0.194 0.303 2.058 2.049 nan 0.107 0.508 0.517 0.103 0.204 2.574 2.340 0.561 0.225 0.454 0.900 0.194 0.199 0.285 0.406 0.786 0.388 2445 chr12 6831849 6834685 + 0 NA promoter-TSS (NM_001164093) promoter-TSS (NM_001164093) 117 NM_016319 50813 Hs.530823 NM_016319 ENSG00000111652 COPS7A CSN7|CSN7A|SGN7a COP9 signalosome subunit 7A protein-coding 4.208 nan 4.404 3.369 8.317 2.649 1.603 2.535 3.966 0.739 2.450 2.442 1.049 1.338 2.862 3.656 0.711 0.065 2.175 0.731 3.346 1.853 2.620 1.393 4.095 1.884 1.988 0.807 4.533 1.712 2.974 5.077 1.725 10.234 0.930 3.266 0.376 3.265 0.190 0.707 2.233 2.631 2.872 1.324 1.690 0.812 4.056 3.016 3.745 3.329 1.711 2.340 3.656 1.981 2.366 4.095 1.318 1.611 8.260 6.772 1.994 0.988 1.769 3.165 0.935 1.969 1.307 3.807 3.440 4.590 6.377 nan 7.595 17.656 6.656 9.110 8.930 7.698 8.564 6.588 7.759 6.498 6.507 3.463 4.000 5.309 5.126 7.230 10.470 3.072 1.614 10683 chr7 134853108 134873613 + 0 NA Intergenic HERV3-int|LTR|ERV1 -7782 NM_001305629 78996 Hs.643113 NM_024033 ENSG00000122783 CYREN C7orf49|MRI|MRI-2 cell cycle regulator of NHEJ protein-coding nan nan nan 3.664 1.157 0.343 0.573 0.351 0.757 1.476 0.775 0.808 0.287 0.277 0.597 0.777 0.630 0.164 1.200 0.674 2.393 0.731 0.475 0.337 1.022 0.365 0.372 0.475 1.718 0.417 0.967 1.705 6.936 0.973 0.299 0.926 0.097 0.913 0.153 0.414 0.298 1.453 0.859 0.297 0.757 0.499 1.246 1.161 1.580 0.984 0.669 1.557 0.777 1.246 1.034 1.022 2.026 1.023 0.193 1.721 0.436 0.536 0.310 0.286 0.321 0.455 0.304 1.315 1.047 1.473 2.592 1.031 1.001 nan 0.637 1.524 1.749 0.773 nan 0.843 1.291 nan 1.204 1.007 1.539 0.646 0.689 0.975 1.264 1.129 nan 8901 chr5 51426488 51451444 + 0 NA Intergenic Intergenic 135101 NR_147166 105378960 Hs.639310 NR_147166 ENSG00000248789 LINC02118 - long intergenic non-protein coding RNA 2118 ncRNA nan nan 0.769 0.183 0.733 11.078 0.034 6.096 11.643 0.004 0.053 0.037 0.022 0.017 1.929 4.196 0.081 0.065 0.054 0.015 0.008 0.017 0.798 0.580 0.878 0.006 0.012 0.003 0.059 0.030 0.061 0.128 0.080 1.083 0.023 0.037 0.186 0.079 0.109 0.005 0.047 0.019 0.015 0.013 0.022 0.031 0.096 0.093 0.036 0.026 0.025 0.032 4.196 0.043 0.007 0.878 0.010 0.036 0.055 0.016 0.016 0.016 0.016 0.050 0.003 0.035 0.010 0.162 0.110 0.986 0.414 15.844 17.476 nan 0.365 0.090 0.059 0.822 0.979 0.415 0.377 nan 0.548 0.070 0.101 1.119 1.115 0.305 0.500 3.095 1.358 291 chr1 39954558 39966109 + 0 NA intron (NM_181809, intron 1 of 6) intron (NM_181809, intron 1 of 6) 3015 NM_181809 353500 Hs.472497 NM_181809 ENSG00000183682 BMP8A - bone morphogenetic protein 8a protein-coding 14.527 nan 1.479 0.206 2.271 0.304 0.189 0.389 0.556 0.032 0.081 0.104 0.016 0.181 0.343 0.310 0.136 0.028 0.102 0.024 0.060 0.060 0.420 0.334 0.889 0.061 0.025 0.210 0.199 0.036 0.311 0.838 0.154 1.452 0.039 0.065 0.017 0.265 0.103 0.020 0.222 0.189 0.058 0.074 0.057 0.027 0.091 0.164 0.352 0.658 0.041 0.086 0.310 0.215 0.121 0.889 0.169 0.126 0.101 0.533 0.202 0.069 0.112 0.075 0.086 0.065 0.040 0.363 0.339 0.453 0.678 1.707 1.477 nan 0.430 0.612 0.731 0.389 0.888 5.942 8.294 nan 0.648 0.628 0.940 0.328 0.240 0.408 0.473 3.635 nan 3703 chr14 76420889 76449245 + 0 NA intron (NM_003239, intron 3 of 6) intron (NM_003239, intron 3 of 6) 13298 NM_001329938 7043 Hs.592317 NM_003239 ENSG00000119699 TGFB3 ARVD|ARVD1|LDS5|RNHF|TGF-beta3 transforming growth factor beta 3 protein-coding 2.633 0.734 2.246 0.165 0.272 0.087 0.113 0.244 0.416 0.059 0.357 0.661 0.166 0.288 0.273 0.469 1.149 0.197 0.086 0.044 0.309 0.088 0.116 0.122 0.364 0.413 0.374 0.054 0.239 0.097 0.240 0.470 0.424 0.537 0.276 0.355 0.101 0.177 0.108 0.069 1.033 0.206 0.197 0.101 0.167 0.141 0.411 0.291 0.231 0.757 0.178 0.315 0.469 0.130 0.316 0.364 0.209 0.087 1.350 0.343 0.190 0.438 0.059 0.292 0.606 0.055 0.022 0.342 0.406 0.507 0.925 0.647 0.726 0.543 0.182 1.025 1.078 1.346 2.216 0.684 nan 4.497 3.696 0.346 0.442 0.425 0.406 0.492 1.099 1.311 nan 7232 chr21 43169743 43208043 + 0 NA Intergenic Intergenic -1644 NM_020639 54101 Hs.517310 NM_020639 ENSG00000183421 RIPK4 ANKK2|ANKRD3|DIK|NKRD3|PKK|PPS2|RIP4 receptor interacting serine/threonine kinase 4 protein-coding nan 0.720 1.617 1.016 0.366 3.084 1.876 0.250 0.516 1.473 0.667 1.676 0.529 0.797 0.672 0.388 0.567 0.160 1.396 0.669 2.914 0.047 0.303 0.148 0.634 1.479 1.261 0.035 1.115 0.518 0.962 2.013 1.262 1.556 1.127 0.230 0.139 0.048 0.065 1.442 0.402 3.637 0.334 0.169 0.973 0.786 4.641 1.450 0.839 1.388 1.461 1.129 0.388 2.129 3.913 0.634 0.598 1.483 0.306 0.732 0.462 1.727 1.187 0.333 2.427 0.070 0.037 0.826 0.931 1.153 3.663 0.916 0.725 nan 0.234 0.731 0.706 0.156 nan 3.123 3.531 0.875 0.705 1.146 1.884 0.971 0.993 0.715 1.535 1.176 0.842 8205 chr3 197280766 197283700 + 0 NA intron (NM_203314, intron 1 of 7) CpG 625 NM_203314 622 Hs.274539 NM_004051 ENSG00000161267 BDH1 BDH|SDR9C1 3-hydroxybutyrate dehydrogenase 1 protein-coding 7.778 5.479 3.392 2.925 7.679 2.093 2.258 5.094 8.810 0.750 1.645 1.594 0.401 2.746 7.015 5.524 2.004 0.452 3.529 1.100 0.257 4.208 2.135 7.101 3.859 3.964 1.311 4.631 0.780 6.261 7.247 2.045 nan 0.997 0.899 0.518 1.297 0.096 0.797 10.592 4.142 3.226 1.737 2.461 0.501 3.031 2.915 2.788 3.604 3.516 4.212 5.524 6.240 2.970 7.101 1.419 1.502 2.029 3.137 2.196 0.784 3.611 4.931 1.062 1.974 1.197 6.233 7.842 5.196 8.127 8.534 6.439 15.894 6.613 15.693 15.069 3.152 5.040 10.611 19.000 9.221 11.905 5.389 9.359 7.466 5.673 8.252 9.308 3.846 2.253 114 chr1 16821568 16846375 + 0 NA Intergenic Intergenic -14775 NR_023386 114819 Hs.597881 NR_023386 ENSG00000080947 CROCCP3 CROCCL2|dJ798A10.2 ciliary rootlet coiled-coil, rootletin pseudogene 3 pseudo 3.428 2.443 nan 1.061 3.545 3.181 0.917 1.281 2.390 0.520 1.833 0.894 1.320 1.446 2.049 2.484 0.769 0.240 1.243 0.412 1.127 1.955 1.339 0.895 1.507 0.769 1.137 1.049 0.971 0.454 1.595 3.467 1.276 4.682 0.673 0.883 0.383 2.190 0.223 0.557 1.019 1.476 1.344 0.761 0.580 0.797 1.421 1.700 1.936 2.072 0.909 0.934 2.484 1.536 1.325 1.507 1.300 1.214 1.380 1.992 1.068 0.730 1.472 2.589 0.693 0.504 0.387 2.981 3.633 1.966 2.776 5.178 5.175 3.473 2.204 4.069 nan 2.761 nan 5.411 6.955 nan 3.358 2.992 3.699 1.308 1.271 3.305 5.449 2.929 1.762 5714 chr19 43844097 43861552 + 0 NA promoter-TSS (NR_026881) promoter-TSS (NR_026881) -384 NR_026881 23574 Hs.721578 NR_026881 PRG1 - p53-responsive gene 1 ncRNA 0.558 1.116 0.859 0.165 0.181 0.032 0.198 0.101 0.190 0.072 0.104 0.112 0.025 0.063 0.078 0.110 0.111 0.147 0.720 0.355 0.043 0.040 0.174 0.127 0.712 0.166 0.087 0.096 0.058 0.006 0.303 nan 0.568 0.243 0.330 0.074 0.581 0.055 0.103 0.051 0.203 0.048 0.045 0.019 0.133 0.820 0.201 0.140 0.171 0.111 0.138 0.110 1.173 0.027 0.712 0.356 0.133 0.047 0.077 0.191 0.194 0.073 0.070 0.044 0.013 0.014 0.644 0.599 0.798 0.677 0.200 0.282 4.778 1.018 0.348 0.484 0.158 0.337 0.127 0.153 0.184 0.078 0.476 0.437 1.610 2.028 0.228 0.427 1.422 1.035 9045 chr5 87681036 87706579 + 0 NA intron (NR_105020, intron 1 of 2) intron (NR_105020, intron 1 of 2) 5795 NR_105020 100505894 Hs.559426 NR_039993 ENSG00000247828 TMEM161B-AS1 linc-POLR3G-8 TMEM161B antisense RNA 1 ncRNA 0.926 1.247 0.776 0.088 0.076 0.015 0.092 0.132 0.201 0.011 0.117 0.072 0.019 0.048 0.073 0.125 1.892 0.183 0.052 0.037 0.055 0.043 0.101 0.115 0.047 0.062 0.014 0.009 0.072 0.017 0.063 0.118 0.063 0.287 0.011 0.071 4.275 0.050 0.104 0.009 0.167 0.051 0.012 0.012 0.017 0.021 0.113 0.056 0.038 0.064 0.018 0.055 0.125 0.043 0.022 0.047 0.015 0.029 0.034 0.024 0.210 0.022 0.046 0.232 0.024 0.016 0.008 0.246 0.186 0.478 0.416 0.124 0.174 0.108 0.036 0.125 0.124 0.750 0.976 0.182 0.214 0.508 0.315 0.106 0.203 11.888 14.262 0.422 nan 0.275 0.319 5778 chr19 49370314 49381160 + 0 NA promoter-TSS (NM_014330) promoter-TSS (NM_014330) 88 NM_014330 23645 Hs.631593 NM_014330 ENSG00000087074 PPP1R15A GADD34 protein phosphatase 1 regulatory subunit 15A protein-coding 2.229 2.794 2.236 6.885 1.226 1.834 2.395 1.662 2.890 0.897 4.102 3.502 0.510 0.828 6.206 4.870 3.134 0.368 2.048 0.834 1.947 0.684 0.485 0.303 1.325 1.379 1.720 1.044 2.975 1.132 4.294 nan 3.241 3.739 1.135 1.292 0.242 3.016 0.216 1.198 0.791 4.234 3.442 1.318 2.388 2.115 2.539 5.096 3.791 2.650 3.847 1.331 4.870 4.344 1.964 1.325 0.628 3.372 0.781 2.398 1.844 2.190 0.384 1.120 1.535 3.048 2.420 0.974 1.648 3.066 4.916 2.838 2.409 4.074 2.172 4.736 5.282 1.757 2.411 2.493 4.194 1.938 2.111 1.147 1.586 2.801 3.000 2.145 5.691 2.585 1.733 11686 chr9 106849520 106862150 + 0 NA promoter-TSS (NM_001042550) promoter-TSS (NM_001042550) -706 NM_001265602 10592 Hs.119023 NM_006444 ENSG00000136824 SMC2 CAP-E|CAPE|SMC-2|SMC2L1 structural maintenance of chromosomes 2 protein-coding 2.439 2.062 1.978 1.091 8.012 1.089 2.164 2.565 5.293 0.599 1.060 1.110 0.844 0.752 1.712 1.453 0.980 0.140 1.540 0.750 0.759 0.560 3.159 1.756 5.465 0.884 0.945 0.813 2.566 0.599 1.466 2.044 1.150 8.445 0.878 2.666 1.330 1.132 0.110 0.708 0.915 1.664 1.748 0.576 0.735 0.817 1.312 1.759 1.044 1.493 0.871 1.036 1.453 1.430 1.296 5.465 0.359 0.635 0.310 1.043 1.633 1.144 0.729 0.948 1.024 1.035 0.663 1.770 1.928 3.914 6.034 5.106 5.240 5.538 3.997 3.946 4.190 1.848 2.290 10.824 20.253 5.075 4.729 1.191 1.983 5.882 4.766 2.204 2.271 nan 1.978 4879 chr17 55882864 55891891 + 0 NA Intergenic Intergenic 40056 NM_016070 51649 Hs.5836 NM_016070 ENSG00000181610 MRPS23 CGI-138|HSPC329|MRP-S23 mitochondrial ribosomal protein S23 protein-coding 1.989 3.071 1.322 0.081 0.399 0.315 0.023 4.256 9.105 0.086 0.133 0.035 0.043 0.020 2.496 0.654 0.054 0.082 0.021 0.007 0.031 1.770 0.692 2.797 0.046 0.032 0.040 0.102 0.012 0.119 0.386 0.102 1.775 0.025 0.077 1.491 0.072 0.105 0.040 0.712 0.100 0.007 0.009 0.048 0.059 0.032 0.099 0.180 0.408 0.044 0.060 2.496 0.116 0.041 2.797 0.028 0.027 0.043 0.071 0.236 0.035 0.085 1.728 0.017 0.102 0.085 0.471 0.450 0.308 0.699 1.642 1.952 6.490 4.771 nan 0.486 0.660 1.185 nan nan 3.049 2.753 0.177 0.331 6.354 5.600 2.259 6.784 2.764 1.472 4894 chr17 58467400 58471379 + 0 NA 5' UTR (NM_032582, exon 1 of 34) 5' UTR (NM_032582, exon 1 of 34) 197 NM_032582 84669 Hs.132868 NM_032582 ENSG00000170832 USP32 NY-REN-60|USP10 ubiquitin specific peptidase 32 protein-coding 7.503 5.097 5.311 3.733 10.012 2.203 5.369 3.598 6.366 2.548 5.671 3.593 1.560 1.861 6.436 4.401 10.899 0.885 6.363 2.360 4.550 5.104 3.854 1.694 5.862 4.252 4.874 3.609 5.777 2.688 7.191 11.161 6.307 13.286 3.034 4.618 1.893 7.373 0.181 3.722 3.455 5.508 5.119 2.066 3.279 2.470 3.541 7.079 6.343 6.136 5.344 4.306 4.401 7.748 4.013 5.862 2.823 2.636 1.860 7.085 4.564 6.833 6.898 3.985 6.428 4.153 2.202 8.696 10.005 5.881 8.949 8.905 7.101 9.425 3.974 nan 11.849 5.772 6.528 11.858 20.324 11.420 11.899 4.354 8.883 6.931 7.672 6.800 10.114 3.328 1.848 73 chr1 9596361 9633205 + 0 NA intron (NM_032315, intron 2 of 6) intron (NM_032315, intron 2 of 6) 15255 NM_032315 84275 Hs.568613 NM_032315 ENSG00000171612 SLC25A33 BMSC-MCP|PNC1 solute carrier family 25 member 33 protein-coding 1.457 nan 1.198 0.510 4.331 1.532 0.215 0.435 0.829 0.122 0.465 0.424 0.134 0.510 2.126 0.949 0.718 0.460 0.525 0.103 0.188 0.229 0.424 0.307 0.263 0.171 0.141 0.311 0.279 0.069 0.394 nan 0.407 2.123 0.139 0.232 0.052 0.551 0.144 0.054 0.948 0.498 0.256 0.137 0.086 0.083 0.224 0.244 0.292 0.938 0.122 0.226 0.949 0.846 0.342 0.263 0.103 0.243 0.177 0.468 0.314 0.189 0.705 0.593 0.097 0.066 0.082 1.111 1.327 3.172 3.665 1.142 1.232 0.648 0.243 1.691 1.726 1.523 nan nan 5.622 nan 0.668 0.547 0.896 0.258 0.256 1.063 2.217 0.935 0.564 10313 chr7 39052169 39057118 + 0 NA intron (NM_007252, intron 2 of 10) intron (NM_007252, intron 2 of 10) -1476 NR_138047 100689074 Hs.675876 NR_138047 POU6F2-AS2 - POU6F2 antisense RNA 2 ncRNA 0.942 0.779 0.991 0.374 1.075 0.139 0.031 0.355 0.422 0.020 1.465 0.705 1.420 0.308 2.174 0.180 0.240 1.507 0.654 0.039 0.133 0.195 0.101 3.507 0.419 0.317 0.030 0.125 0.022 0.309 0.968 0.801 0.401 0.501 0.053 0.789 0.109 0.170 0.081 0.109 0.012 0.031 0.625 0.098 0.204 0.148 1.111 0.113 0.075 0.180 0.947 0.767 3.507 0.145 0.387 0.226 0.023 3.703 0.032 0.332 0.320 0.042 0.011 1.984 2.572 0.483 0.360 0.272 nan 0.755 0.357 23.113 25.777 0.774 nan nan nan 0.280 0.180 0.671 0.592 3.453 2.757 0.901 nan 0.474 0.353 11371 chr8 143520312 143541624 + 0 NA Intergenic Intergenic -14409 NM_001702 575 Hs.194654 NM_001702 ENSG00000181790 ADGRB1 BAI1|GDAIF adhesion G protein-coupled receptor B1 protein-coding 1.064 0.619 nan 0.118 0.141 1.754 0.127 0.257 0.478 0.062 0.181 0.091 0.012 0.150 0.437 0.760 0.060 0.052 0.110 0.035 0.126 0.117 0.066 0.075 1.739 0.078 0.094 0.177 0.107 0.039 0.294 0.598 0.124 1.918 0.103 0.076 0.013 0.346 0.049 0.128 0.107 0.151 0.255 0.153 0.057 0.040 0.055 0.160 0.378 0.674 0.108 0.081 0.760 0.137 0.112 1.739 0.058 0.117 0.264 2.446 0.241 0.107 0.241 0.040 0.018 0.100 0.050 1.032 1.575 0.139 0.185 nan 3.019 nan 0.158 0.254 0.297 0.671 1.077 0.445 0.824 0.855 0.886 0.648 0.742 0.188 0.206 0.244 0.287 0.569 0.367 7886 chr3 142331815 142347292 + 0 NA intron (NM_001145319, intron 1 of 15) intron (NM_001145319, intron 1 of 15) -2713 NM_002670 5357 Hs.203637 NM_002670 ENSG00000120756 PLS1 - plastin 1 protein-coding 1.482 nan nan 0.430 1.754 0.104 1.388 1.697 3.044 0.127 0.313 0.157 0.596 0.104 0.198 0.154 0.073 0.604 0.308 0.060 2.290 0.893 2.447 0.876 0.496 0.066 0.460 0.283 0.504 1.292 0.298 0.436 0.521 0.302 0.187 0.067 0.109 0.258 0.307 0.109 0.152 0.129 0.711 0.272 0.258 0.131 0.914 0.133 0.066 0.297 0.198 0.338 1.824 2.447 0.188 0.123 0.497 0.068 0.819 0.309 0.026 0.150 0.389 0.015 0.017 0.393 0.277 0.290 0.577 1.803 1.851 nan 5.310 0.289 0.290 2.047 nan 0.782 nan nan 0.757 0.205 0.286 1.113 1.626 0.349 0.887 1.198 0.848 8873 chr5 39808075 39897257 + 0 NA Intergenic Intergenic -199727 NR_104633 102467077 Hs.148993 NR_104633 LINC00603 - long intergenic non-protein coding RNA 603 ncRNA 0.509 0.999 nan 0.067 0.135 0.016 0.151 0.096 0.156 0.013 0.105 0.138 0.015 0.046 0.069 0.124 0.360 0.172 0.285 0.105 0.038 5.351 0.109 0.206 0.054 0.011 0.016 0.025 0.102 0.028 0.149 0.198 0.131 0.320 0.073 0.103 0.019 0.044 0.118 0.018 0.024 0.048 0.016 0.017 0.028 0.040 0.172 0.061 0.045 0.040 0.075 0.081 0.124 0.126 0.036 0.054 0.029 0.055 0.016 0.071 0.059 0.110 0.040 0.047 0.036 0.018 0.017 0.327 0.185 0.187 0.248 0.276 0.318 0.114 0.074 0.214 0.268 0.301 0.477 0.222 0.229 0.468 0.139 0.192 0.275 0.066 0.081 0.122 0.196 0.173 0.297 5479 chr19 1846823 1865963 + 0 NA intron (NM_031918, intron 1 of 1) intron (NM_031918, intron 1 of 1) 7171 NM_031918 83855 Hs.136280 NM_031918 ENSG00000129911 KLF16 BTEB4|DRRF|NSLP2 Kruppel like factor 16 protein-coding 3.397 1.418 3.594 2.049 1.810 1.582 1.566 1.175 2.465 0.473 2.934 1.105 0.408 1.695 2.219 3.518 0.971 0.185 3.038 0.982 2.419 1.965 0.713 0.351 2.487 1.371 1.910 2.696 1.898 0.396 2.469 4.806 1.610 2.985 0.704 2.105 1.044 1.932 0.076 0.474 0.666 3.866 2.397 1.042 1.889 0.806 1.238 2.032 3.629 5.483 1.361 1.379 3.518 3.985 2.732 2.487 1.262 1.170 1.494 7.033 1.321 2.590 0.881 2.223 0.941 2.461 1.412 3.746 4.383 2.389 3.711 2.544 2.692 2.416 1.375 5.422 5.209 1.835 2.872 2.408 nan 7.066 8.087 1.499 2.250 3.261 3.351 3.484 4.697 1.858 1.072 10348 chr7 47508208 47536124 + 0 NA intron (NM_022748, intron 3 of 30) intron (NM_022748, intron 3 of 30) -17765 NR_145813 109623468 NR_145813 SNORD151 - small nucleolar RNA, C/D box 151 snoRNA 1.480 2.060 nan 1.516 2.226 0.024 0.885 0.173 0.331 0.797 0.846 1.019 0.338 0.776 0.048 1.715 0.782 0.161 0.839 0.319 0.921 0.010 1.835 0.813 2.973 1.555 0.978 0.384 0.886 0.365 1.014 3.837 1.191 1.112 0.776 0.575 0.477 0.517 0.147 0.316 0.348 0.964 0.067 0.058 0.740 0.498 1.263 0.537 2.060 0.195 0.986 0.973 1.715 1.577 1.204 2.973 0.611 0.672 0.337 0.537 0.386 0.727 0.350 0.039 0.351 0.080 0.075 0.451 0.503 0.739 2.718 2.284 2.957 4.824 1.738 0.509 0.541 0.131 0.271 1.993 3.209 0.347 0.253 0.282 0.295 1.950 1.909 0.245 0.334 1.733 0.998 9634 chr6 40910944 40934473 + 0 NA intron (NR_110873, intron 1 of 5) L2b|LINE|L2 68311 NR_110873 101929555 Hs.552555 NR_110873 LOC101929555 - uncharacterized LOC101929555 ncRNA 0.851 1.086 1.182 0.177 0.314 0.756 6.563 0.150 0.207 0.024 0.274 1.476 0.129 0.226 0.147 0.634 0.101 0.068 1.159 0.951 0.031 0.012 0.140 0.064 0.100 4.305 3.487 0.025 0.440 1.627 0.616 2.198 2.462 1.198 1.176 0.868 0.020 0.077 0.090 1.289 0.041 0.110 0.074 0.086 0.352 0.864 0.118 1.712 0.208 0.112 0.222 0.212 0.634 2.462 5.236 0.100 0.089 0.035 0.083 0.072 0.206 1.461 0.076 0.104 2.130 1.748 0.718 0.442 0.440 0.213 0.377 0.394 0.387 0.268 0.127 0.328 0.373 0.471 0.740 1.139 nan 0.450 0.289 0.186 0.211 0.091 0.107 0.208 0.428 0.941 0.733 241 chr1 33558963 33569260 + 0 NA intron (NM_001301824, intron 6 of 7) intron (NM_001301824, intron 6 of 7) 16332 NM_001301826 113451 Hs.101807 NM_052998 ENSG00000142920 AZIN2 ADC|AZI2|AZIB1|ODC-p|ODC1L|ODCp antizyme inhibitor 2 protein-coding 1.155 nan 1.110 1.618 0.184 0.122 4.857 0.205 0.311 0.697 3.120 3.334 0.499 0.048 0.116 0.202 1.438 0.408 0.958 0.542 5.184 0.095 0.076 0.143 0.247 2.155 1.958 2.908 0.940 1.542 0.445 1.844 1.214 0.366 1.251 0.139 0.018 0.120 0.096 1.527 0.092 6.847 2.117 0.812 0.935 0.992 0.315 5.522 0.055 4.263 0.038 0.304 0.202 2.479 4.248 0.247 0.202 0.088 0.122 0.429 0.030 1.561 0.135 0.515 3.059 2.772 2.438 0.635 0.568 0.412 0.817 0.680 0.825 nan 0.154 0.278 0.413 0.443 0.828 0.498 0.766 nan 0.660 0.342 0.361 0.048 0.059 0.596 1.504 0.619 nan 2561 chr12 26425088 26430404 + 0 NA Intergenic Intergenic 79240 NM_005086 8082 Hs.183428 NM_005086 ENSG00000123096 SSPN DAGA5|KRAG|NSPN|SPN1|SPN2 sarcospan protein-coding nan nan nan 2.218 0.430 0.031 2.644 0.060 0.134 0.649 3.332 5.957 0.596 0.084 0.167 0.667 0.181 1.282 1.763 0.584 0.049 0.158 0.045 0.067 1.528 1.124 0.057 2.208 1.137 1.086 3.672 1.548 0.793 0.940 4.612 0.018 0.021 0.161 9.683 0.045 3.295 1.643 0.838 1.613 0.533 3.602 7.938 2.336 3.169 2.244 1.398 0.167 1.031 1.659 0.067 1.248 0.682 0.144 10.144 0.787 0.587 0.074 0.216 9.971 0.466 0.441 0.405 0.235 0.658 2.096 0.265 0.205 0.588 0.161 0.468 0.529 1.092 1.462 0.730 0.725 0.285 0.249 0.238 0.468 0.054 0.077 0.363 0.485 0.216 0.363 8066 chr3 178859311 178868828 + 0 NA intron (NR_125401, intron 1 of 2) Charlie14a|DNA|hAT-Charlie 1692 NR_125401 101928739 Hs.434553 NR_125401 ENSG00000229102 LOC101928739 - uncharacterized LOC101928739 ncRNA 2.665 2.418 1.853 3.160 2.115 0.714 1.084 1.331 2.140 0.562 0.993 0.739 7.763 0.619 2.646 1.143 2.401 0.425 1.270 0.299 0.542 0.684 1.891 0.981 1.961 1.486 1.641 1.448 2.428 0.697 1.811 1.989 3.651 6.495 0.537 0.490 0.897 0.788 0.075 0.501 1.842 1.105 1.795 0.919 0.901 1.325 2.140 1.247 1.172 2.395 0.748 1.359 1.143 1.648 1.653 1.961 0.400 1.025 0.405 1.703 1.144 1.064 0.905 1.118 0.544 0.424 0.263 1.274 2.070 1.936 2.790 4.264 3.183 4.412 1.711 3.643 3.660 2.154 2.861 2.116 3.318 3.263 3.771 0.961 2.645 2.731 2.914 2.100 2.929 1.628 0.838 6007 chr2 31379467 31386479 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -21381 NM_001253826 79623 Hs.468058 NM_024572 ENSG00000158089 GALNT14 GALNT15|GalNac-T10|GalNac-T14 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 14 protein-coding 0.873 nan nan 0.021 0.062 0.021 0.101 0.273 0.327 0.028 0.143 0.067 0.071 0.012 0.074 0.064 0.079 0.089 0.027 0.018 0.059 0.044 0.094 0.026 0.020 0.021 0.010 0.096 0.015 0.104 nan 0.082 0.440 0.083 0.084 0.040 0.016 0.139 0.007 0.430 0.169 0.017 0.016 0.016 0.065 0.206 0.115 0.058 0.072 0.046 0.074 0.081 0.013 0.026 0.017 0.031 0.041 0.024 0.015 0.034 6.095 0.036 0.044 0.066 0.014 4.252 3.456 5.662 1.447 0.228 0.213 0.142 0.138 18.848 18.962 0.197 0.309 0.353 0.299 nan 1.170 6.551 8.928 0.329 0.186 0.249 0.362 0.384 0.441 1970 chr11 61579582 61585831 + 0 NA promoter-TSS (NM_001281501) promoter-TSS (NM_001281501) 6 NR_031729 100302263 NR_031729 ENSG00000284416 MIR1908 MIRN1908|hsa-mir-1908|mir-1908 microRNA 1908 ncRNA nan 4.291 2.691 3.259 7.083 7.439 2.910 3.517 8.498 1.459 5.010 2.488 1.032 3.331 6.405 5.100 3.466 0.439 4.493 1.274 5.022 3.479 3.054 1.077 7.046 2.139 2.715 3.181 3.219 1.968 2.240 6.862 3.236 11.040 2.734 4.341 2.184 6.135 0.191 1.519 3.392 7.210 4.457 2.135 1.724 2.104 4.872 7.253 6.150 4.459 2.360 2.417 5.100 6.794 4.274 7.046 1.406 0.996 2.255 4.613 3.434 3.542 4.312 2.760 1.998 3.378 2.296 7.635 8.399 4.752 7.554 17.704 14.981 8.404 5.263 8.680 8.883 2.962 3.828 7.741 10.785 5.864 6.549 3.601 7.337 7.957 6.571 3.759 6.278 3.786 2.226 4697 chr17 30947946 30958426 + 0 NA intron (NM_001303279, intron 20 of 21) L2c|LINE|L2 139081 NM_003885 8851 Hs.500015 NM_003885 ENSG00000176749 CDK5R1 CDK5P35|CDK5R|NCK5A|p23|p25|p35|p35nck5a cyclin dependent kinase 5 regulatory subunit 1 protein-coding nan 1.132 1.545 0.080 0.703 1.592 0.068 4.504 8.179 0.009 0.125 0.027 0.017 0.048 0.407 2.040 0.115 0.046 0.251 0.090 0.024 0.026 1.955 1.104 3.205 0.040 0.007 0.043 0.078 0.020 0.023 0.103 0.081 3.287 0.042 0.041 1.850 0.079 0.135 0.023 0.373 0.096 0.029 0.007 0.077 0.014 0.129 0.219 0.097 0.007 0.060 0.104 2.040 0.163 0.036 3.205 0.071 0.039 0.666 0.066 1.045 0.052 0.057 0.541 0.029 0.016 0.020 0.517 0.470 0.197 0.317 nan 8.310 7.355 3.402 0.301 0.253 3.506 4.217 0.906 1.177 nan 1.720 0.175 0.330 5.660 5.173 0.723 1.826 4.609 2.511 2391 chr11_gl000202_random 1943 18462 + 0 NA NA Intergenic NA NA 0.274 0.361 0.497 0.449 0.053 0.051 6.280 0.126 0.240 0.335 0.051 0.067 0.015 0.036 0.032 0.391 0.064 0.029 0.819 0.624 0.042 0.126 0.039 0.046 0.058 0.248 0.079 0.107 0.687 2.023 13.691 26.379 0.146 0.457 1.737 0.071 0.034 0.079 0.074 0.143 0.033 0.310 0.095 0.086 2.240 0.470 5.880 0.242 0.251 0.056 0.148 2.283 0.391 0.461 0.116 0.058 1.439 0.881 0.071 0.922 0.055 0.475 0.042 0.030 0.585 0.324 0.521 0.301 0.211 0.135 0.239 0.585 0.523 0.180 0.070 0.382 0.421 0.112 0.263 0.135 0.146 0.417 0.235 0.250 0.249 0.134 0.231 0.061 0.064 0.166 0.261 4125 chr15 89901544 89956988 + 0 NA intron (NR_133001, intron 3 of 6) L2a|LINE|L2 7993 NR_015411 254559 Hs.136313 NR_015411 ENSG00000255571 MIR9-3HG LINC00925 MIR9-3 host gene ncRNA 1.220 nan 0.539 0.079 0.277 0.514 0.158 0.870 1.804 0.512 0.142 0.163 0.315 0.614 0.638 1.213 0.238 0.064 0.218 0.109 0.333 0.159 0.669 0.422 2.147 0.113 0.084 0.278 0.447 0.137 0.828 3.775 0.727 1.835 0.296 0.203 0.107 0.367 0.070 0.054 0.385 0.211 0.035 0.025 0.069 0.076 0.391 0.234 0.412 0.476 0.092 0.656 1.213 0.183 0.316 2.147 0.130 1.067 0.466 0.598 0.270 0.056 0.961 0.254 0.045 0.017 0.016 4.306 5.652 2.342 1.618 2.139 1.780 0.778 0.269 0.105 0.126 0.919 1.339 0.891 1.296 2.056 2.074 1.494 2.461 0.472 0.350 0.766 1.813 0.838 0.503 4559 chr17 4881587 4892286 + 0 NA intron (NM_001171167, intron 3 of 22) AluSx1|SINE|Alu 3729 NM_001171167 23125 Hs.632242 NM_015099 ENSG00000108509 CAMTA2 - calmodulin binding transcription activator 2 protein-coding 1.831 1.189 1.513 0.660 0.534 1.528 0.374 0.688 1.209 0.428 1.090 0.831 0.174 0.814 1.106 0.621 0.557 0.161 0.612 0.354 1.212 0.167 0.513 0.311 1.758 0.331 0.474 0.504 0.396 0.208 1.640 2.036 1.147 1.563 0.245 0.659 0.115 0.903 0.120 0.408 0.726 2.169 0.778 0.495 0.967 0.438 1.064 0.442 1.911 1.337 0.451 0.591 0.621 0.555 1.665 1.758 0.584 0.597 0.738 2.059 1.561 0.706 0.970 0.707 0.442 0.791 0.415 5.925 7.484 5.469 3.012 2.942 2.808 2.566 0.776 6.844 7.274 1.269 1.754 1.710 2.023 1.425 1.398 1.892 2.992 0.637 0.489 1.462 2.802 0.899 0.580 11751 chr9 121211482 121223711 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR -224353 NR_151725 111216287 NR_151725 LINC02578 - long intergenic non-protein coding RNA 2578 ncRNA nan nan 0.922 0.041 0.287 0.018 0.197 0.097 0.285 0.039 0.058 0.061 0.015 0.051 0.137 0.098 0.066 0.121 0.031 0.021 0.011 1.253 0.660 0.059 0.006 0.030 0.012 0.082 0.035 0.066 0.029 0.015 nan 0.024 0.123 0.210 0.014 0.081 0.049 0.469 0.060 0.025 0.006 0.131 0.044 0.087 0.149 0.027 0.041 0.033 0.062 0.137 0.029 0.023 0.059 0.181 0.014 0.107 0.029 0.100 0.048 0.024 0.126 0.019 0.014 0.008 0.181 0.141 0.383 0.227 0.290 0.453 0.084 0.079 0.106 0.166 0.310 nan 0.355 0.348 0.611 0.304 0.032 0.108 1.123 0.726 0.263 0.302 nan 1.781 8617 chr4 166297019 166327327 + 0 NA intron (NM_001873, intron 1 of 8) intron (NM_001873, intron 1 of 8) 4779 NR_030304 693163 NR_030304 ENSG00000207559 MIR578 MIRN578|hsa-mir-578 microRNA 578 ncRNA nan nan nan 0.111 1.244 3.430 0.120 0.956 1.896 0.032 0.430 0.175 0.036 0.531 3.635 0.751 0.360 0.122 0.167 0.044 0.071 0.009 1.344 1.060 1.594 0.096 0.053 0.032 0.094 0.066 0.260 0.617 0.126 7.622 0.184 0.057 0.540 0.075 0.081 0.073 0.705 0.057 0.044 0.049 0.079 0.038 0.054 0.164 0.091 0.166 0.130 0.602 0.751 0.151 0.018 1.594 0.137 0.793 0.643 0.078 1.650 0.097 0.222 1.336 0.078 0.021 0.010 0.326 0.452 0.607 0.902 1.445 1.851 1.449 0.652 0.266 0.264 3.976 4.425 3.175 3.581 3.345 3.211 0.409 0.787 1.818 1.765 1.751 2.860 1.479 0.813 1864 chr11 28852367 28863455 + 0 NA Intergenic Intergenic -358816 NR_107035 102466876 NR_107035 ENSG00000273912 MIR8068 hsa-mir-8068 microRNA 8068 ncRNA 0.602 0.881 0.623 4.121 0.220 0.029 3.356 0.130 0.163 0.647 2.502 2.915 0.168 0.026 0.033 0.359 0.835 0.073 2.587 1.807 5.049 0.031 0.102 0.079 0.216 4.187 3.970 1.697 1.080 3.275 0.599 0.735 0.455 0.234 1.474 11.328 0.016 0.098 0.105 2.149 0.057 6.874 6.331 2.250 2.439 1.169 0.113 5.940 1.072 0.941 0.321 0.066 0.359 1.247 2.941 0.216 0.720 0.050 0.018 0.775 0.072 1.513 0.009 0.346 4.565 1.631 1.228 0.385 0.280 0.300 0.431 0.256 0.311 1.531 0.293 0.339 0.375 0.157 0.335 0.096 0.134 0.725 0.507 0.140 0.174 0.151 0.238 0.533 1.151 0.288 0.430 11448 chr9 12772183 12803408 + 0 NA intron (NM_203403, intron 1 of 1) intron (NM_203403, intron 1 of 1) 12783 NM_203403 286343 Hs.445356 NM_203403 ENSG00000153714 LURAP1L C9orf150|HYST0841|LRAP35b|bA3L8.2 leucine rich adaptor protein 1 like protein-coding nan nan 2.974 2.108 0.861 0.167 0.953 0.217 0.490 0.887 0.441 1.043 0.538 0.203 0.257 0.440 1.247 0.144 0.505 0.273 1.340 0.936 0.478 0.293 0.341 0.696 0.558 0.043 0.819 0.233 0.811 1.034 1.019 1.908 0.609 0.790 1.199 0.128 0.089 0.174 0.452 0.236 0.228 0.150 0.593 0.867 0.500 0.549 1.171 0.412 1.136 0.119 0.440 0.592 0.915 0.341 0.356 0.624 0.348 0.162 0.563 0.660 0.181 0.182 0.466 0.052 0.093 0.258 0.276 0.570 1.490 0.489 0.516 2.166 0.777 1.555 1.607 6.474 7.303 2.245 2.749 7.468 6.709 0.252 0.405 4.233 6.364 0.364 0.933 1.493 1.214 3675 chr14 71236201 71258055 + 0 NA intron (NM_001284231, intron 1 of 11) intron (NM_001284231, intron 1 of 11) 3041 NM_001284232 4293 Hs.445496 NM_033141 ENSG00000006432 MAP3K9 MEKK9|MLK1|PRKE1 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 protein-coding 1.524 0.858 0.755 0.255 0.219 0.093 2.765 0.176 0.282 0.485 0.071 0.430 0.071 0.048 0.142 0.589 0.203 0.109 1.284 0.930 0.555 0.013 0.116 0.090 0.209 2.084 1.022 0.030 3.840 3.127 1.401 2.167 2.758 0.460 1.734 0.069 0.021 0.069 0.095 1.048 0.207 0.856 0.080 0.071 1.337 1.900 0.504 0.161 0.216 0.199 0.054 0.255 0.589 1.280 4.647 0.209 0.212 0.110 0.134 0.210 0.074 0.662 0.059 0.307 0.634 0.026 0.028 0.309 0.259 0.361 1.160 0.584 0.575 0.305 0.127 0.445 0.477 0.444 0.670 0.408 nan 1.207 1.240 0.244 0.340 0.131 0.113 0.478 1.117 0.735 nan 4765 chr17 39213946 39224623 + 0 NA Intergenic Intergenic 2847 NM_033184 85294 Hs.560502 NM_033184 ENSG00000213417 KRTAP2-4 KAP2.1B|KAP2.4|KRTAP2.4 keratin associated protein 2-4 protein-coding nan 0.888 0.621 7.880 0.049 0.031 2.133 0.210 0.404 0.108 0.468 0.207 0.017 0.019 0.081 0.193 0.252 0.197 2.392 1.269 0.012 0.065 0.090 0.131 0.164 1.425 0.920 0.250 3.264 3.164 0.232 0.817 0.694 0.330 1.288 0.061 0.009 0.083 2.600 0.120 2.363 0.423 0.292 1.841 1.797 1.118 5.476 0.383 0.152 0.074 0.180 0.193 1.608 0.147 0.164 0.172 0.170 0.018 0.333 0.028 0.340 0.037 0.024 0.527 5.039 4.840 0.330 0.216 0.611 1.459 nan 0.344 2.546 0.395 0.413 0.560 0.183 0.256 0.397 0.366 nan 0.136 0.208 0.244 0.159 0.137 0.116 0.154 0.374 0.393 3491 chr14 36293957 36297295 + 0 NA promoter-TSS (NM_032352) promoter-TSS (NM_032352) 29 NM_032352 84312 Hs.525299 NM_032352 ENSG00000100916 BRMS1L BRMS1 breast cancer metastasis-suppressor 1 like protein-coding 6.260 1.760 3.474 2.156 4.494 4.559 2.957 1.373 2.507 0.630 1.909 1.696 1.832 1.332 4.028 0.905 3.523 0.289 2.713 1.085 1.302 1.911 1.307 0.515 2.863 1.424 1.163 0.662 2.421 1.109 20.809 27.501 3.699 8.259 1.837 1.401 0.769 3.124 0.153 0.637 1.357 1.985 1.843 0.746 2.103 1.610 1.503 1.702 3.661 2.348 1.651 1.762 0.905 3.606 4.243 2.863 1.156 1.035 0.944 3.327 2.524 1.629 1.218 0.587 1.179 0.811 0.518 1.726 2.196 3.816 4.396 6.671 5.448 4.248 2.343 6.117 5.932 4.905 5.685 6.007 7.326 7.217 8.496 1.536 3.090 3.573 3.415 2.511 2.971 2.692 1.071 10886 chr8 32395898 32426717 + 0 NA intron (NM_001160008, intron 1 of 10) intron (NM_001160008, intron 1 of 10) 5579 NM_001160002 3084 Hs.453951 NM_004495 ENSG00000157168 NRG1 ARIA|GGF|GGF2|HGL|HRG|HRG1|HRGA|MST131|MSTP131|NDF|NRG1-IT2|SMDF neuregulin 1 protein-coding 0.500 0.884 nan 3.510 0.135 0.116 0.461 0.114 0.220 0.158 0.271 0.525 0.214 0.059 0.102 0.271 0.183 0.126 0.177 0.068 0.729 0.018 0.109 0.124 0.058 0.592 0.296 0.048 0.460 0.134 0.203 0.190 0.117 0.859 0.328 0.853 0.022 3.356 0.137 0.368 0.052 1.371 0.089 0.066 0.152 0.209 0.122 0.643 1.345 0.380 0.097 0.028 0.271 0.109 0.436 0.058 0.282 0.046 0.132 0.638 0.086 0.551 0.039 0.192 0.318 0.576 0.388 0.233 0.158 0.269 0.644 0.607 0.665 0.590 0.223 0.134 0.143 0.290 0.468 0.381 0.450 0.628 0.407 0.087 0.157 0.072 0.126 0.326 0.670 0.920 0.709 3952 chr15 51625823 51643012 + 0 NA intron (NM_181789, intron 1 of 9) MIR3|SINE|MIR 716 NM_181789 342035 Hs.526441 NM_181789 ENSG00000186417 GLDN CLOM|COLM|CRG-L2|CRGL2|LCCS11|UNC-112 gliomedin protein-coding 0.932 1.205 1.407 0.063 0.266 0.064 0.070 2.655 5.162 0.028 0.167 0.596 0.015 0.161 0.072 0.259 0.280 0.066 0.111 0.041 0.029 0.016 0.503 0.267 0.773 0.799 0.420 0.043 0.055 0.006 0.278 1.735 0.177 0.541 0.127 0.097 0.344 0.050 0.067 0.110 0.105 0.105 0.056 0.037 0.038 0.018 0.045 0.203 0.245 0.033 0.028 0.431 0.259 0.083 0.059 0.773 0.078 0.039 0.040 0.088 0.229 0.075 0.322 0.219 0.080 0.017 0.003 0.327 0.262 0.248 0.352 0.291 0.359 1.561 0.624 0.150 0.154 0.439 0.638 0.493 0.430 0.519 0.371 0.643 0.907 1.903 1.931 0.355 0.713 0.713 0.710 7261 chr21 45652844 45671570 + 0 NA Intergenic CpG-17318 -1320 NM_015259 23308 Hs.14155 NM_015259 ENSG00000160223 ICOSLG B7-H2|B7H2|B7RP-1|B7RP1|CD275|GL50|ICOS-L|ICOSL|LICOS inducible T cell costimulator ligand protein-coding nan 0.889 2.892 0.658 0.267 5.933 0.428 1.604 2.982 0.332 0.228 0.059 0.050 0.616 2.092 0.226 0.131 0.026 0.264 0.070 0.020 0.052 0.083 0.062 2.061 0.133 0.032 0.143 0.371 0.133 1.055 4.355 0.603 3.658 0.097 0.129 0.046 0.121 0.050 0.088 0.047 0.794 0.145 0.117 0.345 0.173 0.926 0.142 0.409 0.718 0.595 0.594 0.226 0.850 0.895 2.061 0.107 1.217 0.419 1.514 0.082 0.127 1.667 0.229 0.020 0.101 0.033 0.722 1.272 0.394 0.746 1.113 1.102 nan 0.495 0.730 0.625 0.106 nan 2.642 4.290 0.758 0.620 1.163 1.972 0.156 0.266 0.476 0.780 0.740 0.508 9330 chr5 169673271 169701717 + 0 NA intron (NM_005565, intron 14 of 20) MIRb|SINE|MIR 27483 NM_001305393 133874 Hs.519749 NM_001102609 ENSG00000234511 C5orf58 - chromosome 5 open reading frame 58 protein-coding nan 0.771 0.479 0.099 0.031 0.011 0.057 0.113 0.141 0.017 0.068 0.049 0.020 0.018 0.062 0.210 0.108 0.059 0.045 0.020 0.024 0.015 0.049 0.101 0.046 0.151 0.043 0.013 0.247 0.004 0.155 0.673 0.081 0.585 0.020 0.053 0.057 0.049 0.124 0.058 0.070 0.078 0.036 0.049 0.230 0.129 0.181 0.200 0.069 0.045 0.036 0.059 0.210 0.049 0.049 0.046 0.116 0.084 0.047 0.057 0.029 0.036 0.712 0.039 0.072 0.030 0.023 1.282 1.143 13.523 7.015 0.337 0.422 0.098 0.055 0.547 0.574 0.094 0.210 0.300 0.491 0.304 0.174 0.894 1.229 0.250 0.293 0.106 0.130 0.555 0.424 10218 chr7 20817231 20845428 + 0 NA Intergenic Intergenic -4821 NM_182700 221833 Hs.195922 NM_182700 ENSG00000164651 SP8 BTD Sp8 transcription factor protein-coding 3.276 1.800 2.196 0.225 1.026 0.053 0.131 1.160 2.046 0.034 0.122 0.069 2.238 0.502 1.156 0.883 0.127 0.068 0.752 0.128 0.495 0.010 3.080 1.990 1.500 0.142 0.056 0.087 0.823 0.097 1.767 3.100 3.355 7.303 0.207 0.134 3.038 0.443 0.135 0.162 1.878 0.378 0.087 0.091 0.046 0.163 0.274 0.401 0.519 0.568 0.536 0.071 0.883 0.738 0.107 1.500 0.161 0.279 0.021 0.994 0.954 0.097 0.035 0.035 0.084 0.112 0.042 0.302 0.230 0.674 nan 1.799 1.496 1.573 0.619 0.706 0.669 0.805 1.171 0.988 1.359 0.477 0.275 0.149 0.176 10.321 9.172 0.127 nan 1.352 0.866 2375 chr11 130860689 130870705 + 0 NA Intergenic Intergenic -79315 NM_001347925 399979 Hs.444024 NM_014758 ENSG00000120451 SNX19 CHET8 sorting nexin 19 protein-coding 0.469 nan 0.580 0.147 0.105 6.113 1.117 0.210 0.164 0.019 0.102 0.600 0.012 0.020 0.026 0.202 0.075 0.048 0.106 0.028 0.357 0.014 0.078 0.082 0.048 0.179 0.046 0.008 0.400 0.468 0.100 0.198 0.127 nan 0.327 0.155 0.057 0.043 0.143 0.509 0.016 0.183 0.030 0.031 0.423 0.215 0.133 0.149 0.123 0.056 0.206 0.501 0.202 0.120 1.160 0.048 0.246 0.161 0.010 0.017 0.071 0.161 0.117 0.025 0.400 0.030 0.025 0.465 0.295 0.151 0.236 0.171 0.326 0.122 0.113 0.108 0.100 0.167 0.277 0.156 0.139 0.347 0.210 0.613 0.635 0.060 0.114 0.166 0.218 0.245 0.341 24 chr1 1653980 1662163 + 0 NA TTS (NM_182838) TTS (NM_182838) -2067 NM_033529 728642 Hs.651228 NM_024011 ENSG00000008128 CDK11A CDC2L2|CDC2L3|CDK11-p110|CDK11-p46|CDK11-p58|PITSLRE|p58GTA cyclin dependent kinase 11A protein-coding 3.121 nan 2.889 1.395 2.569 1.387 1.263 1.037 1.863 0.748 1.641 1.240 0.809 1.054 1.274 0.824 3.070 0.650 1.408 0.802 0.926 0.910 1.474 1.031 0.860 1.028 0.872 0.919 1.188 0.543 1.588 nan 1.425 3.659 0.841 1.397 0.270 1.801 0.230 0.522 0.514 1.677 1.739 0.829 0.852 0.667 0.954 1.280 1.224 2.457 0.766 0.949 0.824 3.084 1.482 0.860 0.870 0.669 0.688 2.332 0.930 1.205 0.950 0.735 0.772 0.500 0.312 1.766 1.925 2.962 3.909 3.188 3.070 2.390 1.307 7.398 7.416 1.936 nan nan 10.567 nan 2.143 1.089 1.568 1.334 1.678 2.240 3.238 1.769 0.986 2759 chr12 66015321 66093162 + 0 NA Intergenic Intergenic -18089 NR_120431 100507065 Hs.591038 NR_120431 LOC100507065 - uncharacterized LOC100507065 ncRNA 0.852 0.589 0.641 1.602 0.070 0.016 3.106 0.115 0.166 0.023 0.742 5.061 0.135 0.066 0.056 0.135 0.238 0.114 1.138 0.880 1.248 0.255 0.080 0.111 0.042 0.658 0.250 0.014 1.154 2.855 2.185 3.904 1.104 0.257 1.723 0.244 0.011 1.096 0.094 2.831 0.019 1.401 0.573 0.366 1.645 0.923 0.614 3.400 0.146 1.542 0.067 0.300 0.135 0.510 2.325 0.042 0.209 0.182 0.016 0.560 0.030 0.442 0.031 0.341 0.968 0.953 1.173 0.231 0.121 0.252 0.573 0.332 nan 0.117 0.073 0.120 0.142 0.390 0.504 0.327 0.332 0.424 0.178 0.110 0.193 0.036 0.047 0.435 1.151 0.201 0.376 8348 chr4 41814706 41849528 + 0 NA Intergenic ERV3-16A3_I-int|LTR|ERVL 52511 NR_104143 101927074 Hs.611425 NR_104143 ENSG00000245870 LINC00682 - long intergenic non-protein coding RNA 682 ncRNA 1.174 nan nan 0.051 0.094 0.018 0.122 0.111 0.156 0.003 0.097 0.034 0.002 0.035 0.150 0.084 0.092 0.093 0.177 0.093 0.009 0.008 0.127 0.142 0.052 0.016 0.012 0.022 0.058 0.030 0.052 0.156 0.068 0.207 0.029 0.054 0.022 0.013 0.083 0.027 0.648 0.122 0.040 0.027 0.044 0.053 0.054 0.178 0.049 0.053 0.029 0.086 0.084 0.126 0.032 0.052 0.053 0.119 0.043 0.020 0.035 0.032 0.040 2.612 0.022 0.017 0.013 0.313 0.159 0.164 0.194 0.200 0.216 0.119 0.081 0.118 0.103 0.128 0.275 0.224 0.199 1.364 1.178 0.121 0.146 0.044 0.040 1.430 5.014 0.590 0.777 3321 chr13 106781127 106816736 + 0 NA Intergenic MER45A|DNA|hAT-Tip100 -229980 NR_034119 728192 Hs.559194 NR_034119 LINC00460 - long intergenic non-protein coding RNA 460 ncRNA 0.652 0.947 0.599 0.261 0.138 0.099 1.604 0.112 0.268 0.013 0.677 0.585 0.268 0.025 0.124 0.752 0.113 0.068 3.756 3.774 0.028 0.016 0.075 0.081 0.131 1.483 0.844 0.004 0.314 1.614 0.776 2.571 0.472 0.430 1.038 0.052 0.029 0.046 0.075 0.719 0.120 2.498 0.108 0.106 1.710 0.682 0.749 0.540 0.102 0.154 0.015 0.287 0.752 1.881 0.026 0.131 0.529 0.259 0.035 0.057 0.088 0.838 0.081 0.055 1.110 0.029 0.016 0.838 0.692 0.752 1.881 0.308 0.332 0.143 0.080 0.215 0.225 0.156 nan 0.416 0.404 0.327 0.131 0.218 0.379 0.260 0.161 0.275 nan 0.129 0.133 7014 chr20 46589529 46628488 + 0 NA non-coding (NR_110027, exon 3 of 3) non-coding (NR_110027, exon 3 of 3) -2962 NR_109942 101060004 Hs.129970 NR_109942 LINC01523 - long intergenic non-protein coding RNA 1523 ncRNA nan nan 0.544 1.155 0.050 0.992 0.104 0.155 0.267 0.012 0.086 0.064 0.011 0.046 0.561 1.725 0.281 0.133 0.043 0.015 0.040 0.032 0.076 0.064 1.196 0.272 0.098 0.027 0.078 0.016 0.103 0.161 0.109 7.512 0.094 0.061 0.051 0.044 0.102 0.075 0.216 0.161 0.071 0.059 0.017 0.049 2.769 0.122 0.132 0.042 0.160 0.176 1.725 0.065 0.024 1.196 0.104 0.147 0.309 0.201 0.029 0.912 0.084 0.144 0.575 0.036 0.021 0.560 0.373 0.432 0.963 2.511 2.738 nan 0.091 0.161 0.138 0.691 1.068 0.149 0.166 nan 0.461 0.369 0.489 0.105 0.172 0.515 0.841 0.163 0.209 9169 chr5 131721880 131727710 + 0 NA intron (NM_003060, intron 6 of 9) intron (NM_003060, intron 6 of 9) -19187 NR_110997 553103 Hs.570908 NR_110997 ENSG00000233006 MIR3936HG SLC22A5-AS1 MIR3936 host gene ncRNA 0.771 1.901 nan 2.125 0.147 1.606 4.120 0.194 0.358 2.000 2.688 5.948 0.242 0.248 0.518 0.888 1.840 2.526 1.853 1.124 0.024 0.108 0.084 0.185 3.188 2.769 0.166 0.987 1.922 3.631 7.666 2.660 2.241 2.916 0.442 0.017 0.037 0.076 1.555 0.068 4.863 1.596 0.977 3.705 2.492 2.605 11.894 2.072 0.964 1.388 2.801 0.888 2.189 6.590 0.185 1.438 2.276 0.050 1.397 0.121 2.474 0.034 0.065 2.702 2.824 2.694 0.326 0.370 1.303 4.225 0.374 0.575 0.292 0.175 0.431 0.716 0.876 1.437 0.690 0.959 0.464 0.169 0.262 0.351 0.178 0.183 0.210 0.477 0.724 0.557 104 chr1 15524907 15536690 + 0 NA intron (NM_018022, intron 1 of 2) AluSx|SINE|Alu -32678 NM_001278502 727684 Hs.667584 NM_001278501 C1orf195 - chromosome 1 open reading frame 195 protein-coding 0.971 0.879 nan 3.132 0.463 0.047 0.869 0.163 0.396 0.110 0.184 0.608 0.483 0.248 0.113 0.174 0.127 0.108 0.877 0.572 0.155 0.083 0.093 0.106 0.071 0.286 0.147 0.075 0.416 1.356 0.247 0.934 0.739 0.794 0.186 0.130 0.032 0.073 0.104 0.331 0.087 0.253 0.066 0.079 2.475 1.028 0.727 0.126 0.897 0.206 2.310 0.571 0.174 0.913 0.251 0.071 0.415 1.053 0.141 0.176 0.034 0.343 1.582 0.408 0.057 0.068 0.043 0.397 0.468 4.190 8.214 0.644 0.653 0.552 0.223 0.719 nan 0.506 nan 1.554 2.020 nan 0.208 1.602 2.109 0.075 0.159 0.625 1.679 0.624 0.452 8156 chr3 192073034 192096277 + 0 NA intron (NM_004113, intron 2 of 5) L3|LINE|CR1 42183 NM_021032 2257 Hs.390250 NM_004113 ENSG00000114279 FGF12 EIEE47|FGF12B|FHF1 fibroblast growth factor 12 protein-coding nan 1.141 1.268 0.148 0.275 0.048 0.101 0.885 1.826 0.008 0.090 0.048 0.018 0.022 0.350 0.188 0.112 0.139 0.042 0.016 0.019 0.012 0.793 0.427 0.221 0.036 0.012 0.006 0.083 0.014 0.111 nan 0.063 nan 0.019 0.294 0.151 0.065 0.103 0.010 0.530 0.103 0.013 0.010 0.043 0.010 0.113 0.108 0.042 0.056 0.020 0.152 0.188 0.055 0.020 0.221 0.100 0.046 0.573 0.040 0.183 0.020 0.060 1.292 0.010 0.007 0.007 0.311 0.262 0.293 0.301 1.197 0.969 2.831 2.137 0.606 0.586 4.683 5.371 1.298 1.090 1.550 1.388 0.140 0.254 0.868 0.968 2.108 5.223 0.838 0.697 9415 chr6 7040817 7068312 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -53266 NM_001168344 6239 Hs.298248 NM_002955 ENSG00000124782 RREB1 FINB|HNT|LZ321|RREB-1|Zep-1 ras responsive element binding protein 1 protein-coding 1.404 1.179 1.556 0.680 0.789 0.152 2.057 0.273 0.591 0.434 0.771 0.438 0.070 0.328 0.153 0.373 0.125 0.112 1.695 0.892 0.090 0.045 0.286 0.177 2.189 1.994 1.781 0.066 1.306 0.884 2.642 6.847 2.384 0.729 1.090 0.458 0.059 0.114 0.123 0.413 0.883 0.308 0.173 0.187 1.643 0.711 1.322 0.822 0.471 0.448 0.523 2.374 0.373 2.136 2.305 2.189 1.400 0.597 0.301 0.296 0.465 0.647 0.104 0.497 0.564 0.057 0.052 0.540 0.614 0.354 0.690 0.606 0.619 1.924 0.506 1.155 1.244 0.230 0.445 2.395 2.333 0.916 0.810 0.233 0.398 0.387 0.363 0.839 1.780 0.821 0.672 8831 chr5 32191934 32203584 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -23334 NM_022130 64083 Hs.408909 NM_022130 ENSG00000113384 GOLPH3 GOPP1|GPP34|MIDAS|Vps74 golgi phosphoprotein 3 protein-coding 0.852 1.529 nan 0.382 0.697 0.019 1.091 0.248 0.396 0.498 0.246 0.713 0.058 0.439 0.137 0.120 1.006 0.431 1.939 0.796 0.060 0.024 0.368 0.362 1.191 0.694 0.175 0.084 0.529 0.790 1.645 6.321 1.635 0.747 0.665 0.186 0.065 0.074 0.106 0.261 0.170 0.055 0.042 0.087 0.919 0.308 0.514 0.052 1.394 0.085 2.333 1.287 0.120 2.212 0.291 1.191 0.374 1.568 0.083 0.171 1.637 0.820 0.034 0.222 0.117 0.030 0.009 0.428 0.430 0.458 1.032 0.874 0.645 1.900 0.806 0.249 0.200 0.581 0.957 1.089 1.615 1.026 0.474 0.163 0.331 0.564 0.786 0.284 0.748 1.289 0.902 3493 chr14 36393987 36410951 + 0 NA Intergenic L2c|LINE|L2 106872 NM_032352 84312 Hs.525299 NM_032352 ENSG00000100916 BRMS1L BRMS1 breast cancer metastasis-suppressor 1 like protein-coding 1.146 0.826 1.307 0.054 0.242 0.217 0.117 0.190 0.468 0.032 0.044 0.048 0.072 0.505 0.142 0.139 0.143 0.150 0.067 0.037 0.008 0.102 0.169 0.119 0.040 0.017 0.009 0.072 0.024 0.756 3.403 0.242 0.632 0.078 0.048 0.990 0.070 0.130 0.007 0.097 0.068 0.035 0.056 0.045 0.063 0.079 0.117 0.067 0.058 0.019 0.058 0.142 0.093 0.054 0.119 0.051 0.151 0.017 0.095 0.101 0.032 0.029 0.059 0.018 0.007 0.021 0.162 0.130 0.185 0.245 0.655 0.794 1.359 0.330 0.255 0.225 0.424 0.617 0.560 0.580 0.646 0.345 0.188 0.168 3.758 3.289 0.188 0.573 1.019 0.576 11250 chr8 123791694 123795871 + 0 NA promoter-TSS (NM_014943) promoter-TSS (NM_014943) -119 NM_014943 22882 Hs.377090 NM_014943 ENSG00000178764 ZHX2 AFR1|RAF zinc fingers and homeoboxes 2 protein-coding nan nan 11.515 4.348 3.450 2.469 3.395 1.027 2.812 1.003 1.587 2.396 2.272 0.479 0.386 1.810 4.144 0.191 3.852 1.510 1.646 0.332 0.492 0.253 3.279 2.470 2.461 0.930 8.647 2.302 5.213 8.704 7.519 10.823 2.947 1.408 0.643 1.686 0.109 1.213 1.167 2.037 2.975 1.661 4.343 2.412 3.772 1.204 3.638 3.911 5.087 6.393 1.810 8.442 0.624 3.279 1.889 5.289 2.158 5.129 1.400 3.294 0.711 0.563 2.071 4.027 2.530 0.777 1.303 12.391 14.178 5.621 4.412 3.014 0.764 nan 15.093 3.175 4.587 2.817 4.450 2.864 4.247 1.407 2.765 3.746 4.171 0.566 1.837 2.183 1.346 7960 chr3 164032449 164052460 + 0 NA Intergenic L1MC1|LINE|L1 -153110 NR_031665 100302148 NR_031665 ENSG00000221251 MIR1263 MIRN1263|hsa-mir-1263 microRNA 1263 ncRNA 1.043 1.072 0.783 0.079 0.228 0.022 0.042 0.145 0.332 0.009 0.113 0.039 0.006 0.030 0.098 0.097 0.216 0.088 0.068 0.010 0.022 0.201 0.150 0.181 0.003 0.007 0.045 0.054 0.006 0.076 0.056 0.102 0.201 0.037 0.031 0.014 0.033 0.081 0.012 0.024 0.060 0.012 0.016 0.027 0.019 0.098 0.030 0.033 0.025 0.008 0.017 0.097 0.028 0.023 0.181 0.037 0.025 0.020 0.012 0.020 0.028 0.042 0.218 0.023 0.018 0.007 0.319 0.219 0.151 0.210 0.328 0.479 0.268 0.136 0.246 0.253 3.589 3.981 nan 0.333 nan 0.296 0.163 0.224 0.098 0.126 0.483 1.176 0.494 0.350 4371 chr16 56223036 56229774 + 0 NA TTS (NR_026889) TTS (NR_026889) 1154 NM_020988 2775 Hs.644524 NM_020988 ENSG00000087258 GNAO1 EIEE17|G-ALPHA-o|GNAO|HLA-DQB1|NEDIM G protein subunit alpha o1 protein-coding nan nan nan 0.227 3.364 1.387 0.032 2.701 5.842 0.666 0.189 0.110 0.055 1.087 2.679 5.282 0.155 0.147 0.672 0.225 0.375 0.020 1.235 0.599 6.796 0.247 0.074 0.075 0.180 0.632 1.562 0.125 7.259 0.255 0.183 0.520 0.145 0.058 0.254 2.247 2.025 0.098 0.070 0.055 0.079 0.417 0.134 0.290 0.269 0.130 0.370 5.282 0.718 0.028 6.796 0.109 0.872 1.896 1.618 2.895 0.100 1.516 0.697 0.089 0.009 0.007 1.285 1.955 0.069 0.036 5.187 4.514 2.629 0.763 0.223 0.230 2.034 nan nan nan nan 5.831 1.109 1.986 1.908 1.416 2.386 nan nan 1.395 2175 chr11 92750561 92773123 + 0 NA Intergenic Intergenic 59053 NM_005959 4544 Hs.569039 NM_005959 ENSG00000134640 MTNR1B FGQTL2|MEL-1B-R|MT2 melatonin receptor 1B protein-coding 0.606 nan 0.652 0.049 0.153 11.891 0.097 0.378 0.533 0.141 0.173 0.706 0.014 0.035 1.440 1.022 0.414 0.078 0.145 0.079 0.036 0.006 0.103 0.121 0.179 0.258 0.131 0.013 0.096 0.052 0.085 0.159 0.085 2.573 0.273 0.174 0.143 0.033 0.136 0.136 0.060 0.396 0.064 0.042 0.072 0.101 0.171 0.635 0.101 0.028 0.117 0.168 1.022 0.066 0.127 0.179 0.211 0.062 0.013 0.033 0.084 0.288 0.080 0.065 0.322 0.031 0.025 0.987 0.651 0.840 nan 0.457 0.623 0.270 0.077 0.774 0.783 2.220 2.779 0.447 0.396 0.404 0.190 0.278 0.420 0.976 0.989 0.114 nan 1.236 0.834 1513 chr10 72834027 72865040 + 0 NA Intergenic Intergenic -122759 NM_001244889 219699 Hs.522997 NM_170744 ENSG00000107731 UNC5B UNC5H2|p53RDL1 unc-5 netrin receptor B protein-coding 0.918 nan 0.892 0.047 0.048 0.079 0.062 1.585 2.814 0.006 0.063 0.076 0.010 0.009 0.103 0.161 0.070 0.099 0.034 0.006 0.028 0.018 0.111 0.070 0.142 0.025 0.026 0.024 0.063 0.017 0.070 0.119 0.052 0.322 0.005 0.064 0.067 0.045 0.075 0.015 0.118 0.294 0.018 0.008 0.014 0.035 0.117 0.113 0.076 0.030 0.023 0.040 0.161 0.052 0.021 0.142 0.087 0.043 0.037 0.050 0.082 0.038 0.221 0.561 0.012 0.020 0.014 0.594 0.695 0.171 0.277 0.261 0.300 4.447 2.075 0.483 0.464 0.139 0.236 0.681 nan 0.383 0.249 0.569 0.680 0.241 0.220 0.980 nan 0.767 0.518 1264 chr1 245910699 245916209 + 0 NA intron (NM_022743, intron 11 of 11) L2|LINE|L2 -515635 NR_151721 111216275 Hs.663694 NR_151721 ENSG00000232192 KIF26B-AS1 - KIF26B antisense RNA 1 ncRNA nan 1.125 nan 0.053 0.187 0.082 0.104 0.331 0.390 0.153 0.085 0.011 0.038 0.226 0.418 0.455 0.174 0.058 0.034 0.025 0.177 0.164 0.180 0.173 0.101 0.041 0.037 0.039 0.060 0.115 0.128 0.376 0.026 0.065 0.018 0.100 0.097 0.048 0.133 0.087 0.050 0.060 0.071 0.104 0.186 0.074 0.026 0.043 0.108 0.418 0.052 0.030 0.180 0.127 0.030 0.052 0.095 0.037 0.044 0.252 0.223 0.274 0.021 0.019 1.218 0.674 12.028 2.219 0.731 0.693 0.569 0.255 3.643 3.078 0.351 0.573 0.408 0.443 0.367 0.236 0.304 0.455 0.073 0.182 0.438 0.765 0.467 0.351 4905 chr17 61322661 61332193 + 0 NA intron (NM_025185, intron 6 of 24) intron (NM_025185, intron 6 of 24) 190145 NM_001330421 1534 Hs.355264 NM_001915 ENSG00000008283 CYB561 CYB561A1|FRRS2 cytochrome b561 protein-coding 1.162 nan 1.525 0.114 0.222 0.076 0.075 0.218 0.444 0.030 0.202 0.202 0.007 0.032 0.122 0.103 0.438 0.017 0.055 0.080 0.013 0.264 0.139 0.113 0.065 0.007 0.031 0.068 0.011 0.287 0.620 0.125 0.396 0.061 0.402 0.045 0.120 0.025 0.107 0.048 0.006 0.016 0.045 0.008 0.182 0.116 0.102 0.067 0.074 0.076 0.103 0.037 0.106 0.113 0.039 0.035 0.040 0.061 0.236 0.117 0.467 0.246 0.080 0.012 0.005 4.072 4.487 6.798 2.646 0.294 0.520 0.262 0.118 1.038 1.109 1.254 nan 0.890 0.905 0.678 0.268 0.616 1.258 0.092 0.098 0.455 0.920 1.197 0.960 47 chr1 6293412 6310299 + 0 NA Intergenic CpG -2397 NM_001024598 390992 Hs.532677 NM_001024598 ENSG00000173673 HES3 bHLHb43 hes family bHLH transcription factor 3 protein-coding 2.375 nan 1.457 0.612 0.202 2.374 0.706 0.719 1.306 0.385 0.897 0.333 0.693 0.374 0.939 0.984 0.615 0.153 1.039 0.168 0.553 0.227 0.632 0.361 0.784 0.431 0.322 0.641 0.814 0.181 0.665 nan 0.393 4.320 0.294 0.519 0.181 1.104 0.101 0.161 0.420 0.646 0.561 0.361 0.399 0.232 0.462 0.513 0.622 1.259 0.416 0.572 0.984 1.039 0.834 0.784 0.211 0.983 0.534 1.825 0.661 0.377 0.381 0.553 0.397 0.196 0.127 1.140 1.601 1.147 1.522 2.762 2.584 1.917 0.734 1.760 1.712 1.400 nan nan 9.270 nan 1.688 1.299 1.807 0.938 1.206 1.821 2.273 1.036 0.605 10819 chr8 12934486 12991929 + 0 NA intron (NM_001348082, intron 6 of 16) AluSx1|SINE|Alu 10546 NM_001164271 10395 Hs.134296 NM_006094 ENSG00000164741 DLC1 ARHGAP7|HP|STARD12|p122-RhoGAP DLC1 Rho GTPase activating protein protein-coding 0.763 0.603 nan 1.430 0.053 0.016 0.127 0.075 0.188 0.153 0.043 0.161 0.475 0.031 0.039 0.094 0.589 0.132 0.077 0.033 0.200 0.014 0.107 0.126 0.084 0.019 0.020 0.010 0.826 0.393 0.057 0.169 0.363 0.078 0.023 0.059 0.015 0.149 0.115 0.134 0.034 0.090 0.048 0.050 0.498 0.029 0.100 1.034 0.386 0.482 0.044 0.018 0.094 0.173 0.186 0.084 0.028 0.037 0.002 0.253 0.039 0.424 0.293 0.412 0.192 0.045 0.030 1.339 1.756 4.414 5.985 0.254 nan 0.106 0.063 0.647 0.723 0.577 0.834 0.077 0.101 0.894 0.924 0.330 0.685 0.072 0.076 0.511 1.132 0.307 0.461 5332 chr18 47964954 47970067 + 0 NA Intergenic Intergenic 66118 NM_145060 220134 Hs.134726 NM_145060 ENSG00000154839 SKA1 C18orf24 spindle and kinetochore associated complex subunit 1 protein-coding nan 2.446 0.807 0.094 0.212 1.151 0.015 0.259 0.227 0.047 0.054 0.019 0.296 8.843 0.015 0.064 0.020 0.013 0.124 0.062 0.164 0.014 0.015 0.048 0.021 0.048 0.014 4.700 0.097 0.074 0.122 0.073 0.171 0.039 0.036 0.030 0.044 0.096 0.116 0.032 0.014 0.015 0.053 8.843 0.042 0.037 0.164 0.096 0.019 0.034 0.040 0.045 0.058 0.510 0.015 0.010 0.444 0.462 0.162 0.406 0.629 0.673 3.044 1.114 0.109 0.175 0.087 0.276 0.825 0.667 0.513 0.204 0.218 0.394 1.260 0.707 0.570 nan 5.046 2.557 3619 chr14 61976425 62088409 + 0 NA intron (NR_110417, intron 1 of 3) AluSz6|SINE|Alu 4495 NR_110417 101927780 Hs.254789 NR_110416 ENSG00000250548 LINC01303 - long intergenic non-protein coding RNA 1303 ncRNA nan nan 1.120 1.914 0.383 0.694 2.637 0.265 0.445 0.554 2.001 2.755 0.653 0.158 0.391 0.722 2.242 0.311 2.165 0.922 0.853 0.012 0.140 0.102 0.435 4.465 3.699 0.041 1.724 2.019 2.098 3.946 2.935 0.537 2.060 2.335 0.075 0.070 0.123 1.596 0.235 1.417 1.003 0.466 2.977 1.511 1.894 1.528 1.395 0.415 1.930 3.755 0.722 1.929 1.938 0.435 1.746 0.320 0.079 0.248 0.458 2.439 0.676 0.124 3.068 0.834 0.644 0.449 0.406 0.825 1.769 0.606 0.703 0.946 0.274 nan 0.684 0.376 0.636 1.181 nan 0.944 0.591 0.526 1.013 0.361 0.607 0.294 0.532 0.656 0.572 10331 chr7 44212623 44230634 + 0 NA intron (NM_000162, intron 1 of 9) ERV3-16A3_I-int|LTR|ERVL 7410 NM_001354800 2645 Hs.1270 NM_000162 ENSG00000106633 GCK FGQTL3|GK|GLK|HHF3|HK4|HKIV|HXKP|LGLK|MODY2 glucokinase protein-coding 1.533 2.675 nan 0.131 0.601 1.711 0.628 0.151 0.218 0.048 0.296 0.221 0.027 0.044 1.178 1.411 0.139 0.116 0.516 0.305 0.056 0.031 0.663 0.413 0.483 0.465 0.241 0.087 0.211 0.063 0.156 0.408 0.256 0.553 0.471 0.156 0.152 0.096 0.120 0.299 0.242 0.338 0.060 0.039 0.091 0.157 0.481 0.438 0.113 0.562 0.237 0.183 1.411 0.356 0.206 0.483 0.062 0.055 0.177 0.212 0.096 1.981 0.067 0.147 0.213 0.166 0.145 0.669 0.588 0.234 0.304 0.747 0.622 4.384 1.196 0.429 0.464 0.292 0.553 2.045 2.456 0.860 0.629 0.274 0.348 1.133 1.010 0.413 0.669 1.959 1.094 6296 chr2 106566285 106580004 + 0 NA Intergenic Intergenic 104940 NM_001004720 8440 Hs.529244 NM_003581 ENSG00000071051 NCK2 GRB4|NCKbeta NCK adaptor protein 2 protein-coding 0.912 nan 1.144 0.090 0.801 0.400 0.095 0.327 0.974 0.014 0.023 0.094 0.023 0.036 0.442 1.075 0.108 0.074 0.046 0.046 0.010 0.241 0.202 0.448 0.045 0.026 0.011 0.074 0.008 0.066 0.050 0.088 0.870 0.021 0.047 0.014 0.024 0.077 0.017 0.202 0.163 0.026 0.033 0.040 0.059 0.049 0.160 0.095 0.063 0.023 0.039 1.075 0.058 0.051 0.448 0.018 0.049 0.071 0.059 0.080 0.052 0.230 0.560 0.058 0.013 0.012 1.561 1.158 0.709 0.400 1.656 1.679 6.265 1.702 0.752 0.864 0.144 0.328 1.642 1.368 0.971 0.642 0.456 0.556 0.064 0.095 1.420 2.158 0.684 0.526 11702 chr9 111596577 111601426 + 0 NA Intergenic Intergenic 19274 NM_006686 10880 Hs.534390 NM_006686 ENSG00000148156 ACTL7B Tact1 actin like 7B protein-coding 1.013 1.027 nan 0.709 0.090 3.245 1.946 0.066 0.333 0.118 0.127 0.094 0.013 0.040 0.535 0.135 0.094 0.069 3.417 3.840 0.026 0.028 0.164 0.168 0.199 0.071 0.104 0.031 0.055 1.480 0.082 nan 0.164 0.902 2.288 0.100 0.057 0.022 0.047 0.488 0.049 13.300 2.165 1.037 2.576 0.110 0.080 0.102 0.101 0.074 0.016 1.151 0.135 0.352 0.199 0.425 0.288 0.303 0.138 0.064 0.197 1.808 3.331 0.036 0.256 0.111 0.235 0.408 0.451 0.546 0.496 0.185 0.323 0.232 0.091 0.296 0.339 nan 1.034 3.555 0.081 0.178 0.425 0.435 0.406 1.525 nan 0.770 538 chr1 95247178 95271585 + 0 NA intron (NR_104131, intron 1 of 4) intron (NR_104131, intron 1 of 4) 26456 NR_104131 101928079 Hs.596857 NR_104131 ENSG00000224081 SLC44A3-AS1 LINC01057|XLOC_000303 SLC44A3 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 1.557 2.168 0.231 0.121 1.852 0.184 0.314 0.371 0.206 1.345 0.036 0.390 0.157 0.139 1.948 0.250 2.070 0.904 0.705 0.148 0.101 0.105 0.242 1.761 1.283 0.404 2.059 1.449 0.220 0.941 1.126 0.539 0.718 0.150 0.015 0.107 0.112 0.182 0.137 0.366 0.165 0.122 2.430 0.901 1.249 2.224 0.147 0.090 0.363 1.151 0.139 1.309 0.879 0.242 0.495 0.116 0.073 0.090 0.383 0.423 0.057 0.224 0.937 0.078 0.044 0.535 0.507 0.343 0.919 0.698 nan 0.317 0.093 0.313 0.322 0.623 nan 0.720 0.691 nan 0.376 0.270 0.351 0.076 0.120 0.430 1.020 0.934 0.665 10637 chr7 121380759 121396258 + 0 NA Intergenic Intergenic -124651 NM_001206838 5803 Hs.489824 NM_002851 ENSG00000106278 PTPRZ1 HPTPZ|HPTPzeta|PTP-ZETA|PTP18|PTPRZ|PTPZ|R-PTP-zeta-2|RPTPB|RPTPbeta|phosphacan protein tyrosine phosphatase, receptor type Z1 protein-coding 0.798 1.024 0.791 0.536 0.157 0.043 0.060 0.409 0.615 0.061 0.101 0.018 0.104 0.046 0.124 0.108 0.194 0.073 0.300 0.098 0.020 0.009 0.080 0.096 0.061 0.009 0.014 0.193 0.054 1.328 3.765 7.192 0.961 0.819 0.055 0.061 0.063 0.159 0.023 0.163 0.095 0.027 0.005 0.078 0.622 0.106 0.186 0.037 0.071 0.015 0.039 0.108 0.722 0.036 0.061 0.086 0.096 0.056 0.064 0.047 0.041 0.102 0.024 0.034 0.011 0.003 0.469 0.363 0.212 0.312 0.232 0.291 0.720 0.197 0.231 0.222 1.106 1.527 0.416 0.387 0.521 0.187 0.183 0.370 0.465 0.332 0.214 0.446 0.630 0.596 5897 chr2 9893336 9914654 + 0 NA Intergenic Intergenic -79576 NM_001318977 9014 Hs.584833 NM_005680 ENSG00000115750 TAF1B MGC:9349|RAF1B|RAFI63|SL1|TAFI63 TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit B protein-coding 1.196 1.149 1.012 0.534 0.400 1.759 1.133 0.263 0.286 0.030 0.398 0.594 0.085 4.998 1.593 0.115 0.084 0.356 0.297 0.047 0.033 0.737 0.254 0.624 0.554 0.442 0.079 0.368 0.319 0.300 1.113 0.132 0.704 0.598 0.207 0.111 0.068 0.093 0.333 0.246 1.168 0.097 0.061 0.577 0.103 1.031 0.848 1.027 0.401 0.108 0.802 1.593 0.339 0.122 0.624 0.454 0.164 0.279 0.291 0.591 0.538 0.137 0.235 0.799 0.622 0.573 0.667 1.019 0.338 0.477 1.255 1.156 1.990 0.566 0.233 0.258 0.214 0.503 2.387 2.414 0.722 0.488 0.418 0.540 0.605 0.463 0.442 0.740 1.708 1.181 8664 chr4 184423739 184431279 + 0 NA intron (NM_001291959, intron 1 of 1) CpG 274 NM_001291959 3622 Hs.107153 NM_001564 ENSG00000168556 ING2 ING1L|p33ING2 inhibitor of growth family member 2 protein-coding nan 3.408 nan 3.215 2.238 1.838 2.165 2.079 3.341 1.257 3.515 0.908 0.964 0.520 3.209 1.126 1.419 0.151 3.294 0.703 1.873 1.908 1.078 0.602 3.620 1.489 1.622 1.216 3.745 1.153 3.386 4.075 3.024 7.946 1.596 2.860 0.378 2.897 0.119 1.048 2.815 1.952 5.374 2.871 1.408 1.376 1.940 3.614 2.667 2.660 1.799 2.030 1.126 4.942 2.916 3.620 1.322 1.632 0.459 2.147 1.190 1.601 1.139 0.947 1.693 0.848 0.377 2.457 2.515 4.109 5.940 4.206 3.099 7.143 3.056 4.760 4.597 1.571 2.192 3.272 5.763 3.089 3.640 1.489 3.488 2.119 2.179 3.086 3.026 1.150 0.662 4711 chr17 33568236 33573275 + 0 NA intron (NM_144975, intron 1 of 4) intron (NM_144975, intron 1 of 4) 669 NM_144975 162394 Hs.585792 NM_144975 ENSG00000166750 SLFN5 - schlafen family member 5 protein-coding nan 3.098 1.388 5.632 1.224 5.864 2.989 1.938 4.431 0.548 2.218 2.397 1.378 0.041 5.043 1.687 8.118 0.512 6.526 2.484 4.660 0.249 0.747 0.392 4.232 3.873 4.489 0.698 5.816 3.534 8.146 8.052 7.591 4.956 2.217 3.362 0.057 1.438 0.166 3.728 0.820 7.495 2.068 1.193 6.248 3.036 2.483 10.358 4.119 1.905 1.352 0.554 1.687 7.129 3.070 4.232 2.117 0.937 0.154 2.458 0.081 3.245 1.041 0.073 2.070 1.108 0.778 0.532 0.388 4.240 6.243 nan 3.462 1.679 0.286 4.323 3.921 0.203 0.357 0.761 0.583 nan 0.157 2.238 2.160 0.470 0.741 0.062 0.353 0.504 0.517 521 chr1 94233772 94250777 + 0 NA intron (NM_001261408, intron 2 of 13) L1MC5|LINE|L1 -1335 NR_148965 723788 Hs.659312 NR_148965 ENSG00000230439 MIG7 - mig-7 ncRNA nan nan 0.769 0.997 0.123 0.170 2.880 0.254 0.332 1.172 1.243 0.771 0.153 0.466 0.174 0.740 0.674 0.158 2.126 1.273 3.497 0.092 0.088 0.119 2.044 1.564 0.129 1.567 1.575 1.351 4.955 0.827 1.034 1.979 1.666 0.045 0.043 0.121 0.681 1.303 8.175 1.524 0.662 1.790 1.977 6.117 2.759 0.445 0.823 0.548 5.386 0.740 2.053 3.908 0.119 1.214 1.351 0.092 2.244 0.087 1.084 0.046 0.240 2.040 0.131 0.122 0.334 0.232 0.269 0.666 0.668 nan 0.251 0.097 0.138 0.207 0.559 nan 1.054 1.085 nan 0.311 0.141 0.236 0.107 0.261 0.251 0.496 0.716 0.592 9976 chr6 142329999 142338621 + 0 NA Intergenic Intergenic 75626 NM_002511 4829 Hs.552106 NM_002511 ENSG00000135577 NMBR BB1|BB1R|NMB-R neuromedin B receptor protein-coding nan 0.890 nan 0.894 0.151 0.039 2.304 0.093 0.166 0.842 0.235 3.285 0.700 0.035 0.041 0.901 1.205 0.129 3.853 1.653 0.885 0.051 0.164 0.085 0.124 3.063 2.370 0.094 3.039 1.771 1.782 4.609 0.873 0.193 1.491 0.081 0.022 0.092 0.068 2.799 0.083 4.926 1.988 0.762 5.058 4.961 0.514 1.530 0.330 0.795 0.139 1.348 0.901 1.093 0.415 0.124 0.482 0.727 0.092 0.293 0.047 3.172 0.036 0.111 2.446 4.379 5.648 0.879 0.620 0.834 3.016 0.373 0.402 0.231 0.131 0.178 0.209 0.136 0.224 0.210 0.170 0.655 0.268 0.242 0.207 0.156 0.164 0.157 0.389 0.392 0.462 6353 chr2 129058702 129082077 + 0 NA intron (NM_004807, intron 1 of 1) AluSx1|SINE|Alu 5782 NM_004807 9394 Hs.512841 NM_004807 ENSG00000136720 HS6ST1 HH15|HS6ST heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 1 protein-coding 1.356 nan nan 0.431 1.067 3.353 0.319 0.480 1.174 0.432 1.095 0.430 0.157 0.750 2.714 1.258 0.280 0.055 0.504 0.162 0.613 0.065 0.507 0.309 1.313 0.698 0.587 0.511 0.425 0.194 0.791 2.383 0.912 3.197 0.723 0.571 0.106 0.350 0.067 0.229 0.497 0.589 0.532 0.292 0.278 0.112 0.981 0.251 1.618 0.956 0.223 1.732 1.258 0.574 0.380 1.313 0.574 0.980 0.476 1.324 1.922 0.758 0.507 0.500 0.385 0.534 0.277 1.052 1.495 1.359 2.169 2.566 2.255 3.621 0.817 1.885 1.799 0.567 0.998 6.076 7.010 1.012 0.975 0.840 1.761 0.602 0.734 1.401 2.864 1.710 0.886 2164 chr11 90567500 90587215 + 0 NA intron (NR_104190, intron 4 of 6) intron (NR_104190, intron 4 of 6) 25013 NR_031663 100302228 NR_031663 ENSG00000221586 MIR1261 MIRN1261|hsa-mir-1261 microRNA 1261 ncRNA 0.487 nan 0.495 0.304 0.138 0.059 0.061 0.146 0.281 0.286 0.083 0.038 0.136 0.050 0.077 0.075 0.079 0.043 0.123 0.029 0.049 0.072 0.075 0.060 0.004 0.004 0.099 0.213 0.273 0.351 0.216 0.278 0.118 0.046 0.034 0.039 0.114 0.024 0.129 0.098 0.003 0.016 0.200 0.012 0.260 0.045 0.029 0.007 0.012 0.225 0.075 0.032 0.005 0.060 0.130 0.038 0.010 0.092 0.060 1.504 0.087 0.027 0.012 0.008 3.915 2.592 6.578 nan 0.243 0.438 0.126 0.095 0.613 0.621 0.730 0.834 0.400 0.362 0.423 0.182 2.011 2.364 0.170 0.335 0.295 nan 0.421 0.446 1912 chr11 43852089 43858054 + 0 NA intron (NM_016142, intron 7 of 10) MLT1J1|LTR|ERVL-MaLR -47286 NM_139178 221120 Hs.720708 NM_139178 ENSG00000166199 ALKBH3 ABH3|DEPC-1|DEPC1|PCA1|hABH3 alkB homolog 3, alpha-ketoglutaratedependent dioxygenase protein-coding nan 0.959 0.766 0.119 0.132 0.064 0.784 0.165 0.424 0.032 0.163 0.300 0.021 0.170 0.076 0.470 0.306 0.104 0.089 0.069 0.023 0.393 0.206 0.378 0.189 0.108 0.085 0.149 0.222 0.136 0.141 0.107 0.384 0.209 0.090 0.047 0.151 0.133 0.119 0.199 0.524 0.163 0.039 0.092 0.127 0.372 0.668 0.096 0.214 0.109 0.023 0.470 0.302 1.406 0.378 0.105 0.083 0.066 0.097 0.105 0.294 0.100 0.310 0.102 0.387 0.400 0.647 0.363 0.549 1.762 0.465 0.444 3.463 10.007 0.240 0.294 0.560 1.190 0.229 0.236 0.343 0.164 0.186 0.370 0.314 0.404 1.263 nan 0.472 0.556 3293 chr13 101009568 101053734 + 0 NA intron (NM_000282, intron 19 of 23) intron (NM_000282, intron 19 of 23) 101618 NR_047686 100885777 Hs.662554 NR_047686 PCCA-AS1 - PCCA antisense RNA 1 ncRNA 0.837 1.317 0.815 0.072 0.262 0.308 0.328 0.133 0.324 0.084 0.359 0.497 0.059 0.027 0.167 0.719 0.569 0.113 0.419 0.237 0.802 4.214 0.156 0.119 0.266 0.475 0.272 0.089 0.093 0.076 0.158 0.447 0.161 0.348 0.192 1.397 0.375 0.147 0.082 0.254 0.130 1.177 0.317 0.164 0.077 0.047 0.232 1.051 0.322 0.378 0.254 0.181 0.719 0.327 0.687 0.266 0.086 0.122 0.149 0.523 0.117 0.314 0.085 0.112 0.639 0.610 0.711 0.737 0.424 0.286 0.340 0.476 0.566 1.525 0.388 0.146 0.132 0.359 nan 0.263 0.303 0.452 0.247 0.182 0.358 1.250 2.371 0.377 nan 0.286 0.186 986 chr1 193144599 193165717 + 0 NA 5' UTR (NM_003783, exon 1 of 2) 5' UTR (NM_003783, exon 1 of 2) 585 NM_003783 8707 Hs.518834 NM_003783 ENSG00000162630 B3GALT2 BETA3GALT2|GLCT2|beta3Gal-T2 beta-1,3-galactosyltransferase 2 protein-coding 1.646 nan 3.657 0.357 0.568 0.026 0.087 0.361 0.560 0.036 0.173 0.173 0.009 1.318 0.113 0.211 0.410 0.191 0.241 0.072 0.055 0.145 1.412 0.757 0.516 0.122 0.030 0.045 0.079 0.075 0.184 0.414 0.090 1.491 0.055 0.204 0.153 0.292 0.132 0.016 0.095 0.048 0.017 0.030 0.061 0.051 0.105 0.090 0.123 0.054 0.085 0.101 0.211 0.138 0.066 0.516 0.093 0.075 0.074 0.016 0.572 0.056 0.192 0.593 0.033 0.008 0.002 2.300 1.892 3.520 6.186 2.483 2.340 4.501 1.966 10.776 10.901 3.238 nan 1.096 1.089 3.134 2.829 0.315 0.639 1.125 1.008 1.425 2.486 1.320 0.787 786 chr1 156297464 156315912 + 0 NA promoter-TSS (NM_144627) promoter-TSS (NM_144627) -417 NM_144627 128229 Hs.534539 NM_144627 ENSG00000163467 TSACC C1orf182|SIP|SSTK-IP TSSK6 activating cochaperone protein-coding nan nan 1.606 0.808 1.017 0.487 0.955 0.582 1.175 0.312 0.860 0.861 0.279 0.832 1.147 1.073 0.616 0.209 1.019 0.339 1.014 0.572 0.943 0.439 0.748 0.771 0.758 0.470 0.616 0.411 0.896 1.385 0.732 5.377 0.517 1.476 0.301 0.843 0.171 0.627 0.345 1.160 0.859 0.443 0.863 0.434 0.929 0.538 0.812 1.114 0.401 0.592 1.073 0.759 1.014 0.748 0.793 0.493 0.357 2.065 0.573 1.427 0.783 1.329 0.309 0.478 0.317 1.475 1.290 1.488 2.090 1.650 nan 2.230 0.774 1.316 1.394 1.438 1.912 2.292 2.474 1.948 1.824 1.468 2.421 1.065 1.351 1.842 5.098 1.211 0.568 4148 chr15 94798037 94804275 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -40274 NM_018349 55784 Hs.33368 NM_018349 ENSG00000140563 MCTP2 - multiple C2 and transmembrane domain containing 2 protein-coding nan nan nan 0.080 0.028 0.027 0.282 0.026 0.307 0.031 0.188 0.067 0.019 0.032 0.058 0.150 0.072 0.102 0.084 0.030 0.257 0.026 0.115 0.293 0.092 0.476 0.077 0.034 0.141 0.924 0.158 0.346 0.047 0.080 0.015 0.086 0.085 0.064 0.046 0.087 0.037 0.170 0.240 0.052 0.022 0.043 0.150 0.102 0.139 0.115 0.118 0.092 0.016 0.028 0.016 0.026 0.080 0.037 0.018 0.008 0.441 0.086 7.606 3.433 0.181 0.228 nan 0.136 0.702 0.748 0.151 0.203 0.250 0.240 nan 0.174 0.213 0.256 0.079 0.091 0.106 nan 0.320 0.354 4082 chr15 75930336 75942130 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -3569 NM_018285 55272 Hs.513043 NM_018285 ENSG00000177971 IMP3 BRMS2|C15orf12|MRPS4 IMP3, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein-coding 2.322 1.680 3.130 2.405 1.089 0.419 1.829 0.860 1.703 1.245 3.458 1.928 0.817 1.821 0.808 1.452 1.508 0.332 1.951 0.738 2.188 1.797 0.785 0.524 1.599 1.673 1.552 1.789 2.162 1.307 2.346 4.016 1.413 3.456 1.436 2.012 0.242 1.903 0.100 0.870 0.953 3.274 2.178 1.134 2.776 0.800 2.722 3.788 3.917 3.017 2.584 4.137 1.452 1.962 2.186 1.599 2.650 2.074 0.495 2.860 1.418 1.063 0.545 0.596 1.385 1.087 0.672 1.907 2.553 2.282 3.568 1.894 1.604 2.863 0.698 1.904 1.824 1.669 2.376 3.190 4.167 3.455 4.646 1.323 2.262 1.106 1.194 2.623 2.653 1.101 0.720 201 chr1 27915710 27933860 + 0 NA intron (NM_001029882, intron 1 of 6) intron (NM_001029882, intron 1 of 6) 5220 NM_001029882 27245 Hs.469280 NM_001029882 ENSG00000126705 AHDC1 MRD25 AT-hook DNA binding motif containing 1 protein-coding 2.971 1.538 nan 0.925 1.180 1.631 0.884 0.963 1.830 0.879 2.580 0.527 0.099 0.334 1.012 1.841 0.580 0.116 1.841 0.533 0.355 0.230 0.380 0.275 0.787 0.920 0.834 0.583 0.800 0.261 1.255 3.738 1.295 4.139 1.200 0.323 0.279 0.627 0.100 0.613 2.313 1.776 0.795 0.423 0.337 0.432 0.368 0.394 1.124 1.219 0.214 0.471 1.841 1.181 1.068 0.787 0.316 0.671 1.213 1.508 0.568 0.483 0.429 1.131 0.835 0.044 0.017 1.102 2.199 0.640 0.931 6.052 6.070 0.909 0.341 1.283 1.413 2.290 3.429 1.962 2.551 2.705 2.280 0.715 1.227 0.684 0.627 2.863 4.767 1.123 0.632 6742 chr2 236401888 236416206 + 0 NA intron (NM_001244888, intron 1 of 9) MER5A|DNA|hAT-Charlie -5348 NR_131900 100506749 Hs.684184 NR_131900 ENSG00000235529 AGAP1-IT1 - AGAP1 intronic transcript 1 ncRNA 1.695 nan 2.672 0.713 2.636 1.195 2.814 0.681 1.179 0.382 1.340 0.809 0.076 0.605 1.332 1.226 0.295 0.023 2.028 0.625 0.548 0.203 0.868 0.590 3.120 1.533 1.081 0.520 2.241 0.385 1.954 4.834 1.215 2.696 0.613 0.769 0.094 0.576 0.095 1.417 1.066 0.677 0.934 0.550 0.638 1.001 2.079 0.529 1.425 1.509 1.566 1.810 1.226 1.544 4.309 3.120 0.498 1.145 0.269 1.783 0.558 0.876 2.229 0.059 0.742 0.851 0.569 1.190 1.840 1.023 1.656 2.796 2.585 2.529 0.572 2.415 2.393 0.658 1.083 3.445 nan 5.717 5.443 2.580 4.182 0.750 0.804 0.205 0.219 0.932 0.612 11474 chr9 16521316 16534954 + 0 NA intron (NM_017637, intron 5 of 6) intron (NM_017637, intron 5 of 6) -198677 NR_151723 111216284 Hs.609218 NR_151723 ENSG00000234779 BNC2-AS1 - BNC2 antisense RNA 1 ncRNA nan nan 0.728 0.107 0.103 0.020 0.072 0.106 0.249 0.070 0.073 0.348 0.009 0.008 0.072 0.293 0.555 0.188 0.114 0.139 0.078 0.020 0.115 0.161 0.052 0.081 0.005 0.017 0.065 0.023 0.028 0.076 0.401 0.219 0.202 0.126 0.367 0.117 0.229 0.035 0.059 0.026 0.023 0.049 0.074 0.156 0.400 0.090 0.245 0.017 0.049 0.293 0.103 0.027 0.052 0.045 0.031 0.186 0.102 0.298 0.189 1.094 0.109 0.193 0.017 0.018 0.255 0.328 0.553 1.302 0.377 0.484 0.190 0.116 0.116 0.143 3.213 3.854 0.120 0.124 0.427 0.239 1.446 1.510 0.697 0.957 0.146 0.286 1.054 0.944 719 chr1 151800938 151822578 + 0 NA intron (NM_001136003, intron 1 of 1) intron (NM_001136003, intron 1 of 1) 1005 NR_024237 100132111 Hs.697059 NR_024237 LOC100132111 - uncharacterized LOC100132111 ncRNA nan nan 2.388 0.967 0.860 2.508 2.305 0.741 1.267 0.159 0.118 0.298 0.023 0.646 1.049 0.554 0.233 0.105 1.192 1.017 0.178 0.019 0.716 0.394 0.780 1.286 0.904 0.139 2.184 1.355 15.141 28.971 0.642 1.175 1.845 0.471 0.254 0.095 0.093 1.517 0.047 0.157 0.131 0.094 0.531 0.117 0.756 0.106 0.518 0.135 10.489 11.922 0.554 2.413 0.115 0.780 2.396 7.255 0.275 0.504 1.099 0.754 1.571 0.420 0.089 1.038 0.844 1.527 1.958 1.126 1.904 1.773 nan 1.698 0.612 0.610 0.804 0.745 1.029 2.572 3.042 0.440 0.395 3.180 3.871 1.326 1.491 0.651 1.742 1.407 0.922 4645 chr17 19961365 19970886 + 0 NA intron (NM_001243439, intron 1 of 14) AluSz|SINE|Alu -24210 NM_001033553 92521 Hs.431045 NM_152904 ENSG00000128487 SPECC1 CYTSB|HCMOGT-1|HCMOGT1|NSP sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1 protein-coding 0.852 1.616 1.413 0.069 0.350 0.766 1.997 0.354 0.626 0.613 0.395 1.807 0.007 0.074 0.118 0.277 0.212 0.128 0.620 0.783 5.279 0.029 0.115 0.087 0.125 0.882 0.516 0.039 0.093 0.112 0.161 0.286 0.357 0.617 0.123 5.027 0.651 0.068 0.066 0.410 0.143 0.928 0.392 0.279 0.401 0.178 1.379 0.410 1.659 0.300 2.507 1.203 0.277 0.771 10.595 0.125 1.027 0.157 0.120 0.567 0.427 5.031 0.125 0.143 1.664 3.793 5.323 0.737 0.843 0.287 nan 0.320 0.366 2.204 0.431 0.212 0.203 3.392 4.029 2.796 4.016 nan 0.288 0.217 0.397 3.174 5.646 0.339 0.746 0.466 0.250 1529 chr10 75688931 75702276 + 0 NA Intergenic Intergenic -13068 NM_001001791 414236 Hs.585453 NM_001001791 ENSG00000222047 C10orf55 - chromosome 10 open reading frame 55 protein-coding 0.675 nan 0.717 2.143 0.126 0.067 4.566 0.120 0.294 0.585 0.566 1.177 0.019 0.120 0.100 0.259 0.312 0.060 1.501 1.440 0.470 0.052 0.082 0.070 0.135 1.805 1.148 0.067 1.688 1.849 1.665 3.935 0.774 0.745 1.073 0.376 0.007 0.090 0.072 0.451 0.067 1.777 1.212 0.725 2.438 0.606 2.075 0.360 0.737 1.216 0.295 2.079 0.259 1.410 1.121 0.135 1.688 0.831 0.058 0.700 0.212 0.782 0.059 0.055 0.678 0.165 0.134 0.418 0.410 0.417 1.060 0.368 0.370 1.036 0.286 0.333 0.457 0.233 0.456 1.081 nan 0.203 0.122 0.232 0.189 0.153 0.356 0.207 nan 0.590 0.469 9273 chr5 150437845 150478110 + 0 NA intron (NM_001252390, intron 1 of 17) L2a|LINE|L2 2668 NM_001252385 10318 Hs.355141 NM_006058 ENSG00000145901 TNIP1 ABIN-1|NAF1|VAN|nip40-1 TNFAIP3 interacting protein 1 protein-coding 1.101 nan 0.790 2.600 0.400 0.467 3.203 0.421 0.763 0.260 2.993 1.853 0.646 0.123 0.455 0.298 1.185 0.084 2.537 1.623 1.458 0.168 0.193 0.150 0.504 2.862 2.522 0.357 0.977 1.712 0.658 1.100 0.541 2.023 1.124 2.102 0.038 0.495 0.120 1.207 0.277 5.382 3.696 1.417 4.115 1.177 1.130 2.512 1.380 0.973 0.357 0.914 0.298 1.866 1.291 0.504 0.762 0.772 0.138 0.802 0.458 0.605 0.478 0.805 2.458 0.673 0.284 0.760 1.051 1.233 1.944 0.927 0.967 0.713 0.367 0.655 0.642 0.578 0.896 0.989 1.279 1.243 1.462 0.629 1.112 0.188 0.151 0.715 1.454 0.503 0.413 7451 chr22 43251878 43265316 + 0 NA Intergenic AluJr|SINE|Alu -5189 NM_014570 26286 Hs.685225 NM_014570 ENSG00000242247 ARFGAP3 ARFGAP1 ADP ribosylation factor GTPase activating protein 3 protein-coding 1.695 nan 2.178 1.870 0.729 1.272 2.002 0.432 0.679 0.597 1.699 0.536 0.647 0.232 0.762 1.021 0.632 0.168 1.404 0.533 0.719 0.197 0.617 0.328 0.780 0.385 0.408 0.295 2.766 1.637 1.067 2.628 1.552 1.465 0.848 0.291 0.134 0.698 0.177 0.408 0.308 0.825 0.549 0.343 0.745 0.561 1.382 0.588 0.788 0.894 0.632 0.888 1.021 1.774 0.752 0.780 0.220 0.728 0.461 1.064 2.183 0.948 0.118 0.209 1.153 0.180 0.131 0.577 0.788 0.897 1.437 1.078 0.932 1.266 0.454 0.912 0.851 1.400 nan 1.637 1.978 nan 0.814 0.428 0.538 0.662 1.128 0.527 0.950 1.943 0.864 11874 chr9 140300870 140310052 + 0 NA intron (NR_104599, intron 1 of 2) intron (NR_104599, intron 1 of 2) 12253 NR_104599 54932 Hs.495553 NM_017820 ENSG00000187609 EXD3 mut-7 exonuclease 3'-5' domain containing 3 protein-coding 0.703 0.620 0.988 0.622 0.240 0.078 2.781 0.104 0.253 0.243 1.283 1.475 0.014 0.097 0.058 0.460 0.530 0.122 2.798 1.158 1.037 0.060 0.136 0.185 0.295 3.502 4.837 1.496 0.821 1.251 1.239 2.771 0.280 0.553 1.172 1.262 0.042 0.484 0.090 0.756 0.044 2.309 2.032 1.103 0.380 1.243 0.312 6.948 0.989 3.912 0.360 2.331 0.460 4.675 1.541 0.295 0.681 0.862 0.213 2.011 0.264 1.045 0.075 0.108 2.401 1.687 1.041 0.377 0.425 0.435 nan 0.692 nan 0.483 0.177 0.210 0.172 0.132 0.253 0.403 0.776 0.697 0.454 0.404 0.307 0.242 0.286 0.301 0.355 0.382 0.315 10796 chr8 6563796 6569310 + 0 NA promoter-TSS (NR_125386) promoter-TSS (NR_125386) 675 NM_018361 55326 Hs.624002 NM_018361 ENSG00000155189 AGPAT5 1AGPAT5|LPAATE 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 5 protein-coding 3.760 2.706 3.664 3.650 2.685 3.565 1.604 2.440 4.081 0.558 1.707 2.107 0.292 1.223 2.776 3.691 1.155 0.117 1.600 0.278 1.030 1.106 2.933 1.196 7.530 0.676 0.849 0.677 3.319 0.860 1.355 1.504 0.690 3.368 0.931 2.069 0.893 2.453 0.137 0.602 0.874 2.712 1.923 1.047 1.263 0.769 1.924 2.693 2.718 2.339 1.201 1.208 3.691 1.854 1.224 7.530 1.508 0.811 0.565 2.723 2.933 1.231 1.096 2.231 1.378 0.898 0.352 6.834 6.460 4.492 5.387 11.364 9.382 10.292 5.263 12.051 12.420 2.588 3.372 4.476 7.338 nan 8.430 2.551 4.746 5.943 5.980 7.563 6.608 5.136 2.275 1353 chr10 15181906 15210742 + 0 NA TTS (NR_036506) TTS (NR_036506) 1022 NR_036506 100192204 Hs.714691 NR_036506 ENSG00000206448 PPIAP30 - peptidylprolyl isomerase A pseudogene 30 pseudo nan 0.712 0.926 0.157 0.579 0.044 0.318 0.176 0.482 0.102 0.750 0.639 0.007 0.021 0.136 0.139 0.455 0.162 0.238 0.046 0.305 0.146 0.119 0.098 0.271 0.342 0.360 0.236 0.286 0.110 0.078 0.180 0.129 0.577 0.071 0.153 0.030 0.184 0.091 0.203 0.162 0.371 0.375 0.213 0.079 0.058 0.130 0.322 0.299 0.374 0.146 0.159 0.139 0.240 0.135 0.271 0.105 0.072 0.061 0.442 0.123 0.488 0.086 0.220 0.274 0.294 0.286 0.808 0.772 0.668 0.919 0.552 0.486 4.997 1.229 0.293 0.352 0.662 1.038 0.423 0.605 0.844 0.920 0.173 0.340 0.263 0.301 0.434 0.674 0.590 0.354 1742 chr11 792358 799047 + 0 NA intron (NM_001191061, intron 1 of 9) intron (NM_001191061, intron 1 of 9) 561 NM_024698 79751 Hs.99486 NM_024698 ENSG00000177542 SLC25A22 EIEE3|GC-1|GC1|NET44 solute carrier family 25 member 22 protein-coding 3.931 2.928 11.502 1.971 0.851 1.704 2.369 1.318 2.978 0.329 2.539 0.787 0.316 0.923 7.080 2.419 1.145 0.192 1.637 0.535 0.622 0.914 0.954 0.495 3.273 1.069 1.173 2.406 0.987 0.615 1.844 3.109 1.512 4.964 0.437 1.572 0.770 1.553 0.080 0.844 1.115 3.603 2.971 1.476 1.363 0.365 1.230 1.698 1.871 2.801 0.799 0.490 2.419 1.974 2.942 3.273 0.693 0.517 0.873 4.223 1.329 0.667 2.166 1.222 1.411 0.964 0.486 4.732 6.689 1.853 2.612 6.398 5.091 2.986 1.231 2.856 2.897 3.374 4.521 2.647 3.473 5.421 7.054 1.997 2.965 2.449 1.849 2.366 3.630 1.669 0.861 11610 chr9 85669944 85679098 + 0 NA intron (NM_152573, intron 1 of 16) intron (NM_152573, intron 1 of 16) 3522 NM_152573 158158 Hs.129136 NM_152573 ENSG00000165105 RASEF RAB45 RAS and EF-hand domain containing protein-coding 1.897 4.812 3.154 1.900 5.167 1.782 2.283 0.806 1.526 0.141 0.236 0.058 1.247 0.774 0.347 1.045 0.220 0.105 2.271 1.268 0.041 0.281 2.094 0.587 1.014 2.198 1.959 0.312 3.453 0.495 5.682 8.843 2.654 0.859 1.361 0.046 1.181 0.083 0.074 0.220 1.283 0.775 0.690 0.485 1.257 2.336 1.862 0.116 1.545 0.064 1.486 2.106 1.045 4.862 0.977 1.014 0.975 3.852 0.139 0.057 0.094 0.699 0.142 0.350 0.069 0.030 0.586 0.552 1.627 1.715 1.618 1.096 0.422 0.146 2.405 2.344 1.416 2.037 3.168 6.070 0.417 0.289 0.482 0.808 6.576 5.049 0.188 0.155 2.415 1.551 10025 chr6 153350300 153386248 + 0 NA intron (NM_012419, intron 1 of 4) L1MEe|LINE|L1 -44324 NM_001301870 54516 Hs.225836 NM_019041 ENSG00000112031 MTRF1L HMRF1L|MRF1L|mtRF1a mitochondrial translational release factor 1 like protein-coding nan 1.101 1.209 0.058 0.552 0.076 0.124 0.205 0.406 0.013 0.087 0.164 0.015 0.050 0.094 0.300 0.104 0.045 0.185 0.132 0.044 0.015 0.187 0.142 0.683 0.321 0.162 0.022 0.154 0.056 1.527 nan 0.352 0.378 0.086 0.114 0.048 0.039 0.116 0.115 0.013 0.085 0.044 0.024 0.180 0.096 0.137 0.093 0.093 0.176 0.024 0.104 0.300 0.081 0.062 0.683 0.146 0.050 0.019 0.054 0.054 0.075 0.042 0.130 0.100 0.024 0.011 0.356 0.246 0.235 0.349 0.753 nan 1.510 0.467 0.184 0.140 0.150 0.226 1.188 1.075 0.632 0.287 0.112 0.144 0.271 0.456 0.299 nan 0.490 0.380 2585 chr12 30843235 30854484 + 0 NA promoter-TSS (NM_006390) promoter-TSS (NM_006390) 70 NM_006390 10526 Hs.505136 NM_006390 ENSG00000133704 IPO8 RANBP8 importin 8 protein-coding 1.953 nan 2.231 0.916 2.991 0.424 0.594 0.557 1.097 0.154 1.279 1.127 0.149 0.560 0.939 0.796 0.319 0.072 1.398 0.683 0.140 0.110 0.559 0.352 1.149 0.499 0.384 0.336 0.576 0.309 1.115 1.547 0.591 3.024 0.429 0.599 1.854 0.896 0.129 0.453 0.925 0.558 1.115 0.662 0.584 0.343 0.916 0.996 0.764 1.431 0.379 0.665 0.796 1.129 0.635 1.149 0.423 0.435 0.648 1.485 2.926 0.294 0.413 0.318 1.303 0.225 0.140 0.956 1.393 1.541 2.068 3.147 2.723 2.608 0.957 3.329 3.114 1.455 1.910 2.098 2.630 1.384 1.347 0.726 1.566 8.090 8.660 1.159 1.469 2.254 1.389 4404 chr16 66582098 66588318 + 0 NA promoter-TSS (NR_073520) promoter-TSS (NR_073520) -893 NM_001172645 7084 Hs.512619 NM_004614 ENSG00000166548 TK2 MTDPS2|MTTK|PEOB3|SCA31 thymidine kinase 2, mitochondrial protein-coding nan nan 2.988 3.232 3.174 2.021 2.436 2.463 4.383 2.167 2.472 4.997 0.513 2.998 1.431 5.050 2.255 0.264 3.541 1.496 10.824 2.568 1.122 0.395 5.163 4.175 3.995 2.409 3.001 1.186 1.349 2.813 2.187 6.119 1.971 4.235 0.398 2.875 0.173 1.614 1.071 3.599 5.198 2.739 1.597 1.110 1.699 3.855 4.471 4.888 2.569 3.871 5.050 3.750 4.345 5.163 0.729 1.598 0.913 4.298 2.707 1.728 0.764 1.186 2.888 2.453 2.282 2.712 3.667 3.193 3.972 4.427 4.133 5.227 1.854 4.580 4.850 3.233 4.015 4.844 7.810 4.096 3.329 1.664 2.303 1.958 1.909 1.696 2.210 4.154 1.637 4864 chr17 53539903 53575409 + 0 NA Intergenic Intergenic -58315 NM_012329 23531 Hs.463483 NM_012329 ENSG00000108960 MMD MMA|MMD1|PAQR11 monocyte to macrophage differentiation associated protein-coding 1.161 0.971 1.040 0.083 0.079 0.011 0.323 0.131 0.249 0.014 0.224 0.173 0.010 0.042 0.077 0.141 0.139 0.114 0.173 0.080 0.035 0.012 0.079 0.098 0.061 0.164 0.028 0.031 0.103 0.086 0.159 0.835 0.159 0.301 0.083 0.112 0.024 0.058 0.111 0.028 0.067 0.127 0.027 0.026 0.162 0.076 0.091 0.166 0.834 0.058 0.084 0.149 0.141 0.107 0.031 0.061 0.080 0.140 0.027 0.059 0.043 0.094 0.031 1.073 0.037 0.018 0.010 0.439 0.289 0.161 0.300 0.292 0.330 0.109 0.081 nan 0.400 0.470 0.707 nan nan 0.595 0.278 0.161 0.216 0.095 0.104 1.106 4.239 0.331 0.451 6671 chr2 222250171 222263631 + 0 NA Intergenic L1ME3A|LINE|L1 180177 NM_001304537 2043 Hs.371218 NM_004438 ENSG00000116106 EPHA4 HEK8|SEK|TYRO1 EPH receptor A4 protein-coding nan 0.911 1.110 0.106 0.137 0.050 0.282 0.131 0.319 0.007 0.052 0.038 0.019 0.065 0.066 0.133 0.079 0.107 0.195 0.224 0.117 0.155 0.169 0.056 0.011 0.011 0.089 0.024 0.071 0.233 0.099 nan 0.131 0.072 0.064 0.024 0.112 0.047 0.028 0.023 0.160 0.034 0.254 0.067 0.030 0.032 0.030 0.133 0.055 0.073 0.169 0.037 0.055 0.311 0.027 0.038 0.053 0.044 1.378 0.017 0.043 0.019 0.432 0.275 0.234 0.332 0.184 0.263 0.158 0.088 0.239 0.296 3.826 3.959 0.365 nan 0.822 0.450 0.131 0.218 0.105 0.127 1.480 nan 0.361 0.377 6773 chr2 241756542 241771864 + 0 NA Intergenic MER45B|DNA|hAT-Tip100 -4478 NM_001330289 547 Hs.516802 NM_004321 ENSG00000130294 KIF1A ATSV|C2orf20|HSN2C|MRD9|SPG30|UNC104 kinesin family member 1A protein-coding 2.465 nan 0.608 1.375 4.224 2.549 0.047 3.396 6.788 0.046 0.042 0.352 0.501 1.789 3.028 0.014 0.062 0.063 0.025 0.029 1.367 1.810 1.110 4.939 0.018 0.042 0.087 0.040 0.772 1.542 0.112 5.175 0.010 0.046 0.542 2.526 0.150 0.016 2.492 0.103 0.055 0.036 0.007 0.050 0.090 0.085 0.132 0.067 0.031 0.042 3.028 0.047 0.061 4.939 0.088 0.166 0.364 1.483 1.568 0.015 1.425 0.209 0.035 0.026 0.010 5.138 5.798 2.312 2.691 5.812 4.859 3.996 1.499 4.389 4.063 0.739 1.122 4.833 6.620 2.140 2.449 2.290 3.935 2.294 2.025 0.976 0.975 2.593 1.202 6562 chr2 193234098 193248475 + 0 NA Intergenic Intergenic -181627 NM_001305145 23671 Hs.144513 NM_016192 ENSG00000144339 TMEFF2 CT120.2|HPP1|TENB2|TPEF|TR|TR-2 transmembrane protein with EGF like and two follistatin like domains 2 protein-coding 0.794 nan 0.844 0.060 0.104 0.035 0.021 0.123 0.235 0.007 0.055 0.057 0.030 0.041 0.037 0.138 0.069 0.068 0.073 0.039 0.049 0.138 0.125 0.037 0.005 0.005 0.066 0.067 0.092 0.015 0.338 0.030 0.079 0.086 0.030 0.084 0.008 0.033 0.047 0.013 0.021 0.015 0.021 0.033 0.098 0.040 0.054 0.011 0.024 0.138 0.030 0.043 0.037 0.034 0.007 0.028 0.092 0.011 0.042 0.100 0.021 0.017 0.003 0.370 0.205 4.352 6.892 0.182 0.236 0.281 0.182 0.421 0.351 0.523 0.724 0.329 0.357 0.452 0.140 0.128 0.229 0.240 0.168 0.412 1.011 0.175 0.286 7716 chr3 106406319 106421068 + 0 NA Intergenic Intergenic 545792 NR_028303 100302640 Hs.648607 NR_028303 ENSG00000242759 LINC00882 - long intergenic non-protein coding RNA 882 ncRNA nan nan 1.040 0.220 0.179 0.007 0.211 1.401 2.735 0.033 0.111 0.303 0.013 0.075 0.187 0.096 0.209 0.132 0.109 0.013 0.060 0.018 0.626 0.516 3.855 0.112 0.029 0.005 0.169 0.137 0.115 0.251 0.080 0.395 0.200 0.032 0.104 0.022 0.099 0.040 0.060 0.119 0.029 0.027 0.059 0.015 0.181 0.177 0.044 0.044 0.028 0.157 0.096 0.086 0.019 3.855 0.033 0.061 0.066 0.103 0.164 0.129 0.020 0.175 0.084 0.023 0.010 0.313 0.174 0.213 0.353 0.521 0.675 2.681 1.301 0.194 0.205 0.502 0.708 0.578 0.643 0.770 0.354 0.121 0.148 0.486 0.312 0.522 1.015 1.227 0.785 11086 chr8 82242937 82292410 + 0 NA Intergenic L1M5|LINE|L1 74955 NM_001444 2171 Hs.408061 NM_001444 ENSG00000164687 FABP5 E-FABP|EFABP|KFABP|PA-FABP|PAFABP fatty acid binding protein 5 protein-coding 1.389 nan nan 0.086 1.105 0.663 0.145 0.585 0.925 0.025 0.143 0.084 0.031 0.316 0.212 0.199 0.132 0.081 0.364 0.279 0.046 0.010 0.207 0.156 0.073 0.061 0.045 0.028 0.182 0.064 1.682 4.237 0.234 1.282 0.880 0.320 0.052 0.037 0.071 0.268 0.074 0.085 0.076 0.041 0.084 0.153 0.110 0.345 0.084 0.228 0.083 1.137 0.199 0.162 0.067 0.073 0.483 0.156 0.037 0.012 0.713 0.129 0.177 0.368 0.034 0.019 0.032 0.401 0.326 0.478 0.377 0.745 0.800 1.114 0.342 0.320 0.303 5.318 5.899 nan 3.367 0.476 0.321 0.278 0.472 0.374 0.531 0.565 1.944 1.960 1.234 97 chr1 14226471 14233030 + 0 NA Intergenic Intergenic 153874 NM_001007257 7799 Hs.371823 NM_012231 ENSG00000116731 PRDM2 HUMHOXY1|KMT8|KMT8A|MTB-ZF|RIZ|RIZ1|RIZ2 PR/SET domain 2 protein-coding 0.683 0.971 nan 0.088 0.290 0.874 0.033 0.198 0.470 0.014 0.036 0.042 0.243 0.122 0.107 0.045 0.049 0.016 0.039 0.048 0.038 0.075 0.033 0.021 0.032 0.109 0.052 0.066 0.802 0.025 0.014 0.036 0.068 0.003 0.060 0.140 0.014 0.011 0.033 0.058 0.015 0.086 0.032 0.042 0.024 0.060 0.107 0.015 0.042 0.075 0.012 0.030 0.046 0.200 0.060 0.347 0.019 0.012 0.009 0.015 0.459 0.422 7.064 2.350 0.513 0.504 1.212 0.417 0.473 nan 0.163 nan 1.081 1.004 nan 0.173 0.459 0.744 0.054 0.154 0.201 0.228 0.666 0.497 10293 chr7 32528980 32547741 + 0 NA intron (NM_015060, intron 1 of 15) intron (NM_015060, intron 1 of 15) 3322 NM_015060 23080 Hs.128056 NM_015060 ENSG00000105778 AVL9 KIAA0241 AVL9 cell migration associated protein-coding 2.718 1.885 2.441 2.172 1.052 1.091 1.846 0.521 1.030 0.937 1.103 1.114 0.403 0.626 1.018 0.914 1.607 0.206 1.857 0.775 2.292 0.627 0.923 0.553 1.089 2.405 1.883 1.029 2.780 0.696 2.708 3.932 2.918 2.813 0.944 1.567 0.263 1.487 0.238 1.366 0.876 1.270 1.034 0.515 1.207 0.978 1.819 1.402 1.375 1.597 0.810 0.983 0.914 1.879 5.259 1.089 0.768 0.459 0.446 1.224 0.952 2.470 0.471 0.582 1.123 2.564 2.306 2.541 2.243 1.828 2.919 2.730 nan 3.030 1.070 4.856 5.368 1.930 nan nan nan 1.959 1.922 0.973 1.636 1.683 1.765 1.874 nan 1.308 0.782 3645 chr14 66972954 66976988 + 0 NA 5' UTR (NM_020806, exon 1 of 23) 5' UTR (NM_020806, exon 1 of 23) 846 NM_001024218 10243 Hs.208765 NM_020806 ENSG00000171723 GPHN GEPH|GPH|GPHRYN|HKPX1|MOCODC gephyrin protein-coding nan 3.499 5.213 4.822 6.335 5.403 2.767 2.231 3.438 0.943 2.146 2.487 2.408 1.961 9.072 5.068 1.117 0.316 1.731 0.520 0.716 1.548 1.520 1.104 4.683 1.896 1.363 0.930 3.821 1.500 5.065 7.792 5.293 8.695 2.031 2.204 0.048 4.487 0.207 1.510 6.213 3.048 4.313 2.147 2.436 2.051 3.207 3.079 2.764 4.852 2.544 2.963 5.068 1.851 3.956 4.683 1.632 1.512 2.098 6.151 3.037 6.052 3.278 1.622 3.976 1.413 0.995 7.007 7.313 3.604 4.869 10.705 7.974 1.368 0.497 nan 12.413 5.167 6.589 6.855 nan 14.298 18.419 5.439 11.417 0.362 0.324 5.866 5.740 5.334 3.763 7776 chr3 116552686 116593086 + 0 NA Intergenic Intergenic -3672 NR_039649 100616485 NR_039649 ENSG00000265433 MIR4447 - microRNA 4447 ncRNA 0.807 nan 0.595 0.041 0.126 0.041 0.039 0.200 0.358 0.007 0.037 0.027 0.012 0.032 0.090 0.180 0.089 0.108 0.102 0.034 0.011 0.017 0.100 0.099 0.050 0.015 0.011 0.007 0.071 0.005 0.046 0.078 0.075 0.251 0.047 0.001 0.011 1.830 0.056 0.020 0.051 0.059 0.027 0.014 0.057 0.017 0.048 0.101 0.034 0.019 0.014 0.066 0.180 0.044 0.039 0.050 0.040 0.034 0.014 0.016 0.106 0.043 0.015 0.197 0.007 0.027 0.002 0.375 0.187 0.332 0.324 0.358 nan 0.304 0.217 0.192 0.189 nan 1.013 0.262 0.240 0.852 0.483 0.097 0.162 0.035 0.061 0.360 1.039 0.643 0.558 8260 chr4 10049351 10067084 + 0 NA Intergenic MLT2D|LTR|ERVL -16345 NM_001001290 56606 Hs.444612 NM_020041 ENSG00000109667 SLC2A9 GLUT9|GLUTX|UAQTL2|URATv1 solute carrier family 2 member 9 protein-coding nan nan nan 0.099 0.282 0.151 0.271 0.045 0.099 0.027 0.080 0.058 0.014 0.017 0.126 0.348 0.055 0.064 0.197 0.085 0.007 0.023 0.106 0.122 0.108 0.162 0.041 0.037 0.108 0.119 0.077 0.170 0.096 6.209 0.091 0.109 0.034 0.049 0.079 0.027 0.111 0.099 0.034 0.018 0.086 0.082 0.144 0.148 0.096 0.087 0.040 0.110 0.348 0.132 0.026 0.108 0.069 0.028 0.054 0.046 0.029 0.094 0.034 0.701 0.021 0.038 0.017 0.302 0.251 0.340 0.537 0.251 0.249 0.725 0.252 0.297 0.246 0.271 0.498 0.175 0.192 0.492 0.342 0.139 0.183 0.130 0.196 0.746 1.616 nan 0.550 9474 chr6 18488047 18496173 + 0 NA Intergenic Intergenic -30868 NR_149116 105374956 Hs.561599 NR_149116 MIR548A1HG - MIR548A1 host gene ncRNA 0.809 nan 1.709 1.934 0.171 0.314 0.154 0.155 0.257 0.306 0.161 0.034 5.837 0.063 0.123 0.271 0.101 0.120 1.324 0.233 0.039 0.085 0.133 0.090 0.280 0.038 0.027 0.019 0.246 0.332 1.050 3.574 5.567 2.142 1.387 0.040 0.024 0.056 0.134 0.072 0.048 0.159 0.026 0.039 0.298 0.445 0.761 0.061 0.441 0.067 0.058 0.846 0.271 4.086 0.280 0.677 3.521 0.025 0.071 0.038 0.059 0.025 0.138 0.019 0.021 0.620 0.390 4.399 6.873 0.349 0.395 0.234 0.116 0.284 0.427 0.319 0.542 0.228 0.304 0.478 0.210 0.262 0.217 0.175 0.159 0.184 0.585 0.702 0.573 774 chr1 155655988 155684859 + 0 NA intron (NM_033657, intron 1 of 12) SVA_F|Other|Other 11538 NM_004632 7818 Hs.516746 NM_004632 ENSG00000132676 DAP3 DAP-3|MRP-S29|MRPS29|S29mt|bMRP-10 death associated protein 3 protein-coding nan nan 2.068 1.015 0.938 0.757 0.988 0.444 1.020 0.435 0.990 0.747 0.633 0.783 1.858 1.225 1.068 0.260 1.498 0.627 1.256 0.800 0.838 0.530 1.148 0.959 1.116 0.735 0.803 0.549 1.125 1.999 1.149 3.691 0.760 1.316 0.332 0.996 0.165 0.852 0.621 1.309 1.181 0.538 0.935 0.589 0.800 0.761 1.105 1.225 0.411 0.710 1.225 1.910 1.142 1.148 0.710 0.893 0.361 2.272 1.179 1.172 1.221 2.599 0.521 0.632 0.356 1.772 1.799 2.085 3.143 2.344 nan 2.043 1.123 2.069 2.120 1.293 1.851 1.569 2.622 1.711 1.750 2.660 3.968 1.093 1.464 4.246 7.617 0.864 0.548 5101 chr17_gl000205_random 109745 112603 + 0 NA Intergenic GSATII|Satellite|centr -5449 NR_003682 403340 Hs.572501 NR_003682 MGC70870 - C-terminal binding protein 2 pseudogene pseudo 3.900 5.717 5.993 3.399 7.940 2.367 1.541 4.350 8.909 0.032 5.217 2.115 4.189 8.468 1.839 4.872 0.319 0.306 1.440 0.729 0.552 0.048 3.239 1.309 11.882 0.940 0.605 7.397 9.490 2.581 5.857 9.066 0.170 5.870 0.051 2.837 0.198 1.508 0.223 1.730 2.638 1.939 29.606 19.351 2.101 0.787 3.303 0.433 13.046 4.147 1.325 4.489 4.872 0.301 0.036 11.882 5.335 5.418 2.790 4.049 3.225 0.278 1.172 1.215 2.154 0.081 0.017 0.914 0.995 nan nan 1.578 1.964 10.162 2.286 2.842 2.821 9.259 12.230 0.693 0.611 nan 6.268 4.614 6.069 3.615 4.165 1.075 2.855 4.124 3.210 5602 chr19 30715781 30723809 + 0 NA Intergenic CpG -143505 NM_014717 9745 Hs.378901 NM_014717 ENSG00000198597 ZNF536 - zinc finger protein 536 protein-coding 5.493 0.388 0.522 0.054 0.065 3.415 0.044 1.887 3.283 0.012 0.088 0.103 0.008 0.012 0.055 3.153 0.057 0.160 0.013 0.016 0.041 0.052 0.831 0.027 0.102 0.034 0.010 0.030 0.069 0.444 0.018 0.061 0.498 0.075 0.376 0.114 0.135 0.088 0.012 0.024 0.116 0.487 0.419 0.525 0.008 3.153 0.056 0.023 0.831 0.062 1.862 1.780 0.010 0.161 0.062 0.094 0.017 0.013 0.247 0.267 0.271 0.453 0.198 0.181 0.144 0.082 0.171 0.152 3.921 6.483 0.101 0.160 nan 0.091 0.668 0.658 0.073 0.100 0.334 0.991 0.738 0.503 4306 chr16 28301011 28310784 + 0 NA intron (NM_001024401, intron 1 of 3) intron (NM_001024401, intron 1 of 3) 2057 NM_001024401 388228 Hs.97837 NM_001024401 ENSG00000188322 SBK1 SBK SH3 domain binding kinase 1 protein-coding 2.829 1.840 nan 0.909 4.079 3.232 0.218 2.099 3.437 0.127 0.307 0.095 0.149 4.409 2.591 2.614 0.070 0.098 0.262 0.058 0.296 0.567 1.860 0.981 3.976 0.185 0.111 0.225 0.545 0.054 1.140 2.824 1.060 7.073 0.495 0.281 0.508 1.029 0.075 0.084 0.967 0.481 0.297 0.217 0.171 0.307 0.839 0.273 0.666 0.689 0.436 0.483 2.614 0.189 0.956 3.976 0.088 0.486 1.073 1.228 2.512 0.138 1.296 0.974 0.094 0.271 0.151 2.952 3.449 1.605 2.007 6.154 4.870 nan 2.775 6.182 6.216 1.704 2.668 10.116 13.359 2.943 3.540 1.828 3.886 2.772 1.775 2.362 3.299 3.061 1.797 6224 chr2 86420113 86427997 + 0 NA Intergenic Intergenic -1162 NM_006839 10989 Hs.148559 NM_006839 ENSG00000132305 IMMT HMP|MINOS2|Mic60|P87|P87/89|P89|PIG4|PIG52 inner membrane mitochondrial protein protein-coding nan 1.832 nan 2.233 2.988 2.484 3.002 1.730 3.307 1.330 4.366 4.713 0.748 1.075 2.348 2.151 1.928 0.577 3.412 1.489 3.166 1.637 1.556 0.754 2.539 1.965 1.971 1.450 2.080 0.911 3.740 5.804 2.766 5.385 1.593 4.386 0.406 4.024 0.218 1.606 1.401 3.864 2.840 1.285 1.510 1.144 3.103 3.267 4.043 3.503 5.057 2.118 2.151 3.548 4.395 2.539 1.258 1.737 0.740 4.393 2.532 2.806 1.134 1.786 1.862 1.815 1.370 3.621 3.264 3.529 5.218 4.415 4.295 7.120 3.133 8.195 8.527 2.775 4.420 5.184 6.998 4.910 5.026 2.271 3.728 2.623 2.358 4.585 5.564 3.599 1.717 10810 chr8 11242635 11251483 + 0 NA intron (NR_026814, intron 2 of 6) intron (NR_026814, intron 2 of 6) 21148 NR_026814 83656 Hs.583896 NM_054017 ENSG00000184608 FAM167A-AS1 C8orf12 FAM167A antisense RNA 1 ncRNA 0.571 0.722 nan 0.041 1.513 0.182 0.032 0.198 0.394 0.027 0.066 0.014 0.069 0.603 0.377 0.084 0.038 0.024 0.007 0.031 0.191 0.111 4.900 0.047 0.008 0.025 0.047 0.012 0.028 0.169 0.025 0.278 0.050 0.024 0.097 0.082 0.069 0.052 0.031 0.034 0.009 0.049 0.077 0.154 0.083 0.016 0.054 0.030 0.377 0.016 0.021 4.900 0.040 0.038 0.045 0.033 0.125 0.018 0.011 0.037 0.007 0.017 0.282 0.231 0.119 0.141 4.849 nan 8.222 2.758 0.384 0.490 0.213 0.328 2.497 2.275 0.258 0.169 0.071 0.211 0.764 0.483 0.162 0.207 5.155 2.482 1341 chr10 14042928 14056966 + 0 NA intron (NM_018027, intron 2 of 24) intron (NM_018027, intron 2 of 24) 585 NM_001318336 55691 Hs.330463 NM_018027 ENSG00000151474 FRMD4A CCAFCA|FRMD4|bA295P9.4 FERM domain containing 4A protein-coding nan 0.838 0.656 0.042 0.114 0.008 0.061 0.113 0.192 0.014 0.663 1.277 0.004 0.039 0.272 7.913 0.572 0.046 0.144 0.033 0.059 0.173 0.321 0.119 0.041 0.063 0.015 0.077 0.114 0.106 0.350 0.041 0.066 0.219 0.070 0.066 0.042 0.055 1.347 0.098 0.066 0.140 0.027 0.172 1.943 0.093 0.870 0.017 0.038 0.272 0.077 0.026 0.173 0.009 0.071 0.136 0.233 0.043 0.084 0.174 0.424 1.801 0.033 0.025 4.589 5.637 7.324 8.069 0.555 0.474 0.732 0.370 0.232 0.231 0.386 0.649 0.463 0.506 0.755 0.682 0.451 0.512 1.013 1.477 0.544 0.761 0.389 0.342 2684 chr12 53397644 53405278 + 0 NA intron (NM_001330654, intron 1 of 13) intron (NM_001330654, intron 1 of 13) 1419 NM_001300821 1975 Hs.648394 NM_001417 ENSG00000063046 EIF4B EIF-4B|PRO1843 eukaryotic translation initiation factor 4B protein-coding nan 1.941 1.775 2.098 2.475 0.805 4.024 1.054 2.477 1.556 2.984 1.820 2.477 1.376 1.985 1.986 2.115 0.376 2.189 0.920 2.451 1.973 1.439 1.138 2.355 2.159 2.012 1.660 2.810 1.640 3.568 5.132 1.827 5.815 1.554 6.708 0.961 1.910 0.085 1.250 0.634 3.269 4.455 2.011 2.056 1.518 3.303 4.319 3.191 4.103 2.701 2.652 1.986 2.903 15.707 2.355 1.871 1.870 0.978 4.160 1.459 3.778 1.064 2.017 1.437 2.816 1.779 nan 2.916 3.642 4.805 4.369 nan 7.407 3.225 6.916 7.315 2.342 nan 7.193 nan 6.016 5.791 2.372 3.348 4.068 4.830 5.694 5.292 2.927 1.520 4123 chr15 89019795 89043850 + 0 NA Intergenic Intergenic 21138 NR_135917 64963 Hs.111286 NM_022839 ENSG00000181991 MRPS11 HCC-2|MRP-S11|S11mt mitochondrial ribosomal protein S11 protein-coding 1.123 nan 1.084 0.096 0.111 0.193 0.106 0.247 0.343 0.016 0.109 0.107 0.018 0.050 0.429 0.197 0.078 0.073 0.051 0.016 0.021 0.048 0.156 0.152 0.179 0.061 0.054 0.049 0.094 0.026 0.073 0.176 0.138 1.138 0.006 0.119 0.024 0.040 0.065 0.010 0.251 0.111 0.040 0.029 0.018 0.054 0.088 0.174 0.162 0.067 0.016 0.092 0.197 0.065 0.031 0.179 0.092 0.124 0.085 0.185 0.114 0.082 0.201 1.512 0.047 0.017 0.011 0.480 0.548 0.422 0.507 0.451 0.582 0.549 0.186 0.232 0.174 0.341 0.590 0.439 0.523 2.987 2.677 0.477 0.764 0.258 0.181 1.384 3.945 1.078 0.624 5098 chr17_gl000204_random 51539 59297 + 0 NA NA CpG NA NA nan 0.764 nan 0.027 0.092 0.591 0.072 0.104 0.273 0.063 0.047 0.034 0.809 0.478 0.112 0.082 0.068 0.027 0.065 0.054 0.061 0.022 0.015 0.018 0.028 0.019 0.064 0.014 0.042 0.261 0.046 1.758 0.038 0.083 0.070 0.076 0.007 0.010 0.107 0.023 0.010 0.084 0.068 0.048 0.166 7.773 0.025 0.031 0.102 0.478 0.065 0.035 0.015 0.064 0.045 0.872 0.490 0.040 0.010 0.039 0.259 0.013 0.022 0.007 0.345 0.132 0.054 0.119 nan nan 0.093 0.032 0.098 0.086 1.834 2.044 0.172 0.186 nan nan 0.160 0.196 0.054 0.044 0.302 0.360 0.271 0.262 6929 chr20 31559122 31574634 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu 25361 NM_080675 140732 Hs.375186 NM_080675 ENSG00000167098 SUN5 SPAG4L|SPGF16|TSARG4|dJ726C3.1 Sad1 and UNC84 domain containing 5 protein-coding 1.614 1.034 0.776 0.097 0.210 0.086 0.056 0.094 0.229 0.018 0.125 0.095 0.016 0.058 0.141 0.197 0.173 0.155 0.112 0.013 0.086 0.063 0.118 0.117 0.190 0.085 0.041 0.065 0.092 0.014 0.171 nan 0.180 0.468 0.028 0.217 0.025 0.125 0.107 0.046 0.097 0.124 0.051 0.045 0.021 0.070 0.047 0.296 0.128 0.097 0.032 0.065 0.197 0.119 0.029 0.190 0.071 0.091 0.183 0.124 0.071 0.025 0.051 1.617 0.461 0.267 0.546 0.608 0.581 0.271 0.434 0.596 nan 0.450 0.226 0.345 0.321 0.773 1.145 0.303 0.430 6.882 5.378 0.348 0.371 0.135 0.186 2.168 nan 0.249 0.243 8653 chr4 182513198 182548403 + 0 NA Intergenic Intergenic 220326 NR_147188 105377573 Hs.333288 NR_147188 ENSG00000251336 TEMN3-AS1 - TENM3 antisense transcript 1 ncRNA nan 0.690 nan 0.124 0.028 0.144 0.063 0.350 0.675 0.072 0.094 0.009 0.060 0.076 0.134 0.070 0.078 0.061 0.011 0.008 0.004 0.246 0.137 0.242 0.012 0.014 0.006 0.050 0.006 0.062 0.038 0.048 0.157 0.041 0.968 0.187 0.369 0.092 0.013 0.213 0.055 0.010 0.015 0.019 0.020 0.038 0.272 0.014 0.032 0.004 0.026 0.134 0.040 0.024 0.242 0.024 0.038 0.008 0.016 0.029 0.018 0.031 0.038 0.015 0.011 0.009 0.199 0.118 0.181 0.299 0.261 0.292 9.921 3.651 0.109 0.117 0.078 0.164 0.348 0.258 0.295 0.145 0.062 0.117 0.986 1.061 0.081 0.140 0.588 0.404 3424 chr14 29155589 29161560 + 0 NA Intergenic Intergenic 75951 NR_125758 103695363 Hs.569360 NR_125758 FOXG1-AS1 FOXG1-AS FOXG1 antisense RNA 1 ncRNA 0.965 1.011 0.996 0.085 1.622 0.591 0.083 0.134 0.200 0.016 0.093 0.076 0.021 0.016 1.771 0.173 0.207 0.080 0.125 0.011 0.433 0.358 0.081 0.011 0.012 0.030 0.035 0.452 2.324 0.071 0.343 0.227 0.098 1.111 0.071 0.134 0.002 0.071 0.015 0.020 0.018 0.013 0.064 0.067 0.014 0.024 0.080 0.011 0.173 0.072 0.063 0.081 0.037 0.034 0.029 0.119 0.052 0.034 0.020 0.010 0.008 0.244 0.090 0.170 0.184 0.339 0.426 9.948 7.790 0.292 0.197 0.293 0.576 0.260 0.359 0.536 0.204 0.112 0.188 3.917 4.645 0.190 0.286 1.758 0.866 4799 chr17 42287532 42300456 + 0 NA non-coding (NR_045058, exon 3 of 21) non-coding (NR_045058, exon 3 of 21) 3047 NM_001076684 7343 Hs.89781 NM_014233 ENSG00000108312 UBTF CONDBA|NOR-90|UBF|UBF-1|UBF1|UBF2 upstream binding transcription factor protein-coding 5.149 3.767 nan 4.608 4.329 3.565 2.320 2.708 5.423 1.480 4.717 1.803 1.230 1.271 4.259 4.380 1.809 0.362 3.233 0.791 2.799 3.166 3.035 1.598 4.927 1.918 2.893 2.675 2.766 0.581 4.843 nan 3.141 7.488 0.646 4.532 1.509 3.051 0.099 1.273 3.298 5.945 2.815 1.424 1.799 1.494 2.436 3.842 6.127 3.252 2.531 3.024 4.380 3.621 2.406 4.927 1.435 2.690 1.166 6.705 3.617 2.494 2.354 2.694 2.116 1.701 1.188 4.779 5.538 2.971 4.409 7.234 nan 4.607 1.486 7.156 7.291 2.025 2.823 6.165 nan 6.057 7.501 3.333 6.341 3.862 3.099 4.533 5.899 1.927 1.052 10792 chr8 3806403 3858200 + 0 NA intron (NM_033225, intron 5 of 69) intron (NM_033225, intron 5 of 69) 1020027 NM_033225 64478 Hs.571466 NM_033225 ENSG00000183117 CSMD1 PPP1R24 CUB and Sushi multiple domains 1 protein-coding 0.453 0.575 0.424 0.047 0.048 0.191 0.028 0.317 0.634 0.004 0.052 0.046 0.006 0.098 0.211 0.333 0.070 0.072 0.016 0.015 0.008 8.043 4.393 0.083 0.001 0.017 0.009 0.045 0.004 0.036 0.022 0.044 0.079 0.014 0.041 0.033 0.031 0.107 0.005 0.020 0.061 0.021 0.010 0.002 0.028 0.034 0.058 0.020 0.014 0.012 0.024 0.333 0.014 0.009 0.083 0.009 0.032 0.008 0.020 0.112 0.021 0.111 0.038 0.006 0.013 0.003 0.344 0.213 0.352 0.389 0.714 0.721 0.155 0.097 0.190 0.180 0.083 0.132 0.396 0.386 nan 0.253 0.184 0.283 0.291 0.331 0.154 0.198 0.854 0.624 8969 chr5 68994544 69034023 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -7929 NR_027386 653188 Hs.631974 NR_027386 ENSG00000253203 GUSBP3 GUSBP1|SMA3 glucuronidase, beta pseudogene 3 pseudo 0.768 1.931 0.641 0.411 0.874 0.367 0.381 0.395 0.767 0.200 0.264 0.150 0.241 0.897 0.947 0.891 0.182 0.057 0.342 0.091 0.108 0.365 2.001 1.447 0.581 0.226 0.290 0.139 0.352 0.179 0.356 0.903 0.430 2.535 0.255 0.274 3.334 0.374 0.109 0.071 0.649 0.282 0.298 0.189 0.083 0.276 0.269 0.116 0.192 0.311 0.297 0.283 0.891 0.294 0.248 0.581 0.263 0.752 0.455 0.263 0.466 0.251 0.374 0.157 0.155 0.101 0.087 0.857 0.865 0.845 1.463 1.353 1.364 4.144 2.122 0.991 0.886 2.555 2.598 1.408 1.830 0.986 0.773 0.187 0.509 3.875 6.204 0.326 0.490 3.576 1.864 893 chr1 175115581 175118681 + 0 NA TTS (NM_022093) TTS (NM_022093) 44818 NM_001319231 9674 Hs.518138 NM_014656 ENSG00000235750 KIAA0040 - KIAA0040 protein-coding nan nan nan 0.115 0.010 0.036 0.113 0.051 0.383 0.031 0.100 0.089 0.037 0.056 0.388 0.200 0.105 0.063 0.099 0.160 0.038 0.066 0.023 0.022 0.079 0.086 0.023 0.807 0.097 0.048 0.069 0.041 0.069 0.155 0.149 0.039 0.025 0.071 0.026 0.031 0.131 0.105 0.024 0.173 0.022 0.388 0.037 0.038 0.054 0.149 0.182 0.182 0.303 0.049 0.019 2.654 1.091 13.743 3.588 nan 0.795 0.533 0.179 0.436 0.500 0.641 0.871 0.554 0.616 0.566 0.351 0.885 1.382 0.111 0.177 0.698 nan 0.985 0.916 6414 chr2 150965246 151031001 + 0 NA Intergenic Intergenic 115398 NR_146972 105373683 NR_146972 ENSG00000231420 LINC01817 - long intergenic non-protein coding RNA 1817 ncRNA nan 0.640 nan 0.813 0.151 0.151 1.154 0.377 0.647 0.170 0.604 2.226 0.134 0.081 0.087 0.441 0.514 0.145 0.500 0.296 0.288 0.015 0.110 0.130 0.166 0.385 0.224 0.048 0.278 0.507 0.582 1.200 0.793 0.482 0.774 0.693 0.026 2.139 0.091 0.337 0.148 0.755 0.122 0.066 0.256 0.354 0.289 0.237 0.514 0.152 0.317 0.687 0.441 0.530 0.035 0.166 0.447 0.220 0.131 0.095 0.114 0.339 0.059 0.079 1.027 0.032 0.018 0.292 0.253 0.540 1.054 0.305 0.334 0.559 0.173 0.294 0.310 0.438 0.631 0.363 0.317 0.373 0.173 0.198 0.239 0.119 0.217 0.263 0.532 0.348 0.334 8766 chr5 11586954 11598526 + 0 NA intron (NM_001288717, intron 2 of 20) L1MC|LINE|L1 -3711 NM_001288716 1501 Hs.314543 NM_001332 ENSG00000169862 CTNND2 GT24|NPRAP catenin delta 2 protein-coding nan nan nan 0.735 0.167 0.028 0.043 0.097 0.206 0.033 0.100 0.048 0.064 0.052 0.048 0.288 0.133 0.111 0.073 0.016 0.033 0.263 0.209 0.011 0.018 0.032 0.019 0.135 0.018 0.124 0.133 0.123 nan 2.925 0.058 0.073 0.130 0.020 0.055 0.036 0.060 0.019 0.040 0.124 0.042 0.012 0.092 0.074 0.288 0.140 0.040 0.011 0.043 0.065 0.926 0.035 0.088 0.046 0.207 0.010 0.013 0.025 0.017 0.759 0.417 1.267 1.305 0.258 0.298 0.108 0.048 0.170 0.185 nan 6.452 0.237 0.299 0.919 0.453 0.352 0.635 0.357 0.209 0.139 nan 0.456 0.527 3979 chr15 59448801 59469129 + 0 NA intron (NM_004998, intron 22 of 27) intron (NM_004998, intron 22 of 27) 4496 NR_031750 100313886 NR_031750 ENSG00000253030 MIR2116 mir-2116 microRNA 2116 ncRNA 0.984 2.060 2.366 0.561 0.480 2.193 1.100 0.229 0.367 0.356 0.398 0.520 0.006 0.343 1.320 0.484 0.275 0.095 1.253 0.619 0.134 0.021 0.361 0.256 0.633 1.118 0.811 0.098 1.212 1.477 2.008 8.413 2.785 5.511 0.677 0.192 0.160 0.069 0.077 0.888 0.085 0.312 0.130 0.058 1.630 0.754 0.161 0.643 0.764 0.174 0.593 0.500 0.484 0.674 0.206 0.633 1.204 0.166 0.190 0.118 0.415 0.613 0.384 0.177 0.625 0.067 0.032 0.717 0.710 1.026 1.478 1.790 1.825 1.253 0.224 0.546 0.440 0.244 0.371 3.846 3.027 0.662 0.357 0.508 1.050 0.894 1.524 0.276 0.390 0.905 0.583 6714 chr2 233484845 233500067 + 0 NA intron (NM_001243252, intron 1 of 3) Charlie1a|DNA|hAT-Charlie -5751 NM_001308395 80303 Hs.516769 NM_025202 ENSG00000115468 EFHD1 MST133|MSTP133|PP3051|SWS2 EF-hand domain family member D1 protein-coding 0.863 nan 1.455 0.099 0.255 1.167 0.311 0.190 0.272 0.238 0.158 0.096 0.033 0.019 0.058 0.387 0.093 0.147 0.285 0.063 0.067 0.246 0.687 0.524 0.735 0.273 0.072 0.140 0.250 0.131 0.163 0.532 0.620 6.194 0.308 0.096 0.252 1.360 0.113 0.085 0.094 0.163 0.102 0.077 0.050 0.050 0.628 0.155 0.680 0.625 0.337 0.293 0.387 0.235 0.097 0.735 0.040 0.293 0.080 0.815 0.300 0.286 0.111 0.089 0.149 0.068 0.013 1.076 1.432 0.596 1.017 0.708 0.767 0.675 0.230 0.402 0.393 0.463 0.728 0.496 nan 0.422 0.291 0.422 0.588 0.989 0.830 0.276 0.378 1.717 0.727 10459 chr7 81143940 81158048 + 0 NA intron (NR_136264, intron 4 of 4) intron (NR_136264, intron 4 of 4) 40141 NR_136264 105369146 Hs.730390 NR_136264 LOC105369146 - uncharacterized LOC105369146 ncRNA 0.790 0.625 0.657 0.074 0.118 0.035 0.045 0.176 0.157 0.007 0.104 0.149 0.004 0.050 0.088 0.073 0.300 0.140 0.050 0.053 0.032 0.088 0.088 0.144 0.068 0.013 0.005 0.006 0.082 0.007 0.046 0.126 0.128 0.194 0.114 0.058 0.021 0.223 0.189 0.025 0.051 0.065 0.009 0.006 0.039 0.022 0.123 0.067 0.185 0.061 0.061 0.080 0.073 0.035 0.046 0.068 0.044 0.064 0.021 0.066 0.036 0.045 0.028 0.098 0.092 0.020 0.007 0.389 0.243 0.168 0.240 0.326 0.378 0.141 0.094 0.117 0.105 5.047 4.658 0.206 0.242 0.369 0.216 0.192 0.209 0.080 0.108 0.298 nan 0.539 0.539 3959 chr15 53094789 53106802 + 0 NA Intergenic Intergenic -18586 NM_004498 3175 Hs.555318 NM_004498 ENSG00000169856 ONECUT1 HNF-6|HNF6|HNF6A one cut homeobox 1 protein-coding 0.513 0.820 0.681 0.060 0.971 0.065 0.060 0.161 0.326 0.016 0.065 0.038 0.083 0.025 0.053 0.758 0.080 0.022 0.143 0.052 0.065 0.111 0.110 0.236 0.105 0.024 3.137 0.199 0.166 0.635 0.350 0.196 0.061 0.060 0.049 0.027 0.083 0.069 0.087 0.080 0.015 0.039 0.679 0.045 0.056 0.143 0.123 0.053 0.039 0.055 0.758 0.070 0.018 0.110 0.075 0.094 0.025 0.101 0.060 0.061 0.132 0.062 0.006 0.010 0.013 0.381 0.323 0.124 0.201 1.066 0.967 3.140 1.373 0.392 0.481 0.269 0.358 0.335 0.411 0.606 0.349 0.513 0.510 0.554 0.456 0.228 0.308 0.259 0.296 9008 chr5 73192906 73255252 + 0 NA intron (NM_001080479, intron 36 of 36) AluSx1|SINE|Alu 114736 NM_001244364 64283 Hs.482521 NM_001080479 ENSG00000214944 ARHGEF28 RGNEF|RIP2|p190RHOGEF Rho guanine nucleotide exchange factor 28 protein-coding 1.230 nan 1.361 0.274 0.073 0.614 0.369 0.263 0.491 0.147 0.238 0.330 0.037 0.029 0.147 0.381 1.171 0.123 0.244 0.116 0.215 0.011 0.194 0.120 0.162 0.270 0.149 0.054 0.181 0.447 0.142 0.683 0.241 0.568 0.127 0.105 0.644 1.405 0.147 0.057 0.216 0.177 0.138 0.075 0.226 0.245 0.308 0.211 0.149 0.171 0.328 0.207 0.381 0.286 0.062 0.162 0.134 0.035 0.385 0.081 0.065 0.205 0.030 0.381 0.220 0.309 0.211 0.279 0.180 0.724 1.994 0.471 0.487 nan 0.215 0.127 0.125 2.870 nan 0.321 0.290 0.856 0.900 0.119 0.160 1.303 1.352 0.415 0.972 0.675 0.463 10434 chr7 75560131 75578678 + 0 NA intron (NM_000941, intron 1 of 15) AluSx|SINE|Alu -3697 NR_002955 677801 Hs.689708 NR_002955 ENSG00000201643 SNORA14A ACA14a small nucleolar RNA, H/ACA box 14A snoRNA nan 0.955 1.173 0.174 0.890 4.572 1.259 0.165 0.422 0.809 0.704 1.345 1.060 0.081 4.234 0.538 0.302 0.218 0.766 0.321 0.128 0.167 0.554 0.474 0.696 0.568 0.359 0.270 1.007 0.216 0.642 2.772 1.319 1.049 0.495 1.356 0.210 0.240 0.161 0.313 0.287 0.273 0.218 0.133 0.654 0.424 0.535 0.438 1.309 0.509 0.424 1.708 0.538 1.190 0.317 0.696 0.985 0.907 0.152 0.147 0.994 1.671 0.296 0.174 0.205 0.053 0.037 0.576 0.748 0.348 nan 0.869 0.931 2.726 0.621 0.274 0.236 0.291 nan 2.273 nan 1.141 0.890 0.661 0.673 1.491 1.890 0.493 1.456 1.725 0.994 9652 chr6 42473092 42490732 + 0 NA Intergenic L2a|LINE|L2 -49848 NM_015255 23304 Hs.529925 NM_015255 ENSG00000024048 UBR2 C6orf133|bA49A4.1|dJ242G1.1|dJ392M17.3 ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 2 protein-coding 0.978 0.763 0.783 0.145 0.145 0.033 1.932 0.118 0.243 0.021 0.115 0.407 0.007 0.051 0.071 0.204 0.183 0.223 0.604 0.414 0.064 0.016 0.054 0.087 0.157 1.156 0.743 0.012 0.687 0.375 0.302 0.606 0.137 0.300 0.468 0.318 0.027 0.055 0.108 0.114 0.013 0.130 0.079 0.028 0.102 0.173 0.369 1.756 0.210 0.261 1.528 0.807 0.204 0.452 0.736 0.157 0.208 0.190 0.064 0.251 0.059 0.473 0.034 0.126 0.104 0.033 0.017 0.426 0.265 0.209 0.267 0.294 0.382 0.516 0.236 0.316 0.287 0.241 0.388 0.467 nan 0.427 0.153 0.140 0.235 0.143 0.213 0.313 0.461 0.395 0.423 6047 chr2 42389081 42400540 + 0 NA intron (NR_110584, intron 1 of 3) MLT1J2|LTR|ERVL-MaLR -1668 NM_001145076 27436 Hs.713173 NM_019063 ENSG00000143924 EML4 C2orf2|ELP120|EMAP-4|EMAPL4|ROPP120 echinoderm microtubule associated protein like 4 protein-coding 3.008 nan 2.619 1.288 0.771 0.299 0.626 0.531 0.875 0.259 0.769 0.492 0.145 0.804 1.019 0.682 1.126 0.117 1.051 0.248 0.396 0.628 0.682 0.499 0.658 0.779 0.579 0.586 0.954 0.329 2.110 nan 1.204 2.301 0.485 0.823 0.092 0.795 0.118 0.371 0.361 0.668 0.628 0.375 0.608 0.368 1.234 0.531 1.947 1.258 1.136 0.942 0.682 1.337 0.916 0.658 0.384 0.543 0.996 2.392 0.702 0.372 0.275 2.783 0.558 0.357 0.200 0.917 0.988 1.034 1.587 nan 1.387 2.209 0.805 3.099 3.165 2.267 2.648 1.939 2.431 4.622 4.734 0.618 1.305 0.558 0.593 3.276 nan nan 0.879 10051 chr6 158651945 158669467 + 0 NA Intergenic SVA_F|Other|Other 71327 NM_207118 404672 Hs.356224 NM_207118 ENSG00000272047 GTF2H5 C6orf175|TFB5|TFIIH|TGF2H5|TTD|TTD-A|TTD3|TTDA|bA120J8.2 general transcription factor IIH subunit 5 protein-coding nan 1.268 2.054 0.833 1.615 1.159 0.834 0.323 0.583 0.440 0.796 0.688 0.367 0.289 1.445 1.514 0.619 0.128 1.014 0.248 0.467 0.467 0.510 0.252 1.598 0.453 0.562 0.396 0.662 0.099 2.255 nan 1.300 2.680 0.209 0.508 0.598 0.985 0.103 0.311 0.499 0.681 0.952 0.573 0.441 0.394 0.485 0.389 0.887 1.815 0.212 0.559 1.514 1.499 0.698 1.598 0.322 0.567 0.326 0.932 0.994 0.355 0.814 1.506 0.353 0.368 0.251 2.897 3.330 1.906 2.391 1.792 nan 2.586 0.932 3.535 3.379 0.744 1.057 2.345 3.152 2.267 1.800 1.189 2.267 1.718 2.270 2.774 4.955 0.719 0.389 5210 chr18 24227866 24242007 + 0 NA intron (NM_001258222, intron 1 of 4) intron (NM_001258222, intron 1 of 4) 2540 NM_001258222 284252 Hs.526630 NM_198991 ENSG00000134504 KCTD1 C18orf5 potassium channel tetramerization domain containing 1 protein-coding 0.912 1.810 1.950 0.311 1.106 0.102 0.306 0.373 0.605 0.074 0.509 2.943 0.062 0.874 0.351 3.524 0.071 0.057 0.149 0.779 0.092 0.766 0.488 0.177 0.160 0.097 0.068 0.054 0.008 0.890 1.557 0.280 3.417 0.103 1.658 0.060 0.184 0.096 0.235 0.273 1.089 0.202 0.188 0.054 0.041 0.765 0.664 2.226 0.192 1.327 1.252 3.524 0.071 0.039 0.177 0.087 0.258 0.331 2.360 0.424 0.072 5.148 0.464 0.726 0.049 0.011 3.281 4.460 11.594 11.736 4.782 3.740 0.787 0.302 12.762 13.691 0.219 0.317 1.562 2.195 0.943 0.820 3.841 7.373 0.233 0.287 1.854 3.347 3.453 2.170 755 chr1 154809438 154842870 + 0 NA intron (NM_002249, intron 1 of 7) AluSz|SINE|Alu 6184 NM_170782 3782 Hs.490765 NM_002249 ENSG00000143603 KCNN3 KCa2.3|SK3|SKCA3|hSK3 potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 protein-coding nan nan 3.088 0.058 0.119 0.477 0.102 0.178 0.412 0.009 0.090 0.190 0.007 0.084 1.714 1.178 0.089 0.119 0.078 0.062 0.083 0.050 0.434 0.206 0.150 0.118 0.039 0.075 0.071 0.020 0.109 0.494 0.157 1.521 0.031 0.189 0.048 0.074 0.121 0.081 0.199 0.590 0.272 0.142 0.091 0.074 0.084 0.151 0.235 0.147 0.233 0.183 1.178 0.073 0.072 0.150 0.073 0.067 0.354 0.986 0.326 0.130 2.620 0.046 0.159 0.055 0.023 3.375 5.005 2.336 1.651 1.242 nan 1.218 0.370 0.603 0.624 0.859 1.497 0.961 1.024 1.413 1.333 3.183 4.160 0.367 0.347 0.322 0.660 1.061 0.668 7976 chr3 168285348 168324025 + 0 NA intron (NR_021485, intron 4 of 15) L1MA8|LINE|L1 35044 NR_030294 693136 NR_030294 ENSG00000207717 MIR551B MIRN551B|mir-551b microRNA 551b ncRNA 1.045 1.042 0.802 0.179 0.149 0.023 0.058 0.172 0.293 0.008 0.064 0.079 0.027 0.046 0.076 0.225 0.187 0.149 0.041 0.010 0.034 0.021 0.187 0.248 0.061 0.007 0.009 0.015 0.097 0.011 0.069 0.081 0.236 0.134 0.023 0.038 0.134 0.082 0.078 0.027 0.086 0.063 0.012 0.016 0.008 0.020 0.136 0.064 0.032 0.051 0.098 0.033 0.225 0.039 0.038 0.061 0.003 0.038 0.013 0.012 0.034 0.031 0.036 0.116 0.018 0.024 0.011 0.306 0.263 0.168 0.316 0.341 0.424 2.998 1.108 0.232 0.220 0.969 1.276 nan 0.623 nan 0.280 0.142 0.191 0.700 0.690 0.407 0.685 0.618 0.548 3942 chr15 46599071 46615813 + 0 NA Intergenic Intergenic 610049 NR_135680 105370802 Hs.447522 NR_135680 ENSG00000259200 LOC105370802 - uncharacterized LOC105370802 ncRNA 1.138 0.672 nan 0.064 0.147 0.158 0.068 0.564 0.880 0.022 0.047 0.049 0.033 0.037 0.159 0.214 0.049 0.048 0.050 0.023 0.011 0.411 0.384 1.326 0.012 0.013 0.009 0.073 0.006 0.087 0.070 0.064 0.633 0.026 0.051 0.347 0.059 0.052 0.027 0.549 0.060 0.018 0.005 0.008 0.046 0.017 0.108 0.012 0.051 0.038 0.028 0.214 0.044 0.033 1.326 0.044 0.044 1.543 0.073 0.064 0.024 0.065 0.368 0.032 0.017 0.009 0.379 0.332 0.499 0.335 1.642 1.770 1.104 0.405 0.256 0.262 0.441 nan 0.260 0.325 4.727 4.438 0.387 0.628 2.745 2.205 0.583 1.357 1.793 0.911 8631 chr4 169982803 170027269 + 0 NA Intergenic Intergenic -73568 NM_032783 84869 Hs.659311 NM_032783 ENSG00000145439 CBR4 SDR45C1 carbonyl reductase 4 protein-coding nan nan nan 0.655 0.557 0.097 1.036 0.263 0.491 0.294 0.170 0.650 0.799 0.194 0.064 0.227 0.606 0.203 0.819 0.320 0.655 0.012 0.159 0.099 0.316 0.447 0.327 0.023 0.572 0.422 0.917 2.424 0.831 0.680 0.474 0.337 0.043 0.064 0.082 0.228 1.045 0.762 0.058 0.038 0.466 0.693 0.366 0.229 0.526 0.048 1.027 0.945 0.227 1.044 0.135 0.316 0.429 0.848 0.029 0.094 0.171 0.665 0.711 0.245 0.691 0.013 0.011 0.802 0.744 1.932 nan 0.230 0.240 0.628 0.155 0.474 0.458 0.393 0.581 0.508 0.539 0.355 0.232 0.526 0.832 0.211 0.206 0.502 1.302 0.376 0.292 5394 chr18 60188893 60195332 + 0 NA intron (NR_126534, intron 1 of 14) intron (NR_126534, intron 1 of 14) 1454 NR_126534 54877 Hs.114191 NM_017742 ENSG00000141664 ZCCHC2 C18orf49 zinc finger CCHC-type containing 2 protein-coding 2.983 3.731 3.672 6.063 5.677 1.955 2.388 2.126 3.539 1.644 4.919 2.303 1.311 4.336 4.089 5.877 1.893 0.176 1.714 0.331 3.800 1.982 1.175 0.602 6.366 1.382 1.970 2.912 1.606 1.238 3.237 3.697 2.509 12.289 0.930 4.367 1.066 2.340 0.120 0.956 3.225 6.658 2.023 0.916 2.822 1.431 4.695 1.870 4.185 4.891 3.988 3.003 5.877 2.494 2.168 6.366 1.892 1.145 0.601 7.332 5.958 2.466 1.598 0.924 2.038 0.868 0.728 4.254 6.578 4.280 6.883 10.308 7.737 10.111 4.052 16.246 16.848 1.649 nan 8.278 11.921 3.795 4.844 2.814 6.012 4.030 3.744 2.399 2.522 5.176 3.392 8075 chr3 180980161 181048642 + 0 NA intron (NR_075093, intron 2 of 4) (TA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 64876 NR_125730 103625684 NR_125730 ENSG00000207357 RNU6-2 U6-2 RNA, U6 small nuclear 2 snRNA 0.846 1.063 0.682 0.268 0.143 0.027 0.106 0.180 0.346 0.008 0.075 0.031 0.038 0.050 0.122 0.316 0.128 0.131 0.121 0.053 0.017 0.004 0.175 0.214 0.104 0.013 0.029 0.006 0.115 0.015 0.080 0.135 0.065 0.499 0.141 0.061 0.014 0.095 0.096 0.062 0.072 0.078 0.020 0.016 0.037 0.029 0.117 0.093 0.019 0.032 0.009 0.043 0.316 0.051 0.031 0.104 0.046 0.024 0.013 0.015 0.047 0.022 0.023 0.056 0.027 0.012 0.007 0.272 0.171 0.172 0.156 0.379 0.461 7.296 3.349 0.133 0.132 0.221 0.341 0.382 0.495 0.870 0.543 0.125 0.160 0.135 0.142 0.190 0.314 0.585 0.460 7545 chr3 24225586 24243373 + 0 NA intron (NM_001354714, intron 2 of 8) intron (NM_001354714, intron 2 of 8) 41664 NR_121667 101927854 Hs.570625 NR_121667 LOC101927854 - uncharacterized LOC101927854 ncRNA 0.775 0.766 0.796 0.052 0.030 0.078 0.068 0.063 0.143 0.070 0.198 0.238 0.007 0.033 0.151 0.151 1.898 0.127 0.083 0.021 0.046 0.008 0.097 0.061 0.189 0.016 0.016 0.132 0.084 0.036 0.059 0.148 0.071 0.185 0.016 0.084 0.021 0.030 0.090 0.013 0.177 0.036 0.041 0.022 0.019 0.065 0.076 0.112 0.060 0.040 0.018 0.094 0.151 0.036 0.021 0.189 0.104 0.037 0.027 0.085 0.029 0.063 0.039 1.163 0.047 0.016 0.017 0.162 0.133 0.269 0.422 0.339 0.523 0.709 0.199 0.132 0.127 0.369 0.515 0.191 0.209 nan 0.688 0.107 0.190 0.168 0.173 1.650 5.503 0.395 0.419 2268 chr11 113183935 113189964 + 0 NA intron (NM_001352038, intron 2 of 23) intron (NM_001352038, intron 2 of 23) 1698 NM_017868 54970 Hs.288772 NM_017868 ENSG00000149292 TTC12 TPARM tetratricopeptide repeat domain 12 protein-coding 1.240 1.914 1.730 0.597 1.592 0.293 0.563 0.401 1.000 0.348 1.344 0.738 0.287 0.348 0.341 0.524 0.038 0.913 0.253 0.533 0.434 0.468 0.548 2.800 0.715 0.693 0.525 0.801 0.406 0.560 1.115 0.518 2.583 0.485 0.455 1.871 1.442 0.117 0.601 0.210 2.684 0.968 0.644 1.137 0.472 1.421 1.014 0.783 1.083 0.419 0.677 0.524 0.830 1.377 2.800 0.427 0.852 0.339 1.261 0.809 0.499 1.839 0.328 0.564 0.495 0.288 10.245 16.362 3.314 5.644 1.945 1.853 2.501 0.941 1.308 1.459 1.116 nan 4.519 5.742 1.539 1.239 1.600 3.023 3.899 5.088 1.337 2.271 0.957 0.628 6409 chr2 145746541 145809742 + 0 NA intron (NR_033870, intron 3 of 4) Kanga1|DNA|TcMar-Tc2 352607 NR_033870 401014 Hs.742290 NR_033870 ENSG00000226674 TEX41 DKFZp686O1327|LINC00953 testis expressed 41 (non-protein coding) ncRNA 0.792 nan 0.795 0.130 0.123 0.057 0.222 0.150 0.269 0.042 0.337 0.908 0.020 0.022 0.046 0.339 1.696 0.135 0.171 0.065 1.943 2.691 0.074 0.104 0.214 0.035 0.017 0.022 0.273 0.162 0.045 0.096 0.085 0.353 0.120 2.031 0.006 0.036 0.068 0.129 0.066 0.151 0.154 0.106 0.276 0.047 0.093 0.310 0.815 0.063 0.164 0.032 0.339 0.041 0.286 0.214 0.027 0.028 0.034 0.065 0.032 0.070 0.041 0.096 0.325 0.019 0.015 0.289 0.228 0.348 0.805 0.263 0.266 0.229 0.099 0.238 0.243 0.421 0.541 0.504 0.440 0.376 0.177 0.123 0.212 0.035 0.027 0.286 0.458 0.231 0.300 6448 chr2 163344003 163350852 + 0 NA intron (NM_033272, intron 6 of 15) MER52-int|LTR|ERV1 146536 NM_001330271 25801 Hs.377894 NM_012198 ENSG00000115271 GCA GCL grancalcin protein-coding 0.864 0.790 nan 0.042 0.152 0.057 0.093 0.117 0.197 0.422 0.161 0.308 0.301 0.015 0.039 0.359 0.110 0.094 0.122 0.083 0.021 0.098 0.248 0.737 0.297 0.074 0.029 0.216 0.143 1.146 0.095 0.679 0.429 0.158 0.014 0.031 0.078 0.085 0.081 0.283 0.026 0.034 0.715 0.067 0.057 0.204 0.083 0.072 0.029 0.359 0.031 0.027 0.248 0.483 0.084 0.051 0.030 0.046 0.144 0.322 0.014 0.007 0.293 0.157 15.547 14.735 0.262 0.272 0.149 0.133 0.200 0.206 0.696 0.937 0.187 0.140 0.461 0.121 0.173 0.265 0.067 0.067 0.164 0.299 0.222 0.254 9931 chr6 134335081 134385855 + 0 NA intron (NM_145176, intron 1 of 4) intron (NM_145176, intron 1 of 4) 13321 NM_145176 154091 Hs.486508 NM_145176 ENSG00000146411 SLC2A12 GLUT12|GLUT8 solute carrier family 2 member 12 protein-coding 0.971 1.041 1.325 1.122 1.069 0.100 0.521 0.155 0.368 0.154 0.143 2.642 0.058 0.029 0.834 1.225 0.236 0.111 0.335 0.213 0.141 0.041 0.160 0.151 0.687 0.152 0.052 0.072 0.258 0.224 0.270 1.331 0.379 4.874 0.595 0.242 0.352 0.180 0.129 0.527 0.195 0.131 0.228 0.135 0.114 0.305 0.697 0.132 0.223 0.540 0.025 0.265 1.225 0.625 0.100 0.687 0.063 0.372 0.052 0.071 0.429 0.342 0.156 0.135 0.183 0.388 0.272 0.477 0.376 0.970 1.586 2.693 2.517 nan 1.581 0.386 0.386 1.424 1.761 0.795 0.714 0.671 0.485 0.267 0.377 1.436 1.701 0.225 nan 0.702 0.528 9426 chr6 10393598 10431944 + 0 NA promoter-TSS (NM_001032280) promoter-TSS (NM_001032280) -164 NM_001032280 7020 Hs.519880 NM_003220 ENSG00000137203 TFAP2A AP-2|AP-2alpha|AP2TF|BOFS|TFAP2 transcription factor AP-2 alpha protein-coding 1.411 nan 2.234 3.057 2.064 1.187 1.462 0.885 1.542 1.830 1.564 1.051 3.028 0.185 0.572 3.022 0.534 0.134 1.703 0.545 2.547 0.141 1.227 0.793 3.999 1.513 1.482 0.770 1.365 0.820 3.510 6.239 3.417 3.274 0.767 2.299 1.372 0.717 0.101 0.330 2.568 10.908 1.714 0.820 0.604 1.511 1.752 1.616 1.546 2.314 0.711 1.215 3.022 2.331 1.522 3.999 0.648 2.419 0.041 3.968 0.732 2.611 0.733 0.362 1.209 0.132 0.052 2.791 3.269 2.435 3.686 2.354 1.930 3.556 1.257 2.109 2.073 1.071 1.471 0.255 0.253 1.003 0.712 0.758 1.513 4.391 4.045 0.776 1.311 1.857 1.023 6379 chr2 137671918 137680579 + 0 NA intron (NM_001316349, intron 2 of 27) intron (NM_001316349, intron 2 of 27) 153116 NM_001316349 80731 Hs.68533 NM_001080427 ENSG00000144229 THSD7B - thrombospondin type 1 domain containing 7B protein-coding nan 0.537 nan 0.066 0.086 0.067 0.027 0.092 0.176 0.011 0.079 0.032 0.023 0.051 0.545 0.088 0.167 0.097 0.022 0.054 0.048 0.353 0.008 0.017 0.039 0.012 0.046 0.067 0.050 0.231 0.017 0.037 0.208 0.037 0.072 1.940 0.042 0.035 0.009 0.039 0.036 0.077 0.171 0.019 0.073 0.027 0.016 0.545 0.049 0.353 0.017 0.029 0.881 0.054 0.035 0.018 0.011 0.568 0.009 0.018 0.012 0.273 0.211 0.171 0.228 0.864 1.384 0.055 0.048 0.096 0.082 5.028 5.798 0.372 nan 2.393 1.354 0.156 0.123 0.525 0.408 0.823 2.059 0.445 0.381 5746 chr19 46906682 46921408 + 0 NA 3' UTR (NM_032040, exon 1 of 1) 3' UTR (NM_032040, exon 1 of 1) 2874 NM_032040 83987 Hs.97876 NM_032040 ENSG00000169515 CCDC8 3M3|PPP1R20|p90 coiled-coil domain containing 8 protein-coding 1.485 0.881 0.942 0.210 0.963 0.565 0.116 0.772 1.617 0.350 0.471 1.143 0.013 0.041 3.356 2.365 0.132 0.120 0.242 0.129 0.051 2.147 0.061 0.129 1.821 0.076 0.030 0.179 0.207 0.093 0.126 nan 0.216 0.756 0.079 0.073 0.041 5.220 0.306 0.192 0.220 0.172 0.078 0.053 0.029 0.047 0.118 0.139 1.118 1.956 0.231 0.063 2.365 0.193 0.038 1.821 0.033 0.153 0.487 1.553 0.242 0.084 0.847 0.410 0.067 0.031 0.024 0.157 0.189 1.001 1.626 1.756 1.762 0.936 0.284 0.405 0.473 0.589 0.994 2.695 4.469 1.078 0.894 0.934 1.632 0.293 0.212 1.085 2.025 0.697 0.653 7244 chr21 44374535 44378940 + 0 NA Intergenic Intergenic -5613 NR_049889 100847013 NR_049889 ENSG00000264580 MIR5692B - microRNA 5692b ncRNA nan 1.719 1.924 0.474 0.570 0.948 1.788 0.036 0.470 0.953 0.143 0.251 7.497 0.146 0.035 0.317 1.366 0.888 0.015 0.031 0.035 0.056 1.056 0.334 0.147 0.520 1.373 1.125 1.546 5.847 2.085 1.579 0.596 0.404 0.022 0.074 0.063 0.135 0.090 0.168 0.150 0.107 0.810 1.570 1.311 0.262 0.185 0.097 0.089 1.461 0.146 1.500 0.084 1.056 1.246 2.081 0.089 0.342 0.069 0.437 0.196 0.110 0.068 0.013 0.011 0.882 0.598 1.658 5.230 0.396 0.410 nan 0.042 1.863 1.779 0.375 nan 3.668 5.367 0.453 0.264 0.524 0.952 0.230 0.321 0.257 0.473 0.718 0.535 8740 chr5 7206521 7218367 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu 57023 NR_039659 100616234 NR_039659 ENSG00000283468 MIR4454 - microRNA 4454 ncRNA 0.705 1.404 1.399 0.049 0.282 2.923 0.060 0.501 1.131 0.008 0.060 0.109 0.016 0.666 0.227 0.236 0.185 0.164 0.123 0.032 0.955 0.456 3.975 0.006 0.024 0.019 0.098 0.018 0.135 0.060 0.114 1.663 0.025 0.045 0.321 0.018 0.121 0.040 0.047 0.081 0.036 0.033 0.052 0.094 0.084 0.062 0.048 0.020 0.023 0.236 0.085 0.023 3.975 0.042 0.077 0.082 0.039 0.052 0.033 0.117 0.092 0.025 0.010 0.470 0.290 0.150 nan 5.715 8.621 0.083 0.040 0.085 0.103 0.206 0.441 nan 0.519 nan 0.467 0.213 0.216 0.871 0.700 0.187 0.235 1.578 nan 11257 chr8 124641213 124654733 + 0 NA Intergenic Intergenic 17217 NM_001081675 340359 Hs.450252 NM_001081675 ENSG00000175946 KLHL38 C8ORFK36 kelch like family member 38 protein-coding nan nan nan 0.752 0.201 0.062 3.284 0.094 0.309 0.318 2.571 1.710 0.030 0.082 0.145 0.239 0.339 0.058 3.701 3.064 0.119 0.023 0.081 0.222 3.128 2.283 0.050 2.790 3.266 0.230 0.608 1.856 nan 1.697 0.390 0.007 0.049 0.047 0.368 0.112 0.671 0.160 0.057 6.810 0.872 0.952 4.345 0.187 0.200 1.153 2.037 0.239 3.071 1.116 0.222 0.369 0.233 0.022 0.065 0.120 3.318 0.082 0.074 1.404 0.068 0.068 0.296 0.167 0.277 0.667 0.540 0.604 0.647 0.312 nan nan 0.183 0.299 0.276 0.272 0.261 0.189 0.182 0.205 0.123 0.295 0.213 0.312 1.073 0.718 411 chr1 59773330 59786025 + 0 NA intron (NM_001350791, intron 1 of 15) AluY|SINE|Alu 3927 NM_001350794 55277 Hs.444301 NM_018291 ENSG00000172456 FGGY - FGGY carbohydrate kinase domain containing protein-coding 1.152 0.905 1.908 0.102 0.196 0.026 0.294 0.189 0.371 0.015 0.173 0.182 0.029 0.031 0.056 0.227 0.599 0.113 0.230 0.164 0.020 0.011 0.122 0.170 0.208 0.154 0.034 0.023 0.120 0.208 0.063 nan 0.189 0.383 0.126 0.066 0.023 0.086 0.113 0.047 0.155 0.183 0.028 0.012 0.053 0.134 0.171 0.142 0.115 0.195 0.006 0.048 0.227 0.149 0.271 0.208 0.010 0.088 0.054 0.078 0.048 0.091 0.015 0.333 0.054 0.050 0.016 0.376 0.348 0.304 0.306 0.572 0.669 0.476 0.167 0.349 0.385 5.493 5.975 0.841 0.703 0.443 0.284 0.169 0.298 0.148 0.150 0.473 nan 0.675 0.615 9135 chr5 121016829 121033281 + 0 NA Intergenic Intergenic -162595 NM_177478 94033 Hs.105324 NM_177478 ENSG00000181867 FTMT MTF ferritin mitochondrial protein-coding nan 0.732 0.521 0.123 0.112 0.007 0.125 0.157 0.147 0.023 0.154 0.314 0.075 0.030 0.043 0.031 0.125 0.079 0.077 0.034 0.057 0.114 0.104 0.051 0.134 0.039 0.039 0.054 0.039 0.054 0.039 0.085 0.159 0.045 0.242 0.017 0.035 0.117 0.036 0.005 0.056 0.026 0.014 0.172 0.024 0.269 0.189 0.134 0.125 0.019 0.040 0.031 0.048 0.028 0.051 0.155 0.005 0.018 0.011 0.025 0.086 0.415 0.076 0.037 0.032 0.015 1.702 1.599 12.426 nan 0.173 0.154 0.080 0.050 2.271 2.342 0.197 0.256 0.175 0.154 0.392 0.143 0.467 1.210 0.117 0.170 0.225 0.530 0.129 0.167 6583 chr2 201848721 201854115 + 0 NA intron (NM_001321629, intron 12 of 12) intron (NM_001321629, intron 12 of 12) -22994 NM_006190 4999 Hs.444870 NM_006190 ENSG00000115942 ORC2 ORC2L origin recognition complex subunit 2 protein-coding 0.823 nan 0.728 0.147 0.096 0.061 0.052 0.118 0.384 0.017 0.088 0.051 0.011 0.025 0.033 0.047 0.153 0.120 0.278 0.047 0.071 0.156 0.022 0.025 0.040 0.098 0.104 0.020 0.060 0.127 0.099 0.338 0.084 0.017 0.040 0.039 0.161 0.051 0.011 0.029 0.020 0.028 0.214 0.130 0.151 0.078 0.014 0.025 0.047 0.105 0.056 0.022 0.046 0.045 0.077 0.057 0.059 0.073 0.164 0.049 0.043 0.010 0.451 0.321 8.797 4.041 0.191 0.322 0.248 0.099 0.700 0.664 0.479 0.667 0.302 0.423 0.355 0.121 0.352 0.469 0.087 0.038 0.319 0.679 0.280 0.344 10600 chr7 111272278 111281680 + 0 NA Intergenic MER67C|LTR|ERV1 -74406 NM_001350962 83943 Hs.655722 NM_032549 ENSG00000184903 IMMP2L IMMP2L-IT1|IMP2|IMP2-LIKE inner mitochondrial membrane peptidase subunit 2 protein-coding nan 0.799 1.209 0.080 0.159 0.076 0.015 0.154 0.238 0.009 0.084 0.099 0.007 0.021 0.123 0.069 0.241 0.238 0.102 0.020 0.027 0.069 0.123 0.151 0.140 0.030 0.007 0.039 0.065 0.011 0.059 0.092 0.098 0.288 0.015 0.051 0.104 0.152 0.025 0.084 0.176 0.026 0.025 0.035 0.033 0.041 0.129 0.216 0.053 0.025 0.122 0.069 0.077 0.030 0.140 0.037 0.079 0.082 0.061 0.048 0.033 0.031 3.050 0.016 0.025 0.006 0.333 0.224 0.178 0.318 0.250 0.342 0.201 0.070 0.257 0.228 0.223 0.293 0.187 0.186 0.758 0.449 0.161 0.237 0.120 0.107 3.004 10.282 0.434 0.581 10489 chr7 89454988 89483491 + 0 NA Intergenic LTR33B|LTR|ERVL -279475 NR_003551 442523 Hs.406964 NR_003551 ENSG00000235436 DPY19L2P4 - DPY19L2 pseudogene 4 pseudo 0.690 0.640 1.088 0.056 0.102 0.029 0.015 0.090 0.218 0.017 0.078 0.039 0.011 0.024 0.074 0.112 0.086 0.135 0.082 0.013 0.024 3.630 0.209 0.150 0.033 0.002 0.002 0.008 0.115 0.007 0.062 0.067 0.136 0.192 0.010 0.050 0.023 0.057 0.134 0.025 0.036 0.045 0.017 0.011 0.043 0.019 0.092 0.228 0.023 0.079 0.003 0.033 0.112 0.047 0.042 0.033 0.034 0.064 0.109 0.008 0.050 0.038 0.052 0.104 0.011 0.026 0.027 0.475 0.317 0.346 0.299 0.194 0.278 0.118 0.085 0.220 0.218 0.621 0.832 0.188 0.217 0.575 0.313 0.146 0.246 0.068 0.087 0.450 nan 0.624 0.680 6370 chr2 135277378 135325764 + 0 NA intron (NM_030923, intron 4 of 7) intron (NM_030923, intron 4 of 7) 175000 NM_030923 81615 Hs.369471 NM_030923 ENSG00000152128 TMEM163 DC29|SV31 transmembrane protein 163 protein-coding 8.035 4.241 8.293 0.046 0.738 0.041 0.051 0.197 0.374 0.012 0.099 0.058 0.010 0.192 0.079 0.553 0.081 0.066 0.092 0.023 0.023 0.032 0.439 0.330 0.121 0.088 0.036 0.007 0.075 0.006 0.049 0.120 0.068 0.542 0.024 0.071 13.959 0.047 0.069 0.022 0.074 0.099 0.030 0.014 0.059 0.044 0.077 0.147 0.079 0.068 0.015 0.034 0.553 0.051 0.042 0.121 0.020 0.029 0.968 0.053 0.151 0.026 0.018 0.288 0.054 0.019 0.013 0.297 0.215 0.202 0.278 0.679 0.671 2.928 0.897 0.128 0.159 0.464 0.682 0.640 nan 0.840 0.808 0.141 0.245 32.535 29.506 0.464 0.795 1.328 0.767 2016 chr11 65654259 65689175 + 0 NA Intergenic L1MB5|LINE|L1 -3720 NM_005438 8061 Hs.283565 NM_005438 ENSG00000175592 FOSL1 FRA|FRA1|fra-1 FOS like 1, AP-1 transcription factor subunit protein-coding nan 1.334 1.466 5.957 1.204 0.717 8.218 0.537 1.004 0.971 5.692 3.563 0.152 0.933 0.847 1.294 1.485 0.296 4.310 1.985 4.444 0.648 0.545 0.336 1.353 4.908 6.328 2.314 3.217 3.122 1.757 2.985 1.163 2.534 3.288 2.567 0.151 1.484 0.125 4.862 0.370 20.121 11.928 4.466 5.094 3.872 3.504 16.130 3.059 7.777 0.671 2.156 1.294 5.516 15.712 1.353 1.196 1.599 0.451 4.757 1.024 4.238 0.472 0.518 6.678 6.204 4.785 1.713 2.054 1.429 2.247 2.576 2.405 2.581 0.728 1.931 1.986 1.613 2.525 2.184 2.870 1.683 1.765 1.094 1.648 0.910 0.883 0.914 1.515 1.409 0.893 10154 chr7 7858667 7870594 + 0 NA intron (NM_001302348, intron 3 of 3) intron (NM_001302348, intron 3 of 3) -106392 NM_002947 6119 Hs.487540 NM_002947 ENSG00000106399 RPA3 REPA3|RP-A p14 replication protein A3 protein-coding 1.472 1.128 1.435 0.226 0.354 1.587 0.093 0.351 0.655 0.040 0.161 0.179 0.041 0.042 0.422 1.342 0.157 0.121 0.059 0.032 0.016 0.058 0.600 0.252 2.418 0.121 0.018 0.215 0.062 0.190 nan 0.275 nan 0.013 0.125 0.289 0.082 0.143 0.010 0.220 0.085 0.015 0.007 0.075 0.050 0.242 0.109 0.044 0.065 0.391 0.323 1.342 0.042 0.075 2.418 0.256 0.126 0.089 0.026 0.196 0.144 0.084 0.199 0.051 0.014 0.013 0.678 0.541 0.253 nan 4.914 5.912 nan 0.684 0.445 0.481 1.089 1.267 nan 0.853 0.479 0.258 0.178 0.359 1.329 2.017 0.471 1.437 0.898 0.636 942 chr1 183771274 183890999 + 0 NA intron (NM_001297672, intron 3 of 16) intron (NM_001297672, intron 3 of 16) 56921 NM_001297672 23179 Hs.497148 NM_015149 ENSG00000143344 RGL1 RGL ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 1 protein-coding nan nan 1.493 0.122 0.220 0.069 0.169 0.157 0.303 0.033 0.255 1.012 0.049 0.060 0.209 0.367 1.497 0.211 0.263 0.200 0.028 0.022 0.193 0.217 0.063 0.744 0.392 0.060 0.095 0.119 0.235 0.688 0.584 0.649 0.300 0.120 0.058 0.137 0.120 0.185 0.171 0.071 0.072 0.050 0.198 0.116 0.348 0.156 0.147 0.103 0.059 0.235 0.367 0.172 0.105 0.063 0.111 0.089 0.076 0.040 0.244 0.160 2.095 0.876 0.147 0.036 0.020 2.690 3.347 9.880 7.884 0.556 nan 0.436 0.175 nan 1.689 1.644 2.143 0.518 0.467 0.428 0.272 2.048 3.097 0.282 0.352 1.190 nan 0.584 0.599 1376 chr10 21332798 21338908 + 0 NA intron (NM_213569, intron 2 of 6) intron (NM_213569, intron 2 of 6) 99635 NM_001010896 387638 Hs.664110 NM_001010896 ENSG00000204683 C10orf113 bA165O3.1 chromosome 10 open reading frame 113 protein-coding 0.542 0.820 0.452 0.022 0.192 0.028 0.291 0.210 0.329 0.015 0.159 0.159 0.010 0.080 0.141 0.122 0.080 0.539 0.063 0.238 0.023 0.144 0.079 0.137 1.801 1.288 0.071 0.101 0.239 0.275 0.452 0.751 0.290 0.287 1.008 0.016 0.438 0.113 0.269 0.091 0.015 0.029 0.039 0.162 0.095 0.080 0.106 0.070 0.038 0.402 0.141 0.177 0.137 0.205 0.054 0.016 0.019 0.099 0.209 0.379 0.062 0.025 0.264 0.152 1.683 0.841 7.332 1.586 0.282 0.236 2.854 0.666 0.285 0.217 0.167 0.185 0.284 0.305 0.217 0.088 0.416 0.559 0.164 0.239 0.163 0.254 0.315 0.312 11857 chr9 139117543 139142959 + 0 NA intron (NM_181701, intron 1 of 11) intron (NM_181701, intron 1 of 11) 7436 NM_181701 169714 Hs.144073 NM_181701 ENSG00000165661 QSOX2 QSCN6L1|SOXN quiescin sulfhydryl oxidase 2 protein-coding nan 0.942 5.425 0.323 1.111 1.638 0.589 0.262 0.551 0.109 0.501 0.374 0.002 0.067 1.083 0.680 0.236 0.089 0.909 0.373 0.052 0.131 0.702 0.355 3.025 0.818 0.703 0.287 0.522 0.120 0.464 0.956 0.095 1.642 0.413 0.404 0.490 0.248 0.075 0.126 1.359 0.409 0.494 0.313 0.233 0.347 0.452 0.357 0.442 0.513 0.359 0.533 0.680 1.241 0.682 3.025 0.284 0.335 0.692 0.415 0.497 0.581 0.315 0.136 0.243 0.308 0.305 1.250 1.865 0.446 0.729 4.486 4.355 nan 0.554 0.357 0.314 0.902 1.286 1.464 1.958 1.829 1.786 0.609 0.944 1.316 1.561 0.687 0.669 1.307 0.743 10490 chr7 89781795 89788902 + 0 NA intron (NM_012449, intron 1 of 4) L2c|LINE|L2 1659 NM_012449 26872 Hs.61635 NM_012449 ENSG00000164647 STEAP1 PRSS24|STEAP STEAP family member 1 protein-coding 0.965 0.863 0.923 1.899 0.375 0.040 5.336 0.091 0.157 0.149 1.288 2.367 0.900 0.195 0.187 0.109 0.365 0.046 1.923 0.980 0.938 4.078 0.245 0.248 0.151 1.293 1.094 0.136 2.598 2.081 1.877 4.169 5.096 1.153 1.651 0.779 0.092 0.670 0.236 1.555 0.122 1.791 0.516 0.287 3.101 1.377 0.650 3.434 1.234 4.294 0.520 0.453 0.109 1.576 6.459 0.151 1.996 0.232 0.095 1.907 0.729 2.171 0.165 0.154 0.620 0.219 0.220 0.734 0.498 0.867 1.273 0.410 0.408 0.830 0.225 1.671 1.739 0.755 1.129 0.861 1.155 0.969 0.835 0.536 0.765 0.497 0.462 0.536 nan 1.360 0.814 6634 chr2 215481334 215496596 + 0 NA Intergenic Intergenic 114059 NR_047698 100885780 Hs.665982 NR_047698 ENSG00000224257 VWC2L-IT1 - VWC2L intronic transcript 1 ncRNA nan 1.141 nan 0.080 0.121 0.025 0.102 0.068 0.214 0.019 0.112 0.067 0.008 0.026 0.047 0.147 0.098 0.021 0.131 0.012 0.033 0.019 0.093 0.109 0.141 0.037 0.009 0.014 0.067 0.007 0.042 0.109 0.083 0.274 0.048 0.081 0.018 0.064 0.118 0.024 0.046 0.065 0.047 0.005 0.021 0.050 0.124 0.111 0.064 0.042 0.035 0.039 0.147 0.046 0.141 0.032 0.022 0.070 0.035 0.027 0.036 0.037 1.857 0.015 0.030 0.010 0.408 0.150 0.254 0.187 0.246 0.263 0.157 0.102 0.201 0.197 2.385 2.980 0.404 nan 0.920 0.690 0.134 0.249 0.053 0.060 2.002 5.992 0.257 0.322 6270 chr2 100119871 100129211 + 0 NA Intergenic MER110-int|LTR|ERV1 -18023 NR_135650 51455 Hs.443077 NM_016316 ENSG00000135945 REV1 AIBP80|REV1L REV1, DNA directed polymerase protein-coding 1.085 nan 2.253 0.569 2.027 2.981 0.896 2.018 3.751 0.041 0.091 0.050 0.026 0.389 3.300 0.232 0.118 0.120 0.673 0.490 0.053 0.060 0.808 0.660 4.754 0.617 0.217 0.079 1.465 0.149 0.437 1.969 0.688 2.077 0.571 0.100 0.904 0.023 0.048 0.025 0.051 0.157 0.045 0.050 1.427 0.480 0.268 0.208 0.131 0.106 0.138 0.483 0.232 0.261 0.197 4.754 0.236 0.110 0.162 0.118 1.870 0.276 0.074 0.105 0.017 0.012 0.011 0.327 0.212 0.187 0.360 6.863 8.488 2.945 0.684 0.343 0.333 0.728 1.261 5.400 5.301 0.687 0.359 0.202 0.304 1.507 2.100 0.219 0.313 1.791 0.830 2369 chr11 129589560 129611240 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -85276 NM_138788 120224 Hs.504301 NM_138788 ENSG00000151715 TMEM45B - transmembrane protein 45B protein-coding 0.517 1.305 1.319 0.156 0.303 3.751 0.372 0.322 0.678 0.680 0.071 0.038 1.048 0.042 0.937 0.094 0.044 0.059 0.419 0.106 0.121 0.019 0.138 0.137 0.845 0.076 0.061 0.024 0.082 0.093 0.372 1.332 0.251 0.991 0.877 0.040 0.031 0.100 0.102 0.033 0.037 0.252 0.053 0.014 0.186 0.170 1.515 0.221 0.075 0.082 0.174 0.931 0.094 0.484 0.056 0.845 0.152 0.276 0.009 0.078 0.216 0.208 0.379 0.046 0.028 0.013 0.019 0.456 0.551 0.236 0.505 1.125 1.013 0.248 0.083 0.379 0.396 0.157 0.342 2.396 1.949 0.774 0.952 0.649 0.769 0.247 0.188 0.077 nan 1.114 0.601 7482 chr22 49199494 49209428 + 0 NA Intergenic Intergenic 28354 NR_039761 100616415 NR_039761 ENSG00000266887 MIR4535 - microRNA 4535 ncRNA 0.674 0.391 nan 0.065 0.018 2.388 0.014 0.174 0.345 0.010 0.063 0.047 0.006 0.020 0.857 0.230 0.045 0.065 0.032 0.013 0.284 0.340 0.944 0.008 0.015 0.083 0.010 0.106 0.086 0.070 0.447 0.038 0.029 0.011 0.104 0.024 0.120 0.006 0.011 0.063 0.096 0.091 0.025 0.036 0.008 0.007 0.230 0.036 0.019 0.944 0.041 0.155 0.058 0.652 0.020 0.037 0.007 0.012 0.005 0.158 0.151 0.111 0.109 1.416 1.878 1.308 0.487 0.074 0.083 0.180 0.298 0.760 0.968 0.503 0.336 0.271 0.200 0.182 0.172 0.081 0.101 3.615 1.782 10746 chr7 151214477 151218900 + 0 NA 5' UTR (NM_005614, exon 1 of 8) 5' UTR (NM_005614, exon 1 of 8) 322 NM_005614 6009 Hs.283521 NM_005614 ENSG00000106615 RHEB RHEB2 Ras homolog, mTORC1 binding protein-coding 7.643 4.101 nan 8.277 7.476 6.357 3.936 2.033 4.305 2.341 7.583 4.582 2.381 2.534 8.719 3.654 4.736 0.428 7.657 2.062 2.643 2.919 3.253 2.048 10.872 3.667 5.220 3.424 14.052 1.643 4.098 7.495 11.209 7.959 1.289 3.661 1.617 6.682 0.202 1.785 4.523 10.581 4.798 2.518 3.309 4.316 7.172 6.286 5.830 8.037 5.111 4.431 3.654 14.622 4.851 10.872 0.833 4.015 1.296 11.100 2.916 4.232 2.459 0.919 3.481 5.370 4.135 6.276 6.105 7.813 11.102 8.997 6.214 7.510 4.375 14.855 15.459 3.770 4.850 7.437 14.936 4.433 5.378 4.769 8.894 7.208 7.660 7.321 4.998 2.965 2.483 2816 chr12 80379494 80391704 + 0 NA Intergenic MLT1J|LTR|ERVL-MaLR -56364 NM_001244990 4659 Hs.49582 NM_002480 ENSG00000058272 PPP1R12A M130|MBS|MYPT1 protein phosphatase 1 regulatory subunit 12A protein-coding 0.757 0.856 0.644 0.099 0.118 0.046 0.284 0.157 0.338 0.016 0.086 0.381 0.086 0.049 0.101 0.105 0.384 0.224 0.172 0.361 0.062 0.090 0.089 0.128 0.472 0.131 0.037 0.132 0.035 0.079 0.383 0.070 0.215 0.474 0.089 0.140 0.045 0.075 0.213 0.021 0.030 0.020 0.032 0.084 0.069 0.061 0.661 0.113 0.117 0.039 0.072 0.105 0.074 0.342 0.128 0.020 0.027 0.064 0.034 0.008 0.056 0.025 0.141 0.006 0.019 0.008 0.450 0.286 7.013 1.519 0.361 0.470 0.346 0.104 0.200 0.222 0.242 0.426 0.308 0.368 0.500 0.204 0.130 0.218 0.538 0.619 0.254 0.419 0.446 0.667 9549 chr6 30673434 30698995 + 0 NA promoter-TSS (NM_014641) promoter-TSS (NM_014641) -756 NM_014641 9656 Hs.653495 NM_014641 ENSG00000137337 MDC1 NFBD1 mediator of DNA damage checkpoint 1 protein-coding nan 2.307 nan 1.721 3.821 3.974 2.637 2.153 3.947 0.628 2.314 1.172 1.545 1.055 2.164 3.039 1.785 0.555 1.752 0.661 2.781 1.395 1.412 0.828 4.631 1.829 2.000 0.948 1.294 0.950 1.628 3.387 2.292 7.197 1.233 1.978 0.987 2.783 0.176 0.843 1.532 3.089 2.202 0.908 1.130 0.810 1.507 3.908 1.239 2.980 2.827 1.188 3.039 1.920 2.673 4.631 0.640 1.021 0.699 2.780 1.668 1.716 1.295 1.894 1.418 1.034 0.763 4.235 3.770 4.153 nan nan 4.674 4.947 2.209 7.392 7.630 2.321 3.061 5.275 6.158 4.029 4.350 1.981 2.824 3.870 3.978 4.111 4.025 2.545 1.334 10239 chr7 25004578 25022820 + 0 NA intron (NM_015550, intron 1 of 22) MER33|DNA|hAT-Charlie 6132 NM_015550 26031 Hs.520259 NM_015550 ENSG00000070882 OSBPL3 ORP-3|ORP3|OSBP3 oxysterol binding protein like 3 protein-coding 3.750 2.319 2.471 4.344 0.768 1.089 1.092 0.335 0.761 0.649 0.961 1.046 0.172 0.160 0.303 0.552 1.263 0.161 1.421 0.487 0.245 0.190 0.282 0.299 0.642 1.298 1.297 0.538 3.555 1.859 1.721 4.465 2.108 4.246 0.960 0.412 0.057 0.871 0.157 1.057 0.668 1.398 0.476 0.261 1.492 1.385 1.773 1.264 1.238 0.832 0.778 1.082 0.552 1.640 0.812 0.642 0.955 0.597 0.405 0.999 0.027 1.331 0.021 0.101 1.150 3.628 3.580 0.372 0.221 3.247 nan 1.055 0.821 2.995 1.041 1.455 1.459 1.388 2.516 4.597 4.863 1.334 1.466 0.155 0.286 0.667 0.471 0.380 nan 1.151 0.945 10393 chr7 64897679 64946562 + 0 NA Intergenic L1MB1|LINE|L1 83408 NM_007139 168374 Hs.9521 NM_007139 ENSG00000146757 ZNF92 HEL-203|HPF12|HTF12|TF12 zinc finger protein 92 protein-coding nan nan nan 0.060 0.325 0.050 1.247 0.105 0.203 0.010 0.071 0.585 0.019 0.049 0.107 0.128 0.105 0.088 0.652 0.449 0.054 0.026 0.144 0.146 0.179 0.124 0.071 0.087 0.211 0.127 2.736 8.462 0.782 0.395 1.035 0.071 0.031 0.080 0.161 0.161 0.049 0.177 0.044 0.022 0.313 0.348 0.144 0.186 0.047 0.332 0.013 0.031 0.128 0.411 0.064 0.179 0.058 0.042 0.044 0.030 0.306 0.448 0.055 0.045 0.086 0.097 0.052 0.344 0.219 0.278 0.304 0.365 0.425 0.273 0.080 0.274 0.261 0.169 0.275 0.499 0.394 0.284 0.131 0.182 0.209 0.084 0.122 0.148 0.265 0.816 0.663 2802 chr12 78071142 78084426 + 0 NA Intergenic L1ME2|LINE|L1 -147285 NM_001024383 89795 Hs.655301 NM_014903 ENSG00000067798 NAV3 POMFIL1|STEERIN3|unc53H3 neuron navigator 3 protein-coding nan 0.703 0.621 0.125 0.144 0.105 0.016 0.145 0.288 0.007 0.094 0.286 0.014 0.022 0.198 0.154 0.503 0.098 0.032 0.024 0.094 0.148 0.248 0.134 0.011 0.011 0.011 0.067 0.047 0.054 0.069 0.079 0.350 0.033 0.095 0.025 0.073 0.053 0.034 0.028 0.012 0.017 0.129 0.282 0.031 0.038 0.059 0.030 0.154 0.070 0.076 0.134 0.018 0.032 0.066 0.025 0.039 0.018 0.082 0.214 0.029 0.043 0.008 0.318 0.162 0.191 0.249 0.557 0.731 0.229 0.127 0.315 0.350 4.225 4.604 nan 0.494 0.447 0.261 0.161 0.185 0.064 0.067 0.317 0.617 nan 0.790 231 chr1 32664852 32672671 + 0 NA intron (NM_024296, intron 2 of 5) AT_rich|Low_complexity|Low_complexity -2475 NM_001160042 55721 Hs.274356 NM_018134 ENSG00000160051 IQCC - IQ motif containing C protein-coding 4.120 nan 2.618 2.140 5.580 2.640 0.646 1.186 2.348 0.439 1.807 1.059 0.261 1.228 4.253 2.806 1.176 0.163 1.011 0.583 0.750 0.547 2.597 1.158 6.388 0.488 0.398 1.167 0.827 0.432 1.069 2.942 0.998 6.756 0.523 0.734 0.365 1.476 0.126 0.495 0.952 0.995 0.394 0.345 0.614 0.295 1.219 0.556 0.781 1.538 0.750 0.479 2.806 1.272 0.701 6.388 0.408 0.498 1.033 2.292 2.024 0.491 1.230 0.788 0.850 0.351 0.148 2.622 3.722 3.523 4.630 6.478 6.543 nan 1.912 4.510 4.799 4.038 4.830 2.410 4.263 nan 1.855 1.917 3.413 1.957 1.964 2.263 3.064 3.112 nan 6102 chr2 50832443 50845824 + 0 NA intron (NM_001135659, intron 9 of 23) intron (NM_001135659, intron 9 of 23) 84267 NR_130470 103504737 NR_130470 ENSG00000216191 MIR8485 hsa-mir-8485 microRNA 8485 ncRNA 1.114 nan 1.498 0.093 0.080 0.045 0.032 0.239 0.376 0.084 0.021 0.009 0.023 0.173 0.179 0.105 0.085 0.135 0.057 0.019 0.031 0.191 0.262 0.312 0.010 0.006 0.016 0.091 0.008 0.042 0.148 0.116 0.383 0.033 0.060 0.092 0.049 0.097 0.018 0.278 0.703 0.031 0.012 0.074 0.023 0.105 0.135 0.006 0.031 0.029 0.050 0.179 0.063 0.021 0.312 0.072 0.044 0.825 0.057 0.069 0.036 0.029 0.201 0.012 0.017 0.008 0.293 0.269 0.342 0.408 0.411 0.522 0.360 0.127 0.391 0.380 2.818 3.792 0.429 0.417 1.418 1.014 0.153 0.243 0.365 0.380 0.605 1.179 0.380 0.332 9995 chr6 147443190 147454775 + 0 NA intron (NR_034115, intron 3 of 10) L1ME4a|LINE|L1 -31079 NR_132442 106182249 Hs.575390 NR_132442 ENSG00000196634 LUADT1 - lung adenocarcinoma associated transcript 1 ncRNA nan 0.977 nan 0.061 0.177 0.019 0.037 0.664 1.268 0.008 0.088 0.287 0.066 0.085 0.274 0.083 0.166 0.074 0.016 0.022 0.364 0.136 0.146 0.036 0.047 0.018 0.083 0.440 0.100 0.313 0.051 0.042 0.033 0.028 0.093 0.082 0.008 0.016 0.002 0.075 0.007 0.147 0.026 0.031 0.007 0.121 0.274 0.037 0.064 0.146 0.116 0.007 0.017 0.020 0.070 0.041 0.231 0.065 0.026 0.020 0.013 0.403 0.270 0.438 0.538 0.223 0.361 2.321 0.846 0.295 0.282 0.332 0.498 0.339 0.327 0.628 0.267 0.327 0.464 0.488 0.911 0.332 0.525 5.274 2.378 551 chr1 99989788 100020227 + 0 NA Intergenic Tigger2a|DNA|TcMar-Tigger -51647 NR_125951 101928270 Hs.576048 NR_125951 ENSG00000224445 LINC01708 - long intergenic non-protein coding RNA 1708 ncRNA nan nan nan 0.131 0.067 0.656 0.051 0.186 0.409 0.012 0.082 0.245 0.035 0.063 0.105 0.152 0.542 0.093 0.118 0.025 0.056 0.009 0.067 0.076 0.389 0.009 0.010 0.010 0.056 0.061 0.158 0.081 0.410 0.067 0.043 0.013 0.153 0.127 0.012 0.021 0.073 0.012 0.015 0.036 0.025 0.155 0.108 0.072 0.051 0.126 0.057 0.152 0.082 0.036 0.389 0.012 0.019 0.071 0.055 0.036 0.047 0.078 2.203 0.010 0.023 0.012 0.380 0.212 0.720 0.934 0.585 nan 0.138 0.091 0.302 0.331 1.017 nan nan nan nan 0.308 0.151 0.261 0.059 0.046 1.252 nan 0.738 0.684 4700 chr17 32128898 32138644 + 0 NA intron (NM_001094, intron 1 of 9) intron (NM_001094, intron 1 of 9) -272992 NR_037584 100506677 Hs.652571 NR_037584 ENSG00000265544 AA06 AA02|AA04|AA05 uncharacterized LOC100506677 pseudo nan 0.924 0.505 0.044 0.027 1.395 0.106 0.190 0.247 0.010 0.112 0.131 0.026 0.031 0.183 0.026 0.077 0.050 0.099 0.020 0.067 0.014 0.032 0.093 0.012 1.773 1.471 0.078 0.011 0.058 0.045 0.099 1.321 0.045 1.403 2.688 0.056 0.098 0.002 0.025 0.133 0.017 0.008 0.023 0.064 0.118 0.201 0.154 0.036 0.016 0.158 0.026 0.019 0.019 0.012 0.317 0.045 0.041 0.053 0.042 0.032 0.835 0.050 0.008 0.012 0.009 1.272 2.116 0.119 0.137 nan 0.265 0.152 0.058 0.408 0.413 0.109 0.251 0.122 0.226 nan 0.111 0.582 0.897 4.989 8.114 0.175 0.260 0.170 0.320 4720 chr17 35833262 35855771 + 0 NA Intergenic AluSx1|SINE|Alu -5435 NM_007026 11072 Hs.91448 NM_007026 ENSG00000276023 DUSP14 MKP-L|MKP6 dual specificity phosphatase 14 protein-coding nan 1.681 1.094 4.081 0.295 0.497 1.668 0.664 1.262 1.303 1.690 0.627 1.007 0.132 1.290 0.932 1.368 0.226 2.210 0.540 2.227 0.345 0.689 0.357 0.797 0.901 0.860 0.740 1.658 1.604 0.730 1.129 1.169 1.427 0.924 2.087 0.306 0.459 0.080 0.821 1.060 2.218 0.810 0.409 1.835 1.293 1.681 1.106 1.534 0.716 0.708 0.656 0.932 5.223 1.593 0.797 0.646 2.618 0.312 1.501 0.586 1.012 0.950 0.471 0.633 1.547 0.858 1.868 2.344 1.346 3.351 nan 1.176 1.866 0.624 1.428 1.384 1.165 1.610 1.252 2.223 nan 3.266 0.770 1.615 0.952 0.879 1.111 2.468 0.919 0.655 9361 chr5 176228245 176253907 + 0 NA intron (NM_133369, intron 1 of 14) intron (NM_133369, intron 1 of 14) 3516 NM_133369 90249 Hs.33191 NM_133369 ENSG00000113763 UNC5A UNC5H1 unc-5 netrin receptor A protein-coding 1.211 2.143 1.089 0.981 0.387 2.200 0.323 0.256 0.480 0.096 0.134 0.049 0.176 0.339 1.867 1.078 0.050 0.081 0.221 0.067 0.017 0.054 0.610 0.648 2.066 0.442 0.268 0.106 1.019 0.333 0.797 2.103 0.086 9.697 0.160 0.076 0.259 0.226 0.075 0.069 0.223 0.201 0.160 0.179 0.280 0.362 1.079 0.241 0.280 0.295 0.356 0.102 1.078 0.339 0.086 2.066 0.313 0.068 0.121 0.557 0.305 0.176 0.173 0.179 0.041 0.101 0.042 0.611 1.070 0.142 nan 4.205 3.639 0.953 0.226 0.050 0.107 1.921 nan 2.778 2.882 1.948 2.270 0.470 0.717 1.113 1.012 0.743 1.198 1.123 0.613 5926 chr2 16051461 16188966 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -37842 NM_001329968 10408 Hs.651453 NM_006316 ENSG00000233718 MYCNOS MYCN-AS1|N-CYM|NCYM|NYCM MYCN opposite strand protein-coding 6.517 3.491 7.495 1.128 0.369 0.899 0.058 0.104 0.184 0.033 0.047 0.060 0.121 0.112 0.796 0.114 0.058 0.079 0.046 0.016 0.061 0.036 0.096 0.102 0.052 0.011 0.016 0.024 0.066 0.010 0.344 1.762 0.567 0.772 0.018 0.072 6.373 0.048 0.098 0.022 0.033 0.143 0.040 0.023 0.021 0.047 0.054 0.127 0.155 0.036 0.087 0.141 0.114 0.038 0.026 0.052 0.136 0.091 0.026 0.203 0.301 0.024 6.955 0.154 0.049 0.031 0.016 0.578 0.530 0.463 0.765 0.575 0.507 0.801 0.288 0.584 0.564 0.219 0.352 0.459 nan 0.793 0.548 13.595 15.404 17.716 18.199 0.496 nan 0.166 0.291 7365 chr22 28736323 28756837 + 0 NA intron (NM_001145418, intron 2 of 22) intron (NM_001145418, intron 2 of 22) -109277 NR_106713 102466081 NR_106713 ENSG00000276162 MIR5739 hsa-mir-5739 microRNA 5739 ncRNA nan 0.702 1.040 0.091 0.115 0.032 0.059 0.172 0.375 0.032 0.076 0.041 0.012 0.048 0.179 0.237 0.909 0.252 0.108 0.019 0.098 0.014 0.091 0.080 0.111 0.027 0.007 0.018 0.080 0.051 nan 0.090 0.205 0.014 0.067 0.148 0.065 0.106 0.955 0.045 0.006 0.011 0.011 0.027 0.089 0.112 0.036 0.065 0.027 0.042 0.237 0.049 0.041 0.111 0.006 0.088 0.102 0.050 0.049 0.138 0.024 0.330 0.011 0.014 0.017 0.330 0.199 0.251 nan 0.303 0.311 1.071 0.247 0.272 0.310 4.370 4.886 0.218 0.243 1.678 1.498 0.121 0.174 0.561 0.364 0.633 nan 1.869 1.173 3753 chr14 89874947 89899304 + 0 NA TTS (NR_036500) TTS (NR_036500) 3427 NR_036500 400236 Hs.585207 NR_036500 ENSG00000258920 FOXN3-AS1 - FOXN3 antisense RNA 1 ncRNA 3.865 1.746 nan 0.263 0.766 1.580 0.659 0.601 1.227 0.101 0.252 0.361 0.952 0.175 0.708 0.842 3.122 0.324 0.382 0.117 0.267 0.216 0.684 0.345 1.238 1.285 0.866 0.107 0.730 0.686 0.659 1.108 1.060 3.377 0.227 0.212 1.036 1.622 0.121 0.606 2.239 0.253 0.421 0.259 0.045 0.850 0.063 1.099 0.644 1.100 0.295 0.619 0.842 0.658 1.287 1.238 0.331 0.308 0.292 0.541 0.797 1.002 2.114 0.135 0.506 1.071 1.044 0.829 1.078 1.656 2.439 2.703 2.133 1.880 0.729 2.042 1.932 1.806 2.879 3.255 4.719 2.111 2.139 0.989 2.542 3.577 3.563 0.687 0.834 nan 1.359 10206 chr7 17713015 17739396 + 0 NA Intergenic Intergenic -127672 NR_110013 101927630 Hs.583400 NR_110013 ENSG00000236039 LOC101927630 - uncharacterized LOC101927630 ncRNA nan 1.191 nan 0.435 0.179 0.072 0.209 0.170 0.361 1.011 0.400 0.526 0.009 0.072 0.261 0.247 1.297 0.149 0.129 0.050 0.595 0.021 0.123 0.128 0.090 0.411 0.178 0.037 0.345 0.096 1.540 4.936 0.975 0.572 0.105 1.157 0.040 0.107 0.150 0.233 0.217 0.727 0.071 0.071 0.168 0.145 0.285 1.534 0.645 0.038 0.242 0.625 0.247 0.108 0.067 0.090 0.241 0.387 0.040 0.283 0.204 0.360 0.030 0.042 0.092 0.103 0.149 nan 0.210 0.642 2.151 0.324 0.428 0.439 0.105 0.174 0.232 0.196 0.350 0.267 0.247 0.196 0.118 0.153 0.235 0.225 0.588 0.220 0.379 0.494 0.549 2823 chr12 81771640 81780434 + 0 NA intron (NM_001220476, intron 8 of 31) L2a|LINE|L2 -12844 NM_001220479 8499 Hs.506216 NM_003625 ENSG00000139220 PPFIA2 - PTPRF interacting protein alpha 2 protein-coding 0.778 0.817 0.801 0.248 0.942 0.025 0.024 0.237 0.239 0.062 0.118 2.283 0.058 0.180 0.058 0.200 0.147 0.060 0.021 0.276 0.286 0.795 0.016 0.016 0.009 0.039 0.035 0.726 2.460 4.231 1.776 0.166 0.086 0.249 0.024 0.111 0.315 0.053 0.014 0.027 0.027 0.110 0.140 0.048 0.063 0.087 0.684 0.058 0.208 0.795 0.238 1.878 0.022 0.020 0.046 0.003 0.124 0.085 0.026 0.020 0.006 0.328 0.118 0.179 0.332 1.106 1.473 5.678 2.323 0.216 0.315 0.803 0.920 10.856 12.988 0.356 0.175 0.126 0.212 0.726 0.661 0.367 0.913 0.817 0.614 6647 chr2 217614093 217658362 + 0 NA Intergenic (TTCC)n|Simple_repeat|Simple_repeat -75955 NM_000599 3488 Hs.607212 NM_000599 ENSG00000115461 IGFBP5 IBP5 insulin like growth factor binding protein 5 protein-coding nan 1.803 nan 0.086 3.250 0.734 0.072 1.804 3.321 0.066 0.079 0.104 0.003 0.041 0.302 0.627 0.149 0.098 0.060 0.009 0.011 0.012 1.361 0.796 4.111 0.075 0.038 0.043 0.065 0.012 0.242 0.939 0.116 1.042 0.026 0.070 0.534 0.052 0.126 0.149 1.150 0.075 0.026 0.020 0.017 0.051 0.105 0.149 0.055 0.041 0.023 0.085 0.627 0.043 0.027 4.111 0.042 0.332 0.128 0.050 0.583 0.264 0.254 0.257 0.084 0.025 0.017 0.299 0.187 0.244 0.699 2.876 2.694 3.932 1.473 0.276 0.297 1.211 1.430 4.156 nan 0.386 0.204 0.320 0.498 1.976 1.811 0.315 0.676 1.838 0.945 3894 chr15 32951834 32987493 + 0 NA intron (NM_001144757, intron 2 of 5) MamRep605|Unknown|Unknown -4397 NR_135505 105370757 Hs.738329 NR_135505 ENSG00000241818 LOC105370757 - uncharacterized LOC105370757 ncRNA 0.771 nan nan 0.063 0.266 1.026 0.898 0.274 0.542 0.032 0.233 0.443 0.003 0.150 0.190 0.353 1.567 0.175 0.163 0.173 0.101 0.302 0.227 0.195 0.392 0.161 0.041 0.221 0.314 0.412 1.296 0.254 0.559 0.169 0.137 0.302 0.067 0.069 0.267 0.027 0.257 0.071 0.064 0.431 0.177 0.119 0.315 0.315 0.112 0.830 0.614 0.353 0.091 0.625 0.195 0.076 0.074 0.051 0.055 0.179 0.241 0.423 0.073 0.632 0.024 0.011 0.373 0.302 3.851 6.877 0.340 0.358 0.219 0.083 0.148 0.140 0.363 0.564 0.543 0.621 0.514 0.219 0.737 0.723 0.940 1.513 0.218 0.282 1.028 0.615 8813 chr5 22392396 22401243 + 0 NA intron (NM_004061, intron 3 of 14) LTR45C|LTR|ERV1 -182910 NM_001317228 1010 Hs.113684 NM_004061 ENSG00000154162 CDH12 CDHB cadherin 12 protein-coding 0.976 1.288 5.666 0.025 0.446 0.037 0.032 0.108 0.137 0.062 0.129 0.014 0.046 0.180 0.247 0.143 0.234 0.155 0.052 0.029 0.016 0.156 0.299 0.204 0.016 0.116 0.100 0.036 0.155 0.094 0.155 0.342 0.083 0.085 0.732 0.049 0.106 0.162 0.073 0.061 0.045 0.036 0.017 0.082 0.011 0.046 0.048 0.036 0.008 0.247 0.089 0.204 0.057 0.383 0.027 0.058 0.044 0.023 1.496 0.025 0.020 0.005 0.488 0.188 0.122 0.298 0.497 0.762 0.119 0.069 0.127 0.131 6.719 6.781 0.299 0.379 3.064 2.698 0.116 0.180 1.666 2.177 1.353 3.247 nan 0.744 4583 chr17 8112005 8131182 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR 5768 NR_026951 284029 Hs.121692 NM_173621 ENSG00000178977 LINC00324 C17orf44|NCRNA00324 long intergenic non-protein coding RNA 324 ncRNA 2.949 1.564 2.053 1.301 1.185 0.980 1.383 1.313 2.301 0.862 1.870 1.594 1.296 1.012 1.698 1.293 1.145 0.260 2.245 0.791 2.708 0.813 0.870 0.362 1.698 0.645 0.656 0.712 1.404 0.401 1.870 3.412 2.131 5.412 1.249 3.044 0.428 1.146 0.054 0.736 0.970 3.727 1.485 0.659 1.235 1.104 1.139 2.020 4.322 3.365 1.111 1.299 1.293 3.262 4.138 1.698 1.141 1.037 0.724 4.789 1.742 2.825 2.010 2.235 1.251 1.750 1.207 2.247 3.030 2.052 3.150 3.143 2.821 5.478 1.818 2.571 2.926 2.020 2.926 3.747 4.508 1.948 2.052 1.126 1.704 1.862 2.082 3.145 6.077 0.661 0.321 7302 chr22 19499771 19516079 + 0 NA intron (NM_001178011, intron 17 of 17) intron (NM_001178011, intron 17 of 17) 4935 NM_001130861 7122 Hs.505337 NM_003277 ENSG00000184113 CLDN5 AWAL|BEC1|CPETRL1|TMVCF claudin 5 protein-coding 1.336 nan 2.889 0.049 1.352 0.284 0.078 0.215 0.323 0.029 0.138 0.048 0.065 0.118 0.683 0.305 0.073 0.063 0.220 0.157 0.027 0.025 0.924 0.336 0.250 0.046 0.026 0.110 0.096 0.007 0.099 nan 0.091 0.957 0.035 0.069 0.631 0.053 0.043 0.111 0.124 0.033 0.048 0.020 0.033 0.059 0.089 0.115 0.189 0.029 0.094 0.305 0.103 0.057 0.250 0.029 0.050 0.579 0.153 1.636 0.167 0.024 0.249 0.023 0.007 0.006 0.387 0.508 0.222 0.329 1.718 1.637 2.817 0.569 0.332 0.362 0.609 0.857 0.735 1.200 1.177 1.141 0.146 0.210 2.382 2.499 0.701 1.043 3.851 1.896 6995 chr20 44598490 44603202 + 0 NA promoter-TSS (NM_022095) promoter-TSS (NM_022095) -13 NM_022095 63925 Hs.174193 NM_022095 ENSG00000198026 ZNF335 MCPH10|NIF-1|NIF1|NIF2 zinc finger protein 335 protein-coding nan nan 3.372 6.391 5.660 2.159 3.107 3.422 5.713 3.365 7.379 1.896 3.441 3.149 4.142 5.156 3.850 0.379 5.653 2.536 7.318 5.227 1.975 0.977 4.266 2.426 3.548 3.208 3.996 2.104 3.879 6.453 5.835 8.453 3.342 6.039 0.789 5.175 0.128 4.023 3.339 12.818 4.541 2.106 3.241 3.443 4.716 6.766 5.181 6.531 3.656 4.068 5.156 8.223 7.410 4.266 3.061 4.324 1.532 10.523 2.057 5.550 2.266 2.782 7.075 3.656 2.949 11.491 10.483 6.250 9.196 7.369 8.799 12.505 9.798 11.288 12.414 4.854 5.553 7.962 11.289 nan 9.023 8.886 10.200 3.983 5.057 7.935 6.360 2.038 1.204 1782 chr11 9479999 9485503 + 0 NA promoter-TSS (NR_036539) promoter-TSS (NR_036539) 239 NM_001282656 7702 Hs.523471 NM_003442 ENSG00000166478 ZNF143 SBF|STAF|pHZ-1 zinc finger protein 143 protein-coding 5.343 5.471 5.785 4.113 7.211 5.979 4.807 4.369 8.063 1.326 6.889 3.828 3.744 2.797 5.468 5.840 3.736 0.379 3.780 1.276 4.267 3.802 2.817 1.386 10.464 3.505 4.710 3.187 3.306 2.381 6.942 7.817 5.333 12.042 1.828 6.765 1.898 6.374 0.174 2.013 2.521 8.919 6.442 3.050 3.019 2.084 4.771 5.912 5.309 3.524 3.486 3.563 5.840 5.898 6.659 10.464 3.070 2.692 0.996 5.659 1.771 5.341 4.039 3.078 4.214 3.003 2.598 11.879 9.963 9.225 14.572 12.857 13.016 9.733 6.933 18.182 19.401 7.085 8.878 6.337 11.378 10.416 10.189 8.255 11.904 8.290 10.091 9.400 8.713 4.111 2.049 7578 chr3 45144629 45188584 + 0 NA intron (NM_178181, intron 1 of 3) L2c|LINE|L2 21308 NM_022842 64866 Hs.476093 NM_022842 ENSG00000163814 CDCP1 CD318|SIMA135|TRASK CUB domain containing protein 1 protein-coding 0.564 nan nan 0.762 0.212 0.089 1.972 0.103 0.147 0.809 0.920 1.931 0.033 0.321 0.057 0.140 0.225 0.102 2.188 1.147 1.060 0.025 0.134 0.118 0.117 1.197 1.068 0.043 1.801 1.223 0.555 0.850 0.284 0.428 1.177 0.246 0.039 0.032 0.060 1.207 0.189 1.044 0.713 0.456 1.133 0.933 1.390 2.971 0.337 3.451 0.170 0.611 0.140 1.487 2.480 0.117 0.479 0.209 0.037 1.057 0.058 1.495 0.439 0.031 1.272 1.486 1.475 0.976 1.243 1.366 1.686 0.349 0.359 0.716 0.204 0.206 0.184 0.276 0.471 0.540 0.791 0.350 0.198 0.568 0.844 0.205 0.256 0.118 0.212 0.560 0.460 2698 chr12 54663827 54678595 + 0 NA intron (NM_012117, intron 1 of 4) AluSx1|SINE|Alu 2704 NM_012117 23468 Hs.349283 NM_012117 ENSG00000094916 CBX5 HEL25|HP1|HP1A chromobox 5 protein-coding nan 2.263 2.875 3.111 3.264 1.398 2.192 1.910 3.648 0.929 2.351 5.361 1.569 0.993 3.117 2.178 1.835 0.152 1.891 0.655 1.574 1.247 2.146 1.305 3.017 2.175 1.795 0.968 2.369 1.290 2.419 3.718 1.629 6.173 1.118 3.104 0.864 2.080 0.119 1.280 1.208 3.365 2.660 1.205 1.902 1.304 2.636 4.204 1.797 2.247 1.699 2.180 2.178 1.487 2.978 3.017 1.725 1.731 0.870 2.014 1.275 2.163 1.917 1.872 1.309 2.160 1.839 nan 5.493 4.900 6.670 6.337 nan 6.897 5.675 10.320 11.185 3.026 nan 5.404 nan 7.019 6.298 4.335 5.821 4.683 5.554 6.762 6.505 3.903 1.825 11229 chr8 118177802 118191836 + 0 NA exon (NM_001172814, exon 9 of 9) exon (NM_001172814, exon 9 of 9) 37482 NM_001172814 169026 Hs.532270 NM_173851 ENSG00000164756 SLC30A8 ZNT8|ZnT-8 solute carrier family 30 member 8 protein-coding nan nan 0.871 0.016 1.317 3.833 0.060 0.128 0.198 0.007 0.088 0.078 0.296 0.122 0.134 1.310 0.125 0.091 0.039 0.014 0.032 0.271 0.491 0.255 0.119 0.010 0.015 0.005 0.083 0.108 0.178 0.066 2.870 0.083 1.080 1.067 0.016 0.080 0.025 0.628 0.091 0.013 0.022 0.047 0.011 0.062 0.212 0.041 0.076 0.022 0.062 1.310 0.082 0.033 0.119 0.059 0.029 0.195 0.017 0.015 0.142 0.011 0.041 0.011 0.242 0.112 0.147 0.402 1.322 1.564 8.315 4.142 0.665 nan 0.334 nan 0.846 1.640 0.432 0.259 0.114 0.231 3.282 3.047 0.399 0.684 1.352 0.888 3403 chr14 23759801 23783983 + 0 NA 5' UTR (NM_001276318, exon 1 of 5) 5' UTR (NM_001276318, exon 1 of 5) 165 NM_001276318 90673 Hs.601513 NM_001276318 ENSG00000235194 PPP1R3E - protein phosphatase 1 regulatory subunit 3E protein-coding nan 2.448 3.490 1.054 2.233 2.091 0.795 1.080 1.989 0.208 1.037 0.661 0.288 0.579 2.092 1.483 1.718 0.247 1.223 0.338 1.181 0.946 0.610 0.449 1.489 0.809 0.908 0.454 1.008 0.580 2.436 4.321 1.401 3.452 0.545 1.034 0.303 1.162 0.131 0.527 1.031 1.200 0.753 0.443 0.840 0.753 0.815 1.276 1.488 1.137 1.402 0.941 1.483 1.064 1.402 1.489 0.480 0.415 0.572 2.033 1.224 0.950 0.446 4.378 0.944 0.545 0.294 0.997 1.040 1.748 2.425 3.261 3.095 2.404 0.972 2.869 3.090 2.042 2.610 2.409 nan 3.521 3.387 1.169 1.627 1.901 1.871 7.132 11.297 1.438 0.739 792 chr1 156652661 156684123 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu 7067 NM_001878 1382 Hs.405662 NM_001878 ENSG00000143320 CRABP2 CRABP-II|RBP6 cellular retinoic acid binding protein 2 protein-coding nan nan 1.151 0.547 0.235 2.238 2.193 0.503 1.053 2.320 0.462 0.507 0.047 0.127 3.583 1.630 1.323 0.279 1.188 1.014 0.158 0.159 0.246 0.197 0.232 1.091 0.610 0.164 0.379 0.856 1.712 5.205 0.967 2.678 2.412 0.213 0.063 0.215 0.130 0.249 0.268 0.635 0.128 0.127 2.658 0.657 1.617 0.144 0.523 0.899 0.086 1.646 1.630 1.162 0.655 0.232 0.298 1.262 0.497 1.929 0.151 0.791 0.680 0.746 0.137 0.090 0.051 0.773 1.147 0.509 0.840 1.171 nan 0.774 0.269 0.270 0.338 0.467 0.953 1.788 2.250 0.990 1.078 1.391 1.623 0.255 0.379 1.294 3.567 0.740 0.474 6231 chr2 87960747 87970465 + 0 NA Intergenic L1MEe|LINE|L1 36327 NR_039636 100616341 NR_039636 ENSG00000266139 MIR4435-2 mir-4435-2 microRNA 4435-2 ncRNA nan 1.315 nan 1.180 0.594 0.185 1.994 0.165 0.235 1.760 0.541 0.381 0.841 0.052 0.023 0.248 0.146 0.082 2.560 2.126 0.226 0.039 0.065 0.149 1.342 0.459 0.268 0.108 0.841 0.843 1.072 3.173 1.929 1.720 1.265 0.426 0.029 0.090 0.118 0.037 0.207 0.276 0.186 0.157 0.688 1.515 1.395 0.160 0.402 0.154 0.144 2.207 0.248 3.267 0.092 1.342 0.856 2.308 0.071 0.120 0.094 0.131 0.219 0.026 0.071 0.085 0.053 0.630 0.428 1.121 3.260 0.406 0.409 0.512 0.200 3.339 3.382 0.184 0.411 1.152 1.665 0.295 0.151 0.365 0.644 0.076 0.129 0.102 0.180 0.289 0.212 10340 chr7 45957264 45965191 + 0 NA promoter-TSS (NM_001013398) promoter-TSS (NM_001013398) -356 NM_001013398 3486 Hs.450230 NM_000598 ENSG00000146674 IGFBP3 BP-53|IBP3 insulin like growth factor binding protein 3 protein-coding 0.767 1.188 nan 6.196 0.100 0.044 0.749 0.081 0.213 2.696 0.693 0.464 0.023 0.819 0.061 0.192 0.265 0.091 0.452 0.334 0.454 0.017 0.128 0.082 0.091 1.878 1.101 0.940 3.643 0.955 1.096 1.639 1.356 1.878 0.938 0.988 0.073 2.995 0.192 0.458 0.196 0.951 0.242 0.190 1.825 1.041 1.695 2.814 1.572 0.253 0.592 0.949 0.192 0.359 3.324 0.091 0.752 2.000 0.271 0.051 0.336 0.075 0.431 0.022 0.038 0.354 0.309 0.671 1.984 0.558 0.586 0.880 0.153 0.219 0.185 0.192 0.300 0.124 0.148 0.814 0.718 0.061 0.163 0.090 0.089 0.265 0.493 0.818 0.730 1248 chr1 243853515 243862569 + 0 NA intron (NM_001206729, intron 3 of 13) intron (NM_001206729, intron 3 of 13) 148542 NM_181690 10000 Hs.498292 NM_005465 ENSG00000117020 AKT3 MPPH|MPPH2|PKB-GAMMA|PKBG|PRKBG|RAC-PK-gamma|RAC-gamma|STK-2 AKT serine/threonine kinase 3 protein-coding nan 1.317 nan 0.080 0.260 0.055 0.050 0.301 0.668 0.065 0.040 0.007 0.022 0.069 0.162 0.328 0.090 0.082 0.021 0.014 0.015 0.156 0.264 0.264 0.008 0.025 0.051 0.068 0.023 0.034 0.043 0.084 0.204 0.103 0.031 0.114 0.195 0.061 0.007 0.051 0.024 0.042 0.230 0.044 0.027 0.008 0.009 0.060 0.162 0.070 0.041 0.264 0.027 0.019 0.269 0.013 0.044 0.051 0.066 0.336 0.034 0.030 0.027 0.396 0.271 0.244 0.272 0.561 0.740 0.434 0.225 0.348 0.410 4.928 4.419 0.479 0.392 0.932 0.481 0.062 0.169 0.194 0.279 0.656 1.840 0.462 0.332 6368 chr2 134162692 134197622 + 0 NA intron (NM_207363, intron 3 of 19) intron (NM_207363, intron 3 of 19) 145874 NM_207481 344148 Hs.537329 NM_207363 ENSG00000176771 NCKAP5 ERIH1|ERIH2|NAP5 NCK associated protein 5 protein-coding nan 0.827 nan 0.060 1.067 0.108 0.027 0.165 0.212 0.025 0.104 0.045 0.012 0.061 0.092 0.220 0.233 0.097 0.128 0.070 0.162 0.008 0.082 0.092 0.366 0.010 0.023 0.006 0.070 0.009 0.076 0.088 0.238 0.689 0.038 4.447 0.011 0.028 0.070 0.020 0.034 0.077 0.026 0.007 0.019 0.028 0.050 0.146 0.382 0.024 0.630 0.374 0.220 0.049 0.016 0.366 0.089 0.095 0.011 0.055 0.998 0.018 0.094 0.184 0.031 0.058 0.035 0.398 0.387 5.392 7.186 0.276 0.326 0.137 0.086 0.209 0.233 0.158 0.244 0.581 nan 0.446 0.243 0.151 0.293 0.071 0.190 0.452 1.125 0.437 0.372 4727 chr17 36429836 36453976 + 0 NA Intergenic Intergenic -11083 NM_001278279 84311 Hs.537279 NM_032351 ENSG00000278845 MRPL45 L45mt|MRP-L45 mitochondrial ribosomal protein L45 protein-coding nan 1.571 1.115 2.635 0.297 0.385 2.479 0.464 0.909 1.763 1.190 0.915 1.598 0.153 0.495 0.511 0.461 0.404 4.058 2.338 1.073 0.268 0.182 0.273 0.473 2.252 2.103 0.714 2.375 1.900 0.703 2.382 1.310 0.916 1.268 1.070 0.114 0.489 0.138 0.742 0.231 2.182 1.040 0.557 3.527 2.571 1.955 2.342 1.168 1.009 0.728 0.830 0.511 3.805 1.155 0.473 0.846 1.058 0.268 1.467 0.474 1.053 0.225 0.408 1.014 0.367 0.306 1.382 1.432 0.753 1.359 nan 0.828 1.884 0.663 3.639 3.952 0.549 0.878 1.772 2.136 nan 1.315 0.775 0.863 0.702 1.127 1.034 1.507 0.774 0.506 5076 chr17 79415946 79426039 + 0 NA intron (NM_001291324, intron 14 of 27) intron (NM_001291324, intron 14 of 27) -2778 NR_036152 100422944 NR_036152 ENSG00000266189 MIR3186 mir-3186 microRNA 3186 ncRNA 1.536 0.810 0.756 0.043 0.406 0.896 0.121 0.498 0.816 0.009 0.246 0.055 0.012 0.030 2.176 7.153 0.193 0.050 0.160 0.038 0.091 0.041 0.264 0.187 0.178 0.078 0.055 0.081 0.061 0.228 1.131 0.099 1.346 0.073 0.124 0.104 0.118 0.060 0.012 0.102 0.199 0.018 0.031 0.033 0.038 0.188 0.241 0.127 0.015 0.119 7.153 0.196 0.046 0.178 0.036 0.025 0.106 0.494 0.077 0.086 1.615 0.134 0.045 0.006 0.016 1.953 3.019 0.390 0.702 5.406 3.940 2.497 0.654 0.497 0.483 nan 0.710 0.488 1.488 1.305 1.212 1.273 2.384 0.464 0.536 0.682 0.600 nan 0.302 11979 chrX 123091451 123098893 + 0 NA promoter-TSS (NM_001282418) promoter-TSS (NM_001282418) 10 NM_001282418 10735 Hs.496710 NM_006603 ENSG00000101972 STAG2 SA-2|SA2|SCC3B|bA517O1.1 stromal antigen 2 protein-coding 6.981 nan 6.108 4.633 5.137 3.352 3.115 4.494 8.373 1.693 3.890 2.271 2.081 2.005 4.802 5.850 3.533 0.217 2.029 0.867 4.944 4.387 4.455 2.331 3.571 2.442 3.558 2.008 3.273 1.190 6.930 10.353 3.491 11.951 1.394 7.312 1.464 3.208 0.093 0.983 3.774 8.140 3.297 1.090 2.066 4.802 5.382 3.876 4.830 2.851 1.149 3.839 5.850 2.761 2.424 3.571 1.432 4.416 1.049 4.310 2.211 4.720 3.128 4.067 2.365 1.463 0.861 6.240 6.714 6.824 7.932 10.925 10.113 6.506 4.001 16.640 17.828 7.347 8.092 8.984 13.587 16.007 16.587 5.233 8.836 7.212 8.660 12.096 10.269 1.715 0.946 4205 chr16 4394040 4429867 + 0 NA intron (NM_001201473, intron 14 of 25) intron (NM_001201473, intron 14 of 25) -9896 NM_138440 114990 Hs.372579 NM_138440 ENSG00000168140 VASN SLITL2 vasorin protein-coding 0.937 nan 1.503 2.405 0.865 0.239 1.910 0.403 0.562 0.839 1.892 0.389 0.218 0.139 0.309 0.640 0.642 0.189 1.988 0.776 0.455 0.186 0.226 0.170 0.645 0.466 0.329 0.657 1.498 0.442 2.868 5.713 1.325 1.549 0.779 1.575 0.082 0.348 0.089 0.080 0.266 1.204 0.362 0.200 0.473 1.134 1.036 0.275 0.942 0.515 0.365 3.585 0.640 2.817 0.499 0.645 0.251 1.504 0.138 0.863 0.413 0.471 0.263 0.226 0.146 0.145 0.067 1.125 1.565 0.338 0.532 0.736 0.784 nan 0.629 1.028 1.019 0.505 nan 1.272 1.790 0.739 0.708 0.532 0.768 0.475 0.566 0.613 0.874 0.896 0.450 2462 chr12 8177920 8192934 + 0 NA promoter-TSS (NM_018416) promoter-TSS (NM_018416) 68 NM_018416 55810 Hs.120844 NM_018416 ENSG00000065970 FOXJ2 FHX forkhead box J2 protein-coding 2.048 nan nan 1.456 3.343 1.515 0.990 1.354 2.442 0.620 0.944 1.185 0.739 0.643 2.156 1.729 0.546 0.076 1.214 0.377 1.415 0.730 0.947 0.545 1.718 1.646 1.475 0.791 1.824 0.525 1.825 2.639 1.515 6.600 0.337 1.102 0.298 2.332 0.151 0.598 0.116 1.557 1.272 0.630 1.043 0.582 2.090 2.938 2.287 3.414 0.740 0.951 1.729 1.559 1.508 1.718 0.221 0.831 5.978 4.645 0.692 0.987 1.400 0.646 0.507 1.481 0.947 1.326 1.723 2.006 3.398 nan 4.440 4.512 1.511 3.358 3.353 1.799 2.230 1.595 1.995 2.419 2.054 1.238 2.248 1.467 1.754 1.534 nan 1.565 0.819 924 chr1 182137374 182219581 + 0 NA intron (NR_104175, intron 2 of 2) MIRb|SINE|MIR 104719 NR_104175 400799 Hs.634884 NR_104175 ENSG00000228918 LINC01344 GS1-122H1.2 long intergenic non-protein coding RNA 1344 ncRNA nan nan 1.171 0.101 0.555 0.201 0.095 0.142 0.249 0.131 0.072 0.116 0.037 0.054 0.324 0.641 0.111 0.124 0.145 0.032 0.073 0.024 0.231 0.174 0.109 0.572 0.230 0.021 0.282 0.038 0.805 4.487 1.014 1.815 0.539 0.135 0.051 0.049 0.118 0.089 0.060 0.114 0.020 0.021 0.482 0.149 0.536 0.130 0.179 0.029 0.156 0.607 0.641 0.205 0.334 0.109 0.251 0.845 0.077 0.063 0.027 0.052 0.094 0.238 0.076 0.041 0.018 0.481 0.323 0.797 2.483 0.505 nan 0.171 0.087 nan 0.416 0.736 1.054 0.773 0.797 0.413 0.208 0.444 0.535 0.296 0.490 0.389 nan 0.663 0.549 5010 chr17 74619519 74679254 + 0 NA Intergenic AluSz|SINE|Alu -9466 NR_110309 55808 Hs.105352 NM_018414 ENSG00000070526 ST6GALNAC1 HSY11339|SIAT7A|ST6GalNAcI|STYI ST6 N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 1 protein-coding 1.059 1.547 0.910 0.344 0.412 0.179 0.487 0.504 0.964 0.096 0.330 0.282 0.470 0.146 0.330 0.372 0.309 0.173 0.582 0.221 0.194 0.093 0.228 0.221 0.380 0.349 0.182 0.127 0.274 0.239 2.612 7.910 1.443 0.740 0.291 0.545 0.085 0.219 0.128 0.111 0.206 0.263 0.109 0.068 0.234 0.329 0.248 0.341 0.747 0.287 0.745 0.662 0.372 1.244 0.129 0.380 0.684 0.448 0.189 0.298 0.395 0.191 0.184 0.229 0.116 0.067 0.039 0.874 1.092 0.870 1.020 0.782 0.820 2.060 0.545 0.623 0.653 nan 0.802 0.760 0.980 1.218 0.778 0.454 0.554 0.544 0.785 0.587 1.018 nan 0.693 9878 chr6 122231410 122265596 + 0 NA Intergenic L2b|LINE|L2 -472193 NM_001135564 3298 Hs.158195 NM_004506 ENSG00000025156 HSF2 HSF 2|HSTF 2 heat shock transcription factor 2 protein-coding 0.861 0.738 0.679 0.055 0.080 0.021 0.100 0.122 0.176 0.020 0.064 0.204 0.022 0.021 0.078 0.198 0.155 0.081 0.111 0.061 0.039 7.226 0.032 0.085 0.042 0.022 0.009 0.052 0.082 0.089 0.238 0.732 0.222 0.261 0.115 0.036 0.020 0.158 0.149 0.090 0.032 0.051 0.012 0.007 0.070 0.020 0.191 0.102 0.060 0.052 0.035 0.076 0.198 0.058 0.038 0.042 0.043 0.022 0.037 0.015 0.039 0.041 0.014 0.054 0.020 0.022 0.018 0.288 0.182 0.204 0.237 0.223 0.252 0.230 0.118 0.217 0.205 0.114 0.163 0.385 0.308 0.476 0.178 0.096 0.135 0.131 0.142 0.192 0.294 0.239 0.277 4064 chr15 74242375 74259982 + 0 NA Intergenic L1M4|LINE|L1 -30589 NR_040069 100287616 Hs.599785 NR_040066 ENSG00000261801 LOXL1-AS1 - LOXL1 antisense RNA 1 ncRNA 1.078 0.783 0.893 1.128 0.101 0.195 3.275 0.109 0.347 0.049 0.645 1.656 0.021 0.080 0.204 0.231 0.652 0.177 0.597 0.613 0.060 0.066 0.133 0.134 0.244 1.667 1.084 0.159 0.839 0.908 0.192 0.814 0.077 0.591 1.187 0.213 0.017 0.104 0.078 2.190 0.170 1.453 0.238 0.180 0.570 0.194 0.524 9.941 0.134 1.444 0.032 0.496 0.231 0.551 3.353 0.244 0.333 0.103 0.624 0.256 0.115 0.463 0.245 0.577 1.561 0.245 0.112 0.487 0.798 0.502 0.543 0.615 0.664 0.667 0.182 0.259 0.208 0.748 1.088 0.692 0.794 2.814 2.604 0.570 0.555 0.101 0.099 1.042 1.887 0.596 0.463 9827 chr6 106817178 106839252 + 0 NA Intergenic Intergenic -54520 NM_001286111 9474 Hs.486063 NM_004849 ENSG00000057663 ATG5 APG5|APG5-LIKE|APG5L|ASP|SCAR25|hAPG5 autophagy related 5 protein-coding 0.833 nan nan 2.382 0.094 0.036 1.210 0.176 0.278 0.165 0.043 0.104 0.056 0.054 0.089 0.150 0.088 0.062 1.792 0.893 0.017 0.029 0.040 0.098 0.025 0.033 0.017 0.526 0.534 0.492 1.269 0.626 0.389 0.657 0.124 0.017 0.059 0.113 0.005 0.043 0.071 0.041 0.018 1.810 0.806 0.507 0.077 0.044 0.075 0.068 0.543 0.150 1.171 0.020 0.098 0.388 0.131 0.044 0.016 0.032 0.072 0.058 0.146 0.017 0.034 0.028 7.027 5.590 0.206 0.460 0.373 nan 0.470 0.201 0.255 0.260 0.134 0.226 0.285 0.317 nan 0.138 0.178 0.182 0.080 0.087 0.223 0.430 0.576 0.457 2301 chr11 117679643 117709921 + 0 NA intron (NM_001243598, intron 6 of 9) intron (NM_001243598, intron 6 of 9) 677 NM_001680 486 Hs.731865 NM_001680 ENSG00000137731 FXYD2 ATP1G1|HOMG2 FXYD domain containing ion transport regulator 2 protein-coding 0.881 1.898 0.740 0.452 0.845 3.496 0.223 0.221 0.520 0.013 0.097 0.060 0.076 0.435 1.047 0.909 0.057 0.016 0.711 0.413 0.075 0.041 0.676 0.386 1.214 0.237 0.157 0.063 0.189 0.726 0.483 2.010 0.077 2.706 0.058 0.084 0.398 0.082 0.077 0.160 0.228 1.321 0.329 0.232 0.276 2.557 0.175 0.233 0.973 0.219 2.455 0.775 0.909 0.248 0.119 1.214 0.720 0.615 0.233 0.313 0.698 0.125 0.551 0.496 0.156 0.049 0.040 0.887 nan 0.277 0.663 1.340 1.492 2.828 0.731 0.626 0.595 0.645 nan 3.242 2.969 0.660 0.543 1.404 1.920 1.667 1.667 0.635 1.876 1.787 1.031 4162 chr15 102514046 102519952 + 0 NA TTS (NR_003659) TTS (NR_003659) 2297 NR_034090 100288486 Hs.644359 NR_034090 ENSG00000248472 DDX11L9 - DEAD/H-box helicase 11 like 9 pseudo 1.930 nan 1.727 0.109 0.506 10.044 0.722 0.300 0.550 0.148 0.311 0.267 0.340 0.278 4.852 5.405 0.297 0.081 0.807 0.356 0.080 0.126 1.575 0.906 0.912 0.288 0.171 0.296 0.184 0.036 1.124 2.966 1.273 nan 0.124 0.464 1.677 0.308 0.136 0.285 0.202 0.073 0.093 0.088 0.207 0.329 0.371 0.277 0.410 0.094 0.898 5.405 0.781 0.072 0.912 0.435 0.189 1.075 0.205 1.333 0.202 0.048 0.420 0.100 0.049 0.015 0.609 0.869 0.525 0.826 5.664 5.198 1.334 0.538 0.726 0.961 1.694 2.308 1.071 0.955 1.342 0.994 0.410 0.429 2.038 1.570 0.527 0.799 4.458 1.996 10446 chr7 77307289 77328887 + 0 NA intron (NR_134251, intron 1 of 3) L2|LINE|L2 7494 NR_134251 100505854 Hs.72451 NR_038361 ENSG00000214293 APTR RSBN1L-AS1 Alu-mediated CDKN1A/p21 transcriptional regulator (non-protein coding) ncRNA nan 1.055 1.859 1.050 0.920 0.825 1.593 0.567 1.201 0.602 0.787 1.116 0.441 0.492 1.282 0.866 1.314 0.473 1.062 0.432 0.395 0.584 1.020 0.618 1.238 0.346 0.234 0.568 1.865 0.939 2.061 4.278 5.948 1.957 0.709 0.793 0.388 1.390 0.209 0.405 1.053 1.185 0.653 0.354 1.096 2.515 1.040 1.022 1.059 1.853 0.711 2.011 0.866 1.197 0.888 1.238 1.295 0.950 0.364 1.070 0.460 0.882 1.972 0.685 0.531 0.459 0.248 1.841 1.743 1.610 nan 2.241 1.972 1.783 0.790 1.420 1.433 0.874 nan 1.189 nan 2.167 2.293 2.423 3.555 1.364 1.466 2.526 4.259 1.279 0.812 8815 chr5 22747904 22759732 + 0 NA intron (NM_004061, intron 1 of 14) (CATA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 99913 NM_004061 1010 Hs.113684 NM_004061 ENSG00000154162 CDH12 CDHB cadherin 12 protein-coding 0.582 1.177 2.092 0.067 0.318 0.005 0.060 0.062 0.177 0.025 0.052 0.031 0.059 0.142 0.194 0.181 0.162 0.178 0.048 0.027 0.132 0.210 0.064 0.006 0.019 0.086 0.018 0.110 0.183 0.114 0.475 0.025 0.074 0.130 0.027 0.116 0.018 0.040 0.047 0.020 0.039 0.009 0.032 0.065 0.009 0.029 0.012 0.053 0.034 0.194 0.126 0.016 0.064 0.021 0.465 0.005 0.060 0.041 0.009 0.052 0.020 0.010 0.004 0.380 0.290 0.112 0.220 0.378 0.505 0.148 0.072 0.112 0.069 nan 6.940 0.433 0.338 8.065 7.735 0.108 0.223 0.294 0.249 0.234 0.347 nan 0.642 2481 chr12 11857470 11887274 + 0 NA intron (NM_001987, intron 1 of 7) intron (NM_001987, intron 1 of 7) 69584 NM_001987 2120 Hs.504765 NM_001987 ENSG00000139083 ETV6 TEL|TEL/ABL|THC5 ETS variant 6 protein-coding 0.792 1.060 1.729 1.644 2.131 2.433 0.574 0.454 0.936 0.088 0.434 0.794 0.067 0.487 1.471 0.314 0.164 0.017 0.703 0.353 0.091 0.042 0.416 0.285 0.974 0.634 0.219 0.032 0.928 0.527 1.406 4.379 1.531 3.807 0.290 0.041 0.032 0.080 0.127 0.186 0.032 0.547 0.315 0.217 1.108 0.833 0.740 0.438 0.180 0.299 0.037 0.673 0.314 0.364 0.109 0.974 0.366 0.269 0.036 0.231 0.075 0.112 1.249 0.112 0.265 0.021 0.024 0.340 0.312 0.525 1.083 nan 0.975 1.614 0.697 0.626 0.738 0.385 0.682 4.865 5.344 0.460 0.246 0.839 1.549 0.089 0.110 0.263 0.467 0.809 0.608 2027 chr11 66646902 66663740 + 0 NA intron (NM_000920, intron 2 of 21) MLT1D|LTR|ERVL-MaLR 20019 NM_022172 5091 Hs.89890 NM_000920 ENSG00000173599 PC PCB pyruvate carboxylase protein-coding nan 1.675 1.573 0.320 1.093 2.025 4.178 0.323 0.439 0.657 1.801 9.882 0.037 0.136 1.709 1.007 0.372 0.152 1.098 0.844 2.349 0.050 0.585 0.398 1.424 3.914 3.798 0.285 0.442 0.555 0.635 2.401 0.546 4.027 1.902 5.756 0.307 0.152 0.094 0.476 0.202 1.826 0.472 0.346 1.721 0.470 0.960 3.596 3.745 0.920 0.664 2.457 1.007 1.427 4.898 1.424 0.886 0.767 0.486 0.694 0.971 4.593 0.810 0.206 3.559 0.352 0.292 1.140 2.049 0.393 0.726 3.691 3.260 2.761 0.574 0.614 0.726 0.927 1.550 2.677 2.986 0.722 0.698 0.874 1.476 1.329 1.266 0.364 0.997 1.537 1.006 11774 chr9 128461352 128470872 + 0 NA intron (NM_001006618, intron 1 of 7) intron (NM_001006618, intron 1 of 7) 3401 NM_001006617 79109 Hs.495138 NM_024117 ENSG00000119487 MAPKAP1 JC310|MIP1|SIN1|SIN1b|SIN1g mitogen-activated protein kinase associated protein 1 protein-coding nan nan 1.268 0.648 1.440 0.501 1.038 0.589 1.222 0.363 1.026 0.543 0.092 0.166 0.541 0.712 0.522 0.084 2.082 1.514 0.304 0.277 0.577 0.356 1.197 1.693 1.132 0.763 2.746 0.366 0.945 1.641 0.592 nan 0.505 0.816 0.209 0.569 0.131 0.833 0.492 0.927 1.791 1.049 1.936 0.457 0.842 0.936 1.300 5.392 0.321 0.690 0.712 1.691 6.058 1.197 0.281 0.600 0.267 1.070 0.566 1.019 0.119 0.428 0.622 1.307 1.355 0.705 0.611 1.114 1.701 1.638 1.763 1.419 0.429 1.928 1.854 1.006 nan 1.514 2.164 2.432 1.856 0.741 0.931 1.099 1.392 1.015 1.832 nan 0.875 4045 chr15 70809028 70822677 + 0 NA Intergenic THE1D|LTR|ERVL-MaLR -17585 NR_146562 105370880 NR_146562 ENSG00000259473 LINC02205 - long intergenic non-protein coding RNA 2205 ncRNA 0.689 1.291 0.772 0.076 0.987 0.784 1.156 0.645 1.466 0.042 0.410 0.790 0.083 1.413 0.176 1.998 0.198 0.058 0.480 0.307 0.046 0.010 0.909 0.467 4.852 0.305 0.064 0.054 0.240 0.199 0.429 1.971 0.680 4.302 0.815 0.170 0.502 0.085 0.041 0.606 0.931 0.107 0.048 0.029 0.384 0.435 0.162 0.225 0.827 0.067 0.110 2.001 1.998 0.398 0.196 4.852 0.233 0.281 0.333 0.072 0.193 0.150 0.166 0.064 0.417 0.008 0.011 0.889 1.384 1.067 2.058 2.297 2.981 1.887 0.605 0.156 0.202 0.164 0.300 1.812 2.529 1.210 1.142 0.300 0.476 0.783 0.745 0.249 0.423 1.498 0.714 3922 chr15 41407118 41411601 + 0 NA promoter-TSS (NR_104038) promoter-TSS (NR_104038) -915 NR_104038 54617 Hs.292949 NM_017553 ENSG00000128908 INO80 INO80A|INOC1|hINO80 INO80 complex subunit protein-coding 4.264 2.731 nan 2.116 3.391 2.512 4.493 2.869 6.176 1.755 5.227 3.291 3.171 2.255 3.566 5.813 3.686 0.215 3.340 1.224 7.116 2.725 2.479 1.100 6.186 3.004 4.178 4.306 3.550 1.159 6.751 8.966 4.971 6.558 1.802 5.717 1.492 3.511 0.112 1.663 2.450 2.919 4.547 1.931 3.125 2.178 2.932 5.373 4.638 5.447 2.873 4.396 5.813 7.001 3.572 6.186 3.577 3.613 2.250 5.332 2.759 3.976 2.469 2.456 4.371 2.558 2.140 5.980 6.369 9.229 10.543 6.189 5.423 5.014 3.342 12.664 12.870 3.428 nan 6.898 12.219 10.855 11.452 4.754 7.882 6.428 7.250 7.974 5.462 3.309 2.045 9029 chr5 79248030 79259513 + 0 NA intron (NR_131226, intron 2 of 2) (TGAA)n|Simple_repeat|Simple_repeat 21369 NR_131226 105616916 Hs.590325 NR_131226 ENSG00000250888 LINC01455 MDONA|TCONS_00009433 long intergenic non-protein coding RNA 1455 ncRNA 1.991 nan 1.161 0.094 0.068 0.072 0.239 0.095 0.306 0.008 0.116 0.065 0.011 0.026 0.069 0.111 0.103 0.079 0.171 0.147 0.016 0.024 0.013 0.085 0.062 0.030 0.025 0.071 0.088 0.083 0.082 0.215 0.079 0.236 0.216 0.107 0.017 0.057 0.100 0.212 0.091 0.142 0.105 0.095 0.064 0.047 0.145 0.261 0.106 0.083 0.063 0.093 0.111 0.159 0.030 0.062 0.032 0.022 1.018 0.081 0.061 0.111 0.046 3.147 0.147 0.138 0.160 0.200 0.084 0.291 0.349 0.220 0.252 nan 0.099 0.113 0.145 0.448 nan 0.238 0.225 5.929 6.637 0.088 0.173 0.062 0.118 1.540 4.335 0.380 0.412 8204 chr3 197202151 197250907 + 0 NA Intergenic MIR|SINE|MIR 10003 NR_145451 100129516 Hs.635286 NR_145451 LINC02012 - long intergenic non-protein coding RNA 2012 ncRNA nan 1.114 1.326 2.428 0.187 2.222 1.398 0.296 0.563 0.398 0.302 0.659 0.451 0.361 0.289 0.622 0.798 0.228 0.399 0.502 0.274 0.040 0.501 0.256 0.243 4.329 3.341 0.635 0.442 1.109 0.613 nan 0.211 nan 0.417 0.190 0.080 0.171 0.076 0.278 0.624 1.923 1.140 0.584 0.657 0.431 0.729 1.188 0.900 0.447 0.775 0.967 0.622 0.849 0.216 0.243 0.407 0.240 0.340 0.208 0.165 0.675 0.546 0.941 0.301 1.416 0.976 0.613 0.694 0.788 1.327 0.767 0.730 0.791 0.269 1.419 1.459 0.718 1.174 0.739 0.924 2.341 2.222 0.642 0.919 0.357 0.548 1.040 2.828 1.011 0.712 1366 chr10 17237294 17274793 + 0 NA TTS (NR_108061) TTS (NR_108061) -11973 NM_001351220 1787 Hs.351665 NM_004412 ENSG00000107614 TRDMT1 DMNT2|DNMT2|MHSAIIP|PUMET|RNMT1 tRNA aspartic acid methyltransferase 1 protein-coding nan 0.870 1.216 1.798 0.434 0.295 1.154 0.192 0.375 0.117 3.471 3.432 0.124 0.059 0.134 0.154 3.498 0.513 0.740 0.561 2.142 2.368 0.234 0.103 0.355 1.783 1.737 0.618 1.710 0.596 0.270 0.392 0.681 0.449 0.886 1.593 0.010 1.097 0.117 2.515 0.098 1.455 1.487 0.727 0.799 0.149 0.337 3.389 1.353 2.345 0.531 0.190 0.154 1.072 3.573 0.355 0.221 0.087 0.013 2.399 0.165 1.833 0.222 0.224 3.337 2.863 2.459 1.053 1.079 2.798 5.466 0.702 0.707 0.916 0.412 0.509 0.497 2.637 3.370 0.785 1.245 0.498 0.443 0.336 0.452 0.059 0.080 0.441 0.426 0.346 0.296 7797 chr3 123671501 123680726 + 0 NA intron (NM_022757, intron 1 of 11) intron (NM_022757, intron 1 of 11) 4142 NM_022757 64770 Hs.645028 NM_022757 ENSG00000175455 CCDC14 - coiled-coil domain containing 14 protein-coding 2.400 nan 1.797 0.644 1.909 0.593 0.928 1.476 2.525 0.259 0.648 0.493 0.167 1.741 0.837 0.998 1.668 0.124 0.415 0.325 0.525 0.434 0.953 0.664 2.286 0.702 0.472 0.392 1.235 0.503 0.891 1.379 0.911 2.268 0.374 0.450 0.218 0.547 0.137 0.472 0.892 0.941 0.824 0.488 0.557 0.281 0.490 0.561 0.704 0.651 0.458 0.723 0.998 0.609 1.178 2.286 0.235 0.463 0.545 0.935 0.550 0.532 0.570 0.614 0.474 0.323 0.226 5.130 6.494 2.203 2.985 3.305 3.189 5.307 2.366 1.044 0.966 3.136 nan 3.076 3.447 4.119 3.578 1.122 1.895 1.419 1.472 2.263 2.900 2.760 1.448 1255 chr1 244391660 244404880 + 0 NA Intergenic Intergenic -117667 NM_001276349 200159 Hs.442703 NM_001012970 ENSG00000173728 C1orf100 - chromosome 1 open reading frame 100 protein-coding nan 2.609 nan 0.131 1.904 0.462 0.191 1.576 2.986 0.071 0.148 0.231 0.028 0.045 0.546 1.178 0.240 0.123 0.160 0.186 0.042 0.021 0.542 0.261 4.378 0.304 0.152 0.062 0.057 0.191 0.128 0.784 0.157 1.649 0.022 0.378 0.138 0.075 0.107 0.062 0.748 0.259 0.178 0.182 0.355 0.061 0.468 0.190 0.296 0.108 0.113 0.274 1.178 0.174 0.014 4.378 0.342 0.144 0.170 0.139 0.998 0.102 0.172 0.141 0.017 0.039 0.042 0.470 0.390 0.576 0.914 5.886 5.829 4.642 1.154 0.747 0.724 0.664 1.086 5.407 3.668 0.827 0.741 0.264 0.375 1.808 1.362 0.388 0.712 2.137 1.286 2660 chr12 50443014 50451841 + 0 NA Intergenic Intergenic -3993 NR_046389 41 Hs.274361 NM_001095 ENSG00000110881 ASIC1 ACCN2|ASIC|BNaC2 acid sensing ion channel subunit 1 protein-coding nan 0.970 1.037 0.255 0.361 0.134 0.154 0.292 0.528 0.055 0.212 0.323 0.063 0.057 0.729 0.994 0.236 0.118 0.478 0.096 0.017 0.016 0.175 0.309 1.068 0.156 0.098 0.270 0.245 0.059 0.699 1.335 0.415 0.416 0.227 0.311 0.086 0.274 0.023 0.124 0.161 0.188 0.195 0.281 0.149 0.109 0.174 0.308 0.978 0.982 0.475 0.563 0.994 0.387 0.509 1.068 0.151 0.262 3.513 1.420 0.405 0.144 0.374 0.738 0.148 0.099 0.074 nan 1.228 0.607 0.964 2.554 nan 2.262 0.726 1.390 1.595 1.011 nan 0.680 nan 6.263 6.165 0.762 1.014 0.824 0.394 1.555 3.000 1.108 0.767 7264 chr21 45915653 45921062 + 0 NA 3' UTR (NM_144991, exon 12 of 12) 3' UTR (NM_144991, exon 12 of 12) -7570 NR_103707 54082 Hs.570444 NR_103707 ENSG00000235890 TSPEAR-AS1 C21orf31 TSPEAR antisense RNA 1 ncRNA nan 2.047 0.938 0.027 2.209 7.370 0.067 1.866 3.465 0.029 0.052 0.057 0.896 8.055 0.733 0.125 0.107 0.012 0.025 0.666 0.394 3.936 0.051 0.027 0.116 0.051 0.096 0.376 0.106 13.387 0.054 0.052 0.322 0.059 0.119 0.021 0.086 0.057 0.015 0.021 0.042 0.093 0.055 0.063 0.079 0.015 0.015 0.733 0.040 0.017 3.936 0.030 0.162 0.075 0.957 0.059 0.720 0.024 0.042 0.064 0.193 0.148 0.906 0.571 11.861 10.949 nan 0.650 0.194 0.241 0.127 nan 1.398 1.783 0.505 0.225 0.805 1.288 3.301 2.256 0.093 0.152 6.905 3.391 11590 chr9 76590738 76597610 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -392273 NR_121182 101927358 Hs.559523 NR_121182 ENSG00000227809 LOC101927358 - uncharacterized LOC101927358 ncRNA nan nan nan 0.031 0.153 0.008 0.020 0.562 1.191 0.119 0.027 0.027 0.015 0.064 0.094 0.318 0.093 0.199 0.027 0.018 0.100 0.411 0.207 5.792 0.011 0.021 0.060 0.031 0.036 0.179 0.022 0.047 0.031 0.095 0.443 0.017 0.016 0.011 0.084 0.044 0.031 0.208 0.038 0.094 0.062 5.792 0.018 0.043 0.041 0.025 1.330 0.035 0.015 0.019 0.056 0.017 0.256 0.141 0.162 nan 3.073 nan 0.098 0.105 0.191 0.326 0.066 0.151 3.261 5.073 0.203 0.091 0.057 0.115 0.036 0.103 0.189 0.285 1.029 0.503 11160 chr8 102035950 102041993 + 0 NA Intergenic MIRb|SINE|MIR -25311 NR_033962 441374 Hs.652045 NR_033962 ENSG00000248599 FLJ42969 - uncharacterized LOC441374 ncRNA 2.910 nan nan 1.227 1.871 0.374 8.658 0.265 0.763 2.627 4.357 3.830 0.656 0.084 0.376 0.957 1.674 0.348 4.118 2.958 0.866 0.114 0.391 0.122 0.675 5.362 6.049 1.330 1.943 5.878 4.036 7.709 0.293 2.789 4.444 3.152 0.432 0.188 0.110 1.747 0.191 3.371 8.427 3.400 4.972 2.032 3.062 4.201 6.282 2.146 4.233 5.962 0.957 4.956 1.855 0.675 2.451 3.992 0.333 1.548 1.445 2.366 0.173 0.084 1.295 0.353 0.167 0.311 0.423 0.642 1.927 0.828 0.739 nan 1.409 0.875 1.013 0.770 nan 4.465 nan nan 0.691 0.618 0.660 3.142 4.034 0.404 nan 2.792 1.516 6916 chr20 30624118 30641922 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -6971 NM_001172131 3055 Hs.655210 NM_002110 ENSG00000101336 HCK JTK9|p59Hck|p61Hck HCK proto-oncogene, Src family tyrosine kinase protein-coding 0.916 1.104 0.796 0.091 0.327 0.065 0.052 0.143 0.411 0.016 0.100 0.036 0.010 0.061 0.086 0.122 0.126 0.145 0.058 0.011 0.039 0.102 0.150 0.137 0.363 0.042 0.024 0.082 0.073 0.030 0.120 nan 0.130 0.442 0.025 0.074 0.070 0.164 0.115 0.040 0.082 0.144 0.031 0.026 0.019 0.112 0.103 0.213 0.119 0.113 0.129 0.060 0.122 0.058 0.026 0.363 0.021 0.082 0.066 0.261 0.074 0.062 0.526 0.118 0.030 0.023 0.012 3.198 4.291 3.241 0.973 0.337 nan 1.680 0.606 0.186 0.230 0.267 0.439 0.526 0.712 0.632 0.341 1.607 1.719 0.202 0.347 0.250 nan 0.366 0.325 6976 chr20 39628739 39659686 + 0 NA intron (NR_145525, intron 2 of 2) AluSx|SINE|Alu -13246 NM_003286 7150 Hs.472737 NM_003286 ENSG00000198900 TOP1 TOPI DNA topoisomerase I protein-coding 1.565 2.392 1.333 2.508 0.948 0.190 2.597 0.471 0.803 1.163 1.785 1.852 0.413 0.502 0.603 0.858 1.855 0.242 2.891 1.386 0.897 0.478 0.395 0.222 0.731 1.025 0.974 0.458 1.617 2.461 3.628 nan 2.456 1.639 1.724 1.647 0.141 0.616 0.121 2.633 0.385 3.999 1.778 0.917 2.421 1.748 1.857 2.829 1.205 2.951 1.567 2.139 0.858 3.488 3.761 0.731 1.354 1.781 0.339 1.396 0.460 1.732 0.319 0.765 2.429 0.569 0.527 1.770 1.662 1.188 1.749 1.005 nan 2.362 0.816 2.108 2.169 1.095 1.680 1.682 2.499 2.978 2.765 1.046 1.624 0.542 0.762 1.505 nan 0.654 0.450 3548 chr14 52326277 52341648 + 0 NA intron (NM_001243774, intron 1 of 2) L2c|LINE|L2 6940 NM_001243773 54331 Hs.187772 NM_053064 ENSG00000186469 GNG2 - G protein subunit gamma 2 protein-coding nan nan 0.926 0.203 0.205 1.001 0.193 0.814 1.505 0.006 0.133 1.603 0.024 0.019 0.568 3.517 0.425 0.105 0.584 0.209 0.032 0.301 1.356 0.987 1.189 0.655 0.329 0.029 0.217 0.074 0.168 0.288 0.161 2.520 0.503 0.114 0.873 0.064 0.116 0.530 1.391 0.091 0.075 0.080 0.057 0.085 0.494 0.371 0.191 0.065 0.072 0.254 3.517 0.227 0.048 1.189 0.079 0.038 0.151 0.072 0.370 0.108 0.051 0.162 0.810 0.011 0.010 0.291 0.189 0.261 0.516 1.449 1.698 3.829 1.640 0.523 0.589 1.438 2.004 0.224 0.301 1.246 0.915 0.286 0.386 4.918 5.512 0.490 1.488 nan 1.440 5893 chr2 9422040 9431025 + 0 NA intron (NM_001135191, intron 2 of 26) AluJb|SINE|Alu 79638 NM_003887 8853 Hs.555902 NM_003887 ENSG00000151693 ASAP2 AMAP2|CENTB3|DDEF2|PAG3|PAP|Pap-alpha|SHAG1 ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat and PH domain 2 protein-coding 0.808 0.506 0.865 2.878 0.233 0.038 5.113 0.183 0.503 1.115 1.919 3.051 0.021 0.025 0.916 0.263 0.428 0.090 2.021 0.794 1.696 0.031 0.210 0.181 0.391 1.032 0.642 1.142 1.108 2.253 0.270 0.627 0.189 0.454 1.635 2.156 0.036 0.091 1.879 0.542 7.571 2.611 0.996 1.535 0.700 1.723 5.516 0.317 2.980 0.097 0.358 0.263 1.668 4.165 0.391 0.544 0.359 0.249 0.681 0.198 2.173 0.077 0.366 3.406 5.059 3.882 0.479 0.547 0.402 0.626 0.490 0.579 0.554 0.254 0.170 0.146 0.409 0.671 0.697 0.797 0.514 0.377 0.467 0.564 0.148 0.222 0.772 2.337 0.576 0.571 3449 chr14 31018618 31031145 + 0 NA intron (NR_151720, intron 3 of 3) L1P4|LINE|L1 -3448 NM_001308097 55632 Hs.509008 NM_017769 ENSG00000092140 G2E3 KIAA1333|PHF7B G2/M-phase specific E3 ubiquitin protein ligase protein-coding 2.640 1.276 1.472 2.614 1.435 1.413 3.285 0.614 0.952 0.176 0.970 0.603 0.347 0.324 0.824 0.733 1.350 0.296 3.939 1.690 0.604 0.133 0.539 0.408 1.164 1.154 0.961 0.242 4.799 2.080 2.456 4.194 1.312 2.431 3.315 0.631 1.429 0.927 0.158 1.114 0.853 1.030 1.144 0.588 3.712 2.633 1.191 1.306 0.871 0.658 0.578 0.859 0.733 1.587 2.176 1.164 0.782 0.260 0.310 0.973 1.047 1.410 0.381 1.023 1.192 0.952 0.864 0.821 0.808 1.496 2.047 1.938 1.928 2.155 1.302 2.236 2.130 1.995 2.535 1.523 2.054 2.774 2.488 0.610 1.361 4.565 5.448 1.817 2.943 1.089 0.828 639 chr1 144002397 144016615 + 0 NA Intergenic Intergenic -94659 NR_144320 728833 Hs.535577 NM_207418 ENSG00000215784 FAM72D GCUD2 family with sequence similarity 72 member D protein-coding 3.846 nan 4.506 0.439 0.389 0.221 0.861 0.506 0.944 0.650 0.789 1.621 0.070 0.170 0.585 0.557 3.439 0.411 0.682 0.363 0.204 0.186 0.386 0.297 0.718 0.965 0.233 0.363 0.407 0.436 0.586 2.085 0.330 1.180 0.362 0.826 0.169 0.199 0.293 0.100 0.256 0.356 0.179 0.165 0.578 0.446 1.403 0.516 1.030 0.450 0.150 0.769 0.557 0.296 0.312 0.718 0.611 0.316 2.396 0.467 0.426 0.625 0.515 0.846 0.161 0.275 0.279 1.357 1.597 1.412 3.384 1.532 1.818 1.048 0.463 1.198 1.243 5.078 7.680 1.590 2.005 2.048 1.630 0.849 1.550 0.498 0.920 1.515 3.150 2.303 1.677 1505 chr10 71326829 71340701 + 0 NA promoter-TSS (NM_020999) promoter-TSS (NM_020999) -555 NM_020999 50674 Hs.532682 NM_020999 ENSG00000122859 NEUROG3 Atoh5|Math4B|NGN-3|bHLHa7|ngn3 neurogenin 3 protein-coding 0.334 nan 11.071 0.042 0.102 0.032 0.115 0.092 0.153 0.056 0.040 0.051 0.013 0.139 0.064 0.023 0.025 0.014 0.018 0.050 0.057 0.047 0.439 0.010 0.010 0.026 0.072 0.008 0.055 0.068 0.051 0.573 0.031 0.023 0.021 0.031 0.072 0.025 0.023 0.165 0.043 0.011 0.008 0.033 0.042 0.158 0.048 0.042 0.022 0.039 0.139 0.053 0.013 0.439 0.044 0.036 0.028 0.155 0.014 0.046 0.021 0.000 0.033 0.011 0.226 0.244 0.074 0.096 5.604 5.167 0.170 0.074 0.049 0.032 0.061 0.109 0.230 nan 0.158 0.077 0.091 0.087 0.054 0.080 0.089 nan 0.188 0.197 4746 chr17 37908767 37911805 + 0 NA Intergenic CpG 14066 NM_001242443 2886 Hs.86859 NM_005310 ENSG00000141738 GRB7 - growth factor receptor bound protein 7 protein-coding nan 3.494 2.509 68.273 2.436 6.124 3.387 4.256 7.864 1.549 3.460 0.883 11.330 1.535 4.856 3.665 1.945 0.187 5.260 1.483 8.280 2.362 2.182 1.064 6.427 2.592 2.660 3.628 6.594 2.579 3.451 6.686 6.309 8.751 1.907 2.774 0.407 2.783 0.114 2.506 1.282 6.367 3.205 1.867 2.681 1.472 2.635 3.176 5.559 3.869 3.280 3.537 3.665 7.050 2.302 6.427 3.146 4.856 1.170 9.949 2.993 3.456 1.627 0.743 1.201 0.942 0.369 4.036 5.621 3.503 5.750 nan 4.915 4.561 1.657 10.831 12.064 1.418 2.343 7.318 10.160 nan 5.004 4.230 5.018 2.191 1.991 1.966 2.168 2.765 1.767 10806 chr8 10189339 10194877 + 0 NA intron (NM_001135670, intron 4 of 4) CpG -139967 NR_120604 101929191 Hs.595262 NR_120604 ENSG00000253641 LINCR-0001 - uncharacterized LINCR-0001 ncRNA 2.579 3.525 nan 0.171 3.482 1.561 0.071 2.524 5.062 0.041 0.335 0.032 1.248 3.670 5.297 0.348 0.029 0.038 0.034 2.356 2.243 1.269 7.737 0.176 0.156 0.454 0.325 0.173 0.043 0.050 0.052 0.152 0.477 1.325 1.709 0.094 1.647 0.099 0.162 0.170 0.078 0.055 0.069 0.819 0.349 0.949 0.143 0.085 5.297 0.027 0.033 7.737 0.077 1.337 0.755 0.607 0.185 3.704 2.102 0.206 0.166 0.046 6.298 6.963 3.516 3.485 15.154 nan 0.265 0.097 2.844 2.972 1.814 2.236 5.643 6.818 5.839 7.006 2.825 4.600 6.236 5.086 2.796 6.101 5.070 2.818 10669 chr7 131578695 131585388 + 0 NA Intergenic Intergenic -12938 NR_110836 101928782 Hs.571369 NR_110836 ENSG00000224865 LOC101928782 - uncharacterized LOC101928782 ncRNA nan nan nan 0.075 0.083 2.992 0.087 0.089 0.132 0.401 0.235 0.650 0.018 0.033 0.151 2.694 0.100 0.145 0.021 0.094 0.132 0.072 0.353 0.303 0.022 0.071 0.097 0.051 0.095 0.745 0.022 0.104 0.029 0.033 0.154 3.492 0.487 4.153 0.045 0.050 0.033 0.057 0.057 0.538 0.329 0.042 1.459 0.102 2.694 0.063 0.055 0.072 0.144 0.255 0.123 0.269 0.061 2.336 0.015 0.074 1.306 0.146 0.182 0.408 0.151 1.343 5.096 0.512 0.574 nan 0.071 0.160 0.150 0.222 nan 0.206 0.205 nan 0.111 0.103 0.091 0.145 0.268 0.473 0.695 0.318 nan 2809 chr12 79321772 79334978 + 0 NA intron (NM_005639, intron 1 of 10) intron (NM_005639, intron 1 of 10) 69926 NM_001291901 6857 Hs.310545 NM_005639 ENSG00000067715 SYT1 P65|SVP65|SYT synaptotagmin 1 protein-coding nan 1.192 0.853 0.296 2.546 0.118 0.196 1.215 2.698 0.362 0.106 0.838 0.033 0.454 0.928 0.224 0.435 0.107 0.274 0.079 0.015 0.042 2.558 1.439 1.310 0.126 0.058 0.039 0.107 0.064 0.923 0.887 0.081 0.771 0.270 0.099 0.411 0.042 0.085 0.287 0.154 0.037 0.032 0.011 0.017 0.070 0.106 0.416 0.123 0.208 0.036 0.030 0.224 0.150 0.084 1.310 0.093 0.056 0.015 0.035 1.367 0.054 0.022 1.430 0.040 0.022 0.017 0.207 0.191 0.104 0.154 3.097 2.974 5.497 2.743 0.201 0.250 3.039 3.779 nan 2.858 2.057 1.176 0.165 0.225 1.893 3.656 1.793 3.897 nan 1.617 4844 chr17 48217460 48239577 + 0 NA promoter-TSS (NM_032595) promoter-TSS (NM_032595) -640 NM_032595 84687 Hs.514323 NM_032595 ENSG00000108819 PPP1R9B PPP1R6|PPP1R9|SPINO|Spn protein phosphatase 1 regulatory subunit 9B protein-coding 1.985 1.344 nan 1.877 0.191 0.759 2.386 0.712 1.560 1.366 3.631 1.346 0.326 0.594 0.894 1.258 0.920 0.202 1.332 0.627 2.465 1.620 0.715 0.516 1.059 0.987 0.929 1.432 0.819 0.510 2.102 nan 1.223 2.419 0.773 2.184 0.125 1.696 0.124 0.827 0.462 3.624 2.614 1.269 1.169 0.347 1.879 1.939 2.871 3.515 1.307 2.293 1.258 1.450 1.342 1.059 0.674 2.036 0.732 5.016 1.064 1.033 0.882 0.726 1.582 0.908 0.433 1.782 2.468 1.323 1.998 2.540 nan 1.936 0.633 2.108 2.267 1.254 1.938 2.575 nan 2.556 2.659 1.346 2.457 0.686 0.466 1.167 2.168 0.888 0.580 11038 chr8 71084149 71108025 + 0 NA intron (NM_001321712, intron 4 of 21) L2c|LINE|L2 -112525 NM_024504 63978 Hs.736037 NM_024504 ENSG00000147596 PRDM14 PFM11 PR/SET domain 14 protein-coding 1.771 0.936 0.992 0.063 0.742 0.155 0.179 0.216 0.402 0.100 0.230 0.435 0.018 0.092 0.428 0.464 0.526 0.088 0.151 0.063 0.108 0.006 0.781 0.454 0.418 0.214 0.045 0.043 0.080 0.013 0.095 0.208 0.159 0.443 0.049 0.585 0.589 0.073 0.096 0.015 0.278 0.108 0.043 0.036 0.069 0.093 0.146 0.151 0.243 0.165 0.034 0.251 0.464 0.140 0.101 0.418 0.112 0.062 0.053 0.024 1.052 0.082 0.116 0.203 0.045 0.015 0.024 0.344 0.596 0.286 0.514 1.004 1.146 1.864 0.582 0.440 0.411 1.816 2.171 0.699 1.518 0.411 0.185 0.239 0.328 2.241 3.074 0.618 1.138 3.983 2.165 9271 chr5 150152649 150172759 + 0 NA intron (NM_032947, intron 1 of 1) L2a|LINE|L2 5196 NM_032947 85027 Hs.29444 NM_032947 ENSG00000256235 SMIM3 C5orf62|MST150|NID67 small integral membrane protein 3 protein-coding 0.626 nan 0.715 0.720 0.644 0.116 0.254 0.199 0.404 0.532 0.326 3.937 0.213 0.706 0.063 0.210 0.309 0.080 1.590 1.000 0.221 0.097 0.178 0.112 0.987 0.526 0.223 0.319 0.254 0.777 0.689 1.433 1.010 1.098 0.247 0.161 0.005 0.458 0.098 0.817 0.088 0.540 0.332 0.189 0.833 0.049 0.598 0.377 0.336 1.077 0.189 0.212 0.210 0.579 0.042 0.987 0.248 0.206 0.087 0.527 0.238 0.854 0.088 0.061 0.747 7.238 9.109 0.599 0.499 0.896 1.637 0.755 0.658 0.707 0.210 0.265 0.255 0.271 0.444 3.543 2.733 0.598 0.370 0.255 0.437 0.122 0.176 0.215 0.346 0.751 0.549 1227 chr1 236442706 236468335 + 0 NA Intergenic AluY|SINE|Alu -10181 NM_019891 56605 Hs.558519 NM_019891 ENSG00000086619 ERO1B ERO1LB|Ero1beta endoplasmic reticulum oxidoreductase 1 beta protein-coding 1.637 1.536 2.435 0.139 1.168 0.785 0.077 0.790 1.302 0.015 0.213 0.090 0.024 0.152 0.653 0.362 0.146 0.119 0.144 0.022 0.035 0.092 2.607 1.532 1.339 0.114 0.082 0.150 0.056 0.048 0.119 0.202 0.103 3.129 0.017 0.144 0.739 0.191 0.120 0.023 0.093 0.269 0.167 0.127 0.055 0.057 0.087 0.140 0.303 0.180 0.119 0.239 0.362 0.181 0.036 1.339 0.091 0.084 0.148 0.269 0.510 0.054 0.063 0.077 0.063 0.099 0.062 0.683 0.797 1.677 1.934 2.292 1.928 nan 0.631 0.545 0.571 0.170 0.264 nan 1.804 0.559 0.430 0.190 0.282 3.533 3.500 0.329 0.464 nan 1.398 7766 chr3 115672821 115685603 + 0 NA intron (NM_001318915, intron 3 of 8) MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -55239 NR_145779 109623450 NR_145779 SNORD155 - small nucleolar RNA, C/D box 155 snoRNA 1.064 nan 0.642 0.081 0.144 0.053 0.033 0.175 0.409 0.008 0.054 0.072 0.010 0.016 0.078 0.139 0.175 0.112 0.050 0.029 0.030 0.022 0.136 0.181 0.084 0.038 0.029 0.011 0.057 0.008 0.087 0.039 0.055 0.248 0.097 0.061 0.100 0.009 0.118 0.108 0.042 0.006 0.026 0.071 0.075 0.134 0.045 0.034 0.018 0.057 0.139 0.023 0.022 0.084 0.038 0.029 0.479 0.036 0.013 0.019 0.038 0.136 0.012 0.023 0.008 0.392 0.273 0.337 0.329 0.270 nan 0.264 0.141 0.207 0.242 4.964 5.124 0.215 0.195 0.897 0.567 0.080 0.152 0.059 0.084 0.304 0.554 0.376 0.579 7584 chr3 46597402 46601122 + 0 NA intron (NR_073385, intron 2 of 2) intron (NR_073385, intron 2 of 2) 374 NR_073385 83598 Hs.570630 NR_073385 ENSG00000268324 LRRC2-AS1 LUZP3|LUZP3P|LUZPP1 LRRC2 antisense RNA 1 ncRNA 0.541 nan nan 1.005 0.015 1.276 0.071 0.231 0.114 0.520 0.136 0.025 0.035 0.185 1.986 0.709 0.827 0.112 0.041 0.067 0.032 0.292 0.176 0.219 2.166 5.258 0.130 0.468 0.132 0.333 0.801 0.170 0.257 0.115 0.291 0.022 2.176 13.495 4.682 0.869 2.502 0.674 1.762 0.175 0.480 0.750 0.252 0.035 1.836 0.999 0.032 0.241 0.220 0.673 0.028 3.150 0.108 0.099 0.786 1.796 1.421 0.176 0.084 0.128 0.301 0.172 0.273 1.119 0.182 0.274 0.377 0.137 0.106 0.304 0.196 0.643 0.483 0.194 0.445 0.073 0.179 0.183 0.730 0.470 0.529 3478 chr14 35097941 35100409 + 0 NA 5' UTR (NM_021249, exon 1 of 13) 5' UTR (NM_021249, exon 1 of 13) 214 NM_152233 58533 Hs.276523 NM_021249 ENSG00000129515 SNX6 MSTP010|TFAF2 sorting nexin 6 protein-coding 8.268 2.892 3.490 3.636 6.095 5.518 2.445 2.216 4.898 2.008 2.837 4.457 4.555 1.214 6.891 3.305 3.915 0.842 4.801 2.004 3.662 2.077 2.277 1.096 5.571 2.790 3.365 1.852 3.225 1.959 36.045 37.842 4.547 15.460 2.829 3.440 0.933 4.844 0.107 1.716 2.304 3.163 5.105 2.429 2.260 1.339 1.692 2.642 5.465 4.924 3.955 2.833 3.305 4.682 6.688 5.571 1.442 1.787 1.381 6.258 5.422 3.235 1.407 0.248 2.137 2.000 1.546 2.626 3.192 5.271 6.915 7.865 6.646 7.006 2.480 12.592 13.214 4.638 5.931 5.866 9.177 6.564 7.319 2.481 5.025 6.278 4.535 1.816 2.270 3.725 2.101 8606 chr4 157683884 157730032 + 0 NA intron (NR_036641, intron 4 of 6) intron (NR_036641, intron 4 of 6) 185588 NM_016205 56034 Hs.570855 NM_016205 ENSG00000145431 PDGFC FALLOTEIN|SCDGF platelet derived growth factor C protein-coding nan 1.897 0.792 0.558 0.342 0.239 0.376 0.101 0.184 1.118 0.361 0.245 0.200 0.030 0.097 0.173 1.177 0.131 0.401 0.206 1.599 0.048 0.078 0.077 0.228 0.318 0.159 0.657 0.651 0.645 2.123 4.055 2.060 0.474 1.014 0.475 0.121 1.362 0.099 0.752 0.188 0.399 0.073 0.056 0.405 0.161 0.146 0.642 0.219 0.140 0.048 0.131 0.173 0.240 0.119 0.228 0.356 0.040 0.040 0.167 0.210 0.243 0.017 0.132 1.086 0.047 0.024 0.196 0.186 0.412 1.769 0.263 0.270 0.339 0.131 0.168 0.155 1.848 2.411 0.642 0.529 0.396 0.195 0.095 0.147 0.459 0.584 0.362 0.870 0.414 0.303 11967 chrX 107973496 107984014 + 0 NA exon (NM_003604, exon 1 of 1) exon (NM_003604, exon 1 of 1) 852 NM_003604 8471 Hs.407141 NM_003604 ENSG00000133124 IRS4 IRS-4|PY160 insulin receptor substrate 4 protein-coding nan nan nan 0.062 0.233 0.385 0.025 0.137 0.313 0.074 0.017 0.133 5.329 0.062 0.036 0.061 0.112 0.018 0.012 0.014 0.208 0.180 0.045 0.021 0.028 0.035 0.040 0.076 0.097 0.102 0.500 0.014 0.051 0.036 0.145 0.171 0.011 0.015 0.044 0.040 0.007 0.051 0.064 0.104 0.015 0.055 0.015 0.056 0.062 0.061 0.045 0.012 0.078 0.144 0.010 0.015 0.028 0.082 0.007 1.055 1.005 0.438 0.472 0.120 0.132 0.805 0.196 0.424 0.434 0.097 0.193 0.376 0.578 0.960 1.060 0.060 0.195 0.068 0.105 0.084 0.187 0.103 0.150 6586 chr2 202118604 202127100 + 0 NA promoter-TSS (NR_111983) promoter-TSS (NR_111983) 98 NR_111983 841 Hs.599762 NM_001228 ENSG00000064012 CASP8 ALPS2B|CAP4|Casp-8|FLICE|MACH|MCH5 caspase 8 protein-coding 1.080 nan 0.775 2.059 0.486 0.361 5.991 0.697 1.357 1.476 2.679 3.878 0.066 0.283 0.392 0.208 1.713 0.152 3.754 1.496 7.084 0.276 0.293 0.117 0.610 4.303 4.617 1.013 3.466 1.578 3.474 8.588 5.153 1.925 2.375 7.097 0.045 0.115 0.102 2.044 0.104 4.225 3.713 1.324 3.498 3.010 3.678 3.957 2.875 2.413 2.699 2.271 0.208 2.964 11.731 0.610 1.805 0.799 0.023 1.137 0.107 3.133 0.058 0.291 4.667 1.287 0.672 0.291 0.246 0.672 1.303 0.369 0.280 2.208 0.739 0.508 0.673 0.522 0.698 3.004 3.719 0.307 0.196 0.300 0.249 0.775 0.570 0.538 1.708 0.386 0.365 4032 chr15 69269614 69294357 + 0 NA intron (NR_033671, intron 2 of 16) intron (NR_033671, intron 2 of 16) -25049 NM_024505 79400 Hs.657932 NM_024505 ENSG00000255346 NOX5 - NADPH oxidase 5 protein-coding 1.995 0.801 nan 0.079 0.110 0.031 0.591 0.188 0.280 0.011 0.065 0.092 0.035 0.033 0.148 0.337 0.088 0.065 0.086 0.061 0.035 0.034 0.096 0.165 0.295 0.086 0.032 0.036 0.058 0.106 0.069 0.161 0.040 0.394 0.047 0.109 0.092 0.039 0.094 0.101 0.467 0.113 0.037 0.016 0.045 0.050 0.070 0.196 0.097 0.059 0.051 0.181 0.337 0.093 0.049 0.295 0.044 0.020 2.937 0.059 0.041 0.083 0.080 4.170 0.052 0.109 0.054 0.565 0.640 0.234 0.312 0.852 0.898 nan 0.168 0.153 0.183 0.587 0.934 0.203 0.296 10.341 9.515 0.228 0.289 0.477 0.742 1.335 4.225 0.306 0.385 4877 chr17 55579823 55704355 + 0 NA intron (NM_170721, intron 6 of 9) intron (NM_170721, intron 6 of 9) -41131 NR_110808 101927557 Hs.639984 NR_110808 ENSG00000266100 LOC101927557 - uncharacterized LOC101927557 ncRNA 2.112 2.010 1.887 0.098 0.394 2.025 0.184 1.842 3.532 0.040 0.176 0.211 0.076 0.134 1.794 2.880 0.305 0.104 0.132 0.058 0.028 0.038 0.391 0.346 1.187 0.174 0.075 0.060 0.133 0.240 0.391 2.640 0.227 2.882 0.047 0.151 0.422 0.062 0.116 0.052 0.845 0.143 0.057 0.041 0.188 0.055 0.098 0.200 0.649 0.112 0.096 0.326 2.880 0.133 0.043 1.187 0.084 0.180 1.066 0.109 1.684 0.128 1.681 5.016 0.045 0.074 0.052 1.556 2.106 1.711 2.179 1.887 1.959 1.746 0.542 nan 0.993 1.583 2.130 nan nan 2.253 2.189 1.013 2.077 1.314 1.563 2.070 7.014 1.342 0.851 6635 chr2 216390097 216407291 + 0 NA Intergenic MSTA-int|LTR|ERVL-MaLR 80264 NR_110607 102724849 Hs.116161 NR_110607 ENSG00000225166 LOC102724849 - uncharacterized LOC102724849 ncRNA nan 0.782 nan 0.584 0.175 0.006 0.290 0.090 0.168 0.516 0.470 3.871 0.018 0.006 0.056 0.351 0.550 0.140 0.180 0.232 0.033 0.070 0.130 0.160 0.142 0.046 0.013 0.083 0.737 0.127 0.511 0.477 0.244 0.639 0.287 0.006 0.063 0.121 0.585 0.046 0.161 0.154 0.100 0.260 0.049 0.228 1.672 0.199 0.058 0.032 0.100 0.351 0.091 0.086 0.160 0.064 0.367 0.011 0.064 0.041 0.342 0.052 0.079 0.883 0.020 0.009 0.343 0.188 0.925 4.291 0.257 0.342 0.321 0.085 0.202 0.195 0.308 0.578 0.327 nan 0.408 0.125 0.203 0.533 0.054 0.065 0.193 0.371 0.393 0.346 2928 chr12 107447575 107453578 + 0 NA intron (NM_004075, intron 1 of 12) L1MEg|LINE|L1 37059 NM_004075 1407 Hs.151573 NM_004075 ENSG00000008405 CRY1 DSPD|PHLL1 cryptochrome circadian regulator 1 protein-coding 0.753 0.967 nan 0.121 0.058 0.062 0.095 0.187 0.269 0.718 0.039 0.194 8.425 0.050 0.100 0.128 1.040 0.186 0.210 0.096 0.011 0.023 0.129 0.118 0.140 0.184 0.049 0.218 0.057 0.017 0.505 1.339 0.652 0.499 0.048 1.032 0.032 0.492 0.123 0.019 0.013 0.108 0.010 0.064 0.036 0.064 0.149 0.116 0.141 0.118 0.066 0.769 0.128 0.428 0.046 0.140 0.101 2.428 0.019 0.017 0.172 0.016 0.049 0.025 0.019 0.009 0.208 0.277 0.302 0.737 0.418 0.494 0.348 0.191 0.274 0.284 0.610 0.813 0.276 0.413 0.350 0.139 0.158 0.242 0.107 0.203 0.280 0.516 0.579 0.582 11792 chr9 130813422 130845705 + 0 NA promoter-TSS (NM_197956) promoter-TSS (NM_197956) 36 NM_197956 203245 Hs.373606 NM_197956 ENSG00000171169 NAIF1 C9orf90|bA379C10.2 nuclear apoptosis inducing factor 1 protein-coding nan 1.649 1.547 0.743 1.713 1.125 1.504 0.639 1.149 0.557 0.991 1.167 1.439 0.447 0.741 1.292 1.017 0.270 2.319 0.979 0.377 0.240 0.696 0.349 1.011 1.496 1.123 0.534 1.718 0.509 1.942 4.271 1.357 3.008 0.780 0.709 0.482 0.467 0.086 0.227 0.632 1.115 0.547 0.333 0.698 0.990 0.930 0.452 1.835 1.157 0.427 2.007 1.292 2.403 1.420 1.011 0.517 1.372 0.615 0.733 1.630 0.862 0.261 0.415 0.423 0.353 0.282 0.810 0.875 1.128 1.977 1.783 1.909 nan 0.787 1.903 2.035 0.878 1.299 2.567 3.115 2.073 1.716 0.435 0.734 1.545 2.241 0.909 1.596 1.431 0.741 2193 chr11 95744659 95782244 + 0 NA intron (NM_032427, intron 2 of 4) L1ME1|LINE|L1 -106080 NM_016156 8898 Hs.181326 NM_016156 ENSG00000087053 MTMR2 CMT4B|CMT4B1 myotubularin related protein 2 protein-coding 1.057 nan 0.782 0.333 0.094 0.201 0.269 0.171 0.366 0.094 0.209 0.441 0.231 0.037 0.097 0.287 0.330 0.086 0.179 0.035 0.022 0.022 0.371 0.152 0.060 0.177 0.061 0.055 0.081 0.096 0.058 0.212 0.276 0.302 0.274 0.092 0.244 0.168 0.091 0.085 0.469 0.224 0.043 0.041 0.122 0.244 1.073 0.235 0.075 0.064 0.100 0.154 0.287 0.127 0.085 0.060 0.121 0.563 0.299 0.043 0.030 0.180 0.681 1.289 0.153 0.025 0.024 1.682 1.602 0.583 nan 0.350 0.407 0.236 0.128 3.233 3.515 3.640 4.387 0.167 0.184 1.089 0.847 1.097 1.352 1.268 1.697 1.367 nan 0.887 0.755 3522 chr14 45071976 45090517 + 0 NA Intergenic L4|LINE|RTE 104634 NR_135257 105370473 Hs.180134 NR_135257 ENSG00000258747 LOC105370473 - uncharacterized LOC105370473 ncRNA nan 0.956 nan 0.051 1.709 3.430 0.042 0.184 0.428 0.010 0.072 0.063 0.027 0.054 0.111 0.249 0.116 0.086 0.103 0.021 0.047 0.007 0.111 0.093 0.281 0.004 0.015 0.004 0.084 0.051 0.091 0.235 0.161 1.060 0.063 0.052 0.067 0.047 0.121 0.019 0.082 0.045 0.029 0.004 0.012 0.029 0.062 0.064 0.057 0.027 0.009 0.032 0.249 0.061 0.040 0.281 0.046 0.018 0.037 0.019 0.033 0.042 0.016 0.026 0.021 0.006 0.014 0.320 0.143 0.211 0.274 0.345 0.427 2.258 0.804 0.235 0.212 0.310 0.432 0.505 0.509 0.733 0.318 0.098 0.143 0.271 0.391 0.217 0.413 0.886 0.786 2636 chr12 47600525 47626272 + 0 NA intron (NM_138371, intron 3 of 3) intron (NM_138371, intron 3 of 3) -3172 NR_026544 100233209 Hs.657722 NR_026544 ENSG00000247774 PCED1B-AS1 - PCED1B antisense RNA 1 ncRNA 1.043 nan 0.801 0.272 0.185 0.026 2.212 0.369 0.721 0.615 0.523 1.553 0.046 0.139 0.066 0.080 0.261 0.156 0.695 0.406 0.573 0.022 0.194 0.125 0.272 2.100 1.246 0.169 0.445 0.456 0.862 2.138 1.956 0.116 0.681 0.845 0.070 0.063 0.088 0.418 0.068 0.817 0.175 0.079 0.825 1.191 0.572 1.456 4.999 0.358 0.333 2.846 0.080 0.391 0.065 0.272 1.096 0.701 0.180 0.189 0.177 0.046 0.177 1.201 0.014 0.020 0.453 0.369 0.274 0.434 0.257 0.298 0.777 0.179 0.334 0.341 0.111 0.206 0.469 0.458 0.373 0.218 0.177 0.305 0.440 0.452 0.313 0.481 0.760 0.556 8680 chr4 188934037 188944482 + 0 NA Intergenic Intergenic 22334 NM_001304358 132625 Hs.335787 NM_174900 ENSG00000179059 ZFP42 REX-1|REX1|ZNF754|zfp-42 ZFP42 zinc finger protein protein-coding nan 0.566 nan 0.049 0.067 0.016 0.316 0.031 0.183 1.648 0.051 0.035 3.266 0.029 0.009 0.116 0.043 0.047 0.111 0.019 0.036 0.060 0.096 0.263 0.564 0.204 0.177 0.048 0.010 0.071 0.214 0.068 0.190 0.028 0.104 0.062 0.114 0.061 0.074 0.067 0.030 0.083 0.022 0.663 0.221 0.187 0.067 0.023 0.454 0.116 0.218 0.009 0.263 0.799 2.629 0.080 0.068 0.066 0.653 0.012 0.037 0.011 0.015 0.330 0.289 0.573 1.106 0.206 0.235 0.042 0.024 1.521 1.650 0.081 0.157 0.226 0.270 0.295 0.136 0.443 0.888 0.040 0.082 0.053 0.155 0.203 0.128 277 chr1 38153082 38164151 + 0 NA promoter-TSS (NM_001350765) promoter-TSS (NM_001350765) 543 NM_001256875 55143 Hs.524571 NM_018101 ENSG00000134690 CDCA8 BOR|BOREALIN|DasraB|MESRGP cell division cycle associated 8 protein-coding 2.483 nan 2.456 2.173 4.647 1.179 2.630 0.803 1.642 0.681 1.434 1.198 0.279 1.172 1.090 1.386 1.051 0.231 1.435 0.547 1.003 0.625 1.121 0.767 3.084 0.669 0.864 1.261 1.739 0.637 1.059 2.287 1.203 4.094 1.084 1.415 0.181 2.351 0.196 0.545 0.563 2.425 1.525 0.827 1.567 0.471 1.275 1.526 1.074 2.000 0.698 0.922 1.386 1.515 2.337 3.084 1.239 0.598 0.580 3.218 0.640 0.977 0.680 0.967 0.796 1.263 0.822 1.348 1.363 2.026 2.895 4.303 3.911 nan 0.432 2.170 2.105 2.057 3.180 11.066 11.255 nan 2.186 1.815 3.287 1.250 1.663 1.571 3.183 1.715 nan 9053 chr5 89418988 89430046 + 0 NA Intergenic Intergenic -111980 NR_037433 100500825 NR_037433 ENSG00000264342 MIR3660 mir-3660 microRNA 3660 ncRNA 0.657 1.017 0.617 0.108 0.443 0.147 2.611 5.444 0.018 0.119 0.210 0.045 0.009 0.138 0.183 0.109 0.132 0.032 0.018 0.012 0.728 0.489 0.025 0.006 0.013 0.086 0.038 0.066 0.135 0.084 0.361 0.013 0.058 0.240 0.075 0.133 0.043 0.042 0.011 0.007 0.049 0.014 0.096 0.134 0.037 0.057 0.042 0.183 0.060 0.133 0.034 0.023 0.011 0.064 0.084 0.072 0.045 0.041 0.014 0.181 0.166 0.193 0.249 0.730 0.953 2.737 2.350 0.188 0.142 0.369 0.388 0.226 0.198 0.329 0.120 0.080 0.162 1.644 2.753 0.190 nan 1.812 0.890 1183 chr1 230312346 230333475 + 0 NA intron (NM_004481, intron 2 of 15) intron (NM_004481, intron 2 of 15) 119968 NM_004481 2590 Hs.743964 NM_004481 ENSG00000143641 GALNT2 GalNAc-T2 polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 protein-coding 1.162 3.530 1.432 0.166 2.910 0.835 0.421 2.293 4.492 0.009 0.158 0.271 0.003 1.240 0.921 0.551 0.305 0.121 0.275 0.108 0.066 0.052 2.243 0.945 2.828 0.355 0.185 0.070 0.194 0.140 0.326 1.649 0.728 2.365 0.208 0.143 0.150 0.061 0.124 0.083 0.094 0.161 0.046 0.059 0.227 0.124 0.109 0.186 0.152 0.091 0.138 0.183 0.551 0.258 0.865 2.828 0.085 0.054 0.155 0.072 3.093 0.306 0.230 0.323 0.075 0.027 0.017 0.525 0.614 0.533 0.701 2.453 2.493 nan 3.723 0.493 0.504 1.028 1.467 nan 5.974 0.651 0.535 0.298 0.411 0.579 0.838 0.511 1.230 nan 1.514 8989 chr5 71300297 71320060 + 0 NA Intergenic Intergenic -92917 NM_005909 4131 Hs.335079 NM_005909 ENSG00000131711 MAP1B FUTSCH|MAP5|PPP1R102 microtubule associated protein 1B protein-coding 1.142 nan 0.856 0.184 0.201 0.479 0.346 1.367 2.550 0.108 0.355 0.009 0.138 0.264 1.197 0.152 0.065 0.112 0.106 0.038 0.007 0.270 0.153 0.327 0.388 0.136 0.056 0.085 0.165 0.192 0.835 0.172 1.152 0.177 0.154 0.368 0.077 0.091 0.059 0.306 0.107 0.053 0.035 0.121 0.074 0.196 0.066 0.280 0.068 0.127 0.182 1.197 0.128 0.422 0.327 0.191 0.058 0.044 0.053 0.231 0.137 0.105 0.610 0.045 0.019 0.023 0.289 0.269 0.219 0.261 0.849 0.660 nan 3.436 0.174 0.142 0.488 nan 0.557 0.652 1.077 0.776 0.164 0.200 2.055 2.160 0.687 1.716 0.862 0.595 8568 chr4 141154921 141179685 + 0 NA Intergenic Intergenic -11137 NM_032547 60592 Hs.480815 NM_032547 ENSG00000153130 SCOC HRIHFB2072|SCOCO|UNC-69 short coiled-coil protein protein-coding 2.591 2.590 2.435 0.471 4.518 3.247 0.689 2.979 5.642 0.042 0.950 1.782 0.023 0.756 3.109 1.139 1.068 0.137 0.601 0.402 0.504 0.084 1.944 1.037 3.953 1.119 0.992 0.187 0.517 0.459 1.293 2.605 0.404 4.770 0.511 0.967 1.056 0.101 0.078 0.472 1.529 0.212 0.249 0.173 0.556 0.100 0.404 0.363 0.858 0.550 0.985 1.070 1.139 0.332 0.411 3.953 0.475 0.632 0.710 0.378 1.484 0.182 1.301 0.928 0.151 0.047 0.031 1.257 1.838 0.737 1.078 5.057 4.034 5.109 1.442 0.498 0.576 2.456 3.362 5.712 4.841 4.707 5.421 1.055 1.764 3.588 3.300 1.546 3.160 2.648 1.482 2747 chr12 64777441 64785776 + 0 NA intron (NM_001170633, intron 1 of 12) AluJb|SINE|Alu 2737 NM_001170633 115749 Hs.535190 NM_001099676 ENSG00000185306 C12orf56 - chromosome 12 open reading frame 56 protein-coding 1.287 1.320 0.802 1.286 2.596 2.593 1.428 2.075 3.383 0.046 0.194 1.650 0.015 0.015 4.293 0.926 0.190 0.077 0.459 0.527 0.050 0.017 0.181 0.275 5.133 1.736 1.176 0.425 0.603 0.583 0.210 0.476 0.196 0.846 0.249 0.072 0.550 0.432 0.121 0.240 4.392 0.211 0.596 0.470 0.328 0.185 0.519 0.476 0.293 2.353 0.209 0.151 0.926 0.299 1.764 5.133 0.132 0.091 1.406 0.910 0.048 0.086 0.912 0.076 0.281 0.057 0.043 0.582 0.577 0.285 0.252 10.980 nan 1.827 0.421 0.694 0.722 0.240 0.475 3.630 6.098 0.776 0.776 0.501 1.451 3.821 3.314 0.161 0.340 0.895 0.662 7556 chr3 30196842 30241887 + 0 NA Intergenic MLT1B|LTR|ERVL-MaLR -243717 NR_046556 100873977 Hs.581453 NR_046556 ENSG00000235593 RBMS3-AS1 - RBMS3 antisense RNA 1 ncRNA 0.559 0.800 0.889 0.120 0.072 0.027 0.082 0.060 0.169 0.083 0.139 0.240 0.035 0.046 0.039 0.108 0.142 0.076 0.077 0.017 0.073 1.069 0.084 0.171 0.221 0.091 0.027 0.002 0.062 0.028 0.154 0.763 0.177 0.314 0.084 0.061 0.083 0.160 0.070 0.071 0.197 0.041 0.035 0.040 0.044 0.020 0.092 0.147 0.267 0.126 0.070 0.115 0.108 0.051 0.047 0.221 0.112 0.046 0.049 0.062 0.092 0.079 0.046 0.033 0.163 0.027 0.013 0.221 0.138 0.177 0.297 0.236 0.309 2.029 0.465 0.137 0.122 5.737 nan 0.246 0.250 0.400 0.170 0.109 0.138 0.309 0.366 0.119 0.169 0.820 0.480 11780 chr9 129880911 129897424 + 0 NA intron (NM_014636, intron 8 of 18) L1MEf|LINE|L1 -4123 NM_012098 23452 Hs.653262 NM_012098 ENSG00000136859 ANGPTL2 ARP2|HARP angiopoietin like 2 protein-coding nan nan 3.711 0.092 0.303 0.737 1.188 0.233 0.403 0.018 0.246 0.599 0.023 0.030 1.860 0.924 0.228 0.080 1.135 0.860 0.011 0.181 0.101 0.457 0.691 0.269 0.112 0.846 0.759 0.622 1.933 0.474 nan 0.551 0.100 1.260 0.046 0.052 0.593 0.288 0.151 0.096 0.071 0.140 0.159 0.363 1.831 0.165 0.102 0.019 0.245 0.924 1.647 0.089 0.457 0.076 0.141 1.983 0.069 2.214 0.134 0.079 0.761 0.117 0.251 0.196 0.357 0.452 0.193 0.368 0.858 0.833 0.696 0.208 0.734 0.825 2.187 nan 2.326 4.462 6.811 8.562 0.241 0.291 2.617 2.793 1.215 2.163 nan 0.992 11155 chr8 101420686 101530332 + 0 NA Intergenic Intergenic 80518 NR_039681 100616451 NR_039681 ENSG00000265599 MIR4471 - microRNA 4471 ncRNA 1.899 nan nan 0.450 1.012 1.067 1.120 1.298 2.409 0.285 0.178 0.129 0.218 0.443 0.788 1.131 0.430 0.135 0.803 0.581 0.261 0.020 0.400 0.162 2.644 0.290 0.107 0.061 0.778 1.271 1.948 7.356 1.342 3.290 0.719 0.808 0.174 0.033 0.077 0.106 0.329 0.110 0.096 0.064 0.514 0.267 0.598 0.207 0.572 0.177 1.473 2.749 1.131 1.305 0.215 2.644 0.530 1.163 0.116 0.066 1.182 0.294 0.127 0.338 0.060 0.076 0.054 0.365 0.363 0.375 0.883 2.708 2.907 nan 1.036 0.448 0.458 0.481 nan 2.719 nan nan 0.474 0.292 0.401 0.929 0.970 0.454 nan 1.560 0.875 2215 chr11 104391980 104409497 + 0 NA Intergenic ERVL-E-int|LTR|ERVL 79292 NR_120585 102723895 Hs.48803 NR_120585 ENSG00000256422 LINC02552 - long intergenic non-protein coding RNA 2552 ncRNA 0.408 0.644 0.456 0.073 0.101 0.026 0.166 0.088 0.173 0.066 0.173 0.458 0.021 0.023 0.030 0.054 0.053 0.046 0.115 0.109 0.029 0.228 0.258 0.062 0.096 0.021 0.008 0.097 0.072 0.078 0.106 0.068 0.325 0.058 0.171 0.039 0.012 0.096 0.007 0.059 0.153 0.017 0.013 0.156 0.087 0.313 0.137 0.023 0.041 0.028 0.098 0.054 0.061 0.016 0.062 0.104 0.047 0.011 0.023 0.174 0.113 0.068 0.036 0.022 0.023 0.006 1.558 1.118 0.213 0.321 0.270 0.270 0.230 0.090 0.311 0.404 3.669 4.129 0.306 0.348 0.529 0.333 0.163 0.309 0.113 0.109 0.158 0.297 0.702 0.659 8107 chr3 184031493 184039334 + 0 NA intron (NM_198241, intron 5 of 32) intron (NM_198241, intron 5 of 32) 2461 NM_182917 1981 Hs.433750 NM_004953 ENSG00000114867 EIF4G1 EIF-4G1|EIF4F|EIF4G|EIF4GI|P220|PARK18 eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1 protein-coding 3.779 2.543 2.489 6.893 2.966 2.342 3.281 1.622 3.314 1.839 2.909 1.994 1.881 1.233 1.292 2.321 3.963 0.678 2.933 0.868 2.281 1.202 2.101 1.275 2.719 4.748 5.699 2.168 4.385 1.589 3.412 5.274 3.297 5.378 0.855 3.388 0.690 1.297 0.111 1.009 1.744 4.949 4.896 2.489 2.004 1.529 3.170 3.240 3.316 4.585 1.322 3.313 2.321 3.831 4.103 2.719 1.269 2.006 1.086 1.920 1.204 2.767 0.529 1.304 2.227 1.682 0.966 1.736 1.922 3.305 4.578 3.614 3.543 5.154 3.139 6.205 5.786 2.790 3.717 4.045 6.363 4.636 5.338 1.562 2.819 3.303 3.210 3.553 3.302 1.643 0.933 2671 chr12 51711487 51721714 + 0 NA intron (NM_001290007, intron 1 of 12) intron (NM_001290007, intron 1 of 12) 1382 NM_001290008 51411 Hs.14770 NM_016293 ENSG00000110934 BIN2 BRAP-1 bridging integrator 2 protein-coding nan 0.764 0.568 0.119 0.146 0.028 1.093 0.126 0.176 0.442 0.775 1.288 8.645 0.058 0.079 0.218 0.646 0.318 0.310 0.112 0.221 0.054 0.113 0.182 0.210 2.121 1.506 0.102 0.407 0.250 0.122 0.816 0.805 1.057 0.128 1.962 0.170 0.160 0.083 0.464 0.007 0.561 0.123 0.100 0.095 0.435 1.565 0.571 2.296 0.204 0.077 1.662 0.218 0.434 0.810 0.210 0.324 0.760 0.036 0.345 0.039 0.715 0.017 0.168 0.267 0.040 0.024 nan 0.383 0.227 0.430 1.162 nan 0.659 0.365 0.434 0.364 0.328 nan 0.673 nan 0.464 0.173 0.198 0.247 0.543 0.752 0.333 0.496 0.632 0.796 7818 chr3 127534071 127542936 + 0 NA intron (NM_001003794, intron 2 of 7) intron (NM_001003794, intron 2 of 7) 3222 NM_007283 11343 Hs.277035 NM_007283 ENSG00000074416 MGLL HU-K5|HUK5|MAGL|MGL monoglyceride lipase protein-coding 1.878 nan 1.588 3.994 0.478 0.785 5.926 0.769 1.363 3.070 0.556 0.032 0.175 1.064 0.245 0.458 1.090 0.217 4.471 1.859 4.517 3.448 1.679 1.096 5.267 5.519 0.449 10.802 3.507 5.368 9.544 6.734 1.098 1.894 0.218 0.698 0.159 0.068 1.075 0.356 1.465 1.865 1.208 4.893 4.591 2.088 0.690 3.488 0.762 3.369 4.399 0.458 5.716 0.752 1.096 1.301 3.698 0.424 0.702 0.427 2.462 0.113 0.267 0.715 0.013 0.022 0.344 0.705 0.347 0.726 0.877 0.805 6.593 1.662 0.322 0.428 1.629 nan 1.624 1.738 4.503 4.912 0.519 0.780 1.658 1.612 0.886 1.047 3.229 1.251 8372 chr4 53727474 53738024 + 0 NA 3' UTR (NM_023940, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_023940, exon 4 of 4) 4254 NM_023940 65997 Hs.8035 NM_023940 ENSG00000128045 RASL11B - RAS like family 11 member B protein-coding nan 0.768 2.138 0.293 2.401 5.795 0.095 0.250 0.336 0.052 0.179 0.393 0.024 0.047 1.119 0.608 0.475 0.076 0.302 0.107 0.012 0.066 0.727 0.493 0.921 0.105 0.027 0.205 0.122 0.102 0.145 0.344 0.191 4.067 0.132 0.066 0.344 0.227 0.066 0.145 0.736 0.132 0.063 0.119 0.042 0.087 0.219 0.183 0.154 0.217 0.105 0.247 0.608 0.243 0.194 0.921 0.023 0.182 0.202 0.886 0.837 0.045 0.468 0.294 0.007 0.038 0.043 0.946 1.023 0.736 1.358 2.875 2.250 2.029 0.635 0.975 1.021 2.277 3.254 3.483 3.251 1.093 1.129 0.728 1.860 1.001 0.860 0.497 0.805 3.771 1.947 5497 chr19 4367959 4381155 + 0 NA intron (NM_003025, intron 1 of 9) intron (NM_003025, intron 1 of 9) 25858 NM_001199944 6455 Hs.97616 NM_003025 ENSG00000141985 SH3GL1 CNSA1|EEN|SH3D2B|SH3P8 SH3 domain containing GRB2 like 1, endophilin A2 protein-coding 1.102 1.653 1.656 3.465 0.465 1.694 3.397 0.184 0.409 1.222 2.453 1.288 1.099 0.045 0.341 0.523 0.982 0.256 3.811 1.734 1.281 0.157 0.119 0.139 0.618 2.644 3.131 0.819 3.186 1.948 3.944 6.885 2.836 1.234 1.994 2.847 0.043 0.182 0.070 1.390 0.191 5.944 1.894 0.821 3.814 2.427 0.831 2.076 1.467 1.817 0.295 0.948 0.523 5.316 2.538 0.618 1.773 3.214 0.242 1.530 0.182 2.287 0.239 0.075 1.484 1.366 0.714 0.816 1.097 0.754 1.493 1.375 1.162 0.529 0.220 3.052 3.139 0.732 1.246 2.255 nan 0.722 0.653 0.639 0.720 0.240 0.306 0.274 0.477 1.068 0.684 2417 chr12 3592924 3607047 + 0 NA promoter-TSS (NM_019854) promoter-TSS (NM_019854) -379 NM_019854 56341 Hs.504530 NM_019854 ENSG00000111218 PRMT8 HRMT1L3|HRMT1L4 protein arginine methyltransferase 8 protein-coding 1.101 nan nan 0.066 1.110 0.458 0.061 0.295 0.509 0.066 0.060 0.009 0.176 1.004 1.069 0.116 0.069 0.030 0.015 0.188 0.159 0.383 0.034 0.026 0.005 0.092 0.015 0.068 0.126 0.072 8.630 0.038 0.080 0.027 0.074 0.008 1.833 0.068 0.030 0.006 0.008 0.017 0.053 0.205 0.064 0.060 0.017 0.019 1.069 0.035 0.019 0.383 0.026 0.030 0.371 0.070 0.552 0.022 0.231 0.071 0.011 0.016 0.015 0.183 0.205 0.049 0.108 nan 0.769 2.560 0.523 0.068 0.140 0.369 0.492 1.088 1.160 0.758 0.650 0.438 0.647 0.852 0.820 0.373 nan 0.861 0.571 9032 chr5 80284914 80291136 + 0 NA intron (NM_006909, intron 1 of 26) intron (NM_006909, intron 1 of 26) -31299 NR_105015 102524628 Hs.737159 NR_105015 ENSG00000251450 RASGRF2-AS1 - RASGRF2 antisense RNA 1 ncRNA 0.835 1.095 1.428 0.171 0.085 0.018 0.057 0.206 0.242 0.508 0.066 0.124 4.440 0.016 0.071 0.042 0.036 0.051 0.103 0.030 0.010 0.045 0.119 0.077 0.133 0.023 0.024 0.076 0.068 0.052 0.188 0.070 0.168 0.090 0.119 0.123 0.019 0.077 0.074 0.019 0.038 0.052 0.082 0.643 0.080 0.078 0.083 0.302 0.166 0.042 0.103 0.077 0.333 0.109 0.037 0.031 0.026 0.064 0.216 0.061 0.019 0.033 1.376 1.268 1.370 1.267 0.171 0.204 0.398 0.127 0.168 0.088 0.189 0.292 0.248 0.215 0.323 0.150 0.140 0.171 0.101 0.137 0.216 nan 0.406 0.364 8402 chr4 61475317 61479826 + 0 NA Intergenic AluSq2|SINE|Alu -310766 NR_039652 100616450 NR_039652 ENSG00000265829 MIR548AG1 - microRNA 548ag-1 ncRNA nan nan 0.503 0.459 0.039 0.012 0.204 0.123 0.201 0.316 0.088 0.102 10.870 0.022 0.020 0.086 0.049 0.035 0.333 0.167 0.043 0.032 0.035 0.036 0.027 0.016 0.111 1.227 0.054 0.076 0.111 0.169 1.075 0.024 0.021 0.049 0.081 0.077 0.754 0.348 0.243 0.245 0.017 0.064 0.089 0.072 0.015 0.017 0.015 0.086 0.698 0.027 0.259 1.146 0.021 0.038 0.068 0.022 0.027 0.015 0.022 0.282 0.301 0.240 0.509 0.132 0.256 0.228 0.120 0.287 0.175 0.141 0.338 0.341 0.290 0.415 0.174 0.055 0.169 0.055 0.053 0.194 0.269 0.058 0.161 11795 chr9 130905955 130914014 + 0 NA Intergenic Intergenic -1725 NM_005564 3934 Hs.204238 NM_005564 ENSG00000148346 LCN2 24p3|MSFI|NGAL|p25 lipocalin 2 protein-coding nan 0.618 0.755 3.142 0.214 0.451 2.393 0.273 0.388 1.684 0.607 0.236 0.100 0.062 0.110 0.248 0.110 0.060 5.140 2.074 0.046 0.069 0.058 0.049 0.249 1.442 1.088 0.217 1.733 1.005 2.134 4.389 0.712 0.730 0.126 0.061 0.049 0.095 0.071 0.119 0.263 0.599 0.391 4.281 1.009 5.610 0.161 1.474 0.150 0.066 3.260 0.248 0.993 0.035 0.249 0.754 2.114 0.154 0.185 0.239 0.312 0.134 0.108 0.353 0.064 0.044 0.276 0.426 0.360 0.652 0.549 0.885 nan 0.138 0.591 0.699 0.289 0.341 0.468 0.558 0.878 0.706 0.323 0.401 0.269 0.236 0.438 0.549 0.574 0.604 10320 chr7 41093375 41106941 + 0 NA Intergenic Intergenic -41044 NR_110832 101928773 Hs.382363 NR_110832 ENSG00000224017 LINC01449 - long intergenic non-protein coding RNA 1449 ncRNA 1.301 2.367 nan 0.268 0.089 0.008 0.369 0.112 0.192 0.064 0.121 0.081 0.022 0.317 0.039 0.023 0.140 0.177 0.141 0.070 0.079 0.051 0.058 0.176 0.186 0.005 0.033 0.016 0.169 0.085 0.119 0.483 0.366 0.209 0.152 0.072 1.337 0.079 0.170 0.024 0.216 0.237 0.043 0.017 0.139 0.057 0.305 0.283 0.054 0.067 0.058 0.429 0.023 0.164 0.028 0.186 0.045 0.708 0.451 0.077 0.427 0.071 0.041 0.373 0.064 0.034 0.015 0.465 0.237 0.285 0.868 0.232 0.234 0.119 0.084 0.365 0.457 0.158 0.344 0.228 0.536 1.115 1.423 0.112 0.185 5.391 5.208 0.341 0.635 0.352 0.434 1369 chr10 17684920 17687061 + 0 NA promoter-TSS (NM_001324287) promoter-TSS (NM_001324287) -73 NR_110370 102723166 Hs.547311 NR_110370 ENSG00000260589 STAM-AS1 locus3182 STAM antisense RNA 1 (head to head) ncRNA 7.099 5.339 9.247 3.949 9.158 3.821 6.945 3.893 8.646 2.442 9.265 5.997 3.352 1.066 3.802 4.246 13.140 1.174 4.727 2.409 7.055 6.281 2.544 1.104 8.225 5.152 8.239 3.783 8.044 3.610 4.889 6.130 3.751 10.788 1.966 5.704 0.763 6.896 0.119 4.933 3.231 4.212 9.090 3.506 6.504 2.251 4.805 7.585 5.312 4.445 4.651 7.270 4.246 7.836 6.163 8.225 3.966 3.977 1.339 6.906 2.412 6.476 2.551 4.369 7.581 5.023 4.863 15.384 14.756 15.136 21.227 17.212 16.109 23.325 15.351 15.457 17.624 9.453 10.680 11.860 18.598 10.734 11.772 9.694 13.202 6.380 6.759 14.298 12.734 5.419 2.617 8535 chr4 124568932 124574109 + 0 NA intron (NR_027105, intron 1 of 5) intron (NR_027105, intron 1 of 5) 374 NR_027105 285419 Hs.535763 NR_027105 ENSG00000249464 LINC01091 - long intergenic non-protein coding RNA 1091 ncRNA 1.312 2.436 nan 0.221 0.363 0.138 0.405 2.385 4.855 0.056 0.077 1.481 0.012 1.878 0.845 0.620 1.642 0.224 0.126 0.075 3.020 0.027 1.105 0.633 2.044 0.709 0.346 0.014 0.012 0.101 0.369 2.882 2.912 2.535 0.818 0.467 0.041 0.104 0.690 0.092 0.035 0.021 0.534 0.306 0.152 1.182 0.096 2.613 0.167 0.620 0.111 0.035 2.044 0.236 0.706 0.113 0.349 0.956 0.031 12.963 0.146 0.011 0.020 0.216 0.250 5.834 9.357 3.428 3.024 5.488 4.405 11.391 11.735 0.075 0.203 1.565 2.554 0.266 0.208 10.622 12.425 3.775 1.729 0.298 0.452 2.040 1.528 11917 chrX 13105109 13146578 + 0 NA Intergenic AluSz6|SINE|Alu -62926 NM_174901 171484 Hs.667546 NM_174901 ENSG00000187268 FAM9C TEX39C family with sequence similarity 9 member C protein-coding 0.700 nan 0.655 0.319 0.153 0.023 0.703 0.067 0.191 0.160 0.370 2.956 0.003 0.033 0.047 0.213 1.325 0.148 0.396 0.370 0.503 0.020 0.098 0.109 0.135 1.182 0.668 0.050 0.294 0.325 0.175 0.461 0.521 0.381 0.881 1.521 0.042 0.293 0.073 0.254 0.042 0.160 0.109 0.109 0.339 0.314 0.417 0.223 0.982 0.275 0.206 0.882 0.213 0.259 0.406 0.135 0.137 0.265 0.017 0.348 0.186 0.537 0.031 0.238 0.557 0.115 0.125 0.110 0.084 0.199 0.576 0.217 0.293 0.679 0.238 0.255 0.259 0.490 0.706 0.359 0.314 0.419 0.212 0.122 0.195 0.213 0.304 0.350 0.890 0.547 0.377 10700 chr7 139357118 139376260 + 0 NA intron (NM_001113239, intron 2 of 14) intron (NM_001113239, intron 2 of 14) 111004 NM_022740 28996 Hs.731417 NM_022740 ENSG00000064393 HIPK2 PRO0593 homeodomain interacting protein kinase 2 protein-coding nan nan nan 0.536 0.230 0.103 3.549 0.110 0.320 0.095 2.154 2.740 0.013 1.094 0.295 0.177 0.632 0.130 2.866 2.155 0.059 0.022 0.271 0.196 0.268 3.842 4.664 0.053 3.831 1.611 1.680 4.236 0.291 0.893 1.818 1.274 0.030 0.076 0.141 2.465 0.086 4.090 1.141 0.446 2.180 3.688 0.160 6.487 1.260 2.187 0.065 0.397 0.177 2.334 4.883 0.268 0.154 0.156 0.132 0.116 0.140 2.623 0.083 0.122 1.731 0.087 0.099 0.347 0.332 0.242 0.382 0.472 0.508 nan 0.396 0.473 0.463 0.764 nan 0.434 0.639 nan 0.266 0.261 0.330 0.115 0.202 0.310 0.678 1.176 nan 54 chr1 7350876 7364750 + 0 NA intron (NM_001349608, intron 4 of 21) L1MEc|LINE|L1 92001 NR_146200 102725193 Hs.666120 NR_146199 ENSG00000237728 LOC102725193 - uncharacterized LOC102725193 ncRNA 0.992 nan 0.726 2.027 0.605 1.078 1.307 0.346 0.521 0.500 0.853 2.426 0.018 0.137 1.411 0.907 0.943 0.100 0.023 0.082 0.123 0.309 0.214 0.168 0.913 1.858 1.734 1.161 0.167 0.008 0.047 nan 0.035 6.161 0.064 4.695 0.075 0.062 0.105 0.885 0.245 2.032 0.595 0.354 0.478 0.209 0.029 7.067 1.736 1.639 0.512 0.581 0.907 0.062 0.080 0.913 1.040 0.247 0.105 1.445 0.387 1.532 0.143 0.116 1.278 2.109 1.910 0.287 0.379 0.192 0.326 2.886 2.730 0.765 0.264 0.199 0.218 0.219 nan nan 1.821 nan 0.357 0.398 0.466 0.217 0.412 0.312 0.684 0.897 0.678 1151 chr1 224238201 224271897 + 0 NA Intergenic Intergenic -46740 NR_049764 23219 Hs.64691 NM_015176 ENSG00000143756 FBXO28 CENP-30|Fbx28 F-box protein 28 protein-coding 1.331 nan 1.440 1.127 0.375 0.030 1.169 0.434 0.713 0.091 0.120 0.143 0.812 0.048 0.131 0.558 0.145 0.153 1.515 0.971 0.026 0.053 0.387 0.262 0.359 1.679 1.031 0.053 2.775 2.419 1.303 3.541 1.553 0.549 0.411 0.102 0.175 0.071 0.145 0.224 0.078 0.257 0.513 0.332 6.021 1.454 0.489 0.624 0.111 0.275 0.047 1.482 0.558 0.487 0.107 0.359 0.470 0.336 0.051 0.065 0.076 0.709 0.026 0.594 0.428 0.029 0.026 0.374 0.225 0.389 0.585 0.561 nan 1.390 0.426 0.411 0.424 0.239 0.388 0.514 0.583 0.617 0.359 0.127 0.124 0.949 1.070 0.688 2.123 0.955 0.788 7607 chr3 52482627 52509804 + 0 NA intron (NM_001276294, intron 3 of 13) intron (NM_001276294, intron 3 of 13) 6691 NM_007184 11188 Hs.435290 NM_007184 ENSG00000010322 NISCH I-1|IR1|IRAS|hIRAS nischarin protein-coding 1.584 1.137 nan 0.507 0.450 0.515 0.334 0.242 0.364 0.293 0.491 0.389 0.360 0.266 0.422 0.321 0.441 0.082 0.487 0.118 0.504 0.255 0.202 0.203 0.419 0.289 0.139 1.398 0.355 0.243 0.357 1.110 0.255 0.998 0.198 0.305 0.118 0.735 0.118 0.108 0.461 0.372 1.427 0.699 0.247 0.189 0.308 0.277 0.380 0.775 0.296 0.312 0.321 0.511 0.346 0.419 0.204 0.240 0.256 0.935 0.354 0.346 1.274 2.195 0.182 0.422 0.210 0.622 0.812 1.021 1.376 1.158 1.267 1.190 0.416 0.671 0.725 0.800 1.160 1.266 1.412 nan 2.935 1.177 1.916 0.419 0.478 1.504 4.895 0.651 0.388 3347 chr13 111350506 111370724 + 0 NA Intergenic Intergenic -1753 NR_147941 79587 Hs.508725 NM_024537 ENSG00000134905 CARS2 COXPD27|cysRS cysteinyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial protein-coding 3.646 nan 3.042 0.977 6.291 5.496 1.243 2.085 3.821 0.525 2.415 0.720 0.724 0.643 5.308 3.902 1.219 0.265 4.088 1.166 0.711 1.599 1.110 0.629 3.918 1.257 1.299 0.742 1.525 0.709 2.581 3.914 1.435 7.526 0.623 1.477 1.593 2.228 0.108 0.673 3.986 6.035 2.181 1.149 0.953 0.631 2.835 1.770 1.667 1.503 1.659 1.207 3.902 5.692 1.393 3.918 0.665 1.364 0.601 2.412 2.206 1.577 1.696 1.010 1.564 1.533 1.097 6.561 6.928 3.454 5.096 6.338 5.441 7.100 3.537 3.676 3.614 0.739 1.036 5.121 7.052 3.686 4.238 2.555 4.604 6.019 5.839 4.204 3.964 0.972 0.521 10230 chr7 23368661 23399388 + 0 NA intron (NM_006547, intron 8 of 14) intron (NM_006547, intron 8 of 14) 45084 NM_138446 115416 Hs.87385 NM_138446 ENSG00000156928 MALSU1 C7orf30|mtRsfA mitochondrial assembly of ribosomal large subunit 1 protein-coding 1.233 1.315 0.990 0.915 0.276 0.196 1.375 0.245 0.445 1.234 0.629 1.214 0.095 0.052 0.327 0.316 2.373 0.459 0.364 0.185 4.715 0.054 0.368 0.336 0.288 1.357 0.838 0.734 0.606 0.199 1.285 2.866 1.858 0.721 1.180 1.145 0.063 0.180 0.170 1.551 0.326 1.739 0.171 0.101 0.227 0.345 0.620 0.992 0.193 0.231 0.239 0.048 0.316 0.525 2.504 0.288 0.311 0.224 0.035 2.699 0.119 1.871 0.101 0.242 0.302 0.120 0.061 0.570 0.522 1.178 nan 0.475 0.564 0.647 0.325 0.413 0.421 0.876 1.557 0.731 1.159 0.513 0.287 0.351 0.516 0.391 1.190 0.385 nan 0.923 0.485 1204 chr1 233242116 233252731 + 0 NA intron (NM_014801, intron 21 of 33) AluJo|SINE|Alu 160835 NR_138027 84284 Hs.642715 NM_032324 ENSG00000135778 NTPCR C1orf57|HCR-NTPase nucleoside-triphosphatase, cancer-related protein-coding 1.214 1.355 0.830 1.040 0.377 0.136 2.203 0.210 0.361 1.815 2.555 1.511 0.926 0.065 0.075 1.789 2.779 0.243 1.514 1.250 5.798 0.183 0.263 0.496 5.307 5.512 0.063 1.925 1.518 1.567 3.023 3.155 0.520 0.840 11.170 0.009 0.070 0.115 0.668 0.112 4.525 2.374 1.042 4.495 1.403 2.415 5.042 3.808 0.760 3.055 3.076 1.789 1.963 0.922 0.496 2.347 1.410 0.055 1.194 0.815 3.667 0.028 0.237 1.349 0.374 0.211 0.672 0.794 2.342 8.916 0.599 0.479 nan 0.197 0.309 0.406 0.492 0.672 nan 3.264 0.423 0.189 0.156 0.169 0.108 0.173 0.443 0.569 nan 0.564 8525 chr4 118342075 118356657 + 0 NA promoter-TSS (NR_125757) promoter-TSS (NR_125757) -188 NR_125757 103689918 Hs.582062 NR_125757 LINC01378 - long intergenic non-protein coding RNA 1378 ncRNA 0.453 0.677 0.495 0.075 0.131 0.004 0.078 0.110 0.210 0.007 0.064 0.119 0.013 0.021 0.030 0.098 0.170 0.126 0.070 0.013 0.026 0.042 0.079 0.098 0.028 0.004 0.010 0.065 0.015 0.068 0.070 0.067 0.165 0.070 0.040 0.032 0.007 0.056 0.024 0.017 0.069 0.008 0.011 0.053 0.037 0.079 0.109 0.045 0.024 0.043 0.023 0.098 0.063 0.032 0.098 0.034 0.034 0.013 0.012 0.007 0.011 0.027 0.025 0.031 0.008 0.247 0.099 0.428 0.424 0.097 0.174 0.065 0.021 0.107 0.140 3.722 3.976 0.206 0.206 0.341 0.137 0.097 0.147 0.065 0.086 0.145 0.235 0.133 0.174 2520 chr12 16715157 16768483 + 0 NA intron (NR_045013, intron 3 of 4) intron (NR_045013, intron 3 of 4) 16493 NM_001243611 55885 Hs.504908 NM_018640 ENSG00000048540 LMO3 RBTN3|RBTNL2|RHOM3|Rhom-3 LIM domain only 3 protein-coding 0.884 2.342 0.812 0.097 0.608 1.471 0.452 0.225 0.343 0.007 0.043 0.126 0.545 0.030 0.075 0.315 0.072 0.042 0.345 0.163 0.020 0.010 2.298 1.683 0.256 0.420 0.178 0.007 4.715 2.348 0.306 0.776 8.336 9.541 0.182 0.053 0.288 0.045 0.112 1.361 0.147 0.054 0.015 0.019 4.161 0.685 0.118 0.232 0.073 0.139 0.059 0.065 0.315 0.387 4.442 0.256 0.049 0.062 0.009 0.083 0.051 0.146 0.039 0.200 0.009 0.019 0.006 0.262 0.178 3.402 4.209 nan 1.118 4.884 1.797 0.319 0.334 0.176 0.320 1.960 2.835 0.525 0.353 0.197 0.251 1.137 0.681 0.522 0.890 1.674 0.929 7896 chr3 146219547 146230115 + 0 NA Intergenic Intergenic -11053 NM_001199979 57047 Hs.744414 NM_020359 ENSG00000163746 PLSCR2 - phospholipid scramblase 2 protein-coding 0.854 nan nan 5.768 0.674 0.014 2.266 0.371 0.628 1.016 0.300 1.082 0.851 0.261 0.086 0.219 1.098 0.181 2.814 1.586 0.244 0.013 0.248 0.250 0.316 1.775 1.163 0.029 3.081 3.004 2.389 3.398 2.916 0.423 1.242 0.129 0.011 0.067 0.620 0.120 0.192 0.661 0.487 3.048 2.509 1.164 2.241 0.938 0.203 0.030 2.159 0.219 2.525 1.216 0.316 0.682 0.328 0.009 0.061 0.119 0.882 0.154 0.122 0.158 0.014 0.387 0.173 1.698 3.208 0.449 0.540 nan 0.293 1.474 1.650 0.264 nan 0.651 nan nan 0.260 0.165 0.422 0.114 0.195 0.231 0.448 0.536 0.485 88 chr1 11411714 11423307 + 0 NA Intergenic Intergenic 84255 NM_001330350 29914 Hs.522933 NM_013319 ENSG00000120942 UBIAD1 SCCD|TERE1 UbiA prenyltransferase domain containing 1 protein-coding 2.713 2.172 nan 0.068 0.528 2.994 0.068 0.985 1.759 0.008 0.046 0.063 0.011 0.043 0.259 4.530 0.109 0.144 0.073 0.033 0.033 0.036 0.068 0.119 0.269 0.035 0.044 0.063 0.052 0.090 0.221 0.107 2.124 0.038 0.055 0.571 0.062 0.124 0.010 0.264 0.076 0.047 0.010 0.040 0.091 0.078 0.042 0.041 0.020 0.023 4.530 0.049 0.269 0.010 0.029 1.176 0.100 0.035 0.020 0.350 0.192 0.019 0.010 0.009 0.881 1.954 0.178 0.164 3.202 2.805 0.937 0.335 0.197 nan 2.345 nan 0.865 1.689 nan 3.381 0.273 0.514 1.158 0.645 0.783 1.304 0.416 0.599 1009 chr1 201227788 201283939 + 0 NA intron (NM_001005337, intron 1 of 13) intron (NM_001005337, intron 1 of 13) 3283 NM_000299 5317 Hs.497350 NM_000299 ENSG00000081277 PKP1 B6P plakophilin 1 protein-coding 1.441 2.509 1.253 0.265 0.338 0.262 1.877 0.312 0.568 0.374 0.259 0.393 0.051 0.022 0.190 0.419 0.204 0.066 0.501 0.637 0.032 0.035 0.314 0.153 0.570 1.542 0.767 0.058 1.335 1.030 0.653 3.287 0.258 3.604 0.788 0.569 0.049 0.065 0.095 0.193 0.085 0.665 0.254 0.185 1.388 0.570 0.283 0.519 0.422 0.051 0.192 1.483 0.419 0.960 0.620 0.570 0.473 0.581 0.211 0.077 0.235 0.287 0.063 0.297 0.136 0.032 0.013 0.445 0.442 1.183 3.800 0.863 0.842 1.624 0.507 nan nan 0.570 0.951 0.859 0.979 0.451 0.306 0.229 0.319 0.536 0.836 0.620 1.150 0.725 0.599 11484 chr9 19481073 19495048 + 0 NA Intergenic Intergenic 79135 NM_001010887 340485 Hs.41379 NM_001010887 ENSG00000177076 ACER2 ALKCDase2|ASAH3L alkaline ceramidase 2 protein-coding nan nan 1.322 0.030 0.315 0.377 0.061 0.138 0.237 0.020 0.028 0.086 0.018 0.007 0.076 0.265 0.076 0.093 0.087 0.013 0.018 0.338 0.199 0.094 0.010 0.021 0.026 0.039 0.015 0.032 0.101 0.101 0.768 0.074 0.048 0.056 0.080 0.111 0.039 0.031 0.028 0.062 0.039 0.035 0.232 0.117 0.076 0.056 0.265 0.081 0.094 0.026 0.043 0.070 0.046 0.087 0.023 0.028 0.160 0.033 0.008 0.014 0.116 0.148 0.180 0.365 0.475 0.536 0.964 0.196 0.074 0.048 1.512 2.065 0.439 0.337 0.957 0.824 0.113 0.189 0.631 0.395 0.354 0.826 3.915 2.110 10227 chr7 22701689 22722802 + 0 NA Intergenic HAL1|LINE|L1 -7093 NR_122075 401312 Hs.583393 NR_122075 ENSG00000238033 LOC401312 - uncharacterized LOC401312 ncRNA 0.927 1.080 1.193 0.665 0.217 0.008 1.240 0.304 0.462 0.245 1.077 1.442 0.391 0.165 0.078 0.152 0.311 0.076 0.913 0.531 1.362 0.007 0.127 0.145 0.247 1.515 1.048 0.028 0.899 0.878 3.327 7.677 4.319 0.546 0.891 1.235 0.017 0.072 0.157 1.111 0.144 1.274 0.320 0.217 1.208 1.143 0.350 0.165 0.309 0.075 0.801 0.341 0.152 1.514 6.164 0.247 0.406 0.491 0.037 0.206 0.081 0.866 0.052 0.069 0.404 0.022 0.014 0.399 0.210 0.222 nan 0.373 0.411 0.445 0.152 0.194 0.248 0.175 0.324 1.237 1.140 0.266 0.163 0.169 0.163 0.152 0.160 0.144 nan 0.714 0.543 8360 chr4 48833020 48834640 + 0 NA intron (NM_001168254, intron 1 of 8) intron (NM_001168254, intron 1 of 8) 507 NM_001168254 54940 Hs.518750 NM_017830 ENSG00000109180 OCIAD1 ASRIJ|OCIA|TPA018 OCIA domain containing 1 protein-coding 8.358 nan nan 6.537 13.287 5.249 6.651 4.167 7.705 3.074 5.679 5.282 4.848 5.174 7.657 7.795 6.373 0.295 7.263 2.183 6.349 2.444 8.170 3.205 7.153 4.165 6.534 4.458 8.053 3.263 8.028 10.694 7.758 11.992 4.809 7.076 1.632 6.659 0.202 4.939 3.861 12.105 9.891 3.513 4.824 4.407 6.490 8.565 3.439 8.752 5.107 4.196 7.795 9.545 7.242 7.153 4.044 4.311 1.231 4.602 2.044 4.087 5.061 4.405 4.504 5.401 3.980 18.609 15.178 23.091 21.896 14.711 13.839 17.803 11.311 30.755 32.778 9.772 11.426 12.988 20.348 18.629 18.718 13.451 16.356 8.630 11.321 12.471 12.906 8.604 5.079 11690 chr9 108187743 108214818 + 0 NA TTS (NM_001330731) TTS (NM_001330731) -9035 NM_001330739 83856 Hs.136901 NM_031919 ENSG00000106701 FSD1L CCDC10|CSDUFD1|FSD1CL|FSD1NL|MIR1 fibronectin type III and SPRY domain containing 1 like protein-coding 1.648 1.085 1.607 0.210 0.517 0.170 0.327 0.398 0.677 0.098 0.445 0.374 0.023 0.182 0.239 0.404 0.336 0.086 0.516 0.135 0.102 0.153 0.244 0.155 0.587 0.279 0.176 0.431 0.334 0.066 0.193 0.285 0.160 1.406 0.114 0.393 0.320 0.565 0.084 0.070 0.720 0.500 0.292 0.170 0.133 0.048 0.213 0.318 0.541 0.641 0.145 0.241 0.404 0.323 0.313 0.587 0.041 0.094 0.436 0.477 0.385 0.333 0.110 2.483 0.191 0.183 0.112 0.431 0.474 0.624 0.708 1.077 1.111 0.936 0.334 0.252 0.275 1.453 1.681 0.867 nan 5.177 3.813 0.190 0.442 1.332 1.584 1.953 5.639 nan 0.694 403 chr1 57103250 57112918 + 0 NA intron (NR_135111, intron 2 of 2) intron (NR_135111, intron 2 of 2) -2906 NM_006252 5563 Hs.437039 NM_006252 ENSG00000162409 PRKAA2 AMPK|AMPK2|AMPKa2|PRKAA protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2 protein-coding 2.359 1.489 1.752 0.290 0.913 0.505 0.657 0.616 1.234 0.050 0.604 0.678 0.270 1.096 0.549 1.208 0.779 0.117 1.403 0.195 1.333 0.401 0.659 0.282 0.668 0.366 0.233 0.085 0.354 0.185 1.289 nan 0.903 2.967 0.321 1.843 0.029 0.202 0.133 0.248 0.501 0.772 0.044 0.057 0.304 0.182 1.196 0.414 1.305 0.763 3.335 1.732 1.208 0.577 1.117 0.668 0.520 0.934 0.393 1.239 1.204 0.017 0.583 0.205 0.189 0.435 0.347 1.388 1.793 1.552 2.040 3.857 3.398 0.334 0.167 2.590 2.839 1.152 1.453 1.991 2.993 1.218 1.627 1.073 2.721 0.183 0.172 1.129 nan 1.169 0.869 4825 chr17 45951933 45975303 + 0 NA Intergenic AluSc8|SINE|Alu 9564 NR_135480 102724532 Hs.729067 NR_135480 ENSG00000264920 LOC102724532 - uncharacterized LOC102724532 ncRNA 1.412 1.485 nan 1.134 1.363 2.901 1.098 0.895 1.874 1.069 1.118 0.632 1.197 0.223 0.820 0.845 0.763 0.207 1.003 0.381 0.454 0.592 0.606 0.344 1.146 0.648 0.755 0.521 0.794 0.398 1.203 nan 0.962 2.482 0.231 0.581 0.306 0.853 0.117 0.508 0.557 1.152 1.306 0.827 0.638 0.534 3.674 1.215 1.087 1.354 0.462 0.671 0.845 1.004 0.435 1.146 0.665 1.105 0.493 1.208 0.708 0.676 0.398 0.525 0.525 0.439 0.253 1.366 1.505 1.564 2.115 1.914 nan 2.033 1.061 2.881 3.182 0.763 1.233 2.695 nan 2.382 2.078 1.083 1.613 1.297 1.621 1.445 1.856 1.839 0.834 7117 chr20 62608583 62613616 + 0 NA promoter-TSS (NM_080621) promoter-TSS (NM_080621) -104 NM_080621 140700 Hs.27189 NM_080621 ENSG00000130590 SAMD10 C20orf136|dJ591C20|dJ591C20.7 sterile alpha motif domain containing 10 protein-coding 3.122 5.447 2.998 7.604 5.863 5.163 2.040 2.240 3.847 1.740 5.230 1.273 0.758 5.003 4.547 3.578 0.991 0.130 2.812 1.110 3.949 0.854 2.123 1.355 4.057 1.372 1.366 1.630 3.718 1.799 9.297 14.710 6.613 11.551 2.521 2.456 0.285 2.755 0.134 2.747 2.318 7.977 3.172 2.220 2.785 1.648 4.351 1.666 1.612 5.618 4.827 3.252 3.578 3.728 9.288 4.057 2.630 3.649 1.485 11.804 6.695 1.597 3.450 1.003 3.229 5.094 2.798 9.779 11.073 2.318 3.452 5.362 5.381 7.362 2.872 9.542 9.769 3.835 5.335 8.680 8.906 3.284 4.171 5.111 7.922 1.452 1.264 1.426 3.182 3.318 1.952 10189 chr7 15592895 15603249 + 0 NA intron (NM_001004320, intron 2 of 12) intron (NM_001004320, intron 2 of 12) 3568 NM_001004320 392636 Hs.670634 NM_001004320 ENSG00000187546 AGMO TMEM195 alkylglycerol monooxygenase protein-coding nan 1.113 nan 2.956 0.111 0.011 0.034 0.312 0.451 0.009 0.082 0.043 0.024 1.325 0.042 4.449 0.573 0.109 0.101 0.018 0.193 5.357 2.132 1.616 0.443 0.013 0.007 0.014 0.089 0.081 0.257 0.814 0.126 0.523 0.057 0.088 0.256 0.125 0.133 0.057 0.115 0.027 0.012 0.015 0.084 0.015 0.075 1.023 0.480 0.028 0.027 0.032 4.449 0.049 0.036 0.443 0.012 0.088 0.075 0.034 2.109 0.046 0.029 0.215 0.029 0.005 nan 0.354 0.257 0.388 0.563 0.794 7.811 3.782 0.446 0.429 0.924 1.024 1.208 0.802 1.162 0.853 0.076 0.150 0.925 0.711 0.719 2.077 2.939 1.139 3438 chr14 30104356 30126047 + 0 NA intron (NM_002742, intron 4 of 17) L2a|LINE|L2 281101 NM_001348390 5587 Hs.508999 NM_002742 ENSG00000184304 PRKD1 CHDED|PKC-MU|PKCM|PKD|PRKCM protein kinase D1 protein-coding 1.163 0.867 0.913 0.087 0.269 0.395 0.107 0.156 0.262 0.103 0.131 0.029 0.060 0.083 0.112 0.478 0.126 0.184 0.053 0.058 0.013 0.123 0.113 0.401 0.105 0.047 0.020 0.103 0.005 0.949 4.099 0.151 0.804 0.182 0.637 0.080 0.070 0.104 0.044 0.590 0.051 0.022 0.022 0.067 0.050 0.098 0.206 0.128 0.018 0.044 0.044 0.112 0.082 0.030 0.401 0.406 0.023 0.018 0.032 0.122 0.065 0.069 0.073 0.042 0.019 0.009 0.191 0.151 0.728 0.610 0.398 0.527 0.296 0.151 0.269 0.280 2.610 3.445 0.567 0.513 0.620 0.313 0.150 0.265 0.432 0.484 0.233 0.458 0.364 0.285 9856 chr6 113667916 113690560 + 0 NA Intergenic Intergenic 75411 NR_149098 105377957 Hs.25088 NR_149098 ENSG00000232316 LINC02518 - long intergenic non-protein coding RNA 2518 ncRNA nan 0.769 nan 0.641 0.132 0.101 2.073 0.269 0.319 0.157 0.470 3.985 0.036 0.036 0.196 0.384 0.550 0.106 1.388 1.115 0.172 0.031 0.110 0.084 0.090 1.531 0.939 0.045 1.701 1.195 2.144 6.283 1.680 0.353 1.311 0.045 0.059 0.071 0.141 1.233 0.028 1.354 1.255 0.568 0.988 1.819 1.793 3.465 0.280 0.806 0.025 0.165 0.384 0.773 0.176 0.090 0.448 0.120 0.056 0.079 0.126 0.847 0.152 0.109 1.698 1.846 1.685 0.430 0.418 0.393 1.127 0.408 nan nan 0.205 0.231 0.253 0.353 nan 0.199 0.234 0.409 0.229 0.232 0.274 0.228 0.230 0.351 nan 0.363 0.365 11164 chr8 102146027 102173347 + 0 NA Intergenic Intergenic 58273 NM_001042510 51123 Hs.374485 NM_016096 ENSG00000120963 ZNF706 HSPC038|PNAS-106|PNAS-113 zinc finger protein 706 protein-coding 2.265 nan nan 0.276 0.609 2.174 2.056 0.736 1.501 0.091 1.050 2.965 0.045 0.395 1.545 1.496 2.728 0.208 0.563 0.894 0.129 0.051 0.252 0.201 0.991 1.930 1.328 0.238 0.661 1.236 0.531 2.401 0.145 4.759 1.117 0.546 0.547 0.056 0.066 0.460 0.325 0.898 0.879 0.397 1.068 1.781 0.479 1.887 1.143 1.220 0.902 0.652 1.496 0.735 0.501 0.991 0.676 0.398 0.608 0.124 0.628 0.887 0.329 0.244 0.357 0.196 0.184 0.505 0.646 0.556 1.178 2.422 1.928 nan 0.654 0.899 1.048 1.541 nan 5.017 nan nan 0.672 0.466 0.624 3.077 3.527 0.459 nan 1.681 1.012 8792 chr5 16720035 16746087 + 0 NA intron (NM_012334, intron 19 of 40) AluSx1|SINE|Alu -115894 NM_001034850 54463 Hs.481704 NM_019000 ENSG00000154153 RETREG1 FAM134B|JK-1|JK1 reticulophagy regulator 1 protein-coding nan nan nan 0.844 1.966 0.509 1.116 0.911 1.617 0.338 0.154 0.266 0.024 0.070 0.492 0.529 0.498 0.161 2.834 0.923 0.056 0.016 1.519 1.155 1.846 0.355 0.170 0.020 0.482 0.028 3.140 4.859 2.804 nan 0.208 0.134 0.834 0.075 0.108 0.219 0.473 0.122 0.062 0.050 0.117 0.303 0.362 0.177 0.248 0.102 0.051 0.152 0.529 2.462 0.081 1.846 0.483 0.241 0.096 0.082 0.246 0.218 0.872 0.213 0.062 0.031 0.016 3.035 3.689 4.458 5.147 0.803 0.739 4.901 2.195 1.250 1.344 nan 2.557 3.293 2.690 1.251 1.275 2.438 3.123 3.735 4.908 0.412 nan 1.218 1.110 1629 chr10 104523205 104540328 + 0 NA intron (NM_001083913, intron 1 of 3) AluY|SINE|Alu -4122 NM_017787 54838 Hs.500897 NM_017787 ENSG00000166272 WBP1L C10orf26|OPA1L|OPAL1 WW domain binding protein 1 like protein-coding nan nan 0.920 0.083 0.163 0.058 0.237 0.188 0.207 0.167 0.404 0.129 1.805 0.047 0.099 0.217 1.040 0.338 0.167 0.110 0.033 0.057 0.045 0.053 0.216 0.157 0.068 1.543 0.152 0.037 0.093 0.325 0.149 0.245 0.017 0.196 0.022 0.137 0.103 0.069 0.055 0.199 0.085 0.046 0.038 0.104 0.112 0.140 0.623 0.137 0.027 0.194 0.217 0.108 0.104 0.216 0.063 1.218 0.035 0.257 0.049 0.069 0.046 0.188 0.046 1.278 0.695 0.415 0.577 0.580 0.663 0.311 0.341 0.487 0.260 0.242 0.254 0.249 nan 0.377 0.513 0.190 0.070 0.218 0.256 0.062 0.065 0.396 nan 0.340 0.325 6576 chr2 201232007 201282941 + 0 NA intron (NM_001100423, intron 3 of 12) MER21C|LTR|ERVL 83801 NM_001282744 26010 Hs.120323 NM_015535 ENSG00000196141 SPATS2L DNAPTP6|SGNP spermatogenesis associated serine rich 2 like protein-coding 0.752 nan 0.867 2.228 0.352 2.161 4.355 0.672 1.079 0.532 0.693 2.129 0.218 0.747 1.583 0.422 0.802 0.098 2.563 1.120 0.316 0.021 0.105 0.114 0.289 1.495 1.042 0.180 2.357 1.009 1.530 3.389 1.802 2.565 1.423 1.091 0.017 0.105 0.085 2.116 0.113 0.946 0.582 0.292 1.756 1.494 1.232 1.513 0.743 0.841 0.386 0.423 0.422 1.216 4.413 0.289 0.316 0.676 0.023 0.386 0.195 1.511 1.201 0.185 1.846 2.083 1.969 0.938 1.143 2.658 4.240 0.344 0.331 0.760 0.311 0.947 0.987 0.151 0.273 0.891 0.839 0.341 0.215 1.045 1.571 0.177 0.295 0.421 1.061 0.383 0.394 9691 chr6 47623325 47641537 + 0 NA intron (NM_153839, intron 2 of 10) intron (NM_153839, intron 2 of 10) 8105 NM_153839 222611 Hs.724860 NM_153839 ENSG00000164393 ADGRF2 GPR111|PGR20|hGPCR35 adhesion G protein-coupled receptor F2 protein-coding 1.106 0.985 0.989 0.552 1.512 0.015 0.624 0.204 0.523 0.032 0.073 0.046 0.007 0.246 0.054 0.288 0.108 0.086 0.267 0.169 0.031 0.244 0.878 0.273 0.427 0.184 0.040 0.016 0.218 0.330 0.331 1.067 0.428 1.147 0.283 0.223 0.268 0.100 0.106 0.033 0.074 0.052 0.030 0.017 0.105 0.206 0.143 0.125 0.148 0.051 0.957 0.160 0.288 0.246 0.040 0.427 0.060 0.086 0.186 0.084 0.481 0.030 0.131 0.434 0.008 0.028 0.011 0.503 0.318 0.286 0.342 0.243 0.285 4.596 2.327 0.355 0.261 0.964 1.515 2.806 nan 0.989 0.624 0.178 0.322 1.322 1.971 0.731 1.895 0.868 0.765 4197 chr16 3142335 3163974 + 0 NA Intergenic AluJo|SINE|Alu -3836 NM_001282415 84891 Hs.334515 NM_032805 ENSG00000130182 ZSCAN10 ZNF206 zinc finger and SCAN domain containing 10 protein-coding 1.170 nan 1.346 0.939 1.720 0.394 0.591 0.590 1.102 0.168 0.716 0.641 0.109 0.172 1.090 0.798 0.310 0.171 0.566 0.336 0.377 0.384 0.455 0.303 0.658 0.581 0.414 0.444 0.506 0.144 1.231 2.900 0.479 2.164 0.256 0.533 0.185 0.594 0.064 0.158 0.274 0.604 0.382 0.225 0.283 0.455 0.735 0.241 1.013 0.750 0.743 0.587 0.798 0.638 0.641 0.658 0.304 0.846 0.260 1.242 0.586 0.373 0.347 0.246 0.180 0.186 0.111 0.747 0.859 0.506 0.776 1.163 1.145 nan 1.379 0.906 0.921 0.780 nan 1.030 1.489 1.168 0.962 0.687 0.794 1.187 1.096 0.835 1.274 1.435 0.973 7003 chr20 45521296 45531719 + 0 NA intron (NM_172110, intron 1 of 13) intron (NM_172110, intron 1 of 13) 3244 NM_172110 2139 Hs.472877 NM_005244 ENSG00000064655 EYA2 EAB1 EYA transcriptional coactivator and phosphatase 2 protein-coding nan nan 1.053 0.340 0.403 0.127 0.034 1.259 2.776 0.136 0.037 0.053 0.029 0.057 0.043 0.505 0.064 0.095 0.081 0.034 0.150 0.066 0.572 0.259 4.030 0.033 0.007 0.050 0.039 0.030 2.816 5.778 0.202 0.744 0.111 0.088 1.085 0.104 0.120 0.115 1.110 0.176 0.127 0.195 0.021 0.022 0.158 0.105 0.520 0.075 0.023 0.052 0.505 0.014 0.053 4.030 0.059 0.788 1.249 0.594 1.782 0.097 0.939 3.182 0.030 0.006 0.020 0.516 0.355 0.762 1.021 2.949 3.059 nan 0.776 1.652 1.585 0.903 1.262 2.349 3.669 14.831 16.461 1.361 1.422 3.071 2.085 5.532 6.140 0.641 0.353 9265 chr5 149292595 149298578 + 0 NA intron (NM_000440, intron 5 of 21) AluJo|SINE|Alu 16954 NR_110534 644762 Hs.730366 NR_110534 LOC644762 - mitochondrial fission factor pseudogene pseudo nan 0.875 0.547 3.781 0.059 0.037 0.590 0.160 0.231 1.951 0.792 0.385 6.267 0.028 0.150 0.064 0.390 0.080 0.315 0.073 0.194 0.052 0.065 0.100 0.206 0.065 0.194 0.564 0.754 0.190 0.183 0.873 0.322 0.122 0.171 0.032 0.128 0.138 0.356 0.040 0.123 0.252 0.150 0.146 0.334 0.862 0.232 0.120 0.135 0.118 0.145 0.064 0.256 0.187 0.100 0.042 0.209 0.049 0.129 0.051 0.433 0.031 0.250 0.129 0.077 0.031 0.211 0.117 0.286 0.579 0.323 0.198 0.351 0.133 0.119 0.202 0.132 0.322 0.327 0.457 0.395 0.181 0.160 0.233 0.086 0.151 0.289 0.901 0.549 0.309 4366 chr16 53113091 53135559 + 0 NA intron (NM_025134, intron 1 of 38) intron (NM_025134, intron 1 of 38) 35420 NM_025134 80205 Hs.59159 NM_015287 ENSG00000177200 CHD9 AD013|CHD-9|CReMM|KISH2|PRIC320 chromodomain helicase DNA binding protein 9 protein-coding nan nan nan 0.734 1.645 1.646 1.009 1.133 2.228 0.851 1.034 1.573 0.689 0.424 0.867 4.024 2.017 0.336 0.699 0.395 1.488 0.135 0.585 0.296 1.375 1.204 0.948 0.181 0.870 0.484 0.525 1.215 0.810 3.314 0.849 0.232 0.691 0.082 0.069 0.537 0.710 1.214 1.084 0.535 0.947 0.792 0.630 0.997 1.201 0.717 0.922 1.008 4.024 0.510 0.835 1.375 0.451 0.590 1.531 0.194 1.186 0.727 0.981 0.259 0.803 0.328 0.199 3.403 3.822 1.559 1.525 3.045 2.405 2.477 0.641 2.736 2.951 1.270 nan nan nan nan 3.521 1.295 1.717 2.479 2.594 0.615 nan nan 1.196 6053 chr2 43174061 43203907 + 0 NA Intergenic Intergenic 77698 NR_110585 102723854 Hs.570165 NR_110585 ENSG00000231826 LINC01819 - long intergenic non-protein coding RNA 1819 ncRNA 1.213 nan 0.812 0.829 0.171 0.064 0.710 0.156 0.336 0.073 0.449 0.909 0.023 0.074 0.232 0.224 2.203 0.286 0.221 0.314 0.049 0.038 0.162 0.101 0.136 0.780 0.325 0.109 0.142 1.165 0.158 nan 0.201 0.517 0.149 0.122 0.032 0.088 0.091 0.452 0.098 0.244 0.097 0.070 1.667 0.303 2.404 5.685 0.382 0.186 0.083 0.184 0.224 0.206 0.152 0.136 0.070 0.191 0.078 0.457 0.085 0.252 0.046 0.091 0.147 0.054 0.034 0.366 0.279 0.311 0.965 nan 0.558 0.516 0.203 0.574 0.615 0.298 0.604 0.366 0.539 0.464 0.360 0.309 0.334 0.082 0.103 0.349 nan nan 0.520 3454 chr14 31694089 31718226 + 0 NA Intergenic AluSx|SINE|Alu -29428 NM_015382 25831 Hs.708017 NM_015382 ENSG00000092148 HECTD1 EULIR HECT domain E3 ubiquitin protein ligase 1 protein-coding 1.007 0.781 0.688 1.174 0.382 0.067 1.638 0.333 0.672 0.119 0.255 0.591 0.049 0.058 0.114 0.169 1.073 0.285 1.177 0.643 0.086 0.046 0.179 0.113 0.203 0.524 0.344 0.042 1.393 0.686 2.685 8.633 0.475 0.679 0.843 1.045 0.039 0.090 0.156 0.103 0.155 0.115 0.082 0.088 1.089 0.628 0.648 0.302 0.884 0.109 0.912 2.066 0.169 1.121 0.049 0.203 1.113 0.199 0.032 0.125 0.190 0.471 0.168 0.060 0.151 0.010 0.014 0.206 0.131 0.277 0.418 0.340 0.421 0.467 0.142 0.292 0.348 0.347 0.670 0.575 0.605 0.560 0.250 0.411 0.322 0.314 0.943 0.198 0.366 0.559 0.452 11620 chr9 89949219 89955571 + 0 NA Intergenic Intergenic -159748 NM_001288731 1612 Hs.380277 NM_004938 ENSG00000196730 DAPK1 DAPK|ROCO3 death associated protein kinase 1 protein-coding 0.795 0.690 0.699 0.511 0.032 0.018 0.111 0.101 0.377 0.181 0.065 0.058 0.333 0.116 0.055 0.061 0.585 0.153 0.032 0.031 0.654 0.022 0.150 0.224 0.244 0.152 0.056 0.013 0.218 0.034 0.078 0.084 0.179 0.458 0.069 0.084 0.051 0.120 0.112 0.090 0.142 0.173 0.069 0.049 0.610 0.154 1.574 0.045 0.309 0.240 0.061 0.136 0.030 0.244 0.059 0.104 0.106 0.037 0.015 0.085 0.094 0.039 0.012 0.036 0.024 0.186 0.141 11.303 8.679 0.280 0.378 0.164 0.027 1.133 1.161 0.118 0.097 0.165 0.215 0.950 1.244 0.236 0.269 0.073 0.079 0.118 0.137 1.050 0.713 8189 chr3 195806116 195810164 + 0 NA intron (NM_001313965, intron 1 of 17) intron (NM_001313965, intron 1 of 17) 821 NM_003234 7037 Hs.529618 NM_003234 ENSG00000072274 TFRC CD71|IMD46|T9|TFR|TFR1|TR|TRFR|p90 transferrin receptor protein-coding 6.384 5.722 1.852 3.922 6.482 6.452 2.712 3.036 5.816 1.325 1.517 1.742 0.748 1.379 6.757 3.184 1.924 0.195 3.604 0.559 2.228 1.138 3.621 2.355 4.933 2.424 2.346 1.489 3.347 1.089 4.615 nan 2.399 12.699 1.194 2.087 0.983 1.121 0.115 0.957 4.699 5.255 3.906 2.136 2.996 1.008 5.077 1.214 2.543 5.659 3.451 3.540 3.184 4.116 3.675 4.933 1.258 2.495 1.471 4.727 1.353 2.040 3.694 3.830 1.361 0.795 0.543 5.143 5.871 6.825 9.189 9.411 7.704 9.432 4.367 11.425 11.818 5.585 6.944 8.080 12.170 11.494 16.801 5.056 9.450 6.935 6.127 7.709 7.866 4.563 2.328 4382 chr16 57405483 57415957 + 0 NA intron (NM_001304392, intron 1 of 1) L2c|LINE|L2 4350 NM_002996 6376 Hs.531668 NM_002996 ENSG00000006210 CX3CL1 ABCD-3|C3Xkine|CXC3|CXC3C|NTN|NTT|SCYD1|fractalkine|neurotactin C-X3-C motif chemokine ligand 1 protein-coding nan nan nan 0.393 0.279 0.897 4.242 0.194 0.249 0.456 0.581 0.208 0.047 0.434 0.093 1.328 0.239 0.062 0.671 0.206 0.174 0.053 0.074 0.023 0.148 0.844 0.338 0.059 2.716 0.764 1.120 2.683 3.111 0.953 1.560 0.346 0.176 0.082 1.295 0.031 1.958 0.194 0.090 0.541 0.765 0.541 0.095 1.999 0.204 0.135 2.522 1.328 0.823 1.418 0.148 0.061 1.587 0.092 0.307 0.045 1.504 1.352 0.101 0.312 0.038 2.282 3.985 0.253 0.443 0.336 0.271 0.370 0.100 0.620 0.675 0.140 nan nan nan nan 0.697 1.215 1.591 0.070 0.063 0.302 nan nan 0.381 6626 chr2 211705957 211728484 + 0 NA Intergenic Intergenic 234925 NR_002763 29034 Hs.658398 NR_002763 ENSG00000280837 CPS1-IT1 CPS1-IT|CPS1IT|CPS1IT1|PRO0132 CPS1 intronic transcript 1 ncRNA nan 0.961 nan 0.082 0.158 0.025 0.011 0.521 1.062 0.008 0.070 0.053 0.011 0.004 0.103 0.416 0.096 0.050 0.080 0.017 0.025 0.019 0.494 0.299 0.426 0.003 0.010 0.013 0.066 0.019 0.027 0.063 0.052 0.273 0.032 0.054 0.037 0.014 0.085 0.031 0.085 0.037 0.018 0.014 0.014 0.017 0.043 0.076 0.018 0.036 0.014 0.027 0.416 0.028 0.012 0.426 0.016 0.025 0.060 0.041 0.050 0.014 0.048 0.339 0.017 0.010 0.009 0.401 0.252 0.166 0.204 0.331 0.397 4.295 2.647 0.440 0.340 0.176 0.233 0.648 nan 0.751 0.468 0.123 0.234 0.520 0.392 0.539 0.999 0.871 0.517 9125 chr5 114678095 114718300 + 0 NA Intergenic AluSc|SINE|Alu -65739 NM_001040440 153733 Hs.436121 NM_152549 ENSG00000164221 CCDC112 MBC1 coiled-coil domain containing 112 protein-coding 0.578 1.145 0.809 0.345 0.125 0.062 1.466 0.202 0.394 0.069 0.248 1.595 0.019 0.262 0.132 0.245 0.331 0.064 1.403 0.920 0.039 0.004 0.083 0.125 0.036 1.139 0.481 0.057 0.337 0.890 2.276 3.898 0.491 0.393 0.626 0.579 0.087 0.041 0.110 0.299 0.035 0.089 0.073 0.057 0.802 0.603 0.638 0.386 0.204 0.083 0.186 0.495 0.245 1.208 0.247 0.036 0.387 0.083 0.014 0.052 0.305 0.419 0.116 0.077 0.107 0.110 0.066 0.267 0.468 0.393 0.482 0.194 0.214 2.087 0.508 0.200 0.205 0.686 nan 0.875 0.596 0.349 0.136 0.186 0.295 0.641 1.213 0.290 0.578 0.535 0.437 2885 chr12 97943784 97962955 + 0 NA intron (NR_152618, intron 8 of 10) intron (NR_152618, intron 8 of 10) -4221 NR_029678 406926 NR_029678 ENSG00000207586 MIR135A2 MIRN135-2|MIRN135A2|mir-135a-2 microRNA 135a-2 ncRNA 0.748 0.809 0.760 0.323 0.253 3.506 0.487 1.029 1.850 0.073 0.019 0.711 0.432 1.163 1.283 0.115 0.145 0.210 0.111 0.020 0.036 1.556 1.008 1.171 0.148 0.060 0.209 0.237 0.627 1.244 0.743 nan 0.455 1.429 0.550 0.051 0.128 0.049 0.125 0.086 0.035 0.041 0.300 0.339 0.148 0.169 0.093 0.081 0.246 0.803 1.283 0.163 0.028 1.171 0.781 0.723 0.040 0.064 1.530 0.097 0.098 0.077 0.050 0.141 0.136 0.283 0.283 0.367 0.550 1.220 1.389 3.754 1.397 0.268 0.329 1.563 nan 5.141 nan 0.366 0.168 0.142 0.207 2.098 1.788 0.187 0.185 3.495 1.413 8579 chr4 148207602 148238407 + 0 NA Intergenic Intergenic -179065 NM_001354797 1909 Hs.183713 NM_001957 ENSG00000151617 EDNRA ET-A|ETA|ETA-R|ETAR|ETRA|MFDA|hET-AR endothelin receptor type A protein-coding 0.517 0.674 0.596 0.200 0.148 0.015 0.693 0.053 0.167 0.003 0.103 0.084 0.067 0.022 0.066 0.053 0.689 0.110 0.402 0.258 0.023 0.355 0.056 0.065 0.043 0.527 0.330 0.024 0.638 0.606 1.293 4.369 1.682 0.186 0.790 0.058 0.028 0.028 0.086 0.422 0.034 0.090 0.045 0.023 0.998 0.398 0.072 0.128 0.130 0.033 1.013 0.419 0.053 0.256 0.033 0.043 0.131 0.072 0.006 0.015 0.053 0.095 0.042 0.020 0.108 0.006 0.003 0.199 0.071 0.230 0.490 0.127 0.219 0.074 0.060 0.116 0.108 0.109 0.175 0.270 0.309 0.198 0.066 0.088 0.170 0.040 0.049 0.111 0.179 0.160 0.229 3106 chr13 31168733 31180056 + 0 NA intron (NM_001313893, intron 1 of 4) intron (NM_001313893, intron 1 of 4) 17340 NM_001313893 3146 Hs.434102 NM_002128 ENSG00000189403 HMGB1 HMG-1|HMG1|HMG3|SBP-1 high mobility group box 1 protein-coding 0.848 0.697 0.825 0.101 0.156 0.035 0.143 0.085 0.160 0.025 0.165 0.107 0.011 0.017 0.103 0.023 0.145 0.128 0.115 0.017 0.017 0.012 0.028 0.097 0.084 0.134 0.071 0.052 0.054 0.047 0.127 0.273 0.076 0.244 0.052 0.009 0.048 0.084 0.070 0.073 0.037 0.042 0.077 0.020 0.153 0.106 0.065 0.038 0.021 0.071 0.023 0.031 0.049 0.084 0.109 0.109 0.025 0.093 0.043 0.042 4.294 0.268 0.020 0.015 0.009 1.376 1.228 0.257 0.354 0.283 0.487 0.275 0.106 0.170 0.217 0.312 0.501 0.153 0.283 0.713 0.428 4.307 5.513 0.091 0.120 0.683 1.356 0.397 0.407 2488 chr12 12418343 12428083 + 0 NA Intergenic AluJb|SINE|Alu -3402 NM_002336 4040 Hs.584775 NM_002336 ENSG00000070018 LRP6 ADCAD2|STHAG7 LDL receptor related protein 6 protein-coding 2.456 1.197 2.805 1.839 4.076 1.544 3.023 1.166 1.983 0.383 0.945 1.410 0.969 0.523 1.771 1.429 0.759 0.098 1.972 0.642 1.305 0.780 0.952 0.764 2.599 3.491 4.056 0.694 3.360 2.254 2.365 4.275 2.327 4.668 0.779 0.582 0.236 1.876 0.131 0.909 0.703 1.201 1.028 0.583 1.897 1.651 1.274 2.890 2.650 2.572 0.754 0.829 1.429 2.648 4.333 2.599 0.636 0.759 0.367 3.345 0.627 2.172 1.041 0.725 0.522 0.780 0.501 1.767 1.659 3.900 4.628 nan 6.453 4.870 2.360 4.522 4.770 1.548 2.167 3.150 4.663 2.639 2.591 2.057 3.986 1.140 1.042 2.667 2.648 1.083 0.632 9764 chr6 73636998 73687886 + 0 NA intron (NM_001160134, intron 1 of 11) intron (NM_001160134, intron 1 of 11) 15034 NR_036244 100423005 NR_036244 ENSG00000266180 MIR4282 - microRNA 4282 ncRNA nan nan 0.780 0.194 0.534 0.037 1.132 0.170 0.301 0.017 0.162 0.339 0.012 0.065 0.103 0.237 0.415 0.180 0.360 0.187 0.047 0.025 0.192 0.141 0.419 0.852 0.416 0.010 0.564 0.595 2.578 3.829 0.862 0.625 0.416 0.091 0.178 0.104 0.133 0.230 0.030 0.071 0.042 0.046 0.622 0.538 0.236 0.086 0.179 0.289 0.017 0.091 0.237 0.340 0.138 0.419 0.137 0.044 0.025 0.112 0.088 0.140 0.050 0.786 0.190 0.034 0.033 0.425 0.333 0.317 0.427 0.333 0.412 0.124 0.091 0.319 0.344 0.503 0.734 1.320 1.349 0.547 0.265 0.129 0.264 0.312 0.323 0.887 2.839 0.453 0.378 3869 chr15 23803853 23818508 + 0 NA exon (NM_005664, exon 1 of 1) exon (NM_005664, exon 1 of 1) 726 NM_005664 7681 Hs.72964 NM_005664 ENSG00000179455 MKRN3 CPPB2|D15S9|RNF63|ZFP127|ZNF127 makorin ring finger protein 3 protein-coding nan 0.598 nan 0.030 1.698 0.149 0.604 1.950 3.754 0.007 0.684 0.606 0.017 0.034 0.817 1.576 0.790 0.054 0.101 0.026 0.035 1.026 0.527 2.068 0.015 0.015 0.010 0.075 0.014 0.083 0.045 0.590 0.382 0.609 0.055 0.355 1.174 0.130 0.008 0.720 0.735 0.048 0.011 0.329 0.016 0.802 0.088 0.425 1.266 0.161 0.072 1.576 0.401 0.102 2.068 0.109 0.118 0.351 0.024 1.087 0.076 0.913 0.907 0.263 0.393 0.278 3.895 3.974 4.617 3.525 0.434 0.545 5.804 2.272 0.519 0.493 1.472 2.200 3.053 4.581 nan 6.797 2.014 3.727 2.406 2.165 3.633 2.973 2.708 1.474 1985 chr11 63294386 63305958 + 0 NA Intergenic MER68-int|LTR|ERVL -4101 NM_004585 5920 Hs.17466 NM_004585 ENSG00000133321 RARRES3 HRASLS4|HRSL4|PLA1/2-3|RIG1|TIG3 retinoic acid receptor responder 3 protein-coding nan 3.109 0.804 3.597 0.167 0.871 3.143 0.138 0.538 0.322 0.507 2.028 4.526 0.078 0.419 0.604 1.004 0.222 1.519 0.573 0.070 0.063 0.296 0.144 0.062 3.602 2.996 0.121 2.171 3.549 1.019 1.991 4.980 1.131 1.843 0.153 0.066 0.140 0.127 0.700 0.055 0.113 0.120 0.088 3.591 6.810 1.241 0.759 3.610 0.099 0.333 1.790 0.604 3.887 0.163 0.062 0.318 1.628 0.180 0.105 0.027 0.860 0.163 0.714 0.923 0.052 0.022 0.486 0.450 0.555 0.654 0.494 0.630 0.359 0.167 0.283 0.237 0.642 0.847 0.270 0.269 0.975 0.811 0.443 0.458 0.094 0.139 0.750 0.922 1.847 0.983 2669 chr12 51631470 51641857 + 0 NA 3' UTR (NM_001136266, exon 4 of 4) 3' UTR (NM_001136266, exon 4 of 4) 4155 NM_001136267 9802 Hs.369761 NM_014764 ENSG00000183283 DAZAP2 PRTB DAZ associated protein 2 protein-coding nan 1.949 1.674 0.891 1.683 0.671 1.088 0.849 1.696 0.483 1.006 0.419 1.212 0.522 2.086 0.852 1.029 0.249 1.912 0.561 1.106 0.775 0.856 0.540 1.537 0.698 0.871 0.781 1.799 0.700 1.849 2.916 1.412 4.851 0.380 0.878 0.366 0.962 0.071 0.695 0.527 1.022 1.127 0.519 0.903 0.641 1.251 1.353 1.920 2.316 1.063 1.646 0.852 2.525 5.197 1.537 0.541 1.511 0.319 2.122 1.036 1.036 0.839 0.279 0.571 1.308 1.106 nan 3.977 2.784 3.713 4.282 nan 4.245 2.162 4.264 4.835 1.167 nan 3.484 nan 1.879 1.907 1.389 2.414 2.403 2.458 1.438 1.595 2.000 1.018 3567 chr14 56553946 56562328 + 0 NA Intergenic Intergenic -26956 NM_021255 57161 Hs.657926 NM_021255 ENSG00000139946 PELI2 - pellino E3 ubiquitin protein ligase family member 2 protein-coding nan nan 1.229 0.069 0.610 0.719 0.038 0.114 0.609 0.056 0.044 0.107 1.990 0.542 0.179 0.192 0.121 0.068 0.025 0.149 0.196 0.300 0.074 0.043 0.096 0.012 0.107 0.376 1.479 0.816 0.172 0.104 0.052 0.141 0.014 0.046 0.077 0.064 0.028 0.078 0.092 0.112 0.120 0.049 0.025 0.057 0.337 0.542 0.085 0.011 0.300 0.101 0.039 0.047 0.062 0.514 0.038 5.724 0.207 0.018 0.014 0.011 2.522 3.448 6.376 4.085 0.849 0.768 1.364 0.305 0.617 0.643 0.113 0.195 1.411 1.474 2.065 1.788 3.140 5.099 0.555 0.720 0.312 0.844 nan 1.005